(57)【要約】  本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による癌患者の治療効果を予測するための診断および予後診断方法を提供する。方法は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために提供され、上皮および／または間葉バイオマーカーの発現レベルを測定することにより、腫瘍細胞が上皮間葉転換（ＥＭＴ）を行なうかどうかを評価するステップを含み、ＥＭＴを行った腫瘍細胞は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性が実質的には低い。上記の方法を取り入れるＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた癌患者を治療するための改善した方法も提供する。さらに、該方法は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の反応性を予測する新規のバイオマーカーを同定するために提供する。さらになお、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対するＥＭＴを行った腫瘍細胞の感受性を回復させる薬剤を同定するための方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン−２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン−３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＥＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）−２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ−２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１の方法。
【請求項３】
癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍の細胞によって発現された間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、前記腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５  ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸輸送体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択される、方法。
【請求項４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項３の方法。
【請求項５】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＥＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３  Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン���Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキン、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシル−ＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸−結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎ−アセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低��ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ−１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１−デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）アルファ６、ヒテグリン（ｈｉｔｅｇｒｉｎ）ベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン−３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ−結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン−２、リン酸化プラコフィリン−３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸−誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３  Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショック��メインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンから選択される、方法。
【請求項６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項５の方法。
【請求項７】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、  腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０−アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン−４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３  Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣ  Ａ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ  Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒ−アルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４ＯＳリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックド��インタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択される、方法。
【請求項８】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項７の方法。
【請求項９】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための方法であって、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、
前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐ−カドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）．、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＥＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣ  Ａリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択され、
または代替的に、前記上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅｔＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３  Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（Ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニル−ｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、
前記間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡＪＣ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ；Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショック��メインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイルＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択される、方法。  本方法の一実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【請求項１０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項９の方法。
【請求項１１】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項１の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１２】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１１の方法。
【請求項１３】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項３の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１３の方法。
【請求項１５】
患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法であって、請求項５の方法を使用することによって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する患者の考えられる反応性を診断して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、前記患者を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して有効な反応を示す可能性が高い患者として特定するステップと、前記患者に治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を投与するステップと、を含む、方法。
【請求項１６】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む、請求項１５の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
本発明は、癌患者の診断および治療のための方法を対象とする。特に、本発明は、どの患者に上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）キナーゼ阻害剤を用いた治療が最も有効かを決定するための方法を対象とする。
【０００２】
癌とは、無秩序な増殖、分化の欠如、および局部組織に浸潤ならびに移転する能力を特徴とする、細胞悪性腫瘍の幅広い総称である。これらの新生悪性腫瘍は、程度の差は有るものの、体内のあらゆる組織および臓器に影響を与える。
【０００３】
様々な種類の癌の治療のために、多数の治療薬が過去２０から３０年間に開発されてきた。最も一般的に使用する抗癌剤としては、ＤＮＡアルキル化剤（例えば、シクロホスファミド、イホスファミド）、代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサート、葉酸拮抗薬、および５−フルオロウラシル、ピリミジン拮抗薬）、微小管阻害剤（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、パクリタキセル）、ＤＮＡインタカレータ（例えば、ドキソルビシン、ダウノマイシン、シスプラチン）、およびホルモン治療（例えば、タモキシフェン、フルタミド）が挙げられる。
【０００４】
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）ファミリーは、分化および増殖等の細胞反応に関係する４つの密接に関係した受容体（ＨＥＲ１／ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、およびＨＥＲ４）を含む。ＥＧＦＲキナーゼ、またはそのＴＧＦ−αの過剰発現は、乳、肺、結腸直腸、卵巣、肝臓細胞、膀胱、頭頸部癌、膠芽細胞種、および星状細胞種を含む多くの癌としばしば関連し、これらの腫瘍の悪性腫瘍を助長すると考えられている。ＥＧＦＲ遺伝子の具体的な欠失突然変異体（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）は、細胞腫瘍形成を促進することも発見されている。ＥＧＦＲ誘導シグナル伝達経路の活性は、例えば、増殖、血管形成、細胞運動および浸潤、アポトーシスの減少、および薬剤耐性誘導等の潜在的に癌を促進する複数のプロセスを促進する。増加したＨＥＲ１／ＥＧＦＲの過剰発現は、進行疾患、転移、予後不良としばしば関係する。例えば、ＮＳＣＬＣおよび胃癌における増加したＨＥＲ１／ＥＧＲＦの過剰発現は、高い転移率、低い腫瘍分化、および腫瘍増殖の増進と相関することが示されている。
【０００５】
受容体に内在するタンパク質チロシンキナーゼ活性を活性および／または下流シグナル伝達を増大する突然変異体は、ＮＳＣＬＣおよび膠芽細胞種内に見られる。しかしながら、例えば、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））またはゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））等のＥＧＦ受容体阻害剤に対する感受性の授与における主な仕組みとしての突然変異体の役割が、問題となっている。最近、全長ＥＧＦ受容体の突然変異型は、ＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤ゲフィチニブに対する反応性を予測するということが報告された（Ｐａｅｚ，Ｊ．Ｇ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０４：１４９７−１５００；Ｌｙｎｃｈ，Ｔ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３５０：２１２９−２１３９）。細胞培養研究は、ＥＧＦ受容体（すなわち、Ｈ３２５５）の突然変異型を発現する細胞株が、ＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤ゲフィチニブにより、増殖阻害に対してより敏感であること、および野生型ＥＧＦ受容体を発現する腫瘍細胞株を阻害するには、非常に高濃度のゲフィチニブが必要とされることを示した。これらの観測結果は、ＥＧＦ受容体の特異的突然変異型は、ＥＧＦ受容体阻害剤に対してより優れた感受性を示し得るが、完全に非反応性の表現型を同定しないことを示唆している。
【０００６】
ＥＧＦＲのキナーゼ活性を直接阻害する化合物、およびＥＧＦＲ活性を妨げることによってＥＧＦＲキナーゼ活性を減衰する抗体の抗癌剤としての使用法の開発は、熱心な研究の取り組みが行われている領域である（ｄｅ  Ｂｏｎｏ  Ｊ．Ｓ．ａｎｄ  Ｒｏｗｉｎｓｋｙ，Ｅ．Ｋ．（２００２）Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  ＭｏＩ．Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ８：Ｓ１９−Ｓ２６、Ｄａｎｃｅｙ，Ｊ．  ａｎｄ  Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２：９２−３１３）。いくつかの研究は、一部のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、特定の他の抗癌剤または化学療法薬もしくは治療と併用される際、腫瘍細胞または腫瘍形成の殺滅を向上する可能性があることを立証、開示、または示唆している（例えば、Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．１：７１９−７３２、Ｓｏｌｏｍｏｎ，Ｂ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｒａｄｉａｔ．Ｏｎｃｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓ．５５：７１３−７２３、Ｋｒｉｓｈｎａｎ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ８，ｅｌ−１３、Ｇｒｕｎｗａｌｄ，Ｖ．  ａｎｄ  Ｈｉｄａｌｇｏ，Ｍ．（２００３）Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９５：８５１−８６７、Ｓｅｙｍｏｕｒ  Ｌ．（２００３）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ  ４（６）：６５８−６６６、Ｋｈａｌｉｌ，Ｍ．Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．３：３６７−３８０、Ｂｕｌｇａｒｕ，  Ａ．Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．３：２６９−２７９、Ｄａｎｃｅｙ，Ｊ．  ａｎｄ  Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２：９２−３１３、Ｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６：２０５３−２０６３、および特許公開第ＵＳ２００３／０１５７１０４号）。
【０００７】
エルロチニブ（例えば、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）またはＯＳＩ−７７４としても知られるエルロチニブＨＣ１）は、ＥＧＦＲキナーゼの経口で利用可能な阻害剤である。生体外において、エルロチニブは、結腸直腸および乳癌を含むいくつかのヒト癌細胞系におけるＥＧＦＲキナーゼに対して、相当な阻害活性を呈し（Ｍｏｙｅｒ  Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４８３８）、前臨床評価は、いくつかのＥＧＦＲを示しているヒト癌異種移植片に対する活性を呈している（Ｐｏｌｌａｃｋ，Ｖ．Ａ．ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．２９１：７３９）。さらに最近、エルロチニブは、頭頸部癌（Ｓｏｕｌｉｅｒｅｓ，Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．  ２２：７７）、ＮＳＣＬＣ  （Ｐｅｒｅｚ−Ｓｏｌｅｒ  Ｒ，  ｅｔ  ａｌ．
（２００１）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２０：３１０ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  １２３５）、ＣＲＣ（Ｏｚａ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．  Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：１９６ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ７８５）、およびＭＢＣ（Ｗｉｎｅｒ，  Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  Ｔｒｅａｔ．７６：５１１５ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ４４５）を含む数々の兆候における第Ｉ相および第ＩＩ層試験において、有望な活性を呈している。第ＩＩＩ相試験において、エルロチニブ単一治療は、進行した治療難治性のＮＳＣＬＣを有する患者の生存期間を有意に延長し、疾患の進行を有意に遅延し、肺癌に関連する症状の悪化を有意に遅延した（Ｓｈｅｐｈｅｒｄ，  Ｆ．  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２２：１４Ｓ（Ｊｕｌｙ  １５  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），Ａｂｓｔｒａｃｔ７０２２）。エルロチニブの臨床試験データの多くが、ＮＳＣＬＣにおけるそれの使用と関係する一方、第Ｉ相および第ＩＩ層研究から得られた予備段階の結果は、ＣＲＣ（Ｏｚａ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．  Ｏｎｃｏｌ．２２：１９６ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ７８５）およびＭＢＣ（Ｊｏｎｅｓ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：４５ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ１８０）を含む幅広い固形癌種を有する患者におけるエルロチニブおよびカペシタビン／エルロチニブの併用治療に対する有望な活性を呈している。少なくとも１つの従来の化学療法レジメンに失敗後、２００４年１１月、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）は、局所的に進行した、または転移性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有する患者の治療に、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）を認可した。ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）は、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）部類中、第ＩＩＩ相臨床試験において、進行したＮＳＣＬＣ患者の生存期間を延長した唯一の薬剤である。
【０００８】
抗腫瘍薬は、理想的には、非悪性細胞に対するその毒性に相対する、幅広い治療指数を用いて、癌細胞を選択して殺滅する。またこれは、長期間に渡り薬剤にさらされた後でも、悪性細胞に対するその有効性も保持する。あいにく、現行の化学療法には、このような理想的なプロファイルを保有するものはない。それどころか、ほとんどは、非常に限られた治療指標を保有する。さらになお、わずかに亜致死濃度の化学療法薬にさらされた癌細胞は、非常に多くの場合、このような薬剤に対する抵抗性、さらにかなり頻繁にいくつかの他の抗癌薬に対する交差耐性を発現する。さらに、任意の癌種類において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤等のより新規の遺伝子を標的とした治療を用いても、どの患者が特定の治療に反応する可能性が高いかを予測できない場合が多いため、多くの場合、患者にかなりの危険性と不快を与え、最も有効な治療を見つけるために、かなりの試行錯誤を余儀なくさせる。
【０００９】
したがって、腫瘍形成および他の増殖性疾患により有効な治療、およびどの腫瘍がどの治療に反応するかを決定する、より有効な方法が必要である。従来の薬剤の治療効果を向上するための戦略は、それらの投与計画の変更、および他の抗癌剤または生化学的修飾薬との併用におけるそれらの使用も伴う。併用療法は、各薬剤を単独で使用した場合の治療的に相当する投与量を使用した場合と比較し、より優れた有効性および副作用の低減をもたらす方法として公知である。時には、薬剤併用の有効性は、付加的（併用の有効性は、各薬剤の単独の効果の合計にほぼ等しい）であるが、時には、効果は相乗的（併用の有効性は、各薬剤が単独で投与された場合の効果の合計よりも優れている）である。
【００１０】
エルロチニブ等の標的特異性の治療的アプローチは、一般的に、従来の細胞毒性薬と比較し、毒性の減少を伴い、したがって、併用療法の使用に役立つ。ベバシズマブ（Ｍｉｎｉｎｂｅｒｇ，Ｅ．Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：６２７ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ２５２１）およびゲムシタビン（Ｄｒａｇｏｖｉｃｈ，Ｔ．，（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：２２３ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ８９５）を併用したエルロチニブの第Ｉ／ＩＩ相研究で、有望な結果が認められている。ＮＳＣＬＣ第ＩＩＩ相試験の最近のデータは、標準化学療法と併用した際の第１選択のエルロチニブ、またはゲフィチニブが、生存期間を向上しなかったことを示している（Ｇａｔｚｅｍｅｉｅｒ，Ｕ．，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ａｍ，Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２３：６１７（Ａｂｓｔｒａｃｔ７０１０）、Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．Ｓ．，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２３：６１７（Ａｂｓｔｒａｃｔ７０１１）、Ｇｉａｃｃｏｎｅ，Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：７７７、Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：７８５）。しかしながら、膵臓癌第ＩＩＩ相試験は、ゲムシタビンと併用した際の第１選択エルロチニブが、生存期間を向上したことを示している（ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｐｒｅｓｓ  Ｒｅｌｅａｓｅ，９／２０／０４）。
【００１１】
いくつかのグループは、ＥＧＦＲ阻害剤に対する患者の反応を予測するために、可能性のあるバイオマーカーを研究している（例えば、国際公開第ＷＯ２００４／０６３７０９号、第ＷＯ２００５／０１７４９３号、第ＷＯ２００４／１１１２７３号、第ＷＯ２００４／０７１５７２号、第ＷＯ２００５／１１７５５３号、および第ＷＯ２００５／０７００２０号、および米国特許出願公開第ＵＳ２００５／００１９７８５号、および第ＵＳ２００４／０１３２０９７号を参照されたい）。しかしながら、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた患者の治療において、開業医を誘導し得る、診断または予後診断検査は、未だに出現していない。
【００１２】
ほとんどの癌の転移中、上皮間葉転換（ＥＭＴ）として公知の重要な変化が、腫瘍細胞において生じる（Ｔｈｉｅｒｙ，Ｊ．Ｐ．（２００２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  ２：４４２−４５４；Ｓａｖａｇｎｅｒ，Ｐ．（２００１）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ  ２３：９１２−９２３、Ｋａｎｇ  Ｙ．  ａｎｄ  Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．（２００４）Ｃｅｌｌ  １１８：２７７−２７９、Ｊｕｌｉｅｎ−Ｇｒｉｌｌｅ，Ｓ．，ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６３：２１７２−２１７８、Ｂａｔｅｓ，Ｒ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １３：１７２１−１７２７、Ｌｕ  Ｚ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．４（６）：４９９−５１５））。ともに堅く結合し、極性を示す上皮細胞は、ともにさらに緩く結合し、極性の欠失を示す、移動能力を有する間葉細胞を生み出す。これらの間葉細胞は、原発腫瘍を取り囲む組織に浸透し、腫瘍から離れ、血液およびリンパ管に浸潤し、分裂し、さらなる腫瘍を形成する新たな位置まで移動することができる。ＥＭＴは、胚形成中を除き、正常な細胞には生じない。正常な状況下で、ＴＧＦ−βは、増殖阻害剤としての役割を果たす。しかしながら、癌転移中、ＴＧＦ−βは、ＥＭＴを促進し始めることが考えられる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１３】
【特許文献１】米国特許出願公開第２００３／０１５７１０４号
【特許文献２】国際公開第２００４／０６３７０９号
【特許文献３】国際公開第２００５／０１７４９３号
【特許文献４】国際公開第２００４／１１１２７３号
【特許文献５】国際公開第２００４／０７１５７２号
【特許文献６】国際公開第２００５／１１７５５３号
【特許文献７】国際公開第２００５／０７００２０号
【特許文献８】米国特許出願公開第２００５／００１９７８５号
【特許文献９】米国特許出願公開第２００４／０１３２０９７号
【非特許文献】
【００１４】
【非特許文献１】Ｐａｅｚ，Ｊ．Ｇ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０４：１４９７−１５００
【非特許文献２】Ｌｙｎｃｈ，Ｔ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３５０：２１２９−２１３９
【非特許文献３】ｄｅ  Ｂｏｎｏ  Ｊ．Ｓ．ａｎｄ  Ｒｏｗｉｎｓｋｙ，Ｅ．Ｋ．（２００２）Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  ＭｏＩ．Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ８：Ｓ１９−Ｓ２６
【非特許文献４】Ｄａｎｃｅｙ，Ｊ．  ａｎｄ  Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２：９２−３１３
【非特許文献５】Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．１：７１９−７３２
【非特許文献６】Ｓｏｌｏｍｏｎ，Ｂ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｒａｄｉａｔ．Ｏｎｃｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓ．５５：７１３−７２３
【非特許文献７】Ｋｒｉｓｈｎａｎ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ８，ｅｌ−１３
【非特許文献８】Ｇｒｕｎｗａｌｄ，Ｖ．  ａｎｄ  Ｈｉｄａｌｇｏ，Ｍ．（２００３）Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９５：８５１−８６７
【非特許文献９】Ｓｅｙｍｏｕｒ  Ｌ．（２００３）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ  ４（６）：６５８−６６６
【非特許文献１０】Ｋｈａｌｉｌ，Ｍ．Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．３：３６７−３８０
【非特許文献１１】Ｂｕｌｇａｒｕ，  Ａ．Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．３：２６９−２７９
【非特許文献１２】Ｃｉａｒｄｉｅｌｌｏ，Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６：２０５３−２０６３
【非特許文献１３】Ｍｏｙｅｒ  Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４８３８
【非特許文献１４】Ｐｏｌｌａｃｋ，Ｖ．Ａ．ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．２９１：７３９
【非特許文献１５】Ｓｏｕｌｉｅｒｅｓ，Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．  ２２：７７
【非特許文献１６】Ｐｅｒｅｚ−Ｓｏｌｅｒ  Ｒ，  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２０：３１０ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  １２３５
【非特許文献１７】Ｏｚａ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．  Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：１９６ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ７８５
【非特許文献１８】Ｗｉｎｅｒ，  Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  Ｔｒｅａｔ．７６：５１１５ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ４４５
【非特許文献１９】Ｓｈｅｐｈｅｒｄ，  Ｆ．  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２２：１４Ｓ（Ｊｕｌｙ  １５  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），Ａｂｓｔｒａｃｔ７０２２
【非特許文献２０】ＭＢＣ（Ｊｏｎｅｓ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：４５ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ１８０
【非特許文献２１】Ｍｉｎｉｎｂｅｒｇ，Ｅ．Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：６２７ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ２５２１）
【非特許文献２２】Ｄｒａｇｏｖｉｃｈ，Ｔ．，（２００３）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：２２３ａ，ａｂｓｔｒａｃｔ８９５
【非特許文献２３】Ｇａｔｚｅｍｅｉｅｒ，Ｕ．，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ａｍ，Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２３：６１７（Ａｂｓｔｒａｃｔ７０１０）
【非特許文献２４】Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．Ｓ．，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２３：６１７（Ａｂｓｔｒａｃｔ７０１１）
【非特許文献２５】Ｇｉａｃｃｏｎｅ，Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：７７７
【非特許文献２６】Ｈｅｒｂｓｔ，Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２２：７８５
【非特許文献２７】ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｐｒｅｓｓ  Ｒｅｌｅａｓｅ，９／２０／０４
【非特許文献２８】Ｔｈｉｅｒｙ，Ｊ．Ｐ．（２００２）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  ２：４４２−４５４
【非特許文献２９】Ｓａｖａｇｎｅｒ，Ｐ．（２００１）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ  ２３：９１２−９２３
【非特許文献３０】Ｋａｎｇ  Ｙ．  ａｎｄ  Ｍａｓｓａｇｕｅ，Ｊ．（２００４）Ｃｅｌｌ  １１８：２７７−２７９
【非特許文献３１】Ｊｕｌｉｅｎ−Ｇｒｉｌｌｅ，Ｓ．，ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６３：２１７２−２１７８
【非特許文献３２】Ｂａｔｅｓ，Ｒ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １３：１７２１−１７２７
【非特許文献３３】Ｌｕ  Ｚ．，ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ．４（６）：４９９−５１５
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１５】
したがって、どの癌患者に対しても最良な治療形態を決定し、このような阻害剤を、単剤として、または他の抗癌剤と併用して使用するかにかかわらず、このような決定を癌患者のためのさらに有効な治療レジメンへ取り込むための改良された方法の緊急な必要性が依然として存在する。
【００１６】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による癌患者の治療効果を予測するための診断および予後診断方法を提供する。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対して腫瘍細胞増殖の感受性は、このような腫瘍細胞がＥＭＴを行ったかどうかにより異なる、という驚くべき発見に基づいて、諸方法を、上皮および／または間葉バイオマーカーを決定して、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を予測するために発明した。
【００１７】
したがって、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、腫瘍細胞により発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。
【００１８】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞により発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する低い感受性と相関する。
【００１９】
上記の方法論を取り入れるＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた癌患者を治療するための改善した方法も提供する。したがって、本発明は、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供し、腫瘍細胞が、上皮間葉転換を行っているかどうか評価することにより、患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断するステップと、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を該患者に投与するステップと、を含む。
【００２０】
さらに、諸方法は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の反応性を予測する新たな上皮または間葉バイオマーカーの同定を提供する。
【００２１】
したがって、例えば、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた新生状態のさらに有効な治療のための診断である上皮バイオマーカーを同定するための方法をさらに提供し、新生状態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料内の候補上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた新生状態の治療の有効性がある患者からの試料内の該候補上皮バイオマーカーのレベル間の相関を同定するステップと、を含み、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のさらに有効な治療と高いレベルの上皮バイオマーカーの相関は、該上皮バイオマーカーがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のさらに有効な治療のための診断であることを示す。
【００２２】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療のための診断である間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供し、（ａ）腫瘍性病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料内の候補間葉バイオマーカーのレベルを測定するステップと、（ｂ）患者からの試料の該候補間葉バイオマーカーのレベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態の治療の有効性との間の相関を同定するステップと、を含み、高いレベルの間葉バイオマーカーの、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療との相関は、該間葉バイオマーカーがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療のための診断であることを示す。
【００２３】
さらになお、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤によるＥＭＴを行った腫瘍細胞の感受性を回復させる薬剤の同定のための諸方法も提供する。したがって、例えば、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の増殖の感受性を高める薬剤を同定するための方法を提供し、該腫瘍細胞は、上皮間葉転換をあらかじめ行なうものとして特徴付け、該腫瘍細胞の試料をＥＧＦＲキナーゼ阻害剤と接触させるステップと、検査剤の存在下で該腫瘍細胞の同一試料をＥＧＦＲキナーゼ阻害剤と接触させるステップと、検査剤の存在および不在下でＥＧＦＲキナーゼ阻害剤媒介増殖阻害を比較するステップと、検査剤がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を高める薬剤であるかどうか決定するステップと、を含む。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】ＮＳＣＬＣ異種移植片に対するエルロチニブの生体内活性。
【図２Ａ】Ａ．体外のＥＧＦＲキナーゼ阻害に対し感受性が高い、または感受性が比較的無い、ＮＳＣＬＣ株のプロテオミクスプロファイリングは、エルロチニブに対し感受性が比較的無い細胞株において、ビメンチンおよびフィブロネクチンペプチドの著しく増加したＬＣ−ＭＳ／ＭＳ検出を示した。
【図２Ｂ】Ｂ．ＥＧＦ受容体阻害に対し感受性が高いＮＳＣＬＣ株は、γカテニンおよびαカテニンに対して観察された傾向を有する、Ｅカドヘリンの高いレベルを発現する。Ｅカドヘリン免疫ブロットは、類似の結果を伴う２つの異なる抗体を用いて実施した（データは表示せず）。エルロチニブによる増殖阻害に対し感受性が比較的無いＮＳＣＬＣ株は、間葉タンパク質のビメンチンおよび／またはフィブロネクチンを発現した。試験した全ての株は、検出可能なＥＧＦ受容体を発現したが、総ＥＧＦ受容体タンパク質の発現と感受性の間の関係は観察されなかった。
【図２Ｃ】Ｃ．エルロチニブのＨ２９２およびＨ４４１による増殖阻害に対し感受性が高いＮＳＣＬＣ株の共焦点顕微鏡法は、エルロチニブに対し感受性が比較的無い細胞株のＣａｌｕ６およびＨ１７０３においてではないが、Ｅカドヘリンの膜発現を示す。逆に、感受性が比較的無い株のＣａｌｕ６およびＨ１７０３は、ビメンチンに対して中間フィラメント染色を発現したが、一方、エルロチニブに対し感受性が高い株のＨ２９２およびＨ４４１は、発現しなかった。
【図３】ＮＳＣＬＣ株は、約５００ｍｍ３の容積に、ＳＣＩＤマウスにおいて皮下異種移植片として増殖させ、液体窒素中で切断し、急速冷凍した（細胞株あたり４匹の動物）。腫瘍組織は、冷凍しながら粉砕し、記載するような洗剤溶解およびＳＤＳ−ＰＡＧＥ、ならびにＥカドヘリン、γカテニン、Ｂｒｋ、フィブロネクチン、ビメンチン、およびＧＡＰＤＨに対する抗体を用いてプローブした免疫ブロットにさらした。体外結果と一致して、Ｅカドヘリン発現は、エルロチニブに対し感受性が高い株に、およびフィブロネクチンの発現は感受性が比較的無い株に限定されていた。
【図４】免疫ブロットは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害に対し感受性が最も高いＮＳＣＬＣ細胞株において、より高いＢｒｋ発現レベルを示す。
【図５Ａ】Ａ）ＥＧＦ受容体阻害に対し感受性が高い膵臓細胞株は、上皮細胞接合タンパク質のＥカドヘリンおよびγカテニンの高いレベルを発現する。間葉マーカーのビメンチンは、感受性が無いＰＡＮＣ１細胞において、最も豊富であった。
【図５Ｂ】Ｂ）エルロチニブ、ＢｘＰＣ３による増殖阻害に対し感受性が無い膵臓細胞株の共焦点顕微鏡法は、エルロチニブに対し感受性が比較的無い細胞株のＭｉａＰａｃａ２においてではないが、Ｅカドヘリンの膜発現を示す。逆に、感受性が比較的無い株のＭｉａＰａｃａ２は、ビメンチンに対して中間フィラメント染色を発現したが、一方、エルロチニブに対し感受性が高い株のＢｘＰＣ３は、発現しなかった。
【図６Ａ】疾患の増悪（ＴＴＰ）に対する時間を示すカプランマイヤー曲線は、Ｅカドヘリンの染色度＞＝２を有する腫瘍を持つ化学療法のみを受けている患者と比較して、化学療法と併用してエルロチニブを受けている患者の方がより長い。
【図６Ｂ】疾患の増悪（ＴＴＰ）に対する時間を示すカプランマイヤー曲線は、化学療法のみを受けている患者と比較して、化学療法と併用してエルロチニブを用いて治療される、Ｅカドヘリンの染色度＜＝１を有する腫瘍を持つ患者に対して拡張されない。
【図７Ａ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｂ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｃ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｄ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｅ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｆ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｇ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｈ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｉ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｊ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｋ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｌ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｍ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｎ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｏ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｐ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｑ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｒ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｓ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｔ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｕ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【図７Ｖ】上皮（Ｈ２９２、Ｈ３５８）、または間葉（Ｃａｌｕ６、Ｈ１７０３）腫瘍細胞型において、上方制御または下方制御される、細胞分画および質量分析により同定されたタンパク質。タンパク質は、（ａ）ＥＭＴ後の細胞の減少（すなわち、上皮マーカー）、（ｂ）ＥＭＴ後の細胞の増加（すなわち、間葉マーカー）、（ｃ）ＥＭＴ後の細胞中の存在度、（ｄ）Ｈ１７０３間葉細胞の減少、（ｅ）Ｈ１７０３間葉細胞の増加、（ｆ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の減少、および（ｇ）Ｃａｌｕ６間葉細胞の増加として記載される。タンパク質レベルは、以下の分画において評価した：シトソル（Ｃｙｔｏ）、細胞膜（Ｍｅｍ）、細胞表面（ＣＳ）、およびリン酸化チロシンキナーゼ含有分画、基底（ｐＹ−Ｂ）、細胞（ｐＹ−Ｓ）の血清刺激後、および細胞（ｐＹ−Ｅ８Ｐ）のＥＧＦ刺激後。「Ａｃｅ」とは、指定されたタンパク質のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を指す。タンパク質比は、ｌｏｇ２値として表す。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
動物における「癌」という用語は、無制御増殖、不死、転移能力、急速な成長および増殖率、および特定の形態機能等の癌を誘発する細胞に特有の特徴を有する、細胞の存在を指す。多くの場合、癌細胞は、腫瘍の形態であるが、このような細胞は、動物体内に単独で存在すること、または白血病細胞等のように、独立細胞として血流中を循環することがあり得る。
【００２６】
本明細書で使用する「異常細胞増殖」は、別途指示がない限り、正常な調節メカニズムとは独立な細胞の増殖を意味する（例えば、接触阻止の喪失）。これは、（１）突然変異型のチロシンキナーゼの発現または受容体チロシンキナーゼの過剰発現により増殖する腫瘍細胞（腫瘍）、（２）異常チロシンキナーゼ活性が発現する他の増殖性疾患の良性および悪性細胞、（４）受容体チロシンキナーゼにより増殖するすべての腫瘍、（５）異常セリン／トレオニンキナーゼ活性により増殖するすべての腫瘍、および（６）異常セリン／トレオニンキナーゼ活性が発現する他の増殖性疾患の良性ならびに悪性細胞の異常増殖を含む。
【００２７】
本明細書で使用する「治療する」は、別途指示がない限り、患者における腫瘍の増殖、腫瘍転移の増加、または他の癌を誘発する、あるいは腫瘍細胞の増殖を、部分的に、または完全に逆転、軽減、進行の阻害、または予防することを意味する。本明細書で使用される「治療」という用語は、別途指示がない限り、治療行為を指す。
【００２８】
「治療法」という用語、またはそれに相当する用語は、例えば、癌に適用する際、動物体内の多数の癌細胞減少または排除すること、または癌の症状を緩和することを目的とする手順または一連の行為を示す。癌または別の増殖性疾患の「治療法」は、必ずしも癌細胞または他の疾患が、事実上排除されること、多数の細胞または疾患が、事実上減少すること、または癌あるいは他の疾患の症状が、事実上緩和されることを必ずしも意味する必要はない。多くの場合、癌治療法は、成功の可能性は低いが、動物の病歴および生存の見込みを考慮し、それでも全般的に有益な一連の行為と見なされた場合、実行する。
【００２９】
「治療効果のある薬剤」という用語は、研究者、獣医、医師、または他の臨床関係者により模索されている組織、系、動物、またはヒトの生物学的または医療的反応を誘発する組成物を意味する。
【００３０】
「治療効果のある治療量」または「有効量」という用語は、研究者、獣医、医師、または他の臨床関係者により模索されている組織、系、動物、またはヒトの生物学的または医療的反応を誘発する対象化合物または組み合わせの量を意味する。
【００３１】
本明細書の下記の実施例に示されるデータは、細胞培養または生体内のいずれかで増殖される、野生型ＥＧＦＲを含有する、ＮＳＣＬＣまたは膵臓癌細胞等の腫瘍細胞は、上皮間葉転換（ＥＭＴ）を行なうかどうかにより異なるが、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性の範囲を示すことを立証する。ＥＭＴ前に、腫瘍細胞は、エルロチニブＨＣｌ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））等のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対し感受性が非常に高いが、ＥＭＴを行った腫瘍細胞は、このような化合物による阻害に対して、実質的には感受性が低い。該データは、ＥＭＴがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性のレベルを測定する「一般的な生物学的スイッチ」であり得ることを示す。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性のレベルは、ＥＭＴ事象の前またはその後のいずれかで、細胞に対して特徴のある腫瘍細胞によって発現されるバイオマーカーのレベルを測定することにより評価できることを実証する。例えば、Ｅカドヘリン等の上皮バイオマーカーの腫瘍細胞発現の高いレベルは、ＥＭＴがまだ行われていない細胞であることを示し、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する高い感受性と相関する。逆に、ビメンチンまたはフィブロネクチン等の間葉バイオマーカーの腫瘍細胞発現の高いレベルは、ＥＭＴを行った細胞であることを示し、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する低い感受性と相関する。したがって、これらの観察は、腫瘍増殖におけるＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の効果を予測するために役立つ新規の診断方法の基盤を形成し、癌専門医に、彼らの患者に対して最も適切な治療を選択するのに役立つ、さらなる道具を与えることができる。
【００３２】
したがって、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、腫瘍細胞により発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。上皮バイオマーカーの望ましい例としては、ＥカドヘリンおよびＢｒｋ（すなわち、ＰＴＫ−６）が挙げられる（表１を参照）。本発明の方法に利用することができる上皮バイオマーカーの追加の例としては、γカテニン（すなわち、ジャンクションプラコグロビン）、α−カテニン（すなわち、α１、α２、またはα３カテニン）、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４が挙げられる（表１を参照）。
【００３３】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞により発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する低い感受性と相関する。間葉バイオマーカーの望ましい例としては、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる（表１を参照）。本発明の方法に利用することができる間葉バイオマーカーの追加の例としては、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、および胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンが挙げられる（表１を参照）。
【００３４】
本発明の実施に際して、望ましい上皮バイオマーカーを用いて、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が高い腫瘍細胞における発現のレベルは、一般に、例えば、検出のために特異的な抗バイオマーカー抗体を使用して、バイオマーカーが非常に容易に検出できるような高いレベルであろう。望ましい上皮バイオマーカーでは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対して感受性が比較的無い腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、仮にあったとしても、類似の手順を使用することでは、バイオマーカーがほとんど検出できないようなレベルである（例えば、本明細書の下記の実施例に示すデータでは、図２Ｂ、３、および５において、感受性が高い腫瘍細胞と感受性が比較的無い腫瘍細胞との間でＥカドヘリンレベルを比較する）。
【００３５】
しかしながら、他のあまり望ましくない上皮バイオマーカーに関しては、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的無い腫瘍細胞におけるバイオマーカー発現のレベルは、容易に検出できるが、それにもかかわらず、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が高い腫瘍細胞よりも実質的に無い発現レベルであろう（例えば、本明細書の下記の実施例に示すデータでは、図２Ｂにおいて、感受性が比較的無い腫瘍細胞Ｈ１７０３またはＳＷ１５７３のα−カテニンレベルと感受性が高い腫細胞Ｈ４４１、Ｈ３５８、Ｈ３２２、およびＨ２９２のα−カテニンレベルを比較する）。
【００３６】
同様に、本発明の実施に際して、望ましい間葉バイオマーカーでは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的無い腫瘍細胞における発現のレベルは、一般に、例えば、検出のために特異的な抗バイオマーカー抗体を使用して、バイオマーカーが非常に容易に検出できるような高いレベルであろう。望ましい間葉バイオマーカーでは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的高い腫瘍細胞における発現レベルは、一般に、仮にあるとしても、類似の手順を使用することでは、バイオマーカーがほとんど検出できないようなレベルである（例えば、本明細書の下記の実施例に示すデータでは、図２Ｂ、３、および５において、感受性が高い腫瘍細胞と感受性が比較的無い腫瘍細胞との間でフィブロネクチンまたはビメンチンを比較する）。
【００３７】
また、他のあまり望ましくない間葉バイオマーカーに関しては、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的高い腫瘍細胞におけるバイオマーカー発現のレベルは、容易に検出できるが、それにもかかわらず、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的無い腫瘍細胞よりも実質的に低い発現レベルであろう。
【００３８】
任意の所与の上皮または間葉バイオマーカーに関しては、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的無い腫瘍細胞と感受性が高い腫瘍細胞と間の発現レベルの範囲は、例えば、本明細書（例えば、図２Ｂ）に記載するように、腫瘍細胞のパネル上で試験する、または腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤（例えば、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））に対する感受性の範囲を表示する患者からの腫瘍生検標本を試験することにより、当業者により容易に評価することができる。
【００３９】
本発明の文脈において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が比較的無い腫瘍細胞が比較的少数である場合、腫瘍細胞により発現した上皮または間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップを含む、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための上記の方法は、単一バイオマーカーレベルのみ評価する状況において、腫瘍細胞増殖がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対し感受性が高いことを誤って予測する場合がある。例えば、本明細書の下記の実施例に示すデータでは、Ｈ４６０腫瘍細胞における上皮バイオマーカーのγカテニンおよびαカテニンのレベル、またはＨ１７０３細胞における間葉バイオマーカーのフィブロネクチンのレベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が高いことを誤って予測する（図２Ｂを参照）。したがって、このような誤った予測に基づくと、医師は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて、少数の患者を治療することになり、該腫瘍は阻害剤に対し感受性が高くない場合がある。しかしながら、腫瘍細胞の大部分（例えば、本明細書の下記の実施例に示すデータから、少なくとも９０％）に関しては、単一バイオマーカー発現レベルの評価は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性のレベルの正確な予測を提供することが期待されるであろう。
【００４０】
さらになお、本発明の文脈において最も重要なことは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対し感受性が高い腫瘍細胞は、腫瘍細胞増殖がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対し感受性が無いといった誤った予測を与える、上記の方法により試験する場合（単一バイオマーカーレベルのみを評価する場合）には、認められない。したがって、本明細書に記載の試験方法は、患者がこのような治療から恩恵を受け得る場合には、医師は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療を行なうべきではない。
【００４１】
さらに、特に、診断検査および治療の用途に関係がある、医術に精通する者は、生物系は、若干変化し、必ずしも完全に予測可能ではなく、ひいては多くの良好な診断検査または治療法は、時には効果のないことを認識するであろう。したがって、検査結果、患者の病状および病歴、および自身の経験に基づいて、個々の患者に対する治療の最も適切な治療コースを決定することは、最終的には、担当医の判断次第である。例えば、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に特に敏感であることが予測されない時でさえ、診断検査または他の基準からのデータに基づいて、医師がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて患者を治療することを選択する際、特に、全ての、またはほとんどの他の明白な治療の選択肢が機能しない場合、または一部の相乗効果が別の治療とともに投与される場合が予想される場合、好機とさえなる場合がある。薬物クラスとしてＥＧＦＲキナーゼ阻害剤が、癌の治療に使用される、さらに従来の化学療法または細胞毒性薬等の多くの他の抗癌剤と比較して、比較的良好な耐容性を示すという事実は、これをさらに実行可能な選択肢にする。
【００４２】
Ｅカドヘリン等の本発明にて使用する好適な上皮バイオマーカーの望ましい例としては、上記の方法に使用する場合（単一バイオマーカーレベルのみ評価する場合）、いずれの誤った予測をもたらさない。
【００４３】
さらになお、本発明はまた、追加の方法も提供し、複数のバイオマーカーレベルの腫瘍細胞における発現レベルの同時評価を利用する。これらの方法の（下記に記載の）望ましい実施形態において、単一バイオマーカー発現レベルを評価する上記に記載のいくつかの方法の場合のように、誤った予測のレベルがない。
【００４４】
したがって、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、腫瘍細胞により発現した上皮バイオマーカーの１つまたは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、ＥカドヘリンおよびＢｒｋを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンおよびγカテニンを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。２つの後の望ましい実施形態において、高い感受性を示すのに、両方のバイオマーカーの高い発現レベルが必要であることに留意されたい。
【００４５】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞により発現した間葉バイオマーカーの１つもしくは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、間葉バイオマーカーは、ビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、２つの腫瘍細胞の上皮バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。後の望ましい実施形態において、高い感受性を示すのに、両方のバイオマーカーの低いまたは検出できない発現が必要であることに留意されたい。
【００４６】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞により発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞により発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｂｒｋを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、ビメンチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、γカテニンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。
【００４７】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞により発現した上皮バイオマーカーの１つもしくは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、ＥカドヘリンおよびＢｒｋを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンおよびγカテニンを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。２つの後の望ましい実施形態において、高い感受性を示すのに、両方のバイオマーカーの高い発現レベルが必要であることに留意されたい。
【００４８】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞により発現した間葉バイオマーカーの１つもしくは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、間葉バイオマーカーは、ビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、２つの腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。後の望ましい実施形態において、高い感受性を示すのに、両方のバイオマーカーの低いまたは検出できない発現が必要であることに留意されたい。
【００４９】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｂｒｋを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、ビメンチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、γカテニンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。
【００５０】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーの１つもしくは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、ＥカドヘリンおよびＢｒｋを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンおよびγカテニンを含み、２つの腫瘍細胞上皮バイオマーカーの同時に起こる高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。２つの後の望ましい実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍を示すのに、両方のバイオマーカーの高い発現レベルが必要であることに留意されたい。
【００５１】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーの１つもしくは複数（またはそのパネル）のレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、全ての腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、間葉バイオマーカーは、ビメンチンおよびフィブロネクチンを含み、２つの腫瘍細胞間葉バイオマーカーの同時に起こる低いまたは検出できない発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。後の望ましい実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍を示すのに、両方のバイオマーカーの低いまたは検出できない発現レベルが必要であることに留意されたい。
【００５２】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。本方法の１つの望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｂｒｋを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、Ｅカドヘリンを含み、間葉バイオマーカーは、ビメンチンを含む。本方法の別の望ましい実施形態において、上皮バイオマーカーは、γカテニンを含み、間葉バイオマーカーは、フィブロネクチンを含む。
【００５３】
本発明の方法の文脈において、腫瘍細胞が発現したバイオマーカーは、腫瘍細胞の遷移状態を示す、分子および細胞マーカーを含むことができる。望ましい実施形態において、バイオマーカーは、個々のマーカータンパク質、またはそのコード化ｍＲＮＡであり、腫瘍、すなわち、上皮および間葉の特徴を示す、腫瘍の特定の遷移状態の特徴を示す。代替的な実施形態において、ある環境では、バイオマーカーは、上皮または間葉の状態の特徴である、細胞高分子によって腫瘍細胞に産生される特徴的な形態学的パターンであり得る。
【００５４】
【表１】
2010527232.tif 000002
１  ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号は、ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅデータベース記録からのバイオマーカー遺伝子の独自の識別子である（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ），Ｕ．Ｓ．Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，８６００  Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ  Ｐｉｋｅ，Ｂｕｉｌｄｉｎｇ  ３８Ａ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ  ２０８９４、Ｉｎｔｅｒｎｅｔ  ａｄｄｒｅｓｓ  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）。
２  ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑ（参照配列）は、バイオマーカー遺伝子により発現した配列の一例である。
【００５５】
表１は、本明細書に記載する本発明の方法の実践に使用できる分子バイオマーカーの例をコードする遺伝子を記載する。該分子バイオマーカーは、その変異体、例えば、発現ｍＲＮＡまたはタンパク質、スプライス変異、共翻訳および翻訳後修飾タンパク質を含む、これらの遺伝子により発現した任意の産物を含み得る。一実施形態において、バイオマーカーは、フィブロネクチン１遺伝子により発現したスプライス変異の胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチンである（Ｋｉｌｉａｎ，Ｏ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｂｏｎｅ  ３５（６）：１３３４−１３４５）。この胎児性フィブロネクチンを決定することの可能性のある利点は、周囲の間質組織から間葉様腫瘍を容易に区別できることである。追加の実施形態において、該バイオマーカーは、（例えば、イヌ、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、サル、類人猿等からの）ヒト遺伝子産物の動物相同体であり得る。
【００５６】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）．、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２−関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３−ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ−６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択する。該上皮バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。本方法の一実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００５７】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイル−ＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化��ンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択する。該間葉バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。本方法の一実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００５８】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰ−グルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４から選択され、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸��Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびＳＨＣ１から選択し、または代替的に、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテ���リンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼ
ベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、およびリン酸化ＳＨＣ１から選択され、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．Ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５���ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンから選択する。本方法の一実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００５９】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できる追加の上皮マーカーの例としては、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、およびＳＴ１４が挙げられる（表１および図７を参照）。該上皮バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６０】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できる追加の間葉マーカーの例としては、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼ−ｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＥＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、��ＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、およびエピモルフィンが挙げられる（表１および図７を参照）。該間葉バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６１】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できるが、腫瘍細胞型（例えば、Ｈ１７０３細胞）のサブセットに使用するために限定されているように見える追加の上皮バイオマーカーとしては、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリシンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４が挙げられる。該上皮バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６２】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、該上皮バイオマーカーを、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリシンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択する。
【００６３】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できるが、腫瘍細胞型（例えば、Ｈ１７０３細胞）のサブセットに使用するために限定されているように見える追加の間葉バイオマーカーとしては、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンが挙げられる。該間葉バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６４】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、該間葉バイオマーカーを、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マンゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択する。
【００６５】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できるが、腫瘍細胞型（例えば、Ｃａｌｕ６細胞）の異なるサブセットに使用するために限定されているように見えるさらに追加の上皮バイオマーカーとしては、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼが挙げられる。該上皮バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６６】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関し、該上皮バイオマーカーを、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼ−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択する。
【００６７】
本発明の方法のうちのいずれかで使用できるが、腫瘍細胞型（例えば、Ｃａｌｕ６細胞）の異なるサブセットに使用するために限定されているように見えるさらに追加の間葉バイオマーカーとしては、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイルＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３が挙げられる。該間葉バイオマーカーが、リン酸化「タンパク質」である場合には、タンパク質自体のレベルではなく、タンパク質のリン酸化反応の程度が、ＥＭＴ後に変化させるパラメータである。これらのタンパク質のリン酸化反応のレベルの変化はまた、タンパク質の１つもしくは複数のチロシン残基のリン酸化反応のレベルの変化のためであることが理解される。
【００６８】
本発明はまた、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法も提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、該腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、高い発現レベルの腫瘍細胞間葉バイオマーカーは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療にあまり有効に反応しない腫瘍と相関し、該間葉バイオマーカーは、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイルＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択する。
【００６９】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＥＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリシンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タン���ク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マンゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択され、または代替的に、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、
タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＥＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、ＳＥＲＣＡ２、ＣＤ４４抗原、ＥＲＯ１−Ｌアルファ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、リン酸化ＧＰＣＲ  ＲＡＩＧ−３、ジヒドロリポイルリジンスクシニルトランスフェラーゼ、ペルオキシレドキシン２、レティキュロカルビン１、リン酸化４ＯＳリボソームタンパク質Ｓ１５（ＲＩＧタンパク質）、および腫瘍タンパク質Ｄ５４から選択され、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃ１ｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５��Ｄａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、リン酸化アルファインターネキシン、レチナールデヒドロゲナーゼ１、脂肪族アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アスパラギンシンセターゼ、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、リン酸化ＡＲＦ、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質、マンゴナシタンパク質ホモログ２、リン酸化ＥＲＫ−２、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ、リン酸化ＰＤＧＦ−Ｒアルファ、リン酸化プロゲステロン誘導性ブロック因子１、ピリン、プロフィリン１、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、リン酸化ＴＡＦ（ＩＩ）６８、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、チオレドキシンレダクターゼ１、ＵＤＰ−Ｎアセチルヘキソサミンピロホスホリラーゼ、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ、およびジキシンから選択する。本方法の一実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００７０】
本発明はまた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法も提供し、腫瘍細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、間葉バイオマーカー発現レベルに対する上皮バイオマーカー発現レベルの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関し、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０−アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸  キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸−誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマシヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、Ｅカドヘリン、Ｂｒｋ、γカテニン、α１カテニン、α２カテニン、α３カテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼタンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択し、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭ���Ｉ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＪＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ  ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸化ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択し、または代替的に、該上皮バイオマーカーは、リン酸化１４−３−３エプシロン、１４−３−３ガンマ（ＫＣＩＰ−１）、１４−３−３シグマ（ストラチフィン）、１４−３−３ゼータ／デルタ、リン酸化セリン／トレオニンホスファターゼ２Ａ、４Ｆ２ｈｃ（ＣＤ９８抗原）、アデニンヌクレオチド輸送体２、アネキシンＡ３、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化インスリン受容体基質ｐ５３／ｐ５４、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、リン酸化ＣＲＫ結合基質（ｐ１３０Ｃａｓ）、Ｂｃｌ−Ｘ、リン酸化Ｐカドヘリン、リン酸化カルモジュリン（ＣａＭ）、カルパイン２触媒サブユニット、カテプシンＤ、コフィリン１、カルパイン小サブユニット１、カテニンベータ１、カテニンデルタ１（ｐ１２０カテニン）、シスタチンＢ、リン酸化ＤＡＺ結合タンパク質１、カルボニルレダクターゼ［ＮＡＤＰＨ］、Ｄｉａｐｈａｎｏｕｓ関連ホルミン１（ＤＲＦ１）、デスモグレイン２、伸長因子１デルタ、リン酸化ｐ１８５ｅｒｂＢ２、エズリン（ｐ８１）、リン酸化焦点接着キナーゼ１、リン酸化ｐ９４−ＦＥＲ（ｃ−ＦＥＲ）、フィラミンＢ、リン酸化ＧＲＢ２関連結合タンパク質１、Ｒｈｏ−ＧＤＩアルファ、リン酸化ＧＲＢ２、ＧＲＰ７８、グルタチオンＳトランスフェラーゼＰ、３ヒドロキシアシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＨＳＰ  ９０アルファ、ＨＳＰ７０．１、ｅＩＦ３  ｐ１１０、ｅＩＦ−４Ｅ、白血球エラスターゼ阻害剤、インポーチン４、インテグリンアルファ６、インテグリンベータ４、リン酸化サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、カゼインキナーゼＩ、アルファ、タンパク質キナーゼＣ、デルタ、ピルビン酸キナーゼ、アイソザイムＭ１／Ｍ２、リン酸化エルビン、ＬＩＭおよびＳＨ３ドメインタンパク質１（ＬＡＳＰ−１）、４Ｆ２１ｃ（ＣＤ９８軽鎖）、Ｌ乳酸脱水素酵素Ａ鎖、ガレクチン３、ガレクチン３結合タンパク質、リン酸化ＬＩＮ−７ホモログＣ、ＭＡＰ（ＡＰＣ結合タンパク質ＥＢ１）、マスピン前駆体（プロテアーゼ阻害剤５）、リン酸化Ｍｅｔチロシンキナーゼ（ＨＧＦ受容体）、混合系譜白血病タンパク質２、モノカルボン酸輸送体４、リン酸化Ｃ−Ｍｙｃ結合タンパク質（ＡＭＹ−１）、ミオシン９、ミオシン軽鎖ポリペプチド６、ニコチンアミドリン酸化リボシルトランスフェラーゼ、ニバン（Ｎｉｂａｎ）様タンパク質（Ｍｅｇ−３）、オルニチンアミノトランスフェラーゼ、リン酸化オクルディン、ユビキチンチオエステラーゼ、ＰＡＦアセチルヒドロラーゼＩＢベータサブユニット、リン酸化分配欠損３（ＰＡＲ−３）、リン酸化プログラム細胞死６結合タンパク質、リン酸化プログラム細胞死タンパク質６、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ、リン酸化プラコフィリン２、リン酸化プラコフィリン３、タンパク質ホスファターゼ１、ペルオキシレドキシン５、プロテアソーム活
性化複合サブユニット１、プロチモシンアルファ、レチノイン酸誘導タンパク質３、リン酸化ＤＮＡ修復タンパク質ＲＥＶ１、リボヌクレアーゼ阻害剤、ＲｕｖＢ様１、Ｓ−１００Ｐ、Ｓ−１００Ｌ、カルサイクリン、Ｓ１００Ｃ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ａ、リン酸化Ｓｅｃ２３Ｂ、リソソーム膜タンパク質ＩＩ（ＬＩＭＰ  ＩＩ）、ｐ６０−Ｓｒｃ、リン酸化アンプラキシン（Ａｍｐｌａｘｉｎ）（ＥＭＳ１）、ＳＬＰ−２、ガンマ−シヌクレイン、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー１、腫瘍カルシウムシグナルトランスデューサー２、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）２、トランスアルドラーゼ、チューブリンベータ２鎖、翻訳制御された腫瘍タンパク質（ＴＣＴＰ）、組織トランスグルタミナーゼ、膜貫通タンパク質Ｔｍｐ２１、ユビキチン複合酵素Ｅ２  Ｎ、ＵＤＰグルコシルトランスフェラーゼ１、リン酸化ｐ６１−Ｙｅｓ、リン酸化タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、リン酸化ＡＴＰシンターゼベータ鎖、リン酸化ＡＴＰシンターゼデルタ、低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、デスモプラーキンＩＩＩ、プレクチン１、リン酸化ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ、リン酸化ＳＨＣ１、１４−３−３ベータ／アルファ、リン酸化Ｒｈｏ  ＧＥＦ−７（ｐ８５ＣＯＯＬ−１）、酸可溶性脳タンパク質１、リン酸化カベオリン１、フィラミンＡ、リン酸化ｐ３８アルファ、ヌクレオシド二リン酸キナーゼＢ、リン酸化パキシリン、リン酸化チロシンキナーゼ−タンパク質ホスファターゼＳＨＰ−２、Ｃ−ｒｅｔ、ＳＴＡＴ３、アスパラギニルｔＲＮＡシンセターゼ、およびユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼから選択され、該間葉バイオマーカーは、ＭＨＣクラスＩ抗原Ａ＊１、アシルＣｏＡデサチュラーゼ、ＬＡＮＰ様タンパク質（ＬＡＮＰ−Ｌ）、アネキシンＡ６、ＡＴＰシンターゼガンマ鎖、ＢＡＧファミリー分子シャペロンレギュレータ２、リン酸化水疱性類天疱瘡抗原、リン酸化タンパク質Ｃｌｏｒｆ７７、ＣＤＫ１（ｃｄｃ２）、リン酸化クラスリン重鎖１、コンデンシン複合体サブユニット１、３，２−ｔｒａｎｓ−エノイルＣｏＡイソメラーゼ、ＤＥＡＨボックスタンパク質９、未発達ホモログのリン酸化エンハンサ、リン酸化フィブリラリン、ＧＡＰＤＨ筋肉、ＧＡＰＤＨ肝臓、シナプス糖タンパク質ＳＣ２、リン酸化ヒストンＨ１．０、リン酸化ヒストンＨ１．２、リン酸化ヒストンＨ１．３、リン酸化ヒストンＨ１．４、リン酸化ヒストンＨ１．５、リン酸化ヒストンＨ１ｘ、リン酸化ヒストンＨ２ＡＦＸ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｏ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｑ、リン酸化ヒストンＨ２Ａ．ｚ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｊ、リン酸化ヒストンＨ２Ｂ．ｒ、リン酸化ヒストンＨ４、リン酸化ＨＭＧ−１７様３、リン酸化ＨＭＧ−１４、リン酸化ＨＭＧ−１７、リン酸化ＨＭＧＩ−Ｃ、リン酸化ＨＭＧ−Ｉ／ＨＭＧ−Ｙ、リン酸化甲状腺受容体相互作用タンパク質７（ＴＲＩＰ７）、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｈ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ１／Ｃ２、ｈｎＲＮＰ  Ｆ、リン酸化ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｅＩＦ−５Ａ、ＮＦＡＴ４５ｋＤａ、インポーチンベータ３、ｃＡＭＰ依存性ＰＫ１ａ、ラミンＢ１、ラミンＡ／Ｃ、リン酸���ラミニンアルファ３鎖、Ｌ乳酸デヒドロゲナーゼＢ鎖、ガレクチン１、リン酸化Ｆｅｚｌ、ヒアルロン酸結合タンパク質１、リン酸化微小管アクチン架橋因子１、メラノーマ関連抗原４、マトリン３、リン酸担体タンパク質、ミオシン１０、リン酸化Ｎアセチルノイラミン酸シチジリルトランスフェラーゼ、リン酸化ＮＨＰ２様タンパク質１、Ｈ／ＡＣＡリボ核タンパク質サブユニット１、核小体リン酸化タンパク質ｐ１３０、リン酸化ＲＮＡ結合タンパク質Ｎｏｖａ２、ヌクレオホスミン（ＮＰＭ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼ３９ｋＤａサブユニット、リン酸化ポリアデニル酸結合タンパク質２、プロヒビチン、プロヒビチン２、スプライシング因子Ｐｒｐ８、ポリピリミジントラクト結合タンパク質１、パラチモシン、Ｒａｂ−２Ａ、リン酸化ＲＮＡ−結合タンパク質Ｒａｌｙ、推定ＲＮＡ結合タンパク質３、リン酸化６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２３、ｈｎＲＮＰ  Ａ０、ｈｎＲＮＰ  Ａ２／Ｂ１、ｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂ、Ｕ２核内低分子リボ核タンパク質Ｂ、リン酸化リアノジン受容体３、リン酸化スプライシング因子３Ａサブユニット２、ｓｎＲＮＰコアタンパク質Ｄ３、ネスプリン１、チロシンキナーゼｔＲＮＡリガーゼ、リン酸化タンキラーゼ１−ＢＰ、チューブリンベータ−３、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、リン酸化ｂＺＩＰ増強因子ＢＥＦ（Ａｌｙ／ＲＥＦ、Ｔｈｏ４）、ユビキチン、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ５、ユビキノールシトクロムｃレダクターゼ、液胞タンパク質の選別１６、リン酸化亜鉛フィンガータンパク質６４、リン酸化ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、ＡＴＰシンターゼベータ鎖、ＡＴＰシンターゼデルタ鎖、リン酸化低温ショックドメインタンパク質Ｅ１、リン酸化プレクチン１、ネクチン２（ＣＤ１１２抗原）、ｐ１８５−Ｒｏｎ、ＳＨＣ１、ビメンチン、フィブロネクチン、フィブリリン１、フィブリリン２、コラーゲンアルファ２（ＩＶ）、コラーゲンアルファ２（Ｖ）、ＬＯＸＬ１、ニドゲン、Ｃ１１ｏｒｆ９、テネイシン、Ｎカドヘリン、胚性ＥＤＢ＋フィブロネクチン、チューブリンアルファ３、エピモルフィン、酸性ロイシンが豊富な核リン酸化タンパク質３２Ｂ、ＣＤ４４抗原、カルシウム結合アララー（Ａｒａｌａｒ）２、２，４−ジエノイル−ＣｏＡレダクターゼ、電子伝達フラビンタンパク質、脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）、ＲＮＡ結合タンパク質ＦＵＳ、Ｋグルタミナーゼ、ミトコンドリアクレアチンキナーゼ、リン酸化ロイパキシン、ミリストイル化アラニンが豊富なＣキナーゼ基質、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−２Ａ、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｂ−７、Ｒａｓ関連タンパク質Ｒａｐ−１ｂ、リン酸化Ｃ−ｒｅｔ、およびＳＴＡＴ３から選択する。本方法の一実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００７１】
本発明はまた、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法も提供し、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するために本明細書に記載の任意の方法を使用することにより患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効な反応を示す可能性のある者として患者を同定するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の治療有効量を該患者に投与するステップと、を含む。一実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、エルロチニブを含む。
【００７２】
本明細書に記載する方法において、該腫瘍細胞は、一般的に、癌、前癌状態、または異常細胞増殖の別の型であると診断される、および治療を必要とする、患者からのものであろう。該癌は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌、頭部または頚部癌、胃癌、乳癌、大腸癌、卵巣癌、または本明細書の下記に記載する様々な他の癌のいずれかであり得る。癌は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて潜在的に治療可能であると知られているものが望ましい。
【００７３】
本発明の方法において、バイオマーカー発現レベルは、発現レベルがＥＭＴを通して一定のままである対照分子と比較して、または分子バイオマーカー（例えば、ＧＡＰＤＨ、βアクチン、チューブリン等の「ハウスキーピング」遺伝子）によって指示されるように、上皮遷移状態または間葉遷移状態を発現する腫瘍細胞を比較する際、評価することができる。バイオマーカー発現レベルはまた、腫瘍細胞バイオマーカー（すなわち、間葉と比較した上皮）の他の型、あるいは同一組織の腫瘍以外の細胞、または別の細胞または分析参照として使用される組織源のバイオマーカーレベルと比較して、評価することができる。
【００７４】
本発明の方法において、腫瘍細胞により発現した上皮または間葉バイオマーカーのレベルは、さらに下記に詳細を記載するように、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、免疫沈降、免疫ブロット法、免疫蛍光顕微鏡検査法、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＲＴ−ＰＣＲ、原位置ハイブリダイゼーション、ｃＤＮＡマイクロアレイ等を含む、遺伝子の発現レベルを決定するために当業者に公知の標準的なバイオアッセイ手順のうちのいずれかを使用することにより評価することができる。
【００７５】
本発明の方法においては、腫瘍細胞の上皮または間葉バイオマーカーの発現レベルを、腫瘍生検を分析することにより評価するのが望ましい。しかしながら、代替的な実施形態において、腫瘍細胞バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍または腫瘍細胞から由来するバイオマーカーの検出可能なレベルを含む、体液または排出物において、評価することができる。本発明に有用な体液または排出物としては、血液、尿、唾液、大便、胸膜液、リンパ液、痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、または任意の他の分泌液もしくはその誘導体が挙げられる。血液に関しては、全血、血漿、血清、または血液のいずれかの誘導体を含むことを意味する。このような体液または排出物において、腫瘍上皮または間葉バイオマーカーの評価は、侵襲的サンプリング法が、不適切または不便な状況において、望ましい場合がある。
【００７６】
本発明の方法において、該腫瘍細胞は、肺癌腫瘍細胞（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌腫瘍細胞、乳癌腫瘍細胞、頭部および頸部癌腫瘍細胞、胃癌腫瘍細胞、大腸癌腫瘍細胞、卵巣癌腫瘍細胞、または本明細書の下記に記載するような様々な他の癌のいずれかからの腫瘍細胞であり得る。腫瘍細胞は、固体腫瘍からの全ての腫瘍細胞がそうであるように、ＥＧＦＲキナーゼを発現することで知られている、または期待される型であることが望ましい。該ＥＧＦＲキナーゼは、野生型または突然変異型であり得る。
【００７７】
本発明の方法において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、本明細書の下記に記載するような任意のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤であり得るが、薬理学的に許容される塩またはその多形体を含む、６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリン−４−イル］−（３−エチニルフェニル）アミン（エルロチニブ、ＯＳＩ−７７４、またはＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）（エルロチニブＨＣｌ）としても知られる）であることが望ましい。
【００７８】
以下の方法は、本発明の方法のさらなる特定の実施形態を示す。
【００７９】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法を提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の高い感受性と相関する。
【００８０】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法を提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の低い感受性と相関する。
【００８１】
本発明は、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法を提供し、該腫瘍の細胞が発現した上皮バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞上皮バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍と相関する。
【００８２】
本発明の方法において、該腫瘍は、肺癌腫瘍（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、膵臓癌腫瘍、乳癌腫瘍、頭部および頸部癌腫瘍、胃癌腫瘍、大腸癌腫瘍、卵巣癌腫瘍、または本明細書の下記に記載されるような様々な他の癌のいずれかからの腫瘍であり得る。該腫瘍は、全ての固体腫瘍がそうであるように、細胞が、ＥＧＦＲキナーゼを発現することで知られている、または期待される型であることが望ましい。該ＥＧＦＲキナーゼは、野生型または突然変異型であり得る。
【００８３】
本発明は、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法を提供し、該腫瘍の細胞が発現した間葉バイオマーカーのレベルを評価するステップと、腫瘍がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応するかどうかを予測するステップと、を含み、腫瘍細胞間葉バイオマーカーの高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対してあまり有効に反応しない腫瘍と相関する。
【００８４】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、有用な上皮バイオマーカーポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。
【００８５】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、上皮バイオマーカーポリペプチドによりコードされるポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。
【００８６】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、有用な間葉バイオマーカーポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００８７】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、バイオマーカーポリペプチドによりコードされた有用なポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００８８】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、有用な上皮バイオマーカーポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。
【００８９】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、上皮バイオマーカーポリペプチドによりコードされる有用なポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。
【００９０】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、有用な間葉バイオマーカーポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００９１】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルと比較するステップと、を含み、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、バイオマーカーポリペプチドによりコードされた有用なポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００９２】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドのレベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドのレベルと比較するステップと、を含み、間葉バイオマーカーポリペプチドに対する上皮バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、有用な上皮バイオマーカーポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。本方法に関しては、有用な間葉バイオマーカーポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００９３】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供し、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、ポリペプチドをコードする少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定するステップと、少なくとも１つの上皮バイオマーカーポリペプチドのレベルを少なくとも１つの間葉バイオマーカーポリペプチドのレベルと比較するステップと、を含み、間葉バイオマーカーポリペプチドに対する上皮バイオマーカーポリペプチドの高い割合は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測された感受性を示す。本方法に関しては、上皮バイオマーカーポリペプチドによりコードされる有用なポリペプチドの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋが挙げられる。本方法に関しては、間葉バイオマーカーポリペプチドによりコードされた有用なポリペプチドの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチンが挙げられる。
【００９４】
本発明は、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する癌に罹患しているかどうかを評価する方法を提供し、該方法には、患者試料の間葉バイオマーカーの発現のレベルと、対照非癌試料のバイオマーカーの発現の正常レベルを比較するステップを含み、正常なレベルを超える患者試料の間葉バイオマーカーの発現のレベルの著しい増加は、患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応することが少ない癌に罹患している兆候である。本方法に関しては、有用な間葉バイオマーカーの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチン、ならびにこれらのタンパク質をコードする核酸が挙げられる。
【００９５】
本発明は、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する癌に罹患しているかどうかを評価する方法を提供し、該方法には、患者試料の上皮バイオマーカーの発現のレベルと、対照非癌試料のバイオマーカーの発現の正常レベルを比較するステップを含み、正常なレベルを超える患者試料の上皮バイオマーカーの発現のレベルの著しい減少は、患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応することが少ない癌に罹患している兆候である。本方法に関しては、有用な上皮バイオマーカーの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋ、ならびにこれらのタンパク質をコードする核酸が挙げられる。
【００９６】
本発明は、癌患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する癌に罹患しているかどうかを評価する方法を提供し、該方法には、患者試料の上皮バイオマーカーの発現のレベルと、患者試料の間葉バイオマーカーの発現のレベルを比較するステップを含み、間葉バイオマーカーの発現のレベルに対する上皮バイオマーカーの発現のレベルの高い割合は、患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応する可能性がある癌に罹患している兆候である。本方法に関しては、有用な上皮バイオマーカーの例として、Ｅカドヘリン、γカテニン、ケラチン８、ケラチン１８、コネキシン３１、プラコフィリン３、ストラチフィン１、ラミニンアルファ５、ＳＴ１４、およびＢｒｋ、ならびにこれらのタンパク質をコードする核酸が挙げられる。本方法に関しては、有用な間葉バイオマーカーの例として、ビメンチンおよびフィブロネクチン、ならびにこれらのタンパク質をコードする核酸が挙げられる。
【００９７】
患者試料に関して任意の上記の方法において、このような試料の例は、腫瘍生検であり得る。
【００９８】
本発明は、ヒト対象において、腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に反応するかどうかを決定する方法を提供し、（ａ）ヒト核酸またはタンパク質を含有する体内物質の試料を収集するステップであって、該核酸またはタンパク質は、ヒト対象の細胞に由来する、ステップと、（ｂ）１つもしくは複数の上皮細胞バイオマーカータンパク質または１つもしくは複数の上皮細胞バイオマーカータンパク質に特異的なｍＲＮＡに対する発現のレベルを、該試料において、定量的または半定量的に決定するステップと、（ｃ）（ｂ）における発現レベルを、正常対照のバイオマーカー発現のレベル、または試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、を含み、対照レベルに対して１つもしくは複数の上皮細胞バイオマーカータンパク質または１つもしくは複数の上皮細胞バイオマーカータンパク質に特異的なｍＲＮＡの減少した発現は、ヒト対象においてＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応することが少ない腫瘍の存在を示す。
【００９９】
本発明は、ヒト対象において、腫瘍が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に反応するかどうかを決定する方法を提供し、（ａ）ヒト核酸またはタンパク質を含有する体内物質の試料を収集するステップであって、該核酸またはタンパク質は、ヒト対象の細胞に由来する、ステップと、（ｂ）１つもしくは複数の間葉細胞バイオマーカータンパク質または１つもしくは複数の間葉細胞バイオマーカータンパク質に特異的なｍＲＮＡに対する発現のレベルを、該試料において、定量的または半定量的に決定するステップと、（ｃ）（ｂ）における発現レベルを、正常対照のバイオマーカー発現のレベル、または試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、を含み、対照レベルに対して１つもしくは複数の間葉細胞バイオマーカータンパク質または１つもしくは複数の間葉細胞バイオマーカータンパク質に特異的なｍＲＮＡの増加した発現は、ヒト対象において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効に反応することが少ない腫瘍の存在を示す。
【０１００】
本発明は、腫瘍を有する患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表す可能性を決定する方法を提供し、該腫瘍の細胞の１つもしくは複数の上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、該レベルを非腫瘍対照の上皮バイオマーカー発現のレベル、または腫瘍試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、該腫瘍の細胞が、比較的高いレベルの１つもしくは複数の上皮バイオマーカーを含有するかどうかを決定するステップと、を含み、高いレベルは、腫瘍を有する患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表すことを示す。
【０１０１】
本発明は、腫瘍を有する患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表す可能性を決定する方法を提供し、該腫瘍の細胞の１つもしくは複数の間葉バイオマーカーのレベルを測定するステップと、該レベルを非腫瘍対照の間葉バイオマーカー発現のレベル、または腫瘍試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、該腫瘍の細胞が、比較的低いレベルの１つもしくは複数の間葉バイオマーカーを含有するかどうかを決定するステップと、を含み、低いレベルは、腫瘍を有する患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表すことを示す。
【０１０２】
本発明は、該患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表す可能性を、腫瘍を有する患者のために決定するための方法を提供し、該腫瘍の細胞の１つもしくは複数の上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、該レベルを非腫瘍対照の上皮バイオマーカー発現のレベル、または腫瘍試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、該腫瘍の細胞が、比較的高いレベルの１つもしくは複数の上皮バイオマーカーを含有するかどうかを決定するステップと、該腫瘍の細胞の１つもしくは複数の間葉バイオマーカーのレベルを決定するステップと、該レベルを非腫瘍対照の間葉バイオマーカー発現のレベル、または腫瘍試料の対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、該腫瘍の細胞が、比較的低いレベルの１つもしくは複数の間葉バイオマーカーを含有するかどうかを決定するステップと、を含み、高いレベルの１つもしくは複数の上皮バイオマーカーまたは低いレベルの１つもしくは複数の間葉バイオマーカーは、腫瘍を有する患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療の利益を享受する比較的長期生存を表すことを示す。
【０１０３】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して腫瘍性病態を有する患者に対する生存の予後診断を決定する方法を提供し、腫瘍細胞と関連する上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、上皮バイオマーカーの該レベルを非腫瘍性上皮バイオマーカー参照レベル、または腫瘍細胞と関連する対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞と関連する上皮バイオマーカーのレベルの減少は、該患者の生存の減少と相関する。
【０１０４】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に対して腫瘍性病態を有する患者に対する生存の予後診断を決定する方法を提供し、腫瘍細胞と関連する間葉バイオマーカーのレベルを測定するステップと、間葉バイオマーカーの該レベルを非腫瘍性間葉バイオマーカー参照レベル、または腫瘍細胞と関連する対照ポリペプチドもしくは核酸のレベルと比較するステップと、を含み、腫瘍細胞と関連する間葉バイオマーカーのレベルの増加は、該患者の生存の減少と相関する。
【０１０５】
腫瘍細胞上皮または間葉バイオマーカー発現の評価に関しては、腫瘍細胞、またはこれらの腫瘍細胞により産生されたタンパク質もしくは核酸を含む、患者試料を、本発明の方法に使用できる。これらの実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、例えば、患者から得られる腫瘍生検、または腫瘍から得られる物質を含有する他の患者試料（例えば、血液、血清、尿、または本明細書の上記に記載するような他の体液または排出物）等の腫瘍細胞試料において、マーカーの量（例えば、絶対量または濃度）を評価することにより評価することができる。細胞試料に、当然ながら、試料内のマーカーの量を評価する前に、様々な公知の収集後の調製および貯蔵技術（例えば、核酸および／またはタンパク質抽出、固化、貯蔵、冷凍、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離等）を施し得る。同様に、腫瘍生検に、例えば、固化等の収集後の調製および貯蔵技術を施す場合がある。
【０１０６】
本発明の方法において、バイオマーカータンパク質を発現する腫瘍細胞の表面に示される少なくとも１つの部分を有するバイオマーカータンパク質の発現を検出することができる。マーカータンパク質またはその一部が、細胞表面上に露出するかどうかを決定することは、熟練した技術者には簡単な事柄である。例えば、免疫学的方法を、全細胞上のこのようなタンパク質を検出するために使用し得る、または公知のコンピュータベースの配列分析法を、少なくとも１つの細胞外ドメインの存在（すなわち、分泌タンパク質と少なくとも１つの細胞表面ドメインを有するタンパク質の両方を含む）を予測するために使用できる。マーカータンパク質を発現する細胞の表面上に示される少なくとも１つの部分を有するマーカータンパク質は、腫瘍細胞（例えば、タンパク質の細胞表面ドメインで特異的に結合する標識抗体を使用）を必ずしも溶解することなく、検出できる。
【０１０７】
本発明に記載するバイオマーカーの発現は、転写された核酸またはタンパク質の発現を検出するための多種多様の公知の方法のうちのいずれかにより評価してもよい。このような方法の非限定の例としては、分泌タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞質タンパク質、または核タンパク質の検出のための免疫学的方法、タンパク質精製法、タンパク質機能または活性アッセイ、核酸ハイブリッド形成法、核酸逆転写法、および核酸増幅法が挙げられる。
【０１０８】
一実施形態において、バイオマーカーの発現は、抗体（例えば、放射性標識抗体、発色団標識抗体、フルオロフォア団標識抗体、または酵素標識抗体）、抗体誘導体（例えば、基質、またはタンパク質リガンド対のタンパク質もしくはリガンド（例えば、ビオチンストレプトアビジン）と共役した抗体）、またはバイオマーカータンパク質またはその断片と特異的に結合する抗体断片（例えば、単鎖抗体、単離抗体超可変ドメイン等）を使用して評価し、それには、腫瘍細胞内で通常受ける翻訳終了後の修飾（例えば、グリコシル化、リン酸化、メチル化等）の全て、または一部で行われているバイオマーカータンパク質を含む。
【０１０９】
別の実施形態において、バイオマーカーの発現は、患者試料中の細胞からｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（すなわち、転写されたポリヌクレオチド）を調製することにより、およびバイオマーカー核酸またはその断片の相補体である参照ポリヌクレオチドでｍＲＮＡ／ｃＤＮＡをハイブリダイズすることにより、評価する。任意に、ｃＤＮＡは、参照ポリヌクレオチドでハイビリダイズする前に、様々なポリメラーゼ連鎖反応法のうちのいずれかを使用して増幅できる。１つもしくは複数のバイオマーカーの発現は、同様に、バイオマーカーの発現のレベルを評価するために、定量ＰＣＲを使用して検出できる。あるいは、本発明のバイオマーカーの突然変異体または変異体（例えば、一塩基多型、検出等）を検出するための多くの公知の方法のうちのいずれかを使用して、患者における、バイオマーカーの発生を検出し得る。
【０１１０】
関連した実施形態においては、試料から得られる転写されたポリヌクレオチドの混合物を、バイオマーカー核酸の少なくとも一部（例えば、少なくとも７、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、５００、またはそれ以上のヌクレオチド残基）に相補的な、またはそれらと相同のポリヌクレオチドを固定した基質と接触させる。ポリヌクレオチド相補体または相同体が基質上で特異的に検出可能（例えば、異なる発色団またはフルオロフォア団を使用して、または異なる選択した位置に固定されて検出可能）である場合、複数のバイオマーカーの発現レベルは、単一基質（例えば、選択した位置で固定されたポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ）を使用して、同時に、評価することができる。別の核酸を用いた１つの核酸のハイブリダイゼーションを含む、バイオマーカー発現を評価する方法を、使用する際、ハイブリダイゼーションを、ストリンジェントなハイブリダイゼーションの条件下で、実施することが望ましい。
【０１１１】
本発明の複数のバイオマーカーを、本発明の方法に使用する際、患者試料内のそれぞれのバイオマーカーの発現レベルは、単一反応混合物（すなわち、それぞれのバイオマーカーに対して、異なる蛍光プローブ等の試薬を使用）、または１つもしくは複数のバイオマーカーに対応する個々の反応混合物のいずれかにおいて、同一型の非癌性試料内の複数のバイオマーカーのそれぞれの正常な発現レベルと比較することができる。
【０１１２】
正常（すなわち、非癌性）ヒト組織における、バイオマーカーの発現レベルは、様々な方法で評価できる。一実施形態において、この発現レベルは、非癌性であると思われる細胞の一部のバイオマーカーの発現レベルを評価した後、この正常な発現レベルを腫瘍細胞の一部の発現レベルと比較することにより評価する。あるいは、そして特に、さらなる情報が、本明細書に記載する方法の通常の動作の結果として利用可能になるため、本発明のバイオマーカーの正常な発現に対する集団平均値を使用してもよい。他の実施形態において、バイオマーカーの「正常な」発現レベルは、非癌性に侵された患者から得た患者試料、患者において、癌の発病の疑いのある前に患者から得た患者試料、アーカイブした患者試料等から、バイオマーカーの発現を評価することにより決定し得る。
【０１１３】
生体試料内のバイオマーカータンパク質または核酸の存在または不在を検出するための例示的な方法は、試験対象からの生体試料（例えば、腫瘍関連体液）を獲得するステップと、生体試料をポリペプチドまたは核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはｃＤＮＡ）を検出可能な化合物または薬剤と接触させるステップと、を含む。したがって、本発明の検出方法は、例えば、体外、ならびに生体内の生体試料内で、ｍＲＮＡ、タンパク質、ｃＤＮＡ、またはゲノムＤＮＡを検出するために使用することができる。例えば、ｍＲＮＡの検出のための生体外技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよび原位置ハイブリダイゼーションが挙げられる。バイオマーカータンパク質の検出のための生体外技術としては、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット、免疫沈降、および免疫蛍光が挙げられる。ゲノムＤＮＡの検出のための生体外技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。ｍＲＮＡの検出のための生体内技術としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ノーザンハイブリダイゼーションおよび原位置ハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、バイオマーカータンパク質の検出のための生体内技術としては、タンパク質またはその断片に対する標識抗体を患者に導入することが挙げられる。例えば、抗体は、患者における放射性マーカーの存在および位置を標準的な画像技術により検出できる放射性マーカーで標識することができる。
【０１１４】
このような診断および予後診断分析の一般原則は、適切な条件下で、バイオマーカーおよびプローブを相互作用および結合させるのに十分な時間、バイオマーカー、およびプローブを含有する可能性がある試料または反応混合物を調製することを含み、ひいては、反応混合物中で除去および／または検出され得る複合体を形成する。これらの分析は、様々な方法で実施できる。
【０１１５】
例えば、このような分析を行なう一方法は、基質とも称される固相支持体に、バイオマーカーまたはプローブをしっかりと固定するステップと、反応の終了時に、固相にしっかりと固定された標的バイオマーカー／プローブ複合体を検出するステップと、を含む。このような方法の一実施形態においては、バイオマーカーの存在および／または濃度に対して分析される、患者からの試料を、担体または固相支持体にしっかりと固定させることができる。別の実施形態において、プローブを固相にしっかりと固定し、患者からの試料を分析の非固定成分として反応させるという、逆の状況が可能である。
【０１１６】
固相への成分を固定分析するための確立した方法が多くある。これらには、ビオチンおよびストレプトアビジンの共役によって固定されるバイオマーカーまたはプローブ分子が挙げられるが、これらに限定されない。このようなビオチン化分析成分は、当業者に公知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＩＩ）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製し、ストレプトアビジンをコーティングした９６ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル中で固定化できる。ある実施形態において、固定化された分析成分を有する表面は、あらかじめ調製し、保存できる。
【０１１７】
このような分析のための他の好適な担体または固相支持体としては、バイオマーカーまたはプローブが属する種類の分子に結合可能な任意の物質が挙げられる。公知の支持体または担体は、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、デキストラン、アミラーゼ、天然および変性セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、およびマグネタイトが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１８】
上述のアプローチを用いた分析を行なうために、非固定化成分を、第２の成分がしっかりと固定される固相に加える。反応が完了した後、非複合成分は、形成されたいずれの複合体が固相に固定化したままであるような条件下で、（例えば、洗浄によって）除去してもよい。固相に固定化されたバイオマーカー／プローブ複合体の検出は、本明細書に概説したいくつかの方法で、達成できる。
【０１１９】
一実施形態において、プローブが非固定化分析成分である際、該プローブを、本明細書に論じる、および当業者に公知の検出可能な標識を用いて、直接または間接的に、分析の検出および読み出しのために標識できる。
【０１２０】
また、例えば、蛍光エネルギー移動（すなわち、ＦＥＴ、例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，６３１，１６９号、Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第４，８６８，１０３号を参照されたい）の技術を利用することにより、成分（バイオマーカーまたはプローブ）のさらなる操作または標識化することなく、バイオマーカー／プローブ複合体形成を直接検出することも可能である。第１のフルオロフォア団標識、「ドナー」分子は、適切な波長の入射光で励起すると、その放出された蛍光エネルギーは、同様に、吸収エネルギーのため、蛍光を発することができる第２の「受容体」分子上に蛍光標識によって吸収されるように選択する。あるいは、「ドナー」タンパク質分子は、トリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを単に利用してもよい。「受容体」分子標識が「ドナー」の波長とは分別できるように、異なる光の波長を発光する標識を選択する。標識間のエネルギー移動の効率が、分子を分離する距離に関連するため、分子間の空間的関係を評価することができる。結合が、分子間で起こる状況において、分析において、「受容体」分子の蛍光発光は、最大でなければならない。ＦＥＴ結合事象は、当業者に公知の標準的な蛍光検出手段を通して（例えば、蛍光光度計を使用して）、適宜に測定することができる。
【０１２１】
別の実施形態において、バイオマーカーを評価するためのプローブの能力の測定は、実時間生物分子相互作用解析（ＢＩＡ）等の技術を利用することによって、いずれかの成分（プローブまたはバイオマーカー）を標識化することなく、達成できる（例えば、Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ，Ｓ．ａｎｄ  Ｕｒｂａｎｉｃｚｋｙ，Ｃ．，１９９１，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８−２３４５およびＳｚａｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９−７０５を参照されたい）。本明細書で使用する「ＢＩＡ」または「表面プラモン共鳴」は、反応体（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）のいずれかを標識化することなく、実時間において、生体特異的相互作用を研究するための技術である。結合表面で質量の変化（結合事象を示す）は、表面付近の光の屈折率の変化（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学現象）をもたらし、生体分子間で、実時間反応の兆候として使用できる検出可能なシグナルをもたらす。
【０１２２】
あるいは、別の実施形態において、類似した診断および予後診断分析は、液相中の溶質としてバイオマーカーおよびプローブを用いて行うことができる。このような分析において、複合バイオマーカーおよびプローブは、分画遠心法、クロマトグラフィー、電気泳動法、および免疫沈降が挙げられるが、これらに限定されない、多くの標準的な技術のうちのいずれかによって、非複合成分から分離する。異なった分画遠心法においては、バイオマーカー／プローブ複合体を、それらの異なる大きさおよび濃度に基づいて、複合体の異なる沈降平衡のため、一連の遠心分離のステップを通して、非複合分析成分から分離し得る（例えば、Ｒｉｖａｓ，Ｇ．，ａｎｄ  Ｍｉｎｔｏｎ，Ａ．Ｐ．，１９９３，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ．１８（８）：２８４−７を参照されたい）。標準的なクロマトグラフ法はまた、非複合分子から複合分子を分離するために利用してもよい。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーは、大きさに基づいて、および列形式の適切なゲル濾過樹脂の利用を通して、分子を分離し、例えば、比較的大きい複合体は、比較的小さい非複合成分から分離し得る。同様に、非複合成分と比較する際、バイオマーカー／プローブ複合体の比較的異なる電荷特性は、例えば、イオン交換クロマトグラフィー樹脂の利用を通して、複合体と非複合成分を分別するために利用し得る。このような樹脂およびクロマトグラフ法は、当業者に公知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ，Ｎ．Ｈ．，１９９８，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．Ｗｉｎｔｅｒ  １１（１−６）：  １４１−８、Ｈａｇｅ，Ｄ．Ｓ．，ａｎｄ  Ｔｗｅｅｄ，Ｓ．Ａ．Ｊ．  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ  １９９７  Ｏｃｔ  １０；６９９（ｌ−２）：４９９−５２５を参照されたい）。ゲル電気泳動はまた、非結合成分から複合分析成分を分離するために利用し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７−１９９９を参照されたい）。この技術においては、タンパク質または核酸複合体を、例えば、大きさまたは電荷に基づいて分離する。電気泳動工程中、結合相互作用を維持するために、非変性ゲルマトリックス材料および還元剤のない状態が、一般に望ましい。特定の分析の適切な条件およびその成分は、当業者に公知であろう。
【０１２３】
特定の実施形態において、バイオマーカーｍＲＮＡのレベルは、当業者に公知の方法を使用して、生体試料において、原位置と体外形式の両方によって、測定することができる。「生体試料」という用語は、組織、細胞、生体液、およびその分離株を含むことを意図し、患者、ならびに患者内に存在する組織、細胞、液体から単離する。多くの発現検出方法は、単離されたＲＮＡを使用する。体外方法に関しては、ｍＲＮＡの単離に対して選択しないＲＮＡ単離技術は、腫瘍細胞からＲＮＡを精製するために利用することができる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７−１９９９を参照されたい）。さらに、多数の組織試料は、例えば、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉの単一ステップＲＮＡ単離過程等の当業者に公知の技術を使用して、容易に処理することができる（１９８９、米国特許第４，８４３，１５５号）。
【０１２４】
単離ｍＲＮＡは、サザンまたはノーザン解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析、およびプローブ分析が挙げられるが、これらに限定されない、ハイブリダイゼーションまたは増幅分析において使用することができる。ｍＲＮＡレベルの検出のための１つの望ましい診断方法は、検出される遺伝子によりコードされるｍＲＮＡにハイブリダイズすることができる核酸分子（プローブ）と単離ｍＲＮＡを接触させるステップを含む。該核酸プローブは、例えば、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００のヌクレオチドの長さのオリゴヌクレオチド等の全長ｃＤＮＡ、またはその一部であり、ストリンジェントな条件下で、本発明のバイオマーカーをコードするｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分であり得る。本発明の診断分析にて使用する他の好適なプローブは、本明細書に記載する。該プローブを用いたｍＲＮＡのハイブリダイゼーションは、問題になっているバイオマーカーが発現していることを示す。
【０１２５】
一形式において、ｍＲＮＡは、例えば、アガロースゲル上で単離ｍＲＮＡを溶解、およびゲルからニトロセルロース等の膜に、ｍＲＮＡを移動することにより、固体表面上に固定化し、プローブと接触させる。代替的な形式において、該プローブは、例えば、アフィメトリクス遺伝子チップアレイにおいて、固体表面上に固定化し、該ｍＲＮＡは、プローブと接触させる。熟練した技術者は、本発明のバイオマーカーによりコードされたｍＲＮＡのレベルを検出するために使用する公知のｍＲＮＡ検出方法を容易に適応することができる。
【０１２６】
試料におけるｍＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定するための代替的な方法は、核酸増幅過程、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ（Ｍｕｌｌｉｓ，１９８７、米国特許第４，６８３，２０２号に記述している実験的な実施形態）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ，１９９１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：１８９−１９３）、自立した配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅系（Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑベータレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，８５４，０３３号）、または任意の他の核酸増幅法、続いて、当業者に公知の技術を使用して、増幅分子の検出を含む。これらの検出スキームは、このような分子が非常に低い数字で存在する場合、核酸分子の検出に対して特に有用である。本明細書で使用する増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域（それぞれ、プラスとマイナスのストランド、またはその逆）にアニールし、中間に短い領域を含むことができる、核酸分子の一対として定義される。一般に、増幅プライマーは、約１０から３０の長さのヌクレオチドであり、約５０から２００の長さのヌクレオチドの領域の脇に配置する。適切な条件下および適切な試薬を用いて、このようなプライマーは、該プライマーの脇に配置されているヌクレオチド配列を含む核酸の増幅を可能にする。
【０１２７】
原位置法に関して、ｍＲＮＡは、検出前に腫瘍細胞から単離する必要なない。このような方法において、細胞または組織試料は、公知の組織学的方法を使用して、調製／処理する。該試料は、その後、支持体、一般に、スライドガラス上に固定化した後、バイオマーカーをコードするｍＲＮＡにハイブリダイズすることができるプローブに接触させる。
【０１２８】
該バイオマーカーの絶対発現レベルに基づいて、測定を行なう代替として、測定は、該バイオマーカーの正規化発現レベルに基づいて行うことができる。発現レベルは、例えば、構成的に発現するハウスキーピング遺伝子等のバイオマーカーでない遺伝子の発現とバイオマーカーの発現を比較することにより、バイオマーカーの絶対発現レベルを修正することにより正規化する。正規化に好適な遺伝子としては、アクチン遺伝子、または上皮細胞特異遺伝子等のハウスキーピング遺伝子が挙げられる。この正規化は、例えば、非腫瘍試料の別の試料に対する、例えば、患者試料の一試料、または異なる源からの試料間における発現レベルの比較を可能にする。
【０１２９】
あるいは、発現レベルは、相対的発現レベルとして提供することができる。バイオマーカー（例えば、間葉バイオマーカー）の相対的発現レベルを測定するために、バイオマーカーの発現レベルは、問題になっている試料に対する発現レベルの測定前に、正常対癌細胞単離株の１０以上の試料、望ましくは、５０以上の試料に対して測定する。多数の試料において分析されるそれぞれの遺伝子の平均発現レベルを測定し、これを、該バイオマーカーに対する基準の発現レベルとして使用する。該試験試料に対して測定した該バイオマーカーの発現レベル（絶対発現レベル）は、その後、そのバイオマーカーに対して得られた平均発現値で割る。これは、相対的発現レベルを提供する。
【０１３０】
本発明の別の実施形態において、バイオマーカータンパク質を検出する。本発明のバイオマーカータンパク質を検出するための望ましい薬剤は、このようなタンパク質またはその断片に結合することが可能な抗体であり、望ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、多クローン、またはさらに望ましくは、単クローンであり得る。無傷抗体、またはその断片もしくは誘導体（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）を使用できる。プローブまたは抗体に関して「標識化」という用語は、検出可能な物質をプローブまたは抗体に結合する（すなわち、物理学的に結合する）ことによって、プローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接標識化される別の試薬との反応性によって、プローブまたは抗体の間接標識を包含することを意図する。間接標識の例としては、それを蛍光標識されたストレプトアビシンで検出することができるように、蛍光標識された第２抗体およびビオチンを用いたＤＮＡプローブの末端標識を使用する一次抗体の検出が挙げられる。
【０１３１】
腫瘍細胞からのタンパク質は、当業者に公知の技術を使用して単離することができる。利用するタンパク質単離法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅに記載されるもの等であり得る（Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．）。
【０１３２】
様々な形式が、試料が所与の抗体に結合するタンパク質を含有するかどうかを測定するために利用することができる。このような形式の例としては、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、ウエスタンブロット分析、および酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。熟練した技術者は、腫瘍細胞が、本発明のバイオマーカーを発現するかどうかを測定するために使用する公知のタンパク質／抗体検出法を、容易に適応することができる。
【０１３３】
一つの形式において、抗体、または抗体断片、または誘導体は、発現タンパク質を検出するためにウエスタンブロットまたは免疫蛍光測定法等の方法において、使用することができる。このような使用において、固体支持体上で、抗体またはタンパク質を固定化することは、一般的に望ましい。好適な固相支持体または担体は、抗原または固体を結合可能な任意の支持体を含む。公知の支持体または担体としては、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および変性セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、およびマグネタイトが挙げられる。
【０１３４】
当業者は、抗体または抗原を結合するための多くの他の好適な担体を知っており、本発明とともに使用するためにこのような支持体を適応できるであろう。例えば、腫瘍細胞から単離したタンパク質を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動で泳動し、ニトロセルロース膜等の固相支持体上に固定化することができる。該支持体は、その後、好適な緩衝液で洗浄し、続いて、検出可能な標識抗体で処理することができる。該固相支持体は、その後、緩衝液で２回洗浄し、非結合抗体を除去することができる。該固体支持体上の結合標識量は、その後、従来の手段によって検出することができる。
【０１３５】
ＥＬＩＳＡ分析に関しては、特異結合対は、免疫または非免疫型であり得る。免疫特異結合対は、抗原抗体系、またはハプテン／抗ハプテン系によって例示する。フルオレセイン／抗フルオレセイン、ジニトロフェニル／抗ジニトロフェニル、ビオチン／抗ビオチン、ペプチド／抗ペプチド等について言及することができる。特異的結合対の抗体メンバーは、当業者によく知られる通常の方法により製造することができる。このような方法は、特異的結合対の抗原メンバーを用いて動物を免疫化するステップを含む。特異的結合対の抗体メンバーが、例えば、ハプテン等、免疫原性でない場合、それを免疫原性の状態にするために担体タンパク質に共有結合することができる。非免疫結合対としては、抗体ではないが、２つの成分が互いに天然親和性を共有する系が挙げられる。例示的な非免疫結合対は、ビオチン−ストレプトアビジン、内因子−ビタミンＢ１２、葉酸−葉酸結合タンパク質等である。
【０１３６】
様々な方法が、特異的結合対のメンバーを有する共有結合で標識された抗体に利用できる。諸方法は、特異的結合対のメンバーの特性、所望の結合型、および様々な共役化学に対する抗体の耐性に基づいて選択する。ビオチンは、市販の活性誘導体を利用することにより抗体に共有結合することができる。これらのいくつかは、タンパク質のアミン基に結合するビオチン−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド、カルボジイミド結合を介して炭水化物部分、アルデヒド、およびカルボキシル基に結合するビオチンヒドラジド、スルフヒドリル基に結合するビオチンマレイミドおよびヨードアセチルビオチンである。フルオレセインは、フルオレセインイソチオシアネートを使用して、タンパク質アミン基に結合することができる。ジニトロフェニル基は、２，４−ジニトロベンゼン硫酸塩、または２，４−ジニトロフルオロベンゼンを使用して、タンパク質のアミン基に結合することができる。共役の他の標準方法は、単クローン抗体を、ジアルデヒド、カルボジイミド結合、ホモ官能性架橋結合、およびヘテロ二官能性架橋結合を含む特異的結合対のメンバーに結合するために利用することができる。カルボジイミド結合は、ある物質上のカルボキシル基を別の物質上のアミン基に結合するための効果的な方法である。カルボジイミド結合は、市販の試薬の１−エチル−３−（ジメチル−アミノプロピル）−カルボジイミド（ＥＤＡＣ）を使用することにより促進させる。
【０１３７】
二官能性イミドエステルおよび二官能性Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルを含む、ホモ二官能性架橋剤は、市販されており、ある物質上のアミン基を別の物質上のアミン基に結合させるために利用する。ヘテロ二官能性架橋剤は、異なる官能基を有する試薬である。最も一般的な市販のヘテロ二官能性架橋剤は、１つの官能基として、アミン反応性Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、および第２の官能基として、スルフヒドリル反応基を有する。最も一般的なスルフヒドリル反応基は、マレイミド、ピリジルジスルフィド、および活性ハロゲンである。照射により様々な基と反応する、官能基の１つは、光活性アリールナイトレンであり得る。
【０１３８】
特異的結合対の検出可能な標識抗体または検出可能なメンバーは、放射性同位体、酵素、蛍光性、化学発光、または電気化学的物質であり得る、レポーターにそれらを結合させることにより調製する。２つの一般に使用される放射性同位体は１２５Ｉおよび３Ｈである。標準的な放射性同位体標識法としては、クロラミンＴ法、ラクトペルオキシダーゼ法、および１２５Ｉに対してボルトンハンター法、および３Ｈに対して還元的メチル化が挙げられる。「検出可能な標識」という用語は、標識の固有の酵素活性または別の成分の標識に結合することにより容易に検出することができるような方法において標識化された分子を指し、それ自体容易に検出することができる。
【０１３９】
本発明にて使用するのに好適な酵素は、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、ホタルルシフェラーゼおよびレニラルシフェラーゼを含むルシフェラーゼ、β−ラクタマーゼ、ウレアーゼ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、およびリゾチームが挙げられるが、これらに限定されない。酵素標識は、特異的結合対のメンバーと抗体を結合するために上記に記載するように、ジアルデヒド、カルボジイミド結合、ホモ二官能性架橋剤およびヘテロ二官能性架橋剤を使用することにより促進させる。
【０１４０】
選択する標識法は、酵素で利用できる官能基、および標識化する物質、共役条件への両方の耐性により異なる。本発明に使用する標識法は、Ｅｎｇｖａｌｌ  ａｎｄ  Ｐｅａｒｌｍａｎｎ，Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ８，８７１（１９７１），Ａｖｒａｍｅａｓ  ａｎｄ  Ｔｅｒｎｙｎｃｋ，Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ８，１１７５（１９７５）、Ｉｓｈｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ  ４（３）：２０９−３２７（１９８３）、およびＪａｂｌｏｎｓｋｉ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１４８：１９９（１９８５）に記載されるものを含む、現在利用される任意の従来の方法に限定されないが、それらのうちの１つであり得る。
【０１４１】
標識化は、スペーサーまたは特異的結合対の他のメンバーを使用する等の間接法により達成することができる。この一例は、ストレプトアビジンおよびビオチン化酵素を連続して、または同時に加える、非標識化ストレプトアビジンおよびビオチン化酵素を用いた、ビオチン化抗体の検出である。したがって、本発明によると、検出するのに使用する抗体は、レポーターとともに直接的に、または特異的結合対の第１のメンバーとともに間接的に、検出可能に標識化することができる。該抗体を、特異的結合対の第１のメンバーに結合させる際、検出は、上述のように、特異的結合複合体の抗体−第１のメンバーを、標識または非標識化される結合対の第２のメンバーと反応させることにより達成する。
【０１４２】
さらに、該非標識検出抗体は、該非標識抗体を、該非標識抗体に対して特異的な標識抗体と反応させることにより検出することができる。本例において、上記に使用するように「検出可能に標識」とは、非標識抗体に対して特異的な抗体が結合することができるエピトープを含むことを意味すると考えられる。このような抗抗体は、上記に論じるような任意のアプローチを使用して、直接または間接的に標識化することができる。例えば、抗抗体は、上記に論じるようなストレプトアビジン−西洋わさびペルオキシダーゼ系と反応することにより検出されるビオチンに結合することができる。
【０１４３】
本発明の一実施形態において、ビオチンを利用する。ビオチン化抗体は、同様に、ストレプトアビジン西洋わさびペルオキシダーゼ複合体と反応させる。オルトフェニレンジアミン、４−クロロ−ナフトール、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）、ＡＢＴＳ、ＢＴＳ、またはＡＳＡを使用し、発色検出をもたらすことができる。
【０１４４】
本発明を実践するための一免疫学的検定形式において、捕獲試薬が固定化されている、フォワードサンドウイッチ分析は、従来の技術を使用して、支持体の表面上で使用する。分析に使用される好適な支持体としては、ポリプロピレン、ポリスチレン、例えば、アミノ化またはカルボキシル化ポリスチレン、ポリアクリルアミド、ポリアミド、ポリ塩化ビニル、ガラスビーズ、アガロース、またはニトロセルロース等の置換ポリスチレン等の合成高分子支持体が挙げられる。
【０１４５】
本発明はまた、生体試料における、バイオマーカータンパク質、または核酸の存在を検出するためのキットを包含する。このようなキットは、患者が、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対して感受性が低い腫瘍に苦しんでいる、またはその腫瘍に発達するリスクが増大するかどうかを決定するために使用することができる。例えば、該キットは、生体試料中のバイオマーカータンパク質または核酸を検出可能な標識化合物または薬剤、および試料中のタンパク質またはｍＲＮＡ（例えば、タンパク質もしくはその断片を結合する抗体、またはタンパク質をコードするＤＮＡもしくはｍＲＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）の量を測定するための手段を含むことができる。キットはまた、キットを使用して得られた結果を解釈するための取扱説明書も含むことができる。
【０１４６】
抗体に基づくキットに関しては、該キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質に結合する（例えば、固体支持体に結合される）第１の抗体、（２）タンパク質または第１の抗体に結合する、および検出可能な標識に共役される、第２の異なる抗体を含むことができる。
【０１４７】
オリゴヌクレオチドに基づくキットに関しては、該キットは、例えば、（１）例えば、バイオマーカータンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズする、検出可能な標識オリゴヌクレオチド等のオリゴヌクレオチド、または（２）バイオマーカー核酸分子を増幅するために有用な１対のプライマーを含むことができる。該キットはまた、例えば、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定剤を含むこともできる。該キットは、検出可能な標識（例えば、酵素または基質）を検出するために必要な成分をさらに含むことができる。該キットはまた、分析し、試験試料と比較することができる、対照試料または一連の対照試料を含むこともできる。該キットのそれぞれの成分は、個々の容器内に同封することができ、全ての様々な容器は、該キットを使用して実施した分析の結果を解釈するための取扱説明書とともに、個別の包装内であり得る。
【０１４８】
本発明は、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供し、例えば、腫瘍細胞上皮および／または間葉バイオマーカーの発現レベルを測定する、および治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を該患者に投与するために本明細書に記載する方法のうちのいずれかにより、腫瘍細胞が、上皮間葉転換を行ったかどうかを評価することにより、患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断するステップと、を含む。本方法に関しては、望ましいＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の一例は、薬理学的に許容される塩またはその多形体を含む、エルロチニブであろう。本方法では、個々の患者にふさわしい任意の追加の状況と組み合わせて、患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性の予測を考慮し、投与を行なう医師が適切であると判断すると、１つもしくは複数の追加の抗癌剤または治療を、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤とともに、同時に、または続けて、併用投与できる。
【０１４９】
医術に精通する者は、患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断した後、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を該患者に投与するための厳密な方法は、担当医の判断しだいであることを理解するであろう。用量、他の抗癌剤との併用、投与のタイミングおよび頻度等の投与形態は、患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性の診断、ならびに患者の病状および病歴により影響され得る。したがって、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対して感受性が比較的無いことが予測される腫瘍と診断された患者でさえ、このような阻害剤による治療、特に、他の抗癌剤、またはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対して腫瘍の感受性が変化し得る試薬との併用において、有効である可能性がある。
【０１５０】
本発明は、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供し、例えば、腫瘍細胞上皮および／または間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するために本明細書に記載される方法のうちのいずれかにより、腫瘍細胞が上皮間葉転換を行っているかどうか評価することにより患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効な反応を示す可能性のある者として患者を同定するステップと、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を該患者に投与するステップと、を含む。
【０１５１】
本発明は、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための方法をさらに提供し、例えば、腫瘍細胞上皮および／または間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するために本明細書に記載する方法のうちのいずれかにより、腫瘍細胞が上皮間葉転換を行ったかどうかを評価することにより患者のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する考えられる反応性を診断するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた治療に有効な反応を示しにくい、または示しそうにない者として患者を同定するステップと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤以外の抗癌治療で該患者を治療するステップと、を含む。
【０１５２】
本発明はまた、発現レベルが、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する、上皮バイオマーカーを同定する方法をさらに提供し、（ａ）ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性の範囲を示す、腫瘍細胞のパネルにおいて、候補上皮バイオマーカーの発現レベルを測定するステップと、（ｂ）腫瘍細胞の該候補上皮バイオマーカーの発現レベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の間の相関を同定するステップと、を含み、高いレベルの上皮バイオマーカーの、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い感受性との相関は、該上皮バイオマーカーの発現レベルがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを示す。本方法の一実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、腫瘍細胞株のパネルである。代替的な実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、患者または実験動物モデルから得られる腫瘍試料から調製される、原発腫瘍細胞のパネルである。追加の実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、マウス異種移植における腫瘍細胞株のパネルであり、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー、または、例えば、腫瘍の大きさもしくは重量等の腫瘍増殖の肉眼的測定を観察することにより測定できる。
【０１５３】
本発明はまた、発現レベルが、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する、間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供し、（ａ）ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性の範囲を示す、腫瘍細胞のパネルにおいて、候補間葉バイオマーカーの発現レベルを測定するステップと、（ｂ）腫瘍細胞の該候補間葉バイオマーカーの発現レベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の間の相関を同定するステップと、を含み、高いレベルの間葉バイオマーカーの、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の低い感受性との相関は、該間葉バイオマーカーの発現レベルがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の欠如を予測することを示す。本方法の一実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、腫瘍細胞株のパネルである。代替的な実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、患者または実験動物モデルから得られる腫瘍試料から調製される、原発腫瘍細胞のパネルである。追加の実施形態において、腫瘍細胞のパネルは、マウス異種移植における腫瘍細胞株のパネルであり、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー、または、例えば、腫瘍の大きさもしくは重量等の腫瘍増殖の肉眼的測定を観察することにより測定できる。
【０１５４】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のさらに有効な治療のための診断である上皮バイオマーカーを同定する方法をさらに提供し、（ａ）腫瘍性病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料の候補上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、（ｂ）患者からの試料の該候補上皮バイオマーカーのレベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態の治療の有効性との間の相関を同定するステップと、を含み、高いレベルの上皮バイオマーカーの、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のさらに有効な治療との相関は、該上皮バイオマーカーがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のさらに有効な治療のための診断であることを示す。
【０１５５】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療のための診断である間葉バイオマーカーを同定する方法をさらに提供し、（ａ）腫瘍性病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料の候補間葉バイオマーカーのレベルを測定するステップと、（ｂ）患者からの試料の該候補間葉バイオマーカーのレベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態の治療の有効性との間の相関を同定するステップと、を含み、高いレベルの間葉バイオマーカーの、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療との相関は、該間葉バイオマーカーがＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いた腫瘍性病態のあまり有効でない治療のための診断であることを示す。
【０１５６】
前述の方法における治療効果は、例えば、腫瘍性病態を有する患者に存在する腫瘍の大きさの減少を測定する、または腫瘍細胞の増殖の程度の分子決定因子を分析することにより決定できる。
【０１５７】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療する際、腫瘍性病態を有する患者の生存期間の増加のための診断である上皮バイオマーカーを同定する方法を提供し、（ａ）腫瘍性病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料の候補上皮バイオマーカーのレベルを測定するステップと、（ｂ）患者からの試料の該候補上皮バイオマーカーのレベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療した際、その患者の生存期間との間の相関を同定するステップと、を含み、上皮バイオマーカーの、該患者における生存期間との相関は、該上皮バイオマーカーが、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療した際、該腫瘍性病態を有する患者の生存期間の増加のための診断であることを示す。
【０１５８】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療する際、腫瘍性病態を有する患者の生存の減少のための診断である間葉バイオマーカーを同定する方法を提供し、（ａ）腫瘍性病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料の候補間葉バイオマーカーのレベルを測定するステップと、（ｂ）患者からの試料の該候補間葉バイオマーカーのレベルと、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療した際、その患者の生存期間との間の逆相関を同定するステップと、を含み、間葉バイオマーカーの、該患者における生存期間との逆相関は、該間葉バイオマーカーが、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いて治療した際、該腫瘍性病態を有する患者の生存期間の減少のための診断であることを示す。
【０１５９】
本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の増殖の感受性を高める薬剤を同定するための方法を提供し、該腫瘍細胞は、上皮間葉転換をあらかじめ行なうものとして特徴付けられ、該腫瘍細胞の試料をＥＧＦＲキナーゼ阻害剤と接触させるステップと、検査剤の存在下で該腫瘍細胞の同一試料をＥＧＦＲキナーゼ阻害剤と接触させるステップと、検査剤の存在および不在下でＥＧＦＲキナーゼ阻害剤媒介増殖阻害を比較するステップと、検査剤がＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を高める薬剤であるかどうか決定するステップと、を含む。本方法に関しては、望ましいＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の一例は、薬理学的に許容される塩またはその多形体を含む、エルロチニブであろう。本方法の一実施形態において、腫瘍細胞の試料は、腫瘍細胞株または原発腫瘍細胞培養等の体外の細胞であり得る。代替的な実施形態において、腫瘍細胞の試料は、マウス異種移植における腫瘍細胞等の生体内の細胞であり得る。後の実施形態において、腫瘍細胞増殖は、例えば、増殖の分子マーカー、または、例えば、腫瘍の大きさもしくは重量等の腫瘍増殖の肉眼的測定を観察することにより測定できる。
【０１６０】
前述の方法において試験することができる好適な検査剤としては、組み合わせライブラリー、規定の化学物質、ペプチドおよびペプチド模倣薬、提示（例えば、ファージ提示ライブラリー）および抗体産物等のオリゴヌクレオチドおよび天然物ライブラリーが挙げられる。検査剤は、例えば、一反応あたり１０の物質であって、個々に試験された阻害または活性化を示すこれらのバッチの物質の一次評価に使用できる。検査剤は、１ｎＭから１０００μＭ、望ましくは、１μＭから１００μＭ、さらに望ましくは１μＭから１０μＭの濃度で使用できる。
【０１６１】
前述の方法により同定されているＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の増殖の感受性を高める薬剤は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対しあまり反応しないことが予測される癌（肺癌、膵臓癌、または本明細書に記載される他の癌型のうちのいずれかを含む）に罹患する患者の治療に使用することができ、本発明の追加の実施形態である。したがって、本発明は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に関して本明細書に記載するものを含む、当業者に公知のあらゆる方法により製剤化および投与できる、薬剤等を含む、物体の組成物をさらに提供する。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対して腫瘍細胞の増殖の感受性を高める、このような薬剤は、例えば、間葉上皮転換（ＭＥＴ）を誘発する、またはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性の低下に関与する特異的な細胞活性を阻害する、あるいはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性を高める特異的な細胞活性を誘発する、薬剤であってもよい。好適な薬剤の例としては、ＥＭＴ誘発剤の拮抗薬、ＴＧＦベータ拮抗薬、またはＴＧＦベータ受容体拮抗薬（例えば、抗ＴＧＦベータおよび抗ＴＧＦベータ受容体抗体、４−（４−フルオロフェニル）−２−（４−メチルスルフィニルフェニル）−５−（４−ピリジル）−１Ｈ−イミダゾール（ＳＢ２０３５８０）、４−［４−（３，４−メチレンジオキシフェニル）−５−（２−ピリジル）−１Ｈ−イミダゾール−２−イル］−ベンズアミド（ＳＢ４３１５４２）、およびこのような化合物の類似またはさらなる活性アナログまたはホモログ）、ＦＡＫ、ＩＬＫ、ＳＲＣ、ＦＹＮ、もしくはＹＥＳタンパク質チロシンキナーゼキナーゼの阻害剤、ならびにカルパイン阻害剤が挙げられる。
【０１６２】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、ＥＭＴ誘発剤の１つもしくは複数の拮抗薬を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療する方法をさらに提供する。望ましい実施形態において、該腫瘍は、まず、１つもしくは複数の上皮バイオマーカーの存在により上皮表現型を有するために決定する。特定の実施形態において、該ＥＭＴ誘発剤は、抗ＴＧＦベータ抗体、抗ＴＧＦベータ受容体抗体、４−（４−フルオロフェニル）−２−（４−メチルスルフィニルフェニル）−５−（４−ピリジル）−１Ｈ−イミダゾール（ＳＢ２０３５８０）、または４−［４−（３，４−メチレンジオキシフェニル）−５−（２−ピリジル）−１Ｈ−イミダゾール−２−イル］−ベンズアミド（ＳＢ４３１５４２）である。特定の実施形態において、該ＥＧＦＲ拮抗薬は、エルロチニブである。
【０１６３】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の他の細胞毒性薬、化学療法薬、または抗癌剤、もしくはこのような薬剤の効果を向上する化合物を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１６４】
本発明の文脈において、追加の他の細胞毒性薬、化学療法薬、または抗癌剤、あるいはこのような薬剤の効果を向上する化合物としては、例えば、アルキル化する薬剤、またはシクロホスファミド（ＣＴＸ、例えば、ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））、クロラムブシル（ＣＨＬ、例えば、ＬＥＵＫＥＲＡＮ（登録商標））、シスプラチン（ＣｉｓＰ、例えば、ＰＬＡＴＩＮＯＬ（登録商標））、ブルスファン（例えば、ＭＹＬＥＲＡＮ（登録商標））、メルファラン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ストレプトゾトシン、トリエチレンメラミン（ＴＥＭ）、マイトマイシンＣ等のアルキル化活性を有する薬剤、メトトレキサート（ＭＴＸ）、エトポシド（ＶＰ１６、例えば、ＶＥＰＥＳＩＤ（登録商標））、６−メルカプトプリン（６ＭＰ）、６−チオクグアニン（６ＴＧ）、シタラビン（Ａｒａ−Ｃ）、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、カペシタビン（例えば、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）等の代謝拮抗薬、アクチノマイシンＤ、ドキソルビシン（ＤＸＲ、例えば、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標））、ダウノルビシン（ダウノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン等の抗生物質、およびビンカアルカロイド（例えば、ビンクリスチン（ＶＣＲ）、ビンブラスチン等）等のアルカロイド、およびパクリタキセル（例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標））ならびにパクリタキセル誘導体等の他の抗癌剤、細胞増殖抑制剤、デキサメタゾン（ＤＥＸ、例えば、ＤＥＣＡＤＲＯＮ（登録商標））等のグルココルチコイド、プレドニゾン等のコルチコステロイド、ヒドロキシウレア等のヌクレオシド酵素阻害剤、アスパラギナーゼ等のアミノ酸枯渇酵素、ロイコボリンおよび他の葉酸誘導体、および同様の様々な抗癌剤が挙げられる。以下の薬剤もまた、追加薬剤として使用することができる。アミフォスチン（例えば、ＥＴＨＹＯＬ（登録商標））、ダクチノマイシン、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、ストレプトゾシン、シクロホスファミド、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、ドキソルビシンリポ（例えば、ＤＯＸＩＬ（登録商標））、ゲムシタビン（例えば、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）），ダウノルビシンリポ（例えば、ＤＡＵＮＯＸＯＭＥ（登録商標））、プロカルバジン、マイトマイシン、ドセタキセル（例えば、ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））、アルデスロイキン、カルボプラチン、オキサリプラチン、クラドリビン、カンプトテシン、ＣＰＴ  １１（イリノテカン）、１０−ヒドロキシ７−エチル−カンプトセシン（ＳＮ３８）、フロクスウリジン、フルダラビン、イホスファミド、イダルビシン、メスナ、インターフェロンベータ、インターフェロンアルファ、ミトキサントロン、トポテカン、リュープロリド、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、プリカマイシン、ミトタン、ペガスパルガーゼ、ペントスタチン、ピポブロマン、プリカマイシン、タモキシフェン、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、ウラシルマスタード、ビノレルビン、クロラムブシル。
【０１６５】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の抗ホルモン剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。本明細書で使用する「抗ホルモン剤」という用語は、腫瘍におけるホルモン活性を調節もしくは阻害する役割をする、天然、または合成有機、あるいはペプチド化合物を含む。
【０１６６】
抗ホルモン剤としては、例えば、ステロイド受容体拮抗薬、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、他のアロマターゼ阻害剤、４２−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、およびトレミフェン（例えば、ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））等の抗エストロゲン、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリン等の抗アンドロゲン、ならびに上記いずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、およびＬＨＲＨ（黄体形成ホルモン放出ホルモン）等の糖タンパク質ホルモンの作用薬および／または拮抗薬、ＬＨＲＨ作用薬であり、ＺＯＬＡＤＥＸ（登録商標）として販売されている酢酸ゴセレリン、ＬＨＲＨ拮抗薬であるＤ−アラニンアミドＮ−アセチル−３−（２−ナフタレニル）−Ｄ−アラニル−４−クロロ−Ｄ−フェニルアラニル−３−（３−ピリジニル）−Ｄ−アラニル−Ｌ−セリル−Ｎ６−（３−ピリジニルカルボニル）−Ｌ−リシル−Ｎ６−（３−ピリジニルカルボニル）−Ｄ−リシル−Ｌ−ロイシル−Ｎ６−（１−メチルエチル）−Ｌ−リシル−Ｌ−プロリン（例えば、ＡＮＴＩＤＥ（登録商標）、Ａｒｅｓ−Ｓｅｒｏｎｏ社製）、ＬＨＲＨ拮抗薬である酢酸ガニレリクス、ＭＥＧＡＣＥ（登録商標）（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ社製）として販売されているステロイド系抗アンドロゲンである酢酸シプロテロン（ＣＰＡ）と酢酸メゲストロール、ＥＵＬＥＸＩＮ（登録商標）（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  Ｃｏｒｐ．社製）として販売されている非ステロイド系抗アンドロゲンフルタミド（２−メチル−Ｎ−［４，２０−ニトロ−３−（トリフルオロメチル）］フェニルプロパンアミド）、非ステロイド系抗アンドロゲンニルタミド（５，５−ジメチル−３−［４−ニトロ−３−（トリフルオロメチル−４’−ニトロフェニル）−４，４−ジメチル−イミダゾリジン−ジオン］、ならびにＲＡＲ、ＲＸＲ、ＴＲ、ＶＤＲ等に対する拮抗薬等の他の許容できない受容体の拮抗薬を含む。
【０１６７】
化学療法レジメンにおいて上記に記載の細胞毒性薬および他の抗癌剤の使用は、一般的に、癌治療技術において、はっきりと特徴付けられ、いくつかの調整を含む本明細書におけるそれらの使用は、耐性および効果の監視、ならびに投与経路および投薬量の制御するための同一の注意事項に分類される。例えば、細胞毒性薬の実際の投薬量は、組織片培養法を用いて決定される患者の培養細胞の反応により変わる可能性がある。一般的に、該投薬量は、追加の他の薬剤なしで使用する場合の量と比較し、少なくなるであろう。
【０１６８】
有効な細胞毒性薬の一般的な投与量は、製造会社により推奨される範囲、および生体外反応または動物モデルにおける反応により示される範囲内となり、約１０分の１の濃度または量まで低減することが可能である。したがって、実際の投薬量は、医師の判断、患者の病状、および一次培養された悪性細胞または組織片培養された組織試料の生体外での反応、あるいは適切な動物モデルにおいて認められる反応に基づく治療法の効果によって異なることになろう。
【０１６９】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の血管新生阻害剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１７０】
抗血管形成剤としては、例えば、ＳＵ−５４１６およびＳＵ−６６６８（Ｓｕｇｅｎ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）等のＶＥＧＦＲ阻害剤、または本明細書に記載の、例えば、国際出願第ＷＯ９９／２４４４０号、第ＷＯ９９／６２８９０号、第ＷＯ９５／２１６１３号、第ＷＯ９９／６１４２２号、第ＷＯ９８／５０３５６号、第ＷＯ９９／１０３４９号、第ＷＯ９７／３２８５６号、第ＷＯ９７／２２５９６号、第ＷＯ９８／５４０９３号、第ＷＯ９８／０２４３８号、第ＷＯ９９／１６７５５号、および第ＷＯ９８／０２４３７号、ならびに米国特許第５，８８３，１１３号、第５，８８６，０２０号、第５，７９２，７８３号、第５，８３４，５０４号、および第６，２３５，７６４号、ＩＭ８６２（Ｃｙｔｒａｎ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｋｉｒｋｌａｎｄ，Ｗａｓｈ．，ＵＳＡ）等のＶＥＧＦ阻害剤、血管新生阻害剤、リボザイム（Ｂｏｕｌｄｅｒ，Ｃｏｌｏ．）およびカイロン（Ｃｈｉｒｏｎ）（Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，Ｃａｌｉｆ．）製の合成リボザイム、ならびにベバシズマブ（例えば、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標），Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）等のＶＥＧＦに対する抗体、ＶＥＧＦに対する組み換えヒト化抗体、αｖβ３、αｖβ５、およびαｖβ６インテグリン、ならびにその特殊型に対する、例えば、シレンギチド（ＥＭＤ１２１９７４）等のインテグリン受容体拮抗薬およびインテグリン拮抗薬、または、例えば、αｖβ３特定ヒト化抗体（例えば、ＶＩＴＡＸＩＮ（登録商標））等の抗インテグリン抗体、ＩＦＮ−アルファ（米国特許第４１５３０，９０１号、第４，５０３，０３５号、および第５，２３１，１７６号）等の要素、血管新生阻害剤およびプラスミノーゲン断片（例えば、クリングル１−４、クリングル５、クリングル１−３（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ｃｅｌｌ  ７９：３１５−３２８、Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２９４６１−２９４６７、Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：２２９２４−２２９２８）、エンドスタチン（Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃｅｌｌ８８：２７７、および国際特許公開第ＷＯ９７／１５６６６号）、トロンボスポンジン（ＴＳＰ−１；Ｆｒａｚｉｅｒ，（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．３：７９２）、血小板因子４（ＰＦ４）、プラスミノーゲン活性化因子／ウロキナーゼ阻害剤、ウロキナーゼ受容体拮抗薬、へパリナーゼ、ＴＮＰ−４７０１等のフマギリン類似物、スラミンおよびスラミン類似物、新脈管形成抑制ステロイド、ｂＦＧＦ拮抗薬、ｆｌｋ−１およびｆｌｔ−１拮抗薬、ＭＭＰ−２（マトリックスメタロプロテイナーゼ２）阻害剤およびＭＭＰ−９（マトリックスメタロプロテイナーゼ９）阻害剤等の抗血管形成剤が挙げられる。マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤の有用な例は、国際特許公開第ＷＯ９６／３３１７２号、第ＷＯ９６／２７５８３号、第ＷＯ９８／０７６９７号、第ＷＯ９８／０３５１６号、第ＷＯ９８／３４９１８号、第ＷＯ９８／３４９１５号、第ＷＯ９８／３３７６８号、第ＷＯ９８／３０５６６号、第ＷＯ９０／０５７１９号、第ＷＯ９９／５２９１０号、第ＷＯ９９／５２８８９号、第ＷＯ９９／２９６６７号、および第ＷＯ９９／０７６７５号、欧州特許公開第８１８，４４２号、第７８０，３８６号、第１，００４，５７８号、第６０６，０４６号、および第９３１，７８８号、英国特許公開第９９１２９６１号、および米国特許第５，８６３，９４９号および第５，８６１，５１０号に記載されている。望ましいＭＭＰ−２およびＭＭＰ−９阻害剤は、ＭＭＰ−Ｉを阻害する活性をわずかに有する、または有しないものである。より望ましくは、他のマトリックスメタロプロテイナーゼ（すなわちＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−４、ＭＭＰ−５、ＭＭＰ−６、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ−１０、ＭＭＰ−１１、ＭＭＰ−１２、およびＭＭＰ−１３）と比べてＭＭＰ−２および／またはＭＭＰ−９を選択的に阻害するものである。
【０１７１】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の腫瘍細胞アポトーシス促進剤またはアポトーシス刺激剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１７２】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数のシグナル伝達阻害剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１７３】
シグナル伝達阻害剤としては、例えば、有機分子等のｅｒｂＢ２受容体阻害剤、または、例えば、トラスツズマブ（例えば、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））等のｅｒｂＢ２受容体と結合する抗体、例えば、イマチニブ（例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））等の他のタンパク質チロシンキナーゼの阻害剤、ｒａｓ阻害剤、ｒａｆ阻害剤（例えば、ＢＡＹ４３−９００６，Ｏｎｙｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｂａｙｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＭＥＫ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、サイクリン依存キナーゼ阻害剤、タンパク質キナーゼＣ阻害剤、およびＰＤＫ−１阻害剤（このような阻害剤のいくつかの実施例、および癌治療のための臨床試験におけるそれらの使用の詳細に関しては、Ｄａｎｃｅｙ，Ｊ．ａｎｄ  Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２：９２−３１３を参照されたい）が挙げられる。
【０１７４】
ＥｒｂＢ２受容体阻害剤としては、例えば、ＧＷ−２８２９７４（Ｇｌａｘｏ  Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  ｐｉｃ）等のＥｒｂＢ２受容体阻害剤、ＡＲ−２０９（Ａｒｏｎｅｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｗｏｏｄｌａｎｄｓ，Ｔｅｘ．，ＵＳＡ）および２Ｂ−１（カイロン（Ｃｈｉｒｏｎ））等の単クローン抗体、および国際公開第ＷＯ９８／０２４３４号、第ＷＯ９９／３５１４６号、第ＷＯ９９／３５１３２号、第ＷＯ９８／０２４３７号、第ＷＯ９７／１３７６０号、および第ＷＯ９５／１９９７０号、ならびに米国特許第５，５８７，４５８号、第５，８７７，３０５号、第６，４６５，４４９号、および第６，５４１，４８１号に記載されているようなＥｒｂＢ２阻害剤が挙げられる。
【０１７５】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、抗ＨＥＲ２抗体または免疫療法で活発なその断片を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１７６】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の追加の抗増殖剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１７７】
追加の抗増殖剤としては、例えば、酵素ファルネシルタンパク質トランスファーゼ阻害剤、および受容体チロシンキナーゼＰＤＧＦＲ阻害剤が挙げられ、それには、米国特許第６，０８０，７６９号、第６，１９４，４３８号、第６，２５８，８２４号、第６，５８６，４４７号、第６，０７１，９３５号、第６，４９５，５６４号、第６，１５０，３７７号、第６，５９６，７３５号、および第６，４７９，５１３号、ならびに国際特許公開第ＷＯ０１／４０２１７号に開示および主張される化合物を含む。
【０１７８】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、ＣＯＸ  ＩＩ（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。有用なＣＯＸ−ＩＩ阻害剤の例としては、アレコキシブ（例えば、ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標））、バルデコキシブ、ロフェコキシブが挙げられる。
【０１７９】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、放射線または放射性医薬品を用いる治療を同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１８０】
放射線源は、治療を受けている患者の外部または内部にあり得る。放射線源が患者の外部にある場合には、治療法は、外照射療法（ＥＢＲＴ）として公知である。放射線源が患者の内部にある場合には、治療法は、近接照射療法（ＢＴ）と呼ばれる。本発明の文脈にて使用するための放射性原子は、ラジウム、セシウム−１３７、イリジウム−１９２、アメリシウム−２４１、金−１９８、コバルト−５７、銅−６７、テクネチウム−９９、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、およびインジウム−１１１が挙げられるが、これらに限定されない群から選択することができる。本発明のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤が抗体である場合には、抗体をこのような放射性同位体で標識することも可能である。
【０１８１】
放射線治療は、切除不能または手術不可能な腫瘍および／または腫瘍転移を制御するために、標準的に用いる治療である。放射線治療を化学療法と併用する際、結果の向上が見られた。放射線治療は、高線量の放射線が標的領域に送達される場合、腫瘍および正常組織内の両方で生殖細胞が死ぬという原理に基づいている。線量レジメンは、一般的に、放射線吸収線量（Ｇｙ）、時間、および分割に関して定義されるが、癌専門医により慎重に定義されなければいけない。患者が受ける放射線の量は、様々な考慮に依存するが、最も重要な２つは、体の他の重要な構造または器官に関する腫瘍の位置、および腫瘍が広がっている範囲である。放射線治療を受けている患者に対する一般的な一連の治療は、１から６週間に渡り、１日当たり約１．８から２．０Ｇｙで週５日間の合計１０から８０Ｇｙの放射線を患者に投与する治療計画となる。本発明の望ましい実施形態において、ヒト患者における腫瘍を、本発明および放射線の併用治療により治療する際、相乗効果が生じる。つまり、本発明の組み合わせを含む薬剤による腫瘍増殖の阻害は、放射線、任意にさらなる化学療法または抗癌剤と併用する際、向上する。補助放射線療法のパラメータは、例えば、国際特許公開第ＷＯ９９／６００２３号に含まれている。
【０１８２】
本発明は、治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を患者に投与する、さらに、１つもしくは複数の抗腫瘍免疫反応を向上することができる薬剤を用いる治療を、同時に、または続けて投与する、ステップを含む、患者における腫瘍または腫瘍転移を治療するための前述の方法をさらに提供する。
【０１８３】
抗腫瘍免疫反応を向上することができる薬剤としては、例えば、ＣＴＬＡ４（細胞傷害性リンパ球抗原４）抗体（例えば、ＭＤＸ−ＣＴＬＡ４）、およびＣＴＬＡ４を遮断することができる他の薬剤が挙げられる。本発明に使用できる特異的ＣＴＬＡ４抗体は、米国特許第６，６８２，７３６号に記載のものを含む。
【０１８４】
本発明の文脈において、薬剤または治療の「有効量」は上記に定義される通りである。薬剤または治療の「治療量以下の量」は、薬剤または治療の有効量より少ない量であるが、有効または治療量以下の量の他の薬剤または治療と併用する際、例えば、結果として生じる有効な効果における相乗効果、または副作用の減少により、医師の望む結果を生み出すことが可能な量である。
【０１８５】
本明細書で使用する「患者」という用語は、望ましくは、いずれの目的に対してＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いる治療を必要とするヒトを、さらに望ましくは、癌または前癌症状あるいは病変を治療するために、このような治療を必要とするヒトを指す。しかしながら、「患者」という用語は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いる治療を必要とするヒトではない動物、望ましくは、特に、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ等の哺乳類、およびヒトではない霊長類も指し得る。
【０１８６】
望ましい実施形態において、患者は、癌、前癌症状または病変、あるいは異常細胞増殖の他の形態のための治療を必要とするヒトである。癌は、望ましくは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の投与により、部分的に、または完全に、治療可能ないずれかの癌である。癌は、例えば、肺癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬ）癌、細気管支肺胞型細胞肺癌、骨肉腫、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚または眼球メラノーマ、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部の癌、腹部癌、胃癌、大腸癌、乳癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、副腎癌、柔組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、膀胱癌、腎臓または尿管の癌、腎細胞癌、腎盂癌、中皮腫、肝細胞癌、胆嚢癌、慢性または急性白血病、リンパ球性リンパ腫、中枢神経系腫瘍（ＣＮＳ）、脊髄軸癌、脳幹膠腫、多形性膠芽腫、星状細胞腫、神経鞘腫、上衣腫、髄芽腫、髄膜腫、扁平上皮細胞癌、下垂体腺腫であり得、それには、いずれの上記の癌のうちの難治性型、または上記の癌の１つもしくは複数の組み合わせを含む。前癌症状または病変としては、例えば、口腔白板症、光線性角化症（日光性角化症）、結腸または直腸の前癌状態のポリープ、胃上皮異形成症、腺腫性異形成症、遺伝性非腺腫性大腸癌症候群（ＨＮＰＣＣ）、バレット食道、膀胱異形成症、および子宮頚部の前癌症状が挙げられる。
【０１８７】
本発明の目的のために、追加の抗癌剤を用いた、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤「の併用投与」および「を併用投与する」（両方の成分は、以下、「２つの活性剤」という）は、個別または両方のいずれかの２つの活性剤のいずれかの投与を指し、該２つの活性剤を、併用治療の利益を得るための適切な用法の一部として投与する。したがって、該２つの活性剤は、同一医薬組成物の一部として、または独立した医薬組成物として、投与することが可能である。追加の薬剤は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の投与に先立って、同時に、または続けて、あるいはいくつかのその併用で投与することが可能である。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を、例えば、標準的な一連の治療中に、患者に繰り返し投与する際、追加の薬剤は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の各投与に先立って、同時に、または続けて、あるいはこれらの形態のそのいくつかの組み合わせにて、もしくはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による治療との関連で異なる間隔にて、ないしはＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を用いる一連の治療に先立って、治療中のいつでも、または治療に続けて、単回投与として投与することが可能である。
【０１８８】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、一般的に、当業者に公知であり、例えば、国際特許出願公開第ＷＯ０１／３４５７４号に開示されるように、患者が治療を受けている癌にとって最も有効な癌治療（有効性および安全性の両方の観点から）を提供するための用法にて患者に投与する。本発明の治療法の実施において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、治療する癌の種類、使用するＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の種類（例えば、小分子、抗体、ＲＮＡｉ、リボザイム、またはアンチセンスコンストラクト）、および例えば、公開された臨床研究結果等に基づく処方医師の医療判断により、経口、局所、静脈注射、腹膜内、筋肉内、関節内注射、皮下、経鼻、眼球内部、膣内、直腸、皮内経路等の当業者に公知の任意の有効な方法にて投与可能である。
【０１８９】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の投与量およびＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の投与のタイミングは、治療を受けている患者の種類（生物種、性別、年齢、体重等）および病状、治療を受けている疾患または症状の重篤度、および投与経路により異なるであろう。例えば、小分子ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、患者に対して、１日当たりまたは週当たり、体重の０．００１から１００ｍｇ／ｋｇを単回または分割、あるいは持続注入にて投与することが可能である（例えば、国際特許公開番号ＷＯ０１／３４５７４を参照されたい）。特に、エラロチニブＨＣ１は、患者に対して、１日当たり５〜２００ｍｇ、または週当たり１００〜１６００ｍｇを単回または分割、あるいは持続注入にて投与可能である。望ましい投与量は、１５０ｍｇ／日である。抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、またはアンチセンス、ＲＮＡｉ、あるいはリボザイムコンストラクトは、患者に対して、１日当たりまたは週当たり、体重の０．１から１００ｍｇ／ｋｇの範囲の投与量を、単回または分割、あるいは持続注入にて投与可能である。場合によっては、上記の範囲の下限を下回る投薬量であっても、十分な場合もあり、一方、他の場合では、有害な副作用を引き起こすことなく、より大きな投与量を使用する場合もあり、このような大投薬量は、１日を通した投与のために、最初にいくつかの小投薬量に分割する。
【０１９０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、および他の追加の薬剤は、別々にまたは一緒に、同一または異なる経路で、多種多様な異なる投薬形態にて投与可能である。例えば、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、望ましくは、経口または非経口にて投与する。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤がエルロチニブＨＣｌ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））の際、経口投与が望ましい。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、および他の追加薬剤の両方は、単回または複数回にて投与することが可能である。
【０１９１】
該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、様々な薬学的に許容される不活性の担体と共に、錠剤、カプセル、薬用キャンディー、トローチ剤、ハードキャンディー、粉末、スプレー、クリーム、香油、坐薬、ゼリー状、ジェル、ペースト、水薬、軟膏、エリキシル剤、シロップ等の形態で投与することが可能である。このような投薬形態による投与は、単回または複数回の投与により実施できる。担体は、固形賦形剤または充填剤、無菌水性媒体、および様々な毒性のない有機溶媒等を含む。経口医薬組成物に、適切に甘味付けおよび／または風味付けを行なうことが可能である。
【０１９２】
該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、様々な薬学的に許容される不活性な担体と一緒に組み合わせ、スプレー、クリーム、香油、坐薬、ゼリー状、ジェル、ペースト、水薬、軟膏等の形態にすることが可能である。このような投薬形態による投与は、単回または複数回の投与により実施できる。担体は、固形賦形剤または充填剤、無菌水性媒体、および様々な毒性のない有機溶媒等を含む。
【０１９３】
タンパク性のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を含む全ての製剤は、該阻害剤の変性および／または分解、および該阻害剤の生物活性の喪失を避けるよう選択しなければならない。
【０１９４】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物の調製方法は、当業者に公知であり、例えば、国際特許公開第ＷＯ０１／３４５７４号に記載されている。本発明の教示を考慮し、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物の調製方法は、上記の広報およびＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．，１８ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９０）等の他の公知の参考文献から明らかになる。
【０１９５】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の経口投与のために、活性剤のうちの１つまたはその両方を含有する錠剤は、例えば、ポリビニルピロリドン、スクロース、ゼラチン、およびアカシアのような造粒結合剤と共に、スターチ（および望ましくは、コーン、ポテト、またはタピオカスターチ）、アルギン酸、および複合ケイ酸塩等の様々な錠剤分解物質に加え、例えば、微結晶性セルロース、クエン酸ナトリウム、炭酸カルシウム、第２リン酸カルシウム、およびグリシン等の任意の様々な賦形剤と組み合わす。さらに、ステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、および滑石等の平滑剤は、多くの場合、錠剤を作る上で、非常に有用である。同じような種類の固体組成物はまた、ゼラチンカプセルの充填剤として使用される場合もあり、これに関する望ましい材料は、ラクトースまたは乳糖、および高分子量ポリエチレングリコールも含む。経口投与のために、水性懸濁液および／またはエリキシル剤を要望する際、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、様々な甘味剤または風味剤、着色剤または染料、および、強く要望する場合は、乳化剤および／または懸濁化剤も、希釈剤としての水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリン、および様々なそれらのようなものの組み合わせと共に組み合わせることができる。
【０１９６】
片方または両方の活性剤の非経口投与のために、活性剤、またはその対応する水溶性塩を含む無菌水溶液はもちろん、ゴマまたはピーナッツ油中、あるいは水性プロピレングリコール中のいずれかの溶液を使用する場合がある。このような無菌水溶液は、望ましくは、適切に中和し、また、望ましくは、例えば、十分な生理食塩水またはブドウ糖を用いて等張化する。これらの特定の水溶液は、特に、静脈注射、筋肉投与、皮下および腹腔内注射目的に適している。該油性溶液は、関節内注射、筋肉および皮下注射目的に適している。無菌状態でのこれら全ての溶液の調製は、当業者に公知の標準医薬技術を用いて容易に達成する。タンパク性のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の投与に選択する全ての非経口製剤は、変性および阻害剤の生物活性の喪失を避けるよう選択しなければならない。
【０１９７】
さらに、標準的な製薬法に従って、例えば、クリーム、水薬、ゼリー状、ジェル、ペースト、軟膏、香油等の方法により、片方または両方の活性剤を局所的に投与することが可能である。例えば、約０．１％（ｗ／ｖ）から約５％（ｗ／ｖ）の濃度のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を含む局所製剤を調製することができる。
【０１９８】
動物用目的としては、該活性剤は、動物に、上記に記載のいずれの形態を使用し、いずれの経路により、個別または一緒に投与することが可能である。望ましい実施形態において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、カプセル、ボーラス、錠剤、液体薬の形態で、注射またはインプラントにより投与する。別の方法としては、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、動物の飼料と共に投与し、この目的のために、濃厚飼料添加剤、または前もって混合したものを、通常の動物の飼料のために用意し得る。このような製剤は、標準獣医業務に従う、従来の方法により調製する。
【０１９９】
本明細書で使用される「ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤」という用語は、現在当業者に公知である、または将来同定される、任意のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤を指し、患者への投与によって、別様にその天然リガンドのＥＧＦＲへの結合に起因する任意の下流生物学的効果を含む、患者のＥＧＦ受容体の活性に関係する生物活性の阻害をもたらす、任意の化学物質を含む。このようなＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲ活性を遮断可能ないずれの薬剤、または患者の癌の治療に関係するＥＧＦＲ活性のいずれの下流生物学的効果を含む。このような阻害剤は、該受容体の細胞内ドメインに直接結合し、そのキナーゼ活性を阻害することで、役割を果たすことができる。あるいは、このような阻害剤は、該ＥＧＦ受容体のリガンド結合部位、またはその一部を占領し、通常の生物活性を阻止または減少するよう、該受容体を、その天然リガンドに近づけないようにすることで、役割を果たすことができる。あるいは、このような阻害剤は、ＥＧＦＲポリペプチドの二量化、またはＥＧＦＲポリペプチドと他のタンパク質との相互作用を調節することで役割を果たす、あるいはＥＧＦＲのユビキチン化およびエンドサイトーシスの減少を増進することができる。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、低分子量阻害剤、抗体または抗体断片、アンチセンスコンストラクト、低分子の抑制性ＲＮＡ（すなわち、ｄｓＲＮＡによるＲＮＡ干渉；ＲＮＡｉ）、およびリボザイムを含むが、これらに限定されない。望ましい実施形態において、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、ヒトＥＧＦＲと特異的に結合する、小有機分子または抗体である。
【０２００】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤としては、以下の特許公報に記載されるもの等の、例えば、キナゾリンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、ピリドピリミジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、ピリミドピリミジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、ピロロピリミジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、ピラゾロピリミジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、フェニルアミノピリミジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、オキシインドールＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、インドロカルバゾールＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、フタラジンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、イソフラボンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、キナロン（ｑｕｉｎａｌｏｎｅ）ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、およびチロフォスチンＥＧＦＲキナーゼ阻害剤、ならびに該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の全ての薬学的に許容される塩および溶媒和物が挙げられる。国際特許公開第ＷＯ９６／３３９８０号、第ＷＯ９６／３０３４７号、第ＷＯ９７／３００３４号、第ＷＯ９７／３００４４号、第ＷＯ９７／３８９９４号、第ＷＯ９７／４９６８８号、第ＷＯ９８／０２４３４号、第ＷＯ９７／３８９８３号、第ＷＯ９５／１９７７４号、第ＷＯ９５／１９９７０号、第ＷＯ９７／１３７７１号、第ＷＯ９８／０２４３７号、第ＷＯ９８／０２４３８号、第ＷＯ９７／３２８８１号、第ＷＯ９８／３３７９８号、第ＷＯ９７／３２８８０号、第ＷＯ９７／３２８８号、第ＷＯ９７／０２２６６号、第ＷＯ９７／２７１９９号、第ＷＯ９８／０７７２６号、第ＷＯ９７／３４８９５号、第ＷＯ９６／３１５１０号、第ＷＯ９８／１４４４９号、第ＷＯ９８／１４４５０号、第ＷＯ９８／１４４５１号、第ＷＯ９５／０９８４７号、第ＷＯ９７／１９０６５号、第ＷＯ９８／１７６６２号、第ＷＯ９９／３５１４６号、第ＷＯ９９／３５１３２号、第ＷＯ９９／０７７０１号、および第ＷＯ９２／２０６４２号、欧州特許出願第ＥＰ５２０７２２号、第ＥＰ５６６２２６号、第ＥＰ７８７７７２号、第ＥＰ８３７０６３号、および第ＥＰ６８２０２７号、米国特許第５，７４７，４９８号、第５，７８９，４２７号、第５，６５０，４１５号、および第５，６５６，６４３号、独国特許出願第ＤＥ１９６２９６５２号。低分子量ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の追加の限定されない例としては、Ｔｒａｘｌｅｒ，Ｐ．，１９９８，Ｅｘｐ．Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔｅｎｔｓ  ８（１２）：１５９９−１６２５に記載のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤すべてが挙げられる。
【０２０１】
本発明によって使用可能な低分子量ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の具体的な望ましい例としては、［６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリン−４−イル］−（３−エチニルフェニル）アミン（ＯＳＩ−７７４、エルロチニブ、またはＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）（エルロチニブＨＣｌ）としても知られる、ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）（米国特許第５，７４７，４９８号、国際特許公開第ＷＯ０１／３４５７４号、およびＭｏｙｅｒ，Ｊ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４８３８−４８４８）、ＣＩ−１０３３（かつてはＰＤ１８３８０５として知られる；Ｐｆｉｚｅｒ）（Ｓｈｅｒｗｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４０：７２３）、ＰＤ−１５８７８０（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＧ−１４７８（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）、ＣＧＰ−５９３２６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）、ＧＷ−２０１６（ＧＷ−５７２０１６またはトシル酸ラパチニブとしても知られる；ＧＳＫ）、およびゲフィチニブ（ＺＤ１８３９またはＩＲＥＳＳＡ（登録商標）としても知られる；Ａｓｔｒａｚｅｎｅｃａ）（Ｗｏｏｄｂｕｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｐｒｏｃ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．<0)<}0{>３８：６３３）が挙げられる。本発明によって使用可能な特に望ましい低分子量ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、［６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリン−４−イル］−（３−エチニルフェニル）アミン（すなわち、エルロチニブ）、その塩酸塩、（すなわち、エルロチニブＨＣｌ、ＴＡＲＣＥＡ（登録商標））、または他の塩形態（例えば、エルロチニブメシラート）である。
【０２０２】
抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、その天然リガンドにより、局所的または完全にＥＧＦＲ活性を遮断できる、いずれの抗ＥＧＦＲ抗体あるいは抗体断片を含む。抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤の限定されない例は、Ｍｏｄｊｔａｈｅｄｉ，Ｈ．，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ６７：２４７−２５３、Ｔｅｒａｍｏｔｏ，Ｔ．，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｃａｎｃｅｒ７７：６３９−６４５、Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１：１３１１−１３１８；Ｈｕａｎｇ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  １５：５９（８）：１９３５−４０、ならびにＹａｎｇ，  Ｘ．，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５９：１２３６−１２４３に記載のものを含む。したがって、該ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、単クローン抗体Ｍａｂ  Ｅ７．６．３（Ｙａｎｇ，Ｘ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５９：１２３６−４３）、またはＭａｂ  Ｃ２２５（ＡＴＣＣアクセッション番号ＨＢ−８５０８）、または抗体もしくは結合特異性を有するその抗体断片であることが可能である。適切なモノクロナ−ル抗体ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤としては、ＩＭＣ−Ｃ２２５（セツキシマブまたはＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）として知られる；Ｉｍｃｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ＡＢＸ−ＥＧＦ（Ａｂｇｅｎｉｘ）、ＥＭＤ  ７２０００（Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ）、ＲＨ３（Ｙｏｒｋ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．）、ならびにＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ／Ｍｅｒｃｋ  ＫｇａＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２０３】
さらなる抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、公知の方法に従い、適切な抗原またはエピトープを、例えば、ブタ、ウシ、ウマ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、およびマウス等の選択された宿主動物に投与することによって、作ることができる。当業者に公知の様々な佐剤は、抗体産生を増進するために使用可能である。
【０２０４】
本発明の実施に有用な抗体は、多クローン性でも可能だが、単クローン抗体が望ましい。ＥＧＦＲに対する単クローン抗体は、培養液中の連続継代細胞系により、抗体分子の産生を提供するためのいずれの技術を使用し、調製および分離できる。産生および分離のための技術は、最初にＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎにより記載されたハイブリドーマ技術（Ｎａｔｕｒｅ，１９７５，２５６：４９５−４９７）、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｓｂｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２；Ｃｏｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０）、ならびにＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ，１９８５，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，ｐｐ．<0)  ７７−９６）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２０５】
あるいは、単鎖抗体の産生のために記載の技術（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照されたい）は、抗ＥＧＦＲ単鎖抗体を産生するために適応可能である。本発明の実施に有用な抗体に基づくＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、無傷抗体分子のペプシン消化により生成できるＦ（ａｂ）２断片、およびＦ（ａｂ’）２断片のジスルフィド架橋を還元することにより生成できるＦａｂ断片が挙げられるが、これに限定されない、抗ＥＧＦＲ抗体断片も含む。あるいは、Ｆａｂおよび／またはｓｃＦｖ発現ライブラリーを構成して（例えば、Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ２４６：１２７５−１２８１を参照されたい）、ＥＧＦＲに対する所望の特異性を有する断片の迅速な特定を可能にすることができる。
【０２０６】
単クローン抗体および抗体断片を産生および分離するための技術は、当業者に公知であり、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、およびＪ．Ｗ．Ｇｏｄｉｎｇ，１９８６，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ａｎｄ  ｉｎ  Ｊ．  Ｗ．Ｇｏｄｉｎｇ，１９８６，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎに記載されている。ヒト化抗ＥＧＦＲ抗体および抗体断片はまた、Ｖａｕｇｈｎ，Ｔ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：５３５−５３９、およびそこに引用されている参考文献に記載される技術等の公知の技術に従い、調製可能であり、またこのような抗体あるいはその断片は、本発明の実施にも有用である。
【０２０７】
本発明にて使用するＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、あるいは、アンチセンスオリゴヌクレオチドコンストラクトに基づくことが可能である。アンチセンスＲＮＡ分子、およびアンチセンスＤＮＡ分子を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチドコンストラクトは、細胞内でＥＧＦＲ  ｍＲＮＡの翻訳を、ＥＧＦＲ  ｍＲＮＡに結合することによって直接阻止し、したがって、タンパク質の翻訳を阻止したり、ｍＲＮＡ分解を増進したりすることで、ＥＧＦＲキナーゼタンパク質のレベルを低下させ、活性を低下することで、直接阻止する役割を果たすだろう。例えば、少なくとも約１５個の基、およびＥＧＦＲをコードするｍＲＮＡ転写配列のユニーク領域に対する補体のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、従来のリン酸ジエステル技術により合成、および、例えば、静脈注射または注入により投与することが可能である。既知の配列を有する遺伝子の遺伝子発現を特異的に阻害するためのアンチセンス技術を使用するための方法は、当業者に公知である（例えば、米国特許第６，５６６，１３５号、第６，５６６，１３１号、第６，３６５，３５４号、第６，４１０，３２３号、第６，１０７，０９１号、第６，０４６，３２１号、および第５，９８１，７３２号を参照されたい）。
【０２０８】
小さな抑制性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）はまた、本発明にて使用するＥＧＦＲキナーゼ阻害剤として機能することも可能である。ＥＧＦＲ遺伝子発現は、低分子の二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を有する、腫瘍、対象または細胞、あるいは低分子の二本鎖ＲＮＡの産生をもたらすベクターもしくはコンストラクトへの接触によって、減少させることが可能であり、このようなＥＧＦＲの発現を、特異的に阻害する（すなわち、ＲＮＡ干渉またはＲＮＡｉ）。既知の配列を有する遺伝子の適切なｄｓＲＮＡまたはｄｓＲＮＡをコードしているベクターを選択するための方法は、当業者に公知である（例えば、Ｔｕｓｃｈｉ，Ｔ．，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１３（２４）：３１９１−３１９７、Ｅｌｂａｓｈｉｒ，Ｓ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ４１１：４９４−４９８、Ｈａｒｍｏｎ，Ｇ．Ｊ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ４１８：２４４−２５１、ＭｃＭａｎｕｓ，Ｍ．Ｔ．ａｎｄ  Ｓｈａｒｐ，Ｐ．Ａ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ３：７３７−７４７、Ｂｒｅｍｍｅｌｋａｍｐ，Ｔ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｓｃｉｅｎｃｅ２９６：５５０−５５３、米国特許第６，５７３，０９９号および第６，５０６，５５９号、ならびに国際特許公開第ＷＯ０１／３６６４６号、第ＷＯ９９／３２６１９号、および第ＷＯ０１／６８８３６号を参照されたい）。
【０２０９】
リボザイムはまた、本発明にて使用するＥＧＦＲキナーゼ阻害剤として機能することも可能である。リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を促進できる酵素のＲＮＡ分子である。リボザイム作用の仕組みは、リボザイム分子の、相補的な標的ＲＮＡへの配列特異的なハイブリッドと、その後のエンドヌクレアーゼ的切断を含んでいる。ＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ配列のエンドヌクレアーゼ的切断を特異的かつ効果的に触媒する人工ヘアピンまたはハンマーヘッドをモチーフに設計されたリボザイム分子は、したがって、本発明の範囲において有用である。まず最初に、いずれの潜在ＲＮＡ標的内の特異的なリボザイム切断部位は、一般的に以下の配列ＧＵＡ、ＧＵＵ、およびＧＵＧを含む、標的分子のリボザイム切断部位を走査することによって同定する。一旦同定すると、切断部位を含有する標的遺伝子の部位に対応する約１５から２０のリボヌクレオチドの短いＲＮＡ配列は、オリゴヌクレオチド配列を不適切にすることが可能な第２構造等の予想される構造的特徴について評価することが可能である。候補標的の適正はまた、例えば、リボヌクレアーゼ保護分析を使用し、相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成に対するアクセス性を試験することで、評価することもできる。
【０２１０】
ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤として有用なアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびリボザイムの両方は、公知の方法にて調製できる。これらは、例えば、固相ホスホラミダイト化学合成による化学合成のための技術を含む。あるいは、アンチセンスＲＮＡ分子は、ＲＮＡ分子をコードするＤＮＡ配列の体外または生体内転写により生成可能である。このようなＤＮＡ配列は、Ｔ７またはＳＰ６ポリメラーゼプロモーター等の好適なＲＮＡポリメラーゼプロモーターを導入する多種多様なベクターの中に導入することができる。本発明のオリゴヌクレオチドに対する様々な修飾を、細胞内安定性および半減期を延長する手段として導入することができる。可能な修飾としては、リボヌクレオチドあるいはデオキシリボヌクレオチドのフランキング配列を分子の５’および／または３’末端へ付加すること、またはオレゴヌクレオチド骨格内のホスホジエステラーゼ結合の代わりにホスホロチオエートあるいは２’−Ｏ−メチルを使用することが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２１１】
本発明の治療方法の文脈において、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤は、薬学的に許容される担体と非毒性の治療有効量のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるその塩を含む）から成る組成物として使用する。
【０２１２】
「薬学的に許容される塩」という用語は、薬学的に許容される非毒性塩基または酸から調製された塩を指す。本発明の化合物が酸性である場合、その対応する塩は、無機塩基および有機塩基を含む、薬学的に許容される非毒性塩基から簡便に調製することができる。このような無機塩基に由来する塩としては、アルミニウム塩、アンモニウム塩、カルシウム塩、銅塩（酸化第２銅および酸化第１銅）、第２鉄塩、第１鉄塩、リチウム塩、マグネシウム塩、マンガン塩（第１マンガンおよび第２マンガン）、カリウム塩、ナトリウム塩、亜鉛塩等が挙げられる。特に望ましいのは、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、カリウム、およびナトリウムの塩である。薬学的に許容される非毒性の有機塩基に由来する塩としては、第１級アミン、第２級アミンおよび第３級アミンの塩、環状アミン、ならびに自然発生的に置換されたアミンおよび合成的に置換されたアミン等の置換アミンの塩が挙げられる。塩を形成可能な他の薬学的に許容される非毒性の有機塩基としては、例えば、アルギニン、ベタイン、カフェイン、コリン、Ｎ’，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン、ジエチルアミン、２−ジエチルアミノエタノール、２−ジメチルアミノエタノール、エタノールアミン、エチレンジアミン、Ｎ−エチルモルホリン、Ｎ−エチルピペリジン、グルカミン、グルコサミン、ヒスチジン、ヒドラバミン、イソプロピルアミン、リジン、メチルグルカミン、モルホリン、ピペラジン、ピペリジン、ポリアミン樹脂、プロカイン、プリン、テオブロミン、トリエチルアミン、トリメチルアミン、トリプロピルアミン、トロメタミン等のイオン交換樹脂が挙げられる。
【０２１３】
本発明において使用する化合物が塩基である場合、その対応する塩は、無機酸および有機酸を含む、薬学的に許容される非毒性酸から簡便に調製することができる。このような酸としては、例えば、酢酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、カンファースルホン酸、クエン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコン酸、グルタミン酸、臭化水素酸、塩酸、イセチオン酸、乳酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、粘液酸、硝酸、パモン酸、パントテン酸、リン酸、コハク酸、硫酸、酒石酸、ｐトルエンスルホン酸が挙げられる。特に望ましいのは、クエン酸、臭化水素酸、塩酸、マレイン酸、リン酸、硫酸、および酒石酸である。
【０２１４】
活性成分としてＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物を含む本発明において使用する医薬組成物（薬学的に許容されるその塩を含む）は、薬剤的に許容される担体、および任意に他の治療用成分またはアジュバントを含むことができる。他の治療薬剤は、それらの細胞毒性、化学療法薬または抗癌剤、あるいは上記に挙げたような薬剤の効果を高める薬剤を含んでもよい。任意の指定の事例における最適経路は、特定の宿主、および活性成分が投与されている病状の性質および重篤度により異なるが、該組成物は、経口、直腸、局所、および非経口（皮下、筋肉、および静脈を含む）投与に好適な組成物を含む。該医薬組成物は、１回の服用量で簡便に示し、製薬技術分野において公知の方法のうちのいずれかによって調製してもよい。
【０２１５】
実際には、本発明のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるその塩を含む）は、従来の医薬組成物製造法に従って、医薬担体との密接混合における活性成分として配合することが可能である。該担体は、例えば、経口投与または非経口投与（静脈内投与を含む）に望ましい調製の形態に応じて、多種多様の形態を取ってもよい。したがって、本発明の医薬組成物は、それぞれ活性成分の既定量をそれぞれ含むカプセル剤、カプセル、または錠剤等、経口投与に好適な個別単位として調製することができる。さらに、該組成物は、粉末、顆粒、液剤、水生液体中の懸濁液剤、非水生液剤、水中油型乳剤、または、油中水型乳剤として調製することができる。上記の一般的な服用形式に加えて、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるそのそれぞれの成分の塩を含む）は、制御放出手段および／または送達装置により投与することもできる。該組み合わせ組成物は、任意の製薬方法によって調製することができる。一般的に、このような方法は、活性成分を、１つもしくは複数の必要な成分を構成する担体と組み合わせるステップを含む。一般的に、該組成物は、活性成分を、液状の担体または微粉化した固体状の担体、あるいは両方を均一かつ密接に混合することにより調製する。その後、生成物を、望ましい形状に簡便に成形することが可能である。
【０２１６】
本発明において使用されるＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるその塩を含む）は、１つもしくは複数の他の治療上有効な化合物との併用で医薬組成物に含めることもできる。他の治療上有効な化合物は、それらの細胞毒性、化学療法薬または抗癌剤、あるいは上記に挙げたような薬剤の効果を高める薬剤を含んでもよい。
【０２１７】
したがって、本発明の一実施形態において、医薬組成物は、抗癌剤との組み合わせでＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物を含むことができ、該抗癌剤は、アルキル化薬、代謝拮抗物質、微小管阻害剤、ポドフィロトキシン、抗生物質、ニトロソ尿素、ホルモン治療薬、キナーゼ阻害剤、腫瘍細胞アポトーシスの活性剤、および血管新生阻害剤から成る群から選択されるメンバーである。
【０２１８】
採用する医薬担体は、例えば、固体、液体、または気体が可能である。固体担体の例としては、ラクトース、白土、スクロース、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アカシア、ステアリン酸マグネシウム、およびステアリン酸が挙げられる。液体担体の例としては、液糖、ピーナッツ油、オリーブ油、および水である。気体担体の例としては、二酸化炭素、および窒素が挙げられる。
【０２１９】
経口投与形状の組成物の調製においては、任意の好都合の医薬媒体を利用することができる。例えば、水、グリコール、油、アルコール、香料添加剤、保存剤、着色料等を使用して、懸濁液、エリキシル剤、および溶剤等の経口液剤製剤を形成することができるが、澱粉、糖、微晶質セルロース、希釈液、造粒剤、潤滑剤、結合剤、崩壊剤等の担体を使用して、粉末、カプセル剤、および錠剤等の経口固体製剤を形成することができる。錠剤やカプセル剤の投与の簡便性のため、、固体状の医薬担体を利用する錠剤やカプセル剤が、望ましい経口服用単位である。任意に、錠剤は、標準的な水性または非水性の技法によりコーティングしてもよい。
【０２２０】
本発明のために使用する組成物を含む錠剤は、任意に、１つもしくは複数の補助成分またはアジュバントとともに圧縮または成形することにより調製してもよい。圧縮錠剤は、好適な機械の中で、任意に、結合剤、潤滑剤、不活性希釈剤、表面活性、または分散剤と混合して、粉または顆粒等の自由に流れる形状に活性成分を圧縮することにより調製してもよい。成形された錠剤は、好適な機械の中で、不活性希釈液で湿らせた粉状の組成物の混合物を成形することにより作成することができる。それぞれの錠剤は、約０．０５ｍｇから約５ｇの活性成分を含有することが望ましく、それぞれのカプセル剤は、約０．０５ｍｇから５ｇの活性成分を含有することが望ましい。
【０２２１】
例えば、ヒトに経口投与するための製剤は、約０．５ｍｇから約５ｇの活性成分を含有することができ、組成全体の約５パーセントから約９５パーセントで変化することができる、適切で便利な量の担体材料と化合させる。単位投与量の形態は、一般的に、約１ｍｇから約２ｇの活性成分を含有し、典型的には、２５ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、３００ｍｇ、４００ｍｇ、５００ｍｇ、６００ｍｇ、８００ｍｇ、または１０００ｍｇである。
【０２２２】
非経口投与に好適な本発明において使用する医薬組成物は、活性化合物を水に溶かした溶液または活性化合物を水に懸濁した懸濁液として調製することができる。好適な界面活性剤は、例えば、ヒドロキシプロピルセルロース等を含めることができる。分散剤も、グリセロール、液状ポリエチレングリコール、および油中のこれらの混合物において調製することができる。さらに、保存料を含めて、微小有機物の有害な増殖を防止することができる。
【０２２３】
注射の使用に好適な本発明において使用する医薬組成物は、無菌水溶液または分散剤を含む。さらに、該組成物は、このような無菌水溶液または分散剤を即時に調製するために、無菌粉末の形態にすることが可能である。全ての場合において、最終的な注射可能な形態は、無菌でなくてはならず、容易に注射できるために効果的に流体でなければならない。該医薬組成物は、製造および保存の状態で安定していなければならないため、細菌や真菌等の微小有機物の汚染作用から保護されていることが望ましい。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液状ポリエチレングリコール）、植物油、およびこれらの好適な混合物を含む溶液または分散媒体が可能である。
【０２２４】
本発明の医薬組成物は、例えば、エアロゾール、クリーム、軟膏、水薬、粉末等の局所使用に好適な形態にすることが可能である。さらに、該組成物は、経皮器具にて使用するのに好適な形態にすることが可能である。これらの製剤は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるその塩を含む）を利用して、従来の加工方法で調製することができる。例としては、望ましいコンシステンシーを有するクリーム剤または軟膏を生成するには、クリーム剤または軟膏は、親水性物質と水を、約５重量％から約１０重量％の化合物と混合することにより調製する。
【０２２５】
本発明の医薬組成物は、直腸投与に好適な形態にすることが可能であり、担体は固体である。この混合物は、単位用量の座剤であることが望ましい。好適な担体は、ココアバター、および当技術分野で一般的に使用される他の材料を含む。座剤は、まず、軟化または溶解した担体と組成物を混合した後、鋳型の中で冷却して成形することにより容易に形成することができる。
【０２２６】
前述の担体成分に加えて、上記に記載の医薬製剤は、必要に応じて、希釈液、緩衝液、香料、結合剤、表面活性剤、増粘剤、潤滑剤、保存料（抗酸化剤を含む）等の１つもしくは複数の追加の担体成分を含んでもよい。さらに、他のアジュバントを含めて、対象となるレシピエントの血液と等張である製剤を得ることができる。ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤化合物（薬学的に許容されるその塩を含む）を含有する組成物は、粉末または液体濃縮物の形態にすることもできる。
【０２２７】
本発明を実践するために使用する化合物の用量レベルは、ほぼ本明細書に記載する通りであるか、またはこれらの化合物の当技術分野に記載されている通りである。しかしながら、任意の特定の患者の具体的な用量レベルは、年齢、体重、一般的な健康状態、性別、食事、投与の時間、投与経路、排泄速度、薬の組み合わせ、および治療を受けている特定の疾病の重篤度を含む、多様な因子により異なるであろう。
【０２２８】
当技術分野で公知の多数の代替的な実験方法は、例えば、本発明に関連する技術の分野において利用可能な多数の優れたマニュアルおよびテキスト（例えば、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｅｄｉｔｅｄ  ｂｙ  Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ｄ．，１９９９，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，（例えば、ＩＳＢＮ０−８７９６９−５４４−７）、Ｒｏｅ  Ｂ．Ａ．  ｅｔ．  ａｌ．１９９６，ＤＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  Ｓｅｒｉｅｓ）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ．（例えば、ＩＳＢＮ０−４７１−９７３２４−０）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ”，２０００，ｅｄ．Ｊ．Ａｂｅｌｓｏｎ，Ｍ．Ｓｉｍｏｎ，Ｓ．Ｅｍｒ，Ｊ．Ｔｈｏｒａｅｒ．Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２００１，３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ｂｙ  Ｊｏｓｅｐｈ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｐｅｔｅｒ  ＭａｃＣａｌｌｕｍ，（ｔｈｅ  ｆｏｒｍｅｒ  Ｍａｎｉａｔｉｓ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  ｍａｎｕａｌ）（例えば、ＩＳＢＮ０−８７９６９−５７７−３）、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｅｄ．Ｆｒｅｄ  Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ．  ａｌ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（例えば、ＩＳＢＮ０−４７１−５０３３８−Ｘ）、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（例えば、ＩＳＢＮ０−４７１−１１１８４−８）、およびＭｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，１９９０，Ｖｏｌ．１８２，Ｅｄ．Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ，Ｍ．Ｐ．，Ａｃｅｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（例えば、ＩＳＢＮ０−１２−２１３５８５−７））に記載されているもの、または、分子生物学における実験方法を記載している多くの大学および企業のウェブサイトに記載されているもの等の、本発明の実施において本明細書に具体的に記載される方法にうまく代えることができる。
【０２２９】
本発明は、以下の実験詳細によってさらに理解されるであろう。しかしながら、当業者は、検討した特定の方法および結果は、後述の請求項により詳細に記述した本発明の説明に過ぎず、本発明に対する制限として解釈されるものではないことを容易に理解するであろう。
【０２３０】
実験の詳細
序文
ＥＧＦ受容体機能の阻害剤は、臨床的効能を示しており、治療の恩恵を受けることが最も大きい患者のサブセットを説明する主要なＥＧＦ受容体のシグナル伝達経路は、調査の重要な分野となっている。受容体に内在するタンパク質チロシンキナーゼ活性を活性および／または下流シグナル伝達を増大する突然変異体は、ＮＳＣＬＣおよび膠芽細胞種内に見られる。しかしながら、ＥＧＦ受容体阻害剤に対する感受性を与える場合の主なメカニズムとしての変異体の役割は論議を呼んでいる。体外および臨床研究は、ＥＧＦ受容体阻害に対する細胞反応において、野生型ＥＧＦ受容体細胞株と腫瘍との間で有意なばらつきを見せたが、これは部分的には、抗アポトーシスのセリン−トレオニンキナーゼＡｋｔのリン酸化の継続につながる、ホスファチジルイノシトール−３−キナーゼ伝達経路のＥＧＦ受容体の独立活性に由来することが示されてきた。ＰＩ３−キナーゼ活性の代替経路とそれに続くＥＧＦ受容体阻害剤の低感受性に対する分子の決定要因は、研究が活発な分野である。例えば、インスリン様増殖因子−１受容体（ＩＧＦ−Ｉ受容体）は、ＰＩ３−キナーゼ伝達経路を強力に活性化し、ＥＧＦ阻害剤に対する細胞抵抗に関与している。細胞−細胞および細胞−接着ネットワークの役割は、選択的なＥＧＦ受容体阻害に対する非感受性を仲介する場合に、ＰＩ３−キナーゼ伝達経路を介して生存シグナルに影響を与えることも可能であるが、十分に解明されておらず、ＥＧＦ受容体遮断に対する細胞感受性に影響を与えると仮定されるだろう。細胞外基質または細胞−細胞接触に対する接着がない場合に増殖および生存シグナルを維持する腫瘍細胞の能力は、細胞移動および転移の状況だけでなく、細胞外基質が再モデル化され、細胞接触阻害が低減される創傷様腫瘍環境において、細胞増殖および生存を維持する状況においても重要である。ここで、ＮＳＣＬＤおよびＥＧＦ受容体阻害に対する膵臓細胞の感受性は、ＥｒｂＢファミリーメンバーシグナルが有効であったＥ−カドヘリン上皮細胞表現型によって与えられることを示す。逆に、ＥＧＦ受容体阻害に対する非感受性は、ビメンチンおよび／またはフィブロネクチンの発現と関連する上皮間葉転換（ＥＭＴ）を介して調節された。
【０２３１】
材料および方法
細胞培養および細胞抽出物の調製
ＮＣＬＣ株の野生型ＥＧＦＲ、Ｈ２９２、Ｈ３５８、Ｈ３２２、Ｈ４４１、Ａ５４９、Ｃａｌｕ６、Ｈ４６０、Ｈ１７０３およびＳＷｌ−５７３は、適切なＡＴＣＣ推奨の補助培地で培養した。ヒトＮＳＣＬＳ株Ｈ１２９９、Ｈ２６６、Ｈ５２２、Ｈ６５０、Ｈ１４３７、Ｈ１１５５、Ｃａｌｕ１、Ｈｏｐ９２およびＨ２３も適切なＡＴＣＣ推奨補助培地で培養した。細胞抽出物は、プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤を含む洗浄溶解法（５ＯｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１％  ＮＰ−４０、０．５％  ＮａＤｅｏｘｙｃｈｏｌａｔｅ、０．１％  ＳＤＳ）によって調製した。溶解タンパク質濃度は、マイクロＢＳＡ測定（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ  ＩＬ）によって決定した。血清刺激を監視する実験においては、細胞は０．５％ＦＢＳを含む培地で２４時間培養後に、ＦＢＳを加え、溶解前に最終濃度１０％で１０分間培養した。ＥＧＦ刺激を監視する実験においては、細胞を完全培地で増殖した後、溶解前にＥＧＦ（１０ｎｇ／ｍｌ）を加えて１０分間増殖した。特定のＥＧＦＲ阻害剤エルロチニブ（ＯＳＩ−７７４、Ｔａｒｃｅｖａ）を、〜５０ｎＭの細胞ＥＧＦ受容体キナーゼ阻害用ＩＣ５０とともに、ＥＧＦ受容体の機能を弱めるために使用した。
【０２３２】
細胞分画の調製
細胞膜およびサイトゾル分画は、ＰｒｏｔｅｏＥｘｔｒａｃｔ（登録商標）試薬（ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、＃４４４８１０）を使用して調製した。その後、トリクロロ酢酸／デオキシコール酸塩共沈を使用して、２％のデオキシコール酸塩を細胞膜または細胞質試料に加え、氷上で３０分間インキュベートした後、１００％ＴＣＡを１：１の割合（体積／体積）で試料に加え、タンパク質を沈殿した。試料を、ボルテックスし、一晩（１０℃）インキュベートし、１０分間（４℃）１５，０００ｘｇで遠心分離機にかけ、沈殿物を、５ｍｌの低温アセトンで洗浄し、ボルテックスし、２回遠心分離機にかけて、空気乾燥した。沈殿した試料は、８Ｍ尿素で再懸濁し、５ｍＭトリブチルホスフィン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、＃Ｔ７５６７、ＲＴで１時間）で還元し、ヨードアセトアミド（１５ｍＭ、ＲＴで１．５時間）でアルカリ化し、１Ｍ尿素に希釈して、２０μｇトリプシン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、＃Ｔ６５６７、３７℃、１８時間）でタンパク質分解した。ペプチドは、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）で酸化し、Ｃ１８  Ｓｅｐ−Ｐａｋ  Ｐｌｕｓ  Ｃａｒｔｒｉｄｇｅｓ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ、＃ＷＡＴ０２０５１５）を使用して、脱塩した。タンパク質濃度は、予め形成したビシンコニン酸（ＭｉｃｒｏＢＣＡ、Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ；）を使用して測定し、２００ｕｇの材料をそれぞれの細胞株試料のｉＴＲＡＱ標識に使用した。
【０２３３】
細胞表面の捕捉は、細胞表面タンパク質をビオチンに交差結合し、細胞膜脂質の可溶化およびストレプトアビジン固相樹脂上の交差結合したタンパクを収集することによって実施した。捕捉されたタンパク質は、ビオチンリンカー内のチオール結合の還元によって、固相担体から放出させた。試料は、８Ｍ尿素に調整し、５ｍＭトリブチルホスフィン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、＃Ｔ７５６７、ＲＴで１時間）で還元し、ヨードアセトアミド（１５ｍＭ、ＲＴで１．５時間）でアルカリ化し、１Ｍ尿素に希釈して、２０ｕｇトリプシン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、＃Ｔ６５６７、３７℃、１８時間）でタンパク質分解した。ペプチドは、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）で酸化し、Ｃ１８  Ｓｅｐ−Ｐａｋ  Ｐｌｕｓ  Ｃａｒｔｒｉｄｇｅｓ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ、＃ＷＡＴ０２０５１５）を使用して、脱塩した。タンパク質濃度は、予め形成したビシンコニン酸（ＭｉｃｒｏＢＣＡ、Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ；）を使用して測定し、２００μｇの材料をそれぞれの細胞株試料ｉＴＲＡＱ標識に使用した。
【０２３４】
ＬＣ−ＭＳ／ＭＳペプチド配列決定によるタンパク質同定および定量
抗リン酸化チロシン免疫親和性樹脂は、標準方法による固相担体への共有結合によって調製した。各生物実験には、結合を最大限にしてキャリーオーバーを削減するように、直前に調製した免疫親和性樹脂を使用した。簡潔に述べると、抗リン酸化チロシン抗体を固相担体に交差結合させ、非共有結合のＩｇＧを低ｐＨ溶出によって除去した。二次汚染を避けるために各生物実験には新鮮な親和性樹脂を調製した。抗リン酸化チロシン親和性選択によって分離したタンパク質は、前述のようにトリプシンペプチドのｉＴＲＡＱ標識によって測定した（Ｒｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ，  （２００４）  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ３（１２）  １１５４−１１６９、Ｈａｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．、２００４）。ペプチド質量および配列情報は、エレクトロスプレーＬＣ−ＭＳ／ＭＳおよびデータベース検索によって決定した。信頼水準が９０％以上で、スコアが２０以上のペプチドを検討した後、スペクトルを手動で検査した。ペプチド発現比率を、ｌｏｇ２値に変換し、エルロチニブの暴露（ｌμＭ）後の各時点（１、４、および２４時間）の単一のタンパク質発現を得るように平均化した。タンパク質を、ユークリッドの階層方法と自己組織マップを使用して、時間的ｌｏｇ２タンパク質発現比率によって、クラスタ化した。
【０２３５】
ＮＳＣＬＣおよび膵臓細胞株抽出物の免疫ブロット分析
タンパク質免疫検出は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分離タンパク質のニトロセルロース膜への電気泳道転写、抗体とのインキュベートおよび化学発光第２段階検出によって実施した（Ｐｉｃｏ  Ｗｅｓｔ；  Ｐｉｅｒｃｅ，  Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，  ＩＬ）。抗体は、Ｅ−カドヘリン（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ、ＣＡ；ｓｃ２１７９１）、α−カテニン（ｓｃ９９８８）、β−カテニン（ｓｃ７９６３）、γ−カテニン（ｓｃ８４１５）およびＢｒｋ（ｓｃｌ  １８８）、ビメンチン（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ、ＢＤ５５０５１３）およびフィブロネクチン（ＢＤ６１００７７）、ＧＡＰＤＨ（ＡｂＣａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ）、リン酸化Ａｋｔ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ  ＃９２７１）、Ａｋｔ  （ＣＳ，  ＃９２７２）、リン酸化ｐ４４／４２  ＭａｐキナーゼＴ２０２／Ｙ２０４  （Ｅｒｋｌ／２；ＣＳ  ＃９１０１）、リン酸化ＳｒｃファミリーＹ４１６（ＣＳ  ＃２１０１）、リン酸化ＳＴＡＴ３Ｙ７０５（ＣＳ、＃９１３１）およびリン酸化Ｓ６Ｓ２３５／２３６（ＣＳ、＃２２１１）、β−アクチン（シグマ、Ｓａｉｎｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ  ＃Ａ５４４１）を含む。抗体は、リン酸化Ｓｈｃ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２４３４、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）、リン酸化パキシリン（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２５４１）、リン酸化Ａｋｔ（Ｓｅｒ４７３およびＴｈｒ３０８）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９２７１および９２７５）、リン酸化ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２４５）、リン酸化Ｈｅｒ３（Ｔｙｒｌ２８９）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃４７９１）、リン酸化ｐ４４／４２  Ｍａｐキナーゼ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９１０１）、リン酸化ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ８４５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３１）、リン酸化ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ９９２）  （Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３５）、リン酸化ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ１０４５）  （Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３７）、ＥＧＦＲ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３２）、リン酸化ｐ７０  Ｓ６キナーゼ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９２０５）、リン酸化ＧＳＫ−３アルファ／ベータ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃９３３１）、リン酸化ＥＧＦＲ（Ｔｙｒ１０６８）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、＃２２３６）、リン酸化Ｓｒｃファミリー（Ｔｙｒ４１６）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃２１０１）、リン酸化ＳＡＰＫ／ＪＮＫ（Ｔｈｒ１８３／Ｔｙｒ１８５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃９２５１）、リン酸化ＳＴＡＴ３（Ｔｙｒ７０５）（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃９１３１）、ＥｒｂＢ２（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ＃２２４２）、ＥｒｂＢ４（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ４７９５）、ＰＹ２０（Ｅｘアルファ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．）、Ｂｒｋ（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）をさらに含む。
【０２３６】
体外薬理学
第１日目、溶媒を含む標準の血清中のＮＳＣＬＣ細胞を、９６ウェルプレートに３．５×１０４細胞／ウェルで固定した。２４時間後、エルロチニブを、最終的な測定濃度範囲が２０μＭから８ｎＭになるように、１０％ＤＭＳＯ／水溶液に１０Ｘ濃度で加えた。希釈は、３段階で行なった。各ウェルの最終ＤＭＳＯ濃度は一定で、１％を超えなかった。エルロチニブ添加に続いて、細胞をインキュベータに入れて、７２時間放置した。第５日目、Ｃｅｌｌ−Ｔｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用して、細胞生存能力に対する効果を評価した。製造元指示に従って、測定した。実験は、少なくともｎ＝３の三つ組の一つで行った。データは、ＤＭＳＯだけの対照ウェルと比較する阻害パーセントとして標準化し、濃度反応分析はＰｒｉｚｍグラフ作成ソフトウェアを使用して実施した。
【０２３７】
生体内薬理学
雌ＣＤ−１  ｎｕ／ｎｕマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）の腋窩部位の脇腹皮下部位１箇所に、培養したＮＳＣＬＣ腫瘍細胞をインプラントした。腫瘍は、２００±５０ｍｍ３まで増殖させ、この時点で、マウスは体重（体重±１ｇ）別に１群あたり８匹の治療群に分け、個体認識のために尾に入れ墨をした。腫瘍体積と体重は週２回測定した。腫瘍体積は、ノギスを使用して２方向で測定して、次の式を使用して計算した。腫瘍体積＝（長さｘ幅２）／２。データは、各群の腫瘍体積および体重の平均値の％変化としてグラフに表した。腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、％ＴＧＩ＝１００（１−Ｗｔ−Ｗｃ）として決定した。式中、Ｗｔは、ｘ時点での処理群の平均腫瘍体積で、Ｗｃは、ｘ時点での対照群の平均腫瘍体積である。ＴＡＲＣＥＶ  Ａ（登録商標）は、ＷＦＩ（注射液）溶液中６％Ｃａｐｔｉｓｏｌ（Ｃｙｄｅｘ、ｍｅ）として服用し、対照動物は全て賦形剤の等量を服用した。腫瘍増殖阻害実験では、１４日間、１日１回経口服用した。薬力学実験では、強制経口投与によって、１〜３日間服用し、１、２、３日目の服用４時間後に４つの対照動物および４つのＴＡＲＣＥＶ  Ａ（登録商標）治療動物から腫瘍を摘出して、液体窒素で急速冷凍した。
【０２３８】
共焦点顕微鏡法
２４時間ガラスのカバースリップ上で増殖した細胞を洗浄し、ＰＢＳ中３．７％ホルムアルデヒドで固定してから、０．５％ＮＰ−４０で透過化した。該細胞を洗浄し、５％ＢＳＡで遮断して、室温で２時間一次抗体、および、１時間希釈ＦＩＴＣ接合二次抗体でインキュベートした。核は、ＤＡＰＩ（３００ｎＭで５分間）で染色した。共焦点画像は、６０ｘ倍率で共焦点回転対象顕微鏡を使用して撮影した。
【０２３９】
結果
表２エルロチニブによる半数最大効能（ＥＣ５０）および最大阻害（％）に必要な濃度（μＭ）として発現したエルロチニブに対する高感受性または比較的非感受性の野生型ＥＧＦ受容体腫瘍細胞株の増殖阻害。腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）は、異種移植片をエルロチニブに暴露後１５日間投与した。
【０２４０】
【表２】
2010527232.tif 000003
【０２４１】
野生型ＥＧＦ受容体を含むＮＳＣＬＣ株は、体外でエルロチニブに対する様々な感受性を示す。
【０２４２】
ＥＧＦＲの触媒ドメインに突然変異を含むＮＳＣＬＣ細胞株は、選択的ＥＧＦＲ阻害剤のエルロチニブおよびゲフィチニブによる治療に対して超感受性を示した。このような突然変異を有する患者だけが、ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤を使用する治療に反応および生存利益を示すことが示唆された。しかしながら、エルロチニブを使用して行われた無作為抽出プラセボ対照試験は、薬品に暴露した患者の生存率が、患者集団におけるこのような突然変異の予測発生率を十分に超えることを示した。これは、突然変異は患者反応の指標ではあるが、疑いの余地なく、他の因子が生存利益をもたらすことに関与することを示唆した。
【０２４３】
最初に、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）の配列を、１４のＮＳＣＬＣ細胞株において決定した。配列分析によって、今回の研究の細胞株全てに発現したＥＧＦＲは、２つの最近同定された突然変異に関して野生型であることが示された（欠失および点変異、データは示していない）。該受容体が野生型であると判定した後、非小型細胞肺癌の細胞株のエルロチ二ブに対する感受性を、細胞生存能力測定を使用して評価した。
【０２４４】
ＥＧＦＲの野生型である、様々なヒトＮＳＣＬＣ細胞株のエルロチニブ感受性の分析は、広範囲の感受性を示した（表２、Ｇｒｉｆｆｉｎ  ｅｔ  ａｌ．、２００５）．このように、これらの細胞株を、体外および異種移植片において、エルロチニブ仲介増殖阻害に対する比較的感受性が無い株（Ｈｌ  ７０３、ＳＷｌ  ５７３、Ｈ４６０およびＣａｌｕ６）、感受性が中程度の株（Ａ５４９）および感受性が高い株（Ｈ４４１、Ｈ３５８、Ｈ３２２およびＨ２９２）に大まかに分類した。これらの差異は、部分的には、比較的感受性の無い細胞株がＡｋｔ／ＰＫＢリン酸化のエルロチニブ仲介阻害を示すことに失敗したことに関連付けることが可能である（Ｇｒｉｆｆｉｎ  ｅｔ  ａｌ．、２００５）。エルロチニブに対する細胞の様々な感受性は、最も感受性が高い株（Ｈ２９２）から最も感受性が無い株（Ｈ４６０）までにおよぶ細胞株から観察された。腫瘍タイプとエルロチニブ感受性との間にはほとんど相関関係はなかったが、興味深いことに、両方の気管支肺胞上皮癌（ＢＡＣ）由来細胞株（Ｈ３５８およびＨ３２２）は、ＥＧＦＲ阻害に対する感受性を見せた。これまでの臨床試験からの報告では、ＮＳＣＬＣ患者集団のうち、ＢＡＣ組織構造のある患者は、他のＮＳＣＬＣ患者よりも大きい治療利益を有する傾向にあることが示唆されていた。しかし、結論を出す前に、さらに多くのＢＡＣ由来細胞株をテストする必要がある。体外薬理学実験からのデータは表２にまとめた。濃度反応曲線は、２つの方法で分析した。まず、従来的に認められているＩＣ５０値（図示せず）をさらに定義するために、曲線を０〜１００％の範囲に適合させた。しかしながら、エルロチニブおよび他のＥＧＦＲ阻害剤は、細胞毒性ではなく細胞増殖抑制剤として説明することができるので、従って完全に細胞を殺傷するとは全く予想されないため、ＩＣ５０の値の関連性は疑問である。実際、最も感受性の高い細胞株においても、約７０〜８０％の最大効能が最も観察された。従って、０〜８０％から曲線を制約するＥＣ５０は、もっと関連性が高い効能比較である。
【０２４５】
体外細胞生存能力測定の生体内効能に対する関連性を決定するために、体外で感受性が高い細胞株から感受性が無い細胞株まで選択した株をマウスの異種移植片モデルでテストした。これらの実験データを、図１および表２に示す。エルロチニブに対する体外感受性と体内感受性の相関関係は特筆すべきものであった。体外で最も感受性が高かった細胞は、体内でも最も感受性が高く、全ての細胞株の感受性の順番は２回の測定の間で一致している。このような発見は、異種移植片モデルでエルロチニブ感受性を評価するための最初の指針として、体外測定を使用することを強力に裏付ける。選択した細胞株は、体外および体内の活量に基づいて様々な感受性に対して選んだ。ある程度主観的な分類ではあるが、２つの高感受性株（Ｈ２９２およびＨ３５８）、２つの中程度感受性株（Ｈ４４１およびＡ５４９）および２つの非感受性株（Ｈ４６０およびＣａｌｕ−６）を選択した。体外の低い感受性にも関わらず、Ａ５４９は、体内の低レベルの反応により、中程度の細胞株として分類した。さらなる研究の基本目的は、これらのＮＳＣＬＣ細胞株においてエルロチニブ感受性の分子決定要因を決定することであった。
【０２４６】
上皮および間葉細胞マーカーの変化は、エルロチニブに対するＮＳＣＬＣ細胞の感受性と相関する。
【０２４７】
最初に、体外でのエルロチニブに対する高感受性または比較的非感受性のＮＳＣＬＣ株の間でタンパク質チロシンリン酸化および複合体形成の差異を測定した。これらの実験には、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分画イオンスペクトルに基づく、細胞溶解物、トリプシン消化およびタンパク質同定の抗リン酸化チロシン親和性選択が関与する。異常な発現のビメンチンおよびまたはフィブロネクチンにおいては、エルロチニブに対する高い感受性と比較的無い感受性のＮＳＣＬＣ株に顕著な差異を観察した（図２Ａ）。一般的に、ビメンチンおよびフィブロネクチンの発現は、間葉細胞の特徴で、上皮細胞系統では弱く発現するだけ、または発現しない。ビメンチンの発現は、主にＨ１７０３とＣａｌｕ６で検出したが、フィブロネクチンの発現は、Ｈ４６０細胞で観察した。これら３つのＮＳＣＬＣ株は、体外（＞１０ｕＭ  ＥＣ５０）および体内（２００ｍｇ／ｋｇ経口ｑｄで）のエルロチ二ブによる増殖阻害に対して比較的感受性が無かった。ビメンチンまたはフィブロネクチンの発現は、エルロチニブに対する感受性が高いＮＳＣＬＣ株Ｈ２９２およびＨ３５８、中程度の株のＡ５４９または２つの変異株ＥＧＦ受容体細胞株Ｈ１６５０およびＨ１９７５ではわずかしか、または全く検出されなかった。
【０２４８】
エルロチニブに対する感受性が比較的無いＮＳＣＬＣ株における間葉タンパク質の発現に基づいて、同じパネルの比較的非感受性および高感受性のＮＳＣＬＣ株からのタンパク質抽出物で上皮または間葉表現型いずれかのマーカー特徴の有無を分析した（図２Ｂ）。驚くべきことに、Ｅ−カドヘリンは、感受性の高い細胞株（Ｈ４４１、Ｈ３５８、Ｈ３２２およびＨ２９２）で検出されたが、比較的感受性が無い細胞株（Ｈ１７０３、ＳＷ１５７３、Ｈ４６０およびＣａｌｕ６）では検出されなかった。中程度の感受性の細胞株Ａ５４９は、低くはあったが検出可能な発現を示した。同様なγ−カテニンの喪失が、Ｈ４６０を除き、エルロチニブに対する感受性が比較的無い細胞で観察された。従って、比較的感受性が無い細胞株は、上皮細胞マーカータンパク質の発現を喪失したように見える。次に、これらの細胞株が、間葉マーカーのフィブロネクチンおよび／またはビメンチンを発現したかどうかを問題とした。比較的感受性が無い細胞株は、フィブロネクチンとビメンチンのうちの１つまたは両方を明らかに発現したが（図２Ｂ）、どちらのタンパク質もエルロチニブに感受性が高い細胞株では検出可能ではなかった。興味深いことに、感受性が中程度の細胞株Ａ５４９は、ここでも、検出レベルが低いが両方のタンパク質が検出可能なレベルを示した。しかしながら、Ｅ−カドヘリンおよびビメンチン専用の抗体による免疫染色を使用する共焦点顕微鏡実験（結果は図示せず）は、使用したＡ５４９細胞培養は、細胞の二重染色が観察されなかったことから、細胞の混合集団であるように見えることを示唆した。これは、ある程度ばらつきのある結果がこの細胞株で得られたことも説明できる可能性があり、エルロチニブに対する中程度の感受性と一致する。
【０２４９】
細胞系統マーカーにおける変化は、Ｅ−カドヘリンとビメンチンに対する抗体による免疫染色後に共焦点顕微鏡胞によって２つの比較的感受性の無い細胞株と２つの感受性が高い細胞株においてさらに分析した（図２Ｃ）。Ｈ１７０３またはＣｌｕ６細胞のどちらでもＥ−カドヘリン染色は検出可能ではなかったが（図２Ｃ、パネル１および２）、これらの細胞の全てはビメンチンで染色可能であった（図２Ｃ、パネル５および６）。感受性が高い細胞株Ｈ４４１とＨ２９２ではこの逆が確認され、これらの細胞の細胞膜状では明らかにＥ−カドヘリン染色が見られたが（図２Ｃ、パネル３および４）、ビメンチン染色は見られなかった（図２Ｃ、パネル７および８）。これらのデータをまとめると、エルロチニブによる増殖阻害に対して比較的感受性が無いＮＳＣＬＣ細胞は、間葉細胞方への移行を多く受けて、ビメンチンまたはフィブロネクチンいずれかを発現したように見えることが示唆される。対照的に、エルロチニブによる増殖阻害に対する感受性が高い細胞株は、上皮表現型を維持して、Ｅ−カドヘリンを発現した。
【０２５０】
エルロチニブ感受性は、体内腫瘍増殖の間上皮マーカーの維持と相関する。
【０２５１】
マウスで増殖したＮＳＣＬＣ細胞株由来の腫瘍異種移植片は、体外のそれぞれの細胞株で観察されたのと同程度のエルロチニブ感受性を見せた。従って、我々は、体外で同定されたタンパク質マーカーが体内のエルロチニブ感受性も予測するかどうかを検査することを考えた。Ｈ４６０、Ｃａｌｕ６、Ａ５４９、Ｈ４４１およびＨ２９２細胞から増殖した３つの独立した腫瘍異種移植片からタンパク質抽出物を調製した。抽出物の免疫ブロットは、Ｅ−カドヘリンが、エルロチニブに対する感受性が比較的無いＨ４６０およびＣａｌｕ７細胞由来の異種移植片では検出可能には発現せず、感受性が中程度のＡ５４９細胞由来の異種移植片では低レベルで発現し、エルロチニブに対する感受性が高いＨ４４１およびＨ２９２細胞株では高レベルで発現した、ことを示した（図３）。同様な結果は、γ−カテニンレベルの分析でも観察された。対照的に、Ｃａｌｕ６由来の異種移植片試料は、フィブロネクチンとビメンチン（Ｃａｌｕ６）またはフィブロネクチンだけ（Ｈ４６０）を発現して、体外細胞培養から得られた結果と一致した（図２Ｂ）。Ｈ４４１およびＨ２９２由来の異種移植片抽出物は、フィブロネクチンまたはビメンチンをわずかに発現したこと、または全く発現しなかったことを示した。これらの体内の結果は、体外データをさらに裏付け、これらのタンパク質マーカーの存在は、細胞培養の人為的結果でないことを示唆する。さらに、これらは、エルロチニブに対する感受性は、上皮表現型のある細胞に制限され、ＥＭＴを受けた細胞は、細胞増殖および生存に対するＥＧＦＲシグナル伝達に対する依存が少なくなることができるという仮説を裏付ける。
【０２５２】
ＥＧＦ受容体阻害に対する感受性が比較的無いまたは高いＮＳＣＬＣ細胞株におけるＢｒｋの発現
【０２５３】
これらの実験の結果から、エルロチニブ感受性は、Ａｋｔシグナル伝達を阻害する化合物の能力によって決定されるという作業仮説につながった。この仮説に従うと、ＥＧＦＲ伝達経路に、細胞のＡｋｔシグナル伝達に非常に顕著に影響を与えることを可能にするこれらの細胞に関して、何が固有であるかという疑問が発生する。最近の文献（ＲＥＦＳ）は、ＥＧＦＲとＡｋｔシグナル伝達の間の興味深い潜在的な連携を示唆しているが、ＥｒｂＢ３のような他のＨｅｒメンバーとのヘテロ二量化が関与している場合も関与していない場合もあり、非受容体チロシンキナーゼＢｒｋ（ＰＴＫ６としても知られる）が関与する。従って、エルロチニブの感受性が高い株と感受性が無い株との間のＢｒｋ発現には何らかの関係があるかどうかの可能性を判断することは興味深いことであり、ＥＧＦＲ阻害がエルロチニブの非感受性の株に比較して高感受性の株においてＡｋｔに非常に密接に連携している理由についての論理的根拠を提供する。図４は、ＮＳＣＬＣパネルからのいくつかの株のウエスタンブロット分析タンパク質、およびＢｒｋタンパク質のそれぞれの発現を示す。興味深いことに、Ｂｒｋ発現が高くなると、エルロチニブ感受性が高くなる、またはＢｒｋが不在または発現が低くなると感受性が低い株を特徴付ける傾向があるということから、Ｂｒｋレベルとエルロチニブ感受性の間には非常に十分な相関関係が存在する。
【０２５４】
ＥＭＴマーカーの分析は、培養下の膵臓株系のエルロチニブ感受性を予測する
【０２５５】
次に、これらの研究を広げ、これらの観察が他の癌細胞タイプに適用可能であるかどうかを問う。エルロチニブは、膵臓癌においてゲムシタビンによる第ＩＩＩ相併用研究において効能を示したので、体外でエルロチニブによる増殖阻害に対する膵臓細胞株の感受性と、上皮および間葉系統マーカーの発現を試験した。ＮＳＣＬＣのデータと一致して、エルロチニブに感受性が高い膵臓細胞株は、Ｅ−カドヘリンを発現したが、ビメンチンまたはフィブロネクチンは発現せず、一方で、エルロチニブに対する感受性が比較的無い膵臓株は、Ｅカドヘリン発現を喪失して、ビメンチンおよび／またはフィブロネクチンの発現を得た（図５）。これらの結果は、免疫ブロット（図５Ａ）および共焦点蛍光顕微鏡研究（図５Ｂ）両方で観察された。
【０２５６】
高レベルのＥカドヘリンを発現している腫瘍患者は、化学療法だけと比較して、エルロチニブ＋化学療法で治療を受けると、疾病進行までの時間が長くなる。
【０２５７】
Ｔｒｉｂｕｔｅと称される、無作為、二重盲検第ＩＩＩ相臨床試験に参加した患者の試料を、蛍光免疫組織化学法（ＨｉＣ）によってＥ−カドヘリン発現に対して分析した。Ｔｒｉｂｕｔｅは、米国約１５０箇所で、組織学的にＮＳＣＬＣが確認された、これまで化学療法を受けたことがない１，０７９人の患者を調査して、エルロチニブ＋化学療法（カルボプラチン／パクリタキセル）を化学療法だけと比較した。患者に、パクリタキセル（２００ｍｇ／ｍ２を３時間静脈投入）の後に、エルロチニブ（経口で１００ｍｇ／日、耐性患者には１５０ｍｇ／日まで増加）を含む、または含まないカルボプラチン（ＡＵＣ＝６ｍｇ／ｍｌ、Ｃａｌｖｅｒｔ処方を使用して１５〜３０分の間に、ｘ分間）を投与した。Ｔｒｉｂｕｔｅ調査の８７人の患者からの腫瘍試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋ブロックまたは非染色スライドとして、免疫染色して、Ｅ−カドヘリン発現を検出した。染色濃度は、０、１＋、２＋および３＋として記録し、８７試料のうち６５試料の染色濃度が２以上、および２２試料の染色濃度が１以下であった。
【０２５８】
Ｅ―カドヘリンの免疫組織化学検査は、組織マイクロアレイに集められたホルマリン固定パラフィン包埋組織片で実施した。脱パラフィン後、抗原を、１１０度Ｃで２０分間、Ｔａｒｇｅｔ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ＤａｋｏＣｙｔｏｍａｔｉｏｎ、Ｃａｒｐｅｎｔｅｒｉａ  ＣＡ）で前処理することによって回収した。前処理した組織片を、次に、室温で６０分間、１マイクログラム／ｍｌの濃度で、Ｅ−カドヘリンに対する１次マウス単クローンＩｇＧ２抗体（クローン３６、Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）でインキュベートした。該組織片に結合した１次抗体を、ビオチン化ウマ抗マウスＩｇＧを使用して検出し、アビジン−ビオチンペルオキシダーゼ複合体技法（Ｖｅｃｔａｓｔａｉｎ  ＡＢＣ  Ｅｌｉｔｅ、Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）とジアミノベンジンをクロマゲンとして使用して可視化した。
【０２５９】
腫瘍の細胞膜と細胞質に高レベルのＥ−カドヘリン染色が認められた患者は、エルロチニブと化学療法で治療された場合、化学療法だけと比較して、疾病進行までの時間（ＴＴＰ）が顕著に長いことを示した（３４週対１９．３週ｐ＝０．００２８）。該結果を表２に提供し、図６ａにカプランマイヤー曲線で示した。逆に、腫瘍の細胞膜と細胞質のＥ−カドヘリン発現が低い患者（染色濃度が１以下）は、図６ｂにカプランマイヤー曲線によって示したが、２つの治療群においてＴＴＰに顕著な差異がない。
【０２６０】
【表３】
2010527232.tif 000004
【０２６１】
ＮＳＣＬ腫瘍細胞において同定された追加バイオマーカー。
【０２６２】
生存シグナルおよび上皮−間葉細胞表現型に関連するタンパク質を分離し、質量分析法等の複数の実験的手法を使用して測定した。個別のタンパク質の存在量、またはチロシン残基のリン酸化の程度を、様々なＮＳＣＬＣ腫瘍株の間で比較した。質量分析手法は、さらに、４つのＮＳＣＬＣモデル細胞株を使用して、細胞分画、リン酸化チロシンタンパク質回収およびリン酸化ペプチド回収を含む。ＮＳＣＬＣ株は、体外と異種移植片両方の薬剤的ＥＧＦＲ阻害に対する感受性の範囲を反映するように選択した。これらのＮＳＣＬＣ株は、腫瘍進行中に発生するＥＭＴ様移行から起こる上皮と間葉様の腫瘍表現タイプ両方に及ぶ。２つのＭＳ定量手法を求めた。まず、細胞間比較を実施し、細胞膜粒子および細胞質分画を分離し、タンパク質の存在量の差異を測定した。どちらの場合も、様々な生物学的条件下で分離したタンパク質の相対定量を可能にするｉＴＲＡＱペプチド標識方法を使用した。第２のパラダイムでは、細胞内分析を実施し、指定の細胞株内部では、溶解および抗リン酸化チロシンタンパク質とペプチド親和回収両方を行なう前にＥＧＦで刺激された細胞において、ＥＧＦ受容体キナーゼ活性を阻害した（１、４または２４時間、１μＭエルロチニブ）。タンパク質試料を、トリプシンでタンパク質分解し、同重体安定アイソトープ質量標識（ｉＴＲＡＱ、Ｒｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．、２００５、Ｐｅｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．  ２００５）で個別に標識し、混合してＬＣ−ＭＳ／ＭＳに供した。タンパク質同定条件は、Ｂｒａｄｓｈａｗ  ｅｔ  ａｌ．によって提案されているガイドラインに準じた（Ｂｒａｄｓｈａｗ  Ｒ．Ａ．，  Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ  Ａ．Ｌ．，  Ｃａｒｒ  Ｓ．，  ａｎｄ  Ａｅｂｅｒｓｏｌｄ  Ｒ．  （２００６）  Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ５：７８７−７８８）。
【０２６３】
上皮ＮＳＣＬＣ表現型と間葉ＮＳＣＬＣ表現型の間の細胞接着複合体に関連した特異的なタンパク質存在量とチロシンリン酸化。
【０２６４】
細胞質溶解性分画、細胞膜特定分画、細胞表面交差結合分画およびリン酸捕捉分画に対して、上皮と間葉様腫瘍細胞で異なって発現するタンパク質を、図７に示す。これらのタンパク質は、細胞の上皮および間葉状態を定義する場合、およびこのような腫瘍の適切な治療を定義する場合に重要である。発現が異なる主なタンパク質は、１４−３−３タンパク質シグマ、４Ｆ２重鎖、４Ｆ２軽鎖、ＡＨＮＡＫ（デスモヨキン）、アルファ−１カテニン、アネキシンＡ３、バシジン（ＣＤ１４７抗原）、ベータ−カテニン、カテニンデルタ−１、コフィリン−１、サイトケラチン１８、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、サイトケラチン８、ジャンクションプラコグロビン（Ｊｕｎｃｔｉｏｎ  ｐｌａｋｏｇｌｏｂｉｎ）、Ｅ−カドヘリン、エズリン（ｐ８１）、フィラミンＡ、フィラミンＢ、インテグリンベータ−４、マスピン（Ｍａｓｐｉｎ）（プロテアーゼ阻害剤５）、プレクチン１、ＲｈｏＡ、トランスゲリン（Ｔｒａｎｓｇｅｌｉｎ）−２、腫瘍カルシウムトランスデューサー１、腫瘍カルシウムトランスデューサー２、アネキシンＡ６、ガレクチン−１、ＨＬＡクラスＩ、Ａ−１アルファ鎖、ミオシン−１０、プロフィリン（Ｐｒｏｆｉｌｉｎ）−１、ｓｎＲＮＰ  Ｄ３、チューブリンベータ−３およびビメンチンを含む。
【０２６５】
エルロチニブによって異なって発現または異なって調節される主なリン酸化タンパク質は、アクチン、細胞質１、アクチン、細胞質２、インテグリンベータ−４、プラコフィリン−２、プラコフィリン−３、ジャンクションプラコグラビン（Ｊｕｎｃｔｉｏｎ  ｐｌａｋｏｇｌｏｂｉｎ）（デスモプラーキンＩＩＩ）、ビメンチン、ＰＣ４およびＳＦＲＳｌ結合タンパク質、焦点接着キナーゼ２、サイトケラチン１８、サイトケラチン１７、サイトケラチン１９、サイトケラチン７、サイトケラチン８、ＰＡＲ−３、ＴＡＸ−反応性エンハンサＢＰ−１０７、タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−１、タイトジャンクションタンパク質ＺＯ−３、アルファ−１カテニン、ベータ−カテニン、カテニンデルタ−１、細胞分裂制御タンパク質２（ＣＤＫｌ）、細胞分裂タンパク質キナーゼ２、Ｓ周期キナーゼ−結合タンパク質ＩＡ、肝細胞増殖因子受容体、ｐ１８５−Ｒｏｎ、Ｃ−ｒｅｔ、ＰＤＧＦ−Ｒ−アルファ、プロトオンコジーンチロシン−タンパク質キナーゼＦＥＲ、プロトオンコジーンチロシン−タンパク質キナーゼＦＥＲを含む。
【０２６６】
細胞骨格線維／微小管リン酸化タンパク質の相互調整は、エルロチニブ暴露の１時間以内に、間葉および上皮表現型のあるＮＳＣＬＣ細胞で観察された。α−およびγ−アクチンおよびビメンチンのダウンレギュレーションは、間葉様ＮＳＣＬＣ細胞で観察されたが、上皮表現型のある細胞は、アクチン様タンパク質−６Ａおよびβ−アクチンの上方調節を見せた。これは、α−およびγ−両方のアクチンが、間葉様細胞だけで発現し、ＥＧＦＲ阻害によってマイナスに調節されたリン酸化チロシン捕捉分画においても観察された。逆に、リン酸化チロシンが捕捉されたβ−アクチンは、上皮表現型の細胞だけで観察され、ＥＧＦＲ阻害によって調節されなかった。Ｒｈｏ−ＧＥＦ７のリン酸捕捉におけるエルロチニブ依存性の顕著な増加は、間葉様細胞で観察され、このさらに移動性が高い侵襲的腫瘍段階で変化した細胞骨格ネットワークと一致する。還元されたリン酸化サイトケラチン−７、−８および−１８がＣａｌｕ６で観察され（上皮株系Ｈ２９２およびＨ３５８と相対的に）、Ｈ１７０３では全く観察されず、Ｃａｌｕ６とＨ１７０３の間葉表現型と一致した。同様に、α−およびβ−カテニンのリン酸捕捉は、上皮状態の腫瘍細胞に制限され、δ−カテニンは、上皮状態の腫瘍細胞において、顕著に上昇した（Ｈ２９２およびＨ３５８）。リン酸化チロシンキナーゼプラコフィリン−２、−３、−４、デスモプラーキン−３およびインテグリン−β４のリン酸化チロシン捕捉は、上皮表現型のあるＮＳＣＬＣ細胞だけで観察された。リン酸化Ｅ−カドヘリンは、上皮表現型のあるＨ２９２だけで観察された。要約すると、細胞接着を調節しているタンパク質は、上皮表現型のある腫瘍細胞で主に発現するが、間葉様表現型が多い腫瘍細胞では削減または消失した。細胞骨格組織の複合体、またはＨｓｐ９０、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ７１、Ｈｓｐ６０、Ｈｓｐ  Ｂｌ、Ｇｒｐ７８またはＧｒｐ９４を上皮と間葉様株の間に含む熱ショックタンパク質の複合体を含むｐ１３０ＣＡＳ／パキシリンの異なる発現および／または調節は明らかではなかった。これは、大半のタンパク質は上皮または間葉表現型の間の存在量が比較的変化しない、または、エルロチニブによるＥＧＦＲ遮断に応答して、比較的変化しなかったという観察に一致する。
【０２６７】
リン酸化チロシンキナーゼタンパク質捕捉に対するＥＧＦＲ阻害の細胞効果は、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ手法によって特定および測定されるタンパク質の一時的存在量に基づいて、自己組織化マップにおけるタンパク質の集積によって分析した。複数の公知のＥＧＦＲ基質を、上皮および間葉細胞療法の表現型における共調節および共集積に対して分析した。これらは、Ｃｂｌ／Ｃｂｌ−Ｂ、総ＥｒｂＢ２、総ＥＧＦＲ、Ｇｒｂ２、Ｍｅｔ、ＰＩＲＫ２、ＳＨＣを含んだ。ＭｅｔおよびＲｏｎのリン酸捕捉は、固有および総ペプチド数によって決定されるように、上皮様腫瘍細胞で非常に上昇した。ＭｅｔとＲｏｎ両方のリン酸化状態は、ＥＧＦＲ阻害剤を使用する細胞治療によって大幅に削減され、ＥＧＦＲと受容体チロシンキナーゼのＭｅｔ／Ｒｏｎファミリーとの間のクロストークを示唆する。Ｅｒｋ２、ユビキチンおよびチロシンホスファターゼＳＨＰ−２およびＢＤＰ１８に対するチロシンリン酸化のエルロチノブダウンレギュレーションは、主に、上皮細胞の状態に関連した。他のよく研究された間葉様株Ｃａｌｕ６においては、高いリン酸Ｒｅｔ発現が観察され、異常なＥＧＦＲ非依存性およびＥｒｋ２／ＭＡＰＫ１のリン酸化に寄与する可能性がある。対照的に、Ｈ２９２、Ｈ３５８およびＨ１７０３細胞のバックグラウンドにおいては、Ｅｒｋ２リン酸化は、暴露１時間以内にＥＧＦＲ阻害によって著しくおよび有意に弱められた。
【０２６８】
上皮ＮＳＣＬＣ表現型と間葉ＮＳＣＬＣ表現型との間の変化した細胞生存シグナル
【０２６９】
複数のリン酸化タンパク質の発現および／または調節は、生物学的に興味深い様態において特異細胞型に制約された。例えば、リン酸化ＰＤＧＦ受容体の高い発現はＨ１７０３細胞に限定して観察され、ＦｅｒおよびＦｇｒの存在量の低下も観察された。これらのタンパク質のリン酸捕捉は、ＥＧＦＲ阻害によって影響されなかった。これは、ＳＯＳ−１、ＳＨＰ−２、インターセクション−２、チロシンキナーゼ−タンパク質キナーゼＪＡＫ１、ＧＲＢ２−関連結合タンパク質ＧＡＢｌ、ホスホリパーゼＣ−γｌ、ＰＩ３−キナーゼｐ１１０サブユニット−αおよび−β、およびＰＩ３−キナーゼｐ８５−αおよび−βサブユニットのリン酸捕捉の上昇を伴い、いずれもＥＧＦＲ阻害によって調節されなかった。Ｈ１７０３細胞のｐ２１活性化キナーゼＰＡＫ２の固有のリン酸捕捉は、エルロチニブの添加によってすべての時点で刺激され、ＥＭＴ様移行を行ったこのＮＳＣＬＣ株内の亜鉛フィンガー転移因子Ｚｅｂ１／ＴＣＦ８／ｄＥＦ１の構造性発現の一因となる可能性がある。
【０２７０】
Ｃａｌｕ６細胞においては、弱体化したＥＧＦ依存性ＥＧＦＲ活性が観察される。Ｇｒｂ２およびＣｂ１は、７つの他のＮＳＣＬＣ株とは対照的に、チロシンのリン酸化ができない。クラスリン重鎖のリン酸捕捉における違いはほとんど検出されず、異常は、被膜ピットへのＥＧＦＲの内在化レベルではない可能性が高かった。対照的に、Ｓｈｃを、通常利用し、そのリン酸化を、他の株（Ｈ２９２、Ｈ３５８、Ｈ１６５０、Ａ５４９、Ｈ１７０３およびＨ４６０）に類似した方法でＥＧＦＲ遮断によって大幅に削減できる。
【０２７１】
ヒアルロン酸運動受容体ＲＨＡＭＭは、間葉様株のリン酸化チロシンキナーゼ分画において唯一検出可能で、間葉表現型に関連付けられる遊走および侵襲的特長の増加の一因となる可能性がある。これは、間葉ＮＳＣＬＣ株ではバシジン（ＣＤ１４７）のレベルが削減しているため、特に重要な可能性がある。
【０２７２】
結論として、上記および図７に挙げたタンパク質およびリン酸化タンパク質は、ＥＭＴ状態を評価するために使用することが可能な追加のバイオメーカーを提供し、これによって、腫瘍細胞のＥＧＦＲキナーゼ阻害剤に対する感受性を提供する。特定の細胞区画（つまり、細胞質、細胞膜、細胞表面の分画）に挙げたタンパク質バイオメーカーは、およびおそらく１つもしくは複数のリン酸化タンパク質分画も、発現レベルがＥＭＴの結果変化するタンパク質である。１つもしくは複数のリン酸化タンパク質分画だけに挙げたこれらのタンパク質は、ＥＭＴに対する反応において、リン酸化反応レベルが変化しているが、タンパク質の発現レベルに変化はない。このように、後者の場合、リン酸化タンパク質自体がバイオマーカーである。図７に間葉様細胞において減少しているとして挙げた腫瘍バイオマーカーは、上皮バイオマーカーで、その発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。図７に間葉様細胞において増加しているとして挙げられている腫瘍バイオマーカーは、間葉バイオマーカーで、その発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する低い感受性と相関する。従って、図７に挙げたバイオマーカーでは、上皮から間葉へのバイオマーカー発現レベルの高い比率は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する。
【０２７３】
図７に「間葉様細胞における混合組成」として挙げたバイオマーカーは、タンパク質の発現レベルの変化とタンパク質の変化したリン酸化状態では、結果が異なることが予測されるバイオマーカーである。例えば、タンパク質「ｐ１８５−Ｒｏｎ」は、ＥＭＴ後に発現が増加する間葉マーカーで、高い発現レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性の低さと相関するが、「リン酸化ｐ１８５−Ｒｏｎ」は、ＥＭＴ後に減少する間葉マーカー（つまり、ＥＭＴ後にｐ１８５−Ｒｏｎのリン酸化反応レベルに減少がある）で、高いリン酸化反応レベルは、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性の高さに相関する。
【０２７４】
間葉細胞株Ｈ１７０３またはＣａｌｕ６で増加または減少しているとして図７に挙げたバイオマーカーは、細胞特異様態で変化すると見られるバイオマーカーで、実験した全ての腫瘍細胞で同様に変化すると見られる、図７のこれらより上に挙げた他のバイオマーカーとは異なる。このように、間葉細胞株Ｈ１７０３またはＣａｌｕ６は、おそらく、腫瘍細胞タイプのサブセットの各表現で、これらの細胞特異型バイオマーカーはＥＭＴで変化し、したがって、これらの腫瘍タイプにおいてＥＧＦＲキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性が予測できる。
【０２７５】
結論
Ｅ−カドヘリン発現の欠落と間葉表現型増大の取得は、複数の上皮由来充実性腫瘍における予後不良との相関を示した。Ｅ−カドヘリンおよびそれほどではないがγ−カテニンとＢｒｋの発現の欠落は、ＥＧＦ受容体阻害に対する細胞および異種移植片の感受性の低さと相関した。逆に、間葉マーカーのビメンチン、フィブロネクチンまたはフィブリンの細胞獲得は、ＥＧＦ受容体阻害剤の感受性の欠落と相関する。部分的または完全な上皮から間葉への移行は、体外および異種移植片においてＥＧＦ受容体阻害剤に対する細胞反応にマイナスの影響を与え、ＥＧＦ受容体キナーゼ阻害剤および抗ＥＧＦ受容体抗体治療から最も恩恵を受ける可能性が高い患者に対する診断として機能することを明確に示す。
【０２７６】
略称
ＥＧＦ、上皮増殖因子；ＥＭＴ、上皮から間葉への移行；ＮＳＣＬＣ、非小細胞肺癌；ＨＮＳＣＣ、頭頸部扁平上皮悪性腫瘍；ＣＲＣ、結腸直腸癌；ＭＢＣ、転移性乳癌；ＥＧＦＲ、上皮増殖因子受容体；Ｂｒｋ、胸部腫瘍キナーゼ（タンパク質チロシンキナーゼ６（ＰＴＫ６）としても知られる）；ＬＣ、液体クロマトグラフィー；ＭＳ、質量分析法；ＩＧＦ−１、インスリン様増殖因子−１；ＴＧＦα、転換増殖因子アルファ；ＨＢ−ＥＧＦ、へパリン結合上皮増殖因子；ＬＰＡ、リゾホスファチジン酸；ＴＧＦα、転換増殖因子アルファ；ＩＣ５０、半数阻害濃度；ｐＹ、リン酸チロシン；ｗｔ、野生型；ＰＤＫ、ホスファチジルイノシトール−３キナーゼ；ＧＡＰＤＨ、グリセアデルヒド３−リン酸脱水素酵素。
【０２７７】
参照による組み込み
本明細書に開示する全ての特許、公開特許出願、および他の参考文献は、参照することにより本明細書に明示的に組み込む。
【０２７８】
同等物
当業者は、通常の実験を使用して、本明細書に具体的に説明した本発明の特定の実施形態に対する多数の相当物を認識、または、確認することができる。こうような同等物は、以下の請求項の範囲内に含むことを目的とする。
【図１】
2010527232.tif 000005
【図２Ａ】
2010527232.tif 000006
【図２Ｂ】
2010527232.tif 000007
【図２Ｃ】
2010527232.tif 000008
【図３】
2010527232.tif 000009
【図４】
2010527232.tif 000010
【図５Ａ】
2010527232.tif 000011
【図５Ｂ】
2010527232.tif 000012
【図６Ａ】
2010527232.tif 000013
【図６Ｂ】
2010527232.tif 000014
【図７Ａ】
2010527232.tif 000015
【図７Ｂ】
2010527232.tif 000016
【図７Ｃ】
2010527232.tif 000017
【図７Ｄ】
2010527232.tif 000018
【図７Ｅ】
2010527232.tif 000019
【図７Ｆ】
2010527232.tif 000020
【図７Ｇ】
2010527232.tif 000021
【図７Ｈ】
2010527232.tif 000022
【図７Ｉ】
2010527232.tif 000023
【図７Ｊ】
2010527232.tif 000024
【図７Ｋ】
2010527232.tif 000025
【図７Ｌ】
2010527232.tif 000026
【図７Ｍ】
2010527232.tif 000027
【図７Ｎ】
2010527232.tif 000028
【図７Ｏ】
2010527232.tif 000029
【図７Ｐ】
2010527232.tif 000030
【図７Ｑ】
2010527232.tif 000031
【図７Ｒ】
2010527232.tif 000032
【図７Ｓ】
2010527232.tif 000033
【図７Ｔ】
2010527232.tif 000034
【図７Ｕ】
2010527232.tif 000035
【図７Ｖ】
2010527232.tif 000036
【国際調査報告】
2010527232.tif 000037
2010527232.tif 000038
2010527232.tif 000039
2010527232.tif 000040
2010527232.tif 000041
2010527232.tif 000042