(57)【要約】  本発明は、遺伝的多型の解析を使用して喫煙者及び非喫煙者の肺癌発症リスクを評価するための方法を提供する。本発明はまた、肺癌を発症する被験者のリスクの評価、及び肺癌についての介入の被験者の適合性の評価における遺伝的多型の使用に関する。かかる評価に適したヌクレオチドプローブ及びプライマー、キット、及びマイクロアレイも提供される。
2010506588.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の肺癌発症リスクを決定する方法であって、以下の多型：
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ（ｒｓ１０５６５０３）、
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）、
から成る群から選択される１又は複数の多型の有無；あるいは
前記多型のうちの１又は複数と連鎖不均衡にある１又は複数の多型の有無、について、被験者からの試料を分析することを含んでなり、前記多型の有無が被験者の肺癌発症リスクを示す、上記方法。
【請求項２】
前記肺癌が、腺癌及び扁平上皮細胞癌を含む非小細胞肺癌、小細胞肺癌、カルチノイド腫瘍、リンパ腫、又は転移癌から成る群から選択される、請求項１の方法。
【請求項３】
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ（ｒｓ１１５７１８３３）；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ（ｒｓ７２１４７２３）；
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）
あるいは、これらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、から成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の有無について、該試料を分析することを含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＣＡＭＫＫ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ ＴＴ遺伝子型；
Ｐ７３をコードする遺伝子中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）ＣＣ遺伝子型；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）ＡＡ遺伝子型；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）ＡＧもしくはＧＧ遺伝子型；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）ＣＤｅｌもしくはＤｅｌＤｅｌ遺伝子型；又は
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）ＴＴ遺伝子型
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
ＸＲＣＣ４をコードする遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
Ｃｅｒ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ ＡＡもしくはＧＧ遺伝子型；
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）ＧＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）ＡＡ遺伝子型；又は
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）ＣＣ遺伝子型
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される各多型を解析することを含んでなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される各多型を解析することを含んでなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される各多型を解析することを含んでなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される各多型を解析することを含んでなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
肺癌を発症する被験者のリスクを評価する方法であって、
（ｉ）肺癌を発症するリスクの低下に関連する少なくとも１つの防御性多型の有無を決定し；そして
（ii）少なくとも１つの防御性多型の非存在下で、肺癌を発症するリスクの上昇に関連する少なくとも１つの感受性多型の有無を決定する、ことを含んでなり、
ここで、該防御性多型の１つ又はそれ以上の存在は肺癌を発症するリスクが低いことを示し、少なくとも１つの防御性多型が存在しないことと、少なくとも１つの感受性多型の存在ととの組み合わせは、肺癌を発症するリスクが高いことを示す、方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１つの防御性多型が、
ＣＡＭＫＫ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ ＴＴ遺伝子型；
Ｐ７３をコードする遺伝子中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）ＣＣ遺伝子型；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）ＡＡ遺伝子型；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子中の＋３１００Ａ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）ＡＧもしくはＧＧ遺伝子型；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）ＣＤｅｌもしくはＤｅｌＤｅｌ遺伝子型；又は
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）ＴＴ遺伝子型
から成る群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１つの感受性多型が、
ＸＲＣＣ４をコードする遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
Ｃｅｒ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ ＡＡもしくはＧＧ遺伝子型；
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）ＧＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）ＡＡ遺伝子型；又は
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）ＣＣ遺伝子型
から成る群から選択される、請求項１０又は１１に記載の方法。
【請求項１３】
２つまたはそれ以上の防御性多型の存在が、１つ又はそれ以上の感受性多型の存在に無関係に、肺癌を発症するリスクが低いことを示す、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
防御性多型の非存在下で、１つまたはそれ以上の感受性多型の存在が、肺癌を発症するリスクが高いことを示す、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
２つまたはそれ以上の感受性多型の存在が、肺癌を発症するリスクが高いことを示す、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
肺癌を発症する被験者のリスクを決定する方法であって、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；又は
これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される２つまたはそれ以上の多型の存在について、該被験者からの試料を分析することを含んでなる、方法。
【請求項１７】
１つ又はそれ以上の疫学的危険因子の分析を含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
肺癌を発症する被験者のリスクを決定する方法であって、
（ｉ）該被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を得て、
（ii）X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の有無について結果を解析する、ことを含んでなり、
ここで、１つ又はそれ以上の該多型の有無を示す結果は肺癌を発症する被験者のリスクを示す、方法。
【請求項１９】
ＸＲＣＣ４をコードする遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＴＴ遺伝子型；
Ｐ７３をコードする遺伝子中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）ＣＣ遺伝子型；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）ＡＡ遺伝子型；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）ＡＧもしくはＧＧ遺伝子型；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）ＣＤｅｌもしくはＤｅｌＤｅｌ遺伝子型；又は
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）ＴＴ遺伝子型
の１つ又はそれ以上の存在を示す結果は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ＸＲＣＣ４をコードする遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
ＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）ＧＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）ＡＡ遺伝子型；あるいは
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）ＣＣ遺伝子型
の１つ又はそれ以上の存在を示す結果が、肺癌を発症するリスクが高いことを示す、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ ＡＴ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の有無について結果を解析することをさらに含んでなる、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について結果を解析することを含んでなる、請求項１８〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について結果を解析することを含んでなる、請求項１８〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について結果を解析することを含んでなる、請求項１８〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について結果を解析することを含んでなる、請求項１８〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法で使用される１つ又はそれ以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーであって、１つ又はそれ以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーは、解析される多型が存在する遺伝子の多型性領域にまたがるか又はまたがることができる、プローブ及び／又はプライマー。
【請求項２７】
配列番号１〜配列番号７２のいずれか１つの配列を含む、請求項２６に記載の１つ又はそれ以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー。
【請求項２８】
請求項１で定義した群から選択される１つ又はそれ以上の多型をコードする核酸配列又はこれらに相補的な配列にハイブリダイズすることができる核酸配列を提示する基質を含む、核酸マイクロアレイ。
【請求項２９】
肺癌を発症する被験者のリスクの評価における、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の使用。
【請求項３０】
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
あるいは、前記多型の任意の１つから成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の使用と組合わされる、請求項２９に記載の使用。
【請求項３１】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の使用である、請求項２９又は３０に記載の使用。
【請求項３２】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の使用である、請求項２９又は３０に記載の使用。
【請求項３３】
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の使用である、請求項２９又は３０に記載の使用。
【請求項３４】
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の使用である、請求項２９又は３０に記載の使用。
【請求項３５】
被験者中の請求項１１で定義した防御性多型の存在及び／又は機能的作用を、遺伝子型で又は表現型で複製する工程を含んでなる、肺癌を発症するリスクが高い被験者を治療する方法。
【請求項３６】
肺癌を発症するリスクが高い被験者を治療する方法であって、該被験者は、発現される遺伝子産物の生理活性濃度が、該被験者の年齢と性について正常な範囲の外にあるように、遺伝子の発現をアップレギュレート又はダウンレギュレートする請求項１２で定義した群から選択される検出可能な感受性多型を有し、該方法は、該遺伝子発現産物の生理活性濃度が、被験者の年齢と性について正常な範囲内であるように回復させる工程を含む、方法。
【請求項３７】
肺癌を発症する被験者のリスクを決定する方法であって、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ（ｒｓ１０５６５０３）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；又は
上記群の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される２つまたはそれ以上の多型の解析を含んでなる方法。
【請求項３８】
請求項１〜２１のいずれか１項又は請求項３７に記載の方法で使用される抗体マイクロアレイであって、請求項１〜５のいずれか１項で定義される感受性多型又は防御性多型と関連している時、その発現がアップレギュレート又はダウンレギュレートされる遺伝子の発現産物に結合することができる抗体を提示する基質を含むマイクロアレイ。
【請求項３９】
請求項１〜５のいずれか１項で定義される群から選択される、感受性多型又は防御性多型と関連している時、その発現がアップレギュレート又はダウンレギュレートされる遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
候補化合物に、遺伝子の発現のアップレギュレーション又はダウンレギュレーションと関連していることが決定されている感受性多型又は防御性多型を含む細胞を接触させる工程と、該候補化合物との接触後に該遺伝子の発現を測定する工程とを含んでなり、
接触工程前と比較して接触工程後の発現レベルの変化が、該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を示す、方法。
【請求項４０】
前記細胞が、プレスクリーニングされて該多型の存在が確認されているヒト肺細胞である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記細胞が、前記遺伝子の発現のアップレギュレーションに関連する感受性多型を含み、前記スクリーニングは該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記細胞は、前記遺伝子の発現のダウンレギュレーションに関連する感受性多型を含み、前記スクリーニングは該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記細胞は、前記遺伝子の発現のアップレギュレーションに関連する防御性多型を含み、前記スクリーニングは該遺伝子の発現をさらにアップレギュレートする候補化合物についてである、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記細胞は、前記遺伝子の発現のダウンレギュレーションに関連する防御性多型を含み、前記スクリーニングは該遺伝子の発現をさらにダウンレギュレートする候補化合物についてである、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４５】
請求項１〜５のいずれか１項で定義される群から選択される感受性多型もしくは防御性多型に関連している時、その発現がアップレギュレートもしくはダウンレギュレートされる遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
候補化合物に、感受性多型もしくは防御性多型に関連している時、その発現がアップレギュレートもしくはダウンレギュレートされるが、該細胞中ではその発現がアップレギュレートもダウンレギュレートもされない遺伝子を含む細胞を接触させる工程と、
該候補化合物との接触後に該遺伝子の発現を測定する工程とを含んでなり、
接触工程前と比較して接触工程後の発現レベルの変化が、該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を示す、方法。
【請求項４６】
前記細胞は、プレスクリーニングされて該遺伝子の存在と発現のベースラインレベルが確認されているヒト肺細胞である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
感受性多型に関連している時、前記遺伝子の発現はダウンレギュレートされ、前記スクリーニングは細胞中で該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項４８】
感受性多型に関連している時、前記遺伝子の発現はアップレギュレートされ、前記スクリーニングは細胞中で該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項４９】
防御性多型に関連している時、前記遺伝子の発現はアップレギュレートされ、前記スクリーニングは細胞中で該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項５０】
防御性多型に関連している時、前記遺伝子の発現はダウンレギュレートされ、前記スクリーニングは細胞中で該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである、請求項４５又は４６に記載の方法。
【請求項５１】
遺伝子発現産物の生理活性濃度が、被験者の年齢と性について正常な範囲内であるように回復させる工程を含む、肺癌に罹りやすいか又は肺癌と診断されている被験者の予防または治療処置に対する応答可能性を評価する方法であって、発現される遺伝子の生理活性濃度が該正常範囲の外にあるように、該被験者で、存在する場合は該遺伝子の発現をアップレギュレート又はダウンレギュレートする請求項１で定義される群から選択される感受性多型の有無を検出することを含み、前記多型の存在の検出が該処置に対して被験者が応答する可能性があることを示す、方法。
【請求項５２】
肺癌の診断又は治療である介入について被験者の適合性を評価する方法であって、
ａ）該被験者のネットスコアを与え［ここでネットスコアは、
ｉ）被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を提供し、そして防御性多型の有無について及び感受性多型の有無について結果を分析し（ここで、該防御性多型と感受性多型は肺癌に関連している）；
ii）各防御性多型について正のスコアを割り当て、そして各感受性多型について負のスコアを割り当て、又はその逆を行い；
iii）被験者試料中に存在する防御性多型の合計値と感受性多型の合計値との差を示して、該被験者についてネットスコアを計算することにより、決定されるか又は決定されている］；そして
ｂ）肺癌患者と非患者についてネットスコアの分布を提供し（ここで肺癌患者と非患者のネットスコアは、該被験者について決定されたネットスコアと同じ方法で決定されるか又は決定されている）；そして
ｃ）該被験者のネットスコアが、該介入が適切であると考えられる人と、該介入が適切ではないと考えられる人とを分ける該分布に基づく閾値内にあるかどうかを決定する、ことを含んでなり、
ここで、該閾値内のネットスコアは被験者の介入適切性を示し、閾値外のネットスコアは被験者の介入不適切性を示す、方法。
【請求項５３】
各防御性多型に割り当てられる値は同じである、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
各感受性多型に割り当てられる値は同じである、請求項５２〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
介入は肺癌の診断検査である、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
介入は肺癌の治療的介入である、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
肺癌は、腺癌及び扁平上皮細胞癌を含む非小細胞肺癌、小細胞肺癌、カルチノイド腫瘍、リンパ腫、又は転移癌から成る群から選択される、請求項５２の方法。
【請求項５８】
防御性多型と感受性多型が、
インターロイキン−１８遺伝子中の−１３３Ｇ／Ｃ多型；
ＣＹＰ２Ｅ１遺伝子中の−１０５３Ｃ／Ｔ多型；
Ｎａｔ２遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ多型；
インターロイキン１Ｂ遺伝子中の−５１１Ｇ／Ａ多型；
アンチキモトリプシン遺伝子中のＡｌａ９Ｔｈｒ多型；
アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＳアレル多型；
インターロイキン−８遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ多型；
ＸＰＤ遺伝子中のＬｙｓ７５１ｇｌｎ多型；
ＳＯＤ３遺伝子中の＋７６０Ｇ／Ｃ多型；
ＲＥＶ遺伝子中のＰｈｅ２５７Ｓｅｒ多型；
アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＺアレル多型；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ多型、
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ多型；
インテグリンアルファ−１１遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ多型；
ＣＡＭＫＫ１遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ多型；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ多型；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）多型；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子中の３’ＵＴＲ（ｒｓ２３１７６７６）多型中の＋３１００のＡ／Ｇ；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）多型；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）多型；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）多型；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）多型；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）多型；
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）多型；
あるいは前記多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５９】
前記結果が、
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について解析される、請求項４０に記載の方法。
【請求項６０】
前記結果が、
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について解析される、請求項４０に記載の方法。
【請求項６１】
前記結果が、
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について解析される、請求項４０に記載の方法。
【請求項６２】
前記結果が、
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される各多型の有無について解析される、請求項４０に記載の方法。
【請求項６３】
前記介入が肺癌のためのＣＴスキャンである、請求項５７又は５８の方法。
【請求項６４】
例及び／又は図面を参照して本明細書で説明される、請求項５２〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
肺癌から選択される１つ又はそれ以上の閉塞性肺疾患を発症する被験者のリスクを評価するためのキットであって、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
あるいはこれらの多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型；
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の有無について、該被験者からの試料を分析する手段を含んでなるキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、肺機能及び／又は障害の評価のための方法、特に、遺伝的多型の解析を使用して喫煙者及び非喫煙者の肺癌発症リスクを評価するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
肺癌は２番目に多い癌であり、主に喫煙が原因であるとされている。肺癌発症の他の要因には、職業上の接触、遺伝的要因、ラドン被爆、他の空中の汚染物質、及びおそらく食事的要因がある（Alberg AJ, et al., 2003）。非喫煙者は肺癌のリスクが１／４００（０．２５％）であると予測される。喫煙はこのリスクを約４０倍上昇させ、従って喫煙者の肺癌リスクは１／１０（１０％）となり、長期の喫煙者では一生のうちの肺癌のリスクは１０〜１５％の高さになると報告されている（Schwartz AG. 2004）。弱い家族性傾向（喫煙者中）と、喫煙者の少数しか肺癌に罹らないという事実から明らかなように、遺伝的要因がある程度の役割を果たすと考えられている。この遺伝的傾向の大部分は、低浸透性高頻度多型、すなわち慢性喫煙により集団で癌発症に寄与する一般人に共通の多型から生じることは一般に認められている（Schwartz AG. 2004, Wu X et al., 1990, 2004）。いくつかの疫学的研究は、肺機能の障害（Anthonisen NR. 1989, Skillrud DM. 1986, Tockman MS et al., 1987, Kuller LH, et al., 1990, Nomura A, et al., 1991）又は閉塞性肺疾患の症状（Mayne ST, et al., 1999）が肺癌の独立の危険因子であり、おそらく喫煙暴露用量より関係が深いと報告している。
【０００３】
気道疾患の治療の進歩にもかかわらず現在の治療法は、肺癌の自然の病歴（呼吸不全と死を招く、転移と肺機能の進行性の障害を含む）を大きく変化させていない。禁煙は肺機能のこの低下を小さくすると予測されるが、これは早い段階で行わないと、障害が大きく、悪化する息切れ症状が防げないことがある。血清コレステロールとその冠動脈疾患への関係の発見と同様に、肺癌に寄与する要因をより深く理解し、こうしてリスク被験者を特定する検査を開発し、肺癌の悪影響を低下させる新しい治療法を発見できるようにするニーズがある。肺癌の又は肺癌を発症する性向の早期診断は、後期の肺癌の治療で使用されるより、広範囲の予防的又は治療的処置を使用することを可能にする。かかる予防または早期治療はまた、成功し、寛解を達成し、クオリティオブライフを改善し、及び／又は寿命を伸ばす可能性が高い。
【０００４】
今日まで、種々の肺疾患発症に対する性向の診断と評価に有用な多くの生体マーカーが同定されている。これらには、例えば以下を含む単一ヌクレオチド多型がある：ヒトマクロファージエラスターゼ（ＭＭＰ１２）をコードする遺伝子のプロモーター中のＡ−８２Ｇ；トランスフォーミング増殖因子ベータ（ＴＧＦβ）をコードする遺伝子のコドン１０内のＴ→Ｃ；スーパーオキシドジスムターゼ３（ＳＯＤ３）をコードする遺伝子のＣ＋７６０Ｇ；メタロプロテイナーゼ３（ＴＩＭＰ３）の組織インヒビターをコードする遺伝子のプロモーター内のＴ−１２９６Ｃ］；及びこれらの多型と連鎖不均衡にある多型［ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＮＺ０２／００１０６（ＷＯ０２／０９９１３４号として公開され、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示されている）］。
【０００５】
例えば肺癌のような肺疾患を発症する被験者のリスク、又は肺癌関連の肺機能障害を発症するリスク（特に被験者が喫煙者である場合）を評価するのに使用できる追加の生体マーカーを有することが好ましく有利であろう。
【０００６】
本発明が関係するのは、主にかかる生体マーカーと、かかる障害を発症するリスクを評価する方法におけるその使用である。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明は主に、ある多型が対照被験者より肺癌患者でより頻繁に見つかるという知見に基づく。これらの多型の解析は、多型と被験者が肺癌を発症するリスクとの関連を明らかにする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
すなわち１つの態様において、被験者の肺癌発症リスクを決定する方法であって、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ（ｒｓ１０５６５０３）、
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３（ＣＹＰ３Ａ４３）をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ、
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２（ＢＣＬ２）をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）、
インテグリンベータ３（ＩＴＧＢ３）をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）、
ドーパミントランスポーター１（ＤＡＴ１）をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）、
腫瘍壊死因子受容体１（ＴＮＦＲ１）をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）、
ドーパミン受容体Ｄ２（ＤＲＤ２）をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）、
Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）、又は
Ｔｏｌｌ様受容体９（ＴＬＲ９）をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の有無について、被験者からの試料を分析することを含んでなり、
ここで、該多型の有無が被験者の肺癌発症リスクを示す、方法が提供される。
【０００９】
この多型は直接検出できるか、あるいは前記多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型の検出により検出できる。
【００１０】
連鎖不均衡（ＬＤ）は、２つまたはそれ以上の変異又は多型が遺伝的に非常に近接しているためこれらが同時に遺伝する遺伝学の現象である。これは、遺伝子型判定において、１つの多型の存在が検出されることが、他の多型の存在を推測させることを意味する（Reich DE et al; Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204）。
【００１１】
肺癌は、腺癌及び扁平上皮細胞癌を含む非小細胞肺癌、又は小細胞肺癌、又はカルチノイド腫瘍、リンパ腫、又は転移癌でもよい。
【００１２】
この方法はさらに、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ（ｒｓ１１５７１８３３）；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ（ｒｓ７２１４７２３）；又は
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）
から成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の有無について、被験者からの試料を分析することを含んでなる。
【００１３】
再度、１つ又はそれ以上のさらなる多型の検出は、直接行われるか、又は１つ又はそれ以上の多型と連鎖不均衡にある多型の検出により行われる。
【００１４】
ＣＡＭＫＫ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ ＴＴ遺伝子型；
Ｐ７３をコードする遺伝子中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）ＣＣ遺伝子型；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）ＡＡ遺伝子型；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）ＡＧもしくはＧＧ遺伝子型；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）ＣＤｅｌもしくはＤｅｌＤｅｌ遺伝子型；又は
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）ＴＴ遺伝子型
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
【００１５】
Ｃｅｒ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ ＡＡもしくはＧＧ遺伝子型；
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）ＧＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）ＡＡ遺伝子型；又は
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）ＣＣ遺伝子型
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
【００１６】
本発明の方法は、喫煙者（現在及び以前の喫煙者の両方）で特に有用である。
本発明の方法が２種類の多型を特定することは理解されるであろう−すなわち、肺癌を発症するリスクの低下に関連するもの（これは「防御性多型」と呼ぶ）と、肺癌を発症するリスクの上昇に関連するもの（これは「感受性多型」と呼ぶ）。
【００１７】
従って本発明はさらに、肺癌を発症する被験者のリスクを評価する方法であって、
肺癌を発症するリスクの低下に関連する少なくとも１つの防御性多型の有無を決定し；そして
少なくとも１つの防御性多型の非存在下で、肺癌を発症するリスクの上昇に関連する少なくとも１つの感受性多型の有無を決定する、ことを含んでなり、
ここで、該防御性多型の１つ又はそれ以上の存在は肺癌を発症するリスクが低いことを示し、少なくとも１つの防御性多型が存在しないことと、少なくとも１つの感受性多型の存在との組み合わせは、肺癌を発症するリスクが高いことを示すことを特徴とする方法を提供する。
【００１８】
好ましくは、
ＣＡＭＫＫ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ ＴＴ遺伝子型；
Ｐ７３をコードする遺伝子中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）ＣＣ遺伝子型；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）ＡＡ遺伝子型；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子中の＋３１００Ａ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）ＡＧもしくはＧＧ遺伝子型；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）ＣＤｅｌもしくはＤｅｌＤｅｌ遺伝子型；又は
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）ＴＴ遺伝子型
から成る群から選択される少なくとも１つの防御性多型。
【００１９】
少なくとも１つの感受性多型は、
Ｃｅｒ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ ＡＡもしくはＧＧ遺伝子型；
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ ＧＧもしくはＧＴ遺伝子型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ ＡＡ遺伝子型；
ＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ ＡＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）ＧＴもしくはＴＴ遺伝子型；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）ＡＡ遺伝子型；又は
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）ＣＣ遺伝子型
から成る群から選択される。
【００２０】
本発明の好適な型において２つまたはそれ以上の防御性多型の存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
本発明のさらに好適な型において２つまたはそれ以上の感受性多型の存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
【００２１】
本発明のさらに好適な型において、２つまたはそれ以上の防御性多型の存在は、１つ又はそれ以上の感受性多型の存在に無関係に、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
【００２２】
別の態様において本発明は、肺癌を発症する被験者のリスクを決定する方法であって、該被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を得て、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ、
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）、
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）、
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）、
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）、
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）、
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）、
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）、
又はこの多型と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される１つ又はそれ以上の多型の有無について結果を解析することを含んでなり、
ここで、１つ又はそれ以上の該多型の有無を示す結果は、肺癌を発症する被験者のリスクを示す、方法を提供する。
【００２３】
本方法はさらに、該被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を得て、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；又は
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）
から成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の有無について結果を解析する、ことを含んでなる。
【００２４】
再度、有無は直接検出できるか、又は１つ又はそれ以上の多型と連鎖不均衡にある多型の有無を決定することにより行われる。
【００２５】
さらなる態様において、肺癌を発症する被験者のリスクを決定する方法であって、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ；
乳癌２早期発症遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ、
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）、
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）、
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）、
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）、
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）、
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）、
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）、
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）、又は
これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、から成る群から選択される２つまたはそれ以上の多型の解析を含んでなる上記方法が提供される。
【００２６】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００２７】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００２８】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００２９】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００３０】
種々の実施態様において上記方法の任意の１つ又はそれ以上は、Ｃｅｒ１をコードする遺伝子のコドン１９にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析する工程を含む。
該位置のトリプトファンの存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
該位置のアルギニンの存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
【００３１】
種々の実施態様において上記方法の任意の１つ又はそれ以上は、ＢＲＣＡ２をコードする遺伝子のコドン３３２６にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析する工程を含む。
該位置のリジンの存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
３３２５アミノ酸の末端切断型遺伝子産物の存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
【００３２】
種々の実施態様において上記方法の任意の１つ又はそれ以上は、インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子のコドン４３３にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析する工程を含む。
該位置のメチオニンの存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
該位置のバリンの存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
【００３３】
種々の実施態様において上記方法の任意の１つ又はそれ以上は、ＣＡＭＫＫ１をコードする遺伝子のコドン３７５にマッピングされる位置に存在するアミノ酸を分析する工程を含む。
該位置のグリシンの存在は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す。
該位置のグルタミン酸の存在は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す。
【００３４】
本発明の好適な型において本明細書に記載の方法は、肺癌を発症するリスクに関連した１つ又はそれ以上の危険因子（１つ又はそれ以上の疫学的危険因子を含む）の分析と組み合わせて行われる。かかる疫学的危険因子には、特に限定されないが、喫煙、又はタバコの煙への暴露、年齢、性、及び肺癌の家族歴がある。
【００３５】
さらなる態様において本発明は、肺癌を発症する被験者のリスクの評価における少なくとも１つの多型の使用であって、少なくとも１つの多型は、
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ、
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）、
インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）、
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）、
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）、
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）、
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）、
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）、
又は該多型と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択されることを特徴とする使用を提供する。
【００３６】
場合により該使用は、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ；
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される１つ又はそれ以上のさらなる多型の使用と組み合わせてもよい。
【００３７】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００３８】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００３９】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００４０】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００４１】
別の態様において本発明は、本明細書に記載の本発明の好適な方法で使用されるヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーのセットを提供する。好ましくはヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーは、遺伝子の多型性領域にまたがるか又はまたがるように使用できるものである。また、配列番号１〜７２の任意の１つ、さらに好ましくは配列番号１〜１０の任意の１つ、又は配列番号２６〜４３の任意の１つの配列を含む任意の１つを含む、本明細書に記載のプローブ及び／又はプライマーの任意の１つの配列を含む１つ又はそれ以上のヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーが提供される。
【００４２】
さらに別の態様において本発明は、本発明の方法で使用される核酸マイクロアレイであって、本明細書に記載の感受性多型もしくは防御性多型の１つ又はそれ以上をコードする核酸配列又はこれらに相補的な配列にハイブリダイズすることができる核酸配列を提示する基質を含むマイクロアレイを提供する。
【００４３】
別の態様において本発明は、本発明の方法で使用される抗体マイクロアレイであって、本明細書に記載の感受性多型又は防御性多型と関連している時、その発現がアップレギュレート又はダウンレギュレートされる遺伝子の発現産物に結合することができる抗体を提示する基質を含むマイクロアレイを提供する。
【００４４】
さらなる態様において本発明は、肺癌を発症するリスクが高い被験者中の防御性多型の存在及び／又は機能的作用を、遺伝子型で又は表現型で複製する工程を含んでなる、該被験者を治療する方法を提供する。
【００４５】
さらに別の態様において本発明は、肺癌を発症するリスクが高い被験者を治療する方法を提供し、ここで該被験者は、発現される遺伝子産物の生理活性濃度が、該被験者の年齢と性について正常な範囲の外にあるように、遺伝子の発現をアップレギュレート又はダウンレギュレートする検出可能な感受性多型を有し、該方法は、該遺伝子発現産物の生理活性濃度が、被験者の年齢と性について正常な範囲内であるように回復させる工程を含む。
【００４６】
さらに別の態様において本発明は、感受性多型又は防御性多型と関連している時、その発現がアップレギュレート又はダウンレギュレートされる遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
候補化合物に、遺伝子の発現のアップレギュレーション又はダウンレギュレーションと関連していることが決定されている感受性多型又は防御性多型を含む細胞を接触させる工程と、及び
該候補化合物との接触後に該遺伝子の発現を測定する工程とを含んでなり、
接触工程前と比較して接触工程後の発現レベルの変化が、該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を示す、方法を提供する。
【００４７】
好ましくは該細胞は、プレスクリーニングされて該多型の存在が確認されているヒト肺細胞である。
好ましくは該細胞は、該遺伝子の発現のアップレギュレーションに関連する感受性多型を含み、該スクリーニングは、該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである。
あるいは該細胞は、該遺伝子の発現のダウンレギュレーションに関連する感受性多型を含み、該スクリーニングは、該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである。
【００４８】
別の実施態様において該細胞は、該遺伝子の発現のアップレギュレーションに関連する防御性多型を含み、該スクリーニングは、該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである。
あるいは該細胞は、該遺伝子の発現のダウンレギュレーションに関連する防御性多型を含み、該スクリーニングは、該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである。
【００４９】
別の態様において本発明は、感受性多型もしくは防御性多型に関連している時、その発現がアップレギュレートもしくはダウンレギュレートされる遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物をスクリーニングする方法であって、
感受性多型もしくは防御性多型に関連している時、その発現がアップレギュレートもしくはダウンレギュレートされるが、該細胞中ではその発現がアップレギュレートもダウンレギュレートもされない遺伝子を含む細胞を、候補化合物に接触させる工程と、
該候補化合物との接触後に該遺伝子の発現を測定する工程とを含んでなり、
接触工程前と比較して接触工程後の発現レベルの変化が、該遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物の能力を示す、方法を提供する。
【００５０】
好ましくは、感受性多型に関連している時、該遺伝子の発現はダウンレギュレートされ、該スクリーニングは、細胞中で該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである。
好ましくは該細胞は、プレスクリーニングされて該遺伝子の存在と発現のベースラインレベルが確認されているヒト肺細胞である。
あるいは、感受性多型に関連している時、該遺伝子の発現はアップレギュレートされ、該スクリーニングは、細胞中で該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである。
【００５１】
別の実施態様において、防御性多型に関連している時、該遺伝子の発現はアップレギュレートされ、該スクリーニングは、細胞中で該遺伝子の発現をアップレギュレートする候補化合物についてである。
あるいは、防御性多型に関連している時、該遺伝子の発現はダウンレギュレートされ、該スクリーニングは、細胞中で該遺伝子の発現をダウンレギュレートする候補化合物についてである。
【００５２】
さらに別の態様において本発明は、該遺伝子発現産物の生理活性濃度が、被験者の年齢と性について正常な範囲内であるように回復させる工程を含む、肺癌を発症しているか又は罹っている被験者の予防または治療処置に対する応答可能性を評価する方法であって、発現される遺伝子の生理活性濃度が、該正常範囲の外にあるように、該被験者で、存在する場合は該遺伝子の発現をアップレギュレート又はダウンレギュレートする感受性多型の有無を検出することを含んでなり、該多型の存在の検出は該処置に対する被験者の応答可能性を示すことを特徴とする方法を提供する。
【００５３】
さらに別の態様において本発明は、疾患の診断又は治療である介入について被験者の適合性を評価する方法であって、
ａ）該被験者のネットスコアを準備し、ここでネットスコアは、
ｉ）被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を提供し、防御性多型の有無について及び感受性多型の有無について結果を解析し（ここで、該防御性多型と感受性多型は該疾患に関連している）；
ii）各防御性多型について正のスコアを割り当て、各感受性多型について負のスコアを割り当て、又はその逆を行い；
iii）被験者試料中に存在する防御性多型の合計値と感受性多型の合計値との差を示して、該被験者についてネットスコアを計算することにより、決定されるか又は決定されている；そして
ｂ）患者と非患者についてネットスコアの分布を提供し、ここで患者と非患者のネットスコアは、該被験者について決定されたネットスコアと同じ方法で決定されるか又は決定されている；そして
ｃ）該被験者のネットスコアが、該介入が適切であると考えられる人と、該介入が適切ではないと考えられる人とを分ける該分布に基づく閾値内にあるかどうかを決定する、ことを含んでなり、
ここで、該閾値内のネットスコアは被験者の介入適切性を示し、閾値外のネットスコアは被験者の介入不適切性を示す、方法を提供する。
【００５４】
各防御性多型に割り当てられる値は、同じかまたは異なってもよい。各感受性多型に割り当てられる値は同じかまたは異なってよく、各防御性多型が負の値を有し、各感受性多型が正の値を有しても、又は逆でもよい。
【００５５】
ある実施態様において介入は、該疾患の診断検査である。
ある実施態様において介入は、該疾患の治療、さらに好ましくは該疾患の予防的治療である。
【００５６】
好ましくは疾患は癌であり、さらに好ましくは疾患は肺癌であり、防御性多型と感受性多型は、
インターロイキン−１８遺伝子中の−１３３Ｇ／Ｃ多型；
ＣＹＰ２Ｅ１遺伝子中の−１０５３Ｃ／Ｔ多型；
ＮＡＴ２遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ多型；
インターロイキン１Ｂ遺伝子中の−５１１Ｇ／Ａ多型；
アンチキモトリプシン遺伝子中のＡｌａ９Ｔｈｒ多型；
アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＳアレル多型；
インターロイキン−８遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ多型；
ＸＰＤ遺伝子中のＬｙｓ７５１ｇｌｎ多型；
ＳＯＤ３遺伝子中の＋７６０Ｇ／Ｃ多型；
ＲＥＶ遺伝子中のＰｈｅ２５７Ｓｅｒ多型；
アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＺアレル多型；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ多型、
ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型；
ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ多型；
インテグリンアルファ−１１遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ多型；
ＣＡＭＫＫ１遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ多型；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ多型、
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）多型、
インテグリンベータ３をコードする遺伝子中の３’ＵＴＲ（ｒｓ２３１７６７６）多型中の＋３１００のＡ／Ｇ、
ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）多型、
腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）多型、
ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）多型、
Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）多型、
Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）多型、
腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）多型、
あるいは前記多型の１又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、
から成る群から選択される。
【００５７】
さらに好ましくは、該介入は肺癌のためのＣＴスキャンである。
さらに好ましくは、この方法は実施例及び／又は図面を参照して本明細書で説明される。
【００５８】
さらなる態様において本発明は、本明細書に開示の１つ又はそれ以上の多型の有無について被験者からの試料を分析する手段を含んでなる、肺癌を発症する被験者のリスクを評価するためのキットを提供する。
【図面の簡単な説明】
【００５９】
【図１】本明細書の表１６に示す５ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌を有する確率を示すグラフである。
【図２】本明細書の表１６に示す５ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌を有するｌｏｇオッズを示すグラフである。
【図３】本明細書の表１８のＳＮＰ１〜１１を含む１１ＳＮＰパネル（１１ＳＮＰパネルＡ）から得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌を有する確率を示すグラフである。
【図４】１１ＳＮＰパネルＡについての感度と特異性のレシーバー−オペレーター曲線解析である。
【図５】１１ＳＮＰパネルＡから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、対照喫煙者と肺癌被験者の頻度分布を示すグラフである。
【図６】本明細書の表１８のＳＮＰ１〜１６を含む１６ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌を有する確率を示すグラフである。
【図７】１６ＳＮＰパネルについての感度と特異性のレシーバー−オペレーター曲線解析である。
【図８】１６ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、対照喫煙者と肺癌被験者の頻度分布を示すグラフである。
【図９】本明細書に記載の９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌を有するｌｏｇオッズを示すグラフである。
【図１０】９ＳＮＰパネルについての感度と特異性のレシーバー−オペレーター曲線解析である。
【図１１】９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、対照喫煙者と肺癌被験者の頻度分布を示すグラフである。
【図１２】実施例５に記載のようにＳＮＰスコアに対してプロットした、４つの一般的なタイプの肺癌の１つを有する確率を示すグラフである。
【図１３ａ】本明細書の実施例６に記載の１９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、肺癌の頻度を示すグラフである。
【図１３ｂ】本明細書の実施例６に記載の１９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに従う肺癌のオッズ比を示すグラフである。
【図１４】本明細書の実施例６に記載の１９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに対してプロットした、対照喫煙者と肺癌被験者の頻度分布を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００６０】
患者−対照試験を使用して、肺癌を発症した喫煙者と輸血対照者の候補遺伝子のいくつかの遺伝変種（多型）の頻度を比較した。これらの候補遺伝子の大部分は、遺伝子発現又はタンパク質機能に対して確認された（又はその可能性のある）機能的作用を有する。特に輸血対照者、抵抗性喫煙者、及び肺癌患者（早期発症型と通常発症型に分けられる）間の多型の頻度を比較した。本発明は、試験した患者の選択された候補遺伝子中に防御性多型と感受性多型の両方があることを示す。
【００６１】
本明細書に記載のある実施態様において８つの感受性遺伝子多型と６つの防御性遺伝子多型が特定される。これらは以下の通りである：
【表１】
2010506588.tif 000003
【００６２】
感受性遺伝子多型は、存在する場合は、肺癌を発症するリスクが高いことを示す多型である。これに対して防御性遺伝子多型は、存在する場合は、肺癌を発症するリスクが低いことを示す多型である。
【００６３】
本明細書において用語「肺癌を発症するリスク」は、このリスクが該当する被験者が肺癌を発症する確率を示し、この疾患への素因及び発症可能性を含む。すなわち用語「肺癌を発症するリスクが高い」は、リスクが高い被験者が肺癌を発症する遺伝的性向もしくは傾向を有することを意味する。これは、このような人が実際にいつか肺癌を発症することを意味するものではなく、単に彼又は彼女が、肺癌リスクの上昇に関連する多型を持たないか又は肺癌リスクの低下に関連する多型を有する一般人集団と比較して、肺癌を発症する確率が高いことを意味するのみである。肺癌を発症するリスクが高い被験者には、評価時の肺機能に無関係に肺癌に対する素因（例えば傾向又は親和性）を有するもの、例えば肺癌に対して遺伝的性向があるが正常な肺機能を有するもの、及びリスクの可能性のあるもの（例えば喫煙を続けると肺癌に罹る可能性のある、肺機能がわずかに低下する傾向のある被験者や、評価時の肺癌に一致して、肺活量測定などで肺機能が悪化している傾向を有する肺癌の発症の可能性のある被験者を含む）がある。
【００６４】
同様に用語「肺癌を発症するリスクが低い」は、リスクが低い被験者が肺癌を発症する遺伝的性向を持たないかもしくは低い傾向を有することを意味する。これは、このような人が決して肺癌を発症しないことを意味するものではなく、単に彼又は彼女が、肺癌リスクの上昇に関連する１つ又はそれ以上の多型を有するか又は肺癌リスクの低下に関連する多型を持たない一般人集団と比較して、肺癌を発症する確率が低いことを意味するのみである。
【００６５】
本発明の文脈において用語「多型」は、ヌクレオチド配列が異なるか又は種々の数の繰り返しヌクレオチド単位を有する染色体遺伝子座の２つまたはそれ以上の別の型（例えばアレル又は遺伝マーカー）の、ランダム変異（通常１％より大きい）に帰因するものより大きい割合での、同じ集団中の同時の存在を意味することは理解されるであろう。www.ornl.gov/sci/techresources/Human Genome/publicat/97pr/09gloss.html#pを参照。従って用語「多型」は、遺伝子変化を包含し、単一ヌクレオチド置換、ヌクレオチドの挿入と欠失、繰り返し配列（例えばマイクロサテライト）、及び遺伝子の完全なもしくは部分的欠如（例えばヌル変異）を含む。本明細書において用語「多型」はまた、遺伝子型及びハプロタイプを含む。遺伝子型は、特定の遺伝子座又は遺伝子座セットでの遺伝子組成である。ハプロタイプは、組換えにより容易に分離することができず、一緒に遺伝する傾向があり、連鎖不均衡であることがある、１つの染色体上に存在する密接に関連した遺伝マーカーのセットである。ハプロタイプは、ＳＮＰのような多型のパターンにより特定することができる。本発明の文脈において用語「単一ヌクレオチド多型」又は「ＳＮＰ」は、単一の塩基ヌクレオチド置換、及び短い欠失と挿入多型を含む。
【００６６】
被験者の肺癌を発症するリスクの低下又は上昇は、該被験者からの試料を、
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）；
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4遺伝子（ＸＲＣＣ４）中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ（ｒｓ１０５６５０３）、
乳癌２早期発症遺伝子（ＢＲＣＡ２）中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ（ｒｓ１１５７１８３３）；
インテグリンアルファ−１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１（ＣＡＭＫＫ１）をコードする遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ（ｒｓ７２１４７２３）；
チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３（ＣＹＰ３Ａ４３）をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ；
Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２（ＢＣＬ２）をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
インテグリンベータ３（ＩＴＧＢ３）をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ドーパミントランスポーター１（ＤＡＴ１）をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
腫瘍壊死因子受容体１（ＴＮＦＲ１）をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ドーパミン受容体Ｄ２（ＤＲＤ２）をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；又は
Ｔｏｌｌ様受容体９（ＴＬＲ９）をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
腫瘍タンパク質Ｐ７３（Ｐ７３）をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
又は上記群の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型、から成る群から選択される多型の存在について、分析することにより診断される。
【００６７】
これらの多型はまた、２つまたはそれ以上の組み合わせで、又は肺癌を発症する被験者のリスクを示す他の多型（上記リストの残りの多型を含む）との組み合わせで解析することもできる。
【００６８】
ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＮＺ０２／００１０６号（ＷＯ０２／０９９１３４として公開）、又はＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＮＺ２００６／０００１２５号（ＷＯ２００６／１２３９５５として公開）に記載の多型、又は本明細書の表１８に記載の多型との、上記多型の組み合わせが明らかに包含される。
【００６９】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００７０】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００７１】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
ＤＡＴ１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００７２】
本発明の方法と使用の１つの実施態様において以下の各多型が選択される：
ＣＹＰ２Ｅ１をコードする遺伝子中のＲｓａ１Ｃ／Ｔ（ｒｓ２０３１９２０）；
インターロイキン−１８をコードする遺伝子のプロモーター中の−１３３Ｇ／Ｃ（ｒｓ３６０７２１）；
インターロイキン−８をコードする遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ（ｒｓ４０７３）；
インターロイキン１Ｂをコードする遺伝子中の−５１１Ａ／Ｇ（ｒｓ１６９４４）；
ＩＴＧＡ１１をコードする遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）；
Ｎ−アセチルシステイントランスフェラーゼ２をコードする遺伝子中のＡｒｇ１９７ＧｌｎＡ／Ｇ（ｒｓ１７９９９３０）；
α１−アンチキモトリプシンをコードする遺伝子中のＡｌａ１５ＴｈｒＡ／Ｇ（ｒｓ４９３４）；
Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（ｒｓ１０１１５７０３）をコードする遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ；
ＤＡＴ１（ｒｓ６４１３４２９）をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）；
ＴＮＦＲ１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）；
ＴＬＲ９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）；
Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）；
ＳＯＤ３をコードする遺伝子中のＡｒｇ３１２Ｇｌｎ（ｒｓ１７９９８９５）；
ＩＴＧＢ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）；
ＤＲＤ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）；
ＢＣＬ２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）；
ＸＰＤをコードする遺伝子のプロモーター中の−７５１Ｇ／Ｔ（ｒｓ１３１８１）；
ＲＥＶ１をコードする遺伝子中のＰｈｅ２５７ＳｅｒＣ／Ｔ（ｒｓ３０８７３８６）；
ＦａｓＬをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）；
あるいは、これらの多型の任意の１つ又はそれ以上と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型。
【００７３】
例えばマイクロアレイを使用するような多型の組み合わせを含むアッセイ（大量処理に適するものを含む）が好適である。
【００７４】
特にこれらの多型の複合作用の統計解析は、本発明の遺伝子解析が、喫煙者のリスク係数を測定するために、特に肺癌を発症するリスクがより大きい喫煙者を特定するために、使用できることを示す。かかる組み合わせ解析は、感受性多型のみの、防御性多型のみの、又はこれらの両方の、組み合わせでもよい。解析は段階的でもよく、まず存在する防御性多型の有無を解析して、次に防御性多型が存在しない場合のみ感受性多型を解析する。
【００７５】
すなわち、本明細書に記載のように、喫煙者と非喫煙者の充分規定された群のこれらの多型の頻度の体系的解析により、肺癌の発症にいくつかのタンパク質を関係付けて、予測目的に、どの喫煙者が肺癌に関連した肺機能障害を及び肺癌を発症するリスクが高いかを特定する能力を改善することができる。
【００７６】
この結果は、肺癌を発症する少数の喫煙者が、本明細書で定義した感受性多型の１つ又はそれ以上を有し防御性多型をほとんどもしくは全く持たないために、肺癌を発症することを初めて示す。１つ又はそれ以上の感受性多型の存在は喫煙の傷害性刺激作用及び酸化作用と一緒になって、この群の喫煙者が極めて肺癌を発症し易くなると考えられる。さらなる危険因子（例えば、家族歴、年齢、体重、喫煙など）も被験者のリスクプロフィールに影響があり、本明細書に記載の遺伝子解析と組み合わせて評価することができる。
【００７７】
１つ又はそれ以上の多型は直接検出できるか、又は該１つ又はそれ以上の多型と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型の検出により検出できる。上記したように連鎖不均衡は、２つまたはそれ以上の変異又は多型が遺伝的に非常に近接しているためこれらが同時に遺伝する遺伝学の現象である。これは、遺伝子型判定において、１つの多型が存在するとして検出されることは他の多型が存在することを推測させることを意味する（Reich DE et al; Linkage disequilibrium in the human genome, Nature 2001, 411:199-204）。
【００７８】
肺癌を発症するリスクの上昇又は低下に関連する１つ又はそれ以上の多型と連鎖不均衡にある多型はまた、肺癌を発症するリスクのための生体マーカーとしての有用性を提供することは明らかであろう。本明細書に示したデータは、連鎖不均衡にあるＳＮＰについての頻度は非常によく似ていることを示す。従ってこれらの遺伝的に関連したＳＮＰは、組み合わせ多型解析で使用して、元々のＳＮＰから計算されるものに匹敵するリスクレベルを得ることができる。
【００７９】
従って本明細書に記載の多型と連鎖不均衡にある１つ又はそれ以上の多型は、例えば公のデータベースを使用して特定することができる。本明細書に記載の多型と連鎖不均衡にあることが報告されているかかる多型の例を、本明細書の表２６に示す。
【００８０】
ある一定の多型について又はある一定の遺伝子について、しばしば種々の命名法が存在することも明らかであろう。例えばスーパーオキシドジスムターゼ３（ＳＯＤ３）をコードする遺伝子中の多型Ａｒｇ３１２Ｇｌｎは、Ａｒｇ２１３Ｇｌｙ、＋７６０Ｇ／Ｃ、及びＡｒｇ２３１Ｇｌｙ（rs１７９９８９５）と種々に呼ばれている。別の例では、本明細書で乳癌２早期発症遺伝子と呼ぶ遺伝子はまた、ＢＲＣＣ２、乳癌２遺伝子、乳癌２型、乳癌２型感受性遺伝子、乳癌２型感受性タンパク質、ＦＡＣＤ、ＦＡＤ、ＦＡＤ１、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＤ１、及び遺伝乳癌２とも呼ばれる。本明細書に記載の感受性多型又は防御性多型について言及する場合、このような別の名前も本発明で包含される。
【００８１】
本発明の方法は主に、肺癌に関連する上記多型の検出と特定に関し、これらはすべて単一ヌクレオチド多型である。一般に単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）は単一の塩基変化又は点突然変異であり、このため個人間の遺伝的差が発生する。ＳＮＰはヒトのゲノムに１００〜３００塩基毎に約１つ発生し、コード領域にも非コード領域にも発生する。遺伝コードの重複のために、コード領域中のＳＮＰはタンパク質産物のアミノ酸配列を変化させることもさせないこともある。例えば非コード領域中のＳＮＰは、例えばプロモーター、転写因子結合部位、プロセシング部位、リボゾーム結合部位などのコード領域を修飾することにより遺伝子発現を変化させ、転写、プロセシング、及び翻訳に影響を与える。
【００８２】
ＳＮＰは大規模関連遺伝学研究を促進させることができ、最近ＳＮＰ発見と検出に大きな関心が持たれている。ＳＮＰは例えば疾患性向と重症度、健康性向、及び薬物応答性（例えば有害薬物作用に対する感受性を含む）などの多くの表現型形質（潜在形質を含む）のマーカーとして有望性を示す。特定のＳＮＰと表現型形質との関連の知識は、個体が該特定のＳＮＰを有するかどうかの知識とともに、診断、予防、及び治療応用の標的化を可能にして良好な疾患管理を可能にし、疾患状態の理解を促進し、最終的により有効な治療法の発見（例えば、個人に合った治療法）を促進することができる。
【００８３】
実際、既知のＳＮＰについて多くのデータベースが構築されており、このようなＳＮＰの一部については、ＳＮＰに関連する生物学的作用のデータベースが構築されている。例えばＮＣＢＩのＳＮＰデータベース（「ｄｂＳＮＰ」）は、ＮＣＢＩのEntrezシステムに組み込まれ、他のEntrezデータベース（例えば、PubMedやGenBank）と同じアプローチを使用して検索することができる。このデータベースは、ヒトゲノム配列上にマッピングされた１５０万を超えるＳＮＰの記録を有する。各ｄｂＳＮＰエントリーは、多型の配列状況（すなわち、周りの配列）、多型の発生頻度（集団又は個々により）、及び変化を測定するのに使用される実験法、プロトコール、及び条件を含み、ＳＮＰと特定の表現型形質を関連付ける情報を含む。
【００８４】
少なくとも部分的には、健康についての影響のために、ＳＮＰを信頼性高くかつ迅速に特定する方法を開発するために多大の努力が今もなされている。これはまず、少なくとも部分的にはヒトゲノムＤＮＡ（ハプロイドゲノムが３×１０9塩基対を有する）の複雑さ、関連する感度、及び識別要件のために、簡単な仕事ではなかった。
【００８５】
当該分野で公知のＳＮＰを検出するための遺伝子型判定アプローチには、ＤＮＡ配列決定法［これは、プライマーもしくはプローブのアレル特異的ハイブリダイゼーション、多型の近くに又は隣接して結合したプライマーへのヌクレオチドのアレル特異的取り込み（しばしば「単一塩基伸長」又は「ミニ配列決定法」と呼ばれる）、オリゴヌクレオチドのアレル特異的連結（結合）（連結鎖反応又は連結パドロックプローブ）、制限酵素又は化学物質もしくは他の物質によるオリゴヌクレオチドもしくはＰＣＲ産物のアレル特異的切断（制限断片長多型解析、又はＲＦＬＰ）、構造特異的酵素（侵襲的構造特異的酵素を含む）による電気泳動移動度もしくはクロマトグラフィー移動度のアレル依存性差の解析を必要とする方法である］、又は質量スペクトル法がある。ＳＮＰがコード領域内に有り、アミノ酸の変化を引き起こす場合は、アミノ酸変化の分析も可能である。
【００８６】
ＤＮＡ配列決定は、ＳＮＰの直接測定と特定を可能にする。スクリーニング目的には、特異性と正確性の利点よりも、ゲノム全体の配列決定又はさらに標的サブゲノム配列決定に固有の困難さの方が大きい。
【００８７】
ミニ配列決定は、調べるべき試験試料上のＳＮＰ部位に隣接するＤＮＡ配列にプライマーがハイブリダイズすることを可能にする。プライマーは、４つの異なって標識した蛍光ジデオキシヌクレオチド（Ａ、Ｃ、Ｇ、又はＴ）とＤＮＡポリメラーゼを使用して、１つのヌクレオチドが伸長される。４つのヌクレオチドのうちの１つのみ（ホモ接合性の場合）又は４つのヌクレオチドのうちの２つ（ヘテロ接合性の場合）が取り込まれる。取り込まれる塩基は、ＳＮＰ位置のヌクレオチドに相補的である。
【００８８】
ＳＮＰ検出のために現在使用されている多くの方法は、部位特異的及び／又はアレル特異的ハイブリダイゼーションを含む。これらの方法はほとんど、目的のＳＮＰを含有する標的配列へのオリゴヌクレオチドの差別的結合に依存する。Affymetrix（Santa Clara, Calif.）及びNanogen Inc.（San Diego, Calif）の方法は特によく知られており、単一の塩基ミスマッチを含むＤＮＡ２本鎖は、完全に塩基対合している２本鎖よりはるかに不安定であるという事実を利用する。一致した２本鎖の存在は蛍光により検出される。
【００８９】
部位特異的ハイブリダイゼーションによりＳＮＰを検出又は特定する方法の大部分は、感度と特異性を上昇させるためにＰＣＲのような方法による標的増幅を必要とする（例えば、米国特許第５，６７９，５２４号、ＰＣＴ公報ＷＯ９８／５９０６６号、ＰＣＴ公報ＷＯ９５／１２６０７号参照）。米国特許出願２００５００５９０３０号（参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）は、あらかじめ増幅することなく、又は標的配列を選択的に濃縮するために複雑さを減少させることなく、及び酵素反応の助けを借りることなく、総ヒトＤＮＡ中の単一ヌクレオチド多型を検出する方法を記載する。この方法は、２つのハイブリダイゼーション（標的配列の第１の部分の捕捉プローブへのハイブリダイゼーションと、該標的配列の第２の部分の検出プローブへのハイブリダイゼーション）を含む単一工程ハイブリダイゼーションを利用する。両方のハイブリダイゼーションが同じ反応で起き、ハイブリダイゼーションが起きる順序は重要ではない。
【００９０】
米国特許出願２００５００４２６０８号（参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）は、Thorp et al.（米国特許第５，８７１，９１８号）の核酸ハイブリダイゼーションの電気化学的検出法の改変を記載する。簡単に説明すると、それぞれが異なるＳＮＰ塩基と、ＳＮＰ塩基のそれぞれの側にプローブ塩基の配列を有する捕捉プローブが設計される。プローブ塩基は、ＳＮＰ部位に隣接する対応する標的配列に相補的である。各捕捉プローブは、基質の電導性作用表面上の非電導性外層を有する異なる電極上に固定化される。各捕捉プローブと核酸標的とのハイブリダイゼーションの程度は、遷移金属錯体を使用して各電極で酸化還元反応を検出することにより検出される。異なる電極での酸化速度のこれらの差が、選択された核酸標的が選択されたＳＮＰ部位に単一ヌクレオチド多型を有するかどうかを、測定するのに使用される。
【００９１】
MEGATYPE（登録商標）技術を使用するLynx Therapeutics（Hayward, Calif）の方法は、ゲノム物質の小さいなプール又は大きなプールからの非常に多くのＳＮＰを同時に遺伝子型判定することを可能にする。この方法は蛍光標識されたプローブを使用し、２つの集団の集めたゲノムを比較し、あらかじめＳＮＰマッピングすることなくもしくはその知識無しで、２つの集団を識別するＳＮＰにまたがるＤＮＡ断片の検出と回収とを可能にする。
【００９２】
ＳＮＰを検出し特定するための他の多くの方法が存在する。これらには、例えばＳＮＰにハイブリダイズするプローブを測定するための質量スペクトルの使用を含む。この方法は、如何に迅速に行われるかにより、コードタグを使用して１日に数個の試料から１日に４０，０００ＳＮＰという大量処理まで変動する。好適な例は、本明細書の実施例に記載されるような本発明の多型を含む。かかる質量スペクトル法は当業者に公知であり、本発明の遺伝子型判定法は、本発明の多型（例えば本明細書の表１６に示す本発明の多型）の質量スペクトル検出に適合するように改変される。
【００９３】
ＳＮＰはまた、連結−ビット解析により測定される。この解析は、プライマー間に１つのヌクレオチドギャップをもって標的にハイブリダイズする２つのプライマーを必要とする。４つのヌクレオチドのそれぞれが、ＤＮＡポリメラーゼ、リガーゼ、標的ＤＮＡ、及びプライマーを含有する別々の反応混合物に加えられる。ポリメラーゼは、ＳＮＰに相補的な第１プライマーの３’末端にヌクレオチドを付加し、次にリガーゼは２つの隣接プライマーを連結する。試料を加熱すると、連結が起きた場合、大きくなったプライマーはハイブリダイズされたままであり、シグナル（例えば蛍光）を検出することができる。これらの方法のさらなる議論は、米国特許第５，９１９，６２６号；５，９４５，２８３号；５，２４２，７９４号；及び５，９５２，１７４号に記載されている。
【００９４】
米国特許第６，８２１，７３３号（参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）は、４成分複合体の形成と分枝点移動を可能にする条件下で２つの核酸を接触させる工程；検出分子がトレーサー分子又は４成分複合体に結合できる条件下で、４成分複合体に標的分子と検出分子を接触させる工程；及び４成分複合体への暴露前及び後に、検出分子へのトレーサー分子の結合を測定する工程とを含む、２つの核酸分子の配列の差を検出する方法を記載する。検出分子への結合についての４成分複合体とトレーサー分子の競合は、２つの核酸間の差を示す。
【００９５】
タンパク質ベース及びプロテオミクスベースのアプローチはまた、多型検出と解析に適している。発現されるタンパク質の変化を引き起こすか又はこれと関連する多型は、該タンパク質を分析することにより直接検出することができる。これは典型的には、例えばゲル電気泳動もしくはＨＰＬＣによる試料内の種々のタンパク質の分離と、そこから得られるタンパク質もしくはペプチドの、例えばＮＭＲもしくはタンパク質配列決定（例えば化学配列決定又はより一般的には質量スペクトル法）による特定を必要とする。プロテオミクス法は当該分野で公知であり、自動化に対する大きな可能性を有する。例えばProteome SystemsのProteomIQ（登録商標）システムのような組み込みシステムは、試料調製、タンパク質分離、画像採取と解析、タンパク質プロセシング、質量スペクトル、及びバイオインフォマティクス法を組み合わせるプロテオーム解析のための大量処理プラットフォームを提供する。
【００９６】
タンパク質同定のプロテオミクス法の大部分は、質量スペクトル法［イオン捕捉質量スペクトル、液体クロマトグラフィー（ＬＣ）及びＬＣ／ＭＳｎマウス、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）質量スペクトル、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量スペクトル（ＦＴ−ＭＳ）、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量スペクトル、及びＥＳＩ質量スペクトル、及びこれらの派生法を含む］を使用する。質量スペクトル法はまた、タンパク質の翻訳後修飾（例えば、リン酸化又はグリコシル化）の測定に有用であり、従ってタンパク質の翻訳後修飾の変化を引き起こすか又はこれと関連する多型を測定するのに有用である。
【００９７】
関連する技術も公知であり、例えば選択されたタンパク質スポット上に酵素又は化学物質を直接噴射することにより２−ＤＰＡＧＥゲルから膜に電気ブロットされたタンパク質試料の、インサイチュ酵素的又は化学的消化を可能にする圧電印刷技術を含む「化学的インクジェットプリンター」のようなタンパク質処理装置がある。タンパク質のインサイチュ消化とインキュベーション後、膜はペプチド分析のために直接質量スペクトル計中に入れることができる。
【００９８】
ＳＮＰを検出するために、核酸のコンフォメーション変化に依存する多くの方法が開発されている。
【００９９】
例えば１本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ、Orita et al., PNAS 1989 86:2766-2770）は、ある条件下で溶液中で１本鎖核酸が２次構造を形成する能力に依存する方法である。２次構造は塩基組成に依存し、単一ヌクレオチド置換により変化させることができ、非変性条件下で電気泳動移動度の差を引き起こす。種々の多型は典型的には、放射能標識された場合オートラジオグラフィーにより、バンドの銀染色により、検出可能に標識したプローブ断片とのハイブリダイゼーションにより、又は蛍光ＰＣＲプライマー（これらは次に例えば自動ＤＮＡシーケンサーにより検出される）の使用により検出される。
【０１００】
ＳＳＣＰの修飾は当該分野で公知であり、異なるゲルランニング条件の変化（例えば異なる温度、又は添加剤の添加、及び異なるゲルマトリックス）の使用を含む。ＳＳＣＰの他の変法は当業者に公知であり、ＲＮＡ−ＳＳＣＰ、制限エンドヌクレアーゼフィンガープリンティング−ＳＳＣＰ、ジデオキシフィンガープリンティング（ジデオキシ配列決定とＳＳＣＰとの混成）、２方向性ジデオキシフィンガープリンティング（ここでジデオキシ法停止反応は、２つの反対のプライマーを用いて同時に行われる）、及び蛍光ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（ここでＰＣＲ産物は複数の蛍光色素で内部標識され、制限酵素で消化され、次にＳＳＣＰが行われ、蛍光色素を検出できる自動ＤＮＡシーケンサーで解析される）がある。
【０１０１】
異なる核酸構造の変化する移動度を利用する他の方法は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、及びヘテロ２本鎖解析（ＨＥＴ）を含む。ここで２本鎖ＤＮＡの解離の変化（例えば塩基対ミスマッチによる）は、電気泳動移動度の変化を引き起こす。これらの移動度シフトは、ヌクレオチド変化を検出するのに使用される。
【０１０２】
変性高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）は、ＳＮＰを検出するために使用される別の方法であり、上記の分離法（例えばゲル電気泳動）の代わりに当該分野で公知のＨＰＬＣ法を使用して、例えば異なる速度でＨＰＬＣカラムから溶出するホモ２本鎖及びヘテロ２本鎖を検出し、こうしてミスマッチヌクレオチドの検出を従ってＳＮＰの検出を可能にする。
【０１０３】
ＳＮＰを検出するためのさらに別の方法は、化学切断剤や核分解酵素を含む種々の物質による切断に対する１本鎖及び２本鎖核酸の異なる感受性に依存する。例えばＲＮａｓｅＡによるＲＮＡ：ＤＮＡヘテロ２本鎖内のミスマッチの切断、例えばバクテリオファージＴ４エンドヌクレアーゼＹＩＩ又はＴ７エンドヌクレアーゼＩによるヘテロ２本鎖の切断、クレバーゼＩによる１本鎖及び２本鎖ＤＮＡ間のジャンクションのヘアピンループの５’末端の切断、及びマクサム−ギルバート配列決定化学で一般的に使用される化学物質によるヘテロ２本鎖内のミス対合ヌクレオチドの修飾は、すべて当該分野で公知である。
【０１０４】
さらなる例には、翻訳の早すぎる停止、及びサイズの小さいタンパク質生成物に至る変化により生成される停止コドンを解析するのに使用されるタンパク質翻訳試験（ＰＴＴ）、及びミスマッチ結合タンパク質の使用がある。変化は、ミスマッチ塩基を含有する２本鎖ＤＮＡヘテロ２本鎖への、例えばＭｕｔＳタンパク質（大腸菌（Escherichia coli）ＤＭＡミスマッチ修復システムの成分）又はヒトｈＭＳＨ２及びＧＴＢＰタンパク質の結合により検出される。次にＤＮＡ２本鎖はミスマッチ結合タンパク質とインキュベートされ、移動度シフトアッセイにより変化が検出される。例えば単純なアッセイは、ヘテロ２本鎖へのミスマッチ結合タンパク質の結合がエキソヌクレアーゼ分解からヘテロ２本鎖を防御するという事実に基づく。
【０１０５】
特定のＳＮＰが、特にこれがプロモーターのような遺伝子の制御領域中に存在する場合は、遺伝子の発現変化に関連することを、当業者は理解するであろう。遺伝子の発現変化はまた、ＳＮＰがタンパク質をコードする遺伝子のコード領域中に位置する場合、例えばＳＮＰが異なる使用のコドンに関連する場合、従って異なる量のｔＲＮＡに関連する場合も発生する。かかる発現変化は、当該分野で公知の方法により測定することができ、従ってかかるＳＮＰを検出するのに使用される。同様にＳＮＰが遺伝子のコード領域中に存在し、従って非同義アミノ酸置換が起きる場合、かかる置換は、遺伝子産物の機能の変化を引き起こす。同様に遺伝子産物がＲＮＡである場合、かかるＳＮＰは、ＲＮＡ遺伝子産物の機能の変化を引き起こす。例えば活性アッセイ又は機能アッセイで評価されるようなこのような機能の変化は、かかるＳＮＰを検出するのに使用することができる。
ＳＮＰを検出し特定する上記方法は、本発明の方法で使用することができる。
【０１０６】
もちろん本発明のＳＮＰを検出し特定するために、試験すべき物質を含有する試料は被験者から得られる。試料は、標的ＳＮＰ（又は場合により標的ポリペプチド）を有する可能性のある任意の試料でよく、体液（血液、尿、唾液など）、生検試料、又は他の組織調製物から得られる。
【０１０７】
ＤＮＡ又はＲＮＡは当該分野で公知のいくつかの方法に従って試料から単離することができる。例えば核酸精製法は、Tijssen; Laboratory Techniques in Biochemisty and Molecular Biology: Hybridization with nucleic acid probes Part 1: Theory and Nucleic acid prepartion, Elsevier, New York, N.Y. 1993, ならびにManiatis, T., Fritsch, E.F. and Sambrook, J., Molecular Cloning Manual 1989に記載されている。
【０１０８】
多型／ＳＮＰの有無の検出を助けるために、核酸プローブ及び／又はプライマーを提供することができる。かかるプローブは、多型の有無を証明する染色体変化に特異的な核酸配列を有し、好ましくは標的多型と一緒になった時検出可能なシグナルを出す物質で標識される。
【０１０９】
核酸プローブは、ゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ又はｍＲＮＡ、又は任意のＲＮＡ様もしくはＤＮＡ様物質、例えばペプチド核酸、分岐ＤＮＡなどでもよい。プローブはセンスもしくはアンチセンスポリヌクレオチドプローブでもよい。標的ポリヌクレオチドが２本鎖である場合、プローブはセンス鎖又はアンチセンス鎖でもよい。標的ポリヌクレオチドが１本鎖である場合、プローブは相補的１本鎖である。
【０１１０】
プローブは、当該分野で公知の種々の合成又は酵素スキームにより調製することができる。プローブは当該分野で公知の化学的方法を使用して、全体又は一部を合成することができる（Caruthers et al., Nucleic Acids Res., Symp. Ser., 215-223 (1980)）。あるいはプローブは全体又は一部を酵素的に作成することができる。
【０１１１】
ヌクレオチド類似体は、当該分野で公知の方法によりプローブ内に取り込むことができる。唯一の要件は、取り込まれるヌクレオチド類似体が標的ポリヌクレオチド配列と塩基対合するように機能しなければならないということである。例えばいくつかのグアニンヌクレオチドはヒポキサンチンで置換することができ、これはシトシン残基と塩基対合する。しかしこれらの塩基対は、グアニンとシトシンとの塩基対合ほど安定ではない。あるいはアデニンヌクレオチドは２，６−ジアミノプリンで置換することができ、これはアデニンとチミジンとの塩基対合よりも強い塩基対合を形成することができる。
【０１１２】
さらにプローブは、化学的又は酵素的に誘導体化されたヌクレオチドを含むことができる。典型的な化学修飾には、アシル基、アルキル基、アリール基、又はアミノ基による誘導体化がある。
【０１１３】
プローブは基質上に固定化することができる。好適な基質は、適当な剛性の又は半剛性の支持体であり、例えば膜、フィルター、チップ、スライド、ウェーハー、繊維、磁性もしくは非磁性ビーズ、ゲル、チューブ、プレート、ポリマー、微粒子、及び毛細管がある。基質は、種々の型の表面、例えばウェル、溝、ピン、チャネル、及び孔を有することができ、ここにポリヌクレオチドが結合する。好ましくは基質は光学的に透明である。
【０１１４】
さらにプローブは基質に直接結合する必要はなく、リンカー基を介して基質に結合することができる。リンカー基は典型的には約６〜５０原子の長さであり、結合したプローブへの接触を提供する。好適なリンカー基には、エチレングリコールオリゴマー、ジアミン、二酸などがある。基質表面上の反応性基は、リンカーの末端部分の１つと反応して、リンカーを基質に結合させる。次にリンカーの他の末端部分は、プローブに結合するように官能基化される。
【０１１５】
プローブ合成のための試薬を基質表面に添加するか、又はあらかじめ形成されたＤＮＡ断片もしくはクローンを基質表面に添加することにより、プローブを基質に結合することができる。典型的なディスペンサーには、基質に対してマイクロピペットの位置を制御するロボットシステムを用いて、基質へ溶液を添加するマイクロピペットがある。試薬が反応領域に同時に添加されるように、複数のディスペンサーが存在してもよい。
【０１１６】
核酸マイクロアレイが好適である。かかるマイクロアレイ（核酸チップを含む）は当該分野で公知である（例えば、米国特許第５，５７８，８３２号；５，８６１，２４２号；６，１８３，６９８号；６，２８７，８５０号；６，２９１，１８３号；６，２９７，０１８号；６，３０６，６４３号；及び６，３０８，１７０号を参照、それぞれ参照することにより本明細書に組み込まれる）。
【０１１７】
あるいは抗体マイクロアレイを作成することができる。かかるマイクロアレイの製造は、基本的にSchweitzer & Kingsmore, "Measuring proteins on microarrays", Curr Opin Biotechnol 2002;13(1): 14-9; Avseekno et al., "Immobilization of proteins in immunochemical microarrays fabricated by electrospray deposition", Anal Chem 2001 15:73(24): 6047-52; Huang, "Detection of multiple proteins in an antibody-based protein microarray system, Immunol Methods 2001 1:255 (1-2): 1-13に記載されている。
【０１１８】
本発明はまた、本発明で使用されるキットの調製を包含する、適当なキットには、適切な容器及びパッケージ物質（チューブ、バイアル、収縮包装パッケージ、及び中空成形パッケージを含む）中の、本発明で使用される種々の試薬がある。
【０１１９】
本発明のキット例に含めるのに適した物質には以下の１つ又はそれ以上がある：目的の遺伝的多型にフランクするＤＮＡ又はｃＤＮＡ配列ドメインにアニーリングする遺伝子特異的ＰＣＲプライマー対（オリゴヌクレオチド）、ＰＣＲを行う必要無しでゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ中の特異的配列ドメインを増幅することができる試薬；ＰＣＲ又は非ＰＣＲ増幅により増幅される配列ドメイン中の種々の可能なアレルを識別するのに必要な試薬（例えば、制限エンドヌクレアーゼ、多型の１つのアレルに優先的にアニーリングするオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドからのシグナルを増幅する酵素又は蛍光化学基を含有し、アレルの識別をより確実にするように修飾したものを含む））；種々のアレルから得られる生成物を物理的に分離するのに必要な試薬（例えば、電気泳動で使用されるアガロース又はポリアクリルアミド、及び緩衝液、ＨＰＬＣカラム、ＳＳＣＰゲル、ホルムアミドゲル、又はＭＡＬＤＩ−ＴＯＦのマトリックス支持体）。
【０１２０】
本発明の方法は、肺癌に関連することが知られている他の危険因子の解析とともに行われることは理解されるであろう。かかる危険因子には、肺癌を発症するリスクの上昇に関連する疫学的危険因子がある。かかる危険因子には、特に限定されないが、喫煙、及び／又はタバコの煙への暴露、年齢、性、及び家族歴がある。これらの危険因子は、肺癌を発症する被験者のリスクを評価する時に、本明細書に記載の１つ又はそれ以上の多型の解析を強化するのに使用することができる。
【０１２１】
個々のＳＮＰは、目的の疾患又は表現型に対して小さいリスクの感受性又は防御を付与すると理解される。個々のＳＮＰからのこれらの小さな作用は、典型的には１〜３のオーダーのオッズ比として測定される。目的の具体的な表現型は、疾患、例えば肺癌、又は病理的、生物化学的、もしくは生理学的異常に基づく中間的表現型（例えば、肺機能の障害）でもよい。本明細書に示すように、個々のＳＮＰからの具体的な遺伝子型が、その表現型作用を反映する数値（例えば、感受性ＳＮＰについて正の値、防御性ＳＮＰについて負の値）を割り当てられる時、これらのＳＮＰの複合作用は、全体スコアを計算するアルゴリズムから得ることができる。再度、本明細書で患者−対照試験計画で証明されるように、このＳＮＰスコアは疾患の頻度（又は疾患を有する確率）に線形相関している−例えば図３と４を参照。
【０１２２】
ＳＮＰスコアは、単純な用量−応答関係で、異なるスコアを有する人を疾患を有するオッズと比較する手段を提供する。この解析では最も低いＳＮＰスコアを有する人は参照群（オッズ比＝１）であり、より大きいＳＮＰスコアを有する人は、疾患を有するオッズ（又は確率）が対応してより大きい（再度、線形で）。理論に拘束されるつもりはないが本出願人は、ＳＮＰの組み合わせがこれらの解析を最適化する程度は、少なくとも一部は一変量解析（独立作用）及び／又は多変量作用（他のＳＮＰの作用又は非遺伝的要因について調整後の作用）で個々に、各ＳＮＰの作用強度とＳＮＰからの遺伝子型の頻度（ＳＮＰがどの程度一般的であるか）とに依存すると考えている。しかしいくつかのＳＮＰを組み合わせる効果はまた一部、これらのＳＮＰが、目的の表現型又は疾患の背後にある生理学的経路に対して有する効果に関連する。
【０１２３】
本出願人は、あるＳＮＰを組み合わせることが、予測不可能な方法で疾患のリスク又は確率の測定の正確性を向上させることを見いだした。特に患者と対照のＳＮＰスコアの分布がその頻度に従ってプロットされると、疾患（又は疾患リスク）を有するヒトと有さないヒトとを分類する能力は、解析されるＳＮＰの特定の組み合わせに従って改善することができる。例えば１１ＳＮＰパネルＡ（図６）と１６ＳＮＰパネル（図８）についての分布を参照。この作用は、組み合わせて解析される関連するＳＮＰの数、個々の作用の強さ、患者又は対照中の頻度にのみ依存するものではないようである。さらに、高リスクと低リスクへの集団の分類を改善する能力は、感受性又は防御性ＳＮＰの特定の比によるものではないようである。理論に拘束されるつもりはないが本出願人は、高リスクと低リスクへの集団のより大きな分類は、少なくとも一部は、重要であるが独立ではない病態生理経路中で感受性又は防御性表現型を付与するＳＮＰを特定する機能かも知れないと考えている。
【０１２４】
この観察結果は、介入を受ける集団のサブグループを規定するＳＮＰスコアの閾値又はカットオフレベルの規定を助ける臨床的有用性を有する。かかる介入は診断的介入、例えばイメージング検査、他のスクリーニングもしくは診断検査（例えば生化学的もしくはＲＮＡベースの検査）、又は治療的介入、例えば化学予防的治療（例えば、小細胞肺癌のシスプラチン又はエトポシド）、放射線療法、又は予防的ライフスタイル改変（肺癌のために禁煙）でもよい。臨床的閾値の規定において人は、その介入のコスト又はリスク（例えば、画像ベースのスクリーニング又は高価な予防的処置のコスト、又は薬剤副作用のリスク又は放射線暴露のリスク）を最小にするように、特定の介入に優先されることがある。この閾値の決定においては、患者の大多数を検出する検査の能力を最大（感度を最大）にするが、目的の介入を必要とするか又はその資格のある低リスクの人の数を最小にするようにする。
【０１２５】
レシーバー−オペレーター曲線（ＲＯＣ）解析は、ある集団の１つの変数について感度と擬陽性率（すなわち、１−特異性）との関係を調べることにより、検査の臨床的成績を解析する。ＲＯＣ解析では検査の変数は、いくつかの因子を組み合わせて得てもよい。いずれにしてもこの種の解析は、集団中の検査変数（例えばＳＮＰスコア）の頻度分布を考慮せず、従ってリスクのある人の大多数を特定するがスクリーニングもしくは処置する必要のある人の数を最小にするためにスクリーニングする必要のある人の数を、考慮しない。本出願人は、この頻度分布プロットが、考慮すべきＳＮＰの特定の組み合わせに依存することを見いだし、これは、各ＳＮＰ自体により与えられる作用によっても予測できず、ＲＯＣ解析の性能特性（感度と特異性）からも予測できないようである。
【０１２６】
本明細書に示したデータは、ＳＮＰの特定の組み合わせを決定することは、介入の優先順位を付けるために、人を介入群と非介入群に分割もしくは亜分類する能力を強化できることを示す。このようなアプローチは、肺癌用のＣＴスクリーニングのように、どの喫煙者を介入のために優先するかを特定するのに有用である。このようなアプローチはまた、治療又は他のスクリーニング又は診断検査を開始するために使用することもできるであろう。理解されるように、これはこのような介入をするのに重要なコスト的意味を有する。
【０１２７】
従って本発明は、疾患の診断又は治療である介入についての被験者の適合性を評価する方法であって、
ａ）該被験者のネットスコアを準備し［ここでネットスコアは、
ｉ）被験者からの試料の１つ又はそれ以上の遺伝子検査の結果を提供し、そして防御性多型の有無について及び感受性多型の有無について結果を解析し（ここで、該防御性多型と感受性多型は該疾患に関連している）；
ii）各防御性多型について正のスコアを割り当て、そして各感受性多型について負のスコアを割り当て、又はその逆を行い；
iii）被験者試料中に存在する防御性多型の合計値と感受性多型の合計値との差を示して、該被験者についてネットスコアを計算することにより、決定されるか又は決定されている］；そして
ｂ）患者と非患者についてネットスコアの分布を提供し（ここで患者と非患者のネットスコアは、該被験者について測定されたネットスコアと同じ方法で決定されるか又は決定されている）；
ｃ）該被験者のネットスコアが、該介入が適切であると考えられる人と、該介入が適切ではないと考えられる人とを分ける該分布に基づく閾値内にあるかどうかを測定する、ことを含んでなり、
ここで、該閾値内のネットスコアは被験者の介入適切性を示し、閾値外のネットスコアは被験者の介入不適切性を示す、方法を提供する。
【０１２８】
各防御性多型に割り当てられる値は、同じかまたは異なってもよい。各感受性多型に割り当てられる値は同じかまたは異なってよく、各防御性多型が負の値を有し、各感受性多型が正の値を有しても、又は逆でもよい。
【０１２９】
介入は疾患の診断検査、例えば血液検査もしくは肺癌のＣＴスキャンでもよい。あるいは、介入は疾患の予防的治療（例えば、被験者に禁煙に対する動機を与えること）を含む疾患の治療（例えば化学療法又は放射線療法）でもよい。
【０１３０】
本明細書に記載のように、本発明の方法を使用して肺癌患者と抵抗性喫煙者対照（非患者）のＳＮＰスコアの分布を確立することができる。例えば、インターロイキン−１８遺伝子中の−１３３Ｇ／Ｃ多型、ＣＹＰ２Ｅ１遺伝子中の−１０５３Ｃ／Ｔ多型、Ｎａｔ２遺伝子中のＡｒｇ１９７ｇｌｎ多型、インターロイキン１Ｂ遺伝子中の−５１１Ｇ／Ａ多型、アンチキモトリプシン遺伝子中のＡｌａ９Ｔｈｒ多型、アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＳアレル多型、インターロイキン−８遺伝子中の−２５１Ａ／Ｔ多型、ＸＰＤ遺伝子中のＬｙｓ７５１ｇｌｎ多型、ＳＯＤ３遺伝子中の＋７６０Ｇ／Ｃ多型、ＲＥＶ遺伝子中のＰｈｅ２５７Ｓｅｒ多型、アルファ１−アンチトリプシン遺伝子中のＺアレル多型、Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）遺伝子中のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ多型、ＸＲＣＣ４遺伝子中のＳｅｒ３０７ＳｅｒＧ／Ｔ多型、ＢＲＣＡ２遺伝子中のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ多型、インテグリンアルファ−１１遺伝子中のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ多型、ＣＡＭＫＫ１遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ多型から成る群から選択される防御性多型及び感受性多型からなる１６ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアの分布が、肺癌患者と非患者の間で本明細書に記載される。本明細書に示されるように、介入に適した個体の優先順位を付けるために、人を介入群と非介入群に分類する閾値ＳＮＰスコアを測定することができる。
【０１３１】
本発明の予測法は、多くの治療的介入及び／又は治療法を適合性について評価することを可能にし、ある被験者について実施される。これらの最も簡単なものは、生活様式を変える動機を被験者に与えることであり、例えば被験者が現在喫煙者である場合、本発明の方法は禁煙するような動機を与える。
【０１３２】
治療的介入又は治療の方法は、多型の性質と該多型の生物学的作用により予測される。例えば感受性多型が遺伝子の発現変化に関連する場合、介入又は治療は好ましくは、例えば癌遺伝子の発現を調節できる物質の投与による該遺伝子の正常な発現の回復に関する。多型が遺伝子の発現低下に関連する場合、治療は該遺伝子の発現を上昇することができる物質の投与を含み、逆に多型が遺伝子の発現上昇に関連する場合、治療は該遺伝子の発現を低下させることができる物質の投与を含む。遺伝子発現の調節に有用な方法は、当該分野で公知である。例えば多型が遺伝子のアップレギュレートされた発現に関連する場合、ｍＲＮＡの量を減少させるためにそして該遺伝子の発現を低下させるために、例えばＲＮＡｉ又はアンチセンス法を使用する治療を行うことができる。あるいは治療は、該遺伝子の生成物の活性を調節し、こうして該遺伝子の異常発現を補償することに関する方法を含むことができる。
【０１３３】
感受性多型が遺伝子産物機能の低下又は遺伝子産物発現のレベルの低下に関連する場合、治療的介入又は治療は、例えば該遺伝子産物又はその機能性類似体の投与により、該機能の向上もしくは置換、又は被験者内の遺伝子産物の量を補足することを含むことができる。例えば多型が酵素機能の低下に関連する場合、治療は被験者への活性酵素又は酵素類似体の投与を含むことができる。同様に多型が遺伝子産物機能の上昇に関連する場合、治療的介入又は治療は、例えば該遺伝子産物のインヒビター又は被験者中の該遺伝子産物のレベルを低下させることができる物質の投与により、該機能の回復を含むことができる。例えばＳＮＰアレル又は遺伝子型が酵素機能の上昇に関連する場合、治療は被験者への酵素インヒビターの投与を含むことができる。
【０１３４】
同様に、防御性多型が、特定の遺伝子のアップレギュレーション又は酵素又は他のタンパク質の発現に関連する時、治療は、抵抗性の遺伝子型が欠如した個体中のアップレギュレーション又は発現を、及び／又はかかる個体へのかかる酵素もしくは他のタンパク質の送達を模倣することに関する。さらに防御性多型が特定の遺伝子のダウンレギュレーションに関連するか又は酵素もしくは他のタンパク質の発現の低下もしくは排除に関連する時、好適な治療法は、防御性遺伝子型が欠如した個体でかかる条件を模倣することに関する。
【０１３５】
上記で特定された種々の多型と肺癌に対する被験者の感受性（又はそれ以外）との関係もまた、治療候補の設計及び／又はスクリーニングへの応用を有する。これは、感受性多型又は防御性多型の関連が、遺伝子発現のアップレギュレーション又はダウンレギュレーションに現れる場合に、特に言える。このような場合には、このようなアップレギュレーション又はダウンレギュレーションへの治療候補の作用は容易に検出することができる。
【０１３６】
例えばある実施態様において、存在するヒト肺及び細胞培養物は、上記したように多型についてスクリーニングされる。（ヒト肺と細胞培養物についての情報は以下を参照：Bohinski et al. (1996) Molecular and Cellular Biology 14:5671-5681; Collecttsolberg et al. (1996) Pediatric Research 39:504; Hermanns et al. (2004) Laboratory Investigation 84:736-752; Hume et al. (1996) In Vitro Cellular & Developmental Biology-Animal 32:24-29; Leonardi et al. (1995) 38:352-355; Notingher et al. (2003) Biopolymers (Biospectroscopy) 72:230-240; Ohga et al. (1996) Biochemical and Biophysical Research Communications 228:391-396;それぞれは参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）。防御性多型が存在する場合にアップレギュレート又はダウンレギュレートされる遺伝子の発現について「正常」であると推定される培養物とともに、感受性及び防御性遺伝子型群を示す培養物が選択される。
【０１３７】
このような培養物の試料は、治療化合物候補のライブラリーに暴露され、以下のいずれか又はすべてについてスクリーニングされる：（ａ）感受性多型で正常にアップレギュレートされる感受性遺伝子のダウンレギュレーション；（ｂ）感受性多型で正常にダウンレギュレートされる感受性遺伝子のアップレギュレーション；（ｃ）防御性多型で正常にダウンレギュレートされるか又は発現されない（又はヌル型が発現される）防御性遺伝子のダウンレギュレーション；（ｄ）防御性多型で正常にアップレギュレートされる防御性遺伝子のアップレギュレーション。感受性多型を有する培養物中で感受性遺伝子及び／又は防御性遺伝子の制御及び／又は作用を変化させる能力について、化合物が選択される。
【０１３８】
同様に、多型が、存在する時に被験者の正常範囲（年齢と性について調整されている）外の発現される遺伝子産物の生理活性濃度を与え、発現される遺伝子産物のレベルを正常範囲内に回復する予防的または治療的アプローチが利用できる場合、個々の被験者をスクリーニングして回復アプローチから利益を受ける確率を測定することができる。かかるスクリーニングは、多型が存在し治療から利益を受ける可能性のある個体として特定される被験者について、本明細書に記載の任意の方法により被験者の多型の有無を検出することを含む。
【０１３９】
本発明の方法は主に、肺癌を発症するリスクを評価することに関する。肺癌は組織学的に２つの大きな群に分類される−非小細胞肺癌（肺癌の約８０％）と小細胞肺癌（肺癌の約２０％）。この組織学的分類はまた、治療方策と予後を反映する。
【０１４０】
非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は予後と管理がほとんど同じため、一般にまとめて検討される。非小細胞肺癌は予後が悪い。最も一般的なタイプのＮＳＣＬＣは腺癌（これはＮＳＣＬＣの５０％〜６０％を占める）、扁平上皮細胞癌、及び大細胞癌である。
【０１４１】
腺癌は典型的には、肺のガス交換表面から発生する。ほとんどの腺癌症例は喫煙と関係がある。しかし腺癌は、非喫煙者の間で最も一般的な肺癌である。腺癌のサブタイプである細気管支肺胞上皮癌は、女性の非喫煙者の方が頻度が高い。
【０１４２】
扁平上皮細胞癌（ＮＳＣＬＣの２０％〜２５％を占める）は一般に、より大きな呼吸管で発生する。これは成長の遅い型のＮＳＣＬＣである。
【０１４３】
大細胞癌は急速増殖型であり、肺の表面近くで成長する。大細胞癌の初期の診断はさらに調べると、しばしば扁平上皮細胞癌又は腺癌に再分類される。
【０１４４】
小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）も予後は悪い。これは、大きい呼吸管で発生し易く、急速に成長して極めて大きくなる。これは最初化学療法に感受性であるが、最終的に予後は悪く、しばしば転移性である。ＳＣＬＣは喫煙に強く関連している。
【０１４５】
他のタイプの肺癌には、カルチノイド肺癌、腺様嚢胞癌、円柱腫、粘液性類表皮癌、及び体の別の場所で発生し肺に転移する転移癌がある。一般にこれらの癌は、発生部位により特定され、すなわち乳癌の肺への転移は乳癌として知られる。逆に副腎、肝臓、脳、及び骨は、原発性肺癌自体からの最も一般的な転移部位である。
【０１４６】
肺癌患者の予後が悪いため、早期検出は極めて重要である。しかし現在広く使用されているスクリーニング法はあまり有効ではないと報告されている。一般的な胸部Ｘ線撮影及び喀痰試験プログラムは、肺癌の死亡率を下げるのに有効ではなく、著者らは、現在の証拠は胸部Ｘ線撮影又は喀痰細胞試験による肺癌スクリーニングを支持せず、頻繁なＸ線スクリーニングは有害である可能性があるという結論に至った。（Manser RL, et al., Screening for lung cancer. Cochrane Database of Systematic Reviews 2004, Issue 1. Art. No.:CD001991. DOI: 10.1002/14651858.CD001991.pub2.）。
【０１４７】
コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンは、Ｘ線で見えない腫瘍を見つけることができる。ＣＴスキャンは、高リスク患者の肺癌のスクリーニング手段として活発に評価されている。３１，０００名を超える高リスク患者の試験で、４８４の検出された肺癌の８５％はステージＩであり、容易に治療可能であると考えられた（Henschke CI, et al., Survival of patients with stage I lung cancer detected on CT screeing. New Engl. J. Med., 355(17):1763-71, (2006)）。
【０１４８】
これに対して３，２００人の現在の喫煙者と過去の喫煙者を４年間スクリーニングし３回又は４回のＣＴスキャンを行った最近の試験は、肺癌の診断の増加と手術の増加を報告しているが、進行癌又は死亡の観察された数と予測された数の間に有意差はなかった（Bach PB, et al., Computed Tomography Screening and Lung Cancer Outcomes, JAMA., 297:9533-961 (2007)参照）。
【０１４９】
スクリーニング試験は、喫煙者やある物質への職業的接触のある作業者にのみ行われていることを注意されたい。ＣＴを使用するスクリーニングの効果のより確定的評価は、米国やヨーロッパで現在行われているランダム治験の結果を待たなければならない。これは、スクリーニングからこの繰り返し放射線照射が小さな割合のスクリーニングされる被験者で発癌を誘導する可能性を考慮した場合、スクリーニングされる集団中の（比較的）高頻度の肺癌によるこのリスクを小さくしなければならない。この高頻度は、例えば本明細書に記載の方法により、ＣＴスキャニングの前にプレスクリーニングにより達成することができる。
【０１５０】
本発明を、以下の非限定例を参照してさらに詳しく説明する。
【実施例１】
【０１５１】
患者関連試験
緒言
患者−対照関連試験は、重要なリスクの一致が重要である対照群の注意深い選択を可能にする。この試験で肺癌と診断された喫煙者と、肺癌が無く肺機能が正常な喫煙者とを比較した。肺癌のリスクがゼロの喫煙者（すなわち、喫煙者であるが肺癌を発症しない者）をあらかじめ選択することは不可能なため、このユニークな対照群は極めて適切である。本出願人は現在の知識では喫煙者の低リスク群を特定することは不可能と考えているため、多量の喫煙歴が有り肺機能が正常な喫煙者を喫煙者「低リスク」群とした。理論に拘束されるつもりはないが本出願人は、このアプローチは、肺癌発症リスクの上昇を与える低浸透性高頻度多型のより厳しい比較を可能にすると考えている。再度理論に拘束されるつもりはないが本出願人は、正常な肺機能を有する喫煙コホートを比較として使用する時のみに証明される、肺癌からのある程度の防御を付与する多型があるかも知れないと考えている。すなわち肺癌を有する喫煙者は、正常な肺機能を有し肺癌と診断されない喫煙者と比較して、これらの多型の頻度は低いことが予測される。
【０１５２】
方法
被験者の募集
少なくとも１５年間の喫煙歴があり肺癌と診断されたヨーロッパ系の被験者を募集した。被験者は以下の基準を満足した：放射線及び組織学的試験に基づき肺癌と診断され、小細胞肺癌、扁平上皮細胞肺癌、肺の腺癌、非小細胞癌（組織学的マーカーはサブタイプを識別できない）、及び気管支肺胞癌を含む。被験者の年齢は何歳でもよく、診断が確定されてから治療のどの段階でもよい。２３９名の被験者が集まり、このうち５３％は男性であり、平均ＦＥＶ１／ＦＶＣ（１ＳＤ）は６１％（１４）で、予測されたパーセントとしての平均ＦＥＶ１は７１（２２）であった。平均年齢、１日当たりのタバコの本数、及び喫煙歴は、それぞれ６９才（１１）、１９本／日（１１）、及び３８年（３１）であった。少なくとも２０年間喫煙してきて、過去に呼吸困難に罹ったことがなく閉塞性肺疾患もしくは肺癌と診断されたことも無い４８４人のヨーロッパ人被験者を試験した。対照群は、年配者のクラブから集め、６０％が男性、平均平均ＦＥＶ１／ＦＶＣ（１ＳＤ）は７６％（８）で、予測されたパーセントとしての平均ＦＥＶ１は１０１（１０）であった。平均年齢、１日当たりのタバコの本数、及び喫煙歴は、それぞれ６０才（１２）、２４本／日（１２）及び４１年（２５）であった。ＰＣＲベースの方法（Sandford et al., 1999）を使用して、すべての被験者をα１−アンチトリプシン変異（Ｓ及びＺアレル）について遺伝子型判定し、ＺＺアレルを有する者を除外した。回帰分析で、肺癌患者と抵抗性喫煙者の間で観察された年齢差と喫煙年数の差は、ＦＥＶ又は肺癌を決定するものではないことがわかった。
【０１５３】
この試験は、抵抗性喫煙者と比較して肺癌患者でより高頻度で見られた多型が、肺癌発症の感受性上昇を反映することを示す。同様に肺癌と比較して抵抗性喫煙者でより高頻度で見られた多型は、防御的役割を反映するかも知れない。
【０１５４】
肺癌被験者と抵抗性喫煙者の特徴の要約
【表２】
2010506588.tif 000004
平均と１ＳＤ
【０１５５】
Sequenom Autoflex質量スペクトル計を使用する多型遺伝子型判定
ゲノムＤＮＡを全血試料から抽出した（Maniatis, T., Fritsch, E.F. and Sambrook, J., Molecular Cloning Manual. 1989）。精製したゲノムＤＮＡを９６ウェルプレートに分注（１０ｎｇ／μｌ濃度）し、Sequenom（登録商標）システム（Sequenom（登録商標）Autoflex質量スペクトル計とSamsung24ピンナノディスペンサー）で以下の配列、増幅条件、及び方法を使用して遺伝子型判定を行った。
【０１５６】
ＰＣＲマルチプレックス反応に以下の条件を使用した：最終濃度は、１０×緩衝液について、１５ｍＭ ＭｇＣｌ２ １．２５×、２５ｍＭ ＭｇＣｌ２  １．６２５ｍＭ、ｄＮＴＰミックス  ２５ｍＭ  ５００μＭ、プライマー４μＭ  １００ｎＭ、Ｔａｑポリメラーゼ（Quiagenホットスタート）０．１５Ｕ／反応、ゲノムＤＮＡ  １０ｎｇ／μｌ。サイクル時間は、９５℃で１５分、（５℃で１５秒、５６℃で３０秒、７２℃で３０秒を４５サイクルで、最後に伸長時間３分であった。我々は小エビアルカリホスファターゼ（ＳＡＰ）処理（ＰＣＲ反応につき２μｌ〜５μｌ）を使用し、３５℃で３０分インキュベートし、伸長反応（ＳＡＰ処理後に２μｌを７μｌに加える）を反応当たり以下の容量を使用して行った：水、０．７６μｌ；ｈＭＥ１０×停止緩衝液、０．２μｌ；ｈＭＥプライマー（１０μＭ）、１μｌ；MassEXTEND酵素、０．０４μｌ。
【０１５７】
遺伝子型判定のためのSequenom条件
【表３】
2010506588.tif 000005
【０１５８】
【表４】
2010506588.tif 000006
【０１５９】
結果
一変量解析：
表２．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＣｅｒｂｅｒｕｓ１（Ｃｅｒ１）Ｒ１９Ｗ Ａ／Ｇ（ｒｓ１０１１５７０３）多型アレルと遺伝子型頻度
【表５】
2010506588.tif 000007
【０１６０】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＡ／ＡＧ対ＧＧ、オッズ比（ＯＲ）＝１．７、９５％信頼限界  １．１〜２．６、χ2（Yates未補正）＝５．６３、ｐ＝０．０２、
ＡＡ／ＡＧ遺伝子型＝感受性（ＧＧ防御性）
アレル、肺癌対抵抗性についてＡ対Ｇ、オッズ比（ＯＲ）＝１．５、９５％信頼限界  １．０〜２．２、χ2（Yates未補正）＝３．９５、ｐ＝０．０５、
Ａアレル＝感受性
【０１６１】
表３．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＸＲＣＣ４ Ｓｅｒ３０ＳｅｒＧ／Ｔ（ｒｓ１０５６５０３）多型アレルと遺伝子型頻度
【表６】
2010506588.tif 000008
＊染色体数（２ｎ）
【０１６２】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＧＧ／ＧＴ対ＴＴ、オッズ比（ＯＲ）＝１．３、９５％信頼限界  ０．９〜２．０、χ2（Yates未補正）＝２．４、ｐ＝０．１２、
ＧＧ／ＧＴ遺伝子型＝感受性（ＴＴ防御性）
アレル、肺癌対抵抗性についてＡ対Ｇ、オッズ比（ＯＲ）＝１．４、９５％信頼限界  １．０〜２．０、χ2（Yates未補正）＝４．２８、ｐ＝０．０４、
Ｇアレル＝感受性
【０１６３】
表４．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＢＲＣＡ２ Ｋ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ（ｒｓ１１５７１８３３）多型アレルと遺伝子型頻度
【表７】
2010506588.tif 000009
＊染色体数（２ｎ）
【０１６４】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＴ／ＴＴ対ＡＡ、オッズ比（ＯＲ）＝２．５、９５％信頼限界  １．０〜６．７、χ2（Yates未補正）＝４．３４、ｐ＝０．０４、
ＡＴ／ＴＴ遺伝子型＝感受性（ＡＡ防御性）
アレル、肺癌対抵抗性についてＴ対Ａ、オッズ比（ＯＲ）＝２．７、９５％信頼限界  １．１〜７．０、χ2（Yates未補正）＝５．４４、ｐ＝０．０２、
Ｔアレル＝感受性
【０１６５】
表５．肺癌患者と抵抗性喫煙者のインテグリンアルファ−１１ Ｖ４３３Ｍ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３０６０２２）多型アレルと遺伝子型頻度
【表８】
2010506588.tif 000010
＊染色体数（２ｎ）
【０１６６】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＡ対ＡＡ／ＧＧ、オッズ比（ＯＲ）＝４．３、９５％信頼限界  １．５〜１２．９、χ2（Yates未補正）＝９．５５、ｐ＝０．００２、
ＡＡ遺伝子型＝感受性
アレル、肺癌対抵抗性についてＡ対Ｇ、オッズ比（ＯＲ）＝１．４、９５％信頼限界  １．０〜２．１、χ2（Yates未補正）＝４．１４、ｐ＝０．０４、
Ａアレル＝感受性
【０１６７】
表６．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＣＡＭＫＫ１カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１ Ｅ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ（ｒｓ７２１４７２３）多型アレルと遺伝子型頻度
【表９】
2010506588.tif 000011
＊染色体数（２ｎ）
【０１６８】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＴＴ対ＴＴ／ＣＣ、オッズ比（ＯＲ）＝０．７６、９５％信頼限界  ０．５〜１．１、χ2（Yates未補正）＝２．２７、ｐ＝０．１３、
ＴＴ遺伝子型＝防御性
アレル、肺癌対抵抗性についてＴ対Ｃ、オッズ比（ＯＲ）＝０．８４、９５％信頼限界  ０．７〜１．１、χ2（Yates未補正）＝２．２２、ｐ＝０．１４、
Ｔアレル＝防御性
【０１６９】
表７．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＰ７３ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１０】
2010506588.tif 000012
＊染色体数（２ｎ）
【０１７０】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＣＣ対ＣＴ／ＴＴ、オッズ比（ＯＲ）＝０．４６、９５％信頼限界  ０．３３〜０．６４、χ2（Yates未補正）＝２２．０、ｐ＜０．００１、
ＣＣ遺伝子型＝防御性（ＣＴ／ＴＴ感受性）
アレル、肺癌対抵抗性についてＣ対Ｔ、オッズ比（ＯＲ）＝０．６２、９５％信頼限界  ０．４８〜０．８０、χ2（Yates未補正）＝１４．０、ｐ＜０．００１、
Ｃアレル＝防御性
【０１７１】
表８．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＣＹＰ３Ａ４３ Ａ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ多型アレルと遺伝子型頻度
【表１１】
2010506588.tif 000013
＊染色体数（２ｎ）
【０１７２】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＴ／ＴＴ対ＡＡ、オッズ比（ＯＲ）＝１．７４、９５％信頼限界  ０．９７〜３．１３、χ2（Yates未補正）＝４．０、ｐ＝０．０５、
ＡＴ／ＴＴ遺伝子型＝感受性
アレル、肺癌対抵抗性についてＴ対Ａ、オッズ比（ＯＲ）＝１．８、９５％信頼限界  １〜３．１、χ2（Yates未補正）＝４．５４、ｐ＝０．０３、
Ｔアレル＝感受性
【０１７３】
表９．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＢＣＬ２ Ａ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１２】
2010506588.tif 000014
＊染色体数（２ｎ）
【０１７４】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＡ対ＡＡ／ＣＣ、オッズ比（ＯＲ）＝０．６９、９５％信頼限界  ０．４８〜１．０、χ2（Yates未補正）＝４．０、ｐ＝０．０５、
ＡＡ遺伝子型＝防御性
アレル、肺癌対抵抗性についてＡ対Ｃ、オッズ比（ＯＲ）＝０．７８、９５％信頼限界  ０．６２〜０．９７、χ2（Yates未補正）＝５．０、ｐ＝０．０２、
Ａアレル＝防御性
【０１７５】
表１０．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＩＴＧＢ３ Ａ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１３】
2010506588.tif 000015
＊染色体数（２ｎ）
【０１７６】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＧ／ＧＧ対ＡＡ、オッズ比（ＯＲ）＝０．５７、９５％信頼限界  ０．３４〜０．９５、χ2（Yates未補正）＝５．２、ｐ＝０．０２、
ＡＧ／ＧＧ遺伝子型＝防御性
アレル、肺癌対抵抗性についてＧ対Ａ、オッズ比（ＯＲ）＝０．５４、９５％信頼限界  ０．３３〜０．８９、χ2（Yates未補正）＝６．５、ｐ＝０．０１、
Ｇアレル＝防御性
インテグリンベータ３はまた、血小板糖タンパク質IIIa又は抗原ＣＤ６１と呼ばれる。
【０１７７】
表１１．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＤＡＴ１ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１４】
2010506588.tif 000016
＊染色体数（２ｎ）
【０１７８】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＴＴ／ＧＴ対ＧＧ、オッズ比（ＯＲ）＝１．６、９５％信頼限界  １．０〜２．６、χ2（Yates未補正）＝３．９、ｐ＝０．０５、
ＴＴ／ＧＴ遺伝子型＝感受性
ドーパミントランスポーター１（ＤＡＴ１）はまた、溶質キャリアーファミリー６（神経伝達物質トランスポーター、ドーパミン）、メンバー３（ＳＬＣ６Ａ３）としても知られている。
【０１７９】
表１２．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＴＮＦＲ１ Ａ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１５】
2010506588.tif 000017
＊染色体数（２ｎ）
【０１８０】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＡＡ対ＡＧ／ＧＧ、オッズ比（ＯＲ）＝１．５、９５％信頼限界  １〜２．１、χ2（Yates未補正）＝５．５、ｐ＝０．０２、
ＡＡ遺伝子型＝感受性
アレル、肺癌対抵抗性についてＡ対Ｇ、オッズ比（ＯＲ）＝１．３、９５％信頼限界  １．０〜１．６、χ2（Yates未補正）＝４．２、ｐ＝０．０４、
Ａアレル＝感受性
【０１８１】
表１３．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＤＲＤ２ Ｃ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１６】
2010506588.tif 000018
＊染色体数（２ｎ）
【０１８２】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＣＤｅｌ／ＤｅｌＤｅｌ対ＣＣ、オッズ比（ＯＲ）＝０．６１、９５％信頼限界  ０．３９〜０．９４、χ2（Yates未補正）＝５．４、ｐ＝０．０２、
ＣＤｅｌ／ＤｅｌＤｅｌ遺伝子型＝防御性
アレル、肺癌対抵抗性についてＤｅｌ対Ｃ、オッズ比（ＯＲ）＝０．６６、９５％信頼限界  ０．４４〜１．０、χ2（Yates未補正）＝４．２、ｐ＝０．０４、
Ｄｅｌ＝防御性
【０１８３】
表１４．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＦａｓＬ Ｃ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１７】
2010506588.tif 000019
＊染色体数（２ｎ）
【０１８４】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＴＴ対ＣＣ／ＣＴ、オッズ比（ＯＲ）＝０．６１、９５％信頼限界  ０．３６〜１．０、χ2（Yates未補正）＝４．０、ｐ＝０．０５、
ＴＴ遺伝子型＝防御性
Ｆａｓリガンド（ＴＮＦスーパーファミリー、メンバー６）はまた、ＦＡＳＬＧ、ＣＤ１７８、ＣＤ９５Ｌ、ＴＮＦＳＦ６、及びＡＰＴ１ＬＧ１としても知られている。
【０１８５】
表１５．肺癌患者と抵抗性喫煙者のＴＬＲ９ Ｃ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）多型アレルと遺伝子型頻度
【表１８】
2010506588.tif 000020
＊染色体数（２ｎ）
【０１８６】
遺伝子型、肺癌対抵抗性についてＣＣ対ＴＣ／ＴＴ、オッズ比（ＯＲ）＝３．１、９５％信頼限界  １．０〜９．９、χ2（Yates未補正）＝５．０、ｐ＝０．０３、
ＣＣ遺伝子型＝感受性
【０１８７】
表１６．肺癌の防御性多型と感受性多型の要約表
【表１９】
2010506588.tif 000021
＊染色体数（２ｎ）
1−後述の５ＳＮＰパネル中に含まれる
上記の一変量解析から得られるオッズ比とＰ値
【０１８８】
各被験者のＳＮＰスコアは、上記表１６で特定されたようにパネル中に含まれる５ＳＮＰの、感受性遺伝子型の存在について＋１のスコア又は防御性遺伝子型の存在について−１を割り当てることにより得られた。各被験者についてスコアを加えて総ＳＮＰスコアが得られる。以下の表１７は、肺癌患者と抵抗性喫煙者対照間の５ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰの分布を示す。
【０１８９】
表１７．肺癌のある喫煙者と肺癌の無い喫煙者のＳＮＰスコア（５ＳＮＰパネル）の分布
【表２０】
2010506588.tif 000022
【０１９０】
５ＳＮＰパネルから作成された肺癌ＳＮＰスコアに従って肺癌を有する確率を図１にグラフで示す。表１７に示す５ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに従って肺癌を有するｌｏｇオッズを図２に示す。
【実施例２】
【０１９１】
本例は、後述の表１８に記載した多型を使用して肺癌患者と対照抵抗性喫煙者について得られたＳＮＰスコアの分布の解析を示す。表１８は、ＰＣＴ／ＮＺ２００６／０００１２５（ＷＯ２００６／１２３９５５として公開）及び関連出願（ニュージーランド特許出願第５４０２０３／５４１７８７／５４３２９７）で特定された選択された防御性ＳＮＰと感受性ＳＮＰの要約であり、本明細書でＳＮＰの追加のパネル中に含まれる。
【０１９２】
表１８で特定されるＳＮＰ１〜１１は、後述ＳＮＰスコアを作成するために使用された１１ＳＮＰパネルＡと１６ＳＮＰパネルの両方に含まれた。表１８で特定されるＳＮＰ１２〜１６は、上記実施例１に記載の５ＳＮＰパネルと、後述ＳＮＰスコアを作成するために使用された１６ＳＮＰパネルの両方に含まれた。オッズ比（ＯＲ）とｐ値は、正常な肺機能を有する抵抗性喫煙者と比較した癌患者についてである。
【０１９３】
表１８．選択された防御性多型と感受性多型の要約
【表２１】
2010506588.tif 000023
1−ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＮＺ２００６／０００１２５に記載されている。
2−５ＳＮＰパネル（実施例１に記載）と１６ＳＮＰパネルの両方に含まれる。
【０１９４】
以下の表１９は、肺癌患者と抵抗性喫煙者対照中の表１８のＳＮＰ番号１〜１１からなる１１ＳＮＰパネルＡから得られたＳＮＰスコアの分布を示す。
表１９．肺癌ＳＮＰスコアの分布
【表２２】
2010506588.tif 000024
【０１９５】
影を付けたＳＮＰスコア（０、１、及び２）は、肺癌のリスクが低〜平均として見なされる。この閾値（カットオフ）では、肺癌患者の７％が存在し、対照喫煙者の２９％が存在した。肺癌頻度対ＳＮＰスコアをプロットしたグラフ（図３）では、これは約１０％の肺癌リスクに等しい。これは、すべての喫煙者の平均である。１１ＳＮＰパネルＡから得られたＳＮＰスコアに従った肺癌を有する確率を図３に示す。
【０１９６】
肺癌患者と抵抗性喫煙者対照間のＳＮＰスコアの分布を、以下のようにさらに解析した。図４は、肺癌１１ＳＮＰパネルＡについての感度と特異性を用いたレシーバー−オペレーター曲線解析を示す。これは以下のモデルに従って開発された：
(IL18 133 S+CYP2E1 Rsa1 S+NAT2 197 S+IL1B 511 S+ACT 15 S+s アレル S+IL8 251 S+z アレル s)
-
(XPD 751 P+SOD3 213 P+REV1 257 P)
年齢＞６０なら、４を加え
ＦＨｘ ｌｕｎｇ Ｃａなら、３を加える
【表２３】
2010506588.tif 000025
【表２４】
2010506588.tif 000026
【０１９７】
ここで図５は、肺癌患者と抵抗性喫煙者対照中の１１ＳＮＰパネルＡから得られたＳＮＰスコアの分布を示すグラフを示す。
【０１９８】
表２０．１６ＳＮＰパネルから得られた肺癌ＳＮＰスコアの分布
【表２５】
2010506588.tif 000027
【０１９９】
影を付けたＳＮＰスコア（≦１、２、及び３）は、肺癌のリスクが低〜平均として見なされる。このカットオフでは、肺癌患者の８％が存在し、対照喫煙者の４１％が存在した。肺癌頻度とＳＮＰスコアをプロットしたグラフ（図６）では、これは約１０％の肺癌リスク（すべての喫煙者の平均）に等しく、すべての喫煙者の平均である。１６ＳＮＰパネルから得られたＳＮＰスコアに従った肺癌を有する確率を図６に示す。
【０２００】
肺癌患者と抵抗性喫煙者対照間のＳＮＰスコアの分布を、以下のようにさらに解析した。図７は、肺癌１６ＳＮＰパネルについての感度と特異性を用いたレシーバー−オペレーター曲線解析を示す。これは以下のモデルに従って開発された：
(IL18 133 S+CYP2E1 Rsal S+NAT2 197 S+IL1B 511 S+ACT 15 S+s アレル S+IL8 251 S+z アレル s)
-(XPD 751 P+SOD3 213 P+REV1 257 P)
+
(ITGA11 s+Cer1 s+BRAC2 s+XRCC4 307 s)
-CAMKKl p
年齢＞６０なら、４を加え
ＦＨｘ ｌｕｎｇ Ｃａなら、３を加える
【０２０１】
【表２６】
2010506588.tif 000028
【表２７】
2010506588.tif 000029
【０２０２】
図８は、肺癌患者と抵抗性喫煙者対照中の１６ＳＮＰパネルから得られたＳＮＰスコアの分布を示すグラフを示す。
【実施例３】
【０２０３】
本例は、後述の表２１に記載した多型を含む９ＳＮＰパネルを使用した多変量解析を示す。表２１は、表７〜１５に示した肺癌に関連する防御性ＳＮＰと感受性ＳＮＰを示す一変量解析を要約する。オッズ比（ＯＲ）とｐ値は、正常な肺機能を有する抵抗性喫煙者と比較した癌患者についてである。
表２１．選択された多型の要約−９ＳＮＰパネル
【表２８】
2010506588.tif 000030
【０２０４】
５、１１、及び１６ＳＮＰパネルで上記したように、この９ＳＮＰパネルについての一変量データから各被験者のＳＮＰスコアを測定した。感受性ＳＮＰ遺伝子型の存在を＋１のスコアとし、防御性ＳＮＰ遺伝子型の存在を−１のスコアとした。
【０２０５】
図９に示すように、肺癌患者と健常喫煙対照者についてのＳＮＰスコアを一緒に解析し、肺癌を有するオッズに従ってプロットすると、線形の関係が観察された（ここで、スコアが最も高いものが最大のリスクを有する）。この解析（floating absolute オッズ比）では、最小のＳＮＰスコア群を１とした。最大のスコア（５又はそれ以上）を有する者は１３のオッズを有し、これらは肺癌と診断される確率（又はリスク）が１３倍大きい。
【０２０６】
各被験者について、肺癌と診断される確率を規定する複合スコアが得られた。各被験者について、９ＳＮＰパネルからのＳＮＰスコアを、年齢（６０才を超える年齢の場合＋４）と家族歴（肺癌を有する一親等の親族がいる場合＋３）と組み合わせた。このアルゴリズムは、遺伝子型、年齢、及び肺癌の家族歴に基づく各喫煙者の複合スコアを与えた。以下の表２２は、９ＳＮＰ、年齢、及び家族歴を使用するこの多変量解析の結果を示す。
【０２０７】
表２２．多変量解析
【表２９】
2010506588.tif 000031
【０２０８】
図１０は、この複合肺癌ＳＮＰスコアのレシーバー−オペレーター曲線解析を示す。レシーバー−オペレーター曲線解析は、これらの９ＳＮＰについてＲＯＣ曲線下の面積が０．７３であることを示す。これは、許容される識別レベルを示す。
【０２０９】
９ＳＮＰパネルの頻度分布を肺癌と対照間で比較すると（図１１）、患者と対照間の肺癌ＳＮＰスコアの分離が観察される。これは、ＳＮＰスコアが高リスク喫煙者と低リスク喫煙者とを識別する能力を反映する。このデータは、ＳＮＰ自体が低レベルのリスクを誘導することを示す（小オッズ比）。これらのＳＮＰは組み合わせて解析され、その遺伝子型に基づいて肺癌の高リスクと低リスクの喫煙者を識別する臨床的有用性を有するリスクスコアを与え、かかる解析は、年齢や家族歴のような非遺伝的因子を含むことができる。
【実施例４】
【０２１０】
本例は、以下の表２３に記載の多型を含む１１ＳＮＰパネル（１１ＳＮＰパネルＢ）を使用する多変量解析を示す。表２３は、本明細書に記載の肺癌に関連する防御性ＳＮＰと感受性ＳＮＰを示す一変量解析を要約する。オッズ比（ＯＲ）とｐ値は、正常な肺機能を有する抵抗性喫煙者と比較した癌患者についてである。段階的回帰分析も行い、各多型についてカイ自乗値を示す。
表２３．選択された多型の要約−１１ＳＮＰパネルＢ
【表３０】
2010506588.tif 000032
【０２１１】
上記したように、１１ＳＮＰパネルＢの一変量データから各被験者についてＳＮＰスコアを測定した。感受性ＳＮＰ遺伝子型の存在を＋１のスコアとし、防御性ＳＮＰ遺伝子型の存在を−１のスコアとした。
【０２１２】
各被験者について、肺癌と診断される確率を規定するスコアが得られた。上記表２３は、これらの１１ＳＮＰを使用する多変量解析の結果を示し、これらのＳＮＰは組み合わせて解析され、その遺伝子型に基づいて肺癌の高リスクと低リスクの喫煙者を識別する臨床的有用性を有するリスクスコアを与えることを示す。
【０２１３】
考察
上記結果は、いくつかの多型が肺癌を発症するリスクの上昇又は低下に関連していることを示す。個々の多型の関連は識別的価値があるが、疾患の許容される予測を与える可能性は小さい。しかしこれらの多型は組み合わせると、感受性被験者を抵抗性の人から（例えば、肺癌を発症する喫煙者と同等の喫煙暴露を有するがリスクの小さい者とを）識別する。この多型は、肺リモデリング及び肺癌、及びある場合にはアミノ酸組成に影響を与えないサイレント変異の基礎となることが知られている方法に関与する多くの遺伝子の、アミノ酸配列（及び可能性のある発現及び／又は機能）を変化させることが知られているエクソン性多型である。ここで特定される多型は、炎症、マトリックスリモデリング、酸化剤ストレス、ＤＮＡ修復、細胞複製、及びアポトーシスを含むこれらのプロセスに中心的であるタンパク質をコードする遺伝子中に存在する。
【０２１４】
ほとんど正常な肺機能を有する対応する喫煙者（喫煙するにもかかわらず肺癌のリスクが低い）との肺癌を有する喫煙者の比較において、いくつかの多型が比較群（時に輸血ドナーコホートを含む）中より有意に大きいか又は小さいとして特定された。肺癌患者コホートが小さいために、差の傾向のみ（Ｐ＝０．０６〜０．２５）がある多型を解析に含めたが、組み合わせ解析では、最も有意な差のある多型のみを使用した。
【０２１５】
・Ｃｅｒｂｅｒｕｓ１遺伝子のＲ１９Ｗ Ａ／Ｇ多型の解析において、ＡＡ遺伝子型とＡＧ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．７、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、それぞれ感受性役割を有することに一致した（表２参照）。Ａアレルは抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．５、Ｐ＝０．０５）ことがわかり、感受性役割に一致した。これに対してＧＧ遺伝子型は肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照コホートで大きいことがわかり、防御性役割に一致した（表２参照）。
【０２１６】
・ＸＲＣＣ４遺伝子のＳｅｒ３０ＳｅｒＧ／Ｔ多型の解析において、ＧＧ遺伝子型とＧＴ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．３、Ｐ＝０．１２）ことがわかり、それぞれ感受性役割を有することに一致した。Ｇアレルは抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．４、Ｐ＝０．０４）ことがわかり、感受性役割に一致した（表３参照）。これに対してＴＴ遺伝子型は肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で高いことがわかり、防御性役割に一致した。
【０２１７】
・ＥＲＣＡ２遺伝子のＫ３３２６Ｘ Ａ／Ｔ多型の解析において、Ａ／Ｔ遺伝子型とＴＴ遺伝子型は、抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝２．５、Ｐ＝０．０４）ことがわかり、感受性役割に一致した。Ｔアレルは抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝２．７、Ｐ＝０．０２）ことがわかった（表４参照）。これに対してＡＡ遺伝子型は肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で高いことがわかり、防御性役割に一致した。
【０２１８】
・インテグリンアルファ−１１遺伝子のＶ４３３Ｍ Ａ／Ｇ多型の解析において、ＡＡ遺伝子型は、抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝４．３、Ｐ＝０．００２）ことがわかり、感受性役割に一致した（表５参照）。Ａアレルは抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．４、Ｐ＝０．０４）ことがわかり、感受性役割に一致した（表５参照）。
【０２１９】
・カルシウム／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼキナーゼ１遺伝子中のＥ３７５Ｇ Ｔ／Ｃ多型の解析において、ＴＴ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で大きい（ＯＲ＝０．７６、Ｐ＝０．１３）ことがわかり、防御性役割に一致した（表６参照）。Ｔアレルは肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で大きい（ＯＲ＝０．８４、Ｐ＝０．１４）ことがわかり、防御性役割に一致した（表６参照）。
【０２２０】
・腫瘍タンパク質Ｐ７３をコードする遺伝子の５’ＵＴＲ中の−８１ Ｃ／Ｔ（ｒｓ２２７３９５３）多型の解析において、ＣＣ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者コホートで有意に大きい（ＯＲ＝０．４６、Ｐ＜０．００１）ことがわかり、防御性役割に一致した。Ｃアレルもまた肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で有意に大きい（ＯＲ＝０．６２、Ｐ＜０．００１）ことがわかり、防御役割に一致した（表７参照）。これに対してＣＴ及びＴＴ遺伝子型は抵抗性喫煙者対照と比較して肺癌コホートで大きいことがわかり、感受性役割に一致した。
【０２２１】
・チトクロームＰ４５０ポリペプチドＣＹＰ３Ａ４３をコードする遺伝子中のＡ／Ｔ ｃ７４ｄｅｌＡ多型の解析において、Ａ／Ｔ遺伝子型とＴＴ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．７４、Ｐ＝０．０５）ことがわかり、それぞれ感受性役割を有することに一致した（表８参照）。Ｔアレルは抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．８、Ｐ＝０．０３）ことがわかり、これも感受性役割に一致した。
【０２２２】
・Ｂ細胞ＣＬＬ／リンパ腫２をコードする遺伝子中のＡ／Ｃ（ｒｓ２２７９１１５）多型の解析において、ＡＡ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者コホートで大きい（ＯＲ＝０．６９、Ｐ＝０．０５）ことがわかり、防御性役割に一致した。Ａアレルは肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で大きい（ＯＲ＝０．７８、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、防御性役割に一致した（表９参照）。
【０２２３】
・インテグリンベータ３をコードする遺伝子の３’ＵＴＲ中の＋３１００のＡ／Ｇ（ｒｓ２３１７６７６）多型の解析において、ＡＧ遺伝子型とＧＧ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者コホートで大きい（ＯＲ＝０．５７、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、防御性役割に一致した。Ｇアレルは肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で大きい（ＯＲ＝０．５４、Ｐ＝０．０１）ことがわかり、防御性役割に一致した（表１０参照）。
【０２２４】
・ドーパミントランスポーター１をコードする遺伝子中の−３７１４ Ｇ／Ｔ（ｒｓ６４１３４２９）多型の解析において、ＴＴ遺伝子型とＧＴ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．６、Ｐ＝０．０５）ことがわかり、それぞれ感受性役割を有することに一致した（表１１参照）。
【０２２５】
・腫瘍壊死因子受容体１をコードする遺伝子中のＡ／Ｇ（ｒｓ１１３９４１７）多型の解析において、ＡＡ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．５、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、感受性役割に一致した（表１２参照）。Ａアレルは抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝１．３、Ｐ＝０．０４）ことがわかり、これも感受性役割に一致した。
【０２２６】
・ドーパミン受容体Ｄ２をコードする遺伝子中のＣ／Ｄｅｌ（ｒｓ１７９９７３２）多型の解析において、ＣＤｅｌ遺伝子型とＤｅｌＤｅｌ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者コホートで大きい（ＯＲ＝０．６１、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、それぞれ防御性役割を有することに一致した。Ｄｅｌアレルもまた肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者対照で大きい（ＯＲ＝０．６６、Ｐ＝０．０４）ことがわかり、防御性役割に一致した（表１３参照）。
【０２２７】
・Ｆａｓリガンドをコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ７６３１１０）多型の解析において、ＴＴ遺伝子型は、肺癌コホートと比較して抵抗性喫煙者コホートで有意に大きい（ＯＲ＝０．６１、Ｐ＝０．０５）ことがわかり、防御性役割に一致した（表１４参照）。
【０２２８】
・Ｔｏｌｌ様受容体９をコードする遺伝子中のＣ／Ｔ（ｒｓ５７４３８３６）多型の解析において、ＣＣ遺伝子型は、抵抗性喫煙者コホートと比較して肺癌コホートで有意に大きい（ＯＲ＝３．１、Ｐ＝０．０２）ことがわかり、感受性役割に一致した（表１５参照）。
【０２２９】
肺癌への素因は、個体の遺伝子構成と他の要因（タバコの煙を含む種々の空気汚染物質への一生の暴露を含む）の複合作用の結果であることは、一般に認められている。同様に肺癌はいくつかの閉塞性肺疾患を包含し、呼気流量（例えばＦＥＶ１）の障害を特徴とすることは、一般に認められている。本明細書のデータは、肺癌の発症にいくつかの遺伝子が寄与することを示唆する。障害を促進するか又は障害から肺を防御する共同して作用するいくつかの遺伝子変異は、肺癌に対する抵抗性又は感受性の上昇に関与している可能性がある。
【０２３０】
個々の多型の解析から、６つの防御遺伝子型と８つの感受性遺伝子型が特定され、抵抗性喫煙者と肺癌を有する喫煙者からなる喫煙者コホートのこれらの頻度について解析した。感受性遺伝子型の存在について＋１のスコアを割り当て、防御性遺伝子型の存在について−１のスコアを割り当てることにより、各被験者についてＳＮＰスコアが決定された。これらのスコアを加えて、各被験者についてＳＮＰスコアを得た。
【０２３１】
本明細書の表１６で特定されたＳＮＰからなる５ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに従って、抵抗性喫煙者と肺癌を有する喫煙者の頻度を比較すると、、ＳＮＰスコアが−１、０、又は１＋の喫煙者が肺癌を有する確率はそれぞれ２４％から３１％そして４３％に上昇した。１１ＳＮＰパネル（１１ＳＮＰパネルＡ）から得られるＳＮＰスコアに従って抵抗性喫煙者と肺癌を有する喫煙者の頻度を比較すると、肺癌を有する確率は、ＳＮＰスコアが１０＋である喫煙者と比較してＳＮＰスコアが０の喫煙者で８％から８２％に上昇した。
【０２３２】
ＳＮＰスコアが本明細書に記載の表１８で特定されたＳＮＰからなる１６ＳＮＰパネルから得られる時、ＳＮＰスコアと肺癌の頻度との関係の直線性の小さな上昇が観察された。再度肺癌を有する確率は、ＳＮＰスコアが１１＋である者と比較すると、１未満又は１と等しいＳＮＰスコアを有する喫煙者で８％から８２％に上昇した。図３（１１ＳＮＰパネルＢ）と図４（１６ＳＮＰパネル）の比較で、直線性のわずかに上昇が見られる。
【０２３３】
本明細書に記載の表２１で特定されたＳＮＰからなる９ＳＮＰパネルから得られるＳＮＰスコアに従って、抵抗性喫煙者と肺癌を有する喫煙者の頻度を比較すると、肺癌を有する確率は、ＳＮＰスコアが１である者と比較すると５＋のＳＮＰスコアを有する喫煙者で１３倍上昇した。
【０２３４】
これらの知見は、本発明の方法が、症状が現れるはるかに前に個体の肺癌を予測できることを示す。
【０２３５】
重要なことに、ＳＮＰスコアが１１ＳＮＰパネルＢからではなく１６ＳＮＰパネルから得られる時（図８を図５と比較）、総ＳＮＰスコアに対して、肺癌患者と対照喫煙者の分布に大きな差が見られる。この解析では、本明細書に記載の５ＳＮＰを１１ＳＮＰパネルＢに付加すると、１６ＳＮＰパネルと比較して１１ＳＮＰパネルＢについて、肺癌ＳＮＰスコアと肺癌の頻度との直線関係にほんのわずかの変化（図８を図５と比較）と、感度と特異性を有するレシーバー−オペレーター曲線解析にほんのわずかの変化（それぞれ図３と６））が生じる。しかしこの付加はＳＮＰスコアの有用性に大きな差を与え、ＳＮＰスコアの線形スケールより上のカットオフにより規定される「低リスク」の対照喫煙者のより大きなサブグループを特定する（例えば図８を図５と比較）。９ＳＮＰパネルを使用して計算されるＳＮＰスコアの分布が得られると、肺癌患者と抵抗性対照との同様に有用な差が観察される（図１１参照）。これは、医学的介入の供給又は優先化において重要な意味を有する。
【０２３６】
これらの知見は、本発明の方法が、肺癌の低〜平均リスクを有するリスク個体（特に喫煙者）と言われるサブセットを特定するのに使用されることを示し、従って介入には適していない。
【０２３７】
従ってこれらの知見はまた、本明細書に記載のように治療的介入及び／又は治療処方の機会を与える。簡単に説明するとかかる介入又は処方は被験者への、生活様式を変えるという動機付け、又は異常遺伝子発現又は遺伝子産物機能を正常化することを目的とする治療法の提供を含む。別の例においてある感受性遺伝子型は、防御性遺伝子型で観察されるものと比較して、遺伝子の発現上昇に関連する。感受性遺伝子型を有することが公知の被験者における適切な治療法は、例えばアンチセンスもしくはＲＮＡｉ法を使用して遺伝子発現を低下させることができる物質の投与である。別の適切な治療法は、かかる被験者への遺伝子産物のインヒビターの投与である。さらに別の例において遺伝子のプロモーター中に存在する感受性遺伝子型は、リプレッサータンパク質の結合増強と遺伝子の転写低下に関連する。適切な治療法は、リプレッサーレベルを低下させ及び／又はリプレッサーの結合を防止して、こうして転写へのダウンレギュレーション作用を低下させる物質の投与である。別の治療法には遺伝子治療があり、例えばリプレッサー結合への親和性が低い遺伝子の少なくとも１つの追加のコピー（例えば、防御性遺伝子型を有する遺伝子コピー）の導入である。
【０２３８】
かかる治療で使用するのに適した方法と物質は当該分野で公知であり、本明細書で考察される。
【０２３９】
本明細書に記載のような感受性多型と防御性多型の両方の特定はまた、候補化合物をスクリーニングして予防的および／または治療的処置法におけるその効力を評価する機会を与える。かかるスクリーニング法には、一連の候補化合物のいずれが感受性多型の遺伝子型もしくは表現型作用を逆転又は中和する能力を有するか、又は防御性多型の遺伝子型もしくは表現型作用を模倣もしくは複製する能力を有するかの特定がある。
【０２４０】
さらに、利用可能な予防又は治療アプローチに対する被験者の応答可能性を評価する方法が提供される。かかる方法は、利用可能な治療アプローチが、発現される遺伝子の生成物の生理活性濃度を過剰もしくは不足から、被験者の年齢と性に正常な範囲内に回復することを含む場合、特に適切である。このような場合にこの方法は、感受性多型が存在する時、遺伝子の発現をアップレギュレート又はダウンレギュレートして過剰又は不足の状態の結果を引き起こす感受性多型の有無の検出を含み、多型が存在する被験者が治療の応答者である可能性がある。
【実施例５】
【０２４１】
本例は、４つの最も一般的なタイプの肺癌のＳＮＰスコアとリスクとの関係の解析を記載する。
【０２４２】
上記実施例１に記載の肺癌コホートは、他の報告された肺癌試験で見られるものに典型的である。特に原発性癌の４つの主要な組織学的タイプの分布は、より大きな試験と一致する。ここでは、被験者の４５％は腺癌を有し、被験者の２３％は扁平上皮細胞肺癌を有し、被験者の１６％は小細胞肺癌を有し、被験者の１３％は非小細胞肺癌を有した。
【０２４３】
疫学的試験の報告者達は、喫煙は小細胞肺癌及び扁平上皮細胞肺癌で大きな役割を果たし、腺癌でより小さな役割を果たすことを示唆した。この示唆の基礎は明らかではない。肺癌の各組織学的タイプにおいて遺伝的要因の役割は不明である。
【０２４４】
ＳＮＰスコア（上記したように測定される）と肺癌のリスクとの関係を、組織学的タイプにより調べると、リスク（オッズ比）は小細胞肺癌と扁平上皮細胞肺癌で高く、腺癌で小さかった（図１２参照）。
【０２４５】
理論に拘束されるつもりはないがこれは、ＳＮＰスコアにより測定される遺伝的作用が喫煙と相互作用して肺癌のリスクを与えることを示唆する。再度理論に拘束されるつもりはないがこれはまた、ＳＮＰスコアの影響は存在しても、腺癌タイプ（典型的には軽い喫煙者や非喫煙者で見られる）の肺癌には小さいことを示唆する。まとめて本例は、ＳＮＰスコアが、すべてのタイプの肺癌のリスクにある者を特定するのに有用であること、及びＳＮＰスコアの解析が、被験者の介入が是認されるかもしくは好ましいかどうかのみでなく、介入のタイプを決定するのにも有用であることを示す。例えばそのＳＮＰスコアに基づいて、被験者はより頻繁なスクリーニングに適していると見なされることがある（例えば、急速に増殖するか又は活動的なタイプの癌について）。
【実施例６】
【０２４６】
本例は、本発明の方法に有用な以下の表２４に示す１９ＳＮＰパネル（１１感受性ＳＮＰ）と８防御性ＳＮＰの特定と解析を示す。
【０２４７】
統計解析
肺癌患者と対照者の患者特徴を、連続変数については対応の無いｔ−検定により、そして不連続変数についてはカイ自乗検定もしくはフィッシャーの正確度検定により比較した。遺伝子型とアレル頻度をHardy Weinberg平衡と集団混合について、４０の無関係のＳＮＰを遺伝子型判定して集団構造解析によりチェックした。肺癌患者と対照者との遺伝子型頻度のひずみを２×３分割表を使用して特定した。小さいアレルについてホモ接合性遺伝子型（劣性モデル）又はホモ接合性とヘテロ接合性遺伝子型との組み合わせ（共優性モデル）が、肺癌コホートと比較して健常喫煙対照者に過剰に見いだされた場合、これらのＳＮＰ遺伝子型を防御性として割り当てた。小さいアレルについてホモ接合性遺伝子型（劣性モデル）又はホモ接合性とヘテロ接合性遺伝子型との組み合わせ（共優性モデル）が、健常喫煙対照者と比較して肺癌コホートに過剰に見いだされた場合、これらのＳＮＰ遺伝子型を感受性として割り当てた。各ＳＮＰからの作用の大きさを、一変量解析と多変量解析を使用して解析した。これらの解析に基づき、肺癌患者と対照者とを識別する能力に従ってＳＮＰをランク付けして、記載のように組み合わせてＳＮＰスコアを得た。年齢や家族歴のような非遺伝的因子も解析し、ＳＮＰスコアと組み合わせて複合ＳＮＰスコアを得た。
【０２４８】
結果
以下の表２４は、本明細書に記載の肺癌に関連する防御性ＳＮＰと感受性ＳＮＰを示す一変量解析を要約する。オッズ比（ＯＲ）とｐ値は、正常な肺機能を有する抵抗性喫煙者と比較した癌患者についてである。表２４はまた多変量解析を要約し、ここでは段階的回帰分析を行い、カイ自乗値を各多型について示す。
【０２４９】
表２４．遺伝子型及び回帰分析の結果−１９ＳＮＰパネル
【表３１】
2010506588.tif 000033
【０２５０】
ＳＮＰパネルＳＮＰスコアを定義したため、次に遺伝的データを非遺伝的データ（特に、年齢、家族歴、ＣＯＰＤ歴、及び喫煙暴露）とともに解析した。多重回帰分析を使用して、年齢、家族歴、及び喫煙暴露に関して１９ＳＮＰパネルの作用の大きさを調べた。年齢のスコア（６０才を超える年齢の場合＋４）、ＣＯＰＤ歴のスコア（ＣＯＰＤ／肺気腫を自己申告した者の場合＋４）、及び家族歴のスコア（肺癌を有する一親等の親族がいる場合＋３）を割り当てた。喫煙暴露は募集基準であったため、喫煙暴露からほんの小さな寄与が観察され、従って複合ＳＮＰスコアから排除した。このＳＮＰスコアを、（ａ）肺癌の頻度と、（ｂ）複合喫煙コホート中のfloating 絶対的相対的リスクとで比較した。
【０２５１】
複合肺癌ＳＮＰスコア≦１から８＋にわたって直線関係が観察され、肺癌頻度は１５％〜８５％にわたっていた（図１３ａ）。この作用の大きさを、対数スケールにプロットしたfloating絶対リスク（オッズ比に等しい、ＯＲ）を使用して調べ、これは最小頻度群を１（参照群、肺癌スコア≦１）とし、各肺癌スコアを参照群（図１３ｂ）に対して比較する。被験者を大きく五分位階級に分類すると、肺癌スコア全体でＯＲは１〜３１．５の範囲であった。ＳＮＰスコアが９＋の者ではＯＲはさらに高かった。
【０２５２】
レシーバー−オペレーター曲線解析では、１９ＳＮＰパネル、年齢、肺癌の家族歴、及びＣＯＰＤ歴について曲線下の面積（ＡＵＣ、又はＣ統計量）はそれぞれ０．６８、０．７０、０．５５、及び０．６２であった。総コホート（ｎ＝９３０）について患者と対照間のＳＮＰスコアの分布は、二峰性分布を示す（図１４ａ）。レシーバー−オペレーター曲線解析の対応する感度と特異性を、以下の表２５に示す。
【０２５３】
表２５．感度と特異性推定値−１９ＳＮＰパネル
【表３２】
2010506588.tif 000034
【０２５４】
考察
本例に記載したように非遺伝的危険因子と組み合わせた１９ＳＮＰパネルから得られた複合ＳＮＰスコアは、Ｃ統計量０．７８とカットオフ≧３を精製、感度が８９％で対応する特異性は４４％であった。
【０２５５】
非遺伝的危険因子の非存在下での１９ＳＮＰパネルから得られた複合ＳＮＰスコアのＣ統計量は０．７０であり、単独でも又は非遺伝的危険因子と組み合わせても、本明細書の方法で使用する場合のその有用な予測性と識別有用性を示していた。
【実施例７】
【０２５６】
表２６は、本明細書に記載の多型と連鎖不均衡にある多型の代表例を示す。このような多型の例は公のデータベースを使用して見つけることができ、例えばwww.hapmap.org.がある。具体的な多型をカッコで示す。記載のｒｓ番号は、各多型にユニークな識別子である。
【０２５７】
表２６．本明細書に記載の多型を有するＬＤと報告された多型
【表３３】
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【表３４】
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【表３５】
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【表３６】
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【表３７】
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【表３８】
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【表３９】
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【産業上の利用可能性】
【０２５８】
本発明は、被験者の肺癌を発症するリスクを評価するための方法に関する。本方法は、肺癌を発症するリスクの上昇又は低下に関連することが証明される本明細書に記載の多型の解析、又はかかる解析から得られる結果の解析を含む。そのような評価に適したヌクレオチドプローブやプライマー、キット、及びマイクロアレイのように、被験者のリスクの評価における肺癌を発症するリスクの上昇又は低下に関連する本明細書に記載の多型の使用が提供される。本明細書に記載の多型を有する被験者の治療方法も提供される。本明細書に記載の多型に関連する遺伝子の発現を調節することができる化合物のスクリーニング方法も提供される。
【０２５９】
刊行物
Alberg AJ, Samet JM. Epidemiology of lung cancer. Chest 2003, 123, 21s-49s.
Anthonisen NR. Prognosis in COPD: results from multi-center clinical trials. Am Rev Respir Dis 1989, 140, s95-s99.
Kuller LH, et al. Relation of forced expiratory volume in one second to lung cancer mortality in the MRFIT. Am J Epidmiol 1190, 132, 265-274.
Mayne ST, et al. Previous lung disease and risk of lung cancer among men and women nonsmokers. Am J Epidemiol 1999, 149, 13-20.
Nomura a, et al. Prospective study of pulmonary function and lung cancer. Am Rev Respir Dis 1991, 144, 307-311.
Schwartz AG. Genetic predisposition to lung cancer. Chest 2004, 125, 86s-89s.
Skillrud DM, et al. Higher risk of lung cancer in COPD: a prospective matched controlled study. Ann Int Med 1986, 105, 503-507.
Tockman MS, et al. Airways obstruction and the risk for lung cancer. Ann Int Med 1987, 106, 512-518.
Wu X, Zhao H, Suk R, Christiani DC. Genetic susceptibility to tobacco-related cancer. Oncogene 2004, 23, 6500-6523.
【０２６０】
本明細書で参照されるすべての特許、刊行物、科学論文、及び他の文書や資料は、本発明に関する当業者の技術レベルを示すものであり、各参照文書や資料は、これらがあたかも全体が個々に引用されているのと同程度に、参照することにより本明細書に組み込まれる。本出願人は、そのような特許、刊行物、科学論文、ウェブサイト、電子的に利用可能な情報、及び他の参照資料もしくは文書からの任意のかつすべての情報を、本明細書中に物理的に取り込む権利を有する。
【０２６１】
本明細書に記載の具体的な方法と組成物は、種々の実施態様又は好適な実施態様の代表例で、単に例示するものであり、決して本発明の範囲を限定するものではない。本明細書の記載から当業者は他の目的、態様、例、及び実施態様を想到するであろうが、それらは特許請求の範囲に規定されるように本発明の精神内に包含される。本発明の範囲と精神を逸脱することなく、本発明に異なる置換態様及び修飾態様が可能であることは当業者に明らかであろう。本明細書に例示される本発明は、いかなる要素又は制限無しで実施できるが、これは本明細書において必須であるとは開示されない。すなわち例えば各例において、本発明の実施態様又は実施例で、「含んでなる」、「から基本的になる」、及び「からなる」のいずれも本明細書において他の２つの用語で置き換えられ、すなわち、本発明の種々の代替実施態様の異なる範囲を有する追加の例を示す。また「含んでなる」、「含む」、「含有する」などは、広範囲に制限無しで読まれるべきである。本明細書に例示した方法とプロセスは、工程の異なる順序で実施可能であり、これらは必ずしも本明細書又は特許請求の範囲に記載の順序に限定されるものではない。また本明細書及び添付の特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈から特に別の意味を有しない場合は、複数形も含むものとする。すなわち例えば、「１つの宿主細胞」は複数（例えば培養物又は集団）のそのような宿主細胞を含むなどである。本発明は決して、本明細書で具体的に開示した具体例又は実施態様又は方法に限定されるものではない。本発明は、特許商標庁（Patent and Trademark office）の審査官又は他の役人又は従業員による供述は、そのような供述が本出願人による応答書面で具体的にかつ制限や条件無しに明示されているのでなければ、そのような供述により何ら制限されるものではない。
【０２６２】
使用される用語や表現は説明のための用語であって、制限する用語ではなく、そのような用語や表現の使用により記載し開示した特徴の同等物又はその一部を排除するものではなく、特許請求の範囲内において種々の修飾態様が可能であることを理解されたい。すなわち、本発明は好適な実施態様や随時の特徴により具体的に開示されているが、本明細書に記載の概念の修飾態様や変更態様が当業者により可能であり、そのような修飾態様や変更態様は、特許請求の範囲により規定される本発明の範囲内であることを理解されたい。
【図１】
2010506588.tif 000042
【図２】
2010506588.tif 000043
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
2010506588.tif 000049
【図９】
2010506588.tif 000050
【図１０】
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【図１１】
2010506588.tif 000052
【図１２】
2010506588.tif 000053
【図１３ａ】
2010506588.tif 000054
【図１３ｂ】
2010506588.tif 000055
【図１４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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