(57)【要約】衝突により活性化するイオンを同定するための方法および装置について説明する。本方法は、複数の線形イオントラップと、複数のイオン源と、質量測定機器とを使用する。第１の源は、第１のイオンを第１のトラップに供給するように動作され、第１のトラップにおいて、イオンは、動力学的に冷却され得る。第２の源は、第２のイオンを第１のトラップに供給するように動作され、第１のトラップにおいて、第１および第２のイオンは貯蔵される。第１のトラップにおけるイオンは、第２のトラップに入るように放出され、第２のトラップにおいて、イオンは、質量分析前に貯蔵される。装置は、４重極ロッドを使用してイオントラップを形成してもよく、第１のトラップおよび第２のトラップ間の電圧差および圧力差は、制御可能な値である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析の方法であって、
第１のイオントラップのチャンバー内に第１のイオントラッピング容積を形成するステップと、
第１のイオン集団を該イオントラッピング容積に注入して、該第１の集団が該トラッピング容積に貯蔵されるステップと、
第２の荷電されたイオン集団を、該第１のイオントラッピング容積に注入して、該第１および該第２のイオン集団の物理的な重なりが発生するステップと、
第２のイオントラップのチャンバー内に第２のイオントラッピング容積を形成するステップと、
該第１のイオントラップから該第２のイオントラップにイオンを射出するステップと、
該第２のイオントラップの該イオンに質量分析を実行するステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記質量分析は、質量選択的軸方向射出（ＭＳＡＥ）モードで前記第２のイオントラップを動作することによって実行される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記射出するステップは、前記第１のイオントラップの構成部品および前記第２のイオントラップの構成部品の間に電圧を印加することによって実行される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記電圧は、選択可能であり、前記質量分析データは、少なくとも２つの電圧値において得られる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第１のイオン集団または第２のイオン集団のうちの少なくとも１つは、静電イオン化（ＥＳＩ）機器によって生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のイオン集団または第２のイオン集団のうちの少なくとも１つは、大気圧化学イオン化（ＡＰＣＩ）ニードルによって生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記第１のイオン集団は、前記第２のイオン集団の前記注入前に、動力学的に冷却される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第２のトラップにおける前記イオンは、動力学的に冷却される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１または第２のイオントラップの少なくとも１つは、線形イオントラップ（ＬＩＴ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
質量分析を実行する方法であって、
第１のイオン源を動作するステップと、
質量フィルタにより第１のイオンを選択し、第１の線形イオントラップ（ＬＩＴ）としての役割を果たす第１の容積に、該選択された第１のイオンを注入するステップと、
該第１の源のスイッチを切り、該第１のＬＩＴにおける該選択された第１のイオンを冷却するステップと、
第２のイオン源を動作するステップと、
質量フィルタにより第２のイオンを選択し、ＬＩＴとしての役割を果たす該第１の容積に、該選択された第２のイオンを注入するステップと、
該第１および第２の選択されたイオンを該第１のＬＩＴに貯蔵するステップと、
該第１のＬＩＴから第２のＬＩＴに貯蔵されたイオンを射出するステップと、
該第２のＬＩＴの該イオンの質量を分析するステップと、
を含む、方法。
【請求項１１】
前記質量は、前記第２のトラップから質量選択的軸方向射出（ＭＳＡＥ）を使用して分析される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１のイオンは、前記第１のトラップにおいて動力学的に冷却される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記第２のトラップにおける前記イオンは、動力学的に冷却される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記射出するステップは、前記第１のトラップの構造および前記第２のトラップの構造間に電圧を印加することによって実行される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記構造は、４重極配列のロッドである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記電圧は、前記質量分析におけるパラメータである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１のイオンは、陰イオンであり、前記第２のイオンは、陽イオンである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
分子を分析するための装置であって、該装置は、
第１のイオン集団を受け入れおよび貯蔵し、
第２のイオン集団を受け入れおよび貯蔵する、
ように構成される第１の線形イオントラップ（ＬＩＴ）と、
該第１のＬＩＴおよび第２のＬＩＴ間に電圧を印加することによって、該第１のＬＩＴから射出される貯蔵されたイオンを受け入れる、
ように構成される第２の線形イオントラップ（ＬＩＴ）と、
質量分析器と、
を備える、装置。
【請求項１９】
前記第２のＬＩＴにおける前記イオンの質量は、第１の電圧値を印加して測定され、該イオンの該質量は、第２の電圧値を印加して測定される、請求項１８に記載の装置。
【請求項２０】
前記第１の集団のイオンおよび前記第２の集団のイオンのうちの少なくとも１つは、静電イオン化（ＥＳＩ）機器または大気圧化学イオン化（ＡＰＣＩ）ニードルのうちの１つによって供給される、請求項１８に記載の装置。
【請求項２１】
前記質量分析器は、前記第２のＬＩＴを質量選択的軸方向エミッタ（ＭＳＡＥ）として使用する、請求項１８に記載の装置。
【請求項２２】
前記第１のイオン集団は、陽イオンを含み、前記第２のイオン集団は、陰イオンを含む、請求項１８に記載の装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この出願は、２００６年１２月１日に出願された、米国仮出願第６０／８７２，３５７号（これは、参考として本明細書に援用される）の利益を主張する。
【０００２】
本出願は、生体分子の成分を同定するための方法および装置に関し、より具体的には、タンパク質の同定に関し得る。
【背景技術】
【０００３】
タンデム質量分析実験における気体ポリペプチドイオンの解離は、タンパク質同定に一般的に使用されるいくつかの手法に役立つ。ポリペプチドイオンの活性化に最も一般的に使用される手法は、中性標的ガスとのエネルギー衝突を伴い、衝突活性化と呼ばれる。
【０００４】
数電子ボルトから数キロ電子ボルトに及ぶ衝突エネルギー、単一の衝突から数百の衝突に及ぶ衝突数、および単一の衝突時間から数百ミリ秒に及ぶ時間尺度を含む様々な衝突活性化条件が利用されている。一般的に、衝突活性化方法は、ペプチドイオンおよびタンパク質イオンから主要構造情報を得る際に有用である。しかしながら、単一の解離方法では、対象の全ての構造情報を提供することが不可能である。例えば、衝突活性化は、完全な主要構造情報を提供できないことが多く、また、翻訳後修飾の位置に関する情報を提供できないことが多い。
【０００５】
ポリペプチドイオンを解離するための、ガス標的とのエネルギー衝突以外の手法についても研究されている。これらの手法には、例えば、表面誘起解離と呼ばれる表面との衝突と、赤外多光子解離（ＩＲＭＰＤ）、黒体赤外線解離（ＢＩＲＤ）、およびいくつかの波長のうちの１つにおける単一光子ＵＶ光解離等の様々な光解離手法とが含まれる。多重プロトン化ポリペプチドの場合、イオン／電子反応およびイオン／イオン反応を使用している。多重プロトン化ペプチドによる電子捕獲または多重プロトン化ペプチドへの電子移動により、衝突活性化から生じるものに多くの場合非常に相補的であるフラグメント化がもたらされる。前者は、電子捕獲解離（ＥＣＤ）と呼ばれ、後者は、電子移動解離（ＥＴＤ）と呼ばれる。ＥＣＤおよびＥＴＤの両方は、翻訳後修飾されたペプチドおよびタンパク質陽イオンの特徴化に関して特に有用であると証明されている。
【０００６】
ＥＴＤ実験の場合、イオン／イオン反応からの生成物は、３つの主要カテゴリのうちの１つに割り当て可能である。これらは、プロトン移動、つまり一般的にフラグメント化をもたらさない競合的イオン／イオン反応、解離（つまり、ＥＴＤ過程）の直後の電子移動、およびポリペプチド生成物が引き続いて解離しない電子移動である。これらの３つの反応カテゴリの間の区別は、少なくともある程度、反応物イオンの各々の種に関する。例えば、プロトン移動および電子移動間の競合は、試薬陰イオンの正体に強く依存することで知られている。ペプチドイオンのサイズおよび電荷状態は、解離しない電子移動に対してＥＴＤが発生する程度を判断するのに重要な役割を果たし、また、反応槽として使用される電気力学的イオントラップにおけるバスガスの温度は、全ＥＴＤの相対的寄与、ＥＴＤに寄与する個々の反応カテゴリの相対的寄与、および解離しない電子移動の程度に影響を及ぼすことが可能である。トリプシン消化物から多くの場合観測されるサイズの２重プロトン化ペプチドは、通常、例えば、同一のペプチドの３重に荷電されたバージョンよりも大幅に少ないＥＴＤを示す。
【０００７】
分析の観点から、競合的プロトン移動チャネルを最小化し、解離しない電子移動に対するＥＴＤを最大化することが望ましい。試薬陰イオンの選択は、この点において重要であり得る。電子移動を受けるが解離しない種に対するＥＴＤの程度を最大化し得る１つの手法として、これらの電子移動生成物を引き続いて活性化することが挙げられる。つまり、電子移動（ＥＴ）「残存物」の引き続いての活性化は、前駆イオンから構造的に情報の豊富な生成イオンへの正味変換を改善することが可能である。
【０００８】
この点において、残存物の解離を最大化するとともに、プロトン移動生成物の解離を最小化することが望ましい。後者の種は、一般的に、ｂ型およびｙ型イオンをもたらし、これらは、スペクトル解釈を複雑化し、ＥＴＤに一般的に関連するｃ型およびｚ型イオンのみの形成を担うデータベース一致アルゴリズムの品質を犠牲にし得る。上昇したバスガス温度を使用することは、ＥＴＤの程度を変更する１つの手法である。しかしながら、この手法は、反応物イオンおよび生成イオンの両方に影響を及ぼし得るため、残存物イオンのためだけの活性化方法はなくなり得る。
【０００９】
上昇したバスガス温度を使用することによって、例えば、室温のバスガスを使用するよりもＥＴＤ収率の一貫した改善が見られなかった。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
質量分析の方法であって、第１のイオントラップのチャンバー内に第１のイオントラッピング容積を形成するステップと、第１のイオン集団をイオントラッピング容積に注入して、第１の集団がトラッピング容積に貯蔵されるステップと、第２の荷電されたイオン集団を、第１のイオントラッピング容積に注入して、第１および第２のイオン集団の物理的な重なりが発生するステップと、第２のイオントラップのチャンバー内に第２のイオントラッピング容積を形成するステップと、第１のイオントラップから第２のイオントラップにイオンを射出するステップと、第２のイオントラップのイオンに質量分析を実行するステップとを含む方法が開示される。
【００１１】
ある側面において、質量分析を実行する方法は、第１のイオン源を動作するステップと、質量フィルタにより第１のイオンを選択し、第１の線形イオントラップ（ＬＩＴ）としての役割を果たす第１の容積に、選択された第１のイオンを注入するステップと、第１の源のスイッチを切り、第１のＬＩＴにおける選択された第１のイオンを冷却するステップと、第２のイオン源を動作するステップと、質量フィルタにより第２のイオンを選択し、ＬＩＴとしての役割を果たす第１の容積に、選択された第２のイオンを注入するステップと、第１および第２の選択されたイオンを第１のＬＩＴに貯蔵するステップと、第１のＬＩＴから第２のＬＩＴに貯蔵されたイオンを射出するステップと、第２のＬＩＴのイオンの質量を分析するステップとを含む。
【００１２】
分子を分析するための装置であって、第１のイオン集団を受け入れおよび貯蔵し、第２のイオン集団を受け入れおよび貯蔵するように構成される第１の線形イオントラップ（ＬＩＴ）と、第１および第２のＬＩＴ間に電圧を印加することによって、第１のＬＩＴから射出される貯蔵されたイオンを受け入れるように構成される第２の線形イオントラップ（ＬＩＴ）と、第２のＬＩＴのイオンを分析するための質量分析器と、を備える装置が開示される。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】イオン／イオン反応研究のために修正されたＱＴＲＡＰハイブリッド３連４重極／線形イオントラップ器具の概略図を示す。
【図２】ａ）２Ｖおよびｂ）１２ＶのＱ２／Ｑ３電圧差でＱ３に移動した後に、Ｑ２のアゾベンゼン陰イオンとの２重プロトン化ＬＬＬＬＫＬＬＬＫの反応から得られたスペクトルを示す。
【図３】電子移動から得られるフラグメントの相対存在量の和と、ポリペプチドイオンの衝突活性化から生じるフラグメントの相対存在量の和を、Ｑ２およびＱ３間の電圧オフセット差異の関数として示す。
【図４】４つの異なるＱ２／Ｑ３移動電圧におけるアゾベンゼン陰イオンとの２重プロトン化ＬＩＡＧＤＧＡＩＬＲの反応に関するペプチド配列の関数として、電子移動生成物の相対存在量を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
例示的実施形態は、図面を参照することによってさらに理解され得るが、これらの実施形態は、本質を制限することを意図しない。以下の説明において、多数の具体的な詳細は、本発明を完全に理解するために記載されるが、これらの具体的な詳細の一部または全部を含まずに実践されてもよい。他の事例において、周知の過程動作については、説明を不必要に曖昧にしないように詳細に説明されていない。
【００１５】
図１は、方法を実行するための装置であって、修正型プロトタイプ版のＱ  ＴＲＡＰ質量分析計（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社／カナダ、オンタリオ州、コンコルドのＭＤＳ  ＳＣＩＥＸ社）である装置の例を示す。２つのイオン源（ナノエレクトロスプレー（ＥＳＩ）源およびＡＰＣＩ（大気圧化学イオン化）源）は、多様な種類のイオン化陽イオンまたは陰イオンを機器に注入するように、機器の一端に配置された。イオンは、単一に荷電されていても多重に荷電されていてもよく、電荷のセンスは、２つのイオン源について同一または異なってもよい。
【００１６】
Ｑ  ＴＲＡＰ電子機器は、補助ＲＦ信号を、Ｑ２  ４重極配列の封じ込めレンズＩＱ２およびＩＱ３に重畳（ｓｕｐｅｒｉｍｐｏｓｅ）するように修正され、これらの封じ込めレンズによって、Ｑ２セルにおける反対電荷のイオンの相互貯蔵が可能になる。Ｑ２  ４重極配列の封じ込めレンズＩＱ２およびＩＱ３に印加される補助ＲＦ信号の周波数および振幅は、電子移動イオン／イオン反応実験に最適化された。Ｑ  ＴＲＡＰは、６５０ｋＨｚの駆動ＲＦ周波数で動作した。
【００１７】
イオン経路は、３連４重極質量分析計の経路に基づき、最終の４重極ロッド配列は、従来のＲＦ／ＤＣ質量フィルタとして、または質量選択的軸方向射出（ＭＳＡＥ）を含む線形イオントラップ（ＬＩＴ）として動作するように構成された。
【００１８】
イオン源からのイオンは、カーテンガスおよび差動排気領域（ＯＲ、ＳＫ）を通って４重極イオンガイド（Ｑ０）へ移動する。Ｑ０チャンバーおよび分析チャンバーは、差動排気開口であるＩＱ１によって分離された。分析チャンバーは、３つの円形ロッド４重極配列、つまり、分析４重極Ｑ１、衝突セル４重極（Ｑ２）、および分析４重極（Ｑ３）を直列に含んだ。４重極の各々の長さは１２７ｍｍであり、フィールド半径は４．１７ｍｍであった。Ｑｌ  ４重極の前部に位置する短いＲＦのみのＢｒｕｂａｋｅｒレンズ（ＳＴ）は、Ｑ１駆動ＲＦ電源に容量的に結合された。
【００１９】
Ｑ  ＴＲＡＰ電子機器は、補助ＲＦ信号を、Ｑ２  ４重極配列の封じ込めレンズＩＱ２およびＩＱ３に重畳するように修正され、これらの封じ込めレンズによって、Ｑ２セルにおける反対電荷のイオンの相互貯蔵が可能になる。Ｑ２  ４重極配列の封じ込めレンズＩＱ２およびＩＱ３に印加される補助ＲＦ信号の周波数および振幅は、電子移動イオン／イオン反応実験に最適化された。
【００２０】
Ｑ３  ４重極は、円形金被覆セラミックロッドにより構築された。Ｑ３の下流において、２つの追加のレンズが存在し、第１のレンズは、メッシュ被覆の直径８ｍｍの口径を有し、第２のレンズは、開放型の８ｍｍの口径を有する。これらのレンズは、それぞれ「出口レンズ」（ＥＸ）および「偏向器」と呼ばれる。一般的に、偏向器は、約２００Ｖに保持され、Ｑ３ＬＩＴからイオン検出器であるＥＴＰ社（オーストラリア、シドニー）の離散ダイノード電子倍増管へイオンを抽出するために、出口レンズに誘引されるようにする。検出器は、パルス計数モードで動作し、入口は、陽イオン検出では−６ｋＶ、陰イオン検出では＋４ｋＶに変動した。Ｑ３に印加された補助ＲＦ電圧は、分析走査中、質量／電荷（ｍ／ｚ）に比例して傾斜した。Ｑ３ＬＩＴ内にトラップされたイオンは、３８０ｋＨｚの信号によって共鳴的に励起され、質量選択的に軸方向に放出された。
【００２１】
パルス型２重イオン化源は、Ｑ  ＴＲＡＰ質量分析計のインターフェースに直接連結され、多重に荷電されたペプチド陽イオンを生成するためのナノ静電イオン（ＥＳＩ）エミッタと、アゾベンゼンから得られるラジカル陰イオンを形成するための大気圧化学イオン化（ＡＰＣＩ）ニードルとを含んだ。反対電荷のイオンの順次的なパルス化および蓄積は、ＭＤＳ  ＳＣＩＥＸ社により提供されるＤａｅｔａｌｙｓｔ３．６ソフトウェアの制御下にあった。
【００２２】
方法の実験例において使用した材料は、メタノールおよび氷酢酸（ニュージャージー州、フィリップスバーグのＭａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ社）であり、ペプチドＫＧＡＩＬＫＧＡＩＬＲ、ＬＬＬＬＫＬＬＬＫ、およびＬＩＡＧＤＧＡＩＬＲは、ＳｙｎＰｅｐ社（カリフォルニア州、ダブリン）によって合成された。ペプチド溶液は、正のナノエレクトロスプレー（ナノＥＳＩ）の５０／５０／１（容積／容積／容積）のメタノール／水／酢酸溶液中において２０μＭまで希釈された。アゾベンゼンは、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ社（ミズーリ州、セントルイス）から入手した。材料は、さらに精製することなく使用された。
【００２３】
電子移動イオン／イオン反応に関する図１の装置を使用して方法を実行する例は、（１）ＡＰＣＩニードルに印加される高電圧（−３ｋＶ）をパルス化し、質量分解モードでＱ１によって選択されたアゾベンゼンラジカル陰イオンをＱ２線形イオントラップ（ＬＩＴ）に注入するステップと、（２）ＡＰＣＩニードルへの高電圧のスイッチを切る一方で、陰イオンが、約１５０ミリ秒間、Ｑ２において動力学的に冷却されるステップと、（３）ナノＥＳＩエミッタに対する高電圧（＋１．０−１．５ｋＷ）のスイッチを入れて、質量分解モードでＱ１によって選択された陽イオンを、比較的低い運動エネルギーを有するＱ２ＬＩＴに注入するステップと、（４）反対電荷のイオンをＱ２ＬＩＴに相互貯蔵するステップと、（５）誘引ＤＣ電位をＱ２封じ込めレンズに印加することによって、残存陰イオンをＱ２から射出するステップと、（６）Ｑ２ロッドおよびＱ３ロッド間の可変電位差で、約５０ミリ秒間、Ｑ２からＱ３へＥＴＤ生成イオンを移動させるステップと、（７）約５０ミリ秒間、移動したイオンをＱ３において動力学的に冷却するステップと、（８）約３８０ｋＨｚの周波数における補助ＲＦ信号を使用して、質量選択的軸方向射出（ＭＳＥＡ）によってＱ３におけるイオンを質量分析するステップと、を含む。本例に関する過程変数（ｐｒｏｃｅｓｓ  ｖａｒｉａｌｅ）は、ステップ（６）におけるＱ２／Ｑ３電圧オフセット差異であった。結果として生じるスペクトルは、典型的には、２０〜１００の個々の走査の平均であった。
【００２４】
記載の方法は、装置のＱ２からＱ３への移動時に、イオンの衝突活性化をもたらす。イオンの衝突活性化は、比較的高い圧力環境のＱ２から、より低い圧力環境のＱ３への移動時に発生し、これは、イオントラッピングモードで動作される。ここで、Ｑ３は、可能な限り広範囲の生成イオンを収集するように移動過程において動作され、対象の前駆イオンよりも質量対電荷比の低い解離生成物の収集を回避するのに十分高いＲＦ振幅レベルにおけるＱ３の初期動作とは違う。後者のモードのＱ３における動作は、解離生成物の収集前に遅延時間を導入し、比較的長い寿命の前駆イオンからのフラグメントがサンプリングされるようにし得る。本明細書に記載の方法において、Ｑ２において最初に形成された実質的に全てのＥＴＤ生成物は、Ｑ３に移動するとともに、イオンを移動過程における比較的軽度の衝突活性化の影響下に置く。このように、電子移動からの残存物イオン等の比較的脆弱な種は、フラグメントに誘導され得るが、プロトン移動生成物ならびに第１の生成電子移動解離生成物のフラグメント化が最小化され得る。
【００２５】
ＥＴＤの程度は、同一のペプチドの３重に荷電されたバージョンよりも、約１０〜２０の残留物を有する２重プロトン化ペプチドについて大幅に低くなり得る。ゆえに、このようなペプチドイオンは、イオン／イオン反応後衝突活性化ステップの適用の候補である。
【００２６】
図２は、Ｑ２からＱ３への移動時における２重プロトン化ＬＬＬＬＫＬＬＬＫとアゾベンゼンラジカル陰イオンとの反応後に、Ｑ２に存在するイオンの衝突活性化の影響に関する実験データを示す。図２ａは、Ｑ２およびＱ３間のＤＣオフセットが２Ｖであるイオン移動後の結果を示し、この条件において、２つの線形イオントラップ間の移動中に最小加速が発生する。図２ｂは、１２Ｖの電圧差でイオンが移動した際に得られた実験結果を示す。この特定のペプチドに関し、ｚｎおよびｃｎイオンは、質量測定によって区別不可能である。それにもかかわらず、１２Ｖ電位差におけるＱ２からＱ３への移動が、Ｑ２およびＱ３間の２Ｖ電位差で収集されるデータよりも、情報の豊富なＥＴＤフラグメントから、著しく大きい寄与をもたらすという結論を下すことができる。電子移動反応による解離生成物の収率の測定は、％ＥＴＤによって提供され、これは、２重プロトン化種について、
【００２７】
【数１】
2010511862.tif 000003
と定義され得る。未反応２重プロトン化ペプチドによる信号を排除することによって、用語の％ＥＴＤは、電子移動フラグメントをもたらす反応ペプチド種の割合を示す。図２ａのデータに関し、％ＥＴＤは１２．３％であり、図２ｂでは、％ＥＴＤは３６．０％である。
【００２８】
特定のポリペプチド反応物の％ＥＴＤの改善は、ＥＴ残存物が形成される程度と、残存物が解離可能である効率とに依存する。％ＥＴＤは、陰イオン試薬の選択と、残存物の引き続いての活性化の条件選択の両方によって増加し得る。
【００２９】
プロトン移動生成イオンおよび未解離ポリペプチド前駆イオンの解離は、データ解釈を簡略化するために低下され得る。図３は、直接ＥＴＤおよび電子移動残存物の解離の両方から生じるフラグメントの相対存在量の和（曲線１）と、同等の電子ポリペプチドイオンの解離から生じる生成物の和（曲線２）とに対するＱ２およびＱ３の電位差の影響を示す。フラグメントの相対存在量の測定は、以下のように定義され得る。
【００３０】
【数２】
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これらの生成物は、Ｑ１からＱ２への注入時の前駆イオンの衝突活性化ならびにＱ２からＱ３への移動時の残留反応物イオンおよびプロトン移動生成物の解離から生じ得る。
【００３１】
２Ｖの電圧差で収集されたデータは、Ｑ３に移動する前に、ほとんど全てのフラグメントイオンがＱ２において形成された状態を示す。電圧差が増加するにつれて、フラグメントイオン存在量の変化は、Ｑ２からＱ３への移動過程から生じる解離に起因し得る。結果によると、Ｑ２／Ｑ３電圧差の範囲（２〜１２Ｖ）において、電子移動解離生成物の収率の約３倍の増加が示唆される。ｂ型およびｙ型フラグメント曲線（曲線２）の形状は、約１２Ｖまで値が徐々に増加し、高電圧差において比較的急速に増加するため、電子移動フラグメント曲線（曲線１）の形状とは異なる。これは、プロトン移動生成物の安定性より低い電子移動残存物の安定性と一致し、電子移動残存物を優先的にサンプリングし得る電圧差の確立を可能にすることができる。本実験の最高電圧差において、第１の生成電子移動フラグメントからの寄与は減少し、これは、第１の生成フラグメントのさらなる解離から生じ得る。
【００３２】
電子移動残存物イオンのイオントラップ衝突誘起解離は、直接ＥＴＤで観測されたものと同一ではないアミド結合の開裂からのいくつかの生成物を生成し得る。残存物イオンの衝突活性化の方法について、図４に示すように、類似の観測が行なわれ、図４は、ｘ軸上のペプチド配列の関数として２重プロトン化ＬＩＡＧＤＧＡＩＬＲの電子移動解離生成物を概説し、また、中性損失生成物（ｎｅｕｔｒａｌ  ｌｏｓｓ  ｐｒｏｄｕｃｔ）への記入（ｅｎｔｒｙ）を含む。直接形成される配列情報イオンは、２Ｖの移動電圧で収集されたデータに反映されるように、ペプチドにおける９つのアミド結合のうちの５つから生じ、一方、移動電圧がさらに高くなると、全ての９つのアミド結合における開裂の証拠が明白になり得る。したがって、％ＥＴＤの増加は、電子移動残存物の活性化に関連し、構造情報の量の増加を伴うことができる。
【００３３】
約１ミリトールの背景ガスの存在下における一方の線形イオントラップから別の線形イオントラップへのイオンの加速は、衝突誘起解離をもたらすために使用され得る。異なる安定性を有する種の衝突誘起解離の程度は、制御され得る。例えば、２つのイオントラップ間の電圧差は、電子移動残存物イオンの解離を最大化するとともに、プロトン移動および残留前駆イオンの衝突誘起解離を最小化するように調整可能である。本方法の使用により、％ＥＴＤおよび電子移動残存物イオンについて顕著な集団を生成する傾向にあるポリペプチドイオンからの構造情報の程度が増加する。本方法は、広範な調節を必要とせず、加速は、イオンの質量対電荷比に大幅に依存し得ない。また、本方法は、イオントラップ衝突活性化に比べて、対象のイオンに対する共鳴励起周波数の綿密な一致を必要としない。
【００３４】
本方法は、例えば、プロテオミクスにおいて使用されてもよく、この場合、タンパク質の同定および特徴化は、ペプチドイオンまたはタンパク質イオンの解離によって達成される。本方法は、真空システムを加熱せずに、残存電子移動生成物の活性化をもたらす。
【００３５】
本発明のほんの数例ついて上に詳細に説明したが、当業者は、本発明の新規の教示および利点から実質的に逸脱することなく多くの修正が可能であることを容易に理解するだろう。したがって、このような多くの修正は、以下の請求項において定義されるように、本発明の範囲内に含まれると意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【国際調査報告】
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