(57)【要約】  本発明は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＣＳＫ、DDR1、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦＲ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体、変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体をコードする核酸配列、ならびに新規タンパク質キナーゼ修飾因子の選別および同定を含む、種々のキナーゼ関連する疾患および状態の、診断および治療に有用な、種々の産生物および方法に関連する。
2010511382.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする核酸分子を単離、濃縮または精製する方法であって、前記タンパク質キナーゼポリペプチドは、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦＲ１、ＴＹＲＯ３、ＴＥＣ、ＣＳＫおよびＡｃｋ１からなる群から選択され、および前記核酸分子によってコードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチドの前記変異体は、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ  および  ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎからなる群から選択される少なくとも１つの変異を含む、方法。
【請求項２】
−タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の増加は細胞のアポトーシス誘導試薬耐性を意味する、前記細胞内の前記タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現を測定し、かつ得られた測定値の結果を対照の測定値と比較するステップと、
−アミノ酸番号５３１の位置でのセリンに代わるロイシンの存在、および／またはアミノ酸番号８２２の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の、前記アミノ酸番号５３１および／または前記アミノ酸番号８２２を同定するステップと、および／または
−アミノ酸番号８９の位置でのロイシンに代わるアルギニンの存在、アミノ酸番号５３１の位置でのトリプトファンに代わるアルギニンの存在、および／またはアミノ酸番号５８７の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＴｅｃの、前記アミノ酸番号８９、５３１および／または５８７を同定するステップと、
を含む、アポトーシス誘導試薬に耐性の（化学療法耐性）細胞を同定する方法。
【請求項３】
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号５３１を同定し、かつ前記細胞がＴ細胞である、請求項２の方法。
【請求項４】
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号８９を同定し、かつ前記細胞が胃細胞である、請求項２の方法。
【請求項５】
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号５８７を同定し、かつ前記細胞が肺細胞である、請求項２の方法。
【請求項６】
タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の増加は、癌細胞への癌化への性質を意味する、癌細胞への癌化への性質を有する細胞の同定方法であって、前記方法が前記細胞内での前記タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の測定、および得られた測定値の結果を対照の測定値と比較することとを含む、方法。
【請求項７】
−発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７の位置でのチロシンに代わるシステインの存在、および／または発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２の位置でのプロリンに代わるセリンの存在が、癌細胞への癌化への性質が増加したことを意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の前記アミノ酸番号３６７、および／または前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１の前記アミノ酸番号２５２を同定するステップと、
−アミノ酸番号３８８の位置でのグリシンに代わるアルギニンの存在が、肝細胞癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、細胞が肝臓細胞であって、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の前記アミノ酸番号３８８を、前記細胞内で同定するステップと、
−発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２のアミノ酸番号３６２の位置でのバリンに代わるフェニルアラニンの存在が、癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２の前記アミノ酸番号３６２を同定するステップと、
−発現したタンパク質キナーゼＣＳＫのアミノ酸番号２６の位置でのグルタミンではないアミノ酸の存在が、〜癌細胞への癌化の性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＣ末端Ｓｒｃキナーゼ(ＣＳＫ)の前記アミノ酸番号２６を同定するステップと、および／または
−発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の位置でのセリンに代わるアスパラギンの存在が、癌細胞への癌化への性質の増加を意味する、前記発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１の前記アミノ酸番号９８５を同定するステップ。
を含む、癌細胞への癌化への性質を有する、細胞を同定する方法。
【請求項８】
前記発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２の前記アミノ酸番号３６２が同定され、かつ前記細胞が脳細胞または前記造血系／リンパ系細胞である、請求項７の方法。
【請求項９】
前記発現したタンパク質キナーゼＣＳＫの前記アミノ酸番号２６を同定し、かつ前記細胞が腸細胞である、請求項７の方法。
【請求項１０】
前記タンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の位置でのアスパラギンの存在が、ユビキチン化に低感受性の前記タンパク質キナーゼを提供することにより、９８５の位置でのセリンの存在を含むタンパク質キナーゼＡｃｋ１より安定な前記タンパク質キナーを提供し、かつ前記細胞が腎臓細胞である、請求項７の方法。
【請求項１１】
前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の前記アミノ酸番号３８８が同定され、かつさらに前記肝臓細胞における前記ＦＧＦＲ４受容体をコードする遺伝子の遺伝子型が測定され、前記ホモ接合型遺伝子型ＦＧＦＲ４３８８Ａｒｇは、肝細胞癌細胞への癌化の性質の増加を意味する、請求項７の方法。
【請求項１２】
変異体タンパク質キナーゼポリペプチドがＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、かつ前記核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドはＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ���ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、変異体タンパク質キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の単離、濃縮または精製。
【請求項１３】
前記核酸分子が、（ａ）配列番号１‐２５６に記載のアミノ酸配列、または変異領域が保持されているという条件でアミノ酸残基の１つ以上の区域が欠損しているその任意の断片のポリペプチドをコードする、または（ｂ）前記（ａ）の核酸配列の相補体である、請求項１２に記載の核酸分子。
【請求項１４】
前記核酸分子が、配列番号２５７‐５１２のいずれかに記載の核酸配列、またはその相補体を含む、請求項１２または１３に記載の核酸分子。
【請求項１５】
タンパク質キナーゼポリペプチド変異体がＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ1、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、かつ前記核酸分子コードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチド変異体は、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  R７１１＿V７１２ins１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの変化を含む、タンパク質キナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製。
【請求項１６】
前記核酸分子が、（a）前記配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のアミノ酸配列のポリペプチド、またはまたは変異領域が保持されているという条件でアミノ酸残基の１つ以上の区域が欠損しているその任意の断片のポリペプチドをコードする、または（ｂ）前記（ａ）の核酸配列の相補体である、請求項１５に記載の核酸分子。
【請求項１７】
前記核酸分子は、配列番号６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１のいずれかに記載の核酸配列、またはその相補体を含む、請求項１５または１６に記載の核酸分子。
【請求項１８】
前記核酸分子が天然物より単離されたものである、請求項１および１２〜１７のいずれか一つに記載の核酸分子。
【請求項１９】
前記天然物が哺乳動物である、請求項１８の核酸分子。
【請求項２０】
前記哺乳動物がヒトである、請求項１９の核酸分子。
【請求項２１】
前記核酸分子が組換え起源である、請求項１および１２〜１７のいずれか１つに記載の核酸分子。
【請求項２２】
前記核酸分子がＲＮＡまたはＤＮＡである、請求項１および１２〜２１のいずれか一つに記載の核酸分子。
【請求項２３】
前記核酸分子が、さらに宿主細胞において転写を開始するのに効果的なベクターまたはプロモーターを含む、請求項１および１２−２２のいずれか１つに記載の核酸分子。
【請求項２４】
変異キナーゼポリペプチドがＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、かつ核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドが、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  ��３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４���９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含み、前記核酸プローブが、前記核酸配列の前記変異領域とハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、サンプルにおいて変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子を検出するための、核酸プローブ。
【請求項２５】
前記核酸プローブが、配列番号２５７‐５１２のいずれかに記載の前記核酸配列、またはそれに機能的な派生物の前記変異領域にハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、請求項２４に記載の核酸プローブ。
【請求項２６】
タンパク質キナーゼポリペプチド変異体がＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、かつ核酸分子にコードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチド変異体が、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１ＱおよびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの変化を含み、前記核酸プローブが、前記核酸配列の前記変異領域とハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、サンプル中のタンパク質キナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子を検出する核酸プローブ。
【請求項２７】
前記核酸プローブが、配列番号６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７３７、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１のいずれかに記載の前記核酸配列、またはその機能的な派生物の前記変異領域とハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含む、請求項２６の核酸プローブ。
【請求項２８】
ａ）ハイブリダイゼーションが起こる条件下で、サンプルと、請求項１２〜１５のいずれか一つの核酸プローブを接触させるステップと、およびｂ）変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子と結合した、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を検出する方法。
【請求項２９】
前記方法は、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体をコードする、少なくとも２つの核酸分子の存在または量を同時に検出するための、請求項２４〜２７のいずれか一つの少なくとも２つの核酸プローブの使用を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも５、１０、１５、２０、３０、４０、５０またはそれ以上の核酸プローブのサブセットが、少なくとも５、１０、１５、２０、３０、４０、５０またはそれ以上の、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を同時に検出するのに用いられる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記核酸プローブが固体の支持体上に、または固体の支持体と結合して固定される、請求項２８〜３０のいずれか一つに記載の方法。
【請求項３２】
前記固体の支持体がＤＮＡマイクロチップである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
請求項２４〜２７のいずれか一つの１つ以上の核酸プローブをその中に配置する容器を含む、請求項２８〜３０のいずれか一つの前記方法を行うためのキット。
【請求項３４】
請求項２４〜２７のいずれか一つの、１つ以上の核酸プローブが固定化された、固体の支持体。
【請求項３５】
前記固体の支持体がＤＮＡマイクロチップである、請求項３４に記載の固体の支持体。
【請求項３６】
請求項１および１２‐２３のいずれか一つの、核酸分子を含む組換え細胞または組織。
【請求項３７】
前記核酸分子が、非相同的プロモーターを含む、ゲノム調節エレメントまたは非相同的な調節エレメントの制御下にある、請求項３６の組換え細胞または組織。
【請求項３８】
変異キナーゼポリペプチドがＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＢＮＩＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、前記変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｎ１３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドの単離、濃縮または精製。
【請求項３９】
断片が前記変異を含むという条件で、前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号１‐２５６に記載のアミノ酸配列またはその断片を含む、請求項３８に記載の変異キナーゼポリペプチド。
【請求項４０】
前記ポリペプチドが変異を含むという条件で、前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号１〜２５６に記載のアミノ酸配列の、少なくとも３０、３５、４０、４５、５０、６０、１００、２００、または３００の連続的なアミノ酸を含む、請求項３８に記載の変異キナーゼポリペプチド。
【請求項４１】
キナーゼポリペプチド変異体が、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、前記キナーゼポリペプチド変異体は、  ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ＦＳＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１ＱおよびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含む、キナーゼポリペプチド変異体の単離、濃縮または精製。  
【請求項４２】
断片が前記変異を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチド変異体は、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のアミノ酸配列またはその断片を含む、請求項４１に記載のキナーゼポリペプチド変異体。
【請求項４３】
前記ポリペプチドが変異を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチド変異体は、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のアミノ酸配列の、少なくとも３０、３５、４０、４５、５０、６０、１００、２００、または３００の連続的なアミノ酸を含む、請求項３８に記載のキナーゼポリペプチド変異体。
【請求項４４】
前記ポリペプチドが天然物または組換え起源ものより単離された、請求項３８‐４３のいずれか１つに記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項４５】
前記天然物が哺乳動物である、請求項４４に記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項４６】
前記哺乳動物がヒトである、請求項４５に記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項４７】
変異キナーゼポリペプチド、ポリペプチドドメインまたは断片がＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０、および断片およびそれらのドメインからなる群から選択され、かつ前記変異キナーゼポリペプチド、ポリペプチドドメインまたは断片が、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨ���２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０���０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドまたは変異キナーゼポリペプチドドメインもしくは断片にのみ、特異的な結合親和性を有する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体または抗体断片。
【請求項４８】
断片が前記変異を含むという条件で、前記抗体が配列番号１〜２５６のいずれか一つに記載のアミノ酸配列またはその断片を含む変異キナーゼポリペプチドに対して配向する、請求項４７に記載の抗体または抗体断片。
【請求項４９】
キナーゼポリペプチド変異体、ポリペプチドドメインまたは断片が、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０、ならびにその断片およびドメインからなる群から選択され、かつ前記キナーゼポリペプチド変異体、ポリペプチドドメインまたは断片は、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ＦＳＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１ＱおよびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含む、キナーゼポリペプチド変異体またはキナーゼポリペプチド変異体ドメインもしくは断片に対してのみ特異的な結合親和性を有する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体または抗体断片。
【請求項５０】
断片が前記変異を含むという条件で、前記抗体は、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１のいずれか一つに記載の前記アミノ酸配列、またはその断片を含むキナーゼポリペプチド変異体に対して配向する、請求項４９に記載の抗体または抗体断片。
【請求項５１】
ａ）キナーゼ抗体の免疫複合体形成に適切な条件下でサンプルを、請求項４７〜５０のいずれか一つの抗体とプローブするステップと、およびｂ）前記キナーゼポリペプチドに結合した前記抗体の存在および／または量を検出するステップと、を含む、サンプル中の少なくとも１つの変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体の存在および／または量を検出する方法。
【請求項５２】
請求項４７〜５０のいずれか一つの抗体および抗体断片を含む、請求項５１の方法を実施するためのキット。
【請求項５３】
さらに前記抗体または抗体断片の結合相手の接合体を含む、請求項５２のキット。
【請求項５４】
前記抗体または抗体断片の前記結合相手の接合体は、検出可能な標識を含む、請求項５３のキット。
【請求項５５】
（a）断片が領域を含むという条件で、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを、試験物質と接触させるステップであって、前記キナーゼポリペプチドはＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０��、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１���、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異、または任意の機能的なその断片を含み、（ｂ）前記ポリペプチドの前記活性を測定するステップと、および（ｃ）前記物質が、前記ポリペプチドの前記活性を調節するかどうかを特定するステップと、を含む、試験管内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定する方法。
【請求項５６】
断片が前記変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号１〜２５６に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
（ａ）を含むという条件で、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを、試験物質と接触させるステップであって、前記キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８V、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨ��Ｇ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ROS  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化、または任意の機能的なその断片を含み、（ｂ）前記ポリペプチドの前記活性を測定するステップと、および（ｃ）前記物質が前記ポリペプチドの前記活性を調節するかどうかを特定するステップと、を含む、試験管内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
【請求項５８】
断片が前記変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号５１３‐６４２に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
（ａ）断片が変異領域を含むという条件で、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ARG、ＡＸＬ、ＢＮＩＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを細胞内で発現するステップであって、前記キナーゼポリペプチドが、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１��、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含み、または任意の機能的なその断片であって、（ｂ）試験物質を前記細胞に添加するステップと、および（ｃ）細胞表現型、または前記ポリペプチドと天然の結合相手間の相互作用の変化をモニターするステップと、を含む、生体内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
【請求項６０】
断片が変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドは、配列番号１〜２５６に記載のいずれか一つのアミノ酸配列、または任意の機能的なその断片を含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
（ａ）断片が変異領域を含むという条件で、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２ＪＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを細胞内で発現するステップであって、前記キナーゼポリペプチドが、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７＿Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６＿Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含み、または任意の機能的なその断片であって、（ｂ）試験物質を前記細胞に添加するステップと、および（ｃ）細胞表現型、または前記ポリペプチドと天然の結合相手間の相互作用の変化をモニターするステップと、を含む、生体内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定するための方法。
【請求項６２】
断片が変異領域を含むという条件で、前記キナーゼポリペプチドが、配列番号５１３‐６４２に記載のアミノ酸配列のいずれか一つ、または任意の機能的なその断片を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＢＮＩＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼの活性を調節する物質であって、前記キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｖ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ��  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、物質を治療を必要とする患者に投与することによる、増殖性の病気または疾患を治療または予防するための方法。
【請求項６４】
前記キナーゼポリペプチドが、配列番号１‐２５６に記載の前記アミノ酸配列のいずれか一つを含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲＩ、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼの活性を調節する物質であって、前記キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９＿Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ���ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ＦＳＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含む、物質を治療を必要とする患者に投与することによる、増殖性の病気または疾患を治療または予防するための方法。
【請求項６６】
前記キナーゼポリペプチドが、配列番号５１３‐６４２に記載の前記アミノ酸配列のいずれか一つを含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
患者における、増殖性の病気または疾患、もしくは増殖性の病気または疾患の発症のリスク予測を診断するための方法であって、前記病気または疾患は異常なタンパク質キナーゼ機能に起因するシグナル伝達経路の異常によって特徴付けられ、前記方法は、（ａ）生物学的サンプルを前記患者から取得するステップと、（ｂ）前記サンプルと、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドであって、前記核酸分子でコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３��、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｙ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の標的領域と、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップと、および（ｃ）標的領域のハイブリッドは前記病気または疾患の指標または性質である、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、方法。
【請求項６８】
前記核酸分子によってコードされる前記変異キナーゼポリペプチドが、配列番号１〜２５６に記載のアミノ酸配列の少なくとも一つを含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
断片が変異を有するという条件で、前記核酸プローブが、配列番号２５７〜５１２に記載のいずれか一つの前記核酸配列、もしくはその相補体または断片を含む、請求項６７または請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
患者における、増殖性の病気または疾患、もしくは増殖性の病気または疾患の発症のリスク予測を診断するための方法であって、前記病気または疾患は異常なタンパク質キナーゼ機能に起因するシグナル伝達経路の異常によって特徴付けられ、前記方法は、（ａ）生物学的サンプルを前記患者から取得するステップと、（ｂ）前記サンプルと、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、Ａｒｇ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲＩ、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドであって、前記核酸分子でコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  R１１６１Q、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓ��１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１４、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３ｄｅｌｉｎｓＲＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６＿Ｒ７７ｉｎｓ９、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸ、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含む、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の標的領域と、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップと、および（ｃ）標的領域のハイブリッドは前記病気または疾患の指標または性質である、前記プローブの存在または量を検出するステップと、を含む、方法。
【請求項７１】
前記核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、配列番号５１３〜６４２に記載のアミノ酸配列の少なくとも一つを含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
断片が変異を有するという条件で、前記核酸プローブは、配列番号６４３〜７７２に記載の核酸配列のいずれか一つ、もしくはその相補体または断片を含む、請求項７０または７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記患者がヒトである、請求項６３〜７２のいずれか一つに記載の方法。
【請求項７４】
前記増殖性の病気または疾患が癌である、請求項６３〜７３のいずれか一つに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連適用の相互参照
本出願は、米国特許商標局に２００６年１２月１日に出願し、かつ正式に識別番号ＵＳ６０／８６８，１７３が割り当てられた“癌関連タンパク質キナーゼ"の出願についての優先権の利益に言及かつ主張する。２００６年１２月１日に出願した前記出願の内容は、任意の要素の包含、もしくは本出願に含まていないＰＣＴ規則４．１８を準用するＰＣＴ規則２０．５（ａ）で言及される明細書、特許請求の範囲または図面の一部を含むことにおいて、参照として本出願に包含される。
【０００２】
本発明は、変異体タンパク質キナーゼ、変異タンパク質キナーゼをコードする核酸配列、種々のキナーゼ関連疾患および健康状態の診断および治療のためのそれらの使用、および新規タンパク質キナーゼ阻害剤の設計および同定に関連する。
【背景技術】
【０００３】
以下の背景技術の記載は、本発明の理解を補助するために提供されるものであり、本発明の先行技術を承認または記載するものではない。
【０００４】
癌は発展途上国において２番目に一般的な死因であり、かつ世界の発展途上地域で増加している健康問題である。癌の診断は、罹患者にとって重大な肉体的および精神的な苦しみに繋がり、かつ健康管理システム上に顕著な負担を課す。多くの腫瘍に対する外科手術、放射線療法および化学療法などの従来の管理戦略は、限られた有効性と高い毒性を有する。したがって、個々の悪性度の基礎をなしている分子遺伝学への深い理解が、癌治療の問題を大幅に容易にすることは、現在この分野における研究者の間で一般的に受け入れられている。
【０００５】
組織侵襲および転移をもたらす自律的な細胞増殖は、すべての悪性腫瘍を決定付ける特徴である。癌は、単なる加速的な細胞増殖の結果として必然的に起こるわけではない。むしろ、癌は、一方では細胞周期の進行（細胞分裂）および細胞増殖（細胞集団）間の比率の不均衡、ならびに他方ではプログラムされた細胞死（アポトーシス）と因果関係がある。研究者は、異常な細胞シグナル伝達経路が、この不均衡の駆動およびその結果としての悪性化に、極めて重要な役割を果たしていることを認識している。
【０００６】
細胞シグナル伝達は、様々な細胞プロセスを制御する外部刺激が細胞内部に中継される、基本的な機構である。シグナル伝達の主要な生化学的機構は、構造および機能を変化させることによって、成熟したタンパク質の活性を制御することが可能な、可逆的なタンパク質のリン酸化反応に関与する。
【０００７】
したがって、正常および異常な細胞制御に関与する最も重要なシグナル分子のグループは、種々の標的分子のアミノ酸残基のリン酸化反応を触媒する、酵素ファミリータンパク質キナーゼである。このプロセスは、細胞周期、遊走、代謝、増殖、分化、および生存を含む基本的な細胞プロセスを制御する。
【０００８】
タンパク質キナーゼは、数百の既知のメンバーを有する、真核生物のタンパク質の一つの大きなファミリーである。これらのタンパク質は、共通の触媒コア構造を含む、１２個の特有のサブドメインに細分することができる２５０‐３００アミノ酸長のキナーゼドメインを共有する。これらの保存されたタンパク質モチーフは、PCRに基づくクローニング戦略を用いて近年有効に活用されており、既知のキナーゼの顕著な拡大を導く。
【０００９】
真核生物のリン酸化タンパク質で最もよく特徴が分かっているタンパク質キナーゼは、セリン、スレオニンおよび／またはチロシン残基の水酸基の部分をリン酸化する。これらのキナーゼは、セリンおよびスレオニンを特異的にリン酸化するグループと、ならびにチロシンを特異的にリン酸化するグループとに大きくわけて２つのグループに分類される。「二重特異性」キナーゼと呼ばれるいくつかのキナーゼは、チロシン残基もセリン／スレオニン残基と同様にリン酸化することができる。
【００１０】
タンパク質キナーゼは、細胞内の位置によっても特徴付けることができる。いくつかのキナーゼは、リガンドの結合などの、外部環境に応答して触媒活性を直接変化させることができる膜貫通受容体型タンパク質である。他のキナーゼは、膜貫通ドメインを欠損している非受容体型タンパク質である。これらは細胞膜の内面から核までの様々な細胞コンパートメント中に見ることができる。
【００１１】
多くのキナーゼは、リン酸化反応状態によって活性が制御される他のキナーゼを基質として含み得る、調節カスケードに関与する。最終的には、いくつかの下流エフェクターの活性は、このような経路の活性化によるリン酸化反応によって調節される。
【００１２】
タンパク質チロシンキナーゼに媒介されるタンパク質のチロシンのリン酸化反応は、増殖、分化、運動性および細胞生存などの基本的な細胞プロセスを制御するシグナル伝達経路に内在する、鍵となる機構である。遺伝子変異、発現レベルの調節、または負の調節管理機構の欠失に起因するキナーゼ活性の調節解除は、種々のチロシンキナーゼファミリーメンバーによって説明され、かつ多くの場合、ヒトの癌の発生に関係があるとされる（Ｂｌｕｍｅ‐Ｊｅｎｓｅｎ，Ｐ。&Ｈｕｎｔｅｒ，Ｔ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ４１１，  ３５５‐３６５（２００１））。その結果として、チロシンキナーゼは、モノクローナル抗体および低分子薬物の両方を用いた治療介入の合理的な標的となる。
【００１３】
遺伝子改変チロシンキナーゼが癌の発生に関与するための最初の手がかりは、いくつかの例で細胞受容体チロシンキナーゼの変化したバージョンを示すことを表示する、ウイルスの癌遺伝子によってもたらされた。例えば、トリ赤血球芽症遺伝子ｖ‐ｅｒｂＢは、ヒト上皮増殖因子受容体ＥＧＦＲの切断および変異バージョンとして同定され（例えば  Ｄｏｗｎｗａｒｄ，  Ｊ．  等  Ｎａｔｕｒｅ  ３１１，４８３‐４８５，（１９８４））、初めて動物の癌遺伝子が細胞増殖を制御する膜タンパク質をコードするヒト遺伝子と繋がった。さらに、ｖ‐ｆｍｓはマクロファージＣＳＦ‐１受容体の欠失型を示すものとして発見され（Ｃｏｕｓｓｅｎｓ、  Ｌ．等、  Ｎａｔｕｒｅ  ３２０，２７７‐２８０（１９８６）;Ｓｈｅｒｒ，Ｃ．Ｊ．等、  細胞  ４１，６６５‐６７６（１９８５））、ならびに同定された切断、欠失および変異は、動物において悪性の癌を引き起こす、原癌遺伝子の癌遺伝子への変換の遺伝学的基礎を形成すると推測された。
【００１４】
これらの観察は、ヒトの癌におけるチロシンキナーゼの遺伝子変異の大規模探索を促した。いくつかの欠失および点変異は、ＥＧＦＲの触媒活性の増加をもたらすことで説明された。腫瘍において最も一般的には、ＥＧＦＲ欠失変異体である、遺伝子再構成または選択的ｍＲＮＡスプライシングに起因する、エキソン２‐７を欠損するＥＧＦＲvＩＩＩとして発見される（Ｍａｌｄｅｎ，Ｌ．Ｔ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ４８，２７１１‐２７１４（１９８８））。ＥＧＦＲファミリーの別のメンバーであるＨＥＲ２遺伝子（Ｃｏｕｓｓｅｎｓ，Ｌ．等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０，１１３２‐１１３９（１９８５））の増幅は、浸潤型ヒト乳癌の３０%に起こる遺伝子異常として発見され、かつ腫瘍におけるＨＥＲ２の過剰発現と患者の生存率の低下との顕著な相関性が証明された（Ｓｌａｍｏｎ，Ｄ．Ｊ．等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３５，１７７−１８２（１９８７））。これらの発見は、ＨＥＲ２を予後マーカーとして確立し、かつ標的特異的な癌の治療の構想評価に導く。１９９８年には、ＨＥＲ２に対するヒト化モノクローナルおよび最初のゲノム調査に基づく抗キナーゼを標的とした治療薬として、ハーセプチンは米国食品医薬品局（ＦＤＡ）より認可された。
【００１５】
それ以来、一つの遺伝子変化であっても、任意のキナーゼに発癌能を仲介することができることがますます明らかになっている。これはヒトＨＥＲ２遺伝子のラットのホモログである、ｎｅｕにおいて最初に発見され、膜貫通ドメイン中の一つのバリンがグルタミン酸に置換することで、ｐ１８５の活性化および改変したｎｅｕ原癌遺伝子の腫瘍化活性をもたらした（Ｂａｒｇｍａｎｎ，Ｃ．Ｉ．等、  細胞  ４５，６４９−６５７（１９８６））。他の非常によく知られた癌と関連するチロシンキナーゼ遺伝子における遺伝子変異はＢＣＲ‐ＡＢＬ癌遺伝子であり、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）における第９染色体と第２２染色体間の相互転座、および消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴｓ）におけるキット受容体の点変異（Ｃｏｒｌｅｓｓ、Ｃ．Ｌ．等、Ｊ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ．６、３６６‐３７０（２００４））は、両方共に低分子化合物であるイマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）の標的である  （Ｄｅｍｅｔｒｉ、Ｇ．Ｄ．，Ｅｕｒ．Ｊ_Ｃａｎｃｅｒ  ３８  Ｓｕｐｐｌ  ５，Ｓ５２‐Ｓ５９（２００２）；Ｐｅｇｇｓ，Ｋ．&Ｍａｃｋｉｎｎｏｎ，S．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ  Ｍｅｄ．  ３４８，１０４８‐１０５０（２００３））。
【００１６】
疾患の惹起または進行における顕著な役割に加えて、特異的な変異は、イマチニブまたはゲフィチニブ（イレッサ（Ｉｒｅｓｓａ）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ社）などの特異的な低分子阻害剤に対する感受性の仲介かつそれによる予測を示すことができる。
最近、２つの独立したグループが、ＥＧＦＲキナーゼドメインのＡＴＰ結合ポケットの周辺に密集した変異の同定を記載し、かつ主としてイレッサ応答性の肺癌患者において発生することを立証した（Ｌｙｎｃｈ，T． J．等、Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ  Ｍｅｄ．３５０、２１２９‐２１３９  （２００４）；Ｐａｅｚ，Ｊ．Ｇ．等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０４、１４９７‐１５００（２００４）)。
【００１７】
したがって、チロシンキナーゼをコードする遺伝子における変異をゲノムＤＮＡレベルで選別するための有意な試みが取り組まれており、かつ大腸癌におけるキナーゼドメイン（Ｂａｒｄｅｌｌｉ，A．等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３００、９４９  （２００３））または選択した腫瘍型（Ｂｉｇｎｅｌｌ，G．等、Ｇｅｎｅｓ，Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ&Ｃａｎｃｅｒ  ４５：４２−４６  （２００６）（２００６）；Ｄａｖｉｅｓ，Ｈ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ６５：１７、７５９１‐７５９５（２００５）；Ｓｔｅｐｈｅｎｓ，P．等、Ｎａｔｕｒｅ  ４３１：５２５‐５２６（２００４））に焦点を当てた包括的な研究が最近報告されている。
【００１８】
癌遺伝子を同定するための数十年来の従来の方法は、有力な候補を一本釣りした後、それらの中の変異を探索する。しかし、ヒトゲノム配列のドラフトが２０００年に完成して以来、研究者は、より広範囲かつ組織的な方法で癌変異を追い求める道具を有している。
【００１９】
ポストゲノム時代の科学者は、癌細胞中の１０００個の遺伝子の配列を調査することができる。しかし、現在の配列解析技術の費用および技術的な制限により、研究グループは、一度にそれらの全部を追い求めることを試みるより、特異的な一連の遺伝子に焦点を当てている。
【００２０】
ＤＮＡ配列解析は主要な構成要件であるが、癌変異を見つけるプロセスのほんの一部でしかない。  確かに癌はＤＮＡ配列中の少しの変異、特異的な遺伝子のコピー中の変化の頻度、染色体全体に影響する再編、およびさらにヒト遺伝子の中または近傍に位置する腫瘍ウイルスにより生じることができる。さらに後成的な変化もまた、癌に関与すると考えられる。
【００２１】
しかしながら、ある腫瘍から次の腫瘍における、およびさらに同じ腫瘍内におけるある細胞から次の細胞における分子の変化における大きな変動は、長い間効果的な治療法の開発の障害である。最近の研究は、癌細胞に存在する無数の変異の最初の明確な実例を提供し、かつ肺腫瘍におけるタンパク質キナーゼ遺伝子中のほぼ２００の変異を同定した。これは、多くの変異タンパク質キナーゼは肺癌の発生に寄与し得るが、任意のある遺伝子における変異はまれであることを示唆している。
【００２２】
いくつかの腫瘍に対する良好な薬剤標的になる高頻度の変異を発見することはまれであり、ほとんどが異なった低頻度の変異の混合物である。
【００２３】
このような大規模での正確なＤＮＡ配列の獲得を目指すことを超えて、研究者は任意の一連の遺伝子中に同定された数百の変化を取捨選択し、かつどれが癌に特異的で、どれが任意の個体のＤＮＡにおいて起こる通常の変化(多型)であるかを測定しなければならない。
【００２４】
この問題は、それぞれの癌のＤＮＡ配列と、同じ患者の正常細胞から採取したＤＮＡの配列とを比較することで、取り組むことができる。多型は両方のサンプルに存在しているが、癌特異的な変化は癌のＤＮＡ中にしか存在しない。
【００２５】
本発明は、ヒトにおける悪性度に一般的なタンパク質キナーゼ変異の同定、およびこのような変異タンパク質キナーゼを使用する方法に関連する。さらに本発明は、腫瘍の発生および進行に関連するキナーゼ遺伝子中の生殖系列の変化に関連する。
【発明の概要】
【００２６】
したがって、第１の態様において、本発明は核酸分子の単離、濃縮または精製を提供する。核酸分子は、タンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする。タンパク質キナーゼはＦＧＦＲ４、ＦＧＦＲ１、ＴＹＲＯ３、ＴＥＣ、ＣＳＫおよびＡｃｋ１のうちの一つである。さらに、核酸分子にコードされるタンパク質キナーゼポリペプチドの変異体は、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ  および  ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎのうちの少なくとも1つの変異を含む。
【００２７】
第２の態様の発明は、アポトーシス誘導試薬に耐性の細胞、すなわち、化学療法耐性の細胞の同定方法を提供する。本方法は、細胞中のタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の測定、または発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３のアミノ酸番号５３１および／または８２２の同定、または発現したタンパク質キナーゼＴＥＣのアミノ酸番号８９、５３１および／または５８７の同定を含む。本方法は、細胞中のタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の測定を含むが、得られた測定結果はさらに対照の測定結果と比較する。タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の増加は、細胞がアポトーシス誘導試薬耐性であることを意味する。本方法は発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３のアミノ酸番号５３１および／または８２２の同定を含むが、アミノ酸番号５３１におけるセリンの代わりにロイシンが存在すること、および／またはアミノ酸番号８２２におけるプロリンの代わりにロイシンが存在することは、細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する。本方法は発現したタンパク質キナーゼＴｅｃのアミノ酸番号８９、５３１および／または５８７の同定を含むが、アミノ酸番号８９におけるロイシンの代わりにアルギニンが存在すること、アミノ酸番号５３１におけるトリプトファンの代わりにアルギニンが存在すること、および／またはアミノ酸番号５８７におけるプロリンの代わりにロイシンが存在することは、細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味する。
【００２８】
第３の態様の発明は、癌細胞に形質転換する性質を有する細胞を同定する方法を提供する。本方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７および／または発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２の同定、または発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２のアミノ酸番号３６２の同定、または  発現したタンパク質キナーゼＣ末端Ｓｒｃキナーゼ (ＣＳＫ)のアミノ酸番号２６の同定、および／または発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の同定、のいずれかを含む。本方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７および／または発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２の同定を含むが、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７においてチロシン代わりにシステインが存在すること、および／または発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２においてプロリンの代わりにセリンが存在することは、癌細胞に形質転換する性質の増大を意味する。本方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２のアミノ酸番号３６２の同定を含むが、発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２のアミノ酸番号３６２においてバリンの代わりにフェニルアラニンが存在することは、癌細胞に形質転換する性質の増大を意味する。本方法は、発現したタンパク質キナーゼＣ末端Ｓｒｃキナーゼ(ＣＳＫ)のアミノ酸番号２６の同定を含むが、発現したタンパク質キナーゼＣＳＫのアミノ酸番号２６においてグルタミンとは違うアミノ酸の存在は、癌細胞に形質転換する性質の増大を示す。本方法は、発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の同定を含むが、発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５において、セリンの代わりにアスパラギンが存在することは、癌細胞に形質転換する性質の増大を意味する。
【００２９】
第４の態様において、本発明は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の単離、濃縮または精製を提供する。
【００３０】
本発明による核酸分子によってコードされる変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  １８３７Ｎ／１、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７ＮＩ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲ���３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖにおける少なくとも１つの変異を含む。
【００３１】
いくつかの態様において、本発明は、（ａ）変異位置または領域が保持されているという条件で、配列番号１-２５６に記載のアミノ酸配列もしくは任意の変異体、アイソフォームまたはそれらの断片を有するポリペプチドをコードする核酸配列；（ｂ）（ａ）核酸配列の相補体である核酸配列を含む、これらを基本的に含む、またはこれらからなる、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の単離、濃縮または精製を特徴とする。
【００３２】
他の態様において、本発明は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２(ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ)、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製を対象とする。
【００３３】
本発明による核酸分子にコードされるキナーゼ変異体は、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４V、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓ‐ＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６＿Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５＿Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの生殖系列の変化の少なくとも１つを含む。
【００３４】
いくつかの態様において、本発明は、（ａ）変化した位置または領域が保持されているという条件で、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９−５９１、５９８、６００−６０１、６０７、６１６、６２０−６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０−６４１に記載のアミノ酸配列もしくはそれらの任意の変異体、アイソフォームまたは断片を有するポリペプチドをコードする核酸配列；（ｂ）（ａ）の核酸配列の相補体である核酸配列を含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなるキナーゼ変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製を特徴とする。
【００３５】
核酸は、ｃＤＮＡクローニングまたはサブトラクティブハイブリダイゼーションによって、天然物より単離し得る。天然物は、例えば、マウス、ヒト、ブタ、イヌ、またはウシなどの哺乳類起源であり得る。ポリペプチドは、培養細胞、生検、血液、精液、または、例えばほんのわずかな例示的な実例として挙げられる、皮膚、肝臓、膵臓などの臓器由来の任意の組織を含む、あらゆる適切なサンプルから単離することができる。他の態様において、核酸は、トリエステル法または自動ＤＮＡ合成器を用いて合成されうる。
【００３６】
他の態様において、本発明は、宿主細胞中で転写を開始するのに効果的なベクターまたはプロモーターをさらに含む、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の単離、濃縮または精製を特徴とする。
【００３７】
第５の態様の発明は、例えば細胞内または生体内の組換え核酸も特徴とする。組換え核酸は、配列番号２５７‐５１２、６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９−７２１、７２８、７３０−７３１、７３７、７４６、７５０−７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０−７７１に記載の配列、またはそれらの機能的な派生物、および随意に、宿主細胞内で効果的に転写を開始するためのベクターまたはプロモーターを含むこと、これらを基本的に含むこと、またはこれらからなることができる。組換え核酸は、細胞内で機能的な転写開始領域、キナーゼポリペプチドをコードするＲＮＡ配列に相補的な配列および細胞内で機能的な転写終結領域を、選択的に含むことができる。特異的なベクターおよび宿主細胞の組み合わせは本明細書中に述べられている。
【００３８】
さらに他の態様において、核酸は、同定を容易にするためのハイブリダイゼーションプローブの設計および変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体のクローニング、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体のクローニングを容易にするためのＰＣＲプローブの設計、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体に対する抗体の取得、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドの設計に有用である。
【００３９】
第六の態様において、本発明は、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸を検出するための核酸プローブを提供する。変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  ＦＩ３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される。核酸プローブは、配列番号２５７‐５１２のいずれかに記載の核酸配列変異領域、またはこれらの機能的な派生物にハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含むこと、これらを基本的に含むこと、またはこれらからなることができる。
【００４０】
第７の態様において、本発明は、サンプル中のキナーゼ変異体をコードする核酸を検出するための核酸プローブも特徴とする。変化したキナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３Ｇ４６６  Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５＿Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  ＰＩ２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ  およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０のうちの１つである。いくつかの態様において、核酸プローブは、配列番号６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９−７２１、７２８、７３０−７３１、７３７、７４６、７５０−７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０−７７１のいずれかに記載の核酸配列の変異領域、またはこれらの機能的な派生物にハイブリダイズするヌクレオチド塩基配列を含むこと、これらを基本的に含むこと、またはこれらからなることができる。
【００４１】
本発明のプローブを使用する方法は、ハイブリダイゼーションが起こる条件下等でサンプルを核酸プローブと接触させることによる、サンプル中の変異または変化したキナーゼＲＮＡの存在または量の検出、およびキナーゼＲＮＡに結合したプローブの存在または量の検出を含む。プローブおよびキナーゼポリペプチドをコードする核酸配列との間で形成される二本鎖核酸は、検出された核酸の配列の同定に使用しうる。特定の態様において、このような方法を実施するキットは、中に核酸プローブの配置を有する収納方法を含むように構築されうる。
【００４２】
本発明は、本発明の一連の変異キナーゼポリペプチド、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸、および核酸プローブの、患者における増殖性の病気または疾患の診断のための分子マーカーとしての使用にも関連する。このような方法は、高い予測精度での癌のリスク予想、および／または適切な治療の選択にも有用であり得る。さらに、このような方法は、治療計画の経過のモニター、および／または癌の再発のリスク予想にも有用であり得る。
【００４３】
したがって本発明は、（ａ）患者から生物学的サンプルを獲得するステップと、および（ｂ）前記サンプルにおける１つ以上の本発明の変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の発現を検出するステップとを含む、患者における癌などの増殖性の病気または疾患の予想または診断を可能にする方法も包含する。
【００４４】
本発明の一態様において、発現が検出されるこれらの二以上の核酸分子は、少なくとも１つの配列番号２５７‐５１２に記載の核酸配列、または相補体およびそれらの断片を含むこと、これらを基本的に含むこと、またはこれらからなることができる。このような、これらの分子マーカーの二以上の組み合わせは、患者における癌のリスク予測または診断に利用されうる。少なくとも二つの上記核酸分子の任意の組み合わせは、この解析に使用し得る。例えば、いくつかの態様において、少なくとも２、３、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０またはそれ以上の、配列番号２５７‐５１２に記載の核酸配列の組み合わせは、前記診断目的に使用され得る。
【００４５】
他の態様において、本発明は、一連のキナーゼ変異体、すなわち一塩基多型などの生殖系列の変化を含むキナーゼ、これらのキナーゼ変異体をコードする核酸、および患者における増殖性の病気または疾患の診断のための分子マーカーとしてのこれらのキナーゼ変異体をコードする核酸に対する核酸プローブの使用も対象とする。このような方法は、癌の発生のリスク予測、および／または高い予測精度での転移の予測にも有用であり得る。さらに、このような方法は、適切な治療の選択、治療計画の経過のモニター、および／または癌の再発のリスク予測も可能にし得る。
【００４６】
適切なキナーゼ変異体は、ＡＡＴＹＫ  G６００C、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰWＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７＿Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９＿Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１＿Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓＸ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓｖ、ＮＴＲＫ３  G４６６＿Y５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５＿Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９＿Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６  Ｓ３０１ｄｅｌを含むが、これらに限定されない。
【００４７】
したがって本発明は、患者における癌などの増殖性の疾患または病気の予想または診断を可能にする方法も包含する。本方法は、（ａ）患者から生物学的サンプルを獲得するステップと、および（ｂ）前記サンプルにおいて１つ以上の本発明のキナーゼ変異体をコードする核酸分子の発現を検出するステップと、を含む。
【００４８】
本発明の一態様において、発現が検出されるこれらの１つ以上の核酸分子は、配列番号６４３‐７７２に記載の核酸配列または相補体およびこれらの断片のうちの少なくとも１つを含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなる。このようなこれらの分子マーカーの二以上の組み合わせは、癌患者におけるリスク予測または診断に利用され得る。少なくとも二以上上記核酸分子の任意の組み合わせは、この解析に使用され得る。例えば、いくつかの態様において、少なくとも５、７、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９１のすべての、配列番号６４３‐７７２に記載の核酸配列の組み合わせは、前記診断目的に使用され得る。
【００４９】
さらに別の態様では、本発明は、ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Q９１３H、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I��ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹ���Ｏ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ARG、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドをコードする核酸分子を含む、組換え細胞または組織を提供する。このような細胞内では、核酸はゲノム調節エレメント〜の支配下であり得、または非相同的なプロモーターを含む、１つ以上の非相同的な調節エレメントの支配下であり得る。特定の態様において、キナーゼポリペプチドは、配列番号１‐２５６に記載のアミノ酸配列、または前記断片が変異領域を含む対応する全長アミノ酸配列にコードされるタンパク質の断片である。
【００５０】
あるいは、本発明は、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１_Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９＿Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１  、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドをコードする核酸分子を含む、組換え細胞または組織を提供する。このような細胞において、核酸はゲノム調節エレメントの支配下であり得、または非相同的なプロモーターを含む１つ以上の非相同的な調節エレメントの支配下であり得る。特定の態様において、キナーゼポリペプチドは、配列番号５１３~６４２に記載のアミノ酸配列、または前記断片が変異領域を含む対応する全長アミノ酸配列にコードされるタンパク質の断片である。
【００５１】
さらに別の態様では、本発明は、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｎ１３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ���ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＮ４Ｘ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される、単離、濃縮または精製され変異キナーゼポリペプチドを提供する。
【００５２】
いくつかの態様において、変異キナーゼポリペプチドは、配列番号１‐２５６に記載のアミノ酸配列、または変異が前記断片に含まれるという条件で対応する全長アミノ酸配列を有する、タンパク質の断片である。本発明の変異体キナーゼの変異体およびアイソフォームも含まれる。
【００５３】
本発明は、さらにＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される単離、濃縮または精製されたキナーゼ変異体を提供する。
【００５４】
特定の態様において、キナーゼ変異体は、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のアミノ酸配列、または変異が前記断片に含まれるという条件で対応する全長アミノ酸配列およびそれらのアイソフォームを有する、タンパク質の断片である。
【００５５】
ポリペプチドは、当該技術分野で既知の方法により、天然物から単離される。天然物は、例えば、マウス、ヒト、ブタ、イヌ、またはウシなどの哺乳動物起源であり得る。ポリペプチドは、培養細胞、生検、血液、精液、または、例えばほんのわずかな例示的な実例として挙げられる、皮膚、肝臓、膵臓などの臓器由来の任意の組織を含む、あらゆる適切なサンプルから単離することができる。他の態様において、ポリペプチドは自動ポリペプチド合成器をもちいて合成され得る。
【００５６】
特定の態様において、本発明は変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体は組換え体起源である、上記の変異体キナーゼおよびキナーゼ変異体を含む。例えば、本発明の変異体キナーゼおよびキナーゼ変異体は、非相同的な発現系で発現し得る。
【００５７】
さらなる態様において、本発明は、ポリペプチドがＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｎ１５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ���ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ＦＳＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲ��３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、＿ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される、変異キナーゼポリペプチドまたは変異キナーゼのポリペプチドドメインまたは断片に対してのみ特異的な結合親和性を有する抗体（例えば、モノクローナルまたはポリクローナル抗体）を提供する。
【００５８】
本発明はまた、キナーゼ変異体またはキナーゼ変異体ドメインまたは断片に対してのみ特異的な結合親和性を有する抗体（例えば、モノクローナルまたはポリクローナル抗体）も含み、ポリペプチドはＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ＦＳＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７＿Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６＿Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０��Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される。
【００５９】
本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体のみに対して特異的な結合親和性を有する抗体または抗体断片は、適切なキナーゼ抗体の免疫複合体形成条件下で、サンプルを抗体でプローブすることによる、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の存在、および／または量の検出する方法、ならびにキナーゼポリペプチドと接合した抗体の存在、および／または量を検出する方法に使用しうる。したがって本発明の抗体は、突然変異体／変異体および天然型キナーゼポリペプチドを区別する能力がある。
【００６０】
このような方法を実施する診断キットは、キナーゼならびに抗体の結合相手または抗体自身の接合体に特異的な抗体または抗体断片を含むように構築され得る。このような方法を実施する診断キットは、抗体を含む第１の容器、抗体の結合相手の接合体を有する第２の容器および、例え、放射性同位体などのラベルを含むように構築され得る。診断キットは、ＦＤＡ認可の使用通知書およびそれらの取扱説明書も含み得る。
【００６１】
本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体に特異的な結合親和性を有する抗体または抗体断片は、原核生物または真核生物から単離、濃縮または精製することができる。当業者に既知の常法は、原核生物および真核生物の両方における抗体または抗体断片の産生を可能にする。ポリペプチド分子である抗体の精製、濃縮または単離は、上記による。
【００６２】
さらなる態様において、本発明は、（ａ）ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５Ｃ、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７Ｉ、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドと、試験物質とを接触させるステップと、（ｂ）前記ポリペプチドの活性を測定するステップと、および（ｃ）前記ポリペプチドの活性を調節する前記物質が何であるかを特定するステップとを含む、キナーゼ活性を調節する化合物を同定する方法に関連する。
【００６３】
さらに上記の方法を本発明の変異キナーゼポリペプチドに適用する場合、このような方法は、本発明のキナーゼ変異体の活性に対して化合物を試験するのにも適している。これらのキナーゼ変異体は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０を含むが、これらに限定されない。これらのキナーゼは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ。  ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１_Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ��ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む。
【００６４】
他の態様において、本発明は、（ａ）ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８���、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼポリペプチドを細胞内で発現させるステップと、（ｂ）前記細胞に試験物質を添加するステップと、および（ｃ）細胞表現形の変化、または前記ポリペプチドと天然の結合相手との相互作用をモニターするステップとを含む、細胞内でキナーゼ活性を調節する物質を同定するための方法を参照する。
【００６５】
あるいは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９＿Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含むキナーゼ変異体は、このような方法に使用され得る。
【００６６】
さらに別の態様において、本発明は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異体キナーゼの活性を調節する物質を、治療を必要とする患者に投与することによる、増殖性の病気または疾患の治療方法または予防方法を提供する。変異体キナーゼは、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３���、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５���Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む。いくつかの態様において、疾患は癌である。
【００６７】
他の態様において、増殖性の病気または疾患の治療方法または予防方法は、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される、このような病気または疾患と関連するキナーゼ変異体の活性を調節する物質を、治療を必要とする患者への投与を含む。これらのキナーゼは、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲ���  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む。
【００６８】
本発明は、本発明の変異キナーゼポリペプチドまたは相当する配列を含む、ヒト細胞を選別する方法も提供する。本方法は、本明細書において本発明の変異体キナーゼを同定するための方法（例えば、クローニング、サザンブロットまたはノーザンブロット解析、ｉｎ  Ｓｉｔｕ  ハイブリダイゼーション、ＰＣＲ増幅など）として記載されている、当該技術分野において常法かつ標準である技術を用いたヒト細胞における変異体ポリペプチドの同定に関連する。
【００６９】
したがって、さらなる態様において、本発明は病気または疾患の診断ツールとしての、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体をコードする核酸を検出する方法を包含する。本方法は、（a）サンプルと、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、（ｉ）ＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７���４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３��０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドの核酸標的領域、または、
（ｉｉ）ＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、ＲＥＴ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３���６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択されるキナーゼ変異体の核酸標的領域と、ハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップを含む。プローブは変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体、それらの断片をコードする核酸配列、または配列および断片の相補体を含む、および（ｂ）プローブの存在または量の検出：標的領域へのハイブリッドは疾患を示唆する。
【００７０】
本発明の特定の態様において、病気または疾患は、例えば、癌などの、増殖性の病気または疾患である。
【００７１】
特定の態様において、本発明の核酸プローブは、変異領域が含まれているという条件で、配列番号１‐２５６および５１３‐６４２に記載の、少なくとも６、１２、７５、９０、１０５、１２０、１５０、２００、２５０、３００または３５０の連続的なアミノ酸配列をコードするキナーゼ標的領域、対応する全長アミノ酸配列、またはそれらの機能的な派生物とハイブリダイズする。ハイブリダイゼーション条件は、他の核酸分子の存在下でキナーゼ遺伝子にのみハイブリダイゼーションが起こる条件でなければならない。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では、高度に相補的な核酸配列のみがハイブリダイズする。一般的にこのような条件は、連続的な２０のヌクレオチド中に１つ以上のミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを妨げる。
【００７２】
サンプル中の変異または変化したキナーゼ核酸の検出によって診断された疾患は、癌を含み得る。本発明の核酸プローブ法に適切な試験サンプルは、例えば、細胞または細胞の核酸抽出物、または生体の体液を含む。上記の方法に使用したサンプルは、アッセイフォーマット、検出方法およびアッセイされる組織、細胞または抽出物の性質に基づいて変動する。細胞の核酸抽出物を準備する方法は、当技術分野において既知であり、本方法の利用と共存できるサンプルを獲得する目的で、容易に適合できる。
【００７３】
上記の本発明の要約は制限するものではなく、および本発明の他の特徴および利点は、下記の発明の詳細な説明、および特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００７４】
本発明は、制限されない実施例およびそれに伴う図面と併せて考慮した場合に、発明の詳細な説明を参照してより理解されるだろう。
【００７５】
【図１】図１Ａは組織サンプルの起源およびそれらに由来する腫瘍細胞株の数を、図１Ｂは５つの皮膚由来の腫瘍細胞株の遺伝子変異のパターンを、および図１Ｃは、腫瘍細胞株のチロシンキナーゼトランスクリプトームの評価における体細胞性（塗りつぶしなし）または生殖系列（塗りつぶしあり）変化の数を、それぞれ示す。
【００７６】
【図２】図２は、腫瘍細胞株および対照サンプルで検出されたＦＧＦＲ４遺伝子の遺伝子変異を図示する。
【００７７】
【図３】図３Ａは、２７６の癌細胞株および対照サンプルのＴＫＴ中で同定された非同義多型の生殖系列の変化の比率を図示する（ＭＳ＝ミスセンス置換、ＮＳ＝ナンセンス置換、ＤＥＬ＝欠失、ＩＮＳ＝挿入）。図３Ｂは、同定された多型のドメイン局在を示す。図３Ｃは、生殖系列の変化の組織分布を図示する（ＢＬ＝膀胱；ＢＳ＝骨および軟組織；ＢＡ＝脳；ＢＥ＝乳房；ＣＶ＝頸部および外陰部；ＣＯ＝大腸；ＥＰ＝子宮内膜および胎盤；ＨＮ＝頭部および頸部；ＨＬ＝造血系およびリンパ系；ＫＩ＝腎臓；ＬＩ＝肝臓；ＬＵ＝肺；ＯＶ＝卵巣；ＰＡ＝膵臓；ＰＲ＝前立腺；ＳＫ＝皮膚；ＳＴ＝胃；ＴＥ＝精巣；ＴＹ＝甲状腺、ＮＯ＝正常対照サンプル)。
【００７８】
【図４】図４は、異なる腫瘍型および／または対照サンプルにおける多型の出現頻度の相違を図示する。  ホモ接合型（ＨＯ；塗りつぶしあり）および（Ａ）ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、（Ｂ）ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆおよび（Ｃ）ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨｘのヘテロ接合型（ＨＥ；塗りつぶしなし）のキャリアの頻度が測定された。少なくとも１０サンプルにおける、対応する遺伝子の発現を有する組織起源（略号については、図１の説明、上記を参照）のみが、この解析のために選択された。
【００７９】
【図５】図５は、２５４の腫瘍細胞株由来のすべての転写ＰＴＫ遺伝子中に同定された非同義体細胞変異の分布を示す。Ａは体細胞変異の比率である。ミスセンス（ＭＳ）またはナンセンス（ＮＳ）置換、欠失（ＤＥＬ）および挿入（ＩＮＳ）ならびに頻度カテゴリー（１、２‐５、６‐１０または１０以上の患者サンプル）への割り当てが示されている。Ｂは同定した変異のドメイン局在である。定義されたドメインまたは他のタンパク質領域における局在を意味する。Cは、弧発性変化の組織分布である。それぞれの体細胞変異について、組織分布（略号は図３の説明を参照）が測定され（図３５）およびここに文字列に関連した（ｔｅｘｔ−ｒｅｌａｔｅｄ）実施例のために表示する。組になっている数字は、変異の数および与えられた腫瘍型における発現陽性細胞株を意味する。新規の体細胞変異は太字で強調されている。
【００８０】
【図６】図６は、選択された遺伝子における既知のおよび新規の遺伝子変異の説明である。Ａは、ＳＹＫである。ドメイン構成および遺伝子変異の配置が表示されている。Bは、ＦＧＦＲ１‐４の配列比較である。ＦＧＦＲ１‐４における、通常のドメイン構成（中段）およびＩＧ‐Ｄ２とＩＧ‐Ｄ３-ドメイン（上段）とをつなぐリンカー領域の配列比較、ならびに細胞外膜近傍領域の一部（下段）が例示されている。選択細胞株において同定された遺伝子変異は、下段に例示されており、既知の配列変異体はドメイン構造のグラフ表示で上段に示されている。多型は下線部で示され、体細胞変異は強調されていない。丸カッコ内の数字は、影響を受けた無関係の細胞株の数を意味する。（ＳＨ２：Ｓｒｃホモロジー２ドメイン；ＴＫ：チロシンキナーゼドメイン；Ｓ：シグナルペプチド；ＴＭ：膜貫通ドメイン；ＩＧ：免疫グロブリン様ドメイン)。
【００８１】
【図７】図７は、リアルタイムＰＣＲで測定した、肝細胞癌（ＨＣＣ）患者（ｎ＝５７）中の、腫瘍対近傍の正常組織中における、ＦＧＦＲ４の過剰発現を示す。
【００８２】
【図８】図８は、図7で示した検出されたＦＧＦＲ４の過剰発現に対応するＣｔ値を示す。
【００８３】
【図９】図９は、一塩基多型Ｇ３８８ＲはＨＣＣ患者を含むアジア人に高度に現れていることを示す。
【００８４】
【図１０】図１０は、ＨＣＣ患者における肝細胞癌に対する診断マーカーである、癌胎児性タンパク質α‐フェトタンパク質（ＡＦＰ）レベルを図示する。ヘパトーマの患者においては、ＡＦＰレベルの増加の頻度は腫瘍量と相関する(ＨＣＣ患者の６０‐７０%がＡＦＰ亢進を示す)。図１０は、ホモ接合型３８８Ａｒｇ遺伝子型は腫瘍摘出箇所におけるＡＦＰ分泌の増加と相関することを示す。
【００８５】
【図１１】図１１は、５０および１００ｎｇ／ｍｌの特異的リガンドＦＧＦ１９を用いた、ＨＣＣ細胞株ＨｕＨ７におけるＦＧＦＲ４刺激によって引き起こされたＡＦＰ産生の増加を示す。
【００８６】
【図１２】図１２は、５０および１００ｎｇ／ｍｌの特異的リガンドＦＧＦ１９を用いた、ＨＣＣ細胞株ＨｅｐＧ２におけるＦＧＦＲ４刺激によって引き起こされたＡＦＰ産生の増加を示す。
【００８７】
【図１３】図１３は、ｓｉＲＮＡによるＦＧＦＲ４の遺伝子サイレンシングを図示する。Ａ＝対照ｓｉＲＮＡ、Ｂ＝ＦＧＦＲ４  ｓｉＲＮＡ。
【００８８】
【図１４】図１４は、ｓｉＲＮＡによるＦＧＦＲ４の遺伝子サイレンシング後の、ＨｕＨ７細胞におけるＡＦＰの産生を示す。
【００８９】
【図１５】図１５は、０、１、５および１０μMの市販の非選択的ＦＧＦＲ阻害剤ＰＤ１７３０７４への曝露後の、ＨｕＨ７細胞におけるＡＦＰ産生を示す。ＳＦ＝無血清である。
【００９０】
【図１６】図１６は、ＦＧＦＲ阻害剤ＰＤ１７３０７４に曝露されたＨｕＨ７の生存度を図示する。非常に強い非増殖性の効果が観測された。
【００９１】
【図１７】図１７は、ＴＥＣ変異体のチロシンリン酸化反応の減少を図示する。チロシンリン酸化反応の減少はＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１ＲおよびＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌで観測されたが、ＴＥＣ  Ｒ５６３Ｋでは観測されなかった（ＩＰ＝免疫沈降、ＩＢ＝免疫ブロット、α‐ＨＡ＝抗ヘマグルチニン抗体、α‐ＰＹ＝抗リン酸チロシン抗体）。
【００９２】
【図１８】図１８は、本発明者によって同定されたＴＥＣ-キナーゼの遺伝子変異を図示する（ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、およびＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ)。
【００９３】
【図１９】図１９は、ＭＡＰＫリン酸化反応の減少で示される、ＴＥＣ変異体のＭＡＰＫシグナリングの減少を示す。ＭＡＰＫ経路の活性化は、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、およびＰ５８７Ｌでは観測されなかった。
【００９４】
【図２０】図２０は、野生型ＴＥＣとＴＥＣ変異体とを比較するために行った、ｃ‐ｆｏｓ遺伝子レポーターアッセイ（ＨＥＫ２９３細胞、１８時間）を図示する。ＴＥＣキナーゼは、Ｂ細胞受容体誘導性ｃ‐ｆｏｓプロモーター活性に関与する（Ａｏｋｉ，N．等、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  ２００４  Ｍａｒ  １２；  ２７９（１１）：１０７６５‐１０７７５（２００４）、Ｅｐｕｂ  ２００３  Ｄｅｃ  １６）。野生型ＴＥＣおよびＴＥＣ  Ｒ５６３Ｋの過剰発現は、ルシフェラーゼ発現の増加を示したが、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８９ＬおよびＴＥＣ  ＫＭは示さなかった。
【００９５】
【図２１】図２１は、ＴＥＣ変異体の減少したＳｔａｔ３活性化を図示する。
【００９６】
【図２２】図２２は、ｍｙｃ‐ユビキチンおよび目的のＦｌａｇ‐タンパク質が形質移入されたＨｅｋ２９３の試験管内  ユビキチン化アッセイを示す。９８５番目のアミノ酸のセリンからアスパラギンへの交換は、タンパク質にユビキチン化に感受性の低い、高い安定性をもたらした。
【００９７】
【図２３】図２３は、ＨＥＫ２９３細胞内でのＴＹＫ２変異体の過剰発現を示す。
【００９８】
【図２４】図２４は、腫瘍細胞株、対照細胞株、および健常者由来の組織を図示する。評価において解析された腫瘍細胞株、正常細胞株、および健常者由来の組織の名前、起源、参照番号、および供給者／供給源が特定されている。関連する腫瘍細胞株は、括弧でくくられたアステリスクおよび同じ数字で示される（ＡＴＣＣ： Ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｍａｎａｓｓａｓ（ＶＡ）、ＵＳＡ；ＤＫＦＺ：  Ｔｕｍｏｒｂａｎｋ  Ｄｅｕｔｓｃｈｅｓ  Ｋ．ｒｅｂｓｆｏｒｓｃｈｕｎｇｓｚｅｎｔｒｕｍ、Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ；ＤＳＭＺ：Ｇｅｒｍａｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅｓ、Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ；  ＥＣＡＣＣ：  Ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅｓ、Ｐｏｒｔｏｎ  Ｄｏｗｎ、Ｓａｌｉｓｂｕｒｙ、ＵＫ)。
【００９９】
【図２５】図２５は、使用した原発性腫瘍サンプルをリストしている。５５の原発性腎臓癌、原発性前立腺癌および原発性乳癌サンプルの同定がリストされている。
【０１００】
【図２６】図２６は、ＰＣＲ増幅に使用したプライマーおよび、ＰＴＫ遺伝子の配列解析を示す。
【０１０１】
【図２７】図２７は、ＰＣＲ増幅に使用したプライマー、およびゲノムＤＮＡを鋳型として用いたＰＴＫ遺伝子断片の配列解析を示す。
【０１０２】
【図２８】図２８は、ＰＴＫ参照配列のＮＣＢＩ受入番号を意味する。配列比較の参照となるＮＣＢＩの受入番号(ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ)配列ファイルが記載されている。
【０１０３】
【図２９】図２９は、ｃＤＮＡサンプル中で同定された遺伝子変異を記載している。解析されたすべてのｃＤＮＡサンプルにおける配列の違いを示す。先行文献に記載の変化は規定されている。ホモ接合性（ＨＯ）またはヘテロ接合性（ＨＥ）を示す。
【０１０４】
【図３０】図３０は、ＰＴＫ遺伝子の転写産物における体細胞性および生殖系列の変化に関する、それぞれの腫瘍および対照細胞株の評価を示す。体細胞変異は下線で示す。
【０１０５】
【図３１】図３１は、２７６の腫瘍細胞株および対照サンプルの転写産物において同定された体細胞性および生殖系列の変化に関するＰＴＫ遺伝子の評価を図示する。それぞれのチロシンキナーゼ遺伝子に対して、同定された遺伝子変異のスペクトル、および対応する影響を受けた腫瘍細胞株または対照サンプルのパターンが示されている。受容体および非受容体チロシンキナーゼ遺伝子は、サブファミリーへの分類を反映し、癌細胞株は組織起源によって細分される。所定の配列変異体を有するサンプル数の全体を意味する。ヘテロ接合型は、シャープ（＃：ｈａｓｈ）で示される。
【０１０６】
【図３２】図３２は、同定された体細胞の変化の、アミノ酸配列(「タンパク質」)および核酸配列(「ｎｔ」)の両方の配列番号を記載している。
【０１０７】
【図３３】図３３は、同定された生殖系列の変化の、アミノ酸配列(「タンパク質」)および核酸配列(「ｎｔ」)の両方の配列番号を記載している。
【０１０８】
【図３４】図３４は、フレームシフト変化および挿入を特定する。詳細なアミノ酸配列の情報は、選択したフレームシフト（ｆｓ）変化および挿入を提供する。  配列変化の用語は、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  変化ｏｃｉｅｔｙ（ＨＧＶＳ；Ｋｏｎｇ‐Ｂｅｌｔｒａｎ，M等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，６６：２８３‐２８９（２００６））の提案に基づく。
【０１０９】
【図３５】図３５は、同定された多型のドメイン局在および組織分布を図示する（Ｉｇ様ドメインの略語：［Ａ］＝Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌｉｎｓ４８；［Ｂ］＝Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ  (Ｂｏｕｎａｃｅｒ等、２００２、上記を参照)＊)。
【０１１０】
【図３６】図３６は、原発性腫瘍サンプルから解析された遺伝子変異を示す。
【０１１１】
【図３７】図３７は、同定された体細胞変異のドメイン局在および組織分布を図示する。
【０１１２】
【図３８】図３８は、２５４の腫瘍細胞株由来の転写されたＰＴＫ遺伝子中の体細胞変異の絶対数を図示する。
【０１１３】
【図３９】図３９は、転写されたＰＴＫ遺伝子の規準化した変異頻度を図示する。２５４の腫瘍細胞株間の発現状態に関して規準化した体細胞変異の頻度は、それぞれのＰＴＫ遺伝子へ提供され、かつ１ＭｂのｃＤＮＡあたりの変異の数として示した。
【０１１４】
［発明の詳細な説明］
本発明は、変化したキナーゼポリペプチド、このようなポリペプチドをコードする核酸、このような核酸を含む細胞、このようなポリペプチドに対する抗体、このようなポリペプチドを利用するアッセイ、および上記に関連した方法に関連する。本発明は、ヒト悪性腫瘍に関与する変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体の同定に基づく。本発明のポリペプチドおよび核酸は、所定の配列が本明細書中に示される場合、既知の、および標準的な合成技術を用いて産生し得る。
【０１１５】
本明細書中で用いられる用語「核酸分子」は、一本鎖、二本鎖またはそれらの組み合わせなどのすべての可能な形態における任意の核酸を参照する。核酸は、例えばＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、核酸アナログまたは核酸化学を用いて産生されたＤＮＡまたはＲＮＡのアナログ、ロックド核酸分子（ＬＮＡ）、タンパク質核酸分子（ＰＮＡ）およびｔｅｃｔｏ−ＲＮＡ分子（例えば、Ｌｉｕ，Ｂ．等、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２６，４０７６−４０７７（２００４））を含む。ＬＮＡは、Ｃ４’とＯ２’間にメチレン架橋を有する、改変したＲＮＡ骨格を有し、それぞれの分子により高い二本鎖安定性およびヌクレアーゼ耐性を提供する。ＤＮＡまたはＲＮＡは、ゲノムまたは合成物起源であり得る。それぞれの核酸は、さらに非天然型核酸アナログ含み得、および／またはアフィニティータグまたはラベルと連結し得る。
【０１１６】
多くの核酸アナログが既知であり、かつ本発明の方法における核酸に使用することができる。ヌクレオチドアナログは、例えば塩基、糖、またはリン酸部分に修飾を含むヌクレオチドである。実施例で例示するように、ｓｉＲＮＡの２’‐ＯＨ残基の、２’Ｆ、２’ＯＭｅまたは２’Ｈ残基への置換は、それぞれのＲＮＡの生体内での安定性を改善することが知られている。塩基部分の修飾は、Ａ、Ｃ、Ｇ、およびＴ／Ｕの天然型および合成による修飾、ウラシル−５−イル、ヒポキサンチン−９−イル、および２−アミノアデニン−９−イルなどの異なるプリンまたはピリミジン塩基、ならびに非プリンまたは非ピリミジンヌクレオチド塩基を含む。他の核酸アナログは一般的な塩基として振る舞う。一般的な塩基は、３−ニトロピロールおよび５−ニトロインドールを含む。一般的な塩基は、任意の他の塩基と塩基対を形成することができる。塩基修飾は、例えば二本鎖安定性の増加などの特有の性質を達成するために、例えば２’−Ｏ−メトキシエチルなどの糖修飾と、しばしば組み合わせることができる。
【０１１７】
Ｉ．本発明の核酸
上記で述べたように、本発明は変異体タンパク質キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子にも関連する。いくつかの態様において、変異体タンパク質キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０のうちの一つである。これらの変異体キナーゼは、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、��ＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ��ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの１つ以上の変異を含む。
【０１１８】
他の態様において、本発明は、タンパク質キナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、タンパク質キナーゼポリペプチド変異体はＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０のうちの一つであり、およびＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１_Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ  およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つ生殖系列の変化を含む。
【０１１９】
本発明の特定の態様において、核酸分子は単離、濃縮または精製され得る。前記核酸分子にコードされる変異キナーゼポリペプチドは、配列番号１‐２５６、５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のアミノ酸配列を含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなることができる。変異または変異領域が保持されている限り、配列番号１‐２５６、５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載の、前記アミノ酸配列の変異キナーゼポリペプチド断片をコードする核酸も含む。いくつかの態様において、これらの断片は、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも３０または少なくとも３５アミノ酸長である。
【０１２０】
核酸に関連した「単離」とは、天然物から単離されたまたは合成されたＤＮＡおよびＲＮＡを含む、互いに接合したヌクレオチドのポリマーを意味する。本発明の単離された核酸は、自然界には純粋または分離状態では存在しない。用語「単離された」の使用は、自然発生的な配列が正常な細胞性（すなわち、染色体性）環境から除去されることを意味する。したがって、配列は、無細胞溶液内に存在し得、または異なる細胞環境に置かれ得る。この用語は、配列が存在するヌクレオチド鎖のみであることを意味しないが、基本的に自然界で核酸と関連する非ヌクレオチド物質がない状態（少なくとも純度約９０−９５%）であるため、単離された染色体とは区別される。
【０１２１】
核酸に関連した用語「濃縮された」の使用は、特異的なＤＮＡまたはＲＮＡ配列が、正常または疾患細胞、もしくは配列が取得された細胞内より顕著に高い（２−５倍）細胞内または目的の溶液に存在する全体ＤＮＡまたはＲＮＡ画分を構成することを意味する。これは、存在する他のＤＮＡまたはＲＮＡを減らすこと、または特異的なＤＮＡまたはＲＮＡ配列の量を増やすこと、もしくはこれらの組み合わせによって達成することができる。しかしながら、濃縮することは他のＤＮＡまたはＲＮＡ配列が存在しないことを意味せず、目的の配列の相対量が顕著に増加することを単に定義していることに留意されたい。
【０１２２】
用語「顕著な」は、増加のレベルがこのような増加をもたらす個人にとって有益であること、かおよび一般的には少なくとも約２倍、少なくとも約５〜約１０倍またはそれ以上のような、他の核酸との相対的な増加を意味するのに用いられる。この用語は、他の供給源由来のＤＮＡまたはＲＮＡの存在がないことも意味しない。説明に役立つ実例としては、ＤＮＡの別の供給源は、例えば、酵母または細菌ゲノム、もしくはクローニングベクターを含む。この用語は、あるｍＲＮＡのレベルが他のｍＲＮＡ種と比較して自然発生的に増加し得る、ウイルス感染、または腫瘍型成長などの自然発生的な事象を区別する。つまり、この用語は、所望の核酸の比率の増加を干渉される状態のみにおよぶことを意味する。
【０１２３】
核酸配列が精製された形態で存在することは、いくつかの目的において有利である。核酸に関連した用語「精製した」は、（均一な調製などの）絶対純度を必要としない。代わりに、この用語は配列が自然環境より比較的純度が高い（自然状態レベルと比較して、このレベルは、例えば、ｍｇ／ｍｌ単位で少なくとも２−５倍以上でなければならない）指標を表す。ｃＤＮＡライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動的な均一性で精製し得る。これらのクローンより得られた特許請求の範囲のＤＮＡ分子は、全体ＤＮまたは全体ＲＮＡより直接得ることができる。ｃＤＮＡクローンは自然発生的なものではなく、むしろ一般的には部分的に精製した自然発生物（メッセンジャーＲＮＡ）の処置を経て得られる。ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築は、合成物質（ｃＤＮＡ）の創製に関連し、かつ純粋な個々のｃＤＮＡクローンは、ｃＤＮＡライブラリーを有する細胞のクローン選択によって、合成ライブラリーから単離することができる。したがって、ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリーの構築、および特有のｃＤＮＡクローンの単離を含むプロセスは、およそ１０６倍精製した天然メッセンジャーをもたらす。したがって、１０２または１０３倍を含む、さらに１０４または１０５倍を含む、少なくとも１０倍の精製が、明確に意図される。
【０１２４】
本明細書中で用いられる「変異キナーゼポリペプチド」は、体細胞変異を含むタンパク質キナーゼポリペプチドを意味する。このような変異は、１つ以上のアミノ酸の欠失、挿入または置換であり得る。いくつかの態様において、この用語は、所望の変異が前記アミノ酸配列に含まれているという条件で、配列番号１−２５６に記載のアミノ酸配列、または対応する全長アミノ酸配列の、少なくとも約５０、約１００、約２００、または約３００アミノ酸の連続的な配列を参照する。変異が、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸配列において未熟な終止コドンを導く場合、配列は５０アミノ酸より短くあり得る。すなわち、それぞれの遺伝子の完全コード配列、または全長核酸配列の任意の部分、ポリペプチドの変異が保持されている限り、キナーゼポリペプチドは全長核酸配列によってコードされることができる。
【０１２５】
アミノ酸配列は、配列番号１−２５６に示す配列と、またはそれらの断片と実質的に類似するであろう。配列番号１−２５６の配列またはそれらの断片のうちのいずれか一つと実質的に類似する配列は、いくつかの態様において、所望の変異が保持されているという条件で、配列番号１−２５６の配列と、少なくとも約８０、例えば少なくとも約９０％同一である（いくつかの態様において、少なくとも約９５%または９９−１００%）。
【０１２６】
用語「キナーゼ変異体」または「タンパク質キナーゼポリペプチド変異体」は、生殖系列の変化を含むキナーゼポリペプチドに関連する。このような変化は１つ以上のアミノ酸の欠失、挿入または置換であり得、かつ一塩基多型（ＳＮＰｓ）を含み得る。このような変化それ自身が、病気によるものでなくとも、例えば、ヒト悪性腫瘍などの増殖性の疾患および病気の、性質、発生および進行に関与し得る本発明に関連する、いくつかの態様における用語「キナーゼ変異体」は、前記変化は前記アミノ酸配列に含まれているという条件で、配列番号５１３‐６４２に記載のアミノ酸配列、または対応する全長アミノ酸配列の、少なくとも約５０、約１００、約２００、または約３００アミノ酸の連続的な配列を参照する。変異が、変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸配列において未熟な終止コドンを導く場合、配列は５０アミノ酸より短くあり得る。すなわち、それぞれの遺伝子の完全コード配列、または全長核酸配列の任意の部分、ポリペプチドの変異が保持されている限り、キナーゼポリペプチドは全長核酸配列によってコードされることができる。
【０１２７】
アミノ酸配列は、配列番号５１３‐６４２に示す配列と、またはそれらの断片と実質的に類似するであろう。配列番号５１３‐６４２の配列またはそれらの断片のうちのいずれか一つと実質的に類似する配列は、いくつかの態様において、所望の変異が保持されているという条件で、配列番号５１３‐６４２の配列と、少なくとも約８０、例えば少なくとも約９０％同一である（いくつかの態様において、少なくとも約９５%または９９−１００%）。
【０１２８】
「同一性」は、類似度または関連性を測定する配列の特性を意味する。同一性は、同じ残基数を全体の残基数およびギャップ数で割った後、１００を掛けることで測定される。
【０１２９】
「ギャップ」とは、アミノ酸の付加または欠失の結果できた配列比較中の間隙である。したがって、まったく同じ配列の２つのコピーは１００%の同一性を有するが、あまり高度に保存されていない、および欠失、付加、または置換を有する配列は、低度の同一性を有し得る。当業者は、例えば、Ｂｌａｓｔ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等(１９９７)Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２）、Ｂｌａｓｔ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３‐４１０）、およびＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ（Ｓｍｉｔｈ等（１９８１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１４７：１９５‐１９７）などのいくつかのコンピュータープログラムが、標準パラメータを用いて配列同一性の決定に利用できることを認識するだろう。
【０１３０】
核酸またはポリペプチドに関連する用語「変異」または「変異体」は、自然発生的な核酸またはポリペプチドと比較して、１つ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸の置換、欠失、または挿入をそれぞれ参照する。
【０１３１】
核酸またはポリペプチドに関連する用語「変化した」または「変異体」は、それぞれの核酸またはポリペプチドの優性型と比較して、１つ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸のそれぞれの多型、すなわち、置換、欠失、または挿入を参照する。
【０１３２】
上記核酸分子に実質上相補的な核酸分子も、本発明に包含される。本明細書中で用いられる「実質上相補的な」とは、所定の核酸分子が別の核酸と少なくとも９０、少なくとも９５、または９９または１００％相補的であるという事実を参照する。用語「相補的な」または「相補体」は、互いに好ましい複合的な相互作用を形成することができる、２つのヌクレオチドを参照する。このような好ましい相互作用は、ワトソン−クリック（Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ）塩基対を含む。もし第一の配列のすべてのヌクレオチドが第二の配列のすべてのヌクレオチドと相補的であるなら、核酸配列は別の核酸配列の相補体である。
【０１３３】
本発明による核酸は、ｃＤＮＡクローニング、サブトラクティブハイブリダイゼーションまたは当業者に既知の他の定法により、天然物より単離され得る。天然物は任意の生体であり得る。説明に役立つ実例としては、核酸は哺乳動物供給源より単離され得る。例えば、ヒト起源であり得る。  天然物は、血液、精液、または組織を含むことができる。
【０１３４】
用語「哺乳動物」は、例えば、マウス、ラット、ウサギ、モルモット、ヒツジ、およびヤギ、ネコ、イヌ、サル、類人猿、およびヒトなどの種の、任意の哺乳動物を参照する。
【０１３５】
本発明の核酸は合成されうるが、これはトリエステル法による合成、または自動ＤＮＡ合成器を用いることを意味する。
【０１３６】
変異体キナーゼポリペプチドをコードする本発明の上記核酸分子は、さらに宿主細胞内での転写開始に効果的なベクターまたはプロモーターを含み得る。組換え核酸はあるいは、細胞内で機能的な転写開始領域、キナーゼポリペプチドをコードするＲＮＡ配列に相補的な配列、および細胞内で機能的な転写終結領域を含むことができる。特異的なベクターおよび宿主細胞の組み合わせは、本明細書中に述べられている。したがって本発明は、細胞または生体などの組換え起源の核酸も包含する。
【０１３７】
用語「ベクター」は、細胞内に形質移入し、かつその中で、または細胞ゲノムとは独立して複製することができる、一本鎖または二本鎖環状核酸分子に関連する。環状二本鎖核酸分子は切断、かつその結果制限酵素による処理で直線化することができる。核酸ベクター、制限酵素、および制限酵素による核酸配列の切断の知識の分類は、当業者に容易に利用される。キナーゼをコードする核酸分子は、ベクターを制限酵素で切断した後、２つの部分をライゲーションすることで、ベクター内に挿入することができる。
【０１３８】
本明細書中で用いられる用語「プロモーター」は、遺伝子配列の発現に必要な核酸配列を参照する。プロモーター領域は生体から生体で変化するが、異なる生体について当業者には既知である。例えば、原核生物においては、プロモーター領域は、プロモーター（ＲＮＡ転写の開始を命令する）およびＲＮＡに転写された場合、合成開始をシグナルするＤＮＡ配列の両方を含む。このような領域は、通常はＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列のなどような転写および翻訳の開始に関連する５’−ノンコーディング配列を含む。
【０１３９】
本発明による核酸は、配列番号２５７‐５１２に記載の核酸配列のいずれか一つを含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなることができる。あるいは本発明の核酸は、配列番号６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７３７、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１に記載の核酸配列のいずれか一つを含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなることができる
【０１４０】
本明細書中に述べる、単離された核酸分子と機能的な等価物は、本発明の範囲に含まれる。遺伝暗号の縮重は、同じアミノ酸を特定し、かつそれによって同じタンパク質を生じさせる他のコドンによって、特定のコドンの置換を可能にする。メチオニンおよびトリプトファンを除いて、既知のアミノ酸は、一つ以上のコドンによってコードされることができるため、核酸配列は実質上変化することができる。したがって、本発明のキナーゼ遺伝子の部分または全部は、配列番号２５７‐５１２、６４３‐６４６、６４９、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７３７、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１に示すものと顕著に違う核酸配列を生み出すように合成することができる。コードされたアミノ酸配列自体は、しかしながら、保存される。
【０１４１】
さらに、核酸配列は、配列番号２５７‐５１２、６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１−７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７３７、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１に示す核酸製剤またはその派生物の、５’末端および／または３’末端の少なくとも一つのヌクレオチドの付加、欠失または置換の結果である核酸配列を含み得る。任意のヌクレオチドまたはポリヌクレオチドはこの点において使用され得、付加、欠失または置換は核酸配列にコードされる配列番号１‐２５６、５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１のアミノ酸配列を変化させない。例えば本発明は、本発明の核酸配列またはその派生物の５’末端における開始コドンとしてのＡＴＧの付加、または本発明の核酸配列またはその派生物の３’末端における終止コドンとしてのＴＴＡ、ＴＡＧまたＴＧＡの付加による任意の核酸配列を含むことを目的としている。さらに本発明の核酸分子は、必要ならば、５’末端および／または３’末端に付加された制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有する。
【０１４２】
このような所定の核酸配列の機能的な変化は、外来の核酸配列が融合している非相同的なタンパク質の分泌および／またはプロセシングを促進する機会を与える。本発明のキナーゼ遺伝子の核酸配列、およびそれらの断片のすべての変化は、遺伝暗号によって可能になり、よって本発明に含まれる。
【０１４３】
さらに、構造的に改変したポリペプチドを産生するために、コドンの削除または１つ以上のコドンを縮重コドン以外のコドンに置換することができるが、改変しない核酸分子によって産生されたポリペプチドと実質上同じ有用性または活性を有する。当技術分野で認識されているように、核酸分子間の違いが遺伝暗号の縮重に関係していなくとも、産生を生じさせる２つの核酸分子として、２つのポリペプチドは機能的に等価である。
【０１４４】
II．核酸プローブ、方法、および変異体キナーゼの検出のためのキット
本発明の核酸分子は、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の同定およびクローニングを容易にするためのハイブリダイゼーションプローブの設計、変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体のクローニングを容易にするためのＰＣＲプローブの設計、変異キナーゼポリペプチドおよびキナーゼ変異体に対する抗体の獲得、ならびにアンチセンスオリゴヌクレオチドの設計にも有用である。
【０１４５】
したがって本発明は、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子を検出するための核酸プローブも対象とする。
【０１４６】
変異キナーゼポリペプチドはいくつかの態様においてＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され得、およびＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ��ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含み得る。
【０１４７】
本発明の核酸プローブは、配列番号２５７‐５１２のいずれかに記載の、またはこれらと機能的に等価の標的領域にハイブリダイズする核酸配列を含むか、これらを基本的に含むか、またはこれらからなることができる。本発明の核酸プローブの標的領域は、図３２で表される変異または変異領域を含むように、結合する。
【０１４８】
他の態様において、核酸プローブはＡＡＴＹＫ  （ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群より選択されるキナーゼ変異体の検出に適切たり得、ならびにＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２＿Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ  およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含み得る。
【０１４９】
キナーゼ「標的領域」は、前記ヌクレオチド塩基配列が上記の変異または変化のいずれか一つを含む限り、核酸プローブが特異的にハイブリダイズする、配列番号２５７‐５１２、６４３‐６４６、６４９、６５４‐６５５、６５７‐６５８、６６３、６６７‐６６８、６７３、６７７‐６８０、６９２、７０１‐７０３、７１３‐７１７、７１９‐７２１、７２８、７３０‐７３１、７３７、７４６、７５０‐７５１、７５３‐７５４、７５６、７６０、７６２‐７６４、７６７、および７７０‐７７１に記載のヌクレオチド塩基配列、または対応する全長配列配列、それらの機能的な派生物、またはそれらの断片である。特異的なハイブリダイゼーションは、他の核酸プローブの存在下で、本発明の変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体の標的領域にのみ検出可能にハイブリダイズすることを意味する。
【０１５０】
本発明の核酸プローブは、本発明の核酸分子の存在を検出するための、通常のハイブリダイゼーション法によるサンプルまたは染色体性／ｃＤＮＡライブラリーのプロービングに使用し得る。染色体性ＤＮＡまたはｃＤＮＡライブラリーは、当該分野で確立した方法に従って適切な細胞から用意することができる。
【０１５１】
目的のポリペプチドの変化したアミノ酸配列の部分に相当する核酸配列を有する核酸プローブを獲得するために、化学合成を実施することができる。合成された核酸プローブは、基本的に本発明のプローブを獲得するために適切な鋳型を利用する標準ＰＣＲプロトコールに従って、広く認められているＰＣＲ技術に従って実施される、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）におけるプライマーとして最初に用いられる。
【０１５２】
当業者は、当該技術分野で既知のコンピューターによる整列化および配列解析の方法を用いて、本明細書に開示される配列に基づき、このようなプローブを容易に設計することができる。本発明のハイブリダイゼーションプローブは、放射標識、酵素標識、蛍光標識、ビオチン−アビジン標識、化学発光などの標準標識化技術によって、標識することができる。ハイブリダイゼーション後、プローブは既知の方法を用いて視覚化し得る。
【０１５３】
本発明の核酸プローブはＲＮＡ、およびＤＮＡプローブを含み、このようなプローブは当該技術分野で既知の技術を用いて産生される。核酸プローブは、固体の支持体上に固定され得る。このような固体の支持体の例としては、ポリカーボネートなどのプラスチック、アガロースおよびセファロースなどの複合糖質、およびポリアクリルアミドおよびラテックスビーズなどのアクリル樹脂を含むが、これらに限定されない。固体の支持体に核酸プローブをカップリングさせる技術は、当該技術分野で既知である。
【０１５４】
本発明の核酸プローブ法に適切な試験サンプルは、例えば、細胞または細胞の核酸抽出物、もしくは生体液を含む。上記の方法に用いられるサンプルはアッセイフォーマット、検出方法およびアッセイされる組織、細胞または抽出物の性質に基づいて変動する。細胞の核酸抽出物を調製する方法は当技術分野において既知であり、かつ本方法の利用に適合するサンプルを獲得するために容易に適合させることができる。
【０１５５】
サンプル中の本発明の核酸の存在を検出する一つの方法は、（ａ）ハイブリダイゼーションが起こる条件下で、前記サンプルと上記の核酸プローブとを接触させるステップと、および（ｂ）前記核酸分子に結合した前記プローブの存在の検出するステップ、とを含む。当業者は上記のように、当該技術分野で既知の技術に従って核酸プローブを選択する。試験されるサンプルは、ヒト組織のＲＮＡサンプルを含むが、これに限定されない。
【０１５６】
上記の方法は、サンプル中の本発明の核酸の存在を同時に検出するために、本発明の一連の核酸プローブも利用し得る。このような方法は、患者における増殖性の疾患または病気の診断に対して有用であり得、かつ高い予測精度での癌のリスク予測および／または適切な治療の選択にも有用であり得る。
【０１５７】
本発明のこのような方法に利用される一連の核酸プローブは、検出した条件を考慮して選択し得、かつ、癌の性質、発生および進行において、本発明に関係する、配列番号２５７−５１２および６４３−７７２に記載の核酸配列を含む、すべてのまたは任意のサブセットの核酸分子に対する核酸プローブを含み得る。このようなサブセットは、少なくとも２、例えば、少なくとも５、７、１０、１２、１６、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１５０、２００、２５０、３００、３５０、または例えば、上記配列のすべてなどの他の数を、含み得る。
【０１５８】
上記の方法において、１つ以上の核酸プローブは固体の支持体上に結合または固定される。前記固体の支持体は、例えば、ＤＮＡマイクロチップなどのチップであり得る。
【０１５９】
サンプル中の本発明の核酸の存在を検出するためのキットは、上記の核酸プローブを中に配置する少なくとも一つの収納方法を含む。キットはさらに、洗浄試薬および結合した核酸プローブの存在を検出することが可能な試薬の１つ以上を含む、他の容器を含み得る。検出試薬の例は、放射標識プローブ、酵素標識プローブ（セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ）、およびアフィニティーラベル化プローブ（ビオチン−アビジン、またはストレプトアビジン）を含むが、これらに限定されない。
【０１６０】
詳細には、区分化されたキットは、試薬が個々の容器内に含まれた任意のキットを含む。このような容器は、小さなガラス容器、プラスチック容器、もしくはプラスチックまたは紙のストリップを含む。このような容器はある区画から別の区画への効率的な試薬の移動を可能にするため、サンプルおよび試薬は相互汚染されず、および各容器試薬または溶液は、ある区画から別の区画へと定量的な方法で加えることができる。このような容器は試験サンプルを受け入れる容器を含み、容器はアッセイで使用するプローブまたはプライマーを含み、洗浄試薬（リン酸緩衝食塩水、トリス緩衝液など）を含む容器と、およびハイブリダイズしたプローブ、結合した抗体、増幅産物等を検出するために使用する試薬を含む容器とを含む。当業者は、本発明で述べた核酸プローブが、当該技術分野で既知の確立したキットのフォーマットのうちの一つに容易に取り込ませることができることを容易に認識する。
【０１６１】
III．本発明の核酸分子を含むＤＮＡ構築物およびこれらの構築物を含む細胞。
本発明はさらに、上記で詳細に説明された本発明による核酸分子を含む組換え細胞または組織について述べる。
【０１６２】
このような細胞において、核酸はゲノム調節エレメントの支配下であり得、または非相同的なプロモーターを含む非相同的な調節エレメントの支配下であり得る。
【０１６３】
用語「非相同的な」は、異なる供給源由来の二以上の核酸またはタンパク質配列間の関連性を参照する。例えば、もしこのような組み合わせが通常自然界で見つからない場合、プロモーターは転写可能なポリヌクレオチド配列に関して非相同的である。さらに、例えば、宿主細胞、組織、または種によって通常は発現しない組換えタンパク質などの、特有の配列がタンパク質をコードするまたはタンパク質内に含まれるという点において、特有の配列は、細胞または生体に関して「非相同的」であり得る。従って、このような非相同的なタンパク質は、通常はそれぞれの宿主細胞、組織、または種に挿入され、または挿入されている。従って、非相同的なプロモーターは、通常は、生体内でキナーゼポリペプチドのコード配列に転写的に結合していない。
【０１６４】
従って本発明は、５’〜３’、宿主細胞内で効果的に転写を開始するためのプロモーターおよび上記の核酸分子を含む組換えＤＮＡ分子にも関連する。さらに本発明は、ベクターおよび上記の核酸分子を含む組換えＤＮＡ分子に関連する。本発明は、細胞内で機能的な転写領域、上記のポリペプチドに対応するアミノ酸配列をコードするＲＮＡ配列に相補的な配列、および前記細胞内で機能的な転写終結領域を含む核酸分子にも関連する。上記の分子は、単離されたおよび／または精製したＤＮＡ分子であり得る。
【０１６５】
本発明はさらに、上記の核酸分子、およびそれによってポリペプチドを発現することができる細胞または生体に関連する。ポリペプチドは、ポリペプチドを発現するように変化した細胞より精製し得る。遺伝子処置を通して、細胞が、通常は産生しないまたは細胞が通常は低いレベルで産生するタンパク質を産生するように作成される場合、細胞は「所望のポリペプチドを発現するように変化した」と考えられる。当業者は、ゲノム、ｃＤＮＡ、または合成配列のいずれかを、真核生物または原核生物細胞のいずれかにおいて導入および発現する製法を容易に適合することができる。
【０１６６】
核酸分子が転写および翻訳の制御情報を含む核酸配列を含み、およびこのような配列がポリペプチドをコードする核酸配列と「作動可能なように連結する」ならば、ＤＮＡなどの核酸分子は、ポリペプチドを「発現することができる」と考えられる。作動可能な連結は、遺伝子配列の発現を可能にするために、制御ＤＮＡ配列および発現させようとするＤＮＡ配列をそのような方法で結合させるという連結である。遺伝子配列の発現に必要な制御領域の正確な性質は、生体から生体へと変化し得るが、プロモーター領域は通常、原核生物において、プロモーター（ＲＮＡ転写の開始を指示する）およびＲＮＡに転写された場合、合成開始のシグナルを送るＤＮＡ配列の両方を必ず含む。このような領域は通常、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列等のような転写および翻訳の開始に関連する、５’−ノンコーディング配列を含む。
【０１６７】
所望であれば、３’ノンコーディング領域から本発明の変異体キナーゼをコードする配列は、上記の方法で獲得し得る。この領域は、終結およびポリアデニル化などの、自身の転写終結制御配列によって保持され得る。したがって、本発明のキナーゼをコードするＤＮＡ配列に自然に連続的な３’−領域を保持することによって、転写終結シグナルが提供される。転写終結シグナルが発現宿主細胞において満足に機能的でない場合、宿主細胞において機能的な３’領域に置換し得る。
【０１６８】
もし、２つのＤＮＡ配列間の連結の性質が、（１）フレームシフト変異の導入の結果、（２）本発明のキナーゼをコードする遺伝子配列の転写を指示するプロモーター領域配列の能力に干渉する、または（３）プロモーター領域配列によって転写される本発明のキナーゼの遺伝子配列の能力に干渉するのでないならば、２つのＤＮＡ配列（プロモーター領域配列および本発明の変異体キナーゼをコードする配列など）が作動可能なように連結すると考えられる
【０１６９】
したがって、もしプロモーターがＤＮＡ配列の効果的な転写を可能にするならば、プロモーター領域はこのようなＤＮＡ配列に作動可能なように連結する。したがって、本発明の変異体キナーゼをコードする遺伝子を発現させるためには、適切な宿主において認識されている転写および翻訳シグナルが必要である。
【０１７０】
本発明は、原核生物細胞または真核生物細胞のいずれかにおける、本発明キナーゼをコードする遺伝子の発現（またはそれらの機能的な派生物）を包含する。原核生物の宿主は、一般的に、組換えタンパク質の産生に大変効率的かつ利便的であるため、本発明の変異体キナーゼの発現系の一つの型である。最も頻度の高い原核生物は、種々の大腸菌株によって代表される。しかしながら、他の細菌株を含む他の微生物株も使用し得る。
【０１７１】
原核生物系においては、宿主に適合する種由来の複製部位および制御配列を含むプラスミドベクターが使用し得る。適切なプラスミドベクターの例としては、ｐＢＲ３２２、ｐＵＣ１１８、ｐＵＣ１１９などを含み得る；適切なファージまたはバクテリオファージベクターは、γｇｔ１０、γｇｔ１１などを含み得る；および適切なウイルスベクターは、ｐＭＡＭ−ｎｅｏ、ｐＫＲＣなどを含み得る。いくつかの態様において、選択された本発明のベクターは、選択された宿主細胞において複製する能力を有する。
【０１７２】
広く認められている原核生物宿主は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、桿菌ストレプトマイセス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）などの細菌を含む。しかしながら、このような条件下では、ポリペプチドはグリコシル化されない。原核生物宿主は、発現プラスミド中のレプリコンおよび制御配列に適用しなければならない。
【０１７３】
本発明のキナーゼ（またはそれらの機能的な派生物）を原核生物細胞内で発現させるために、本発明のキナーゼをコードする配列を機能的な原核生物プロモーターに作動可能なように連結する必要がある。このようなプロモーターは、恒常的または制御可能（すなわち、誘導性または抑制可能）のいずれかであり得る。恒常的プロモーターの例としては、バクテリオファージλのｉｎｔプロモーター、ｐＢＲ３２２のβ-ラクタマーゼ遺伝子配列のｂｌａプロモーター、およびｐＰＲ３２５のクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子配列のｃａｌプロモーター等を含む。誘導性原核生物プロモーターの例としては、バクテリオファージλの主要右および左プロモーター(ＰＬおよびPＲ)、大腸菌のｔｒｐ、ｒｅｃＡ、λａｃＺ、λａｃｌ、およびｇａｌプロモーター、α-アミラーゼ（Ｕｌｍａｎｅｎ等、Ｊ．Ｂａｃｔｃｒｉｏｌ．  １６２：１７６−１８２、１９８５）および枯草菌ζ−２８特異的プロモーター（Ｇｉｌｍａｎ等、Ｇｅｎｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ３２：１１−２０，１９８４）および桿菌のバクテリオファージのプロモーター、およびストレプトマイセスプロモーター（Ｗａｒｄ等、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅt．  ２０３：４６８−４７８、１９８６）を含む。原核生物プロモーターは、Ｇｌｉｃｋ（Ｉｎｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔ．  １：２７７−２８２、１９８７）、Ｃｅｎａｔｉｅｍｐｏ（Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ  ６８：５０５−５１６、１９８６）、およびＧｏｔｔｅｓｍａｎ（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．  １８：４１５−４４２、１９８４）に概説されている。
【０１７４】
原核生物の細胞における適切な発現は、遺伝子配列をコードする配列の上流にリボソーム結合部位の存在も必要とする。このようなリボソーム結合部位は、例えば、Ｇｏｌｄ等（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ３５：３６５−４０４，１９８１）によって述べられている。制御配列、発現ベクター、形質転換の方法などの選択は、遺伝子を発現するのに用いられる宿主細胞の型に依存する。本明細書において、「細胞」、「細胞株」、および「細胞培養」は、交互に用いられ得、およびこのような用語は子孫を含む。したがって、用語「形質転換物」または「形質転換された細胞」は、移行の回数を問わず、初代の対象細胞およびこれに由来する初代の対象培養物を含む。すべての子孫は、意図的なまたは意図的でない変異に起因してＤＮＡの中身において正確に同一ではないと理解されている。しかしながら、定義されているように、変異体の子孫は最初に形質転換された細胞と同じ機能性を有する。
【０１７５】
本発明の発現系で用いられる宿主細胞は、厳密に制限されておらず、目的のキナーゼポリペプチドの発現に用いられるのに適切なものが提供される。適切な宿主はしばしば真核生物の細胞を含み得る。真核生物の宿主の例としては、生体内、または組織培養のいずれかにおける酵母、菌類、昆虫細胞、哺乳動物細胞を含むが、これらに限定されない。宿主として有用であり得る哺乳動物細胞は、例えば、ＨｅＬａ細胞、ＶＥＲＯまたはＣＨＯ−Ｋ１などの繊維芽細胞起源の細胞、またはリンパ系起源の細胞およびそれらの派生物を含む。いくつかの態様において、哺乳動物の宿主細胞は任意で、すべてのヒト癌細胞株を含む。
【０１７６】
別の適切な宿主は、例えば、ショウジョウバエ幼虫の昆虫細胞である。宿主として昆虫細胞の使用する場合、ショウジョウバエのアルコールデヒドロゲナーゼプロモーターを使用することができる（Ｒｕｂｉｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１４５３−１４５９，１９８８）。あるいは、バキュロウイルスベクターは、昆虫細胞における本発明キナーゼの大量発現を設計することができる（Ｊａｓｎｙ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３８：１６５３，１９８７）。
【０１７７】
一連の酵母発現系のいずれかは、酵母がグルコース豊富な培地中で生育された場合に大量に産生される糖分解酵素をコードする能動的に発現した、配列由来のプロモーターおよび終結要素を取り込んで、利用することができる。既知の糖分解遺伝子の配列も、大変効果的な転写制御シグナルを供給することができる。酵母は、翻訳後修飾も行うことができるという点において、実質的な利点を供給する。酵母における所望のタンパク質の産生に利用することができる、強力なプロモーター配列および高いプラスミドのコピー数を利用する、多くの組換えＤＮＡ戦略が存在する。酵母は、クローニングされた哺乳動物遺伝子上のリーダー配列を認識し、かつリーダー配列を有するペプチド(すなわち、前駆体ペプチド)を分泌する。いくつかの可能なベクター系が、哺乳動物宿主における本発明のキナーゼの発現に利用することができる。
【０１７８】
宿主の性質に依存した、多種多様の転写および翻訳制御配列を用いることができる。転写および翻訳制御シグナルは、アデノウイルス、ウシパピローマウイルス、サイトメガロウイルス、サルウイルスなどのウイルス性供給源から生じさせることができ、制御シグナルは高い発現レベルを有する特有の遺伝子配列と関連する。あるいは、アクチン、コラーゲン、ミオシン、などの哺乳動物発現産生物由来のプロモーターなどを用いることができる。転写開始の制御シグナルは、抑制または活性化を可能にするように選択されるため、遺伝子配列の発現を調節することができる。目的とする制御シグナルは、発現を、温度を変えることによって、抑制または開始することができる温度感受性、または化学物質（代謝産物など）制御の影響を受けるものである。
【０１７９】
真核生物宿主における本発明の変異体キナーゼの発現は、真核生物の制御領域の使用を必要とする。このような領域は通常、ＲＮＡ合成の開始を指示するのに十分なプロモーター領域を含む。適切な真核生物のプロモーターの例としては、マウスメタロチオネインＩ遺伝子配列のプロモーター（Ｈａｍｅｒ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎ．  １：２７３−２８８，１９８２）；ヘルペスウイルスのＴＫプロモーター（ＭｃＫｎｉｇｈｔ，Ｃｅｌｌ，３１：３５５−３６５，１９８２）；ＳＶ４０初期プロモーター（Ｂｅｎｏｉｓｔ等，Ｎａｔｕｒｅ，２９０：３０４−３１、１９８１）；および酵母ｇａｌ４遺伝子配列プロモーター（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）７９：６９７１−６９７５，１９８２；Ｓｉｌｖｅｒ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：５９５１−５９５５，１９８４）を含むが、これらに限定されない。
【０１８０】
真核生物のｍＲＮＡの翻訳は、最初のメチオニンをコードするコドンから開始される。このため、真核生物のプロモーターと本発明のキナーゼをコードするＤＮＡ配列（またはそれらの機能的な派生物）との連結は、メチオニン（すなわちＡＵＧ）をコードすることができる、いかなる介入コドンをも含まないことを保障することが望まれる。このようなコドンの存在は、融合タンパク質中の形成（ＡＵＧコドンが本発明のキナーゼをコードする配列と同じリーディングフレーム内にある場合）またはフレームシフト変異（ＡＵＧコドンが本発明のキナーゼをコードする配列と同じリーディングフレーム内にない場合）のいずれかを生じる。
【０１８１】
本発明のキナーゼをコードする核酸分子および作動可能なように連結されるプロモーターは、直鎖状の分子または閉じた共有結合性環状分子のいずれかである、非複製的なＤＮＡまたはＲＮＡ分子のいずれかとして、レシピエントの原核生物または真核生物の細胞内に導入され得る。このような分子は自律的な複製ができないが、遺伝子の発現は導入される配列の一過性の発現を通じて起こる。あるいは、持続性の発現は、導入されたＤＮＡ配列の宿主の染色体内への組み込みを通じて起こる。
【０１８２】
所望の遺伝子配列を宿主細胞の染色体内に組み込むことができるベクターを用いることができる。導入されたＤＮＡが染色体内に安定に組み込まれた細胞は、発現ベクターを含む宿主細胞の選択を可能にする１つ以上のマーカーも導入することによって選択することができる。マーカーは、栄養要求性の宿主に対する原栄養性、例えば抗生剤、または銅などの重金属に対する殺生物剤耐性を供給しうる。選択的マーカーの遺伝子配列は、発現させるＤＮＡ遺伝子配列に直接連結するか、または同時形質移入によって同じ細胞に導入することのいずれかができる。付加要素もまた、最適なｍＲＮＡの合成に必要であり得る。これらの要素は、スプライスシグナル、ならびに転写プロモーター、エンハンサー、および終結シグナルを含みうる。このような要素が組み入れられたｃＤＮＡ発現ベクターは、Ｏｋａｙａｍａ（Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２８０，１９８３）によって述べられたものを含む。
【０１８３】
導入された核酸分子は、レシピエント宿主において自律的な複製ができるプラスミドまたはウイルス性ベクターに組み入れられることができる。この目的のために、いずれかの多種多様のベクターを用いることができる。特有のプラスミドまたはウイルス性ベクターを選択する際の重要な因子は：簡単にベクターを含むレシピエント細胞が認識され得、かつベクターを含まないレシピエント細胞から簡単に選択され得ること；特有の宿主における所望されるコピー数のベクター；および宿主細胞と、異なる種間でベクターを「シャトルする」ことができることが望ましいかどうか、を含む。
【０１８４】
原核生物ベクターの説明に役立つ実例は、大腸菌において複製することができるプラスミド（例えば、ｐＢＲ３２２、ＣｏｌＥ１、ｐＳＣ１０１、ｐＡＣＹＣ１８４、πＶＸなど）などである。桿菌プラスミドは、ｐＣ１９４、ｐＣ２２１、ｐＴ１２７等を含む。適切なストレプトマイセスプラスミドは、ｐ１Ｊ１０１（Ｋｅｎｄａｌｌ等、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １６９：４１７７−４１８３，１９８７）、およびφＣ３１などのストレプトマイセスバクテリオファージを含む。シュードモナスプラスミドは、Ｊｏｈｎ等（Ｒｅｖ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．８：６９３−７０４，１９８６）およびＩｚａｋｉ（Ｊｐｎ．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．３３：７２９−７４２，１９７８）に概説されている。
【０１８５】
真核生物のプラスミドの例としては、ＢＰＶ、ワクシニア、ＳＶ４０、２ミクロンサークル（２−ｍｉｃｒｏｎ  ｃｉｒｃｌｅ）など、またはこれらの派生物を含むが、これらに限定されない。このようなプラスミドは、当該技術分野で既知である（例えば、Ｂｒｏａｃｈ，Ｃｅｌｌ  ２８：２０３−２０４、１９８２；Ｂｏｌｌｏｎ等、J．Cｌｉn．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．１０：３９−４８，１９８０)。
【０１８６】
いったん構築物を含むベクターまたは核酸分子が発現のために作成されると、さまざまな適切な方法、すなわち、形質転換、形質移入、接合、原形質体融合、電気穿孔、粒子銃技術、リン酸カルシウム沈降、直接微量注入、などのいずれかで、ＤＮＡ構築物は適切な宿主細胞内に導入され得る。ベクターの導入後、レシピエント細胞は、ベクター含有細胞の生育に選択的な選択性培地中で生育される。クローニングした遺伝子の発現は、本発明のキナーゼ、またはそれらの断片の産生をもたらす。これは形質転換された細胞内、または続くこれらの細胞の分化誘導で起こる。本発明のペプチドを形成させるために、さまざまな培養条件を使用することができる。生理学的条件を模倣した条件を用いることが望ましい。
【０１８７】
用語「形質移入」は、核酸ベクターまたは他の核酸分子を細胞性生体内に挿入する、多くの方法を定義する。これらの方法は、目的の核酸分子を外膜または細胞壁を透過させるための高い塩濃度、電界、界面活性剤、またはＤＭＳＯなどによる細胞の処理、もしくは種々のウイルス性形質導入戦略の使用などの、さまざまな技術に関連する。
【０１８８】
IV．本発明のタンパク質
本発明の変異キナーゼポリペプチドは、ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され得、ならびにＡＡＴＹＫ  F１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７６２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ６、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含み得、ならびに単離、濃縮または精製され得る。
【０１８９】
ＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＣＫ１、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＢ３、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＨＥＲ２、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＯＮ、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され得る、ならびにＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ｆｓＸ１３１、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２＿Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６＿Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１＿Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５_Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ＦＳＸ２３、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ  およびＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸのうちの少なくとも１つの生殖系列の変化を含む、キナーゼ変異体も含まれる。これらのキナーゼ変異体も単離、濃縮または精製され得る。
【０１９０】
ポリペプチドに関連する「単離された」は、天然物から単離されたまたは合成されたポリペプチドを含む、互いに接合するアミノ酸のポリマー（2またはそれ以上のアミノ酸）を意味する。単離された本発明のポリペプチドは、自然界には純粋なまたは分離した状態で存在しないという意味では特有である。用語「単離された」の使用は、自然発生的な配列は通常の細胞環境から除去されたことを意味する。したがって、配列は非細胞溶液または異なる細胞環境内にあり得る。この用語は、配列が存在するアミノ酸鎖のみであることを意味しないが、必然的にそれと関連する非アミノ酸物質を基本的に含まない（純度は少なくとも約９０−９５％）。
【０１９１】
ポリペプチドに関連する用語「濃縮された」の使用は、特異的なアミノ酸配列が、正常または疾患細胞内、もしくは配列が取得された細胞内より、目的の細胞内または溶液内に存在する全長アミノ酸配列の顕著に高い画分（２−５倍）を構成することを意味する。これは、他の存在するアミノ酸配列量の優先的な減少、または目的の特異的なアミノ酸配列量の優先的な増加、もしくはこれら２つの組み合わせに起因することができる。しかしながら、濃縮は他のアミノ酸配列が存在しないことを意味しないことに注目すべきである。用語「単に」は、目的の配列量比が顕著に増加することを定義する。ここで用語「顕著」は、増加レベルがこのような増加をもたらす個人に有用であることを意味するのに用いられ、および通常は他のアミノ酸配列と比較して少なくとも約２倍、例えば、少なくとも約５〜１０倍またはそれ以上の増加を意味する。この用語は、他の供給源からのアミノ酸配列がないことも意味しない。他のアミノ酸配列の供給源は、例えば、酵母または細菌ゲノム、もしくはクローニングベクターにコードされるアミノ酸配列を含む。この用語は、所望のアミノ酸配列の比率の増加に干渉する状態のみを防ぐことを意味する。
【０１９２】
精製型アミノ酸配列も、いくつかの目的において利点がある。ポリペプチドに関連する用語「精製した」は、（均一な調製などの）絶対純度を必要としない代わりに、配列が自然環境により比較的純度が高い目安を表す。自然レベルと比較して、このレベルは少なくとも２〜５倍以上（例えば、ｍｇ／ｍｌ単位で）でなければならない。例えば、約４または５桁を含む、約２または３桁などの、少なくとも１桁の精製が明確に意図される。例えば、純度約９０%、約９５%、または９９%などの、少なくとも基本的に機能的に顕著なレベルでの混入がない状態で、物質を獲得することが所望される。
【０１９３】
明確に本発明の範囲内であるものは、断片が図３２に記載の変異のうちの１つを含む限り、配列番号１‐２５６に記載のアミノ酸配列のいずれか一つの変異体キナーゼポリペプチドの断片、またはそれに対応するアミノ酸配列である。変異キナーゼポリペプチド断片は、目的の変異が前記タンパク質断片内に含むことを供給する、配列番号1−２５６の少なくとも連続的な３０、３５、４０、４５、５０、６０、１００、２００、または３００アミノ酸を含む。
【０１９４】
断片が図３３に記載の変化を含む限り、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１に記載のいずれか一つのアミノ酸配列を有するキナーゼ変異体およびそれらの断片も、本発明に包含される。このような断片は、前記断片が変化した配列位置または領域を含むという条件で、配列番号５１３‐５１６、５１９、５２４‐５２５、５２７‐５２８、５３３、５３７‐５３８、５４３、５４７‐５５０、５６２、５７１−５７３、５８３‐５８７、５８９‐５９１、５９８、６００‐６０１、６０７、６１６、６２０‐６２１、６２３‐６２４、６２６、６３０、６３２‐６３４、６３７、および６４０‐６４１の、少なくとも連続的な３０、３５、４０、４５、５０、６０、１００、２００、または３００アミノ酸長を有しえる。
【０１９５】
変異または多型が未熟な終止コドンを導く場合、変異または変化したキナーゼは、３０アミノ酸長以下であり得る。しかしながら、このような変異および変異体も、本発明の範囲であると考慮される。
【０１９６】
上記変異キナーゼポリペプチドのスプライス変異体も、本発明の範囲であることを目的としている。前記スプライス変異体は上記のアミノ酸配列と顕著に異なるが、例えば、キナーゼドメイン、ならびに変異領域などの機能ドメイン構造は、このような変異体において保持されていなければならない。このようなスプライス変異体は、例えば、C−またはN−末端の伸長または短縮、もしくはアミノ酸配列ストレッチの挿入または欠失などの変異キナーゼまたはキナーゼ変異体のアイソフォームを導き、かつ既知の形状と異なる。しかしながら、スプライス変異体／アイソフォーム間の配列相同性および配列同一性は十分高いため、当業者は、問題となっているキナーゼは単なるアイソフォームであること、および同じファミリーの別のキナーゼでないことに容易に気づく。アイソフォームの異なる長さに起因して、変異または変化した位置は保存されうるが、番号は変わり得る。
【０１９７】
ポリペプチドに関連する「断片」は、全長配列より短く、かつ検出される変化を含む限り、キナーゼポリペプチド内に存在する任意のアミノ酸配列を意味する。
【０１９８】
当該技術分野で既知のさまざまな手法が、本発明のポリペプチドを獲得するために利用することができる。ポリペプチドは、ポリペプチドを自然に産生する組織または細胞より精製し得る。あるいは、上記の単離された核酸断片は、任意の生物において本発明の組換えキナーゼポリペプチドを発現するのに用いることができる。
【０１９９】
「組換えキナーゼポリペプチド」は、配置（例えば、自然界で見られるものより、異なる細胞または組織により存在する）、純度または構造のいずれかが、自然界で獲得されるポリペプチドと異なる、組換えＤＮＡ技術によって産生されたポリペプチドを意味する。一般的に、このような組換えポリペプチドは、自然界で通常観察される量とは異なる量で、細胞内に存在する。
【０２００】
任意の真核生物の生体は、供給源の生体が自然にこのようなポリペプチドを含む限り、本発明のポリペプチドの供給源として用いることができる。本明細書中で用いられる「供給源の生体」は、生体サブユニットが発現、および最終的には単離されたかにかかわらず、サブユニットのアミノ酸配列が由来する固有の生体を参照する。
【０２０１】
さらに別の本発明のポリペプチドは、自動ポリペプチド合成器を用いて合成されうる。
【０２０２】
当業者は、天然混入物が入っていないポリペプチドを獲得するための、タンパク質を単離するための既知の方法を容易に理解することができる。これらは、分子ふるいクロマトグラフィー、ＨＰＬＣ、イオン交換クロマトグラフィー、および免疫アフィニティークロマトグラフィーを含むが、これらに限定されない。
【０２０３】
V．抗体、抗体の使用方法、および変異体キナーゼポリペプチドの検出のためのキット
変異キナーゼポリペプチドがＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＢＭＸ、ＢＲＫ、ＢＴＫ、ＣＣＫ４、ＣＳＫ、ＤＤＲ１、ＤＤＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ１、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＲ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＣＫ、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＬＹＮ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＹＫ、ＴＥＣ、ＴＥＫ、ＴＩＥ、ＴＮＫ１、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＹＥＳ１、およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、およびＡＡＴＹＫ  Ｆ１１９５C、ＡＢＬ１  G４１７E、ＡＢＬ１  Ｎ７８９Ｓ、ＡＢＬ１  Ｇ８８３ｆｓＸ１２、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ、ＡＬＫ  Ｇ１５８０Ｖ、ＡＲＧ  Ｅ３３２Ｋ、ＡＲＧ  Ｖ３４５Ａ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、ＡＲＧ  Ｍ６５７Ｉ、ＡＲＧ  Ｐ６６５Ｔ、ＡＲＧ  Ｒ６６８Ｃ、ＡＲＧ  Ｑ６９６Ｈ、ＡＲＧ  Ｋ９３０Ｒ、ＡＲＧ  Ｓ９６８Ｆ、ＡＲＧ  Ｑ９９４Ｈ、ＡＸＬ  Ｍ５６９Ｉ、ＡＸＬ  Ｍ５８９Ｋ、ＡＸＬ  Ｇ８３５Ｖ、ＢＭＸ  Ａ１５０Ｄ、ＢＭＸ  Ｓ２５４ｄｅｌ、ＢＭＸ  Ｎ２６７Ｉ、ＢＲＫ  Ｗ７８ｆｓＸ５８、ＢＴＫ  Ｍ４８９Ｉ、ＢＴＫ  Ｗ５８８Ｃ、ＣＣＫ４  Ｄ１０６Ｎ、ＣＣＫ４  Ｔ４１０Ｓ、ＣＣＫ４  Ｍ７４６Ｌ、ＣＣＫ４  Ｑ９１３Ｈ、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ、ＤＤＲ１  Ｒ６０Ｃ、ＤＤＲ１  Ｖ１００Ａ、ＤＤＲ１  Ｒ２４８Ｗ、ＤＤＲ２  Ｍ１１７Ｉ、ＤＤＲ２  Ｒ４７８Ｃ、ＥＧＦＲ  Ｎ１１５Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ２８９Ｖ、ＥＧＦＲ  Ｐ３３２Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｉ６４６Ｌ、ＥＧＦＲ  Ｔ６７８Ｍ、ＥＧＦＲ  Ｐ７５３Ｓ、ＥＧＦＲ  Ｅ９２２Ｋ、ＥＧＦＲ  Ａ１１１８Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｒ３１５Ｑ、ＥＰＨＡ２  Ｈ３３３Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｇ３９１Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｐ４６０Ｌ、ＥＰＨＡ２  Ｈ６０９Ｙ、ＥＰＨＡ２  Ｍ６３１Ｔ、ＥＰＨＡ２  Ｇ６６２Ｓ、ＥＰＨＡ２  Ｖ７４７Ｉ、ＥＰＨＡ２  Ｌ８３６Ｒ、ＥＰＨＡ２  Ｅ９１１Ｋ、ＥＰＨＡ２  Ｖ９３６Ｍ、ＥＰＨＡ２  Ｒ９５０Ｗ、ＥＰＨＡ３  Ｓ４６Ｆ、ＥＰＨＡ３  Ｅ５３Ｋ、ＥＰＨＡ３  Ａ７７７Ｇ、ＥＰＨＡ４  Ｖ２３４Ｆ、ＥＰＨＡ４  Ｓ８０３Ａ、ＥＰＨＡ４  Ｍ８７７Ｖ、ＥＰＨＡ５  Ｎ８１Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｅ８５Ｋ、ＥＰＨＡ５  Ａ６７２Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｖ８９１Ｌ、ＥＰＨＡ５  Ａ９５７Ｔ、ＥＰＨＡ５  Ｒ９８１Ｌ、ＥＰＨＡ６  Ｎ２９１Ｈ、ＥＰＨＡ６  Ｇ５１３Ｅ、ＥＰＨＡ６  Ｌ６２２Ｆ、ＥＰＨＢ１  Ａ３９Ｖ、ＥＰＨＢ１  Ｉ８３７Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ａ８３Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｓ９８Ｒ、ＥＰＨＢ２  Ｖ１３６Ｍ、ＥＰＨＢ２  Ｒ２７０Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｐ２７３Ｌ、ＥＰＨＢ２  Ｒ３６９Ｑ、ＥＰＨＢ２  Ｅ６８６Ｋ、ＥＰＨＢ２  Ｖ７��２Ｌ、ＥＰＨＢ３  Ｐ６ｄｅｌ、ＥＰＨＢ３  Ａ５１７Ｖ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ４  Ｖ５４７Ｍ、ＥＰＨＢ４  Ｄ５７６Ｇ、ＥＰＨＢ４  Ｉ６１０Ｔ、ＥＰＨＢ４  Ｅ８９０Ｄ、ＥＰＨＢ４  Ａ９５５Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｇ３５３＿Ｅ４７１ｄｅｌ、ＥＰＨＢ６  Ａ３６９Ｔ、ＥＰＨＢ６  Ｌ５８０Ｆ、ＥＰＨＢ６  Ｅ６１５Ｋ、ＥＰＨＢ６  Ａ６４７Ｖ、ＥＰＨＢ６  Ｓ７８５Ｒ、ＥＰＨＢ６  Ｒ８１１Ｃ、ＦＡＫ  Ｓ３２９Ｉ、ＦＡＫ  Ｑ４４０Ｒ、ＦＡＫ  Ａ４７２Ｖ、ＦＡＫ  Ｐ９０１Ｓ、ＦＥＲ  Ｉ２４０Ｔ、ＦＥＲ  Ｑ５２６Ｌ、ＦＥＲ  Ｑ５９９Ｒ、ＦＥＳ  Ｍ３２３Ｖ、ＦＥＳ  Ｌ６９０Ｍ、ＦＥＳ  Ｖ７２４Ｍ、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｉ５２６Ｔ、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ、ＦＬＴ３  Ｖ１９４Ｍ、ＦＬＴ３  Ｄ３５８Ｖ、ＦＬＴ３  Ｖ５５７I、ＦＬＴ３  Ｇ７５７Ｅ、ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＦＲＫ  Ｒ６４Ｑ、ＦＲＫ  Ｇ１１９Ａ、ＦＲＫ  Ｒ４０６Ｈ、ＦＹＮ  Ｅ５２１Ｋ、ＨＥＲ２  Ｇ５１８Ｖ、ＨＥＲ２  Ａ８３０Ｖ、ＨＥＲ２  Ｅ９３０Ｄ、ＨＥＲ２  Ｇ１０１５Ｅ、ＨＥＲ２  Ａ１２１６Ｄ、ＨＥＲ３  Ｎ１２６Ｋ、ＨＥＲ３  Ｒ６１１Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ６６７Ｈ、ＨＥＲ３  Ｒ１０７７Ｗ、ＨＥＲ３  Ｒ１０８９Ｗ、ＨＥＲ３  Ｐ１１４２Ｈ、ＨＥＲ３  Ｌ１１７７Ｉ、ＨＥＲ４  Ｌ７５３Ｖ、ＨＥＲ４  Ｇ９３６Ｒ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｔ１０４Ｍ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｙ２０１Ｈ、ＩＧＦ１Ｒ  Ｎ２０９Ｓ、ＩＮＳＲ  Ｌ９９１Ｉ、ＩＴＫ  Ｒ４４８Ｈ、ＪＡＫ１  Ｉ３６３Ｖ、ＪＡＫ１  Ｒ４９４Ｃ、ＪＡＫ１  Ｎ８４９ｆｓＸ１６、ＪＡＫ２  Ｆ８５Ｓ、ＪＡＫ２  Ａ３７７Ｅ、ＪＡＫ２  Ｌ３８３Ｐ、ＪＡＫ２  Ｇ５７１Ｓ、ＪＡＫ２  Ｅ５９２Ｋ、ＪＡＫ２  Ｒ１０６３Ｈ、ＪＡＫ２  Ｎ１１０８Ｓ、ＪＡＫ３  Ｇ６２ｆｓＸ４７、ＪＡＫ３  Ｍ５１１Ｉ、ＪＡＫ３  Ｐ６９３Ｌ、ＪＡＫ３  Ｅ６９８Ｋ、ＬＣＫ  Ｌ３６ｆｓＸ８、ＬＣＫ  Ｆ１５１Ｓ、ＬＣＫ  Ｒ４８４Ｗ、ＬＭＴＫ２  Ｑ２３８Ｐ、ＬＭＴＫ２  Ａ２５１Ｔ、ＬＭＴＫ２  Ｇ５１８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ５２３Ｙ、ＬＭＴＫ２  Ｍ７５８Ｖ、ＬＭＴＫ２  Ｄ７９３Ｇ、ＬＭＴＫ２  Ｒ８２８Ｑ、ＬＭＴＫ２  Ｌ８７９Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ａ１００８Ｖ、ＬＹＮ  Ｆ１３０Ｖ、ＭＥＲ  Ｅ８３１Ｑ、ＭＥＴ  Ｔ１７Ｉ、ＭＥＴ  Ｐ３６６Ｓ、ＭＥＴ  Ｓ６９１Ｌ、ＮＴＲＫ１  Ｐ４５３ｆｓＸ１５、ＮＴＲＫ１  Ｌ５８５ｆｓＸ７３、ＮＴＲＫ１  Ｇ５９５Ｅ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７４８Ｗ、ＮＴＲＫ２  Ａ５８６Ｖ、ＮＴＲＫ２  Ｖ６２２Ｉ、ＮＴＲＫ２  Ａ６４７ｆｓＸ５４、ＮＴＲＫ３  Ｖ５３０ｆｓＸ6、ＮＴＲＫ３  Ｇ６０８Ｄ、ＮＴＲＫ３  Ａ６３１ｆｓＸ３３、ＰＤＧＦＲＡ  Ｇ７９Ｄ、ＰＴＫ‐９  Ｄ２５８Ｅ、ＰＴＫ‐９  Ｋ２６５Ｒ、ＰＴＫ‐９  Ｎ３３３Ｓ、ＰＹＫ２  Ｓ９Ｉ、ＰＹＫ２  Ｃ３９５Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ４０４Ｑ、ＰＹＫ２  Ｄ４２４Ｙ、ＰＹＫ２  Ｅ７９８Ｑ、ＰＹＫ２  Ｍ８８５Ｌ、ＰＹＫ２  Ｔ９７８Ｍ、ＲＥＴ  Ａ７５０Ｔ、ＲＯＮ  Ｆ５７４ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｑ９５５Ｈ、ＲＯＮ  Ａ１０２２＿Ｋ１０９０ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｖ１０７０ｆｓＸ１２、ＲＯＲ１  Ｒ１８５Ｈ、ＲＯＲ１  Ｒ４２９Ｑ、ＲＯＲ１  Ｓ８７０Ｉ、ＲＯＲ１  Ｐ８８３Ｓ、ＲＯＲ２  Ｒ３０２Ｈ、ＲＯＲ２  Ｃ３８９Ｒ、ＲＯＲ２  Ｄ３９０ｆｓＸ４６、ＲＯＲ２  Ｐ５４８Ｓ、ＲＯＳ  Ｒ１８７Ｍ、ＲＯＳ  Ｄ７０９ｆｓＸ１６、ＲＯＳ  Ｑ８６５ｆｓＸ９０、ＲＯＳ  Ａ１４４３Ｓ、ＲＹＫ  Ｈ２５０Ｒ、ＲＹＫ  Ｒ５０４Ｈ、ＲＹＫ  Ａ５５９Ｔ、ＳＹＫ  Ｍ３４ｆｓＸ３、ＳＹＫ  Ｉ２６２Ｌ、ＳＹＫ  Ｅ３１５Ｋ、ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔ、ＳＹＫ  Ｒ５２０Ｓ、ＳＹＫ  Ｖ６２２Ａ、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ、ＴＥＫ  Ａ６１５Ｔ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＴＩＥ  Ｓ４７０Ｌ、ＴＩＥ  Ｍ８７１Ｔ、ＴＮＫ１  Ａ２９９Ｄ、ＴＹＫ２  Ａ５３Ｔ、ＴＹＫ２  Ｓ３４０ｆｓＸ２６、ＴＹＫ２  Ｒ７０１Ｔ、ＴＹＫ２  Ｄ８８３Ｎ、ＴＹＫ２  Ｒ９０１Ｑ、ＴＹＫ２  Ａ９２８Ｖ、ＴＹＫ２  Ｐ１１０４Ａ、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ｇ２０３Ｗ、ＶＥＧＦＲ１  Ｓ４３７Ｌ、ＶＥＧＦＲ１  Ａ６７３Ｖ、ＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑ、ＶＥＧＦＲ１  Ｍ９３８Ｖ、ＶＥＧＦＲ２  Ｅ１０７Ｋ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１２８０Ｓ、ＹＥＳ１  Ｋ１１３Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｔ１５５Ｍ、およびＺＡＰ７０  Ｍ５４９Ｖのうちの少なくとも１つの変異を含む、変異キナーゼポリペプチド、もしくはドメインまたはそれらの断片にのみ特異的な結合親和性を有する抗体も本発明に包含される。
【０２０４】
さらに、キナーゼ変異体がＡＡＴＹＫ（ＡＡＴＫ）、ＡＢＬ１、ＡＣＫ１、ＡＬＫ、ＡＲＧ、ＡＸＬ、ＣＣＫ４、ＣＳＦＲＩ、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ２、ＥＰＨＢ３、ＥＰＨＢ４、ＥＰＨＢ６、ＦＡＫ、ＦＥＳ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＦＲＫ、ＦＹＮ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＬＭＴＫ２（ＡＡＴＹＫ２／ＢＲＥＫ）、ＭＡＴＫ、ＭＥＲ、ＭＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＤＧＲＦＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＴＫ‐９、ＰＹＫ２、ＲＥＴ、ＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＲＹＫ、ＳＴＹＫ、ＴＥＫ、ＴＮＫ１、ＴＸＫ、ＴＹＫ２、ＴＹＲＯ３、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３およびＺＡＰ７０からなる群から選択され、およびＡＡＴＹＫ  Ｇ６００Ｃ、ＡＡＴＹＫ  Ｇ６４１Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｆ１１６３Ｓ、ＡＡＴＹＫ  Ｔ１２２７Ｍ、ＡＢＬ１  Ｐ８２９Ｌ、ＡＢＬ１  Ｓ９９１Ｌ、ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ、ＡＬＫ  Ｋ１４９１Ｒ、ＡＬＫ  Ｄ１５２９Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ９５９Ｒ、ＡＸＬ  Ｇ５１７Ｓ、ＣＣＫ４  Ｐ６９３Ｌ、ＣＣＫ４  Ｅ７４５Ｄ、ＣＣＫ４  Ａ７７７Ｖ、ＣＣＫ４  Ｓ７９５Ｒ、ＣＳＦ１Ｒ  Ｈ３６２Ｒ、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＥＰＨＡ１  Ａ１６０Ｖ、ＥＰＨＡ１  Ｖ９００Ｍ、ＥＰＨＡ１  Ｓ９３６Ｌ、ＥＰＨＡ１０  Ｌ６２９Ｐ、ＥＰＨＡ１０  Ｖ６４５Ｉ、ＥＰＨＡ１０  Ｇ７４９Ｅ、ＥＰＨＡ２  Ｒ８７６Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｉ５６４Ｖ、ＥＰＨＡ３  Ｒ９１４Ｈ、ＥＰＨＡ３  Ｗ９２４Ｒ、ＥＰＨＡ７  Ｉ１３８Ｖ、ＥＰＨＢ２  Ｐ１２８Ａ、ＥＰＨＢ３  Ｒ５１４Ｑ、ＥＰＨＢ４  Ｐ２３１Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｇ１０７Ｓ、ＥＰＨＢ６  Ｓ３０９Ａ、ＦＡＫ  Ｔ４１６ｆｓＸ、ＦＡＫ  Ｌ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬ、ＦＥＳ  Ｐ３９７Ｒ、ＦＥＳ  Ｓ７２_Ｋ１２９ｄｅｌ、ＦＥＳ  Ｅ４１３ＦＳＸ１３１、ＦＧＦＲ１  Ｖ４２７_Ｔ４２８ｄｅｌ、ＦＧＦＲ２  Ｍ７１Ｔ、ＦＧＦＲ２  Ｈ１９９_Ｑ２４７ｄｅｌ、ＦＧＦＲ３  Ｔ３１１_Ｑ４２２ｄｅｌ、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ、ＦＧＦＲ４  Ｌ１３６Ｐ、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ、ＦＬＴ３  Ｍ２２７Ｔ、ＦＲＫ  Ｇ１２２Ｒ、ＦＹＮ  Ｄ５０６Ｅ、ＨＥＲ２  Ｉ６５５Ｖ、ＨＥＲ２  Ｒ１１６１Ｑ、ＨＥＲ２  Ｐ１１７０Ａ、ＨＥＲ３  Ｓ１１１９Ｃ、ＪＡＫ２  Ｌ３９３Ｖ、ＪＡＫ３  Ｐ１３２Ｔ、ＪＡＫ３  Ｐ１５１Ｒ、ＪＡＫ３  Ｖ７２２Ｉ、ＬＭＴＫ２  Ｐ３０Ａ、ＬＭＴＫ２  Ｌ７８０Ｍ、ＬＭＴＫ２  Ｓ９１０Ｉ、ＭＡＴＫ  Ａ４９６Ｔ、ＭＥＲ  Ｅ８２３Ｑ、ＭＥＲ  Ｖ８７０Ｉ、ＭＥＴ  Ｎ３７５Ｓ、ＭＥＴ  Ｒ９８８Ｃ、ＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉ、ＭＥＴ  Ｖ１２３８Ｉ、ＮＴＲＫ１  Ｈ６０４Ｙ、ＮＴＲＫ１  Ｇ６１３Ｖ、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑ、ＮＴＲＫ２  Ｄ４６６ｆｓｘ１４、ＮＴＲＫ３  Ｅ４０２_Ｆ４１０ｄｅｌｉｎｓＶ、ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤ、ＮＴＲＫ３  Ｒ７１１_Ｖ７１２ｉｎｓ１６、ＰＤＧＦＲＡ  Ｌ２２１Ｆ、ＰＤＧＦＲＡ  Ｓ４７８Ｐ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｐ３４５Ｓ、ＰＤＧＦＲＢ  Ｔ４６４Ｍ、ＰＴＫ‐９  Ｅ１９５＿Ｖ１９６ｉｎｓＲＰＥＤＨＩＧ、ＰＹＫ２  Ｇ４１４Ｖ、ＰＹＫ２  Ｋ８３８Ｔ、ＰＹＫ２  Ｖ７３９_Ｒ７８０ｄｅｌ、Ｒ��Ｔ  Ｄ４８９Ｎ、ＲＥＴ  Ｇ６９１Ｓ、ＲＥＴ  Ｒ９８２Ｃ、ＲＯＮ  Ｎ４４０Ｓ、ＲＯＮ  Ｒ５２３Ｑ、ＲＯＮ  Ｑ４７３＿Ｄ５１５ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ６２７ｆｓＸ２３、ＲＯＮ  Ｙ８８４＿Ｑ９３２ｄｅｌ、ＲＯＮ  Ｒ８１３＿Ｃ８１４ｉｎｓＱ、ＲＯＮ  Ｒ１３３５Ｇ、ＲＯＲ１  Ｍ５１８Ｔ、ＲＯＲ２  Ｔ２４５Ａ、ＲＯＲ２  Ｖ８１９Ｉ、ＲＯＳ  Ｔ１４５Ｐ、ＲＯＳ  Ｒ１６７Ｑ、ＲＯＳ  Ｉ５３７Ｍ、ＲＯＳ  Ｓ１１０９Ｌ、ＲＯＳ  Ｄ２２１３Ｎ、ＲＯＳ  Ｋ２２２８Ｑ、ＲＯＳ  Ｓ２２２９Ｃ、ＲＯＳ  Ｃ７６ｆｓＸ、ＲＹＫ  Ｎ９６Ｓ、ＲＹＫ  Ｆ５１６Ｌ、ＳＴＹＫ  Ｇ２０４Ｓ、ＴＥＫ  Ｐ３４６Ｑ、ＴＥＫ  Ｖ４８６Ｉ、ＴＥＫ  Ｖ６００Ｌ、ＴＮＫ１  Ｄ４７２＿Ｒ４７３ｄｅｌ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８Ｖ、ＴＮＫ１  Ｍ５９８ｆｓＸ５、ＴＸＫ  Ｒ６３Ｃ、ＴＸＫ  Ｒ３３６Ｑ、ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５、ＴＹＫ２  Ｖ３６２Ｆ、ＴＹＫ２  Ｇ３６３Ｓ、ＴＹＫ２  Ｉ６８４Ｓ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７、ＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ、ＶＥＧＦＲ１  Ｙ６４２Ｈ、ＶＥＧＦＲ１  Ｅ９８２Ａ、ＶＥＧＦＲ１  Ｐ１２０１Ｌ、ＶＥＧＦＲ２  Ｖ２９７Ｉ、ＶＥＧＦＲ２  Ｑ４７２Ｈ、ＶＥＧＦＲ２  Ｃ４８２Ｒ、ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓ、ＶＥＧＦＲ３  Ｑ８９０Ｈ、ＶＥＧＦＲ３  Ｒ１３２１Ｑ、ＺＡＰ７０  Ｋ１８６ｆｓＸ、およびＺＡＰ７０  Ｐ２９６＿Ｓ３０１ｄｅｌのうちの少なくとも１つの交互変化を含む、キナーゼ変異体、もしくはドメインまたはそれらの断片にのみ特異的な結合親和性を有する抗体も含まれる。
【０２０５】
「特異的な結合親和性」は、抗体が特異的な条件下で、他のポリペプチドよりも標的キナーゼポリペプチドに高い親和性で結合することを意味する。抗体または抗体断片は、他のポリペプチドに結合することができる領域を含むポリペプチドである。用語「特異的な結合親和性」は、特異的な条件下で、例えば、天然型キナーゼなどの他のポリペプチドよりも顕著に高い親和性で、変異体キナーゼポリペプチドに結合する抗体について述べる。
【０２０６】
用語「ポリクローナル」は、抗原またはそれらの抗原的に機能的な派生物で免疫化した動物の血清由来の抗体分子の不均一な集団の抗体を参照する。ポリクローナル抗体の産生のために、種々の宿主動物は抗原の注入によって免疫化される。種々のアジュバントは、宿主種に依存する免疫応答の増加に用いられ得る。
【０２０７】
「モノクローナル抗体」は、特有の抗原に対する実質上均一な抗体の集団である。モノクローナル抗体は、培養中の継続的な細胞株による抗体分子の産生を供給する任意の技術によって獲得し得る。モノクローナル抗体は、当業者に既知の方法で獲得し得る（例えば、Ｋｏｅｈｌｅｒ等、Nａｔｕｒｅ  ２５６：４９５‐４９７（１９７５）、および米国特許第４，３７６，１１０号を参照：両方ともに任意の図、表、図面を含むその全体が参照として本明細書中に組み入れられる。
【０２０８】
用語「抗体断片」は、しばしば特有の分子に対する特異的な結合親和性を表示する超可変領域および周辺の重鎖および軽鎖の部分である、抗体の部分を参照する。超可変領域は、ポリペプチドの標的に物理的に結合する抗体の部分である。
【０２０９】
用語「ドメイン」は、特有の機能を含むポリペプチドの領域を参照する。例えば、シグナル伝達タンパク質のＮ末端またはC末端ドメインは、シグナル伝達分子を細胞の異なる領域に局在させる分子との結合と、または特有の細胞シグナルの伝播と直接関係する他のシグナル分子との結合とを含む機能を供給することができるが、これらに限定されない。いくつかのドメインは他のタンパク質およびそれらの機能より個々に発現することができるが、一方でその他は機能を維持するための無傷のタンパク質の一部として残っていなければならない。後者はタンパク質の機能的な領域と呼ばれ、ドメインにも関連する。
【０２１０】
本発明の抗体は、本発明の変異キナーゼまたはキナーゼ変異体に対する結合親和性と、他のポリペプチドに対する結合親和性とを比較して、単離され得る。本発明の変異キナーゼまたはキナーゼ変異体に選択的に結合する抗体は、本発明のキナーゼと他のポリペプチド間の区別が必要な方法に用いるために選べる。このような方法は他のポリペプチドを含む組織におけるキナーゼ発現の変化の解析を含むことができるが、これらに限定されない。
【０２１１】
本発明の変異体キナーゼおよびキナーゼ変異体は、抗体の産生のための、ならびに医薬組成物の同定のための使用などの、様々な製法および方法に用いることができる。当業者は、抗体を所望する場合、本発明による変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体を本明細書で述べているように産生することができ、かつ免疫源として用いることができることを認識する。本発明の抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、ならびにこれらの抗体の断片およびヒト化型を含む。本発明の抗体のヒト化型は、キメラ化またはＣＤＲ移植などの、当該技術分野で既知の製法のうちの一つを用いて産生し得る。
【０２１２】
通常、モノクローナル抗体およびハイブリドーマを調製する技術は、当該技術分野で既知である。抗体を産生することが知られている任意の動物（マウス、ウサギ、など）は、選択されたポリペプチドで免疫化することができる。免疫化の方法は、当該技術分野で既知である。このような方法は、ポリペプチドの皮下または腹腔内への投与を含む。当業者は、免疫化に用いるポリペプチドの量は、免疫化する動物、ポリペプチドの抗原性、および投与部位に基づいて変動することを認識し得る。
【０２１３】
ペプチド抗原性を増加するために、ポリペプチドは、改変またはアジュバント内に投与され得る。ポリペプチドの抗原性を増加する方法は、当該技術分野で既知である。このような製法は、抗原の非相同的なタンパク質（グロブリンまたはβ‐ガラクトシダーゼなど）とのカップリング、または免疫化時にアジュバンドの封入を介することを含む。
【０２１４】
モノクローナル抗体に関しては、免疫化した動物由来の脾臓細胞は除去後、ＳＰ２／Ｏ‐Ａｇｌ４ミエローマ細胞などのミエローマ細胞と融合され、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞を可能にする。当該技術分野で既知の多くの方法のうちのいずれか一つは、所望の特徴を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞の同定に用いることができる。これらは、ＥＬＩＳＡアッセイによるハイブリドーマの選別、ウエスタンブロット解析、または放射性免疫アッセイを含む（Ｌｕｔｚ等、Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ、１７５：１０９‐１２４、１９８８）。所望の抗体を分泌するハイブリドーマはクローン化され、ならびにクラスおよびサブクラスが当該技術分野で既知の方法を用いて測定される。
【０２１５】
ポリクローナル抗体に関して、抗体含有抗血清は免疫化された動物から単離された後、上記の製法のうちの一つを用いて所望の特異性を有する抗体の存在について選別される。上記の抗体は、検出可能な程度にラベル化され得る。抗体は、放射性同位体、アフィニティーラベル（ビオチン−アビジンなど）、酵素ラベル（セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼなど）、蛍光ラベル（ＦＩＴＣまたはローダミンなど）、常磁性原子などを用いることによって、検出可能な程度にラベル化される。このようなラベル化を達成するための方法は、当該技術分野で既知である（例えば、Ｓｔｅｍｂｅｒｇｅｒ等、Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．１８：３１５，１９７０；Ｂａｙｅｒ等、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．６２：３０８‐，１９７９；Ｅｎｇｖａｌ等、Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０９：１２９‐，１９７２；Ｇｏｄｉｎｇ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．１３：２１５‐，１９７６などを参照）。ラベル化される本発明の抗体は、特異的なペプチドを発現している細胞または組織の同定のための試験管内、生体内、およびｉｎ  ｓｉｔｕアッセイに使用することができる。
【０２１６】
上記の抗体は、固体の支持体上にも固定し得る。このような固体の支持体の例としては、ポリカーボネートなどのプラスチック、アガロースおよびセファロースなどの複合糖質、アクリル樹脂、ならびにポリアクリルアミドおよびラテックスビーズなどを含む。このような固体の支持体への抗体のカップリング技術は、当該技術分野で既知である。本発明の固定化された抗体は、試験管内、生体内、およびｉｎ  ｓｉｔｕアッセイ、ならびに免疫クロマトグラフィーに用いることができる。
【０２１７】
本発明は、（ａ）免疫複合体を形成するような条件下などで上記の抗体をサンプルに接触させる工程と、および（ｂ）ポリペプチドに結合した前記抗体の存在を検出する工程と、を含むサンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の検出方法にも関連する。詳細には、本方法は、試験サンプルを１つ以上の本発明の抗体と反応させる工程と、および抗体が試験サンプルに結合したかどうかをアッセイする工程と、を含む。サンプル中の本発明の変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体の存在は、疾患を意味する。
【０２１８】
抗体と試験サンプルを反応させる条件は変動する。反応条件は、アッセイに採用されているフォーマット、採用されている検出方法、ならびにアッセイに用いられる抗体の型および性質に依存する。当業者は、通常利用可能な免疫学的アッセイフォーマット（放射性免疫アッセイ、酵素連結免疫吸着アッセイ、オクタロニーを基にした拡散、またはロケット免疫蛍光アッセイなど）のいずれか一つが、本発明の抗体の採用に容易に適合することができることを認識する。
【０２１９】
本発明の免疫学的アッセイ試験サンプルは、細胞、タンパク質または細胞の膜抽出物、もしくは血液、血清、血漿、または尿などの生体の体液を含む。上記の方法に用いられる試験サンプルは、アッセイフォーマット、検出方法、およびアッセイにサンプルとして用いられる組織、細胞または抽出物の性質に基づいて変動する。
【０２２０】
細胞のタンパク質抽出物または抽出物を調製する方法は当該技術分野で既知であり、かつ利用する系で試験可能なサンプルを獲得するために容易に適合することができる。
【０２２１】
このような方法を実施するための診断キットは、上記で述べた検出方法を行うためのすべての必要な試薬を含み得る。キットは、変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体に対して特異的な抗体または抗体断片、ならびに、抗体または抗体自身の結合相手の接合体を含み得る。このような方法を実施するための診断キットは、抗体を含む第一の容器、ならびに抗体の結合相手の接合体および例えば放射性同位体などのラベルを有する第二の容器を含むように構築されうる。他の態様において、キットはさらに、洗浄試薬および結合した抗体の存在を検出することができる試薬のうちの１つ以上を含む、１つ以上の他の容器を含む。
【０２２２】
検出試薬の例としては、ラベル化された二次抗体、または選択的に、一次抗体がラベル化される場合、ラベル化される抗体と反応することができる発色団、酵素、または抗体結合試薬を含むが、これらに限定されない。区分化されたキットは、核酸プローブキットとして上記に記載されている。当業者は、本発明で述べられている抗体は、当該技術分野で既知の確立したキットフォーマットのうちの一つに容易に組み入れることができることを容易に認識する。
【０２２３】
ＶＩ．本発明の例示的なタンパク質キナーゼ変異体およびその使用
一態様において、本発明は、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦＲ１、ＴＹＲＯ３、ＴＥＣ、ＣＳＫおよびＡｃｋ１のうちの一つのタンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする核酸分子の単離、濃縮または精製に関連する。
【０２２４】
ＦＧＦＲ１およびＦＧＦＲ４は、繊維芽細胞成長因子膜貫通型受容体ファミリーのメンバーである。ＦＧＦ受容体は、多くの細胞型の成長を刺激し、かつとりわけ組織修復、創傷治癒および血管新生に関与する。ＦＧＦ受容体は、さまざまなスプライス変異体を含む。それぞれの受容体および受容体スプライス変異体は、特定の一連の繊維芽細胞成長因子によって活性化される（参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＰｏｗｅｒｓ，Ｃ．Ｍ．等、Ｅｎｄｏｃｒ．Ｒｅｌａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  ７：１６５‐１９７（２０００）を参照されたい)。ＦＧＦ受容体による細胞性シグナリング経路は最近Ｅｓｗａｆａｋｕｍａｒ等によって概説された（参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＣｙｏｋｉｎｅ＆Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  １６，１３９‐１４９（２００５））。繊維芽細胞成長因子受容体は、Ｒａｓ‐ＭＡＰＫ、ＰＬＣγ‐ＰＫＣ、ＰＩ３Ｋ‐Ａｋｔおよびｐ３８  ＭＡＰＫ経路を活性化することが知られている。これらは腫瘍発生および進行に関与することも知られている。ＦＧＦＲ１およびＦＧＦＲ４は臨床治療の前立腺癌に過発現し、およびＦＧＦＲ４発現の抑制は前立腺癌の増殖を阻害する（参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＳａｈａｄｅｖａｎ，Ｋ．等、J．Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ２１３：８２‐９０（２００７）)。
【０２２５】
一態様において、本発明はＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃをコードする核酸分子に関連する。この核酸は、従って、野生型タンパク質の場合に関しては、３６７番目がチロシンよりもシステインをコードするＦＧＦＲタンパク質である。このアミノ酸はＦＧＦＲファミリーを通して高度に保存されており、かつ受容体の細胞外ドメインに位置する。アミノ酸交換は受容体の二量体化を容易にし、それによって受容体の活性を増大させ、かつ基本的な受容体の活性化をもたらす。
【０２２６】
本発明者等は、白色人種集団と比べてアジア人のＨＣＣ患者に高度に表示される一塩基多型として、ＦＧＦＲ４の３８８番目のアミノ酸交換をさらに同定した。それぞれのタンパク質は、３８８番目にグリシンの代わりにアルギニンを有する。さらに、３８８番目のアルギニンをコードするホモ接合型遺伝子型は、肝細胞癌に対する診断マーカーの分泌の増加と相関する。
【０２２７】
他の態様において、本発明はＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓをコードする核酸分子にも関連する。２５２番目のアミノ酸位置は高度に保存されている。本発明者らは、黒色腫細胞株ＭｅＷｏ中のこの位置におけるヘテロ接合性交換を発見した。このアミノ酸変化は、リガンド結合に影響することによって受容体の活性化を導き得る。理論に従った結合ではないが、水酸基を供給するセリン残基の存在は、さらなる水素結合の形成を誘導する可能性があると考えられている。
【０２２８】
別の受容体タンパク質‐チロシンキナーゼであるＴＹＲＯ３は、Ａｘｌファミリーのメンバーであり、精子形成、免疫調節、食作用において重要な役割を担う。ＴＹＲＯ３タンパク質は、哺乳動物の発生に必須であることも知られている。ＴＹＲＯ３のＮ‐末端Ｉｇドメイン対の結晶構造がＨｅｉｒｉｎｇ等によって報告されている（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７９，８，６９５２‐６９５８（２００４））。本発明の一態様は、ＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌをコードする核酸分子に関連する。従ってこの核酸は、野生型タンパク質の場合、８２２番目がプロリンよりもロイシンである、ＴＹＲＯ３タンパク質をコードする。
【０２２９】
本発明者等は、ＨＥＫ２９３細胞におけるＴＹＲＯ３過剰発現がＴＮＦα/アクチノマイシン-D処理によるアポトーシス耐性を与えることを観測した。さらに、野生型ＴＹＲＯ３に代わる変異体Ｓ５３１ＬおよびＰ８２２Ｌの過剰発現は、抗アポトーシス効果を増幅する。ＴＹＲＯ３は、ＢＣＬ２ファミリーメンバーの調節を通じてミトコンドリアのアポトーシスシグナリングを撹乱し得る。本発明はしたがって、Ｔｙｒｏ３発現の検出、および特に化学物質耐性に対する遺伝子マーカーとしての変異体Ｓ５３１ＬおよびＰ８２２Ｌの発生に関連する。Ｔｙｒｏ３シグナリングの阻害剤は、他の化学療法薬の有望なアジュバントであり得る。
【０２３０】
さらなる本発明の態様は、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、ＴＥＣ  Ｗ５３１ＲまたはＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌをコードする核酸分子にも関連する。従って第一のこれらの核酸は、野生型タンパク質の場合において、８９番目がロイシンよりもアルギニンを有するＴＥＣタンパク質をコードする。この交換は、ＴＥＣのプレクストリン相同性ドメインに位置する。従って第二のこれらの核酸は、野生型タンパク質の場合において、５３１番目がトリプトファンよりもアルギニンを有するＴＥＣタンパク質をコードする。この交換は、ＴＥＣのキナーゼドメインに位置する。第３のこれらの核酸は、野生型タンパク質の場合において、５８７番目がプロリンよりもロイシンを有するＴＥＣタンパク質をコードする。この交換も、ＴＥＣのキナーゼドメインに位置する。本発明者等は、野生型タンパク質と比較してチロシンリン酸化反応の減少を示す、これらの核酸にコードされた対応するタンパク質を同定した（図１７を参照）。さらに、対応するタンパク質は、ＭＡＰＫシグナリング（図１９）、ｃ−ｆｂｓ（図２０）およびＳｔａｔ３（図２１）を活性化することができない。
【０２３１】
ＴＥＣは、Ｔｘｋ、Ｂｍｘ、ｌｔｋ、およびＢｔｋを含む同じ名前の細胞内チロシンキナーゼのファミリーのメンバーである。ＴＥＣは細胞の成長および分化に関与し、かつＴおよびＢリンパ細胞の抗原受容体シグナリングにおいて必須の役割を行う。ホスホリパーゼCγ活性化は、続く抗原受容体刺激作用において重要である。ＴＥＣはホスファチジルイノシトール３-キナーゼ（ＰＩ３−キナーゼ）によるホスファチジルイノシトール３，４，５-三リン酸の産生、およびタンパク質のキナーゼドメインを活性化するＳｒｃファミリーのＰＴＫによるトランスリン酸化反応を介して活性化される。ＴＥＣは、アクチンのポリマー化およびストレスファイバーの形成の増加による細胞骨格の再構築にも関与する。プロリン-リッチ配列との相互作用を仲介するＴＥＣ  Ｓｒｃ相同性３ドメインの溶液中の構造（分子内様式においても含む）はＰｕｒｓｇｌｏｖｅ等によってＮＭＲ分光測定法を用いて測定された（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７７，１，７５５‐７６２（２００２））。このドメイン中のチロシンは、キナーゼ領域とのＳＨ２‐仲介相互作用に依存する機構で、Ｔ細胞シグナリングの間にリン酸化される（Ｊｏｓｅｐｈ，Ｒ．Ｅ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、４６，１８，５５９５‐５６０３（２００７））。ＴＥＣは、リンパ細胞の細胞株において過発現した場合、恒常的なシグナルであることが知られている。
【０２３２】
チロシンキナーゼ２（ＴＹＫ２）はサイトカインのヤヌス（Ｊａｎｕｓ）キナーゼ伝達シグナルである。ＴＹＫ２は、ｐｒｏ‐Ｂ細胞のＩＦＮ誘導アポトーシスにおいて重要な役割を担うことが知られている。ＴＹＫ２は、白血病誘発性細胞株ＲＨ／Ｋ３４において恒常的にチロシンリン酸化されている（Ｓａｍａａｎａ，Ａ．，＆  Ｍａｈａｎａ，Ｗ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  １０９，２，１１３‐１１９（２００７））。ＴＹＫ２は、ウロキナーゼ型プラスミノーゲンアクチベーター誘導性前立腺癌細胞侵襲において重要な役割を担うことが示されている（参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＩｄｅ，H．等、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．  ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｂｂｒｃ．２００７．０８．１６０（２００７））。本発明者等は、腫瘍細胞株が保有するＴＹＫ２  Ｆ３６２  対立遺伝子の出現の差異（図４Ｂ）を、対照サンプルにおけるＴＹＫ２  Ｆ３６２対立遺伝子の表示によって同定した。これらのデータは、ＴＹＫ２  Ｆ３６２の癌促進機能を含む腫瘍促進機能を意味する。それぞれの腫瘍の説明に役立つ実例は、白血病、黒色腫、およびグリオーマを含むが、これらに限定されない。したがって本発明は、ＴＹＫ２  Ｆ３６２の検出にも関連する。
【０２３３】
Ａｃｋ１は、排他的に活性化Ｃｄｃ４２−ＧＴＰ、Ｒｈｏファミリー低分子量Ｇタンパク質に結合するが、ＲａｃまたはＲｈｏには結合しない非受容体チロシンキナーゼである（生化学的な性質についての研究については、例えばＹｏｋｏｙａｍａ，N．等、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７８，４８，４７７１３‐４７７２３を参照されたい）。Ａｃｋ１は、キナーゼドメイン、ＳＨ３ドメイン、Ｃｄｃ４２／Ｒａｃ‐相互作用結合（ＣＲＩＢ）ドメイン、およびプロリン‐リッチなC末端を有する。Ｃ末端は、上皮増殖因子受容体との相互作用に関与することが示されている (参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＳｈｅｎ，Ｆ．等、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ，１８，７３２‐７４２（２００７）)。Ａｃｋ１は、成長因子、細胞  接着、およびムスカリン受容体を介したシグナリングによりチロシンがリン酸化される。Ａｃｋ１は、癌細胞の生存、ならびに腫瘍形成および転移において重要な役割を担うことが示されている（Ｍａｈｉａｎ，Ｎ．Ｐ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６５，１０５１４‐１０５２３（２００５）；ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｈｏｒｓｔ，Ｅ．Ｈ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  １０２，４４，１５９０１‐１５９０６（２００５））。ＭａｃＫｅｉｇａｎ等（Ｎａｔ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．  ７、５９１‐６００（２００５））は、ＲＮＡｉ選別においてＡｃｋ１が抗アポトーシス遺伝子であることを同定した。Ａｃｋ１の活性化の持続は、腫瘍原性であることが報告されている（参照としてその全体が本明細書に組み入れられるＭａｈａｊａｎ，２００５，上記を参照；ＭａｈＥｌｊａｎ，N．P．等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．１０４，２０，８４３８‐８４４３（２００７））。Ａｃｋ１は、ユビキチン化後、プロテアソーム分解を導くユビキチン会合ドメインを自身のC末端に含むことも示されている（Ｓｈｅｎ等、２００７，上記を参照）。本発明者等は、野生型タンパク質の場合において、９８５番目がアスパラギンよりセリンを有する、Ａｃｋ１の体細胞性変異体は、ユビキチン化に感受性が低く、この発癌性キナーゼの安定性を示唆することを示す。
【０２３４】
この点において、本発明は、癌細胞に癌化することを含む、腫瘍原性に変わる性質を有する細胞の同定方法も供給する。いくつかの態様において、細胞は、哺乳類、魚類、両生類、または鳥類などの生体由来であり得る。哺乳類の例としては、ラット、マウス、ウサギ、モルモット、オポッサム、イヌ、ネコ、チンパンジー、アカゲザル、ウシ（乳牛）、マーモセットおよびヒトを含むが、これらに限定されない。細胞は、例えば、培養され得る。細胞は、哺乳類（上記の例を参照されたい）、魚類、両生類、または鳥類などの生体中のものも含み得る。このような態様において本方法は、患者における腫瘍の発生リスクの診断であり得るか、または含み得る。本方法は、癌などの腫瘍の診断であり得るか、または含み得る。
【０２３５】
それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の３６７番目のアミノ酸の同定を含み得る。３６７番目のシステインの存在は、癌細胞に癌化することを含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の３８８番目のアミノ酸の同定も含み得る。３８８番目のグリシンに代わるアルギニンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は肝臓細胞である。いくつかの態様において、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の３８８番目のアミノ酸を同定する方法において、細胞におけるＦＧＦＲ４受容体をコードする遺伝子の遺伝子型はさらに測定される。ホモ接合型遺伝子型ＦＧＦＲ４３８８Ａｒｇ、すなわち、細胞がホモ接合型で３８８番目にアルギニンをコードするＦＧＦＲ４は、癌細胞への癌化の性質の増加を意味する。
【０２３６】
それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１の２５２番目のアミノ酸の同定も含み得る。２５２番目のプロリンに代わるセリンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性に変わる性質の増加を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の３８８番目のアミノ酸の同定も含み得る。このような細胞は、一般的に肝細胞である。３８８番目のグリシンに代わるアルギニンの存在は、肝細胞癌細胞への癌化の性質の増加を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の５３１および／または８２２番目のアミノ酸の同定も含み得る。５３１番目のセリンに代わるロイシンの存在および／または８２２番目のプロリンに代わるロイシンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの８９番目のアミノ酸の同定も含み得る。８９番目のロイシンに代わるアルギニンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は胃細胞である。それぞれの方法は、お発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの５３１番目のアミノ酸の同定も含み得る。５３１番目のトリプトファンに代わるアルギニンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞はＴ細胞である。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの５８７番目のアミノ酸の同定も含み得る。５８７番目のプロリンに代わるロイシンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は肺細胞である。このような方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＹＫ２の３６２番目のアミノ酸の同定も含み得る。３６２番目のバリンに代わるフェニルアラニンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は脳細胞または造血系/リンパ系の細胞である。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼC末端Ｓｒｃキナーゼ（ＣＳＫ）の２６番目のアミノ酸の同定も含み得る。２６番目のグルタミンと異なるアミノ酸の存在は、癌細胞への癌化を含む腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は腸細胞である。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１の９８５番目のアミノ酸の同定も含み得る。９８５番目のセリンに代わるアスパラギンの存在は、癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質の増加を意味する。いくつかの態様において、このような細胞は腎臓細胞である。
【０２３７】
癌細胞への癌化を含む、腫瘍原性へ変わる性質を有する細胞の同定方法は、例えば癌の予想または診断方などの、他の診断または予想方法と組み合わせて用い得る。説明に役立つ実例としては、目的の細胞が肝臓細胞である場合、マーカータンパク質であるαフェトタンパク質のレベルが測定され得る（上記および下記を参照されたい）。本発明の方法は、他の所望の方法とも組み合わせ得る。いくつかの態様において、本発明による方法は、問題となっているそれぞれの組織型の細胞の１つ以上のマーカー遺伝子の発現の検出と組み合わせうる。任意のこのような組み合わせは、アポトーシス誘導試薬に耐性の、それぞれの細胞の同定方法と共に実行することもできる（下記を参照されたい）。
【０２３８】
この点において、本発明はさらに、アポトーシス誘導試薬に耐性の細胞、すなわち、化学療法耐性の細胞の同定方法を供給する。それぞれの方法は、細胞中のタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の測定を含み得る。このような方法は、さらに、対照の測定結果と共に得た測定結果とを比較することを含む。タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の増加は、細胞のアポトーシス誘導試薬に対する耐性を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の５３１番目のアミノ酸の同定を含み得る。５３１番目のセリンに代わるロイシンの存在は、細胞のアポトーシス誘導試薬に対する耐性の増加を意味する。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の、８２２番目のアミノ酸の同定を含み得る。８２２番目のプロリンに代わるロイシンの存在は、細胞のアポトーシス誘導試薬に対する耐性の増加を意味する。さらにそれぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの８９番目のアミノ酸の同定を含み得る。８９番目のロイシンに代わるアルギニンの存在は、細胞のアポトーシス誘導試薬に対する耐性の増加を意味する。いくつかの態様において、それぞれの細胞はＴ細胞である。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの５３１番目のアミノ酸の同定も含み得る。５３１番目のトリプトファンに代わるアルギニンの存在は、細胞のアポトーシス誘導試薬の耐性の増加を意味する。いくつかの態様において、それぞれの細胞はＴ細胞である。それぞれの方法は、発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの５８７番目のアミノ酸の同定を含み得る。５８７番目のプロリンに代わるロイシンの存在は、細胞のアポトーシス誘導試薬に対する耐性の増加を意味する。いくつかの態様において、それぞれの細胞はＴ細胞である。上記のアミノ酸交換のうちの一つは、例えば癌細胞を含む細胞内で抗アポトーシス効果を増幅させることによる化学療法耐性を与え得る。上記の本方法のいずれかを組み合わせ得ることが理解される。
【０２３９】
ＶＩＩ．変異体キナーゼ活性を調節する化合物の同定
本開示では、本発明の変異体タンパク質キナーゼポリペプチドまたはタンパク質キナーゼポリペプチド変異体の活性を調節することができる化合物を同定する方法も包含される。前記変異キナーゼポリペプチドまたはタンパク質キナーゼ変異体は、上記で詳細に述べたものから選択される。
【０２４０】
本明細書中で用いられる用語「キナーゼ活性」は、キナーゼの触媒活性に関連し、かつしたがってキナーゼ触媒ドメインが基質リン酸化する割合を定義する。触媒活性は、例えば、リン酸化物に変換された基質の量を時間の関数として決定することにより、比較することができる。触媒活性は、本発明の方法は、時間定数の維持、および一定時間後のリン酸化した基質の濃度の特定により測定することができる。基質のリン酸化反応は、タンパク質キナーゼの活性部位で起こる。活性部位は通常、基質がタンパク質キナーゼに結合し、かつリン酸化される空洞である。用語「キナーゼ活性」は、天然の結合相手へのキナーゼの結合にも関連するが、リン酸化反応を含むことはない。
【０２４１】
用語「キナーゼ触媒ドメイン」は、一般的に２５−３００アミノ酸長を参照し、かつＡＴＰまたはＧＴＰなどの高エネルギーリン酸供与体分子よりリン酸転移反応を自身に（自動リン酸化反応）または他のタンパク質に（非相同的なリン酸化反応）行う、タンパク質キナーゼの領域に関与する。タンパク質キナーゼの触媒ドメインは、１２のサブドメインからなる高度に保存されたアミノ酸残基を含み、かつ適切なポリペプチドのフォールディングおよび触媒反応に関与する。触媒ドメインは例えば、非重複性タンパク質データベースに対するタンパク質配列のＳｍｉｔｈ‐Ｗａｔｅｒｍａｎ配置などで、同定することができる。
【０２４２】
本明細書中で用いられる用語「基質」は、本発明のキナーゼによってリン酸化された分子を参照する。キナーゼリン酸化の基質は、セリン/スレオニンまたはチロシンアミノ酸上にある。分子は別のタンパク質またはポリペプチドであり得る。
【０２４３】
「機能的」ドメインによるとは、他のタンパク質とのアミノ酸配列の相同性より予測される、または特異的な立体構造を生じさせ得るアミノ酸配列の存在（すなわち、コイルド−コイル）による、制御的または触媒的役割を担うポリペプチドの任意の領域を意味する。
【０２４４】
用語「調節する」は、本発明の変異キナーゼまたはキナーゼ変異体の機能の変化させる化合物の能力を参照する。修飾因子は、一般的にキナーゼに曝露した化合物の濃度に依存して、本発明の変異キナーゼまたはキナーゼ変異体の活性を活性化または阻害する。いくつかの態様において、修飾因子は本発明の変異キナーゼまたはキナーゼ変異体の活性を阻害する。化合物は、天然型と変異型を、および／または前記キナーゼの特有の変異型を区別し得る。
【０２４５】
用語「活性化する」は、キナーゼの細胞性活性を増加させることを参照する。用語「阻害する」は、キナーゼの細胞性活性を減少させることを参照する。キナーゼ活性は、リン酸化反応を含む、天然の結合相手との相互作用であり得る。
【０２４６】
用語「〜を調節する」は、キナーゼと天然の結合相手間で複合体が形成される可能性を増加または減少させることによって、本発明の変異体キナーゼの機能を変化させることも参照する。修飾因子は、キナーゼに曝露された化合物の濃度に依存して、キナーゼと天然の結合相手間でこのような複合体が形成される可能性を増加または減少し得る。いくつかの態様において、修飾因子はキナーゼと天然の結合相手間で複合体が形成される可能性を減少させる。
【０２４７】
用語「複合体」は、互いに結合した少なくとも２つの分子の会合を参照する。シグナル伝達複合体は、互いに結合した少なくとも２つのタンパク質分子をしばしば含む。例えば、タンパク質チロシン受容体タンパク質キナーゼ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、ＲＡＦ、およびＲＡＳは、分裂促進リガンドに応答して会合し、シグナル伝達複合体を形成する。
【０２４８】
用語「天然の結合相手」は、細胞内でキナーゼと結合するポリペプチド、脂質、低分子量分子、または核酸を参照する。天然の結合相手は、ＡＴＰまたはＧＴＰ、もしくはこれらのアナログなどのヌクレオチド、もしくはタンパク質であり得る。いくつかの態様において、シグナル伝達経路に関与するタンパク質である。キナーゼと天然の結合相手との相互作用の変化は、相互作用を形成する可能性の増加または減少、またはキナーゼ／天然の結合相手複合体の濃度の増加または減少として自らを明示することができる。
【０２４９】
このような方法は、（ａ）本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体を試験物質と接触させるステップと、（ｂ）前記ポリペプチドの活性を測定するステップと、および（ｃ）前記物質が前記ポリペプチドの活性を調節するかどうかを特定するステップ、とを含む。
【０２５０】
細胞内で変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体を調節する化合物の同定方法も、本発明の範囲に含まれる。前記方法は、（ａ）細胞内で変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体を発現するステップと、（ｂ）試験物質を前記細胞に添加するステップと、および（ｃ）細胞内で表現型または前記ポリペプチドと天然の結合相手との相互作用の変化をモニターするステップと、を含む。
【０２５１】
一態様において、このような方法に用いられる細胞は、例えば癌細胞株などの癌細胞である。このような方法に適切な細胞の例としては、本発明の実施例の項目で同定されたもの、すなわち、変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体が最初に同定された細胞である。
【０２５２】
本明細書中で用いられる用語「発現する」は、細胞内でキナーゼ遺伝子を含む核酸ベクターより産生された、本発明の変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体を参照する。核酸ベクターは、本明細書で述べられる当該分野で既知の技術を用いて、細胞内に形質移入される。
【０２５３】
本発明の方法はしたがって、化合物の存在下で本発明の変異体キナーゼを産生する細胞の培養、およびキナーゼ活性のレベルの変化の検出を含む、変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体活性の、アゴニストまたはアンタゴニストの検出にも関連する。同定された化合物はしたがって、化合物の存在を示す活性の変化を産生する。化合物は、例えば、血清、体液、または細胞抽出物などの複合体混合物中に存在し得る。一旦化合物が同定されると、当該技術分野で既知の技術を用いて単離することができる。
【０２５４】
本発明は、前記細胞および／または生体に本発明のキナーゼのアゴニストまたはアンタゴニストを、前記アゴニズムまたはアンタゴニズムを生じさせるのに十分な量で投与することを含む、細胞内および／または哺乳類(例として下記を参照されたい)などの生体内での、キナーゼ関連活性のアゴナイズ化（刺激化）またはアンタゴナイズ化する方法も包含する。説明に役立つ実例としては、合成低分子有機化合物の形であるタンパク質キナーゼ阻害剤（下記を参照）またはタンパク質キナーゼ活性化因子が、この目的に用い得る。タンパク質キナーゼ阻害剤の最近の概観は、例えばＤａｎｃｅｙおよびＳａｕｓｖｉｌｌｅ  （Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ２，４，２９６‐３１３（２００７））、Ｔｈａｉｍａｔｔａｍ等（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｈａｍｌａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｅｓｉｇｎ  １３，２７５１‐２７６５（２００７））および  Ｌｉａｏ(Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ  ５０，３，４０９‐４２４（２００７）)に記載されている。
【０２５５】
いくつかの態様において、哺乳動物におけるアゴナイズ化(刺激化)またはアンタゴナイズ化キナーゼ関連活性は、それぞれのタンパク質キナーゼの発現または増幅の刺激化または減少を含む。タンパク質の発現または増幅の刺激化または減少する方法は、当該技術分野で既知である。説明に役立つ実例としては、アゴナイズ化キナーゼ関連活性は、いくつかの態様において、対応する非相同的なキナーゼの発現によって達成され得る。このような非相同的なキナーゼの組織選択性発現は、例えば、肝臓においてのみ発現することは、Ｂｒｏｗｎ等（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ１３７２（２００７））に述べられているように、それぞれの細胞または発現が制御されている生体内に存在しているマイクロＲＮＡを用いて達成し得る。
【０２５６】
さらなる例示的な実施例として、本発明の方法のいくつかの態様において、それぞれのタンパク質キナーゼの発現は、例えば、アプタマーまたはシュピーゲルマー（Ｓｐｉｅｇｅｌｍｅｒ）(登録商標)（Ｗ０  ０１／９２６５５に記載）などのノンコーディング核酸分子によって減少する。ノンコーディング核酸分子は、ｎｃ‐ＲＮＡであることもできる(天然型ｎｃ‐ＲＮＡ分子の導入として、例えばＣｏｓｔａ，ＦＦ，Ｇｅｎｅ （２００５）、３５７、８３‐９４を参照されたい)。ｎｃ‐ＲＮＡ分子の例としては、アンチセンスＲＮＡ分子、Ｌ‐ＲＮＡシュピーゲルマー、サイレンサーＲＮＡ分子（二本神経特異的サイレンサーなど）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）分子、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子、反復関連低分子干渉ＲＮＡ（ｒａｓｉＲＮＡ）分子、またはＰｉｗｉタンパク質と相互作用するＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）を含むが、これらに限定されない（短レビューとして、例えばＬｉｎ，Ｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００７）３１６，３９７を参照されたい）。
【０２５７】
低分子干渉ＲＮＡの使用は、特異的な遺伝子の「ノックダウン」ツールとなっている。合成低分子有機化合物とＲＮＡｉの違いの概要は、Ｗｅｉｓｓ等（Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．３，１２，７３９‐７４４（２００７））に述べられている。低分子干渉ＲＮＡは、転写後レベルに起こり、かつｍＲＮＡ分解に関連する、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を通じた遺伝子サイレンシングまたは遺伝子抑制に使用される。ＲＮＡ干渉は、ゲノムを保護する細胞性機構を意味する。ｓｉＲＮＡ分子は、ｓｉＲＮＡと複合的な酵素複合体との会合による、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と呼ばれる複合体の形成によって、それに相補的なＲＮＡの分解を仲介する。ｓｉＲＮＡはＲＩＳＣの一部となっており、かつ次に切断される相補的なＲＮＡ種の標的となっている。このことは、それぞれの遺伝子の発現の欠失を導く（短レビューとして、Ｚａｍｏｒｅ，ＰＤ，＆Ｈａｌｅｙ，Ｂ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０９，１５１９‐１５２４［２００５］を参照されたい）。この技術は、例えば、米国特許出願第２００５／０１９１６１８号に開示されているように、ＨＩＶのＲＮＡを切断する、サイレンシング寄生ＤＮＡ配列などに応用されている。
【０２５８】
最新の発明におけるこのようなｓｉＲＮＡの一般的な態様は、試験管内または生体内で合成された１０〜３５ヌクレオチドの分子、いくつかの態様においては１５〜２５ヌクレオチドの分子を含む。それぞれのｓｉＲＮＡ分子は、目的の細胞内で直接合成され得る（微生物および動物の一部である細胞を含む）。ｓｉＲＮＡ分子は、それぞれの細胞にも導入および／または運搬され得る。選択された生体内の細胞内にｓｉＲＮＡ分子を運搬する説明に役立つ実例としては、重鎖抗体断片（Ｆａｂ）の融合タンパク質および核酸結合タンパク質プロタミンへの非共有結合がある（Ｓｏｎｇ，Ｅ等、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  ２３，６，７０９‐７１７［２００５］）。本発明の一態様において、ｓｉＲＮＡ分子は目的のタンパク質キナーゼをコードするｍＲＮＡ分子の分解を誘導するのに用いられる。
【０２５９】
変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体に関連する機能を調節するのに十分な量の化合物を哺乳動物に投与することを含む、変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体活性の修飾因子による哺乳動物における疾患の治療方法も、本出願に包含される。
【０２６０】
疾患に対する新規治療法を探索する目的で、生物医学研究者および化学者は、タンパク質キナーゼの機能を阻害する分子を設計、合成、および試験した。いくつかの低分子有機分子は、タンパク質キナーゼの機能を調節する化合物のクラスを形成する。タンパク質キナーゼの機能を阻害する分子として報告されている例としては、ｂｉｓ−単環式、二環式または複素環式アリール化合物 （１９９２年１１月２６日に公開されたＭａｇｕｉｒｅ等、ＰＣＴ  Ｗ０  ９２／２０６４２）、ビニレン−アザインドール誘導体（１９９４年７月７日に公開された、Ｂａｌｌｉｎａｒｉ等、ＰＣＴ  Ｗ０  ９４／１４８０８）、1‐シクロプロピル−4‐ピリジル−キノロン（米国特許番号第５，３３０，９９２号）、スチリル化合物（米国特許番号第５，２１７，９９９号）、スチリル置換ピリジル化合物（米国特許番号第５，３０２，６０６号）、特定のキナゾリン誘導体 (欧州特許出願番号第０５６６２６６ＡＩ号)、セレオインドールおよびセレニド（１９９４年２月17日に公開されたＤｅｎｎｙ等、ＰＣＴ  ＷＯ  ９４／０３４２７）、三環系ポリヒドロキシル化合物（１９９２年１２月１０日に公開されたＤｏｗ、ＰＣＴ  Ｗ０  ９２／２１６６０）、およびベンジルホスホン酸化合物（１９９１年１０月１７日に出願されたＤｏｗ、ＰＣＴ  ＷＯ  ９１／１５４９５）を含むが、これらに限定されない。
【０２６１】
細胞膜を超え、かつ酸性加水分解に耐性の化合物は、患者に経口投与後、高度に生物が利用可能な治療薬となることができる、潜在的な利点を有する。しかしながら、多くのこれらのタンパク質キナーゼ阻害剤は、タンパク質キナーゼの機能を弱く阻害するにすぎない。さらに、多くはさまざまなタンパク質キナーゼを阻害し、かつ疾患の治療薬として複合的な副作用を引き起こす。
【０２６２】
キナーゼ活性を調節することができる物質の他の例としては、インドリノン（ｉｎｄｏｌｉｎｏｎｅ）、チロホスチン、キナゾリン、キノキサリン（ｑｕｉｎｏｘｏｌｉｎｅ）、およびキノリンを含むが、これらに限定されない。上記で参照されるインドリノン、キナゾリン、チロホスチン、キノリン、およびキノキサリンは、文献に記載されている既知の化合物などを含む。
【０２６３】
例えば、インドリノン化合物が記載されている代表的な文献は、ＷＯ  ９６／２２９７６号（Ｂａｌｌｉｎａｒｉ等によって１９９６年８月１日に出願）、Ｔａｎｇ等による米国特許出願第０８／７０２，２３２号および０８／４８５、３２３，およびＢａｌｌｉｎａｒｉ等による国際特許出願WO  ９６／２２９７６号を含み、任意の図面を含むこれらの全体が、参考文献としてすべて本明細書に組み入れられる。
【０２６４】
キナーゼの機能的修飾因子としてのキナゾリンの使用に関連する刊行物としては、Ｂａｒｋｅｒ等、欧州特許出願第０５２０７２２Ａ１号；Ｊｏｎｅｓ等、米国特許出願第４，４４７，６０８号；Ｋａｂｂｅ等、米国特許第４、７５７、０７２号；ＫａｕｌおよびＶｏｕｇｉｏｕｋａｓ、米国特許番号第５，３１６，５５３号；ＫｒｅｉｇｈｂａｕｍおよびＣｏｍｅｒ、米国特許番号第４，３４３，９４０号；ＰｅｇｇおよびＷａｒｄｌｅｗｏｒｔｈ、欧州特許出願第０５６２７３４Ａ１号；Ｂａｒｋｅｒ等、Ｐｒｏｃ．ｏｆ  Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３２：３２７（１９９１）；Ｂｅｒｔｉｎｏ，Ｊ．Ｒ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３：２９３‐３０４（１９７９）；Ｂｅｒｔｉｎｏ，Ｊ．Ｒ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ９（２  ｐａｒｔ  １）：２９３‐３０４（１９７９）；Ｃｕｒｔｉｎ等、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ５３：３６１‐３６８  （１９８６）；Ｆｅｒｎａｎｄｅｓ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４３： １１１７‐１１２３ （１９８３）；Ｆｅｒｒｉｓ等、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ  ４４（２）：１７３‐１７８；Ｆｒｙ等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６５：１０９３‐１０９５（１９９４）；Ｊａｃｋｍａｎ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５１：５５７９‐５５８６ （１９８１）；Ｊｏｎｅｓ等、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２９（６）：１１１４‐１１１８；ＬｅｅおよびＳｋｉｂｏ、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ２６（２３）：７３５５‐７３６２（１９８７）；Ｌｅｍｕｓ等、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ． ５４：３５１１‐３５１８（１９８９）；ＬｅｙおよびＳｅｎｇ、Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  １９７５：４１５‐５２２（１９７５）；Ｍａｘｗｅｌｌ等、Ｍａｇｎｅｔｉｃ  Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １７：１８９‐１９６（１９９１）；Ｍｉｎｉ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４５：３２５‐３３０ （１９８５）；ＰｈｉｌｌｉｐｓおよびＣａｓｔｌｅ、Ｊ．Ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｉｃ  Ｃｈｅｍ．１７（１９）：１４８９‐１５９６（１９８０）；Ｒｅｅｃｅ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４７（１１）：  ２９９６‐２９９９（１９７７）；Ｓｃｕｌｉｅｒ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２３：Ａ６５ （１９８６）；Ｓｉｋｏｒａ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ２３：２８９‐２９５ （１９８４）；Ｓｉｋｏｒａ等、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．１７２：３４４‐３５５（１９８８）；を含み、任意の図面を含むこれらの全体が、参考文献としてすべて本明細書に組み入れられる。
【０２６５】
キノキサリンは、例えば、参照として任意の図面を含むその全体が本明細書に組み入れられるＫａｕｌおよびＶｏｕｇｉｏｕｋａｓによる米国特許第５，３１６，５５３号に記載されている。
【０２６６】
キノリンは、任意の図面を含むこれらの全体が、参考文献としてすべて本明細書に組み入れられるＤｏｎｅ等、J．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６２７‐２６２９（１９９４）；ＭａＧｕｉｒｅ，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２１２９‐２１３１（１９９４）；Ｂｕｒｋｅ等、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：４２５‐４３２（１９９３）；およびＢｕｒｋｅ等、Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  ２：１７７１‐１７７４（１９９２）に記載されている。
【０２６７】
チロホスチンは、任意の図面を含むこれらの全体が、参考文献としてすべて本明細書に組み入れられるＡｌｌｅｎ等、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９１：１４１‐１５６ （１９９３）；Ａｎａｆｉ等、Ｂｌｏｏｄ  ８２：１２：３５２４‐３５２９（１９９３）；Ｂａｋｅｒ等、Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ．１０２：５４３‐５５５（１９９２）；Ｂｉｌｄｅｒ等、Ａｍｅｒ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｓｏｃ．ｐｐ．６３６３‐６１４３：Ｃ７２１‐Ｃ７３０（１９９１）；Ｂｒｕｎｔｏｎ等、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｓｃｈ．３３：５５８（１９９２）；Ｂｒｙｃｋａｅｒｔ等、Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １９９：２５５‐２６１ （１９９２）；Ｄｏｎｇ等、Ｊ．Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ５３：５３‐６０（１９９３）；Ｄｏｎｇ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１（５）：２７１７‐２７２４（１９９３）；Ｇａｚｉｔ等、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３２：２３４４‐２３５２（１９８９）；Ｇａｚｉｔ等、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：３５５６‐３５６４（１９９３）；Ｋａｕｒ等、Ａｎｔｉ‐Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇｓ  ５：２１３‐２２２（１９９４）；Ｋａｕｒ等、Ｋｉｎｇ等、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２７５：４１３‐４１８（１９９１）；Ｋｕｏ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ７４：１９７‐２０２（１９９３）；Ｌｅｖｉｔｚｋｉ，Ａ．，Ｔｈｅ  ＦＡＳＥＢ  Ｊ．６：３２７５‐３２８２（１９９２）；Ｌｙａｌｌ等、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ。２６４：１４５０３‐１４５０９（１９８９）；Ｐｅｔｅｒｓｏｎ等、Ｔｈｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  ２２：３３５‐３４５（１９９３）；Ｐｉｌｌｅｍｅｒ等、Ｉｎｔ．J．Ｃａｎｃｅｒ  ５０：８０‐８５（１９９２）；Ｐｏｓｎｅｒ等、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ４５：６７３‐６８３（１９９３）；Ｒｅｎｄｕ等、Ｂｉｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ４４（５）：８８１‐８８８（１９９２）；ＳａｕｒｏおよびＴｈｏｍａｓ、Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ５３：３７１‐３７６（１９９３）；ＳａｕｒｏおよびＴｈｏｍａｓ、Ｊ． Ｐｈａｒｍ．ａｎｄ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ２６７（３）：１１９−１１２５  （１９９３）；Ｗｏｌｂｒｉｎｇ等、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９（３６）：２２４７０‐２２４７２（１９９４）；およびＹｏｎｅｄａ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５１：４４３０‐４４３５（１９９１）；に記載されている。
【０２６８】
修飾因子として使用することができる他の化合物は、参照としてその全体が任意の図面を含む、本明細書に組み入れられる、１９９６年８月２３日に出願された米国特許出願第０８／７０２，２３２号に記載されている、オキシンドリノン（ｏｘｉｎｄｏｌｉｎｏｎｅ）を含む。
【０２６９】
変異体キナーゼの活性を調節する他の物質は、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび抗体を含み得る。
ＶＩＩＩ．本発明の分子の使用方法
【０２７０】
本発明は、本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体もしくはそれと等価な配列のものを含む、ヒト細胞を選別する方法も含む。本方法は、当該分野で通常かつ標準の技術（例えば、クローニング、サザンまたはノーザンブロット解析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ＰＣＲ増幅等）を用いた、ヒト細胞における変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の同定に関連する。
【０２７１】
本発明の変異体キナーゼまたはキナーゼ変異体の活性を調節する物質を、治療を必要とする患者に投与することによる、病気または疾患の治療または予防方法も提供される。このような化合物の同定方法は上記で述べた。いくつかの態様において、治療または予防すべき病気または疾患は、例えば、変異または生殖系列の変化に起因する異常なキナーゼ機能などの、異常なシグナル伝達経路に関連する。本発明の方法により治療または予防されるべき病気または疾患は、例えば、癌であり得る。
【０２７２】
異常なキナーゼ機能が変異に起因する場合、変異は活性化変異、すなわち、恒常的なキナーゼの活性化を導く変異である。このような変異は、例えば、キナーゼの分子間または分子内制御を損なっている。
【０２７３】
あるいは、上記で開示および述べたキナーゼ遺伝子における生殖系列の変化は、変化したキナーゼの機能も導く。この変化した機能は、キナーゼの調節解除、増幅活性、および天然の結合相手または既知のキナーゼ調節化合物などの薬剤に対する感受性の増加または減少も含むことができる。このような生殖系列の変化によるキナーゼの機能の変化は、とりわけ、キナーゼ機能の変化が一つの原因に過ぎない腫瘍の発生および必然的に多くの異常の蓄積に依存する進行としての、癌などの増殖性の疾患を発生するための性質を導き得る。
【０２７４】
用語「予防」は、生体が収縮または異常な状態を発生する可能性の減少を参照する。
【０２７５】
用語「治療」は、治療効果を有し、かつ少なくとも部分的に生体内の異常な状態を緩和または抑制することを参照する。
【０２７６】
用語「投与する」は、生体の細胞または組織内に化合物を取り込ませる方法に関連する。
【０２７７】
用語「シグナル伝達経路」は、細胞外シグナルを伝播させて、細胞膜を通じて細胞内シグナルになる分子を参照する。このシグナルは、よって細胞応答を刺激することができる。シグナル伝達プロセスに関与するポリペプチド分子は、一般的にタンパク質キナーゼ、より特異的には、受容体および非受容体タンパク質チロシンキナーゼ、セリン／スレオニンキナーゼならびに二重特異性キナーゼである。一般的に受容体および非受容体タンパク質フォスファターゼ、核酸交換因子、および転写因子にも関連する。シグナル伝達は、ＳＲＣ相同性２および３ドメイン（ＳＨ２およびＳＨ３）、ホスホチロシン結合ドメイン（ＰＴＢ）、プレクストリン相同性ドメイン（ＰＨ）、プロリンリッチ領域、コイルド−コイル構造、ＷＷドメインなどを含むがこれらに限定されない、これらのすべてが当業者にとって既知の、さまざまなシグナリングドメインを介して仲介し得る。
【０２７８】
用語「治療効果」は、異常な状態を引き起こすか、または寄与する因子の阻害または活性化を参照する。治療効果は、ある程度１つ以上の異常な状態の兆候を軽減する。
【０２７９】
シグナル伝達プロセスにおけるキナーゼの機能と併せた用語「異常」または「異常な」は、生体内で過剰発現または低発現した、野生型タンパク質キナーゼの活性よりも触媒活性は低下または上昇するように変化した等、もはや天然の結合相手と相互作用できないように変化した等、別のタンパク質キナーゼまたはタンパク質フォスファターゼによりもはや修飾できない、またはもはや天然の結合相手と相互作用しない、キナーゼを参照する。
【０２８０】
本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体によって引き起こされた異常な状態は、生体の細胞または組織が、生体内または生体外に存在する場合に、予防または治療され得る。生体外に存在する細胞は、細胞培養皿内で維持または生育できる。生体内にいる細胞に対して、当該分野では経口、非経口、経皮、注射、およびエアロゾル適用を含む（がこれらに限定されない）、化合物を投与する多くの技術が存在している。生体外の細胞に対して、当該分野では細胞マイクロインジェクション技術、形質転換技術、および担体技術を含む（がこれらに限定されない）化合物を投与する複数の技術が存在している。
【０２８１】
異常な状態は、生体に対するシグナル伝達経路の異常を有する一群の細胞に化合物を投与することで、予防または治療することもできる。生体機能への化合物の投与の効果は、次にモニターすることができる。生体は、例えばマウス、ラット、ウサギ、モルモット、ヤギ、サルまたは類人猿などの哺乳動物であることができる。いくつかの態様において、生体はヒトである。
【０２８２】
用語「異常な状態」は、その生体内の通常の機能から逸脱する、生体の細胞または組織における機能を参照する。異常な状態は、細胞増殖、細胞分化、または細胞の生存に関与する。
【０２８３】
異常細胞生存状態は、癌、繊維性および糸球体間質性の病気、血管新生および血管形成異常、創傷治癒、乾癬、糖尿病、ならびに炎症を含む。さらに、前記増殖性の病気は、プログラムされた細胞死（アポトーシス）経路が抑制された状態に関連する。多くのタンパク質キナーゼがアポトーシス経路と関連し、いずれか一つのタンパク質キナーゼの機能の異常は細胞の不死化を導く。
【０２８４】
本発明に含まれる他の方法は、疾患または病気に対する診断ツールとして、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体の検出に有用である。このような方法は、（ａ）サンプルと、本発明の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体またはその相補体をコードする核酸の標的領域とハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップと、（b）プローブの存在または量を検出するステップ（標的領域ハイブリッドは、病気または疾患の目安）、とを含み得る。
【０２８５】
キナーゼ変異体またはキナーゼ変異体に関与する病気または疾患は、例えば、癌などの増殖性の病気または疾患である。
【０２８６】
いくつかの態様において、核酸プローブは、標的領域が図３２および３３に記載の変異または変化のうちの一つを含むという条件で、配列番号１−２５６または５１３−６４２に記載の、少なくとも約１０、約１５、約２０、約３０、約４０、約５０、約７５、約１００、約１５０、約２００、約２５０、約３００または約３５０の連続的なアミノ酸配列、または対応する全長アミノ酸配列、またはそれらの機能的な派生物をコードする変異体キナーゼの標的領域とハイブリダイズする。ハイブリダイゼーション条件は、他の核酸分子の存在下でキナーゼ遺伝子とのみハイブリダイゼーションするものでなければならない。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では、高度に相補的な核酸配列のみがハイブリダイズする。約２０の連続的なヌクレオチド配列中に、１つ以上のミスマッチを有する核酸とのハイブリダイゼーションを妨げるという条件の使用が所望される。
【０２８７】
サンプル中のキナーゼの核酸の検出によって診断され得る疾患は、癌を含み得る。本発明の核酸プローブ法に適切な試験サンプルは、例えば、細胞または細胞の核酸抽出物、または生体の体液を含む。上記の方法で用いられるサンプルは、アッセイフォーマット、検出方法およびアッセイされる組織、細胞または抽出物の性質に基づいて変動する。細胞の核酸抽出物を調製する方法は当該技術分野で既知であり、かつ本方法の利用に適合するサンプルを獲得するために容易に適合する。
【０２８８】
ＩＸ．製剤処方および投与経路
本明細書で述べる化合物はそれ自体がヒト患者に投与することができ、または医薬組成物においては他の有効な成分と、併用療法においては、もしくは担体または賦形剤と混合される。即時適用の化合物の剤形および投与に対する技術は、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ，最新版」で見つけることができる。例示的な経路は、経口、経皮、非経口配送を含むが、これらに限定されない。
【０２８９】
適切な投与経路は、例えば、徐放性製剤、経口、直腸、経粘膜、または腸管投与；筋肉内、皮下、静脈内、髄内注射、および髄腔内、直接脳（心）室内、腹腔内、鼻腔内、または眼内注射を含む非経口配送を含み得る。
【０２９０】
または、例えば、注射を介して化合物を直接固形腫瘍内に、しばしば徐放性製剤または持続解放剤形で、全身より局所に化合物を投与し得る。
【０２９１】
さらに、例えば、腫瘍特異的な抗体で被覆されたリポソームなどの標的薬剤配送系で、薬剤を投与し得る。リポソームは標的化され、かつ腫瘍に対する選択性を利用する。
【０２９２】
本発明の化合物を含む医薬組成物は、例えば、従来の混合、溶解、顆粒化、糖衣化、粉末化、乳化、カプセル化、封入または凍結乾燥化として知られる工程を用いて、この様式で製造され得る。
【０２９３】
したがって本発明に従った医薬組成物の使用は、医薬的に用いることができる有効な化合物の製剤への加工を容易にする賦形剤および補助剤を含む、１つ以上の生理学的に許容される担体を用いて、従来の様式で処方され得る。適切な剤形は選択した投与経路に依存する。
【０２９４】
注射用には、本発明の薬剤は、例えばハンクス液、リンゲル液、または生理学的食塩緩衝液などの生理学的に適合する緩衝液に、水溶液として処方され得る。経粘膜の投与用には、障壁への浸透に適切な浸透剤が剤形として用いられる。このような浸透剤は通常、当該技術分野で既知である。
【０２９５】
経口投与用には、化合物は、有効な化合物と当該技術分野で既知の薬学的に許容される担体とを組み合わせることによって、容易に処方することができる。このような担体は、治療される患者の経口摂取のために、本発明の化合物を錠剤、丸剤、糖衣剤、カプセル、溶液、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などに処方することを可能にする。
【０２９６】
経口用の薬剤は、固体の賦形剤を添加し、得られた混合物を随意に粉砕後、顆粒混合物に加工し、所望であれば、錠剤または糖衣コアを獲得するために適切な補助剤の添加後、獲得することができる。適切な賦形剤は、特に、ラクトース、スクロース、マンニトール、またはソルビトールを含む糖質など；例えば、トウモロコシデンプン、小麦デンプン、稲デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、ガムトラガカント、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などのセルロース製剤、などの賦形剤である。
【０２９７】
所望であれば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、アルギン酸またはアルギン酸ナトリウムなどのその塩などの分解剤を添加し得る。
【０２９８】
糖衣コアは適切な被覆と共に提供される。この目的において、濃縮糖質溶液が使用され、随意にアラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル（ｃａｒｂｏｐｏｌ  ｇｅｌ）、ポリエチレングリコール、および／または二酸化チタン、ラッカー溶液、および適切な有機溶剤または溶媒混合物を含む。色素またはピグメントは、同定または有効な化合物の投与量の異なる組み合わせを特徴付けるために、錠剤または糖衣被覆に添加し得る。
【０２９９】
経口で使用される薬剤は、ゼラチン製の押し込み型カプセル、ならびにゼラチンおよびグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤製の、軟性封入カプセルを含む。押し込み型カプセルは、ラクトースなどの賦形剤、デンプンなどの結合剤、および／またはタルクまたはステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤、および随意に安定剤との混合物とともに、有効成分を含むことができる。軟性カプセルにおいては、有効な化合物は、脂肪油、液体パラフィン、または液体ポリエチレングリコールなどの適切な液体中に溶解または懸濁され得る。さらに、安定剤を加えることができる。経口投与用のすべての剤形は、このような投与に適切な投与量でなければならない。頬側投与用には、組成物は従来の様式によって処方される錠剤またはトローチの形状を取りうる。
【０３００】
吸入投与用には、本発明による化合物の使用は、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロメタン、二酸化炭素または他の適切な気体の使用と共に、加圧されたパックまたはネブライザーによって表示されたエアロゾルスプレーの形態で簡便に配送される。加圧されたエアロゾルの場合、投与量単位は計量された量で配送するためのバルブを提供することにより、測定し得る。例えばインヘラーまたは吸入器に使用されるゼラチンのカプセルおよびカートリッジは、化合物の混合粉体、および適切なラクトースまたはデンプンなどの原料粉末を含んで処方され得る。
【０３０１】
化合物は注射による非経口投与用に、例えば、ボーラス投与または持続注入に処方され得る。注射用の剤形は、例えば、保存剤が添加されたアンプルまたは複数回投与量の容器などの、投薬形態単位として示され得る。組成物は、油性または水性の賦型剤中の懸濁液、溶液または乳液として、このような形態を取り得、かつ懸濁剤、安定剤および／または分散剤などの賦形剤を含み得る。
【０３０２】
非経口投与用の製剤処方は、水溶性型の有効な化合物の水溶液を含む。さらに、有効な化合物の懸濁液は、適切な油性注入懸濁液として提供され得る。適切な親油性溶媒または賦型剤は、ゴマ油などの脂肪油、またはオレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、またはリポソームを含む。水溶性注入懸濁液は、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、またはデキストランなどの、懸濁液の粘度を増加させる物質を含み得る。随意に、懸濁液は、高濃度の溶液の調製を可能にするため、化合物の溶解性を増加させる適切な安定剤または薬剤も含み得る。
【０３０３】
あるいは、有効な成分は、例えば、使用前の滅菌無発熱物質水などの、適切な賦型剤を構成するための粉体形状であり得る。化合物は、例えば、ココアバターまたは他のグリセリド等の従来の坐薬基剤を含む、坐薬または停留浣腸などの直腸組成物として処方され得る。
【０３０４】
上記で述べた処方に加えて、化合物は徐放性製剤としても処方され得る。このような長時間作用する剤形は、注入（例えば、皮下または筋肉内）または筋肉内注射によって投与される。したがって例えば、化合物は、適切なポリマー性または疎水性物質（例えば、許容される油中に乳液として）またはイオン交換樹脂と共に、もしくは例えば、難溶性塩などの難溶性誘導体と共に、処方され得る。
【０３０５】
本発明の疎水性化合物の医薬担体は、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、および水相を含む共溶媒系である。共溶媒系は、ＶＰＤ共溶媒系であり得る。ＶＰＤは、３％ｗ／ｖのベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性剤ポリソルベート８０、および６５％ｗ／ｖのポリエチレングリコール３００の無水エタノール溶液である。ＶＰＤ共溶媒系（ＶＰＤ：Ｄ５Ｗ）は、５％デキストロース水溶液で１：１に希釈したＶＰＤを含む。
【０３０６】
この共溶媒系は疎水性化合物をよく溶解し、かつ全身投与において低毒性である。必然的に共溶媒系の比率は、溶解性および毒性の特徴を損なうことなく、大幅に変化し得る。
【０３０７】
さらに、共溶媒の組成物の同一性も変化し得る：例えば、ポリソルベート８０の代わりに他の低毒性非極性界面活性剤を用いうる；ポリエチレングリコールの粒径は変化し得る；他の生体適合性  ポリマーは、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンに置換され得る；および他の糖質またはポリサッカリドは、デキストロースに置換され得る。
【０３０８】
あるいは、疎水性医薬化合物のための他の配送系が用い得られる。リポソームおよび乳液は、疎水性薬物用の配送賦型剤または担体の、既知の例である。ジメチルスフホキシドなどの特定の有機溶媒も用い得るが、通常毒性が増加することが犠牲となる。さらに化合物は、治療薬を含む固形疎水性ポリマーの半透性マトリックスなどの徐放系を用いて、配送され得る。種々の型の徐放物質が確立しており、かつ当業者に既知である。徐放カプセルは、化学的な特性に依存し得、化合物を数週間から１００日の間放出する。治療薬の化学的な特性および生物学的な安定性に依存して、タンパク質の安定性に対するさらなる戦略が用い得る。
【０３０９】
医薬組成物は、適切な固相およびゲル相担体または賦型剤も含む。
【０３１０】
このような担体または賦形剤の例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、種々の糖質、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、およびポリエチレングリコールなどのポリマーを含むが、これらに限定されない。
【０３１１】
本発明の多くのキナーゼ調節化合物は、薬剤的に適合する対イオンとの塩として提供され得る。薬剤的に適合する塩は、塩酸、硫酸、酢酸、乳酸、酒石酸、リンゴ酸、コハク酸などを含む多くの酸と形成し得るが、これらに限定されない。塩は、遊離塩基型に対応する、水系または他のプロトン性溶媒により溶解する傾向がある。
【０３１２】
本発明の使用に適切な医薬組成物は、本来の目的を達成するのに効果的な量の有効な成分を含む、組成物を含む。より特異的には、治療に効果的な量は、疾患の兆候を予防、緩和または改善するのに、もしくは治療を受けた患者の生存が延長するのに効果的な化合物の量を意味する。治療に効果的な量の特定は、当業者が好意的に許容する範囲で、特に本明細書で提供される発明の詳細な説明を考慮する。
【０３１３】
本発明の方法において用いられる任意の化合物、治療に効果的な投与量は、最初に細胞培養アッセイより見積もることができる。例えば投与量は、細胞培養において測定されたＩＣ５０（すなわち、キナーゼ活性の最大阻害の半量を達成する、試験化合物の濃度）を含む、血中濃度の範囲を達成するために、動物モデルにおいて処方することができる。このような情報は、ヒトにおける有用な投与量をより正確に測定するために使用することができる。
【０３１４】
本明細書中で述べている化合物の毒性および治療効果は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％が死滅する投与量）およびＥＤ５０（集団の５０％に治療効果がある投与量）を特定するなどの、細胞培養または実験動物における標準的な医薬方法で測定することができる。毒性効果と治療効果間の用量比は、治療指数であり、かつＬＤ５０とＥＤ５０間の比として表される。高い治療指数を示す化合物を使用することが所望される。これらの細胞培養アッセイおよび動物実験より得られたデータは、ヒトにおいて使用する場合の投与量の範囲を公式化するのに用いることができる。このような化合物の投与量は、好ましくは弱毒性または無毒性のED５０を含む、血中濃度の範囲中にある。投与量は、使用する投与量の形態および投与に利用する経路に依存する、この範囲内で変動し得る。正確な剤形、投与の経路および投与量は、患者の状態を考慮して、個々の医師が選ぶことができる（例えば、Ｆｉｎｇｌ等、（１９７５）Ｔｈｅ  Ｐｈａｍｌａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，第1章第1ページを参照）。
【０３１５】
投与量および投与間隔は、キナーゼ調節効果、または最小効果濃度（ＭＥＣ）を維持するのに十分な、有効な部分の血漿レベルを提供するために、個々に調節しうる。ＭＥＣはそれぞれの化合物によって変動するが、例えば、キナーゼの５０‐９０％阻害を達成するのに必要な濃度などの、試験管内データより見積もることができる。ＭＥＣを達成するのに必要な投与量は、個々の特性および投与経路に依存する。しかしながら、ＨＰＬＣアッセイまたはバイオアッセイは、血漿濃度を決定するのに使用することができる。
【０３１６】
投与間隔は、ＭＥＣ値を用いて測定することもできる。化合物は、投与時間の１０‐９０％、例えば、投与時間の約５０〜約９０％などの、投与時間の約３０〜約９０％で、ＭＥＣ以上の血漿レベルを維持する投薬計画用いて投与されなければならない。
【０３１７】
局所投与または選択的な吸収の場合、効果的な薬剤の局所濃度は血漿濃度に関連し得ない。投与された組成物の量は、当然、治療を受ける患者、患者の体重、苦痛の重篤度、投与の様式、および処方医師の判断に依存する。
【０３１８】
組成物は、所望であれば、パックまたはディスペンサー装置、または１つ以上の有効な成分を含む投薬形態単位を含み得るディスペンサー装置とすることができる。パックは、例えば金属またはプラスチック箔、ブリスターパックなどを含み得る。パックまたはディスペンサー装置は、投与用の取扱説明書を添付し得る。パックまたはディスペンサーは、ヒトまたは動物への投与用の化合物の形態が政府機関による承認を反映する、製造、使用、または医薬の販売を制限する、政府機関によって規定される形式で、容器と関連する公示書も添付し得る。このような公示書は、例えば、米国食品医薬品局または他の政府機関によって承認された処方薬、または承認された生産物の挿入物を標識し得る。
【０３１９】
適合する医薬担体に処方された本発明の化合物を含む組成物は、提供され、適切な容器内に入れられ、および表示された状態を治療するためにラベルされる。ラベルに表示された適切な状態は、例えば、癌の治療を含む。
【０３２０】
本発明を容易に理解され得、かつ実用化するために、以下の限定されない実施例を用いて、特定の態様について述べる。
【発明を実施するための形態】
【０３２１】
図１は、チロシンキナーゼトランスクリプトーム（ＴＫＴ）における遺伝的な変化に関する腫瘍細胞株の特徴を図示する。図１Ａ：サンプル。組織の起源およびそれらに由来する腫瘍細胞株の数が要約されている。図１Ｂ：遺伝子変異のパターン。２５４種の腫瘍株および７種の対照細胞株のそれぞれについて、チロシンキナーゼトランスクリプトーム内の非同義遺伝子変異の特異的なパターンが提供され（図３０）、かつ見本として５種の皮膚由来の腫瘍細胞株が染まされている。生殖系列多型および体細胞変異は、青および黄色でそれぞれ強調されている。図１Ｃ：ＴＫＴあたりの遺伝子変異。検出された体細胞性（白）または生殖系列（黒）の変化を表示した数字と共に示した腫瘍細胞株の数が例示されている。
【０３２２】
図２は、２７６種の腫瘍細胞株および対照サンプルの転写産物において検出された、遺伝子変異に関するタンパク質チロシンキナーゼ遺伝子の特徴を図示する。ＦＧＦＲ４に対して例示されているように、同定された遺伝子変異のスペクトル、および影響を受けた腫瘍細胞株または対照サンプルの対応するパターンが、それぞれのチロシンキナーゼ遺伝子について測定された（図３１）。所定の配列変異体を有する全体のサンプル数が示され、かつ影響を受けた癌細胞株はそれらの組織の起源により細分される。体細胞変異は下線部で示され、残りの部分は生殖系列の多型である。ヘテロ接合型はシャープで示され、他のサンプルはそれぞれの変化を有するホモ接合型である。
【０３２３】
図３は、２７６種の癌細胞株および対照サンプルのＴＫＴにおいて同定された、非同義多型の分布を示す。図３Ａ：生殖系列の変化の比率。４つの頻度分類に細分した、ミスセンス（ＭＩＳ）またはナンセンス（ＮＳ）置換、欠失（ＤＥＬ）および挿入（ＩＮＳ）の比率（１、２‐５、６‐１０または１０以上の影響を受けたサンプル）が要約されている。図３Ｂ：同定された多型のドメイン局在。特有のドメインまたは他のタンパク質領域において検出した多型の数が示されている。図３Ｃ：生殖系列の変化の組織分布。すべての多型に対して、組織分布（ＢＬ：膀胱；ＢＳ：骨および軟組織；ＢＡ：脳；ＢＥ：乳房；ＣＶ：頸部および外陰部；ＣＯ：大腸；ＥＰ：子宮内膜および胎盤；ＨＮ：頭部および頸部；ＨＬ：造血系およびリンパ系；ＫＩ：腎臓；ＬＩ：肝臓；ＬＵ：肺；ＯＶ：卵巣；ＰＡ：膵臓；ＰＲ：前立腺；ＳＫ：皮膚；ＳＴ：胃；ＴＥ：精巣；ＴＹ：甲状腺、ＮＯ：正常対照サンプル）が測定され（図３３）、かつここに示すものは本明細書中に述べられている。数字の組は、その遺伝子型にかかわらず対応する遺伝子を発現する、同じ組織起源のすべての細胞株のサブセットとしての表示された変異体のキャリアの数を示す。新規の生殖系列の変化は太字で強調され、括弧の数字は、それぞれの多型が癌と関連する以下の引用文献に関連する：１：Uｌｌｒｉｃｈ、A．等、Ｎａｔｕｒｅ，３１３：７５６‐７６１，１９８５；２： Ｇａｌｌａｎｄ，Ｆ．等、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，８：１２３３‐１２４０，１９９３；３：Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｌ．Ｓ．等、Ｊ  Ｕｒｏｌ，１７２：１２５６‐１２６１，２００４；４：Ｇｉｍｍ，Ｏ．等、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ，８４：２７８４‐２７８７，１９９９；５：Ｇｒｅｃｏ，Ａ．等、  Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ，６４：１２０７‐１２１０，１９９９；６：Ｗａｌｔｅｒ，Ｊ．Ｗ．等、Ｇｅｎｅｓ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ  Ｃａｎｃｅｒ，３３：２９５‐３０３，２００２；７：Ｗａｌｔｅｒｓ，Ｄ．Ｋ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  １０：６５‐７５，２００６；８：Ｘｉｅ，Ｄ．等、Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ，９２：４１２‐４１７，２０００；９：Ｂａｎｇｅ，Ｊ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，６２：８４０‐８４７，２００２；１０：Ｔｊｉｎ，Ｅ．Ｐ．等、Ｂｌｏｏｄ，１０７：７６０‐７６８，２００６；１１：Ｌｅｅ，Ｊ．Ｈ．、等、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，１９：４９４７‐４９５３，２０００；１２：Ｂｏｕｎａｃｅｒ，Ａ．等、Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ，８６：１９２９‐１９３６，２００２；１３：Ｓｔｕｒｌａ，Ｌ．Ｍ．等、Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ，８９：１２７６‐１２８４，２００３；１４：Ｍａ，Ｐ．Ｃ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，６５：１４７９‐１４８８，２００５；１５：Ｍｏｒｉａｉ，Ｔ．等、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ，９１：１０２１７‐１０２２１，１９９４；１６：Ｃｏｌｌｅｓｉ，Ｃ．等、Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １６：５５１８‐５５２６，１９９６；１７：Ｌｙｎｃｈ，Ｔ．Ｊ．，Ｂｅｌｌ等、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ，３５０：２１２９‐２１３９，２００４；１８：Ｈｕｕｓｋｏ，Ｐ．等、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ，３６：９７９‐９８３，２００４��１９：Ｂｅｇｈｉｎｉ、Ａ．等、Ｈｅｍａｔｏｌ  Ｊ，３：１５７‐１６３，２００２；２０：Ｋｏｎｇ‐Ｂｅｌｔｒａｎ，Ｍ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，６６：２８３‐２８９，２００６；２１：Ｒｅｉｎｄｌ，C．等、Ｂｌｏｏｄ，１０７：３７００‐３７０７，２００６。
【０３２４】
図４は、異なる腫瘍型および／または対照サンプルにおける多型の出現頻度の相違を図示する。ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ、ＴＹＫ２  Ｖ３６２ＦおよびＴＮＫ１  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨＸのキャリアのホモ接合型（ＨＯ；塗りつぶしあり）およびヘテロ接合性（ＨＥ；塗りつぶしなし）の頻度が測定された。少なくとも１０サンプルにおいて、対応する遺伝子が発現する組織起源（略語は図１の説明を参照、上記）が、この解析に選択された。
【０３２５】
図５は、２５４種の腫瘍細胞株由来の、すべての転写されたＰＴＫ遺伝子において同定された、非同義体細胞変異の分布を図示する。Ａ：体細胞変異の比率。ミスセンス（ＭＩＳ）またはナンセンス（ＮＳ）置換、欠失（ＤＥＬ）および挿入（ＩＮＳ）ならびに頻度分布（１、２‐５、６‐１０または１０以上の影響を受けたサンプル）の分配が示されている。B：同定された変異のドメイン局在。規定されたドメイン内または他のタンパク質領域の局在が示されている。C：弧発性変化の組織分布。それぞれの体細胞変異に対して、組織分布（略語は図３の説明を参照）が測定され（図３７）、かつここに示すのは本明細書の記載に関連した実施例である。数字の組は、所定の腫瘍型における変異および発現陽性細胞株の数を意味する。新規の体細胞変異は太字で強調され、丸カッコ内の数字は、それぞれの変異が癌と関連する、図３の説明で示した引用文献を参照する。
【０３２６】
図６は、選択された遺伝子における既知のおよび新規の遺伝子変異を説明する。A：ＳＹＫ。ドメイン構成および遺伝子変異配置が表示されている。B：ＦＧＦＲ１‐４の配列比較。ＦＧＦＲ１‐４について、通常のドメイン構成（中段）、およびＩＧ−Ｄ２およびＩＧ−Ｄ３−ドメインと結合するリンカー領域の配列比較（上段）、ならびに細胞外膜近傍領域の一部（下段）が例示されている。本発明者の細胞株選別において同定された遺伝子変異が下段に例示され、既知の配列変異体はドメイン構造のグラフ表示の上段に示されている。多型は下線部で示され、残りの印のある位置は体細胞変異である。丸カッコ内の数は、影響を受けた非関連細胞株の数を意味する（ＳＨ２：Ｓｒｃ相同性２ドメイン；ＴＫ：チロシンキナーゼドメイン；Ｓ：シグナルペプチド；ＴＭ：膜貫通ドメイン；ＩＧ：免疫グロブリン様ドメイン）。
【０３２７】
リアルタイムＰＣＲで測定した場合、近傍の正常組織に対して、肝細胞癌（ＨＣＣ）患者（ｎ＝５７）の１／３の腫瘍では、ＦＧＦＲ４転写産物は過発現する（＞２倍）（図７、図８）。図８に示す閾値サイクル（Ｃｔ）値は、蛍光レベルが前定義された閾値と交差する場所で、サイクル数としてスコア化する。特有のサンプルを指定するＣｔ値はしたがって、基線より上の統計的に顕著な点ということにおいて、十分な数の単位複製配列が蓄積した反応の間の点を反映する。低いＣｔ値は従って、高度に関連する遺伝子発現を反映する。
【０３２８】
一塩基多型Ｇ３８８Ｒはアジア人集団（ＨＣＣ患者を含む）において高度に表れており、およびホモ接合型３８８Ａｒｇ遺伝子型は、腫瘍摘出の時点でそれぞれの患者におけるα−フェトタンパク質（ＨＣＣの診断マーカー）分泌の増加と相互に関連する（図９、図１０）。続く試験管内での研究は、特異的リガンドＦＧＦ１９を用いたＨＣＣ細胞株におけるＦＧＦＲ４の刺激作用は、細胞によるＡＦＰの産生を増加することを明らかにした（図１１、図１２）。市販の非選択的ＦＧＦＲ１阻害剤の投与と同様の遺伝子サイレンシング（図１３、図１４）、ＰＤ１７３０７４はＡＦＰ産生を阻害する（図１５）。
さらにこの阻害剤は、ＨＣＣ細胞株対非癌性細胞株ＨＥＫ２９３に、非常に強い抗増殖性効果を表した(図示せず、ＬＤ５０＞５０マイクロモル、図１６も参照)。ゆえにＦＧＦＲ４活性は、ＨＣＣの正常から腫瘍への進行に貢献し、かつ薬理学的介入に実行可能な標的であり得ると仮定される。
【０３２９】
ＴＥＣリン酸化反応はＳＣＦ、ＧＭ‐ＣＳＦ、ＩＬ‐３、ＩＬ‐６刺激作用後に示される。ＴＥＣキナーゼ（６６ｋＤａ）は、アクチンポリマー化およびストレスファイバー （ファロイジン）の形成の増加による、細胞骨格の再構築に関与する。ＴＥＣ  ＰＨドメインは、Ｖａｖに結合し、Ｒｈｏ、ＲａｃおよびＣｄｃ４２に対する特異的なヌクレオチド交換因子として見つけられた（Ｍａｃｈｉｄｅ、Ｍ．等、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，Ａｕｇ  １７；１１（４）：６１９−２５（１９９５））。さらにＴＥＣは、プロリン-リッチモチーフ；ＳＨ３ドメインのアミノ末端を有する領域を通して、ｃ-ｋｉｔと物理的に結合する（Ｔａｎｇ、Ｂ．等、Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ。  １９９４  Ｄｅｃ；１４（１２）：８４３２‐８４３７）。ＴＥＣは、ＮＦ‐ＫａｐｐａＢ、ｃ‐Ｊｕｎ、ｃ‐Ｆｏｓ、ＥｌｋｌおよびＳＲＦなどの転写因子を活性化する。
【０３３０】
本発明者によって行われた、細胞株の選別において同定された遺伝子変異は、図１８に例示されている。
変異(すべて体細胞性起源)
→Ｌ８９Ｒ    ＡＧＳ（ヘテロ接合性）、プレクストリン相同性ドメインにおける変異
→Ｗ５３１Ｒ  Ｊｕｒｋａｔ（ホモ接合型）、キナーゼドメインにおける変異
→Ｐ５８７Ｌ  ＮＣＩ‐Ｈ６６１(ヘテロ接合性)、キナーゼドメインにおける変異
Ｒ５６３Ｋ    公開されている体細胞性変化
【０３３１】
続く試験管内での研究は、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ、Ｗ５３１ＲおよびＰ５８７Ｌは、ＴＥＣ野生型と比較してチロシンリン酸化反応が減少することを立証した（図１７）。さらに、これらの体細胞の変化は、ＭＡＰＫシグナリング（図１９）、ｃ‐ｆｂｓ（図２０）およびＳｔａｔ３の活性化（図２１）をすることができない。２つの刊行物は、Ｗ５３１Ｒの変化がキナーゼ活性を破壊するという研究成果を裏付ける：Ｊａｋ２におけるＷ１０２０（ＴＥＣのＷ５３１に対応する）の変換は、Ｊａｋ２キナーゼ活性を破壊することが示されている（Ｓａｎｄｂｅｒｇ、Ｅ．Ｍ．等、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｏｃｔ；２６５（１‐２）：１６１‐１６９（２００４））。さらに、ＣＳＫのＷ３５２（ＴＥＣのＷ５３１に対応する）の破壊はＣＳＫ活性の９０％減少を導く（Ｌｅｅ，Ｓ等、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｏｃｔ  ８；４１（４０）：１２１０７‐１２１１４（２００２）。
【０３３２】
不活性ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ体細胞変異を内部に持つ細胞リンパ腫の予想される利点は、以下であり得る：ＤＮＡ損傷薬は、Tリンパ細胞におけるＡＰ‐１の活性化、およびそれに続くアポトーシスを誘導する（Ｋａｓｉｂｈａｔｌａ、S．、等、Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  １９９８  Ｍａｒ；１（４）：  ５４３−５１（１９８８））。Ｓ．Ｋａｓｉｂｈａｔｌａ等は、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤（エトポシド、テニポシド）またはＵＶ‐Ｂ照射でＪｕｒｋａｔ細胞を処理すると、ＦａｓＬ発現を仲介するｃ−ｆｏsの活性化と、続くアポトーシスの誘導を導くことを示した。エトポシド(エトポフォス、エポシン、ベプシド、ＶＰ‐１６)は、リンパ腫を含むさまざまな悪性腫瘍の化学療法として用いられる。理論にとらわれずに、ＴＥＣ  Ｗ５３１ＲはＦａｓリガンド発現の減少によって、Ｔ細胞リンパ腫（例えばＪｕｒｋａｔ細胞）のエトポシド処理耐性を導き得ると仮定される。ＴＹＲＯ３および変異体の発現は、抗アポトーシス効果の増大を表す。
【０３３３】
ＨＥＫ２９３におけるＴＹＲＯ３の過剰発現は、ＴＮＦａ／アクチノマイシン‐D処理によって、アポトーシス耐性を与える。さらに、野生型Ｔｙｒｏ３の代わりの変異体Ｓ５３１ＬおよびＰ８２２Ｌの過剰発現は、抗アポトーシス効果を増強した。予備データは、ＴＹＲＯ３は、ＢＣＬ２ファミリーメンバーの調節を通して、ミトコンドリアのアポトーシスシグナリングを撹乱し得ることを示唆する。したがって、ＴＹＲＯ３の発現、および特に変異体Ｓ５３１ＬおよびＰ８２２Ｌの発生は、化学療法耐性の遺伝子マーカーであり得ることが示される。ＴＹＲＯ３シグナリングの阻害剤は、他の化学療法薬との有望な免疫賦活剤であり得る。
【０３３４】
Ａｃｋ１における体細胞変異
活性化Ｃｄｃ４２関連キナーゼ１としても知られているＡｃｋ１は、癌の進行に関係する非受容体チロシンキナーゼである。Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ  ＯｎｃｏＧｅｎｏｍｅ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅによって始められた配列解析の試みによって、腎臓癌株Ａ４９８の９８５番目のアミノ酸の、セリンからアスパラギンへのホモ接合型アミノ酸変化をもたらす、一塩基変異が同定された。Ｈｅｋ２９３細胞における試験管内ユビキチン化アッセイは、９８５番目のセリンからアスパラギンへの変異は、ユビキチン化に感受性が低い安定したタンパク質をもたらすことを示す（図２２）。
【０３３５】
ＴＹＫ２における変化は、キナーゼ活性の減少を導く。ＴＹＫ２  Ｆ３６２対立遺伝子キャリアの明確な発生の差が、対照組織（３１％）または他の腫瘍型と比較して、脳（７５％）および造血系／リンパ系（６７％）由来腫瘍細胞株で観測された（図４Ｂ）。対照サンプルにおけるＴＹＫ２  Ｆ３６２対立遺伝子の提示不足は、白血病、黒色腫、およびグリオーマとの特定の関連性を有する腫瘍促進機能を意味する。
【０３３６】
細胞質キナーゼＴＹＫ２およびＴＸＫ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７およびＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５におけるエキソン全体の読み飛ばし、例えば、チロシンキナーゼドメインにおけるフレームシフトおよび未熟な翻訳終結の結果は、ほぼ活性化における触媒作用と関連する。触媒活性部位および活性化ループを含むキナーゼドメインの２０６アミノ酸を欠く切断ＴＹＫ２変異体は、細胞シグナルに機能阻害効果も与え得る。興味深いことに、Ｓｔｏｉｂｅｒ等は、ＴＹＫ２欠損マウスは、ＴＹＫ２‐／‐ＮＫおよびＮＫＴ細胞の細胞毒性能の減少の結果として、高頻度のBおよびTリンパ系白血病の発症および潜伏期の短縮が起こり、したがって腫瘍サーベイランスを損なうこと報告した（Ｓｔｏｉｂｅｒ，D．等、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１４：１６５０‐１６５８（２００４））。自然免疫系の一部であるＮＫ活性は、通常腫瘍拒絶反応を仲介するけれども、ＴＹＫ２機能欠損の有意性は造血性悪性腫瘍では制限されないが、他の癌の型では重要であり得る。この可能性と一致して、本発明者は、乳房、頸部、大腸、子宮内膜、肺、および膵臓を含む種々の組織由来の癌細胞（図３Ｃ）ならびに３３の乳房、前立腺、および腎臓癌の臨床標本より、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７を検出した。対照細胞株ＢＰＨ‐１におけるＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７の発生は、潜在的な生殖系列起源であることを示唆する。したがって、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７スプライス変異体は、癌患者に対する予想マーカー、および治療決定をするための裏付けも表す。
【０３３７】
ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ
細胞外ドメインＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ内で同定された体細胞性変異ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃは、受容体の二量体化により受容体の活性化をおそらく増強する。新規ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ変異は乳癌細胞株ＭＤＡ‐ＭＢ‐４５３におけるホモ接合型遺伝子型として検出され、および細胞外膜近傍ドメインにおいて影響を受けたＹ３６７残基は、ＦＧＦＲファミリーを通して高度に保存されている。特に、ＦＧＦＲ１（Ｙ３７２Ｃ）、ＦＧＦＲ２（Ｙ３７５Ｃ）およびＦＧＦＲ３  （Ｙ３７３Ｃ）における相同的置換は、受容体の二量体化および活性化を強制する分子間ジスルフィド結合の形成を通じて、種々の骨原性欠損症候群を引き起こすことが示されている（Ｗｉｌｋｉｅ，A．Ｏ．，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｖ  １６：１８７‐２０３（２００５））。リガンド非依存的、恒常的受容体活性化は、ＦＧＦＲ１  Ｙ３７２Ｃ（Ｗｈｉｔｅ，Ｋ．Ｅ．等、Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ７６：３６１‐３６７（２００５））およびＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ（ｄ‘Ａｖｉｓ，Ｐ．Ｙ．等、Ｃｅｌｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒ；  ９：７１‐７８（１９９８））について、試験管内で確認されている。さらに、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ変異体の発癌能が立証され、かつ複合的な骨髄腫の腫瘍進行に貢献していることが示唆された〔Ｃｈｅｓｉ，Ｍ．，Ｂｌｏｏｄ，９７：７２９‐７３６（２００１）〕。したがって、相同的ＦＧＦＲ４変異体としてのＹ３６７Ｃは、基本的な受容体の活性化ももたらし、癌においてこの変異体が重要な役割をすることを強く意味する可能性が高い。
【０３３８】
ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ
ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓは、リガンド結合に影響することによる受容体の活性化を導き得る。
本発明者は、黒色腫細胞株ＭｅＷｏにおいて親水性のセリンにヘテロ接合性交換されていることが見出されている、高度に保存されたＦＧＦＲ１  Ｐ２５２残基が、肺癌においてスレオニンに（Ｄａｖｉｅｓ，Ｈ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ；６５：７５９１‐７５９５（２００５））、およびパイフェル症候群の患者においてアルギニンに（Ｍｕｅｎｋｅ，Ｍ．等、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ；８：２６９‐２７４（１９９４））置換されていることを、以前に示した。相同的活性化ＦＧＦＲ２変異体である、ＦＧＦＲ２  P２５２Rの結晶構造は、複合体化繊維芽細胞増殖因子２（ＦＧＦ２）との、３つのさらなる水素結合の形成を明らかにした。これらは受容体自身の特異的リガンドとの親和性を増加し、かつ異なるセットのリガンドとの結合を可能にすると予想された（Ｉｂｒａｈｉｍｉ，Ｏ．A．等、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ；９８：７１８２‐７１８７（２００１））。ＦＧＦＲ１中のＰ２５２−置換セリン残基の水酸基は、さらなる水素結合を形成する高い可能性も有するが、体細胞性ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ置換は、類似の機能的結果に関する機能獲得変異ＦＧＦＲ２  Ｐ２５２Ｒを表し得る。これは、ＦＧＦＲ１またはｂＦＧＦ機能の妨害は、黒色腫細胞の増殖および生存の抑制と関連することを証明する研究との関連で、特に魅力的である（Ｗａｎｇ，Ｙ，＆Ｂｅｃｋｅｒ，Ｄ．，Ｎａｔ  Ｍｅｄ；  ３：８８７‐８９３（１９９７）)。
【０３３９】
ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘは、腫瘍抑制因子活性の下方制御を導き得る。
大腸癌細胞株  ＤＬＤ−ｌおよびＨＣＴ−１５で検出された、ヘテロ接合性ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘナンセンス置換は、ヒト大腸癌の６０％のケースにおいて、ＳＲＣ活性の上昇が報告されている、ＳＲＣ-ファミリーキナーゼの負の制御因子のタンパク質レベルの減少と一致する（Ｒｅｎｇｉｆｏ‐Ｃａｍ，Ｗ．等、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ；２３：２８９‐２９７（２００４））。これらのデータは、大腸細胞癌の発生および／または進行におけるＣＳＫナンセンス変異の顕著な役割を意味し、かつ、そのため、この一般的な悪性腫瘍の治療的投薬計画におけるＳＲＣキナーゼ阻害剤の封入を強く示唆する。
【実施例】
【０３４０】
サンプル
原発性浸潤型乳癌のサンプルは、ｔｈｅ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｕｎｉｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ（Ｈ．Ｈｏｅｆｌｅｒ教授）、および  ｔｈｅ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃｈｉｅｔｉ、Ｉｔａｌｙ（S．Ｉａｃｏｂｅｌｌｉ博士）の保存所より入手した。腫瘍の腎臓組織物および健常組織、ならびに前立腺癌組織は、ｔｈｅ  Ｕｒｏｌｏｇｙ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｋｌｉｎｉｋｕｍ  Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ（Ｓ．Ｐｅｔｅｒ教授）より入手した。異なる個人由来の１４種の正常組織（脾臓、精巣、卵巣、腎臓、骨格筋、大腸、前立腺、膀胱、頸部、膵臓、肝臓、脳、肺、胃）のｃＤＮＡは、Ａｍｂｉｏｎ社より購入した。
【０３４１】
非癌患者由来の、９０の血液サンプルのゲノムＤＮＡは、Ｃｏｒｉｅｌｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （Ｃａｍｄｅｎ，ＮＪ，ＵＳＡ）より購入した。
【０３４２】
ｃＤＮＡ合成  
全体ＲＮＡは、ＰｕｉｓｓａｎｔおよびＨｏｕｄｅｂｉｎｅによって記載された方法に従って単離された。
【０３４３】
癌細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＴＣ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｔｃｃ．ｏｒｇ）の条件に従って培養した。
【０３４４】
培養したヒト癌細胞（培養密度８０％）または原発性組織を、変性溶液（４Ｍ  チオシアン酸グアニジン、２５ｍＭ  クエン酸ナトリウム、０．５％  サルコシル、０．１Ｍ  Β−メルカプトエタノール、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ）中でホモジナイズした後、ホモジネートは順次２Ｍ  酢酸ナトリウム（ｐＨ  ４．０）飽和フェノール、および最後にクロロホルムと混合した。混合物は遠心分離された後、上層はイソプロパノール沈殿され、変性溶液に再懸濁後、再度イソプロパノール沈殿した。エタノール洗浄後、沈殿物はＨ２Ｏに再懸濁され、６５℃で５分間処理した。全体ＲＮＡの品質は、ゲル電気泳動で試験した。
【０３４５】
ｐｏｌｙ（Ａ）＋ＲＮＡの抽出に対しては、全体ＲＮＡは７０℃（５分）で変性後、洗浄緩衝液(１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ／ＨＣｌ  ｐＨ７．４、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、１  ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５％ＳＤＳ)と共にオリゴ‐ｄＴ‐セルロースカラムに注入した。数回の洗浄ステップ後、ｐｏｌｙ（Ａ）＋ＲＮＡは（１０  ｍＭ  Ｔｒｉｓ／ＨＣｌ  ｐＨ７．４、１  ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５％ＳＤＳ）は溶出され、エタノールで沈殿した。
【０３４６】
ｐｏｌｙ（Ａ）＋ＲＮＡの相補的なＤＮＡ（ｃＤＮＡ）への変換は、ＡＭＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ  ＡＭＶ‐ＲＴ）、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）ポリマー、およびオリゴヌクレオチド（ｄＮＴＰ）を用いて行った。合成後、ｃＤＮＡはＱｉａｇｅｎ  ＰＣＲ精製カラムを用いて精製され、５０μｌ中に溶出した。
【０３４７】
ＰＣＲおよび配列解析
それぞれの細胞株および対照サンプルに対して、全体細胞ｃＤＮＡが調整され、かつ完全ＰＴＫコード領域の増幅および直接配列解析に用いられた。ＰＣＲ増幅(および配列解析)用のプライマーはプライマー３  プログラム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ‐ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ／ｐｒｉｍｅｒ３＿ｗｗｗ．ｃｇｉ）を用いて設計された後、Ｐｒｏｌｉｇｏ社（Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）で合成された。ＰＣＲ増幅  、２６５の初期継代細胞株、胎盤および１４の正常組織（Ａｍｂｉｏｎ社）由来のｃＤＮＡについて行った。ＰＣＲ最適化は、９６‐ウェル培養プレートに分注される前に、第一段階では異なる細胞株のｃＤＮＡプールと、第二段階では６／８異なる個々の細胞株と行った。直接配列解析は、９６キャピラリー自動配列解析装置（ＡＢ１３７３０ＸＬ）を用いて行った。
【０３４８】
変異の解析
配列追跡は、Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｐａｃｋａｇｅ （ＳｏｆｔＧｅｎｅｔｉｃｓ、Ｓｔａｔｅ  Ｃｏｌｌｅｇｅ、ＰＡ）を用いて、潜在的なゲノム変化を同定するために、集合および解析された。チロシンキナーゼの遺伝子配列はＮＣＢＩ参照配列（図２４）と共に配列され、および同定された変化は、文献またはＮＣＢＩ  ＳＮＰ  ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）、Ｅｎｓｅｍｂｌｅ．Ｇｅｎｏｍｅ．Ｂｒｏｗｓｅｒ （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ）、ｕｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ‐Ｐｒｏｔ  ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）、ＳＮＰ５００  Ｃａｎｃｅｒ  ｄａｔａｂａｓｅ、およびＫｉｎＭｕｔＢａｓｅ (ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｉｎｆ．ｕｔａ．ｆｉ／ＫｉｎＭｕｔＢａｓｅ／ｍａｉｎ＿ｆｒａｍｅ．ｈｔｍｌ)などの公共のデータベースと比較した。
【０３４９】
確立した腫瘍細胞株における正常組織の対応物の欠損にもかかわらず、同定されたＰＴＫ転写物の変化は、体細胞性または生殖系列配列の違いとして規定することを試みた。これらの配列の違いは、本発明者の２２の対照において検出されたか、もしくは上記に挙げたデータベース、または文献中に、遺伝性変異体として以前に報告されているものは、生殖系列多型として規定された。遺伝子変異が、１６の正常組織または引用したデータベースのいずれにも存在しない場合、その遺伝子変異は体細胞変異と規定された。接合状態に加えて、細胞株特異的な変異体プロファイルは、したがって、個々のＴＫＴの配列変化の、生殖系列または体細胞性起源を意味する。代表的な例は、皮膚由来腫瘍細胞株Ａ‐３７５、ＢＯＷ‐Ｇ、Ｃ‐３２、Ｃ８１６１、およびＣｏｌｏ‐１６について表示されている（図１Ｂ）。すべての細胞株の特徴は図３０に見出すことができる。
【０３５０】
遺伝子同定
解析されたＲＴＫおよびＴＫ遺伝子のコード配列は、ＮＣＢＩ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｇｏｖ）で検索された。ＮＣＢＩ受入番号は図２８に提供されている。
【０３５１】
結果
すべての発現したチロシンキナーゼ遺伝子における非サイレント変化について、広く使用されている腫瘍細胞株を包括的に特徴付けるために、本発明者は、２５４の確立した癌細胞株の、チロシンキナーゼトランスクリプトーム全体の配列を評価した（図２８）。これらの細胞株は、１９の異なる組織起源（図１Ａ）、７つの非腫瘍原性細胞株を含む対照、および健常者の異なる器官由来の１５の組織に由来する。
【０３５２】
２５８の癌細胞株のＴＫＴにおける、４２２の非同義的遺伝子変異の同定
上記のデータに基づいて、ＴＫＴ‐連結体細胞変異および生殖系列多型の絶対数および分布が全部の腫瘍細胞株パネル中で特定された。合計で、５９の受容体チロシンキナーゼの全体タンパク質チロシンキナーゼ遺伝子ファミリー、および３２の細胞質タンパク質チロシンキナーゼをコードする、７２．０８ＭｂのｃＤＮＡ配列が解析された。３９．８５Ｍｂの逆転写されたｍＲＮＡは、得られたｃＤＮＡサンプルのいずれもからＰＣＲ産物がなかったＩＲＲ、ＭＵＳＫ、ＦＧＲおよびＳＲＭＳを別として、試験された２８０のサンプル中に表示された、全体タンパク質チロシンキナーゼを表すのに増幅された。この解析と共に、非常に多くのサイレントＤＮＡ配列の違い(図示されず、かつ以後解析されない)、および、増幅可能、かつ全てのサンプルの検出可能なＴＫＴを表示する、３８９の非同義遺伝子変異が同定された。これらの大部分、すなわち３５９の配列の違いは、アミノ酸変化を引き起こすミスセンス一塩基置換であった一方で、たった２つの体細胞性塩基置換が、翻訳終結コドンの産生をもたらした。さらに、４３の欠失および１８の挿入を検出した。特に、解析した全てのｃＤＮＡサンプルにおいて起こった、ＮＣＢＩデータベースとの６５の配列の違いは、これらの変異体が実質的に遺伝子変異よりも野生型を表し（図示せず）、かつヒトゲノムデータベース中の配列解析エラー、またはデータベース全体が個々の配列変異体を表すという事実によって引き起こされる可能性を強く示す。
【０３５３】
孤発的に発生した体細胞変異と、遺伝性の生殖系列変化または多型との識別の基準は、健常者由来の組織の２２の対照サンプル、非腫瘍原性細胞株、およびＮＣＢＩ  ＳＮＰ  ｄａｔａｂａｓｅ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）、Ｅｎｓｅｍｂｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ）、ｕｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ‐Ｐｒｏｔ  ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）、またはＳＮＰ５００Ｃａｎｃｅｒ  ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｓｎｐ５００ｇｏｖ．ｎｃｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）などの公共データベースから得られる、大規模な変異体情報より形成される。これらの対照サンプルにおいて同定された、または多型としてデータベースのどれか一つまたは文献に報告されている遺伝子変異は、生殖系列の変化と見なされた。
【０３５４】
多型に対して、癌細胞株当たり平均して１２．３の配列変化の、ガウス様分布が観測された。対照的に、体細胞変異は不規則に分布した（図１Ｃ）。１１９の癌細胞株におけるＴＫＴでは、体細胞の変化は検出されず、最近選別された乳癌、肺癌様体、および精巣胚細胞性腫瘍サンプルのサブセットにおいて完全に欠損しているキノーム変異と一致する（Ｓｔｅｐｈｅｎｓ等、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３７：５９０‐５９２（２００５）；Ｄａｖｉｅｓ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：７５９１‐７５９５（２００５）；Ｂｉｇｎｅｎ等、Ｇｅｎｅｓ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００６；４５：４２‐６）。対照的に、ＬＮＣａＰ、Ｊｕｒｋａｔ、ＭｅＷｏ、ＭＫＮＩ、ＨＣＴ‐１５およびＤＬＤ‐１における転写産物チロシンキノームの、９〜１４の高い頻度の体細胞変異は、突然変異誘発因子表現型を反映する（Ｓｔｅｐｈｅｎｓ等、２００５、上記を参照）。これらは、ＨＣＴ‐１５が最も頻繁に変異した腫瘍細胞株であることも示す、ＮＣＩ‐６０細胞株パネルにおける２４の癌遺伝子の配列データと一致する（Ｉｋｅｄｉｏｂｉ等、Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ  ５：２６０６‐１２（２００６））。他の腫瘍細胞株の中間変異率と共に、本発明者のデータは、特定の癌の進行特性に貢献する、種々の癌細胞株のＰＴＫ転写産物における体細胞変異の蓄積を意味する。
【０３５５】
細胞株特異的な変異体プロファイルの分配の代替物として、これらの配列の違いは遺伝子およびＰＴＫサブファミリーとしてグループ化された。よってそれぞれの変異は、影響を受けた細胞株の関連するスペクトル、ならびに接合状態および推定される体細胞性対生殖系列起源で特定される。これらのデータはＦＧＦＲ４について示され（図２）、以下で説明する。全ての転写産物の変異体およびＰＴＫ遺伝子に対する全体の情報は、図３１−図３３より得られる。
【０３５６】
癌細胞株ＴＫＴ解析用のＴｙｋｉｖａデータベース
さらに、同定されたＰＴＫ転写産物変異体の全てのデータは、「Ｔｙｋｉｖａ」（Ｔｙｒｏｓｉｎｅ  Ｋｉｎｏｍｅ  Ｖａｒｉａｎｔ；  ｈｔｔｐ：／／ｔｙｋｉｖａ．ｂｉｉ．ａ‐ｓｔａｒ．ｅｄｕ．ｓｇ）と指定したデータベース中にコンパイルした。転写産物変異体は、２５４の腫瘍細胞株、１９の組織起源／腫瘍型、または９０のＰＴＫ遺伝子のいずれかのそれぞれについて、特異的に検索することができる。体細胞性または生殖系列起源が示され、かつ同じ変異体を有する他の細胞株が参照される。図表の遺伝子表示において、全ての検出した変異体の局在は、参照アミノ酸配列およびＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータによる予測されるタンパク質ドメイン構造との関連で表示される。随意に、主要な既知のアイソフォームを表示可能なようにするため、これらの例示は、本発明者のデータと、ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  ｄａｔａｂａｓｅ１０、Ｅｎｓｅｍｂｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ、Ｓｗｉｓｓ‐ＰｒｏｔおよびＧｅｎＢａｎｋ  ｄａｔａｂａｓｅｓ、ＫｉｎＭｕｔＢａｓｅ、ＩＤｂａｓｅｓ、および文献からの変異体情報とを相互参照する。したがって、これらはＰＴＫ遺伝子における非サイレント遺伝子変異の現在の知識を含む。
【０３５７】
発現したＰＴＫ変異体は、細胞株特異的なシグナリング特徴および癌関連細胞の性質を規定し得る。以下の項において、それぞれのタンパク質配列中の、それぞれの多型および体細胞変異の組織分布および局在が、取り組まれている。これらのデータおよび現在の文献に基づいて、いくつかの同定された遺伝的な変異体についての潜在的に機能的なおよび／または臨床関連性が論じられている。
【０３５８】
原発性腫瘍サンプルにおける遺伝子変異の解析は、図３６に示されている。乳癌、腎臓癌または前立腺癌のうちの少なくとも１つ由来の細胞株を含む、２７６の細胞株および対照サンプルのパネル中に少なくとも２つに見い出される、全ての非保存的な遺伝子変異は、５５の原発性乳癌、５５の前立腺癌標本、５５の腎臓癌標本、５０の健常腎臓組織より得られたｃＤＮＡ、ならびに９０の非癌提供者の血液由来のゲノムＤＮＡにおける発生について解析された。サンプル群当たりのキャリアの数は、それぞれの変化を規定する。細胞株選別の結果として体細胞性と考えられる遺伝子変異は、星印で示す。
【０３５９】
１５５のＰＴＫ遺伝子配列多型の評価
上記の体細胞性および生殖系列配列変異体の規定に従って、同定された変化の３８９のうちの１５５が、配列多型と分類された。これらは、１３１のＳＮＰｓ、１６の生殖系列欠失、および８の挿入を含む。これらの特有のタンパク質ドメインにおける全体頻度および局在は、図３Ａおよび３Ｂに要約されている。さらに、個々の腫瘍型または対照サンプルにおけるそれぞれの多型の発生頻度が測定された。発生頻度は従って、所定の配列変異体のキャリアの画分、およびその遺伝子型にかかわらず、対応する遺伝子を発現する、同じ組織起源を有する細胞株の数 (図３Ｃおよび図３５中の数の組)と規定される。発生頻度は従って、本発明者のｃＤＮＡ解析として取り組まれている、それぞれの遺伝子の発現状況および変化を反映する。
【０３６０】
１３１のミスセンス置換のうち、１００は以前に報告されている。しかしながら、今までのところ、そのうちの１２のみ、ならびに２つの欠失が、癌と関連する（図３５）。特に、８のうちの５の新規欠失が全体エキソンに関連し（図３５）、かつスプライス変異体を表していると思われる。配列解析の標的としてのｃＤＮＡの使用により、このような変異体は優先的に検出することができた。さらに、後成的な遺伝子サイレンシングまたはｍＲＮＡ安定性などの他の転写関連機構も、ｃＤＮＡに反映され、かつｃＤＮＡ中に同定された遺伝子変異は、したがって、細胞内で発現した可能性がある。しかしながら本発明者の手法の欠点は、融合キナーゼ遺伝子-または増幅したキナーゼ転写産物を検出しないことである。
【０３６１】
腫瘍細胞株において検出した配列変化の試験管内関連性を検証するために、１６５の原発性乳癌、腎臓癌および前立腺癌標本由来のｃＤＮＡ、ならびに９０の健常者由来の血液ＤＮＡが、本発明者が同定した遺伝子変異の代表的なサブセットの発生について解析された。このサブセットは、本発明者の細胞株のパネル中、および、乳癌、腎臓癌、または前立腺癌起源の少なくとも一つの細胞株を有する対照サンプルに少なくとも２つに見い出される、全ての非保存的な配列変化と規定された。これらの基準を満足する４６の多型のうちの２つを除き、患者サンプルｃＤＮＡまたは血液ＤＮＡにおける検証ができ（図３６）、したがって腫瘍細胞株における配列変化の試験管内関連性が確認できた。
【０３６２】
特に、いくつかの新規多型は以前の文献において体細胞変異として報告されている。例えば、ｖＥＧＦＲ２／ＫＤＲの触媒作用ドメイン中の非保存的な置換ＶＥＧＦＲ２  Ｐ１１４７Ｓは、血管種検体における体細胞変異として記載されている（Ｗａｌｔｅｒ等、（２００２）Ｇｅｎｅｓ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ  Ｃａｎｃｅｒ  ３３：  ２９５‐３０３）。この変異体は健常対照個体由来の骨格筋組織において同定され、明確に生殖系列起源であることを立証し、かつ体細胞変異として報告された種々の変化は、事実上生殖系列多型を示すという仮説を裏付ける。
【０３６３】
同定された多型の癌関連性
ここ何年間かで、遺伝的な多型がヒトの癌の臨床パラメータに顕著に影響することができることを意味する、より多くの証拠が集積されている。個々の多型の可能な構造的または機能的な意義上の一次情報を提供するために、それぞれのタンパク質配列内の全ての同定された型の配置が本明細書中に示されている。図３７では、キナーゼ、膜貫通および膜近傍のドメインを含む、異なるドメインをコードするための、領域における生殖系列変化が表示されている。さらに、所定の多型が見出された組織起源が示されている（ＢＬ：膀胱；ＢＳ：骨および軟組織；ＢＡ：脳；ＢＥ：乳房；ＣＶ：子宮頸部および外陰部；ＣＯ：大腸；ＥＰ：子宮内膜および胎盤；ＨＮ：頭部および頸部；ＨＬ：造血系およびリンパ系；ＫＩ：腎臓；ＬＩ：肝臓；ＬＵ：肺；ＯＶ：卵巣；ＰＡ：膵臓；ＰＲ：前立腺；ＳＫ：皮膚； ST：胃；ＴＥ：精巣；ＴＹ：甲状腺、ＮＯ：正常対照サンプル）。
【０３６４】
細胞質チロシンキナーゼＴＹＫ２およびＴＸＫ転写産物における２つの多型、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７およびＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５は、頻度および局在に関して、注目に値する。ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７およびＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５は異なるｃＤＮＡで見い出されたため、したがって相対的に多い生殖系列変化を示す。両方の変化はチロシンキナーゼドメインに影響し、かつ両方の場合において、欠失は、フレームシフトおよび未熟な翻訳終結部位の産生と関連する、全体エキソンの欠如を示す。ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７では、N末端Ｇｌｕ９７１から始まるエキソン１９が欠落し、かつ、別の６７アミノ酸残基後の終止コドンを導くフレームシフト（ｆｓ）と連動して、触媒作用および活性化ループを含む、触媒作用ドメインの主要な部分の欠如をもたらす。ＴＸＫ (ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５)におけるエキソン１３の欠失も、機能的なキナーゼ活性化ループおよび続くＣ末端領域が欠如している切断変異体をもたらすため、大抵の場合、触媒活性の崩壊とも関連する。
【０３６５】
多型のインフレーム欠失ＮＴＲＫ３  Ｇ４６６_Ｙ５２９ｄｅｌｉｎｓＤは、２つの脳腫瘍、乳癌、および皮膚腫瘍細胞株、それぞれならびに３つの肺癌および１つの対照細胞株において、このＲＴＫの膜近傍膜に影響することが見出された。膜貫通ドメインに最も近い１２アミノ酸残基、およびキナーゼドメインに先行する８残基を除く、エキソン１３のこの欠失は、膜近傍領域全体の欠損をもたらす。すべての欠失は、一つの対立遺伝子のみで検出された。
【０３６６】
一塩基多型ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌは、新規生殖系列変異体間で高頻度のものの一つである。ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌは、８０の異なる癌細胞株ｃＤＮＡサンプルにおいて検出された。興味深いことに、Ｐｒｏ７２５は、プロリンリッチドメインとして、ＡＣＫ１の影響を受けた領域として規定された、プロリン残基のうちの一つである。同様に、細胞質チロシンキナーゼＦＡＫにおいて、プロリンリッチドメインはＬ９２６ｄｅｌｉｎｓＰＷＲＬによって影響を受けたもとのとして見出された。ＡＣＫ１とは対照的に、Ｐｒｏ125  がイソロイシンに置換された場合、ポリペプチドＰＷＲＬによるＦＡＫ  Ｌｙｓ９２６の置換は、さらなるプロリンの挿入を導く。両方の場合において、相互作用結合タンパク質の親和性および／または特異性は、調節される。
【０３６７】
タンパク質内の局在に加えて、特有の腫瘍型における顕著に異なる頻度は、所定の配列変化の潜在的な癌関連性に対する別のヒントを提供する。本発明者は、よって参照配列の所定の生殖系列変化を有するｃＤＮＡサンプルおよび対応する遺伝子を発現する細胞株の分画の数を同定した（図３７で数字の組みとして示される）。図３７を見てもわかるように、いくつかの多型の代表的な頻度は、異なる組織起源の腫瘍細胞株において顕著に変化し、機能的な関連性のそれぞれの差の可能性を示す。
【０３６８】
いくつかの同定された多型は、以前は非増殖性の疾患と関連付けられていた。多くのＰＴＫの多面的な効果により、それぞれの機能的な調節も、癌と関連し得る。これは、頭部および頸部癌細胞株ＳＣＣ−１０ＡおよびＳＣＣ−１０Ｂにおける稀なヘテロ接合性多型として、本発明者により同定された、ＪＡＫ３の偽キナーゼドメインにおけるＶ７２２Ｉ塩基転換によって例示される（図３Ｃ）。常染色体劣性Ｔ‐Ｂ＋ＳＣＩＤ症候群の患者において最初の報告があり（Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ、Ｒ．Ｆ．等、Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  １０６：７３‐７９（２０００））、急性巨核芽球性白血病（ＡＭＫＬ）患者における最近の検出、およびＢａ／Ｆ３細胞を形質転換する能力（Ｗａｌｔｅｒｓ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ１０：６５‐７５（２００６））は、癌における潜在的な役割を裏付ける。別の例は、それぞれ大腸、卵巣、ならびに頭部および頸部癌細胞株Ｃａｃｏ２、ＳＫ−ＯＶ−８およびＳＣＣ−９（図３Ｃ）において本発明者が見いだした、ＮＴＲＫ１  Ｒ７８０Ｑである。このＳＮＰは、プロリンへの置換が「先天的無痛無汗症（ＣＩＰＡ）」との関連、および試験管内での触媒作用チロシンキナーゼ活性の抑止を示す、同じアルギニン残基に影響する（Ｇｒｅｃｏ等、Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅt  ６４：１２０７‐１０（１９９９））。ＮＴＲＫ１  Ｑ７８０アイソタイプの機能喪失と類似と仮定すれば、この変異体は、野生型ＮＴＲＫ１の発現は、アポトーシスの誘導および神経芽細胞種患者の有益な予後診断と関連するので、抗アポトーシス、および従って発癌性促進効果に影響し得る（Ｌａｖｏｉｅ等、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８０：２９１９９‐２０７（２００５））。
【０３６９】
癌関連性は、ＭＥＴ阻害剤効果のバイオマーカーを示すＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉについても確立し（Ｊａｇａｄｅｅｓｗａｒａｎ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６６：３５２−６１（２００６））、ならびに小細胞肺癌および非小細胞肺癌（ＳＣＬＣ、ＮＳＣＬＣ；Ｍａ等、Ｃａｎｃｅｒ  ＲｅＳ  ６３：６２７２‐６２８１  （２００３））および悪性胸膜中皮種（ＭＰＭ；  Ｊａｇａｄｅｅｓｗａｒａｎ等、２００６、上記を参照）における体細胞性機能獲得変異として、最初に報告された。本発明者の９０の血液対照ＤＮＡｓのうちの４つにおけるこの検出（図３６）は、しかしながら、潜在的な生殖系列発生に対する以前のヒントを確証する（Ｔｅｎｇｓ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ  ２３９：２２７‐２３３（２００６））。さらに、前立腺細胞癌細胞株ＴＳＵ‐ＰＲ１および原発性前立腺腫瘍、ならびにそれぞれ脳、乳房、大腸、造血系および皮膚癌細胞株ＩＨＲ‐３２、ＤＡＬ、ＬＳ‐１２３、Ｕ−２６６、およびＣｏｌｏ−８２９におけるＭＥＴ  Ｔ１０１０Ｉの同定（図３Ｃおよび図３６）は、これらの腫瘍細胞株における増強したＭＥＴシグナリングを示唆し、かつ現在報告されている影響を受けた腫瘍型のスペクトルを拡大する。
【０３７０】
正常組織と対比した癌細胞における多型頻度
特定の癌の型および／または正常組織における配列多型の差分出現頻度は、腫瘍抑制性または促進効果を意味する。特定の腫瘍型に対するすべての多型の潜在的な関連性に取り組むために、組織型および対照サンプルにおけるこれらの発生頻度を比較した(図３Cおよび図３５)。ほんのいくつかの例が図４に示されている。ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋについて、正常対照サンプル（５５％）、大腸（５２％）、および頭部および頸部（６９％）腫瘍細胞株のｃＤＮＡにおける、ＥＧＦＲ  Ｋ５２１対立遺伝子の相対的な過剰出現が検出された（図４Ａ）。これは、明らかに大腸癌および頭部および頸部癌と関連していないＥＧＦＲ  Ｋ５２１アイソタイプの、腫瘍抑制活性の可能性を示している。ＥＧＦＲリガンドへの減弱した成長応答、ＥＧＦＲ  Ｒ５２１発現細胞では起こらない、ＥＧＦＲ  Ｋ５２１における癌原遺伝子ＦＯＳ、ＪＵＮ、およびＭＹＣの誘導の減少、（Ｍｏｒｉａｉ等、  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  ９１：１０２１７‐１０２２１  （１９９４））、および少なくとも一つのＥＧＦＲ  Ｒ５２１対立遺伝子による、直腸癌患者に対する放射線化学治療処理後の局所再発のリスク増加（Ｚｈａｎｇ等、  Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １１：６００‐５（２００５））は、これらの結論を裏付ける。同様に、ＴＹＫ２  Ｆ３６２対立遺伝子キャリアの明確な差の発生が、対照組織（３１％）または他の腫瘍型（図４Ｂ）と比べて、脳（７５％）および造血系／リンパ系（６７％）由来腫瘍細胞株において観測された。新規多型ＴＮＫ  Ｍ５９８ｄｅｌｉｎｓＥＶＲＳＨｘは、対照サンプル（５％）およびいくつかの組織起源の癌細胞において低頻度で見い出されたが、６２％の血液由来腫瘍細胞株、５５％の皮膚由来腫瘍細胞株、および、より突出して、８０％の脳由来腫瘍細胞株で発生した（図４Ｃ）。ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋとは対照的に、ＴＹＫ２  Ｆ３６２対立遺伝子の提示不足、および対照サンプルにおけるＴＮＫ挿入は、白血病、黒色腫、およびグリオーマにおける腫瘍促進機能との特定の関連性を意味する。ＥＧＦＲ  Ｒ５２１Ｋ（Ｚｈａｎｇ等、２００５、上記を参照）またはＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ（Ｂａｎｇｅ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６２：８４０‐８４７（２００２））に関連して、臨床パラメータとの相関性は、このような不均一に分配された対立遺伝子の多くに、治療値および／または予測値を指定すると予測することができる。
【０３７１】
同定された多型のドメイン局在および組織分布は、図３５で示されている。特有のタンパク質ドメイン、および組織分布（ＢＬ：膀胱；ＢＳ：骨および軟組織；ＢＡ：脳；ＢＥ：乳房；ＣＶ：子宮頸部および外陰部；ＣＯ：大腸；ＥＰ：子宮内膜および胎盤；ＨＮ：頭部および頸部ＬＩ：肝臓；ＬＵ：肺；ＯＶ：卵巣；ＰＡ：膵臓；ＰＲ：前立腺；ＳＫ：皮膚；ＳＴ：胃；ＴＥ：精巣；ＴＹ：甲状腺、ＮＯ：正常対照サンプル）における局在が、すべての多型に対して測定された。数字の組は、その遺伝子型にかかわらず対応する遺伝子を発現する所定の組織起源内の、全ての細胞株のサブセットとして示された、アイソタイプのキャリアの数を反映する。新規生殖系列の変化は太字で強調され、ＪＡＫファミリーメンバーの偽キナーゼドメインに局在する多型は（ｐｓ）として示され、および全体エキソンの読み飛ばしは星印で示されている。括弧でくくられた数字は、癌と共に示された多型と関連する、図３の説明における所定の引用文献を参照する。
【０３７２】
キナーゼドメインに影響する多型
それぞれのタンパク質配列内の遺伝子変異の局在は、構造的および／または機能的な因果関係を示しうる。例えば、細胞質キナーゼＴＹＫ２および  ＴＸＫ、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７および  ＴＸＫ  Ｙ４１４ｆｓＸ１５における全体エキソンの読み飛ばしは、チロシンキナーゼドメインにフレームシフトおよび未熟な翻訳終結をもたらし、よって触媒作用の不活性化と関連する可能性がある。触媒作用部位および活性化ループを含む、キナーゼドメインの２０６アミノ酸を欠落する切断ＴＹＫ２変異体は、細胞シグナル上に機能阻害効果も強要し得る。興味深いことに、Ｓｔｏｉｂｅｒ等は、ＴＹＫ２欠損マウスはBおよびTリンパ系白血病を高頻度で発症し、かつ潜伏期の短縮の結果としてＴＹＫ２‐／‐ＮＫおよびＮＫＴ細胞の細胞毒性能が減少することによって、腫瘍サーベイランスを損なうことを報告した（Ｓｔｏｉｂｅｒ等、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１４：１６５０‐１６５８（２００４））。自然免疫反応の一部としてのＮＫ活性は、通常腫瘍拒絶反応を仲介し、ＴＹＫ２機能喪失の有意性は造血悪性腫瘍では制限されないが、他の癌の型にも重要であり得る。この可能性と一致して、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓＸ６７は、乳房、頸部／膣、大腸、子宮内膜、肺、および膵臓を含む種々の組織由来の癌細胞（図３Ｃ）、ならびに３３の乳房、前立腺、および腎臓癌臨床標本において検出された。対照細胞株ＢＰＨ‐１におけるこの発生は、潜在的な生殖系列起源を示唆する。したがって、ＴＹＫ２  Ｅ９７１ｆｓｘ６７スプライス変異体は、癌患者に対する予想、および治療の決定の裏付けも表し得る。
【０３７３】
全体的に、これらの実施例は、患者特異的な疾患の性質の決定、進行の割合、または治療薬の反応性に貢献する遺伝的なパラメータとしての、配列多型の潜在的な役割に焦点を置く。血液サンプルにおける単純な検出能と関連して、これは患者評価の診断に高度に有益なバイオマーカーとなる多型を提供する。
【０３７４】
癌細胞株における２５６の体細胞性変異の同定
全ての配列の違いについて、２３４箇所は対照サンプルまたは公共のデータベースのいずれかにおいて検出不能であったため、体細胞変異と規定された。しかしながら、細胞株特異的な正常組織対照を欠くため、実質的にまれな生殖系列多型を表す可能性は排除できない。体細胞変異は、２１０のミスセンス、および２つのナンセンス一塩基置換、ならびに１９の欠失、および３つの挿入を含む。大部分（１８６）が１回発生するのに対して、５３箇所は２〜５回、および3箇所が６〜１０回、腫瘍細胞株で見い出された（図５Ａ）。２回発生する体細胞変異間で、２０箇所が同じ腫瘍提供者起源の細胞株において検出された（図２４）。これらは単変異と考えられ、したがってこれらを加えて、全体として２０６の非再発変異発症とした。多型に対して、全ての体細胞性ＴＫＴ変化は、それぞれのタンパク質ドメインおよび腫瘍型との関連が示されている。さらに、それぞれの組織起源に対する、影響を受けた、および発現陽性細胞株の比率が示されている（図５Ｂ、５Ｃおよび図３７）。
【０３７５】
同定された体細胞変異のドメイン局在および組織分布は、図３７に要約されている。体細胞変異は、タンパク質内のそれらの局在、および影響を受けた細胞株の組織起源（ＢＬ：膀胱；ＢＳ：骨および軟組織；ＢＡ：脳；ＢＥ：乳房； ＣＶ：子宮頸部および外陰部；CO：大腸； ＥＰ：子宮内膜および胎盤；ＨＮ：頭部および頸部；ＨＬ：造血系およびリンパ系；ＫＩ：腎臓；ＬＩ：肝臓；ＬＵ：肺；ＯＶ：卵巣；ＰＡ：膵臓；ＰＲ：前立腺； ＳＫ：皮膚；ＳＴ：胃；ＴＥ：精巣；ＴＹ：甲状腺、ＮＯ：正常対照サンプル）に関して特徴付けられる。所定の体細胞変異および特定の腫瘍型用に提供された最初の数字の組は変異細胞株の数を意味し、次の数字は発現陽性細胞株の数を参照する。活性化ループ（ａ）、触媒作用ループ（ｃ）、P-ループ（ｐ）または偽キナーゼ（ｐｓ）ドメインに影響する体細胞変異が示されている。新規体細胞変異は太字で強調され、全体エキソンの読み飛ばしは星印で示される。丸カッコ内の数字は、図３の説明（上記を参照）と共に示された多型と関連する、図３の説明における所定の引用文献を参照する。
【０３７６】
ＳＹＫ  Ａ３５３Ｔと一致する、２つの最も一般的な変異のうちの一つを表すため、腫瘍抑制性チロシンキナーゼＳＹＫは、本発明者の２５４の腫瘍細胞株のパネル中に最も頻出する変異キナーゼであることがわかった。体細胞変異の絶対数を比較した場合、ＳＹＫは１１の非関連腫瘍細胞株において検出される変異の中で最も高い（図３８）。正規化後のＰＴＫ転写状態に関して、ＳＹＫが１ＭＢの発現したコード配列あたり３０．３の弧発性変化で最も高い変異率を示し、ＮＴＲＫ１、ＥＰＨＡ２、およびＦＬＴ３が続く（図３９）。ＳＹＫのドメイン構成、ならびに既知のおよび新規の遺伝子変異は、図６Ａに例示されている。
【０３７７】
潜在的に癌化の可能性のある体細胞性変異
ＥＧＦＲキナーゼドメインにおいてクラスタリングしている体細胞変異（ＥＧＦＲ  Ｇ７１９Ｓ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ他）はゲフィチニブ応答性ＮＳＣＬＣの患者について最近報告され、かつチロシンキナーゼ活性を増幅、および試験管内でゲフィチニブに感受性であることが示されたＰａｅｚ等、  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０４：１４９７‐１５００（２００４）；Ｌｙｎｃｈ等、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５０：２１２９‐２１３９（２００４）；Ｐａｏ等、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０１：１３３０６‐１３３１１（２００４）)。本発明者は、ＥＧＦＲ  Ｇ７１９Ｓ変異が、大腸癌細胞株ＳＷ−４８においてヘテロ接合性で発現することを見い出した（図５Ｃ、図２４および図２５）。これは、癌におけるＮＳＣＬＣ以外のイレッサ感受性仲介変異の存在を示し、かつ、特に大腸癌におけるゲフィチニブ治療に対する別の潜在的な指標を示唆する。
【０３７８】
ＥＧＦＲ  Ｌ８５８Ｒおよびゲフィチニブに類似して、本発明者がＡＭＬ細胞株ＫＡＳＵＭＩ‐１（Ｂｅｇｈｊｎｉ等、Ｈｅｍａｔｏｌ：１５７‐１６３（２００２））において確認したＫＩＴ  Ｎ８２２Ｋ変異は、グリベックに対する感受性を仲介することが報告された（Ｈｅｉｎｒｉｃｈ等、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２１：４３４２‐４３４９（２００３））。これらのＥＧＦＲおよびＫＩＴ変異に対して示された、増強した試験管内受容体活性化（３０、３４）は、制御的活性化ループ内におけるこれらの配置に関連する。
この点において、本発明者が検出した、ＢＭ‐１６０４、ＳＫ‐ＭＥＬ‐２、ＭＭ‐Ｌｅｈ、Ｃａｋｉ‐２、およびＪｕｒｋａｔにおいて、ホモまたはヘテロ接合性である、弧発性変化ＦＬＴ３  Ｒ８４９Ｈ、ＴＥＫ  Ａ１００６Ｔ、ＡＢＬ  Ｇ４１７Ｅ、ＡＲＧ  Ｋ４５０Ｒ、および  ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ（図５Ｃ）は、その上活性化ループに位置しているため、特に興味深い。推論の結果として、これらの変異は、ＴＫ触媒活性および／またはそれぞれの腫瘍細胞株内において関連するシグナリング経路を調節する、高い可能性を有する。
【０３７９】
細胞内膜近傍ドメイン中に本発明者に同定された１８の体細胞性変異(図３６)は、ＲＴＫ活性の下方制御を仲介する、機能的に重要な要素に影響する。エキソン１４の読み飛ばしの結果であるインフレーム欠失ＭＥＴ  Ｄ９８１_Ｅ１０２７ｄｅｌは、例えば、ｃ‐Ｃｂｌ  Ｅ３‐リガーゼ結合の損失、ユビキチン化の減少、ならびに試験管内および生体内におけるリガンド依存性細胞シグナリングの長期化を導く（Ｋｏｎｇ‐Ｂｅｌｔｒａｎ  等；Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６６：２８３‐２８９（２００６））。ＭＥＴ  Ｄ９８１Ｊ１０２７ｄｅｌがＮＳＣＬＣ細胞株ＮＣＩ‐Ｈ５９６において確定された一方で、そのホモ接合型のそれぞれ乳房および胃癌細胞株ＭＤＡ‐ＭＢ‐４１５およびＨｓ７４６における検出（図５Ｃ）は、報告されているＮＳＣＬＣ（ｉｂｉｄ；Ｍａ等；Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：１４７９‐１４８８（２００５））以外の腫瘍型における発生の証拠を供給する。ＭＥＴ  Ｄ９８１Ｊ１０２７ｄｅｌが仲介することを示唆する（Ｋｏｎｇ‐Ｂｅｌｔｒａｎ等、２００６、上記を参照）、抗ＭＥＴ治療に増強された感受性の推定から、本明細書に開示される発見は、この欠失に対する潜在的な臨床の関連性を広げる。
【０３８０】
本発明者が２つのＦＧＦＲファミリーメンバーの細胞外ドメインで同定した体細胞変異ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２ＳおよびＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ（図５Ｃおよび６Ｂ）は、それぞれがリガンド結合および受容体の二量体化に影響することにより、おそらく受容体の活性化が増加する。本発明者が黒色腫細胞株ＭｅＷｏにおいて親水性セリンにヘテロ接合性交換したことを見い出した、高度に保存されたＦＧＦＲ１  Ｐ２５２残基は、以前は肺癌においてスレオニンに（Ｄａｖｉｅｓ等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６５：７５９１‐７５９５（２００５））、およびパイフェル症候群の患者においてアルギニンに（Ｍｕｅｎｋｅ等、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ８：２６９‐２７４（１９９４））置き換わっていることが示されていた。相同的な活性化ＦＧＦＲ２変異体であるＦＧＦＲ２  Ｐ２５２Ｒの結晶構造は、複合体化した繊維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２）との３つのさらなる水素結合の形成を明らかにする。これらは、受容体の特異的なリガンドとの親和性の増加、ならびに異なるリガンドのセットとの結合を可能にすることが予測される（Ｉｂｒａｈｉｍｉ等、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９８：７１８２‐７１８７（２００１））。ＦＧＦＲ１中のＰ２５２‐置換セリン残基の水酸基は、さらなる水素結合を形成する可能性も高いが、体細胞性ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ置換は、ＦＧＦＲ２  Ｐ２５２Ｒに関して、類似の機能的な因果関係を有する機能獲得変異を表し得る。これは、ＦＧＦＲ１またはｂＦＧＦ機能の妨害は、黒色腫細胞の抑制された増殖および生存と関連することを示す研究（Ｗａｎｇ＆Ｂｅｃｋｅｒ，  Ｎａｔ  Ｍｅｄ  ３：８８７−９３（１９９７））との関連で、特に興味深い。
【０３８１】
新規ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ変異は、乳癌細胞株ＭＤＡ‐ＭＢ‐４５３においてホモ接合型遺伝子型として検出され、かつ細胞外膜近傍ドメインにおける影響されたＹ３６７残基は、ＦＧＦＲファミリーを通して高度に保存されていた。特に、ＦＧＦＲ１（Ｙ３７２Ｃ）、ＦＧＦＲ２（Ｙ３７５Ｃ）およびＦＧＦＲ３（Ｙ３７３Ｃ）における相同的な置換は、受容体の二量体化および活性化を強要する、分子間ジスルフィド結合の形成を通して、種々の骨原性欠損症候群を引き起こすことが示されている（Ｗｉｌｋｉｅ、Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｖ  １６：１８７−２０３（２００５））。リガンド非依存的、恒常的受容体活性化は、ＦＧＦＲ１  Ｙ３７２Ｃ（Ｗｈｉｔｅ等、Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ７６：３６１−３６７（２００５））およびＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ（ｄ’Ａｖｉｓ等、Ｃｅｌｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒ  ９：７１−７８（１９９８））に対して、試験管内で確認された。さらに、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３C変異体の発癌能が立証され、かつ複合的骨髄腫の腫瘍進行に貢献することが示唆された（Ｃｈｅｓｉ等；Ｂｌｏｏｄ  ９７：７２９‐７３６（２００１））。したがって、相同的なＦＧＦＲ４変異体としてのＹ３６７Ｃは、癌におけるこの変異体の重要な役割を強く示す、基本的な受容体の活性化ももたらすことは確かなようである。
【０３８２】
ナンセンス置換は腫瘍抑制活性を抑制する
腫瘍抑制活性の下方制御は、本発明者がＥＰＨＢ２およびＣＳＫにおいて検出した、２つのナンセンス置換と期待され（図５Ｃ）。２つの前立腺癌細胞株ＢＭ−１６０４およびＤＵ−１４５におけるＱ７２２Ｘ-仲介切断およびＥＰＨＢ２のキナーゼ不活性化は、Ｈｕｕｓｋｏ等によって提案された、前立腺癌の進行に関与する変異性不活性化を裏付ける。これらは、機能的なＥＰＨＢ２との再構成における、ＤＵ‐１４５細胞の成長の抑制、およびコロニーの形成を示す（Ｈｕｕｓｋｏ等、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３６：９７９‐９８３（２００４））。大腸癌細胞株ＤＬＤ‐１およびＨＣＴ‐１５において検出した、ヘテロ接合性ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘナンセンス置換は、ＳＲＣ活性の上昇と共に、ヒト大腸癌のおよそ６０％の場合について報告されている、ＳＲＣ‐ファミリーキナーゼの負の制御因子の、タンパク質レベルの減少と一致する（Ｒｅｎｇｉｆｏ‐Ｃａｍ等、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２３：２８９−９７  （２００４））。これらのデータは大腸細胞癌の発生および／または進行におけるＣＳＫナンセンス変異の顕著な役割を示し、ならびにこの一般的な悪性腫瘍の治療の投薬計画におけるＳＲＣキナーゼ阻害剤の封入を、強く示唆する。
【０３８３】
上記の実施例は、本発明者の全体のデータの部分的な抽出しか表していない。ＡＡＴＹＫ、ＤＤＲ、ＥＰＨ、ＲＯＲ、ＲＯＳまたはＦＲＫファミリーのメンバーなど、ならびにごく最近科学的な注意を引き付けた、ＨＥＲ３またはＡＣＫ１等のチロシンキナーゼなどの、影響があまり調査されなかったＰＴＫの他の遺伝子変異が見い出された（図２５−２９）。これらの同定は、これらのキナーゼの治療の価値を理解することに関して、新規の機能的な調査を裏付ける。
【０３８４】
ヒト腫瘍におけるＰＴＫ遺伝子変異の低重複性
過去の研究の結果（Ｓｔｅｐｈｅｎｓ等、２００５，上記を参照；Ｄａｖｉｅｓ等、２００５，上記を参照；Ｂｉｇｎｅｎ等、２００６，上記を参照；Ｓｔｅｐｈｅｎｓ等、２００４，上記を参照；Ｂａｒｄｅｌｌｉ等、２００３，上記を参照；Ｔｈｏｍａｓ等、２００７，上記を参照；Ｇｒｅｅｎｍａｎ等、２００７，上記を参照；Ｓｊｏｂｌｏｍ等、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：２６８‐２７４（２００６））と一致して、２５４の癌細胞株および、さらに本明細書に示す原発性腫瘍の解析は、変異パターンはヒト腫瘍の大部分に対して相当に特有であり、およびＰＴＫにおける特異的な体細胞変異の頻度は低いこと、を意味する。公共のデータベースおよび文献のデータマイニングは、本発明者による研究において同定された全ての弧発性変化のうちの９つのみが、以前に報告されていたことを明らかにする（図３７）。これに該当するものは、現在最も包括的なヒト癌サンプルの変異性キノーム解析（Ｇｒｅｅｎｍａｎ等、２００７、上記を参照）で拾い上げられた、ＫＩＴ  Ｎ８２２ＫおよびＶＥＧＦＲ１  Ｒ７８１Ｑの２つだけである。体細胞変異の低重複性は、本発明者の腫瘍細胞株のパネル中の２５６の変異性現象から、本発明者が発見した２０６により、非再発をさらに反映する。
【０３８５】
この概念と一致して、本発明者の例示的な非保存的サブセットの７つの体細胞性見本、および乳房、腎臓、または前立腺癌細胞株のうちの少なくとも一つにおいて見い出される、より頻繁な変化は、１６５の原発性乳房、腎臓および前立腺癌標本のいずれかにおいてどれも検出されない（図３６）。事実、２つの遺伝子変異、ＹＥＳ  Ｋ１１３ＱおよびＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋは血液対照において見い出され、従ってまれな生殖系列の変化と考えなければならない。
【０３８６】
個々の変異の低重複性にもかかわらず、７０のチロシンキナーゼ遺伝子が少なくとも１つの体細胞変異を有するようになった。本発明者の変異のほとんどが、これらの癌関連性、およびいくつかの場合において「運転手（ｄｒｉｖｅｒ）」変異よりは、「乗客（ｐａｓｓｅｎｇｅｒ）」変異を表すようになることを測定する、さらなる実験的な評価を必要とするが、この弧発性変化の広い頻度は、癌遺伝子におけるＰＴＫファミリー全体で最も重要であることを強調する。さらに、これは多標的化キナーゼ阻害剤の開発、または病理学的および個々の患者の遺伝的なパラメータに適合しうる癌の治療としての、相補的な治療の組み合わせに対する、さらなる説得力のある裏付けを供給する。この現在最も有望な癌標的ファミリーにおける遺伝子変異の転写プロファイルに関して確立した、腫瘍細胞株の大規模な特徴づけは、適切な細胞系の選択、データ解釈および標的の検証、ならびに新規標的化癌治療薬の前臨床開発の裏付けを助ける。
【０３８７】
細胞培養、プラスミド
ＨＥＫ２９３、Ｊｕｒｋａｔ  Ｅ６１、ＨｕＨ７、ＨｅｐＧ２、ＭＣＦ‐７およびＭＤＡ‐ＭＢ‐２３１細胞は、ＡＴＣＣ社（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）より購入した。ＨＥＫ  ２９３、ＨｕＨ７およびＭＣＦ‐７は、ピルビン酸ナトリウムおよび１０％ＦＣＳが添加されたＤＭＥＭ（高グルコース）培地中に維持された。Ｊｕｒｋａｔ  Ｅ６１およびＭＤＡ‐ＭＢ‐２３１は、L-グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび１０％ＦＣＳが添加されたＲＰＭＩ中に維持された。ＨｅｐＧ２は、非必須アミノ酸、Ｌ‐グルタミン、ピルビン酸ナトリウムおよび１０％ＦＣＳが添加されたＭＥＭ中に維持された。特に指定のない限り、すべての細胞培養試薬はＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）より購入した。
【０３８８】
ＴＥＣをコードする全長ｃＤＮＡは、ヒト胎盤ｃＤＮＡライブラリーよりＰＣＲによって増幅後、ｐｃＤＮＡ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）内にサブクローン化した。変異体の産生は、ＳｔａｔａＧｅｎｅ社（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＵＳＡ）のＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ  Ｓｉｔｅ−Ｄｉｒｅｃｔｅｄ  Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  キットを用いて行った。ヒトＡｃｋ１の発現構築物（ｐＸＪ４０‐Ａｃｋ１‐Ｆｌａｇ）は、Ｅｄｗａｒｄ  Ｍａｎｓｅｒ氏（ＩＭＣＢ、Ａ＊ＳＴＡＲ、Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）より提供された。
【０３８９】
サンプル調製
５７の近傍正常組織は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  の患者由来の摘出した肝臓より得た（組織の回収に対する患者の同意は、手術前に得た）。腫瘍および正常肝臓組織は、視覚的に分離した。  患者から摘出後、腫瘍および正常組織の両方は、小片に切除後、液体窒素中で迅速に瞬間凍結した。凍結組織はその後−８０℃に保存した。凍結組織からのＲＮＡ抽出は、以前に述べられているＴｒｉＺｏｌ法（Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ、P．、＆Ｓａｃｃｈｉ、Ｎ．，Ｎａｔ  Ｐｒｏｔｏｃ  １：５８１‐５［２００６］）によって行った。
【０３９０】
ｍＲＮＡ精製
ｍＲＮＡは、製造者のプロトコールに従って、Ｏｌｉｇｏｔｅｘ  ｍＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ社、ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を用いて、全体ＲＮＡ(サンプル当たり５０μg)より精製した。Ｏｌｉｇｏｔｅｘカラムより得られたｍＲＮＡは、キット内に提供されている溶出緩衝液を２倍量の５０μＬで溶出した。溶出物を精製および濃縮ために、２００μLの純粋エタノールと‐２０℃で一晩沈殿させる前に、操作の視覚化を強調するため、溶出物は、２μＬのｐｅｌｌｅｔ  ｐａｉｎｔ  （Ｍｅｒｃｋ、Ｄａｍｌｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）および１０μＬの３Ｍ酢酸ナトリウムを最初に加えた。得られたｍＲＮＡは１３０００ｒｐｍで３０分遠心沈殿させた後、続いて８０％エタノールで洗浄した。最終沈殿物は  風乾後、１０μＬのＲＮＡｓｅを含まない水に再溶解した。
【０３９１】
第一鎖ｃＤＮＡ合成
上記で精製したｍＲＮＡ（４μＬ）は、１．５ｍＬ微量遠心機チューブ内で、１μＬ  のＯｌｉｇｏＤＴ１５プライマー（１００μＭ、Ｒｏｃｈｅ社、Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）と穏やかに混合後、７０℃で２分反応させた。氷上で冷却後、４μＬの５Ｘ  ＲＴ緩衝液、２．４μLのＭｇＣ１２、１μＬのｄＮＴＰ（１０ｍＭ）、１μＬのＲＮａｓｅ阻害剤、１μＬのＩｍＰｒｏｍ−ＩＩ  ＲＴ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）、および５．６μL  の水を含む、１５μＬの逆転写混合物を加えた。反応は４２  ℃で１時間維持後、７５  μＬのＴＥ緩衝液で反応を停止した。得られたｃＤＮＡは、ＱｉａＱｕｉｃｋ  ＰＣＲ精製キット（Ｑｉａｇｅｎ社）で精製した。
【０３９２】
配列解析および変異解析：
ｃＤＮＡサンプル(および配列解析)のＰＣＲ増幅用のプライマーは、ｐｒｉｍｅｒ３  プログラム  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ‐ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ‐ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ／ｐｒｉｍｅｒ３＿ｗｗｗ．ｃｇｉ）を用いて設計後、Ｐｒｏｌｉｇｏ（ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ社、Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）で合成された。ＰＣＲ反応は、ＦＧＦＲ４についての以前の記載で最適化した。直接配列解析は、９６キャピラリー自動配列解析装置（ＡＢＩ  ３７３０ＸＬ）を用いて行った。配列追跡は、潜在的なゲノム変化を同定するために、Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｐａｃｋａｇｅ（ＳｏｆｔＧｅｎｅｔｉｃｓ社，Ｓｔａｔｅ  Ｃｏｌｌｅｇｅ，ＰＡ）を用いて、集積および解析された。ＦＧＦＲ４の全体コード配列は、ＮＣＢＩ参照配列（ＮＭ＿０２０１１．２）と整列後、同定された変化は、文献 (出版物中)またはＮＣＢＩ  ＳＮＰ  ｄａｔａｂａｓｅ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）、Ｅｎｓｅｍｂｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ）、ｕｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ‐Ｐｒｏｔ  ｄａｔａｂａｓｅ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）および  ＫｉｎＭｕｔＢａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｉｎｆｌｕｔａ．ｌｉ／ＫｉｎＭｕｔＢａｓｅ／ｍａｉｎ＿ｆｒａｍｅ．ｈｔｍｌ）などの公共のデータベース中の既知の変異と比較する。
【０３９３】
定量的リアルタイムＰＣＲ
定量的なＲＴ‐ＰＣＲは、  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７３００  Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ＰＣＲシステム（ＡＢＩ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）と、ハウスキーピング対照としてのヒトＦＧＦＲ４およびヒトＧＡＰＤＨに対する前最適化ＴａｑＭａｎ遺伝子発現アッセイを用いて実施した。温度サイクル条件は、９５℃で10分の開始変性ステップ後、４０サイクルの９５℃で１５秒および６０  ℃で６０秒を含む。サンプルは、４  μLの事前に希釈したｃＤＮＡ（２−１０  倍）サンプルをそれぞれ３組準備した。データは平均ＣＴ値として得られ、および続いてΔＣＴとして、ＧＡＰＤＨ内在性対照に対して基準化した。正常および対応する腫瘍組織間のＦＧＦＲ４転写における発現変化は、２＾（組間のΔＣＴの違い)を用いた倍数変化で表した。
【０３９４】
リガンド刺激アッセイ
ＨｅｐＧ2またｈＨｕＨ７細胞は、９６ウェルプレートに播種後一晩付着させた。これらは、へパリン付加前に２４時間血清欠乏状態にさせた。２時間後、ＦＧＦ１９（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ、５０‐１００ｎｇ／ｍＬ  最終濃度）を投与した。８時間後、上清の分割量が、下記のＡＦＰ  ＥＬＩＳＡ  アッセイ用に回収された。類似のＦＧＦ１９刺激作用は、ホスホ−ＦＲＳ２αの免疫ブロット検出用に、１０ｃｍ培養皿内で行った。
【０３９５】
免疫沈降、イムノブロットアッセイ
全ての回収された画分は、ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｐｉｅｒｃｅ者、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を用いて、タンパク質濃度をアッセイした。可溶化液は、４℃、１０分、１３０００  r．p．m．の遠心分離により、不要物を除去した。免疫沈降用に、上清は等量のＨＮＴＧ緩衝液（Ｓｅｅｄｏｒｆ，K．等、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  Ｊｕｎ  １０；  ２６９（２３）：１６００９‐１６０１４（１９９４））で希釈後、続いてそれぞれの抗体および２０μｌのタンパク質Ａ／Ｇ−セファロースを用いて４℃で４時間免疫沈降した。沈殿物は０．５ｍｌのＨＮＴＧ緩衝液で３回洗浄後、ＳＤＳサンプル緩衝液中に懸濁し、３分間煮沸した。
【０３９６】
イムノブロットアッセイ用に、サンプルタンパク質（３０−５０μｇ）または免疫沈降サンプルは、７．５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥを用いて変性電気泳動で分離した後、５Ｖで２時間、Ｔｒａｎｓ‐Ｂｌｏｔ  ＳＤ  Ｓｅｍｉ‐Ｄｒｙ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｃｅｌｌ（Ｂｉｏ‐Ｒａｄ社）を用いて、ニトロセルロース膜に移動させた。免疫検出は、０．０５％（Ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ  ２０および５％（ｗ／ｖ）粉ミルクを含むＰＢＳで希釈した特異的な抗体を用いて、化学発光（ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ  Ｗｅｓｔ  Ｄｕｒａ  Ｅｘｔｅｎｄｅｄ、Ｐｉｅｒｃｅ社）で行った。抗ホスホ‐ＦＲＳ2α、抗HA、抗ホスホ‐ＭＡＰＫ、抗ＭＡＰＫ、抗ホスホＳｔａｔ３、抗Ｓｔａｔ３はＣｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社より（Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）、抗Ａｃｋ１、抗ｍｙｃおよび抗ＦＧＦＲ４はＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ、ＣＡ）より、抗β-アクチン対照および抗ＴＥＣはＡｂｃａｍ社（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ）より、抗４Ｇ１０および抗ＴＹＫ２は、Ｕｐｓｔａｔｅ社（Ｌａｋｅ  Ｐｌａｃｉｄ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＵＳＡ）より、ならびに抗Ｈｓｐ６０、抗ＦｌａｇはＳｉｇｍａ社（Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＵＳＡ）より購入した。二次抗マウス、および抗ウサギセイヨウワサビペルオキシダーゼ接合二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ社）は、１：１００００希釈で使用した。
【０３９７】
ＡＦＰのＥＬＩＳＡアッセイ
それぞれのＦＧＦ１９刺激作用およびｓｉＲＮＡ実験で得られた上清は、製造者のプロトコールに従って、ＤＥＬＦＩＡ  ｈＡＦＰ  キット  (Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ社、Ｂｏｓｔｏｎ、ＭＡ)を用いたＡＦＰ  ＥＬＩＳＡ  アッセイを行った。読み出しは、キット内に提供されている方法由来の標準曲線を用いて、濃度（ｎｇ／ｍＬ）に変換された。細胞によるＡＦＰ産生は続いて、それぞれのウェル当たりの細胞数で標準化される。細胞数は、製造者のプロトコールを用いて、ＡＴＰ生物発光細胞タイターＧｌｏアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）で測定した。
【０３９８】
ｓｉＲＮＡによるジーンサイレンシング
ＨｕＨ７細胞は、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）で形質移入する前に、２４ウェルプレート上で５０％コンフルエンスまで生育された。ＦＧＦＲ４（受入番号：  ＮＭ＿００２０１１）発現のサイレンシングに対して設計された、特注のＯＮ−ＴＡＲＧＥＴ  ｐｌｕｓ  ｓｉＲＮＡは、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ社より購入した。１．３μLの２０μＭ  ｓｉＲＮＡ、および４０．２μＬの完全生育培地を含む微量遠心分離チューブ用意した（チューブＡ）。同時に、１μＬのオリゴフェクタミン(Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社)、および７．５μＬの生育培地を含む別のチューブも準備した（チューブＢ）。両方のチューブは含有物と組み合わせる前に室温で５分間反応させた後、組み合わせる後さらに２０分反応させた。次に、ＨｕＨ７細胞のそれぞれのウェルは、新鮮な無血清培地（２００μＬ）で置換した。ｓｉＲＮＡ形質移入混合物（５０μＬ）の組み合わせ量をウェルに添加後、３７℃で培養した。４時間後、２０％血清を含む別の２５０μＬの生育培地をサンプルに添加した。免疫ブロットおよびＡＦＰ  ＥＬＩＳＡアッセイは、７２時間のＦＧＦＲ４サイレンシング複合体との細胞培養後に、続いて行なわれた。
【０３９９】
ｃ−ｆｏｓ遺伝子レポーターアッセイ
ＨＥＫ‐２９３細胞 （２ｘ１０４／９６ウェル）は、０．２μｇのｐｆｏｓ／ｌｕｃ  レポータープラスミド（Ｙａｍａｓｈｉｔａ等、ＢｌｏＱｄ９１、１４９６‐１５０７（１９９８））、および０．１μｇのＴＥＣまたはその変異体に対する発現プラスミドで、一過性で形質移入された。
２４時間の形質移入後、ルシフェラーゼ活性は、デュアルルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ社、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）の使用と共に測定された。
【０４００】
ユビキチン化アッセイ
３．５×１０６のＨｅｋ２９３細胞を１０ｃｍ皿上に播種した。
細胞は、製造者の取扱説明書に従って、リポフェクタミン（登録商標）２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を用いて、７．５μｇのＭｙｃタグ化ユビキチン、ならびに１０μｇのＦｌａｇタグ化Ａｃｋ１、Ａｃｋ１  Ｓ９８５Ｎ、Ｍｏｐ１およびＥｐｈＡ５を同時導入された。
【０４０１】
２０時間の形質移入後、細胞は１０μＭのＭＧ１３２（Ｓｉｇｍａ社、Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）と８時間反応させた後、ＲＩＰＡ  緩衝液で溶解した。５００μｇのタンパク質可溶化液は、２μgの抗-ｍｙｃ抗体と共に、４℃で一晩、免疫沈降に用いた。ＩＰサンプルは洗浄後、ＳＤＳ溶解緩衝液（５０  ｍＭ  Ｔｒｉｓ‐ＨＣｌ  ｐＨ  ６．８、１００  ｍＭ  ＤＴＴ、２％ＳＤＳ）で変性し、７．５％ＳＤＳ‐ＰＡＧＥゲルに添加した。共ＩＰタンパク質は、抗Ｆｌａｇ抗体を用いて検出した。
【０４０２】
ＭＧ１３２処理
１ｘ１０６のＨｅｐＧ２細胞は、処理日前に、６ウェルプレート上に播種された。細胞は、１０μＭのＭＧ１３２（Ｓｉｇｍａ社、Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）と反応後、経時的に回収した。３０μｇの細胞可溶化物は、７．５％ＳＤＳ‐ＰＡＧＥゲルに添加した。
【０４０３】
本明細書における以前に出版された文献列挙または考察は、最先端の一部または通常の知識であるため、承認を必要としない。
【０４０４】
本発明は広く、かつ一般的に、本明細書内に記載されている。一般的な開示に含まれるそれぞれの近縁の種および亜属分類も、本発明の一部を構成する。これは、存在する物質が本明細書中に特異的に列挙されているかどうかに関わらず、条件付で、または属から任意の対象を除く負の制限で本発明の一般的な記載を含む。
【０４０５】
当業者は、本発明が対象の実行および結果の獲得により適合すること、ならびに本明細書中で固有の挙げられた利点を容易に理解するさらに当業者は、本明細書中に開示される発明によって作成されうる置換および修飾の変動は、本発明の範囲および精神から逸脱していないことを容易に理解する。本明細書中に記載される分子の複合体および本方法、製法、処理、分子、特異的な化合物は、例示的かつ本発明の範囲を限定することを意図しない、好ましい態様の現時点での見本である。本発明の精神に包含される、特許請求の範囲で規定されている、これに含まれる変化および他の使用は、当業者によって思いつかれるだろう。
【０４０６】
説明に役立つように、適切に本明細書中に記載されている本発明は、本明細書中に特異的に開示されていない任意の要素または要素等、制限または制限等の非存在下で実行し得る。したがって、例えば、どの場合にも、本明細書中の用語「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「基本的に〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」および「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」などのいずれも、拡張的にかつ制限なく読まなければならず、かつこれらが直接参照した列挙した構成物のみに制限されないが、他の非特定構成物または要素も含む。このようにして、これらは互いに交換し得る。さらに、使用された用語および表現は、記載の用語として用いられ、かつ制限の用語としては用いられず、かつ任意の等価物が示した特徴、および記載するまたはその部分を除くことにおける、このような用語および表現の使用の意図はないが、さまざまな修飾が本発明が主張する範囲内にあり得ることは広く認められている。
【０４０７】
他の態様も以下の特許請求の範囲内にある。さらに、本発明の特徴または態様がマーカッシュ形式に関して記載されている場合、当業者は、本発明は、他のマーカッシュ形式の、任意の個々のメンバーまたはメンバーのサブグループに関しても記載されていることを理解するだろう。
【図１Ａ−Ｂ】
2010511382.tif 000003
【図１Ｂ−Ｃ】
2010511382.tif 000004
【図２】
2010511382.tif 000005
【図３Ａ−Ｃ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
2010511382.tif 000008
【図５Ａ−Ｃ】
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【図５Ｃ】
2010511382.tif 000010
【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
2010511382.tif 000013
【図８】
2010511382.tif 000014
【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４−１】
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【図２４−２】
2010511382.tif 000031
【図２４−３】
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【図２４−４】
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【図２４−５】
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【図２４−６】
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【図２４−７】
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【図２４−８】
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【図２４−９】
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【図２５−１】
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【図２５−２】
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【図２６−１】
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【図２６−２】
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【図２６−３】
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【図２６−４】
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【図２６−５】
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【図２６−６】
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【図２６−７】
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【図２６−８】
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【図２６−９】
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【図２６−１０】
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【図２６−１１】
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【図２６−１２】
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【図２６−１３】
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【図２６−１４】
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【図２６−１５】
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【図２６−１６】
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【図２６−１７】
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【図２６−１８】
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【図２６−１９】
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【図２６−２０】
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【図２７−１】
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【図２７−２】
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【図２７−３】
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【図２７−４】
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【図２７−５】
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【図２８−１】
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【図２８−２】
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【図２８−３】
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【図２９−１】
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【図２９−２】
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【図３０−１】
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【図３０−２】
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【図３０−３】
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【図３０−４】
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【図３０−５】
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【図３０−６】
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【図３０−７】
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【図３０−８】
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【図３０−９】
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【図３０−１０】
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【図３０−１１】
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【図３０−１２】
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【図３０−１３】
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【図３０−１４】
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【図３０−１５】
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【図３０−１６】
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【図３０−１７】
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【図３０−１８】
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【図３０−１９】
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【図３０−２０】
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【図３０−２１】
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【図３０−２２】
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【図３０−２３】
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【図３０−２４】
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【図３０−２５】
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【図３０−２６】
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【図３０−２７】
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【図３０−２８】
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【図３０−２９】
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【図３０−３０】
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【図３０−３１】
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【図３８−１】
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【図３８−２】
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【図３９−１】
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【図３９−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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