(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＰＴＥＮおよびＡＲ遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することと、
を含むオペレーションを行わせ、
基準レベルと比較した、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＰＴＥＮおよびＡＲ遺伝子の変化した発現が、前記被験者に侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す、
前記媒体。
【請求項２】
基準レベルと比較した、ＵＡＰ１遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することを更に行わせる請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、基準レベルと比較した、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＰＴＥＮおよびＡＲ遺伝子の変化した発現が、前記被験者に侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す、前記媒体。
【請求項３】
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、またはＡＲの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、請求項１または２記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項４】
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、請求項１または２記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項５】
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、請求項１または２記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項６】
コンピュータ可読のコードを更に備える、請求項１または２記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる、前記媒体。
【請求項７】
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、請求項１または２記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項８】
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、請求項７記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１３年３月１４日出願の米国仮特許出願第６１／７８５，３７５号の優先権を主張し、該出願の全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
（配列表の組み込み）
（マイクロソフト  ウィンドウズ（登録商標）において測定して）４ＫＢであり、２０１４年３月１３日に作成されたものである、「ＮＧＮＬＰ０００２ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」と名付けられたファイル中に格納された配列表が、電子的提出により本明細書と共にファイルされ、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００３】
本発明は、概括的にはガン生物学の分野に関係する。より詳細には、本発明は、前立腺ガンの存在の検知方法及びその侵攻性の判定方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
前立腺ガンは、男性において肺ガンに続く２番目に最も一般的なガンであり、その発生率は高齢化に起因して増加しつつある。前立腺ガンはまた、男性におけるガン関連死の第２位の原因である。現在の前立腺ガンの判別検査方法は、血清前立腺特異抗原（Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ａｎｔｉｇｅｎ）（ＰＳＡ）の測定に基づいている。ミリリットル当たり４．０ｎｇ以上のＰＳＡ濃度が、生検への照会の一般的な閾値である。高いＰＳＡ濃度は、ＰＳＡ濃度と前立腺の大きさとの相関性に起因して、それが良性前立腺肥大症（Ｂｅｎｉｇｎ  Ｐｒｏｓｔａｔｉｃ  Ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉａ）（ＢＰＨ）の特徴でもあるために、前立腺ガンの潜在的な存在を誤って示すことが知られている。ＰＳＡ濃度への依存は、７５％の疑陽性及び余りに多い不要な生検という結果をもたらす。更に重要なことは、前立腺ガンが検知された場合であっても、このガンの臨床的挙動は著しく多様であり、該疾患は一部の患者においては致死性である場合があっても、別な患者においては緩慢性である場合がある。現在のデータは、血清ＰＳＡに依存することにより、一部の患者が過剰な治療を受けることを示唆しており、従って、ＰＳＡ試験が、不必要な前立腺切除術から起こり得る副作用に起因する、より多くの害を引き起こす場合があることが示唆されている。前立腺ガンの組織学的グリーソン等級付けが、依然として前立腺ガンの臨床的挙動の最も信頼性の高い予測因子である。説得力のあるデータが、患者は、当該患者のガンがグリーソンスコア６の場合には、治療を受けるまたは受けないに拘わらず、同様の結果が得られることを示している。
【０００５】
血清ＰＳＡの臨床的有用性を改善するために多くの試みがなされている。遊離及び複合体のＰＳＡ並びにＰＳＡのイソ型がＰＳＡの補助剤として使用されており、これらは、特に患者が「グレーゾーン」にいると見なされる場合に、感度及び特異性において何がしかの改善を示すが、これらの全てが、ＢＰＨを有する患者におけるガンの予測を改善することについては不十分のままである。ＰＳＡの速度及び倍加時間も用いられ、何がしかの改善は示したが、この改善は限定的なものにとどまっている。不要な生検を回避するために、ガンの存在の予測においてＰＳＡ濃度での判別検査に改良を加えるだけでなく、前立腺ガンの臨床的挙動を予測することも可能な試験を開発する必要がある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明の実施形態は、高精度な前立腺ガンの検知及び前立腺ガンの侵攻性の判定のために用いることができる、一連の血液及び尿マーカーを提供する。例えばいくつかの態様において、被験者に、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを、当該被験者の尿試料中の少なくとも１種のｍＲＮＡ及び当該被験者由来の血液試料中の少なくとも１種のｍＲＮＡの測定した発現レベルに基づいて識別する方法が提供される。いくつかの態様において、かかる方法は、上記被験者の血液中の少なくとも１種のタンパク質の発現を測定することを更に含む。更なる態様において、方法は、被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを、当該被験者の尿試料中の少なくとも２種若しくは３種のｍＲＮＡ、または該被験者由来の血液試料中の少なくとも２種若しくは３種のｍＲＮＡの測定した発現レベル（及び任意選択で、該被験者の血液中の少なくとも1種のタンパク質の濃度）に基づいて、識別することを含む。
【０００７】
従って、一実施形態において、被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かの検知方法であって、（ａ）上記被験者より生物学的試料を得ることと、（ｂ）上記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される上記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、（ｃ）上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することとを含む、上記方法が提供される。更なる態様において、本実施形態の方法は、（ａ）上記被験者より生物学的試料を得ることと、（ｂ）上記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される上記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、（ｃ）上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することとを含む。一態様において、上記方法は、上記被験者に前立腺ガンの危険性があることを識別することを更に含む。別な態様において、上記方法は、少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の上記遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む。更に別な態様において、上記方法は、上記ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍ遺伝子の発現レベルを測定すること更に含む。更に別な態様において、上記方法は、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲ遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む。
【０００８】
本実施形態のある態様において、被験者は前立腺ガンを有することが既に診断されているかまたは診断されつつある。従って、方法は、ガンを有する被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含むことができる。ある態様において、上記被験者は以前に前立腺摘除術を受けている。更なる態様において、上記被験者は、前立腺肥大症すなわち良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有することが既に診断されているか、または診断されつつある。
【０００９】
本実施形態のいくつかの態様において、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、上記測定した遺伝子の発現及び上記被験者の年齢に基づく。一態様において、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、上記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む。いくつかの場合において、かかる相関付けるステップはコンピュータにより行われる。いくつかの態様において、記載した遺伝子の測定した発現レベルの相対的な予想値を重み付けるアルゴリズムが用いられる。かかるアルゴリズムの例が本明細書に提供される。いくつかの場合において、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた上記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む。いくつかの場合において、かかる解析はコンピュータにより行われてもよい。
【００１０】
いくつかの態様において、本実施形態に係る使用する試料は、血液試料、尿試料、または、いくつかの場合においては血液試料及び尿試料の両方である。これらの態様において、上記方法は、上記被験者より（直接または第三者からのいずれかで）血液試料または尿試料を得ることを更に含む。更なる態様において、上記方法は、上記血液試料または尿試料中の、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される少なくとも３、４、５またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む。一層更なる態様において、上記方法は、上記尿試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２及び／またはＨＳＰＤ１の発現レベルを測定することを更に含む。更に別な態様において、上記方法は、上記血液試料中のＵＡＰ１、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＳＡ、及び／またはＥＲＧの発現レベルを測定することを更に含む。
【００１１】
別な態様において、本実施形態の方法は、（ｉ）上記尿試料中のＨＳＰＤ１、ＩＭＰＤＨ２及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに上記血液試料中のＥＲＧの発現レベルを測定することと、（ｉｉ）上記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに上記血液試料中のＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することと、（ｉｉｉ）上記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに上記血液試料中のＵＡＰ１、ＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することとを含む。
【００１２】
更なる態様において、本実施形態の方法は、（ｉ）尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２Ｍの発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）と、（ｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、ＢＭ２及びＧＡＰＤＨの発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）とを測定すること、並びに上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者に（ＢＰＨに対して）前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。いくつかの態様において、かかる方法は、上記被験者の血液中のＰＳＡタンパク質の濃度を測定することを更に含む。従って、本実施形態の特定の態様において、方法は、（ｉ）血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルと、（ｉｉ）尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベルと、（ｉｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルとを測定すること、並びに上記発現レベルに基づいて、上記被験者に（ＢＰＨに対して）前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。
【００１３】
一層更なる態様において、本実施形態の方法は、（ｉ）尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）と、（ｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧの発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）とを測定すること、並びに上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。例えば、いくつかの特定の態様において、本実施形態の方法は、（ｉ）尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）と、（ｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）とを測定すること、並びに上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。いくつかの態様において、かかる方法は、上記被験者の血液中のＰＳＡタンパク質の濃度を測定すること及び／または上記被験者の年齢を特定することを更に含む。従って、本実施形態の特定の態様において、方法は、（ｉ）血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルと、（ｉｉ）尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルと、（ｉｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルとを測定すること、並びに上記発現レベルに基づいて、上記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。
【００１４】
本実施形態の一層更なる態様において、方法は、（ａ）（ｉ）血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルと、（ｉｉ）尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベルと、（ｉｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルとを測定すること、並びに上記発現レベルに基づいて、上記被験者に関する第１の前立腺ガンの危険性因子を判定すること、（ｂ）（ｉ）血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルと、（ｉｉ）尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルと、（ｉｉｉ）被験者の血液試料中のＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルとを測定すること、並びに上記発現レベルに基づいて、上記被験者に関する第２の前立腺ガンの危険性因子を判定すること、並びに（ｃ）上記第１及び第２の前立腺ガンの危険性因子に基づいて、被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む。いくつかの態様において、かかる方法は、被験者を生検または抗ガン療法に関して選択するために用いることができる。
【００１５】
更なる態様において、上記方法は、上記試料中の上記遺伝子の発現レベルを測定すること、及び基準試料中の上記遺伝子の発現レベルを測定することと、並びに上記被験者由来の上記試料中の上記遺伝子の発現レベルを、上記基準試料中の上記遺伝子の発現レベルと比較することにより、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを更に含む。
【００１６】
いくつかの態様において、上記遺伝子における発現を測定することはタンパク質発現レベルを測定することを含む。タンパク質発現レベルを測定することは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットまたは抗体アレイへ結合することを行うことを含んでもよい。別な態様において、上記遺伝子の発現を測定することはＲＮＡ発現レベルを測定することを含む。ＲＮＡ発現レベルを測定することはＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロットまたはアレイハイブリダイゼーションを行うことを含んでもよい。好ましくは、上記遺伝子の発現レベルを測定することはＲＴ−ＰＣＲ（例えば、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ）を行うことを含む。
【００１７】
いくつかの態様において、方法は、上記被験者が前立腺ガンを有するか、または侵攻性立腺ガンを有するかを報告することを更に含む。報告することが、口頭での、書面でのまたは電子的な報告書の作成を含んでもよい。従って、報告書の提供は、上記報告書を上記患者、医師、病院または保険会社に対して提供することを含んでもよい。
【００１８】
別な実施形態において、本開示は、被験者の治療方法であって、本実施形態に従って前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、当該被験者に抗ガン療法を施すこととを含む上記治療方法を提供する。方法は、例えば、（ａ）上記被験者由来の試料中の少なくとも３種の遺伝子であって、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される上記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを得ることと、（ｂ）上記遺伝子の発現レベルに基づいて、前立腺ガンを有するまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者を選択することと、（ｃ）上記選択された被験者を抗ガン療法により治療することを含むことができる。ある態様において、上記抗ガン療法は化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法または外科的療法（例えば、前立腺摘除術）である。
【００１９】
別な実施形態において、本開示は、（ａ）上記被験者由来の試料中の少なくとも３種の遺伝子であって、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される上記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを得ることと、（ｂ）上記遺伝子の発現レベルに基づいて、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性がある被験者を選択することと、（ｃ）上記被験者に診断方法を実施することを含む、診断法に対する被験者の選択方法を提供する。例えば、上記診断法は生検とすることができる。
【００２０】
更に別な実施形態において、本開示は、（ａ）上記被験者より生物学的試料を得ることと、（ｂ）上記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲからなる群より選択される上記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、（ｃ）上記遺伝子の発現レベルに基づいて、上記被験者が侵攻性前立腺ガンを有するかまたは有さないかを識別することと含む、前立腺ガンを有する被験者に対する予後のイン・ビトロ判定方法を提供する。
【００２１】
一層更なる実施形態において、本開示は、コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、上記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、（ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、（ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の上記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の上記遺伝子の変化した発現が、上記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す上記判定することとを含むオペレーションを行わせる、上記媒体を提供する。
【００２２】
一態様において、上記有形のコンピュータ可読の媒体は、健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む。更に別な態様において、上記有形のコンピュータ可読の媒体は、コンピュータ可読のコードであって、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の上記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる上記コンピュータ可読のコードを更に備える。更に別な態様において、上記コンピュータ可読のコードは、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）上記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す、上記試料に関する診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせるコードである。一態様において、上記試料に関する診断スコアを計算することは、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む。
【００２３】
一層更なる態様において、上記基準レベルは上記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている。別な態様において、情報を受け取ることは、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の上記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む。更なる態様において、情報を受け取ることは、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の上記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む。
【００２４】
本明細書で用いられる「ａ」または「ａｎ」は１又は複数を意味する場合がある。本特許請求の範囲に記載される、単語「含む」または「備える」（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）と併せて用いられる単語「ａ」または「ａｎ」は、１又は複数を意味する場合がある。
【００２５】
本特許請求の範囲における用語「又は」（ｏｒ）の使用は、択一のみ、すなわち互いに排他的である択一を指すことが明示的に示されない限りにおいて、「及び／または」（ａｎｄ／ｏｒ）を意味するために用いられる。但し、本開示は、択一のみ並びに「及び／または」を指す定義に対応する。本明細書において用いられる「別の」（ａｎｏｔｈｅｒ）は、少なくとも第２のまたはそれ以上を意味する。
【００２６】
本願全体を通じて、用語「約」（ａｂｏｕｔ）は、数値が、当該数値を測定するために用いられる装置、方法に関する固有の誤差の変動、または検討対象間に存在する変動を含むことを示すために用いられる。
【００２７】
以下の詳細な説明から、本発明の他の目的、特徴及び利点が明らかとなろう。但し、この詳細な説明から、本発明の趣旨及び範囲内の様々な変更や修正が、当業者にとって明らかになることから、該詳細な説明及び具体的な実施例は、本発明の好ましい実施形態を示すのであって、例証のためのみに提示されるものであることが理解されるべきである。
【００２８】
以下の図面は本明細書の一部を形成し、本発明のある態様を更に例証するために加えられる。１または複数のこれらの図面を、本明細書に提示される具体的な実施形態の詳細な説明との組み合わせで参照することにより、本発明をよりよく理解することができる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることと、
（ｂ）前記尿試料由来の遺伝子及び前記血液試料由来の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目２）
少なくとも３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３）
ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目４）
前記尿試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２またはＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５）
前記血液試料中のＵＡＰ１、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１またはＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６）
前記血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目１〜５のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１０）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目１１）
前記被験者に前立腺ガンの危険性があることを識別することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１２）
前記被験者が前立腺ガンを有することが既に診断されているかまたは診断されつつあり、前記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１３）
少なくとも４、５、６、７、８、９または１０の前記遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１４）
前記ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍ遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１５）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現及び前記被験者の年齢に基づく、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１６）
前記試料が尿試料である、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１７）
前記試料が血液試料である、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１８）
前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１９）
前記血液試料または尿試料中の、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１8記載
のイン・ビトロ検知方法。
（項目２０）
前記尿試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２またはＨＳＰＤ１の発現レベルを測定することを含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２１）
前記血液試料中のＵＡＰ１、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＳＡ、またはＥＲＧの発現レベルを測定することを含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２２）
（ｉ）前記尿試料中のＨＳＰＤ１、ＩＭＰＤＨ２及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＥＲＧの発現レベルを測定することと、
（ｉｉ）前記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することと、
（ｉｉｉ）前記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＵＡＰ１、ＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することと
を含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２３）
前記被験者が以前に前立腺摘除術を受けている、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２４）
前記被験者が、前立腺肥大症すなわち良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有することが既に診断されているかまたは診断されつつある、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２５）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２６）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目２５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２７）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２８）
前記解析がコンピュータにより行われる、項目２７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２９）
（ｂ）前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定すること、及び基準試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記被験者由来の前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを、前記基準試料中の前記遺伝子の発現レベルと比較することにより、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３０）
前記遺伝子の発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲを行うことを含む、項目２９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３１）
前記遺伝子における発現を測定することがタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３２）
タンパク質発現レベルを測定することがＥＬＩＳＡを行うことを含む、項目３１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３３）
前記の前記遺伝子における発現を測定することがＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３４）
ＲＮＡ発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロットまたはアレイハイブリダイゼーションを行うことを含む、項目３３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３５）
前記被験者が前立腺ガンを有するか、または侵攻性立腺ガンを有するかを報告することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３６）
報告することが、書面でのまたは電子的な報告書の作成を含む、項目３５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３７）
前記報告書を、前記患者、医師、病院または保険会社に対して提供することを含む、項目３５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３８）
項目１または１０に従って前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を抗ガン療法に関して識別することと
を含む、抗ガン療法に対する被験者の識別方法。
（項目３９）
前記抗ガン療法が化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法または外科的療法である、項目３８記載の被験者の識別方法。
（項目４０）
前記外科的療法が前立腺摘除術である、項目３９記載の被験者の識別方法。
（項目４１）
項目１または１０に従って前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を診断法に関して識別することと
を含む、診断法に対する被験者の識別方法。
（項目４２）
前記診断法が生検である、項目４１記載の被験者の識別方法。
（項目４３）
前立腺ガンを有する被験者に対する予後のイン・ビトロ判定方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者が侵攻性前立腺ガンを有するかまたは有さないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目４４）
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、またはＢ２Ｍ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の変化した発現が、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す前記判定することと
を含むオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目４５）
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、またはＢ２Ｍの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４６）
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４７）
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４８）
コンピュータ可読のコードを更に備える、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目４９）
前記情報を受け取ることが、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５０）
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５１）
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、項目５０記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５２）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることと、
（ｂ）前記尿試料由来の遺伝子及び前記血液試料由来の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目５３）
少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５４）
ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５５）
前記尿試料中の、ＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５６）
前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、ＢＭ２及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５７）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２Ｍ、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５８）
前記尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベル、並びに前記血液試料中のＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５９）
前記血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目５２〜５８のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６０）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目５２〜５９のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６１）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目６０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６２）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６３）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目６４）
前記被験者に前立腺ガンの危険性があることを識別することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６５）
前記被験者が前立腺ガンを有することが既に診断されているかまたは診断されつつあり、前記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６６）
少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の前記遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６７）
前記ＰＤＬＩＭ５、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＥＴＮ及びＡＲ遺伝子の発現レベルを測定すること更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６８）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベル及び前記被験者の年齢に基づく、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６９）
前記試料が尿試料である、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７０）
前記試料が血液試料である、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７１）
前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７２）
前記血液試料または尿試料中の、ＰＤＬＩＭ５、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目７１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７３）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７４）
前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７５）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２Ｍ、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７６）
前記尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７７）
前記被験者が以前に前立腺摘除術を受けている、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７８）
前記被験者が、前立腺肥大症すなわち良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有することが既に診断されているかまたは診断されつつある、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７９）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８０）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目７９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８１）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８２）
前記解析がコンピュータにより行われる、項目８１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８３）
（ｂ）前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定すること、及び基準試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記被験者由来の前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを、前記基準試料中の前記遺伝子の発現レベルと比較することにより、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８４）
前記遺伝子の発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲを行うことを含む、項目８３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８５）
前記遺伝子における発現を測定することがタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８６）
タンパク質発現レベルを測定することがＥＬＩＳＡを行うことを含む、項目８５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８７）
前記の前記遺伝子における発現を測定することがＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８８）
ＲＮＡ発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロットまたはアレイハイブリダイゼーションを行うことを含む、項目８７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８９）
前記被験者が前立腺ガンを有するか、または侵攻性立腺ガンを有するかを報告することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９０）
報告することが、書面でのまたは電子的な報告書の作成を含む、項目８９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９１）
前記報告書を、前記患者、医師、病院または保険会社に対して提供することを含む、項目８９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９２）
項目５２または６３に従って、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を抗ガン療法に関して識別することと
を含む、抗ガン療法に対する被験者の識別方法。
（項目９３）
前記抗ガン療法が化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法または外科的療法である、項目９２記載の被験者の識別方法。
（項目９４）
前記外科的療法が前立腺摘除術である、項目９３記載の被験者の識別方法。
（項目９５）
項目５２または６３に従って、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を診断法に関して識別することと
を含む、診断法に対する被験者の識別方法。
（項目９６）
前記診断法が生検である、項目９５記載の被験者の識別方法。
（項目９７）
前立腺ガンを有する被験者に対する予後のイン・ビトロ判定方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者が侵攻性前立腺ガンを有するかまたは有さないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目９８）
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の変化した発現が、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す前記判定することとを含むオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目９９）
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、またはＡＲの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１００）
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０１）
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０２）
コンピュータ可読のコードを更に備える、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる、前記媒体。
（項目１０３）
前記情報を受け取ることが、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０４）
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０５）
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、項目１０４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
【図１】トレーニングセットにおいて種々のアルゴリズムを用いた、ＡＵＣ（図１Ａ）及び誤り率（図１Ｂ）の図である。当該アルゴリズム中の６の変数のそれぞれの寄与も示される（図１Ｃ）。
【図２】試料のテストセットを用いた、種々のアルゴリズムによるＡＵＣ（図２Ａ)及び誤り率（図２Ｂ）を示す図である。
【図３】ガン患者をＢＰＨから識別するためのカットオフポイントの決定を示す図である。間の破線は０．５６５、左右の破線はそれぞれ０．５５及び０．５８である。
【図４】テストセットにおいて種々のアルゴリズムを用いた、ＡＵＣ（図４Ａ)及び誤り率（図４Ｂ）を示す図である。アルゴリズムに含まれる４の変数のそれぞれの寄与も示す（図４Ｃ）。
【図５】侵攻性前立腺ガンのＢＰＨ／グリーソン＜７からの識別におけるＲＯＣ曲線を示す図である。
【図６】予測のための両モデル（ガン対ガンなし及び侵攻性ガン対ＢＰＨ／緩慢性ガン）を利用した組み合わせ点数化システムを示す図である。各四角形は患者を表わす。患者の分布が上の２つの列に示される。７５％が一致する結果（感度＝６８％、特異度＝９９％）。２５％が陽性／陰性：混合の：陰性／陽性＜７／陽性≧７。
【図７】ＢＰＨからＰＣａ（前立腺ガン（Ｐｒｉｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ））を識別するためのアッセイデータのＲＯＣ曲線を示す図である。解析に用いたマーカーは、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（３）血漿ＡＲ  ｍＲＮＡ濃度、（４）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＰＴＥＮ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（7）血漿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、及び（８）血漿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度であった。
【図８】ＢＰＨ／グリーソン＜７から侵攻性前立腺ガンを識別するためのアッセイデータのＲＯＣ曲線を示す図である。複数の曲線は、異なる数のマーカーが用いられたとき（すなわち、ステップ０は１マーカー、ステップ１は２マーカー、ステップ２は３マーカー等々）の結果を示す。０．７９７７７のＡＵＲＯＣを達成したステップ８の曲線に用いられたマーカーは、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）年齢、（３）尿ＰＳＡ、（４）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（７）尿ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ濃度、（８）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、及び（９）尿ＰＤＬＩＭ５  ｍＲＮＡ濃度であった。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
本明細書では２つのアルゴリズムが開示され、一つは良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有する患者における前立腺ガンの存在を予測するためのものであり、２番目は侵攻性前立腺ガンの存在（グリーソン≧７）を予測するためのものである。これらのアルゴリズムは、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍを始めとする、リアルタイムＰＣＲにより尿及び血漿の両方から単離された生物マーカーの組み合わせをアッセイすることによって開発された。従って、本開示は、侵攻性前立腺ガンを検知するための、２つのアルゴリズムを利用する点数化システムを提供する。この点数化システムは、７５％の患者において、非常に正確な侵攻性前立腺ガンの存在の予測（９９％の特異度及び６８％の感度）を提供する。２５％の患者においては、８８％の特異度及び６７％の感度でガンの存在のみを予測することができるが、該疾患の侵攻性は予測できない。この手法は、患者が生検を必要としているか否かを判定するために、並びに生検が代表的ではないかも知れないとの疑念がある場合に用いることができる。
【００３１】
上記第１のアルゴリズムは、トレーニングセットにおいては０．７７のＡＵＣ、及びテストセットにおいては０．７８のＡＵＣでガンを予測した。全体としての特異度及び感度はそれぞれ８８％及び６７％であった。上記第２のアルゴリズムは、グリーソン≧７を有する患者を、有意に優る、トレーニングセットにおける０．８７のＡＵＣ、及びテストセットにおける０．８８のＡＵＣでガンを予測した（特異度９９％及び感度４７％）。上記２つのモデルを点数化システムに組み込むことで、７５％の患者が当該２つのモデル間での一致を示した。両モデルにより一致した患者において、グリーソン≧７の予測は９９％の特異度及び６８％の感度であった。上記２つのモデル間で不一致を示した患者においては、該疾患の侵攻性の予測は正確でなく、ガンなしに対してガンありを予測する第１のモデルのみを用いることができる。
【００３２】
アッセイは、その後更に２つの追加のマーカー（ＡＲ及びＰＴＥＮのｍＲＮＡ濃度）を組み込むことで更に開発された。ここでも、アッセイは、（Ｉ）ＢＰＨに対してＰＣａを、及び（ＩＩ）危険性の低いガン（ＧＳ＜７）またはＢＰＨに対して危険性の高いＰＣａ（ＧＳ≧７）を判定するために開発された。これらの解析の（ＰＣａをＢＰＨから区別するための）第１については、用いたマーカーは、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（３）血漿ＡＲ  ｍＲＮＡ濃度、（４）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＰＴＥＮ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（７）血漿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、及び（８）血漿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度であった。これらのマーカーを用いることで、０．８７のＡＵＲＯＣでＰＣａをＢＰＨから区別することができた。このモデルに対するテストセットは、０．６４のカットオフポイントを用いた際に、７６％の感度及び７１％の特異度を示した（例えば、図７及び表５を参照されたい）。（ＧＳ＜７のガンまたはＢＰＨに対して危険性の高いＰＣａ（ＧＳ≧７）を区別するための）第２の解析は、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）年齢、（３）尿ＰＳＡ、（４）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（７）尿ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ濃度、（８）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、（９）尿ＰＤＬＩＭ５  ｍＲＮＡ濃度、並びに必要に応じて、（１０）血漿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、（１１）血漿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、及び（１２）血漿ＨＳＰＤｌ  ｍＲＮＡ濃度のマーカーを用いて開発された。これらのマーカーを用いることで、危険性の高いＰＣａを、０．８０のＡＵＲＯＣで低等級のガン（ＧＳ＜７）またはＢＰＨと区別することができた。
【００３３】
更に、記載した２つの解析の結果を組み合わせることにより、（生検を必要とせずに）超高特異的高感度診断を達成することができる。両解析共に陰性の場合、高い確率でガンは存在せず、いずれにしても、危険性の高いガンの確率は非常に低い。従って、かかる被験者は生検などのより観血的な診断を見送ることもでき、より低い頻度での監視しか必要としないこととなる。一方、両解析共に陽性である場合は、当該被験者がガンを有し、且つ当該のガンが侵攻性である確率が高い。これらの被験者は、生検及び／または外科的切除等の（積極的な）抗ガン療法に供されることとなろう。同様に、アッセイが、被験者が「ＰＣａ陰性」であるが、危険性の高いガンに対して陽性であることを示す場合には、当該被験者は、ガンを有する確率、及び当該のガンが高危険度である確率が高い。ここでもまた、これらの被験者は、生検及び／または（積極的な）抗ガン療法に供されることとなろう。「ＰＣａ陽性」であるが危険性の高いＰＣａに対しては陰性であると示された患者の場合には、当該患者はガンを有する確率は高いが、当該のガンの危険性が高いことはほぼない。これらの被験者は生検を受けることもできるが、早急なる積極的な療法や監視はほぼ必要としない。
【００３４】
このように、上記の新たに開発されたアッセイ及び解析は、前立腺生検を実施する必要性を判定する際に特に役立ち、積極的な監視において患者を監視すること及び進行を予測することに役立ち得る。但し、このＰＣａの存在及び侵攻性の予測は、生検の結果に基づく。
【００３５】
特に、本明細書において識別される尿及び血漿発現マーカーとしては以下が挙げられる。
・ＰＤＺ及びＬＩＭドメイン５（ＰＤＬＩＭ５）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００６４５７．４、ＮＭ＿００１０１１５１３．３、ＮＭ＿００１０１１５１５．２、ＮＭ＿００１０１１５１６．２、ＮＭ＿００１２５６４２５．１、ＮＭ＿００１２５６４２６．１、ＮＭ＿００１２５６４２７．１、ＮＭ＿００１２５６４２８．１、ＮＲ＿０４６１８６．１及びＮＭ＿００１２５６４２９．１を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００１１３５０９９．１及びＮＭ＿００５６５６．３を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼ１（ＵＡＰ１）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００３１１５．４を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ＩＭＰ（イノシン５’−モノホスフェート）デヒドロゲナーゼ２（ＩＭＰＤＨ２）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿０００８８４．２を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる）。
・熱衝撃６０ｋＤａタンパク質１（シャペロニン）（ＨＳＰＤ１）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００２１５６．４、及びＮＭ＿１９９４４０．１を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・前立腺ガン抗原３（ＰＣＡ３）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＲ＿０１５３４２．１を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ＰＳＡすなわちカリクレイン関連ペプチダーゼ３（ＫＬＫ３）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ  ００１０３００４７．１、ＮＭ＿００１０３００４８．１、及びＮＭ＿００１６４８．２を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ｖ-ｅｔｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｂｌａｓｔｏｓｉｓ  ｖｉｒｕｓ  Ｅ２６  ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ（ＥＲＧ）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿  ００１１３６１５４．１、ＮＭ＿００１１３６１５５．１、ＮＭ＿００１２４３４２８．１、ＮＭ＿００１２４３４２９．１、ＮＭ＿００１２４３４３２．１、ＮＭ＿００４４４９．４、及びＮＭ＿１８２９１８．３を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ＰＴＥＮすなわちホスファターゼ・テンシン・ホモログ（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿０００３１４．４を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる）。
・ＡＲすなわちアンドロゲン受容体（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００００４４．３及びＮＭ＿００１０１１６４５．２を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００１２５６７９９．１、及びＮＭ＿００２０４６．４を参照されたく、これらは参照により本明細書に組み込まれる）。
・β−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）（例えば、ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００４０４８．２を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる）。
【００３６】
Ｉ．生物マーカーの検知
生物マーカーすなわち遺伝子の発現は、当技術分野で周知の種々の技法によって測定することができる。生物マーカーのメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の濃度を定量することを用いて、当該生物マーカーの発現を測定することができる。あるいは、生物マーカーのタンパク質生成物の濃度を定量することを用いて、当該生物マーカーの発現を測定することができる。後述する方法に関する追加情報を、Ａｕｓｕｂｅｌら（２００３）またはＳａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）に見ることができる。当業者は、どのパラメータが、着目するｍＲＮＡまたはタンパク質の検知を最適化するために操作することができるかを知得しているであろう。
【００３７】
いくつかの実施形態において、上記発現情報を得ることは、例えば、ｃＤＮＡマイクロアレイ、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、イン・シチュ・ハイブリダイゼーション、ノーザンブロッティングまたはヌクレアーゼ保護などのＲＮＡの定量を含むことができる。上記発現情報を得ることは、例えば、免疫組織化学的検査、ＥＬＩＳＡ、放射免疫測定（ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）（ＲＩＡ）、免疫放射定量測定、蛍光免疫測定、化学発光アッセイ、生物発光アッセイ、ゲル電気泳動、ウェスタンブロット分析、質量分析、またはタンパク質マイクロアレイを含むタンパク質の定量法などのタンパク質の定量法を含むことができる。
【００３８】
核酸マイクロアレイを用いて、複数の生物マーカーの示差的発現を定量することができる。マイクロアレイ解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（カリフォルニア州サンタクララ）のＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）技術またはＩｎｃｙｔｅ社（カリフォルニア州フリーモント）のマイクロアレイシステムを用いることによるなどし、製造者のプロトコルに従って、市販の装置を用いて行うことができる。例えば、一本鎖核酸（例えば、ｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチド）をマイクロチップ基板上にプレートする、すなわち配列してもよい。次いで、上記配列された配列に、着目する細胞由来の特定の核酸プローブをハイブリダイズさせる。着目する細胞から抽出したＲＮＡの逆転写による、蛍光標識されたデオキシヌクレオチドの組込みを介して、蛍光標識ｃＤＮＡプローブを生起させることができる。あるいは、上記ＲＮＡを、イン・ビトロ転写によって増幅し、ビオチンなどのマーカーで標識することができる。上記標識プローブは、その後、マイクロチップ上に固定化された核酸に、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズさせる。非特異的に結合したプローブを除去するためのストリンジェントな洗浄の後、共焦点レーザー顕微鏡により、またはＣＣＤカメラなどの別な検出法によって、チップが走査される。ハイブリダイゼーションファイル内の蛍光強度の生データは、一般的に、ｒｏｂｕｓｔ  ｍｕｌｔｉｃｈｉｐ  ａｖｅｒａｇｅ（ＲＭＡ）アルゴリズムで前処理されて、発現値が作成される。
【００３９】
定量的リアルタイムＰＣＲ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ＰＣＲ）（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を用いて、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することもできる。ｑＲＴ−ＰＣＲにおいて、ＲＮＡ鋳型は、一般的に、ｃＤＮＡへ逆転写され、ｃＤＮＡはその後のＰＣＲ反応によって増幅される。ＰＣＲ生成物の量はリアルタイムでサイクル毎に追跡され、これによってｍＲＮＡの初期濃度の測定が可能になる。ＰＣＲ生成物の量を測定するために、上記反応は、二本鎖ＤＮＡに結合するＳＹＢＲグリーンなどの蛍光色素の存在下で行われてもよい。上記反応はまた、増幅されるＤＮＡに特異的な蛍光レポータープローブを用いて行われてもよい。
【００４０】
蛍光レポータープローブの非限定的な例は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、カリフォルニア州フォスターシティー）である。上記蛍光レポータープローブは、クエンチャーがＰＣＲの伸長サイクルの間に除去される際に蛍光を発する。それぞれが異なる発蛍光団を含有する多数の遺伝子特異性レポータープローブを用いることによって、多重のｑＲＴ−ＰＣＲを行うことができる。蛍光値は各サイクルの間に記録され、増幅反応におけるその時点までに増幅された生成物の量を表わす。誤差を最小化し、如何なる試料間の変動も低減するために、ｑＲＴ−ＰＣＲは、参照標準を用いて行われてもよい。理想的な参照標準は、異なる組織間において一定レベルで発現し、実験の処理によって影響を受けない。好適な参照標準としては、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド−３−リン酸−デヒドロゲナーゼ（ｇｌｙｃｅｒａｌｄｅｈｙｄｅ−３−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ−ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ）（ＧＡＰＤＨ）及びβ−アクチンのｍＲＮＡが挙げられるが、それらに限定されない。元の試料中のｍＲＮＡの濃度又は各生物マーカーの発現の変化倍率は、当技術分野で周知の計算を用いて決定することができる。
【００４１】
免疫組織化学的染色を用いて、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することもできる。この方法は、組織切片の細胞中のタンパク質を、当該タンパク質の特異的抗体との相互作用によって局在化することを可能にする。このためには、組織をホルムアルデヒドまたは別な適宜の固定液中で固定し、ワックスまたはプラスチック中に包埋し、ミクロトームを用いて（約０．１ｍｍから数ｍｍの厚さの）薄い切片に切断することができる。あるいは、クライオスタットを用いて組織を凍結させて、薄い切片に切断することができる。該組織片を固体表面上に配列し、貼り付けることができる（即ち、組織マイクロアレイ）。上記組織切片は着目する抗原に対する一次抗体と共にインキュベートされ、続いて未結合の抗体を除去するために洗浄される。上記一次抗体は検出系に連結されてもよく、または該一次抗体は、検出系に連結された二次抗体を用いて検出されてもよい。上記検出システムは発蛍光団であってもよく、あるいは該検出システムは、基質を比色、蛍光、または化学発光生成物に転化することができる、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼなどの酵素であってもよい。染色された組織切片は、一般的に顕微鏡下で走査される。ガンを有する被験者由来の組織の試料は不均一であることがある、すなわち、一部の細胞は正常であり、他の細胞がガン性であることがあり、組織中の陽性に染色された細胞の割合を測定することができる。この測定を染色の強度の定量化と共に用いて、生物マーカーに関する発現値を得ることができる。
【００４２】
酵素結合免疫吸着アッセイ（ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ  ａｓｓａｙ）、すなわちＥＬＩＳＡを用いて、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することができる。ＥＬＩＳＡアッセイの多くの変化形が存在する。該変化形の全ては、固体表面、一般にはマイクロタイタープレート上への抗原または抗体の固定化に基づく。当初のＥＬＩＳＡ法は、着目する生物マーカータンパク質を含有する試料を調製すること、マイクロタイタープレートのウェルを上記試料で被覆すること、特定の抗原を認識する一次抗体と共に各ウェルをインキュベートすること、未結合の抗体を洗い流すこと、及びその後、抗体−抗原複合体を検知することを含む。抗体−抗体複合体が直接検知されてもよい。このためには、上記一次抗体は、検出可能な生成物を生成する酵素などの検出系に接合される。上記抗体−抗体複合体は間接的に検知されてもよい。このためには、上記一次抗体は、上述のような検出系に接合している二次抗体により検知される。次に、上記マイクロタイタープレートが走査され、強度の生データを当技術分野で公知の手段を用いて発現値に変換することができる。
【００４３】
抗体マイクロアレイを用いても、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することができる。このためには、複数の抗体がマイクロアレイ、すなわちバイオチップの表面に配列され、共有結合によって連結される。着目する生物マーカータンパク質を含有するタンパク質抽出物は、一般に、蛍光色素またはビオチンで標識される。標識生物マーカータンパク質は、上記抗体マイクロアレイと共にインキュベートされる。未結合のタンパク質を除去するための洗浄の後、マイクロアレイが走査される。蛍光強度の生データは、当技術分野で公知の手段を用いて発現値に変換することができる。
【００４４】
Ｌｕｍｉｎｅｘ社の多重化ミクロスフェアを用いても、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することができる。この顕微鏡的なポリスチレンビーズは、各ビーズが（１００種までに及ぶ）固有のスペクトル上の識別特性を有するように、内部から蛍光色素で色分けされている。同一の識別特性を持つビーズは、着目する標的（すなわち、それぞれ、生物マーカーのｍＲＮＡまたはタンパク質）に結合することとなる特異的オリゴヌクレオチドまたは特異的抗体を用いてタグ付けされる。次に、上記標的もまた蛍光レポーターを用いてタグ付けされる。従って、一方はビーズ由来であり、他方は標的上のレポーター分子由来である２つの色の出所が存在する。次いで、ビーズは上記標的を含有する試料と共にインキュベートされ、１００種までに及ぶ標的を一つのウェル中で検出することができる。上記ビーズの小さなサイズ／表面積及びビーズの標的への三次元的曝露が、結合反応の間のほぼ溶液相に近い動力学を可能にする。捕捉された標的は、レーザーが、各ビーズを識別する内部の色素及びアッセイの間に捕捉された全てのレポーター色素も励起する、フローサイトメトリーに基づくハイテク流体工学によって検知される。取得ファイルからのデータは、当技術分野で公知の手段を用いて発現値に変換することができる。
【００４５】
イン・シチュ・ハイブリダイゼーションを用いても、複数の生物マーカーの示差的発現を測定することができる。この方法は組織切片の細胞中の着目するｍＲＮＡの局在化を可能にする。この方法では、組織を凍結または固定し、包埋し、その後、薄い切片に切断し、該切片を固体表面上に配列し、貼り付けることができる。上記組織切片は、着目するｍＲＮＡとハイブリダイズすることとなる標識アンチセンスプローブと共にインキュベートされる。上記ハイブリダイゼーション及び洗浄ステップは、一般に、高度にストリンジェントな条件下で行われる。上記プローブは、標識されたハイブリッドを顕微鏡下で検知し可視化することができるように、別のタンパク質または抗体によって検知することができる発蛍光団または（ビオチンまたはジゴキシゲニンなどの）小さなタグで標識することができる。各アンチセンスプローブが識別可能な標識を有するとの前提において、多数のｍＲＮＡを同時に検出することができる。ハイブリダイズされた組織アレイは、一般的に、顕微鏡下で走査される。ガンを有する被験者由来の組織の試料は不均一である場合がある、すなわち、一部の細胞は正常であり、他の細胞がガン性であることがあり、組織中の陽性に染色された細胞の割合を測定することができる。この測定を染色の強度の定量化と共に用いて、各生物マーカーに関する発現値を得ることができる。
【００４６】
さらなる実施形態において、マーカー濃度が、コントロール由来のマーカーの濃度と比較されてもよく、ここで該コントロールは、ある転移性の腫瘍を有する、若しくはある転移性の腫瘍を有しないと判定された、あるいはその両方の１または複数の患者から採取された、１または複数の腫瘍の試料を含んでもよい。
【００４７】
上記コントロールは、患者の個々のデータと同時に（例えば、同一のハイブリダイゼーション実験において）得られたデータを含んでもよく、あるいは、例えば、コンピュータ上若しくはコンピュータ可読の媒体上に保存された等の、保存された値または一連の保存された値であってもよい。後者が用いられる場合、初期またはフォローアップ試料から得られた、上記選択されたマーカー（複数可）に関する新たな患者のデータを、追加の対照実験を必要とせずに、同一のマーカー（複数可）に関して、保存されたデータと比較することができる。
【００４８】
マーカー発現の統計的解析
本明細書に更に詳細に述べるように、試料に関して発現レベルの測定値が得られた後、該測定値を、当該試料に関する診断スコアを計算するためのアルゴリズムに適用することができる。一般に、試料に関する診断スコアを決定する際に用いられるアルゴリズムは、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを使用することを含むことができる。本明細書に開示されるマーカーの測定に適用することができる具体的なアルゴリズムの例としては、これらに限定されないが、以下が挙げられる（ｕは尿マーカーを示し、ｐは血漿マーカーを示す）。
式＃1：ｌｏｇ＿オッズ＝ｌ．１４５９＋０．１７７６＊ｓＰＳＡ−０．００００４５０５＊ｕＰＣＡ３−０．００１３１４＊ｐＨＳＰＤｌ＋０．０００１０１２＊ｐＩＭＰＤＨ２＋０．０００６３５３＊ｐＰＤＬＩＭ５−０．９３１４＊ｐＥＲＧ
オッズ＝ｅｘｐ（ｌｏｇ＿オッズ）
確率＝オッズ／（１＋オッズ）
式＃２：ｌｏｇ＿オッズ＝−０．１３０３＋０．７８６＊ｓＰＳＡ＋０．００００４４０＊ｕＰＣＡ３−０．００１３＊ｐＨＳＰＤｌ＋０．００００１０２＊ｐＩＭＰＤＨ２＋０．００００００７２８５６＊ｐＰＤＬＩＭ５−０．００００２３７９＊ｐＥＲＧ
オッズ＝ｅｘｐ（ｌｏｇ＿オッズ）
確率＝オッズ／（１＋オッズ）
式＃３：ｌｏｇ＿オッズ＝０．１５６９＋０．２７８６＊ｓＰＳＡ−０．００００４４０５＊ｕＰＣＡ３−０．０００１１１４＊ｐＨＳＰＤｌ＋０．０００１０５２＊ｐＩＭＰＤＨ２＋０．００００００６２５３＊ｐＰＤＬＩＭ５−０．０００９３１４＊ｐＥＲＧ
オッズ＝ｅｘｐ（ｌｏｇ＿オッズ）
確率＝オッズ／（１＋オッズ）
式＃５：ｌｏｇ＿オッズ＝１．３４０ｅ＋００＋１．９９９ｅ−０１＊ｓＰＳＡ＋１．２３７ｅ−０４＊ｐＥＲＧ−２．３６７ｅ−０５＊ｕＰＤＬＩＭ５＋１．６１３ｅ−０４＊ｐＵＡＰｌ
オッズ＝ｅｘｐ（ｌｏｇ＿オッズ）
確率＝オッズ／（１＋オッズ）
式＃５：ｌｏｇ＿オッズ＝−２．６７０ｅ＋００＋２．９５５ｅ−０１＊ｓＰＳＡ−２．２８８ｅ−０４＊ｐＥＲＧ−７．８８５ｅ−０５＊ｕＰＤＬＩＭ５＋２．６２３ｅ−０４＊ｐＵＡＰｌ
オッズ＝ｅｘｐ（ｌｏｇ＿オッズ）
確率＝オッズ／（１＋オッズ）
【００４９】
いくつかの場合において、適当な関数形式が決定された後、それらの適当な関数形式における全ての発現マーカーを、ロジスティック回帰式にまとめることができる。一致指数（ｃｏｎｃｏｒｄａｎｃｅ  ｉｎｄｅｘ）を測定することに加えて、当該モデルを、感度及び特異度に関して試験することができる。ＲＯＣ（受信者動作特性（ｒｅｃｅｉｖｅｒ  ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ））曲線がグラフ化され、モデルの予測能力を調べる。ＲＯＣ曲線は、単純に偽陽性率に対するモデルの感度のグラフである。ＲＯＣ曲線下面積（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｔｈｅ  ＲＯＣ  ｃｕｒｖｅ）（ＡＵＣ）が大きいほど、当該モデルの一致指数がより優れ、当該モデルの再発の予測における能力が、高感度及び高特異度であってより優れる。ＡＵＣは単純にＲＯＣ曲線の下にある面積であり、ＡＵＣが１であることは、完璧な予測能力、すなわち０％の偽陽性で１００％の感度を示す。ＡＵＣが０．５であることは、予測結果における当該モデルの正確さは、偶然と同程度であるに過ぎないことを示す。ＡＵＣが１により近いほど、当該モデルの予測能力がより優れる。一致指数は、当該モデルの危険性を識別する能力の尺度であり、換言すると、危険性が低いとの観測は低い確率であることが予測されるとの尺度であり、当該事象に関して危険性が高いとの観測は、高い確率で起こることが予測されるとの尺度である。感度は、再発に関して陽性と試験され、後に実際に再発した患者の比率である。特異度は、再発に関して陰性と試験され、後に実際には再発しなかった患者の比率である。偽陽性率は１から特異度を減じたものであり、換言すれば、再発に関して陽性と試験されたが実際には再発しなかった患者の比率である。
【００５０】
ＩＩ．定義
本明細書中で用いられる「生物学的試料を得ること」または「血液試料を得ること」とは、例えば、直接または間接的のいずれかで、生物学的試料または血液試料を受け取ることをいう。本明細書中で用いられる生物学的試料としては、血漿、血清、尿などの本質的に無細胞の体液が挙げられる。いくつかの実施形態において、例えば、血液試料又は末梢血単核細胞（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ  ｃｅｌｌｓ）（ＰＢＭＣ）を含有する試料などの生物学的試料が、実験室若しくは当該生物学的試料が分析されることとなる場所またはその近傍で、被験者から直接得られてもよい。他の実施形態において、生物学的試料は第三者によって抜き取られ、すなわち採取され、その後例えば別個の機関または分析場所へ輸送されてもよい。他の実施形態において、同一の場所で、試料が得られ且つ医療現場での試験（ｐｏｉｎｔ−ｏｆ  ｃａｒｅ  ｔｅｓｔ）を用いて試験されてもよい。これらの実施形態において、上記「得ること」とは、例えば、当該患者から、実験室から、医師の事務所から、郵便、配達業者、または郵便局等から試料を受け取ることをいう。いくつかの更なる態様において、上記方法は、判定を、当該被験者、健康保険支払者、主治医、薬剤師、薬剤給付管理者、または当該判定がその人にとって着目すべきものであり得る任意の人に対して報告することを更に含んでもよい。
【００５１】
「被験者」または「患者」とは、治療または診断試験が望まれる任意の単一の対象を意味する。この場合、被験者または患者は一般的にヒトを指す。また、被験者として包含されることが意図されるものとして、如何なる疾患の臨床的徴候も示していない臨床研究試験に関与する全ての被験者、または疫学的研究に関与する被験者、またはコントロールとして用いられる被験者が挙げられる。
【００５２】
本明細書で用いられる「発現の増加」は、適宜のコントロール（例えば、非ガン性組織または細胞試料、参照標準）との対比における、ガン試料における上昇したすなわち増加した発現のレベルをいい、ここで、遺伝子発現のレベルの上昇すなわち増加とは、統計的に有意なもの（ｐ＜０．０５）である。コントロール対比でのガン試料における遺伝子の発現の増加が統計的に有意であるか否かは、適宜のt検定（例えば、１標本ｔ検定、２標本ｔ検定、ウェルチのｔ検定）または当業者に公知の他の統計的検定を用いて判定することができる。ガンにおいて過剰発現する遺伝子とは、例えば、ガンにおいて過剰発現することが知られている、または過剰発現することが以前に特定されている遺伝子とすることができる。
【００５３】
本明細書で用いられる「発現の減少」とは、適宜のコントロール（例えば、非ガン性組織または細胞試料、参照標準）との対比における、ガン試料の低下したすなわち減少した発現のレベルをいい、ここで、遺伝子発現のレベルの低下すなわち減少とは、統計的に有意なもの（ｐ＜０．０５）である。いくつかの実施形態において、低下したすなわち減少した遺伝子発現のレベルは、遺伝子発現が完全に存在しない、すなわち発現レベルゼロとすることができる。コントロール対比でのガン試料における遺伝子の発現の減少が統計的に有意であるか否かは、適宜のt検定（例えば、１標本ｔ検定、２標本ｔ検定、ウェルチのｔ検定）または当業者に公知の他の統計的検定を用いて判定することができる。ガンにおいて過小発現する遺伝子とは、例えば、ガンにおいて過小発現することが知られている、または過小発現することが以前に特定されている遺伝子とすることができる。
【００５４】
本明細書における用語「抗原結合フラグメント」は、最も広い意味で用いられ、詳細には、未変化のモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも２の未変化の抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体フラグメントを包含する。
【００５５】
本明細書で用いられる用語「プライマー」は、鋳型依存的過程において新生核酸の合成をプライミングすることができる任意の核酸を包含することを意味する。プライマーは、長さが１０から２０及び／または３０塩基対のオリゴヌクレオチドであってもよいが、より長い配列を用いることができる。プライマーは、二本鎖及び／または一本鎖の形態で提供することができるが、一本鎖の形態が好ましい。
【実施例】
【００５６】
ＩＩＩ．実施例
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を例証するために加えられる。以下の実施例に開示される技法が、本発明の実施において十分に機能することが本発明者によって見出された技法を代表し、従って、該技法は、本発明の実施のための好ましい様式を構成すると考えることができることが、当業者によって理解されるべきである。但し、当業者は、本開示に照らして、開示される特定の実施形態において多くの変更がなされ、それでもなお、本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく同様または類似の結果を得ることができることを理解すべきである。
【００５７】
実施例１  患者及び方法
（患者及び試料）  尿及び血液試料を、３の群に分類した１４１名の男性より収取した。アーム１は、生検後に前立腺ガンについて陽性であった６１名の患者から構成されていた。アーム２は、生検後に前立腺ガンについて陰性であった６０名の患者から構成されていた。アーム３は、最近前立腺摘除術を受けた２０名の患者から構成されていた。アーム１及びアーム３の患者に関して、グリーソンスコアによる腫瘍の組織学的等級が提供された。各患者の血清ＰＳＡ濃度を測定し記録した。ＤＲＥを行うことなく、各患者より尿を採取し、速やかに発送し、翌日に処理を行った。採取した尿の量は３０ｍL〜１１０ｍＬの範囲であった。各患者は、種々の量の、採取用カップ１つ分の、防腐剤を含有しない尿を提供し、全ての患者は、ＥＤＴＡ中に保存した約９ｍＬの末梢血を提供した。全ての作業は、同意書を受け、治験審査委員会（ＩＲＢ）承認済みプロトコル（ウェスタンＩＲＰ）に従って実施し、全ての試料は、地域開業泌尿器科グループ（ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  ｐｒａｃｔｉｓｅ  ｕｒｏｌｏｇｙ  ｇｒｏｕｐｓ）から収取した。
【００５８】
（尿及び血漿の処理）  各患者から採取した尿を、３ｋＤａの膜を有するＡｍｃｉｏｎ  Ｕｌｔｒａ−１５遠心分離フィルターユニット（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社、マサチューセッツ州ビレリカ）を用いて遠心分離により濃縮した。スイングバケットローターを用い４，０００×ｇで、濃縮された尿が僅か１ｍＬ残るまで尿を遠心分離した。末梢血試料から血漿を分離し、全核酸抽出に使用した。ＮｕｃｌｉＳｅｎｓ（ＢｉｏＭｅｒｉｅｕｘ社、ノースカロライナ州ダーラム）抽出キットを用いて、全核酸を患者の尿及び血漿から抽出した。
【００５９】
（定量的ＲＴ−ＰＣＲ）  ＶｉｉＡ  ７リアルタイムＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、カリフォルニア州フォスターシティ）を用いたＲＮＡ  Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｅワンステップ定量的ＲＴ−ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用い、以下のサーモサイクラー条件：５０℃の段階を１５分間、９５℃の段階を２分間保持し、続いて９５℃で１５秒間及び６０℃で３０秒間を４５サイクルにて、定量的ＲＴ−ＰＣＲを行った。ＰＤＬＩＭ５、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、及びＥＲＧ用のプライマープローブセットを、それぞれ、アッセイＩＤ  Ｈｓ００９３５０６２＿ｍ１、Ｈｓ０１３７１９３９＿ｇ１、Ｈｓ０３０６３３７５、及びＨｓ０１５５４６２９＿ｍ１を有するＴａｑＭａｎ（登録商標）遺伝子発現アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）として購入した。ＵＡＰｌ用のプライマープローブセットは、７０ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＴＴＧＣＡＴＴＣＡＧＡＡＡＧＧＡＧＣＡＧＡＣＴ−３’（順方向、配列番号１）；５’−ＣＡＡＣＴＧＧＴＴＣＴＧＴＡＧＧＧＴＴＣＧＴＴＴ−３’（逆方向、配列番号２）；及び５’−ＶＩＣ（登録商標）−ＴＧＧＡＧＣＡＡＡＧＧＴＧＧＴＡＧＡ−小溝結合剤非蛍光消光剤（ｍｉｎｏｒ  ｇｒｏｏｖｅ  ｂｉｎｄｅｒ  ｎｏｎｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｑｕｅｎｃｈｅｒ）（ＭＧＢＮＦＱ）−３’（プローブ、配列番号３）を生成した。ＨＳＰＤ１用のプライマープローブセットは、６４ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＡＡＣＣＴＧＴＧＡＣＣＡＣＣＣＣＴＧＡＡ−３’（順方向、配列番号４）；ＴＣＴＴＴＧＴＣＴＣＣＧＴＴＴＧＣＡＧＡＡＡ５’−３’（逆方向、配列番号５）；５’−ＶＩＣ（登録商標）ＡＴＴＧＣＡＣＡＧＧＴＴＧＣＴＡＣ−ＭＧＢＮＦＱ−３’（プローブ、配列番号６）を生成した。ＩＭＰＤＨ２用のプライマープローブセットは、エキソン１０及び１１を含むように設計され、７４ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＣＣＡＣＡＧＴＣＡＴＧＡＴＧＧＧＣＴＣＴＣ−３’（順方向、配列番号７）；５’−ＧＧＡＴＣＣＣＡＴＣＧＧＡＡＡＡＧＡＡＧＴＡ（逆方向、配列番号８）；５’−６ＦＡＭ（商標）−ＡＣＣＡＣＴＧＡＧＧＣＣＣＣＴ―ＭＧＢＮＦＱ−３’（プローブ、配列番号９）を生成した。ＰＳＡ用のプライマーセットのプローブは、６７ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＣＣＡＣＴＧＣＡＴＣＡＧＧＡＡＣＡＡＡＡＧ−３’（順方向、配列番号１０）；５−ＴＧＴＧＴＣＴＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＡＣＡＧＧ−３’（逆方向、配列番号１１）；５’−ＶＩＣ（登録商標）−ＣＧＴＧＡＴＣＴＴＧＣＴＧＧＧＴ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号１２）を生成した。Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ転写物をコントロールとして測定し、開発前のＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ試薬（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）として購入した。ヒト前立腺ガン細胞（ＣＲＬ−２５０５）を陽性コントロール（ＡＴＣＣ）のためのＲＮＡを提供するために用い、ＱＩＡａｍｐ  ＲＮＡ血液ミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社、ドイツ国ヒルデン）を用いて抽出した。陰性コントロールは、Ｆｉｒｓｔ  Ｃｈｏｉｃｅ（登録商標）ヒト前立腺全ＲＮＡ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）より入手した。
【００６０】
実施例２  結果
（患者の特性）  生検で確認された前立腺ガン及びＢＰＨを有する患者は類似の年齢であった（それぞれ、メジアンで６６対６３）（Ｐ＝０．２１）（表１）。民族分布も同様であり、患者の大部分が白人であった（表１）。しかし、予想通り、血清ＰＳＡにおいて、メジアンでＢＰＨ群においては４．４ｎｇ／ｍｌ、ガン群においては５．７ｎｇ／ｍｌであり、両群間に有意差があった（Ｐ＜０．００１）（表１）。コントロールとして、前立腺ガンによる前立腺摘除術後の２０名の患者についてデータ及び試料を収取した。表１に示すように、この群の患者は、同様の年齢及び民族的背景を有していたが、ＰＳＡは、ここでもＢＰＨ群及びガン群の両方よりも有意に低かった（メジアンで０．０１ｎｇ／ｍｌ）。グリーソン組織学的等級は、ガン患者と前立腺摘除術後の患者の間で類似していた。グリーソン等級付けは２００５年のコンセンサス会議に基づいた、新しい変更されたシステムに従って行った。
【００６１】
（前立腺摘除術後の患者とガン及びＢＰＨの患者との間の有意差）  単変量解析においては、前立腺摘除術後の患者とガン群との間に、尿中のＰＤＬＩＭ５（ｐ＝０．００５）、ＵＡＰ１（ｐ＝０．００１）、ＰＣＡ３（Ｐ＜０．０００１）、ＴＭＰＲＳＳ（ｐ＝０．００９）及び血漿中のＨＳＰＤ（ｐ＝０．０１）、ＩＭＰＤＨ２（ｐ＝０．００３）、ＵＡＰ１（ｐ＝０．０２）、及びＥＲＧ（Ｐ＝０．０２）において有意な差（ｐ＜０．０５）があった。
【００６２】
前立腺摘除術後の患者とＢＰＨとの間に、尿中のＨＳＰＤ１（ｐ＝０．００４）、ＩＭＰＤＨ２（ｐ＝０．００２）、ＰＤＬＭＩ５（ｐ＝０．０００３）、ＵＡＰ１（ｐ＝０．０００３）、ＰＣＡ３（Ｐ＜０．０００１）、ＴＭＰＲＳＳ（Ｐ＝０．０００６）及び血漿中のＨＳＰＤ（ｐ＝０．００６）、ＩＭＰＤＨ２（ｐ＝０．００２）、ＵＡＰ１（ｐ＝０．０３）において有意な差があった。このことは、これらのマーカーの殆どが前立腺特異性であり、これが血漿試料並びに尿試料に反映されることを明確に示している。
【００６３】
（単変量比較を用いたＢＰＨと前立腺ガンとの僅かな違い）  ＢＰＨと前立腺ガンとの間に、尿中のＨＳＰＤ１（Ｐ＝０．０５）、ＩＭＰＤＨ２（Ｐ＝０.０１）、ＰＤＬＩＭ５（Ｐ＝０.０５）及び血漿中のＥｒｇ（Ｐ＝０．０００３）においてのみ有意差があった。
【００６４】
血漿ＥＲＧ発現を除き、ＢＰＨとガンとの間の違いは僅かであり、このことは、上記２の条件間で区別することの難しさを反映し、ガンを有する殆どの患者はＢＰＨも有するという事実に起因する可能性が最も高い。
【００６５】
（ＢＰＨからガンを識別するための多変量解析及びアルゴリズムの開発）  ＢＰＨから前立腺ガンを有する患者を識別すると同時に、可能な限り多くの変数を利用することができ、それのみならず、関連のない変数を排除することができるようにするために、本発明者らは、数学的アルゴリズムの値を検討した。本発明者らはまず、試料を、７０名の患者（ガン３５名及びＢＰＨ３５名）を含む学習（トレーニング）群及び５１名の患者（ガン２６名及びＢＰＨ２５名）を含む試験群に分けた。更に、５１名の患者のテストセットを用いたモデルの検証の前に、トレーニングセットの、凡そ３分の２をモデルの作成に、凡そ３分の１を試験に用いた。アルゴリズムの開発に含まれる変数はＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、年齢及び血清ＰＳＡであった。
【００６６】
本発明者らは、特徴選択のために多数の数学的アルゴリズムを使用し、種々のアルゴリズム間の平均ＡＵＣ及び平均誤り率を比較した。全ての用いたアルゴリズムは機械学習に基づいており、ロジスティック回帰、ＳＶＭ（Ｓｕｐｐｏｒｔ  ｖｅｃｔｏｒ  ｍａｃｈｉｎｅ）、Ｌａｓｓｏ（ｌｅａｓｔ  ａｂｓｏｌｕｔｅ  ｓｈｒｉｎｋａｇｅ  ａｎｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｐｅｒａｔｏｒ）、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｒｅｅ）、ｍａｔｔ、及びｃｔｒｅｅ（Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ  ｔｒｅｅ）を含んでいた。表２及び図１に示すように、全てのアルゴリズム由来の最高のＡＵＣ及び最低誤り率は、ロジスティック回帰により得られた。このアルゴリズムにおいて、トレーニングセットの試験は０．７７のＡＵＣ及び０．２７の平均誤り率を示した。このモデルにおいては６の変数が含まれ、各変数の寄与を図１に示す。モデルを改善するために、特徴除去を用いて、寄与していなかった変数を除去した。このモデルに含まれる６の変数は、血漿ＥＲＧ、血清ＰＳＡ、尿ＰＣＡ３、尿ＭＰＤＨ２、尿ＰＤＬＩＭ５、及び尿ＨＳＰＤ１であった。
【００６７】
同じモデルをテストセットに適用したところ、同様の結果が得られた（図２）。ロジスティック回帰に関して、発明者らは、このセットに対して０．７８の平均ＡＵＣ値を得た。１２１全ての試料を考慮し、各群を、無作為の試料を毎回選択して１００回試験したところ、本発明者らは、０．７０と０．８５との間で変化するＡＵＣを得た。ロジスティック回帰アルゴリズムは、０．２５の最小誤り率で０．５６５のカットオフポイント（図３）を示した。このカットオフポイントで、特異度及び感度は、それぞれ８８％及び６７％であった。
【００６８】
この患者群においては、血清ＰＳＡを単独で使用し、４のカットオフポイントを用いて、特異度は６２％、感度は５６％であった。ｓＰＳＡ及びカットオフ＞１４．１を用いて、我々は１００％の特異性、但し１８％の感度を得る。
【００６９】
（侵攻性前立腺ガンを識別するための多変量解析及びアルゴリズムの開発）  変更されたグリーソン点数化システムにおいて、スコア＜７は緩慢性ガンであり、当該ガンによる死亡の危険性は非常に小さい。グリーソンスコア＜６の前立腺ガンを有する患者では、診断後１０〜１５年以内に死亡する危険性が、治療を行っても行わなくても同一である（Ｃａｒｔｅｒら、ＪＣＯ、２０１２年１２月１０日）。従って、我々は、グリーソン＜７の患者をＢＰＨの患者と同様に扱い、グリーソン≧７の前立腺がん患者（３２名）を残りの患者（グリーソン＜７及びＢＰＨ）（８９名の患者）から予測するに当たって、我々の生物マーカーの可能性を調査した。
【００７０】
全データセットを、１８名の侵攻性ガンを有する患者及び５１名のＢＰＨ／グリーソン＜７を含むトレーニング（６９名）に無作為に分配した。テスト群（５２名の患者）は１４名の侵攻性ガン患者及び３８名のＢＰＨ／グリーソン＜７を有する患者を含んでいた。
【００７１】
トレーニングセットを用い、上記と同様の方式にて数学的モデルを作成し、ＡＵＣ及び誤り率を比較した。図４は、それぞれのアルゴリズムについて平均ＡＵＣ及び誤り率を示す。ここでも、ロジスティック回帰が、無作為な選択後の１００回のテストに基づいて、トレーニングセットにおいて０．８７の平均ＡＵＣである、最も有益なモデルであることを示した。テストセットは０．８８のＡＵＣを示した。全ての試料を組み合わせてテストすると、ＡＵＣは０．８８であった。このモデルでは、このアルゴリズムを開発するためには４の変数が適切であり、該変数としては、図４に示すように、血清ＰＳＡ、血漿ＵＰＡ１、血漿ＥＲＧ及び尿ＰＤＣＩＭ５を含んでいた。これらの変数の各々の寄与を図４Ｃに示す。
【００７２】
ＡＵＣに基づいて、我々はカットオフとして０．６１を選択し、これにより０．９９の特異度及び０．４７の感度を得た（表３）。
【００７３】
進行ガンの数は比較的少ないが（３２名の患者）、０．８７のＡＵＣ値は１標準偏差内である。平均±１標準偏差は、５０回の反復試験に基づいて０．７３〜０．９２であった。
【００７４】
（緩慢性ガンまたはＢＰＨの患者から侵攻性ガンの患者を検知するための組み合わせモデル）  上記の２のモデルは、異なる変数及び異なるアルゴリズムを用い、完全に独立である。両モデルを用いて個々の患者を評価したときに、該２のモデルによって一致した結果が得られることが、より強力な予測を表わしている可能性が最も高い。これを検証するために、本発明者らは、１２１名の患者全てを用いて上記２のモデル間の結果を比較した。１２１名の患者のうち、９１名（７５％）が一致する結果を得た。この患者群では、緩慢性ガンまたはＢＰＨに対して侵攻性ガンを予測することにおいて、特異度及び感度はそれぞれ９９％及び６８％であった（表４、図６）。残りの患者（合計数の２５％）は不一致の結果であり、実際的な理由から、これらの患者は、８８％及び６７％の特異性及び感度がある前立腺ガンの有無の予測のみにおいて判断されるべきであり、当該ガンの侵攻性に関しては、信頼性をもって分類することはできない。
【表１】
0006285009.tif 000002
【表２】
0006285009.tif 000003
【表３】
0006285009.tif 000004
【表４】
0006285009.tif 000005
【００７５】
実施例３  更なるマーカーを用いたアッセイ
材料及び方法
研究設計及び患者
前立腺肥大を呈し、前立腺生検が予定されていた２８７名の男性由来の尿及び血液試料を、４の泌尿器科開業医より収取した。生検で確認されたＰＣａに関する腫瘍の組織学的ＧＳ（グリーソンスコア）は、各患者の診療場所によって提供された。グリーソン等級付けは２００５年のコンセンサス会議（Ｅｐｓｔｅｉｎら、２００６、参照により本明細書に組み込まれる）に基づいた、新しい変更されたシステムに従って行われた。生検は、１０３名（３６％）の患者がＢＰＨを有し、１８４名（６４％）の患者がＰＣａを有することを示していた。１０７名のＰＣａ患者が危険性の高い群（ＰＣａの５８％であり全体の３７％）に入っていた。ＢＰＨまたはＰＣａに関して如何なる治療であってもこれを受けていた患者は除外し、患者に、研究に参加するために新たに診断を受けることを求めた。直腸指診（ｄｉｇｉｔａｌ  ｒｅｃｔａｌ  ｅｘａｍ）（ＤＲＥ）を行うことなく尿試料を採取し、採取の４８時間以内に処理した。全ての患者が、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）中に保存した９ｍＬの末梢血を提供した。この他には選択基準はなく、試料は平均的な患者を代表していた。全ての実験室作業はＩＲＢ承認済みのプロトコル（ウェスタンＩＲＰ）によって行った。
【００７６】
尿及び血漿の処理
各患者から排泄された尿を、３ｋＤａの膜を有するＡｍｃｉｏｎ  Ｕｌｔｒａ−１５遠心分離フィルターユニット（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社、マサチューセッツ州ビレリカ）を用いた、スイングバケットローター中、４，０００×ｇでの遠心分離により、容量１ｍｌまで濃縮した。血漿を、標準的な遠心分離を用いて末梢血から分離した。ＮｕｃｌｉＳＥＮＳ（登録商標）抽出キット（ＢｉｏＭｅｒｉｅｕｘ社、ノースカロライナ州ダーラム）を用いて、濃縮した尿及び血漿から全核酸を抽出した。
【００７７】
定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ―ＰＣＲ）
ＲＮＡ  Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｅワンステップ定量ＲＴ−ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いて、ＶｉｉＡ（商標）７リアルタイムＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、カリフォルニア州フォスターシティ）上で、以下のサーモサイクラー条件：５０℃の段階を１５分間、９５℃の段階を２分間保持し、続いて９５℃で１５秒間及び６０℃で３０秒間を４５サイクルにて、定量的逆転写リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ―ＰＣＲ）を行った。六点希釈スタンダードシリーズをＦｉｒｓｔ  Ｃｈｏｉｃｅ（登録商標）ヒト前立腺全ＲＮＡ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）より入手した。ＰＤＬＩＭ５、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ及びＰＴＥＮプライマー及びプローブを、それぞれ、アッセイＩＤ  Ｈｓ００９３５０６２＿ｍ１、Ｈｓ０１３７１９３９＿ｇ１、Ｈｓ０１１２０９６５＿ｍ１、Ｈｓ０１５５４６２９＿ｍ１、及びＨｓ０１９２０６５２＿ｓ１を有するＴａｑＭａｎ遺伝子発現アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）として購入した。ＵＡＰｌ用のプライマープローブセットは、７０ｂｐのＰＣＲ生成物５’−ＴＴＧＣＡＴＴＣＡＧＡＡＡＧＧＡＧＣＡＧＡＣＴ−３’（順方向、配列番号１）；５’−ＣＡＡＣＴＧＧＴＴＣＴＧＴＡＧＧＧＴＴＣＧＴＴＴ−３’（逆方向、配列番号２）；及びＶＩＣ（登録商標）−ＴＧＧＡＧＣＡＡＡＧＧＴＧＧＴＡＧＡ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号３）を生成した。ＨＳＰＤ１用のプライマープローブセットは、６４ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＡＡＣＣＴＧＴＧＡＣＣＡＣＣＣＣＴＧＡＡ−３’（順方向、配列番号４）；５’−ＴＣＴＴＴＧＴＣＴＣＣＧＴＴＴＧＣＡＧＡＡＡ５’−３’（逆方向、配列番号５）；ＶＩＣ（登録商標）−ＡＴＴＧＣＡＣＡＧＧＴＴＧＣＴＡＣ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号６）を生成した。ＩＭＰＤＨ２用のプライマープローブセットは、エキソン１０及び１１を含むように設計され、７４ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＣＣＡＣＡＧＴＣＡＴＧＡＴＧＧＧＣＴＣＴＣ−３’（順方向、配列番号７）；５’−ＧＧＡＴＣＣＣＡＴＣＧＧＡＡＡＡＧＡＡＧＴＡ（逆方向、配列番号８）；６ＦＡＭ（商標）−ＡＣＣＡＣＴＧＡＧＧＣＣＣＣＴ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号９）を生成した。ＰＳＡ用のプライマーセットのプローブは、６７ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＣＣＡＣＴＧＣＡＴＣＡＧＧＡＡＣＡＡＡＡＧ−３’（順方向、配列番号１０）；５’−ＴＧＴＧＴＣＴＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＡＣＡＧＧ−３’（逆方向、配列番号１１）；ＶＩＣ（登録商標）−ＣＧＴＧＡＴＣＴＴＧＣＴＧＧＧＴ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号１２）を生成した。ＡＲ用のプライマープローブセットは、エキソン６及び７を含むように設計され、９１ｂｐのＰＣＲ生成物：５’−ＧＧＡＡＴＴＣＣＴＧＴＧＣＡＴＧＡＡＡＧＣ−３’（順方向、配列番号１３）；５’−ＣＡＴＴＣＧＡＡＧＴＴＣＡＴＣＡＡＡＧＡＡＴＴ−３’（逆方向、配列番号１４）；ＶＩＣ（登録商標）−ＣＴＴＣＡＧＣＡＴＴＡＴＴＣＣＡＧＴＧ−ＭＧＢＮＦＱ（プローブ、配列番号１５）を生成した。Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ転写物をコントロールとして測定す���ために、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨ用の開発前のＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ試薬（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を購入した。全てのアッセイにおいて、ＲＮＡ抽出に関して等量の血漿を用い、ＲＮＡを等量の溶出緩衝液中に溶出させ、等量のＲＮＡ溶液を各アッセイに用いた。尿に関しても同様に、１ｍｌの全濃縮尿からＲＮＡを抽出し、等量の溶出緩衝液中に溶出させ、等量のＲＮＡ溶液を各アッセイに用いた。
【００７８】
結果
生検の結果は、２８７名の患者の１０３名（３６％）がＢＰＨを有しており、また１８４名（６４％）の患者がＰＣａを有し、その内の１０７名（ＰＣａの５８％であり全体の３７％）が危険性の高いＰＣａを有していることを示していた。トレーニングセットを用い、ＢＰＨからＰＣａを区別するためにアルゴリズムを開発した。この評価のために用いられたマーカーは、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（３）血漿ＡＲ  ｍＲＮＡ濃度、（４）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＰＴＥＮ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（７）血漿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、及び（８）血漿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度であった。これらのマーカーを用いて、０．８７の受信者動作特性曲線下面積（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｔｈｅ  ｒｅｃｅｉｖｅｒ  ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ  ｃｕｒｖｅ）（ＡＵＲＯＣ）で、ＰＣａをＢＰＨから識別することができた。このモデルについてのテストセットは、０．６４のカットオフポイントを用いた際に、７６％の感度及び７１％の特異度を示した（例えば、図７及び表５を参照されたい）。
【表５】
0006285009.tif 000006
【００７９】
ＧＳ＜７のガンまたはＢＰＨを有する患者に対して、危険性の高いＰＣａ（ＧＳ≧７）を有する患者を予測するために、更なるアルゴリズムを開発した。この評価に対して用いられるマーカーは、（１）血清ＰＳＡタンパク質濃度、（２）年齢、（３）尿ＰＳＡ  ｍＲＮＡ濃度、（４）血漿ＥＲＧ  ｍＲＮＡ濃度、（５）尿ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ濃度、（６）尿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、（７）尿ＰＴＥＮ  ｍＲＮＡ濃度、（８）尿ＰＣＡ３  ｍＲＮＡ濃度、及び（９）尿ＰＤＬＩＭ５  ｍＲＮＡ濃度であった。これらのマーカーを用いることで、０．８０のＡＵＲＯＣで、危険性の高いＰＣａを低等級のガン（ＧＳ＜７）またはＢＰＨから識別することができた（例えば、図８及び表６を参照されたい）。いくつかの更なる計算において、追加の３種のマーカー（（１０）血漿ＰＣＡ３  ｍＲＮ濃度、（１１）血漿Ｂ２Ｍ  ｍＲＮＡ濃度、及び（１２）血漿ＨＳＰＤ１  ｍＲＮＡ濃度）を用い、０．８４８７のＡＵＲＯＣを達成した。
【表６】
0006285009.tif 000007
【００８０】
２種の解析の間で一致する結果であった患者は、高等級の侵攻性ＰＣａを有することに関しては８９％の特異度及び５９％の感度を示し（表７）、ＰＣａを有し且つＢＰＨを有さないことに関しては９４％の特異度及び８１％の感度を示したが（表８）、危険性の低いＰＣａが検知されないことは容認せざるを得なかったことが、更なる解析によって示された。このように、上記２種の解析を組み合わせ、且つ、侵攻性の如何に拘わらず、２種の解析の一方がガンについて陽性である場合にはＰＣａの診断を受け入れることで、危険性の低いガンを検知しない可能性（ＰＰＶ＝８６％及びＮＰＶ＝９０％）を伴いながら、それぞれ８２％及び９２％の特異度及び感度を示した（表９）。両アルゴリズムにおいて、最も強力に貢献する生物マーカーは、ｓＰＳＡに加えて、血漿及び尿ＥＲＧ、ＰＴＥＮ、ＡＲ、及びＰＣＡ３  ｍＲＮＡであり、程度はより低くなるが、血漿及び尿中のＰＤＬＩＭ５及びＰＳＡ  ｍＲＮＡであった。
【表７】
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【表８】
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【表９】
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【００８１】
このように、上述の２種の解析（すなわち、ＢＰＨからＰＣａを識別するためのマーカーのアッセイ、及び危険性の低いＰＣａ（ＧＳ＜７）またはＢＰＨから危険性の高いＰＣａを識別するためのマーカーのアッセイ）の結果を組み合わせることによって、高度に特異的且つ高感度の診断を達成することができる。ここで詳述した検討を用いて達成された詳細な診断結果は以下を示す。
１）両解析が陰性：
-如何なる前立腺ガンの形跡もない（感度＝５９％、特異度＝８９％）。
-危険性の高い侵攻性前立腺ガン（グリーソン≧７）の形跡はないが、低等級のガン（グリーソン＜７）を完全には排除できず（感度＝８１％、特異度＝９４％）。
２）両解析が陽性：
-侵攻性のガン（グリーソン≧７）を有する確率が高い（感度＝５９％、特異度＝８９％）。
-いずれかの前立腺ガン（いずれかの等級）を有する確率が高い（感度＝８１％、特異度＝９４％）。
３）ＰＣａが陽性且つ高等級が陰性：
-いずれかの前立腺ガンを有する確率が高い（感度＝９２％、特異度＝８２）が、高等級ではないと見込まれる（特異度＝７６％、感度＝４４％）。
４）ＰＣａが陰性且つ高等級が陽性：
-いずれかの前立腺ガンを有する確率が高い（感度＝９２％、特異度＝８２）が、高等級と見込まれる（特異度＝７６％、感度＝４４％）。
【００８２】
本願において開示及び権利請求される全ての方法は、本開示に照らして、過度の実験なしで行い、実施することができる。本発明の組成物及び方法は好ましい実施形態の観点から説明されてきたが、本願記載の方法に対して、及び該方法のステップまたは連続したステップにおいて、本発明の概念、趣旨及び範囲より逸脱することなく、変化形が適用され得ることは当業者にとって明らかであろう。より詳細には、同一または類似の結果を達成しつつ、化学的及び生理学的の両方で関係するある薬剤が、本願に記載の薬剤に代えて用いられてもよいことは明らかであろう。当業者に明らかな全てのかかる類似の置換及び変更は、添付の特許請求の範囲によって規定される本発明の趣旨、範囲及び概念の内にあると認められる。
【００８３】
参照文献
以下の参照文献は、それらが、例示的な手順上のまたは他の詳細であって、本明細書に記載された該詳細に対して補足となる上記詳細を提供する程度に、参照により具体的に本明細書に組み込まれる。
Ａｕｓｕｂｅｌら、分子生物学における最近のプロトコル（Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｌｔｄ、Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、２００３
Ｃａｒｔｅｒら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ、３０：４２９４〜４２９６、２０１２
Ｅｐｓｔｅｉｎら、「前立腺ガン向けグリーソン等級付けシステムの更新：泌尿器病理学者国際コンセンサス会議の結果」（「Ｕｐｄａｔｅ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｇｌｅａｓｏｎ  ｇｒａｄｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：ｒｅｓｕｌｔｓ  ｏｆ  ａｎ  ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｏｆ  ｕｒｏｌｏｇｉｃ  ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔｓ」）、Ａｄｖ．Ａｎａｔ．Ｐａｔｈｏｌ．、１３（ｌ）：５７〜９、２００６
Ｓａｍｂｒｏｏｋら、分子クローニング：実験室便覧（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ）、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、１９８９
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【配列表】
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