(57)【要約】  ヒトＶＩＰＲ１遺伝子はＥ２Ｆ／ＲＢ経路のモジュレーターとして同定されており、したがってこれらは欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能に関連する疾患の治療上の標的である。ＶＩＰＲ１の活性を調節する作用剤のスクリーニングを含む、Ｅ２Ｆ／ＲＢのモジュレーターを同定する方法が提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）ＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸を含むアッセイ系を提供する工程と、
（ｂ）試験剤が存在しない場合に系により対照活性がもたらされる条件下で、アッセイ系を試験剤と接触させる工程と、
（ｃ）試験剤の影響を受けたアッセイ系の活性を検出し、試験剤の影響を受けた活性と対照活性との差により試験剤を候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路調節剤として同定する工程と
を含む、候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路調節剤を同定する方法。
【請求項２】
アッセイ系がＶＩＰＲ１ポリペプチドを発現する培養細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
培養細胞がさらに欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
アッセイ系がＶＩＰＲ１ポリペプチドを含むスクリーニングアッセイを含み、候補試験剤が小分子モジュレーターである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
アッセイが結合アッセイである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
アッセイ系が、アポトーシスアッセイ系、細胞増殖アッセイ系、及び血管形成アッセイ系からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
アッセイ系がＶＩＰＲ１ポリペプチドを含む結合アッセイを含み、候補試験剤が抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
アッセイ系がＶＩＰＲ１核酸を含む発現アッセイを含み、候補試験剤が核酸モジュレーターである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
核酸モジュレーターがアンチセンスオリゴマーである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
核酸モジュレーターがＰＭＯである、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
（ｄ）（ｃ）で同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路調節剤を、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能に欠陥がある細胞を含むモデル系に投与し、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能が修復されたことを示すモデル系における表現型の変化を検出する工程
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
モデル系が欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有するマウスモデルである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能に欠陥がある細胞を、ＶＩＰＲ１ポリペプチドに特異的に結合する候補モジュレーターと接触させることを含み、それによりＥ２Ｆ／ＲＢ機能が修復される、細胞のＥ２Ｆ／ＲＢ経路を調節する方法。
【請求項１４】
Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能の欠陥に起因する疾病又は疾患を有することが事前に確定されている脊椎動物に候補モジュレーターを投与する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
候補モジュレーターが抗体及び小分子からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
（ｄ）ＶＩＰＲ１を発現している非ヒト動物又は培養細胞を含む二次アッセイ系を提供する工程と、
（ｅ）二次アッセイ系を（ｂ）の試験剤又はそれから誘導した作用剤と、試験剤又はそれから誘導した作用剤が存在しない場合に二次アッセイ系により対照活性がもたらされる条件下で接触させる工程と、
（ｆ）作用剤の影響を受けた第２アッセイ系の活性を検出する工程
をさらに含み、作用剤の影響を受けた第２アッセイ系の活性と対照活性との差により試験剤又はそれから誘導した作用剤が候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路調節剤であることが同定され、
ここで第２アッセイにより作用剤の影響を受けたＥ２Ｆ／ＲＢ経路における変化を検出する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
二次アッセイ系が培養細胞を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
二次アッセイ系が非ヒト動物を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
非ヒト動物がＥ２Ｆ／ＲＢ経路の遺伝子をミスエクスプレスする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
哺乳動物の細胞をＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸と特異的に結合する作用剤と接触させることを含む、哺乳動物細胞内のＥ２Ｆ／ＲＢ経路を調節する方法。
【請求項２１】
Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する病状を有することが事前に確定されている哺乳動物に作用剤を投与する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
作用剤が小分子モジュレーター、核酸モジュレーター、又は抗体である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
（ａ）患者から生体試料を得て、
（ｂ）試料をＶＩＰＲ１発現用のプローブと接触させ、
（ｃ）工程（ｂ）からの結果を対照と比較し、そして
（ｄ）工程（ｃ）が疾病の可能性を示しているかどうかを決定する
ことを含む、患者の疾病を診断する方法。
【請求項２４】
前記疾病が癌である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記癌が、＞２５％の発現レベルを有するとして表１に示されている癌である、請求項２４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の背景）
Ｅ２Ｆシグナル伝達経路は、肺、胸部、神経膠腫、膵臓及び軟組織の肉腫を含む、広範囲に亘るヒトの癌の様々なメカニズムによって過剰に活性化されることが多い（Malumbres M及びBarbacid M (2001) Nat Rev Cancer. 1: 222-231; Ortega Sら、(2002) Biochim et Biophyis Acta. 1602: 73-87参照）。腫瘍細胞において、Ｅ２Ｆの活性は、ＣＤＫ４／６インヒビターであるｐ１６ＩＮＫ４の欠失、ＣＤＫ４／６又はＤ型サイクリン座位の増幅、或いは負の制御因子ｐＲｂの変異により増大することがあり、これは、関連するＧ１／Ｓ期の遺伝子のＥ２Ｆ転写を恒常的に活性化させ、細胞周期を進行させる。正常な細胞は、細胞周期の関連する期において、ＤＮＡ複製と細胞分裂が分裂促進的刺激と適切な栄養分の存在下でのみ起こるように制御されるインタクトなチェックポイントを有している。そのような制御的決定ポイントの一つはＧ１期からＳ期への移行期にあり、休止状態の細胞（non-cycling cell）では、ＣＤＫ４／６／サイクリンＤ複合体の活性が抑制されており、ｐＲｂ腫瘍抑制因子は低リン酸化され、ｐＲｂがＥ２Ｆ転写因子に結合して、同転写因子がＤＮＡ複製に必要な遺伝子産物を転写することを防いでいる。Ｅ２Ｆ転写は、ｐ１６ＩＮＫ４遺伝子の欠失又は変異により腫瘍中で調節解除されることがある。このｐ１６ＩＮＫ４遺伝子は、通常ＣＤＫ４／６／サイクリンＤ複合体に結合して同複合体によるｐＲｂの形成、リン酸化及び非活性化を抑制するものである。このような減少は頻繁に、例えば神経膠芽腫の６０％、及び膵臓癌の８０％で起こる。加えて、一部の腫瘍では、ＣＤＫ４／６キナーゼ活性がＣＤＫ自体又はＤ型サイクリン遺伝子の遺伝子増幅によって増大する。更に、多くの腫瘍が、この関連腫瘍抑制因子の機能の低下を招くｐＲｂの変異を有する（例えば、小細胞肺癌腫瘍の８０％にも及ぶ）。Ｅ２Ｆ経路は、よく知られているその細胞増殖を促進する役割により腫瘍の進行を促進すると思われるが、これに加え、最近の報告によれば、Ｅ２Ｆは、Ｇ２／Ｍにより進行の促進に関与する遺伝子と、アポトーシス及びやはりＥ２Ｆによる腫瘍の進行に寄与しうるＤＮＡ破損の修復を調節する遺伝子とを調節する（Bracken Aら、(2004) Trends in Biochemical Sciences. 29(8): 409-417）。
【０００２】
参照した特許、特許出願、公開公報、及び参照したＧｅｎｂａｎｋ識別番号における配列情報を含めた本明細書中で引用するすべての参考文献は、その全体が本明細書中に組み込まれる。
【発明の概要】
【０００３】
本発明者等は、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路を改変させる遺伝子を発見し、本明細書中では以降これをＥ２Ｆ／ＲＢ（ＭＥ２Ｆ／ＲＢ）のモディファイヤーと呼ぶ。特に、本発明者等は、１の遺伝子、血管作用性小腸ペプチドレセプター１（ＶＩＰＲ１）が、多数のヒト組織及び細胞株においてＥ２Ｆ／ＲＢ経路を改変させることを発見した。本発明は、これらのＥ２Ｆ／ＲＢモディファイヤー遺伝子及びポリペプチドを利用して、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能及び／又はＶＩＰＲ１機能の欠陥又は不全に関連する疾患の治療に使用できる候補治療剤であるＶＩＰＲ１調節剤を同定する方法を提供する。好ましいＶＩＰＲ１調節剤（ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）は、ＶＩＰＲ１ポリペプチドに特異的に結合してＥ２Ｆ／ＲＢ機能を修復する。他の好ましいＶＩＰＲ１調節剤は、アンチセンスオリゴマーやＲＮＡｉなど、例えば対応する核酸（すなわちＤＮＡ又はｍＲＮＡ）に結合してそれを阻害することによってＶＩＰＲ１遺伝子発現又は生成物の活性を抑制する核酸モジュレーターである。
ＶＩＰＲ１調節剤は、ＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸との分子相互作用のための任意の都合のよいインビトロ又はインビボのアッセイによって評価することができる。一実施態様では、ＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸を含むアッセイ系を用いて候補ＶＩＰＲ１調節剤を試験する。対照と比べてアッセイ系の活性に変化を生じさせる作用剤は、候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤として同定される。このアッセイ系は細胞に基づくものでも、細胞を含まないものでもよい。ＶＩＰＲ１調節剤には、ＶＩＰＲ１関連タンパク質（例えばドミナントネガティブ変異体やバイオ治療薬）；ＶＩＰＲ１に特異的な抗体；ＶＩＰＲ１に特異的なアンチセンスオリゴマー及び他の核酸モジュレーター；ＶＩＰＲ１と特異的に結合するか相互作用する、又は（例えばＶＩＰＲ１結合パートナーに結合することにより）ＶＩＰＲ１結合パートナーと競合する化学剤が含まれる。特定の一実施態様では、キナーゼアッセイを用いて小分子モジュレーターを同定する。特定の実施態様では、スクリーニングアッセイは、結合アッセイ、アポトーシスアッセイ、細胞増殖アッセイ、及び血管新生アッセイから選択される。
【０００４】
別の実施態様では、最初に同定した候補作用剤や最初の作用剤から誘導した作用剤によって生じたタンパク質のリン酸化、細胞周期の進行、又は細胞増殖の変化など、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路における変化を検出する第２アッセイ系を使用して、候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路調節剤をさらに試験する。第２アッセイ系には、培養細胞又は非ヒト動物を使用することができる。特定の実施態様では、この二次アッセイ系は、血管新生、アポトーシス性、細胞周期又は細胞増殖の疾患（例えば癌）などＥ２Ｆ／ＲＢ経路に関係づけられた疾病又は疾患を有することが事前に確定されている動物を含めた、非ヒト動物を使用する。
本発明はさらに、哺乳動物細胞をＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸に特異的に結合する作用剤と接触させることによって、哺乳動物細胞中のＶＩＰＲ１機能及び／又はＥ２Ｆ／ＲＢ経路を調節する方法を提供する。この作用剤は、小分子モジュレーター、核酸モジュレーター、又は抗体であってよく、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する病状を有することが事前に確定されている哺乳動物に投与することができる。
【０００５】
（発明の詳細な記載）
特定の遺伝子のＲＮＡｉを用いることにより、非小肺細胞癌細胞株ＮＣＩ−Ｈ１２９９におけるＥ２Ｆ／ＲＢ経路の機能の遺伝子モディファイヤーを同定するための遺伝子スクリーニングが設計された。ＲＮＡｉを用いて遺伝子の発現を停止させる方法は、従来技術に既知である（Fire Aら、1998 Nature  391:806-811；Fire, A. Trends Genet. 15、358-363 (1999)；国際公開９９３２６１９）。ＮＣＩ−Ｈ１２９９細胞に表現型の変更を生じさせる遺伝子が、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路のモディファイヤーとして同定された。具体的には、本発明者らにより、１の遺伝子、即ち血管作用性小腸ペプチドレセプター１（ＶＩＰＲ１）が、多数のヒト組織及び細胞株においてＥ２Ｆ／ＲＢ経路を修飾することが発見された。ＶＩＰＲ１遺伝子はヒトゲノムの３ｐ２２に位置し、４５７ａａ膜貫通タンパク質をコードする。このタンパク質は、ジスルフィド架橋を形成していると思われる４つの保存されたシステイン残基を含む細胞外ホルモンレセプタードメインと、７つの膜貫通ドメインと、細胞内ドメインとを含む。ＶＩＰＲ１タンパク質は、限定しないが、ＶＩＰ（血管作用性小腸ペプチド）、グルカゴン、セクレチン、及びＧＨＲＰ（成長ホルモン放出ペプチド）を含む多数のリガンドに結合するクラスＩＩ  ＧＰＣＲ（Ｇタンパク質共役型レセプター）である。ＶＩＰは循環系、免疫系、生殖系、ＧＩ系、例えばホルモン放出、筋弛緩、代謝、免疫機能、胎児発育において多数の機能を有する。ＶＩＰＲ１は主に、肺、小腸、胸腺及び脳に見られる。ＶＩＰＲ１遺伝子は、多数の腫瘍細胞において発現され、腫瘍の画像化及び診断手順において、標識したリガンドを用いて同定される。ＶＩＰＲ１遺伝子は、Ｈ１２９９、ＣＡＬＵ−６、Ｈ７２７、Ａ５４９及びＨ８３８  ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺癌）、ＳＫ−Ｂｒ−３、ＭＣＦ−７、ＭＤＡ−ＭＢ２３１Ｔ、及びＭＤＡＭＢ４６８乳腺腫瘍細胞株、ＨＴ−２９及びＳＷ４８０大腸癌細胞株、及びＰＡＮＣ１膵臓癌細胞株等の腫瘍細胞株に発現される。ＶＩＰＲ１発現又はタンパク質活性の抑制又は調節により、組織及び細胞におけるｃＡＭＰの応答を抑制又は調節することができる。ＶＩＰＲ１のｓｉＲＮＡは、特にＨ１２９９細胞におけるｃＡＭＰ応答、細胞増殖に影響する細胞に対するＶＩＰの結合を阻害することが既知である。ＶＩＰＲ１を対象とするｓｉＲＮＡが、Ｃａｌｕ６及びＨ８３８腫瘍細胞株における細胞増殖に影響することも示された。ＶＩＰＲ１を対象とするｓｉＲＮＡは、Ｈ１２９９細胞におけるＢｒｄｕ取り込みの減少、細胞数の減少、カスパーゼ３の増加、及びＲｂリン酸化割合の変化等、表現型及び経路のアッセイに影響することが示された。したがって、ＶＩＰＲ１遺伝子のモディファイヤー（すなわち核酸及びポリペプチド）は、癌などのＥ２Ｆ／ＲＢシグナル伝達経路の欠陥に関連する病変の治療における魅力的な薬剤標的である。表１（実施例２）にＶＩＰＲ１のオルソログ及び別名を列挙する。
本発明では、ＶＩＰＲ１機能を評価するインビトロ及びインビボの方法を提供する。ＶＩＰＲ１又はその対応する結合パートナーの変調は、正常状態及び病態におけるＥ２Ｆ／ＲＢ経路とそのメンバーとの関連性を理解し、Ｅ２Ｆ／ＲＢに関連する病状の診断方法及び治療様式を開発するのに有用である。本発明で提供する方法を使用して、直接的又は間接的に、例えば酵素学的（触媒的）又は結合活性などのＶＩＰＲ１機能に影響を与えてＶＩＰＲ１の発現を阻害又は亢進することによって作用するＶＩＰＲ１調節剤を同定することができる。ＶＩＰＲ１調節剤は、診断、治療、及び製薬の開発に有用である。
【０００６】
本発明の核酸及びポリペプチド
本発明で使用することができるＶＩＰＲ１核酸及びポリペプチドに関連する配列は、Ｇｅｎｂａｎｋに開示されており（Ｇｅｎｂａｎｋ識別子（ＧＩ）又はＲｅｆＳｅｑ番号により参照）、表１及び添付の配列表に示される。
用語「ＶＩＰＲ１ポリペプチド」とは、完全長のＶＩＰＲ１タンパク質又はその機能的に活性のある断片又は誘導体を言う。「機能的に活性のある」ＶＩＰＲ１断片又は誘導体は、抗原活性や免疫原性活性、酵素学的活性、天然の細胞基質に結合する能力など完全長の野生型ＶＩＰＲ１タンパク質に関連する機能活性を１つ又は複数示す。ＶＩＰＲ１タンパク質、誘導体及び断片の機能活性は、当業者に周知の様々な方法によって（Current Protocols in Protein Science、1998年、Coliganら編、John Wiley & Sons, Inc.、ニュージャージー州ソマーセット）また以下にさらに述べるようにアッセイすることができる。一実施態様では、例えば細胞に基づくアッセイ又は動物アッセイにおいて、機能的に活性のあるＶＩＰＲ１ポリペプチドは、内因性ＶＩＰＲ１活性の欠陥を救援する能力を有するＶＩＰＲ１誘導体であり、救援誘導体は同じ種由来でも、異なる種由来でもよい。本発明の目的のために、機能的に活性のある断片には、結合ドメインなどＶＩＰＲ１の構造ドメインを１つ又は複数含む断片も含まれる。タンパク質ドメインは、ＰＦＡＭプログラムを使用して同定することができる（Bateman A.ら、Nucleic Acids Res、1999年、27:260-2）。ＶＩＰＲ１ポリペプチドを得る方法も、以下にさらに記載する。一部の実施態様では、好ましい断片は、機能的に活性のある、ＶＩＰＲ１の少なくとも２５個の連続したアミノ酸、好ましくは少なくとも５０個、より好ましくは７５個、最も好ましくは１００個の連続したアミノ酸を含むドメイン含有断片である。さらに好ましい実施態様では、この断片は機能的に活性のあるドメインの全体を含む。
【０００７】
用語「ＶＩＰＲ１核酸」とは、ＶＩＰＲ１ポリペプチドをコードするＤＮＡ又はＲＮＡ分子を言う。好ましくは、このＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸あるいはその断片はヒト由来であるが、ヒトＶＩＰＲ１と少なくとも７０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは８５％、さらに好ましくは９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の配列同一性を有するオルソログ又はその誘導体でもよい。オルソログの同定方法は当技術分野において既知である。通常、異なる種のオルソログは、１つ以上のタンパク質モチーフの存在及び／又は３次元構造のために、同じ機能を保持している。一般に、オルソログは、通常タンパク質ベイトシーケンスを使用し、ＢＬＡＳＴ分析のようなシーケンス相同分析により同定される。フォワードＢＬＡＳＴ結果のうち最も合致するシーケンスが、リバースＢＬＡＳＴの元のクエリシーケンスを取り出すのであれば、シーケンスを潜在的オルソログとして指定する（Huynen MA及びBork P、Proc Natl Acad Sci、1998年、95:5849-5856; Huynen MA他、Genome Research、2000年、10:1204-1210）。ＣＬＵＳＴＡＬ（Thompson JDら、1994年、Nucleic Acids Res 22:4673-4680）など、多重シーケンス整列のためのプログラムを使用して、オルソログのタンパク質の保存域及び／又は残基をハイライトし、系統樹を作成してもよい。多様種の多重相同シーケンス（例えばＢＬＡＳＴ分析により取り出されたもの）を表す系統樹において、２種のオルソログシーケンスは、それら２種のそれ以外の全シーケンスに対し、系統樹中最も接近して現われる。構造のスレッディング、又はタンパク質の折りたたみのその他分析法（例えばＰｒｏＣｅｒｙｏｎ（バイオサイエンス、オーストリア国ザルツブルク）を使用したもの）により潜在的なオルソログを同定してもよい。進化において、種分化に続いて遺伝子重複が起こるとき、線虫など単一種の単一遺伝子は、ヒトなど別の種の複数の遺伝子に対応する場合がある（パラログ）。本明細書において、「オルソログ」という表現は、パラログも含む。対象配列又は対象配列の特定の一部分に関して本明細書中で使用する「パーセント（％）配列同一性」とは、配列のアラインメントを行い、最大のパーセント配列同一性を得るために必要な場合はすべての検索パラメータを初期値に設定したプログラムＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２．０ａ１９（Altschulら、J.Mol.Biol.、1997年、215:403-410）によって作製されたギャップを導入した後の、対象配列（又はその特定の一部分）中のヌクレオチドやアミノ酸と同一である候補誘導体の配列中のヌクレオチドやアミノ酸の割合として定義される。ＨＳＰ  Ｓ及びＨＳＰ  Ｓ２パラメータは動的値であり、プログラム自体により、具体的な配列の組成と、目的配列と比較して検索する個々のデータベースの組成とに応じて確定される。％同一性値は、一致する同一ヌクレオチド又はアミノ酸の数を、パーセント同一性が報告される対象となる配列の長さで割ることによって決定される。「パーセント（％）アミノ酸配列類似性」は、％アミノ酸配列同一性の決定と同じ計算を行うが、同一アミノ酸に加えて保存的アミノ酸置換を含めて算定することによって決定される。
【０００８】
保存的アミノ酸置換とは、タンパク質のフォールディングや活性が顕著に影響されないように、あるアミノ酸が類似の特性を有する別のアミノ酸で置換される置換である。互いに置換できる芳香族アミノ酸はフェニルアラニン、トリプトファン、及びチロシンであり、互換性のある疎水性アミノ酸はロイシン、イソロイシン、メチオニン、及びバリンであり、互換性のある極性アミノ酸はグルタミン及びアスパラギンであり、互換性のある塩基性アミノ酸はアルギニン、リジン及びヒスチジンであり、互換性のある酸性アミノ酸はアスパラギン酸及びグルタミン酸であり、互換性のある小さいアミノ酸はアラニン、セリン、スレオニン、システイン及びグリシンである。
あるいは、核酸配列のアラインメントは、Smith及びWatermanの局所相同性アルゴリズムによって提供される（Smith及びWaterman、1981年、Advances in Applied Mathematics、2:482-489;database:European Bioinformatics Institute；Smith及びWaterman、1981年、J.of Molec.Biol.、147:195-197；Nicholasら、1998年、「A Tutorial on Searching Sequence Databases and Sequence Scoring Methods」(www.psc.edu)及びこれに引用される参考文献であるW. R. Pearson、1991年、Genomics、11:635-650）。このアルゴリズムは、Dayhoffによって開発され（Dayhoff:Atlas of Protein Sequences and Structure、M.O.Dayhoff編、第5増補、3:353-358、National Biomedical Research Foundation、米国ワシントンD.C.）、Gribskovによって正規化された（Gribskov、1986年、Nucl.Acids Res.14(6):6745-6763）スコアマトリックス（ｓｃｏｒｉｎｇ  ｍａｔｒｉｘ）を使用することによって、アミノ酸配列に適用することができる。スコアをつけるのに初期パラメータを用いたＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用することができる（例えば、ギャップ隙間ペナルティー（ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）１２、ギャップ伸張ペナルティー（ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）２）。作成されたデータでは、「一致」値は「配列同一性」を反映している。
【０００９】
対象核酸分子から誘導した核酸分子には、ＶＩＰＲ１の核酸配列とハイブリダイズする配列が含まれる。ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーは、温度、イオン強度、ｐＨ、ならびにハイブリダイズ及び洗浄中にホルムアミドなど変性剤を存在させることによって調節することができる。日常的に使用される条件は、容易に入手可能な手順書に記載されている（例えば、Current Protocol in Molecular Biology、第1巻、第2.10章、John Wiley&Sons, Publishers、1994年；Sambrookら、Molecular Cloning、Cold Spring Harbor、1989年）。一部の実施態様では、本発明の核酸分子は、６×単位強度クエン酸（ｓｉｎｇｌｅ  ｓｔｒｅｎｇｔｈ  ｃｉｔｒａｔｅ）（ＳＳＣ）（１×ＳＳＣは０．１５ＭのＮａＣｌ、０．０１５Ｍのクエン酸Ｎａ、ｐＨ７．０である）、５×デンハルト溶液、０．０５％のピロリン酸ナトリウム及び１００μｇ／ｍｌのニシン精子ＤＮＡを含む溶液中で、核酸を含むフィルターを８時間〜終夜、６５℃でプレハイブリダイゼーションを行い；６×ＳＳＣ、１×デンハルト溶液、１００μｇ／ｍｌの酵母ｔＲＮＡ及び０．０５％のピロリン酸ナトリウムを含む溶液中で、１８〜２０時間、６５℃でハイブリダイゼーションを行い、；０．１×ＳＳＣ及び０．１％のＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）を含む溶液で、６５℃で１時間フィルターを洗浄する高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、ＶＩＰＲ１のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズすることができる。
他の実施態様では、３５％のホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭのＥＤＴＡ、０．１％のＰＶＰ、０．１％のフィコール、１％のＢＳＡ、及び５００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡを含む溶液中で、核酸を含むフィルターを６時間、４０℃で前処理し；３５％のホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭのＥＤＴＡ、０．０２％のＰＶＰ、０．０２％のフィコール、０．２％のＢＳＡ、１００μｇ／ｍｌのサケ精子ＤＮＡ、及び１０％（重量／体積）のデキストラン硫酸を含む溶液中で、１８〜２０時間、４０℃でハイブリダイゼーションを行い；次いで、２×ＳＳＣ及び０．１％のＳＤＳを含む溶液で２度、１時間５５℃で洗浄する、中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用する。
あるいは、２０％のホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％のデキストラン硫酸、及び２０μｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中で、８時間〜終夜、３７℃でインキュベートし；同じ緩衝液中で１８〜２０時間、ハイブリダイゼーションを行い；１×ＳＳＣで、約３７℃で１時間洗浄する、低いストリンジェントな条件を使用することができる。
【００１０】
ＶＩＰＲ１核酸及びポリペプチドの単離、生成、発現、及びミスエクスプレッション
ＶＩＰＲ１核酸及びポリペプチドは、ＶＩＰＲ１機能を調節する薬剤の同定及び試験、ならびにＥ２Ｆ／ＲＢ経路におけるＶＩＰＲ１の関与に関連する他の用途に有用である。ＶＩＰＲ１核酸ならびにその誘導体及びオルソログは、利用可能な任意の方法を使用して得ることができる。例えば、ＤＮＡライブラリをスクリーニングすることによって、又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用することによって、目的のｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ配列を単離する技術が、当分野で周知である。一般的に、タンパク質の具体的な使用により、発現、生成、及び精製方法の詳細が規定される。例えば、スクリーニングして調節剤を探すために使用するタンパク質を生成するには、これらタンパク質の特異的生物活性を保存する方法が必要であるかもしれないが、抗体を産生するためのタンパク質を生成するには、特定のエピトープの構造的な完全性が必要であるかもしれない。スクリーニング又は抗体を産生するために精製すべきタンパク質を発現させるには、特定のタグの付加が必要であるかもしれない（例えば融合タンパク質の生成）。細胞周期制御や低酸素性応答の関与などＶＩＰＲ１機能を評価するのに使用するアッセイのためのＶＩＰＲ１タンパク質を過剰発現させるには、これらの細胞活動が可能な真核細胞株中での発現が必要であるかもしれない。タンパク質を発現、生成、及び精製する方法は当分野で周知であり、したがって、任意の適切な手段を使用することができる（例えば、Higgins SJ及びHames BD編、Protein Expression:A Practical Approach、Oxford University Press Inc.、ニューヨーク、1999年；Stanbury PFら、Principles of Fermentation Technology、第2版、Elsevier Science、ニューヨーク、1995年；Doonan S編、Protein Purification Protocols、Humana Press、ニュージャージー、1996年；Coligan JE他、Current Protocols in Protein Science編、1999年、John Wiley&Sons、ニューヨーク）。具体的な実施態様では、組換えＶＩＰＲ１は、欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有することで知られている細胞株で発現される。この組換え細胞は、以下にさらに記載する本発明の細胞に基づくスクリーニングアッセイ系で使用する。
ＶＩＰＲ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を、任意の適切な発現ベクター内に挿入することができる。プロモーター／エンハンサーエレメントを含めて必要な転写シグナル及び翻訳シグナルは、ネイティブＶＩＰＲ１遺伝子及び／又はそのフランキング領域由来のものでよく、また異種性のものでもよい。ウイルス（例えばワクシニアウイルス、アデノウイルスなど）で感染させた哺乳動物細胞株；ウイルス（例えばバキュロウイルス）で感染させた昆虫細胞株；酵母ベクターを含む酵母、あるいはバクテリオファージ、プラスミド、又はコスミドＤＮＡで形質転換させた細菌などの微生物など、様々な宿主−ベクター発現系が利用できる。遺伝子産物の発現を変調させ、修飾し、及び／又は特異的にプロセッシングする単離された宿主細胞株を使用することができる。
【００１１】
ＶＩＰＲ１遺伝子産物を検出するために、発現ベクターは、ＶＩＰＲ１遺伝子の核酸に発現可能に連結されたプロモーター、１つ又は複数の複製起点、及び１つ又は複数の選択可能なマーカー（例えばチミジンキナーゼ活性、抗生物質耐性など）を含むことができる。あるいは、インビトロアッセイ系（例えば免疫アッセイ）におけるＶＩＰＲ１タンパク質の物理的又は機能的特性に基づいてＶＩＰＲ１遺伝子産物の発現をアッセイすることによって、組換え発現ベクターを同定することもできる。
例えば精製又は検出を促進するために、ＶＩＰＲ１タンパク質、断片、又はその誘導体を、任意選択で融合体又はキメラタンパク質産物（すなわち、ＶＩＰＲ１タンパク質が異なるタンパク質の異種タンパク質配列にペプチド結合を介して結合されている）として発現させることができる。標準の方法を使用して所望のアミノ酸配列をコードする適切な核酸配列を互いにライゲートさせ、キメラ産物を発現させることによって、キメラ産物を作製することができる。また、タンパク質合成技術、例えばペプチド合成機の使用（Hunkapillerら、Nature、1984年、310:105-111）によってキメラ産物を作製することもできる。
【００１２】
ＶＩＰＲ１遺伝子配列を発現する組換え細胞が同定された後は、標準の方法（例えばイオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、及びゲル排除クロマトグラフィー；遠心分離；溶解度差；電気泳動）を使用して遺伝子産物を単離及び精製することができる。あるいは、標準の方法（例えば免疫親和性精製）によって、天然源から天然に生じたＶＩＰＲ１タンパク質を精製することができる。タンパク質を得た後は、免疫アッセイ、バイオアッセイ、又は結晶学など他の物理的特性の測定など適切な方法によってこれを定量し、その活性を測定することができる。
本発明の方法では、ＶＩＰＲ１又はＥ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する他の遺伝子の発現が変化するように（ミスエクスプレスされるように）操作した細胞を使用することもできる。本明細書中で使用するミスエクスプレッションとは、異所性発現、過剰発現、過少発現、及び無発現（例えば遺伝子のノックアウト又は通常は正常に引き起こされる発現の遮断による）を包含する。
【００１３】
遺伝子改変動物
候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤の活性を試験するため、又は細胞死や細胞増殖などＥ２Ｆ／ＲＢ経路のプロセスにおけるＶＩＰＲ１の役割をさらに評価するために、ＶＩＰＲ１の発現が変化するように遺伝子が改変された動物モデルを、インビボアッセイで使用することができる。好ましくは、変化したＶＩＰＲ１の発現により、正常なＶＩＰＲ１発現を有する対照動物に比べて低減又は上昇した細胞増殖、血管新生、又は細胞死のレベルなど、検出可能な表現型がもたらされる。この遺伝子改変動物はさらに、Ｅ２Ｆ／ＲＢ発現が変化していてもよい（例えばＥ２Ｆ／ＲＢノックアウト）。好ましい遺伝子改変動物は、特に、霊長類、げっ歯類（好ましくはマウス又はラット）などの哺乳動物である。好ましい哺乳動物でない種には、ゼブラフィッシュ、線虫（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ）、及びショウジョウバエが含まれる。好ましい遺伝子改変動物は、染色体外エレメントとして存在する異種核酸配列をその細胞の一部分内に有するトランスジェニック動物、すなわちモザイク動物（例えば、Jakobovits、1994年、Curr. Biol.、4:761-763によって記載されている技術参照）、又は異種核酸が生殖系列ＤＮＡ内（すなわち細胞のほとんど又はすべてのゲノム配列中）に安定に組み込まれているトランスジェニック動物である。異種核酸は、例えば宿主動物の胚又は胚性幹細胞を遺伝子操作することによって、このようなトランスジェニック動物の生殖系列内に導入される。
トランスジェニック動物を作製する方法は当分野で周知である（トランスジェニックマウスには、Brinsterら、Proc.Nat.Acad.Sci.USA、82:4438-4442、1985年、どちらもLederらによる米国特許第４７３６８６６号及び第４８７０００９号、Wagnerらによる米国特許第４８７３１９１号、ならびにHogan, B.、Manipulating the Mouse Embryo、Cold Spring Harbor Laboratory Press、ニューヨーク州コールドスプリングハーバー、1986年参照；パーティクルボンバードメントについては、Sandfordらによる米国特許第４９４５０５０号参照；トランスジェニックショウジョウバエについては、Rubin及びSpradling、Science、1982年、218:348-53及び米国特許第４６７０３８８号参照；トランスジェニック昆虫については、Berghammer A.J.ら、A Universal Marker for Transgenic Insects、1999年、Nature、402:370-371参照；トランスジェニックゼブラフィッシュについては、Lin S.、Transgenic Zebrafish、Methods Mol Biol.、2000年、136:375-3830参照）；魚、両生類卵及び鳥でのマイクロインジェクションについては、Houdebine及びChourrout、Experientia、1991年、47:897-905参照；トランスジェニックラットについては、Hammerら、Cell、1990年、63:1099-1112参照；胚性幹（ＥＳ）細胞を培養し、その後、電気穿孔、リン酸カルシウム／ＤＮＡ沈降、直接注入などの方法を使用してＤＮＡをＥＳ細胞に導入することによるトランスジェニック動物の作製には、例えばTeratocarcinomas and Embryonic Stem Cells、A Practical Approach、E.J.Robertson編、IRL Press、1987年参照）。利用可能な方法に従って非ヒトトランスジェニック動物を作製することができる（Wilmut, I.ら、1997年、Nature、385:810-813；ＰＣＴ国際公開公報ＷＯ９７／０７６６８号及びＷＯ９７／０７６６９号参照）。
【００１４】
一実施態様では、このトランスジェニック動物は、好ましくはＶＩＰＲ１発現が検出不可能又は僅かとなるようにＶＩＰＲ１機能の低下をもたらす、内因性ＶＩＰＲ１遺伝子の配列中のヘテロ接合性又はホモ接合性の変化を有する「ノックアウト」動物である。ノックアウト動物は通常、ノックアウトする遺伝子の少なくとも一部分を有する導入遺伝子を含むベクターを用いた相同組換えによって作製される。通常、導入遺伝子を機能的に破壊するために、これに欠失、追加、又は置換を導入しておく。この導入遺伝子はヒト遺伝子（例えばヒトゲノムクローン由来）でもよいが、より好ましくは、トランスジェニック宿主種由来の、ヒト遺伝子のオルソログである。例えば、マウスゲノム中の内因性ＶＩＰＲ１遺伝子を変化させるのに適した相同組換えベクターを構築するためには、マウスＶＩＰＲ１遺伝子を使用する。マウスにおける相同組換えの詳細な方法が利用可能である（Capecchi、Science、1989年、244:1288-1292；Joynerら、Nature、1989年、338:153-156参照）げっ歯類でない哺乳動物及び他の動物のトランスジェニックを作製する手順も、利用可能である（Houdebine及びChourrout、上掲；Pursel他、Science、1989年、244:1281-1288；Simmsら、Bio/Technology、1988、6:179-183）。好ましい実施態様では、特定の遺伝子がノックアウトされたマウスなどのノックアウト動物を使用して、ノックアウトされた遺伝子のヒトでの対応物に対する抗体を産生させることができる（Claesson MHら、1994年、Scan J Immunol、40:257-264；Declerck PJら、1995年、J Biol Chem.、270:8397-400）。
別の実施態様では、このトランスジェニック動物は、例えばＶＩＰＲ１の追加のコピーを導入することによって、又はＶＩＰＲ１遺伝子の内因性コピーの発現を変化させる制御配列を作用可能に挿入することによって、ＶＩＰＲ１遺伝子の発現の変化（例えば発現の増大（異所性の増大を含む）及び低減）をもたらす変化をそのゲノム中に有する「ノックイン」動物である。このような制御配列としては、誘発性であり、組織特異的で構成的なプロモーター及びエンハンサーエレメントが含まれる。このノックインは、ホモ接合性又はヘテロ接合性であることができる。
【００１５】
導入遺伝子の発現を制限可能にする選択された系を含む非ヒト動物のトランスジェニックも、作製することができる。作製し得るこのような系の一例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である（Laksoら、PNAS、1992、89:6232-6236；米国特許第４９５９３１７号）。導入遺伝子の発現を制御するためにｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系を使用する場合、Ｃｒｅリコンビナーゼと選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が必要となる。このような動物は、例えば、一方が選択されたタンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方がリコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む２匹のトランスジェニック動物を交配させることによる「ダブル」トランスジェニック動物を作製することによって、提供することができる。リコンビナーゼ系の別の例は、サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）のＦＬＰリコンビナーゼ系である（O'Gormanら、1991年、Science、251:1351-1355；米国特許第５６５４１８２号）。好ましい実施態様では、導入遺伝子の発現を制御するため、また同一細胞内でのベクター配列が順次欠失されるように、Ｃｒｅ−ＬｏｘＰ及びＦｌｐ−Ｆｒｔの両方が同一系内で使用される（Sun Xら、2000年、Nat Genet、25:83-6）。
遺伝学の研究において欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能に関係する疾病及び疾患の動物モデルとして、また以下に記載するスクリーニングで同定されたものなど候補治療剤のインビボ試験のために、遺伝子改変動物を使用してＥ２Ｆ／ＲＢ経路をさらに解明することができる。この候補治療剤をＶＩＰＲ１機能が変化した遺伝子改変動物に投与し、表現型の変化を、偽薬による処置を与えた遺伝子改変動物及び／又は候補治療剤を与えたＶＩＰＲ１発現が変化していない動物などの適切な対照動物と比較する。
【００１６】
ＶＩＰＲ１機能が変化した上述の遺伝子改変動物に加えて、欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能（及びそれ以外は正常なＶＩＰＲ１機能）を有する動物モデルを本発明の方法において使用することができる。例えば、以下に記載するインビトロアッセイのうち１つで同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤の活性をインビボで評価するために、Ｅ２Ｆ／ＲＢノックアウトマウスを使用することができる。好ましくは、候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤をＥ２Ｆ／ＲＢ機能に欠陥がある細胞を有するモデル系に投与した場合、モデル系において検出可能な表現型の変化がもたらされ、これにより、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能が修復されている、すなわち細胞が正常な細胞周期進行を示していることが示される。
【００１７】
調節剤
本発明は、ＶＩＰＲ１の機能及び／又はＥ２Ｆ／ＲＢ経路と相互作用し及び／又はこれを調節する作用剤を同定する方法を提供する。本方法により同定された調節剤もまた本発明の一部である。このような作用剤は、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する様々な診断及び治療用途、ならびにＶＩＰＲ１タンパク質及びＥ２Ｆ／ＲＢ経路におけるその寄与のより詳しい分析に有用である。したがって、本発明はまた、ＶＩＰＲ１相互作用剤又は調節剤を投与することによってＶＩＰＲ１活性を特異的に調節する工程を含む、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路を調節する方法も提供する。
ここで使用する「ＶＩＰＲ１調節剤」とは、ＶＩＰＲ１機能を調節する任意の薬剤、例えば、ＶＩＰＲ１と相互作用してＶＩＰＲ１活性を阻害又は増強するか、或いは正常なＶＩＰＲ１機能にその他の影響を与える薬剤である。ＶＩＰＲ１機能への影響は、転写、タンパク質発現、タンパク質の局在化、細胞活性又は細胞外活性を含め、いかなるレベルでもよい。好ましい実施態様では、ＶＩＰＲ１調節剤はＶＩＰＲ１の機能を特異的に調節する。表現「特異的調節剤」、「特異的に調節する」などは、本明細書中では、ＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸に直接結合し、好ましくはＶＩＰＲ１の機能を阻害、増強、又は他の形で変化させる調節剤を言うために使用する。また、これらの用語は、（例えば、ＶＩＰＲ１の結合パートナーと、又はタンパク質／結合パートナー複合体と結合してＶＩＰＲ１機能を変化させることによって）ＶＩＰＲ１と結合パートナー、基質、又はコファクターとの相互作用を変化させる調節剤も包含する。さらに好ましい実施態様では、ＶＩＰＲ１調節剤はＥ２Ｆ／ＲＢ経路のモジュレーターであり（例えばＥ２Ｆ／ＲＢ機能を回復させる及び／又は上方制御する）、よってＥ２Ｆ／ＲＢ調節剤でもある。
好ましいＶＩＰＲ１調節剤には、小分子化合物；ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質；及びアンチセンスやＲＮＡ阻害剤などの核酸調節剤が含まれる。調節剤を、例えば組合せ療法などにおけるような他の活性成分及び／又は適切な担体や賦形剤を含んでもよい組成物として、薬剤組成物中に配合してもよい。化合物を配合又は投与する技術は、「Remington's Pharmaceutical Sciences」、Mack Publishing Co.、ペンシルベニア州イーストン、第１９版に出ている。
【００１８】
小分子モジュレーター
小分子は多くの場合、酵素機能を有し及び／又はタンパク質相互作用ドメインを含むタンパク質の機能を調節することが好ましい。当分野で「小分子」化合物と呼ばれる化学剤は通常、分子量が１０，０００以下、好ましくは５，０００以下、より好ましくは１，０００以下、最も好ましくは５００ダルトン以下である有機非ペプチド分子である。このクラスのモジュレーターには、化学的に合成した分子、例えばコンビナトリアル化学ライブラリからの化合物が含まれる。合成化合物は、既知又は推定ＶＩＰＲ１タンパク質の特性に基づいて合理的に設計又は同定する、あるいは化合物ライブラリをスクリーニングすることによっても同定することができる。このクラスの代わりの適切なモジュレーターは、天然産物、特に、やはり化合物ライブラリをスクリーニングしてＶＩＰＲ１変調活性を探すことによって同定することができる、植物や真菌類など生物由来の二次代謝産物である。化合物を作製して得る方法は、当分野で周知である（Schreiber SL、Science、2000年、151:1964-1969；Radmann J及びGunther J、Science、2000、151:1947-1948）。
以下に記載するスクリーニングアッセイから同定された小分子モジュレーターをリード化合物として使用することができ、それから候補臨床化合物を設計し、最適化し、合成することができる。このような臨床化合物は、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する病状を処置するのに有用であるかもしれない。候補小分子調節剤の活性は、以下にさらに記載する反復性の二次的な機能検証、構造決定、及び候補モジュレーターの改変及び試験によって、数倍改善されるかもしれない。さらに、候補臨床化合物は、臨床的及び薬理的特性に特に注意を払って作製される。例えば、活性を最適化し、製薬開発における毒性を最小限に抑えるために、試薬を誘導体化し、インビトロ及びインビボアッセイを使用して再スクリーニングすることができる。
【００１９】
タンパク質モジュレーター
特異的なＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路及び関連疾患に関連する様々な診断上及び治療上の用途、ならびに他のＶＩＰＲ１調節剤の検証アッセイにおいて有用である。好ましい実施態様では、ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は、転写、タンパク質の発現、タンパク質の局在化、細胞活性又は細胞外活性を含めた正常なＶＩＰＲ１機能に影響を与える。別の実施態様では、ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は、癌などＥ２Ｆ／ＲＢに関連する疾患に関連性があるので、ＶＩＰＲ１タンパク質の機能に関する情報を検出及び提供するのに有用である（例えば診断上の手段用）。
ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は、ＶＩＰＲ１発現、局在化、及び／又は活性を調節するＶＩＰＲ１経路のメンバーなど内因性のもの、すなわちＶＩＰＲ１と自然に遺伝学的又は生化学的に相互作用するものであってよい。ＶＩＰＲ１モジュレーターには、ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質及びＶＩＰＲ１タンパク質自体のドミナントネガティブの形が含まれる。酵母ツーハイブリッド及び変異体スクリーニングにより、内因性ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質を同定する好ましい方法が提供されている（Finley, R.L.ら、1996年、DNA Cloning-Expression Systems:A Practical Approach、Glover D.及びHames B.D編、Oxford University Press、英国オックスフォード、ページ169-203；Fashema SFら、Gene、2000年、250:1-14；Drees BL、Curr Opin Chem Biol、1999、3:64-70；Vidal M及びLegrain P、Nucleic Acids Res、1999年、27:919-29；米国特許第５９２８８６８号）。タンパク質複合体を解明するための好ましい代替方法は、質量分析である（例えば、Pandley A及びMann M、Nature、2000年、405:837-846；Yates JR 3rd、Trends Genet、2000年、16:5-8の総説）。
【００２０】
ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は、ＶＩＰＲ１に特異的な抗体やＴ細胞抗原受容体などの外因性タンパク質でよい（例えば、Harlow及びLane、1988年、Antibodies、A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Laboratory; Harlow及びLane、1999年、Using antibodies:a laboratory manual.、ニューヨーク州コールドスプリングハーバー: Cold Spring Harbor Loboratory Press参照）。ＶＩＰＲ１抗体については以下でさらに論じる。
好ましい実施態様では、ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質はＶＩＰＲ１タンパク質に特異的に結合する。好ましい代替実施態様では、ＶＩＰＲ１調節剤はＶＩＰＲ１基質、結合パートナー、又はコファクターと結合する。
【００２１】
抗体
別の実施態様では、このタンパク質モジュレーターはＶＩＰＲ１に特異的な抗体アゴニスト又はアンタゴニストである。この抗体は治療上及び診断上の用途を有しており、ＶＩＰＲ１モジュレーターを同定するスクリーニングアッセイで使用することができる。また、様々な細胞応答ならびにＶＩＰＲ１の通常のプロセッシング及び成熟を担当するＶＩＰＲ１経路の部分の分析においても、この抗体を使用することができる。
周知の方法を使用してＶＩＰＲ１ポリペプチドと特異的に結合する抗体を作製することができる。好ましくは、この抗体はＶＩＰＲ１ポリペプチドの哺乳動物オルソログ、より好ましくはヒトＶＩＰＲ１に、特異的である。抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（ｍＡｂｓ）、ヒト化又はキメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ＦＡｂ発現ライブラリによって産生された断片、抗イディオタイプ（抗−Ｉｄ）抗体、及び上記のうちいずれかのエピトープ結合断片であってよい。例えば、ＶＩＰＲ１のアミノ酸配列に対する抗原性を探すための通常のＶＩＰＲ１ポリペプチドスクリーニングによって、又はこれに対するタンパク質の抗原性領域を選択する理論的な方法を施用することによって、特に抗原性であるＶＩＰＲ１のエピトープを選択することができる（Hopp及びWood、1981年、Proc. Nati.Acad. Sci. U.S.A.、78:3824-28；Hopp及びWood、1983年、Mol. Immunol.、20:483-89；Sutcliffe他、1983年、Science、219:660-66）。記載の標準手順によって、１０８Ｍ−１、好ましくは１０９Ｍ−１〜１０１０Ｍ−１、又はそれより強力な親和性を有するモノクローナル抗体を作製することができる（Harlow及びLane、上掲；Goding、1986年、Monoclonal Antibodies: Principles and Practice(第2版)、Academic Press、ニューヨーク；米国特許第４３８１２９２号；米国特許第４４５１５７０号；米国特許第４６１８５７７号）。ＶＩＰＲ１の粗細胞抽出物又は実質的に精製されたその断片に対する抗体を作製することができる。ＶＩＰＲ１断片を使用する場合は、これらは、好ましくはＶＩＰＲ１タンパク質の少なくとも１０個、より好ましくは少なくとも２０個の連続したアミノ酸を含む。特定の実施態様では、ＶＩＰＲ１に特異的な抗原及び／又は免疫原は、免疫応答を刺激する担体タンパク質に結合している。例えば、対象ポリペプチドはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）担体に共有結合しており、このコンジュゲートは免疫応答を増強させるフロイント完全アジュバント中で乳化されている。従来のプロトコルに従って実験ウサギやマウスなど適切な免疫系を免疫化する。
【００２２】
固定した対応するＶＩＰＲ１ポリペプチドを使用した固相酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）など適切なアッセイによって、ＶＩＰＲ１に特異的な抗体の存在をアッセイした。ラジオイムノアッセイや蛍光アッセイなど他のアッセイを使用することもできる。
異なる動物種由来の異なる部分を含む、ＶＩＰＲ１ポリペプチドに特異的なキメラ抗体を作製することができる。例えば、抗体の生物活性はヒト抗体由来であり、その結合特異性はネズミ断片由来となるように、ヒト免疫グロブリン定常領域をネズミｍＡｂの可変領域に連結させてもよい。それぞれの種由来の適切な領域をコードする遺伝子を継ぎ合わせることによってキメラ抗体を作製する（Morrisonら、Proc. Natl. Acad. Sci.、1984、81:6851-6855；Neubergerら、Nature、1984、312:604-608；Takedaら、Nature、1985、31:452-454）。キメラ抗体の一形態であるヒト化抗体は、組換えＤＮＡ技術によって（Riechmann LMら、1988年、Nature、323:323-327）マウス抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）をヒトフレームワーク領域及び定常領域のバックグラウンドに移植することによって（Carlos, T.M.、J.M.Harlan、1994年、Blood、84:2068-2101）作製することができる。ヒト化抗体は約１０％のネズミ配列及び約９０％のヒト配列を含み、それにより、抗体特異性を保持したままで免疫原性がさらに低下又は排除される（Co MS及びQueen C.、1991年、Nature、351:501-501；Morrison SL.、1992年、Ann. Rev. Immun.、10:239-265）。ヒト化抗体及びそれらを産生させる方法は当分野で周知である（米国特許第５５３０１０１号、第５５８５０８９号、第５６９３７６２号、及び第６１８０３７０号）。
【００２３】
アミノ酸架橋によってＦｖ領域の重鎖断片と軽鎖断片とを連結させて形成した組換え単鎖ポリペプチドであるＶＩＰＲ１特異的単鎖抗体を、当分野で周知の方法によって産生することができる（米国特許第４９４６７７８号；Bird、Science、1988年、242:423-426；Huston他、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、1988年、85:5879-5883；Wardら、Nature、1989、334:544-546）。
抗体を産生するための他の適切な技術は、リンパ球をインビトロで、抗原ポリペプチド、又は代わりにファージや類似のベクター中の選定抗体ライブラリに曝すことを含む（Huseら、Science、1989年、246:1275-1281）。本明細書中で使用するＴ細胞抗原受容体は、抗体モジュレーターの範囲内に含まれる（Harlow及びLane、1988年、上掲）。
【００２４】
本発明のポリペプチド及び抗体は、改変して又は改変せずに使用することができる。多くの場合、検出可能なシグナルをもたらす基質又は標的タンパク質を発現する、細胞にとって毒性である基質を共有結合又は非共有結合のどちらかによって結合させることによって抗体を標識する（Menard Sら、Int J.Biol Markers、1989、4:131-134）。幅広い種類の標識及びコンジュゲーション技術が知られており、科学文献及び特許文献のどちらにも広く報告されている。適切な標識には、放射性核種、酵素、基質、コファクター、阻害剤、蛍光部分（ｍｏｉｅｔｙ）、蛍光発光ランタニド金属、化学発光部分、生物発光部分、磁気粒子などが含まれる（米国特許第３８１７８３７号；第３８５０７５２号；第３９３９３５０号；第３９９６３４５号；第４２７７４３７号；第４２７５１４９号；第４３６６２４１号）。また、組換え免疫グロブリンを産生させてもよい（米国特許第４８１６５６７号）。膜貫通毒素タンパク質とコンジュゲートさせることによって細胞質ポリペプチドに対する抗体をその標的に送達し到達させることができる（米国特許第６０８６９００号）。
患者で治療的に使用する場合は、可能な場合は標的部位に非経口的投与によって、又は静脈投与によって本発明の抗体を投与する。臨床研究によって治療上有効な用量及び投与計画を決定する。通常、投与する抗体の量は患者の重量１ｋｇあたり約０．１ｍｇ〜約１０ｍｇである。非経口投与には、薬学的に許容されるベヒクルを含む単位用量の注射可能な形態（例えば溶液、懸濁液、乳濁液）で抗体を配合する。このようなベヒクルは本質的に無毒性で治療作用がない。例は、水、生理食塩水、リンゲル溶液、ブドウ糖溶液、及び５％のヒト血清アルブミンである。また、不揮発性油、オレイン酸エチル、又はリポソーム担体などの非水性ベヒクルを使用してもよい。ベヒクルには、等張性や化学的安定性を高める又は他の形で治療の可能性を高める緩衝剤や保存料など少量の添加剤が含まれ得る。このようなベヒクル中の抗体濃度は、通常約１ｍｇ／ｍｌ〜約１０ｍｇ／ｍｌである。免疫療法的な方法は文献にさらに記載されている（米国特許第５８５９２０６；国際公開公報ＷＯ００７３４６９号）。
【００２５】
特異的生物療法
好ましい実施形態では、ＶＩＰＲ１相互作用タンパク質は生物療法に適用できる。生物療法剤は製薬的に許容可能な担体に形成され、シグナル伝達経路を活性化又は阻害するために投与できる。この調節は、リガンドと結合し、よって経路の活性を阻害するか、又は受容体と結合し、受容体の活性を阻害又は活性化することにより行うことができる。あるいは、生物療法剤自体を、受容体を活性化又は阻害可能なリガンドとしてもよい。生物療法剤及び生物療法剤の製造方法は、米国特許第６１４６６２８号に詳述されている。
ＶＩＰＲ１がリガンドであるとき、その天然レセプターを活性化するか、又は阻害する生物療法剤として使用することができる。或いは、ＶＩＰＲ１に対する抗体を、前述のようにして生物療法剤として使用することもできる。
ＶＩＰＲ１がレセプターであるとき、そのリガンド、リガンドに対する抗体、又はＶＩＰＲ１自体を生物療法剤として使用し、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路におけるＶＩＰＲ１の活性を調節することができる。
【００２６】
核酸モジュレーター
他の好ましいＶＩＰＲ１調節剤としては、一般的にＶＩＰＲ１活性を阻害するアンチセンスオリゴマーや二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）などの核酸分子が含まれる。好ましい核酸モジュレーターは、ＤＮＡの複製、転写、タンパク質翻訳部位へのＶＩＰＲ１  ＲＮＡの転位、ＶＩＰＲ１  ＲＮＡからのタンパク質の翻訳、ＶＩＰＲ１  ＲＮＡをスプライシングして１つ又は複数のｍＲＮＡ種を得ること、又はＶＩＰＲ１  ＲＮＡに関与し又はそれによって促進され得る触媒活性など、ＶＩＰＲ１核酸の機能を妨げる。
一実施態様では、このアンチセンスオリゴマーは、好ましくは５’非翻訳領域に結合することによってＶＩＰＲ１  ｍＲＮＡと結合して、翻訳を阻止するのに十分相補的なオリゴヌクレオチドである。ＶＩＰＲ１に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドは、好ましくは少なくとも６〜約２００個の範囲のヌクレオチドである。一部の実施態様では、このオリゴヌクレオチドは、好ましくは少なくとも１０、１５、又は２０ヌクレオチド長である。他の実施態様では、このオリゴヌクレオチドは、好ましくは５０未満、４０、又は３０ヌクレオチド長である。このオリゴヌクレオチドは、一本鎖又は二本鎖のＤＮＡ又はＲＮＡ、あるいはそのキメラ混合物や誘導体又はそれを改変した変形であり得る。このオリゴヌクレオチドの塩基部分、糖部分、又はリン酸主鎖を改変してもよい。このオリゴヌクレオチドは、ペプチド、細胞膜を横切る輸送を促進する作用剤、ハイブリダイゼーションによってトリガされる切断剤、インターカレーション剤など他の付属基を含んでいてもよい。
【００２７】
別の実施態様では、このアンチセンスオリゴマーはホスホチオエートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＰＭＯは、それぞれがモルホリンの六員環に結合している４種の遺伝子塩基（Ａ、Ｃ、Ｇ、又はＴ）のうちの１つを含む、４種の異なるモルホリノサブユニットから組み立てられている。これらサブユニットのポリマーは、非イオン性のホスホジアミデートサブユニット間の連結によって結合されている。ＰＭＯ及び他のアンチセンスオリゴマーの詳細な作製方法及び使用方法は、当分野で周知である（例えば、国際公開公報ＷＯ９９／１８１９３号；Probst JC、Antisense Oligodeoxynucleotide and Ribozyme Design, Methods.、2000年、22(3):271-281；Summerton J及びWeller D.、1997年、Antisense Nucleic Acid Drug Dev.、7:187-95；米国特許第５２３５０３３号；米国特許第５３７８８４１号参照）。
好ましい代替ＶＩＰＲ１核酸モジュレーターは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介する二本鎖ＲＮＡ種である。ＲＮＡｉは、動物及び植物における配列特異的な翻訳後の遺伝子サイレンシングプロセスであり、サイレンシングされる遺伝子と相同の配列をもつ二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）によって開始される。線虫、ショウジョウバエ、植物、及びヒトで遺伝子をサイレンシングするためのＲＮＡｉの使用に関する方法は、当分野で周知である（Fire Aら、1998年、Nature、391:806-811；Fire, A.、Trends Genet.、15、358-363、1999年；Sharp, P.A.、RNA interference 2001.、Genes Dev.、15、485-490、2001年；Hammond, S.M.ら、Nature Rev.Genet.、2、110-1119、2001年；Tuschl, T.、Chem.Biochem.、2、239-245、2001年；Hamilton, A.ら、Science、286、950-952、1999年；Hammond, S.M.ら、Nature、404、293-296、2000年；Zamore, P.D.ら、Cell、101、25-33、2000年；Bernstein, E.ら、Nature、409、363-366、2001；Elbashir, S.M.ら、Genes Dev.、15、188-200、2001年；国際公開公報ＷＯ０１２９０５８号；国際公開公報ＷＯ９９３２６１９号；Elbashir SMら、2001年、Nature、411:494-498；Novina CD及びSharp P. 2004 Nature 430:161-164；Soutschek J等 2004 Nature 432:173-178；Hsieh AC等（2004）NAR 32(3):893-901）。ＶＩＰＲ１の発現を調節するｓｉＲＮＡの例は、配列番号３−１０に示されている。
核酸モジュレーターは一般的に、研究試薬、診断薬、治療薬として使用される。例えば、遺伝子の発現を厳密な特異性で阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、しばしば特定の遺伝子の機能を解明するのに使用される（例えば、米国特許第６１６５７９０号参照）。また、核酸モジュレーターは、例えば生体経路の様々なメンバーの機能を識別するためにも使用される。例えば、アンチセンスオリゴマーは、病態の動物及び人の処置における治療的部分として利用されてきており、安全かつ効果的であることが数々の臨床治験で実証されてきた（Milligan JFら、Current Concepts in Antisense Drug Design、J Med、Chem.、1993年、36:1923-1937；Tonkinson JLら、Antisense Oligodeoxynucleotides as Clinical Therapeutic Agents、Cancer Invest.、1996年、14:54-65）。したがって、本発明の一態様では、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路におけるＶＩＰＲ１の役割、及び／又はＶＩＰＲ１とこの経路の他のメンバーとの関係をさらに解明するためのアッセイで、ＶＩＰＲ１に特異的な核酸モジュレーターを使用する。本発明の別の態様では、Ｅ２Ｆ／ＲＢに関連する病態を処置する治療剤として、ＶＩＰＲ１に特異的なアンチセンスオリゴマーを使用する。
【００２８】
アッセイ系
本発明は、ＶＩＰＲ１活性の特異的なモジュレーターを同定するアッセイ系及びスクリーニング方法を提供する。本明細書中で使用する「アッセイ系」とは、具体的な事象を検出及び／又は測定するアッセイを実施してその結果を分析するのに必要なすべての構成要素を包含する。一般的に、一次アッセイを使用して、ＶＩＰＲ１核酸又はタンパク質に関するモジュレーターの特異的な生化学的効果又は分子効果を同定又は確認する。一般的に、二次アッセイでは、一次アッセイによって同定されたＶＩＰＲ１調節剤の活性がさらに評価され、この調節剤がＥ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する方式でＶＩＰＲ１に影響を与えることが確認されることもある。場合によっては、ＶＩＰＲ１モジュレーターを直接二次アッセイで試験する。
好ましい実施態様では、スクリーニング方法は、候補剤が存在しなければスクリーニング方法で検出される特定の分子事象に基づく対照活性（例えば結合活性）が系によってもたらされる条件下で、ＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸を含む適切なアッセイ系を候補剤と接触させることを含む。作用剤の影響を受ける活性と対照活性との統計的に有意な差により、この候補剤がＶＩＰＲ１活性を、したがってＥ２Ｆ／ＲＢ経路を調節することが示される。アッセイに使用するＶＩＰＲ１ポリペプチド又は核酸は、上述の核酸又はポリペプチドのいずれを含んでもよい。
【００２９】
一次アッセイ
一般的に、試験するモジュレーターの種類によって一次アッセイの種類が決まる。
【００３０】
小分子モジュレーター用の一次アッセイ
小分子モジュレーターには、候補モジュレーターを同定するためにスクリーニングアッセイを使用する。スクリーニングアッセイは、細胞に基づくものでもよく、またこの標的タンパク質に関連する生化学的反応を再度引き起こさせる又は保持する無細胞株を使用してもよい（Sittampalam GSら、Curr Opin Chem Biol、1997年、1:384-91及び付随の参考文献に総説がある）。本明細書中で使用する用語「細胞に基づく」とは、生細胞、死滅細胞、又は膜分画、小胞体分画、ミトコンドリア分画など特定の細胞分画を使用したアッセイを言う。用語「無細胞」とは、実質的に精製されたタンパク質（内因性又は組換えによって生成された）、部分的に精製した又は粗細胞抽出物を使用したアッセイを包含する。スクリーニングアッセイでは、タンパク質−ＤＮＡ相互作用、タンパク質−タンパク質相互作用（例えば受容体−リガンド結合）、転写活性（例えばレポーター遺伝子）、酵素活性（例えば基質の特徴を介するもの）、セカンドメッセンジャーの活性、免疫原性、及び細胞形態や他の細胞性特徴の変化を含めた様々な分子事象を検出することができる。適切なスクリーニングアッセイでは、蛍光、放射活性、比色、分光光度、及び電流滴定を含めた広範囲の検出方法を使用して、検出する具体的な分子事象の読出しを行うことができる。
通常、細胞に基づくスクリーニングアッセイには、ＶＩＰＲ１を組換えによって発現する系及び個々のアッセイで要求される任意の補助タンパク質が必要である。組換えタンパク質を生じさせる適切な方法では、関連する生物活性を保持しており、活性を最適化してアッセイの再現性を保証するのに十分な純度のタンパク質が、十分な量で生成される。酵母ツーハイブリッドスクリーニング、変異体スクリーニング及び質量分析は、タンパク質−タンパク質相互作用を決定し、タンパク質複合体を解明する好ましい方法を提供する。ある種の用途では、小分子モジュレーターを同定するスクリーニングにＶＩＰＲ１相互作用タンパク質を使用する場合、ＶＩＰＲ１タンパク質に対する相互作用タンパク質の結合特異性を、基質による処理（例えば候補ＶＩＰＲ１に特異的に結合する作用剤の、ＶＩＰＲ１発現性細胞におけるネガティブエフェクターとして機能する能力）、結合平衡定数（通常少なくとも約１０７Ｍ−１、好ましくは少なくとも約１０８Ｍ−１、より好ましくは少なくとも約１０９Ｍ−１）、免疫原性（例えばマウス、ラット、ヤギ又はウサギなどの異種宿主中でＶＩＰＲ１に特異的な抗体を誘発する能力）など様々な周知の方法によってアッセイすることができる。酵素及び受容体について、結合はそれぞれ基質及びリガンドによる処理によってアッセイすることができる。
【００３１】
スクリーニングアッセイでは、ＶＩＰＲ１ポリペプチド、その融合タンパク質、又はこのポリペプチドもしくは融合タンパク質を含む細胞又は膜に特異的に結合する、あるいはその活性を調節する、候補剤の能力を測定することができる。ＶＩＰＲ１ポリペプチドは、完全長のものでも、また機能的なＶＩＰＲ１活性を保持しているその断片でもよい。ＶＩＰＲ１ポリペプチドは、検出又は固定用のペプチドタグあるいは別のタグなど別のポリペプチドに融合させてもよい。ＶＩＰＲ１ポリペプチドは、好ましくはヒトＶＩＰＲ１、あるいは上記のようなそのオルソログ又は誘導体である。好ましい実施態様では、スクリーニングアッセイで、ＶＩＰＲ１と内因性タンパク質、外因性タンパク質、又はＶＩＰＲ１に特異的な結合活性を有する他の基質などの結合標的との相互作用の候補剤に基づく変調を検出し、これを使用して正常なＶＩＰＲ１遺伝子機能を評価することができる。
ＶＩＰＲ１モジュレーターを探すためのスクリーニングに適合させることのできる適切なアッセイ様式は、当分野で周知である。好ましいスクリーニングアッセイはハイスループット又はウルトラハイスループットであり、したがって、リード化合物用の化合物ライブラリをスクリーニングする、自動化された費用効果の高い手段を提供する（Fernandes PB、Curr Opin Chem Biol、1998年、2:597-603；Sundberg SA、Curr Opin Biotechnol、2000年、11:47-53）。好ましい一実施態様では、スクリーニングアッセイで、蛍光偏光、時間分解蛍光、蛍光共鳴エネルギー移動を含めた蛍光技術を使用する。これらの系は、色素で標識した分子から放出されたシグナルの強度がそのパートナー分子との相互作用に依存する、タンパク質−タンパク質又はＤＮＡ−タンパク質相互作用をモニターする手段を提供する（例えば、Selvin PR、Nat Struct Biol、2000年、7:730-4；Fernandes PB、上掲；Hertzberg RP及びPope AJ、Curr Opin Chem Biol、2000年、4:445-451）。
【００３２】
候補ＶＩＰＲ１及びＥ２Ｆ／ＲＢ経路モジュレーターを同定するために様々な適切なアッセイ系を使用することができる（例えば、特に、米国特許第６１６５９９２号及び同第６７２０１６２号（キナーゼアッセイ）、同第５５５００１９号及び同第６１３３４３７号（アポトーシスアッセイ）、国際公開第０１／２５４８７号（ヘリカーゼアッセイ）、同第６１１４１３２号及び同第６７２０１６２号（ホスファターゼ及びプロテアーゼアッセイ）、並びに同第５９７６７８２号、同第６２２５１１８号及び同第６４４４４３４号（血管新生アッセイ））。好ましい特異的なアッセイを以下に詳述する。
膜結合タンパク質であるか、又は細胞間タンパク質である、重要なシグナル伝達タンパク質のプロテインキナーゼは、アデノシン３リン酸塩（ＡＴＰ）から、タンパク質基質中のセリン、スレオニン又はチロシン残基へのガンマリン酸塩の伝達を触媒する。［ガンマ−３２Ｐ又は−３３Ｐ］ＡＴＰからのリン酸の伝達をモニターするラジオアッセイが、キナーゼ活性をアッセイするために頻繁に使用される。例えば、ｐ５６（ｌｃｋ）キナーゼ活性のシンチレーションアッセイは、［ガンマ−３３Ｐ］ＡＴＰからビオチン化したペプチド基質へのガンマリン酸の転移をモニターする。基質はシグナルを伝達するストレプトアビジン被覆ビーズに捕らえられる（Beveridge Mら、J Biomol Screen、(2000) 5:205-212）。このアッセイはシンチレーション近接アッセイ（ＳＰＡ）を使用する。ＳＰＡにおいては、ＳＰＡビーズの表面に拘束された受容体に結合したラジオリガンドのみが、内部に固定化されたシンチラントによって検出され、それによりフリーリガンドから結合体を分離することなく、結合を測定することができる。プロテインキナーゼ活性のほかのアッセイでは、リン酸化した基質を特異的に認識する抗体を使用できる。例えば、キナーゼレセプター活性化（ＫＩＲＡ）アッセイは、培養細胞中の無償レセプターを刺激するリガンドによりレセプターチロシンキナーゼ活性を測定し、次いで特異的抗体で可溶化されたレセプターを培養し、ホスホチロシンＥＬＩＳＡによりリン酸化を定量化する（Sadick MD, Dev Biol Stand (1999) 97:121-133）。プロテインキナーゼ活性のための抗体に基づくアッセイの別の例は、ＴＲＦ（時間分解蛍光光度法）である。この方法では、ユーロピウムキレート標識した抗ホスホチロシン抗体を利用してマイクロタイタープレートウェル上にコーティングされた重合体基質へのリン酸の転移を検出する。次いで、時間分解、乖離増強蛍光を使用してリン酸化の量を検知する（Braunwalder AF, ら、Anal Biochem 1996 Jul 1;238(2):159-64）。キナーゼのまた別のアッセイには脱共役ｐＨ感度アッセイがあり、これを使用して潜在的インヒビターのハイスループットスクリーニングを行うか、又は基質特異性を決定することができる。キナーゼが、水素イオンの放出により、γ−ホスホリル基の、ＡＴＰから適切なヒドロキシル受容器への移動を触媒することから、ｐＨ感度アッセイは、適合する緩衝液／指標システムを用いたこの水素イオンの検出に基づいている（Chapman EおよびWong CH (2002) Bioorg Med Chem. 10:551-5）。
【００３３】
プロテインホスファターゼは、タンパク質基質内のセリン、スレオニン又はチロシン残基からのガンマリン酸塩の除去を触媒する。ホスファターゼはキナーゼとは反対の作用を有するので、適切なアッセイによりキナーゼアッセイと同じパラメータを測定する。一実施例では、蛍光標識したペプチド基質の脱リン酸化により、基質のトリプシン切断が可能となり、これにより切断された基質の蛍光性が有意に高まった（Nishikata Mら、Biochem J (1999) 343:35-391）。別の実施例では、反応成分の固定又は分離を必要としない、溶液に基づく均一系技術である蛍光偏光法（ＦＰ）を用いてプロテインホスファターゼのハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）アッセイを開発する。このアッセイは標的とホスファターゼとの直接結合を使用するもので、標的のホスファターゼの濃度を増大させると脱リン酸化率が上昇して偏光に変化が生じる（Parker GJら、（2000）J Biomol Screen 5:77-88）。
プロテアーゼは、特定の部位でタンパク質基質を切断する酵素である。例示的アッセイは、プロテアーゼ媒介性の切断によって起こる人工基質のスペクトル特性の変化を検出する。一実施例では、２つの異なる蛍光タグを分離する、４つのアミノ酸タンパク質分解認識配列を含む合成カスパーゼ基質が用いられる。蛍光共鳴エネルギー転移は、これらフルオロフォアの近接を検出し、よって基質が切断されているかどうかを示す（Mahajan NPら、Chem Biol (1999) 6:401-409）。
【００３４】
ヘリカーゼは、二本鎖ＤＮＡ及びＲＮＡの巻き戻しに関与している。一実施形態では、ＤＮＡヘリカーゼ活性のアッセイにより、巻き戻しの開始による、放射標識されたオリゴヌクレオチドの一本鎖ＤＮＡからの移動が検出される（Sivaraja Mら、Ａnal Biochem (1998) 265:22-27）。ＲＮＡヘリカーゼ活性のアッセイでは、放射標識されたオリゴヌクレオチドの一本鎖ＲＮＡからの移動を検出するために、シンチレーション近接アッセイ（ＳＰＡ）を使用する（Kyono Kら、Anal Biochem (1998) 257:120-126）。
ペプチジル−プロリル異性化酵素（ＰＰＩａｓｅ）はシクロフィリン、ＦＫ５０６結合タンパク質及びｐａｒａｖｕｌｉｎを含み、オリゴペプチド内のシス−トランスのプロリンペプチド結合の異性化を触媒するもので、細胞内のタンパク質が合成される間の、タンパク質のフォールディングに不可欠であると考えられている。ＰＰＩａｓｅ活性の分光光度アッセイは、異性体に特異的な吸光度を直接測定することにより、又はキモトリプシンによる異性体に特異的な切断への共役異性化により、標識されたペプチド基質の異性化を検出することができる（Scholz Cら、FEBS Lett (1997) 4414:69-73；Janowski Bら、Anal Biochem (1997) 252:299-307；Kullertz Gら、Clin Chem (1998) 44:502-8）。別のアッセイでは、シンチレーション近接アッセイ又は蛍光偏光アッセイを使用して、特定のＰＰＩａｓｅのリガンドを探すスクリーニングを行う（Graziani Fら、J Biolmol Screen (1999) 4:3-7；Dubowchik GMら、Bioorg Med Chem Lett (2000) 10:559-562）。３，２−トランス−エノイル−ＣｏＡ異性化酵素活性のアッセイも文献に既知である（Binstock, J. F.及びSchulz, H. (1981) Methods Enzymol. 71:403-411; Geisbrecht BVら（1999）J Biol Chem. 274:41797-803）。これらのアッセイでは、基質として３−シス−オクテノイル−ＣｏＡを使用し、３−シス−オクテノイル−ＣｏＡの、２−トランス−オクテノイル−ＣｏＡへの異性化の共役アッセイを使用して反応の進行を分光光度的にモニターする。
ユビキチン化は、細胞中のタンパク質の選択的なタンパク質分解に先立ち、同タンパク質にユビキチンを付着させるプロセスである。蛍光共鳴エネルギー転移に基づいてユビキチン化のインヒビターをスクリーニングするアッセイが従来技術に既知である（Boisclair MDら、J. Biomol Screen 2000 5:319-328）。
【００３５】
加水分解酵素は、特にエステラーゼ、リパーゼ、ペプチダーゼ、ヌクレオチダーセ、及びホスファターゼなどの基質の加水分解を触媒する。酵素活性アッセイは、加水分解活性を測定するために使用することができる。酵素の活性は、反応産物の出現率を分光光度的に測定することにより、過剰基質の存在下で測定する。加水分解のアッセイ及びハイスループットアレイは、当分野の当業者に既知である（Park CB及びClark DS (2002) Biotech Bioeng 78:229-235）。
キネシンはモータータンパク質である。キネシンのアッセイは、Blackburnら（Blackburn CLら、(1999) J Org Chem 64:5565-5570）によって記載されたように、それらのＡＴＰ分解酵素活性を利用する。ＡＴＰ分解酵素アッセイは、EnzCheckＡＴＰ分解酵素キット（Molecular Probes）を使用して行われる。このアッセイは、Ultraspec分光計（Pharmacia）を使用して行われ、３６０ｎｍまで吸光度を増大させることにより反応の進行をモニタリングする。微小管（終濃度１．７ｍＭ ）、キネシン（終濃度０．１１ｍＭ）、インヒビター（又はＤＭＳＯブランク、終濃度５％）、及びEnzCheck成分（プリンヌクレオチドホスホリラーゼ及びＭＥＳＧ基質）を、反応緩衝液（４０ｍＭのＰＩＰＥＳ（ｐＨ６．８）、５ｍＭのパクリタキセル、１ｍＭのＥＧＴＡ、５ｍＭのＭｇＣｌ２）中のキュベット内で予め混合する。ＭｇＡＴＰ（終濃度１ｍＭ）を加えることにより反応を開始させる。
シンチレーション近接アッセイのような、脂肪酸合成に関与するシンターゼ酵素のハイスループットアッセイが、当技術分野の文献に既知である（He Xら（2000）Anal Biochem 2000 Jun 15;282(1):107-14）。
【００３６】
アポトーシスアッセイ。アポトーシス又はプログラムされた細胞死は、細胞内で起動される自殺プログラムであり、ＤＮＡの断片化、細胞質の縮み、膜変化及び細胞死を引き起こす。アポトーシスは、カスパーゼファミリーのタンパク質分解酵素によって媒介される。細胞の変化するパラメータの多くは、アポトーシスの間に測定可能である。細胞死用のアッセイは、末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼに媒介されたジゴキシゲニン−１１−ｄＵＴＰニックエンド標識（ＴＵＮＥＬ）アッセイによって実施することができる。ＴＵＮＥＬアッセイは、フルオレセイン−ｄＵＴＰの取り込み（Yoneharaら、1989、J.Exp.Med.、169、1747）を追跡することによって細胞死に特徴的な核ＤＮＡの断片化を測定すること（Lazebnikら、1994、Nature、371、346）に使用される。組織培養細胞のアクリジンオレンジ染色によって細胞死をさらにアッセイすることができる（Lucas, R.ら、1998、Blood、15:4730-41）。その他の細胞に基づくアッセイには、カスパーゼ−３／７アッセイ及び細胞死ヌクレオソームＥＬＩＳＡアッセイが含まれる。カスパーゼ−３／７アッセイは、多数のアポトーシス経路におけるプログラム細胞死の段階で発生する事象のカスケードの一部としてのカスパーゼ切断活性の活性化に基づいている。カスパーゼ３／７アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ社から市販されているＡｐｏ−ＯＮＥ（登録商標）同種カスパーゼ−３／７、ｃａｔ＃６７７９０）では、溶解緩衝液と基質を混合して細胞に添加する。カスパーゼ基質は活性のカスパーゼ３／７で切断すると蛍光性となる。ヌクレオソームＥＬＩＳＡアッセイは、当技術分野の専門家に周知の通常の細胞死アッセイであり、市販されている（Ｒｏｃｈｅ社、Ｃａｔ＃１７７４４２５）。このアッセイは、ＤＮＡとヒストンそれぞれに対して方向付けられたモノクローナル抗体を使用することにより、特に細胞可溶化物の細胞質断片中の単一及び少ヌクレオソームの量を決定する定量的サンドイッチ−酵素−イムノアッセイである。ＤＮＡ断片化が原形質膜の崩壊の数時間前に起こり、細胞質中に蓄積されるという事実から、単一及び少ヌクレオソームはアポトーシスの間に細胞質中で濃縮された。アポトーシスが起こっていない細胞の細胞質断片にヌクレオソームは存在しない。ホスホ−ヒストンＨ２Ｂアッセイは、アポトーシスの結果として起こるヒストンＨ２Ｂのリン酸化に基づく別のアポトーシスアッセイである。ホスホヒストンＨ２Ｂに関する蛍光染料を使用して、アポトーシスの結果であるホスホヒストンＨ２Ｂの増大を測定することができる。アポトーシスに関する複数のパラメータを同時に測定するアポトーシスアッセイも開発されている。そのようなアッセイでは、抗体又は蛍光染料に関連付けることができ、且つアポトーシスの様々な段階を特徴付ける種々の細胞パラメータが標識され、Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ（登録商標）ＡｒｒａｙＳｃａｎ  ＨＣＳシステムのような器具を使用して結果が測定される。測定可能なパラメータ、及びそれらのマーカーには、中期アポトーシスを特徴付ける抗活性カスパーゼ−３抗体、後期アポトーシスを特徴付ける抗ＰＡＲＰ−ｐ８５抗体（切断されたＰＡＲＰ）、核を標識し、初期アポトーシスの指標として核膨張を、及び後期アポト���シスの指標として核凝縮を測定するために使用されるヘキスト標識、高い細胞膜透過性により死んだ細胞のＤＮＡを標識するＴＯＴＯ−３蛍光染料、並びに細胞中の細胞骨格の変化を評価し、ＴＯＴＯ−３標識とうまく相関させる抗αチューブリン又はＦ−アクチン標識が含まれる。これらのアッセイはまた、遺伝子の細胞周期への関与及び細胞形態の変化の評価に使用することもできる。
アポトーシスアッセイ系は、ＶＩＰＲ１を発現する細胞、及び任意選択で欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有する（例えば、野生型細胞に比べてＥ２Ｆ／ＲＢが過剰発現又は過少発現されている）ものを含むことができる。このアポトーシスアッセイ系に試験剤を加えることができ、試験剤を加えない対照と比較した細胞死の誘発における変化により、候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤が同定される。本発明の一部の実施態様では、無細胞株を使用して最初に同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤を試験する二次アッセイとして、アポトーシスアッセイを使用することができる。また、ＶＩＰＲ１機能が細胞死において直接役割を果たすかどうかを試験するためにアポトーシスアッセイを使用することもできる。例えば、野生型細胞に比べてＶＩＰＲ１を過剰発現又は過少発現する細胞でアポトーシスアッセイを実施することができる。野生型細胞と比較した細胞死応答の差により、ＶＩＰＲ１が細胞死応答において直接役割を果たすことが示唆される。アポトーシスアッセイは、米国特許第６，１３３，４３７号にさらに記載されている。
【００３７】
細胞増殖及び細胞周期アッセイ。細胞増殖は、ブロモデオキシウリジン（ＢＲＤＵ）の取り込みを介してアッセイすることができる。このアッセイでは、新しく合成されたＤＮＡにＢＲＤＵが取り込まれることにより、ＤＮＡが合成されている細胞集団が同定される。その後、抗ＢＲＤＵ抗体を用いて（Hoshinoら、1986年、Int.J.Cancer、38、369；Campanaら、1988年、J. Immunol. Meth.、107、79）、又は他の手段によって、新しく合成されたＤＮＡを検出することができる。
また、ヒストンＨ３のリン酸化による有糸分裂が起こった細胞集団を同定するホスホ−ヒストンＨ３染色によって細胞増殖をアッセイする。セリン１０におけるヒストンＨ３のリン酸化は、ヒストンＨ３のセリン１０残基のリン酸化形態に特異的な抗体を用いて検出される（Chadlee, D.N. 1995, J. Biol. Chem 270:20098-105）。また、［３Ｈ］−チミジンの取り込みを使用して細胞増殖を検査することもできる（Chen, J.、1996年、Oncogene、13:1395-403；Jeoung, J.、1995年、J. Biol. Chem.、270:18367-73）。このアッセイにより、Ｓ期のＤＮＡ合成の定量的な特徴づけが可能になる。このアッセイでは、ＤＮＡを合成している細胞が新しく合成されるＤＮＡ中に［３Ｈ］−チミジンを取り込む。その後、シンチレーション計数器（例えば、Ｂｅｃｋｍａｎ  ＬＳ  ３８００液体シンチレーション計数器）による放射性同位元素の計数など標準の技術によって取り込みを測定することができる。別の細胞増殖アッセイでは、染料アラマーブルー（Ｂｉｏｓｏｕｒｃｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌより入手可能）を使用する。これにより、生存細胞が減少した際には、蛍光発光させて細胞数を間接的測定値を提供する（Voytik-Harbin SLら、1998, In Vitro Cell Dev Biol Anim 34:239-46）。また別の増殖アッセイであるＭＴＳアッセイは、インビトロでの化成物の細胞障害性の評価に基づき、可溶性のテトラゾリウム塩であるＭＴＳを使用する。ＭＴＳアッセイとして例えばＰｒｏｍｅｇａ  ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ９６（登録商標）水溶性非放射性細胞増殖アッセイ（Ｃａｔ．＃Ｇ５４２１）などが市販されている。
【００３８】
また、軟寒天中のコロニー形成、又はクローン原性生存アッセイによって細胞増殖をアッセイすることもできる（Sambrookら、Molecular Cloning、Cold Spring Harbor、1989年）。例えば、ＶＩＰＲ１で形質転換させた細胞を軟寒天プレートに播種し、２週間インキュベートした後コロニーを測定して計数する。
細胞増殖は代謝的活性細胞の指標としてＡＴＰレベルを測定することによってもアッセイできる。このようなアッセイとしては、Ｐｒｏｍｅｇａ社による発光同種アッセイであるＣｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ−ＧｌｏＴＭなどが市販されている。
フローサイトメトリーによって細胞周期における遺伝子の関与をアッセイすることができる（Gray JWら、1986年、Int J Radiat Biol Relat Stud Phys Chem Med、49:237-55）。ＶＩＰＲ１で形質移入させた細胞をヨウ化プロピジウムで染色し、細胞周期の異なる段階における細胞の蓄積を示すフローサイトメトリー（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎから入手可能）で評価することができる。
【００３９】
更に、上述のように、ＣｅｌｌｏｍｉｃｓＴＭＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＨＣＳシステムを用いて、細胞周期、細胞運動、又は細胞形態への遺伝子の関与を評価することができる。細胞運動性について、細胞を９６ウェルプレートに蒔き、次いでＲＮＡｉ等の対象のモジュレーターにより処理してから蛍光微粒子を含むコラーゲンプレートに移す。その後、再度プレートに広げられた細胞を固定し、ローダミン−Ａｌｅｘａ５４６を用いて染色し、運動の軌跡が目視できるようにし、且つＨＣＳシステムを使用して測定する。
したがって、細胞増殖、細胞運動、細胞形態又は細胞周期アッセイ系は、ＶＩＰＲ１を発現する細胞、及び任意選択で欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有する（例えば、野生型細胞に比べてＥ２Ｆ／ＲＢが過剰発現又は過少発現されている）ものを含むことができる。このアッセイ系に試験剤を加えることができ、試験剤を加えない対照と比較した細胞増殖又は細胞周期の変化により候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤が同定される。本発明の一部の実施態様では、無細胞アッセイ系など別のアッセイ系を使用して最初に同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤を試験する二次アッセイとして、細胞増殖又は細胞周期アッセイを使用することができる。また、ＶＩＰＲ１機能が細胞増殖又は細胞周期において直接役割を果たすかどうかを試験するために細胞増殖アッセイを使用することもできる。例えば、野生型細胞に比べてＶＩＰＲ１を過剰発現又は過少発現する細胞で細胞増殖又は細胞周期アッセイを実施することができる。野生型細胞と比較した増殖又は細胞周期の差により、ＶＩＰＲ１が細胞増殖又は細胞周期において直接役割を果たすことが示唆される。
【００４０】
血管新生。臍帯、冠動脈、又は真皮細胞など様々なヒト内皮細胞株を用いて血管新生をアッセイすることができる。適切なアッセイには、増殖を測定するアラマーブルーに基づいたアッセイ（Ｂｉｏｓｏｕｒｃｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌから入手可能）；血管新生エンハンサー又はサプレッサーが存在する又は存在しない場合の細胞が膜を通り抜ける遊走を測定するＢｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  Ｆａｌｃｏｎ  ＨＴＳ  ＦｌｕｏｒｏＢｌｏｃｋセルカルチャーインサートの使用など蛍光分子を用いた遊走アッセイ；Ｍａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）上の内皮細胞による管状構造の形成に基づいた細管形成アッセイが含まれる。したがって、血管新生アッセイ系は、ＶＩＰＲ１を発現する細胞、及び任意選択で欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有する（例えば、野生型細胞に比べてＥ２Ｆ／ＲＢが過剰発現又は過少発現されている）ものを含むことができる。この血管新生アッセイ系に試験剤を加えることができ、試験剤を加えない対照と比較した血管新生の変化により候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤が同定される。本発明の一部の実施態様では、別のアッセイ系を使用して最初に同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤を試験する二次アッセイとして、血管新生アッセイを使用することができる。また、ＶＩＰＲ１機能が細胞増殖において直接役割を果たすかどうかを試験するために血管新生アッセイを使用することもできる。例えば、野生型細胞に比べてＶＩＰＲ１を過剰発現又は過少発現する細胞で血管新生アッセイを実施することができる。野生型細胞と比較した血管新生の差により、ＶＩＰＲ１が血管新生において直接役割を果たすことが示唆される。特に、米国特許第５９７６７８２号、同第６２２５１１８号及び同第６４４４４３４号に様々な血管新生アッセイが記載されている。
【００４１】
低酸素誘発。転写因子である低酸素誘発性因子−１（ＨＩＦ−１）のαサブユニットは、インビトロで低酸素に曝した後に腫瘍細胞中で上方制御される。低酸素条件下では、ＨＩＦ−１は、糖分解酵素やＶＥＧＦをコードする遺伝子など腫瘍細胞の生存に重要であることで知られている遺伝子の発現を刺激する。低酸素条件によるこのような遺伝子の誘発は、ＶＩＰＲ１で形質移入させた細胞を（例えばＮａｐｃｏ７００１インキュベーター（Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で発生させた０．１％のＯ２、５％のＣＯ２、及び残りはＮ２を用いた）低酸素条件下及び正常酸素（ｎｏｒｍｏｘｉｃ）条件下で増殖させ、その後Ｔａｑｍａｎ（登録商標）によって遺伝子の活性又は発現を評価することによってアッセイすることができる。例えば、低酸素誘発アッセイ系は、ＶＩＰＲ１を発現する細胞、及び任意選択で欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能を有する（例えば、野生型細胞に比べてＥ２Ｆ／ＲＢが過剰発現又は過少発現されている）ものを含むことができる。この低酸素誘発アッセイ系に試験剤を加えることができ、試験剤を加えない対照と比較した低酸素応答の変化により候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤が同定される。本発明の一部の実施態様では、別のアッセイ系を使用して最初に同定された候補Ｅ２Ｆ／ＲＢ調節剤を試験する二次アッセイとして、低酸素誘発アッセイを使用することができる。また、ＶＩＰＲ１機能が低酸素応答において直接役割を果たすかどうかを試験するために低酸素誘発アッセイを使用することもできる。例えば、野生型細胞に比べてＶＩＰＲ１を過剰発現又は過少発現する細胞で低酸素誘発アッセイを実施することができる。野生型細胞と比較した低酸素応答の差により、ＶＩＰＲ１が低酸素誘発において直接役割を果たすことが示唆される。
【００４２】
細胞接着。細胞接着アッセイでは、候補調節剤が存在する又は存在しない場合の、細胞と精製した接着タンパク質との接着、又は細胞の相互接着を測定する。細胞−タンパク質接着アッセイでは、細胞が精製したタンパク質に接着することを調節する作用剤の能力を測定する。例えば、組換えタンパク質を生成し、ＰＢＳで２．５ｇ／ｍＬまで希釈し、マイクロタイタープレートのウェルをコーティングするのに使用する。陰性対照で使用するウェルはコーティングしない。その後、コーティングしたウェルを洗浄し、１％のＢＳＡで遮断し、再度洗浄する。化合物を２×最終試験濃度まで希釈し、ブロッキングし、コーティングしたウェルに加える。その後、細胞をウェルに加え、結合しなかった細胞を洗い流す。カルセイン−ＡＭなど膜透過性蛍光色素を加えることによって保持された細胞をプレート上で直接標識し、蛍光マイクロプレート読取装置でシグナルを定量する。
細胞−細胞接着アッセイでは、天然で生じたリガンドとの細胞接着タンパク質の結合を調節する作用剤の能力を測定する。これらのアッセイには、自然に又は組換えによって選択した接着タンパク質を発現する細胞を使用する。例示的なアッセイでは、細胞接着タンパク質を発現している細胞をマルチウェルプレートのウェル内に植え付ける。リガンドを発現している細胞をＢＣＥＣＦなど膜透過性蛍光色素で標識し、候補剤の存在下で単層に接着させる。結合しなかった細胞を洗い流し、蛍光プレート読取装置を使用して結合した細胞を検出する。
ハイスループット細胞接着アッセイも記載されている。このようなアッセイの１つでは、マイクロアレイスポッターを使用して小分子リガンド及びペプチドを顕微鏡スライドの表面に結合させ、その後、未処置の細胞をスライドと接触させ、結合しなかった細胞を洗い流す。このアッセイでは、細胞株に対するペプチド及びモジュレーターの結合特異性が決定されるだけでなく、付着した細胞の機能的細胞シグナル伝達も、マイクロチップ上で免疫蛍光技術をインサイツで使用して測定される（Falsey JRら、Bioconjug Chem.、2001年5-6月、12(3):346-53）。
【００４３】
抗体モジュレーターの一次アッセイ
抗体モジュレーターでは、適切な一次アッセイ試験は、ＶＩＰＲ１タンパク質に対する抗体の親和性及び特異性を試験する結合アッセイである。抗体の親和性及び特異性を試験する方法は当分野で周知である（Harlow及びLane、1988年、1999年、上掲）。ＶＩＰＲ１に特異的な抗体を検出する好ましい方法は酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）である。他の方法には、ＦＡＣＳアッセイ、ラジオイムノアッセイ、及び蛍光アッセイが含まれる。
場合によっては、小分子モジュレーターについて記載したスクリーニングアッセイも、抗体モジュレーターを試験するために使用できる。
【００４４】
核酸モジュレーターの一次アッセイ
核酸モジュレーターでは、一次アッセイにより核酸モジュレーターがＶＩＰＲ１遺伝子の発現、好ましくはｍＲＮＡの発現を阻害又は増強する能力を試験し得る。一般的に、発現分析には、核酸モジュレーター存在下又は非存在下の細胞の類似集団（例えば、内因的に又は組換えによってＶＩＰＲ１を発現する２種の細胞プール）中のＶＩＰＲ１発現を比較することが含まれる。ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を分析する方法は当分野で周知である。例えば、ノーザンブロッティング、スロットブロッティング、ＲＮＡ分解酵素保護、定量的ＲＴ−ＰＣＲ（例えばＴａｑＭａｎ（登録商標）、ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓを使用）、又はマイクロアレイ分析を使用して、核酸モジュレーターで処置した細胞中でＶＩＰＲ１  ｍＲＮＡの発現が低減していることを確認することができる（例えば、Current Protocols in Molecular Biology、1994年、Ausubel FMら編、John Wiley&Sons, Inc.、第4章；Freeman WMら、Biotechniques、1999年、26:112-125；Kallioniemi OP、Ann Med、2001年、33:142-147；Blohm DH及びGuiseppi-Elie、A Curr Opin Biotechnol、2001年、12:41-47）。タンパク質の発現をモニターすることもできる。タンパク質は、最も一般的にはＶＩＰＲ１タンパク質又は特異的なペプチドのどちらかに対する特異的な抗体又は抗血清を用いて検出される。ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、インサイツ検出を含めた様々な手段が利用可能である（Harlow E及びLane D、1988年及び1999年、上掲）。
場合によっては、特にＶＩＰＲ１  ｍＲＮＡ発現を伴うアッセイ系において、小分子モジュレーターについて記載したスクリーニングアッセイも核酸モジュレーターを試験するために使用できる。
【００４５】
二次アッセイ
調節剤がＥ２Ｆ／ＲＢ経路に関連する様式でＶＩＰＲ１に影響を与えることを確認するために、二次アッセイを使用して上記の任意の方法によって同定したＶＩＰＲ１調節剤の活性をさらに評価することができる。本明細書中で使用するＶＩＰＲ１調節剤は、以前に同定した調節剤から誘導した候補臨床化合物又は他の作用剤を包含する。また、二次アッセイを使用して、特定の遺伝的又は生化学的経路における調節剤の活性を試験するために、あるいは調節剤がＶＩＰＲ１と相互作用する特異性を試験することもできる。
二次アッセイでは一般的に、候補モジュレーター存在下又は非存在下において、細胞や動物の類似集団（例えば、内因的に又は組換えによってＶＩＰＲ１を発現する２種の細胞プール）を比較する。一般的に、このようなアッセイでは、候補ＶＩＰＲ１調節剤を用いて細胞や動物を処置することにより、処置しない（あるいはモック処置又は偽薬で処置した）細胞や動物と比較してＥ２Ｆ／ＲＢ経路に変化がもたらされるかどうかを試験する。特定のアッセイでは、「感作させた遺伝的バックグラウンド」を使用する。本明細書中で使用する「感作させた遺伝的バックグラウンド」とは、Ｅ２Ｆ／ＲＢ又は相互作用する経路における遺伝子の発現が変化するように操作した細胞や動物を表す。
【００４６】
細胞に基づいたアッセイ
細胞に基づいたアッセイでは内因性Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路活性を検出するか、あるいはこれはＥ２Ｆ／ＲＢ経路構成要素の組換えによる発現に依存し得る。前述の任意のアッセイをこの細胞に基づいた形式で使用することができる。候補モジュレーターは、通常は細胞培地に加えるが、細胞に注入する又は任意の他の有効な手段によって送達してもよい。
【００４７】
動物アッセイ
候補ＶＩＰＲ１モジュレーターを試験するために、正常又は欠陥のあるＥ２Ｆ／ＲＢ経路の様々な非ヒト動物のモデルを使用することができる。通常、欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路のモデルでは、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路に関与する遺伝子がミスエクスプレスされる（例えば過剰発現又は発現が欠けている）ように操作された遺伝子改変動物を使用する。一般的に、アッセイには、経口投与、注入などによって候補モジュレーターを全身に送達する必要がある。
好ましい実施態様では、新脈管形成及び血管新生をモニターすることによってＥ２Ｆ／ＲＢ経路の活性を評価する。Ｍａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）アッセイにおける、ＶＩＰＲ１に対する候補モジュレーターの影響を試験するために、欠陥のあるＥ２Ｆ／ＲＢ及び正常なＥ２Ｆ／ＲＢを有する動物モデルを使用する。Ｍａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）は基底膜タンパク質の抽出物であり、主にラミニン、コラーゲンＩＶ、及びヘパリン硫酸プロテオグリカンから構成される。これは、４℃の無菌的な液体として提供されるが、３７℃で迅速にゲルを形成する。液体のＭａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）を、ｂＦＧＦ及びＶＥＧＦなど様々な血管新生剤、又はＶＩＰＲ１を過剰発現するヒト腫瘍細胞と混合する。その後、激しい血管性応答をサポートするためにこの混合物を雌の無胸腺ヌードマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ、ニューヨーク州ジャーマンタウン）に皮下注入（ＳＣ）する。Ｍａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）ペレットを有するマウスに、経口（ＰＯ）、腹腔内（ＩＰ）、又は静脈内（ＩＶ）経路で候補モジュレーターを投薬してもよい。注入後５〜１２日にマウスを安楽死させ、ヘモグロビン分析のためにＭａｔｒｉｇｅｌ（登録商標）ペレットを回収する（Ｓｉｇｍａ  ｐｌａｓｍａ  ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎ  ｋｉｔ）。ゲルのヘモグロビン含有量は、ゲル中の新脈管形成の程度と相関していることが判明した。
【００４８】
別の好ましい実施態様では、ＶＩＰＲ１における候補モジュレーターの効果を腫瘍形成アッセイによって評価する。腫瘍異種移植アッセイは、当技術分野において既知である（例えば、Ogawa Kら、2000, Oncogene 19:6043-6052を参照）。異種移植片は、通常、既存の腫瘍由来又はインビトロ培養物由来のいずれかの単一細胞懸濁液として、６〜７週齢の雌の無胸腺マウスに移植されたＳＣである。内因的にＶＩＰＲ１を発現する腫瘍を、マウス１匹あたり１×１０５〜１×１０７個の細胞を１００μＬの体積で、２７ゲージの針を用いて脇腹に注入する。その後、マウスの耳に札をつけ、週２回腫瘍を測定した。平均腫瘍重量が１００ｍｇに達した日に候補モジュレーターによる処置を開始した。候補モジュレーターは、大量瞬時投与によってＩＶ、ＳＣ、ＩＰ、又はＰＯで送達される。それぞれの独特な候補モジュレーターの薬理動態に応じて、１日に複数回投薬を行うことができる。腫瘍の重量を、カリパーを用いて垂直直径を測定することによって評価し、２つの次元の直径の測定値を掛け合わせることによって計算した。実験の最後に、切除した腫瘍をさらなる分析用のバイオマーカーの同定に利用することができる。免疫組織化学染色では、異種移植腫瘍を４％のパラホルムアルデヒド、０．１Ｍのリン酸、ｐＨ７．２で６時間、４℃固定し、ＰＢＳ中３０％のショ糖に浸し、液体窒素で冷却したイソペンタン中で迅速に凍結させる。
別の好ましい実施態様では、ホローファイバーアッセイを使用して腫瘍形成能をモニターする。ホローファイバーアッセイは米国特許第５６９８４１３号に開示されている。要約すると、本方法は、実験動物に対し、標的細胞を含む生体適合性の半透明なカプセル封入器を埋め込むこと、実験動物を候補調節剤で処置すること、及び候補モジュレーターに対する反応について標的細胞を評価することを含む。埋め込まれる細胞は、通常、既存の腫瘍又は腫瘍細胞株由来のヒト細胞である。適当な時間、通常約６日を置いて、埋め込んだ細胞を回収し、候補モジュレーターの評価に使用する。腫瘍形成能とモジュレーターの有効性は、マクロカプセル中に存在する生細胞の量をアッセイすることにより評価してもよく、これは、当技術分野において既知の試験、例えばＭＴＴ染色変換アッセイ、ニュートラルレッド染色取り込み、トリパンブルー染色、生細胞計算、軟寒天中に形成されたコロニーの数、細胞の回復能及びインビトロでの複製能等により決定できる。
別の好ましい実施態様では、腫瘍形成能アッセイは、組織特異性の制御配列の制御の下で、優性オンコジーン、又は腫瘍サプレッサー遺伝子ノックアウトを有するトランスジェニック動物、通常マウスを使用する。これらのアッセイは通常トランスジェニック腫瘍アッセイと呼ばれる。好ましい用途では、トランスジェニックモデルにおける腫瘍の進行の特徴づけ又は制御が良好に行われる。例示的なモデルでは、「ＲＩＰ１−Ｔａｇ２」導入遺伝子は、インスリン遺伝子制御領域の制御の下でＳＶ４０大型Ｔ抗原オンコジーンを有し、膵臓β細胞に発現し、結果的に島細胞悪性腫瘍となる（Hanahan D、1985, Nature 315:115-122；Parangi Sら、1996, Proc Natl Acad Sci USA 93:2002-2007；Bergers Gら、1999, Science 284:808-812）。通常過剰増殖性の島細胞のサブセット中の静止毛細血管が血管新生性となるので、「血管新生スイッチ（angiogenic switch）」は、約５週目に起こる。ＲＩＰ１−ＴＡＧ２マウスは１４週で死亡する。候補モジュレーターは、血管新生スイッチの直前（例えば腫瘍予防のモデルの場合）、小規模腫瘍の成長期（例えば処置のモデルの場合）、又は大規模及び／又は湿潤性腫瘍の成長期（例えば退行のモデルの場合）を含め、様々な段階において投与できる。腫瘍形成能及びモジュレーターの有効性は、腫瘍の数、腫瘍の大きさ、腫瘍の形態、血管密度、アポトーシス指数などを含め、寿命延長及び／又は腫瘍特性の評価であってもよい。
【００４９】
診断及び治療上の使用
特異的なＶＩＰＲ１調節剤は、疾病又は疾病予後が血管新生、細胞死、又は増殖疾患などＥ２Ｆ／ＲＢ経路の欠陥に関連している様々な診断及び治療用途に有用である。したがって、本発明は、ＶＩＰＲ１活性を特異的に調節する作用剤を細胞に投与する工程を含む、細胞、好ましくはＥ２Ｆ／ＲＢ機能の欠陥又は不全（例えば、Ｅ２Ｆ／ＲＢの過剰発現、過少発現、又は誤発現、或いは遺伝子突然変異による）を有することが事前に確定されている細胞におけるＥ２Ｆ／ＲＢ経路を調節する方法も提供する。好ましくは、調節剤は細胞中に検出可能な表現型の変化を生じさせ、これにより、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能が修復されたことが示される。本明細書で使用する「機能が修復された」という表現、及びそれと同等の表現は、所望の表現型が達成されたか、又は未処理の細胞と比較した場合に正常に近づいたことを意味する。例えば、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能が修復されると、細胞増殖及び／又は細胞周期の進行が正常化するか、又は未処理の細胞と比較した場合に正常に近づく。本発明はまた、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路を調節するＶＩＰＲ１調節剤の治療的有効量を投与することによる、Ｅ２Ｆ／ＲＢ機能不全に関連する疾患又は疾病の治療方法を提供する。さらに本発明は、ＶＩＰＲ１調節剤を投与することによる、細胞、好ましくはＶＩＰＲ１機能の欠陥又は不全を有することが事前に決定されている細胞において、ＶＩＰＲ１機能を調節する方法を提供する。これらに加えて、本発明は、ＶＩＰＲ１調節剤の治療的有効量を投与することによる、ＶＩＰＲ１機能不全に関連する疾患又は疾病の治療法を提供する。
ＶＩＰＲ１がＥ２Ｆ／ＲＢ経路に関係しているという発見により、Ｅ２Ｆ／ＲＢ経路の欠陥に関与する疾病及び疾患の診断及び予後評価、ならびにこのような疾病及び疾患の素因を有する対象の同定に使用可能な様々な方法が提供される。
【００５０】
特定の試料でＶＩＰＲ１が発現されるかどうかを診断するために、ノーザンブロッティング、スロットブロッティング、ＲＮＡ分解酵素保護、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、及びマイクロアレイ分析など様々な発現分析方法を使用することができる（例えば、Current Protocols in Molecular Biology、1994年、Ausubel FMら編、John Wiley & Sons, Inc.、第4章；Freeman WMら、Biotechniques、1999年、26:112-125；Kallioniemi OP、Ann Med、2001年、33:142-147；Blohm及びGuiseppi-Elie、Curr Opin Biotechnol、2001年、12:41-47）。ＶＩＰＲ１を発現する欠陥Ｅ２Ｆ／ＲＢシグナル伝達に関係づけられている疾病又は疾患を有する組織は、ＶＩＰＲ１調節剤を用いた処置を受け入れることが同定されている。好ましい用途では、Ｅ２Ｆ／ＲＢ欠陥組織は正常組織に比べてＶＩＰＲ１を過剰発現する。例えば、完全又は部分ＶＩＰＲ１  ｃＤＮＡ配列をプローブとして使用した、腫瘍及び正常細胞株由来、又は腫瘍及び同一患者からの対応する正常組織試料由来のｍＲＮＡのノーザンブロット分析により、具体的な腫瘍がＶＩＰＲ１を発現又は過剰発現するかどうかを決定することができる。あるいは、細胞株、正常組織及び腫瘍試料中のＶＩＰＲ１発現の定量的ＲＴ−ＰＣＲ分析のために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）を使用する（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）。
例えばＶＩＰＲ１オリゴヌクレオチドなどの試薬、及びＶＩＰＲ１に対する抗体を利用して、上に記載した（１）ＶＩＰＲ１遺伝子変異の存在の検出、又は疾患でない状態と比較したＶＩＰＲ１  ｍＲＮＡの過剰発現又は過少発現のいずれかの検出、（２）疾患でない状態と比較したＶＩＰＲ１遺伝子産物の過剰存在又は過少存在のいずれかの検出、ならびに（３）ＶＩＰＲ１に媒介されたシグナル伝達経路における摂動又は異常の検出のために、様々な他の診断方法を実施することができる。
【００５１】
様々な試料中におけるＶＩＰＲ１の発現を検出するためのキットも提供され、このキットは、ＶＩＰＲ１に特異的な少なくとも１つの抗体と、抗体の検出、抗体の固定等に適した全ての試薬及び／又は装置と、このようなキットを診断又は治療に使用する際の指示書とを含む。
したがって、特定の実施態様では、本発明は、（ａ）患者から生体試料を得て、（ｂ）試料をＶＩＰＲ１発現用のプローブと接触させ、（ｃ）工程（ｂ）からの結果を対照と比較し、そして（ｄ）工程（ｃ）が疾病又は疾患の可能性を示しているかどうかを決定することを含む、ＶＩＰＲ１発現の変化と結び付けられる患者の疾病又は疾患を診断する方法を対象としている。好ましくは、この疾病は癌であり、最も好ましくは表１に示す癌である。プローブは、ＤＮＡ又は抗体を含めたタンパク質のどちらであってもよい。
【実施例】
【００５２】
以下の実験セクション及び実施例は、限定ではなく例示のために提供するものである。
【００５３】
１．Ｅ２Ｆ／ＲＢの遺伝子スクリーニング
不活性化するとＥ２Ｆ経路を通るシグナル伝達を低減させる抑制遺伝子を同定するための遺伝子スクリーニングが設計された。このスクリーニングの準備として、スクリーニングに使用するために非小細胞肺癌細胞株ＮＣＩ−Ｈ１２９９を選択し、同細胞株を、コンセンサスＥ２Ｆ転写因子結合部位が分泌型アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）レポーター遺伝子の上流にクローニングされたコンストラクトを発現するように操作した。原理実験の証拠として、ＳＥＡＰ分泌は、血清に応答性であり、Ｅ２Ｆ経路の既知の正の制御因子（例えばＣＤＫ４）のｓｉＲＮＡ媒介性の抑制によって低減することが示された。スクリーニングのために、個々の遺伝子の機能を、各遺伝子に対して設計されたｓｉＲＮＡを用いてＲＮＡｉにより不活性化し、ＮＣＩ−Ｈ１２９９  Ｅ２Ｆ−ＳＥＡＰ株に形質移入した。Ｅ２Ｆレポーターから生成されたＳＥＡＰのレベルの変化か、又はＣＤＫ４及びＣＤＫ６経路を通るＥ２Ｆシグナル伝達の減弱を示すｐＲＢ（ｐ８０７／８１１）上の関連するリン酸化現象のレベルの低下をモニタリングすることにより、ｓｉＲＮＡで処理した細胞をＥ２Ｆ経路の活性について検査した。
１つの遺伝子につきそれぞれ独特な４つのｓｉＲＮＡ二本鎖を使用して、各標的の発現をノックダウンした。製造者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の指示に従ってＯｌｉｇｏｆｅｃｔＡｍｉｎｅ（登録商標）脂質試薬を使用し、終濃度２５ｎＭで各ｓｉＲＮＡ二本鎖を形質移入した。ネガティブコントロールのｓｉＲＮＡと比べ、２以上の各ｓｉＲＮＡによりＮＣＩ−Ｈ１２９９  Ｅ２Ｆ−ＳＥＡＰ細胞におけるＥ２ＦによるＳＥＡＰ分泌又はリン酸化ｐＲｂタンパク質の量が低減した場合に陽性としてスコア化した。陽性の結果は、ＮＣＩ−Ｈ１２９９  Ｅ２Ｆ−ＳＥＡＰ細胞と、ＳＶ４０に駆動されたＳＥＡＰ遺伝子を含むＮＣＩ−Ｈ１２９９株の別の派生物で繰り返され、転写又は分泌機構に一般に作用するｓｉＲＮＡが排除された。形質移入から７２時間後に、細胞から除去された培地を検査することによりＳＥＡＰのレベルを検出した。また、形質移入から７２時間後に、リン酸化Ｒｂタンパク質の減少を検出し、Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ（登録商標）Ａｒｒａｙｓｃａｎ蛍光顕微鏡プラットフォーム上で定量化した。本スクリーニングにより、不活性化するとＥ２Ｆ経路を通るシグナル伝達を減少させる遺伝子が同定された。
【００５４】
スクリーニングに使用した非小細胞肺癌株（ＮＣＩ−Ｈ１２９９）に加えて、同定された標的を更に検証するために、３つの細胞株を選択した。２つの乳腺癌株（ＭＤＡ−ＭＢ２３１−Ｔ及びＭＣＦ−７）と、１つの膵臓腺癌株（ＰＡＮＣ−１）が選択された。これらの株を選択するための理論的根拠は二重である。第一に、Ｅ２Ｆ−Ｒｂ経路は乳腺腫瘍及び膵腫瘍において過剰に活性化されることが多く（Malumbres M及びBarbacid M (2001) Nat Rev Cancer. 1:222-231；Ortega Sら (2002) Biochem et Biophyis Acta. 1602:73-87）、このような場合、上述のスクリーニングにおいてＥ２Ｆ−Ｒｂ経路の制御因子として同定された標的が特定の関連性を持つことがあった。加えて、実験により、これらの特定の細胞株がＥ２Ｆ−Ｒｂ経路に成長依存性を示すことが判明し、特に、Ｅ２Ｆシグナル伝達経路の既知の構成成分（例えば、ＣＤＫ４及びＣＹＣＬＩＮＤ１）の遺伝子発現を、これら細胞株のＲＮＡ干渉によりノックダウンすることにより、細胞周期の進行及び増殖が抑制された。
【００５５】
２．表１の分析
上述に記載のスクリーニングにおいて同定されたＥ２Ｆ／ＲＢモディファイヤーであるＶＩＰＲ１を表１に示す。「ＶＩＰＲ１の記号」、及び「ＶＩＰＲ１の仮名」の欄には、ＧｅｎｂａｎｋにおけるＥ２Ｆ／ＲＢ経路のモディファイヤーの記号及び既知の略称を記載した。「ＶＩＰＲ１生物学的プロセス」の欄には、モディファイヤーが関連する細胞プロセスを記載した。「ＶＩＰＲ１タンパク質長」の欄にはモディファイヤーのアミノ酸の長さを示した。「ＶＩＰＲ１  ＧＩ＿ＮＡ」、及び「ＶＩＰＲ１  ａｃｃｎｏ＿ｎａ」の欄には、国立バイオロジー情報センター（ＮＣＢＩ）及びＧｅｎｂａｎｋから入手できるＶＩＰＲ１のＤＮＡ配列のＧｅｎｂａｎｋ識別番号（ＧＩ＃）及びＲｅｆ配列番号を記載した。「ＶＩＰＲ１  ＧＩ＿ＡＡ」、「ＶＩＰＲ１  ａｃｃｎｏ＿ａａ」の欄には、国立バイオロジー情報センター（ＮＣＢＩ）及びＧｅｎｂａｎｋから入手できるＶＩＰＲ１のアミノ酸配列のＧｅｎｂａｎｋ識別番号（ＧＩ＃）及びＲｅｆ配列番号を記載した。
表１
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【００５６】
３．キナーゼアッセイ
精製したか、部分的に精製したＶＩＰＲ１を、適切な反応緩衝液（例えば、塩化マグネシウムまたは塩化マンガン（１−２０ｍＭ）、およびミエリン塩基性タンパク質またはカゼインなどのペプチドまたはポリペプチド基質（１−１０μｇ／ｍｌ）を含むｐＨ７．５の５０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ）に希釈する。キナーゼの最終的な濃度は１−２０ｎＭである。酵素反応をマイクロタイタープレートで行い、アッセイのスループットを増大させることにより反応条件の最適化を促進する。９６ウェルのマイクロタイタープレートを用い、最終容量を３０−１００μｌとする。３３ＰγＡＴＰ（０．５μＣｉ／ｍｌ）を加えて反応を開始させ、０．５から３時間室温でインキュベートする。ＥＤＴＡ付加によりネガティブコントロールを行い、それにより酵素活性に必要な二価カチオン（Ｍｇ２＋またはＭｎ２＋）をキレート化する。インキュベーション後、ＥＤＴＡを使用して酵素反応を消光させる。反応物の試料を９６ウェルのガラフファイバーフィルタプレート(MultiScreen,Millipore)に移す。続いてフィルタをリン酸緩衝整理食塩水、希釈したリン酸（０．５％）、またはその他適切な媒体で洗浄し、過剰なラジオ標識ＡＴＰを除去する。シンチレーションカクテルをフィルタプレートに添加し、シンチレーションカウンティングにより取り込まれた放射能を定量化する（Wallac/PerkinElmer）。活性は、ネガティブコントロール反応値（ＥＤＴＡクエンチ）の差引き後に検出される放射能の量と定義する。
【００５７】
４．発現分析 
以下の実験で使用したすべての細胞株はＮＣＩ（米国立癌センター）の系であり、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション、バージニア州マナサス、２０１１０〜２２０９）から入手可能である。正常組織及び腫瘍組織は、Ｉｍｐａｔｈ、ＵＣ  Ｄａｖｉｓ、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ａｒｄａｉｓ、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ及びＡｍｂｉｏｎから得た。
様々な試料中における開示した遺伝子の発現レベルを評価するために、ＴａｑＭａｎ（登録商標）分析を使用した。
【００５８】
Ｑｉａｇｅｎ（カリフォルニア州バレンシア）のＲＮｅａｓｙ  ｋｉｔを使用し、製造者のプロトコルに従って各組織試料からＲＮＡを抽出して最終濃度５０ｎｇ／μｌにした。その後、ランダムヘキサマー及び各反応５００ｎｇの全ＲＮＡを使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（カリフォルニア州フォスターシティー）のプロトコル４３０４９６５に従ってＲＮＡ試料を逆転写させることによって一本鎖ｃＤＮＡを合成した。
ＴａｑＭａｎ（登録商標）プロトコルならびに以下の基準に従って、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カリフォルニア州フォスターシティー）を使用した発現分析用のプライマーを調製した。その基準は、ａ）ゲノムの混入を排除するために、イントロンにまたがるようにプライマーの対を設定すること、及びｂ）各プライマーの対が１つの産物のみを生成することである。発現分析は７９００ＨＴ機器を使用して行った。
【００５９】
ＴａｑＭａｎ（登録商標）のプロトコルに従って、３００ｎＭのプライマー及び２５０ｎＭのプローブならびに約２５ｎｇのｃＤＮＡを、９６ウェルプレートでは２５μｌの全体積、３８４ウェルプレートでは１０μｌの全体積で使用して、ＴａｑＭａｎ（登録商標）反応を実施した。標的が大量に存在する可能性が高くなるように広範囲の組織由来のｃＤＮＡを含む混合物である、ヒトｃＤＮＡ試料のユニバーサルプール（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｐｏｏｌ）を使用して結果分析用の標準曲線を作成した。１８ＳのｒＲＮＡ（すべての組織及び細胞中で普遍的に発現される）を使用して生データを正規化した。
それぞれの発現分析について、腫瘍組織試料を、同一患者からの対応する正常組織と比較した。対応する正常試料と比べて腫瘍中の遺伝子発現レベルが２倍以上高い場合に、ある遺伝子は腫瘍中で過剰発現されているとみなされる。正常組織が入手可能でない場合は、ｃＤＮＡ試料のユニバーサルプールを代わりに使用する。これらの場合では、腫瘍試料と同じ組織タイプからのすべての正常試料の平均との発現レベルの差が、すべての正常試料の標準偏差の２倍を超える場合（すなわち、腫瘍−平均（すべての正常試料）＞２×ＳＴＤＥＶ（すべての正常試料））に、遺伝子は腫瘍試料中で過剰発現されているとみなされる。
【００６０】
５．ＶＩＰＲ１機能アッセイ
ＲＮＡｉ実験を実行して、小干渉ＲＮＡ（siRNA, Elbashir等、上掲）を用いて様々な細胞株のＶＩＰＲ１配列の発現をノックダウンした。実験に使用した細胞株は、ＰＡＮＣ−１及びＭＤＡ−ＭＢ２３１Ｔであった。
【００６１】
細胞増殖及び成長に対するＶＩＰＲ１  ＲＮＡｉの影響。上述のように、ＢｒｄＵアッセイを用いて細胞増殖に対するＶＩＰＲ１発現の低下の影響を研究した。これに使用した細胞株は、Ｈ１２９９、ＭＣＦ７、ＰＡＮＣ−１及びＭＤＡ−ＭＢ２３１Ｔであった。
結果：ＶＩＰＲ１のＲＮＡｉにより、４つの細胞株の全てで細胞増殖が減少した。
【００６２】
上述のように、標準コロニー成長アッセイを使用して細胞成長に対するＶＩＰＲ１発現低下の影響を試験した。
結果：試験した細胞株の複数において、ＶＩＰＲ１のＲＮＡｉにより増殖が減少した。
【配列表】
2010504099000001.app
【国際調査報告】
2010504099.tif 000003