(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発
性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうち少なくとも１つの肝疾患の診断を促進する方法であって
、
自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発性胆汁性肝硬
変（ＰＢＣ）のうち少なくとも１つの肝疾患を有する疑いのある対象からの生体試料にお
けるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを検出することを含む、方法。
【請求項２】
前記対象の生体試料におけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを検出することを含む
、請求項１の方法。
【請求項３】
前記対象の生体試料におけるマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを検出
することを含む、請求項２の方法。
【請求項４】
前記対象の生体試料におけるインターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを検出す
ることを含む、請求項３の方法。
【請求項５】
前記対象の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを検出すること
を含む、請求項１から４のいずれか１つの方法。
【請求項６】
対象における自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発
性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうち少なくとも１つの炎症性肝疾患の診断を促進する方法で
あって、
肝疾患を有する疑いのある対象からの生体試料におけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレ
ベルを分析することと、
Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、
前記Ｅ３のレベルの前記対照Ｅ３レベルに対する前記比較の結果に基づいて、前記対象
における炎症性肝疾患の尤度を示すレポートを生成することとを含み、
前記対照Ｅ３レベルより高いＥ３レベルは、前記対象における自己免疫性肝炎（ＡＩＨ
）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうち少なく
とも１つの炎症性肝疾患の増大した尤度を示す、方法。
【請求項７】
前記対象からの生体試料におけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析することと
、
前記Ｅ１のレベルおよび前記Ｅ３のレベルを用いて、Ｅ１とＥ３レベルの比率を算出す
ることと、
前記Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較することと、
前記対象からの生体試料におけるマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを
分析することと、
前記ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、
前記レポートに、前記Ｅ１とＥ３レベルの比率およびＭＤＣレベルを含み、前記Ｅ３レ
ベル、前記Ｅ１とＥ３レベルの比率、および前記ＭＤＣレベルを用いて、前記対象におけ
るＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つの前記肝疾患の前記尤度を示す
こととを含み、
対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの対照の比率よりも高いＥ１
とＥ３レベルの比率、および前記対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、前記対象
におけるＰＳＣの増大した尤度を示す、請求項６の方法。
【請求項８】
前記対象からの生体試料におけるインターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを分
析することと、
前記ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することと、
前記レポートに前記ＩＬ‐１５レベルを含み、前記ＩＬ‐１５レベルを用いて前記対象
におけるＡＩＨの前記尤度を示すこととを含み、
対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの対照の比率よりも高いＥ１
とＥ３レベルの比率、前記対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベル、および前記対照Ｉ
Ｌ‐１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベルが、前記対象におけるＡＩＨの増大した尤度
を示す、請求項７の方法。
【請求項９】
前記対象が、ＰＳＣを有する疑いがあり、
前記方法が、前記対象の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを
分析することと、
前記ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み、
ＰＳＣを有する疑いのある対象における、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルおよび
／または対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルが、前記対象におけるＰＳＣの増大した尤
度を示す、請求項６から８のいずれか１つの方法。
【請求項１０】
前記生体試料が、血液または血液製剤である、請求項６から９のいずれか１つの方法。
【請求項１１】
前記血液製剤が、血清または血漿である、請求項１０の方法。
【請求項１２】
前記対照Ｅ３レベルが、１８〜４５ｐｇ／ｍｌの血清におけるＥ３のレベルである、請
求項６から９のいずれか１つの方法。
【請求項１３】
前記対照Ｅ３レベルが、約２５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項６から９のいずれか１つ
の方法。
【請求項１４】
前記対照Ｅ３レベルが、約２８ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項６から９のいずれか１つ
の方法。
【請求項１５】
前記Ｅ１とＥ３レベルの比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて１０〜
２０の対照Ｅ１／Ｅ３比率である、請求項７から１４のいずれか１つの方法。
【請求項１６】
前記対照Ｅ１／Ｅ３比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて約１５であ
る、請求項７から１４のいずれか１つの方法。
【請求項１７】
前記対照ＭＤＣレベルが、約１８７０〜３０００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項７から
１６のいずれか１つの方法。
【請求項１８】
前記対照ＭＤＣレベルが、約２８００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項７から１６のいず
れか１つの方法。
【請求項１９】
前記対照ＭＤＣレベルが、約１８７０ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項７から１６のいず
れか１つの方法。
【請求項２０】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２〜３ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項８から１９のい
ずれか１つの方法。
【請求項２１】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２．４ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項８から１９のい
ずれか１つの方法。
【請求項２２】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２．５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項８から１９のい
ずれか１つの方法。
【請求項２３】
原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する疑いのある対象の診断を促進する方法であって
、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを分析
することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベル
を分析することと、
前記対象が原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する尤度を決定するために、Ｅ３レベル
およびＡＰレベルを用いることとを含み、
前記決定は、
前記Ｅ３レベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、
前記ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み、
前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルおよび／または対照ＡＰレベルよりも高いＡ
Ｐレベルが、前記対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示し、
前記対象における前記Ｅ３レベルおよびＡＰレベルのうちの少なくとも１つに基づいて
、ＰＳＣを有する前記対象の尤度を示すレポートを生成することを含む、方法。
【請求項２４】
対象における自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発
性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうち少なくとも１つの肝疾患の診断を促進する方法であって
、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを分析
することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析
することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）
のレベルを分析することと、
前記対象がＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患を有する前
記尤度を決定することにおいて、前記Ｅ３レベル、Ｅ１レベル、およびＭＤＣレベルを用
いることとを含み、
前記決定は、
前記Ｅ３レベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、
前記Ｅ１レベルとＥ３レベルの比率（Ｅ１／Ｅ３比率）を、対照Ｅ１／Ｅ３比率と比較
することと、
前記ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとを含み、
ｉ）前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、前記対象におけるＡＩＨ、ＰＳＣ、
およびＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の増大した尤度示し、
ｉｉ）前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの対照の比率と異
なるＥ１とＥ３レベルの比率、および前記対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、
前記対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示し、
前記対象における前記Ｅ３レベル、前記Ｅ１とＥ３レベルの比率、および前記ＭＤＣレ
ベルに基づいて、前記対象における、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも
１つの肝疾患の尤度、並びに／またはＰＳＣの尤度を示すレポートを生成することを含む
、方法。
【請求項２５】
前記対照Ｅ３レベルが、約１８ｐｇ／ｍｌから４５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項２３
または２４の方法。
【請求項２６】
前記対照Ｅ３レベルが、約２５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項２３または２４の方法。
【請求項２７】
前記対照Ｅ３レベルが、約２８ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項２３または２４の方法。
【請求項２８】
前記Ｅ１とＥ３レベルの比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて１０〜
２０の対照Ｅ１／Ｅ３比率である、請求項２４から２７のいずれか１つの方法。
【請求項２９】
前記対照Ｅ１／Ｅ３比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて約１５であ
る、請求項２４から２７のいずれか１つの方法。
【請求項３０】
前記対照ＭＤＣレベルが、約１８７０〜３０００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項２４か
ら２７のいずれか１つの方法。
【請求項３１】
前記対照ＭＤＣレベルが、約２８００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項２４から２７のい
ずれか１つの方法。
【請求項３２】
対象における肝疾患の診断を促進する方法であって、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを分析
することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析
することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）
のレベルを分析することと、
前記対象から得られた血清サンプルにおけるインターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）の
レベルを分析することと、
前記対象が、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発
性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうちの少なくとも１つの肝疾患を有する前記尤度を決定する
ことにおいて前記Ｅ３レベル、Ｅ１レベル、ＭＤＣレベル、およびＩＬ‐１５レベルを用
いることとを含み、
前記決定は、
前記Ｅ３レベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、
前記Ｅ１レベルとＥ３レベルの比率（Ｅ１／Ｅ３比率）を対照Ｅ１／Ｅ３比率と比較す
ることと、
前記ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、
前記ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとを含み、
ｉ）前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、前記対象におけるＡＩＨ、ＰＳＣ、
およびＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の増大した尤度を示し、
ｉｉ）前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、前記対照Ｅ１／Ｅ３比率よりも高い
Ｅ１／Ｅ３比率、前記対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベル、および前記対照ＩＬ‐
１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベルが、前記対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示
し、
前記対象における前記Ｅ３レベル、前記Ｅ１／Ｅ３比率、前記ＭＤＣレベル、および前
記ＩＬ‐１５レベルに基づいて、前記対象における、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのう
ちの少なくとも１つの肝疾患の尤度並びに／またはＡＩＨの尤度を示すレポートを生成す
ることを含む、方法。
【請求項３３】
前記対照Ｅ３レベルが、約１８ｐｇ／ｍｌから４５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２
の方法。
【請求項３４】
前記対照Ｅ３レベルが、約２５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２の方法。
【請求項３５】
前記対照Ｅ３レベルが、約２８ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２の方法。
【請求項３６】
前記Ｅ１とＥ３レベルの比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて１０〜
２０の対照Ｅ１／Ｅ３比率である、請求項３２から３５のいずれか１つの方法。
【請求項３７】
前記対照Ｅ１／Ｅ３比率が、血清におけるＥ１およびＥ３レベルに基づいて約１５であ
る、請求項３２から３５のいずれか１つの方法。
【請求項３８】
前記対照ＭＤＣレベルが、約１８７０〜３０００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２か
ら３５のいずれか１つの方法。
【請求項３９】
前記対照ＭＤＣレベルが、約２８００ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２から３５のい
ずれか１つの方法。
【請求項４０】
前記対照ＭＤＣレベルが、約１８７０ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２から３５のい
ずれか１つの方法。
【請求項４１】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２〜３ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２から４０の
いずれか１つの方法。
【請求項４２】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２．４ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２から４０の
いずれか１つの方法。
【請求項４３】
前記対照ＩＬ‐１５レベルが、約２．５ｐｇ／ｍｌ血清である、請求項３２から４０の
いずれか１つの方法。
【請求項４４】
前記レポートが、前記肝疾患の前記尤度に基づく、前記対象のための治療の推奨に関す
る臨床医へのガイダンスを含む、請求項６から４３のいずれか１つの方法。
【請求項４５】
前記比較および算出のステップを行うためのアルゴリズムを実行するようにプログラム
されたコンピューターに、前記Ｅ３レベル、前記Ｅ１レベル、前記ＭＤＣレベル、および
／またはＩＬ‐１５レベルを入力することを含み、前記入力がレポートの結果を生成する
、請求項１から４４のいずれか１つの方法。
【請求項４６】
前記レポートを生成することがコンピューターにより行われる、請求項４５の方法。
【請求項４７】
前記レポートが、前記コンピューターから離れた位置で出力装置に表示される、請求項
４５または４６の方法。
【請求項４８】
エオタキシン（eotaxin）‐３（Ｅ３）についての特異的結合剤と、  任意に、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）の検出のための１またはそれ以上の特異的試薬と、  エオタキシン（eotaxin）‐１（Ｅ１）についての特異的結合剤と、  マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）についての特異的結合剤と、  ＩＬ‐１５（ＩＬ‐１５）についての特異的結合剤とを含む、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうち少なくとも１つの肝疾患の診断用キット。
【請求項４９】
前記Ｅ３についての結合剤、前記Ｅ１についての結合剤、前記ＭＤＣについての結合剤
、および前記ＩＬ‐１５についての結合剤が、抗体、または少なくともレセプターのリガ
ンド結合部分から独立して選択される、請求項４８のキット。
【請求項５０】
前記キットが、対照分析物についての結合剤を含む、請求項４８または４９のキット。
【請求項５１】
プロセッサと、
前記プロセッサに動作可能に連結するメモリーとを含み、
前記メモリーが、肝疾患を有する疑いのある患者における肝疾患を診断するためにそ
こに保存された命令を含み、
前記プロセッサにより実行される場合に、前記命令が、前記プロセッサに、
患者の生体試料におけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを含む分析データを受信
させ、
前記Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較させ、
前記患者における、前記Ｅ３レベルを含み、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの
少なくとも１つの肝疾患の尤度を示すレポートを生成させ、
前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、前記患者における肝疾患の増大した尤
度を示す、コンピューターシステム。
【請求項５２】
前記肝疾患が、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つである、請求
項５１のコンピューターシステム。
【請求項５３】
前記命令が、さらに、前記プロセッサに、
患者の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを含む分析データ
を受信させ、
前記ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較させ、
ＰＳＣを有する疑いのある対象において、前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル
および／または前記対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルが、前記対象におけるＰＳＣの
増大した尤度を示す、請求項５１または５２のコンピューターシステム。
【請求項５４】
前記命令が、さらに、前記プロセッサに、
患者の生体試料におけるマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルおよびエ
オタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを含む分析データを受信させ、
前記Ｅ１のレベルおよび前記Ｅ３のレベルを用いて、Ｅ１およびＥ３レベルの比率を
算出させ、
前記Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較させ、
前記ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較させ、
前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベル
の比率、および前記対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、前記対象におけるＰＳ
Ｃの増大した尤度を示す、請求項５１から５３のいずれか１つのコンピューターシステム
。
【請求項５５】
前記命令が、さらに、前記プロセッサに、
前記対象からの生体試料におけるインターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを
含む分析データを受信させ、
前記ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較させ、
前記対照ＩＬ‐１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベル、前記対照ＭＤＣレベルより
も高いＭＤＣレベル、前記対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、および対照の比率より
も高いＥ１とＥ３レベルの比率が、前記対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す、請求
項５４のコンピューターシステム。
【請求項５６】
ネットワーク上で前記レポートを伝達するための通信モジュールを含み、前記通信モ
ジュールが、動作可能に前記プロセッサに連結され、
前記プロセッサにより実行される場合に、前記プロセッサに、前記通信モジュールを
介して前記レポートを伝達させる命令を、前記メモリーが含む、請求項５１から５５のい
ずれか１つのコンピューターシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１２年９月７日に出願された米国仮出願第６１／６９８，４１２号、および２０１２年１０月２４日に出願された米国仮出願第６１／７１８，１３４号の利益を主張し、これらの出願は、それらの全体において、参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、および原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は、別個の慢性的な炎症性肝疾患である。これらの疾病の原因は知られていない。感染性の病因が少なくともそれらのいくつかについて可能性があるが、それらは概して自己免疫現象としてみられる。すべての３つの疾病の発症は、疲労、腹部痛、悪心、および／またはそう痒のような肝疾患についての非特異的症状で、線維症および硬変を有する疾病の後期のみで肝臓病の存在を確認する、肝臓酵素のレベルの変動とともに、呈される。また、このステージで、門脈圧亢進症の帰結に関連する症状および徴候が、報告されるであろう。
【０００３】
ＡＩＨの病状は、白血球の浸入とともに断片壊死および界面の（interface）肝炎をもたらす、肝細胞への損傷により始まり、最終的に線維症および硬変となる。ＰＢＣおよびＰＳＣでは、炎症は、通常、胆道系の近くまたは周囲で始まり、線維症および硬変を導く胆汁うっ滞性の疾病をもたらす。
【０００４】
診断については、種々の自己抗体が、ＡＩＨについてのバイオマーカーともなされている。これは、主に、抗核抗体（ＡＮＡ）、抗平滑筋抗体（ＳＭＡ）、および肝臓／腎臓ミクロソームＩ型（抗ＬＫＭ１）に対する抗体を含むが、可溶性の肝臓/膵臓抗原に対する抗体（抗ＳＬＡ／ＬＰ）、核周囲型抗好中球細胞質抗体（ｐＡＮＣＡ）、肝臓‐特異的サイトゾル抗原Ｉ型に対する抗体（抗ＬＣ１）、および抗アクチンのような他の抗体も同様に検出され得る（非特許文献１）。これらの自己抗体は、ＡＩＨについて特異的ではなく、ＰＢＣ、ＰＳＣ、ウイルス性肝炎、薬物性肝炎、およびアルコール性肝炎を有する患者で検出され得るため、国際自己免疫性肝炎グループ（International Autoimmune Hepatitis Group）は、ＡＩＨの診断についての診断アルゴリズムを提案している。このアルゴリズムの簡易なレポート（非特許文献２）が、異なる自己抗体のレベル、ＩｇＧのレベル、肝臓組織構造、および既知のウイルス感染の不存在を含む、４つのパラメーターに基づいて、ＡＩＨが明確にある、可能性がある、またはないことを示す。
【０００５】
未知の病因による慢性的な非化膿性の破壊的な肉芽腫胆管炎として記述されるＰＢＣでは、病状は、肝細胞よりもむしろ中型の肝内胆管（＜１００μｍ）に関連し、血清における高いレベルのアルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）を伴う、疾病の胆汁うっ滞性の特徴をもたらす（非特許文献３）。ＡＮＡも、ＰＢＣで検出され得るが、高い感度と特異性を有する、ＰＢＣについての診断上の自己抗体がある（非特許文献３）。この抗ミトコンドリア抗体（ＡＭＡ）は、主に、ピルビン酸デヒドロゲナーゼのＥ２サブユニットへの標的とされ、ミトコンドリアの内膜から細胞表面（抗ＰＤＣ‐Ｅ２）への転位により胆汁上皮細胞の細胞表面に主に発現され、１００％の特異性を有するＰＢＣ症例の９５％で報告される。また、増加した免疫グロブリン、特にＩｇＭ、並びに胆管の損傷、胆管減少症（ductopenia）、および肉芽腫性の門脈の炎症（granulomatous portal inflammation）のような特異的な組織学的特徴が、診断を補助し得る。ＡＩＨと同様に、ＰＢＣは女性においてより一般的であり、現在、シェーグレン症候群および甲状腺疾患のような、他の自己免疫疾患に関連する遺伝的に病気にかかりやすい個体で生じる肝臓特異的自己免疫疾患とみなされているが、他の自己免疫疾患とは異なり、ＰＢＣは子供では報告されていない。
【０００６】
ＰＢＣと同様に、ＰＳＣも慢性的な胆汁うっ滞性の状態であるが、全てのサイズの胆管に影響を及ぼし、最後に硬変をもたらす（非特許文献４）。ＰＢＣとは対照的に、ＰＳＣについての特異的自己抗体、免疫学的、生化学的、または血清学的な診断上のマーカーはない（非特許文献５）。診断は、内視鏡的逆行性胆管造影法（ＥＲＣ）および磁気共鳴胆管造影（ＭＲＣ）に基づき、肝内および肝外の胆管における典型的な狭窄および膨張を、典型的な多巣性の胆道狭窄および介在性の膨張の他の原因の排除とともに示している。この特徴は、タマネギ状の線維化とよばれる線維組織の同心円層を伴う、胆管周囲性線維化に起因し、ＰＳＣについての別の典型的な顕著な特徴として、肝臓生検におけるＰＳＣ患者の１４％でのみみられるが、特異的ではなく、虚血性胆管炎のような他の肝疾患で説明され得る（非特許文献６）。ＰＳＣを有する患者は、また、ＡＩＨまたはＩｇＧ４に関連する硬化性胆管炎を有し得、ＰＳＣの診断をさらに複雑にするであろう。ＰＢＣとは異なり、ＰＳＣは、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、特に潰瘍性大腸炎（ＵＣ）と非常に関連しており、ＡＩＨを有するまたは有しないＰＳＣ症例の８０％以上で報告される（非特許文献７）。ＰＳＣの診断は、通常、既存のＩＢＤ患者で、または、結腸切除後のＩＢＤ患者でもなされるが、いくつかの場合には、ＩＢＤ発症に長い年月先行する場合がある（非特許文献８）。クローン病（別のＩＢＤ）では、小腸へとより制限され、ＰＳＣは、通常、疾病が広範および重篤であり、結腸が関与する場合に発生し、ＩＢＤにおける大腸炎が、ＩＢＤによるＰＳＣの併存症についての前提条件であることを示す。
【０００７】
血清におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルの測定は、ルーチンの医療スクリーニングに、または肝疾患の症状を示す患者についての最初の精密検査のパネルに含まれることが多い。上昇したＡＰのレベル（ＡＰ＋）は、通常、ＰＳＣのような胆汁うっ滞型の肝疾患を指し示すものである。しかしながら、血清アルカリホスファターゼ（ＡＰ）は、ＰＳＣおよびＰＢＣの両方で上昇するが、ＡＰのレベルは、疾病の経過中、一貫して大きな集団の患者で上昇したままではないかもしれず、正常なレベルでさえ検出され得る。また、上昇したＡＰのレベルは、母集団の最大２０％において報告もされている。よって、アラニンアミノトランスアミナーゼ（ＡＬＴ）／アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）に対してより低いまたはより高いＡＬＰの比率が感染性肝炎／ＡＩＨまたはＰＢＣ／ＰＳＣの診断のためにそれぞれ使用され得るが、この比率または各バイオマーカーの個々の値は、感染性肝炎をＡＩＨと、またはＰＢＣをＰＳＣと区別することはできない。
【０００８】
ビリルビンレベルも、ＰＳＣ症例の１５〜４０％のみで上昇し、他の肝疾患でも存在し、通常、進行した肝臓損傷に関連するため、十分な診断上のマーカーではない。肝細胞の損傷を主に指し示すＡＬＴおよびＡＳＴレベルは、ＰＢＣおよびＰＳＣで中程度に上昇することが多く、または正常なレベルでさえ検出され得る。ＰＳＣの発症と胆管撮影法における診断上の特徴の出現との間に数年の遅れが通常はあるため、肝臓損傷がまだ回復可能である、早い段階で疾病が診断できれば、非常に価値があるであろう。さらに、イメージングは高価であり、スクリーニングについては好適ではなく（ＥＲＣおよびＭＲＣ）、最適以下（ＭＲＣ）であり、膵炎、細菌性胆管炎、穿孔、および出血のような、潜在的な合併症による侵襲性がある。
【０００９】
肝機能検査（ＬＦＴ）は、肝疾患を検出するための最も一般的な方法であるが、それらは、特異的診断よりもむしろ一般的な肝臓病を指し示し、のＬＦＴのうちの少なくとも１つは、母集団の２０％以上で上昇する（非特許文献９）。さらに、ＡＬＰが非肝疾患において上昇する可能性が３０％ある。γ‐グルタミルトランスフェラーゼ（ＧＧＴ）のレベルは、より高い感度でＡＬＰと相関するが、ほとんどの急性のおよび慢性的な肝疾患で上昇するため、特異性が低い。また、ＡＬＰは、他の臓器から放出されるかもしれず、年齢および性別により変化するが、その上昇したレベルは、ＰＢＣのような肝内胆汁障害（intra-hepatic biliary disorder）とより相関する（非特許文献１０）。
【００１０】
よって、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣの診断は、特に、患者がこれらの疾病の１以上の臨床的な症状を示す、オーバーラップ症候群がある場合に複雑である。このようなオーバーラップ症候群は、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣ間で３０％という高率で一般的であり得る。ＡＭＡレベルは、ＡＩＨおよびＰＳＣからのＰＢＣの鑑別診断を促進し得るが、ＡＩＨとＰＳＣとを区別するためのよりよいツールが必要とされる。ＥＲＣおよび肝臓生検の組織検査のような診断上のツールは、高価で侵襲性があり（付随する合併症のリスクを有する）、および／または広範な瘢痕化および狭搾による後期でのみ疾病を診断することができる。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Manns et al., Hepatology, 2010. 51(6): p. 2193-213; Czaja et al. Gastroenterology, 2010. 139(1): p. 58-72 e4
【非特許文献２】Lohse et al. Journal of Hepatology, 2011. 55(1): p. 171-82
【非特許文献３】Kaplan et al. New Engl. J. Med., 2005. 353(12): p. 1261-73
【非特許文献４】Angulo, et al. Clinics in Liver Disease, 1999. 3(3): p. 529-70; Angulo, et al. Primary Sclerosing Cholangitis. Hepatology, 1999. 30(1): p. 325-32
【非特許文献５】Boyer T., M.M., Sanyal A., Zakim and Boyer's Hepatology. Sixth ed. 2011, p. 1408
【非特許文献６】Burak, K.W., P. Angulo, and K.D. Lindor, Is there a role for liver biopsy in primary sclerosing cholangitis ? The American journal of gastroenterology, 2003. 98(5): p. 1155-8
【非特許文献７】Ponsioen, et al., Gut, 2002. 51(4): p. 562-6; Tischendorf, et al., Am J. Gastroenterol. 2007. 102(1): p. 107-14
【非特許文献８】Schrumpf, et al. Scan. J. Gastroenterol. 1982. 17(1): p. 33-9
【非特許文献９】Donnan, et al. Health Technology Assessment, 2009. 13(25): p. iii-iv, ix-xi, 1-134
【非特許文献１０】Donnan et al., supra; Whitehead, et al., Gut, 1999. 45(1): p. 129-33
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
よって、これらの慢性的な臨床症状の異なる診断を促進するための診断上のツールについての必要性がある。ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのより効率的で早期の鑑別診断を促進するための新たなパラメーターの発見が、当該分野における進歩を提供するであろう。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本開示は、対象における炎症性肝疾患の診断を促進することにおける使用をみいだす方法および組成物を提供する。方法および組成物は、概して、エオタキシン‐３（Ｅ３）レベルを単独で、またはエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルとともに、および任意にマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルとともに、およびさらに任意にＩＬ‐１５のレベルとともに、検出することを伴う。これらのレベルは、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、および原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）の肝疾患のうちの少なくとも１つの診断を促進するために、および／またはＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣ間の鑑別診断を促進するために使用され得る。例えば、本明細書で論証されるように、Ｅ３レベルは、ＰＳＣ、ＰＢＣ、またはＡＩＨを有しない対象と比較して、ＰＳＣ、ＰＢＣ、およびＡＩＨ患者において非常に上昇する。従って、Ｅ３単体は、これらの肝疾患のそれぞれについて診断上の有用性を有する。さらに、本明細書で論証されるように、Ｅ１レベルは、ＰＳＣで上昇するが、ＰＢＣおよびＡＩＨではより低く、Ｅ１／Ｅ３の比率が、これらの３つの疾病を識別するために使用され得る。また、本明細書で論証されるのは、ＭＤＣレベルが、健康な対照と比較して、ＰＳＣ、ＰＢＣ、およびＡＩＨにおいてより低く、ＰＢＣと比較して、ＰＳＣおよびＡＩＨにおいてより高く、ＭＤＣレベルに基づいて、ＰＢＣからＰＳＣおよびＡＩＨを識別することができることである。本開示は、ＩＬ‐１５レベルがＡＩＨにおいてより高く、４つのサイトカイン全てのレベルが、ＰＳＣ、ＰＢＣ、およびＡＩＨの鑑別診断において補助するために使用され得ることをさらに論証する。また、本開示の方法および組成物は、対象についての治療の決定を促進することにおける使用を見出す。
【００１４】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進するための方法を提供し、方法は、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうちの少なくとも１つの対象からの生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、エオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを検出することを含む。対照Ｅ３レベルと比較される、検出されたＥ３のレベルは、対象における肝疾患の診断を促進するために使用され得る。関連する方法において、対象におけるＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を促進するために方法が使用される。
【００１５】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進するための方法を提供し、方法は、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの、対象の生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、Ｅ３のレベルおよびエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルおよびマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを検出することを含む。Ｅ３、Ｅ１、およびＭＤＣレベルは、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣ間からのＰＳＣの鑑別診断を促進するために使用され得る。任意に、方法は、例えば対象がＰＳＣを有する疑いのある場合に、対象の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを検出することを含み得る。
【００１６】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進するための方法を提供し、方法は、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの対象の生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、Ｅ３のレベルおよびエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベル、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベル、およびインターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）を検出することを含む。Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、およびＩＬ‐１５レベルが、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣ間からＡＩＨの鑑別診断を促進するために使用され得る。
【００１７】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、エオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを分析することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルとを比較することとを含み、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、対象における肝疾患の増大した尤度を示す。関連する方法では、方法は、対象におけるＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を促進するために使用される。任意に、方法は、Ｅ３のレベルの対照Ｅ３レベルに対する比較の結果に基づいて、対象における肝疾患（例えば、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患）の尤度を示すレポートを生成することを含み得る。任意に、レポートは、肝疾患の尤度に基づく、対象のための治療の推奨に関する臨床医へのガイダンスを含み得る。
【００１８】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、Ｅ３のレベルを分析することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、対象からの生体試料における、エオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析することと、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較することと、対象からの生体試料における、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを分析することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとを含み、それらのそれぞれの対照レベルよりも高い、Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、およびＭＤＣのレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、Ｅ１とＥ３の比率を対照の比率を比較することと、およびＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとの結果に基づいて、対象におけるＰＳＣの尤度を示すレポートを生成することを含み得る。レポートは、さらに、任意に、Ｅ３レベルに基づいて、対象におけるＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの尤度の表示を含み得る。レポートは、任意に、肝疾患の尤度に基づく、対象についての治療の推奨に関する臨床医へのガイダンスを含み得る。
【００１９】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、Ｅ３のレベルを分析することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、対象からの生体試料における、エオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析することと、Ｅ１レベルを対照Ｅ１レベルと比較することと、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較することと、対象からの生体試料における、ＭＤＣのレベルを分析することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、対象の生体試料における、インターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを分析することと、ＩＬ‐１５のレベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとを含み、それらのそれぞれの対照レベルよりも高い、Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、ＭＤＣのレベル、およびＩＬ‐１５のレベルが、対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率を対照の比率と比較することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、およびＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとの結果に基づいて、対象におけるＡＩＨの尤度を示すレポートを生成することを含み得る。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、Ｅ１とＥ３の比率を対照の比率と比較することと、およびＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとの結果に基づいて、対象におけるＰＳＣの尤度を示すレポートを生成することを含み得る。レポートは、さらに、任意に、Ｅ３レベルに基づいて、対象におけるＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの尤度の表示を含み得る。レポートは、任意に、肝疾患の尤度に基づく、対象のための治療の推奨に関する臨床医へのガイダンスを含み得る。
【００２０】
本開示は、ＰＳＣを有する疑いのある対象において、ＰＳＣの診断を促進する方法を提供し、方法は、肝疾患を有する疑いのある対象からの生体試料における、Ｅ３のレベルを分析することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、対象の生体試料における、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを分析することと、ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み、ＰＳＣを有する疑いのある対象における（例えば、ＡＩＨ陰性である、ＰＢＣ陰性である、または両方）、それらのそれぞれの対照レベルよりも高いＥ３レベルまたはＡＰレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較すること、およびＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することの結果に基づいて、対象におけるＰＳＣの尤度を示す生成することを含み得る。レポートは、任意に、肝疾患の尤度に基づく、対象のための治療の推奨に関する臨床医へのガイダンスを含み得る。
【００２１】
本開示は、対象における肝疾患の診断を促進する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料における（例えば、肝疾患を有する疑いのある対象、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な対象、検査下で不特定の病的状態を有する対象、または他の関心対象）、Ｅ３のレベルを分析することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、対象からの生体試料における、エオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルを分析することと、当該Ｅ１レベルを対照Ｅ１レベルと比較することと、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率を比較することと、対象からの生体試料における、ＭＤＣのレベルを分析することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、対象の生体試料における、インターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを分析することと、ＩＬ‐１５のレベルを対照ＩＬ‐１５レベルを比較することと、対象の生体試料における、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを分析することと、ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み、それらのそれぞれの対照レベルよりも高いＥ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、ＭＤＣのレベル、およびＩＬ‐１５のレベルが、対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、Ｅ１とＥ３の比率を対照の比率と比較することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することと、およびＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとの結果に基づいて、対象におけるＡＩＨの尤度を示すレポートを生成することを含み得る。方法は、任意に、分析されたバイオマーカーの結果に基づいて、対象における肝疾患の尤度を示すレポートを生成することを含み得る。方法は、任意に、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率を対照の比率と比較することと、およびＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとの結果に基づいて、対象におけるＰＳＣの尤度を示すレポートを生成することを含み得る。レポートは、任意に、Ｅ３レベルに基づいて、対象におけるなくとも１つのＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣの尤度の表示を含み得る。レポートは、任意に、対象がＰＳＣを有する疑いがあるかどうかの表示（例えば、ＡＩＨ陰性および／またはＰＢＣ陰性である）、対象におけるＥ３レベルまたはＡＰレベルに基づいて、対象におけるＰＳＣの尤度の表示を含み得る。レポートは、任意に、肝疾患の尤度に基づく、対象のための治療の推奨に関する臨床医へのガイダンスを含み得る。
【００２２】
本開示の方法で使用される生体試料は、血液または血液製剤、例えば、血清または血漿であり得る。
【００２３】
本開示の方法は、肝疾患の尤度に基づいて、対象のための療法を選択することを含み得る。本開示の方法は、肝疾患の尤度に基づいて、対象のための療法を投与することを含み得る。対象が療法を受ける場合、本開示の方法は、分析の結果に基づいて、対象のための療法を変更することを含み得る。
【００２４】
本開示の方法は、比較および算出ステップを行うためのアルゴリズムを実行するようにプログラムされたコンピューターに、Ｅ３レベル、Ｅ１レベル、ＭＤＣレベル、および／またはＩＬ‐１５レベルを入力することを含み得、当該の入力が、レポートについての結果を生成する。レポートは、例えば、コンピューターから離れた位置で、出力装置に表示され得る。
【００２５】
本開示は、エオタキシン（eoxtain）‐３（Ｅ３）についての結合剤、エオタキシン（eoxtain）‐１（Ｅ１）についての結合剤、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）についての結合剤、およびＩＬ‐１５（ＩＬ‐１５）についての結合剤、並びに、任意にアルカリホスファターゼを検出するための１またはそれ以上の試薬を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットは、Ｅ３のための結合剤、およびアルカリホスファターゼ（ＡＰ）を検出するための試薬を含む。いくつかの実施形態では、ＡＰを検出するための試薬は、ＡＰの酵素活性の検出のために提供し得る。Ｅ３についての結合剤、Ｅ１についての結合剤、ＭＤＣについての結合剤、およびＩＬ‐１５についての結合剤は、抗体、または少なくともレセプターのリガンド結合部分であり得る。キットは、対照分析物についての結合剤を含み得る。
【００２６】
本開示は、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、および原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）のうちの少なくとも１つの肝疾患を有する対象を治療する方法を提供し、方法は、有効量のエオタキシン‐３（Ｅ３）のアンタゴニストを対象に投与することを含む。
【００２７】
本開示は、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する対象を治療する方法を提供し、方法は、有効量のエオタキシン‐１（Ｅ１）のアンタゴニストを対象に投与することを含む。
【００２８】
本開示は、患者における肝疾患の診断を促進する方法を提供し（例えば、肝疾患を有する疑いのある患者、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な患者、検査下で不特定の病的状態を有する患者、または他の関心患者）、方法は、対象の生体試料における、エオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを含む分析データをプロセッサにより受信することと、プロセッサによりＥ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、プロセッサにより、Ｅ３レベルを含み、対象における肝疾患の尤度を示すレポートを生成することとを含み、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、患者における肝疾患の増大した尤度を示す。関連する方法において、方法は、患者におけるＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を促進するために使用される。
【００２９】
方法は、さらに、対象の生体試料における、エオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルおよびマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを含む分析データをプロセッサにより受信することと、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとを含み得、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率、対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。方法は、またさらに、対象からの生体試料における、インターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを含む分析データをプロセッサにより受信することと、ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとを含み得、対照ＩＬ‐１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベル、対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベル、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、および対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率が、対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す。方法は、対象の生体試料における、Ｅ３のレベルを含む分析データをプロセッサにより受信することと、プロセッサによりＥ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、分析データが対象の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを含み、プロセッサによりＡＰのレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み得、ＰＳＣを有する疑いのある対象において（例えば、ＡＩＨ陰性および／またはＰＢＣ陰性である）、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルおよび／または対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルが、患者におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。関連する実施形態において、方法は、プロセッサに動作可能に連結された通信モジュールによりレポートを伝達することを含み得る。
【００３０】
本開示は、プロセッサおよびプロセッサに動作可能に連結されたメモリーを含むコンピューターシステムを提供し、メモリーは、患者において（例えば、肝疾患を有する疑いのある患者、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な患者、検査下で不特定の病的状態を有する患者、または他の関心患者）肝疾患を診断するためにそこに保存された命令を含み、当該命令は、プロセッサにより実行される場合に、プロセッサに、患者の生体試料におけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを含む分析データを受信させ、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較させ、および患者における肝疾患の尤度を示す、Ｅ３レベルを含むレポートを生成させ、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、患者における肝疾患の増大した尤度を示す。関連するコンピューターシステムにおいて、肝疾患は、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つである。コンピューターシステムの命令は、さらに、プロセッサに、患者の生体試料におけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルおよびマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを含む分析データを受信させ、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出させ、Ｅ１とＥ３レベルの比率とＥ１とＥ３レベルの対照の比率を比較させ、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較させ得、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率、および対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。コンピューターシステムの命令は、またさらに、プロセッサに、対象からの生体試料における、インターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを含む分析データを受信させ、ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較させ得、対照ＩＬ‐１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベル、対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベル、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、および対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率が、対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す。コンピューターシステムは、患者の生体試料におけるＥ３のレベルを含む分析データを受信し、Ｅ３レベルを対照Ｅ３レベルと比較し、患者の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを含む分析データを受信し、ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較し得、ＰＳＣを有する疑いのある対象において（例えば、ＡＩＨ陰性であり、ＰＢＣ陰性であり、または両方）、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルおよび／または対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。
【００３１】
本開示のコンピューターシステムは、ネットワーク上でレポートを伝達するための通信モジュールを含み得、通信モジュールはプロセッサに動作可能に連結され、メモリーは、プロセッサにより実行される場合に、プロセッサに通信モジュールを介してレポートを伝達させる命令を含む。
【００３２】
本開示は、患者（例えば、肝疾患を有する疑いのある患者、定期的な医療検査を受ける外観的には健康な患者、検査下で不特定の病的状態を有する患者、または他の関心患者）における肝疾患の診断を促進するコンピューター実施方法を提供し、患者の生体試料におけるエオタキシン‐３（Ｅ３）のレベルを含む分析データを受信することと、Ｅ３のレベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、患者における肝疾患の尤度を示し、Ｅ３レベルを含むレポートを生成することとを含み、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルが、患者における肝疾患の増大した尤度を示す。関連する方法において、肝疾患は、ＡＩＨ、ＰＳＣ、およびＰＢＣのうちの少なくとも１つである。コンピューター実施方法は、患者の生体試料におけるエオタキシン‐１（Ｅ１）のレベルおよびマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを含む分析データを受信することと、Ｅ１のレベルおよびＥ３のレベルを用いてＥ１とＥ３レベルの比率を算出することと、Ｅ１とＥ３レベルの比率をＥ１とＥ３レベルの対照の比率と比較することと、ＭＤＣレベルを対照ＭＤＣレベルと比較することとを含み得、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率、および対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。コンピューター実施方法は、またさらに、対象からの生体試料における、インターロイキン‐１５（ＩＬ‐１５）のレベルを含む分析データを受信することと、ＩＬ‐１５レベルを対照ＩＬ‐１５レベルと比較することとを含み得、対照ＩＬ‐１５レベルよりも高いＩＬ‐１５レベル、対照ＭＤＣレベルよりも高いＭＤＣレベル、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、および対照の比率よりも高いＥ１とＥ３レベルの比率が、対象におけるＡＩＨの増大した尤度を示す。コンピューター実施方法は、患者の生体試料におけるＥ３のレベルを含む分析データを受信することと、Ｅ３レベルを対照Ｅ３レベルと比較することと、患者の生体試料におけるアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを含む分析データを受信することと、ＡＰレベルを対照ＡＰレベルと比較することとを含み得、ＰＳＣを有する疑いのある対象において（例えば、ＡＩＨ陰性であり、ＰＢＣ陰性であり、または両方）、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベルおよび／または対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルが、対象におけるＰＳＣの増大した尤度を示す。
【００３３】
これらおよび他の特徴は、本明細書を考察した際に、当業者にとって明白であろう。
【図面の簡単な説明】
【００３４】
【図１】本発明方法の使用のための、コンピューター化されたシステムの全体的な概略図を示す。
【図２】対照、ＨＣＶ、ＡＩＨ、ＰＢＣ、ＰＳＣ単独およびＰＳＣ＋／−ＩＢＤ群の間の、血清エオタキシン−１（パネルａ）、エオタキシン−３（パネルｂ）、ＣＣＬ（パネルｃ）およびＩＬ−１５（パネルｄ）のレベルの比較を示す。ＰＳＣ＋／−ＩＢＤには、ＰＳＣ単独、ならびに、ＵＣを伴うＰＳＣ＋ＣＤを伴うＰＳＣをすべて含み；ＡＩＨを有するＰＳＣの任意の併存疾患は、ＰＳＣ単独およびＰＳＣ＋／−ＩＢＤから除外された。各マーカーの検出の検出下限（ＬＬＯＤ）は、すべての患者について、長い水平の点線として各検体に対し示されている。各群のマーカーに対するメジアン値は、短い水平線により示されている。
【図３】〜
【図８】は、エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図３】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図４】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図５】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図６】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図７】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図８】エオタキシン−１（Ｅ１）、エオタキシン−３（Ｅ３）、ＣＣＬ２２（ＭＤＣ）、およびＩＬ−１５のレベルに基づいたアルゴリズムを示す表を提示し、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣを検出するために用いられた場合の結果、ならびに、健常者およびＨＣＶ−感染対象者からの鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果、ならびに、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断を提示するために用いられた場合の結果を示す表を提示する。
【図９】エオタキシン３（Ｅ３）に対する、受信者−操作者特性（ＲＯＣ）曲線を示す。
【図１０】エオタキシン１（Ｅｏｔａｘｉｎ（Ｅ１とも呼称される））に対する、受信者−操作者特性（ＲＯＣ）曲線を示す。
【図１１】マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）に対する、受信者−操作者特性（ＲＯＣ）曲線を示す。
【図１２】インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）に対する、受信者−操作者特性（ＲＯＣ）曲線を示す。
【図１３】Ｅ１／Ｅ３の比率に対する、受信者−操作者特性（ＲＯＣ）曲線を示す。
【図１４】本発明の診断アルゴリズムの精度評価の結果を示す表を提示する。
【図１５】エオタキシン−３（Ｅ３）またはアルカリホスファターゼ（ＡＰ）の血清レベルの増加の検出により、ＰＳＣと確認された患者の検出を示す、ａ）概略図、および、ｂ）表、を提示する。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
本発明を詳述する前に、本発明は、記述される特定の実施形態に、当然のことながらそれらは変化しうるので、限定されないことを理解されたい。また、本明細書に使用される専門用語は、本発明の範囲は添付の請求項によってのみ限定されるので、特定の実施形態を記述する目的のためのみであり、限定の意図は無いこと、ことも理解されたい。
【００３６】
値の範囲が提示される場合、当該範囲の上限および下限の間の、および、任意の他の既定範囲、または、その既定範囲の間の値の、それぞれの間の値は、他で明確に示されない限り、下限単位の１０分の１まで、本発明の範囲内に包含される。これらの、より小さな範囲の上限値および下限値は、個々に、当該より小さな範囲に含まれても良く、および、本発明の範囲内にもまた含まれ、当該規定範囲の任意の特定の除外限界に依存する。既定範囲に上下限値のうちの１つ、または両方が含まれる場合、限界値に含まれるもののうちのいずれか、または両方を除外する範囲もまた、本発明の範囲内にある。
【００３７】
他で定義されない限り、本明細書に用いられる全ての技術的な用語および科学的な用語は、本発明が属する分野の当業者に普遍的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記述されるものと類似、または均等である任意の方法および物質もまた、本発明の実施および試験に用いることができるが、以下に、好ましい方法および材料を記述する。本明細書に言及されるすべての公表文献は、当該公表文献が引用されるところに関連した方法および／または物質を開示および記述するために、参照により本明細書に援用される。
【００３８】
本明細書および添付のクレームにおいて、単数形の「ひとつの（（ａ）、（ａｎｄ）および、当該（（ｔｈｅ））」は、他で明確に示されない限り、複数形の指示対象を含む。ゆえに、たとえば、「一つの試料」という記載は、そのような試料の複数を含み、および、「当該ポリペプチド」という記載は、１以上のポリペプチド、および、当業者公知のその均等物を指すことが含まれる。
【００３９】
本明細書において検討されている公表文献は、単に、本出願の優先日の前に公開されたものとして提示されている。本明細書において、いずれの記載も、先行発明であるという理由により、そのような公表文献に先行して本発明が権利付与されないということの承認とはみなされない。さらに、提示される公表文献の日付は、実際の公表日とは異なっている可能性があり、個々に確認する必要性がある。
【００４０】
実施例は、本発明の物品をどのように製造および使用するかを当業者に対して完全に開示および記述するために提示されているものであり、発明者らが、自身の発明とする範囲を限定する意図はなく、および、以下の実施例が、行われた全ての実験を示している、または、それらのみが行われた実験であることを示していることが意図されてもいない。用いられている数値（たとえば、量、温度等）に関し、正確性を心掛けているが、いくらかの実験誤差および偏差を考慮するべきであることを留意されたい。別様に示されない限り、部分は、重量による部分であり、分子量は平均分子量であり、温度は、セ氏であり、圧力は、大気圧か、または大気圧に近いものである。
【００４１】
明確性のために、別の実施形態の文脈で記述されている本発明のある特長が、単一の実施形態においてもまた、組み合わせて提示されうることを認識されたい。逆に、簡潔性のために単一の実施形態の中で記述されている本発明の様々な態様が、別々にも提示されうること、または、適切な任意の副組み合わせで提示されう得る。本発明に付随する実施形態の全ての組み合わせが、本発明により具体的に包含され、および、各組合せおよび全ての組み合わせが個々に明示的に開示されているものとして、そのような組み合わせが、たとえば、安定な化合物（すなわち、作製され、単離され、特徴付けられ、および生物学的活性に検証されることができる化合物）である化合物である、本発明物質を包含する範囲において、本明細書に開示される。さらに、様々な実施形態のすべての副組み合わせ、およびその構成要素（たとえば、そのような改変を記述する実施形態において列記される化学物質群の構成要素）もまた、本発明に具体的に包含され、そのような副組み合わせのそれぞれ、およびすべてが個々に明示的に本明細書に開示されているものとして、本明細書に開示される。
【００４２】
定義
「自己免疫性肝炎」または「ＡＩＨ」とは、肝組織の寛容が失われたことが推測され、身体の免疫システムが肝臓細胞を攻撃している状態にある、慢性炎症性肝臓疾患を指す。この異常な免疫応答により肝臓に炎症が生じ、たとえば肝硬変等のさらなる合併症が発症しうる。ＡＩＨの病理は、男性より女性に多く、肝細胞への損傷に始まり、肝炎が生じ、白血球浸潤による段階的なネクローシスが付随し、最終的には、線維症および肝硬変が発生する。ＡＩＨは、抗核抗体（ＡＮＡ）、抗平滑筋抗体（ＳＭＡ）、肝／腎Ｉ型ミクロソーム抗体（抗ＬＫＭ１）、可溶性肝／膵抗原抗体（抗ＳＬＡ／ＬＰ）、核周辺部抗好中球細胞質抗体（ｐＡＮＣＡ）、肝臓特異的サイトゾルＩ型抗原抗体（抗ＬＣ１）、および抗アクチン抗体と関連する可能性がある（Manns, et al. Hepatology, 2010. 51(6): p. 2193-213; Czaja, eta l. Gastroenterology, 2010. 139(1): p. 58-72 e4）。これらの自己抗体は、ＡＩＨ特異的ではなく、ＰＢＣ、ＰＳＣ、ウイルス性肝炎、薬物性肝炎、およびアルコール性肝炎を有する患者にも検出されうるため、国際自己免疫性肝炎研究グループは、以下のコード化されたパネルに示される、ＡＩＨ診断のための診断アルゴリズムを提唱している。アルゴリズムは、４つのパラメーター（異なる自己抗体のレベル、ＩｇＧレベル、肝組織像、および公知のウイルスの非感染、を含む）に基づき、ＡＩＨを確定、ＡＩＨの疑い、またはＡＩＨではないとの診断を容易にするものであり、以下に要約され、Lohse, et al. J. Hepatol. 2011. 55(1): p. 171-82に記述されている。
【表１】
0006401702.tif 000002
【００４３】
「原発性胆汁性肝硬変」または「ＰＢＣ」（慢性非化膿性破壊性胆管炎とも呼称されることが知られている）とは、原因不明の慢性的な、非化膿性の、破壊的な肉芽腫性胆管炎を指し、病理的には、肝細胞よりもむしろ中型サイズの肝内胆管により関連し、高レベルの血清アルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）を伴う胆汁うっ滞の特徴を有する（Kaplan et al. The New England Journal of Medicine, 2005. 353(12): p. 1261-73）。炎症は通常、隣接する胆管システムから始まり、線維症をもたらす胆汁うっ滞性疾患が生じる。他の自己抗体（たとえば、ＡＮＡ）がＰＢＣにおいて検出されうるが、ミトコンドリア内膜のアシルトランスフェラーゼに対する抗ミトコンドリア抗体（ＡＭＡ）が、ＰＢＣに対して高い感度と特異度を有し（上述のKaplan）、ＰＢＣの症例の９５％において報告されている。さらに、イムノグロブリン、特にＩｇＭの上昇、ならびに、たとえば胆管損傷、胆管減少、肉芽腫性門脈炎等の、特異的な組織学的特徴が、ＰＢＣ診断の指標である。ＡＩＨと同様、ＰＢＣは女性に多く、現在では、たとえば、シェーグレン症候群および甲状腺疾患等の他の自己免疫性疾患と関連し、遺伝的に素因のある個人に発生する、肝臓特異的な自己免疫性疾患と見なされている。ＰＢＣは通常、子供には報告されていない。本明細書において、「子供」とは、１２歳未満の個人を指す。
【００４４】
「原発性硬化性胆管炎」または「ＰＳＣ」とは、全てのサイズの胆管に侵襲がみられる慢性胆汁うっ滞性疾患を指す（Angulo, et al. Clinics in Liver Disease, 1999. 3(3): p. 529-70; Angulo, et al. Hepatology, 1999. 30(1): p. 325-32）。ＰＢＣと同様、ＰＳＣにおける炎症も通常、隣接する胆管系から始まり、胆汁うっ滞性疾患が生じ、線維症および緩効性がもたらされる。ＰＳＣの症例の最大約８０％が、炎症性腸疾患、特に潰瘍性大腸炎と関連している。この疾患は、最大１５％において、胆管癌の発症を合併する可能性がある。さらに、膵癌および結腸癌の発生も、侵襲を受けていない個人と比較し、上昇している。特異的な自己抗体、ＰＳＣに対する免疫学的診断マーカー、生化学的診断マーカー、または血清学的診断マーカーが、本発明より以前には利用可能な状態には無かったため、診断は通常、内視鏡的逆行性胆管造影（ＥＲＣ）および／または磁気共鳴胆管造影（ＭＲＣ）に基づいており、典型的な多病巣性の胆道狭窄および介在拡張の他の原因の除外と共に、それらにより、肝内胆管および肝外胆管の典型的な狭窄および拡張が示される。肝生検で、タマネギ状の線維化と呼ばれる、線維組織の同心円層を伴う、胆管周囲性線維化が観察されうる。ＰＳＣは、女性よりも男性に多い。
【００４５】
「個人」、「対象」および「患者」という用語は、本明細書において相互交換可能に用いられ、ヒトを指す。
【００４６】
本発明の診断方法に関する文脈において、「健常な個人」という用語は、検出できる疾患、特に肝臓疾患を罹患していない個人、特に、肝炎（たとえば、ウイルス性肝炎または自己免疫性肝炎）に罹患していない個人、より具体的には、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１つ以上の肝臓疾患に罹患していない個人を指す。健常な個人には、調査時（任意選択的に直近１か月の間）、任意の疾患の症状、症候、または兆候が認められていない者；いずれの肝臓疾患の病歴も有していない者；疾患、特に肝臓疾患に対する治療を受けていない者；正常な全血球計算（ＣＢＣ）差分テスト、ならびに、正常レベルの血清ＡＬＴ（アラニンアミノトランスアミナーゼ）および血清ＧＧＴ（γ−グルタミルトランスフェラーぜ）を有している者；胆道疾患が陰性の者；ウイルス性肝炎（たとえば、ＨＣＶ感染、ＨＢＶ感染）の検査が陰性の者；ＨＩＶ感染の検査が陰性の者；ならびに、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、アルコール誘導性肝炎、および、薬物性肝炎に対して陰性の者、が含まれる。
【００４７】
本明細書において相互交換可能に用いられている、「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」という用語は、任意の長さのアミノ酸のポリマー形態を指し、生化学的に修飾されたアミノ酸、または誘導体化されたアミノ酸、および、修飾ペプチド主鎖を有するポリペプチドを含有しても良い。当該用語には、融合タンパク質（限定されないが、異種アミノ酸配列を有する融合タンパク質を含む）、異種および同種リーダー配列（Ｎ末端メチオニン残基を含む、または含まない）；免疫学的にタグ化されたタンパク質等を有する融合物が含まれる。「ＮＨ２」とは、ポリペプチドのアミノ末端に存在する遊離アミノ基を指し、「ＣＯＯＨ」とは、ポリペプチドのカルボキシ末端に存在する遊離カルボキシル基を指す（標準的なポリペプチドの命名法に沿い、J. Biol. Chem., 243 (1969), 3552-59を用いている）。
【００４８】
生体試料中に存在するポリペプチドに関する文脈において、「ポリペプチド」とは、試料を採取した個人に存在した天然型ポリペプチドを指す。
【００４９】
「保存的アミノ酸置換」とは、１つのアミノ酸残基と、アミノ酸側鎖の化学的および物理的特性（たとえば、電荷、サイズ、疎水性／親水性）を共有する他のアミノ酸残基の置換を指す。「保存的置換」は、以下のアミノ酸残基内の置換を含むことが意図される：ｇｌｙ、ａｌａ；ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ；ａｓｐ、ｇｌｕ；ａｓｎ、ｇｌｎ；ｓｅｒ、ｔｈｒ；ｌｙｓ、ａｒｇ；および、ｐｈｅ、ｔｙｒ。そのような置換に関するガイダンスは、ポリペプチドのアミノ酸配列のアライメントから引き出すことができる。
【００５０】
本明細書において、「バイオマーカー」または「マーカー」とは、通常、１つの表現型（たとえば、疾患を有する）を有する対象から採取された試料中に、他の表現型（たとえば、当該疾患を有しない、または異なる疾患を有する）を有するものと比較して、差別的に存在する有機生体分子（たとえば、ポリペプチド）を指す。バイオマーカーは、第二の表現型に対する、第一の表現型におけるバイオマーカーの平均レベルまたはメジアンレベルを算出し、統計学的な有意差が示される場合、異なる表現型の間で、バイオマーカーは差別的に存在している。統計学的有意差に関する一般的なテストとしては、とりわけ、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙおよびオッズ比が挙げられる。バイオマーカーを、単独または組み合わせることにより、対象が、目的の表現型にある相対的な可能性の尺度を提供する。そのように、バイオマーカーは、たとえば、疾患（診断）、薬剤の治療有効性（テラノスティクス（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓ））等に対するマーカーとしての用途が見出される。バイオマーカーは、診断、テラノスティクス等を容易にする分析における被分析物である。
【００５１】
「生体試料」には、個人から採取された様々な試料が包含される。定義には、生体液（たとえば、血液（血液分画物（たとえば、血清、血漿）を含む））；および他の生物由来の液体試料（たとえば、唾液、尿、胆汁等）、ならびに、肝生検試料の形態にある固形組織が包含される。「血液試料」とは、対象の血液から得られる生体試料を指し、および、全血および本発明の分析に適した血液分画物（たとえば、血清または血漿）を含む。概して、凝固させることなく、血液試料中の細胞性成分と非細胞性成分を分離する（たとえば、遠心による）ことにより、血液血漿試料が得られ、凝固血液（凝血）の分離により、血液血清試料が得られる。血液の生体試料の例としては、末梢血、または、末梢血から得られた試料が挙げられる。定義には、たとえば、試料取得後に、試薬での処置、可溶化、またはある成分（たとえば、分析される１以上のポリペプチド）の富化等の操作が行われた試料が含まれる。たとえば、生体試料（たとえば、血液）は、対象の被分析物（複数含む）を含有する分画に関して富化されても良い。
【００５２】
「単離された」とは、成分が天然に存在しうる環境から、異なる環境にある、対象の実体を指す。「単離された」とは、対象の成分に関して実質的に富化されている試料の内にある成分、および／または、対象の成分が部分的に、もしくは実質的に精製された試料の内にある成分を含むことを意味する。
【００５３】
「精製された」とは、対象の成分（たとえば、ポリぺプチド）が、自然では付随する成分から分離されていることを意味する。「精製された」とは、製造過程（たとえば、化学合成）において、付随しうる成分から分離された対象成分を指すために用いても良い。いくつかの実施形態において、成分は、自然に関連する有機分子、または、製造過程において関連する有機分子を含まず、少なくとも５０〜６０重量％である場合に、実質的に純粋である。いくつかの実施形態において、調製物は、対象成分の少なくとも７５重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％、または少なくとも９９重量％である。実質的に純粋な成分は、たとえば、天然源（たとえば、細菌）から抽出することにより、成分を化学的に合成することにより、または、精製と化学修飾を組み合わせることにより、得ることができる。実質的に純粋な成分はまた、たとえば、当該成分を含有する試料を富化することにより、得ることができる。実質的に純粋な成分はまた、組換え合成、または化学的合成により得ることができる。純度は、任意の適切な方法（たとえば、クロマトグラフィー、質量分析、高速液体クロマトグラフィー分析等）により測定することができる。
【００５４】
本明細書において、「決定する」、「評価する」、「分析する」、「測定する」、および「検出する」という用語は、定量的、および半定量的決定の両方を指し、ならびに、「決定する」という用語は、本明細書において、「分析する」、「計測する」等と相互交換可能に用いられる。定量的決定が意図される場合においては、被分析物の「量を決定すること」という表現が用いられる。定量的および半定量的決定が意図される場合においては、被分析物の「レベルを決定すること」、または、被分析物を「検出すること」という表現が用いられる。
【００５５】
一般に、「定量的」分析によって、基準（対照）に対する、試料中の被分析物の量に関する情報が得られ、通常、数字として報告がなされる（「ゼロ」値は、被分析物が検出限界以下である場合に割り当てられうる）。「半定量」分析には、基準（たとえば、正常閾値または異常閾値等の閾値）に対して相対的である、検体中の被分析物の量の数値表現の提示が含まれ、「ゼロ」値は、被分析値が検出限界以下である場合に割り当てられうる。通常、半定量分析の結果は、付随する基準範囲に対して比較され、結果の定量的な解釈を提示するものである。
【００５６】
「感度」とは、検査が正しく陽性と特定する疾患を有する人々の割合を指す。「特異度」とは、検査が正しく陰性と特定する疾患を有しない人々の割合を指す。感度および／または特異度に対する割合は、パーセンテージとして表されても良い。パーセンテージとして表される場合、特異度は、１００から、誤診に対する感度の値を指し引くことにより、算出されうる。たとえば、ＰＳＣの診断に対するアルゴリズムを用いたテストが、ＡＩＨの症例の８％でＰＳＣと誤診する場合、ＡＩＨに対するＰＳＣの特異度は、９２％である。
【００５７】
本明細書において、「抗体」とは、イムノグロブリン遺伝子、またはイムノグロブリン遺伝子の断片により遺伝的にコードされることができ、対象の抗原に結合する、１以上のポリペプチドを有する抗原結合タンパク質を指す。本明細書において、「抗体」とは、抗体全体、ならびに、全抗体の抗原結合断片を包含する。抗原結合抗体断片とは、たとえば、Ｆａｂ´、（Ｆａｂ´）２等が挙げられる。本明細書において、「Ｆａｂ」とは、Ｆｃ部分を欠く、抗体の最小抗原結合部分を指す（たとえば、四量体抗体のＶＨ／ＶＬ対のヘテロ二量体）。「（Ｆａｂ´）２」とは、共有結合されているＦａｂ分子（通常、本来存在するように共有結合されている）を指し、Ｆｃ部分を欠いている。様々な抗体断片が、本来の抗体を消化する観点から定義されている一方で、当業者は、そのような断片が、化学的、または組換えＤＮＡ技術の利用のいずれかにより、ｄｅ  ｎｏｖｏ合成されることを認識していることに、注意されたい。
【００５８】
全抗体は、２対のポリペプチドから構成される抗体を指し、各対には、１つの「軽」鎖ポリペプチドおよび１つの「重」鎖ポリペプチドを含有している。可変軽鎖（ＶＬ）および可変重鎖（ＶＨ）という用語は、それぞれ、ＣＤＲを含有する軽鎖および重鎖の部分を指す。軽鎖は、その定常領域によって分類することができ、κまたはλであり得る。重鎖は、その定常領域によって分類することができ、γ、μ、α、δ、またはεであり得、それらは順に、それぞれ、イムノグロブリンのクラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤおよびＩｇＥ）を定義する。
【００５９】
「抗体」という用語は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を包含し、さらに、任意のクラス（たとえば、ＩｇＭ、ＩｇＧおよびそれらのサブクラス）を包含する。「抗体」はまた、ハイブリッド抗体、二特異性抗体、ヘテロ抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、および抗原結合能力を維持している、それらの機能的断片を包含する。「二特異性抗体」は、単一抗体（または抗体断片）と似ているが、２つの異なる抗原結合部位（可変領域）を有する。ヘテロ抗体は、共に連結された２以上の抗体、または、抗体結合断片（たとえば、Ｆａｂ）を指し、各抗体または断片は、異なる特異性を有している。抗体は、他の部分に複合体化されていても良く、および／または、たとえば、ポリスチレンプレートまたはビーズ、テストストリップ等の支持体（たとえば、固形支持体）に結合されていても良い。
【００６０】
タンパク質に結合するタンパク質または結合パートナー（たとえば、抗原（たとえば、被分析物）に結合する抗体）に関する場合、「特異的結合」という表現は、タンパク質と結合パートナー（たとえば、抗体と非分析物）の間の結合反応を指し、タンパク質および他の生物種の異種群の存在下で、当該タンパク質の存在を決定づけるものである。ゆえに、指定された条件下で、特異的な結合パートナー（たとえば、抗体）は、特定のタンパク質に優先的に結合するが、試料中に存在する他のタンパク質には、有意な量では結合しない。
【００６１】
「治療」、「治療すること」等の用語は、所望される薬理学的および／または生理学的効果を得ることを指す。当該効果は、疾患もしくはその症状を完全に、または部分的に予防するという点で、予防的であっても良く、ならびに／または、疾患および／または当該疾患に起因する有害な影響を完全に、または部分的に治癒するという点で、治療的であっても良い。本明細書において、「治療」とは、哺乳類、特にヒトにおける任意の疾患の治療を含み、ならびに、以下を含む：（ａ）疾患に罹りやすい可能性はあるが、まだ、発症していると診断されていない対象において、疾患が発症することを予防すること；（ｂ）疾患を阻害すること、すなわち、発症を止めること；および（ｃ）疾患を軽減すること、すなわち、疾患の退縮をもたらすこと。
【００６２】
炎症性肝疾患の診断を容易にする方法
本発明により、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、および原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）のうちの１以上の肝疾患の診断を容易にする方法が提示される。診断には、対象が、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有しているかどうかを評価し、健常者から対象を鑑別することが含まれ得る。診断には、対象が、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有しているかどうかを評価し、ＨＣＶに感染した者から対象を鑑別することが含まれ得る。診断には、非ＰＳＣ罹患者であることを対照として、および／または、ＡＩＨもしくはＰＢＣのうちの１つ、または両方を有するものを対照として、個人がＰＳＣを有しているかどうかを分析することが含まれ得る。診断には、非ＡＩＨ罹患者であることを対照として、および／または、ＰＢＣもしくはＰＳＣのうちの１つ、または両方の罹患者であることを対照として、個人がＡＩＨを有しているかどうかを分析することが含まれ得る。
【００６３】
概して、本発明方法には、対象、特に、肝疾患（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣまたはＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患）を有することが推測される対象の生体試料中のエオタキシン３（Ｅ３）のレベルを検出することが含まれる。Ｅ３のレベルを検出することに加え、本発明方法には、任意選択的に、対象由来の生体試料中のエオタキシン１（Ｅ１）のレベル、およびマクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）のレベルを検出することが含まれる。Ｅ１、Ｅ３およびＭＤＣのレベルを検出することに加え、本発明方法にはさらに、任意選択的に、インターロイキン１５（ＩＬ１５）のレベルを検出することが含まれる。これらのレベルを用いることにより、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、および原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）のうちの少なくとも１つの肝疾患の診断が容易になり、および／または、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣの間の鑑別診断が容易になる。本発明方法および、本発明の組成物はまた、対象に対する治療方針決定の促進における用途が見出される。
【００６４】
本発明の態様において、肝疾患以外の疾患に関し、対象を診断する方法が含まれる。ある特定の態様において、当該方法には、対象（たとえば、肝疾患を有することが推測される対象、標準的なメディカルスクリーニングを受けている、明らかに健常な対象、詳細不明の病的状態を有する、調査中の対象、または他の目的の対象）由来の生体試料中のＥ３のレベルを検出することが含まれる。当該方法にはさらに、Ｅ３関連疾患（たとえば、水泡性類天疱瘡（Kagami et al., J Invest Dermatol. (2012) 132(1):249-51）、チャーグ−ストラウス症候群における、肉芽腫性脈管炎性の器官損傷（Polzer et al. Rheumatology 2008 47(6):804-8）および、胃食道逆流症から鑑別診断するための診断バイオマーカーとして提唱されている、好酸球性食道炎（Bhattacharya et al. Hum Pathol. 2007 38(12):1744-53））を有する個人を診断することが含まれる。ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５およびＣＸ３ＣＲ１を含む、異なる受容体を介したＥ３の多機能性により、多様な免疫細胞の浸潤を伴う、アレルギー型疾患（Ｔｈ２）から、自己免疫様肝疾患（Ｔｈ１）にわたる、異なる疾患とＥ３のレベル増加との相関関係が説明付けられる。これにより、血清中のＥ３レベル等の測定は、肝疾患が推測される個人、医学底配慮を探索中の詳細不明な病的状態を有する個人、および、さらに、標準的なメディカルスクリーニングを受けている健常者に対する、初期実験室要求パネルに対する、価値ある補強となる。これにより、自己免疫様管疾患（ＰＳＣ、ＰＢＣおよびＡＩＨ）、アレルギー性疾患、水泡性類天疱瘡、チャーグ−ストラウス症候群、および好酸球性食道炎と、診断されない症例の数が減少するであろう。
【００６５】
本発明方法において用いられるバイオマーカー（被分析物）、ならびに、検出および分析の方法を、以下に詳述する。
【００６６】
検出のためのバイオマーカー
本発明には、患者の生体試料中のバイオマーカー（被分析物ともまた呼称される）の検出が含まれる。本発明には、生体試料中のエオタキシン３（Ｅ３；ＣＣＬ２６としても知られる）の検出が含まれる。本発明方法には、任意選択的に、Ｅ３の検出に加え、生体試料中のエオタキシン１（Ｅ１；ＣＣＬ１１としても知られる）の検出が含まれる。本発明方法にはさらに、任意選択的に、Ｅ３、Ｅ１および、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ；ＣＣＬ２２としても知られる）およびインターロイキン１５（ＩＬ１５）のうちの１つ、または両方の検出が含まれる。本発明方法にはさらに、他のバイオマーカーの検出が含まれ得る。
【００６７】
エオタキシンＥ３およびＥ１
Ｅ３
「エオタキシンＥ３」または「Ｅ３」は、「Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ，ＣＣ  Ｍｏｔｉｆ，Ｌｉｇａｎｄ  ２６」（ＣＣＬ２６）；および、Ｓｍａｌｌ  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ  Ａ、メンバー２６（ＳＣＹＡ２６）、としても知られるポリペプチドを指す。Ｅ３は、成熟型ポリペプチドを産生するために開裂されるシグナルペプチドを含有するプレポリペプチドとして、生成される。ヒトＥ３の例としては、アクセッション番号ＡＢ０１６５４２．１；ＮＰ＿００６０６３；Ｑ９Ｙ２５８；および、ＢＡＡ８４５７９のアミノ酸配列を含有するもの、ならびに、それらの天然型変異体が挙げられる。たとえば、ＡＢ０１６５４２．１のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基に、シグナルペプチドを有する）：ＭＭＧＬＳＬＡＳＡＶ  ＬＬＡＳＬＬＳＬＨＬ  ＧＴＡＴＲＧＳＤＩＳ  ＫＴＣＣＦＱＹＳＨＫ  ＰＬＰＷＴＷＶＲＳＹ  ＥＦＴＳＮＳＣＳＱＲＡＶＩＦＴＴＫＲＧＫ  ＫＶＣＴＨＰＲＫＫＷ  ＶＱＫＹＩＳＬＬＫＴ  ＰＫＱＬ（配列番号１）。
【００６８】
たとえば、ＮＰ＿００６０６３のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基に、シグナルペプチドを有する）：ＭＭＧＬＳＬＡＳＡＶ  ＬＬＡＳＬＬＳＬＨＬ  ＧＴＡＴＲＧＳＤＩＳ  ＫＴＣＣＦＱＹＳＨＫ  ＰＬＰＷＴＷＶＲＳＹ  ＥＦＴＳＮＳＣＳＱＲ  ＡＶＩＦＴＴＫＲＧＫ  ＫＶＣＴＨＰＲＫＫＷ  ＶＱＫＹＩＳＬＬＫＴ  ＰＫＱＬ（配列番号２）。
【００６９】
たとえば、Ｑ９Ｙ２５８のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基に、シグナルペプチドを有する）：ＭＭＧＬＳＬＡＳＡＶ  ＬＬＡＳＬＬＳＬＨＬ  ＧＴＡＴＲＧＳＤＩＳ  ＫＴＣＣＦＱＹＳＨＫ  ＰＬＰＷＴＷＶＲＳＹ  ＥＦＴＳＮＳＣＳＱＲ  ＡＶＩＦＴＴＫＲＧＫ  ＫＶＣＴＨＰＲＫＫＷ  ＶＱＫＹＩＳＬＬＫＴ  ＰＫＱＬ（配列番号３）。
【００７０】
たとえば、ＢＡＡ８４５７９のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基に、シグナルペプチドを有する）：ＭＭＧＬＳＬＡＳＡＶ  ＬＬＡＳＬＬＳＬＨＬ  ＧＴＡＴＲＧＳＤＩＳ  ＫＴＣＣＦＱＹＳＨＫ  ＰＬＰＷＴＷＶＲＳＹ  ＥＦＴＳＮＳＣＳＱＲ  ＡＶＩＦＴＴＫＲＧＫ  ＫＶＣＴＨＰＲＫＫＷ  ＶＱＫＹＩＳＬＬＫＴ  ＰＫＱＬ（配列番号４）。
【００７１】
Ｅ３の検出には、全長Ｅ３の検出、ならびに、自然に発生する断片、または生体試料中に存在する他のＥ３代謝産物の検出、および、生体試料の処理により生成された断片または他の誘導体の検出が包含される（ただし、そのような断片、代謝産物、または誘導体の検出が、Ｅ３の検出に特異的である場合に限る）。Ｅ３断片は通常、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０アミノ酸か、それ以上の長さである。Ｅ３の検出はまた、Ｅ３をコードする核酸（たとえば、Ｅ３をコードするＲＮＡ、またはそのようなＥ３をコードするＲＮＡから、たとえば逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いて作製されたＤＮＡ）の検出により行われても良い。Ｅ３の検出には、Ｅ３、または生体試料中に存在するその断片の直接的な検出、または間接的な検出（たとえば、抗Ｅ３抗体等の抗Ｅ３結合パートナーの結合の検出による）が含まれうる。
【００７２】
ある特定の実施形態によると、Ｅ３の検出（たとえば、血清Ｅ３検出）には、Ｅ３に対する抗Ｅ３抗体の結合が含まれる。これらの実施形態においては、Ｅ３に対する、検出可能な標識抗Ｅ３抗体の結合が含まれても良く、それによって、Ｅ３の検出には、Ｅ３に結合した抗Ｅ３抗体の検出可能な標識を検出することが含まれる。これらの実施形態の他の態様においては、Ｅ３に抗Ｅ３抗体が結合し、次いで、検出可能な標識第二抗体の抗Ｅ３抗体への結合が含まれてもよく、それにより、Ｅ３の検出には、第二抗体の検出可能標識の検出が含まれる。抗Ｅ３抗体は、Ｅ３に特異的に結合する任意の抗体であっても良い。ある特定の態様によると、抗Ｅ３抗体は、市販されている抗Ｅ３抗体である（たとえば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｂｎｏｖａ、Ａｂｇｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、ＰｒｏＳｃｉ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（登録商標）から入手可能なモノクローナル抗Ｅ３抗体もしくはポリクローナル抗Ｅ３抗体、または、任意の他の市販抗体）。ある特定の態様において、抗Ｅ３抗体は、キットの一部として市販されており、たとえば、固相（たとえば、ＥＬＩＳＡ）ベースの、Ｅ３単独、または、任意の他の目的のバイオマーカー（たとえば、エオタキシン１（Ｅ１）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、インターロイキン１５（ＩＬ１５）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、またはそれらの任意の組み合わせ）と組み合わせた検出のためのキットがある。
【００７３】
ある特定の態様において、対象の試料中に存在するＥ３は、表面に間接的に、または直接的に固定され、次いで、検出可能な標識一次抗Ｅ３抗体とＥ３の結合、または、非標識一次抗体によるＥ３の結合と、次いで、検出可能な標識二次抗体による結合が行われる。表面へのＥ３の固定化のために、任意の適切な方法を用いてもよい。ある特定の態様においては、表面に付着された抗Ｅ３「捕捉」抗体が、対象の試料中に存在するＥ３に結合し、それによって、Ｅ３が表面上に間接的に固定される。他の態様においては、表面に付着されたＥ３に特異的な受容体が、対象の試料中に存在するＥ３に結合し、それにより、Ｅ３が表面上に間接的に固定される。固定されると、続いて、Ｅ３は、任意の簡便な方法（たとえば、検出可能な標識抗Ｅ３一次抗体、または非標識抗Ｅ３一次抗体と当該一次抗体に結合する検出可能な標識二次抗体を用いた、固相抗体ベースの検出）を用いて、検出される。
【００７４】
Ｅ１
「エオタキシン１」または「Ｅ１」は、Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ，ＣＣ  Ｍｏｔｉｆ，Ｌｉｇａｎｄ  １１（ＣＣＬ１１）；Ｓｍａｌｌ  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ  Ａ，  Ｍｅｍｂｅｒ  １１（ＳＣＹＡ１１）；および、Ｓｍａｌｌ  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ａ１１としてもまた知られるポリペプチドを指す。Ｅ１は、成熟型ポリペプチドを産生するために開裂されるシグナルペプチドを含有するプレポリペプチドとして産生される。ヒトＥ１の例としては、アクセッション番号Ｐ５１６７１；ＣＡＧ３３７０２．１；ＮＰ＿００２９７７、およびそれらの天然型変異体の酸配列を含有するものが挙げられる。
【００７５】
たとえば、Ｐ５１６７１のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＫＶＳＡＡＬＬＷＬ  ＬＬＩＡＡＡＦＳＰＱ  ＧＬＡＧＰＡＳＶＰＴ  ＴＣＣＦＮＬＡＮＲＫ  ＩＰＬＱＲＬＥＳＹＲ  ＲＩＴＳＧＫＣＰＱＫ  ＡＶＩＦＫＴＫＬＡＫ  ＤＩＣＡＤＰＫＫＫＷ  ＶＱＤＳＭＫＹＬＤＱ  ＫＳＰＴＰＫＰ（配列番号５）。
【００７６】
たとえば、ＣＡＧ３３７０２．１のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＫＶＳＡＡＬＬＷＬ  ＬＬＩＡＡＡＦＳＰＱ  ＧＬＡＧＰＡＳＶＰＴ  ＴＣＣＦＮＬＡＮＲＫ  ＩＰＬＱＲＬＥＳＹＲ  ＲＩＴＳＧＫＣＰＱＫ  ＡＶＩＦＫＴＫＬＡＫ  ＤＩＣＡＤＰＫＫＫＷ  ＶＱＤＳＭＫＹＬＤＱ  ＫＳＰＴＰＫＰ（配列番号６）。
【００７７】
たとえば、ＮＰ＿００２９７７のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＫＶＳＡＡＬＬＷＬ  ＬＬＩＡＡＡＦＳＰＱ  ＧＬＡＧＰＡＳＶＰＴ  ＴＣＣＦＮＬＡＮＲＫ  ＩＰＬＱＲＬＥＳＹＲ  ＲＩＴＳＧＫＣＰＱＫ  ＡＶＩＦＫＴＫＬＡＫ  ＤＩＣＡＤＰＫＫＫＷ  ＶＱＤＳＭＫＹＬＤＱ  ＫＳＰＴＰＫＰ（配列番号７）。
【００７８】
Ｅ１の検出には、全長Ｅ１の検出、ならびに、自然に発生する断片、または生体試料中に存在する他のＥ１代謝産物の検出、および、生体試料の処理により生成された断片または他の誘導体の検出が包含される（ただし、そのような断片、代謝産物、または誘導体の検出が、Ｅ１の検出に特異的である場合に限る）。Ｅ１断片は通常、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０アミノ酸か、それ以上の長さである。Ｅ１の検出はまた、Ｅ１をコードする核酸（たとえば、Ｅ３をコードするＲＮＡ、またはそのようなＥ１をコードするＲＮＡから、たとえばＲＴ−ＰＣＲを用いて作製されたＤＮＡ）の検出により行われても良い。Ｅ１の検出には、Ｅ１、または生体試料中に存在するその断片の直接的な検出、または間接的な検出（たとえば、抗Ｅ１抗体等の抗Ｅ１結合パートナーの結合の検出による）が含まれうる。
【００７９】
ある特定の実施形態において、Ｅ１の検出（たとえば、血清Ｅ１検出）には、Ｅ１に対する抗Ｅ１抗体の結合が含まれる。これらの実施形態の態様においては、Ｅ１に対する、検出可能な標識抗Ｅ１抗体の結合が含まれ、それによって、Ｅ１の検出には、Ｅ１に結合した抗Ｅ１抗体の検出可能な標識を検出することが含まれる。これらの実施形態の他の態様においては、Ｅ１に抗Ｅ１抗体が結合し、次いで、検出可能な標識第二抗体の抗Ｅ１抗体への結合が含まれてもよく、それにより、Ｅ１の検出には、第二抗体の検出可能標識の検出が含まれる。抗Ｅ１抗体は、Ｅ１に特異的に結合する任意の抗体であって良い。ある特定の態様において、抗Ｅ１抗体は、市販されている抗Ｅ１抗体である（たとえば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｂｎｏｖａ、Ａｂｇｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、ＰｒｏＳｃｉ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（登録商標）から入手可能なモノクローナル抗Ｅ１抗体もしくはポリクローナル抗Ｅ１抗体、または、任意の他の市販抗体）。ある特定の態様において、抗Ｅ１抗体は、キットの一部として市販されており、たとえば、液相、または、固相（たとえば、ＥＬＩＳＡ）ベースの、Ｅ１単独、または、任意の他の目的のバイオマーカー（たとえば、エオタキシン３（Ｅ３）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、インターロイキン１５（ＩＬ１５）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、またはそれらの任意の組み合わせ）と組み合わせた検出のためのキットがある。
【００８０】
ある特定の態様において、対象の試料中に存在するＥ１は、表面に間接的に、または直接的に固定され、次いで、検出可能な標識一次抗Ｅ１抗体とＥ１の結合、または、非標識一次抗体によるＥ１の結合と、次いで、検出可能な標識二次抗体による結合が行われる。表面へのＥ１の固定化のために、任意の適切な方法を用いてもよい。ある特定の態様においては、表面に付着された抗Ｅ１「捕捉」抗体が、対象の試料中に存在するＥ１に結合し、それによって、Ｅ１が表面上に間接的に固定される。他の態様においては、表面に付着されたＥ１に特異的な受容体が、対象の試料中に存在するＥ１に結合し、それにより、Ｅ１が表面上に間接的に固定される。固定されると、続いて、Ｅ１は、任意の簡便な方法（たとえば、検出可能な標識抗Ｅ１一次抗体、または非標識抗Ｅ１一次抗体と当該一次抗体に結合する検出可能な標識二次抗体を用いた、固相抗体ベースの検出）を用いて、検出されてもよい。
【００８１】
ＭＤＣ（ＣＣＬ２２）
「マクロファージ由来ケモカイン」または「ＭＤＣ」とは、Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ，ＣＣ  Ｍｏｔｉｆ，Ｌｉｇａｎｄ  ２２（ＣＣＬ２２）およびＳｍａｌｌ  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ  Ａ，Ｍｅｍｂｅｒ  ２２（ＳＣＹＡ２２）としてもまた知られるポリペプチドを指す。ＭＤＣは、開裂されて成熟型ポリペプチドを産生するシグナルペプチドを含有するプレポリペプチドとして産生される。ヒトＭＤＣの例としては、アクセッション番号ＮＰ＿００２９８１；Ｏ００６２６；ＥＡＷ８２９１８、およびそれらの天然変異型の酸配列を含有するものが挙げられる。
【００８２】
たとえば、ＮＰ＿００２９８１のアミノ酸配列は、以下である（１〜２４残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＤＲＬＱＴＡＬＬＶ  ＶＬＶＬＬＡＶＡＬＱ  ＡＴＥＡＧＰＹＧＡＮ  ＭＥＤＳＶＣＣＲＤＹ  ＶＲＹＲＬＰＬＲＶＶ  ＫＨＦＹＷＴＳＤＳＣ  ＰＲＰＧＶＶＬＬＴＦ  ＲＤＫＥＩＣＡＤＰＲ  ＶＰＷＶＫＭＩＬＮＫ  ＬＳＱ（配列番号８）。
【００８３】
たとえば、ＥＡＷ８２９１８のアミノ酸配列は、以下である（１〜２４残基にシグナルペプチドを有する）：
ＭＡＲＬＱＴＡＬＬＶ  ＶＬＶＬＬＡＶＡＬＱ  ＡＴＥＡＧＰＹＧＡＮ  ＭＥＤＳＶＣＣＲＤＹ  ＶＲＹＲＬＰＬＲＶＶ  ＫＨＦＹＷＴＳＤＳＣ  ＰＲＰＧＶＶＬＬＴＦ  ＲＤＫＥＩＣＡＤＰＲ  ＶＰＷＶＫＭＩＬＮＫ  ＬＳＱ（配列番号９）。
【００８４】
たとえば、Ｏ００６２６のアミノ酸配列は、以下である（１〜２４残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＤＲＬＱＴＡＬＬＶ  ＶＬＶＬＬＡＶＡＬＱ  ＡＴＥＡＧＰＹＧＡＮ  ＭＥＤＳＶＣＣＲＤＹ  ＶＲＹＲＬＰＬＲＶＶ  ＫＨＦＹＷＴＳＤＳＣ  ＰＲＰＧＶＶＬＬＴＦ  ＲＤＫＥＩＣＡＤＰＲ  ＶＰＷＶＫＭＩＬＮＫ  ＬＳＱ（配列番号１０）。
【００８５】
ＭＤＣの検出には、全長ＭＤＣの検出、ならびに、自然に発生する断片、または生体試料中に存在する他のＭＤＣ代謝産物の検出、および、生体試料の処理により生成された断片または他の誘導体の検出が包含される（ただし、そのような断片、代謝産物、または誘導体の検出が、ＭＤＣの検出に特異的である場合に限る）。ＭＤＣ断片は通常、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０アミノ酸か、それ以上の長さである。ＭＤＣの検出はまた、ＭＤＣをコードする核酸（たとえば、ＭＤＣをコードするＲＮＡ、またはそのようなＭＤＣをコードするＲＮＡから、たとえばＲＴ−ＰＣＲを用いて作製されたＤＮＡ）の検出により行われても良い。ＭＤＣの検出には、ＭＤＣ、または生体試料中に存在するその断片の直接的な検出、または間接的な検出（たとえば、抗ＭＤＣ抗体等の抗ＭＤＣ結合パートナーの結合の検出による）が含まれうる。
【００８６】
ある特定の実施形態において、ＭＤＣの検出（たとえば、血清ＭＤＣ検出）には、ＭＤＣに対する抗ＭＤＣ抗体の結合が含まれる。これらの実施形態においては、ＭＤＣに対する、検出可能な標識抗ＭＤＣ抗体の結合が含まれ、それによって、ＭＤＣの検出には、ＭＤＣに結合した抗ＭＤＣ抗体の検出可能な標識を検出することが含まれる。これらの実施形態の他の態様においては、ＭＤＣに抗ＭＤＣ抗体が結合し、次いで、検出可能な標識第二抗体の抗ＭＤＣ抗体への結合が含まれてもよく、それにより、ＭＤＣの検出には、第二抗体の検出可能標識の検出が含まれる。抗ＭＤＣ抗体は、ＭＤＣに特異的に結合する任意の抗体であっても良い。ある特定の態様によれば、抗ＭＤＣ抗体は、市販されている抗ＭＤＣ抗体である（たとえば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、ＰｒｏＳｃｉ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ｌｉｆｅｓｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（登録商標）から入手可能なモノクローナル抗ＭＤＣ抗体もしくはポリクローナル抗ＭＤＣ抗体、または、任意の他の市販抗体）。ある特定の態様において、抗ＭＤＣ抗体は、キットの一部として市販されており、たとえば、液相、または、固相（たとえば、ＥＬＩＳＡ）ベースの、ＭＤＣ単独、または、任意の他の目的のバイオマーカー（たとえば、エオタキシン１（Ｅ１）、エオタキシン３（Ｅ３）、インターロイキン１５（ＩＬ‐１５）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、またはそれらの任意の組み合わせ）と組み合わせた検出のためのキットがある。
【００８７】
ある特定の態様において、対象の試料中に存在するＭＤＣは、表面に間接的に、または直接的に固定され、次いで、検出可能な標識一次抗ＭＤＣ抗体とＭＤＣの結合、または、非標識一次抗体によるＭＤＣの結合と、次いで、検出可能な標識二次抗体による結合が行われる。表面へのＭＤＣの固定化のために、任意の適切な方法を用いてもよい。ある特定の態様においては、表面に付着された抗ＭＤＣ「捕捉」抗体が、対象の試料中に存在するＭＤＣに結合し、それによって、ＭＤＣが表面上に間接的に固定される。他の態様においては、表面に付着されたＭＤＣに特異的な受容体が、対象の試料中に存在するＭＤＣに結合し、それにより、ＭＤＣが表面上に間接的に固定される。固定されると、続いて、ＭＤＣは、任意の簡便な方法（たとえば、検出可能な標識抗ＭＤＣ一次抗体、または非標識抗ＭＤＣ一次抗体と当該一次抗体に結合する検出可能な標識二次抗体を用いた、固相抗体ベースの検出）を用いて、検出されてもよい。
【００８８】
ＩＬ−１５
「インターロイキン１５」または「ＩＬ−１５」とは、インターロイキンファミリーのポリペプチドを指す。ＩＬ−１５は、開裂されて成熟型ポリペプチドを産生するシグナルペプチドを含有するプレポリペプチドとして産生される。ヒトＩＬ−１５の例としては、アクセッション番号Ｎｏ．  Ｐ４０９３３；  ＮＰ＿０００５７６；  ＮＰ＿７５１９１５、およびそれらの天然変異型の酸配列を含有するものが挙げられる。
【００８９】
たとえば、Ｐ４０９３３のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＲＩＳＫＰＨＬＲＳ  ＩＳＩＱＣＹＬＣＬＬ  ＬＮＳＨＦＬＴＥＡＧ  ＩＨＶＦＩＬＧＣＦＳ  ＡＧＬＰＫＴＥＡＮＷ  ＶＮＶＩＳＤＬＫＫＩ  ＥＤＬＩＱＳＭＨＩＤ  ＡＴＬＹＴＥＳＤＶＨ  ＰＳＣＫＶＴＡＭＫＣ  ＦＬＬＥＬＱＶＩＳＬ  ＥＳＧＤＡＳＩＨＤＴ  ＶＥＮＬＩＩＬＡＮＮ  ＳＬＳＳＮＧＮＶＴＥ  ＳＧＣＫＥＣＥＥＬＥ  ＥＫＮＩＫＥＦＬＱＳ  ＦＶＨＩＶＱＭＦＩＮ  ＴＳ（配列番号１１）。
【００９０】
たとえば、ＮＰ＿０００５７６のアミノ酸配列は、以下である（１〜２９残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＲＩＳＫＰＨＬＲＳ  ＩＳＩＱＣＹＬＣＬＬ  ＬＮＳＨＦＬＴＥＡＧ  ＩＨＶＦＩＬＧＣＦＳ  ＡＧＬＰＫＴＥＡＮＷ  ＶＮＶＩＳＤＬＫＫＩ  ＥＤＬＩＱＳＭＨＩＤ  ＡＴＬＹＴＥＳＤＶＨ  ＰＳＣＫＶＴＡＭＫＣ  ＦＬＬＥＬＱＶＩＳＬ  ＥＳＧＤＡＳＩＨＤＴ  ＶＥＮＬＩＩＬＡＮＮ  ＳＬＳＳＮＧＮＶＴＥ  ＳＧＣＫＥＣＥＥＬＥ  ＥＫＮＩＫＥＦＬＱＳ  ＦＶＨＩＶＱＭＦＩＮ  ＴＳ（配列番号１２）。
【００９１】
たとえば、ＮＰ＿７５１９１５のアミノ酸配列は、以下である（１〜２３残基にシグナルペプチドを有する）：ＭＶＬＧＴＩＤＬＣＳ  ＣＦＳＡＧＬＰＫＴＥ  ＡＮＷＶＮＶＩＳＤＬ  ＫＫＩＥＤＬＩＱＳＭ  ＨＩＤＡＴＬＹＴＥＳ  ＤＶＨＰＳＣＫＶＴＡ  ＭＫＣＦＬＬＥＬＱＶ  ＩＳＬＥＳＧＤＡＳＩ  ＨＤＴＶＥＮＬＩＩＬ  ＡＮＮＳＬＳＳＮＧＮ  ＶＴＥＳＧＣＫＥＣＥ  ＥＬＥＥＫＮＩＫＥＦ  ＬＱＳＦＶＨＩＶＱＭ  ＦＩＮＴＳ（配列番号１３）。
【００９２】
ＩＬ−１５の検出には、全長ＩＬ−１５の検出、ならびに、自然に発生する断片、または生体試料中に存在する他のＩＬ−１５代謝産物の検出、および、生体試料の処理により生成された断片または他の誘導体の検出が包含される（ただし、そのような断片、代謝産物、または誘導体の検出が、ＩＬ−１５の検出に特異的である場合に限る）。ＩＬ−１５断片は通常、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、または７０アミノ酸か、それ以上の長さである。ＩＬ−１５の検出はまた、ＩＬ−１５をコードする核酸（たとえば、Ｅ３をコードするＲＮＡ、またはそのようなＩＬ−１５をコードするＲＮＡから、たとえばＲＴ−ＰＣＲを用いて作製されたＤＮＡ）の検出により行われても良い。ＩＬ−１５の検出には、ＩＬ−１５、または生体試料中に存在するその断片の直接的な検出、または間接的な検出（たとえば、抗ＩＬ−１５抗体等の抗ＩＬ−１５結合パートナーの結合の検出による）が含まれうる。
【００９３】
ある特定の実施形態において、ＩＬ−１５の検出（たとえば、血清ＩＬ−１５検出）には、ＩＬ−１５に対する抗ＩＬ−１５抗体の結合が含まれる。これらの実施形態においては、ＩＬ−１５に対する、検出可能な標識抗ＩＬ−１５抗体の結合が含まれ、それによって、ＩＬ−１５の検出には、ＩＬ−１５に結合した抗ＩＬ−１５抗体の検出可能な標識を検出することが含まれる。これらの実施形態の他の態様においては、ＩＬ−１５に抗ＩＬ−１５抗体が結合し、次いで、検出可能な標識第二抗体の抗ＩＬ−１５抗体への結合が含まれてもよく、それにより、ＩＬ−１５の検出には、第二抗体の検出可能標識の検出が含まれる。抗ＩＬ−１５抗体は、ＩＬ−１５に特異的に結合する任意の抗体であっても良い。ある特定の態様において、抗ＩＬ−１５抗体は、市販されている抗ＩＬ−１５抗体である（たとえば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｂｎｏｖａ、Ａｂｇｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、ＰｒｏＳｃｉ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ、Ｌｉｆｅｓｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（登録商標）から入手可能なモノクローナル抗ＩＬ−１５抗体もしくはポリクローナル抗ＩＬ−１５抗体、または、任意の他の市販抗体）。ある特定の態様において、抗ＩＬ−１５抗体は、キットの一部として市販されており、たとえば、液相、または、固相（たとえば、ＥＬＩＳＡ）ベースの、ＩＬ−１５単独、または、任意の他の目的のバイオマーカー（たとえば、エオタキシン１（Ｅ１）、エオタキシン３（Ｅ３）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、またはそれらの任意の組み合わせ）と組み合わせた検出のためのキットがある。
【００９４】
ある特定の態様において、対象の試料中に存在するＩＬ−１５は、表面に間接的に、または直接的に固定され、次いで、検出可能な標識一次抗ＩＬ−１５抗体とＩＬ−１５の結合、または、非標識一次抗体によるＩＬ−１５の結合と、次いで、検出可能な標識二次抗体による結合が行われる。表面へのＩＬ−１５の固定化のために、任意の適切な方法を用いてもよい。ある特定の態様においては、表面に付着された抗ＩＬ−１５「捕捉」抗体が、対象の試料中に存在するＩＬ−１５に結合し、それによって、ＩＬ−１５が表面上に間接的に固定される。他の態様においては、表面に付着されたＩＬ−１５に特異的な受容体が、対象の試料中に存在するＩＬ−１５に結合し、それにより、ＩＬ−１５が表面上に間接的に固定される。固定されると、続いて、ＩＬ−１５は、任意の簡便な方法（たとえば、検出可能な標識抗ＩＬ−１５一次抗体、または非標識抗ＩＬ−１５一次抗体と当該一次抗体に結合する検出可能な標識二次抗体を用いた、固相抗体ベースの検出）を用いて、検出されてもよい。
【００９５】
アルカリホスファターゼ（ＡＰ）
「アルカリホスファターゼ」（または、「ＡＰ」もしくは「ＡＬＰ」）は、ヒト身体全体にわたり、全ての組織に存在している（ただし、特に、肝臓、胆管、腎臓、骨、および胎盤に集中している）酵素を指す。ヒトは、以下のアルカリホスファターゼアイソザイムを含有している：ＡＬＰＩ（腸管に存在するアイソザイム）；ＡＬＰＬ（主に肝臓、骨、および腎臓に存在する、組織非特異的なアイソザイム）；および、ＡＬＰＰ（主に胎盤に存在するアイソザイム）。
【００９６】
ＡＰ検出には、生体試料中に存在するＡＰ、もしくはその断片の直接検出、または、間接的検出（たとえば、試料中のＡＰ酵素活性を検出することによる、または、抗ＡＰ抗体等の抗ＡＰ結合パートナーの結合による）が含まれうる。生体試料が血液試料（たとえば、全血、血液分画（たとえば、血清、血漿））である場合、たとえば、市販の分析方法および試薬を用いたＡＰの酵素活性の分析によるＡＰレベルの検出が特に対象となる。
【００９７】
ＡＰの直接検出には、全長ＡＰの検出、ならびに、自然に発生する断片、または生体試料中に存在する他のＡＰ代謝産物の検出、および、生体試料の処理により生成された断片または他の誘導体の検出が包含される（ただし、そのような断片、代謝産物、または誘導体の検出が、ＡＰの検出に特異的である場合に限る）。ＡＰ断片は通常、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０アミノ酸か、それ以上の長さである。ＡＰの検出はまた、ＡＰをコードする核酸（たとえば、ＡＰをコードするＲＮＡ、またはそのようなＡＰをコードするＲＮＡから、たとえば逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いて作製されたＤＮＡ）の検出により行われても良い。
【００９８】
ある特定の実施形態において、ＡＰの検出（たとえば、血清ＡＰ検出）には、ＡＰに対する抗ＡＰ抗体の結合が含まれる。これらの実施形態の態様においては、ＡＰに対する、検出可能な標識抗ＡＰ抗体の結合が含まれ、それによって、ＡＰの検出には、ＡＰに結合した抗ＡＰ抗体の検出可能な標識を検出することが含まれる。これらの実施形態の他の態様においては、ＡＰに抗ＡＰ抗体が結合し、次いで、検出可能な標識第二抗体の抗ＡＰ抗体への結合が含まれてもよく、それにより、ＡＰの検出には、第二抗体の検出可能標識の検出が含まれる。抗ＡＰ抗体は、ＡＰに特異的に結合する任意の抗体であっても良い。ある特定の態様によれば、抗ＡＰ抗体は、市販されている抗ＡＰ抗体である（たとえば、Ａｂｃａｍ（登録商標）、Ａｂｎｏｖａ、Ａｂｇｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（登録商標）、ＰｒｏＳｃｉ、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ、Ｌｉｆｅｓｐａｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（登録商標）から入手可能なモノクローナル抗ＡＰ抗体もしくはポリクローナル抗ＡＰ抗体、または、任意の他の市販抗体）。ある特定の態様において、抗ＡＰ抗体は、キットの一部として市販されており、たとえば、液相、または、固相（たとえば、ＥＬＩＳＡ）ベースの、ＡＰ単独、または、任意の他の目的のバイオマーカー（たとえば、エオタキシン１（Ｅ１）、エオタキシン３（Ｅ３）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、インターロイキン１５（ＩＬ−１５）、またはそれらの任意の組み合わせ）と組み合わせた検出のためのキットがある。
【００９９】
ある特定の態様において、ＡＰの検出には、表面へのＡＰの固定、次いで、検出可能な標識一次抗ＡＰ抗体とＡＰの結合、または、非標識一次抗体によるＡＰの結合と、次いで、検出可能な標識二次抗体による結合が含まれる。表面へのＡＰの直接的、または間接的な固定化のために、任意の適切な方法を用いてもよい。ある特定の態様においては、表面に付着されたＡＰ「捕捉」抗体が、対象の試料中に存在するＡＰに結合し、それによって、ＡＰが表面上に間接的に固定される。他の態様においては、表面に付着されたＡＰに特異的な受容体が、対象の試料中に存在するＡＰに結合し、それにより、ＡＰが表面上に間接的に固定される。固定されると、続いて、ＡＰは、任意の簡便な方法（たとえば、検出可能な標識抗ＡＰ一次抗体、または非標識抗ＡＰ一次抗体と当該一次抗体に結合する検出可能な標識二次抗体を用いた、固相抗体ベースの検出）を用いて、検出されてもよい。
【０１００】
ある特定の実施形態において、ＡＰの検出は、ＡＰの酵素活性の検出に基づいている。たとえば、対象の生物学的液体中に、または組織中に存在するＡＰのホスファターゼ活性は、適切なＡＰ基質（たとえば、ｐ−ニトロフェニルホスフェート、または他の適切な基質）とＡＰを接触させ、次いで、基質のＡＰ介在性脱リン酸化から生じた検出可能な変化（たとえば、用いられたアッセイが比色アッセイである場合には、色相変化）を検出／定量することにより、分析されても良い。
【０１０１】
対象
本開示方法を用いて、任意の適切な対象における、肝臓疾患（たとえば、炎症性肝臓疾患（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの１以上））の診断を容易に行うことができる。ある特定の態様において、対象は、炎症性肝臓疾患を有している、または、炎症性肝臓疾患を有すると推測されている、または炎症性肝臓疾患を有するリスクがあり、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有する、または有すると推測されている、または有するリスクがある対象が含まれる。そのような対象としては、療法を受けている患者（たとえば、疑わしい炎症性肝臓疾患を治療するための療法、または診断された炎症性肝疾患を治療するための療法、または、炎症性肝疾患（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患）のリスクがある対象を判別する療法を受けている患者）が含まれる。
【０１０２】
ある特定の実施形態において、本発明方法を用いて検証される対象には、肝疾患（たとえば、炎症性肝疾患）の症状を１以上示す、または示している個人が含まれ、および、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上に関連した症状（ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の重複症候群の症状を含む）を示す、または示している個人が含まれる。そのような症状の例としては、たとえば、疲労、右上腹部（ＲＵＱ）の腹痛、吐き気、掻痒、黄疸および／または、肝酵素の任意の異常レベル等の肝疾患の任意の症状の指標が挙げられる。
【０１０３】
ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患のリスクがある対象としては、ＩＢＤを有する者、または、ＩＢＤ、自己免疫性疾患、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣの家族歴を有するものが挙げられる。
【０１０４】
対象は、男性または女性であっても良く、および、肝疾患のいずれかの前症歴があってもなくても良い。いくつかの例において、対象は、ウイルス性肝炎（たとえば、ＨＣＶ）を有していても、有していなくても良く、または、ウイルス性肝炎（たとえば、ＨＣＶ）を有すると推測されていてもよい。一部の例において、対象は、病原体誘導性肝炎に対して、陰性の診断（たとえば、ウイルス性肝炎（たとえば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥ型肝炎；Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス（ＥＢＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）による感染により生じる肝炎）に対して、陰性の診断）、アルコール性肝疾患に対して陰性の診断、および／または、薬物性肝疾患に対して陰性の診断を有するものである。
【０１０５】
ある特定の態様において、本発明方法を用いて、肝疾患を有すると推測されていない対象における、肝疾患（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上当の炎症性肝疾患）の診断が行われる。たとえば、本発明方法を用いて、肝疾患の明らかな臨床症状を示していない対象（たとえば、明らかに健常な対象）における、肝疾患の診断が行われても良い。そのような対象は、病的状態をまったく示していなくても良い（たとえば、標準的なメディカルスクリーニング（または「検査」）を受けている対象）。したがって、ある特定の態様において、本発明方法には、対象が肝疾患の外観上の兆候を示す前に、肝疾患を有する対象を診断する用途が見出される。他の態様において、本発明方法は、詳細不明な病的状態（たとえば、多くの病因に起因しうる病的状態であり、肝疾患はそのような病因のうちのたった１つに過ぎない場合等）を表す対象において、肝疾患を診断するために用いられる。
【０１０６】
生体試料
本発明方法の使用に適した生体試料には、生体液（たとえば、血液試料（たとえば、全血、血液分画（たとえば、血清、血漿）））および他の生物学的起源の液体試料、ならびに、たとえば肝生検試料等の固形組織試料が含まれる。生体試料が血液試料である場合、当該血液試料は、採血されたばかりの血液、または保存血液（たとえば、血液バンクで保存）から得られたものであり得る。生体試料は、明確に本発明方法の分析のために得られた血液試料であっても良く、または、本発明方法の分析のために副次的に採取された、他の目的のために得られた血液試料であっても良い。
【０１０７】
ある特定の態様において、生体試料は、組織切片（たとえば、肝生検切片または、他の対象の切片）であり、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５およびＡＰのうちの１以上が、免疫組織学的（たとえば、免疫蛍光）染色において、またはバイオマーカーｉｎ  ｓｉｔｕ酵素活性（たとえば、ＡＰのホスファターゼ活性）に基づいて、検出される。他の態様において、生体試料は、対象のバイオマーカー（複数含む）が検出される、組織ホモジネートである。
【０１０８】
試料は、たとえば、分析される被分析物（複数含む）に対する、試薬での処置、可溶化、および／または、ある成分の富化等、採取後に処理を受けていても良い。試料は、必要に応じて、適切な緩衝溶液での希釈により前処理がなされていてもよく、所望であれば、濃縮され、または、限定されないが、超遠心、高速液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）による分画化、または沈殿を含む、様々な方法により分画化されても良い。様々な緩衝剤（たとえば、リン酸塩、トリス等）のうちの１つを用いた、生理学的なｐＨにある、任意の多くの標準的な水性緩衝溶液を用いても良い。一般的に、単離された後、試料（たとえば、血液試料）は、分析されるまで、−８０℃で保存される。
【０１０９】
アッセイフォーマットおよび検出法
本発明方法と関連した分析のためのバイオマーカー（たとえば、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５および／またはＡＰ）は、と特に関連深い定量分析および半定量分析に適切な方法で、様々な方法を用いて検出されても良い。分析は、検証されるバイオマーカーの形態に従い、選択されても良い（たとえば、核酸に対するポリペプチド等）。検出法の例としては、限定されないが、特定の結合パートナー（たとえば、抗体）への結合による、バイオマーカーポリペプチドの検出方法（たとえば、ＥＬＩＳＡ（たとえば、非マルチプレックス、マルチプレックス（たとえば、ＬＵＭＩＮＥＸ（登録商標）、ＭＥＳＯ  ＤＩＳＣＯＶＥＲＹ（登録商標）））、フローサイトメトリー等）、質量分光法、質量分光光度法、ＨＰＬＣ、ガスクロマトグラフィー、サイトカイン／ケモカインアレイ（たとえば、核酸またはサイトカイン／ケモカイン結合パートナーを用いる）、ＮＭＲ、ＴＭＡアッセイ、および、ＲＮＡの逆転写、核酸増幅（たとえば、ＰＣＲ，定量リアルタイムＰＣＲ，核酸マイクロアレイ等）を包含する様々なアッセイが挙げられる。
【０１１０】
以下は、本発明方法における使用のための、物質およびアッセイフォーマットの例である。
【０１１１】
バイオマーカー結合試薬を用いた、ポリペプチド検出の方法
本発明方法は、本発明方法は、バイオマーカーポリペプチド（たとえば、抗バイオマーカー抗体）に結合する結合試薬；バイオマーカーポリペプチドに対する受容体のリガンド結合部分を含有する結合試薬等を用いて実施されても良い。抗体が用いられる場合、そのような方法は通常、イムノアッセイと呼称され、様々な異なるフォーマットで実施することができ、その一部を以下の実施例に提示する。
【０１１２】
当業者であれば、任意の適切な結合試薬を本発明のバイオマーカーポリペプチドの検出方法に用いることが出来ることを認識するであろう。たとえば、バイオマーカーポリペプチドに対する受容体、または受容体の少なくともリガンド結合部分を含有する結合試薬を、イムノアッセイにおいて抗体の代わりに用いることができる。バイオマーカーに対する受容体および受容体のリガンド結合部分は入手可能であり、当分野に公知である。たとえば、Ｅ１に結合する受容体としては、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、およびＣＣＲ５が挙げられ；Ｅ３に結合する受容体としては、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５、およびＣＸ３ＣＲ１が挙げられ；ＭＤＣはＣＣＲ４受容体に結合し；ならびに、ＩＬ−１５はＩＬ−１５受容体（たとえば、ＩＬ−１５Ｒα）に結合する。バイオマーカーポリペプチド検出方法は、抗体および「イムノアッセイ」を参照して本明細書において記述されうるが、しかし、そのような参照は単に簡潔性と明確性の目的のためのみであり、限定の意図は無い。
【０１１３】
任意の適切な結合パートナーを、当分野で利用可能な免疫学的方法における抗体の代わりに用いることができることを認識されたい（ただし、アッセイデザインが、バイオマーカーの検出の所望される特異度を適切に保持している場合に限る）。たとえば、受容体、またはそのリガンド結合部分の形態での結合パートナーは、捕捉試薬として用いることができる。そのような実施形態において、結合パートナーに対するバイオマーカーの結合は、たとえば、結合パートナー−バイオマーカー複合体の検出に対して、バイオマーカーに特異的な抗体を用いて検出することができる。他の例において、受容体またはそのリガンド結合部分の形態の結合パートナーは、たとえば、特異的な抗バイオマーカー抗体／バイオマーカー複合体と複合したバイオマーカーを検出するための検出試薬として用いることができる。
【０１１４】
バイオマーカーポリペプチドおよび結合試薬の使用を含むアッセイは通常、患者から得た生体試料中の、結合試薬（たとえば、抗バイオマーカー抗体（たとえば、それぞれの標的抗原に特異的に結合する、抗Ｅ３、抗Ｅ１、抗ＭＤＣ、抗ＩＬ−１５および／またはＡＰ抗体））と、その標的バイオマーカーポリペプチド（たとえば、それぞれ、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５およびＡＰ）の間の結合の検出を含む。
【０１１５】
本発明方法に従う、本開示方法における使用に適した抗体としては、バイオマーカーの任意の適切な領域に結合するものが挙げられる。バイオマーカー検出方法に有用な抗体は、ポリクローナル抗体、またはモノクローナル抗体であっても良い。たとえば、アッセイは、捕捉試薬としてポリクローナル抗体を、そして、検出試薬としてモノクローナル抗体を用いることができる（逆もまた然りである）。抗体は、任意の起源のものであっても良く（たとえば、哺乳類（マウス、ヤギ、ラット等）、非哺乳類（たとえば、ニワトリ等の鳥類））および、任意の方法または方法の組み合わせ（たとえば、宿主（たとえば、非ヒト動物）の免疫化、ポリクローナル血清としての単離、ハイブリドーマ発現モノクローナル抗体、組換え産生等）により産生されてもよい。
【０１１６】
アッセイは、任意の様々なフォーマットで行うことができ、および、定量的に、または半定量的に行われても良い。通常、アッセイは、バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗バイオマーカー抗体）と患者試料の間の特異的結合を、抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗体）と当該バイオマーカーの複合体の存在の有無を検出することにより、測定する。免疫学的方法の例としては、たとえば、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、放射性免疫分析（ＲＩＡ）等が挙げられる。そのような免疫学的方法は、バイオマーカー受容体の少なくともリガンド結合部分を含有するポリペプチドとの使用に、容易に適合させることができる。
【０１１７】
アッセイは、テスト試料からのタンパク質、または抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗バイオマーカー抗体）のいずれかを、不溶性の支持体の表面上に最初に固定することにより行われても良い。適切な支持体は当分野に公知であり、たとえば、免疫アフィニティカラム物質、ポリスチレンビーズ、ラテックスビーズ、磁性ビーズ、コロイド金属粒子、ガラスおよび／またはシリコンチップならびに表面、ニトロセルロースストリップ、ナイロン膜、アッセイプレート（たとえば、マルチウェルプレート）のウェル、テストストリップ、プラスチックチューブ等が挙げられる。不溶性支持体は、様々な物質（たとえば、ガラス、ポリスチレン、塩化ポリビニル、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリカーボネート、デキストラン、ナイロン、アミロース、天然型セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、ならびにアガロース等を含む）のうちの任意のものを含有しても良い。
【０１１８】
支持体への結合は、当該表面の性質に依存して、直接的に、または間接的にのいずれかで、任意の適切な手段により行われても良く、および、共有結合または非共有結合（たとえば、イオン性、疎水性および／または共有結合性相互作用による結合）のいずれかで合っても良い。結合の特定の様式は、試薬および検出方法全体との適合性がある限りは、重要ではない。抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗体）が支持体に結合され、アッセイが、１つの試薬混合物において、試料中の２以上のバイオマーカーを検出するものである場合、異なる位置にあるバイオマーカー結合試薬（たとえば抗原−抗体）複合体の存在の有無が、試料中の対応するバイオマーカーの存在の有無と相関することができるように、支持体上の個別の離れた位置に対して検出されるよう、異なるバイオマーカーに対する結合試薬（たとえば、抗バイオマーカー抗体）に結合することが望ましい。２以上のバイオマーカーが１つの反応混合物中の同じ試料から検出されるアッセイは、多くの場合、「マルチプレックスアッセイ」と呼称される。
【０１１９】
不溶性の支持体は、可溶性物質から容易に分離され、また、試料中のバイオマーカーを検出する方法全体との適合性を有する、任意の適切な物質のものであっても良い。そのような支持体の表面は、固形または多孔性であっても良く、および、任意の適当な形状のものであっても良い。受容体が結合する適切な不溶性の支持体の例としては、ビーズ（たとえば、磁性ビーズ）、ラテックス粒子、膜およびマイクロタイターウェル表面が挙げられる。
【０１２０】
アッセイ支持体に、試料またはその分画を接触させる前に、ポリペプチドまたは抗体により満たされることのない支持体上の部位への、試料または他の反応混合物成分の非特異的結合を減少させるために、不溶性支持体の非特異的結合部位をブロックすることが望ましい。ブロッキング剤の例としては、たとえばウシ血清アルブミン、カゼイン（または他のミルクタンパク質）、ゼラチン等の非干渉性のタンパク質が挙げられる。あるいは、たとえば、Ｔｗｅｅｎ、ＮＰ４０、ＴＸ１００等の、非干渉濃度のいくつかの界面活性剤を用いても良い。
【０１２１】
試料、その分画物または分注物を、別々の支持体に添加しても良く、または、抗バイオマーカー抗体が結合する位置が別々で、離れて分析することが可能な１つの支持体（たとえば、アレイにおいて）へと添加しても良い。分析には、既知量の１以上のバイオマーカーを含有する、別々に分析された試料等である、一連の適切な標準物（たとえば、内部対照（内部対照は、対照から得た生体試料中に存在しても良く、または、既知量の対照を含有するために混合されてもよい）として用いることができるバイオマーカー検出のための試薬等）を含んでも良い。対照は、陽性対照であっても、陰性対照であってもよい。所望の場合、それぞれに対する平均値が得られるように、複数の試料および対照を分析しても良い。
【０１２２】
固定検証試料（または、固定抗バイオマーカー結合試薬）を有する支持体は、抗バイオマーカー結合試薬と（または、支持体が固定抗バイオマーカー結合試薬を有する場合には、検証試料と）、特有のバイオマーカー結合試薬複合体（たとえば、抗原抗体複合体）の形成に十分な時間、インキュベートされる。インキュベートの後、不溶性の支持体は、非結合成分を洗い流してもよい。たとえば、支持体は、適切なｐＨ（通常、７〜８）で、希釈非イオン性洗剤メディウムを用いて洗浄されても良い。所望の場合には、非特異的結合タンパク質の除去が、受容可能なレベルになるまで、洗浄を繰り返しても良い。
【０１２３】
洗浄の後、特定のバイオマーカー結合試薬（たとえば、抗原抗体複合体（「特定の免疫複合体」または「特定のイムノ複合体」とも呼称される））の存在の有無を検出する。検証試料が支持体に固定されている場合、特定の複合体の存在の有無は、たとえば、抗バイオマーカー結合試薬の検出可能な標識の検出により、直接検出される。結合試薬が、検出可能な程度に標識されておらず、および、アッセイに固定検証試料が含まれる場合、特定の複合体は、検出試薬（たとえば、固定検証タンパク質（たとえば、二次抗体（すなわち、抗抗体））に結合した抗体を検出するための、抗体特異的検出試薬）を含有する溶液と試料を接触させることにより検出することができる。検出試薬は、十分な特異度で結合試薬（たとえば、抗体）に結合する任意の化合物であってもよく、それにより、固定結合試薬は、他に存在する成分から識別される。たとえば、検出試薬は、抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、バイオマーカー受容体、抗体）に対して特異的な抗体であっても良い。検出試薬が抗体である場合、当該抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル血清（たとえば、ヤギ抗マウス抗体、ウサギ抗マウス抗体等）であっても良い。
【０１２４】
検出試薬を標識して、直接的な、または間接的な結合検出を容易にすることができる。適切な検出可能な標識としては、分光法、光化学的方法、生化学的方法、免疫化学的方法、電気的方法、光学的方法または化学的方法により検出可能な任意の組成物が挙げられる。例としては、限定されないが、磁性ビーズ、蛍光色素（たとえば、フルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質等）、放射性標識（たとえば、３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または、３２Ｐ）、酵素（たとえば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、およびその他、酵素結合免疫吸着分析法（ＥＬＩＳＡ）において通常用いられているもの）、および、たとえば金コロイドまたは着色ガラスまたはプラスチック（たとえば、マルチスチレン、マルチプロピレン、ラテックス等）ビーズ等の非色分析用標識が挙げられる。結合の間接的な測定を可能とする標識の例としては、基質が、着色された産物、または蛍光産物をもたらしうる酵素が挙げられる。たとえば、検出試薬は、適切な基質の添加の後に、検出可能な産物シグナルを発することができる、共有結合された酵素で標識された抗体であっても良い。複合体における使用に適した酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、リンゴ酸脱水素酵素等が挙げられる。市販されていない場合は、そのような抗体−酵素複合体は、当分野公知の技術により容易に作製することができる。
【０１２５】
あるいは、検出試薬は、標識されていなくても良い。この場合、第一の検出試薬に特異的な、標識された第二の検出試薬が用いられ、当該第二の検出試薬は、上述の方法のいずれかで標識することができる。複数の化合物が、結合された第二の受容体の各分子に結合するように、そのような化合物が選択されても良い。第二の検出試薬／第一の検出試薬の特異的なペアの例としては、抗体／抗抗体および、アビジン（またはストレプトアビジン）／ビオチンが挙げられる。得られたシグナルは増幅されるため、本技術は、少量のバイオマーカーのみが存在する可能性がある場合、または、バックグラウンドの数値（たとえば、非特異的結合）が受容できないほどに高い場合に、特に用途がある。実施例は、第一の検出試薬に特異的な標識抗体を用いている。
【０１２６】
抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗体）が支持体に固定されている場合、特定の複合体の形成は、特定のバイオマーカー結合試薬複合体の存在の有無を検出するための抗体を用いて行うことができる。検出抗体は、固定された抗体と同じであっても、異なっていても良い（ただし、検出抗体が結合するエピトープが、固定抗バイオマーカー結合試薬との複合体中にバイオマーカーがある場合に、検出抗体の結合に利用可能である場合に限る）。上述のように、検出抗体は、標識されていても、標識されていなくてもよく、および、固定抗バイオマーカー結合試薬‐バイオマーカー−検出抗体の特定の複合体の形成は、直接的に（たとえば、検出抗体上の検出可能な標識により）、または間接的に（たとえば、複合体中の検出抗体を検出する第三の試薬の使用により）、検出されても良い。
【０１２７】
特定の複合体の結合が可能となるのに十分な時間、試薬とインキュベートした後、非特異的に結合した検出試薬（複数含む）を減少させるため、不溶性の支持体を、再度、洗浄しても良い。洗浄の後、固定複合体により産生されたシグナルを、当該アッセイのフォーマットに適合している任意の適切な手段により検出する。たとえば、酵素複合体を用いている場合、検出可能な産物を形成させるために、適切な酵素基質を投入する。たとえば、酵素複合体中のペルオキシダーゼが検出物中に含まれている場合、基質は通常、過酸化水素とＯ−フェニレンジアミンの組み合わせであり、それらにより、適切な反応条件下で、着色された産物が生じる。他の酵素複合体（たとえば、上述のもの）に対する適切な基質は当分野の当業者に公知である。適切な反応条件、ならびに、様々な有用複合体またはその産物の検出のための手段もまた、当分野の当業者に公知である。
【０１２８】
抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗体）の結合の有無は、用いられている検出可能な標識と適合性のある様々な方法により測定されても良い（たとえば、顕微鏡、ラジオグラフィー、シンチレーション計測等）。一般的に、特定の結合試薬−バイオマーカー複合体のレベルは、１以上の対照試料のレベルと比較され、結果を評価して、診断を行う。対照試料を並行して処理し、比較目的のための標準値として提示される、対照レベル、または、対照レベル中の特定の複合体のレベルを提示する。
【０１２９】
本明細書に記述されるアッセイは、様々な形態で行われても良い。例示的な形態としては、限定されないが、競合結合アッセイ（抗バイオマーカー結合試薬（たとえば、抗体）との結合が競合する、競合タンパク質が異なる量で存在する中で、複合体の形成が行われる）が挙げられる。競合分子が標識され、前述のように検出されてもよく、競合結合の減少は、試料中に存在するバイオマーカーのレベルに比例する。
【０１３０】
検出アッセイは、溶液中で行われても良い。たとえば、抗バイオマーカー結合試薬（複数含む）は、検証試料（たとえば、血清または他の任意の目的の検証試料）と混合され、抗バイオマーカー抗体（複数含む）およびバイオマーカー（複数含む）の免疫複合体が検出されても良い。
【０１３１】
質量分光法
本発明の方法は、他の検出技術により行われても良い。たとえば、質量分光アッセイを、生体試料中のバイオマーカー（複数含む）の検出に適用させても良い。質量分光法に基づいた方法は、バイオマーカーの質量における差異を活用し、検出を容易にするものである。質量分光法は、免疫アッセイと組み合わせても良く、たとえば、最初に特異的なバイオマーカー抗体免疫複合体を形成させ、質量分光法により特異的免疫複合体の有無を検出する。たとえば、抗バイオマーカー抗体を用いて、目的のバイオマーカー（たとえば、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、および／または、ＩＬ−１５）を捕捉しても良い。抗バイオマーカー抗体は、たとえば、ビーズ、プレート、膜またはチップ等の支持体に固定されても良い。固定されなかった物質を洗い流した後、捕捉されたバイオマーカーを、質量分光法により検出しても良い。質量分光法の例としては、飛行時間、磁気セクタ、四重極型フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクタ分析器、およびこれらの組み合わせがある。
【０１３２】
質量分光法データの分析は、入手可能な方法により行うことができる。たとえば、飛行時間質量分光法による非分析物の分析により、飛行時間（ＴＯＦ）スペクトルが生成される。通常通りに最終的に分析されたＴＯＦスペクトルは、試料に対するイオン化エネルギーの単一パルス由来のシグナルを示さず、むしろ、多くのパルスからのシグナルの総計を示す。これによりノイズが減少し、ダイナミックレンジが増加する。このＴＯＦデータを、ついて、データ処理に供してもよい。たとえば、ＣｉｐｈｅｒｇｅｎのＰＲＯＴＥＩＮＣＨＩＰ（登録商標）のソフトウェアにおいて、データ処理は通常、質量スペクトルを生成するためのＴＯＦ−ｔｏ−Ｍ／Ｚの変換、機器補正値を排除するためのベースラインの差引、および、高周波ノイズを減少させるための高周波ノイズフィルタリングを含む。
【０１３３】
質量分光法により生成されたデータは、プログラム制御されたコンピューターを使用して分析されても良い。コンピュータープログラムにより、検出されたバイオマーカーの数、シグナルの強度（バイオマーカー量の指標）、および検出された各バイオマーカーに対する決定分子量を示すためのデータ分析プログラムが実行される。データ分析には、バイオマーカーのシグナル強度を測定するステップ、および、前もって測定された統計的分布から逸脱しているデータを除去するステップが含まれ得る。たとえば、観察されたピークは、いくつかの基準に対して、各ピークの高さを算出することにより、正規化されても良い。
【０１３４】
コンピューターは、得られたデータを、表示のために様々なフォーマットへと転換させることができる。標準的なスペクトルを表示させても良いが、１つの便利なフォーマットでは、ピークの高さおよび質量の情報のみをスペクトルビューに留めることにより、綺麗な画像が得られ、ほとんど同一の分子量を有するバイオマーカーがより見やすくなる。他の便利なフォーマットでは２以上のスペクトルが比較され、一意のバイオマーカー、および試料間で上方制御または下方制御されているバイオマーカーが便宜的に強調されている。これらのフォーマットのうちの任意のものを用いることにより、特定のバイオマーカーが試料中に存在しているか否かを容易に決定することができる。
【０１３５】
一般的に、分析には、被分析物からのシグナルを表すスペクトル中のピークの特定が含まれる。ピーク選択は視覚的に行われても良いが、ＣｉｐｈｅｒｇｅｎのＰＲＯＴＥＩＮＣＨＩＰ（登録商標）ソフトウェアパッケージの一部としてソフトウェアが利用可能であり、ピークの検出が自動的になされる。概して、このソフトウェアは、選択された閾値より上にあるシグナルとノイズの比率を有するシグナルを特定し、ピークシグナルの重心でのピーク質量を標識することにより機能する。このソフトウェアの１つのバージョンでは、既定質量範囲内にある様々なスペクトル中に現れる全てのピークをクラスター化し、質量（Ｍ／Ｚ）クラスターの中間点に近いすべてのピークに対して質量（Ｍ／Ｚ）を割り与える。
【０１３６】
データを分析するために用いられるソフトウェアは、シグナルが、本発明によるバイオマーカーに対応するシグナルのピークを表しているかどうかを決定するために、アルゴリズムをシグナル分析に適用するコードを含んでも良い。また、ソフトウェアは、観察されたバイオマーカーのピークに関するデータを分類ツリーまたはＡＮＮ分析に供し、検査中の特定の臨床パラメーターの状態を示すバイオマーカーのピークまたはバイオマーカーのピークの組み合わせが存在しているか否かを決定することができる。データの分析は、得られた様々なパラメーターに対し、直接的または間接的のいずれかで、試料の質量分光分析から「適合化」されていても良い。これらのパラメーターとしては、限定されないが、１以上のピークの存在の有無、ピークまたはピーク群の形状、１以上のピークの高さ、１以上のピークの高さのログ（対数）、および他の、ピーク高データの計算操作が挙げられる。
【０１３７】
バイオマーカーをコードする核酸の検出
バイオマーカーの検出はまた、バイオマーカーをコードする核酸の検出を行い、バイオマーカーの発現レベルを評価することにより行われても良い。対象の標的配列の発現レベルの検出方法は当分野に公知であり、Ｅ１、Ｅ３、ＭＤＣ、ＩＬ−１５および／またはＡＰの検出発現レベルに、本発明方法に容易に適用することができる。
【０１３８】
たとえば、生体試料から単離されたｍＲＮＡをハイブリダイゼーションアッセイまたは増幅アッセイ（限定されないが、サザン分析、またはノーザン分析、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）分析およびプローブアレイを含む）において用いることができる。ｍＲＮＡレベルの検出の１つの方法としては、単離されたｍＲＮＡを、バイオマーカーをコードする核酸にハイブリダイズすることができる核酸分子（たとえば、そのようなｍＲＮＡからＰＣＲ増幅することにより作製されたｍＲＮＡまたはＤＮＡ）と接触させることが含まれる。核酸プローブはたとえば、全長ｃＤＮＡまたはその一部であっても良く、たとえば、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０または５００ヌクレオチドの長さであり、ストリンジェントな条件下で、バイオマーカーをコードする核酸に十分に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。
【０１３９】
１つの実施形態において、生体試料由来のｍＲＮＡは、固体表面に固定され、プローブに接触される。別の実施形態において、プローブ（複数含む）は固体表面に固定され、生体試料から単離されたｍＲＮＡが、当該プローブ（複数含む）と接触する（たとえば、アレイフォーマット等）。
【０１４０】
試料中のバイオマーカーの発現レベルの検出方法には、任意の適切な核酸増幅法（たとえば、ＲＴ−ＰＣＲ、リガーゼ鎖反応、または他の任意の核酸増幅法）が含まれても良く、次いで、当分野の当業者公知の技術を用いて増幅した分子の検出が行われる。１つの例において、バイオマーカーの発現は、定量的蛍光性ＲＴ−ＰＣＲ（たとえば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）を用いる）により評価される。そのような方法では通常、バイオマーカーをコードする核酸に特異的なオリゴヌクレオチド対が用いられる。公知の配列に特異的なオリゴヌクレオチド対を設計する方法は当分野に公知である。
【０１４１】
マイクロアレイを用いて、バイオマーカーの発現を検出してもよい。そのような実施形態において、固定された捕捉プローブを有するマイクロアレイが、アドレス可能な位置でアレイ表面に提示される。生体試料由来のＲＮＡ（または、ＲＮＡの増幅により作製されたＤＮＡ）は、アレイ上の相補的なプローブにハイブリダイズし、ハイブリダイズされた複合体が検出される。アレイ上の各プローブに対するハイブリダイゼーションの強度が測定され、相対遺伝子発現レベルを表す値へと転換されても良い。
【０１４２】
組成物
本発明により、たとえば本発明方法の実施における使用の用途が見出される組成物が提示される。ある特定の態様において、組成物には、対照のバイオマーカーを検出するための剤（たとえば、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５またはＡＰ検出剤）が含まれる。Ｅ３に関しては、たとえば、検出剤は、対照の試料中のＥ３検出に有用な任意の剤であっても良く、限定されないが、抗Ｅ３抗体、（たとえば、定量的ＰＣＲアッセイにおいて）Ｅ３をコードする核酸を増幅させるためのプライマー対、Ｅ３にハイブリダイズする検出可能な剤（たとえば、プローブ）等が挙げられる。ある特定の態様において、組成物には、対象の生体試料から抽出された核酸（たとえば、肝生検試料、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、全血試料、血清または血漿からの核酸抽出物）が含まれる。そのような組成物には、たとえば、ＰＣＲアッセイ（たとえば、ｑＰＣＲアッセイ）、転写調節増幅（ＴＭＡ）アッセイ、または他の簡便な核酸増幅を基にしたバイオマーカー検出アッセイ、ならびに、液相または固相核酸ハイブリダイゼーションアッセイ（たとえば、核酸アレイを用いて）等の核酸増幅における用途が見いだされる。Ｅ３検出剤に加え、本発明の組成物には、対象の１以上の追加のバイオマーカーの検出に有用な１以上の検出剤が含まれ得る。そのような追加の検出剤に、限定されないが、エオタキシン１（Ｅ１）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、インターロイキン１５（ＩＬ−１５）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）またはそれらの任意の組み合わせの検出のための１以上の剤（たとえば、抗体またはプライマー対）が含まれ得る。たとえば、組成物は、Ｅ３検出剤およびＥ１検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤およびＭＤＣ検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤、ＭＤＣ検出剤およびＩＬ−１５検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤、ＭＤＣ検出剤、ＩＬ−１５検出剤およびＡＰ検出剤が含まれ得る。
【０１４３】
ある特定の実施形態によれば、組成物は、任意選択的に、Ｅ３検出剤；または、Ｅ３検出剤およびＥ１検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤およびＭＤＣ検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤、ＭＤＣ検出剤およびＩＬ−１５検出剤；または、Ｅ３検出剤、Ｅ１検出剤、ＭＤＣ検出剤、ＩＬ−１５検出剤およびＡＰ検出剤に加えて、バイオマーカーシグナルの定量を促進および制御するために、対照（たとえば、ハウスキーピング）タンパク質または核酸のための検出剤以外のいかなる検出剤をも含まない。
【０１４４】
本発明の組成物は、対象（たとえば、肝疾患を有すると推測されている対象、標準的なメディカルスクリーニングを受けている明らかに健常な対象、調査中の詳細不明の病的状態を有する対象、対照の対象、または他の対象）、または対照試料（たとえば、アッセイで検出される各バイオマーカーを混入された、健常者由来の血清を含む基準対照等の、対照を提示する目的のために１以上の対象のバイオマーカーが存在している（たとえば、添加されている）血清、緩衝液等）由来の生体試料が含まれ得る。たとえば、ある特定の態様において、組成物には、Ｅ３検出試薬（たとえば、抗Ｅ３抗体）および、肝疾患（たとえば、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）またはそれらの任意の組み合わせ等の疾患）を有していると推測されている対象由来の、血清試料、血漿試料、または全血試料が含まれる。上述のように、組成物にはさらに、たとえば、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰまたはそれらの任意の組み合わせに有用な検出剤等の、追加の対象バイオマーカーを検出するための１以上の剤を含んでも良い。
【０１４５】
ある特定の態様において、本発明の組成物は、たとえば保管容器および／またはアッセイ容器等の容器内に存在している。当該容器は、たとえば、Ｅ３検出剤（たとえば、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰまたはそれらの任意の組み合わせのための１以上の検出剤との組み合わせでの）の補完のための、簡便な任意の容器、または、Ｅ３および対象の任意の追加のバイオマーカー（たとえば、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰまたはそれらの任意の組み合わせ）を検出するための検出アッセイ（たとえば、液相ベースのアッセイまたは固相ベースのアッセイ）を実行するための簡便な任意の容器であっても良い。対象の容器は、チューブ（たとえば、任意のサイズ（たとえば、０．２ｍｌ〜１５ｍｌの範囲にある、たとえば、０．２ｍｌ、０．５ｍｌ、１．０ｍｌ、１．５ｍｌ、２．０ｍｌ、５ｍｌ、１０ｍｌ、１５ｍｌ等）のチューブ）、および物質（たとえば、ポリプロピレンまたは、当該組成物の保存または使用に適した任意の他の物質）を含む。ある特定の態様において、組成物は、たとえば、チューブの１次元アレイまたは２次元アレイ等の、一連のチューブである容器中に存在する（たとえば、チューブのストリップ、または、「プレート」形式中のチューブ（たとえば、２４ウェル、４８ウェル、９６ウェル、３８４ウェル、または他の簡便なプレート形式））。
【０１４６】
ある特定の実施形態において、組成物は、平面基盤上に配置されている（たとえば、ウェル、チップ（たとえば、マイクロ流体チップ）等の底面）。組成物が基盤上に配置される場合、組成物中に存在する任意の検出剤（たとえば、任意選択的に、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５および／またはＡＰ検出剤のうちの任意の１つ以上と組み合わせた、Ｅ３検出剤）は、基板上に配置された溶液または懸濁液中に存在していてもよく、または、基盤に付着されていても良い（たとえば、基盤表面への直接的な付着、または、リンカー部分（たとえば、抗体（たとえば、抗種抗体）または他の適したリンカー部分）を介した付着）。そのような組成物には、たとえば、対象の１以上のバイオマーカーの検出のための固相アッセイ（たとえば、ＥＬＩＳＡベースの固相タンパク質検出アッセイ、または非酵素ベースの固相タンパク質検出アッセイ、固相核酸増幅等）の実施における用途が見出される。
【０１４７】
炎症性肝疾患の診断方法
本開示方法により、自己免疫性肝炎（ＡＩＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）のうちの１以上の肝疾患の診断を容易にするための方法が提示される。以下に詳述されるように、診断には、１）対象がＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有しているかどうかを評価すること、および、健常者またはＨＣＶ感染者から対象を鑑別すること；２）個人がＰＳＣを有しているかどうかを評価すること（たとえば、ＡＩＨまたはＰＢＣのうちの１つまたは両方の対照として）；および／または３）個人がＡＩＨを有しているかどうかを評価すること（たとえば、ＰＢＣまたはＰＳＣのうちの１つまたは両方の対照として）、のうちの１以上が包含される。これらの方法を以下に詳述する。
【０１４８】
概して、当該方法には、患者由来の生体試料中のバイオマーカー（たとえば、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよび／またはＩＬ−１５、ならびに、任意選択的に、ＡＰ）のレベルを分析すること、および、対照バイオマーカーのレベルと、検証バイオマーカーのレベルを比較することが含まれる。「対照バイオマーカーレベル」（本明細書において、「カットオフ値」または「バイオマーカー閾値」とも呼称される）は、試料中のバイオマーカーレベルが対照レベルを超えると、個人における第二の状態の可能性が増加することを示すように、第一の状態および第二の状態の間（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患を有しない個人と、そのような肝疾患を有する個人の間）を識別するために用いられるバイオマーカーのレベルを指す。ゆえに、「対照バイオマーカーレベル」または「バイオマーカー閾値」は、前もって選択された特異度および／または感度で、検証された個人に存在する疾患の可能性を、検証された個人に存在しない疾患の可能性から識別する、近似値であるアッセイ値（たとえば、バイオマーカーの量、バイオマーカー量の比（たとえば、Ｅ１／Ｅ３比）等）を指す。
【０１４９】
以下の実施例に解説されるように、ＨＣＶ感染は、必ずしも、または著しく本発明のアッセイの感度および／または特異度を損ねるものではないため、対照バイオマーカーレベルを既定するために用いられた個人は、健常者、ＨＣＶ感染者、またはその組み合わせであっても良い。
【０１５０】
たとえば、対照バイオマーカーレベルは、健常者のバイオマーカーレベルであっても良く、または、アッセイが、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣ間の診断を容易にするものである場合には、対照バイオマーカーレベルは、肝疾患に関連したバイオマーカーレベルであっても良い（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣに関連したＥ３のレベル；肝疾患（たとえば、ＰＳＣを有する）に関連したＡＰのレベル；ＰＳＣとＡＩＨまたはＰＢＣの間の鑑別診断を容易にするための、ＰＢＣに関連したＭＤＣのレベル；または、ＡＩＨとＰＢＣまたはＰＳＣの間の鑑別診断を容易にするためのＰＳＣに関連したＩＬ−１５のレベル）。
【０１５１】
たとえば、バイオマーカーの閾値は、所望の感度で罹患した対象を検出するバイオマーカーの近似レベルを表してもよい（たとえば、少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも７０％、または少なくとも８０％かそれ以上）。ゆえに、たとえば、閾値よりも高いバイオマーカーレベルを有する個人は、その疾患に対する診断が陽性となる可能性が、少なくとも約６０％またはそれ以上である。
【０１５２】
対照または閾値に関する正確な数値は、バイオマーカーの検出に用いられたアッセイのタイプおよび試薬で変化しうる。たとえば、本明細書に記述されるＥ３、Ｅ１とＥ３の比率、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、およびＡＰに対する対照値は、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｃｏｍｐａｎｙ社のマルチプレックスＥＬＩＳＡキットおよび血清試料を用いて得られたアッセイ値に基づいている。しかしながら、用いたアッセイおよび試薬に関わらず、バイオマーカーの閾値または対照値と、疾患状態の可能性（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上；ＡＩＨおよびＰＢＣに対するＰＳＣの鑑別診断；ＰＳＣおよびＰＢＣに対するＡＩＨの鑑別診断）の間の相関は、用いたアッセイおよび試薬に関わらず、存在する。ゆえに、検証試料が、同じ一般型のアッセイプラットフォームおよび試薬（たとえば、ポリペプチドアッセイ、核酸アッセイ）を用いてバイオマーカー（たとえば、Ｅ１、Ｅ３、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰ）を分析する限りにおいては、および、通常好ましくは、バイオマーカー（それぞれ、Ｅ１、Ｅ３、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰ）の対照値／閾値を測定するために用いたアッセイプラットフォームおよび試薬と同じ感度のアッセイプラットフォームおよび試薬（たとえば、ポリペプチドアッセイ、核酸アッセイ）を用いてバイオマーカー（たとえば、Ｅ１、Ｅ３、ＭＤＣ、ＩＬ−１５、ＡＰ）を分析する限りにおいては、本発明方法が基づく実験結果は、維持されている。
【０１５３】
ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患の診断
本発明により、対照が、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有しているかどうかを評価する方法が提示される。概して、本方法には、患者由来の生体試料中のＥ３レベルの検出が含まれる。
【０１５４】
次いで、Ｅ３レベルを用いて、対照Ｅ３レベルに対して当該Ｅ３レベルを比較することにより、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の診断を行う。試料中のＥ３レベルが対照Ｅ３レベルよりも高ければ、患者に、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患が存在する可能性が高い。Ｅ３レベルの分析を含む方法を用いて、たとえば、可能性のある肝疾患の１以上の症状を示しうる対象における診断を容易に行うことができる。
【０１５５】
対照Ｅ３レベル（Ｅ３閾値またはＥ３カットオフ値とも呼称される）は、本明細書に記述されるように測定されてもよく（たとえば、統計分析の適用を介して、対照群におけるＥ３レベルを分析することによる）、それにより、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患を有する患者の少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％またはそれ以上で現れるＥ３のレベルが特定される。
【０１５６】
対照Ｅ３レベルの値は、当分野公知の試薬および方法を用いて容易に決定することができ、および、用いたアッセイおよび用いた生体試料で変化しうる。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合、対照Ｅ３レベルは、約１８〜４５ｐｇ／ｍｌ血清、約１８〜４０ｐｇ／ｍｌ血清、約１８〜３５ｐｇ／ｍｌ血清、約１８〜２８ｐｇ／ｍｌ血清、約２０〜４５ｐｇ／ｍｌ血清、約２０〜４０ｐｇ／ｍｌ血清、約２０〜３５ｐｇ／ｍｌ血清、約２０〜２８ｐｇ／ｍｌ血清、約２３〜４５ｐｇ／ｍｌ血清、約２３〜４０ｐｇ／ｍｌ血清、約２３〜３５ｐｇ／ｍｌ血清、約２３〜２８ｐｇ／ｍｌ血清、約２５〜４５ｐｇ／ｍｌ血清、約２５〜４０ｐｇ／ｍｌ血清、約２５〜３５ｐｇ／ｍｌ血清、約２５〜２８ｐｇ／ｍｌ血清、約１８ｐｇ／ｍｌ血清、約２０ｐｇ／ｍｌ血清、約２３ｐｇ／ｍｌ血清、約２５ｐｇ／ｍｌ血清、約２８ｐｇ／ｍｌ血清、約３０ｐｇ／ｍｌ血清、約３５ｐｇ／ｍｌ血清、約４０ｐｇ／ｍｌ血清、または、約４５ｐｇ／ｍｌ血清であっても良く、高い検証Ｅ３レベルが対照Ｅ３レベルよりも高ければ、ＡＩＨ、ＰＳＣまたはＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断となる。
【０１５７】
所望される感度（たとえば、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上）および所望される特異度（たとえば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上）で、ＡＩＨ、ＰＳＣまたはＰＢＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を容易にするための、本発明に従うＥ３レベルを用いたアッセイおよびアルゴリズム。
【０１５８】
ＰＳＣの診断
本発明方法により、対象（たとえば、肝疾患を有すると推測される対象、標準的なメディカルスクリーニングを受けている、明らかに健常な対象、調査中の詳細不明な病的状態を有する対象、または、他の目的の対象）が、たとえば、ＡＩＨおよびＰＢＣに対する鑑別診断として、対象由来の生体試料中のＥ３、Ｅ１、ＭＤＣおよびＩＬ−１５のレベルを評価することにより、ＰＳＣを有するかどうかを評価する方法が提示される。本発明方法はまた、対象由来の生体試料中のＥ３およびアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを評価することにより、ＰＳＣ（たとえば、ＡＩＨの診断およびＰＢＣの診断がすでに除外されている場合）を有していると推測されている対象における、ＰＳＣの診断を容易にするための方法が提示される。これらの方法を、以下に詳述する。
【０１５９】
ＰＳＣを診断する方法
本発明方法により、対象（たとえば、肝疾患を有すると推測される対象、標準的なメディカルスクリーニングを受けている、明らかに健常な対象、調査中の詳細不明な病的状態を有する対象、または、他の目的の対象）が、ＰＳＣを有しているかどうか（たとえば、ＡＩＨおよびＰＢＣに対する鑑別診断として）を、対象由来の生体試料中のＥ３、Ｅ１およびＭＤＣのレベルを評価することにより、評価する方法が提示される。そのような方法において、肝疾患を有すると推測されている対象におけるＰＳＣの診断は、対象由来の生体試料中のＥ３のレベル、Ｅ１のレベル、およびＭＤＣのレベルを検出することによりなされる。Ｅ１およびＥ３のレベルを用いて、Ｅ１とＥ３のレベルの比率を算出しても良い。アルゴリズムにおいて用いられるＥ１およびＥ３のレベルの比率は、Ｅ１／Ｅ３比、または（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）として算出されても良い。Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３のレベルの比率（Ｅ１／Ｅ３比率、または（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００））、および、ＭＤＣのレベルを用いて、本方法により、ＰＳＣの診断が容易となる。本方法は、ＡＩＨおよびＰＢＣの両方に対するＰＳＣの鑑別診断、ならびに、ＨＣＶ感染者および健常対照からのＰＳＣの鑑別診断の実施に特に有用である。Ｅ３レベルが対象Ｅ３レベルよりも高く、および、Ｅ１／Ｅ３の比率がＥ１とＥ３の対照比率（対照Ｅ１／Ｅ３、または対照（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値）よりも高く、および、ＭＤＣレベルが対照ＭＤＣレベルよりも高い場合には、肝疾患がＰＳＣである（ＰＢＣ、ＡＩＨ、ＨＣＶ感染または健常者ではない）可能性が高いことが示唆される。検証Ｅ１およびＥ３の値がＥ３／Ｅ１としてＥ１とＥ３の比率を算出するために用いられる場合、用いられる対照値は、対照Ｅ３／Ｅ１であり、検証Ｅ１およびＥ３の値が（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）としてＥ１とＥ３の比率を算出するために用いられる場合、用いられる対照値は、対照（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値であることを理解されたい。参照しやすいように、Ｅ３／Ｅ１比率または対照Ｅ３／Ｅ１比率に対する基準は、限定を意図しておらず、むしろ、（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）または対照（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値の別の用途を予期させるものであることを理解されたい。ゆえに、たとえば、Ｅ３／Ｅ１の比率に対する明細書の記載全体にわたる基準は、（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値の別の用途もまた予期するものである。
【０１６０】
ＰＳＣの診断を容易にするために用いられる対照Ｅ３のレベルは、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を容易に行うためのアッセイの文脈における、上述の対照Ｅ３レベルであっても良い。
【０１６１】
Ｅ１およびＥ３のレベルの対照比率
Ｅ１およびＥ３レベルの対照比の値（Ｅ３／Ｅ１比閾値（（Ｅ１／Ｅ３ｘ１００）閾値）またはＥ３／Ｅ１カットオフ値（（Ｅ１／Ｅ３ｘ１００）カットオフ値）とも呼称される）は、本明細書に記述されるように、たとえば、統計分析を適用し、患者群におけるＥ３レベルとＥ１レベルを分析することにより測定されてもよく、それによって、対照Ｅ１レベルと対照ＭＤＣレベルとともにアルゴリズムに適用された際に、群内のＰＳＣ患者の少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも７０％、または少なくとも８０％かそれ以上を特定するＥ１とＥ３のレベルの比率を特定することができる。
【０１６２】
Ｅ１およびＥ３の対照比に対する値は、当分野公知の試薬および方法を用いて容易に決定することができ、用いられるアッセイ、および用いられる生体試料により変化しうる。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合、対照のＥ１／Ｅ３の比率は、約１０〜２５、約１０〜２０、約１５〜２０、約１５〜２５、約１０、約１５、約２０、または約２５であり得る。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合、対照（Ｅ１／Ｅ３ｘ１００）値は、約５〜８、約５〜７、または約５、６もしくは７であり得る。
【０１６３】
対照ＭＤＣレベル
対照ＭＤＣレベルは、ＭＤＣ閾値であっても良い。ＭＤＣ閾値は、本明細書に記述されるように、たとえば、統計分析を適用し、患者群におけるＭＤＣのレベルを分析することにより、決定することができ、それによって、ＡＩＨまたはＰＢＣではなく、ＰＳＣを有する患者の少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％かそれ以上に現れるＭＤＣのレベルを特定することができる。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合ＭＤＣの閾値は、約２，５００〜３，０００ｐｇ／ｍｌ血清、または約２，８００ｐｇ／ｍｌ血清であっても良い。
【０１６４】
対照ＭＤＣレベルの値は、本明細書に記述されるように、たとえば、統計分析を適用し、患者群におけるＭＤＣのレベルを分析することにより測定することができ、それによって、対照Ｅ１レベル、および、対照Ｅ１と対照Ｅ３レベルの比率と共にアルゴリズムに適用した場合に、所望される感度（たとえば、少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも７０％または少なくとも８０％かそれ以上）で、群内のＰＳＣ患者を特定する、ＭＤＣのレベルを特定することができる。
【０１６５】
対照ＭＤＣのレベルの値は、当分野公知の試薬および方法を用いて容易に決定することができ、および、用いられるアッセイおよび用いられる生体試料で変化しうる。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合、対照ＭＤＣのレベルは、約２０００ｐｇ／ｍｌ〜３０００ｐｇ／ｍｌ血清、約２５００ｐｇ／ｍｌ〜３０００ｐｇ／ｍｌ、約２８００ｐｇ／ｍｌ、または約３０００ｐｇ／ｍｌであっても良い。
【０１６６】
Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、およびＭＤＣレベルを用いた、本発明に従うアッセイならびにアルゴリズムは、ＨＣＶ感染対照、健常対照、ＡＩＨ罹患者およびＰＢＣ罹患者と比較して、所望される感度（たとえば、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、または少なくとも８０％かそれ以上）、または、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％かそれ以上の特異度で、ＰＳＣの診断を容易に行うことができる。Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、およびＭＤＣレベルを用いた、本発明に従うアッセイは、所望される感度（たとえば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％かそれ以上）で、ＡＩＨに対する、ＰＳＣの鑑別診断を容易に行うことができる。Ｅ３レベル、Ｅ１とＥ３レベルの比率、およびＭＤＣレベルを用いた、本発明に従うアッセイは、所望される特異度（たとえば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％かそれ以上）で、ＰＢＣに対する、ＰＳＣの鑑別診断を容易に行うことができる。
【０１６７】
ＰＳＣ、ＰＢＣおよびＡＩＨのうちの１つ以上の肝疾患を有すると推測されている対照における、Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣのレベルを用いた、ＰＳＣ検出のためのアルゴリズム
Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証値の分析のためのアルゴリズムは、上述の対照値のいずかを用いてもよく、以下に概略的に記述されうる：
【０１６８】
（Ｅ３＞Ｘ）＋（Ｅ１／Ｅ３＞Ｙ）＋（ＭＤ  ＞Ｚ）  （アルゴリズムＩ）
【０１６９】
または、
【０１７０】
（Ｅ３＞Ｘ）＋（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）＜  Ｙ´）＋（ＭＤＣ＞Ｚ）  （アルゴリズムＩ´）
【０１７１】
ここで、
【０１７２】
Ｘは、Ｅ３対照値であり；
【０１７３】
Ｙは、対照Ｅ１／Ｅ３比の値であり；
【０１７４】
Ｙ´は、対照（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）の値であり；および、
【０１７５】
Ｚは、対照ＭＤＣの値であり、
【０１７６】
Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証値が、アルゴリズムＩまたはアルゴリズムＩ´のすべての因子を満たす場合、対象におけるＰＳＣの可能性は高まり、さらに、対象が、ＡＩＨまたはＰＢＣではなく、ＰＳＣを有する可能性も高まる。
【０１７７】
１つの実施形態において、Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証血清値の分析のためのアルゴリズムは、以下に概略的に記述されうる：
【０１７８】
（Ｅ３＞１８〜４５ｐｇ／ｍｌ）＋（Ｅ１／Ｅ３＞１０〜２０）＋（ＭＤＣ  ＞２０００〜３０００ｐｇ／ｍｌ）  （アルゴリズムＩａ）
【０１７９】
または、
【０１８０】
（Ｅ３＞１８〜４５ｐｇ／ｍｌ）＋（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）＜６〜７）＋（ＭＤＣ＞２０００〜３０００ｐｇ／ｍｌ）  （アルゴリズムＩａ´）
【０１８１】
Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証値が、アルゴリズムＩまたはアルゴリズムＩ´のすべての因子を満たす場合、対象におけるＰＳＣの可能性は高まり、さらに、対象が、ＡＩＨまたはＰＢＣではなく、ＰＳＣを有する可能性も高まる。
【０１８２】
１つの実施形態において、Ｅ３レベル、Ｅ１／Ｅ３比率およびＭＤＣレベルをアルゴリズムに適用することが方法に含まれ：
【０１８３】
（Ｅ３＞２８）＋（Ｅ１／Ｅ３＞１５）＋（ＭＤＣ＞２８００）  （アルゴリズムＩｂ）となる場合に、
【０１８４】
対象におけるＰＳＣの可能性が増加し、および、さらに、対象がＡＩＨまたはＰＢＣではなく、ＰＳＣを有する可能性が増加する（値は、ｐｇ／ｍｌ血清として算出される）。以下に記述されるように、Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣアッセイの値をアルゴリズムＩｂにおいて用いることにより、対照（ＨＣＶおよび健常対照を含む）、ＰＢＣおよびＡＩＨから、６５〜６７％の感度、および９２〜９８％の特異度で、ＰＳＣが識別される。
【０１８５】
１つの実施形態において、Ｅ３レベル、Ｅ１／Ｅ３比率およびＭＤＣレベルを以下のアルゴリズムに適用することが方法に含まれ（値は、ｐｇ／ｍｌ血清として算出される）：
【０１８６】
（Ｅ３＞２５）＋（Ｅ１／Ｅ３＞１５）＋（ＭＤＣ＞２８００）  （アルゴリズムＩｃ）
【０１８７】
対照における（ＡＩＨまたはＰＢＣではなく）ＰＳＣの可能性が増加する（値は、ｐｇ／ｍｌ血清として算出される）。以下に記述されるように、Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣアッセイの値をアルゴリズムＩｃにおいて用いることにより、対照（ＨＣＶおよび健常対照を含む）、ＰＢＣおよびＡＩＨから、７２〜７５％の感度、および９２〜９６％の特異度で、ＰＳＣが識別される。
【０１８８】
ＰＳＣを有すると推測される対象におけるＰＳＣ診断方法
本発明により、ＰＳＣを有すると推測される対象におけるＰＳＣの診断を容易にする方法が提示される。そのような対象とは、ウイルス性肝炎の診断、ＡＩＨの診断およびＰＢＣの診断が除外されている者である。そのような診断方法には、対象由来の生体試料中のＥ３のレベルおよびアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルを評価することが含まれる。概して、対象が、対照Ｅ３レベルを超えるＥ３を有する、または対照ＡＰレベルを超えるＡＰレベルを有している場合、肝疾患がＰＳＣである可能性が高くなる。
【０１８９】
Ｅ３レベルおよびＡＰレベルが関与する本方法を用いた評価法に適した対象とは、ＰＳＣが推測される対象である。そのような対象としては、たとえば、ＡＩＨは、対象に影響を与えている可能性のある肝疾患から除外されている（ＡＩＨ陰性）、および／または、ＰＢＣは、対象に影響を与えている可能性のある肝疾患から除外されている（ＰＢＣ陰性）ものが挙げられる。対象は、たとえば、対象が、抗核抗体（ＡＮＡ）、抗肝／腎ミクロソームＩ型抗体（抗ＬＫＭ１）、および抗可溶性肝／膵抗原（抗ＳＬＡ／ＬＰ）から選択されるマーカー等のＡＩＨマーカーが陰性である場合に、ＡＩＨ陰性と診断されてもよく；および／または、以下に記述される本方法に従い、対象が、（ＰＳＣまたはＰＢＣではないものとして）ＡＩＨを有している可能性が高くないと決定されることにより、ＡＩＨ陰性と診断されても良い。対象は、対象が、抗ミトコンドリア抗体（ＡＭＡ）が陰性である場合に、ＰＢＣ陰性と診断されても良い。
【０１９０】
ＰＳＣを有していると推測される対象における、ＰＳＣの診断を容易にするために用いられる対照Ｅ３のレベルは、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を容易にするアッセイに関する文脈において、上述される対称Ｅ３レベルであっても良い。
【０１９１】
対照ＡＰレベル
本発明方法における用途のためのＡＰレベルは、市販されているキットを用いて分析されても良く、および、ＡＰ酵素活性のレベルを分析することにより間接的に、または、ＡＰタンパク質の検出により直接的に、ＡＰのレベルを分析することを含んでも良い。たとえば、ＡＰレベルが血清中のＡＰ酵素活性の検出により測定される場合、対照ＡＰレベル（すなわち、正常ＡＰレベル）は、約３０〜１３０ＩＵ／血清リットルであり、約４０〜１２９ＩＵ／リットルの範囲にあるＡＰレベルは、男性の正常範囲と見なされ、および、約３５〜１０４ＩＵ／リットルの範囲にあるＡＰレベルは、女性の正常範囲と見なされる。ゆえに、たとえば、約１２９ＩＵ／血清リットルを超えるＡＰ酵素活性レベル。
【０１９２】
Ｅ３レベルおよびＡＰレベルを用いた、ＰＳＣを疑われる診断を容易に行うためのアルゴリズム
Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証値の分析のためのアルゴリズムは、上述の対照値のうちの任意のものを用いても良く、以下に概略的に記述される：
【０１９３】
（Ｅ３＞Ｘ）または（ＡＰ＞Ｋ）  （アルゴリズムＩＶ）
【０１９４】
ここで、
【０１９５】
Ｘは、Ｅ３対照値であり；
【０１９６】
Ｋは、対照ＡＰ値であり；
【０１９７】
Ｅ３またはＡＰの検証値がアルゴリズムＩＶを満たす場合、対象におけるＰＳＣの可能性が高まる。試料が血清の場合、Ｅ３対照値Ｘは、たとえば、２８ｐｇ／ｍｌ、２５ｐｇ／ｍｌ、または２３ｐｇ／ｍｌであっても良い。試料が血清であり、ＡＰアッセイが、酵素活性に対するアッセイである場合、Ｋは、約３０〜１３０ＩＵ／血清リットルの値であっても良い。対象が男性である場合、Ｋは、約４０〜１２９ＩＵ／リットルであっても良く；対象が女性である場合、Ｋは、約３５〜１０４ＩＵ／リットルであっても良い。
【０１９８】
ＡＩＨの診断
本発明方法には、対象がＡＩＨを有しているかどうかを評価する方法が含まれる。そのような方法には通常、対象由来の生体試料中のＥ３のレベルを検出すること、Ｅ１のレベルを検出すること、ＭＤＣのレベルを検出すること、および、ＩＬ−１５のレベルを検出すること、が含まれる。次いで、Ｅ３レベル、Ｅ１／Ｅ３比（または、対照（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値）、ＭＤＣレベルおよびＩＬ−１５レベルを用いて、ＰＳＣ、ＰＢＣ、ならびに、ＨＣＶ感染者および健常者に対する、ＡＩＨの鑑別診断を容易に行うことができる。そのような方法を以下に詳述する。
【０１９９】
対照Ｅ３レベル、対照Ｅ１／Ｅ３比（または、対照（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値）、および対照ＭＤＣレベルは、ＡＩＨの診断を容易にするためのアッセイに関する文脈において上述されているものであっても良い。
【０２００】
対照ＩＬ−１５レベル（ＩＬ−１５閾値またはＩＬ−１５カットオフ値とも呼称される）は、本明細書に記述されるように、たとえば、統計分析を適用し、患者群におけるＩＬ−１５レベルを分析することにより測定されてもよく、それによって、対照Ｅ１レベルおよび、対照Ｅ１と対照Ｅ３レベルの比とともにアルゴリズムに適用された際に、所望の感度（たとえば、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６５％かそれ以上）および所望の特異度を呈することができる、ＩＬ−１５のレベルを特定することができる。
【０２０１】
対照ＩＬ−１５レベルの値は、当分野公知の試薬および方法を用いて容易に決定することができ、および、用いられるアッセイおよび用いられる生体試料で変化しうる。たとえば、アッセイがイムノアッセイであり、生体試料が血清である場合、対照Ｉｌ−１５レベルは、約２〜３ｐｇ／ｍｌ血清、約２．２〜２．８ｐｇ／ｍｌ血清、または約２．４〜２．５ｐｇ／ｍｌ血清、約２．４ｐｇ／ｍｌ血清、または約２．５ｐｇ／ｍｌ血清であっても良い。
【０２０２】
Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証値の分析のためのアルゴリズムは、上述の対照値のうちの任意のものを用いても良く、および、以下に概略的に記述される：
【０２０３】
（Ｅ３＞Ｘ）＋（Ｅ１／Ｅ３＞Ｙ）＋（ＭＤＣ＞Ｚ）＋（ＩＬ−１５＞Ｂ）  （アルゴリズムＩＩ）
【０２０４】
または、
【０２０５】
（Ｅ３＞Ｘ）＋（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）＜Ｙ’）＋（ＭＤＣ＞Ｚ）＋（ＩＬ−１５＞Ｂ）  （アルゴリズムＩＩ´）
【０２０６】
ここで、
【０２０７】
Ｘは、Ｅ３対照値であり；
【０２０８】
Ｙは、対照Ｅ１／Ｅ３比の値であり；
【０２０９】
Ｙ´は、対照（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）の値であり；
【０２１０】
Ｚは、対照ＭＤＣの値であり、および、
【０２１１】
Ｂは、対照ＩＬ−１５の値であり、
【０２１２】
Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよびＩＬ−１５の検証値がアルゴリズムＩＩまたはアルゴリズムＩＩ´のすべての因子を満たす場合、対象におけるＡＩＨの可能性は高く、さらに、対象が、ＰＳＣまたはＰＢＣではなく、ＡＩＨを有している可能性も高い。
【０２１３】
１つの実施形態における、Ｅ３、Ｅ１およびＭＤＣの検証血清値の分析のためのアルゴリズムを、以下に概略的に記述する：
【０２１４】
（Ｅ３＞１８〜４５ｐｇ／ｍｌ）＋（Ｅ１／Ｅ３＞１０〜２０）＋（ＭＤＣ  ＞  １８７０〜３０００ｐｇ／ｍｌ）＋（ＩＬ−１５＞２〜３）  （アルゴリズムＩＩａ）
【０２１５】
または、
【０２１６】
（Ｅ３＞１８〜４５  ｐｇ／ｍｌ）＋（（Ｅ３／Ｅ１）ｘ１００）＜６〜７）＋（ＭＤＣ＞１８７０〜３０００  ｐｇ／ｍｌ）＋（ＩＬ  １５＞２〜３）  （アルゴリズムＩＩａ´）
【０２１７】
Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよびＩＬ−１５の検証値が、アルゴリズムＩＩまたはアルゴリズムＩＩ´のすべての因子を満たす場合、対象におけるＡＩＨの可能性は高く、さらに、対象が、ＰＳＣまたはＰＢＣではなく、ＡＩＨを有している可能性も高い。
【０２１８】
１つの実施形態において、方法には、Ｅ３レベル、Ｅ１／Ｅ３比、ＭＤＣレベルおよびＩＬ−１５レベルを以下のアルゴリズムに適用することが含まれる（値は、ｐｇ／ｍｌ血清として算出される）：
【０２１９】
（Ｅ３＞２５）＋（Ｅ１／Ｅ３＜１５）＋（ＭＤＣ＞１８７０）＋（ＩＬ−１５＞２．４）  （アルゴリズムＩＩＩａ）
【０２２０】
または、
【０２２１】
（Ｅ３＞２５）＋（Ｅ１／Ｅ３＜１５）＋（ＭＤＣ＞１８７０）＋（ＩＬ−１５＞２．５）  （アルゴリズムＩＩＩｂ）
【０２２２】
対象における、（ＰＳＣまたはＰＢＣではなく）ＡＩＨの可能性が高い（ｐｇ／ｍｌ血清として値は算出される）。
【０２２３】
マーカーの方法およびパネル
概して、本発明の方法には、対象の生体試料中のＥ３、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５およびＡＰのうちの１、２、３、４またはそれ以上を検出することが含まれる。一般に、当該方法には、Ｅ３を検出すること、ならびに、Ｅ１、ＭＤＣ、およびＡＰの内の少なくとも１、２、３またはそれ以上を検出することが含まれる。従って、本発明により、Ｅ３の検出のためのバイオマーカーのパネル、ならびに、Ｅ１、ＭＤＣおよびＡＰのうちの少なくとも１、２、３またはそれ以上に対するバイオマーカーのパネルを用いた方法が予期され、ならびに、そのようなマーカーの検出に有用な組成物（たとえば、マーカーポリペプチドの検出のためのアレイ；マーカーポリペプチドの検出のための試薬を備えたキット等）が予期される。
【０２２４】
以下の表に、Ｅ３ならびに、Ｅ１、ＭＤＣ、ＩＬ−１５および／またはＡＰを備えたバイオマーカーのパネルをどのように用いて肝疾患の診断を容易に行うことができるかを示す例を提示する。「＋」は、その縦列が満足されている条件を示す。バイオマーカーの対照レベルは、本明細書に記述される対照レベルを指す。「ＮＮ」は、当該マーカーが、一番左の縦列に示される診断を容易に行うために、必ずしも必要ではないと評価していることを示す。
【表２】
0006401702.tif 000003
【０２２５】
報告書
本発明方法は、本方法の結果を示す報告書を作成すること、および、対象のケアに対して、どのように結果を適用するべきかのガイダンスを提示すること、が含まれ得る。本明細書において、「報告書」とは通常、電子的書面またはファイル（たとえば、ｐｄｆファイル、モニターディスプレイ等）、ならびに、有形書面（たとえば、紙の報告書）を指す。当該報告書は、完全に電子的に、または部分的に電子的に作成されてもよい（たとえば、コンピューターモニター等の電子的ディスプレイ上に表示される）。
【０２２６】
報告書中の当該方法の結果には、たとえば、分析したバイオマーカー（複数含む）のうちの１以上（たとえば、Ｅ３レベル、Ｅ１レベル、ＭＤＣレベル、および／またはＩＬ−１５レベル）を含んでも良い。当該レベルは、定量的スコア（たとえば、ｐｇ／血清ｍｌ等の濃度）および／または、半定量的スコア（たとえば、対照レベルまたは選択された閾値に対する、バイオマーカー量を反映するスコア等）として報告されても良い。当該方法の結果には、任意選択的に、対照バイオマーカーに対するアッセイ結果を含んでも良い。
【０２２７】
報告書には、たとえば、患者がＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣの肝疾患を有する、もしくは発症する予測リスク；ＡＩＨを有する、もしくは発症する予測リスク；ＰＢＣを有するもしくは発症する予測リスク；ならびに／または、ＰＳＣを有する、もしくは発症する予測リスク等の情報が含まれ得る。
【０２２８】
報告書には、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の存在の有無の可能性；および、肝疾患のタイプ（たとえば、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣ）に基づいた、患者に対する推奨治療法に関する、臨床医向けのガイダンスが含まれ得る。たとえば、報告者には、さらなる評価に関する推奨、および／または高価で侵襲的な評価を避けることに関する推奨、および／または治療的介入（たとえば、薬物の投与、推奨される外科的介入等）、治療レジメンの改変（たとえば、薬物投与量の調節（たとえば、投与量の増減）、投与レジメンの調製（たとえば、投与頻度および／または投与量の増減）等）に関する推奨が含まれ得る。
【０２２９】
報告書にはさらに、１）患者情報（たとえば、氏名、医学的情報（たとえば、年齢、性別、症状（たとえは、炎症性肝疾患の診断に関する可能性がある症状）、ウイルス感染の状態（たとえば、ウイルス性肝炎の存在の有無））等）、２）生体試料に関する情報（たとえば、種類、得られた時間）、３）アッセイが行われた場所および方法に関する情報（たとえば、検査機関、アッセイフォーマット）、４）サービスプロバイダーの情報、および／または、５）解釈に関する報告書（臨床医による診断を容易にするために、結果の少なくとも部分的な解釈を示す、散文を提示するものであってもよい）、のうちの１以上を含んでも良い。
【０２３０】
従って、本発明方法はさらに、本方法の結果、および任意選択的に、他の情報（たとえば、本明細書に記述される治療ガイダンス）を提示する報告書を作成するステップ、または出力するステップを含有しても良い。報告書は、電子的媒体の形態（たとえば、コンピューターモニター上の電子的ディスプレイ等）で提示されても良く、または、有形媒体（たとえば、紙または他の有形媒体に印刷された報告書）の形態で提示されても良い。可能性に関する評価は、「リスク報告書」または単に、「診断結果」と呼称されても良い。報告書を作成する人、または実体（報告書作成者）はまた、たとえばサンプル収集、サンプル処理等のステップを実行しても良い。あるいは、報告書作製者以外の実体が、たとえばサンプル収集、サンプル処理等のステップを実行しても良い。報告書は、ユーザーに提示されても良い。「ユーザー」は、たとえば、健常なプロフェッショナル（たとえば、臨床医、実験技術者、医師等）であっても良い。
【０２３１】
コンピューターによって行われる方法、システムおよびデバイス
本発明方法は、コンピューターにより行われても良く、それにより、方法の  ステップ（たとえば、分析、比較、算出等）が、全体的に、または部分的に自動化される。従って、本発明により、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患の診断を容易にする、コンピューターにより行われる方法に関連した、方法、コンピューターシステム、デバイス等が提示される。
【０２３２】
たとえば、バイオマーカーレベルの値を得ること、対照レベルとバイオマーカーレベルを比較すること、Ｅ１／Ｅ３比を算出すること、報告書を作成すること等を含む、当該方法のステップは、コンピュータープログラム製品により完全に、または部分的に行われても良い。得られた値は、（たとえば、データベースに）電子的に保存されても良く、および、プログラム化されたコンピューターにより実行されるアルゴリズムに供されても良い。
【０２３３】
たとえば、本発明方法は、バイオマーカーレベル（たとえば、Ｅ３レベル、Ｅ１レベル、ＭＤＣレベル、および／または、ＩＬ−１５レベル）を、本明細書に記述される比較および算出ステップ（複数含む）を実施するためのアルゴリズムを実行し、たとえば、コンピューターに近い、または離れた位置のアウトプットデバイスへ、ディスプレイまたは報告書を印刷することにより、本明細書に記述される報告書を作成する、プログラム化されたコンピューターへとインプットすることを含んでも良い。
【０２３４】
ゆえに、本発明により、コンピューターに保存されたコンピュータープログラムを有する、コンピューター読み取り可能な記憶媒体を含む、コンピュータープログラム製品が提示される。ある特定の態様において、記憶媒体は、一時的なものではない（たとえば、一時的な波長またはシグナルではない記憶媒体）。コンピューターにより読み取られた際、プログラムは、対象由来の１以上の生体試料の分析から得られた値に基づいて、関連計算を実行することができる。コンピュータープログラム製品は、その中に、計算（複数含む）を実行するためのコンピュータープログラムが保存されている。
【０２３５】
本発明により、上述のプログラムを実行するためのシステムが提示され、当該システムには通常、ａ）中央コンピューター環境、ｂ）インプットデバイス（操作可能にコンピューター環境に接続され、患者データを受け取り、ここで、当該患者データには、たとえば、上述の患者由来の生体試料を用いたアッセイから得られたバイオマーカーレベルまたは他の値が含まれ得る）、ｃ）アウトプットデバイス（コンピューター環境に接続され、ユーザー（たとえば、医療従事者）に情報を提示する）、および、ｄ）中央コンピューター環境（たとえば、プロセッサ）により実行されるアルゴリズム（当該アルゴリズムはインプットデバイスから受け取ったデータに基づいて実行され、ここで、当該アルゴリズムが値を算出し、当該値は、対象が本明細書に記述されるＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの少なくとも１つの肝疾患を有する可能性の指標である）、を含む。
【０２３６】
コンピューターシステム
本発明方法の実行を促進するためのプログラムが実行されうるコンピューター化された環境の一般的な例を図１に示し、当該図は、バスまたはバス群１１０を介して連結されている、少なくとも１つのプロセッサ１０２、またはプロセッシングユニットもしくは複数のプロセッサ、メモリー１０４、少なくとも１つのインプットデバイス１０６、および、少なくとも１つのアウトプットデバイス１０８、を通常含有するプロセッシングシステム１００を図示する。ある特定の実施形態において、インプットデバイス１０６およびアウトプットデバイス１０８は、同じデバイスであっても良い。また、インターフェース１１２が、プロセッシングシステム１００を１以上の末端デバイスへの連結のために備えられていても良く、たとえば、インターフェース１１２は、ＰＣＩカードまたはＰＣカードであっても良い。少なくとも１つのデータベース１１６を収めている少なくとも１つの保存デバイス１１４が備えられていても良い。
【０２３７】
メモリー１０４は、たとえば揮発性メモリーまたは非揮発性メモリー、固体記憶デバイス、磁性デバイス等のうちの任意の形態であってもよい。ある特定の態様において、メモリーには、非一時的記憶媒体（たとえば、一時的な波長またはシグナルではない、記憶媒体等）が含まれる。プロセッサ１０２は、たとえば、プロセッシングシステム１００内の異なる機能を操作するための、２以上の異なるプロセッシングデバイスを含有しても良い。インプットデバイス１０６は、は、インプットデータ１１８を受け取り、たとえば、キーボード、ペン様デバイスまたはマウス等のポインターデバイス、たとえばマイクロホン等の音声制御有効化のためのオーディオ受信デバイス、たとえばモデムもしくはワイヤレスデータアダプター等のデータ受信機またはアンテナ、データ取得カード等を含有しても良い。インプットデータ１１８は、たとえば、ネットワークを介して受け取ったデータと連動しているキーボード指示等の、異なる源由来であっても良い。
【０２３８】
アウトプットデバイス１０８は、アウトプットデータ１２０を提示または作成し、たとえばディスプレイデバイスもしくはモニター（この場合には、アウトプットデータ１２０は目で見ることができる）、プリンター（この場合には、アウトプットデータ１２０はプリントアウトされる）、ポート（たとえば、ＵＳＢポート）、周辺構成要素アダプター、データ送信器またはアンテナ（たとえば、モデムまたはワイヤレスネットワークアダプター）等を含有しても良い。アウトプットデータ１２０は、異なっていても良く、たとえば、ネットワークへと送信されたデータと連動したモニター上の光学ディスプレイ等の異なるアウトプットデバイス由来であっても良い。ユーザーは、データアウトプットを見ることができ、または、たとえば、モニター上で、またはプリンターを用いて、データアウトプットの解釈を見ることができる。保存デバイス１１４は、データまたは情報の記憶方法のうちの任意の形態であっても良く、たとえば、たとえば揮発性メモリーまたは非揮発性メモリー、固体記憶デバイス、磁性デバイス等がある。
【０２３９】
使用する際、プロセッシングシステム１００を適合させ、データまたは情報が、有線または無線の通信装置を介して、少なくとも１つのデータベース１１６から読みだされる、および／または、少なくとも１つのデータベース１１６に保存されるようにする。インターフェース１１２は、プロセッシングユニット１０２と、特殊化された目的に供されうる末端構成要素の間の有線および／または無線通信を可能とさせてもよい。概して、プロセッサ１０２は、インプットデバイス１０６を介して、インプットデータ１１８として指示を受け取ってもよく、および、アウトプットデバイス１０８を利用して、ユーザーに対し、処理結果または他のアウトプットを表示してもよい。２以上のインプットデバイス１０６および／またはアウトプットデバイス１０８が、備えられても良い。プロセッシングシステム１００は、末端ハードウェア、サーバーハードウェア、特殊化されたハードウェア等の、任意の適した形態であっても良い。
【０２４０】
プロセッシングシステム１００は、ネットワーク化された通信システムの一部であっても良い。プロセッシングシステム１００は、ネットワーク（たとえば、インターネットまたはＷＡＮ等）に接続しても良い。インプットデータ１１８およびアウトプットデータ１２０は、ネットワークを介して、他のデバイスと通信されても良い。ネットワーク上での情報および／またはデータの移転は、有線の通信手段または無線の通信手段を用いて行われても良い。サーバーは、ネットワークと１以上のデータベースの間のデータの移転を促進することができる。サーバーおよび１以上のデータベースが、情報源の一例を提示する。
【０２４１】
ゆえに、図３に図示されるプロセッシングコンピューターシステム環境１００は、１以上のリモートコンピューターへの論理的接続を用いて、ネットワーク化された環境中で操作しても良い。リモートコンピューターは、パーソナルコンピューター、サーバー、ルーター、ネットワークＰＣ、ピアデバイス、または他の一般のネットワークノードであっても良く、および、通常は、上述の多く、またはすべての構成要素を含む。
【０２４２】
図３に示される論理的接続には、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）および広域エリアネットワーク（ＷＡＮ）を含み得るが、たとえばパーソナルエリアネットワーク（ＰＡＮ）等の他のネットワークも含み得る。そのようなネットワーク環境は、オフィス、企業規模のコンピューターネットワーク、イントラネット、およびＩｎｔｅｒｎｅｔにおいて通常のものである。たとえば、ＬＡＮネットワーク環境において用いられる場合、コンピューターシステム環境１００は、ネットワークインターフェースまたはアダプターを通してＬＡＮに接続される。ＷＡＮネットワーク環境において用いられる場合、コンピューターシステム環境は、通常、たとえばインターネット等のＷＡＮ上の通信を確立させるためのモデムまたは他の手段を含む。モデム（内部的または外部的であってもよい）は、ユーザーインプットインターフェースを介して、または、他の適切な機器を介して、システムバスへと接続されてもよい。ネットワーク化された環境において、コンピューターシステム環境１００に関連して示されるプログラムモジュールまたはその一部は、リモートメモリー保存デバイスに保存されても良い。図３に図示されたネットワーク接続は例であり、複数のコンピューター間の通信リンクを確立する他の手段を用いても良いことを認識されたい。
【０２４３】
図３は、本明細書に開示される方法の実施形態が予期されうる、コンピューター環境の実例的な、および／または、適切な例の、簡潔で、一般的な記述を提示することを意図している。図３は、適切な環境の一例であり、本発明実施形態の構造、使用範囲、機能性のいかなる限定を提示するものではない。特定の実施形態は、例示の操作環境において図示される構成要素の任意の１つ、または組み合わせに関連する任意の従属性または要求性を有するものと解釈されたい。たとえば、ある特定場合において、環境の１以上の要素は、必要ではなく、省略されても良い。他の例において、１以上の他の要素は、必要であり、付加されてもよい。
【０２４４】
ある特定の実施形態は、たとえば図３のコンピューターシステム環境１００等の１以上のコンピューターデバイスにより行われる動作および操作の象徴に関連して記述されうる。ゆえに、そのような動作および操作（時折、コンピューターが実行するものとして言及される）には、構造化された形態において、データを示す電子的シグナルのコンピューターのプロセッサによる操作が含まれる。この操作は、コンピューターのメモリーシステム中の位置で、データを変換または維持し、当業者周知の方法でコンピューターの操作を再構成または変更する。データが維持されているデータ構造は、データのフォーマットにより既定される特定の性質を有するメモリーの物理的な位置である。しかしながら、実施形態は前述の文脈において記述されているが、限定の意図は無く、当業者は、以下に記述される動作および操作が、ハードウェア中においてもまた実行されうることを理解するであろう。
【０２４５】
実施形態は、多くの他の汎用コンピューターデバイスまたは特殊用途のコンピューターデバイス、およびコンピューターシステム環境または構成で実行されてもよい。実施形態での用途に適し得る、良く知られたコンピューターシステム、環境および構成の例としては、限定されないが、パーソナルコンピューター、ノートパソコンまたはラップトップデバイス、携帯端末、マルチプロセッサシステム、マイクロプロセッサベースのシステム、プログラム化可能な家庭用電化製品、ネットワーク、ミニコンピューター、サーバコンピューター、ウェブサーバコンピューター、大型汎用コンピューター、および、上述のシステムまたはデバイスのうちの任意のものを含む分散型コンピューター環境が挙げられる。
【０２４６】
実施形態は、たとえばプログラムモジュール等の、コンピューターにより実現される、コンピューターで実行可能な指示の一般的な文脈で記述され得る。一般的に、プログラムモジュールには、ルーチン、プログラム、オブジェクト、コンポーネント、データ構造物等が含まれ、それらは特定のタスクを実行、または特定の抽象データ型を実行する。また、実施形態は、分散型コンピューター環境において実行されてもよく、そこで、タスクは、通信ネットワークを通して連結されたリモートプロセッシングデバイスにより実行される。分散型コンピューター環境において、プログラムモジュールは、ローカルおよびリモートコンピューター記憶媒体（たとえば、媒体が、一時的な波長またはシグナルではない、非一時的な記憶媒体）の両方に位置づけられても良い。
【０２４７】
コンピュータープログラム製品
本発明により、たとえば図３に関連して上に記載したプログラム化可能なコンピューター上で実行された際に、本発明方法を実行することができるコンピュータープログラム製品が開示される。上述のように、本明細書に記述される主題は、所望される構成に依存するシステム、装置、方法、および／または、品物において具現化され得る。これらの様々な実現形態には、少なくとも１つのプログラム化可能なプロセッサ（それらは、特殊用途または汎用用途であっても良く、ならびに、少なくとも１つのインプットデバイス（たとえば、ビデオカメラ、マイクロホン、ジョイスティック、キーボードおよび／またはマウス）、および少なくとも１つのアウトプットデバイス（たとえば、ディスプレイモニター、プリンター等）での、保存システムからのデータおよび指示の受け取り、およびデータおよび指示を移転するために連結されてもよい）を含む、プログラム化可能なシステム上での実行および／または解釈が可能である、１つ以上のコンピュータープログラムにおける実現形態が含まれ得る。
【０２４８】
コンピュータープログラム（プログラム、ソフトウェア、ソフトウェアアプリケーション、アプリケーション、コンポーネントまたコードとしても知られる）には、プログラム化可能なプロセッサに対する指示が含まれ、ならびに、抗レベルの手続き型および／またはオブジェクト指向性のプログラム言語、および／または、アセンブリ／マシン語で実現され得る。本明細書において、「機器読み取り可能な媒体」という用語（たとえば、「コンピューター読み取り可能な媒体」）は、機器読み取り可能なシグナルとして機器の命令を受け取る、機器読み取り可能な媒体を含む、プログラム化可能なプロセッサに機器の命令および／またはデータを提示するために用いられる、任意のコンピュータープログラム製品、装置および／またはデバイス（たとえば、磁気ディスク、光学ディスク、メモリー等）を指す。ある特定の実施形態によれば、機器読み取り可能な媒体は、非一時的なものである（たとえば、一時的な波長またはシグナルではない、機器読み取り可能な媒体等）。
【０２４９】
本発明の態様は、少なくとも部分的に、ソフトウェア、ハードウェア、ファームウェア、またはそれらの任意の組み合わせにおいて具現化されても良いことが、この説明から明らかとなるであろう。ゆえに、本明細書に記述される技術は、ハードウェア回路および／またはソフトウェアの任意の特定の組み合わせに限定されず、または、コンピューターもしくは他のデータプロセッシングシステムにより実行される指示の任意の特定の源に限定されない。むしろ、これらの技術は、たとえば、マイクロプロセッサ等の、メモリーまたは他のコンピューター読み取り可能な媒体（たとえば、非一時的なコンピューター読み取り可能な媒体）（ＲＯＭ、ＲＡＭ、キャッシュメモリー、ネットワークメモリー、フロッピーディスク、ハードドライブディスク（ＨＤＤ）、固体素子（ＳＳＤ）、光学ディスク、ＣＤ−ＲＯＭおよび磁性光学ディスク、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、フラッシュメモリー、または電子的フォーマットでの指示の保存に適した他の任意のタイプの媒体を含む）において保存された一連の指示を実行するプロセッサの１つ以上に応答して、コンピューターシステムまたは他のデータプロセッシングシステムにおいて実行されても良い。
【０２５０】
さらに、プロセッサ（複数含む）は、１以上のプログラム化可能な汎用マイクロプロセッサまたは特種用途のマイクロプロセッサ、デジタルシグナルプロセッサ（ＤＳＰ）、プログラム化可能なコントローラー、アプリケーション特定的集積回路（ＡＳＩＣ）、プログラム化可能な論理デバイス（ＰＬＤ）、トラステッドプラットフォームモジュール（ＴＰＭ）等、またはそのようなデバイスの組み合わせを含んでも良い。別の実施形態において、たとえば論理回路または他の配線電気回路等の、特殊用途のハードウェアをソフトウェアの指示と組み合わせて使用し、本明細書に記述される技術を実現しても良い。
【０２５１】
方法結果のアプリケーションの例
本発明方法により、対照のケアに関しての決定を促進するために適用することができる、結果が提示される。以下に例を示す。
【０２５２】
アッセイにより誘導される治療および、治療のモニタリング
本発明方法は、臨床医による対象の治療方針の決定（たとえば、本方法の結果が、対象がＡＩＨ、ＰＳＣ、またはＰＢＣの炎症性肝疾患の治療に対する治療的介入から利益を得られるかどうか）を容易にさせることができる。たとえば、本方法の結果に基づき、対象が、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１つ以上の炎症性肝疾患を有しているか、もしくはリスクがあるか、または、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣのうちの１以上の肝疾患を有しているか、もしくはリスクがあるか、または、ＡＩＨを有しているか、もしくはリスクがあるか、または、ＰＢＣを有しているか、もしくはリスクがあるか、または、ＰＳＣを有しているか、もしくはリスクがあるか、の可能性に基づいて、当該対象に対する治療を選択することができる。臨床兆候、症状、および、たとえばウイルス性肝炎（たとえば、ＨＶＣ）の有無等の他の因子もまた、治療選択を容易にするとみなされうる。
【０２５３】
本方法結果は、炎症性肝疾患の治療のための、任意の両方を行うべきか否かに関して、臨床医を導くことができる。
【０２５４】
本発明方法は、治療を受けている対象の療法のモニタリングを容易にすることができる。たとえば、対象がすでに療法を受けている場合において、本方法は、療法をモニタリングする方法を提示する。この場合において、本方法結果は、患者が治療による適切な利益を得ていない場合（たとえば、患者が療法に応答していない等）の、療法の調節（たとえば、療法を継続するか否か（再発防止に関して））、投与量の増減、治療レジメンの変更（たとえば、単剤療法から併用療法へ、または、非外科的療法から外科的療法へ）において、臨床医を導くことができる。療法をモニタリングするそのような方法は、たとえば、指示された薬剤レジメンの継続投与を行うか否か、また、患者が肝移植を受けるべきか否か当の、さらなる治療方針の決定の誘導に有用である。本発明のアルゴリズムを用いた療法のモニタリング方法は、対象が療法に応答するか否か（対象が「レスポンダー」であるか否か）、または、十分な治療上の有益な応答を示すことが無いか否か、を分析する他の方法と組み合わせて用いても良い。たとえば、患者がＰＢＣと診断されている場合、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）に応答する患者は、治療の初年後、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）が十分に減少する。
【０２５５】
本発明方法は、ＰＢＣの診断が示されている場合の療法の選択において有用でありうる。ＰＢＣに対する標準的なケアは、ＵＤＣＡの投与である。肝移植は、対象が肝不全のリスクがある場合に、適応される。本発明方法を用いて、ＰＢＣ患者に対し、非外科的療法の有効性をモニターしてもよい。ＰＢＣの診断が持続する場合、臨床医は、患者を外科的に治療する決定を行うことを含む、療法（たとえば、一回投与量、用量および／または療法のタイプ（たとえば、併用療法か、単剤療法か））を修正することについて、誘導されうる。
【０２５６】
本発明方法は、ＰＳＣの診断が示されている場合の療法の選択において有用でありうる。近年は、少なくとも部分的には治療エンドポイントの欠落により、有効性が証明されている利用可能な非外科的治癒的療法が無く、同様に、本発明方法まで、診断方法が無い状態である。ゆえに、ＰＳＣの診断が示されている場合、臨床医は、たとえば患者の他の兆候および症状の重篤度当の他の因子により、患者を外科的に治療することについて、誘導されうる。一般的に、ＰＳＣ患者の肝臓が機能している限りにおいて、一時的緩和と対症療法が行われる（抗生物質治療および一時的緩和のための外科的胆道ドレナージ、内視鏡的拡張術およびステント留置を含む）。あるいは、またはさらに、臨床医は、患者の非外科的な治療を選択し、本発明方法を用いて治療有効性をモニターしても良い。非外科的治療には、症状（たとえば、掻痒等）緩和のためのＵＤＣＡ、コレスチラミン、および／または、ヒドロキシジン  ＨＣＬの投与が含まれうる。抗生物質の投与は、感染性胆管炎が疑われる場合において、指示されても良い。しかしながら、患者が肝不全のリスクがあるような疾患の進行がある場合には、肝移植が指示される。
【０２５７】
ＡＩＨにおいては、たとえば、アザチオプリンと共に、またはアザチオプリン無しで、コルチコステロイド（たとえば、プレドニゾンまたはプレドニゾロン等）等の免疫抑制剤を投与し、疾患を制御することができる。肝硬変を伴わない場合においては、局所ステロイドブデソニドが投与されても良い。免疫抑制治療に関連した副作用があるため、治療前に確定診断が為されることが望ましい。患者の約４０％が、完全寛解（６〜１２か月の間、正常血清トランスアミナーゼ（ＡＬＴおよびＡＳＴ）および正常ＩｇＧレベルを意味する）に達する。治療的チャレンジは、いわゆる、プレドニソロン＋／−アザチオプリンでの標準的な治療に対して非応答性のＡＩＨである。治療は、少なくとも２〜３年、寛解期に継続されなければならず、組織学的検査により疾患の活動が抑えられていることを確認するために、肝生検を行わなければならない；さもなければ、患者は、治療の中断後、再発する。患者の８０％までが再発を経験しており、その後、免疫抑制治療を再び開始しなければならない。ゆえに、本発明方法には、治療に対する応答性をモニターし、再発リスクを減少させる用途が見いだされる。もし患者が、本明細書に開示される診断方法のアルゴリズムの使用により示唆される再発のリスクがある場合、臨床医は、治療を再開するよう誘導され、外科的介入（たとえば、肝移植）を指示しても良い。
【０２５８】
臨床試験群対象の特定
本発明方法には、対象が、ＡＩＨ、ＰＢＣまたはＰＳＣのうちの１以上を有する可能性に基づいた、臨床試験への参加または除外に適した対象の特定における用途が見出される。たとえば、本発明方法を用いて、ＰＳＣ、ＰＢＣまたはＡＩＨのうちの１以上の治療に対する薬剤の有効性を評価するための臨床試験への参加に適した対象を特定してもよく、それにより、これらの疾患を１つも有していない対象が除外される。他の例において、本発明方法を用いて、ＰＳＣ、ＰＢＣまたはＡＩＨのうちの１つ以上を有する対象を特定し、そのような対象を臨床試験から除外しても良い（たとえば、臨床試験がＰＳＣ，ＰＢＣまたはＡＩＨ以外の疾患に対する薬剤の有効性を評価するためのものである場合）。他の例において、本発明方法を用いて、ＰＢＣの治療に対する薬剤の有効性を評価するための臨床試験への参加に適した対象を特定してもよく、それにより、ＡＩＨまたはＰＳＣを有する対象が除外される。後者の実施形態において、ＰＢＣの診断は、他の方法によりさらに確認されてもよい（たとえば、患者群がＰＢＣを有していない可能性が高い、他の炎症性肝疾患の除外等による）。そのような方法により、ＡＩＨ、ＰＳＣまたはＰＢＣのうちの１以上の治療に対する薬剤または他の療法の特定が促進されうる。
【０２５９】
キット
本発明のキットには、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよび／またはＩＬ−１５のそれぞれに対する１以上、２以上、３以上の結合試薬（複数含む）が含まれ得る。結合試薬は、たとえば、バイオマーカーに特異的に結合する抗体（たとえば、抗Ｅ３抗体、抗Ｅ１抗体、および抗ＭＤＣ抗体、抗ＩＬ−１５抗体）であっても良い。いくつかの実施形態において、キットには、Ｅ３に対する結合試薬およびＡＰの検出のための試薬（複数含む）が含まれる。ＡＰの検出のための試薬（複数含む）は、ＡＰの酵素活性、または結合試薬（たとえば、抗ＡＰ抗体）を検出するための試薬（複数含む）であっても良い。本明細書において「結合試薬」とは、捕捉試薬および検出試薬の療法を包含する。「捕捉試薬」とは、たとえば、各バイオマーカーに対する試料の富化における使用に適したバイオマーカーに対する結合パートナーを指す（たとえば、抗バイオマーカー抗体）。捕捉試薬に抗体が含有される場合、当該抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であっても良い。「検出試薬」とは、固定されたバイオマーカーの検出における使用に適したバイオマーカーに対する結合パートナーを指し（たとえば、抗バイオマーカー抗体）、任意選択的に、検出可能に標識される。検出試薬に抗体が含有される場合、当該抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であっても良い。キットはさらに、検出試薬の結合の検出のための１以上の試薬を含んでも良い（たとえば、抗バイオマーカー結合試薬／バイオマーカー複合体に結合する場合等の、抗バイオマーカー抗体の検出）。
【０２６０】
キットに、ＡＰの検出のための試薬（複数含む）が含まれる場合、当該キットには、試料中のＡＰの酵素活性の検出（たとえば、有機リン酸エステル基質（たとえば、ニトロフェニルホスフェート）等のＡＰ基質の開裂の検出による）を容易にするための１以上の試薬が含まれ得る。ＡＰ酵素活性の検出のためのキットは市販されている。たとえば、ＳＹＮＣＨＲＯＮ（登録商標）Ｓｙｓｔｅｍと共に用いられるＡｌｋａｌｉｎｅ  Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｃａｔ  ＃  ＲＥＦ  ４４２６７０）（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒより販売）には、ＡＰ酵素活性の検出のための、有機リン酸エステル基質、ｐ−ニトロフェニルホスフェートが含まれている。無色のｐ−ニトロフェニルホスフェート基質の開裂により、リン酸および黄色の産物、ｐ−ニトロフェノールが産生される。たとえば、市販されているＡＰアッセイキットには、ＡＰ酵素反応の産生物の比色分析検出に基づいたものがある。ＡＰの検出のためのキットには、抗ＡＰ抗体（たとえば、抗ＡＰモノクローナル抗体）が含まれても良く、生体試料中のＡＰポリペプチドの検出（たとえば、生体試料のＡＰと、特異的抗ＡＰ抗体の結合により形成される免疫複合体の検出による）にそれらを用いても良い。抗ＡＰ抗体は、試料中のＡＰポリペプチドの固定のための捕捉試薬としても用いられても良く、免疫複合体中のＡＰは、二次抗抗ＡＰ抗体を用いて検出され、または、たとえば比色アッセイを用いたＡＰ活性の検出により検出される。
【０２６１】
キットの例としては、Ｅ３に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ３抗体）、およびＥ１に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ１抗体）；Ｅ３に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ３抗体）、Ｅ１に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ１抗体）、およびＭＤＣに対する結合試薬（たとえば、抗ＭＤＣ抗体）；ならびに、Ｅ３に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ３抗体）、Ｅ１に対する結合試薬（たとえば、抗Ｅ１抗体）およびＭＤＣに対する結合試薬（たとえば、抗ＭＤＣ抗体）およびＩＬ−１５に対する結合試薬（たとえば、抗ＩＬ−１５抗体）、を有するものが含まれる。対照分析物に対する結合試薬（たとえば、対照バイオマーカー）もまた、含まれ得る。
【０２６２】
本発明のキットに備えられる捕捉試薬は、不溶性の支持体（たとえば、アレイ、ビーズおよび本明細書に記述されるもの等のアッセイ基盤）上に固定されていても良い。検出試薬には、検出可能な標識が含まれ得る。検出試薬が検出可能に標識されていない場合、キットは、検出試薬の検出のための試薬（たとえば、抗体）を含んでも良い。たとえば、キットが、Ｅ１、Ｅ３、ＭＤＣおよび／または、ＩＬ−１５のうちの２以上に対する検出試薬（たとえば、抗Ｅ３抗体、抗Ｅ１抗体、抗ＭＤＣ抗体、および／または、抗ＩＬ−１５抗体）を含む場合、キットは、各抗体が結合する検出試薬に対する特異性に従って抗体が別々に標識されている、検出試薬のそれぞれに特異的な抗体を含んでも良い。キットの様々な成分は別々の容器にあっても良く、または、ある相溶性の成分は、所望の場合、１つの容器内に前もって混合されていても良い。
【０２６３】
キットは、本発明方法の実施のための、キットの構成要素を用いることに対する説明書を含んでも良い。当該説明書は通常、適切な記録媒体（たとえば、紙、プラスチック、電子記憶媒体等）に記録されている。たとえば、当該説明書は、添付文書としてキット内に、キットまたはその部品の容器（パッケージまたはサブパッケージに関連した）のラベル等で存在しても良い。他の実施形態において、当該説明書は、適切なコンピューター読み取り可能な記憶媒体（たとえば、コンパクトディスク読み取り専用メモリー（ＣＤ−ＲＯＭ）、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）、ディスケット等）上に存在する電子的保存データファイルとして存在しても良い。他の例においては、備えられる説明書は、アッセイの詳細の多く、または全ては含まないが、たとえばインターネット等を介して、詳細な説明書を得るための遠隔源に関する指示を提示するものである。
【０２６４】
治療方法
本発明は、Ｅ３のアンタゴニストおよび／またはＥ３受容体のアンタゴニストの有効量を、その必要のある対象に対し投与することによる、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣを治療する方法を提示する。また、Ｅ１のアンタゴニストおよび／またはＥ１受容体のアンタゴニストの有効量を（任意選択的に、Ｅ３のアンタゴニストおよび／またはＥ３受容体のアンタゴニストと組み合わせて）、その必要のある対象に投与することによる、ＰＳＣの治療方法が提示される。本発明はまた、ＩＬ−１５のアンタゴニストおよび／またはＩＬ−１５受容体のアンタゴニストの有効量を（任意選択的に、Ｅ３のアンタゴニストおよび／またはＥ３受容体のアンタゴニストと組み合わせて）、その必要のある対象に投与することによる、ＡＩＨの治療方法が提示される。
【０２６５】
本明細書において、「アンタゴニスト」とは、標的の活性を減少または阻害する薬剤（たとえば、抗体）を指す。代表的なアンタゴニストとしては、限定されないが、抗体（抗原結合抗体を含む）、核酸（たとえば、リボザイムおよびＲＮＡ干渉剤等のアンチセンス分子）、免疫複合体（たとえば、治療剤と複合体化した抗体）、小分子薬剤阻害物質、融合タンパク質、アプタマー等が挙げられる。標的（たとえば、Ｅ１および／またはＥ３）の活性の減少は、たとえば、血流中、または対象のＥ３産生組織もしくはＥ１産生組織に存在する活性標的の量の減少、および／または、標的の活性の減少により達成されうる。
【０２６６】
１つの実施形態において、アンタゴニストは、Ｅ１（たとえば、米国特許第６，９４６，５４６号）、Ｅ３、Ｅ１受容体および／またはＥ３受容体に特異的に結合し、作用を阻害する抗体、または抗体の抗原結合断片である。
【０２６７】
他の実施形態において、Ｅ１、Ｅ３、Ｅ１受容体および／またはＥ３受容体アンタゴニストは小分子である。本明細書において、「小分子」とは、たとえば、７５０ダルトン未満（７００ダルトン未満の分子を含む）の、約１０００ダルトン未満の分子量であり、Ｅ１またはＥ３の活性を阻害する、合成化学分子を指す。
【０２６８】
他の実施形態において、Ｅ１またはＥ３アンタゴニストは、Ｅ１またはＥ３をコードするｍＲＮＡ、またはそのｍＲＮＡの一部に対して相補的なアンチセンス核酸分子（たとえば、アンチセンスＲＮＡ、サイレンシングＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、または他の対象の核酸分子）、または、そのような核酸分子をコードする組換え発現ベクターである。本明細書において、「アンチセンス」ＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ核酸は、Ｅ３またはＥ１をコードする遺伝子および／またはｍＲＮＡに特異的な核酸配列を含有する。
【０２６９】
アンチセンス核酸は、ワトソンおよびクリックの塩基対の法則に従って設計されても良い。アンチセンス核酸分子は、Ｅ１またはＥ３ｍＲＮＡの全コード領域に対して相補的であっても良く、または、ＢＭＰ９またはＢＭＰ１０ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対して相補的であっても良い。たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｅ１またはＥ３のｍＲＮＡの翻訳開始部位の周辺領域に対して相補的であっても良い。アンチセンスヌクレオチドは、たとえば、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または、５０の長さのヌクレオチドであっても良い。アンチセンス核酸は、当分野公知の方法を用いて、化学合成および酵素ライゲーション反応により構成されても良い。たとえば、アンチセンス核酸（たとえば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然型ヌクレオチド、または、アンチセンスとセンス核酸の間に形成される二本鎖の物理的安定性を増加させるため、もしくは、分子の生物学的安定性を増加させるために設計された、様々な修飾ヌクレオチドを用いて化学的に合成されても良い（たとえば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドを用いても良い）。アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向にサブクローニングされている発現ベクターを用いて生物学的に産生されても良い（挿入核酸から転写されたＲＮＡが、対象の標的核酸のアンチセンス方向になるように）。
【０２７０】
Ｅ１またはＥ３のアンタゴニストには、ＲＮＡ干渉剤（ＲＮＡｉ）が含まれ、それらには、限定されないが、Ｅ１またはＥ３に相同なＲＮＡ分子を含む核酸分子、「低分子干渉ＲＮＡ」（ｓｉＲＮＡ）、「短ヘアピンＲＮＡ」（ｓｈＲＮＡ）、およびＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）により標的遺伝子の発現に干渉、または阻害する小分子が含まれる。ＲＮＡ干渉は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を用いて、ｄｓＲＮＡと同じ配列を含有するメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を分解する、翻訳後の標的遺伝子サイレンシング技術である。
【０２７１】
概して、本治療方法には、ＡＩＨ、ＰＢＣまたはＰＳＣのうちの１つ以上を有する対象を特定すること、および、Ｅ１アンタゴニスト、Ｅ３アンタゴニスト、またはその両方を、患者に対し治療利益をもたらす量を投与することが含まれる。「治療利益」、「治療する」、「治療」には、少なくとも、疾患の１つ以上の症状の緩和、重篤度の減少が含まれる。治療は、任意選択的に、必要に応じてＡＩＨ、ＰＢＣまたはＰＳＣに対する他の療法と組み合わせても良い。Ｅ１およびＥ３アンタゴニストは、任意の適切な経路で投与することができ、投与される剤により選択される。投与は通常、非経口投与であり、静脈内経路による注射、ならびに、組織（たとえば、対象の関連肝組織）への注射が含まれる。１つの実施形態において、Ｅ１またはＥ３アンタゴニストは、静脈内注射により投与され、および、肝臓への送達のために、（たとえば、肝動脈を介して）注射により投与されても良い。
【実施例】
【０２７２】
以下の実施例は、本発明をどのように作製し、および使用するかについて、当業者に完全に開示および記述するために示されるものであり、発明者らが自らの発明であるとみなす範囲を限定する意図はなく、以下の実験は、行われた全ての実験を示す、またはそれらのみが行われた実験であることを示すことを意図しているものでもない。用いられた数字（たとえば、量、温度等）に関して、正確性を心掛けているが、いくらかの実験誤差および偏差を考慮するべきである。他で示さない限り、部分は、重量による部分であり、分子量は、重量平均分子量であり、温度はセ氏であり、圧力は、大気圧か、または大気圧に近いものである。
【０２７３】
実施例１：サイトカイン／ケモカインの分析
血清試料は、健常者およびＨＣＶ、ＡＩＨ、ＰＢＣまたはＰＳＣと診断された患者から採取し、サイトカイン／ケモカインのレベルに対して評価した。
【０２７４】
各群の患者数は、５０人の健常対照、５４人のＨＣＶ感染患者、８０人のＰＳＣ患者（ＰＳＣのみを有する２０人の患者と、潰瘍性結腸炎（ＵＣ）とＰＳＣを有する２２人の患者、ＰＳＣおよびＣＤ（クローン病）を有する１６人の患者、ＰＳＣ＋ＡＩＨを有する１３人の患者、ならびに、ＰＳＣ、ＵＣおよびＡＩＨを有する９人の患者）、ＰＢＣを有する５０人の患者、ＡＩＨを有する４０人の患者であった。ＨＣＶの診断は、血清学的、およびＰＣＲに基づいた。ＰＳＣ、ＵＣ、ＣＤおよびＡＩＨの診断は、診察およびパラクリニカル検査（ＰＢＣに対するＡＭＡの検査、およびＡＩＨに対する他の自己抗体の検査、ならびに、ＰＳＣに対するＥＲＣ／ＭＲＣの検査、ならびに、一部の例においては、肝病理を含んでも良い）により為された。すべてのＨＣＶ患者は、治療に対し不応性、または治療適応ではない、のいずれかである、慢性ＨＣＶ患者であった。ＰＳＣは、実験群の８０％までの症例でＵＣを併発しているため、ＩＢＤを伴うＰＳＣ患者およびＩＢＤを伴わないＰＳＣ患者を、１つの患者群として含めたが、ＡＩＨを伴う患者は除外した。２６のサイトカインおよびケモカインを検証し、すべての試料は二重で用いた。
【０２７５】
試料は、高い検出感度、広いダイナミックレンジ、ならびに、期待濃度領域内での直線的な標準曲線をもたらす、マルチプレックスＥＬＩＳＡキット（Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｃｏｍｐａｎｙ  （ＭＳＤ；  Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，  Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，  ＭＤ，  ＵＳＡ)）を用いて分析した。全ての実験は、メーカーの説明書に従い、最小限の改変と最適化により行った。
【０２７６】
簡潔に述べると、ブロッキング溶液Ｄｉｌｕｅｎｔ２（ＭＳＤ）で、Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘプレート（ＭＳＤ）をインキュベートした後、標準物および試料を、９６ウェルプレート内に分注し、室温で３時間、継続的に振とうしながらインキュベートした。プレートを洗浄し、Ａｎｔｉ−ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ  Ｌａｂｅｌｅｄ  ｗｉｔｈ  ＳＵＬＦＯ−ＴＡＧ  （ＭＳＤ）とさらに３時間インキュベートし、次いで、洗浄し、２Ｘ  Ｒｅａｄ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｔ（ＭＳＤ）を加えた。次いで、プレートを、ＳＥＣＴＯＲ  Ｉｍａｇｅｒ  ６０００  Ｒｅａｄｅｒ  （ＭＳＤ）によりスキャンし、結果を分析して、得られた濃度を希釈に対して修正した。
【０２７７】
分析の後、結果を比較し、健常対照、ＨＣＶ、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣ群の間で統計的有意差を示すサイトカイン／ケモカインを特定した。有意差が、エオタキシン１（Ｅ１、ＣＣＬ１１としてもまた知られる）、エオタキシン３（Ｅ３、ＣＣＬ２６としてもまた知られる）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ、ＣＣＬ２２としてもまた知られる）およびインターロイキン−１５の結成レベルに対して特定された。結果をそれぞれ、図２のパネルＡ〜Ｄに示す。
【０２７８】
すべてのサイトカインおよびケモカインに関するＨＣＶ患者の結果は、文献において従前に報告されたものとほとんど矛盾しておらず、ゆえに、本アッセイの有効性および再現性が確認された。
【０２７９】
実施例２：Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよびＩＬ−１５の血清レベルの分析
実施例１から得られたデータを、統計分析に供した。選択された条件間（たとえば、対照（たとえば、健常者またはＨＣＶ感染者）と少なくともＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣである肝疾患の間）を区別するために、異なる閾値を選択した。
【０２８０】
図３〜８において、本分析結果を要約した表を示す。パーセンテージの値は、縦列の一番上で設定された基準に合致する、行の群の個々のパーセンテージを示す。パーセンテージの左に隣接する列の値は、検証した総数（一番下の値）のうちの陽性（一番上の値）であった各群中の個々の数を示す。「対照／ＨＣＶ」は、健常対照群およびＨＣＶ感染群中の患者が組み合わされたことを示す。「ＰＳＣ、ＰＢＣまたはＡＩＨ」は、ＡＩＨ、ＰＢＣ、およびＰＳＣを有するすべての患者の組み合わせを指す。「ＰＳＣ＋／−ＩＢＤ＋／−ＡＩＨ」には、ＰＳＣのみを有する、ＩＢＤを伴う、または伴わないＰＳＣ、および、ＡＩＨを伴う、または伴わないＰＳＣ患者を含めた。「ＰＳＣのみ」には、ＰＳＣのみの診断を受けたが、他の肝疾患の併存が無い患者を含めた。「ＰＳＣ＋／−ＩＢＤ、ＡＩＨ無し」は、ＰＳＣのみ、ならびに、ＵＣを伴うＰＳＣを有するもの、または、ＣＤを伴うが、ＡＩＨの併存疾患が無いＰＳＣを含めた。「ＰＳＣ＋ＡＩＨ、ＩＢＤ無し」は、ＡＩＨが併発しているが、ＩＢＤは伴わないＰＳＣ患者を含めた。
【０２８１】
Ｅ１およびＥ３の血清濃度は、検証したすべての患者群の間で著しく異なっていた。ゆえに、Ｅ１およびＥ３は、１）健常対照およびＨＣＶ患者から、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣを識別すること、および、２）ＡＩＨおよびＰＢＣからＰＳＣを区別すること、に対する診断バイオマーカーとして有用である。
【０２８２】
図３の表に示されるように、Ｅ３に対し、２５ｐｇ／ｍｌ血清を超えるカットオフ値の場合には、感度８９％、特異度９３％で、健常対照およびＨＣＶ患者から、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣが識別される。Ｅ３に対し２８ｐｇ／ｍｌ血清を超えるカットオフ値の場合には、感度８５％、特異度９５％で健常対照およびＨＣＶ患者から、ＡＩＨ、ＰＢＣおよびＰＳＣが識別される。
【０２８３】
図３に示されるように、以下のアルゴリズムを用いることにより、ＰＳＣは、ＡＩＨおよびＰＢＣから識別されうる：
【０２８４】
Ｅ３＞２５＋Ｅ１／Ｅ３＞１５＋ＭＤＣ＞２８００
【０２８５】
（２５ｐｇ／ｍｌ血清を超えるＥ３血清濃度、１５を超える、Ｅ１血清濃度とＥ３濃度の比率（Ｅ１／Ｅ３比）、および、２８００ｐｇ／ｍｌ血清を超えるＭＤＣ血清濃度）。このアルゴリズムは、ＨＣＶおよび健常対照からＰＳＣを識別し、および、ＡＩＨおよびＰＢＣからも識別した（それぞれ、７２〜７５％の管度、および９２〜９６％の特異度）。
【０２８６】
図３に示されるように、以下のアルゴリズムにデータを適用することにより、ＡＩＨは、対照およびＰＢＣから識別されうる：
【０２８７】
Ｅ３＞２５＋Ｅ１／Ｅ３＜１５＋ＭＤＣ＞１８７０＋ＩＬ−１５＞２．４ｐｇ／ｍｌ
【０２８８】
（２５ｐｇ／ｍｌを超えるＥ３血清濃度、１５未満のＥ１／Ｅ３血清濃度の比、１８７０ｐｇ／ｍｌを超えるＭＤＣ血清濃度、および、２．４ｐｇ／ｍｌを超えるＩＬ−１５血清濃度）。このアルゴリズムにより、健常対照、ＨＣＶおよびＰＳＣに対し、９５〜１００％の高い特異度、ならびに、ＰＢＣに対し９０％の特異度で、ＡＩＨに対し６０％の感度を示した。
【０２８９】
図４において、対照（健常者およびＨＣＶ感染者を含む）に対する、ＡＩＨ、ＰＢＣおよび／またはＰＳＣの肝疾患の診断を容易にするために、異なるカットオフ（または閾値）Ｅ３血清濃度を用いた分析結果の要約を示す。図４の一番上のパネルは、Ｅ３＞１８、Ｅ３＞２０、Ｅ３＞２３、Ｅ３＞２５、Ｅ３＞２８、Ｅ３＞３０、Ｅ３＞３５、Ｅ３＞４０、および、Ｅ３＞４５のＥ３対照値を用いた結果を示す。図４の一番下のパネルは、図４の一番上のパネルの結果のより詳細な分析を示す。
【０２９０】
図５は、様々な対照Ｅ１／Ｅ３比の値での、様々なＥ３対照値を用いた、分析結果の要約を示す。
【０２９１】
図６は、様々なＥ３対照値、様々な対照Ｅ１／Ｅ３比の値、および、様々なＭＤＣ対照値を用いた分析結果の要約を示す。
【０２９２】
図７は、（Ｅ３／Ｅ１ｘ１００）値を用いた分析結果の要約を示す。
【０２９３】
図８は、１８７０ｐｇ／ｍｌのＭＤＣ値と併せた、様々なＥ３対照値、様々な対照Ｅ１／Ｅ３比の値、および、様々なＩＬ−１５対照値を用いた分析結果の要約を示す。
【０２９４】
さらに、以下のアルゴリズム：
【０２９５】
（Ｅ３＞２９）＋（Ｅ１／Ｅ３比＜１５）＋（ＩＬ−１５＞１．７）
【０２９６】
は、健常対照およびＰＳＣから、ＡＩＨを、感度７５％、および特異度はそれぞれ１００％および９８％で識別した。このアルゴリズムはＡＩＨに対する感度を上げたが、ＡＩＨに対する他のアルゴリズムよりも単純である一方、ＰＢＣおよび慢性Ｃ型肝炎に対する特異度はやや低く、しかし、ＡＭＡテストを行い、たとえばＨＡＶ、ＨＢＶ、ＨＣＶ、ＨＤＶ、ＨＥＶ、ＥＢＶおよびＣＭＶ等のウイルスに対する標準的な診断を用いてウイルス性肝炎が除外される場合には、実用的でありうる。
【０２９７】
実施例３：ＲＯＣ曲線分析
実施例１から得たデータを、Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ５．００，  Ｐｒｉｓｍ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｉｒｖｉｎｅ，  ＣＡ，  ＵＳＡ）を用いた分析に供し、受信者−操作者曲線（ＲＯＣ）を作成した。ＲＯＣ曲線は、特定のテストに対する感度と特異度の間の関連性を示す標準的な方法であり、たとえば、正常と異常由来の値を比較する際等の、所望される感度および特異度の値に関するガイダンスを提示する。Ｐｒｉｓｍを用いて、健常対照（図９〜１３のそれぞれの左側）に対する、ＰＢＣおよびＡＩＨの様々なカットオフでの、ならびに、ＨＣＶ（図９〜１３のそれぞれの右側）に対する、ＰＳＣ、ＰＢＣおよびＡＩＨの様々なカットオフでの、ＨＣＶ、ＰＳＣ、Ｅ３、Ｅ１、ＭＤＣおよびＩＬ−１５のそれぞれの感度および特異度に対するＲＯＣ曲線を作成した。Ｐｒｉｓｍは、カットオフ値としてのデータ表中の各値を用いて、感度および特異度の多くの対を自動的に算出する。我々の計算における、可能性のある各カットオフに対する信頼区間は９５％である。
【０２９８】
ＲＯＣ曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）は、疾患を有する者および有しない者の間を識別する本テストの全体的な能力を定量し、有用ではないテストは、０．５のＡＵＣとなり、「完璧」な場合には、ＡＵＣは１となる。たとえば、ＡＵＣが０．９０の場合、患者は、対照の９０％よりもより以上なテスト結果を有するということになる。Ｐｒｉｓｍソフトウェアでは、もし面積が０．５０未満と最初に算出された場合には、異常の定義を最も高いテスト値から最も低いテスト値へと反転させるため、ＲＯＣ曲線のＡＵＣは、０．５０未満となることは無い。これらの結果は、非パラメトリックの手法（患者群および対照群におけるテスト結果の分散に関する過程は何も作成されない）によりコンピューターで計算される（Hanley, J.A., and McNeil, B. J. 1982. Radiology 143:29-36）。
【０２９９】
ＲＯＣに対するＡＵＣは、０．５よりも大きく、ＡＵＣの値は、グラフの中心に示されている。健常対照（対照）に対するＨＣＶ感染者（ＨＣＶ）の比較を行ったＲＯＣのＡＵＣは、比較目的で、対照として示されている。
【０３００】
実施例４：アッセイ精度の評価
診断テストの精度の評価は、本テストの質および実用性を表すことができる特性のうちの１つである。本目的に対するまさに普遍的な２つのツールとしての感度と特異度に加え、精度を、陽性予測値および陰性予測値（ＰＰＶおよびＮＰＶ）、または、陽性診断および陰性診断の尤度比（ＰＤＬＲおよびＮＤＬＲ、または短くＰＬＲおよびＮＬＲ）を通して、表すことができる。これらのツールは、新しい診断が提供された際に、臨床医が尋ねうる普遍的な疑問に答えることができるものである。それらの疑問は、１）陽性または陰性テストの場合において、疾患の存在の有無の可能性はそれぞれどのくらいか？；および、２）本テストが、どのようにして、さらなる診断評価を減らすために、診療または他のテストに基づいた診断のテスト前確率を上げるか、である。
【０３０１】
テストのＰＰＶは、個人に陽性結果が見られた際の疾患の存在の確率を表し、テストのＮＰＶは、個人に陰性結果が見られた際の疾患の非存在の確率を表す。本質的に、ＰＰＶおよびＮＰＶは、疾患の有病率に依存している；ＤＬＲの使用は、疾患の有病率から独立しており、特に稀な疾患のケースにおいて重要であるため、ＤＬＲの使用はより関連したツールとなりうる。
【０３０２】
ＤＬＲは、診断テスト性能の評価基準である。テストの感度および特異度から算出され、度数で表現され、個人における診断のオッズ比は、テスト結果により修正される。たとえば、ＰＬＲは、所与の個人における疾患のオッズ比を増加させるテストの検出力を表し；一方で、ＮＬＲは、当該個人における疾患のオッズ比を減少させるテストの検出力を表す。ＰＬＲは、１〜＋無限大の範囲にあり、ＮＬＲは、０〜１の範囲にある。臨床的に有用ではないテストは、１のＰＬＲおよびＮＬＲを有し、テストを実施しても、疾患のテスト前のオッズ比をその結果が有意に変えることは無いため、疾患診断の助けとはならないことを意味する。
【０３０３】
概して、テストのＰＬＲ値が１０を超える場合、当該テストは、陽性結果の後、臨床医に対して受容可能な値にまで疾患の存在のテスト前オッズを効率的に増加させる。つまり、当該テストは、診断が所望される疾患を有するとして、健常者を検出することが無いことを意味する。対照的に、０．２またはそれより小さいＮＬＲの値は、健常者群中の疾患の存在の可能性を有意に減少させる。テストが高いＰＬＲを有する場合、さらなる介入を実施する患者として確信をもって個人を分類し、および、健常者を確実に治療しないようにするため、臨床医は、ＮＬＲよりもＰＬＲのほうがより重要であると考えるであろう。高いＰＬＲのテストはまた、さらなる診断評価（高価で、より侵襲的でありうる）を必要とする個人の数を減少させうる。
【０３０４】
以下に、本実施例において記述される診断アルゴリズムの例に関して、ＰＰＶ、ＮＰＶ、ＰＬＲおよびＮＬＲを検証した。感度、特異度、ＰＲＶ、ＮＰＶ、ＰＬＲ、およびＮＬＲに対する値は、図１４の表に詳述する。そこで算出されているように、Ｅ３に対する陽性結果（Ｅ３＞２８；縦列１）は、個人がＰＳＣ、ＰＢＣ、またはＡＩＨのうちの１つを有していることを、９８％の高い可能性（ＰＰＶ；縦列４；行１〜３）で示している。同様に、陰性のテスト結果（Ｅ３＜２８）は、個人がＰＳＣ、ＰＢＣ、またはＡＩＨのうちの任意のものを有していることを、それぞれ、８０％、８６％または１００％の可能性で示している。ゆえに、健常またはＡＩＨ症例でありうる個人の結成におけるＥ３の測定を行った後、もしＥ３＞２８であれば、臨床医は、確信をもって患者がＡＩＨを有していると結論付けることができ、もしＥ３＜２８であれば、ＡＩＨを有している可能性は全くないと結論づけることができる。
【０３０５】
ＡＩＨに対する診断としてのＥ３濃度の分析により、ＰＬＲに対しては５０の値（縦列６；行３）およびＮＬＲに対してはゼロ（縦列８；行３）の値が示された。これは、ＡＩＨに対するテスト前オッズ比が、陽性テスト結果（Ｅ３＞２８）に対し５０倍、および陰性テスト結果（Ｅ３＜２８）に対しゼロ倍することを意味する。どのように本テストに実施によりＡＩＨの可能性が増加するかを理解するために、これを可能性の値へと転換するために、１：１のテスト前オッズ比（５０％の可能性と等しい）を例として用いた。テスト実施の後、陽性テスト結果（Ｅ３＜２８）に対しては、テスト後オッズ比は５０：１にまで増加し、これは、９８％の可能性と等しい（縦列７；行３）。同様に、陰性テスト結果（Ｅ３＞２８）に対しては、テスト後のオッズ比は、０：１にまで減少し、これは、０％の可能性の値に等しい（縦列９；行３）。
【０３０６】
縦列７および９の他の値もまた、１：１の出過ぎたテスト前オッズ比による、他のアルゴリズムに対するテスト後の可能性の値を示す（５０％のテスト前可能性値に等しい）。簡潔に述べると、我々のすべての診断アルゴリズムは、５０％の診断前可能性値を、陽性テスト結果に対しては９５％から１００％の値へと増加させることができ、および、陰性テスト結果に対しては、０％〜２９％へと減少させることができる。この分析により、健常者よりも患者を特異的に検出するための、これらの診断テスト／アルゴリズムの重要さが裏付けられる（陽性結果が見られた場合；ＰＬＲ）。これにより、患者と識別された者を治療することに対する確実性がもたらされ、さらなる診断評価（一部は侵襲的で高価である）の必要性のある個人の数が大幅に減少される。
【０３０７】
実施例５：Ｅ３およびアルカリホスファターゼ（ＡＰ）の分析
血清中のアルカリホスファターゼ（ＡＰ）のレベルの測定は、多くの場合、肝疾患の症状を示す患者に対する初期精密検査パネルに含まれている。ＡＰレベルは、疾患全体で一定して上昇しているわけではないが、ＡＰレベルは通常、肝疾患の胆汁うっ滞型の指標である。ゆえに、ＡＰレベルの単独検出は通常、たとえばＰＳＣ等の疾患の確定診断には不十分である。Ｅ３レベルが、慢性Ｃ型肝炎（ＣＨＣ）患者および健常対照（ＨＣｓ）と比較して、ＰＳＣ患者において有意に上昇していることが示されたことから、実験は、Ｅ３およびＡＰの検出が、ＰＳＣの診断をさらに促進するかどうかを決定するために行われた。
【０３０８】
本実験において、総ＡＰレベルおよびＥ３レベルを、ＰＳＣを有する患者由来の血清試料中で測定した。ＡＰレベルは、ＡＰ酵素活性の検出のための酵素アッセイを用いて、総ＡＰとして分析した。ＡＰの正常（対照）範囲は、男性で４０〜１２９ＩＵ／リットルであり、女性で３５〜１０４ＩＵ／リットルである。正常レベルを超えて上昇した血清ＡＰを有する患者は、ＡＰ陽性（ＡＰ＋）と表された。Ｅ３は、上述のように検出された。対照Ｅ３レベルを超える血清Ｅ３レベルは、Ｅ３陽性（Ｅ３＋）と呼称される。ＡＰレベルは、４回にわたる外来診療で、患者において測定された。外来診療の間隔は、数か月から数年の間で変化した。
【０３０９】
結果を図１５に示す。ＰＳＣ患者の５５％が、４回全ての時点でＡＰ＋であった。ＰＳＣ患者の８８％が、４回の時点のうちの少なくとも１回で、ＡＰ＋であり、４回全ての時点の平均陽性率は７０％であった（図１５、下のパネル）。
【０３１０】
対照的に、もし、Ｅ３＞２８ｐｇ／ｍｌ、Ｅ３＞２５ｐｇ／ｍｌ、または、Ｅ３＞２３ｐｇ／ｍｌである場合、それぞれ、ＰＳＣ患者の７９％、８４％、または８８％が、高Ｅ３血清レベルにより検出された。ＰＳＣ患者の９７％が高いＥ３（Ｅ３＞２８ｐｇ／ｍｌ）を有し、または、４つ全ての時点でＡＰが上昇しており、および、ＰＳＣ患者の９８％が、高いＥ３または少なくとも１つの時点でＡＰが増加していた（Ｅ３＋または、いずれかのＡＰ＋）（図１５の上のパネルおよび下のパネル）。Ｅ３は、ＰＳＣに対し高い特異度を有し、ＣＨＣおよびＨＣの症例における偽陽性が、それぞれたった７％および２％である。このことは、Ｅ３レベルおよびＡＰレベルをモニタリングすることにより、ＰＳＣ患者の診断が容易になることを示唆している。本実験は、肝疾患の診断を容易にするための、標準的なマーカーセットの一部として、ＡＰと共に肝臓パネル中にＥ３を含めることの価値を証明している。さらに、Ｅ３が肝疾患を疑われる場合の一連の診断における、初期マーカーパネルの一部ではない場合、ＡＰレベルと共にＥ３レベルを評価することにより、ＡＰ単独を用いては正確な診断を逃してしまう、ＰＳＣを有する患者を特定することができる。別の言い方をすれば、ＡＩＨに対して陰性、およびＰＢＣに対して陰性の患者において、対照Ｅ３レベルよりも高いＥ３レベル、および／または、対照ＡＰレベルよりも高いＡＰレベルは、ＰＳＣ診断の指標となる。
【０３１１】
要約すると、Ｅ３の測定を行うことにより、健常対照およびＨＣＶ患者から、ＰＳＣ、ＰＢＣおよびＡＩＨを識別することができる。血清中のＥ３に対する分析、ならびに、Ｅ１血清濃度の分析、およびＭＤＣ血清レベルに加えてＥ１／Ｅ３比を用いることにより、さらに、ＰＢＣおよび／またはＡＩＨからＰＳＣを識別することができる。Ｅ３レベル、Ｅ１／Ｅ３比、およびＭＤＣレベルに加えるパラメーターとして、ＩＬ−１５血清濃度を含めることにより、ＰＢＣおよびＡＩＨを、互いに識別することができる。最後に、ＰＳＣの診断が疑われる場合、ＡＰおよびＥ３のレベルを分析することにより、対照におけるＰＳＣの正確な診断を行う可能性が高くなりうる。
【０３１２】
ケモカインおよびサイトカインのレベルにおける変化は通常、肝臓への損傷を引き起こす白血球の浸潤よりも先んずるため、これらの診断を行うことにより、より速く診断を行うことができ、それによって、患者の治療および管理に役立てることができる。さらに、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルスおよびＥ型肝炎ウイルスならびにＥＢＶおよびＣＭＶウイルスのようなウイルスに対して利用可能な標準的な診断を用いて、公知のウイルスによるウイルス性肝炎が最初に除外されていれば、ＰＢＣおよびＡＩＨからのＰＳＣの鑑別診断は、ＭＤＣに対するカットオフ値と組み合わせたＥ１／Ｅ３比を用いることにより行うことができ、次いで、ＩＬ−１５をアルゴリズムに加えることにより、ＡＩＨからＰＢＣの鑑別が行われる。
【０３１３】
本発明は、その特定の実施形態に準拠して記述されているが、本発明の真の主旨および範囲から逸脱することなく、様々な変更を行いうること、および、均等物により置換されうることが、当業者には理解される。さらに、多くの改変を行い、特定の状況、物質、組成物、プロセス、プロセスのステップ（１つまたは複数）を、本発明の目的、精神、および範囲に適合させることができる。そのようなすべての改変は、本明細書に添付される請求項の範囲内にあることが意図される。
【図１】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図３】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【配列表】
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