(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象のゲノムにおいて１つ以上のマイクロサテライト座位を検出する工程を含む、対象をミドリイシ属と同定するための方法であって、該マイクロサテライト座位の検出は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択される１つ以上のプライマー対を使用することによって実施される、前記方法。
【請求項２】
プライマー対の１つがさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対であって、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択される、前記プライマー対。
【請求項４】
プライマー対の１つがさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含む、請求項３記載のプライマー対。
【請求項５】
鋳型としてのミドリイシ種の第一のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズが、ミドリイシ種の第二のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズとは異なる、マイクロサテライト座位を同定する工程を含む、異なる遺伝子型のミドリイシ種においてＰＣＲサイズ多型を示す、マイクロサテライト座位の対立遺伝子を同定するための方法であって、該マイクロサテライト座位を同定する工程において、ＰＣＲフラグメントの増幅が、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
からなる群より選択される１つ以上のプライマー対を使用することによって実施される、前記方法。
【請求項６】
マイクロサテライト座位からＰＣＲフラグメントを増幅するプライマー対を含む、ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するためのキットであって、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
からなる群より選択される、前記キット。
【請求項７】
第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニー又はその一部を移植することによって回復させた対象のサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数を定量するための方法であって、前記キメラ化レベルの指数は、対象のサンゴコロニーの全細胞に対する、第一のサンゴコロニーに由来する細胞、又は第二のサンゴコロニーに由来する細胞の比率であり、
（ａ）鋳型としての第一のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズが、第二のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズとは異なる、１つ以上のマイクロサテライト座位を同定する工程、
ここで、ＰＣＲフラグメントの増幅は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
からなる群より選択される１つ以上のプライマー対を使用することによって実施される；
（ｂ）対象のサンゴコロニーの全細胞から得られたゲノムＤＮＡを鋳型として、前記（ａ）において同定された１つ以上のマイクロサテライト座位を増幅して、それぞれのマイクロサテライト座位についてのＰＣＲフラグメントを得る工程；
（ｃ）前記（ｂ）において得られた第一及び第二のサンゴコロニーを示すＰＣＲフラグメント全体に対する、前記第一又は第二のサンゴコロニーを示すＰＣＲフラグメントの相対的モル比率を決定する工程；及び
（ｄ）対象のサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数として、前記（ｃ）において決定されたＰＣＲフラグメントの相対的モル比率を与える工程
を含む、前記方法。
【請求項８】
請求項７記載の方法に使用するためのキットであって、これは
対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するプライマー対を含み、ここで、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
からなる群より選択される、前記キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、ミドリイシ属についてのマイクロサテライトマーカー、特にミドリイシ属に普遍的なマイクロサテライトマーカーに関する。
【０００２】
発明の背景
序論
ミドリイシ（イシサンゴ目、ミドリイシ科）は、造礁サンゴによく見られる象徴的な属である。それはまた、紅海からインド太平洋を通ってカリブ海までの最も広範囲におよぶサンゴ属の１つであり、現存の種（１１３個）の中で最大数を有する（Wallace, 1999）。化石の記録は、この属がおそらく約５０００万年前（５０ＭＹＲ）に発生したことを示唆する（Veron, 1995）。ミドリイシ属サンゴには２つの明確に異なるグループが存在する：一斉産卵ミドリイシと、他の一斉産卵種よりも１．５〜３時間前に産卵する「早期産卵種」（Hatta et al., 1999;  Fukami et al., 2000）。２つのグループは６６０万年前に分岐したと考えられている（Fukami et al., 2000）。これらのグループ内の主な多様化はより近年に起こった（２００万年前、２ＭＹＲ）（Veron, 1995）。さらに、１コピー遺伝子ＰａｘＣイントロン及びミトコンドリアマーカーを使用した分子系統発生解析は、ミドリイシ属サンゴを、４つの主要な遺伝的系統群に分類することができることを示す（van Oppen et al., 2001; Marquez et al., 2002）（図１）。ウスエダミドリイシ（A.tenuis）をはじめとする早期産卵種は、最も基本的な遺伝的系統群に属するが（遺伝的系統群Ｉ）（Fukami et al., 2000; van Oppen et al., 2001）、大半の一斉産卵種は遺伝的系統群ＩＩＩに属する。遺伝的系統群ＩＶは、コユビミドリイシ（A.digitifera）をはじめとする比較的少数の種を有する（van Oppen et al., 2001）。
【０００３】
サンゴ礁は、全ての記載されている海洋生物種の約３分の１を有すると推定されている（Knowlton et al., 2010）；しかしながら、それらは、海洋酸性化及び海水温上昇をはじめとする、一連の人為的起源の課題に直面している（例えば、Hoegh-Guldberg et al., 2007）。ミドリイシ種は世界中のサンゴ礁の主要な成分であるが、それらは水温上昇に対して最も敏感であり（Loya et al., 2001）、近い将来には減少すると予想されている（Alvarez-Filip et al., 2013）。ミドリイシ属サンゴの適切な維持及び保存のために、個体群間の遺伝的多様性及び関連性を理解することが重要である。マイクロサテライトなどの高分解能の遺伝子マーカーがこのような研究のために必須である。以前の研究は、いくつかのミドリイシ種、例えばカツノミドリイシ（A.palmata）（Baums et al., 2005）、ハイマツミドリイシ（A.millepora）（Van Oppen et al., 2007）、ハナバチミドリイシ（A.cytherea）（Concepcion et al., 2010）、並びにAcropora sp1及びコユビミドリイシ（Nakajima et al., 2009）に対して特異的であるマイクロサテライトマーカーの開発に成功した。しかしながら、いくつかのマーカーについて種間増幅が確認された（Nakajima et al., 2009）。１１３個のミドリイシ種の中の僅か約５つについてのマイクロサテライトマーカーしか現在入手可能ではないので、「普遍的な」ミドリイシマイクロサテライトマーカー数の増加は極めて有用であろう。この研究では、本発明者らは、様々なミドリイシ種に適用することのできる種間マイクロサテライトマーカーを開発した。これを達成するために、本発明者らは、分類学的に明確に異なる遺伝的系統群に属する２つのミドリイシ種（Ｉ：ウスエダミドリイシ、ＩＶ：コユビミドリイシ）を使用し、本発明者らは次世代シークエンス技術を活用して、両方の種のために使用することのできる新規なマイクロサテライトプライマー対を設計した。
【０００４】
発明の概要
本発明の１つの態様では、対象のゲノムにおける１つ以上のマイクロサテライト座位を検出する工程を含む、対象をミドリイシ属と同定するための方法が提供され、ここで、該マイクロサテライト座位は、表１に列挙されているか、又は、
（ｉ）マイクロサテライト座位８３４６ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｉ）マイクロサテライト座位７９６１ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｉｉ）マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｖ）マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖ）マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉ）マイクロサテライト座位５３０ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉｉ）マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉｉｉ）マイクロサテライト座位４４１ｍ６（その５’フランキング領域は配列番号１５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｘ）マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘ）マイクロサテライト座位８４９９ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉ）マイクロサテライト座位７２０３ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｉ）マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｉｉ）マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｖ）マイクロサテライト座位４５４６ｍ２（その５’フランキング領域は配列番号２７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖ）マイクロサテライト座位９０７９ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号２９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉ）マイクロサテライト座位１１１９２ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉｉ）マイクロサテライト座位８０１０ｍ６（その５’フランキング領域は配列番号３３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉｉｉ）マイクロサテライト座位１２１９８ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号３５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；及び
（ｘｉｘ）マイクロサテライト座位７８５０ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）
からなる群より選択される。
【０００５】
対象をミドリイシ属と同定するための方法において、対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位の検出は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択された１つ以上のプライマー対を使用することによって実施され得る。
【０００６】
対象をミドリイシ属と同定するための方法において、対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位の検出は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位９０７９ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１１９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８０１０ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１９８ｍ３のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７８５０ｍ４のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択された１つ以上のプライマー対を使用することによって実施され得る。
【０００７】
対象をミドリイシ属と同定するための方法において、１つ以上のプライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【０００８】
対象をミドリイシ属と同定するための方法において、プライマー対の１つはさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含み得る。
【０００９】
本発明の別の態様では、ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅させるためのプライマー対が提供され、ここで、該マイクロサテライト座位は表１から選択されるか、又は、
（ｉ）マイクロサテライト座位８３４６ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｉ）マイクロサテライト座位７９６１ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｉｉ）マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｖ）マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖ）マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉ）マイクロサテライト座位５３０ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉｉ）マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｖｉｉｉ）マイクロサテライト座位４４１ｍ６（その５’フランキング領域は配列番号１５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｉｘ）マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘ）マイクロサテライト座位８４９９ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号１９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉ）マイクロサテライト座位７２０３ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｉ）マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｉｉ）マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５（その５’フランキング領域は配列番号２５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｉｖ）マイクロサテライト座位４５４６ｍ２（その５’フランキング領域は配列番号２７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖ）マイクロサテライト座位９０７９ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号２９のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉ）マイクロサテライト座位１１１９２ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３１のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉｉ）マイクロサテライト座位８０１０ｍ６（その５’フランキング領域は配列番号３３のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；
（ｘｖｉｉｉ）マイクロサテライト座位１２１９８ｍ３（その５’フランキング領域は配列番号３５のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）；及び
（ｘｉｘ）マイクロサテライト座位７８５０ｍ４（その５’フランキング領域は配列番号３７のヌクレオチド配列を含み、その３’フランキング領域は配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む）
からなる群より選択される。
【００１０】
ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅させるためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００１１】
ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅させるためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位９０７９ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１１９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８０１０ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１９８ｍ３のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５’フランキング領域の配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３’フランキング領域の配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチド配列を含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７８５０ｍ４のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択され得る。
【００１２】
ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅させるためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００１３】
ミドリイシ属のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅させるためのプライマー対において、プライマー対の１つはさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含み得る。
【００１４】
本発明の１つの態様では、対象のゲノムにおける１つ以上のマイクロサテライト座位を検出する工程を含む、ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定するための方法が提供され、該マイクロサテライト座位は表１に列挙されているか、又は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８３４６ｍ３；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７９６１ｍ４；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位５３０ｍ４；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４４１ｍ６；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８４９９ｍ４；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７２０３ｍ５；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４５４６ｍ２；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位９０７９ｍ３；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１１９２ｍ４；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８０１０ｍ６；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１９８ｍ３；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７８５０ｍ４
からなる群より選択される。
【００１５】
ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定するための方法において、対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位の検出は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー
からなる群より選択された１つ以上のプライマー対を使用することによって実施され得る。
【００１６】
ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定するための方法において、対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位の検出は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して相補的である配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位９０７９ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１１９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８０１０ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１９８ｍ３のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７８５０ｍ４のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択された１つ以上のプライマー対を使用することによって実施され得る。
【００１７】
ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定するための方法において、１つ以上のプライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００１８】
ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定するための方法において、プライマー対の１つはさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含み得る。
【００１９】
本発明の別の態様では、ミドリイシ種のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対が提供され、ここで、該マイクロサテライト座位は表１から選択されるか、又は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８３４６ｍ３；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７９６１ｍ４；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位５３０ｍ４；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４４１ｍ６；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８４９９ｍ４；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７２０３ｍ５；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４５４６ｍ２；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位９０７９ｍ３；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１１９２ｍ４；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８０１０ｍ６；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１９８ｍ３；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７８５０ｍ４
からなる群より選択される。
【００２０】
ミドリイシ種のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００２１】
ミドリイシ種のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位９０７９ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１１９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８０１０ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１９８ｍ３のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号３８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７８５０ｍ４のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択され得る。
【００２２】
ミドリイシ種のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対において、該プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖ）配列番号２９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉ）配列番号３１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉ）配列番号３３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｘ）配列番号３７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号３８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００２３】
ミドリイシ種のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するためのプライマー対において、プライマー対の１つはさらに、その５'末端に配列番号３９（Ｍ１３プライマー）のヌクレオチド配列を含み得る。
【００２４】
本発明の別の態様では、鋳型としてのミドリイシ種の第一のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズが、ミドリイシ種の第二のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズとは異なる、マイクロサテライト座位を同定する工程を含む、異なる遺伝子型のミドリイシ種においてＰＣＲサイズ多型を示す、マイクロサテライト座位の対立遺伝子を同定するための方法が提供され、ここで、該マイクロサテライト座位は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８３４６ｍ３；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７９６１ｍ４；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位５３０ｍ４；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４４１ｍ６；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８４９９ｍ４；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７２０３ｍ５；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４５４６ｍ２
からなる群より選択される。
【００２５】
ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００２６】
ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択され得る。
【００２７】
ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
からなる群より選択され得る。
【００２８】
本発明のもう１つの態様では、第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニー又はその一部を移植することによって回復させたキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数を定量するための方法が提供され、これは、
（ａ）鋳型として第一のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズが、第二のサンゴコロニーから得られたゲノムＤＮＡを用いて増幅させたＰＣＲフラグメントサイズとは異なる、１つ以上のマイクロサテライト座位を同定する工程、ここで、該マイクロサテライト座位は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８３４６ｍ３；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７９６１ｍ４；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位５３０ｍ４；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４４１ｍ６；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８４９９ｍ４；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７２０３ｍ５；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４５４６ｍ２
からなる群より選択される；
（ｂ）第一及び第二のサンゴコロニーを示す対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率を決定する工程、並びに
（ｃ）回復したキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数として、第一のサンゴコロニーを示すＰＣＲフラグメントのモル比率を与える工程
を含む。
【００２９】
本発明のもう１つの態様では、第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニー又はその一部を移植することによって回復させたキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数を定量するためのキットが提供され、
これは対象のゲノムにおけるマイクロサテライト座位を増幅するプライマー対を含み、ここで、該マイクロサテライト座位は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８３４６ｍ３；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７９６１ｍ４；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１７４５ｍ３；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２４０６ｍ３；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１５４３ｍ５；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位５３０ｍ４；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１４０１ｍ４；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４４１ｍ６；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１１２９２ｍ４；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位８４９９ｍ４；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位７２０３ｍ５；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１０３６６ｍ５；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位１２１３０ｍ５；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含む５'フランキング領域及び配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列を含む３'フランキング領域を有する、マイクロサテライト座位４５４６ｍ２
からなる群より選択される。
【００３０】
第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニーを移植することによって回復させたキメラサンゴコロニーの指数を定量するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【００３１】
第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニー又はその一部を移植することによって回復させたキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数を定量するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８３４６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７９６１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１７４５ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２４０６ｍ３のＤＮＡを増幅する；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１５４３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位５３０ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１４０１ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４４１ｍ６のＤＮＡを増幅する；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号１８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１１２９２ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２０に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位８４９９ｍ４のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２２に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位７２０３ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２４に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１０３６６ｍ５のＤＮＡを増幅する；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２６に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位１２１３０ｍ５のＤＮＡを増幅する；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、及び、配列番号２８に対して相補的であるヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含むプライマー、ここで、該プライマーは、鋳型として対象のゲノムＤＮＡを使用してマイクロサテライト座位４５４６ｍ２のＤＮＡを増幅する
からなる群より選択され得る。
【００３２】
第一のサンゴコロニーと同じ種に属する回復が必要とされる第二のサンゴコロニーに、ミドリイシ種の第一のサンゴコロニー又はその一部を移植することによって回復させたキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数を定量するためのキットにおいて、プライマー対は、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉ）配列番号３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｉｉ）配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｖ）配列番号７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖ）配列番号９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉ）配列番号１３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１６のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｉｘ）配列番号１７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号１８のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘ）配列番号１９のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２０のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２２のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２４のヌクレオチド配列を含むプライマー；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２６のヌクレオチド配列を含むプライマー；及び
（ｘｉｖ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含むプライマー、及び配列番号２８のヌクレオチド配列を含むプライマー
からなる群より選択され得る。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
【図１】分子マーカーから推論されるミドリイシ属サンゴの系統学的関係。この研究に使用されたミドリイシ種（ウスエダミドリイシ、コユビミドリイシ、及びナンヨウミドリイシ（A.hyacinthus）が示されている。Van Oppen et al.（2001）及びMarquez et al.（2002）から改変。
【００３４】
発明の詳細な説明
特記しない限り、明細書及び特許請求の範囲において使用される成分の重量比率を表現する数字、寸法、及び特定の物理的特性に関する数値などの全ての数字は、全ての場合において「約」という用語によって修飾されていると理解されたい。また、明細書及び特許請求の範囲において使用される具体的な数値は、本発明の追加の実施態様を形成することも理解されるべきである。実施例に開示された数値の正確さを確実にするために努力がなされてきた。しかしながら、あらゆる測定された数値は、そのそれぞれの測定技術に見られる標準偏差から生じた一定の誤差を本質的に含有している可能性がある。
【００３５】
本明細書において使用される不定冠詞「ａ（１つの）」又は「ａｎ（１つの）」の使用は「少なくとも１つ」を意味し、そうではないと明記されない限り、「たった１つ」に限定されるべきではない。したがって、例えば、「金属触媒」への言及は、そうではないと明確に示されない限り、１つ、２つ、又はそれ以上の金属触媒を有する実施態様を含む。
【００３６】
本明細書において使用される「対象をミドリイシ属と同定」又は「ミドリイシ属の対象をミドリイシ種と同定」という語句は、ミドリイシ属の対象が、ミドリイシの特定の種に分類されたと決定されることを意味するか、又は、該語句は、対象が属する特定のミドリイシ種を識別することを意味する。ミドリイシの特定の種のそれぞれに対して、本発明の１つ以上のマイクロサテライト座位についてのＰＣＲフラグメントサイズ多型の基準パターンが決定される。鋳型として同定しようとするサンゴ試料のゲノムＤＮＡを使用したＰＣＲ増幅を、各々のマイクロサテライト座位について行ない、試料のＰＣＲフラグメントサイズ多型のパターンを得る。試料のパターンが基準パターンの１つと一致した場合、サンゴ試料は、基準パターンの種と同じ種に属すると同定される。
【００３７】
本明細書において使用される「対象」という用語は、サンゴの幼虫、プラヌラ、ポリープ、及びコロニーのような多細胞サンゴ生物、ニューロン、刺胞、及び上皮細胞などの多細胞サンゴ生物を構成する個々のサンゴ細胞、触手、表皮、中膠、及びカップ状のくぼみなどの個々のサンゴ細胞から構成される組織又は器官、並びに、配偶子、精子、及び受精卵などの単細胞生物を含むがこれらに限定されない、生物学的材料を意味する。
【００３８】
本明細書において使用される「ＰＣＲ」という用語は、ポリメラーゼ連鎖反応技術を、ミドリイシ属のサンゴ種の同定のために適用することを意味する。ミドリイシ属サンゴの生物学的材料からのゲノムＤＮＡの調製は、オランダのキアゲンＮ．Ｖ．社のＤＮｅａｓｙキットを含むがこれに限定されない市販されている任意のキットから行なう。実験技術は、「Molecular Cloning: A Laboratory Manual,」（Fourth Edition, by M. R. Green and J. Sambrook, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012）を含むがこれに限定されない実験マニュアルに記載されている。
【００３９】
本明細書において使用される「少なくとも１７個連続したヌクレオチドを含む」という語句は、本発明のプライマーが、分断するヌクレオチドを全く含むことなく、参照された配列識別子に示された特定のヌクレオチド配列の中の１７塩基以上、例えば１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、又はそれ以上のヌクレオチドを有することを意味する。
【００４０】
本明細書において使用される「配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する」という語句は、本発明のプライマーが、特定の配列識別子と関連した特定のヌクレオチド配列に対して９０％以上、例えば９３、９５、９７、９９％以上、又は１００％の配列同一性を有することを意味する。配列同一性は、下記されているように比較しようとする２つの配列をアラインさせ、アラインされた部分において同一である塩基の数を決定し、その数を、本発明の（クエリ）配列の総塩基数で割り、そして結果に１００を乗じることによって決定される。ポリヌクレオチド及びポリペプチド配列をアラインさせ、特定の領域における同一の残基の比率を、公共で入手可能なコンピューターアルゴリズムを使用して、別のポリヌクレオチド又はポリペプチドに対して決定し得る。ポリヌクレオチド配列をアラインさせその類似率を同定するための２つの例示的なアルゴリズムは、ＢＬＡＳＴＮ及びＦＡＳＴＡアルゴリズムである。コンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＮ及びＦＡＳＴＡは、米国の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）などのインターネット上で入手可能である。ＢＬＡＳＴＮアルゴリズムの使用は、Altschul, et al., Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402, 1997の刊行物に記載されている。ＦＡＳＴＡアルゴリズムの使用は、Pearson and Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448, 1988；及びPearson, Methods in Enzymol. 183: 63-98, 1990に記載されている。
【００４１】
本明細書において使用される「配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する」という語句は、「特定の配列識別子に関連した特定のヌクレオチド配列から１つ又はいくつかのヌクレオチドが、欠失しているか、置換されているか、又は付加されている、ヌクレオチド配列を有する」で置き換えることができる。「いくつかのヌクレオチド」という言い回しは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、又は１０個のヌクレオチドを意味する。「特定の配列識別子に関連した特定のヌクレオチド配列から１つ又はいくつかのヌクレオチドが、欠失しているか、置換されているか、又は付加されている、ヌクレオチド配列を有する」という語句で定義された一対のプライマーも、プライマーが、本出願に開示されたマイクロサテライト座位のＤＮＡを増幅すると定義され得る。
【００４２】
本明細書において使用される「異なる遺伝子型のミドリイシ種においてＰＣＲサイズ多型を示すマイクロサテライト座位の対立遺伝子を同定する」という語句は、ミドリイシ種の配偶子から得られた細胞のゲノムＤＮＡを用いて増幅したＰＣＲフラグメントのサイズが、ミドリイシの異なる配偶子から得られた細胞のゲノムＤＮＡを用いて増幅したＰＣＲフラグメントのサイズとは異なることを意味する。関心対象の特定のサンゴコロニーの組合せにおいてＰＣＲフラグメントサイズ多型を示す特定のマイクロサテライト座位は、「情報価値のある」遺伝子座と呼ばれ得る。したがって、情報価値のある遺伝子座は、ミドリイシ種の１つのコロニーとミドリイシ種の別のコロニーとの間にＰＣＲサイズ多型を示し得、これを使用して、コロニーが単一の配偶子に由来する細胞から構成されているか、又は、コロニーはキメラであるか、すなわち、複数の配偶子に由来する細胞から構成されているかを決定し得る。
【００４３】
本明細書において使用される「ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定する」という語句は、サンゴ試料をＰＣＲ増幅によって分析して、サンゴ試料が、同じマイクロサテライト座位の他の対立遺伝子とは明確に異なる特定のＰＣＲフラグメントサイズを有するマイクロサテライト座位の特定の対立遺伝子を有するかどうかを決定することを意味する。ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するための方法及びキットは、異なる遺伝子型のミドリイシ種においてＰＣＲサイズ多型を示す、マイクロサテライト座位の対立遺伝子を同定するために本発明の方法によって選択されたプライマー対を含む。ミドリイシ種のマイクロサテライト座位のＰＣＲサイズ多型対立遺伝子を決定するための方法及びキットは、ミドリイシ種の全コロニーが、単一の配偶子に由来する細胞から構成されているか、又はコロニーがキメラであるかを決定するのに有用である。該方法及びキットはまた、サンゴコロニーのキメラ状態の指数を定量するのにも有用である。該方法及びキットはまた、野生の生息地又は人工の生息地におけるサンゴコロニー又はサンゴ集団の遺伝的組成を分析するのにも有用である。
【００４４】
「キメラレベルの指数」という語句は、第一のサンゴコロニーと、回復の必要があった第二のサンゴコロニー、すなわちレシピエントコロニーの子孫から構成される、移植された全コロニーにおける、第一のサンゴコロニー、すなわちドナーコロニーの子孫細胞の相対的寄与の定量的パラメーターを意味する。あるいは、キメラレベルの指数は、第二のコロニーに由来する細胞から構成され、また第一のコロニーに由来する成功裡に移植された細胞からも構成され得る、移植されたコロニーの全細胞における、第一のコロニーに由来する細胞の相対的比率を意味する。キメラレベルの指数は、ミドリイシ属の同じサンゴ種のドナーコロニー及びレシピエントコロニーの特定の組合せについての情報価値のあるマイクロサテライト座位を同定し、第一及び第二のサンゴコロニーを示す対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率を決定し、回復したキメラサンゴコロニーのキメラ化レベルの指数として、第一のサンゴコロニーを示すＰＣＲフラグメントのモル比率を出すことによって、定量的に決定される。第一及び第二のサンゴコロニーを示す対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡの増幅は、Wang L.-J.（2002）などの当業者には周知である任意のＰＣＲ技術を用いて、対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率が検量曲線又は混合ＤＮＡ曲線を参照して再現性をもって決定されるような反応条件を用いて行なわれ得る。情報価値のあるマイクロサテライト座位の特定の対立遺伝子から増幅したＰＣＲフラグメントのサイズに基づいて、各々の対立遺伝子から増幅したＰＣＲフラグメントは、サイズによる分離についての任意の周知の技術、例えば慣用的なゲル電気泳動又はキャピラリー電気泳動を用いて、分離用培地としてアガロース又はポリアクリルアミドゲルを用いて（しかしこれらに限定されない）分離され得る。各々の対立遺伝子のＰＣＲフラグメントの量は、蛍光標識システムと併せて蛍光又はレーザー誘起蛍光をベースとした検出システムを用いて測定され得る。検量曲線は、様々な比の第一コロニーと第二コロニーのゲノムＤＮＡの混合物を用いて増幅したＰＣＲフラグメントの相対量をプロットすることによって作成される。典型的には、第一コロニーと第二コロニーの比は、０：１００、５：９５、１０：９０、１５：８５、２０：８０、・・・、４０：６０、４５：５５、５０：５０、５５：４５、・・・、８０：２０、８５：１５、９０：１０、９５：５、及び１００：０からなる群より選択された比の任意の組合せとして設定される。対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率は、検量曲線を参照して第一コロニーと第二コロニーを示す増幅したＰＣＲフラグメントの相対量から決定される。第一コロニーを示す対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率は、１００×（第一コロニーを示すＰＣＲフラグメントの相対的モル含量）／（第一コロニー及び第二コロニーを示すＰＣＲフラグメントの相対的モル含量の合計）として計算される。第二コロニーを示す対立遺伝子についてのゲノムＤＮＡのモル比率は、１００×（第二コロニーを示すＰＣＲフラグメントの相対的モル含量）／（第一コロニー及び第二コロニーを示すＰＣＲフラグメントの相対的モル含量の合計）として計算される。
【００４５】
本発明はさらに、以下の非制限的な実施例によって説明される。
【００４６】
材料及び方法
ゲノムＤＮＡを、沖縄県の許可の下で（番号：２４−４８）、日本の沖縄の瀬底島で回収したウスエダミドリイシコロニーから、グアニジニウム試薬ＣＨＡＯＳを使用して単離した（Fukami et al., 2000）。本発明者らは、製造業者の説明書に従って、ＭｉＳｅｑシークエンサー（Illumina）を使用して２５０ｂｐのペアエンドリードをシークエンスした。品質の低い塩基（Ｐｈｒｅｄクオリティ値、ＱＶ≧２０）を生データから切り取り、少なくとも８０ｂｐのリード対を、ＳｏｌｅｘａＱＡを使用して保持した（Cox et al., 2010）。本発明者らは、単純反復配列（ＳＳＲ）の検出及びペアエンドシークエンスデータからのＰＣＲプライマー設計のため、ＰＡＬ＿ＦＩＮＤＥＲ（Castoe et al., 2012）を使用した。非常に可変的であり得るマイクロサテライト座位を選択するために、本発明者らは、より長い反復配列を増幅するプライマー対を選択した（閾値：それぞれ、２ｍｅｒ；１５回以上のリピート、３ｍｅｒ；１０、４ｍｅｒ；７、５ｍｅｒ；５、及び６ｍｅｒ；４）。共生シンビオディニウム（Symviodinium）のＤＮＡから派生したプライマーを除去するために、各々の対における両方のプライマーのヌクレオチド配列を、シンビオディニウムを含まない精子ＤＮＡを使用して近年解読されたコユビミドリイシゲノム（Shinzato et al., 2011）に、ＢＬＡＳＴＮソフトウェアを使用してマッピングした（Altschul et al., 1990）。さらに、プライマー対（これからの少なくとも１つのプライマーが、コユビミドリイシゲノムに唯一マッピングされた）を選択し、非特異的なＰＣＲ増幅を発生し得るプライマー対を選択するのを回避した。
【００４７】
フラグメント分析のために、ウスエダミドリイシの３０個のコロニーを、日本の沖縄の瀬底島で回収し、コユビミドリイシの４５個のコロニーを日本の沖縄の慶良間諸島でそれぞれ回収した（沖縄県の許可番号：２４−４８）。無性フラグメンテーション又は無性増殖を通して産生された可能性のあるコロニーの重複採取を避けるために、物理的に明確に異なりかつ他のコロニーから少なくとも２ｍ離れていたコロニーのみをサンプリングした。ゲノムＤＮＡを、ＤＮｅａｓｙキット（キアゲン）を使用して抽出した。反応混合物（１０μL）は、Schuelke（2000）の方法に基づいて、鋳型ＤＮＡ（１ng/L未満）、AmpliTaq Gold 360 Master Mix（キアゲン）、及び各々の遺伝子座についての３つのプライマー：テールのない逆方向プライマー（０．１μM）、Ｍ１３逆（5’- CAGGAAACAGCTATGAC-3’）配列テイルを有する正方向プライマー（０．５μM）、及びＦＡＭで蛍光標識されたＭ１３逆方向プライマー（０．５μM）を含有していた。ＰＣＲサイクリング条件は、９５℃で１５分間、次いで９４℃で３０秒間を３２サイクル、５８℃で９０秒間（全ての遺伝子座）、及び７２℃で６０秒間と、最終サイクルにおける６０℃で３０分間の伸張であった。ウスエダミドリイシ及びコユビミドリイシに加えて、本発明者らはまた、ＰＣＲ増幅を確認するためにナンヨウミドリイシ（遺伝的系統群ＩＩＩ）（図１）（Marquez et al., 2002）を使用した（データは示されていない）。ウスエダミドリイシ及びコユビミドリイシからのＰＣＲ産物を同定し、ＡＢＩ３１３０キャピラリーシークエンサー（Applied Biosystems）及びＧｅｎｅＭａｐｐｅｒ ｖ４．１（Applied Biosystems）を用いて分析した。対立遺伝子の数、並びに観察された及び予想されたヘテロ接合性を計算し、ハーディ・ワインベルク平衡（ＨＷＥ）からの逸脱の確率を、ＧｅｎＡｌＥｘ ｖｅｒ６．５（Peakall and Smouse, 2012）を使用して各々の遺伝子座及び種について試験した。遺伝子座間の連鎖不平衡を、http://genepop.curtin.edu.au/index.html（Raymond and Rousset, 1995; Rousset, 2008）でＧｅｎｅｐｏｐ ｖ４．２を使用してボンフェローニ補正（Ｐ＜０．０５）後に試験した。
【００４８】
結果及び考察
本発明者らは、ウスエダミドリイシゲノムＤＮＡから６，３２７，３９１，７３７ｂｐ（１２，８０２，８３６リード対）の生配列データを得た。これから本発明者らは、高品質の２，５３４，０４９，１５８ｂｐ（６，７８３，５１０リード対）を選択し、これをマイクロサテライトの検出及びプライマーの設計のために使用した。プライマー対（７，２００）は、ＰＡＬ＿ＦＩＮＤＥＲによって作製された。非特異的ＰＣＲ増幅を発生した可能性があり、共生シンビオディニウムから派生したプライマー対を排除するために、本発明者らは対（これに由来する少なくとも１つのプライマー配列が、コユビミドリイシゲノム配列に対して特異的であった）を選択した。続いて、１４１個のプライマー対を選択した。これらの中で、本発明者らは、７４個の対が３つのミドリイシ種（ウスエダミドリイシ、コユビミドリイシ、及びナンヨウミドリイシ）のＰＣＲアンプリコンを産生し得ることを確認し、フラグメント分析を行なった。本発明者らは、ウスエダミドリイシ及びコユビミドリイシの両方においてボンフェローニ補正（Ｐ＜０．０５）を適用した後にＨＷＥからの有意な逸脱を示さなかった、１４個の多型核マイクロサテライトＤＮＡマーカーを同定した。４つのマーカー（９０７９ｍ３、１１１９２ｍ４、８０１０ｍ６、及び１２１９８ｍ３）が、コユビミドリイシにおいてＨＷＥからの有意な逸脱を示したが、ウスエダミドリイシにおいては示さず、１つのマーカー（７８０５ｍ４）が、ウスエダミドリイシにおいてＨＷＥからの有意な逸脱を示したが、コユビミドリイシにおいては示さなかった（表１）。本発明者らは、以前に報告されたミドリイシマイクロサテライトプライマー配列（Baums et al., 2005; Van Oppen et al., 2007; Nakajima et al., 2009; Concepcion et al., 2010）が、ＰＣＲアンプリコン配列に全く検出されなかったことを確認し、このことはこの研究において同定された全てのマイクロサテライト座位が、新規であることを示す。１つの遺伝子座あたりの対立遺伝子の数は、それぞれ、ウスエダミドリイシにおいては３〜１４、及びコユビミドリイシにおいては２〜１３の範囲であった（表１）。観察された及び予想されたヘテロ接合性は、ウスエダミドリイシにおいては０．１９２〜０．９３３、及び０．３４１〜０．８９２であり、コユビミドリイシにおいては０．２００〜０．９１１、及び０．２４１〜０．８６２の範囲であった（表１）。コユビミドリイシにおいては１１４０１ｍ４と１１７４５ｍ３との間の連鎖不平衡のみが有意であったが、ウスエダミドリイシにおいては１１個の遺伝子座の組合せ間の連鎖不平衡（１１４０１ｍ４−１１７４５ｍ３、１１４０１ｍ４−１１５４３ｍ５、１１４０１ｍ４−７２０３ｍ５、１１４０１ｍ４−１２４０６ｍ３、１１７４５ｍ３−１２４０６ｍ３、１２４０６ｍ３−１０３６６ｍ５、４４１ｍ６−１２４０６ｍ３、５３０ｍ４−１１５４３ｍ５、５３０ｍ４−８３４６ｍ３、７２０３ｍ５−１１７４５ｍ３及び８３４６ｍ３−１１５４３ｍ５）が有意であった。ウスエダミドリイシヌクレオチド配列とコユビミドリイシゲノムのアラインメントは、ウスエダミドリイシとコユビミドリイシとの間の高いヌクレオチド保存を明らかとし（約９３％、ＢＬＡＳＴＮ、１×１０−５、１００ｂｐよりも長いアラインメント長）、このことは、２つの種間の高いゲノム類似率を示す。さらに、全てのマイクロサテライト座位は、コユビミドリイシゲノム内の異なる骨格配列内に位置し（表１）、このことは、遺伝子座が、これらのミドリイシゲノム間に均等に分布していることを示唆する。
【００４９】
表１は、ウスエダミドリイシ及びコユビミドリイシに由来する発達した１９個の多型マイクロサテライト座位の特徴を示す：遺伝子座名、反復モチーフ、プライマー配列、対立遺伝子の数、サイズ範囲、観察された（Ｈｏ）及び予想された（Ｈｅ）ヘテロ接合体、並びにＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号。対立遺伝子数並びにＨｏ及びＨｅを、ＧｅｎＡｌＥｘ（ｖｅｒ．６．５；Peakall and Smouse, 2012）を使用して計算した。アステリクスは、Ｇｅｎｅｐｏｐ ｖ．４．２を使用したボンフェローニ補正（Ｐ＜０．０５）後のハーディワインベルク平衡からの有意な逸脱を示す（Raymond and Rousset, 1995;Rousset, 2008）。コユビミドリイシにおけるアクセッション番号は、各々の遺伝子座が位置する骨格ヌクレオチド配列である。
【００５０】
【表１】
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【００５１】
コユビミドリイシ及びウスエダミドリイシのゲノム構造は類似しているはずであるので、これは、瀬底島周辺での１９９８年の大量の漂白剤事件後の有意なウスエダミドリイシ集団の減少を反映している可能性がある（Loya et al., 2001）。したがって、この研究に使用された集団は新規かつ近年に補充されたものであり、これによりおそらく、有意な連鎖不平衡を有するより多くの遺伝子座の組合せがもたらされた。多数のミドリイシ種に対して試験してはいないが、１４個のプライマー対が、２つの系統発生学的に明確に異なる種においてＨＷＥからの有意な逸脱を全く有さないことが示された。これらを、様々なミドリイシ種のために使用することができ、ミドリイシ集団の遺伝子研究のための強力なツールを提供し得る。
【００５２】
本発明者らは近年、本発明者らが、ウスエダミドリイシ及びコユビミドリイシだけでなく、他の２４個のミドリイシ種についても、１４個の全てのマーカーのＰＣＲ増幅を検出することができたことを確認した（表２）。
【００５３】
表２は、２６個のミドリイシ種についての１４個のマイクロサテライトマーカーの適用の概要を示す。遺伝子座（マーカー）名、本発明者らが使用したミドリイシ種が示されている。Ｎは、各々の種についての個体数を示す。丸印は、本発明者らが、マーカーを使用してＰＣＲ増幅を確認したことを示す。灰色は、個体間のＰＣＲフラグメントサイズの差異が同じ種で観察されたことを示す。
【００５４】
【表２】
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【００５５】
本発明者らは、礁保存ガイドラインの確立、並びにサンゴ礁の移植及び回復に貢献することを願う。
【００５６】
様々な改変及び変更を、本発明の範囲及び精神から逸脱することなく本発明になし得ることは、当業者には明らかであろう。したがって、本発明は本発明の改変及び変更を網羅することを意図し、ただしそれらは、添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内に該当する。本出願全体を通して、様々な刊行物が参照されている。これらの刊行物のその全体の開示は、本出願への参照によって本明細書に組み入れられ、これにより本出願が関する当技術分野の最新技術をより完全に記載する。開示された参考文献はまた、参考文献が依拠する文中に考察された参考文献の中に含有されている材料について、本明細書への参照によって個々にかつ具体的に組み入れられる。
【００５７】
参考文献
【表３】
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0006429337.tif 000005
【図１】
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【配列表】
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