(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
胃癌生物学的サンプルから予後予測模型を製造する方法であって、
胃癌と関連して差等的なｍＲＮＡ発現を示す予後関連遺伝子群を選択する工程、および、
胃癌生物学的サンプルにおけるｍＲＮＡ発現の中間値に基づいて、ｍＲＮＡ発現が１．５倍以上増加するｍＲＮＡ高発現サンプル群と、ｍＲＮＡ発現が１．５倍以上減少するｍＲＮＡ低発現サンプル群に分類する工程、および、
ヒトＫＲＡＳ、ＭＥＴおよびＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における単一塩基多型（ＳＮＰ）が、ｍＲＮＡ高発現サンプル群およびｍＲＮＡ低発現サンプル群において発生するかどうかを測定する工程、および、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｒ  Ｐｌｏｔを実施して、ｌｏｇ  ｒａｎｋ  ｔｅｓｔで生存率を評価する工程、
Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｒ  Ｐｌｏｔにおいて示された予後の良い群および予後の悪い群それぞれにおける、ヒトＫＲＡＳ、ＭＥＴおよびＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のＳＮＰが発生したサンプルの数をサンプルの合計数で割り、１００をかけることによって、統計的に有意な設定値を決定する工程、
予後が良い群において、ヒトＫＲＡＳおよびＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の統計的に有意な設定値が３％を超え、および、ＭＥＴ遺伝子の統計的に有意な設定値が７％以下であり、ならびに、予後の悪い群において、ヒトＫＲＡＳおよびＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の統計的に有意な設定値が３％以下であり、および、ＭＥＴ遺伝子の統計的に有意な設定値が７％を超えることを確認する工程、
を含み、かつ、
予後が良い群は、ＴＮＭ病期と関係ない胃癌全体の手術による切除後の、全体生存率（Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ、ＯＳ）について５年から１０年の期間について肯定的臨床結果の可能性が増加しており、および、
予後が悪い群はＴＮＭ病期と関係ない胃癌全体の手術による切除後の、全体生存率（Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ、ＯＳ）について５年から１０年の期間について肯定的臨床結果の可能性が減少しており、
ヒトＫＲＡＳの単一塩基多型が、Ａ１４６ＰＴ＿ｇ４３６ｃａ、Ｇ１０Ｒ＿ｇ２８ａ、Ｇ１２ＤＡＶ＿ｇ３５ａｃｔ、Ｇ１２ＳＲＣ＿ｇ３４ａｃｔ、Ｇ１３ＤＡＶ＿ｇ３８ａｃｔ、Ｇ１３ＳＲＣ＿ｇ３７ａｃｔ、Ｑ６１ＥＫ＿ｃ１８１ｇａ、Ｑ６１ＨＨＥ＿ａ１８３ｃｔｇ及びＱ６１ＬＰＲ＿ａ１８２ｔｃｔよりなる群から選択された少なくとも１つであり、
ヒトＭＥＴの単一塩基多型が、Ｈ１１１２Ｌ＿ａ３３３５ｔ、Ｈ１１１２Ｙ＿ｃ３３３４ｔ、Ｍ１２６８Ｔ＿ｔ３８０３ｃ、Ｎ３７５Ｓ＿ａ１１２４ｇ、Ｒ９８８Ｃ＿ｃ２９６２ｔ、Ｔ１０１０Ｉ＿ｃ３０２９ｔ、Ｙ１２４８ＨＤ＿ｔ３７４２ｃｇ及びＹ１２５３Ｄ＿ｔ３７５７ｇよりなる群から選択された少なくとも１つであり、ならびに、
ヒトＰＩＫ３ＣＡの単一塩基多型が、Ａ１０４６Ｖ＿ｃ３１３７ｔ、Ｃ４２０Ｒ＿ｔ１２５８ｃ、Ｅ１１０Ｋ＿ｇ３２８ａ、Ｅ４１８Ｋ＿ｇ１２５２ａ、Ｅ４５３Ｋ＿ｇ１３５７ａ、Ｅ５４２ＫＱ＿ｇ１６２４ａｃ、Ｅ５４２ＶＧ＿ａ１６２５ｔｇ、Ｅ５４５ＡＧＶ＿ａ１６３４ｃｇｔ、Ｅ５４５Ｄ＿ｇ１６３５ｃｔ、Ｅ５４５ＫＱ＿ｇ１６３３ａｃ、Ｆ９０９Ｌ＿ｃ２７２７ｇ、Ｇ１０４９Ｒ＿ｇ３１４５ｃ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７Ｙ＿ｃ３１３９ｔ、Ｈ７０１Ｐ＿ａ２１０２ｃ、Ｋ１１１Ｎ＿ｇ３３３ｃ、Ｍ１０４３Ｉ＿ｇ３１２９ａｔｃ、Ｍ１０４３Ｖ＿ａ３１２７ｇ、Ｎ３４５Ｋ＿ｔ１０３５ａ、Ｐ５３９Ｒ＿ｃ１６１６ｇ、Ｑ６０Ｋ＿ｃ１７８ａ、Ｑ５４６ＥＫ＿ｃ１６３６ｇａ、Ｑ５４６ＬＰＲ＿ａ１６３７ｔｃｇ、Ｒ８８Ｑ＿ｇ２６３ａ、Ｓ４０５Ｆ＿ｃ１２１４ｔ、Ｔ１０２５ＳＡ＿ａ３０７３ｔｇ、Ｙ１０２１Ｃ＿ａ３０６２ｇ及びＹ１０２１ＨＮ＿ｔ３０６１ｃａよりなる群から選択された少なくとも１つであり、
ここで、アルファベット大文字は、アミノ酸１文字コードであり、アルファベット小文字は、塩基を示し、数字は、塩基またはアミノ酸残基の位置を示す。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子突然変異比較分析法を通じて胃癌の予後予測が可能な新規な予後予測模型の製造方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
胃腺腫（Ｇａｓｔｒｉｃ  ａｄｅｎｏ−ｃａｒｃｉｎｏｍａ）は、２０００年に７００，３４９名の死亡において二番目の原因であって、世界で最も一般的に診断された四番目の癌である。いくつかの力学的及び組織病理学的特徴を有する単一異質的疾患として見なしている。胃癌治療は、主に患者を手術だけで、または手術及び化学療法で治療すべきかを決定するＴＮＭ（ｔｕｍｏｒ、ｎｏｄｅ、ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）病期決定のような臨床的パラメータに基づく。胃癌は、乳房癌や大腸癌などとは異なって、ＴＮＭ病期システムによって１期から４期まで明確に差異がある。すなわち、１期の場合には、５年生存率が９０％以上であり、４期の場合には、２０％以下であって、大きい差異を示す。したがって、ＴＮＭ病期システムの予後予測力に非常に優れていることが分かる［参考文献、７ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＡＪＣＣ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔａｇｉｎｇ  Ｍａｎｕａｌ：ｓｔｏｍａｃｈ．Ａｎｎ  Ｓｕｒｇ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１０；１７：３０７７−３０７９］。上記病期システムによって、胃癌は、通常、早期胃癌（Ｅａｒｌｙ  Ｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ）、局所進行性（Ｌｏｃａｌｌｙ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ）、局所浸潤性（Ｌｏｃａｌｌｙ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ）及び転移胃癌（Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ）などに分けられる。
【０００３】
たとえ手術が実施可能な胃癌の主要治療ではあるが、進行性の場合、再発率が高い。再発を予防し、胃癌患者の予後を改善するために、化学療法と化学−放射線療法を含む集学的治療が導入された。しかし、これらの治療方法が患者にとって一般的な臨床結果を改善しているが、腫瘍の臨床病理学的異質性と、同じ病期にある患者の異なる結果は、アジュバント化学療法の任務を予測するのに限界があり、個別患者に対する最適接近が不足な状態である。
【０００４】
最近の進展にもかかわらず、発病的に別個の腫瘍類型に対して特異的治療摂生を標的化し、究極的に成果を最大化させるために、腫瘍治療を個人化するための癌治療の挑戦課題が残っている。したがって、各種治療選択事項に対する患者反応に関する予測的情報を同時に提供する試験を必要としている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】７ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＡＪＣＣ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔａｇｉｎｇ  Ｍａｎｕａｌ：ｓｔｏｍａｃｈ．Ａｎｎ  Ｓｕｒｇ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１０；１７：３０７７−３０７９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の目的は、胃癌患者の遺伝子突然変異に基づく新しい予後予測模型の製造方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
上記目的を達成するために、本発明は、対象から得た癌細胞を含む生物学的サンプルにおいてＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡよりなる群から選択された１つ以上の遺伝子で単一塩基多型性の発現可否を測定する段階と、上記単一塩基多型性の発現頻度によって統計的に有意な設定値の範囲を決定し、上記設定値の範囲によって全体生存率（Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ、ＯＳ）の観点から良い予後群と悪い予後群に分類する段階とを含む、胃癌として診断された対象で予後予測模型を製造する方法を提供する。
【０００８】
上記予後予測模型は、ＴＮＭ病期と関係ない全体胃癌の手術による切除後の臨床結果を予測するものであることができる。
【発明の効果】
【０００９】
本発明は、ＴＮＭ病期と関係ない全体胃癌患者群を対象として分子的特性による遺伝子突然変異の発現頻度による統計的有意値を設定値として定めて、全体生存率の観点から予後が良い群と悪い群に分類することができる予後予測模型を提供することによって、胃癌手術による切除後の臨床結果を予測することができるようにする。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、腫瘍組織のｍＲＮＡマイクロアレイ結果とこれによるグループ分類を示す図である。
【図２】図２は、各グループのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｒ  Ｐｌｏｔを示す図である。
【図３】図３〜図５は、グループ２と突然変異の関係を交差分析及びｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析結果で示す図である。
【図４】図３〜図５は、グループ２と突然変異の関係を交差分析及びｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析結果で示す図である。
【図５】図３〜図５は、グループ２と突然変異の関係を交差分析及びｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析結果で示す図である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１１】
以下、本発明の構成を具体的に説明する。
本発明は、対象から得た癌細胞を含む生物学的サンプルにおいてＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡよりなる群から選択された１つ以上の遺伝子で単一塩基多型性の発現可否を測定する段階と、上記単一塩基多型性の発現頻度によって統計的に有意な設定値の範囲を決定し、上記設定値の範囲によって全体生存率（Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ、ＯＳ）の観点から良い予後群と悪い予後群に分類する段階とを含む、胃癌として診断された対象で予後予測模型を製造する方法を提供する。
【００１２】
本発明の一具体例によれば、胃癌と関連した差等的なｍＲＮＡ発現を示す予後関連遺伝子群を選定し、ｍＲＮＡ高発現群と低発現群に分類し、上記分類群において突然変異確率が顕著に高い遺伝子としてＫＲＡＳ、ＭＥＴ及び／またはＰＩＫ３ＣＡを選定し、上記遺伝子を対象として１つ以上の単一塩基多型性の発現可否を測定した結果、上記遺伝子の単一塩基多型性の発現頻度は、ｍＲＮＡ高発現群と低発現群において統計的に有意な程度で相異に現われ、全体生存率の観点から予後が良い群と悪い群に分類することができる分類基準に適用されることができることを確認した。
【００１３】
したがって、本発明による方法で、予後予測模型は、胃癌として診断された対象においてＫＲＡＳ、ＭＥＴ及び／またはＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の単一塩基多型性の発現頻度を分類基準として良い予後群と悪い予後群に分類し、このような分類は、統計的有意値を有することを特徴とする。
【００１４】
上記差等的なｍＲＮＡ発現を示す予後関連遺伝子群は、ＰＣＲまたはアレイ基盤方法によって実施されることができる。
【００１５】
上記差等的なｍＲＮＡ発現を示す予後関連遺伝子群の分類は、公知された多様な統計的手段を使用して決定することができる。ｍＲＮＡ高発現群と低発現群は、統計的に有意な値、すなわち、約１．５倍以上、約２倍以上、約４倍以上、約６倍以上、約１０倍以上の差異がある群を対象に分けることができる。
【００１６】
癌は、ゲノム内の遺伝的及び後成的突然変異の蓄積によって誘発される。１つまたは２つの塩基の変化は、アミノ酸置換を誘発し、タンパク質の活性を替えることができる。これらの単一塩基多型性の存在は、癌の診断及び予後と相関関係がある。したがって、本発明は、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ及び／またはＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の１つ以上の単一塩基多型性の発現頻度を予後予測模型の製造に適用した。
【００１７】
上記ＫＲＡＳの単一塩基多型性は、Ａ１４６ＰＴ＿ｇ４３６ｃａ、Ｇ１０Ｒ＿ｇ２８ａ、Ｇ１２ＤＡＶ＿ｇ３５ａｃｔ、Ｇ１２ＳＲＣ＿ｇ３４ａｃｔ、Ｇ１３ＤＡＶ＿ｇ３８ａｃｔ、Ｇ１３ＳＲＣ＿ｇ３７ａｃｔ、Ｑ６１ＥＫ＿ｃ１８１ｇａ、Ｑ６１ＨＨＥ＿ａ１８３ｃｔｇ及びＱ６１ＬＰＲ＿ａ１８２ｔｃｔよりなる群から選択された１つ以上であることができる。設定値の決定には、このような突然変異を１個と計数して、設定値に適用する。
【００１８】
ここで、アルファベット大文字は、アミノ酸１文字コードであり、アルファベット小文字は、塩基を示し、数字は、塩基またはアミノ酸残基の位置を示す。例えば、Ａ１４６ＰＴ＿ｇ４３６ｃａの場合、遺伝子４３６位置でｇは、ｃまたはａに置換されることができ、これにより、アミノ酸１４６番目の位置でアミノ酸アラニン（Ａ）は、プロリン（Ｐ）またはスレオニン（Ｔ）に置換されることができるという意味である。以下、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡの突然変異の例示も、このような意味を示す。
【００１９】
上記ＭＥＴの突然変異は、Ｈ１１１２Ｌ＿ａ３３３５ｔ、Ｈ１１１２Ｙ＿ｃ３３３４ｔ、Ｍ１２６８Ｔ＿ｔ３８０３ｃ、Ｎ３７５Ｓ＿ａ１１２４ｇ、Ｒ９８８Ｃ＿ｃ２９６２ｔ、Ｔ１０１０Ｉ＿ｃ３０２９ｔ、Ｙ１２４８ＨＤ＿ｔ３７４２ｃｇ及びＹ１２５３Ｄ＿ｔ３７５７ｇよりなる群から選択された１つ以上であることができる。設定値の決定には、このような突然変異を１個と計数して、設定値に適用する。
【００２０】
上記ＰＩＫ３ＣＡの突然変異は、Ａ１０４６Ｖ＿ｃ３１３７ｔ、Ｃ４２０Ｒ＿ｔ１２５８ｃ、Ｅ１１０Ｋ＿ｇ３２８ａ、Ｅ４１８Ｋ＿ｇ１２５２ａ、Ｅ４５３Ｋ＿ｇ１３５７ａ、Ｅ５４２ＫＱ＿ｇ１６２４ａｃ、Ｅ５４２ＶＧ＿ａ１６２５ｔｇ、Ｅ５４５ＡＧＶ＿ａ１６３４ｃｇｔ、Ｅ５４５Ｄ＿ｇ１６３５ｃｔ、Ｅ５４５ＫＱ＿ｇ１６３３ａｃ、Ｆ９０９Ｌ＿ｃ２７２７ｇ、Ｇ１０４９Ｒ＿ｇ３１４５ｃ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７ＲＬ＿ａ３１４０ｇｔ、Ｈ１０４７Ｙ＿ｃ３１３９ｔ、Ｈ７０１Ｐ＿ａ２１０２ｃ、Ｋ１１１Ｎ＿ｇ３３３ｃ、Ｍ１０４３Ｉ＿ｇ３１２９ａｔｃ、Ｍ１０４３Ｖ＿ａ３１２７ｇ、Ｎ３４５Ｋ＿ｔ１０３５ａ、Ｐ５３９Ｒ＿ｃ１６１６ｇ、Ｑ６０Ｋ＿ｃ１７８ａ、Ｑ５４６ＥＫ＿ｃ１６３６ｇａ、Ｑ５４６ＬＰＲ＿ａ１６３７ｔｃｇ、Ｒ８８Ｑ＿ｇ２６３ａ、Ｓ４０５Ｆ＿ｃ１２１４ｔ、Ｔ１０２５ＳＡ＿ａ３０７３ｔｇ、Ｙ１０２１Ｃ＿ａ３０６２ｇ及びＹ１０２１ＨＮ＿ｔ３０６１ｃａよりなる群から選択された１つ以上であることができる。設定値の決定には、このような突然変異を１個と計数して、設定値に適用する。
【００２１】
上記単一塩基多型性を測定する方法は、特に制限されないが、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ（ｍａｔｒｉｘ−ａｓｓｉｓｔｅｄ  ｌａｓｅｒ  ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ−ｏｆ−ｆｌｉｇｈｔ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）を利用することができる。
【００２２】
本発明の予後予測模型を製造する方法において、単一塩基多型性の発現頻度を予後が良い群と悪い群との分類基準に使用するにあたって、単一塩基多型性の発現頻度によって統計的に有意な設定値の範囲を決定し、上記設定値の範囲を基準として全体生存率の観点から予後が良い群と悪い群に分類することができる。
【００２３】
上記設定値の範囲は、全体対象に対する単一塩基多型性の発現可否を百分率で計算して、約７％、約５％、約３％に定めることができるが、これに特に制限されない。
【００２４】
例えば、本発明の一具体例によれば、ＫＲＡＳまたはＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の単一塩基多型性の発現頻度がそれぞれ３％以下の場合、予後が悪い群に分類し、３％を超過した場合、予後が良い群に分類することができる。
【００２５】
本発明の他の具体例によれば、ＭＥＴ遺伝子の単一塩基多型性の発現頻度が７％以下の場合、予後が良い群に分類し、７％を超過した場合、予後が悪い群に分類することができる。
【００２６】
本発明の予後予測模型を製造する方法において、予後の良い群は、３年以上、６年以上、１０年以上の期間中に、全体生存率が高いことを意味し、予後が悪い群は、上記期間中に全体生存率が低いことを意味する。上記用語「良い予後」は、臨床結果の肯定的臨床結果可能性の増加で表現されることができ、「悪い予後」は、臨床結果の肯定的臨床結果可能性の減少で表現されることができる。
【００２７】
本発明の方法による予後予測模型は、ＴＮＭ病期と関係ない全体胃癌の手術による切除後の臨床結果を予測するのに有用であることができる。
【００２８】
別途定義が無い限り、本願に使用された技術及び科学用語は、当業者の水準で一般的に理解するような意味がある。本発明は、いずれの方式でも、説明された方法及び材料に制限されない。本発明の目的上、下記用語が以下で定義される。
【００２９】
用語「ポリヌクレオチド」は、一般的に任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを言い、例えば、変形または非変形ＲＮＡまたはＤＮＡであることができる。本明細書で、「ポリヌクレオチド」は、具体的にｃＤＮＡを含む。
【００３０】
用語「オリゴヌクレオチド」は、非制限的に一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖または二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを含む、比較的短いポリヌクレオチドを言う。オリゴヌクレオチド、例えば一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドは、例えば商業的に入手可能な自動化オリゴヌクレオチド合成器を使用する化学的方法によって合成されることがある。しかし、オリゴヌクレオチドは、試験管内の再組換えＤＮＡ媒介技術を含む各種他の方法によって及び細胞及び有機体の中でのＤＮＡ発現によって製造されることができる。
【００３１】
用語「差等的に発現された遺伝子」または「差等的な遺伝子発現」は、正常または対照用対象体の発現に比べて胃癌のような癌を病む対象体のうちさらに高いかまたは低い水準に活性化される遺伝子を言う。また、同一の疾病の異なる病期でさらに高いかまたは低い水準に活性化される遺伝子を含む。差等的に発現される遺伝子は、核酸水準またはタンパク質の水準で活性化または抑制されるか、または他のスプライシングを受けて、異なるポリペプチド産物を引き起こす場合であることができる。このような差異は、例えばポリペプチドのｍＲＮＡ水準、表面発現、分泌または他の分配における変化によって立証されることができる。本発明の目的上、「差等的な遺伝子発現」は、正常及び疾病にかかった対象体で、または疾病にかかった対象体の多様な病期で与えられた遺伝子の発現の間に約１．５倍以上、約４倍以上、約６倍以上、約１０倍以上の差異があるときに存在するものと見なされる。
【００３２】
遺伝子転写体または遺伝子発現生成物に関する用語「標準化された」は、基準遺伝子セットの転写体／生成物の平均水準に対する転写体または遺伝子発現生成物の水準を言い、ここで、レファレンス遺伝子は、患者、組織または治療にわたってこれらの最小限の変動に基づいて選択されるか（ハウスキーピング遺伝子（ｈｏｕｓｅｋｅｅｐｉｎｇ  ｇｅｎｅｓ））、またはレファレンス遺伝子は、試験された遺伝子全体を言う。後者の場合、一般的に「全体標準化（ｇｌｏｂａｌ  ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ）」と言及され、試験された遺伝子の総数が比較的大きい、好ましくは、５０超過であることが重要である。具体的に、ＲＮＡ転写体に関する用語「標準化された」は、基準遺伝子セットの転写水準の平均に対する転写水準を言う。
【００３３】
用語「発現閾値」及び「定義された発現閾値」は、混用して使用し、この水準以上では、遺伝子または遺伝子生成物が患者反応に対する予測マーカーとして使用される当該遺伝子または遺伝子生成物の水準を言う。閾値は、代表的に臨床的研究から実験的に定義される。発現閾値は、最大敏感性、または最大選択性（例えば１つの薬物に対する反応者だけを選択するように）、または最小誤差で選択されることができる。
【００３４】
用語「遺伝子増幅」は、特定細胞または細胞株で遺伝子または遺伝子断片の多数個の複製物が形成される過程を言う。複製された領域（増幅されたＤＮＡの伸長）は、「アンプリコン」と言及されることがある。生産されたｍＲＮＡの量、すなわち遺伝子発現度は、また、特定遺伝子の作られた複製数に比例して増加することがある。
【００３５】
本明細書で、「予後」は、本願で癌による死亡または胃癌のような新生物性疾患の進行（再発、転移性拡散及び耐薬物性を含む）の可能性の予測を言うのに使用される。用語「予測」は、本願で患者が主要腫瘍の手術除去後に癌再発なしに特定の期間の間に生存するようになる可能性を言うのに使用される。このような予測は、任意の特定患者に対して最も適切な治療技法を選択することによって、治療を決定するのに臨床的に使用されることができる。このような予測は、患者が治療摂生、例えば手術施術に対して有利に反応しやすいか、または手術終了後に患者の長期間生存が可能であるかを予測するのにあたって、貴重な手段になる。
【００３６】
別途指示しない限り、分子生物学（再組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学及び生化学の従来技術を使用して本発明を行うことができる。
【００３７】
１．遺伝子発現プロファイル作成（Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ）
遺伝子発現プロファイル作成方法は、ポリヌクレオチドの混成化分析に基づく方法、ポリヌクレオチドの配列化に基づく方法、及びプロテオミクス基盤方法を含む。例えばｍＲＮＡ発現の定量化のための方法は、ノーザンブロッティング（ｎｏｒｔｈｅｒｎ  ｂｌｏｔｔｉｎｇ）及びインサイチュー混成化（ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）；ＲＮＡｓｅ保護検定試験；及びＰＣＲ基盤方法、例えば逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）などを含む。または、ＤＮＡ二本鎖、ＲＮＡ二本鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二本鎖またはＤＮＡ−タンパク質二本鎖を含む特定の二本鎖を認識することができる抗体が使用されることができる。配列化基盤遺伝子発現分析で代表的な方法は、遺伝子発現の連続分析（Ｓｅｒｉａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、ＳＡＧＥ）及び大量並行シグネチャー配列化（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＭＰＳＳ）による遺伝子発現分析を含む。  
【００３８】
２．ＰＣＲ基盤遺伝子発現プロファイル作成方法
ａ．逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）
最も敏感で且つ最も柔軟な定量的ＰＣＲ基盤遺伝子発現プロファイル作成方法のうち１つは、ＲＴ−ＰＣＲであり、これは、薬物治療とともに、または薬物治療なしに、正常組織及び腫瘍組織での異なるサンプル集団におけるｍＲＮＡ水準を比較して遺伝子発現パターンを特性化し、密接に関連したｍＲＮＡを判別し、ＲＮＡ構造を分析するのに使用されることができる。
【００３９】
第１段階は、標的サンプルからｍＲＮＡの単離である。ｍＲＮＡは、例えば冷凍されるかまたは保管されたパラフィン包埋及び固定された（例えば、ホルマリン固定された）組織サンプルから抽出されることができる。
【００４０】
ｍＲＮＡ抽出のための一般的な方法は、当業界に公知されており、パラフィンに包埋された組織からのＲＮＡ抽出方法は、文献（［Ｒｕｐｐ  ａｎｄ  Ｌｏｃｋｅｒ、Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ．５６：Ａ６７（１９８７）］及び［Ｄｅ  Ａｎｄｒｅｓ  ｅｔ  ａｌ．、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １８：４２０４４（１９９５）］）などに開示されている。特に、ＲＮＡ単離は、商業的製造メーカ、例えばキアゲン（Ｑｉａｇｅｎ）からの精製キット、緩衝剤セット及びプロテアーゼを使用して製造メーカのマニュアルによって行うことができる。他の商業的に入手可能なＲＮＡ単離キットは、マスタープアー（ＭａｓｔｅｒＰｕｒｅ）（商標）完全ＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（エピセントレ（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ）（登録商標）、ウィスコンシン州メディソン）及びパラフィンブロック（Ｐａｒａｆｆｉｎ  Ｂｌｏｃｋ）ＲＮＡ単離キット（アンビオン社（Ａｍｂｉｏｎ、Ｉｎｃ．））を含む。組織サンプルからの全ＲＮＡは、ＲＮＡ  Ｓｔａｔ−６０（Ｔｅｌ−Ｔｅｓｔ）を使用して単離することができる。腫瘍から製造されたＲＮＡは、例えば塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離されることができる。
【００４１】
ＲＮＡは、ＰＣＲのための鋳型として使用されることができないので、ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイル作成の第１段階は、ＲＮＡ鋳型のｃＤＮＡへの逆転写であり、その後、当該ＰＣＲ反応への指数的増幅がつながる。逆転写酵素は、主に鳥類骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）及びモロニー（Ｍｏｌｏｎｅｙ）鼠白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）を使用することができる。逆転写段階は、代表的に発現プロファイル作成の環境及び目標によって、特定プライマー、無作為ヘキサマー、またはオリゴ−ｄＴプライマーを使用して初回抗原刺激される。例えば、抽出されたＲＮＡは、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＲＮＡ  ＰＣＲキット（パーキンエルマー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）、米国カリフォルニア州）を使用して製造メーカのマニュアルによって逆転写されることができる。誘導されたｃＤＮＡは、引き続いて後続するＰＣＲ反応で鋳型として使用されることができる。
【００４２】
たとえＰＣＲ段階が各種熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用することができるが、これは、典型的には、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼを使用し、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼは、５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが、３’−５’プルーフリーディング（ｐｒｏｏｆｒｅａｄｉｎｇ）エンドヌクレアーゼ活性は不足である。したがって、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰＣＲは、典型的には、ＴａｑまたはＴｔｈポリメラーゼの当該標的アンプリコンに結合された混成化プローブを混成化させる５’−ヌクレアーゼ活性を利用するが、５’ヌクレアーゼ活性を有する任意の酵素が使用されることができる。２個のオリゴヌクレオチドプライマーを使用してＰＣＲ反応の代表的なアンプリコンを生成させる。第３オリゴヌクレオチドまたはプローブは、２個のＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するように設計される。プローブは、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素によって非延伸性であり、レポーター蛍光染料及び消光剤（ｑｕｅｎｃｈｅｒ）蛍光染料で標識される。レポーター染料から任意のレーザー誘導放出は、２個の染料がこれらがプローブ上にあるときのように、一緒に近く位置するとき、消光剤染料によって消去される。増幅反応中に、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、鋳型依存的方式でプローブを切断する。生成されるプローブ断片は、溶液の中で解離され、放出されたレポーター染料からの信号には、第２蛍光団の消去効果がない。レポーター染料の一分子が合成された新しい分子各々から放出され、消去されないレポーター染料の検出は、データの定量的解析に対する基準を提供する。
【００４３】
ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＲＴ−ＰＣＲは、商業的に入手可能な装備、例えばＡＢＩプリズム（ＰＲＩＳＭ）７７００ＴＭシーケンス検出システム（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）（商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、またはライトサイクラ（Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ）（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）を使用して行われることができる。
【００４４】
５'−ヌクレアーゼ検定試験データは、初期にＣｔ、または閾値サイクルとして表現される。蛍光値は、毎サイクル中に記録され、増幅反応でその地点にまで増幅された生成物の量を示す。蛍光信号が初めて統計学的に有意なものと記録されるときの地点が閾値サイクル（Ｃｔ）である。
【００４５】
サンプル間の変動効果及び誤差を最小化させるために、ＲＴ−ＰＣＲは、一般的に基準ＲＮＡ（これは、理想的には異なる組織の間で一定水準に発現される）を使用して行われ、実験治療によって影響を受けない。遺伝子発現パターンを標準化するのに最も頻繁に使用されるＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子グリセルアルデヒド−３−ホスフェート−デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤ）及びβ−アクチン（ＡＣＴＢ）のｍＲＮＡである。
【００４６】
また、新しいリアルタイム定量的ＰＣＲは、二重標識された蛍光源性プローブ（すなわち、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ）を用いたＰＣＲ生成物蓄積を測定する技術であって、定量的競合的ＰＣＲ（ここでは、各標的配列に対する内部競争者が標準化に使用される）及びサンプル内に含まれた標準化遺伝子またはＲＴ−ＰＣＲに対するハウスキーピング遺伝子を使用する定量的比較用ＰＣＲの両方と使用可能である。
【００４７】
ｂ．マスアレイ（ＭａｓｓＡＲＲＡＹ）システム
シーケノム社（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、Ｉｎｃ．）が開発したマスアレイ基盤遺伝子発現プロファイル作成方法では、ＲＮＡの単離及び逆転写後に得られたｃＤＮＡを合成ＤＮＡ分子（競争者）（これは、単一塩基を除いたすべての位置で標的化ｃＤＮＡ区域と一致する）でスパイクし（ｓｐｉｋｅｄ）、内部標準として使用する。ｃＤＮＡ／競争者混合物をＰＣＲ増幅させ、ポスト−ＰＣＲエビアルカリ性ホスファターゼ（ＳＡＰ）酵素処理を加えて、残っているヌクレオチドのデホスホリル化を引き起こす。アルカリ性ホスファターゼの不活性化後に、競争者及びｃＤＮＡからのＰＣＲ生成物をプライマー伸長させ、これは、競争者−及びｃＤＮＡ−由来ＰＣＲ生成物に対する別途の質量信号を生成させる。精製後、これら生成物をマトリクス−補助レーザー脱着イオン化流れ時間質量分光測定法（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦＭＳ）分析を利用した分析に必要な成分が既にロードされているチップアレイ上に計量分配する。反応に存在するｃＤＮＡを引き続いて生成された質量スペクトル内のピーク面積比を分析して定量化する。
【００４８】
ｃ．その他ＰＣＲ基盤方法
その他視差ディスプレイ；増幅された断片長さ多型性（ｉＡＦＬＰ）；ビーズアレイ（ＢｅａｄＡｒｒａｙ）ＴＭ技術（イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、カリフォルニア州ジエゴ）；遺伝子発現に対する迅速検定試験に商業的に入手可能なルミネックス（Ｌｕｍｉｎｅｘ）１００  ＬａｂＭＡＰシステム及び多色コーディングされた微小球（Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｃｏｒｐ．）を使用する、遺伝子発現検出用ビーズアレイ（ＢｅａｄｓＡｒｒａｙ  ｆｏｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、ＢＡＤＧＥ）；及び高被覆発現プロファイル作成（ＨｉＣＥＰ）分析がある。
【００４９】
３．マイクロアレイ
新鮮なまたはパラフィンに包埋された腫瘍組織で癌関連遺伝子の発現プロファイルを測定することができる。この方法では、関心を有する配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基板上にプレーティングまたは配列させる。配列された配列を引き続いて関心を有する細胞または組織からの特定ＤＮＡプローブと混成化させる。ＲＴ−ＰＣＲ方法と同様に、ｍＲＮＡの供給源は、典型的に、ヒトの腫瘍または腫瘍細胞株、及び対応する正常組織または細胞株から単離された全体ＲＮＡである。したがって、ＲＮＡは、各種主要腫瘍または腫瘍細胞株から単離されることができる。マイクロアレイ技術は、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅された挿入物を緻密なアレイで基板上に提供する。好ましくは、１０，０００以上のヌクレオチド配列を基板に加える。１０，０００エレメントそれぞれでマイクロチップ上に固定化された微細配列された遺伝子が厳格な条件下での混成化に適している。蛍光的に標識されたｃＤＮＡプローブが関心を有する組織から抽出されたＲＮＡの逆転写によって蛍光ヌクレオチドの混入を通じて生成されることができる。チップに加えられた標識されたｃＤＮＡプローブは、アレイ上のＤＮＡ各スポットに特異性を有するように混成化される。非特異的に結合されたプローブを除去するための厳格な洗浄後、チップを同一焦点レーザー顕微鏡によって、または他の検出方法、例えばＣＣＤカメラによって走査する。各配列されたエレメントの混成化に対する定量化は、対応するｍＲＮＡ過多の評価を可能にする。このうち、色蛍光の場合、２個のＲＮＡ供給源から生成された別途に標識されたｃＤＮＡプローブがアレイに各対別に混成化される。したがって、各明示された遺伝子に対応する２個の供給源からの転写体の相対的過多が同時に決定される。小型化規模の混成化が多い数の遺伝子に対する発現パターンの便利で且つ迅速な評価を提供する。このような方法は、稀な転写体（これは、細胞当たり少数個の複製物に発現される）を検出し、且つ発現度において少なくとも略２倍の差異で再現可能に検出するのに必要な敏感性を有するものと現われた。マイクロアレイ分析は、商業的に入手可能な装備によって製造メーカのプロトコルによって、例えばアフィメトリクスジーンチップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ）技術またはインサイト（Ｉｎｃｙｔｅ’ｓ）マイクロアレイ技術を使用して行われることができる。
【００５０】
４．ｍＲＮＡ単離、精製及び増幅の一般的な説明
パラフィンに包埋された組織を使用して遺伝子発現プロファイルを作成する技術は、前述した通りである。最終的に得られたデータを分析して観察された腫瘍サンプルで確認された特徴的な遺伝子発現パターンに基づいて患者に利用することができる最上の治療選択事項を判別する。
【００５１】
本発明の重要な特徴は、胃癌組織による特定遺伝子の測定された発現を使用して予後情報を提供するものである。このような目的のために、検定試験されたＲＮＡの量、使用されたＲＮＡ品質における変動、及び他の因子、例えば機械及び作業者の差異における差異に対して補正する（標準化）ことが必須である。したがって、検定試験は、典型的に、ＧＡＰＤ及びＡＣＴＢのような公知されたハウスキーピング遺伝子から転写されたものを含む、基準ＲＮＡの使用を測定して混入させる。または、標準化は、検定試験された遺伝子またはこれらの多くのサブセット全部の平均または中間信号（Ｃｔ）を基準とすることができる（全体標準化接近法）。下記実施例では、中心標準化戦略を使用したが、これは、標準化のために臨床的成果との相関性不足に基づいて選択されたスクリーニングされた遺伝子のサブセットを利用した。
【発明を実施するための形態】
【００５２】
以下、本発明を実施例によって詳しく説明する。但し、下記実施例は、本発明を例示することができるものに過ぎず、本発明の内容が下記実施例に限定されるものではない。
【００５３】
〈実施例１〉予後予測対象選定及び実験設計
Ｓａｎｇｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅが保有している多様な癌腫で同定される体細胞突然変異に対するデータベースを利用して、本発明者は、様々な他の癌で存在するより一般的に発生する単一塩基多型性（ＳＮＰ）の存在を検出する分析を開発した。
【００５４】
このために、腫瘍組織サンプル５３７個、正常組織サンプル１２９個、ＦＦＰＥ腫瘍サンプル１２５個（１９９９年から２００６年まで延世大学校セブランス病院で一次治療として胃の切除術を受けた胃癌患者）及びＦＦＰＥ正常組織サンプル１２３個を対象として、ＡＫＴ１、ＢＲＡＦ、ＣＴＮＮＢ１、ＦＢＷＸ７、ＧＮＡＳ、ＩＤＨ１、ＪＡＫ２、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＰＫ１、ＰＨＬＰＰ２、ＰＩＫ３ＣＡ及びＰＩＫ３Ｒ１を選定し、これらで現われる１５９種類の突然変異を調査した。
【００５５】
単一塩基多型性検出は、シーケノムＭＡＬＤＩ  ＴＯＦ  ＭａｓｓＡｒｒａｙ  ｓｙｓｔｅｍ（ｍａｔｒｉｘ−ａｓｓｉｓｔｅｄ  ｌａｓｅｒ  ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ−ｏｆ−ｆｌｉｇｈｔ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）を使用した。この方法は、ＤＮＡ近くに選定されたＳＮＰを一次でＰＣＲで増幅してから、プライマーエクステンション反応を進行し、潜在的ＳＮＰ塩基を測定する。ＰＣＲプライマーとエクステンションプライマーを両方ともにＳｅｑｕｅｎｏｍ  Ａｓｓａｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ｓｏｆｔｗａｒｅを利用して設計した。このプログラムは、ウェル当たり２９個まで異なるＳＮＰの多重反応が可能である。初期ＰＣＲ反応は、製造メーカマニュアルによって３８４ウェルフォーマットで行ってから、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ社のＥＸＯ−ＳＡＰを利用してＰＣＲを仕上げた。プライマーエクステンション反応は、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ'ｓ ＩＰＬＥＸ化学を利用してそれらのプロトコルによって行った。その後、ＩＰＬＥＸ反応は、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ'ｓ  Ｃｌｅａｎ  Ｒｅｓｉｎを利用して脱塩処理され、Ｓａｍｓｕｎｇ  Ｎａｎｏ  ｄｉｓｐｅｎｓｅｒを利用してＳｐｅｃｔｒｏｃｈｉｐ  ｍａｔｒｉｘ  ｃｈｉｐｓ上にスポッティングした。その後、上記チップをＳｅｑｕｅｎｏｍ  ＭａｓｓＡｒｒａｙさせた。Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  Ｔｙｐｅｒ  Ｓｏｆｔｗａｒｅは、生成された質量スペクトルを解析し、期待された質量に基づいてＳＮＰを報告する。生成されたすべてのスペクトルは、２繰り返しで進行し、目視で確認した。
【００５６】
結果は、表１に示し、各遺伝子で発生する１種類以上の突然変異を１個と計数し、算出した。
【００５７】
【表１】
0006356217.tif 000002
【００５８】
表１に示されたように、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ突然変異が正常組織に比べて腫瘍で多く現われることが分かった。
【００５９】
ＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡの単一塩基多型性による突然変異種類は、表２に示された通りである。
【００６０】
【表２】
0006356217.tif 000003
【００６１】
上記結果を基盤として、延世大学校セブランス病院で保有中の腫瘍組織サンプル５４５個と正常組織サンプル１２９個を対象としてｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析を行った結果、ＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡのｐ値は、０．００１以下であった。すなわち、正常組織と腫瘍組織の間には、突然変異可否に対する区分が明確であると認められる。
【００６２】
上記サンプルのうち腫瘍組織３５０個を対象としてｍＲＮＡマイクロアレイを実施し、ｍＲＮＡグループで当該予後と関連した突然変異があるかを調査した。このために、３５０個のｍＲＮＡのｕｎｓｕｐｅｒｖｉｓｅｄ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ分析を行い、グループに分け、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉ  Ｐｌｏｔ及びｌｏｇ  ｒａｎｋ  ｔｅｓｔを実施して、予後関連グループを定めた。すなわち、３５０個サンプルを元々のローデータで抽出し、四分位数標準化を実施し、ログベース２に切り替えた後、ｍｅｄｉａｎ  ｃｅｎｔｅｒｉｎｇを実施した。分散濾過方法を通じて予後関連遺伝子をグループ化し、最終的に中間値と比較し、１．５倍以上の増加または減少を示す１５個のプローブを使用して５４３２個の遺伝子を抽出し、Ｃｌｕｓｔｅｒ  ａｎｄ  Ｔｒｅｅｖｉｅｗ（ｈｔｔｐ：／／ｒａｎａ．ｌｂｌ．ｇｏｖ／ＥｉｇｅｎＳｏｆｔｗａｒｅ．ｈｔｍ）でクラスタ分析を行った。
【００６３】
上記グループでＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡ突然変異があるサンプルを配置し、ｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析技法を通じてグループ間の当該突然変異との関連関係を調査した。腫瘍組織のｍＲＮＡマイクロアレイ結果は、図１に示す。
【００６４】
図１及び表３は、２個のグループに区分した場合（ＣＬ１、ＣＬ２）、３個のグループに区分した場合（ＣＬ１、ＣＬ２、ＣＬ３）、４個のグループに区分した場合（ＣＬ１、ＣＬ２、ＣＬ３、ＣＬ４）、５個のグループに区分した場合（ＣＬ１、ＣＬ２、ＣＬ３、ＣＬ４、ＣＬ５）のｐ値を記載した。例えば、グループ２は、２個のグループ（ＣＬ１、ＣＬ２）に区分され、各グループでＫＲＡＳ、ＭＥＴ及びＰＩＫ３ＣＡの突然変異可否を把握することができる。
【００６５】
【表３】
0006356217.tif 000004
【００６６】
図２は、各グループのＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｒ  Ｐｌｏｔを示す図である。
【００６７】
図３〜図５は、グループ２と突然変異関係を交差分析及びｃｈｉ−ｓｑｕａｒｅ分析結果を示す図である。
図３〜図５に示されたように、予後が良いクラス２でＫＲＡＳ及びＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の突然変異頻度が高く、予後が悪いクラス１では、ＫＲＡＳ及びＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の突然変異頻度が低く現われた。また、予後が良いクラス２でＭＥＴ遺伝子の突然変異頻度が低く、予後が悪いクラス１では、ＭＥＴ遺伝子の突然変異頻度が高く現われた。
【産業上の利用可能性】
【００６８】
本発明は、胃癌再発予後予測分野において診断キットとして使用することができる。
【図１】
0006356217.tif 000005
【図２】
0006356217.tif 000006
【図３】
0006356217.tif 000007
【図４】
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【図５】
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