(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答性の診断を補助する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイするステップを含み、
前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて低いことが、前記ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高い指標であることを特徴とする、方法。
【請求項２】
子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答性の診断を補助する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイするステップを含み、
前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて高いことが、前記ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が低い指標であることを特徴とする、方法。
【請求項３】
前記生体試料が、血液試料、血清試料、血漿試料、子宮内膜保管腫瘍試料、及び子宮内膜生検試料からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記生体試料が血漿試料である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記子宮内膜がんが進行子宮内膜がんである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記子宮内膜がんが、切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶの子宮内膜がんである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記子宮内膜がんが再発子宮内膜がんである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記対照が、予め設定されたカットオフ値である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記予め設定されたカットオフ値が、カットオフなしに比べてより高い陽性的中率で腫瘍応答を予測する、受信者動作特性解析に基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍応答が奏効率、臨床的有用率、又は少なくとも３０％の最大腫瘍縮小率（％）である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記予め設定されたカットオフ値が、カットオフで分けられた２群へと分離するシミュレーションモデルを使用して生存期間を予測することに基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、前記予め設定されたカットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記生存期間が無増悪生存期間又は全生存期間である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記予め設定されたカットオフ値が、１８６６．５〜６０２４．５ｐｇ／ｍｌの範囲内のＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、前記予め設定されたカットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
タンパク質の濃度が免疫学的方法で測定される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記免疫学的方法が、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス光学イムノアッセイ、イムノクロマトグラフィーアッセイ及びウェスタンブロッティングからなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
タンパク質濃度が質量分析法によって測定される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
レンバチニブの薬学的に許容される前記塩がレンバチニブメシル酸塩である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
ヒト対象における子宮内膜がん治療に使用するためのレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩であって、前記ヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高い対象として、請求項１に記載の方法により診断が補助される、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、全体として、バイオマーカー及び子宮内膜がんに関する。
【背景技術】
【０００２】
抗腫瘍剤として幾つものキナーゼ阻害剤が開発されてきた。例えば、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）などの受容体型チロシンキナーゼに対し阻害活性を有する一群の化合物は血管新生を阻害することが知られており、新しいクラスの抗腫瘍剤と考えられている。レンバチニブメシル酸塩（Ｅ７０８０としても知られる）は、ＶＥＧＦＲ１〜３、線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）１〜４、ｒｅａｒｒａｎｇｅｄ  ｄｕｒｉｎｇ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ受容体（ＲＥＴ）、ＫＩＴ及び血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）を標的とする経口チロシンキナーゼ阻害剤である。レンバチニブメシル酸塩の第Ｉ相臨床試験では、様々な腫瘍型、例えば子宮内膜がんなどで、治療に対する応答が観察された。
【０００３】
ほとんどの抗腫瘍治療には残念ながら、著しい悪心、嘔吐、又は重度の疲労などの望ましくない副作用が伴う。また抗腫瘍治療は成果を挙げてきたものの、治療を受ける全ての患者で顕著な臨床応答を生ずるわけではなく、治療が有効でないことに関連する、望ましくない副作用、遅延及び費用をもたらす。そのため、抗腫瘍剤に対する対象の応答を、その投与に先立って予測するために使用できるバイオマーカーが、大いに必要とされている。
【０００４】
国際公開第２０１２／１５７６７２号パンフレットは、野生型Ｂ−ｒａｆ及びＰＴＥＮ、又は変異Ｂ−ｒａｆ及びＰＴＥＮのいずれかを有する黒色腫患者のサブグループにおいて、高レベルのＡｎｇ２、ＩＬ６、ＣＸＣＲ４、ＣＯＬ４Ａ３、ＭＥＩＳ１、ＦＧＦ９、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４又はＶＥＧＦＲ１、及び低レベルのＳＨＣ１、ＮＲＰ２、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＳＣＧ２又はＰＭＬが、レンバチニブ化合物に対する応答性を予測することを開示している。
【０００５】
国際公開第２０１２／１６６８９９号パンフレットは、甲状腺がん又は腎がんを有する対象において、低レベルのＡｎｇ２、ＶＥＧＦＡ、ＩＦＮＧ若しくは可溶性ＫＤＲ、又は高レベルのＩＬ−６、ＩＬ−１３、ＰＤＧＦＡＢ、ＣＳＦ３、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＦＬＴ４若しくはＦＧＦ２が、レンバチニブ化合物に対する応答性を予測することを開示している。しかし国際公開第２０１２／１６６８９９号パンフレットは、子宮内膜がん患者において、レンバチニブ化合物に対する応答性を予測するものとしてＡｎｇ２を使用できるとは、開示も示唆もしていない。
【０００６】
Ｌｌｏｖｅｔら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、１８（８）：２２９０〜２３００ページ（２０１２）、進行肝細胞癌患者においては、血管新生バイオマーカーのＡｎｇ２及びＶＥＧＦは生存期間の予測因子ではあったが、これらのバイオマーカーからは血管新生阻害剤ソラフェニブに対する応答性は予測されなかったと報告している。
【０００７】
このように、Ａｎｇ２のような血管新生バイオマーカーは、全てのがんで、血管新生阻害剤に対する応答性についてのバイオマーカーとなると予想されているわけではない。
【発明の概要】
【０００８】
本出願は、少なくとも部分的には、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する、子宮内膜がん対象の応答性を予測するバイオマーカーの同定に基づく。治療する前の、ある特定の遺伝子の発現レベル（例えば、表１に列挙した遺伝子のタンパク質及びｍＲＮＡ）は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する応答性（例えば、生存期間及び／又は腫瘍応答）の有用な予測因子として同定される。したがって、本明細書に記載されているバイオマーカー及び組成物は、例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）による治療の利益を得る可能性のある子宮内膜がんを有する患者又は患者の部分集合を同定、階層化及び／又は選択する際に有用である。加えて、本明細書に記載されている方法は、例えば、子宮内膜がんを患う、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象について適切な治療法（例えば、レンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療、又は代替の子宮内膜がん治療）を選択する際に有用である。
【０００９】
一態様では、本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法を提供する。前記方法は、前記対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップを伴う。前記生体試料において低濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高いと認定される。
【００１０】
加えて本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法を提供する。前記方法は、前記対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップを伴う。前記生体試料において低濃度のＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質を有する前記対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高いと認定される。
【００１１】
第２の態様では、本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法を提供する。前記方法は、前記対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて高いことを決定するステップを伴う。前記生体試料において高濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が低いと認定される。
【００１２】
加えて本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法を提供する。前記方法は、前記対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質の濃度が、対照に比べて高いことを決定するステップを伴う。前記生体試料において高濃度のＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質を有する前記対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が低いと認定される。
【００１３】
第３の態様では、本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療のために、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象を選択する方法を提供する。この方法は、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップを伴う。前記方法は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療のために、前記生体試料において低濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記ヒト対象を選択するステップをさらに伴う。
【００１４】
加えて本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療のために、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象を選択する方法を提供する。この方法は、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップを伴う。前記方法は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療のために、前記生体試料において低濃度のＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質を有する前記ヒト対象を選択するステップをさらに伴う。
【００１５】
第４の態様では、本開示は、子宮内膜がんを治療する方法を提供する。前記方法は、子宮内膜がんを有する対象から得られた生体試料を用意するステップと、前記生体試料において、対照に比べて低いＡｎｇ２タンパク質の発現レベルを測定するステップと、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を前記対象に投与するステップとを伴う。
【００１６】
加えて前記方法は、子宮内膜がんを有する対象から得られた生体試料を用意するステップと、前記生体試料において、対照に比べて低いＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質の発現レベルを測定するステップと、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を前記対象に投与するステップとを伴う。
【００１７】
第５の態様では、本開示は、子宮内膜がんを治療する方法を提供する。前記方法は、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を、子宮内膜がんを有する対象に投与するステップを伴い、ここで前記対象は、対照に比べて低いＡｎｇ２タンパク質の発現レベルを有すると認定されている。ある特定の実施形態では、前記対象は、低濃度のＡｎｇ２タンパク質を、前記ヒト対象から得られた生体試料において有すると認定されている。
【００１８】
加えて前記方法は、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を、子宮内膜がんを有する対象に投与するステップを伴い、ここで前記対象は、対照に比べて低いＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質の発現レベルを有すると認定されている。ある特定の実施形態では、前記対象は、低濃度のＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質を、前記ヒト対象から得られた生体試料において有すると認定されている。
【００１９】
以下の実施形態は、上記の全態様について想定する。
【００２０】
一実施形態では、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩がレンバチニブメシル酸塩である。
【００２１】
一実施形態では、前記子宮内膜がんが進行子宮内膜がんである。別の実施形態では、前記子宮内膜がんが再発子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＩＩの子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＶの子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、切除不能な形態のステージＩＩＩ又はステージＩＶの子宮内膜がんである。
【００２２】
一部の実施形態では、前記生体試料が、血液試料、血清試料、血漿試料、子宮液試料、尿試料、子宮内膜保管腫瘍試料、及び子宮内膜生検試料からなる群から選択される。
【００２３】
一部の実施形態では、前記対照が、予め設定されたカットオフ値である。一実施形態では、予め設定された前記カットオフ値が、カットオフなしに比べてより高い陽性的中率で腫瘍応答を予測する、受信者動作特性（ＲＯＣ）解析に基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、ここで、予め設定された前記カットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である。腫瘍応答は奏効率（ＯＲＲ）、臨床的有用率（ＣＢＲ）、又は最大腫瘍縮小率（％）である。別の実施形態では、予め設定された前記カットオフ値が、生存期間を予測するシミュレーションモデルに基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、ここで、予め設定された前記カットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である。この文脈では、生存期間が無増悪生存期間（ＰＦＳ）又は全生存期間（ＯＳ）である。特定の実施形態では、予め設定された前記カットオフ値が、１８６６．５〜６０２４．５（例えば、２０８２．５ｐｇ／ｍｌ）の範囲内のＡｎｇ２タンパク質濃度であり、ここで、予め設定された前記カットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である。
【００２４】
一部の実施形態では、前記方法は、対象の医療提供者に検査結果を伝えるステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、前記方法は、前記対象の医療記録を修正して、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に、前記対象が応答する可能性が高い又は高くないことを示すようにするステップをさらに含む。特定の実施形態では、記録をコンピュータ可読媒体上に作成する。ある特定の実施形態では、前記方法は、バイオマーカーの発現プロファイルから、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に、前記対象が応答するであろうことが予測された場合に、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療を前記対象に処方するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、前記方法は、バイオマーカーの発現プロファイルから、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に、前記対象が応答しないであろうことが予測された場合に、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含まない治療を前記対象に処方するステップをさらに含む。一部の実施形態では、前記方法は、バイオマーカーの発現プロファイルから、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に、前記対象が応答するであろうことが予測された場合に、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療を前記対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、前記方法は、バイオマーカーの発現プロファイルから、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に、前記対象が応答しないであろうことが予測された場合に、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含まない治療を前記対象に投与するステップをさらに含む。
【００２５】
一実施形態では、タンパク質の濃度が免疫学的方法で測定される。一部の実施形態では、前記免疫学的方法が、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス光学イムノアッセイ、イムノクロマトグラフィーアッセイ及びウェスタンブロッティングからなる群から選択される。別の実施形態では、タンパク質濃度が質量分析法によって測定される。
【００２６】
第６の態様では、本開示は、ヒト対象における子宮内膜がん治療に使用するためのレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩であって、前記ヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高い対象として、上記の方法により認定される、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を提供する。一部の実施形態では、レンバチニブの薬学的に許容される前記塩がレンバチニブメシル酸塩である。一実施形態では、前記子宮内膜がんが進行子宮内膜がんである。別の実施形態では、前記子宮内膜がんが再発子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＩＩの子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＶの子宮内膜がんである。一実施形態では、前記子宮内膜がんが、切除不能な形態のステージＩＩＩ又はステージＩＶの子宮内膜がんである。
【００２７】
第７の態様では、本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測に使用するためのＡｎｇ２タンパク質検出剤を提供する。一実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質検出剤が抗Ａｎｇ２抗体である。
【００２８】
加えて本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測に使用するためのＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質検出剤を提供する。一実施形態では、ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質検出剤が、抗ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡ抗体である。
【００２９】
第８の実施形態では、本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測に使用するためのＡｎｇ２タンパク質検出剤を含むキットを特徴とする。ある特定の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質検出剤が抗Ａｎｇ２抗体である。ある特定の実施形態では、抗Ａｎｇ２抗体がモノクローナル抗体である。他の実施形態では、抗Ａｎｇ２抗体がポリクローナル抗体である。ある特定の実施形態では、抗体が、検出可能な作用剤にコンジュゲートされている。一実施形態では、検出可能な作用剤が西洋ワサビペルオキシダーゼ、ビオチン、蛍光部分、放射性部分、ヒスチジンタグ又はペプチドタグである。一実施形態では、検出可能に標識された抗体を、マイクロプレート上にコーティングしている。ある特定の実施形態では、前記マイクロプレートが９６ウェルマイクロプレートである。ある特定の実施形態では、キットが、１個又は複数の濃度標準、１個又は複数の緩衝液（例えば、洗浄緩衝液）、１個又は複数の希釈液（例えば、アッセイ用希釈液及び／又は較正用希釈液）、及び対象から得られた生体試料においてＡｎｇ２タンパク質検出剤がＡｎｇ２に特異的に結合するか否かを検出するのを容易にする１個又は複数の試薬（例えば、呈色試薬、停止溶液）を任意選択で含む。
【００３０】
加えて本開示は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測に使用するためのＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質検出剤を含むキットを特徴とする。ある特定の実施形態では、ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡタンパク質検出剤が、抗ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡ抗体である。ある特定の実施形態では、抗体がモノクローナル抗体である。他の実施形態では、抗体がポリクローナル抗体である。ある特定の実施形態では、抗体が、検出可能な作用剤にコンジュゲートされている。一実施形態では、検出可能な作用剤が西洋ワサビペルオキシダーゼ、ビオチン、蛍光部分、放射性部分、ヒスチジンタグ又はペプチドタグである。一実施形態では、検出可能に標識された抗体を、マイクロプレート上にコーティングしている。ある特定の実施形態では、前記マイクロプレートが９６ウェルマイクロプレートである。ある特定の実施形態では、キットは、１個又は複数の濃度標準、１個又は複数の緩衝液（例えば、洗浄緩衝液）、１個又は複数の希釈液（例えば、アッセイ用希釈液及び／又は較正用希釈液）、及び対象から得られた生体試料においてタンパク質検出剤が、ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒα、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦ−α又はＶＥＧＦＡに特異的に結合するか否かを検出するのを容易にする１個又は複数の試薬（例えば、呈色試薬、停止溶液）を任意選択で含む。
【００３１】
別段の規定がない限り、本明細書で使用される全ての技術及び科学用語は、本発明の属する分野の通常の技能を有する者が一般に理解するのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているのと類似した、又は同等の方法及び材料を、本発明を実施又は試験するのに使用してもよいが、以下に例示的方法及び材料を記載する。本明細書で言及する全ての公表資料、特許出願、特許及び他の参考文献は、参照により全体が組み込まれている。矛盾がある場合、定義を含めて、本出願を優先するものとする。材料、方法及び例は説明だけのためのものであり、限定を意図しない。
【００３２】
本発明の他の特徴及び利点は、以下の詳細な記載、及び特許請求の範囲から明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
【図１】Ｅ７０８０治療後の、血中バイオマーカーのレベルの変化を示すグラフである。
【図２】ベースラインのサイトカイン、ケモカイン及び血管新生因子（ＣＡＦ）の、腫瘍応答との相関を示す、一連のグラフである。
【図３】体重、年齢及び組織診断は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）との間に有意な相関がないことを示す、一連のグラフである。
【図４】臨床的アウトカムの予測を向上させるようなＡｎｇ−２との組合せ因子の候補を同定しない、多変量解析の結果を示す図である。
【図５】ベースラインＡｎｇ−２レベルにより層別化した子宮内膜がん患者のサブグループのＰＦＳ中央値及びＯＳ中央値を示す２つのグラフを含む図である。
【図６】奏効率（ＯＲＲ）のより良い患者集団の、ベースラインＡｎｇ−２レベルに基づく濃縮を示す、２つのグラフを含む図である。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する、子宮内膜がん対象（ヒト患者など）の応答を予測するための方法及び組成物を提供する。本開示は、子宮内膜がん（例えば、進行子宮内膜がん又は再発子宮内膜がん）を有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象であって、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の投与が有効である、又は有効でない可能性の高い、対象を同定するための予測バイオマーカー（例えば、タンパク質又はＲＮＡ発現レベル）を提供する。本明細書に記載されているバイオマーカー、組成物及び方法は、子宮内膜がんを患う、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象について適切な治療法（例えば、レンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）治療、又は代替の治療）を選択する際に有用である。さらに本出願は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある患者であって、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の利益を得る可能性のある患者を選択する方法、及び治療方法を提供する。
【００３５】
定義
「減少した／低減された発現レベル」という用語は、対照における発現レベルより低い発現レベル（量）を意味する。
【００３６】
「上昇した発現レベル」という用語は、対照における発現レベルより高い発現レベル（量）を意味する。
【００３７】
「遺伝子の発現レベル」という用語は、その遺伝子にコードされるタンパク質、又はその遺伝子から転写されるＲＮＡの発現レベル（量）を意味する。
【００３８】
「低濃度」という用語は、解析している物質の濃度であって、対照におけるその物質の濃度より低い濃度を意味する。
【００３９】
「高濃度」という用語は、解析している物質の濃度であって、対照におけるその物質の濃度より高い濃度を意味する。
【００４０】
「レンバチニブ」という用語は、４−（３−クロロ−４−（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドを指す。この化合物は、米国特許第７２５３２８６号明細書の実施例３６８（第２７０欄を参照されたい）に開示されている。米国特許第７２５３２８６号明細書は、参照により全体が本明細書に組み込まれている。「レンバチニブ化合物」という用語は、「レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩」を指す。レンバチニブの薬学的に許容される塩の一例はレンバチニブメシル酸塩である。レンバチニブメシル酸塩はＥ７０８０とも称する。
【００４１】
「薬学的に許容される塩」という用語は、塩の種類に関しては特に限定されない。このような塩の例としては、それだけに限らないが、塩酸塩、硫酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、臭化水素酸塩及びヨウ化水素酸塩などの無機酸付加塩；酢酸塩、マレイン酸塩、乳酸塩、酒石酸塩及びトリフルオロ酢酸塩などの有機カルボン酸付加塩；メタンスルホン酸塩、ヒドロキシメタンスルホン酸塩、ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩及びタウリン塩などの有機スルホン酸付加塩；トリメチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ピリジン塩、プロカイン塩、ピコリン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン塩、Ｎ−メチルグルカミン塩、ジエタノールアミン塩、トリエタノールアミン塩、トリス（ヒドロキシメチルアミノ）メタン塩及びフェネチルベンジルアミン塩などのアミン付加塩；並びにアルギニン塩、リシン塩、セリン塩、グリシン塩、アスパラギン酸塩及びグルタミン酸塩などのアミノ酸付加塩が挙げられる。一実施形態では、薬学的に許容される塩がメタンスルホン酸塩（「メシル酸塩」）である。メタンスルホン酸塩型（すなわち、メシル酸塩）の４−（３−クロロ−４−（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドは、参照により開示全体が本明細書に組み込まれている米国特許第７６１２２０８号明細書に開示されている。
【００４２】
本明細書では「ポリペプチド」と「タンパク質」とは互換的に使用し、長さ又は翻訳後修飾に無関係に、アミノ酸のあらゆるペプチド連結鎖を意味する。通常、本明細書に記載されているポリペプチドは、調製物中の全タンパク質のうち重量において少なくとも６０％、例えば試料中の全タンパク質のうち６０％、を占めるなら、そのポリペプチドは「単離」されている。一部の実施形態では、本明細書に記載されているポリペプチドが、調製物中の全タンパク質のうち重量において少なくとも７５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９９％を占める。
【００４３】
「治療に応答／応答性」という用語は、治療の投与を受けた対象が、与えたその治療に、陽性の応答を示すことを意味する。このような陽性の応答の非限定的な例は、腫瘍の大きさの減少、腫瘍転移の減少、又は治療後の生存期間延長である。
【００４４】
「対象」という用語は、それだけに限らないが、ヒト、チンパンジー、オランウータン、ゴリラ、ヒヒ、サル、マウス、ラット、ブタ、ウマ、イヌ及びウシを含めた哺乳動物を意味する。
【００４５】
子宮内膜がん
子宮内膜がんとは、子宮の子宮内膜又は内壁から生じる、数種類の悪性病変を指す。大半の子宮内膜がんは癌腫（一般には腺癌）である。換言すれば子宮内膜がんは、子宮内膜を覆い、子宮筋層腺を形成する１層の上皮細胞に由来する。子宮内膜癌は、以下の２群に分類されることがある：Ｉ型は、閉経前及び閉経期の女性に見られるがんを含み、一般に低侵襲である；ＩＩ型は、より年配の、閉経後の女性で起き、Ｉ型よりも予後の悪いがんを含む。まれに見られる子宮内膜間質肉腫は、子宮内膜癌とは対照的に、子宮内膜の非腺部の結合組織に由来するがんである。
【００４６】
医師は患者の治療計画を選択するために、子宮内膜がんが患者においてどのように広がっているのかを決定する、又は換言すれば、その子宮内膜がんの「ステージを決定」する必要がある。子宮内膜がんは、手術時に取り除いた組織を調べることによって、そのステージを決定する（外科的ステージ決定）。ステージングシステムは、がんがどこまで広がっているのかに着目する。子宮内膜がんは局所的に、子宮頸部及び子宮の他の部分に広がることがある。子宮内膜がんは、その領域内にある近傍リンパ節に広がることもある。加えてこのがんは、遠くのリンパ節、上腹部、網、又はその他の器官、例えば肺、肝臓、骨及び脳などに転移することがある。
【００４７】
子宮内膜がんのステージを決定するために使用される２個のシステムは、ＦＩＧＯ（世界産婦人科連合）システム及び対がん米国合同委員会（ＡＪＣＣ）ステージングシステムである。これらのシステムは基本的に同じである；ＡＪＣＣシステムとＦＩＧＯシステムとの違いは、ＦＩＧＯシステムはステージ０を含まない点である。いずれのステージングシステムも、以下の３個の因子に基づいて子宮内膜がんを分類する：腫瘍の程度（Ｔ）、がんがリンパ節まで広がっているか否か（Ｎ）及びがんが遠くの部位まで広がっているか否か（Ｍ）。次に情報を、腫瘍及びリンパ節に関し、またがんが広がっていればそれに関しても組み合わせて、疾患のステージを割り当てる。これは、ステージ分けと称する過程である。諸ステージは数字の０、及びローマ数字のＩ〜ＩＶを使用して記載する。いくつかのステージは、文字と数字で示すサブステージに分けられる。
【００４８】
ステージ０：Ｔｉｓ、Ｎ０、Ｍ０。このステージは上皮内癌としても知られる。がん細胞は子宮内膜の細胞の表層にだけ見出され、それより下の細胞の層へとは増殖していない。がんは近傍リンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。これは前がん病変である。このステージは、ＦＩＧＯステージングシステムには含まれていない。
【００４９】
ステージＩ：Ｔ１、Ｎ０、Ｍ０。がんは子宮本体においてだけ増殖している。がんは子宮頸部の腺内へと増殖していることもあるが、子宮頸部の支持結合組織内へとは増殖していない。がんはリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５０】
ステージＩＡ：Ｔ１ａ、Ｎ０、Ｍ０。ステージＩの、この最初期の形態では、がんは子宮内膜内にあり、また子宮内膜から、子宮底部筋層（子宮筋層）の半分未満まで増殖していることもある。がんはリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５１】
ステージＩＢ：Ｔ１ｂ、Ｎ０、Ｍ０。がんは子宮内膜から子宮筋層内へと増殖し、子宮筋層の半分を超えて増殖している。がんは、子宮本体を超えて広がってはいない。
【００５２】
ステージＩＩ：Ｔ２、Ｎ０、Ｍ０。がんは子宮本体から広がり、子宮頸部の支持結合組織（子宮頸部間質）内へと増殖している。がんは、子宮の外側では広がっていない。がんはリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５３】
ステージＩＩＩ：Ｔ３、Ｎ０、Ｍ０。がんは子宮の外側で広がっているか、又は骨盤部分における近傍組織内へと広がっているかのいずれかである。
【００５４】
ステージＩＩＩＡ：Ｔ３ａ、Ｎ０、Ｍ０。がんは子宮の外表面（漿膜と称する）及び／又はファロピウス管若しくは卵巣（付属器）に広がっている。がんはリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５５】
ステージＩＩＩＢ：Ｔ３ｂ、Ｎ０、Ｍ０。がんは腟へ、又は子宮周辺組織（子宮傍結合織）に広がっている。がんはリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５６】
ステージＩＩＩＣ１：Ｔ１〜Ｔ３、Ｎ１、Ｍ０。がんは子宮本体において増殖している。がんは、一部の近傍組織に広がっていることがあるが、膀胱又は直腸内部へとは増殖していない。がんは骨盤リンパ節には広がっているが、大動脈周辺のリンパ節にも、遠くの部位にも広がっていない。
【００５７】
ステージＩＩＩＣ２：Ｔ１〜Ｔ３、Ｎ２、Ｍ０。がんは子宮本体において増殖している。がんは、一部の近傍組織に広がっていることがあるが、膀胱又は直腸内部へとは増殖していない。がんは、大動脈周辺のリンパ節（傍大動脈リンパ節）まで広がっているが、遠くの部位には広がっていない。
【００５８】
ステージＩＶ：がんは、膀胱若しくは直腸の内表面、鼠径部のリンパ節、及び／又は遠くの器官、例えば骨、網若しくは肺などに広がっている。
【００５９】
ステージＩＶＡ：Ｔ４、いずれかのＮ、Ｍ０。がんは、直腸又は膀胱の内壁（粘膜と称する）に広がっている。がんは近傍リンパ節に広がっていることも、広がっていないこともあるが、遠くの部位には広がっていない。
【００６０】
ステージＩＶＢ：いずれかのＴ、いずれかのＮ、Ｍ１。がんは、遠くのリンパ節、上腹部、網、又は子宮から離れた器官、例えば骨、網若しくは肺などに広がっている。がんは、いかなる大きさの可能性もあり、リンパ節に広がっていることも、広がっていないこともある。
【００６１】
レンバチニブ化合物を含む治療に対する応答性を予測する方法
レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する、子宮内膜がんを有する対象の応答性を予測する際に発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ又はタンパク質発現レベル）が有用ないくつかの遺伝子が同定されている。遺伝子ＩＤ、関連するＵＲＬ、タンパク質ＩＤ及びＵｎｉＰｒｏｔＫＢ受託番号により特定されるこれらの遺伝子を表１に列挙する。
【００６２】
【表１】
0006411379.tif 000002
【００６３】
アンジオポエチンは、血管新生（既にあった血管からの血管形成）及び腫瘍血管の成熟を促進するタンパク質増殖因子である。ノックアウトマウスによる研究から、アンジオポエチン２（Ａｎｇ２）は成熟血管の形成に必要なことが示されている。内皮細胞でのＡｎｇ２の発現は、たとえ先立つ炎症促進性刺激がなくても、骨髄系細胞を動員し、炎症を誘導するのに十分である。
【００６４】
肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）は、傍分泌型の細胞増殖、運動性及び形態形成因子である。ＨＧＦは間葉系細胞により分泌され、主に上皮細胞及び内皮細胞を標的とし作用するが、造血前駆細胞にも作用する。ＨＧＦは、胚の器官発生、成体での器官再生、及び創傷治癒において主要な役割を担う。ＨＧＦは、癌原遺伝子のｃ−Ｍｅｔ受容体に結合した後、チロシンキナーゼシグナル伝達カスケードを活性化することによって、細胞増殖、細胞運動及び形態形成を制御する。
【００６５】
インターロイキン８（ＩＬ−８）は、マクロファージ並びに他の細胞種、例えば上皮細胞及び内皮細胞などで産生されるケモカインである。ＩＬ−８は、ＣＸＣＲ１及びＣＸＣＲ２を含めたいくつかの受容体に結合できる。
【００６６】
インターフェロンガンマ誘導タンパク質１０（ＩＰ−１０）は、ＣＸＣケモカインファミリーに属する低分子サイトカインである。ＩＰ−１０は、いくつかの細胞種（例えば、単球、内皮細胞及び線維芽細胞）によって、ＩＦＮ−γに応答し分泌される。このタンパク質は、単球／マクロファージ、Ｔ細胞、ＮＫ細胞及び樹状細胞の化学誘引、Ｔ細胞が内皮細胞に接着することの促進、抗腫瘍活性、並びに骨髄コロニー形成及び血管新生の阻害などいくつかの役割を担うとされている。
【００６７】
単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）はＣＣケモカインファミリーに属する低分子サイトカインである。ＭＣＰ−１は、組織傷害又は感染のいずれかにより生じた炎症部位へと、単球、メモリーＴ細胞及び樹状細胞を動員する際にある役割を担う。
【００６８】
マクロファージ炎症性タンパク質−１ａ（ＭＩＰ−１ａ）は、走化性サイトカインのファミリーに属する。このタンパク質は、感染及び炎症に対する免疫応答にとって極めて重要である。ＭＩＰ−１ａは顆粒球（好中球、好酸球及び好塩基球）を活性化し、これは急性好中球性炎症につながり得る。加えてＭＩＰ−１ａは、線維芽細胞及びマクロファージからの、他の炎症促進性サイトカイン、例えばインターロイキン１（ＩＬ−１）、ＩＬ−６及びＴＮＦ−αの合成及び放出を誘導する。
【００６９】
胎盤増殖因子（ＰＧＦ）は血管内皮増殖因子サブファミリーの一員である。ヒト動脈硬化病変内での胎盤増殖因子の発現は、プラーク炎症及び新生血管増殖に関連する。
【００７０】
可溶性インターロイキン−２受容体アルファ（ｓＩＬ−２Ｒａ）はＩＬ−２Ｒアルファの細胞外ドメインが分泌されたもので、白血病細胞、リンパ腫細胞、一部のＮＫ細胞、並びに活性化されたばかりのＴ細胞及びＢ細胞で発現する。
【００７１】
ＴＩＥ−２は、アンジオポエチン（Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、Ａｎｇ３、Ａｎｇ４）に結合し制御を受ける、細胞表面の受容体型チロシンキナーゼである。この受容体は、ヒトでは主に内皮細胞で発現する。ＴＩＥ−２は、フィブロネクチンＩＩＩ型様の３個の反復に連結した上皮増殖因子様の３個の反復により隔てられた、２個の免疫グロブリン様ループを含む特別な細胞外ドメインを有する。ＴＩＥ−２シグナル伝達経路は静脈の形態形成において、内皮細胞と平滑筋細胞との間のコミュニケーションに重要なようである。ＴＩＥ−２の欠損は遺伝性の静脈奇形に関連する。
【００７２】
腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）は腫瘍縮小、敗血症性ショック及び悪液質への関与を示唆されてきた単球由来の細胞毒である。
【００７３】
血管内皮増殖因子Ａ（ＶＥＧＦ−Ａ）は内皮細胞に特異的に作用する、グリコシル化された分裂促進因子であり、血管透過性上昇の媒介、血管新生、脈管形成及び内皮細胞成長の誘導、細胞移動の促進、及びアポトーシスの阻害を含めた多様な効果を有する。
【００７４】
表１に列挙する１個又は複数（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個又は１１個）の遺伝子の対照に比べて低い発現（例えば、タンパク質又はｍＲＮＡ発現）レベルからは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答するであろうことが示される／予測される。例えば、レンバチニブ化合物を含む治療により治療する前に対象から得られた生体試料における低濃度（対照に比べて）のＡｎｇ２タンパク質からは、前記対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答するであろうことが予測される。
【００７５】
ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療による処置後に対象が部分奏効を示す場合、前記対象は、前記治療に応答すると判定される。「部分奏効」とは、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも３０％の減少を意味する。一部の実施形態では、レンバチニブ化合物を含む治療による処置後に対象が腫瘍縮小を示す場合、前記対象は、レンバチニブ化合物を含む治療に応答すると判定される。「最大腫瘍縮小率（％）」（ＭＴＳ）とは、ベースライン合計直径を参照とした、標的病変の直径の合計の百分率変化を意味する。他の実施形態では、対象が無増悪生存期間を示す場合、前記対象は、レンバチニブ化合物を含む治療に応答すると判定される。「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）とは、治療の開始日から、進行疾患（ＰＤ）状態に入る前の最終日までの期間を指す。ＰＤとは、治療開始からの記録されたＬＤの最小の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも２０％の増加、又は１個若しくは複数の新しい病変の出現を意味する。一部の実施形態では、対象が無増悪生存期間及び腫瘍縮小の両方を示す場合、前記対象は、レンバチニブ化合物を含む治療に応答すると判定される。
【００７６】
本開示は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の後に、生存利益（例えば、ＰＦＳ）及び腫瘍縮小の両方を得る可能性が高い、子宮内膜がんを有する対象を同定する方法を提供する。この方法では、レンバチニブ化合物を含む治療により処置する前に得られた、対象の生体試料をアッセイし、Ａｎｇ２タンパク質のレベルを測定する。対照に比べて低濃度のＡｎｇ２タンパク質からは、レンバチニブ化合物を含む治療の後に前記対象が生存利益（例えば、ＰＦＳ）及び腫瘍縮小の両方を得る可能性が高いことが示される。逆に、対照に比べて高濃度のＡｎｇ２タンパク質からは、レンバチニブ化合物を含む治療の後に前記対象が生存利益（例えば、ＰＦＳ）及び腫瘍縮小の両方を得ることにはならない可能性が高いことが示される。
【００７７】
本明細書に記載されている方法は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の後に、生存利益（例えば、ＰＦＳ）を得る可能性が高い、子宮内膜がんを有する対象の同定も可能にする。この方法では、レンバチニブ化合物を含む治療により処置する前に得られた、対象の生体試料をアッセイし、Ａｎｇ２、ＨＧＦ、ＩＬ−８、ＩＰ−１０、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１ａ、ＰＧＦ、ｓＩＬ−２Ｒａ、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦα及びＶＥＧＦＡタンパク質のうち少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、又は１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個若しくは１１個のレベルを測定する。これらのタンパク質のうち、対照に比べて低濃度のタンパク質があれば（単独、又は上に列挙した他のタンパク質との組合せのいずれかで）、レンバチニブ化合物を含む治療の後に前記対象が生存利益（例えば、ＰＦＳ）を得る可能性が高いことが示される。逆に、これらのタンパク質のうち、対照に比べて高濃度のタンパク質があれば（単独、又は上に列挙した他のタンパク質との組合せのいずれかで）、レンバチニブ化合物を含む治療の後に前記対象が生存利益（例えば、ＰＦＳ）を得ることにはならない可能性が高いことが示される。ある特定の実施形態では、上に列挙したタンパク質のうち、低濃度のタンパク質が１個又は複数ある対象は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２若しくは２３ヶ月、又は２４ヶ月の無増悪生存期間を得る可能性が高い。
【００７８】
本開示は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の後に、腫瘍縮小を得る可能性が高い、子宮内膜がんを有する対象を同定する方法も提供する。この方法では、対象の生体試料をアッセイし、Ａｎｇ２及び／又はＩＬ−８タンパク質の濃度を測定する。対照に比べて低濃度のＡｎｇ２及び／又はＩＬ−８からは、前記対象が腫瘍縮小を得る可能性が高いことが示される。逆に、対照に比べて高濃度のＡｎｇ２及び／又はＩＬ−８からは、前記対象が腫瘍縮小を示すことにはならない可能性が高いことが示される。
【００７９】
一実施形態では、対象が子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクがある。一部の実施形態では、前記子宮内膜がんが進行子宮内膜がんである。他の実施形態では、前記子宮内膜がんが再発子宮内膜がんである。ある特定の実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＩＩのがんである。一部の実施形態では、前記子宮内膜がんが、ステージＩＶのがんである。ある特定の実施形態では、前記子宮内膜がんが、切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶのがんである。
【００８０】
目的の１種又は複数のタンパク質の濃度は、免疫学的アッセイなど、当技術分野で既知のいずれの方法を使用して測定してもよい。このような方法の非限定的な例としては、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス光学イムノアッセイ、イムノクロマトグラフィーアッセイ及びウェスタンブロッティングが挙げられる。ある特定の実施形態では、前記タンパク質又は目的のタンパク質の濃度は、質量分析法によって測定する。
【００８１】
対照
上記のように、本発明の方法は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象由来の生体試料において、１個又は複数の遺伝子（例えば、表１に示す１個又は複数の遺伝子）の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ又はタンパク質濃度）を測定するステップを伴うことがあり、ここで、１個又は複数の前記遺伝子の発現レベルは、それを対照と比べることで、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する対象の応答を予測する。ある特定の実施形態では、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象由来の生体試料における、表１のタンパク質の濃度が対照より低い場合、前記対象は、レンバチニブ化合物を含む治療に応答する可能性が高いと認定される。この文脈では「対照」という用語は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答しないと分かっている対象から得られた試料（同一組織由来）を含む。「対照」という用語は、レンバチニブ化合物を含む治療に応答しないと分かっている対象から過去に得られた試料（同一組織由来）であって、治療応答性を予測しようする対象から採られる検査試料と後に比較するための参照として使用される試料も含む。特定の細胞種又は組織での、特定のタンパク質についての「対照」発現レベル／濃度は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）による治療に応答しなかった１又は複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５若しくは４０個体、又はそれを超える）同種の対象におけるタンパク質発現解析によって、予め設定しておいてもよい。この予め設定された参照値（治療に応答しなかった複数個体の対象から得た発現レベル／濃度の平均又は中央値であってよい）は次に、タンパク質又は核酸の「対照」濃度／発現レベルとして、検査試料との比較に使用することができる。このような比較では、解析している遺伝子の発現レベルが、予め設定された参照より低い場合、対象は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答すると予測される。
【００８２】
特定の細胞種又は組織での、特定のタンパク質についての「対照」濃度は、代わりに、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）による治療に応答した１又は複数の対象における遺伝子発現解析によって、予め設定しておいてもよい。この予め設定された参照値（治療に応答した複数個体の対象から得た発現レベルの平均又は中央値であってよい）は次に、「対照」発現レベルとして、検査試料との比較に使用することができる。このような比較では、解析しているタンパク質の濃度が、予め設定された参照と同じ又は同等（少なくとも８５％だが、１００％未満）な場合、対象は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答すると予測される。
【００８３】
ある特定の実施形態では、前記「対照」が、所定のカットオフ値である。
【００８４】
カットオフ値
一部の実施形態では、本明細書に記載されている方法は、目的のタンパク質（複数可）の濃度（例えば、表１に列挙した１個又は複数のタンパク質）が所定のカットオフ値を超えるか又は下回るかを決定するステップを含む。
【００８５】
カットオフ値は通常、あるタンパク質の濃度であって、それを超えるか又は下回るかすると目的の治療に対する対象の応答性が予測されると考えられる、タンパク質の濃度である。したがって、本明細書に記載されている方法及び組成物では、参照濃度（例えば、表１のタンパク質の参照濃度）は、あるカットオフ値であって、それを超えるか又は下回るかするとレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する応答性が予測される、カットオフ値として同定する。一部のカットオフ値は、その両側で、ある値域にわたって臨床相関が依然として有意であり得るという意味において、絶対的なものではない；しかし、特定の試料種に対し、タンパク質の濃度の至適カットオフ値（例えば、様々なＨスコア）を選択することは可能である。本明細書に記載されている方法で使用するために決定するカットオフ値は、例えば公表されている濃度範囲と比較し得るが、使用する方法及び患者集団に対し個別に設定することができる。至適カットオフ値の改善は、使用する統計手法の精巧化と、異なる遺伝子及び試料種について参照レベル値を決定するために使用する試料の数及び供給源とに応じて決定され得ることが理解されている。したがって、確立されたカットオフ値は、定期的再評価、又は方法若しくは集団の分布の変化に基づいて上下に調整することが可能である。
【００８６】
１個又は複数のタンパク質の参照濃度は、様々な方法によって決定できる。参照レベルは、目的のタンパク質の濃度を、例えば、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答性の、又はレンバチニブ化合物を含む治療に応答性でない、対象の諸集団（例えば、患者）において比較することによって決定できる。これは、例えば、患者の全コホートがグラフで表現されているヒストグラム解析であって、その第１の軸は目的のタンパク質の濃度を表し、第２の軸はコホート中の対象の数を表し、そのコホートの試料は１個又は複数の濃度を含む、ヒストグラム解析によって達成できる。次に、タンパク質の参照濃度は、これら別個の群を最もよく区別する量又は濃度に基づいて決定できる。参照レベルは、全対象に一律に適用できる単一の数なことも、対象の特定の部分集団に応じて変更することもある。例えば、同一のがんについて、より高年齢の対象は、より低年齢の対象とは、参照レベルが異なることがある。加えて、疾患のより進行した（例えば、より進行した形態の子宮内膜がん）対象は、その疾患がより軽度な形態の対象とは、参照値が異なることがある。
【００８７】
予め設定された前記カットオフ値が、受信者動作特性（ＲＯＣ）解析に基づいて決定されるタンパク質濃度であってもよい。ＲＯＣ曲線を使用して、臨床試験のためのカットオフ値を決定する。患者が２群に分かれていて、確立された標準手法を使用することによって、片方の群はレンバチニブ化合物に応答性であると分かっており、もう片方はレンバチニブ化合物に応答しないと分かっている状況を考慮されたい。２群の全員に由来する生体試料を使用した測定値を、レンバチニブ化合物に対する応答性について検査するために使用する。この検査は、レンバチニブ化合物に応答する応答者の一部を見つけ出すが、応答者の全てを、ではない。検査により見つけ出される応答者の、応答者（確立された標準手法によりそうと分かる）の総数に対する比は、真陽性率（感度としても知られる）である。この検査は、レンバチニブ化合物に応答しない無応答者の全てではないが一部を見つけ出す。検査により見つけ出される無応答者の、無応答者（確立された標準手法によりそうと分かる）の総数に対する比は、真陰性率（特異度としても知られる）である。期待されるのは、レンバチニブ応答性検査のＲＯＣ曲線解析が、偽陽性及び偽陰性の数を最小とするようなカットオフ値を見つけ出してくれることである。ＲＯＣとは、識別閾値を変化させた際の、２値クラスによる層別化システムの成績をグラフに示したプロットのことである。これは、様々な閾値設定のもとで、陽性のうちの真陽性の割合を、陰性のうちの偽陽性の割合に対してプロットすることによって作成する。
【００８８】
一実施形態では、前記タンパク質濃度が、ある陽性的中率で腫瘍応答を予測する、ＲＯＣ解析に基づいて決定され、ここで、予め設定された前記カットオフ値以下の目的のタンパク質（例えば、Ａｎｇ２）の濃度が低濃度の目的のタンパク質であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度の目的のタンパク質である。陽性的中率とは、陽性検査結果のうち真陽性である結果の割合のことであり；陽性となった検査が、検査しようとしている基礎状態を反映する確立を反映する。ＲＯＣ曲線を構築し、陽性的中率を決定する方法は、当技術分野ではよく知られている。ある特定の実施形態では、腫瘍応答が奏効率（ＯＲＲ）、臨床的有用率（ＣＢＲ）、又は最大腫瘍縮小率（％）である。
【００８９】
別の実施形態では、予め設定された前記カットオフ値が、生存期間を予測するシミュレーションモデルに基づいて決定されるタンパク質濃度であってもよく、ここで、予め設定された前記カットオフ値以下の目的のタンパク質（例えば、Ａｎｇ２）の濃度が低濃度の目的のタンパク質であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度の目的のタンパク質である。一部の実施形態では、生存期間が無増悪生存期間（ＰＦＳ）である。他の実施形態では、生存期間が全生存期間（ＯＳ）である。
【００９０】
ある特定の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、１８６６．５〜６０２４．５ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。一部の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、１８６６．５〜２５００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。一部の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、１８６６．５〜３０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。一部の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、１８６６．５〜３５００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、２０００〜３０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、２０００〜４０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、２０００〜５０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、３０００〜４０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。ある特定の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、３０００〜５０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、３０００〜６０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、４０００〜５０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。他の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、４０００〜６０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。一部の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、５０００〜６０００ｐｇ／ｍｌの濃度範囲内である。ある特定の実施形態では、Ａｎｇ２タンパク質についての予め設定された前記カットオフ値が、約２０８２．５ｐｇ／ｍｌである。これら全ての実施形態で、予め設定された前記カットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、予め設定された前記カットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である。この文脈では、「約」とは±１０％のことを意味する。
【００９１】
生体試料
本明細書に記載されている方法に適した生体試料としては、目的の検体生体分子、例えばタンパク質又は核酸（例えば、ＤＮＡ又はｍＲＮＡ）などを含むあらゆる体液、細胞、組織又はその画分が挙げられる。生体試料は、例えば、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）から得られた検体であってもよいし、このような対象に由来していてもよい。試料は、例えば、生検により得られた組織切片、保管腫瘍組織、又は組織培養されている、若しくは組織培養に適合させた細胞であってもよい。生体試料は、血液、血漿、血清若しくは尿などの体液、又はこのような試料を基材（例えば、ガラス、ポリマー、紙）に吸収させたものとすることもできる。生体試料としては、子宮内膜組織試料を挙げることもできる。特定の実施形態では、前記生体試料が、腫瘍又は前がん病変を含むと疑われる対象の領域から得られた腫瘍細胞（複数可）又は腫瘍組織である。例えば、前記生体試料が子宮内膜腫瘍試料であってもよい。必要に応じて、生体試料は、特定の細胞種を含む画分へとさらに分画することができる。血液試料は、例えば、血清へと分画することも、赤血球細胞又は白血球細胞（白血球）などの特定の種類の血球細胞を含む諸画分へと分画することもできる。必要に応じて、試料は、対象由来の諸試料の組合せ、例えば、組織試料及び液体試料の組合せとしてもよい。
【００９２】
生体試料は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象から得ることができる。ある特定の実施形態では、対象が進行子宮内膜がんを有する。一部の実施形態では、対象が再発子宮内膜がんを有する。他の実施形態では、対象がステージＩＩＩの子宮内膜がんを有する。ある特定の実施形態では、対象がステージＩＶの子宮内膜がんを有する。他の実施形態では、対象が、切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶの子宮内膜がんを有する。
【００９３】
例示的方法としては、例えば、静脈切開及び細針吸引生検法が挙げられるが、生体試料を得るための、適切ないかなる方法でも利用できる。試料は、例えば、マイクロダイセクション（例えば、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）又はレーザーマイクロダイセクション（ＬＭＤ））により採取することもできる。
【００９４】
試料中の分子（例えば、核酸又はタンパク質）の活性を保持する、又はそれらの分子が損なわれないようにする、試料を得るため及び／又は保存するための方法は、当業者にはよく知られている。生体試料は、例えば、前記試料中の分子（例えば、核酸又はタンパク質）を保存する、又はそれらの分子の変化を最小にする１個又は複数のヌクレアーゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤及びホスファターゼ阻害剤を含めた、緩衝液及び／又は阻害剤などの１個又は複数の追加の作用剤とさらに接触させることができる。このような阻害剤としては、例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）及びエチレングリコールビス（β−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−四酢酸（ＥＧＴＡ）などのキレート剤、フッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、アプロチニン、ロイペプチン及びアンチパインなどのプロテアーゼ阻害剤、並びにリン酸、フッ化ナトリウム及びバナデートなどのホスファターゼ阻害剤が挙げられる。分子を単離するのに適した緩衝液及び条件は、当分野の技術者によく知られており、例えば、特徴付けようとしている試料中の分子の種類に応じて変更することができる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ４７）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）；Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８８）；Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（１９９９）；Ｔｉｅｔｚ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３版、Ｂｕｒｔｉｓ  ａｎｄ  Ａｓｈｗｏｏｄ編、Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、（１９９９）を参照されたい）。試料を処理して、妨害物質を除去する、又は妨害物質の存在を最小にすることもできる。例えば、生体試料を分画又は精製して、目的のものではない１個又は複数の物質を除去することができる。生体試料を分画又は精製する方法としては、それだけに限らないが、液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー又はアフィニティークロマトグラフィーなどのクロマトグラフ法が挙げられる。本明細書に記載されている方法における使用では、試料は様々な物理的状態にあってよい。例えば試料は液体又は個体であっても、液体に溶解又は懸濁しても、乳剤又はゲルであっても、材料に吸収されていてもよい。
【００９５】
バイオマーカーの発現レベル／濃度の決定
遺伝子発現は、標的遺伝子の例えばタンパク質又はＲＮＡ発現として検出することができる。つまり、遺伝子の存在又は発現レベル（量）は、その遺伝子のｍＲＮＡ又はタンパク質発現のレベルを検出及び／又は測定することによって決定できる。一部の実施形態では、遺伝子発現は、ある遺伝子、例えば表１に示す遺伝子にコードされるタンパク質の活性として検出することができる。
【００９６】
一実施形態では、遺伝子の発現は、その遺伝子にコードされるタンパク質の発現又は濃度を検出及び／又は測定することによって決定できる。タンパク質発現／濃度を決定する方法は、当技術分野ではよく知られている。一般に使用される方法は、目的の標的タンパク質に特異的な抗体の使用を伴う。タンパク質発現を決定する方法としては、例えば、それだけに限らないが、ウェスタンブロッティング又はドットブロット解析、免疫組織化学（例えば、定量的免疫組織化学）、免疫細胞化学、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ；Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊ．Ｅ．他編．（１９９５）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス光学イムノアッセイ、イムノクロマトグラフィーアッセイ及び抗体アレイ解析（例えば、参照により開示全体が本明細書にそれぞれ組み込まれている米国特許出願公開第２００３／００１３２０８号明細書及び米国特許出願公開第２００４／１７１０６８号明細書を参照されたい）が挙げられる。タンパク質発現を検出するための上記の方法及び追加の方法の多くに関するさらなる記載は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら（前掲）に見出すことができる。
【００９７】
一例を挙げるなら、遺伝子（例えば、表１に示す遺伝子）からのタンパク質発現の存在又は量は、ウェスタンブロッティング法を使用して決定できる。例えば、生体試料から溶解液を調製することができ、この溶解液を、又は生体試料そのものをレムリ（Ｌａｅｍｍｌｉ）緩衝液と接触させ、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供することができる。ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分けられた、サイズにより分離したタンパク質は次に、フィルター膜（例えば、ニトロセルロース）に転写し、目的のタンパク質に特異的な、検出可能に標識された抗体を使用するイムノブロット法に供することができる。結合した、検出可能に標識された抗体の存在又は量は、生体試料におけるタンパク質の存在又は量を示す。
【００９８】
別の例を挙げるなら、遺伝子（例えば、表１に示す遺伝子）からのタンパク質発現を検出及び／又は測定するために、イムノアッセイを使用できる。上記のようにイムノアッセイは、検出目的では、検出部分（例えば、蛍光剤又は酵素）を有する抗体を用いて行うことができる。生体試料由来のタンパク質は、固相マトリックス（例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コード化粒子又は磁気ビーズ）に直接コンジュゲートしてもよいし、特異的結合対の片方に結合（例えば、ストレプトアビジン又はビオチン）すると固相マトリックスに付着する、特異的結合対のもう片方（例えば、ビオチン又はストレプトアビジン）にコンジュゲートしてもよい。固相マトリックスにこのように付着するために前記タンパク質は、検出抗体との接触の前に、生体試料の他の妨害物質又は無関係な成分から分けて精製することが可能となり、また接触の後には、結合しなかった抗体を洗浄して除去することも可能となる。この場合も上記と同様に、結合した、検出可能に標識された抗体の存在又は量は、生体試料におけるタンパク質の存在又は量を示す。
【００９９】
抗体の形態に関して特定の制限はなく、本開示には、ポリクローナル抗体も、そしてモノクローナル抗体も含まれる。本発明のタンパク質又はその断片（すなわち、表１のタンパク質又はその免疫断片）でウサギなどの動物を免疫することにより得られる抗血清、並びに全てのクラスのポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体、ヒト抗体、並びに遺伝的組換えにより産生されるヒト化抗体も含まれる。
【０１００】
免疫するための抗原として、全長タンパク質又はその部分ペプチドを使用できる。タンパク質の部分ペプチドとしては、例えば、そのタンパク質のアミノ（Ｎ）末端断片及びカルボキシ（Ｃ）末端断片を用意してもよい。
【０１０１】
目的のタンパク質又はその断片（例えば、免疫断片）をコードする遺伝子を、既知の発現ベクターに挿入する。本明細書に記載されているベクターを宿主細胞に形質転換することによって、宿主細胞外又は宿主細胞内から、所望のタンパク質又はその断片を、標準の方法を使用して回収する。このタンパク質を感作抗原として使用できる。さらに、前記タンパク質を発現する細胞、細胞溶解液、又は化学的に合成された本発明のタンパク質を感作抗原として使用することもできる。
【０１０２】
感作抗原で免疫する哺乳動物に制限はないが、細胞融合に使用する親細胞との適合性を考慮することによって動物を選択するのが好ましい。一般には、齧歯目、ウサギ目又は霊長目に属する動物を使用する。使用することのできる、齧歯目に属する動物の例としては、マウス、ラット及びハムスターが例えば挙げられる。使用することのできる、ウサギ目に属する動物の例としては、例えばウサギが挙げられる。使用することのできる、霊長目に属する動物の例としては、例えばサルが挙げられる。使用するためのサルの例としては、狭鼻下目（旧世界ザル）、例えばカニクイザル（マカク・ファシクラリス（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ））、アカゲザル、マントヒヒ及びチンパンジーが挙げられる。
【０１０３】
感作抗原で動物を免疫するためには、よく知られた方法を使用することができる。例えば、感作抗原を哺乳動物に腹腔内注入又は皮下注入する。詳細には、感作抗原を生理食塩水及びリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）などに適宜希釈及び懸濁し、必要に応じて、適量の一般的なアジュバント、例えばフロイント完全アジュバントと混合する。次いでこの液体を乳化し、哺乳動物に注入する。その後、フロイント不完全アジュバントと適宜混合した感作抗原を、４〜２１日ごとに数回与えるのが好ましい。感作抗原で動物を免疫する際、適切な担体も使用することができる。免疫後、血清抗体のレベルが上昇するのを、通常の方法によって検出する。
【０１０４】
本開示のタンパク質に対するポリクローナル抗体は、以下のように調製できる。所望の血清抗体レベルが達成されていることを確かめた後、抗原で感作した哺乳動物から血液を抜く。通常の方法を使用して、この血液から血清を単離する。ポリクローナル抗体を含む血清をポリクローナル抗体として使用してもよいし、必要に応じてこの血清から、ポリクローナル抗体を含む画分をさらに単離してもよい。例えば、本発明のタンパク質を特異的に認識する抗体の画分は、タンパク質を結合させたアフィニティーカラムを使用することによって調製することができる。次いで、免疫グロブリンＧ又はＭを調製するために、プロテインＡカラム又はプロテインＧカラムを使用してこの画分をさらに精製してもよい。
【０１０５】
モノクローナル抗体を得るには、上記の抗原で感作した哺乳動物で、所望の血清抗体レベルが達成されていることを確かめた後、免疫細胞をこの哺乳動物から採り、細胞融合に使用する。この目的では、好ましい免疫細胞として脾細胞を挙げることができる。上記の免疫細胞と融合させる親細胞としては、哺乳動物の骨髄腫細胞が好んで使用される。融合細胞を作用剤により区別するために使用できる特性を獲得した骨髄腫細胞を、親細胞として使用するのがより好ましい。
【０１０６】
上記の免疫細胞と骨髄腫細胞との細胞融合は、既知の方法、例えばＧａｌｆｒｅ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．７３：３〜４６ページ、１９８１年）による方法に従って行うことができる。
【０１０７】
細胞融合により得られたハイブリドーマは、標準的な選択培地、例えばＨＡＴ培養液（ヒポキサンチン、アミノプテリン及びチミジンを含む培地）で細胞を培養することによって選択する。このＨＡＴ培地での培養は、目的とするハイブリドーマ以外の細胞（非融合細胞）が死滅するのに十分な期間、通常は短い日数〜数週間、継続する。次に通常の限界希釈法を実行し、目的とする抗体を産生するハイブリドーマをスクリーニング及びクローニングする。
【０１０８】
ヒト以外の動物を抗原で免疫することによる、ハイブリドーマを得るための上記の方法以外では、タンパク質に結合する活性を有する、目的とするヒト抗体を産生するハイブリドーマは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでヒトリンパ球、例えば、ＥＢウイルスに感染させたヒトリンパ球を、タンパク質、タンパク質を発現する細胞、又はその溶解液で感作し、この感作したリンパ球を、永久に細胞分裂する能力を有するヒト由来の骨髄腫細胞、例えばＵ２６６と融合する方法により得ることができる。
【０１０９】
得られたハイブリドーマをマウスの腹腔に移植し、腹水を抽出することにより得たモノクローナル抗体は、例えば、硫安沈澱、プロテインＡカラム又はプロテインＧカラム、ＤＥＡＥイオン交換クロマトグラフィー、及び本開示のタンパク質を結合させたアフィニティーカラムなどによって精製できる。
【０１１０】
モノクローナル抗体は、遺伝子工学の手法を使用することにより産生した組換え抗体として得ることもできる（例えば、Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ  Ｃ．Ａ．Ｋ．  ａｎｄ  Ｌａｒｒｉｃｋ，Ｊ．Ｗ．、ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣ  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ、英国でＭＡＣＭＩＬＬＡＮ  ＰＵＢＬＩＳＨＥＲＳ  ＬＴＤにより出版（１９９０）を参照されたい）。組換え抗体は、コードするＤＮＡを免疫細胞、例えばハイブリドーマ、又は抗体を産生する感作リンパ球などからクローニングし、適切なベクターに組み込み、このベクターを宿主に導入して抗体を産生することによって産生する。本開示はこのような組換え抗体も包含する。
【０１１１】
１個又は複数のバイオマーカーによりコードされるタンパク質に特異的な抗体又は抗体断片は、ファージディスプレイなどのｉｎ  ｖｉｔｒｏの方法によって作製することもできる。
【０１１２】
さらに、本開示の抗体は、本発明のバイオマーカーによりコードされるタンパク質に結合する限り、抗体断片又は改変抗体であってよい。例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、又はＨ鎖ＦｖとＬ鎖Ｆｖとが適切にリンカーで連結されている一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（Ｈｕｓｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５：５８７９〜５８８３ページ、（１９８８））を抗体断片として与えることができる。詳細には、抗体断片は、酵素、例えば、パパイン又はペプシンで抗体を処理することによって作製する。代わりに抗体断片は、それをコードする遺伝子を構築し、この構築物を発現ベクターに導入し、このベクターを適切な宿主細胞で発現させることによって作製してもよい（例えば、Ｃｏら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５２：２９６８〜２９７６ページ、１９９４年；  Ｂｅｔｔｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１７８：４７６〜４９６ページ、１９８９年；Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１７８：４９７〜５１５ページ、１９８９年；Ｌａｍｏｙｉ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１２１：６５２〜６６３ページ、１９８６年；Ｒｏｕｓｓｅａｕｘら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１２１：６６３〜６６９ページ、１９８６年；Ｂｉｒｄら、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、９：１３２〜１３７ページ、１９９１年を参照されたい）。
【０１１３】
抗体は、蛍光物質、放射性物質及び発光物質などの多様な分子とコンジュゲートすることができる。このような部分を抗体に付与する方法は既に確立されており、当該分野では一般に行われている（例えば、米国特許第５０５７３１３号明細書及び米国特許第５１５６８４０号明細書を参照されたい）。
【０１１４】
抗体の抗原結合活性をアッセイする方法の例としては、吸光度測定、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び／又は免疫蛍光が例えば挙げられる。ＥＬＩＳＡを使用する際には、例えば、本発明のバイオマーカーによりコードされるタンパク質を、本開示の抗体でコートしたプレートに添加し、次いで抗体試料、例えば、抗体産生細胞の培養上清、又は精製抗体を添加する。次に、アルカリホスファターゼなどの酵素で標識された、一次抗体を認識する二次抗体を添加し、プレートをインキュベート及び洗浄し、ｐ−ニトロフェニルリン酸などの酵素基質を添加後、吸光度を測定して抗原結合活性を評価する。タンパク質としては、タンパク質断片、例えばＣ末端を含む断片、又はＮ末端を含む断片を使用してもよい。本発明の抗体の活性を評価するために、ビアコア（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用することができる。
【０１１５】
これらの方法を使用することによって、本発明の抗体と、本発明のタンパク質を含むと推定される試料とを接触させ、本発明のバイオマーカーによりコードされるタンパク質を、上述の抗体と前記タンパク質との間で形成される免疫複合体を検出又はアッセイすることにより、検出又はアッセイする。
【０１１６】
それだけに限らないが、例えば、安定同位体標識された内部標準と組み合わせた、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）に基づくアプローチなどの、質量分析法に基づく定量アッセイの方法は、タンパク質を定量的に測定するためのイムノアッセイに代わる方法である。これらのアプローチでは抗体を使用する必要がないため、費用効率及び時間効率の高い形で分析を行うことができる（例えば、Ａｄｄｏｎａら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２７：６３３〜６４１ページ、２００９年；Ｋｕｚｙｋら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、８：１８６０〜１８７７ページ、２００９年；Ｐａｕｌｏｖｉｃｈら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．、２：１３８６〜１４０２ページ、２００８年を参照されたい）。加えて、ＭＲＭでは優れたマルチプレックス能力が利用でき、多数のタンパク質を同時並行で定量することが可能となる。これらの方法の基礎理論は確固たるものになっており、薬物代謝、及び低分子の薬物動態解析に広く利用されている。
【０１１７】
別の実施形態では、目的の遺伝子の発現レベルは、ＲＮＡレベルを測定することによって決定する。適切な種々の方法を利用して、遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルを検出及び／又は測定できる。ｍＲＮＡ発現は、例えば、ノーザンブロット又はドットブロット解析、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ；例えば、定量的ＲＴ−ＰＣＲ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（例えば、定量的ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）又は核酸アレイ（例えば、オリゴヌクレオチドアレイ又は遺伝子チップ）解析を使用して決定できる。このような方法の詳細は以下に記載し、また例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ第２版第１、２及び３巻．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＵＳＡ、１９８９年１１月；Ｇｉｂｓｏｎら、（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、６（１０）：９９５〜１００１ページ；及びＺｈａｎｇら、（２００５）Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｓｃｉ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．、３９（８）：２７７７〜２７８５ページ；並びに参照により開示全体が本明細書にそれぞれ組み込まれている米国特許出願公開第２００４／０８６９１５号明細書；欧州特許第０５４３９４２号明細書；及び米国特許第７１０１６６３号明細書に記載されている。
【０１１８】
一例を挙げるなら、生体試料における１個又は複数の別個のｍＲＮＡ集団の存在又は量は、生体試料から全ｍＲＮＡを単離し（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前掲）及び米国特許第６８１２３４１号明細書を参照されたい）、単離したｍＲＮＡをアガロースゲル電気泳動に供して、サイズによりｍＲＮＡを分離することによって決定することができる。サイズにより分離したｍＲＮＡを次に、ニトロセルロース膜などの固体支持体に（例えば拡散により）転写する。生体試料における１個又は複数のｍＲＮＡ集団の存在又は量は次に、目的のｍＲＮＡ配列と相補的な、検出可能に標識されたポリヌクレオチドプローブを１個又は複数使用して決定することができる。このポリヌクレオチドプローブは、対応するｍＲＮＡ集団に結合することによって、これらのｍＲＮＡ集団を検出可能にする。検出可能な標識としては、例えば、蛍光標識（例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）又はフィコエリトリン）、発光標識（例えば、ユウロピウム、テルビウム、Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡの供給するＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）、放射線標識（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３２Ｐ、３３Ｐ又は３Ｈ）、及び酵素標識（西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ又はアセチルコリンエステラーゼ）が挙げられる。
【０１１９】
別の例を挙げるなら、生体試料におけるｍＲＮＡの別個の諸集団（例えば、表１に示す１個又は複数の遺伝子にコードされるｍＲＮＡ）の存在又は量は、核酸（又はオリゴヌクレオチド）アレイ（例えば、後に「アレイ」の項目の下に記載するアレイ）を使用して決定することができる。例えば、生体試料から単離したｍＲＮＡは、例えばランダムヘキサマー又はオリゴ（ｄＴ）プライマーによって第１鎖合成を媒介し、ＲＴ−ＰＣＲを使用して増幅することができる。増幅産物は、より短いセグメントに断片化してもよい。増幅産物を検出可能に標識するためにＲＴ−ＰＣＲステップを使用することも、又は任意選択で、ＲＴ−ＰＣＲステップに続いて増幅産物を検出可能に標識することもできる。検出可能な標識は、例えば、適切な種々の手法（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前掲を参照されたい）のうちのいずれかを使用して、酵素的（例えば、ニックトランスレーションにより、又はＴ４ポリヌクレオチドキナーゼなどのキナーゼにより）又は化学的に増幅産物とコンジュゲートしてもよい。検出可能に標識された増幅産物を次に、ポリヌクレオチドプローブの複数セットと接触させる。ここで各セットは、対応する増幅産物に特異的な（そして、この増幅産物に結合する能力のある）１個又は複数のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含み、前記複数セットは、各セットが異なる増幅産物に対応するプローブのセットを多数含む。一般には、プローブのセットは固体支持体に結合しており、プローブの各セットの位置は、固体支持体上において予め決定されている。検出可能に標識された増幅産物が、プローブのセットのうち対応するプローブに結合すると、生体試料における標的ｍＲＮＡの存在又は量が示される。核酸アレイを使用してｍＲＮＡ発現を検出するための他の方法は、例えば、参照により開示全体が本明細書にそれぞれ組み込まれている米国特許第５４４５９３４号明細書；米国特許第６０２７８８０号明細書；米国特許第６０５７１００号明細書；米国特許第６１５６５０１号明細書；米国特許第６２６１７７６号明細書；及び米国特許第６５７６４２４号明細書に記載されている。
【０１２０】
検出可能な標識を検出及び／又は定量する方法は、その標識の性質によって決まる。適切な酵素（検出可能な標識が酵素の場合；上記参照）により触媒された反応の産物は、それだけに限らないが、蛍光性、発光性若しくは放射性であってよく、又は可視光若しくは紫外光を吸収してもよい。このような検出可能な標識を検出するのに適した検出器の例としては、それだけに限らないが、Ｘ線フィルム、放射能計数器、シンチレーション計数器、分光光度計、比色計、蛍光光度計、ルミノメーター及び濃度計が挙げられる。
【０１２１】
遺伝子発現（例えば、タンパク質又はｍＲＮＡ発現）を検出又は測定するための方法は、任意選択で、複数試料の迅速な調製、処理及び解析を可能にする形式において行うことができる。これは例えばマルチウェルのアッセイプレート（例えば、９６ウェル又は３８６ウェル）又はアレイ（例えば、核酸チップ又はタンパク質チップ）においてであってもよい。種々の試薬の保存溶液は、手作業又はロボットにより用意でき、これに続く試料調製（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、標識又は細胞固定）、ピペット操作、希釈、混合、分配、洗浄、インキュベート（例えば、ハイブリダイゼーション）、試料読取り、データ収集（光学的データ）及び／又は解析（コンピュータ支援画像解析）は、市販の解析ソフトウェア、ロボット工学、及びアッセイで生じるシグナルを検出できる検出機器を使用して、ロボットにより行うことが可能である。このような検出器の例としては、それだけに限らないが、分光光度計、ルミノメーター、蛍光計、及び放射性同位体の崩壊を測定する装置が挙げられる。例示的な高スループット細胞ベースアッセイ（例えば、細胞における標的タンパク質の存在又はレベルを検出するアッセイなど）は、アレイスキャン（ＡｒｒａｙＳｃａｎ）（登録商標）ＶＴＩ  ＨＣＳ  Ｒｅａｄｅｒ又はキネティックスキャン（ＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ）（登録商標）ＨＣＳ  Ｒｅａｄｅｒ技術（Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ  Ｉｎｃ．、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）を利用できる。
【０１２２】
一部の実施形態では、表１の２個の遺伝子、３個の遺伝子、４個の遺伝子、５個の遺伝子、６個の遺伝子、７個の遺伝子、８個の遺伝子、９個の遺伝子、１０個の遺伝子、１１個の遺伝子、又は少なくとも２個の遺伝子、少なくとも３個の遺伝子、少なくとも４個の遺伝子、少なくとも５個の遺伝子、少なくとも６個の遺伝子、少なくとも７個の遺伝子、少なくとも８個の遺伝子、少なくとも９個の遺伝子、若しくは少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを評価及び／又は測定することができる。
【０１２３】
表１に示す１個又は複数の遺伝子の発現の存在又はレベルを検出するのを補助するために、例えばハイブリダイゼーションポリヌクレオチドプローブ又はプライマー（例えば、増幅又は逆転写用）として、遺伝子の核酸配列のどの部分を使用してもよい。プローブ及びプライマーは、生体試料から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はその断片との特異的ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な長さのオリゴヌクレオチドであってよい。特定の用途に応じハイブリダイゼーション条件を変更して、標的配列に対するプローブ又はプライマーの選択性の程度を変更するために用いることができる。プライマー及びプローブは、検出を容易にする試薬（例えば、蛍光標識、化学標識（例えば、米国特許第４５８２７８９号明細書及び米国特許第４５６３４１７号明細書を参照されたい）、又は修飾塩基）により、検出可能に標識することができる。
【０１２４】
標準的なストリンジェンシーの条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前掲）及びＨａｙｍｅｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｄ．Ｃ．（１９８５）により記載されている。核酸分子がプライマー又はプローブとして働くためには、用いる特定のハイブリダイゼーション条件下（例えば、溶媒及び塩濃度）で安定な二重鎖構造を形成できるよう、配列が十分相補的になっているだけでよい。
【０１２５】
２個の核酸配列間の相同性を評価するために、ハイブリダイゼーションを使用することができる。本明細書に記載されている核酸配列又はその断片は、標準的なハイブリダイゼーション手法に従ってハイブリダイゼーションプローブとして使用できる。目的のプローブ（例えば、本明細書に記載されているヌクレオチド配列又はその相補配列の一部を含むプローブ）が、検査供給源由来のＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ又はその断片とハイブリダイズすると、プローブに対応するＤＮＡ又はＲＮＡが、検査供給源において存在することが示される。ハイブリダイゼーション条件は当分野の技術者にとっては既知であり、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎ．Ｙ．、６．３．１〜６．３．６、１９９１年に見出すことができる。穏やかなハイブリダイゼーション条件は、３０℃における２Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）でのハイブリダイゼーション、及びそれに続く、５０℃における１ＸＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる洗浄として定義される。高いストリンジェント条件は、４５℃における６ＸＳＳＣでのハイブリダイゼーション、及びそれに続く、６５℃における０．２ＸＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる洗浄として定義される。
【０１２６】
プライマーは、ＰＣＲ様式の様々な方法で使用できる。例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法を使用して、全ゲノム配列ＤＮＡ又は全細胞ＲＮＡからの配列を含め、ＤＮＡ及びＲＮＡから特定の配列を増幅することができる。ＰＣＲプライマーは、増幅を目的とする領域の両側に設計する。プライマーは、増幅しようとするヌクレオチド配列の５’末端若しくは３’末端の近傍、又はその内部のどこに位置していてもよい。増幅産物の長さは実験の目的により決まる。標的の長さは、ｑＰＣＲの場合は１００ｂｐにより近く、標準的なＰＣＲの場合は約５００ｂｐである。一般に、目的の領域の末端、又はその外側の配列情報を利用して、増幅しようとする鋳型の逆鎖と配列が同一又は類似のオリゴヌクレオチドプライマーを設計する。ＰＣＲプライマーは、単一の核酸分子として（例えば、ホスホラミダイト技術を使用した、３’から５’の方向の自動ＤＮＡ合成を使用して）、又は一連のオリゴヌクレオチドとしてのいずれかで化学合成できる。例えば、１対又は複数対の、所望の配列を含む長いオリゴヌクレオチド（例えば、＞１００ヌクレオチド）を合成することができる。ここで、オリゴヌクレオチド対をアニールすると二本鎖が形成されるように、各対は、相補的な短いセグメント（例えば、約１５ヌクレオチド）を含む。ＤＮＡポリメラーゼを使用してオリゴヌクレオチドを伸長し、その結果、各オリゴヌクレオチド対につき１個の二重鎖核酸分子が得られる。
【０１２７】
加えて、核酸配列又はその断片（例えば、オリゴヌクレオチドプローブ）は、遺伝子発現を検出及び／又は定量するために、核酸アレイ（後に「アレイ」の項目の下に記載する核酸アレイなど）において使用できる。
【０１２８】
応答プロファイルの作成
本明細書に記載の方法は、子宮内膜がんを有する対象についてのレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）治療応答プロファイルを作成するためにも使用され得る。このプロファイルは、例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩での治療の前及び後の１種又は複数の遺伝子（例えば、表１に示されている１種又は複数の遺伝子）の発現レベルを示す情報；並びに／又は任意の子宮内膜腫瘍の組織学的分析を含み得る。本明細書に記載の応答プロファイルは、表１に列挙した少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種又は少なくとも１０種の遺伝子の発現又は発現レベルについての情報を含み得る。結果として得られる情報（レンバチニブ治療応答プロファイル）は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象（例えば、ヒト患者）の、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する応答を予測するために使用され得る。
【０１２９】
レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）応答プロファイルは、電子的形態（例えば、コンピュータ又は他の電子的（コンピュータで読み出し可能な）媒体、例えば、ＤＶＤ、ＣＤ又はフロッピー（登録商標）ディスク等に保存される電子的患者記録）又は書面による形態であってもよいことが理解される。レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）応答プロファイルは、数名（例えば、２、３、４、５、１０、２０、３０、５０若しくは１００名又はそれより多くの）対象（例えば、ヒト患者）についての情報も含み得る。こうした複数対象応答プロファイルは、例えば、対象コホートの特定の特性の分析（例えば、統計解析）において使用され得る。
【０１３０】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する対象の応答性は数種類の方法で分類することができ、分類は、対象の疾患（例えば、進行又は再発子宮内膜がん）、疾患の重症度、及び対象に投与される特定の医薬に依存する。最も単純な意味では、応答性とは、治療前と比較して疾患状態における何らかの減少であり、非応答性とは、治療前と比較して疾患状態にいかなる変化もないことである。子宮内膜がんを有する対象（例えば、ヒト）の応答性は、これらに限定されないが、腫瘍サイズ、臨床的有用性（ＣＢ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、全生存期間（ＯＳ）、最大腫瘍縮小率（％）（ＭＴＳ）又は奏効率（ＯＲＲ）等のいくつかの客観的臨床徴候のうちの１つ又は複数に基づいて分類され得る。
【０１３１】
「臨床的有用性」とは、以下の状態のうちの１つを有することを指す−完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）；又は６ヶ月以上の無増悪生存期間（ＰＦＳ）を伴う安定疾患（ＳＤ）。「完全奏効」とは、全標的病変の完全消失を意味する。「部分奏効」とは、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも３０％の減少を意味する。「進行疾患」（ＰＤ）とは、治療開始からの記録されたＬＤの最小の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも２０％の増加、又は１個若しくは複数の新しい病変の出現を意味する。「安定疾患」とは、治療開始からのＬＤの最小の合計を参照として、ＰＲの認定に十分な標的病変の縮小も、進行疾患（ＰＤ）の認定に十分な増加もないことを意味する。
【０１３２】
「全生存期間」（ＯＳ）は、無作為化から何らかの原因による死亡までの時間として定義される。「無作為化」とは、患者の治療計画が決定されるときの、試験群又は対照群への患者の無作為化を意味する。
【０１３３】
「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）とは、治療の開始日からＰＤ状態に入る前の最終日までの期間を指す。
【０１３４】
「最大腫瘍縮小率（％）」（ＭＴＳ）とは、ベースライン合計直径を参照とした、標的病変の直径の合計の百分率変化を意味する。
【０１３５】
「奏効率」（ＯＲＲ）は、完全奏効（ＣＲ）又は部分奏効（ＰＲ）のいずれかを有する対象を、安定疾患（ＳＤ）又は進行疾患（ＰＤ）のいずれかを有する対象と比較する。
【０１３６】
治療の方法
本明細書に開示の方法は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象が、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答する可能性が高いかどうかの評価を可能にする。子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある、レンバチニブ化合物に応答する可能性が高い対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を投与され得る。逆に、レンバチニブ化合物に応答する可能性が低い、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象には、子宮内膜がんの治療に好適な別の治療が行われ得る。
【０１３７】
本開示の方法は、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象を、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療から利益を得る可能性がより高い対象の群と、利益を得る可能性がより低い対象の群とに層別化することも可能にする。レンバチニブ化合物での治療に向けて考慮されている子宮内膜がん対象のプールからこうした患者を選択できることは、対象に有効な治療を行うために有益である。
【０１３８】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）は、部分的には、血管新生を抑制することによって、強力な抗腫瘍効果を示す。レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に向けて考慮されている対象には、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い対象が含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）で治療される対象は、進行子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療で治療される対象は、再発子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。他の実施形態では、レンバチニブ化合物を含む治療で治療される対象は、ステージＩの子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。一実施形態では、レンバチニブ化合物を含む治療で治療される対象は、ステージＩＩの子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。別の実施形態では、レンバチニブ化合物を含む治療で治療される対象は、ステージＩＩＩの子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。別の実施形態では、レンバチニブ化合物を含む治療で治療される対象は、ステージＩＶの子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症する可能性が高い。一部の実施形態では、子宮内膜がんは、切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶのがんである。
【０１３９】
子宮内膜がんを有する対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が（上記の１種又は複数のバイオマーカー（例えば、Ａｎｇ２タンパク質）の濃度に基づいて）より高い場合には、次いで、この対象に、有効量のレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を投与することができる。化合物の有効量は、医療関係者が、例えば、患者の特性（年齢、性別、体重、人種等）、疾患の進行及び薬物に対する事前の曝露を考慮して、適切に決定することができる。対象がレンバチニブ化合物を含む治療に応答する可能性がより低い場合には、次いで、この対象に、レンバチニブを含まない治療を任意選択で行うことができる。これらの治療には、放射性ヨウ素、ドキソルビシン、カルボプラチン、シスプラチン、パクリタキセル、ソラフェニブ、ドセタキセル、トラスツズマブ、インターロイキン−２、インターフェロン、エベロリムス、スニチニブ、パゾパニブ、バンデタニブ、並びに治験薬及び化学療法等の「ケアの標準」治療（すなわち、医療関係者によって決定される又は臨床試験において定められているような一般的なケアの標準）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１４０】
あらゆる年齢の対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）によって治療可能な障害を罹患する恐れがある。したがって、本明細書に記載の方法において使用される生体試料は、小児、青年又は成体、例えば、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある成体を含む、あらゆる年齢の対象（例えば、ヒト）から得ることができる。
【０１４１】
この方法は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）によって治療可能な子宮内膜がんを発症するリスクのある個体にも適用され得る。こうした個体には、（ｉ）こうした障害の家族歴（遺伝的素因）又は（ｉｉ）こうした障害を発症する１つ又は複数の危険因子を有する個体が含まれる。
【０１４２】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）に応答する可能性がより高くなるか又はより低くなるかどうかに基づいて対象を層別化又は選択した後に、医療関係者（例えば、医者）は、対象に適切な治療法を施すことができる。レンバチニブ治療を行う方法は、当技術分野においてよく知られている。
【０１４３】
本明細書に記載のいかなる治療（例えば、レンバチニブを含む治療又はレンバチニブを含まない治療）も、１種又は複数のさらなる治療剤を含み得ることが理解される。すなわち、本明細書に記載のいかなる治療も、これらに限定されないが、ドキソルビシン、カルボプラチン、シスプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トラスツズマブ及びエベロリムス等の１種又は複数のさらなる治療剤と共投与（組合せで投与）されてもよい。さらに、本明細書に記載のいかなる治療も、例えば、疼痛、悪心、及び／又はレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療の１種又は複数の副作用を、治療するための１種又は複数の作用剤を含んでいてもよい。
【０１４４】
組合せ治療（例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）と、１種又は複数のさらなる治療剤とを含む治療の共投与）は、例えば、同時又は連続であってもよい。例えば、レンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）と１種又は複数のさらなる治療剤とが同時に投与されてもよく、又は最初にレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）が適時に投与され、次に１種又は複数のさらなる治療剤が適時に投与されてもよい。一部の実施形態では、最初に１種又は複数のさらなる治療剤が適時に投与され、次にレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）が適時に投与されてもよい。
【０１４５】
対象が子宮内膜がんを有していてレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）に対して応答することが予測されている場合には、治療は、レンバチニブ以外の１種又は複数の治療を以前に投与していて、レンバチニブ化合物を含む治療は、以前に行われた又は現在行われている治療を置き換える又は増強することができる。例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療で治療することにより、レンバチニブ以外の１種又は複数の治療の投与を中止又は低減、例えば、より低いレベルで投与することができる。レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療を投与すると同時に、従来の治療の投与を維持することもできる。一部の実施形態では、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療のレベルが治療効果をもたらすのに十分なレベルに達するまで、従来の治療を維持することもできる。
【０１４６】
アレイ
本明細書に開示の核酸バイオマーカーを含む核酸アレイは、例えば、遺伝子発現の検出及び／又は遺伝子発現レベルの測定に有用である。このアレイは、例えば、子宮内膜がんを有する対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する応答を予測すること、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療から利益を受け得る、子宮内膜がんを有する対象を認定すること、及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療から利益を受ける可能性が低い、子宮内膜がんを有する対象を他のがん治療に導くことにも有用である。
【０１４７】
アレイは、塩基対形成則（例えば、チミン又はウラシルとのアデノシン対；シトシンとのグアノシン対）に基づいて既知及び未知のＤＮＡ試料の一致判定が行われる、順序正しい配置の試料である。典型的なマイクロアレイ実験は、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ分子又はその断片の、それらに起原又は由来する鋳型ＤＮＡへのハイブリダイゼーションを含む。アレイを構築するために多くのＤＮＡ試料が使用される。表１にある遺伝子のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１種からのＤＮＡをアレイの構築に使用することができる。アレイ実験では、マイクロプレート又は標準的なブロッティング膜等の一般的なアッセイ系を使用する。試料スポットサイズは、典型的には、直径で２００ミクロン未満であり、アレイは、通常、何千ものスポットを含んでいる。（既知の識別情報を有する）プローブとして知られる数千のスポットされた試料が、基質（例えば、顕微鏡ガラススライド、シリコンチップ、ナイロン膜）上に固定化される。これらのスポットは、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ又はオリゴヌクレオチドであってもよい。これらは、未知の配列の相補的な結合を決定するために使用され、したがって、遺伝子発現及び遺伝子発見の並行解析を可能にする。単一のＤＮＡチップを用いた実験では、何千もの遺伝子の情報を同時に提供することができる。アレイ上の各スポットの位置は遺伝子の同定に使用されるので、支持材上のプローブの順序正しい配置が重要である。アレイの各部位に結合したｍＲＮＡの量は、アレイに含まれる多様な遺伝子の発現レベルを示す。多くのＤＮＡ試料を含むアレイを使用することにより、単回の実験で、アレイ上の各部位に結合したｍＲＮＡの量を測定することによって何百又は何千もの遺伝子の発現レベルを決定することができる。コンピュータの助けにより、マイクロアレイ上のスポットに結合したｍＲＮＡの量を正確に測定することができ、細胞内の遺伝子発現のプロファイルが生成される。
【０１４８】
一般に使用される２種の主なＤＮＡマイクロアレイのプラットフォームは、ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドのマイクロアレイである。ｃＤＮＡマイクロアレイは、ＰＣＲ等の酵素反応によって生成される長い二本鎖ＤＮＡ分子で作製されるのに対して（Ｓｃｈｅｎａ，Ｍ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７０：４６７−４７０（１９９５））、オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、機械的な沈着又はｉｎ  ｓｉｔｕでの合成のいずれかによって基質上にスポットされたオリゴヌクレオチドプローブを採用する（Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｄ．Ｊ．ら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、１４、１６７５−１６８０（１９９６））。
【０１４９】
キット
本出願は、キットも提供する。ある特定の実施形態では、キットは、表１に列挙したバイオマーカーのうちの１種又は複数又はそれらの濃度若しくは発現レベルの検出に使用可能な１種又は複数の抗体を含んでいてもよい。例えば、キットは、特異的にＡｎｇ２を結合する抗体を含んでいてもよい。キット中の抗体は、モノクローナル又はポリクローナルであってもよく、検出可能な標識とさらにコンジュゲートされていてもよい。一部の実施形態では、キットは、表１のうちの任意のバイオマーカーの同定又は検出に使用可能なプローブを含む。一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載の任意の核酸アレイを含む。一部の実施形態では、キットは、表１のうちの任意のバイオマーカー又はそれらの発現若しくは発現レベルの同定又は検出に使用可能なプローブ及び抗体を含む。キットは、任意選択で、生体試料中の１種又は複数のタンパク質の濃度又はｍＲＮＡのレベルを検出及び／又は測定するための説明書を含んでいてもよい。
【０１５０】
キットは、例えば、対照（例えば、評価しているタンパク質の濃度標準）、又はアレイの核酸プローブによって認識される１種又は複数のアンプリコンの既知量を含む対照標識化アンプリコンセットを任意選択で含み得る。一部の例では、対照は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に対する応答を予示する１種又は複数のタンパク質又はＲＮＡの発現レベル又は発現レベル範囲を含む挿入物（例えば、紙の挿入物又はＣＤ、ＤＶＤ若しくはフロッピーディスク等の電子的な媒体）であってもよい。
【０１５１】
一部の実施形態では、キットは、生体試料を処理するための１種又は複数の試薬（例えば、較正試薬、緩衝液、賦形剤、呈色試薬、反応を停止するための試薬）を含み得る。例えば、キットは、生体試料からタンパク質を単離するための試薬並びに／又は生体試料におけるタンパク質の存在及び／若しくは量を検出するための試薬（例えば、検出アッセイの対象であるタンパク質に結合する抗体及び／又はそのタンパク質に結合する抗体を結合する抗体）を含んでいてもよい。
【０１５２】
ある特定の実施形態では、キットは、少なくとも１種のマイクロプレート（例えば、９６ウェルプレート；すなわち、８ウェルの１２ストリップ）を含む。マイクロプレートは、対応するそのプレートカバーと共に提供されてもよい。マイクロプレートは、ポリスチレン又は他の任意の好適な材料製であり得る。マイクロプレートは、各ウェルの内側にコーティングされた、特定のバイオマーカーの存在を認定するために使用される抗体を有していてもよい。抗体は、検出可能な標識にコンジュゲートされていてもよい。キットは、少なくとも１種の接着性ストリップも含んでいてもよい。
【０１５３】
一部の実施形態では、キットは、例えば、発現プロファイル又はマイクロアレイ解析の結果を解析するためのソフトウェアパッケージを含んでいてもよい。
【０１５４】
キットは、本明細書に記載の任意の遺伝子のタンパク質発現を検出するための１種又は複数の抗体も含んでいてもよい。例えば、キットは、表１に示されている任意の遺伝子によってコードされている１種又は複数のタンパク質に特異的に結合する能力がある１種又は複数の抗体並びに任意選択で、１種又は複数のタンパク質の濃度を検出及び／若しくは測定するための説明書並びに／又は複数の抗体のうちの少なくとも１種の抗体に結合する能力がある検出可能な程度に標識された抗体を含む検出抗体を含んで（又は場合によっては、からなって）いてもよい。一部の実施形態では、キットは、表１に列挙した遺伝子によってコードされるタンパク質のうちの１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種又は１１種を認識する抗体を含んでいてもよい。
【０１５５】
ある特定の実施形態では、キットは、１つ又は複数の単位用量のレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）も任意選択で含んでいてもよい。
【０１５６】
本明細書に記載のキットは、１種又は複数のタンパク質の濃度又は１種又は複数のＲＮＡの発現レベルにより、子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのある対象が、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を含む治療に応答すると予測される、レンバチニブ化合物を含む治療を行うための説明書も、任意選択で、含んでいてもよい。
【０１５７】
特定の実施形態では、キットは、以下のうちの１つ又は複数を含む：
（ｉ）マイクロプレート（例えば、９６ウェルプレート）。このマイクロプレートは、検出可能な標識とコンジュゲートされている抗Ａｎｇ２抗体でコーティングされていてもよい。抗Ａｎｇ２抗体は、モノクローナル又はポリクローナルであってもよい。抗体は、例えば、マウス、ウサギ、ラット又はモルモット由来であってもよい。検出可能な標識は、例えば、ワサビペルオキシダーゼ、ビオチン、蛍光部分、放射性部分、ヒスチジンタグ又はペプチドタグであってもよい。マイクロプレートは、カバー及び任意選択で、１種又は複数の接着性ストリップと共に提供されてもよい。
（ｉｉ）検出可能な標識とコンジュゲートされている抗Ａｎｇ２を含んでいるバイアル。検出可能な標識は、例えば、ワサビペルオキシダーゼ、ビオチン、蛍光部分、ヒスチジンタグ、ペプチドタグであってもよい。このバイアルは、保存剤も含んでいてもよい。
（ｉｉｉ）既知の濃度のＡｎｇ２標準を含んでいるバイアル。Ａｎｇ２は、組換えヒトＡｎｇ２であってもよい。
（ｉｖ）アッセイ希釈液を含んでいるバイアル。
（ｖ）キャリブレーター希釈液を含んでいるバイアル。
（ｖｉ）洗浄緩衝液を含んでいるバイアル。この緩衝液は、濃縮物として提供されてもよい。
（ｖｉｉ）呈色試薬を含んでいる１本又は複数のバイアル
（ｖｉｉｉ）比色反応を停止するための停止液を含んでいるバイアル。
【０１５８】
以下は、本発明の実施の例である。これらの例は、いかなる形であれ本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
【実施例】
【０１５９】
実施例１：Ｅ７０８０（レンバチニブメシル酸塩）での治療に向けて子宮内膜がん患者を選択するための予測バイオマーカーの認定
【０１６０】
目的：血管新生は、ＶＥＧＦ受容体及びＦＧＦ受容体等の、複数の増殖因子受容体を介したシグナル伝達によって調整されている。ＶＥＧＦ受容体シグナル伝達は、免疫細胞機能にも関連する。Ｅ７０８０は、複数の受容体チロシンキナーゼ；ＶＥＧＦＲ１〜３、ＦＧＦＲ１〜４、ＲＥＴ、ＫＩＴ及びＰＤＧＦＲβを標的としている経口血管新生抑制剤である。１回又は２回の事前の白金に基づく治療（Ｔｘ）の後に、進行又は再発子宮内膜がん（ＥＣ）を有する患者において、第ＩＩ相試験が行われた。ＥＣにおける血管新生の重要性は、抗血管新生治療からの漏出の臨床的機序を理解することの必要性を強調している。この臨床的バイオマーカー分析は、Ｅ７０８０治療を受けているＥＣ患者において臨床的有用性の予測マーカーを認定するために行われた。血液試料において、ＥＬＩＳＡ及びマルチプレックスアッセイプラットフォームを使用して、流れているサイトカイン及び血管新生因子（ＣＡＦ）を測定することができる。この試験において検査したＣＡＦを、以下の表２に列挙する。括弧内の数は、各検体のためのビーズ領域（ｂｅａｄ  ｒｅｇｉｏｎ）を示す。
【０１６１】
【表２】
0006411379.tif 000003
【０１６２】
この分析の目的は、臨床試験でＥ７０８０での治療前及び治療後の双方において患者から得られる、血漿及び血清等の、血液試料においてサイトカイン、ケモカイン及び血管新生因子を測定すること並びに患者がＥ７０８０での治療に応答するかどうかを予測するのに使用することができる血液バイオマーカーを認定することであった。これらの分析のために、以下の応答の判定基準を採用した。すなわち：
【０１６３】
（ａ）腫瘍応答：奏効率（ＯＲＲ）及び最大腫瘍縮小率（％）（ＭＴＳ）；並びに
（ｂ）生存利益：無増悪生存期間（ＰＦＳ）／全生存期間（ＯＳ）。
【０１６４】
応答の判定基準は、以下に定義される。
【０１６５】
「完全奏効」とは、全標的病変の完全消失を意味する。
【０１６６】
「部分奏効」とは、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも３０％の減少を意味する。
【０１６７】
「進行疾患」（ＰＤ）とは、治療開始からの記録されたＬＤの最小の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも２０％の増加、又は１個若しくは複数の新しい病変の出現を意味する。
【０１６８】
「安定疾患」とは、治療開始からのＬＤの最小の合計を参照として、ＰＲの認定に十分な標的病変の縮小も、進行疾患（ＰＤ）の認定に十分な増加もないことを意味する。
【０１６９】
「奏効率」（ＯＲＲ）は、「完全奏効（ＣＲ）又は「部分奏効」（ＰＲ）のいずれかを有する対象を、安定疾患（ＳＤ）又は進行疾患（ＰＤ）のいずれかを有する対象と比較する。
【０１７０】
「最大腫瘍縮小率（％）」（ＭＴＳ）とは、ベースライン合計直径を参照とした、標的病変の直径の合計の百分率変化を意味し、ＴＳとの遺伝子変異の相関は、ピアソンの積率相関係数及びスピアマンの順位相関係数検定によって解析される。
【０１７１】
「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）とは、治療の開始日からＰＤ状態に入る前の最終日までの期間を指し、ＰＦＳとの遺伝子変異の相関は、ログランク検定及びコックス比例ハザードモデルによって解析される。
【０１７２】
「全生存期間」（ＯＳ）とは、無作為化から何らかの原因による死亡までの時間を指す。「無作為化」とは、患者の治療計画が決定されるときの、試験群又は対照群への患者の無作為化を意味する。
【０１７３】
材料及び方法：１回又は２回の事前の白金に基づく治療の後に転移性／切除不能の子宮内膜がんを有していた患者に、疾患進行又は手の打ちようがない毒性の発現までレンバチニブを投与した。患者に、２４ｍｇの開始用量で２８日サイクルで１日１回経口でＥ７０８０を投与した。１３３名の患者を治療し、効力及び分子的な相関性の解析について評価した。この試験は、レンバチニブの第２相多施設試験の一部であった（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０１１１１４６１）。分子的な分析のために、ベースライン及び治療後の血漿試料を採取した。血漿試料は、サイクル１の１日目（治療前）及びサイクル２の１日目（すなわち、治療後３９日目）に採取された。６ｍＬの静脈内の血液を、ＥＤＴＡバキュテーナーチューブの中に採血した。このチューブを、穏やかに６〜８回逆さにし、次いで、３０００ＲＰＭで１０分間遠心分離して、赤血球層から血漿を分離した。ホールピペットを使用して、血漿をチューブから回収して３．５ｍＬの凍結バイアルに分注し、次いで、直ちに−２０℃で保存した。この血漿試料を、ドライアイス上で輸送し、次いで、最終的に−８０℃保存に移す。１２２名の患者からの血漿試料を血液バイオマーカー分析に使用した。サイクル１の１日目（ベースライン）、及びサイクル２の１日目からの血清をこの分析で使用した。無増悪生存期間（ＰＦＳ）と全生存期間（ＯＳ）との関連を分析した。同一の対象から全ての時点を同一の日にアッセイするバッチ形式で血漿試料を試験した。アッセイの日に、試料を−８０℃から取り出し、自然解凍して室温にする。この血漿試料を、一区画のＥＬＩＳＡ及びマルチプレックスキットで製造業者の説明書に従って試験した。表３に、この分析で使用するアッセイキットが記載されている。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ＤｅｖｉｃｅｓのＵＶｍａｘキネティックマイクロプレートリーダーを使用してＳｏｆｔＭａｘ  Ｐｒｏ  ５．２ソフトウェアを用いてＥＬＩＳＡプレートを測定した。Ｂｉｏ−ＲａｄのＢｉｏ−Ｐｌｅｘシステムを使用してＢｉｏ−Ｐｌｅｘ  Ｍａｎａｇｅｒ  ４．１ソフトウェアを用いてマルチプレックスアッセイを行った。最終タンパク質濃度（ｐｇ／ｍＬ）を、アッセイごとに標準曲線から算出した。アッセイによっては、血漿試料を、試験前にアッセイ緩衝液中に希釈しておくこともできる。これらの場合には、希釈比によってタンパク質濃度を乗算した。
【０１７４】
【表３】
0006411379.tif 000004
【０１７５】
結果及び考察：１３３名の患者試料から、１２２名の患者からの試料を分析に使用した。Ｅ７０８０で治療した患者からの血漿において、治療前のレベル（サイクル１の１日目）（ベースライン）と比較して、治療後（サイクル２の１日目）に、試験した５０種のＣＡＦの中で１９種のＣＡＦのレベルに有意な変化が認められた（図１）。
【０１７６】
ＣＡＦのベースラインレベルによって無増悪生存期間を予測する血液バイオマーカーを認定するためにコックス比例ハザードモデルを行った。ＡＮＧ２（９０）、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＭＣＰ−１（５８）、ＭＩＰ−１ａ（５８）、ＰＧＦ（９１）、ｓＩＬ−２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦａ（８０）及びＶＥＧＦＡ（１００）のベースラインレベルは、より長いＯＳと有意に関連しており、これらの因子を、疾患の予後又はＥ７０８０治療に対する応答の予想のためのバイオマーカーとして使用できることが示された（表４）。
【０１７７】
【表４】
0006411379.tif 000005
【０１７８】
ベースラインＣＡＦレベルに基づいた四分位サブグループ解析により、ＡＮＧ２（９０）、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＭＣＰ−１（５８）、ＭＩＰ−１ａ（５８）、ＰＧＦ（９１）、ｓＩＬ−２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２及びＴＮＦａ（８０）の最低のベースライン群が最長の中央値ＯＳを有したことが示されたのに対し、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＭＣＰ−１（５８）、ＭＩＰ−１ａ（５８）、ＰＧＦ（９１）、ｓＩＬ  ２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦａ（８０）及びＶＥＧＦＡ（１００）の最高のベースライン群は最短の中央値ＯＳを有した（表５）。
【０１７９】
【表５】
0006411379.tif 000006
【０１８０】
ＣＡＦのベースラインレベルによって無増悪生存期間を予測する血液バイオマーカーを認定するためにコックス比例ハザードモデルを行った。ＡＮＧ２（９０）、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＩＰ−１０（５６）、ＭＣＰ−１（５８）、ＭＩＰ−１ａ（６４）、ＰＧＦ（９１）、ｓＩＬ−２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦａ（８０）、ＶＥＧＦＡ（１００）の低いベースラインレベルは、より長いＰＦＳと有意に関連した（表６）。
【０１８１】
【表６】
0006411379.tif 000007
【０１８２】
ベースラインＣＡＦレベルに基づいた四分位サブグループ解析により、ＡＮＧ２（９０）、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＭＣＰ−１（５８）、ＭＩＰ−１ａ（６４）、ｓＩＬ−２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２及びＴＮＦａ（８０）の最低のベースライン群が最長の中央値ＰＦＳを有したことが示されたのに対し、ＡＮＧ２（９０）、Ａｎｇ−２、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＩＰ−１０（５６）、ＭＣＰ−１（５８）、ＰＧＦ（９１）、ｓＩＬ−２Ｒａ（７６）、Ｔｉｅ−２、ＴＮＦａ（８０）、ＶＥＧＦＡ（１００）の最高のベースライン群は最短の中央値ＰＦＳを有した（表７）。
【０１８３】
【表７】
0006411379.tif 000008
【０１８４】
ベースラインＣＡＦレベルが腫瘍応答（ＯＲＲ及びＭＴＳ）に関連しているかどうかを次に評価した。正確ウィルコックス検定（Ｅｘａｃｔ  Ｗｉｌｃｏｘ  ｔｅｓｔ）により、Ｅ７０８０治療に応答した患者（ＣＲ群又はＰＲ群）において、「その他」の群（ＳＤ又はＰＤを有する患者）と比較して、Ａｎｇ−２及びＡＮＧ−２（９０）の中央値ベースラインレベルが有意に異なったことが示された（表８及び図２）。
【０１８５】
【表８】
0006411379.tif 000009
【０１８６】
スピアマンの順位相関検定により、Ａｎｇ−２、ＡＮＧ−２及びＩＬ−８の中央値ベースラインレベルがＭＴＳと有意に関連したことが示された（表９及び図２）。
【０１８７】
【表９】
0006411379.tif 000010
【０１８８】
コックス比例ハザードモデル並びに年齢、体重及び組織学的検査に基づいた四分位サブグループ解析により、これらの変量と生存利益との間に関連がなかったことが実証された（図３）。
【０１８９】
表１０に、腫瘍応答及び生存利益の双方の臨床的アウトカムを有するベースラインＣＡＦの相関解析をまとめている。１１種のＣＡＦ（Ａｎｇ−２、ＩＬ−８、ＨＧＦ、ＶＥＧＦＡ、ＰｌＧＦ、Ｔｉｅ−２、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ１ａ、ｓＩＬ２Ｒａ、ＴＮＦａ、ＩＰ−１０）のベースラインレベルは、生存利益と有意に関連した。しかし、アンジオポエチン−２のベースラインレベルのみは、腫瘍応答（ＯＲＲ及びＭＴＳ）及び生存利益（ＯＳ及びＰＦＳ）の双方に関連した。これらのデータは、ベースラインのアンジオポエチン−２レベルがＥ７０８０治療での臨床的アウトカムを予測すること及び他のＣＡＦの他のベースラインレベルはＥＣにおける予後に関連していたことを示している。
【０１９０】
【表１０】
0006411379.tif 000011
【０１９１】
多変量解析を行い、２種以上の因子を組み合わせることによって臨床的アウトカムの予想が向上されたかどうかを調べた。全ての因子（すなわち、体重、年齢、Ａｎｇ−１、Ａｎｇ−２、ＡＮＧ２（９０）、ＦＧＦ−２（６）、ＦＧＦ４（７５）、ＨＧＦ（８６）、ＩＬ−８（４０）、ＰＤＧＦ−ＡＡ、ＰＤＧＦＡＢ（６８）、ＰＤＧＦＢＢ（７３）、ＰＧＦ（９１）、Ｔｉｅ−２、ＶＥＧＦ（８６）、ＶＥＧＦＡ（１００）、ＶＥＧＦＤ（７８））を、目的の独立変量として、すなわち、バイオマーカー候補として使用した。モデルは、前進選択法を用いて、単変量解析及び生物学的洞察によって特定された変量を使用して、コックス比例ハザードモデルによって認定された。この解析では、ＰＦＳ及びＯＳを従属変量として、すなわち、臨床的アウトカムのうちの１つとして使用した。最初に、全ての因子を、一要因でのコックス比例ハザードモデルによって算出されたｐ値によってスクリーニングした。次に、スクリーニングされた因子の全ての組合せを、それらの因子の全ての組合せにおける重要な因子を見つけるために、コックス比例ハザードモデルによって検定した。ＰＦＳモデルは、一要因としてＡｎｇ−２を認定した。ＯＳモデルはさらなる因子としてＦＧＦ−２、ＰＧＦ及びＨＧＦを認定したが、Ａｎｇ−２ははるかにより重要な因子として選択された（図４）。
【０１９２】
ベースラインＡｎｇ−２レベルを有する患者がより良い臨床的アウトカム、例えばＯＲＲ、ＰＦＳ及びＯＳ等を有するかどうかを検定するために、Ａｎｇ−２のカットオフ値を使用した。ＯＲＲを使用する場合には、受信者動作特性（ＲＯＣ）解析を適用することができる。ＲＯＣにおける所定のインデックスでは、陽性的中率（ＰＰＶ）は、より良い臨床的アウトカムを有するサブグループにおいて性能を示す。可能性のあるカットオフ値は、標的ＰＰＶを、例えば３０％以上に、設定することによって定義されるＡｎｇ−２の範囲から選択することができる。さらに、ＰＦＳを使用している場合、カットオフ、例えばログランク検定からのｐ値、によって分けられる２つの群のカプランマイアー曲線の分離を尺度として適用することができる。可能性のあるカットオフ値は、標的ｐ値を、例えばＰ＝０．００１に、設定することによって定義されるＡｎｇ−２の範囲から選択することができる。さらに、Ａｎｇ−２の範囲は、ＯＲＲ及びＰＦＳのための２つの方法を組み合わせることによって定義され得る。ＯＲＲのための第１の方法は、Ａｎｇ−２の上限を６０２４．５ｐｇ／ｍｌとして特定し、ＰＦＳのための第２の方法は、Ａｎｇ−２の下限値を１８６６．５ｐｇ／ｍｌとして特定した。所定の範囲内で、ＲＯＣ解析及びその後のＹｏｕｄｅｎ及びＭＣＣインデックスにより、より良いＯＲＲを有するサブグループを予測するための最適なＡｎｇ−２カットオフ値を、２０８２．５ｐｇ／ｍｌとして、得ることができる（表１１）。
【０１９３】
【表１１】
0006411379.tif 000012
【０１９４】
低いベースラインＡｎｇ−２血漿レベル（すなわち、＜２０８２ｐｇ／ｍｌ）を有する２４名の患者を、高いベースラインＡｎｇ−２（すなわち、＞２０８２ｐｇ／ｍｌ）を有する９８名の患者と比較した。定義されたカットオフ値を使用したログランク検定により、低いベースラインＡｎｇ−２レベルを有するサブグループにおいて、高いベースラインＡｎｇ−２レベルを有するサブグループと比較して、向上した平均ＰＦＳ（９．５ヶ月対３．７ヶ月）及び平均ＯＳ（２３ヶ月対８．９ヶ月）が実証された（図５）。低いベースラインＡｎｇ−２を有するサブグループにおいて、高いベースラインＡｎｇ−２を有するサブグループと比較して、向上したＯＲＲ（６１％対１８％）も実証された（図６）。これらの分析により、ベースラインＡｎｇ−２レベルが、Ｅ７０８０治療で明らかな利益があるＥＣを有する患者を認定することが示される。これに関して、Ａｎｇ−２レベルに基づいた層別化なしのＯＲＲ、ｍＰＦＳ及びｍＯＳは、それぞれ２１．１％、５．４ヶ月及び１０．６ヶ月であるのは注目すべきことである（表１２）。
【０１９５】
【表１２】
0006411379.tif 000013
【０１９６】
結論：１１種のＣＡＦのベースラインレベルは、ＯＳ及びＰＦＳの双方に関連していた。Ａｎｇ−２のベースラインレベルのみは、生存利益（ＯＳ及びＰＦＳ）及び腫瘍応答（ＯＲＲ）の双方に関連した。したがって、Ａｎｇ−２の低いベースラインレベルは、子宮内膜がん患者の中でＥ７０８０治療に対する感受性を予測するのに独立した役割を有する。
【０１９７】
実施例２：Ｅ７０８０（レンバチニブメシル酸塩）での治療に向けて甲状腺がん患者及び子宮内膜がん患者を選択するための特異的な予測バイオマーカーとしてのＡｎｇ２の確認
【０１９８】
目的：Ａｎｇ２の予測的役割は、甲状腺がん及び子宮内膜がんについて実証されている。他のがんの徴候についての予測的役割は、評価されていない。Ａｎｇ２ががんの強力なバイオマーカーであること又は特定のがんの特異的なバイオマーカーであることはいずれも確認されていない。この分析の目的は、Ａｎｇ２が、Ｅ７０８０治療に向けて患者を選択するための、甲状腺がん及び子宮内膜がんに特異的なバイオマーカーであることを確認することであった。これらの分析のために、以下の応答の判定基準を採用した。すなわち：
（ａ）腫瘍応答：奏効率（ＯＲＲ）；及び
（ｂ）生存利益：全生存期間（ＯＳ）。
【０１９９】
応答の判定基準は、以下に定義される。
【０２００】
「完全奏効」とは、全標的病変の完全消失を意味する。
【０２０１】
「部分奏効」とは、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも３０％の減少を意味する。
【０２０２】
「進行疾患」（ＰＤ）とは、治療開始からの記録されたＬＤの最小の合計を参照とした、標的病変のＬＤの合計における少なくとも２０％の増加、又は１個若しくは複数の新しい病変の出現を意味する。
【０２０３】
「安定疾患」とは、治療開始からのＬＤの最小の合計を参照として、ＰＲの認定に十分な標的病変の縮小も、進行疾患（ＰＤ）の認定に十分な増加もないことを意味する。
【０２０４】
「奏効率」（ＯＲＲ）は、「完全奏効（ＣＲ）又は「部分奏効」（ＰＲ）のいずれかを有する対象を、安定疾患（ＳＤ）又は進行疾患（ＰＤ）のいずれかを有する対象と比較する。
【０２０５】
「全生存期間」（ＯＳ）とは、無作為化から何らかの原因による死亡までの時間を指す。「無作為化」とは、患者の治療計画が決定されるときの、試験群又は対照群への患者の無作為化を意味する。
【０２０６】
材料及び方法：患者に、疾患進行又は手の打ちようがない毒性の発現までレンバチニブを投与した。この試験は、以下のレンバチニブの第２相試験の一部であった：
Ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｓａｆｅｔｙ  ａｎｄ  Ｅｆｆｉｃａｃｙ  ｏｆ  Ｏｒａｌ  Ｅ７０８０  ｉｎ  Ｍｅｄｕｌｌａｒｙ  ａｎｄ  Ｉｏｄｉｎｅ−１３１  Ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ，Ｕｎｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ  Ｔｈｙｒｏｉｄ  Ｃａｎｃｅｒｓ，Ｓｔｒａｔｉｆｉｅｄ  ｂｙ  Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ００７８４３０３）
Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｅ７０８０  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＨＣＣ）（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ００９４６１５３）
Ａ  Ｓｔｕｄｙ  ｉｎ  Ｓｕｂｊｅｃｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  Ｍａｌｉｇｎａｎｔ  Ｇｌｉｏｍａ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０１１３７６０４）
Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｅ７０８０  ｉｎ  Ｓｕｂｊｅｃｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０１１１１４６１）
Ａｎ  Ｏｐｅｎ−Ｌａｂｅｌ，２−Ｃｏｈｏｒｔ，Ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｅｒ，Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｅ７０８０  ｉｎ  Ｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙ  Ｔｒｅａｔｅｄ  Ｓｕｂｊｅｃｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ｕｎｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ  Ｓｔａｇｅ  ＩＩＩ  ｏｒ  Ｓｔａｇｅ  ＩＶ  Ｍｅｌａｎｏｍａ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０１１３６９６７）
【０２０７】
分子的な分析のために、ベースライン及び治療後の血漿又は血清の試料を採取し、ベースライン試料をこの分析で使用した。この試料を、ＥＬＩＳＡ及びマルチプレックスキットで製造業者の説明書に従って試験した。表１３に、この分析で使用するアッセイキットが記載されている。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ＤｅｖｉｃｅｓのＵＶｍａｘキネティックマイクロプレートリーダーを使用してＳｏｆｔＭａｘ  Ｐｒｏ  ５．２ソフトウェアを用いてＥＬＩＳＡプレートを測定した。Ｂｉｏ−ＲａｄのＢｉｏ−Ｐｌｅｘシステムを使用してＢｉｏ−Ｐｌｅｘ  Ｍａｎａｇｅｒ  ４．１ソフトウェアを用いてマルチプレックスアッセイを行った。最終Ａｎｇ２濃度（ｐｇ／ｍＬ）を、アッセイごとに標準曲線から算出した。アッセイによっては、試料を、試験前にアッセイ緩衝液中に希釈しておくこともできる。これらの場合には、希釈比によって濃度を乗算した。奏効率（ＯＲＲ）及び全生存期間（ＯＳ）とベースラインＡｎｇ２濃度の間の関連を分析した。
【０２０８】
【表１３】
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【０２０９】
結果及び考察：分析した５つの第２相試験（７コホート）から、４８３名の患者からの試料を分析に使用した。ＯＲＲ及びＯＳとベースラインＡｎｇ２の有意な関連は、甲状腺がん（分化型甲状腺がん（ＤＴＣ）及び甲状腺髄様がん（ＭＴＣ）の双方）及び子宮内膜がんについて認められた（表１４）。肝細胞癌（ＨＣＣ）及び神経膠芽腫（ＧＢＭ）におけるＡｎｇ２レベルは、ＯＲＲにもＯＳにも有意な関連を示さなかった。メラノーマ（野生型（ｗｔ）及び変異体（ｍｕｔ）の双方のＢＲＡＦ）において、Ａｎｇ２ベースラインレベルは、ＯＲＲではなくＯＳに関連している。
【０２１０】
【表１４】
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【０２１１】
結論：Ａｎｇ２ベースラインレベルは、甲状腺がん及び子宮内膜がんにおいてＯＲＲ及びＯＳの双方に関連した。試験した他のがん種（ＨＣＣ、ＧＢＭ及びメラノーマ）は、ＯＲＲ及びＯＳの双方に有意な関連を示さなかった。この知見は、Ａｎｇ２が特定のがん（例えば甲状腺及び子宮内膜がん）の特定のバイオマーカーであることを意味する。
【０２１２】
特定の実施形態
本発明の特定の実施形態は、以下の通りである：
［１］  子宮内膜がんを治療する方法であって、子宮内膜がんを有するヒト対象に治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を投与するステップを含み、前記ヒト対象が、対照に比べて低いＡｎｇ２タンパク質発現レベルを有すると認定されている、方法。
［２］  前記ヒト対象が、前記ヒト対象から得られた生体試料において低濃度のＡｎｇ２タンパク質を有すると認定されている、［１］に記載の方法。
［３］  子宮内膜がんを治療する方法であって、子宮内膜がんを有するヒト対象から得られる生体試料を用意するステップと、前記生体試料において、対照に比べて低いＡｎｇ２タンパク質発現レベルを測定するステップと、前記ヒト対象に治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を投与するステップとを含む、方法。
［４］  子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法であって、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップと、前記生体試料において低濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記ヒト対象を、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高いと認定するステップとを含む、方法。
［５］  子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答を予測する方法であって、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて高いことを決定するステップと、前記生体試料において高濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記ヒト対象を、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が低いと認定するステップとを含む、方法。
［６］  子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測を補助する方法であって、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて低いことを決定するステップと、前記生体試料において低濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記ヒト対象を、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高いと認定するステップとを含む、方法。
［７］  子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測を補助する方法であって、前記ヒト対象から得られた生体試料をアッセイし、前記生体試料におけるＡｎｇ２タンパク質の濃度が、対照に比べて高いことを決定するステップと、前記生体試料において高濃度のＡｎｇ２タンパク質を有する前記ヒト対象を、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が低いと認定するステップとを含む、方法。
［８］  前記生体試料が、血液試料、血清試料、血漿試料、子宮内膜保管腫瘍試料、及び子宮内膜生検試料からなる群から選択される、［２］〜［７］のいずれか一項に記載の方法。
［９］  前記生体試料が血漿試料である、［２］〜［７］のいずれか一項に記載の方法。
［１０］  前記子宮内膜がんが進行子宮内膜がんである、［１］〜［９］のいずれか一項に記載の方法。
［１１］  前記子宮内膜がんが、切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶの子宮内膜がんである、［１］〜［９］のいずれか一項に記載の方法。
［１２］  前記子宮内膜がんが再発子宮内膜がんである、［１］〜［９］のいずれか一項に記載の方法。
［１３］  前記対照が、予め設定されたカットオフ値である、［１］〜［１２］のいずれか一項に記載の方法。
［１４］  前記予め設定されたカットオフ値が、カットオフなしに比べてより高い陽性的中率で腫瘍応答を予測する、受信者動作特性解析に基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、前記予め設定されたカットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、［１３］に記載の方法。
［１５］  腫瘍応答が奏効率、臨床的有用率、又は少なくとも３０％の最大腫瘍縮小率（％）である、［１４］に記載の方法。
［１６］  前記予め設定されたカットオフ値が、カットオフで分けられた２群へと分離するシミュレーションモデルを使用して生存期間を予測することに基づいて決定されるＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、前記予め設定されたカットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、［１３］に記載の方法。
［１７］  生存期間が無増悪生存期間又は全生存期間である、［１６］に記載の方法。
［１８］  前記予め設定されたカットオフ値が、１８６６．５〜６０２４．５ｐｇ／ｍｌの範囲内のＡｎｇ２タンパク質濃度であり、前記予め設定されたカットオフ値以下のＡｎｇ２タンパク質の濃度が低濃度のＡｎｇ２であり、前記予め設定されたカットオフ値より高い値が高濃度のＡｎｇ２である、［１３］に記載の方法。
［１９］  タンパク質の濃度が免疫学的方法で測定される、［１］〜［１８］のいずれか一項に記載の方法。
［２０］  前記免疫学的方法が、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス光学イムノアッセイ、イムノクロマトグラフィーアッセイ及びウェスタンブロッティングからなる群から選択される、［１９］に記載の方法。
［２１］  タンパク質濃度が質量分析法によって測定される、［１］〜［１８］のいずれか一項に記載の方法。
［２２］  レンバチニブの薬学的に許容される前記塩がレンバチニブメシル酸塩である、［１］〜［２１］のいずれか一項に記載の方法。
［２３］  ヒト対象における子宮内膜がん治療に使用するためのレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩であって、前記ヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高い対象として、［４］に記載の方法により認定される、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩。
［２４］  子宮内膜がんを有する、有することが疑われる、又は発症するリスクのあるヒト対象の、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に対する応答の予測に使用するためのＡｎｇ２タンパク質検出剤。
［２５］  抗Ａｎｇ２抗体である、［２４］に記載のＡｎｇ２タンパク質検出剤。
［２６］  レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む、ヒト対象において子宮内膜がんを治療するための医薬組成物であって、前記ヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む治療に応答する可能性が高い対象として、［４］に記載の方法により認定される、医薬組成物。
【０２１３】
他の実施形態
本発明は、その詳細な説明と併せて記載されているが、上記の記載は、例示することが意図されるものであり、添付の特許請求の範囲の範囲によって規定される、本発明の範囲を制限するものではない。他の態様、利点及び改変形態は、添付の特許請求の範囲の範囲内である。
【０２１４】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１３年５月１４日に出願された米国特許仮出願第６１／８２３０３４号の利益を主張するものであり、参照によりその開示全体が本明細書に組み込まれている。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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