(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するためのシステムであって、
ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施するタンデム質量分析計であって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する、タンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサであって、
前記タンデム質量分析計から前記複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信し、
前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、そして
前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する、プロセッサと、
を備える、システム。
【請求項２】
前記プロセッサはさらに、定量化を、前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された各生成イオンに対して実施し、そして前記検出された１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を定量化する、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、宿主細胞生物のゲノムから構築される、請求項１または請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、スペクトルデータを備え、宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築される、請求項１〜３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５】
前記タンパク質バイオ医薬品サンプルは、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）あるいは１つまたはそれを上回るポリクローナル抗体を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項６】
前記サンプルを混合物から分離する分離デバイスをさらに備える、請求項１〜５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項７】
前記分離デバイスは、液体クロマトグラフィデバイスを備え、そして段階化された前駆体質量窓毎の生成イオンスペクトルが、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）サイクル時間内に取得される、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法であって、
ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そしてタンデム質量分析計を使用して前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施するステップであって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して全ての伝送された前駆体イオンの生成イオン毎にデータを生成する、ステップと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信するステップと、前記プロセッサを使用して、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出するステップと、
を含む、方法。
【請求項９】
前記プロセッサを使用して、定量化を、前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された各生成イオンに対して実施するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記検出された１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を定量化するステップと、
をさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、宿主細胞生物のゲノムから構築される、請求項８〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、スペクトルデータを含み、宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築される、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記タンパク質バイオ医薬品サンプルは、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）あるいは１つまたはそれを上回るポリクローナル抗体を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
分離デバイスを使用して、前記サンプルを混合物から分離するステップをさらに含む、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記分離デバイスは、液体クロマトグラフィデバイスを含み、そして段階化された前駆体質量窓毎の生成イオンスペクトルが、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）サイクル時間内に取得される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
コンピュータプログラム製品であって、有形のコンピュータ可読記憶媒体を備え、そのコンテンツは、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を実施するように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供するステップであって、前記システムは、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含み、そして前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび検出モジュールを含む、ステップと、
ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして前記測定モジュールを使用して前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施するタンデム質量分析計から、複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信するステップであって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して前記複数の生成イオンスペクトルを生成する、ステップと、
前記検出モジュールを使用して、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較するステップと、
前記検出モジュールを使用して、前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出するステップと、
を含む、コンピュータプログラム製品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願への相互参照）
本願は、２０１３年６月５日に出願された米国仮特許出願第６１／８３１，５８２号の利益を主張し、その内容は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
（序論）
【背景技術】
【０００２】
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、数々のヒト疾患を治療するために使用される標的志向型バイオ医薬品である。ｍＡｂは、典型的には、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）または他の細胞株等の生物学的システムにおいて生成される。翻訳後修飾（ＰＴＭ）、配列変異体、分解産物、および夾雑物夾雑物質（宿主細胞タンパク質等）に起因する、ＩｇＧタンパク質の異種混交化は、ｍＡｂ医薬品の純度、安定性、および潜在性を完全に理解し、免疫原性を回避するために、完全に特性評価されなければならない。
【０００３】
非データ独立取得（ＤＩＡ）質量分析方法、発見プロテオミクス方法、および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）等のタンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞タンパク質夾雑物夾雑物質の検出のための現在の方法は、それらを検出するために、二次試薬に依拠するところが大きい。具体的には、宿主細胞は、溶解され、そしてポリクローナル抗体が、溶解物をウサギまたは他の小動物の内に注入することによって発現される。この抗体は、次いで、任意の宿主細胞タンパク質が、宿主細胞中の内側で成長された後にタンパク質バイオ医薬品とともに精製プロセスを通して移動したかどうかを検出するために、酵素結合免疫吸着検査法（ＥＬＩＳＡ）アッセイで使用される。この教義の主要な仮定は、ウサギおよびヒトがその血流中に注入される、任意の宿主細胞タンパク質に類似する免疫応答を有するであろうというものである。この仮定は、常に真実ではないということが分かっており、そして多くのバイオ製薬会社が、ウサギ内で反応をもたらさなかったが、ヒトの患者内で問題のある応答を生じさせる、宿主細胞タンパク質からの困難に直面している。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
逐次窓取得タンデム質量分析（ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ  ｗｉｎｄｏｗｅｄ  ａｑｕｉｓｉｔｉｏｎ  ｔａｎｄｅｍ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｏｍｅｔｒｙ）を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するためのシステムが開示される。本システムは、タンデム質量分析計およびプロセッサを含む。タンデム質量分析計は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓（ウインドウ）を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施する。逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑するタンパク質に関する任意の情報を受信せずに実施される。逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【０００５】
本プロセッサは、タンデム質量分析計から複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信し、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、そして、ライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する。
【０００６】
逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法が開示される。逐次窓取得は、タンデム質量分析計を使用して、タンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施される。逐次窓取得は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって実施される。逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施される。逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【０００７】
複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルが、プロセッサを使用して、タンデム質量分析計から受信される。１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルは、プロセッサを使用して、宿主細胞タンパク質のライブラリと比較される。１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質は、プロセッサを使用して、ライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって検出される。
【０００８】
非一過性の有形コンピュータ可読記憶媒体を含む、コンピュータプログラム製品が開示され、そのコンテンツは、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出する方法を実施するように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む。本方法は、システムを提供するステップを含み、本システムは、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを備え、そして個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび検出モジュールを備える。
【０００９】
測定モジュールは、複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信する。タンデム質量分析計は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施する。逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施される。逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【００１０】
検出モジュールは、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、ライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する。
【００１１】
本出願者の教示のこれらおよび他の特徴が、本明細書に記載される。
本発明は、例えば、以下を提供する。
（項目１）
逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するためのシステムであって、
ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施するタンデム質量分析計であって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する、タンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサであって、
前記タンデム質量分析計から前記複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信し、
前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、そして
前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する、プロセッサと、
を備える、システム。
（項目２）
前記プロセッサはさらに、定量化を、前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された各生成イオンに対して実施し、そして前記検出された１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を定量化する、前記システム項目に記載の任意の組み合わせのシステム。
（項目３）
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、宿主細胞生物のゲノムから構築される、前記システム項目に記載の任意の組み合わせのシステム。
（項目４）
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、スペクトルデータを備え、宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築される、前記システム項目に記載の任意の組み合わせのシステム。
（項目５）
前記タンパク質バイオ医薬品サンプルは、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）あるいは１つまたはそれを上回るポリクローナル抗体を含む、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目６）
前記サンプルを混合物から分離する分離デバイスをさらに備える、前記システム項目に記載の任意の組み合わせのシステム。
（項目７）
前記分離デバイスは、液体クロマトグラフィデバイスを備え、そして段階化された前駆体質量窓毎の生成イオンスペクトルが、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）サイクル時間内に取得される、前記システム項目に記載の任意の組み合わせのシステム。
（項目８）
逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法であって、
タンパク質バイオ医薬品サンプルに対して、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そしてタンデム質量分析計を使用して前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得を実施するステップであって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して全ての伝送された前駆体イオンの生成イオン毎にデータを生成する、ステップと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信するステップと、前記プロセッサを使用して、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出するステップと、
を含む、方法。
（項目９）
前記プロセッサを使用して、定量化を、前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された各生成イオンに実施するステップと、
前記プロセッサを使用して、前記検出された１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を定量化するステップと、
をさらに含む、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１０）
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、宿主細胞生物のゲノムから構築される、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１１）
前記宿主細胞タンパク質のライブラリは、スペクトルデータを含み、そして宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築される、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１２）
前記タンパク質バイオ医薬品サンプルは、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）あるいは１つまたはそれを上回るポリクローナル抗体を含む、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１３）
分離デバイスを使用して、前記サンプルを混合物から分離するステップをさらに含む、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１４）
前記分離デバイスは、液体クロマトグラフィデバイスを含み、そして段階化された前駆体質量窓毎の生成イオンスペクトルが、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）サイクル時間内に取得される、前記方法項目に記載の任意の組み合わせの方法。
（項目１５）
コンピュータプログラム製品であって、有形のコンピュータ可読記憶媒体を備え、そのコンテンツは、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を実施するように、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記方法は、
システムを提供するステップであって、前記システムは、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含み、そして前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび検出モジュールを含む、ステップと、
ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして前記測定モジュールを使用して前記断片化され伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施するタンデム質量分析計から、複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信するステップであって、前記逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、そして前記逐次窓取得は、前記質量範囲に関して前記複数の生成イオンスペクトルを生成する、ステップと、
前記検出モジュールを使用して、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較するステップと、
前記検出モジュールを使用して、前記ライブラリから、前記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出するステップと、
を含む、コンピュータプログラム製品。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
当業者は、後述の図面が、例証目的にすぎないことを理解するであろう。図面は、本教示の範囲をいかようにも制限することを意図するものではない。
【００１３】
【図１】図１は、本教示の実施形態が実装され得るコンピュータシステムを図示するブロック図である。
【図２】図２は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するためのシステムを示す、概略図である。
【図３】図３は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を示す、例示的フロー図である。
【図４】図４は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を行う、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含む、システムの概略図である。
【図５】図５は、種々の実施形態による、複合プロテオミクスサンプルからのタンパク質特性評価のための例示的ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ(R)５６００システムを例証する。
【図６】図６は、種々の実施形態による、例示的ＳＷＡＴＨＴＭ走査モダリティ概要である。
【図７】図７は、種々の実施形態による、全てのイオンのＭＳ／ＭＳデータを取得し、包括的定量化を提供することができる、例示的ＳＷＡＴＨＴＭ走査を例証する。
【図８】図８は、種々の実施形態による、５つまたはそれを上回る無干渉遷移を伴って観察可能であるペプチドのどれくらいのパーセンテージが、前駆体および断片イオン単離のための窓幅に伴って変動するかを示す、例示的プロット図である。
【図９】図９は、種々の実施形態による、ＳＷＡＴＨＴＭデータの実施例を示す、例示的プロットの集合である。
【図１０】図１０は、種々の実施形態による、ＳＷＡＴＨＴＭ分析ソフトウェアを示す、例示的プロットの集合である。
【００１４】
本発明の１つまたはそれを上回る実施形態を詳細に説明する前に、当業者は、本発明が、その適用において、以下の発明を行うための形態に記載される、構造、構成要素の配列、および段階化の配列の詳細に制限されないことを理解するであろう。本発明は、他の実施形態も可能であって、種々の方法で実践または実行されることも可能である。また、本明細書で使用される表現および専門用語は、説明の目的のためであって、制限として見なされるべきではないことを理解されたい。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
（種々の実施形態の説明）
（コンピュータ実装システム）
図１は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム１００を図示するブロック図である。コンピュータシステム１００は、情報を通信するためのバス１０２または他の通信機構と、情報を処理するためにバス１０２と結合されたプロセッサ１０４とを含む。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４によって実行される命令を記憶するために、バス１０２に結合されるランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ１０６も含む。メモリ１０６は、プロセッサ１０４によって実行される命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム１００は、プロセッサ１０４のための静的情報および命令を記憶するために、バス１０２に結合された読取専用メモリ（ＲＯＭ）１０８または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス１１０は、情報および命令を記憶するために提供され、バス１０２に結合される。
【００１６】
コンピュータシステム１００は、情報をコンピュータユーザに表示するために、バス１０２を介して、ブラウン管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）等のディスプレイ１１２に結合され得る。英数字および他のキーを含む入力デバイス１１４は、情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信するために、バス１０２に結合される。別のタイプのユーザ入力デバイスは、方向情報およびコマンド選択をプロセッサ１０４に通信し、ディスプレイ１１２上のカーソル移動を制御するためのマウス、トラックボール、またはカーソル方向キー等のカーソル制御１１６である。本入力デバイスは、典型的には、デバイスが平面において位置を指定することを可能にする２つの軸、すなわち、第１の軸（すなわち、ｘ）および第２の軸（すなわち、ｙ）において、２自由度を有する。
【００１７】
コンピュータシステム１００は、本教示を行うことができる。本教示のある実装によると、結果は、メモリ１０６内に含まれる１つまたはそれを上回る命令の１つまたはそれを上回るシーケンスをプロセッサ１０４が実行することに応答して、コンピュータシステム１００によって提供される。そのような命令は、記憶デバイス１１０等の別のコンピュータ可読媒体から、メモリ１０６内に読み込まれ得る。メモリ１０６内に含まれる命令のシーケンスの実行は、プロセッサ１０４に、本明細書に説明されるプロセスを行わせる。代替として、有線回路が、本教示を実装するためのソフトウェア命令の代わりに、またはそれと組み合わせて、使用され得る。したがって、本教示の実装は、ハードウェア回路およびソフトウェアの任意の具体的組み合わせに制限されない。
【００１８】
種々の実施形態では、コンピュータシステム１００は、ネットワークシステムを形成するために、ネットワークを横断して、コンピュータシステム１００等の１つまたはそれを上回る他のコンピュータシステムに接続されることができる。ネットワークは、インターネット等のプライベートネットワークまたはパブリックネットワークを含むことができる。ネットワークシステムでは、１つまたはそれを上回るコンピュータシステムは、データを記憶し、それを他のコンピュータシステムに提供することができる。データを記憶かつ提供する、１つまたはそれを上回るコンピュータシステムは、クラウド算出シナリオにおいて、サーバまたはクラウドと称されることができる。１つまたはそれを上回るコンピュータシステムは、例えば、１つまたはそれを上回るウェブサーバを含むことができる。サーバまたはクラウドに、かつそれからデータを送信かつ受信する、他のコンピュータシステムは、例えば、クライアントまたはクラウドデバイスと称されることができる。
【００１９】
用語「コンピュータ可読媒体」は、本明細書で使用される場合、実行のために、命令をプロセッサ１０４に提供する際に関与する任意の媒体を指す。そのような媒体は、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含むが、それらに制限されない、多くの形態をとり得る。不揮発性媒体は、例えば、記憶デバイス１１０等の光学または磁気ディスクを含む。揮発性媒体は、メモリ１０６等の動的メモリを含む。伝送媒体は、バス１０２を備えている配線を含む、同軸ケーブル、銅線、および光ファイバを含む。
【００２０】
コンピュータ可読媒体またはコンピュータプログラム製品の一般的形態として、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、または任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルビデオディスク（ＤＶＤ）、ブルーレイディスク、任意の他の光学媒体、サムドライブ、メモリカード、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、フラッシュ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップまたはカートリッジ、あるいはコンピュータが読み取ることができる、任意の他の有形媒体が挙げられる。
【００２１】
コンピュータ可読媒体の種々の形態は、実行のために、１つまたはそれを上回る命令の１つまたはそれを上回るシーケンスをプロセッサ１０４に搬送することに関わり得る。例えば、命令は、最初は、遠隔コンピュータの磁気ディスク上で搬送され得る。遠隔コンピュータは、命令をその動的メモリ内にロードし、モデムを使用して、電話回線を介して、命令を送信することができる。コンピュータシステム１００にローカルのモデムは、データを電話回線上で受信し、赤外線送信機を使用して、データを赤外線信号に変換することができる。バス１０２に結合された赤外線検出器は、赤外線信号で搬送されるデータを受信し、データをバス１０２上に配置することができる。バス１０２は、データをメモリ１０６に搬送し、そこから、プロセッサ１０４は、命令を読み出し、実行する。メモリ１０６によって受信された命令は、随意に、プロセッサ１０４による実行の前後に、記憶デバイス１１０上に記憶され得る。
【００２２】
種々の実施形態によると、方法を行うためにプロセッサによって実行されるように構成される命令は、コンピュータ可読媒体上に記憶される。コンピュータ可読媒体は、デジタル情報を記憶するデバイスであることができる。例えば、コンピュータ可読媒体は、ソフトウェアを記憶するために、当技術分野において周知のように、コンパクトディスク読取専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭ）を含む。コンピュータ可読媒体は、実行されるように構成される命令を実行するために好適なプロセッサによってアクセスされる。  
【００２３】
本教示の種々の実装の以下の説明は、例証および説明の目的のために提示されている。これは、包括的でもなく、本教示を開示される精密な形態に制限するものでもない。修正および変形例が、前述の教示に照らして可能である、または本教示の実践から取得され得る。加えて、説明される実装は、ソフトウェアを含むが、本教示は、ハードウェアおよびソフトウェアの組み合わせとして、またはハードウェア単独において、実装され得る。本教示は、オブジェクト指向および非オブジェクト指向両方のプログラミングシステムによって実装され得る。
（宿主細胞タンパク質夾雑物質を検出するためのシステムおよび方法）
【００２４】
上記に留意されるように、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、数々のヒトの疾患を治療するために使用される標的志向型バイオ医薬品である。ｍＡｂは、典型的には、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）または他の細胞株等の生物学的システムにおいて生成される。翻訳後修飾（ＰＴＭ）、配列変異体、分解医薬品、および夾雑物質（宿主細胞タンパク質等）に起因する、免疫ＩｇＧタンパク質の異種混交化は、ｍＡｂ医薬品の純度、安定性、および潜在性を完全に理解し、免疫原性を回避するために、特性評価されなければならない。質量分析（ＭＳ）は、ｍＡｂの特性評価のための優れた方法である。
【００２５】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、データ独立分析アプローチが、取得後に広範囲に取り出されることができる、所与のサンプルから全ての断片イオンの包括的定量的質量分析／質量分析（ＭＳ／ＭＳまたはＭＳ２）クロマトグラムを捕捉するため、他のＭＳ戦略に優る利点をもたらす、データ独立分析アプローチを提供する。
【００２６】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、逐次窓取得（ＳＷＡＴＨＴＭ）技術を使用し、任意のタンパク質医薬品のトリプシン消化における全てのペプチドの全ての断片イオンの定量的測定を取得する。
【００２７】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、次いで、宿主細胞生物のゲノムから構築されるライブラリを使用して、または宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築されるスペクトルライブラリを使用して、宿主細胞タンパク質の存在に関する後続のデータを取り出す。定量的質量分析技術を使用することによって、ウサギの反応性は、疑わしくなる。ＳＷＡＴＨＴＭ技術は、本願にとって、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関して把握する必要がないため、およびＳＷＡＴＨＴＭ取得が、同様に、履歴記録としての役割を果たす所与の時間において、製品の消化物における全てのペプチドのうちの全ての断片イオンの完全な定量記録を含有するため優れている。
【００２８】
一例示的実験では、生成タンパク質に対して７ｐｐｍ（ｐａｒｔｓ  ｐｅｒ  ｍｉｌｌｉｏｎ）（重量：重量）の夾雑タンパク質が、ＳＷＡＴＨＴＭ分析によって検出された。
【００２９】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、情報依存取得（ＩＤＡ）等の発見プロテオミクス方法と比較して、各断片イオンのクロマトグラムを有するものから発見された夾雑物質スペクトルのより高感度かつより高信頼度をもたらす。
【００３０】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、略溶出性かつ略等圧性の化合物の断片のオーナーシップを解像することに役立つ一方、従来のＩＤＡ方法は、わずか１つまたは２つのＭＳ２スペクトルを有するのみであり、クロマトグラムはない。
【００３１】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）定量化と比較して、少なくとも２つの利点をもたらす。まず、ユーザ／顧客が、事前に何を正確に探すかを把握する必要がなく、事前取得方法開発が存在しない。さらに、方法およびシステムは、器具に可視である全ての前駆体イオンの断片毎の断片イオンクロマトグラムを捕捉し、したがって、結果と生じるデータは、後日に関心となる場合がある、夾雑物質のためのために、後に取り出され得る、医薬品の現在の状態のデジタル記録を含有する。
【００３２】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、顧客の医薬品の品質においてより高信頼度を提供する。
【００３３】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、注入可能なバイオ医薬品の安全性を確実にするために、予測不能抗体試薬へのより少ない依拠を可能にする。
【００３４】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、経時的医薬品の変化を定量的に追跡するより優れた能力と、医薬品の生産、精製、および調合に関する問題に対するより迅速な応答とを可能にする。
宿主細胞夾雑物質検出システム
【００３５】
図２は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するためのシステム２００を示す、概略図である。システム２００は、タンデム質量分析計２１０、プロセッサ２２０、および分離デバイス２３０を含む。
【００３６】
タンデム質量分析計２１０は、１つまたはそれを上回る物理的質量フィルタと、１つまたはそれを上回る物理的質量分析器とを含むことができる。タンデム質量分析計の質量分析器として、飛行時間（ＴＯＦ）、四重極、イオントラップ、線形イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換質量分析器が挙げられ得るが、それらに限定されない。
【００３７】
タンデム質量分析計２１０は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化（ｓｔｅｐｐｉｎｇ）し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施する。
【００３８】
逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施され、逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【００３９】
プロセッサ２２０は、限定ではないが、コンピュータ、マイクロプロセッサ、またはタンデム質量分析計２１０および処理データから制御信号およびデータを送信かつ受信することが可能である任意のデバイスであることができる。プロセッサ２２０は、タンデム質量分析計２１０と通信し、タンデム質量分析計から複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを受信し、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、そしてライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する。
【００４０】
種々の実施形態では、プロセッサ２２０は、断片化された伝送された前駆体イオンから生成された各生成イオンに定量化を実施し、検出された１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を定量化する。
【００４１】
種々の実施形態では、宿主細胞タンパク質のライブラリは、宿主細胞生物体のゲノムから構築される。
【００４２】
種々の実施形態では、宿主細胞タンパク質のライブラリは、スペクトルデータを備え、そして宿主細胞トリプシン消化物のデータ依存取得分析から構築される。
【００４３】
種々の実施形態では、タンパク質バイオ医薬品サンプルは、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）あるいは１つまたはそれを上回るポリクローナル抗体を備える。
【００４４】
種々の実施形態では、宿主細胞夾雑物質検出は、酵素結合免疫吸着検査法（ＥＬＩＳＡ）アッセイなしで、実施される。
【００４５】
タンデム質量分析計２１０はまた、分離デバイス２３０を含むことができる。分離デバイス２３０は、液体クロマトグラフィ、ガスクロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動、またはイオン移動度を含むが、それらに限定されない、分離技法を行うことができる。タンデム質量分析計２１０は、それぞれ、空間または時間において、別個の質量分析ステージまたはステップを含むことができる。分離デバイス２３０は、例えば、サンプルを混合物から分離する。種々の実施形態では、分離デバイス２３０は、液体クロマトグラフィデバイスを備え、そして段階化された前駆体質量窓毎の生成イオンスペクトルが、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）サイクル時間内に取得される。
宿主細胞夾雑物質検出方法
【００４６】
図３は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法３００を示す、例示的フロー図である。
【００４７】
方法３００のステップ３１０では、逐次窓取得は、タンデム質量分析計を使用して、タンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施される。逐次窓取得は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、そして断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、実施される。逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで、実施される。逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【００４８】
ステップ３２０では、複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルは、プロセッサを使用して、タンデム質量分析計から受信される。
【００４９】
ステップ３３０では、タンデム質量分析計から受信される１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルは、プロセッサを使用して、宿主細胞タンパク質のライブラリと比較される。
【００５０】
ステップ３４０では、１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質は、プロセッサを使用して、ライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって検出される。
（宿主細胞夾雑物質検出コンピュータプログラム製品）
【００５１】
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、有形のコンピュータ可読記憶媒体を含み、そのコンテンツは、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を実施するよう、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む。本方法は、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含むシステムによって行われる。
【００５２】
図４は、種々の実施形態による、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法を行う、１つまたはそれを上回る個別のソフトウェアモジュールを含む、システム４００の概略図である。システム４００は、測定モジュール４１０および検出モジュール４２０を含む。
【００５３】
測定モジュール４１０は、複数の生成イオンスペクトルのうちの１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信する。タンデム質量分析計は、ある質量範囲にわたって前駆体質量窓を連続的に段階化し、各段階化された前駆体質量窓の伝送された前駆体イオンを断片化し、断片化された伝送された前駆体イオンから生成された生成イオンを分析することによって、逐次窓取得をタンパク質バイオ医薬品サンプルに対して実施する。逐次窓取得は、データ取得の前に、夾雑タンパク質に関する任意の情報なしで実施される。逐次窓取得は、その質量範囲に関して複数の生成イオンスペクトルを生成する。
【００５４】
検出モジュール４２０は、上記１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルを宿主細胞タンパク質のライブラリと比較し、そしてライブラリから、１つまたはそれを上回る測定された生成イオンスペクトルに合致する、宿主細胞タンパク質を報告することによって、上記１つまたはそれを上回る宿主細胞夾雑物質を検出する。
（データ実施例）
【００５５】
図５は、種々の実施形態に従って、複合プロテオミクスサンプルからのタンパク質の特性評価のための例示的ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００システム５００を例証する。
（サンプル調製）
【００５６】
種々の実施形態では、ＩｇＧ１  ｍＡｂが、還元またはアルキル化され、トリプシンで消化される。一定濃度のこの消化物に、可変レベルの汚染宿主細胞タンパク質を表す、ある範囲のベータガラクトシダーゼ消化濃縮物がスパイクされている。
（クロマトグラフィ）
【００５７】
種々の実施形態では、サンプルは、Ｅｋｓｉｇｅｎｔ  ｅｋｓｐｅｒｔＴＭ  ｕｌｔｒａＬＣ  １００−ＸＬシステムを使用して分析される。可変量の溶解物が、例えば、０．５または１．０ｍｍ×１０ｃｍ  ＣｈｒｏｍＸＰ  Ｃ１８−ＣＬ  ３μｍ  １２０Aのカラム上に装填される。例えば、１２０分または２４０分中に３−３５％アセトニトリル（０．１％ギ酸）の溶出勾配が実行される。
（質量分析）
【００５８】
種々の実施形態では、未修飾であり、かつスパイクされたｍＡｂ消化物が、例えば、ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００システムを使用して分析される。当業者は、他のタイプの質量分析システムが、等しく使用され得ることを認識する。
【００５９】
種々の実施形態では、ペプチド同定は、例えば、情報依存取得（ＩＤＡ）液体クロマトグラフィＭＳ／ＭＳ（ＬＣＭＳ／ＭＳ）方法を使用して実施される。ＩＤＡ  ＬＣＭＳ／ＭＳは、例証目的のみのために本明細書に記載される。当業者は、他のタイプの質量分析方法も、等しく使用され得ることを認識する。
【００６０】
種々の実施形態では、ＳＷＡＴＨＴＭ取得等のデータ独立取得戦略が、例えば、１０または２５Ｄａ  Ｑ１窓幅のいずれかを使用して、４００ｍ／ｚ〜１２００ｍ／ｚの前駆体毎に定量ＭＳ／ＭＳクロマトグラムを取得するために、サンプル毎に３回実施される。ＳＷＡＴＨＴＭ取得は、例証目的のために本明細書に説明される。当業者は、他のタイプのデータ独立取得技術も、等しく使用され得ることを認識する。
【００６１】
種々の実施形態では、抽出されたイオンクロマトグラムに関するピーク面積が、消化されたｍＡｂから各ペプチドの化学状態の定量フィンガープリントを提供するために分析される。ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００システムの高感度は、非常に高速なＭＳ／ＭＳ取得率を可能にし、例えば、ＩＤＡモードにおけるＭＳ／ＭＳに関して、２０ミリ秒（ｍｓ）程度の短い蓄積時間を可能にする。
【００６２】
種々の実施形態では、器具速度を完全に利用し、最良の範囲の深度を取得するために、ＩＤＡワークフローは、ソフトウェアオーバーヘッドが最小限にされるように、最適化されることができる。種々の実施形態では、ＩＤＡ方法は、高分解能飛行時間型（ＴＯＦ）ＭＳ調査走査を含み、その後に、例えば、５０ミリ秒の最小限の蓄積時間を伴い、すぐに２０ＭＳ／ＭＳ走査が続く。当業者は、ＭＳ／ＭＳ走査の異なる数も、等しく適用され得ることを認識するであろう。
【００６３】
種々の実施形態では、カラムからの溶離液が、例えば、Ｎａｎｏｓｐｒａｙ（登録商標）ＩＩＩ源および加熱されたインターフェースを使用して噴霧される。当業者は、他の噴霧方法も、等しく使用され得ることを認識する。
データ処理
【００６４】
種々の実施形態では、全てのデータは、例えば、統合された偽発見率（ＦＤＲ）分析を伴うＰｒｏｔｅｉｎＰｉｌｏｔ（登録商標）ソフトウェア４．５を使用して処理される。当業者は、他のタイプのデータ処理ソフトウェアツールも、等しく使用されることができることを認識する。
【００６５】
種々の実施形態では、さらなるデータ分析が、例えば、ＰｅａｋＶｉｅｗ（登録商標）ソフトウェア内に付随のＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得ＭｉｃｒｏＡｐｐと、ＭａｒｋｅｒＶｉｅｗＴＭ統計分析ソフトウェアとを使用して、実施される。これらのソフトウェアツールは、例証目的のために本明細書に説明される。当業者は、他のタイプのデータ処理ソフトウェアツールも、等しく使用され得ることを認識する。
（ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得）
【００６６】
種々の実施形態では、逐次窓取得タンデム質量分析を使用して、タンパク質バイオ医薬品中の宿主細胞夾雑物質を検出するための方法およびシステムは、例えば、ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得を利用する。
【００６７】
種々の実施形態では、ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得は、単回の実行において、複合サンプル中の全ての検出可能な検体に関する高分解能定量化可能ＭＳ／ＭＳデータを取得する、例えば、Ｔｒｉｐｌｅ  ＴＯＦ（登録商標）システム技術によって可能にされる、データ独立ワークフローである。Ｔｒｉｐｌｅ  ＴＯＦ（登録商標）システムは、例証目的のみのために本明細書に説明される。当業者は、他のタイプの取得システムも、等しく使用され得ることを認識する。
【００６８】
種々の実施形態では、ＳＷＡＴＨＴＭ取得は、ある質量範囲にわたって段階化された幅単離窓を使用し、クロマトグラフの時間尺度内で高分解能複合ＭＳ／ＭＳスペクトルを収集する。
【００６９】
種々の実施形態では、ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得は、同一性の確認を伴う定量化のために、高分解能における取得後の断片イオン抽出イオンクロマトグラム（ＸＩＣ）の生成によって、データ処理を可能にする。
【００７０】
種々の実施形態では、ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得は、サンプル中の全てのものの定量化および確認を可能にし、サンプル中の全てのもののデジタル記録を提供し、全てのデータを取得するための単一の方法をもたらす。
（ＳＷＡＴＨＴＭは、高忠実性量のために、高分解能ＭＳ２を利用する）
【００７１】
図６は、種々の実施形態による、例示的ＳＷＡＴＨＴＭ走査モダリティ概要６００である。標準的多重反応モニタリング（ＭＲＭ）定量化６１０は、両四重極上に０．７Ｄａ単離を有し、擬生成イオン表現６１５として示される、単一反応モニタリング（ＳＲＭ）トレースを生成する。ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００システムで利用可能である、高分解能ＭＲＭまたはＭＲＭＨＲ６２０は、依然として、０．７Ｄａの幅においてＱ１を走査するが、断片イオンクロマトグラムは、はるかにより狭い幅（０．００７Ｄａ）において、高分解能（＞３０Ｋ）ＭＳ／ＭＳ走査から抽出され、より高い選択性を可能にすることができる。ＭＲＭＨＲ６２０は、高分解能および高質量精度生成イオンスペクトル６２５を生成する。ＳＷＡＴＨＴＭ技術６３０は、ＭＳ／ＭＳ分解能の使用を最大限にし、Ｑ１（約２５Ｄａ）における広単離の断片化から狭断片イオンクロマトグラムを抽出する。ＳＷＡＴＨＴＭ技術６３０は、高分解能および高質量精度生成イオンスペクトル６３５を生成する。  （包括的定量化）
【００７２】
図７は、種々の実施形態による、全てのイオンのＭＳ／ＭＳデータを取得し、包括的定量化を提供することができる、例示的ＳＷＡＴＨＴＭ走査７００を例証する。２５Ｄａずつの増分において質量範囲を段階化することによって、全ての観察されたイオンの断片イオンクロマトグラムが、観察される。広四重極１（Ｑ１）単離窓が、使用される（例えば、２５Ｄａまたはユーザによって定義される）。ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００システム速度は、その質量範囲の完全網羅を可能にする。高分解能ＸＩＣデータが、全ての断片イオンに関して取得される。
（結果／概要）
【００７３】
実験では、データ独立ワークフローにおいて、Ｑ１四重極は、２５Ｄａステップずつの増分において、標的質量範囲にわたって、段階化された。２５Ｄａ広窓から伝送されたイオンは、衝突セル内で断片化され、断片は、高分解能において、ＴＯＦ  ＭＳ分析器内で分析された。これは、ＭＳ／ＭＳスペクトルがサンプル中の全てのペプチドに関して取得されたように、ＬＣサイクル時間内で行われた。高分解能ＸＩＣが、次いで、定量化のために、取得後に生成された。このｍＡｂの異種混交化をプロファイリングすると、ペプチドシーケンス範囲の９５．８％が観察された。４つのアミド分解部位および５つの酸化部位が観察され、そのペプチドは、未修飾形態に対して定量化された。複製分析からのピーク面積の比較は、典型的には、５％サイクリックボルタンメトリ（ＣＶ）の範囲内である。加えて、データは、「宿主細胞タンパク質」が０．０１％夾雑物質をはるかに下回るレベルにおいて検出され得ることを示す。定量ＳＷＡＴＨＴＭ方法論を使用して、単回のサンプル実行において、ＭＳ／ＭＳデータが、４００ｍ／ｚ〜１２００ｍ／ｚの全ての前駆体ペプチドイオンからの全ての断片イオンに関して取得されることができる。データを回顧的に検証することによって、ＰＴＭ異種混交化および宿主細胞タンパク質夾雑物質の範囲は、ＰＴＭまたは夾雑タンパク質の任意の先行した方法開発または予知を伴わずに、ＭＲＭのような忠実性および感度を伴い、定量化されることができる。
（標的取得戦略の特異性の査定）
【００７４】
図８は、種々の実施形態による、５つまたはそれを上回る無干渉遷移を伴って観察可能であるペプチドのどれくらいのパーセンテージが、前駆体および断片イオン単離のための窓幅に伴って変動するかを示す例示的プロット８００である。黒色面積６１０は、４つ未満の無干渉遷移を伴うペプチドのパーセンテージを描写し、白色面積６２０は、５つまたはそれを上回る無干渉遷移を伴うペプチドのパーセンテージを描写する。ＳＷＡＴＨＴＭは、選択性の観点から、ＭＲＭに対抗する唯一のＤＩＡ技術である。
【００７５】
図８を参照すると、定量化のための目標は、ＸＩＣ生成および統合のために使用するために、ペプチドあたり複数の断片イオンを有することである。種々の実施形態では、ＰｅｐｔｉｄｅＡｔｌａｓ等のペプチドリポジトリからのペプチドを使用して、単離および検出分解能の関数として観察される断片イオン干渉の周波数が、算出される。分解能が単離または検出に応じて減少するにつれて、５つの無干渉ＸＩＣを伴うペプチドの数は、低下する。
（単一のＳＷＡＴＨＴＭ得窓）
【００７６】
図９は、種々の実施形態による、ＳＷＡＴＨＴＭデータの実施例を示す、例示的プロット９００の集合である。具体的には、図９は、単一のＳＷＡＴＨＴＭデータセットの視覚描写を示す。クロマトグラム９１０およびヒートマップ９２０は、５５０−５７５ＳＷＡＴＨＴＭのｍ／ｚ比からのものである。この単一取得の内には、上記同様に、２３の他の３次元データセットが存在する。図９に示されるヒートマップ９２０では、Ｘ軸は、時間を表し、Ｙ軸は、ｍ／ｚ比であり、強度は、色によって表される。水平ボックスは、ｑ１選択窓を示し、そのボックスの外側の全てのイオンは、断片である。各垂直ストライプは、例えば、垂直ボックスの内側にあるＭＳ／ＭＳスペクトルである。
【００７７】
図９を参照すると、種々の実施形態では、方法およびシステムは、２５Ｄａ窓を使用し、ＬＣ時間フレーム内のペプチド質量範囲を網羅する。図９はまた、３次元データと、５５０−５７５質量／電荷（ｍ／ｚ）比の間の全ての前駆体のＭＳ／ＭＳとを示す。
（ＰｅａｋＶｉｅｗ（登録商標）ＳＷＡＴＨＴＭ分析ツール）
【００７８】
図１０は、種々の実施形態による、ＳＷＡＴＨＴＭ分析ソフトウェアを示す、例示的集合プロット１０００である。左上部枠１０１０は、測定されたサンプルのＩＤＡ実行からのＰｒｏｔｅｉｎ  ＰｉｌｏｔＴＭグループファイル等のイオンライブラリからのタンパク質およびペプチドの例示的一覧である。図１０の右上部枠１０２０は、各ＳＷＡＴＨＴＭデータファイルの例示的総イオン電流（ＴＩＣ）クロマトグラムを示す、例示的プロット図である。左下部枠１０３０は、左上部枠１０１０で選択されたペプチドから、６つの断片イオンの例示的ＸＩＣクロマトグラムを示す、例示的プロット図である。右下部枠１０４０は、イオンライブラリからスペクトルにわたって左下部枠１０３０のクロマトグラムの上部において収集されたＭＳ／ＭＳスペクトルを示す、例示的ミラープロットである。
ＳＷＡＴＨＴＭTM分析：ＭａｒｋｅｒＶｉｅｗＴＭ結果−タンパク質データ
【００７９】
種々の実施形態では、主成分変数グループ化分析が、ＳＷＡＴＨＴＭデータを使用して、実施されることができる。ＭａｒｋｅｒＶｉｅｗＴＭソフトウェアを使用して、例えば、タンパク質濃度変化の傾向が、プロットを通して、容易に可視化かつ追跡されることができる。とりわけ、複合データセットにおいて、全ての単一のペプチドの濃度を追跡するとき、有効なソフトウェアを有することが重要である。
【００８０】
種々の実施形態では、ＳＷＡＴＨＴＭ分析は、アッセイの開始時に検索対象を把握することを必要とせずに、ＭＲＭレベル感度および忠実性を伴う夾雑物質を検出することが可能である。
（結論）
【００８１】
ＭＳ／ＭＳＡＬＬ／ＳＷＡＴＨＴＭ併用取得は、全ての検出可能なイオン、方法開発を伴わないＭＲＭに類似する高品質の定量化、ならびに容易かつ回顧的なデータ照会のための包括的高分解能ＭＳ／ＭＳデータを提供する、新規データ独立取得戦略である。
【００８２】
種々の実施形態では、ＳＷＡＴＨＴＭデータは、例えば、ＰｅａｋＶｉｅｗ（登録商標）ソフトウェアおよびＭａｒｋｅｒＶｉｅｗＴＭソフトウェアによって処理される、または第三者情報科学ツールとの併用のために抽出されることができる。当業者は、他のタイプのデータ処理ソフトウェアツールも、等しく使用され得ることを認識するであろう。
【００８３】
種々の実施形態では、ＳＷＡＴＨＴＭ取得は、生物製剤タンパク質医薬品中のタンパク質夾雑物質を定量化するために、理想的である。
【００８４】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、ヒト内の反応を生成する全てのものがウサギ内の反応を生成するわけではないため、試薬調製の安全上の懸念なしで、酵素結合免疫吸着検査法（ＥＬＩＳＡ）に対抗する、定量感度および忠実性を提供する。
【００８５】
種々の実施形態では、方法およびシステムは、タンパク質医薬品中の全てのペプチドの全ての断片のデジタル記録を捕捉する。これは、経時的に、変化を追跡することができるために使用され、データは、所与の時間において、サンプルの現在の状態のデジタルアーカイブとしての役割を果たすことができる。このデータは、今後の任意のタンパク質夾雑物質懸念のために遡及的に取り出される可能性がある。
【００８６】
本教示は、種々の実施形態と併せて説明されるが、本教示が、そのような実施形態に制限されることを意図するものではない。対照的に、本教示は、当業者によって理解されるように、種々の代替、修正、および均等物を包含する。
【００８７】
さらに、種々の実施形態の説明において、本明細書は、段階化の特定のシーケンスとして、方法および／またはプロセスを提示し得る。しかしながら、方法またはプロセスが本明細書に記載される段階化の特定の順序に依拠しない程度において、方法またはプロセスは、説明される段階化の特定のシーケンスに制限されるべきではない。当業者が理解するであろうように、段階化の他のシーケンスも可能であり得る。したがって、本明細書に記載される段階化の特定の順序は、請求項に関する制限として解釈されるべきではない。加えて、方法および／またはプロセスを対象とする請求項は、その段階化の実施を書かれた順序に制限されるべきではなく、当業者は、シーケンスが、変動され得、依然として、種々の実施形態の精神および範囲内にあることを容易に理解することができる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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