(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
科学用語の辞書を自動作成するためのコンピュータ実施される方法であって、前記方法は、
複数の用語IDペアを含む1次ファイルを得るために入力データをフィルタリングするステップであって、前記複数の用語IDペアのそれぞれが、一意の用語IDおよび前記一意の用語IDに関連付けられた科学用語を含むステップと、
除外用語ファイルを生成するために、前記1次ファイルを分析するステップであって、前記除外用語ファイルは前記複数の用語IDペアのうちの1つまたは複数の用語IDペアを含み、前記1つまたは複数の用語IDペアのそれぞれの前記科学用語が、付加的用語、頻出科学用語、および不適切用語のうちの1つに対応し、前記除外用語ファイルは、科学用語として付加的用語を有する用語IDペアを識別するために前記1次ファイルを前記付加的用語のリストと比較し、および前記識別された用語IDペアを前記除外用語ファイルに複製することによって、生成される、ステップと、
少なくとも1つの修正済みの用語IDペアを得るために、修正規則に基づいて、前記除外用語ファイルに存在する、前記1つまたは複数の用語IDペアのうちの少なくとも1つの用語IDペアを変更するステップであって、前記少なくとも1つの修正済みの用語IDペアが、付加的用語ファイルに追加されるステップと、
修正済みファイルを前記除外用語ファイルおよび前記付加的用語ファイルに基づいて得るために、前記1次ファイルを修正するステップと、
前記科学用語の辞書を得るために、重複用語IDペアを前記修正済みファイルから除外するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記修正するステップが、
中間ファイルを生成するために、前記1次ファイルから、前記除外用語ファイルに存在する前記1つまたは複数の用語IDペアを除外するステップと、
前記修正済みファイルを得るために、前記中間ファイルに、前記付加的用語ファイルに存在する前記少なくとも1つの修正済みの用語IDペアを追加するステップと、
前記中間ファイルを、文字種別保持ファイルから得られた1つまたは複数の用語IDペアに基づいて更新するステップと
を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記修正するステップがさらに、前記中間ファイルから、ユーザ見直しファイルに存在する1つまたは複数の用語IDペアを除外するステップを含む、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
前記修正するステップがさらに、前記中間ファイルにおいて、すべての大文字を小文字に変換するステップを含む、請求項2または請求項3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記変更するステップが、所定の接尾辞を、前記付加的用語に対応する用語IDペアに関連付けられた前記科学用語に追加するステップを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
前記付加的用語ファイルを、1つまたは複数のユーザ入力に基づいて更新するステップと
前記科学用語の辞書を、前記更新するステップに基づいて修正するステップと
をさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
前記科学用語が、遺伝子名、タンパク質名、化学物質および薬物名、酵素名、疾患名、症状、生化学的プロセス名、分子機能名、局在用語、実験方法用語、細胞株名、細胞型名、組織名、解剖名、生物分類名、ならびに生命情報科学用語のうちの少なくとも1つである、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
所定のゲノムの分類IDに基づいて、前記所定のゲノムに対応する遺伝子データを得るステップをさらに含み、前記科学用語の辞書が遺伝子名のために得られる、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
辞書作成システム(100)であって、
メモリ(106)と、
前記メモリ(106)がプロセッサ(104)に結合された、前記プロセッサ(104)と、を備え、前記１つまたは複数のハードウェアプロセッサは、
複数の用語IDペアを含む1次ファイルを得るために入力データをフィルタリングすることであって、前記複数の用語IDペアのそれぞれが、一意の用語IDおよび前記一意の用語IDに関連付けられた科学用語を含む、フィルタリングと、
1次ファイルから識別された1つまたは複数の用語IDペアに基づいて除外用語ファイルを生成するために、前記1次ファイルを分析し、ここで前記1つまたは複数の用語IDペアのそれぞれの科学用語が付加的用語、頻出科学用語、および不適切用語のうちの1つに対応し、並びに前記除外用語ファイルは、科学用語として付加的用語を有する用語IDペアを識別するために前記1次ファイルを前記付加的用語のリストと比較し、および前記識別された用語IDペアを前記除外用語ファイルに複製することによって生成される、分析と、
ユーザ入力のうちの1つと、前記除外用語ファイルに存在する前記1つまたは複数の用語IDペアの中から選択された用語IDペアに関連付けられた科学用語を修正することによって得られる少なくとも1つの修正済みの用語IDペアとに基づいた、付加的用語ファイルの作成と、
修正済みファイルを、少なくとも前記付加的用語ファイルおよび前記除外用語ファイルに基づいて得るための、前記1次ファイルの修正と、
複数の用語IDペアを含む科学用語の辞書を得るための、重複用語IDペアの、前記修正済みファイルからの除外と、のための
前記メモリ(106)に格納されたプログラムされた命令を実行することができる、
辞書作成システム(100)。
【請求項１０】
辞書作成モジュール(114)が、
中間ファイルを生成するために、前記1次ファイルから、前記除外用語ファイルに存在する前記1つまたは複数の用語IDペアを除外し、
前記中間ファイルにおいて、すべての大文字を小文字に変換し、
前記修正済みファイルを得るために、前記中間ファイルに、前記付加的用語ファイルに存在する少なくとも1つの修正済みの用語IDペアを追加するように構成された、請求項9に記載の辞書作成システム(100)。
【請求項１１】
辞書作成モジュール(114)が、
1つまたは複数の用語IDペアを、文字種別保持ファイルから、前記中間ファイルに追加し、
前記中間ファイルから、ユーザ見直しファイルに存在する1つまたは複数の用語IDペアを除外するようにさらに構成された、請求項9に記載の辞書作成システム(100)。
【請求項１２】
データ分析モジュール(112)が、所定の数を超える用語IDと関連付けられた学名を頻出科学用語として識別するために、前記1次ファイルを分析するように構成された、請求項10に記載の辞書作成システム(100)。
【請求項１３】
データ分析モジュール(112)が、前記少なくとも1つの修正済みの用語IDペアを得るために、所定の接尾辞を、前記付加的用語に対応する用語IDペアに関連付けられた科学用語に追加するように構成された、請求項10に記載の辞書作成システム(100)。
【請求項１４】
前記科学用語が、遺伝子名、タンパク質名、化学物質および薬物名、酵素名、疾患名、症状、生化学的プロセス名、分子機能名、局在用語、実験方法用語、細胞株名、細胞型名、組織名、解剖名、生物分類名、ならびに生命情報科学用語からなる群から選択される、請求項10に記載の辞書作成システム(100)。
【請求項１５】
コンピュータ可読記録媒体であって、
複数の用語IDペアを含む1次ファイルを得るために入力データをフィルタリングするステップであって、前記複数の用語IDペアのそれぞれが、一意の用語IDおよび前記一意の用語IDに関連付けられた科学用語を含む、ステップと、
除外用語ファイルを生成するために、
前記1次ファイルを分析するステップであって、前記除外用語ファイルは、前記複数の用語IDペアのうちの1つまたは複数の用語IDペアを含み、前記1つまたは複数の用語IDペアのそれぞれの前記科学用語が、付加的用語、頻出科学用語、および不適切用語のうちの１つに対応し、前記除外用語ファイルは、科学用語として付加的用語を有する用語IDペアを識別するために前記1次ファイルを前記付加的用語のリストと比較し、および前記識別された用語IDペアを前記除外用語ファイルに複製することによって生成される、ステップと、
少なくとも1つの修正済みの用語IDペアを得るために、修正規則に基づいて、前記除外用語ファイルに存在する、前記1つまたは複数の用語IDペアのうちの少なくとも1つの用語IDペアを変更するステップであって、前記少なくとも1つの修正済みの用語IDペアが、付加的用語ファイルに追加される、ステップと、
修正済みファイルを前記除外用語ファイルおよび前記付加的用語ファイルに基づいて得るために、前記1次ファイルを修正するステップと、
前記科学用語の辞書を得るために、重複用語IDペアを前記修正済みファイルから除外するステップと、
修正済みファイルを、少なくとも前記除外用語ファイルおよび前記付加的用語ファイルに基づいて得るステップと、
遺伝子名辞書を得るために、重複用語IDペアを、前記修正済みファイルから除外するステップと
を含む方法を実行するコンピュータプログラムを格納したコンピュータ可読記録媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の主題は、一般に、自然科学分野に関し、詳細には、科学用語の辞書の自動作成に関する。
【背景技術】
【０００２】
自然科学は長年、研究が盛んな分野であり、新しい研究が日頃から行われている。新しい発見はそれぞれが、既知または未知の環境要素に関する新しい特性が公開されることにつながり、それはときに、ゲノム、タンパク質、化学物質などの環境要素に関係する科学用語が改称されたり、新しい科学用語が生まれたりすることになる。例えば、ヒトゲノムやマウスゲノムなどの特定の生物のゲノムの調査は、今日研究が盛んな分野である。研究者は、ゲノムの違いを理解することで、すべての個人にとっての遺伝的感受性の問題や薬物反応の薬理ゲノム学に関する問題、さらには個別の分子診断検査について十分に理解できるようになる。したがって、ゲノム研究に関係する膨大な生物医学文献が発行され、研究者の取組みを支援している。しかし、例えば新しい仮説を立てる際や実験結果を解釈する目的などで、データを使用するために、研究者は、大量の生物医学文献に目を通すことが必要な場合がある。そのような膨大なデータを調査することは、しばしば、困難で時間のかかる作業となり、したがって、データマイニングツールが実装される場合がある。例えば、特定の生物のゲノムについて新しい仮説を立てるため、研究者は、特定のゲノムに関連付けられた様々な遺伝子に関係するデータを識別し、抽出することが必要な場合がある。
【０００３】
従来、研究者は、遺伝子データ、すなわち、特定のゲノムに関連付けられた特定の遺伝子に関係するデータを識別するために、パターン識別のプロセスに従ってきた。パターン識別では、研究者は、様々な文献の情報源から、遺伝子パターンを収録している全文書を抽出することで、遺伝子に関連付けられた遺伝子パターンを使用して、特定の遺伝子に関係する遺伝子データを識別する必要があった。そこで、遺伝子パターンを収録している文書を調査することで、文書に収録された遺伝子データを識別し、それを使用することができる。例えば、ヒトの腫瘍などに関係する調査の間、研究者は、ヒトにおいてはTP53遺伝子によってコード化された腫瘍抑制タンパク質に関係するデータを識別することが必要な場合がある。このような場合、パターン認識の従来のプロセスを使用すると、研究者は、TP53遺伝子の遺伝子パターンを使用して、遺伝子パターンを収録しているすべての文書にアクセスし、遺伝子パターンを調査してTP53遺伝子に関係する遺伝子データを識別する必要がある。しかし、遺伝子パターンが長いことが原因で、遺伝子データ識別のそうした方法を使用することは、時間およびリソースの要件の点から効率的でない場合がある。
【０００４】
近年、様々なタンパク質に関係するタンパク質データ、特定の遺伝子に関係する遺伝子データ、特定の化学物質または薬剤に関係する化学物質および薬剤データなどの科学データを、遺伝子の遺伝子名などの科学用語に基づいて検索するために、様々な固有表現認識技法が導入されている。科学用語は通常、従来の方法よりも検索するのにより小さく単純なので、科学データを科学用語に基づいて検索すると、検索に必要な時間およびリソースが減少する。遺伝子名は通常、遺伝子パターンを使用する従来の方法よりも検索するのにより小さく単純なので、例えば、遺伝子データを遺伝子名に基づいて検索すると、検索に必要な時間およびリソースが減少する。しかし、遺伝子を遺伝子名に基づいて識別することは、遺伝子の命名のために既定の命名法がないなどの様々な理由によって、適切でない場合がある。共通の命名法がない場合、様々な研究者が、ある特定の遺伝子に言及するために、またはホワイトペーパーを発行したり、特定の遺伝子に関係する遺伝子データをある遺伝子データベースに格納したりする際に、様々な遺伝子名を使用する可能性がある。例えば、ある人は、自身が研究したある遺伝子に、自分の生まれた生年月日を使用して名前を付ける可能性がある一方、別の人は、同じ遺伝子に自分の名前を元に命名する可能性がある。したがって、遺伝子データを遺伝子名に基づいて検索すると、特定の遺伝子に関係する様々な遺伝子名をフィルタリングし、識別するために、複雑なテキストマイニングツールか、手動による介在が必要になる場合がある。他の科学データを科学用語に基づいて検索すると、同様の関連した複雑さのために、適切でない場合がある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明の概要は、科学用語の辞書の自動作成に関する概念を紹介するために提供されており、これら概念については、下記の「発明を実施するための形態」でさらに説明する。本発明の概要は、請求対象の本発明の主題の本質的な特性を特定することを意図するものではなく、請求対象の本発明の主題の範囲を決定または限定する際に使用することを意図するものではない。
【０００６】
科学用語の辞書を自動作成するための方法およびシステムについて本明細書で説明する。一実施形態では、入力データがフィルタリングされて、複数の用語IDペアのそれぞれが一意の用語IDおよびその一意の用語IDに関連付けられた科学用語を含む複数の用語IDペアを有する1次ファイルを得ることができる。1次ファイルは分析されて、1つまたは複数の用語IDペアを複数の用語IDペアの中から識別できる。1つまたは複数の用語IDペアは、1つまたは複数の用語IDペアのそれぞれの科学用語が付加的用語、頻出科学用語、不適切用語のうちの1つに対応するように識別されうる。この分析に基づいて、除外用語ファイルが、1つまたは複数の用語IDペアを使用して生成される。さらに、除外用語ファイルに存在する1つまたは複数の用語IDペアのうちの少なくとも1つの用語IDペアが変更されて、修正済みの用語IDペアを得る。さらに、修正済みの用語IDペアが、付加的用語ファイルに追加されうるとともに、修正済みファイルを、少なくとも除外用語ファイルおよび付加的用語ファイルに基づいて得ることができる。さらに、修正済みファイルに存在する重複用語IDペアが除外されて、科学用語の辞書を得ることができる。
【０００７】
「発明を実施するための形態」は、添付の図を参照しながら説明する。図において参照符号の最も左の数字は、その参照符号が最初に現れる図を識別するものである。同一の符号は、複数の図を通じて、同様の特性およびコンポーネントを参照するために使用される。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】本発明の主題の一実施形態による、科学用語の辞書を作成するためのシステムを示す図である。
【図２】本発明の主題の一実施形態による、科学用語の辞書を作成するための方法を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
本明細書では、科学用語の辞書を作成するためのシステムおよび方法について説明する。一般に、遺伝的特質、化学物質、タンパク質、疾患、解剖などの自然科学分野の研究は、最近の研究に関係する実験結果だけでなく、オンラインで入手可能な研究資料または関係するデータベースに格納された研究資料も調査する必要がある。例えば、ヒトゲノムやイネゲノムなどの特定の生物のゲノムについて研究する人は、ゲノム、および特定のゲノムに関係する遺伝子についての以前の研究を調査することが必要な場合がある。明らかであろうが、ゲノムは、生物の全遺伝情報であり、実例であるその生物を構成し維持するために必要な生物学的情報のすべてを含んでいる。ゲノムに含まれている生物学的情報は、そのDNA(デオキシリボ核酸)内にコード化され、遺伝子と呼ばれる個別の単位に分かれている。したがって、特定のゲノムを調査するには、研究者は、そのゲノムに関連付けられたすべてまたは一部の遺伝子に関係する遺伝子データを調査することが必要な場合がある。例えば、ヒトの腫瘍抑制について研究するために、研究者は、adenomatous polyposis coli(APC)遺伝子などの腫瘍抑制遺伝子に関係する遺伝子データを調査することが必要な場合があり、tumor protein 53(TP53)遺伝子は腫瘍抑制遺伝子に分類される。
【００１０】
従来、様々な固有表現認識技法が、特定の遺伝子に関係する遺伝子データを遺伝子の遺伝子名に基づいて検索するために導入されている。遺伝子データベースは、通常、一意の識別名を遺伝子およびタンパク質に割り当てることによって、情報を編成する。よく研究されている生物の場合、Saccharomyces Genome Database、FlyBase、Mouse Genome Informatics、Rat Genome Databaseのような、生物の特定データベースか、Entrez Geneや手動で収集・編成されている遺伝子およびタンパク質の収集情報であるSwiss-Protのような、一般の遺伝子データベースから、いくつかのデータベースを調べることができる。これらのデータベースは、生物の特異性、構造、および適用されている収集・編成手順の点で非常に多様である。さらに、塩基配列、生化学的特性、および他の情報のほかに、これらのデータベースはまた、遺伝子名およびタンパク質名を含む。したがって、遺伝子データは、これらの遺伝子データベース、および生物医学文献の様々な情報源から、遺伝子名などの検索しやすくサイズが小さい識別名を使用して検索でき、その結果、検索の効率および正確さが高まっている。
【００１１】
しかし、遺伝子名のための共通の命名規範がない中、遺伝子を遺伝子名に基づいて識別することは、研究者に知られている遺伝子名、または遺伝子を格納するための遺伝子データベースによって用いられている遺伝子名を使用しているため、適切でない場合がある。したがって、新しく確認された遺伝子の名前の作成とその割当ては、厳密に標準化されておらず、どの研究者も個人の好みに基づいて自由に名前の定義、割当て、および使用を行っている。例えば、ある人は、遺伝子名として自身の研究の年を使用する可能性がある一方、別の人は、同じ遺伝子の遺伝子名として自身の研究室の名前を使用する可能性がある。したがって、大半の遺伝子は、いくつかの名前で呼ばれており、すなわち同じ遺伝子に対し同義語が使用されており、その結果、検索効率が低下している。さらに、名前がいくつかの遺伝子に関連付けられ、その結果、検索結果に曖昧さが生じる可能性がある。さらに、遺伝子名leg、white、およびkeyが日常よく使用される英語の単語であるように、遺伝子名または遺伝子記号が、一般の英単語と重複する場合がある。
【００１２】
検索効率を向上させるためには、遺伝子データを得るためにテキストマイニングツールや遺伝子名辞書などの様々なツールを使用できる。テキストマイニングツールは、通常、機械学習の規則に基づいて遺伝子データを識別し、それを得ており、したがって人工知能の不足が原因で、効率的ではない場合がある。一方、辞書は、様々な名前の編集物、すなわち、所与の遺伝子に関するデータベースやフリーテキストなどの様々なデータソースから収集された同義語の編集物である。しかし、辞書を作成して維持することは、ゲノム研究が進む著しいスピードのため、困難な作業となる可能性がある。例えば、フリーテキストとして研究者によって手動で生成され、編成された最新の専門用語を得ることは実際には難しい。さらに、異なる遺伝子に対して同じ遺伝子名を使用したり、または遺伝子名として一般的な英語の言葉を使用したりすることが原因で、遺伝子名辞書を自動的な方法で作成することが大きな負担となる。
【００１３】
同様に、タンパク質、化学物質、薬物、酵素などの他の自然科学分野で研究する研究者は、そうした用語に関係するデータを検索することが必要な場合がある。例えば、タンパク質に関係するデータを検索するために、ある人は、タンパク質の構造または自身が知っているタンパク質名を使用することがある。しかし、名前ベースの検索は、すべての研究者が特定のタンパク質のことを指すのに同じ名前を使用してはいない可能性があるので、効果的な結果を生まない場合がある。さらに、タンパク質や、化学物質名および薬物名などの科学用語の辞書を維持することも、タンパク質、化学物質および薬物、酵素、疾患、症状、生化学的プロセス、分子機能、局在、実験方法、細胞株、細胞型、組織、解剖、生物分類、生命情報科学などの、自然科学のこれらの分野ならびに他の分野の研究が進む著しいスピードのため、困難な作業となる可能性がある。
【００１４】
本発明の主題は、科学用語の辞書を作成するための方法およびシステムを示す。本発明の主題の一実施形態によれば、特定の自然科学分野に関係するデータを有する入力データが、例えば、検討中の自然科学分野に関係する収集データを有する科学データベースから得られる。例えば、様々な化学物質および薬物に関係するデータを有する入力データが、化学物質および薬物データベースからダウンロードされうる。同様に、ヒトゲノム、マウスゲノム、イネゲノムなどのあるゲノムに関連付けられた遺伝子に関係する遺伝子データを、様々な情報源から得られた遺伝子データの収集情報を有する遺伝子データベースから得ることができる。
【００１５】
次いで、入力データがフィルタリングされて、各科学用語とそれに対応する用語IDが用語IDペアの形で提供されるような、複数の科学用語および複数の用語IDを有する1次ファイルを得ることができる。例えば、遺伝子データがフィルタリングされて、各遺伝子名とそれに対応する遺伝子IDが遺伝子名IDペアの形で提供されるような、複数の遺伝子名および複数の遺伝子IDを有する1次ファイルを得ることができる。
【００１６】
次に、1次ファイルが分析されて、付加的用語、頻出科学用語、不適切用語のうちの少なくとも1つに対応する用語IDペアを有する除外用語ファイルが得られる。付加的用語は、leg、white、keyなどの日常よく使用される一般的な英語の言葉である用語として理解できるとともに、検討中の自然科学分野以外の自然科学分野で使用される用語も含むことができる。そうした付加的用語での科学用語の類似性は、望ましくない検索結果を招く恐れがあり、その結果、科学用語の辞書に基づいた検索の効率が低下する。例えば、前述の遺伝子データの例では、除外用語ファイルは、付加的用語、頻出遺伝子名、不適切用語のうちの少なくとも1つに対応する遺伝子名IDペアを含むことができる。さらに、付加的用語は、一般的な英語の言葉、ならびに疾患および症状の名前を含むことができる。一実装形態では、1次ファイルが、付加的用語のリストと比較されて、付加的用語を科学用語として有するすべての用語IDペアが識別される。付加的用語に対応する用語IDペアが、除外用語ファイルに複製される。さらに、事前定義された接尾辞、例えば、ゲノムデータの場合は「gene」が、各用語IDペアの付加的用語に追加されて、修正済みの用語IDペアが得られる。次いで、修正済みの用語IDペアが、付加的用語ファイルに追加されうる。
【００１７】
頻出科学用語は、所定の数を超える用語IDと関連付けられた科学用語として理解できる。一実装形態では、6個を超える異なる用語IDと関連付けられた科学用語が、頻出科学用語として識別できる。次に、頻出科学用語に対応する用語IDペアが、除外用語ファイルに追加される。例えば、上記の遺伝子データの例では、6個を超える異なる遺伝子IDと関連付けられた遺伝子名が、頻出遺伝子名として識別できるとともに、頻出遺伝子名に対応する遺伝子名IDペアが除外用語ファイルに追加されうる。
【００１８】
不適切用語は、何らかの事前定義された条件に基づいて、検討中の自然科学分野で使用される、真実の科学用語であるとみなされない用語または好ましい科学用語であるとみなされない用語として理解できる。次いで、不適切用語を科学用語として有する用語IDペアが、除外用語ファイルに追加されうる。例えば、前述の遺伝子データの例では、不適切用語は、真実の遺伝子名であるとみなされない用語または好ましい遺伝子名であるとみなされない用語として理解できる。
【００１９】
次いで、1次ファイルが、付加的用語ファイルおよび除外用語ファイルに基づいて修正されうる。一実装形態では、1次ファイルの内容全体が小文字に変換されて、科学用語の均一性を確保するとともに、重複用語IDペアの識別も可能にする。次に、除外用語ファイルに存在するすべての用語IDペアが、1次ファイルから除外されて、中間ファイルが得られる。さらに、付加的用語ファイルに存在するすべての用語IDペアが、中間ファイルに追加されて、例えば前述の遺伝子データの場合の修正済みファイルなどの修正済みファイルが得られる。
【００２０】
一実装形態では、修正済みファイルはさらに編集でき、例えば、入力データのユーザまたは専門の研究者による見直しに基づいて妥当でないと認識できる一定の用語IDペアが除外される。さらに、ある文字種別であるとみられる科学用語に対応する一定の用語IDペアが、特定の文字種別の用語IDペアによって置き換えられる。さらに、すべての重複用語IDペアが、一意の用語IDペアを有する、科学用語の辞書を得るために、修正済みファイルから除外されうる。例えば、前述の例では、修正済みファイルはさらに、一意の遺伝子名IDペアを有する遺伝子名辞書を得るために、編集できる。
【００２１】
したがって、本発明の主題は、遺伝子名辞書などの科学用語の辞書を作成するための、簡単、迅速、効率的な方法およびシステムを開示する。付加的用語ファイルや除外用語ファイルなどの様々な中間段階のファイルを作成することにより、システムは、科学用語の辞書を自動的に作成し、更新することが可能になる。例えば、新しい科学用語が確認されて特定の用語IDと関連付けられるときはいつも、同じ用語は付加的用語ファイルにおいて更新されうるほか、科学用語の辞書を更新するために、例えば定期的更新のイベント中に、システムによって使用されうる。
【００２２】
本明細書の説明は、遺伝子データに基づく遺伝子名辞書の作成に関してかなり詳細に行われているが、辞書作成の方法およびシステムは、例えば、化学物質、薬物、タンパク質、解剖、酵素、疾患、生命情報科学などの、ただしこれに限定されるものではない、他の自然科学分野に関係する科学用語の辞書を作成するために実装できることが理解されるであろうとともに、このことは少数の変形形態であっても当業者には明らかであろう。
【００２３】
科学用語の辞書を作成するための説明するシステムおよび方法の態様は、あらゆる多様なコンピュータシステム、コンピュータ環境、および/またはコンピュータ構成で実装でき、実施形態は、以下の例示的システムとの関連で説明される。
【００２４】
図1は、本発明の主題の一実装形態による辞書作成システム100を示す。辞書作成システム100は、用語IDペアそれぞれが科学用語およびその科学用語に関連付けられた一意の用語IDを含むような用語IDペアを複数有する、科学用語の辞書を得るように構成される。一意の用語IDが2つ以上の科学用語に関連付けられると、一意の用語IDが複数の用語IDペアにわたり繰り返されうることが理解されよう。辞書作成システム100は、これに限定されるものではないが、デスクトップコンピュータ、携帯型デバイス、マルチプロセッサシステム、携帯情報端末(PDA)、ラップトップ型コンピュータ、ネットワークコンピュータ、クラウドサーバ、ミニコンピュータ、メインフレームコンピュータなどのシステムに実装できる。一実装形態において、辞書作成システム100、以下システム100は、インタフェース102、1つまたは複数のプロセッサ104、およびプロセッサ104に結合されたメモリ106を含む。
【００２５】
インタフェース102には、例えばキーボード、マウス、外部メモリ、プリンタなどの周辺デバイスに対するインタフェースなどの、様々なソフトウェアインタフェースおよびハードウェアインタフェースが含まれうる。さらに、インタフェース102により、システム100は、Webサーバや外部データベースなどの他のデバイスとの通信が可能になる。インタフェース102は、例えばローカルエリアネットワーク(LAN)、ケーブルテレビなどの有線ネットワークと、無線LAN(WLAN)、携帯電話、衛星通信などの無線ネットワークとを含む、多様なネットワークおよびプロトコルタイプにわたる複数の通信を促進できる。そのために、インタフェース102は、多数のコンピュータシステムを相互に接続するための、あるいは別のサーバコンピュータに接続するための、1つまたは複数のポートを含むことができる。
【００２６】
プロセッサ104は、単一の処理装置または複数の処理装置であることが可能で、そのすべてが複数の演算装置を含むことができる。プロセッサ104は、1つまたは複数のマイクロプロセッサ、マイクロコンピュータ、マイクロコントローラ、デジタルシグナルプロセッサ、中央処理装置、状態機械、論理回路、および/または、操作命令に従って信号を処理する任意のデバイスとして実装できる。他の機能の中で、プロセッサ104は、メモリ106に記憶されているコンピュータ可読の命令およびデータを取り込み、実行するように構成される。
【００２７】
メモリ106には、例えば、スタティックランダムアクセスメモリ(SRAM)やダイナミックランダムアクセスメモリ(DRAM)などの揮発性メモリおよび/またはリードオンリメモリ(ROM)、消去可能プログラマブルROM、フラッシュメモリなどの不揮発性メモリ、ハードディスク、光ディスク、磁気テープを含む、当技術分野で知られている任意のコンピュータ可読媒体が含まれうる。メモリ106はまた、モジュール108およびデータ110を含む。
【００２８】
モジュール108は、とりわけ、ルーチン、プログラム、オブジェクト、コンポーネント、データ構造などを含み、これらは特定のタスクを実行するか、特定の抽象データ型を実装する。モジュール108はさらに、データ分析モジュール112、辞書作成モジュール114、および他のモジュール116を含む。他のモジュール116は、例えば、オペレーティングシステムにおけるプログラムなどの、システム100上の用途を補完するプログラムを含むことができる。一方、データ110は、とりわけ、モジュール108のうちの1つまたは複数によって処理、受信、および生成されるデータを格納するリポジトリとして働く。データ110は、分析データ118、科学用語データ120、および他のデータ122を含む。他のデータ122は、他のモジュール116での1つまたは複数のモジュールの実行結果として生成されたデータを含む。
【００２９】
一実装形態では、システム100は、科学データベース(図示せず)と関連付けられている。例示目的であって限定するものではない、科学データベースの例には、遺伝子データベース(Entrez Geneデータベースなど)、タンパク質データベース(UniProt KBデータベースなど)、化学物質および薬物データベース(MeSHデータベースなど)、酵素データベース(Expasy Enzymeデータベースなど)、疾患名データベース(MeSHデータベースなど)、症状データベース(MeSHデータベースなど)、生化学的プロセスデータベース(Gene Ontologyデータベースなど)、分子機能データベース(Gene Ontologyデータベース)、局在情報データベース(Gene Ontologyデータベース)、実験方法データベース(MeSHデータベースなど)、細胞株データベース(HyperCLDBデータベースなど)、細胞型データベース(MeSHデータベースなど)、組織データベース(MeSHデータベースなど)、解剖データベース(MeSHデータベースなど)、生物分類データベース(NCBI Taxonomyデータベースなど)、ならびに生命情報科学データベースが含まれる。
【００３０】
科学データベースは、通常、対応する自然科学分野に関係するデータを含んでいる。例えば、Mouse Genome Informatics、Entrez Gene、Swiss-Protなどの遺伝子データベースは、マウスゲノム、ヒトゲノム、イネゲノムなどの1つまたは複数の生物のゲノムに関係する遺伝子データを含むことができる。同様に、UniProt KBなどのタンパク質データベースは、1つまたは複数のタンパク質に関係するタンパク質データを含むことができ、MeSHなどの化学物質および薬物データベースは、1つまたは複数の化学物質および薬物に関係する化学物質および薬物データを含むことができる。さらに、各科学データベースは、とりわけ、関連付けられた自然科学分野に関係する複数の科学用語を含む。例示目的であって限定するものではない、科学用語の例には、遺伝子名、タンパク質名、化学物質および薬物名、酵素名、疾患名、症状、生化学的プロセス名、分子機能名、局在用語、実験方法用語、細胞株名、細胞型名、組織名、解剖名、生物分類名、ならびに生命情報科学用語が含まれる。
【００３１】
本明細書の説明は、遺伝子データに基づく遺伝子名辞書の作成に関してかなり詳細に行われているが、辞書作成の方法およびシステムは、化学物質、薬物、タンパク質、解剖、酵素、疾患、生命情報科学などの他の自然科学分野に関係する科学用語の辞書を作成するために実装できることが理解されるであろうとともに、このことは少数の変形形態であっても当業者には明らかであろう。
【００３２】
入力データは、明らかであろうが、検討中の特定の自然科学分野に関係するデータを含み、科学用語の辞書を作成するためにシステム100によって得られる。例えば、遺伝子データは、ゲノムに関連付けられた様々な遺伝子に関係するデータを含むことができるとともに、特定のゲノムの遺伝子名辞書の作成のためにシステム100によって得られる。一実装形態では、遺伝子データは、「遺伝子名」、「記号」、「Locusタグ」、「同義語」、「記述」、「命名法による記号」、「命名法による正式名」、「分類ID(taxonomic ID)」、「他の名称」などのデータを含むことができる。本明細書のシステムおよび方法の説明は、ヒトゲノムに関係する遺伝子データに関してかなり詳細に行われているが、遺伝子名辞書作成の方法およびシステムは、イネゲノム、マウスゲノム、シロイヌナズナゲノム、トラフグゲノムなどの他のゲノムも対象に実装できることが理解されるであろうとともに、このことは少数の変形形態であっても当業者には明らかであろう。
【００３３】
一実装形態では、遺伝子データは、分類IDに基づいてデータ分析モジュール112によって識別し、それを得ることができる。分類IDは、明らかであろうが、各ゲノムに一意であるので、遺伝子が関連付けられているゲノムを識別する際に有益である。例えば、ヒトゲノムに関連付けられたすべての遺伝子に対応する遺伝子データが、ヒトゲノムの分類IDに基づいてデータ分析モジュール112によって識別されうる。一実装形態では、データ分析モジュール112は、遺伝子データベース、例えば、Entrez Geneデータベースに接続でき、ヒトゲノムと同じ分類IDを有するすべての遺伝子を検索できる。データ分析モジュール112は、検索に基づいて識別されるすべての遺伝子に関係する遺伝子データを得ることができ、その遺伝子データを分析データ118に格納できる。本明細書の説明は、Entrez Geneデータベースから得られる遺伝子データに関してかなり詳細に行われているが、遺伝子名辞書作成の方法およびシステムは、当業者には明らかなように、多少の相違はあったとしても他のファイルの遺伝子データベースから得られる遺伝子データに対しても同様に実施できることが理解されるであろう。
【００３４】
次に、データ分析モジュール112は、入力データ、すなわち、ゲノム学の場合は遺伝子データをフィルタリングして、複数の遺伝子名などの複数の科学用語および複数の遺伝子IDなどの複数の用語IDを有する1次ファイルを得ることができる。一実装形態では、遺伝子名などの各科学用語とそれに対応する用語ID、すなわち遺伝子IDのそれぞれが、遺伝子名IDペアなどの用語IDペアの形で提供される。例示目的であって限定するものではないが、データ分析モジュール112は、以下のTable 1(表1)で示されるような1次ファイルを得ることができる。
【００３５】
【表１】
0006305679.tif 000002
【００３６】
上記の例では、様々な遺伝子名が列「遺伝子名」に列挙されて、さらに遺伝子IDが列「遺伝子ID」に、対応する遺伝子名および遺伝子IDが同じ行に列記されて用語IDペアを形成するように列挙されている。
【００３７】
さらに、データ分析モジュール112は、1次ファイルを分析して、付加的用語ファイル、除外用語ファイル、および文字種別保持ファイル(retain-case file)などの中間段階のファイルを得ることができる。除外用語ファイルは、遺伝子名IDペアなどの、遺伝子名辞書におそらく必要ないために1次ファイルから除外されるであろうすべての用語IDペアを含むように定義されうる。付加的用語ファイルは、遺伝子名辞書に追加される必要があるすべての用語IDペアを含むように定義されうる。文字種別保持ファイルは、事前定義された形式で遺伝子名が遺伝子名辞書に追加されるべきすべての用語IDペアを含むように定義されうる。
【００３８】
一実装形態では、データ分析モジュール112は、1次ファイルを分析して、除外用語ファイルに追加される必要がある用語IDペアを得る。例えば、データ分析モジュール112は、付加的用語、頻出科学用語(頻出遺伝子名など)、および不適切用語のうちの少なくとも1つに対応するすべての用語IDペアを、除外用語ファイルに追加される用語IDペアとして、識別できる。一実装形態では、付加的用語は、flower、pick、impactなどの日常よく使用される一般的な英語の辞書用語である用語として理解できる。さらに、付加的用語は、検討中の自然科学分野以外の自然科学分野で使用される用語も含むことができる。例えば、ゲノム学の場合、付加的用語には疾患および症状の名前が含まれうる。こうした付加的用語の存在は、遺伝子データ検索の効率が低下する望ましくない検索結果を招く恐れがあるので、遺伝子名辞書から除外されうる。付加的用語に対応する用語IDペアを識別するために、データ分析モジュール112は、1次ファイルを付加的用語のリストと比較して、遺伝子名として付加的用語を有するすべての用語IDペアを識別できる。次いで、付加的用語に対応する用語IDペアがデータ分析モジュール112によって除外用語ファイルに複製されうる。
【００３９】
例えば、前述の例では、データ分析モジュール112は、「55364-impact」、「78996-mri」、および「324-adenomatous polyposis coli」の用語IDペアを、遺伝子名辞書に必要ないであろう用語IDペアとして識別できる。
【００４０】
頻出科学用語は、所定の値を超えるID横断参照を有する科学用語として定義されうる。例えば、所定の値を超えるID横断参照を有する遺伝子名は、頻出遺伝子名として識別できる。遺伝子名をID横断参照するということは、ある特定の遺伝子名が2つ以上の遺伝子IDに対して使用されている状況として理解できる。そのため、ID横断参照によって、余分な遺伝子の遺伝子データも検索結果に現れる可能性があるので、遺伝子データを対象にした遺伝子名ベースの検索の効果が低下する恐れがある。データ分析モジュール112は、1次ファイルを解析して、所定の値を超えるID横断参照を有するすべての遺伝子名を頻出遺伝子名として判定できる。一実装形態では、分析モジュールは、6個を超える異なる遺伝子IDに関連付けられた遺伝子名を、極めて曖昧な遺伝子名として判定できる。さらに、データ分析モジュール112は、頻出遺伝子名に対応するすべての用語IDペアを識別し、次に、識別された用語IDペアを除外用語ファイルに追加する。
【００４１】
例えば、前述の1次ファイルの例では、データ分析モジュール112は、遺伝子名「ATP receptor」を頻出遺伝子名として識別でき、遺伝子名「ATP receptor」を有するすべての用語IDペアを、table 2(表2)に示すように、複製できる。
【００４２】
【表２】
0006305679.tif 000003
【００４３】
データ分析モジュール112はさらに、1次ファイルを分析して、すべての不適切用語、すなわち、何らかの事前定義された条件に基づいて、真実の遺伝子名でないまたは好ましい遺伝子名でないとみなされる用語を識別できる。不適切用語の例には、AZやA1などの2文字の用語、XやYなどの1文字の用語、29や09などの数値の用語がすべて含まれるが、これに限定されるものではない。データ分析モジュール112は、遺伝子名として不適切用語を有するすべての用語IDペアを特定でき、特定された用語IDペアを除外用語ファイルに複製できる。
【００４４】
前述の例を参照すると、データ分析モジュールは、遺伝子名「6-16」、「14.1」、「T2」、および「YT」を、不適切用語として識別でき、用語IDペア「2537-6-16」、「3543-14.1」、「38-T2」、および「43-YT」を除外用語ファイルに複製できる。
【００４５】
次に、データ分析モジュール112は、除外用語ファイルを分析データ118に保存できる。さらに、新しい遺伝子名が遺伝子名辞書から漏れることがないように、データ分析モジュール112は、修正規則に基づいて、除外用語ファイルに存在する1つまたは複数の用語IDペアを修正して、修正済みの用語IDペアを得ることができる。例えば、データ分析モジュール112は、付加的用語に対応するすべての用語IDペアを修正して、修正済みの用語IDペアを得ることができる。一実装形態では、データ分析モジュール112は、除外用語ファイルに複製された用語IDペアに対応する各用語IDペアの遺伝子名などの科学用語に、事前定義された接尾辞、例えば「gene」を追加することにより、用語IDペアを修正できる。別の実装形態では、データ分析モジュール112は、短縮形である遺伝子名を展開表記することにより、用語IDペアを修正できる。さらに別の実装形態では、データ分析モジュール112は、すべての英語の辞書単語の文字種別を大文字に変更することにより、用語IDペアを修正できる。次に、データ分析モジュール112は、修正済みの用語IDペアを付加的用語ファイルに複写して、付加的用語ファイルを分析データ118に保存できる。
【００４６】
例えば、前述の例では、データ分析モジュール112は、用語IDペア「324-adenomatous polyposis coli」を修正して、修正済みの用語IDペア「324-adenomatous polyposis coli gene」を得ることができる。
【００４７】
さらに、データ分析モジュール112は、少数の用語IDペアを付加的用語ファイルにユーザ入力に基づいて追加できる。例えば、ある研究者は、現在の1次ファイルに存在しないものの、自らの経験または最新の研究によって自身が知っている少数の用語IDペアを、遺伝子名辞書に追加したいと考える場合がある。データ分析モジュール112は、すべてのユーザ入力を付加的用語ファイルに追加できる。データ分析モジュール112を構成して用語IDペアを付加的用語ファイルにユーザ入力に基づいて追加すると、遺伝子名辞書が、ある遺伝子に対応する、できる限りの、知られているすべての遺伝子名を確実に含むようにするのに有益である。さらに、ユーザ入力を使用すると、最新の研究で確認された新しい遺伝子名が付加的用語ファイルに追加されるのに従い、遺伝子名辞書の迅速かつ簡単な更新が促進でき、辞書作成の全プロセスを経ることなく遺伝子名辞書を更新できる。
【００４８】
データ分析モジュール112はさらに、事前定義された形式で遺伝子名辞書に保持されるべき遺伝子名に対応する用語IDペアを追加できる。一実装形態では、データ分析モジュール112は、1次ファイルを文字種別保持遺伝子名のリストと比較して、文字種別保持遺伝子名を有するすべての用語IDペアを識別できる。識別された遺伝子名は、分析データ118に保存された文字種別保持ファイルに、データ分析モジュール112によって追加できる。
【００４９】
次に、付加的用語ファイル、除外用語ファイル、および文字種別保持ファイルは、辞書作成モジュール114によって使用されて、1次ファイルを修正し、修正済みファイルを得ることができる。一実装形態では、辞書作成モジュール114は、除外用語ファイルに存在するすべての遺伝子名IDペアを1次ファイルから除外して、中間1次ファイルを得る。中間ファイルは、辞書作成モジュール114によって科学用語データ120に保存できる。さらに、辞書作成モジュール114は、中間1次ファイルのすべての遺伝子名を小文字に変換できる。
【００５０】
次いで、辞書作成モジュール114は、付加的用語ファイルに存在するすべての用語IDペアを中間ファイルに追加できる。例えば、辞書作成モジュール114は、「324-adenomatous polyposis coli gene」などのすべての修正済みの用語IDペアを中間ファイルに追加できる。さらに、辞書作成モジュール114は、文字種別保持ファイルに存在するすべての用語IDペアを使用して、中間1次ファイルに存在する、その遺伝子名が特定の文字種別であることが望まれるすべての用語IDペアを置き換えることができる。さらに、辞書作成モジュール114は、例えばユーザによって部分的にまたは全体的に正しくない遺伝子名もしくは真実でない遺伝子名として識別されるすべての用語IDペアを除外することにより、中間ファイルを修正できる。一実装形態では、辞書作成モジュール114は最初に、遺伝子辞書、または遺伝子データベースに保存された遺伝子データにアクセスする1人または複数人のユーザあるいは研究者から受けるユーザ実施の見直しに基づいて、ユーザ見直しファイルを作成できる。ユーザ見直しファイルに存在するそのような遺伝子名に対応するすべての用語IDペアは、対象分野の経験に基づいて見直し可能であり、辞書作成モジュール114によって、有効なペアを識別でき、それを中間ファイルから除外できる。
【００５１】
こうして得られた修正済みファイルは、辞書作成モジュール114によって科学用語データ120に保存できる。さらに、辞書作成モジュール114は、修正済みファイルを分析して、修正済みファイルに存在するすべての重複用語IDペアを決定できる。こうして決定されたすべての重複用語IDペアは、修正済みファイルから辞書作成モジュール114によって除外されて、遺伝子名辞書を得ることができる。そのように作成された遺伝子名辞書は、辞書作成モジュール114によって科学用語データ120に保存できる。したがって、システム100は、一意の用語IDペアそれぞれが科学用語およびその科学用語に関連付けられた用語IDを含むような複数の一意の用語IDペアを有する、科学用語の辞書を得るように構成することができる。
【００５２】
図2は、本発明の主題の一実装形態による、遺伝子名辞書などの科学用語の辞書を作成するための方法200を示す。方法200は、辞書作成システム100などのコンピュータデバイスに実装される。本方法は、コンピュータ実行可能命令の一般的な文脈の中で説明されうる。一般に、コンピュータ実行可能命令は、ルーチン、プログラム、オブジェクト、コンポーネント、データ構造、プロシージャ、モジュール、ファンクションなどを含むことができ、特定の機能を実行するか、特定の抽象データ型を実装する。方法はまた、通信ネットワークを介して接続された遠隔処理デバイスによって機能が実行される分散コンピュータ環境でも実施されうる。
【００５３】
方法を説明する順序は、限定的なものとみなされることを意図するものではなく、任意の数の説明される方法ブロックは、本方法または別の方法を実装するために任意の順序で組み合わせることができる。さらに、個々のブロックは、本明細書で説明される本発明の主題の趣旨および範囲から逸脱することなく、本方法から削除できる。さらに、方法は、任意の適切なハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、またはその組み合わせに対して実装できる。
【００５４】
ブロック202では、特定の自然科学分野に対応する入力データがフィルタリングされて、1次ファイルを得ることができる。一実装形態では、入力データは、例えば、システム100によって科学データベースから受信される。例えば、特定のゲノムに対応する遺伝子データは、遺伝子データベースから受信され、フィルタリングされて1次ファイルを得ることができる。遺伝子データは、明らかであろうが、特定のゲノムに関連付けられた様々な遺伝子に関する情報を有する複数のデータフィールドを含むことができる。遺伝子データは、例えばデータ分析モジュール112などの分析モジュールによって受信され、例えば分析データ118に保存できる。次に、入力データが、フィルタリングされて、2つのデータフィールド、すなわち、一方は検討中の分野に関連付けられた用語向け、他方はその用語に対応する用語ID向けであって、対応する用語IDおよび用語が、単一の行に列記されて用語IDペアを形成するようなデータフィールドを有する1次ファイルを得ることができる。例えば、遺伝子データが、フィルタリングされて、2つのデータフィールド、すなわち、一方はゲノムに関連付けられた遺伝子の遺伝子ID向け、他方はその遺伝子IDに対応する遺伝子名向けであって、対応する遺伝子IDおよび遺伝子名が、単一の行に列記されて遺伝子名IDペアを形成するようなデータフィールドを有する1次ファイルを得ることができる。
【００５５】
ブロック204では、複数の用語IDペアを有する1次ファイルが、例えばデータ分析モジュール112によって分析される。一実装形態では、1次ファイルが分析されて、付加的用語、頻出科学用語、および不適切用語のうちの少なくとも1つに対応する1つまたは複数の用語IDペアが識別される。例えば、複数の遺伝子名IDペアを有する1次ファイルが分析されて、付加的用語、頻出遺伝子名、および不適切用語のうちの少なくとも1つに対応する1つまたは複数の遺伝子名IDペアを識別できる。一実装形態では、1次ファイルが、付加的用語のリストと比較されて、付加的用語を識別できる。頻出科学用語は、ID横断参照が頻繁に起きているか、すなわち、ある特定の用語が2つ以上の用語IDに関連付けられているかに基づいて判定できる。例えば6など所定の値を超えるID横断の頻度を有する用語名は、曖昧な用語でありうる頻出科学用語として識別できる。さらに、例えば数値の用語、1文字または2文字の用語などの不適切な科学用語とみなされうる科学用語は、不適切用語として識別できる。
【００５６】
ブロック206では、除外用語ファイルが、ブロック204で識別された1つまたは複数の用語IDペアを使用して生成されうる。一実装形態では、データ分析モジュール112は、付加的用語、頻出科学用語、および不適切用語のうちの少なくとも1つに対応するすべての用語IDペアを複製できる。例えば、前述の遺伝子データの例では、除外用語ファイルが、ブロック204で識別された1つまたは複数の遺伝子名IDペアを使用して生成されうる。除外用語ファイルは、分析データ118に保存できる。
【００５７】
ブロック208では、除外用語ファイルに複製された1つまたは複数の用語IDペアが修正されて、1つまたは複数の修正済みの用語IDペアを得ることができる。除外用語ファイルに複製された1つまたは複数の用語IDペアは、所定の規則に基づいて識別され、さらに修正されて、修正済みの用語IDペアを例えばデータ分析モジュール112によって得ることができる。一実装形態では、付加的用語に対応する用語IDペアに関し、用語IDペアは、事前定義された接尾辞、例えば遺伝子データの場合「gene」をこうした用語IDペアのそれぞれの科学用語の末尾に追加することにより、修正されうる。別の実施形態では、データ分析モジュール112は、例えば、短縮名である遺伝子名を展開表記することにより、または、すべての英語の辞書単語の文字種別を大文字に変更することにより、用語IDペアを修正できる。例えば、上記の遺伝子データの例では、除外用語ファイルに複写された1つまたは複数の遺伝子名IDペアが修正されて、1つまたは複数の修正済みの遺伝子IDペアが得られる。
【００５８】
ブロック210では、付加的用語ファイルが、少なくとも修正済みの用語IDペアおよびユーザ入力に基づいて作成される。一実装形態では、データ分析モジュール112が、ブロック210で得られた修正済みの用語IDペアを使用して、付加的用語ファイルを作成できる。さらに、付加的用語ファイルでは少数の用語IDペアの追加が、例えば、現在の1次ファイルに存在しないものの、自らの経験または最新の研究によって自身が知っている少数の用語IDペアを、検討中の分野に追加したいと考えている研究者から受けるユーザ入力に基づいて行われる。例えば、前述の遺伝子データの例では、付加的用語ファイルは、少なくとも修正済みの遺伝子IDペアおよびユーザ入力に基づいて作成される。
【００５９】
ブロック212では、修正済みファイルが、除外用語ファイル、付加的用語ファイル、文字種別保持ファイル、およびユーザ見直しファイルに基づいて得られる。一実装形態では、1次ファイルは、例えば辞書作成モジュール114などの辞書作成モジュールによって修正されて、修正済みファイルを得ることができる。例えば、上記の遺伝子データの例では、修正済みファイルが、除外用語ファイル、付加的用語ファイル、文字種別保持ファイル、およびユーザ見直しファイルに基づいて得られる。最初に、除外用語ファイルに存在するすべての用語IDペアが、1次ファイルから除外されて、中間1次ファイルが得られる。次に、中間ファイルに存在するすべての用語IDペアの科学用語が小文字に変換される。さらに、付加的用語ファイルに存在するすべての用語が、中間ファイルに追加されうる。次いで、辞書作成モジュール114が、文字種別保持ファイルを解析して、文字種別保持ファイルに存在するすべての用語IDペアを決定し、その用語IDペアを使用して、中間ファイルに存在する対応する用語IDペアを置き換えることができる。さらに、ユーザ見直しファイルに存在する用語IDペアが、中間ファイルから除外されて、修正済みファイルを得ることができる。一実装形態では、修正済みファイルは、科学用語データ120に保存できる。
【００６０】
ブロック214では、重複用語IDペアが、修正済みファイルから除外されて、科学用語の辞書を得ることができる。一実装形態では、修正済みファイルが、例えば辞書作成モジュール114によって分析されて、修正済みファイルにおいて重複用語IDペアとして2度以上発生しているすべての用語IDペアを識別できる。次に、重複用語IDペアが除外されて、科学用語の辞書を作成できる。例えば、前述の遺伝子データの例では、重複遺伝子名IDペアが修正済みファイルから除外されて、遺伝子名辞書を得ることができる。
【００６１】
本明細書の説明は、遺伝子データに基づく遺伝子名辞書の作成に関してかなり詳細に行われているが、辞書作成の方法およびシステムは、化学物質、薬物、タンパク質、解剖、酵素、疾患、症状、生化学的プロセス、分子機能、局在、実験方法、細胞株、細胞型、組織、生物分類、生命情報科学などの他の自然科学分野に関係する科学用語の辞書を作成するために実装されうることが理解されるであろうとともに、このことは少数の変形形態であっても当業者には明らかであろう。
【００６２】
科学用語の辞書を作成するための実施形態は、構造特性および/または方法に固有の言葉で説明されているが、本発明が特定の特性または方法に必ずしも限定されるものではないことを理解されたい。むしろ、特定の特性および方法は、科学用語の辞書の作成のための例示的実施形態として開示されている。
【符号の説明】
【００６３】
100  辞書作成システム
100  システム
102  インタフェース
104  プロセッサ
106  メモリ
108  モジュール
110  データ
112  データ分析モジュール
114  辞書作成モジュール
116  他のモジュール
118  分析データ
120  科学用語データ
122  他のデータ
【図１】
0006305679.tif 000004
【図２】
0006305679.tif 000005