(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号３／配列番号４または配列番号７／配列番号８の重鎖／軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖可変ドメインを含む、黄色ブドウ球菌抗自己誘導ペプチド−２（ＡＩＰ２）エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗ＡＩＰ２抗体。
【請求項２】
配列番号３のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有する、請求項１に記載の完全ヒト型抗ＡＩＰ２抗体。
【請求項３】
配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインおよび配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有する、請求項１に記載の完全ヒト型抗ＡＩＰ２抗体。
【請求項４】
ＡＩＰ２に結合する完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントであって、配列番号３／配列番号４または配列番号７／配列番号８の重鎖／軽鎖改変ドメインアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖可変ドメインを含む、完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメント。
【請求項５】
ＡＩＰ２に結合する一本鎖ヒト抗体であって、ペプチドリンカーにより結合される重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含み、ここで、重鎖および軽鎖可変ドメインが配列番号３／配列番号４または配列番号７／配列番号８の重鎖／軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む、一本鎖ヒト抗体。
【請求項６】
黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための医薬の製造において使用するための、請求項１〜５のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項７】
黄色ブドウ球菌感染がメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）に起因する、請求項６に記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項８】
請求項１〜５のいずれかに記載の抗体または抗体フラグメントおよび薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
技術分野
本発明は、抗自己誘導ペプチド（ＡＩＰ）２抗体に関係する、またはそれに由来する、組成物および方法を開示する。より具体的には、本発明は、ＡＩＰ２に結合するヒト抗体、かかる抗体のＡＩＰ２結合フラグメントおよび誘導体、ならびにかかるフラグメントを含むＡＩＰ２結合ポリペプチドを提供する。さらに、本発明は、かかる抗体、抗体フラグメントおよび誘導体およびポリペプチドをコード化する核酸、かかるポリヌクレオチドを含む細胞、かかる抗体、抗体フラグメントおよび誘導体およびポリペプチドの作製方法、ならびに一般的には、黄色ブドウ球菌、特にメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）により引き起こされる感染を含む、ＡＩＰ２関連細菌感染を有する対象の処置または診断方法を含む、かかる抗体、抗体フラグメントおよび誘導体およびポリペプチドの使用方法を提供する。
【０００２】
本発明は、ＮＩＨから、助成金番号１Ｒ４２ＡＩ０９８１８２により一部助成を受けて行った。米国連邦政府は、本発明に一定の権利を有する。
【背景技術】
【０００３】
背景
黄色ブドウ球菌は、１８８０年にサー・アレクサンダー・オグストンによって初めて発見されて以来、多くの感染症を引き起こし得て、ヒトの健康に深刻な脅威とみなされている。１９６０年代および１９７０年代の抗生物質耐性株、特にメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）の増加が、さらなる治療法開発の課題を生じさせている。現在、ＭＲＳＡ株は、米国において臨床疾患を誘発する全ての黄色ブドウ球菌分離株の＞５０％を占める。これは、他の国と比較してはるかに高い割合であり、例えばフランスは１４．５％、オランダは３．１％である。西ヨーロッパからの３１の観察研究のレビューでは、著者らは、黄色ブドウ球菌臨床分離株のうちＭＲＳＡの割合は５％から５４％の範囲であったことを見出したが、研究に使用された異なる方法論によって制限された。
【０００４】
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）は、処置が困難なヒトのいくつかの感染症の原因菌である。また、多剤耐性黄色ブドウ球菌およびオキサシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＯＲＳＡ）とも呼ばれている。ＭＲＳＡは、ペニシリン系（例えば、メチシリン、ジクロキサム(dicloxam)、ナフシリンおよびオキサシリン）およびセファロスポリン系を含むβ−ラクタム系抗生物質に対する耐性を獲得した黄色ブドウ球菌株である。これらの抗生物質に耐性ではない株は、メチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）に分類される。かかる耐性の獲得は、該菌が抗生物質に対する耐性を有しない黄色ブドウ球菌株よりも本質的に病原性が強くなるためではなく、耐性が、ＭＲＳＡ感染症を標準的なタイプの抗生物質で処置するのをより困難にし、そのために、より危険性が高い。
【０００５】
ＭＲＳＡは、とりわけ、病院、刑務所、学校および老人ホームにおいて問題となり、そこで開放創傷、侵襲的デバイスおよび免疫系低下を有する患者は、一般の人々よりも、感染の危険性が高い。
【０００６】
ＭＲＳＡ株は、医療施設感染型および市中感染型感染症の両方の原因となる流行性の病原性細菌である。一般に処方されている抗生物質に対する耐性の増加は、ＭＲＳＡを世界中の公衆衛生に対する深刻な脅威としている。ＭＲＳＡのＵＳＡ３００株は、米国における市中感染型感染症の流行の原因であり、主に皮膚および軟部組織の感染症に関与するが、肺炎、重篤な敗血症および心内膜炎のようなより深刻な侵襲性の感染症にも関与する。ＭＲＳＡ株は、特に深刻かつ致死に至る可能性のある病原菌であり、毒素、接着因子、酵素および免疫調節剤を含む、病原機構を有する。これらの１つは、パントン−バレンタインロイコシジン（ＰＶＬ）であり、膿瘍形成および重篤な壊死性肺炎に関係する毒素である。
【０００７】
当初、ＭＲＳＡ株は、入院患者および慢性疾患を有する患者に感染していた。１９９０年代には、市中感染型ＭＲＳＡ（ＣＡ−ＭＲＳＡ）株の出現が見られ、それは、他の点では健康な個体において、多くは子供において、主に皮膚および軟部組織感染（ＳＳＴＩ）を引き起こした。これらの株は、厳しい結果を有するいくつかの感染症、例えば、高い死亡率を有する市中感染型の肺炎を含む、ＣＡ−ＭＲＳＡ感染の急速な流行をもたらした。米国におけるＭＲＳＡ感染株のうちＣＡ−ＭＲＳＡの高い有病率は、ほとんどがパントン−バレンタインロイコシジン（ＰＶＬ）−陽性ＵＳＡ３００クローンを原因とするが、ヨーロッパでは、ＣＡ−ＭＲＳＡの優性株は、ＰＶＬ−陽性ＳＴ８０クローンである。ある数学的モデルは、ＣＡ−ＭＲＳＡが、市中の保菌者の拡大のために病院内での優勢なＭＲＳＡ株となり、ＣＡ−ＭＲＳＡ株は、病院関連タイプよりも適合しており（より高い複製能を有し）、ＣＡ−ＭＲＳＡ感染症がますます深刻になることを予測した（D’Agata et al., Clin. Infect. Dis. 48, 274−284, 2009）。
【０００８】
ＭＲＳＡ株の病原機構を指向する薬剤は、一般抗生物質と比較していくつかの利点を有し得る。第一に、他の非病原性の共生細菌に作用する選択性の圧力がない。第二に、抗生物質関連毒性（例えば、アレルギー反応、腎臓毒性およびクロストリジウム・ディフィシル感染症）を回避することができる。第三に、限定的な抗生物質が、薬剤耐性細菌の発生を低減させ得る。従来の抗生物質を抗病原性療法と組み合わせることでＭＲＳＡ感染症の治療方法のパラダイムが変わる可能性がある。細菌の生存性は、その病原機構の機能によって影響を受けないので、抗病原性療法に対する耐性の出現を遅くすることが可能である。一つの可能性のある戦略は、ａｇｒオペロンを阻害することである。インビトロでの実験において、抗自己誘導ペプチド（ＡＩＰ）の変異体はＡｇｒＣ機能を阻害することが示されている。インビボでの実験は、ＡＩＰ−２をａｇｒタイプ１株と共に投与することにより、腫瘍形成が軽減されたことを証明した（Wright et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 1691−1696, 2005）。しかしながら、ａｇｒ阻害剤は、慢性黄色ブドウ球菌感染をもたらし得るバイオフィルム形成を促進し得る（Beenken et al., PLoS ONE 5, e10790, 2010）。従って、この方法のさらなる研究が必要である。
【０００９】
デバイス向けの別の戦略は、バイオフィルムの形成の阻止のために少なくとも１つのディメンションが１００ｎｍ未満の材料と定義されるナノ材料の使用である（Taylor ＆ Webster, Int. J. Nanomedicine 6, 1463−1473, 2011）。ＳｉｌｖｅｒＰａｇｅで裏打ちした尿道カテーテルおよび大静脈カテーテルが、医療施設関連感染症の危険性を低下させるために臨床使用されている（Raad et al., Antimicrob. Agents Chemother. 56, 935−941, 2012）。ナノメートルレベルまで銀の粒子サイズを小さくすることにより、表面積を増加させ、材料の抗菌活性を向上させる（Taylor ＆ Webster, Int. J. Nanomedicine 6, 1463−1473, 2011）。スタフィロキサンチンは、黄色ブドウ球菌の色素であり、好中球により放出されるような活性酸素種に対する抵抗性を高める。スタフィロキサンチン生産の初期段階は、コレステロール産生におけるそれと同様である。マウスモデルにおいて、ヒトスクアレンシンターゼ阻害剤は、インビトロにおけるスタフィロキサンチン生合成を阻止し、その結果生じる非色素産生菌は、ヒト血液による殺菌およびマウスモデルにおける先天性免疫系による排除により感受性であった（Liu et al., Science 319, 1391−1394, 2008）。スタチンは、ヒトおよびマウスの好中球、マクロファージおよび単球による抗菌性のＤＮＡ依存性細胞外捕捉細胞の生産を通して食細胞による黄色ブドウ球菌の排除を促進することが見出されている（Chow et al., Cell Host Microbe 8, 445−454, 2010）。
【００１０】
ＣＡ−ＭＲＳＡ感染症の場合、１つの特定の標的はＰＶＬ毒素であり、それに対する抗体が、可能性のあるワクチンとして研究中である。しかしながら、ＰＶＬ−陽性ＭＲＳＡ感染を有する小児におけるＰＶＬに対する抗体レベルの研究において、ＰＶＬに対する中和抗体は、原発性または再発性ＣＡ−ＭＲＳＡ皮膚感染症に対して防御しなかった（Hermos et al., Clin. Infect. Dis. 51, 1138−1146, 2010）。他の研究者らは、皮膚壊死のマウスモデルを用いて、ＥＰ６７と言われるヒトＣ５ａのアゴニストのＣＡ−ＭＲＳＡに対する宿主免疫の誘導能力について評価した（Sheen et al., Vaccine 30, 9−13, 2011）。ＥＰ６７は、サイトカイン合成および好中球流入の促進を介して感染を制限するのに有効であった。この有望な発見は、ヒトにおけるさらなる研究の必要性を是認し得る。
【００１１】
ペプチドグリカン（ＰＧ）は、黄色ブドウ球菌の細胞壁の約５０％を構成する。黄色ブドウ球菌、Ａ１７０ＰＧに対するＰＧ−ベースのワクチンは、Ａ１７４、Ａ１７５、Ａ１７６およびＲＩＭＤ３１０９２を含む、ＭＲＳＡのいくつかの株に対するマウスモデルにおいて保護作用があることが示された（Capparelli et al., PLoS ONE 6, e28377, 2011）。保護は、生存率の増加およびコロニー形成の減少と相関し、少なくとも４０週間続いた。この研究の１つの注意点は、使用するマウス株が、マウスが黄色ブドウ球菌に対する既存の抗体を有しないため、ヒトへの感染を厳密に再現し得ないことである。２０１１年６月に、Merck社およびIntercell社は、細胞表面局在化鉄調節タンパク質である黄色ブドウ球菌抗原ＩｓｄＢを含むサブユニットワクチンＶ１７０のフェーズＩＩ／ＩＩＩ試験を中止したと発表した（Etz et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 6573−6578, 2002）。安全上の懸念が原因で、プラセボを使用された患者と比較して、ワクチン接種者の全体的な死亡率および多臓器不全が増加したためであった。
【発明の概要】
【００１２】
概要
本発明は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有してＡＩＰ２エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗体(fully human antibody)を提供する。好ましくは、完全ヒト型抗体は、重鎖および軽鎖の両方を有し、該抗体は、配列番号１／配列番号２（本明細書中、Ａ９と言う）、配列番号３／配列番号４（本明細書中、Ｃ７と言う）、配列番号５／配列番号６（本明細書中、Ｄ３と言う）、配列番号７／配列番号８（本明細書中、Ｅ７と言う）、配列番号９／配列番号１０（本明細書中、Ｆ７と言う）、配列番号１１／配列番号１２（本明細書中、Ｇ３と言う）、配列番号１３／配列番号１４（本明細書中、Ｇ４と言う）、配列番号１５／配列番号１６（本明細書中、Ｈ１と言う）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００１３】
本発明は、重鎖由来の可変ドメイン領域および軽鎖由来の可変ドメイン領域を有する、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントであって、ここで、該重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントを提供する。好ましくは、完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントは、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００１４】
本発明は、重鎖由来の可変ドメイン領域、軽鎖由来の可変ドメイン領域ならびに該重鎖および軽鎖可変ドメイン領域を連結するペプチドリンカーを有する、ヒト型一本鎖抗体であって、ここで、該重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、ヒト型一本鎖抗体を提供する。好ましくは、完全ヒト型一本鎖抗体は、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、該完全ヒト型一本鎖抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００１５】
本発明はさらに、抗ＡＩＰ２ポリペプチドを投与することを含む、黄色ブドウ球菌感染の処置または予防方法を提供し、ここで、該完全ヒト型抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、および配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、
【００１６】
ここで、該Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントが、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、そして
【００１７】
ここで、該ヒト型一本鎖抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、方法を提供する。
【００１８】
好ましくは、完全ヒト型抗体は、重鎖および軽鎖の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２（本明細書中、Ａ９と言う）、配列番号３／配列番号４（本明細書中、Ｃ７と言う）、配列番号５／配列番号６（本明細書中、Ｄ３と言う）、配列番号７／配列番号８（本明細書中、Ｅ７と言う）、配列番号９／配列番号１０（本明細書中、Ｆ７と言う）、配列番号１１／配列番号１２（本明細書中、Ｇ３と言う）、配列番号１３／配列番号１４（本明細書中、Ｇ４と言う）、配列番号１５／配列番号１６（本明細書中、Ｈ１と言う）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。好ましくは、完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントは、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２（本明細書中、Ａ９と言う）、配列番号３／配列番号４（本明細書中、Ｃ７と言う）、配列番号５／配列番号６（本明細書中、Ｄ３と言う）、配列番号７／配列番号８（本明細書中、Ｅ７と言う）、配列番号９／配列番号１０（本明細書中、Ｆ７と言う）、配列番号１１／配列番号１２（本明細書中、Ｇ３と言う）、配列番号１３／配列番号１４（本明細書中、Ｇ４と言う）、配列番号１５／配列番号１６（本明細書中、Ｈ１と言う）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。好ましくは、完全ヒト型一本鎖抗体は、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該完全ヒト型一本鎖抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００１９】
好ましくは、ＭＲＳＡ黄色ブドウ球菌細菌によって引き起こされる黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】図１は、ヒト抗−ＡＩＰ  ｍＡｂｓ  Ｃ７およびＥ７が、ＵＳＡ１００で腹腔内感染させたマウスの死亡率を低減させたことを示す。Ｌｏｇ  Ｒａｎｋ検定により決定される通り、対照ＩｇＧに対してＥ７またはＣ７はそれぞれ、＊Ｐ≦０．０００６および０．０００８である。
【図２】図２は、ヒト抗−ＡＩＰ  ｍＡｂｓ  Ｃ７およびＥ７が、ＵＳＡ１００で感染させたマウスの膿瘍の大きさを減少させたことを示す。対応のあるＴ検定により決定される通り、試験した全ての日において、対照に対してＥ７は、＊Ｐ≦０．０１〜０．０４である。
【図３】図３は、ヒト抗−ＡＩＰ  ｍＡｂ  Ｅ７が、ＭＳＳＡ  ＲＮ４８５０を腹腔内感染させたマウスの死亡率を減少させたことを示す。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
詳細な説明
本発明は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、１０−６Ｍ以下の結合親和性を有してＡＩＰ２エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗体を提供する。好ましくは、完全ヒト型抗体は、重鎖および軽鎖の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２（本明細書中、Ａ９と言う）、配列番号３／配列番号４（本明細書中、Ｃ７と言う）、配列番号５／配列番号６（本明細書中、Ｄ３と言う）、配列番号７／配列番号８（本明細書中、Ｅ７と言う）、配列番号９／配列番号１０（本明細書中、Ｆ７と言う）、配列番号１１／配列番号１２（本明細書中、Ｇ３と言う）、配列番号１３／配列番号１４（本明細書中、Ｇ４と言う）、配列番号１５／配列番号１６（本明細書中、Ｈ１と言う）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００２２】
本発明は、重鎖由来の可変ドメイン領域および軽鎖由来の可変ドメイン領域を有する、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントであって、ここで、該重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントを提供する。好ましくは、完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントは、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００２３】
本発明は、重鎖由来の可変ドメイン領域、軽鎖由来の可変ドメイン領域ならびに該重鎖および軽鎖可変ドメイン領域を連結するペプチドリンカーを有する、ヒト型一本鎖抗体であって、該重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、ヒト型一本鎖抗体を提供する。好ましくは、完全ヒト型一本鎖抗体は、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該完全ヒト型一本鎖抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００２４】
本発明は、抗ＡＩＰ２ポリペプチドを投与することを含む、黄色ブドウ球菌感染の処置または予防のための方法であって、該抗ＡＩＰ２ポリペプチドが、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有してＡＩＰ２エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗体、重鎖由来の可変ドメイン領域および軽鎖由来の可変ドメイン領域を有するＦａｂ完全ヒト型抗体フラグメント、重鎖由来の可変ドメイン領域、軽鎖由来の可変ドメイン領域ならびに該重鎖および軽鎖可変ドメイン領域を結合させるペプチドリンカーを有するヒト型一本鎖抗体、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択され；
【００２５】
ここで、完全ヒト型抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、
【００２６】
ここで、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントが、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、そして
【００２７】
完全ヒト型一本鎖抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、方法をさらに提供する。
【００２８】
好ましくは、完全ヒト型抗体は、重鎖および軽鎖の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。好ましくは、完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントは、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。好ましくは、完全ヒト型一本鎖抗体は、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該完全ヒト型一本鎖抗体は、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する。
【００２９】
好ましくは、ＭＲＳＡ細菌により引き起こされる黄色ブドウ球菌感染の処置または予防のための方法を提供する。
【００３０】
“抗原結合タンパク質”は、抗原に結合する部分を含むタンパク質であり、任意に、抗原結合部分が、抗原への抗原結合タンパク質の結合を促進する立体構造を採るのを可能にする足場またはフレームワーク部分を含むタンパク質である。抗原結合タンパク質の例には、抗体、抗体フラグメント（例えば、抗体の抗原結合部分）、抗体誘導体、および抗体類縁体が含まれる。抗原結合タンパク質は、例えば、移植されたＣＤＲまたはＣＤＲ誘導体を含む、代替タンパク質足場または人工足場を含み得る。かかる足場には、例えば、抗原結合タンパク質の三次元構造を安定化するために導入された変異を含む、抗体由来の足場、ならびに例えば、生体適合性ポリマーを含む、全体的に合成の足場が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Korndorfer et al., 2003, Proteins： Structure, Function, and Bioinformatics, Volume 53, Issue 1：121−129; Roque et al., 2004, Biotechnol. Prog. 20：639−654を参照のこと。さらに、ペプチド抗体模倣物（“ＰＡＭ”）を使用可能であり、ならびに足場としてフィブロネクチン成分を利用する抗体模倣物に基づく足場を使用することができる。
【００３１】
抗原結合タンパク質は、例えば、天然に存在する免疫グロブリンの構造を有し得る。“免疫グロブリン”は、４量体分子である。天然に存在する免疫グロブリンにおいて、各４量体は、２つの同一の対のポリペプチド鎖からなり、各対は、１つの“軽”鎖（約２５ｋＤａ）および１つの“重”鎖（約５０−７０ｋＤａ）を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主に抗原認識を担う、約１００から１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を定義する。ヒト軽鎖は、κまたはλ軽鎖に分類される。重鎖はμ、δ、γ、α、またはεに分類され、抗体のアイソタイプを、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡおよびＩｇＥそれぞれとして定義される。軽鎖および重鎖内で、可変および定常領域は、約１２個またはそれ以上のアミノ酸の“Ｊ”領域により連結されており、重鎖は、約１０個またはそれ以上のアミノ酸の“Ｄ”領域も含む。一般的に、Fundamental Immunology Ch. 7 （Paul, W., ed., 2nd ed. Raven Press, N.Y. (1989)）（すべての目的に関して、その内容全体を引用により本明細書中に包含させる）を参照のこと。各軽／重鎖対の可変領域は、インタクトな免疫グロブリンが２つの結合部位を有するように、抗体結合部位を形成する。
【００３２】
天然に存在する免疫グロブリン鎖の可変領域は、３つの超可変領域により連結されている比較的保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）の同じ一般的構造を示し、相補性決定領域またはＣＤＲとも言われる。Ｎ末端からＣ末端へ、軽鎖および重鎖の両方は、ドメインＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３およびＦＲ４を含む。各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Kabat et al. in Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., US Dept. of Health and Human Services, PHS, NIH, NIH Publication no. 91−3242, 1991に記載の定義に基づく。免疫グロブリン鎖内のアミノ酸の他の付番方式は、ＩＭＧＴ．ＲＴＭを含む（international ImMunoGeneTics information system; Lefranc et al, Dev. Comp. Immunol. 29：185−203; 2005) およびAHo (Honegger and Pluckthun, J. Mol. Biol. 309(3)：657−670; 2001）。
【００３３】
抗体は、種々の抗原特異性を有する免疫グロブリンを含む血清または血漿のような供給源から得られ得る。かかる抗体を親和性精製したとき、それらは、特定の抗原特異性に関して富化可能である。抗体のかかる富化調製物は、通常、特定の抗原に対して特異的結合活性を有する、約１０％未満の抗体で構成される。これらの調製物を数回の親和性精製に供すると、抗原に関して特異的結合活性を有する抗体の割合を増すことができる。この方法で調整される抗体は、しばしば“単一特異性”と言われる。単一特異性抗体調製物は、特定の抗原に対して特異的結合活性を有する抗体、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、または９９．９％までで構成され得る。
【００３４】
“抗体”は、他に特記されない限り、インタクトな免疫グロブリン、または特異的結合に関してインタクトな抗体と競合する、その抗原結合部分を意味する。抗原結合部分は、組み換えＤＮＡ技術またはインタクトな抗体の酵素的もしくは化学的切断によって、産生可能である。抗原結合部分には、とりわけ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ドメイン抗体（ｄＡｂ）、および相補性決定領域（ＣＤＲ）フラグメント、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、キメラ抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、ならびにポリペプチドへの特異的抗原結合性を与えるのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部分を含むポリペプチドが含まれる。
【００３５】
Ｆａｂフラグメントは、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインを有する一価フラグメントであり、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂフラグメントを有する二価フラグメントであり、Ｆｄフラグメントは、ＶＨおよびＣＨ１ドメインを有し、Ｆｖフラグメントは、抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインを有し、ｄＡｂフラグメントは、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはＶＨもしくはＶＬドメインの抗原結合フラグメントを有する（米国特許第６，８４６，６３４号；同第６，６９６，２４５号、米国出願公報第２０／０２０２５１２号；同第２００４／０２０２９９５号；同第２００４／００３８２９１号；同第２００４／０００９５０７号；同第２００３／００３９９５８号、およびWard et al., Nature 341：544−546, 1989）。
【００３６】
一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）は、ＶＬおよびＶＨ領域がリンカー（例えば、アミノ酸残基の合成配列）を介して連結されて連続タンパク質鎖を形成する抗体であり、該リンカーは、タンパク質鎖がそれ自体折り畳まれて、一価の抗原結合部位を形成するのを可能にするのに十分に長い（例えば、Bird et al., 1988, Science 242：423−26 および Huston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85：5879−83を参照のこと）。二重特異性抗体は、２つのポリペプチド鎖を含む二価抗体であり、各ポリペプチド鎖は、同じ鎖上の２つのドメイン間で対形成するのを可能にするには短すぎ、故に各ドメインが別のポリペプチド鎖上の相補ドメインと対形成するのを可能にするリンカーにより連結されたＶＨおよびＶＬドメインを含む（例えば、Holliger et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90：6444−48, および Poljak et al., 1994, Structure 2：1121−23を参照のこと）。二重特異性抗体の２つのポリペプチド鎖が同一であるとき、その対形成から生じる二重特異性抗体は、２つの同一の抗原結合部位を有し得る。異なる配列を有するポリペプチド鎖を用いて、２つの異なる抗原結合部位を有する二重特異性抗体を作製することができる。同様に、三重特異性抗体および四重特異性抗体は、それぞれ３つおよび４つのポリペプチド鎖を含み、同一または異なっていてもよい、３つおよび４つの抗原結合抗原結合部位を形成する抗体である。
【００３７】
上記のKabat et al.；上記のLefranc et al.,および／または上記のHonegger and Pluckthunに記載される方法を用いて、所定の抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）およびフレームワーク領域（ＦＲ）を同定してもよい。１個またはそれ以上のＣＤＲを共有結合的または非共有結合的のいずれかで分子内に取り込んで、抗原結合タンパク質にすることもできる。抗原結合タンパク質は、より長いポリペプチド鎖の一部としてＣＤＲ（複数可）を挿入することもでき、別のポリペプチド鎖にＣＤＲ（複数可）を共有結合させることもでき、または非共有的にＣＤＲ（複数可）を挿入することもできる。ＣＤＲは、抗原結合タンパク質が標的とされる特定の抗原に特異的に結合するのを可能にする。
【００３８】
抗原結合タンパク質は、１またはそれ以上の結合部位を有していてよい。２以上の結合部位を有するとき、結合部位は、互いに同一であっても、異なっていてもよい。例えば、天然に存在するヒトの免疫グロブリンは、典型的に、２つの同一の結合部位を有し、一方、“二重特異性”または“二官能性”抗体は、２つの異なる結合部位を有する。
【００３９】
用語“ヒト抗体”は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する１またはそれ以上の可変領域および定常領域を有する全ての抗体を含む。一態様において、可変ドメインおよび定常ドメインの全てがヒト免疫グロブリン配列由来である（完全ヒト型抗体）。これらの抗体は、種々の方法で調製することができ、例えば、以下に記載の通り、ヒト重鎖および／または軽鎖をコード化する遺伝子に由来する抗体を発現するように遺伝子修飾された、マウスの標的とされる抗原での免疫化が含まれる。
【００４０】
ヒト化抗体は、それがヒト対象に投与されたとき、非ヒト種抗体と比較して、免疫応答を誘導する可能性がより低く、および／またはより重篤ではない免疫応答を誘導するように、１またはそれ以上のアミノ酸置換、欠失および／または付加により非ヒト種に由来する抗体の配列とは異なる配列を有する。一態様において、非ヒト種抗体の重鎖および／または軽鎖のフレームワークドメインおよび定常ドメイン中の特定のアミノ酸を突然変異させて、ヒト化抗体を産生する。別の態様において、ヒト抗体由来の定常ドメイン（複数可）を、非ヒト種の可変ドメイン（複数可）に融合させる。別の態様において、非ヒト抗体の１またはそれ以上のＣＤＲ配列中の１またはそれ以上のアミノ酸残基を変化させて、ヒト対象に投与されたとき、非ヒト抗体の可能性のある免疫原性を低減させ、ここで、変化させるアミノ酸残基は、抗原へのヒト化抗体の結合が、抗原への非ヒト抗体の結合よりも顕著に低下しないように、抗原への抗体の免疫特異的結合にそれほど重要でないか、または産生されるアミノ酸配列への変化が保存的変化である、いずれかである。ヒト化抗体の作製方法の例は、米国特許第６，０５４，２９７号、同第５，８８６，１５２号および同第５，８７７，２９３号に見出すこともできる。
【００４１】
用語“キメラ抗体”は、１つの抗体由来の１またはそれ以上の領域ならびに１またはそれ以上の他の抗体由来の１またはそれ以上の領域を含む抗体を意味する。一態様において、ＣＤＲの１またはそれ以上が、ヒト抗−ＡＩＰ２抗体に由来する。別の態様において、全てのＣＤＲが、ヒト抗−ＡＩＰ２抗体に由来する。別の態様において、２以上のヒト抗−ＡＩＰ２抗体に由来するＣＤＲを混合し、キメラ抗体にマッチングさせる。例えば、キメラ抗体は、第一のヒト抗−ＰＡＲ−２抗体の軽鎖由来のＣＤＲ１、第二のヒト抗ＡＩＰ２抗体の軽鎖に由来するＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびに第三の抗−ＡＩＰ２抗体由来の重鎖由来のＣＤＲを含み得る。他の組み合わせも可能である。
【００４２】
さらに、フレームワーク領域は、同じ抗−ＡＩＰ２抗体の１つ由来、ヒト抗体のような１またはそれ以上の異なる抗体由来、またはヒト化抗体由来であり得る。キメラ抗体の一例において、重鎖および／または軽鎖の一部は、特定の種由来であるか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体と同一であるか、それに相同性であるか、またはそれに由来し、一方、鎖の残り（複数可）は、別の種由来であるか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体（複数可）と同一であるか、それと相同性であるか、またはそれに由来する。また、所望の生物学的活性（すなわち、ＡＩＰ２に特異的に結合する能力）を示す、このような抗体のフラグメントも含まれる。
【００４３】
“中和抗体”または“阻害抗体”は、本明細書において実施例に記載のようなアッセイを用いて、過剰な抗ＡＩＰ２抗体が、活性の量を少なくとも約２０％減少させるときの、ＡＩＰ２のタンパク質分解活性を阻害する抗体である。種々の態様において、抗原結合タンパク質は、ＡＩＰ２のタンパク質分解活性の量を少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、および９９．９％低減させる。
【００４４】
抗体のフラグメントまたは類縁体は、本明細書の記載に従って、当技術分野で公知の方法を用いて、当業者により容易に製造され得る。好ましいフラグメントまたは類縁体のアミノ末端およびカルボキシ末端は、機能ドメインの境界近傍に存在する。構造ドメインおよび機能ドメインは、ヌクレオチドおよび／またはアミノ酸配列データを公的または私的支配下(proprietary)の配列データベースと比較することにより同定することができる。コンピュータ比較法を用いて、既知の構造および／または機能を有する他のタンパク質に存在する配列モチーフまたは予測されるタンパク質コンホメーションドメインを同定することができる。既知の三次元構造に折り畳まれるタンパク質配列を同定する方法が公知である。Bowie et al., 1991, Science 253：164を参照のこと。
【００４５】
“ＣＤＲ移植抗体”は、特定の種またはアイソタイプの抗体由来の１またはそれ以上のＣＤＲ、ならびに同一または異なる種またはアイソタイプの別の抗体のフレームワークを含む抗体である。
【００４６】
“多重特異性抗体”は、１またはそれ以上の抗原上の２以上のエピトープを認識する抗体である。このタイプの抗体のサブクラスは、同じか、または異なる抗原上の２個の異なるエピトープを認識する“二重特異性抗体”である。
【００４７】
抗原結合タンパク質は、１ナノモル以下の解離定数で抗原に結合するとき、抗原（例えば、ヒトＡＩＰ２）に“特異的に結合する”。
【００４８】
“抗原結合ドメイン”、“抗原結合領域”または“抗原結合部位”は、抗原と相互作用し、抗原結合タンパク質の抗原に対する特異性および親和性と関係する、アミノ酸残基（または他の部分）を含む、抗原結合タンパク質の一部である。その抗原に特異的に結合する抗体に関して、これは、そのＣＤＲドメインの少なくとも１つの少なくとも一部を含んでいてよい。
【００４９】
“エピトープ”は、抗原結合タンパク質によって（例えば、抗体によって）結合される分子の部分である。エピトープは、分子の非隣接部分（例えば、ポリペプチドでは、ポリペプチドの一次配列においては隣接しないが、ポリペプチドの三次構造および四次構造では、互いに抗原結合タンパク質によって結合されるのに十分近い、アミノ酸残基）を含んでいてよい。
【００５０】
２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の“同一性パーセント”は、そのデフォルト・パラメータを用い、ＧＡＰコンピュータ・プログラム（GCG Wisconsin Package, version 10.3(Accelrys, San Diego, Calif.)の一部）を用いて配列を比較することにより決定される。
【００５１】
用語“ポリヌクレオチド”、“オリゴヌクレオチド”および“核酸”は、本明細書中互換的に用いられ、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチド類縁体（例えば、ペプチド核酸および天然に存在しないヌクレオチド類縁体）を用いて生成されたＤＮＡまたはＲＮＡの類縁体、ならびにそれらのハイブリッドを含む。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であり得る。一態様において、本発明の核酸分子は、本発明の抗体、またはそのフラグメント、誘導体、変異タンパク質、もしくは変異体をコード化する、隣接オープンリーディングフレームを含む。
【００５２】
２つの一本鎖ポリヌクレオチドは、一方のポリヌクレオチド中の全てのヌクレオチドが、ポリヌクレオチド、ギャップを導入することなく、そして何れの配列の５’末端または３’末端にも対形成しないヌクレオチドを含まず、他方のポリヌクレオチド中の相補的ヌクレオチドと逆方向であるように、逆平行配向で整列可能であるとき、互いに“相補的”である。ポリヌクレオチドは、中程度にストリンジェントな条件下で、２つのポリヌクレオチドが互いにハイブリダイズできるとき、別のポリヌクレオチドに“相補的”である。故に、ポリヌクレオチドは、その相補体ではなくても、別のポリヌクレオチドに対して相補的であり得る。
【００５３】
“ベクター”は、それに連結された別の核酸を細胞内に導入するために使用され得る核酸である。ベクターの１つのタイプは、“プラスミド”であり、さらなる核酸セグメントを連結可能な、直鎖または環状二本鎖ＤＮＡ分子を意味する。別のタイプのベクターは、ウイルスベクター（例えば、複製不全レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）であり、ここで、さらなるＤＮＡセグメントは、ウイルスゲノムに導入可能である。あるベクターは、それが導入された宿主細胞において自己複製可能である（例えば、細菌複製起点を含む細菌ベクター、およびエピソーム哺乳動物ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入によって、宿主細胞のゲノム内に組み込まれ、故に、宿主ゲノムと共に複製される。“発現ベクター”は、選択されたポリヌクレオチドの発現を指示することもできるタイプのベクターである。
【００５４】
ヌクレオチド配列は、制御配列が該ヌクレオチド配列の発現（例えば、発現のレベル、タイミング、または局在）に影響を及ぼすとき、該制御配列に“操作可能に結合されている”。“制御配列”は、操作可能に連結されている核酸の発現（例えば、発現のレベル、タイミング、または局在）に影響を及ぼす核酸である。制御配列は、例えば、制御される核酸に対して直接、または１つもしくはそれ以上の他の分子（例えば、制御配列および／または核酸に結合するポリペプチド）の作用を介して、その作用効果を発揮し得る。制御配列の例としては、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現調節要素（例えば、ポリアデニル化シグナル）が含まれる。制御配列のさらなる例は、例えば、Goeddel, 1990, Gene Expression Technology： Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, Calif. and Baron et al., 1995, Nucleic Acids Res. 23：3605−06に記載されている。
【００５５】
“宿主細胞”は、核酸、例えば、本発明の核酸を発現するために使用可能な細胞である。宿主細胞は、原核生物、例えば大腸菌であってもよく、または真核生物、例えば単細胞真核生物（例えば酵母または他の真菌）、植物細胞（例えばタバコまたはトマト植物細胞）、動物細胞（例えばヒト細胞、サル細胞、ハムスター細胞、ラット細胞、マウス細胞、または昆虫細胞）またはハイブリドーマであってもよい。宿主細胞の例としては、サル腎臓細胞のＣＯＳ−７株（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）（Gluzman et al., 1981, Cell 23:175を参照のこと）、Ｌ細胞、Ｃ１２７細胞、３Ｔ３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １６３）、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＶｅｇｇｉｅ ＣＨＯなどのその誘導体ならびに血清不含培地中で増殖する関連細胞株（Rasmussen et al., 1998, Cytotechnology 28:31を参照のこと）またはＤＨＦＲが欠損しているＣＨＯ株ＤＸ−Ｂ１１（Urlaub et al., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77：4216−20を参照のこと）、ＨｅＬａ細胞、ＢＨＫ（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０）細胞株、アフリカミドリザル腎臓細胞株ＣＶ１（ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）由来のＣＶ１／ＥＢＮＡ細胞株（McMahan et al., 1991, EMBO J. 10:2821を参照のこと）、ヒト胚性腎細胞、例えば２９３、２９３ ＥＢＮＡまたはＭＳＲ ２９３、ヒト上皮Ａ４３１細胞、ヒトＣｏｌｏ２０５細胞、他の形質転換された霊長動物細胞株、正常二倍体細胞、初代組織のインビトロ培養由来の細胞株、初代外植片、ＨＬ−６０、Ｕ９３７、ＨａＫまたはＪｕｒｋａｔ細胞が含まれる。典型的には、宿主細胞は、宿主細胞で発現可能なポリペプチドをコードする核酸で形質転換またはトランスフェクションされ得る培養細胞である。語句“組み換え宿主細胞”を用いて、発現される核酸で形質転換されているか、またはトランスフェクションされている宿主細胞を示すこともできる。宿主細胞はまた、核酸を含むが、操作可能なように核酸と連結されるように、制御配列が宿主細胞中に導入されない限り、所望のレベルで該核酸を発現しない、細胞であり得る。用語宿主細胞は、特定の対象細胞だけでなく、かかる細胞の子孫または可能性のある子孫も意味することが理解される。例えば、突然変異または環境的影響によって、続く世代で特定の修飾が起こり得るため、かかる子孫は、実際に、親細胞と同一でない可能性もあるが、本明細書で用いる本用語の範囲内に包含される。
【００５６】
本発明のポリペプチドは、当技術分野で公知の何れかの標準的方法を用いて製造可能である。一例において、ポリペプチドは、組み換え発現ベクターにポリペプチドをコード化する核酸配列（例えば、ｃＤＮＡ）を挿入し、発現を促進する条件下で該ＤＮＡ配列を発現することによる組み換えＤＮＡ法により製造される。
【００５７】
本明細書に記載の種々のポリペプチドの何れかをコード化する核酸は、化学的に合成され得る。用いるコドンは、細胞における発現を改善するように選択され得る。そのような使用コドンは、選択した細胞タイプによって変わり得る。特定化されたコドンの使用パターンが、大腸菌および他の細菌、ならびに哺乳動物細胞、植物細胞、酵母細胞および昆虫細胞において開発されている。例えば、Mayfield et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003 100(2)：438−42; Sinclair et al. Protein Expr. Purif. 2002 (1)：96−105; Connell N D. Curr. Opin. Biotechnol. 2001 12(5)：446−9; Makrides et al. Microbiol. Rev. 1996 60(3)：512−38；および、Sharp et al. Yeast. 1991 7(7)：657−78を参照のこと。
【００５８】
核酸操作の一般的な技術は、例えばSambrook et al., Molecular Cloning： A Laboratory Manual, Vols. 1−3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2 ed., 1989, または F. Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (Green Publishing and Wiley−Interscience： New York, 1987）に記載され、かつ定期的に更新されており、引用により本明細書中に包含させる。ポリペプチドをコードするＤＮＡは、哺乳動物、ウイルス、または昆虫遺伝子に由来する適切な転写または翻訳制御要素に操作可能に連結されている。かかる制御要素としては、転写プロモーター、転写を制御する任意のオペレーター配列、適当なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコード化する配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列が含まれる。宿主において複製する能力は、通常、複製起点によって付与され、形質転換体の認識を容易にする選択遺伝子をさらに組み込まれる。
【００５９】
組み換えＤＮＡはまた、タンパク質を精製するために有用であり得る任意の種類のタンパク質タグ配列を含むこともできる。タンパク質タグの例は、ヒスチジンタグ、ＦＬＡＧタグ、ｍｙｃタグ、ＨＡタグ、またはＧＳＴタグを含むが、これらに限定されない。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主とともに使用するために適当なクローニングおよび発現ベクターは、Cloning Vector：A Laboratory Manual, (Elsevier, N.Y., 1985）中に見出され得る。
【００６０】
発現構築物は、宿主細胞に適当な方法を使用して、宿主細胞に導入される。核酸を宿主細胞に導入するための種々の方法は、当分野で知られており、エレクトロポレーション；塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥ−デキストランまたは他の物質を使用するトランスフェクション；微粒子銃；リポフェクション；および、感染症（ベクターが感染因子である）が含まれるが、これらに限定されない。適当な宿主細胞は、原核生物、酵母、哺乳動物細胞または細菌細胞を含む。
【００６１】
適当な細菌は、グラム陰性またはグラム陽性生物体、例えば、大腸菌またはバチルス種を含む。好ましくはサッカロミセス種に由来する酵母、例えば、サッカロミセス・セレビシエもまた、ポリペプチドの生産のために使用され得る。種々の哺乳動物または昆虫細胞培養系もまた、組換えタンパク質を発現するために使用することができる。昆虫細胞における異種タンパク質の生産のためのバキュロウイルス系は、ＬｕｃｋｏｗおよびＳｕｍｍｅｒらの（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、６：４７、１９８８）に総説されている。適当な哺乳動物宿主細胞株の例としては、内皮細胞、ＣＯＳ−７サル腎臓細胞、ＣＶ−１、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、ヒト胚腎細胞、ＨｅＬａ、２９３、２９３Ｔ、およびＢＨＫ細胞株が含まれる。精製ポリペプチドは、組み換えタンパク質を発現するために適当な宿主／ベクター系を培養することにより調製される。多くの適用のために、本明細書に記載のポリペプチドの多くの小さいサイズのポリペプチドは、発現のための好ましい方法として大腸菌において発現させる。次いで、タンパク質は、培養培地または細胞抽出物から精製される。
【００６２】
本明細書に記載のタンパク質はまた、細胞翻訳系を用いて生産され得る。かかる目的のため、ポリペプチドをコード化する核酸は、インビトロ転写を可能にしてｍＲＮＡを生産し、利用されている特定の無細胞系（真核、例えば哺乳動物または酵母無細胞翻訳系または原核系、例えば細菌無細胞翻訳系）におけるｍＲＮＡの無細胞翻訳を可能にするように修飾されなければならない。
【００６３】
ＡＩＰ２−結合ポリペプチドはまた、化学合成により生産され得る（例えば、Solid Phase Peptide Synthesis, 2nd ed., 1984, The Pierce Chemical Co., Rockford, Illに記載の方法により）。タンパク質の修飾もまた、化学合成により行われ得る。
【００６４】
本明細書に記載のポリペプチドは、タンパク質化学の分野で一般に知られているタンパク質の単離／精製方法により精製することができる。非限定的な例は、抽出、再結晶、塩析（例えば、硫酸アンモニウムまたは硫酸ナトリウムでの）、遠心分離、透析、限外ろ過、吸着クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性クロマトグラフィー、順相クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、ゲル濾過、ゲル浸透クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、電気泳動法、向流分配またはこれらの何れかの組み合わせを含む。精製後、濾過および透析を含む、これらに限定されない、当技術分野で公知の種々の方法のいずれかにより、ポリペプチドを異なるバッファーに交換してもよく、および／または濃縮してもよい。
【００６５】
精製されたポリペプチドは、好ましくは少なくとも８５％純粋、より好ましくは少なくとも９５％純粋、および最も好ましくは少なくとも９８％純粋である。純度の正確な数値に関わらず、ポリペプチドは、医薬品として使用するために十分に純粋である。
【００６６】
ポリペプチドの翻訳後修飾
任意の態様において、本発明の結合ポリペプチドは、翻訳後修飾をさらに含み得る。翻訳後タンパク質修飾の例としては、リン酸化、アセチル化、メチル化、ＡＤＰ−リボシル化、ユビキチン化、グリコシル化、カルボニル化、ｓｕｍｏ化、ビオチン化またはポリペプチド側鎖もしくは疎水性基の付加が含まれる。結果として、修飾可溶性ポリペプチドは、例えば脂質、多糖類もしくは単糖類、およびリン酸のような非アミノ酸要素を含み得る。グリコシル化の好ましい形態は、ポリペプチドに１またはそれ以上のシアル酸を結合させるシアリル化である。シアル酸部分は、タンパク質の溶解性および血清半減期を改善し、一方で、タンパク質の可能性のある免疫原性も低減させる。Raju et al. Biochemistry. 2001 31； 40(30)：8868−76を参照のこと。
【００６７】
一態様において、目的の可溶性ポリペプチドの修飾形態は、目的の可溶性ポリペプチドを非タンパク質性のポリマーに結合させることを含む。一態様において、ポリマーは、ポリエチレングリコール（“ＰＥＧ”）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンであり、米国特許第４，６４０，８３５号；同第４，４９６，６８９号；同第４，３０１，１４４号；同第４，６７０，４１７号；同第４，７９１，１９２号または同第４，１７９，３３７号に記載の通りである。
【００６８】
ＰＥＧは、市販されているか、または当技術分野で周知の方法に従いエチレングリコールの開環重合により製造され得る、水溶性ポリマーである（Sandler and Karo, Polymer Synthesis, Academic Press, New York, Vol. 3, pages 138−161）。用語“ＰＥＧ”は、サイズまたはＰＥＧ末端修飾に関わらず任意のポリエチレングリコール分子を含むよう広く用いられ、式：Ｘ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ  （１）（式中、ｎは、２０から２３００であり、ＸはＨまたは末端修飾、例えば、Ｃ１−４アルキルである。）で示され得る。一態様において、本発明のＰＥＧは、末端がヒドロキシまたはメトキシで終わり、すなわち、Ｘは、ＨまたはＣＨ３（“メトキシＰＥＧ”）である。ＰＥＧは、結合反応に必要であり、分子の化学合成の結果として生じ、または分子の部分の最適距離のためのスペーサーである、さらなる化学基を含み得る。さらに、そのようなＰＥＧは、互いに連結されている１またはそれ以上のＰＥＧ側鎖から構成され得る。２以上のＰＥＧ鎖を有するＰＥＧは、多岐または分岐鎖ＰＥＧと言われる。分岐鎖ＰＥＧは、例えば、ポリエチレンオキシドを、グリセロール、ペンタエリトリトールおよびソルビトールを含む種々のポリオールに付加させることにより調製することができる。４つの分岐を有する分岐鎖ＰＥＧは、例えば、ペンタエリトリトールおよびエチレンオキシドから産生され得る。分岐鎖ＰＥＧは、例えば、ＥＰ−Ａ０４７３０８４および米国特許第５，９３２，４６２号に記載されている。ＰＥＧの一形態は、リシンの一級アミノ基を介して結合した２つのＰＥＧ側鎖（ＰＥＧ２）を含む（Monfardini et al., Bioconjugate Chem. 6 (1995) 62−69）。
【００６９】
ＰＥＧ修飾ポリペプチドの血清クリアランス率は、非修飾結合ポリペプチドのクリアランス率と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％さえも低下し得る。ＰＥＧ修飾ポリペプチドは、非修飾タンパク質の半減期と比較して改善された半減期（ｔ１／２）を有し得る。ＰＥＧ結合ポリペプチドの半減期は、非修飾結合ポリペプチドの半減期と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２５％、１５０％、１７５％、２００％、２５０％、３００％、４００％または５００％、または１０００％さえも改善され得る。いくつかの態様において、タンパク質の半減期は、例えば緩衝生理食塩溶液または血清中のようなインビトロで決定される。他の態様において、タンパク質の半減期は、例えば、動物の血清または他の体液中のタンパク質の半減期としての、インビボ半減期である。
【００７０】
治療製剤および投与方法
本発明は、黄色ブドウ球菌感染症の処置または予防のための方法であって、抗ＡＩＰ２ポリペプチドを投与することを含む方法に関する。投与のための技術および投与量は、特定の種類のポリペプチドおよび処置される特定の病状によって変わるが、当業者により容易に決定され得る。一般的に、制御機関は、治療剤として使用されるべきタンパク質試薬が、発熱物質を許容できる低レベルで有するように製剤されることを求める。従って、治療製剤は、一般的に、それらが、実質的に発熱物質不含有であるか、または適当な制御機関（例えば、ＦＤＡ）により決定される通り、少なくとも発熱物質が許容されるレベル以下で含まれることに関して、他の製造と区別され得る。
【００７１】
本明細書に記載の治療組成物は、薬学的に許容される希釈剤、担体、または添加剤と共に、単一投与量形態で投与され得る。投与は、非経腸（例えば、静脈内、皮下）、経口、または局所であり得て、これに限定されない。さらに、本発明のポリペプチドをコードする核酸を用いる遺伝子治療法は、例えば、インタクトなＤＮＡ送達、組み換え遺伝子およびベクター、患者の細胞のエクスビボ操作を含む細胞ベースの送達などが用いられ得る。
【００７２】
組成物は、経口投与用の丸剤、錠剤、カプセル剤、液剤、または持続放出剤の形態；または、静脈内、皮下または非経腸投与用の液剤；局所投与用のゲル剤、ローション、軟膏、クリームもしくはポリマーまたは他の持続放出ビークルであり得る。
【００７３】
製剤を製造するための当技術分野で周知の方法は、例えば、“Remington: The Science and Practice of Pharmacy”（20th ed., ed. A. R. Gennaro A R., 2000, Lippincott Williams ＆ Wilkins, Philadelphia, Pa.）に見出される。非経腸投与用の製剤は、例えば、添加剤、滅菌水、食塩水、ポリエチレングリコールのようなポリアルキレングリコール、野菜源のオイル、または水素化ナフタレンを含む。生体適合性の、生分解性ラクチドポリマー、ラクチド／グリコリド共重合体、またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンコポリマーを用いて、化合物の放出を制御することができる。ナノ粒子製剤（例えば、生分解性可能なナノ粒子、固体脂質ナノ粒子、リポソーム）は、化合物の生体内分布を制御するために用いられ得る。他の可能性のある有用な非経腸送達系には、エチレン−酢酸ビニルコポリマー粒子、浸透圧ポンプ、埋め込み式注入システム、およびリポソームが含まれる。製剤中の化合物の濃度は、投与されるべき薬物の投与量、および投与経路を含む、種々の因子によって変わる。
【００７４】
ポリペプチドは、要すれば、製薬業界で通常使用される非毒性の酸付加塩または金属錯体のような薬学的に許容される塩として投与されてもよい。酸付加塩の例としては、有機酸、例えば酢酸、乳酸、パモ酸、マレイン酸、クエン酸、リンゴ酸、アスコルビン酸、コハク酸、安息香酸、パルミチン酸、スベリン酸、サリチル酸、酒石酸、メタンスルホン酸、トルエンスルホン酸、またはトリフルオロ酢酸など；ポリマー酸、例えばタンニン酸、カルボキシメチルセルロースなど；および、無機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸などが含まれる。金属錯体には、亜鉛、鉄などが含まれる。一例において、ポリペプチドは、熱安定性を増大させるために酢酸ナトリウムの存在下で製剤される。
【００７５】
経口投与用製剤には、活性成分（複数可）を非毒性の薬学的に許容される添加剤と混合して含む錠剤が含まれる。これらの添加剤は、例えば、不活性希釈剤または充填剤（例えば、スクロースおよびソルビトール）、平滑剤、流動促進剤、および抗接着剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、硬化植物油またはタルク）であり得る。
【００７６】
経口投与用製剤はまた、チュアブル錠として、または活性成分が不活性固体希釈剤と混合されている硬ゼラチンカプセルとして、または活性成分が水もしくは油媒体と混合されている軟ゼラチンカプセルとして提供されてもよい。
【００７７】
治療的有効用量とは、投与されることにより治療的効果を生じる用量を意味する。正確な用量は、処置されるべき障害によって変わり、当業者により公知の技術を用いて確かめられ得る。一般に、ポリペプチドは、約０．０１μｇ／ｋｇから約５０ｍｇ／ｋｇ／日、好ましくは０．０１ｍｇ／ｋｇから約３０ｍｇ／ｋｇ／日、最も好ましくは０．１ｍｇ／ｋｇから約２０ｍｇ／ｋｇ／日で投与される。ポリペプチドは、毎日（例えば、１日１回、２回、３回、または４回）、または好ましくはより低頻度で（例えば、週１回、２週に１回、３週に１回、月に１回、または３ヶ月に１回）供されてよい。さらに、当技術分野で公知の通り、年齢ならびに体重、一般的健康、性別、食事、投与時間、薬物相互作用、および疾患の重篤度に対する調整が必要とされ、当業者により常套の実験で確かめられ得る。
【００７８】
使用例
ＡＩＰ２結合ポリペプチドは、単独で投与され得るか、または１もしくはそれ以上の追加治療、例えば化学療法、放射線療法、免疫療法、外科的介入、またはこれらの何れかの組み合わせと併用して投与され得る。長期治療が、上記の通り、他の治療法に照らしてアジュバント療法と同様に可能である。
【００７９】
かかる方法のある態様において、１またはそれ以上のポリペプチド治療剤は、共に（同時に）または異なる時間に（連続して）投与され得る。さらに、ポリペプチド治療剤は、癌を処置するため、または血管形成を阻害するために、別の種類の化合物を投与することができる。
【００８０】
ある態様において、本発明の目的の抗ＡＩＰ２抗体剤は、単独で使用可能である。
【００８１】
ある態様において、そのフラグメントの結合ポリペプチドは、診断目的で標識されても、標識されなくてもよい。典型的に、診断アッセイは、結合ポリペプチドのＡＩＰ２への結合によって生じる複合体の形成を検出する必要がある。結合ポリペプチドまたはフラグメントは、抗体と同様に、直接標識され得る。種々の標識を用いることができ、それは、放射性核種、蛍光物質、酵素、酵素基質、酵素補助因子、酵素阻害剤およびリガンド（例えば、ビオチン、ハプテン）が含まれるが、これらに限定されない。多くの適当な免疫アッセイが、当業者に公知である（例えば、米国特許第３，８１７，８２７号；同第３，８５０，７５２号；同第３，９０１，６５４号；および、同第４，０９８，８７６号を参照のこと）。標識しないとき、結合ポリペプチドは、凝集アッセイのようなアッセイで使用することができる。非標識結合ポリペプチドはまた、標識した抗体を結合ポリペプチドまたは他の好適な反応材（例えば、標識したタンパク質Ａ）と反応させるような、結合ポリペプチドを検出するために使用され得る別の（１またはそれ以上の）好適な反応材と組み合わせて使用され得る。
【００８２】
一態様において、本発明の結合ポリペプチドは、目的のポリペプチドが酵素と結合するとき、酵素免疫アッセイに利用され得る。ＡＩＰ２タンパク質を含む生物学的サンプルを目的の結合ポリペプチドと組み合わせるとき、結合ポリペプチドとＡＩＰ２タンパク質の間で結合が起こる。一態様において、ＡＩＰ２タンパク質を発現する細胞（例えば、内皮細胞）を含むサンプルを目的の抗体と組み合わせると、結合が、結合ポリペプチドと結合ポリペプチドにより認識されるＡＩＰ２タンパク質を有する細胞の間で生じる。これらの結合細胞は、非結合反応材と区別され得て、細胞に特異的に結合した結合ポリペプチド−酵素複合体の存在は、酵素の作用を受けるとき、例えば、サンプルを、色または他の検出可能な変化を生じる酵素の基質と接触させることにより、決定され得る。別の態様において、目的の結合ポリペプチドは、標識されていなくてよく、目的の結合ポリペプチドを認識する第二の、標識されたポリペプチド（例えば、抗体）が添加されてよい。
【００８３】
ある面において、生物学的サンプル中のＡＩＰ２タンパク質の存在を検出するのに使用されるキットもまた、製造され得る。かかるキットは、ＡＩＰ２タンパク質または該受容体の一部に結合するＡＩＰ２結合ポリペプチド、ならびに結合ポリペプチドと受容体タンパク質またはその一部との複合体の存在を検出するための１またはそれ以上の補助的反応材を含み得る。本発明のポリペプチド組成物は、単独で、または他のエピトープに対して特異的なさらなる抗体と組み合わせて、凍結乾燥形態で提供され得る。標識または非標識であり得る結合ポリペプチドおよび／または抗体は、補助成分（例えば、トリス、リン酸塩および炭酸塩のような緩衝液、安定化剤、添加剤、殺生物剤および／または不活性タンパク質、例えば、ウシ血清アルブミン）を含むキットに包含され得る。例えば、結合ポリペプチドおよび／または抗体は、補助成分との凍結乾燥混合物として提供されるか、または補助成分が使用者により混合されるために別個に提供され得る。概して、これらの補助物質は、活性結合ポリペプチドまたは抗体に基づき約５重量％未満存在していてよく、通常、ポリペプチドまたは抗体濃度に基づき少なくとも約０．００１重量％の全量で存在していてよい。結合ポリペプチドに結合し得る二次抗体を用いるとき、かかる抗体は、キット中に提供されてよく、例えば別個のバイアルまたは容器中に提供されてよい。存在するとき、二次抗体は、典型的に、標識されており、上記の抗体製剤と類似の方法で製剤され得る。
【００８４】
ポリペプチド配列は、標準的な一文字または三文字略号を用いて示される。特記しない限り、各ポリペプチド配列は、左側にアミノ末端、右側にカルボキシ末端を有する。各一本鎖核酸配列、および核二本鎖核酸配列の上の鎖は、左側に５’末端、右側に３’末端を有する。特定のポリペプチド配列はまた、参照配列と如何に異なるかを説明するために記載され得る。
【００８５】
以下の用語は、特記しない限り、以下の意味を有すると理解されるべきである。
【００８６】
用語“ペプチド”、“ポリペプチド”および“タンパク質”はそれぞれ、互いにペプチド結合で結合された２またはそれ以上のアミノ酸残基を含む分子を意味する。これらの用語は、例えば、天然および人工タンパク質、タンパク質配列のタンパク質フラグメントおよびポリペプチド類縁体（例えば、突然変異タンパク質、変異タンパク質、融合タンパク質）、ならびに翻訳後修飾体、または他の共有結合的もしくは非共有結合的に修飾されたタンパク質を包含する。ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質は、単量体または多量体であり得る。
【００８７】
ポリペプチド（例えば、抗体）の“変異体”は、別のポリペプチド配列と比較して、１またはそれ以上のアミノ酸残基がアミノ酸配列中に挿入、欠失および／または置換されているアミノ酸配列を含む。本明細書に記載の変異体には、例えば、融合タンパク質が含まれる。
【００８８】
ポリペプチド（例えば、抗体）の“誘導体”は、例えば、別の化学的部分（例えば、ポリエチレングリコールまたはアルブミン、例えば、ヒト血清アルブミンなど）への結合、リン酸化およびグリコシル化により化学的に修飾されているポリペプチドである。特記しない限り、用語“抗体”は、２つの完全長重鎖配列および２つの完全長軽鎖配列を含む抗体に加えて、その誘導体、変異体、フラグメントおよび突然変異体であって、以下に例示されるものを含む。
【００８９】
“抗原結合タンパク質”は、抗原に結合する部分、および任意に、該抗原結合部分が、抗原結合タンパク質の抗原への結合を促進する立体構造を取ることを可能にする、骨格部分またはフレームワーク部分を含むタンパク質である。抗原結合タンパク質の例としては、抗体、抗体フラグメント（例えば、抗体の抗原結合部分）、抗体誘導体、および抗体類縁体が含まれる。抗原結合タンパク質は、例えば、ＣＤＲまたはＣＤＲ誘導体が移植された、代替のタンパク質骨格または人工骨格を含んでいてよい。かかる骨格は、例えば、抗原結合タンパク質の三次元構造を安定化するために導入された突然変異を含む抗体由来の骨格、ならびに、例えば、生体適合性ポリマーを含む全体的に合成された骨格を含むが、これらに限定されない。例えば、Korndorfer et al., 2003, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Volume 53, Issue 1:121−129； Roque et al., 2004, Biotechnol. Prog. 20：639−654を参照のこと。さらに、ペプチド抗体模倣物（“ＰＡＭ”）、ならびに骨格としてフィブロネクチン要素を利用する抗体模倣物に基づく骨格を使用可能である。
【００９０】
抗原結合タンパク質は、例えば、天然に存在する免疫グロブリンの構造を有し得る。“免疫グロブリン”は、四量体分子である。天然に存在する免疫グロブリンにおいて、各四量体は、２つの同一なポリペプチド鎖対から構成され、各対は、１つの“軽”鎖（約２５ｋＤａ）および１つの“重”鎖（約５０〜７０ｋＤａ）を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主として抗原認識を担う、約１００〜１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主としてエフェクター機能を担う、定常領域を定義する。ヒト軽鎖は、κまたはλ軽鎖として分類される。重鎖は、μ、δ、γ、α、またはεとして分類され、それぞれ、抗体のアイソタイプをＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、およびＩｇＥと定義する。好ましくは、本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ抗体は、重鎖ＶＨおよび軽鎖ＶＬアミノ酸配列中の可変ドメイン領域配列により特徴付けられる。好ましい抗体は、κＩｇＧ抗体であるＡ６である。軽鎖および重鎖の中で、可変領域および定常領域は、約１２またはそれ以上のアミノ酸の“Ｊ”領域によって連結されており、重鎖がさらに約１０以上のアミノ酸の“Ｄ”領域を含む。一般的には、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第７章（Paul, W., ed., 2nd ed. Raven Press, N.Y. (1989)）を参照のこと。各軽鎖／重鎖対の可変領域は、インタクトな免疫グロブリンが２つの結合部位を有するように抗体結合部位を形成する。
【００９１】
“多重特異性抗体”は、１またはそれ以上の抗原上の２以上のエピトープを認識する抗体である。このタイプの抗体のサブクラスは、同じか、または異なる抗原上の２つの異なるエピトープを認識する“二重特異性抗体”である。
【００９２】
抗原結合タンパク質は、それが、１ナノモルまたはそれ未満の解離定数で抗原に結合するとき、抗原（例えば、ヒトＡＩＰ２）に“特異的に結合する”。
【００９３】
“抗原結合ドメイン”、“抗原結合領域”または“抗原結合部位”とは、抗原と相互作用し、抗原結合タンパク質の抗原に対する特異性および親和性に貢献するアミノ酸残基（または他の部分）を含む、抗原結合タンパク質の一部である。その抗原に特異的に結合する抗体に関して、これは、そのＣＤＲドメインの少なくとも１つの少なくとも一部を含み得る。
【００９４】
“エピトープ”は、抗原結合タンパク質によって（例えば、抗体によって）結合される分子の部分である。エピトープは、分子の接触していない部分（例えば、ポリペプチド中、ポリペプチドの一次配列にて互いに連続しないが、ポリペプチドの三次構造および四次構造に関しては、抗原結合タンパク質によって結合されるのに充分近いアミノ酸残基）を含んでいてよい。
【００９５】
２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の“同一性”は、ＧＡＰコンピュータープログラム（GCG Wisconsin Package, version 10.3 (Accelrys, San Diego, Calif.)の一部）を用いて、そのデフォルトパラメーターを用いて配列を比較することにより測定される。
【００９６】
“宿主細胞”は、核酸を発現するために使用され得る細胞である。宿主細胞は、原核生物、例えば大腸菌であるか、または真核生物、例えば、単細胞真核生物（例えば、酵母または他の菌類）、植物細胞（例えば、タバコまたはトマト植物細胞）、動物細胞（例えば、ヒト細胞、サル細胞、ハムスター細胞、ラット細胞、マウス細胞、または昆虫細胞）またはハイブリドーマであり得る。宿主細胞の例としては、サル腎臓細胞のＣＯＳ−７株（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）（Gluzman et al., 1981, Cell 23：175）、Ｌ細胞、Ｃ１２７細胞、３Ｔ３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １６３）、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＶｅｇｇｉｅ ＣＨＯおよび血清不含有培地中で増殖させたその関係細胞株（Rasmussen et al., 1998, Cytotechnology 28:31）のようなそれらの誘導株、またはＤＨＦＲ中に欠損を有するＣＨＯ株ＤＸ−Ｂ１１（Urlaub et al., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216−20）、ＨｅＬａ細胞、ＢＨＫ（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０）細胞株、アフリカミドリザル腎臓細胞株ＣＶ１由来のＣＶ１／ＥＢＮＡ細胞株（ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）（McMahan et al., 1991, EMBO J. 10:2821）、２９３、２９３ ＥＢＮＡまたはＭＳＲ２９３のようなヒト胎児性腎臓細胞、ヒト上皮Ａ４３１細胞、ヒト Ｃｏｌｏ２０５細胞、他の形質転換された霊長動物細胞株、正常２倍体細胞、インビトロでの一次組織培養物に由来する細胞株、初代移植細胞、ＨＬ−６０、Ｕ９３７、ＨａＫまたはＪｕｒｋａｔ細胞が挙げられる。典型的に、宿主細胞は、宿主細胞中で発現され得るポリペプチドをコード化する核酸を用いて形質転換されるか、またはそれをトランスフェクトされ得る培養細胞である。用語“組換え宿主細胞”は、発現されるべき核酸を用いて形質転換されるか、またはそれを用いてトランスフェクトされている宿主細胞を示すために用いられ得る。宿主細胞はまた、核酸を含むが、核酸と操作可能に連結されるように、制御配列が宿主細胞中に導入されない限り、所望のレベルでそれを発現しない細胞であり得る。用語“宿主細胞”は、特定の対象細胞のみを意味するのではなく、かかる細胞の後代系統または可能性のある後代系統を意味することが理解される。ある修飾がその後代において、例えば変異または環境の影響により起こり得るため、そのような後代系統は、実際、親細胞と同一ではないかもしれないが、本明細書で用いる用語の範囲内に包含される。
【００９７】
抗原結合タンパク質
抗原結合タンパク質（例えば、抗体、抗体フラグメント、抗体誘導体、抗体突然変異体、および抗体変異体）は、ＡＩＰ２に結合するポリペプチドである。
【００９８】
１またはそれ以上の抗原結合タンパク質を含むオリゴマーは、ＡＩＰ２アンタゴニストとして用いられ得る。オリゴマーは、共有的に結合したか、または非共有的に結合した、二量体、三量体、またはそれ以上のオリゴマーの形態をとることができる。２以上の抗原結合タンパク質を含むオリゴマーは、使用が企図され、一例としては、ホモ二量体である。他のオリゴマーには、ヘテロ二量体、ホモ三量体、ヘテロ三量体、ホモ四量体、ヘテロ四量体などが含まれる。
【００９９】
一態様は、抗原結合タンパク質に融合されたペプチド部分間の共有的または非共有的相互作用を介して結合される複数の抗原結合タンパク質を含むオリゴマーを対象とする。かかるペプチドは、ペプチドリンカー（スペーサー）、またはオリゴマー化を促進する特性を有するペプチドであり得る。ロイシンジッパー、および抗体に由来するある特定のポリペプチドは、以下にさらに詳細に記載される通り、そこに付加された抗原結合タンパク質のオリゴマー化を促進し得るペプチドである。
【０１００】
特定の態様において、オリゴマーは、２から４個の抗原結合タンパク質を含む。オリゴマーの抗原結合タンパク質は、上記の形態のうちの任意のもの、例えば、変異体またはフラグメントであり得る。好ましくは、オリゴマーは、ＡＩＰ２結合活性を有する抗原結合タンパク質を含む。
【０１０１】
一態様において、オリゴマーは、免疫グロブリンに由来するポリペプチドを用いて製造される。抗体由来のポリペプチドの種々の部分（Ｆｃドメインを含む）に融合された、ある特定の非相同ポリペプチドを含む融合タンパク質の調製は、例えば、Ashkenazi et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:10535; Byrn et al., 1990, Nature 344:677; および、Hollenbaugh et al., 1992 “Construction of Immunoglobulin Fusion Proteins”, in Current Protocols in Immunology, Suppl. 4, pages 10.19.1−10.19.11に記載されている。
【０１０２】
一態様は、抗ＡＩＰ２抗体のＡＩＰ２結合フラグメントを該抗体のＦｃ領域に融合することによって作製された、２つの融合タンパク質を含む二量体を対象とする。該二量体は、例えば、融合タンパク質をコード化する遺伝子融合体を、適当な発現ベクターに挿入し、組換え発現ベクターで形質転換した宿主細胞にて遺伝子融合体を発現させ、発現した融合タンパク質を抗体分子に酷似するように構築させることによって作製することができ、その後、鎖間ジスルフィド結合がＦｃ部分間に形成されて、二量体がもたらされる。
【０１０３】
用語“Ｆｃポリペプチド”には、抗体のＦｃ領域に由来するポリペプチドの、天然および突然変異形態が含まれる。二量体化を促進するヒンジ領域を含有するこのようなポリペプチドの切断形態もまた含まれる。Ｆｃ部分を含む融合タンパク質（およびそこから形成されたオリゴマー）は、プロテインＡまたはプロテインＧカラムでの親和性クロマトグラフィーによる容易な精製という利点を提供する。
【０１０４】
オリゴマー抗原結合タンパク質を調製するための別の方法は、ロイシンジッパーの使用を伴う。ロイシンジッパードメインは、それらが見出されるタンパク質のオリゴマー化を促進するペプチドである。ロイシンジッパーは、もともとは、複数のＤＮＡ結合タンパク質で同定されたものであり（Landschulz et al., 1988, Science 240:1759）、それ以来、種々の異なるタンパク質で発見されている。既知のロイシンジッパーには、天然に存在するペプチドおよび二量体化または三量体化するそれらの誘導体がある。可溶性オリゴマータンパク質の生成に好適なロイシンジッパードメインの例は、ＷＯ９４／１０３０８に記載され、肺表面活性タンパク質Ｄ（ＳＰＤ）に由来するロイシンジッパーは、Hoppe et al., 1994, FEBS Letters 344:191に記載される。そこに融合された非相同タンパク質の安定な三量体化を可能にする、修飾されたロイシンジッパーの使用は、Fanslow et al., 1994, Semin. Immunol. 6:267−78に記載されている。１つのアプローチでは、ロイシンジッパーペプチドに融合された抗ＡＩＰ２抗体フラグメントまたは誘導体を含む組換え融合タンパク質が、好適な宿主細胞で発現され、形成された可溶性オリゴマー抗ＡＩＰ２抗体フラグメントまたは誘導体が、培養上清から取得される。
【０１０５】
本発明の抗原結合タンパク質の抗原結合フラグメントは、常套技術により製造可能である。そのようなフラグメントの例には、ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントが含まれるが、これらに限定されない。
【０１０６】
本発明は、ＡＩＰ２に結合するモノクローナル抗体を提供する。モノクローナル抗体は、当技術分野で公知の何れかの技術を用いて、例えば、免疫化スケジュール終了後、トランスジェニック動物から採取した脾臓細胞を不死化することにより製造できる。脾臓細胞は、当技術分野で公知の何れかの技術を用いて、例えば、骨髄腫細胞と融合させてハイブリドーマを製造することにより不死化できる。ハイブリドーマ産生融合方法で使用する骨髄腫細胞は、好ましくは非抗体産生であり、高融合効率であり、望ましい融合細胞(ハイブリドーマ)のみを増殖させるある種の選択的培地中での増殖を不可能とする酵素欠乏を有する。マウス融合物で使用するための好適な細胞株の例には、Ｓｐ−２０、Ｐ３−Ｘ６３／Ａｇ８、Ｐ３−Ｘ６３−Ａｇ８．６５３、ＮＳ１／１．Ａｇ ４ １、Ｓｐ２１０−Ａｇ１４、ＦＯ、ＮＳＯ／Ｕ、ＭＰＣ−１１、ＭＰＣ１１−Ｘ４５−ＧＴＧ １．７ およびＳ１９４／５ＸＸ０ Ｂｕｌが含まれ、ラット融合物で使用する細胞株の例には、Ｒ２１０．ＲＣＹ３、Ｙ３−Ａｇ １．２．３、ＩＲ９８３Ｆおよび４８２１０が含まれる。細胞融合物に有用な他の細胞株は、Ｕ−２６６、ＧＭ１５００−ＧＲＧ２、ＬＩＣＲ−ＬＯＮ−ＨＭｙ２およびＵＣ７２９−６である。
【０１０７】
ＡＩＰ２に対する抗原結合タンパク質を、例えば、インビトロまたはインビボのいずれかでＡＩＰ２ポリペプチドの存在を検出するためのアッセイで使用できる。抗原結合タンパク質はまた、免疫親和性クロマトグラフィーによるＡＩＰ２タンパク質精製にも使用できる。遮断抗原結合タンパク質を、本明細書に記載の方法で使用できる。ＡＩＰ２アンタゴニストとして機能するこのような抗原結合タンパク質は、種々の癌を含むが、これらに限定されない何れかのＡＩＰ２誘発状態の処置に使用可能である。
【０１０８】
抗原結合タンパク質は、ＡＩＰ２誘発生物学的活性を阻害するために、インビトロ方法で用いるか、またはインビボで投与してもよい。数例を本明細書に記載するＡＩＰ２のタンパク分解性活性化が(直接的または間接的)に原因となるか、またはそれが増悪させる障害は、それゆえに、処置され得る。一態様において、本発明は、ＡＩＰ２誘発生物学的活性の減少に有効な量でＡＩＰ２遮断抗原結合タンパク質を、それを必要とする哺乳動物にインビボで投与することを含む、治療法を提供する。
【０１０９】
抗原結合タンパク質は、ＡＩＰ２の生物学的活性を阻害する完全ヒトモノクローナル抗体を含む。
【０１１０】
抗原結合タンパク質は、多くの慣用技術の何れかにより製造できる。例えば、それを天然に発現する細胞からの精製により(例えば、抗体を、それを産生するハイブリドーマから精製できる)、または組換え発現系において、当技術分野で公知の技術のいずれかを使用して産生できる。例えば、Monoclonal Antibodies, Hybridomas: A New Dimension in Biological Analyses, Kennet et al. (eds.), Plenum Press, New York (1980);および、 Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and Land (eds.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., (1988)を参照のこと。
【０１１１】
当技術分野で公知のあらゆる発現系を本発明の組換えポリペプチドの製造に使用できる。一般に、宿主細胞は、所望のポリペプチドをコード化するＤＮＡを含む組換え発現ベクターで形質転換される。使用可能な宿主細胞は、とりわけ、原核生物、酵母または高等真核細胞である。原核生物はグラム陰性またはグラム陽性生物、例えば大腸菌または桿菌を含む。高等真核細胞は、昆虫細胞および哺乳動物起源の確立された細胞株を含む。適切な哺乳動物宿主細胞株の例は、サル腎細胞のＣＯＳ−７系統（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）(Gluzman et al., 1981, Cell 23:175)、Ｌ細胞、２９３細胞、Ｃ１２７細胞、３Ｔ３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １６３）、チャイニーズハムスター卵巣(ＣＨＯ)細胞、ＨｅＬａ細胞、ＢＨＫ細胞株（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０）およびMcMahan et al., 1991, EMBO J. 10:2821に記載のアフリカミドリザル腎細胞株ＣＶ１由来のＣＶ１／ＥＢＮＡ細胞株（ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）を含む。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主で使用する適当なクローニングおよび発現ベクターは、Pouwels et al. (Cloning vectors: A Laboratory Manual, Elsevier, N.Y., 1985)に記載される。
【０１１２】
形質転換細胞は、ポリペプチドの発現を促進する条件下で培養され、ポリペプチドを慣用のタンパク質精製方法により取得することができる。このような精製方法の一つは、例えば、それに結合したＡＩＰ２の全てまたは一部(例えば、細胞外ドメイン)を含むマトリックス上での、親和性クロマトグラフィーの使用を含む。ここでの使用が意図されるポリペプチドは、実質的に内在物質の汚染がない、実質的に均一な組換え哺乳動物抗ＡＩＰ２抗体ポリペプチドを含む。
【０１１３】
抗原結合タンパク質を、多くの既知技術のいずれかにより製造し、所望の特性についてスクリーニングすることができる。この技術のいくつかは、目的の抗原結合タンパク質(例えば、抗ＡＩＰ２抗体)のポリペプチド鎖をコード化する核酸(またはその一部)の単離、および組換えＤＮＡ技術を介する核酸操作を伴う。核酸を、別の目的の核酸と融合するか、または例えば１個もしくはそれ以上のアミノ酸残基を付加、欠失または置換するように(例えば、変異誘発または他の常套技術により)改変してもよい。
【０１１４】
一本鎖抗体は、単鎖ポリペプチド鎖を得るように、アミノ酸架橋(短ペプチドリンカー)を介する重鎖および軽鎖可変ドメイン(Ｆｖ領域)フラグメントの結合により形成できる。かかる一本鎖Ｆｖ(ｓｃＦｖ)は、２個の可変ドメインポリペプチド(ＶＬおよびＶＨ)をコード化するＤＮＡ間のペプチドリンカーをコード化するＤＮＡの融合により製造できる。得られたポリペプチドは、２個の可変ドメインの間の可動性リンカーの長さによって、折りたたんで抗原結合単量体を形成できるか、または多量体(例えば、二量体、三量体または四量体)を形成できる（Kortt et al., 1997, Prot. Eng. 10:423; Kortt et al., 2001, Biomol. Eng. 18:95−108)。異なるＶＬおよびＶＨ含有ポリペプチドを組み合わせることにより、異なるエピトープに結合する多量体ｓｃＦｖを形成できる(Kriangkum et al., 2001, Biomol. Eng. 18:31−40)。一本鎖抗体の製造のために開発された技術は、米国特許第４,９４６,７７８号；Bird, 1988, Science 242:423；Huston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879；Ward et al., 1989, Nature 334:544, de Graaf et al., 2002, Methods Mol. Biol. 178:379−87に記載のものを含む。
【０１１５】
目的の抗体から異なるサブクラスまたはアイソタイプの抗体を導く技術、すなわち、サブクラススイッチングが知られている。それゆえに、例えば、ＩｇＧ抗体をＩｇＭ抗体から誘導でき、その逆も可能である。このような技術は、所定の抗体(親抗体)の抗原結合特性を有するが、親抗体と異なる抗体アイソタイプまたはサブクラスと関連する生物学的特性も示す新規抗体の製造を可能にする。組換えＤＮＡ技術を用い得る。クローン化した、特定の抗体ポリペプチドをコード化するＤＮＡ、例えば、望ましい抗体アイソタイプの定常ドメインをコード化するＤＮＡを、かかる方法に用いることができる(Lantto et al., 2002, Methods Mol. Biol. 178:303−16)。さらに、ＩｇＧ４が所望ならば、ＩｇＧ４抗体を不均一にし得るＨ鎖内ジスルフィド結合を形成する傾向を軽減するために、ヒンジ領域(Bloom et al., 1997, Protein Science 6:407)に点変異(ＣＰＳＣＰ→ＣＰＰＣＰ)を導入することが望ましいこともある。
【０１１６】
特定の態様において、本発明の抗原結合タンパク質は、ＡＩＰ２に対して少なくとも１０６の結合親和性（Ｋａ）を有する。他の態様において、抗原結合タンパク質は、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９または少なくとも１０１０のＫａを示す。別の態様において、抗原結合タンパク質は、本明細書の実施例に記載する抗体と実質的に同じＫａを示す。
【０１１７】
別の態様において、本発明は、ＡＩＰ２からの低解離速度を有する抗原結合タンパク質を提供する。一態様において、抗原結合タンパク質は、１×１０−４〜１×１０−１以下のＫｏｆｆを有する。別の態様において、Ｋｏｆｆは５×１０−５〜５×１０−１以下である。別の態様において、Ｋｏｆｆは、本明細書に記載の抗体と実質的に同一である。別の態様において、抗原結合タンパク質は、ＡＩＰ２に、本明細書に記載する抗体と実質的に同じＫｏｆｆで結合する。
【０１１８】
別の面において、本発明は、ＡＩＰ２の活性を阻害する抗原結合タンパク質を提供する。一態様において、抗原結合タンパク質は、１０００ｎＭ以下のＩＣ５０を有する。別の態様において、ＩＣ５０は１００ｎＭ以下であり、別の態様において、ＩＣ５０は１０ｎＭ以下である。別の態様において、ＩＣ５０は、本明細書の実施例に記載する抗体と実質的に同じである。別の態様において、抗原結合タンパク質は、本明細書に記載の抗体と実質的に同じＩＣ５０でＡＩＰ２の活性を阻害する。
【０１１９】
別の面において、本発明は、細胞表面上に発現されるヒトＡＩＰ２と結合し、このように結合したとき、細胞表面上のＡＩＰ２の量を顕著に減少させることなく細胞におけるＡＩＰ２シグナル伝達活性を阻害する、抗原結合タンパク質を提供する。細胞表面上および／または細胞内部のＡＩＰ２の量を決定または推定する如何なる方法も使用できる。他の態様において、抗原結合タンパク質のＡＩＰ２発現細胞への結合は、細胞表面ＡＩＰ２の内在化を約７５％、５０％、４０％、３０％、２０％、１５％、１０％、５％、１％または０．１％未満に減少する。
【０１２０】
別の面において、本発明は、インビトロまたはインビボで(例えば、ヒト対象に投与したとき)少なくとも１日の半減期を有する抗原結合タンパク質を提供する。一態様において、抗原結合タンパク質は、少なくとも３日の半減期を有する。別の態様において、抗原結合タンパク質は４日以上の半減期を有する。別の態様において、抗原結合タンパク質は８日以上の半減期を有する。別の態様において、抗原結合タンパク質は、非誘導体化または非修飾抗原結合タンパク質と比較して半減期が長くなるように、誘導体化または修飾されている。別の態様において、抗原結合タンパク質は、本明細書に引用により包含させるＷＯ００／０９５６０に記載のように、血清半減期を延長させる、１個以上の点変異を含む。
【０１２１】
本発明はさらに、多重特異性抗原結合タンパク質、例えば、二重特異性抗原結合タンパク質、例えば、２個の異なる抗原結合部位または領域を介して、２個の異なるＡＩＰ２のエピトープまたは１個のＡＩＰ２のエピトープと１個の他の分子のエピトープに結合する抗原結合タンパク質を提供する。さらに、本明細書に記載の二重特異性抗原結合タンパク質は、本明細書に記載の抗体の一つ由来のＡＩＰ２結合部位と、他の文献の引用により本明細書に記載しているものを含む、他の本明細書に記載の抗体由来の第二ＡＩＰ２結合領域を含む。あるいは、二重特異性抗原結合タンパク質は、本明細書に記載する抗体の一つ由来の抗原結合部位と、当技術分野で公知の他のＡＩＰ２抗体または既知方法もしくは本明細書に記載する方法により製造される抗体由来の第二抗原結合部位を含み得る。
【０１２２】
二重特異性抗体を製造する多数の方法が当分野で知られている。かかる方法は、Milstein et al., 1983, Nature 305:537に記載のハイブリッド−ハイブリドーマおよび抗体フラグメントの化学的カップリングを含む(Brennan et al., 1985, Science 229:81; Glennie et al., 1987, J. Immunol. 139:2367；米国特許第６,０１０,９０２号)。さらに、二重特異性抗体は、組換え手段により、例えばロイシンジッパー部分(すなわち、優勢にヘテロ二量体を形成するＦｏｓおよびＪｕｎタンパク質由来；Kostelny et al., 1992, J. Immunol. 148:1547)または米国特許第５,５８２,９９６号に記載の他の鍵孔と鍵相互作用的ドメイン構造の使用により、製造できる。さらに有用な技術は、米国特許第５,９５９,０８３号および同第５,８０７,７０６号に記載のものを含む。
【０１２３】
別の面において、抗原結合タンパク質は、抗体の誘導体を含む。誘導体化抗体は、所望の特性、例えば特定の使用における半減期延長を抗体に与えるあらゆる分子または物質を含み得る。誘導体化抗体は、例えば、検出可能(または標識)部分(例えば、放射性、比色、抗原性または酵素分子、検出可能ビーズ(例えば磁気または電極(例えば、金)ビーズ)、または他の分子と結合する分子(例えば、ビオチンまたはストレプトアビジン)、治療もしくは診断部分(例えば、放射性、細胞毒性または薬学的に活性部分)、または特定の使用(例えば、対象、例えばヒト対象への投与または他のインビボまたはインビトロ使用)のための抗体の適性を高める分子、を含み得る。抗体の誘導体化に使用できる分子の例は、アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン)およびポリエチレングリコール(ＰＥＧ)を含む。抗体のアルブミン結合およびペグ化誘導体は、当技術分野で周知の技術を用いて行い得る。一態様において、抗体を、トランスサイレチン(ＴＴＲ)またはＴＴＲ変異体と複合化するかまたは他の方法で結合させる。ＴＴＲまたはＴＴＲ変異体を、例えば、デキストラン、ポリ(ｎ−ビニルピロリドン)、ポリエチレングリコール類、プロプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール類およびポリビニルアルコール類からなる群より選択される化学物質で化学修飾できる。
【実施例】
【０１２４】
実施例１
標準的ＮＨＳ／ＥＤＣカップリング法を用いて、抗体をＣＭ５センサーチップ上に固定化した。全ての測定を、ＨＢＳ−ＥＰ緩衝液中、３０μＬ／分の流速で行った。ＡＩＰ２を、一連の濃度を得るために希釈した。１：１（ラングミュア(Langmuir)）結合モデルを用いて、データを当てはめた。
【表１】
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【０１２５】
実施例２
この実施例は、黄色ブドウ球菌のａｇｒによって駆動されるＹＦＰレポーター株を用いるクオラムクエンチングを示す。黄色ブドウ球菌株（レポータープラスミド  ｐＤＢ５９で形質転換された）は、ａｇｒグループＩ（ＵＳＡ３００／ＬＡＣ）、ａｇｒグループＩＩ（ＵＳＡ１００）、およびａｇｒグループＩＶ（ＭｎＴＧ）を示す。全ての黄色ブドウ球菌レポーター株を、クロラムフェニコールを１０μｇ／ｍＬ添加したトリプチックソイブロス中、３７℃にて、振とうしながら一晩培養した。抗体阻害試験に関して、培養物を新鮮培地で１００倍希釈し、３７℃にて１時間インキュベーションし、１８０μＬを９６ウェルマイクロタイタープレートの各ウェルに分注した。抗ＡＩＰ２  ｍＡｂｓを、３ｍｇ／ｍＬの使用濃度にＰＢＳで希釈し、３倍連続希釈を、４．６×１０−４ｍｇ／ｍＬの終濃度までＰＢＳで作製した。２０μＬの各抗体希釈液を、マイクロタイタープレート中、トリプリケートでレポーター培養物に添加し、さらなる１０倍希釈を得た。コントロールとして、ＰＢＳをモック処理したサンプル（抗体なし）として用いた。プレートを３７℃にて２５０ｒｐｍで振とうしながら２２時間インキュベートした。吸光度および蛍光を、プレートリーダーにて、励起波長４８５ｎｍおよび発光波長５３０ｎｍを用いて測定した。
【表２】
0006445442.tif 000003
【０１２６】
実施例３
この実施例は、ＭＲＳＡ致死性腹膜炎の感染モデルの緩解を示す。黄色ブドウ球菌株ＵＳＡ１００を、指数増殖期中に採取し、滅菌ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）で洗浄し、滅菌ＤＰＢＳ中に再懸濁した。黄色ブドウ球菌ＵＳＡ１００による致死的暴露に対する抗ＡＩＰ２抗体の有効性を試験するために、マウスを、腹腔内（ｉ．ｐ．）接種により１ｍｇの抗体で１時間予め処理した。前処理後、全てのマウスを、５．５×１０７コロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む１００μＬを用いてＵＳＡ１００を腹腔内感染させた。マウスを最初の４８時間は３時間毎にモニターし、その後、７２時間は１日２回モニターした。動物が動かないまたは飲食することができないとき、それらを安楽死させた。Ｃ７およびＥ７の両方での前処理は、死亡率を低下させた（図１）。注目すべきことに、Ｅ７で前処理したマウスは、コントロールＩｇＧ群およびＰＢＳコントロール群における０および１０％生存率と比較して、８０％の生存率であった。
【０１２７】
実施例４
この実施例は、マウスモデルにおけるＭＲＳＡ皮膚・軟部組織感染（ＳＳＴＩ）の緩和を示す。ＳＳＴＩモデルに関して、ＢＡＬＢ／ｃマウス（処理群当たり８匹のマウス）を剃毛し、１ｍｇのＣ７、Ｅ７、コントロールｍＡｂ、またはＰＢＳを混合した２×１０６  ＵＳＡ１００で皮下感染させた。感染部位を１０日間毎日測定した。Ｅ７での処理が、全ての測定日で腫瘍の大きさの有意な減少があった（図２）。
【０１２８】
実施例５
この実施例は、ＭＳＳＡ致死性腹膜炎の感染モデルの緩解を示す。ＡＩＰ４を産生する、黄色ブドウ球菌株ＲＮ４８５０を、指数増殖期中に採取し、滅菌ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）で洗浄し、滅菌ＤＰＢＳに再懸濁した。黄色ブドウ球菌ＲＮ４８５０による致死的暴露に対する抗ＡＩＰ２抗体の有効性を試験するために、マウスを、腹腔内（ｉ．ｐ．）接種により１ｍｇの抗体で１時間予め処理した。前処理後、全てのマウスを、２×１０８コロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む１００μＬを用いてＲＮ４８５０を腹腔内感染させた。マウスを最初の４８時間は３時間毎にモニターし、その後、７２時間は１日２回モニターした。動物が動かないまたは飲食することができないとき、それらを安楽死させた。Ｅ７での前処理は、死亡率を低下させた（図３）。注目すべきことに、Ｅ７で前処理したマウスは、コントロールＩｇＧ群およびＰＢＳコントロール群における１０％および０％生存率と比較して、５０％の生存率であった。これらのデータは、抗ＡＩＰ２  ｍＡｂ  Ｅ７が、ＡＩＰ４産生黄色ブドウ球菌株に対する交叉防御能を付与することを証明している。
【０１２９】
【表３】
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本願発明は、さらに次の態様を含む。
項１. 配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有してＡＩＰ２エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗体。
項２. 配列番号１／配列番号２（本明細書中、Ａ９と言う）、配列番号３／配列番号４（本明細書中、Ｃ７と言う）、配列番号５／配列番号６（本明細書中、Ｄ３と言う）、配列番号７／配列番号８（本明細書中、Ｅ７と言う）、配列番号９／配列番号１０（本明細書中、Ｆ７と言う）、配列番号１１／配列番号１２（本明細書中、Ｇ３と言う）、配列番号１３／配列番号１４（本明細書中、Ｇ４と言う）、配列番号１５／配列番号１６（本明細書中、Ｈ１と言う）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項１に記載の完全ヒト型抗体。
項３. 重鎖由来の可変ドメイン領域および軽鎖由来の可変ドメイン領域を有する、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントであって、ここで、重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメント。
項４. 抗体が、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項３に記載の完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメント。
項５. 重鎖由来の可変ドメイン領域、軽鎖由来の可変ドメイン領域ならびに該重鎖および軽鎖可変ドメイン領域を結合させるペプチドリンカーを有する、ヒト型一本鎖抗体であって、ここで、重鎖可変ドメイン配列が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、軽鎖可変ドメイン配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である、ヒト型一本鎖抗体。
項６. 完全ヒト型一本鎖抗体が、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項５に記載の完全ヒト型一本鎖抗体。
項７. 完全ヒト型一本鎖抗体が、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項５に記載の完全ヒト型一本鎖抗体。
項８. 有効量の抗ＡＩＰ２ポリペプチドを投与することを含む、黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法であって、抗ＡＩＰ２ポリペプチドが、少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有してＡＩＰ２エピトープに結合するＩｇＧクラスの完全ヒト型抗体、重鎖由来の可変ドメイン領域および軽鎖由来の可変ドメイン領域を有するＦａｂ完全ヒト型抗体フラグメント、重鎖由来の可変ドメイン領域、軽鎖由来の可変ドメイン領域ならびに該重鎖および軽鎖可変ドメイン領域を結合させるペプチドリンカーを有する完全ヒト型一本鎖抗体、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択され、
ここで、完全ヒト型抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、
Ｆａｂ完全ヒト型抗体フラグメントが、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有し、そして
完全ヒト型一本鎖抗体が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である重鎖可変ドメイン配列、ならびに、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも９５％同一である軽鎖可変ドメイン配列を有する、方法。
項９. 完全ヒト型抗体が、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項８に記載の黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法。
項１０. 完全ヒト型抗体Ｆａｂフラグメントが、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体が、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項８に記載の黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法。
項１１. 完全ヒト型一本鎖抗体が、重鎖可変ドメイン領域および軽鎖可変ドメイン領域の両方を有し、ここで、該抗体が、配列番号１／配列番号２、配列番号３／配列番号４、配列番号５／配列番号６、配列番号７／配列番号８、配列番号９／配列番号１０、配列番号１１／配列番号１２、配列番号１３／配列番号１４、配列番号１５／配列番号１６およびそれらの組み合わせからなる群より選択される重鎖／軽鎖可変ドメイン配列を有する、項８に記載の黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法。
項１２. 黄色ブドウ球菌感染がＭＲＳＡに起因する、項８に記載の黄色ブドウ球菌感染を処置または予防するための方法。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【配列表】
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