【手続補正書】
【提出日】令和3年12月3日(2021.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１の組成物および第２の組成物から選択されるライム病を診断または予後予測するための組成物であって、ここで：
（Ｉ）第１の組成物は、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つまたは２つの単離ＯｓｐＣペプチド
を含み、ならびに、
（ＩＩ）第２の組成物は、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、２つの単離ＯｓｐＣペプチド
を含む、
第１の組成物および第２の組成物から選択されるライム病を診断または予後予測するための組成物。
【請求項２】
前記組成物が以下の少なくとも１つである、請求項１に記載の組成物。
（ａ）各ペプチドを少なくとも１ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１００ナノグラムを超えないか、
（ｂ−１）各ペプチドを少なくとも１００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は５００ナノグラムを超えないか、
（ｂ−２）各ペプチドを少なくとも２００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は５００ナノグラムを超えないか、
（ｂ−３）各ペプチドを少なくとも３００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は５００ナノグラムを超えないか、
（ｂ−４）各ペプチドを少なくとも４００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は５００ナノグラムを超えないか、
（ｃ−１）各ペプチドを少なくとも５００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０００ナノグラムを超えないか、
（ｃ−２）各ペプチドを少なくとも６００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０００ナノグラムを超えないか、
（ｃ−３）各ペプチドを少なくとも７００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０００ナノグラムを超えないか、
（ｃ−４）各ペプチドを少なくとも８００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０００ナノグラムを超えないか、
（ｃ−５）各ペプチドを少なくとも９００ナノグラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０００ナノグラムを超えないか、
（ｄ−１）各ペプチドを少なくとも１．０マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−２）各ペプチドを少なくとも１．１マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−３）各ペプチドを少なくとも１．２マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−４）各ペプチドを少なくとも１．３マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−５）各ペプチドを少なくとも１．４マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−６）各ペプチドを少なくとも１．５マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−７）各ペプチドを少なくとも１．６マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−８）各ペプチドを少なくとも１．７マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−９）各ペプチドを少なくとも１．８マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｄ−１０）各ペプチドを少なくとも１．９マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は２マイクログラムを超えないか、
（ｅ−１）各ペプチドを少なくとも１マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−２）各ペプチドを少なくとも２マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−３）各ペプチドを少なくとも３マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−４）各ペプチドを少なくとも４マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−５）各ペプチドを少なくとも５マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−６）各ペプチドを少なくとも６マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−７）各ペプチドを少なくとも７マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、
（ｅ−８）各ペプチドを少なくとも８マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えないか、または
（ｅ−９）各ペプチドを少なくとも９マイクログラムずつ含むが、各ペプチドの量は１０マイクログラムを超えない。
【請求項３】
対象のライム病を検出するためのインビトロ方法、または対象のライム病の治療の有効性をモニタリングするためのインビトロ方法であって、
（Ａ）第１のテストインキュベーション混合物を得るために、（ｉ）ライム病であることが知られているか、またはライム病を有するリスクがあることが疑われている対象から第１の時点で得られた第１の生体試料であって、Ｔ細胞と抗原提示細胞を含んでいる第１の生体試料と、（ｉｉ）ライム病を診断または予後予測するためのペプチド組成物をインビトロで接触させること、
（Ｂ）Ｔ細胞免疫応答インジケーターの生成を刺激するために前記ペプチド組成物中に存在するボレリアＴ細胞エピトープの前記Ｔ細胞による特異的認識に十分な条件および時間で前記第１のテストインキュベーション混合物をインキュベートすること；
（Ｃ）前記第１のテストインキュベーション混合物のＴ細胞免疫応答インジケーターの第１のレベルを検出することを含み、
ここで、前記対象におけるボレリア感染の存在は、（Ｃ）で検出されるＴ細胞免疫応答インジケーターの第１のレベルが、前記第１の生体試料にライム病を診断または予後予測するためのペプチド組成物を加えずにインキュベートした第１の対照インキュベーションから得られた第１の対照レベルよりも高いことで示され、
かつ、ライム病を診断または予後予測するための前記ペプチド組成物は、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つまたは２つの単離ＯｓｐＣペプチドを含む、
方法。
【請求項４】
前記第１の時点が、ライム病治療の前記対象への投与前である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
ライム病を診断または予後予測するための前記ペプチド組成物が、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、２つの単離ＯｓｐＣペプチド
を含む、請求項３または４に記載の方法。
【請求項６】
請求項３または４に記載の方法であって、
（Ｄ）第２のテストインキュベーション混合物を得るために、（ｉ）第１の時点よりも遅く、かつ、ライム病の治療を対象に投与した後である第２の時点に対象から得られた第２の生体試料であって、Ｔ細胞と抗原提示細胞を含んでいる第２の生体試料と、（ｉｉ）ライム病を診断または予後予測するためのペプチド組成物、をインビトロで接触させること、
（Ｅ）Ｔ細胞免疫応答インジケーターの生成を刺激するために前記ペプチド組成物中に存在するボレリアＴ細胞エピトープの前記Ｔ細胞による特異的認識に十分な条件および時間で第２のテストインキュベーション混合物をインキュベートすること；および
（Ｆ）第２のテストインキュベーション混合物のＴ細胞免疫応答インジケーターの第２のレベルを検出することをさらに含み、
ここで、対象におけるボレリア感染の存在は、（Ｆ）で検出されるＴ細胞免疫応答インジケーターの第２のレベルが、第２の生体試料にライム病を診断または予後予測するためのペプチド組成物を加えずにインキュベートした第２の対照インキュベーションから得られた第２の対照レベルよりも高いことで示され、
かつ、ライム病治療の有効性は、（Ｆ）で検出されるＴ細胞免疫応答インジケーターの第２のレベルが、（Ｃ）で検出されるＴ細胞免疫応答インジケーターの第１のレベルよりも低いことで示される、請求項３または４に記載の方法。
【請求項７】
ライム病を診断または予後予測するための前記ペプチド組成物が、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、２つの単離ＯｓｐＣペプチド
を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ａ）ライム病が少なくとも１種の病原性ボレリア菌種による感染を含むか；
ｂ）前記ライム病の治療が、抗生物質を対象に投与することを含むか；
ｃ）前記生体試料が、全血、脳脊髄液、または滑液の少なくとも１つを含むか；又は
ｄ）前記生体試料が、（ａ）全血、（ｂ）全血の細胞画分、（ｃ）単離された末梢血白血球、または（ｄ）単離された末梢血単核細胞の少なくとも１つを含む、
請求項３又は６に記載の方法。
【請求項９】
前記病原性ボレリア菌種が、ヒトに対する病原性を有する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ヒトに対する病原性をもつボレリア菌種が、ボレリア・ブルグドルフェリ、狭義のボレリア・ブルグドルフェリ、ボレリア・アゼフェリ、ボレリア・ガリニ、ボレリア・バレイシアナ、ボレリア・スピルマニ、ボレリア・ビセッティ、ボレリア・ルシタニアおよびボレリア・ババリエンシスから選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗生物質が、テトラサイクリン類；オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、もしくはミノサイクリン；ペニシリン類；アモキシシリンもしくはペニシリン；セファロスポリン；セファクロール、セフブペラゾン、セフミノクス、セフォタキシム、セフォテタン、セフメタゾール、セフォキシチン、セフロキシムアキセチル、セフロキシムアセチル、セフチンもしくはセフトリアキソン；またはマクロライド類；アジスロマイシン、クラリスロマイシンもしくはエリスロマイシンから選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｔ細胞免疫応答インジケーターが、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）である、請求項３又は６に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＩＦＮ−γが、Ｔ細胞によって放出される可溶性ＩＦＮ−γである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記Ｔ細胞免疫応答インジケーターが、Ｔ細胞の増殖およびＴ細胞サイトカインの発現のうちの少なくとも１つを含む、請求項３又は６に記載の方法。
【請求項１５】
ｉ）前記Ｔ細胞サイトカインが、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１７、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−βおよびＩＦＮ−γから選択されるか；又は
ｉｉ）前記Ｔ細胞サイトカインの発現が、Ｔ細胞によって放出される可溶性Ｔ細胞サイトカインとして検出され、前記Ｔ細胞サイトカインは、ＩＬ−１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１７、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−βおよびＩＦＮ−γから選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記Ｔ細胞サイトカインが、結合剤と前記Ｔ細胞サイトカインの検出可能な特異的結合を決定することによって検出される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記結合剤が、前記Ｔ細胞サイトカインに特異的に結合する少なくとも１つの抗体を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの抗体が、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体から選択されるか、または前記少なくとも１つの抗体が、固相に固定されている、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１の時点よりも遅く、かつ、ライム病の前記治療を前記対象に投与した後である、互いに異なる複数の第２の時点で、工程（Ｄ）、（Ｅ）、および（Ｆ）を繰り返すことを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数の第２の時点には、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０の時点が含まれる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
第１の核酸組成物および第２の核酸組成物から選択される組成物であって、
（Ｉ）第１の核酸組成物は、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１つまたは２つの単離ＯｓｐＣペプチド；
をコードする１つまたは複数の単離された核酸分子を含み、
（ＩＩ）第２の核酸組成物は、
（ａ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＦｌａＢペプチドまたは配列番号１〜５のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、５つの単離ＦｌａＢペプチド；
（ｂ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＤｂｐＢペプチドまたは配列番号６〜１８のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ＤｂｐＢペプチド；
（ｃ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するｐ６６ペプチドまたは配列番号１９〜３１のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、１３の単離ｐ６６ペプチド；および
（ｄ）それぞれがボレリアＴ細胞エピトープを含み、かつ、配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列を有するＯｓｐＣペプチドまたは配列番号３２〜３３のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも9０％のアミノ酸配列同一性を有するその１つ以上の変異体から選択される、２つの単離ＯｓｐＣペプチド
をコードする１つまたは複数の単離された核酸分子を含む、
第１の核酸組成物および第２の核酸組成物から選択される組成物。
【請求項２２】
請求項２１に記載の組成物を含んでいる１つ以上の核酸ベクターを含む、ベクター組成物。
【請求項２３】
請求項２２に記載のベクター組成物を含んでいる、宿主細胞。