(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（Ａ）または（Ｂ）の場合にアトピー性皮膚炎の罹患危険率が高いと判定する方法。
（Ａ）ヒトから分離した試料から抽出したヒト肥満細胞キマーゼ遺伝子である配列表の配列番号１で示される塩基配列の３２５５番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体であり、かつヒトＩｇＥ高親和性受容体β鎖（ＦｃεＲＩβ）遺伝子である配列表の配列番号２で示される塩基配列の開始コドンから１３４３番目の塩基の組み合わせがグアニン−アデニンのヘテロ接合体又はアデニン−アデニンのホモ接合体である場合
（Ｂ）ヒトから分離した試料から抽出したヒト肥満細胞キマーゼ遺伝子である配列表の配列番号１で示される塩基配列の３２５５番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体であり、かつＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−２８番目の塩基の組み合わせがグアニン−シトシンのヘテロ接合体又はグアニン−グアニンのホモ接合体である場合
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、アトピー性皮膚炎の発症に係る因子の遺伝子変異に関する一塩基多型を解析し、複数の因子の遺伝子多型の組み合わせに係るオッズ比を算出することにより、特定の遺伝子多型を有するアトピー性皮膚炎の相対罹患危険率を判定する方法、及びアトピー性皮膚炎の予防及び／又は治療薬に関する。
【背景技術】
【０００２】
アトピー性皮膚炎は、増悪と寛解を繰り返す、掻痒のある湿疹を主病変とする慢性疾患である（非特許文献１）。アトピー性皮膚炎の病状は多彩であり、その原因は今なお不明であるが、主にダニ、毛、羽毛、細菌及び真菌等の天然物や、卵や牛乳等の食物、或いは化学繊維や洗剤等の合成品等の種々の物質が抗原として関与する場合があると考えられている。またアトピー性皮膚炎においては、ドライスキン（乾燥肌）に起因する皮膚のバリア機能障害が重要な役割を持つことも指摘されている。更に最近では、ストレスがアトピー性皮膚炎の発症に関係する可能性も示唆されている。【０００３】
アトピー性皮膚炎に対する治療薬としてはステロイド外用剤が一般に使用される（非特許文献１）。しかしながら、ステロイド外用剤は、重症度、ならびに、塗布する部位や時期によって種類を厳密に選択する必要があり、使用法を誤ることによって症状が悪化する例も報告されている。さらにステロイド外用剤を長期に使用した場合には、皮膚萎縮や酒さ様皮膚炎等の副作用が起こることが知られており、また、本剤の使用を途中で不適切に中止した場合には、皮膚症状が著しく悪化するリバウンドと呼ばれる現象が見られることもある。
ステロイド外用剤以外のアトピー性皮膚炎治療薬としては現在、ヒスタミン拮抗剤や抗アレルギー剤が用いられている。ヒスタミン拮抗剤は掻痒感を部分的に取り除くという意味では有効であるものの、一般に皮疹の改善には繋がらないと考えられている。また、トラニラスト、ケトチフェン、オキサトミド、塩酸アゼラスチン等の抗アレルギー剤も、アトピー性皮膚炎の皮膚症状に対しては無効か、或いは効果が有っても殆ど満足できるものではなく、通常、補助的に使用されているのが現状である。さらに最近、免疫抑制剤であるタクロリムスの塗布剤がアトピー性皮膚炎治療薬として開発されたが（非特許文献２）、皮膚への刺激が強い等の副作用の出現が懸念されている。【０００４】
アトピー性皮膚炎に対する新しい治療薬候補としては、キマーゼ阻害剤や抗ＩｇＥ抗体等が報告されている。例えば、ＳＵＮ  Ｃ８２５７（非特許文献３、４）やＹ−４０６１３（非特許文献５）といったキマーゼ阻害剤は種々のマウス皮膚炎モデルで有効性を示すことが明らかになっている。キマーゼは肥満細胞から遊離されるキモトリプシン様酵素であり、肥満細胞自身の増殖に関与するｓｔｅｍ  ｃｅｌｌ  ｆａｃｔｏｒのプロセシング（非特許文献６、７）や、好酸球の遊走に関与することが示されており、その阻害剤はアトピー性皮膚炎治療薬として有用である可能性が示唆されている（非特許文献８、非特許文献９）。また、抗ＩｇＥ抗体は血中のＩｇＥがマスト細胞等と結合するのを抑制する。抗ＩｇＥ抗体としては例えばオマリズマブ（Ｏｍａｌｉｚｕｍａｂ）があり、近年気管支喘息を対象とした臨床試験が進められ、医薬品として承認されている。アトピー性皮膚炎においてもＩｇＥを介した肥満細胞の脱顆粒反応が重要な役割を担っていると考えられることから、オマリズマブのアトピー性皮膚炎への適応も期待される（非特許文献１０）。
現在、薬効と副作用の両面で十分満足できるアトピー性皮膚炎治療薬がないことを考えると、将来、これらの薬剤が臨床で用いられる可能性が想定される。【０００５】
アトピー性皮膚炎は通常、皮疹の外観上の特徴や分布及び掻痒の有無、ならびに臨床経過を調べることによって診断されるが、場合によっては血中のＩｇＥ値、家族性の有無、あるいは気管支喘息やアレルギー性鼻炎の合併の有無も診断の基準になる（非特許文献１１）。従って、アトピー性皮膚炎の薬物治療としては、まず、主に外観所見によって診断を行った後、その重症度に従ってステロイド外用剤、抗ヒスタミン剤、抗アレルギー剤、免疫抑制剤の中から適当と思われる薬剤（一剤又は複数の薬剤）が選択され、投薬されるのが一般的である。しかしながら、アトピー性皮膚炎の発症原因は現時点では明確でなく、現行の治療薬の選択は必ずしも科学的根拠に基づいているとは言えず、寧ろ専門医の経験に依拠する所が大きい。さらに、アトピー性皮膚炎患者には血中ＩｇＥ値の上昇を示さない非アレルギー型（ｎｏｎ−ａｌｌｅｒｇｉｃ  ｔｙｐｅ）あるいは内因性型（ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ  ｔｙｐｅ）と呼ばれる患者も存在し、このこともまた正確な診断を困難にしている。【０００６】
また、アトピー性皮膚炎は多くの場合、家族性であることから、遺伝的な因子が関与する可能性が古くから指摘されてきた。疾患が遺伝性である場合、原因となる遺伝子を特定することは、新たな特異的治療薬を開発する上でも貴重な情報になるだけでなく、遺伝子診断に基づく効率的な治療を行う観点からも極めて有用である。例えば、疾患の原因遺伝子が特定され、その原因遺伝子がコードするタンパク質の機能を阻害する物質を得ることができれば、その物質は、当然その疾患の治療薬として有用であると考えられる。個々人について、原因遺伝子の構造や発現量を調べることは、個々人の発症の危険率（易罹患性）を予見できることに加え、その原因遺伝子をターゲットとした治療薬の効果（感受性）の予測にも繋がり、個々人の疾患の原因に則した理想的な治療の実施が可能になると考えられる。【０００７】
疾患の原因遺伝子を解析する手法としては、一般に連鎖解析と呼ばれる方法が使われ、アトピー性皮膚炎においてもこの手法を用いた解析が既にいくつか行われている。例えば、Ｌｅｅらは、アトピー性皮膚炎患者を用いた全ゲノム領域における解析（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｌｉｎｋａｇｅ  ｓｔｕｄｙ）を行い、その結果、染色体の３ｑ２１がその疾患原因候補領域であることを報告した（非特許文献１２）。また、Ｃｏｏｋｓｏｎのグループも同様の手法を用い、１ｑ２１、１７ｑ２５及び２０ｐを原因候補領域である可能性を示した（非特許文献１３）。しかしこの手法においては、絞り込める遺伝子領域に限界があり、特定の原因遺伝子の同定には至っていないのが実情である。【０００８】
疾患の原因遺伝子を探索する方法としては、連鎖解析の他に、その疾患の原因になり得る遺伝子に絞って一塩基多型（Ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＮＰs）解析を行う方法がある。アトピー性皮膚炎に関しても、これまで、キマーゼ、高親和性ＩｇＥ受容体（ＦｃεＲＩβ）、ＩＬ−４受容体、ＲＡＮＴＥＳ等でＳＮＰｓ解析がなされ、発症との相関性の有無が報告されている。例えば、Ｍａｏら（非特許文献１４）はヒト肥満細胞キマーゼ遺伝子の３２５５番目のＳＮＰsが、またＳｈｉｒａｋａｗａら（非特許文献１５）は高親和性ＩｇＥ受容体遺伝子の１３４３番目のＳＮＰsがアトピー性皮膚炎の発症と相関があることを報告した。しかし、これらのＳＮＰsとアトピー性皮膚炎の発症との相関性は必ずしも明確ではなく、同じ遺伝子の同じＳＮＰsの解析においても、アトピー性皮膚炎との相関性がないという全く逆の報告もあり（非特許文献１６、非特許文献１７、非特許文献１８）、アトピー性皮膚炎の原因遺伝子が特定されたとは言えない状況である。【０００９】
【非特許文献１】ザ・ジャーナル・オブ・アレルギー・アンド・クリニカル・イムノロジー（Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ）、１９９９年、第１０４巻、Ｓ１２３
【非特許文献２】ザ・ジャーナル・オブ・アレルギー・アンド・クリニカル・イムノロジー（Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ）、１９９９年、第１０４巻、Ｓ１２６
【非特許文献３】ラボラトリー・インベスチゲイション（Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ）、２００２年、第８２巻、ｐ．７８９
【非特許文献４】インターナショナル・アーカイブス・オブ・アレルギー・アンド・イムノロジー（Ｉｎｔ  Ａｒｃｈ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌ）、２００２年、第１２８巻、ｐ．２２９
【非特許文献５】ジャパニーズ・ジャーナル・オブ・ファーマコロジー（Ｊｐｎ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ）、２００２年、第９０巻、ｐ．２１４
【非特許文献６】プロシーディングス・オブ・ザ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・オブ・ザ・ユナイテッド・ステート・オブ・ザ・アメリカ（Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ）、１９９７年、第９４巻、ｐ．９０１７
【非特許文献７】バイオケミカル・アンド・バイオフィジカル・リサーチ・コミュニケーションズ（Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ）、２００２年、第２９０巻、ｐ．１４７８
【非特許文献８】ジャーナル・オブ・ロイコサイト・バイオロジー（Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ）、２０００年、第６７巻、ｐ．５８５
【非特許文献９】バイオケミカル・ファーマコロジー（Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ）、２００２年、第６４巻、ｐ．１１８７
【非特許文献１０】モナルディ・アーカイブス・フォー・チェスト・ディズィーズ（Ｍｏｎａｌｄｉ  Ａｒｃｈ  Ｃｈｅｓｔ  Ｄｉｓ）、２００３年、第５９巻、ｐ．２５
【非特許文献１１】日本皮膚科学会アトピー性皮膚炎治療ガイドライン：日皮会誌、２００４年、第１１４巻、ｐ．１３５
【非特許文献１２】ネイチャー・ジェネティクス（Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ）、２０００年、第２６巻、ｐ．４７０
【非特許文献１３】ネイチャー・ジェネティクス（Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ）、２００１年、第２７巻、ｐ．３７２
【非特許文献１４】ランセット（Ｌａｎｃｅｔ）、１９９６年、第４８巻、ｐ．１
【非特許文献１５】ネイチャー・ジェネティクス（Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ）、１９９４年、第７巻、ｐ．１２５
【非特許文献１６】ヒューマン・ヘレディティー（Ｈｕｍ  Ｈｅｒｅｄ）、１９９８年、第４８巻、ｐ．２７１
【非特許文献１７】ヒューマン・ヘレディティー（Ｈｕｍ  Ｈｅｒｅｄ）、２００１年、第５１巻、ｐ．１７７
【非特許文献１８】インターナショナル・アーカイブス・オブ・アレルギー・アンド・イムノロジー（Ｉｎｔ  Ａｒｃｈ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌ）、１９９６年、第１１１巻、ｐ．４４
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
アトピー性皮膚炎（以下、ＡＤと略記することもある。）の発症及び／又は進展（感受性）に係る数種の候補遺伝子が提唱されているが、それらの相互作用、及びどの遺伝子が疾患の進展により大きな影響を及ぼすかについては、殆ど知られていない。これまでに、ヒト肥満細胞キマーゼ（ｍａｓｔ  ｃｅｌｌ  ｃｈｙｍａｓｅ；以下、ＭＣＣと略記する。）、好酸球の遊走因子であるＲＡＮＴＥＳ、及び、ヒトＩｇＥ高親和性受容体β鎖（以下、ＦｃεＲＩβと略記する。）の遺伝子変異がＡＤの感受性に関与する可能性が示されているが、これらの遺伝子変異に係る遺伝子の相互作用及び／又はＡＤの発症及び進展については未だ明らかにされてはいない。
本発明が解決しようとする課題は、ＡＤの発症及び進展に係る主要な因子及びそれらの遺伝子間の相互作用の解析から、ＡＤの相対罹患危険率の検出、及びその判定方法、それら遺伝子に基づくＡＤ患者の薬物感受性の予測及び薬物有害反応を排除したＡＤ予防及び／又は治療薬の選択方法、あるいは該相対罹患危険率の検出方法を用いることを特徴とするＡＤの診断法及び治療法の決定方法、更には、該診断法及び治療法の決定方法に基づくＡＤの診断法及び治療法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
発明者らは、上記課題を解決するため鋭意研究をおこない、ＡＤ患者と正常人のアレルギー関連遺伝子の一塩基多型の遺伝子型、すなわちＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の一塩基多型の遺伝子型が、グアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるか、ＦｃεＲＩβ遺伝子の開始コドン（配列表：配列番号２の４５６．．４５８）から１３４３番目（配列表：配列番号２の１７９８番目）の一塩基多型の遺伝子型がグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるか、あるいはＲＡＮＴＥＳ遺伝子のｍＲＮＡの転写開始点（配列表：配列番号３の９５９番目）から数えて上流側−４０３番目（配列表：配列番号３の５５６番目）の一塩基多型の遺伝子型がグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるか、あるいはＲＡＮＴＥＳ遺伝子のｍＲＮＡの転写開始点（配列表：配列番号３の９５９番目）から数えて上流側−２８番目（配列表：配列番号３の９３１番目）の一塩基多型の遺伝子型がグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−シトシンのヘテロ接合体、シトシン−シトシンのホモ接合体のいずれであるか、あるいはインターロイキン−１３遺伝子（配列表：配列番号４）の４２５７番目の一塩基多型の遺伝子型がグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるか、を解析したところ、２以上のアレルギー関連遺伝子の一塩基多型の遺伝子型の組み合わせにより、ＡＤ罹患率が異なることを見出した。本発明者らはさらに研究を重ね、本発明を完成した。【００１２】
すなわち、本発明は、
［１］  統計学的に意味のある個体数の健常人とアトピー性皮膚炎患者から採取した生体成分を試料として二以上のアトピー性皮膚炎発症関連遺伝子の遺伝子多型を解析し、それによって導かれる個々の遺伝子多型に係る相対比率（百分率％）を求め、その相対比率から特定の遺伝子多型に係るオッズ比を算出し、そのオッズ比が個々の遺伝子多型に係るオッズ比より相乗的に高いオッズ比を示す二以上の遺伝子多型の組み合わせを判定基準とする被験者のアトピー性皮膚炎の相対罹患危険率を判定する方法、
［２］  二以上のアトピー性皮膚炎発症関連遺伝子の一つがＭＣＣ遺伝子であることを特徴とする前記［１］記載の方法、
［３］  ＭＣＣ遺伝子以外のアトピー性皮膚炎発症関連遺伝子が、ＦｃεＲＩβ遺伝子、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子及びインターロイキン−１３遺伝子から選択される１以上の遺伝子であることを特徴とする前記［２］記載の方法、【００１３】
［４］  下記の（ａ）〜（ｅ）の工程から選択されるいずれか２種の工程の組み合わせにおける個々の遺伝子多型のオッズ比を求める工程を含むことを特徴とする前記［１］記載の方法；
（ａ）ヒトから分離した試料から抽出したＭＣＣ遺伝子である配列表の配列番号１で示される塩基配列の３２５５番目の塩基がグアニンとアデニンのいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｂ）ヒトから分離した試料から抽出したＦｃεＲＩβ遺伝子である配列表の配列番号２で示される塩基配列の開始コドンから１３４３番目の塩基がグアニンとアデニンのいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｃ）ヒトから分離した試料から抽出したＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−４０３番目の塩基がグアニンとアデニンのいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｄ）ヒトから分離した試料から抽出したＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−２８番目の塩基がグアニンとシトシンのいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｅ）ヒトから分離した試料から抽出したインターロイキン−１３遺伝子である配列表の配列番号４で示される塩基配列の４２５７番目の塩基がグアニンとアデニンのいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程、
［５］  ２種の工程が、（ａ）（ｂ）、（ａ）（ｃ）、（ａ）（ｄ）、又は（ａ）（ｅ）の工程の組み合わせであることを特徴とする前記［４］記載の方法、【００１４】
［６］  下記の（ｇ）〜（ｋ）の工程から選択されるいずれか２種の工程の組み合わせにおける個々の遺伝子多型のオッズ比を求める工程を含むことを特徴とする前記［１］記載の方法；
（ｇ）ヒトから分離した試料から抽出したＭＣＣ遺伝子である配列表の配列番号１で示される塩基配列の３２５５番目の塩基の組み合わせが、グアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｈ）ヒトから分離した試料から抽出したＦｃεＲＩβ遺伝子である配列表の配列番号２で示される塩基配列の開始コドンから１３４３番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程
（ｉ）ヒトから分離した試料から抽出したＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−４０３番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体、アデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｊ）ヒトから分離した試料から抽出したＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−２８番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−シトシンのヘテロ接合体、シトシン−シトシンのホモ接合体のいずれかであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程；
（ｋ）ヒトから分離した試料から抽出したインターロイキン−１３遺伝子である配列表の配列番号４で示される塩基配列の４２５７番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体、グアニン−アデニンのヘテロ接合体又はアデニン−アデニンのホモ接合体のいずれであるかを決定する遺伝子多型を解析する工程、
［７］  ２種の工程が、（ｇ）（ｈ）、（ｇ）（ｉ）、（ｇ）（ｊ）、又は（ｇ）（ｋ）の工程の組み合わせであることを特徴とする前記［６］記載の方法、【００１５】
［８］  ヒトから分離した試料から抽出したＭＣＣ遺伝子である配列表の配列番号１で示される塩基配列の３２５５番目の塩基の組み合わせがグアニン−グアニンのホモ接合体であり、かつＦｃεＲＩβ遺伝子である配列表の配列番号２で示される塩基配列の開始コドンから１３４３番目の塩基の組み合わせがグアニン−アデニンのヘテロ接合体又はアデニン−アデニンのホモ接合体である場合、あるいはＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−４０３番目の塩基の組み合わせがグアニン−アデニンのヘテロ接合体又はアデニン−アデニンのホモ接合体である場合、あるいはＲＡＮＴＥＳ遺伝子である配列表の配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側−２８番目の塩基の組み合わせがグアニン−シトシンのヘテロ接合体又はグアニンーグアニンのホモ接合体である場合、あるいはインターロイキン−１３遺伝子である配列表の配列番号４で示される塩基配列の４２５７番目の塩基の組み合わせがアデニン−アデニンのホモ接合体又はグアニン−アデニンのヘテロ接合体である場合に、アトピー性皮膚炎に対する相対罹患危険率の蓋然性が高いと判定する前記［３］記載の方法、【００１６】
［９］  前記［４］乃至［７］に記載の工程により算出したオッズ比が３．００以上の数値を示す組み合わせの遺伝子多型をもつ被験者をアトピー性皮膚炎発症及び／又は進展の相対罹患危険率が高いと判定する方法、
［１０］  前記［４］乃至［７］に記載の工程により算出したオッズ比が３．５０以上の数値を示す組み合わせの遺伝子多型をもつ被験者をアトピー性皮膚炎発症及び／又は進展の相対罹患危険率が高いと判定する方法、
［１１］  前記［４］乃至［７］に記載の工程により算出したオッズ比が４．００以上の数値を示す組み合わせの遺伝子多型をもつ被験者をアトピー性皮膚炎発症及び／又は進展の相対罹患危険率が高いと判定する方法、
［１２］  前記［４］乃至［７］に記載の工程により算出したオッズ比が４．５０以上の数値を示す組み合わせの遺伝子多型をもつ被験者をアトピー性皮膚炎発症及び／又は進展の相対罹患危険率が高いと判定する方法、
［１３］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いて、アトピー性皮膚炎の予防薬及び／又は治療薬の有効性を予測する方法、
［１４］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いて、アトピー性皮膚炎の予防薬及び／又は治療薬を選択する方法、
［１５］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いて、アトピー性皮膚炎患者を選別する方法、
［１６］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いて、キマーゼ阻害剤の有効性が予測されるアトピー性皮膚炎患者を選別する方法、
［１７］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いることを特徴とするアトピー性皮膚炎の診断方法、【００１７】
［１８］  前記［１］乃至［８］に記載する方法を用いることを特徴とするアトピー性皮膚炎の診断用ＳＮＰチップ、
［１９］  前記［１４］に記載された方法で選択される予防薬及び／又は治療薬を投与することを特徴とするアトピー性皮膚炎の予防及び／又は治療方法、
［２０］  予防薬及び／又は治療薬が、キマーゼ阻害剤、ＩｇＥとその受容体との結合を阻害する薬剤及びＩｇＥ受容体の機能を阻害する薬剤から選択される一種又は二種以上であることを特徴とするアトピー性皮膚炎の予防薬及び／又は治療薬の選択方法、
［２１］  予防薬及び／又は治療薬が、キマーゼ阻害剤、ＩｇＥとその受容体との結合を阻害する薬剤及びＩｇＥ受容体の機能を阻害する薬剤から選択される少なくとも一種である前記［１９］記載の予防及び／又は治療方法、【００１８】
［２２］  前記［１］乃至［８］に規定する方法を含んでなるアトピー性皮膚炎に係る遺伝子多型の検出用キット、
［２３］  前記［１］乃至［８］に規定する方法を含んでなるアトピー性皮膚炎患者の診断用キット、
［２４］  前記［１］乃至［８］に規定する方法を含んでなるアトピー性皮膚炎の予防薬及び／又は治療薬の有効性予測用キット、
に関する。
【発明の効果】
【００１９】
本発明の方法によれば、従来単一の遺伝子塩基多型の解析からでは明瞭に予測ができなかったＡＤの相対罹患危険率を高い確率で予測することができる。また、本発明によればＡＤ患者の薬物感受性の予測が可能となり、ＡＤ患者の遺伝子型に適応した薬剤の選択が可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】図１は相対罹患危険率の算出方法を示す図である。
【図２】図２はオッズ比の算出方法を示す図である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
本明細書中において、「遺伝子多型」とは、個体のゲノムに刻まれたＤＮＡ塩基配列のうち、１つの塩基置換によって起こる多型、すなわち１塩基多型（ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＮＰｓ）をいうものとする。【００２２】
本明細書中において、「遺伝子」という用語には、ＤＮＡのみならずそのｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びｃＲＮＡも含むものとする。したがって、本発明の遺伝子には、これらのＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、及びｃＲＮＡの全てが含まれる。【００２３】
本明細書中において、「相対罹患危険率」という用語は、ＡＤ危険因子を有さないヒトのＡＤ罹患率に対するＡＤ危険因子を有するヒトのＡＤ罹患率の比をいい、相対危険度（relative risk）ともいう。「相対罹患危険率の検出」は、相対罹患危険率の算出により行われる。【００２４】
キマーゼは、肥満細胞顆粒中に存在するキモトリプシン様セリンプロテアーゼをいう。キマーゼはヒト肥満細胞由来のキマーゼが好ましい。ヒト肥満細胞由来のキマーゼの遺伝子としては、公共データベースであるＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）にアクセッション番号：Ｍ６４２６９として登録されているものが好ましく例示される。該ヒト肥満細胞由来キマーゼ遺伝子の塩基配列を配列番号１に示した。この塩基配列において３２５５番目の塩基はグアニン（以下、Ｇと略記する。）であり、そのＳＮＰsの対立遺伝子はアデニン（以下、Ａと略記する。）である。【００２５】
ＦｃεＲＩβは、肥満細胞を活性化し、気管支喘息に関与することが知られている。ＦｃεＲＩβ遺伝子としては、ＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録（アクセッション番号：Ｍ８９７９６）されている公知の配列が好ましく例示される。該ＦｃεＲＩβ遺伝子の塩基配列を配列番号２に示した。この塩基配列において１７９８番目に相当し、開始コドン（配列表：配列番号２の４５６．．４５８）から数えた１３４３番目（以下、本発明においてＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目という。）の塩基はＧであり、そのＳＮＰsの対立遺伝子はＡである。【００２６】
ＲＡＮＴＥＳはＲｅｇｕｌａｔｅｄ  ｕｐｏｎ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ，  Ｎｏｒｍａｌ  Ｔ  ｃｅｌｌ  Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ａｎｄ  Ｓｅｃｒｅｔｅｄ（Ｓｃｈａｌｌ  １９９０）の短縮語であり、好塩基球からヒスタミンを遊離し、好酸球を活性化する。ヒトＲＡＮＴＥＳ遺伝子としては、ＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録（アクセッション番号：Ｓ６４８８５）されている公知の配列が好ましく例示される。該ＲＡＮＴＥＳ遺伝子の塩基配列を配列番号３に示した。この塩基配列においてｍＲＮＡの転写開始点（配列表：配列番号の９５９番目）から数えて上流側−４０３番目（配列表：配列番号の５５６番目；以下、本発明においてＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目という。）の塩基がＡであり、そのＳＮＰsの対立遺伝子はＧである。ヒトでは、このＳＮＰsに対してＡＡ，ＡＧ（ＧＡ）あるいはＧＧの遺伝子型を持つ。また、この塩基配列においてｍＲＮＡの転写開始点（配列表：配列番号の９５９番目）から数えて上流側−２８番目（配列表：配列番号の９３１番目；以下、本発明においてＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目という。）の塩基はシトシン（以下、Ｃと略記する。）であり、そのＳＮＰsの対立遺伝子はＧである。ヒトでは、このＳＮＰsに対してＣＣ，ＣＧ（ＧＣ）あるいはＧＧの遺伝子型を持つ。【００２７】
インターロイキン−１３（以下、ＩＬ−１３と略記する。）は、ＩｇＥ産生調節や種々の接着因子の発現誘導等，いわゆるアレルギー素因に関与する多くの作用を有し、また喘息のエフェクター分子としても作用し、無感作動物にＩＬ−１３を投与するだけで、気道過敏性、好酸球性炎症、粘膜異形成といったアレルギー性喘息に特徴的な症状を発現することが知られている。  ヒトＩＬ−１３遺伝子は、ＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）に登録（アクセッション番号：Ｕ３１１２０）されている公知の配列が好ましく例示される。該ＩＬ−１３遺伝子の塩基配列を配列番号４に示した。この塩基配列において４２５７番目の塩基はＧであり、そのＳＮＰsの対立遺伝子はＡである。ヒトでは、このＳＮＰsに対してＡＡ，ＡＧ（ＧＡ）あるいはＧＧの遺伝子型を持つ。  また、上記ＩＬ−１３遺伝子の発現タンパク質のアミノ酸配列（配列表：配列番号５）における、この遺伝子多型部位（配列表：配列番号４の４２４７番目）を含むコドン（配列表：配列番号４の４２５６．．４２５８）に対応するアミノ酸（配列表：配列番号５の１３０番目）はＡｒｇであり、そのＳＮＰｓの塩基（Ａ）を含むコドンに対応するアミノ酸はＧｌｎである。従って、ＩＬ−１３の場合、発現タンパク質のアミノ酸配列を基準に遺伝子多型を解析することもできる。  【００２８】
本発明において「遺伝子多型を解析する」とは、解析対象の遺伝子多型について患者がどのような遺伝子型を有するかを調べることを意味し、特定遺伝子の多型が存在する位置の塩基（塩基配列）を調べることと同義である。例えばＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型の解析を例に採れば、患者から採取した試料、例えば患者のリンパ球におけるＭＣＣの遺伝子型がＧＧ（３２５５番目の塩基が両アレル共にＧのホモ接合体）、ＧＡ（３２５５番目の塩基がＧのアレルとＡのアレルとのヘテロ接合体）、及びＡＡ（３２５５番目の塩基が両アレル共にＡのホモ接合体）の中のいずれであるかを調べることを意味する。同様にＦｃεＲＩβ遺伝子（配列表：配列番号２）の１３４３番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型の解析では、例えば患者のリンパ球におけるＦｃεＲＩβ遺伝子の遺伝子型がＧＧ（１３４３番目の塩基が両アレル共にＧのホモ接合体）、ＧＡ（１３４３番目の塩基がＧのアレルとＡのアレルとのヘテロ接合体）、及びＡＡ（１３４３番目の塩基が両アレル共にＡのホモ接合体）；ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側）の−４０３番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型の解析では、例えば患者のリンパ球におけるＲＡＮＴＥＳ遺伝子の遺伝子型がＧＧ（−４０３番目の塩基が両アレル共にＧのホモ接合体）、ＧＡ（−４０３番目の塩基がＧのアレルとＡのアレルとのヘテロ接合体）、及びＡＡ（−４０３番目の塩基が両アレル共にＡのホモ接合体）；ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３で示される塩基配列のｍＲＮＡの転写開始点から数えて上流側）の−２８番目の塩基（Ｇ／Ｃ）多型の解析では、例えば患者のリンパ球におけるＲＡＮＴＥＳ遺伝子の遺伝子型がＧＧ（−２８番目の塩基が両アレル共にＧのホモ接合体）、ＧＣ（−２８番目の塩基がＧのアレルとＣのアレルとのヘテロ接合体）、及びＣＣ（−２８番目の塩基が両アレル共にＣのホモ接合体）；ＩＬ−１３遺伝子（配列表：配列番号４）の４２５７番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型の解析では、例えば患者のリンパ球におけるＩＬ−１３遺伝子の遺伝子型がＧＧ（４２５７番目の塩基が両アレル共にＧのホモ接合体）、ＧＡ（４２５７番目の塩基がＧのアレルとＡのアレルとのヘテロ接合体）及びＡＡ（４２５７番目の塩基が両アレル共にＡのホモ接合体）；ＩＬ−１３（配列表：配列番号５）の１３０番目のアミノ酸（Ａｒｇ／Ｇｌｎ）の解析では、例えば患者のリンパ球におけるＩＬ−１３の１３０番目のアミノ酸がＡｒｇ／Ａｒｇ（１３０番目のアミノ酸が両アレル共にＡｒｇ）、Ａｒｇ／Ｇｌｎ（１３０番目のアミノ酸がＡｒｇのアレルとＧｌｎのアレル）、及びＧｌｎ／Ｇｌｎ（１３０番目の塩基が両アレル共にＧｌｎ）の中のいずれであるかを調べることを意味する。【００２９】
各遺伝子多型を解析する方法は特に限定されるものではなく、各遺伝子多型を検出、遺伝子型を同定することにより行なうことができる。各遺伝子多型の検出、遺伝子型の同定は、まず患者から採取した試料からＤＮＡを抽出する。ＤＮＡの抽出は、公知の方法、例えば陰イオン界面活性剤を含有するＤＮＡ抽出溶液で抽出する方法等で行なうことができるが、市販のＤＮＡ抽出用のキット、例えばＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）、ＤＮＡ抽出キット（島津理化器械株式会社）、ＧｅｎｅＢａｌｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（タカラバイオ株式会社）等を用いることもできる。【００３０】
次に、得られたＤＮＡを含む試料から、公知の方法、例えば以下の方法、（１）ＰＣＲ−ＲＦＬＰ（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｆｒａｇｍｅｎｔ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；制限酵素切断断片長多型）法；（２）ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（ｓｉｎｇｌｅ  ｓｔｒａｎｄ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析）法；（３）ＡＳＯ（ａｌｌｅｌｅ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ：アレル特異的オリゴヌクレオチド）ハイブリダイゼーション法；（４）ＡＲＭＳ（Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｒｅｆｒａｃｔｉｎｇ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）法；（５）インベーダー法；（６）ＡＲＭＳ（Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｒｅｆｒａｃｔｉｎｇ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）法；（７）ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ（Ｍａｔｒｉｘ  Ａｓｓｉｓｔｅｄ  Ｌａｓｅｒ  Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ−ｔｉｍｅ  ｏｆ  Ｆｌｉｇｈｔ／Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）法；（８）ＤＮＡチップ又はマイクロアレイを用いた方法；（９）ＬＡＭＰ法（Ｌｏｏｐ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ  Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ；（１０）ＲＴ−ＬＡＭＰ（Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−Ｌｏｏｐ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法；（１１）温遺伝子増幅法（ＩＣＡＮ法）；（１２）ＵＣＡＮ法（ＳＮＰタイピング法）；（１３）ダイレクトシークエンス法；（１４）サイクリングプローブ法；（１５）ＡＬＢＵＭ（Ａｌｄｅｈｙｄｅ−Ｌｉｎｋｅｒ−Ｂａｓｅｄ−Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｉｔｉｖｅ−Ｍｉｓｍａｔｃｈ  Ｓｃａｎｎｉｎｇ）法；（１６）ドットハイブリダイゼーション法；（１７）変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  Ｇｒａｄｉｅｎｔ  Ｇｅｌ  Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ、以下「ＤＧＧＥ」という）法；（１８）ＲＮａｓｅＡ切断法；（１９）ＤＯＬ（Ｄｙｅ−ｌａｂｅｌｅｄ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ）法；（２０）ＴＤＩ（Ｔｅｍｐｌａｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  Ｄｙｅ−ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）法；（２１）ＴａｑＭａｎ−ＰＣＲ法；（２２）モレキュラー・ビーコン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎｓ）法；（２３）ダイナミック・アリルスペシフィック・ハイブリダイゼーション（Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｌｌｅｌｅ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  （ＤＡＳＨ））法；又は、（２４）ＥＣＡ（Ｅｌｅｃｔｒｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｒｒａｙ）法等を用いて、ＭＣＣ遺伝子、ＦｃεＲＩβ遺伝子、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子又はＩＬ−１３遺伝子の遺伝子多型を検出し、遺伝子型を同定できる。遺伝子多型の検出、遺伝子型の同定は、前記方法に限定されず、他の公知の遺伝子多型検出方法を本発明のために利用することもできる。また、本発明の方法においては、これらの遺伝子多型検出同定方法を単独で用いても、二つ以上を組み合わせて用いてもよい。【００３１】
本発明の好適な実施形態の一つとして、後述する実施例では、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法を用いた方法を示す。ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法は、遺伝子多型部位が制限酵素認識部位に含まれる場合、その制限酵素の消化により生じるＤＮＡ断片の長さの違いから、当該遺伝子多型を検出する方法である。具体的には、多型部位を含むＤＮＡ断片をＰＣＲ増幅後、制限酵素で切断し、電気泳動により切断されたＤＮＡ断片の大きさを解析する。この場合、ＰＣＲプライマーとしては、多型部位を含む約０．０５〜４ｋｂのＤＮＡ断片を増幅するための、１５〜３０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドが好ましい。【００３２】
また、遺伝子多型の解析には、試料が少量の場合には、検出感度乃至精度の面からＰＣＲ法を利用した方法（例えばＰＣＲ−ＲＦＬＰ法）により解析することが好ましい。また、ＰＣＲ法等の遺伝子増幅法により試料を予め増幅（塩基配列の一部領域の増幅を含む）した後、上記いずれかの解析方法を適用することもできる。【００３３】
上記解析において、増幅されるＤＮＡは、解析の対象となる多型を含む遺伝子の当該多型部位を含む一定領域（部分ＤＮＡ領域）に相補的な配列を有するＤＮＡを挙げることができる。上記プライマー又はプローブは，目的とするＳＮＰｓに応じてデザインされるのが好ましく、解析対象の多型を含む遺伝子において当該多型部位を含む一定領域（部分ＤＮＡ領域）に相補的な配列を有し、当該多型部分を含むＤＮＡフラグメントを特異的に増幅できるように設計されたプライマー又はプローブを挙げることができる。該プライマー又はプローブの塩基はそれぞれの機能が発揮される長さ、通常約１５〜３０塩基程度が好ましい。また、該プライマーは増幅対象に特異的にハイブリダイズし、目的のＤＮＡフラグメントを増幅することができる限りにおいて鋳型となる配列に対して多少のミスマッチがあってもよい。プローブの場合も同様に、検出対象の配列と特異的なハイブリダイズが行える限り、検出対象の配列に対して多少のミスマッチがあってもよい。ミスマッチの程度としては、１〜数個、好ましくは１〜５個、更に好ましくは１〜３個である。【００３４】
このようなプライマーとしては、例えばＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型が解析対象の場合には、例えば配列番号６及び７で示される塩基配列からなるプライマー；ＦｃεＲＩβ遺伝子（配列表：配列番号２）の１３４３番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型が解析対象の場合には、例えば配列番号８及び９で示される塩基配列からなるプライマー；ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３）の−４０３番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型が解析対象の場合には、例えば配列番号１０及び１１で示される塩基配列からなるプライマー；ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３）の−２８番目の塩基（Ｇ／Ｃ）多型が解析対象の場合には、例えば配列番号１２及び１３で示される塩基配列からなるプライマー；ＩＬ−１３遺伝子（配列表：配列番号４）の４２５７番目の塩基（Ｇ／Ａ）多型が解析対象の場合には、例えば配列番号１４及び１５で示される塩基配列からなるプライマーを挙げることができる。【００３５】
上記プライマー又はプローブは単なる一例であって、プライマー又はプローブであれば目的の増幅反応を支障なく行える限度において、該プライマー又はプローブの一部の塩基配列に改変が施されたものであってもよい。ここでの「一部の改変」とは、塩基の一部が欠失、置換及び／又は付加されていることを意味する。改変にかかる塩基数は例えば１〜７個、好ましくは１〜５個、更に好ましくは、１〜３個である。尚、このような改変は、原則として多型部位に対応する塩基以外の部分において行われる。【００３６】
ＳＮＰｓ解析用プライマー又はプローブはホスホジエステル法等公知の方法によって合成することができる。尚、ＳＮＰｓ解析用プライマー又はプローブの設計、合成等に関しては、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ等を参考にすることができる。【００３７】
ＳＮＰｓ解析用試料は、被験者の血液、皮膚細胞、粘膜細胞、毛髪又は尿等から公知の抽出方法、精製方法等を用いて調製することができる。ＳＮＰｓ解析の対象遺伝子を含むものであれば、任意の長さのゲノムＤＮＡを試料として用いることができる。尚、試料においてＳＮＰｓ解析の対象遺伝子が完全な状態（即ち、遺伝子の全長が存在する状態）でなくても、少なくとも解析される多型部位が存在すれば断片的、部分的ＤＮＡであってもよい。【００３８】
また、解析対象の遺伝子の転写産物であるｍＲＮＡを利用して各遺伝子の多型を解析することもできる。例えば被験者の血液等の上記試料から解析対象である遺伝子のｍＲＮＡを抽出、精製した後、ノーザンブロット法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，７．４２，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ドットブロット法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，７．４６，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ＲＴ−ＰＣＲ法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，８．４６，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）又はＤＮＡチップ（ＤＮＡアレイ）等を用いた方法等を実行することにより、ｍＲＮＡを出発材料としてＳＮＰｓ解析を行うことができる。【００３９】
さらに、上記の多型の中でアミノ酸の変化を伴うもの、例えばＩＬ−１３については、解析対象の遺伝子の発現産物を用いて多型解析を行うこともできる。この場合、多型部位に対応するアミノ酸（Ａｒｇ又はＧｌｎ）を含んでいれば部分タンパク質、部分ペプチドであってもＳＮＰｓ解析用試料として用いることができる。この場合の方法としては、多型部位のアミノ酸を直接分析する方法、又は免疫学的方法等が挙げられる。前者としては、エドマン法等公知のアミノ酸配列分析法を用いることができる。後者としては、遺伝子の発現産物に特異的な結合活性を有するモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体を用いた方法、例えば、酵素結合免疫吸着定量法（ＥＬＩＳＡ法）、ラジオイムノアッセイ、免疫沈降法又は免疫拡散法等を用いることができる。【００４０】
上記により得られる多型情報を、統計学的に集計し、ＡＤの診断、相対罹患危険率の検出、判定、治療薬の選択等に利用することができる。
なお、本発明に示すオッズ比とＳＮＰｓによるアトピー性皮膚炎の相対罹患危険率とは同等の意味である。すなわち、危険因子を有することによる相対罹患危険率は、危険因子（本特許ではＳＮＰｓに相当する。）を有さないヒトのＡＤ罹患率に対する危険因子を有するヒトのＡＤ罹患率の比（相対罹患危険率）により表され、またオッズ比はある事象が起きる確率と、起こらない確率の比で表される。ここで、危険因子を有する発症群と正常群の人数をそれぞれａ及びｂ、又は危険因子を有さない発症群と正常群の人数をそれぞれｃ及びｄとした場合の相対罹患危険率は、ａ（ｃ＋ｄ）／ｃ（ａ＋ｂ）で表される（図１）。
一方、オッズ比は、ａｄ／ｂｃで表される（図２）。【００４１】
本来、危険因子を有することによる罹患危険率は、相対罹患危険率を求めることで表されるが、抽出したサンプル数が本来の母集団を反映しておらず、相対罹患危険率を求めても真の罹患危険率を求めていることにはならない。一方、アトピー性皮膚炎のように、全人口に対して罹患患者数が少ない疾患の場合（ａ≪ｂ、ｃ≪ｄ）、相対罹患危険率は、
ａ（ｃ＋ｄ）／ｃ（ａ＋ｂ）≒ａｄ／ｂｃ
と表され、オッズ比と相対罹患危険率が一致する。【００４２】
上記により得られるＳＮＰｓ情報から、オッズ比が約３以上、好ましくは、約３．５以上の数値、より好ましくは４以上の数値、とりわけ好ましくは４．５以上の数値を示す遺伝子型の組み合わせが検出できたときには、ＡＤ又は、ＡＤを発症する罹患危険率が高いと判定することができる。より具体的には、例えば以下の（イ）〜（ホ）いずれか一つ又は二つ以上の遺伝子型の組合せが検出されたときには、ＡＤ又は、ＡＤを発症する罹患危険率が高いと判定することができる。
（イ）ＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体と、ＦｃεＲＩβ遺伝子（配列表：配列番号２）の１３４３番目（配列番号２の１３４３番目）塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＡＡのホモ接合体又はＡＧのヘテロ接合体の組み合わせ；
（ロ）ＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目（配列番号１の３２５５番目）の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体と、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３）の−４０３番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＡＡのホモ接合体又はＡＧのヘテロ接合体の組み合わせ；
（ハ）ＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体と、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子（配列表：配列番号３）の−２８番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体又はＣＧのヘテロ接合体；
（ニ）ＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体と、ＩＬ−１３遺伝子（配列表：配列番号４）の４２５７番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＡＡのホモ接合体又はＡＧのヘテロ接合体の組み合わせ；
（ホ）ＭＣＣ遺伝子（配列表：配列番号１）の３２５５番目の塩基のＳＮＰｓの遺伝子型がＧＧのホモ接合体と、ＩＬ−１３（配列表：配列番号５）の１３０番目のアミノ酸がＡｒｇ／Ａｒｇ又はＡｒｇ／Ｇｌｎの組み合わせ。【００４３】
ＡＤの罹患危険率を診断することにより、将来的にＡＤを罹患するおそれの程度（発症し易さ）又は発症リスクが予測され、また遺伝子型という客観的指標に基づいてＡＤの認定や病状の把握を行うことが可能となる。換言すれば、本発明の診断方法によってＡＤの相対罹患危険率の評価、ＡＤに罹患していることの判定、又は症状の把握を行うことができる。中でも相対罹患危険率の評価を行えることは臨床上極めて有意義である。相対罹患危険率を事前に知ることはＡＤの一次予防に貢献し、適切な予防措置を講じることを可能とするからである。
本発明のＡＤの診断方法によって得られる情報は、適切なＡＤの治療法の選択や、予後の改善、患者の生活の質の向上、又は相対罹患危険率の低減等に応用することができる。【００４４】
本発明の診断方法を実行することにより、例えば環境因子と投与薬剤等との間に相関関係が認められれば、この情報を基に環境因子の改善によるＡＤ発症の低減や適切な投与薬剤の選択を図ることが可能となり得る。例えば、キマーゼ阻害剤がＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基の一塩基多型が、例えばＧＧのホモ接合体の遺伝子型を有する患者に有効であることが認められれば、該遺伝子型を指標にキマーゼ阻害剤を適用できる。同様に他の遺伝子の一塩基多型の遺伝子型と他の薬剤、例えばＩｇＥとその受容体との結合を阻害する薬剤、ＲＡＮＴＥＳあるいはＩＬ−１３の機能を抑制する薬剤を治療薬として選択できる。キマーゼ阻害剤としては、前記キマーゼ阻害剤、ＳＵＮ  Ｃ８２５７等が挙げられる。ＩｇＥに関してはＩｇＥの抗体、Ｏｍａｌｉｚｕｍａｂ等が挙げられる。ＲＡＮＴＥＳに関しては、Ｍｅｔ−ＲＡＮＴＥＳ等が挙げられる。ＩＬ−１３に関しては中和抗体であるＣＡＴ−３５４等が挙げられる。【００４５】
また、本発明で得られるＡＤの発症に関連する遺伝情報はＡＤの遺伝子治療に利用され得る。例えば本発明の診断方法を実施した結果、解析対象の多型がＡＤの発症リスクを高める遺伝子型であった場合に、発症リスクの低い遺伝子型を有する遺伝子を生体内に導入して発現させれば、ＡＤ症状の軽減、発症の抑制、発症リスクの軽減等をもたらし得る。また、発症リスクの高い遺伝子型を有する遺伝子のｍＲＮＡに対するアンチセンス鎖を導入し、当該ｍＲＮＡの発現を抑制する方法によっても、同様の治療効果が期待される。【００４６】
遺伝子又はアンチセンス鎖の導入は例えば、遺伝子導入用プラスミド又はウイルスベクターを用いた方法、エレクトロポーレーション（Ｐｏｔｔｅｒ，Ｈ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１，７１６１−７１６５（１９８４））、超音波マイクロバブル（Ｌａｗｒｉｅ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ７，２０２３−２０２７（２０００））、リポフェクション（Ｆｅｌｇｎｅｒ，Ｐ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８４，７４１３−７４１７（１９８４））、マイクロインジェクション（Ｇｒａｅｓｓｍａｎｎ，Ｍ．＆  Ｇｒａｅｓｓｍａｎｎ，Ａ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７３，３６６−３７０（１９７６））等の方法により行うことができる。これらの方法を利用して所望の遺伝子等を生体に対して直接的に導入（ｉｎ  ｖｉｖｏ法）又は間接的に導入（ｅｘ  ｖｉｖｏ法）することができる。【００４７】
本発明は、また、上述したＡＤ関連遺伝子の一塩基多型を検出する上記プローブ又はプライマーを含むＡＤの罹患危険率を判定するための遺伝子多型検出用キット、又はＡＤ診断用キットを提供する。【００４８】
本発明は、また、一塩基多型を含むＡＤ関連遺伝子とハイブリダイズするＤＮＡを固定したアトピー性皮膚炎の診断用チップを提供する。ここで、一塩基多型を含むＡＤ関連遺伝子は、上記したＡＤ関連遺伝子であり、一塩基多型を含むＡＤ関連遺伝子とハイブリダイズするＤＮＡは、上記したＡＤ関連遺伝子のＳＮＰｓのそれぞれとハイブリダイズする塩基配列である。【００４９】
以下に本発明を、実施例によりさらに詳細に説明するが、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。
実施例で使用する各略号の意味は、次のとおりである。
Ａ：アデニン
Ｃ：シトシン
Ｇ：グアニン
Ｔ：チミン
【実施例１】
【００５０】
ＡＤ患者のＭＣＣ遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人ＡＤ患者３５９名、及び健常人１１２名を用い、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目のＳＮＰｓの解析を行った。すなわち、各人から末梢血リンパ球を採取し、ＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）によりＤＮＡを抽出し、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＭＣＣ遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。解析に当たり、まず、以下のプライマーを用い、ＰＣＲ法によりＭＣＣ遺伝子の３２５５Ｇ／Ａを含むＤＮＡを増幅させた。
プライマー：
５’−ＣＡＧＡＧＴＣＴＡＡＧＴＣＡＣＡＴＧＡＣＣ−３’（配列表：配列番号６）
５’−ＴＧＡＣＣＡＧＡＧＴＧＡＴＣＣＡＣＴＣＣ−３’（配列表：配列番号７）
増幅されたそれぞれのＤＮＡに制限酵素ＢｓｔＸＩを作用させ、切断されたＤＮＡ断片を、４％アガロースゲルを用い電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、解析を行った。なお、解析条件は、ヘテロ接合体とホモ接合体との組み合わせ、あるいはホモ接合体単独でＡＤ患者における比率が健常人に比べて大幅に高くなる条件を選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体とのデータの組み合わせ及び他方のホモ接合体のデータとをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目のＳＮＰの場合、ＡＡ＋ＡＧ及びＧＧ間で解析を行った。また、分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００５１】
［結果］
ＡＤ及び健常人について、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の配列をＰＣＲ−ＲＦＬＰ法により解析し、ＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）に分類した結果、ＧＧの配列を持ったヒトの場合は、ＡＧ＋ＡＡの配列を持ったヒトに比べ、ＡＤ罹患率は高かったが（表１）、そのオッズ比は必ずしも大きくはなかった（オッズ比＝１．８８、ｐ＜０．００４）。この結果は、既報（非特許文献１４）と一致するものの、他に今回の結果と一致しない報告もある（非特許文献１６、１７）。
表１乃至表５は、実施例１乃至実施例５におけるＡＤとＭＣＣ遺伝子、ＦｃεＲＩβ鎖遺伝子、ＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子、ＲＡＮＴＥＳ−２８遺伝子、ＩＬ−１３遺伝子それぞれの単独遺伝子多型の関連解析を示す。【００５２】
【表１】
0004842256.tif 000002
【実施例２】
【００５３】
ＡＤ患者のＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人ＡＤ患者３９５名、及び健常人１７５名を用い、ＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目のＳＮＰｓの解析を行った。すなわち、各人から末梢血リンパ球を採取し、ＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）によりＤＮＡを抽出し、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。解析に当たり、まず、以下のプライマーを用い、ＰＣＲ法によりＭＣＣ遺伝子の１３４３Ａ／Ｇを含むＤＮＡを増幅させた。
プライマー：
５’−ＣＡＧＡＡＴＧＴＴＣＴＣＡＴＧＡＣＴＧＡＡＴＴＧ−３’（配列表：配列番号８）
５’−ＣＡＡＧＴＡＣＡＧＡＧＣＡＧＡＣＡＡＣＴＧ−３’（配列表：配列番号９）
増幅されたそれぞれのＤＮＡに制限酵素ＲｓａＩを作用させ、切断されたＤＮＡ断片を、４％アガロースゲルを用い電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、解析した。なお、解析条件は、ヘテロ接合体とホモ接合体との組み合わせ、あるいはホモ接合体単独でＡＤ患者における比率が健常人に比べて大幅に高くなる条件を選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体とのデータの組み合わせ及び他方のホモ接合体のデータとをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目のＳＮＰｓの場合、ＡＡ＋ＡＧ及びＧＧ間で解析を行った。また、分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００５４】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目の配列をＰＣＲ−ＲＦＬＰ法により解析し、ＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）に分類した結果、ＡＧ＋ＡＡの配列を持ったヒトの場合は、ＧＧの配列を持ったヒトに比べ、ＡＤ罹患率は高かったが（表２）、そのオッズ比は必ずしも大きくはなかった（オッズ比＝１．５９、ｐ＜０．０２８）。【００５５】
【表２】
0004842256.tif 000003
【実施例３】
【００５６】
ＡＤ患者のＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人ＡＤ患者５１５名、及び健常人１７７名を用い、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目のＳＮＰｓの解析を行った。すなわち、各人から末梢血リンパ球を採取し、ＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）によりＤＮＡを抽出し、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＲＡＮＴＥＳ遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。解析に当たり、まず、以下のプライマーを用い、ＰＣＲ法によりＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３Ｇ／Ａを含むＤＮＡを増幅させた。
プライマー：
５’−ＧＣＣＴＣＡＡＴＴＴＡＣＡＧＴＧＴＧ−３’（配列表：配列番号１０）
５’−ＴＧＣＴＴＡＴＴＣＡＴＴＡＣＡＧＡＴＧＴＴ−３’（配列表：配列番号１１）
増幅されたそれぞれのＤＮＡに制限酵素ＭａｅＩＩＩを作用させ、切断されたＤＮＡ断片を、４％アガロースゲルを用い電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、解析した。なお、解析条件は、ヘテロ接合体とホモ接合体との組み合わせ、あるいはホモ接合体単独でＡＤ患者における比率が健常人に比べて大幅に高くなる条件を選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体とのデータの組み合わせ及び他方のホモ接合体のデータとをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子のＳＮＰｓの場合、ＡＡ＋ＡＧ及びＧＧ間で解析を行った。また、分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００５７】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の配列をＰＣＲ−ＲＦＬＰ法により解析し、ＡＡ＋ＡＧの場合とそれ以外（ＧＧ）に分類した結果、ＡＡ＋ＡＧの配列を持ったヒトの場合は、ＧＧの配列を持ったヒトに比べ、ＡＤ罹患率は高かったが（表３）、そのオッズ比は必ずしも大きくはなかった（オッズ比＝１．４２、ｐ＜０．０４３）。【００５８】
【表３】
0004842256.tif 000004
【実施例４】
【００５９】
ＡＤ患者のＲＡＮＴＥＳ−２８遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人ＡＤ患者３８９名、及び健常人１７７名を用い、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目のＳＮＰｓの解析を行った。すなわち、各人から末梢血リンパ球を採取し、ＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）によりＤＮＡを抽出し、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＲＡＮＴＥＳ遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。解析に当たり、まず、以下のプライマーを用い、ＰＣＲ法によりＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８Ｇ／Ｃを含むＤＮＡを増幅させた。
プライマー：
５’−ＴＧＣＡＡＴＴＴＣＡＣＴＴＡＴＧＡＴＡＣＣＧ−３’（配列表：配列番号１２）
５’−ＡＧＣＴＣＡＧＧＣＴＧＧＣＣＣＴＴＴＡＴ−３’（配列表：配列番号１３）
増幅されたそれぞれのＤＮＡに制限酵素Ｍｎ１Ｉを作用させ、切断されたＤＮＡ断片を、４％アガロースゲルを用い電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、解析した。なお、解析条件は、ヘテロ接合体とホモ接合体との組み合わせ、あるいはホモ接合体単独でＡＤ患者における比率が健常人に比べて大幅に高くなる条件を選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体とのデータの組み合わせ及び他方のホモ接合体のデータとをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＲＡＮＴＥＳ−２８遺伝子のＳＮＰｓの場合、ＧＧ＋ＧＣ及びＣＣ間で解析を行った。また、分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００６０】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の配列をＰＣＲ−ＲＦＬＰ法により解析し、ＧＧ＋ＧＣの場合とそれ以外（ＣＣ）に分類した結果、ＧＧ＋ＧＣの配列を持ったヒトの場合は、ＣＣの配列を持ったヒトに比べ、ＡＤ罹患率は高かったが（表４）、そのオッズ比は必ずしも大きくはなかった（オッズ比＝１．９５、ｐ＜０．００１）。【００６１】
【表４】
0004842256.tif 000005
【実施例５】
【００６２】
ＡＤ患者のＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人ＡＤ患者２４５名、及び健常人１７４名を用い、ＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目のＳＮＰｓの解析を行った。すなわち、各人から末梢血リンパ球を採取し、ＩｓｏＱｕｉｃｋ  ｋｉｔ（ＯＲＣＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．）によりＤＮＡを抽出し、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。解析に当たり、まず、以下のプライマーを用い、ＰＣＲ法によりＩＬ−１３遺伝子の４２５７Ｇ／Ａを含むＤＮＡを増幅させた。
プライマー：
５’−ＧＡＣＣＴＣＴＴＴＧＴＣＣＴＧＣＡＧＣＡ−３’（配列表：配列番号１４）
５’−ＧＣＴＴＴＣＧＡＡＧＴＴＴＣＡＧＴＡＧＴＡＣ−３’（配列表：配列番号１５）
増幅されたそれぞれのＤＮＡに制限酵素ＳｃａＩを作用させ、切断されたＤＮＡ断片を、４％アガロースゲルを用い電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、解析した。なお、解析条件は、ヘテロ接合体とホモ接合体との組み合わせ、あるいはホモ接合体単独でＡＤ患者における比率が健常人に比べて大幅に高くなる条件を選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体とのデータの組み合わせ及び他方のホモ接合体のデータとをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓの場合、ＡＧ＋ＡＡ及びＧＧ間で解析を行った。また、分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００６３】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目の配列をＰＣＲ−ＲＦＬＰ法により解析し、ＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）に分類した結果、ＡＧ＋ＡＡの配列を持ったヒトの場合は、ＧＧの配列を持ったヒトに比べ、ＡＤ罹患率は高かったが（表５）、そのオッズ比は必ずしも大きくはなかった（オッズ比＝１．７９、ｐ＜０．００４）。【００６４】
【表５】
0004842256.tif 000006
【実施例６】
【００６５】
ＡＤ患者のＭＣＣ及びＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人のＡＤ患者２４２名、及び健常人１１０名から末梢血リンパ球を採取し、実施例１及び実施例２に記載した方法と同様に、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法によるＭＣＣ遺伝子、及びＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓ解析を行った。なお、解析条件は、実施例１、及び実施例２において導いたホモ接合体とヘテロ接合体との組み合わせ、他方のヘテロ接合体をそれぞれ選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体の組合せ、及び他方のホモ接合体とをそれぞれ組合せたデータをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＭＣＣ遺伝子とＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓの場合、最も高いオッズ比を示したＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目の塩基がＧＧのヒトとの組合せ、及びＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＧＧのヒトとＦｃεＲＩ遺伝子の１３４３番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとの組合せの解析結果を示す。分割表解析（Ｃｏｎｔｉｎｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅｓ）の算出はＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた）。【００６６】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＭＣＣ遺伝子及びＦｃεＲＩβ遺伝子の各々３２５５番目及び１３４３番目の塩基のＳＮＰsについて解析し、各遺伝子のアレルがＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）の場合に分類し、分類された各群の組み合わせのグループでのＡＤ罹患率を求め、オッズ比を求めた結果、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基のＳＮＰsがＧＧであり、かつＦｃεＲＩβ遺伝子の１３４３番目の塩基のＳＮＰsがＧＧ以外（ＡＧ又はＡＡ）の群（Ｎ＝５４）でＡＤ罹患率が高く、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰsがＧＧ以外（ＡＧ又はＡＡ）で、かつＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰsがＧＧの群（Ｎ＝１２２）に対するオッズ比は４．８２（ｐ＜０．００１）であった（表６）。【００６７】
【表６】
0004842256.tif 000007
【実施例７】
【００６８】
ＡＤ患者のＭＣＣ及びＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人のＡＤ患者３４５名、及び健常人１１１名から末梢血リンパ球を採取し、実施例１、及び実施例３に記載した方法と同様に、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＭＣＣ遺伝子及びＲＡＮＴＥＳ遺伝子（−４０３番目の塩基）のＳＮＰｓ解析を行った。なお、解析条件は、実施例１、及び実施例３において導いたホモ接合体とヘテロ接合体の組み合わせ、及び他方のヘテロ接合体をそれぞれ選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体の組合せ、及び他方のホモ接合体とをそれぞれ組合せたデータをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＭＣＣ遺伝子とＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子のＳＮＰｓの場合、最も高いオッズ比を示したＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の塩基がＧＧのヒトとの組合せ、及びＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＧＧのヒトとＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとの組合せの解析結果を示す。分割表解析（Ｃｏｎｔｉｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅ）の算出は  ＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた。）【００６９】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＭＣＣ遺伝子３２５５番目の塩基及びＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の塩基のＳＮＰsについて解析し、各遺伝子のアレルがＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）場合に分類し、分類された各群の組み合わせのグループでのＡＤ罹患率を求め、オッズ比を求めた結果、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基のＳＮＰsがＧＧであり、かつＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の塩基のＳＮＰsがＧＧ以外（ＡＧ又はＡＡ）の群（Ｎ＝１２８）でＡＤ罹患率が高く、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰsがＧＧ以外（ＡＧ又はＡＡ）で、かつＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−４０３番目の塩基のＳＮＰsがＧＧの群（Ｎ＝９３）に対するオッズ比は２．４８（ｐ＜０．００３）であった（表７）。【００７０】
【表７】
0004842256.tif 000008
【実施例８】
【００７１】
ＡＤ患者のＭＣＣ及びＲＡＮＴＥＳ−２８遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人のＡＤ患者２５０名、及び健常人１１２名から末梢血リンパ球を採取し、実施例１、及び実施例４に記載した方法と同様に、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＭＣＣ遺伝子及びＲＡＮＴＥＳ遺伝子（−２８番目の塩基）のＳＮＰｓ解析を行った。なお、解析条件は、実施例１、及び実施例４において導いたホモ接合体とヘテロ接合体の組み合わせ、及び他方のヘテロ接合体をそれぞれ選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体の組合せ、及び他方のホモ接合体とをそれぞれ組合せたデータをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＭＣＣ遺伝子とＲＡＮＴＥＳ遺伝子（−２８番目の塩基）のＳＮＰｓの場合、最も高いオッズ比を示したＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の塩基がＣＣのヒトとの組合せ、及びＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＧＧのヒトとＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の塩基がＧＧ＋ＣＧのヒトとの組合せの解析結果を示す。分割表解析（Ｃｏｎｔｉｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅ）の算出は  ＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた。）【００７２】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基及びＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の塩基のＳＮＰsについて解析し、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目のアレルがＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）場合、またＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目のアレルがＣＣの場合とそれ以外（ＧＧ＋ＣＧ）の場合に分類し、分類された各群の組み合わせのグループでのＡＤ罹患率を求め、オッズ比を求めた結果、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基のＳＮＰsがＧＧであり、かつＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の塩基のＳＮＰsがＣＣ以外（ＧＧ又はＣＧ）の群（Ｎ＝５５）でＡＤ罹患率が高く、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰsがＧＧ以外（ＡＧ又はＡＡ）で、かつＲＡＮＴＥＳ遺伝子の−２８番目の塩基のＳＮＰsがＣＣの群（Ｎ＝１１７）に対するオッズ比は４．３９（ｐ＜０．００１）であった（表８）。【００７３】
【表８】
0004842256.tif 000009
【実施例９】
【００７４】
ＡＤ患者のＭＣＣ及びＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓ解析
［方法］
日本人のＡＤ患者１１４名、及び健常人１１１名から末梢血リンパ球を採取し、実施例１、及び実施例５に記載した方法と同様に、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法でＭＣＣ遺伝子及びＩＬ−１３遺伝子（４２５７番目の塩基）のＳＮＰｓ解析を行った。なお、解析条件は、実施例１、及び実施例５において導いたホモ接合体とヘテロ接合体の組み合わせ、及び他方のヘテロ接合体をそれぞれ選択し、データの解析は、これらホモ接合体とヘテロ接合体の組合せ、及び他方のホモ接合体とをそれぞれ組合せたデータをＡＤ患者及び健常人の間で比較することにより行った。ＭＣＣ遺伝子とＩＬ−１３遺伝子（４２５７番目の塩基）のＳＮＰｓの場合、最も高いオッズ比を示したＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＡＡ＋ＡＧのヒトとＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目の塩基がＧＧのヒトとの組合せ、及びＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基がＧＧのヒトとＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目の塩基がＡＧ＋ＡＡのヒトとの組合せの解析結果を示す。分割表解析（Ｃｏｎｔｉｇｅｎｃｙ  ｔａｂｌｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、及び、オッズ比、９５％信頼区間、Ｐ値（ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｖａｌｕｅ）の算出は  ＳＰＳＳ  ｐｒｏｇｒａｍ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０．０を用い実施した（Ｐ値の算出は、χ２検定又はＦｉｓｈｅｒの直接確率法を用いた。）【００７５】
［結果］
ＡＤ患者及び健常人について、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基及びＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目の塩基のＳＮＰｓについて解析し、ＭＣＣ遺伝子のアレルがＧＧの場合とそれ以外（ＡＡ＋ＡＧ）の場合に、またＩＬ−１３遺伝子のアレルがＧＧの場合とそれ以外（ＡＧ＋ＡＡ）に分類し、分類された各群の組み合わせのグループでのＡＤ罹患率を求め、オッズ比を求めた結果、ＭＣＣ遺伝子の３２５５番目の塩基のＳＮＰｓがＧＧであり、かつＩＬ−１３遺伝子の４２５７番目の塩基のＳＮＰｓがＡＧ又はＡＡの群（Ｎ＝６２）でＡＤ罹患率が高く、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰｓがＧＧ以外（ＡＡ又はＡＧ）で、かつＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓがＧＧの群（Ｎ＝６３）に対するオッズ比は３．３１（ｐ＝０．００１）であった（表９）。【００７６】
【表９】
0004842256.tif 000010
【００７７】
実施例１乃至５の結果は、それぞれＭＣＣ遺伝子単独の解析（オッズ比＝１．８８、ｐ＜０．００４）、ＦｃεＲＩβ遺伝子単独の解析（オッズ比＝１．５９、ｐ＜０．０２８）、ＲＡＮＴＥＳ−４０３遺伝子単独の解析（オッズ比＝１．４２、ｐ＜０．０４３）、ＲＡＮＴＥＳ−２８遺伝子単独の解析（オッズ比＝１．９５、ｐ＜０．００１）、及びＩＬ−１３遺伝子単独の解析（オッズ比＝１．７９、ｐ＜０．００４）によりＡＤの罹患危険率をある程度予測できることを示す。
一方、実施例６乃至９に示すように、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰｓ解析に加え、ＦｃεＲＩβ遺伝子のＳＮＰｓ，あるいはＲＡＮＴＥＳ遺伝子（−４０３番目、及び２８番目）のＳＮＰｓ、或いはＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓをそれぞれ組み合わせて解析することにより、ＡＤの罹患危険率をより高精度で診断できることを示す。
さらに、ＭＣＣがＡＤの病態に関与し、ＭＣＣ阻害剤がＡＤモデルで有効であることや、ＩｇＥがＡＤにおいて重要であるという事実や、ＩｇＥのアンタゴニストがアレルギーのモデルで有効であることを考えると、ＭＣＣ遺伝子のＳＮＰｓとＦｃεＲＩβ遺伝子、或いはＲＡＮＴＥＳ遺伝子、或いはＩＬ−１３遺伝子のＳＮＰｓを組み合わせて解析した結果、ＡＤの罹患危険率が高い組み合わせであった患者においては、ＭＣＣ阻害剤やＩｇＥの機能を抑制する抗ＩｇＥ抗体、ＲＡＮＴＥＳ或いはＩＬ−１３の機能を抑制する薬剤の投与が効率的な投与法になることを示している（表１０）。
また、この診断法を用いればまた、血中ＩｇＥ値が上昇しないｎｏｎ−ａｌｌｅｒｇｉｃ  ｔｙｐｅ或いはｉｎｔｒｉｎｉｓｉｃ  ｔｙｐｅと呼ばれるＡＤ患者の検出も可能であり、これらの患者に対する適切な治療法を決定することもできると考えられる。【００７８】
【表１０】
0004842256.tif 000011
【産業上の利用可能性】
【００７９】
本発明の方法は、患者から採決した血液成分の遺伝子型を測定することにより、ＡＤの相対罹患危険率を予測でき、ＡＤの診断に利用できる。
【図１】
0004842256.tif 000012
【図２】
0004842256.tif 000013
【配列表】
0004842256000001.app