(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
期間内に採取された複数のサンプルから得られた、メタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分からなる群から選択される二種以上の成分の、関連づけをするための方法であって、
ａ）前記複数のサンプルのうちの各サンプルをクロマトグラフィーによって、各々が１種または複数の化合物に関連する保持時間範囲により定義される複数のアリコートに分離して、前記化合物の保持時間値を得るステップと、
ｂ）前記アリコートの各々について、前記保持時間範囲内の１種または複数の前記化合物に関連する１つまたは複数の質量値を有する質量分析を得て、各前記化合物の質量値を得るステップと、
ｃ）各アリコートを、核磁気共鳴、ＦＴ−ＩＲ、ＵＶ／ＶＩＳ分光光度法、蛍光および化学発光からなる群から選択される少なくとも１つのさらなる方式の分析に供して、前記化合物の各々についてさらなる分析値を得て、前記サンプル中の前記１種または複数の化合物を複数の前記保持時間値、複数の前記質量値、および前記さらなる分析値により関連づけて、経時的な、前記複数のサンプルのうちの異なるサンプルからの値の比較を容易にするステップと、
ｄ）複数の前記保持時間値、複数の前記質量値、前記さらなる分析値、および異なるサンプリング時間における前記サンプル中の前記化合物の経時的濃度変化を得るステップと、
ｅ）複数の前記保持時間値、複数の前記質量値、前記さらなる分析値、および或るサンプリング時間における前記サンプル中の前記化合物の前記経時的濃度変化を、前記サンプリング時間に関連づけられた複数の前記保持時間値によりリンクされた各サンプルのメタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分からなる群から選択される一種以上の成分に、関連づけをするステップと、
ｆ）複数の前記保持時間値にリンクされた前記メタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分のうち二種以上から選択された二種以上の成分を比較して、前記成分中の変化を決定するステップと
を含むことを特徴とする、サンプル中の１種または複数の化合物を同定する方法。
【請求項２】
少なくとも１つの方式の分析が前記複数のサンプル中の濃度または相対濃度に関係する値をもたらす請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記複数のサンプルを経時的に採取し、前記１種または複数の化合物が質量および保持時間値により同定され、経時的な濃度の変化によりさらに同定される請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記１種または複数の化合物を同様な値のデータベースと比較して、前記化合物の推定上の同一性を確定する請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記クロマトグラフィーが液体クロマトグラフィー、超臨界流体クロマトグラフィーおよびガスクロマトグラフィーからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記液体クロマトグラフィーがサイズ排除、イオン交換、逆相および順相からなる群から選択される請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記質量分析がＭＡＬＤ−ＴＯＦ、ＥＩ−ＭＳ、ＥＳＩ−ＭＳおよびＥＳＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＡＰＣＩ−ＭＳおよびＡＰＣＩ−ＭＳ／ＭＳ、光イオン化ＭＳおよびＭＳ／ＭＳからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記複数のサンプルが、薬物を投与した１人または複数の人の生体組織、血液、および尿由来のものである請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記保持時間値、質量値および相対濃度により同定される前記複数の化合物のうちの少なくともひとつが前記薬物である請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記薬物が代謝されて第１の代謝物を生成し、前記第１の代謝物が前記薬物が代謝されるときに経時的に濃度の増加を示す請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
期間内に採取される複数のサンプルから得られた、メタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分からなる群から選択される二種以上の成分の、関連づけをするための装置であって、
ａ）１種または複数の化合物の保持時間を得るために、クロマトグラフィーにより、サンプル中の１種または複数の化合物に関連する保持時間範囲別に、前記複数のサンプルのうちの各サンプルを、複数のアリコートに分離する手段と、
ｂ）前記１種または複数の化合物に関連する前記１つまたは複数の質量値を生じさせる、前記アリコートの各々の質量分析を得るための手段と、
ｃ）前記１種または複数の化合物に関連づけられたさらなる分析値を生じさせる、核磁気共鳴、ＦＴ−ＩＲ、ＵＶ／ＶＩＳ分光光度法、蛍光および化学発光からなる群から選択される少なくとも１つのさらなる方式の分析に各アリコートを供する手段と、
ｄ）前記保持時間の値、前記質量分析の値、前記さらなる分析値、および異なるサンプリング時間における前記サンプル中の前記化合物の経時的濃度変化を得るための手段と、
ｅ）経時的に、異なるサンプルからの前記複数の値を比較することを促進するために、前記化合物の前記保持時間値を前記質量値および前記１つまたは複数のさらなる分析値と関連させるためのコンピュータ手段と、
ｆ）複数の前記保持時間の値、複数の前記質量分析の値、前記さらなる分析値、および或るサンプリング時間における前記サンプル中の前記化合物の前記経時的濃度変化を、前記サンプリング時間に関連づけられた複数の前記保持時間の値によりリンクされた各サンプルのメタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分からなる群から選択される一種以上の成分に、関連づけをするための手段と、
ｇ）複数の前記保持時間値にリンクされた前記メタボノーム、プロテオーム、およびゲノム成分のうち二種以上から選択された二種以上の成分を比較して、前記成分中の変化を決定するための手段と
を含む、装置。
【請求項１２】
前記複数のサンプルをある方式の分析に供する少なくとも１つの手段が前記サンプル中の濃度または相対濃度に関連させることができる値を生じさせる請求項１１に記載の装置。
【請求項１３】
前記装置が経時的に前記複数のサンプルを受け、前記質量値および保持時間値により同定される１種または複数の化合物が経時的な濃度の変化によりさらに同定される請求項１１に記載の装置。
【請求項１４】
前記コンピュータ手段が前記１種または複数の化合物を同様な値のデータベースと比較して、前記複数の化合物の推定上の同一性を確定する請求項１１に記載の装置。
【請求項１５】
前記クロマトグラフィーが液体クロマトグラフィー、超臨界流体クロマトグラフィーおよびガスクロマトグラフィーからなる群から選択される請求項１１に記載の装置。
【請求項１６】
前記液体クロマトグラフィーがサイズ排除、イオン交換、逆相および順相からなる群から選択される請求項１１に記載の装置。
【請求項１７】
前記質量分析がＭＡＬＤ−ＴＯＦ、ＥＩ−ＭＳ、ＥＳＩ−ＭＳおよびＥＳＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＡＰＣＩ−ＭＳおよびＡＰＣＩ−ＭＳ／ＭＳ、光イオン化ＭＳおよびＭＳ／ＭＳからなる群から選択される請求項１１に記載の装置。
【請求項１８】
前記装置が、前記サンプルを薬物を投与した１人または複数の人の生体組織、血液、および尿から誘導するための、サンプル調製手段を含む、請求項１１に記載の装置。
【請求項１９】
保持時間、質量スペクトルおよび相対濃度を用いて、前記コンピュータ手段によって同定される少なくとも１つの化合物が前記薬物である請求項１１に記載の装置。
【請求項２０】
前記薬物が代謝されて第１の代謝物を生成し、前記第１の代謝物が前記薬物が代謝されるときに経時的に濃度の増加を示す請求項１９に記載の装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２００２年１０月９日に提出された米国仮出願番号６０／４１７３６６（代理人処理番号ＷＡＡ−３０７）の恩典を主張する。本出願はまた、２００２年１１月２７日に提出された米国仮出願番号６０／４２９８５１（代理人処理番号ＷＡＡ−３１０）の恩典を主張する。前述の出願の全内容は、参照して本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、分析および体内の薬物の代謝を理解することが望ましい製剤分析の分野に関する。
【背景技術】
【０００３】
研究者および医療従事者は、身体が生物学的作用を有する化合物を代謝する方法を理解することを望んでいる。そのような理解により、研究者および医療従事者は毒性および／または治療効果を理解することができる。そのような理解により、研究者および医療従事者はさらなる活性な化合物を、適切な薬物による制御または修飾の可能性を有するさらなる化学的経路を特定し、あるいは他の薬物または化学物質との薬物相互作用の可能性を提案することができる。
【０００４】
しかし、生存している生物の代謝は複雑である。そして、生物に投与した組成物の標識は不完全な結果をもたらす可能性がある。必ずしも標識されていないが、代謝経路に役割を有する可能性がある化合物の濃度の変化に関する情報を有することが望ましい。
【発明の開示】
【０００５】
本発明の実施形態は、サンプル中の１種または複数の化合物を同定するための方法および装置を対象とする。方法を対象とする一実施形態は、サンプルをクロマトグラフィーによって、保持時間範囲により定義される複数のアリコートに分離する段階を含む。各保持時間範囲は、サンプル中の化合物の保持時間値を生じさせる１種または複数の化合物に関連する。次に、前記アリコートの各々の質量分析を行う。各質量分析は、各化合物の質量値を生じさせる保持時間範囲内の１種または複数の化合物に関連する１つまたは複数の質量値を有する。次に、各アリコートを少なくとも１つのさらなる方式の分析に供して、各化合物のさらなる分析値を得る。したがって、サンプル中の１種または複数の化合物は、保持時間、質量スペクトル値およびさらなる分析値により同定される。これらの値は、経時的な、異なるサンプルからの値または正常値との比較を容易にする。
【０００６】
本明細書で用いているように、「アリコート」という用語は、より大きいサンプルの一部という通常の化学的意味で用いる。「クロマトグラフィー」という用語は、化合物が固定相を通して、またはその上を移動する速度が異なる結果としての混合物のその成分化合物への分離を指す。本明細書で用いているように、「保持時間範囲」という用語は、クロマトグラフ装置を通る混合物の流れにおけるある点を通過する問題のピークまたはバンドにより定義される期間を指す。
【０００７】
「質量分析」という用語は、化合物の質量を測定する方法および過程を指す。質量分析は、通常、アリコートまたはサンプルに関連する１つまたは複数の質量を決定する。すなわち、１つの化合物は、その化合物のフラグメントによる複数の質量値を有する可能性がある。そのような化合物の質量スペクトルは、複数の質量値を有する可能性がある。
【０００８】
本明細書で用いているように、さらなる分析値は、化合物の１つまたは複数の特性値を生じさせるかなり多数の技術または方法を含む。好ましくは、さらなる方式の分析である少なくとも１つの方式の分析は、前記サンプル中の濃度または相対濃度に関連づけることができる値を生じさせる。複数のサンプルを経時的に採取する場合、質量および保持時間値により同定される１種または複数の化合物を好ましくは経時的な濃度の変化によりさらに同定する。
【０００９】
本発明の方法は、化合物の推定上の同一性を確定するために、サンプル中の１種または複数の化合物の値を同様な値のデータベースと比較する特別な適用例を有する。
【００１０】
本発明の方法は、薬物投与した、または疾患の進行を追跡するために、１人または複数の人からの生物学的組織からサンプルを得るさらなる適用例を有する。本方法は、少なくとも１つの化合物、すなわち薬物、代謝物またはタンパク質を保持時間値、質量値および相対濃度により同定することを可能にする。薬物が代謝されて代謝物を生ずる場合、本方法は、前記薬物が代謝されるときの経時的な濃度の増加による代謝物の同定を可能にする。あるいは、疾患状態が特定の代謝物もしくはタンパク質、またはその非存在によって特徴づけられる場合、そのような代謝物もしくはタンパク質を時間にわたってモニターすることができる。
【００１１】
本発明の実施形態は、識別子および濃度範囲により、生物の全代謝構成要素（メタボノーム）または全タンパク質構成要素（プロテオーム）の確定を可能にする。したがって、本発明は、プトテオミックおよびメタボノミック研究のツールとして有用である。
【００１２】
本発明のさらなる実施形態は、複数のサンプル中の少なくとも１つの化合物を同定するための装置を特徴とする。装置は、サンプルをクロマトグラフィーにより複数のアリコートに分離する手段を含む。サンプルを複数のアリコートに分離する手段は、サンプル中の１種または複数の化合物に関連する保持時間範囲によってそのようにする。分離は、各化合物の保持時間を生じさせる。装置はさらに、前記アリコートの各々の質量分析を得る手段を含む。質量分析を得る手段は、化合物に関連する１つまたは複数の質量値を生じさせる。装置はさらに、各アリコートを少なくとも１つのさらなる方式の分析に供する手段を含む。少なくとも１つのさらなる方式の分析は、化合物に関連するさらなる分析値を生じさせる。装置はさらに、値を比較することを促進するために、化合物の各々の保持時間値を質量値および１つまたは複数のさらなる分析値と関連づけるコンピュータ手段を含む。本明細書で用いているように、値を比較することという用語は、標準、または正常値、疾患状態に一致する値、または時間にわたる同じ人の、もしくは異なるサンプルの値に対して行う比較を含む。
【００１３】
好ましくは、装置は、サンプルを、サンプル中の濃度または相対濃度に関連づけることができる値を生ずる方式の分析に供する少なくとも１つの手段を有する。装置が経時的に複数のサンプルを受ける場合、質量および保持時間により同定される１種または複数の化合物を経時的な濃度の変化によりさらに同定する。
【００１４】
上で用いたように、「コンピュータ手段」は、パーソナルおよび汎用大型コンピュータ手段に対して一般的な意味で用いる。コンピュータ手段は、前記化合物の推定上の同一性を確定するために、前記１種または複数の化合物を同様な値のデータベースと比較する。
【００１５】
好ましくは、クロマトグラフィーは、液体クロマトグラフィー、超臨界流体クロマトグラフィーおよびガスクロマトグラフィーからなる群から選択される。本明細書で用いているように、液体クロマトグラフィーは、限定せずに例として、サイズ排除、イオン交換、逆相および順相クロマトグラフィーを含む。
【００１６】
本明細書で用いているように、質量分析は、限定せずに例として、ＭＡＬＤ−ＴＯＦ、ＥＩ−ＭＳ、ＥＳＩ−ＭＳおよびＥＳＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＡＰＣＩ−ＭＳおよびＡＰＣＩ−ＭＳ／ＭＳ、光イオン化ＭＳおよびＭＳ／ＭＳを含む。
【００１７】
好ましくは、さらなる方式の分析は、限定せずに例として、質量分析、核磁気共鳴、ＦＴ−ＩＲ、ＵＶ／ＶＩＳ分光光度法、蛍光および化学発光を含む。
【００１８】
装置は、サンプルが、薬物を投与した、または疾患の症状を示す１人または複数の人の生物学的組織から得られる特別な適用例を有する。
【００１９】
装置は、保持時間、質量スペクトルおよび相対濃度により同定される化合物の同定に特別な有用性を有する。化合物は、薬物、薬物代謝物、正常もしくは異常なタンパク質または代謝物であってよい。
【００２０】
本発明のさらなる特徴および利点は、以下の図面、詳細な説明および実施例について述べる。
【００２１】
（発明の詳細な説明）
図１は本発明の特徴を具体化する装置を示す図である。
図２ａ、図２ｂ、図２ｃ、図２ｄ、図２ｅ、図２ｆおよび図２ｇは、本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
図３は本発明の特徴を示す質量イオン化を示す図である。
【００２２】
本発明は、生物のプロテオームおよびメタボノームの包括的、すなわち大規模な比較のための方法および装置に関する。本発明の方法および装置は、経時的な生物のプロテオームおよびメタボノームにおける１つもしくは複数の変化、または正常標準もしくは対照の開発、ならびに生物が置かれている物理的環境またはそれが摂取する薬物の変化の研究を促進する。
【００２３】
本発明の特徴を具体化する装置に関して、本発明を詳細に記載することとする。当業者は、好ましい実施形態の記述およびそれを示す図面を明確に理解するであろう。本発明は、変更および修正を受けるので、記述および図面の正確な詳細に限定すべきでない。
【００２４】
図１に目を向けると、数字１１によって一般的に示される複数のサンプル中の少なくとも１つの化合物を同定するための装置を示す。装置１１は、次の主要な構成要素、すなわち、クロマトグラフィーアセンブリ１５、質量分析計アセンブリ１７、ＵＶ検出器アセンブリ１９のような第３の分析システムおよびコンピュータ２１から構成されている。
【００２５】
クロマトグラフィーアセンブリ１５、質量分析計アセンブリ１７およびＵＶ検出器アセンブリ１９は、導管２３および２５を介して流体連結されている。質量分析計アセンブリ１７とＵＶ検出器アセンブリ１９の順序は個人的な好みの問題であり、逆にすることができることは理解されよう。保持値、質量値およびＵＶデータ値は、線３１、３３および３５を介してコンピュータ２１に伝達される。コンピュータと分析装置は無線網等を介して通信することもでき、線３１、３３および３５はすべての形の通信を表すためのものであることは認識されよう。
【００２６】
１つまたは複数のサンプルがクロマトグラフィーアセンブリ１５により受け入れられる。クロマトグラフィーアセンブリ１５は、サンプルをクロマトグラフィーにより複数のアリコートに分離する。好ましくは、クロマトグラフィーは、液体クロマトグラフィー、超臨界流体クロマトグラフィーおよびガスクロマトグラフィーからなる群から選択される。本明細書で用いているように、液体クロマトグラフィーは、限定せずに例として、サイズ排除、イオン交換、逆相および順相クロマトグラフィーを含む。１つの好ましいクロマトグラフィーアセンブリ１５は、適切なカラムおよび検出器を装着したＡＬＬＩＡＮＣＥ（登録商標）オートサンプラおよびポンプアセンブリ（Ｗａｔｅｒ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、米国マサチューセッツ州ミルフォード）である。
【００２７】
クロマトグラフィーアセンブリ１５は、サンプルを受け入れ、各サンプルを１種または複数の化合物に関連する保持時間範囲によりアリコートに分離する。すなわち、サンプルの成分が保持時間によりバンドまたはピークに分離される。当業者は、そのような保持時間が溶媒組成および分離が実現される固相、すなわち、カラム固相の差異によって異なることを認識するであろう。しかしながら、所与の組成、溶媒および固相に対しては、保持時間は十分に明確にすることができ、再現性がある。したがって、クロマトグラフィーアセンブリ１５は、各化合物の保持時間を生じさせ、その保持時間がコンピュータ２１によって受け入れられる。
【００２８】
装置はさらに、前記アリコートの各々の質量分析を得るための手段を含む。質量分析を得るための手段は、質量分析計１７である。質量分析計は、いくつかの供給業者から入手可能であり、ＭＡＬＤ−ＴＯＦ、ＥＩ−ＭＳ、ＥＳＩ−ＭＳおよびＥＳＩ−ＭＳ／ＭＳ、ＡＰＣＩ−ＭＳおよびＡＰＣＩ−ＭＳ／ＭＳ、光イオン化ＭＳおよびＭＳ／ＭＳを含んでいてよい。好ましい質量分析計は、Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（米国マサチューセッツ州ミルフォード）により販売されているＱＵＡＴＴＲＯ  ＭＩＣＲＯ（商標）、Ｑ−ＴＯＦ（商標）、ＱＵＡＴＴＲＯ  ＰＲＥＭＩＥＲ（商標）およびＺＱ（商標）ブランドの質量分析計である。
【００２９】
質量分析計１７は、化合物に関連する１つまたは複数の質量値を生じさせ、コンピュータ２１に送り、関連する保持時間値を含むメモリーに保存する。装置はさらに、各アリコートを少なくとも１つのさらなる方式の分析に供する手段を含む。
【００３０】
装置１１は、化合物に関連するさらなる分析値を生じさせる少なくとも１つのさらなる方式の分析を有する。示したように、そのようなさらなる方式の分析はＵＶ検出器１９である。しかし、さらなる方式の分析は、ＵＶ検出器１９の代わりに質量分析、核磁気共鳴、ＦＴ−ＩＲ、ＵＶ／ＶＩＳ分光光度法、蛍光および化学発光のようなものを用いることができよう。好ましいＵＶ検出器は、Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（米国マサチューセッツ州ミルフォード）により販売されている２９９６（商標）ＵＶ検出器である。
【００３１】
ＵＶ検出器１９は、導管２５を介して質量分析計１７に連結されていて、サンプルまたはサンプルのアリコートを受け入れる。ＵＶ検出器１９は、サンプルまたはアリコートを排出導管［示さず］を経て排出させる。
【００３２】
ＵＶ検出器１９は、検出されている化合物に特有なさらなる分析値であるＵＶ吸収を生じさせる。読みの強度に誘導されるこの第２の値は、経時的に、またはサンプルの間の濃度または相対濃度の示度を与えることができる。相対濃度は、ピークサイズおよび面積に関連する通常のクロマトグラフィー値からも推定することができる。これらの値はコンピュータに送られる。
【００３３】
コンピュータ２１は、保持値、質量値、ＵＶ吸収および強度に対応するシグナルを受け入れ、質量値、ＵＶ値および強度値を保持値と関連づける。保持値、質量値およびＵＶ値は、化合物に特有である。強度値は、コンピュータ２１がそのような化合物を経時的に追跡することを可能にする。保持値、質量値およびＵＶ値は、化合物を種々のサンプルにより追跡またはモニターし、標準もしくは正常値と比較し、または平均値をデータベースに保存することを可能にする。本明細書で用いているように「値の比較」という用語は、標準、または正常値、または疾患状態に一致する値、または同じ個体からの経時的な、もしくは異なるサンプルからの値に対して行う比較を含む。好ましくは、コンピュータ２１は値および結果を表示するためにモニターまたはプリントを有する。
【００３４】
装置１１の操作は、操作および使用の方法に関して述べる。クロマトグラフィーアセンブリ１５は、サンプルを受け入れ、クロマトグラフ処理により保持時間値を生じさせる。次いで、保持時間値に関連するアリコートが質量分析計１７により受け入れられる。質量分析計１７は、質量値を生じさせる。保持時間値および質量値は、コンピュータ２１に送られ、そのような値に関連する１種または複数の化合物の識別子が使用される。例えば、コンピュータ２１は、ピークの保持時間を質量値と関連づける。関連の１つの仕方を以下に示す。
【００３５】
［Ａ、Ｂ］
【００３６】
上で用いているように、ＡおよびＢの少なくとも１つは保持時間値であり、残りの値は質量値である。クロマトグラフィーの分野の技術者は、異なるクロマトグラフ条件は異なる保持値をもたらす可能性があることを認識するであろう。関連する質量値は、異なるクロマトグラフ条件からの異なる保持値に伴う識別特性を単一化学物質または化合物に対する１つの質量に対応させる手段を提供する。
【００３７】
保持時間値および質量値に関連するアリコートは、次に、ＵＶ検出器１９のようなさらなる分析手段により受け入れられる。ＵＶ検出器１９は、該保持時間の化合物に関連するさらなる特性値を生じさせる。このＵＶ吸光度値は、さらなる識別子として保持時間および質量値と関連する。関連の１つの仕方を以下に示す。
【００３８】
［Ａ、Ｂ、Ｃ］
【００３９】
上で用いているように、Ａ、ＢおよびＣの少なくとも１つは保持時間値であり、残りの値の１つは質量値であり、さらなる残りの値の１つはＵＶ吸光度値である。クロマトグラフィーの分野の技術者は、これらの値が記録され、保存され、処理される順序は任意であることを認識するであろう。当業者はさらに、さらなる検出器および特性値の数は極めて多いことを認識するであろう。
【００４０】
好ましくは、少なくとも１つの値は、濃度または相対濃度値である。例えば、ＵＶ検出器は、保持値に関連する化合物の濃度に相関するシグナルの強度の値を与える可能性がある。関連の１つの仕方を以下に示す。
【００４１】
［Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ］
【００４２】
上で用いているように、Ａ、Ｂ、ＣおよびＤの少なくとも１つは保持時間値であり、残りの値の１つは質量値であり、さらなる残りの値の１つはＵＶ吸光度値であり、値のうちの１つは濃度または相対濃度値である。
【００４３】
代謝または経時的なプロテオームもしくはゲノムの変化をモニターすることが望まれる場合、関連する値に時間値を加えることが有用である。この時間値は、時間にわたる化合物の保持時間の追跡を可能にする。例えば、保持時間は、薬物の投与と関連づけることができる。薬物は経時的に身体から排出されて、追跡することができる濃度の変化がもたらされる。化合物は、保持時間に関連するサンプルの流れに出現する代謝物であってよい。関連の１つの仕方を以下に示す。
【００４４】
［Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ］
【００４５】
上で用いているように、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥの少なくとも１つは保持時間値であり、残りの値の１つは質量値であり、さらなる残りの値の１つはＵＶ吸光度値であり、値のうちの１つは濃度または相対濃度値であり、値のうちの１つは時間値である。
【００４６】
さらに、得られる値は、多数の同様なサンプリングのデータベースからのコンピュータ２１に保存されている正常値または平均値と比較することもできる。
【００４７】
図２ａから図２ｄに目を向けると、そのような図は本発明の一実施形態を例示している。特に図２ａについて述べると、最初の生物学的サンプル（正常または正常サンプルの複合物とされる一連のサンプルからなっていてよい。）［Ｓ０］。このサンプル［Ｓ０］は、保持時間、質量値およびＵＶ値ならびに相対濃度を定める化合物を有する。サンプルの源が、例えば、薬剤、化学物質の使用による、または物理的条件（熱、寒冷等）の変化による摂動を受ける場合、経時的な変化を検討するために源はサンプルされて、第１のサンプル［Ｓ１］、第２のサンプル［Ｓ２］ならびに添え字「ｘ」により表示される他のさらなるサンプル［Ｓｘ］が得られる。新たな保持時間（Ｒｘ１、Ｒｘ２、Ｒｘｘ）を定める新たな化合物を経時的に同定することができる。ベースまたは最初のサンプル［Ｓ０］を含むサンプルは、プロテオーム「［Ｐ］」、メタボノーム「［Ｍ］」またはゲノム「［Ｇ］」を対象とすることができる。この場合、［Ｓ］＝［Ｇ］、［Ｐ］、［Ｍ］のように、サンプルはその構成成分に相当する。ここで、［Ｇ］⇔［Ｐ］⇔［Ｍ］である。各サンプル成分を分析し、上記の化合物注釈スキームを用いて同定する。
【００４８】
別の実施形態において、３つのクラスの生化学的分子の組合せを分析する。例えば、本発明の一態様は、分析するプロテオームおよびメタボノームのみに関する。生化学的クラスの分析の他の変更が当業者により認識され、実施され得る。他の実施形態において、１つの生化学的クラスのみを分析する。例えば、プロテオームのみまたはメタボノームのみを分析する。
【００４９】
異なるサンプルからのプロテオーム（「Ｐ」）の値が決定されたならば、主成分分析（ＰＣＡ）のような適切な統計法を用いた比較解析を実施することができる。一般的に、ＰＣＡは１対１比較に用いられる。しかし、ＰＣＡの最も適切な適用は、多数のサンプルの「学習セット」を用いて対照データセットを発生させ、試験データセットを学習または対照セットと比較することである。これにより、所与の試験セットが「正常人」の集団と有意に異なっているかどうかを判定することができる。
【００５０】
本発明においては、化合物注釈スキームは、開業医が検査された異なるサンプル間などで種々のプロテオーム要素を追跡することを可能にするであろう。
【００５１】
図２ｅにおいて、異なるサンプルのプロテオームを最初のサンプル（またはサンプルセット）を含む他の各々のサンプルと比較する。この比較解析は、例えば、最初のサンプルまたはサンプルセット（Ｓ０）と１つまたは複数の処理サンプル（Ｓ１、Ｓ２等）との間のプロテオームの検出可能な変化の検出を促進する。それぞれ図２ｆおよび図２ｇに示すように、同じことがメタボノーム（「Ｍ」）およびゲノム（「Ｇ」）について当てはまる。
【００５２】
図２ｅ、２ｆおよび２ｇは、図２ｂ〜２ｄの基礎をなすメカニズムを示している。サンプル成分のいずれかの変化を確認するために、個々の成分をその各標準値、すなわち、［Ｐ０］、［Ｇ０］または［Ｍ０］と比較する。１つの成分の変化は、他のサンプル成分の変化を反映する可能性がある。例えば、ゲノム［Ｇ０］の変化は、メタボノーム［Ｍ０］に影響を及ぼし得るプロテオーム［Ｐ０］の変化をもたらし得る。
【００５３】
本明細書に示す分析法は、細胞および生化学的レベルでの理解を促進する。本明細書に記載するような方法でプロテオームおよびメタボノームを分析することにより、開業医は、例えばメタボノームの変化をプロテオームに認められる変化と関連づけることができる。したがって、プロテオームのどのような要素がメタボノームに認められる変化に影響を及ぼすかについての理解が促進される。そして、あらゆる分子生物学者が知っているように、ゲノム（「Ｇ」）の変化はプロテオームに劇的に影響を及ぼし得る。
【実施例１】
【００５４】
図３は、サンプル識別子：１．３．２．５．４０［乳癌患者尿サンプル］、化合物注釈：ＲＴ２７．７２〜２８．６４の質量イオン化である。
【００５５】
サンプル１．３．２．５．４０の個々のデータ記録は次のとおりである。
【００５６】
【表１】
0004795688.tif 000002
＊２°このサンプルにおいては、ＲＲＴおよびＭＳに基づく注釈における重複に起因する不明確さが１°注釈に認められるとき、ＭＳ／ＭＳデータからの注釈が発生する。この注釈は、主二次イオンの質量に基づいている。
【００５７】
したがって、本明細書に記載する方法は、メタボノーム、プロテオームおよびゲノムの間の相互関係の理解を促進する。ゲノムの解明は、本明細書に記載の方法に適用可能であるが、当業者がよく理解している既知の分子技術を用いて比較的容易に達成することができることを指摘すべきである。
【００５８】
これらならびに他の特徴および利点は、本明細書を読み、図面を見ることにより、当業者には容易に明らかになろう。したがって、本発明は、厳密な詳細に限定すべきでなく、特許請求の範囲における主要事項を含むべきである。
【図面の簡単な説明】
【００５９】
【図１】本発明の特徴を具体化する装置を示す図である。
【図２ａ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｂ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｃ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｄ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｅ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｆ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図２ｇ】本発明の方法および装置の特徴を示す図である。
【図３】本発明の特徴を示す質量イオン化を示す図である。
【図１】
0004795688.tif 000003
【図２ａ】
0004795688.tif 000004
【図２ｂ】
0004795688.tif 000005
【図２ｃ】
0004795688.tif 000006
【図２ｄ】
0004795688.tif 000007
【図２ｅ】
0004795688.tif 000008
【図２ｆ】
0004795688.tif 000009
【図２ｇ】
0004795688.tif 000010
【図３】
0004795688.tif 000011