(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
分子を構成する複数の原子の個々の原子の回りの立体化学を取り入れて分子をコード化する分子の立体化学コード化方法であって、
着目するスタート原子を最低階位として第０階位に分類し、前記スタート原子と高階位側で結合する原子を第１階位に分類し、前記第１階位の原子と高階位側で結合する原子を第２階位に分類し、同様にして、所望により設定する最終の階位に至るまで順々に原子を階位に分類する階位分類工程と、
同じ階位に属する複数の原子を互いに順位付けするためのキャノストコード優先順位規則を設定し、階位毎に同じ階位に属する原子を前記優先順位規則に従って順位付けして順位配列し、前記複数の原子の間の結合関係を表すように低階位から高階位に向かって分子ツリー体を前記スタート原子毎に形成する分子ツリー体形成工程と、
前記分子ツリー体において、ｎを０以上の整数とするとき各々の整数ｎについて、第（ｎ＋３）階位に分類された一つの原子に着目し、着目する第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋３）階位の原子に結合される第（ｎ＋２）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子に結合される第（ｎ＋１）階位の原子と、前記第（ｎ＋１）階位の原子に結合される第ｎ階位の原子の４個の原子からなるグループに対し、前記第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子と、及び前記第（ｎ＋１）階位の原子で形成される平面と、前記第（ｎ＋２）階位の原子、前記第（ｎ＋１）階位の原子、及び前記第ｎ階位の原子で形成される平面との間の二面角を求め、求めた前記二面角をその大きさに応じて角度分割規則に従って定義した角度記号に置換し、置換された前記角度記号を前記着目する第（ｎ＋３）階位の原子に記号付与し、同様にして、他の着目する原子に対し二面角の大きさに応じて角度記号を記号付与する記号化工程と、
前記分子ツリー体を一列の文字列で表記するためのキャノストコード線形表記規則を設定し、前記線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記スタート原子に対して分子の立体配座を表す立体配座コードを作成し、同様にして、他のスタート原子に対し立体配座コードを作成する立体配座コード作成工程と、
を備えることを特徴とする分子の立体化学コード化方法。
【請求項２】
分子の立体配置を表す立体配置コードを前記スタート原子毎に作成する立体配置コード作成工程をさらに備え、
前記立体配置コード作成工程は、
着目する第ｎ階位の原子を前記角度分割規則の基準位置に位置させ、第（ｎ＋３）階位に属する原子の中で前記優先順位規則に従い優先度を有する原子が前記基準位置に対し角度位置に位置するように、前記第（ｎ＋３）階位に属する原子を一体的に第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させ、前記基準位置に対する回転後の角度位置に応じて前記第（ｎ＋３）階位に属する原子の各々に前記角度分割規則に従う角度記号を記号付与し、
前記線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記立体配置コードを前記スタート原子毎に作成することを特徴とする請求項１に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項３】
分子の平面構造を表す平面構造コードを前記スタート原子毎に作成する平面構造コード作成工程をさらに備え、
前記平面構造コード作成工程は、
前記分子ツリー体を前記複数の原子の間の結合関係を平面構造的に表記する平面構造記号の集合で表し、前記線形表記規則に従って複数の前記平面構造記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記スタート原子に対して分子の平面構造を表す平面構造コードを作成し、同様にして、他のスタート原子に対し平面構造コードを作成することを特徴とする請求項２に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項４】
前記スタート原子に対し、前記立体配座コードと前記立体配置コードと前記平面構造コードとが並記して表示されることを特徴とする請求項３に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項５】
前記第（ｎ＋３）階位に属する原子を第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させることが不能である場合には、前記記号化工程で記号付与した角度記号をそのまま採用し、前記線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記立体配置コードを前記スタート原子毎に作成することを特徴とする請求項２に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項６】
前記平面構造コードは、キャノスト線形表記であることを特徴とする請求項３に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項７】
前記角度分割規則は、
３６０度の角度を時計時刻目盛状に所定数に分割し、分割された角度範囲は存在性の高低を反映して不等分であることを特徴とする請求項１に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項８】
前記立体配座コード作成工程において、階位数が３階位以上離れた少なくとも２個の前記スタート原子に対して前記立体配座コードが作成されることを特徴とする請求項１に記載の分子の立体化学コード化方法。
【請求項９】
分子を構成する複数の原子の個々の原子の回りの立体化学を取り入れて分子をコード化するためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、
着目するスタート原子を第０階位に分類し、前記スタート原子と高階位側で結合する原子を第１階位に分類し、前記第１階位の原子と高階位側で結合する原子を第２階位に分類し、同様にして、所望により設定する最終の階位に至るまで順々に原子を階位に分類する階位分類工程と、
同じ階位に属する複数の原子を互いに順位付けするためのキャノストコード優先順位規則を設定し、階位毎に同じ階位に属する原子を前記優先順位規則に従って順位付けして順位配列し、前記複数の原子の間の結合関係を表すように低階位から高階位に向かって分子ツリー体を前記スタート原子毎に形成する分子ツリー体形成工程と、
前記分子ツリー体において、ｎを０以上の整数とするとき各々の整数ｎについて、第（ｎ＋３）階位に分類された一つの原子に着目し、着目する第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋３）階位の原子に結合される第（ｎ＋２）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子に結合される第（ｎ＋１）階位の原子と、前記第（ｎ＋１）階位の原子に結合される第ｎ階位の原子の４個の原子からなるグループに対し、前記第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子と、及び前記第（ｎ＋１）階位の原子で形成される平面と、前記第（ｎ＋２）階位の原子、前記第（ｎ＋１）階位の原子、及び前記第ｎ階位の原子で形成される平面との間の二面角を求め、求めた前記二面角をその大きさに応じて角度分割規則に従って定義した角度記号に置換し、置換された前記角度記号を前記着目する第（ｎ＋３）階位の原子に記号付与し、同様にして、他の着目する原子に対し二面角の大きさに応じて角度記号を記号付与する記号化工程と、
前記分子ツリー体を一列の文字列で表記するためのキャノストコード線形表記規則を設定し、前記線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記スタート原子に対して分子の立体配座を表す立体配座コードを作成し、同様にして、他のスタート原子に対し立体配座コードを作成する立体配座コード作成工程と、
を備えることを特徴とするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、分子の立体化学コード化方法に係り、特に、分子を構成する複数の原子の個々の原子の回りの立体化学を取り入れて分子をコード化する分子の立体化学コード化方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
コンピュータに書き込みまたは読み込み可能なように分子構造の立体化学情報を記述する方法として、カルテシアン座標系や内部座標系などの３次元座標系で原子位置を記述する方法や、立体化学を含めた一義的な分子の命名を目的とした原子のトポロジカルな関係を数学的に記述する方法がある。
【０００３】
前者の３次元座標系で記述する方法では分子を一義的に表現出来ないために、複数の分子の類似性や相同性の比較が困難あるいは煩雑になる。後者のような原子のトポロジカルな関係を数学的に記述する方法では、不斉炭素の絶対配置（Ｒ，Ｓ）の表記などは可能であるが、任意の原子間の相対的な立体環境は記述されないため、立体配座（コンホメーション、conformation）の情報などを表現できないのが現状である。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】
例えば、既存のデータベースからＮＭＲの化学シフトを予測しようとする場合に、それに適した立体化学の情報を規範的（canonical）にコード化されたもの が無い。このため、現状では平面構造の情報のみが用いられている。立体化学が考慮されたデータベースに基づいた化学シフトの予測は、従来のどの化学シフト予測コンピュータシステムにおいても実現されていない。
【０００５】
また、複数の分子の間で立体配座（コンホメーション、conformation）や立体配置（コンフィギュレーション、configuration）等の立体構造環境の異同に関 する情報をコンピュータに読み取り可能なデータとして容易に利用可能な表記手法は存在していなかった。
【０００６】
そこで本発明の目的は、上記従来技術の有する問題を解消し、例えばＮＭＲの化学シフト予測等に適用可能であり、立体配座（コンホメーション、conformation）や立体配置（コンフィギュレーション、configuration）等の分子の立体構 造環境の情報をコンピュータに読みとり可能に規範的にコード化する分子のコード化方法を提供することである。
【０００７】
【課題を解決するための手段】
上記目的を達成するために、本願の第１の発明は、分子を構成する複数の原子の個々の原子の回りの立体化学を取り入れて分子をコード化する分子の立体化学コード化方法であって、着目するスタート原子を最低階位として第０階位に分類し、前記スタート原子と高階位側で結合する原子を第１階位に分類し、前記第１階位の原子と高階位側で結合する原子を第２階位に分類し、同様にして、所望により設定する最終の階位に至るまで順々に原子を階位に分類する階位分類工程と、同じ階位に属する複数の原子を互いに順位付けするための所定の優先順位規則を設定し、階位毎に同じ階位に属する原子を前記優先順位規則に従って順位付けして順位配列し、前記複数の原子の間の結合関係を表すように低階位から高階位に向かって分子ツリー体を前記スタート原子毎に形成する分子ツリー体形成工程と、前記分子ツリー体において、ｎを０以上の整数とするとき各々の整数ｎについて、第（ｎ＋３）階位に分類された一つの原子に着目し、着目する第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋３）階位の原子に結合される第（ｎ＋２）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子に結合される第（ｎ＋１）階位の原子と、前記第（ｎ＋１）階位の原子に結合される第ｎ階位の原子の４個の原子からなるグループに対し、前記第（ｎ＋３）階位の原子と、前記第（ｎ＋２）階位の原子と、及び前記第（ｎ＋１）階位の原子で形成される平面と、前記第（ｎ＋２）階位の原子、前記第（ｎ＋１）階位の原子、及び前記第ｎ階位の原子で形成される平面との間の二面角を求め、求めた前記二面角をその大きさに応じて所定の角度分割規則に従って定義した角度記号に置換し、置換された前記角度記号を前記着目する第（ｎ＋３）階位の原子に記号付与し、同様にして、他の着目する原子に対し二面角の大きさに応じて角度記号を記号付与する記号化工程と、前記分子ツリー体を一列の文字列で表記するための所定の線形表記規則を設定し、前記所定の線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記スタート原子に対して分子の立体配座を表す立体配座コードを作成し、同様にして、他のスタート原子に対し立体配座コードを作成する立体配座コード作成工程と、を備えることを特徴とする。
【０００８】
第１の発明において、分子ツリー体において着目した第（ｎ＋３）階位の原子から第ｎ階位の原子まで順々に低階位側に向かって４個の原子を指定しグループを設定するようにしたので、４個の原子からなるグループは一義的に定まり、このグループにおける二面角は一義的に求められる。角度記号で表された分子ツリー体を所定の線形表記規則に従って線形表記し、立体配座コードが形成されるので、立体化学の情報をコンピュータ読み取り可能にコード化することができる。比較する分子間で立体配座コードを比較することにより、立体配座（コンホメーション、conformation）の異同を判断することができる。
【０００９】
また、本願の第２の発明は、第１の発明において、分子の立体配置を表す立体配置コードを前記スタート原子毎に作成する立体配置コード作成工程をさらに備え、前記立体配置コード作成工程は、着目する第ｎ階位の原子を前記角度分割規則の基準位置に位置させ、第（ｎ＋３）階位に属する原子の中で前記優先順位規則に従い所定優先度を有する原子が前記基準位置に対し所定角度位置に位置するように、前記第（ｎ＋３）階位に属する原子を一体的に第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させ、前記基準位置に対する回転後の角度位置に応じて前記第（ｎ＋３）階位に属する原子の各々に前記角度分割規則に従う角度記号を記号付与し、前記所定の線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記立体配置コードを前記スタート原子毎に作成することを特徴とする。
【００１０】
第２の発明において、立体配置コードの他にさらに線形表記された分子の立体配置を表す立体配置コードが得られるので、立体配座と立体配置とを含む立体化学の情報をコンピュータ読み取り可能にコード化することができる。
【００１１】
また、本願の第３の発明は、第２の発明において、分子の平面構造を表す平面構造コードを前記スタート原子毎に作成する平面構造コード作成工程をさらに備え、前記平面構造コード作成工程は、前記分子ツリー体を前記複数の原子の間の結合関係を平面構造的に表記する平面構造記号の集合で表し、前記所定の線形表記規則に従って複数の前記平面構造記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記スタート原子に対して分子の平面構造を表す平面構造コードを作成し、同様にして、他のスタート原子に対し平面構造コードを作成することを特徴とする。
【００１２】
第３の発明において、立体配座コード及び立体配置コードの他にさらに線形表記された分子の平面構造を表す平面構造コードが得られるので、平面構造と立体配座と立体配置とを比較する分子の間で総合的に比較検討することを容易に行うことができる。
【００１３】
また、第３の発明において、前記スタート原子に対し、前記立体配座コードと前記立体配置コードと前記平面構造コードとが並記して表示されることにより、分子の平面構造を表す平面構造コードを参照しつつ、立体配座コード及び立体配置コードを容易に比較することができる。
【００１４】
また、第２の発明において、前記第（ｎ＋３）階位に属する原子を第(ｎ＋１)階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させることが不能である場合には、前記記号化工程で記号付与した角度記号をそのまま採用し、前記所定の線形表記規則に従って複数の前記角度記号からなる集合を前記分子ツリー体に対応させて線形表記して、前記立体配置コードを前記スタート原子毎に作成することを特徴とする。これによって、第（ｎ＋３）階位に属する原子を第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させることが不能である場合にも、立体配置コードを形成することができる。
【００１５】
また、第３の発明において、前記平面構造コードは、キャノスト線形表記であることによって、既存の手法を利用することができる。
【００１６】
また、第１の発明において、前記優先順位規則は、キャノストコード優先順位規則であることによって、既存の手法を利用することができる。
【００１７】
また、第１の発明において、前記所定の線形表記規則は、キャノストコード線形表記規則であることによって、既存の手法を利用することができる。
【００１８】
また、第１の発明において、前記分子ツリー体形成工程において、立体化学を識別する上で着目性の低い原子群を所定記号に置換しマスキングすることを特徴とする。これによって、本来的な構造上の違いに基づかない違いを無視し構造上の違いに基づいた違いの有無を調べることが可能になる。
【００１９】
また、第１の発明において、前記所定の角度分割規則は、３６０度の角度を時計時刻目盛状に所定数に分割し、分割された角度範囲は存在性の高低を反映して不等分であることを特徴とする。これによって、立体配座コードの適用性と信頼性を高めることができる。
【００２０】
また、第１の発明において、前記立体配座コード作成工程において、階位数が３階位以上離れた少なくとも２個の前記スタート原子に対して前記立体配座コードが作成されることを特徴とする。これによって、スタート原子を例えば２個とした場合においても、レベル０、レベル１及びレベル２の原子も含めて分子における全ての二面角を得ることが可能になる。
【００２１】
また、本願の第４の発明は、第１の発明に係る発明をプログラムしたものを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体である。これによって、第１の発明に係る発明をコンピュータによって容易に実行することが可能になる。
【００２２】
【発明の実施の形態】
以下に図面を参照して、本発明に係る分子のコード化方法の実施の形態について説明する。
【００２３】
まず、本発明に係る分子の立体化学コード化方法を説明する上で、採用したモデル分子について説明する。
【００２４】
モデル分子として、環状分子と鎖状分子の形態で表現でき、様々な立体配座（コンホメーション）をとり、また立体異性体も多く存在するのでモデルの一つとして糖を用いた。
【００２５】
具体的には、モデル分子として、Ｄ−グルコース（略：Ｇｌｃ），４位の異性体であるＤ−ガラクトース（略：Ｇａｌ）、２位の異性体であるＤ−マンノース（略：Ｍａｎ）等を用いた。１位の立体化学については、ａ−Ｇｌｃなどのようにａ−のついているものはα−Ｇｌｃの配位であることを示し、ｂ−のついているものはβ−Ｇｌｃの配位であることを示す。図２０等においても、同様に、ａ−Ｇｌｃなどのようにａ−のついているものはα−Ｇｌｃの配位であることを示し、ｂ−のついているものはβ−Ｇｌｃの配位であることを示す。
【００２６】
１Ｃ，４Ｃは各々１位または４位の炭素が椅子型（ｃｈａｉｒ  ｆｏｒｍ）の頂部に位置する立体配座を示し、１４Ｂは１位と４位の炭素が舟型（ｂｏａｔ  ｆｏｒｍ）の両端に位置する立体配座を示し、１４ＴＷは１４Ｂの立体配座から誘導したねじれ舟型（ｔｗｉｓｔ−ｂｏａｔ  ｆｏｒｍ）の立体配座を示す。
【００２７】
これらの糖は、１位の還元末端がアルデヒド（−ＣＨＯ）になった鎖状の形態もとる。鎖状の形態をとるもののうち、元の環状構造の立体配座を保持しているものには４Ｃ−ｃｈａｉｎなどのように環状の立体配座を併記するように表示されている。また、４Ｃ−ｃｈａｉｎ−ｌｉｎｅａｒなどのように、−ｌｉｎｅａｒが最後に付されたものは炭素鎖が直線状になった安定な立体配座の一つであることを示す。ａ−Ｇｌｃ−１Ｃ−ｃｈａｉｎ−Ｈ−ｂｏｎｄは３位の水酸基と１位のカルボニル間に水素結合ができる立体配座であることを示す。
【００２８】
２重結合のモデルとしては1-bromo-4-chlorobutadieneの４種の幾何異性体を 用いた。立体配座は中央の単結合と２重結合が同一平面にある平面的なものである。
【００２９】
次に図面を参照して、分子の立体化学をコード化する方法について具体的に説明する。
【００３０】
図１はａ−Ｇｌｃ−４Ｃをモデル分子として分子ツリー体とキャノスト線形表記（平面構造コード）を形成する手順を示す。図１（ａ）は、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座を示す図であり、同じものが拡大して図２に示されている。
【００３１】
ａ−Ｇｌｃ−４Ｃについては、後述するａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎと比較して、図１２（ａ）にａ−Ｇｌｃ−４Ｃの平面構造（ｐｌａｎａｒ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）を示し、図１３（ａ）に立体配置（configuration）を示す。
【００３２】
ノード番号１−６が炭素のＣ−１〜Ｃ−６に相当し、ノード番号７−１２が
Ｏ−１〜Ｏ−６に相当する。
【００３３】
ここでは、例として、ノード６の炭素原子に着目し、スタート原子としてノード６の炭素原子を設定する。以後の手続きは、着目するスタート原子毎に同様にして行われる。
【００３４】
まず、本発明における階位分類工程について説明する。
【００３５】
図１（ｂ）に示すように、スタート原子をレベル０として分類し、スタート原子と高階位側で結合する４個の原子Ｏ，Ｈ，Ｈ，Ｃをレベル１として分類し、スタート原子との結合を示すとともにレベル１の４個の原子Ｏ，Ｈ，Ｈ，Ｃを縦列に並べる。同様にして、レベル１の原子に高階位側に結合する原子をレベル２として分類し、同様にして、所望により設定する最終の階位に至るまで順々に原子を階位に分類する。このようにして、階位分類工程によって図１（ｂ）に示すような第１の分子ツリー体が形成される。
【００３６】
ここで、所望により設定する最終の階位としては、比較の対象とする分子間の類似性をどの程度まで厳密に求める必要があるのかを考慮してその程度に応じて設定すればよく、最終の階位をスタート原子からより深い階位またはより高い階位に設定するほど類似性の程度を厳密に判断することが可能になる。
【００３７】
次に、本発明における分子ツリー体形成工程について説明する。
【００３８】
図１（ｂ）に示す第１の分子ツリー体における原子記号を、図４に示すようなキャノストコードリスト（ＣＡＮＯＳＴ  ＣＯＤＥ  ＬＩＳＴ）に従って、キャノストコードに変換する。この結果、図１（ｃ）に示すように、第２の分子ツリー体が形成される。図４に示すキャノストコードリストにおいては、「ｎｏ．」の欄に記載された数字順によって優先順位が定められており、「ｓｕｂｓｔｒｕｃｔｕｒｅ」の欄に記載された部分構造は「ｃｏｄｅ」の欄に記載されたキャノストコードで表される。
【００３９】
次に、図１（ｃ）に示す第２の分子ツリー体に対し、同じ階位に属する複数の原子を互いに順位付けするための所定の優先順位規則を設定する。ここでは、所定の優先順位規則として、図４に示すようなキャノストコードリストに記載された優先順位規則を採用する。キャノストコード優先順位規則の適用に当たっては、より低階位から優先的に順々に適用し、各階位毎にその階位に含まれるキャノストコードを配列する。
【００４０】
キャノストコード優先順位規則に従い、第２の分子ツリー体において並べ替えを行い、図１（ｄ）に示す第３の分子ツリー体を形成する。第３の分子ツリー体において、同じ階位に属する複数の原子の間では上方から下方に向かって優先順位が低くなるように配列されている。図３に拡大して示す第３の分子ツリー体が本願発明における分子ツリー体に相当する。
【００４１】
次に、分子ツリー体を一列の文字列で表記するための所定の線形表記規則について説明する。ここでは、図１（ｅ）を参照して、所定の線形表記規則の一例として採用するキャノストコード線形表記規則について説明する。
【００４２】
図１（ｅ）において、「＊」は隣接するレベルの間の境界を示す。「；」は同じ階位に属する原子の間の境界を示す。「，」は結合する一つ低階位の原子の境界を示す。なお、図１（ｅ）において、ノード２のＣ１に付されたアンダーラインは、分子ツリー体を作成する際に環状構造を切断した原子位置であることを示す。
【００４３】
なお、図１（ｅ）に示す線形表記されたものは、分子の平面構造を表す平面構造コードの一例であるキャノスト線形表記を示すものであり、後述する図２０等における「ＣＡＮＯＳＴ」に相当するものである。
【００４４】
前述のことから明らかなように、本発明における平面構造コードは、次のようにして形成される。すなわち、複数の原子の間の結合関係を平面構造的に表記する平面構造記号、例えばキャノストコードを用いて表現された第３の分子ツリー体を、一列の文字列で表記するための線形表記規則（キャノストコード線形表記規則）に従って線形表記してスタート原子毎に分子の平面構造を表す平面構造コードが図１（ｅ）に示すように作成される。
【００４５】
図５に、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎをモデル分子として作成した分子ツリーとキャノスト線形表記を示す。図５において、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎの立体配座（ａ）から（ｂ）に示す第１の分子ツリー体が形成され、第１の分子ツリー体からキャノストコードに変換して（ｃ）に示す第２の分子ツリー体が形成され、キャノストコード優先順位規則を用いて第２の分子ツリー体から（ｄ）に示す第３の分子ツリー体が形成される。さらに、キャノストコード線形表記規則を用いて第３の分子ツリー体から（ｅ）に示すキャノスト線形表記が得られる。ａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎについては、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃと比較して、図１２（ｂ）に平面構造（ｐｌａｎａｒ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）を示し、図１３（ｂ）に立体配置（configuration）を示す。
【００４６】
次に、本発明における記号化工程について説明する。
【００４７】
図３は図１（ｄ）に示す分子ツリー体（第３の分子ツリー体）を拡大して示す図である。図３において、例えば、レベル４の「Ｑ１」１１に着目する。次に、レベル３で「Ｑ１」１１に結合されるレベル３の「Ｃ１」１２を抽出する。「Ｑ１」１１に結合されるレベル３の原子は一義的に「Ｃ１」１２に定まる。次に、レベル２で「Ｃ１」１２に結合される「Ｃ１」１３を抽出する。同様に、「Ｃ１」１２に結合されるレベル２の原子は一義的に「Ｃ１」１３に定まる。次に、レベル１で「Ｃ１」１３に結合される「Ｃ１」１４を抽出する。同様に、「Ｃ１」１３に結合されるレベル１の原子は一義的に「Ｃ１」１４に定まる。このようにして、４個の原子、レベル４の「Ｑ１」１１と、レベル３の「Ｃ１」１２と、レベル２の「Ｃ１」１３と、レベル１の「Ｃ１」１４とから構成される１グループが設定される。
【００４８】
ここで注目すべきことは、分子ツリー体において高階位側から低階側へ下るようにして結合相手となる原子を抽出しているために、着目する原子（上記の例では、レベル４の「Ｑ１」１１）を定めると、４個の原子からなるグループが一義的に定まることである。このために、本発明によれば、着目した原子の立体化学を、以下に述べる二面角によって一義的に表現できるのである。
【００４９】
次に、レベル４の「Ｑ１」１１と、レベル３の「Ｃ１」１２と、レベル２の「Ｃ１」１３と、レベル１の「Ｃ１」１４との４個のグループに対し、二面角を求める。ここで、二面角とは、レベル４の「Ｑ１」１１と、レベル３の「Ｃ１」１２と、レベル２の「Ｃ１」１３とで形成される平面と、レベル３の「Ｃ１」１２と、レベル２の「Ｃ１」１３と、レベル１の「Ｃ１」１４とで形成される平面とのなす角度をいう。二面角の値は、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの分子３次元構造に関する情報から得られる。
【００５０】
着目するレベル４の「Ｑ１」１１に対して求めた二面角をその大きさに応じて所定の角度分割規則に従って定義した角度記号に置換し、置換された角度記号を着目するレベル４の「Ｑ１」１１に記号付与する。
【００５１】
ここで、所定の角度分割規則の一例を図６を参照して説明する。ここで採用した角度分割規則は、３６０度の角度を時計時刻目盛状に１２個の角度範囲に分割する。分割された角度範囲の中心には、時計の目盛数字に対応する記号が付けられている。図６に示すように、０時の角度範囲にはｚｅ（ｚｅｒｏ）、１時の角度範囲にはｏｎ（ｏｎｅ）、２時の角度範囲にはｔｗ（ｔｗｏ）、３時の角度範囲にはｔｈ（ｔｈｒｅｅ）、４時の角度範囲にはｆｏ（ｆｏｕｒ）、５時の角度範囲にはｆｉ（ｆｉｖｅ）、６時の角度範囲にはｓｉ（ｓｉｘ）、７時の角度範囲にはｓｅ（ｓｅｖｅｎ）、８時の角度範囲にはｅｉ（ｅｉｇｈｔ）、９時の角度範囲にはｎｉ（ｎｉｎｅ）、１０時の角度範囲にはｔｅ（ｔｅｎ）、１１時の角度範囲にはｅｌ（ｅｌｅｖｅｎ）の１２個の角度記号が設けられている。これらの１２個の角度記号によって、対応する角度範囲が表される。
【００５２】
図６に示す角度分割は、主としてｓｐ3 タイプの原子がとる立体構造の存在比に基づくものである。すなわち、図７（ａ）に示すstaggered  conformation（ 鎖状分子や６員環の安定配座など）のものには６０，１８０，３００度を角度中心位置にして広い４０度の角度範囲を与え、それぞれｔｗ，ｓｉ，ｔｅの角度記号を記号付与している。また、図７（ｂ）に示す次に存在比が多いeclipsed  conformation（３員環やビシクロ環など）のものには０，１２０，２４０度を角度中心位置にして広い４０度の角度範囲を与え、それぞれｚｅ，ｆｏ，ｅｉの角度記号を記号付与している。これ以外の９０，２１０，３３０，３０，１５０，２７０度を角度中心位置にする角度範囲には、それぞれｔｈ，ｓｅ，ｅｌ，ｏｎ，ｆｉ，ｎｉの６つの角度記号を記号付与している。
【００５３】
なお、これ以外に、アルキン（ａｌｋｙｎｅ）やアレン（ａｌｌｅｎｅ）などに含まれる二面角を定義できない原子に対しては、それらのための特殊コードを設定して記号付与することにより、上述のような角度記号を付与した場合と同様に、分子ツリー体を線形表記することができる。ｓｐ2 タイプとｓｐタイプの原子に対してはそのためのコードを設定し表現することが可能である。
【００５４】
図６に示す角度分割規則に従えば、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの分子３次元構造に関する情報に基づき、前述の着目するレベル４の「Ｑ１」１１には角度記号として「ｓｉ」が記号付与される。
【００５５】
同様にして、前述したように、４つのレベルのまたがる４個の原子からなるグループに対して二面角を求め、角度記号を記号付与する。
【００５６】
なお、レベル２、レベル１またはレベル０に属する原子は、より低階位方向に下っても４個の原子からなるグループを形成することができない。そこで、レベル０、レベル１及びレベル２の原子には、図２０等の「Ｓｔｅｒｅｏ」に示されているように、それぞれ、一律に「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」の記号が記号付与される。
【００５７】
このようにして、「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」や「ｚｅ」・・「ｅｌ」からなる角度記号を用い、図３に示す分子ツリー体は角度記号によって置換される。
【００５８】
次に、本発明における立体配座コード作成工程について説明する。
【００５９】
角度記号で記号化された分子ツリー体をキャノストコード線形表記規則に従って分子ツリー体に対応させて線形表記する。そして、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃのノード６の原子をスタート原子とする立体配座コードが作成される。作成されたａ−Ｇｌｃ−４Ｃのノード６の原子をスタート原子とする立体配座コードは、図２０における「Ｓｔｅｒｅｏ」の左欄の番号「６」の位置に示されている。
【００６０】
同様にして、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃにおける他の原子をスタート原子として、図２０における「Ｓｔｅｒｅｏ」の左欄の番号「１」等の位置に示されるような立体配座コードが作成される。
【００６１】
以上のように、階位分類工程と、分子ツリー体形成工程と、記号化工程と、立体配座コード作成工程とによって、立体配座コードが求められる。図２０乃至図２９に、種々の分子に対して求めた立体配座コード（「Ｓｔｅｒｅｏ」として表記されている）が示されている。なお、図２０乃至図２９等においては、平面構造コードであるキャノスト線形表記が「ＣＡＮＯＳＴ」と、後述する立体配置コードが「Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ」として並記されている。
【００６２】
なお、立体配座コード作成工程において、全てのノードの原子をスタート原子としなくとも、階位数が３階位以上離れた２個のスタート原子に対して立体配座コードを作成すれば、分子の全体の立体化学を表現することが可能になる。これによって、全てのノードの原子をスタート原子として採用しなくとも、立体化学に関し着目した原子またはそれらの近傍の原子のみをスタート原子として採用してそれに対応する立体配座コードを求めるだけで、必要な立体化学を知ることが十分に可能になる。
【００６３】
ここで、２個のスタート原子の階位数が３階位以上離れているとしたのは、レベル０、レベル１及びレベル２の原子も含めて全ての二面角を得ることができるようにするためである。
【００６４】
また、分子ツリー体形成工程において、立体化学を識別する上で着目性の低い原子群を所定記号に置換しマスキングすることも可能である。これによって、立体化学を識別する上で着目性の高い原子群の立体化学を直接的に比較することが可能になる。
【００６５】
次に、本発明の他の実施の形態について説明する。
【００６６】
本発明においては、分子の立体配置（configuration）を表す立体配置コード を作成することができる。以下に立体配置コードを作成する立体配置コード作成工程について説明する。
【００６７】
図８は、立体配座コード作成工程をニューマン投影図で示す図である。一つの原子に結合された第（ｎ＋３）階位に属するＣ１，Ｈ，Ｑ１のコードで示された３個の原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１と、これらに対し３階位数だけ低位にある第ｎ階位に属する原子２０が示されている。原子２０を基準位置、例えば０時の「ｚｅ」に位置させる。次に、第（ｎ＋３）階位に属する３個の原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１の各々を、第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに反時計回りに回転させ、原子２０に重なるようにするのに要する角度が二面角の大きさである。すなわち、第（ｎ＋３）階位に属する３個の原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１の各々が第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸となす面と、第ｎ階位の原子２０と第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸がなす面との間の角度で、原子２０から時計回りに見た角度が二面角の大きさである。図８に示す立体構造式から明らかなように、左側の投影図（ａ）と右側の投影図（ｂ）とにおいて、第（ｎ＋３）階位に属する３個の原子がＣ１，Ｈ，Ｑ１であるという点では両分子において共通しているが、第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りの立体配座は異なる。このことは、図８において、立体配座コード（ここではＳＴＥＲＥＯコードと表記されている）を参照すると、立体配座コードが分子（ａ）と分子（ｂ）との間で互いに異なる、ということによって示されている。
【００６８】
しかしながら、図８に示されている情報のみでは、投影図（ａ）と投影図（ｂ）との間で立体配置の異同についてはわからない。そこで、以下に分子の立体配置の異同を識別可能な立体配置コード作成工程を示す。
【００６９】
図９において、第（ｎ＋３）階位に属する３個の原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１の間で、前述のキャノストコード優先順位規則に従い優先度の最高の原子（Ｃ１）に着目する。そして、最優先度のＣ１が基準位置「ｚｅ」に対し１８０度の角度位置である「ｓｉ」の角度位置にくるように、第（ｎ＋３）階位に属する３個の原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１を一体的に第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させる。この回転の後に、基準位置「ｚｅ」に対する角度位置に応じて第（ｎ＋３）階位に属する原子Ｃ１，Ｈ，Ｑ１の各々に角度記号を記号付与する。図９に示されているように、立体配置コード（ここではｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ識別コードと表記されている）が投影図（ａ）と投影図（ｂ）との間で互いに同じであり、従って、互いに立体配置が同じであることがわかる。
【００７０】
図１０及び図１１は、ｓｐ2 タイプの原子の単結合に関する立体配座と立体配置を説明する図である。
【００７１】
図１０において、第（ｎ＋３）階位に属するＤＳ，Ｃ１のコードで示した原子と、これらに対し３階位数だけ低位にある第ｎ階位に属する原子２０が示されている。原子２０を基準位置「ｚｅ」に位置させ、次に、第（ｎ＋３）階位に属する２個の原子ＤＳ，Ｃ１の各々を、図示されていない第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに反時計回りに回転させ、原子２０に重なるようにするのに要する角度として二面角が求められる。図１０において、図８の場合と同様に求められた立体配座コード（ここではＳＴＥＲＥＯコードと表記されている）が示されている。第（ｎ＋３）階位に属する原子ＤＳ，Ｃ１は第（ｎ＋１）階位の原子及び第（ｎ＋２）階位の原子と同一平面上にあるので、ＤＳのコードが「ｏｎ」であるのに対しＣ１のコードは「ｏｎ」と１８０度の角度位置にある「ｓｅ」になる。
【００７２】
図１１は、ｓｐ2 タイプの原子の単結合に関しては、図９に示したものと同様に、立体配置コード（ここではｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ識別コードと表記されている）が求められる。
【００７３】
ｓｐ2 タイプの原子の二重結合の部分に関しては、第（ｎ＋３）階位に属する原子を、第（ｎ＋１）階位の原子と第（ｎ＋２）階位の原子とを結ぶ結合軸の回りに回転させることができない。そこで、立体配座コードにおける角度記号をそのまま採用し、立体配置コードを作成すればよい。
【００７４】
また、ｓｐ タイプの原子については、三重結合とその周りあるいはａｌｌｅ ｎｅなどの特殊な構造に対してそれらを表現する特殊コードを用いることによって、立体配座と立体配置を表現することが可能になる。
【００７５】
以上のように、立体配置コード作成工程によって、分子の立体配置（configuration）を表す立体配置コードを作成することができる。図２０、図２５、図２８及び図２９に 種々の分子に対し求めた立体配置コード（ここでは、Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎと表記されている）が示されている。
【００７６】
次に、本発明を分子に具体的に適用した例を示す。
【００７７】
図２０に、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対して、平面構造コードであるキャノスト線形表記（ここでは、ＣＡＮＯＳＴと表記されている）と、立体配座コード（ここでは、Ｓｔｅｒｅｏとして表記されている）と、立体配置コード（ここでは、Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎと表記されている）が並記されている。
【００７８】
また、図２１に、立体化学を識別する上で着目性の低い原子群をマスキングして求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が示されている。上段にあるものは、マスキングしないものであり、中段にあるものはメチレン基ＣＨ２に含まれる各水素原子を「Ｈ」というコードに置換してマスキングしたものであり、下段にあるものはメチレン基ＣＨ２に含まれる各水素原子を「Ｈ」というコードに置換するとともに水酸基ＯＨに含まれる水素原子を「ＯＨ」というコードに置換してマスキングしたものである。
【００７９】
図２２に、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの比較対象であるｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（ここでは、Ｓｔｅｒｅｏとして表記されている）を示す。上段にあるものは、マスキングしないものであり、中段にあるものはメチレン基ＣＨ２に含まれる各水素原子をマスキングしたものであり、下段にあるものはメチレン基ＣＨ２と水酸基ＯＨに含まれる原子を上述のようにマスキングしたものである。
【００８０】
図１５に、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体構造式を示す。前述したように、１位の立体化学については、ａ−Ｇｌｃなどのようにａ−のついているものはα−Ｇｌｃの配位であることを示し、ｂ−のついているものはβ−Ｇｌｃの配位であることを示す。なお、図１５乃至図１８において、斜線表示は酸素を表し、白抜き表示は炭素を表し、砂地表示は水素を表す。
【００８１】
図２０、図２１及び図２２を参照して、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較する。
【００８２】
ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの２つの分子は炭素骨格のコンホメーションは４Ｃで共通であるが１位の立体化学が異なる。また、２位の水酸基の水素の向きも大きく異なっている。
【００８３】
図２２において、二重下線で示す部分が１位の立体化学の違いによって異なるコードが振られた部分である。二重下線で示す部分に着目することによって、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの２つの分子の間の１位の立体化学が異なることを知ることができる。
【００８４】
また、一重下線で示す部分は水酸基の配向に関する違いを示す部分である。水酸基の配向に関する違いを知りたい場合には、この一重下線で示す部分に着目すればよい。
【００８５】
また、波下線の部分は６位のメチレン（ＣＨ２）の二つの水素のｓｅｒｉａｌｎｏが構造入力の際に異なったためにキャノストコード優先順位規則の優先順位が逆転したために生じたものである。Ｓｅｒｉａｌ  ｎｏの違いによるものは本来的な構造上の違いではないので、このような場合には、上述したように、他の角度記号に置換してマスキングされる。これによって、本来的な構造上の違いに基づかない違いを無視し構造上に基づいた違いの有無を有効に調べることが可能になる。
【００８６】
なお、水酸基の配向は識別する必要のある場合もあるが、一般にはこれを無視した基本骨格の立体配座のみを比較することが多いので、その場合には、水酸基の水素の対応するコードについては「ＯＨ」でマスキングされる。
【００８７】
スタート原子としては、水素を省略しノード番号１−６が炭素のＣ−１〜Ｃ−６に相当し、ノード番号７−１２がＯ−１〜Ｏ−６に相当する。ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとｂ−Ｇｌｃ−４Ｃは１位のエピマーであるが、ノード番号１，２及び１１からスタートするもの以外は全て異なったコードが部分的に存在している。１位の不斉中心に近いところから始まる立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）には１位の不斉中心のまわりの２面角情報がないので不斉中心から離れた点にあるスタート原子の立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）によって分子の識別が可能である。なお、前述したように、一般的には３結合以上離れた位置の２個のスタート原子の立体配座コードによって分子全体の立体配座を表現でき、また立体異性を識別することができる。
【００８８】
図２２によれば、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対するｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）の相違する部分が、マスキングしない場合（上段）、マスキングした場合（中段、下段）とについて、一目瞭然に知ることができる。
【００８９】
次に、図２３乃至図２５において、図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び、求めた結果を比較して示す。図２３ではマスキングしない立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が比較され、図２４ではマスキングした立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が比較され、図２５では立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が比較されている。いずれも、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対して比較したものであり、相違する部分が、前述したものと同様に、一重下線と二重下線で示されている。
【００９０】
また、図２６乃至図２８において、図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた結果を比較して示す。図１２（ｂ）に、分子の平面構造式を示す。図２６ではマスキングしない立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が比較され、図２７ではマスキングした立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が比較され、図２８では立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が比較されている。いずれも、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎに対して比較したものであり、相違する部分が一重下線と二重下線で示されている。
【００９１】
また、図２９において、図１９に化学式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてＢｒ原子とＣｌ原子の２個だけを選び、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が比較されている。
【００９２】
(1E,3E)-1-Bromo-4-chlorobutadieneに対して比較したものであり、相違する部 分が一重下線と二重下線で示されている。
【００９３】
次に、図３０を参照して、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）の使用例を示す。
【００９４】
前述したように、図１５、図１６及び図１７に立体構造式を示す種々の分子に対して図２３乃至図２５において立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が得られた。
【００９５】
図３０のＳＴ１において、図２３乃至図２５に示すデータを用いて、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃと図１５及び図１６に示す分子の間の立体化学を比較する。
【００９６】
ＳＴ２で、比較対象の分子とａ−Ｇｌｃ−４Ｃとの間で立体配座コード
（Ｓｔｅｒｅｏ）が同じか異なるかが比較される。
【００９７】
ＳＴ２で立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が同じと判定された場合には、ＳＴ３で、両者は立体配置も立体配座も同じであると判断される。
【００９８】
ＳＴ２で立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が異なると判定された場合には、
ＳＴ４で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が同じか異なるかが比較される。
【００９９】
ＳＴ４で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が同じと判定された場合には、ＳＴ５で、両者は立体配座が異なり、立体配置は同じであり、互いに立体配座異性体であると判断される。ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対して、ａ−Ｇｌｃ−１Ｃ、ａ−Ｇｌｃ−１４Ｂ、ａ−Ｇｌｃ−１４ＴＷが該当する。
【０１００】
ＳＴ４で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が異なると判定された場合には、ＳＴ６で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が異なる場所以外で立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が同じか否かが判定される。
【０１０１】
ＳＴ６で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が異なる場所以外では立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が同じと判定された場合には、ＳＴ７で、両者は立体配置が異なり、立体配座が同じであると判断される。より正確には、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が一致する箇所の立体配座が同じであると判断される。ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対して、ｂ−Ｇｌｃ−４Ｃ、
ａ−Ｇａｌ−４Ｃ、ａ−Ｍａｎ−４Ｃが該当する。
【０１０２】
ＳＴ６で、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）が異なる場所以外でも立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）が異なると判定された場合には、ＳＴ８で、両者は立体配置も立体配座も異なると判断される。ａ−Ｇｌｃ−４Ｃに対して、ａ−Ｇａｌ−１Ｃ、ａ−Ｍａｎ−１Ｃが該当する。
【０１０３】
以上のように、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）とを用いて、分子の間の立体化学の異同を極めて容易に知ることが可能になる。
【０１０４】
なお、比較する分子が鏡像体（ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒ）の関係にあるか否かについても、次のようにして容易に判定することができる。すなわち、鏡像体
（ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒ）は立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）でも立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）でも、お互いに時計を鏡に映した関係のコードが割り振れらている。例えば「ｏｎ」と「ｅｌ」や「ｔｗ」と「ｔｅ」という関係であり、「ｚｅ」と「ｓｉ」のコードは変化しない関係にある。したがって、例えば、「ｏｎ」を「ｅｌ」に変換し「ｔｗ」を「ｔｅ」に変換し、「ｚｅ」または「ｓｉ」はそのままにして、一方の立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）等におけるコードを鏡像関係にあるコードに変換し、変換して記述された立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）等が比較する相手の立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）等と一致しているか否かを調べることにより、比較する分子が鏡像体（ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒ）の関係にあるか否かを識別することが可能になる。
【０１０５】
また、部分構造認識については、次のようにいえる。すなわち、以上に説明した例は分子全体の認識に関するものであったが、１３Ｃ−ＮＭＲのシフト予測などに適用するには部分構造の部分的な立体配座（コンホメーション）の識別と相対配置に関する比較が必須である。これは、本願発明において、着目すべき炭素から３結合先のＨ以外のノードから出発した立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を必要に応じて組み合わせて比較を行うことで可能となる。
【０１０６】
また、１３Ｃ−ＮＭＲへの応用については、知的データベースを利用して１３Ｃ−ＮＭＲの化学シフトを予測する場合には、例えば、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を注目すべき炭素から３結合先のＨ以外のノードから出発したコードに関して、そこのスタート原子のノードのレベルｎからレベルｎ＋３以上の深さのレベルまでの比較を行えば良い。より深いレベルで一致していることは、より高い類似性をもっていることに相当する。レベルのもっとも深いところまで比較することによって分子全体の比較を行うことができる。平面構造コード（ＣＡＮＯＳＴ）が一致しておりかつ立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）及び立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）がより深いレベルで一致していることが、比較する分子の間で確認できるときには、より高い精度で１３Ｃ−ＮＭＲの化学シフトの予測を行うことができることになる。この結果、平面構造コード（ＣＡＮＯＳＴ）、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）及び立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を合わせて利用することにより、精度の高い１３Ｃ−ＮＭＲの化学シフトの予測を行うことができる。
【０１０７】
また、分子を構成する複数の原子の個々の原子の回りの立体化学を取り入れて分子をコード化するための立体化学コード化方法を記載したプログラムをコンピュータに読み取り可能記録媒体に記録することが可能である。
【０１０８】
【発明の効果】
以上のように、本発明の構成によれば、立体配座や立体配置等の分子の立体構造環境の情報をコンピュータに読みとり可能に、規範的にコード化することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃをモデル分子として分子ツリー体とキャノスト線形表記（平面構造コード）形成する手順を示す図であり、（ａ）は、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座を示し、（ｂ）は階位分類工程における第１の分子ツリー体を示し、（ｃ）は第２の分子ツリー体を示し、（ｄ）は第３の分子ツリー体を示し、（ｅ）はキャノスト線形表記（平面構造コード）を示す。
【図２】図１（ａ）を拡大して示す図。
【図３】二面角を求める手順を説明する図。
【図４】キャノストコードリストを示す図。
【図５】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃ−ｃｈａｉｎをモデル分子として作成した分子ツリーとキャノスト線形表記を示す図。
【図６】二面角をその大きさに応じて記号付与するための角度分割規則を示す図。
【図７】ｓｔａｇｇｅｒｅｄ  ｔｙｐｅ（ａ）とｅｃｌｉｐｓｅd  ｔｙｐｅ（ｂ）の立体配座を示す図。
【図８】立体配座コード作成工程をニューマン投影図で示す図。
【図９】立体配置コード（ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）の求める手順を説明する図。
【図１０】ｓｐ2 タイプの原子に関して立体配座コードを求める手順を示す図。
【図１１】ｓｐ2 タイプの原子に関して立体配置コードを求める手順を示す図。
【図１２】図１５及び図１６に示す分子に対する平面構造式（ａ）と、図１８に示す分子に対する平面構造式（ｂ）を示す図。
【図１３】図１５及び図１６に示す分子に対する立体配置の一例（ａ）と、図１８に示す分子に対する立体配置の一例（ｂ）を示す図。
【図１４】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃとａ−Ｇｌｃ−１Ｃの立体配座を比較して示す図。
【図１５】分子の立体構造式を示す図。
【図１６】分子の立体構造式を示す図。
【図１７】分子の立体構造式を示す図。
【図１８】分子の立体構造式を示す図。
【図１９】分子の平面構造式を示す図。
【図２０Ａ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの平面構造コード（ＣＡＮＯＳＴ）と、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を並記して示す図。
【図２０Ｂ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの平面構造コード（ＣＡＮＯＳＴ）と、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を並記して示す図。
【図２０Ｃ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの平面構造コード（ＣＡＮＯＳＴ）と、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を並記して示す図。
【図２１Ａ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について示す図。
【図２１Ｂ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について示す図。
【図２１Ｃ】ａ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について示す図。
【図２２Ａ】ｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃと比較した結果を示す図。
【図２２Ｂ】ｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃと比較した結果を示す図。
【図２２Ｃ】ｂ−Ｇｌｃ−４Ｃの立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）をマスキングしない場合とマスキングした場合について、ａ−Ｇｌｃ−４Ｃと比較した結果を示す図。
【図２３Ａ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２３Ｂ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２３Ｃ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２４Ａ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２４Ｂ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２４Ｃ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２５Ａ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２５Ｂ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２５Ｃ】図１５及び図１６に立体構造式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてノード６とノード７の２個だけを選び求めた立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２６Ａ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングしない立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２６Ｂ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングしない立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２６Ｃ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングしない立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２７Ａ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングした立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２７Ｂ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングした立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２７Ｃ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、マスキングした立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）を比較して示す図。
【図２８Ａ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２８Ｂ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２８Ｃ】図１８に立体構造式を示す種々の分子に対して、立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２９Ａ】図１９に化学式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてＢｒ原子とＣｌ原子の２個だけを選び、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２９Ｂ】図１９に化学式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてＢｒ原子とＣｌ原子の２個だけを選び、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図２９Ｃ】図１９に化学式を示す種々の分子に対して、スタート原子としてＢｒ原子とＣｌ原子の２個だけを選び、立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）を比較して示す図。
【図３０】立体配座コード（Ｓｔｅｒｅｏ）と立体配置コード（Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ）の使用例を示す図。
【図１】
0004660675.tif 000002
【図２】
0004660675.tif 000003
【図３】
0004660675.tif 000004
【図４】
0004660675.tif 000005
【図５】
0004660675.tif 000006
【図６】
0004660675.tif 000007
【図７】
0004660675.tif 000008
【図８】
0004660675.tif 000009
【図９】
0004660675.tif 000010
【図１０】
0004660675.tif 000011
【図１１】
0004660675.tif 000012
【図１２】
0004660675.tif 000013
【図１３】
0004660675.tif 000014
【図１４】
0004660675.tif 000015
【図１５】
0004660675.tif 000016
【図１６】
0004660675.tif 000017
【図１７】
0004660675.tif 000018
【図１８】
0004660675.tif 000019
【図１９】
0004660675.tif 000020
【図２０Ａ】
0004660675.tif 000021
【図２０Ｂ】
0004660675.tif 000022
【図２０Ｃ】
0004660675.tif 000023
【図２１Ａ】
0004660675.tif 000024
【図２１Ｂ】
0004660675.tif 000025
【図２１Ｃ】
0004660675.tif 000026
【図２２Ａ】
0004660675.tif 000027
【図２２Ｂ】
0004660675.tif 000028
【図２２Ｃ】
0004660675.tif 000029
【図２３Ａ】
0004660675.tif 000030
【図２３Ｂ】
0004660675.tif 000031
【図２３Ｃ】
0004660675.tif 000032
【図２４Ａ】
0004660675.tif 000033
【図２４Ｂ】
0004660675.tif 000034
【図２４Ｃ】
0004660675.tif 000035
【図２５Ａ】
0004660675.tif 000036
【図２５Ｂ】
0004660675.tif 000037
【図２５Ｃ】
0004660675.tif 000038
【図２６Ａ】
0004660675.tif 000039
【図２６Ｂ】
0004660675.tif 000040
【図２６Ｃ】
0004660675.tif 000041
【図２７Ａ】
0004660675.tif 000042
【図２７Ｂ】
0004660675.tif 000043
【図２７Ｃ】
0004660675.tif 000044
【図２８Ａ】
0004660675.tif 000045
【図２８Ｂ】
0004660675.tif 000046
【図２８Ｃ】
0004660675.tif 000047
【図２９Ａ】
0004660675.tif 000048
【図２９Ｂ】
0004660675.tif 000049
【図２９Ｃ】
0004660675.tif 000050
【図３０】
0004660675.tif 000051