(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の(a)〜(c)：
(a) 配列番号９に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸；
(b) 配列番号１３に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズし得る核酸；並びに
(c) 配列番号５７に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズし得る核酸
から選ばれる１以上の核酸を含有してなる、ラットにおけるリン脂質症の判定用試薬であって、ラットから採取した血液又はリンパ球における(A)〜(C)：
(A) secretory leukocyte peptidase inhibitor；
(B) chemokine (C-C motif) ligand 6；及び
(C) similar to hypothetical protein MGC40107 (LOC287442), mRNA
から選ばれる１以上の遺伝子の発現変動を検出し、正常ラットと比較して、血中の(A)遺伝子及び／又は(B)遺伝子の発現が増加し、並びに／或いは(C)遺伝子の発現が減少した場合に、該ラットはリン脂質症を発症していると判定することを特徴とする、試薬。
【請求項２】
(1) ラットから採取した血液又はリンパ球に、以下の(a)〜(c)：
(a) 配列番号９に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズし得る核酸；
(b) 配列番号１３に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズし得る核酸；並びに
(c) 配列番号５７に示される塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズする核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズし得る核酸
から選ばれる１以上の核酸を接触させ、該ラットの血中の(A)〜(C)：
(A) secretory leukocyte peptidase inhibitor；
(B) chemokine (C-C motif) ligand 6；及び
(C) similar to hypothetical protein MGC40107 (LOC287442), mRNA
から選ばれる１以上の遺伝子の発現変動を検出する工程、並びに
(2) 正常ラットと比較して、血中の(A)遺伝子及び／又は(B)遺伝子の発現が増加し、並びに／或いは(C)遺伝子の発現が減少した場合に、該ラットはリン脂質症を発症していると判定する工程
を含む、ラットにおけるリン脂質症の判定方法。
【請求項３】
ラットが、化合物を投与されるか化合物に曝露されたものであり、リン脂質症が該化合物に起因するものである、請求項２記載の方法。
【請求項４】
ラットが、化合物を３〜７日間連日投与されたものである請求項３記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、リン脂質症の判定方法およびそのためのツールに関する。より詳細には、本発明は、血中マーカー遺伝子の発現変動を指標としたリン脂質症（例：薬物起因性リン脂質症等）の判定方法、並びに該血中マーカー遺伝子を検出するための試薬・キット等に関する。
【背景技術】
【０００２】
リン脂質症（Ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄｏｓｉｓ；以下、「ＰＬｓｉｓ」と略記する場合もある）は、細胞内にリン脂質が過剰に蓄積する現象と定義され、遺伝性を含む脂質代謝ホメオスタシス異常の他、抗うつ薬、抗狭心症薬、抗マラリア薬、抗食欲減退薬、抗高脂血症薬などの多くの薬剤もしくはその代謝物によっても引き起こされる。ＰＬｓｉｓでは、リン脂質は主としてリソソーム内に蓄積し、電子顕微鏡学的には円形ないしは楕円形のミエリン様構造物（ｌａｍｅｌｌａｒ  ｂｏｄｙ）が観察される。毒性の発現機構は完全には解明されていないが、１）化合物によるリソソーム酵素（主にリン脂質分解酵素（ホスホリパーゼ））の活性阻害、２）化合物によるリン脂質代謝に関わる輸送経路の阻害、３）化合物とリン脂質の複合体形成による複合体の分解阻害、４）化合物によるリン脂質の合成亢進などに起因するものと考えられている。
ＰＬｓｉｓを誘発する化合物の多くは、分子内に疎水性領域と陽性荷電した親水性領域とを併せ持つ（ｃａｔｉｏｎｉｃ  ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ  ｄｒｕｇ；ＣＡＤ）構造を有する。近年、ゲノム解析の進展に伴いオーファン受容体の創薬ターゲットとしての価値が認識され、受容体に対する作動薬もしくは拮抗薬の開発が進められているが、そのような化合物は、受容体に作用するという性質ゆえにＣＡＤ構造を有している場合が多く、ＰＬｓｉｓの発現が医薬品開発の妨げとなるケースが増加している。また、既に認可されている医薬品の中にも副作用としてＰＬｓｉｓを引き起こすことが報告されているものがある。従って、薬物のＰＬｓｉｓ誘発性について効率の良い評価・予測系の開発が急務である。
ところで、数千〜数万種のｍＲＮＡの発現を同時にモニタリングするマイクロアレイ技術（網羅的遺伝子発現解析、トランスクリプトミクス（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃｓ））が医学・生物学の種々の分野で盛んに利用されてきている。毒性学の分野でも、毒性発現メカニズムの解明や毒性予測の研究に本技術が活用され始めており、トキシコゲノミクス（ｔｏｘｉｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）と呼ばれる新たな研究分野として期待されている。毒性現象には、１ないし数個の遺伝子の独立した変化だけでなく、遺伝子間の相互作用やカスケード等のように多数の遺伝子が互いに関連し合った一体的な変動が伴うものと考えられる。そのため、マイクロアレイというトランスクリプトームレベルでの解析が可能な技術を用いることで、毒性発現に関わる分子の挙動を包括的に捉えることが可能になると期待される。
本発明者らは以前、既知のＰＬｓｉｓ誘発性化合物に曝露したヒト培養細胞における遺伝子発現を、マイクロアレイを用いて網羅的に解析し、ＰＬｓｉｓ誘発時に顕著に発現変動するマーカー遺伝子群を同定・報告した（Ｓａｗａｄａ，Ｈ，ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ．Ｓｃｉ．，８３：２８２−９２（２００５））。培養細胞を用いたインビトロのスクリーニング系は、少量の化合物で多検体を短時間で評価し得ることから、化合物の合成量に制限のある創薬の初期段階において、ＰＬｓｉｓ誘発性の有無を迅速に予測し、構造の最適化を効率よく行うのに優れたツールである。
一方、インビトロの評価系での結果が、必ずしも生体内での毒性発現を反映するとは限らない。例えば、インビトロスクリーニングで細胞にＰＬｓｉｓを誘発する化合物は、ＰＬｓｉｓ誘発ポテンシャルを有するといえるが、生体内では速やかに代謝されるなどして毒性を示さない場合がある。その逆もまた然りである。あるいは、毒性が発現する濃度に対して薬効を発揮する濃度が十分に低ければ、前臨床・臨床段階へのステージアップは可能である。
したがって、開発ステージの後期あるいは上市後において、化合物投与による薬物起因性ＰＬｓｉｓの発現の有無を、迅速かつ簡便に判定し得るインビボでの評価系の構築が求められる。かかる評価系では、実験動物や治験者・患者を対象とするので、分析に供する試料の採取はできるだけ非侵襲的であることが望ましく、他方、トランスクリプトミクスを利用する場合には細胞含有試料である必要があるので、分析に供する試料としては血液やリンパ球などが好ましい。
血液やリンパ液などの生体試料を分析対象とする場合、インビトロでの評価系において用いられるマーカー遺伝子群とは異なる、新規かつより適当なマーカー遺伝子（群）が見出される可能性がある（例えば、Ｒｏｃｋｅｔｔ，Ｊ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ．Ｓｃｉ．，６９：４９−５９（２００２）参照）。しかしながら、インビボでの評価系においてＰＬｓｉｓ誘発性を高確度に判定し得る、特有のマーカー遺伝子に関する報告はこれまでに皆無である。
【発明の開示】
【０００３】
本発明の目的は、ＰＬｓｉｓの発現と相関して、血中などでの発現が変動する遺伝子、すなわちＰＬｓｉｓマーカー遺伝子を同定し、該遺伝子の発現変動を指標としたインビボでのＰＬｓｉｓの評価系を提供することである。
本発明者らは、上記の目的を達成すべく、種々の既知ＰＬｓｉｓ誘発化合物を３日間および７日間投与したラット血液をそれぞれ試料として、マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析を行った結果、投与期間ごとに、これら化合物の全てで顕著に発現が変動する遺伝子群を同定することに成功した。また、多くの化合物について、これらの遺伝子群の大部分が、３日間投与および７日間投与のいずれにおいても発現変動を示した。本発明者らは、これらの知見に基づいてさらに研究を重ねた結果、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明は、
［１］配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）のいずれかに示される塩基配列を有する核酸とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸を含有してなる、哺乳動物におけるリン脂質症の判定用試薬；
［２］リン脂質症の発現と相関して発現が変動する遺伝子の転写産物とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸、及び／又は該転写産物に相補的な塩基配列を有する核酸とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸を含有する２以上の試薬を含んでなる、哺乳動物におけるリン脂質症の判定用キットであって、
（ａ）少なくとも１つの試薬は上記［１］記載の試薬であり、
（ｂ）２以上の上記［１］記載の試薬を含む場合、各試薬は互いに異なる遺伝子の発現を検出し得るものであるキット；
［３］哺乳動物から採取した試料における、リン脂質症の発現と相関して発現が変動する１以上の遺伝子の発現変動を検出することを含む、該哺乳動物におけるリン脂質症の判定方法であって、少なくとも１つの遺伝子は、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）のいずれかに示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有するものである方法；
［４］哺乳動物が、化合物を投与されるか化合物に曝露されたものであり、リン脂質症が該化合物に起因するものである、上記［３］記載の方法；
［５］哺乳動物がヒトである上記［３］記載の方法；
［６］哺乳動物がラット、マウス、イヌまたはサルである上記［３］記載の方法；および
［７］試料が血液またはリンパ球である上記［３］記載の方法；
などを提供する。
本発明のＰＬｓｉｓの判定方法は、哺乳動物から採取した試料におけるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現変動を検出することを特徴とすることにより、従来のインビボ毒性試験などに比べて、非侵襲的に、且つ精度よくＰＬｓｉｓの発現を判定し得るという優れた効果を奏する。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００４】
本発明は、ＰＬｓｉｓの発現と相関して発現が変動する遺伝子（すなわち、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子）の発現を検出し得る核酸を含有するＰＬｓｉｓの判定用試薬を提供する。ここで「ＰＬｓｉｓの発現と相関して発現が変動する」とは、哺乳動物の１以上の組織においてＰＬｓｉｓの組織病理学的所見を認める場合に発現が実質的に増加または減少する傾向が、統計学上有意に認められることをいう。尚、「実質的に増加または減少」とは、正常時の１．５倍以上に増加するか、あるいは正常時の２／３以下に減少することをいい、正常時の２／３〜１．５倍の発現レベルである場合には、実質的に変動しないとみなすものとする。
具体的には、本発明の試薬により検出されるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子として、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列をそれぞれ有する５４種の遺伝子（７種のＥＳＴを含む）が挙げられる。ここで「実質的に同一の塩基配列」とは、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列の相補鎖配列を有する核酸とそれぞれハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る塩基配列であって、それにコードされる蛋白質が該配列番号に示される塩基配列にコードされる蛋白質と同一もしくは実質的に同一のものであるような配列を意味する。「ハイストリンジェントな条件」とは、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列の相補鎖配列を有する核酸と、オーバーラップする領域において約７０％以上、好ましくは約８０％以上、より好ましくは約９０％以上、特に好ましくは約９５％以上の相補性を有する塩基配列を有する核酸とがハイブリダイズし得る条件をいい、例えば、ナトリウム濃度が約１９〜４０ｍＭ、好ましくは約１９〜２０ｍＭで、温度が約５０〜７０℃、好ましくは約６０〜６５℃、特に好ましくは、ナトリウム濃度が約１９ｍＭで温度が約６５℃の場合が挙げられる。当業者は、ハイブリダイゼーション溶液の塩濃度、ハイブリダゼーション反応の温度、プローブ濃度、プローブの長さ、ミスマッチの数、ハイブリダイゼーション反応の時間、洗浄液の塩濃度、洗浄の温度等を適宜変更することにより、所望のストリンジェンシーに容易に調節することができる。
「実質的に同一の蛋白質」とは、配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示される各アミノ酸配列と約６０％以上、好ましくは約７０％以上、より好ましくは約８０％以上、特に好ましくは約９０％以上、最も好ましくは約９５％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、且つ上記各配列番号に示されるアミノ酸配列を有する蛋白質と同質の活性を有する蛋白質をいう。あるいは、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子が配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する場合には、「実質的に同一の蛋白質」とは、配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列と約６０％以上、好ましくは約７０％以上、より好ましくは約８０％以上、特に好ましくは約９０％以上、最も好ましくは約９５％以上の相同性を有する部分アミノ酸配列を有し、且つ上記部分アミノ酸配列を含む蛋白質と同質の活性を有する蛋白質をいう。
「同質の活性」とは、活性が性質的に（例えば、生理学的に、または薬理学的に）同一であることをいい、量的には同等（例：０．５〜２倍）であることが好ましいが、異なっていてもよい。また、アミノ酸配列の相同性の条件を満たす限り、分子量などの他の量的要素が異なってもよい。
アミノ酸配列について、「相同性」とは、当該技術分野において公知の数学的アルゴリズムを用いて２つのアミノ酸配列をアラインさせた場合の、最適なアラインメント（好ましくは、該アルゴリズムは最適なアラインメントのために配列の一方もしくは両方へのギャップの導入を考慮し得るものである）における、オーバーラップする全アミノ酸残基に対する同一アミノ酸および類似アミノ酸残基の割合（％）を意味する。「類似アミノ酸」とは物理化学的性質において類似したアミノ酸を意味し、例えば、芳香族アミノ酸（Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ）、脂肪族アミノ酸（Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ）、極性アミノ酸（Ｇｌｎ、Ａｓｎ）、塩基性アミノ酸（Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ）、酸性アミノ酸（Ｇｌｕ、Ａｓｐ）、水酸基を有するアミノ酸（Ｓｅｒ、Ｔｈｒ）、側鎖の小さいアミノ酸（Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｍｅｔ）などの同じグループに分類されるアミノ酸が挙げられる。このような類似アミノ酸による置換は蛋白質の表現型に変化をもたらさない（即ち、保存的アミノ酸置換である）ことが予測される。保存的アミノ酸置換の具体例は当該技術分野で周知であり、種々の文献に記載されている（例えば、Ｂｏｗｉｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４７：１３０６−１３１０（１９９０）を参照）。
本明細書におけるアミノ酸配列の相同性は、相同性計算アルゴリズムＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ）を用い、以下の条件（期待値＝１０；ギャップを許す；マトリクス＝ＢＬＯＳＵＭ６２；フィルタリング＝ＯＦＦ）にて計算することができる。アミノ酸配列の相同性を決定するための他のアルゴリズムとしては、例えば、Ｋａｒｌｉｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：５８７３−５８７７（１９９３）に記載のアルゴリズム［該アルゴリズムはＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．０）に組み込まれている（Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２５：３３８９−３４０２（１９９７））］、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４８：４４４−４５３（１９７０）に記載のアルゴリズム［該アルゴリズムはＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムに組み込まれている］、ＭｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ，ＣＡＢＩＯＳ，４：１１−１７（１９８８）に記載のアルゴリズム［該アルゴリズムはＣＧＣ配列アラインメントソフトウェアパッケージの一部であるＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．０）に組み込まれている］、Ｐｅａｒｓｏｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５：２４４４−２４４８（１９８８）に記載のアルゴリズム［該アルゴリズムはＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＦＡＳＴＡプログラムに組み込まれている］等が挙げられ、それらも同様に好ましく用いられ得る。
より好ましくは、配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列とは、各配列番号に示されるアミノ酸配列とそれぞれ約６０％以上、好ましくは約７０％以上、より好ましくは約８０％以上の同一性を有するアミノ酸配列であり、配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列と実質的に同一の部分アミノ酸配列とは、各配列番号に示される塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列と約６０％以上、好ましくは約７０％以上、より好ましくは約８０％以上の同一性を有する部分アミノ酸配列である。
かかる相同性を有する蛋白質としては、例えば、１）配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列（もしくは配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列）中の１または２個以上（好ましくは１〜３０個程度、より好ましくは１〜１０個程度、特に好ましくは数（１〜５）個）のアミノ酸が欠失したアミノ酸配列、２）配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列（もしくは配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列）に１または２個以上（好ましくは１〜３０個程度、より好ましくは１〜１０個程度、特に好ましくは数（１〜５）個）のアミノ酸が付加したアミノ酸配列、３）配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列（もしくは配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列）に１または２個以上（好ましくは１〜３０個程度、より好ましくは１〜１０個程度、特に好ましくは数（１〜５）個）のアミノ酸が挿入されたアミノ酸配列、４）配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列（もしくは配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列）中の１または２個以上（好ましくは１〜３０個程度、より好ましくは１〜１０個程度、特に好ましくは数（１〜５）個）のアミノ酸が他のアミノ酸で置換されたアミノ酸配列、または５）それらを組み合わせたアミノ酸配列を含有する蛋白質などが含まれる。
上記のようにアミノ酸配列が挿入、欠失または置換されている場合、その挿入、欠失または置換の位置は特に限定されない。
より具体的には、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列と実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子として、各配列番号に示される塩基配列を有するラット遺伝子のアレル変異体や、該遺伝子の、ラット以外の哺乳動物（例：ヒト、サル、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、モルモット、マウス等）におけるオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）などが該当する。
本発明のラット由来ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の塩基配列［すなわち、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される塩基配列］はいずれも公知であり、ＧｅｎＢａｎｋデータベース上で、それぞれ１）ＮＭ＿０３１３５５、３）ＮＭ＿０５３３５９、５）ＮＭ＿０１７０５１、７）ＮＭ＿０１３０５２、９）ＮＭ＿０５３３７２、１１）ＮＭ＿０５３８４３、１３）ＮＭ＿００１００４２０２、１５）ＮＭ＿０１２５１２（またはＡＷ９１６６４７）、１７）ＮＭ＿０１９１８６、１９）ＮＭ＿０２４１３９、２１）ＸＭ＿２１５８５８（またはＡＡ８９１９２０）、２３）ＮＭ＿０１２７７８（またはＬ０７２６８）、２５）ＸＭ＿２１３７９３（またはＡＩ４１２８６３）、２７）ＮＭ＿０５７１１４、２９）ＮＭ＿０５３８００、３１）ＮＭ＿０２２３９１、３３）ＸＭ＿２１３９２１（またはＢＥ０９９９７９）、３５）Ｌ３８４８２、３７）ＮＭ＿００１００７７４２（またはＢＩ２７５８８０）、３９）ＸＭ＿２１４４５１（またはＡＩ６００２３７）、４１）ＸＭ＿２２６６２４（またはＢＩ２９１６２６）、４３）ＮＭ＿０２２５９７、４５）ＮＭ＿１４５１８４、４７）ＮＭ＿０５３７１９、４９）ＮＭ＿０１７０７３、５１）ＮＭ＿０５３５８２、５３）ＮＭ＿１３８８８１、５５）ＸＭ＿３４０８０３（またはＢＩ３０３６５６）、５７）ＸＭ＿２１３３３３（またはＡＩ１７１３２７）、５９）ＡＩ０２９１７５、６０）ＢＭ３９２０５５、６１）ＢＩ２８８０１３、６２）ＡＩ１７２１４１、６３）ＡＩ６０００３０、６４）ＮＭ＿０１２９０４、６６）ＮＭ＿０５３５９８、６８）ＮＭ＿０５３５５４、７０）ＮＭ＿０５３８２２、７２）ＮＭ＿０５３５８７、７４）ＮＭ＿００１０１２３４５（またはＸＭ＿３４１８８７）、７６）ＮＭ＿０２２２０５、７８）ＮＭ＿０３１５１２、８０）ＸＭ＿２２３５０８、８２）ＮＭ＿０５３３７３、８４）ＮＭ＿０１２９９２、８６）ＮＭ＿００１００９７１７、８８）ＮＭ＿０３１０１０、９０）ＸＭ＿３４１０５３、９２）ＸＭ＿２１４１５２、９４）ＸＭ＿３４６２７４、９６）ＮＭ＿００１０１３２３３（またはＸＭ＿３４４６６０）、９８）ＸＭ＿３４０７８０、１００）ＢＭ３８９００６および１０１）ＡＡ７９９３２８の登録番号を付されて公開されている。また、これらに対応するヒトオルソログしては、順に１）ＮＭ＿００５６６２、３）ＮＭ＿００４０４５、５）ＮＭ＿０００６３６、７）ＮＭ＿００３４０５、９）ＮＭ＿００３０６４、１１）ＮＭ＿０００５６９（バリアントとしてＮＭ＿０００５７０）、１３）（ＮＭ＿００１００４２０２に対応するヒト遺伝子は知られていない）、１５）ＡＫ０２６４６３（バリアントとしてＮＭ＿００４０４８）、１７）ＮＭ＿００５７３８（バリアントとしてＮＭ＿２１２４６０）、１９）ＮＭ＿００７２３６、２１）ＮＭ＿０１３２４８、２３）ＮＭ＿０００３８５（バリアントとしてＮＭ＿１９８０９８）、２５）ＮＭ＿０１６４３３、２７）ＮＭ＿００２５７４（バリアントとしてＮＭ＿１８１６９６、ＮＭ＿１８１６９７）、２９）ＮＭ＿００３２２９、３１）ＮＭ＿００４２１９、３３）ＮＭ＿００３８５１（ＸＭ＿２１３９２１、ＡＩ０２９１７５の双方と類似する）、３５）ＮＭ＿００４３５９、３７）ＮＭ＿０１６１７２、３９）ＮＭ＿００４２８０、４１）ＮＭ＿０１２０８１、４３）ＮＭ＿００１９０８（バリアントとしてＮＭ＿１４７７８０、ＮＭ＿１４７７８１、ＮＭ＿１４７７８２、ＮＭ＿１４７７８３）、４５）ＮＭ＿００６３１３、４７）ＮＭ＿１９８４４９、４９）ＮＭ＿００２０６５、５１）ＮＭ＿０２２１６４、５３）ＮＭ＿０８０６５７、５５）ＮＭ＿０２４６３２、５７）ＮＭ＿１５２７６６、５９）ＮＭ＿００３８５１（ＸＭ＿２１３９２１、ＡＩ０２９１７５の双方と類似する）、６０）ＮＭ＿０１８５７１、６１）ＮＭ＿０１５９８２、６２）ＮＭ＿００００３７（バリアントとしてＮＭ＿０２０４７５、ＮＭ＿０２０４７６、ＮＭ＿０２０４７７）、６３）（ＡＩ６０００３０に対応するヒト遺伝子は知られていない）、６４）ＮＭ＿０００７００、６６）ＮＭ＿０１９０９４（バリアントとしてＮＭ＿１９９０４０）、６８）ＮＭ＿００１００８６６０（バリアントとしてＮＭ＿００７１６６）、７０）ＮＭ＿００２９６４、７２）ＮＭ＿００２９６５、７４）ＮＭ＿０３２５６４、７６）ＮＭ＿００１００８５４０（バリアントとしてＮＭ＿００３４６７）、７８）ＮＭ＿０００５７６、８０）ＮＭ＿０１２１６１（バリアントとしてＮＭ＿０３３５３５）、８２）ＮＭ＿００５０９１、８４）ＮＭ＿００２５２０（バリアントとしてＮＭ＿１９９１８５）、８６）ＮＭ＿０５２９７２、８８）ＮＭ＿００１１４０、９０）ＮＭ＿００１９１３（バリアントとしてＮＭ＿１８１５００、ＮＭ＿１８１５５２）、９２）ＮＭ＿００５１９２、９４）ＮＭ＿００７２１３、９６）ＮＭ＿００２１０１（バリアントとしてＮＭ＿０１６８１５）、９８）ＮＭ＿０１２０７５および１００）ＮＭ＿００３２５８（１０１）ＡＡ７９９３２８に対応するヒト遺伝子は知られていない）が挙げられる。
配列番号１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｖｄａｃ３」と略記する場合がある）は、アデニンヌクレオチド類の輸送に機能する可能性のあるミトコンドリア外膜の電圧依存性イオンチャネルの開口部にあたる蛋白質（ｖｏｌｔａｇｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ａｎｉｏｎ  ｃｈａｎｎｅｌ  ３）をコードしている。
配列番号３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ａｔｏｘ１」と略記する場合がある）は、細胞内銅輸送および恒常性維持に介在する銅結合蛋白質（ＡＴＸ１（ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １）ｈｏｍｏｌｏｇ  １（ｙｅａｓｔ））をコードしている。
配列番号５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｓｏｄ２」と略記する場合がある）は、スーパーオキシドを過酸化水素に変換するミトコンドリア酵素（ｓｕｐｅｒｏｘｉｄｅ  ｄｉｓｍｕｔａｓｅ  ２，ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ）をコードしている。
配列番号７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｙｗｈａｈ」と略記する場合がある）は、アポトーシスインヒビターであり、また、チロシンヒドロキシラーゼおよびトリプトファンヒドロキシラーゼのアクティベータでもある蛋白質（ｔｙｒｏｓｉｎｅ  ３−ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ／ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ  ５−ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｅｔａ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）をコードしている。
配列番号９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｓｌｐｉ」と略記する場合がある）は、トリプシン、カテプシンＧおよび好中球エラスターゼ等のプロテアーゼのインヒビター（ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ｐｒｏｔｅａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）をコードしている。
配列番号１１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｆｃｇｒ３」と略記する場合がある）は、免疫グロブリンに結合し、種々の免疫応答を惹起する蛋白質（Ｆｃ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ，ＩｇＧ，ｌｏｗ  ａｆｆｉｎｉｔｙ  ＩＩＩ）をコードしている。
配列番号１３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｃｃ１６」と略記する場合がある）は、ラットにおいて、炎症細胞の遊走および浸潤を促進するＣＣケモカイン（ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ（Ｃ−Ｃ  ｍｏｔｉｆ）ｌｉｇａｎｄ  ６）をコードしているが、ヒトで対応する遺伝子は知られていない。
配列番号１５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「Ｂ２ｍ」と略記する場合がある）は、ＩｇＧの経上皮輸送において作用するＭＨＣクラスＩ抗原の成分（Ｂｅｔａ−２  ｍｉｃｒｏｇｌｏｂｕｌｉｎ）をコードしている。
配列番号１７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ａｒ１４」と略記する場合がある）は、小胞輸送や蛋白質分泌に重要な役割を果たすＧＴＰ結合蛋白質（ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｏｎ−ｌｉｋｅ  ４）をコードしている。
配列番号１９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｃｈｐ」と略記する場合がある）は、膜輸送において役割を果たすＣａ２＋結合蛋白質（ｃａｌｃｉｕｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｐ２２）をコードしている。
配列番号２１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、ＮＴＦ２関連輸送蛋白質であるＮＸＴ１に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌｒ  ｔｏ  ＮＴＦ２−ｒｅｌａｔｅｄ  ｅｘｐｏｒｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＮＸＴ１（ＬＯＣ２９６２１９），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号２３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ａｑｐ１」と略記する場合がある）は、水チャネルを構成する蛋白質（ａｑｕａｐｏｒｉｎ  １（ｃｈａｎｎｅｌ−ｆｏｒｍｉｎｇ  ｉｎｔｅｇｒａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ，２８ｋＤａ））をコードしている。
配列番号２５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、糖スフィンゴ脂質、糖グリセロ脂質の膜間輸送に関与する、糖脂質輸送蛋白質に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄ  ｔｒａｎｓｆｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＬＯＣ２８８７０７），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号２７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｐｒｄｘ１」と略記する場合がある）は、酸化ストレスで誘導されるペルオキシダーゼ活性を有する抗酸化物質（ｐｅｒｏｘｉｒｅｄｏｘｉｎ  １）をコードしている。
配列番号２９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｔｘｎ」と略記する場合がある）は、ＵＶおよび酸化ストレスに対する応答に関与し、反応性の酸素中間体を低減する蛋白質（ｔｈｉｏｒｅｄｏｘｉｎ）をコードしている。
配列番号３１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｐｔｔｇ」と略記する場合がある）は、血清飢餓に応答してダウンレギュレートされる、細胞増殖および血管新生を促進する前癌遺伝子（ｐｉｔｕｉｔａｒｙ  ｔｕｍｏｒ−ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ  １）である。
配列番号３３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、細胞の増殖・分化にかかる転写制御に関与するＥ１Ａで刺激される遺伝子の細胞リプレッサーＣＲＥＧに類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ  ｏｆ  Ｅ１Ａ−ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ＣＲＥＧ（ＬＯＣ２８９１８５），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号３５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、Ｇ１期からＳ期への移行および染色体アライメントを制御する、ユビキチンとコンジュゲートする酵素（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｃｅｌｌ  ｄｉｖｉｓｉｏｎ  ｃｙｃｌｅ  ３４；ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ−ｃｏｎｊｕｇａｔｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅ  Ｅ２−３２  ＫＤＡ  ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ；ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ；ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ  ｌｉｇａｓｅ（ＬＯＣ２９９６０２），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号３７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｕｂａｄｃ１」と略記する場合がある）は、内皮細胞の増殖を制御し得る細胞内シグナル分子と推定される蛋白質（ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）をコードしている。
配列番号３９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、真核性の翻訳伸長因子１ε１に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  １  ｅｐｓｉｌｏｎ  １（ＬＯＣ２９１０５７），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号４１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ伸長因子ＥＬＬ２に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ＲＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ＩＩ  ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  ＥＬＬ２（ＬＯＣ３０９９１８），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号４３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｃｔｓｂ」と略記する場合がある）は、リソソーム由来のパパインファミリーに属するシステインプロテアーゼ（ｃａｔｈｅｐｓｉｎ  Ｂ）をコードしている。
配列番号４５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｕｓｐ１５」と略記する場合がある）は、ユビキチン特異的システインプロテアーゼファミリーに属する酵素（ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｐｒｏｔｅａｓｅ  １５）をコードしている。
配列番号４７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｅｍｂ」と略記する場合がある）は、細胞接着分子である膜貫通蛋白質（ｅｍｂｉｇｉｎ）をコードしている。
配列番号４９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｇｌｕ１」と略記する場合がある）は、グルタミン合成酵素（ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｓｙｎｔｈｅｔａｓｅ  １）をコードしている。
配列番号５１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｌｃｎ７」と略記する場合がある）は、細胞外マトリックス蛋白質と推定される、触媒としては不活性なカテプシンＢ関連蛋白質（ｌｉｐｏｃａｌｉｎ  ７）をコードしている。
配列番号５３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｂｅｓｔ５」と略記する場合がある）は、インターフェロン類により誘導される抗ウイルス蛋白質（Ｂｅｓｔ５  ｐｒｏｔｅｉｎ）をコードしている。
配列番号５５に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、ヒストン脱アセチル化酵素と関連する転写コリプレッサーＳｉｎ３Ａに関連する蛋白質（ＳＡＰ３０）に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  Ｓｉｎ３Ａ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｐ３０−ｌｉｋｅ）をコードしている。
配列番号５７に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、仮想蛋白質ＭＧＣ４０１０７に類似する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＭＧＣ４０１０７（ＬＯＣ２８７４４２），ｍＲＮＡ）をコードしている。
配列番号５９に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、細胞の増殖・分化にかかる転写制御に関与するＥ１Ａで刺激される遺伝子の細胞リプレッサーＣＲＥＧのｍＲＮＡに類似する配列（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ  ｏｆ  Ｅ１Ａ−ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ＣＲＥＧ（ＬＯＣ２８９１８５），ｍＲＮＡ）を有する。
配列番号６０に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、ＪＮＫ１の活性化を増強する抗アポトーシス蛋白質のｍＲＮＡに類似する配列（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ  ｌａｔｅｒａｌ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ  ２（ｊｕｖｅｎｉｌｅ）ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｒｅｇｉｏｎ，ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ２）を有する。
配列番号６１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、生殖細胞におけるｍＲＮＡの翻訳抑制に関与するＲＮＡ結合蛋白質のｍＲＮＡに類似する配列（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｇｅｒｍ  ｃｅｌｌ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｙ−ｂｏｘ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ）を有する。
配列番号６２に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、細胞骨格エレメントを原形質膜に接着させる細胞骨格アンカー蛋白質Ａｎｋｙｒｉｎ１のｍＲＮＡに類似する配列（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  Ａｎｋｙｒｉｎ  １）を有する。
配列番号６３に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）の機能は未知である。
配列番号６４に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ａｎｘａ１」と略記する場合がある）は、ホスホリパーゼＡ２を阻害するカルシウム依存性リン脂質結合蛋白質（ａｎｎｅｘｉｎＡ１）をコードしている。
配列番号６６に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｎｕｄｔ４」と略記する場合がある）は、イノシトールリン酸の代謝に関与している可能性のあるジホスホイノシトールポリホスフェートホスホヒドロラーゼ（ｎｕｄｉｘ（ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ  ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｌｉｎｋｅｄ  ｍｏｉｅｔｙ  Ｘ）−ｔｙｐｅ  ｍｏｔｉｆ  ４）をコードしている。
配列番号６８に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｐｉｃａｌｍ」と略記する場合がある）は、クラスリン重鎖に結合してエンドサイト−シスに作用する蛋白質（Ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｃｌａｔｈｒｉｎ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  ｐｒｏｔｅｉｎ）をコードしている。
配列番号７０に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「Ｓ１００ａ８」と略記する場合がある）は、Ｓ１００ファミリーのメンバーで、Ｓ１００Ａ９と複合体を形成して、アラキドン酸分泌および炎症部位への白血球補充を仲介する蛋白質（Ｓ１００  ｃａｌｃｉｕｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａ８（ｃａｌｇｒａｎｕｌｉｎ  Ａ））をコードしている。
配列番号７２に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「Ｓ１００ａ９」と略記する場合がある）は、Ｓ１００ファミリーのメンバーで、Ｓ１００Ａ８と複合体を形成して、アラキドン酸分泌および炎症部位への白血球補充を仲介する蛋白質（Ｓ１００  ｃａｌｃｉｕｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａ９（ｃａｌｇｒａｎｕｌｉｎ  Ｂ））をコードしている。
配列番号７４に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｄｇａｔ２」と略記する場合がある）は、トリアシルグリセロール生合成を触媒するジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼファミリーのメンバー（Ｄｉａｃｙｌｇｌｙｃｅｒｏｌ  Ｏ−ａｃｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ  ２（ｍｏｕｓｅ））をコードしている。
配列番号７６に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｃｘｃｒ４」と略記する場合がある）は、ＣＸＣケモカインに結合するＧＰＣＲ（Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ（Ｃ−Ｘ−Ｃ  ｍｏｔｉｆ）ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ４）をコードしている。
配列番号７８に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｉｌ１ｂ」と略記する場合がある）は、防御反応および炎症反応を調節するサイトカイン（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  １  ｂｅｔａ）をコードしている。
配列番号８０に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｆｂｘ１５」と略記する場合がある）は、蛋白質分解に関与するＳＣＦユビキチンリガーゼの推定サブユニット（Ｆ−ｂｏｘ  ａｎｄ  ｌｅｕｃｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｒｅｐｅａｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ５（ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ））をコードしている。
配列番号８２に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｐｇｌｙｒｐ１」と略記する場合がある）は、ペプチドグリカン及びグラム陽性菌に結合し、先天性免疫に関与する蛋白質（ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １）をコードしている。
配列番号８４に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｎｐｍ１」と略記する場合がある）は、リボソームのアッセンブリに関与している可能性のある核酸結合リボヌクレアーゼであり、分子シャペロンである蛋白質（ｎｕｃｌｅｏｐｈｏｓｍｉｎ  １）をコードしている。
配列番号８６に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、複数のロイシンリッチリピートを含む血清蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｌｅｕｃｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ａｌｐｈａ−２−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）をコードしている。
配列番号８８に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ａｌｏｘ１５」と略記する場合がある）は、アラキドン酸を１５−ヒドロペルオキシエイコサテトラエン酸とリポキシンＡ４に変換する酵素（ａｒａｃｈｉｄｏｎａｔｅ  １２−ｌｉｐｏｘｙｇｅｎａｓｅ）をコードしている。
配列番号９０に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（以下、「ｃｕｔｌ１」と略記する場合がある）は、有糸分裂の細胞周期に作用し、アポトーシス誘発刺激に対する免疫応答を制御している可能性のある蛋白質（Ｃｕｔ−ｌｉｋｅ  １（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ））をコードしている。
配列番号９２に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、細胞周期の進行を阻害するチロシン−セリンホスファターゼ（ｃｙｃｌｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ３（ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ））をコードしている。
配列番号９４に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、プレニル化したＲａｂアクセプター（ＰＲＡ１）ファミリーのメンバーで、グルタミン酸トランスポーターと中程度の類似性を有する蛋白質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ＤＸＩｍｘ３９ｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ）をコードしている。
配列番号９６に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、Ｅｐｂ４．１及びＭｐｐ１と三者複合体を形成し、細胞の形状の制御に役割を果たしている可能性のある赤血球膜貫通型シアロ糖タンパク質（Ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｇｌｙｃｏｐｈｏｒｉｎ  Ｃ  ｉｓｏｆｏｒｍ  ２）をコードしている。
配列番号９８に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、キャラクタライズされていない蛋白質ＵＰＦ０１７１ファミリーのメンバー（ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ＣＧＴＨＢＡ  ｐｒｏｔｅｉｎ（−１４  ｇｅｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ）（ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ））をコードしている。
配列番号１００に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）は、ＤＮＡ合成のためのチミジン酸を合成する細胞質酵素のｍＲＮＡに類似する配列（ｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ  １）を有する。
配列番号１０１に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子（ＥＳＴ）の機能は未知である。
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４および８６に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、いずれかの臓器におけるＰＬｓｉｓ発現と相関して体内での発現が増加し（後記実施例２、表３および実施例４、表７参照）、一方、配列番号１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９〜６３、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００および１０１（後記実施例２、表４および実施例４、表８参照）に示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子は、ＰＬｓｉｓ発現と相関して発現が減少する。
本発明のＰＬｓｉｓ判定用試薬（以下、「本発明の試薬」と略記する場合がある）に含有されるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得る核酸としては、例えば、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の転写産物とハイブリダイズし得る核酸（プローブ）や、該転写産物の一部もしくは全部を増幅するプライマーとして機能し得るオリゴヌクレオチドのセットなどが挙げられる。すなわち、該核酸としては、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１のいずれか）に示される塩基配列を有する核酸（センス鎖＝コード鎖）とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸、及び／又は該塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸（アンチセンス鎖＝非コード鎖）とハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る核酸が好ましく例示される。「ハイストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る」とは上記と同義である。該核酸はＤＮＡであってもＲＮＡであってもよく、あるいはＤＮＡ／ＲＮＡキメラであってもよい。好ましくはＤＮＡが挙げられる。
プローブとして用いられる核酸は、二本鎖であっても一本鎖であってもよい。二本鎖の場合は、二本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡ：ＲＮＡのハイブリッドでもよい。一本鎖の場合は、供される試料に応じてセンス鎖（例：ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡの場合）またはアンチセンス鎖（例：ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡの場合）を選択して用いることができる。該核酸の長さは標的核酸と特異的にハイブリダイズし得る限り特に制限はなく、例えば約１５塩基以上、好ましくは約３０塩基以上である。該核酸は、標的核酸の検出・定量を可能とするために、標識剤により標識されていることが好ましい。標識剤としては、例えば、放射性同位元素、酵素、蛍光物質、発光物質などが用いられる。放射性同位元素としては、例えば、〔３２Ｐ〕、〔３Ｈ〕、〔１４Ｃ〕などが用いられる。酵素としては、安定で比活性の大きなものが好ましく、例えば、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素などが用いられる。蛍光物質としては、例えば、フルオレスカミン、フルオレッセンイソチオシアネートなどが用いられる。発光物質としては、例えば、ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニンなどが用いられる。さらに、プローブと標識剤との結合にビオチン−（ストレプト）アビジンを用いることもできる。一方、プローブとなる核酸を固相上に固定化する場合には、試料中の核酸を上記と同様の標識剤を用いて標識することができる。
プライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドのセットとしては、各配列番号に示される塩基配列（センス鎖）およびそれに相補的な塩基配列（アンチセンス鎖）とそれぞれ特異的にハイブリダイズすることができ、それらに挟まれるＤＮＡ断片を増幅し得るものであれば特に制限はなく、例えば、各々約１５〜約１００塩基、好ましくは各々約１５〜約５０塩基の長さを有し、約１００ｂｐ〜数ｋｂｐのＤＮＡ断片を増幅するようにデザインされたオリゴＤＮＡのセットが挙げられる。
微量ＲＮＡ試料を用いてＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を定量的に解析するためには、競合ＲＴ−ＰＣＲまたはリアルタイムＲＴ−ＰＣＲを用いることが好ましい。競合ＲＴ−ＰＣＲとは、目的のＤＮＡを増幅し得るプライマーのセットにより増幅され得る既知量の他の鋳型核酸をｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒとして反応液中に共存させて競合的に増幅反応を起こさせ、増幅産物の量を比較することにより、目的ＤＮＡの量を算出する方法をいう。従って、競合ＲＴ−ＰＣＲを用いる場合、本発明の試薬は、上記プライマーセットに加えて、該プライマーセットにより増幅され、目的ＤＮＡと区別することができる増幅産物（例えば、目的のＤＮＡとはサイズの異なる増幅産物、制限酵素処理により異なる泳動パターンを示す増幅産物など）を生じる核酸をさらに含有することができる。このｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ核酸はＤＮＡであってもＲＮＡであってもよい。ＤＮＡの場合、ＲＮＡ試料から逆転写反応によりｃＤＮＡを合成した後にｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒを添加してＰＣＲを行えばよく、ＲＮＡの場合は、ＲＮＡ試料に最初から添加してＲＴ−ＰＣＲを行うことができる。後者の場合、逆転写反応の効率も考慮に入れているので、元のｍＲＮＡの絶対量を推定することができる。
一方、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲは、ＰＣＲの増幅量をリアルタイムでモニタリングできるので、電気泳動が不要で、より迅速にＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を解析可能である。通常、モニタリングは種々の蛍光試薬を用いて行われる。これらの中には、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ、エチジウムブロマイド等の二本鎖ＤＮＡに結合することにより蛍光を発する試薬（インターカレーター）の他、上記プローブとして用いることができる核酸（但し、該核酸は増幅領域内で標的核酸にハイブリダイズする）の両端をそれぞれ蛍光物質（例：ＦＡＭ、ＨＥＸ、ＴＥＴ、ＦＩＴＣ等）および消光物質（例：ＴＡＭＲＡ、ＤＡＢＣＹＬ等）で修飾したもの等が含まれる。
ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得るプローブとして機能する核酸は、該遺伝子の転写産物の一部もしくは全部を増幅し得る上記プライマーセットを用い、哺乳動物（例：ヒト、サル、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、モルモット、マウス、ラット等）のあらゆる細胞［例えば、肝細胞、脾細胞、神経細胞、グリア細胞、膵臟β細胞、骨髄細胞、メサンギウム細胞、ランゲルハンス細胞、表皮細胞、上皮細胞、杯細胞、内皮細胞、平滑筋細胞、線維芽細胞、線維細胞、筋細胞、脂肪細胞、免疫細胞（例、マクロファージ、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー細胞、肥満細胞、好中球、好塩基球、好酸球、単球）、巨核球、滑膜細胞、軟骨細胞、骨細胞、骨芽細胞、破骨細胞、乳腺細胞もしくは間質細胞、またはこれら細胞の前駆細胞、幹細胞もしくはガン細胞など］もしくはそれらの細胞が存在するあらゆる組織［例えば、脳、脳の各部位（例、嗅球、扁桃核、大脳基底球、海馬、視床、視床下部、大脳皮質、延髄、小脳）、脊髄、下垂体、胃、膵臟、腎臓、肝臟、生殖腺、甲状腺、胆嚢、骨髄、副腎、皮膚、肺、消化管（例、大腸、小腸）、血管、心臓、胸腺、脾臓、顎下腺、末梢血、前立腺、睾丸、卵巣、胎盤、子宮、骨、関節、脂肪組織、骨格筋など］由来のｃＤＮＡもしくはゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲ法によって所望の長さの核酸を増幅するか、前記した細胞・組織由来のｃＤＮＡもしくはゲノムＤＮＡライブラリーから、コロニーもしくはプラークハイブリダイゼーション等により上記ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子もしくはｃＤＮＡをクローニングし、必要に応じて制限酵素等を用いて適当な長さの断片とすることにより取得することができる。ハイブリダイゼーションは、例えば、モレキュラー・クローニング（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ）第２版（前述）に記載の方法などに従って行なうことができる。また、市販のライブラリーを使用する場合、ハイブリダイゼーションは、該ライブラリーに添付された使用説明書に記載の方法に従って行なうことができる。あるいは、該核酸は、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列情報に基づいて、該塩基配列および／またはその相補鎖配列の一部もしくは全部を市販のＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機等を用いて化学的に合成することによっても得ることができる。また、シリコンやガラス等の固相上で該核酸を直接ｉｎ  ｓｉｔｕ（ｏｎ  ｃｈｉｐ）合成することにより、該核酸が固相化されたチップを作成することもできる。
ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の転写産物の一部もしくは全部を増幅し得るプライマーとして機能する核酸は、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）に示される各塩基配列情報に基づいて、該塩基配列およびその相補鎖配列の一部を市販のＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機等を用いて化学的に合成することによって得ることができる。
ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得る核酸は、乾燥した状態もしくはアルコール沈澱の状態で、固体として提供することもできるし、水もしくは適当な緩衝液（例：ＴＥ緩衝液等）中に溶解した状態で提供することもできる。標識プローブとして用いられる場合、該核酸は予め上記のいずれかの標識物質で標識した状態で提供することもできるし、標識物質とそれぞれ別個に提供され、用時標識して用いることもできる。
あるいは、該核酸は、適当な固相に固定化された状態で提供することもできる。固相としては、例えば、ガラス、シリコン、プラスチック、ニトロセルロース、ナイロン、ポリビニリデンジフロリド等が挙げられるが、これらに限定されない。また、固定化手段としては、予め核酸にアミノ基、アルデヒド基、ＳＨ基、ビオチンなどの官能基を導入しておき、一方、固相上にも該核酸と反応し得る官能基（例：アルデヒド基、アミノ基、ＳＨ基、ストレプトアビジンなど）を導入し、両官能基間の共有結合で固相と核酸を架橋したり、ポリアニオン性の核酸に対して、固相をポリカチオンコーティングして静電結合を利用して核酸を固定化するなどの方法が挙げられるが、これらに限定されない。
核酸プローブが固相に固定化された状態で提供される好ましい一例として、Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ社より提供されるＡｒｒａｙＰｌａｔｅＴＭ等が挙げられる。ＡｒｒａｙＰｌａｔｅＴＭは９６ウェルプレートの各ウェル底面に種々の核酸プローブが規則正しく配置した状態（例、４×４アレイ）で固定化されたものである。プローブとハイブリダイズし得る一端と標的核酸とハイブリダイズし得る他端とを有する核酸をスペーサーとして介在させることで、プローブと標的核酸とのハイブリダイゼーション反応を固相表面上ではなく液相中で行わせることができ、標的核酸の定量的な測定が可能となる。従って、単一のウェルで種々のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現変動を同時に一括検出することができ、十分な定量性が得られれば、各マーカー遺伝子の発現変動を別個に検出するリアルタイムＰＣＲよりもさらに効率がよいという利点を有する。
本発明の試薬は、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得る核酸に加えて、該遺伝子の発現を検出するための反応において必要な他の物質であって、共存状態で保存することにより反応に悪影響を及ぼさない物質をさらに含有することができる。あるいは、本発明の試薬は、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出するための反応において必要な他の物質を含有する別個の試薬とともにキット化して提供することもできる。例えば、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出するための反応がＰＣＲの場合、当該他の物質としては、例えば、反応緩衝液、ｄＮＴＰｓ、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ等が挙げられる。競合ＰＣＲやリアルタイムＰＣＲを用いる場合は、ｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ核酸や蛍光試薬（上記インターカレーターや蛍光プローブ等）などをさらに含むことができる。
個々のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子は、例えば薬物起因性ＰＬｓｉｓに関して言えば、すべてのＰＬｓｉｓ誘発化合物について発現が変動し、すべてのＰＬｓｉｓ非誘発化合物について実質的に発現が変動しないというのが理想的であるが、現実的には必ずしもそのような結果は得られない。そのため、個々のマーカー遺伝子の発現を単独の指標とした場合、通常は、ある程度の偽陽性および偽陰性化合物の出現は避けられない。しかしながら、複数のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現変動を調べることにより、判定精度をさらに向上させることができる。
したがって、本発明はまた、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子を検出し得る核酸を含有する２以上の試薬を組み合わせてなる、ＰＬｓｉｓ判定用キットを提供する。ここで各試薬中に含有される核酸は、互いに異なるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子を検出し得るものである。また、該試薬の少なくとも１つは、上記本発明の試薬、即ち、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）のいずれかに示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有する遺伝子を検出し得る核酸を含有するものである。より好ましくは、上記５４個のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子のうちのいずれか２個以上、さらに好ましくは３個以上、いっそう好ましくは４個以上、特に好ましくは５個以上、最も好ましくは６個以上を検出対象とするキットが挙げられる。
本発明のキットの構成として含まれる、本発明の試薬以外の試薬に含有され得るＰＬｓｉｓマーカー遺伝子を検出し得る核酸としては、例えば、上記５４個のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子以外のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子、例えば、リソソーム酵素をコードする遺伝子、脂質代謝（例：コレステロール合成、脂肪酸伸長反応、不飽和脂肪酸合成等）関連蛋白質をコードする遺伝子、輸送（例：脂肪酸輸送、蛋白質輸送、アミノ酸輸送等）関連蛋白質をコードする遺伝子、細胞増殖関連蛋白質をコードする遺伝子、プロテアーゼもしくはプロテアーゼインヒビターをコードする遺伝子、アミノ酸代謝関連蛋白質をコードする遺伝子など、より具体的には、ＧｅｎＢａｎｋデータベースに、それぞれＮＭ＿０００８５９、ＡＬ５１８６２７、ＮＭ＿００２１３０、ＡＡ６３９７０５、ＢＣ００５８０７、ＡＦ１１６６１６、ＮＭ＿０２５２２５、Ｄ８００１０、ＮＭ＿００１７３１、ＡＷ１３４５３５、ＮＭ＿００４３５４、ＡＦ１３５２６６、ＡＣ００７１８２、ＮＭ＿００３８３２、ＮＭ＿０１９０５８、ＡＢ０４０８７５、ＡＡ４８８６８７、ＮＭ＿０１８６８７、ＮＭ＿０２１１５８、ＢＧ２３１９３２、ＮＭ＿０００２３５、ＡＡ８７３６００、ＡＦ０９６３０４、ＡＷ１５０９５３、ＮＭ＿００１３６０、ＡＣ００１３０５、ＮＭ＿０２４０９０、ＮＭ＿００６２１４、ＮＭ＿０２４１０８、ＮＭ＿０２１９８０、ＡＦ００３９３４、ＮＭ＿０００５９６、Ｕ１５９７９、Ｍ９２９３４、ＮＭ＿００２０８７、ＡＫ０２３３４８、ＮＭ＿００２７７３、ＮＭ＿０００１３１、ＢＣ００３１６９、ＮＭ＿００２２１７、ＮＭ＿００３１２２、ＮＭ＿００１６７３、ＮＭ＿００００５０、Ｕ０８０２４、ＮＭ＿００３１６７、ＢＣ００５１６１、ＡＦ１６２６９０、ＡＷ５１７４６４、ＡＦ１１６６１６、ＮＭ＿０１７９８３、ＮＭ＿０１６０６１、ＢＥ９６６９２２、ＢＥ５５２４２８、ＮＭ＿０１２４４５、ＮＭ＿０００７９２、ＮＭ＿０１５９３０、ＮＭ＿０２１８００、ＮＭ＿００５９８０、ＮＭ＿０００５６５、ＡＢ０３３０２５、ＡＬ１１０２９８、ＮＭ＿００６９３１、ＮＭ＿００１９５５、ＮＭ＿００３８９７、ＡＡ７７８６８４、ＮＭ＿００１２８３、ＮＭ＿０１２２４２、ＡＩ９３４４６９、ＮＭ＿００３１８６およびＮＭ＿００２４５０のＩＤを付されて登録されている塩基配列を有するヒト遺伝子（上記Ｓａｗａｄａ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ．Ｓｃｉ．，８３：２８２−９２（２００５）を参照）および他の哺乳動物におけるそれらのオルソログ等を検出し得る核酸が挙げられるが、それらに限定されない。
キットを構成する各試薬中に含有される核酸は、同一の方法（例：ノーザンブロット、ドットブロット、ＤＮＡアレイ技術、定量ＲＴ−ＰＣＲ等）によりＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得るように構築されていることが特に好ましい。
本発明のキットの構成として、上記の試薬がそれぞれ別個に提供されるもの［例：核酸が標識プローブ（特にドットブロット解析の場合）やＰＣＲ（特にリアルタイム定量ＰＣＲ）用プライマーとして機能する場合等］、異なるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得る核酸が同一の試薬中に含有されて提供されるもの［例：核酸がＰＣＲ（特に、増幅産物のサイズ等により各マーカー遺伝子を区別し得る場合）や標識プローブ（特に、ノーザンブロット解析で転写産物のサイズにより各マーカー遺伝子を区別し得る場合）として機能する場合等］、あるいは、異なるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出し得る核酸が、同一の固相の別個の領域にそれぞれ固定化されて提供されるもの［例：標識ｃＲＮＡ等とのハイブリダイゼーション用プローブとして機能する場合等］などが例示されるが、これらに限定されない。
本発明はまた、哺乳動物から採取した試料における、ＰＬｓｉｓの発現と相関して発現が変動する１以上の遺伝子の発現変動を検出することを含む、該哺乳動物におけるＰＬｓｉｓの判定方法を提供する。哺乳動物としては、ヒト、サル、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、モルモット、マウス、ラット等が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい動物種は、目的に応じて適宜選択され得るが、例えば、医薬候補化合物のＰＬｓｉｓ誘発性を評価する場合には、臨床段階ではヒト、前臨床段階ではサル、ラット、マウス、イヌ等が好ましく用いられる。
哺乳動物におけるＰＬｓｉｓとしては、薬物起因性ＰＬｓｉｓ（医薬もしくは動物薬またはその候補化合物の投与によるものの他、毒物の誤飲や環境中に存在する化学物質に曝露されたことによるもの等、あらゆる態様を包含する）、遺伝性のリン脂質代謝異常症、その他の疾患に付随するＰＬｓｉｓなどが挙げられる。したがって、本発明の方法の検査対象となる哺乳動物としては、医薬（もしくは動物薬）候補化合物を投与される治験者（実験動物）、ＰＬｓｉｓを発現するおそれのある医薬（もしくは動物薬）を投与された患者（患畜）、ＰＬｓｉｓを誘発し得る化学物質等に曝露された（もしくはその可能性のある）ヒトまたは他の哺乳動物、ＰＬｓｉｓを引き起こすおそれのある遺伝性もしくは非遺伝性の疾患に罹患しているか、あるいは罹患している（もしくは将来罹患する）おそれのある哺乳動物などが挙げられる。
医薬（もしくは動物薬）候補化合物による薬物起因性ＰＬｓｉｓを判定する場合における、哺乳動物を試験化合物に曝露する方法は特に制限されない。例えば、試験化合物を固形、半固形、液状、エアロゾル等の形態で経口的もしくは非経口的（例：静脈内、筋肉内、腹腔内、動脈内、皮下、皮内、気道内等）に投与することができる。試験化合物の投与量は、化合物の種類、動物種、体重、投与形態などによって異なり、例えば、動物が生存し得る範囲で、標的細胞が生存し得る最高濃度の試験化合物に一定時間以上曝露され得るのに必要な量などが挙げられる。投与は１回ないし数回に分けて行うことができる。投与から試料採取までの時間は、用いるマーカー遺伝子の種類、試験化合物の体内動態等によって異なるが、通常、初回投与から約３時間〜約８週間、好ましくは約２〜約１４日間の範囲から適宜選択され得る。
哺乳動物から採取される試料としては、哺乳動物（例：ヒト、サル、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、モルモット、マウス、ラット等）のあらゆる細胞［例えば、肝細胞、脾細胞、神経細胞、グリア細胞、膵臟β細胞、骨髄細胞、メサンギウム細胞、ランゲルハンス細胞、表皮細胞、上皮細胞、杯細胞、内皮細胞、平滑筋細胞、線維芽細胞、線維細胞、筋細胞、脂肪細胞、免疫細胞（例、マクロファージ、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー細胞、肥満細胞、好中球、好塩基球、好酸球、単球）、巨核球、滑膜細胞、軟骨細胞、骨細胞、骨芽細胞、破骨細胞、乳腺細胞、間質細胞、またはこれら細胞の前駆細胞、幹細胞もしくはガン細胞など］もしくはそれらの細胞が存在するあらゆる組織［例えば、脳、脳の各部位（例、嗅球、扁桃核、大脳基底球、海馬、視床、視床下部、大脳皮質、延髄、小脳）、脊髄、眼球、下垂体、胃、膵臟、腎臓、肝臓、生殖腺、甲状腺、胆嚢、骨髄、副腎、皮膚、肺、消化管（例、大腸、小腸）、血管、心臓、胸腺、脾臓、顎下腺、末梢血、前立腺、睾丸、卵巣、胎盤、子宮、骨、関節、脂肪組織、骨格筋など］などが例示されるが、迅速且つ簡便に採取することができ、動物への侵襲が少ないなどの点から、血液（例：末梢血）、リンパ球等が特に好ましい。
本発明の判定方法において発現変動を調べられるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子は、少なくともその１つが、配列番号ｎ（ｎは１〜５７の奇数、５９〜６３の整数、６４〜９８の偶数、１００または１０１）のいずれかに示される塩基配列と同一もしくは実質的に同一の塩基配列を有するものであれば、特に制限されない。好ましくは、上記した５４個のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子のうちのいずれか２個以上、さらに好ましくは３個以上、いっそう好ましくは４個以上、特に好ましくは５個以上、最も好ましくは６個以上を検出対象とする方法が挙げられる。
本発明の判定方法において検出対象とされ得る、上記５４個以外のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子としては、例えば、リソソーム酵素をコードする遺伝子、脂質代謝（例：コレステロール合成、脂肪酸伸長反応、不飽和脂肪酸合成等）関連蛋白質をコードする遺伝子、輸送（例：脂肪酸輸送、蛋白質輸送、アミノ酸輸送等）関連蛋白質をコードする遺伝子、細胞増殖関連蛋白質をコードする遺伝子、プロテアーゼもしくはプロテアーゼインヒビターをコードする遺伝子、アミノ酸代謝関連蛋白質をコードする遺伝子などが挙げられる。より具体的には、ＧｅｎＢａｎｋデータベースに、それぞれＮＭ＿０１４９６０、ＮＭ＿０００８５９、ＡＬ５１８６２７、ＮＭ＿００２１３０、ＡＡ６３９７０５、ＢＣ００５８０７、ＡＦ１１６６１６、ＮＭ＿０２５２２５、Ｕ４７６７４、Ｄ８００１０、ＮＭ＿００１７３１、ＡＷ１３４５３５、ＮＭ＿００４３５４、ＡＦ１３５２６６、ＡＣ００７１８２、ＮＭ＿００３８３２、ＮＭ＿０１９０５８、ＡＢ０４０８７５、ＡＡ４８８６８７、ＮＭ＿０１８６８７、ＮＭ＿０２１１５８、ＢＧ２３１９３２、ＮＭ＿０２４３０７、ＮＭ＿０００２３５、ＡＡ８７３６００、Ｄ６３８０７、ＡＦ０９６３０４、ＡＷ１５０９５３、ＮＭ＿００１３６０、ＮＭ＿０２１９６９、ＡＣ００１３０５、ＮＭ＿０２４０９０、ＮＭ＿００１４４３、ＮＭ＿００６２１４、ＮＭ＿０２４１０８、ＮＭ＿０２１９８０、ＮＭ＿００２１５１、ＡＦ００３９３４、ＮＭ＿０００５９６、Ｕ１５９７９、Ｍ９２９３４、ＮＭ＿００２０８７、ＡＫ０２３３４８、ＮＭ＿００２７７３、ＮＭ＿０００１３１、ＢＣ００３１６９、ＮＭ＿００２２１７、ＮＭ＿００３１２２、ＮＭ＿００１６７３、ＮＭ＿００００５０、ＮＭ＿００１０８５、Ｕ０８０２４、ＮＭ＿００３１６７、ＢＣ００５１６１、ＡＦ１６２６９０、ＡＷ５１７４６４、ＡＦ１１６６１６、ＮＭ＿０１７９８３、ＡＬ１３６６５３、ＮＭ＿０１６０６１、ＢＥ９６６９２２、ＢＥ５５２４２８、ＮＭ＿０２２８２３、ＮＭ＿０１２４４５、ＮＭ＿０００７９２、ＮＭ＿０１５９３０、ＮＭ＿０２１８００、ＮＭ＿００５９８０、ＮＭ＿０００５６５、ＡＢ０３３０２５、ＮＭ＿００６９３１、ＡＬ１１０２９８、ＮＭ＿００６９３１、ＮＭ＿００１９５５、ＮＭ＿００３８９７、ＮＭ＿００３１８６、ＡＡ７７８６８４、ＮＭ＿００１２８３、ＮＭ＿０１２２４２、ＡＩ９３４４６９、ＮＭ＿００３１８６およびＮＭ＿００２４５０のＩＤを付されて登録されている塩基配列を有するヒト遺伝子（上記Ｓａｗａｄａ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ．Ｓｃｉ．，８３：２８２−９２（２００５）を参照）および他の哺乳動物におけるそれらのオルソログ等が挙げられる。
哺乳動物から採取した試料におけるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現は、該試料からＲＮＡ（例：全ＲＮＡ、ｍＲＮＡ）画分を調製し、該画分中に含まれる該マーカー遺伝子の転写産物を検出することにより調べることができる。ＲＮＡ画分の調製は、グアニジン−ＣｓＣｌ超遠心法、ＡＧＰＣ法など公知の手法を用いて行うことができるが、市販のＲＮＡ抽出用キット（例：ＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ；ＱＩＡＧＥＮ製等）を用いて、微量試料から迅速且つ簡便に高純度の全ＲＮＡを調製することができる。ＲＮＡ画分中のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の転写産物を検出する手段としては、例えば、ハイブリダイゼーション（ノーザンブロット、ドットブロット、ＤＮＡチップ解析等）を用いる方法、あるいはＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ、競合ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ等）を用いる方法などが挙げられる。微量試料から迅速且つ簡便に定量性よくＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現変動を検出できる点で競合ＰＣＲやリアルタイムＰＣＲなどの定量的ＰＣＲ法が、また、複数のマーカー遺伝子の発現変動を一括検出することができ、検出方法の選択によって定量性も向上させ得るなどの点でＤＮＡチップ解析が好ましい。
ノーザンブロットまたはドットブロットハイブリダイゼーションによる場合、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の検出は、標識プローブとして用いられる核酸を含有する上記本発明の試薬またはキットを用いて行うことができる。すなわち、ノーザンハイブリダイゼーションによる場合は、上記のようにして調製したＲＮＡ画分をゲル電気泳動にて分離した後、ニトロセルロース、ナイロン、ポリビニリデンジフロリド等のメンブレンに転写し、本発明の試薬または本発明のキット中に含まれる各試薬を含むハイブリダイゼーション緩衝液中、上記「ハイストリンジェントな条件下で」ハイブリダイゼーションさせた後、適当な方法でメンブレンに結合した標識量をバンド毎に測定することにより、各ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現量を測定することができる。ドットブロットの場合も、ＲＮＡ画分をスポットしたメンブレンを同様にハイブリダイゼーション反応に付し（各ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子についてそれぞれ行う）、スポットの標識量を測定することにより、各マーカー遺伝子の発現量を測定することができる。
ＤＮＡチップ解析（上記本発明の試薬において記載した固相化プローブ）による場合、例えば、上記のようにして調製したＲＮＡ画分から、逆転写反応によりＴ７プロモーター等の適当なプロモーターを導入したｃＤＮＡを合成し、さらにＲＮＡポリメラーゼを用いてｃＲＮＡを合成する（この時ビオチンなどで標識したモノヌクレオチドを基質として用いることにより、標識されたｃＲＮＡが得られる）。この標識ｃＲＮＡを上記固相化プローブと接触させてハイブリダイゼーション反応させ、固相上の各プローブに結合した標識量を測定することにより、各ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現量を測定することができる。当該方法は、検出するＰＬｓｉｓマーカー遺伝子（従って、固相化されるプローブ）の数が多くなるほど、迅速性および簡便性の面で有利である。
好ましい実施態様によれば、本発明の予測方法において、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現を検出する方法として定量的ＰＣＲ法が用いられる。定量的ＰＣＲとしては、例えば、競合ＰＣＲやリアルタイムＰＣＲなどがあるが、増幅反応後の電気泳動が不要であるという点でリアルタイムＰＣＲがより迅速性に優れている。
競合ＰＣＲによる場合、上記本発明の試薬において記載したプライマーセットに加えて、該プライマーセットで増幅でき、増幅後に標的核酸（すなわち、ＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の転写産物）の増幅産物と区別することができる（例えば、増幅サイズが異なる、制限酵素処理断片の泳動パターンが異なるなど）既知量のｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ核酸が用いられる。標的核酸とｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ核酸とはプライマーを奪い合って増幅が競合的に起こるので、増幅産物の量比が元の鋳型の量比を反映することになる。ｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ核酸はＤＮＡでもＲＮＡでもよい。ＤＮＡの場合、上記のようにして調製されるＲＮＡ画分から逆転写反応によりｃＤＮＡを合成した後に、本発明の試薬およびｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒの共存下でＰＣＲを行えばよく、ＲＮＡの場合は、ＲＮＡ画分にｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒを添加して逆転写反応を行い、さらに本発明の試薬を添加してＰＣＲを実施すればよい。
一方、リアルタイムＰＣＲは、蛍光試薬を用いて増幅量をリアルタイムでモニタリングする方法であり、サーマルサイクラーと分光蛍光光度計を一体化した装置を必要とする。このような装置は市販されている。用いる蛍光試薬によりいくつかの方法があり、例えば、インターカレンター法、ＴａｑＭａｎＴＭプローブ法、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎ法等が挙げられる。いずれも、上記のようにして調製されるＲＮＡ画分から逆転写反応によりｃＤＮＡを合成した後に、本発明の試薬とインターカレーター、ＴａｑＭａｎＴＭプローブまたはＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎプローブと呼ばれる蛍光試薬（プローブ）をそれぞれＰＣＲ反応系に添加するというものである。インターカレーターは合成された二本鎖ＤＮＡに結合して励起光の照射により蛍光を発するので、蛍光強度を測定することにより増幅産物の生成量をモニタリングすることができ、それによって元の鋳型ｃＤＮＡ量を推定することができる。ＴａｑＭａｎＴＭプローブは両端を蛍光物質と消光物質をそれぞれで修飾した、標的核酸の増幅領域にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであり、アニーリング時に標的核酸にハイブリダイズするが消光物質の存在により蛍光を発せず、伸長反応時にＤＮＡポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性により分解されて蛍光物質が遊離することにより蛍光を発する。従って、蛍光強度を測定することにより増幅産物の生成量をモニタリングすることができ、それによって元の鋳型ｃＤＮＡ量を推定することができる。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎプローブは両端を蛍光物質と消光物質をそれぞれで修飾した、標的核酸の増幅領域にハイブリダイズし得るとともにヘアピン型二次構造をとり得るオリゴヌクレオチドであり、ヘアピン構造をとっている時は消光物質の存在により蛍光を発せず、アニーリング時に標的核酸にハイブリダイズして蛍光物質と消光物質との距離が広がることにより蛍光を発する。従って、蛍光強度を測定することにより増幅産物の生成量をモニタリングすることができ、それによって元の鋳型ｃＤＮＡ量を推定することができる。
あるいは、哺乳動物から採取した試料におけるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現は、該試料から蛋白質画分を調製し、該画分中に含まれる該マーカー遺伝子の翻訳産物（即ち、マーカー蛋白質）を検出することにより調べることができる。マーカー蛋白質の検出は、各蛋白質に対する抗体を用いて、免疫学的測定法（例：ＥＬＩＳＡ、ＦＩＡ、ＲＩＡ、ウェスタンブロット等）によって行うこともできるし、酵素などの測定可能な生理活性を示す蛋白質においては、該生理活性を、各マーカー蛋白質について公知の手法を用いて測定することによっても行い得る。あるいはまた、マーカー蛋白質の検出は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦＭＳ等の質量分析法を用いても行うことができる。
尚、各マーカー蛋白質に対する抗体は、配列番号ｍ（ｍは２〜５８の偶数または６５〜９９の奇数）に示されるアミノ酸配列と同一もしくは実質的に同一のアミノ酸配列を含む蛋白質もしくはその部分ペプチドまたはその塩、あるいは、配列番号ｎ（ｎは５９〜６３の整数、１００または１０１）に示される各塩基配列にコードされる部分アミノ酸配列と同一もしくは実質的に同一の部分アミノ酸配列を含む蛋白質もしくはその部分ペプチドまたはその塩を感作抗原として、通常使用されるポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体作製技術に従って取得することができる。
本発明の判定方法において、ＰＬｓｉｓ発現の有無を判定する基準は、その基準に基づく判定結果が該病態の診断系（臨床・前臨床試験においては化合物評価系）としての使用に堪え得る程度に十分な信頼性を有する限り特に制限されない。例えば、（１）検出対象であるすべてのＰＬｓｉｓマーカー遺伝子について発現が増加または減少する（ここで「実質的に発現が増加または減少」とは上記と同義である）場合にＰＬｓｉｓ陽性であると判定し、いずれかのＰＬｓｉｓマーカー遺伝子について実質的に発現が変動しない（ここで「実質的に発現が変動しない」とは上記と同義である）場合にＰＬｓｉｓ陰性であると判定する方法、（２）検出対象であるすべてのＰＬｓｉｓマーカー遺伝子について実質的に発現が変動しない場合にＰＬｓｉｓ陰性であると判定し、いずれかのＰＬｓｉｓマーカー遺伝子について実質的に発現が増加または減少する場合にＰＬｓｉｓ陽性であると判定する方法、（３）検出対象であるｎ個のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子のうち一定数（例えば、２〜（ｎ−１）個）以上について、実質的に発現が増加または減少する場合にＰＬｓｉｓ陽性であると判定する方法などが挙げられる。しかしながら、上記（１）の方法によれば、偽陽性の出現頻度を低減することはできるが、偽陰性の出現頻度が多くなり、相当数のＰＬｓｉｓ発現が見落とされるという欠点がある。一方、（２）の方法によれば、偽陰性の出現頻度を低減することはできるが、偽陽性の出現頻度が多くなり、例えば、臨床・前臨床試験においては、有望な化合物を排除して医薬品等の開発の幅を狭める可能性がある。
上記のような問題を回避し、ＰＬｓｉｓの発現をより高精度に判定するための判定基準として、例えば、上記Ｓａｗａｄａ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ．Ｓｃｉ．，８３：２８２−９２（２００５）に記載されるＰｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄｏｓｉｓ  ｍＲＮＡ  ｓｃｏｒｅ（本明細書においては、「平均変動率」と称する）を用いることが挙げられる。「平均変動率」とは以下のように定義される。すなわち、各マーカー遺伝子について、哺乳動物を試験化合物に曝露したときと曝露しなかったときとでそれぞれ発現量を測定し、曝露したときに発現量が増加した場合はその倍率（例えば、２倍に増加した場合は２）を、減少した場合はその倍率の逆数（例えば、１／２に減少した場合は２）を、それぞれの遺伝子についての発現変動率（Ｘ）とし、全マーカー遺伝子（ｎ個）の発現変動率の平均値を平均変動率と定義する（下式）。
［平均変動率］＝ｍ１Ｘ１＋ｍ２Ｘ２＋・・・＋ｍｎＸｎ
（但し、ｍ１＋ｍ２＋・・・＋ｍｎ＝１）
上式においてｍｉ（ｉ＝１〜ｎ）は各遺伝子の重みを表す。重みに特に制限はないが、好ましくはｍｉ×ｎ＝０．２〜５であり、例えば、全て同じ重み（ｍｉ＝１／ｎ）が挙げられる。
例えば、哺乳動物を、２以上（好ましくは５以上、より好ましくは１０以上、さらに好ましくは１５以上）の既知ＰＬｓｉｓ誘発化合物および２以上（好ましくは５以上、より好ましくは１０以上、さらに好ましくは１５以上）の既知ＰＬｓｉｓ非誘発化合物の各々に曝露し、該哺乳動物より採取した試料において、選択された１以上のＰＬｓｉｓマーカー遺伝子（少なくともその１つは上記した本発明の５４個のマーカー遺伝子である）の発現変動を検出し、該マーカー遺伝子の発現の平均変動率と、現実のＰＬｓｉｓ発現の有無とを比較する。尚、現実のＰＬｓｉｓ発現の有無は、哺乳動物から採取した末梢血中の空胞化リンパ球率、あるいは各種組織の１以上における組織病理学的所見（例えば、肺および腸間膜リンパ節においては泡沫細胞浸潤、肝臟においては肝細胞もしくは胆管上皮細胞の空胞化、脾臓においてはリンパ球の空胞化もしくは泡沫細胞浸潤、腎臓においては尿細管上皮細胞の空胞化、脳においては小脳プルキンエ細胞の空胞化）を指標として決定される。
比較の結果、上記の既知ＰＬｓｉｓ誘発および非誘発化合物のＰＬｓｉｓ誘発性の有無を、約７０％以上、好ましくは約８０％以上、より好ましくは約９０％以上、特に好ましくは約９５％以上の確率で正しく判定することができる平均変動率の値を求め、これを基準値とする。このようにして決定される基準値は、さらに別の既知ＰＬｓｉｓ誘発および非誘発化合物を用いて、同様にＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現の平均変動率と現実のＰＬｓｉｓ発現の有無とを比較することにより、その妥当性を検討することがさらに好ましい。新たに検討した化合物についての判定結果を総合して、より高い確率でＰＬｓｉｓ発現の有無を正確に判定することができる平均変動率値が得られれば、基準値を補正すればよい。
本発明の判定方法において適用され得る他の好ましい判定基準としては、ＷＯ  ０２／１０４５３およびＷＯ  ０２／０９５０００に記載される、化合物による肝毒性／腎毒性誘発ポテンシャルの判定基準に準じたものが挙げられるが、それに限定されない。
本明細書において、塩基やアミノ酸などを略号で表示する場合、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅによる略号あるいは当該分野における慣用略号に基づくものであり、その例を下記する。またアミノ酸に関し光学異性体があり得る場合は、特に明示しなければＬ体を示すものとする。
ＤＮＡ        ：デオキシリボ核酸
ｃＤＮＡ      ：相補的デオキシリボ核酸
Ａ          ：アデニン
Ｔ          ：チミン
Ｇ          ：グアニン
Ｃ          ：シトシン
ＲＮＡ        ：リボ核酸
ｍＲＮＡ      ：メッセンジャーリボ核酸
ｄＡＴＰ      ：デオキシアデノシン三リン酸
ｄＴＴＰ      ：デオキシチミジン三リン酸
ｄＧＴＰ      ：デオキシグアノシン三リン酸
ｄＣＴＰ      ：デオキシシチジン三リン酸
ＡＴＰ        ：アデノシン三リン酸
ＥＤＴＡ      ：エチレンジアミン四酢酸
ＳＤＳ        ：ドデシル硫酸ナトリウム
Ｇｌｙ        ：グリシン
Ａｌａ        ：アラニン
Ｖａｌ        ：バリン
Ｌｅｕ        ：ロイシン
Ｉｌｅ        ：イソロイシン
Ｓｅｒ        ：セリン
Ｔｈｒ        ：スレオニン
Ｃｙｓ        ：システイン
Ｍｅｔ        ：メチオニン
Ｇｌｕ        ：グルタミン酸
Ａｓｐ        ：アスパラギン酸
Ｌｙｓ        ：リジン
Ａｒｇ        ：アルギニン
Ｈｉｓ        ：ヒスチジン
Ｐｈｅ        ：フェニルアラニン
Ｔｙｒ        ：チロシン
Ｔｒｐ        ：トリプトファン
Ｐｒｏ        ：プロリン
Ａｓｎ        ：アスパラギン
Ｇｌｎ        ：グルタミン
ｐＧｌｕ      ：ピログルタミン酸
Ｓｅｃ        ：セレノシステイン（Ｓｅｌｅｎｏｃｙｓｔｅｉｎｅ）
以下に実施例を挙げて本発明をさらに具体的に説明するが、これらは単なる例示であって本発明の範囲を何ら限定するものではない。
【実施例１】
【０００５】
６種の既知ＰＬｓｉｓ誘発化合物（アミオダロン：１０００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、タモキシフェン：１０００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、クロロキン：２５０ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、ペルヘキシリン：６００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、フルオキセチン：３００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙおよびキナクリン：２００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ）を、５週齢のＣｒｊ：ＣＤ（ＳＤ）ＩＧＳラット（日本チャールズリバー株式会社、閉鎖環境下生産）に、投与液量１０ｍＬ／ｋｇ／ｄａｙで、１日１回、３日間（陰性対照（０．５ｗ／ｖ％メチルセルロース溶液投与）については４日間）強制経口投与した。
投与終了後、すべての動物について肝臓、腎臓、脾臟、肺および腸間膜リンパ節、その他各試験化合物における追加器官・組織として、タモキシフェンでは副腎、下垂体および眼球、キナクリンでは脳および大腿部筋肉、クロロキンでは脳および眼球、ペルヘキシリンでは脳および皮膚、フルオキセチンでは脳をサンプリングし、常法により光学顕微鏡及び電子顕微鏡学的にサンプリングした組織の病理組織学的変化を調べた。また、血液塗抹標本（ギムザ染色標本）を作製し、顕微鏡で観察しながら、末梢血の空胞化リンパ球率を測定した。
ＰＬｓｉｓ誘発化合物投与群における病理組織学的変化および空胞化リンパ球率の結果を表１に示す。化合物投与群全ての病理組織学的検査においてＰＬｓｉｓと考えられる変化が認められ、同時に末梢血の空胞化リンパ球検査においてリンパ球の空胞化率の高値も認められた。
【表１】
0004819791.tif 000002
【実施例２】
【０００６】
実施例１における３日間連日経口投与の終了２４時間後に、化合物投与群及び対照（非投与）群（各群３匹）から血液を採取し、これをプールしてＧｅｎｅＣｈｉｐ解析を行った。
ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｔｕｂｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ）で血液採取後、２時間以上放置し、−８０℃で凍結保存した。Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ抽出はＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｋｉｔ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ）を用いて行った。ＧｅｎｅＣｈｉｐ解析に用いるサンプルの調製ならびに解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のプロトコールに従い実施した。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  Ｃｈｏｉｃｅ  ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によるｃＤＮＡ合成反応を行い、次いでＥｎｚｏ  ＢｉｏＡｒｒａｙ  ＨｉｇｈＹｉｅｌｄ  ＲＮＡ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  Ｌａｂｅｌｉｎｇ  Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によるビオチン標識ｃＲＮＡ合成反応の後、ｃＲＮＡを断片化し標識サンプルを調製した。標識サンプルをＲａｔ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｒｒａｙ  ２３０Ａ（ＲＡＥ２３０Ａ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）にｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎし、ＧｅｎｅＣｈｉｐ  ｓｙｓｔｅｍ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によりアレイの染色と洗浄及びスキャンを行い、１枚のアレイから以下の３つの画像データを取得した。
画像データ
１．抗体による蛍光の増幅反応を省略する方法で染色を行ったデータ
２．抗体による蛍光の増幅反応を一度行うマニュアル記載の方法で染色を行ったデータ
３．抗体による蛍光の増幅反応を二度行う方法で染色を行ったデータ
画像データからはＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅ５．０（パラメーターはＤｅｆａｕｌｔ値使用）を用いて測定値（Ｓｉｇｎａｌ）、Ｓｉｇｎａｌ  Ｌｏｇ  Ｒａｔｉｏなどの数値データ及びＤｅｔｅｃｔｉｏｎ、Ｃｈａｎｇｅなどの判定データを取得した。Ｆｏｌｄ  Ｃｈａｎｇｅは画像データ２のＳｉｇｎａｌ  Ｌｏｇ  ＲａｔｉｏからＦｏｌｄ  Ｃｈａｎｇｅ＝２Ｓｉｇｎａｌ  Ｌｏｇ  Ｒａｔｉｏの変換式を用いて計算した。
次に、ＤＮＡマイクロアレイデータ解析ソフトのＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）を用いて化合物添加により変動したプローブセット＊を下記の基準で抽出し、変動プローブセットとした。（＊ＲＡＥ２３０Ａを利用したＧｅｎｅＣｈｉｐ解析では一つの測定対象の配列に対して１１か所測定し、１１か所の測定結果を組み合わせて一つの数値及び判定データが得られる。ＲＡＥ２３０Ａには１１か所の測定セットが１５９２４組あり、各測定セットはプローブセットと呼ばれている。）
変動プローブセットの抽出基準
上記の３つの画像データのうち２つ以上が以下の３条件を満たすプローブセットを変動プローブセットとした。
１．ＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅ５．０でＩｎｃｒｅａｓｅもしくはＤｅｃｒｅａｓｅと判定されたプローブセット
２．測定値（Ｓｉｇｎａｌ）の高い方の値がＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅ５．０でＰｒｅｓｅｎｃｅと判定されたローブセット
３．対照群を基準にした処置群のＳｉｇｎａｌ  Ｌｏｇ  Ｒａｔｉｏが０．６以上あるいは−０．６以下を示すプローブセット
プローブセットの遺伝子名・機能・配列等のアノテーション情報はＨｕｍａｎＰＳＤ（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＮｅｔＡｆｆｘ（ＧｅｎｅＣｈｉｐに搭載されたターゲットに関するデータベース，Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）より入手した。
発現量が変動したプローブセットを抽出し、その数を表２にまとめた。
【表２】
0004819791.tif 000003
６化合物全てで発現変動の認められたのは、増加：９プローブセット（８遺伝子）（表３）、減少：２７プローブセット（２６遺伝子）（表４）。
【表３】
0004819791.tif 000004
【表４】
0004819791.tif 000005
0004819791.tif 000006
【実施例３】
【０００７】
６種の既知ＰＬｓｉｓ誘発化合物（アミオダロン：３００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、タモキシフェン：１００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、クロロキン：７５ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、ペルヘキシリン：２００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、イミプラミン：１００ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙおよびキナクリン：６０ｍｇ／ｋｇ／ｄａｙ、陰性対照：０．５ｗ／ｖ％メチルセルロース溶液）を、５週齢のＣｒｊ：ＣＤ（ＳＤ）ＩＧＳラット（日本チャールズリバー株式会社、閉鎖環境下生産）に、投与液量１０ｍＬ／ｋｇ／ｄａｙで、１日１回、７日間強制経口投与した。
投与終了後、すべての動物について肝臓、腎臟、脾臟、肺および腸間膜リンパ節をサンプリングし、常法により光学顕微鏡及び電子顕微鏡学的にサンプリングした組織の病理組織学的変化を調べた。また、血液塗抹標本（ギムザ染色標本）を作製し、顕微鏡で観察しながら、末梢血の空胞化リンパ球率を測定した。
ＰＬｓｉｓ誘発化合物投与群における病理組織学的変化および空胞化リンパ球率の結果を表５に示す。化合物投与群全ての病理組織学的検査においてＰＬｓｉｓと考えられる変化が認められ、同時に末梢血の空胞化リンパ球検査においてリンパ球の空胞化率の高値も認められた。
【表５】
0004819791.tif 000007
【実施例４】
【０００８】
実施例３における７日間連日経口投与の終了２４時間後に、化合物投与群及び対照（非投与）群（各群４匹）から血液を採取し、これをプールして、実施例２と同様にしてＧｅｎｅＣｈｉｐ解析を行った。
発現量が変動したプローブセットを抽出し、その数を表６にまとめた。
【表６】
0004819791.tif 000008
６化合物全てで発現変動の認められたのは、増加：１４プローブセット（１４遺伝子）（表７）、減少：９プローブセット（９遺伝子）（表８）であった。また、この内、ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ（Ｃ−Ｃ  ｍｏｔｉｆ）ｌｉｇａｎｄ  ６（ＮＭ＿００１００４２０２）、ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ｐｅｐｔｉｄａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（ＮＭ＿０５３３７２）およびｓｉｍｉｌａｒ  ｔｏ  ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＭＧＣ４０１０７（ＸＭ＿２１３３３３）は、３日間投与後でも調べた６化合物全て（重複は５化合物）で発現変動が認められた。
【表７】
0004819791.tif 000009
【表８】
0004819791.tif 000010
【産業上の利用可能性】
【０００９】
本発明のＰＬｓｉｓの判定方法は、血液やリンパ球におけるＰＬｓｉｓマーカー遺伝子の発現変動を指標とすることから、従来のインビボ毒性試験などに比べて、非侵襲的に、且つ精度よくＰＬｓｉｓの発現を判定することができる。従って、臨床・前臨床段階などの医薬品開発の後期における医薬候補化合物の毒性評価に有用である。また、その他の薬物起因性ＰＬｓｉｓ、病態としてＰＬｓｉｓあるいはＰＬｓｉｓ様変化を伴う遺伝性もしくは非遺伝性の疾患の診断にも有用である。
このように、本発明を好ましい実施態様を強調して説明してきたが、好ましい実施態様が変更され得ること、並びに本発明が本明細書に具体的に記載された以外によっても実施され得ることは、当業者には自明であろう。従って、本発明は上記の特許請求の範囲によって定義される発明の精神と範囲に包含される全ての改変を含むものである。
本明細書で引用した、特許、特許出願及び刊行物を含むすべての参考文献は、ここで言及することによりそのすべてが組み込まれるものである。
本出願は、日本で出願された特願２００５−０４０６９８（出願日：平成１７年２月１７日）および特願２００５−１２８４１２（出願日：平成１７年４月２６日）を基礎としており、その内容は全て本明細書に包含されるものとする。
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