【手続補正書】
【提出日】平成24年5月21日(2012.5.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル由来の標的核酸の回収、処理および分析のための方法であって：
（ａ）核酸を含む生物学的組織サンプルを提供する工程；
（ｂ）前記サンプルを、可撓性壁構造容器であって、前記容器を可逆的に開閉することができるように前記容器の頂部に取り付けられた閉塞部を有する可撓性壁構造容器に移す工程；
（ｃ）前記可撓性壁構造容器内で前記サンプルを粉砕し、次いで
（ｄ）抽出液を前記容器に添加する工程；
（ｅ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および１つ以上の処置試薬で処理して、前記サンプルから核酸を遊離させ、前記核酸を可溶化し、そして回収液を生成する工程；ならびに
（ｆ）工程（ｅ）由来の前記回収液または産物の一部を前記標的核酸の検出のために適切な検出システムに移す工程；
を含む、方法。
【請求項２】
前記１つ以上の処置試薬は、
界面活性剤、酵素、またはそれらの組み合わせを含む溶解試薬；
７〜７．８の範囲のｐＨを有する緩衝液；
塩化マグネシウム；および
塩化カリウムを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的組織サンプルはエビ組織であり、前記核酸はエビ病原体の診断用であって、ここで、前記病原体は、白斑病ウイルス、伝染性皮下造血器壊死症ウイルス、タウラ症候群ウイルス、およびビブリオ・ハーベイ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｈａｒｖｅｙｉ）からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
サンプルを調製し、そして診断標的ＤＮＡもしくはＲＮＡを検出または同定する材料および容器を提供するキットであって、
（ａ）サンプルが処理される可撓性壁構造容器であって、前記容器を可逆的に開閉することができるように前記容器の頂部に取り付けられた閉塞部を有する可撓性壁構造容器、
（ｂ）抽出液、
（ｃ）１つ以上の処置試薬、ならびに
（ｄ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および処置試薬で処理することによって生成される回収液を収集および測定し、そして前記回収液を適切な検出システムに移すためのピペット
を含む、キット。
【請求項５】
前記容器は、前記容器の頂部に取り付けられた閉塞部を有し、ここで、前記容器はポリプロピレンまたはポリエチレンから調製され、１〜８ミル（０．０２５〜０．２０ｍｍ）の間の厚さを有し、そして０．５〜１，０００ｍＬのサイズを有する、請求項４に記載のキット。
【請求項６】
ろ過媒体またはろ過粒子をさらに含む、請求項４に記載のキット。
【請求項７】
標的核酸のサンプル調製および検出または同定のための診断システムであって：
（ａ）サンプルが処理される可撓性壁構造容器であって、前記容器を可逆的に開閉することができるように前記容器の頂部に取り付けられた閉塞部を有する可撓性壁構造容器；
（ｂ）抽出液；
（ｃ）１つ以上の処置試薬；
（ｄ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および処置試薬で処理することによって生成される回収液を収集および測定し、そして前記回収液を適切な検出システムに移すためのピペット；ならびに
（ｅ）検出媒体と、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、等温増幅、遺伝子配列決定またはプローブハイブリダイゼーション技術からなる群から選択される技術に基づく装置と、プロセッサとを含む検出システム、
を含む、診断システム。
【請求項８】
前記プロセッサは、サーモサイクラーまたはオーブンヒーターを含む、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
標準的な非変性ゲル電気泳動、変性濃度勾配ゲル電気泳動、温度勾配ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、または蛍光検出である検出方法をさらに含む、請求項７に記載のシステム。
【請求項１０】
前記検出システムはＰＣＲに基づき、そして前記検出媒体は、ＤＮＡである前記標的核酸に相補的な少なくとも１つのプライマーの組、
耐熱性ポリメラーゼ；
ヌクレオチド；
緩衝液および１つ以上の検出プローブを含む、請求項７に記載のシステム。
【請求項１１】
前記検出システムはＲＴ−ＰＣＲに基づき、そして前記検出媒体は、ＲＮＡである前記標的核酸に相補的な少なくとも１つのプライマー；
熱活性化耐熱性ポリメラーゼ；
逆転写酵素；
ヌクレオチド；
緩衝液；
およびＲＮａｓｅインヒビターを含む、請求項７に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０９】
【表１】
2011520467.tif 000001
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１３】
【表２】
2011520467.tif 000002
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１４】
表３に列挙したＴＳＶプライマーの組のそれぞれのアンプリコン配列を、表４に示す。ポジティブコントロールとしての使用のために、標準的な方法を使用して、ＴＳＶテンプレートを合成した。合成テンプレート調製物の濃度およびコピー数を、２６０ｎｍにおける分光光度測定（ＯＤ２６０）から決定した。テンプレートを、精製水中の特定のコピー数に希釈し、そしてポジティブコントロールおよびアッセイ定量化の標準物質として使用した。表４は、テンプレート標的のゲノム局在、配列同定、および長さを示す。ＴＳＶ検出に有用なプライマーの配列を、配列番号１３〜１８に示す。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１５】
【表３】
2011520467.tif 000003
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４１】
ＴＳＶを示すサンプル結果の比較により、本発明の方法によって処理した組織、および対照サンプル抽出方法ＲＮｅａｓｙ繊維組織Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｉｎｃ．カタログ番号７４７０４）によって処理した同じ組織が、ＴＳＶウイルスを含有する各サンプルにおいて匹敵する結果を示すことが示唆され得る。エラ組織では、いくつかのＰＣＲ阻害が検出される。それ故、本発明の方法は、タウラ症候群原因ウイルス（ＴＳＶ）に対する従来の方法より短期間かつ簡便に、有利に使用することができる。
本出願は、特許請求の範囲に記載の発明を含め、以下の発明を包含する。
（１）  サンプル由来の標的核酸の回収、処理および分析のための方法であって：
（ａ）核酸を含むサンプルを提供する工程；
（ｂ）前記サンプルを可撓性壁構造容器に移す工程；
（ｃ）抽出液を前記容器に添加する工程；
（ｄ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および１つ以上の処置試薬で処理して、前記サンプルから核酸を遊離させ、前記核酸を可溶化し、そして回収液を生成する工程；ならびに
（ｅ）工程（ｄ）由来の前記回収液または産物の一部を前記標的核酸の検出のために適切な検出システムに移す工程；
を含む、方法。
（２）  前記サンプルは、固体材料を含み、そして前記処理工程（ｄ）は、前記容器において前記サンプルと前記抽出液および処置試薬とを混合し、そして浸軟させて、前記核酸の遊離を援助することを含む、（１）に記載の方法。
（３）  前記１つ以上の処置試薬は、
界面活性剤、酵素、またはそれらの組み合わせを含む溶解試薬；
７〜７．８の範囲のｐＨを有する緩衝液；
塩化マグネシウム；および
塩化カリウムを含む、（１）に記載の方法。
（４）  前記サンプルはエビ組織であり、前記核酸はエビ病原体の診断用であって、ここで、前記病原体は、白斑病ウイルス、伝染性皮下造血器壊死症ウイルス、タウラ症候群ウイルス、およびビブリオ・ハーベイ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｈａｒｖｅｙｉ）からなる群から選択される、（２）に記載の方法。
（５）  サンプルを調製し、そして診断標的ＤＮＡもしくはＲＮＡを検出または同定する材料および容器を提供するキットであって、
（ａ）サンプルが処理される可撓性壁構造容器、
（ｂ）抽出液、
（ｃ）１つ以上の処置試薬、ならびに
（ｄ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および処置試薬で処理することによって生成される前記回収液を収集および測定し、そして回収液を適切な検出システムに移すためのピペット
を含む、キット。
（６）  前記容器は、前記容器の頂部に取り付けられた閉止部を有し、ここで、前記容器はポリプロピレンまたはポリエチレンから調製され、１〜８ミル（０．０２５〜０．２０ｍｍ）の間の厚さを有し、そして０．５〜１，０００ｍＬのサイズを有する、（５）に記載のキット。
（７）  ろ過媒体またはろ過粒子をさらに含む、（５）に記載のキット。
（８）  標的核酸のサンプル調製および検出または同定のための診断システムであって：
（ａ）サンプルが処理される可撓性壁構造容器；
（ｂ）抽出液；
（ｃ）１つ以上の処置試薬；
（ｄ）前記容器において、前記サンプルを前記抽出液および処置試薬で処理することによって生成される前記回収液を収集および測定し、そして回収液を適切な検出システムに移すためのピペット；ならびに
（ｅ）検出媒体と、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、等温増幅、遺伝子配列決定またはプローブハイブリダイゼーション技術からなる群から選択される技術に基づく装置と、プロセッサとを含む検出システム、
を含む、診断システム。
（９）  前記プロセッサは、サーモサイクラーまたはオーブンヒーターを含む、（８）に記載のシステム。
（１０）  標準的な非変性ゲル電気泳動、変性濃度勾配ゲル電気泳動、温度勾配ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、または蛍光検出である検出方法をさらに含む、（８）に記載のシステム。
（１１）  前記検出システムはＰＣＲに基づき、そして前記検出媒体は、ＤＮＡである前記標的核酸に相補的な少なくとも１つのプライマーの組、
耐熱性ポリメラーゼ；
ヌクレオチド；
緩衝液および１つ以上の検出プローブを含む、（８）に記載のシステム。
（１２）  前記検出システムはＲＴ−ＰＣＲに基づき、そして前記検出媒体は、ＲＮＡである前記標的核酸に相補的な少なくとも１つのプライマー；
熱活性化耐熱性ポリメラーゼ；
逆転写酵素；ヌクレオチド；
緩衝液；
およびＲＮａｓｅインヒビターを含む、（８）に記載のシステム。