【手続補正書】
【提出日】平成26年2月7日(2014.2.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＲ−ＨＰＶに感染している対象において、（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別するための方法であって、
ａ）前記対象のサンプル中のＥ１Ｃの遺伝子産物の存在又は不存在を決定するステップ、及び
ｂ）（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別するステップ
を含み、ここで前記対象は統合された形態でＨＲ−ＨＰＶゲノムを含まず、
前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物がＥ１のスプライスされた転写産物であり、
前記ＨＲ−ＨＰＶ及び対応する前記Ｅ１のスプライスされた転写産物が、
ｉ）ＨＰＶ１８及び９２９＾２７７９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｉ）ＨＰＶ３３及び８９４＾２７０２ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｉｉ）ＨＰＶ３５及び８８３＾２６４９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｖ）ＨＰＶ５２及び８７９＾２６９６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、又は
ｖ）ＨＰＶ５８及び８９８＾２７０６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
である、あるいは、
前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物が前記Ｅ１のスプライスされた転写産物から細胞により翻訳されるポリペプチドである、前記方法。
【請求項２】
前記転写産物の存在又は不存在の決定が、前記転写産物を特異的に増幅するオリゴヌクレオチドが存在する場合、前記転写産物を増幅し、そしてこのようにして増幅された転写産物の量を決定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物の存在が、重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物の不存在が、軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ａ）ＨＲ−ＨＰＶが、ＨＰＶ１８であり、Ｅ１Ｃの遺伝子産物が９２９＾２７７９ジャンクションを含む転写産物である、
ｂ）ＨＲ−ＨＰＶが、ＨＰＶ３３であり、Ｅ１Ｃの遺伝子産物が８９４＾２７０２ジャンクションを含む転写産物である、又は
ｃ）ＨＲ−ＨＰＶが、ＨＰＶ３５であり、Ｅ１Ｃの遺伝子産物が８８３＾２６４９ジャンクションを含む転写産物である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記Ｅ１Ｃのスプライスされた転写産物の存在又は不存在を決定することが、前記Ｅ１Ｃのスプライスされた転写産物のＰＣＲ増幅を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＰＣＲ増幅が、プライマーの混合物を使用する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記転写産物の存在が、前記転写産物を特異的に検出するオリゴヌクレオチドプローブを用いることにより決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記対象の前記サンプルにおいてＨＲ−ＨＰＶゲノムの統合状態を評価する更なるステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
ＨＲ−ＨＰＶに感染している対象において、（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別するための方法であって、
ａ）前記対象のサンプル中の第一の遺伝子産物の量を決定するステップであって、前記第一の遺伝子産物は、Ｅ１Ｃの遺伝子産物であるステップ、
ｂ）前記サンプル中の第二の遺伝子産物の量を決定するステップ、
ｃ）ステップａ）で決定された前記第一の遺伝子産物の量と、ステップｂ）で決定された前記第二の遺伝子産物の量との比を計算するステップ、
ｄ）ステップｃ）で計算された比と参照比とを比較するステップ、及び
ｅ）（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別するステップを含み、
前記第一の遺伝子産物がＥ１Ｃのスプライスされた転写産物であり、前記第二の遺伝子産物が、Ｅ６＊Ｉの転写産物、Ｅ１＾Ｅ４の転写産物、Ａｐｍ１の転写産物、Ｕｂｃの転写産物、Ｕ１Ａの転写産物、Ｅ１の転写産物、Ｅ５の転写産物、及びＬ１の転写産物からなる群から選択される転写産物であり、
前記ＨＲ−ＨＰＶ及び対応する前記Ｅ１Ｃのスプライスされた転写産物が、
ｉ）ＨＰＶ１８及び９２９＾２７７９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｉ）ＨＰＶ３３及び８９４＾２７０２ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｉｉ）ＨＰＶ３５及び８８３＾２６４９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｉｖ）ＨＰＶ５２及び８７９＾２６９６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、又は
ｖ）ＨＰＶ５８及び８９８＾２７０６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物
である、あるいは
前記第一の遺伝子産物がＥ１Ｃのスプライスされた転写産物から翻訳される第一のポリペプチドであり、前記第二の遺伝子産物が、Ｅ６＊Ｉの転写産物、Ｅ１＾Ｅ４の転写産物、Ａｐｍ１の転写産物、Ｕｂｃの転写産物、Ｕ１Ａの転写産物、Ｅ１の転写産物、Ｅ５の転写産物、及びＬ１の転写産物からなる群から選択される転写産物から翻訳される第二のポリペプチドであり、ここで第一のポリペプチドの量及び第二のポリペプチドの量が、前記第一、及び第二のポリペプチドをそれぞれ特異的に検出する抗体を用いることにより決定される、前記方法。
【請求項１１】
前記第一の遺伝子産物の量と前記第二の遺伝子産物の量との比が計算され、（ｉ）参照比よりも大きい比が重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染を示し、及び／又は（ｉｉ）参照比よりも小さい比が軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染を示す、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象の前記サンプルにおいてＨＲ−ＨＰＶゲノムの統合状態を評価する更なるステップを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
オリゴヌクレオチドプローブ混合物を含む組成物であって、前記オリゴヌクレオチド混合物は請求項１０に記載の第一の遺伝子産物を特異的に検出する少なくとも一つのオリゴヌクレオチドプローブ、及び請求項１０に記載の第二の遺伝子産物を特異的に検出するオリゴヌクレオチドプローブを含む、組成物。
【請求項１４】
ＨＲ−ＨＰＶに感染している対象において（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別するためのデバイスであって、Ｅ１Ｃの遺伝子産物の存在及び／又は量を決定するための検出試薬、及び前記量と参照量とを比較するための手段を含み、（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別することを可能にし、
ここで前記ＨＲ−ＨＰＶ及び対応する前記Ｅ１Ｃの遺伝子転写産物が、
ａ）ＨＰＶ１８及び９２９＾２７７９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｂ）ＨＰＶ３３及び８９４＾２７０２ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｃ）ＨＰＶ３５及び８８３＾２６４９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｄ）ＨＰＶ５２及び８７９＾２６９６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、又は
ｅ）ＨＰＶ５８及び８９８＾２７０６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物
である、前記デバイス。
【請求項１５】
好ましくは、請求項１に記載の方法の実行に適合したキットであって、前記方法を実行するための取扱説明書、及びＥ１Ｃの遺伝子産物の存在及び／又は量を決定するための検出試薬、及び前記量と参照量とを比較するための手段を含み、（ｉ）重症型のＨＲ−ＨＰＶ感染と（ｉｉ）軽症型のＨＲ−ＨＰＶ感染とを識別することを可能にし、
ここで前記ＨＲ−ＨＰＶ及び対応する前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物が、
ａ）ＨＰＶ１８及び９２９＾２７７９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｂ）ＨＰＶ３３及び８９４＾２７０２ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｃ）ＨＰＶ３５及び８８３＾２６４９ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、
ｄ）ＨＰＶ５２及び８７９＾２６９６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物、又は
ｅ）ＨＰＶ５８及び８９８＾２７０６ジャンクションを含むスプライスされた転写産物
である、あるいは、
前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物が前記Ｅ１のスプライスされた転写産物から細胞により翻訳されるポリペプチドである、前記キット。
【請求項１６】
スプライスジャンクションを含むＨＲ−ＨＰＶゲノムの転写産物であって、ＨＲ−ＨＰＶとスプライスジャンクションの組み合わせが、ａ）ＨＰＶ１８及び９２９＾２７７９ジャンクション、ｂ）ＨＰＶ３３及び８９４＾２７０２ジャンクション、ｃ）ＨＰＶ３５及び８８３＾２６４９ジャンクション、ｄ）ＨＰＶ５２及び８７９＾２６９６ジャンクション、並びにｅ）ＨＰＶ５８及び８９８＾２７０６ジャンクションからなるリストから選択される、転写産物。
【請求項１７】
ｉ）Ｅ１Ｃ転写産物のスプライスジャンクションと特異的にハイブリダイズする少なくとも一つの第一のオリゴヌクレオチド、並びにｉｉ）Ｅ６＊Ｉの転写産物、Ｅ１＾Ｅ４の転写産物、Ａｐｍ１の転写産物、Ｕｂｃの転写産物、Ｕ１Ａの転写産物、Ｅ１の転写産物、Ｅ５の転写産物、及びＬ１の転写産物からなる群から選択される転写産物と特異的にハイブリダイズする少なくとも一つの第二のオリゴヌクレオチドを含み、
ここで、第一のオリゴヌクレオチドが、
配列番号１（ＴＧＡＴＣＣＡＧＡＡＧＧＡＣＡＴＧＧＴＣＣＡＧＡ）、
配列番号２（ＣＧＡＴＣＣＴＧＡＡＧＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣＡＡＡ）、
配列番号３（ＴＧＡＴＣＣＴＧＣＡＧＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣＡＧＡ）、
配列番号２５（ＧＧＡＣＣＣＴＧＡＡＧＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣ）、及び
配列番号２６（ＴＧＡＣＣＣＴＧＡＡＧＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣＡＡＡ）
からなるリストから選択される配列と特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドの混合物。
【請求項１８】
ｉ）前記スプライス部位の上流の請求項１６に記載の転写産物の翻訳産物の少なくとも二つの連続するアミノ酸、及びｉｉ）前記スプライス部位の下流の請求項１６に記載の転写産物の翻訳産物の少なくとも二つの連続するアミノ酸を含むペプチド配列であって、ｉ）及びｉｉ）のアミノ酸は多くても一つのアミノ酸により離されている、ペプチド配列を特異的に認識する抗体。
【請求項１９】
前記抗体が、配列番号２２（ｍａｄｐｅｇｈｇｐｄ）、配列番号２３（ｍａｄｐｅｇｒｇａｎ）、配列番号２４（ｍａｄｐａｇｒｇａｄ）、配列番号３４（ｍｅｄｐｅｇｒｇａｎ）、及び配列番号３５（ｍｄｄｐｅｇｒｇａｎ）からなるリストから選択されるペプチド配列を特異的に認識する、請求項１８に記載の抗体。
【請求項２０】
前記ＨＲ−ＨＰＶがＨＰＶ５２であり、前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物が８７９＾２６９６ジャンクションを含む転写産物である、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＨＲ−ＨＰＶがＨＰＶ５８であり、前記Ｅ１Ｃの遺伝子産物が８９８＾２７０６ジャンクションを含む転写産物である、請求項１に記載の方法。