【手続補正書】
【提出日】平成26年4月4日(2014.4.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺癌を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における1つまたは複数のマイクロRNAの存在またはレベルを決定する工程、該1つまたは複数のマイクロRNAの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、および、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含み、それによって前立腺癌を特徴決定し、該1つまたは複数のマイクロRNAが以下を含む、方法：
(a)hsa-miR-200b、hsa-miR-375、hsa-miR-141、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-181a、およびhsa-miR-574-3pのすべて；または
(b)miR-141、miR-375、miR-200b、およびmiR-574-3pのすべて；または
(c)hsa-miR-200b、hsa-miR-375、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-17*、hsa-miR-1296、hsa-miR-20a*、hsa-miR-100、hsa-miR-452、およびhsa-miR-577のすべて；または
(d)hsa-miR-375、hsa-miR-452、hsa-miR-200b、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-1296、hsa-miR-17*、hsa-miR-100、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-20a*、hsa-miR-572、hsa-miR-1236、hsa-miR-181a、hsa-miR-937、およびhsa-miR-23a*のすべて；または
(e)miR-495、miR-10a、miR-30a、miR-570、miR-32、miR-885-3p、miR-564、およびmiR-134のすべて；または
(f)hsa-miR-100、hsa-miR-1236、hsa-miR-1296、hsa-miR-141、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-17*、hsa-miR-181a、hsa-miR-200b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-23a*、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-375、hsa-miR-452、hsa-miR-572、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-577、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-937、miR-10a、miR-134、miR-141、miR-200b、miR-30a、miR-32、miR-375、miR-495、miR-564、miR-570、miR-574-3pおよびmiR-885-3pのすべて。
【請求項２】
前記特徴決定が、前記前立腺癌を転移性または侵襲性として同定することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
バイオシグネチャーを参照と比較する前記工程が、前記1つまたは複数のマイクロRNAのうちのいずれかが該参照と比較して変化しているかどうかを判定することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記生物学的試料が体液を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液、または臍帯血を含む、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記生物学的試料が尿、血液、または血液派生物を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
前記生物学的試料が1つまたは複数の微小胞を含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記1つまたは複数のマイクロRNAが前記1つまたは複数の微小胞内部のペイロードを含む、請求項7記載の方法。
【請求項９】
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜800nmの直径を有する、請求項7記載の方法。
【請求項１０】
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜200nmの直径を有する、請求項7記載の方法。
【請求項１１】
前記1つまたは複数の微小胞を、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免疫アッセイ、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはこれらの組み合わせに供する、請求項7記載の方法。
【請求項１２】
前記1つまたは複数の微小胞を1つまたは複数の結合物質と接触させる、請求項7記載の方法。
【請求項１３】
前記1つまたは複数の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸(PNA)、ロックド（locked）核酸(LNA)、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質、またはこれらの組み合わせを含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を捕捉および／または検出する、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
前記1つまたは複数の結合物質が、前記1つまたは複数の微小胞表面の1つまたは複数の表面抗原に結合する、請求項12記載の方法。
【請求項１６】
前記1つまたは複数の表面抗原が1つまたは複数のタンパク質を含む、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
前記1つまたは複数のタンパク質が、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3、およびEpCamのうちの1つまたは複数を含む、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記1つまたは複数のタンパク質が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、または表3のタンパク質のうちの1つまたは複数を含む、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を単離または捕捉する、請求項12記載の方法。
【請求項２０】
前記1つまたは複数のマイクロRNAが、前記1つまたは複数の捕捉された微小胞内部のペイロードを含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記1つまたは複数の表面抗原が、CD9、PSMA、PCSA、CD63、CD81、B7H3、IL 6、OPG-13、IL6R、PA2G4、EZH2、RUNX2、SERPINB3、およびEpCamの1つまたは複数を含む、請求項15記載の方法。
【請求項２２】
前記1つまたは複数の表面抗原が、A33、a33 n15、AFP、ALA、ALIX、ALP、アネキシンV、APC、ASCA、ASPH (246-260)、ASPH (666-680)、ASPH (A-10)、ASPH (D01P)、ASPH (D03)、ASPH (G-20)、ASPH (H-300)、AURKA、AURKB、B7H3、B7H4、BCA-225、BCNP1、BDNF、BRCA、CA125 (MUC16)、CA-19-9、C-Bir、CD1.1、CD10、CD174 (ルイスy)、CD24、CD44、CD46、CD59 (MEM-43)、CD63、CD66e CEA、CD73、CD81、CD9、CDA、CDAC1 1a2、CEA、C-Erb2、C-erbB2、CRMP-2、CRP、CXCL12、CYFRA21-1、DLL4、DR3、EGFR、Epcam、EphA2、EphA2 (H-77)、ER、ErbB4、EZH2、FASL、FRT、FRT c.f23、GDF15、GPCR、GPR30、Gro-α、HAP、HBD1、HBD2、HER 3 (ErbB3)、HSP、HSP70、hVEGFR2、iC3b、IL 6 Unc、IL-1B、IL6 Unc、IL6R、IL8、IL-8、INSIG-2、KLK2、L1CAM、LAMN、LDH、MACC-1、MAPK4、MART-1、MCP-1、M-CSF、MFG-E8、MIC1、MIF、MIS RII、MMG、MMP26、MMP7、MMP9、MS4A1、MUC1、MUC1 seq1、MUC1 seq11A、MUC17、MUC2、Ncam、NGAL、NPGP/NPFF2、OPG、OPN、p53、p53、PA2G4、PBP、PCSA、PDGFRB、PGP9.5、PIM1、PR (B)、PRL、PSA、PSMA、PSME3、PTEN、R5-CD9 Tube 1、Reg IV、RUNX2、SCRN1、セプラーゼ、SERPINB3、SPARC、SPB、SPDEF、SRVN、STAT 3、STEAP1、TF (FL-295)、TFF3、TGM2、TIMP-1、TIMP1、TIMP2、TMEM211、TMPRSS2、TNF-α、Trail-R2、Trail-R4、TrKB、TROP2、Tsg 101、TWEAK、UNC93A、VEGF A、およびYPSMA-1の1つまたは複数を含む、請求項15記載の方法。
【請求項２３】
前記1つまたは複数の表面抗原が、5T4、ACTG1、ADAM10、ADAM15、ALDOA、ANXA2、ANXA6、APOA1、ATP1A1、BASP1、C1orf58、C20orf114、C8B、CAPZA1、CAV1、CD151、CD2AP、CD59、CD9、CD9、CFL1、CFP、CHMP4B、CLTC、COTL1、CTNND1、CTSB、CTSZ、CYCS、DPP4、EEF1A1、EHD1、ENO1、F11R、F2、F5、FAM125A、FNBP1L、FOLH1、GAPDH、GLB1、GPX3、HIST1H1C、HIST1H2AB、HSP90AB1、HSPA1B、HSPA8、IGSF8、ITGB1、ITIH3、JUP、LDHA、LDHB、LUM、LYZ、MFGE8、MGAM、MMP9、MYH2、MYL6B、NME1、NME2、PABPC1、PABPC4、PACSIN2、PCBP2、PDCD6IP、PRDX2、PSA、PSMA、PSMA1、PSMA2、PSMA4、PSMA6、PSMA7、PSMB1、PSMB2、PSMB3、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB8、PTGFRN、RPS27A、SDCBP、SERINC5、SH3GL1、SLC3A2、SMPDL3B、SNX9、TACSTD1、TCN2、THBS1、TPI1、TSG101、TUBB、VDAC2、VPS37B、YWHAG、YWHAQ、およびYWHAZの1つまたは複数を含む、請求項15記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０８】
試験の感度は、真陽性の数を実際の陽性の数（すなわち、真陽性と偽陰性との合計）で割ったものと定義される。感度は、どれほど多くの対象が陽性として正しく同定されるのかの尺度である。100％の感度は、試験がすべての実際の陽性を認識する、たとえば、すべての病人が病人と認識されることを意味する。感度が低いほど、陰性と判定されることによって見逃される陽性がより多いことを示す。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
さらに別の局面において、本発明は、単離された小胞を含む組成物を提供する。ある態様において、単離された小胞は、本明細書における表5から選択される一つまたは複数のバイオマーカーを含む。別の態様において、単離された小胞は、本明細書における表6から選択される一つまたは複数のバイオマーカーを含む。さらに他の局面において、単離された小胞は、本明細書における表9〜11から選択される一つまたは複数のバイオマーカーを含む。
[本発明1001]
前立腺障害を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における表5または表9〜11に挙げた1つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程、該1つまたは複数のバイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、および、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含み、それによって前立腺障害を特徴決定する、方法。
[本発明1002]
前記前立腺障害がBPHを含み、前記1つまたは複数のバイオマーカーがBCMA、CEACAM-1、HVEM、IL-1 R4、IL-10 Rb、Trappin-2、p53、hsa-miR-329、hsa-miR-30a、hsa-miR-335、hsa-miR-152、hsa-miR-151-5p、hsa-miR-200a、hsa-miR-145、hsa-miR-29a、hsa-miR-106b、hsa-miR-595、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-99a、hsa-miR-20b、hsa-miR-373、hsa-miR-502-5p、hsa-miR-29b、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-663、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-15a、hsa-miR-888、hsa-miR-361-3p、hsa-miR-365、hsa-miR-10b、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-181a、hsa-miR-19a、hsa-miR-125b、hsa-miR-760、hsa-miR-7a、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-7c、hsa-miR-1979、hsa-miR-103、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記前立腺障害が前立腺癌を含み、前記1つまたは複数のバイオマーカーがCD9、PSMA、PCSA、CD63、CD81、B7H3、IL 6、OPG-13、IL6R、PA2G4、EZH2、RUNX2、SERPINB3、EpCam、hsa-let-7b、hsa-miR-107、hsa-miR-1205、hsa-miR-1270、hsa-miR-130b、hsa-miR-141、hsa-miR-143、hsa-miR-148b*、hsa-miR-150、hsa-miR-154*、hsa-miR-181a*、hsa-miR-181a-2*、hsa-miR-18a*、hsa-miR-19b-1*、hsa-miR-204、hsa-miR-2110、hsa-miR-215、hsa-miR-217、hsa-miR-219-2-3p、hsa-miR-23b*、hsa-miR-299-5p、hsa-miR-301a、hsa-miR-301a、hsa-miR-326、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-365*、hsa-miR-373*、hsa-miR-424、hsa-miR-424*、hsa-miR-432、hsa-miR-450a、hsa-miR-451、hsa-miR-484、hsa-miR-497、hsa-miR-517*、hsa-miR-517a、hsa-miR-518f、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-595、hsa-miR-617、hsa-miR-625*、hsa-miR-628-5p、hsa-miR-629、hsa-miR-634、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-93、hsa-miR-96、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記前立腺障害が前立腺癌を含み、前記1つまたは複数のバイオマーカーがA33、a33 n15、AFP、ALA、ALIX、ALP、アネキシンV、APC、ASCA、ASPH (246-260)、ASPH (666-680)、ASPH (A-10)、ASPH (D01P)、ASPH (D03)、ASPH (G-20)、ASPH (H-300)、AURKA、AURKB、B7H3、B7H4、BCA-225、BCNP1、BDNF、BRCA、CA125 (MUC16)、CA-19-9、C-Bir、CD1.1、CD10、CD174 (ルイスy)、CD24、CD44、CD46、CD59 (MEM-43)、CD63、CD66e CEA、CD73、CD81、CD9、CDA、CDAC1 1a2、CEA、C-Erb2、C-erbB2、CRMP-2、CRP、CXCL12、CYFRA21-1、DLL4、DR3、EGFR、Epcam、EphA2、EphA2 (H-77)、ER、ErbB4、EZH2、FASL、FRT、FRT c.f23、GDF15、GPCR、GPR30、Gro-α、HAP、HBD1、HBD2、HER 3 (ErbB3)、HSP、HSP70、hVEGFR2、iC3b、IL 6 Unc、IL-1B、IL6 Unc、IL6R、IL8、IL-8、INSIG-2、KLK2、L1CAM、LAMN、LDH、MACC-1、MAPK4、MART-1、MCP-1、M-CSF、MFG-E8、MIC1、MIF、MIS RII、MMG、MMP26、MMP7、MMP9、MS4A1、MUC1、MUC1 seq1、MUC1 seq11A、MUC17、MUC2、Ncam、NGAL、NPGP/NPFF2、OPG、OPN、p53、p53、PA2G4、PBP、PCSA、PDGFRB、PGP9.5、PIM1、PR (B)、PRL、PSA、PSMA、PSME3、PTEN、R5-CD9 Tube 1、Reg IV、RUNX2、SCRN1、セプラーゼ、SERPINB3、SPARC、SPB、SPDEF、SRVN、STAT 3、STEAP1、TF (FL-295)、TFF3、TGM2、TIMP-1、TIMP1、TIMP2、TMEM211、TMPRSS2、TNF-α、Trail-R2、Trail-R4、TrKB、TROP2、Tsg 101、TWEAK、UNC93A、VEGF A、YPSMA-1、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記特徴決定が、前記前立腺癌を転移性または侵襲性として同定することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、hsa-miR-100、hsa-miR-1236、hsa-miR-1296、hsa-miR-141、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-17*、hsa-miR-181a、hsa-miR-200b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-23a*、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-375、hsa-miR-452、hsa-miR-572、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-577、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-937、miR-10a、miR-134、miR-141、miR-200b、miR-30a、miR-32、miR-375、miR-495、miR-564、miR-570、miR-574-3p、miR-885-3p、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記特徴決定が、前記対象が治療的処置に応答しているかどうか、または該対象が治療的処置に応答するもしくは応答しない可能性があるかどうかを判定することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
前記治療的処置が表8〜10より選択される、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記治療的処置が根治的前立腺摘除術および／または放射線療法を含む、本発明1007の方法。
[本発明1010]
前記治療的処置が、経過観察、外科的骨盤内リンパ節郭清術、根治的前立腺摘除術、経尿道的前立腺切除術(TURP)、睾丸摘出術、放射線療法、外照射放射線療法(EBRT)、ヨウ素I 125、パラジウム、イリジウム、ホルモン療法、黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、ロイプロリド、ゴセレリン、ブセレリン、抗アンドロゲン薬、フルタミド、ビカルタミド、酢酸メゲストロール、ニルタミド、ケトコナゾール、アミノグルテチミド、ゴナドトロピン放出ホルモン(GnRH)、エストロゲン、凍結療法、化学療法、生物学的療法、超音波、および陽子線照射からなる群より選択される、本発明1007の方法。
[本発明1011]
hsa-miR-1974、hsa-miR-27b、hsa-miR-103、hsa-miR-146a、hsa-miR-22、hsa-miR-382、hsa-miR-23a、hsa-miR-376c、hsa-miR-335、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-221、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-21、hsa-miR-16である、本発明1007の方法。
[本発明1012]
バイオシグネチャーを参照と比較する前記工程が、前記1つまたは複数のバイオマーカーのうちのいずれかが該参照と比較して変化しているかどうかを判定することを含み、かつそれによって前記前立腺障害に対する予後判定、診断、またはセラノーシス（theranostic）用の判定を提供する、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、5T4、ACTG1、ADAM10、ADAM15、ALDOA、ANXA2、ANXA6、APOA1、ATP1A1、BASP1、C1orf58、C20orf114、C8B、CAPZA1、CAV1、CD151、CD2AP、CD59、CD9、CD9、CFL1、CFP、CHMP4B、CLTC、COTL1、CTNND1、CTSB、CTSZ、CYCS、DPP4、EEF1A1、EHD1、ENO1、F11R、F2、F5、FAM125A、FNBP1L、FOLH1、GAPDH、GLB1、GPX3、HIST1H1C、HIST1H2AB、HSP90AB1、HSPA1B、HSPA8、IGSF8、ITGB1、ITIH3、JUP、LDHA、LDHB、LUM、LYZ、MFGE8、MGAM、MMP9、MYH2、MYL6B、NME1、NME2、PABPC1、PABPC4、PACSIN2、PCBP2、PDCD6IP、PRDX2、PSA、PSMA、PSMA1、PSMA2、PSMA4、PSMA6、PSMA7、PSMB1、PSMB2、PSMB3、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB8、PTGFRN、RPS27A、SDCBP、SERINC5、SH3GL1、SLC3A2、SMPDL3B、SNX9、TACSTD1、TCN2、THBS1、TPI1、TSG101、TUBB、VDAC2、VPS37B、YWHAG、YWHAQ、およびYWHAZのうちの1つまたは複数を含む、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3、およびEpCamからなる群より選択される1つまたは複数の前立腺特異的バイオマーカーを含む、本発明1001の方法。
[本発明1015]
良性前立腺肥大症(BPH)を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における表5に挙げた1つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程、該1つまたは複数のバイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、および、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含む、方法。
[本発明1016]
前立腺癌を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における表5に挙げた1つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程、該1つまたは複数のバイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、および、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含む、方法。
[本発明1017]
前立腺癌の侵襲性を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における表5に挙げた1つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程、該1つまたは複数の該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、および、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含む、方法。
[本発明1018]
前記生物学的試料が体液を含む、本発明1001または本発明1015〜1017のいずれかの方法。
[本発明1019]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液、または臍帯血を含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記生物学的試料が尿、血液、または血液派生物を含む、本発明1001または本発明1015〜1017のいずれかの方法。
[本発明1021]
前記生物学的試料が1つまたは複数の微小胞を含む、本発明1001または本発明1015〜1017のいずれかの方法。
[本発明1022]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが前記1つまたは複数の微小胞に関連付けられる、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜800nmの直径を有する、本発明1021の方法。
[本発明1024]
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜200nmの直径を有する、本発明1021の方法。
[本発明1025]
前記1つまたは複数の微小胞を、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免疫アッセイ、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはこれらの組み合わせに供する、本発明1021の方法。
[本発明1026]
前記1つまたは複数の微小胞を1つまたは複数の結合物質と接触させる、本発明1021の方法。
[本発明1027]
前記1つまたは複数の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸(PNA)、ロックド（locked）核酸(LNA)、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1026の方法。
[本発明1028]
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を捕捉および／または検出する、本発明1026の方法。
[本発明1029]
前記1つまたは複数の結合物質が、前記1つまたは複数の微小胞表面の1つまたは複数の表面抗原に結合する、本発明1026の方法。
[本発明1030]
前記1つまたは複数の表面抗原が1つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
前記1つまたは複数のタンパク質が、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3、およびEpCamのうちの1つまたは複数を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
前記1つまたは複数のタンパク質が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、または表3のタンパク質のうちの1つまたは複数を含む、本発明1030の方法。
[本発明1033]
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を捕捉する、本発明1026の方法。
[本発明1034]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、前記1つまたは複数の捕捉された微小胞内部のペイロードを含む、本発明1033の方法。
[本発明1035]
前記ペイロードが、1つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質、および／またはプロテオグリカンを含む、本発明1034の方法。
[本発明1036]
前記核酸が、1つまたは複数のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNA、またはshRNAを含む、本発明1035の方法。
[本発明1037]
前記核酸が、hsa-miR-200b、hsa-miR-375、hsa-miR-141、hsa-miR-331-3p、hsa-miR-181a、hsa-miR-574-3p、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される1つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1035の方法。
[本発明1038]
前記核酸が表27〜41より選択される1つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1035の方法。
[本発明1039]
結腸直腸癌を特徴決定する方法であって、対象由来の生物学的試料における表6および表9〜11に挙げた1つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程、該生物学的試料において1つまたは複数のバイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程、ならびに、該バイオシグネチャーを参照と比較する工程を含み、それによって結腸直腸癌を特徴決定する、方法。
[本発明1040]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、miR-92、miR-21、miR-9、miR-491、hsa-miR-376c、hsa-miR-215、hsa-miR-652、hsa-miR-582-5p、hsa-miR-324-5p、hsa-miR-1296、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-190、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-202、hsa-miR-195、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、Muc1、GPCR110、TMEM211、およびCD24のうちの1つまたは複数を含む、本発明1039の方法。
[本発明1042]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、A33、AFP、ALIX、ALX4、ANCA、APC、ASCA、AURKA、AURKB、B7H3、BANK1、BCNP1、BDNF、CA-19-9、CCSA-2、CCSA-3&4、CD10、CD24、CD44、CD63、CD66 CEA、CD66e CEA、CD81、CD9、CDA、C-Erb2、CRMP-2、CRP、CRTN、CXCL12、CYFRA21-1、DcR3、DLL4、DR3、EGFR、Epcam、EphA2、FASL、FRT、GAL3、GDF15、GPCR (GPR110)、GPR30、GRO-1、HBD1、HBD2、HNP1-3、IL-1B、IL8、IMP3、L1CAM、LAMN、MACC-1、MGC20553、MCP-1、M-CSF、MIC1、MIF、MMP7、MMP9、MS4A1、MUC1、MUC17、MUC2、Ncam、NGAL、NNMT、OPN、p53、PCSA、PDGFRB、PRL、PSMA、PSME3、Reg IV、SCRN1、Sept-9、SPARC、SPON2、SPR、SRVN、TFF3、TGM2、TIMP-1、TMEM211、TNF-α、TPA、TPS、Trail-R2、Trail-R4、TrKB、TROP2、Tsg 101、TWEAK、UNC93A、およびVEGFAのうちの1つまたは複数を含む、本発明1039の方法。
[本発明1043]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、CD9、EGFR、NGAL、CD81、STEAP、CD24、A33、CD66E、EPHA2、フェリチン、GPR30、GPR110、MMP9、OPN、p53、TMEM211、TROP2、TGM2、TIMP、EGFR、DR3、UNC93A、MUC17、EpCAM、MUC1、MUC2、TSG101、CD63、B7H3、CD24、およびTETSのうちの1つまたは複数を含む、本発明1039の方法。
[本発明1044]
前記特徴決定が、前記結腸直腸癌を転移性または侵襲性として同定することを含む、本発明1039の方法。
[本発明1045]
前記特徴決定が、前記対象が治療的処置に応答しているかどうか、または該対象が治療的処置に応答するもしくは応答しない可能性があるかどうかを判定することを含む、本発明1039の方法。
[本発明1046]
前記治療的処置が表8〜10より選択される、本発明1045の方法。
[本発明1047]
前記治療的処置が、初回手術療法、局所切除術、原発巣の切除・吻合および周辺リンパ節の除去、アジュバント療法、フルオロウラシル(5-FU)、カペシタビン、ロイコボリン、オキサリプラチン、エルロチニブ、イリノテカン、アスピリン、マイトマイシンC、スニチニブ、セツキシマブ、ベバシズマブ、ペグフィルグラスチム、パニツムマブ、ラムシルマブ、セレコキシブ、併用療法、FOLFOX4レジメン、FOLFOX6レジメン、FOLFIRIレジメン、FUFOXレジメン、FUOXレジメン、IFLレジメン、XELOXレジメン、5-FUおよびレバミゾールレジメン、ドイツAIOレジメン、CAPOXレジメン、Douillardレジメン、ならびに放射線療法からなる群より選択される、本発明1045の方法。
[本発明1048]
バイオシグネチャーを参照と比較する前記工程が、前記1つまたは複数のバイオマーカーのうちのいずれかが該参照と比較して変化しているかどうかを判定することを含み、かつそれによって、前記結腸直腸癌に対する予後判定、診断、またはセラノーシス用の判定を提供する、本発明1039の方法。
[本発明1049]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、A26C1A、A26C1B、A2M、ACAA2、ACE、ACOT7、ACP1、ACTA1、ACTA2、ACTB、ACTBL2、ACTBL3、ACTC1、ACTG1、ACTG2、ACTN1、ACTN2、ACTN4、ACTR3、ADAM10、ADSL、AGR2、AGR3、AGRN、AHCY、AHNAK、AKR1B10、ALB、ALDH16A1、ALDH1A1、ALDOA、ANXA1、ANXA11、ANXA2、ANXA2P2、ANXA4、ANXA5、ANXA6、AP2A1、AP2A2、APOA1、ARF1、ARF3、ARF4、ARF5、ARF6、ARHGDIA、ARPC3、ARPC5L、ARRDC1、ARVCF、ASCC3L1、ASNS、ATP1A1、ATP1A2、ATP1A3、ATP1B1、ATP4A、ATP5A1、ATP5B、ATP5I、ATP5L、ATP5O、ATP6AP2、B2M、BAIAP2、BAIAP2L1、BRI3BP、BSG、BUB3、C1orf58、C5orf32、CAD、CALM1、CALM2、CALM3、CAND1、CANX、CAPZA1、CBR1、CBR3、CCT2、CCT3、CCT4、CCT5、CCT6A、CCT7、CCT8、CD44、CD46、CD55、CD59、CD63、CD81、CD82、CD9、CDC42、CDH1、CDH17、CEACAM5、CFL1、CFL2、CHMP1A、CHMP2A、CHMP4B、CKB、CLDN3、CLDN4、CLDN7、CLIC1、CLIC4、CLSTN1、CLTC、CLTCL1、CLU、COL12A1、COPB1、COPB2、CORO1C、COX4I1、COX5B、CRYZ、CSPG4、CSRP1、CST3、CTNNA1、CTNNB1、CTNND1、CTTN、CYFIP1、DCD、DERA、DIP2A、DIP2B、DIP2C、DMBT1、DPEP1、DPP4、DYNC1H1、EDIL3、EEF1A1、EEF1A2、EEF1AL3、EEF1G、EEF2、EFNB1、EGFR、EHD1、EHD4、EIF3EIP、EIF3I、EIF4A1、EIF4A2、ENO1、ENO2、ENO3、EPHA2、EPHA5、EPHB1、EPHB2、EPHB3、EPHB4、EPPK1、ESD、EZR、F11R、F5、F7、FAM125A、FAM125B、FAM129B、FASLG、FASN、FAT、FCGBP、FER1L3、FKBP1A、FLNA、FLNB、FLOT1、FLOT2、G6PD、GAPDH、GARS、GCN1L1、GDI2、GK、GMDS、GNA13、GNAI2、GNAI3、GNAS、GNB1、GNB2、GNB2L1、GNB3、GNB4、GNG12、GOLGA7、GPA33、GPI、GPRC5A、GSN、GSTP1、H2AFJ、HADHA、hCG_1757335、HEPH、HIST1H2AB、HIST1H2AE、HIST1H2AJ、HIST1H2AK、HIST1H4A、HIST1H4B、HIST1H4C、HIST1H4D、HIST1H4E、HIST1H4F、HIST1H4H、HIST1H4I、HIST1H4J、HIST1H4K、HIST1H4L、HIST2H2AC、HIST2H4A、HIST2H4B、HIST3H2A、HIST4H4、HLA-A、HLA-A29.1、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-H、HNRNPA2B1、HNRNPH2、HPCAL1、HRAS、HSD17B4、HSP90AA1、HSP90AA2、HSP90AA4P、HSP90AB1、HSP90AB2P、HSP90AB3P、HSP90B1、HSPA1A、HSPA1B、HSPA1L、HSPA2、HSPA4、HSPA5、HSPA6、HSPA7、HSPA8、HSPA9、HSPD1、HSPE1、HSPG2、HYOU1、IDH1、IFITM1、IFITM2、IFITM3、IGH@、IGHG1、IGHG2、IGHG3、IGHG4、IGHM、IGHV4-31、IGK@、IGKC、IGKV1-5、IGKV2-24、IGKV3-20、IGSF3、IGSF8、IQGAP1、IQGAP2、ITGA2、ITGA3、ITGA6、ITGAV、ITGB1、ITGB4、JUP、KIAA0174、KIAA1199、KPNB1、KRAS、KRT1、KRT10、KRT13、KRT14、KRT15、KRT16、KRT17、KRT18、KRT19、KRT2、KRT20、KRT24、KRT25、KRT27、KRT28、KRT3、KRT4、KRT5、KRT6A、KRT6B、KRT6C、KRT7、KRT75、KRT76、KRT77、KRT79、KRT8、KRT9、LAMA5、LAMP1、LDHA、LDHB、LFNG、LGALS3、LGALS3BP、LGALS4、LIMA1、LIN7A、LIN7C、LOC100128936、LOC100130553、LOC100133382、LOC100133739、LOC284889、LOC388524、LOC388720、LOC442497、LOC653269、LRP4、LRPPRC、LRSAM1、LSR、LYZ、MAN1A1、MAP4K4、MARCKS、MARCKSL1、METRNL、MFGE8、MICA、MIF、MINK1、MITD1、MMP7、MOBKL1A、MSN、MTCH2、MUC13、MYADM、MYH10、MYH11、MYH14、MYH9、MYL6、MYL6B、MYO1C、MYO1D、NARS、NCALD、NCSTN、NEDD4、NEDD4L、NME1、NME2、NOTCH1、NQO1、NRAS、P4HB、PCBP1、PCNA、PCSK9、PDCD6、PDCD6IP、PDIA3、PDXK、PEBP1、PFN1、PGK1、PHB、PHB2、PKM2、PLEC1、PLEKHB2、PLSCR3、PLXNA1、PLXNB2、PPIA、PPIB、PPP2R1A、PRDX1、PRDX2、PRDX3、PRDX5、PRDX6、PRKAR2A、PRKDC、PRSS23、PSMA2、PSMC6、PSMD11、PSMD3、PSME3、PTGFRN、PTPRF、PYGB、QPCT、QSOX1、RAB10、RAB11A、RAB11B、RAB13、RAB14、RAB15、RAB1A、RAB1B、RAB2A、RAB33B、RAB35、RAB43、RAB4B、RAB5A、RAB5B、RAB5C、RAB6A、RAB6B、RAB7A、RAB8A、RAB8B、RAC1、RAC3、RALA、RALB、RAN、RANP1、RAP1A、RAP1B、RAP2A、RAP2B、RAP2C、RDX、REG4、RHOA、RHOC、RHOG、ROCK2、RP11-631M21.2、RPL10A、RPL12、RPL6、RPL8、RPLP0、RPLP0様、RPLP1、RPLP2、RPN1、RPS13、RPS14、RPS15A、RPS16、RPS18、RPS20、RPS21、RPS27A、RPS3、RPS4X、RPS4Y1、RPS4Y2、RPS7、RPS8、RPSA、RPSAP15、RRAS、RRAS2、RUVBL1、RUVBL2、S100A10、S100A11、S100A14、S100A16、S100A6、S100P、SDC1、SDC4、SDCBP、SDCBP2、SERINC1、SERINC5、SERPINA1、SERPINF1、SETD4、SFN、SLC12A2、SLC12A7、SLC16A1、SLC1A5、SLC25A4、SLC25A5、SLC25A6、SLC29A1、SLC2A1、SLC3A2、SLC44A1、SLC7A5、SLC9A3R1、SMPDL3B、SNAP23、SND1、SOD1、SORT1、SPTAN1、SPTBN1、SSBP1、SSR4、TACSTD1、TAGLN2、TBCA、TCEB1、TCP1、TF、TFRC、THBS1、TJP2、TKT、TMED2、TNFSF10、TNIK、TNKS1BP1、TNPO3、TOLLIP、TOMM22、TPI1、TPM1、TRAP1、TSG101、TSPAN1、TSPAN14、TSPAN15、TSPAN6、TSPAN8、TSTA3、TTYH3、TUBA1A、TUBA1B、TUBA1C、TUBA3C、TUBA3D、TUBA3E、TUBA4A、TUBA4B、TUBA8、TUBB、TUBB2A、TUBB2B、TUBB2C、TUBB3、TUBB4、TUBB4Q、TUBB6、TUFM、TXN、UBA1、UBA52、UBB、UBC、UBE2N、UBE2V2、UGDH、UQCRC2、VAMP1、VAMP3、VAMP8、VCP、VIL1、VPS25、VPS28、VPS35、VPS36、VPS37B、VPS37C、WDR1、YWHAB、YWHAE、YWHAG、YWHAH、YWHAQ、およびYWHAZのうちの1つまたは複数を含む、本発明1039の方法。
[本発明1050]
前記生物学的試料が体液を含む、本発明1039の方法。
[本発明1051]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液、または臍帯血を含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記生物学的試料が糞便、血液、または血液派生物を含む、本発明1039の方法。
[本発明1053]
前記生物学的試料が1つまたは複数の微小胞を含む、本発明1039の方法。
[本発明1054]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが前記1つまたは複数の微小胞に関連付けられる、本発明1053の方法。
[本発明1055]
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜800nmの直径を有する、本発明1053の方法。
[本発明1056]
前記1つまたは複数の微小胞が20nm〜200nmの直径を有する、本発明1053の方法。
[本発明1057]
前記1つまたは複数の微小胞を、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免疫アッセイ、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはこれらの組み合わせに供する、本発明1053の方法。
[本発明1058]
前記1つまたは複数の微小胞を1つまたは複数の結合物質と接触させる、本発明1053の方法。
[本発明1059]
前記1つまたは複数の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸(PNA)、ロックド核酸(LNA)、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質、またはこれらの組み合わせを含む、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を捕捉および／または検出する、本発明1058の方法。
[本発明1061]
前記1つまたは複数の結合物質が、前記1つまたは複数の微小胞表面の1つまたは複数の表面抗原に結合する、本発明1058の方法。
[本発明1062]
前記1つまたは複数の表面抗原がタンパク質を含む、本発明1061の方法。
[本発明1063]
前記1つまたは複数のタンパク質が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、または表3のタンパク質のうちの1つまたは複数を含む、本発明1062の方法。
[本発明1064]
前記1つまたは複数の結合物質を用いて前記1つまたは複数の微小胞を捕捉する、本発明1058の方法。
[本発明1065]
前記1つまたは複数のバイオマーカーが、前記1つまたは複数の捕捉された微小胞内部のペイロードを含む、本発明1064の方法。
[本発明1066]
前記ペイロードが、1つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質、および／またはプロテオグリカンを含む、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記核酸が、1つまたは複数のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNA、またはshRNAを含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記核酸が、表6より選択される1つもしくは複数のマイクロRNAまたはこれらの組み合わせを含む、本発明1066の方法。
[本発明1069]
インビトロで行われる、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1070]
前記本発明のいずれかの方法を実施するための試薬の使用。
[本発明1071]
本発明1001〜1069のいずれかの方法を実施するための試薬を含む、キット。
[本発明1072]
表5より選択される1つまたは複数のバイオマーカーを含む、単離された小胞。
[本発明1073]
表6より選択される1つまたは複数のバイオマーカーを含む、単離された小胞。
[本発明1074]
表9〜11より選択される1つまたは複数のバイオマーカーを含む、単離された小胞。