【手続補正書】
【提出日】平成26年9月22日(2014.9.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
糖タンパク質におけるリン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化するための方法であって、
基礎をなすマンノースがリン酸化されている末端α−１，２マンノース結合を含む糖タンパク質を、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に末端α−１，２マンノース結合を加水分解する、マンノシダーゼまたは該マンノシダーゼの生物学的に活性な断片と接触させる工程
を含み、ここで、該接触させる工程が、該末端α−１，２マンノース結合の加水分解をもたらして、脱マンノシル化糖タンパク質を生成する、方法。
【請求項２】
脱マンノシル化されたリン酸化Ｎ−グリカンを含む糖タンパク質を生成する方法であって、真菌細胞に、該糖タンパク質をコードする核酸を導入する工程を含み、そして該糖タンパク質は、基礎をなすマンノースがリン酸化されている末端α−１，２マンノース結合を含み、ここで、該真菌細胞は、該基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に末端α−１，２マンノース結合を加水分解して脱マンノシル化された糖タンパク質を生成する、マンノシダーゼまたは該マンノシダーゼの生物学的に活性な断片をコードする核酸を含むように遺伝子操作されている、方法。
【請求項３】
前記マンノシダーゼはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来であるか、または
前記マンノシダーゼはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも９８％同一であるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号５を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記マンノシダーゼは、ＧＨ４７ファミリーのマンノシダーゼである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記マンノシダーゼは、配列番号４に少なくとも８５％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４に少なくとも９５％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４と少なくとも９８％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記マンノシダーゼは、ＧＨ９２ファミリーのマンノシダーゼである、請求項１〜３および６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記脱マンノシル化された糖タンパク質を単離する工程をさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記糖タンパク質は、ヒトタンパク質である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記接触させる工程が、真菌内で起こる、請求項１、３〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記真菌が、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａまたはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記真菌が、メチロトローフの酵母であり、例えば、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｏｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａおよびＨａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａからなる群より選択されるメチロトローフの酵母などであるか、または
前記真菌が、糸状菌、例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｅｓｉｅｌｌｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｎｄｉｄｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｒｎｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｌａｖａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｄｅｆｌｅｃｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｇｌａｕｃｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｃｈｒａｃｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｓｉｔｉｃｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｉｃｉｌｌｏｉｄｅｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｏｊａｅ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｙｄｏｗｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔａｍａｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｓｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、ＦｕｓａｒｉｕｍおよびＣｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍからなる群より選択される糸状菌などである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記糖タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記リソソームタンパク質は、リソソーム酵素、例えば、リソソーム蓄積障害（ＬＳＤ）、例えば、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症などと関連したリソソーム酵素などである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に、末端α−１，２マンノース結合を加水分解する、マンノシダーゼまたは該マンノシダーゼの生物学的に活性な断片を発現するように遺伝子操作された単離された真菌細胞。
【請求項１６】
真菌細胞の実質的に純粋な培養物であって、該真菌細胞のかなりの数が、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に、末端α−１，２マンノース結合を加水分解する、マンノシダーゼまたは該マンノシダーゼの生物学的に活性な断片を発現するように遺伝子操作されている、培養物。
【請求項１７】
前記マンノシダーゼは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来であるか、または前記マンノシダーゼがＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来である、請求項１５に記載の真菌細胞または請求項１６に記載の培養物。
【請求項１８】
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を含むか、
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号５と少なくとも９８％同一であるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号５を含む、請求項１５もしくは１７に記載の真菌細胞、または請求項１６もしくは１７に記載の培養物。
【請求項１９】
前記マンノシダーゼは、ＧＨ４７ファミリーのマンノシダーゼである、請求項１５、１７および１８のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６、１７および１８のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２０】
前記マンノシダーゼは、配列番号４と少なくとも８５％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４と少なくとも９５％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４と少なくとも９８％同一である核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むか、または
前記マンノシダーゼは、配列番号４によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１５もしくは１７に記載の真菌細胞、または請求項１６もしくは１７に記載の培養物。
【請求項２１】
前記マンノシダーゼはＧＨ９２ファミリーのマンノシダーゼである、請求項１５，１７および２０のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６、１７および２０のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２２】
前記真菌細胞は、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａまたはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓの細胞である、請求項１５および１７〜２１のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６〜２１のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２３】
前記真菌細胞は、メチロトローフの酵母、例えば、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｏｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａおよびＨａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａからなる群より選択されるメチロトローフの酵母などの細胞であるか、または
前記真菌細胞は、糸状菌、例えば、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｅｓｉｅｌｌｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｎｄｉｄｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃａｒｎｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｌａｖａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｄｅｆｌｅｃｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｇｌａｕｃｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｃｈｒａｃｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｓｉｔｉｃｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｉｃｉｌｌｏｉｄｅｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｏｊａｅ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｙｄｏｗｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔａｍａｒｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｓｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、ＦｕｓａｒｉｕｍおよびＣｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍからなる群より選択される糸状菌などの細胞である、請求項１５および１７〜２１のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６〜２１のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２４】
前記細胞もしくは前記培養物のかなりの数の細胞は、マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドをコードする核酸をさらに含むか、または
前記細胞もしくは前記培養物のかなりの数の細胞が、ＯＣＨ１活性が欠損するように遺伝子操作されているか、または
前記細胞もしくは前記培養物のかなりの数の細胞は、マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドをコードする核酸をさらに含み、かつ該細胞がＯＣＨ１活性が欠損するように遺伝子操作されている、
請求項１５および１７〜２３のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６〜２３のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２５】
前記細胞または前記培養物のかなりの数の細胞は、標的糖タンパク質、例えば、ヒトタンパク質である標的糖タンパク質などをコードする核酸をさらに含む、請求項１５および１７〜２４のいずれか一項に記載の真菌細胞、または請求項１６〜２４のいずれか一項に記載の培養物。
【請求項２６】
前記標的糖タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、請求項２５に記載の真菌細胞または培養物。
【請求項２７】
前記リソソームタンパク質は、リソソーム酵素である、請求項２６に記載の真菌細胞または培養物。
【請求項２８】
前記標的糖タンパク質は、ＬＳＤ、例えば、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症などと関連したタンパク質である、請求項２５〜２７のいずれか一項に記載の真菌細胞または培養物。
【請求項２９】
前記マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドは、ＭＮＮ４ポリペプチド、例えば、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａポリペプチド、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅポリペプチド、Ｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａポリペプチド、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓポリペプチドもしくはＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓポリペプチドであるＭＮＮ４ポリペプチドなどであるか、または
前記マンノシルリン酸化を促進することができるポリペプチドは、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ  ＰＮＯ１ポリペプチドである、請求項２４に記載の真菌細胞または培養物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
本発明の他の特色および利点は、以下の詳細な記載から、および特許請求の範囲から明らかである。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
糖タンパク質におけるリン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化するための方法であって、
ａ）リン酸化Ｎ−グリカンを有する該糖タンパク質を提供する工程、および
ｂ）該糖タンパク質を、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に末端α−１，２マンノース結合を加水分解することのできるマンノシダーゼと接触させる工程
を含む、方法。
（項目２）
前記マンノシダーゼはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記マンノシダーゼはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来である、項目１に記載の方法。