【手続補正書】
【提出日】平成24年5月8日(2012.5.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者において胃腸関連疾患に対する標的治療による治療の適合性を予測するためのキットであって、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの２つのメンバーの少なくとも一部分からなる核酸セグメントのパネルを含んでなり、かつ、該パネルが下記の工程を含む方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記キット。
ａ）前記被験者に由来する標本から核酸試料を調製する工程、
ｂ）前記試料を、前記パネルの核酸セグメントと接触させて該パネルの核酸セグメントのレベルを検出する工程、
ｃ）前記試料の中に存在する少なくとも２つのメンバーの量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価する工程、および
ｄ）前記変化の規模を、前記胃腸関連疾患に対する前記標的治療による前記治療の適合性と相関させる工程。
【請求項２】
被験者が胃腸関連疾患を有する患者であり、前記標的治療が抗ＴＮＦα抗体である、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
抗ＴＮＦα抗体がインフリキシマブである、請求項２に記載のキット。
【請求項４】
胃腸関連疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項２に記載のキット。
【請求項５】
請求項４に記載のキットであって、前記参照基準が、未治療の潰瘍性大腸炎患者、前記標的治療に対するレスポンダー、又は前記標的治療に対するノンレスポンダーからの結腸生検由来である、上記キット。
【請求項６】
パネルが核酸セグメントのアレイである、請求項１に記載のキット。
【請求項７】
請求項１に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも５個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項８】
請求項１に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも１０個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項９】
請求項１に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも１５個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項１０】
請求項１に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの全てのメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項１１】
請求項１に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項１２】
請求項１１に記載のキットであって、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか又はそれを超えることが、前記被験者が前記標的治療に対するレスポンダーであることを示し、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＹを下回ることが、前記被験者がノンレスポンダーであることを示す、上記キット。
【請求項１３】
請求項１２に記載のキットであって、前記相関工程の後に、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか又はそれを超えることに基づき、前記被験者を前記標的治療で治療することを更に含む、上記キット。
【請求項１４】
請求項１２に記載のキットであって、前記相関工程の後に、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＹを下回ることに基づき、前記被験者を前記標的治療で治療するのを控えることを更に含む、上記キット。
【請求項１５】
請求項２に記載のキットであって、前記試料が、治療の投与前に前記試料を提供する患者、胃腸関連疾患を有するプラシーボ治療患者、及びバイオバンクからの試料からなる群から選択される供給源由来である、上記キット。
【請求項１６】
試料が結腸生検試料を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
試料が末梢血液細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
被験者において胃腸関連疾患に対する標的治療による治療の適合性を予測するためのキットであって、配列番号３、５、９、１０および１４に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも１つのメンバーからなる核酸セグメントのパネルを含んでなり、かつ、該パネルが下記の工程を含む方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記キット。
ｅ）前記被験者に由来する標本から核酸試料を調製する工程、
ｆ）前記試料を、前記パネルの核酸セグメントと接触させて該パネルの核酸セグメントのレベルを検出する工程、
ｇ）前記試料の中に存在する前記少なくとも１つのメンバーの量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価する工程、および
ｈ）前記変化の規模を、前記胃腸関連疾患に対する前記標的治療による前記治療の適合性と相関させる工程。
【請求項１９】
請求項１８に記載のキットであって、前記被験者が胃腸関連疾患を有する患者であり、前記標的治療が抗ＴＮＦα抗体である、上記キット。
【請求項２０】
抗ＴＮＦα抗体がインフリキシマブである、請求項１９に記載のキット。
【請求項２１】
胃腸関連疾患が潰瘍性大腸炎である、請求項１９に記載のキット。
【請求項２２】
参照基準が、未治療の潰瘍性大腸炎患者からの結腸生検由来である、請求項１９に記載のキット。
【請求項２３】
パネルが核酸セグメントのアレイである、請求項１８に記載のキット。
【請求項２４】
請求項１８に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号３、５、９、１０、及び１４に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも２個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項２５】
請求項１８に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号３、５、９、１０、及び１４からなる群からの少なくとも３個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項２６】
請求項１８に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号３、５、９、１０、及び１４に対応するヌクレオチド配列からなる群からの少なくとも４個のメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項２７】
請求項１８に記載のキットであって、前記評価工程が、配列番号３、５、９、１０、及び１４に対応するヌクレオチド配列の全てのメンバーの前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項２８】
請求項２４に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項２９】
請求項２５に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項３０】
請求項２６に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項３１】
請求項２７に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項３２】
請求項２８に記載のキットであって、前記相関工程の後に、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか又はそれを超えることに基づき、前記被験者を前記標的治療で治療することを更に含む、上記キット。
【請求項３３】
請求項２８に記載のキットであって、前記相関工程の後に、前記パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＹを下回ることに基づき、前記被験者を前記標的治療で治療するのを控えることを更に含む、上記キット。
【請求項３４】
請求項１８に記載のキットであって、前記試料が、治療の投与前に前記試料を提供する患者、胃腸関連疾患を有するプラシーボ治療患者、及びバイオバンクからの試料からなる群から選択される供給源由来である、上記キット。
【請求項３５】
試料が結腸生検試料を含む、請求項１８に記載のキット。
【請求項３６】
試料が末梢血液細胞を含む、請求項１８に記載のキット。
【請求項３７】
複数の核酸セグメントを含む、患者において胃腸関連疾患に対する標的治療による治療の適合性を予測するためのアレイであって、下記の工程を含む方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記キット。
ａ）前記患者に由来する標本から核酸の混合物を調製する工程、
ｂ）試料を形成するために、前記標本核酸を検出可能なマーカーで標識する工程、
ｃ）前記試料を前記アレイと接触させる工程であって、各核酸セグメントが該アレイの基板表面上の別個で既知のアドレスに固定化され、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる胃腸関連遺伝子パネルの少なくとも２個のメンバーが、アドレスによってアレイのフィーチャーであると同定され、及び該アレイが前記基板上の既知のアドレスに少なくとも１個の較正核酸を更に含む、工程、
ｄ）前記標本核酸と前記核酸セグメントの結合の程度を判定する工程、および
ｅ）前記治療の適合性の評価を可能にするために、参照基準への結合の程度を比較する工程。
【請求項３８】
請求項３７に記載のキットであって、前記比較工程が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列のメンバーの少なくとも２個の前記量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価することを含む、上記キット。
【請求項３９】
請求項３８に記載のキットであって、前記評価工程が、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記胃腸関連遺伝子パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを含む、上記キット。
【請求項４０】
請求項３７に記載のキットであって、前記胃腸関連疾患が潰瘍性大腸炎であり、前記胃腸関連遺伝子パネルが潰瘍性大腸炎関連遺伝子パネルである、上記キット。
【請求項４１】
標的治療が抗ＴＮＦα抗体である、請求項３７に記載のキット。
【請求項４２】
請求項３７に記載のキットであって、前記標本が、潰瘍性大腸炎を患っていると疑われる患者、及び治療を受けていない潰瘍性大腸炎と診断された患者からなる群から選択される患者の結腸生検由来である、上記キット。
【請求項４３】
請求項３７に記載のキットであって、前記標本が、治療の投与前に前記標本を提供する患者、プラシーボで治療された同様の疾病又は症状を有する患者、及びバイオバンクからの試料からなる群から選択される供給源由来である、上記キット。
【請求項４４】
標本が結腸生検試料を含む、請求項３７に記載のキット。
【請求項４５】
標本が末梢血液細胞を含む、請求項３７に記載のキット。
【請求項４６】
請求項３７に記載のキットであって、前記結合の程度を比較する工程が、前記潰瘍性大腸炎関連遺伝子パネルの前記アレイのフィーチャー強度変化の類似性の厳しい試験を更に含む、上記キット。
【請求項４７】
配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列の１つのヌクレオチド配列を含む又はこれと相補的なものである少なくとも１５個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列の１つの少なくとも一部分によってコードされるポリペプチド、及び配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列の１つの少なくとも一部分によってコードされるポリペプチドのリガンドからなる群から選択される少なくとも１個のメンバーを含む、細胞又は被験者における胃腸関連疾患に対する標的治療の適合性を試験するための、試薬。
【請求項４８】
前記胃腸関連疾患が潰瘍性大腸炎であり、前記標的治療が抗ＴＮＦα抗体である、請求項４７に記載の試薬。
【請求項４９】
前記抗ＴＮＦα抗体がインフリキシマブである、請求項４８に記載の試薬。
【請求項５０】
請求項４７に記載の試薬であって、下記の工程を含む試験方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記試薬。
ａ）患者試料を前記試薬と接触させる工程、および
ｂ）配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列の遺伝子又はタンパク質の１つの少なくとも一部分のレベルを参照基準と比較する工程。
【請求項５１】
試験方法がＲＴ−ＰＣＲによって行われる、請求項５０に記載の試薬。
【請求項５２】
試験方法がＥＬＩＳＡによって行われる、請求項５０に記載の試薬。
【請求項５３】
標的治療が抗ＴＮＦα抗体である、請求項５０に記載の試薬。
【請求項５４】
抗体がインフリキシマブである、請求項５３に記載の試薬。
【請求項５５】
請求項５０に記載の試薬であって、前記試料を参照基準に対して評価することと、前記胃腸関連遺伝子パネルの前記メンバーのそれぞれの前記平均強度値がＸと同じか若しくはそれを超えるか、又はＹを下回るか、を判定することとを更に含む、上記試薬。
【請求項５６】
マーカー遺伝子又はその相補鎖と、該マーカー遺伝子を発現する細胞とを含むポリヌクレオチド配列を含む又はこれと相補的なものである少なくとも１５個のヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む、予後に用いる又は診断に用いるためのキットであって、前記マーカー遺伝子が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群から選択される、キット。
【請求項５７】
前記キットがＵＣのための治療薬の適合性をスクリーニングするように適合される、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
ＵＣのための治療薬の適合性をスクリーニングするためのキットであって、該キットは、マーカー遺伝子及び該マーカー遺伝子を発現する細胞によってコードされるアミノ酸配列を含むペプチドを認識する抗体を含み、前記マーカー遺伝子が、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群から選択される、キット。
【請求項５９】
請求項４７に記載の試薬を含む、潰瘍性大腸炎に対する治療の有効性を試験するためのキットであって、下記の工程を含む方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記キット。
ａ）潰瘍性大腸炎の治療を受けた患者由来の試料を、前記試薬の少なくとも２個のメンバーと接触させる工程、
ｂ）前記少なくとも２個のメンバーのレベルを測定する工程、および
ｃ）前記少なくとも２個のメンバーの前記レベルを前記治療の前記有効性と相関させる工程。
【請求項６０】
治療がＴＮＦαの拮抗薬を含む、請求項５９に記載のキット。
【請求項６１】
拮抗薬がＴＮＦαに対する抗体である、請求項６０に記載のキット。
【請求項６２】
抗体がインフリキシマブである、請求項６１に記載のキット。
【請求項６３】
標的治療で胃腸関連疾患を有する被験者を治療するためのキットであって、配列番号１〜２０に対応するヌクレオチド配列からなる群からの２つのメンバーの少なくとも一部分からなる核酸セグメントのパネルを含んでなり、かつ、該パネルが下記の工程を含む方法において使用されるべきものであることを特徴とする上記キット。
ａ）前記被験者に由来する標本から核酸試料を調製することと、
ｂ）前記試料を前記パネルの核酸セグメントと接触させて該パネルの核酸セグメントのレベルを検出する工程、
ｃ）前記試料に存在する少なくとも２個のメンバーの量の変化の規模を判定するために、前記試料を参照基準に対して評価する工程、
ｄ）前記変化の規模を、前記胃腸関連疾患に対する前記標的治療による前記治療の適合性と相関させる工程、および
ｅ）前記標的治療で前記被験者を治療する工程。