【手続補正書】
【提出日】平成24年1月13日(2012.1.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個人における癌細胞もしくは感染性因子の存在を検出する方法であって、
個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーもしくは感染性因子マーカーの発現差異を同定する工程と、
を含み、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーもしくは感染性因子マーカーの発現差異に基づいて前記個人における癌細胞もしくは感染性因子の存在を検出する
、方法。
【請求項２】
個人における癌細胞の存在を検出するための方法であって、
個人から貪食細胞の集団を単離する工程と、
＞２ｎ貪食細胞から２ｎ貪食細胞を分離する工程と、
前記２ｎ貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記＞２ｎ貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーの発現差異を同定する工程と、
を含み、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーの発現差異に基づいて前記個人における癌細胞の存在を検出する、方法。
【請求項３】
前記１つまたは複数のマーカーが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、炭水化物、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、および泡沫細胞の１つまたは複数からなる群より選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
前記血中非貪食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、および好塩基球の１つまたは複数からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記血中貪食細胞および前記血中非貪食細胞が、全血、尿、便、唾液、リンパ液、または脳脊髄液から単離される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記貪食細胞が、全血、尿、便、唾液、リンパ液、または脳脊髄液から単離される、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記単離が、抗体を用いて行われる、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記単離が、蛍光活性化細胞選別によって行われる、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１０】
前記単離が、ＷＢＣ集団の細胞膜上に発現される分子受容体と結合するリガンドを用いて行われる、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１１】
前記単離が、ろ過、勾配遠心、溶出、マイクロフルイディクスからなる群より選択される１つまたは複数の方法によって行われる、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１２】
前記血中貪食細胞および前記血中非貪食細胞が、白血球の集団から単離される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記血中貪食細胞および前記血中非貪食細胞が、抗体を用いて単離される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記血中貪食細胞および前記血中非貪食細胞が、蛍光活性化細胞選別、ろ過、勾配遠心、溶出、およびマイクロフルイディクスからなる群より選択される１つまたは複数の方法によって分離される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記血中貪食細胞および前記血中非貪食細胞が、ＷＢＣ集団の細胞膜上に発現される分子受容体と結合するリガンドを用いて分離される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記個人が、不顕性癌、過去に診断された原発性癌、および転移性癌の１つまたは複数を有する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１７】
１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーの存在を、癌治療の有効性と関連付ける工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
癌遺伝子、発癌遺伝子、および腫瘍抑制遺伝子の１つまたは複数に対応する、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびマイクロＲＮＡの１つまたは複数から前記腫瘍特異的マーカーが選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記腫瘍特異的マーカーが、癌遺伝子、および発癌遺伝子、および腫瘍抑制遺伝子の１つまたは複数によってコードされるタンパク質およびポリペプチドの一方または両方である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーが、２つ以上の癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの組み合わせに対応するＤＮＡ、ＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項２１】
前記１つまたは複数の腫瘍特異的マーカーが、２つ以上の癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの任意の組み合わせによってコードされるタンパク質またはポリペプチドである、請求項２に記載の方法。
【請求項２２】
癌を有する個人において、腫瘍特異的シグネチャーを同定するための方法であって、
癌を有する個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記癌を有する個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な２つ以上のマーカーの発現差異を同定する工程と、
前記特異的な２つ以上のマーカーの発現差異を前記癌を有する個人における腫瘍特異的シグネチャーと関連付ける工程と
を含む、方法。
【請求項２３】
前記２つ以上のマーカーが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、炭水化物、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記２つ以上のマーカーが、２つ以上の癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの組み合わせに対応するＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記２つ以上のマーカーが、２つ以上の癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの組み合わせによってコードされるタンパク質またはポリペプチドである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
個人における癌細胞の存在を検出するための方法であって、
個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な循環性腫瘍細胞またはその細胞内断片の存在を同定する工程と、
を含み、
循環性腫瘍細胞またはその細胞内断片の存在に基づいて前記個人における癌細胞の存在
を検出する、方法。
【請求項２７】
前記第二の発現プロファイルと比較して前記第一の発現プロファイルにおけるマーカーの量が増加していることが、循環性腫瘍細胞およびその細胞内断片の一方または両方の存在を示す、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記マーカーが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、炭水化物、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記マーカーが、癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの組み合わせに対応するＤＮＡ、ＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記マーカーが、癌遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはこれらの組み合わせによってコードされるタンパク質またはポリペプチドである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
個人における感染性因子の存在を検出するための方法であって、
個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の感染性因子マーカーの発現差異を同定する工程と、
を含み、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の感染性因子マーカーの発現差異に基づいて前記個人における感染性因子の存在
を検出する、方法。
【請求項３２】
個人における感染性因子の存在を検出するための方法であって、
個人から貪食細胞の集団を単離する工程と、
＞２ｎ貪食細胞から２ｎ貪食細胞を分離する工程と、
前記２ｎ貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記＞２ｎ貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の感染性因子マーカーの発現差異を同定する工程と、
を含み、
前記第一の発現プロファイルに特異的な１つまたは複数の感染性因子マーカーの発現差異に基づいて前記個人における感染性因子の存在を検出する、方法。
【請求項３３】
前記１つまたは複数の感染性因子マーカーが、病原体ＤＮＡ、病原体ＲＮＡ、病原体タンパク質、病原体ポリペプチド、病原体脂質、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記感染性因子が、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、および感染性タンパク質からなる群より選択される、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、およびこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項３１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、全血、尿、便、唾液、リンパ液、または脳脊髄液から単離される、請求項３１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、抗体を用いて単離される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、蛍光活性化細胞選別、ろ過、勾配遠心、溶出、およびマイクロフルイディクスからなる群より選択される１つまたは複数の方法を用いて分離される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記血中貪食細胞又は前記貪食細胞が、ＷＢＣ集団の細胞膜上に発現される分子受容体と結合するリガンドを用いて分離される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
感染した個人において感染性因子特異的シグネチャーを同定するための方法であって、
感染した個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記感染した個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な２つ以上のマーカーの発現差異を同定する工程と、
前記特異的な２つ以上のマーカーの発現差異を前記感染した個人における感染性因子特異的シグネチャーと関連付ける工程と
を含む、方法。
【請求項４１】
前記２つ以上のマーカーが、病原体ＤＮＡ、病原体ＲＮＡ、病原体タンパク質、病原体ポリペプチド、病原体脂質、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記感染性因子が、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、および感染性タンパク質からなる群より選択される、請求項４０または４１に記載の方法。
【請求項４３】
個人における感染性因子の存在を検出するための方法であって、
個人からの血中貪食細胞から第一の発現プロファイルを得る工程と、
前記個人からの血中非貪食細胞から第二の発現プロファイルを得る工程と、
前記第一および第二の発現プロファイルを比較する工程と、
前記第一の発現プロファイルに特異的な循環性腫瘍細胞またはその細胞内断片の存在を同定する工程と、
を含み、
循環性腫瘍細胞またはその細胞内断片の存在に基づいて前記個人における感染性因子の存在
を検出する、方法。
【請求項４４】
生体サンプル中の癌および／または病原性因子と関連する１つまたは複数のマーカーの存在を検出するためのキットであって、
癌および／または病原性因子のマーカーとしてのポリペプチド、タンパク質、脂質、オリゴ糖、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡを検出するための標識された化合物または薬剤、およびサンプル中のマーカーの量を標準と比較するための、非貪食細胞または２ｎ細胞から選択される標準,
を含むキット。
【請求項４５】
共通の供給源からの貪食細胞と非貪食細胞との間で発現差異のある、１つまたは複数の状態マーカー。
【請求項４６】
共通の供給源からのＤＮＡ含有量が２ｎである貪食細胞とＤＮＡ含有量が２ｎを超える貪食細胞との間で発現差異のある、１つまたは複数の状態マーカー。
【請求項４７】
ＤＮＡ、ＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、タンパク質、脂質もしくは炭水化物、またはこれらの組み合わせである、請求項４５または４６に記載の１つまたは複数のマーカー。
【請求項４８】
前記貪食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、若しくは泡沫細胞、又はこれらの任意の組み合わせである、請求項４５〜４７のいずれか一項に記載の１つまたは複数のマーカー。
【請求項４９】
前記非貪食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、若しくは好塩基球、又はこれらの任意の組み合わせである、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の１つまたは複数のマーカー。
【請求項５０】
共通の供給源からの血中非貪食細胞と比較して、血中貪食細胞に特異的な、プロテオミックプロファイル、ＤＮＡプロファイル、ＲＮＡプロファイル、メタボロミックプロファイル、グライコミックプロファイル、グライコプロテオミックプロファイル、炭水化物プロファイル、リポプロテオミックプロファイル、またはリピドミックプロファイル。
【請求項５１】
共通の供給源からのＤＮＡ含有量が２ｎである血中貪食細胞と比較して、ＤＮＡ含有量が２ｎを超える血中貪食細胞に特異的な、プロテオミックプロファイル、ＤＮＡプロファイル、ＲＮＡプロファイル、メタボロミックプロファイル、グライコミックプロファイル、グライコプロテオミックプロファイル、炭水化物プロファイル、リポプロテオミックプロファイル、またはリピドミックプロファイル。