【手続補正書】
【提出日】平成24年3月19日(2012.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素（複数）をコードする外因性核酸（複数）を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、またはホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項２】
アジペートを生産する方法であって、請求項１に記載の天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【請求項３】
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；３−オキソアジピン酸レダクターゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；および２−エノエートレダクターゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項４】
前記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つ、３つ、４つ、または５つの外因性核酸を含む、請求項３に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項５】
アジペートを生産する方法であって、請求項３または４に記載の天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【請求項６】
６−アミノカプロン酸経路およびアジピル−ＣｏＡ経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記６−アミノカプロン酸経路が、６−アミノカプロン酸を生産するために十分な量で発現される６−アミノカプロン酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記６−アミノカプロン酸経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；およびトランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼを含み、前記アジピル−ＣｏＡ経路は、アジピルＣｏＡを生産するために十分な量で発現されるアジピル−ＣｏＡ経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記アジピル−ＣｏＡ経路は、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；３−オキソアジピン酸レダクターゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；２−エノエートレダクターゼおよびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、またはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項７】
前記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼおよび５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、請求項６に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項８】
６−アミノカプロン酸を生産するための方法であって、請求項６または７に記載の天然に存在しない微生物を、６−アミノカプロン酸を生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【請求項９】
カプロラクタムを生産するために十分な量で発現されるカプロラクタム経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むカプロラクタム経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記カプロラクタム経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；トランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼ；およびアミドヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項１０】
さらにアジピル−ＣｏＡ経路を含む請求項９に記載の天然に存在しない微生物であって、前記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼおよび５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項１１】
さらにアジピル−ＣｏＡ経路を含む請求項９に記載の天然に存在しない微生物であって、前記アジピル−ＣｏＡ経路が、アジペート経路と、アジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼおよびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼから選択される酵素とを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項１２】
前記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼを含む、請求項１１に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項１３】
カプロラクタムを生産する方法であって、請求項９〜１２のいずれか１項に記載の天然に存在しない微生物を、カプロラクタムを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【請求項１４】
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記アジペート経路が、  アルファ−ケトアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスケトアジピラーゼ／アルファ−ケトアジピン酸キナーゼまたはアルファ−ケトアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含むか、または、
２−ヒドロキシアジピン酸デヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスヒドロキシアジピラーゼ／２−ヒドロキシアジピン酸キナーゼまたは２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項１５】
前記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つ、３つ、４つ、または５つの外因性核酸を含む、請求項１４に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項１６】
アジペートを生産する方法であって、請求項１４または１５に記載の天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【請求項１７】
６−アミノカプロン酸経路およびアジピル−ＣｏＡ経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、前記６−アミノカプロン酸経路が、６−アミノカプロン酸を生産するために十分な量で発現される６−アミノカプロン酸経路酵素をコードする外因性核酸（複数）を含み、前記６−アミノカプロン酸経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；およびトランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼを含み、前記アジピル−ＣｏＡ経路は、アジピルＣｏＡを生産するために十分な量で発現されるアジピル−ＣｏＡ経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記アジピル−ＣｏＡ経路は、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼまたはホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼを含む、天然に存在しない微生物。
【請求項１８】
前記アジピル−ＣｏＡ経路は、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；３−オキソアジピン酸レダクターゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；および２−エノエートレダクターゼを含む、請求項１７に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項１９】
６−アミノカプロン酸を生産する方法であって、請求項１７または１８に記載の天然に存在しない微生物を、６−アミノカプロン酸を生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
本発明は、アジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタム経路を有する天然に存在しない微生物（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｏｒｇａｎｉｓｍ）を提供する。この微生物は、そのそれぞれのアジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタム経路に酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含有する。加えて、本発明は、アジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタムを生産するための方法を提供する。この方法は、アジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタム生産性微生物であって、アジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタム経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸をそのそれぞれの産物の生産に十分な量で発現するものである当該微生物を、アジペート、６−アミノカプロン酸またはカプロラクタムを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み得る。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目２）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目３）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目５）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼをコードする、項目５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目７）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼをコードする、項目５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼをコードする、項目５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目９）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１１）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１２）
アジペートを生産するための方法であって、アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、方法。
（項目１３）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１６）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１７）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１８）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼをコードする、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼをコードする、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼをコードする、項目１７に記載の方法。
（項目２１）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ、およびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目１７に記載の方法。
（項目２２）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目１２に記載の方法。
（項目２３）
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；３−オキソアジピン酸レダクターゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；および２−エノエートレダクターゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目２４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２５）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２６）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２７）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２８）
上記５つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼをコードする、項目２７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２９）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目３０）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目３１）
アジペートを生産するための方法であって、アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；３−オキソアジピン酸レダクターゼ；３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ；および２−エノエートレダクターゼを含むものである方法。
（項目３２）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３５）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３７）
上記４つの外因性核酸が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼをコードする、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目３１に記載の方法。
（項目３９）
６−アミノカプロン酸を生産するために十分な量で発現される６−アミノカプロン酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む６−アミノカプロン酸経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記６−アミノカプロン酸経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；およびトランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目４０）
アジピル−ＣｏＡ経路をさらに含む、項目３９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４１）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼおよび５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、項目４０に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４２）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、アジペート経路と、アジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼおよびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼから選択される酵素とを含む、項目４０に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４３）
上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼを含む、項目４２に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４４）
上記微生物が、６−アミノカプロン酸経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目３９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４５）
上記２つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼおよびトランスアミナーゼをコードする、項目４４に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４６）
上記２つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼおよび６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼをコードする、項目４４に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４７）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目３９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４８）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目３９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４９）
６−アミノカプロン酸を生産するための方法であって、６−アミノカプロン酸を生産するために十分な量で発現される６−アミノカプロン酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む６−アミノカプロン酸経路を有する天然に存在しない微生物を、６−アミノカプロン酸を生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記６−アミノカプロン酸経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；およびト
ランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼを含む、方法。
（項目５０）
アジピル−ＣｏＡ経路をさらに含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、アジペート経路と、アジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼおよびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼから選択される酵素とを含む、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼを含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目４９に記載の方法。
（項目５５）
上記微生物が、６−アミノカプロン酸経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５６）
上記２つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼおよびトランスアミナーゼをコードする、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
上記２つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼおよび６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼをコードする、項目５５に記載の方法。
（項目５８）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目４９に記載の方法。
（項目５９）
カプロラクタムを生産するために十分な量で発現されるカプロラクタム経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むカプロラクタム経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記カプロラクタム経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；トランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼ；およびアミドヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目６０）
アジピル−ＣｏＡ経路をさらに含む、項目５９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６１）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼおよび５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、項目６０に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６２）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、アジペート経路と、アジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼおよびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼから選択される酵素とを含む、項目６０に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６３）
上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼを含む、項目６２に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６４）
上記微生物が、カプロラクタム経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目５９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６５）
上記微生物が、カプロラクタム経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目５９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６６）
上記３つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ、トランスアミナーゼおよびアミドヒドロラーゼをコードする、項目６５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６７）
上記３つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ、６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼおよびアミドヒドロラーゼをコードする、項目６５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６８）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目５９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６９）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目５９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目７０）
カプロラクタムを生産するための方法であって、カプロラクタムを生産するために十分な量で発現されるカプロラクタム経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むカプロラクタム経路を有する天然に存在しない微生物を、カプロラクタムを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記カプロラクタム経路が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ；トランスアミナーゼまたは６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼ；およびアミドヒドロラーゼを含む、方法。
（項目７１）
アジピル−ＣｏＡ経路をさらに含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼおよび５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼを含む、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
上記アジピル−ＣｏＡ経路が、アジペート経路と、アジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼおよびアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼから選択される酵素とを含む、項目７１に記載の方法。
（項目７４）
上記アジペート経路が、スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピン酸レダクターゼ、３−ヒドロキシアジピン酸デヒドラターゼ、および２−エノエートレダクターゼを含む、項目７３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目７５）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目７０に記載の方法。
（項目７６）
上記微生物が、カプロラクタム経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目７０に記載の方法。
（項目７７）
上記微生物が、カプロラクタム経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目７０に記載の方法。
（項目７８）
上記３つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ、トランスアミナーゼおよびアミドヒドロラーゼをコードする、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
上記３つの外因性核酸が、ＣｏＡ依存性アルデヒドデヒドロゲナーゼ、６−アミノカプロン酸デヒドロゲナーゼおよびアミドヒドロラーゼをコードする、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目７０に記載の方法。
（項目８１）
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記アジペート経路が、アルファ−ケトアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスケトアジピラーゼ／アルファ−ケトアジピン酸キナーゼまたはアルファ−ケトアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目８２）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８３）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８５）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８６）
上記５つの外因性核酸が、アルファ−ケトアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスケトアジピラーゼ／アルファ−ケトアジピン酸キナーゼまたはアルファ−ケトアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目８５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８７）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８８）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目８１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８９）
アジペートを生産するための方法であって、アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記アジペート経路が、アルファ−ケトアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスケトアジピラーゼ／アルファ−ケトアジピン酸キナーゼまたはアルファ−ケトアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、方法。
（項目９０）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９２）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９３）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９４）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９５）
上記５つの外因性核酸が、アルファ−ケトアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスケトアジピラーゼ／アルファ−ケトアジピン酸キナーゼまたはアルファ−ケトアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目８９に記載の方法。
（項目９７）
アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する微生物を含む、天然に存在しない微生物であって、上記アジペート経路が、２−ヒドロキシアジピン酸デヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスヒドロキシアジピラーゼ／２−ヒドロキシアジピン酸キナーゼまたは２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、天然に存在しない微生物。
（項目９８）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目９９）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１００）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０１）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０２）
上記５つの外因性核酸が、２−ヒドロキシアジピン酸デヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスヒドロキシアジピラーゼ／２−ヒドロキシアジピン酸キナーゼまたは２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目１０１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０３）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０４）
実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目９７に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０５）
アジペートを生産するための方法であって、アジペートを生産するために十分な量で発現されるアジペート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアジペート経路を有する天然に存在しない微生物を、アジペートを生産する条件下でおよび十分な期間にわたって培養することを含み、上記アジペート経路が、２−ヒドロキシアジピン酸デヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスヒドロキシアジピラーゼ／２−ヒドロキシアジピン酸キナーゼまたは２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼを含む、方法。
（項目１０６）
上記天然に存在しない微生物が、実質的に嫌気性の培養基中に存在する、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする２つの外因性核酸を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１０８）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする３つの外因性核酸を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１０９）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする４つの外因性核酸を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１０）
上記微生物が、アジペート経路酵素をそれぞれがコードする５つの外因性核酸を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１１）
上記５つの外因性核酸が、２−ヒドロキシアジピン酸デヒドロゲナーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスヒドロキシアジピラーゼ／２−ヒドロキシアジピン酸キナーゼまたは２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼ；２−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡデヒドラターゼ；５−カルボキシ−２−ペンテノイル−ＣｏＡレダクターゼ；およびアジピル−ＣｏＡシンセターゼ、ホスホトランスアジピラーゼ／アジピン酸キナーゼ、アジピル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡトランスフェラーゼまたはアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼをコードする、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
上記少なくとも１つの外因性核酸が、異種核酸である、項目１０５に記載の方法。