【手続補正書】
【提出日】平成22年10月20日(2010.10.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
本発明の他の特徴および利点は、以下に詳細に記載される説明および特許請求の範囲から明らかであろう。
したがって、本発明は以下の項目を提供する：
（項目１）
以下の工程を含む、被験体のガンを処置する方法：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを決定する工程；および
ｂ）ＤＮＡ損傷剤、または工程（ａ）において同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤を、該被験体に投与する工程。
（項目２）
以下の工程を含む、被験体のガンを処置する方法：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを決定する工程、
ｂ）該ガン細胞においてアップレギュレートされているＤＮＡ修復経路のタンパク質または遺伝子を同定する工程；および
ｃ）ＤＮＡ損傷剤、または工程（ｂ）において同定された該ＤＮＡ修復経路のタンパク質もしくは遺伝子に特異的な阻害剤を、該被験体に投与する工程。
（項目３）
ＤＮＡ損傷剤、または工程（ａ）において同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤を、上記被験体に投与する工程をさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
上記ガン細胞が、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路を欠損しており、上記薬剤がミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路に特異的である、項目１に記載の方法。
（項目５）
ＮＨＥＪに特異的な上記薬剤がＡＴＭ阻害剤またはＤＮＡＰＫｃｓ阻害剤である、項目４に記載の方法。
（項目６）
上記ガン細胞が、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路を欠損しており、上記薬剤が相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路に特異的である、項目１に記載の方法。
（項目７）
上記ＤＮＡ損傷剤が、架橋剤、鎖を断裂させる薬剤（ｓｔｒａｎｄ  ｂｒｅａｋ  ａｇｅｎｔ）、アルキル化剤、代謝拮抗剤、微小管破壊剤、放射線様作用薬剤、放射線増感剤、挿入剤、ＤＮＡ複製阻害剤、アントラサイクリン、エトポシド、およびトポイソメラーゼＩＩ阻害剤からなる群より選択される、項目１または２に記載の方法。
（項目８）
以下の工程を含む、特定のガン細胞について治療薬を選択するための方法：
ａ）正常な細胞と比較して、該ガン細胞における１つ以上のＤＮＡ修復経路の欠損を決定する工程；および
ｂ）ＤＮＡ損傷剤または工程（ａ）において同定されたＤＮＡ経路以外の少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤を選択する工程。
（項目９）
ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、化学療法薬に対するガン細胞の耐性を決定する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞が該ＤＮＡ修復経路に特異的な化学療法薬に耐性であることを示す、方法。
（項目１０）
ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、化学療法薬に対するガン細胞の感受性を決定する方法であって、ここでは、上記欠損が存在しないことは、上記細胞が上記ＤＮＡ修復経路に特異的な化学療法薬に対して感受性であることを示す、方法。
（項目１１）
上記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの発現を測定することによって決定される、項目１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２）
上記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの中の変異を検出することによって決定される、項目１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
上記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの翻訳後修飾を検出することによって決定される、項目１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
上記翻訳後修飾が、リン酸化、ユビキチン化、ｓｕｍｏ化、アセチル化、アルキル化、メチル化、グリシル化、グリコシル化、イソプレニル化、リポイル化、ホスホパンテテイニル化、硫酸化、セレン化、およびＣ末端アミド生成からなる群より選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
上記ＤＮＡ修復経路が以下からなる群より選択される、項目１〜１４のいずれか１項に記載の方法：塩基除去修復（ＢＥＲ）、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、損傷乗り越えＤＮＡ合成（ＴＬＳ）、およびＤＮＡ損傷応答の制御（ＤＤＲ）。
（項目１６）
相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）のＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、ＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対するガン細胞の反応性を同定する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞がＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対して感受性であることを示すが、存在しない場合には、効力は、該細胞がＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対して耐性であることを示す、方法。
（項目１７）
上記架橋剤が、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、マイトマイシンＣ、またはメルファランである、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
上記ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の欠損が、ＦＡＮＣＤ２のモノユビキチン化を検出することによって決定される、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
ガン細胞を相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）のＤＮＡ修復経路の阻害剤と接触させる工程を含む、ＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対するガン細胞の反応性を増大させる方法。
（項目２０）
上記架橋剤が、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、マイトマイシンＣ、またはメルファランである、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
上記阻害剤が、ＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤またはＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤である、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
ＭＡＰ２ＫＡＰ２のリン酸化を検出する工程を含む、ＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対するガン細胞の反応性を同定する方法であって、ここでは、該リン酸化の存在は、該細胞がＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対して感受性であることを示し、一方、該リン酸化が存在しないことは、該細胞がＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対して耐性であることを示す、方法。
（項目２３）
ミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対するガン細胞の反応性を同定する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞がＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対して感受性であることを示し、一方、欠損が存在しない場合には、効力は、該細胞がＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対して耐性であることを示す、方法。
（項目２４）
上記ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤が、クルクミン、ベルケイド、またはアルステルパウロンである、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置をモニターする方法：
（ａ）第１の時点での該被験体由来の第１の試料中のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳ  １〜２５９からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを検出する工程；
（ｂ）第２の時点での該被験体由来の第２の試料中の２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを検出する工程；および
（ｃ）工程（ａ）で検出された２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを工程（ｂ）で検出された量に対して、または参照値に対して比較する工程。
（項目２６）
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置の有効性を評価する方法：
（ａ）該被験体由来の試料中のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳ１〜２５９からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを測定する工程、および
（ｂ）該２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを参照値に対して比較する工程。
（項目２７）
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置をモニターする方法：
（ａ）該ガン細胞が第１の時点でＤＮＡ修復経路において欠損しているか否かを決定する工程；
（ｂ）該ガン細胞が、第２の時点で、工程（ａ）において同定された該ＤＮＡ修復経路において欠損しているか否かを決定する工程、
を含む方法であって、ここでは、該ＤＮＡ修復経路の該欠損の減少は、該処置が有効ではないことを示し、一方、該ＤＮＡ修復経路の増大またはそれに変化がないことは、該処置が有効であることを示す、方法。
（項目２８）
以下からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡ修復経路から選択される少なくとも２つのタンパク質を含むパネル：塩基除去修復（ＢＥＲ）、相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、損傷乗り越えＤＮＡ合成（ＴＬＳ）、およびＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）。
（項目２９）
上記ＢＥＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化１】
2010506939.tif 000001
、およびアプラタキシン（Ａｐｔｘ）。
（項目３０）
上記ＨＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化２】
2010506939.tif 000002
（項目３１）
上記ＨＲ／ＦＡ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化３】
2010506939.tif 000003
（項目３２）
上記ＭＭＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化４】
2010506939.tif 000004
（項目３３）
上記ＤＤＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化５】
2010506939.tif 000005
（項目３４）
上記ＮＥＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：
【化６】
2010506939.tif 000006
（項目３５）
上記ＴＬＳ経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：ＤＮＡＰＯＬη、ＤＮＡＰＯＬι、ＤＮＡＰＯＬκ、ＲＥＶ１、ＤＮＡＰＯＬζ、ＤＮＡＰＯＬθ、ＰＣＮＡ、ＵＢＣ１３、ＭＭＳ２、ＲＡＤ５、ｈＲＡＤ６Ａ、ｈＲＡＤ６Ｂ、ＲＡＤ１８、ＷＲＮ、およびＵＳＰ１。
（項目３６）
上記ＮＨＥＪ経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、項目２８に記載のパネル：ＳＩＲＴ６、Ｈ２Ａ、ＡＲＰ４、ＡＲＰ８、Ｉｎｏ８０、ＳＷＲ１、ＫＵ７０、ＫＵ８０、ＤＮＡＰＫｃｓ、Ａｒｔｅｍｉｓ、ＰＳＯ２、ＸＲＣＣ４、ＤＮＡリガーゼ４、ＸＬＦ、ＤＮＡＰＯＬλ、ＰＮＫ、ＭＥＴＮＡＳＥ、およびＴＲＦ２。
（項目３７）
以下からなる群より選択される少なくとも１つのタンパク質がさらに含まれている、項目２８に記載のパネル：ＭＧＭＴ、ＴＤＰ１、ＤＮＡＰＯＬμ、ｈＡＢＨ１、ｈＡＢＨ２、ｈＡＢＨ３、ｈＡＢＨ４、ｈＡＢＨ５、ｈＡＢＨ６、ｈＡＢＨ７、ｈＡＢＨ８、ＴＯＰＯ１、ＴＯＰＯＩＩ、ＵＢＣ９、ＵＢＬ１、およびＭＭＳ２１。
（項目３８）
少なくとも１つのファンコニ貧血タンパク質と少なくとも１つのミスマッチ修復タンパク質を含むパネル。
（項目３９）
ＤＮＡＰＫＰｃｓタンパク質またはＰＡＲＰをさらに含む、項目３８に記載のパネル。
（項目４０）
上記ファンコニ貧血タンパク質が以下からなる群より選択される、項目３８に記載のパネル：ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＪ、ＦＡＮＣＬ、およびＦＡＮＣＭ。
（項目４１）
上記ミスマッチ修復タンパク質が以下からなる群より選択される、項目３８に記載のパネル：ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ４、ＭＳＨ５、およびＭＳＨ６。
（項目４２）
ＤＮＡ修復またはＤＮＡの損傷の認識および調節タンパク質に関係している経路の指標である１つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳを含むパネル。
（項目４３）
項目２８〜４２のいずれか１項に記載のパネルを検出するための複数の検出試薬を含むアレイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、被験体のガンを処置することを補助する方法：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを検出する工程；および
ｂ）ＤＮＡ損傷剤、または工程（ａ）において同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤を、該被験体への投与のために同定する工程。
【請求項２】
以下の工程を含む、被験体のガンを処置することを補助する方法：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを検出する工程、
ｂ）該ガン細胞においてアップレギュレートされているＤＮＡ修復経路のタンパク質または遺伝子を同定する工程；および
ｃ）ＤＮＡ損傷剤、または工程（ｂ）において同定された該ＤＮＡ修復経路のタンパク質もしくは遺伝子に特異的な阻害剤を、該被験体への投与のために同定する工程。
【請求項３】
ＤＮＡ損傷剤、または工程（ａ）において同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤を、前記被験体への投与のために同定する工程をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ガン細胞が、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路を欠損しており、前記薬剤または阻害剤がミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路に特異的である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ＮＨＥＪに特異的な前記薬剤または阻害剤がＡＴＭ阻害剤またはＤＮＡＰＫｃｓ阻害剤である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ガン細胞が、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路を欠損しており、前記薬剤が相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路に特異的である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＤＮＡ損傷剤が、架橋剤、鎖を断裂させる薬剤（ｓｔｒａｎｄ  ｂｒｅａｋ  ａｇｅｎｔ）、アルキル化剤、代謝拮抗剤、微小管破壊剤、放射線様作用薬剤、放射線増感剤、挿入剤、ＤＮＡ複製阻害剤、アントラサイクリン、エトポシド、およびトポイソメラーゼＩＩ阻害剤からなる群より選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項８】
以下の工程を含む、特定のガン細胞について治療薬を選択することを補助する方法：
正常な細胞と比較して、該ガン細胞における１つ以上のＤＮＡ修復経路の欠損を検出する工程であって、ここで、該検出は、ＤＮＡ損傷剤または同定されたＤＮＡ経路以外の少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤が療法に適切であることを示す、工程。
【請求項９】
ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、化学療法薬に対するガン細胞の耐性を決定することを補助する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞が該ＤＮＡ修復経路に特異的な化学療法薬に耐性であることを示す、方法。
【請求項１０】
ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、化学療法薬に対するガン細胞の感受性を決定することを補助する方法であって、ここでは、該欠損が存在しないことは、該細胞が該ＤＮＡ修復経路に特異的な化学療法薬に対して感受性であることを示す、方法。
【請求項１１】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの発現を測定することによって決定される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの中の変異を検出することによって決定される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの翻訳後修飾を検出することによって決定される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記翻訳後修飾が、リン酸化、ユビキチン化、ｓｕｍｏ化、アセチル化、アルキル化、メチル化、グリシル化、グリコシル化、イソプレニル化、リポイル化、ホスホパンテテイニル化、硫酸化、セレン化、およびＣ末端アミド生成からなる群より選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＤＮＡ修復経路が以下からなる群より選択される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法：塩基除去修復（ＢＥＲ）、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、損傷乗り越えＤＮＡ合成（ＴＬＳ）、およびＤＮＡ損傷応答の制御（ＤＤＲ）。
【請求項１６】
相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）のＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、ＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対するガン細胞の反応性を同定することを補助する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞がＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対して感受性であることを示すが、該欠損が存在しないことは、該細胞がＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対して耐性であることを示す、方法。
【請求項１７】
前記架橋剤が、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、マイトマイシンＣ、またはメルファランである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の欠損が、ＦＡＮＣＤ２のモノユビキチン化を検出することによって決定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）のＤＮＡ修復経路の阻害剤を含む、ＤＮＡ架橋剤または電離放射線に対するガン細胞の反応性を増大させるための組成物。
【請求項２０】
前記架橋剤が、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、マイトマイシンＣ、またはメルファランである、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記阻害剤が、ＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤またはＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤である、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２２】
ＭＡＰ２ＫＡＰ２のリン酸化を検出する工程を含む、ＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対するガン細胞の反応性を同定することを補助する方法であって、ここでは、該リン酸化の存在は、該細胞がＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対して感受性であることを示し、一方、該リン酸化が存在しないことは、該細胞がＭＡＰ２ＫＡＰ２阻害剤に対して耐性であることを示す、方法。
【請求項２３】
ミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路の欠損を同定する工程を含む、ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対するガン細胞の反応性を同定することを補助する方法であって、ここでは、該欠損の存在は、該細胞がＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対して感受性であることを示し、一方、該欠損が存在しないことは、該細胞がＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤に対して耐性であることを示す、方法。
【請求項２４】
前記ＦＡ／ＨＲ  ＤＮＡ修復経路の阻害剤が、クルクミン、ベルケイド、またはアルステルパウロンである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置をモニターすることを補助する方法：
（ａ）第１の時点での該被験体由来の第１の試料中のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳ  １〜２５９からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを検出する工程；
（ｂ）第２の時点での該被験体由来の第２の試料中の該２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを検出する工程；および
（ｃ）工程（ａ）で検出されたレベルを工程（ｂ）で検出されたレベルに対して、または参照値に対して比較する工程。
【請求項２６】
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置の有効性を評価することを補助する方法：
（ａ）該被験体由来の試料中のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳ１〜２５９からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを測定する工程；および
（ｂ）該２つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳの有効量のレベルを参照値に対して比較する工程。
【請求項２７】
以下の工程を含む、ガンを有している被験体の処置をモニターすることを補助する方法：
（ａ）該被験体由来のガン細胞が第１の時点でＤＮＡ修復経路において欠損しているか否かを検出する工程；ならびに
（ｂ）該ガン細胞が、第２の時点で、工程（ａ）において同定された該ＤＮＡ修復経路において欠損しているか否かを検出する工程、
を含む方法であって、ここでは、該ＤＮＡ修復経路の該欠損の減少は、該処置が有効ではないことを示し、一方、該ＤＮＡ修復経路の該欠損の増大またはそれに変化がないことは、該処置が有効であることを示す、方法。
【請求項２８】
以下からなる群より選択される２つ以上のＤＮＡ修復経路から選択される少なくとも２つのタンパク質を含むパネル：塩基除去修復（ＢＥＲ）、相同組み換えと架橋による修復（ＦＡ／ＨＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、損傷乗り越えＤＮＡ合成（ＴＬＳ）、およびＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）。
【請求項２９】
前記ＢＥＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化１】
2010506939.tif 000007
、およびアプラタキシン（Ａｐｔｘ）。
【請求項３０】
前記ＨＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化２】
2010506939.tif 000008
【請求項３１】
前記ＨＲ／ＦＡ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化３】
2010506939.tif 000009
【請求項３２】
前記ＭＭＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化４】
2010506939.tif 000010
【請求項３３】
前記ＤＤＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化５】
2010506939.tif 000011
【請求項３４】
前記ＮＥＲ経路のタンパク質が以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：
【化６】
2010506939.tif 000012
【請求項３５】
前記ＴＬＳ経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：ＤＮＡＰＯＬη、ＤＮＡＰＯＬι、ＤＮＡＰＯＬκ、ＲＥＶ１、ＤＮＡＰＯＬζ、ＤＮＡＰＯＬθ、ＰＣＮＡ、ＵＢＣ１３、ＭＭＳ２、ＲＡＤ５、ｈＲＡＤ６Ａ、ｈＲＡＤ６Ｂ、ＲＡＤ１８、ＷＲＮ、およびＵＳＰ１。
【請求項３６】
前記ＮＨＥＪ経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、請求項２８に記載のパネル：ＳＩＲＴ６、Ｈ２Ａ、ＡＲＰ４、ＡＲＰ８、Ｉｎｏ８０、ＳＷＲ１、ＫＵ７０、ＫＵ８０、ＤＮＡＰＫｃｓ、Ａｒｔｅｍｉｓ、ＰＳＯ２、ＸＲＣＣ４、ＤＮＡリガーゼ４、ＸＬＦ、ＤＮＡＰＯＬλ、ＰＮＫ、ＭＥＴＮＡＳＥ、およびＴＲＦ２。
【請求項３７】
以下からなる群より選択される少なくとも１つのタンパク質がさらに含まれている、請求項２８に記載のパネル：ＭＧＭＴ、ＴＤＰ１、ＤＮＡＰＯＬμ、ｈＡＢＨ１、ｈＡＢＨ２、ｈＡＢＨ３、ｈＡＢＨ４、ｈＡＢＨ５、ｈＡＢＨ６、ｈＡＢＨ７、ｈＡＢＨ８、ＴＯＰＯ１、ＴＯＰＯＩＩ、ＵＢＣ９、ＵＢＬ１、およびＭＭＳ２１。
【請求項３８】
少なくとも１つのファンコニ貧血タンパク質と少なくとも１つのミスマッチ修復タンパク質を含むパネル。
【請求項３９】
ＤＮＡＰＫＰｃｓタンパク質またはＰＡＲＰをさらに含む、請求項３８に記載のパネル。
【請求項４０】
前記ファンコニ貧血タンパク質が以下からなる群より選択される、請求項３８に記載のパネル：ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ１、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＪ、ＦＡＮＣＬ、およびＦＡＮＣＭ。
【請求項４１】
前記ミスマッチ修復タンパク質が以下からなる群より選択される、請求項３８に記載のパネル：ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ３、ＭＳＨ４、ＭＳＨ５、およびＭＳＨ６。
【請求項４２】
ＤＮＡ修復またはＤＮＡの損傷の認識および調節タンパク質に関係している経路の指標である１つ以上のＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲＳを含むパネル。
【請求項４３】
請求項２８〜４２のいずれか１項に記載のパネルを検出するための複数の検出試薬を含むアレイ。
【請求項４４】
以下を含む、被験体のガンを処置するためのキット：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを決定するための手段；および
ｂ）ＤＮＡ損傷剤、または（ａ）によって同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤。
【請求項４５】
以下を含む、被験体のガンを処置するためのキット：
ａ）該ガン細胞がＤＮＡ修復経路を欠損しているか否かを決定するための手段、
ｂ）該ガン細胞においてアップレギュレートされているＤＮＡ修復経路のタンパク質または遺伝子を同定するための手段；および
ｃ）ＤＮＡ損傷剤、または（ｂ）によって同定された該ＤＮＡ修復経路のタンパク質もしくは遺伝子に特異的な阻害剤。
【請求項４６】
ＤＮＡ損傷剤、または（ａ）によって同定された経路とは異なる少なくとも１つのＤＮＡ修復経路に特異的な阻害剤をさらに含む、請求項４５に記載のキット。
【請求項４７】
前記ガン細胞が、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路を欠損しており、前記薬剤または阻害剤がミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路に特異的である、請求項４４に記載のキット。
【請求項４８】
ＮＨＥＪに特異的な前記薬剤または阻害剤がＡＴＭ阻害剤またはＤＮＡＰＫｃｓ阻害剤である、請求項４７に記載のキット。
【請求項４９】
前記ガン細胞が、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）ＤＮＡ修復経路または非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）ＤＮＡ修復経路を欠損しており、前記薬剤が相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）によるＤＮＡ修復経路に特異的である、請求項４４に記載のキット。
【請求項５０】
前記ＤＮＡ損傷剤が、架橋剤、鎖を断裂させる薬剤（ｓｔｒａｎｄ  ｂｒｅａｋ  ａｇｅｎｔ）、アルキル化剤、代謝拮抗剤、微小管破壊剤、放射線様作用薬剤、放射線増感剤、挿入剤、ＤＮＡ複製阻害剤、アントラサイクリン、エトポシド、およびトポイソメラーゼＩＩ阻害剤からなる群より選択される、請求項４４または４５に記載のキット。
【請求項５１】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの発現を測定することによって決定される、請求項４４〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５２】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの中の変異を検出することによって決定される、請求項４４〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５３】
前記欠損が、ＤＮＡＲＭＡＲＫＥＲの翻訳後修飾を検出することによって決定される、請求項４４〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５４】
前記翻訳後修飾が、リン酸化、ユビキチン化、ｓｕｍｏ化、アセチル化、アルキル化、メチル化、グリシル化、グリコシル化、イソプレニル化、リポイル化、ホスホパンテテイニル化、硫酸化、セレン化、およびＣ末端アミド生成からなる群より選択される、請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】
前記ＤＮＡ修復経路が以下からなる群より選択される、請求項４４〜５４のいずれか１項に記載のキット：塩基除去修復（ＢＥＲ）、相同組み換えと架橋修復（ＦＡ／ＨＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、非相同末端結合修復（ＮＨＥＪ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、損傷乗り越えＤＮＡ合成（ＴＬＳ）、およびＤＮＡ損傷応答の制御（ＤＤＲ）。