【手続補正書】
【提出日】平成26年8月1日(2014.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組換えアデノウイルスを作製する方法であって、Ｅ１モジュール、Ｅ２−Ｌ２モジュール、Ｌ３−Ｌ４モジュール、Ｅ３モジュール、およびＥ４モジュールからなる群から選択される３種以上のアデノウイルス遺伝子モジュールから核酸を構築するステップを含む方法。
【請求項２】
前記核酸が前記Ｅ１モジュールを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸が前記Ｅ４モジュールをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸が、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、または該Ｅ２−Ｌ２モジュールと該Ｌ３−Ｌ４モジュールの両方をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸を構築する前に、前記３種以上のアデノウイルス遺伝子モジュールのうちの２種を組み合わせることによってマクロモジュールを形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記マクロモジュールがＥ２−Ｌ４マクロモジュールである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記Ｅ２−Ｌ４マクロモジュール、および前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ３モジュール、または前記Ｅ４モジュールから選択される１種または複数種のアデノウイルス遺伝子モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、前記Ｅ３モジュール、および前記Ｅ４モジュールから選択される少なくとも４種のアデノウイルス遺伝子モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、前記Ｅ３モジュール、および前記Ｅ４モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記核酸が少なくとも１２ｋｂである、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記核酸が、欠失しているアデノウイルス核酸配列、変異したアデノウイルス核酸配列、異所性のアデノウイルス核酸配列、または非アデノウイルス遺伝子産物をコードする核酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記構築するステップが、ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターと、１種または複数種のハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールとをハイブリダイズさせ、それにより、アデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターが、
（ｉ）デスティネーションベクターを切断し、それにより線状デスティネーションベクターを形成するステップ、および
（ｉｉ）該線状デスティネーションベクターをエキソヌクレアーゼと接触させ、それにより、該ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターを形成するステップ、
により形成される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
１種または複数種の前記ハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールが、
（ｉ）１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールを含むエントリーベクターをエンドヌクレアーゼと接触させ、それにより、放出された１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールを形成するステップ、および
（ｉｉ）該放出された１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールをエキソヌクレアーゼと接触させ、それにより、前記１種または複数種の該ハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールを形成するステップ、
により形成される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
構築するステップが、組換えコンピテントなデスティネーションベクターおよび前記アデノウイルス遺伝子モジュールのうちの１種または複数種を含有する１種または複数種の組換えコンピテントなエントリーベクターを、インテグラーゼと接触させ、それにより、アデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
構築するステップが、
（ｉ）ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターとハイブリダイゼーションコンピテントな第１のアデノウイルス遺伝子モジュールとをハイブリダイズさせ、それにより、第１のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップ；および
（ｉｉ）該第１のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターおよび組換えコンピテントな第２のアデノウイルス遺伝子モジュールエントリーベクターをインテグラーゼと接触させ、それにより、第２のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップ
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
複数の異なるＥ１モジュール、複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、複数の異なるＥ３モジュール、複数の異なるＥ４モジュール、または複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールを含むライブラリー。
【請求項１８】
請求項１から１１までのいずれか一項に記載の方法に従って調製したアデノウイルスゲノムライブラリー。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
別の態様では、本明細書において提供される方法を実施するためのキットが提供される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
組換えアデノウイルスを作製する方法であって、Ｅ１モジュール、Ｅ２−Ｌ２モジュール、Ｌ３−Ｌ４モジュール、Ｅ３モジュール、およびＥ４モジュールからなる群から選択される３種以上のアデノウイルス遺伝子モジュールから核酸を構築するステップを含む方法。
（項目２）
前記核酸が前記Ｅ１モジュールを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記核酸が前記Ｅ４モジュールをさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記核酸が、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、または該Ｅ２−Ｌ２モジュールと該Ｌ３−Ｌ４モジュールの両方をさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記核酸を構築する前に、前記３種以上のアデノウイルス遺伝子モジュールのうちの２種を組み合わせることによってマクロモジュールを形成する、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記マクロモジュールがＥ２−Ｌ４マクロモジュールである、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記Ｅ２−Ｌ４マクロモジュール、および前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ３モジュール、または前記Ｅ４モジュールから選択される１種または複数種のアデノウイルス遺伝子モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、前記Ｅ３モジュール、および前記Ｅ４モジュールから選択される少なくとも４種のアデノウイルス遺伝子モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、前記Ｅ３モジュール、および前記Ｅ４モジュールから前記核酸を構築するステップを含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記核酸が少なくとも１２ｋｂである、項目８に記載の方法。
（項目１１）
前記核酸が、欠失しているアデノウイルス核酸配列、変異したアデノウイルス核酸配列、異所性のアデノウイルス核酸配列、または非アデノウイルス遺伝子産物をコードする核酸配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記変異したアデノウイルス核酸配列が、変異したＥ４−ＯＲＦ３遺伝子産物をコードする、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記変異したアデノウイルス核酸配列が、変異したＥ１Ｂ−５５ｋ遺伝子産物をコードする、項目１１に記載の方法。
（項目１４）
前記変異したアデノウイルス核酸配列が、変異したアデノウイルスの線維遺伝子産物をコードする、項目１１に記載の方法。
（項目１５）
前記変異したアデノウイルス核酸配列が、変異したウイルスコートタンパク質をコードする、項目１１に記載の方法。
（項目１６）
前記異所性のアデノウイルス核酸配列が、プロドラッグ変換酵素をコードする、項目１１に記載の方法。
（項目１７）
前記非アデノウイルス遺伝子産物がレポータータンパク質である、項目１１に記載の方法。
（項目１８）
前記非アデノウイルス遺伝子産物が標的化タンパク質である、項目１１に記載の方法。
（項目１９）
前記標的化タンパク質が腫瘍標的化タンパク質または脈管構造標的化タンパク質である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記核酸を転写させ、それにより組換えアデノウイルスを形成するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記組換えアデノウイルスが複製コンピテントである、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記組換えアデノウイルスが複製インコンピテントである、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
ｉｎ  ｖｉｔｒｏで実施する、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記構築するステップが、ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターと、１種または複数種のハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールとをハイブリダイズさせ、それにより、アデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターが、
（ｉ）デスティネーションベクターを切断し、それにより線状デスティネーションベクターを形成するステップ、および
（ｉｉ）該線状デスティネーションベクターをエキソヌクレアーゼと接触させ、それにより、該ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターを形成するステップ、
により形成される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
１種または複数種の前記ハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールが、
（ｉ）１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールを含むエントリーベクターをエンドヌクレアーゼと接触させ、それにより、放出された１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールを形成するステップ、および
（ｉｉ）該放出された１種または複数種のエントリーベクターアデノウイルス遺伝子モジュールをエキソヌクレアーゼと接触させ、それにより、前記１種または複数種の該ハイブリダイゼーションコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールを形成するステップ、
により形成される、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
構築するステップが、組換えコンピテントなデスティネーションベクターおよび前記アデノウイルス遺伝子モジュールのうちの１種または複数種を含有する１種または複数種の組換えコンピテントなエントリーベクターを、インテグラーゼと接触させ、それにより、アデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記アデノウイルス遺伝子モジュールのうちの１種または複数種を含有する前記組換えコンピテントなエントリーベクターが、１種または複数種の組換えコンピテントなアデノウイルス遺伝子モジュールおよび組換えコンピテントなドナーベクターをインテグラーゼと接触させ、それにより、該アデノウイルス遺伝子モジュールのうちの１種または複数種を含有する該組換えコンピテントなエントリーベクターを形成するステップにより形成される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
構築するステップが、
（ｉ）ハイブリダイゼーションコンピテントなデスティネーションベクターとハイブリダイゼーションコンピテントな第１のアデノウイルス遺伝子モジュールとをハイブリダイズさせ、それにより、第１のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップ；および
（ｉｉ）該第１のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターおよび組換えコンピテントな第２のアデノウイルス遺伝子モジュールエントリーベクターをインテグラーゼと接触させ、それにより、第２のアデノウイルス遺伝子モジュールベクターを形成するステップ
を含む、項目１に記載の方法。
（項目３０）
前記第１のアデノウイルス遺伝子モジュールが前記Ｅ２−Ｌ２モジュール、前記Ｌ３−Ｌ４モジュール、またはＥ２−Ｌ４マクロモジュールであり、第２のアデノウイルス遺伝子モジュールが前記Ｅ１モジュール、前記Ｅ３モジュール、または前記Ｅ４モジュールである、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
複数の異なるＥ１モジュール、複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、複数の異なるＥ３モジュール、複数の異なるＥ４モジュール、または複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールを含むライブラリー。
（項目３２）
前記複数の異なるＥ１モジュール、前記複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、前記複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、前記複数の異なるＥ３モジュール、前記複数の異なるＥ４モジュール、または前記複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールが、複数のアデノウイルスの種由来のアデノウイルス遺伝子モジュールを含む、項目３１に記載のライブラリー。
（項目３３）
前記複数の異なるＥ１モジュール、前記複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、前記複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、前記複数の異なるＥ３モジュール、前記複数の異なるＥ４モジュール、または前記複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールが、２種以上のヒトアデノウイルス血清型由来のアデノウイルス遺伝子モジュールを含む、項目３２に記載のライブラリー。
（項目３４）
前記複数の異なるＥ１モジュール、前記複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、前記複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、前記複数の異なるＥ３モジュール、前記複数の異なるＥ４モジュール、または前記複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールが、欠失しているアデノウイルス核酸配列、置換されたアデノウイルス核酸配列、異所性のアデノウイルス核酸配列、または非アデノウイルス遺伝子産物をコードする核酸配列を含む、項目３１に記載のライブラリー。
（項目３５）
前記複数の異なるＥ１モジュール、前記複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、前記複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、前記複数の異なるＥ３モジュール、前記複数の異なるＥ４モジュール、または前記複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールが組換えコンピテントである、項目３１に記載のライブラリー。
（項目３６）
前記複数の異なるＥ１モジュール、前記複数の異なるＥ２−Ｌ２モジュール、前記複数の異なるＬ３−Ｌ４モジュール、前記複数の異なるＥ３モジュール、前記複数の異なるＥ４モジュール、または前記複数の異なるＥ２−Ｌ４マクロモジュールがハイブリダイゼーションコンピテントである、項目３１に記載のライブラリー。
（項目３７）
項目１から２０までのいずれか一項に記載の方法に従って調製したアデノウイルスゲノムライブラリー。