【手続補正書】
【提出日】平成26年3月17日(2014.3.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における急性脳損傷の診断を補助するための方法であって、
（ｉ）前記対象由来の試料における、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ６、及びＧＳＴＰ１からなる群から選択される少なくとも１つの酸化ストレスポリペプチドの濃度をアッセイするステップと、
（ii）以下のパネルＡから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイするステップと、
（iii）（ｉ）及び（ii）の濃度を標準試料におけるポリペプチドの濃度と比較し、前記ポリペプチドについての量比を決定するステップとを含み、
（iv）前記試料においてアッセイしたそれぞれのポリペプチドの前記標準試料中のポリペプチドに対する量比の結果が１．３を超えると、急性脳損傷が前記対象において生じている可能性の増加を示す、方法。
［パネルＡ］
アシルＣｏＡ結合タンパク質
システイングリシンリッチタンパク質１
ホスファチジルエタノールアミン結合タンパク質１
Ｎ（Ｇ），Ｎ（Ｇ）−ジメチルアルギニンジメチルアミノヒドロラーゼ１
メタロチオネイン−３（ＭＴ−３）
シスタチン−Ｂ
【請求項２】
ステップ（ii）が、以下のパネルＢから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１に記載の方法。
［パネルＢ］
ペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼＡ
ニューロフィラメントミディアムポリペプチド（neurofilament medium polypeptide）
ユビキチン
ベータ−２−ミクログロブリン前駆物質
シスタチンＣ前駆物質（シスタチン−３）
ＳＨ３ドメイン結合グルタミン酸リッチ様タンパク質
トリオースリン酸イソメラーゼ
ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ，Myelin basic protein)
メタロチオネイン−２（ＭＴ−２，Metallothionein-2）
【請求項３】
ステップ（ii）が、以下のパネルＣから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１又は２に記載の方法。
［パネルＣ］
ニューロフィラメントミディアムポリペプチド
コアクトシン（Coactosin）様タンパク質
Ｔｈｙ−１膜糖タンパク質前駆物質
プロフィリン−１
チモシンベータ−４
メタロチオネイン−１Ｅ
脂肪酸結合タンパク質、脳（Ｂ−ＦＡＢＰ，Fatty acid-binding protein, brain）
グリア線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ，Glial fibrillary acidic protein）
カルボニックアンヒドラーゼ２
セルロプラスミン前駆物質
ダームシジン前駆物質
好中球デフェンシン１前駆物質（ＨＮＰ−１）
【請求項４】
ステップ（ii）が、以下のパネル１から選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【表１】
2013531784.tif 000001
2013531784.tif 000002
【請求項５】
ステップ（ii）が、以下のパネル１Ｈから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【表２】
2013531784.tif 000003
2013531784.tif 000004
【請求項６】
ステップ（ii）が、以下のパネル１Ｃから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【表３】
2013531784.tif 000005
【請求項７】
ステップ（ii）が、以下のパネル１Ａから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【表４】
2013531784.tif 000006
【請求項８】
ステップ（ii）が、以下のパネル１Ｂから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【表５】
2013531784.tif 000007
【請求項９】
ステップ（ii）が、以下のパネル２から選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【表６】
2013531784.tif 000008
【請求項１０】
ステップ（ii）が、以下のパネル２Ａから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【表７】
2013531784.tif 000009
【請求項１１】
ステップ（ii）が、以下のパネル２Ｂから選択される少なくとも１つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【表８】
2013531784.tif 000010
【請求項１２】
ステップ（ｉ）が、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ６、及びＧＳＴＰ１からなる群から選択される少なくとも２つの酸化ストレスポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
ステップ（ｉ）が、酸化ストレスポリペプチドＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ６、及びＧＳＴＰ１のそれぞれの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
ステップ（ii）が、前記パネルから選択される少なくとも２つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
ステップ（ii）が、前記パネルから選択される少なくとも４つのさらなるポリペプチドの濃度をアッセイすることを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
急性脳損傷が、脳卒中である、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
試料が、脳微小透析液、脳脊髄液、又は血液である、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
試料が、血液である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ステップ（ｉ）が、対象由来の試料におけるＰＲＤＸ１の濃度をアッセイすることを含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
ポリペプチドが、ウエスタンブロッティングによって検出される、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
ポリペプチドが、ビーズサスペンションアレイ又は平面アレイによって検出される、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
ポリペプチドが、アイソバリックタンパク質タギング又は同位体タンパク質タギングによって検出される、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
ポリペプチドが、質量分析計ベースのアッセイによって検出される、請求項１〜１９又は請求項２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
第１及び第２のポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントを認識する、それに結合する、又はそれに対する親和性を有する物質の、急性脳損傷に関連する診断補助又は予後判断補助のための使用であって、前記第１のポリペプチドが、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ６、及びＧＳＴＰ１から選択され、前記第２のポリペプチドが、以下のパネルＡから選択される、使用。
［パネルＡ］
アシルＣｏＡ結合タンパク質
システイングリシンリッチタンパク質１
ホスファチジルエタノールアミン結合タンパク質１
Ｎ（Ｇ），Ｎ（Ｇ）−ジメチルアルギニンジメチルアミノヒドロラーゼ１
メタロチオネイン−３（ＭＴ−３）
シスタチン−Ｂ
【請求項２５】
ポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントを認識する、それに結合する、又はそれに対する親和性を有する物質の、脳卒中に関連する診断補助又は予後判断補助のための使用であって、前記ポリペプチドが、以下のパネル２から選択される、使用。
【表９】
2013531784.tif 000011
【請求項２６】
各々１つ又は２つ以上のポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントを認識する、それに結合する、又はそれに対する親和性を有するそれぞれの物質の組み合わせの、請求項２４又は２５に記載の使用。
【請求項２７】
物質又はそれぞれの物質が、抗体又は抗体チップである、請求項２４〜２６のいずれかに記載の使用。
【請求項２８】
物質が、１つ又は２つ以上のポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントに対して特異性を有する抗体である、請求項２４〜２７のいずれかに記載の使用。
【請求項２９】
急性脳損傷の診断において使用するためのアッセイデバイスであって、第１及び第２のポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントを認識する、それに結合する、又はそれに対する親和性を有する物質を含有する位置を有する固体基質を含み、前記第１のポリペプチドが、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ６、及びＧＳＴＰ１から選択され、前記第２のポリペプチドが、以下のパネルＡから選択される、アッセイデバイス。
［パネルＡ］
アシルＣｏＡ結合タンパク質
システイングリシンリッチタンパク質１
ホスファチジルエタノールアミン結合タンパク質１
Ｎ（Ｇ），Ｎ（Ｇ）−ジメチルアルギニンジメチルアミノヒドロラーゼ１
メタロチオネイン−３（ＭＴ−３）
シスタチン−Ｂ
【請求項３０】
脳卒中の診断において使用するためのアッセイデバイスであって、ポリペプチド又はその断片、バリアント、若しくはミュータントを認識する、それに結合する、又はそれに対する親和性を有する物質を含有する位置を有する固体基質を含み、前記ポリペプチドが、以下のパネル２から選択される、アッセイデバイス。
【表１０】
2013531784.tif 000012
【請求項３１】
物質が、抗体又は抗体チップである、請求項２９又は３０に記載のアッセイデバイス。
【請求項３２】
それぞれの抗体について固有のアドレス指定可能な位置を有し、それによって、それぞれの個々のポリペプチド又はポリペプチドの任意の組み合わせについてアッセイの読み取りを可能にする、請求項３１に記載のアッセイデバイス。
【請求項３３】
脳卒中の診断において使用するためのキットであって、請求項２９〜３２のいずれかに記載のアッセイデバイス、及び対象から採取される体液の試料における１又は２以上のポリペプチドの量を検出するための手段を含む、キット。
【請求項３４】
対象における急性脳損傷の診断又は予後モニタリングのためのデータを収集する方法であって、
（ａ）個体由来の適切な組織試料からタンパク質を得、抽出するステップと、
（ｂ）前記タンパク質を消化してペプチドの集団を産生するステップと、
（ｃ）以下の表１１において列挙される１又は２以上のトランジションの選択反応モニタリングを使用して、以下の表１２において列挙される１又は２以上の前記ペプチドの存在量を決定するステップと、
（ｄ）前記１又は２以上のペプチドの存在量を、急性脳損傷の診断に関連する、あらかじめ決定されたペプチドの存在量と比較するステップと、
（ｅ）前記１又は２以上のペプチドの存在量の差異を、前記対象が急性脳損傷を患っているかどうか及び／又は急性脳損傷が悪化している若しくは改善していることを決定するためのデータとして収集するステップと
を含む、方法。
【表１１】
2013531784.tif 000013
2013531784.tif 000014
2013531784.tif 000015
2013531784.tif 000016
2013531784.tif 000017
2013531784.tif 000018
2013531784.tif 000019
2013531784.tif 000020
【表１２】
2013531784.tif 000021
2013531784.tif 000022
2013531784.tif 000023
【請求項３５】
あらかじめ決定されたペプチドの存在量が、表１２から選択される対応する合成ペプチドの既知の量を使用して決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
以下の表１３において列挙される群から選択される１又は２以上の合成ペプチドを含む、急性脳損傷の診断又は急性脳損傷を有する対象の予後モニタリングを行うための調製物。
【表１３】
2013531784.tif 000024
2013531784.tif 000025
2013531784.tif 000026
【請求項３７】
１又は２以上の合成ペプチドが、
GSTP1 TFIVGDQISFADYNLLDLLLIHEVLAPGCLDAFPLLSAYVGR
MPPYTVVYFPVR
DDYVK
DQQEAALVDMVNDGVEDLR
FQDGDLTLYQSNTILR
ASCLYGQLPK
AFLASPEYVNLPINGNGK
MLLADQGQSWK
LSARPK
TLGLYGK
EEVVTVETWQEGSLK
ALPGQLKPFETLLSQNQGGK
YISLIYTNYEAGK
PRDX1 HGEVCPAGWKPGSDTIKPDVQK
QGGLGPMNIPLVSDPK
ADEGISFR
DISLSDYK
LVQAFQFTDK
IGHPAPNFK
LNCQVIGASVDSHFCHLAWVNTPK
YVVFFFYPLDFTFVCPTEIIAFSDR
MSSGNAK
TIAQDYGVLK
ATAVMPDGQFK
PRDX6 GMPVTAR
MPGGLLLGDVAPNFEANTTVGR
DFTPVCTTELGR
VVFVFGPDK
LIALSIDSVEDHLAWSK
ELAILLGMLDPAEK
LSILYPATTGR
VATPVDWK
NFDEILR
LPFPIIDDR
VVISLQLTAEK
DINAYNCEEPTEK
LAPEFAK
DGDSVMVLPTIPEEEAK
FHDFLGDSWGILFSHPR
DDAH1 ALPESLGQHALR
DENATLDGGDVLFTGR
DYAVSTVPVADGLHLK
GAEILADTFK
GEEVDVAR
QHQLYVGVLGSK
TPEEYPESAK
CYTB  HDELTYF
SQVVAGTNYFIK
VFQSLPHENKPLTLSNYQTNK
VHVGDEDFVHLR
ACBP  MSQAEFEK
AAEEVR
QATVGDINTERPGMLDFTGK
TKPSDEEMLFIYGHYK
WDAWNELK
MWGDLWLLPPASANPGTGTEAEFEK
MPAFAEFEK
CSRP1 GFGFGQGAGALVHSE
GLESTTLADK
GYGYGQGAGTLSTDK
MT3   GGEAAEAEAEK
MDPETCPCPSGGSCTCADSCK
SCCSCCPAECEK
PEPB1 GNDISSGTVLSDYVGSGPPK
LYEQLSGK
LYTLVLTDPDAPSR
NRPTSISWDGLDSGK
VLTPTQVK
YVWLVYEQDRPLK
から選択される、請求項３６に記載の調製物。
【請求項３８】
それぞれのペプチドが、水素、炭素、酸素、窒素、及び硫黄から選択される１又は２以上の安定した重同位体を含有する、請求項３６又は３７に記載の調製物。
【請求項３９】
合成ペプチドが、同位体タグ又はアイソバリックタグにより標識される、請求項３６〜３８のいずれかに記載の調製物。
【請求項４０】
急性脳損傷の診断又は予後モニタリングのための、請求項３６〜３９のいずれかに記載の調製物。
【請求項４１】
急性脳損傷が、虚血性脳卒中又は一過性脳虚血発作である、請求項４０に記載の調製物。