【手続補正書】
【提出日】平成26年2月14日(2014.2.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的試料における生物の複数の血清型の存在または非存在を検出するマルチプレックスアッセイであって、
前記アッセイは、存在する検出のためのチャネルより多くの血清型を検出し、
前記マルチプレックスアッセイが、
生物学的試料を用意するステップと；
前記生物学的試料を少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットと接触させるステップであって、
そのセットの各々が、
検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、
それらの各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記接触が、プローブおよびプライマーが標的配列にアニーリングするような条件下で行われ、
各プライマー／プローブのセットは、生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、
前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記他の２つのプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記縮重プローブのシグナル部分により発せられる波長と同じまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、ステップと；
存在する場合は、前記標的配列を増幅するステップと；
前記プローブセットの前記標的配列に対するハイブリダイゼーションの指標としての標識を検出のためにモニタリングし、これにより、ＨＰＶの血清型のうちの少なくとも１つの存在または非存在を示すステップと、
を含むことを特徴とするマルチプレックスアッセイ。
【請求項２】
前記生物はヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）であることを特徴とする請求項１に記載のアッセイ。
【請求項３】
前記縮重プライマー／プローブのセットの前記標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする請求項２に記載のアッセイ。
【請求項４】
請求項２に記載のアッセイであって、
ａ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるアッセイ、
または、
ｂ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３および１５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４および１６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるアッセイ、
または
ｃ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２および２３と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるアッセイ。
【請求項５】
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複数の血清型を検出するためのプローブセットであって、
該プローブセットが、少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
各プライマー／プローブのセットは、前記ＨＰＶ生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットにおけるプローブの波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするプローブセット。
【請求項６】
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする請求項５に記載のプローブセット。
【請求項７】
請求項５に記載のプローブセットであって、
ａ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるプローブセット、
または、
ｂ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４および１６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるプローブセット、
または、
ｃ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択されるプローブセット。
【請求項８】
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複数の血清型を検出するためのキットであって、
該キットが、少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、前記ＨＰＶ生物の特定の血清型のための、検出可能な形で標識された、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記他の２つのプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記縮重プライマー／プローブにおけるプローブのシグナル部分により発せられる波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするキット。
【請求項９】
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットおよび第２の縮重プライマー／プローブのセットについての、前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする請求項８に記載のキット。
【請求項１０】
請求項８に記載のキットであって、
ａ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５を含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６を含むキット、
または、
ｂ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号７、配列番号１５、ならびに配列番号９、１１、および１３のうちの１つを含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号８、配列番号１５、ならびに配列番号１０、１２、および１４のうちの１つを含むキット、
または、
ｃ）
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１を含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１８、配列番号２０、ならびに配列番号２２および２３のうちの１つを含むキット。
【請求項１１】
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２６、配列番号２７〜２９、配列番号３０〜３２、および配列番号３３〜３５からなる群から選択されることを特徴とする請求項８に記載のキット。
【請求項１２】
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別し、配列番号２４〜２６および配列番号２７〜２９からなる群から選択されることを特徴とする請求項８に記載のキット。
【請求項１３】
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別し、配列番号３０〜３２および配列番号３３〜３５からなる群から選択されることを特徴とする請求項８に記載のキット。
【請求項１４】
前記第３のプライマー／プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび前記第２のプライマー／プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と同じ波長を発することを特徴とする請求項８に記載のキット。
【請求項１５】
前記第３のプライマー／プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび前記第２のプライマー／プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と異なる波長を発することを特徴とする請求項８に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９４】
プライマーおよびプローブに加えて、Ｔａｑ−Ｍａｎ  ＰＣＲは、データを解析するためのリアルタイムＰＣＲ装置のみならず、通常のＰＣＲに用いられる試薬（例えば、ポリメラーゼ、遊離ヌクレオチド）も必要とする。これらの試薬および装置は、当業者によく知られており、本明細書では詳述しない。
以下、本明細書に記載の発明につき列記する。
［１］
生物学的試料における生物の複数の血清型の存在または非存在を検出するマルチプレックスアッセイであって、
前記アッセイは、存在する検出のためのチャネルより多くの血清型を検出し、
前記マルチプレックスアッセイが、
生物学的試料を用意するステップと；
前記生物学的試料を少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットと接触させるステップであって、  
そのセットの各々が、  
検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、
それらの各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記接触が、プローブおよびプライマーが標的配列にアニーリングするような条件下で行われ、
各プライマー／プローブのセットは、生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、
前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記他の２つのプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記縮重プローブのシグナル部分により発せられる波長と同じまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、ステップと；
存在する場合は、前記標的配列を増幅するステップと；
前記プローブセットの前記標的配列に対するハイブリダイゼーションの指標としての標識を検出のためにモニタリングし、これにより、ＨＰＶの血清型のうちの少なくとも１つの存在または非存在を示すステップと、
を含むことを特徴とするマルチプレックスアッセイ。
［２］
前記生物はヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）であることを特徴とする［１］に記載のアッセイ。
［３］
前記縮重プライマー／プローブのセットの前記標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［４］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［５］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［６］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［７］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［８］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［９］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［１０］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［１１］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［１２］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［２］に記載のアッセイ。
［１３］
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複数の血清型を検出するためのプローブセットであって、
該プローブセットが、少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
各プライマー／プローブのセットは、前記ＨＰＶ生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットにおけるプローブの波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするプローブセット。
［１４］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［１５］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［１６］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［１７］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも７０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［１８］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［１９］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［２０］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも８０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［２１］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２９、および配列番号２４〜２９と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３９を選択し、ＨＰＶ血清型６８に対してＨＰＶ血清型３９を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５、ならびに配列番号１、３および５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６８を選択し、ＨＰＶ血清型３９に対してＨＰＶ血清型６８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６、ならびに配列番号２、４および６と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［２２］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型３３を選択し、ＨＰＶ血清型５８に対してＨＰＶ血清型３３を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号７、９、１１、１３、および１５、ならびに配列番号７、９、１１、１３、および１５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５８を選択し、ＨＰＶ血清型３３に対してＨＰＶ血清型５８を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号８、１０、１２、１４、および１６、ならびに配列番号８、１０、１２、１４、および１６と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［２３］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別するように構成され、前記第１のプライマー／プローブのセットまたは第２のプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー／プローブのセットは、配列番号３０〜３５、および配列番号３０〜３５と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第１のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第１のプライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１、ならびに配列番号１７、１９および２１と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択され；
前記第２のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型６６を選択し、ＨＰＶ血清型５６に対してＨＰＶ血清型６６を識別せず、
前記第２のプライマー／プローブのセットは、配列番号１８、２０、２２、および２３、ならびに配列番号１８、２０、２２、および２３と少なくとも９０％相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも１つから選択される、
ことを特徴とする［１３］に記載のプローブセット。
［２４］
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の複数の血清型を検出するためのキットであって、
該キットが、少なくとも３つのオリゴヌクレオチドプライマー／プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、前記ＨＰＶ生物の特定の血清型のための、検出可能な形で標識された、ヌクレオチド配列の長さが約１０から約５０である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約１０から約１５０である少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記第１のプライマー／プローブのセットおよび第２のプライマー／プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記他の２つのプライマー／プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー／プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第３の血清型を識別し、
前記第３のプライマー／プローブのセットは、前記縮重プライマー／プローブにおけるプローブのシグナル部分により発せられる波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするキット。
［２５］
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットおよび第２の縮重プライマー／プローブのセットについての、前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６〜３８からなる群から選択されることを特徴とする［２４］に記載のキット。
［２６］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３６であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１、３および５を含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号２、４および６を含むことを特徴とする［２４］に記載のキット。
［２７］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３７であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号７、配列番号１５、ならびに配列番号９、１１、および１３のうちの１つを含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号８、配列番号１５、ならびに配列番号１０、１２、および１４のうちの１つを含む、
ことを特徴とする［２４］に記載のキット。
［２８］
前記縮重プライマー／プローブのセットの標的は、配列番号３８であり、
前記第１の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１７、１９および２１を含み、
前記第２の縮重プライマー／プローブのセットは、配列番号１８、配列番号２０、ならびに配列番号２２および２３のうちの１つを含む、
ことを特徴とする［２４］に記載のキット。
［２９］
前記第３のプライマー／プローブのセットは、配列番号２４〜２６、配列番号２７〜２９、配列番号３０〜３２、および配列番号３３〜３５からなる群から選択されることを特徴とする［２４］に記載のキット。
［３０］
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５１を識別し、配列番号２４〜２６および配列番号２７〜２９からなる群から選択されることを特徴とする［２９］に記載のキット。
［３１］
前記第３のプライマー／プローブのセットは、ＨＰＶ血清型５９を識別し、配列番号３０〜３２および配列番号３３〜３５からなる群から選択されることを特徴とする［２９］に記載のキット。
［３２］
前記第３のプライマー／プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび前記第２のプライマー／プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と同じ波長を発することを特徴とする［２９］に記載のキット。
［３３］
前記第３のプライマー／プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第１のプライマー／プローブのセットおよび前記第２のプライマー／プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と異なる波長を発することを特徴とする［２９］に記載のキット。