【誤訳訂正書】
【提出日】平成26年10月23日(2014.10.23)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｃ末端領域において、配列ＧＥＸＤＧを有するモチーフを含み、Ｘはセリンであり、変異体は、セルラーゼ活性を有し、ポリペプチドは、配列ＧＥＸＤＧ（配列番号１０７）においてセリンを欠如する野生型セルラーゼと比して高い熱安定性を有し、
前記ポリペプチドは、Ｃ３１４Ｓを含む配列番号２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１１Ｓを含む配列番号４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１０Ｓを含む配列番号１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１２Ｓを含む配列番号１３と少なくとも９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１４Ｓを含む配列番号１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１５Ｓを含む配列番号１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１６と少なくとも９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１１Ｓを含む配列番号１７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１９と少なくとも９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１２Ｓを含む配列番号２１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３１１Ｓを含む配列番号２２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号６４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４０７Ｓを含む配列番号６５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３９４Ｓを含む配列番号６６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号６７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号６８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号６９と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４００Ｓを含む配列番号７５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ４０７Ｓを含む配列番号７６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、Ｃ３９４Ｓを含む配列番号７７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があるか、或いは、Ｃ４１２Ｓを含む配列番号７８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性がある配列を含み、前記ポリペプチドは、それらに相当するＣｙｓ→Ｓｅｒ突然変異を欠如する親（野生型）タンパク質と比して、同等のセルラーゼ活性および高い熱安定性を有する、組み換え型ポリペプチド。
【請求項２】
Ｃ３１４Ｓを含む配列番号２；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号４；Ｃ３１０Ｓを含む配列番号１２；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号１３；Ｃ３１４Ｓを含む配列番号１４；Ｃ３１５Ｓを含む配列番号１５；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１６；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号１７；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１９；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号２１；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号２２；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６４；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号６５；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号６６；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６７；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６８；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６９；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７０；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７１；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７２；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７３；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７４；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７５；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号７６；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号７７；またはＣ４１２Ｓを含む配列番号７８の配列を含み、前記ポリペプチドは、それらに相当するＣ→Ｓ突然変異を欠如する親（野生型）タンパク質と比して、同等のセルラーゼ活性および高い熱安定性を有する、請求項１に記載の組み換え型ポリペプチド。
【請求項３】
以下に示すＣ→Ｓ置換位置以外で、１−１０，１０−２０または２０−３０の保存的なアミノ酸の置換を有する、以下に示される配列を含む、組換え型ポリペプチド：
Ｃ３１４Ｓを含む配列番号２；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号４；Ｃ３１０Ｓを含む配列番号１２；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号１３；Ｃ３１４Ｓを含む配列番号１４；Ｃ３１５Ｓを含む配列番号１５；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１６；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号１７；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１９；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号２１；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号２２；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６４；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号６５；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号６６；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６７；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６８；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６９；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７０；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７１；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７２；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７３；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７４；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７５；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号７６；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号７７；またはＣ４１２Ｓを含む配列番号７８。
【請求項４】
Ｃ末端領域において、配列ＧＥＸＤＧを有するモチーフ中にセリンを含み、ＸはＣ、ＡまたはＧであり（配列番号１０７）、Ｘがセリンと置換されている、組み換え型ポリペプチドであって、
該組み換え型ポリペプチドは、１２１１２３３２、１２１３１３３２、１２３３２３３２、１２３１１３３２、１２１３２３３２、１３１３１３３２、１２３３１３３２、１３３１２３３２、１１１１３３３２、１３１１３１３２、１１１１２１３２、１２１１３１３２、１３１３２３３２、１１１１１１３２、１３１１１１３２、１２２２２１３２、２２２２２２３２、１１１１１１３１及び１３１１２３３２から選択されるキメラポリペプチド又はそれらの変異体であり、該キメラポリペプチドは、２つの異なる親のセロビオヒドラーゼポリペプチド由来の少なくとも２つのドメインを含み、該ドメインはＮ末端側からＣ末端にかけて（断片１）−（断片２）−（断片３）−（断片４）−（断片５）−（断片６）−（断片７）−（断片８）を含み、
前記断片１は、配列番号２（「１」）または配列番号４（「２」）の１からｘ１までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片２は、配列番号２（「１」）、配列番号４（「２」）または配列番号６（「３」）のｘ１からｘ２までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片３は、配列番号２（「１」）、配列番号４（「２」）または配列番号６（「３」）のｘ２からｘ３までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片４は、配列番号２（「１」）、配列番号４（「２」）または配列番号６（「３」）のｘ３からｘ４までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片５は、配列番号２（「１」）、配列番号４（「２」）または配列番号６（「３」）のｘ４からｘ５までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片６は、配列番号２（「１」）、配列番号４（「２」）または配列番号６（「３」）のｘ５からｘ６までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片７は、配列番号６（「３」）のｘ６からｘ７までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み；前記断片８は、配列番号２の位置３１４、配列番号４の位置３１１または配列番号６の位置３１３を除く、配列番号２（「１」）または配列番号４（「２」）のｘ７からｘ８までのアミノ酸残基および１−１０の保存的なアミノ酸の置換を含み、
前記キメラポリペプチドが、配列番号２，４または６を含むＣＢＨ  ＩＩポリペプチドと比して、同等のセルラーゼ活性および高い熱安定性および／またはｐＨ安定性を有し、
ｘ１は、配列番号２の残基４３，４４，４５，４６若しくは４７、または配列番号４の残基４２，４３，４４，４５若しくは４６であり；ｘ２は、配列番号２の残基７０，７１，７２，７３若しくは７４、または配列番号４若しくは配列番号６の残基６８，６９，７０，７１，７２，７３若しくは７４であり；ｘ３は、配列番号２の残基１１３，１１４，１１５，１１６，１１７若しくは１１８、または配列番号４若しくは配列番号６の残基１１０，１１１，１１２，１１３，１１４，１１５若しくは１１６であり；ｘ４は、配列番号２の残基１５３，１５４，１５５，１５６若しくは１５７、または配列番号４若しくは配列番号６の残基１４９，１５０，１５１，１５２，１５３，１５４，１５５若しくは１５６であり；ｘ５は、配列番号２の残基２２０，２２１，２２２，２２３若しくは２２４、または配列番号４若しくは配列番号６の残基２１６，２１７，２１８，２１９，２２０，２２１，２２２若しくは２２３であり；ｘ６は、配列番号２の残基２５６，２５７，２５８，２５９，２６０若しくは２６１、または配列番号４若しくは配列番号６の残基２５３，２５４，２５５，２５６，２５７，２５８，２５９若しくは２６０であり；ｘ７は、配列番号６の残基３０９，３１０，３１１，３１２，３１３，３１４，３１５若しくは３１８であり；ｘ８は、配列番号２または配列番号４の配列を有するポリペプチドのＣ末端に相当するアミノ酸残基である、組み換え型ポリペプチド。
【請求項５】
キメラポリペプチドであり、該キメラポリペプチドが、１２１１２３３２、１２１３１３３２、１２３３２３３２、１２３１１３３２、１２１３２３３２、１３１３１３３２、１２３３１３３２、１３３１２３３２、１１１１３３３２、１３１１３１３２、１１１１２１３２、１２１１３１３２、１３１３２３３２、１１１１１１３２、１３１１１１３２、１２２２２１３２、２２２２２２３２、１１１１１１３１及び１３１１２３３２から選択される、請求項４に記載の組み換え型ポリペプチド。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項７】
請求項６に記載ポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項８】
請求項６に記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
【請求項９】
請求項７に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１０】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む酵素液。
【請求項１１】
請求項８に記載の宿主細胞によって生成されるポリペプチドを含む酵素液。
【請求項１２】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチドとバイオマスとの接触を備える、セルロース含有バイオマスの処理方法。
【請求項１３】
請求項１０に記載の酵素液とバイオマスとの接触を備える、セルロース含有バイオマスの処理方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２１】
以下により詳細に記載するように、本発明は、少なくとも一部において、セルロースの加水分解に触媒作用を生じる新規酵素の生成および発現に基づくものである。一つの実施形態において、高温条件下でセルロースを加水分解するように改変された新規ポリペプチドを提供する。該ポリペプチドは、アミノ酸置換基を特定の残基で含むように変えられたセロビオヒドラーゼの変異体を含む。これらの変異体については以下でより詳細に記載されているが、本発明のポリペプチドは１つ以上の修飾されたアミノ酸を含んでもよいことが理解される。修飾されたアミノ酸の存在は、例えば（ａ）ポリペプチド半減期の長期化、（ｂ）熱安定性および（ｃ）基質の補充の増加において有利である。アミノ酸は、例えば、共翻訳中または翻訳後において、組み換え生産（例えば、哺乳類細胞での発現中の、Ｎ――Ｘ――Ｓ／ＴモチーフのＮ−結合型グリコシル化）の際に修飾されるか、合成手段によって修飾される。従って、「突然変異」、「変異体」または「修飾された」タンパク質、酵素、ポリヌクレオチド、遺伝子または細胞は、親のタンパク質、酵素、ポリヌクレオチド、遺伝子または細胞から選択されるか、由来するか、ある場合においては異なるか、変化した、タンパク質、酵素、ポリヌクレオチド、遺伝子または細胞を意味する。突然変異体もしくは修飾されたタンパク質または酵素は、必然的でないが、通常、突然変異体のポリヌクレオチドまたは遺伝子から発現する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３４】
当業者は、開示される、機能的に同一の構造を有する核酸構造の多くの保存的変異体を理解するであろう。例えば、上記のように、遺伝子のコーディングの縮退のため、「サイレント置換」（即ち、核酸配列の置換であり、コードされたポリペプチドには変異を生じない）は、アミノ酸をコードする各々の核酸配列の特徴を包含する。同様に、アミノ酸配列における１つまたは数個のアミノ酸の「保存的アミノ酸置換」は、高い類似性の特徴を有する異なるアミノ酸と置換され、また開示の構造と高い類似性を有することが容易に同定される。それぞれ開示の配列の、このような保存的変異体は、ここに提供するポリペプチドの特性である。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３５】
「保存的変異体」は、タンパク質または酵素の全体の構造および機能を変えることなく、アミノ酸残基を変化させた、タンパク質または酵素であり、同様の特性、極性または非極性、サイズ、形状、電荷等（これらに限定されない）を有するアミノ酸への置換を包含する。保存的なものとして示されるアミノ酸以外は、タンパク質または酵素において異なっていてもよく、あらゆる２つの同様の機能のタンパク質間のタンパク質またはアミノ酸配列の類似性は、異なっていてもよく、配列図によって決定されるように、例えば少なくとも３０％、少なくとも５０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％または少なくとも９０％であってもよい。本明細書において、「配列類似性」は、ヌクレオチドまたはタンパク質配列が連関する範囲を意味する。２つの配列の類似範囲は、配列同一性のパーセントおよび／または保守性に基づくことができる。ここに「配列同一性」は、２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列の範囲に差異がないことを意味する。「配列のアラインメント」は、最大限の一致を達成するため（アミノ酸配列の場合保存性）、類似性の程度を評価することを目的とする２つ以上の配列を揃える工程を意味する。配列を揃えて、類似性／同一性を評価するための数々の方法は、従来技術、例えばＣｌｕｓｔｅｒ法において既知であり、類似性はＭＥＧＡＬＩＧＮアルゴリズムならびにＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＰおよびＦＡＳＴＡ（Lipman and Pearson, 1985; Pearson and Lipman, 1988）に基づくものが知られる。このプログラム全てを使用して、最も高い配列類似性を生じるものが好ましい設定といえる。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３９】
本発明は、野生型、または親タンパク質と比較して高い熱安定性を有するセルラーゼおよびセロビオヒドラーゼ（ＣＢＨ）ＩＩ変異体、突然変異体およびキメラを開示し、野生型タンパク質は配列番号２，４または６からなる。変異体は、配列ＧＥＸＤＧのモチーフを有するＣ末端領域であって、セリンを含有し、前記Ｘは、Ｃ、ＡまたはＧ（配列番号１０７）であり、Ｘは、セリン、セルラーゼ活性を含む変異体と置換され、ポリペプチドは配列ＧＥＸＤＧ（配列番号１０７）においてセリンを欠如している野生型セルラーゼと比較して高い熱安定性を有する。一つの実施形態において、変異体は多くのセルラーゼおよびセロビオヒドラーゼＩＩタンパク質において見出されるモチーフＧＥＣＤＧ（以下により完全に記載する）において少なくともＣｙｓ→Ｓｅｒの突然変異（例えば、配列番号２のアミノ酸３１２−３１６を参照のこと）を含み、熱安定性または活性を向上させた付加突然変異を含んでいてもよい。セルラーゼ間の同一性は、非常に低くてもよい。上記セリン置換基は、配列番号１０７のモチーフ（例えば、ポリペプチドが配列番号２または４と少なくとも６０％以上の同一性がある）を有するあらゆるセルラーゼに適用できる。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４０】
例えば、本発明は高い熱安定性およびセルラーゼ活性を有し、Ｃ３１４Ｓを含む配列番号２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１０Ｓを含む配列番号１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号１３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１４Ｓを含む配列番号１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１５Ｓを含む配列番号１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号１７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１３Ｓを含む配列番号１９と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１４Ｓを含む配列番号２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１２Ｓを含む配列番号２１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３１１Ｓを含む配列番号２２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号６５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号６６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号６９と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４００Ｓを含む配列番号７５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ４０７Ｓを含む配列番号７６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；Ｃ３９４Ｓを含む配列番号７７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性があり；またはＣ４１２Ｓを含む配列番号７８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の同一性がある配列を提供し、前記ポリペプチドは、セルラーゼ活性およびその相当するＣｙｓ→Ｓｅｒ突然変異を欠如している親（野生型）タンパク質と比較して高い熱安定性を有する。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４６】
「配列同一性」は、２つのアミノ酸配列が、比較領域にわたって実質的に同一性（即ち、アミノ酸−アミノ酸比較に基づく同一性）があることを意味する。「配列類似性」の用語は、同じ生物物理学的な特徴を共有する同様のアミノ酸を指す。「配列同一性のパーセンテージ」または「配列類似性のパーセンテージ」の用語は、２つの最適に配置された配列を比較領域にわたって比較し、適合する位置を計数するため、同一残基（または類似残基）が双方のポリペプチド配列に存在する位置を計数し、比較領域（即ち、領域サイズ）における適合する位置の数を総数で除算し、配列の一致のパーセンテージ（または配列類似性のパーセンテージ）を算出し、結果を１００で乗算して、得ることができる。ポリヌクレオチド配列に関して、配列の同一性および類似性の用語は、タンパク質配列に関して記載されるそれと同様に、比較領域にわたって、２つのポリヌクレオチド配列が同一（ヌクレオチド−ヌクレオチド比較に基づく）である「配列同一性のパーセンテージ」の意味を有する。このように、ポリヌクレオチド配列の同一性のパーセンテージ（またはポリヌクレオチド配列の類似性のパーセンテージ、例えば、分析アルゴリズムに基づいたサイレント置換または他の置換）も算出することができる。最大の相関性は、ここに記載の１つ以上の配列アルゴリズム（または当業者が利用できる他のアルゴリズム）の使用、または目視によって決定することができる。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
ポリペプチドに適用する場合、実質的な同一性または実質的な類似性の用語は、最適な配列を有する場合の２つのペプチド配列が、初期条件のギャップ重量（ｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ）を用いたＢＬＡＳＴ、ＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴのプログラムや、目視等において、配列の同一性または類似性を共有することを意味する。同様に、二つの核酸において、実質的同一性または実質的類似性の用語は、最適な配列を有する場合の２つの核酸配列が、初期状態のギャップ重量を用いたＢＬＡＳＴ、ＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴのプログラムやまたは目視等において、配列同一性または類似性を共有することを意味する。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
配列同一性または配列類似性のパーセンテージを決定するために適切なアルゴリズムの１つの例は、Pearson, W. R. & Lipman, D. J., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444に記載されたＦＡＳＴアルゴリズムである。またW. R. Pearson, (1996) Methods Enzymology266:227-258を参照してもよい。同一性または類似性のパーセンテージを算出するため、ＤＮＡ配列のＦＡＳＴＡアライメントにおいて使用するのに好ましいパラメーターは、以下の様に最適化される：BL50 Matrix 15: -5, k-tuple=2; joining penalty=40, optimization=28 ; gap penalty -12, gap length penalty=-2;およびwidth=16。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４９】
実用的なアルゴリズムの他の例として、ＰＩＬＥＵＰが挙げられる。ＰＩＬＥＵＰは、進行する対となる配置（アライメント）を使用して、連関する配列群からの多重配列アライメントを作成することにより、配列群の相関性および配列同一性と配列類似性のパーセンテージを示す。それは、進行するアライメントを形成するためのクラスター関係を示す、樹状図または系統樹もプロットする。ＰＩＬＥＵＰは、Feng & Doolittle, (1987) J. Moｌ. Evol. 35:351-360の進行アライメント法を簡略化したもの使用する。使用される方法は、Higgins & Sharp, CABIOS 5:151- 153, 1989に記載された方法に類似の方法である。プログラムは、最高３００の配列を配置（アライン）することができ、それぞれ最長５０００のヌクレオチドまたはアミノ酸を配置することができる。多重アラインメント法は、２つの最も類似性のある配列対のアライメントから始まり、２つのアラインされた配列のクラスターを生成する。その後、該クラスターは、次に最も関連した配列またはクラスター配列のクラスターにアラインする。２つのクラスターの配列は、２つの個々の配列の対アライメントの単純な延長によって配置される。最終的なアライメントは、一連の前進的な対アライメントによって達成される。プログラムは、配列比較領域における、特定の配列およびそのアミノ酸もしくはヌクレオチドの連携を設計すること、およびプログラムパラメーターを設計することによって実行される。ＰＩＬＥＵＰを使用することで、参照配列を以下のパラメーターを使用した関連の他の試験配列と比較し、配列同一性のパーセンテージ（または配列類似性のパーセンテージ）を決定した。：初期状態のギャップ重量（３．００）、初期状態のギャップ長さ（０．１０）および重量化した末端のギャップ。ＰＩＬＥＵＰは、ＧＣＧ配列分析ソフトウェアパッケージ、例えばバージョン７．０から得られる。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５０】
多数のＤＮＡおよびアミノ酸配列に適したアルゴリズムの他の例としては、ＣＬＵＳＴＡＬＷプログラムが挙げられる。ＣＬＵＳＴＡＬＷは、配列群間の複数の対比較を実行し、それらを多重のアライメント配列の同一性に基づいて組み立てる。ギャップオープンおよびギャップエクステンションのペナルティーは、それぞれ１０および０．０５であった。アミノ酸アライメントに関して、ＢＬＯＳＵＭアルゴリズムをタンパク質重量マトリックスとして使用することができる。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５３】
さらに他の実施形態において、改良した熱安定性のある多様なセルラーゼポリペプチドファミリーは、Ｃ→Ｓ、Ｇ→ＳまたはＡ→Ｓ置換を有する以下の表に示すものを含む。さらに、以下の表に一致する置換、セルラーゼ活性および熱安定性のあるものを有する、以下いずれかの配列と８５％、９０％、９５％、９８％または９９％配列の一致を有するポリペプチドも本発明に包含される。
下表は、Ｈ．  ｊｅｃｏｒｉｎａ  ＣＢＨ  ＩＩと高い同一性を有するタンパク質配列に関するアミノ酸の枠内（ｆｒａｍｅ  ｂｒａｃｋｅｔｉｎｇ）Ｈ．  ｊｅｃｏｒｉｎａ  ＣＢＨ  ＩＩ  Ｃｙｓ３１１のアライメントをしめす。残基３１１に相当する位置を下線太文字で示す。この試験において検討された組み換え型Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓおよびＰ．  ｃｈｒｙｓ  ＣＢＨＩＩの配列は、Ｈ．  ｉｎｓｏおよびＰ．  ｃｈｒｙｓとして示す。２５０個のうち、最も同一性のある配列の５４個は、重複しているため省略した（即ち、構造研究のための点突然変異体または＞９５％一致するイソタイプ）。セルラーゼに関する受入番号が同定され、相当する配列が、ここに参考文献によって受入番号から直接複製されるように、本発明に組み込む。受入番号と関連する配列が、配列番号７９−１０６として参照される。太字下線部の残基（例えばＣ、ＡまたはＧ）は、Ｓに置換される。配列番号は、下記の配列中の数値による：
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２９】
ＣＢＨ  ＩＩキメラの半減期のための予測定量的モデルの作成を試みる際、５つの異なる線形回帰データのモデリングアルゴリズムを使用した（表４）。それぞれのアルゴリズムを使用して、それぞれのサンプルセットＣＢＨ  ＩＩキメラおよび親のｌｏｇ（ｔ１／２）のブロック組成物に関するモデルを作成した。これらのモデルは、ブロックのｌｏｇ（ｔ１／２）への寄与を定量化した、熱安定性重量値を構築した。全て５つのモデリングアルゴリズムについて、この工程が、２つのランダムに選択された配列を省略して１，０００回繰り返され、それぞれのアルゴリズムは、２４個のブロックそれぞれに１，０００重量値を示した。それぞれのブロックの熱安定性重量値について、平均値および標準偏差（ＳＤ）を算出した。それぞれのモデルアルゴリズムの予測精度は、それぞれのモデルが省略された配列のｔ１／２をどれだけ正確に予測できるかで評価した。１，０００アルゴリズムの繰り返しについての測定値および予測値の間の相関を、モデルアルゴリズムの相互検証スコアとする。５つのモデル全てについての相互検証スコア（Ｘ−ｖａｌ）は、０．５７以下であり（Ｔａｂｌｅ４）、線形回帰モデリングが、この小さな２３個のキメラｔ１／２データセットの定量的ＣＢＨ  ＩＩキメラの半減期予測については適応できないことを示した。
Ｔａｂｌｅ４：５つの線形回帰アルゴリズムのＣＢＨ  ＩＩ酵素キメラのブロック安定性スコアへの使用のための相互検証値。アルゴリズムの省略：リッジ回帰（ＲＲ）、部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）、サポートベクターマシン回帰（ＳＶＭＲ）、リニアプログラミング・サポートベクターマシン回帰（ＬＰＳＶＭＲ）およびリニアプログラミングブースティング回帰（ＬＰＢｏｏｓｔＲ）。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４０】
ＣＢＨ  ＩＩライブラリーは、いくつかの理由により、崩壊の可能性が比較的低い。ＣＢＨ  ＩＩ親配列の高い同一性に加えて、ＣＢＨ  ＩＩ折り畳みバレルの立体的構造は、組み換えによって分離することができる長範囲の接触の数を制限する。ブロック間の接触（４．５オングストローム範囲内の重原子）は、Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓ構造１ｏｃｎに由来する接触マップ全体の２７％（５０３／１８３１）のみを含む。残基の組み合わせに係る接触は、キメラにおいてのみ計数可能であり、ブロック内の総計は２３％まで減少した（６８／２９４）。さらに、これら相互作用のほとんどは、タンパク質の表面上の残基間に生じ、溶媒スクリーニングの可能性は、さらに残基間の相互作用の飛躍的な分離の可能性を減少させる（図１４ａ）。１つの例外として、位置１７６−位置２５６間の埋没した相互作用が、図１４ｂに示す。この部位で、Ｂ６Ｐ２と、Ｂ５Ｐ１またはＢ５Ｐ３のいずれかとを有するキメラは、Ｍｅｔ１７３：Ｔｒｐ２５３の対を有する（親のＭｅｔ１７６：Ｐｈｅ２５６の対、またはＬｅｕ１７３：Ｔｒｐ２５３の対と比較して大きなアミノ酸）。しかしながら、親の結晶学的なモデルの精査により、Ｔｒｐ２５３側に位置するタンパク質バックボーン部の可動性や、Ｍｅｔ側鎖の内因的な可撓性のため、この部位における立体衝突は生じにくいと考えられる。特に、１つの特徴的なキメラは、このパターン（１３３３３２３２）に適合し、回帰モデル適合性（６８℃）よれば、親（６７℃）よりも安定である。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４１】
カップリングを生じる他のメカニズムは、ブロック構造の相違であるが、これはブロック接点での新規の残基対の存在に依存するものではない。そのかわり、親配列の相違により、内因性ブロック構造は、モジュール・ブロックの移動を妨げて、多様化することができる。ＣＢＨ  ＩＩライブラリーの場合、親の対の高い配列同一性の値（８２％、６６％および６４％）において、構造の偏差は軽度とすることができる（＜１オングストロームＲＭＳＤ）。この可能性は、Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓおよびＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａ  ＣＢＨ  ＩＩの結晶学的な構造を比較することによって、評価することができる（Ｃ．  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ  ＣＢＨ  ＩＩは結晶構造を欠如しているが、Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓと８２％の同一性がある）。それぞれの親からの構造による配列ブロック（１ｏｃｎおよび１ｃｂ２）において、αカーボンＲＭＳＤ値は低くなる（０．５，０．５，０．６，０．５，０．３，０．７，０．３および０．４Ａ  ＲＭＳＤ）。Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓ上に重ねられたＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａブロックを、補足図５ｃに示す。背景に依存した効果を確認するため、対立する宿主構造上にそれぞれアラインされたブロックをスプライシングして、シリコ構造（ｓｉｌｉｃｏ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）の組み換えを実行した。ブロック６および７の間にＡｓｎを挿入して（図１４Ｄ）Ｂ７Ｐ２（１１１１１１２１）を使用した場合、軽度の衝突（２．６５オングストローム）を除き、全ての単一ブロック置換キメラ（例えば１１１１２１１１または２２１２２２２２）に関する衝突しない構造モデルを作成することが可能である（αカーボン＞３オングストローム間隔）。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１６２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１６２】
復帰突然変異の効果を異なる背景において研究するため、Ｃ３１３Ｓ置換をコードするＨ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓおよびＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａの親ＣＢＨ  ＩＩ遺伝子（Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓにおいてＣ３１４Ｓ、およびＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａにおいてＣ３１１Ｓ）を作成し、発現させ、酵素のＴ５０値を測定した。安定性のＢ７Ｐ３を野生型Ｈ．  ｉｎｓｏｌｅｎｓおよびＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａの酵素内に置換したキメラ、１１１１１１３１および２２２２２２３２の安定性についても定量化した。Ｂ７Ｐ３ブロック置換およびＣｙｓ−Ｓｅｒ点突然変異体は、親ＣＢＨ  ＩＩを著しく安定化させた；最も大きな効果は、Ｃ３１１Ｓ置換を含むＨ．  ｊｅｃｏｒｉｎａ  ＣＢＨ  ＩＩへのＴ５０における８℃までの上昇であった。またＣｙｓ−Ｓｅｒ突然変異は、Ｂ７Ｐ３を含まない２つのキメラである、３１３１１１１２および１３２３１１１１ならびに組み換え型の親のセットでない相同するＣＢＨ  ＩＩ（Ｐｈａｎｅｒｏａｃｈｅｔｅ  ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍから）において試験した。Ｐ．  ｃｈｙｒｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ＣＢＨ  ＩＩの触媒ドメインは、親ＣＢＨ  ＩＩ触媒ドメインに５５−５６％のみの同一性がある。これら全ての酵素は、Ｃｙｓ−Ｓｅｒ置換によって安定化された；Ｐ．  ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ＣＢＨ  ＩＩは１０℃と高い安定化を見せた（図１３）。