【手続補正書】
【提出日】平成26年10月3日(2014.10.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２と少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列が、配列番号２のアミノ酸の位置５１８に対応するアミノ酸の位置で、グルタミン酸以外のアミノ酸を含む、単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質。
【請求項２】
請求項１に記載の単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質であって、配列番号２に記載のアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列が、配列番号２のアミノ酸の位置５１８に対応するアミノ酸の位置で、グルタミン酸以外のアミノ酸を含む、該タンパク質。
【請求項３】
請求項１又は２に記載の単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質であって、前記アミノ酸配列が、配列番号２のアミノ酸の位置５１８に対応するアミノ酸の位置で、アラニン（Ａ）又はリジン（Ｋ）を含む、該タンパク質。
【請求項４】
配列番号１と少なくとも９５％同一であり、配列番号２のアミノ酸の位置５１８に対応するアミノ酸の位置でグルタミン酸以外のアミノ酸を含むアミノ酸配列を含む、突然変異体ＳＭＯタンパク質をコードする単離された核酸分子。
【請求項５】
核酸プローブであって、前記核酸プローブは、アミノ酸５１８をコードする配列中に突然変異を取り込んでいる突然変異ＳＭＯタンパク質又はその断片をコードする核酸に特異的にハイブリダイズすることができ、前記核酸プローブは、野生型のＳＭＯタンパク質又はその断片をコードする核酸とは異なって、前記突然変異ＳＭＯタンパク質又はその断片をコードする核酸に結合する、該核酸プローブ。
【請求項６】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の突然変異体ＳＭＯタンパク質に特異的に結合する抗体であって、前記抗体が、位置５１８でグルタミン酸を有する野生型ＳＭＯと結合しない、抗体。
【請求項７】
モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体、又はこれらの抗原結合断片である、請求項６に記載の抗体。
【請求項８】
細胞毒性剤にコンジュゲートされている、請求項６に記載の抗体。
【請求項９】
ＳＭＯ活性を阻害する、請求項６に記載の抗体。
【請求項１０】
試料中の突然変異ＳＭＯ遺伝子を検出する方法であって、
前記突然変異ＳＭＯ遺伝子は突然変異したＳＭＯタンパク質をコードし、
前記突然変異したＳＭＯタンパク質は、配列番号２に記載のアミノ酸の位置５１８の位置に対応するアミノ酸位置で突然変異を含んでおり、
前記方法は：
ａ）前記試料から、ＳＭＯの膜貫通ドメイン７のカルボキシ末端を増幅すること、及び増幅された核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＳＭＯ遺伝子又はその断片の電気泳動移動度と比較すること、並びに／又は
ｂ）前記試料由来の核酸を、突然変異したＳＭＯタンパク質をコードする核酸に特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブと接触させること、ただし、前記変異したＳＭＯタンパク質は、アミノ酸５１８の位置をグルタミン酸以外のアミノ酸に変更した突然変異を取り込んでおり、及び前記ハイブリダイゼーションを検出すること
を含む、方法。
【請求項１１】
ＧＤＣ−０４４９による治療に対して耐性であるヒト対象の腫瘍を同定する方法であって、前記腫瘍の試料中の突然変異ＳＭＯ遺伝子又は突然変異ＳＭＯタンパク質の存在を決定することを含み、ここで、前記突然変異がアミノ酸５１８をコードするＳＭＯ遺伝子中に位置しており、前記突然変異ＳＭＯ遺伝子又は突然変異ＳＭＯタンパク質の存在により、前記腫瘍がＧＤＣ−０４４９による治療に対して耐性であることが示される、方法。
【請求項１２】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の突然変異体ＳＭＯタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物についてスクリーニングする方法であって、
ａ）前記突然変異体ＳＭＯを試験化合物と接触させること、及び前記化合物と前記突然変異体ＳＭＯとの結合を検出することを含み、前記試験化合物と突然変異体ＳＭＯとの結合により、前記試験化合物が突然変異体ＳＭＯの阻害剤であることが示される、並びに／又は
ｂ）前記突然変異体ＳＭＯを発現する細胞を試験化合物と接触させること、及び前記細胞内のＧｌｉの活性を検出することを含み、Ｇｌｉ活性の存在により、前記試験化合物が突然変異体ＳＭＯの阻害剤でないことを示す、
方法。
【請求項１３】
癌を治療するための化合物であって、前記化合物は、位置５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を生じさせる突然変異を有する突然変異体ＳＭＯタンパク質に特異的に結合する、該化合物。
【請求項１４】
それを必要としている患者においてＳＭＯ阻害剤に対する耐性の獲得を遅延させるか又は予防するための組成物であって、前記組成物は：
（ａ）式Ｉ、式ＩＩ、及び式ＩＩＩの構造式を有する化合物からなる群から選択されるＳＭＯ阻害剤、
【化１】
2014503180.tif 000001
並びに
（ｂ）ＰＩ３Ｋ阻害剤
を含む、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０８】
前述の実施例は、例示目的のものであるに過ぎず、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものとみなされるべきでない。
一側面において、本発明は以下の発明を包含する。
（発明１）
配列番号１と少なくとも９５％同一であり、アミノ酸５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を含むアミノ酸配列を含む、突然変異体ＳＭＯタンパク質をコードする単離された核酸分子。
（発明２）
前記突然変異体ＳＭＯタンパク質が、アミノ酸５１８でアラニン（Ａ）又はリジン（Ｋ）を含む配列番号２のアミノ酸配列を含む、発明１に記載の単離された核酸配列。
（発明３）
アミノ酸５１８をコードする配列が異なるアミノ酸をコードするように変化させる突然変異を含む、配列番号３の親核酸配列を含む、発明１に記載の単離された核酸配列。
（発明４）
アミノ酸５１８をコードする配列中に突然変異を取り込んでいる突然変異ＳＭＯタンパク質又はその断片をコードする核酸に特異的にハイブリダイズすることができる、核酸プローブ。
（発明５）
前記突然変異ＳＭＯ又は前記その断片をコードする前記核酸に相補的である、発明４に記載のプローブ。
（発明６）
約１０〜約５０ヌクレオチドの長さを有する、発明４に記載のプローブ。
（発明７）
検出可能な標識をさらに含む、発明４に記載のプローブ。
（発明８）
配列番号２と少なくとも９５％同一であり、アミノ酸５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を含むアミノ酸配列を含む、単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質。
（発明９）
アミノ酸５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を含む配列番号２のアミノ酸配列を含む、発明８に記載の単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質。
（発明１０）
前記アミノ酸配列が、アミノ酸５１８でアラニン（Ａ）又はリジン（Ｋ）を含む、発明８又は９に記載の単離された突然変異体ＳＭＯタンパク質。
（発明１１）
発明８又は９に記載の突然変異体ＳＭＯタンパク質に特異的に結合する抗体であって、前記抗体のエピトープが、位置５１８でグルタミン酸を有する野生型ＳＭＯと結合しない、抗体。
（発明１２）
モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体、又はこれらの抗原結合断片である、発明１１に記載の抗体。
（発明１３）
細胞毒性剤にコンジュゲートされている、発明１１に記載の抗体。
（発明１４）
ＳＭＯ活性を阻害する、発明１１に記載の抗体。
（発明１５）
試料中の突然変異ＳＭＯ遺伝子を検出する方法であって、前記試料から、突然変異を含むことが疑われるＳＭＯの膜貫通ドメイン７のカルボキシ末端又はその断片に対応する核酸を増幅すること、及び増幅された核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＳＭＯ遺伝子又はその断片の電気泳動移動度と比較することを含む、方法。
（発明１６）
前記電気泳動移動度がポリアクリルアミドゲル上で決定される、発明１５に記載の方法。
（発明１７）
試料中の少なくとも１つのＳＭＯ突然変異を同定する方法であって、前記試料由来の核酸を、アミノ酸５１８をコードする配列をグルタミン酸以外のアミノ酸に変化させる突然変異を取り込んでいる突然変異ＳＭＯタンパク質又はその断片をコードする核酸に特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブと接触させること、及び前記ハイブリダイゼーションを検出することを含む、方法。
（発明１８）
前記プローブが検出可能に標識されている、発明１７に記載の方法。
（発明１９）
前記プローブがアンチセンスオリゴマーである、発明１７に記載の方法。
（発明２０）
前記試料中の前記核酸のＳＭＯ遺伝子又はその断片を増幅し、前記プローブと接触させる、発明１７に記載の方法。
（発明２１）
ＧＤＣ−０４４９による治療に対して耐性であるヒト対象の腫瘍を同定する方法であって、前記腫瘍の試料中の突然変異ＳＭＯ遺伝子又は突然変異ＳＭＯタンパク質の存在を決定することを含み、ここで、前記突然変異がアミノ酸５１８をコードするＳＭＯ遺伝子中に位置しており、前記突然変異ＳＭＯ遺伝子又は突然変異ＳＭＯタンパク質の存在により、前記腫瘍がＧＤＣ−０４４９による治療に対して耐性であることが示される、方法。
（発明２２）
ＧＤＣ−０４４９による治療に対して感受性がない腫瘍を有する前記対象を、前記突然変異ＳＭＯに結合する化合物で治療することをさらに含む、発明２１に記載の方法。
（発明２３）
前記突然変異の存在又は不在を核酸試料の検査によって実施する、発明２１に記載の方法。
（発明２４）
前記突然変異の存在又は不在をタンパク質試料の検査によって実施する、発明２１に記載の方法。
（発明２５）
アミノ酸５１８で突然変異が取り込まれている突然変異体ＳＭＯタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物についてスクリーニングする方法であって、前記突然変異体ＳＭＯを試験化合物と接触させること、及び前記化合物と前記突然変異体ＳＭＯとの結合を検出することを含み、前記試験化合物と突然変異体ＳＭＯとの結合により、前記試験化合物が突然変異体ＳＭＯの阻害剤であることが示される、方法。
（発明２６）
アミノ酸５１８で突然変異が取り込まれている突然変異体ＳＭＯタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物についてスクリーニングする方法であって、前記突然変異体ＳＭＯを発現する細胞を試験化合物と接触させること、及び前記細胞内のＧｌｉの活性を検出することを含み、Ｇｌｉ活性の存在により、前記試験化合物が突然変異体ＳＭＯの阻害剤でないことが示される、方法。
（発明２７）
位置５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を生じさせる突然変異を有する突然変異体ＳＭＯタンパク質に特異的に結合する化合物を、癌治療を必要としている患者に投与することによって癌を治療する方法。
（発明２８）
前記化合物が、位置５１８でグルタミン酸以外のアミノ酸を有する突然変異体ＳＭＯに特異的に結合する抗体である、発明２７に記載の方法。
（発明２９）
前記化合物が、式Ｉ、ＩＩ、及び／又はＩＩＩの化合物である、発明２７に記載の方法。
【化１】
2014503180.tif 000002
（発明３０）
ＳＭＯ阻害剤に対する耐性の獲得を遅延させるか又は予防する方法であって、
（ａ）式Ｉ、式ＩＩ、及び式ＩＩＩの構造式を有する化合物からなる群から選択されるＳＭＯ阻害剤、並びに
（ｂ）ＰＩ３Ｋ阻害剤
を、それを必要としている患者に投与することを含む、方法。