【手続補正書】
【提出日】平成23年8月31日(2011.8.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＩ３Ｋ経路の活性化状態を、個体において肺疾患のリスクが高まっていることの指標とするための方法であって、該個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＩ３Ｋ経路の活性化状態を測定することを含み、該ＰＩ３Ｋ経路の活性化は、ＰＩ３Ｋ経路が活性化されていない個体と比べて該個体の肺疾患のリスクが高いことを示す、方法。
【請求項２】
前記個体が喫煙者である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記個体が非喫煙者である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記肺疾患が肺癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの遺伝子発現データを用いて測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋが活性化されると増加する遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋが活性化されると減少する遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋ活性化の上流の遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの遺伝子発現データが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの１種類以上の遺伝子発現産物を用いて測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＩＧＦ１Ｒの活性化を評価することにより測定され、ＩＧＦ１Ｒの活性化は該ＰＩ３Ｋ経路の活性化を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＫＣの活性化を評価することにより測定され、ＰＫＣの活性化は該ＰＩ３Ｋ経路の活性化を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＫＣの活性化状態を、個体において肺疾患のリスクが高まっていることの指標とするための方法であって、該個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＫＣの活性化状態を測定することを含み、ＰＫＣの活性化は、ＰＫＣが活性化されていない個体と比べて該個体の肺疾患のリスクが高いことを示す、方法。
【請求項１４】
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＩＧＦ１Ｒの活性化状態を、個体において肺疾患のリスクが高まっていることの指標とするための方法であって、該個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＩＧＦ１Ｒの活性化状態を測定することを含み、ＩＧＦ１Ｒの活性化は、ＩＧＦ１Ｒが活性化されていない個体と比べて該個体の肺疾患のリスクが高いことを示す、方法。
【請求項１５】
ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの１種類以上のプローブが上面に固定化されており、他のバイオマーカーのプローブは該上面に固定化されていない、オリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１６】
前記ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーが、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＫＣおよびその組合せからなる群より選択される、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１７】
肺疾患のリスクのある個体において個体の肺疾患のリスクを低下させるための組成物であって、ＰＩ３Ｋ経路を阻害する１種類以上の薬剤を含む、組成物。
【請求項１８】
前記組成物の投与前に、前記個体においてＰＩ３Ｋ経路が活性化されている、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記肺疾患が肺癌である、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２０】
前記組成物が、肺疾患の発生前に、前記個体に予防的に投与されることを特徴とする、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２１】
細胞試料における細胞学的に正常な試験気道上皮細胞を識別分類する方法であって、
正常気道上皮細胞における対象の生物学的経路の活性化と関連している遺伝子発現の特徴を同定すること、
気道上皮細胞の分類と対象の生物学的経路の活性化間の１つ以上の相関関係を同定するために識別分類された気道上皮細胞における遺伝子発現を評価することと、
細胞学的に正常な試験気道上皮細胞における遺伝子発現を評価することと、
を含み、
ここで、分類対象の細胞学的に正常な気道上皮細胞の遺伝子発現プロフィールにより、対象の生物学的経路が活性化されているかどうかが示され、したがって該細胞が識別分類される、
細胞試料における細胞学的に正常な試験気道上皮細胞を識別分類する方法。
【請求項２２】
前記対象の生物学的経路が発癌経路である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記識別分類が、疾患の高リスク  対  疾患の低リスクである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記識別分類が、処置に対する応答  対  処置に対する非応答である、請求項２１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
また、処置レジメンの有効性は、処置過程における種々の時点で哺乳動物の遺伝子発現印章を評価することにより評価され得る。疾患と関連しているものから疾患と関連していないもの（例えば、正常な印章）への発癌経路の遺伝子発現印章のシフトは、有効な処置を示す。同様に、遺伝子発現印章の正常な印章へのシフトの非存在は、処置が有効でないこと、およびおそらく別の処置レジメンが適応されることを示す。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＩ３Ｋ経路の活性化状態を測定することを含み、該ＰＩ３Ｋ経路の活性化は、前記個体が、ＰＩ３Ｋ経路が活性化されていない個体と比べて肺疾患のリスクが高いことを示す、肺疾患のリスクが高い個体の同定方法。
（項目２）
前記個体が喫煙者である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記個体が非喫煙者である、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記肺疾患が肺癌である、項目１に記載の方法。
（項目５）
ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの遺伝子発現データを用いて測定される、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋが活性化されると増加する遺伝子である、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋが活性化されると減少する遺伝子である、項目５に記載の方法。
（項目８）
前記１種類以上のバイオマーカーの少なくとも１種類が、ＰＩ３Ｋ活性化の上流の遺伝子である、項目５に記載の方法。
（項目９）
前記ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの遺伝子発現データが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて得られる、項目５に記載の方法。
（項目１０）
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの１種類以上の遺伝子発現産物を用いて測定される、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＩＧＦ１Ｒの活性化を評価することにより測定され、ＩＧＦ１Ｒの活性化は該ＰＩ３Ｋ経路の活性化を示す、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記ＰＩ３Ｋ経路の活性化状態が、ＰＫＣの活性化を評価することにより測定され、ＰＫＣの活性化は該ＰＩ３Ｋ経路の活性化を示す、項目１に記載の方法。
（項目１３）
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＰＫＣの活性化状態を測定することを含み、ＰＫＣの活性化は、前記個体が、ＰＫＣが活性化されていない個体と比べて肺疾患のリスクが高いことを示す、肺疾患のリスクが高い個体の同定方法。
（項目１４）
個体由来の細胞学的に正常な気道上皮細胞におけるＩＧＦ１Ｒの活性化状態を測定することを含み、ＩＧＦ１Ｒの活性化は、前記個体が、ＩＧＦ１Ｒが活性化されていない個体と比べて肺疾患のリスクが高いことを示す、肺疾患のリスクが高い個体の同定方法。
（項目１５）
ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーの１種類以上のプローブが上面に固定化されており、他のバイオマーカーのプローブは該上面に固定化されていない、オリゴヌクレオチドアレイ。
（項目１６）
前記ＰＩ３Ｋ経路の１種類以上のバイオマーカーが、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＫＣおよびその組合せからなる群より選択される、項目１５に記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
（項目１７）
肺疾患のリスクのある個体に、ＰＩ３Ｋ経路を阻害する１種類以上の薬剤を投与することを含む、個体の肺疾患のリスクを低下させる方法。
（項目１８）
前記１種類以上の薬剤の投与前に、前記個体においてＰＩ３Ｋ経路が活性化されている、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記肺疾患が肺癌である、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
前記１種類以上の薬剤が、肺疾患の発生前に、前記個体に予防的に投与される、項目１７に記載の方法。
（項目２１）
細胞学的に正常な試験気道上皮細胞を識別分類する方法であって、
正常気道上皮細胞における対象の生物学的経路の活性化と関連している遺伝子発現の特徴を同定すること、
気道上皮細胞の分類と対象の生物学的経路の活性化間の１つ以上の相関関係を同定するために識別分類された気道上皮細胞における遺伝子発現を評価することと、
細胞学的に正常な試験気道上皮細胞における遺伝子発現を評価することと、
を含み、
ここで、分類対象の細胞学的に正常な気道上皮細胞の遺伝子発現プロフィールにより、対象の生物学的経路が活性化されているかどうかが示され、したがって該細胞が識別分類される、
細胞学的に正常な試験気道上皮細胞を識別分類する方法。
（項目２２）
前記対象の生物学的経路が発癌経路である、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記識別分類が、疾患の高リスク対疾患の低リスクである、項目２１に記載の方法。
（項目２４）
前記識別分類が、処置に対する応答対処置に対する非応答である、項目２１に記載の方法。