【手続補正書】
【提出日】平成23年11月30日(2011.11.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
本開示は、改変抗体定常ドメイン分子に関する。一実施形態では、抗体定常ドメインは、ＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＤのＣＨ２ドメインである。別の実施形態では、抗体定常ドメインは、ＩｇＥまたはＩｇＭのＣＨ３ドメインである。本明細書に記載される場合、ＣＨ２ドメイン分子またはＣＨ３ドメイン分子は、小さく、安定で、可溶性で、毒性が最小から無であり、かつ効果的に抗原に結合する。したがって、免疫グロブリンのＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、このＣＨ２ドメインもしくはＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、またはこのＣＨ２ドメインもしくはＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が、異種免疫グロブリン可変ドメインに由来する、相補性決定領域（ＣＤＲ）もしくはその機能性断片（例えば、特異性決定残基（ＳＤＲ）を含む断片）に置換されているか、またはその両方である免疫グロブリンのＣＨ２またはＣＨ３ドメインを含むポリペプチドを本明細書に提供する。本明細書に記載されるＣＨ２ドメイン分子およびＣＨ３ドメイン分子は、約１５ｋＤ未満の分子量を有する。ＣＨ２ドメイン分子またはＣＨ３ドメイン分子を含む組成物、ライブラリー、およびキット、ならびに使用方法も、本明細書に提供する。安定性の増大を示す組換え定常ドメインであって、抗原結合性のＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを構築するためのスキャフォールドとして使用することができる定常ドメインをさらに提供する。また、抗原に特異的に結合する組換えＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを同定する方法と、組換えＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを含むライブラリーを作製する方法とを提供する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭの免疫グロブリンＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含み、（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、ポリペプチド。
（項目２）
前記ポリペプチドがＩｇＧ由来のＣＨ２ドメインを含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目３）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ１が突然変異させられている、項目１または項目２に記載のポリペプチド。
（項目４）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ２が突然変異させられている、項目１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目５）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ３が突然変異させられている、項目１〜４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目６）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＡ-Ｂが突然変異させられている、項目１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目７）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＣ-Ｄが突然変異させられている、項目１〜６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目８）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＥ-Ｆが突然変異させられている、項目１〜７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目９）
ループＡ-ＢがＣＤＲに置換されている、項目１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１０）
ループＥ-ＦがＣＤＲに置換されている、項目１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１１）
前記ＣＤＲがＣＤＲ３である、項目９または項目１０に記載のポリペプチド。 
（項目１２）
約１２ｋＤ〜約１４ｋＤの分子量を有する、項目１〜１１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１３）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１４）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約４アミノ酸のＣ末端切断をさらに含む、項目１〜１３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１５）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されていない、項目１〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１６）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されている、項目１〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１７）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがＦｃ受容体に結合することができる、項目１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１８）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが補体タンパク質に結合することができる、項目１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目１９）
前記補体タンパク質がＣ１ｑである、項目１８に記載のポリペプチド。
（項目２０）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが新生児型Ｆｃ受容体に結合することができる、項目１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目２１）
前記抗原が病原体由来のものである、項目１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目２２）
前記病原体がウイルスまたは細菌である、項目２１に記載のポリペプチド。
（項目２３）
前記ウイルスがヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、項目２に記載のポリペプチド。
（項目２４）
前記抗原が癌特異的抗原または癌関連タンパク質である、項目１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目２５）
前記癌が、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、悪性メラノーマ、乳癌、肺癌、前立腺癌、結腸癌、または腎細胞癌である、項目２４に記載のポリペプチド。
（項目２６）
前記抗原が自己免疫障害または炎症性障害と関連する、項目１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目２７）
項目１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
（項目２８）
項目２７に記載の核酸分子を含むベクター。
（項目２９）
項目２８に記載のベクターを含む単離された宿主細胞。
（項目３０）
項目１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドと薬学的に許容される担体とを含む組成物。
（項目３１）
エフェクター分子または検出可能標識にコンジュゲートされた項目１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む組成物。
（項目３２）
対象のＨＩＶを治療する方法であって、前記対象に治療的有効量の項目２３に記載のポリペプチドを投与する工程を含む方法。
（項目３３）
対象の癌を治療する方法であって、前記対象に治療的有効量の項目２４または項目２５に記載のポリペプチドを投与する工程を含む方法。
（項目３４）
対象の自己免疫障害または炎症性障害を治療する方法であって、前記対象に治療的有効量の項目２６に記載のポリペプチドを投与する工程を含む方法。
（項目３５）
ＨＩＶ感染症の治療用、癌の治療用、または自己免疫障害もしくは炎症性障害の治療用の医薬品を調製するための項目２３〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドの使用。
（項目３６）
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭのＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とを含み、前記第１のアミノ酸置換と前記第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成し、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有する、ポリペプチド。
（項目３７）
前記第１のアミノ酸置換がＮ末端のＡ鎖中にあり、前記第２のアミノ酸置換がＣ末端のＧ鎖中にある、項目３６に記載のポリペプチド。
（項目３８）
ＩｇＧのＣＨ２ドメインを含む、項目３６または項目３７に記載のポリペプチド。
（項目３９）
前記第１のアミノ酸置換がＬ１２からＣ１２へのものであり、前記第２のアミノ酸置換がＫ１０４からＣ１０４へのものである（付番は配列番号５に対するものである）、項目３８に記載のポリペプチド。
（項目４０）
前記第１のアミノ酸置換がＶ１０からＣ１０へのものであり、前記第２のアミノ酸置換がＫ１０４からＣ１０４へのものである（付番は配列番号５に対するものである）、項目３８に記載のポリペプチド。
（項目４１）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、項目３６〜４０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目４２）
（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）、もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、項目３６〜４１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目４３）
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭのＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含み、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有する、ポリペプチド。
（項目４４）
約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、項目４３に記載のポリペプチド。
（項目４５）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とをさらに含み、前記第１のアミノ酸置換と前記第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成する、項目４３または項目４４に記載のポリペプチド。
（項目４６）
（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）、もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、項目４３〜４５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目４７）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されていない、項目３６〜４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目４８）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されている、項目３６〜４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
（項目４９）
標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを同定する方法であって、
（ａ）組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインをその表面上にディスプレイする粒子のライブラリーであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約８アミノ酸のＮ末端欠失を含み、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、前記ライブラリーが、
（ｉ）ＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインの遺伝的に多様な集団をコードする核酸分子のライブラリーであって、前記遺伝的に多様な集団が、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの１つ以上のループ領域に突然変異を導入することによって提供される、ライブラリーを提供することと、
（ｉｉ）前記核酸分子のライブラリーを組換え宿主細胞で発現させ、それによって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが前記粒子の表面上に発現し、かつ前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの核酸分子が前記粒子の遺伝物質によってコードされること、
とによって作製される、ライブラリーを提供する工程と、
（ｂ）前記粒子のライブラリーを前記標的抗原と接触させて、前記標的抗原に特異的に結合する粒子を選択する工程と、
（ｃ）前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの核酸分子を、前記標的抗原に特異的に結合する前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインを発現する前記粒子からクローニングし、それによって、前記標的抗原に特異的に結合するＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを同定する工程と、を含む方法。
（項目５０）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ１に少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ２に少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９または項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ３に少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９〜５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＡ−Ｂに少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９〜５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＣ−Ｄに少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９〜５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＥ−Ｆに少なくとも１つの突然変異を含む、項目４９〜５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記ライブラリーが組換えＣＨ２ドメインを含む、項目４９〜５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記ＣＨ２ドメインがＩｇＧ  ＣＨ２ドメインである、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
標的抗原に特異的に結合する組換えＣＨ２ドメインを同定する方法であって、
（ａ）組換えのＩｇＧ  ＣＨ２ドメインをその表面上にディスプレイする粒子のライブラリーであって、前記ＣＨ２ドメインが約１〜約８アミノ酸のＮ末端欠失を含み、前記ＣＨ２ドメインが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、前記ライブラリーが、
（ｉ）ＣＨ２ドメインの遺伝的に多様な集団をコードする核酸分子のライブラリーであって、前記遺伝的に多様な集団が、前記ＣＨ２ドメインの１つ以上のループ領域に突然変異を導入することによって提供され、前記ループ領域が、ループ１、ループ２、およびループ３から選択される、ライブラリーを提供する工程と、
（ｉｉ）前記核酸分子のライブラリーを組換え宿主細胞で発現させ、それによって、前記ＣＨ２ドメインが前記粒子の表面上に発現し、かつ前記ＣＨ２ドメインの核酸分子が前記粒子の遺伝物質によってコードされる工程、
とによって作製される、ライブラリーを提供する工程と、
（ｂ）前記粒子のライブラリーを前記標的抗原と接触させて、前記標的抗原に特異的に結合する粒子を選択する工程と、
（ｃ）前記ＣＨ２ドメインの核酸分子を、前記標的抗原に特異的に結合する前記ＣＨ２ドメインを発現する前記粒子からクローニングし、それによって、前記標的抗原に特異的に結合するＣＨ２ドメインを同定する工程と、を含む方法。
（項目５９）
前記粒子がファージ粒子である、項目４９〜５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインのライブラリーを作製する方法であって、（ｉ）ＣＨ２ドメインもしくはＣＨ３ドメインのスキャフォールドの１つ以上のループ領域に突然変異を導入する工程、または（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドのループ領域の一部を異種免疫グロブリン可変ドメイン由来のＣＤＲもしくはその機能性断片と置換する工程、または（ｉｉｉ）その両方の工程であって、前記スキャフォールドがＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの単離された免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭの単離された免疫グロブリンＣＨ３ドメインを含む工程、を含む方法。
（項目６１）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断をさらに含む、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが約１〜約４アミノ酸のＣ末端切断をさらに含む、項目６０または項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とをさらに含み、前記第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成する、項目６０〜６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを同定する方法であって、項目６０〜６３のいずれか一項に記載の方法によって産生されたライブラリーを前記標的抗原と接触させ、前記標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを選択する工程を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭの免疫グロブリンＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含み、（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、ポリペプチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドがＩｇＧ由来のＣＨ２ドメインを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ１が突然変異させられている、請求項１または請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ２が突然変異させられている、請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループ３が突然変異させられている、請求項１〜４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＡ-Ｂが突然変異させられている、請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＣ-Ｄが突然変異させられている、請求項１〜６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのループＥ-Ｆが突然変異させられている、請求項１〜７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項９】
ループＡ-ＢがＣＤＲに置換されている、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
ループＥ-ＦがＣＤＲに置換されている、請求項１〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
前記ＣＤＲがＣＤＲ３である、請求項９または請求項１０に記載のポリペプチド。 
【請求項１２】
約１２ｋＤ〜約１４ｋＤの分子量を有する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約４アミノ酸のＣ末端切断をさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されていない、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されている、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがＦｃ受容体に結合することができる、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが補体タンパク質に結合することができる、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記補体タンパク質がＣ１ｑである、請求項１８に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが新生児型Ｆｃ受容体に結合することができる、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
前記抗原が病原体由来のものである、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
前記病原体がウイルスまたは細菌である、請求項２１に記載のポリペプチド。
【請求項２３】
前記ウイルスがヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
前記抗原が癌特異的抗原または癌関連タンパク質である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
前記癌が、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、悪性メラノーマ、乳癌、肺癌、前立腺癌、結腸癌、または腎細胞癌である、請求項２４に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
前記抗原が自己免疫障害または炎症性障害と関連する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２７】
請求項１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
【請求項２８】
請求項２７に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項２９】
請求項２８に記載のベクターを含む単離された宿主細胞。
【請求項３０】
請求項１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドと薬学的に許容される担体とを含む組成物。
【請求項３１】
エフェクター分子または検出可能標識にコンジュゲートされた請求項１〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項３２】
対象におけるＨＩＶを治療するための組成物であって、治療的有効量の請求項２３に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項３３】
対象における癌を治療するための組成物であって、治療的有効量の請求項２４または請求項２５に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項３４】
対象における自己免疫障害または炎症性障害を治療するための組成物であって、治療的有効量の請求項２６に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項３５】
ＨＩＶ感染症の治療用、癌の治療用、または自己免疫障害もしくは炎症性障害の治療用の医薬品を調製するための請求項２３〜２６のいずれか一項に記載のポリペプチドの使用。
【請求項３６】
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭのＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とを含み、前記第１のアミノ酸置換と前記第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成し、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有する、ポリペプチド。
【請求項３７】
前記第１のアミノ酸置換がＮ末端のＡ鎖中にあり、前記第２のアミノ酸置換がＣ末端のＧ鎖中にある、請求項３６に記載のポリペプチド。
【請求項３８】
ＩｇＧのＣＨ２ドメインを含む、請求項３６または請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項３９】
前記第１のアミノ酸置換がＬ１２からＣ１２へのものであり、前記第２のアミノ酸置換がＫ１０４からＣ１０４へのものである（付番は配列番号５に対するものである）、請求項３８に記載のポリペプチド。
【請求項４０】
前記第１のアミノ酸置換がＶ１０からＣ１０へのものであり、前記第２のアミノ酸置換がＫ１０４からＣ１０４へのものである（付番は配列番号５に対するものである）、請求項３８に記載のポリペプチド。
【請求項４１】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、請求項３６〜４０のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４２】
（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）、もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４３】
ＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭのＣＨ３ドメインを含むポリペプチドであって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断を含み、前記ポリペプチドが約１５ｋＤ未満の分子量を有する、ポリペプチド。
【請求項４４】
約７アミノ酸のＮ末端切断を含む、請求項４３に記載のポリペプチド。
【請求項４５】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とをさらに含み、前記第１のアミノ酸置換と前記第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成する、請求項４３または請求項４４に記載のポリペプチド。
【請求項４６】
（ｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループの少なくとも１つが突然変異させられているか、（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインもしくは前記ＣＨ３ドメインのループ領域の少なくとも一部が異種免疫グロブリン可変ドメイン由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）、もしくはその機能性断片に置換されているか、または（ｉｉｉ）その両方であり、かつ前記ポリペプチドが抗原に特異的に結合する、請求項４３〜４５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４７】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されていない、請求項３６〜４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４８】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがグリコシル化されている、請求項３６〜４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項４９】
標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを同定する方法であって、
（ａ）組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインをその表面上にディスプレイする粒子のライブラリーを提供する工程であって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１〜約８アミノ酸のＮ末端欠失を含み、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、前記ライブラリーが、
（ｉ）ＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインの遺伝的に多様な集団をコードする核酸分子のライブラリーを提供する工程であって、前記遺伝的に多様な集団が、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの１つ以上のループ領域に突然変異を導入することによって提供される、工程と、
（ｉｉ）前記核酸分子のライブラリーを組換え宿主細胞で発現させ、それによって、前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインが前記粒子の表面上に発現し、かつ前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの核酸分子が前記粒子の遺伝物質によってコードされる工程と、
によって作製される、工程と、
（ｂ）前記粒子のライブラリーを前記標的抗原と接触させて、前記標的抗原に特異的に結合する粒子を選択する工程と、
（ｃ）前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインの核酸分子を、前記標的抗原に特異的に結合する前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインを発現する前記粒子からクローニングし、それによって、前記標的抗原に特異的に結合するＣＨ２ドメインまたはＣＨ３ドメインを同定する工程と、を含む方法。
【請求項５０】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ１に少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ２に少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９または請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループ３に少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＡ−Ｂに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９〜５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＣ−Ｄに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインがループＥ−Ｆに少なくとも１つの突然変異を含む、請求項４９〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記ライブラリーが組換えＣＨ２ドメインを含む、請求項４９〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＣＨ２ドメインがＩｇＧ  ＣＨ２ドメインである、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
標的抗原に特異的に結合する組換えＣＨ２ドメインを同定する方法であって、
（ａ）組換えのＩｇＧ  ＣＨ２ドメインをその表面上にディスプレイする粒子のライブラリーを提供する工程であって、前記ＣＨ２ドメインが約１〜約８アミノ酸のＮ末端欠失を含み、前記ＣＨ２ドメインが約１５ｋＤ未満の分子量を有し、前記ライブラリーが、
（ｉ）ＣＨ２ドメインの遺伝的に多様な集団をコードする核酸分子のライブラリーを提供する工程であって、前記遺伝的に多様な集団が、前記ＣＨ２ドメインの１つ以上のループ領域に突然変異を導入することによって提供され、前記ループ領域が、ループ１、ループ２、およびループ３から選択される、工程と、
（ｉｉ）前記核酸分子のライブラリーを組換え宿主細胞で発現させ、それによって、前記ＣＨ２ドメインが前記粒子の表面上に発現し、かつ前記ＣＨ２ドメインの核酸分子が前記粒子の遺伝物質によってコードされる工程、
とによって作製される、工程と、
（ｂ）前記粒子のライブラリーを前記標的抗原と接触させて、前記標的抗原に特異的に結合する粒子を選択する工程と、
（ｃ）前記ＣＨ２ドメインの核酸分子を、前記標的抗原に特異的に結合する前記ＣＨ２ドメインを発現する前記粒子からクローニングし、それによって、前記標的抗原に特異的に結合するＣＨ２ドメインを同定する工程と、を含む方法。
【請求項５９】
前記粒子がファージ粒子である、請求項４９〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインのライブラリーを作製する方法であって、（ｉ）ＣＨ２ドメインもしくはＣＨ３ドメインのスキャフォールドの１つ以上のループ領域に突然変異を導入する工程、または（ｉｉ）前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドのループ領域の一部を異種免疫グロブリン可変ドメイン由来のＣＤＲもしくはその機能性断片と置換する工程、または（ｉｉｉ）その両方の工程であって、前記スキャフォールドがＩｇＧ、ＩｇＡ、もしくはＩｇＤの単離された免疫グロブリンＣＨ２ドメイン、またはＩｇＥもしくはＩｇＭの単離された免疫グロブリンＣＨ３ドメインを含む工程、を含む方法。
【請求項６１】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが約１〜約７アミノ酸のＮ末端切断をさらに含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが約１〜約４アミノ酸のＣ末端切断をさらに含む、請求項６０または請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記ＣＨ２ドメインまたは前記ＣＨ３ドメインのスキャフォールドが第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換とをさらに含み、前記第１のアミノ酸置換と第２のアミノ酸置換が各々、もとの残基をシステイン残基と置換し、前記システイン残基がジスルフィド結合を形成する、請求項６０〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを同定する方法であって、請求項６０〜６３のいずれか一項に記載の方法によって産生されたライブラリーを前記標的抗原と接触させ、前記標的抗原に特異的に結合する組換えのＣＨ２ドメインまたは組換えのＣＨ３ドメインを選択する工程を含む方法。