【手続補正書】
【提出日】平成25年11月22日(2013.11.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、各々がそのゲノム内に優良イベントＥＥ−ＧＭ３を含むダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、該イベントを含むレファレンス種子が寄託番号ＮＣＩＭＢ４１６５９の下にＮＣＩＭＢに寄託されている、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項２】
請求項１記載のダイズ植物、種子、細胞、部分若しくは子孫であって、そのゲノムＤＮＡが、それぞれ配列番号４及び配列番号５のヌクレオチド配列を含むプライマー２つを用いたＥＥ−ＧＭ３に関する優良イベントIdentification Protocolを使用して分析した場合に、約２６３ｂｐのＤＮＡフラグメントを与える、ダイズ植物、種子、細胞、部分又は子孫。
【請求項３】
請求項１記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、ここで該優良イベントがキメラＨＰＰＤ  ＰｆＷ３３６コード遺伝子及びキメラ２ｍＥＰＳＰＳコード遺伝子を含む外来性ＤＮＡを含み、該優良イベントが配列番号２のヌクレオチド１〜１４５１と少なくとも９５％配列同一性を有するヌクレオチド配列も該外来性ＤＮＡの直近上流に近接して含みそして配列番号３のヌクレオチド２４１〜１４０８と少なくとも９５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列も該外来性ＤＮＡの直近下流に近接して含む、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項４】
請求項１記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、ここで挿入された外来性ＤＮＡは図１に示された通りであり、そしてここで前記イベントは５’及び３’フランキングＤＮＡ及びそれに近接する外来性ＤＮＡ内部の配列によっても特徴付けされ、ここで該５’フランキングＤＮＡ及びそれに近接する外来性ＤＮＡが配列番号２のヌクレオチド配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含み、そして該３’フランキングＤＮＡ及びそれに近接する外来性ＤＮＡが配列番号３のヌクレオチド配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含み、該図１の挿入された外来性ＤＮＡが寄託番号ＮＣＩＭＢ４１６５９の下にＮＣＩＭＢに寄託されている、ダイズイベントＥＥ−ＧＭ３を含むレファレンス種子において存在している、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項５】
請求項１記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、ここで該イベントにおける該外来性ＤＮＡが、ヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列を含むか、ヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列と少なくとも９５％の配列同一性を有する配列を含むかするものであり、そしてここで該５’フランキング領域がヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列と少なくとも９５％配列同一性を有するヌクレオチド配列を含み、そして該３’フランキング領域がヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３のヌクレオチド配列と少なくとも９５％配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項６】
ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、そのゲノムにヌクレオチド位置１８８からヌクレオチド位置７２５２の配列番号１のヌクレオチド配列と少なくとも９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその相補体を含む核酸分子を含む、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫
【請求項７】
ヌクレオチド位置１８８からヌクレオチド位置７２５２の配列番号１のヌクレオチド配列と少なくとも９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその配列の相補体を含み、ヌクレオチド１４４１からヌクレオチド１４６２までの配列番号２と少なくとも９９％同一なヌクレオチド配列及びヌクレオチド２３０から２５１までの配列番号３と少なくとも９９％同一なヌクレオチド配列を含む、例えばヌクレオチド位置１８８からヌクレオチド位置７２５２の配列番号１のヌクレオチド配列と少なくとも９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその配列の相補体を含み、ヌクレオチドヌクレオチド１４３１からヌクレオチド１４６２までの配列番号２と少なくとも９９％同一なヌクレオチド配列及びヌクレオチド２２０から２６１までの配列番号３と少なくとも９９％同一なヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項８】
請求項７記載の核酸分子であって、ヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列又はその相補体と少なくとも９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、又は配列番号１１又はその相補体に少なくとも９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項９】
下記のヌクレオチド配列：
ａ）ヌクレオチド１から１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列；
ｂ）ヌクレオチド６７６０からヌクレオチド６９５８までの配列番号１のヌクレオチド配列の相補体のヌクレオチド配列；
ｃ）ヌクレオチド６８７４からヌクレオチド７２９８までの配列番号１のヌクレオチド配列：
ｄ）ヌクレオチド７からヌクレオチド７２９１までの配列番号１のヌクレオチド配列；
ｅ）ヌクレオチド１２からヌクレオチド７２６５までの配列番号１のヌクレオチド配列；
ｆ）ヌクレオチド２１７からヌクレオチド２４０までの配列番号３のヌクレオチド配列；及び、
ｇ）ヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３のヌクレオチド配列；
又はそれらと少なくとも９９％同一な配列を順次含む、請求項７記載の核酸分子。
【請求項１０】
ヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列、又はその相補体、と少なくとも９５％配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、ヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列とハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１１】
配列番号１１のヌクレオチド配列と少なくとも９５％配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むか、配列番号１１のヌクレオチド配列とハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、請求項１０記載の核酸分子。
【請求項１２】
請求項７〜１１記載の核酸分子を含むダイズゲノムＤＮＡ。
【請求項１３】
請求項７〜１１記載の核酸分子をそのゲノムに含む、ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項１４】
請求項１〜６又は１３のいずれか一項記載のイベントＥＥ−ＧＭ３を含む種子から生産されたダイズ製品。
【請求項１５】
請求項１〜６又は１３のいずれか一項記載のイベントＥＥ−ＧＭ３を含むダイズ種子を得ること、そしてそれからダイズ製品を生産することを含む、ダイズ製品を生産する方法。
【請求項１６】
雑草を抑制するための方法であって、請求項１〜６又は１３のいずれか一項に記載のＥＥ−ＧＭ３を含む種子が播かれた圃場を、ダイズ植物が出現する前ではあるが種子を播種した後にＨＰＰＤ阻害剤除草剤、例えばイソキサフルトール、で処理すること、任意で続けてグリホセート又はＨＰＰＤ阻害剤−グリホセート混合物を植物の上面に出芽後除草剤として適用することを含む、方法。
【請求項１７】
雑草を抑制するための方法であって、請求項１〜６又は１３のいずれか一項に記載のＥＥ−ＧＭ３を含むダイズ植物をＨＰＰＤ阻害剤、例えばイソキサフルトール、で植物の上面に処理すること、任意で処理と共に、その後、又はそれに先立ってグリホセートが適用される、方法。
【請求項１８】
請求項１〜６又は１３のいずれか一項記載のイベントＥＥ−ＧＭ３を含むダイズ植物の圃場において又はそのようなダイズ植物を植栽するべき圃場において雑草を抑制するための方法であって、該圃場をイソキサフルトール系除草剤の有効量で処理することを含み、ここでそのような植物はそのような除草剤に対して耐性である、方法。
【請求項１９】
請求項１〜６又は１３のいずれか一項記載のイベントＥＥ−ＧＭ３をそのような植物のゲノム内に導入することを含む、グリホセート及び／又はイソキサフルトール除草剤に対して耐性であるダイズ植物を製造するための方法。
【請求項２０】
生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３を識別するための方法であって、方法がＥＥ−ＧＭ３中に除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’又は３’フランキング領域を特異的に認識する特異的プライマー又はプローブを用いたＥＥ−ＧＭ３特異的領域の検出を含む、方法。
【請求項２１】
少なくとも２つのプライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応を用いて該生物学的試料中に存在する核酸から５０〜１０００ｂｐのＤＮＡフラグメントを増幅することを含み、ここで、該プライマーの一方はＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング領域、ここで該５’フランキング領域はヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列を含むもの、又はＥＥ−ＧＭ３の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの３’フランキング領域、ここで該３’フランキング領域はヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３の相補体のヌクレオチド配列を含むもの、を認識し、該プライマーの他方のプライマーはヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までの配列番号２の相補体のヌクレオチド配列、又はヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までの配列番号３のヌクレオチド配列を含む外来性ＤＮＡ内部の配列を認識するか、又は、該プライマーの他方のプライマーはヌクレオチド位置１８８からヌクレオチド位置７２５２までの配列番号１のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含むか又はヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含むかする外来性ＤＮＡ内部の配列を認識する、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
５’フランキング領域を認識する該プライマーがその最３’末端においてヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含むか、又はＥＥ−ＧＭ３の３’フランキング領域を認識する該プライマーがその最３’末端においてヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３の相補体のヌクレオチド配列から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、そして、外来性ＤＮＡ内部の配列を認識する該プライマーが、ヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までの配列番号２の相補体のヌクレオチド配列、又はヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までの配列番号３のヌクレオチド配列、又はヌクレオチド１８８〜ヌクレオチド７２５２までの配列番号１のヌクレオチド配列若しくはその相補体、又はヌクレオチド位置１４５２からヌクレオチド位置１６６３８までの配列番号１１のヌクレオチド配列若しくはその相補体から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドを含む、又は該プライマーが配列番号５及び配列番号４の配列をそれぞれ含むか配列番号７及び配列番号４の配列をそれぞれ含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
ＥＥ−ＧＭ３特異的検出における使用に適するプライマー対であって、ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング領域内部の配列、ここで該５’フランキング領域はヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列を含む、を認識する第１のプライマーと、該５’フランキング領域に近接する挿入された外来性ＤＮＡ内部の配列、ここで該５’フランキング領域に近接する該挿入された外来性ＤＮＡはヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までの配列番号２の相補体のヌクレオチド配列を含む、を認識する第２のプライマーとを含むか；ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの３’フランキング領域内部の配列を認識する第１のプライマーと、該３’フランキング領域に近接する挿入された外来性ＤＮＡ内部の配列、ここで該３’フランキング領域はヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３の相補体のヌクレオチド配列を含みそして該３’フランキング領域に近接する該挿入された外来性ＤＮＡはヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までの配列番号３の配列を含む、を認識する第２のプライマーを含む、プライマー対。
【請求項２４】
該プライマーの一方が、好ましくはその最３’末端において、ヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列、又はヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの配列番号３の相補体のヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む、請求項２３記載のプライマー対。
【請求項２５】
配列番号５の配列をその最３’末端に含む第１のプライマー及び配列番号４の配列をその最３’末端に含む第２のプライマーを含む、請求項２３記載のプライマー対。
【請求項２６】
ＥＥ−ＧＭ３に対して特異的なプローブに生物学的試料の核酸をハイブリダイズさせることを含み、ここで該特異的プローブの配列が、ＥＥ−ＧＭ３の５’フランキング配列若しくは３’フランキング配列及びそれに近接する外来性ＤＮＡの配列の部分を含む配列又はその相補体と少なくとも８０％の配列同一性を有する、例えばヌクレオチド１４３１から１４７２までの配列番号２若しくはヌクレオチド２２０〜２６１の配列番号３、又は該配列の相補体と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２０記載の方法。
【請求項２７】
生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３の識別のための特異的プローブであって、ＥＥ−ＧＭ３中に除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング配列若しくは３’フランキング配列及びそれに近接する外来性ＤＮＡの配列の部分の配列又はその相補体と少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、例えばヌクレオチド１４４１から１４６２までの配列番号２又はヌクレオチド２３０から２５１までの配列番号３、若しくは該配列の相補体と配列同一性少なくとも８０％を有する、プローブ。
【請求項２８】
ＥＥ−ＧＭ３を特異的に認識するプライマー対又はプローブを含むキットであって、該プライマー対は請求項２３〜２５のいずれか一項に記載のプライマー対であり、該プローブは請求項２７記載のプローブである、キット。
【請求項２９】
種子の純度を確認するための、又はＥＥ−ＧＭ３の存在に関して種子をスクリーニングするための、請求項２０記載の方法であって、方法が種子試料中のＥＥ−ＧＭ３中に除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’又は３’フランキング領域を特異的に認識する特異的プライマー又はプローブによるＥＥ−ＧＭ３特異的領域の検出を含む、方法。
【請求項３０】
優良イベントＥＥ−ＧＭ３を含む植物、植物、植物性物質又は種子の接合生殖性を測定するための方法であって、該方法が、少なくとも３つのプライマーによるポリメラーゼ連鎖反応を用いてこれら生物学的試料中に存在する核酸から１００〜１０００ｂｐのＤＮＡフラグメントを増幅することを包含し、ここで挿入前の植物ＤＮＡを特異的に認識する該プライマーの２つは、それらが相互を指向しそしてプライマー間に所在する挿入部位を有するような態様で設計され、該プライマーの３番目は該外来性ＤＮＡ内部の配列を認識し、それによりトランスジェニック遺伝子座又は相当する野生型の遺伝子座に関して植物がホモ接合で有る場合、診断的ＰＣＲはトランスジェニック又は野生型の何れかに関して単一のＰＣＲ産物をもたらし、そして植物がトランスジェニックの遺伝子座に関して半接合である場合、２つの遺伝子座に特異的なＰＣＲ産物が出現することになり、トランスジェニック及び野生型の遺伝子座の増幅の両方を反映している、方法。
【請求項３１】
標的核酸配列の再利用を介してプローブ：標的核酸の比を増幅する実質的に相補な標識された核酸とのハイブリダイゼーションを介して生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３の存在を検出するための方法であって、該方法が下記工程：
ａ）該標的核酸配列を、ヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１４６９までの配列番号２のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含む第１の核酸オリゴヌクレオチド、又は、ヌクレオチド２２３からヌクレオチド２４０までの配列３のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含む該第１の核酸オリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせること；
ｂ）該標的核酸配列を、ヌクレオチド１４３４からヌクレオチド１４５１までの配列番号２のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含む第２の核酸オリゴヌクレオチド、又はヌクレオチド２４１からヌクレオチド２５８までの配列番号３のヌクレオチド配列若しくはその相補体を含む該標識された核酸プローブにハイブリダイズさせること、ここで該第１及び第２のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのヌクレオチドで重複しており、そしてここで該第１又は該第２のオリゴヌクレオチドの何れかが標識されて該標識された核酸プローブとなるものである；
ｃ）選択的プローブ切断を起こすことによりデュプレックス解離をもたらす酵素によりプローブ:標的核酸配列デュプレックス内部の標識されたプローブのみを切断し、標的配列は未損傷のままとすること；
ｄ）工程（ａ）から（ｃ）を反復することにより標的核酸配列を再使用すること；
ｅ)切断された標識されたプローブを検出することにより、該標的核酸配列の存在を測定すること；
を含む、方法。