【手続補正書】
【提出日】平成26年1月10日(2014.1.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ．高純度ＶＰ１粒子（ＨＰＶＬＰ）と対象から得られた生体試料中のＪＣウイルス（ＪＣＶ）抗体の結合に適切な条件下で、ＨＰＶＬＰと該試料を接触させることと；
ｂ．ＨＰＶＬＰに対する該試料中のＪＣＶ抗体の結合レベルを検出することと；
ｃ．参照用セットと検出レベルを相関させることと、
を含み、該参照用セットが、偽陰性率が３％以下となるように選択される、
方法。
【請求項２】
前記偽陰性率が１％以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＨＰＶＬＰの少なくとも２０％が、ＨＰＶＬＰ中に５個を超えるＶＰ１ポリペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＨＰＶＬＰの少なくとも７０％が、ＨＰＶＬＰ中に５個を超えるＶＰ１ポリペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＨＰＶＬＰが固体基質上に固定化される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ＨＰＶＬＰが基本的にＶＰ１ポリペプチドからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ＨＰＶＬＰが、ＶＰ２又はＶＰ３のうち少なくとも１つをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＨＰＶＬＰ中のＶＰ１が組み換えＶＰ１である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記ＨＰＶＬＰ中の少なくとも１つのＶＰ１が突然変異体ＶＰ１である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記生体試料が血清である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記試料が、免疫調節物質を処方されている対象、免疫調節物質を摂取することを検討している対象又は進行性多巣性白室脳症（ＰＭＬ）に罹患している疑いのある対象由来である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象においてＰＭＬのリスクが上昇していることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補ではないことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合を検出できないことが、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であり、免疫調節物質による治療時に有害症状について監視が強化されることを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記有害症状がＰＭＬの発現を示す、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記免疫調節物質による治療を受けるものと認定された対象に、前記免疫調節物質が投与されることを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
初回の検査で生体試料がＪＣＶ抗体を有しないと判定された対象に、該初回の検査後、ＪＣＶ抗体の存在についての少なくとも年に１回の再検査が行われることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
生体試料がＪＣＶ抗体を有すると判定された対象が、続いて、後日、ＪＣＶ抗体を有さないと判定されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であると判定されることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記免疫調節物質による治療時に有害症状について、前記対象に監視強化が行われることを特徴とする、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記免疫調節物質がナタリズマブである、請求項１１又は１３から１５に記載の方法。
【請求項２３】
免疫調節物質を処方されているか又は免疫調節物質を摂取することを検討している対象が、前記免疫調節物質を以前投与されたことがない、請求項１１に記載の方法。
【請求項２４】
前記対象が、前記免疫調節物質の投与を以前に１回以上受けている、請求項１１に記載の方法。
【請求項２５】
ｄ．段階（ａ）の前に、前記対象からの生体試料の一部を溶液中でＨＰＶＬＰと接触させ、段階（ａ）のＨＰＶＬＰが固体基質に結合され、それにより二次試料が得られ；
ｅ．（ａ）と同じ条件下でＨＰＶＬＰと該二次試料を接触させ；
ｆ．該二次試料中でのＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合レベルを検出し；
ｇ．該二次試料中のＪＣＶ抗体の検出レベルを、ＨＰＶＬＰなしで該溶液とインキュベーションした場合の該生体試料中の結合レベルと比較することをさらに含み、
溶液インキュベーション試料と比較して、ＨＰＶＬＰとともに予めインキュベーションした試料における検出レベルが低下していることが、該試料がＪＣＶ抗体陽性であることを示し、検出レベルが不変であることが、該試料中にＪＣＶ抗体がないことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
ＭＳ及びＣＤ患者における使用について検証された、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＨＰＶＬＰと、ＪＣＶ抗体レベルを特定するためにアッセイを行うための少なくとも１つの試薬と、を含む、キット。
【請求項２８】
基本的にＶＰ１五量体よりもサイズが大きいＶＰ１含有粒子からなる、ＶＰ１粒子を含む溶液。
【請求項２９】
ＶＰ１五量体以下のサイズであるＶＰ１粒子を溶液から除去する方法を含む、ＶＰ１粒子の溶液を調製する方法。
【請求項３０】
高純度ＶＰ１粒子（ＨＰＶＬＰ）への生体試料中のＪＣウイルス（ＪＣＶ）抗体の結合の検出されたレベルを、ＰＭＬを発現するリスクのある対象を特定する指標とする方法であって、
ａ．ＨＰＶＬＰへの対象から得られた該生体試料中のＪＣＶ抗体の結合に対して適切な条件下で、ＨＰＶＬＰと該生体試料を接触させることと；
ｂ．ＨＰＶＬＰへの該試料中のＪＣＶ抗体の結合レベルを検出することと；
ｃ．参照用セットと検出レベルを相関させることと、
を含み、ＪＣＶ抗体結合が検出される場合は該対象のＰＭＬのリスクが高い、方法。
【請求項３１】
前記参照用セットが、偽陰性率が３％以下となるように選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルを、対象におけるＰＭＬリスクを特定する指標とする方法であって、
ａ．対象由来の該試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｂ．該試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルに従い、該対象に対するリスクレベルを判定することと、
を含む、方法。
【請求項３３】
前記対象が、抗ＶＬＡ４治療を受けているか又は抗ＶＬＡ４治療を受けるための候補である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記抗ＶＬＡ４治療がナタリズマブである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記対象が多発性硬化症又はクローン病と診断されている、請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記抗ＪＣＶ抗体レベルが、１段階アッセイ又は２段階アッセイを用いて測定される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３７】
前記１段階アッセイ又は前記２段階アッセイがＥＬＩＳＡアッセイを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ｃ．段階（ａ）の初回試料の後の日付からの試料において、前記対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｄ．段階（ａ）の初回試料からの試料中のレベルと後日からの試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルを比較することと；
ｅ．段階（ａ）の初回試料の時間と比較して後の日付で該対象のＰＭＬのリスクが上昇しているか否かを判定することと、をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３９】
抗ＪＣＶ抗体レベルを、対象におけるＰＭＬリスクを監視する指標とする方法であって、
ａ．第一の日付からの試料を用いて対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｂ．第一の日付の対象の抗ＪＣＶ抗体レベルに基づきＰＭＬのリスクを判定することと；
ｃ．第二の日付からの試料を用いて該対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｄ．第二の日付の対象における抗ＪＣＶ抗体レベルに基づきＰＭＬのリスクを判定することと、
を含む、方法。
【請求項４０】
ａ．ＶＰ１核酸を含む細胞を提供することと；
ｂ．ＶＰ１を発現するための条件下で該細胞を培養することと；
ｃ．該細胞を溶解することと；
ｄ．該細胞溶解液をヌクレアーゼで処理することと；
ｅ．該溶解液から細胞残屑を沈殿させることと；
ｆ．塩析沈殿によって夾雑タンパク質を除去することと；
ｇ．ＶＰ１含有上清を濃縮することと；
ｈ．濃縮したＶＰ１含有上清をダイアフィルトレーション処理することと；
ｉイオン交換精製によりＶＰ１含有溶液を精製し、それによりＨＰＶＬＰを含む標品を調製することと、
を含む、ＨＰＶＬＰを含む標品を調製する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
このような「高純度」粒子は、複数のＶＰ１五量体、例えば少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、７２個のＶＰ１五量体、１００個以下のＶＰ１五量体を含有する。このような高純度粒子は、例えば二重ろ過を含む方法によって得ることができる。例えば、ある実施態様において、ＶＬＰの高純度標品は、例えばスクロースクッション法を通じて、遠心によって少なくとも２回粒子を精製することによって得られる。一般に、ＨＰＶＬＰ標品は、指定の対照試料を用いてＥＬＩＳＡアッセイにおいてその活性により同定することができる。ある場合においては、このような対照試料は、陰性対照及び／又は低レベルのＪＣＶ抗体を含有する対照試料である。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
ａ．対象から生体試料を得ることと；
ｂ．高純度ＶＰ１粒子（ＨＰＶＬＰ）と該試料中のＪＣウイルス（ＪＣＶ）抗体の結合に適切な条件下で、ＨＰＶＬＰと該試料を接触させることと；
ｃ．ＨＰＶＬＰに対する該試料中のＪＣＶ抗体の結合レベルを検出することと；
ｄ．参照用セットと検出レベルを相関させることと、
を含み、該参照用セットが、偽陰性率が３％以下となるように選択される、
方法。
（項目２）
前記偽陰性率が１％以下である、項目１に記載の方法。
（項目３）
ＨＰＶＬＰの少なくとも２０％が、ＨＰＶＬＰ中に５個を超えるＶＰ１ポリペプチドを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
ＨＰＶＬＰの少なくとも７０％が、ＨＰＶＬＰ中に５個を超えるＶＰ１ポリペプチドを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記ＨＰＶＬＰが固体基質上に固定化される、項目１に記載の方法。
（項目６）
ＨＰＶＬＰが基本的にＶＰ１ポリペプチドからなる、項目１に記載の方法。
（項目７）
ＨＰＶＬＰが、ＶＰ２又はＶＰ３のうち少なくとも１つをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記ＨＰＶＬＰ中のＶＰ１が組み換えＶＰ１である、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記ＨＰＶＬＰ中の少なくとも１つのＶＰ１が突然変異体ＶＰ１である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記生体試料が血清である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記試料が、免疫調節物質を処方されている対象、免疫調節物質を摂取することを検討している対象又は進行性多巣性白室脳症（ＰＭＬ）に罹患している疑いのある対象由来である、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象においてＰＭＬのリスクが上昇していることを示す、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補ではないことを示す、項目１に記載の方法。
（項目１４）
ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合を検出できないことが、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であることを示す、項目１に記載の方法。
（項目１５）
ＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合の検出が、前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であり、免疫調節物質による治療時に有害症状について監視が強化されることを示す、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記有害症状がＰＭＬの発現を示す、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記免疫調節物質による治療を受けるものと認定された対象が、前記免疫調節物質をさらに投与される、項目１４に記載の方法。
（項目１８）
初回の検査で生体試料がＪＣＶ抗体を有しないと判定された対象が、該初回の検査後、ＪＣＶ抗体の存在について少なくとも年に１回再検査を受ける、項目１に記載の方法。
（項目１９）
生体試料がＪＣＶ抗体を有すると判定された対象が、続いて、後日、ＪＣＶ抗体を有さないと判定される、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記対象が免疫調節物質での治療を受ける候補であると判定される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記対象が、免疫調節物質による治療時に有害症状について監視強化を受ける、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記免疫調節物質がナタリズマブである、項目１１又は１３から１５に記載の方法。
（項目２３）
免疫調節物質を処方されているか又は免疫調節物質を摂取することを検討している対象が、前記免疫調節物質を以前投与されたことがない、項目１１に記載の方法。
（項目２４）
前記対象が、前記免疫調節物質の投与を以前に１回以上受けている、項目１１に記載の方法。
（項目２５）
ｅ．段階（ｂ）の前に、前記対象からの生体試料の一部を溶液中でＨＰＶＬＰと接触させ、段階（ｂ）のＨＰＶＬＰが固体基質に結合され、それにより二次試料が得られ；
ｆ．（ｂ）と同じ条件下でＨＰＶＬＰと該二次試料を接触させ；
ｇ．該二次試料中でのＨＰＶＬＰへのＪＣＶ抗体結合レベルを検出し；
ｈ．該二次試料中のＪＣＶ抗体の検出レベルを、ＨＰＶＬＰなしで該溶液とインキュベーションした場合の該生体試料中の結合レベルと比較することをさらに含み、
溶液インキュベーション試料と比較して、ＨＰＶＬＰとともに予めインキュベーションした試料における検出レベルが低下していることが、該試料がＪＣＶ抗体陽性であることを示し、検出レベルが不変であることが、該試料中にＪＣＶ抗体がないことを示す、項目１に記載の方法。
（項目２６）
ＭＳ及びＣＤ患者における使用について検証された、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
ＨＰＶＬＰと、ＪＣＶ抗体レベルを特定するためにアッセイを行うための少なくとも１つの試薬と、を含む、キット。
（項目２８）
基本的にＶＰ１五量体よりもサイズが大きいＶＰ１含有粒子からなる、ＶＰ１粒子を含む溶液。
（項目２９）
ＶＰ１五量体以下のサイズであるＶＰ１粒子を溶液から除去する方法を含む、ＶＰ１粒子の溶液を調製する方法。
（項目３０）
ａ．対象から生体試料を得ることと；
ｂ．ＨＰＶＬＰへの該試料中のＪＣウイルス（ＪＣＶ）抗体の結合に対して適切な条件下で、高純度ＶＰ１粒子（ＨＰＶＬＰ）と該生体試料を接触させることと；
ｃ．ＨＰＶＬＰへの該試料中のＪＣＶ抗体の結合レベルを検出することと；
ｄ．参照用セットと検出レベルを相関させることと、を含み、ＪＣＶ抗体結合が検出される場合は該対象のＰＭＬのリスクが高い、
ＰＭＬを発現するリスクのある対象を特定する方法。
（項目３１）
前記参照用セットが、偽陰性率が３％以下となるように選択される、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
ａ．対象由来の試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｂ．該試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルに従い、該対象に対するリスクレベルを判定することと、を含む、対象においてＰＭＬリスクを特定する方法。
（項目３３）
前記対象が、抗ＶＬＡ４治療を受けているか又は抗ＶＬＡ４治療を受けるための候補である、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記抗ＶＬＡ４治療がナタリズマブである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記対象が多発性硬化症又はクローン病と診断されている、項目３２に記載の方法。
（項目３６）
前記抗ＪＣＶ抗体レベルが、１段階アッセイ又は２段階アッセイを用いて測定される、項目３２に記載の方法。
（項目３７）
前記１段階アッセイ又は前記２段階アッセイがＥＬＩＳＡアッセイを含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
ｃ．段階（ａ）の初回試料の後の日付からの試料において、前記対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｄ．段階（ａ）の初回試料からの試料中のレベルと後日からの試料中の抗ＪＣＶ抗体レベルを比較することと；
ｅ．段階（ａ）の初回試料の時間と比較して後の日付で該対象のＰＭＬのリスクが上昇しているか否かを判定することと、をさらに含む、項目３２に記載の方法。
（項目３９）
ａ．第一の日付からの試料を用いて対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｂ．第一の日付の対象の抗ＪＣＶ抗体レベルに基づきＰＭＬのリスクを判定することと；
ｃ．第二の日付からの試料を用いて該対象における抗ＪＣＶ抗体レベルを測定することと；
ｄ．第二の日付の対象における抗ＪＣＶ抗体レベルに基づきＰＭＬのリスクを判定することと、を含む、対象においてＰＭＬリスクを監視する方法。
（項目４０）
ａ．ＶＰ１核酸を含む細胞を提供することと；
ｂ．ＶＰ１を発現するための条件下で該細胞を培養することと；
ｃ．該細胞を溶解することと；
ｄ．該細胞溶解液をヌクレアーゼで処理することと；
ｅ．該溶解液から細胞残屑を沈殿させることと；
ｆ．塩析沈殿によって夾雑タンパク質を除去することと；
ｇ．ＶＰ１含有上清を濃縮することと；
ｈ．濃縮したＶＰ１含有上清をダイアフィルトレーション処理することと；
ｉイオン交換精製によりＶＰ１含有溶液を精製し、それによりＨＰＶＬＰを含む標品を調製することと、
を含む、ＨＰＶＬＰを含む標品を調製する方法。