【手続補正書】
【提出日】平成26年9月26日(2014.9.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中に含有される核酸標的配列の鋳型を増幅するための方法であって、
前記核酸標的配列の鋳型に相補的なプライマーを含有する増幅反応混合物と前記試料を接触させることと、
反応の温度を上位温度と下位温度との間で周期的に変動させ、温度の変化を、複数回の温度サイクル中、２０℃以下とすることと、
前記核酸標的配列の鋳型を増幅することと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記温度の変化が、複数回の温度サイクル中、１５℃以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記温度の変化が、複数回の温度サイクル中、１０℃以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記温度の変化が、複数回の温度サイクル中、５℃以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記上位温度または前記下位温度に到達した後、前記反応の温度が、設定期間にわたり温度のゆらぎ内に維持される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記温度範囲内で上位または下位温度に到達した後、前記反応の温度が他の温度に変化させられる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記下位温度が５０℃以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記上位温度が８５℃以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸標的配列の鋳型が１本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記核酸標的配列の鋳型が２本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記核酸標的配列の鋳型がＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記核酸標的配列の鋳型がＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的核酸の長さが１０００ｂｐ未満であり得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記標的核酸の長さが２５０ｂｐ未満であり得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記標的核酸の長さが１５０ｂｐ未満であり得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記標的核酸の長さが１００ｂｐ未満であり得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記増幅反応混合物が、前記核酸の鋳型の逆鎖に結合するプライマー対を含む、請求項１から請求項１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記プライマー対が、その溶融温度が６５℃以上となるような長さおよびＧＣ含量を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記プライマー対が、その溶融温度が７０℃以上となるような長さおよびＧＣ含量を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記プライマー対が、３５から７０塩基対の間の長さを有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記プライマー対の各プライマーの溶融温度が、７０から８０℃の間である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
前記プライマー対が、それぞれ４０から４７塩基対の間の長さを有するフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
試料中に含有される核酸標的配列の鋳型を増幅させるための方法であって、
前記試料を、
３５から７０塩基対の長さを有し、前記核酸標的配列の鋳型に対して相補的であるプライマーまたはプライマー対であって、前記プライマー対の各プライマーの溶融温度が７０から８０℃の間である、プライマーまたはプライマー対と、
ＤＭＳＯと、
一価陽イオンと、
二価陽イオンと、
ｄＮＴＰと、
ＤＮＡポリメラーゼと、
を含む増幅反応混合物と、を接触させることと、
反応の温度を上位温度と下位温度との間で周期的に変動させ、前記温度の変化を、複数回の温度サイクル中、約２０℃以下とすることと、
前記核酸標的配列の鋳型を増幅することと、
を含む、方法。
【請求項２４】
前記二価陽イオンが、マグネシウム、マンガン、銅、亜鉛またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される塩である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記一価陽イオンが、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、アンモニウム、またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される塩である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記増幅反応混合物が核酸不安定化剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記増幅反応が、ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼである、請求項２３または２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、ＴＡＱ  ＤＮＡポリメラーゼ、ＶｅｎｔＲ  ＤＮＡポリメラーゼおよび、ＤｅｅｐＶｅｎｔＲ  ＤＮＡポリメラーゼからなる群から選択される、請求項２３または２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、鎖置換活性を含む、請求項２３または２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を有さない、請求項２３または２７に記載の方法。
【請求項３２】
前記増幅反応混合物が、逆転写酵素およびＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項３３】
前記逆転写酵素が耐熱性逆転写酵素である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記逆転写酵素が、ＡＭＶ−ＲＴ、ＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩ逆転写酵素、ＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩＩ逆転写酵素またはＭＭＬＶ−ＲＴから選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記増幅反応混合物が、１本鎖結合タンパク質を含む、請求項１または２３に記載の方法。
【請求項３６】
前記１本鎖結合タンパク質が、耐熱性の１本鎖結合タンパク質である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記１本鎖結合タンパク質が、非耐熱性の１本鎖結合タンパク質である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記不安定化剤がジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）またはホルムアミドである、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記試料がアルコール不含ではない、請求項１または２３に記載の方法。
【請求項４０】
前記試料が塩不含ではない、請求項１または２３に記載の方法。
【請求項４１】
前記増幅反応混合物が、増幅反応混合緩衝液を含み、該増幅反応混合緩衝液は、
１本鎖または２本鎖核酸不安定化剤と、
一価陽イオンと、
二価陽イオンと、
ｄＮＴＰと、
活性を支えるためにｐＨで緩衝化されているＤＮＡポリメラーゼと、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
１本鎖結合タンパク質をさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記不安定化剤がジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）またはホルムアミドである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記二価陽イオンが、マグネシウム、マンガン、銅、亜鉛またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される塩である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記一価陽イオンが、ナトリウム、カリウム、リチウム、ルビジウム、セシウム、アンモニウムまたはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される塩である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、ＴＡＱ  ＤＮＡポリメラーゼ、ＶｅｎｔＲ  ＤＮＡポリメラーゼおよびＤｅｅｐＶｅｎｔＲ  ＤＮＡポリメラーゼからなる群から選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、鎖置換活性を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４９】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、３’→５’エキソヌクレアーゼ活性を有さない、請求項４１に記載の方法。