【手続補正書】
【提出日】平成26年1月30日(2014.1.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸サンプルをシーケンシングする方法であって、
ａ．複数の粒子を提供することであって、前記複数の粒子のそれぞれが、前記核酸サンプルから生じた、平均して１つ未満の核酸分子に結合していることと、
ｂ．前記粒子に結合した前記核酸分子上で核酸増幅反応を行うことであって、これにより、前記複数の粒子の少なくとも一部に結合した、隔離されクローン増幅された核酸分子を生成することと、
ｃ．前記クローン増幅された核酸分子にハイブリダイズするプライマーを用いて、核酸伸長反応を行うことと、
ｄ．複数のセンサを備えるセンサアレイを用いて、前記粒子のそれぞれの局所的なインピーダンス変化を検出して、前記クローン増幅された核酸分子のそれぞれの配列を決定して、前記核酸サンプルをシーケンスすることと、
を含む方法。
【請求項２】
前記核酸増幅反応が、エマルジョンフリーである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ｂ．の次に、クローン増幅された核酸分子を担持するビーズを、クローン増幅された核酸分子を担持しないビーズから分離することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ｂ．が前記センサアレイに隣接して捕捉された前記複数の粒子で行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ｃ．及びｄ．が同時に行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ｃ．及びｄ．が異なる緩衝液中で行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記粒子がビーズである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記粒子が磁性体である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記ｃ．において、前記粒子が磁気的に固定化されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記ｄ．において、前記複数の粒子の中の個々の粒子が、前記複数のセンサの中の少なくとも２つのセンサに隣接している、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記核酸伸長反応が、シーケンシング前のヌクレオチドの核酸鎖中への取り込みを含み、前記核酸鎖が前記粒子に会合している、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
個々のセンサの表面、粒子、又は粒子に担持された核酸分子、のデバイ長内で、前記複数のセンサの中の個々のセンサが、前記複数の粒子の中の粒子の前記局所的なインピーダンス変化を測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記個々のセンサが少なくとも２つの電極を備え、前記局所的なインピーダンス変化を測定している間、前記２つの電極が互いに前記デバイ長内にある、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸増幅反応が、前記粒子に電場をかけながら行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記電場が、ＤＣおよびＡＣコンポーネントを有する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記電場を、前記粒子のそれぞれの周囲のテンプレートＤＮＡ断片、プライマー、ポリメラーゼ、およびｄＮＴＰの１つ以上を隔離または濃縮するように適合させる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記電場が、核酸増幅反応の生成物を隔離または濃縮するようにかけられる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記複数のセンサが、実質的に平面なセンサアレイの一部である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
核酸サンプルを増幅する方法であって、
ａ．複数の粒子を提供することであって、前記複数の粒子のそれぞれが、前記核酸サンプルから生じた、平均して１つ未満の核酸分子に結合していることと、
ｂ．実質的に平面な磁気アレイによって提供された磁場を用いて、前記複数の粒子を前記実質的に平面な磁気アレイに隣接して固定化することと、
ｃ．前記複数の粒子に結合した前記核酸分子上で同時核酸増幅反応を行うことであって、前記粒子に電場をかけながら前記核酸増幅反応が行われ、これにより、前記複数の粒子の少なくとも一部に結合した、隔離された、クローン増幅核酸分子を生成することと、
を含む方法。
【請求項２０】
前記実質的に平面な磁気アレイに隣接する少なくとも１つの電極によって、前記電場が与えられる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記粒子がビーズである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記粒子が磁性体である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
ａ．電場をかける少なくとも１つの電極であって、複数の粒子に結合した核酸分子の核酸増幅の間、前記複数の粒子のそれぞれに局在する分子を濃縮又は隔離する電極と、
ｂ．前記少なくとも１つの電極に隣接、又は下流に位置する実質的に平面なセンサアレイであって、前記複数の粒子に結合した前記核酸分子のシーケンシングの間、核酸取り込みイベントを検出する複数のセンサを備える、実質的に平面なセンサアレイと、
を備えるシステムであって、
検出の間、前記複数のセンサのそれぞれが、（ｉ）当該複数のセンサの中の個々のセンサの表面、（ｉｉ）前記複数の粒子の中の個々の粒子、又は（ｉｉｉ）前記個々の粒子上に担持された核酸分子、のデバイ長内の電荷の変化を検出する、
システム。
【請求項２４】
前記実質的に平面なセンサアレイが、前記少なくとも１つの電極の下流にある、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２５】
前記実質的に平面なセンサアレイに隣接する磁気アレイをさらに備え、当該磁気アレイは、前記複数の粒子の中の個々の粒子を、当該磁気アレイ上の所定の場所に配置するための磁場を提供する、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２６】
前記個々のセンサが前記磁気アレイの個々の位置に隣接する、請求項２５に記載のシステム。
【請求項２７】
前記電極が前記磁気アレイの一部であるか、前記磁気アレイが前記センサアレイの一部である、請求項２５に記載のシステム。
【請求項２８】
前記磁気アレイが、永久磁性材料、又は電場により磁化される材料を備える、請求項２５に記載のシステム。
【請求項２９】
前記電場が、前記粒子のそれぞれの周囲で、テンプレートＤＮＡ断片、プライマー、ポリメラーゼ、およびｄＮＴＰの１つ以上を、濃縮または隔離する、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３０】
前記粒子がビーズである、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３１】
前記粒子が磁性体である、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３２】
前記実質的に平面なセンサアレイがウェルを含有していない、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３３】
前記実質的に平面なセンサアレイの個々の位置が、少なくとも２つの電極を含む、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３４】
前記実質的に平面なセンサアレイの個々のセンサが、局所的なインピーダンスの変化、または局所導電率変化の少なくとも１つを測定する、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３５】
前記実質的に平面なセンサアレイの個々のセンサが、前記核酸分子のシーケンシングの間、前記複数の粒子の中の粒子のインピーダンスを測定する電極を備える、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３６】
前記複数の粒子の中から、核酸分子が結合または会合している粒子を、核酸分子が結合または会合していない粒子から分離する、分離モジュールをさらに備える、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３７】
前記粒子が、電気泳動を用いて分離される、請求項３６に記載のシステム。
【請求項３８】
断片化モジュールをさらに備え、当該断片化モジュールは、核酸分子を断片化して核酸断片を生成し、該核酸断片を粒子に結合または会合させる、請求項２３に記載のシステム。
【請求項３９】
前記断片化モジュールが、剪断力で、前記核酸分子を断片化する、請求項３８に記載のシステム。
【請求項４０】
当該システムの少なくとも一部が再使用可能である、請求項２３に記載のシステム。
【請求項４１】
ａ．電場をかける少なくとも１つの電極であって、複数の粒子に結合された核酸分子の核酸増幅の間、当該電極が使用中のとき、前記電場が、前記複数の粒子のそれぞれに局在する分子を濃縮または隔離するよう構成された電極と、
ｂ．前記少なくとも１つの電極に隣接する実質的に平面な磁気アレイであって、磁場を提供する実質的に平面な磁気アレイであり、当該実質的に平面な磁気アレイが使用中のとき、前記磁場が、前記複数の粒子の中の個々の粒子を、当該実質的に平面な磁気アレイ上の所定の位置に配置するよう構成された実質的に平面な磁気アレイと、
を備えるシステム。
【請求項４２】
前記粒子がビーズである、請求項４１に記載のシステム。
【請求項４３】
前記粒子が磁性体である、請求項４１に記載のシステム。
【請求項４４】
前記電場が、前記粒子のそれぞれの周囲で、テンプレートＤＮＡ断片、プライマー、ポリメラーゼ、およびｄＮＴＰの１つ以上を、濃縮または隔離する、請求項４１に記載のシステム。
【請求項４５】
前記電極が、前記実質的に平面な磁気アレイの一部である、請求項４１に記載のシステム。