【手続補正書】
【提出日】平成26年9月22日(2014.9.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
糖タンパク質におけるマンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分のキャップを外して、リン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化するための方法であって、
ａ）該マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分を含有するリン酸化Ｎ−グリカンを有する該糖タンパク質を提供する工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解し、かつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解するマンノシダーゼと接触させる工程
とを含む、前記方法。
【請求項２】
リン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化する方法であって、
ａ）リン酸化Ｎ−グリカンを含む糖タンパク質を提供する工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解し、かつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解するマンノシダーゼと接触させる工程
とを含む、前記方法。
【請求項３】
前記マンノシダーゼは、ファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼは、Ｃａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓ由来であるか、または
前記マンノシダーゼは、Ｃａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓ由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼは、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来であるか、または
前記マンノシダーゼは、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ａ）および工程（ｂ）の後に、哺乳類細胞、例えばヒト細胞などを、前記脱マンノシル化したリン酸化Ｎ−グリカンを含む前記糖タンパク質と接触させる工程であって、ここで、該接触させる工程の後に、該糖タンパク質は、該哺乳類細胞の内部へ輸送される工程をさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、
ａ）基礎をなすマンノース残基にα１，２結合によって結合された末端マンノース残基を含むリン酸化Ｎ−グリカンを有する糖タンパク質を提供する工程であって、ここで、該基礎をなすマンノースは、６位でリン酸化されており、該基礎をなすマンノースに結合しているリン酸残基は、キャップされておらず、かつ該糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、末端α−１，２マンノース結合を加水分解するマンノシダーゼと接触させる工程であって、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に脱マンノシル化した糖タンパク質を生成し、ここで、該糖タンパク質は該脱マンノシル化の後、該細胞における該マンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する工程と、
ｃ）該細胞を該脱マンノシル化した糖タンパク質と接触させる工程
とを含み、ここで、該マンノシダーゼが、マンノース残基の６位に結合しているリン酸残基のキャップを外す能力を有さない、前記方法。
【請求項６】
糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、
ａ）基礎をなすマンノース残基にα１，２結合によって結合された末端マンノース残基を含むリン酸化Ｎ−グリカンを有する糖タンパク質を提供する工程であって、ここで、該基礎をなすマンノースは、６位でリン酸化されており、該基礎をなすマンノースに結合しているリン酸残基は、キャップされておらず、かつ該糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、末端α−１，２マンノース結合を加水分解するマンノシダーゼと接触させる工程であって、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に脱マンノシル化した糖タンパク質を生成し、ここで、該糖タンパク質は該脱マンノシル化の後、該細胞における該マンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する工程と、
ｃ）該細胞を該脱マンノシル化した糖タンパク質と接触させる工程
とを含み、ここで、該マンノシダーゼが、マンノース残基の６位に結合しているリン酸残基のキャップを外さない、前記方法。
【請求項７】
前記マンノシダーゼはファミリー４７のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来であるか、または
前記マンノシダーゼはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来のファミリー４７のグリコシルヒドロラーゼである、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記マンノシダーゼはファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来であるか、または
前記マンノシダーゼはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来のファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼである、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記マンノシダーゼはファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓもしくはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来であるか、または
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓもしくはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
糖タンパク質を、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない第一の形態から、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する第二の形態へと変換する方法であって、該第一の形態の該糖タンパク質を、１つ以上の末端マンノース残基を除去するマンノシダーゼと接触させる工程を含み、ここで、該第一の形態において、該糖タンパク質は、それぞれ、その６位にリン酸残基を含有する基礎をなすマンノース残基に対しその１位で結合している末端マンノース残基を１つ以上含有する１つ以上のＮ−グリカンを含み、かつ該リン酸残基は、キャップされておらず、ここで、該マンノシダーゼは、マンノース残基の６位に結合しているリン酸残基のキャップを外す能力を有さない、方法。
【請求項１１】
糖タンパク質を、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない第一の形態から、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する第二の形態へと変換する方法であって、該第一の形態の該糖タンパク質を、１つ以上の末端マンノース残基を除去するマンノシダーゼと接触させる工程を含み、ここで、該第一の形態において、該糖タンパク質は、それぞれ、その６位にリン酸残基を含有する基礎をなすマンノース残基に対しその１位で結合している末端マンノース残基を１つ以上含有する１つ以上のＮ−グリカンを含み、かつ該リン酸残基は、キャップされておらず、ここで、該マンノシダーゼはまた、マンノース残基の６位に結合しているリン酸残基のキャップを外す、方法。
【請求項１２】
前記マンノシダーゼはファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓもしくはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来であるか、または
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓもしくはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記マンノシダーゼは、ファミリー４７またはファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉもしくはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来であるか、または
前記マンノシダーゼは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉもしくはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来のファミリー４７もしくはファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分を含む糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、ここで、６位に結合しているリン酸残基を有するマンノース残基は、末端マンノース残基の１位において該末端マンノース残基に結合しており、該方法は、該糖タンパク質に
（ａ）該糖タンパク質における該マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸へとキャップを外す工程、および、（ｂ）該末端マンノース残基を除去する工程
を行った後に該糖タンパク質を該細胞と接触させる工程を含み、
ここで、（ａ）を行ってかつ（ｂ）を行っていないかまたは（ｂ）を行ってかつ（ａ）を行っていない糖タンパク質は、該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合せず、
ここで、（ａ）および（ｂ）を行った糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合し、そして
ここで、工程（ａ）と（ｂ）とは、異なる酵素によって触媒される、方法。
【請求項１５】
マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分を含む糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、ここで、６位に結合しているリン酸残基を有するマンノース残基は、末端マンノース残基の１位において該末端マンノース残基に結合しており、該方法は、糖タンパク質に
（ａ）該糖タンパク質における該マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸へとキャップを外す工程、および、（ｂ）該末端マンノース残基を除去する工程
を行った後に該糖タンパク質を該細胞と接触させる工程を含み、
ここで、（ａ）を行ってかつ（ｂ）を行っていないかまたは（ｂ）を行ってかつ（ａ）を行っていない糖タンパク質は、該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合せず、
ここで、（ａ）および（ｂ）を行った糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合し、そして
ここで、工程（ａ）と（ｂ）とは、単一の酵素によって触媒される、方法。
【請求項１６】
前記糖タンパク質はヒトタンパク質である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記糖タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記リソソームタンパク質はリソソーム酵素、例えば、酸性αグルコシダーゼまたはαガラクトシダーゼであるリソソーム酵素などである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記糖タンパク質はＬＳＤ、例えば、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症などと関連している、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法で処理された、哺乳類細胞の内部へ輸送されることのできる糖タンパク質であって、ここで、該糖タンパク質は、基礎をなすマンノース残基に結合しているリン酸残基がキャップを外されており、かつ該基礎をなすマンノース残基がさらなるマンノース残基に結合してない、Ｎ−グリカンを含む、糖タンパク質。
【請求項２１】
請求項２０に記載の糖タンパク質を含む哺乳類細胞、例えば、ヒト細胞など。
【請求項２２】
請求項２０に記載の糖タンパク質を含む、薬学的組成物。
【請求項２３】
脱マンノシル化したリン酸化Ｎ−グリカンを含む糖タンパク質を産生するよう遺伝子操作された単離された真菌細胞であって、マンノシダーゼをコードする核酸を含み、該マンノシダーゼが、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解することができかつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解することができる、真菌細胞。
【請求項２４】
前記真菌細胞はさらに、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸を含むか、または
前記真菌細胞は、ＯＣＨ１活性を欠損しているよう遺伝子操作されているか、または
前記真菌細胞は、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含み、該真菌細胞が、ＯＣＨ１活性を欠損しているように遺伝子操作されている、請求項２３に記載の真菌細胞。
【請求項２５】
標的タンパク質、例えばヒトタンパク質などをコードする核酸をさらに含む請求項２３または２４のいずれか一項に記載の真菌細胞であって、ここで、該標的タンパク質が糖タンパク質である、該真菌細胞。
【請求項２６】
前記標的タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、請求項２５に記載の真菌細胞。
【請求項２７】
前記リソソームタンパク質はリソソーム酵素、例えば、酸性αグルコシダーゼまたはαガラクトシダーゼであるリソソーム酵素などである、請求項２６に記載の真菌細胞。
【請求項２８】
前記糖タンパク質は、ＬＳＤ、例えば、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症などと関連しているタンパク質である、請求項２５に記載の真菌細胞。
【請求項２９】
前記真菌細胞は、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ細胞またはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ細胞である、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の真菌細胞。
【請求項３０】
マンノシルリン酸化を促進することのできる前記ポリペプチドはＭＮＮ４ポリペプチド、例えば、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａポリペプチド、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅポリペプチド、Ｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａポリペプチド、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓポリペプチド、もしくはＣ．ａｌｂｉｃａｎｓポリペプチドであるＭＮＮ４ポリペプチドなどであるか、または
マンノシルリン酸化を促進することのできる前記ポリペプチドは、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ  ＰＮＯ１ポリペプチドである、請求項２４に記載の真菌細胞。
【請求項３１】
前記マンノシダーゼは分泌シグナルを含むか、または
前記マンノシダーゼは、該マンノシダーゼを細胞内区画へ導くためのターゲッティングシグナルを含む、請求項２３〜３０のいずれか一項に記載の真菌細胞。
【請求項３２】
前記マンノシダーゼがファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼがＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓ由来であるか、または
前記マンノシダーゼがＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓ由来由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼであるか、または
前記マンノシダーゼがＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来であるか、または
前記マンノシダーゼがＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来のファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、請求項２３〜３１のいずれか一項に記載の真菌細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
本発明の他の特色および利点は、以下の詳細な記載から、および特許請求の範囲から明らかである。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
糖タンパク質におけるマンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分のキャップを外して、リン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化するための方法であって、
ａ）該マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分を含有するリン酸化Ｎ−グリカンを有する該糖タンパク質を提供する工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解することができかつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解することのできるマンノシダーゼと接触させる工程
とを含む、前記方法。
（項目２）
リン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化する方法であって、
ａ）リン酸化Ｎ−グリカンを含む糖タンパク質を提供する工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解することができかつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解することのできるマンノシダーゼと接触させる工程
とを含む、前記方法。
（項目３）
前記マンノシダーゼは、ファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記マンノシダーゼは、Ｃａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓ由来である、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記マンノシダーゼは、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来である、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
工程（ａ）および工程（ｂ）の後に、哺乳類細胞を、前記脱マンノシル化したリン酸化Ｎ−グリカンを含む前記糖タンパク質と接触させる工程であって、ここで、該接触させる工程の後に、該糖タンパク質は、該哺乳類細胞の内部へ輸送される工程をさらに含む、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記哺乳類細胞はヒト細胞である、項目６に記載の方法。
（項目８）
糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、ａ）マンノース−６−リン酸部分が脱マンノシル化した糖タンパク質を提供する工程と、ｂ）該細胞を該脱マンノシル化した糖タンパク質と接触させる工程とを含む、方法。
（項目９）
前記マンノシダーゼはファミリー４７のグリコシルヒドロラーゼである、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記糖タンパク質は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来のマンノシダーゼを使用して脱マンノシル化される、項目８または項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記マンノシダーゼは、ファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼである、項目８に記載の方法。
（項目１２）
前記糖タンパク質は、Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来のマンノシダーゼを使用して脱マンノシル化される、項目８または項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記マンノシダーゼは、ファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、項目８に記載の方法。
（項目１４）
前記マンノシダーゼは、Ｃａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓまたはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来である、項目８または項目１３に記載の方法。
（項目１５）
糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、
ａ）リン酸化Ｎ−グリカンを有する糖タンパク質を提供する工程であって、ここで、該糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない工程と、
ｂ）該糖タンパク質を、末端α−１，２マンノース結合を加水分解することのできるマンノシダーゼと接触させる工程であって、基礎をなすマンノースがリン酸化される場合に脱マンノシル化した糖タンパク質を生成し、ここで、該糖タンパク質は該脱マンノシル化の後、該細胞における該マンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する工程と、
ｃ）該細胞を該脱マンノシル化した糖タンパク質と接触させる工程
とを含む、前記方法。
（項目１６）
前記マンノシダーゼはファミリー４７のグリコシルヒドロラーゼである、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記マンノシダーゼはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉ由来である、項目１５または項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記マンノシダーゼはファミリー９２のグリコシルヒドロラーゼである、項目１５に記載の方法。
（項目１９）
前記マンノシダーゼはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来である、項目１５または項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記マンノシダーゼはファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、項目１５に記載の方法。
（項目２１）
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓまたはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来である、項目１５または項目２０に記載の方法。
（項目２２）
糖タンパク質を、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない第一の形態から、哺乳類細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する第二の形態へと変換する方法であって、該第一の形態の該糖タンパク質を、末端マンノース残基を脱マンノシル化するマンノシダーゼと接触させる工程を含み、ここで、該第一の形態において、該糖タンパク質は、その６位にリン酸残基を含有するマンノース残基に対しその１位で結合するマンノース残基を１つ以上含有する１つ以上のＮ−グリカンを含む、方法。
（項目２３）
前記マンノシダーゼは、キャップを外してかつ脱マンノシル化する活性を有する、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記マンノシダーゼはファミリー３８のグリコシルヒドロラーゼである、項目２２または項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記マンノシダーゼはＣａｎａｖａｌｉａ  ｅｎｓｉｆｏｒｍｉｓまたはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ由来である、項目２２〜２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記マンノシダーゼはキャップを外す活性を有しない、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
前記マンノシダーゼは、ファミリー４７またはファミリーの９２グリコシルヒドロラーゼである、項目２２または項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記マンノシダーゼは、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｔｏｉまたはＣｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ由来である、項目２２、項目２６、または項目２７に記載の方法。
（項目２９）
１つ以上のマンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分を含む糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、（ａ）該糖タンパク質における該１つ以上のマンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸へとキャップを外す工程であって、ここで、キャップを外した後、該糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合しない工程、および、工程（ａ）の後、（ｂ）該糖タンパク質におけるリン酸化Ｎ−グリカンを脱マンノシル化する工程であって、ここで、該キャップを外す工程および該脱マンノシル化する工程の両者の後に、該糖タンパク質は該細胞のマンノース−６−リン酸受容体に実質的に結合する工程、の後に該細胞を該糖タンパク質と接触させる工程を含む、方法。
（項目３０）
工程（ａ）および工程（ｂ）は２つの異なる酵素によって触媒される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
工程（ａ）および工程（ｂ）は単一の酵素によって触媒される、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
糖タンパク質を哺乳類細胞の内部へ向ける方法であって、キャップを外されかつ脱マンノシル化したリン酸化Ｎ−グリカンを有する糖タンパク質を提供する工程と、該哺乳類細胞を該糖タンパク質と接触させる工程とを含む、方法。
（項目３３）
前記糖タンパク質はヒトタンパク質である、項目１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記糖タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、項目１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記リソソームタンパク質はリソソーム酵素である、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記リソソーム酵素は、酸性αグルコシダーゼまたはαガラクトシダーゼである、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記糖タンパク質はＬＳＤと関連している、項目３３に記載の方法。
（項目３８）
前記ＬＳＤは、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
項目１〜３８のいずれか一項に記載の方法で処理された、哺乳類細胞の内部へ輸送されることのできる糖タンパク質。
（項目４０）
項目３９に記載の糖タンパク質を含む哺乳類細胞。
（項目４１）
前記細胞はヒト細胞である、項目４０に記載の哺乳類細胞。
（項目４２）
項目３９に記載の糖タンパク質の投与を必要とする被験体に、該糖タンパク質を投与する工程を含む、処置方法。
（項目４３）
脱マンノシル化したリン酸化Ｎ−グリカンを含む糖タンパク質を産生するよう遺伝子操作された単離された真菌細胞であって、マンノシダーゼをコードする核酸を含み、該マンノシダーゼが、（ｉ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース部分をマンノース−６−リン酸に加水分解することができかつ（ｉｉ）末端α−１，２マンノース結合、α−１，３マンノース結合、および／またはα−１，６マンノース結合を加水分解することができる、真菌細胞。
（項目４４）
前記真菌細胞はさらに、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸を含む、項目４３に記載の真菌細胞。
（項目４５）
前記真菌細胞は、ＯＣＨ１活性を欠損しているよう遺伝子操作される、項目４３または項目４４に記載の真菌細胞。
（項目４６）
標的タンパク質をコードする核酸をさらに含む項目４３〜４５のいずれか一項に記載の真菌細胞であって、ここで、該標的タンパク質が糖タンパク質である、該真菌細胞。
（項目４７）
前記標的タンパク質はヒトタンパク質である、項目４６に記載の真菌細胞。
（項目４８）
前記標的タンパク質は、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合断片、または融合タンパク質である、項目４６に記載の真菌細胞。
（項目４９）
前記リソソームタンパク質はリソソーム酵素である、項目４８に記載の真菌細胞。
（項目５０）
前記リソソーム酵素は酸性αグルコシダーゼまたはαガラクトシダーゼである、項目４９に記載の真菌細胞。
（項目５１）
前記糖タンパク質は、ＬＳＤと関連しているタンパク質である、項目４７に記載の真菌細胞。
（項目５２）
前記ＬＳＤは、ファブリー病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シェイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコース蓄積症、マンノース蓄積症、シンドラー病、１型シアリドーシス、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多発性スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸蓄積障害、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン蓄積症、ヘルマンスキー・パドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病、または幸福顔貌骨異形成症である、項目５１に記載の真菌細胞。
（項目５３）
前記真菌細胞は、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ細胞またはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ細胞である、項目３２〜４１のいずれか一項に記載の真菌細胞。
（項目５４）
マンノシルリン酸化を促進することのできる前記ポリペプチドはＭＮＮ４ポリペプチドである、項目３３に記載の真菌細胞。
（項目５５）
前記ＭＮＮ４ポリペプチドは、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａポリペプチド、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅポリペプチド、Ｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａポリペプチド、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓポリペプチド、またはＣ．ａｌｂｉｃａｎｓポリペプチドである、項目４３に記載の真菌細胞。
（項目５６）
マンノシルリン酸化を促進することのできる前記ポリペプチドは、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ  ＰＮＯ１ポリペプチドである、項目４４に記載の真菌細胞。
（項目５７）
前記マンノシダーゼは分泌シグナルを含む、項目４３〜５６のいずれか一項に記載の真菌細胞。
（項目５８）
前記マンノシダーゼは、該マンノシダーゼを細胞内区画へ導くためのターゲッティングシグナルを含む、項目４３〜５６のいずれか一項に記載の真菌細胞。