【手続補正書】
【提出日】平成26年8月1日(2014.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも２つのループ領域及び少なくとも２つの非ループ領域に１つ以上のアミノ酸置換を含むフィブロネクチンタイプＩＩＩ（ＦｎＩＩＩ）ドメインベースのクレードルポリペプチド。
【請求項２】
前記非ループ領域（複数）がβ鎖Ｃ、β鎖Ｄ、β鎖Ｆ及びβ鎖Ｇから成る群から選択され、
前記ループ領域（複数）がＡＢループ、ＢＣループ、ＣＤループ、ＤＥループ、ＥＦループ及びＦＧループから成る群から選択される請求項１に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項３】
前記少なくとも２つの非ループ領域がβ鎖Ｃ及びβ鎖Ｆであり、
前記少なくとも２つのループ領域がＣＤループ及びＦＧループである請求項１又は２に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項４】
β鎖（複数）のクレードル残基（複数）に１つ以上のアミノ酸置換が導入される請求項１〜３のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項５】
前記ループ領域（複数）及び前記非ループ領域（複数）に少なくとも１つのアミノ酸の挿入、及び／又は、欠損を更に含む請求項１〜４のいずれか１項に記載クレードルポリペプチド。
【請求項６】
少なくとも１つのアミノ酸の挿入、及び／又は、欠損を含む非ループ領域（複数）がβ鎖Ｃ及びβ鎖Ｆであり、
少なくとも１つのアミノ酸の挿入、及び／又は、欠損を含むループ領域（複数）がＣＤループ及びＦＧループである請求項５に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項７】
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６番目のＦｎＩＩＩドメインである請求項１〜６のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項８】
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの７番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ０７）であるか、ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１０番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ１０）であるか、又は、ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１４番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ１４）である請求項７に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項９】
ＣＤループが３〜１１残基長であり、ループが１〜１０残基長である請求項１〜８のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１０】
β鎖Ｃが６〜１４残基長であり、β鎖Ｆが８〜１３残基長である請求項１〜９のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１１】
配列番号１の位置３１、３３、３５、３７、３８、３９、６７、６９、７１、７３、及び／又は、７６にアミノ酸置換を含む請求項８に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１２】
配列番号９７の位置３３、３５、３７、３９、４０、４１、７０、７２、７４、７６、及び／又は、７９にアミノ酸置換を含む請求項８に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１３】
配列番号１２９の位置３１、３３、３５、３７、３９、６６、６８、７０、７２、及び／又は、７５にアミノ酸置換を含む請求項８に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１４】
配列番号４６８〜４７０に記載のアミノ酸配列を含む請求項８に記載のクレードルポリペプチド。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチドの部分が、クレードルポリペプチドのターゲット分子に対する結合親和性を増強する非ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドによって置き換えられたキメラクレードルポリペプチド。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載の１つ以上のモノマークレードルポリペプチドの複数コピーを含む多重特異性クレードルポリペプチド。
【請求項１７】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチドを複数含むクレードルライブラリ。
【請求項１８】
下記のステップを含む、選択結合活性又は選択酵素活性を有する１つ以上のポリペプチドの存在に関するスクリーニングにおいて有用なＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのクレードルライブラリを作製する方法：
（ｉ）天然ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのコレクションの中で、β鎖Ｃ及びβ鎖Ｆのアミノ酸配列並びにＣＤループ及びＦＧループのアミノ酸配列をアライメントするステップ、
（ｉｉ）アライメントしたβ鎖配列及びループ配列を長さに応じて区分するステップ、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）から選択されるβ鎖又はループに関して、部位特異的アミノ酸頻度解析を実行して各β鎖又はループ位置におけるアミノ酸の頻度を決定するステップ、
（ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）において解析された各β鎖及びループに関して、保存的又は選択半保存的なコンセンサスアミノ酸、及び、他の天然−変異アミノ酸の各々の位置を同定し、あるβ鎖及びループを選択するステップ、
（ｖ）少なくとも１つの選択したループ及びβ鎖に関して、
（１）各β鎖又はループ位置において、コンセンサスアミノ酸、及び（コンセンサスアミノ酸が少なくとも５０％の選択閾値頻度と同等又はそれ未満の出現頻度を有するとき）単一の共通ターゲットアミノ酸及びいずれかの共生成アミノ酸をコードするコード配列のライブラリによって発現される突然変異誘導配列のクレードルライブラリを作製するか、又は、
（２）各β鎖又はループ位置において、コンセンサスアミノ酸、及び（コンセンサスアミノ酸が少なくとも５０％の選択閾値頻度と同等又はそれ未満の出現頻度を有するとき）他の天然−変異アミノ酸又はそれらの化学的均等物をコードするコード配列のライブラリによって発現される天然−変異組み合わせ配列のクレードルライブラリを作製するステップ（ただし、他の天然−変異アミノ酸は半保存アミノ酸及び可変アミノ酸を含み、可変アミノ酸は、その位置における出現率が選択最小閾値出現率を上回る）、
（ｖｉ）ＦｎＩＩＩフレームワークのコード配列に、前記コード配列のライブラリを組み込んで、ＦｎＩＩＩ発現ライブラリを作製するステップ、及び、
（ｖｉｉ）発現ライブラリのＦｎＩＩＩポリペプチドを発現させるステップ。
【請求項１９】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載のクレードルポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項２０】
請求項１７に記載のクレードルライブラリをコードするポリヌクレオチドライブラリ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４５８】
「ＮＭＲ分光法」
以下のスペクトラの一式は、製造者より提供されたパルスシーケンス（1H,15N-HSQC, HNCO, CBCACONH, HNCACB, CCONH, HN(CA)CO）を使用した低温プローブを備えたＶａｒｉａｎ（Palo Alto, CA）ＩＮＯＶＡ  ６００  ＮＭＲ  スペクトロメータを使用して、９０％Ｈ２Ｏ及び１０％Ｄ２Ｏ中で調製した１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、５０μＭ  ＥＤＴＡ及び０．００５％  アジ化ナトリウム含有１０ｍＭ  リン酸ナトリウムバッファ、ｐＨ７．４中、均一に１３Ｃ／１５Ｎを富化したＡｂｌ  ＳＨ２ドメイン（〜２００μＭ）について得た。ＮＭＲデータを、ＮＭＲＰｉｐｅ及びＮＭＲＶｉｅｗ  ソフトウェアを使用して処理し、解析した（Delaglio, F., et al., J Biomol NMR (1995) 6:277-293; Johnson, B. A., et al., J Biomol NMR (1994) 4:603-614）。共鳴の割当ては、ＰＩＮＥサーバーを使用して得（Bahrami, A., et al., PLoS Computational Biology (2009) 5:e1000307）そして、ＮＭＲｖｉｅｗでの目視検査によって検証した。エピトープマッピングに関して、ラベルされていないＳＨ１３クレードル分子の１．２５倍のモル［濃度］の超過の存在下及び非存在下における、１Ｈ、１５Ｎ富化Ａｂｌ  ＳＨ２ドメインの１Ｈ、１５Ｎ−ＨＳＱＣのスペクトラ（〜６０μＭ）が記録された。１Ｈ、１５Ｎ−ＨＳＱＣ交差ピークを、以前に記載されたように（Koide, et al., supra, 2007）、ＳＨ１３結合の際の移動の程度について分類した。
［好ましい実施形態］
本発明は以下の好ましい実施形態も有する。
［形態１］
少なくとも１つのループ領域及び少なくとも１つの非ループ領域に１つ以上のアミノ酸置換を含むフィブロネクチンタイプＩＩＩ（ＦｎＩＩＩ）ドメインベースのクレードルポリペプチド。
［形態２］
非ループ領域がβ鎖Ｃ、β鎖Ｄ、β鎖Ｆ及びβ鎖Ｇから成る群から選択される形態１に記載のクレードルポリペプチド。
［形態３］
ループ領域がＡＢループ、ＢＣループ、ＣＤループ、ＤＥループ、ＥＦループ及びＦＧループから成る群から選択される形態１又は２に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４］
２つのループ領域、及び／又は、２つの非ループ領域に１つ以上のアミノ酸置換を含む形態１〜３のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態５］
非ループ領域がβ鎖Ｃ及びβ鎖Ｆであり、ループ領域がＣＤループ及びＦＧループである形態４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６］
β鎖のクレードル残基に１つ以上のアミノ酸置換が導入される形態１〜５のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態７］
少なくとも１つのループ及び／又は非ループ領域に少なくとも１つのアミノ酸の挿入、及び／又は、欠損を更に含む形態１〜６のいずれか１つに記載クレードルポリペプチド。
［形態８］
２つのループ領域、及び／又は、２つの非ループ領域に少なくとも１つのアミノ酸の挿入、及び／又は、欠損を含む形態７に記載のクレードルポリペプチド。
［形態９］
非ループ領域がβ鎖Ｃ及びβ鎖Ｆであり、ループ領域がＣＤループ及びＦＧループである形態８に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１０］
非ループ領域における１つ以上のアミノ酸置換がＦｎＩＩＩドメインスキャフォールドの構造、及び／又は、ループ領域の形状を改変させない形態１〜９のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態１１］
非ループ領域における１つ以上のアミノ酸置換は非クレードル残基を除外する形態１〜１０のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態１２］
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６番目のＦｎＩＩＩドメインである形態１〜１１のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態１３］
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの７番目、１０番目又は１４番目のＦｎＩＩＩドメインである形態１２に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１４］
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの７番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ０７）である形態１３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１５］
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１０番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ１０）である形態１３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１６］
ＦｎＩＩＩドメインがヒトフィブロネクチンの１４番目のＦｎＩＩＩドメイン（ＦｎＩＩＩ１４）である形態１３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１７］
ＣＤループが約３〜１１残基長である形態１〜１６のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態１８］
ＣＤループが約４〜９残基長である形態１７に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１９］
ＣＤループが５残基長である形態１８に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２０］
ＦＧループが約１〜１０残基長である形態１〜１９のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態２１］
ＦＧループが約５又は６残基長である形態２０に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２２］
ＦＧループが５残基長である形態２１に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２３］
ＦＧループが６残基長である形態２１に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２４］
ＦＧループの位置１がＧｌｙ残基であり、ＦＧループの位置２がＬｅｕ、Ｖａｌ又はＩｌｅ残基であり、ＦＧループの位置３が荷電性残基又は極性残基であり、ＦＧループの位置４がＰｒｏ残基であり、ＦＧループの位置５がＧｌｙ残基であり、そして、ＦＧループの位置６が極性残基である形態２３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２５］
ＦＧループの位置３、及び／又は、位置５がＧｌｙ残基である形態２２に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２６］
β鎖Ｃが約６〜１４残基長であり、β鎖Ｆが約８〜１３残基長である形態１〜２５のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態２７］
β鎖Ｃが約８〜１１残基長である形態２６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２８］
β鎖Ｃが９残基長である形態２７に記載のクレードルポリペプチド。
［形態２９］
β鎖Ｃの位置２、位置４及び位置６が疎水性残基である形態２６〜２８のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３０］
β鎖Ｃの位置１、位置３、位置５及び位置７〜９が野生型配列から改変される形態２６〜２９のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３１］
β鎖Ｃの位置１がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態２６〜３０のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３２］
β鎖Ｃの位置３が疎水性残基である形態２６〜３１のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３３］
β鎖Ｃの位置３がＩｌｅ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ及びＨｉｓから成る群から選択される形態２６〜３２のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３４］
β鎖Ｃの位置５及び位置７〜９がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態２６〜３３のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３５］
β鎖Ｆが約９〜１１残基長である形態２６〜３４のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３６］
β鎖Ｆが１０残基長である形態３５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態３７］
β鎖Ｆの位置１、位置３、位置５及び位置１０が野生型配列に対して改変されている形態３５又は３６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態３８］
β鎖Ｆの位置１、位置３、位置５及び位置１０がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態３５〜３７のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態３９］
β鎖Ｆの位置２、位置４及び位置６が疎水性残基である形態３５〜３８のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態４０］
β鎖Ｆの位置７が疎水性残基である形態３５〜３９のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態４１］
β鎖Ｆの位置７がＡｒｇ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ及びＶａｌから成る群から選択される形態３５〜４０のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態４２］
β鎖Ｆの位置８がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ及びＰｒｏから成る群から選択される形態３５〜４１のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態４３］
β鎖Ｆの位置９がＶａｌ、Ｌｅｕ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ及びＩｌｅから成る群から選択される形態３５〜４２のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチド。
［形態４４］
配列番号１の位置３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、及び／又は、３９にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４５］
配列番号１の位置３１、３３、３５、３７、３８、及び／又は、３９にアミノ酸置換を含む形態４４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４６］
配列番号１の位置３１、及び／又は、位置３３にアミノ酸置換を含む形態４５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４７］
配列番号１の位置４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、及び／又は、５１にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４８］
配列番号１の位置４４、４５、４７、及び／又は、４９にアミノ酸置換を含む形態４７に記載のクレードルポリペプチド。
［形態４９］
配列番号１の位置４０、４１、４２、４３、４４、及び／又は、４５にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５０］
配列番号１の位置６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、及び／又は、７６にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５１］
配列番号１の位置６７、６９、７１、７３、及び／又は、７６にアミノ酸置換を含む形態５０に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５２］
配列番号１の位置７１、７３、７５、及び／又は、７６にアミノ酸置換を含む形態５０に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５３］
配列番号１の位置７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、及び／又は、８６にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５４］
配列番号１の位置８４、及び／又は、位置８５にアミノ酸置換を含む形態５３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５５］
配列番号１の位置８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、及び／又は、９４にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５６］
配列番号１の位置３１、３３、４７、４９、７３、及び／又は、７５にアミノ酸置換を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［＊形態５６］
配列番号９７の位置３３、３５、３７、３９、４０、及び／又は、４１にアミノ酸置換を含む形態１４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５７］
配列番号９７の位置４２、４３、４４、４５、４６、４７、及び／又は、４８にアミノ酸置換を含む形態１４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５８］
配列番号９７の位置７０、７２、７４、７６、及び／又は、７９にアミノ酸置換を含む形態１４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態５９］
配列番号９７の位置８０、８１、８２、８３、８４、及び／又は、８５にアミノ酸置換を含む形態１４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６０］
配列番号１２９の位置３１、３３、３５、３７、及び／又は、３９にアミノ酸置換を含む形態１６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６１］
配列番号１２９の位置４０、４１、４２、４３、及び／又は、４４にアミノ酸置換を含む形態１６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６２］
配列番号１２９の位置６６、６８、７０、７２、及び／又は、７５にアミノ酸置換を含む形態１６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６３］
配列番号１２９の位置７６、７７、７８、７９、８０、及び／又は、８１にアミノ酸置換を含む形態１６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６４］
配列番号４６８に記載のアミノ酸配列を含む形態１４に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６５］
配列番号４６９に記載のアミノ酸配列を含む形態１５に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６６］
配列番号４７０に記載のアミノ酸配列を含む形態１６に記載のクレードルポリペプチド。
［形態６７］
クレードルポリペプチドの部分が、クレードルポリペプチドのターゲット分子に対する結合親和性を増強する非ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドによって置き換えられた形態１〜６６のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドのキメラクレードルポリペプチド。
［形態６８］
非ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドが抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）又はＴ細胞受容体の全部又は一部である形態６７に記載のキメラクレードルポリペプチド。
［形態６９］
ＣＤＲが単一ドメイン抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２又はＣＤＲ３である形態６８に記載のキメラクレードルポリペプチド。
［形態７０］
単一ドメイン抗体がナノボディである形態６９に記載のキメラクレードルポリペプチド。
［形態７１］
ＡＢ、ＢＣ、ＣＤ、ＤＥ、ＥＦ又はＦＧループの一部又は全部がＣＤＲで置き換えられた形態６８に記載のキメラクレードルポリペプチド。
［形態７２］
形態１〜７１のいずれか１つに記載の１つ以上のモノマークレードルポリペプチドの複数コピーを含む多重特異性クレードルポリペプチド。
［形態７３］
リンカー配列によってモノマークレードルポリペプチド同士が連結された形態７２に記載の多重特異性クレードルポリペプチド。
［形態７４］
リンカー配列がＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号４７１）、ＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳ（配列番号４７２）、ＰＳＴＳＴＳＴ（配列番号４７３）及びＥＩＤＫＰＳＱ（配列番号４７４）から成る群から選択される形態７３に記載の多重特異性クレードルポリペプチド。
［形態７５］
形態１〜７４のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドを複数含むクレードルライブラリ。
［形態７６］
クレードルポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸位置３０、４１、４２、４３、４４、４５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、及び／又は、８５に１つ以上のアミノ酸置換を含む形態７５に記載のクレードルライブラリ。
［形態７７］
クレードルポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸位置１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３２、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４６、４８、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７２、７４、７５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、及び／又は、９４に１つ以上のアミノ酸置換を更に含む形態７６に記載のクレードルライブラリ。
［形態７８］
クレードルポリペプチドが、配列番号１と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％同一である形態７５に記載のクレードルライブラリ。
［形態７９］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に少なくとも１個のアミノ酸挿入を更に含む形態７５〜７８のいずれか１つに記載のクレードルライブラリ。
［形態８０］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に少なくとも２個のアミノ酸挿入を含む形態７９に記載のクレードルライブラリ。
［形態８１］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に約２〜２５個のアミノ酸挿入を含む形態８０に記載のクレードルライブラリ。
［形態８２］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に少なくとも１個のアミノ酸欠損を含む形態７９〜８１のいずれか１つに記載のクレードルライブラリ。
［形態８３］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に少なくとも２個のアミノ酸欠損を含む形態８２に記載のクレードルライブラリ。
［形態８４］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に約２〜１０個のアミノ酸欠損を含む形態８３に記載のクレードルライブラリ。
［形態８５］
クレードルポリペプチドが、２つのループ領域に少なくとも２個のアミノ酸欠損を含む形態７９、８３及び８４のいずれか１つに記載のクレードルライブラリ。
［形態８６］
クレードルポリペプチドが、少なくとも１つのループ領域に少なくとも１個のアミノ酸挿入と、１個のアミノ酸欠損とを含む形態７９〜８５のいずれか１つに記載のクレードルライブラリ。
［形態８７］
クレードルポリペプチドが、同一のループ領域に少なくとも１個のアミノ酸の挿入及び欠損を含む形態８６に記載のクレードルライブラリ。
［形態８８］
ターゲット分子と結合するように予め選択された形態７９〜８７のいずれか１つに記載のクレードルライブラリ。
［形態８９］
クレードルポリペプチドが、配列番号３、配列番号７９、配列番号８６及び配列番号４６８〜４７０から成る群から選択されるアミノ酸配列を含む形態７５に記載のクレードルライブラリ。
［形態９０］
クレードルライブラリが、少なくとも１０、１００、１０００、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５個又はそれを上回る異なるクレードルポリペプチドを含む形態７５に記載のクレードルライブラリ。
［形態９１］
形態１〜７４のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
［形態９２］
ポリヌクレオチドが発現構築物である形態９１に記載のポリヌクレオチド。
［形態９３］
発現構築物が、細菌、酵母又は哺乳類のシステムにおいて、コードされるポリペプチドを発現することが可能である形態９２に記載のポリヌクレオチド。
［形態９４］
形態７５〜９０のいずれか１つに記載のクレードルライブラリをコードするポリヌクレオチドライブラリ。
［形態９５］
ａ）宿主細胞において、形態９１〜９３のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを発現させるステップと、
ｂ）発現したクレードルポリペプチドを単離する、及び／又は、精製するステップとを含むクレードルポリペプチドの生成方法。
［形態９６］
下記のステップを含む、選択結合活性又は選択酵素活性を有する１つ以上のポリペプチドの存在に関するスクリーニングにおいて有用なＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのクレードルライブラリを作製する方法：
（ｉ）天然ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのコレクションの中で、β鎖Ｃ及びβ鎖Ｆのアミノ酸配列並びにＣＤループ及びＦＧループのアミノ酸配列をアライメントするステップ、
（ｉｉ）アライメントしたβ鎖配列及びループ配列を長さに応じて区分するステップ、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）の区分に従って選択した特定の長さのβ鎖又はループに関して、部位特異的アミノ酸頻度解析を実行して各β鎖又はループ位置におけるアミノ酸の頻度を決定するステップ、
（ｉｖ）ステップ（ｉｉｉ）において解析された（特定の長さの）ループ、β鎖及び長さの各々に関して、保存的又は選択半保存的なコンセンサスアミノ酸、及び、他の天然−変異アミノ酸の各々の位置を同定するステップ、
（ｖ）少なくとも１つの選択したループ、β鎖及び長さに関して、
（１）各β鎖又はループ位置において、コンセンサスアミノ酸、及び（コンセンサスアミノ酸が少なくとも５０％の選択閾値頻度と同等又はそれ未満の出現頻度を有するとき）単一の共通ターゲットアミノ酸及びいずれかの共生成アミノ酸をコードするコード配列のライブラリによって発現される突然変異誘導配列のクレードルライブラリを作製するか、又は、
（２）各β鎖又はループ位置において、コンセンサスアミノ酸、及び（コンセンサスアミノ酸が少なくとも５０％の選択閾値頻度と同等又はそれ未満の出現頻度を有するとき）他の天然−変異アミノ酸又はそれらの化学的均等物をコードするコード配列のライブラリによって発現される天然−変異組み合わせ配列のクレードルライブラリを作製するステップ（ただし、他の天然−変異アミノ酸は半保存アミノ酸及び可変アミノ酸を含み、可変アミノ酸は、その位置における出現率が選択最小閾値出現率を上回る）、
（ｖｉ）ＦｎＩＩＩフレームワークのコード配列に、前記コード配列のライブラリを組み込んで、ＦｎＩＩＩ発現ライブラリを作製するステップ、及び、
（ｖｉｉ）発現ライブラリのＦｎＩＩＩポリペプチドを発現させるステップ。
［形態９７］
選択閾値頻度が１００％である形態９６に記載の方法。
［形態９８］
選択頻度が約５０〜９５％である形態９６に記載の方法。
［形態９９］
ステップ（ｉｉ）において、ＣＤループの長さ約３〜１１残基長に応じてループを区分する形態９６〜９８のいずれか１つに記載の方法。
［形態１００］
ＣＤループが約３〜９残基長である形態９９に記載の方法。
［形態１０１］
ＣＤループが約４〜９残基長である形態９９に記載の方法。
［形態１０２］
ＣＤループが５残基長である形態９９に記載の方法。
［形態１０３］
ステップ（ｉｉ）において、ＦＧループの長さ約１〜１０残基長に応じてループを区分する形態９６〜１０２のいずれか１つに記載の方法。
［形態１０４］
ＦＧループが約５又は６残基長である形態１０３に記載の方法。
［形態１０５］
ＦＧループが５残基長である形態１０３に記載の方法。
［形態１０６］
ＦＧループが６残基長である形態１０３に記載の方法。
［形態１０７］
ＦＧループの位置１がＧｌｙ残基であり、ＦＧループの位置２がＬｅｕ、Ｖａｌ又はＩｌｅ残基であり、ＦＧループの位置３が荷電性残基又は極性残基であり、ＦＧループの位置４がＰｒｏ残基であり、ＦＧループの位置５がＧｌｙ残基であり、そして、ＦＧループの位置６が極性残基である形態１０６に記載の方法。
［形態１０８］
ＦＧループの位置３、及び／又は、位置５がＧｌｙ残基である形態１０５に記載の方法。
［形態１０９］
ステップ（ｉｉ）において、β鎖Ｃの長さ約６〜１４残基長と、β鎖Ｆの長さ約８〜１３残基長とに応じてβ鎖を区分する形態９６〜１０８のいずれか１つに記載の方法。
［形態１１０］
β鎖Ｃが約８〜１１残基長である形態１０９に記載の方法。
［形態１１１］
β鎖Ｃが９残基長である形態１０９に記載の方法。
［形態１１２］
β鎖Ｃの位置２、位置４及び位置６が疎水性残基である形態１１１に記載の方法。
［形態１１３］
β鎖Ｃの位置１、位置３、位置５及び位置７〜９が、野生型配列から改変される形態１１１に記載の方法。
［形態１１４］
β鎖Ｃの位置１がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態１１３に記載の方法。
［形態１１５］
β鎖Ｃの位置３が疎水性残基である形態１１３に記載の方法。
［形態１１６］
β鎖Ｃの位置３がＩｌｅ、Ｖａｌ、Ａｒｇ、Ｌｅｕ、Ｔｈｒ、Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ｓｅｒ、Ｇｌｎ及びＨｉｓから成る群から選択される形態１１３に記載の方法。
［形態１１７］
β鎖Ｃの位置５及び位置７〜９がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態１１３に記載の方法。
［形態１１８］
β鎖Ｆが約９〜１１残基長である形態１０９に記載の方法
［形態１１９］
β鎖Ｆが１０残基長である形態１０９に記載の方法。
［形態１２０］
β鎖Ｆの位置１、位置３、位置５及び位置１０が、野生型配列から改変される形態１１９に記載の方法。
［形態１２１］
β鎖Ｆの位置１、位置３、位置５及び位置１０がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＡｒｇから成る群から選択される形態１２０に記載の方法。
［形態１２２］
β鎖Ｆの位置２、位置４及び位置６が疎水性残基である形態１１９に記載の方法。
［形態１２３］
β鎖Ｆの位置７が疎水性残基である形態１１９に記載の方法。
［形態１２４］
β鎖Ｆの位置７がＡｒｇ、Ｔｙｒ、Ａｌａ、Ｔｈｒ及びＶａｌから成る群から選択される形態１１９に記載の方法。
［形態１２５］
β鎖Ｆの位置８がＡｌａ、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｖａｌ及びＰｒｏから成る群から選択される形態１１９に記載の方法。
［形態１２６］
β鎖Ｆの位置９がＶａｌ、Ｌｅｕ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ及びＩｌｅから成る群から選択される形態１１９に記載の方法。
［形態１２７］
天然ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドがヒトフィブロネクチンの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５及び／又は１６番目のＦｎＩＩＩドメインの野生型アミノ酸配列を含む形態９６〜１２６のいずれか１つに記載の方法。
［形態１２８］
天然ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドがヒトフィブロネクチンの７番目、１０番目、及び／又は、１４番目のＦｎＩＩＩドメインの野生型アミノ酸配列を含む形態１２７に記載の方法。
［形態１２９］
形態９６〜１２８のいずれか１つに記載のＦｎＩＩＩドメインポリペプチドクレードルライブラリ生成方法を使用する、設計された選択結合活性又は選択酵素活性を有する１つ以上のクレードルポリペプチドの存在に関するスクリーニング、に有用なクレードルライブラリ。
［形態１３０］
ａ）形態７５−９０及び形態１２９のいずれか１つに記載のＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのクレードルライブラリと、ターゲット分子とを反応させるステップと、
ｂ）ＦｎＩＩＩドメインポリペプチドのクレードルライブラリをスクリーニングして、ターゲット分子に対する所望の結合親和性を有するものを選択するステップと、
を含むターゲット分子に対する所望の結合親和性を有するクレードルポリペプチドを同定する方法。
［形態１３１］
選択したポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを同定するステップを更に含む形態１３０に記載の方法。
［形態１３２］
ターゲット分子が、リゾチーム、ヒトＦｃ、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、ヒトＳＵＭＯ１（small ubiquitin-like modifier 1）、ヒトユビキチン、ヒトＡｂｌ  ＳＨ２ドメイン、ヒトＳＦＭＢＴ２（Scm-like with four mbt domains 2）、ＳＣＭＨ１（sex comb on midleg homolog 1）ドメイン及び緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）から成る群から選択される形態１３０又は１３１に記載の方法。
［形態１３３］
形態１３０〜１３２のいずれか１つに記載の方法を使用して選択したクレードルポリペプチド。
［形態１３４］
配列番号４〜７８、配列番号８０〜８５、配列番号８７〜９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０１〜１２８、配列番号１３０〜１４１、配列番号１４３、配列番号１４５〜１４７、配列番号１４９〜１５９、配列番号１６１〜１９９、配列番号２０１〜２３８及び配列番号２４０〜２７７から成る群から選択されるアミノ酸配列を含む形態１３３に記載のクレードルポリペプチド。
［形態１３５］
容器内に、形態１〜７４、形態１３３及び形態１３４のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドを含むキット。
［形態１３６］
容器内に、形態７５〜９０及び形態１２９のいずれか１つに記載のクレードルライブラリを含むキット。
［形態１３７］
容器内に、形態９１〜９３のいずれか１つに記載のクレードルポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むキット。
［形態１３８］
容器内に、形態７５〜９０及び形態１２９のいずれか１つに記載のクレードルライブラリをコードするポリヌクレオチドライブラリを含むキット。