【手続補正書】
【提出日】平成26年6月6日(2014.6.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
セロデキストリンを分解する方法であって、
（ａ）組換えセロデキストリントランスポータおよび組換えポリペプチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
（ｂ）セロデキストリンまたはセロデキストリンの源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリペプチドは、Ｙ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ−［ＫＲ］−Ｅ−Ｎ−［ＡＧ］−［ＡＧ］−［ＩＶ］−Ｆ−ｘ（２）−［ＡＮＳＴ］−［ＮＳＴ］−ｘ（２）−［ＡＩＶ］−ｘ（２）−［ＡＧＴ］−ｘ（４）−［ＡＧ］−ｘ（４）−［ＡＤＮＳ］（配列番号２３３）、Ｙ−Ｑ−［ＣＮ］−Ｍ−［ＩＶ］−Ｔ−Ｆ−［ＣＮ］−［ＦＩＬＭＶ］−［ＡＳ］−Ｒ−［ＳＴ］−［ＡＳ］−Ｓ−［ＦＹ］−［ＦＹ］−Ｅ−［ＳＴＶ］−Ｇ−ｘ−［ＧＳ］−Ｒ−Ｇ−［ＩＭ］−Ｇ−Ｆ−Ｒ−Ｄ−Ｓ−［ＡＣＮＳ］−Ｑ−Ｄ−［ＩＬＶ］−［ＩＬＭＶ］−Ｇ−ｘ−Ｖ−Ｈ−ｘ−［ＩＶ］−Ｐ−［ＡＤＥＳＴ］−ｘ−［ＡＶ］−［ＫＲ］−［ＡＥＱ］−ｘ−［ＩＬ］−［ＦＩＬ］−Ｄ（配列番号１４）、またはＧ−ｘ（２）−［ＦＹ］−ｘ−Ｎ−［ＡＧＳ］−ｘ−［ＡＳ］−Ｗ−［ＡＰＳ］−Ｖ−［ＩＬ］−［ＡＳ］−ｘ（２）−Ａ−ｘ（２）−［ＤＥ］−ｘ−［ＡＩ］−ｘ（３）−［ＬＭＶ］−［ＤＥＮ］−［ＡＳＶ］−［ＩＬＶ］−ｘ（３）−Ｌ−ｘ−Ｔ−ｘ（２）−Ｇ−［ＩＬＶ］−ｘ（２）−［ＳＶ］−ｘ−Ｐ−［ＡＧ］（配列番号１５）を含んでおり、セロデキストリンホスホリラーゼ活性を有しており、
上記（ｂ）によって、セロデキストリンは、上記細胞に輸送され、上記組換えポリペプチドによって分解される、方法。
【請求項２】
上記組換えポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％のアミノ酸同一性を、ＣＤＰ＿Ｃｌｅｎｔ、ＣＤＰ＿ＣｔｈｅｒｍまたはＣＤＰ＿Ａｃｅｌｌのアミノ酸配列に対して、有しているアミノ酸配列を含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記組換えポリペプチドは、セロビオースホスホリラーゼ活性を有している、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
上記組換えポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％のアミノ酸同一性を、配列番号１１（ＣｇＣＢＰ）、配列番号１２（ＳｄＣＢＰ）および配列番号１３（ＣｔＣＢＰ）からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、有しているアミノ酸配列を含んでいる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
上記組換えポリペプチドは、配列番号１２（ＳｄＣＢＰ）のアミノ酸配列の位置に対応する１つ以上の位置にアミノ酸置換を含んでおり、
１つ以上の上記アミノ酸置換は、配列番号１２の４０９番目のアミノ酸に対応する位置における、グルタミン（Ｑ）へのイソロイシン（Ｉ）の置換；配列番号１２の４０９番目のアミノ酸に対応する位置における、メチオニン（Ｍ）へのイソロイシン（Ｉ）の置換；配列番号１２の４８２番目のアミノ酸に対応する位置における、アスパラギン酸（Ｄ）へのアスパラギン（Ｎ）の置換；配列番号１２の４８２番目のアミノ酸に対応する位置における、スレオニン（Ｔ）へのアスパラギン（Ｎ）の置換；配列番号１２の４８４番目のアミノ酸に対応する位置における、セリン（Ｓ）へのシステイン（Ｃ）の置換；配列番号１２の４８４番目のアミノ酸に対応する位置における、アラニン（Ａ）へのシステイン（Ｃ）の置換；配列番号１２の６５１番目のアミノ酸に対応する位置における、トリプトファン（Ｗ）へのフェニルアラニン（Ｆ）の置換；配列番号１２の６５３番目のアミノ酸に対応する位置における、アスパラギン（Ｎ）へのヒスチジン（Ｈ）の置換；配列番号１２の６５３番目のアミノ酸に対応する位置における、アラニン（Ａ）へのヒスチジン（Ｈ）の置換；およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
上記宿主細胞は、組換えホスホグルコムターゼをさらに含んでいる、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
上記組換えホスホグルコムターゼは、［ＧＳＡ］−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ］−［ＰＧＡ］−Ｓ−Ｈ−［ＮＩＣ］−Ｐ（配列番号１９）のアミノ酸配列を有している保存されたモチーフを含んでいる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
上記宿主細胞は、組換えヘキソキナーゼをさらに含んでいる、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
上記組換えヘキソキナーゼは、［ＬＩＶＭ］−Ｇ−Ｆ−［ＴＮ］−Ｆ−Ｓ−［ＦＹ］−Ｐ−ｘ（５）−［ＬＩＶＭ］−［ＤＮＳＴ］−ｘ（３）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（２）−Ｗ−Ｔ−Ｋ−ｘ−［ＬＦ］（配列番号２０）のアミノ酸配列を有している保存されたモチーフを含んでいる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
上記組換えヘキソキナーゼはＨＸＫ１である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
組換えセロデキストリントランスポータおよび組換えポリペプチドを含んでいる宿主細胞であって、
上記組換えポリペプチドは、Ｇ−ｘ（２）−［ＦＹ］−ｘ−Ｎ−［ＡＧＳ］−ｘ−［ＡＳ］−Ｗ−［ＡＰＳ］−Ｖ−［ＩＬ］−［ＡＳ］−ｘ（２）−Ａ−ｘ（２）−［ＤＥ］−ｘ−［ＡＩ］−ｘ（３）−［ＬＭＶ］−［ＤＥＮ］−［ＡＳＶ］−［ＩＬＶ］−ｘ（３）−Ｌ−ｘ−Ｔ−ｘ（２）−Ｇ−［ＩＬＶ］−ｘ（２）−［ＳＶ］−ｘ−Ｐ−［ＡＧ］（配列番号１４）、またはＹ−Ｑ−［ＣＮ］−Ｍ−［ＩＶ］−Ｔ−Ｆ−［ＣＮ］−［ＦＩＬＭＶ］−［ＡＳ］−Ｒ−［ＳＴ］−［ＡＳ］−Ｓ−［ＦＹ］−［ＦＹ］−Ｅ−［ＳＴＶ］−Ｇ−ｘ−［ＧＳ］−Ｒ−Ｇ−［ＩＭ］−Ｇ−Ｆ−Ｒ−Ｄ−Ｓ−［ＡＣＮＳ］−Ｑ−Ｄ−［ＩＬＶ］−［ＩＬＭＶ］−Ｇ−ｘ−Ｖ−Ｈ−ｘ−［ＩＶ］−Ｐ−［ＡＤＥＳＴ］−ｘ−［ＡＶ］−［ＫＲ］−［ＡＥＱ］−ｘ−［ＩＬ］−［ＦＩＬ］−Ｄ（配列番号１５）を含んでおり、セロデキストリンホスホリラーゼ活性を有している、宿主細胞。
【請求項１２】
上記組換えポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％のアミノ酸同一性を、ＣＤＰ＿Ｃｌｅｎｔ、ＣＤＰ＿ＣｔｈｅｒｍまたはＣＤＰ＿Ａｃｅｌｌのアミノ酸配列に対して、有しているアミノ酸配列を含んでいる、請求項１１に記載の宿主細胞。
【請求項１３】
上記組換えポリペプチドは、セロビオースホスホリラーゼ活性を有している、請求項１１に記載の宿主細胞。
【請求項１４】
上記組換えポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％のアミノ酸同一性を、配列番号１１（ＣｇＣＢＰ）、配列番号１２（ＳｄＣＢＰ）および配列番号１３（ＣｔＣＢＰ）からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、有しているアミノ酸配列を含んでいる、請求項１３に記載の宿主細胞。
【請求項１５】
上記組換えポリペプチドは、配列番号１２（ＳｄＣＢＰ）のアミノ酸配列の位置に対応する１つ以上の位置に、アミノ酸置換を含んでおり、
１つ以上の上記アミノ酸置換は、配列番号１２の４０９番目のアミノ酸に対応する位置における、グルタミン（Ｑ）へのイソロイシン（Ｉ）の置換；配列番号１２の４０９番目のアミノ酸に対応する位置における、メチオニン（Ｍ）へのイソロイシン（Ｉ）の置換；配列番号１２の４８２番目のアミノ酸に対応する位置における、アスパラギン酸（Ｄ）へのアスパラギン（Ｎ）の置換；配列番号１２の４８２番目のアミノ酸に対応する位置における、スレオニン（Ｔ）へのアスパラギン（Ｎ）の置換；配列番号１２の４８４番目のアミノ酸に対応する位置における、セリン（Ｓ）へのシステイン（Ｃ）の置換；配列番号１２の４８４番目のアミノ酸に対応する位置における、アラニン（Ａ）へのシステイン（Ｃ）の置換；配列番号１２の６５１番目のアミノ酸に対応する位置における、トリプトファン（Ｗ）へのフェニルアラニン（Ｆ）の置換；配列番号１２の６５３番目のアミノ酸に対応する位置における、アスパラギン（Ｎ）へのヒスチジン（Ｈ）の置換；配列番号１２の６５３番目のアミノ酸に対応する位置における、アラニン（Ａ）へのヒスチジン（Ｈ）の置換；およびこれらの組合せからなる群から選択される、請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１６】
上記宿主細胞は酵母細胞である、請求項１５に記載の宿主細胞。
【請求項１７】
上記宿主細胞はCandida、Hansenula、Kluyveromyces、Pichia、Saccharomyces、SchizosaccharomycesおよびYarrowiaからなる群から選択される、請求項１６に記載の宿主細胞。