【手続補正書】
【提出日】平成26年4月3日(2014.4.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトにおける自閉症に特徴的なメタボロミクスシグネチャを同定するための方法であって、
ａ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物について自閉症患者から単離された生体試料をアッセイするステップと、
ｂ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物について非自閉症患者から単離された生体試料をアッセイするステップであって、ステップａおよびｂが、該生体試料中に存在する細胞代謝産物の集団のメンバーを分離すること、および約１０から約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の識別的に産生された細胞代謝産物を検出することをさらに含む、ステップと、
ｃ．自閉症患者において識別的に産生される、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の代謝産物を選択するステップであって、該１つまたは複数の識別的に産生された代謝産物が自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを含む、ステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記細胞代謝産物が物理的分離法を使用してアッセイされる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記物理的分離法が液体クロマトグラフィーエレクトロスプレー−イオン化飛行時間型質量分析法である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
１つまたは複数の前記細胞代謝産物について化学的特定名を決定するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
１つまたは複数の前記細胞代謝産物の前記化学的特定名が、前記代謝産物の分子精密質量または前記代謝産物の質量分析断片化パターンを使用して決定される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記生体試料が脳脊髄液、脳組織、羊水、または血漿である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、グルタメート、ホモシステイン、トリプトファン、またはγアミノ酪酸（ＧＡＢＡ）についての細胞代謝経路由来の化合物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法に従って選択された自閉症についてのメタボロミクスシグネチャ。
【請求項１０】
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、請求項９に記載のメタボロミクスシグネチャ。
【請求項１１】
自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを、ヒト試験対象における自閉症の指標とする方法であって、
ａ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物についてその個体由来の患者試料をアッセイするステップと、
ｂ．患者試料において対照と比べて識別的に産生される、該自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の細胞代謝産物を検出するステップと
を含む方法。
【請求項１２】
前記細胞代謝産物が物理的分離法を使用してアッセイされる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記物理的分離法が液体クロマトグラフィーエレクトロスプレー−イオン化飛行時間型質量分析である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者試料が脳脊髄液、脳組織、または血漿である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡについての細胞代謝経路由来の化合物を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを、子宮内のヒト胎児における自閉症の指標とする方法であって、
メタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の細胞代謝産物について、得られた胎児試料をアッセイするステップを含み、
ここで、該試料が、該自閉症メタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の該細胞代謝産物を識別的に産生することは、該ヒト胎児における自閉症を示す、方法。
【請求項１８】
前記メタボロミクスシグネチャが、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡの代謝経路由来の１つまたは複数の細胞代謝産物を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記メタボロミクスシグネチャが、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）のうちの１つまたは複数を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
自閉症についてのメタボロミクスシグネチャであって、該自閉症についてのメタボロミクスシグネチャが、自閉症において識別的に産生される、約１０から約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物を含み、該複数の細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡの代謝経路由来の代謝産物を含む、メタボロミクスシグネチャ。
【請求項２１】
前記メタボロミクスシグネチャがＮ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）のうちの１つまたは複数を含む、請求項２０に記載のメタボロミクスシグネチャ。
【請求項２２】
自閉症患者において識別的に産生される、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の代謝産物を、自閉症に罹っているヒトの指標とする方法であって、
ヒト患者から単離された生体試料を、該生体試料から細胞代謝産物の集団のメンバーを分離することにより、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物についてアッセイするステップ
を含み、自閉症患者において識別的に産生される、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する該１つまたは複数の代謝産物の検出は、該ヒトが自閉症に罹っていることを示す、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
本発明の特定の実施形態は、以下のある種の好ましい実施形態のより詳細な説明および特許請求の範囲から明らかになる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ヒトにおける自閉症に特徴的なメタボロミクスシグネチャを同定するための方法であって、
ａ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物について自閉症患者から単離された生体試料をアッセイするステップと、
ｂ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物について非自閉症患者から単離された生体試料をアッセイするステップであって、ステップａおよびｂが、該生体試料中に存在する細胞代謝産物の集団のメンバーを分離すること、および約１０から約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の識別的に産生された細胞代謝産物を検出することをさらに含む、ステップと、
ｃ．自閉症患者において識別的に産生される、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の代謝産物を選択するステップであって、該１つまたは複数の識別的に産生された代謝産物が自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを含む、ステップと
を含む方法。
（項目２）
前記細胞代謝産物が物理的分離法を使用してアッセイされる、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記物理的分離法が液体クロマトグラフィーエレクトロスプレー−イオン化飛行時間型質量分析法である、項目２に記載の方法。
（項目４）
１つまたは複数の前記細胞代謝産物について化学的特定名を決定するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
１つまたは複数の前記細胞代謝産物の前記化学的特定名が、前記代謝産物の分子精密質量または前記代謝産物の質量分析断片化パターンを使用して決定される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記生体試料が脳脊髄液、脳組織、羊水、または血漿である、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、グルタメート、ホモシステイン、トリプトファン、またはγアミノ酪酸（ＧＡＢＡ）についての細胞代謝経路由来の化合物を含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、項目１に記載の方法。
（項目９）
項目１に記載の方法に従って作製される自閉症についてのメタボロミクスシグネチャ。
（項目１０）
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、項目９に記載のメタボロミクスシグネチャ。
（項目１１）
ヒト試験対象における自閉症を診断するための方法であって、
ａ．約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物についてその個体由来の患者試料をアッセイするステップと、
ｂ．患者試料において対照と比べて識別的に産生される、自閉症についてのメタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の細胞代謝産物を検出するステップと
を含む方法。
（項目１２）
前記細胞代謝産物が物理的分離法を使用してアッセイされる、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記物理的分離法が液体クロマトグラフィーエレクトロスプレー−イオン化飛行時間型質量分析である、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記患者試料が脳脊髄液、脳組織、または血漿である、項目１１に記載の方法。
（項目１５）
前記細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡについての細胞代謝経路由来の化合物を含む、項目１１に記載の方法。
（項目１６）
前記細胞代謝産物が、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）である、項目１１に記載の方法。
（項目１７）
子宮内のヒト胎児における自閉症を診断するための方法であって、
ａ．メタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の細胞代謝産物について胎児試料をアッセイするステップと、
ｂ．自閉症に罹った胎児を診断するステップであって、該試料が、自閉症メタボロミクスシグネチャを含む１つまたは複数の該細胞代謝産物を識別的に産生するステップと
を含む、方法。
（項目１８）
前記メタボロミクスシグネチャが、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡの代謝経路由来の１つまたは複数の細胞代謝産物を含む、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記代謝シグネチャが、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）のうちの１つまたは複数を含む、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
自閉症についての代謝シグネチャであって、該自閉症代謝シグネチャが、自閉症において識別的に産生される、約１０から約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物を含み、該複数の細胞代謝産物が、セロトニン、システイン、メチオニン、ホモシステイン、トリプトファン、グルタメート、またはＧＡＢＡの代謝経路由来の代謝産物を含む、代謝シグネチャ。
（項目２１）
Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸、Ｌ−シスタチオニン、２−アミノオクタン酸、５−ヒドロキシリジン、ビニルアセチルグリシン、プロリンベタイン、カフェイン、３−カルボキシ−１−ヒドロキシプロピルチアミンジホスフェート、３’−シアリルラクトサミン、３，４−ジヒドロキシベンジルアミン、ジパルミトイル−ホスファチジルコリン、またはＳＡＩＣＡＲ（（Ｓ）−２−［５−アミノ−１−（５−ホスホ−Ｄ−リボシル）イミダゾール−４−カルボキサミド］サクシネート）のうちの１つまたは複数を含む、項目２０に記載の代謝シグネチャ。
（項目２２）
自閉症に罹っているヒトを同定するための方法であって、
ヒト患者から単離された生体試料を、該生体試料から細胞代謝産物の集団のメンバーを分離することにより、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する１つまたは複数の細胞代謝産物についてアッセイするステップ
を含み、自閉症患者において識別的に産生される、約１０ダルトンから約１５００ダルトンまでの分子量を有する該１つまたは複数の代謝産物の検出により、該ヒトが自閉症に罹っていると同定される、方法。