【手続補正書】
【提出日】平成23年4月12日(2011.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
（発明の要旨）
本発明は、（必要に応じて、対象サンプル中に存在する）特定のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種（好ましくは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種）の分析のために有用な、ＰＮＡプローブもしくはＰＮＡプローブセット、およびそれらの使用ならびにキットに関する。特許請求の範囲に従って、上記ＰＮＡプローブは、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、またはそのｒＲＮＡもしくはその相補体に対応するゲノム配列（ｒＤＮＡ）に関する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
Ｓ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために適切な核酸塩基配列を含むＰＮＡプローブ。
（項目２）
Ｓ．ａｕｒｅｕｓ以外の２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために適切な核酸塩基配列を含むＰＮＡプローブ。
（項目３）
前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列が、ｒＲＮＡ、ｒＤＮＡまたはｒＲＮＡもしくはｒＤＮＡの相補体を含む、項目１〜２に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４）
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、またはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓの分析のために適切な前記核酸塩基配列が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、もしくはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ  ｒＲＮＡまたはｒＤＮＡまたはそれらの相補体の標的配列に相補的な一つ以上のＰＮＡプローブを含む、項目１〜２に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５）
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、またはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上の他のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のために適切な前記核酸塩基配列が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ
ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、もしくはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ  ｒＲＮＡまたはｒＤＮＡまたはそれらの相補体の標的配列に相補的なＰＮＡプローブを含む、項目１に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６）
項目１、２、または５に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブの少なくとも一部は、以下の配列：
ＡＧＡ−ＣＧＴ−ＧＣＡ−ＴＡＧ−Ｔ（配列番号１）、
ＧＣＴ−ＡＡＴ−ＡＣＧ−ＧＣＧ（配列番号２）、
ＧＣＴ−ＡＡＴ−ＡＣＧ−ＣＣＧ−Ｃ（配列番号３）、
から選択される核酸塩基配列またはその相補体に対して少なくとも約８６％同一である、ＰＮＡプローブ。
（項目７）
項目１、２、または５に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブの少なくとも一部は、以下の配列：
ＡＧＡ−ＣＧＴ−ＧＣＡ−ＴＡＧ−Ｔ（配列番号１）、
ＧＣＴ−ＡＡＴ−ＡＣＧ−ＧＣＧ（配列番号２）、
ＧＣＴ−ＡＡＴ−ＡＣＧ−ＣＣＧ−Ｃ（配列番号３）、
から選択される、ＰＮＡプローブ。
（項目８）
項目１、２、または５に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブ配列は、長さが約８サブユニットと約１７サブユニットの間である、ＰＮＡプローブ。
（項目９）
項目１、２、または５に記載のＰＮＡプローブであって、該プローブは、少なくとも１つの検出可能な部分で標識されている、ＰＮＡプローブ。
（項目１０）
項目１または２に記載の一つ以上のＰＮＡプローブ、およびＳ．ａｕｒｅｕｓの分析のための少なくとも一つのＰＮＡプローブを含むＰＮＡプローブセット。
（項目１１）
項目１または２に記載の一つ以上のＰＮＡプローブ、およびＳ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための少なくとも一つのＰＮＡブロッキングプローブを含むＰＮＡプローブセット。
（項目１２）
サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
ａ）項目１〜９に記載のＰＮＡプローブのうちの少なくとも１つを、該サンプルと接触させる工程、
ｂ）該ＰＮＡプローブを、該サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、実体、および／または量を示す、工程、
を含む、方法。
（項目１３）
２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
ａ）ＰＮＡプローブセットを、前記サンプルと接触させる工程、
ｂ）該ＰＮＡプローブを、該サンプル中にあるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプル中のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、実体、および／または量を示す、工程、
を含む、方法。
（項目１４）
項目１２または１３に記載の方法であって、前記プローブは、独立して検出可能であるか、非独立的に検出可能であるか、または独立して検出可能であるものと非独立的に検出可能であるものとの組み合わせであり、該プローブは、わずか一塩基だけ互いに異なり、該プローブは、系統発生的に関連する生物の部分的に保存された標的領域に対して相補的であるかまたは実質的に相補的である、方法。
（項目１５）
項目１２または１３に記載の方法であって、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種とが、同時かつ独立的に検出される、方法。
（項目１６）
サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のためのアッセイを実施するために適切なキットであって、該キットは、
ａ）項目１〜９に記載のＰＮＡプローブ、および
ｂ）該アッセイを実施するために必要な他の試薬または組成物、
を備える、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１および配列番号２を含むＰＮＡプローブを含む、プローブセット。
【請求項２】
前記プローブは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、またはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓの分析のために適切であり、そしてＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、ｓｉｍｕｌａｎｓ、ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ、もしくはｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ  ｒＲＮＡまたはｒＤＮＡまたはそれらの相補体の標的配列に相補的な一つ以上のＰＮＡプローブを含む、請求項１に記載のプローブセット。
【請求項３】
請求項１に記載のプローブセットであって、該プローブは、少なくとも１つの検出可能な部分で標識されている、プローブセット。
【請求項４】
配列番号１および配列番号２からなるＰＮＡプローブを含む、プローブセット。
【請求項５】
サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
ａ）請求項１に記載のプローブセットを、該サンプルと接触させる工程、
ｂ）該プローブセットを、該サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、実体、および／または量を示す、工程、
を含む、方法。
【請求項６】
サンプル中の２種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のための方法であって、該方法は、
ａ）請求項１に記載のプローブセットを、該サンプルと接触させる工程、
ｂ）該プローブを、該サンプル中にあるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の標的配列に対してハイブリダイズさせる工程、および
ｃ）該ハイブリダイゼーションを検出する工程であって、該ハイブリダイゼーションの検出は、該サンプル中のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の存在、実体、および／または量を示す、工程、
を含む、方法。
【請求項７】
請求項５または６に記載の方法であって、前記プローブは、独立して検出可能であるか、または非独立的に検出可能であるか、または独立して検出可能であるものと非独立的に検出可能であるものとの組み合わせであり、該プローブは、わずか一塩基だけ互いに異なり、該プローブは、系統発生的に関連する生物の部分的に保存された標的領域に対して相補的であるかまたは実質的に相補的である、方法。
【請求項８】
請求項５または６に記載の方法であって、Ｓ．ａｕｒｅｕｓと、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種とが、同時かつ独立的に検出される、方法。
【請求項９】
サンプル中のＳ．ａｕｒｅｕｓ以外の１種以上のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種の分析のためのアッセイを実施するために適切なキットであって、該キットは、
ａ）請求項１に記載のプローブセット、および
ｂ）該アッセイを実施するために必要な他の試薬または組成物、
を備える、キット。