【手続補正書】
【提出日】平成24年5月21日(2012.5.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸を複製する方法であって、
核酸を複製するステップ
を含み、
複製反応に添加される少なくとも１つのＮＴＰが、熱不安定性の３’置換基を含む方法。
【請求項２】
３’置換ＮＴＰが、反応における核酸ポリメラーゼによる伸長を支援しないか、損なうか、または防止する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つの３’置換ＮＴＰが、非基質ＮＴＰである、請求項１〜２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの３’置換ＮＴＰが、終結ＮＴＰである、請求項１〜２に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１つの３’置換ＮＴＰがオリゴヌクレオチドプライマーに組み込まれて終結プライマーが生ずる、請求項１〜４に記載の方法。
【請求項６】
３’置換基が、核酸複製時に開環の３’−ヒドロキシル基に転換される、請求項１〜５に記載の方法。
【請求項７】
３’置換基が、核酸複製の初期変性ステップにおいて、開環の３’−ヒドロキシル基に転換される、請求項１〜５に記載の方法。
【請求項８】
転換が部分的である、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
転換が完全である、請求項６または７に記載の方法。
【請求項１０】
前記転換が、３’置換基を解離して、開環の３’−ヒドロキシル基を形成するのに十分な温度で生じる、請求項１〜９に記載の方法。
【請求項１１】
前記３’置換基が、約０℃〜１００℃の温度で開環の３’−ヒドロキシル基に転換される、請求項１〜１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記３’置換基が、約７０℃〜１００℃または約５０℃の温度で開環の３’−ヒドロキシル基に転換される、請求項１〜１０に記載の方法。
【請求項１３】
開環の３’−ヒドロキシル基への前記３’置換基の転換のｔ1/2が、約９５℃または約５０℃で約１〜１２０分間である、請求項１〜１２に記載の方法。
【請求項１４】
増幅反応が、２つ以上の異なる３’置換基を伴う３’置換ＮＴＰを含む、請求項１〜１３に記載の方法。
【請求項１５】
異なる３’置換基が、異なる温度で開環の３’−ヒドロキシル基に転換される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
第１の３’置換基が、約５０℃で開環の３’−ヒドロキシル基に転換され、第２の３’置換基が、約９５℃で転換される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
核酸複製が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、アセンブリーＰＣＲまたはポリメラーゼサイクリングアセンブリー（ＰＣＡ）、非対称的ＰＣＲ、コロニーＰＣＲ、エマルジョンＰＣＲ、急速ＰＣＲ、ギャップ伸長ライゲーションＰＣＲ（ＧＥＸＬ−ＰＣＲ）、ギャップライゲーション連鎖反応（Ｇａｐ  ＬＣＲ）、ヘリカーゼ依存型増幅、ホットスタートＰＣＲ、配列間特異的（ＩＳＳＲ）ＰＣＲ、インバースＰＣＲ、ライゲーション媒介ＰＣＲ、ＬＡＴＥ−ＰＣＲ（Ｌｉｎｅａｒ−Ａｆｔｅｒ−Ｔｈｅ−Ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ−ＰＣＲ）、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）、多重ライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、多重ＰＣＲ、ネストＰＣＲ、重複伸長ＰＣＲ、ＰＡＮ−ＡＣ、定量的ＰＣＲ（Ｑ−ＰＣＲ）、定量的リアルタイムＰＣＲ（ＱＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、逆転写（ＲＴ）、ｃＤＮＡ端の急速増幅（ＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、単一分子増幅ＰＣＲ（ＳＭＡ  ＰＣＲ）、ＴＡＩＬ−ＰＣＲ（Ｔｈｅｒｍａｌ  ａｓｙｍｍｅｔｒｉｃ  ｉｎｔｅｒｌａｃｅｄ  ＰＣＲ）、タッチダウンＰＣＲ、ロングＰＣＲ、核酸ライゲーション、ＤＮＡ配列決定法、または逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項１〜１６に記載の方法。
【請求項１８】
核酸複製反応が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡリガーゼ、ＲＮＡリガーゼ、シンセターゼ、ヌクレアーゼ、およびレストリクターゼからなる群から選択される１つまたは複数の酵素を含む、請求項１〜１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記核酸が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、またはこれらの組合せである、請求項１〜１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＮＴＰが、３’置換ｄＡＴＰ、３’置換ｄＴＴＰ、３’置換ｄＧＴＰ、３’置換ｄＣＴＰ、および３’置換ｄＵＴＰからなる群から選択される１つまたは複数の３’置換ＮＴＰである、請求項１〜１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記３’置換ＮＴＰが、３’置換ｄＡＴＰ、３’置換ｄＴＴＰ、３’置換ｄＧＴＰ、および３’置換ｄＣＴＰを含む、請求項１〜１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記３’置換ＮＴＰが、３’置換ｄＡＴＰ、３’置換ｄＵＴＰ、３’置換ｄＧＴＰ、および３’置換ｄＣＴＰを含む、請求項１〜１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記３’置換ＮＴＰが、複製反応における全ＮＴＰの２５％以下を占める、請求項１〜２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記３’置換ＮＴＰが、複製反応における全ＮＴＰの５０％〜１００％を占める、請求項１〜２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記３’置換ＮＴＰが、１つまたは複数のさらなる修飾基をさらに含む、請求項１〜２１に記載の方法。
【請求項２６】
前記３’置換ＮＴＰが、検出可能な標識をさらに含む、請求項１〜２５に記載の方法。
【請求項２７】
３’置換ＮＴＰが、対掌的に純粋であるか、ラセミ混合物であるか、またはジアステレオマー混合物である、請求項１〜２６に記載の方法。
【請求項２８】
複製反応における３’置換ＮＴＰの存在により、対応する非置換ＮＴＰを用いる複製と比較して、非特異的産物の形成およびその後の複製が低下する、請求項１〜２７に記載の方法。
【請求項２９】
３’置換基が、Ｏ−［４−メトキシ］テトラヒドロピラニル；Ｏ−テトラヒドロピラニル；Ｏ−テトラヒドロフラニル；Ｏ−フェノキシアセチル；Ｏ−メトキシアセチル；Ｏ−アセチル；Ｏ−（ｐ−トルエン）スルホネート；Ｏ−リン酸；Ｏ−硝酸；Ｏ−［４−メトキシ］−テトラヒドロチオピラニル；Ｏ−テトラヒドロチオピラニル；Ｏ−［５−メチル］−テトラヒドロフラニル；Ｏ−［２−メチル，４−メトキシ］−テトラヒドロピラニル；Ｏ−［５−メチル］−テトラヒドロピラニル；およびＯ−テトラヒドロチオフラニルからなる群から選択される、請求項１〜２８に記載の方法。
【請求項３０】
３’置換ＮＴＰおよびそれらの誘導体が、式ＩＡ：
【化１】
2011521646.tif 000001
［式中、
ｎは、０または１であり、
Ｂは、置換もしくは非置換のプリンもしくはピリミジン、その任意のアザ誘導体もしくはデアザ誘導体、または任意のＮＴＰ類似体による任意の「ユニバーサル塩基」もしくは「縮重塩基」から選択され；
Ａは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から選択され；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から選択され；
各Ｒ1および各Ｒ2は、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、Ｃ（Ｙ）Ｒ5、ならびに置換または非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、およびアラルキルからなる群から独立に選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
各Ｒ3および各Ｒ4は、Ｈ、または置換もしくは非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、およびアラルキルからなる群から独立に選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
各Ｒ5は、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、Ｃ（Ｙ）Ｒ3、ならびに置換または非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、およびアラルキルからなる群から選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
各Ｙは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から選択され；
Ｚ1、Ｚ4、およびＺ7は各々、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から独立に選択され；
Ｚ0およびＺ6は各々、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、およびＣ（Ｙ）からなる群から独立に選択され；
Ｚ3は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、Ｃ（Ｙ）、３’−Ｏ−オリゴヌクレオチジル残基、およびオリゴヌクレオチドプライマーからなる群から選択され；
ｎが０のとき、Ｚ3は、３’−Ｏ−オリゴヌクレオチジル残基、またはオリゴヌクレオチドプライマーであり、
ｎが１のとき、Ｚ3は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、またはＣ（Ｙ）であり；
Ｚ2、Ｚ5、およびＺ8は各々、Ｈ、Ｆ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、（ＢＨ3）-  Ｍ+、およびＣ（Ｙ）Ｒ5からなる群から独立に選択され；
Ｚ9は、Ｈ、Ｆ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、（ＢＨ3）-  Ｍ+、Ｃ（Ｙ）Ｒ5、およびリン酸からなる群から選択され；
Ｚ10は、Ｏ、Ｓ、およびＳｅからなる群から選択され；
Ｍ+は、陽イオンであり；
Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4、およびＸ5は各々、Ｒ1、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、ＮＯ、ＮＯ2、ＮＣＯ、ＮＣＳ、ＯＣＮ、ＳＣＮ、およびＳＳＲ3からなる群から独立に選択され；
Ｒは、
【化２】
2011521646.tif 000002
からなる群から選択され、
Ｒは、場合によって、式ＩＡで示されるＮＴＰ分子のＸ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｚ0、Ｚ1、Ｚ2、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ5、Ｚ6、Ｚ7、Ｚ8、Ｚ9、Ａ、Ｗ、またはＢ部分に対して、適切な原子または原子群を介して共有結合する可能性があり；
各Ｒ6は、炭酸を除く無機酸残基またはその誘導体からなる群から独立に選択され、前記誘導体には、ハロゲン、スルホン酸、チオスルホン酸、セレノ硫酸、セレノスルホン酸、硫酸エステル、硫酸チオエステル、亜硫酸、スルフィン酸、スルフィンエステル、硝酸、亜硝酸、リン、セレニウム、およびホウ素を含有する酸が含まれうるがこれらに限定されず；
各Ｒ7、各Ｒ8、各Ｒ9、および各Ｒ10は、水素、また、直鎖状または分枝鎖状であり、置換されていてもよい、１〜２０個の炭素原子を有するヒドロカルビル基からなる群から独立に選択され、
前記ヒドロカルビルは、ハロ、オキソ、ヒドロキシル、アルコキシ、アミノ、アミド、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アリールオキシ、およびヘテロアリールからなる群から選択される少なくとも１個の置換基を包含していてもよい、アルキル、アルケニル、またはアルキニルであり；
各Ｘ6、各Ｘ7、各Ｘ8、および各Ｘ9は、アシル、アシルオキシ、アルケニル、アルケニルアリール、アルケニレン、アルキル、低級アルキル、アルキレン、アルキニル、アルキニルアリール、アルコキシ、低級アルコキシ、アルキルアリール、アルキルカルボニルアミノ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルスルホニルアミノ、アルキルチオ、アルキニレン、アミド、アミジノ、アミノ、アリールアルキニル、アラルキル、アロイル、アリールアルキル、アリール、アリールカルボニルアミノ、アリーレン、アリールオキシ、アリールスルホニルアミノ、カルバメート、ジチオカルバメート、シクロアルケニル、シクロアルキル、シクロアルキレン、グアニジニル、ハロ、ハロゲン、ヘテロアリール、ヘテロアリールカルボニルアミノ、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールスルホニルアミノ、ヘテロ環、ヘテロ環、ヒドロカルビル、ヒドロカルビル、ヒドロカルビルカルボニル、ヒドロカルビルオキシカルボニル、ヒドロカルビルカルボニルオキシ、ヒドロカルビレン、オルガノスルフィニル、ヒドロキシル、オルガノスルフィニル、オルガノスルホニル、スルフィニル、スルホニル、スルホニルアミノ、およびスルフリルからなる任意の置換または非置換の基から独立に選択され；
各Ｘ10は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＮＲ11、Ｎ−ＯＲ11、およびＣＲ11Ｒ12からなる群から独立に選択され；
各Ｒ11および各Ｒ12は、アシル、アシルオキシ、アルケニル、アルケニルアリール、アルケニレン、アルキル、低級アルキル、アルキレン、アルキニル、アルキニルアリール、アルコキシ、低級アルコキシ、アルキルアリール、アルキルカルボニルアミノ、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アルキルスルホニルアミノ、アルキルチオ、アルキニレン、アミド、アミジノ、アミノ、アリールアルキニル、アラルキル、アロイル、アリールアルキル、アリール、アリールカルボニルアミノ、アリーレン、アリールオキシ、アリールスルホニルアミノ、カルバメート、ジチオカルバメート、シクロアルケニル、シクロアルキル、シクロアルキレン、グアニジニル、ハロ、ハロゲン、ヘテロアリール、ヘテロアリールカルボニルアミノ、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールスルホニルアミノ、ヘテロ環、ヘテロ環、ヒドロカルビル、ヒドロカルビル、ヒドロカルビルカルボニル、ヒドロカルビルオキシカルボニル、ヒドロカルビルカルボニルオキシ、ヒドロカルビレン、オルガノスルフィニル、ヒドロキシル、オルガノスルフィニル、オルガノスルホニル、スルフィニル、スルホニル、スルホニルアミノ、およびスルフリルからなる任意の置換または非置換の基から独立に選択され；
各Ｙ1は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＮＲ6、Ｎ−ＯＲ6、およびＣＲ6Ｒ7からなる群から独立に選択される］
の構造を有する、請求項１〜２９に記載の方法。
【請求項３１】
Ｘ1、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ5およびＺ8がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＡがＮＨ、Ｏ、ＣＨ2、またはＳであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
Ｘ2がＨ、ＯＨ、Ｆ、ＣＨ3、ＯＣＨ3、Ｎ3、ＮＨ2、またはＮＨＣＨ3であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ3、Ｘ4およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
Ｘ5がＨ、ＳＨ、ＣＨ3、Ｆ、ＯＣＨ3、ＮＨ2、またはＮＨＣＨ3であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
Ｚ2がＯＨ、ＳＨ、ＢＨ3、ＣＨ3、ＯＣＨ3、またはＯＣＨ2ＣＨ3であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
Ｚ4がＯまたはＳであり；ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
Ｚ9がＳＨ、ＳＣＨ2ＣＨ2ＣＮ、ＯＨ、Ｆ、ＯＣＨ3、ＯＣＨ2ＣＨ3、ＯＣ6Ｈ5、ＮＨＣＨ3、ＮＨ2、ＮＨＣＨ2ＣＨ2ＮＨ2、ＮＨＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＮＨ2、またはリン酸基であり；ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、およびＺ8がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３８】
ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4、およびＸ5がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３９】
Ｂが、チミン、シトシン、アデニン、グアニン、ウラシル、アミノアリルウラシル、７−デアザグアニン、７−デアザ−７−メチルグアニン、７−デアザ−７−ヨードグアニン、７−デアザ−７−アミノアリルグアニン、７−デアザ−８−アザグアニン、７−デアザデニン、２，６−ジアミノプリン、５−ニトロシトシン、５−アミノアリルシトシン、５−（ビオチン−１６）−シトシン、５−（フルオレセイン−１１）−シトシン、４−メチルアミノ−シトシン、２−チオ−５−メチルウラシル、または４−チオ−５−メチルウラシルである、請求項３０〜３８に記載の方法。
【請求項４０】
３’置換ＮＴＰおよびそれらの誘導体が、式ＩＢ：
【化３】
2011521646.tif 000003
［式中、
ｎは、０または１であり、
Ｂは、置換もしくは非置換のプリンもしくはピリミジン、その任意のアザ誘導体もしくはデアザ誘導体、または任意のＮＴＰ類似体による任意の「ユニバーサル塩基」もしくは「縮重塩基」から選択され；
Ａは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から選択され；
Ｗは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から選択され；
各Ｒ1および各Ｒ2は、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＮＲ3Ｒ4、Ｃ（Ｙ）Ｒ5、ならびに置換または非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、およびアラルキルからなる群から独立に選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
各Ｙは、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から独立に選択され；
各Ｒ3および各Ｒ4は、Ｈ、または置換もしくは非置換のアルキル、置換もしくは非置換のアルケニル、置換もしくは非置換のアルキニル、置換もしくは非置換のアリール、および置換もしくは非置換のアラルキルからなる群から独立に選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
各Ｒ5は、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ならびに置換または非置換のアルキル、置換または非置換のアルケニル、置換または非置換のアルキニル、置換または非置換のアリール、および置換または非置換のアラルキルからなる群から選択され、
任意の置換基は各々、場合によって、１つまたは複数のヘテロ原子を含有する可能性があり；
Ｚ1、Ｚ4、およびＺ7は各々、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＣＲ1Ｒ2、およびＮＲ1からなる群から独立に選択され；
Ｚ0およびＺ6は各々、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、およびＣ（Ｙ）からなる群から独立に選択され；
Ｚ3は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、Ｃ（Ｙ）、３’−Ｏ−オリゴヌクレオチジル残基、およびオリゴヌクレオチドプライマーからなる群から選択され；
ｎが０のとき、Ｚ3は、３’−Ｏ−オリゴヌクレオチジル残基、またはオリゴヌクレオチドプライマーであり、
ｎが１のとき、Ｚ3は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、Ｏ2、ＣＲ1Ｒ2、ＮＲ1、またはＣ（Ｙ）であり；
Ｚ2、Ｚ5、およびＺ8は各々、Ｈ、Ｆ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、（ＢＨ3）-  Ｍ+、およびＣ（Ｙ）Ｒ5からなる群から独立に選択され；
Ｚ9は、Ｈ、Ｆ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、（ＢＨ3）-  Ｍ+、Ｃ（Ｙ）およびリン酸からなる群から選択され；
Ｍ+は、陽イオンであり；
Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4は各々、Ｒ1、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、ＯＲ3、ＳＲ3、ＳｅＲ3、ＮＲ3Ｒ4、ＮＲ3ＯＲ3、ＮＲ3−ＮＲ3Ｒ4、ＣＮ、Ｎ3、Ｃ（Ｙ）Ｒ5、ＮＯ2、ＣＮ、および  ＳＳＲ3からなる群から独立に選択され；
Ｘ5は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＮＲ6、Ｎ−ＯＲ6、およびＣＲ6Ｒ7からなる群から選択され；
Ｙ1は、Ｏ、Ｓ、Ｓｅ、ＮＲ6、Ｎ−ＯＲ6、ＣＲ6Ｒ7、およびＣ（Ｙ）からなる群から選択され；
各Ｒ6および各Ｒ7は、水素、また、直鎖状または分枝鎖状であり、置換されていてもよい、１〜２０個の炭素原子を有するヒドロカルビル基からなる群から独立に選択され、
前記ヒドロカルビルは、ハロ、オキソ、ヒドロキシル、アルコキシ、アミノ、アミド、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アリールオキシ、およびヘテロアリールからなる群から選択される少なくとも１個の置換基を包含していてもよい、アルキル、アルケニル、またはアルキニルであり；
Ｘ5およびＹ1は各々、場合によって、式ＩＢで示されるＮＴＰ分子のＸ1、Ｘ2、Ｘ3、Ｘ4、Ｘ5、Ｚ0、Ｚ1、Ｚ2、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ5、Ｚ6、Ｚ7、Ｚ8、Ｚ9、Ａ、Ｗ、またはＢ部分に対して、適切な原子または原子群を介して共有結合する可能性がある］
の構造を有する、請求項１〜２９に記載の方法。
【請求項４１】
ＡがＮＨ、Ｏ、ＣＨ2、またはＳであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
Ｘ4がＨ、ＳＨ、ＣＨ3、Ｆ、ＯＣＨ3、ＮＨ2、またはＮＨＣＨ3であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、およびＸ3がＨであり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
Ｚ2がＯＨ、ＳＨ、ＢＨ3、ＣＨ3、ＯＣＨ3、またはＯＣＨ2ＣＨ3であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
Ｚ4がＯまたはＳであり；ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
Ｚ9がＳＨ、ＳＣＨ2ＣＨ2ＣＮ、ＯＨ、Ｆ、ＯＣＨ3、ＯＣＨ2ＣＨ3、ＮＨＣＨ3、ＮＨ2、ＮＨＣＨ2ＣＨ2ＮＨ2、ＮＨＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＮＨ2、またはリン酸基であり；ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、およびＺ8がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
ｎが１であり；ＡがＯであり；Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3、およびＸ4がＨであり；ＷがＣＨ2であり；Ｚ0、Ｚ1、Ｚ3、Ｚ4、Ｚ6、およびＺ7がＯであり；Ｚ2、Ｚ5、Ｚ8、およびＺ9がＯＨである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４７】
Ｂが、チミン、シトシン、アデニン、グアニン、ウラシル、アミノアリルウラシル、７−デアザグアニン、７−デアザ−７−メチルグアニン、７−デアザ−７−ヨードグアニン、７−デアザ−７−アミノアリルグアニン、７−デアザ−８−アザグアニン、７−デアザデニン、２，６−ジアミノプリン、５−ニトロシトシン、５−アミノアリルシトシン、５−（ビオチン−１６）−シトシン、５−（フルオレセイン−１１）−シトシン、４−メチルアミノ−シトシン、および２−チオ−５−メチルウラシル、または４−チオ−５−メチルウラシルである、請求項４０〜４６に記載の方法。
【請求項４８】
Ｂが、核酸ポリメラーゼにより認識可能である、請求項３０〜４７に記載の方法。
【請求項４９】
請求項１〜４８に記載の、１つまたは複数の３’置換ＮＴＰを含む、核酸を増幅するためのキット。
【請求項５０】
前記１つまたは複数の３’置換ＮＴＰを用いて前記方法を実施するための指示書、核酸複製用と明記された容器、非修飾ｄＮＴＰ、修飾ＮＴＰ、核酸ポリメラーゼ、塩化マグネシウムまたは他の２価陽イオン、および反応緩衝液からなる群から選択される１つまたは複数をさらに含む、請求項４９に記載のキット。
【請求項５１】
核酸ポリメラーゼ、および１つまたは複数のさらなる酵素を含む、請求項５０に記載のキット。