【手続補正書】
【提出日】平成24年6月15日(2012.6.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸を配列決定するための方法であって、
a）テンプレートに方向づけられた合成によって作製される娘鎖を提供することであって、該娘鎖が該標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列に共役された複数のサブユニットを含み、該個々のサブユニットがテザー、少なくとも1つのプローブ又は核酸塩基残基、及び少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を含む、前記提供；
b）該少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を切断して、該娘鎖の複数のサブユニットより長い長さのエクスパンドマーを産生することであって、該エクスパンドマーが該標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列における遺伝情報を解析するためのテザー及びレポーターエレメントを含む、前記切断；及び、
c）該エクスパンドマーのレポーターエレメントの検出；
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記遺伝情報を解析するためのレポーターエレメントが、前記エクスパンドマーのテザーと会合されている、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝情報を解析するためのレポーターエレメントが、前記少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、前記娘鎖と会合されている、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝情報を解析するためのレポーターエレメントが、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断後に、前記エクスパンドマーと会合されている、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記エクスパンドマーが、前記少なくとも1つのプローブ又は核酸塩基残基の全体又は一部を更に含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝情報を解析するためのレポーターエレメントが、前記少なくとも1つのプローブ若しくは核酸塩基残基であるか又はこれに会合されている、請求項5記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも1つの選択的に切断可能な結合が、共有結合である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも1つの選択的に切断可能な結合が、テザー内結合である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも1つの選択的に切断可能な結合が、前記娘鎖のプローブ若しくは核酸塩基残基の間の又はその中の結合である、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも1つの選択的に切断可能な結合が、前記娘鎖のプローブ若しくは核酸塩基残基と標的テンプレートの間の結合である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化１】
2010530759.tif 000001
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含む。)。
【請求項１２】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項11記載の方法：
【化２】
2010530759.tif 000002
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的である。)。
【請求項１３】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のオリゴマー基質構築物から形成される、請求項11記載の方法：
【化３】
2010530759.tif 000003
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；並びに
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表す。)。
【請求項１４】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化４】
2010530759.tif 000004
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項１５】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項14記載の方法：
【化５】
2010530759.tif 000005
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項１６】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のオリゴマー基質構築物から形成される、請求項14記載の方法：
【化６】
2010530759.tif 000006
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項１７】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化７】
2010530759.tif 000007
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項１８】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項17記載の方法：
【化８】
2010530759.tif 000008
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項１９】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のオリゴマー基質構築物から形成される、請求項17記載の方法：
【化９】
2010530759.tif 000009
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項２０】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化１０】
2010530759.tif 000010
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２１】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項20記載の方法：
【化１１】
2010530759.tif 000011
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２２】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のオリゴマー基質構築物から形成される、請求項20記載の方法：
【化１２】
2010530759.tif 000012
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；並びに
δは、第二のリンカー基を表す。)。
【請求項２３】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化１３】
2010530759.tif 000013
(式中、
Tは、テザーを表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２４】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項23記載の方法：
【化１４】
2010530759.tif 000014
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２５】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のオリゴマー基質構築物から形成される、請求項23記載の方法：
【化１５】
2010530759.tif 000015
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；並びに
δは、第二のリンカー基を表す。)。
【請求項２６】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化１６】
2010530759.tif 000016
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２７】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を構成する、請求項26記載の方法：
【化１７】
2010530759.tif 000017
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項２８】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のモノマー基質構築物から形成される、請求項26記載の方法：
【化１８】
2010530759.tif 000018
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項２９】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化１９】
2010530759.tif 000019
(式中、
Tは、テザーを表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項３０】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項29記載の方法：
【化２０】
2010530759.tif 000020
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項３１】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のモノマー基質構築物から形成される、請求項29記載の方法：
【化２１】
2010530759.tif 000021
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項３２】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化２２】
2010530759.tif 000022
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項３３】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を含む、請求項32記載の方法：
【化２３】
2010530759.tif 000023
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列に相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項３４】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のモノマー基質構築物から形成される、請求項32記載の方法：
【化２４】
2010530759.tif 000024
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項３５】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化２５】
2010530759.tif 000025
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み； 
χ1は、隣接サブユニットのテザーとの結合を表し；及び
χ2は、テザー間結合を表す。)。
【請求項３６】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、テンプレート鎖と二重鎖化され、下記構造を有するテンプレート−娘鎖二重鎖を産生する、請求項35記載の方法：
【化２６】
2010530759.tif 000026
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；
χ1は、隣接サブユニットのテザーとの結合を表し；及び
χ2は、テザー間結合を表す。)。
【請求項３７】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のモノマー基質構築物から形成される、請求項35記載の方法：
【化２７】
2010530759.tif 000027
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
ε1及びε2は、同じ又は異なる第一のリンカー基を表し；
δ1及びδ2は、同じ又は異なる第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項３８】
前記エクスパンドマーが、下記構造を含む、請求項1記載の方法：
【化２８】
2010530759.tif 000028
(式中、
Tは、テザーを表し；
n1及びn2は、各々、核酸塩基残基の第一の部分及び第二の部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；並びに
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含む。)。
【請求項３９】
前記娘鎖が、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合の切断前に、テンプレート鎖と二重鎖化され、下記構造を有する二重鎖娘鎖を産生する、請求項38記載の方法：
【化２９】
2010530759.tif 000029
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
Vは、核酸塩基残基の内部切断部位を表し； 
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的である。)。
【請求項４０】
前記娘鎖が、下記構造を有する複数のモノマー基質構築物から形成される、請求項38記載の方法：
【化３０】
2010530759.tif 000030
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
Vは、核酸塩基残基の内部切断部位を表し；及び
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表す。)。
【請求項４１】
標的核酸を配列決定するためのテンプレートに方向づけられた合成における使用のためのオリゴマー基質構築物であって、第一及び第二のプローブ部分の各々がテンプレートに方向づけられた合成に適した末端基を有する該第二のプローブ部分へ結合された第一のプローブ部分、並びに、該第一及び第二のプローブ部分の少なくとも1つに結合されているテザーの少なくとも第一末端を有する第一末端及び第二末端を有するテザーを含み、ここで該オリゴマー基質構築物は、テンプレートに方向づけられた合成において使用される場合、拘束されたエクスパンドマーを含み、かつ該標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列に共役された複数のサブユニットを有する娘鎖を形成することが可能であり、ここで該個々のサブユニットは、テザー、該第一及び第二のプローブ部分、並びに少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を含む、前記オリゴマー基質構築物。
【請求項４２】
下記構造を有する、請求項41記載のオリゴマー基質構築物：
【化３１】
2010530759.tif 000031
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；並びに
R1及びR2は、テンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表す。)。
【請求項４３】
下記構造を有する、請求項41記載のオリゴマー基質構築物：
【化３２】
2010530759.tif 000032
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
R1及びR2は、テンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項４４】
下記構造を有する、請求項41記載のオリゴマー基質構築物：
【化３３】
2010530759.tif 000033
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
R1及びR2は、テンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項４５】
下記構造を有する、請求項41記載のオリゴマー基質構築物：
【化３４】
2010530759.tif 000034
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
R1及びR2は、テンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；並びに
δは、第二のリンカー基を表す。)。
【請求項４６】
下記構造を有する、請求項41記載のオリゴマー基質構築物：
【化３５】
2010530759.tif 000035
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
R1及びR2は、テンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；並びに
δは、第二のリンカー基を表す。)。
【請求項４７】
標的核酸を配列決定するためのテンプレートに方向づけられた合成における使用のためのモノマー基質構築物であって、テンプレートに方向づけられた合成に適した末端基を有する核酸塩基、並びに、該核酸塩基残基に結合されているテザーの少なくとも第一末端を有する第一末端及び第二末端を有するテザーを含み、ここで該モノマー基質構築物は、テンプレートに方向づけられた合成において使用される場合、拘束されたエクスパンドマーを含む娘鎖を形成することが可能であり、該拘束されたエクスパンドマーは、該標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列に共役された複数のサブユニットを有し、ここで該個々のサブユニットは、テザー、該核酸塩基残基、及び少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を含む、前記モノマー基質構築物。
【請求項４８】
下記構造を有する、請求項47記載のモノマー基質構築物：
【化３６】
2010530759.tif 000036
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項４９】
下記構造を有する、請求項47記載のモノマー基質構築物：
【化３７】
2010530759.tif 000037
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項５０】
下記構造を有する、請求項47記載のモノマー基質構築物：
【化３８】
2010530759.tif 000038
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
εは、第一のリンカー基を表し；
δは、第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項５１】
下記構造を有する、モノマー基質構築物：
【化３９】
2010530759.tif 000039
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表し；
ε1及びε2は、同じ又は異なる第一のリンカー基を表し；
δ1及びδ2は、同じ又は異なる第二のリンカー基を表し；並びに
"‐‐‐‐"は、切断可能なテザー内架橋を表す。)。
【請求項５２】
下記構造を有する、請求項47記載のモノマー基質構築物：
【化４０】
2010530759.tif 000040
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
Vは、核酸塩基残基の内部切断部位を表し；並びに
R1及びR2は、該娘鎖のテンプレートに方向づけられた合成のための同じ又は異なる末端基を表す。)。
【請求項５３】
テンプレート鎖と二重鎖化された娘鎖を含む、標的核酸を配列決定するためのテンプレートに方向づけられた合成における使用のための二重鎖娘鎖であって、該娘鎖は、拘束されたエクスパンドマーを含み、かつ該標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列に共役された複数のサブユニットを有し、ここで該個々のサブユニットは、テザー、少なくとも1つのプローブ又は核酸塩基残基、及び少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を含む、前記二重鎖娘鎖。
【請求項５４】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４１】
2010530759.tif 000041
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的である。)。
【請求項５５】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４２】
2010530759.tif 000042
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項５６】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４３】
2010530759.tif 000043
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項５７】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４４】
2010530759.tif 000044
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項５８】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４５】
2010530759.tif 000045
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
P1'は、P1が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
P2'は、P2が相補的であるテンプレート鎖の少なくとも1つのヌクレオチド残基の連続ヌクレオチド配列を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項５９】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４６】
2010530759.tif 000046
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６０】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４７】
2010530759.tif 000047
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６１】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４８】
2010530759.tif 000048
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６２】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化４９】
2010530759.tif 000049
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
〜は、少なくとも1つの選択的に切断可能な結合を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的であり；
χ1は、隣接サブユニットのテザーとの結合を表し；及び
χ2は、テザー間結合を表す。)。
【請求項６３】
下記構造を有する、請求項53記載の二重鎖娘鎖：
【化５０】
2010530759.tif 000050
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
N'は、Nが相補的であるテンプレート鎖のヌクレオチド残基を表し；
Vは、核酸塩基残基の内部切断部位を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列と相補的である。)。
【請求項６４】
標的核酸の全体又は一部の連続ヌクレオチド配列に対応する配列における遺伝情報を解析するための複数のテザー及びレポーターエレメントを含む、標的核酸を配列決定するためのテンプレートに方向づけられた合成における使用のための、エクスパンドマー。
【請求項６５】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５１】
2010530759.tif 000051
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；及び
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含む。)。
【請求項６６】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５２】
2010530759.tif 000052
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６７】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５３】
2010530759.tif 000053
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６８】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５４】
2010530759.tif 000054
(式中、
Tは、テザーを表し；
P1は、第一のプローブ部分を表し；
P2は、第二のプローブ部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項６９】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５５】
2010530759.tif 000055
(式中、
Tは、テザーを表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、3よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項７０】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５６】
2010530759.tif 000056
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項７１】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５７】
2010530759.tif 000057
(式中、
Tは、テザーを表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項７２】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５８】
2010530759.tif 000058
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；及び
χは、隣接サブユニットのテザーとの結合を表す。)。
【請求項７３】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化５９】
2010530759.tif 000059
(式中、
Tは、テザーを表し；
Nは、核酸塩基残基を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含み；
χ1は、隣接サブユニットのテザーとの結合を表し；及び
χ2は、テザー間結合を表す。)。
【請求項７４】
下記構造を有する、請求項64記載のエクスパンドマー：
【化６０】
2010530759.tif 000060
(式中、
Tは、テザーを表し；
n1及びn2は、各々、核酸塩基残基の第一部分及び第二部分を表し；
κは、m個のサブユニットの鎖内のκ番目のサブユニットを表し、ここでmは、10よりも大きい整数であり；並びに
αは、サブユニットモチーフのライブラリーから選択されたサブユニットモチーフの種を表し、ここで該種の各々は、該標的核酸の一部の連続ヌクレオチド配列の配列情報を含む。)。