【手続補正書】
【提出日】平成24年10月22日(2012.10.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、RNA鋳型分子の集団内の核酸分子の標的集団を選択的に増幅する方法:
(a) 逆転写酵素およびオリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団を用いて哺乳類被験体から単離されたサンプル中のRNA鋳型分子の集団から合成される一本鎖プライマー伸長産物の集団を提供する段階であって、オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、RNA鋳型分子の集団が、核酸分子の標的集団と核酸分子の非標的集団とを含み、該非標的集団がリボソームRNAを含む、段階; ならびに
(b) DNAポリメラーゼおよびオリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団を用いて段階(a)による一本鎖プライマー伸長産物の集団から二本鎖cDNAを合成する段階であって、オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、6、7または8ヌクレオチドからなるハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、規定の条件の下で一本鎖プライマー伸長産物の集団中の核酸分子の標的集団の一本鎖プライマー伸長産物とハイブリダイズし、かつ規定の条件の下で一本鎖プライマー伸長産物の集団中の核酸分子の非標的集団の一本鎖プライマー伸長産物とハイブリダイズしない、6、7または8ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択され、かつオリゴヌクレオチドの第二の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498に記載の配列の少なくとも70％を含む、段階。
【請求項２】
核酸分子の非標的集団が、18S及び28S核リボソームRNA並びに12S及び16SミトコンドリアリボソームRNAを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドの第二の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
オリゴヌクレオチドの第二の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498からなる、請求項1または2記載の方法。
【請求項５】
オリゴヌクレオチドの第一の集団のハイブリダイズ部分が、6、7、8または9個のランダムヌクレオチドのうちの一つからなり、かつ規定の配列部分が、PCR増幅のための第一のプライマー結合部位を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、規定の条件の下でRNA鋳型分子の集団中の非標的核酸分子とハイブリダイズしない、6ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択される、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
オリゴヌクレオチドの第一の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749に記載の配列の少なくとも70％を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
オリゴヌクレオチドの第二の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
オリゴヌクレオチドの第二の集団のハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
サンプルが全RNAを含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、1〜10個のランダムヌクレオチドからなるスペーサー配列部分をさらに含み、該スペーサー部分が、規定の配列部分とハイブリダイズ部分との間に位置する、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
オリゴヌクレオチドの第一および第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、長さが10ヌクレオチドから20ヌクレオチドに及ぶPCR増幅のためのプライマー結合部位からなる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
第一または第二のプライマー結合部位の少なくとも一つが転写プロモーターを含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
二本鎖cDNAの少なくとも一方の鎖を増幅する段階をさらに含む、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
PCR増幅されたDNAをシーケンシングする段階をさらに含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
第一の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分における少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域と同一である少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１７】
オリゴヌクレオチドの第一または第二の集団の少なくとも一方の規定の配列部分が、RNA部分およびDNA部分を含み、該RNA部分が、該DNA部分に対して5'側にある、請求項12記載の方法。
【請求項１８】
核酸分子の標的集団の増幅をプライムするためのオリゴヌクレオチドの集団を含む、核酸分子の標的集団を選択的に増幅するための試薬であって、各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498に記載の配列の少なくとも70％を含み、かつリボゾームRNA分子に相補的な第一鎖cDNA分子にハイブリダイズしない、試薬。
【請求項１９】
以下を含む試薬を含む、核酸分子の標的集団を選択的に増幅するためのキット：
第一鎖cDNA合成のためのオリゴヌクレオチドの第一の集団であって、オリゴヌクレオチドの第一の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含む、オリゴヌクレオチドの第一の集団；および
第二鎖cDNA合成のためのオリゴヌクレオチドの第二の集団であって、オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498に記載の配列の少なくとも70％を含み、かつリボゾームRNA分子に相補的な第一鎖cDNA分子にハイブリダイズしない、オリゴヌクレオチドの第二の集団。
【請求項２０】
オリゴヌクレオチドの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:1〜749からなり、かつオリゴヌクレオチドの第二の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:750〜1498からなる、請求項19記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
別の局面において、本発明は、5'側の規定配列、哺乳類被験体で発現される核酸に対応する増幅された配列の集団、3'側の規定配列を含んだ、哺乳類被験体のトランスクリプトームの提示を含む選択的に増幅された核酸分子の集団を提供し、ここで増幅された配列の集団が特定の哺乳類種に関して以下の特性を有することによって特徴付けられる: (a) 75%を上回るポリアデニル化および非ポリアデニル化転写物を有する、かつ10%未満のリボソームRNAを有する。
[本発明1001]
以下の段階を含む、RNA鋳型分子の集団内の核酸分子の標的集団を選択的に増幅する方法:
(a) 逆転写酵素およびオリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団を用いて哺乳類被験体から単離されたサンプル中のRNA鋳型分子の集団から合成される一本鎖プライマー伸長産物の集団を提供する段階であって、オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、RNA鋳型分子の集団が、核酸分子の標的集団と核酸分子の非標的集団とを含む、段階; ならびに
(b) DNAポリメラーゼおよびオリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団を用いて段階(a)による一本鎖プライマー伸長産物の集団から二本鎖cDNAを合成する段階であって、オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、6、7または8ヌクレオチドからなるハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、規定の条件の下で一本鎖プライマー伸長産物の集団中の核酸分子の標的集団とハイブリダイズし、かつ規定の条件の下で核酸分子の非標的集団とハイブリダイズしない、6、7または8ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択される、段階。
[本発明1002]
オリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団のハイブリダイズ部分が、規定の条件の下で一本鎖プライマー伸長産物の集団中の非標的核酸集団とハイブリダイズしない、6ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドを含むように選択される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
核酸分子の非標的集団が、RNA鋳型分子の集団中の最も豊富な核酸分子から本質的になる、本発明1001の方法。
[本発明1004]
最も豊富な核酸分子が、リボソームRNA、ミトコンドリアリボソームRNAおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1003の方法。
[本発明1005]
オリゴヌクレオチドの第一の集団のハイブリダイズ部分が、6、7、8または9個のランダムヌクレオチドのうちの一つからなり、かつ規定の配列部分が、PCR増幅のための第一のプライマー結合部位を含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、規定の条件の下でRNA鋳型分子の集団中の非標的核酸分子とハイブリダイズしない、6ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択される、本発明1001の方法。
[本発明1007]
サンプルが全RNAを含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
オリゴヌクレオチドの第一および第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、長さが10ヌクレオチドから20ヌクレオチドに及ぶPCR増幅のためのプライマー結合部位からなる、本発明1001の方法。
[本発明1009]
第一または第二のプライマー結合部位の少なくとも一つが転写プロモーターを含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、1〜10個のランダムヌクレオチドからなるスペーサー配列部分をさらに含み、該スペーサー部分が、規定の配列部分とハイブリダイズ部分との間に位置する、本発明1001の方法。
[本発明1011]
オリゴヌクレオチドの第二の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドから選択される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
オリゴヌクレオチドの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドから選択される、本発明1006の方法。
[本発明1013]
二本鎖cDNAの少なくとも一方の鎖を増幅する段階をさらに含む、本発明1008の方法。
[本発明1014]
PCR増幅されたDNAをシーケンシングする段階をさらに含む、本発明1013の方法。
[本発明1015]
第一の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分における少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域と同一である少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域を含む、本発明1008の方法。
[本発明1016]
オリゴヌクレオチドの第一または第二の集団の少なくとも一方の規定の配列部分が、RNA部分およびDNA部分を含み、該RNA部分が、該DNA部分に対して5'側にある、本発明1008の方法。
[本発明1017]
以下の段階を含む、トランスクリプトーム・プロファイリングの方法:
(a) 逆転写酵素、およびハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する第一のPCRプライマー結合部位とを含むオリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団を用いて哺乳類被験体から単離されたサンプル中のRNA鋳型分子の集団内の核酸分子の標的集団から一本鎖プライマー伸長産物の集団を合成する段階;
(b) DNAポリメラーゼ、およびハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する第二のPCRプライマー結合部位とを含むオリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団を用いて段階(a)により作出された一本鎖プライマー伸長産物の集団から二本鎖cDNAを合成する段階であって、該ハイブリダイズ部分が、規定の条件の下で一本鎖プライマー伸長産物の集団中の核酸分子の標的集団とハイブリダイズし、かつ規定の条件の下で核酸分子の非標的集団とハイブリダイズしない、6ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択され、核酸分子の非標的集団が、哺乳類被験体と同じ種のリボソームRNAおよびミトコンドリアリボソームRNAから本質的になる、段階; ならびに
(c) 第一のPCRプライマー結合部位に結合する第一のPCRプライマーおよび第二のPCRプライマー結合部位に結合する第二のPCRプライマーを用いて段階(b)により合成された二本鎖cDNAをPCR増幅する段階。
[本発明1018]
サンプルを単離した時点での哺乳類被験体のトランスクリプトームを提示するライブラリーを作出するためにベクターにPCR産物をクローニングする段階をさらに含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
PCR産物の少なくとも一部分をシーケンシングする段階をさらに含む、本発明1017の方法。
[本発明1020]
PCR増幅が、40〜50℃のアニーリング温度での少なくとも2サイクルの増幅、続いて50℃を上回るアニーリング温度でのさらなる増幅サイクルを用いて行われる、本発明1017の方法。
[本発明1021]
増幅されたPCR産物の少なくとも一部分を標識化する段階をさらに含む、本発明1017の方法。
[本発明1022]
第一の集団中の各オリゴヌクレオチドの第一のPCRプライマー結合部位が、オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの第二のPCRプライマー結合部位における少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域と同一である少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域を含む、本発明1017の方法。
[本発明1023]
オリゴヌクレオチドの第一または第二の集団の少なくとも一方のPCRプライマー結合部位が、RNA部分およびDNA部分を含み、該RNA部分が、該DNA部分に対して5'側にある、本発明1017の方法。
[本発明1024]
本発明1017の方法を用いて作出された、増幅された核酸分子の集団。
[本発明1025]
以下の段階を含む、核酸分子のより大きな非標的集団内の核酸分子の標的集団を選択的に増幅する方法:
(a) 逆転写酵素およびオリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団を用いて哺乳類被験体から単離された全RNAを含むサンプルから一本鎖cDNAを合成する段階であって、オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団内の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、段階; ならびに
(b) DNAポリメラーゼおよびオリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団を用いて段階(a)により合成された一本鎖cDNAから二本鎖cDNAを合成する段階であって、オリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団内の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、かつ該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、段階。
[本発明1026]
オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、本発明1025の方法。
[本発明1027]
オリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、本発明1025の方法。
[本発明1028]
PCR産物の少なくとも一部分をシーケンシングする段階をさらに含む、本発明1025の方法。
[本発明1029]
PCR産物の少なくとも一部分を標識化する段階をさらに含む、本発明1025の方法。
[本発明1030]
第一鎖cDNA合成で用いるSEQ ID NO:1〜749を含む、オリゴヌクレオチドの集団。
[本発明1031]
第二鎖cDNA合成で用いるSEQ ID NO:750〜1498を含む、オリゴヌクレオチドの集団。
[本発明1032]
核酸分子の標的集団を選択的に増幅するための試薬であって、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、試薬。
[本発明1033]
核酸分子の標的集団を選択的に増幅するための試薬であって、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、試薬。
[本発明1034]
核酸分子の標的集団の増幅をプライムするためのオリゴヌクレオチドの集団を含む、核酸分子の標的集団を選択的に増幅するための試薬であって、各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、試薬。
[本発明1035]
核酸分子の標的集団の増幅をプライムするためのオリゴヌクレオチドの集団を含む、核酸分子の標的集団を選択的に増幅するための試薬であって、各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、試薬。
[本発明1036]
第一鎖cDNA合成のためのオリゴヌクレオチドの第一の集団を含む試薬を含む、核酸分子の標的集団を選択的に増幅するためのキットであって、オリゴヌクレオチドの第一の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、キット。
[本発明1037]
オリゴヌクレオチドの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、本発明1036のキット。
[本発明1038]
第二鎖cDNA合成のためのオリゴヌクレオチドの第二の集団をさらに含むキットであって、オリゴヌクレオチドの第二の集団中の各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、本発明1036のキット。
[本発明1039]
オリゴヌクレオチドの第二の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドを少なくとも10%含む、本発明1038のキット。
[本発明1040]
オリゴヌクレオチドの第一の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:1〜749からなるオリゴヌクレオチドを含み、かつオリゴヌクレオチドの第二の集団中のハイブリダイズ部分の集団が、SEQ ID NO:750〜1498からなるオリゴヌクレオチドを含む、本発明1038のキット。
[本発明1041]
以下の成分の少なくとも一つをさらに含む、本発明1038のキット: 逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、RNase H酵素、Tris緩衝液、カリウム塩、マグネシウム塩、アンモニウム塩、還元剤、デオキシヌクレオシド三リン酸、またはリボヌクレアーゼ阻害剤。
[本発明1042]
以下を含む、哺乳類被験体から得られたサンプル中のRNA鋳型分子の集団内の核酸分子の標的集団を選択的に増幅するためのキット:
(a) 規定の条件の下でRNA鋳型分子の集団中の核酸分子の非標的集団とハイブリダイズしない6ヌクレオチドの長さを有する可能な全てのオリゴヌクレオチドから選択される6ヌクレオチドからなるハイブリダイズ部分と、該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含むオリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団であって、核酸分子の非標的集団が、RNA鋳型分子の集団中の最も豊富な核酸分子から本質的になる、オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団;
(b) オリゴヌクレオチドプライマーの第一の集団のハイブリダイズ部分のヌクレオチド配列の逆相補体から選択される6ヌクレオチドからなるハイブリダイズ部分と、該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する規定の配列部分とを含む、オリゴヌクレオチドプライマーの第二の集団;
(c) オリゴヌクレオチドの第一の集団の第一の規定の配列部分に結合する第一のPCRプライマー、およびオリゴヌクレオチドの第二の集団の第二の規定の配列部分に結合する第二のPCRプライマー。
[本発明1043]
核酸分子の非標的集団が、前記哺乳類被験体と同じ種のリボソームRNAおよびミトコンドリアリボソームRNAから本質的になる、本発明1042のキット。
[本発明1044]
オリゴヌクレオチドの第一および第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、長さが10ヌクレオチドから20ヌクレオチドに及ぶPCR増幅のためのプライマー結合部位からなる、本発明1042のキット。
[本発明1045]
第一の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分が、第二の集団中の各オリゴヌクレオチドの規定の配列部分における少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域と同一である少なくとも8個の連続したヌクレオチドの領域を含む、本発明1042のキット。
[本発明1046]
オリゴヌクレオチドの第一または第二の集団の少なくとも一方の規定の配列部分が、RNA部分およびDNA部分を含み、該RNA部分が、該DNA部分に対して5'側にある、本発明1042のキット。
[本発明1047]
以下の段階を含む、増幅されたDNA分子を作出するために核酸分子の標的集団を選択的に増幅する方法:
(a) オリゴヌクレオチドの第一の集団を提供する段階であって、各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する第一のPCRプライマー結合部位とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:1〜749を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、段階;
(b) 哺乳類被験体から単離されたRNAを含むサンプルにオリゴヌクレオチドの第一の集団をアニールする段階;
(c) 逆転写酵素を用いてRNAからcDNAを合成する段階;
(d) DNAポリメラーゼおよびオリゴヌクレオチドの第二の集団を用いて二本鎖cDNAを合成する段階であって、各オリゴヌクレオチドが、ハイブリダイズ部分と該ハイブリダイズ部分の5'側に位置する第二のPCR結合部位とを含み、該ハイブリダイズ部分が、SEQ ID NO:750〜1498を含むオリゴヌクレオチドの集団の成員である、段階;
(e) 熱安定性DNAポリメラーゼ、第一のPCRプライマー結合部位に結合する第一のPCRプライマー、および第二のPCRプライマー結合部位に結合する第二のPCRプライマーを用いて二本鎖cDNAをPCR増幅し、増幅された二本鎖DNAを作出する段階; ならびに
(f) 増幅された二本鎖PCR産物をシーケンシングする段階。
[本発明1048]
哺乳類被験体から単離された細胞サンプル中のRNA鋳型分子の集団内の核酸分子の標的集団の提示からなる選択的に増幅された核酸分子の集団であって、増幅された核酸分子がそれぞれ以下を含む、集団:
増幅された核酸配列の集団の成員に隣接した5'側の規定の配列部分および3'側の規定配列であって、選択的に増幅された配列の集団が、哺乳類細胞で発現される標的RNA分子に対応する増幅された核酸配列を含み、かつ特定の哺乳類種に関して(a) 75%を上回るポリアデニル化および非ポリアデニル化転写物を有し、かつ10%未満のリボソームRNAを有する、という特性を有することを特徴とする、5'側の規定の配列部分および3'側の規定配列。
[本発明1049]
クローニングベクターに挿入された、本発明1048の集団。
[本発明1050]
集団中の各核酸分子が標識化される、本発明1048の集団。
[本発明1051]
基材に付着された、本発明1048の集団。
[本発明1052]
オリゴヌクレオチドの第一または第二の集団の少なくとも一方の規定の配列部分が、RNA部分およびDNA部分を含み、該RNA部分が、該DNA部分に対して5'側にある、本発明1048の集団。