【手続補正書】
【提出日】平成24年2月15日(2012.2.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０３】
本明細書において記載される、ＣＡＲＥ試験およびＰＲＯＳＰＥＲ試験に由来するサンプルに基づいた脳卒中の危険性およびスタチン応答の関連性を得るために、試験のプラセボ群または試験の研究集団全体のいずれかにおける、所与の遺伝子型についての脳卒中の危険性を、参照遺伝子型についての脳卒中の危険性と比較することによって、脳卒中の危険性を判定し、同じ遺伝子型について、試験のプラバスタチン群における脳卒中の危険性を、試験のプラセボ群における脳卒中の危険性と比較することによって、スタチン応答を判定する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
ヒトにおいて脳卒中の危険性が変化しているかどうかを決定する方法であって、前記ヒト由来の核酸を、配列番号４３６〜１５６６のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無について試験する工程を包含し、前記多型が、脳卒中の危険性の変化を示す方法。
（項目２）
前記多型が、表６〜９、１１〜１４、１６〜２２、２４、２６、２８〜３０および３３〜３８のうちの少なくとも１つに記載される多型からなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記多型が、ＭＹＨ１５多型ｒｓ３９００９４０（ｈＣＶ７４２５２３２）、ＣＡＬＭ１多型ｒｓ３８１４８４３（ｈＣＶ１１４７６４１１）、染色体４ｑ２５多型ｒｓ２２００７３３（ｈＣＶ１６１５８６７１）、および染色体９ｐ２１多型ｒｓ１０７５７２７４（ｈＣＶ２６５０５８１２）からなる群から選択される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記危険性の変化が、危険性の増加である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記危険性の変化が、危険性の減少である、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記核酸が、前記ヒト由来の生物学的サンプルからの核酸抽出物である、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記生物学的サンプルが、血液、唾液または頬の細胞である、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記試験工程の前に、前記生物学的サンプルから前記核酸抽出物を調製する工程をさらに包含する、項目６に記載の方法。
（項目９）
前記調製工程の前に、前記生物学的サンプルを前記ヒトから得る工程をさらに包含する、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記試験工程が、核酸増幅を含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記核酸増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記多型の有無を脳卒中の危険性の変化と相関させる工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記相関工程が、コンピューターソフトウェアによって実施される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記試験が、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ解析、一本鎖高次構造多型分析、または変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して実施される、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記試験が、対立遺伝子に特異的な方法を使用して実施される、項目１のいずれか１つに記載の方法。
（項目１６）
前記対立遺伝子に特異的な方法が、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、または対立遺伝子特異的増幅である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
表３に提供される対立遺伝子特異的プライマーを使用して実施される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
自動化された方法である、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記多型の存在を、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤による脳卒中の危険性の低下と相関させる工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記相関工程が、コンピューターソフトウェアによって実施される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、親水性スタチンである、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、疎水性スタチンである、項目１９に記載の方法。
（項目２３）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、プラバスタチン、アトルバスタチン、シンバスタチン、セリバスタチン、ロバスタチン、ストルバスタチン、ロスバスタチンおよびフルバスタチン、またはそれらの組合せからなる群から選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２４）
前記多型が、表２３、２５、２７、３１〜３２、および３７〜３８に提供される多型からなる群から選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２５）
前記多型が、染色体９ｐ２１多型ｒｓ１０７５７２７４（ｈＣＶ２６５０５８１２）である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
ヒトにおいて脳卒中の危険性を低下させるための方法であって、有効量の治療剤を前記ヒトに投与する工程を包含し、前記ヒトが、配列番号４３６〜１５６６のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無に起因して、脳卒中の危険性が増加していると同定されている方法。
（項目２７）
前記ヒト由来の核酸を、前記多型の有無について試験する工程を包含する、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記治療剤が、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、親水性スタチンである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、疎水性スタチンである、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、プラバスタチン、アトルバスタチン、シンバスタチン、セリバスタチン、ロバスタチン、ストルバスタチン、ロスバスタチンおよびフルバスタチン、またはそれらの組合せからなる群から選択される、項目２８に記載の方法。
（項目３２）
前記多型が、表２３、２５、２７、３１〜３２、および３７〜３８に提供される多型からなる群から選択される、項目２８に記載の方法。
（項目３３）
前記多型が、染色体９ｐ２１多型ｒｓ１０７５７２７４（ｈＣＶ２６５０５８１２）である、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
脳卒中の危険性が増加しているヒトを同定する方法であって、前記ヒト由来の核酸サンプルを、第二の多型との連鎖不均衡中にある第一の多型の有無について試験する工程を包含し、前記第二の多型が、配列番号４３６〜１５６６のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体であり、前記第一の多型が、前記脳卒中の危険性が増加しているヒトを同定する方法。
（項目３５）
前記連鎖不均衡が、ｒ２＝１である、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記第一の多型が、表４に記載される多型からなる群から選択される、項目３４に記載の方法。
（項目３７）
前記第一の多型の有無を脳卒中の危険性の増加と相関させる工程をさらに包含する、項目３４に記載の方法。
（項目３８）
前記相関工程が、コンピューターソフトウェアによって実施される、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記ヒトを選択して、治療剤の臨床試験に含める工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目４０）
ヒトにおいて脳卒中の危険性が変化しているかどうかを決定するためのキットであって、少なくとも１つの容器および前記容器中に保管される少なくとも１つのポリヌクレオチド検出試薬を含み、前記ヌクレオチド検出試薬が、配列番号４３６〜１５６６のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無を検出することができるキット。
（項目４１）
前記ポリヌクレオチド検出試薬が、前記多型の存在下では前記核酸に選択的にハイブリダイズし、前記多型の非存在下では前記核酸にハイブリダイズしない、項目４０に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト由来の核酸の多型を、前記ヒトが脳卒中の危険性の変化を有しているかどうかの指標とする方法であって、前記多型は、配列番号１５６６のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体である、方法。
【請求項２】
前記危険性の変化が、危険性の増加である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記危険性の変化が、危険性の減少である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸が、前記ヒト由来の生物学的サンプルからの核酸抽出物である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記生物学的サンプルが、血液、唾液または頬の細胞である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
試験の前に、前記生物学的サンプルから前記核酸抽出物が調製される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記調製の前に、前記生物学的サンプルが前記ヒトから得られる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記核酸は、核酸増幅によって試験される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記多型の有無が、脳卒中の危険性の変化と相関付けられる、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記相関付けが、コンピューターソフトウェアによって実施される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記核酸が、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ解析、一本鎖高次構造多型分析、または変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して試験される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記核酸が、対立遺伝子に特異的な方法を使用して試験される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記対立遺伝子に特異的な方法が、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、または対立遺伝子特異的増幅である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
表３に提供される対立遺伝子特異的プライマーを使用して実施される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
自動化された方法である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記多型の存在が、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤による脳卒中の危険性の低下と相関付けられる、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記相関付けが、コンピューターソフトウェアによって実施される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、親水性スタチンである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、疎水性スタチンである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、プラバスタチン、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロバスタチン、ロスバスタチンおよびフルバスタチン、ならびにそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
ヒトにおいて脳卒中の危険性を低下させるための組成物であって、前記組成物は、治療剤を含み、前記ヒトが、配列番号１５６６のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体の有無に起因して、脳卒中の危険性が増加していると同定されている、組成物。
【請求項２３】
前記ヒト由来の核酸が、前記多型の有無について試験されている、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記治療剤が、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤を含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、親水性スタチンである、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、疎水性スタチンである、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２７】
前記ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤が、プラバスタチン、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロバスタチン、ロスバスタチンおよびフルバスタチン、ならびにそれらの組合せからなる群から選択される、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２８】
ヒト由来の核酸の第一の多型を、該ヒトが、脳卒中の危険性の増加を有するかの指標とする方法であって、前記第一の多型は、第二の多型との連鎖不均衡中にあり、前記第二の多型が、配列番号１５６６のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体である、方法。
【請求項２９】
前記連鎖不均衡が、ｒ２＝１である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記第一の多型が、表４に記載される多型からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記第一の多型の有無が、脳卒中の危険性の増加と相関付けられる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記相関付けが、コンピューターソフトウェアによって実施される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記指標が、前記ヒトを治療剤の臨床試験に含めるように選択するために使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
ヒトにおいて脳卒中の危険性が変化しているかどうかを決定するためのキットであって、少なくとも１つの容器および前記容器中に保管される少なくとも１つのポリヌクレオチド検出試薬を含み、前記ヌクレオチド検出試薬が、配列番号１５６６のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体の有無を検出することができるキット。
【請求項３５】
前記ポリヌクレオチド検出試薬が、前記多型の存在下では前記核酸に選択的にハイブリダイズし、前記多型の非存在下では前記核酸にハイブリダイズしない、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
ヒト由来の核酸の多型を、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤への応答の指標とする方法であって、前記多型が、配列番号１５６６のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体である、方法。