【手続補正書】
【提出日】平成24年11月1日(2012.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ）  前記複数個のエキソソームを複数個の基質に適用する工程であって、
各基質が、１つ以上の捕捉剤に結合され、かつ
前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の他の全てのサブセットとは異なる捕捉剤または捕捉剤の組み合わせを含む、工程、
ｉｉ）  前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ）  前記捕捉したエキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
【請求項２】
前記複数個の基質の各サブセットが任意で、
ａ）  前記複数個の基質の他の全てのサブセットとは差別的に標識され；
ｂ）  内因的に標識され；かつ／または
ｃ）  ２つ以上の標識を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記基質が、粒子またはビーズである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ）  前記複数個のエキソソームを平面基質に適用する工程であって、前記基質が、複数個の捕捉剤を含む、工程、
ｉｉ）  前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ）  前記捕捉したエキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
【請求項５】
エキソソームの少なくとも２つの異なる集団が、捕捉される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項６】
１つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、表現型を特徴付けるために使用される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項７】
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、妊娠に関連した病態；図３〜６０に列記される表から選択される表現型；腫瘍もしくは癌；または、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、もしくは結腸癌である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、前記表現型の状態のモニタリング、または治療の選択である、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記１個以上の捕捉剤が、Ｒａｂ  ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される１つまたは複数の標的に結合する、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１０】
前記１つ以上のバイオマーカーが、核酸、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択され；または前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つ以上のバイオマーカーが、図１もしくは図３〜６０に列記される表；または、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＢＲＡＦ、ＫＲＡＳ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＰＣＡ−３、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群；または、Ｒａｂ  ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、Ｂ７Ｈ３、ＣＤ６６、およびこれらのフラグメントからなる群から選択される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１３】
前記１つ以上のバイオマーカーが、ＥｐＣＡＭ、ＰＣＳＡ、マトリックスメタロプロテイナーゼ、ＡＤＡＭ−１０、ＫＬＫ２、ＥＧＦＲ、ＩＬ−１Ｂ、およびｐ５３からなる群より選択される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１４】
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３２０、およびｍｉＲ−２０からなる群、または、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも２つのバイオマーカーが検出され、任意で、前記少なくとも２つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＰＣＳＡ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＳＭＡ、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つ以上の捕捉剤が、ＥｐＣａｍを標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ９および／もしくはＣＤ６３であるか；または、前記１つ以上の捕捉剤が、ＰＣＳＡを標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、Ｂ７Ｈ３および／もしくはＰＳＭＡであるか；または、前記１つ以上の捕捉剤が、ＣＤ６３を標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ８１、ＣＤ８３、および／もしくはＣＤ９である、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、請求項１２〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記バイオマーカーが、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＤ８３、およびＣＤ９のうち１つまたは複数を含み、前記１つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、結腸癌を特徴付けるために使用される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数個のエキソソームが、生体試料から得られる、請求項１または４に記載の方法。
【請求項２０】
前記生体試料が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血を任意で含む、体液である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットが、約３０ｎｍ〜約８００ｎｍまたは約３０ｎｍ〜約２００ｎｍの直径を有する、請求項１または４に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数個のエキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離されるか、あるいは、前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、請求項１または４に記載の方法。
【請求項２３】
前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットが、起始細胞に特異的なエキソソームを含み、任意で、前記起始細胞が、腫瘍もしくは癌細胞；または、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、もしくは胎児の細胞である、請求項１または４に記載の方法。
【請求項２４】
Ｂ７Ｈ３、ＰＳＣＡ、ＭＦＧ−Ｅ８、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＭＡ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択されるバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
【請求項２５】
実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物であって、前記濃縮されたエキソソームの集団が、１つ以上の特徴について少なくとも３０％均質であり、前記エキソソームが、請求項２４に記載の単離されたエキソソームである、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
検出システム、マイクロ流体デバイス、および１つ以上のエキソソームの単離、分離、もしくは検出のため等の１つ以上のエキソソームを評価するためのキットも提供される。
[本発明1001]
対象における表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ）  前記対象からの生体試料中の1つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ）  前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記バイオシグネチャーに基づく前記表現型の前記特徴付けが、少なくとも70％の感度を有する、方法。
[本発明1002]
対象における表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ）  前記対象からの生体試料中の1つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ）  前記バイオシグネチャーを用いて前記1つ以上のエキソソームの量を決定する工程と、
ｉｉｉ）  前記量に基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記特徴付けが、少なくとも70％の感度を有する、方法。
[本発明1003]
感度が、少なくとも80％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
感度が、少なくとも90％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1005]
特異度が、少なくとも80％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1006]
特異度が、少なくとも100％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1007]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1008]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液（ｆｅｍａｌｅ  ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥（ｃｈｙｍｅ）、乳糜（ｃｈｙｌｅ）、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1007の方法。
[本発明1010]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1001または1002の方法。
[本発明1011]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1009の方法。
[本発明1012]
前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1001または1002の方法。
[本発明1013]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1001または1002の方法。
[本発明1014]
前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1015]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1014の方法。
[本発明1016]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1014の方法。
[本発明1017]
前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1018]
前記バイオシグネチャーが、バイオマーカーの発現レベル、存在、不在、突然変異、コピー数多様性（ｃｏｐｙ  ｎｕｍｂｅｒ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ）、切断、複製、挿入、修飾、配列多様性、または分子会合を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1019]
前記バイオシグネチャーが、単離されたエキソソームの定量化、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環エキソソームの半減期、エキソソームの代謝半減期、またはエキソソームの活性を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1020]
前記バイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1021]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記核酸が、増幅される、本発明1020の方法。
[本発明1023]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1021の方法。
[本発明1024]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1021の方法。
[本発明1025]
前記バイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1020の方法。
[本発明1026]
前記バイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1020の方法。
[本発明1027]
前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1020の方法。
[本発明1028]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1024の方法。
[本発明1029]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1024の方法。
[本発明1030]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1029の方法。
[本発明1031]
前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1032]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記バイオマーカーが、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1034]
前記バイオシグネチャーが、少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1035]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1034の方法。
[本発明1036]
少なくとも3つのバイオマーカーが選択される、本発明1035の方法。
[本発明1037]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1033、1035、または1036の方法。
[本発明1038]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＣＤ63、およびＣＤ66からなる群より選択される、本発明1034の方法。
[本発明1039]
前記表現型が、結腸癌である、本発明1033または1038の方法。
[本発明1040]
前記バイオシグネチャーが、結合物質を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1041]
前記結合物質が、抗原、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、または化合物である、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記結合物質が、図2から選択される、本発明1040の方法。
[本発明1043]
前記バイオマーカーが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、またはこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1044]
前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1045]
前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1046]
前記バイオマーカーが、
ｉ）  一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ）  検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
ｉｉｉ）  酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
ｉｖ）  検出試薬を添加する工程と、
ｖ）  前記試薬と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1047]
前記バイオマーカーが、
ｉ）  一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ）  検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
前記検出抗体が、直接標識される、本発明1018の方法。
[本発明1048]
前記一次抗体が、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1049]
前記検出抗体が、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1050]
前記一次抗体が、基質に付着される、本発明1046または1047の方法。
[本発明1051]
前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記粒子が、磁性を帯びている、本発明1051の方法。
[本発明1053]
前記粒子が、内因的に標識される、本発明1051の方法。
[本発明1054]
前記粒子が、2つ以上の標識を用いて標識される、本発明1051の方法。
[本発明1055]
前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ  5ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ63または抗カベオリン−1である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1056]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1057]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1058]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1059]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1061]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、本発明1060の方法。
[本発明1062]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1063]
前記特徴付けが、前記表現型に対する診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1064]
前記対象が、現在の治療に応答しない、本発明1001または1002の方法。
[本発明1065]
前記現在の治療が、癌治療である、本発明1064の方法。
[本発明1066]
対象における、表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ）  生体試料中のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ）  前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記バイオシグネチャーが、複数個のバイオマーカーを含み、
前記バイオシグネチャーが、前記複数個のバイオマーカー未満の検出と比較して、前記表現型の特徴付けにおいて、より高い感度または特異度を提供する、方法。
[本発明1067]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1067の方法。
[本発明1069]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1066の方法。
[本発明1070]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1066の方法。
[本発明1071]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1066の方法。
[本発明1072]
前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1066の方法。
[本発明1073]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1066の方法。
[本発明1074]
前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、本発明1066の方法。
[本発明1075]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1074の方法。
[本発明1076]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1074の方法。
[本発明1077]
前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、本発明1066の方法。
[本発明1078]
前記複数個のバイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1066の方法。
[本発明1079]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1078の方法。
[本発明1080]
前記核酸が、増幅される、本発明1078の方法。
[本発明1081]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1079の方法。
[本発明1082]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1079の方法。
[本発明1083]
前記バイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1078の方法。
[本発明1084]
前記バイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1078の方法。
[本発明1085]
前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1078の方法。
[本発明1086]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1082の方法。
[本発明1087]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1082の方法。
[本発明1088]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1087の方法。
[本発明1089]
前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1090]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1089の方法。
[本発明1091]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1092]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、もしくはこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1093]
前記複数個が、2個のバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1094]
前記複数個が、少なくとも3個のバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1095]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1096]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1091または1095の方法。
[本発明1097]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＣＤ63、およびＣＤ66からなる群より選択される少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1098]
前記表現型が、結腸癌である、本発明1091または1097の方法。
[本発明1099]
前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1100]
前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1101]
前記バイオマーカーが、
ｉ）  一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ）  検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
ｉｉｉ）  酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
ｉｖ）  検出試薬を添加する工程と、
ｖ）  前記基質と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1102]
前記バイオマーカーが、
ｉ）  一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ）  検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
前記検出抗体が、直接標識される、本発明1078の方法。
[本発明1103]
前記一次抗体が、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1104]
前記検出抗体が、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1105]
前記一次抗体が、基質に付着される、本発明1101または1102の方法。
[本発明1106]
前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、本発明1105の方法。
[本発明1107]
前記粒子が、磁性を帯びている、本発明1105の方法。
[本発明1108]
前記粒子が、内因的に標識される、本発明1105の方法。
[本発明1109]
前記粒子が、2つ以上の標識を用いて標識される、本発明1105の方法。
[本発明1110]
前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ  5ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ63または抗カベオリン−1である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1111]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1066の方法。
[本発明1112]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1066の方法。
[本発明1113]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1066の方法。
[本発明1114]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1113の方法。
[本発明1115]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1066の方法。
[本発明1116]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、本発明1115の方法。
[本発明1117]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1066の方法。
[本発明1118]
前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1066の方法。
[本発明1119]
前記対象が、現在の治療に応答しない、本発明1066の方法。
[本発明1120]
前記現在の治療が、癌治療である、本発明1119の方法。
[本発明1121]
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ）  前記複数個のエキソソームを複数個の基質に適用する工程であって、
各基質が、1つ以上の捕捉剤に結合され、かつ
前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは異なる捕捉剤または捕捉剤の組み合わせを含む、工程、
ｉｉ）  前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ）  前記捕捉したエキソソームの1つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
[本発明1122]
前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは差別的に標識される、本発明1121の方法。
[本発明1123]
前記複数個の基質の少なくとも1つのサブセットが、内因的に標識される、本発明1121の方法。
[本発明1124]
前記複数個の基質の少なくとも1つのサブセットが、2つ以上の標識を含む、本発明1121の方法。
[本発明1125]
前記基質が、粒子またはビーズである、本発明1121の方法。
[本発明1126]
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ）  前記複数個のエキソソームを平面基質に適用する工程であって、前記基質が、複数個の捕捉剤を含む、工程、
ｉｉ）  前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ）  前記捕捉したエキソソームの1つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
[本発明1127]
エキソソームの少なくとも2つの異なる集団が、捕捉される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1128]
1つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、表現型を特徴付けるために使用される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1129]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1128の方法。
[本発明1130]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1128の方法。
[本発明1131]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1128の方法。
[本発明1132]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1131の方法。
[本発明1133]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1128の方法。
[本発明1134]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態、または鉄代謝の病態である、本発明1133の方法。
[本発明1135]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1128の方法。
[本発明1136]
前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、前記表現型の状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1128の方法。
[本発明1137]
少なくとも5、10、15、または20個の異なる捕捉剤が使用される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1138]
前記1個以上の捕捉剤が、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される標的に結合する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1139]
前記1つ以上のバイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1140]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1138の方法。
[本発明1141]
前記核酸が、増幅される、本発明1138の方法。
[本発明1142]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1140の方法。
[本発明1143]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1140の方法。
[本発明1144]
前記1つ以上のバイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1145]
前記1つ以上のバイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1146]
前記1つ以上のバイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1147]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1143の方法。
[本発明1148]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1143の方法。
[本発明1149]
1つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、本発明1148の方法。
[本発明1150]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1151]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1150の方法。
[本発明1152]
前記1つ以上のバイオマーカーが、Ｒａｂ  5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、ＣＤ66、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1153]
少なくとも2つ、3つ、4つ、または5つのバイオマーカーが検出される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1154]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1153の方法。
[本発明1155]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＥｐＣａｍを標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ9およびＣＤ63である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1156]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＰＣＳＡを標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、Ｂ7Ｈ3およびＰＳＭＡである、本発明1121または1126の方法。
[本発明1157]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＣＤ63を標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ81、ＣＤ83、またはＣＤ9である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1158]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ81である、本発明1157の方法。
[本発明1159]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ63またはＣＤ9である、本発明1157の方法。
[本発明1160]
前記1つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、本発明1155、1156、1157、または1158の方法。
[本発明1161]
前記1つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、結腸癌を特徴付けるために使用される、本発明1157または1159の方法。
[本発明1162]
前記複数個のエキソソームが、生体試料から得られる、本発明1121または1126の方法。
[本発明1163]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1162の方法。
[本発明1164]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1163の方法。
[本発明1165]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1163の方法。
[本発明1166]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1167]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1166の方法。
[本発明1168]
前記複数個のエキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1169]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1162の方法。
[本発明1170]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、起始細胞に特異的なエキソソームを含む、本発明1121または1126の方法。
[本発明1171]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1170の方法。
[本発明1172]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1170の方法。
[本発明1173]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、尿中のエキソソームを含む、本発明1121または1126の方法。
[本発明1174]
以下の工程を含む、表現型を特徴付けるための方法：
ｉ）  対象からの試料中のエキソソームの量を決定する工程、
ｉｉ）  前記試料中の起始細胞に特異的なエキソソームの量を決定する工程、ならびに
ｉｉｉ）  前記エキソソームの量および前記起始細胞に特異的なエキソソームの量を、参照値に対して比較することによって、前記表現型を特徴付ける工程。
[本発明1175]
工程（ａ）の前記エキソソームの量が、1つ以上のエキソソームバイオマーカーを検出することによって決定される、本発明1174の方法。
[本発明1176]
工程（ｂ）の前記起始細胞に特異的なエキソソームの量が、1つ以上の起始細胞に特異的なバイオマーカーを検出することによって決定される、本発明1174の方法。
[本発明1177]
前記表現型が、癌である、本発明1174の方法。
[本発明1178]
癌に固有の1つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの量を検出する工程をさらに含む、本発明1177の方法。
[本発明1179]
1つ以上のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームであって、
ｉ）  乳房細胞に由来し、ＥＴＶ6−ＮＴＲＫ3、ならびに乳癌に対する図3および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｉ）  卵巣細胞に由来し、ＣＤ24、ならびに卵巣癌に対する図4および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｉｉ）  肺細胞に由来し、ミッドカイン、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ1、ＴＧＦ−ＡＬＫ、ＣＤ74−ＲＯＳ1、ならびに肺癌に対する図5および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｖ）  結腸細胞に由来し、結腸癌に対する図6および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖ）  腺腫に由来し、図7、図9［結腸直腸癌もしくはＣＲＣ］、または図10のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉ）  腸細胞に由来し、図8［過敏性腸症候群またはＩＢＤ対正常］または図10［ＩＢＤ対ＣＲＣ］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉｉ）  結腸、直腸、または虫垂細胞に由来し、図11［ＣＲＣデュークスＢおよびＣＲＣデュークスＣ〜Ｄ］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉｉｉ）  腸細胞に由来し、図12［低悪性度の異形成を伴う腺腫および高悪性度の異形成を伴う腺腫］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｘ）  腸細胞に由来し、図13［潰瘍性大腸炎（ＵＣ）対クローン病（ＣＤ）］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘ）  過形成ポリープに由来し、図14のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉ）  腸細胞に由来し、図15［低悪性度の異形成を伴う腺腫と正常との間］または図16［腺腫と正常を識別する］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｉ）  腸細胞に由来し、図17［ＣＲＣと正常を識別する］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｉｉ）  前立腺細胞に由来し、ＢＰＨに対する図18および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｖ）  前立腺細胞に由来し、ＡＣＳＬ3−ＥＴＶ1、Ｃ15ＯＲＦ21−ＥＴＶ1、ＦＬＪ35294−ＥＴＶ1、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ1，ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＴＶ1／4／5、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＴＶ4／5、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＲＧ、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＴＶ1、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＴＶ5もしくはＫＬＫ2−ＥＴＶ4、ならびに前立腺癌に対する図19、60、および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖ）  黒色腫細胞に由来し、黒色腫に対する図20および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉ）  膵臓細胞に由来し、膵臓癌に対する図21および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉｉ）  神経細胞に由来し、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ1、脳癌に対する図22および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉｉｉ）  乾癬を特徴付けるためのものであり、乾癬に対する図23および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｘ）  心臓細胞に由来し、図24のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘ）  血液細胞癌に由来し、ＴＴＬ−ＥＴＶ6、ＣＤＫ6−ＭＬＬ、ＣＤＫ6−ＴＬＸ3、ＥＴＶ6−ＦＬＴ3、ＥＴＶ6−ＲＵＮＸ1、ＥＴＶ6−ＴＴＬ、ＭＬＬ−ＡＦＦ1、ＭＬＬ−ＡＦＦ3、ＭＬＬ−ＡＦＦ4、ＭＬＬ−ＧＡＳ7、ＴＣＢＡ1−ＥＴＶ6、ＴＣＦ3−ＰＢＸ1、ＴＣＦ3−ＴＦＰＴ、ＢＣＬ11Ｂ−ＴＬＸ3、ＩＬ2−ＴＮＦＲＦＳ17、ＮＵＰ214−ＡＢＬ1、ＮＵＰ98−ＣＣＤＣ28Ａ、ＴＡＬ1−ＳＴＩＬ、またはＥＴＶ6−ＡＢＬ2、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ、ＫＩＡＡ1618−ＡＬＫ、ＭＳＮ−ＡＬＫ、ＭＹＨ9−ＡＬＫ、ＮＰＭ1−ＡＬＫ、ＴＧＦ−ＡＬＫもしくはＴＰＭ3−ＡＬＫ、ＢＣＲ−ＡＢＬ1、ＢＣＲ−ＪＡＫ2、ＥＴＶ6−ＥＶＩ1、ＥＴＶ6−ＭＮ1、ＥＴＶ6−ＴＣＢＡ1、ＣＢＦＢ−ＭＹＨ11、ＣＨＩＣ2−ＥＴＶ6、ＥＴＶ6−ＡＢＬ1、ＥＴＶ6−ＡＢＬ2、ＥＴＶ6−ＡＲＮＴ、ＥＴＶ6−ＣＤＸ2、ＥＴＶ6−ＨＬＸＢ9、ＥＴＶ6−ＰＥＲ1、ＭＥＦ2Ｄ−ＤＡＺＡＰ1、ＡＭＬ−ＡＦＦ1、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＡＰ26、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＥＦ12、ＭＬＬ−ＣＡＳＣ5、ＭＬＬ−ＣＢＬ、ＭＬＬ−ＣＲＥＢＢＰ、ＭＬＬ−ＤＡＢ21Ｐ、ＭＬＬ−ＥＬＬ、ＭＬＬ−ＥＰ300、ＭＬＬ−ＥＰＳ15、ＭＬＬ−ＦＮＢＰ1、ＭＬＬ−ＦＯＸＯ3Ａ、ＭＬＬ−ＧＭＰＳ、ＭＬＬ−ＧＰＨＮ、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ1、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ11、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ3、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ6、ＭＬＬ−ＭＹＯ1Ｆ、ＭＬＬ−ＰＩＣＡＬＭ、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ2、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ6、ＭＬＬ−ＳＯＲＢＳ2、ＭＹＳＴ3−ＳＯＲＢＳ2、ＭＹＳＴ−ＣＲＥＢＢＰ、ＮＰＭ1−ＭＬＦ1、ＮＵＰ98−ＨＯＸＡ13、ＰＲＤＭ16−ＥＶＩ1、ＲＡＢＥＰ1−ＰＤＧＦＲＢ、ＲＵＮＸ1−ＥＶＩ1、ＲＵＮＸ1−ＭＤＳ1、ＲＵＮＸ1−ＲＰＬ22、ＲＵＮＸ1−ＲＵＮＸ1Ｔ1、ＲＵＮＸ1−ＳＨ3Ｄ19、ＲＵＮＸ1−ＵＳＰ42、ＲＵＮＸ1−ＹＴＨＤＦ2、ＲＵＮＸ1−ＺＮＦ687、ＴＡＦ15−ＺＮＦ−384、ＣＣＮＤ1−ＦＳＴＬ3、ＦＬＩＰ1−ＰＤＧＦＲＡ、ＦＬＴ3−ＥＴＶ6、ＫＩＡＡ1509−ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＥ4ＤＩＰ−ＰＤＧＦＲＢ、ＮＩＮ−ＰＤＧＦＲＢ、ＴＰ53ＢＰ1−ＰＤＧＦＲＢ、またはＴＰＭ3−ＰＤＧＦＲＢ、ならびに血液細胞癌に対する図25および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉ）  血液細胞癌に由来し、ＢＣＬ3−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ1、ＢＣＬ7Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ3−ＡＲＨＧＡＰ20もしくはＢＴＧ1−ＭＹＣ、ならびに図26のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｉ）  Ｂ細胞に由来し、図27のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｉｉ）  Ｂ細胞に由来し、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ6、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ21Ｒ−ＢＣＬ6、ＰＩＭ1−ＢＣＬ6、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ6、ＩＫＺＦ1−ＢＣＬ6、ＳＥＣ31Ａ−ＡＬＫ、および図28のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｖ）  バーキットリンパ腫細胞に由来し、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ1−ＢＣＬ6、および図29のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖ）  肝細胞に由来し、肝細胞癌に対する図30および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉ）  子宮頸部細胞に由来し、子宮頸癌に対する図31および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉｉ）  子宮内膜細胞に由来し、子宮内膜癌に対する図32および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉｉｉ）  頭部または頸部細胞に由来し、ＣＨＣＨＤ7−ＰＬＡＧ1、ＣＴＮＮＢ1−ＰＬＡＧ1、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ2、ＨＭＧＡ2−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ1、ＴＣＥＡ1−ＰＬＡＧ1、ならびに頭頸部癌に対する図33および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｘ）  腸細胞に由来し、ＩＢＤに対する図34および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘ）  膵臓細胞に由来し、糖尿病に対する図35および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉ）  食道細胞に由来し、バレット食道に対する図36および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｉ）  線維筋痛に対する図37および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｉｉ）  脳卒中に対する図38および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｖ）  多発性硬化症に対する図39および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖ）  パーキンソン病に対する図40および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉ）  リウマチ性疾患に対する図41および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉｉ）  アルツハイマー病に対する図42および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉｉｉ）  プリオン病に対する図43および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｘ）  敗血症に対する図44のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌ）  慢性神経因性疼痛に対する図45および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉ）  末梢性神経因性疼痛に対する図46および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｉ）  統合失調症に対する図47および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｉｉ）  双極性障害に対する図48のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｖ）  うつ病に対する図49のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖ）  消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）に対する図50および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉ）  腎細胞に由来し、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ3、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ3、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ3、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ3、ＭＡＬＡＴ1−ＴＦＥＢ、腎細胞癌に対する図51および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉｉ）  肝硬変に対する図52および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉｉｉ）  食道細胞に由来し、食道癌に対する図53および図1中から選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｘ）  胃腸管細胞に由来し、胃癌に対する図54のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌ）  自閉症に対する図55および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉ）  臓器移植拒絶反応に対する図56のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｉ）  メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に対する図57のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｉｉ）  不安定プラークに対する図58および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｖ）  自己免疫疾患に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖ）  結核（ＴＢ）に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉ）  ＨＩＶに対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉｉ）  喘息に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉｉｉ）  狼瘡に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｘ）  甲状腺細胞に由来し、ＡＫＡＰ9−ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ6−ＲＥＴ、ＥＲＣ1−ＲＥＴＭ、ＧＯＬＧＡ5−ＲＥＴ、ＨＯＯＫ3−ＲＥＴ、ＨＲＨ4−ＲＥＴ、ＫＴＮ1−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ4−ＲＥＴ、ＰＣＭ1−ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲＡ1Ａ−ＲＥＴ、ＲＦＧ−ＲＥＴ、ＲＦＧ9−ＲＥＴ、Ｒｉａ−ＲＥＴ、ＴＧＦ−ＮＴＲＫ1、ＴＰＭ3−ＮＴＲＫ1、ＴＰＭ3−ＴＰＲ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、ＴＰＲ−ＮＴＲＫ1、ＴＲＩＭ24−ＲＥＴ、ＴＲＩＭ27−ＲＥＴもしくはＴＲＩＭ33−ＲＥＴ、ＰＡＸ8−ＰＰＡＲｙ、および甲状腺癌に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｘ）  発癌遺伝子である図59のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｘｉ）  前立腺細胞に由来し、ＰＦＫＦＢ3、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ  ＦＬＪ42103、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ90、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ3Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ3、およびＴＯＰ2Ｂから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、または、
ｌｘｉｉ）  前立腺細胞に由来し、図60のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含む、エキソソーム。
[本発明1180]
ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣＡＭ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣＡＭ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、ＣＤ24、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される1つ以上のバイオマーカーをさらに含む、本発明1179の単離されたエキソソーム。
[本発明1181]
Ｂ7Ｈ3、ＰＳＣＡ、ＭＦＧ−Ｅ8、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＭＡ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択されるバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
[本発明1182]
Ｂｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ1、ケラチン15、上皮に固有の抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼからなる群より選択される1つ以上のバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
[本発明1183]
実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物であって、前記濃縮されたエキソソームの集団が、1つ以上の特徴について少なくとも30％均質である、組成物。
[本発明1184]
前記1つ以上の特徴が、同じバイオマーカー、実質的に同様もしくは同一のバイオシグネチャー、同一の細胞型に由来、特定の大きさのエキソソームの存在、のうちの1つ以上、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1183の組成物。
[本発明1185]
前記エキソソームが、本発明1179、1180、1181、または1182の単離されたエキソソームである、本発明1183の組成物。
[本発明1186]
第2の濃縮されたエキソソームの集団をさらに含み、前記第2の濃縮されたエキソソームの集団が、1つ以上の特徴について、少なくとも30％均質である、本発明1183の組成物。
[本発明1187]
前記エキソソームが、2つ以上のバイオマーカーを標的とする2つ以上の結合物質を用いることによって得られる、本発明1186の組成物。
[本発明1188]
前記濃縮されたエキソソームの集団が、前記組成物の全エキソソーム集団の少なくとも30％を構成する、本発明1183の組成物。
[本発明1189]
前記組成物が由来した生体試料のエキソソーム濃度と比較して、少なくとも2倍のエキソソーム濃度を含む、本発明1183の組成物。
[本発明1190]
細胞残屑、細胞、非エキソソームタンパク質、ペプチド、核酸、またはこれらの任意の組み合わせが実質的に存在しない、本発明1183の組成物。