【手続補正書】
【提出日】平成26年6月18日(2014.6.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
脂質セットにおける脂質の脂質量を、動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在の指標とする方法であって、該方法は、
−  該動物に由来するサンプル中の脂質セットにおける脂質の脂質量を決定する工程
を包含し、
ここで、該脂質量は、予測モデルで分析され、該分析された結果は、該動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を示し；
を包含し、ここで
−  該脂質セットにおける脂質の脂質量は、該予測モデルの入力を含み、
−  該サンプルは、体液もしくはその処理物を含み、そして
−  該少なくとも１種の癌タイプは、癌腫、肉腫、血液の癌、神経の悪性疾患、甲状腺癌、神経芽細胞腫、黒色腫、腎細胞癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、脳の癌、前立腺癌、慢性リンパ性白血病、急性リンパ芽球性白血病、横紋筋肉腫、多形膠芽細胞腫、髄膜腫、膀胱癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、神経膠腫、口腔癌、鼻咽頭癌、腎臓癌、直腸癌、リンパ節の癌、骨髄の癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮癌、白血病、基底細胞癌、上皮細胞に関する癌、ピルビン酸カルボキシラーゼの調節もしくは活性を変化させ得る癌、および前述の癌タイプのうちのいずれかと関連する腫瘍からなる群より選択される、
方法。
【請求項２】
前記体液は、血漿  吐物、耳垢、胃液、母乳、粘液、唾液、皮脂、精液、汗、涙液、膣分泌物、血清、眼房水、硝子体液、内リンパ液、外リンパ液、腹膜液、胸膜液、脳脊髄液、血液、血漿、乳頭吸引液、尿、糞便、および気管支肺胞洗浄液からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記体液は、血液もしくは血漿である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記サンプルは、脂質微小胞画分を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記脂質セットは、少なくとも１０種の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記脂質セットは、少なくとも５０種の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記脂質セットは、少なくとも１００種の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記脂質セットは、少なくとも２００種の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記脂質セットは、１００，０００種以下の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記脂質セットは、ＢＭＰ、ＣＥ、Ｃｅｒ、ＤＡＧ、ＤＨ−ＬＴＢ４、ＦＡ、ＧＡ２、ＧＭ３、ＨｅｘＣｅｒ、ＨｅｘＤＨＣｅｒ、ＬａｃＣｅｒ、ＬｙｓｏＰＡ、ＬｙｓｏＰＣ、ＬｙｓｏＰＣ−ｐｍｇ、ＬｙｓｏＰＥ、ＬｙｓｏＰＥ−ｐｍｇ、ＬｙｓｏＰＳ、ＭＡＧ、ＰＣ、ＰＣ−ｐｍｇ、ＰＥ、ＰＥ−ｐｍｇ、ＰＧＡ１、ＰＧＢ１、ＳＭ、スフィンゴシン、ＴＡＧ、およびＴＨ−１２−ケト−ＬＴＢ４からなる群より選択される脂質の１以上のクラスから選択される１種以上の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記脂質セットは、ＦＡ、ＭＡＧ、ＤＡＧ、ＴＡＧ、ＰＥ、ＰＳ、ＰＩ、ＰＧ、ＰＡ、ＬｙｓｏＰＣ、ＬｙｓｏＰＥ、ＬｙｓｏＰＳ、ＬｙｓｏＰＩ、ＬｙｓｏＰＧ、ＬｙｓｏＰＡ、ＢＭＰ、ＳＭ、Ｃｅｒ、Ｃｅｒ−Ｐ、ＨｅｘＣｅｒ、ＧＡ１、ＧＡ２、ＧＤ１、ＧＤ２、ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＴ１、およびＣＥからなる群より選択される脂質の１種以上のクラスから選択される１種以上の脂質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化１８】
2013529784.tif 000001
【化１９】
2013529784.tif 000002
からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＦＡ（１６：３）、ＦＡ（１９：１）、ＣＥ（１８：２）、Ｃｅｒ（３６：１）、Ｃｅｒ（３８：４）、ＰＣ（３８：５）、Ｃｅｒ（３８：１）、およびＴＡＧ（４４：３）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２０】
2013529784.tif 000003
からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＴＡＧ（４４：３）、ＰＣ（３６：５）、ＰＣ（３８：５）、Ｃｅｒ（３８：４）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＰＣ（３８：７）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、Ｃｅｒ（３８：１）、Ｃｅｒ（３４：１）、およびＣｅｒ（３６：１）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＣＥ（２０：５）、ＴＡＧ（５２：３）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、ＰＣ（３６：３）、ＰＣ（３６：４）、ＰＣ（３６：２）、ＰＣ（３４：２）、およびＰＣ（３４：１）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２１】
2013529784.tif 000004
からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＰＣ（３４：２）、ＰＣ（３４：１）、ＰＣ（３６：２）、ＰＣ（３６：４）、ＰＣ（３６：３）、ＰＣ（３８：４）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、およびＣＥ（２０：５）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＣ（３６：５）、ＴＡＧ（５２：３）、ＰＣ（３８：５）、ＣＥ（２０：５）、ＴＡＧ（５０：２）、ＢＭＰ（３９：１）、ＰＣ（３４：２）、ＣＥ（１８：２）、およびＰＣ（３４：１）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２２】
2013529784.tif 000005
からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＰＣ（３４：２）、ＰＣ（３６：２）、ＴＡＧ（４４：３）、ＣＥ（１８：２）、ＰＣ（３４：１）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＣ（３６：５）、Ｃｅｒ（３６：１）、ＣＥ（２０：５）、およびＰＣ（３６：３）からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記脂質量は、質量分析を使用して決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記脂質量は、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計を使用して決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記サンプルは、体液の処理物である、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記サンプルは、体液の処理物であり、該処理物は、アセトニトリル、水、クロロホルム、メタノール、ブチルヒドロキシトルエン、トリクロロ酢酸、もしくはこれらの組み合わせを含む１種以上の溶液を使用した１種以上の抽出物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記予測モデルは、１つ以上の次元縮小法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記予測モデルは、主成分分析（ＰＣＡ）、シムカ法（ＳＩＭＣＡ）、部分最小二乗法判別分析（ＰＬＳ−ＤＡ）、および直行部分最小二乗法判別分析（ＯＰＬＳ−ＤＡ）からなる群より選択される１種以上の方法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記動物は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ニワトリ、シチメンチョウ、マウス、およびラットからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌または乳癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記分析された結果は、１種より多い癌タイプの存在もしくは非存在を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
脂質セットにおける脂質の脂質量を、動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在の指標とする方法であって、該方法は、
−  該動物に由来するサンプル中の脂質セットにおける脂質の脂質量を決定する工程；
脂質の該脂質量を予測モデルで分析する工程；
を包含し、ここで、脂質の該脂質量の分析された結果は、該動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を示し、ここで
−  該脂質セットにおける脂質の脂質量は、該予測モデルの入力を含み、そして
−  該サンプルは、体液もしくはその処理物を含む、
方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本発明の実施形態は、動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を決定するための方法を包含し、上記方法は、上記動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を、上記動物に由来するサンプル中の脂質セットにおける脂質の脂質量を分析することによって、予測モデルで決定する工程を包含する。いくつかの場合において、上記脂質セットにおける脂質の脂質量は、上記予測モデルの入力を含み、上記サンプルは、体液もしくはその処理物を含む。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を決定するための方法であって、該方法は、
−  該動物に由来するサンプル中の脂質セットにおける脂質の脂質量を決定する工程、および
−  該動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を、予測モデルで決定する工程；
を包含し、ここで
−  該脂質セットにおける脂質の脂質量は、該予測モデルの入力を含み、そして
−  該サンプルは、体液もしくはその処理物を含む、
方法。
（項目２）
前記体液は、血漿  吐物、耳垢、胃液、母乳、粘液、唾液、皮脂、精液、汗、涙液、膣分泌物、血清、眼房水、硝子体液、内リンパ液、外リンパ液、腹膜液、胸膜液、脳脊髄液、血液、血漿、乳頭吸引液、尿、糞便、および気管支肺胞洗浄液からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記体液は、血液もしくは血漿である、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記サンプルは、脂質微小胞画分を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記脂質セットは、少なくとも１０種の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記脂質セットは、少なくとも５０種の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記脂質セットは、少なくとも１００種の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記脂質セットは、少なくとも２００種の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記脂質セットは、１００，０００種以下の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記脂質セットは、ＢＭＰ、ＣＥ、Ｃｅｒ、ＤＡＧ、ＤＨ−ＬＴＢ４、ＦＡ、ＧＡ２、ＧＭ３、ＨｅｘＣｅｒ、ＨｅｘＤＨＣｅｒ、ＬａｃＣｅｒ、ＬｙｓｏＰＡ、ＬｙｓｏＰＣ、ＬｙｓｏＰＣ−ｐｍｇ、ＬｙｓｏＰＥ、ＬｙｓｏＰＥ−ｐｍｇ、ＬｙｓｏＰＳ、ＭＡＧ、ＰＣ、ＰＣ−ｐｍｇ、ＰＥ、ＰＥ−ｐｍｇ、ＰＧＡ１、ＰＧＢ１、ＳＭ、スフィンゴシン、ＴＡＧ、およびＴＨ−１２−ケト−ＬＴＢ４からなる群より選択される脂質の１以上のクラスから選択される１種以上の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記脂質セットは、ＦＡ、ＭＡＧ、ＤＡＧ、ＴＡＧ、ＰＩ、ＰＥ、ＰＳ、ＰＩ、ＰＧ、ＰＡ、ＬｙｓｏＰＣ、ＬｙｓｏＰＥ、ＬｙｓｏＰＳ、ＬｙｓｏＰＩ、ＬｙｓｏＰＧ、ＬｙｓｏＰＡ、ＬｙｓｏＰＣ、ＬｙｓｏＰＥ、ＢＭＰ、ＳＭ、Ｃｅｒ、Ｃｅｒ−Ｐ、ＨｅｘＣｅｒ、ＧＡ１、ＧＡ２、ＧＤ１、ＧＤ２、ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＴ１、およびＣＥからなる群より選択される脂質の１種以上のクラスから選択される１種以上の脂質を含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化１８】
2013529784.tif 000006
【化１９】
2013529784.tif 000007
からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＦＡ（１６：３）、ＦＡ（１９：１）、ＣＥ（１８：２）、Ｃｅｒ（３６：１）、Ｃｅｒ（３８：４）、ＰＣ（３８：５）、Ｃｅｒ（３８：１）、およびＴＡＧ（４４：３）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２０】
2013529784.tif 000008
からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＴＡＧ（４４：３）、ＰＣ（３６：５）、ＰＣ（３８：５）、Ｃｅｒ（３８：４）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＰＣ（３８：７）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、Ｃｅｒ（３８：１）、Ｃｅｒ（３４：１）、およびＣｅｒ（３６：１）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＣＥ（２０：５）、ＴＡＧ（５２：３）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、ＰＣ（３６：３）、ＰＣ（３６：４）、ＰＣ（３６：２）、ＰＣ（３４：２）、およびＰＣ（３４：１）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２１】
2013529784.tif 000009
からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記少なくとも１種の癌タイプは、乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＰＣ（３４：２）、ＰＣ（３４：１）、ＰＣ（３６：２）、ＰＣ（３６：４）、ＰＣ（３６：３）、ＰＣ（３８：４）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＥ−ｐｍｇ（４２：９）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：０）、およびＣＥ（２０：５）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＣ（３６：５）、ＴＡＧ（５２：３）、ＰＣ（３８：５）、ＣＥ（２０：５）、ＴＡＧ（５０：２）、ＢＭＰ（３９：１）、ＰＣ（３４：２）、ＣＥ（１８：２）、およびＰＣ（３４：１）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、以下：
【化２２】
2013529784.tif 000010
からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記少なくとも１種の癌タイプは、肺癌および乳癌を含み、前記脂質セットにおける１種以上の脂質は、ＰＣ（３４：２）、ＰＣ（３６：２）、ＴＡＧ（４４：３）、ＣＥ（１８：２）、ＰＣ（３４：１）、ＬｙｓｏＰＡ（２２：１）、ＰＣ（３６：５）、Ｃｅｒ（３６：１）、ＣＥ（２０：５）、およびＰＣ（３６：３）からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記脂質量は、質量分析を使用して決定される、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記脂質量は、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析計を使用して決定される、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記サンプルは、体液の処理物である、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記サンプルは、体液の処理物であり、該処理物は、アセトニトリル、水、クロロホルム、メタノール、ブチルヒドロキシトルエン、トリクロロ酢酸、もしくはこれらの組み合わせを含む１種以上の溶液を使用した１種以上の抽出物を含む、項目１に記載の方法。
（項目２６）
前記予測モデルは、１つ以上の次元縮小法を含む、項目１に記載の方法。
（項目２７）
前記予測モデルは、主成分分析（ＰＣＡ）、シムカ法（ＳＩＭＣＡ）、部分最小二乗法判別分析（ＰＬＳ−ＤＡ）、および直行部分最小二乗法判別分析（ＯＰＬＳ−ＤＡ）からなる群より選択される１種以上の方法を含む、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記動物は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ニワトリ、シチメンチョウ、マウス、およびラットからなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記少なくとも１種の癌タイプは、癌腫、肉腫、血液の癌、神経の悪性疾患、基底細胞癌、甲状腺癌、神経芽細胞腫、卵巣癌、黒色腫、腎細胞癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、脳の癌、前立腺癌、慢性リンパ性白血病、急性リンパ芽球性白血病、横紋筋肉腫、多形膠芽細胞腫、髄膜腫、膀胱癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、神経膠腫、口腔癌、鼻咽頭癌、腎臓癌、直腸癌、リンパ節の癌、骨髄の癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮癌、白血病、基底細胞癌、上皮細胞に関する癌、ピルビン酸カルボキシラーゼの調節もしくは活性を変化させ得る癌、および前述の癌タイプのうちのいずれかと関連する腫瘍からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目３０）
１種より多い癌タイプの存在もしくは非存在を決定する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３１）
動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を決定するための方法であって、該方法は、
−  該動物における少なくとも１種の癌タイプの存在もしくは非存在を、該動物に由来するサンプル中の脂質セットにおける脂質の脂質量を分析することによって、予測モデルで決定する工程；
を包含し、ここで
−  該脂質セットにおける脂質の脂質量は、該予測モデルの入力を含み、そして
−  該サンプルは、体液もしくはその処理物を含む、
方法。