【手続補正書】
【提出日】平成26年1月21日(2014.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象からの唾液試料を分析して前記対象の肺癌を検出する方法であって、
ａ）前記対象からの唾液試料を、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ＡＮＸＡ１、ハプトグロビンＨｐ２、亜鉛α２−糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択されるバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程と、
ｂ）前記バイオマーカーが前記試料において対照と違いを有して発現するか否かを決定し；それにより肺癌状態を提供する工程と、
を含む方法。
【請求項２】
少なくとも２種のバイオマーカーが測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも２種のバイオマーカーのうちの一方がポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡであり、前記少なくとも２種のバイオマーカーのうちの一方がカンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも３種のバイオマーカーが測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つがＧＲＥＢ１であり、前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つがＣＣＮＩであり、前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つがＦＲＳ２である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つがハプトグロビン２であり、前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つがアネキシンＡ１であり、前記少なくとも３種のバイオマーカーのうちの一つが亜鉛α２−糖タンパク質である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記アッセイが、少なくとも１種のバイオマーカーをコードする核酸を検出し、前記核酸が、質量分析、ＰＣＲ、マイクロアレイハイブリダイゼーション、熱的シーケンシング、キャピラリーアレイシーケンシング、又は固相シーケンシングにより検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記アッセイが、少なくとも１種のバイオマーカーのポリペプチドを検出し、前記ポリペプチドが、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、免疫組織化学、又は質量分析により検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
対象に対する治療の効力を評価する方法であって、
（ａ）前記対象からの第１の唾液試料を、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ＡＮＸＡ１、ハプトグロビンＨｐ２、亜鉛α２−糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択されるバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析し、それにより第１の発現プロファイルを提供する工程と、
（ｂ）治療を受けた前記対象からの第２の唾液を、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ＡＮＸＡ１、ハプトグロビンＨｐ２、亜鉛α２−糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択される少なくとも２種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析し、それにより第２の発現プロファイルを提供する工程と、
（ｃ）前記第１の発現プロファイルと前記第２の発現プロファイルとを比較し、それにより治療の効力を評価する工程と、
を含む方法。
【請求項１０】
固体担体を含むキットにおいて、前記固体担体が、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含む、キット。
【請求項１１】
第１の固体担体及び第２の固体担体を含むキットにおいて、前記第１の固体担体が、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択される少なくとも２種のバイオマーカーに対して選択的な捕捉結合プローブを含み、及び前記第２の固体担体が、ＡＮＸＡ１、ハプトグロビンＨｐ２、亜鉛α２−糖タンパク質、カルプロテクチンに対する捕捉結合リガンドを含む、キット。
【請求項１２】
前記捕捉結合リガンドが抗体である、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択される少なくとも２種のバイオマーカーを選択的に増幅するための１つ以上のプライマーを含むキットであって、前記プライマーの各々が、任意選択により検出可能な標識を含む、キット。
【請求項１４】
対象からの唾液試料を分析して前記対象の肺癌を検出する方法であって、
ａ）前記対象からの唾液試料を、前記唾液試料中において少なくとも１７種のバイオマーカーを特異的に検出するアッセイで分析する工程であって、前記少なくとも１７種のバイオマーカーが、ＣＣＮＩ、ＥＧＦＲ、ＦＧＦ９、ＧＲＥＢ１タンパク質、ＬＺＴＳ、ＢＲＡＦ、ＦＲＳ２、ＡＮＸＡ１、ハプトグロビンＨｐ２、亜鉛α２−糖タンパク質、カルプロテクチン、ポルフィロモナス・カトニエ（Porphyromonas catoniae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・ショウアエ（Campylobacter showae）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ストレプトコッカス・サリバリス（Streptococcus salivaris）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、カンピロバクター・レクタス（Campylobacter rectus）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、ベイヨネラ・パルブラ（Veillonella parvula）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、キゲラ・オラリス（Kigella oralis）１６Ｓ  ｒＲＮＡ、及びグラニュリカテラ・アディアセンス（Granulicatella adiacens）１６Ｓ  ｒＲＮＡからなる群から選択される、工程と、
ｂ）前記少なくとも１７種のバイオマーカーが前記試料において対照と違いを有して発現するか否かを決定し；それにより肺癌状態を提供する工程と、
を含む方法。