【手続補正書】
【提出日】平成24年3月6日(2012.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
パニツムマブを用いる治療に患者が無反応であるかどうかの予測を支援する方法であって、前記患者由来の腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異の存在は、前記患者がパニツムマブを用いる治療に無反応であることを示す、方法。
【請求項２】
前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍のサンプルからＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記腫瘍のサンプルが結腸直腸腫瘍サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
パニツムマブを用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかの予測を支援する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異の存在が、前記腫瘍がパニツムマブに無反応であることを示唆する、方法。
【請求項７】
前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記腫瘍の前記サンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記腫瘍が結腸直腸腫瘍である、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
パニツムマブを用いる治療に患者が無反応であるかどうかの予測を支援する方法であって、前記患者由来の腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、前記患者由来の腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、Ｋ−ｒａｓ変異およびＢ−ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在は、前記患者がパニツムマブを用いる治療に無反応であることを示す、方法。
【請求項１２】
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍のサンプルからＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍のサンプルからＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記腫瘍のサンプルが結腸直腸腫瘍サンプルである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
パニツムマブを用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかの予測を支援する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、Ｂ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、かつ前記Ｋ−ｒａｓ変異および前記Ｂ−ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在が、パニツムマブを用いる治療に前記腫瘍が無反応であることを示唆する、方法。
【請求項１７】
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍のサンプルからＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍のサンプルからＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍が結腸直腸腫瘍である、請求項１６に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
特定の実施形態では、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法を提供する。特定の実施形態では、当該方法は、上記腫瘍のサンプルにおけるＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、該Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、Ｂ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、該Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含む。特定の実施形態では、Ｋ−ｒａｓ変異およびＢ−ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在が、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に該腫瘍が無反応であることを示唆する。
本発明は例えば、以下の項目を提供する：
（項目１）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあり、かつＫ−ｒａｓ変異が存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目２）
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目３に記載の方法。
（項目５）
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される、項目１に記載の方法。
（項目７）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあり、かつ前記Ｋ−ｒａｓ変異の存在は、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に前記腫瘍が無反応であることを示唆する、方法。
（項目８）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目７に記載の方法。
（項目１０）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含む、項目７に記載の方法。
（項目１２）
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択される、項目７に記載の方法。
（項目１３）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつＢ−ｒａｆ変異が存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目１４）
腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１８）
前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目１３に記載の方法。
（項目１９）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップを含み、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあり、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異の存在が、前記腫瘍がＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤に無反応であることを示唆する、方法。
（項目２０）
前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記腫瘍の前記サンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２４）
前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目１９に記載の方法。
（項目２５）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に患者が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記患者の腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、前記患者の腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、Ｋ−ｒａｓ変異およびＢ−ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つが存在する場合は、前記患者はＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に無反応であることが予測される、方法。
（項目２６）
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目２５に記載の方法。
（項目３０）
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目２５に記載の方法。
（項目３１）
ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に腫瘍が無反応であるかどうかを予測する方法であって、前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｋ−ｒａｓ変異はコドン１２またはコドン１３にあるステップと、Ｂ−ｒａｆ変異の有無を決定するステップであって、前記Ｂ−ｒａｆ変異はコドン６００にあるステップとを含み、かつ前記Ｋ−ｒａｓ変異および前記Ｂ−ｒａｆ変異のうちの少なくとも１つの存在が、ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤を用いる治療に前記腫瘍が無反応であることを示唆する、方法。
（項目３２）
前記腫瘍のサンプルにおいてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＫ−ｒａｓ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含み、かつ前記腫瘍のサンプルにおいてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、前記腫瘍からＢ−ｒａｆ核酸を増幅するステップと、前記増幅された核酸の配列を決定するステップとを含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ＥＧＦｒポリペプチド特異的結合剤が、ＥＧＦｒに対する抗体である、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
前記ＥＧＦｒに対する抗体がパニツムマブである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
腫瘍においてＫ−ｒａｓ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｋ−ｒａｓポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｋ−ｒａｓポリペプチドを検出するステップを含み、かつ腫瘍においてＢ−ｒａｆ変異の有無を決定する前記ステップが、変異Ｂ−ｒａｆポリペプチド特異的結合剤を用いて、前記腫瘍のサンプルにおいて変異Ｂ−ｒａｆポリペプチドを検出するステップを含む、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
前記Ｋ−ｒａｓ変異が、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１３Ａ、およびＧ１３Ｄから選択され、かつ前記Ｂ−ｒａｆ変異がＶ６００Ｅである、項目３１に記載の方法。