【事件の表示】
　上記当事者間の特許第２９１８８９５号発明「組換え型ＤＮＡ由来ボルデテラ毒素サブユニット類似体」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
　審判費用は、請求人の負担とする。
【理由】
Ｉ．手続の経緯
（１）本件特許第２９１８８９５号の請求項１〜５に係る発明についての出願は、昭和６３年８月２６日（パリ条約による優先権主張１９８７年９月４日、１９８８年８月１７日、ともに米国）に国際出願され、平成１１年４月２３日にその発明について特許権の設定登録がなされ、この特許に対して、平成１３年９月２６日付けで、アヴェンティス　パスツール　リミテッドより特許無効審判が請求され、被請求人より答弁書が提出され、平成１４年６月５日に口頭審理を行って、事件の争点整理をした後、平成１４年８月５日付で、請求人から弁駁書並びに上申書が、また、平成１４年８月５日付並びに９月１３日付で、被請求人から上申書が提出されたものである。
ＩＩ．本件発明
　本件請求項１〜５に係る発明（以下「本件発明１〜５」という。）は、特許明細書の特許請求の範囲の請求項１〜５に記載された、以下のとおりのものである。
　【請求項１】　百日咳毒素のサブユニットＳ１のアミノ酸残基を毒素中和レベルの抗体を誘発させる能力を維持しつつ百日咳毒素に関連する酵素活性をなくさせるか減少させることができる他のアミノ酸残基に置換することにより修飾した百日咳毒素のサブユニットＳ１を含み、少なくともＮ−末端から９番目のアルギニン（アルギニン９）が他のアミノ酸に置換されている、百日咳ワクチンの調製に使用され実質的に毒性を有しなく免疫学的に活性なポリペプチド。
　【請求項２】　前記アルギニンがリシンに置換されている請求項１に記載のポリペプチド。
　【請求項３】　前記置換がアルギニン残基をコードするコドンの部位特異的突然変異誘発によってなされたものである請求項１に記載のポリペプチド。
　【請求項４】　百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の少なくとも一つを更に含む請求項１に記載のポリペプチド。
　【請求項５】　請求項１ないし４のいずれかのポリペプチドの有効量を含有する免疫用ワクチン組成物
ＩＩＩ．当事者の主張の概要
１．請求人の主張の概要
　請求人は、本件特許の請求項１、２、３、４及び５に係る各発明について、「これらの特許を無効とする。審判費用は、被請求人の負担とする。」との審決を求め、証拠方法として下記の甲第１号証ないし甲第２１号証及び甲第２０号証の２を提出して、その理由を、概略、次のとおり主張している。
Ａ．無効理由１
　本件特許の請求項１〜５に係る各発明は産業上利用することができる発明に該当せず、特許法第２９条柱書きの規定に違反して特許されたものであるから、同法第１２３条第１項第２号の規定により無効とすべきである。
Ｂ．無効理由２
　本件特許に係る明細書の発明の詳細な説明にはこれらの発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易にその実施をすることができる程度に、これらの発明の目的、構成及び効果が記載されているとはいえず、更に本件特許に係る請求項１〜５の記載は、発明の詳細な説明に記載された事項に基づいておらず、更に、発明の構成に欠くことができない事項が記載されているとはいえず、特許法第３６条第３項、並びに第４項及び第５項に規定する要件を満たしていないから、同法第１２３条第１項第４号の規定により無効とすべきである。
Ｃ．無効理由３
　本件特許の請求項１〜５に係る各発明は第１優先権（米国出願第０９４３０７号）を享受できず、従って、甲第１８号証に記載された発明により新規性がなく、特許法第２９条２の規定により特許を受けることができないものであるから、同法第１２３条第１項第２号の規定により無効とすべきである。
　　　記
甲第１号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ　ｅｔ　ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈ　６：６９９−７０６，Ｊｕｎｅ　１９８８
甲第２号証：Ｐｉｚｚａ　ｅｔ　ａｌ．，ＥＰ　０３９６９６４　Ｂ１
甲第３号証：Ｒａｐｐｕｏｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ｂａｃｔ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ　ａｎｄ　Ｌｏｃａｌ　Ｉｍｍｕｎ．Ａｎｎ　Ｓｃｌａｖｏ　１−２，１８３−１８９．１９８６
甲第４号証：Ｎｉｃｏｓｉａ　ｅｔ　ａｌ，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．５５：９６３−９６７，Ａｐｒ．１９８７
甲第５号証：Ｌｏｃｈ　ｅｔ　ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．５５：２５４６−２５５３，Ｎｏｖ．１９８７
甲第６号証：Ｐｉｚｚａ　ｅｔ　ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４６：４９７−５００，１９８９
甲第７号証：Ｐｉｚｚａ　ｅｔ　ａｌ．，Ｉｎ　Ｂａｃｔｅｒｉａｌ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｔｏｘｉｎｓ．Ｚｂｌ．Ｂａｋｔ．Ｓｕｐｐｌ．１９．Ｓｔｕｔｔｇａｒｔ：１９９０，５０７−５１８
甲第８号証：Ｒａｐｐｕｏｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ｔｉｂ　Ｔｅｃｈ　９：２３２−２３７，Ｊｕｌｙ　１９９１
甲第９号証：Ｒａｐｐｕｏｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０５：１６１−１７０，１９９２
甲第１０号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｖａｃｃｉｎｅ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　ａｎｄ　Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓ，Ｖｏｌ．１：１４２−１９３
甲第１１号証：Ｂａｒｔｌｅｙ　ｅｔ　ａｌ．，ＰＮＡＳ　８６：８３５３−８３５７，Ｎｏｖ．１９８９
甲第１２号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｒｏｙａｌ　Ｓｏｃｉｅｔｙ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（１９９２）Ｖｏｌ．８５，２８５−２８７
甲第１３号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（１９９２）Ｖｏｌ．６０：２２５２−２２５６
甲第１４号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（１９９３）Ｖｏｌ．２１：１２−１３
甲第１５号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｓｕｐｒａｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ａｎｄ　Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，Ｂａｌａｂａｎ　Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｒｅｈｏｖｏｔｈ，Ｉｓｒａｅｌ，Ｍａｒｃｈ　１９９４，１４９−１６３
甲第１６号証：Ｂｕｒｎｅｔｔｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ　ａｎｄ　Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ　Ｖａｃｃｉｎｅｓ（１９９４）、３６９−３８７
甲第１７号証：Ｃｕｒｅｎｔ　Ｏｐｉｎｉｏｎ　ｉｎ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９９１）Ｖｏｌ．２：８８２−８９２
甲第１８号証：イギリス特許出願番号第２７４８９号（１９８７）明細書
甲第１９号証：米国特許出願第０７／０９４３０７号明細書
甲第２０号証：ヨーロッパ特許公開第０３３２１１５号（Ａ２）明細書
（甲第２０号証の２：特開平２−２３８３号公報：甲第１８号証のイギリス特許出願を基礎とする優先権主張を伴う日本国特許出願の公開公報）
甲第２１号証：ヨーロッパ特許第０３０６３１８号の異議事件にかかるオールド博士の宣誓書
２．被請求人の主張の概要
　被請求人は、「本件審判の請求は、成り立たない。審判費用は、請求人の負担とする。」との審決を求め、証拠方法として下記の乙第１号証ないし乙第１９号証及び参考資料１ないし参考資料３を提出している。
　　　記
乙第１号証：Ｏｌａｎｄｅｒら，Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ　Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ（１９９１）１０：１５９−１６４
乙第２号証：Ｒｕｎｅｂｅｒｇ−Ｎｙｍａｎら，Ｖａｃｃｉｎｅｓ（１９９０）９０：４２５−４２８
乙第３号証：Ａｒｃｉｎｉｅｇａら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９１）５９：３４０７−３４１０
乙第４号証：Ｐｉｔｔｍａｎ，Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ　Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ　Ｄｉｓｅａｓｅ（１９８４）４６７−４８６
乙第５号証：Ｌｏｏｓｅｍｏｒｅら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９０）５８：３６５３−３６６２
乙第６号証：Ｒａｐｐｏｌｉ，Ｒａｐｐｕｏｌｉら，Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９２）１８４：２３０−２３９
乙第７号証：Ｔａｍｕｒａら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ　２１：５５１６−５５２２（１９８２）
乙第８号証：Ｓａｔｏら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９８４）４６：４２２−４２８
乙第９号証：Ｎｉｃｏｓｉａら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８３：４６３１−３５（１９８６）
乙第１０号証：ＬｏｃｈｔおよびＫｅｉｔｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ　２３２：１２５８−１２６４（１９８６）
乙第１１号証：Ｓｔｉｂｉｔｚら，Ｇｅｎｅ　５０：１３３−１４０（１９８６）
乙第１２号証：Ｓｔｏｒｓａｅｔｅｒら，Ｖａｃｃｉｎｅ（１９９８）１６：１９０７−１９１６
乙第１３号証：Ｃｈｅｒｒｙら，Ｖａｃｃｉｎｅ（１９９８）１６：１９０１−１９０６
乙第１４号証：ジェフリー・エフ・ミラー博士（Ｐｈ．Ｄ．）の経歴
乙第１５号証：請求人アベンティス（コノート）及びアムジェン間の米国におけるインターフェレンス事件第１０４１４７号において提出されたジェフリー・エフ・ミラー博士（Ｐｈ．Ｄ．）の供述書及びその翻訳
乙第１６号証：本件特許の対応ヨーロッパ特許ＥＰ０３０６３１８に対し請求人の被承継人コノート・ラボラトリーズ・リミテッドが提出した異議申立に対する決定及びその抄訳
乙第１７号証：請求人アベンティス（コノート）及びアムジェン間の米国におけるインターフェレンス事件第１０４１４７号において提出されたジョン・コリアー博士（Ｐｈ．Ｄ．）の供述書及びその翻訳
乙第１８号証：ジョン・コリアー博士（Ｐｈ．Ｄ．）の経歴
乙第１９号証：Ｓａｔｏら，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９８７）５５：９０９−９１５
参考資料１：化学大辞典、東京化学同人、１９８９年１０月２０日発行、第１３８４頁
参考資料２：Ｗ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ，Ｊ．Ｔｈｅｏｒ．Ｂｉｏｌ．，１１９：２０５−２１８（１９８６）
参考資料３：Ｓ．Ｆｒｅｎｃｈ　ａｎｄ　Ｂ．Ｒｏｂｓｏｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．，１９：１７１（１９８３）
ＩＶ．当審の判断
１．無効理由１について
（１−１）請求人の主張
　請求人は、「本件発明のＳ１類似体が単独でワクチンの活性成分に要求される毒素中和レベルの抗体を誘導し得るという特性を有するものであることが実証されておらず、またこの点は本願明細書の記載や当該技術における技術文献から自明ではない。しかも、「免疫防御」と「毒素中和レベルの抗体の誘導」とは直接的な関係にない。更に、ホロトキシンの形態として初めてかかる特性を発揮できるにもかかわらず、Ｓ１類似体を用いたホロトキシンの形成と、得られたホロトキシンの有する機能についてもなんら実証されておらず、しかも、この点についても本願明細書の記載や当該技術における技術文献から自明ではない」から、本件発明のペプチド及びワクチン組成物は、本件明細書において目的とされる「百日咳ワクチンの調製」を達成することができないので、本件発明１〜５は、特許法第２９条柱書きに規定する産業上利用することができる発明に該当せず、特許を受けることができないと主張している。
（１−２）特許明細書の記載
（１−２−１）サブユニットＳ１及びＳ１類似体について
　本件特許明細書には、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ　ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）の毒素（ＰＴＸ）のサブユニットＳ１及びＳ１類似体について、「本発明は、少なくともＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ外毒素のサブユニットＳ１をコードする部分、あるいは上記部分の断片又は誘導体よりなる組み換えＤＮＡ分子を提供するが、ここで上記部分あるいは断面又は誘導体は、（ａ）毒素中和レベルの抗体を引き出す（誘発する）ことができ、（ｂ）実質的には能原性部分を含まない生物学的活性を有するポリペプチドをコードする。ポリペプチドＳ１サブユニットまたはそのサブユニット類似体はｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒性に対して免疫防御を提供する際に重要であることが公知の主要エピトープよりなる。毒素中和レベルの抗体はｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒性に対する免疫防御を示す。部位特異的突然変異誘発により実質的には酸素的に（注．「酵素的に」の誤記と認められる。）不活性であるサブユニットＳ１の類似体が生じる。」（特許掲載公報４欄１３〜２５行）、「単独で、又はＰＴＸの他のサブユニットと組み合わせて用いるＳ１類似体は、未改変の天然型サブユニット又は組み換え由来サブユニット中に存在する反応原性成分により発症するおそれのある副作用に有効で且つ大いにそれを低減するワクチン産物を提供する。」（同５欄１３〜１８行）と記載され、具体的にＳ１サブユニットを得る手法について、「従来の報告とは異なり、全プラスミドは一連のＥ．ｃｏｌｉ汎化発現ベクターから作製された。従来の技術の図１に示される制限部位を用いて個々のｐｅｒｔｕｓｓｉｓ毒素サブユニット遺伝子セグメントを単離した。上流制限部位はサブユニットのシグナルペプチド含有型の発現に関する開始コドンのすぐ内側かまたはサブユニット類似体のメチオニル成熟系の発現に関するサブユニットの成熟、プロセシング形のアミノ末端残基に関するコドンのすぐ内側であった。」（同８欄４５行〜９欄３行）、「合成オリゴヌクレオチドを使用して、遺伝子セグメントを、合成プロモータ及びリボゾーム結合部位の下流の至適距離の位置で発現プラスミドに挿入した。」（同９欄８〜１１行）、「種々のプラスミド構築物でＥ．ｃｏｌｉＦＭ５細胞を形質転換…」（同９欄２１行）、「Ｓ１発現プラスミド（ｐＰＴＸ　Ｓ１／１）を含有するＥ．ｃｏｌｉ細胞を工業的規模で供給バッチ１０リットル発酵器中で４２℃で誘導した場合、それらは、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにおいて真性ＰＴＸ　Ｓ１と同時に移動する約２６０００ダルトンの主要細胞内蛋白質を産生した。部分アミノ酸配列分析により、このポリペプチドが成熟Ｓ１サブユニットを予測させるアミノ末端配列を有することが確認された。その蛋白質はＷｅｓｔｅｒｎブロットにおけるマウス抗Ｓ１モノクローン抗体との反応性により免疫化学的にＳ１と同定された。」（同９欄４０〜５０行）、「供給バッチ処理に対する発酵条件を改良した結果、実質的に完全な成熟型へのプレＳ１のプロセッシングが生じた。」（同１０欄１６〜１７行）と記載され、また、その類似体を得る手法について「部位特異的変異誘発技術を用いて、切頭型の類似体を作成した。」（同１３欄２０〜２１行）と記載されている。また、Ｓ１サブユニットの免疫活性について、「
組み換えＳ１によるマウスの免疫防御
Ｓ１類似体
　そして、これらの事項は、「Ｓ１類似体４−１（Ａｒｇ９→Ｌｙｓ）は〜この活性の大きさが少なくとも５０〜１００以下の活性割合に低減していることが分かった。」（特許掲載公報２１欄３０〜４２行）という記載事項を除いて、本件の第１優先権基礎出願（１９８７年９月４日）の明細書にも記載されている。また、上記公報２１欄３０〜４２行の記載事項は、本件の第２優先権基礎出願（１９８８年８月１７日）の明細書に記載されている。
（１−２−２）ホロトキシン（ホロ毒素）及び半組換えホロ毒素について
　本件特許明細書には、Ｓ１類似体、及びこれと他のサブユニットを組み合わせて用いることについて、「Ｓ１類似体もサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５と組み合わせての用途を有する。これらのサブユニットはＳ１への免疫応答を増大すると共に、自身で保護性抗原決定基を有することができる。Ｓ１サブユニット類似体を含むワクチンがさらにボルデテラ外毒素の前記サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５およびそれらの混合物の少なくとも１つを含むことも本発明の範囲に該当する。サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５は、百日咳菌から誘導しても良いし、あるいは遺伝子工学的に得られたサブユニットおよびそれらの類似体とすることができる。」（同２２欄４６行〜２３欄４行）と記載されており、当該事項は、第１優先権基礎出願（１９８７年９月４日）の明細書にも記載されている。
　また、本件特許明細書には、Ｓ１又はＳ１類似体と天然型Ｂオリゴマーとからの半組み換えホロ毒素の形成について、「Ｓ１／１−４類似体とＳ１／１の生物学的活性の評価　…未配列の組み換えＳ１蛋白質と類似体Ｓ１／１−４（上述のようにＡｒｇ９−Ｌｙｓ置換と天然配列のアスパルチルアスパルテートアミノ末端残基を含む）とをＥ．ｃｏｌｉ生成細胞から個々に単離した。」（同２３欄１１〜１７行）、「Ｓ１のＡｒｇ９−Ｌｙｓ変異の生物学的活性を評価するために、変異体類似体と天然型配列の組み換えＳ１蛋白質を関連させて百日咳ホロ毒素種にする必要があった。高度に精製した百日咳毒素Ｂオリゴマー（毒素サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５の五量体構造）が…Ｄ．Ｂｕｒｎｓから提供された。２種類のＳ１サブユニット種を下記の方法によりＢオリゴマーとここに関連させてホロ毒素分子を形成した。等モル量の組み換えＳ１種とＢオリゴマーを２Ｍの尿素、１０ｍＭの燐酸カリウム溶液（ｐＨ７．５）において結合して、３７℃で３０分間温置した。ネイティブなアクリルアミドゲルにおける電気泳動によってホロ毒素の形成を評価した（第１０図）。ゲル１、組み換えＳ１／１と天然型オリゴマー。ゲル２、組み換えＳ１／１−４と天然型Ｂオリゴマー。ゲル３、天然型Ｂオリゴマー。ゲル４、天然型Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓホロ毒素。ゲル５、組み換えＳ１／１。これらのゲルが示すように、ホロ毒素種は天然型Ｂオリゴマーと組み換えＳ１／１または組み換えＳ１／１−４のいずれかとの組合せから組み立てられたものであった。」（同２３欄４７行〜２４欄１６行）と記載され、第１０図には、天然型Ｂオリゴマーと組み換えＳ１／１又は組み換えＳ１／１−４の組合せについてのネイティブ、非還元性、非変性ポリアクリルアミドゲルのオートラジオグラムが示され、それによれば、ゲル１とゲル２のオートラジオグラムには、ゲル３、ゲル５とそれぞれ同様の位置にバンドが存在することに加え、ゲル４と同様の位置にもバンドが存在することを見て取ることができる。また、本件特許明細書には、当該半組み換えホロ毒素の特性について、「次に半組み換えホロ毒素（Ｂオリゴマー＋Ｓ１／１または類似体Ｓ１／１−４）の検査を、試験管内でのチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞の集塊応答を引き出す能力に関して行った。この応答は百日咳毒素の細胞変性の尺度であることが証明されている。」（同２４欄１７〜２１行）、「第１１図はこのような分析の結果を示したものであり、特に興味が持たれるのはＳ１／１−４類似体に関するパネルＧ、Ｈ、Ｊである。Ｓ１／１−４類似体単独とＳ１／１−４類似体及びＢオリゴマーから形成したホロ毒素の１６００倍希釈液が細胞集塊がないことを示しているのに対し、２００倍希釈液は相当量の集塊を示している。パネルＡは２００倍緩衝希釈液のみで処理した細胞である。パネルＢは２００分の１の希釈度のＢオリゴマーのみを用いての処理である。この希釈度ではある程度の集塊が認められるが、これは精製後に残留する天然型Ｓ１サブユニットの汚染によるものである。パネルＢは同一の穴（パネルＩ）の別の領域と比較することが可能であり、希釈度２００倍のＢオリゴマー標品の集塊作用があることを明確に示している。パネルＣは希釈度２００分の１の市販の天然型Ｓ１サブユニットで処理した細胞である。パネルＤは希釈度２０００分の１の市販の天然型百日咳ホロ毒素であり、百日咳毒素が培地中のＣＨＯ細胞に対して劇的な細胞変性効果をもつことを示している。パネルＥは希釈度２０００分の１の天然型配列の組み換えＳ１サブユニットである。パネルＦはＢオリゴマーと結合して２０００倍に希釈したＳ１／１を示す。ＣＨＯ細胞集塊作用は天然型ホロ毒素の場合と同じ程度に劇的であり、Ｂオリゴマー及び組み換えＳ１蛋白質とホロ毒素の関連を示す物理的ゲル結果（上記）を支持するものである。パネルＧはＡｒｇ−Ｌｙｓ変異体Ｓ１／１−４自身はＣＨＯ細胞に対して何の作用もないことを示している。パネルＨはＳ１／１−４類似体とＢオリゴマーから形成したホロ毒素の希釈度が１６００分の１の時、ＣＨＯ細胞の集塊がないことを示している。希釈度２００分の１（パネルＪ）でＳ１／１−４含有ホロ毒素のある程度の集塊が見られるが、類似体Ｓ１種が集塊作用に与える影響は、同じ希釈度のＢオリゴマーに比較して無視し得るものであると考えられる（パネルＩ）。」（同２４欄３３行〜２５欄１５行）と記載され、第１１図には、光学顕微鏡により細胞クラスターの存在に関して調べた細胞単層の写真が示されており、それによると、パネルＢ、Ｃ、Ｅ、Ｇ、Ｈは、集塊が少なく、パネルＡ（緩衝液のみ）と同程度の状況であり、パネルＤとＦは集塊が大であり、ＩとＪは同程度の集塊を示すことが見て取れる。そして、本件特許明細書には、「初期の実験は、ＣＨＯ細胞の集塊現象を引き出すために必要な各種百日咳毒素種の有効濃度を定量するために行われてきた。これまでの結果から、市販の百日咳毒素も組み換えＳ１／１を含むホロ毒素も０．２５〜０．３０ｎｇ／ｍｌ程度の低濃度で細胞集塊を生じたのに対し、Ｓ１／１−４類似体を含むホロ毒素は、集塊作用を引き出すのに少なくとも１０〜２５ｎｇ／ｍｌの濃度を要することが明らかになった。これらの結果は、百日咳濃度の細胞特性作用がそのＳ１サブユニットの一部分の中に存在し、その酵素作用と直接関係することを確認するものである。さらに重要なこととして、これらの実験から、部位特異的突然変異誘発によって誘導された特定の組み換え毒素サブユニットから、比較的毒性の低い百日咳毒素分子を形成することができる。」（同２５欄１６〜３０行）と記載されている。
　そして、これらの事項は、本件の第２優先権基礎出願（１９８８年８月１７日）の明細書にも記載されている。
（１−３）当審の判断
（１−３−１）Ｓ１類似体単独の免疫活性について
　本件特許明細書には、本件発明のＳ１類似体４−１が単独でワクチンの活性成分に要求される毒素中和レベルの抗体を誘導し得るという特性を有することを示す実施例は記載されていない。
　しかしながら、本件特許明細書には、Ｓ１類似体４−１と同じく遺伝子組換の手法を用いて大腸菌を宿主として発現させた、配列は野生型と同じ、非置換の組換Ｓ１（ｒＳ１）の免疫活性について、「Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓマウス有毒株１８３２３による脳内チャレンジを施し、チャレンジ後４５日間の死亡率を採点」する試験において、「意外にも非免疫化対照に対してｒＳ１免疫化動物に関する生存時間の増大が認められた」こと、「さらに、アジュバント含有ｒＳ１を投与された多数のマウスはチャレンジに対して完全に防御された」こと、一方、「アジュバント含有ｒＳ４で免疫したマウスは、良好な抗体反応を示したけれども、非免疫化マウスより良好に防御されはしなかった」ことが記載され、「別の予備実験では、アジュバント含有ｒＳ１はチャレンジに対する用量−反応防御を引き出すと思われた。…この予備試験で達成された防御は、組み換えＳ１蛋白質がサブユニットワクチン材料としての能力を有していることを立証するものである。」と記載されており、また、本件特許明細書に添付した第６図から、上記試験において、免疫を行わない場合、及びｒＳ４と完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）とで免疫した場合は、６日目に全てのマウスが死亡したのに対し、非置換のｒＳ１で免疫した場合には、１２日後には全てが死亡したものの、６日〜８日後には約６０％が生存し、１０日後には約４０％が生存したこと、更に、ｒＳ１とＣＦＡとで免疫した場合は、６日後に約７５％、８日後に約６０％、１０日後に約４０％が生存し、１２日〜１４日後には約３０％が生存したことが見て取れる。そして、本件特許明細書には、「その後の研究からは、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓマウス有毒株１８３２３による脳内チャレンジに対する防御は確証されていない」（特許掲載公報１３欄１６〜１８行）とも記載されているが、被請求人の提出した乙第１号証乃至乙第２号証によれば、本件出願後の別人の研究においても、上記試験結果と同様に、「枯草菌ＢａｃＳ１で分泌蛋白質として得られたＳ１の免疫原性を更に詳しく分析した。…良いアジュバントを投与した場合、ＢａｃＳ１は天然型ＰＴと結合する抗体を誘発させてその作用を中和し、マウスを百日咳菌の致死感染から防御する。」（乙第１号証１６０頁１４〜２１行）、「ＢａｃＳ１抗血清は、ＰＴ抗血清で観察されるＣＨＯ抗体価より低いにもかかわらず、良好なＣＨＯ抗体価を示した。…中和抗体を含む血清はマウスを致死感染から防御することができた。ＢａｃＳ１抗血清は、低希釈度でありさえすれば変わらず防御することができた。」（乙第２号証４２６頁、表の下３〜１９行）という結果が得られていることからみても、非置換のｒＳ１には、上記試験の１４日目においても９０〜１００％のマウスの生存率を示した天然のＰＴＸ（百日咳毒素）及び市販のワクチンよりも劣るものの、百日咳菌の脳内チャレンジに対し、持続する、ある程度の防御、免疫活性があるとするのが相当と認められる。そして、このことは、非置換のｒＳ１は、保護性抗原決定基を有しており、当該保護性抗原決定基の作用で百日咳ワクチンの調製に使用し得る程度に毒素中和レベルの抗体を誘導したと考えるのが自然である。
　一方、本件特許明細書の表２には、サブユニットＳ１の９位ＡｒｇをＬｙｓに置換した変性Ｓ１（Ｓ１類似体４−１）が、ＡＤＰリボース転移酵素活性が−であり、また、百日咳菌の脳内チャレンジに対する防御活性を有することが知られている抗百日咳防護モノクローナル抗体である抗体ＩＢ７との結合性は非置換ｒＳ１と同様に＋であることが記載されている。
　そして、Ｓ１類似体４−１は、上記非置換のｒＳ１と同様の製法で製造される、同程度の大きさのポリペプチドであり、かつ、上記表２に記載されているように、抗百日咳防護モノクローナル抗体との結合性を保持するものであることからみて、上述の非置換ｒＳ１が有していると考えられる当該防護モノクローナル抗体の抗原決定基についての立体構造が上記置換によっても保存されているとするのが相当と認められるので、非置換ｒＳ１と同様に、Ｓ１類似体４−１単独で毒素中和レベルの抗体を誘導し得、それにより百日咳ワクチンの調製に使用し得るとするのが相当と認められる。
　この点について、請求人は、甲第１号証の「Ｓ１サブユニットがそれ自身においてマウスを防御する抗体応答を誘発することは明らかではない。」という記載、及び、甲第１２号証、並びに、甲第１４号証〜甲第１６号証の「Ｓ１サブユニットは、単独では、実験動物で毒素中和抗体を誘発せず、防御性の免疫応答を誘導することができなかった」旨の記載を引用し、また、甲第２号証、甲第３号証、及び甲第６号証乃至甲第９号証の「大腸菌で発現させた組換えＳ１（あるいは組換えＳ１類似体）はインビボ（マウス）で防御性の抗百日咳抗体の形成を誘導することができなかった」旨の記載、並びに、甲第４号証、甲第９号証の「防御は個々のサブユニットにはなく、完全に組み立てられた百日咳毒素に存在する立体配置のエピトープによって介在される」旨の記載を引用して、組み換えＳ１サブユニット及びその類似体は単独では毒素中和レベルの抗体を誘発できないと主張している。なお、請求人は甲第５号証をも引用しているが、同号証の請求人による引用箇所には、組み換えＳ２サブユニットで免疫されたマウスにおいて、百日咳菌による脳内チャレンジに対し顕著な防御が観察されなかったことが記載されているだけであり、組み換えＳ１については特になにも記載されていない。
　しかしながら、上記甲第１号証、甲第１２号証、及び、甲第１４号証〜甲第１６号証は、本件発明の発明者であるバーネットを著者の一人とするものであり、いずれも本件の第１優先権主張日以後に刊行されたものであるが、甲第１号証には、請求人の引用する「Ｓ１サブユニットは重要なエピトープを含む、これに対するモノクローナル抗体はマウス脳内チャレンジに対してマウスに受動免疫性を与えることが示された。我々の組み換えＳ１はこのモノクローナル抗体との反応性を維持しているが、それ自身においてマウスを防御する抗体応答を誘発することは明らかではない。」（７０３頁右欄下２行〜７０４頁左欄５行）という記載に続いて、「しかしながら、ヒトにおいて病気に対する防御性を与える百日咳トキソイド（無毒化された毒素）調製物も、マウス脳内チャレンジアッセイにおいては満足する結果が得られないことを銘記すべきである。かくして、この効能試験の妥当性と適切性についての疑問が提示される。事実、ロビンソンとアイアンスは補助的な免疫原量の活性毒素をトキソイドに加えることにより、マウスの保護効果が増大することを示した。これはおそらく保護抗体の血液脳関門の血管透過性を増加することによるものである。我々の研究室における予備試験の結果は、有意なレベルのマウスの保護が、免疫工程を調整することにより、また、それ自体では保護を与えないほどの少量の毒素を加えることにより、組み換え百日咳サブユニットによって成し遂げられるであろうことを示唆する。」（７０４頁左欄５〜２０行）と記載されているから、甲第１号証は、本件発明の発明者自身がＳ１サブユニットには防御性の免疫応答を誘導する能力がないことを認めたものというよりは、むしろマウス脳内チャレンジ法が防御抗体応答誘発試験には不適切であることを述べていると解するのが相当であって、非置換のｒＳ１に百日咳菌に対するある程度の防御、免疫活性があることを否定するものとはいえない。また、甲第１２号証、及び甲第１４号証〜甲第１６号証の上記記載は、いずれも甲第１号証を引用して記載されたものであるから、甲第１号証と同様に、非置換のｒＳ１に百日咳菌に対するある程度の防御、免疫活性があることを否定するものとはいえない。よって、これらの甲号証の記載は、本件特許明細書の「組換えＳ１が単独で毒素中和レベルの抗体を誘導した」ことを示す記載と矛盾するものではないというべきである。
　また、甲第２号証乃至甲第４号証、及び、甲第６号証乃至甲第９号証は、スクラボＳ．ｐ．Ａのラプオリらの研究について報ずるものであるが、甲第３号証に「大腸菌でのＰＴオペロンの発現に対する試みは不成功であった。我々は融合生産物として５つのサブユニットのそれぞれを高レベルに大腸菌で発現することに成功した。精製されたサブユニットは、ＰＴ活性の中和または毒性の百日咳菌を用いた脳内チャレンジにおけるマウスの防御を行うことのできる抗体を誘導することはできなかった。」（１８７頁下４行〜１８８頁２行）と、また、甲第２号証に「これらのペプチドは、バクテリオファージＭＳ２ポリメラーゼの９８アミノ酸末端配列に融合した蛋白質として発現された。」（３頁５０〜５４行）、「ｉｎ　ｖｉｖｏ（マウス）での試験の際に、このペプチドによって防御性の抗百日咳抗体の形成を誘導することは不可能であり、これは、おそらく天然分子において想定されるのと同じ立体構造をこのペプチドが示すことができないためである。」（３頁５５行〜４頁２行）と記載されているように、いずれもサブユニットを融合蛋白として発現させたときに、当該サブユニットが毒性中和抗体を誘導できなかったことを示すものである。一方、本件発明は、（１−２−１）で引用した本件特許掲載公報８欄４５行〜９欄３行、９欄８〜１１行、９欄２１行、９欄４０〜５０行及び１０欄１６〜１７行に記載されているとおり、サブユニットを融合蛋白ではなく、本来のサブユニットと同様に成熟蛋白として発現させているから、これらの甲号証の「融合蛋白質としてのサブユニットが毒性中和抗体を誘導できなかった」旨の記載は、本件特許明細書の「組換えＳ１が単独で毒性中和レベルの抗体を誘導した」ことを示す記載と矛盾するものとはいえない。
　請求人は、また、毒素中和レベルの抗体誘発と免疫防御性は直接関係ないとも主張している。
　しかしながら、上述のとおり、本件特許明細書には非置換のｒＳ１に百日咳菌に対するある程度の防御、免疫活性があることが示されており、当審は、ｒＳ１と同程度の大きさを有するＳ１類似体にも抗百日咳防護抗体に対する反応性を保持した共通の免疫エピトープが保存されていると推定し、当該Ｓ１類似体についても非置換ｒＳ１と同様の活性があるとするのが相当であると認定したのであるから、請求人の上記主張を考慮しても、当審の上記認定は変更されない。
（１−３−２）Ｓ１類似体を用いたホロトキシンについて
　審判請求人は、甲第１２号証の「我々は毒性活性の可能性のある低減と防御的免疫原性を評価するために、ホロトキシンの再構築を行う義務がある。」（２８６頁左欄下３行〜右欄１行）という記載、及び甲第１７号証の「組み換え百日咳菌から分泌された遺伝子対応のトキソイドは精製され、ヒトボランティアにおいて安全性と免疫原性が評価された。免疫原性の評価は、トキソイドが高力価の毒素中和抗体を誘発することができるだけでなく、有意な記憶性の細胞応答を与えることができることを明らかとした。」（８８７頁右欄２２〜３３行）という記載を引用し、また、甲第１０号証の「毒素は…どこで、どのようにそのサブユニットがホロトキシンの形態に組み立てられるのかについては明らかではない。」（１４７頁図１下１２〜１４行）という記載、甲第１１号証の「組み換えホロトキシンと天然のホロトキシンの間における構造上の同一性の確認には、物理的及び免疫学的な評価が更に要求される。」（８３５６頁左欄下１３〜１１行）という記載、並びに、甲第１３号証の「残念ながら、毒素は組み換え大腸菌では組立、分泌されず、又、ホロトキシンのｉｎ　ｖｉｔｒｏでの組立は十分な生産物を未だ産出していない。」（２２５５頁左欄１７〜２０行）、及び、「…現在利用できるＢオリゴマーを得るための方法は、商業的な規模での生産において実用的ではない。」（２２５５頁左欄２７〜３４行）という記載を引用して、Ｓ１サブユニットは他のサブユニットとともにホロ毒素を形成して初めて毒素中和レベルの抗体を誘発できるものであり、また、一般にＳ１類似体が他のサブユニットとホロ毒素を形成するとは必ずしもいえないところ、本件特許明細書は、（１）本件のＳ１類似体＋Ｂオリゴマーがホロ毒素を形成するであろうことを開示しておらず、また、（２）本件のＳ１類似体によるホロ毒素が毒素中和レベルの抗体を誘発できたかどうかを開示していないから、本件特許明細書には、本件発明１〜５が記載されているとはいえない旨、主張している。
　しかしながら、上述のとおり、本件発明のＳ１類似体は単独でワクチンの活性成分に要求される毒素中和レベルの抗体を誘発し得るという特性を有するとするのが相当である。そして、本件発明１〜５、特に本件発明４の「百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の少なくとも一つを更に含む請求項１に記載のポリペプチド。」という記載は、免疫活性ポリペプチドがＳ１類似体に加えてサブユニットＳ２〜Ｓ５を全て含むとは記載されておらず、ホロトキシンの形態をとるとも記載されていない。また、本件特許明細書には、Ｓ１類似体と他のサブユニットを組み合わせることについて、「Ｓ１類似体もサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５と組み合わせての用途を有する。これらのサブユニットはＳ１への免疫応答を増大すると共に、自身で保護性抗原決定基を有することができる。Ｓ１サブユニット類似体を含むワクチンがさらにボルデテラ外毒素の前記サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５およびそれらの混合物の少なくとも１つを含むことも本発明の範囲に該当する。」と記載されており、この記載からみても、本件発明１〜５において、免疫活性を有するポリペプチドはホロトキシンを形成することを特に要件とはしておらず、また、Ｓ１類似体と組み合わせて用いる際のサブユニットＳ２〜Ｓ５の役割は、あくまでＳ１類似体の免疫応答を補助する程度のものであることが認められる。そして、その程度の寄与であれば、ホロトキシンの形態をとらずとも、単にＳ２〜Ｓ５から選ばれる他のサブユニットをＳ１類似体と併用することによってもある程度は得られることが期待でき、少なくとも、そのような併用により、Ｓ１類似体単独に由来する免疫応答が損なわれることはないとするのが相当と認められる。
（１−３−３）まとめ
　以上のとおり、本件特許明細書の記載から、本件のＳ１類似体は単独でワクチンの活性成分に要求される毒素中和レベルの抗体を誘導し得る免疫原性を有しているとするのが相当と認められ、また、本件発明１〜５は、免疫学的に活性なポリペプチドがホロトキシンの形態をとることを必須の前提とはしないものであるといえるから、本件特許明細書に、Ｓ１類似体、並びにＳ１類似体と他のサブユニットからなる変性ホロトキシンの免疫活性について確認した実施例が記載されていないことをもって、「本件発明は、その目的である百日咳ワクチンの調製を達成することができず、産業上利用することができる発明に該当しない」ということはできない。
２．無効理由２について
（２−１）請求人の主張
　請求人は、本件明細書の発明の詳細な説明には、Ｓ１類似体の脳内チャレンジでの結果が記載されておらず、また、Ｓ１類似体をどのようにして用いることでワクチン成分としての用途が確保できるかについて（変性ホロトキシンの形成とその特性について）何ら記載されていないから、本件発明１〜５について、当業者が容易にその実施をすることができる程度に、発明の目的、構成及び効果が記載されているとはいえず、また、本件発明のポリペプチドについての請求項１〜４の「毒素中和レベルの抗体を誘導し得る」旨の記載は、発明の詳細な説明に記載された事項に基づいておらず、更にまた、ワクチン組成物についての請求項５には、免疫防御に必要なホロトキシンの形態をとっていることが記載されていないから、本件請求項１〜５には発明の構成に欠くことができない事項が記載されているとはいえないので、本件明細書の記載は、特許法第３６条第３項、並びに第４項及び第５項に規定する要件を満たしていないと主張している。
（２−２）当審の判断
　（１−３）で上述したとおり、本件特許明細書の記載に基づき、Ｓ１類似体４−１は、他のサブユニットと組み合わせなくとも、それ単独で毒素中和レベルの抗体を誘導し得、それにより百日咳ワクチンの調製に使用し得るとするのが相当と認められ、また、本件発明１〜５は、免疫学的に活性なポリペプチドがホロトキシンの形態をとることを必須の前提としないものであるといえる。
　してみると、本件特許明細書に、Ｓ１類似体の脳内チャレンジでの結果が具体的に記載されておらず、また、Ｓ１類似体と他のサブユニットからなる変性ホロトキシンの免疫活性について確認した実施例が記載されていないことをもって、本件明細書の発明の詳細な説明が、本件発明１〜５について、当業者が容易にその実施をすることができる程度に、発明の目的、構成及び効果が記載されていないとはいえない。
　また、本件発明１〜５におけるポリペプチドが「毒素中和レベルの抗体を誘導し得る」ことが発明の詳細な説明に記載された事項に基づいていないとはいえず、本件発明５においてポリペプチドがホロトキシンの形態をとることが発明の構成に欠くことができない事項であるとはいえないから、本件請求項１〜５の記載が、発明の詳細な説明に記載された事項に基づいておらず、発明の構成に欠くことができない事項が記載されていないとはいえない。
３．無効理由３について
（３−１）請求人の主張
　請求人は、本件発明１〜５は第１優先権（１９８７年９月４日）を享受できず、従って、審査の基準日は１９８８年８月１７日以降となるところ、本件発明１〜５はコノート特許の優先権証明書（１９８７年１１月２４日出願のイギリス特許出願明細書）に記載された発明により新規性がないから、特許法第２９条２の規定により特許を受けることができない旨、主張している。
（３−２）当審の判断
　請求人のこの主張は、本件発明１〜５における免疫学的に活性なポリペプチドはＳ１類似体を成分とするホロ毒素を形成している必要があるが、当該変性ホロ毒素については、オールド博士の宣誓書（甲第２１号証）にも述べられているとおり、本件の第１優先権主張の基礎となる米国特許出願第０７／０９４３０７号の明細書（甲第１９号証）に記載されているとはいえないから、本件発明１〜５は第１優先権を享受することができず、その結果、特許法第２９条の２の規定の適用にあたっては、昭和６３年（１９８８年）１１月２４日に出願され、平成２年１月８日に出願公開された、出願人コノート　ラボラトリイズ　リミテッドによる特許（特願昭６３−２９７１５２号（以下、コノート出願という。）、特開平２−２３８３号（甲第２０号証の２））の出願当初の明細書とその優先権主張の基礎となる出願の明細書（甲第１８号証として提出した１９８７年１１月２４日出願のイギリス特許出願第２７４８９号明細書）に共通して記載されている事項については、当該コノート出願が本件の特許出願の日前の特許出願として扱われることとなるところ、当該コノート出願に係る上記両明細書には当該ホロ毒素について記載されているから、本件発明１〜５は、先願明細書に記載された発明と同一であり、特許法第２９条の２の規定に違反して特許されたものであって、無効とすべきものである、との主張と解せられる。
（３−２−１）しかしながら、（１−３）で上述したとおり、本件発明のＳ１類似体４−１は単独でワクチンの活性成分に要求される毒素中和レベルの抗体を誘導し得るという特性を有するとするのが相当である。また、本件発明１〜５、特に本件発明４の「百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の少なくとも一つを更に含む請求項１に記載のポリペプチド。」という記載は、免疫活性ポリペプチドがＳ１類似体に加えてサブユニットＳ２〜Ｓ５を全て含むとは記載されておらず、ホロトキシンの形態をとるとも記載されていないところ、本願の第１優先権主張の基礎となる出願の明細書（甲第１９号証）と本件特許明細書には、Ｓ１類似体と他のサブユニットを組み合わせることについて、共通して、「Ｓ１類似体もサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５と組み合わせての用途を有する。これらのサブユニットはＳ１への免疫応答を増大すると共に、自身で保護性抗原決定基を有することができる。Ｓ１サブユニット類似体を含むワクチンがさらにボルデテラ外毒素の前記サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５およびそれらの混合物の少なくとも１つを含むことも本発明の範囲に該当する。」と記載されており、この記載からみると、本件発明１〜５において、免疫活性を有するポリペプチドはホロトキシンを形成することを特に要件とはしておらず、また、Ｓ１類似体と組み合わせて用いる際のサブユニットＳ２〜Ｓ５の役割は、あくまでＳ１類似体の免疫応答を補助する程度のものであることが認められる。そして、その程度の寄与であれば、ホロトキシンの形態をとらずとも、単にＳ２〜Ｓ５から選ばれる他のサブユニットをＳ１類似体と併用することによってもある程度は得られることが期待でき、少なくとも、そのような併用により、Ｓ１類似体単独に由来する免疫応答が損なわれることはないとするのが相当と認められる。そして、上記（１−３）の認定の根拠となった本件特許明細書の記載事項は、本件の第１優先権主張の基礎となる出願の明細書（甲第１９号証）にもすべて記載されている。
　よって、本件発明１〜５は、いずれも、本件の第１優先権主張の基礎となる出願の明細書に記載されているといえるから、第１優先権を享受できるというべきである。
（３−２−２）また、甲第１８号証には、遺伝子組み換えの手法により毒性のない百日咳ホロトキシンを得ることについては記載されているものの、Ｓ１の９位のＡｒｇを変異させた百日咳ホロトキシン変異体に関連しては、Ｓ１サブユニット遺伝子をＤＮＡ操作する例として９位のＡｒｇをＧｌｕに置換することが示されている（５頁のＴａｂｌｅ．Ｉ）だけであり、実際に９位のＡｒｇを変異させたホロトキシン変異体を作製したことは記載されていない（６頁のＴａｂｌｅ．ＩＩ）。そのうえ、甲第２０号証の２には、Ａｒｇ９→Ｇｌｕ変異ホロトキシンにおいては免疫優性（イムノドミナント）Ｓ１エピトープが維持されていない（原生型ＰＴの＋＋＋＋＋に対して、＋／−）ことが記載されている（１８〜１９頁の表１ａ、表１ｂ及び１９頁右上欄１２〜１４行）から、甲第１８号証において９位のＡｒｇを変異させるものとして唯一示された当該Ａｒｇ９→Ｇｌｕ変異ホロトキシンは、本件発明でいう「百日咳毒素のサブユニットＳ１のアミノ酸残基を毒素中和レベルの抗体を誘発させる能力を維持しつつ百日咳毒素に関連する酵素活性をなくさせるか減少させることができる他のアミノ酸残基に置換することにより修飾した百日咳毒素のサブユニットＳ１を含み、百日咳ワクチンの調製に使用され実質的に毒性を有しなく免疫学的に活性なポリペプチド。」に該当しないものである。
　よって、「百日咳毒素のサブユニットＳ１のアミノ酸残基を毒素中和レベルの抗体を誘発させる能力を維持しつつ百日咳毒素に関連する酵素活性をなくさせるか減少させることができる他のアミノ酸残基に置換することにより修飾した百日咳毒素のサブユニットＳ１を含み、少なくともＮ−末端から９番目のアルギニン（アルギニン９）が他のアミノ酸に置換されている、百日咳ワクチンの調製に使用され実質的に毒性を有しなく免疫学的に活性なポリペプチド」は、上記コノート出願に係る優先権証明書（甲第１８号証）と出願当初明細書（甲第２０号証の２）に共通して記載されているとはいえない。
　してみると、上記コノート出願は、本件発明１〜５について、本願の先願として扱われるべきものではない。
Ｖ．むすび
　以上のとおりであるから、請求人の主張および証拠方法によっては、本件発明１〜５の特許を無効とすることはできない。
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、請求人が負担すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。