【手続補正書】
【提出日】平成15年8月28日(2003.8.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
特定の核酸配列を直線的に増幅するためのプロセスであって、以下の工程：
１）  該特定の核酸配列、
初期プライマーまたは核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分と結合またはハイブリダイズするに十分に、該部分と相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の伸長を提供する、セグメント、および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントと実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分と実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該特定の核酸配列の第１の相補的コピーが該第１のセグメントのテンプレート依存性伸長により生成された後に、均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該第２のセグメントの相補的な配列に結合し、そしてそれにより（ｉｖ）その後の別の該初期プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を均衡条件下または限定サイクリング条件下で提供し、プライマー伸長の後に第２の相補的コピーが生成されて該第１の相補的コピーを置換するようにする、セグメントを含む、初期プライマーまたは核酸構築物；ならびに、
基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程；ならびに、
２）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列と、該新規プライマーまたは核酸構築物とをインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列を直線的に増幅する工程、
を包含する、プロセス。
【請求項２】
前記第１のセグメント、前記第２のセグメント、または前記第１のプライマー伸長が、少なくとも１つ改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、請求項１に記載のプロセス。
【請求項３】
前記第２のセグメントが、前記プライマー伸長における、前記第１のセグメントの、その相補体に対する熱力学的安定性を増加する少なくとも１つ改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、請求項２に記載のプロセス。
【請求項４】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログがインターカレート剤を含む、請求項２または請求項３に記載のプロセス。
【請求項５】
前記第１のセグメントまたは前記第１のプライマー伸長あるいはその両方が、少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、請求項１に記載のプロセス。
【請求項６】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、前記第１のセグメントまたは前記プライマー伸長の、その相補体に対する熱力学的安定性を減少させる、請求項５に記載のプロセス。
【請求項７】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、負に荷電した化学基を含む、請求項６に記載のプロセス。
【請求項８】
前記負に荷電した化学基がカルボン酸を含む、請求項７に記載のプロセス。
【請求項９】
前記初期プライマーまたは核酸構築物が、直鎖状核酸、分枝核酸、逆方向核酸、またはペプチド核酸を含む、請求項１に記載のプロセス。
【請求項１０】
特定の標的核酸配列の存在を検出するためのプロセスであって、以下の工程：
１）  １つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の部分と実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の伸長を提供する、セグメント、および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントと実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の部分と実質的に同一であり、（ｉｉｉ）変性工程非存在下で該特定の標的核酸配列をテンプレートとして用いる、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成される配列と実質的に相補的であり、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物は、該特定の標的核酸配列が伸長のためのテンプレートとして使用された後に、ステムループ構造の形成に関与する、セグメント；を提供する工程；
２）  該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物を、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合化酵素、および該特定の標的核酸の存在について試験されるサンプルと混合する工程；
３）  該特定の標的核酸配列への該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の結合、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の伸長に十分な温度条件下で、該混合物をインキュベートする工程；
４）  （ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長後に形成されるセグメントとの間で、自己アニーリングする工程、および
（ｂ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントを、該特定の標的核酸配列から分離する工程、
によって、少なくとも１つのステム−ループ構造を形成する工程；ならびに
５）該形成する工程４）において形成された該ステム−ループ構造の存在を検出し、それによって、該特定の標的核酸配列またはその相補体の存在を検出する工程；
を包含する、プロセス。
【請求項１１】
前記混合する工程２）の前または後に、前記サンプル中のすべての二本鎖核酸が、一本鎖にされている、請求項１０に記載のプロセス。
【請求項１２】
前記一本鎖にさせることが、熱変性によって実行されている、請求項１１に記載のプロセス。
【請求項１３】
前記テンプレート依存性重合化酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼ、および前述の任意のものの組合せからなる群より選択されるメンバーを含む、請求項１０に記載のプロセス。
【請求項１４】
前記第１の初期プライマー、伸長された第１の初期プライマー、第１の核酸構築物または伸長された第１の核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、脱塩基部位、検出可能な標識、および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、請求項１０に記載のプロセス。
【請求項１５】
前記第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物または前記伸長された第１の初期プライマーもしくは伸長された第１の核酸構築物が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、請求項１０に記載のプロセス。
【請求項１６】
前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外線蛍光基、化学発光部分、エネルギー転移系、酵素、および前述のうちの任意のものの組み合わせからなる群より選択される、請求項１４または１５に記載のプロセス。
【請求項１７】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、増幅反応の生成物である、請求項１０、１１、１２、１３、１４、または１５のうちいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項１８】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、以前には増幅されていないか、または増幅プロセスに供されている、請求項１０、１１、１２、１３、１４、または１５のうちいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項１９】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、増幅反応の生成物である、請求項１６に記載のプロセス。
【請求項２０】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、以前には増幅されていないか、または増幅プロセスに供されている、請求項１６に記載のプロセス。
【請求項２１】
前記提供する工程１）において、少なくとも１つの第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物が提供され、該第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物は、第１のセグメントを含み、該第１のセグメントは、前記第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物の伸長後に合成される配列と、実質的に相補的である、請求項１０に記載のプロセス。
【請求項２２】
前記第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物が、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントは、（ｉ）前記第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物の第１のセグメントと実質的に同一ではなく；（ｉｉ）前記伸長された第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物の部分と実質的に同一であり；そして（ｉｉｉ）該伸長された第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物をテンプレートとして用いる該第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列と、実質的に相補的である、請求項２１に記載のプロセス。
【請求項２３】
前記分離する工程４）（ｂ）が、鎖置換により実行され、該鎖置換が、第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物または第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物の第１のセグメントの結合部位よりも、前記特定の標的核酸の３’末端に近い部位に結合する、少なくとも１つのさらなるプライマーを伸長させることにより実行される、請求項２２に記載のプロセス。
【請求項２４】
前記第２の初期プライマー、伸長された第２の初期プライマー、第２の核酸構築物または伸長された第２の核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、脱塩基部位、検出可能な標識、および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、請求項２１に記載のプロセス。
【請求項２５】
前記第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物または前記伸長された第２の初期プライマーもしくは伸長された第２の核酸構築物が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、請求項２２または２３に記載のプロセス。
【請求項２６】
前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外線蛍光基、化学発光部分、エネルギー転移系、酵素、および前述のうちの任意のものの組み合わせからなる群より選択される、請求項２４に記載のプロセス。
【請求項２７】
前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外線蛍光基、化学発光部分、エネルギー転移系、酵素、および前述のうちの任意のものの組み合わせからなる群より選択される、請求項２５に記載のプロセス。
【請求項２８】
請求項１０、２１または２２に記載のプロセスであって、前記ステムループ構造の形成の検出が、核酸合成が実質的に完了した後に行われる、プロセス。
【請求項２９】
請求項１０、２１または２２に記載のプロセスであって、前記ステムループ構造の形成の検出が、核酸合成が実質的に完了する前に行われる、プロセス。
【請求項３０】
特定の標的核酸配列の存在を検出するためのプロセスであって、該プロセスは、以下の工程：
１）１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物を提供する工程であって、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物が、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（ｉ）該特定の標的核酸配列の一部に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存的な第１の伸長を提供する、第１のセグメント、および
（Ｂ）（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の核酸配列の一部に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）テンプレートとして該特定の標的核酸配列を用いる、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成される配列に実質的に相補的であり、そしてここで、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物は、該特定の標的核酸配列が伸長のためのテンプレートとして使用される後に、ステムループ構造の形成に関与する、第２のセグメント、を含む、
工程；
２）該第１の初期プライマーまたは核酸構築物と、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合酵素、および該特定の標的核酸の存在について試験されるサンプルとを混合する、工程；
３）該混合物を、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物が該特定の標的核酸配列に結合するのに十分な温度条件下でインキュベートし、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物を伸長する工程であって、ここで、該伸長が、該２つのセグメントを含む第１の初期プライマーまたは核酸構築物のみを使用して行われる、工程；
４）以下：
（ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長の後に形成されたセグメントとの間で自己アニーリングする工程；および
（ｂ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第１のセグメントを、該特定の標的核酸配列から分離する工程、
によって少なくとも１つのステムループ構造を形成する、工程；ならびに
５）該形成工程（４）において形成された該ステムループ構造の存在を検出し、それによって該特定の標的核酸配列またはその相補体の存在を検出する、工程、
を包含する、プロセス。
【請求項３１】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記混合工程２）の前または後に、前記サンプル中の任意の二本鎖核酸が、一本鎖にされる、プロセス。
【請求項３２】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記一本鎖にされる工程が、熱変性により行われる、プロセス。
【請求項３３】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記テンプレート重合酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼおよびこれらのうちのいずれかの組み合わせからなる群から選択されるメンバーを含む、プロセス。
【請求項３４】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマー、伸長した第１の初期プライマー、第１の核酸構築物または伸長した第１の核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基部位、検出可能標識およびこれらのうちのいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、プロセス。
【請求項３５】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物、または前記伸長した第１の初期プライマーもしくは伸長した第１の核酸構築物が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、プロセス。
【請求項３６】
請求項３４または３５に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化した分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素およびこれらのうちのいずれかの組み合わせからなる群から選択される、プロセス。
【請求項３７】
請求項３０、３１、３２、３３、３４または３５のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記混合工程２）において、前記サンプルが、増幅反応の生成物である、プロセス。
【請求項３８】
請求項３６に記載のプロセスであって、前記混合工程２）において、前記サンプルが、予め増幅を受けても、増幅プロセスに供されてもいない、プロセス。
【請求項３９】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物を提供する工程１）が、提供され、ここで、該第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物が、第１のセグメントを含み、該第１のセグメントは、前記第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の伸長の後に合成される配列に実質的に相補的であり、かつ該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物中の任意の配列に実質的に非同一である、プロセス。
【請求項４０】
請求項３９に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物が、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントは、（ｉ）前記第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物の第１のセグメントに実質的と非同一であり；（ｉｉ）前記伸長した第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の一部に実質的に同一であり；そして（ｉｉｉ）該伸長した第１のプライマーまたは核酸構築物をテンプレートとして使用する、該第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物の該第１のセグメントの伸長により合成される配列に実質的に相補的である、プロセス。
【請求項４１】
請求項３０に記載のプロセスであって、前記分離工程４）（ｂ）が、鎖置換によって実施され、該鎖置換は、第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物または第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物の第１のセグメントに対する結合部位よりも、前記特定の標的核酸配列の３’末端により近い部位に結合する少なくとも１つのさらなるプライマーを伸長することによって実施される、プロセス。
【請求項４２】
請求項３９に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマー、伸長した初期プライマー、核酸構築物または伸長した核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基部位、検出可能標識およびこれらのうちのいずれかの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、プロセス。
【請求項４３】
請求項３９に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物、または前記伸長した第２の初期プライマーもしくは伸長した第２の核酸構築物が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、プロセス。
【請求項４４】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化した分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素およびこれらのうちのいずれかの組み合わせからなる群から選択される、プロセス。
【請求項４５】
請求項３０、３４、３５、３９、４０、４１、４２、４３または４４のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記ステムループ構造の形成の検出が、核酸合成が実質的に完了した後に行われる、プロセス。
【請求項４６】
請求項３０、３４、３５、３９、４０、４１、４２、４３または４４のいずれか１項に記載のプロセスであって、前記ステムループ構造の形成の検出が、核酸合成が実質的に完了する前に行われる、プロセス。
【請求項４７】
特定の標的核酸配列の存在を検出するためのプロセスであって、以下の工程：
１）１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物を提供する工程であって、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物が、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（ｉ）該特定の標的核酸配列の一部に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存的な伸長を提供する、第１のセグメント、および
（Ｂ）（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の一部に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）テンプレートとして該特定の標的核酸配列を用いる、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成されて、第１の伸長した核酸鎖を形成する配列に実質的に相補的であり、そしてここで、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物は、該特定の標的核酸配列が伸長のためのテンプレートとして使用される後に、該第１の伸長した核酸鎖の一方の末端におけるステムループ構造の形成に関与する、第２のセグメント、を含む、
工程；
２）該第１の初期プライマーまたは核酸構築物と、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合酵素、および該特定の標的核酸の存在について試験されるサンプルとを混合する、工程；
３）該混合物を、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物が該特定の標的核酸配列に結合するのに十分な温度条件下でインキュベートし、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物を伸長する工程であって、ここで、該伸長が、該２つのセグメントを含む第１の初期プライマーまたは核酸構築物のみを使用して行われる、工程；
４）以下：
（ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長の後に形成されたセグメントとの間で自己アニーリングする工程；および
（ｂ）該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第１のセグメントを、該特定の標的核酸配列から分離する工程、
によって少なくとも１つのステムループ構造を形成する、工程；ならびに
５）該形成工程（４）において形成された該ステムループ構造の存在を検出し、それによって該特定の標的核酸配列またはその相補体の存在を検出する工程、
を包含する、プロセス。
【請求項４８】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記混合工程２）の前または後に、前記サンプル中の任意の二本鎖核酸が、一本鎖にされる、プロセス。
【請求項４９】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記一本鎖にされる工程が、熱変性により行われる、プロセス。
【請求項５０】
前記テンプレート依存性重合化酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼ、および前述の任意のものの組合せからなる群から選択されるメンバーを含む、請求項４７に記載のプロセス。
【請求項５１】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマー、伸長した第１の初期プライマー、第１の核酸構築物または伸長した第１の核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基性部位、検出可能標識および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、プロセス。
【請求項５２】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物または前記伸長した第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、プロセス。
【請求項５３】
請求項５１に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される、プロセス。
【請求項５４】
請求項５２に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される、プロセス。
【請求項５５】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、増幅反応の生成物である、請求項４７、５１、５２、５３、または５４のいずれかに記載のプロセス。
【請求項５６】
前記混合する工程２）において、前記サンプルが、以前に増幅されていないか、または増幅プロセスに供されている、請求項４７、５１、５２、５３または５４のいずれかに記載のプロセス。
【請求項５７】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記提供する工程１）において、少なくとも１つの、第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物が提供され、ここで該第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物が、前記第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の伸長後に合成される配列に対して実質的に相補的な第１のセグメントを含む、プロセス。
【請求項５８】
請求項５７に記載のプロセスであって、ここで前記第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物は、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントが、（ｉ）前記第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物の第１のセグメントと実質的に非同一であり；（ｉｉ）前記伸長した第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の一部と実質的に同一であり；そして（ｉｉｉ）該伸長した第１のプライマーまたは核酸構築物をテンプレートとして用いて、該第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物の前記第１のセグメントを伸長することにより合成される配列に対して実質的に相補的である、プロセス。
【請求項５９】
請求項４７に記載のプロセスであって、前記分離する工程４）（ｂ）が、鎖置換により行われ、該鎖置換が、少なくとも１つのさらなるプライマーを伸長することにより行われ、該さらなるプライマーが、第１の初期プライマーもしくは第１の核酸構築物または第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物の第１のセグメントの結合部位よりも、特定の標的核酸配列の３’末端に近い部位に結合する、プロセス。
【請求項６０】
請求項５７に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマー、伸長した初期プライマー、核酸構築物または伸長した核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基性部位、検出可能標識および前述の任意のものの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、プロセス。
【請求項６１】
請求項５７に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマーもしくは第２の核酸構築物または前記伸長した第２の初期プライマーもしくは伸長した第２の核酸構築物が、検出可能標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、プロセス。
【請求項６２】
請求項５７に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される、プロセス。
【請求項６３】
前記ステムループ構造の形成の検出は、核酸合成が実質的に完了した後に起こる、請求項４７、５１、５２、５３、５４、５７、５８、５９、６０、６１、または６２のいずれかに記載のプロセス。
【請求項６４】
前記ステムループ構造の形成の検出は、核酸合成が実質的に完了しする前に起こる、請求項４７、５１、５２、５３、５４、５７、５８、５９、６０、６１、または６２のいずれかに記載のプロセス。
【請求項６５】
特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって、以下の工程（ａ）および（ｂ）：
（ａ）  以下（ｉ）〜（ｉｉｉ）：
（ｉ）該特定の核酸配列；
（ｉｉ）該特定の核酸配列ついての第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物であって、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物が、以下の２つのセグメント（Ａ）および（Ｂ）：
（Ａ）第１のセグメント（１）であって、該特定の核酸配列の第１の部分に対して、該特定の核酸配列の第１の部分にハイブリダイズするのに十分に相補的であり、そして（２）テンプレート依存性の第１の伸長をして伸長産物を産生し得る、第１のセグメント、および、
（Ｂ）第２のセグメントであって、（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得、そして（４）第２のプライマー伸長が生成されて該第１のプライマー伸長を置換するような、均衡条件下または限定サイクリング条件下での、該特定の核酸配列の該第１の部分への、該第１のプライマーの第２のコピーの第１のセグメントの次の結合を提供し得；ならびに、（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該第１のプライマー伸長の一部に対して実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントにハイブリダイズするかまたは結合するためのテンプレートとして該第１のプライマー伸長を用いて、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントを伸長することにより合成される配列に対して十分に相補的である、第２のセグメント、
を含む、第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物；ならびに
（ｉｉｉ）基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素；
を提供する工程；ならびに、
（ｂ）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列、および該第１の初期プライマーもしくは第１の初期核酸構築物および第２の初期プライマーもしくは第２の初期核酸構築物をインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列またはその相補体の２つ以上のコピーを産生する、工程、
を包含する、プロセス。
【請求項６６】
請求項６５に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマーもしくは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントもしくは第２のセグメント、前記第２の初期プライマーもしくは第２の初期核酸構築物のセグメント、および前記プライマー伸長、または前述の任意のものが、少なくとも１つの改変されたヌクレオチドもしくはヌクレオチドアナログを含む、プロセス。
【請求項６７】
請求項６５に記載のプロセスであって、前記第１の初期プライマーの第２のセグメントは、前記プライマー伸長後に前記第１のセグメントの、その相補体に対する鎖内結合の熱力学的安定性を増加させる少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、請求項６５に記載のプロセス。
【請求項６８】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、インターカレート剤を含む、請求項６７に記載のプロセス。
【請求項６９】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、負に荷電した化学基を含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記負に荷電した化学基が、カルボン酸を含む、請求項６９に記載のプロセス。
【請求項７１】
前記第１の初期プライマーもしくは第１の初期核酸構築物、または前記第２の初期プライマーもしくは第２の初期核酸構築物、またはそれらの両方が、線状核酸、分枝核酸、逆方向核酸およびペプチド−核酸、または前述の任意のものの組合せからなる群から選択される核酸を含む、請求項６５に記載のプロセス。
【請求項７２】
特定の標的核酸配列を増幅するためのプロセスであって、以下の工程（１）および（２）：
（１）  以下（ｉ）〜（ｉｖ）：
（ｉ）該特定の標的核酸配列；
（ｉｉ）１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物であって、以下の２つのセグメント（Ａ）および（Ｂ）：
（Ａ）第１のセグメント（ｉ）であって、該特定の標的核酸配列の一部に対して、該特定の標的核酸配列の一部に結合またはハイブリダイズするのに十分に相補的であり、
（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長し得る、第１のセグメント、および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（Ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、そして（ＩＩ）該特定の標的核酸配列の一部に対して実質的に同一であり、そして（ＩＩＩ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに対して結合するかまたはハイブリダイズするテンプレートして該特定の標的核酸配列を用いて、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントを伸長することにより合成される配列に対して相補的である、第２のセグメント、を含み、
ここで該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに対して相補的な配列を含む該特定の標的核酸の一部と、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントに実質的に同一の配列を含む該特定の標的核酸の一部とが、互いに近接している第２のセグメントを含む、１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物；
（ｉｉｉ）少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物であって、ここで該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該プライマー伸長にハイブリダイズまたは結合するのに十分に該プライマー伸長に対して相補的でありかつ第２のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長し得る第１のセグメントを含む、少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物；
（ｉｖ）基質、緩衝液およびテンプレート依存性重合化酵素；
を提供する工程；ならびに
（２）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の標的核酸配列、および該第１の初期プライマーもしくは第１の初期核酸構築物をインキュベートし、それにより、該特定の標的核酸配列またはその相補体の２つ以上のコピーを産生する工程であって、ここで該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物、および該第２のセグメントに対して相補的な該特定の標的核酸配列が、該２つ以上のコピーの核酸鎖の同じ端部に位置する、工程、
を包含する、プロセス。
【請求項７３】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントが、（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントとは実質的に非同一であり；（ｉｉ）前記第１プライマー伸長の一部と実質的に同一であり；そして（ｉｉｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントにハイブリダイズするかまたは結合するためのテンプレートとして該第１のプライマー伸長を用いる該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列に十分に相補的である、プロセス。
【請求項７４】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、約５０未満のヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部から分離する、プロセス。
【請求項７５】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、約１０未満のヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部から分離する、プロセス。
【請求項７６】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部が、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部に近接する、プロセス。
【請求項７７】
請求項７３に記載のプロセスであって、ここで、約５０未満のヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部を、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部から分離する、プロセス。
【請求項７８】
請求項７３に記載のプロセスであって、ここで、約１０未満のヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部を、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部から分離する、プロセス。
【請求項７９】
請求項７３に記載のプロセスであって、ここで、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部が、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部に近接する、プロセス。
【請求項８０】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、前記テンプレート依存性重合化酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼ、および上記のいずれかの組み合わせからなる群より選択されるメンバーを含む、プロセス。
【請求項８１】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、前記第１または第２の初期プライマー、第１または第２のプライマー伸長、第１または第２の初期核酸構築物が、改変ヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基性部位、検出可能標識および上記のいずれかの組み合わせからなる群より選択される１つ以上の部分を含む、プロセス。
【請求項８２】
請求項７２に記載のプロセスであって、ここで、前記第１または第２の初期プライマー、第１または第２の初期核酸構築物、あるいは第１または第２のプライマー伸長が、検出可能標識を有する１つ以上の改変ヌクレオチドを含む、プロセス。
【請求項８３】
請求項８２に記載のプロセスであって、ここで、前記検出可能標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素ならびに上記のいずれかの組み合わせからなる群より選択される、プロセス。
【請求項８５】
特定の標的核酸配列を増幅するためのプロセスであって、以下の工程：
（１）以下：
（ｉ）該特定の標的核酸配列；
（ｉｉ）１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物であって、２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、該第１のセグメントが、（ｉ）該特定の標的核酸配列の一部に結合するかまたはハイブリダイズするほどに、該特定の標的核酸配列の一部に対して十分相補的であり、そして（ｉｉ）第１プライマー伸長が産生され得るようにテンプレート依存性伸長を行い得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、該第２のセグメントが、（ｉ）該第１のセグメントと実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の一部と実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに結合するかまたはハイブリダイズするためのテンプレートとして該特定の標的核酸配列を用いる該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列に十分に相補的であり、そしてここで、ステム−ループ構造が、該第１の初期プライマーまたは第１の初期の核酸構築物の第２のセグメントと該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長からのセグメントとの間で自己アニーリングすることによって形成され得、ここで、このような鎖内ハイブリダイゼーションによって形成されるステムの安定性は、鎖間ハイブリダイゼーションによって該ループセグメントとその相補体との間に形成されるハイブリッドの安定性に実質的に等しいかまたはより高い、第２のセグメント、
を含む、第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物；
（ｉｉｉ）少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物であって、ここで、該第２の初期プライマーまたは第２の初期の核酸構築物は、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物に結合するかまたはハイブリダイズするために、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物を伸長した後に合成される配列に十分相補的であり、そして第２のプライマー伸長が産生されるようにテンプレート依存性伸長を行い得、ここで、該第２の初期プライマーが、該第１の初期プライマーまたは構築物とは非同一である、第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物、
を提供する工程；
（２）該初期プライマーまたは初期核酸構築物を、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合酵素と、該特定の標的核酸配列の存在のために混合する工程；および
（３）該混合物を、均衡サイクル条件または限定サイクル条件下でインキュベートする、工程；
（４）少なくとも１つのステム−ループ構造を形成する工程であって、以下：
（ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長からのセグメントとの間で自己アニーリングする工程、および
（ｂ）該特定の標的核酸配列から、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントを分離する工程、
により形成する、工程、ならびに
（５）該標的核酸配列またはその相補体の２つ以上のコピーを産生する工程、
を包含する、プロセス。
【請求項８６】
請求項８５に記載のプロセスであって、ここで、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントが、（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントとは実質的に非同一であり；（ｉｉ）前記第１プライマー伸長の一部と実質的に同一であり；そして（ｉｉｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに結合するかまたはハイブリダイズするためのテンプレートとして該第１のプライマー伸長を用いる該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列に十分に相補的である、プロセス。
【請求項８７】
請求項８５または８６に記載のプロセスであって、ここで、約５０未満のヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部から分離する、プロセス。
【請求項８８】
請求項８５に記載のプロセスであって、ここで、約１０未満のヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部から分離する、プロセス。
【請求項８９】
請求項８５に記載のプロセスであって、ここで、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な特定の標的核酸の一部が、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な特定の標的核酸の一部に近接する、プロセス。
【請求項９０】
請求項８６に記載のプロセスであって、ここで、約５０未満のヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部を、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部から分離する、プロセス。
【請求項９１】
請求項８６に記載のプロセスであって、ここで、約１０未満のヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部を、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部から分離する、プロセス。
【請求項９２】
請求項８６に記載のプロセスであって、ここで、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な第１のプライマー伸長の一部が、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第２のセグメントと同一な第１のプライマー伸長の一部に近接する、プロセス。
【請求項９３】
請求項８５に記載のプロセスであって、ここで、前記テンプレート依存性重合化酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼ、および上記のいずれかの組み合わせからなる群より選択されるメンバーを含む、プロセス。
【請求項９４】
前記第１もしくは第２の初期プライマー、伸長された第１もしくは第２の初期プライマー、第１もしくは第２の初期核酸構築物が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、脱塩基部位、検出可能な標識、および前述の任意のものの組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、請求項８５に記載のプロセス。
【請求項９５】
前記第１もしくは第２の初期プライマーまたは第１もしくは第２の初期核酸構築物または第１もしくは第２のプライマー伸長が、検出可能な標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、請求項８５に記載のプロセス。
【請求項９６】
前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外線蛍光基、化学発光部分、エネルギー転移系、酵素、および前述のうちの任意のものの組み合わせからなる群より選択される、請求項９４に記載のプロセス。
【請求項９７】
さらなるプライマーを提供する工程をさらに包含する、請求項８５または８６に記載のプロセス。
【請求項９８】
前記さらなるプライマーが、前記ループセグメントとハイブリダイズする、請求項９７に記載のプロセス。
【請求項９９】
前記さらなるプライマーが、標準的プライマーである、請求項９７に記載のプロセス。
【請求項１００】
１つ以上の前記さらなるプライマーが、２つのセグメントを含み、その一方のセグメントは、前記標的核酸の配列と相補的であり、そしてもう一方のセグメントは、該標的核酸と同一である配列を含む、請求項９７に記載のプロセス。
【請求項１０１】
前記さらなるプライマーの伸長が、前記第１のプライマー伸長または第２のプライマー伸長を置換する、請求項９７に記載のプロセス。
【請求項１１６】
特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって、以下の工程：
（１）  該特定の核酸配列；
非直線的増幅可能であるプライマーまたは単一の核酸構築物であって、以下の３つのセグメント：
（ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分と実質的に相補的であって該第１の部分と結合もしくはハイブリダイズし、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるように、テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント；
（ｂ）第２のセグメントであって、該特定の核酸配列の第２の部分と実質的に同一である、セグメント；および
（ｃ）第３のセグメントであって、該第１のセグメントと実質的に同一であり、該第１のプライマー伸長が、配列を生成可能であり、該配列は、該第２のセグメントとハイブリダイズしかつ該第３のセグメントに対する相補体を生成するように自己プライミングおよび自己伸長する、セグメント；
を含む、プライマーまたは単一の核酸構築物、ならびに
（ｄ）基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素、
を提供する工程；ならびに
（２）  均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列および該プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列を非線形に増幅する、工程、
を包含する、プロセス。
【請求項１１７】
前記第１のセグメント、第２のセグメント、および第３のセグメントが、連続するセグメントである、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１１８】
前記単一のプライマーまたは核酸構築物が、直鎖状核酸、分枝核酸、逆方向核酸、およびペプチド核酸、または前述の任意のものの組み合わせからなる群より選択される核酸を含む、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１１９】
前記第１のプライマー伸長が、限定基質条件、限定伸長期間、またはそれらの両方からなる群より選択される条件下で、実行される、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１２０】
前記特定の核酸配列が、一本鎖形態または二本鎖形態である、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１２１】
前記特定の核酸配列が、フラグメント中に見出されるかまたは含まれる、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１２２】
前記フラグメントが、物理的手段、化学的手段、物理化学的手段、および酵素的手段、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される手段によって生成される、請求項１２１に記載のプロセス。
【請求項１２３】
前記物理的手段が、超音波処理および加熱、またはその両方からなる群から選択される、請求項１２２に記載のプロセス。
【請求項１２４】
前記化学的手段が酸処理を含む、請求項１２２に記載のプロセス。
【請求項１２５】
前記酵素的手段がヌクレアーゼおよび制限酵素によって行われるか、またはそれらを用いて行われる、請求項１２２に記載のプロセス。
【請求項１２６】
前記ヌクレアーゼがエンドヌクレアーゼを含む、請求項１２５に記載のプロセス。
【請求項１２７】
前記第１のセグメント、第２のセグメント、もしくは第３のセグメント、または該第１、第２、もしくは第３のセグメントのプライマー伸長、あるいはそれらの任意の組み合わせが、少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、請求項１１６に記載のプロセス。
【請求項１２８】
前記改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、負に荷電した化学基を含む、請求項１２２に記載のプロセス。
【請求項１２９】
前記負に荷電した化学基が、カルボン酸を含む、請求項１２２に記載のプロセス。
【請求項１３０】
前記生成する工程において、前記タグ化分子が、各ターミネーターについて異なる、請求項１２４に記載のプロセス。
【請求項１３１】
前記タグ化分子が、蛍光色素、化学発光色素、赤外線色素、化学発光実体、および電気化学発光実体、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１２４に記載のプロセス。
【請求項１３２】
前記ターミネーターが、ジデオキシヌクレオチドである、請求項１２４に記載のプロセス。
【請求項１３３】
前記ターミネーターが、改変された糖環を含む、請求項１２４に記載のプロセス。
【請求項１３４】
前記ターミネーターが、３’位にあるアミノ基を含む、請求項１２４に記載のプロセス。
【請求項１３５】
前記分離工程が電気泳動で実施される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記分離工程において、前記培地またはマトリックスがゲルを含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３７】
前記ゲルがポリアクリルアミドゲルを含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３８】
前記分離工程がキャピラリーゲル電気泳動で実施される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３９】
前記検出工程が、光度測定、分光光度測定、比色定量測定、蛍光測定、遅延蛍光測定、および化学発光測定、またはそれらの組み合わせから選択される手段により実施される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１４０】
一本鎖または二本鎖改変核酸ポリマーであって、該核酸ポリマーは、直鎖状核酸、分枝核酸、および逆方向核酸、およびペプチド核酸、または前述の任意の組み合わせからなる群から選択され、ここで該核酸ポリマーは、一方または両方の鎖に１つの負に荷電した化学部分を含む少なくとも１つのプリン塩基またはピリミジン塩基を含む、核酸ポリマー。
【請求項１４１】
前記負に荷電した化学部分がカルボン酸を含む、請求項１４０に記載の核酸ポリマー。
【請求項１４２】
前記ポリマーが一本鎖である、請求項１４０に記載の核酸ポリマー。
【請求項１４３】
前記ポリマーが二本鎖である、請求項１４０に記載の核酸ポリマー。
【請求項１４４】
前記ポリマーが、対応する非改変核酸ポリマーに比較して相補的核酸への結合において減少した熱力学的安定性を有する、請求項１４０に記載の核酸ポリマー。
【請求項１４５】
請求項１４０に記載の核酸ポリマーを生成するための方法であって、負に荷電した化学部分を有する少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを、生成される核酸配列に組み込む工程を包含する、方法。
【請求項１４６】
前記負に荷電した化学部分がカルボン酸を含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
前記生成される核酸配列が、一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーである、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４８】
前記一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーが、直鎖状核酸、分枝核酸、および逆方向核酸、およびペプチド核酸、または前述の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４９】
負に荷電した化学部分を有する少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、限定サイクリング条件または均衡条件下で、前記核酸配列に組み込まれる、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５０】
負に荷電した化学部分を有する少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログが、前記核酸配列に、均衡条件下または限定サイクリング条件下で、基質、緩衝液およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で該核酸配列および改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログをインキュベートすることにより、組み込まれる、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５１】
請求項１４０に記載の核酸を生成するための方法であって、負に荷電した化学部分を有する少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを、生成される核酸配列に組み込む工程を包含し、ここで該核酸が、アニーリング工程および変性工程が１２℃以下の差の温度で行われる熱サイクリング条件下で生成される、方法。
【請求項１５２】
前記負に荷電した化学部分がカルボン酸を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記生成される核酸配列が、一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーである、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーが、直鎖状核酸、分枝核酸、および逆方向核酸、およびペプチド核酸、または前述の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５５】
請求項１４０に記載の核酸を生成するための方法であって、負に荷電した化学部分を有する少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを、生成される核酸配列に組み込む工程を包含し、ここで該核酸が、伸長工程および変性工程が８℃以下の差の温度で行われる熱サイクリング条件下で生成される、方法。
【請求項１５６】
前記負に荷電した化学部分がカルボン酸を含む、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記生成される核酸配列が、一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーである、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５８】
前記一本鎖核酸ポリマーまたは二本鎖核酸ポリマーは、直鎖状核酸、分枝核酸、および逆方向核酸、およびペプチド核酸、または前述の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５９】
特定の標的核酸配列の存在を検出するための方法であって、以下の工程を包含する、方法：
１）以下の少なくとも２つのセグメントを含む１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物を提供する工程：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の一部に結合またはハイブリダイズするのに十分に相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようなテンプレート依存性伸長を可能にする、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに対して実質的に同一でなく、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の一部に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）テンプレートとして該特定の標的核酸配列を用いて該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列に十分に相補的であって、それに結合またはハイブリダイズし、そしてここで該第１の初期プライマーまたは初期核酸構築物の第２のセグメントに同一である配列を含む該標的核酸の一部および該第１の初期プライマーまたは初期核酸構築物の第２のセグメントに実質的に相補的な配列を含む該標的核酸の一部が、互いに非常に近接した位置にある、第２のセグメント；
２）少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物を提供する工程であって、ここで（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該第１のプライマー伸長に結合またはハイブリダイズするのに十分に相補的である第１のセグメントを含み、（ｉｉ）ここで該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該第１の初期プライマーまたは第１の初期構築物に同一でなく、そして（ｉｉｉ）ここで該第１のセグメントが、第２のプライマー伸長が生成されるようなテンプレート依存性プライマー伸長を可能にし得る、工程；
３）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物および前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物を、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合化酵素、および該特定の標的核酸の存在について試験されるサンプルと混合する工程；
４）該混合物を、均衡条件下または限定サイクリング条件下でインキュベートして、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物を伸長させる、工程；
５）以下により、少なくとも１つのステム−ループ構造を形成する工程：
（ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の該第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長に由来するセグメントとの間で自己アニーリングする工程、および
（ｂ）該特定の標的核酸配列から、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の該第１のセグメントを分離する工程；ならびに
６）該形成工程（５）において形成された該ステム−ループ構造の存在を検出する工程であって、それにより、該特定の標的核酸配列またはその相補体の存在を検出する、工程。
【請求項１６０】
請求項１５９に記載の方法であって、前記提供する工程１）において、前記第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物が、（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期プライマー構築物の第１のセグメントに実質的に同一でなく、（ｉｉ）前記第１のプライマー伸長の一部に実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）テンプレートとして該第１のプライマー伸長を用いて該第２の初期プライマーまたは第２の核酸構築物の第１のセグメントの伸長によって合成される配列に十分に相補的であって、それにハイブリダイズまたは結合する、第２のセグメントをさらに含む、方法。
【請求項１６１】
約５０ヌクレオチド未満で、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントに同一である前記特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントに相補的である該特定の標的核酸の一部から分離する、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６２】
約１０ヌクレオチド未満で、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントに同一である前記特定の標的核酸の一部を、前記第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントに相補的である該特定の標的核酸の一部から分離する、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６３】
前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントに同一である前記特定の標的核酸の一部が、前記第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントに相補的である該特定の標的核酸の一部に隣接している、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６４】
前記テンプレート依存性重合化酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼ、および前述の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６５】
前記第１の初期プライマー、第１の初期核酸構築物、第１のプライマー伸長、第２の初期プライマー、第２の初期核酸構築物または第２のプライマー伸長が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基部位、検出標識およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、請求項１５９に記載のプロセス。
【請求項１６６】
前記第１の初期プライマーもしくは第２の初期プライマー、または第１の初期核酸構築物もしくは第２の初期核酸構築物、または前記第１のプライマー伸長もしくは第２のプライマー伸長が、検出標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、請求項１５９に記載のプロセス。
【請求項１６７】
前記検出標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１６６または１６７に記載のプロセス。
【請求項１６８】
特定の標的核酸配列の存在を検出するプロセスであって：
１）以下の２つのセグメントを含む、１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物を提供する工程：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列に結合またはハイブリダイズするために、その部分に十分相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長し得る、セグメント、および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントと実質的に同一ではなく、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の部分と実質的に同一であって、（ｉｉｉ）第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントに結合またはハイブリダイズするために、該特定の標的核酸配列をテンプレートとして用い、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成される配列に十分相補的であって、
ここで、ステム−ループ構造が、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長に由来するセグメントとの間の自己アニーリングにより作成され得、
ここで、このような鎖内ハイブリダイゼーションにより形成されるステムの安定性が、鎖間ハイブリダイゼーションにより、該ループセグメントとその相補体との間で形成されるハイブリッドの安定性に実質的に等しいか、またはそれより高い、セグメント；
２）少なくとも１つの、第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物を提供する工程であって、ここで、（ｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該第１の初期プライマー伸長に結合またはハイブリダイズするためにそれに十分相補的な第１のセグメントを含み、（ｉｉ）該第２の初期プライマーが該第１のプライマーまたは構築物と同一ではなく、そして（ｉｉｉ）ここで、該第１のセグメントは、第２のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性プライマー伸長し得；
３）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物、および該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物を、基質、緩衝液、テンプレート依存性重合酵素および該特定の標的核酸の存在について試験されるべきサンプルと混合する工程；
４）該混合物を、均衡条件下または限定サイクリング条件下でインキュベートする工程；
５）以下によって少なくとも１つのステム−ループ構造を形成する工程；
（ａ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の該第２のセグメントと、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の該第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長に由来するセグメントとの間で自己アニーリングすること、および
（ｂ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の該第１のセグメントを、該特定の標的核酸配列から分離すること、および
６）該形成する工程（５）で形成された該ステム−ループ構造の存在を検出し、それによって、該特定の標的核酸配列またはその相補体の存在を検出する工程、を包含する、方法。
【請求項１６９】
前記提供する工程１）において、前記第２の初期プライマーまたは初期核酸構築物が、（ｉ）前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第１のセグメントと実質的に同一でなく、（ｉｉ）前記第１のプライマー伸長の部分と実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の該第１のセグメントにハイブリダイズまたは結合するために該第１のプライマー伸長をテンプレートとして用い、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の該第１のセグメントの伸長により合成される配列に実質的に相補的である第２のセグメントをさらに含む、請求項１６８に記載のプロセス。
【請求項１７０】
約５０より少ないヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記特定の標的核酸の部分を、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記特定の標的核酸の部分から分離する、請求項１６８に記載のプロセス。
【請求項１７１】
約１０より少ないヌクレオチドが、前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記特定の標的核酸の部分を、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記特定の標的核酸の部分から分離する、請求項１６８に記載のプロセス。
【請求項１７２】
前記第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記特定の標的核酸の部分が、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記特定の標的核酸の部分に隣接する、請求項１６８に記載のプロセス。
【請求項１７３】
約５０より少ないヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記第１のプライマー伸長の部分を、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記第１のプライマー伸長の部分から分離する、請求項１６９に記載のプロセス。
【請求項１７４】
約１０より少ないヌクレオチドが、前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記第１のプライマー伸長の部分を、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記第１のプライマー伸長の部分から分離する、請求項１６９に記載のプロセス。
【請求項１７５】
前記第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第１のセグメントに相補的である前記第１のプライマー伸長の部分が、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の前記第２のセグメントと同一である前記第１のプライマー伸長の部分に隣接する、請求項１６９に記載のプロセス。
【請求項１７６】
前記テンプレート依存性重合酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、ＤＮＡリガーゼおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択されるメンバーを含む、請求項１６９に記載のプロセス。
【請求項１７７】
前記第１の初期プライマーもしくは第２の初期プライマー、第１の核酸構築物もしくは第２の核酸構築物、または第１のプライマー伸長もしくは第２のプライマー伸長が、改変されたヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、無塩基部位、検出標識およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される１つ以上の部分を含む、請求項１６８または１６９に記載のプロセス。
【請求項１７８】
前記第１の初期プライマーもしくは第２の初期プライマー、または第１の核酸構築物もしくは第２の核酸構築物、または前記第１のプライマー伸長もしくは第２のプライマー伸長が、検出標識を有する１つ以上の改変されたヌクレオチドを含む、請求項１６８または１６９に記載のプロセス。
【請求項１７９】
前記検出標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１７８に記載のプロセス。
【請求項１８０】
前記検出標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１７９に記載のプロセス。
【請求項１８１】
特定の標的核酸配列の存在を検出するプロセスであって、以下の工程：
（ａ）以下の工程を包含する該特定の標的核酸配列を増幅する工程：
１）（ｉ）該特定の標的核酸配列；
（ｉｉ）以下の２つのセグメントを含む、１つ以上の第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の部分に結合またはハイブリダイズするために、その部分に十分相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長し得る、セグメント、および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントと実質的に同一ではなく、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の部分と実質的に同一であって、（ｉｉｉ）該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに結合またはハイブリダイズするために、該特定の標的核酸配列をテンプレートとして用い、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成される配列に十分相補的であって、
ここで、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第１のセグメントに相補的な配列を含む該特定の標的核酸の部分と、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物の第２のセグメントと実質的に同一である配列を含む該特定の標的核酸の部分が互いに極めて接近している、セグメント；
（ｉｉｉ）１つ以上の第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物であって、ここで（Ａ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該第１のプライマー伸長に結合またはハイブリダイズするためにそれに十分相補的である第１のセグメントを含み、（Ｂ）ここで、該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物が、該第１の初期プライマーまたは第１の初期核酸構築物と同一ではなく、そして（Ｃ）ここで、該第１のセグメントが、第２のプライマー伸長が生成されるように、テンプレート依存性プライマー伸長し得る；
（ｉｖ）基質、緩衝液およびテンプレート依存性重合酵素、を提供する工程；および
２）該特定の標的核酸配列、および該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物、および該第２の初期プライマーまたは第２初期核酸構築物を、該基質、緩衝液およびテンプレート依存性重合酵素の存在下、均衡条件下または限定サイクリング条件下でインキュベートし、それによって、該特定の標的核酸配列またはその相補体の２つ以上のコピーを生成する工程であって、ここで、該第１の初期プライマーまたは第１の核酸構築物の該第２のセグメントと、該第２のセグメントに相補的な該特定の標的核酸配列が、該２つ以上のコピーの核酸鎖の同一端部に位置する工程、および
（ｂ）増幅産物を検出する工程、を包含する、プロセス。
【請求項１８２】
請求項１８１に記載のプロセスであって、前記第２の初期プライマーまたは前記第２の初期核酸構築物は、第２のセグメントをさらに含み、該第２のセグメントは、以下：（ｉ）該第２の初期プライマーまたは該第２の初期プライマー構築物の第１のセグメントと実質的に非同一であり、（ｉｉ）該第１のプライマー伸長の一部に実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントにハイブリダイズまたは結合するためのテンプレートとして、該第１のプライマー伸長を用いた第２の初期プライマーまたは第２の初期核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成される配列に十分相補的である、プロセス。
【請求項１８３】
請求項１８１または１８２に記載のプロセスであって、前記増幅産物が蛍光インターカレーター剤の結合により検出される、プロセス。
【請求項１８４】
請求項１８１または１８２に記載のプロセスであって、前記増幅産物が、ゲル電気泳動により検出される、プロセス。
【請求項１８５】
請求項１８１または１８２に記載のプロセスであって、前記増幅産物が標的特異的核酸プローブにより検出される、プロセス。
【請求項１８６】
請求項１８５に記載のプロセスであって、前記核酸プローブが、検出可能な標識により標識されている、プロセス。
【請求項１８７】
請求項１８６に記載のプロセスであって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオレセイン化した分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素、および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、プロセス。
【請求項１８８】
請求項１８１に記載のプロセスであって、さらなるプライマーを提供する工程をさらに包含する、プロセス。
【請求項１８９】
請求項１８８に記載のプロセスであって、前記さらなるプライマーが、前記ループセグメントにハイブリダイズする、プロセス。
【請求項１９０】
請求項１８８に記載のプロセスであって、前記さらなるプライマーが標準的プライマーである、プロセス。
【請求項１９１】
請求項１８８に記載のプロセスであって、前記さらなるプライマーの１以上が、２つのセグメントを含み、そのうちの一方のセグメントは前記標的核酸の配列に相補的であり、他方のセグメントは、該標的核酸に同一な配列を含む、プロセス。
【請求項１９２】
請求項１８８に記載のプロセスであって、前記さらなるプライマーの伸長は、第１または第２のプライマー伸長を置換する、プロセス。
【請求項１９３】
特定の標的核酸配列の２以上のコピーを生成し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の第１の部分に結合またはハイブリダイズするに十分、特定の標的核酸配列の第１の部分に相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性の伸長をし得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントに結合またはハイブリダイズするためのテンプレートとして、該特定の標的核酸配列を用いた、該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成され得る配列に十分相補的である、第２のセグメントであって、変性工程が存在しない場合、該伸長したプライマーまたは該伸長した核酸構築物は、該特定の標的核酸配列が、伸長のためのテンプレートとして使用された後に、ステムループ構造の形成に関与し得る、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項１９４】
請求項１９３に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物は、改変ヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、非塩基部位、検出可能な標識および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、１以上の部分を含む、組成物。
【請求項１９５】
請求項１９４に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物あるいは前記伸長プライマーまたは核酸構築物が、検出可能な標識を有する１以上の改変ヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項１９６】
請求項１９４に記載の組成物であって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素、および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、組成物。
【請求項１９７】
特定の標的核酸配列の２以上のコピーを生成し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の第１の部分に結合またはハイブリダイズするために、該特定の標的核酸配列の第１の部分に十分相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長を行い得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントに結合またはハイブリダイズするためのテンプレートとして、該特定の標的核酸配列を用いた該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成され得る配列に十分相補的である、第２のセグメントであって、ここで該特定の標的核酸の第１の部分および該特定の標的核酸の第２の部分が、互いに近接して存在する、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項１９８】
請求項１９７に記載の組成物であって、前記特定の標的核酸の第１の部分と該特定の標的核酸の第２の部分が、約５０ヌクレオチド未満離れている、組成物。
【請求項１９９】
請求項１９７に記載の組成物であって、前記特定の標的核酸の第１の部分と該特定の標的核酸の第２の部分が、約１０ヌクレオチド未満離れている、組成物。
【請求項２００】
請求項１９９に記載の組成物であって、前記特定の標的核酸の第１の部分が、該特定の標的核酸の第２の部分に隣接している、組成物。
【請求項２０１】
請求項１９７に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物は、改変ヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、非塩基部位、検出可能な標識および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、１以上の部分を含む、組成物。
【請求項２０２】
請求項１９７に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物が、検出可能な標識を有する１以上の改変ヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２０３】
請求項２０２に記載の組成物であって、前記検出可能な標識が、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素、および前述のいずれかの組み合わせからなる群より選択される、組成物。
【請求項２０４】
特定の標的核酸配列の２以上のコピーを生成し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の第１の部分に結合またはハイブリダイズするために、該特定の標的核酸配列の第１の部分に十分相補的であり、そして（ｉｉ）第１のプライマー伸長が生成されるようにテンプレート依存性伸長を行い得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、そして（ｉｉｉ）該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントに結合またはハイブリダイズするためのテンプレートとして、該特定の標的核酸配列を用いた該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成され得る配列に十分相補的である、第２のセグメントであって、ここでステムループ構造が、該プライマーまたは核酸構築物の第２のセグメントと、該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの標的テンプレート依存性伸長から得られたセグメントとの間での自己アニーリングにより作製され得、ここでこのような鎖内ハイブリダイゼーションにより形成された該ステムループ構造の安定性は、該ステムループセグメントと、鎖間ハイブリダイゼーションによるそれらの相補体との間で形成されたハイブリッドの安定性に実質的に等しいかまたは大きい、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２０５】
請求項２０４に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物が、改変ヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、非塩基部位、検出可能な標識および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、１以上の部分を含む、組成物。
【請求項２０６】
請求項２０５に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物が、検出可能な標識を有する１以上の改変ヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２０７】
請求項２０６に記載の組成物であって、前記検出可能な標識は、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素、および前述のいずれかの組み合わせからなる群より選択される、組成物。
【請求項２０８】
特定の標的核酸配列の２以上のコピーを生成し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の標的核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性伸長を行い得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）テンプレートとして該特定の標的核酸配列を用いた、該プライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの伸長により合成され得る配列に実質的に相補的であり、そして（ｉｖ）該プライマーまたは核酸構築物の第２のコピーの伸長が、該伸長した第１のプライマーまたは核酸構築物と置換し得るように、均衡条件下または限定サイクリング条件下で、該プライマーまたは核酸構築物の該第２のコピーの第１のセグメントの、該特定の標的核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２０９】
請求項２０８に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物が、改変ヌクレオチド、非核酸ポリマー、分枝核酸、逆方向核酸、ペプチド核酸、スペーサー基、非塩基部位、検出可能な標識および任意の前述の組み合わせからなる群より選択される、１以上の部分を含む、組成物。
【請求項２１０】
請求項２０８に記載の組成物であって、前記プライマーまたは核酸構築物が、検出可能な標識を有する１以上の改変ヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２１１】
請求項２１０に記載の組成物であって、前記検出可能な標識は、ハプテン、リガンド、レセプター、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光分子、赤外蛍光基、化学発光部分、エネルギー移動系、酵素、および前述のいずれかの組み合わせからなる群より選択される、組成物。
【請求項２１２】
２コピー以上の特定の標的核酸配列を産生し得る、２つのプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、ここで、
（ｉ）第１のプライマーまたは核酸構築物は、少なくとも以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該特定の標的核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（２）第１のプライマー伸長が産生されるように、テンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該特定の標的核酸配列をテンプレートとして用いる該プライマーまたは核酸構築物の該第１のセグメントの伸長によって合成され得る配列に実質的に相補的であり、そして（４）ここで、該伸長は、均衡条件下または限定サイクリング条件下で、第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、該特定の標的核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得、その結果、第２のプライマー伸長が生成されるように、該第２のプライマーまたは核酸構築物の該第１のセグメントの伸長が、該伸長した第１のプライマーまたは核酸構築物を置換し得る、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２１３】
請求項２１２に記載の組成物であって、前記第１のプライマーまたは核酸構築物および前記第２のプライマーまたは核酸構築物が、同一である、組成物。
【請求項２１４】
請求項２１２に記載の組成物であって、前記第１のプライマーまたは核酸構築物および前記第２のプライマーまたは核酸構築物が、異なる、組成物。
【請求項２１５】
請求項２１２に記載の組成物であって、前記第２のプライマーまたは核酸構築物は、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）前記第１のプライマー伸長の第１の部分に対して、そこにハイブリダイズするために十分に相補的であり、そして（２）第２の伸長産物を産生するためにテンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該第１の伸長産物の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補配列に結合し得、そして（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、第２の初期プライマーの第２のコピーの、該第１の伸長産物の該第１の部分への結合を提供し得る、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２１６】
請求項２１２に記載の組成物であって、前記第１のプライマーまたは核酸構築物あるいは前記第２のプライマーまたは核酸構築物が、少なくとも１つの改変されたヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む、組成物。
【請求項２１７】
２コピー以上の特定の標的核酸配列を産生し得る、２つ以上のプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、ここで、
（ｉ）少なくとも１つの第１のプライマーまたは核酸構築物は、少なくとも以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該特定の標的核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（２）テンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の標的核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該特定の標的核酸配列をテンプレートとして用いる該第１のプライマーまたは核酸構築物の該第１のセグメントの伸長によって合成され得る配列に実質的に相補的であり、そして（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、第１のプライマーまたは核酸構築物の第２のコピーの第１のセグメントの、該特定の標的核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得、その結果、該第１のプライマーまたは核酸構築物の該第２のコピーの伸長が、該伸長した第１のプライマーまたは核酸構築物を置換し得る、第２のセグメント、
を含み、そして
（ｉｉ）少なくとも１つの第２のプライマーまたは核酸構築物は、該標的核酸配列の第３の部分に同一な配列を含む、
組成物。
【請求項２１８】
請求項２１７に記載の組成物であって、前記第２のプライマーまたは核酸構築物が、標準的なプライマーである、組成物。
【請求項２１９】
請求項２１７に記載の組成物であって、ここで、前記第２のプライマーまたは核酸構築物は、前記標的核酸の第４の部分に相補的である第２のセグメントを含む、組成物。
【請求項２２０】
請求項２１７に記載の組成物であって、前記第１のプライマーまたは前記第２のプライマーが、改変されたヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２２１】
１つ以上のさらなるプライマーを含む、請求項２１７に記載の組成物。
【請求項２２２】
前記１つ以上のさらなるプライマーが、標準的なプライマーである、請求項２２１に記載の組成物。
【請求項２２３】
請求項２２１に記載の組成物であって、前記１つ以上のさらなるプライマーが、２つのセグメントを含み、該セグメントの一方は、前記標的核酸の配列に相補的であり、そして該セグメントの他方は、該標的核酸に同一である配列を含む、組成物。
【請求項２２４】
２コピー以上の特定の標的核酸配列を産生し得る、２つ以上のプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、ここで、
（ｉ）該特定の核酸配列に対する少なくとも１つの第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって、該第１の初期プライマーまたは核酸構築物は、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該特定の核酸配列の第１の部分に対して、そこにハイブリダイズするために十分に相補的であり、そして（２）第１のプライマー伸長を産生するためにテンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補配列に結合し得、そして（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、続く該第１の初期プライマーの第２のコピーの第１のセグメントの、該特定の標的核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得、その結果、該第１のプライマー伸長の第２のコピーが産生され、そして該第１のプライマー伸長を置換する、第２のセグメント、
を含み、そして
（ｉｉ）少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは核酸構築物は、該第１のプライマー伸長に相補的な配列を含む、
組成物。
【請求項２２５】
請求項２２４に記載の組成物であって、前記第２のプライマーは、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該第１のプライマー伸長の第１の部分に対して、そこにハイブリダイズするために十分相補的であり、そして（２）第２の伸長産物を産生するためにテンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント；および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該第１の伸長産物の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補配列に結合し得、そして（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、第２の初期プライマーの第２のコピーの、該第１の伸長産物の該第１の部分への結合を提供し得る、第２のセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２２６】
１つ以上のさらなるプライマーまたは核酸構築物を含む、請求項２２４に記載の組成物。
【請求項２２７】
少なくとも１つのさらなるプライマーまたは核酸構築物が、前記第１の初期プライマーまたは前記第２の初期プライマーの上流にある、請求項２２４に記載の組成物。
【請求項２２８】
前記標的核酸配列の前記コピーが、少なくとも１つのステムループ構造を含む、請求項２２４に記載の組成物。
【請求項２２９】
１つ以上のさらなるプライマーまたは核酸構築物を含む、請求項２２８に記載の組成物。
【請求項２３０】
前記１つ以上のさらなるプライマーが、前記標的核酸配列のコピー上のループに相補的である、請求項２２８に記載の組成物。
【請求項２３１】
前記１つ以上のさらなるプライマーが、標準的なプライマーである、請求項２２８に記載の組成物。
【請求項２３２】
前記第１のセグメントの５’末端が、前記第１のプライマーまたは前記第２のプライマーの前記第２のセグメントの５’末端に連結されている、請求項２２４に記載の組成物。
【請求項２３３】
前記さらなるプライマーが、標準的なプライマーである、請求項２３２に記載の組成物。
【請求項２３４】
少なくとも１対の相補的ステムループ構造を形成し得る単一の核酸分子を産生し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物が、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）各々が、標的核酸配列の異なる鎖に相補的である、第１の２つのセグメント；および
（Ｂ）標的核酸配列の１つの鎖に相補的である、第２の１つのセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２３５】
前記第２のセグメントの５’末端が、前記第１のセグメントの一方の５’末端に連結されている、請求項２３４に記載の組成物。
【請求項２３６】
少なくとも１対の相補的ステムループ構造を有する、一本鎖核酸分子。
【請求項２３７】
請求項２３４に記載の組成物より取得可能な少なくとも１対の相補的ステムループ構造を有する、一本鎖核酸分子。
【請求項２３８】
少なくとも２対の相補的ステムループ構造を形成し得る一本鎖核酸分子を産生し得るプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該プライマーまたは核酸構築物が、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）各々が、標的核酸配列の異なる鎖に相補的である、第１の２つのセグメント；および
（Ｂ）各々が、標的核酸配列の異なる鎖に同一である、第２の２つのセグメント、
を含む、組成物。
【請求項２３９】
第２のセグメントの各々の５’末端が、第１のセグメントの５’末端に連結されている、請求項２３８に記載の組成物。
【請求項２４０】
少なくとも２対の相補的ステムループ構造を有する、一本鎖核酸分子。
【請求項２４１】
請求項２３８に記載の組成物より取得可能である、一本鎖核酸分子。
【請求項２４２】
少なくとも１対の相補的ステムループ構造を含む二本鎖分子を産生し得る２つのプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、
（ｉ）第１のプライマーまたは核酸構築物が、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）標的核酸の一方の鎖に相補的である、第１のセグメント；および
（Ｂ）該標的核酸の一方の鎖に同一である、第２のセグメント、
を含み、そして
（ｉｉ）第２のプライマーまたは核酸構築物が、該標的核酸の一方の鎖に同一である第１のセグメントを少なくとも含む、
組成物。
【請求項２４３】
２つのプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該組成物は、少なくとも２対の相補的であるステムループ構造を含む二本鎖分子を生成し得、ここで：
（ｉ）第１のプライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）標的核酸の一方の鎖に相補的である第１のセグメント；および
（Ｂ）標的核酸の一方に同一である第２のセグメント
を含み、そして
（ｉｉ）第２のプライマーまたは核酸構築物であって、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）該鎖に同一である第１のセグメント；および
（Ｂ）該鎖に相補的である第２のセグメント
を含む、組成物。
【請求項２４４】
２つのプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該組成物は少なくとも２対の相補的であるステムループ構造を含む二本鎖分子を生成し得、ここで：
（ｉ）第１のプライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）標的核酸の一方の鎖に相補的である第１のセグメント；および
（Ｂ）標的核酸の一方の鎖に同一である第２のセグメント
を含み；そして
（ｉｉ）第２のプライマーまたは核酸構築物は、以下の少なくとも２つのセグメント：
（Ａ）該鎖に同一である第１のセグメント、および
（Ｂ）該鎖に相補的である第２のセグメント
を含み、
ここで、該プライマーは、該第２のセグメントがテンプレートとして使用され得ないが、適切な条件下でハイブリダイズして配列を伸長し得るような改変を含む、
組成物。
【請求項２４５】
前記改変が無塩基部位またはペプチド核酸である、請求項２４４に記載の組成物。
【請求項２４６】
適切な条件下で、少なくとも１つのステムループ構造を有する核酸分子を生成する核酸構築物を含む、組成物であって、ここで、該構築物は、以下：
（ｉ）２つの第１のセグメントであって、ここで、第１のセグメントの各々は、核酸の一方の鎖またはその相補体に相補的である、２つの第１のセグメントおよび
（ｉｉ）該第１のセグメントの一方の伸長の後に、ステムループ構造を形成し得る、第２のセグメント
を含む、組成物。
【請求項２４７】
前記生成された核酸分子が、１対の相補的であるステムループ構造を含む、請求項２４６に記載の組成物。
【請求項２４８】
２つのプライマーを含む組成物であって、ここで、該プライマーの２つの５’末端は、一緒に結合されて、核酸構築物を形成し、該構築物は、適切な条件下で、少なくとも１つのステムループ構造を有する核酸分子を生成し、該プライマーは、以下のセグメント：
（ｉ）２つの第１のセグメントであって、ここで、第１のセグメントの各々は、核酸の一方の鎖またはその相補体に相補的である、２つの第１のセグメント、および
（ｉｉ）該第１のセグメントの一方の伸長の後に、ステムループ構造を形成し得る、第２のセグメント
を含む、組成物。
【請求項２４９】
２つのプライマーを含む組成物であって、ここで、該プライマーの２つの５’末端は、一緒に結合されて、核酸構築物を形成し、該構築物は、適切な条件下で、少なくとも１つのステムループ構造を有する核酸分子を生成し、該プライマーは、以下のセグメント：
（ｉ）２つの第１のセグメントであって、ここで、第１のセグメントの各々は、核酸の一方の鎖またはその相補体に相補的である、２つの第１のセグメント、および
（ｉｉ）該第１のセグメントの一方の伸長の後に、ステムループ構造を形成し得る、２つの第２のセグメント
を含む、組成物。
【請求項２５０】
プライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該組成物は、１本鎖の標的核酸から自己増殖する核酸を生成し得、該プライマーまたは核酸構築物は、以下の特性を有する３つのセグメント：
（Ａ）目的の標的の一方の鎖のみにおける配列に実質的に相補的であり、その結果、該標的配列の該鎖のみをテンプレートとして使用して結合し、かつ伸長され得る、１つ以上の第１のセグメント；
（Ｂ）該目的の標的における配列に実質的に同一であり、その結果、これらが、該プライマーまたは構築物の第１のセグメントを標的依存的に伸長することによって作製された配列と自己ハイブリダイズし得、自己プライミング事象を促進する二次構造の形成を可能にする、該構築物の１つ以上の第２のセグメントならびに
（Ｃ）鎖内テンプレートとして作用し得、それにより、自己伸長を可能にする、１つ以上の第３のセグメント
を含む、組成物。
【請求項２５１】
前記プライマーが、１つの極性を有する、請求項２５０に記載の組成物。
【請求項２５２】
前記プライマーが、複数の極性を有する、請求項２５０に記載の組成物。
【請求項２５３】
前記プライマーが、少なくとも２つの第１のセグメント、２つの第２のセグメント、および２つの第３のセグメントを有する、請求項２５０に記載の組成物。
【請求項２５４】
前記第１のセグメントが、互いに実質的に同一である、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２５５】
前記第１のセグメントが、互いに実質的に類似しない、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２５６】
前記第２のセグメントが、互いに実質的に同一である、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２５７】
前記第２のセグメントが、互いに実質的に類似しない、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２５８】
前記第３のセグメントが、互いに実質的に同一である、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２５９】
前記第３のセグメントが、互いに実質的に類似しない、請求項２５３に記載の組成物。
【請求項２６０】
３つ以上のプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該組成物は、２コピー以上の特定の標的核酸配列を生成し得、ここで、該組成物は、以下：
（ｉ）該特定の核酸配列についての、少なくとも１つの第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該特定の核酸配列の第１の部分に対してハイブリダイズするのに十分に相補的であり、かつ（２）第１のプライマー伸長を生成するためにテンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメントおよび
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補配列に結合し得、そして、（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、続く該第１の初期プライマーの第２のコピーにおける第１のセグメントの該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得、その結果、該第１のプライマー伸長の第２のコピーは生成され、かつ、該第１のプライマー伸長を置換する、第２のセグメント；
を含む、第１の初期プライマーまたは核酸構築物、ならびに
（ｉｉ）少なくとも１つの標準的なプライマー
を含む、組成物。
【請求項２６１】
（ｉｉｉ）前記第１のプライマー伸長に相補的である配列を含む、少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは核酸構築物をさらに含む、請求項２６０に記載の組成物。
【請求項２６２】
前記第２の初期プライマーが、前記第１の初期プライマーに直接的に隣接する、請求項２６１に記載の組成物。
【請求項２６３】
２つの標準的なプライマーを含む、請求項２６０に記載の組成物。
【請求項２６４】
前記第１の初期プライマーが前記２つの標準的なプライマーの間にある、請求項２６３に記載の組成物。
【請求項２６５】
４つ以上のプライマーまたは核酸構築物を含む組成物であって、該組成物は、２コピー以上の特定の標的核酸配列を生成し得、ここで、該組成物は、以下：
（ｉ）該特定の核酸配列に対する、少なくとも１つの第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：
（Ａ）（１）該特定の核酸配列の第１の部分に対してハイブリダイズするのに十分に相補的であり、そして、（２）第１のプライマー伸長を生成するためにテンプレート依存的に伸長し得る、第１のセグメント、および
（Ｂ）（１）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（２）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（３）該第２のセグメントの相補配列に結合し得、そして（４）均衡条件下または限定サイクリング条件下で、続く該第１の初期プライマーの第２コピーにおける第１のセグメントの、該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得、その結果、該第１のプライマー伸長の第２のコピーは生成され、かつ該第１のプライマー伸長を置換する、第２のセグメント；
を含む、第１の初期プライマーまたは核酸構築物、
（ｉｉ）少なくとも１つの標準的なプライマー、ならびに
（ｉｉｉ）該第１のプライマー伸長物に相補的である配列を含む、少なくとも１つの第２の初期プライマーまたは核酸構築物
を含む、組成物。
【請求項２６６】
２つの標準的なプライマーを含む、請求項２６５に記載の組成物。
【請求項２６７】
前記標準的なプライマーが互いに密に近傍に存在する、請求項２６６に記載の組成物。
【請求項２６８】
前記第１の初期プライマーまたは核酸構築物および第２の初期プライマーまたは核酸構築物が、互いに密に近傍に存在する、請求項２６６に記載の組成物。
【請求項２６９】
核酸を増幅する方法であって、該方法は、以下の工程：
Ａ）テンプレートを提供する工程であって、該テンプレートは、
（ｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第１のループを形成する、３’末端に位置する第１の領域および第１の相補領域、を含む、３’末端部分、
（ｉｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第２のループを形成する、５’末端に位置する第２の領域および第２の相補領域、を含む、５’末端部分、ならびに
（ｉｉｉ）該３’末端部分および該５’末端部分を接続する領域、
を有する、工程；
Ｂ）該第１の領域および該第１の相補領域が互いにアニーリングして該第１のループを形成する場合、鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該テンプレートの３’末端を該テンプレートの５’末端へと伸長させて、該第２の相補領域および第２の領域とそれぞれ実質的に同じであり、適切な条件下で互いにアニーリングして第３のループを形成する、３’末端に位置する第３の領域および第３の相補領域を含むテンプレート伸長を形成する、工程；
Ｃ）３’末端で該第１のループの少なくとも一部に相補的なヌクレオチド配列および５’末端で該第１の領域に相補的なヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプライマーを、該伸長したテンプレートの第１のループにアニーリングさせる、工程；
Ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該伸長したテンプレートに沿って該オリゴヌクレオチドプライマーを伸長させて、該テンプレートに相補的な新規テンプレートを形成し、それによって、工程Ｂ）における該伸長の間に形成された該テンプレート伸長を置換する、工程；
Ｅ）該第３の領域および該第３の相補領域が互いにアニーリングして該第３のループを形成する場合、鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該伸長したテンプレートの３’末端を該伸長したテンプレートの５’末端へとさらに伸長させ、それによって、該伸長したテンプレートから該新規テンプレートを置換する、工程；ならびに
Ｆ）該新規テンプレートを、工程Ａ）におけるテンプレートとして使用して工程Ａ）〜Ｅ）を繰り返して、該核酸を増幅する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２７０】
前記伸長工程の各々が、溶融温度調節因子の存在下で実行される、請求項２６９に記載の方法。
【請求項２７１】
請求項２６９に記載の方法であって、前記提供工程Ａ）が、さらに以下の工程：
Ａ１）第１のオリゴヌクレオチドプライマーを、サンプル一本鎖核酸分子にアニーリングさせる工程であって、該第１のオリゴヌクレオチドプライマーは、該サンプル一本鎖核酸分子にアニーリングする３’末端部分、および該サンプル一本鎖核酸分子の任意の領域と実質的に同じヌクレオチド配列を含む５’末端部分を含む、工程；
Ａ２）適切なポリメラーゼを使用して、該第１のオリゴヌクレオチドプライマーをその３’末端から伸長させて、第１の一本鎖核酸分子を形成する工程であって、該第１の一本鎖核酸分子は、（ｉ）該サンプル一本鎖核酸分子の少なくとも一部に相補的な領域、および（ｉｉ）該第１のオリゴヌクレオチドプライマーの５’末端部分を含む５’末端部分を含む、工程；
Ａ３）該サンプル一本鎖核酸分子から該第１の一本鎖核酸分子を置換する工程；
Ａ４）第２のオリゴヌクレオチドプライマーを該第１の一本鎖核酸分子にアニーリングさせる工程であって、該第２のオリゴヌクレオチドプライマーは、該第１の一本鎖核酸分子にアニーリングする３’末端部分、および該第１の一本鎖核酸分子の任意の領域と実質的に同じヌクレオチド配列を含む５’末端部分を含む、工程；
Ａ５）適切なポリメラーゼを使用して、該第２のオリゴヌクレオチドプライマーをその３’末端から伸長させて、前記テンプレートを形成する、工程；ならびに
Ａ６）該第１の一本鎖核酸分子から該テンプレートを置換する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２７２】
請求項２７１に記載の方法であって、前記工程Ａ１）の前記アニーリング工程の間に使用される前記第１のオリゴヌクレオチドプライマー、または前記工程Ａ４）の前記アニーリング工程の間に使用される前記第２のオリゴヌクレオチドプライマーが、前記工程Ｃ）の前記アニーリング工程の間に使用される前記オリゴヌクレオチドプライマーと同じである、方法。
【請求項２７３】
サンプル中の標的ヌクレオチド配列を検出する方法であって、該方法は、以下の工程：
請求項２６９に従う増幅方法を実行する工程であって、前記テンプレートが、該標的ヌクレオチド配列を含む、工程、および
該標的ヌクレオチド配列が該増幅方法の産物中に存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７４】
請求項２７３に記載の方法であって、前記決定する工程が、以下：
前記増幅方法の産物を、前記第１のループまたは前記第２のループに相補的なヌクレオチド配列を含むプローブと合わせる、工程；および
該プローブと該増幅方法の産物との間のハイブリダイゼーションが生じるか否かを観察する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２７５】
請求項２７３に記載の方法であって、前記増幅方法を実行する前記工程が、核酸についての検出器の存在下で実施され、ここで、該検出する工程は、該検出器のシグナルの変化を検出する工程を包含する、方法。
【請求項２７６】
方法であって、以下：
Ａ）テンプレートを提供する工程であって、該テンプレートは、以下：
（ｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第１のループを形成する、３’末端に位置する第１の領域および第１の相補領域、を含む、３’末端部分、
（ｉｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第２のループを形成する、５’末端に位置する第２の領域および第２の相補領域、を含む、５’末端部分、ならびに
（ｉｉｉ）該３’末端部分および該５’末端部分を接続する領域、
を有する、工程；
Ｂ）該第１の領域および第１の相補領域が互いにアニーリングして該第１のループを形成する場合、鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該テンプレートの３’末端を該テンプレートの５’末端へと伸長させて、該第２の相補領域および第２の領域とそれぞれ実質的に同じであり、適切な条件下で互いにアニーリングして第３のループを形成する、３’末端に位置する第３の領域および第３の相補領域を含むテンプレート伸長を形成する、工程；
Ｃ）３’末端で該第１のループの少なくとも一部に相補的なヌクレオチド配列、および５’末端で該テンプレートの該第１の領域に相補的なヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドプライマーを、該伸長したテンプレートの該第１のループにアニーリングさせる、工程；
Ｄ）鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該伸長したテンプレートに沿って該オリゴヌクレオチドプライマーを伸長させて、該テンプレートに相補的な新規テンプレートを形成する工程；ならびに
Ｅ）該新規テンプレートを該伸長したテンプレートから置換する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７７】
請求項２７６に記載の方法であって、前記新規テンプレートが、（ｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第２のループを形成する、３’末端に位置する前記第２の領域および前記第２の相補領域、を含む、３’末端部分、（ｉｉ）適切な条件下で互いにアニーリングして第１のループを形成する、５’末端に位置する前記第１の領域および前記第１の相補領域、を含む、５’末端部分、および（ｉｉｉ）該３’末端部分および該５’末端部分を接続する領域、を有し、該方法は、さらに以下の工程：
Ｆ）該第２の領域および第２の相補領域が互いにアニーリングして該第２のループを形成する場合、鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該新規テンプレートの該３’末端を該新規テンプレートの該５’末端へと伸長させて、該第１の相補領域および第１の領域とそれぞれ実質的に同じであり、適切な条件下で互いにアニーリングして第３のループを形成する、第３の領域および第３の相補領域を含むテンプレート伸長を形成する、工程；
Ｇ）３’末端で該第２のループの少なくとも一部に相補的なヌクレオチド配列、および５’末端で該第２の領域に相補的なヌクレオチド配列を含む第２のオリゴヌクレオチドプライマーを、該伸長した新規テンプレートの該第２のループにアニーリングさせる、工程；ならびに
Ｈ）鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該伸長した新規テンプレートに沿って該第２のオリゴヌクレオチドプライマーを伸長させて、該テンプレートと実質的に同じ第３のテンプレートを形成する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２７８】
請求項２７７に記載の方法であって、以下：
Ｉ）前記新規テンプレートから前記第３のテンプレートを置換する工程、をさらに包含する、方法。
【請求項２７９】
請求項２７７に記載の方法であって、前記第３のテンプレートを使用して、前記工程Ｂ）〜Ｈ）を繰り返す工程、をさらに包含する、方法。
【請求項２８０】
請求項２７６に記載の方法であって、前記工程Ｄ）の伸長工程が、前記テンプレートの５’末端に相補的な前記テンプレート伸長中の配列を置換して、前記第３の領域および前記第３の相補領域を互いにアニーリングさせて、前記第３のループを形成させる方法であって、該方法は、以下：
該伸長したテンプレートの該３’末端を該テンプレートの該５’末端へと伸長させ、それによって、工程Ｅ）の該新規テンプレートを置換する、工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項２８１】
請求項２８０に記載の方法であって、
３’末端で該第３のループの少なくとも一部に相補的なヌクレオチド配列、および５’末端で該第３の領域に相補的なヌクレオチド配列を含む第２のオリゴヌクレオチドプライマーを、該第３のループにアニーリングさせる、工程；ならびに
鎖置換活性を有するポリメラーゼによって、該第２のオリゴヌクレオチドプライマーの３’末端を伸長させる、工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項２８２】
前記伸長工程の各々が、溶融温度調節因子の存在下で実行される、請求項２８１に記載の方法。