【誤訳訂正書】
【提出日】平成24年7月4日(2012.7.4)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複合混合物に含まれる分子標的を分析するための方法であって、
a）分析対象の分子標的の混合物を異なるタイプの一次プローブのセットと溶液中で接触させ、前記セットの一次プローブのそれぞれのタイプは、前記分子標的と前記一次プローブとの間の特異的結合が一次プローブ−標的複合体を溶液中で形成することを可能にする条件下で、前記複合混合物の前記分子標的のうちの単一のタイプと特異的結合により結合することができ、それぞれの一次プローブはポリヌクレオチドからなるか、またはポリヌクレオチドを形成する部分を含み、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は既知であり、かつ、それぞれのタイプの一次プローブに対して、その他のタイプの一次プローブのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列すべてと異なる工程、
b）分子標的と特異的に結合していない前記一次プローブを適宜排除する工程、
c）前記一次プローブ−標的複合体中の特異的結合により結合している前記分子標的及び前記一次プローブを分離し、分析対象の前記分子標的のフィンガープリントを表す一次プローブを回収する工程、並びに
d）ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列、サイズ、又は質量による効果を検出することによって、溶出された各一次プローブのポリヌクレオチドを同定及び定量することを含む、工程c）で溶出された前記一次プローブを分析する工程
を含む方法。
【請求項２】
前記混合物の前記分子標的を、一次プローブの前記セットと接触させる前に、粒子に結合させる、請求項1に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項３】
前記混合物の前記分子標的は核酸である、請求項１又は２に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項４】
前記混合物の前記分子標的はポリペプチドであるか、または核酸とポリペプチドの両方である、請求項１又は２に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項５】
それぞれの一次プローブのポリヌクレオチドは、前記混合物中の単一のタイプの分子標的に特異的結合及び単一部位で結合することが意図される、請求項１又は２に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項６】
プローブの前記アレイの前記一次プローブは、ポリヌクレオチドと関連付けられているポリペプチド部分を含み、それぞれのタイプの一次プローブは、そのポリペプチド部分を介して、固有のタイプのポリペプチド分子標的を認識し、且つ単一の部位で特異的に結合することができ、それぞれのタイプのプローブのポリヌクレオチド部分（タグと呼ばれる）もまた固有のタイプの分子標的に特異的である、請求項１又は２に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項７】
工程a）は、過剰量の一次プローブを前記分子標的と混合することによって実施されることを特徴とする、請求項１から６のいずれか一項に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項８】
前記分子標的に特異的に結合していない前記一次プローブを排除する工程b）は、前記プローブ−標的複合体中に含まれる前記一次プローブを分離する工程の後、前記分離された一次プローブを分析する工程d）の前に実施されることを特徴とする、請求項１から７のいずれか一項に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項９】
工程c）の間の前記一次プローブと前記分子標的の分離は、最初に前記標的を磁気粒子上に固定化することによって、且つ磁界を印加して、前記プローブ−標的複合体から前記「標的−磁気粒子」構成要素を分離し、それらを分離した後、前記複合体から前記一次プローブを回収することによって達成される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
工程c）の間の前記一次プローブと前記分子標的の分離は、最初に前記分子標的を粒子上に固定化することによって、且つそれらを分離した後、遠心分離により前記一次プローブを回収することによって達成される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
一次プローブの前記アレイの前記ポリヌクレオチドはすべて、均質なサイズであり、それぞれ互いに異なる一次プローブを得るための確定した配列を有することを特徴とする、請求項１から１０のいずれか一項に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項１２】
前記一次プローブのポリヌクレオチドの分析は、二次と呼ばれるポリヌクレオチドプローブのアレイを使用することによって実施され、それぞれのタイプの二次プローブは固有のタイプの一次プローブに特異的である、請求項１１に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項１３】
工程c）で分離された前記一次プローブの分析は、：
d）工程c）で分離された前記一次プローブを、異なるタイプの二次プローブに接触させ、それぞれのタイプの二次プローブを、前記一次プローブのポリヌクレオチド部分とのハイブリダイゼーションによる特異的結合により結合させ得る工程；及び、
e）前記二次プローブとハイブリダイゼーションした前記一次プローブのポリヌクレオチド部分の検出及び／または回収及び/または分析から前記分子標的を同定する工程；
を含む請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程e）は、基板上に固定化された前記二次プローブの上で前記一次プローブを循環させることによって、前記一次プローブの単純拡散によって、または電位を印加することによって実施されることを特徴とする、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記電位は、電極の少なくとも1つのネットワークにより印加されることを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
一次プローブの前記アレイの前記ポリヌクレオチドは、ペプチド核酸（PNA）、核酸／ペプチド核酸（ＰＮＡ）の複合混合物、又は修飾された核酸であることを特徴とする、請求項１から１５のいずれか一項に記載の分子標的を分析する方法。
【請求項１７】
前記二次プローブと前記一次プローブとの間の特異的結合は、前記相補的ヌクレオチド配列の間のハイブリダイゼーションであること、及び前記一次プローブと前記二次プローブとの間に形成されるハイブリッドの分離は、温度を上昇させることによって制御された変性させることにより達成されることを特徴とする、請求項１３から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも1つの検出器が、前記一次及び二次プローブのポリヌクレオチド部分のハイブリダイゼーションに関係するインピーダンスの変動を測定するために使用されることを特徴とする、請求項１２から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも1つの検出器が、前記一次及び二次プローブのポリヌクレオチド部分のハイブリダイゼーションにより生じる偏光の変動を測定するために使用されることを特徴とする、請求項１２から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも1つの検出器が、PSRによる前記一次及び二次プローブのポリヌクレオチド部分のハイブリダイゼーションを測定するために使用されることを特徴とする、請求項１２から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
分析対象の前記分子標的は、トランスクリプトームを表す核酸配列であることを特徴とする、請求項１から３、５、及び７から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
分析対象の前記分子標的は、プロテオームを構成することを特徴とする、請求項１、２、４、及び６から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
工程a）は、分析対象のタンパク質を含む傾向のある前記混合物を、異なるタイプの一次プローブのアレイと接触させる工程であって、それぞれ特定のポリヌクレオチド配列（配列またはポリヌクレオチドタグと呼ばれる）に結合する、抗原結合部位を含む抗体または抗体の断片のアレイからなり、前記アレイを含むそれぞれのタイプの抗体または抗体の断片が、前記タンパク質と前記抗体または抗体の断片との間の特異的結合を可能にする条件下で、分析対象の単一のタイプのタンパク質を認識し得る工程を含むことを特徴とする、請求項１、２、４、６から２０、及び２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
工程c）は、特異的結合により結合している前記タンパク質及び前記抗体または抗体の断片を分離し、次いで、それぞれの抗体または抗体の断片及びその特定のポリヌクレオチドタグを分離して、分析対象の前記タンパク質のフィンガープリントを表すポリヌクレオチドタグのアレイを回収する工程を含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
分析工程d）は、工程c）で分離された前記配列タグを、異なるタイプの二次プローブと接触させ、それぞれのタイプの二次プローブを、1つのタイプのポリヌクレオチドタグと特異的結合により結合させ得る工程を含むことを特徴とする、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
工程e）は、前記二次プローブに結合したポリヌクレオチドタグの検出及び/または回収及び/または分析からの前記タンパク質の定量的検出を含むことを特徴とする、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記一次プローブのポリヌクレオチドはすべて、異なる質量を有すること、且つこれらのポリヌクレオチドを分析するために少なくとも1つの質量分析計が使用されることを特徴とする、請求項１から１１、及び２１から２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記一次プローブのポリヌクレオチドはすべて、異なるサイズを有すること、及び前記ポリヌクレオチドは、電気泳動法、クロマトグラフィ、または濾過により分析されることを特徴とする、請求項２３から２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
工程b）が、酵素処理によって実施されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
各一次プローブが、ポリヌクレオチドによって構成されるか、又はポリヌクレオチド部分を含み、そのヌクレオチド配列及び質量は、既知であり、かつ、各タイプの一次プローブに対して、他のタイプの一次プローブのポリヌクレオチド又はポリヌクレオチド部分とは異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
−前記一次プローブを循環させることができるキャピラリーネットワーク；
−前記キャピラリーネットワークと接触するように配置されている、スポット中に編成された二次プローブのマトリックス； 
−前記二次プローブが付着された、機能化電極として知られる電極のネットワークであって、このネットワークは、前記スポットマトリックスのスポットのそれぞれのラインが前記ネットワークの前記機能化電極のうちの1つに連結されるように配置されているネットワーク；並びに、
−非機能化電極として知られる、電極のネットワークであって、前記キャピラリーネットワークが前記2つの電極ネットワーク間に位置するように配置される、ネットワーク；
を含むことを特徴とする、請求項１２から２０のいずれか一項に記載の方法を実施するためのデバイス。
【請求項３２】
前記一次プローブの前記分析を用いることによって、前記分子標的の分析を可能にすることを特徴とする、請求項３１に記載のデバイス。
【請求項３３】
前記一次及び二次プローブの前記ハイブリダイゼーションに関係するインピーダンスの変動を測定することを可能にすることを特徴とする、請求項３２に記載のデバイス。
【請求項３４】
PSRによる前記一次及び二次プローブの前記ハイブリダイゼーションを測定することを可能にすることを特徴とする、請求項３２に記載のデバイス。
【請求項３５】
前記一次プローブ−二次プローブハイブリッドの形成により生じる偏光の変動を測定することを可能にすることを特徴とする、請求項３２に記載のデバイス。
【請求項３６】
前記電極は、絶縁体上の薄層中にエッチングされることを特徴とする、請求項３１から３５のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項３７】
機能化電極の前記アレイは、前記キャピラリーネットワークの上に位置し、且つ非機能化電極の前記アレイは、前記キャピラリーネットワークの下に位置することを特徴とする、請求項３１に記載のデバイス。
【請求項３８】
機能化電極の前記アレイは、前記キャピラリーネットワークの下に位置し、且つ非機能化電極の前記アレイは、前記キャピラリーネットワークの上に位置することを特徴とする、請求項３１に記載のデバイス。
【請求項３９】
機能化電極のそれぞれのスポットは、前記キャピラリーネットワークのそれぞれのキャピラリー中にあることを特徴とする、請求項３１から３８のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４０】
前記キャピラリーネットワークのそれぞれの末端にリザーバーをさらに含むことを特徴とする、請求項３１から３８のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４１】
前記リザーバーは、リザーバー電極と呼ばれる電極を含むことを特徴とする、請求項３８に記載のデバイス。
【請求項４２】
それぞれのリザーバーに含まれる前記リザーバー電極は、前記機能化電極と同じ平面中に位置することを特徴とする、請求項３８に記載のデバイス。
【請求項４３】
前記第1のリザーバー電極と前記第1の機能化電極との間、及び前記第2のリザーバー電極と前記最後の機能化電極との間にそれぞれ位置する第1及び第2の補助リンク電極をさらに含み、それぞれのリンク電極と対応するリザーバー電極との間の最短距離は、前記電極のすべての点において同一であることを特徴とする、請求項４１または４２に記載のデバイス。
【請求項４４】
前記第2のリザーバーは、少なくとも1つの横断導管によって形成され、前記キャピラリーネットワークのすべてのキャピラリーの上流、及び前記検出器の下流に接続されることを特徴とする、請求項４０から４３のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４５】
それぞれのリザーバーは、適切な材料の板の厚さでくりぬかれることを特徴とする、請求項４０から４４のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４６】
前記電極ネットワークの少なくとも1つは、電極の行、列の型のメッシュによって形成されることを特徴とする、請求項３１に記載のデバイス。
【請求項４７】
他の電極のネットワークはアースされることを特徴とする、請求項４６に記載のデバイス。
【請求項４８】
機能化電極の前記ネットワークは、電極の行、列の型のメッシュによって形成され、且つ前記メッシュのそれぞれの正方形中に、電界効果トランジスタにより前記メッシュの行電極及び列電極に接続されている少なくとも1つのスポット電極を含むことを特徴とする、請求項３１から４７のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項４９】
機能化電極の前記ネットワーク及び非機能化電極の前記ネットワークは、前記キャピラリーネットワークの両側の上に互いに向かい合って配置されている電極の行、列の型のメッシュによって形成され、それぞれのメッシュは、その正方形のそれぞれの中に、電界効果トランジスタにより前記メッシュの行電極及び列電極に接続されているスポット電極を含むことを特徴とする、請求項４８に記載のデバイス。
【請求項５０】
前記メッシュのそれぞれの正方形は、電界効果トランジスタにより前記メッシュの行電極及び列電極にそれぞれ接続されている2つのスポット電極を含むことを特徴とする、請求項４８に記載のデバイス。
【請求項５１】
−適宜、分析対象の前記混合物の核酸及び/またはタンパク質の前記分子標的と強く結合し得る、粒子群；
−溶液中の異なるタイプの一次プローブのセットであって、前記プローブはポリヌクレオチドからなる、またはそれぞれのプローブに特異的なポリヌクレオチドを含み、前記セットを構成するそれぞれのタイプの一次プローブは、前記一次プローブ及び前記分子標的を溶液中で接触させた場合に、分析対象の固有のタイプの分子標的に特異的結合により結合し得るものであり、各タイプのプローブのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が、既知であり、かつ、他のタイプの一次プローブのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列とは異なる、セット；必要な場合、
−分析対象の前記分子標的のフィンガープリントを表す一次プローブのセットを取得するために、特異的結合により結合した前記一次プローブ及び前記分子標的を分離するための手段及び回収するための手段；並びに/あるいは必要な場合、
−一次プローブの前記セットの前記一次プローブのポリヌクレオチド部分を特異的に認識し得る二次プローブのセット；
を含むことを特徴とする、請求項１から３０のいずれか一項に記載の方法を実施するためのデバイス。
【請求項５２】
前記一次プローブ及び前記分子標的を脱ハイブリダイゼーションする手段は、前記温度を上昇させることができることを特徴とする、請求項５１に記載のデバイス。
【請求項５３】
分子標的から分離された一次プローブの定量分析の手段をさらに含むことを特徴とする、請求項５１または５２のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項５４】
溶液中に異なるタイプの一次プローブの集団を含む、複合混合物中の分子標的を分析するのに適した一次プローブのセットであって、：
−それぞれのタイプの一次プローブは、プローブの前記セットの他のタイプの一次プローブと異なり；
−前記一次プローブ及び前記分子標的を接触させた場合に、それぞれのタイプの一次プローブは、特異的結合により、分析対象の固有のタイプの分子標的に結合でき；
−それぞれのタイプの一次プローブは、（i）ポリヌクレオチドであるか、または（ii）前記複合混合物中の固有のタイプの分子標的と特異的に結合し得るポリペプチドに関連付けられているポリヌクレオチドを含み、それぞれのポリヌクレオチドはプローブの前記セット中のその他すべての一次プローブのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列とは異なる既知のヌクレオチド配列を有する；
一次プローブのセット。
【請求項５５】
−プローブの群に対して、前記一次プローブに対するサイズ間隔を規定し、プローブを標的にハイブリダイゼーションするための条件を規定する工程；
−複合混合物中の異なる配列のポリヌクレオチド分子標的の数iを決定する工程；
−当該試料中に存在し得るそれぞれの標的配列iに対する、考察中の標的によって完全にハイブリダイゼーション可能で、前記サイズが選択されたサイズ間隔に含まれ、前記Tmが選択された値の範囲内に含まれる、Ni個の可能なプローブの集合体を同定する工程；
−Ni個のプローブの前述の集合体中で、前記考察される配列iによって構成される前記分子標的とのハイブリダイゼーションにより結合し得、それによって形成される結合が特異的であり、そのときから前記混合物の他の可能な標的配列とのハイブリダイゼーションを除く、ni個のポリヌクレオチド配列の集団を選択する工程；
−前記プローブを構成するための推測されるni個のプローブのこの集団内において、必要な場合、その中に含まれる前記ヌクレオチドを修飾することにより、それぞれのポリヌクレオチドに対し、前記集団内の他のポリヌクレオチドの質量と異なる質量を付与し、それぞれの配列が既知であり、且つすべてが異なる質量を有するポリヌクレオチドの集合体を取得し、それぞれの配列修飾に対して当該比較を反復的に繰り返す工程；
−それぞれの配列iに対してi個の一次プローブのZi個の組み合わせの集合体を同定し、これらの組み合わせのそれぞれは、調査されるni個のプローブのそれぞれの集団に対する固有の一次プローブを含み、ni個のプローブの前記集団の一次プローブのそれぞれは、前記で作られた前記組み合わせ中の一次プローブと比較され、且つ前記一次プローブの質量が互いに近すぎる場合、それらの配列を修正し、それぞれの配列修飾に対して当該比較を反復的に繰り返す段階；
−i個の一次プローブの前記Zi個の組み合わせを、前記組み合わせを含む前記i個の一次プローブの質量の合計の昇順で、及び修飾された基の数の昇順で順位付けする工程；
−調査される前記i個の配列にわたり、i個の一次プローブのZi個の組み合わせの集合体を同定する工程；並びに
−こうして規定された前記プローブセット中で前記一次プローブを合成する工程；
を含有する一次プローブのセットを調製する工程を、工程ａ）の前に含むことを特徴とする、請求項１に記載の方法。