【手続補正書】
【提出日】平成26年8月7日(2014.8.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
1つもしくは複数の公知の抗生物質または候補抗生物質が存在することまたは存在しないことを含む試験条件下で、細菌細胞における2つ以上の細胞学特徴を測定する段階を含む、細菌細胞における細胞学プロファイルを決定する方法であって、該細胞学特徴の少なくとも1つが蛍光標識を用いて測定される、前記方法。
【請求項２】
3つ以上の細胞学特徴を測定する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
4つ以上の細胞学特徴を測定する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
試験条件が、公知の抗生物質または候補抗生物質が存在しないことを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
試験条件が、公知の抗生物質が存在することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
試験条件が、候補抗生物質が存在することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
細胞学特徴の少なくとも2つが蛍光標識を用いて測定される、請求項1記載の方法。
【請求項８】
測定された細胞学特徴の少なくとも1つが、細胞の形状、膜の形状、細胞のサイズ、細胞の長さ、細胞の幅、細胞壁、細胞の体積、染色体の形状、染色体の長さ、染色体の幅、細胞当たりの染色体数、染色体の位置、細胞内の標識タンパク質の局在、細胞当たりの標識タンパク質の量、細胞内の標識ポリヌクレオチドの局在、細胞当たりの標識ポリヌクレオチドの量、細胞当たりの複製フォークの数、標識タンパク質間の距離、標識ポリヌクレオチド間の距離、標識タンパク質と標識ポリヌクレオチド間の距離、細胞透過性、およびプロトン駆動力からなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
以下の段階を含む、試験抗生物質の作用機序を決定する方法：
（i）試験条件が、試験抗生物質が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の作用機序を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験抗生物質の作用機序を同定する段階。
【請求項１０】
以下の段階を含む、試験抗生物質の細胞標的を決定する方法：
（i）試験条件が、試験抗生物質が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の細胞標的を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験抗生物質の細胞標的を同定する段階。
【請求項１１】
以下の段階を含む、試験候補抗生物質の作用機序を決定する方法：
（i）試験条件が、試験候補抗生物質が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の作用機序を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験候補抗生物質の作用機序を同定する段階。
【請求項１２】
以下の段階を含む、試験候補抗生物質の細胞標的を決定する方法：
（i）試験条件が、試験候補抗生物質が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の細胞標的を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験候補抗生物質の細胞標的を同定する段階。
【請求項１３】
以下の段階を含む、試験候補抗生物質の混合物の作用機序を決定する方法：
（i）試験条件が、試験候補抗生物質の混合物が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の作用機序を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験候補抗生物質の混合物の作用機序を同定する段階。
【請求項１４】
以下の段階を含む、試験候補抗生物質の混合物の細胞標的を決定する方法：
（i）試験条件が、試験候補抗生物質の混合物が存在する条件である、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）該細胞学プロファイルと、試験条件が、
（a）抗生物質が存在しない条件、または
（b）公知の細胞標的を有する抗生物質が存在する条件
からなる群より選択される、請求項1記載の細菌細胞の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iii）段階（ii）の比較に基づき、該試験候補抗生物質の混合物の細胞標的を同定する段階。
【請求項１５】
以下の段階を含む、抗生物質に対する細菌試料の感受性を決定する方法：
（i）試験条件が、抗生物質が存在しない条件である、細菌試料に対して請求項1記載の細菌細胞の第1の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）条件が、抗生物質が存在する条件である、細菌試料に対して請求項1記載の細菌細胞の第2の細胞学プロファイルを決定する段階；
（iii）第1の細胞学プロファイルと第2の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iv）段階（iii）の比較に基づき、該細菌試料が抗生物質に対して感受性か否かを決定する段階。
【請求項１６】
以下の段階を含む、抗生物質に対する細菌試料の感受性を決定する方法：
（i）試験条件が、抗生物質が存在する条件である、抗生物質に対して感受性である細菌株に対して請求項1記載の細菌細胞の第1の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）試験条件が、抗生物質が存在する条件である、細菌試料に対して請求項1記載の細菌細胞の第2の細胞学プロファイルを決定する段階；
（iii）第1の細胞学プロファイルと第2の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iv）段階（iii）の比較に基づき、該細菌試料が抗生物質に対して感受性か否かを決定する段階。
【請求項１７】
以下の段階を含む、抗生物質に対する細菌試料の感受性を決定する方法：
（i）試験条件が、抗生物質が存在する条件である、抗生物質に対して耐性である細菌株に対して請求項1記載の細菌細胞の第1の細胞学プロファイルを決定する段階；
（ii）試験条件が、抗生物質が存在する条件である、細菌試料に対して請求項1記載の細菌細胞の第2の細胞学プロファイルを決定する段階；
（iii）第1の細胞学プロファイルと第2の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（iv）段階（iii）の比較に基づき、該細菌試料が抗生物質に対して感受性か否かを決定する段階。
【請求項１８】
以下の段階を含む、真核細胞タンパク質の阻害剤を同定する方法：
（i）細菌株において異種真核細胞タンパク質を発現させる段階；
（ii）試験条件が、可能性のある真核細胞タンパク質阻害剤が存在しない条件である、該細菌株に対して請求項1記載の細菌細胞の第1の細胞学プロファイルを決定する段階；
（iii）試験条件が、可能性のある真核細胞タンパク質阻害剤が存在する条件である、該細菌株に対して請求項1記載の細菌細胞の第2の細胞学プロファイルを決定する段階；
（iv）第1の細胞学プロファイルと第2の細胞学プロファイルとを比較する段階；
（v）段階（iv）の比較に基づき、該可能性のある阻害剤が真核細胞タンパク質を阻害するか否かを決定する段階。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
さらに、真核細胞酵素を発現する細菌の細胞学プロファイルに及ぼす候補阻害剤の効果を観察することによって、真核細胞タンパク質の阻害剤を同定および／または選択する方法が提供される。いくつかの態様において、方法は、細菌において異種真核細胞タンパク質を発現させる段階（たとえば、標準的な組み換え技術を用いて）；細菌に候補阻害剤を接触させる段階；細菌の少なくとも1つの細胞学特徴（たとえば、本明細書において記述される任意の細胞学特徴）を検出する段階；少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす候補阻害剤の効果を、対照（または1つより多くの対象）のそれと比較する段階；候補阻害剤が少なくとも1つの細胞学特徴に対して効果を有すれば、その候補抗生物質を選択する段階を含む。いくつかの態様において、対照は接触させていない細菌である。いくつかの態様において、対照は、異種真核細胞タンパク質を発現しない細菌である。いくつかの態様において、対照は、公知のMOAを有する抗生物質を接触させた細菌である。いくつかの態様において、異種真核細胞タンパク質を発現する細胞と対照は、同じ細菌株である。いくつかの態様において、異種真核細胞タンパク質を発現する細菌と対照は、異なる細菌株の細菌である。いくつかの態様において、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれより多くの細胞学特徴が、所定の候補阻害剤に関して検出される。
[本発明1001]
以下の段階を含む、抗生物質の作用様式を決定する方法：
（i）抗生物質に細菌を接触させる段階；
（ii）段階（i）において接触させた細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該細胞学特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iii）段階（ii）における少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を、対象のそれと比較する段階；ならびに
（iv）抗生物質の作用様式を決定する段階。
[本発明1002]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
対照が、公知の作用様式を有する抗生物質を接触させた細菌である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
段階（i）において抗生物質を接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1002または1003の方法。
[本発明1005]
段階（i）の細菌とは異なる細菌株の細菌を抗生物質に接触させる段階、および少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1006]
検出する段階が、ハイスループット顕微鏡を用いて行われる、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1007]
少なくとも2つの細胞学特徴が検出される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1008]
少なくとも3つの細胞学特徴が検出される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1009]
以下の段階を含む、抗生物質を選択する方法：
（i）細菌に候補抗生物質を接触させる段階；
（ii）段階（i）において接触させた細菌の少なくとも1つの細胞学特徴を検出する段階であって、該細胞学特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iii）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす候補抗生物質の効果を、公知の作用様式を有する抗生物質の公知の量を接触させた細菌である対象のそれと比較する段階；ならびに
（iv）同じまたはより少ない量の候補抗生物質によって、少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす段階（iii）における抗生物質の公知の量より大きな効果が得られる場合、段階（i）における候補抗生物質を選択する段階。
[本発明1010]
段階（i）において候補抗生物質を接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1009の方法。
[本発明1011]
以下の段階を含む、抗生物質に対する細菌株の応答を特徴付けする方法：
（i）細菌株由来の細菌を抗生物質に接触させる段階；
（ii）細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該少なくとも1つの細胞学特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iii）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を対象のそれと比較して、それによって抗生物質に対する細菌株の応答を特徴付けする段階。
[本発明1012]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1011の方法。
[本発明1013]
対照が、公知の作用様式を有する抗生物質を接触させた細菌である、本発明1011または1012の方法。
[本発明1014]
段階（i）において抗生物質を接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1012または1013の方法。
[本発明1015]
段階（i）の細菌とは異なる株の細菌における少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階をさらに含む、本発明1011〜1014のいずれかの方法。
[本発明1016]
対照が、抗生物質を接触させた段階（i）の細菌とは異なる株の細菌である、本発明1011の方法。
[本発明1017]
段階（i）の細菌が、少なくとも1つの抗生物質に対して耐性である、本発明1011〜1016のいずれかの方法。
[本発明1018]
以下の段階を含む、細菌株の抗生物質感受性を決定する方法：
（i）細菌株由来の細菌に、少なくとも1つの抗生物質を含むパネルを接触させる段階；
（ii）細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす少なくとも1つの抗生物質の効果を検出する段階であって、該少なくとも1つの細胞学特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；ならびに
（iii）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす少なくとも1つの抗生物質の効果を対象のそれと比較して、それによって細菌株の抗生物質感受性を決定する段階。
[本発明1019]
パネルが複数の抗生物質を含み、かつ該複数の抗生物質が、異なる作用様式を有する抗生物質を含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1018または1019の方法。
[本発明1021]
対照が、公知の作用様式を有する抗生物質を接触させた細菌である、本発明1018〜1020のいずれかの方法。
[本発明1022]
段階（i）において少なくとも1つの抗生物質を接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1018〜1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
対照が、抗生物質を接触させた段階（i）の菌とは異なる株の細菌である、本発明1018〜1021のいずれかの方法。
[本発明1024]
段階（i）の細菌株に感染した個体、表面、真核細胞培養物、または施設の抗生物質処置の方針を決定する段階をさらに含む、本発明1018〜1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
以下の段階を含む、抗生物質を分類する方法：
（i）抗生物質に細菌を接触させる段階：
（ii）段階（i）において接触させた細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該細胞学特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iii）段階（ii）における少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を対象のそれと比較する段階；ならびに
（iv）抗生物質を分類する段階。
[本発明1026]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1025の方法。
[本発明1027]
対照が、公知の作用様式を有する公知の抗菌物質を接触させた細菌である、本発明1025または1026の方法。
[本発明1028]
段階（i）において接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1026または1027の方法。
[本発明1029]
複数の細菌株について行われる、本発明1025〜1028のいずれかの方法。
[本発明1030]
以下の段階を含む、細菌株に関する細胞学プロファイルを作製する方法：
（i）細菌株由来の細菌に第一の抗生物質を接触させる段階；
（ii）細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iii）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす第一の抗生物質の効果を対象のそれと比較して、それによって細菌株の細胞学プロファイルを作製する段階。
[本発明1031]
以下の段階をさらに含む、本発明1030の方法：
（iv）細菌株由来の細菌に第二の抗生物質を接触させる段階；
（v）細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；ならびに
（vi）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす第二の抗生物質の効果を対象のそれと比較する段階。
[本発明1032]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1030または1031の方法。
[本発明1033]
抗生物質を接触させた細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1030〜1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
抗生物質を接触させた細菌と対照が異なる細菌株である、本発明1030〜1032のいずれかの方法。
[本発明1035]
以下の段階を含む、試料中の細菌を同定する方法：
細菌に抗生物質を接触させる段階；
細菌の少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす抗生物質の効果を検出する段階であって、該特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
細菌に及ぼす抗生物質の効果を、少なくとも1つの細菌株の細胞学プロファイルと比較し、該細胞学プロファイルは細菌が該細菌株に属するか否かを示し、それによって試料から細菌を同定する段階。
[本発明1036]
細胞学プロファイルが、本発明1030〜1034のいずれか一項に記述されるように作製される、本発明1035の方法。
[本発明1037]
細菌に及ぼす抗生物質の効果が、2つまたはそれより多くの細菌株の細胞学プロファイルと比較される、本発明1035または1036の方法。
[本発明1038]
以下の段階を含む、真核細胞タンパク質の阻害剤を同定する方法：
（i）細菌において異種真核細胞タンパク質を発現させる段階；
（ii）細菌に候補阻害剤を接触させる段階；
（iii）少なくとも1つの細胞学特徴を検出する段階であって、該特徴が、細胞サイズ、染色体の形状、染色体のサイズ、細胞当たりの染色体の数、染色体の位置、膜の形状、細胞当たりの複製フォークの数、プロトン駆動力、細胞中心に対する染色体の位置、細胞中心間の平均距離、細胞透過性、および検出可能に標識したポリヌクレオチドまたはポリペプチドの位置または強度からなる群より選択される、段階；
（iv）少なくとも1つの細胞学特徴に及ぼす候補阻害剤の効果を対象のそれと比較する段階；ならびに
（v）候補阻害剤が少なくとも1つの細胞学特徴に対して効果を有する場合、該候補抗生物質を選択する段階。
[本発明1039]
対照が、接触させていない細菌である、本発明1038の方法。
[本発明1040]
対照が、異種真核細胞タンパク質を発現しない細菌である、本発明1038または1039の方法。
[本発明1041]
対照が、公知のMOAを有する抗生物質を接触させた細菌である、本発明1038〜1040のいずれかの方法。
[本発明1042]
異種真核細胞タンパク質を発現する細菌と対照とが同じ細菌株である、本発明1038〜1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
少なくとも3つの細胞学特徴が所定の候補阻害剤に関して検出される、本発明1038〜1042のいずれかの方法。