【手続補正書】
【提出日】平成24年8月10日(2012.8.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するための方法であって、
（ａ）不活性酸性プロテアーゼの存在下で、前記試料を１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと接触させるステップと、
（ｂ）前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドが前記試料に結合するかどうかを判定するステップであって、結合は、前記試料がグラム陰性菌またはリポ多糖を含有することを示す、ステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記酸性プロテアーゼは、真菌酸性プロテアーゼ、微生物酸性プロテアーゼ、および動物酸性プロテアーゼから成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ａ）の前に、前記酸性プロテアーゼを不活性化することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ａ）の前に、前記試料中のタンパク質の分解をもたらす条件下で、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させることをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
消化緩衝剤は、前記活性酸性プロテアーゼを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ステップ（ａ）の前であるが、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させる前に、前記酸性プロテアーゼを不活性化させることをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記酸性プロテアーゼは、約７．０のｐＨによって不活性化される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、変形細胞溶解物のリポ多糖結合ポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含むポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む前記ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のアミノ酸１−３３３、ｓｕｓｈｉ−１ペプチド、ｓｕｓｈｉ−１Δペプチド、ｓｕｓｈｉ−３ペプチド、ｓｕｓｈｉ−３Δペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、およびｓｕｓｈｉ５ペプチドから成る群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記試料を前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと接触させることは、前記試料を、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む二量体または四量体と接触させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記二量体または四量体は、ｓｕｓｈｉペプチドを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｓｕｓｈｉペプチドは、ｓｕｓｈｉ１ペプチド、ｓｕｓｈｉ２ペプチド、ｓｕｓｈｉ３ペプチド、ｓｕｓｈｉ１−ペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、ｓｕｓｈｉ５ペプチド、およびｓｕｓｈｉ３−ペプチドから成る群より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、固体担体に連結される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記試料は、生体試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記生体試料は、血漿、血液、血清、尿、および唾液から成る群より選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するための方法であって、
（ａ）前記試料中のタンパク質の分解をもたらす条件下で、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させるステップと、
（ｂ）前記試料を変形細胞溶解物とさらに接触させるステップと、
（ｃ）ゲル化反応が前記変形細胞溶解物において発生するかどうかを判定するステップであって、ゲル化反応は、前記試料がグラム陰性菌またはリポ多糖を含有することを示す、ステップと、
を含む、方法。
【請求項２１】
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
変形細胞溶解物と、酸性プロテアーゼとを含む、試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するためのキット。
【請求項２３】
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、請求項２２に記載のキット。
【請求項２５】
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、請求項２２に記載のキット。
【請求項２６】
１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと、酸性プロテアーゼとを含む、試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するためのキット。
【請求項２７】
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、変形細胞溶解物のリポ多糖結合ポリペプチドである、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、請求項２６に記載のキット。
【請求項２９】
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、請求項２６に記載のキット。
【請求項３０】
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、請求項２６に記載のキット。
【請求項３１】
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含むポリペプチドである、請求項２６に記載のキット。
【請求項３２】
因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む前記ポリペプチドは、ｓｕｓｈｉ−１ペプチド、ｓｕｓｈｉ−１Δペプチド、ｓｕｓｈｉ−３ペプチド、ｓｕｓｈｉ−３Δペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、およびｓｕｓｈｉ５ペプチドから成る群より選択される、請求項３１に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するためのキットを提供する。キットは、酸性プロテアーゼを含む。キットはまた、１つ以上の変形細胞溶解物および／または１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドも含む。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するための方法であって、
（ａ）不活性酸性プロテアーゼの存在下で、前記試料を１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと接触させるステップと、
（ｂ）前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドが前記試料に結合するかどうかを判定するステップであって、結合は、前記試料がグラム陰性菌またはリポ多糖を含有することを示す、ステップと、
を含む、方法。
（項目２）
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記酸性プロテアーゼは、真菌酸性プロテアーゼ、微生物酸性プロテアーゼ、および動物酸性プロテアーゼから成る群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目５）
ステップ（ａ）の前に、前記酸性プロテアーゼを不活性化することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
ステップ（ａ）の前に、前記試料中のタンパク質の分解をもたらす条件下で、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させることをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
消化緩衝剤は、前記活性酸性プロテアーゼを含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
ステップ（ａ）の前であるが、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させる前に、前記酸性プロテアーゼを不活性化させることをさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目９）
前記酸性プロテアーゼは、約７．０のｐＨによって不活性化される、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、変形細胞溶解物のリポ多糖結合ポリペプチドである、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含むポリペプチドである、項目１に記載の方法。
（項目１３）
因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む前記ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のアミノ酸１−３３３、ｓｕｓｈｉ−１ペプチド、ｓｕｓｈｉ−１Δペプチド、ｓｕｓｈｉ−３ペプチド、ｓｕｓｈｉ−３Δペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、およびｓｕｓｈｉ５ペプチドから成る群より選択される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドはさらに、レポータータンパク質または親和性標識を含む、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、アルカリホスフォターゼ、ペルオキシダーゼ、およびルシフェラーゼから成る群より選択される、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記親和性標識は、ポリヒスチジン、アビジン、ストレプトアビジン、またはビオチンである、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、検出可能に標識化される、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記検出可能な標識は、蛍光標識である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記試料を前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと接触させることは、前記試料を、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む二量体または四量体と接触させることを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記二量体または四量体は、ｓｕｓｈｉペプチドを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ｓｕｓｈｉペプチドは、ｓｕｓｈｉ１ペプチド、ｓｕｓｈｉ２ペプチド、ｓｕｓｈｉ３ペプチド、ｓｕｓｈｉ１−ペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、ｓｕｓｈｉ５ペプチド、およびｓｕｓｈｉ３−ペプチドから成る群より選択される、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、固体担体に連結される、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記固体担体は、カラムまたはプレートである、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記固体担体は、移動固体担体である、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
前記移動固体担体は、磁気ビーズである、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記移動固体担体は、蛍光ビーズである、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記試料は、生体試料である、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記生体試料は、血漿、血液、血清、尿、および唾液から成る群より選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するための方法であって、
（ａ）前記試料中のタンパク質の分解をもたらす条件下で、前記試料を活性酸性プロテアーゼと接触させるステップと、
（ｂ）前記試料を変形細胞溶解物とさらに接触させるステップと、
（ｃ）ゲル化反応が前記変形細胞溶解物において発生するかどうかを判定するステップであって、ゲル化反応は、前記試料がグラム陰性菌またはリポ多糖を含有することを示す、ステップと、
を含む、方法。
（項目３０）
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
変形細胞溶解物と、酸性プロテアーゼとを含む、試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するためのキット。
（項目３２）
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、項目３１に記載のキット。
（項目３３）
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、項目３１に記載のキット。
（項目３４）
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、項目３１に記載のキット。
（項目３５）
１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドと、酸性プロテアーゼとを含む、試料中のグラム陰性菌またはリポ多糖を検出するためのキット。
（項目３６）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、変形細胞溶解物のリポ多糖結合ポリペプチドである、項目３５に記載のキット。
（項目３７）
前記変形細胞溶解物は、アメリカカブトガニ、カブトガニ、マルオカブトガニ、およびミナミカブトガニの溶解物から成る群より選択される、項目３５に記載のキット。
（項目３８）
前記酸性プロテアーゼは、ペプシンである、項目３５に記載のキット。
（項目３９）
前記酸性プロテアーゼは、レンニン、キモシン、プラスメプシン、カテプシンＤ、カテプシンＥ、ヒト尿酸プロテアーゼ、ＨＩＶプロテアーゼ、ニューロスポラ・オリゼープロテアーゼ、ムコール・プシルスプロテアーゼ、ムコール・ミエヘイプロテアーゼ、アスペルギルス・ニゲルプロテアーゼ、リゾプス・キネンシスプロテアーゼ、エンダチア・パラシティカプロテアーゼ、酵母プロテイナーゼＡ、アスペルギロペプシノゲン、リゾプスペプシン、ペニシロペプシン、およびエンドチアペプシンから成る群より選択される、項目３５に記載のキット。
（項目４０）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含むポリペプチドである、項目３５に記載のキット。
（項目４１）
因子Ｃタンパク質のリポ多糖結合ドメインを含む前記ポリペプチドは、ｓｕｓｈｉ−１ペプチド、ｓｕｓｈｉ−１Δペプチド、ｓｕｓｈｉ−３ペプチド、ｓｕｓｈｉ−３Δペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、およびｓｕｓｈｉ５ペプチドから成る群より選択される、項目４０に記載のキット。
（項目４２）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドはさらに、レポータータンパク質または親和性標識を含む、項目４０に記載のキット。
（項目４３）
前記レポータータンパク質は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、アルカリホスフォターゼ、ペルオキシダーゼ、およびルシフェラーゼから成る群より選択される、項目４２に記載のキット。
（項目４４）
前記親和性標識は、ポリヒスチジンまたはビオチンである、項目４２に記載のキット。
（項目４５）
前記リポ多糖結合ポリペプチドは、検出可能に標識化される、項目３５に記載のキット。
（項目４６）
前記検出可能な標識は、蛍光標識である、項目４５に記載のキット。
（項目４７）
前記リポ多糖結合ポリペプチドは、因子Ｃタンパク質の前記リポ多糖結合ドメインを含む二量体または四量体である、項目３５に記載のキット。
（項目４８）
前記二量体または四量体は、ｓｕｓｈｉペプチドを含む、項目４７に記載のキット。
（項目４９）
前記ｓｕｓｈｉペプチドは、ｓｕｓｈｉ１ペプチド、ｓｕｓｈｉ２ペプチド、ｓｕｓｈｉ３ペプチド、ｓｕｓｈｉ１−ペプチド、ｓｕｓｈｉ４ペプチド、ｓｕｓｈｉ５ペプチド、およびｓｕｓｈｉ３−ペプチドから成る群より選択される、項目４８に記載のキット。
（項目５０）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドは、固体担体に連結される、項目３５に記載のキット。
（項目５１）
前記固体担体は、カラムまたはプレートである、項目５０に記載のキット。
（項目５２）
前記固体担体は、移動固体担体である、項目５０に記載のキット。
（項目５３）
前記移動固体担体は、磁気ビーズである、項目５２に記載のキット。
（項目５４）
前記移動固体担体は、蛍光ビーズである、項目５２に記載のキット。
（項目５５）
１つ以上の緩衝剤をさらに含む、項目３５に記載のキット。
（項目５６）
前記緩衝剤は、消化緩衝剤である、項目５５に記載のキット。
（項目５７）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドおよび前記酸性プロテアーゼは、別個の容器の中にある、項目３５に記載のキット。
（項目５８）
前記１つ以上のリポ多糖結合ポリペプチドおよび前記酸性プロテアーゼは、同じ容器の中にある、項目３５に記載のキット。
（項目５９）
前記酸性プロテアーゼは、不活性酸性プロテアーゼである、項目３５に記載のキット。
（項目６０）
不活性酸性プロテアーゼをさらに含む、項目３５に記載のキット。