【手続補正書】
【提出日】平成24年6月22日(2012.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡを特徴付けする方法であって、
第一のＤＮＡ鎖の非ハイブリダイズフラップ及び第二のＤＮＡ鎖上の対応する領域を生じさせるために、第一のＤＮＡ鎖及び第二のＤＮＡ鎖を有する二本鎖ＤＮＡをプロセシングする工程であって、その非ハイブリダイズフラップは、１〜約１０００塩基を有するものである、前記プロセシングする工程と、
前記第二のＤＮＡ鎖上の対応する領域に沿って前記第一のＤＮＡ鎖を伸長させる工程と、
少なくとも、非ハイブリダイズフラップの一部、伸長された第一のＤＮＡ鎖の一部、或いはその両者を標識化する工程と
を有する、方法。
【請求項２】
請求項１の方法において、前記プロセシングする工程は、１若しくはそれ以上の配列−特異的位置において、及び／若しくは１若しくはそれ以上の非特異的位置において、前記第一のＤＮＡ鎖をニッキングする工程を有するものである、方法。
【請求項３】
請求項２の方法において、前記ニッキングする工程は、ニッキングエンドヌクレアーゼ、電磁放射線、フリーラジカル、或いはそれらのあらゆる組み合わせへ、前記二本鎖ＤＮＡを曝露する工程を有するものである、方法。
【請求項４】
請求項１の方法において、前記第二のＤＮＡ鎖上の対応する領域に沿って前記第一のＤＮＡ鎖を伸長させる工程は、ポリメラーゼ、１若しくはそれ以上のヌクレオチド、リガーゼ、或いはそれらのあらゆる組み合わせと、前記第一のＤＮＡ鎖を接触させる工程を有するものである、方法。
【請求項５】
請求項１の方法において、前記標識化する工程は、（ａ）少なくとも１つの相補的プローブを、前記非ハイブリダイズフラップの少なくとも一部へ結合させる工程であって、そのプローブは１若しくはそれ以上のタグを有するものである、前記結合させる工程、（ｂ）１若しくはそれ以上のタグを有する１若しくはそれ以上のヌクレオチドを用いて、前記第二のＤＮＡ鎖上の対応する領域に沿って前記第一のＤＮＡ鎖を伸長させる工程、若しくは（ａ）及び（ｂ）のあらゆる組み合わせを有するものである、方法。
【請求項６】
請求項５の方法であって、この方法は、さらに、前記二本鎖ＤＮＡ上の２若しくはそれ以上の位置に由来する１若しくはそれ以上のタグに由来した配列情報を得る工程を有するものである、方法。
【請求項７】
請求項５の方法において、前記標識化する工程は、フルオロフォア、量子ドット、デンドリマー、ナノワイヤー、ビーズ、ペプチド、タンパク質、磁性ビーズ、メチル基、メチルトランスフェラーゼ、非切断制限酵素、亜鉛フィンガータンパク質、抗体、転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、ヘアピンポリアミド、三重鎖−形成オリゴデオキシヌクレオチド、ペプチド核酸、或いはそれらのあらゆる組み合わせを有するタグを付着させる工程を有するものである、方法。
【請求項８】
請求項５の方法であって、この方法は、さらに、１若しくはそれ以上のタグからの１若しくはそれ以上のシグナルを検出する工程であって、前記１若しくはそれ以上のシグナルは、蛍光シグナル、化学発光シグナル、電磁気シグナル、電気シグナル、電位差、物理的サイズ差、或いはそれらのあらゆる組み合わせを有するものである、前記検出する工程を有するものである、方法。
【請求項９】
請求項８の方法において、前記１若しくはそれ以上のシグナルは、前記第一のＤＮＡ鎖を伸長するために使用された塩基上のタグとフラップに属しているプローブ上のタグとの間の蛍光共鳴エネルギー転移、フラップに属しているプローブ上の２若しくはそれ以上のタグ間の蛍光共鳴エネルギー転移、或いはそれらのあらゆる組み合わせに由来するものである、方法。
【請求項１０】
請求項１の方法において、前記第一のＤＮＡ鎖のフラップは、前記二本鎖ＤＮＡ上の目的の塩基配列の少なくとも一部を有するものであり、又は前記二本鎖ＤＮＡ上の目的の塩基配列に隣接する前記二本鎖ＤＮＡの少なくとも一部を有するものである、方法。
【請求項１１】
請求項５の方法であって、この方法は、さらに、２若しくはそれ以上のタグ間の距離を測定するため、及び構造、配列構築、遺伝的或いは細胞遺伝学的マップ、メチル化パターン、ｃｐＧ島の位置、エピゲノムパターン、生理学的特徴、或いはそれらのあらゆる組み合わせに対する距離を相関させるために、非ハイブリダイズフラップ、前記第一のＤＮＡ鎖の伸長された領域の一部、或いはその両者を有する前記二本鎖ＤＮＡの少なくとも一部を少なくとも部分的に直線化する工程を有するものである、方法。
【請求項１２】
請求項１１の方法において、前記直線化する工程は、チャネルにおけるＤＮＡの閉じ込めによって達成されるものである、方法。
【請求項１３】
請求項７の方法であって、この方法は、さらに、少なくとも１つのタグからの少なくとも１つのシグナルの強度を測定する工程を有するものである、方法。
【請求項１４】
請求項１３の方法であって、この方法は、さらに、構造、配列構築、遺伝的或いは細胞遺伝学的マップ、メチル化パターン、生理学的特徴、ｃｐＧ島の位置、エピゲノムパターン、或いはそれらのあらゆる組み合わせに対して、少なくとも１つのシグナルの強度を相関させる工程を有するものである、方法。
【請求項１５】
ＤＮＡを特徴付けする方法であって、
第一の二本鎖ＤＮＡに対して、当該第一のＤＮＡ上の２若しくはそれ以上の配列−特異的位置を標識化する工程と、
第二の二本鎖ＤＮＡに対して、当該第二のＤＮＡ上の２若しくはそれ以上の対応する配列−特異的位置を標識化する工程と、
前記第一の二本鎖ＤＮＡの少なくとも一部を直線化する工程と、
前記第二の二本鎖ＤＮＡの少なくとも一部を直線化する工程と、
前記標識のシグナルの強度を比較し、且つ第一の直線化された二本鎖ＤＮＡ上の２若しくはそれ以上の標識間の距離を、第二の直線化された二本鎖ＤＮＡ上の対応する標識間の距離と比較する工程と
を有する、方法。
【請求項１６】
請求項１５の方法において、前記標識化する工程は、非切断制限酵素、メチルトランスフェラーゼ、亜鉛−フィンガータンパク質、抗体、転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、ヘアピンポリアミド、三重鎖−形成オリゴデオキシヌクレオチド、ペプチド核酸、或いはそれらのあらゆる組み合わせへ、前記第一及び第二の二本鎖ＤＮＡを曝露する工程によって達成されるものである、方法。
【請求項１７】
請求項１５の方法であって、この方法は、さらに、前記ＤＮＡの構造、配列構築、遺伝的或いは細胞遺伝学的マップ、メチル化パターン、生理学的特徴、ｃｐＧ島の位置、エピゲノムパターン、或いはそれらのあらゆる組み合わせに対して、前記距離を相関させる工程を有するものである、方法。
【請求項１８】
高分子を特徴付けする方法であって、
その中に配置された少なくとも１つの狭窄を持つチャネルに沿ってそこから伸長した少なくとも１つのフラップを有する高分子を転座させる工程と、
前記チャネルの少なくとも１つの狭窄を通過した、前記高分子の少なくとも１つのフラップの継代（ｐａｓｓａｇｅ）に対応する少なくとも１つのシグナルを検出する工程と
を有する、方法。
【請求項１９】
請求項１８の方法において、前記シグナルは、光学シグナル、電気シグナル、或いはそれらのあらゆる組み合わせである、方法。
【請求項２０】
請求項１８の方法において、前記高分子は、二本鎖ＤＮＡ或いはクロマチン線維を有するものである、方法。
【請求項２１】
高分子を特徴付けする方法であって、
高分子の少なくとも一部分を標識化する工程と、
前記高分子を固定化する工程と、
前記高分子の少なくとも一部がチャネル内で直線化するように、チャネル内に前記高分子の少なくとも一部を配置する工程と、
前記高分子の標識化された部分に関連した少なくとも１つのシグナルを検出する工程と
を有する、方法。
【請求項２２】
請求項２１の方法において、前記高分子は、少なくとも１つのビーズに結合されるものであり、前記分子は、断面積がビーズよりも小さい狭窄によって捕捉された少なくとも１つのビーズによって固定化されているものである、方法。
【請求項２３】
請求項２１の方法において、前記固定化する工程は、表面へ前記高分子を化学的に繋留する工程、前記高分子を磁力的に固定化する工程、前記高分子を光学的に捕捉する工程、或いはそれらのあらゆる組み合わせを有するものである、方法。
【請求項２４】
請求項２１の方法において、前記高分子は、少なくとも１つの誘電性修飾を有し、光学トラップによって固定化されるものである、方法。
【請求項２５】
核酸ポリマーを特徴付けする方法であって、
核酸ポリマーの１若しくはそれ以上の領域を１若しくはそれ以上の配列−特異的モチーフ標識で標識化する工程と、
前記核酸ポリマーの１若しくはそれ以上の配列−特異的モチーフ標識の位置に対して、１若しくはそれ以上の前記配列−特異的モチーフ標識からの１若しくはそれ以上のシグナルを相関させる工程と、
前記核酸ポリマーの１若しくはそれ以上の断片をシークエンシングする工程であって、前記１若しくはそれ以上の断片には、前記核酸ポリマーの１若しくはそれ以上の配列−特異的モチーフ標識が含まれるものである、前記シークエンシングする工程と、
２若しくはそれ以上のシークエンシングされた断片の前記核酸ポリマー内の相対的な位置を明らかにするように、１若しくはそれ以上のシークエンシングされた断片の１若しくはそれ以上のシグナルを、標識化された核酸ポリマーの１若しくはそれ以上の対応するシグナルと比較する工程と
を有する、方法。
【請求項２６】
請求項２５の方法において、前記相関させる工程は、チャネルにおける前記核酸ポリマーの少なくとも１つの標識化された部分を直線化させる工程を有するものである、方法。
【請求項２７】
請求項２６の方法であって、この方法は、さらに、前記核酸ポリマーの少なくとも１つの標識化された部分を直線化し、直線形態で前記核酸ポリマーの少なくとも１つの標識化された部分を維持し、或いはそれらのあらゆる組み合わせを行うように、前記核酸ポリマーの少なくとも１つの標識化された部分へ勾配を適用する工程を有するものである、方法。
【請求項２８】
請求項２５の方法において、前記シークエンシングする工程は、サンガーシークエンシング法、マクサム−ギルバートシークエンシング法、色素転写終結シークエンス法、ｉｎ  ｖｉｔｒｏクローン複製、合成によるシークエンシング法、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング法、ライゲーションによるシークエンシング法、或いはそれらのあらゆる組み合わせを有するものである、方法。
【請求項２９】
請求項２５の方法において、前記比較する工程は、標識化されシークエンシングされた断片の配列特異的モチーフが前記標識化された核酸ポリマーの対応する配列特異的モチーフ標識と一致するように、前記標識化された核酸ポリマーに対して、１若しくはそれ以上の標識化されシークエンシングされた断片を整列させる工程を有するものである、方法。