【手続補正書】
【提出日】平成24年5月11日(2012.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非小細胞肺癌（NSCLC）を有する対象の予後診断または分類のための方法であって、以下を含む方法：
対象由来の被験試料における少なくとも15種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルを決定する段階であって、該バイオマーカーがFAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2を含む、前記段階、
対象における少なくとも15種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルから複合スコアを算出する段階、および
対象を複合スコアに基づいて高リスク群または低リスク群に分類する段階。
【請求項２】
対象が高リスク群にある場合、アジュバンド化学療法を選択する段階をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
複合スコアが、FAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2の相対的発現レベルから算出される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
複合スコアが16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルから算出され、1つ、2つまたは3つの補足的なバイオマーカーが表3に列記された遺伝子から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
補足的な1つ、2つまたは3つのバイオマーカーが、RGS4、UGT2B4およびMCF2から選択される、請求項4記載の方法。
【請求項６】
複合スコアが式Iに従って算出される、請求項29〜34のいずれか一項記載の方法
複合スコア＝0.557×PC1＋0.328×PC2＋0.43×PC3＋0.335×PC4  （式I）。
【請求項７】
対象がステージIまたはステージIIのNSCLCを有する、請求項1記載の方法。
【請求項８】
対象がステージIIのNSCLCを有する、請求項7記載の方法。
【請求項９】
対象由来の被験試料が、腫瘍組織試料である、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
相対的発現レベルが、核酸アレイまたは定量的PCRによって決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
試験試料中の15〜18種の異なるバイオマーカーの発現産物を検出しうる検出用物質を含み、該15〜18種の異なるバイオマーカーがFAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2を含む、非小細胞肺癌（NSCLC）を有する対象の予後診断または分類のためのキット。
【請求項１２】
16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの発現産物を検出しうる検出用物質を含み、補足的な1つ、2つまたは3つのバイオマーカーが表3に列記された遺伝子から選択される、請求項11記載のキット。
【請求項１３】
1または複数のRGS4、UGT2B4およびMCF2の発現産物を検出しうる検出用物質を含む、請求項12記載のキット。
【請求項１４】
検出用物質が、少なくとも15種のバイオマーカーの発現産物とハイブリダイズしうるプローブまたはプライマーを含む、請求項11記載のキット。
【請求項１５】
対象に関する複合スコアを算出するためのコンピュータ実行製品をさらに含む、請求項11記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
本発明のその他の特徴および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかし、この詳細な説明から当業者には本発明の精神および範囲内にあるさまざまな変更および修正が明らかになると考えられることから、これらの詳細な説明および具体的な例は本発明の好ましい態様を示してはいるものの、単なる実例として示されていることが理解される必要がある。
[本発明1001]
非小細胞肺癌（NSCLC）を有する対象の予後診断または分類の方法であって、以下の段階：
a．対象由来の被験試料における15種のバイオマーカーの発現を決定する段階であって、該バイオマーカーが表4における遺伝子に対応する、段階、および
b．被験試料における15種のバイオマーカーの発現を、対照試料における15種のバイオマーカーの発現と比較する段階、を含み、
対照試料と被験試料との間の15種のバイオマーカーの発現の差または類似性が、NSCLCを有する対象を生存不良群（poor survival group）または生存良好群（good survival group）に予後診断または分類するために用いられる、方法。
[本発明1002]
非小細胞肺癌（NSCLC）を有する対象における予後を予測する方法であって、以下の段階を含む方法：
a．対象の試料における対象バイオマーカー発現プロファイルを得る段階；
b．予後と関連のあるバイオマーカー参照発現プロファイルを得る段階であって、対象バイオマーカー発現プロファイルおよびバイオマーカー参照発現プロファイルがそれぞれ、各値がバイオマーカーの発現レベルを表している15個の値を有し、各バイオマーカーが表4における1つの遺伝子に対応する、段階；および
c．対象バイオマーカー発現プロファイルに最も類似しているバイオマーカー参照発現プロファイルを選択し、それによって対象に関する予後を予測する段階。
[本発明1003]
バイオマーカー参照発現プロファイルが生存不良群または生存良好群を構成する、本発明1002の方法。
[本発明1004]
NSCLCがステージIまたはステージIIである、本発明1001〜1003のいずれかの方法。
[本発明1005]
バイオマーカー発現レベルの決定が定量的PCRまたはアレイの使用を含む、本発明1001〜1004のいずれかの方法。
[本発明1006]
定量的PCRの使用が、表7に示されたプライマーの使用を含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
アレイがU133Aチップである、本発明1005の方法。
[本発明1008]
バイオマーカー発現プロファイルの決定が、バイオマーカーのポリペプチド産物を検出するための抗体の使用を含む、本発明1001〜1004のいずれかの方法。
[本発明1009]
試料が組織試料を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
試料が、免疫組織化学検査のために適した組織試料を含む、本発明1009の方法。
[本発明1011]
NSCLCを有する対象に対する治療法を選択する方法であって、以下の段階を含む方法：
a．NSCLCを有する対象を、本発明1001〜1010のいずれかの方法に従って生存不良群または生存良好群に分類する段階；および
b．生存不良群に対してアジュバント化学療法を選択する、または生存良好群に対してアジュバント化学療法を行わないことを選択する段階。
[本発明1012]
NSCLCを有する対象に対する治療法を選択する方法であって、以下の段階を含む方法：
a．対象由来の被験試料における15種のバイオマーカーの発現を決定する段階であって、15種のバイオマーカーが表4における15種の遺伝子に対応する、段階；
b．被験試料における15種のバイオマーカーの発現を、対照試料における15種のバイオマーカーと比較する段階；
c．対象を生存不良群または生存良好群に分類する段階であって、対照試料と被験試料との間の15種のバイオマーカーの発現の差または類似性が、対象を生存不良群または生存良好群に分類するために用いられる、段階；
d．対象が生存不良群に分類されればアジュバント化学療法を選択し、対象が生存良好群に分類されればアジュバント化学療法を行わないことを選択する段階。
[本発明1013]
複数の単離された核酸配列を含む組成物であって、単離された各核酸配列が以下のもの：
a．表4に列記された15種の遺伝子のRNA産物；および／または
b．a）に対して相補的な核酸、とハイブリダイズし、
ここで、該組成物が、15種の遺伝子のRNA発現レベルを測定するために用いられる、組成物。
[本発明1014]
複数の単離された核酸配列が、表9に示された15種のプローブ標的配列とハイブリダイズしうる単離された核酸配列を含む、本発明1013の組成物。
[本発明1015]
表7に示された定量的PCR用の30種のプライマーを含む組成物。
[本発明1016]
表4に示された各遺伝子に関して、遺伝子の発現産物に対して相補的であってそれとハイブリダイズしうる1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブを含むアレイ。
[本発明1017]
コンピュータ機構（computer mechanism）がコード化されたコンピュータ可読記憶媒体を含む、プロセッサおよびプロセッサに接続されたメモリを有するコンピュータとともに用いるためのコンピュータプログラム製品であって、該コンピュータプログラム機構をコンピュータのメモリにロードして、コンピュータに本発明1001〜1012のいずれかの方法を実行させることができる、コンピュータプログラム製品。
[本発明1018]
NSCLCを有する対象の予後を予測するため、または分類するためのコンピュータ実行製品であって、以下のもの：
a．対象試料における対象発現プロファイルに対応する値を受け取るための手段；および
b．予後と関連のある参照発現プロファイルを含むデータベースであって、対象バイオマーカー発現プロファイルおよびバイオマーカー参照プロファイルがそれぞれ、各値がバイオマーカーの発現レベルを表している15個の値を有し、各バイオマーカーが表4における1つの遺伝子に対応するデータベース；を含み、
対象バイオマーカー発現プロファイルに最も類似しているバイオマーカー参照発現プロファイルを選択し、それによって予後を予測するか、または対象を分類する、コンピュータ実行製品。
[本発明1019]
本発明1001〜1012のいずれかの方法に用いるための、本発明1017のコンピュータ実行製品。
[本発明1020]
NSCLCを有する対象に対する治療法を決定するためのコンピュータ実行製品であって、以下のもの：
a．対象試料における対象発現プロファイルに対応する値を受け取るための手段；および
b．治療法と関連のある参照発現プロファイルを含むデータベースであって、対象バイオマーカー発現プロファイルおよびバイオマーカー参照プロファイルがそれぞれ、各値がバイオマーカーの発現レベルを表している15個の値を有し、各バイオマーカーが表4における1つの遺伝子に対応するデータベース；を含み、
対象バイオマーカー発現プロファイルに最も類似しているバイオマーカー参照発現プロファイルを選択し、それによって治療法を予測する、コンピュータ実行製品。
[本発明1021]
本発明1011または1012の方法とともに用いるための、本発明1020のコンピュータ実行製品。
[本発明1022]
本発明1018〜1021のいずれかのコンピュータ実行製品を記憶するためのデータ構造が記憶されているコンピュータ可読媒体。
[本発明1023]
データ構造が、そのデータ構造に属する記録に基づいてクエリーに応答するようにコンピュータを設定することができる、本発明1022のコンピュータ可読媒体であって、記録のそれぞれが以下のものを含むコンピュータ可読媒体：
a．表4における15種の遺伝子のバイオマーカー参照発現プロファイルを特定する値；
b．バイオマーカー参照発現プロファイルと関連のある予後の確率を特定する値。
[本発明1024]
a．予後診断または治療法と関連のある表4における15種の遺伝子のバイオマーカー参照発現プロファイルを含む記録を含むデータベース；
b．データベース中のバイオマーカー参照発現プロファイルとの比較に用いるための、表4における15種の遺伝子の遺伝子発現レベルの選択を受け取ることのできるユーザーインターフェース；
c．15種の遺伝子の発現レベルと最も類似しているバイオマーカー参照発現プロファイルに応じて予後診断または治療法の予測を表示する出力装置、
を含むコンピュータシステム。
[本発明1025]
15種のバイオマーカーの発現産物を検出することができ、15種のバイオマーカーが表4における15種の遺伝子で構成されるような検出用物質、および使用説明書を含む、早期NSCLCを有する対象の予後判定または分類のためのキット。
[本発明1026]
15種のバイオマーカーの発現産物を検出することができ、15種のバイオマーカーが表4における15種の遺伝子で構成されるような検出用物質、および使用説明書を含む、NSCLCを有する対象に対する治療法を選択するためのキット。
[本発明1027]
検出用物質が、表9に示されたプローブ標的配列とハイブリダイズしうるプローブである、本発明1025または1026のキット。
[本発明1028]
検出用物質が、表7に示された定量的PCR用のプライマーである、本発明1025または1026のキット。
[本発明1029]
NSCLCを有する対象の予後診断または分類のための方法であって、以下を含む方法：
a．対象における少なくとも15種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルから複合スコアを算出する段階であって、少なくとも15種のバイオマーカーがFAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2を含む、段階、ならびに
b．対象を複合スコアに基づいて高リスク群または低リスク群に分類する段階。
[本発明1030]
複合スコアが、FAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2の相対的発現レベルから算出される、本発明1029の方法。
[本発明1031]
複合スコアが16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルから算出され、1つ、2つまたは3つの補足的なバイオマーカーが表3に列記された遺伝子から選択される、本発明1029の方法。
[本発明1032]
補足的な1つ、2つまたは3つのバイオマーカーが、RGS4、UGT2B4およびMCF2からなる群より選択される、本発明1031の方法。
[本発明1033]
NSCLCを有する対象の予後診断または分類のための方法であって、以下を含む方法：
a．少なくとも15種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルを決定する段階であって、バイオマーカーがFAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2を含む、段階、
b．対象における少なくとも15種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルから複合スコアを算出する段階、および
c．対象を複合スコアに基づいて高リスク群または低リスク群に分類する段階。
[本発明1034]
FAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAP、MDM2、RGS4、UGT2B4およびMCF2からなる群より選択される15種、16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの相対的発現レベルを決定する、本発明1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
複合スコアが式Iに従って算出される、本発明1029〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
対象がヒトである、本発明1029〜1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
本発明1029または1033の段階を含み、高リスク群における対象に対してアジュバント化学療法を選択する、または低リスク群における対象に対してアジュバント化学療法を行わないことを選択する段階をさらに含む、治療法を選択するための方法であって、対象がヒトである、方法。
[本発明1038]
少なくとも15種の異なるバイオマーカーの発現産物を検出しうる検出用物質を含み、少なくとも15種の異なるバイオマーカーがFAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAPおよびMDM2を含む、NSCLCを有する対象の予後診断または分類のためのキット。
[本発明1039]
16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの発現産物を検出しうる検出用物質を含み、補足的な1つ、2つまたは3つのバイオマーカーが表3に列記された遺伝子から選択される、本発明1038のキット。
[本発明1040]
FAM64A、MB、EDN3、ZNF236、FOSL2、MYT1L、MLANA、L1CAM、TRIM14、STMN2、UMPS、ATP1B1、HEXIM1、IKBKAP、MDM2、RGS4、UGT2B4およびMCF2からなる群より選択される15種、16種、17種または18種の異なるバイオマーカーの発現産物を検出しうる検出用物質を含む、本発明1038のキット。
[本発明1041]
少なくとも15種のバイオマーカーの発現産物に対するプローブを含むアドレス指定可能アレイをさらに含む、本発明1038のキット。
[本発明1042]
検出用物質が、少なくとも15種のバイオマーカーの発現産物とハイブリダイズしうるプライマーを含む、本発明1038のキット。
[本発明1043]
検出用物質が、16種、17種または18種のバイオマーカーの発現産物とハイブリダイズしうるプライマーを含む、本発明1038のキット。
[本発明1044]
対象に関する複合スコアを算出するためのコンピュータ実行製品をさらに含む、本発明1038〜1043のいずれかのキット。