【手続補正書】
【提出日】平成24年10月29日(2012.10.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）被験者の生体試料中の１つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）（i）前記被験者の生体試料から、ＰＣＡ３の発現レベルとＰＳＡの発現レベルとの間の比であるＰＣＡ３スコアを決定するか、または（ii）被験者の生体試料中の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の発現レベルを測定するステップと、
（ｃ）前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットおよび前記ＰＣＡ３スコアまたはＰＳＡの前記発現レベルのいずれかに基づいて前立腺癌を特徴づけるステップと
を含む、前立腺癌を特徴づける方法。
【請求項２】
ステップ（ａ）および（ｂ）のために単一の生体試料を使用する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ｍｉＲＮＡの前記レベルが１マイクロリットル当たり約３０００コピー未満であり、かつ前記ＰＣＡ３スコアが約３５未満である場合に、前記癌を良性として分類することによって前記前立腺癌を特徴づけるか、またはｍｉＲＮＡの前記レベルが１マイクロリットル当たり約９０００コピーを超え、かつ前記ＰＣＡ３スコアが約３５を超える場合に、前記癌を悪性として分類することによって前記前立腺癌を特徴づける、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＰＳＡの前記発現レベルがタンパク質レベルである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ｍｉＲＮＡの前記レベルが１マイクロリットル当たり約３０００コピー未満であり、かつ前記ＰＳＡレベルが約３ｎｇ／ｍＬ未満である場合に、前記前立腺癌を良性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づけるか、またはｍｉＲＮＡの前記レベルが１マイクロリットル当たり約９０００コピーを超え、かつ前記ＰＳＡレベルが約４ｎｇ／ｍＬを超える場合に、前記前立腺癌を悪性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ｍｉＲＮＡのうちの１つの発現レベルにＰＳＡの前記レベルを掛けて、前記前立腺癌を特徴づけるために使用する産物値を得るステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ｍｉＲＮＡがｍｉＲ−１４１である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記産物値が約１５００未満である場合に、前記前立腺癌を良性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づけるか、または前記産物値が約１５００を超える場合に、前記前立腺癌を悪性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記被験者からの追加の生体試料を得るか、任意で、前記追加の生体試料が生検材料であるか、または前記追加の生体試料を免疫組織化学法、インサイチューハイブリダイゼーション（蛍光インサイチューハイブリダイゼーションなど）、ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ解析もしくは配列決定によって分析する、請求項５または請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが表１から選択されるか、または前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットがｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−９９、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１３０、ｍｉＲ−１３５、ｍｉＲ−１４８、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３７４、ｍｉＲ−４３３、ｍｉＲ−４９６、ｍｉＲ−５１７、ｍｉＲ−５９０、ｍｉＲ−６２０、ｍｉＲ−７６８、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１９９、ｍｉＲ−５１９、ｍｉＲ−３０２、ｍｉＲ−３０、ｍｉＲ−２０、ｍｉＲ−２００、ｍｉＲ−２３、ｍｉＲ−２９、ｍｉＲ−１８１、ｍｉＲ−５４８およびｍｉＲ−３７０からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記生体試料が、異種細胞試料、痰、血液、血球、血清、生検材料、尿、腹腔液および胸膜液からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記特徴づけの結果を、ネットワークを通して送信する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−２２２およびｍｉＲ−１４１からなる群から選択される２つ以上のｍｉＲＮＡを評価するよう設定され、任意で、前記２つ以上のｍｉＲＮＡと選択的にハイブリダイズするプローブのセットを含むかまたはＰＳＡ用もしくはＰＣＡ３用のプローブを含む、検出システム。
【請求項１４】
ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−２２２およびｍｉＲ−１４１からなる群から選択される２つ以上のｍｉＲＮＡと選択的にハイブリダイズするプローブのセットを含むキットであって、任意で前記プローブの各々が基質と結合しているキット。
【請求項１５】
ＰＳＡ用のプローブ、ＰＣＡ３用のプローブ、またはＰＳＡタンパク質を検出するための試薬をさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
ＲＮＡまたはＲＮＡパターンを他の非ＲＮＡバイオマーカーと組み合わせて使用して癌を特徴づけることもできる。
[本発明1001]
（ａ）被験者の生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）前記被験者の生体試料から、ＰＣＡ3の発現レベルとＰＳＡの発現レベルとの間の比であるＰＣＡ3スコアを決定するステップと、
（ｃ）前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットおよび前記ＰＣＡ3スコアに基づいて前立腺癌を特徴づけるステップと
を含む、前立腺癌を特徴づける方法。
[本発明1002]
ステップ（ａ）および（ｂ）のために単一の生体試料を使用する、本発明1001の方法。
[本発明1003]
ｍｉＲＮＡの前記レベルが1マイクロリットル当たり約3000コピー未満であり、かつ前記ＰＣＡ3スコアが約35未満である場合に、前記癌を良性として分類することによって前記前立腺癌を特徴づける、本発明1001の方法。
[本発明1004]
ｍｉＲＮＡの前記レベルが1マイクロリットル当たり約9000コピーを超え、かつ前記ＰＣＡ3スコアが約35を超える場合に、前記癌を悪性として分類することによって前記前立腺癌を特徴づける、本発明1001の方法。
[本発明1005]
（ａ）被験者の生体試料中の複数のｍｉＲＮＡの各々の発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）前記複数のｍｉＲＮＡの各々の前記発現レベルに基づいて癌を特徴づけるステップと
を含む、被験者における癌を特徴づける方法であって、
（ｂ）の前記特徴づけるステップの感度または特異度が、前記複数のｍｉＲＮＡの各々より少ない数の発現レベルを検出することによって特徴づける場合と比較して増加している、方法。
[本発明1006]
前記複数が少なくとも10個のｍｉＲＮＡを含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記複数のｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが表1から選択される、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記複数のｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、ｍｉＲ−222、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−99、ｍｉＲ−101、ｍｉＲ−130、ｍｉＲ−135、ｍｉＲ−148、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−186、ｍｉＲ−206、ｍｉＲ−320、ｍｉＲ−374、ｍｉＲ−433、ｍｉＲ−496、ｍｉＲ−517、ｍｉＲ−590、ｍｉＲ−620、ｍｉＲ−768、ｍｉＲ−223、ｍｉＲ−203、ｍｉＲ−199、ｍｉＲ−519、ｍｉＲ−302、ｍｉＲ−30、ｍｉＲ−20、ｍｉＲ−200、ｍｉＲ−23、ｍｉＲ−29、ｍｉＲ−181、ｍｉＲ−548およびｍｉＲ−370からなる群から選択される、本発明1005の方法。
[本発明1009]
（ａ）被験者の生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）1マイクロリットル当たり約3000コピー未満の前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが前記試料中で検出された場合に、癌を良性として分類するステップと
を含む、癌を良性として分類する方法。
[本発明1010]
（ａ）被験者の生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）1マイクロリットル当たり約9000コピーを超える前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが前記試料中で検出された場合に、癌を悪性として分類するステップと
を含む、癌を悪性として分類する方法。
[本発明1011]
前記分類に基づいて治療法または治療計画を選択するステップをさらに含む、本発明1009または本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記分類の結果を、ネットワークを通して送信する、本発明1009または本発明1010の方法。
[本発明1013]
前記被験者の第1生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップ
を含む、癌を特徴づける方法であって、
1マイクロリットル当たり約1000〜約4500コピーの間の前記試料中の前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが検出された場合に、第2生体試料を得る、方法。
[本発明1014]
前記第1生体試料が、異種細胞試料、痰、血液、血球、血清、生検材料、尿、腹腔液および胸膜液からなる群から選択される、本発明1013の方法。
[本発明1015]
前記第1生体試料が生検材料でない、本発明1013の方法。
[本発明1016]
前記第2生体試料が生検材料である、本発明1013の方法。
[本発明1017]
前記第2生体試料を、免疫組織化学法、インサイチューハイブリダイゼーション（蛍光インサイチューハイブリダイゼーションなど）、ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ解析または配列決定によって分析する、本発明1013の方法。
[本発明1018] 
前記癌が上皮癌である、本発明1005、本発明1009、本発明1010または本発明1013の方法。
[本発明1019]
前記上皮癌が乳癌、脳癌、膵臓癌、骨癌、肝癌、胃癌、肺癌、結腸直腸癌、膀胱癌、前立腺癌または卵巣癌である、本発明1018の方法。
[本発明1020]
（ａ）被験者の生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップと、
（ｂ）被験者の生体試料中の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）の発現レベルを測定するステップと、
（ｃ）前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットおよびＰＳＡの前記レベルに基づいて、前立腺癌を特徴づけるステップと
を含む、前立腺癌を特徴づける方法。
[本発明1021]
ステップ（ａ）および（ｂ）のために単一の生体試料を使用する、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記ＰＳＡの前記発現レベルがタンパク質レベルである、本発明1020の方法。
[本発明1023]
ｍｉＲＮＡの前記レベルが1マイクロリットル当たり約3000コピー未満であり、かつ前記ＰＳＡレベルが約3ｎｇ／ｍＬ未満である場合に、前記前立腺癌を良性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、本発明1020の方法。
[本発明1024]
ｍｉＲＮＡの前記レベルが1マイクロリットル当たり約9000コピーを超え、かつ前記ＰＳＡレベルが約4ｎｇ／ｍＬを超える場合に、前記前立腺癌を悪性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、本発明1020の方法。
[本発明1025]
前記ｍｉＲＮＡのうちの1つの発現レベルにＰＳＡの前記レベルを掛けて、前記前立腺癌を特徴づけるために使用する産物値を得るステップをさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1026] 
前記ｍｉＲＮＡがｍｉＲ−141である、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記特徴づけが、少なくとも約75％の感度を有する、本発明1025の方法。
[本発明1028]
前記特徴づけが、少なくとも約75％の特異度を有する、本発明1025の方法。
[本発明1029]
前記産物値が約1500未満である場合に、前記前立腺癌を良性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、本発明1025の方法。
[本発明1030] 
前記被験者からの追加の生体試料を得ない、本発明1023または本発明1029の方法。
[本発明1031]
前記産物値が約1500を超える場合に、前記前立腺癌を悪性として分類することによって、前記前立腺癌を特徴づける、本発明1025の方法。
[本発明1032]
前記被験者からの追加の生体試料を得る、本発明1024または本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記追加の生体試料が生検材料である、本発明1032の方法。
[本発明1034]
前記追加の生体試料を、免疫組織化学法、インサイチューハイブリダイゼーション（蛍光インサイチューハイブリダイゼーションなど）、ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ解析または配列決定によって分析する、本発明1032の方法。
[本発明1035] 
前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットが表1から選択される、本発明1001、本発明1009、本発明1010、本発明1013または本発明1020の方法。
[本発明1036]
前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットがｍｉＲ−629、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、ｍｉＲ−222、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−99、ｍｉＲ−101、ｍｉＲ−130、ｍｉＲ−135、ｍｉＲ−148、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−186、ｍｉＲ−206、ｍｉＲ−320、ｍｉＲ−374、ｍｉＲ−433、ｍｉＲ−496、ｍｉＲ−517、ｍｉＲ−590、ｍｉＲ−620、ｍｉＲ−768、ｍｉＲ−223、ｍｉＲ−203、ｍｉＲ−199、ｍｉＲ−519、ｍｉＲ−302、ｍｉＲ−30、ｍｉＲ−20、ｍｉＲ−200、ｍｉＲ−23、ｍｉＲ−29、ｍｉＲ−181、ｍｉＲ−548およびｍｉＲ−370からなる群から選択される、本発明1001、本発明1009、本発明1010、本発明1013または本発明1020の方法。
[本発明1037]
（ａ）被験者の生体試料中の1つ以上のｍｉＲＮＡの発現レベルを測定するステップであって、
前記ｍｉＲＮＡの少なくともサブセットがｍｉＲ−629、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂおよびｍｉＲ−222からなる群から選択されるステップと、
（ｂ）（ａ）における前記発現レベルに基づいて前立腺癌を特徴づけるステップと
を含む、被験者のにおける前立腺癌を特徴づける方法。
[本発明1038]
ｍｉＲ−141を検出するステップをさらに含む、本発明1037の方法。
[本発明1039]
（ａ）において前記ｍｉＲＮＡの少なくとも2つが選択される、本発明1037の方法。
[本発明1040]
（ａ）において前記ｍｉＲＮＡの少なくとも5つが選択される、本発明1037の方法。
[本発明1041]
前記生体試料が、異種細胞試料、痰、血液、血球、血清、生検材料、尿、腹腔液および胸膜液からなる群から選択される、本発明1001、本発明1005、本発明1009、本発明1010、本発明1013、本発明1020または本発明1037の方法。
[本発明1042]
前記特徴づけの結果を、ネットワークを通して送信する、本発明1001、本発明1005、本発明1013、本発明1020または本発明1037の方法。
[本発明1043]
前記分類の結果を、ネットワークを通して送信する、本発明1009または本発明1010の方法。
[本発明1044]
ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、ｍｉＲ−222およびｍｉＲ−141からなる群から選択される2つ以上のｍｉＲＮＡを評価するよう設定された検出システム。
[本発明1045]
前記システムが、前記2つ以上のｍｉＲＮＡと選択的にハイブリダイズするプローブのセットを含む、本発明1044の検出システム。
[本発明1046]
前記システムがＰＳＡ用のプローブを含む、本発明1044の検出システム。
[本発明1047]
前記システムがＰＣＡ3用のプローブを含む、本発明1044の検出システム。
[本発明1048]
ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、ｍｉＲ−222およびｍｉＲ−141からなる群から選択される2つ以上のｍｉＲＮＡと選択的にハイブリダイズするプローブのセットを含むキット。
[本発明1049]
前記プローブの各々が基質と結合している、本発明1048のキット。
[本発明1050]
ＰＳＡ用のプローブをさらに含む、本発明1048のキット。
[本発明1051]
ＰＣＡ3用のプローブをさらに含む、本発明1048のキット。
[本発明1052]
ＰＳＡタンパク質を検出するための試薬をさらに含む、本発明1048のキット。