【手続補正書】
【提出日】平成24年2月24日(2012.2.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記式の化合物、またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
2011529449.tif 000001
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;あるいは
R5、R6、R7、R8およびR9はそれぞれ独立して以下である:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
下記式の基:
2011529449.tif 000002
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター。
【請求項２】
Zが-O-である、請求項1記載の化合物。
【請求項３】
R2が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項４】
R3が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項５】
R3がアルキル(C≦8)である、請求項1記載の化合物。
【請求項６】
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項5記載の化合物。
【請求項７】
R4が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項８】
R5が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項９】
R5がシアノである、請求項1記載の化合物。
【請求項１０】
R6が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項１１】
R6が下記式の基である、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000003
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項１２】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項11記載の化合物。
【請求項１３】
Xが-C≡C-である、請求項12記載の化合物。
【請求項１４】
nがゼロである、請求項11記載の化合物。
【請求項１５】
R6が下記式の基である、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000004
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項１６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項15記載の化合物。
【請求項１７】
Xが-C≡C-である、請求項16記載の化合物。
【請求項１８】
Yが-CH2-である、請求項15記載の化合物。
【請求項１９】
nがゼロである、請求項15記載の化合物。
【請求項２０】
mがゼロである、請求項15記載の化合物。
【請求項２１】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項1記載の化合物。
【請求項２２】
リンカーが以下である、請求項21記載の化合物:
2011529449.tif 000005
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項22記載の化合物。
【請求項２４】
Xが-C≡C-である、請求項23記載の化合物。
【請求項２５】
nがゼロである、請求項22記載の化合物。
【請求項２６】
リンカーが以下である、請求項21記載の化合物:
2011529449.tif 000006
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２７】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項26記載の化合物。
【請求項２８】
Xが-C≡C-である、請求項27記載の化合物。
【請求項２９】
Yが-CH2-である、請求項26記載の化合物。
【請求項３０】
nがゼロである、請求項26記載の化合物。
【請求項３１】
mがゼロである、請求項26記載の化合物。
【請求項３２】
リンカーが以下である、請求項21記載の化合物:
2011529449.tif 000007
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項３３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項32記載の化合物。
【請求項３４】
Xが-C≡C-である、請求項33記載の化合物。
【請求項３５】
Yが-CH2-である、請求項32記載の化合物。
【請求項３６】
nがゼロである、請求項32記載の化合物。
【請求項３７】
mがゼロである、請求項32記載の化合物。
【請求項３８】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項21記載の化合物。
【請求項３９】
レポーターが以下である、請求項21記載の化合物:
2011529449.tif 000008
。
【請求項４０】
R7が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項４１】
R8が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項４２】
R8がニトロである、請求項1記載の化合物。
【請求項４３】
R8がアルキル(C≦8)である、請求項1記載の化合物。
【請求項４４】
R8がメチルである、請求項43記載の化合物。
【請求項４５】
R9が水素である、請求項1記載の化合物。
【請求項４６】
R9がニトロである、請求項1記載の化合物。
【請求項４７】
R9がアルキル(C≦8)である、請求項1記載の化合物。
【請求項４８】
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項47記載の化合物。
【請求項４９】
R9がアリール(C≦8)である、請求項1記載の化合物。
【請求項５０】
R9がフェニルである、請求項49記載の化合物。
【請求項５１】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000009
。
【請求項５２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000010
。
【請求項５３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項52記載の化合物:
2011529449.tif 000011
。
【請求項５４】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項52記載の化合物:
2011529449.tif 000012
。
【請求項５５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000013
。
【請求項５６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項55記載の化合物:
2011529449.tif 000014
。
【請求項５７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項55記載の化合物:
2011529449.tif 000015
。
【請求項５８】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000016
。
【請求項５９】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項58記載の化合物:
2011529449.tif 000017
。
【請求項６０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項58記載の化合物:
2011529449.tif 000018
。
【請求項６１】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000019
。
【請求項６２】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項61記載の化合物:
2011529449.tif 000020
。
【請求項６３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項61記載の化合物:
2011529449.tif 000021
。
【請求項６４】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000022
。
【請求項６５】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項64記載の化合物:
2011529449.tif 000023
。
【請求項６６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項64記載の化合物:
2011529449.tif 000024
。
【請求項６７】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000025
。
【請求項６８】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000026
。
【請求項６９】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項68記載の化合物:
2011529449.tif 000027
。
【請求項７０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項68記載の化合物:
2011529449.tif 000028
。
【請求項７１】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項1記載の化合物:
2011529449.tif 000029
。
【請求項７２】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項71記載の化合物:
2011529449.tif 000030
。
【請求項７３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項71記載の化合物:
2011529449.tif 000031
。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
本開示の他の目的、特徴および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、これらの詳細な説明および具体的な例は、本発明の具体的な態様を示してはいるものの、本発明の趣旨および範囲内にあるさまざまな変化および修正がこの詳細な説明から当業者には明らかになると考えられるため、例示に過ぎないものとして与えられることが理解されるべきである。特定の化合物が1つの特定の一般式に帰するというだけの理由で、それがまた、別の一般式には属しえないことを意味するものではないと留意されたい。
[本発明1001]
下記式の化合物、またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
2011529449.tif 000032
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;あるいは
R5、R6、R7、R8およびR9はそれぞれ独立して以下である:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
下記式の基:
2011529449.tif 000033
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター。
[本発明1002]
式Aの化合物としてさらに定義される、本発明1001の化合物。
[本発明1003]
式Bの化合物としてさらに定義される、本発明1001の化合物。
[本発明1004]
Zが-O-である、本発明1001〜1003のいずれかの化合物。
[本発明1005]
R1がヒドロキシである、本発明1001〜1004のいずれかの化合物。
[本発明1006]
R1がモノホスフェートである、本発明1001〜1004のいずれかの化合物。
[本発明1007]
R1がジホスフェートである、本発明1001〜1004のいずれかの化合物。
[本発明1008]
R1がトリホスフェートである、本発明1001〜1004のいずれかの化合物。
[本発明1009]
R1がポリホスフェートである、本発明1001〜1004のいずれかの化合物。
[本発明1010]
R2が水素である、本発明1001〜1009のいずれかの化合物。
[本発明1011]
R2がヒドロキシである、本発明1001〜1009のいずれかの化合物。
[本発明1012]
R3が水素である、本発明1001〜1011のいずれかの化合物。
[本発明1013]
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1011のいずれかの化合物。
[本発明1014]
R3がアルキル(C≦8)である、本発明1013の化合物。
[本発明1015]
R3がアルキル(C≦6)である、本発明1014の化合物。
[本発明1016]
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1015の化合物。
[本発明1017]
R3がメチルである、本発明1016の化合物。
[本発明1018]
R3がアルキル(C2-6)である、本発明1015の化合物。
[本発明1019]
R3がアルキル(C3-5)である、本発明1018の化合物。
[本発明1020]
R3がイソプロピルである、本発明1019の化合物。
[本発明1021]
R3がtert-ブチルである、本発明1019の化合物。
[本発明1022]
R4が水素である、本発明1001〜1021のいずれかの化合物。
[本発明1023]
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1021のいずれかの化合物。
[本発明1024]
R4がアルキル(C≦8)である、本発明1023の化合物。
[本発明1025]
R4がアルキル(C≦6)である、本発明1024の化合物。
[本発明1026]
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1025の化合物。
[本発明1027]
R4がメチルである、本発明1026の化合物。
[本発明1028]
R4がアルキル(C2-6)である、本発明1025の化合物。
[本発明1029]
R4がアルキル(C3-5)である、本発明1028の化合物。
[本発明1030]
R4がイソプロピルである、本発明1029の化合物。
[本発明1031]
R4がtert-ブチルである、本発明1029の化合物。
[本発明1032]
R5が水素である、本発明1001〜1031のいずれかの化合物。
[本発明1033]
R5がシアノである、本発明1001〜1031のいずれかの化合物。
[本発明1034]
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1031のいずれかの化合物。
[本発明1035]
R5がアルコキシ(C≦8)である、本発明1034の化合物。
[本発明1036]
R5がアルコキシ(C≦6)である、本発明1035の化合物。
[本発明1037]
R5がアルコキシ(C≦3)である、本発明1036の化合物。
[本発明1038]
R5がメトキシである、本発明1037の化合物。
[本発明1039]
R5が下記式の基である、本発明1001〜1031のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000034
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1040]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1039の化合物。
[本発明1041]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1040の化合物。
[本発明1042]
Xが-C≡C-である、本発明1041の化合物。
[本発明1043]
nがゼロである、本発明1039〜1042のいずれかの化合物。
[本発明1044]
R5が下記式の基である、本発明1001〜1031のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000035
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1045]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1044の化合物。
[本発明1046]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1045の化合物。
[本発明1047]
Xが-C≡C-である、本発明1046の化合物。
[本発明1048]
Yが-CH2-である、本発明1044〜1047のいずれかの化合物。 
[本発明1049]
nがゼロである、本発明1044〜1048のいずれかの化合物。
[本発明1050]
mがゼロである、本発明1044〜1049のいずれかの化合物。
[本発明1051]
R6が-リンカー-レポーターである、本発明1001〜1032のいずれかの化合物。
[本発明1052]
リンカーが以下である、本発明1051の化合物:
2011529449.tif 000036
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1053]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1052の化合物。
[本発明1054]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1053の化合物。
[本発明1055]
Xが-C≡C-である、本発明1054の化合物。
[本発明1056]
nがゼロである、本発明1052〜1055のいずれかの化合物。
[本発明1057]
リンカーが以下である、本発明1051の化合物:
2011529449.tif 000037
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1058]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1057の化合物。
[本発明1059]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1058の化合物。
[本発明1060]
Xが-C≡C-である、本発明1059の化合物。
[本発明1061]
Yが-CH2-である、本発明1057〜1060のいずれかの化合物。
[本発明1062]
nがゼロである、本発明1057〜1061のいずれかの化合物。
[本発明1063]
mがゼロである、本発明1057〜1062のいずれかの化合物。
[本発明1064]
リンカーが以下である、本発明1051の化合物:
2011529449.tif 000038
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1065]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1064の化合物。
[本発明1066]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1065の化合物。
[本発明1067]
Xが-C≡C-である、本発明1066の化合物。
[本発明1068]
Yが-CH2-である、本発明1064〜1067のいずれかの化合物。
[本発明1069]
nがゼロである、本発明1064〜1068のいずれかの化合物。
[本発明1070]
mがゼロである、本発明1064〜1069のいずれかの化合物。
[本発明1071]
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン(zanthene)、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、本発明1051〜1070のいずれかの化合物。
[本発明1072]
レポーターが以下である、本発明1051〜1070のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000039
。
[本発明1073]
R6が水素である、本発明1001〜1072のいずれかの化合物。
[本発明1074]
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1072のいずれかの化合物。
[本発明1075]
R6がアルコキシ(C≦8)である、本発明1074の化合物。
[本発明1076]
R6がアルコキシ(C≦6)である、本発明1075の化合物。
[本発明1077]
R6がアルコキシ(C≦3)である、本発明1076の化合物。
[本発明1078]
R6がメトキシである、本発明1077の化合物。
[本発明1079]
R6が下記式の基である、本発明1001〜1072のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000040
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1080]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1079の化合物。
[本発明1081]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1080の化合物。
[本発明1082]
Xが-C≡C-である、本発明1081の化合物。
[本発明1083]
nがゼロである、本発明1079〜1082のいずれかの化合物。
[本発明1084]
R6が下記式の基である、本発明1001〜1072のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000041
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1085]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1084の化合物。
[本発明1086]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1085の化合物。
[本発明1087]
Xが-C≡C-である、本発明1086の化合物。
[本発明1088]
Yが-CH2-である、本発明1084〜1087のいずれかの化合物。
[本発明1089]
nがゼロである、本発明1084〜1088のいずれかの化合物。
[本発明1090]
mがゼロである、本発明1084〜1089のいずれかの化合物。
[本発明1091]
R6が-リンカー-レポーターである、本発明1001〜1072のいずれかの化合物。
[本発明1092]
リンカーが以下である、本発明1091の化合物:
2011529449.tif 000042
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1093]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1092の化合物。
[本発明1094]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1093の化合物。
[本発明1095]
Xが-C≡C-である、本発明1094の化合物。
[本発明1096]
nがゼロである、本発明1092〜1095のいずれかの化合物。
[本発明1097]
リンカーが以下である、本発明1091の化合物:
2011529449.tif 000043
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1098]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1097の化合物。
[本発明1099]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1098の化合物。
[本発明1100]
Xが-C≡C-である、本発明1099の化合物。
[本発明1101]
Yが-CH2-である、本発明1097〜1100のいずれかの化合物。
[本発明1102]
nがゼロである、本発明1097〜1101のいずれかの化合物。
[本発明1103]
mがゼロである、本発明1097〜1102のいずれかの化合物。
[本発明1104]
リンカーが以下である、本発明1091の化合物:
2011529449.tif 000044
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1105]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1104の化合物。
[本発明1106]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1105の化合物。
[本発明1107]
Xが-C≡C-である、本発明1106の化合物。
[本発明1108]
Yが-CH2-である、本発明1104〜1107のいずれかの化合物。
[本発明1109]
nがゼロである、本発明1104〜1108のいずれかの化合物。
[本発明1110]
mがゼロである、本発明1104〜1109のいずれかの化合物。
[本発明1111]
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、本発明1091〜1110のいずれかの化合物。
[本発明1112]
レポーターが以下である、本発明1091〜1110のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000045
。
[本発明1113]
R7が水素である、本発明1001〜1112のいずれかの化合物。
[本発明1114]
R8が水素である、本発明1001〜1113のいずれかの化合物。
[本発明1115]
R8がニトロである、本発明1001〜1113のいずれかの化合物。
[本発明1116]
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1113のいずれかの化合物。
[本発明1117]
R8がアルキル(C≦8)である、本発明1116の化合物。
[本発明1118]
R8がアルキル(C≦6)である、本発明1117の化合物。
[本発明1119]
R8がアルキル(C≦3)である、本発明1118の化合物。
[本発明1120]
R8がメチルである、本発明1119の化合物。
[本発明1121]
R9が水素である、本発明1001〜1120のいずれかの化合物。
[本発明1122]
R9がニトロである、本発明1001〜1120のいずれかの化合物。
[本発明1123]
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1120のいずれかの化合物。
[本発明1124]
R9がアルキル(C≦8)である、本発明1123の化合物。
[本発明1125]
R9がアルキル(C≦6)である、本発明1124の化合物。
[本発明1126]
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1125の化合物。
[本発明1127]
R9がメチルである、本発明1126の化合物。
[本発明1128]
R9がアルキル(C2-6)である、本発明1125の化合物。
[本発明1129]
R9がアルキル(C3-5)である、本発明1128の化合物。
[本発明1130]
R9がイソプロピルである、本発明1129の化合物。
[本発明1131]
R9がtert-ブチルである、本発明1129の化合物。
[本発明1132]
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、本発明1001〜1120のいずれかの化合物。
[本発明1133]
R9がアリール(C≦8)である、本発明1132の化合物。
[本発明1134]
R9がフェニルである、本発明1133の化合物。
[本発明1135]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000046
。
[本発明1136]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000047
。
[本発明1137]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1136の化合物:
2011529449.tif 000048
。
[本発明1138]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1136の化合物:
2011529449.tif 000049
。
[本発明1139]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000050
。
[本発明1140]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1139の化合物:
2011529449.tif 000051
。
[本発明1141]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1139の化合物:
2011529449.tif 000052
。
[本発明1142]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000053
。
[本発明1143]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1142の化合物:
2011529449.tif 000054
。
[本発明1144]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1142の化合物:
2011529449.tif 000055
。
[本発明1145]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000056
。
[本発明1146]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1145の化合物:
2011529449.tif 000057
。
[本発明1147]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1145の化合物:
2011529449.tif 000058
。
[本発明1148]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1002の化合物:
2011529449.tif 000059
。
[本発明1149]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1148の化合物:
2011529449.tif 000060
。
[本発明1150]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1148の化合物:
2011529449.tif 000061
。
[本発明1151]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1003の化合物:
2011529449.tif 000062
。
[本発明1152]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1003の化合物:
2011529449.tif 000063
。
[本発明1153]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1152の化合物:
2011529449.tif 000064
。
[本発明1154]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1152の化合物:
2011529449.tif 000065
。
[本発明1155]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1003の化合物:
2011529449.tif 000066
。
[本発明1156]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1155の化合物:
2011529449.tif 000067
。
[本発明1157]
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1155の化合物:
2011529449.tif 000068
。
[本発明1158]
下記式の化合物またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
2011529449.tif 000069
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
R5、R6、R7およびR8はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;または
下記式の基:
2011529449.tif 000070
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター;かつ
R9はアルキル(C≦12)、アリール(C≦12)またはこれらの基のいずれかの置換型である。
[本発明1159]
式Cの化合物としてさらに定義される、本発明1158の化合物。
[本発明1160]
式Dの化合物としてさらに定義される、本発明1158の化合物。
[本発明1161]
Zが-O-である、本発明1158〜1160のいずれかの化合物。
[本発明1162]
R1がヒドロキシである、本発明1158〜1161のいずれかの化合物。
[本発明1163]
R1がモノホスフェートである、本発明1158〜1161のいずれかの化合物。
[本発明1164]
R1がジホスフェートである、本発明1158〜1161のいずれかの化合物。
[本発明1165]
R1がトリホスフェートである、本発明1158〜1161のいずれかの化合物。
[本発明1166]
R1がポリホスフェートである、本発明1158〜1161のいずれかの化合物。
[本発明1167]
R2が水素である、本発明1158〜1166のいずれかの化合物。
[本発明1168]
R2がヒドロキシである、本発明1158〜1166のいずれかの化合物。
[本発明1169]
R3が水素である、本発明1158〜1168のいずれかの化合物。
[本発明1170]
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1168のいずれかの化合物。
[本発明1171]
R3がアルキル(C≦8)である、本発明1170の化合物。
[本発明1172]
R3がアルキル(C≦6)である、本発明1171の化合物。
[本発明1173]
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1172の化合物。
[本発明1174]
R3がメチルである、本発明1173の化合物。
[本発明1175]
R3がアルキル(C2-6)である、本発明1172の化合物。
[本発明1176]
R3がアルキル(C3-5)である、本発明1175の化合物。
[本発明1177]
R3がイソプロピルである、本発明1176の化合物。
[本発明1178]
R3がtert-ブチルである、本発明1176の化合物。
[本発明1179]
R4が水素である、本発明1158〜1178のいずれかの化合物。
[本発明1180]
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1178のいずれかの化合物。
[本発明1181]
R4がアルキル(C≦8)である、本発明1180の化合物。
[本発明1182]
R4がアルキル(C≦6)である、本発明1181の化合物。
[本発明1183]
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1182の化合物。
[本発明1184]
R4がメチルである、本発明1183の化合物。
[本発明1185]
R4がアルキル(C2-6)である、本発明1182の化合物。
[本発明1186]
R4がアルキル(C3-5)である、本発明1185の化合物。
[本発明1187]
R4がイソプロピルである、本発明1186の化合物。
[本発明1188]
R4がtert-ブチルである、本発明1186の化合物。
[本発明1189]
R5が水素である、本発明1158〜1188のいずれかの化合物。
[本発明1190]
R5がシアノである、本発明1158〜1188のいずれかの化合物。
[本発明1191]
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1188のいずれかの化合物。
[本発明1192]
R5がアルコキシ(C≦8)である、本発明1191の化合物。
[本発明1193]
R5がアルコキシ(C≦6)である、本発明1192の化合物。
[本発明1194]
R5がアルコキシ(C≦3)である、本発明1193の化合物。
[本発明1195]
R5がメトキシである、本発明1194の化合物。
[本発明1196]
R5が下記式の基である、本発明1158〜1188のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000071
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1197]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1196の化合物。
[本発明1198]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1197の化合物。
[本発明1199]
Xが-C≡C-である、本発明1198の化合物。
[本発明1200]
nがゼロである、本発明1196〜1199のいずれかの化合物。
[本発明1201]
R5が下記式の基である、本発明1158〜1188のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000072
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1202]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1201の化合物。
[本発明1203]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1202の化合物。
[本発明1204]
Xが-C≡C-である、本発明1203の化合物。
[本発明1205]
Yが-CH2-である、本発明1201〜1204のいずれかの化合物。
[本発明1206]
nがゼロである、本発明1201〜1205のいずれかの化合物。
[本発明1207]
mがゼロである、本発明1201〜1206のいずれかの化合物。
[本発明1208]
R6が-リンカー-レポーターである、本発明1158〜1189のいずれかの化合物。
[本発明1209]
リンカーが以下である、本発明1208の化合物:
2011529449.tif 000073
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1210]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1209の化合物。
[本発明1211]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1210の化合物。
[本発明1212]
Xが-C≡C-である、本発明1211の化合物。
[本発明1213]
nがゼロである、本発明1209〜1212のいずれかの化合物。
[本発明1214]
リンカーが以下である、本発明1208の化合物:
2011529449.tif 000074
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1215]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1214の化合物。
[本発明1216]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1215の化合物。
[本発明1217]
Xが-C≡C-である、本発明1216の化合物。
[本発明1218]
Yが-CH2-である、本発明1214〜1217のいずれかの化合物。
[本発明1219]
nがゼロである、本発明1214〜1218のいずれかの化合物。
[本発明1220]
mがゼロである、本発明1214〜1219のいずれかの化合物。
[本発明1221]
リンカーが以下である、本発明1208の化合物:
2011529449.tif 000075
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1222]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1221の化合物。
[本発明1223]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1222の化合物。
[本発明1224]
Xが-C≡C-である、本発明1223の化合物。
[本発明1225]
Yが-CH2-である、本発明1221〜1224のいずれかの化合物。
[本発明1226]
nがゼロである、本発明1221〜1225のいずれかの化合物。
[本発明1227]
mがゼロである、本発明1221〜1226のいずれかの化合物。
[本発明1228]
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、本発明1208〜1227のいずれかの化合物。
[本発明1229]
レポーターが以下である、本発明1208〜1227のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000076
。
[本発明1230]
R6が水素である、本発明1158〜1229のいずれかの化合物。
[本発明1231]
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1229のいずれかの化合物。
[本発明1232]
R6がアルコキシ(C≦8)である、本発明1231の化合物。
[本発明1233]
R6がアルコキシ(C≦6)である、本発明1232の化合物。
[本発明1234]
R6がアルコキシ(C≦3)である、本発明1233の化合物。
[本発明1235]
R6がメトキシである、本発明1234の化合物。
[本発明1236]
R6が下記式の基である、本発明1158〜1229のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000077
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1237]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1236の化合物。
[本発明1238]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1237の化合物。
[本発明1239]
Xが-C≡C-である、本発明1238の化合物。
[本発明1240]
nがゼロである、本発明1236〜1239のいずれかの化合物。
[本発明1241]
R6が下記式の基である、本発明1158〜1229のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000078
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1242]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1241の化合物。
[本発明1243]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1242の化合物。
[本発明1244]
Xが-C≡C-である、本発明1243の化合物。
[本発明1245]
Yが-CH2-である、本発明1241〜1244のいずれかの化合物。
[本発明1246]
nがゼロである、本発明1241〜1245のいずれかの化合物。
[本発明1247]
mがゼロである、本発明1241〜1246のいずれかの化合物。
[本発明1248]
R6が-リンカー-レポーターである、本発明1158〜1229のいずれかの化合物。
[本発明1249]
リンカーが以下である、本発明1248の化合物:
2011529449.tif 000079
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
[本発明1250]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1249の化合物。
[本発明1251]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1250の化合物。
[本発明1252]
Xが-C≡C-である、本発明1251の化合物。
[本発明1253]
nがゼロである、本発明1249〜1252のいずれかの化合物。
[本発明1254]
リンカーが以下である、本発明1248の化合物:
2011529449.tif 000080
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1255]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1254の化合物。
[本発明1256]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1255の化合物。
[本発明1257]
Xが-C≡C-である、本発明1256の化合物。
[本発明1258]
Yが-CH2-である、本発明1254〜1257のいずれかの化合物。
[本発明1259]
nがゼロである、本発明1254〜1258のいずれかの化合物。
[本発明1260]
mがゼロである、本発明1254〜1259のいずれかの化合物。
[本発明1261]
リンカーが以下である、本発明1248の化合物:
2011529449.tif 000081
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
[本発明1262]
Xがアルキンジイル(C≦12)である、本発明1261の化合物。
[本発明1263]
Xがアルキンジイル(C2-8)である、本発明1262の化合物。
[本発明1264]
Xが-C≡C-である、本発明1263の化合物。
[本発明1265]
Yが-CH2-である、本発明1261〜1264のいずれかの化合物。
[本発明1266]
nがゼロである、本発明1261〜1265のいずれかの化合物。
[本発明1267]
mがゼロである、本発明1261〜1266のいずれかの化合物。
[本発明1268]
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、本発明1248〜1267のいずれかの化合物。
[本発明1269]
レポーターが以下である、本発明1248〜1267のいずれかの化合物:
2011529449.tif 000082
。
[本発明1270]
R7が水素である、本発明1158〜1269のいずれかの化合物。
[本発明1271]
R8が水素である、本発明1158〜1270のいずれかの化合物。
[本発明1272]
R8がニトロである、本発明1158〜1270のいずれかの化合物。
[本発明1273]
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1270のいずれかの化合物。
[本発明1274]
R8がアルキル(C≦8)である、本発明1273の化合物。
[本発明1275]
R8がアルキル(C≦6)である、本発明1274の化合物。
[本発明1276]
R8がアルキル(C≦3)である、本発明1275の化合物。
[本発明1277]
R8がメチルである、本発明1276の化合物。
[本発明1278]
R9が水素ではない、本発明1158〜1277のいずれかの化合物。
[本発明1279]
R9がニトロである、本発明1158〜1277のいずれかの化合物。
[本発明1280]
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1277のいずれかの化合物。
[本発明1281]
R9がアルキル(C≦8)である、本発明1280の化合物。
[本発明1282]
R9がアルキル(C≦6)である、本発明1281の化合物。
[本発明1283]
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、本発明1282の化合物。
[本発明1284]
R9がメチルである、本発明1283の化合物。
[本発明1285]
R9がアルキル(C2-6)である、本発明1282の化合物。
[本発明1286]
R9がアルキル(C3-5)である、本発明1285の化合物。
[本発明1287]
R9がイソプロピルである、本発明1286の化合物。
[本発明1288]
R9がtert-ブチルである、本発明1286の化合物。
[本発明1289]
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、本発明1158〜1277のいずれかの化合物。
[本発明1290]
R9がアリール(C≦8)である、本発明1289の化合物。
[本発明1291]
R9がフェニルである、本発明1290の化合物。
[本発明1292]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1158の化合物:
2011529449.tif 000083
。
[本発明1293]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1158の化合物:
2011529449.tif 000084
。
[本発明1294]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1158の化合物:
2011529449.tif 000085
。
[本発明1295]
以下またはその塩としてさらに定義される、本発明1158の化合物:
2011529449.tif 000086
。
[本発明1296]
以下またはそれらの塩からなる群より選択される式の化合物:
2011529449.tif 000087
。
[本発明1297]
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1296の化合物:
2011529449.tif 000088
。
[本発明1298]
以下またはその塩からなる群より選択される式の化合物:
2011529449.tif 000089
および
2011529449.tif 000090
。
[本発明1299]
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、本発明1298の化合物:
2011529449.tif 000091
2011529449.tif 000092
2011529449.tif 000093
および
2011529449.tif 000094
。
[本発明1300]
塩である、本発明1001〜1299のいずれかの化合物。
[本発明1301]
塩が一価の陽イオンを含む、本発明1300の化合物。
[本発明1302]
一価の陽イオンがリチウムである、本発明1301の化合物。
[本発明1303]
一価の陽イオンがナトリウムである、本発明1301の化合物。
[本発明1304]
一価の陽イオンがカリウムである、本発明1301の化合物。
[本発明1305]
塩が二価の陽イオンを含む、本発明1300の化合物。
[本発明1306]
二価の陽イオンがカルシウム、マグネシウムまたはマンガン(II)である、本発明1305の化合物。
[本発明1307]
塩が、アンモニウム、トリ-n-ブチルアンモニウムおよび(HOCH2)3CNH3+からなる群より選択される陽イオンを含む、本発明1300の化合物。
[本発明1308]
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面にプライマーの5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合されたプライマーと標的核酸をハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、本発明1001〜1307のいずれかの化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(viii) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(ix) 段階(iii)〜(viii)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
[本発明1309]
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面に標的核酸の5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合された標的核酸とプライマーをハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、本発明1001〜1307のいずれかの化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 任意で1種または複数種の化合物を添加して非伸長プライマーを永続的にキャップする段階;
(viii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(ix) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(x) 段階(iii)〜(ix)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
[本発明1310]
化合物が、DNAポリメラーゼである核酸複製酵素により取り込まれる、本発明1308または1309の方法。
[本発明1311]
DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Klenow (エキソ-) DNAポリメラーゼ、Bst DNAポリメラーゼ、VENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス・リトラリス(Thermococcus litoralis)からクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、Pfu (エキソ-) DNAポリメラーゼ、およびDEEPVENT (商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(パイロコッカス(Pyrococcus)種GB-Dからクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)からなる群より選択される、本発明1310の方法。
[本発明1312]
DNAポリメラーゼが、AMPLITAQ (登録商標) DNAポリメラーゼ、FS (G46DおよびF667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼ(F667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) II DNAポリメラーゼ(THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼおよびT.アシッドフィラム(T. acidophilum)ピロホスファターゼの混合物)、THERMINATOR(商標) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス(Thermococcus)種9°N-7からクローニングされ、かつD141A、E143AおよびA485L突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、THERMINATOR (商標) II DNAポリメラーゼ(さらにY409V突然変異を含んだTHERMINATOR (商標) DNAポリメラーゼ)およびVENT (登録商標) (エキソ-) A488L DNAポリメラーゼ(A488L突然変異を含んだVENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ)からなる群より選択される、本発明1310の方法。
[本発明1313]
終結部分の切断が化学的切断、光切断、電気化学的切断または酵素的切断である、本発明1308〜1312のいずれかの方法。
[本発明1314]
化学的切断が触媒または化学量論的試薬を用いて行われる、本発明1313の方法。
[本発明1315]
触媒が均一または不均一である、本発明1314の方法。
[本発明1316]
不均一触媒がパラジウムを含む、本発明1315の方法。
[本発明1317]
均一触媒がパラジウムを含む、本発明1315の方法。
[本発明1318]
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、本発明1315〜1317のいずれかの方法。
[本発明1319]
光切断が、300 nm〜400 nmの範囲の光の波長を用いて行われる、本発明1314の方法。
[本発明1320]
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、本発明1319の方法。
[本発明1321]
本発明1001〜1307のいずれかの化合物を用いてSanger配列決定またはSanger型の配列決定を行う方法。
[本発明1322]
本発明1001〜1307のいずれかの化合物を用いてピロ配列決定またはピロ配列決定型の配列決定を行う方法。