【手続補正書】
【提出日】平成26年1月21日(2014.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非天然の微生物であって、
（ｉ）一酸化炭素デヒドロゲナーゼまたはヒドロゲナーゼ活性および還元トリカルボン酸（ｒＴＣＡ）経路を有し、ＣＯ、ＣＯ２またはＨ２をアセチルＣｏＡに変換するに十分な量にて発現されたｒＴＣＡ経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、上記ｒＴＣＡ酵素が、ＡＴＰクエン酸−リアーゼ、クエン酸リアーゼ、アコニターゼ、クエン酸デヒドロゲナーゼ、アルファケトグルタル酸：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、スクシニルＣｏＡシンセターゼ、スクシニルＣｏＡトランスフェラーゼ、フマル酸レダクターゼ、フマラーゼおよびリンゴ酸デヒドロゲナーゼからなる群より選択されるか、
（ｉｉ）一酸化炭素または水素から還元当量を産生するに十分な量にて発現された酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むことにより還元ＴＣＡ経路を介してＣＯ２を固定し、上記少なくとも１つの外因性核酸が、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ヒドロゲナーゼ、およびＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択されるか、または
（ｉｉｉ）(１)ＣＯ、（２）ＣＯ２およびＨ２、（３）ＣＯおよびＣＯ２、（４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、または（５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスをアセチルＣｏＡに変換するに十分な量にて発現されたｒＴＣＡ経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、上記ｒＴＣＡ経路酵素が、ＡＴＰクエン酸−リアーゼ、クエン酸リアーゼ、アコニターゼ、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、アルファケトグルタル酸：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、スクシニルＣｏＡシンセターゼ、スクシニルＣｏＡトランスフェラーゼ、フマル酸レダクターゼ、フマラーゼおよびリンゴ酸デヒドロゲナーゼからなる群より選択され、
一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ヒドロゲナーゼおよびＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼからなる群より選択される酵素を産生する還元当量をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元当量産生経路を含む、非天然の微生物。
【請求項２】
上記（ｉｉ）または（ｉｉｉ）に基づく上記微生物が、フェドレキシンをさらに含む、請求項１に記載の非天然の微生物。
【請求項３】
上記（ｉ）または（ｉｉｉ）に基づく上記ｒＴＣＡ経路酵素が、ＡＴＰクエン酸−リアーゼ、クエン酸リアーゼ、アルファケトグルタル酸：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、およびフマル酸レダクターゼからなる群より選択される、請求項１に記載の非天然の微生物。
【請求項４】
上記（ｉ）または（ｉｉｉ）に基づく上記ｒＴＣＡ経路酵素が、アコニターゼまたはイソクエン酸デヒドロゲナーゼである、請求項１に記載の非天然の微生物。
【請求項５】
（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路を有する非天然の微生物であって、（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートを産生するに十分な量にて発現された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
上記（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路が、２−Ｃ−メチル−Ｄ−エリトリトール−４−ホスフェートデヒドラターゼを含む、非天然の微生物。
【請求項６】
請求項５に記載の非天然の微生物であって、
（ｉ）上記（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路が、１−デオキシキシルロース−５−ホスフェートシンターゼおよび／または１−デオキシ−Ｄ−キシルロース−５−ホスフェートレダクトイソメラーゼをさらに含むか、
（ｉｉ）上記微生物が３個の外因性核酸を含み、該３個の外因性核酸の各々が（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路酵素をコードするか、
（ｉｉｉ）上記微生物が３個の外因性核酸を含み、該３個の外因性核酸が、２−Ｃ−メチル−Ｄ−エリトリトール−４−ホスフェートデヒドラターゼ、１−デオキシキシルロース−５−ホスフェートシンターゼおよび１−デオキシ−Ｄ−キシルロース−５−ホスフェートレダクトイソメラーゼをコードするか、
（ｉｖ）上記少なくとも１つの外因性核酸が異種性の核酸であるか、または
（ｖ）上記微生物が実質的に嫌気性である培養媒体中にある、非天然の微生物。
【請求項７】
（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートを製造するための条件下で（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートを製造するに十分な期間にわたって、請求項５または６に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートを製造する方法。
【請求項８】
ｐ−トルイル酸経路を有する非天然の微生物であって、ｐ−トルイル酸を産生するに十分な量で発現されたｐ−トルイル酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
上記ｐ−トルイル酸経路が、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトン酸シンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキミ酸デヒドロゲナーゼ；シキミ酸キナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；またはコリスメートリアーゼを含む、非天然の微生物。
【請求項９】
請求項８に記載の非天然の微生物であって、
（ｉ）上記微生物が２個、３個、４個、５個、６個、７個または８個の外因性核酸を含み、該２個、３個、４個、５個、６個、７個または８個の外因性核酸の各々がｐ−トルイル酸経路酵素をコードするか、
（ｉｉ）上記微生物が８個の外因性核酸を含み、該８個の外因性核酸が、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトン酸シンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキミ酸デヒドロゲナーゼ；シキミ酸キナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；およびコリスメートリアーゼをコードするか、
（ｉｉｉ）上記微生物が（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路をさらに含むか、
（ｉｖ）上記少なくとも１つの外因性核酸が異種性の核酸であるか、または
（ｖ）上記微生物が実質的に嫌気性である培養媒体中にある、非天然の微生物。
【請求項１０】
上記（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路が、２−Ｃ−メチル−Ｄ−エリトリトール−４−ホスフェートデヒドラターゼ、１−デオキシキシルロース−５−ホスフェートシンターゼおよび／または１−デオキシ−Ｄ−キシルロース−５−ホスフェートレダクトイソメラーゼを含む、請求項９に記載の非天然の微生物。
【請求項１１】
ｐ−トルイル酸を製造するための条件下でｐ−トルイル酸を製造するに十分な期間にわたって請求項８から１０のいずれか一項に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、ｐ−トルイル酸を製造する方法。
【請求項１２】
テレフタル酸経路を有する非天然の微生物であって、テレフタル酸を産生するに十分な量で発現されたテレフタル酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
上記テレフタル酸経路が、ｐ−トルエートメチル−モノオキシゲナーゼレダクターゼ；４−カルボキシベンジルアルコールデヒドロゲナーゼ；または４−カルボキシルベンジルアルデヒドデヒドロゲナーゼを含み、
上記微生物が、ｐ−トルイル酸経路をさらに含み、
上記ｐ−トルイル酸経路が、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトン酸シンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキミ酸デヒドロゲナーゼ；シキミ酸キナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；またはコリスメートリアーゼを含む、非天然の微生物。
【請求項１３】
請求項１２に記載の非天然の微生物であって、
（ｉ）上記微生物が２個または３個の外因性核酸を含み、該２個または３個の外因性核酸の各々がテレフタル酸経路酵素をコードするか、
（ｉｉ）上記微生物が３個の外因性核酸を含み、該３個の外因性核酸がｐ−トルエートメチル−モノオキシゲナーゼレダクターゼ；４−カルボキシベンジルアルコールデヒドロゲナーゼ；および４−カルボキシルベンジルアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードするか、
（ｉｉｉ）上記ｐ−トルイル酸経路が、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトン酸シンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキミ酸デヒドロゲナーゼ；シキミ酸キナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；およびコリスメートリアーゼを含むか、
（ｉｖ）上記微生物が２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路をさらに含むか
（ｖ）上記少なくとも１つの外因性核酸が異種性の核酸であるか、または
（ｖｉ）上記微生物が実質的に嫌気性である培養媒体中にある、非天然の微生物。
【請求項１４】
上記（ｉｖ）に基づく上記（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路が、２−Ｃ−メチル−Ｄ−エリトリトール−４−ホスフェートデヒドラターゼ、１−デオキシキシルロース−５−ホスフェートシンターゼおよび／または１−デオキシ−Ｄ−キシルロース−５−ホスフェートレダクトイソメラーゼを含む、請求項１３に記載の非天然の微生物。
【請求項１５】
テレフタル酸を製造するための条件下でテレフタル酸を製造するに十分な期間にわたって請求項１２から１４のいずれか一項に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、テレフタル酸を製造する方法。
【請求項１６】
上記（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸を、培養物中の他の成分から分離する、請求項７、１１または１５に記載の方法。
【請求項１７】
上記分離が、抽出、連続的液体−液体抽出、浸透気化、膜濾過、膜分離、逆浸透法、電気透析、蒸留、結晶化、遠心分離、抽出濾過、イオン交換クロマトグラフィ、サイズ排除クロマトグラフィ、吸着クロマトグラフィまたは限外濾過を含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
細菌、酵母または真菌である、請求項１、５、６、８から１０、１２から１４のいずれか一項に記載の非天然の微生物。
【請求項１９】
（ｉ）請求項５または６に記載の非天然の微生物によって産生した（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、
（ｉｉ）請求項８から１０のいずれか一項に記載の非天然の微生物によって産生したｐ−トルイル酸、または
（ｉｉｉ）請求項１２から１４のいずれか一項に記載の非天然の微生物によって産生したテレフタル酸、を含む、培養媒体。
【請求項２０】
上記非天然の微生物から分離される、請求項１９に記載の培養媒体。
【請求項２１】
生合成された、（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸。
【請求項２２】
(ｉ)請求項７に記載の方法に基づいて産生されるか、
(ｉｉ)請求項１１に記載の方法に基づいて産生されるか、または
(ｉｉｉ)請求項１５に記載の方法に基づいて産生される、生合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸。
【請求項２３】
請求項２１または２２に記載の生合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸を含む、化合物、ポリマーまたは他の生成物。
【請求項２４】
化合物、ポリマーまたは他の生成物の製造における、請求項２１または２２に記載の上記生合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸の、使用。
【請求項２５】
上記製造が、上記生合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート、ｐ−トルイル酸またはテレフタル酸の化学的変換を含む、請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
請求項２４に記載の使用であって、
（ｉ）上記使用が上記生合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートの使用であり、上記化合物、ポリマーまたは他の生成物がポリエチレンテレフタル酸、衣類、樹脂、プラスチックボトルまたは飼鳥類の飼料添加物であるか、
（ｉｉ）上記使用が上記生合成されたｐ−トルイル酸の使用であり、上記化合物、ポリマーまたは他の生成物がテレフタル酸、ポリマーの安定剤、農薬、光感受性化合物、動物飼料サプリメントおよび他の有機化合物であるか、または
（ｉｉｉ）上記使用が上記生合成されたテレフタル酸の使用であり、上記化合物、ポリマーまたは他の生成物が衣類、樹脂、プラスチックボトルまたは飼鳥類の飼料添加物である、使用。
【請求項２７】
（ｉ）合成された（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネートおよび請求項５または６に記載の非天然の微生物、
（ｉｉ）合成されたｐ−トルイル酸および請求項８から１０のいずれか一項に記載の非天然の微生物、または
（ｉｉｉ）合成されたテレフタル酸および請求項１２から１４のいずれか一項に記載の非天然の微生物、を含む、組成物。