【手続補正書】
【提出日】平成26年6月18日(2014.6.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
構造：［ＴＮ１］−［ＤＨ］−［Ｎ２］−［Ｈ３−ＪＨ］を有するＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも１０４のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ＴＮ１は、表９〜１０および１８〜２６のＴＮ１ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表２５〜２６のＴＮ１ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、
ＤＨは、表９、１１、１７〜２５、および２８のＤＨポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表１６、２５、および２７のＤＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、
Ｎ２は、表９、１２、１８〜２５、および３０のＮ２ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表２５および２９のＮ２コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、及び
Ｈ３−ＪＨは、表９、１３、１５、１８〜２５、および３２のＨ３−ＪＨポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表１４、２５、および３１のＨ３−ＪＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドである、ライブラリー。
【請求項２】
前記ライブラリーにおける配列の少なくとも１％、５％、または１０％が、提供される構造を有する、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
前記ポリヌクレオチドが、表２３〜２５のいずれか１つにおいて提供されるＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨポリペプチドのセットによって産生されるＣＤＲＨ３ポリペプチドをコードする、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項４】
前記ポリヌクレオチドが、表２６において提供されるＴＮ１ポリペプチドのセット、表２８において提供されるＤＨポリペプチドのセット、表３０において提供されるＮ２ポリペプチドのセット、および表３２において提供されるＨ３−ＪＨポリペプチドのセットによって産生されるＣＤＲＨ３ポリペプチドをコードする、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項５】
抗原に結合する抗体を単離するために請求項１に記載のライブラリーを使用する方法であって、前記ライブラリーのポリペプチド発現産物を抗原と接触させるステップおよび前記抗原に結合するポリペプチド発現産物を単離するステップを含む、方法。
【請求項６】
Ｎ結合型グリコシル化部位、脱アミド化モチーフ、および／またはＣｙｓ残基の数は、生物学的供給源由来のレパートリーの増幅によって産生されるライブラリーと比較して低下しているまたは削減されている、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項７】
１つまたは複数の軽鎖可変ドメインポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項８】
前記ポリペプチドは、完全長ＩｇＧとして発現される、請求項７に記載のライブラリー。
【請求項９】
請求項８に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。
【請求項１０】
請求項９に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。
【請求項１１】
請求項１に記載のライブラリーを含有するベクター。
【請求項１２】
請求項１１に記載のベクターを含有する宿主細胞。
【請求項１３】
前記宿主細胞は、酵母細胞である、請求項１２に記載の宿主細胞。
【請求項１４】
前記酵母は、出芽酵母である、請求項１３に記載の酵母細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のライブラリーを含有するキット。
【請求項１６】
構造：［ＴＮ１］−［ＤＨ］−［Ｎ２］−［Ｈ３−ＪＨ］を有するＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも１０４のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ＴＮ１は、表９〜１０および１８〜２６のＴＮ１ポリペプチドのいずれかと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表２５〜２６のＴＮ１ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、
ＤＨは、表９、１１、１７〜２５、および２８のＤＨポリペプチドのいずれかと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表１６、２５、および２７のＤＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、
Ｎ２は、表９、１２、１８〜２５、および３０のＮ２ポリペプチドのいずれかと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表２５および２９のＮ２コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、及び
Ｈ３−ＪＨは、表９、１３、１５、１８〜２５、および３２のＨ３−ＪＨポリペプチドのいずれかと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表１４、２５、および３１のＨ３−ＪＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドである、ライブラリー。
【請求項１７】
軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
前記軽鎖可変領域は、
（ａ）１つもしくは複数の位置４、４９、および４６で異なるＶＫ１−０５配列；
（ｂ）１つもしくは複数の位置４、４９、４６、および６６で異なるＶＫ１−１２配列；（ｃ）１つもしくは複数の位置４、４９、および６６で異なるＶＫ１−３３配列；
（ｄ）１つもしくは複数の位置４、４９、および４６で異なるＶＫ１−３９配列；
（ｅ）１つもしくは複数の位置２、４、４６、および４９で異なるＶＫ２−２８配列；
（ｆ）１つもしくは複数の位置２、４、３６、および４９で異なるＶＫ３−１１配列；
（ｇ）１つもしくは複数の位置２、４、４８、および４９で異なるＶＫ３−１５配列；
（ｈ）１つもしくは複数の位置２、４、４８、および４９で異なるＶＫ３−２０配列；ならびに
（ｉ）１つもしくは複数の位置４、４６、４９、および６６で異なるＶＫ４−１配列から成る群から選択される、ライブラリー。
【請求項１８】
前記ライブラリーは、表３において提供される２つ以上の軽鎖ポリペプチド配列と少なくとも８０％、９０％、または９５％同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項１７に記載のライブラリー。
【請求項１９】
前記軽鎖可変領域は、表３において提供されるポリペプチド配列を含む、請求項１７に記載のライブラリー。
【請求項２０】
軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、前記軽鎖可変領域のポリペプチド配列は、可変軽鎖ポリペプチド配列の位置８９〜９４の２つまたは３つの残基で異なる、ライブラリー。
【請求項２１】
前記ライブラリーは、表５〜７において提供される２つ以上のポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも８０％、９０％、または９５％同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項２０に記載のライブラリー。
【請求項２２】
前記軽鎖可変領域は、表５〜７において提供されるポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドを含む、請求項２０に記載のライブラリー。
【請求項２３】
ＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）ＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメントを含有する理論的セグメントプールを提供するステップ；
（ｂ）ＣＤＲＨ３配列の参照セットを提供するステップ；
（ｃ）（ｂ）の参照セットにおけるそれぞれのＣＤＲＨ３配列に最も近いマッチ（複数可）を同定するために（ａ）の理論的セグメントプールを利用するステップ；
（ｄ）合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するステップ；ならびに
（ｅ）合成ＣＤＲＨ３ライブラリーを合成するステップを含む、方法。
【請求項２４】
請求項２３の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。
【請求項２５】
前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、ＣＤＲＨ３配列の参照セットにおけるそれらのセグメント使用ウエイトに従って選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、１つまたは複数
の物理化学的特性に従って選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＣＤＲＨ３配列の参照セットは、免疫前ＣＤＲＨ３配列の参照セットである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
理論的セグメントプールではなく、参照セットにおいて存在するさらなるＴＮ１およびＮ２セグメントを選択するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
終止コドンは、前記ライブラリーから低下しているまたは削減されている、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
対がないＣｙｓ残基、Ｎ結合型グリコシル化モチーフ、および脱アミド化モチーフは、前記ライブラリーの翻訳産物において低下しているまたは削減されている、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＤＨセグメントおよびＨ３−ＪＨセグメントは、前記参照セットにおけるＣＤＲＨ３配列とのマッチング前に連続的に切断される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３２】
ＤＨおよびＮ２またはその組み合わせから成る群から選択されるセグメント中に１つまたは２つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３３】
Ｈ３−ＪＨセグメント中に１つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
請求項２３に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。
【請求項３５】
請求項３４に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。
【請求項３６】
ＣＤＲＬ３ライブラリーをコードする合成ポリヌクレオチドを作製するための方法であって、
（ｉ）軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、同じＩＧＶＬ生殖系列遺伝子および／またはその対立遺伝子変異体に由来するＶＬセグメントを有する軽鎖配列を含有するステップ；
（ｉｉ）ＩＧＶＬ遺伝子によってコードされる参照セットにおけるＣＤＲＬ３位置のそれぞれでどのアミノ酸が存在するかを決定するステップ；
（ｉｉｉ）軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、位置８９〜９４の２つまたは３つの位置は、参照セットにおける相当する位置に、２つ以上の、５つの最も頻繁に生じるアミノ酸残基をコードする縮退コドンを含有するステップ；および
（ｉｖ）前記ＣＤＲＬ３ライブラリーをコードするポリヌクレオチドを合成するステップを含む、方法。
【請求項３７】
請求項３６の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。
【請求項３８】
ポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ヒトＩＧＨＶ配列のＫａｂａｔ残基１〜９４を含む１つまたは複数のＶＨシャーシ；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットから選択される１つまたは複数のＴＮ１セグメント；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される１つまたは複数のＤＨセグメント；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットから選択される１つまたは複数のＮ２セグメント；および
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される１つまたは複数のＨ３−ＪＨセグメントを含む、ライブラリー。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
本発明は、多くのポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列ならびにより大きなポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を構築するために使用することができるセグメント（たとえば、ＣＤＲＨ３を構築するために使用することができるＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメント）を提供する。当業者は、いくつかの実例では、これらの配列は、本発明によって提供される配列のアライメントの後にコンセンサス配列を提供することによってより簡潔に示すことができ、これらのコンセンサス配列は、本発明の範囲内にあり、本明細書において提供される配列のいずれも、より簡潔に示すために使用されてもよいことを容易に認識するであろう。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
構造：［ＴＮ１］−［ＤＨ］−［Ｎ２］−［Ｈ３−ＪＨ］を有するＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも約１０４のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ＴＮ１は、表９〜１０および１８〜２６のＴＮ１ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表２５〜２６のＴＮ１ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、
ＤＨは、表９、１１、１７〜２５、および２８のＤＨポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表１６、２５、および２７のＤＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、
Ｎ２は、表９、１２、１８〜２５、および３０のＮ２ポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチド、または表２５および２９のＮ２コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドであり、及び
Ｈ３−ＪＨは、表９、１３、１５、１８〜２５、および３２のＨ３−ＪＨポリペプチドのいずれかに相当するポリペプチドまたは表１４、２５、および３１のＨ３−ＪＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドである、ライブラリー。
（項目２）
前記ライブラリーにおける配列の少なくとも約１％、５％、または１０％が、提供される構造を有する、項目１に記載のライブラリー。
（項目３）
前記ポリヌクレオチドが、表２３〜２５のいずれか１つにおいて提供されるＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨポリペプチドのセットによって産生されるＣＤＲＨ３ポリペプチドをコードする、項目１に記載のライブラリー。
（項目４）
前記ポリヌクレオチドが、表２６において提供されるＴＮ１ポリペプチドのセット、表２８において提供されるＤＨポリペプチドのセット、表３０において提供されるＮ２ポリペプチドのセット、および表３２において提供されるＨ３−ＪＨポリペプチドのセットによって産生されるＣＤＲＨ３ポリペプチドをコードする、項目１に記載のライブラリー。（項目５）
抗原に結合する抗体を単離するために項目１に記載のライブラリーを使用する方法であって、前記ライブラリーのポリペプチド発現産物を抗原と接触させるステップおよび前記
抗原に結合するポリペプチド発現産物を単離するステップを含む、方法。
（項目６）
Ｎ結合型グリコシル化部位、脱アミド化モチーフ、および／またはＣｙｓ残基の数は、生物学的供給源由来のレパートリーの増幅によって産生されるライブラリーと比較して低下しているまたは削減されている、項目１に記載のライブラリー。
（項目７）
１つまたは複数の軽鎖可変ドメインポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、項目１に記載のライブラリー。
（項目８）
前記ポリペプチドは、完全長ＩｇＧとして発現される、項目７に記載のライブラリー。（項目９）
項目８に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。
（項目１０）
項目９に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。
（項目１１）
項目１に記載のライブラリーを含有するベクター。
（項目１２）
項目１１に記載のベクターを含有する宿主細胞。
（項目１３）
前記宿主細胞は、酵母細胞である、項目１２に記載の宿主細胞。
（項目１４）
前記酵母は、出芽酵母である、項目１３に記載の酵母細胞。
（項目１５）
項目１に記載のライブラリーを含有するキット。
（項目１６）
コンピューター読み取り可能な形式の、項目１に記載のライブラリーの代理物。
（項目１７）
構造：［ＴＮ１］−［ＤＨ］−［Ｎ２］−［Ｈ３−ＪＨ］を有するＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする少なくとも約１０４のポリヌクレオチドを含む合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ＴＮ１は、表９〜１０および１８〜２６のＴＮ１ポリペプチドのいずれかと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表２５〜２６のＴＮ１ポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、
ＤＨは、表９、１１、１７〜２５、および２８のＤＨポリペプチドのいずれかと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表１６、２５、および２７のＤＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、
Ｎ２は、表９、１２、１８〜２５、および３０のＮ２ポリペプチドのいずれかと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表２５および２９のＮ２コードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドであり、及び
Ｈ３−ＪＨは、表９、１３、１５、１８〜２５、および３２のＨ３−ＪＨポリペプチドのいずれかと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドまたは表１４、２５、および３１のＨ３−ＪＨコードポリヌクレオチドのいずれかの翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約８０％、９０％、もしくは９５％同一であるポリペプチドである、ライブラリー。
（項目１８）
軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
前記軽鎖可変領域は、
（ａ）１つもしくは複数の位置４、４９、および４６で異なるＶＫ１−０５配列；
（ｂ）１つもしくは複数の位置４、４９、４６、および６６で異なるＶＫ１−１２配列；（ｃ）１つもしくは複数の位置４、４９、および６６で異なるＶＫ１−３３配列；
（ｄ）１つもしくは複数の位置４、４９、および４６で異なるＶＫ１−３９配列；
（ｅ）１つもしくは複数の位置２、４、４６、および４９で異なるＶＫ２−２８配列；
（ｆ）１つもしくは複数の位置２、４、３６、および４９で異なるＶＫ３−１１配列；
（ｇ）１つもしくは複数の位置２、４、４８、および４９で異なるＶＫ３−１５配列；
（ｈ）１つもしくは複数の位置２、４、４８、および４９で異なるＶＫ３−２０配列；ならびに
（ｉ）１つもしくは複数の位置４、４６、４９、および６６で異なるＶＫ４−１配列から成る群から選択される、ライブラリー。
（項目１９）
前記ライブラリーは、表３において提供される２つ以上の軽鎖ポリペプチド配列と少なくとも約８０％、９０％、または９５％同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、項目１８に記載のライブラリー。
（項目２０）
前記軽鎖可変領域は、表３において提供されるポリペプチド配列を含む、項目１８に記載のライブラリー。
（項目２１）
軽鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、前記軽鎖可変領域のポリペプチド配列は、可変軽鎖ポリペプチド配列の位置８９〜９４の２つまたは３つの残基で異なる、ライブラリー。
（項目２２）
前記ライブラリーは、表５〜７において提供される２つ以上のポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドと少なくとも約８０％、９０％、または９５％同一であるポリペプチド配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む、項目２１に記載のライブラリー。
（項目２３）
前記軽鎖可変領域は、表５〜７において提供されるポリヌクレオチド配列の翻訳によって産生されるポリペプチドを含む、項目２１に記載のライブラリー。
（項目２４）
コンピューター読み取り可能な形式の、以下のいずれかの代理物：
表１０、２３〜２５、および２６のＴＮ１ポリペプチド；
表１１、２３〜２５、および２８のＤＨポリペプチド；
表１２、２３〜２５、および３０のＮ２ポリペプチド；
表１３、１５、１７、２３〜２５、および３２のＨ３−ＪＨポリペプチド；
表２５〜２６のＴＮ１ポリヌクレオチド；
表２５および２７のＤＨポリヌクレオチド；
表２５および２９のＮ２ポリヌクレオチド；ならびに
表２５および３１のＨ３−ＪＨポリヌクレオチド。
（項目２５）
ヒト免疫前セットのポリヌクレオチド配列の代理物（付録Ａ）またはコンピューター読み取り可能な形式の、そのポリペプチド発現産物。
（項目２６）
ＣＤＲＨ３配列を含むポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）ＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメントを含有する理論的セグメントプールを提供するステップ；
（ｂ）ＣＤＲＨ３配列の参照セットを提供するステップ；
（ｃ）（ｂ）の参照セットにおけるそれぞれのＣＤＲＨ３配列に最も近いマッチ（複数可
）を同定するために（ａ）の理論的セグメントプールを利用するステップ；
（ｄ）合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するステップ；ならびに
（ｅ）合成ＣＤＲＨ３ライブラリーを合成するステップを含む、方法。
（項目２７）
項目２６の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。
（項目２８）
前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、ＣＤＲＨ３配列の参照セットにおけるそれらのセグメント使用ウエイトに従って選択される、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記合成ライブラリーにおける包含のために選択されるセグメントは、１つまたは複数の物理化学的特性に従って選択される、項目２６に記載の方法。
（項目３０）
前記ＣＤＲＨ３配列の参照セットは、免疫前ＣＤＲＨ３配列の参照セットである、請求項２６に記載の方法。
（項目３１）
理論的セグメントプールではなく、参照セットにおいて存在するさらなるＴＮ１およびＮ２セグメントを選択するステップをさらに含む、項目２６に記載の方法。
（項目３２）
終止コドンは、前記ライブラリーから低下しているまたは削減されている、項目２６に記載の方法。
（項目３３）
対がないＣｙｓ残基、Ｎ結合型グリコシル化モチーフ、および脱アミド化モチーフは、前記ライブラリーの翻訳産物において低下しているまたは削減されている、項目２６に記載の方法。
（項目３４）
前記ＤＨセグメントおよびＨ３−ＪＨセグメントは、前記参照セットにおけるＣＤＲＨ３配列とのマッチング前に連続的に切断される、項目２６に記載の方法。
（項目３５）
ＤＨおよびＮ２またはその組み合わせから成る群から選択されるセグメント中に１つまたは２つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、項目２６に記載の方法。
（項目３６）
Ｈ３−ＪＨセグメント中に１つの縮退コドンを導入するステップをさらに含む、項目２６に記載の方法。
（項目３７）
項目２６に記載のライブラリーのポリペプチド発現産物。
（項目３８）
項目３７に記載のポリペプチド発現産物から単離される抗体。
（項目３９）
ＣＤＲＬ３ライブラリーをコードする合成ポリヌクレオチドを作製するための方法であって、
（ｉ）軽鎖配列の参照セットを得るステップであって、参照セットは、同じＩＧＶＬ生殖系列遺伝子および／またはその対立遺伝子変異体に由来するＶＬセグメントを有する軽鎖配列を含有するステップ；
（ｉｉ）ＩＧＶＬ遺伝子によってコードされる参照セットにおけるＣＤＲＬ３位置のそれぞれでどのアミノ酸が存在するかを決定するステップ；
（ｉｉｉ）軽鎖可変ドメインコード配列を合成するステップであって、位置８９〜９４の２つまたは３つの位置は、参照セットにおける相当する位置に、２つ以上の、５つの最も頻繁に生じるアミノ酸残基をコードする縮退コドンを含有するステップ；および
（ｉｖ）前記ＣＤＲＬ３ライブラリーをコードするポリヌクレオチドを合成するステップを含む、方法。
（項目４０）
項目３９の方法に従って作製されるポリヌクレオチドのライブラリー。
（項目４１）
ポリペプチドをコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーであって、
ヒトＩＧＨＶ配列のＫａｂａｔ残基１〜９４を含む１つまたは複数のＶＨシャーシ；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットから選択される１つまたは複数のＴＮ１セグメント；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される１つまたは複数のＤＨセグメント；
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットから選択される１つまたは複数のＮ２セグメント；および
ヒトＣＤＲＨ３配列の参照セットにマッチした理論的セグメントプールから選択される１つまたは複数のＨ３−ＪＨセグメントを含む、ライブラリー。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
【図１】ＶＫ１−３９におけるバーニア残基（Ｖｅｒｎｉｅｒ  ｒｅｓｉｄｕｅ）４および４９（星印）が、ＣＤＲ位置の多様性指標と同等のまたはそれを超える（つまり、本実施例において０．０７以上の）多様性指標を有することを示す。
【図２】臨床的に検証されたＣＤＲＬ３配列が、生殖系列様配列からほとんど外れていないことを示す（ｎ＝３５）。
【図３】生殖系列からＸ以下の突然変異を有する、本発明のジャンピング二量体ＣＤＲＬ３ライブラリーおよび以前のＣＤＲＬ３ライブラリー、ＶＫ−ｖ１．０における配列のパーセントを示す。ここで、ＦＸは、生殖系列からＸ以下の突然変異を有する、ライブラリーにおける配列の割合である。
【図４】親Ｈ３−ＪＨセグメントをコードするヌクレオチド配列（出現順にそれぞれ、配列番号８７４８〜８７５９）を生成するために使用される、提供された方法の適用を示す。
【図５】理論的および／または合成ライブラリーにおける包含のために理論的セグメントプールからセグメントを選択するために使用されるアプローチの概略図を示す。
【図６】ＤＨセグメント疎水性（右に向かって増加）に応じた、米国特許出願公開第２００９／０１８１８５５号において記載される酵母ベースのライブラリーから単離される「好適な」および「不十分な」発現のＣＤＲＨ３配列の度数ならびにその中に記載されるライブラリー設計において含有される配列（「設計」）に対するそれらの比較を示す。
【図７】０、１、２、３、または３つを超えるアミノ酸ミスマッチで、Ｌｅｅ−６６６およびＢｏｙｄ−３０００由来のＣＤＲＨ３配列にマッチする、ＬＵＡ−１４１ライブラリーおよびＥｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（ＥＬＤ−３）におけるＣＤＲＨ３配列の割合を示す。
【図８】Ｅｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（ＥＬＤ−３）およびＥｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎの両方が、ＬＵＡ−１４１ライブラリーよりも、臨床的に適切なＣＤＲＨ３配列に対する、より好適なマッチをもたらすことを示す。
【図９】Ｅｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（ＥＬＤ−３）のコンビナトリアル効率が、ＬＵＡ−１４１ライブラリーを超えることを示す。特に、ＥＬＤ−３セグメントは、ＬＵＡ−１４１ライブラリーセグメントよりも、ユニークなＣＤＲＨ３を得る可能性が高い。
【図１０】ＬＵＡ−１４１、Ｅｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（ＥＬＤ−３）、およびＨＰＳ由来のヒトＣＤＲＨ３配列（Ｈｕｍａｎ  Ｈ３）のＫａｂａｔ−ＣＤＲＨ３のアミノ酸組成を示す。
【図１１】ＬＵＡ−１４１、Ｅｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（ＥＬＤ−３）、およびＨＰＳ由来のヒトＣＤＲＨ３配列（Ｈｕｍａｎ  Ｈ３）のＫａｂａｔ−ＣＤＲＨ３の長さの分布を示す。
【図１２】０〜３２のアミノ酸ミスマッチで、Ｂｏｙｄ  ｅｔ  ａｌ．由来のＣＤＲＨ３配列にマッチする、Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｌｉｂｒａｒｙにおけるＣＤＲＨ３配列の割合を示す。
【図１３】Ｅｘｅｍｐｌａｒｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３（「ＥＬＤ−３」）、Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ（「Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ」）、およびＢｏｙｄ  ｅｔ  ａｌ．のデータセット由来のヒトＣＤＲＨ３配列（「Ｂｏｙｄ  ２００９」）のＫａｂａｔ−ＣＤＲＨ３の長さの分布を示す。
【図１４】Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎ（「Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ」）およびＢｏｙｄ  ｅｔ  ａｌ．のデータセット由来のヒトＣＤＲＨ３配列（「Ｂｏｙｄ  ２００９」）のＫａｂａｔ−ＣＤＲＨ３のアミノ酸組成を示す。
【図１５】（同じ）設計由来の２０，０００のランダムに選択された配列とマッチさせることによる、Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎのコンビナトリアル効率を示す。配列の約６５％は、設計において１回だけ現れ、約１７％は、２回現れる。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１１】
表９は、理論的セグメントプール１（「ＴＳＰ１」）を使用する、ＨＰＳ由来の参照ＣＤＲＨ３配列ＥＲＴＩＮＷＧＷＧＶＹＡＦＤＩ（配列番号８７６０）（テストケース５．１〜５．４）についてのマッチング結果を提供する。参照ＣＤＲＨ３に対する最良のマッチは、４つのＣＤＲＨ３配列であり、それぞれ、参照ＣＤＲＨ３配列の３アミノ酸の範囲内にある。これらのマッチのそれぞれにおいて、ＴＮ１、ＤＨ、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメントは、それぞれ長さ４、３、３、および５のアミノ酸である。したがって、参照ＣＤＲＨ３は、以下のセグメントにデコンボリューションすることができる：ＥＲＴＩ−ＮＷＧ−ＷＧＷ−ＹＡＦＤＩ（配列番号８７６１）（つまり、それぞれ［ＴＮ１］−［ＤＨ］−［Ｎ２］−［Ｈ３−ＪＨ］）。参照ＣＤＲＨ３由来のＤＨおよびＨ３−ＪＨセグメントであるＮＷＧおよびＹＡＦＤＩ（配列番号４５４０）は、それぞれ、ＴＳＰ１中に同様に存在する。しかしながら、参照ＣＤＲＨ３由来のＴＮ１（ＥＲＴＩ）（配列番号８７１８）およびＮ２（ＷＧＷ）セグメントは、ＴＳＰ１において不在であり、１つまたは複数のアミノ酸ミスマッチでＴＳＰ１セグメントにマッチする。これらの「新規な」ＴＮ１およびＮ２セグメントは、参照ＣＤＲＨ３から抽出し、包含について可能性のある理論的セグメントプールおよび／または合成ライブラリーと考えられる。さらなる新規なＴＮ１およびＮ２セグメントは、ＨＰＳのすべてのメンバーにこの分析を適用することによって蓄積した。ＴＮ１およびＮ２配列を確実に同定するために、抽出は、参照ＣＤＲＨ３およびＴＳＰ１におけるＤＨおよびＨ３−ＪＨセグメントが累積的に多くとも３つのアミノ酸ミスマッチしかもたらさないＣＤＲＨ３配列についてのみ実行し、これは、参照ＣＤＲＨ３のＤＨおよびＨ３−ＪＨセグメントが確実に割り当てられたことを暗示した。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１４】
実施例８．１．表９におけるテストケース１についてのセグメント使用ウエイト
表９におけるテストケース１を参照されたい。ＣＤＲＨ３配列ＲＴＡＨＨＦＤＹ（配列番号３６６０）は、ユニークなセグメントの組み合わせ（ｇ＝１）によってＴＳＰ１（ｆ＝１、簡潔さのために添字は省略する）において同様に位置する。表１８は、テストケース１のＣＤＲＨ３についてのＴＳＰ１由来の最良のマッチに相当するセグメントについての使用ウエイトを提供する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１５】
実施例８．２．表９におけるテストケース２．１および２．２についてのセグメント使用ウエイト
表９におけるテストケース２．１および２．２を参照されたい。ＣＤＲＨ３配列ＶＧＩＶＧＡＡＳＹ（配列番号３６６１）は、２つの別個のセグメントの組み合わせ（ｇ＝２）によってＴＳＰ１（ｆ＝１）において同様に位置し得る。表１９は、テストケース２．１および２．２のＣＤＲＨ３についてのＴＳＰ１由来の最良のマッチに相当するセグメントについての使用ウエイトを提供する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１６】
実施例８．３．表９におけるテストケース３．１についてのセグメント使用ウエイト
表９におけるテストケース３．１を参照されたい。ＣＤＲＨ３配列ＤＲＹＳＧＨＤＬＧＹ（配列番号３６６２）は、ただ一つのアミノ酸差異で、ユニークなセグメントの組み合わせ（ｇ＝１）によってＴＳＰ１において同様に位置し得る。下記に提供されるように、ＴＮ１、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメントは、相当する参照配列断片に同様にマッチするが、５つのＤＨアミノ酸のうちの４つが、同様にマッチする。
ＨＰＳ由来の配列：ＤＲ−ＹＳＧＨＤ−ＬＧ−Ｙ（配列番号３６６２）
ＴＳＰ１において最も近い隣接物：ＤＲ−ＹＳＧＹＤ−ＬＧ−Ｙ（配列番号８７１９）
したがって、ここで、
ｆ＝ＤＨセグメントについて４／５および＝ＴＮ１、Ｎ２、およびＨ３−ＪＨセグメントについて１となる（表２０）。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１７】
実施例８．４．表９におけるテストケース４．１および４．２のマッチング
表９におけるテストケース４．１および４．２を参照されたい。ＣＤＲＨ３配列ＧＩＡＡＡＤＳＮＷＬＤＰ（配列番号３６６３）は、それぞれただ一つのアミノ酸差異で、２つの別個のセグメントの組み合わせ（ｇ＝２）によってＴＳＰ１において位置し得る。下記に提供されるように、ＴＮ１、ＤＨ、およびＮ２セグメントは、相当する参照配列断片と同様にマッチするが、６つのＨ３−ＪＨアミノ酸のうちの５つが同様にマッチする。
ＨＰＳ由来の配列：（−）−ＧＩＡＡＡ−Ｄ−ＳＮＷＬＤＰ（配列番号３６６３）
ＴＳＰ１において最も近い隣接物：（−）−ＧＩＡＡＡ−Ｄ−ＳＮＷＦＤＰ（配列番号８７２０）
ＨＰＳ由来の配列：Ｇ−ＩＡＡＡ−Ｄ−ＳＮＷＬＤＰ（配列番号３６６３）
ＴＳＰ１において最も近い隣接物：Ｇ−ＩＡＡＡ−Ｄ−ＳＮＷＦＤＰ（配列番号８７２０）
ここで、（−）は、「空の」ＴＮ１セグメントを示す。
式２の適用により、表２１において提供されるセグメント使用ウエイトがもたらされる。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１９】
実施例８．６．表９のテストケース５．１〜５．４についてのセグメント使用ウエイトの計算
ＣＤＲＨ３配列ＥＲＴＩＮＷＧＷＧＶＹＡＦＤＩ（配列番号８７６０）ならびに実施例７においてＣＤＲＨ３
配列から抽出した新規なＴＮ１およびＮ２セグメントを参照されたい。この場合、新規なＴＮ１およびＮ２セグメント（それぞれＥＲＴＩ（配列番号８７１８）およびＷＧＶ）ならびにＴＳＰ１由来のＤＨおよびＨ３−ＪＨセグメント（それぞれＮＷＧおよびＹＡＦＤＩ（配列番号４５４０））はそれぞれ、単一の使用ウエイトが割り当てられる。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５３】
図１２〜１５は、この設計のある種の特徴を示す。たとえば、Ｂｏｙｄ  ｅｔ  ａｌ．におけるおよそ２３７，０００のＣＤＲＨ３配列の約５０％が、１つのミスマッチを有するまたはミスマッチを有していないライブラリー配列によって再現され得ることを示す（つまり、図１２の「０」および「１」のビン（ｂｉｎ）を合計することによって）。これらのライブラリーの理論的な長さ分布（図１３）およびアミノ酸組成（図１４）もまた、ヒトＣＤＲＨ３配列の同じセットにおいて観察されるそれぞれの特徴と厳密にマッチする。図１５は、Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎのコンビナトリアル効率を示す。配列のおよそ６５％は、設計において１回だけ現れる（つまり、セグメントの１つの非縮退組み合わせによって生成される）。先に示される図８は、臨床的に適切なヒト抗体配列に対するマッチングの点から、Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｄｅｓｉｇｎが、ＬＵＡ−１４１およびＥＬＤ−３の両方より優れていることを示す。
【表１−１】
2013534130.tif 000001
【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表２】
2013534130.tif 000005
【表３−１】
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【表３−２】
2013534130.tif 000007
【表３−３】
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【表３−４】
2013534130.tif 000009
【表３−５】
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【表３−６】
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【表３−７】
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【表３−８】
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【表３−９】
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【表４−１】
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【表４−２】
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【表４−３】
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【表５−１】
2013534130.tif 000018
【表５−２】
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【表５−３】
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【表５−４】
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【表５−５】
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【表５−６】
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【表５−７】
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【表５−８】
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【表５−９】
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【表５−１０】
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【表５−１１】
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【表５−１２】
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【表５−１３】
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【表５−１４】
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【表５−１５】
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【表５−１６】
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【表５−１７】
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【表５−１８】
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【表５−１９】
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【表５−２０】
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【表５−２１】
2013534130.tif 000038
【表５−２２】
2013534130.tif 000039
【表５−２３】
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【表５−２４】
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【表５−２５】
2013534130.tif 000042
【表５−２６】
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【表５−２７】
2013534130.tif 000044
【表５−２８】
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【表５−２９】
2013534130.tif 000046
【表５−３０】
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【表５−３１】
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【表５−３２】
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【表５−３３】
2013534130.tif 000050
【表５−３４】
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【表５−３５】
2013534130.tif 000052
【表５−３６】
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【表５−３７】
2013534130.tif 000054
【表５−３８】
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【表５−３９】
2013534130.tif 000056
【表５−４０】
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【表６−１】
2013534130.tif 000058
【表６−２】
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【表６−３】
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【表６−４】
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【表６−５】
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【表６−６】
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【表６−７】
2013534130.tif 000064
【表６−８】
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【表６−９】
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【表６−１０】
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【表６−１１】
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【表６−１２】
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【表６−１３】
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【表６−１４】
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【表６−１５】
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【表６−１６】
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【表６−１７】
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【表６−１８】
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【表６−１９】
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【表６−２０】
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【表６−２１】
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【表６−２２】
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【表６−２３】
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【表６−２４】
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【表６−２５】
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【表６−２６】
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【表６−２７】
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【表６−２８】
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【表６−２９】
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【表６−３０】
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【表６−３１】
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【表６−３２】
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【表６−３３】
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【表６−３４】
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【表６−３５】
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【表６−３６】
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【表６−３７】
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【表６−３８】
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【表６−３９】
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【表７−１】
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【表７−２】
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【表７−３】
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【表７−４】
2013534130.tif 000100
【表７−５】
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【表７−６】
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【表７−７】
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【表７−８】
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【表７−９】
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【表７−１０】
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【表７−１１】
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【表７−１２】
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【表７−１３】
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【表７−１４】
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【表７−１５】
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【表７−１６】
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【表７−１７】
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【表７−１８】
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【表７−１９】
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【表７−２０】
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【表７−２１】
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【表７−２２】
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【表７−２３】
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【表７−２４】
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【表７−２５】
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【表７−２６】
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【表７−２７】
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【表８】
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【表９−１】
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【表９−２】
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【表１０−１】
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【表１０−２】
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【表１０−３】
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【表１０−４】
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【表１１−１】
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【表１１−２】
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【表１１−３】
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【表１１−４】
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【表１１−５】
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【表１１−６】
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【表１１−７】
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【表１１−８】
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【表１１−９】
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【表１１−１０】
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【表１１−１１】
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【表１１−１２】
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【表１１−１３】
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【表１１−１４】
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【表１１−１５】
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【表１１−１６】
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【表１１−１７】
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【表１１−１８】
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【表１１−１９】
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【表１２】
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【表１３−１】
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【表１３−２】
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【表１３−３】
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