【手続補正書】
【提出日】平成23年8月8日(2011.8.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、2007年8月3日に出願の米国仮出願第60/963,329号に基づく優先権を主張して2008年8月4日に出願されたPCT/US2008/072081の利益を請求し、それらの全開示は参照により明示的に本明細書に組み込まれる。
連邦助成研究に関する記載
本発明は、何らかの政府助成によってなされたものではなく、政府は本発明にいかなる権利も有しない。
【背景技術】
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
脊椎動物における相対的癌危険度を定める方法であって、被験脊椎動物の被験組織試料が、少なくとも一つの癌と統計的に有意な相関を有する少なくとも一つの転写された超保存領域(T-UCR)発現プロファイルを含むか否かを定めることを含み、統計的に有意な相関が特定の癌について相対的な危険度を示すものである、前記方法。
【請求項２】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも一つのT-UCR が、uc.347からuc.353までの7個のT-UCRである、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも一つのT-UCR が、uc.349A(P)及びuc.352(N)の2個のT-UCRである、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
統計的に有意な相関が、悪性B-CLL CD5陽性細胞を示すものである、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも一つのT-UCR が、uc.269A(N)、uc.160(N)、uc.215(N)、uc.346A(P)及びuc.348(N)の5個のUCRである、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
統計的に有意な相関が、CLL危険度を示すものである、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも一つのT-UCR が、uc.73(P)である、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
統計的に有意な相関が、結腸癌危険度を示すものである、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
癌危険度の増大に関連するT-UCRの発現に有効に作用する分子を定める方法であって、被験分子をT-UCRマイクロアレイに導入して、これらの分子が発現に作用するかを定める、前記方法。
【請求項１１】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
uc.160::miR-24、uc.160::miR-155、uc.160::miR-223、uc.160::miR-146a、uc.346A::miR-155及びuc.348::miR-29bから実質的になる群から選ばれる、T-UCR/miRNA相互作用対を含む物質の組成物。
【請求項１３】
uc.347;uc.348;uc.349;uc.350;uc.351;uc.352;uc.353;uc.269A(N);uc.160(N);uc.215(N);uc.346A(P);uc.348(N);及びuc.73(P)から実質的になる群から選ばれるT-UCRに相補的な、cDNA。
【請求項１４】
uc.246(E)に対応する、cDNA。
【請求項１５】
標準の方法によってクローン化及び発現される、請求項14に記載のcDNA。
【請求項１６】
uc.269A(N)に対応する、cDNA。
【請求項１７】
標準の方法によってクローン化及び発現される、請求項16に記載のcDNA。
【請求項１８】
癌患者の予後を評定する方法であって、癌患者からの被験試料中のUCRとmiRNAとの関連発現を含み、統計的に有意なこれら相関関係を定めて前記予後を評定する、前記方法。
【請求項１９】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌がCLLである、請求項18に記載の方法。
【請求項２１】
前記相関がmiRNA::T-UCR相互作用の特定を含む、請求項18に記載の方法。
【請求項２２】
癌患者の予後を評定する方法であって、癌患者からの被験試料中の改変されたゲノムのnc-UCGを検出することを含み、前記予後を評定する、前記方法。
【請求項２３】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項22に記載の方法。
【請求項２４】
前記癌患者が白血病を有する、請求項22に記載の方法。
【請求項２５】
対象が癌関連染色体特徴部と関連付けられる癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、対象における癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR 遺伝子の状態を、前記対象からの被験試料中で、被験試料中のUCR 遺伝子からの少なくとも一つのUCR 遺伝子産物のレベルを測定して評価することを含み、対照試料中のUCR 遺伝子産物のレベルに比べての被験試料中のUCR 遺伝子産物のレベルの変動が、対象が前記癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを示す、前記方法。
【請求項２６】
前記UCR 遺伝子が、uc.347からuc.353までの7個のUCRのクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項25に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌が白血病である、請求項25に記載の方法。
【請求項２８】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項25に記載の方法。
【請求項２９】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項25に記載の方法。
【請求項３０】
対象が癌関連染色体特徴部と関連付けられる癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、対象における癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR 遺伝子に欠失、変異、増幅があるかを測定して評価することを含み、対照試料中の対応するUCR 遺伝子に比べての被験試料中のUCR 遺伝子に欠失、変異、及び／又は増幅が検出されることは、対象が前記癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを示す、前記方法。
【請求項３１】
前記UCR 遺伝子が、uc.347からuc.353までの7個のUCRのクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項30に記載の方法。
【請求項３２】
前記癌が白血病である、請求項30に記載の方法。
【請求項３３】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項30に記載の方法。
【請求項３４】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項30に記載の方法。
【請求項３５】
対象が、癌関連染色体特徴部と関連付けられる癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR遺伝子の対象での状態を、試験試料中の少なくとも一つのUCR遺伝子のコピー数を測定することによって評価することを含み、女性での体細胞性染色体若しくは性染色体の上のUCR遺伝子については2個以外のコピー数、又は男性での性染色体の上のUCR遺伝子については1個以外のコピー数が、癌を対象が有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項３６】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項35に記載の方法。
【請求項３７】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項35に記載の方法。
【請求項３８】
前記UCR 遺伝子が、uc.347からuc.353までの7個のUCRのクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項35に記載の方法。
【請求項３９】
前記癌が白血病である、請求項35に記載の方法。
【請求項４０】
対象が癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、(1)前記対象から得られた被験試料由来のRNAを逆転写して一組の標的オリゴデオキシヌクレオチドを提供すること、(2)前記標的オリゴデオキシヌクレオチドを、一つ又は複数のUCR特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズして、前記被験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること、及び(3)前記被験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを、対照試料から生成されるハイブリダイゼーションプロファイルと比較することを含み、シグナルの変化が、対象が癌を有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項４１】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項40に記載の方法。
【請求項４２】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項40に記載の方法。
【請求項４３】
対象が対象中の一つ又は複数の逆兆候マーカーが関連する癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、(1)対象から得られた被験試料由来のRNAを逆転写して一組の標的オリゴデオキシヌクレオチドを提供すること、(2)前記標的オリゴデオキシヌクレオチドを、一つ又は複数のUCR特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズして、前記被験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること、及び(3)前記被験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを、対照試料から生成されるハイブリダイゼーションプロファイルと比較することを含み、シグナルの変化が、対象が前記癌を有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項４４】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項43に記載の方法。
【請求項４５】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項43に記載の方法。
【請求項４６】
対象が癌を有するか、それを発症するリスクがあるかどうかを診断する方法であって、前記対象からの被験試料において癌と関連する少なくとも一つのUCR遺伝子又は遺伝子産物を分析することを含み、対照試料中の対応するUCR遺伝子又は遺伝子産物と比較したUCR遺伝子又は遺伝子産物における変異の検出は、対象が、癌を有するかそれを発症するリスクがあることを示す、前記方法。
【請求項４７】
前記癌が、膀胱癌、食道癌、肺癌、胃癌(stomach cancer)、腎臓癌(kidney cancer)、子宮頸癌、卵巣癌、乳癌、リンパ腫、ユーイング肉腫、造血腫瘍、固形腫瘍、胃癌(gastric cancer)、結腸直腸癌、脳癌、上皮癌、鼻咽頭癌、子宮癌、肝癌、頭頸部癌、腎臓癌(renal cancer)、雄胚細胞腫瘍、悪性中皮腫、骨髄異形成症候群、膵臓若しくは胆管の癌、前立腺癌、甲状腺癌、尿路上皮性癌、腎臓癌(renal cancer)、ウィルムス腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫、皮膚癌、骨肉腫、神経芽細胞腫、白血病(急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病)、多形神経膠芽腫、髄芽細胞腫、赤血球無色症様リンパ腫、及び横紋筋肉腫からなる群から選択される、請求項46に記載の方法。
【請求項４８】
前記UCR遺伝子が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項46に記載の方法。
【請求項４９】
前記癌がB細胞慢性リンパ性白血病である、請求項46に記載の方法。
【請求項５０】
UCR遺伝子産物及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物であって、単離されたUCR遺伝子産物が、癌関連染色体特徴部に近接して位置するUCR遺伝子に由来する、前記医薬組成物。
【請求項５１】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項50に記載の医薬組成物。
【請求項５２】
癌関連染色体特徴部に近接して位置するUC遺伝子に由来する単離UCR遺伝子産物をコードする核酸、及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
【請求項５３】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域、染色体脆弱部位、ヒト乳頭腫ウイルス組込み部位、及び、ホメオボックス遺伝子又は遺伝子クラスターからなる群から選択される、請求項52に記載の医薬組成物。
【請求項５４】
対象で癌を治療する方法であって、
(1)癌関連染色体特徴部に近接して位置するUCR遺伝子由来の少なくとも一つの単離UCR遺伝子産物が、対照細胞と比較して対象の癌細胞で下方制御又は上方制御されている、癌関連染色体特徴部に関連する癌を有する対象を提供すること、及び
(2)(a)少なくとも一つの単離miR遺伝子産物が癌細胞で下方制御される場合に、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子からの少なくとも一つの単離miR遺伝子産物の有効量を対象に投与すること、又は(b)少なくとも一つの単離UCR遺伝子産物が癌細胞で上方制御される場合に、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子の発現を抑制する少なくとも一つの化合物の有効量を対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項５５】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項54に記載の方法。
【請求項５６】
癌関連染色体特徴部と関連する癌を治療する方法であって、
(1)対照細胞と比較して、対象からの癌細胞中の癌関連染色体特徴部に近接して位置する少なくとも一つのUCR遺伝子から発現されるUC遺伝子産物の量を決定すること、及び
(2)癌細胞中で発現されるUC遺伝子産物の量を、(i)癌細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量が対照細胞で発現されるmiR遺伝子産物の量より少ない場合には、UCR遺伝子からの少なくとも一つの単離miR遺伝子産物の有効量を対象に投与すること、又は(ii)癌細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量が対照細胞で発現されるUCR遺伝子産物の量より多い場合には、癌細胞の増殖が対象で抑制されるように、少なくとも一つのUCR遺伝子の発現を抑制する少なくとも一つの化合物の有効量を対象に投与すること
によって改変することを含む、前記方法。
【請求項５７】
前記癌関連染色体特徴部が、癌関連ゲノム領域及び染色体脆弱部位からなる群から選択される、請求項56に記載の方法。
【請求項５８】
前記癌関連染色体特徴部が染色体脆弱部位である、請求項56に記載の方法。
【請求項５９】
前記癌関連染色体特徴部が癌関連ゲノム領域である、請求項56に記載の方法。
【請求項６０】
癌関連の単離されたT-UCRを含む物質の組成物であって、前記関連は統計的に有意なものであり、前記組成物は、少なくとも一つの肺癌関連疾患の開始、進行、重症度、病状、攻撃性、段階、活性、障害、死亡率、罹患率、疾患細分類又は他の根底にある病原性若しくは病理学的特徴のうちの少なくとも一つに寄与する一つ又は複数の代謝経路を調べるためのマーカーである、前記組成物。
【請求項６１】
対象で少なくとも一つの癌関連疾患の開始又は発症の可能性を特定する方法であって、被検試料における請求項60に記載の組成物の存否を定めることを含む、前記方法。
【請求項６２】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項61に記載の方法。
【請求項６３】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項60に記載の組成物のヌクレオチド配列、又は前記マーカーのヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、前記試薬。
【請求項６４】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項60に記載の組成物を認識する抗体を含む、前記試薬。
【請求項６５】
癌関連疾患について試験するためのDNAチップであって、請求項60に記載の組成物を分析するためにプローブが固定化されている、前記DNAチップ。
【請求項６６】
少なくとも一つの肺癌関連疾患を予防、診断及び/又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって、(1)その有効性を評価する療法を動物に施すこと、及び(2)請求項60に記載の組成物を評価することによって、試験する治療法の、肺癌関連疾患の治療又は予防における有効性のレベルを決定することを含む、前記方法。
【請求項６７】
候補治療剤が、医薬組成物、機能性食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ又は複数を含む、請求項66に記載の方法。
【請求項６８】
前記評価する療法がヒト対象で使用するためのものである、請求項66に記載の方法。
【請求項６９】
ヒト又は動物の体の手術又は療法による治療の方法でない、請求項66に記載の方法。
【請求項７０】
動物モデルで癌関連疾患応答を開始する能力について少なくとも一つの物質の可能性を評価する方法であって、(1)前記動物で癌関連疾患応答を開始するのに十分な量の一つ又は複数の物質に動物を曝露した後に、請求項60に記載の組成物の上方制御又は下方制御されたマーカーの一つ又は複数を測定すること、及び(2)前記上方制御又は下方制御されたマーカーの少なくとも一つが癌関連疾患応答を開始する能力を有するかどうか決定することを提供する、前記方法。
【請求項７１】
癌関連の単離されたT-UCR転写体を含む物質の組成物であって、前記関連は統計的に有意なものであり、前記組成物は、少なくとも一つの肺癌関連疾患の開始、進行、重症度、病状、攻撃性、段階、活性、障害、死亡率、罹患率、疾患細分類又は他の根底にある病原性若しくは病理学的特徴のうちの少なくとも一つに寄与する一つ又は複数の代謝経路を調べるためのマーカーである、前記組成物。
【請求項７２】
対象で少なくとも一つの癌関連疾患の開始又は発症の可能性を特定する方法であって、被検試料における請求項71に記載の組成物の存否を定めることを含む、前記方法。
【請求項７３】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項71に記載の方法。
【請求項７４】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項71に記載の組成物のヌクレオチド配列、又は前記マーカーのヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、前記試薬。
【請求項７５】
癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項71に記載の組成物を認識する抗体を含む、前記試薬。
【請求項７６】
癌関連疾患について試験するためのDNAチップであって、請求項71に記載の組成物を分析するためにプローブが固定化されている、前記DNAチップ。
【請求項７７】
少なくとも一つの肺癌関連疾患を予防、診断及び/又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって、(1)その有効性を評価する療法を動物に施すこと、及び(2)請求項71に記載の組成物を評価することによって、試験する治療法の肺癌関連疾患の治療又は予防における有効性のレベルを決定することを含む、前記方法。
【請求項７８】
候補治療剤が、医薬組成物、機能性食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ又は複数を含む、請求項77に記載の方法。
【請求項７９】
前記評価する療法がヒト対象で使用するためのものである、請求項77に記載の方法。
【請求項８０】
ヒト又は動物の体の手術又は療法による治療の方法でない、請求項77に記載の方法。
【請求項８１】
癌関連疾患を治療するための医薬組成物であって、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つのUCR遺伝子産物、及び薬学的に許容される担体を含む、前記医薬組成物。
【請求項８２】
前記UCR遺伝子産物が、適する対照細胞と比較して、癌細胞中で上方制御又は下方制御されている、請求項81に記載の医薬組成物。
【請求項８３】
前記癌関連疾患が腺癌である、請求項81に記載の医薬組成物。
【請求項８４】
肺癌を治療するための医薬組成物であって、少なくとも一つのUCR発現抑制化合物、及び薬学的に許容される担体を含み、前記少なくとも一つのUCR発現抑制化合物が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択されるUCR遺伝子産物に特異的である、前記医薬組成物。
【請求項８５】
前記少なくとも一つのUCR発現抑制化合物が、適する対照細胞と比較して癌細胞中で上方制御又は下方制御されているUCR遺伝子産物に特異的である、請求項84に記載の医薬組成物。
【請求項８６】
癌関連疾患を治療するための治療剤の候補化合物についてスクリーニングするためのキットであって、前記キットは請求項60の組成物を特定することのできる試薬を含む、前記キット。
【請求項８７】
前記試薬が、抗体又は抗体のフラグメントである、請求項86に記載のキット。
【請求項８８】
前記試薬が、標識、放射標識又はビオチン標識され、及び/又は抗体又は抗体フラグメントが、放射標識、発色団標識、蛍光団標識又は酵素標識される、請求項86に記載のキット。
【請求項８９】
前記試薬が、抗体、該試薬が結合しているか結合することができるプローブ、及び固定化金属キレートの一つ又は複数を含む、請求項86に記載のキット。
【請求項９０】
癌関連疾患を治療するための治療剤の候補化合物についてスクリーニングするためのキットであって、前記キットは請求項71の組成物を特定することのできる試薬を含む、前記キット。
【請求項９１】
前記試薬が、抗体又は抗体のフラグメントである、請求項90に記載のキット。
【請求項９２】
前記試薬が、標識、放射標識又はビオチン標識され、及び/又は抗体又は抗体フラグメントが、放射標識、発色団標識、蛍光団標識又は酵素標識される、請求項90に記載のキット。
【請求項９３】
前記試薬が、抗体、該試薬が結合しているか結合することができるプローブ、及び固定化金属キレートの一つ又は複数を含む、請求項90に記載のキット。
【請求項９４】
肺癌関連疾患のためのスクリーニング試験であって、請求項60に記載の組成物を試験剤と接触させること、及び該試験剤が該組成物の活性を調節するかどうか決定することを含む、前記スクリーニング試験。
【請求項９５】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項94に記載のスクリーニング試験。
【請求項９６】
調節するかどうかの決定が、転写されたポリヌクレオチド又はその一部を検出することによりなされ、前記転写されたポリヌクレオチドは前記組成物のコーディング領域を含む、請求項94に記載の試験。
【請求項９７】
前記接触は、癌関連体液又は組織の試料を介して生ずる、請求項94に記載の試験。
【請求項９８】
前記試料は患者から得られた細胞を含む、請求項94に記載の試験。
【請求項９９】
肺癌関連疾患のためのスクリーニング試験であって、請求項71に記載の組成物を試験剤と接触させること、及び該試験剤が該組成物の活性を調節するかどうか決定することを含む、前記スクリーニング試験。
【請求項１００】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項99に記載のスクリーニング試験。
【請求項１０１】
調節するかどうかの決定が、転写されたポリヌクレオチド又はその一部を検出することによりなされ、前記転写されたポリヌクレオチドは前記組成物のコーディング領域を含む、請求項99に記載の試験。
【請求項１０２】
前記接触は、癌関連体液又は組織の試料を介して生ずる、請求項99に記載の試験。
【請求項１０３】
前記試料は患者から得られた細胞を含む、請求項99に記載の試験。
【請求項１０４】
請求項60に記載の組成物に対する抗体を含む、対象で癌関連疾患の存在を予測するためのマイクロアレイ。
【請求項１０５】
請求項71に記載の組成物に対する抗体を含む、対象で癌関連疾患の存在を予測するためのマイクロアレイ。
【請求項１０６】
癌関連疾患合併症を、必要とする個体において治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための方法であって、少なくとも一つの癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する作用物質を、そのようなシグナル伝達を妨害するのに十分な量で個体に投与することを含み、前記作用物質が少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項１０７】
個体において癌関連疾患合併症を治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための医薬の製造のための、少なくとも一つの肺癌関連疾患応答シグナル伝達経路を妨害する方法であって、作用物質が少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項１０８】
癌関連疾患合併症を、必要とする個体において治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための方法であって、前記個体に少なくとも一つの癌関連疾患応答カスケードを妨害する作用物質を投与することを含み、前記作用物質が少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項１０９】
個体において癌関連疾患合併症を治療するか、予防するか、回復させるか、又はその重症度を制限するための医薬の製造のための、少なくとも一つの癌関連疾患応答カスケードを妨害する方法であって、該作用物質が少なくとも一つのUCR遺伝子産物を含む、前記方法。
【請求項１１０】
複数のデジタルコード化された参照プロファイルを有するデータベースを含むコンピュータ可読媒体であって、少なくとも第一の参照プロファイルが、癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第一のマーカーのレベルを表し、該マーカーが、一つ又は複数のUCR遺伝子産物を含む、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項１１１】
癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象、又は癌関連疾患を有する対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第二のマーカーのレベルを表す少なくとも第二の参照プロファイルを含む、請求項110に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項１１２】
対象が、癌関連疾患を有するか、その素因があるか、又はそれに関して生存期間の不良な予後を有するかどうか決定するためのコンピュータシステムであって、請求項111に記載のデータベース、及びコンピュータに対象のプロファイルを受け取らせ、対象プロファイルに診断上関連している適合する参照プロファイルをデータベースから特定させ、対象が癌関連疾患を有するか、その素因があるかどうかの表示を生成させるための、コンピュータ実行可能コードを含むサーバーを含む、前記コンピュータシステム。
【請求項１１３】
対象で癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を評価するためのコンピュータを利用した方法であって、(1)対象から得た試料からのデータを分類するためのモデル又はアルゴリズムを含むコンピュータを提供することであって、前記分類が、少なくとも一つのマーカーの存在、非存在又は量についてデータを分析することを含み、前記マーカーが一つ又は複数のUCR遺伝子又は遺伝子産物を含むが、これらUCR遺伝子又は遺伝子産物は癌関連疾患との関連が統計的に有意とされているものであり、(2)対象から得た生体試料からのデータを入力すること、及び(3)癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を表示するために生体試料を分類することを含む、前記方法。
【請求項１１４】
少なくとも一つのUCR遺伝子産物及びその組合せが、その単離された変異体又は生物学的活性断片又は機能同等物、又はそれに結合する抗体を含む、請求項113に記載の方法。
【請求項１１５】
前記UCR遺伝子産物が、7個のUCR(uc.347〜uc.353)のクラスター及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項113に記載の方法。
【請求項１１６】
一つ又は複数のUCR遺伝子産物の変化した発現の少なくとも一つが存在する、癌の動物モデル。
【請求項１１７】
前記動物モデルがヒト以外の脊椎動物である、請求項116に記載の動物モデル。
【請求項１１８】
前記動物モデルがマウス、ラット、ウサギ又は霊長類である、請求項116に記載の動物モデル。