【手続補正書】
【提出日】平成24年5月17日(2012.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）の発症に対する感受性を評価するために患者から単離された標的核酸における少なくとも１つの遺伝子変異の有無を検出するための方法であって、前記方法は、
ａ）患者サンプルからの標的核酸を提供する工程であって、前記標的核酸は正常集団における所定配列を有しているものである、前記提供する工程；及び、
ｂ）Ｔ１Ｄ発症の感受性の増加或いは減少を示す一塩基多型の存在を前記標的核酸で評価する工程、を有するものである、方法。
【請求項２】
請求項１の方法において、前記遺伝子変異は、前記配列における少なくとも１つのヌクレオチドの逆位、欠損、重複及び挿入から成る群から選択されるものである、方法。
【請求項３】
請求項１の方法において、前記標的核酸は、サイズ解析、アレル特異的プローブのハイブリダイゼーション、アレル−特異的プライマー伸展、オリゴマーライゲーション、ＤＮＡシークエンス、一本鎖高次構造多型分析、及び定量的ＰＣＲから成る群から選択された方法を介して遺伝子変異を評価されるものである、方法。
【請求項４】
請求項１の方法において、前記遺伝子変異は、表１、２、４及び５に説明された一塩基多型（ＳＮＰ）である、方法。
【請求項５】
請求項１の方法において、前記遺伝子変異は、表３に提供された連鎖不均衡ブロックに存在するものである、方法。
【請求項６】
請求項１の方法において、前記ＳＮＰは、ＵＢＡＳＨ３Ａ、ＧＬＩＳ３、ＲＡＳＧＲＰ１、ＢＡＣＨ２及びＥＤＧ７コード化核酸から成る群から選択される核酸に存在するものである、方法。
【請求項７】
請求項６の方法において、前記ＳＮＰは、２１番染色体上のＵＢＡＳＨ３Ａ遺伝子内の４２７０９４５９位に存在するｒｓ９９７６７６７、６番染色体上のＢＡＣＨ２遺伝子内の９１０１４１８４位に存在するｒｓ３７５７２４７、及び１５番染色体上の３６６９４３３３位に存在するｒｓ７１７１１７１から成る群から選択されるものである、方法。
【請求項８】
Ｔ１Ｄを診断するために、標的核酸における少なくとも１つの特異的ヌクレオチドの有無を決定するための方法であって、前記方法は、
ａ）糖尿病と関連すると知られている染色体領域から単離された、検出可能な量の標的核酸ポリマーを提供する工程；
ｂ）前記検出可能な量の核酸ポリマーを、１若しくはそれ以上のオリゴヌクレオチドポリマーとハイブリダイゼーションする工程であって、各プライマーは標的核酸ポリマーにおける配列に対して相補的であるヌクレオチド配列を有しているものである、前記ハイブリダイゼーションする工程；
ｃ）少なくとも１つのデオキシヌクレオチドを含有する混合液において、前記ハイブリダイゼーションされた核酸ポリマーを重合剤へ曝露する工程であって、前記デオキシヌクレオチドは検出可能なレベルを有しているものである、前記曝露する工程；
ｄ）標識化デオキシヌクレオチドを含有するプライマー伸展産物の有無を、工程（ｃ）の重合化混合物で解析する工程であって、これによって定義部位での特異的ヌクレオチドの同定が決定されるものである、前記解析する工程；及び、
ｅ）前記少なくとも１つのヌクレオチド座位での遺伝子変異の存在を前記標的核酸で評価する工程であって、多型の存在はＴ１Ｄ発症の変化リスクと関連しているものである、評価する工程、を有するものである、方法。
【請求項９】
請求項８の方法を実行するためのキット。
【請求項１０】
表１、２、４及び５に同定された少なくとも１つのＳＮＰを有する核酸。
【請求項１１】
表３に提供された少なくとも１つの連鎖不均衡ブロックを有する核酸であって、前記核酸は、Ｔ１Ｄ発症の変化リスクを示す遺伝子変異を有するものである、核酸。
【請求項１２】
請求項１０或いは請求項１１の少なくとも１つの核酸を有するマイクロアレイであって、前記核酸は任意に１０から５０ヌクレオチドの長さである、マイクロアレイ。
【請求項１３】
Ｔ１Ｄを管理するために使用される一塩基多型であって、
この一塩基多型は、表１、２、４或いは５における少なくとも１つの多型を有するものであり、この多型を検出することによって、Ｔ１Ｄの発症のリスクが増加した患者が同定されるものであり、
Ｔ１Ｄを管理するために、治療上有効な量で薬剤が前記患者に投与されるものである、一塩基多型。
【請求項１４】
請求項１３の一塩基多型において、前記薬剤は、ＵＢＡＳＨ３Ａ、ＧＬＩＳ３、ＲＡＳＧＲＰ１、ＢＡＣＨ２及びＥＤＧ７から成る群から選択された遺伝子産物を介して、シグナリング或いはグルコース制御機能を調節するものである、一塩基多型。
【請求項１５】
請求項１４の一塩基多型において、前記薬剤は、小分子、抗体、タンパク質、オリゴヌクレオチド、或いはｓｉＲＮＡ分子から成る群から選択されるものである、一塩基多型。
【請求項１６】
請求項１４の一塩基多型において、前記薬剤は、薬学的に許容可能な担体中における、表６から１０で提供された少なくとも１つのｓｉＲＮＡである、一塩基多型。
【請求項１７】
請求項１４の一塩基多型において、前記薬剤は、炎症細胞へ送達されるものである、一塩基多型。
【請求項１８】
請求項１４の一塩基多型において、前記薬剤は、ナチュラルキラー細胞活性を調節するものである、一塩基多型。
【請求項１９】
請求項１４の一塩基多型において、前記薬剤は、インスリン−産生ベータ細胞におけるシグナリングを調節するものである、一塩基多型。
【請求項２０】
２１番染色体上のＵＢＡＳＨ３Ａ遺伝子内の４２７０９４５９位に存在するｒｓ９９７６７６７、６番染色体上のＢＡＣＨ２遺伝子内の９１０１４１８４位に存在するｒｓ３７５７２４７、及び１５番染色体上のＲＡＳＧＲＰ１遺伝子内の３６６９４３３３位に存在するｒｓ７１７１１７１から成る群から選択された、Ｔ１Ｄ発症の変化リスクに関連した、一塩基多型。
【請求項２１】
Ｔ１Ｄを導くベータ細胞破壊を調節する薬剤を同定するための方法であって、
ａ）表１、２、４或いは５に説明されたものから成る群から選択されたＳＮＰを発現している細胞を有するテスト対象を提供する工程；
ｂ）工程ａ）のＳＮＰｓを欠如した同族配列を発現している細胞を有するテスト対象を提供する工程；
ｃ）工程ａ）及びｂ）の細胞を薬剤と接触させる工程；及び、
ｄ）前記薬剤が、工程ｂ）の細胞と比較して、工程ａ）の細胞のベータ細胞破壊を変化させているかどうかを決定する工程であって、それによって自己免疫性ベータ細胞破壊を調節する薬剤を同定するものである、前記決定する工程、を有するものである、方法。
【請求項２２】
ＵＢＡＳＨ３Ａ、ＧＬＩＳ３、ＲＡＳＧＲＰ１、ＢＡＣＨ２及びＥＤＧ７から成る群から選択された遺伝子標的の発現をダウンレギュレーションするのに有効なｓｉＲＮＡ組成物であって、患者へ送達するための薬学的に許容可能な担体中において、表６から１０に提供された配列を有するものである、ｓｉＲＮＡ組成物。
【請求項２３】
治療が必要な患者においてＴ１Ｄを治療するための薬剤の製造における、有効な量の請求項２２の組成物の使用。
【請求項２４】
請求項２２の組成物において、前記ｓｉＲＮＡは、インスリン分泌、グルカゴン分泌、及びグルコサミン誘導性ベータ細胞アポトーシスから成る群から選択されたパラメータを調節し、前記調節の程度を決定するものである、組成物。
【請求項２５】
糖尿病表現型を調節する薬剤を同定するための方法であって、
ａ）表１、２、４及び５に説明されたものから成る群から選択された一塩基多型を発現している細胞を提供する工程；
ｂ）工程ａ）の一塩基多型を欠如した同族配列を発現している細胞を提供する工程；
ｃ）工程ａ）及び工程ｂ）の細胞をテスト薬剤へ接触させる工程；及び、
ｄ）前記薬剤が、工程ｂ）と比較して、工程ａ）において接触させた細胞における糖尿病関連パラメータを変化させるかどうかを解析する工程であって、それによって、糖尿病表現型を調節する薬剤を同定するものである、前記解析する工程、を有する方法。
【請求項２６】
請求項２５の方法において、前記パラメータは、インスリン分泌、グルカゴン分泌、及びグルコサミン誘導性ベータ細胞アポトーシスから成る群から選択されるものである、方法。