【手続補正書】
【提出日】平成26年9月10日(2014.9.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１の立体配座の第１のタンパク質中の１つ又は複数の残基原子を含む残基のパッキング特性を定量化する、コンピュータによって実行される方法であって、
（ａ）前記１つ又は複数の残基原子と１つ又は複数の周囲原子との間の距離に基づいて１つ又は複数の緊密接触電位を計算する工程と、
（ｂ）前記１つ又は複数の周囲原子に曝される前記１つ又は複数の残基原子の接触面積を計算する工程と、
（ｃ）前記１つ又は複数の緊密接触電位の合計を前記接触面積で割ることによって緊密接触面密度（CCSD）を計算する工程とを含み、
前記方法が、（１）クロック、（２）メモリ、及び（３）プロセッサを備えるコンピュータシステム上で実施され、
前記方法の各工程が前記プロセッサを利用して実施される、方法。
【請求項２】
前記緊密接触電位のうちの少なくとも１つがそのドメインのサブセットにおいて連続している、請求項１に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項３】
前記ＣＣＳＤを正規化する工程をさらに含む、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項４】
前記接触面積が約１０Å２より大きい、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項５】
前記ＣＣＳＤが約０．２５Å−２未満である、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項６】
前記ＣＣＳＤを減衰させる工程をさらに含む、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項７】
前記第１のタンパク質が分子に結合されて複合体を形成する、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項８】
前記分子が第２のタンパク質である、請求項７に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項９】
前記第１のタンパク質がリガンドであり前記第２のタンパク質がレセプターである、又は前記第１のタンパク質がレセプターであり前記第２のタンパク質がリガンドである、請求項８に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１０】
前記１つ又は複数の周囲原子が、１つ又は複数のリガンド原子、並びに１つ又は複数のレセプター原子から選択される、請求項９に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１１】
前記第２のタンパク質の前記立体配座を変更して第２の立体配座の前記第１のタンパク質を得る工程と、前記第２の立体配座の前記第１のタンパク質に関して工程（ａ）から（ｃ）を繰り返す工程をさらに含む、請求項８〜１０のいずれかに記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１２】
前記第１のタンパク質の前記立体配座を変更して第２の立体配座の前記第１のタンパク質を得る工程と、前記第２の立体配座の前記第１のタンパク質に対して工程（ａ）から（ｃ）を繰り返す工程をさらに含む、いずれかの前記請求項に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１３】
タンパク質の前記立体配座を変更する工程が、（ｄ）決定論的又は確率論的シミュレーションを実施して前記タンパク質の立体配座空間を探索する工程と、（ｅ）前記第１又は第２のタンパク質を変異させる工程と、（ｆ）第２のリガンドを前記タンパク質に結合する工程とから選択される１つ又は複数の工程を含む、請求項１１又は１２に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１４】
タンパク質相同モデルを構築する、コンピュータによって実行される方法であって、
（ａ）第１の立体配座のタンパク質又はタンパク質複合体に対して、請求項１〜１０のいずれかに記載のコンピュータによって実行される方法を実施して第１のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｂ）前記タンパク質又はタンパク質複合体の決定論的又は確率論的シミュレーションを実施して、第２の立体配座の前記タンパク質又はタンパク質複合体を得る工程と、
（ｃ）前記第２の立体配座の前記タンパク質又はタンパク質複合体に対して、前記先行の実施工程（ａ）で選択された前記コンピュータによって実行される方法を実施して第２のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｄ）前記タンパク質又はタンパク質複合体の１つ又は複数の残基に関して前記ＣＣＳＤが改善した場合、前記第２の立体配座の前記タンパク質又はタンパク質複合体を受け入れる工程と、
を含み、
タンパク質相同モデルを構築する前記方法が、（１）クロック、（２）メモリ、及び（３）プロセッサを備えるコンピュータシステム上で実施され、
前記方法の各工程が前記プロセッサを利用して実施される、方法。
【請求項１５】
決定論的又は確率論的シミュレーションを実施する前記工程が、分子動力学シミュレーションを実施する工程を含む、請求項１３又は１４に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１６】
決定論的又は確率論的シミュレーションを実施する前記工程が、モンテカルロシミュレーションを実施する工程を含む、請求項１３又は１４に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１７】
複数の主鎖原子に対するタンパク質主鎖の自由度のモンテカルロサンプリングと、複数の側鎖原子に対する離散化側鎖の自由度のモンテカルロサンプリングとを実施する工程を含む、請求項１６に記載のコンピュータによって実行される方法。
【請求項１８】
親タンパク質を元にして変異タンパク質を設計する方法であって、
（ａ）前記親タンパク質に対して、請求項１〜１０のいずれかに記載の前記コンピュータによって実行される方法を実施して第１のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｂ）前記親タンパク質の１つ又は複数の残基を変異させて前記変異タンパク質を得る工程と、
（ｃ）前記変異タンパク質に対して、前記先行の実施工程（ａ）で選択された前記コンピュータによって実行される方法を実施して第２のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｄ）前記第１のＣＣＳＤと比べた前記第２のＣＣＳＤが、前記親タンパク質と比して、同等の又は改善した前記変異タンパク質の安定性を示す場合に、前記変異タンパク質を作る工程とを含む、方法。
【請求項１９】
親タンパク質複合体を元にして変異タンパク質複合体を設計する方法であって、
（ａ）前記親タンパク質複合体に対して、請求項７〜１０のいずれかに記載の前記コンピュータによって実行される方法を実施して第１のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｂ）前記親タンパク質複合体の１つ又は複数の残基を変異させて前記変異タンパク質複合体を得る工程と、
（ｃ）前記変異タンパク質複合体に対して、前記先行の実施工程（ａ）で選択された、前記コンピュータによって実行される方法を実施して第２のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｄ）前記第１のＣＣＳＤと比べた前記第２のＣＣＳＤが、前記親タンパク質複合体と比して、同等の又は改善した前記変異タンパク質複合体の安定性を示す場合に、前記変異タンパク質複合体を作る工程とを含む、方法。
【請求項２０】
タンパク質に選択的に結合するリガンドを作る方法であって、
（ａ）第１のリガンドに結合した前記タンパク質を含む第１の複合体に対して、請求項１〜１０のいずれかに記載の前記コンピュータによって実行される方法を実施して第１のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｂ）第２のリガンドに結合した前記タンパク質を含む第２の複合体に対して、前記先行の実施工程（ａ）で選択された前記コンピュータによって実行される方法を実施して第２のＣＣＳＤを得る工程と、
（ｃ）前記第１のＣＣＳＤと比べた前記第２のＣＣＳＤが、前記第１の複合体と比して、同等の又は改善した前記第２の複合体の安定性を示す場合に、前記第２のリガンドを作る工程とを含む、方法。
【請求項２１】
請求項１〜１７のいずれかに記載の、前記コンピュータによって実行される方法を実施するための命令を含むコンピュータ可読媒体。
【請求項２２】
クロックと、メモリと、請求項１〜１７のいずれかに記載の、前記コンピュータによって実行される方法を実施するための命令を含むプロセッサとを備えるコンピュータシステム。