【手続補正書】
【提出日】平成26年2月18日(2014.2.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の自己免疫疾患の分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果の予測法であって、
前記被験者由来の第一の白血球細胞を少なくとも一つのモジュレーターと接触させる段階；
前記被験者由来の第二の白血球細胞を(i)少なくとも一つのモジュレーター、または(ii)モジュレーターがない存在(a  presence  of  no  modulator)と接触させる段階；
接触後、第一の白血球細胞における少なくとも一つの活性化可能エレメントおよび第二の白血球細胞における少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階；及び
第一の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントおよび第二の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルに基づいて、前記被験者の自己免疫疾患を分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する段階
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体(cross-linking  antibody)、およびB細胞受容体架橋抗体からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも一つのモジュレーターが治療薬である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記治療薬は、ステロイド剤；サイトカイン除去生物製剤(depleting  biologics)；TNF-遮断薬；抗-インターロイキン剤；抗-B細胞剤；抗-共刺激分子薬；免疫寛容原性薬(tolerogenic  agent)；抗-補体タンパク質薬(anti-complement  protein agent)；T細胞シグナル伝達の阻害剤；細胞移動(cell migration)の阻害剤；疾患修飾性抗リウマチ薬；サルファサラジン；ヒドロキシクロロキン；アザチオプリン；シクロスポリン；ミノサイクリン；およびD-ペニシラミンからなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階が、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントに対する結合エレメント(binding element)の結合を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記結合エレメントは抗体、組み換えタンパク質および蛍光染料からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記結合エレメントは、特定の活性化可能エレメントの特定の活性化状態を検出する、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
第一の白血球細胞および第二の白血球細胞において細胞表面マーカーおよび細胞内マーカーから選択される細胞マーカーの存在または非存在を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、CD69、Stat1、ホスホ-Stat1、Stat3、ホスホ-Stat3、Stat5、ホスホ-Stat5、Stat6、ホスホ-Stat6、Lck、ホスホ-Lck、Lyn、Zap70/Syk、ホスホ-Zap70、PLCγ2、ホスホ-PLCγ2、p38、ホスホ-p38およびPI3Kからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階が、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、共焦点顕微鏡法、免疫組織化学、免疫電子顕微鏡法、核酸増幅、遺伝子アレイ、プロテインアレイ、質量分析法、パッチクランプ、二次元ゲル電気泳動法、ディファレンシャルディスプレイゲル電気泳動法、ミクロスフィアベースの多重タンパク質アッセイ(microsphere-based  multiplex protein  assay)、ELISA、または無標識細胞アッセイ(label-free cellular assay)を使用することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
自己免疫疾患が関節リウマチ(RA)または全身性エリテマトーデス(SLE)である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
第一の白血球細胞がIL-21と接触した制御性T細胞であり；
第二の白血球細胞がモジュレーターがない存在と接触したB細胞であり；
B細胞における活性化可能エレメントがCD69であり、かつT細胞における活性化可能エレメントがpSTAT5であり；ならびに
B細胞におけるCD69の活性化レベルおよびT細胞におけるpSTAT5の活性化レベルの測定に基づいて、被験者における関節リウマチが分類される、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ナイーブCD4+T細胞をIL-6と接触させる段階；
前記ナイーブCD4+T細胞におけるpSTAT1の活性化レベルを測定する段階；および
B細胞におけるCD69の活性化レベル、制御性T細胞におけるpSTAT5の活性化レベル、およびナイーブCD4+T細胞におけるpSTAT1の活性化レベルの測定に基づいて、被験者における関節リウマチを分類する段階
をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
CD8+メモリー/エフェクターT細胞をTCR架橋抗体と接触させる段階；
前記CD8+T細胞におけるpLckの活性化レベルを測定する段階；および
B細胞におけるCD69の活性化レベル、制御性T細胞におけるpSTAT5の活性化レベル、およびCD8+T細胞におけるpLckの活性化レベルの測定に基づいて、被験者における関節リウマチを分類する段階
をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
第一の白血球細胞がIFNαと接触したCD4-CD45RA+細胞であり；
第二の白血球細胞がモジュレーターと接触していないB細胞であり；
B細胞における活性化可能エレメントがStat6であり、かつCD4-CD45RA+細胞における活性化可能エレメントがStat3であり；ならびに
B細胞におけるStat6の活性化レベルおよびCD4-CD45RA+細胞におけるStat3の活性化レベルの測定に基づいて、被験者におけるSLEの予後判定がなされる、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記被験者由来の第三の白血球細胞と、(i)少なくとも第三のモジュレーター、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる段階；
前記第三の白血球細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階；及び
第一の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベル、第二の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベル、および第三の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルに基づいて、前記被験者の自己免疫疾患を分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する段階、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
第一の白血球細胞が全タンパク質と接触したCD8+メモリー/エフェクターT細胞であり；
第二の白血球細胞がモジュレーターがない存在と接触したCD4+メモリー/エフェクターT細胞であり；
第三の白血球細胞がIL-15と接触したCD4+メモリー/エフェクターT細胞であり；
第一の白血球細胞における活性化可能エレメントがLckであり、第二の白血球細胞における活性化可能エレメントがホスホ-p38またはPLCγ2であり、かつ第三の白血球細胞における活性化可能エレメントがpStat5であり；ならびに
第一の白血球細胞におけるLckの活性化レベル、第二の白血球細胞におけるホスホ-p38またはPLCγ2の活性化レベル、および第三の白血球細胞におけるpStat5の活性化レベルの測定に基づいて、被験者における関節リウマチが分類される、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
第一の白血球細胞がIL-6と接触したCD4+CD45RA+細胞であり；
第二の白血球細胞がモジュレーターと接触していないCD4-CD45RA+細胞であり；
第三の白血球細胞がIFNαと接触したCD4-CD45RA+細胞であり；
第一の白血球細胞における活性化可能エレメントがStat1であり、第二の白血球細胞における活性化可能エレメントがStat1であり、かつ第三の白血球細胞における活性化可能エレメントがSTAT6であり；ならびに
第一の白血球細胞におけるStat1の活性化レベル、第二の白血球細胞におけるStat1の活性化レベル、および第三の白血球細胞におけるSTAT6の活性化レベルの測定に基づいて、被験者におけるSLEの予後判定がなされる、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
被験者の自己免疫疾患の分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果の予測法であって、
前記被験者由来の第一の白血球細胞を、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体および治療薬からなる群より選択される少なくとも一つのモジュレーターと接触させる段階；
前記被験者由来の第二の白血球細胞を(i)IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体および治療薬からなる群より選択される少なくとも一つのモジュレーター、または(ii)モジュレーターがない存在と接触させる段階；
接触後、第一の白血球細胞における少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルおよび第二の白血球細胞における少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階であって、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、CD69、Stat1、ホスホ-Stat1、Stat3、ホスホ-Stat3、Stat5、ホスホ-Stat5、Stat6、ホスホ-Stat6、Lck、ホスホ-Lck、Lyn、Zap70/Syk、ホスホ-Zap70、PLCγ2、ホスホ-PLCγ2、p38、ホスホ-p38およびPI3Kからなる群より選択される、段階；及び
第一の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルおよび第二の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルに基づいて、前記被験者の自己免疫疾患を分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する段階
を含む、前記方法。
【請求項２０】
自己免疫疾患が関節リウマチ(RA)または全身性エリテマトーデス(SLE)である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記被験者由来の第三の白血球細胞を、(i)IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体および治療薬からなる群より選択される少なくとも第三のモジュレーター、または(ii)モジュレーターがない存在と接触させる段階；
前記第三の白血球細胞における、CD69、Stat1、ホスホ-Stat1、Stat3、ホスホ-Stat3、Stat5、ホスホ-Stat5、Stat6、ホスホ-Stat6、Lck、ホスホ-Lck、Lyn、Zap70/Syk、ホスホ-Zap70、PLCγ2、ホスホ-PLCγ2、p38、ホスホ-p38およびPI3Kからなる群より選択される少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階；及び
第一の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベル、第二の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベル、および第三の白血球細胞における前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルに基づいて、前記被験者の自己免疫疾患を分類、検出、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する段階、
をさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
被験者において自己免疫疾患を処置するための治療標的を同定する方法であって、
(a)前記被験者由来の白血球細胞を少なくとも一つのモジュレーターに暴露する段階；
(b)前記白血球細胞における少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する段階；及び
(c)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルに基づいて前記被験者における自己免疫疾患の処置のための一つ以上の治療標的を同定する段階、
を含む、前記方法。
【請求項２３】
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、およびB細胞受容体架橋抗体からなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、CD69、Stat1、ホスホ-Stat1、Stat3、ホスホ-Stat3、Stat5、ホスホ-Stat5、Stat6、ホスホ-Stat6、Lck、ホスホ-Lck、Lyn、Zap70/Syk、ホスホ-Zap70、PLCγ2、ホスホ-PLCγ2、p38、ホスホ-p38およびPI3Kからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
態様によっては、本発明のどの方法に関しても曲線下面積(area  under  the  curve：AUC)値は0.7より高い。態様によっては、本発明のどの方法に関しても前記AUC値は0.8より高い。態様によっては、本発明のどの方法に関しても前記AUC値は0.9より高い。態様によっては、陽性的中率(positive  predictive  value)は70％より高い。態様によっては、陰性的中率(negative  predictive  value)は70％より高い。
[本発明1001]
被験者における自己免疫疾患の分類、診断、予後判定、テラノーシス(theranosis)、及び/または治療効果(outcome)の予測法であって、
(a)前記被験者由来の第一細胞集団由来の第一の細胞と、(i)少なくとも第一モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在(a  presence  of  no  modulator)とを接触させる；
(b)前記個体由来の第二細胞集団由来の第二の細胞と、(i)少なくとも第二モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；
(c)前記第一の細胞及び前記第二の細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(d)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして、前記被験者における自己免疫疾患を分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1002]
前記活性化可能エレメントの測定済み活性化レベルを含む、前記被験者のレスポンスパネルを作り出すことをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記第一細胞集団及び前記第二細胞集団が免疫細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記第一細胞集団由来の前記第一細胞がB細胞であり、前記第二細胞集団由来の前記第二細胞がT細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記B細胞は、モジュレーターがない存在と接触させる、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記B細胞型の少なくとも一つの活性化可能エレメントは、CD69、Stat3、Lck、p-Lck、pZap70/Syk、pI3K、Stat5及びホスホ-Stat3からなる群から選択される、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記T細胞がナイーブ(naive)CD4  T細胞である、本発明1004の方法。
[本発明1008]
前記ナイーブCD4  T細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントがp-Stat1であり、前記ナイーブCD4  T細胞とIL6とを接触させる、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記被験者由来の第三細胞集団由来の第三の細胞と、(i)少なくとも第二モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；及び前記第三の細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する、各段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記第三の細胞がCD8メモリー/エフェクターT細胞である、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントがp-Lckであり、前記CD8メモリー/エフェクターT細胞をT細胞受容体刺激と接触させる、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記第一細胞集団由来の前記第一細胞がCD4  T細胞であり、前記第二細胞集団由来の前記第二細胞がCD8  T細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記CD4  T細胞及び/またはCD8  T細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントは、p-p38、Lck、p-Lck、p-Stat5及びPLCγ2からなる群から選択される、本発明1012の方法。
[本発明1014]
前記第一及び/または第二のモジュレーターがサイトカインである、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記第一及び/または第二のモジュレーターがSTAT経路モジュレーターである、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記T細胞が制御性T細胞である、本発明1004の方法。
[本発明1017]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントがp-Stat5であり、前記制御性T細胞をIL-21と接触させる、本発明1016の方法。
[本発明1018]
自己免疫疾患における疾患活動性を分類する方法であって、
(a)(i)少なくとも一つのモジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在に応答して、複数の免疫細胞集団の一つ以上の細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(b)前記一つ以上の細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして、前記疾患活動性を分類する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1019]
前記疾患が関節リウマチであり、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、CD69、p-Stat5、p-Stat1、p-Lck、p-p38、Lck、p-Stat1、p-Stat3、p-p38、PLCγ2、及びp-PLCγ2からなる群から選択される、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメント、前記一つ以上の細胞、及び前記モジュレーターまたはモジュレーターがない存在が、表1、表2、表3または表4から選択される、本発明1018の方法。
[本発明1021]
前記疾患が全身性エリテマトーデスである、本発明1018の方法。
[本発明1022]
前記複数の免疫細胞集団がT細胞集団及びB細胞集団である、本発明1021の方法。
[本発明1023]
p-Stat3の活性化レベルがIFNαに応答してナイーブCD8  T細胞集団中で測定され、p-Stat6の活性化がモジュレーターがない存在に応答してB細胞集団中で測定され、p-Stat6の活性化レベルはIL-10に応答してB細胞集団中で測定される、本発明1022の方法。
[本発明1024]
p-Stat3の活性化レベルがIFNαに応答してナイーブCD8  T細胞集団中で測定され、p-Stat1の活性化がモジュレーターがない存在に応答してナイーブCD8  T細胞集団中で測定され、p-Stat1の活性化レベルはIL-6に応答してナイーブCD4  T細胞集団中で測定される、本発明1022の方法。
[本発明1025]
関節リウマチに罹患している被験者の治療に対する反応性(treatment  responsiveness)を予測する方法であって、
(a)前記被験者由来のB細胞集団由来のB細胞と、(i)少なくとも第一モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；
(b)前記被験者由来のCD8  T細胞集団由来のCD8  T細胞と、(i)少なくとも第二モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；(c)前記B細胞及び前記CD8  T細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(d)前記少なくとも一つの活性化エレメントの活性化レベルをベースとして前記被験者の治療に対する応答を予測する、各段階を含む前記方法。
[本発明1026]
CD69、Stat3、Lck、p-Lck、pZap70/Syk、pI3K、Stat5、及びホスホ-Stat3からなる群から選択される活性化可能エレメントの活性化レベルを前記B細胞中で測定する、本発明1025の方法。
[本発明1027]
Lck、及びp-PLCγ2からなる群から選択される活性化可能エレメントの活性化レベルを前記CD8  T細胞中で測定する、本発明1025の方法。
[本発明1028]
前記被験者がオレンシア(Orencia)で処置されているか、または処置される予定である、本発明1025の方法。
[本発明1029]
全身性エリテマトーデスに罹患している被験者の疾患活動性(disease activity)における変化を予測する方法であって、
(a)前記被験者由来のCD8  T細胞集団由来のナイーブCD8細胞と、(i)少なくとも第一モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；
(b)前記被験者由来のB細胞集団由来のB細胞と、(i)少なくとも第一モジュレーター若しくはそのフラグメント、または(ii)モジュレーターがない存在とを接触させる；
(c)前記B細胞及び前記ナイーブCD8  T細胞中の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(d)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして、前記被験者の疾患活動性における変化を予測する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1030]
p-Stat3の活性化レベルは、IL4、IL6及びIFNγからなる群から選択されるモジュレーターに応答して前記B細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1031]
p-Stat5の活性化レベルは、IFNαに応答して前記B細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1032]
p-Stat6の活性化レベルは、IL10、またはモジュレーターがない存在に応答して前記B細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1033]
p-Stat1の活性化レベルは、IL-10、IFNα及びIL-6からなる群から選択されるモジュレーターに応答して前記ナイーブCD8  T細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1034]
p-Stat6の活性化レベルは、IL-15及びIFNαからなる群から選択されるモジュレーターに応答して前記ナイーブCD8  T細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1035]
p-Stat5の活性化レベルは、IL-21に応答して前記ナイーブCD8  T細胞中で測定される、本発明1029の方法。
[本発明1036]
曲線下面積(area  under  the  curve：AUC)値が0.7より高い、本発明1001〜1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
前記AUC値が0.8より高い、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
前記AUC値が0.9より高い、本発明1001〜1037のいずれかの方法。
[本発明1039]
陽性的中率(positive  predictive  value)が70％より高い、本発明1001〜1038のいずれかの方法。
[本発明1040]
陰性的中率(negative  predictive  value)が70％より高い、本発明1001〜1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
被験者の自己免疫疾患の分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果の予測法であって、
(a)前記被験者由来の細胞を少なくとも一つのモジュレーターに暴露する；
(b)少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(c)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして、前記被験者の自己免疫疾患を分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1042]
前記自己免疫疾患が、関節リウマチまたは全身性エリテマトーデスである、本発明1041の方法。
[本発明1043]
前記細胞が造血細胞である、本発明1041の方法。
[本発明1044]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体(cross-linking  antibody)、B細胞受容体架橋抗体、またはそれらの組み合わせである、本発明1041の方法。
[本発明1045]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IFNα、IFNγ、IL-4、IL-6、IL-21、IL-10、IL-15、またはそれらの組み合わせである、本発明1001の方法。
[本発明1046]
前記細胞を二つ以上のモジュレーターに同時にまたは連続して暴露する、本発明1041の方法。
[本発明1047]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、Stat1、Stat3、Stat5、Stat6、Lck、Lyn、Zap70、Syk、PLCγ2、p38、PI3Kまたはそれらの組み合わせである、本発明1041の方法。
[本発明1048]
二つ以上の活性化可能エレメントの活性化レベルが同時にまたは連続して測定される、本発明1041の方法。
[本発明1049]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定することによって、前記細胞において少なくとも一つの経路を特徴付けすることをさらに含む、本発明1041の方法。
[本発明1050]
前記細胞における少なくとも一つの経路の機能状態(functional  state)を測定することをさらに含み、ここで前記機能状態は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとする、本発明1041の方法。
[本発明1051]
一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせの存在または非存在を測定することをさらに含む、本発明1041の方法。
[本発明1052]
前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカーまたはそれらの組み合わせは、タンパク質、糖、脂質、核酸及び代謝産物からなる群から独立して選択される、本発明1050の方法。
[本発明1053]
一つ以上の細胞表面マーカーまたは細胞内マーカーの存在または非存在の測定は、前記細胞表面マーカーまたは前記細胞内マーカーのエピトープの存在または非存在を測定することを含む、本発明1050の方法。
[本発明1054]
被験者の自己免疫疾患の分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果の予測は、少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルと、前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカーまたはそれらの組み合わせの存在または非存在の両方をベースとする、本発明1050の方法。
[本発明1055]
前記活性化レベルは、特定の活性化可能エレメントの特定の活性化状態に特異的である結合エレメント(binding  element)の結合により決定される、本発明1001の方法。
[本発明1056]
前記結合エレメントは抗体、組み換えタンパク質または蛍光染料を含む、本発明1054の方法。
[本発明1057]
前記活性化レベルを測定する段階が、単一細胞中で一つ以上の細胞内活性化可能エレメントの活性化レベルを測定するためにフローサイトメトリー、免疫蛍光法、共焦点顕微鏡法、免疫組織化学、免疫電子顕微鏡法、核酸増幅、遺伝子アレイ、プロテインアレイ、質量分析法、パッチクランプ、二次元ゲル電気泳動法、ディファレンシャルディスプレイゲル電気泳動法、ミクロスフィアベースの多重タンパク質アッセイ(microsphere-based  multiplex  protein  assay)、ELISA、または無標識細胞アッセイ(label-free  cellular  assay)を使用することを含む、本発明1041の方法。
[本発明1058]
前記治療効果の予測が、前記自己免疫疾患の活動性（activity）増加の予測を含む、本発明1041の方法。
[本発明1059]
前記一つ以上の活性化可能エレメントの活性化レベルの測定によって前記被験者の処置が誘導(guide)される、本発明1041の方法。
[本発明1060]
前記被験者を処置するのに使用する治療薬の効能は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして決定される、本発明1041の方法。
[本発明1061]
被験者の自己免疫疾患を分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する方法であって、
(a)前記被験者由来の細胞を少なくとも一つの治療薬に暴露する、ここで前記治療薬は免疫系障害を処置するのに使用される；
(b)少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(c)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして、前記被験者の自己免疫疾患を分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果を予測する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1062]
前記自己免疫疾患が関節リウマチまたは全身性エリテマトーデスである、本発明1061の方法。
[本発明1063]
前記細胞が造血細胞である、本発明1061の方法。
[本発明1064]
前記少なくとも一つの治療薬は、ステロイド剤、たとえばコルチコステロイド；サイトカイン除去生物製剤(depleting  biologics)、たとえば抗-TNFα、抗-IL1β、及び抗-IL6；TNF-遮断薬、たとえばインフリキシマブ(Infliximab)、アダリムマブ(Adalimumab)、及びエタネルセプト(Etanercept)；抗-インターロイキン剤、たとえばアナキンラ(Anakinra)、AMG108、イグラチモド(Iguratimod)、及びアクテムラ(Actemra)；及び抗-B細胞剤、たとえばリツキシマブ(Rituximab)及びエプラツズマブ(Epratzumab)；抗-共刺激分子薬、たとえばアバタセプト(Abatacept)及びベリムマブ(Belimumab)；免疫寛容原性薬(tolerogenic  agent)(B細胞表面DNA受容体を対象にした合成分子)、たとえばLJP  394及びTV-4710；抗-補体タンパク質薬(anti-complement  protein  agent)、たとえばエクリズマブ(Eculizumab)；T細胞シグナル伝達分子の阻害剤、たとえばCP690550；細胞移動(cell  migration)の阻害剤、たとえばケモカイン受容体のアンタゴニスト(Maraviroc、INCB3284)；疾患修飾性抗リウマチ薬、たとえばレフィウノミド(lefiunomide)及びメトトレキセート；サルファサラジン；ヒドロキシクロロキン；アザチオプリン；シクロスポリン；ミノサイクリン；D-ペニシラミン；それらの等価物並びにそれらの組み合わせからなる群から選択される、本発明1061の方法。
[本発明1065]
前記細胞が二種以上の治療薬に同時にまたは連続して暴露される、本発明1061の方法。
[本発明1066]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、Stat1、Stat3、Stat5、Stat6、Lck、Lyn、Zap70、Syk、PLCγ2、P38、PI3Kまたはそれらの組み合わせである、本発明1061の方法。
[本発明1067]
二種以上の活性化可能エレメントの活性化レベルは同時にまたは連続して測定される、本発明1061の方法。
[本発明1068]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定することによって、前記細胞中の少なくとも一つの経路を特徴付けすることをさらに含む、本発明1061の方法。
[本発明1069]
前記細胞中の少なくとも一つの経路の機能状態を決定することをさらに含み、ここで前記機能状態は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとする、本発明1061の方法。
[本発明1070]
前記方法がさらに、一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせの存在または非存在を測定することを含む、本発明1061の方法。
[本発明1071]
前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせが、タンパク質、糖、脂質、核酸及び代謝物質からなる群から独立して選択される、本発明1070の方法。
[本発明1072]
一つ以上の細胞表面マーカーまたは細胞内マーカーの存在または非存在の測定は、前記細胞表面マーカーまたは前記細胞内マーカーのエピトープの存在または非存在を測定することを含む、本発明1070の方法。
[本発明1073]
被験者の前記自己免疫疾患の分類、診断、予後判定、テラノーシス、及び/または治療効果の予測は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルと、前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカーまたはそれらの組み合わせの存在または非存在の両方をベースとする、本発明1070の方法。
[本発明1074]
前記活性化レベルは、特定の活性化可能エレメントの特定の活性化状態に特異的な結合エレメントの結合によって測定される、本発明1070の方法。
[本発明1075]
前記結合エレメントが、抗体、組み換えタンパク質、または蛍光染料を含む、本発明1077の方法。
[本発明1076]
前記活性化レベルを測定する段階は、単一細胞中で一つ以上の細胞内活性化可能エレメントの活性化レベルを測定するために、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、共焦点顕微鏡法、免疫組織化学、免疫電子顕微鏡法、核酸増幅、遺伝子アレイ、プロテインアレイ、質量分析法、パッチクランプ、二次元ゲル電気泳動法、ディファレンシャルディスプレイゲル電気泳動法、ミクロスフィアベースの多重タンパク質アッセイ、ELISA、または無標識細胞アッセイを使用することを含む、本発明1061の方法。
[本発明1077]
前記予測は、前記治療薬での処置に対する前記自己免疫疾患の治療効果の予測を含む、本発明1061の方法。
[本発明1078]
前記予測によって前記被験者の処置が誘導される、本発明1077の方法。
[本発明1079]
前記被験者由来の前記細胞を、少なくとも一つの追加のモジュレーターに同時または連続的に暴露すること、及び前記経路内の少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定することにより、少なくとも一つの経路を特徴付けることをさらに含む、本発明1061の方法。
[本発明1080]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体、またはそれらの組み合わせである、本発明1079の方法。
[本発明1081]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IFNα、IFNγ、IL-4、IL-6、IL-21、IL-10、IL-15またはそれらの組み合わせである、本発明1079の方法。
[本発明1082]
被験者において自己免疫疾患を処置するための治療標的を同定する方法であって、
(a)前記被験者由来の細胞を少なくとも一つのモジュレーターに暴露する；
(b)少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定する；及び
(c)前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとして前記被験者における自己免疫疾患の処置のための一つ以上の治療標的を同定する、各段階を含む、前記方法。
[本発明1083]
前記自己免疫疾患が、関節リウマチまたは全身性エリテマトーデスである、本発明1082の方法。
[本発明1084]
前記細胞が造血細胞である、本発明1082の方法。
[本発明1085]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体、またはそれらの組み合わせである、本発明1082の方法。
[本発明1086]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IFNα、IFNγ、IL-4、IL-6、IL-21、IL-10、IL-15またはそれらの組み合わせである、本発明1082の方法。
[本発明1087]
前記細胞が二種以上のモジュレーターに同時にまたは連続的に暴露される、本発明1082の方法。
[本発明1088]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントが、Stat1、Stat3、Stat5、Stat6、Lck、Lyn、Zap70、Syk、PLCγ2、P38、PI3Kまたはそれらの組み合わせである、本発明1082の方法。
[本発明1089]
二種以上の活性化可能エレメントの活性化レベルが同時にまたは連続的に測定される、本発明1042の方法。
[本発明1090]
前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルを測定することによって、前記細胞中の少なくとも一つの経路を特徴付けすることをさらに含む、本発明1082の方法。
[本発明1091]
前記細胞中の少なくとも一つの経路の機能状態を測定することをさらに含み、ここで前記機能状態は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルをベースとする、本発明1082の方法。
[本発明1092]
前記方法は一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせの存在または非存在を測定することをさらに含む、本発明1082の方法。
[本発明1093]
前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせは、タンパク質、糖、脂質、核酸及び代謝産物からなる群から独立して選択される、本発明1092の方法。
[本発明1094]
一つ以上の細胞表面マーカーまたは細胞内マーカーの存在または非存在の測定は、前記細胞表面マーカーまたは前記細胞内マーカーのエピトープの存在または非存在を測定することを含む、本発明1092の方法。
[本発明1095]
被験者における前記自己免疫疾患の処置のための一つ以上の治療標的の同定は、前記少なくとも一つの活性化可能エレメントの活性化レベルと、前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせの存在または非存在とをベースとする、本発明1092の方法。
[本発明1096]
前記活性化レベルは、特定の活性化可能エレメントの特定の活性化状態に特異的な結合エレメントの結合により測定する、本発明1082の方法。
[本発明1097]
前記結合エレメントは、抗体、組み換えタンパク質、または蛍光染料を含む、本発明1096の方法。
[本発明1098]
前記活性化レベルの測定段階は、単一細胞中で一つ以上の細胞内活性化可能エレメントの活性化レベルを測定するために、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、共焦点顕微鏡法、免疫組織化学、免疫電子顕微鏡法、核酸増幅、遺伝子アレイ、プロテインアレイ、質量分析法、パッチクランプ、二次元ゲル電気泳動法、ディファレンシャルディスプレイゲル電気泳動法、ミクロスフィアベースの多重タンパク質アッセイ、ELISA、または無標識細胞
アッセイを使用することを含む、本発明1082の方法。
[本発明1099]
(a)活性化可能エレメントの活性化状態を検出し得る結合エレメント、ここで前記活性化可能エレメントの活性化レベルは自己免疫疾患と相関する；
(b)被験者における自己免疫疾患の診断、予後判定、テラノーシス、または治療効果の予測において前記結合エレメントを使用するための使用説明書を含むキット。
[本発明1100]
前記結合エレメントが、ペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、タンパク質または抗体である、本発明1099のキット。
[本発明1101]
前記結合エレメントがさらに標識エレメントを含む、本発明1099のキット。
[本発明1102]
前記標識エレメントが、小分子フルオロフォア(fluorophore)、タンパク質性フルオロフォア、放射性同位体、酵素、抗体、化学発光分子、ビオチン、ストレプトアビジン、ジゴキシゲニン、発色性色素(chromogenic  dye)、蛍光染料、リン染料(phosphorous  dye)、ルシフェラーゼ、磁性粒子、ベータ-ガラクトシダーゼ、アミノ基、カルボキシ基、マレイミド基、オキソ基及びチオール基、量子ドット、キレート化若しくはケージ化(caged)ランタニド、アイソトープタグ、放射線不透過性タグ、高電子密度タグ(electron-dense  tag)、放射性同位体、常磁性粒子、アガロース粒子、質量タグ(mass  tag)、e-タグ、ナノ粒子及びベシクルタグ(vesicle  tag)からなる群から選択される、本発明1101のキット。
[本発明1103]
前記標識エレメントが酵素及び前駆体化合物を含む、本発明1101のキット。
[本発明1104]
少なくとも一つのモジュレーターをさらに含む、本発明1099のキット。
[本発明1105]
前記少なくとも一つのモジュレーターが、IL-1、IL-2、IL-4、IL-6、IL-7、IL-10、IL-12、IL-15、IL-21、IL-27、GM-CSF、G-CSF、IFNα、IFNγ、T細胞受容体架橋抗体、B細胞受容体架橋抗体、またはそれらの組み合わせである、本発明1104のキット。
[本発明1106]
前記活性化可能エレメントは、Sat1、Stat3、Stat5、Stat6、Lck、Lyn、Zap70、Syk、PLCγ2、p38、またはPI3Kである、本発明1099のキット。
[本発明1107]
一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせに特異的な一つ以上の抗体をさらに含む、本発明1099のキット。
[本発明1108]
前記一つ以上の細胞表面マーカー、細胞内マーカー、またはそれらの組み合わせは、タンパク質、糖、脂質、核酸及び代謝物質からなる群から独立して選択される、本発明1107のキット。