【手続補正書】
【提出日】平成26年3月6日(2014.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＲＡＦ阻害剤と第二の阻害剤とを用いた併用療法での治療によって利益を得る可能性が高い癌を有する被験者を同定する方法であって、該方法は：
（ａ）被験者から得られた癌細胞中のＭＡＰ３Ｋ８（ＴＰＬ２／ＣＯＴ）、ＲＡＦ１（ＣＲＡＦ）、ＣＲＫＬ（ＣｒｋＬ）、ＦＧＲ（Ｆｇｒ）、ＰＲＫＣＥ（Ｐｒｋｃｅ）、ＰＲＫＣＨ（Ｐｒｋｃｈ）、ＥＲＢＢ２（ＥｒｂＢ２）、ＡＸＬ（Ａｘｌ）、または、ＰＡＫ３（Ｐａｋ３）からなる群より選択される１種またはそれより多くの標的キナーゼの遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化を分析し、遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化を、癌を有さない被験者から得られた細胞中の標的キナーゼの遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化と比較すること；および、
（ｂ）癌を有さない被験者からの細胞と比較した、癌細胞中の標的キナーゼの遺伝子コピー数の増加、または、ｍＲＮＡ発現の変化、または、タンパク質の過剰発現もしくはリン酸化を、その癌を有する併用療法での治療によって利益を得る可能性が高い被験者と相関付けること、
を含む、上記方法。
【請求項２】
（ｃ）癌細胞から得られた核酸サンプルを、約アミノ酸位置６００に突然変異を有するＢ−ＲＡＦポリペプチドをコードする核酸分子中の突然変異の存在について分析すること、および、（ｄ）該突然変異のＢ−ＲＡＦポリペプチドをコードする核酸分子中における存在を、併用療法での治療によって利益を得る可能性が高い被験者と相関付けること、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｂ−ＲＡＦをコードする核酸分子中の約アミノ酸位置６００にバリンからグルタミン酸への突然変異（Ｖ６００Ｅ）の存在を、併用療法での治療によって利益を得る可能性が高い被験者と相関付けることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＭＡＰ３Ｋ８（ＴＰＬ／ＣＯＴ）の遺伝子コピー数、ｍＲＮＡまたはタンパク質レベルを分析することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
アミノ酸Ｓ３３８におけるＣ−ＲＡＦのリン酸化を分析することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第二の阻害剤は、ＭＥＫ阻害剤、ＣＲＡＦ阻害剤、ＣｒｋＬ阻害剤、または、ＴＰＬ２／ＣＯＴ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＲＡＦ阻害剤は、Ｂ−ＲＡＦ阻害剤、または、ｐａｎ−ＲＡＦ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＲＡＦ阻害剤は、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、および、ＺＭ３３６３７２からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記被験者は、ＲＡＦ阻害剤に対する先天的な耐性を有するか、または、ＲＡＦ阻害剤に対する耐性を発生させる可能性が高い、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記癌は、黒色腫、乳癌、結腸直腸癌、神経膠腫、肺癌、卵巣癌、肉腫、および、甲状腺癌からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記癌は、黒色腫である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
癌治療を必要とする被験者において癌を治療するための、物質を組み合わせてなる薬剤であって、有効量のＲＡＦ阻害剤と有効量の第二の阻害剤とを含み、ここで第二の阻害剤は、ＭＥＫ阻害剤、または、ＭＡＰ３Ｋ８（ＴＰＬ２／ＣＯＴ）阻害剤である、上記薬剤。
【請求項１３】
前記被験者は、Ｂ−ＲＡＦに突然変異を含む癌細胞を有する、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１４】
前記被験者は、Ｂ−ＲＡＦＶ６００Ｅ突然変異を含む癌細胞を有する、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１５】
治療が、被験者から得られた癌細胞中のＭＡＰ３Ｋ８（ＴＰＬ２／ＣＯＴ）、ＲＡＦ１（ＣＲＡＦ）、ＣＲＫＬ（ＣｒｋＬ）、ＦＧＲ（Ｆｇｒ）、ＰＲＫＣＥ（Ｐｒｋｃｅ）、ＰＲＫＣＨ（Ｐｒｋｃｈ）、ＥＲＢＢ２（ＥｒｂＢ２）、ＡＸＬ（Ａｘｌ）、または、ＰＡＫ３（Ｐａｋ３）からなる群より選択される１種またはそれより多くの標的キナーゼの遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化を分析し、その遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化を、癌を有さない被験者から得られた細胞中の標的キナーゼの遺伝子コピー数、ｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルまたはリン酸化と比較することを含み；および、
被験者の中で、癌細胞中の標的キナーゼの遺伝子コピー数の増加、または、ｍＲＮＡ発現の変化、または、タンパク質の過剰発現もしくはリン酸化を示す被験者に、有効量のＲＡＦ阻害剤と有効量の第二の阻害剤が投与される、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１６】
前記ＲＡＦ阻害剤は、ＲＡＦ２６５、ソラフェニブ、ＳＢ５９０８８５、ＰＬＸ４７２０、ＰＬＸ４０３２、ＧＤＣ−０８７９、および、ＺＭ３３６３７２からなる群より選択される、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１７】
前記ＭＥＫ阻害剤は、ＣＩ−１０４０／ＰＤ１８４３５２、ＡＺＤ６２４４、ＰＤ３１８０８８、ＰＤ９８０５９、ＰＤ３３４５８１、ＲＤＥＡ１１９、６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−４−（４−フェノキシ−フェニルアミノ）−キノリン−３−カルボニトリル、および、４−［３−クロロ−４−（１−メチル−１Ｈ−イミダゾール−２−イルスルファニル）−フェニルアミノ］−６−メトキシ−７−（３−モルホリン−４−イル−プロポキシ）−キノリン−３−カルボニトリルからなる群より選択される、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１８】
前記被験者は、ＲＡＦ阻害剤に対する先天的な耐性を有するか、または、ＲＡＦ阻害剤に対する耐性を発生させる可能性が高い、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項１９】
前記癌は、黒色腫、乳癌、結腸直腸癌、神経膠腫、肺癌、卵巣癌、肉腫、および、甲状腺癌からなる群より選択される、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項２０】
前記癌は、黒色腫である、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項２１】
前記被験者は、ＭＥＫ阻害剤に対する先天的な耐性を有するか、または、ＭＥＫ阻害剤に対する耐性を発生させる可能性が高い、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項２２】
前記第二の阻害剤は、ＭＡＰ３Ｋ８（ＴＰＬ２／ＣＯＴ）阻害剤である、請求項１２に記載の物質を組み合わせてなる薬剤。
【請求項２３】
第一の阻害剤に対する耐性を付与する標的キナーゼを同定する方法であって：
第一の阻害剤に対する感受性を有する細胞を培養すること；
細胞培養物で複数のキナーゼＯＲＦクローンを発現させること、ここで、それぞれの細胞培養物が異なるキナーゼＯＲＦクローンを発現する；
それぞれの細胞培養物を上記阻害剤に晒すこと；
上記阻害剤に晒した後にコントロール細胞培養物よりも高い生存率を有する細胞培養物を同定することにより、第一の阻害剤に対する耐性を付与する１種またはそれより多くのキナーゼＯＲＦクローンを同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項２４】
前記培養細胞は、ＲＡＦ阻害剤に対する感受性を有する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記培養細胞は、ＭＥＫ阻害剤に対する感受性を有する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記培養細胞は、Ｂ−ＲＡＦ突然変異を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記培養細胞は、Ｂ−ＲＡＦＶ６００Ｅ突然変異を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記培養細胞は、黒色腫細胞株を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
レンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター中の複数のキナーゼＯＲＦクローンを提供することを含む、請求項２３に記載の方法。