【手続補正書】
【提出日】平成26年10月17日(2014.10.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析システムであって、
約１ｎｍ〜約２５０ｎｍの範囲内の少なくとも１つの寸法を有する１若しくはそれ以上のナノチャネルを有する流体チップを受け入れるように構成されたサンプルステージと、
前記流体チップ内に配置されたサンプルを照明するように構成された２若しくはそれ以上の照明光源であって、前記照明光源のそれぞれは異なる照明の波長を提供するように構成されている、前記照明光源と、
前記流体チップ内に配置された照明されたサンプルの１若しくはそれ以上の画像を収集するように構成された画像収集装置と
を有するシステム。
【請求項２】
請求項１記載のシステムであって、さらに、前記流体チップ内に配置されたサンプルから反射された照明の１若しくはそれ以上のビームの位置を検出できる検出器を有するシステム。
【請求項３】
請求項１記載のシステムであって、さらに、前記流体チップから反射された照明のビームの位置に応答して前記サンプルステージを平行移動させるように構成されたコントローラを有するシステム。
【請求項４】
請求項１記載のシステムであって、さらに、前記流体チップ内に配置されたサンプルに所望の照明の波長を提供するように、照明経路内に配置できる少なくとも１つのフィルタを有するシステム。
【請求項５】
請求項１記載のシステムであって、さらに、前記照明光源と前記サンプルとの間の照明経路内に配置されたビームエクスパンダを有するシステム。
【請求項６】
請求項１記載のシステムにおいて、前記システムは、前記流体チップのナノチャネル内に１若しくはそれ以上の高分子を移動させるように構成された電場源を有するものであるシステム。
【請求項７】
請求項１記載のシステムであって、さらに、前記流体チップ上に配置された１若しくはそれ以上の表示に一致して前記システムを認識するように構成されたリーダを有するシステム。
【請求項８】
請求項１記載のシステムにおいて、前記システムは、前記ナノチャネル内で単一分子蛍光検出を達成するための広視野照明を利用するように構成されるものであるシステム。
【請求項９】
請求項１記載のシステムにおいて、前記照明光源は、レーザ、発光ダイオード、白熱電球、紫外光源、またはこれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであるシステム。
【請求項１０】
請求項１記載のシステムにおいて、前記システムは、前記サンプルの自動化された光学焦点を維持するように構成された統合オートフォーカスユニットを含むものであるシステム。
【請求項１１】
請求項１０記載のシステムにおいて、前記統合オートフォーカスユニットは少なくとも１つの追加の照明光源を有し、前記追加の照明光源は他の照明光源の光学経路を共有し、且つナノ構造化されたイメージング表面の焦点追跡を調整するために配列されるものであるシステム。
【請求項１２】
請求項１記載のシステムにおいて、前記システムは部分的にまたは完全に自動化されているものであるシステム。
【請求項１３】
請求項１記載のシステムであって、さらに、サンプルリザーバの蒸発を軽減または制御する蒸発コントロールシステムを有するシステム。
【請求項１４】
請求項１記載のシステムにおいて、前記システムは高分子の１若しくはそれ以上の構造的特徴を測定することができるものであるシステム。
【請求項１５】
請求項１４記載のシステムにおいて、前記システムは前記高分子の１若しくはそれ以上の構造的特徴を患者の生理学的特徴に関連付けることができるものであるシステム。
【請求項１６】
請求項１記載のシステムであって、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、バイオポリマー、生体高分子、非生体高分子、またはそれらの任意の組み合わせを分析するために構成されるシステム。
【請求項１７】
ポリヌクレオチドサンプルを分析する方法であって、
前記サンプル中の多数のポリヌクレオチドを少なくとも２つのタイプの光学的に検出可能な標識で標識する工程と、
前記標識されたサンプルを流体チップに装填する工程と、
前記標識されたポリヌクレオチドの少なくとも一部を前記流体チップ内の複数のナノチャネルに移動させ、前記標識されたポリヌクレオチドを前記ナノチャネル内で直鎖形に維持する工程と、
第一の光源で前記サンプルを照明し、その後前記ナノチャネル内で前記標識されたポリヌクレオチドを画像化する工程と、
第二の光源で前記サンプルを照明し、その後前記ナノチャネル内で前記標識されたポリヌクレオチドを画像化する工程と、
前記標識されたポリヌクレオチドをさらに前記ナノチャネル内に移動させ、前記照明および画像化の工程を繰り返す工程と
を有する方法。
【請求項１８】
請求項１７記載の方法であって、さらに、一次焦点位置を自動的に見つけることにより前記ナノチャネル内に配置されたサンプル上にオートフォーカスし、その後一度見つけた焦点位置を追跡する工程を有する方法。
【請求項１９】
請求項１７記載の方法であって、さらに、前記サンプルの１若しくはそれ以上の画像を記録する工程を有する方法。
【請求項２０】
請求項１７記載の方法であって、前記ポリヌクレオチドの主鎖を第一の標識で標識し、前記ポリヌクレオチドの複数の部位を部位特異的な手法で第二の標識で標識する工程を有する方法。
【請求項２１】
請求項１７記載の方法であって、さらに、前記ポリヌクレオチドの標識の位置に基いて前記サンプルの少なくとも１つの構造的特徴を特徴付ける工程を有する方法。
【請求項２２】
請求項１７記載の方法であって、さらに、装填後に前記サンプルの蒸発を阻害し、または軽減する工程を有する方法。
【請求項２３】
請求項１７記載の方法であって、さらに、前記サンプルを画像化するために広視野照明を使用する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
ＤＮＡ損傷の結果は、ＤＮＡ断片化（二本鎖ＤＮＡ切断）、一本鎖ＤＮＡ切断、および修飾塩基を生じさせる。現在は、ＤＮＡ増幅を必要とせずにこれらのイベントを検出するために利用できる高スループットおよび高感度の方法は限られており、そのＤＮＡ増幅はそれらの修飾を隠蔽する可能性がある。したがって当分野においては、ポリヌクレオチド損傷を検出するための方法およびシステムに対する必要がある。
この出願の発明に関連する先行技術文献情報としては、以下のものがある（国際出願日以降国際段階で引用された文献及び他国に国内移行した際に引用された文献を含む）。
（先行技術文献）
（特許文献）
（特許文献１）  国際公開第２０１０／００２８８３号
（特許文献２）  国際公開第２０１０／０５９７３１号
（特許文献３）  米国特許出願公開第２００５／２０８５３８号明細書
（非特許文献）
（非特許文献１）  ＸＩＡＯ  ＭＩＮＧ  ＥＴ  ＡＬ："Ｒａｐｉｄ  ＤＮＡ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｂｙ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｓｉｎｇｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ"，ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤＳ  ＲＥＳＥＡＲＣＨ，ＯＸＦＯＲＤ  ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ  ＰＲＥＳＳ，ＧＢ，ｖｏｌ．３５，ｎｏ．３，１  Ｊａｎｕａｒｙ  ２００７（２００７−０１−０１），ｐａｇｅｓ  Ｅ１６−１−Ｅ１６−１２
（非特許文献２）  ＤＡＳ  ＳＯＭＥＳ  Ｋ  ＥＴ  ＡＬ："Ｓｉｎｇｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｌｉｎｅａｒ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ＤＮＡ  ｉｎ  ｎａｎｏ−ｃｈａｎｎｅｌ  ｌａｂｅｌｅｄ  ｗｉｔｈ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｐｒｏｂｅｓ"，ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤＳ  ＲＥＳＥＡＲＣＨ，ｖｏｌ．３８，ｎｏ．１８，１０  Ａｕｇｕｓｔ  ２０１０（２０１０−０８−１０）
（非特許文献３）  ＪＯ  ＫＹＵＢＯＮＧ  ＥＴ  ＡＬ："Ａ  ｓｉｎｇｌｅ−ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｂａｒｃｏｄｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ  ｕｓｉｎｇ  ｎａｎｏｓｌｉｔｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  ａｎａｌｙｓｉｓ"，ＰＲＯＣＥＥＤＩＮＧＳ  ＯＦ  ＴＨＥ  ＮＡＴＩＯＮＡＬ  ＡＣＡＤＥＭＹ  ＯＦ  ＳＣＩＥＮＣＥＳ  ＯＦ  ＵＳＡ，ＮＡＴＩＯＮＡＬ  ＡＣＡＤＥＭＹ  ＯＦ  ＳＣＩＥＮＣＥ，ＷＡＳＨＩＮＧＴＯＮ，ＤＣ；ＵＳ，ｖｏｌ．１０４，ｎｏ．８，２０  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２００７（２００７−０２−２０），ｐａｇｅｓ  ２６７３−２６７８
（非特許文献４）  ＣＡＯ  ＨＡＮ  ＥＴ  ＡＬ："Ｇｒａｄｉｅｎｔ  ｎａｎｏｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｆｏｒ  ｉｎｔｅｒｆａｃｉｎｇ  ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ  ａｎｄ  ｎａｎｏｆｌｕｉｄｉｃｓ"，ＡＰＰＬＩＥＤ  ＰＨＹＳＩＣＳ  ＬＥＴＴＥＲＳ，ＡｌＰ，ＡＭＥＲＩＣＡＮ  ＩＮＳＴＩＴＵＴＥ  ＯＦ  ＰＨＹＳＩＣＳ，ＭＥＬＶＩＬＬＥ，ＮＹ，ＵＳ，ｖｏｌ．８１，ｎｏ．１６，１４  Ｏｃｔｏｂｅｒ  ２００２（２００２−１０−１４），ｐａｇｅｓ  ３０５８−３０６０
（非特許文献５）  Ｊ．Ｏ．ＴＥＧＥＮＦＥＬＤＴ："Ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｃｏｖｅｒ：Ｔｈｅ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｏｆ  ｇｅｎｏｍｉｃ−ｌｅｎｇｔｈ  ＤＮＡ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｉｎ  １００−ｎｍ  ｃｈａｎｎｅｌｓ"，ＰＲＯＣＥＥＤＩＮＧＳ  ＯＦ  ＴＨＥ  ＮＡＴＩＯＮＡＬ  ＡＣＡＤＥＭＹ  ＯＦ  ＳＣＩＥＮＣＥＳ，ｖｏｌ．１０１，ｎｏ．３０，１９  Ｊｕｌｙ  ２００４（２００４−０７−１９），ｐａｇｅｓ  １０９７９−１０９８３