【手続補正書】
【提出日】平成22年11月10日(2010.11.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗生物質耐性を決定する方法であって、該方法は、
（ａ）核酸を細菌から得る工程；
（ｂ）該核酸を画像化する工程；
（ｃ）該核酸の制限マップを得る工程；
（ｄ）該核酸の制限マップと、制限マップデータベースとを比較する工程；および
（ｅ）該核酸の領域を、該データベース中の対応する領域にマッチさせることによって、該細菌の抗生物質耐性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記核酸を直線化する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉおよびＳ．ａｕｒｅｕｓからなる群より選択される少なくとも１つの種である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの市中感染型メチシリン耐性株である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの院内感染型メチシリン耐性株である、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記核酸は、前記細菌の実質的に全てのゲノムＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸は、前記細菌のトランスクリプトームを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記核酸は、デオキシリボ核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸は、リボ核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記画像化工程の前に、１種以上の酵素で前記核酸を消化する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記酵素は、ＢｇｌＩＩ、ＮｃｏＩ、ＸｂａＩ、およびＢａｍＨＩからなる群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記画像化工程は、前記核酸を標識する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記抗生物質は、メチシリン、オキサシリン、シプロフラキシン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、クリンダマイシン、トリメトプリム／スルファ、バンコマイシン、ペニシリンＧ、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、リファンピシン、リネゾリド、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、ゲンタマイシン、およびニトロフラントインからなる群より選択される少なくとも１種である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記制限データベースは、制限マップ類似性クラスターを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記制限データベースは、前記生物のクレードの少なくとも１種のメンバーからの制限マップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記制限データベースは、前記生物の少なくとも１つの亜種からの制限マップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記制限データベースは、前記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物からの制限マップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記データベースは、前記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物に共通するモチーフを含む制限マップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記モチーフは、ｍｅｃカセットである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
細菌の抗生物質耐性プロフィールを決定する方法であって、該方法は、
核酸を細菌から得る工程；
該核酸の光学的マップを調製する工程；
細菌耐性を示す、該核酸に存在する少なくとも１つのモチーフを同定する工程；および
該少なくとも１つのモチーフと、１種以上の抗生物質に対する耐性とを相関させて、それによって、該細菌の抗生物質耐性プロフィールを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
前記調製する工程は、前記核酸を直線化する工程、該核酸を、１種以上の制限酵素で消化する工程、および画像化するために該核酸を標識する工程を包含する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記モチーフは、ｍｅｃカセットおよびｐｓｉＳＡ２プロファージからなる群より選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
患者を処置するために治療上有効な抗生物質を決定するのを補助する方法であって、該方法は、
（ａ）核酸を、患者から得られたサンプル中の生物から得る工程であって、該サンプルは、感染性生物を含むと疑われている、工程；
（ｂ）該核酸の光学的マップを調製する工程；および
（ｃ）該光学的マップと、抗生物質耐性データを含む少なくとも１つのデータベースとを比較することによって、該生物の抗生物質耐性プロフィールを決定し、それによって該患者を処置するための治療上有効な抗生物質を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項２４】
前記生物を同定する工程をさらに包含する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記サンプルは、食品、ヒト組織、体液、空気、水、土壌、植物物質、および未知の物質からなる群より選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記体液は、血液、痰、唾液、尿、身体部分からの排出物、および膿瘍からの排出物からなる群より選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記生物は、微生物、細菌、ウイルス、および真菌からなる群より選択される少なくとも１つのタイプである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉおよびＳ．ａｕｒｅｕｓからなる群より選択される少なくとも１つの種である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの市中感染型メチシリン耐性株である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの院内感染型メチシリン耐性株である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記データベースは、制限マップ類似性クラスターを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３２】
前記制限データベースは、前記生物のクレードの少なくとも１つのメンバーからの制限マップを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３３】
前記制限データベースは、前記生物の少なくとも１つの亜種からの制限マップを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
前記制限データベースは、前記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物からの制限マップを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３５】
前記データベースは、前記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物に共通するモチーフを含む制限マップを含む、請求項２３に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
抗生物質耐性を決定する方法であって、該方法は、
（ａ）核酸を細菌から得る工程；
（ｂ）該核酸を画像化する工程；
（ｃ）該核酸の制限マップを得る工程；
（ｄ）該核酸の制限マップと、制限マップデータベースとを比較する工程；および
（ｅ）該核酸の領域を、該データベース中の対応する領域にマッチさせることによって、該細菌の抗生物質耐性を決定する工程、
を包含する、方法。
（項目２）
上記核酸を直線化する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目３）
上記細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉおよびＳ．ａｕｒｅｕｓからなる群より選択される少なくとも１つの種である、項目１に記載の方法。
（項目４）
上記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの市中感染型メチシリン耐性株である、項目３に記載の方法。
（項目５）
上記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの院内感染型メチシリン耐性株である、項目３に記載の方法。
（項目６）
上記核酸は、上記細菌の実質的に全てのゲノムＤＮＡを含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
上記核酸は、上記細菌のトランスクリプトームを含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
上記核酸は、デオキシリボ核酸である、項目１に記載の方法。
（項目９）
上記核酸は、リボ核酸である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
上記画像化工程の前に、１種以上の酵素で上記核酸を消化する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１１）
上記酵素は、ＢｇｌＩＩ、ＮｃｏＩ、ＸｂａＩ、およびＢａｍＨＩからなる群より選択される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
上記画像化工程は、上記核酸を標識する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
上記抗生物質は、メチシリン、オキサシリン、シプロフラキシン、エリスロマイシン、テトラサイクリン、クリンダマイシン、トリメトプリム／スルファ、バンコマイシン、ペニシリンＧ、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、リファンピシン、リネゾリド、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、ゲンタマイシン、およびニトロフラントインからなる群より選択される少なくとも１種である、項目１に記載の方法。
（項目１４）
上記制限データベースは、制限マップ類似性クラスターを含む、項目１に記載の方法。
（項目１５）
上記制限データベースは、上記生物のクレードの少なくとも１種のメンバーからの制限マップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１６）
上記制限データベースは、上記生物の少なくとも１つの亜種からの制限マップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
上記制限データベースは、上記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物からの制限マップを含む、項目３１に記載の方法。
（項目１８）
上記データベースは、上記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物に共通するモチーフを含む制限マップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
上記モチーフは、ｍｅｃカセットである、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
細菌の抗生物質耐性プロフィールを決定する方法であって、該方法は、
核酸を細菌から得る工程；
該核酸の光学的マップを調製する工程；
細菌耐性を示す、該核酸に存在する少なくとも１つのモチーフを同定する工程；および
該少なくとも１つのモチーフと、１種以上の抗生物質に対する耐性とを相関させて、それによって、該細菌の抗生物質耐性プロフィールを決定する工程、
を包含する、方法。
（項目２１）
上記調製する工程は、上記核酸を直線化する工程、該核酸を、１種以上の制限酵素で消化する工程、画像化するために該核酸を標識する工程を包含する、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
上記モチーフは、ｍｅｃカセットおよびｐｓｉＳＡ２プロファージからなる群より選択される、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
患者を処置するために、治療上有効な抗生物質を決定する方法であって、該方法は、
（ａ）サンプルを患者から得る工程であって、ここで該サンプルは、感染性生物を含むと疑われている、工程；
（ｂ）核酸を該生物から得る工程；
（ｃ）該核酸の光学的マップを調製する工程；
（ｄ）該光学的マップと、抗生物質耐性データを含む少なくとも１つのデータベースとを比較することによって、該生物の抗生物質耐性プロフィールを決定する工程；および
（ｅ）該患者を処置するために、治療上有効な抗生物質を選択する工程、
を包含する、方法。
（項目２４）
上記生物を同定する工程をさらに包含する、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
上記サンプルは、食品、ヒト組織、体液、空気、水、土壌、植物物質、および未知の物質からなる群より選択される、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
上記体液は、血液、痰、唾液、尿、身体部分からの排出物、および膿瘍からの排出物からなる群より選択される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
上記生物は、微生物、細菌、ウイルス、および真菌からなる群より選択される少なくとも１つのタイプである、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
上記細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉおよびＳ．ａｕｒｅｕｓからなる群より選択される少なくとも１つの種である、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
上記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの市中感染型メチシリン耐性株である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
上記Ｓ．ａｕｒｅｕｓは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの院内感染型メチシリン耐性株である、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
上記データベースは、制限マップ類似性クラスターを含む、項目２３に記載の方法。
（項目３２）
上記制限データベースは、上記生物のクレードの少なくとも１つのメンバーからの制限マップを含む、項目２３に記載の方法。
（項目３３）
上記制限データベースは、上記生物の少なくとも１つの亜種からの制限マップを含む、項目２３に記載の方法。
（項目３４）
上記制限データベースは、上記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物からの制限マップを含む、項目２３に記載の方法。
（項目３５）
上記データベースは、上記生物の属、種、株、亜株、もしくは単離物に共通するモチーフを含む制限マップを含む、項目２３に記載の方法。
本発明のさらなる局面および特徴は、以下のその詳細な説明を見れば、明らかである。