【手続補正書】
【提出日】平成26年5月7日(2014.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、リンパ球の集団におけるB細胞受容体再編成またはT細胞受容体再編成のレベルを評価する方法：
(a)リンパ球の集団における親クロノタイプを同定する段階；ならびに
(b)親クロノタイプおよびその系統発生的クロノタイプの存在、非存在、および/またはレベルを、末梢血細胞の試料のクロノタイププロファイルから決定する段階であって、そのような系統発生的クロノタイプが、(i)親クロノタイプと少なくとも90パーセント同一であるクロノタイプ；(ii)体細胞超変異を経て親クロノタイプと関連しているクロノタイプ；または(iii)体細胞超変異を経て親クロノタイプと関連しているクロノタイプを含む、段階。
【請求項２】
親クロノタイプが、IgHのVDJ再編成、IgHのDJ再編成、IgKのVJ再編成、IgLのVJ再編成、TCRβのVDJ再編成、TCRβのDJ再編成、TCRαのVJ再編成、TCRγのVJ再編成、TCRδのVDJ再編成、およびTCRδのVD再編成からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
系統発生的クロノタイプが親クロノタイプの体細胞再編成であり、かつ該体細胞再編成がVH置換である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
系統発生的クロノタイプが親クロノタイプの体細胞再編成であり、かつ該体細胞再編成が、該親クロノタイプと同様に変異したV領域およびJ領域を含むが、該親クロノタイプと異なるNDN領域を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
系統発生的クロノタイプが、体細胞超変異を経て親クロノタイプと関連している、請求項1記載の方法。
【請求項６】
決定する段階が、
T細胞および/またはB細胞を含む試料を採取する段階；
該試料のT細胞および/またはB細胞に由来する核酸分子を増幅する段階であって、該核酸分子が、T細胞受容体遺伝子および/または免疫グロブリン遺伝子に由来する組換えDNA配列を含む、段階；ならびに
クロノタイププロファイルを作成するために、増幅された核酸分子を配列決定する段階
をさらに含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
配列決定する段階が、1回の実行当たり少なくとも10,000個の配列リードを生成することを含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
配列決定する段階が、クロノタイプを決定するために、20〜400ヌクレオチドの範囲の配列リードを生成することを含む、請求項6または7記載の方法。
【請求項９】
クロノタイププロファイルが、0.01パーセントまたはそれ以上の頻度で存在するすべてのクロノタイプを99パーセントの確率で含むように、試料が選択される、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
クロノタイププロファイルが少なくとも104種のクロノタイプを含むように、試料が選択される、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
クロノタイププロファイルが少なくとも105種のクロノタイプを含むように、試料が選択される、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
試料が、100μLから10 mLの末梢血を含む、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
試料が、少なくとも1000個のT細胞および/またはB細胞を含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
試料が、50万個を超えるT細胞および/またはB細胞を含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
以下の段階を含む、試料におけるリンパ球数およびクロノタイプ発現レベルを同時に測定する方法：
個体からT細胞および/またはB細胞を含む試料を採取する段階；
該細胞のゲノムDNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、そのような空間的に単離された個々の分子は、該試料中のリンパ球数に対応するクロノタイプ数を含む、段階；
該細胞のRNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、そのような空間的に単離された個々の分子は、該試料のリンパ球におけるその発現レベルに対応するクロノタイプ数を含む、段階；ならびに
各クロノタイプについて、該細胞のゲノムDNAに由来する単離された個々の分子から決定された数と、該細胞のRNAに由来する単離された個々の分子から決定された数とを比較することにより、該試料のリンパ球におけるクロノタイプ発現レベルを決定する段階。
【請求項１６】
決定する段階が、既知量の内部標準を前記ゲノムDNAに添加することにより、前記試料中のリンパ球数を決定することをさらに含む、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
試料が、規定量を有する末梢血試料であり、かつ決定する段階が、該試料中のリンパ球の濃度を決定することを含む、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
発現レベルを決定する段階が、クロノタイプのそれぞれについて、RNAに由来する単離された個々の分子から決定された前記クロノタイプ数を、ゲノムDNAに由来する単離された個々の分子から決定された前記クロノタイプ数で除算する段階を含む、請求項15記載の方法。
【請求項１９】
RNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階が、該空間的に単離された個々の分子のそれぞれを、そのRNA起源を示す第1の標識で標識することを含み、かつゲノムDNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階が、該空間的に単離された個々の分子のそれぞれを、そのゲノムDNA起源を示す第2の標識で標識することを含み、第1の標識は第2の標識と区別できるものである、請求項15記載の方法。
【請求項２０】
試料が、クロノタイプのレパートリーを構成する、リンパ球数に対応するクロノタイプ数のレパートリーを含む、請求項15記載の方法。
【請求項２１】
試料がB細胞を含む、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
試料がT細胞を含む、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
以下の段階を含む、試料におけるリンパ球数およびリンパ球クローン性を同時に測定する方法：
個体からT細胞および/またはB細胞を含む試料を採取する段階；
該細胞の核酸に由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、該空間的に単離された個々の分子は、該試料中のリンパ球数に対応するクロノタイプ数を含む、段階；
空間的に単離された個々の分子の数からリンパ球数を決定する段階；
クロノタイププロファイルおよびそれに基づいたクローン性の尺度を作成するために、空間的に単離された個々の分子における異なる配列の存在量を決定する段階。
【請求項２４】
前記数を決定する段階が、既知量の内部標準を前記ゲノムDNAに添加することにより、前記試料中のリンパ球数を決定することをさらに含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
試料が、規定量を有する末梢血試料であり、かつ前記数を決定する段階が、該試料中のリンパ球の濃度を決定することを含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
試料が、クロノタイプのレパートリーを構成する、リンパ球数に対応するクロノタイプ数のレパートリーを含む、請求項23記載の方法。
【請求項２７】
試料がB細胞を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
試料がT細胞を含む、請求項26記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
[本発明1001]
以下の段階を含む、患者における疾患をモニターする方法：
(a)疾患関連組織中のリンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定することにより、疾患と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定する段階であって、該試料は、該疾患関連組織に由来するクロノタイプのレパートリーを含む、段階；ならびに
(b)該疾患と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプの存在、非存在、および/またはレベルを同定するために、末梢血細胞の試料からクロノタイププロファイルを決定する段階であって、そのような末梢血試料は、クロノタイプのレパートリーを含む、段階。
[本発明1002]
患者における前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
同定する段階が、同一患者における非疾患関連組織中のリンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定することと、そのようなクロノタイププロファイルを前記疾患関連組織由来のクロノタイププロファイルと比較して、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定することとをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
疾患関連組織が前記疾患のピーク状態に由来する組織であり、かつ非疾患関連組織が前記疾患の非ピーク状態に由来する組織である、本発明1003の方法。
[本発明1005]
疾患が自己免疫疾患である、本発明1004の方法。
[本発明1006]
自己免疫疾患が全身性エリテマトーデスであり、かつ疾患関連組織が、腎臓、皮膚、末梢血、もしくは骨髄であるか；自己免疫疾患が多発性硬化症であり、かつ疾患関連組織が脳脊髄液であるか；または自己免疫疾患が関節リウマチであり、かつ疾患関連組織が滑液である、本発明1005の方法。
[本発明1007]
患者における前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1008]
疾患がリンパ腫であり、かつ疾患関連組織が骨髄もしくはリンパ系組織であるか；または疾患が白血病であり、かつ疾患関連組織が骨髄もしくは末梢血である、本発明1001の方法。
[本発明1009]
患者における前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
同定する段階が、同一患者における非疾患関連組織中のリンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定することと、そのようなクロノタイププロファイルを前記疾患関連組織由来のクロノタイププロファイルと比較して、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定することとをさらに含む、本発明1008の方法。
[本発明1011]
同定する段階が、同一患者における非疾患関連組織中のリンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定することと、そのようなクロノタイププロファイルを前記疾患関連組織由来のクロノタイププロファイルと比較して、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定することとをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1012]
患者における前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、前記疾患関連組織において頻度が前記非疾患関連組織とは異なることによって；または前記疾患関連組織においてIgHベースのクロノタイプにおける体細胞超変異の程度が前記非疾患関連組織とは異なることによって；または前記疾患関連組織においてV領域およびJ領域の使用の頻度が前記非疾患関連組織とは異なることによって；または前記疾患関連組織においてNDN領域の平均長が前記非疾患関連組織とは異なることによって；または前記疾患関連組織においてBCRおよび/もしくはTCR発現のレベルが前記非疾患関連組織とは異なることによって；または前記疾患関連組織において同一もしくは類似のタンパク質をコードするクロノタイプの数が前記非疾患関連組織とは異なることによって、同定される、本発明1011の方法。
[本発明1014]
患者における前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む、本発明1013の方法。
[本発明1015]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、前記疾患関連組織において頻度が前記非疾患関連組織よりも高いことによって同定される、本発明1013の方法。
[本発明1016]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、前記疾患関連組織においてV領域およびJ領域の使用の頻度が前記非疾患関連組織とは異なることによって同定される、本発明1013の方法。
[本発明1017]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、前記疾患関連組織においてNDN領域の平均長が前記非疾患関連組織とは異なることによって同定される、本発明1013の方法。
[本発明1018]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、前記疾患関連組織においてBCRおよび/またはTCR発現のレベルが前記非疾患関連組織とは異なることによって同定される、本発明1013の方法。
[本発明1019]
1つまたは複数の患者特異的クロノタイプが、決定されたクロノタイプを、前記疾患と相関することがわかっているクロノタイプと突き合わせることによって、またはV領域およびJ領域の使用の頻度を、前記疾患と相関することがわかっているV領域およびJ領域の使用の頻度と突き合わせることによって、同定される、本発明1001の方法。
[本発明1020]
突き合わせることが、前記決定されたクロノタイプによってコードされるアミノ酸配列と、前記疾患と相関することがわかっているクロノタイプによってコードされるアミノ酸配列またはその実質的に同一なバリアントとの間の同一性を見出すことを含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
突き合わせることが、前記決定されたクロノタイプと、前記疾患と相関することがわかっているクロノタイプの核酸配列またはその実質的に同一なバリアントとの間の同一性を見出すことを含む、本発明1019の方法。
[本発明1022]
突き合わせることが、前記決定されたクロノタイプと、前記疾患と相関することがわかっているクロノタイプの核酸配列またはその実質的に同一なバリアントとの間の同一性を見出すことを含む、本発明1019の方法。
[本発明1023]
レパートリーのそれぞれが、0.01パーセントまたはそれ以上の頻度で存在するすべてのクロノタイプを99パーセントの確率で含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
レパートリーのそれぞれが少なくとも104種のクロノタイプの試料を含む、本発明1001の方法。
[本発明1025]
レパートリーのそれぞれが少なくとも105種のクロノタイプの試料を含む、本発明1001の方法。
[本発明1026]
疾患が、リンパ球増殖性障害、固形腫瘍、感染症、および自己免疫疾患からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1027]
血液細胞の試料からレパートリーを決定する段階が、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプとして、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプの以前に記録されていないいかなる系統発生的クロノタイプも含めることをさらに含む、本発明1026の方法。
[本発明1028]
系統発生的クロノタイプが、
前記1つまたは複数の患者特異的クロノタイプのいずれかと90パーセント同一である、以前に記録されていないクロノタイプ
を含む、本発明1026の方法。
[本発明1029]
系統発生的クロノタイプが、
体細胞超変異によって前記1つまたは複数の患者特異的クロノタイプと関連している、以前に記録されていないクロノタイプ
を含む、本発明1026の方法。
[本発明1030]
疾患がリンパ球増殖障害であり、かつ系統発生的クロノタイプが、
体細胞再編成によって前記1つまたは複数の患者特異的クロノタイプと関連している、以前に記録されていないクロノタイプ
を含む、本発明1026の方法。
[本発明1031]
体細胞再編成がVH置換を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
体細胞再編成が、
前記1つまたは複数の患者特異的クロノタイプのいずれかと同様に変異したV領域およびJ領域を有するが、そのような患者特異的クロノタイプと異なるNDN領域を有するクロノタイプ
を構成する、本発明1030の方法。
[本発明1033]
同定する段階が、同一患者における非疾患関連組織中のリンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定することと、そのようなクロノタイププロファイルを前記疾患関連組織由来のクロノタイププロファイルと比較して、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定することとをさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1034]
疾患がリンパ腫または白血病であり、かつ決定する段階の段階(b)が、前記末梢血由来の試料の前記クロノタイププロファイルからクローン性の尺度を計算することをさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1035]
以下の段階を含む、患者における疾患をモニターする方法：
(a)疾患と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定するために、該疾患に罹患している個体のリンパ球の試料に由来するクロノタイププロファイルと、同一個体からの、該疾患と関連した細胞表面マーカーに基づいて濃縮されたリンパ球の試料に由来するクロノタイププロファイルとを比較する段階；および
(b)末梢血細胞の試料に由来するクロノタイププロファイルにおける1つまたは複数の患者特異的クロノタイプのそれぞれのレベルを決定する段階であって、そのような試料は、そのクロノタイプのレパートリーを含む、段階。
[本発明1036]
血液細胞の試料からレパートリーを決定する段階が、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプとして、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプの以前に記録されていないいかなる系統発生的クロノタイプも含めることをさらに含む、本発明1035の方法。
[本発明1037]
疾患がリンパ球増殖性障害である、本発明1035の方法。
[本発明1038]
前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む方法であって、前記レパートリーのそれぞれが、0.01パーセントまたはそれ以上の頻度で存在するすべてのクロノタイプを99パーセントの確率で含む、本発明1035の方法。
[本発明1039]
前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む方法であって、前記レパートリーのそれぞれが、少なくとも104種のクロノタイプの試料を含む、本発明1035の方法。
[本発明1040]
疾患が自己免疫疾患である、本発明1035の方法。
[本発明1041]
血液細胞の試料からレパートリーを決定する段階が、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプとして、1つまたは複数の患者特異的クロノタイプの以前に記録されていないいかなる系統発生的クロノタイプも含めることをさらに含む、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む方法であって、前記レパートリーのそれぞれが、0.01パーセントまたはそれ以上の頻度で存在するすべてのクロノタイプを99パーセントの確率で含む、本発明1040の方法。
[本発明1043]
前記疾患または状態をモニターするために前記段階(b)を繰り返す段階をさらに含む方法であって、前記レパートリーのそれぞれが、少なくとも104種のクロノタイプの試料を含む、本発明1040の方法。
[本発明1044]
自己免疫疾患が全身性エリテマトーデスである、本発明1040の方法。
[本発明1045]
以下の段階を含む、試料におけるリンパ球数およびクロノタイプ発現レベルを同時に測定する方法：
個体からT細胞および/またはB細胞を含む試料を採取する段階；
該細胞のゲノムDNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、そのような空間的に単離された個々の分子は、該試料中のリンパ球数に対応するクロノタイプ数を含む、段階；
該細胞のRNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、そのような空間的に単離された個々の分子は、該試料のリンパ球におけるその発現レベルに対応するクロノタイプ数を含む、段階；ならびに
各クロノタイプについて、該細胞のゲノムDNAに由来する単離された個々の分子から決定された数と、該細胞のRNAに由来する単離された個々の分子から決定された数とを比較することにより、該試料のリンパ球におけるクロノタイプ発現レベルを決定する段階。
[本発明1046]
決定する段階が、既知量の内部標準を前記ゲノムDNAに添加することにより、前記試料中のリンパ球数を決定することをさらに含む、本発明1045の方法。
[本発明1047]
試料が、規定量を有する末梢血試料であり、かつ決定する段階が、該試料中のリンパ球の濃度を決定することを含む、本発明1045の方法。
[本発明1048]
発現レベルを決定する段階が、クロノタイプのそれぞれについて、RNAに由来する単離された個々の分子から決定された前記クロノタイプ数を、ゲノムDNAに由来する単離された個々の分子から決定された前記クロノタイプ数で除算する段階を含む、本発明1045の方法。
[本発明1049]
RNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階が、該空間的に単離された個々の分子のそれぞれを、そのRNA起源を示す第1の標識で標識することを含み、かつゲノムDNAに由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階が、該空間的に単離された個々の分子のそれぞれを、そのゲノムDNA起源を示す第2の標識で標識することを含み、第1の標識は第2の標識と区別できるものである、本発明1045の方法。
[本発明1050]
試料が、クロノタイプのレパートリーを構成する、リンパ球数に対応するクロノタイプ数のレパートリーを含む、本発明1045の方法。
[本発明1051]
試料がB細胞を含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
試料がT細胞を含む、本発明1050の方法。
[本発明1053]
以下の段階を含む、試料におけるリンパ球数およびリンパ球クローン性を同時に測定する方法：
個体からT細胞および/またはB細胞を含む試料を採取する段階；
該細胞の核酸に由来する空間的に単離された個々の分子を配列決定する段階であって、該空間的に単離された個々の分子は、該試料中のリンパ球数に対応するクロノタイプ数を含む、段階；
空間的に単離された個々の分子の数からリンパ球数を決定する段階；
クロノタイププロファイルおよびそれに基づいたクローン性の尺度を作成するために、空間的に単離された個々の分子における異なる配列の存在量を決定する段階。
[本発明1054]
前記数を決定する段階が、既知量の内部標準を前記ゲノムDNAに添加することにより、前記試料中のリンパ球数を決定することをさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1055]
試料が、規定量を有する末梢血試料であり、かつ前記数を決定する段階が、該試料中のリンパ球の濃度を決定することを含む、本発明1054の方法。
[本発明1056]
試料が、クロノタイプのレパートリーを構成する、リンパ球数に対応するクロノタイプ数のレパートリーを含む、本発明1053の方法。
[本発明1057]
試料がB細胞を含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
試料がT細胞を含む、本発明1056の方法。
[本発明1059]
疾患がリンパ腫であり、かつ疾患関連組織が骨髄もしくはリンパ系組織であるか；または疾患が白血病であり、かつ疾患関連組織が骨髄もしくは末梢血である、本発明1053の方法。
[本発明1060]
以下の段階を含む、個体のワクチン接種に対する応答性をモニターする方法：
ワクチン応答性リンパ球の試料を得るために、ワクチン接種後に個体の末梢血からリンパ球の試料を濃縮する段階；
ワクチン応答と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定するために、ワクチン応答性リンパ球の試料からクロノタイププロファイルを決定する段階；
該ワクチン接種に対する該個体の応答性をモニターするために、1つまたは複数の後続の時点において採取された末梢血細胞の試料に由来するクロノタイププロファイルにおける1つまたは複数の患者特異的クロノタイプのそれぞれのレベルを決定する段階。
[本発明1061]
以下の段階を含む、患者におけるリンパ球増殖障害をモニターする方法：
(a)骨髄の試料由来のリンパ球からクロノタイププロファイルを決定することにより、リンパ球増殖障害と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプを同定する段階であって、該試料は、クロノタイプのレパートリーを含む、段階；ならびに
(b) 該疾患と相関する1つまたは複数の患者特異的クロノタイプの存在、非存在、および/またはレベルを同定するために、後の時点で、骨髄または末梢血細胞の試料からクロノタイププロファイルを決定する段階であって、そのような後の骨髄試料または末梢血試料は、クロノタイプのレパートリーを含む、段階。
本発明の、上記で特徴づけられたこれらの局面およびその他の局面は、説明がなされる多くの実行および適用において例証されるが、そのうちのいくつかを図面で示し、添付の特許請求の範囲において特徴づける。しかしながら、上記の概要は、本発明のそれぞれ説明がなされる態様またはすべての実行を記載することを意図するものではない。