【手続補正書】
【提出日】平成23年9月12日(2011.9.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
選択された放射線治療の線量に対する細胞の感受性を予測する方法であって、該方法には：
該細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該細胞に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該細胞が放射線治療に対して感受性があるかどうかを示す、
方法。
【請求項２】
前記放射線感受性指数を割り当てる工程に前記遺伝子発現レベルに線形回帰モデルを適用する工程が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記モデルがｒａｎｋ−ｂａｓｅｄ線形回帰モデルである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞が腫瘍細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記２つ以上のシグネチャー遺伝子が重み付けされる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記線形回帰モデルが以下：
【化６】
2010539890.tif 000001
のアルゴリズムによって表される、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記方法がコンピューターによって実行される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
放射線感受性指数を割り当てる工程に、前記細胞中での前記２つ以上の遺伝子の発現のレベルを決定する工程が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、およびＩＲＦ１が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記シグネチャー遺伝子に、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、およびＩＲＦ１が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記シグネチャー遺伝子に、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、ＣＤＫ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
放射線感受性と関係がある遺伝子を同定する、コンピューターによって実行される方法であって、該方法には：
放射線感受性値を細胞の１つ以上の集団に対して割り当てる工程であって、該放射線感受性値は、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示す、工程；
複数の遺伝子のそれぞれについて該細胞の１つ以上の集団の中での遺伝子発現のレベルを決定する工程；および
その発現が該放射線感受性値と相関する２つ以上の遺伝子を含むサブセットを同定する工程、
が含まれる、方法。
【請求項１５】
前記遺伝子のサブセットを同定する工程に、遺伝子発現と放射線感受性とを示すモデルを適用する工程が含まれる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記モデルが多変量線形回帰モデルである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記モデルに、原発組織、ｒａｓ状態、またはｐ５３状態のうちの１つ、２つ、または３つ全てを示す少なくとも１つの係数が含まれる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
生物学的重要度を示す分類子を、その発現が前記放射線感受性値と相関する遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子と結び付ける工程、および該生物学的重要度を示す分類子が予め選択された閾値を上回る２つ以上の遺伝子を含む第２のサブセットを選択し、それによって、生物学的に重要な遺伝子のサブセットを選択する工程がさらに含まれる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記モデルに、前記生物学的に重要な遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子の発現に対する処置の投与の効果を示す変数がさらに含まれる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記処置の投与の効果に基づいて、１つ以上の遺伝子を含む第３のサブセットを選択し、それにより、治療標的遺伝子のサブセットを同定する工程がさらに含まれる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記処置の効果が放射線感受性の増大である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記処置の効果が放射線感受性の低下である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記モデルにおいて放射線感受性に対して影響を与える処置を選択する工程がさらに含まれる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
腫瘍に対する放射線治療の効果を予測する方法であって：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該放射線治療が有効である可能性があるかどうかを示す、
方法。
【請求項２５】
被験体の腫瘍を放射線治療のレジメンについて評価するのを補助する方法であって、該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該被験体の腫瘍が放射線治療で処置されるべきかどうかを示す、方法。
【請求項２６】
腫瘍を有している被験体について処置レジメンを選択するのを補助する方法であって、該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；ならびに
該放射線感受性指数に基づいて該被験体について処置レジメンを選択する工程；
が含まれる、方法。
【請求項２７】
閾値を下回る放射線感受性指数が、放射線治療が前記腫瘍の処置におそらく有効であることを示し、そして前記方法に、放射線治療を含む処置レジメンを選択する工程が含まれる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
閾値を上回る放射線感受性指数が、放射線治療が腫瘍の処置におそらく有効ではないことを示し、そして前記方法に、放射線治療が排除されている処置レジメンまたは高線量の放射線治療を含む処置レジメンを選択する工程が含まれる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
腫瘍を有している被験体に投与される放射線量を選択するのを補助する方法であって該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して、予め選択された放射線量についての放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；ならびに
該予め選択された放射線量での該放射線感受性指数に基づいて該被験体に対する放射線量を選択する工程；
が含まれる、方法。
【請求項３０】
前記放射線感受性指数が閾値を下回る場合には、前記予め選択された放射線量と同じであるかまたはそれ未満である放射線量を選択する工程が含まれる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記放射線感受性指数が閾値を上回る場合には、前記予め選択された放射線量より高い放射線量を選択する工程が含まれる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
複数のレコードを含むデータベースであって、個々のレコードには、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；ＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子の細胞中での発現についてのデータと、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示す値が含まれる、データベース。
【請求項３３】
前記細胞への処置の投与に関するデータがさらに含まれている、請求項３２に記載のデータベース。
【請求項３４】
前記処置が化学療法の投与である、請求項３２に記載のデータベース。
【請求項３５】
前記データベースがコンピューターで読み取り可能な形態である、請求項３２に記載のデータベース。
【請求項３６】
基材と、その上に配置された複数の個別にアドレス可能かつハイブリダイズ可能なアレイ構成要素を含むマイクロアレイであって、該個別にアドレス可能かつハイブリダイズ可能なアレイ構成要素は、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子について選択的であり；そして、必要に応じて、少なくとも１つのハイブリダイズ可能なアレイ構成要素は、内部正規化対照遺伝子について選択的である、マイクロアレイ。
【請求項３７】
前記複数のハイブリダイズ可能なアレイ構成要素が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１のそれぞれについて選択的な少なくとも１つの構成要素からなる、請求項３６に記載のマイクロアレイ。
【請求項３８】
基材と、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子の選択的定量化のための試薬を含む複数の反応チャンバーと；必要に応じて、内部正規化対照遺伝子の選択的定量化のための試薬を含む少なくとも１つの反応チャンバーとを含む、マイクロ流体デバイス。
【請求項３９】
前記複数の反応チャンバーに、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１のそれぞれの選択的定量化のための試薬が含まれ；そして少なくとも１つの反応チャンバーには、内部正規化対照遺伝子の選択的定量化のための試薬が含まれる、請求項３８に記載のマイクロ流体デバイス。
【請求項４０】
コンピューターに、細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該細胞に放射線感受性指数を割り当てさせるための指示を有している媒体であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、媒体。
【請求項４１】
放射線感受性指数を割り当てることに、前記遺伝子発現レベルに線形回帰モデルを適用することが含まれる、請求項４０に記載の媒体。
【請求項４２】
前記モデルが、ｒａｎｋ−ｂａｓｅｄ線形回帰モデルである、請求項４１に記載の媒体。
【請求項４３】
前記シグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる、請求項４０に記載の媒体。
【請求項４４】
前記２つ以上のシグネチャー遺伝子が重み付けされる、請求項４０に記載の媒体。
【請求項４５】
コンピューターに：
細胞の１つ以上の集団に放射線感受性値を割り当てさせ、ここで、該放射線感受性値は、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示し；
複数の遺伝子のそれぞれについて該細胞の１つ以上の集団の中での遺伝子発現のレベルを割り当てさせ；そして、
その発現が該放射線感受性値と相関する２つ以上の遺伝子を含むサブセットを同定させる
ための指示を有している媒体。
【請求項４６】
前記遺伝子のサブセットを同定することに、遺伝子発現と放射線感受性とを示すモデルを適用することが含まれる、請求項４５に記載の媒体。
【請求項４７】
前記モデルが多変量線形回帰モデルである、請求項４６に記載の媒体。
【請求項４８】
前記モデルに、原発組織、ｒａｓ状態、またはｐ５３状態のうちの１つ、２つ、または３つ全てを示す少なくとも１つの係数が含まれる、請求項４６に記載の媒体。
【請求項４９】
コンピューターに、生物学的重要度を示す分類子を、その発現が前記放射線感受性値と相関する前記遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子と結びつけさせ、そして該生物学的重要度を示す分類子が予め選択された閾値を上回る２つ以上の遺伝子を含む第２のサブセットを選択させ、それによって、生物学的に重要な遺伝子のサブセットを選択させるための指示が前記媒体にさらに含まれる、請求項４５に記載の媒体。
【請求項５０】
前記モデルに、前記生物学的に重要な遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子の発現に対する処置の投与の効果を示す変数がさらに含まれる、請求項４９に記載の媒体。
【請求項５１】
前記処置の投与の効果に基づいて２つ以上の遺伝子を含む第３のセブセットを選択し、それによって、治療標的遺伝子のサブセットを同定することがさらに含まれる、請求項５０に記載の媒体。
【請求項５２】
細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の遺伝子発現レベルの特異的定量化のための試薬を含むキットであって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
選択された放射線治療の線量に対する細胞の感受性を予測する方法であって、該方法には：
該細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該細胞に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該細胞が放射線治療に対して感受性があるかどうかを示す、
方法。
（項目２）
前記放射線感受性指数を割り当てる工程に前記遺伝子発現レベルに線形回帰モデルを適用する工程が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記モデルがｒａｎｋ−ｂａｓｅｄ線形回帰モデルである、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記細胞が腫瘍細胞である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記２つ以上のシグネチャー遺伝子が重み付けされる、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記線形回帰モデルが以下：
【化６】
2010539890.tif 000002
のアルゴリズムによって表される、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記方法がコンピューターによって実行される、項目１に記載の方法。
（項目８）
放射線感受性指数を割り当てる工程に、前記細胞中での前記２つ以上の遺伝子の発現のレベルを決定する工程が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、およびＩＲＦ１が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記シグネチャー遺伝子に、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、およびＩＲＦ１が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記シグネチャー遺伝子に、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記シグネチャー遺伝子に、ＡＲ、ｃ−ｊｕｎ、ＳＴＡＴ１、ＰＫＣ、ＲｅｌＡ、ｃＡｂ１、ＳＵＭＯ１、ＣＤＫ１、ＨＤＡＣ、およびＩＲＦ１が含まれる、項目１に記載の方法。
（項目１４）
放射線感受性と関係がある遺伝子を同定する、コンピューターによって実行される方法であって、該方法には：
放射線感受性値を細胞の１つ以上の集団に対して割り当てる工程であって、該放射線感受性値は、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示す、工程；
複数の遺伝子のそれぞれについて該細胞の１つ以上の集団の中での遺伝子発現のレベルを決定する工程；および
その発現が該放射線感受性値と相関する２つ以上の遺伝子を含むサブセットを同定する工程、
が含まれる、方法。
（項目１５）
前記遺伝子のサブセットを同定する工程に、遺伝子発現と放射線感受性とを示すモデルを適用する工程が含まれる、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記モデルが多変量線形回帰モデルである、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記モデルに、原発組織、ｒａｓ状態、またはｐ５３状態のうちの１つ、２つ、または３つ全てを示す少なくとも１つの係数が含まれる、項目１５に記載の方法。
（項目１８）
生物学的重要度を示す分類子を、その発現が前記放射線感受性値と相関する遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子と結び付ける工程、および該生物学的重要度を示す分類子が予め選択された閾値を上回る２つ以上の遺伝子を含む第２のサブセットを選択し、それによって、生物学的に重要な遺伝子のサブセットを選択する工程がさらに含まれる、項目１５に記載の方法。
（項目１９）
前記モデルに、前記生物学的に重要な遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子の発現に対する処置の投与の効果を示す変数がさらに含まれる、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記処置の投与の効果に基づいて、１つ以上の遺伝子を含む第３のサブセットを選択し、それにより、治療標的遺伝子のサブセットを同定する工程がさらに含まれる、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記処置の効果が放射線感受性の増大である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記処置の効果が放射線感受性の低下である、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記モデルにおいて放射線感受性に対して影響を与える処置を選択する工程がさらに含まれる、項目１９に記載の方法。
（項目２４）
腫瘍に対する放射線治療の効果を予測する方法であって：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該放射線治療が有効である可能性があるかどうかを示す、
方法。
（項目２５）
被験体の腫瘍を放射線治療のレジメンについて評価する方法であって、該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；
が含まれ、
該放射線感受性指数は、該被験体の腫瘍が放射線治療で処置されるべきかどうかを示す、方法。
（項目２６）
腫瘍を有している被験体について処置レジメンを選択する方法であって、該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；ならびに
該放射線感受性指数に基づいて該被験体について処置レジメンを選択する工程；
が含まれる、方法。
（項目２７）
閾値を下回る放射線感受性指数が、放射線治療が前記腫瘍の処置におそらく有効であることを示し、そして前記方法に、放射線治療を含む処置レジメンを選択する工程が含まれる、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
閾値を上回る放射線感受性指数が、放射線治療が腫瘍の処置におそらく有効ではないことを示し、そして前記方法に、放射線治療が排除されている処置レジメンまたは高線量の放射線治療を含む処置レジメンを選択する工程が含まれる、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
腫瘍を有している被験体に投与される放射線量を選択する方法であって該方法には：
該腫瘍由来の細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該腫瘍に対して、予め選択された放射線量についての放射線感受性指数を割り当てる工程であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、工程；ならびに
該予め選択された放射線量での該放射線感受性指数に基づいて該被験体に対する放射線量を選択する工程；
が含まれる、方法。
（項目３０）
前記放射線感受性指数が閾値を下回る場合には、前記予め選択された放射線量と同じであるかまたはそれ未満である放射線量を選択する工程が含まれる、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記放射線感受性指数が閾値を上回る場合には、前記予め選択された放射線量より高い放射線量を選択する工程が含まれる、項目２６に記載の方法。
（項目３２）
複数のレコードを含むデータベースであって、個々のレコードには、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；ＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子の細胞中での発現についてのデータと、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示す値が含まれる、データベース。
（項目３３）
前記細胞への処置の投与に関するデータがさらに含まれている、項目２９に記載のデータベース。
（項目３４）
前記処置が化学療法の投与である、項目２９に記載のデータベース。
（項目３５）
前記データベースがコンピューターで読み取り可能な形態である、項目２９に記載のデータベース。
（項目３６）
基材と、その上に配置された複数の個別にアドレス可能かつハイブリダイズ可能なアレイ構成要素を含むマイクロアレイであって、該個別にアドレス可能かつハイブリダイズ可能なアレイ構成要素は、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子について選択的であり；そして、必要に応じて、少なくとも１つのハイブリダイズ可能なアレイ構成要素は、内部正規化対照遺伝子について選択的である、マイクロアレイ。
（項目３７）
前記複数のハイブリダイズ可能なアレイ構成要素が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１のそれぞれについて選択的な少なくとも１つの構成要素からなる、項目３３に記載のマイクロアレイ。
（項目３８）
基材と、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる群より選択される少なくとも２つのシグネチャー遺伝子の選択的定量化のための試薬を含む複数の反応チャンバーと；必要に応じて、内部正規化対照遺伝子の選択的定量化のための試薬を含む少なくとも１つの反応チャンバーとを含む、マイクロ流体デバイス。
（項目３９）
前記複数の反応チャンバーに、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１のそれぞれの選択的定量化のための試薬が含まれ；そして少なくとも１つの反応チャンバーには、内部正規化対照遺伝子の選択的定量化のための試薬が含まれる、項目３５に記載のマイクロ流体デバイス。
（項目４０）
コンピューターに、細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の発現レベルに基づいて、該細胞に放射線感受性指数を割り当てさせるための指示を有している媒体であって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、媒体。
（項目４１）
放射線感受性指数を割り当てることに、前記遺伝子発現レベルに線形回帰モデルを適用することが含まれる、項目３３に記載の媒体。
（項目４２）
前記モデルが、ｒａｎｋ−ｂａｓｅｄ線形回帰モデルである、項目３３に記載の媒体。
（項目４３）
前記シグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；ｃ−Ｊｕｎ；ＳＴＡＴ１；ＰＫＣ；ＲｅｌＡ（ｐ６５）；ｃ−Ａｂｌ；ＳＵＭＯ−１；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ＨＤＡＣ１；およびＩＲＦ１からなる、項目３３に記載の媒体。
（項目４４）
前記２つ以上のシグネチャー遺伝子が重み付けされる、項目３３に記載の媒体。
（項目４５）
コンピューターに：
細胞の１つ以上の集団に放射線感受性値を割り当てさせ、ここで、該放射線感受性値は、選択された放射線量に対する該細胞の感受性を示し；
複数の遺伝子のそれぞれについて該細胞の１つ以上の集団の中での遺伝子発現のレベルを割り当てさせ；そして、
その発現が該放射線感受性値と相関する２つ以上の遺伝子を含むサブセットを同定させる
ための指示を有している媒体。
（項目４６）
前記遺伝子のサブセットを同定することに、遺伝子発現と放射線感受性とを示すモデルを適用することが含まれる、項目４２に記載の媒体。
（項目４７）
前記モデルが多変量線形回帰モデルである、項目４３に記載の媒体。
（項目４８）
前記モデルに、原発組織、ｒａｓ状態、またはｐ５３状態のうちの１つ、２つ、または３つ全てを示す少なくとも１つの係数が含まれる、項目４３に記載の媒体。
（項目４９）
コンピューターに、生物学的重要度を示す分類子を、その発現が前記放射線感受性値と相関する前記遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子と結びつけさせ、そして該生物学的重要度を示す分類子が予め選択された閾値を上回る２つ以上の遺伝子を含む第２のサブセットを選択させ、それによって、生物学的に重要な遺伝子のサブセットを選択させるための指示が前記媒体にさらに含まれる、項目４３に記載の媒体。
（項目５０）
前記モデルに、前記生物学的に重要な遺伝子のサブセットの中のそれぞれの遺伝子の発現に対する処置の投与の効果を示す変数がさらに含まれる、項目４６に記載の媒体。
（項目５１）
前記処置の投与の効果に基づいて２つ以上の遺伝子を含む第３のセブセットを選択し、それによって、治療標的遺伝子のサブセットを同定することがさらに含まれる、項目４７に記載の媒体。
（項目５２）
細胞中での２つ以上のシグネチャー遺伝子の遺伝子発現レベルの特異的定量化のための試薬を含むキットであって、該２つ以上のシグネチャー遺伝子が、アンドロゲン受容体（ＡＲ）；Ｊｕｎオンコジーン（ｃ−Ｊｕｎ）；転写のシグナルトランスデューサーおよび活性化因子１（ＳＴＡＴ１）；プロテインキナーゼＣ，β（ＰＲＫＣＢまたはＰＫＣ）；Ｖ−ｒｅｌ細網内皮症ウイルスオンコジーンホモログＡ（トリ）（ＲＥＬＡまたはｐ６５）；ｃ−Ａｂｌオンコジーン１、受容体チロシンキナーゼ（ＡＢＬ１またはｃ−Ａｂｌ）；ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３ホモログ１のＳＭＴ３サプレッサー（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ＳＵＭＯ１）；ＣＤＫ１（ｐ３４）；ヒストンデアセチラーゼ１（ＨＤＡＣ１）；およびインターフェロン調節因子１（ＩＲＦ１）からなる群より選択される、キット。
本発明の他の特徴と利点は、以下の詳細な説明と図面から、そして特許請求の範囲から明らかであろう。