【手続補正書】
【提出日】平成25年11月13日(2013.11.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｇａｌＰ遺伝子における変異を含むバクテリア細胞であって、前記バクテリア細胞は、ＰＥＰ−依存性ホスホトランスフェラーゼ系の活性を減少させる少なくとも１つの変異を含み、Ｃ５およびＣ６糖を同時に利用し、産業上有用な化学物質を生産する、細胞。
【請求項２】
前記バクテリア細胞が、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｃｏｌｉ）、シトロバクター・フロインディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｏｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、グルコノバクター・オキシダンス（Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｏｘｙｄａｎｓ）、グルコノバクター・アサイイ（Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ａｓａｉｉ）、アクロモバクター・デルマーベ（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｄｅｌｍａｒｖａｅ）、アクロモバクター・ビスコーサス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｖｉｓｃｏｓｕｓ）、アクロモバクター・ラクティカム（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｃｔｉｃｕｍ）、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）、アグロバクテリウム・ラジオバクター（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｒａｄｉｏｂａｃｔｅｒ）、アルカリゲネス  フェカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓｆａｅｃａｌｉｓ）、アルスロバクター・シトレウス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｉｔｒｅｕｓ）、アルスロバクター・トゥメセンス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｔｕｍｅｓｃｅｎｓ）、アリスロバクター・パラフィニス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｐａｒａｆｆｉｎｅｕｓ）、アルスロバクター・ヒドロカーボグルタミカス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｇｌｕｔａｍｉｃｕｓ）、アルスロバクター・オキシダンス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｏｘｙｄａｎｓ）、オウレオバクテリウム（Ａｕｒｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）サペルダエ（ｓａｐｅｒｄａｅ）、アゾトバクター  インディカス（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ  ｉｎｄｉｃｕｓ）、ブレビバクテリウムアンモニアジェネス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍａｍｍｏｎｉａｇｅｎｅｓ）、ディバリカツム（ｄｉｖａｒｉｃａｔｕｍ）、ブレビバクテリウムラクトファーメンツム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｌａｃｔｏｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ブレビバクテリウムフラバム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｌａｖｕｍ）、ブレビバクテリウムグロボサム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｇｌｏｂｏｓｕｍ）、ブレビバクテリウムフスカム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｕｓｃｕｍ）、ブレビバクテリウムケトグルタミクム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｋｅｔｏｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、ブレビバクテリウムヘルコルム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｈｅｌｃｏｌｕｍ）、バクテリウム・プシルム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｕｓｉｌｌｕｍ）、ブレビバクテリウムテスタセウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｅｓｔａｃｅｕｍ）、ブレビバクテリウム・ロゼウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｏｓｅｕｍ）、ブレビバクテリウム・イマリオフィリカム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｍｍａｒｉｏｐｈｉｌｉｕｍ）、ブレビバクテリウム・リネンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｉｎｅｎｓ）、ブレビバクテリウム・プロトファルミエ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｒｏｔｏｐｈａｒｍｉａｅ）、コリネバクテリウム・アセトフィラム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｏｐｈｉｌｕｍ）、コリネバクテリウム・グルタミクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・カルナエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｌｌｕｎａｅ）、コリネバクテリウム・アセトアシドフィルム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｏａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍ）、コリネバクテリウム・アセトグルタミクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｏｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、エンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、エルウィニア・アミロボーラ（Ｅｒｗｉｎｉａ  ａｍｙｌｏｖｏｒａ）、エルウィニア・カロトボーラ（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｃａｒｏｔｏｖｏｒａ）、エルウィニア・ヘルビコーラ（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｈｅｒｂｉｃｏｌａ）、エルウィニア・クリサンテミ（Ｅｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ）、フラボバクテリウム・ペレグリナム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｐｅｒｅｇｒｉｎｕｍ）、フラボバクテリウム・フカタム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｆｕｃａｔｕｍ）、フラボバクテリウム・アウランティナム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｕｒａｎｔｉｎｕｍ）、フラボバクテリウム・レナヌム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｈｅｎａｎｕｍ）、フラボバクテリウム・セワネンセ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｅｗａｎｅｎｓｅ）、フラボバクテリウム・ブレベ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｂｒｅｖｅ）、フラボバクテリウム・メニンゴセブチクム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｍｅｎｉｎｇｏｓｅｐｔｉｃｕｍ）、マイクロコッカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）ｓｐ．ＣＣＭ８２５、モーガネラ・モーガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、ノカルジア・オパカ（ノカルジア・オパカ（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｏｐａｃａ））、ノカルジア・ルゴサ（ｎｏｃａｒｄｉａ  ｒｕｇｏｓａ）、プラノコッカス・ユーシナタス（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｃｉｎａｔｕｓ）、プロテウス・レッゲリ（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、プロピオニバクテリウム・セルマニ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍｓｈｅｒｍａｎｉｉ）、シュードモナス・シンキサンサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｙｎｘａｎｔｈａ）、シュードモナス・アゾトフォルマンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｚｏｔｏｆｏｒｍａｎｓ）、シュードモナス・フルオレッセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、シュードモナス・オバリス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｏｖａｌｉｓ）、シュードモナス・スタッツェリ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｔｕｔｚｅｒｉ）、シュードモナス・アシドボランス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｃｉｄｏｖｏｌａｎｓ）、シュードモナス・ムシドレンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍｕｃｉｄｏｌｅｎｓ）、シュードモナス・テストステロニ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｉ）、シュードモナス・アエルギノサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ロドコッカス・エリスロポリス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ）、ロドコッカス・ロドクロラス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｒｈｏｄｏｃｈｒｏｕｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）ｓｐ．ＡＴＣＣ  １５５９２、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）ｓｐ．ＡＴＣＣ  １９０７０、スポロサルシナ・ウレア（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ  ｕｒｅａｅ）、スタフィローコッカス・オーリー��ス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ビブリオ・メッシュニコビ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｍｅｔｓｃｈｎｉｋｏｖｉｉ）、ビブリオ・チロゲネス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｔｙｒｏｇｅｎｅｓ）、アクチノマヅラ・マヅレ（Ａｃｔｉｎｏｍａｄｕｒａ  ｍａｄｕｒａｅ）、アクチノマイセス・ビオラセオクロモゲネス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ）、キタサトスポリア・パルロサ（Ｋｉｔａｓａｔｏｓｐｏｒｉａ  ｐａｒｕｌｏｓａ）、ストレプトマイセス・セリカラー（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）、ストレプトマイセス・フラベラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｅｌｕｓ）、ストレプトマイセス・グリセオラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｌｕｓ）、ストレプトマイセス・リビダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ）、ストレプトマイセス・オリバセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）、ストレプトマイセス・タナシエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔａｎａｓｈｉｅｎｓｉｓ）、ストレプトマイセス・バージニエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｇｉｎｉａｅ）、ストレプトマイセス・アンチバイオチクス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｕｓ）、ストレプトマイセス・カカオイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｃａｏｉ）、ストレプトマイセス・ラベンジュレ（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｖｅｎｄｕｌａｅ）、ストレプトマイセス・ビリドクロモゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ）、アエロモナス・サルモニシダ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｓａｌｍｏｎｉｃｉｄａ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・シルクランス  （Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・チアミノリティカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｉａｍｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｙｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、エシェリキア・フロインディ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍａｍｍｏｎｉａｐｈｉｌｕｍ）、セラシア・マルセッセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、サルモネラ・チフィムリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、サルモネラ・ショットムレリ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｃｈｏｔｔｍｕｌｌｅｒｉ）、クレブシエラ・オキシトカ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）およびキサントモナス・シトリ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃｉｔｒｉ）からなる群から選択される、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項３】
ｇａｌＰ遺伝子における変異が点変異である、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項４】
前記バクテリア細胞が大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｃｏｌｉ）であり、ｇａｌＰ遺伝子における前記変異が位置２９７におけるグリシン残基のアスパラギン酸塩残基への交換を含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項５】
ｇａｌＰ遺伝子における前記変異が欠失である、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項６】
少なくとも１つの非−ＰＴＳ糖輸送体の活性を増大させる少なくとも１つの変異をさらに含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項７】
前記非−ＰＴＳ糖輸送体がＡＴＰ結合カセット輸送体である、請求項６のバクテリア細胞。
【請求項８】
前記非−ＰＴＳ糖輸送体が主要ファシリテータースーパーファミリーのメンバーである、請求項６のバクテリア細胞。
【請求項９】
前記非−ＰＴＳ糖輸送体がタンパク質共輸送体である、請求項６のバクテリア細胞。
【請求項１０】
発酵経路にかかわる１または複数の遺伝子の発現を不活性化する少なくとも１つの変異をさらに含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項１１】
トリカルボン酸サイクルと関連する１または複数の遺伝子を不活性化する少なくとも１つの変異をさらに含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項１２】
ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼをコードする遺伝子、ＮＡＤＨ  依存性リンゴ酸酵素をコードする遺伝子、およびＮＡＤＰＨ依存性リンゴ酸酵素をコードする遺伝子からなる群から選択される遺伝子の少なくとも１つにおける変異をさらに含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項１３】
外因性ピルビン酸カルボキシラーゼをさらに含む、請求項１のバクテリア株。
【請求項１４】
増大したホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ活性をさらに含む、請求項１のバクテリア細胞。
【請求項１５】
有機酸の微生物の生産のためのプロセスであって、
ａ．  ＰＥＰ−依存性ホスホトランスフェラーゼ系の活性を減少させる少なくとも１つの変異およびｇａｌＰ遺伝子における変異を有するバクテリア細胞を提供すること、ここで前記バクテリア細胞は、ペントースおよびヘキソース糖を同時に利用する；
ｂ．  ペントースおよびヘキソース糖の両方を同時に含有する培地において、工程（ａ）のバクテリア細胞を培養すること；ならびに
ｃ．  培養培地から有機酸を随意的に回収すること、
を含むプロセス。