【手続補正書】
【提出日】平成26年2月4日(2014.2.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＡＬＫ阻害剤を用いた治療に対する無応答性のリスクが増加した、癌を有する被験体または癌を発現するリスクを有する被験体を同定するための組成物であって、
前記組成物は、サンプルを分析して１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子の存在を検出する核酸を含み、
前記突然変異ＡＬＫポリヌクレオチドは、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体４の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７の核酸と、
ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫ核酸と、
ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）核酸と、
ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＳ−ＡＬＫ核酸と、
ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）核酸と、
ＭＳＮ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体核酸と、
ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）核酸と、
ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）核酸とからなる群から選択され、
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子の存在が、前記被験体の前記ＡＬＫ阻害剤を用いた治療に対する無応答性のリスクが増加したことを示唆する、組成物。
【請求項２】
ＡＬＫ阻害剤を用いた治療に対する無応答性のリスクが増加した、癌を有する被験体または癌を発現するリスクを有する被験体を同定するための組成物であって、
前記組成物は、サンプルを分析して、１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの発現量、構造、および／または活性を検出するポリペプチドを含み、
前記突然変異ＡＬＫポリペプチドは、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはシステイン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはロイシン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｔｙｒ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｍｅｔ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＳ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６７個を含む、ＭＳＮ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６６個を含む、ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）タンパク質とからなる群から選択され、
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの存在が、前記被験体の前記ＡＬＫ阻害剤を用いた治療に対する無応答性のリスクが増加したことを示唆する、組成物。
【請求項３】
前記被験体が、ＡＬＫ阻害剤を用いた治療を以前に受けていないか、またはＡＬＫ阻害剤を用いた治療を以前に受けていて、前記ＡＬＫ阻害剤に対して少なくとも部分耐性を発現している、請求項１または２記載の組成物。
【請求項４】
前記癌が、未分化大細胞リンパ腫、神経芽細胞腫、乳癌、結腸直腸癌、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、および非小細胞肺癌からなる群より選択される、請求項１または２記載の組成物。
【請求項５】
前記ＡＬＫ阻害剤が、ＰＦ−０２３４１０６６、ＰＤＤ、２−メチル−１１−（２−メチルプロピル）−４−オキソ−４，５，６，１１，１２，１３−ヘキサヒドロ−２Ｈ−インダゾロ［５，４−ａ］ピロロ［３，４−ｃ］カルバゾール−８−イル［４−（ジメチルアミノ）ベンジル］カルバメート、（１Ｓ，２Ｓ，３Ｒ，４Ｒ）−３−（｛５−クロロ−２−［（１−エチル―２，３，４，５−テトラヒドロ−６−メトキシ−２−オキソ−１Ｈ−１−ベンゾアゼピン−７−イル）アミノ］−４−ピリミジニル｝アミノ）ビシクロ［２．２．１］ヘプト−５−エン−２−カルボキサミド、およびＮＶＰ−ＴＡＥ６８４からなる群より選択されることを特徴とする請求項１〜３いずれか１項記載の組成物。
【請求項６】
前記サンプルが、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、頬腔擦取物、唾液、脳脊髄液、尿、排泄物、循環腫瘍細胞、循環核酸、および骨髄からなる群より選択される、請求項１または２記載の組成物。
【請求項７】
前記サンプルが組織であり、前記組織が腫瘍または癌の組織である、請求項６記載の組成物。
【請求項８】
前記サンプルが細胞を含む、請求項１または２記載の組成物。
【請求項９】
前記１つ以上のＡＬＫ突然変異体が核酸ハイブリダイゼーション分析によって評価される、請求項１記載の組成物。
【請求項１０】
前記１つ以上のＡＬＫ突然変異体がポリメラーゼ連鎖反応によって評価される、請求項１記載の組成物。
【請求項１１】
前記１つ以上のＡＬＫポリペプチドの発現量が、前記１つ以上のＡＬＫポリペプチドに特異的に結合する試薬を使用して検出される、請求項２記載の組成物。
【請求項１２】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項１１記載の組成物。
【請求項１３】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの量、構造および／または活性が対照サンプルと比較される、請求項２記載の組成物。
【請求項１４】
前記１つ以上のＡＬＫ突然変異が、第１の時点およびその後の少なくとも１つの時点において評価される、請求項１または２記載の組成物。
【請求項１５】
前記サンプルが、生殖細胞系または体細胞ゲノムＤＮＡを含む、請求項１または２記載の組成物。
【請求項１６】
癌を有する、または癌を発現するリスクのある患者を治療するためのＡＬＫ阻害剤を含む組成物であって、
前記サンプルを分析して
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体４の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７の核酸と、
ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫ核酸と、
ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）核酸と、
ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＳ−ＡＬＫ核酸と、
ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）核酸と、
ＭＳＮ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体核酸と、
ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）核酸と、
ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）核酸とからなる群から選択される、１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子の存在を検出するとき、治療に有効な量で前記患者に投与される、組成物。
【請求項１７】
前記ＡＬＫ阻害剤は、ＰＦ−０２３４１０６６、ＰＤＤ、２−メチル−１１−（２−メチルプロピル）−４−オキソ−４，５，６，１１，１２，１３−ヘキサヒドロ−２Ｈ−インダゾロ［５，４−ａ］ピロロ［３，４−ｃ］カルバゾール−８−イル［４−（ジメチルアミノ）ベンジル］カルバメート、（１Ｓ，２Ｓ，３Ｒ，４Ｒ）−３−（｛５−クロロ−２−［（１−エチル―２，３，４，５−テトラヒドロ−６−メトキシ−２−オキソ−１Ｈ−１−ベンゾアゼピン−７−イル）アミノ］−４−ピリミジニル｝アミノ）ビシクロ［２．２．１］ヘプト−５−エン−２−カルボキサミド、およびＮＶＰ−ＴＡＥ６８４からなる群より選択される、請求項１６記載の組成物。
【請求項１８】
前記ＡＬＫ阻害剤はＰＦ−０２３４１０６６である、請求項１６記載の組成物。
【請求項１９】
前記被験体が、ＡＬＫ阻害剤を用いた治療を以前に受けていないか、またはＡＬＫ阻害剤を用いた治療を以前に受けていて、前記ＡＬＫ阻害剤に対して少なくとも部分耐性を発現している、請求項１６記載の組成物。
【請求項２０】
ＡＬＫ阻害剤を用いた治療に対する癌患者の化学的感受性を判定するキットであって、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体４の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７の核酸と、
ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫ核酸と、
ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）核酸と、
ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＳ−ＡＬＫ核酸と、
ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）核酸と、
ＭＳＮ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体核酸と、
ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）核酸と、
ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）核酸と、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはシステイン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはロイシン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｔｙｒ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｍｅｔ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＳ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６７個を含む、ＭＳＮ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６６個を含む、ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）タンパク質とからなる群から選択される、１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子またはポリペプチドに特異的に結合する試薬；および
使用説明書
を含む、キット。
【請求項２１】
ＡＬＫ阻害剤をさらに含む、請求項２０記載のキット。
【請求項２２】
前記試薬が、１つ以上のポリヌクレオチドプローブを含み、
前記プローブのそれぞれが、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体４の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７の核酸と、
ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫ核酸と、
ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）核酸と、
ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＳ−ＡＬＫ核酸と、
ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）核酸と、
ＭＳＮ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体核酸と、
ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）核酸と、
ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）核酸とならなる群から選択されるポリヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的、または
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはシステイン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはロイシン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｔｙｒ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｍｅｔ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＳ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６７個を含む、ＭＳＮ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６６個を含む、ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）タンパク質とからなる群から選択されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、請求項２１記載のキット。
【請求項２３】
前記プローブが、約５０〜１０７個のヌクレオチド長を有するポリヌクレオチドを含む、請求項２２記載のキット。
【請求項２４】
前記プローブが、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、および核酸塩基を含む合成遺伝子プローブからなる群より選択される請求項２２記載のキット。
【請求項２５】
前記試薬が、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のｃＤＮＡと、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体４の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａの核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６の核酸と、
ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７の核酸と、
ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫ核酸と、
ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）核酸と、
ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＬ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＦＧＳ−ＡＬＫ核酸と、
ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）核酸と、
ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）核酸と、
ＭＳＮ−ＡＬＫ核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体核酸と、
ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体核酸と、
ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）核酸と、
ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）核酸と、
ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）核酸とならなる群から選択される１つ以上のポリヌクレオチド配列によってコードされたポリペプチドに対する、抗体、および抗体誘導体、および抗体フラグメントを含むことを特徴とする請求項２０記載のキット。
【請求項２６】
試験化合物が１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの活性を調節するか否かを判定する方法であって、
（ａ）前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドをコードする構成体をトランスフェクトされた哺乳動物細胞を前記試験化合物と試験管内で接触させ、
（ｂ）前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの活性について前記哺乳動物細胞を評価することを含み、
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドは、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはシステイン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｘａａ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体であって、Ｘａａはロイシン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｔｙｒ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｍｅｔ突然変異体、またはそれらの相同体における対応する突然変異体のポリペプチドと、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体１のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体２のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体３ｂのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体５ａのタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体６のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＥＭＬ４−ＡＬＫ変異体７のタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＫＩＦ５Ｂ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＮＰＭ−ＡＬＫ（ｔ（２；５）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ３−ＡＬＫ（ｔ（１；２）（ｐ２５；ｐ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＸＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＬ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＦＧＳ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ（ｉｎｖ（２）（ｐ２３；ｑ３５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２３）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６７個を含む、ＭＳＮ−ＡＬＫタンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ微量変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＴＰＭ４−ＡＬＫ主要変異体タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６６個を含む、ＭＹＨ９−ＡＬＫ（ｔ（２；２２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＲＡＮＢＰ２−ＡＬＫ（ｔ（２；２）（ｐ２３；ｑ１１．２）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＡＬＯ１７−ＡＬＫ（ｔ（２；１７）（ｐ２３；ｑ２５）染色体転座）タンパク質と、
ＡＬＫの最後のアミノ酸残基５６３個を含む、ＣＡＲＳ−ＡＬＫ（ｔ（２；１１；２）（ｐ２３；ｐ１５；ｑ３１）染色体転座）タンパク質とからなる群から選択され、
対照実験と比較して、前記試験化合物の存在下で顕著に調節された活性が、前記試験化合物を前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドとして同定する、方法。
【請求項２７】
前記対照が、野生型ＡＬＫポリペプチドを発現する哺乳動物細胞を含む、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの活性が、ＡＴＰ結合、チロシンキナーゼ活性、癌細胞増殖、腫瘍成長、腫瘍数、アポトーシス、および腫瘍転移からなる群より選択される、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
前記対照実験が、前記試験化合物の不存在下で、前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドを発現する哺乳動物細胞を含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３０】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチドの活性が、ＡＴＰ結合、チロシンキナーゼ活性、癌細胞増殖、腫瘍成長、腫瘍数、アポトーシス、および腫瘍転移からなる群より選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子は、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体とからなる群から選択される、請求項１記載の組成物。
【請求項３２】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリペプチド分子は、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｘａａ突然変異体であって、Ｘａａはシステイン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｘａａ突然変異体であって、Ｘａａはロイシン以外のアミノ酸である、突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｃｙｓ１１５６Ｔｙｒ突然変異体のポリペプチドと、
野生型タンパク質配列Ｌｅｕ１１９６Ｍｅｔ突然変異体のポリペプチドとからなる群から選択される、請求項２記載の組成物。
【請求項３３】
前記ＡＬＫ阻害剤はＰＦ−０２３４１０６６である、請求項５記載の組成物。
【請求項３４】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチド分子は、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体とからなる群から選択される、請求項１６記載の組成物。
【請求項３５】
前記１つ以上の突然変異ＡＬＫポリヌクレオチドまたはポリペプチド分子は、
システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体と、  システイン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＴＧＣ（４３７３−４３７５）コドンの突然変異体と、
ロイシン以外のアミノ酸をコードする野生型ＡＬＫｃＤＮＡのＣＴＧ（４４９３−４４９５）コドンの突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＧ４３７４Ａ突然変異体と、
野生型ＡＬＫｃＤＮＡ配列のＣ４４９３Ａ突然変異体とからなる群から選択される、請求項２１記載のキット。
【請求項３６】
前記ＡＬＫ阻害剤はＰＦ−０２３４１０６６である、請求項２２記載の組成物。