【手続補正書】
【提出日】平成26年6月25日(2014.6.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む植物であって、前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：１の、１４４、５２、８５、１０５、１１１, １３０、１３９、１４３、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、または前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：９の、５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、植物。
【請求項２】
変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む植物細胞であって、前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：１の、１４４、５２、８５、１０５、１１１, １３０、１３９、１４３、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、または前記遺伝子が、配列ＩＤ番号：９の、５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードすることを特徴とする、植物細胞。
【請求項３】
１つまたは複数のアミノ酸位置における変異が、
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置におけるグリシンからリジン；
配列ＩＤ番号：１の位置８５に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１３０に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン；
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９９に対応する位置におけるアルギニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応する位置におけるチロシンからセリン；
配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置におけるロイシンからメチオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応する位置におけるトレオニンからグリシン、
配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応する位置におけるトレオニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン；
配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：７の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからリジン；
配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからバリン；
配列ＩＤ番号：１の位置４３０に対応する位置におけるセリンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応する位置におけるリジンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応する位置におけるバリンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応する位置におけるリジンからバリン；
配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからチロシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応する位置におけるリジンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応する位置におけるバリンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン；
配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置におけるグリシンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９７に対応する位置におけるリジンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１０１に対応する位置におけるアラニンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応する位置におけるセリンからアスパラギン；
配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置におけるグルタミンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからアラニン；
配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置１７７に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応する位置におけるアスパラギンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置におけるイソロイシンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン；
配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置におけるリジンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応する位置におけるシステインからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応する位置におけるアラニンからグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応する位置におけるセリンからロイシン；
配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応する位置におけるセリンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応する位置におけるアラニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応する位置におけるアルギニンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置におけるリジンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４２１に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置におけるアラニンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからチロシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置におけるセリンからアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４９に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および
配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択されることを特徴とする、請求項１または２に記載の植物または植物細胞。
【請求項４】
前記変異したＰＰＸ遺伝子が表２、表３ａおよび表３ｂから選択される１つまたは複数の核酸配列変異を含むことを特徴とするか、または前記変異したＰＰＸ遺伝子が、表４ａおよび表４ｂから選択される２つ以上の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項１から３のいずれか一項に記載の植物または植物細胞。 
【請求項５】
前記植物が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択され、具体的には前記植物が、Ｓｏｌａｎｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａおよびＺｅａ  ｍａｙｓから成る群から選択される種またはＲｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項１、３または４に記載の植物。
【請求項６】
前記植物が無性生殖により産生されるか、または塊茎から産生されることを特徴とする、請求項１および３から５のいずれか一項に記載の植物。
【請求項７】
前記植物は、アシフルオルフェン−Ｎａ、ビフェノックス、クロメトキシフェン、フルオログリコフェンエチル、ホメサフェン、ハロサフェン、ラクトフェン、オキシフルオルフェン、フルアゾレート、ピラフルフェンエチル、シニドンエチル、フルミオキサジン、フルミクロラックペンチル、フルチアセットメチル、チジアジミン、オキサジアゾン、オキサジアルギル、アザフェニジン、カルフェントラゾンエチル、スルフェントラゾン、ペントキサゾン、ベンズフェンジゾン、ブタフェナシル、サフルフェナシル、ピラゾギル、プロフルアゾールのようなＰＰＸ阻害型除草剤の一つまたは複数に抵抗性であり、具体的には、前記植物は、フルミオキサジン、スルフェントラゾン、およびサフルフェナシルからなる群から選択される除草剤の一つまたは複数に抵抗性であることを特徴とする、請求項１および３から６のいずれか一項に記載の植物。
【請求項８】
前記植物は非トランスジェニック植物であるか、または前記植物細胞は非トランスジェニック植物細胞である、請求項１および３から７のいずれか一項に記載の植物または請求項２から４のいずれか一項に記載の植物細胞。
【請求項９】
変異したプロトポルフィリノーゲンＩＸオキシダーゼ（ＰＰＸ）遺伝子を含む非トランスジェニック植物を産生するための方法であって、配列ＩＤ番号：１の、１４４、５２、８５、１０５、１１１、１３０、１３９、 １４３、１４５、１４７、１６５、１６７、１７０、１８０、１８５、１９２、１９３、１９９、２０６、２１２、２１９、２２０、２２１、２２６、２２８、２２９、２３０、２３７、２４４、２５６、２５７、２７０、２７１、２７２、３０５、３１１、３１６、３１８、３３２、３４３、３５４、３５７、３５９、３６０、３６６、３９３、４０３、４２４、４２６、４３０、４３８、４４０、４４４、４５５、４５７、４７０、４７８、４８３、４８４、４８５、４８７、４９０、５０３、５０８および５２５から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むＰＰＸタンパク質を発現するＰＰＸ遺伝子を有する植物細胞を産生するために、ＰＰＸ遺伝子に標的化した変異を有する遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を植物細胞に導入することを含む方法であるか、または前記遺伝子が配列ＩＤ番号：９の、５８、６４、７４、８４、９３、９７、９８、１０１、１１９、１２１、１２４、１３９、１５０、１５１、１５７、１６４、１７０、１７７、１８７、１８８、１９５、２１４、２１５、２２９、２３０、２７１、２７４、２７８、２８３、２９２、２９６、３０７、３２４、３３０、３９６、４０４、４０６、４１０、４２１、４２３、４３４、４４７、４４８、４４９、４５１、４５４、４６５、４７０および５００から成る群から選択される位置に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置に変異を含むタンパク質をコードする、方法。
【請求項１０】
さらに、除草剤の存在下で対応する野生型植物細胞と比較して正常な成長および触媒活性を実質的に有する植物細胞を同定すること、並びに前記植物細胞から変異したＰＰＸ遺伝子を有する非トランスジェニックの除草剤抵抗性植物を再生することを含む、除草剤抵抗性の植物を産生するための請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記変異が、
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置１４４に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置５２に対応する位置におけるグリシンからリジン；
配列ＩＤ番号：１の位置８５の位置に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置１１１に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１３０に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギン酸からヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４３に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン, ； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４５に対応する位置におけるフェニルアラニンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１４７に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１６５に対応する位置におけるフェニルアラニンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン；
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１８５に対応する位置におけるプロリンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９２に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９３に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置１９９に対応する位置におけるアルギニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２０６に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２１９に対応する位置におけるチロシンからセリン；
配列ＩＤ番号：１の位置２２０に対応する位置におけるアラニンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２６に対応する位置におけるロイシンからメチオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２８に対応する位置におけるメチオニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２３０に対応する位置におけるアラニンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからグリシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２４４に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２５６に対応する位置におけるアルギニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７０に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：１の位置２７１に対応する位置におけるプロリンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置２７２に対応する位置におけるグルタミンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３０５に対応する位置におけるセリンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置３１１に対応する位置におけるグルタミン酸からアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置３１６に対応する位置におけるトレオニンからグリシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置３１８に対応する位置におけるトレオニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置３３２に対応する位置におけるセリンからシステイン；
配列ＩＤ番号：１の位置３５７に対応する位置におけるロイシンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３５９に対応する位置におけるリジンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：７の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置３６０に対応する位置におけるロイシンからリジン；
配列ＩＤ番号：１の位置３６６に対応する位置におけるアラニンからグルタミン酸；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからメチオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからセリン；
配列ＩＤ番号：１の位置３９３に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４０３に対応する位置におけるロイシンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２４に対応する位置におけるロイシンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからシステイン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからイソロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからロイシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからアルギニン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置４２６に対応する位置におけるチロシンからバリン；
配列ＩＤ番号：１の位置４３０に対応する位置におけるセリンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４３８に対応する位置におけるリジンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４４０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４４４に対応する位置におけるバリンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４５５に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４５７に対応する位置におけるリジンからバリン；
配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４７０に対応する位置におけるバリンからチロシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４７８に対応する位置におけるフェニルアラニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４８４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアラニン； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８５に対応する位置におけるイソロイシンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：１の位置４８７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン；
配列ＩＤ番号：１の位置４９０に対応する位置におけるリジンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：１の位置５０３に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：１の位置５０８に対応する位置におけるバリンからトレオニン；
配列ＩＤ番号：１の位置５２５に対応する位置におけるイソロイシンからトレオニン.；
配列ＩＤ番号：９の位置５８に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置６４に対応する位置におけるグルタミン酸からバリン；
配列ＩＤ番号：９の位置７４に対応する位置におけるグリシンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：９の位置８４に対応する位置におけるグリシンからアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９３に対応する位置におけるロイシンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９７に対応する位置におけるリジンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからシステイン； 
配列ＩＤ番号：９の位置９８に対応する位置におけるアルギニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１０１に対応する位置におけるアラニンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１１９に対応する位置におけるセリンからアスパラギン；
配列ＩＤ番号：９の位置１２１に対応する位置におけるフェニルアラニンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１２４に対応する位置におけるトレオニンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからチロシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１３９に対応する位置におけるアスパラギンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５０に対応する位置におけるグルタミン酸からリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５１に対応する位置におけるセリンからトレオニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１５７に対応する位置におけるグルタミンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１６４に対応する位置におけるバリンからアラニン；
配列ＩＤ番号：９の位置１７０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置１７７に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１８７に対応する位置におけるヒスチジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：９の位置１８８に対応する位置におけるロイシンからフェニルアラニン；
配列ＩＤ番号：９の位置１９５に対応する位置におけるアスパラギンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１４に対応する位置におけるプロリンからヒスチジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置におけるイソロイシンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２１５に対応する位置におけるイソロイシンからヒスチジン；
配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置２２９に対応する位置におけるリジンからグルタミン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２３０に対応する位置におけるリジンからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２７１に対応する位置におけるシステインからアルギニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２７４に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２８３に対応する位置におけるフェニルアラニンからグリシン；
配列ＩＤ番号：９の位置２９２に対応する位置におけるアラニンからグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置２９６に対応する位置におけるセリンからロイシン；
配列ＩＤ番号：９の位置３０７に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからアスパラギン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置３２４に対応する位置におけるアスパラギンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置３３０に対応する位置におけるアスパラギン酸からグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置３９６に対応する位置におけるセリンからロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４０４に対応する位置におけるアラニンからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４０６に対応する位置におけるアルギニンからリジン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４１０に対応する位置におけるリジンからイソロイシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４２１に対応する位置におけるロイシンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４２３に対応する位置におけるアラニンからバリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからセリン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４３４に対応する位置におけるシステインからチロシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４７に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４８に対応する位置におけるセリンからアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４４９に対応する位置におけるバリンからグルタミン酸； 
配列ＩＤ番号：９の位置４５１に対応する位置におけるアスパラギン酸からグリシン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４５４に対応する位置におけるアスパラギン酸からアスパラギン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４６５に対応する位置におけるチロシンからフェニルアラニン； 
配列ＩＤ番号：９の位置４７０に対応する位置におけるリジンからトレオニン、および
配列ＩＤ番号：９の位置５００に対応する位置におけるトレオニンからセリンから成る群から選択される１つまたは複数のアミノ酸位置にある１つまたは複数の変異を含むことを特徴とする、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記変異したＰＰＸ遺伝子が表２から選択される１つまたは複数の核酸配列変異を含むことを特徴とするか、または前記変異したＰＰＸ遺伝子が表３ａおよび表３ｂから選択される２つまたはそれ以上の変異の組合せを含むタンパク質をコードすることを特徴とする、請求項９から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記植物細胞が、バレイショ、ヒマワリ、テンサイ、トウモロコシ、ワタ、ダイズ、コムギ、ライムギ、エンバク、イネ、キャノーラ、果実、野菜、タバコ、オオムギ、モロコシ、トマト、マンゴ、モモ、リンゴ、ナシ、イチゴ、バナナ、メロン、ニンジン、レタス、タマネギ、ダイズｓｐｐ、サトウキビ、エンドウマメ、フィールドビーン（field bean）、ポプラ、ブドウ、カンキツ、アルファルファ、ライムギ、エンバク、芝生およびイネ科牧草、アマ、アブラナ、キュウリ、アサガオ、ホウセンカ、トウガラシ、ナス、マリーゴールド、スイレン、キャベツ、ヒナギク、カーネーション、ペチュニア、チューリップ、アイリス、ユリ、および堅果を生じる植物から成る群から選択され、具体的には、前記植物細胞が、Ｓｏｌａｎｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ、Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ、Ｓｏｒｇｈｕｍ  ｂｉｃｏｌｏｒ、Ｒｉｃｉｎｕｓ  ｃｏｍｍｕｎｉｓ、Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｎａｐｕｓ、 Ｇｌｙｃｉｎｅ  ｍａｘおよびＺｅａ ｍａｙｓから成る群から選択される種またはＲｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋバレイショ栽培品種であることを特徴とする、請求項９から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記植物が、アシフルオルフェン−Ｎａ、ビフェノックス、クロメトキシフェン、フルオログリコフェンエチル、ホメサフェン、ハロサフェン、ラクトフェン、オキシフルオルフェン、フルアゾレート、ピラフルフェンエチル、シニドンエチル、フルミオキサジン、フルミクロラックペンチル、フルチアセットメチル、チジアジミン、オキサジアゾン、オキサジアルギル、アザフェニジン、カルフェントラゾンエチル、スルフェントラゾン、ペントキサゾン、ベンズフェンジゾン、ブタフェナシル、サフルフェナシル、ピラゾギル、またはプロフルアゾールのようなＰＰＸ阻害型除草剤の一つまたは複数に抵抗性であり、具体的には、前記植物が、フルミオキサジン、スルフェントラゾン、およびサフルフェナシルから成る群から選択される除草剤の１つまたは複数に抵抗性であることを特徴とする、請求項９から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記植物が無性生殖により産生されるか、または前記植物が塊茎から産生されることを特徴とする、請求項９から１４のいずれか一項に記載の植物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
本明細書中に開示される態様、実施形態、方法および／または組成物のいずれかと併せて、植物細胞は、変異したＰＰＸ遺伝子を有し得る。特定の実施形態において、変異したＰＰＸ遺伝子は、変異したＰＰＸタンパク質をコードする。特定の実施形態において、植物細胞は、除草剤耐性植物の一部であり得る。本方法は、植物細胞に、遺伝子修復オリゴ核酸塩基（ＧＲＯＮ）を導入することを含み得る；例えば、ＰＰＸ遺伝子における標的化した変異と組み合わせてＧＲＯＮを使用するなどである。特定の実施形態において、本方法により産生される植物細胞は、変異したＰＰＸタンパク質を発現可能なＰＰＸ遺伝子を含み得る。本方法は、（１）変異したＰＰＸ遺伝子および／または（２）対応する野生型植物細胞と比較して正常な成長および／または触媒活性を含む植物細胞または植物細胞を含んでいる植物を同定することをさらに含み得る。本明細書中に記述したような植物細胞を有する除草剤耐性植物は、ＰＰＸを阻害する除草剤の存在下で同定し得る。いくつかの実施形態では、該植物細胞は非トランスジェニックである。いくつかの実施形態では、該植物細胞はトランスジェニックである。本明細書中に記述されるような植物細胞を含む植物は、非トランスジェニックまたはトランスジェニックな除草剤耐性植物であり得る；例えば、該植物および／または植物細胞は、少なくとも１つの除草剤に対する抵抗性の獲得に通じる変異したＰＰＸ遺伝子を有し得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記述するような植物細胞を有する植物は、無性生殖により産生し得る；例えば、１つまたは複数の植物細胞から、または１つもしくは複数の植物細胞から成る植物組織から産生し得る；例えば、塊茎から産生し得る。他の実施形態では、本明細書に記述されているような植物細胞を有する植物を有性生殖により産生し得る。