【手続補正書】
【提出日】平成26年9月5日(2014.9.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のＴＣＲＢまたはＩＧＨ  ＣＤＲ３配列の多様性を決定するための組成物であって、
ａ）複数のＶセグメントプライマーと
ｂ）複数のＪセグメントプライマーと
を含み、
前記複数のＶセグメントプライマーおよび前記複数のＪセグメントプライマーの各々が、１５〜５０ヌクレオチドから構成され、
前記複数のＶセグメントプライマーが、ＴＣＲＢ  ＶセグメントプライマーまたはＩＧＨ  Ｖセグメントプライマーを含み、
前記複数のＪセグメントプライマーが、ＴＣＲＢ  ＪセグメントプライマーまたはＩＧＨ  Ｊセグメントプライマーを含み、
前記複数のＶセグメントプライマーの各々が、第一の配列および第二の配列を含み、前記第一の配列がＴＣＲＢ  Ｖ領域セグメントまたは免疫グロブリン重鎖（ＩＧＨ）  Ｖ領域セグメントの第一領域の一部と相補性であり、前記第一領域は、ＴＣＲＢまたはＩＧＨ遺伝子の再構成の間に鋳型とならない欠失が生じる前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨ  Ｖ領域セグメントの第二領域の５’側の直上に位置し、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨ  Ｖ領域セグメントの前記第二領域は、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨ  Ｖ領域セグメントのＶ組換えシグナル配列（Ｖ−ＲＳＳ）の５’側に隣接し、前記第一の配列は、前記Ｖセグメントプライマー上の前記第二の配列の３’側に位置し、
前記ＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーの各々の前記第二の配列は、前記ＴＣＲＢ  Ｖ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記ＩＧＨ  Ｖセグメントプライマーの各々の前記第二の配列は、前記ＩＧＨ  Ｖ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記複数のＪセグメントプライマーの各々が、第一の配列および第二の配列を有し、前記第一の配列がＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメントまたはＩＧＨ  Ｊ領域セグメントの第一領域の一部と相補性であり、前記第一領域は、ＴＣＲＢまたはＩＧＨ遺伝子の再構成の間に鋳型とならない欠失が生じる前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨ  Ｊ領域セグメントの第二領域の３’側の直下に位置し、前記ＴＣＲＢまたはＩＧＨ  Ｊ領域セグメントの前記第二領域は、前記ＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメントまたは前記ＩＧＨ  Ｊ領域セグメントのＪ組換えシグナル配列（Ｊ−ＲＳＳ）の３’側に隣接し、前記第一の配列は、前記Ｊセグメントプライマー上の前記第二の配列の３’側に位置し、
前記ＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーの前記第二の配列は、前記ＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
前記ＩＧＨ  Ｊセグメントプライマーの前記第二の配列は、前記ＩＧＨ  Ｊ領域セグメントの前記第一領域と相補性ではなく、
哺乳類の対象から得られたリンパ球を含む試料から、再構成された核酸分子を前記Ｖセグメントプライマーおよび前記Ｊセグメントプライマーを用いた単回の多重ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅することが、前記試料中に存在する再構成されたＴＣＲＢまたはＩＧＨ  ＣＤＲ３配列の多様性に相当する少なくとも１０６の異なった増幅産物を産生する、組成物。
【請求項２】
前記複数のＶセグメントプライマーが類似したアニーリング強度を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
全てのＪセグメントプライマーが同じ保存フレームワーク領域モチーフにアニールする、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
保存されたモチーフから開始し、ＣＤＲ３ジャンクションを含み、前記Ｖセグメントに及ぶ配列を前記増幅産物が含み、かつ前記Ｊ−セグメントを診断によって同定するために前記増幅産物の使用が可能である、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドをさらに含み、
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、前記Ｖセグメントプライマーの前記第二の配列および前記Ｊセグメントプライマーの前記第二の配列と相補性である、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記増幅産物の各々がＶ−Ｄ−Ｊジャンクションに跨る、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記複数のＶセグメントプライマーがそれぞれ、複数のＶ領域セグメントにハイブリダイズ可能であり、前記複数のＪセグメントプライマーがそれぞれ、複数のＪ領域セグメントにハイブリダイズ可能である、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
ｍＲＮＡからｃＤＮＡを生成させるためのユニバーサルＣセグメントプライマーをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記Ｖセグメントプライマーの各々の３’末端が、前記組換えシグナル配列（Ｖ−ＲＳＳ）に対して前記ＴＣＲＢ  Ｖ領域セグメント中の位置−４３で固定される、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーが、１４種の異なるＴＣＲＢ  Ｖ遺伝子に対して特異的な少なくとも１４種のプライマーから構成される、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号１〜４５からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号５８〜１０２からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
Ｖセグメントがそれぞれ、少なくとも１つのＶセグメントプライマーと相補性である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記プライマーがイントロン／エクソン境界を越えない、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーが、前記ＴＣＲＢ  Ｊ領域の保存エレメントとハイブリダイズし、かつ、類似したアニーリング強度を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１６】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーが、５種の異なるＴＣＲＢ  Ｊ遺伝子に対して特異的な少なくとも５種のプライマーから構成される、請求項１に記載の組成物。
【請求項１７】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーが、配列番号４６〜５７および配列番号４８３からなる群から選択される配列を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーが、配列番号１０３〜１１３、配列番号４６８および４８４からなる群から選択される配列を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１９】
各ＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメントのためのＴＣＲＢ  Ｊセグメントプライマーが存在する、請求項１に記載の組成物。
【請求項２０】
前記増幅されたＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメントがそれぞれ、前記Ｊ−ＲＳＳ部位の下流の位置＋１１〜＋１４で独自の４個の塩基タグを有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項２１】
前記Ｊ−ＲＳＳ部位の下流の位置＋１１〜＋１４の前記増幅されたＴＣＲＢ  Ｊ領域セグメント内の４個の塩基タグに隣接してハイブリダイズする１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記１組のシーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２３】
前記試料が、前記哺乳類の対象から得られたゲノムＤＮＡを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２４】
前記試料が、前記哺乳類の対象から得られたｍＲＮＡから転写されたｃＤＮＡを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２５】
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項５に記載の組成物。
【請求項２６】
前記Ｖセグメントプライマーの各々の前記第二の配列が、シーケンシングオリゴヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２７】
前記シーケンシングオリゴヌクレオチドが、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記Ｊセグメントプライマーの各々の前記第二の配列が、シーケンシングオリゴヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２９】
前記シーケンシングオリゴヌクレオチド配列が、配列番号４７０〜４８２からなる群から選択される、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記Ｖセグメントの前記第一領域が、前記Ｖ−ＲＳＳの５’末端のコンセンサスモチーフから少なくとも４０塩基の位置である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３１】
前記Ｊセグメントプライマーの各々が、前記Ｊ−ＲＳＳの３’末端のコンセンサスモチーフから少なくとも１４塩基対の位置にある３’末端を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３２】
前記複数のＶセグメントプライマーおよび前記複数のＪセグメントプライマーから産生される増幅産物が約２００塩基の長さである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３３】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号１〜４５から構成される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３４】
前記複数のＴＣＲＢ  Ｖセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号５８〜１０２から構成される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３５】
前記複数のＩＧＨ  Ｖセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号４４３〜４５１からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３６】
前記複数のＩＧＨ  Ｊセグメントプライマーの前記第一の配列が、配列番号４２１〜４３１からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の組成物。