【手続補正書】
【提出日】平成26年8月8日(2014.8.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料の検出可能化合物を定量化するシステムであって、
前記システムは、プロセッサを備え、
前記プロセッサは、
複数の時間ステップの各時間ステップに対して、複数の前駆体質量選択窓の各質量選択窓に対する試料生成イオンスペクトルを受信することであって、前記試料生成イオンスペクトルは、時間にわたって試料における検出可能化合物を分離させることと、各時間ステップにおいて、タンデム質量分析計を使用して前記試料の質量範囲にわたって選択される複数の前駆体質量選択窓に対して複数の生成イオンスキャンを実施することによって前記検出可能化合物を分析することとによって生成される、ことと、
既知の生成イオンスペクトルを有する１つ以上の既知の化合物の存在に対して前記受信された生成イオンスペクトルを検索することと
を行い、
前記検索することは、
ａ）ライブラリから前記既知の生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｂ）前記既知の生成イオンスペクトルに対応する前駆体イオンを含むように予期される前記前駆体質量選択窓に対応する前記試料生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｃ）前記既知の生成イオンスペクトルのうちの１つ以上に対して、前記試料生成イオンスペクトルの時間における生成イオントレースを作成することと、
ｄ）前記既知の生成イオンと試料生成イオンとがどの程度うまく合致するかを表す、前記生成イオントレースおよび生成イオンスペクトルに対するスコアを計算することと、
ｅ）前記スコアが閾値を超えると、前記生成イオントレースから既知の化合物に対する定量的値を計算することと
によって行われる、システム。
【請求項２】
前記複数の質量選択窓の各質量選択窓は、１５ａｍｕより大きい幅を有している、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記既知の化合物は、ペプチド、タンパク質、完全プロテオーム、内因性代謝産物、脂質、炭水化物、またはそれらの組み合わせのうちの１つ以上を備えている、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記既知の化合物は、薬学的、環境的、法医学的、または産業的重要性がある１つ以上の化合物を備えている、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記既知の生成イオンスペクトルは、前記既知の化合物の確証的基準、前記化合物を含む試料の分析、または、既存のスペクトルライブラリから決定され、または、前記既知の生成イオンスペクトルは、実験的または推測的な断片化または修飾規則を前記既知の化合物に適用することによって、コンピュータ的に作成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記プロセッサは、ステップｄ）からの１つ以上の合致する試料生成イオンをさらに使用し、前記既知の化合物のうちの１つ以上の化合物の修飾形態を同定する、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記プロセッサは、前記合致する試料イオンを前記既知の生成イオンおよび前記修飾から予測される質量と比較することにより、前記修飾の種類および場所を特徴づける、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記プロセッサは、前記同定された修飾形態における前記修飾の種類および場所を特徴づけるために、前記同定された修飾形態のスペクトルを前記試料生成イオンスペクトルからさらに抽出する、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
試料の検出可能化合物を定量化する方法であって、前記方法は、
プロセッサを使用して、複数の時間ステップの各時間ステップに対して、複数の前駆体質量選択窓の各質量選択窓に対する試料生成イオンスペクトルを受信することであって、前記試料生成イオンスペクトルは、時間にわたって試料における検出可能化合物を分離させることと、各時間ステップにおいて、タンデム質量分析計を使用して前記試料の質量範囲にわたって選択される複数の前駆体質量選択窓に対して複数の生成イオンスキャンを実施することによって前記検出可能化合物を分析することとによって生成される、ことと、
前記プロセッサを使用して、既知の生成イオンスペクトルを有する１つ以上の着目の既知の化合物の存在に対して前記受信された生成イオンスペクトルを検索することと
を含み、
前記検索することは、
ａ）ライブラリから前記既知の生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｂ）前記既知の生成イオンスペクトルに対応する前駆体イオンを含むように予期される前記前駆体質量選択窓に対応する前記試料生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｃ）前記既知の生成イオンスペクトルのうちの１つ以上に対して、前記試料生成イオンスペクトルの時間における生成イオントレースを作成することと、
ｄ）前記既知の生成イオンと試料生成イオンとがどの程度うまく合致するかを表す、前記生成イオントレースおよび生成イオンスペクトルに対するスコアを計算することと、
ｅ）前記スコアが閾値を超えると、前記生成イオントレースから前記既知の化合物に対する定量的値を計算することと
によって行われる、方法。
【請求項１０】
前記複数の質量選択窓の各質量選択窓は、１５ａｍｕより大きい幅を有している、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記既知の化合物は、ペプチド、タンパク質、完全プロテオーム、内因性代謝産物、脂質、炭水化物、またはそれらの組み合わせのうちの１つ以上を備えている、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記既知の化合物は、薬学的、環境的、法医学的、または産業的重要性がある１つ以上の化合物を備えている、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記既知の生成イオンスペクトルは、前記既知の化合物の確証的基準、前記化合物を含む試料の分析、または、既存のスペクトルライブラリから決定され、または、前記既知の生成イオンスペクトルは、実験的または推測的な断片化または修飾規則を前記既知の化合物に適用することによって、コンピュータ的に作成される、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記プロセッサを用いて、ステップｄ）からの１つ以上の合致する試料生成イオンを使用し、前記既知の化合物のうちの１つ以上の化合物の修飾形態を同定することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記プロセッサを用いて、前記合致する試料イオンを前記既知の生成イオンおよび前記修飾から予測される質量と比較することにより、前記修飾の種類および場所を特徴づけることをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記同定された修飾形態における前記修飾の種類および場所を特徴づけるために、前記プロセッサを用いて前記同定された修飾形態のスペクトルを前記試料生成イオンスペクトルから抽出することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
コンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、試料の検出可能化合物を定量化する方法を実施するようにプロセッサ上で実行される命令を有し、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の時間ステップの各時間ステップに対して、複数の前駆体質量選択窓の各質量選択窓に対する試料生成イオンスペクトルを受信することであって、前記試料生成イオンスペクトルは、時間にわたって試料における検出可能化合物を分離させることと、各時間ステップにおいて、タンデム質量分析計を使用して前記試料の質量範囲にわたって選択される複数の前駆体質量選択窓に対して複数の生成イオンスキャンを実施することによって前記検出可能化合物を分析することとによって生成される、ことと、
前記測定モジュールを使用して、既知の生成イオンスペクトルを有する１つ以上の既知の化合物の存在に対して前記受信された生成イオンスペクトルを検索することと
を含み、
前記検索することは、
ａ）ライブラリから前記既知の生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｂ）前記既知の生成イオンスペクトルに対応する前駆体イオンを含むように予期される前記前駆体質量選択窓に対応する前記試料生成イオンスペクトルを読み出すことと、
ｃ）前記既知の生成イオンスペクトルのうちの１つ以上に対して、前記試料生成イオンスペクトルの時間における生成イオントレースを作成することと、
ｄ）前記既知の生成イオンと試料生成イオンとがどの程度うまく合致するかを表す、前記生成イオントレースおよび生成イオンスペクトルに対するスコアを計算することと、
ｅ）前記スコアが閾値を超えると、前記生成イオントレースから前記既知の化合物に対する定量的値を計算することと
によって行われる、コンピュータプログラム製品。
【請求項１８】
前記測定モジュールを使用して、ステップｄ）からの１つ以上の合致する試料生成イオンを使用し、前記既知の化合物のうちの１つ以上の化合物の修飾形態を同定することをさらに含む、請求項１７に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項１９】
前記測定モジュールを使用して、前記合致する試料イオンを前記既知の生成イオンおよび前記修飾から予測される質量と比較することにより、前記修飾の種類および場所を特徴づけることをさらに含む、請求項１８に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項２０】
前記同定された修飾形態における前記修飾の種類および場所を特徴づけるために、前記測定モジュールを使用して前記同定された修飾形態のスペクトルを前記試料生成イオンスペクトルから抽出することをさらに含む、請求項１８に記載のコンピュータプログラム製品。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
種々の実施形態では、システムおよび方法は、全検出可能化合物の記録を作成する方法を提供し、該方法は、全化合物の断片スペクトルを作成するデータ取得方法と、標的データ分析方法との新規組み合わせを含む。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
試料の全検出可能化合物の全生成イオンスペクトルの電子記録を記憶するためのシステムであって、
複数の質量選択窓を使用して、ある質量範囲にわたる単一の試料分析において、１回以上、複数の生成イオンスキャンを行うタンデム質量分析計であって、前記タンデム質量分析計は、各質量選択窓に対する全検出可能化合物の全試料生成イオンスペクトルを生成する、タンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信しているプロセッサであって、前記プロセッサは、各質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記タンデム質量分析計から受信し、各質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記試料の全検出可能化合物の電子記録として記憶する、プロセッサと
を備え、
前記電子記録は、前記電子記録が記憶される時に、既知の化合物を特徴づけるために使用され、前記電子記録が記憶された後、既知となった化合物を特徴づけるためにも使用される、システム。
（項目２）
前記複数の質量選択窓の各質量選択窓は、１５ａｍｕより大きい幅を有している、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記プロセッサは、既知の化合物に対応する所定の生成イオンスペクトルを受信することと、１つ以上の質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記電子記録から受信することと、前記所定の生成イオンスペクトルの所定の生成イオンを１つ以上の質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルの試料生成イオンと比較することとをさらに行い、前記比較からの１つ以上の合致する試料生成イオンは、前記試料における検出可能な前記既知の化合物を特徴づける、項目１に記載のシステム。
（項目４）
前記既知の化合物は、ペプチド、タンパク質、完全プロテオーム、内因性代謝産物、脂質、炭水化物、またはそれらの組み合わせのうちの１つ以上を備えている、項目３に記載のシステム。
（項目５）
前記既知の化合物は、薬学的、環境的、法医学的、または産業的重要性がある１つ以上の化合物を備えている、項目３に記載のシステム。
（項目６）
前記所定の生成イオンスペクトルは、前記既知の化合物の確証的基準、前記化合物を含む試料の分析、または、既存のスペクトルライブラリから決定され、または、前記所定の生成イオンスペクトルは、実験的または推測的な断片化または修飾規則を前記既知の化合物に適用することによって、コンピュータ的に作成される、項目３に記載のシステム。
（項目７）
前記プロセッサは、前記所定の生成イオンと前記試料生成イオンとがいかに良く合致するかを表すスコアを計算することによって、前記所定の生成イオンスペクトルの所定の生成イオンを１つ以上の質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルの試料生成イオンと比較する、項目３に記載のシステム。
（項目８）
前記単一の試料分析の試料化合物を経時的に分離する分離デバイスをさらに備え、前記タンデム質量分析計は、前記試料化合物が分離されるにつれて、前記単一の試料分析に関する複数の生成イオンスキャンを実施する、項目７に記載のシステム。
（項目９）
前記スコアは、前記所定の生成イオンのトレースにおけるピークが前記試料生成イオンのトレースにおけるピークにいかに良く合致するかに基づいてさらに計算される、項目８に記載のシステム。
（項目１０）
前記プロセッサは、前記比較からの１つ以上の合致する試料生成イオンをさらに使用し、前記試料の化合物に対する定量的値を計算する、項目９に記載のシステム。
（項目１１）
前記プロセッサは、前記比較からの１つ以上の合致する試料生成イオンをさらに使用し、前記既知の化合物の１つ以上の化合物の修飾形態を同定する、項目３に記載のシステム。
（項目１２）
前記プロセッサは、前記合致する試料イオンを前記所定のイオンおよび前記修飾から予測される質量と比較することにより、前記修飾の種類および場所を特徴づける、項目１１に記載のシステム。
（項目１３）
前記プロセッサは、前記同定された修飾形態における前記修飾の種類および場所を特徴づけるために、前記同定された修飾形態のスペクトルを前記電子記録からさらに抽出する、項目１１に記載のシステム。
（項目１４）
試料の全検出可能化合物の全生成イオンスペクトルの電子記録を記憶する方法であって、
タンデム質量分析計を使用して、ある質量範囲にわたる単一の試料分析において、１回以上、複数の生成イオンスキャンを行うことであって、前記単一の試料分析は、複数の質量選択窓を使用して、各質量選択窓に対する全検出可能化合物の全試料生成イオンスペクトルを生成する、ことと、
プロセッサを使用して、各質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記タンデム質量分析計から受信することと、
前記プロセッサを使用して、各質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記試料の全検出可能化合物の電子記録として記憶することと
を含み、
前記電子記録は、前記電子記録が記憶される時に、既知の化合物を特徴づけるために使用され、前記電子記録が記憶された後、既知となった化合物を特徴づけるためにも使用される、方法。
（項目１５）
そのコンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、試料の全検出可能化合物の全生成イオンスペクトルの電子記録を記憶する方法を実施するようにプロセッサ上で実行される命令を有し、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールおよび記憶モジュールを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、タンデム質量分析計から各質量選択窓に対する全検出可能化合物の全試料生成イオンスペクトルを受信することであって、前記タンデム質量分析計は、複数の質量選択窓を使用して、ある質量範囲にわたる単一の試料分析において、１回以上、複数の生成イオンスキャンを実施する、ことと、
前記記憶モジュールを使用して、各質量選択窓に対する前記全試料生成イオンスペクトルを前記試料の全検出可能化合物の電子記録として記憶することと
を含み、
前記電子記録は、前記電子記録が記憶される時に、既知の化合物を特徴づけるために使用され、前記電子記録が記憶された後、既知となった化合物を特徴づけるためにも使用される、コンピュータプログラム製品。