【手続補正書】
【提出日】平成24年3月30日(2012.3.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含み、少なくとも1つのポリヌクレオチドプローブが、25〜50ヌクレオチド長であり、かつSEQ ID NO:1〜2026の少なくとも1つまたはその相補体を含む、試料中のHPV核酸の存在を判別するための方法:
(a) 標的核酸の変種にはハイブリダイズしない1つまたは複数の該ポリヌクレオチドプローブが該試料中の該標的核酸とハイブリダイズして二本鎖核酸ハイブリッドを形成するのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブを試料と接触させる段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドに免疫特異的である第1の抗ハイブリッド抗体と該二本鎖核酸ハイブリッドを接触させることを含む、該二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中の該標的核酸を判別する、段階。
【請求項２】
前記検出する段階が、二本鎖核酸ハイブリッドに免疫特異的である第2の抗ハイブリッド抗体を提供することをさらに含み、該第2の抗ハイブリッド抗体が、検出可能となるように標識されている、請求項1記載の方法。
【請求項３】
少なくとも1つの前記プローブおよび前記抗ハイブリッド抗体が同じ段階で添加される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記HPV核酸がハイリスクHPV型のHPV DNAである、請求項3記載の方法。
【請求項５】
前記HPV型がHPV 16であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 18、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 45、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記HPV型がHPV 18であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 16、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 45、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、請求項4記載の方法。
【請求項７】
前記HPV型がHPV 45であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 16、HPV 18、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、請求項4記載の方法。
【請求項８】
前記HPV型がhrHPV型であり、前記変種がローリスクHPV型の核酸である、請求項4記載の方法。
【請求項９】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜2026からなる群より選択される配列またはその相補体から本質的になる、請求項4記載の方法。
【請求項１０】
以下の段階を含む、試料中のHPV 18 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたは複数のポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:163〜309からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中のHPV 18 DNAの存在が示される、段階。
【請求項１１】
以下の段階を含む、試料中のHPV 16 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたは複数のポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜162からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中のHPV 16 DNAの存在が示される、段階。
【請求項１２】
以下の段階を含む、試料中のHPV 45 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたは複数のポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:842〜974からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって前記試料中のHPV 45 DNAの存在が示される、段階。
【請求項１３】
SEQ ID NO:1〜162 (HPV 16); 163〜309(HPV 18); 842〜974(HPV 45); 310〜454(HPV 31); 455〜579(HPV 33); 580〜722(HPV 35); 723〜841(HPV 39); 975〜1120(HPV 51); 1121〜1252(HPV 52); 1253〜1367(HPV 56); 1368〜1497(HPV 58); 1498〜1646(HPV 59); 1647〜1767(HPV 66); 1768〜1875(HPV 68);および1876〜2026(HPV 82)からなる群より選択される、プローブセット。
【請求項１４】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜2026に示すプローブを含むプローブセットの混合物である、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
前記ハイブリダイゼーションが約45〜約55℃で実施される、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
請求項13記載のプローブセットを含む、キット。
【請求項１７】
前記第1の抗ハイブリッド抗体を固相に結合させる、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
前記検出する段階が、
a. 前記二本鎖核酸ハイブリッドを前記第1の抗ハイブリッド抗体と結合させることを含む、第1の捕捉段階；および
b. 前記標的核酸を増幅させてアンプリコンを作製することを含む、増幅段階
を含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記検出する段階が、
c. 1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブを前記アンプリコンとハイブリダイズさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させることを含む、第2の捕捉段階；および
d. 検出可能となるように標識されている第2の抗ハイブリッド抗体を該二本鎖核酸ハイブリッドと結合させることを含む、標識段階
をさらに含む、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
前記増幅段階が等温増幅を含む、請求項18記載の方法。
【請求項２１】
前記増幅段階が全ゲノム増幅を含む、請求項18記載の方法。
【請求項２２】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが同じ長さを有する、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
25〜50ヌクレオチド長でありかつSEQ ID NO:1〜2026のうち1つまたはその相補体を含む複数のポリヌクレオチドプローブを、前記試料と接触させる、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが同じ長さを有する、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、45〜60℃の範囲の融解温度を有する、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
前記複数のポリヌクレオチドプローブが、前記HPV核酸の少なくとも0.5kbをカバーするように選択される、請求項23記載の方法。
【請求項２７】
前記複数のポリヌクレオチドプローブが、前記HPV核酸の3kb〜4kbをカバーするように選択される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが25〜50ヌクレオチド長である、請求項11記載の方法。
【請求項２９】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、前記標的核酸の3kb〜4kbをカバーする、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、45〜60℃の範囲の融解温度を有する、請求項11記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
本発明はまた、本明細書において開示するSEQ ID NO:1〜2026のプローブのいずれか一つを含むキットも提供する。一定の態様において、キットは、SEQ ID NO:1〜162(HPV 16);163〜309(HPV 18); 842〜974(HPV 45); 310〜454(HPV 31); 455〜579(HPV 33); 580〜722(HPV 35); 723〜841(HPV 39); 975〜1120(HPV 51); 1121〜1252(HPV 52); 1253〜1367(HPV 56); 1368〜1497(HPV 58); 1498〜1646(HPV 59); 1647〜1767(HPV 66); 1768〜1875(HPV 68);および1876〜2026(HPV 82)からなる群に示されるプローブを含む。別の態様において、キットは、SEQ ID NO:1〜161(HPV 16); 163〜299(HPV 18);および842〜968(HPV 45)に示すプローブを含む。別の態様において、キットは、SEQ ID NO:1〜2026に示すプローブを含む。さらに別の態様において、キットは、SEQ ID NO:1〜19、21〜23、25〜53、55〜65、67〜71、73〜92、94〜116、118〜130、132〜241、244〜274、276、277、279、280、282〜849、851〜893、895〜917、919〜929、931、933〜936、938〜2026に示す2,007種のプローブを含む。本発明の利点および恩恵は、本明細書を読むことによって当業者に明らかになるであろう。
[本発明1001]
以下の段階を含む、試料中の標的核酸の存在を判別するための方法:
(a) 該標的核酸の変種にはハイブリダイズしない1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが該試料中の該標的核酸とハイブリダイズして二本鎖核酸ハイブリッドを形成するのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブを試料と接触させる段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドに免疫特異的である第1の抗ハイブリッド抗体と該二本鎖核酸ハイブリッドを接触させることを含む、該二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中の該標的核酸を判別する、段階。
[本発明1002]
前記検出する段階が、二本鎖核酸ハイブリッドに免疫特異的である第2の抗ハイブリッド抗体を提供することをさらに含み、該第2の抗ハイブリッド抗体が、検出可能となるように標識されている、本発明1001の方法。
[本発明1003]
少なくとも1つの前記プローブおよび前記抗ハイブリッド抗体が同じ段階で添加される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記標的核酸がHPV核酸である、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記HPV核酸がハイリスクHPV型のHPV DNAである、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記HPV型がHPV 16であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 18、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 45、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記HPV型がHPV 18であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 16、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 45、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記HPV型がHPV 45であり、前記変種が、HPV 1、HPV 2、HPV 3、HPV 4、HPV 5、HPV 6、HPV 8、HPV 11、HPV 13、HPV 16、HPV 18、HPV 26、HPV 30、HPV 31、HPV 33、HPV 34、HPV 35、HPV 39、HPV 40、HPV 42、HPV 43、HPV 44、HPV 51、HPV 52、HPV 53、HPV 54、HPV 56、HPV 58、HPV 59、HPV 61、HPV 62、HPV 66、HPV 67、HPV 68、HPV 69、HPV 70、HPV 71、HPV 72、HPV 73、HPV 74、HPV 81、HPV 82、HPV 83、HPV 84、およびHPV 89からなる群より選択される型の核酸である、本発明1005の方法。
[本発明1009]
前記HPV型がhrHPV型であり、前記変種がローリスクHPV型の核酸である、本発明1005の方法。
[本発明1010]
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜2026からなる群より選択される配列またはその相補体から本質的になる、本発明1005の方法。
[本発明1011]
以下の段階を含む、試料中のHPV 18 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたは複数のポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:163〜309からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中のHPV 18 DNAの存在が示される、段階。
[本発明1012]
以下の段階を含む、試料中のHPV 16 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたはポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜162からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって該試料中のHPV 16 DNAの存在が示される、段階。
[本発明1013]
以下の段階を含む、試料中のHPV 45 DNAの存在を判別するための方法:
(a) 1つまたは複数のポリヌクレオチドを該試料中の対応する相補的核酸配列にアニールさせて二本鎖核酸ハイブリッドを形成させるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブまたはその相補体を該試料と接触させる段階であって、該1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:842〜974からなる群より選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸プローブのセットである、段階;および
(b) 二本鎖核酸ハイブリッドを検出する段階であって、該二本鎖核酸ハイブリッドの検出によって前記試料中のHPV 45 DNAの存在が示される、段階。
[本発明1014]
SEQ ID NO:1〜162 (HPV 16); 163〜309(HPV 18); 842〜974(HPV 45); 310〜454(HPV 31); 455〜579(HPV 33); 580〜722(HPV 35); 723〜841(HPV 39); 975〜1120(HPV 51); 1121〜1252(HPV 52); 1253〜1367(HPV 56); 1368〜1497(HPV 58); 1498〜1646(HPV 59); 1647〜1767(HPV 66); 1768〜1875(HPV 68);および1876〜2026(HPV 82)からなる群より選択される、プローブセット。
[本発明1015]
前記1つまたは複数のポリヌクレオチドプローブが、SEQ ID NO:1〜2026に示すプローブを含むプローブセットの混合物である、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記ハイブリダイゼーションが約45〜約55℃で実施される、本発明1001の方法。
[本発明1017]
本発明1014のプローブセットを含む、キット。