【手続補正書】
【提出日】平成24年10月1日(2012.10.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的及び／又は化学的反応の１つ以上の特性を、当該反応の増幅プロセスを表現するデータセットから決定する方法であって：
ベースライン部分及び増殖部分を有する曲線を形成するデータポイントのセットを取得する工程、ここで各データポイントが増幅プロセスの間の物質の物理量を表現する；
プロセッサーを使用して、前記データポイントのセットを近似する（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅ）第一の関数を演算する工程、ここで当該第一の関数の演算は当該第一の関数を規定する複数のパラメーターを決定することを含む；
前記第一の関数から１つ以上のパラメーターを抽出する工程；
前記プロセッサーで、前記１つ以上の抽出されたパラメーターを使用して前記データポイントのセットを近似する第二の関数を演算する工程、ここで当該第二の関数は前記第一の関数と異なる関数形式を有する；及び
前記プロセッサーで、前記第二の関数を使用して前記生物学的及び／又は化学的反応の１つ以上の特性を決定する工程；
を有する、前記方法。
【請求項２】
前記１つ以上の特性が、前記増幅プロセスと関連する定量値を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上のパラメーターが前記第二の関数の初期値として使用され、且つ前記第二の関数の演算が１つ以上の前記初期値を変化させることにより、前記第二の関数と前記データポイントのセットとの間のエラーを減少させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第二の関数が、ドリフト項を含む変形シグモイド関数である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記変形シグモイド関数が：
【化１】
2012502378.tif 000001
で表され、ａ０、ａ１、ａ２、ａ３及びａ４は、前記変形シグモイド関数を前記データポイントのセットに適合させる手順の過程で決定されるパラメーターで、且つｘは、前記増幅プロセスのサイクル数である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記１つ以上の抽出されたパラメーターが、ａ０、ａ１、ａ２及びａ３を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記１つ以上の生物学的及び／又は化学的反応の特性が、前記増幅プロセス中に、その時点で前記第二の関数が特定の数値を有する時間Ｃｔを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
更に：
前記データポイントのセットの部分を近似する第三の関数を演算するための前記時間Ｃｔを：
中心にＣｔが来る時間帯（ｗｉｎｄｏｗ  ｏｆ  ｔｉｍｅ）を定め；
当該時間帯の中のデータポイントを使用して、前記第三の関数が当該時間帯の中のデータポイントを近似するように前記第三の関数を決定する；
ことにより使用することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第三の関数が六次以上の多項式である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記時間Ｃｔが、前記第二の関数の第二の微分（ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ）が最大値をとる第一の時間と、前記第二の関数の第三の微分が最大値をとる第二の時間との加重平均として決定される、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
更に：前記ベースライン部分の終点（ｅｎｄ）を前記増幅プロセスの第一の時間として選択する工程を含み、ここで、前記第一の関数の第一の導関数（ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ）の、当該第一の時間から当該第一の導関数のピークまでの積分面積が、特定の数値の範囲内である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
更に：
前記第一の関数を解析して、当該第一の関数の勾配が最大増幅勾配（ｍａｘｉｍｕｍ  ａｍｐｌｉｔｕｄｅ  ｓｌｏｐｅ）を超えるか否かを決定する工程；及び
当該第一の関数に当該最大増幅勾配を超える場所がある場合、その後当該場所を含むセグメント（ｓｅｇｍｅｎｔ）を増幅曲線の非増幅セグメントとして扱う工程；
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記最大増幅勾配が、ｌｎ（２．０）に当該勾配が算出される場所のデータポイントの数値を乗じたものである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
生物学的及び／又は化学的反応の増幅プロセスで得られた増幅曲線のベースライン領域を決定する方法であって：
ベースライン部分及び増殖部分を有する曲線を形成するデータポイントのセットを取得する工程、ここで各データポイントが増幅プロセスの間の物質の物理量を表現する；
プロセッサーを使用して、前記データポイントのセットを近似する関数を決定する工程；
前記関数の第一の微分を演算して第一の導関数を取得する工程；
プロセッサーを使用して、ベースライン領域の終点を：
複数の各点において：
前記第一の導関数を、各点から前記第一の導関数の所定の場所まで積分して、各積分面積を取得することにより；及び
積分面積が前記ベースライン領域の終点として特定される範囲内にある点を選択することにより；
決定する工程；並びに
前記ベースライン領域の始点（ｂｅｇｉｎｎｉｎｇ）を決定する工程；
を含む、前記方法。
【請求項１５】
前記第一の導関数が、前記関数の第一の微分から最初のデータポイントでの第一の微分を引いたものを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記選択された点の積分面積が、前記最初の点から所定の場所までの前記第一の導関数の面積の既定のパーセントである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
更に：
前記第一の導関数のピークを同定する工程を含み、ここで当該第一の導関数上の所定の場所が当該第一の導関数のピークである；
請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記積分が、前記第一の導関数上のピークから、前記第一の導関数の始点まで実施されることにより、前記各積分面積が得られる、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ベースライン領域の始点を決定する工程が：
１つのデータポイントが次のデータポイントに至るまでの数値の増大が所定の量を超えているか否かを判定すること；及び
所定の量を超えている場合に、当該１つのデータポイントの後にあるベースラインの始点を選択すること；
を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記ベースライン領域の始点の決定が、当該ベースライン領域のデータポイントが閾値の中で線形の挙動を近似しない場合、当該ベースライン領域からの１つ以上のデータポイントを切り捨てる（ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ）ことを含み、ここで、当該ベースライン領域からの１つ以上のデータポイントの切り捨てが：
ｉ）当該ベースライン領域を、データポイントのセットの始点から当該ベースライン領域の決定された終点までの複数のデータポイントとして定める工程；
ｉｉ）当該ベースライン領域を解析して、当該ベースライン領域が、当該ベースライン領域の中のデータポイントの線形の挙動に基づいて非増幅的な挙動を呈するか否かを判定する工程；
ｉｉｉ）当該ベースライン領域が前記閾値中で線形の挙動を近似しない場合、当該ベースライン領域から１つ以上の主要なデータポイントを除去する工程；
ｉｖ）工程ｉｉ〜ｉｉｉを、ａ）当該ベースライン非増幅的な挙動を示すまで、又はｂ）工程ｉｉ〜ｉｉｉが所定の回数反復されるまで反復する工程；
を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
生物学的及び／又は化学的反応の基準値を、当該反応の増幅プロセスを表現するデータセットから決定する方法であって：
ベースライン部分及び増殖部分を有する曲線を形成するデータポイントのセットを取得する工程、ここで各データポイントが増幅プロセスの間の物質の物理量を表現する；
プロセッサーを使用して、前記データポイントのセットを近似する関数を決定する工程；
前記プロセッサーを使用して、前記関数の２つ以上の異なる微分を演算する工程；
前記増幅プロセス中で各微分が最大値をとる各時間を同定する工程、ここで異なる微分における各時間が異なる；
前記プロセッサーを使用して、前記生物学的及び／又は化学的反応の基準値を、前記各時間の加重平均として算出する工程；
を有する、前記方法。
【請求項２２】
前記２つ以上の微分が、第二の微分及び第三の微分を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記第二の微分が（１−ｐ）により加重され、且つ前記第三の微分がｐにより加重され、そしてｐが０．３〜０．７の範囲の数値をとる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
更に；
基準曲線の効率が１００％となるように加重平均の加重を設定する工程；
を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
複数の指令を保存した非一時的なコンピューター可読媒体であって、当該指令が、実行されたときに、生物学的及び／又は化学的反応の増幅プロセスを表現するデータセットから当該反応の１つ以上の特性を判定するようにコンピューターシステムを制御するものであって、当該指令が請求項１に記載の方法を含む、前記媒体。
【請求項２６】
複数の指令を保存した非一時的なコンピューター可読媒体であって、当該指令が、実行されたときに、生物学的及び／又は化学的反応の増幅プロセスから得られた増幅曲線のベースライン領域を判定するようにコンピューターシステムを制御するものであって、当該指令が請求項１４に記載の方法を含む、前記媒体。
【請求項２７】
複数の指令を保存した非一時的なコンピューター可読媒体であって、当該指令が、実行されたときに、生物学的及び／又は化学的反応の増幅プロセスを表現するデータセットから当該反応の基準値を判定するようにコンピューターシステムを制御するものであって、当該指令が請求項２１に記載の方法を含む、前記媒体。