【手続補正書】
【提出日】平成24年8月7日(2012.8.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
インビトロでヒト個体における甲状腺癌に対する感受性を判定する方法であって、前記方法は、
ｒｓ９６５５１３（配列番号：１）、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定するヒト個体についての核酸配列データを入手することであって、マーカー間の連鎖不平衡は少なくとも０．１のｒ２の値によって特徴付けられ、前記少なくとも１つの多型マーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける甲状腺癌に対する異なる感受性に関連すること、および
前記核酸配列データから甲状腺癌に対する感受性を判定すること
を含む方法。
【請求項２】
感受性の判定は、前記核酸配列データを、前記少なくとも１つの多型マーカーと甲状腺癌に対する感受性との間の相関データを含むデータベースと比較することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記データベースは、前記少なくとも１つの多型マーカーについての甲状腺癌に対する感受性の少なくとも１つのリスク判定基準を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記データベースは、前記少なくとも１つの多型マーカーについての少なくとも１つの状態の少なくとも１つのリスク判定基準を含む検査表を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸配列データは、前記ヒト個体から入手した生物学的試料から入手される、請求項１から請求項４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記核酸配列データは、前記少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の存在または不存在を判定することにより入手される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸配列データを入手することは、既存の記録から核酸配列情報を入手することを含む、請求項１から請求項６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記個体、前記個体の保護者、遺伝医療提供者、医師、医療機関、および医療保険会社からなる群から選択される少なくとも１つの実体に前記感受性を報告することをさらに含む、請求項１から請求項７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に列挙されるマーカーからなる群から選択される、請求項１から請求項８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ９６５５１３、ｒｓ１０７５９９４４、ｒｓ９０７５８０、ｒｓ１０９８４１０３、ｒｓ９２５４８７、ｒｓ７０２４３４５およびｒｓ１４４３４３４からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
マーカーｒｓ９６５５１３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９０７５８０における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０７５９９３３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０９８４１０３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９２５４８７における対立遺伝子Ｇ、マーカーｒｓ７０２４３４５における対立遺伝子Ａ、およびマーカーｒｓ１４４３４３４における対立遺伝子Ｇの存在の判定は、前記個体における甲状腺癌の増加した感受性を示す、請求項１から請求項１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
甲状腺癌に対する感受性を評価する際に使用するためのマーカーの同定方法であって、前記方法は、
（ａ）ｒｓ９６５５１３と連鎖不平衡の少なくとも１つの多型マーカーを同定することであって、マーカー間の連鎖不平衡は少なくとも０．１のｒ２の値によって特徴付けられること、
（ｂ）甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体の試料の遺伝子型状態を判定すること、ならびに
（ｃ）対照個体の試料の遺伝子型状態を判定すること
を含み、前記対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の有意差は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する感受性を評価するのに有用であることを示す、方法。
【請求項１３】
前記対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の増加は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する増加した感受性を評価するのに有用であることを示し、前記対照試料中の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した、甲状腺癌と診断された個体または甲状腺癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の減少は、前記少なくとも１つの多型性が、甲状腺癌に対する減少した感受性、または甲状腺癌に対する保護の評価に有用であることを示す、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ヒト個体から入手した核酸試料の遺伝子型の同定方法であって、甲状腺癌の増加した感受性を予測する少なくとも１つの１つの対立遺伝子が前記個体試料から入手した核酸試料中に存在するかどうかを判定することを含み、前記少なくとも１つの対立遺伝子はｒｓ９６５５１３対立遺伝子Ａ、およびそれと連鎖不平衡のマーカー対立遺伝子からなる群から選択され、連鎖不平衡は少なくとも０．１のｒ２の値によって特徴付けられ、前記試料中の前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在の判定は、前記個体についての甲状腺癌に対する感受性を示す、方法。
【請求項１５】
マーカーｒｓ９６５５１３における対立遺伝子Ａと連鎖不平衡のマーカー対立遺伝子は、マーカーｒｓ９０７５８０における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０７５９９３３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ１０９８４１０３における対立遺伝子Ａ、マーカーｒｓ９２５４８７における対立遺伝子Ｇ、マーカーｒｓ７０２４３４５における対立遺伝子Ａ、およびマーカーｒｓ１４４３４３４における対立遺伝子Ｇからなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ヒト個体における甲状腺癌に対する感受性の診断および／または評価のための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、前記プローブは、配列番号：１〜２２９のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を有する核酸分節とハイブリダイズし、前記プローブは長さが１５〜５００ヌクレオチドである、使用。
【請求項１７】
ヒト個体が甲状腺癌のリスクにあるかどうかの指標としての、多型マーカーの使用方法であって、前記方法は、
ｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を同定する前記ヒト個体から入手した核酸試料から核酸配列データを入手することであって、マーカー間の連鎖不平衡は０．１を超えるｒ２の数値によって特徴付けられ、前記少なくとも１つの多型マーカーの異なる対立遺伝子は、ヒトにおける甲状腺癌に対する異なる感受性に関連し、
前記核酸配列データにおけるｒｓ９６５５１３の対立遺伝子Ａ、またはそれと連鎖不平衡のマーカー対立遺伝子の存在の判定は、前記核酸試料を、ヒトにおける甲状腺癌の増加したリスクを示す核酸配列を有すると特定すること
を含む方法。
【請求項１８】
ヒト個体において甲状腺癌に対する感受性を評価するためのキットであって、前記キットは、前記個体のゲノム中の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するための試薬を含み、前記多型マーカーはｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択され、マーカー間の連鎖不平衡は０．１を超えるｒ２の数値によって特徴付けられ、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は、甲状腺癌に対する感受性を示す、キット。
【請求項１９】
前記少なくとも１つの多型マーカーは表２に記載されるマーカーから選択される、請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
前記試薬は、前記少なくとも１つの多型マーカーを含む前記個体のゲノムの断片とハイブリダイズする少なくとも１つの近接するオリゴヌクレオチド、バッファーおよび検出可能な標識を含む、請求項１８または請求項１９に記載のキット。
【請求項２１】
ヒト個体において甲状腺癌についての遺伝的指標を判定するための装置であって、
プロセッサ、
コンピューター可読メモリであって、ｒｓ９６５５１３、およびそれと連鎖不平衡のマーカーからなる群から選択される少なくとも１つの多型マーカーに関して少なくとも１人のヒト個体についてのマーカーおよび／またはハプロタイプ情報を分析し、前記マーカーまたはハプロタイプの情報に基づいて結果を生じるために前記プロセッサ上で実行されるように適合されたコンピューターが実行可能な命令を有し、マーカー間の連鎖不平衡は０．１を超えるｒ２の数値によって特徴付けられ、前記結果は、前記ヒト個体についての甲状腺癌の遺伝的指標として、前記少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプのリスク判定基準を含む、コンピューター可読メモリ
を含む、装置。
【請求項２２】
前記少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプは表２に記載されるマーカーの群から選択される少なくとも１つのマーカーを含む、請求項２１に記載の装置。