【手続補正書】
【提出日】平成25年12月27日(2013.12.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下：
ａ）第１アミノ酸配列を含む第１ポリペプチドであって、該第１アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１０（Ｄ３）、配列番号３６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号１のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号１０（Ｄ３）、配列番号３６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号１のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第１ポリペプチド；
ｂ）第２アミノ酸配列を含む第２ポリペプチドであって、該第２アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１４（Ｄ３）、配列番号３８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号２のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号１４（Ｄ３）、配列番号３８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号２のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第２ポリペプチド；
ｃ）第３アミノ酸配列を含む第３ポリペプチドであって、該第３アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１８（Ｄ３）、配列番号４０（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５９（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６１（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号３のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号１８（Ｄ３）、配列番号４０（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５９（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６１（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号３のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第３ポリペプチド；
ｄ）第４アミノ酸配列を含む第４ポリペプチドであって、該第４アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号２２（Ｄ３）、配列番号４２（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６３（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６５（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号４のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号２２（Ｄ３）、配列番号４２（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６３（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６５（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号４のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第４ポリペプチド；
ｅ）第５アミノ酸配列を含む第５ポリペプチドであって、該第５アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号２６（Ｄ３）、配列番号４４（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６７（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６９（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号５のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号２６（Ｄ３）、配列番号４４（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６７（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６９（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号５のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第５ポリペプチド；
ｆ）第６アミノ酸配列を含む第６ポリペプチドであって、該第６アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号３０（Ｄ３）、配列番号４６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号６のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号３０（Ｄ３）、配列番号４６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号６のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第６ポリペプチド；ならびに
ｇ）第７アミノ酸配列を含む第７ポリペプチドであって、該第７アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号３４（Ｄ３）、配列番号４８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号７のフラグメントからなるか、または（ｉｉ）配列番号３４（Ｄ３）、配列番号４８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号７のフラグメントに対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列からなる、第７ポリペプチド
のうちの少なくとも２つを含む、ポリペプチド。
【請求項２】
アミノ酸配列：
Ａ−｛−Ｘ−Ｌ｝ｎ−Ｂ
を含む請求項１に記載のポリペプチドであって、ここで：各Ｘは、請求項１に定義されたとおりの、第１ポリペプチド、第２ポリペプチド、第３ポリペプチド、第４ポリペプチド、第５ポリペプチド、第６ポリペプチドまたは第７ポリペプチドのアミノ酸配列であり、各Ｘは、異なるポリペプチドであり；Ｌは、任意のリンカーアミノ酸配列であり；Ａは、任意のＮ末端アミノ酸配列であり；Ｂは、任意のＣ末端アミノ酸配列であり；ｎは、２またはそれ以上の整数である、ポリペプチド。
【請求項３】
配列番号８３、８４、８５、８６および８７からなる群より選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１または請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド、ならびに１以上の薬学的キャリアおよび／または賦形剤を含む、免疫原性組成物。
【請求項５】
治療において使用するための、請求項４に記載の免疫原性組成物または請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む組成物。
【請求項６】
ＧＢＳによって引き起こされる疾患および／または感染の処置または予防において使用するための、請求項４〜５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物または請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
髄膜炎の処置または予防において使用するための、請求項６に記載の免疫原性組成物または組成物。
【請求項８】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項９】
配列番号８８、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２からなる群より選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項８に記載の核酸。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３１１】
２つのアミノ酸配列間の配列同一性パーセンテージに対する言及は、それらがアラインメントされたとき、そのパーセンテージのアミノ酸が、その２つの配列の比較において同じであることを意味する。このアラインメントおよびパーセント相同性またはパーセント配列同一性は、当該分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば、参考文献２４５の第７．７．１８項に記載されているものを用いて決定され得る。好ましいアラインメントは、１２というギャップオープンペナルティおよび２というギャップ伸長ペナルティ、６２というＢＬＯＳＵＭマトリックスを用いたアフィンギャップ検索を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。このＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参考文献２４６に開示されている。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
以下：
ａ）第１アミノ酸配列を含む第１ポリペプチドであって、ここで、該第１アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号１由来もしくは配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第１ポリペプチド；
ｂ）第２アミノ酸配列を含む第２ポリペプチドであって、ここで、該第２アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号２由来もしくは配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第２ポリペプチド；
ｃ）第３アミノ酸配列を含む第３ポリペプチドであって、ここで、該第３アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号３由来もしくは配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第３ポリペプチド；
ｄ）第４アミノ酸配列を含む第４ポリペプチドであって、ここで、該第４アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号４由来もしくは配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第４ポリペプチド；
ｅ）第５アミノ酸配列を含む第５ポリペプチドであって、ここで、該第５アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号５由来もしくは配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第５ポリペプチド；
ｆ）第６アミノ酸配列を含む第６ポリペプチドであって、ここで、該第６アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号６由来もしくは配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第６ポリペプチド；ならびに／あるいは
ｇ）第７アミノ酸配列を含む第７ポリペプチドであって、ここで、該第７アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号７由来もしくは配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第７ポリペプチド
のうちの少なくとも２つを含む、免疫原性組成物。
（項目２）
以下：
ａ）第１アミノ酸配列を含む第１ポリペプチドであって、ここで、該第１アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号１由来もしくは配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第１ポリペプチド；
ｂ）第２アミノ酸配列を含む第２ポリペプチドであって、ここで、該第２アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号２由来もしくは配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含
む、第２ポリペプチド；
ｃ）第３アミノ酸配列を含む第３ポリペプチドであって、ここで、該第３アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号３由来もしくは配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第３ポリペプチド；
ｄ）第４アミノ酸配列を含む第４ポリペプチドであって、ここで、該第４アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号４由来もしくは配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第４ポリペプチド；
ｅ）第５アミノ酸配列を含む第５ポリペプチドであって、ここで、該第５アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号５由来もしくは配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第５ポリペプチド；
ｆ）第６アミノ酸配列を含む第６ポリペプチドであって、ここで、該第６アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号６由来もしくは配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第６ポリペプチド；ならびに／あるいは
ｇ）第７アミノ酸配列を含む第７ポリペプチドであって、ここで、該第７アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号７由来もしくは配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第７ポリペプチド
のうちの少なくとも２つを含む、ポリペプチド。
（項目３）
アミノ酸配列：
Ａ−｛−Ｘ−Ｌ｝ｎ−Ｂ
を含むポリペプチドであって、ここで：各Ｘは、項目１に定義されたような、第１ポリペプチド、第２ポリペプチド、第３ポリペプチド、第４ポリペプチド、第５ポリペプチド、第６ポリペプチドまたは第７ポリペプチドのアミノ酸配列であり、各Ｘは、異なるポリペプチドであり；Ｌは、任意のリンカーアミノ酸配列であり；Ａは、任意のＮ末端アミノ酸配列であり；Ｂは、任意のＣ末端アミノ酸配列であり；ｎは、２またはそれ以上の整数である、ポリペプチド。
（項目４）
前記第１ポリペプチドが、配列番号１０（Ｄ３）、配列番号３６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号１のフラグメントからなる第１アミノ酸配列を含む、項目１〜３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目５）
前記第２ポリペプチドが、配列番号１４（Ｄ３）、配列番号３８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号５７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号２のフラグメントからなる第２アミノ酸配列を含む、項目１〜４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目６）
前記第３ポリペプチドが、配列番号１８（Ｄ３）、配列番号４０（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号５９（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６１（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号３のフラグメントからなる第３アミノ酸配列を含む、項目１〜５
のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目７）
前記第４ポリペプチドが、配列番号２２（Ｄ３）、配列番号４２（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６３（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６５（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号４のフラグメントからなる第４アミノ酸配列を含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目８）
前記第５ポリペプチドが、配列番号２６（Ｄ３）、配列番号４４（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号６７（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号６９（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号５のフラグメントからなる第５アミノ酸配列を含む、項目１〜７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目９）
前記第６ポリペプチドが、配列番号３０（Ｄ３）、配列番号４６（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７１（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７３（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号６のフラグメントからなる第６アミノ酸配列を含む、項目１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目１０）
前記第７ポリペプチドが、配列番号３４（Ｄ３）、配列番号４８（Ｄ３サブフラグメント）、配列番号７５（Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）または配列番号７７（Ｄ２＋Ｄ３＋Ｄ４Ｈ）のアミノ酸配列を含む配列番号７のフラグメントからなる第７アミノ酸配列を含む、項目１〜９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目１１）
配列番号８３、８４、８５、８６および８７からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、項目２または項目３に記載のポリペプチド。
（項目１２）
治療において使用するための、項目１〜１１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目１３）
髄膜炎の処置または予防を含む、ＧＢＳによって引き起こされる疾患および／または感染の処置または予防において使用するための、項目１〜１１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチド。
（項目１４）
哺乳動物におけるＧＢＳによって引き起こされる疾患および／または感染、好ましくは、髄膜炎の処置または予防の方法であって、有効量の項目１〜１１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物またはポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
（項目１５）
以下：
ａ）第１アミノ酸配列を含む第１ポリペプチドであって、ここで、該第１アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号１由来もしくは配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第１ポリペプチド；
ｂ）第２アミノ酸配列を含む第２ポリペプチドであって、ここで、該第２アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号２由来もしくは配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第２ポリペプチド；
ｃ）第３アミノ酸配列を含む第３ポリペプチドであって、ここで、該第３アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号３由来もしくは配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する
配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第３ポリペプチド；
ｄ）第４アミノ酸配列を含む第４ポリペプチドであって、ここで、該第４アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号４由来もしくは配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第４ポリペプチド；
ｅ）第５アミノ酸配列を含む第５ポリペプチドであって、ここで、該第５アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号５由来もしくは配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第５ポリペプチド；
ｆ）第６アミノ酸配列を含む第６ポリペプチドであって、ここで、該第６アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号６由来もしくは配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第６ポリペプチド；ならびに／あるいは
ｇ）第７アミノ酸配列を含む第７ポリペプチドであって、ここで、該第７アミノ酸配列は、（ｉ）配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつ／または（ｉｉ）配列番号７由来もしくは配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列由来の少なくとも７個連続したアミノ酸のフラグメントからなる、アミノ酸配列を含む、第７ポリペプチド
のうちの少なくとも２つを発現する、細菌。