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　平成　１年特許願第　７６３６９号「真核微生物の検出」拒絶査定に対する審判事件［平成　２年　６月　８日出願公開、特開平　２−１５０３００］について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
I．出願の経緯及び本願発明
　本願は、１９８９年３月２８日（パリ条約による優先権主張１９８８年３月２８日）に出願した特願平１−７６３６９号であって、その請求項１〜１５に係る発明は、平成１１年１２月２７日付けの手続補正書によって補正された明細書の特許請求の範囲に記載されたとおりのものと認められる。
　ここで、請求項１は「ｃＤＮＡプローブを構築する方法」に係る発明であり、請求項２〜１０は「プローブ」自体に係る発明であり、一方、請求項１１〜１５は、請求項２〜１０のプローブを用いる発明であるから、本願では前二者が代表的な発明と解されるところ、その中でも、まず、両者における典型的な請求項である請求項１及び請求項２に記載された発明について検討する。
　請求項１、２に記載された発明は次のとおりである（以下、「本願発明１」、「本願発明２」という）。
　
「請求項１　前もって定められた厳密さの条件下で、試料中の真菌微生物の菌株に属する標的生物を検出するが前記条件下で前記試料中の対照微生物を検出しないことに使用するためのｃＤＮＡプローブを構築する方法であって、前記プローブは前記条件下で前記試料中のいずれの原核微生物も検出せず、該方法は、
（１）前記標的生物からのスモールサブユニットリボソームRNAの変異領域中のヌクレオチド塩基配列を決定し、ここで前記変異領域は、真核生物間でわずかに保存され原核生物において対応する領域を有しないスモールサブユニットリボソームRNAの領域であって、６４２−８０５領域に対応しており；
（２）前記標的生物からの前記変異領域中の前記ヌクレオチド塩基配列と、前記対照微生物からのスモールサブユニットリボソームRNAの対応する領域中のヌクレオチド塩基配列とを比較し、前記決定された配列中の副配列を有用なプローブ部位として選択し；そして
（３）前記有用なプローブ部位に相補的なｃＤＮＡを合成し、前記ｃＤＮＡを前記プローブとする；
の各工程を含むことを特徴とする方法。」
　
「請求項２　前もって定められた厳密性の条件下で、試料中の真菌微生物の第１の前もって定められた菌株の存在を検出するが、前記条件下で、前記試料中の真菌微生物および原核生物の両方の第２の前もって定められた菌株を検出しない核酸プローブであって、前記プローブは、前記条件下で、前記第１の前もって定められた菌株のヌクレオチド塩基配列の一部を含むヌクレオチド塩基の副配列とハイブリダイズしうる核酸配列を含み；
前記核酸配列は、前記条件下で、前記第２の前もって定められた菌株のヌクレオチド塩基配列の対応する部分を含むヌクレオチド塩基の第２の副配列とハイブリダイズせず；
前記第１の前もって定められた菌株の前記ヌクレオチド塩基配列および前記第２の前もって定められた第２の菌株からの前記対応するヌクレオチド塩基配列は、各々が、真核生物のスモールサブユニットリボソームRNAに存在し、６４２−８０５領域に対応しており、原核生物スモールサブユニットリボソームRNAには存在しない変異領域に対応する：
ことを特徴とするプローブ」
　
II．引用刊行物記載の発明
（１）引用刊行物１
　これに対し、原査定の拒絶の理由に引用された、本願の優先権主張日前である昭和６０年８月２２日に頒布された「特表昭６０−５０１３３９号公報」（以下「引用刊行物１」という。）には、次の事項が記載されている。
　
（１−１）「本発明は、生物学的試料およびその他の試料中の生物を検出、確認、定量する方法、および手段に関するものである。
　すなわち本発明は、リボソームRNA（R-RNA）…（中略）…を含むあらゆる生物、そのような生物の大、中、又は小カテゴリーの、又は分類学的群のメンバー、そしてリボソームRNA…（中略）…を含む未知の生物をも、特異的且つ鋭敏に検出し定量する方法に関するものである。この方法によれば、リボソームRNA…（中略）…を含む１個の生物の存在ですら、検出することができる。」（第６頁右下欄第５〜１５行）
　
「リボソームRNAを含む生物の特定のカテゴリーのメンバーが、そのような生物を含むかもしれない試料中に存在するかどうかを決定する方法であって、
(a)試料中の核酸を、前記特定の生物カテゴリーのメンバーからのリボソームRNAのみに相補的な核酸分子を含んで成るプローブと一緒にする段階と、
(b)その混合物を、ハイブリッド化条件下で、特定時間インキュベートする段階と、
(c)インキュベートする混合物について、前記プローブのハイブリッド化のアッセーを行う段階
とから成る方法。」（請求の範囲４、引用文中「生物を含むかもしれない」、「インキュベートする混合物」の箇所は、引用刊行物１では、それぞれ「生成を含むかもしれない」、「インキュベートせる混合物」と記載されているが、いずれについても、前者の誤記と認める。）
　
「本発明は…（中略）…微生物又はヴィールス感染を検出する手段、ハイブリダイゼーション混合物中にハイブリッドを形成したプローブの存在を、迅速にアッセーする手段を提供する。
　先に述べたように、リボソームRNA塩基配列は、広く異なる生物においても部分的には、類似している。二生物の関係が近ければ近い程、全リボソームRNAにおいて、二つの種で類似せる部分は大きくなる。
　どの特定の生物種属のリボソームRNA配列でも、短いリボソームRNAサブ配列のつながりと見なされる。その中の一つのサブ配列は、ほとんどすべての生活形において類似している。
　したがって、ほとんどすべての生活形のリボソームRNAは、このサブ配列を含むに違いない。別のサブ配列は、その生物が属する種のメンバーのリボソームRNAにおいてのみ類似している。その他のサブ配列は、その種が属する生物目に存在する。」（第１４頁左上欄第２０行〜右上欄第１６行）
　
（１−２）「特定のカテゴリーの生物からのリボソームRNAにのみ、ハイブリッド化する印つき、または印なしの核酸分子を生産する方法であって、
(a)前記カテゴリーのメンバーである生物のRNAに相補的な印つきまたは印なしの核酸分子を生産すること、
(b)その印つきまたは印なしの核酸分子を、前記カテゴリーの生物に進化論的に最も近い関係の生物群のメンバーに由来するRNAと、あらかじめ定められたハイブリッド条件下で接触させること、
(c)特定のクリテリオンにおいて、前記カテゴリーの生物に進化論的に最も近い関係の生物群のメンバーに由来するRNAには、ハイブリッド化しない、印つきまたは印なしの核酸分子中の部分を選択すること、または別法として印つきまたは印なしの核酸分子を、前記カテゴリーの生物に進化論的に最も近い関係の生物群のメンバーに由来する特異的DNA配列または全DNA配列と、あらかじめ定められたハイブリッド化条件下で接触させ、特定のクリテリオンにおいて、前記カテゴリーの生物に進化論的に最も近い関係の生物群のメンバーに由来するDNA配列にハイブリッド化しない印つき、又は印なしの核酸分子を選択すること、
(d)選択したプローブ分子に、もし所望ならば、直接マーカーか、間接マーカーをつけること
から成る方法。」（請求の範囲２３）
　
「特殊なカテゴリーの生物に由来するRNAのみとハイブリッド化する印つき又は印なしの核酸分子を生産する方法であって、
(a)請求の範囲第２３項にしたがって選択したDNA配列を、DNA組換え法によってクローニングする段階と、
(b)選択した核酸分子のヌクレオタイド配列を決定する段階と、
(c)印つきまたは印なしの核酸分子を合成する段階と、
(d)所望により、印なしの合成核酸分子に標的をつける段階
とから成る方法。」（請求の範囲２４）
　
（１−３）「近い関係の生物のリボソームRNA配列は、遠い関係の生物のそれよりもよく似ているから、特定の狭い生物群において類似するリボソームRNA配列のみを検出するプローブを用いる本発明の方法は、試料中のこれら特定の生物の１つ又はそれ以上の存否を、多くの（近縁関係のない）生物の存在下においてさえ、検知することができる。
　これらの群−特異的プローブは、種々の異なる大きさのカテゴリーについて特異的であり得る。あるプローブは、特定の分類学的属に特異的であり、又あるプローブは特定の科又はその他の属に特異的である。
　群−特異的プローブは、ある生物群のリボソームRNAとはハイブリッド形成能力をもつが、他の生物群のリボソームRNAとはハイブリッドを形成しない。そのような群特異的、相補的配列は、その特異的生物群のメンバーに由来するリボソームRNAの存在を（その特異的群に属さない多くの生物に由来する大量のリボソームRNAが存在していても）検出する。」（第１４頁左下欄第２〜１７行）
　
（１−４）また、「ここに記述する方法は、レジオネラ属のメンバーを検出するように組み立てられているが、その他の多くの生物群、又はヴィールスを検出する適当なプローブで、この同じテスト方法を使用できることは当然である。」（第１６頁左上欄第２３行〜右上欄第２行）という記述の後に、段階１〜段階３からなるプローブ構築方法の概要と、その実施例が示されており、そこでは、細菌群Ｂ、マイコプラズマ・ホミニス、トリパノゾーマ、レジオネラ属などの特定生物からDNAを分離してリボソームRNA遺伝子のｃＤＮＡライブラリーを構築後、スクリーニングに供し、それらの特定の生物から分離したリボソームRNAにのみ、それぞれハイブリッド化する短いリボソームRNA遺伝子配列を含むｃＤＮＡを分離し、それをプローブとして供することが具体的に記載されている。
　そして、この「段階３」においては、三種の方法が択一的に記載されており、その一つとして、「方法Ｃ　広く異なる生物から得られるリボソームRNAのヌクレオタイド配列を決定した。特定の生物群では類似している群−特異的配列を、これらの既知の配列を比較することによって確認した。
　この群特異的リボソームRNA配列に相補的な配列を、その後化学的に合成し、標準法を用いて、印をつけることができた。」（第１８頁右下欄第２１行〜第１９頁左上欄第４行）という方法が記載されている。
　
（２）引用刊行物２
　本願の優先権主張日前である１９８４年に頒布された「Nucleic Acids Research, Vol.12, No.23(1984)P.8749-8768」（以下「引用刊行物２」という。）には、複数の真核細胞生物と原核細胞生物のスモールサブユニットリボソームRNA塩基配列が記載されており（Fig.4）、その比較検討から、原核細胞生物には存在せず、Saccharomyces cerevisiaeなどの 真核細胞生物には存在する領域のあること、その中でもアライメントポジション７４９〜９８６のV4領域が、真核細胞生物に特異的な長い挿入部位であり、かつ、真核細胞生物間においても保存性に乏しい領域であることが記載されている（第8764頁第１７〜２１行）。
　また、Fig.4によると、当該アライメントポジション７４９〜９８６のV4領域は、その対応関係を考慮すると、真核細胞生物のスモールサブユニットリボソームRNAの約６４２〜約８７０領域に相当し、そのうちの約６４２〜約８０５領域が真核細胞生物にのみ存在し、原核細胞生物においては完全に欠けていることがわかる。
　
III．対比
（１）本願発明１と引用刊行物１に記載の発明との対比
　上記IIの（１−１）〜（１−４）に示したとおり、引用刊行物１には、リボソームRNAに、広く異なる生物に類似するサブ配列と、その生物が属する種のメンバーのみに類似するサブ配列が存在するという知見を示した上で、「特定のクリテリオン」で、試料中の標的外の生物は検出しないが、標的微生物群のみを検出する、当該標的微生物群のリボソームRNAに相補的なｃＤＮＡプローブを構築する方法が記載されており、その方法の一例として、種々の生物から得られるリボソームRNAのヌクレオチド配列を決定した上で、前記標的微生物群のみに特異的な配列を選び、それに相補的な配列を化学的に合成してｃＤＮＡプローブとすることが記載されていると認められる。
　ここで「特定のクリテリオン」とは、本願発明１の「前もって定められた厳密さの条件下」に相当し、「標的微生物群」とは、特異的な検出を目的とする任意の大きさの微生物群であり、例えば小さいカテゴリーの微生物群である「菌株」なども意味するものと解され、また、「標的外の生物」とは、標的微生物群以外の生物という意味であるから、その中に「対照微生物」も含まれることは明らかである。
　してみると、本願発明１と引用刊行物１に記載の発明は、共に「前もって定められた厳密さの条件下で、試料中の標的微生物菌株を検出するが、同条件下で試料中の対照微生物は検出しないように使用するためのｃＤＮＡプローブを構築する方法であって、前記標的微生物菌株のリボソームRNAのヌクレオチド配列を決定し、その配列を他の生物のリボソームRNAのヌクレオチド配列と比較して、標的微生物菌株のみに特異的な配列を選び、その部位に相補的なｃＤＮＡを合成して前記ｃＤＮＡプローブとする」点で一致し、相違点は、（Ａ）検出対象の標的微生物菌株が、前者では「真菌微生物の菌株」であるのに対し、後者では「微生物菌株」であって「真菌微生物菌株」に特定されていないこと、（Ｂ）プローブが検出しない対照微生物として、前者では「原核微生物」が挙げられているのに対し、後者ではそれが挙げられていない点、及び、（Ｃ）標的微生物のリボソームRNAと、対照微生物のリボソームRNAのヌクレオチド配列との比較を、前者では、スモールサブユニットリボソームRNAの６４２〜８０５領域のみで行うのに対し、後者では、そのような特定がなく、ただリボソームRNAのヌクレオチド配列を比較する、とされている点で相違する。
　
（２）本願発明２と引用刊行物１に記載の発明との対比　
　本願発明２は、前もって定められた第１の真菌微生物菌株の存在は検出するが、前もって定められた第２の真菌微生物菌株や原核生物菌株は検出しない核酸プローブであって、当該プローブは、第１の真核微生物菌株のスモールサブユニットリボソームRNA６４２−８０５領域の一部を含む塩基配列にはハイブリダイズするが、第２の真菌微生物や原核生物の対応領域を含む塩基配列にはハイブリダイズしないものである。
　一方、引用刊行物１には、特定の微生物菌株のリボソームRNAにのみハイブリダイズするが、他の生物にはハイブリダイズしないプローブが記載されている。
　してみると、本願発明２と引用刊行物１に記載の発明とは、共に、特定の微生物群のリボソームRNAにのみハイブリダイズするが、他の生物にはハイブリダイズしないプローブである点で一致し、相違点は、（Ｄ）プローブの検出対象が、標的真菌微生物の１菌株であるのに対し、後者では「微生物菌株」であって「真菌微生物菌株」に特定されていないこと、（Ｅ）プローブが検出しない対照生物として、前者では「前もって定められた第２の真菌微生物菌株」と「原核微生物」が挙げられているのに対し、後者ではそれらが挙げられていない点、及び、（Ｆ）プローブが、前者では、標的真菌微生物菌株のスモールサブユニットリボソームRNA６４２−８０５領域の一部を含む塩基配列にはハイブリダイズするものであるが、第２の真菌微生物菌株や原核微生物菌株の対応領域にはハイブリダイズしないものであることが特定されているのに対し、後者では、そのような領域の特定がなく、ただ標的微生物のリボソームRNAにはハイブリダイズするが、対照微生物のリボソームRNAにはハイブリダイズしないもの、とされている点で相違する。
　
III．当審の判断
（１）本願発明１について
（１−１）相違点（Ａ）について
　特定の真菌症に対する感染が疑われる者や、既に感染してしまった患者に対し、その者の生体試料中の真菌微生物菌株を特異的に検出することが、それらの者に対する有効な検査手段であることは本願優先日当時の技術常識であったことを考慮すると、生体試料の検出対象の標的微生物として「真菌微生物菌株」を選ぶことは、当業者にとってごく自然なことである。
　そして、検出対象を「真菌微生物の菌株」と一度定めれば、標的微生物のリボソームRNAと、対照微生物のリボソームRNAのヌクレオチド配列との比較を行う際に、その標的微生物のリボソームRNAとして当該真菌微生物菌株のリボソームRNAを用いることは当然のことである。
　
（１−２）相違点（Ｃ）について
　引用刊行物１にも記載されているとおり（IIの（１−３））、標的微生物群の検出プローブの選択においては、可能な限り、その標的微生物群のみに特異的な配列を用いる方がよいことは、本願優先日当時の技術常識であったといえる。
　一方、引用刊行物２には、上述のとおり、リボソームRNAのうち、スモールサブユニットリボソームRNAのV4領域（真核細胞生物において約６４２〜約８７０領域に対応）が真核細胞生物に特異的な長い挿入部位であり、真核細胞生物間においても保存性に乏しい領域であることが記載されており、さらに、同刊行物の記載から、そのV4領域のなかでも、約６４２〜約８０５の領域が真核細胞生物のスモールサブユニットリボソームRNAにのみ存在し、原核細胞生物においては完全に欠けている部分であることが明らかである。
　してみると、このような記載にふれた当業者が、真核細胞生物である真菌微生物菌株に特異的なプローブを得るに際し、このような、原核細胞生物には存在せず、かつ、真菌細胞生物間でも保存性に乏しい、すなわち特定の菌株に特異的な配列を有する蓋然性の高い当該領域に相補的なｃＤＮＡプローブを作成して検出に用いれば、試料中の原核微生物を誤検出することを排除しながら、さらに、求める標的真菌微生物菌株のみを特異的に検出できると考えることは、本願優先日当時の技術常識に適うことである。
　したがって、真菌微生物菌株のリボソームRNAと、対照微生物のリボソームRNAのヌクレオチド配列との比較に際し、真菌微生物菌株のスモールサブユニットリボソームRNAの６４２〜８０５領域の塩基配列を決定し、その領域に着目して、他の対照微生物との比較により当該標的真菌微生物に特異的な箇所を選び、それに相補的なｃＤＮＡプローブを作成することは、当業者が容易に想到し得たことといえる。
　
（１−３）相違点（Ｂ）について
　本願発明１記載のプローブが「原核微生物を検出しない」という点は、真菌微生物菌株のスモールサブユニットリボソームRNAの６４２〜８０５という領域が原核微生物には存在しないことから、プローブを当該領域に相補的なものとしたことによって既に達成されていることであり、上述のとおりの理由で当該領域に着目して真菌微生物菌株に特異的なプローブを作成することが当業者に容易に想到できたものであるというときに、これを格別な特定とすることもできない。
　
（１−４）効果について
　請求人が主張する、当該特定領域を選んでプローブを作成することにより、所望の真菌微生物菌株の検出に特異的なプローブを得られるとする効果は、上記引用刊行物２において、当該領域が真核細胞生物間においても保存性が低いこと、すなわち、特定の菌株に特異的な配列を有する蓋然性の高いことが示唆されていることから、当業者が十分に予測し得たものに過ぎない。
　
　したがって、本願発明１は、引用刊行物１及び２に記載の発明から、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
（２）本願発明２について
（２−１）相違点Ｄについて
　上記（１−１）と同様の理由で、生体試料の検出対象として特定の「真菌微生物菌株」を選ぶことは、当業者にとってごく自然なことである。また、検出対象を特定の「真菌微生物の菌株」と一度定めれば、ハイブリダイズの対象リボソームRNAを当該真菌微生物菌株由来のものとすることも当然のことである。
　
（２−２）相違点Ｆについて
　上記（１−２）と同様の理由で、特定の真菌微生物菌株に特異的なプローブを得るに際し、真菌微生物菌株のスモールサブユニットリボソームRNAの６４２〜８０５領域の塩基配列を決定し、その領域に着目して、他の対照微生物との比較により当該標的真菌微生物に特異的な箇所を選び、それに相補的なｃＤＮＡプローブを作成することは、当業者が容易に想到し得たことといえる。
　
　また、引用刊行物１には、対象微生物のリボソームRNA遺伝子のｃＤＮＡライブラリーを構築後、当該微生物から分離したリボソームRNAにのみ、ハイブリッド化する短いリボソームRNA遺伝子配列を含むｃＤＮＡを分離し、それを対象微生物の検出プローブとして供することが具体的に記載されている。
　一方、上述のとおり、引用刊行物２には、V4領域（真核細胞生物において約６４２〜約８７０領域に対応）が真核細胞生物に特異的な長い挿入部位であり、真核細胞生物間においても保存性に乏しい領域であることが記載されており、さらに、同刊行物の記載から、そのV4領域のなかでも、約６４２〜約８０５の領域が真核細胞生物のスモールサブユニットリボソームRNAにのみ存在し、原核細胞生物においては完全に欠けている部分であることが明らかである。
　してみると、上記引用刊行物１に記載のとおりの、単にリボソームRNA遺伝子全体のｃＤＮＡライブラリーから、標的微生物のリボソームRNAにのみハイブリダイズし、その他の生物にはハイブリダイズしないものを実験により選び出す方法を用いた場合であっても、標的微生物を特定の真菌微生物菌株とすれば、得られるプローブ中に、当該真菌微生物菌株の約６４２−約８０５領域の一部を含む塩基配列にはハイブリダイズするが、第２の真菌微生物や原核生物の対応領域を含む塩基配列にはハイブリダイズしないものが当然に含まれると解される。
　したがって、この点からも、当該ハイブリダイズ能を有するプローブを作成することが当業者に困難であったとは言えない。
　
（２−３）相違点Ｅについて
　本願発明２に記載のプローブが検出しない対象として「前もって定められた第２の真菌微生物菌株」と「原核微生物」が挙げられている点は、上記（１−３）と同様の理由で、これを格別な特定とすることはできない。
　
（２−４）効果について
　上記（１−４）と同様の理由で、本願発明２に記載のプローブが、当業者に予測外の効果を奏するものとは認められない。
　また、本願明細書の発明の詳細な説明において具体的に開示されているものは、４３塩基から成る、ただ一つのプローブにすぎず、この本願発明２に含まれる無数のプローブ全体が、格別の効果を奏するものとは認められない。
　
　したがって、本願発明２は、引用刊行物１及び２に記載の発明から、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
（３）請求人の主張について
　請求人は、引用例１に特定の微生物群のみが有するリボゾームRNAを検出するという記載がないにもかかわらず、それが示唆されているように認定するならば、本発明の構成効果を知った上の後知恵である旨、主張する。
　しかしながら、上記IIに示したとおり、引用刊行物１には、特定の生物群では類似している群−特異的配列に相補的な配列を特定の生物群の検出プローブとすること、また、その「生物群」としては、生物の大、中、又は小カテゴリーの、又は分類学的群のメンバーが任意に選択できることが記載されており、具体例としては、細菌群Ｂ、マイコプラズマ・ホミニス、トリパノゾーマ、レジオネラ属などがあげられている。
　してみると、当該引用刊行物には、検出目的に合わせて適宜、生物群のカテゴリー、例えば「属」や「菌株」などの任意の大きさの群のみに特異的なリボゾームRNAの配列を、当該生物群の特異的検出に用いることが記載されていると解されるから、請求人の当該主張は採用できない。
　
　また、請求人は、引用刊行物１が教示するのは、特定の微生物群においてのみ類似性の高いリボソームRNAに着目することであり、高度に保存された配列の類似性に依拠した技術思想であるから、引用刊行物２に記載のV4領域のような保存性の乏しい変異領域への適用にはなじまず、引用刊行物２記載のV4領域に対して、引用刊行物１記載のプローブ作成法を適用するべき動機付けは形成されなかった旨、主張する。
　しかしながら、引用刊行物１に記載の、特定の生物群では類似している群−特異的配列に相補的なプローブを作成する、ということは、すなわち、任意の生物群を定めたときに、それ以外の対照生物群は有さないが、特定の生物群には共通に存在する特異的な配列に相補的なプローブを作成する、ということを意味し、それは同刊行物の上記引用箇所の記載からも明らかなことである。
　そして、菌株などの小さな生物群にのみ特異的な配列とは、それが当該生物群のみに特異的な配列であるため、引用刊行物２などのように、真核細胞生物といった大きなカテゴリーに属する種々生物同士の配列を比較した場合には、「保存性の乏しい配列」と表現されることとなるのである。
　してみると、検出対象を「真菌微生物の菌株」と定めた場合に、引用刊行物１記載の生物群のみに特異的なリボソームRNA配列として、引用刊行物２に記載された、原核細胞生物が有さず、かつ、真核細胞間でも保存性の低い領域の配列を選ぶことが、当業者に困難であったとは言えない。
　したがって、請求人の当該主張は採用できない。
　
V．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明１及び２は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないので、その余の本願の請求項に記載の発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。