【手続補正書】
【提出日】平成24年2月29日(2012.2.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含み、少なくとも95％の陰性適中率（NPV）を有する、甲状腺組織の試料を良性または正常として分類する方法：
（a）甲状腺組織の試料における1つまたは複数の遺伝子発現産物の発現のレベルをアッセイする工程；および
（b）アルゴリズムを工程（a）からのデータに適用することによって、甲状腺組織の該試料を良性または正常として分類する工程。
【請求項２】
以下の工程を含む、甲状腺組織の試料を分類する方法：
（a）甲状腺組織の該試料における2つまたはそれ以上の遺伝子発現産物について発現のレベルをアッセイして、試験データを生成する工程；
（b）アルゴリズムを用いて該試験データを、甲状腺組織の少なくとも200個の訓練試料から得られた遺伝子発現データと相関させる工程；および
（c）工程（b）の相関に基づいて、（i）甲状腺組織の該試料を悪性として分類する工程、（ii）甲状腺組織の該試料を良性として分類する工程、（iii）甲状腺組織の該試料を非癌性として分類する工程、（iv）甲状腺組織の該試料を非悪性として分類する工程、または（v）甲状腺組織の該試料を正常として分類する工程。
【請求項３】
前記アルゴリズムが、甲状腺組織の訓練試料によって訓練され、該アルゴリズムが、工程(a)の遺伝子発現産物の発現のレベルを甲状腺組織の少なくとも3個の訓練試料からの発現データと相関させ、甲状腺組織の該訓練組織のそれぞれが異なる組織型より得られ、かつ該異なる組織型が、濾胞癌、リンパ性甲状腺炎、濾胞型甲状腺乳頭癌（follicular variant papillary thyroid carcinoma）、甲状腺乳頭癌、結節性過形成、甲状腺髄様癌、ハースル細胞癌、ハースル細胞腺腫、甲状腺未分化癌、転移性黒色腫、転移性腎癌、転移性乳癌、副甲状腺、および転移性B細胞リンパ腫の組織型より選択される、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
前記アルゴリズムが、工程(a)の遺伝子発現産物の発現のレベルを複数の試料から得られた発現データと相関させ、該複数の試料が、非甲状腺器官からの転移性癌である病態を有する試料を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子発現産物がRNA発現産物である、請求項1または2記載の方法。
【請求項６】
前記RNA発現産物のレベルが、マイクロアレイ、SAGE、ブロッティング、RT-PCR、定量的PCR、または配列決定により測定される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
前記アルゴリズムが、少なくとも3個の訓練試料により訓練され、該試料のそれぞれが異なる悪性病態を示す、請求項1または2の方法。
【請求項８】
前記アルゴリズムが、転移性黒色腫、転移性腎癌、転移性乳癌、および転移性B細胞リンパ腫からなる群より選択される病態を有する訓練試料を含む訓練セットにより訓練される、請求項1または2記載の方法。
【請求項９】
前記アルゴリズムが、
（i）細針吸引によって得られた訓練試料；または
（ii）細針吸引によって得られた訓練試料および外科的生検により得られた訓練試料
を含む訓練セットにより訓練される、請求項1または2記載の方法。
【請求項１０】
前記アルゴリズムが、細針吸引によって得られた訓練試料および外科的生検により得られた訓練試料を含む訓練セットにより訓練される、請求項1または2記載の方法。
【請求項１１】
前記分類する工程が、CALCA、CEACAM5、SCG3、SCN9A、SYT4、FABP7、FXYD2、HAVCR1、LOC100101266、NR1H4、PREPL、SLC3A1、DMRT2、GCM2、KIDINS220、KL、PTH、SYCP2L、AGR3、C10orf81、MYB、SYCP2、VTCN1、CDH19、MLANA、S100B、SILV、TYR、TYRL、ALDH1B1、CD44、CPE、DEFB1、EGF、FRMD3、HSD17B6、IGF2BP2、IQCA1、ITGB3、LOC100129258、NUPR1、ODZ1、PVALB、PVRL2、RPL3、SLC16A1、ST3GAL5、ZBED2、ABCD2、AIM2、ARSG、AUTS2、C11orf72、C4orf7、CCL19、CCND1、CD36、CD52、CD96、CFH、CFHR1、CLDN1、CLDN16、CR2、CXCL13、DAB2、DPP4、DPP6、EAF2、EMR3、FABP4、FBXO2、FLJ42258、FN1、FPR2、FXYD6、G0S2、GABRB2、GIMAP2、GPR174、GZMK、HCG11、IL7R、ITGB1、KCNA3、KLRG1、LCP1、LIPH、LOC100131599、LOC647979、LRP1B、MAPK6、MATN2、MDK、MPPED2、MT1F、MT1G、MT1H、MT1P2、MYEF2、NRCAM、P2RY13、PIGN、PKHD1L1、PLA2G16、PLCB1、PLEK、PROS1、PTPRC、PTPRE、PYGL、PYHIN1、RGS13、RIMS2、ROS1、RXRG、SCEL、SEMA3D、SERGEF、SERPINA1、SERPINA2、SLC24A5、SLC34A2、SLC4A4、SNCA、STK32A、TIMP1、TIMP2、TMSB10、TNFRSF17、WIPI1、ZFYVE16、ACSL1、AHNAK、ASPN、BCL2L1、CC2D2B、DDI2、DNAJC13、DYNLT1、FAH、FREM2、GMFG、HNRNPA3、IGHG1、LRP12、MAGI3、NDUFC2、OR10D1P、PDE8A、PDHA1、PFKFB2、PHYH、PPP2R2B、PRKG1、PZP、RNF24、RRAGD、SCN2A、SCUBE3、SDHALP2、SHC1、SLC43A3、THRSP、TNFRSF1A、TXNDC12もしくはVWA5Aの遺伝子または対応するTCID#のうちの少なくとも3つの甲状腺組織の前記試料における発現のレベルに基づく、請求項1または2記載の方法。
【請求項１２】
甲状腺組織の前記試料が以前に確定診断を受けていない、請求項1または2記載の方法。
【請求項１３】
甲状腺組織の前記試料が不明確であることもしくは疑わしいことを示す細胞学的試験に該試料を供する、請求項1または2記載の方法。
【請求項１４】
前記試料がホルマリン固定パラフィン包埋試料である、請求項1または2記載の方法。
【請求項１５】
前記訓練試料の前記組織型が、
（i）濾胞性腺腫、濾胞癌、および甲状腺乳頭癌からなる群より選択されるか；または
（ii）ハースル細胞癌であるか；または
（iii）濾胞性腺腫、濾胞癌、甲状腺乳頭癌、ハースル細胞癌、および濾胞型甲状腺乳頭癌からなる群より選択される、
請求項3記載の方法。
【請求項１６】
前記方法が70％を超える特異度を有するか、または該方法の全体過誤率が6％未満である、請求項1または2記載の方法。
【請求項１７】
甲状腺組織の前記試料が、針吸引、細針吸引、コア針生検、吸引生検、ラージコア（large core）生検、切開生検、切除生検、パンチ生検、薄片生検、または皮膚生検によって得られた、請求項1または2記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本発明は、表にリスト化された多型からなる群より選択される一つまたは複数の多型に特異的に結合する一つまたは複数の結合剤を含む組成物も含む。
[本発明1001]
以下の工程を含む、対象における甲状腺癌を診断する方法：
（a）遺伝子発現産物を含む生物学的試料を該対象から得る工程；
（b）該生物学的試料の、図6から選択される遺伝子に対応する一つまたは複数の遺伝子発現産物について、発現レベルを測定する工程；および
（c）遺伝子発現レベルを該生物学的試料における甲状腺癌の存在と相関させることにより、該生物学的試料を癌性として同定する工程。
[本発明1002]
前記生物学的試料が甲状腺細胞を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記生物学的試料が組織試料である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記試料が、針吸引、細針吸引、コア針生検、吸引生検、ラージコア（large core）生検、切開生検、切除生検、パンチ生検、薄片生検、または皮膚生検により得られる、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記遺伝子発現産物がRNAである、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記遺伝子発現産物が、mRNA、rRNA、tRNA、またはmiRNAである、本発明1005の方法。
[本発明1007]
RNA発現レベルが、マイクロアレイ、SAGE、ブロッティング、RT-PCR、または定量的PCRにより測定される、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記遺伝子発現産物がタンパク質である、本発明1001の方法。
[本発明1009]
タンパク質遺伝子発現レベルが、ELISA、質量分析、ブロッティング、プロテオミクス技術、または免疫組織化学的検査により測定される、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記一つまたは複数の遺伝子発現産物の前記発現レベルを、対照試料における各遺伝子発現産物についての対照発現レベルと比較する工程であって、前記生物学的試料と該対照試料との間に遺伝子発現産物の遺伝子発現レベルの差が存在する場合、該生物学的試料が癌性として同定される工程
をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記生物学的試料と前記対照試料との間のmRNAレベルの差が、訓練されたアルゴリズムを使用して比較される、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記一つまたは複数の遺伝子発現産物が、表3、表4または表5から選択される遺伝子に対応する、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記一つまたは複数の遺伝子発現産物が、リスト1〜31または表6のうちの一つまたは複数から選択される遺伝子に対応する、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記遺伝子発現産物が、急性骨髄性白血病シグナル伝達経路、2型ソマトスタチン受容体シグナル伝達経路、cAMP媒介シグナル伝達経路、細胞周期およびDNA傷害チェックポイント（cell cycle and DNA damage checkpoint）シグナル伝達経路、Gタンパク質共役型受容体シグナル伝達経路、インテグリンシグナル伝達経路、黒色腫細胞シグナル伝達経路、リラキシンシグナル伝達経路、または甲状腺癌シグナル伝達経路由来である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記一つまたは複数の遺伝子発現産物が、接着経路、ECM経路、甲状腺癌経路、接着斑経路、アポトーシス経路、p53経路、密着結合経路、TGFβ経路、ErbB経路、Wnt経路、癌概要経路（pathway in cancer overview）、細胞周期経路、VEGF経路、Jak/STAT経路、MAPK経路、PPAR経路、mTOR経路、または自己免疫性甲状腺経路由来である、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記遺伝子発現産物が接着経路由来である、本発明1015の方法。
[本発明1017]
少なくとも2つの遺伝子発現産物が測定され、かつ該遺伝子発現産物が少なくとも2つの異なる経路由来である、本発明1015の方法。
[本発明1018]
少なくとも一つの遺伝子発現産物が接着経路由来であり、かつ少なくとも一つの遺伝子発現産物が接着斑経路由来である、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記密着結合経路からの第二の遺伝子発現産物をさらに含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
前記遺伝子発現産物が複数の経路にカテゴリー化される、本発明1015の方法。
[本発明1021]
前記遺伝子発現産物が前記接着経路および前記接着斑経路にカテゴリー化される、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記遺伝子発現産物が前記密着結合経路にもカテゴリー化される、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記遺伝子発現産物が、細胞老化オントロジー群、細胞皮質オントロジー群、細胞周期オントロジー群、細胞死／アポトーシスオントロジー群、細胞分化オントロジー群、細胞分裂オントロジー群、細胞間結合オントロジー群、細胞遊走オントロジー群、細胞形態形成オントロジー群、細胞運動オントロジー群、細胞突起オントロジー群、細胞増殖オントロジー群、細胞認識オントロジー群、細胞体オントロジー群、細胞表面オントロジー群、細胞表面結合型受容体シグナル伝達オントロジー群、細胞接着オントロジー群、転写オントロジー群、免疫応答オントロジー群、血管形成オントロジー群、細胞膜オントロジー群、稀少膜成分オントロジー群、細胞頂端膜オントロジー群、細胞側底膜または細胞側膜オントロジー群、インテグリンオントロジー群、細胞表面オントロジー群、細胞外空間オントロジー群、細胞骨格オントロジー群、または炎症オントロジー群由来である、本発明1001の方法。
[本発明1024]
図6にリスト化された一つまたは複数の遺伝子が、癌を示す代謝経路またはシグナル伝達経路のセットに対応する代表的な配列を含有している、本発明1001の方法。
[本発明1025]
工程（d）の結果が、示唆された治療的介入を提供することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1026]
発現分析の結果が、所定の診断が正確である90％を超える統計的信頼水準を提供する、本発明1001の方法。
[本発明1027]
発現分析の結果が、所定の診断が正確である95％を超える統計的信頼水準を提供する、本発明1001の方法。
[本発明1028]
予備的診断を得るため、工程（a）の後、前記生物学的試料の一部に対して細胞学的分析を実施する工程
をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1029]
不確定試料および非診断的試料という予備的診断を有する試料が、工程（b）および（c）の方法によりさらに分析される、本発明1028の方法。
[本発明1030]
図6から選択される遺伝子が、図2、図3、図4、または図5にリスト化された遺伝子からさらに選択される、本発明1001の方法。
[本発明1031]
前記生物学的試料の遺伝子発現産物のうちの少なくとも2つの発現レベルを測定する工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1032]
前記生物学的試料の遺伝子発現産物のうちの少なくとも5つの発現レベルを測定する工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1033]
前記生物学的試料の遺伝子発現産物のうちの少なくとも10個の発現レベルを測定する工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1034]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも10％である、本発明1001の方法。
[本発明1035]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも25％である、本発明1001の方法。
[本発明1036]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも50％である、本発明1001の方法。
[本発明1037]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも2倍である、本発明1001の方法。
[本発明1038]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも5倍である、本発明1001の方法。
[本発明1039]
遺伝子発現レベルの差が少なくとも10倍である、本発明1001の方法。
[本発明1040]
前記生物学的試料が、75％より高い精度で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1041]
前記生物学的試料が、70％より高い感度で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1042]
前記生物学的試料が、70％より高い特異度で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1043]
前記生物学的試料が、70％より高い感度および70％より高い特異度で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1044]
前記生物学的試料が、95％より高い陽性適中率で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1045]
前記生物学的試料が、95％より高い陰性適中率で癌性として同定される、本発明1001の方法。
[本発明1046]
精度が、訓練されたアルゴリズムを使用して計算される、本発明1040〜1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記対照試料が、試験試料と同一の個体、該試験試料とは異なる個体、組織バンク、または細胞バンクから得られる、本発明1001の方法。
[本発明1048]
前記対照試料の遺伝子発現産物の遺伝子レベルがデータベース由来である、本発明1001の方法。
[本発明1049]
前記試料が術前検体である、本発明1001の方法。
[本発明1050]
前記試料が術後検体である、本発明1001の方法。
[本発明1051]
悪性甲状腺癌を良性甲状腺疾患と区別する、本発明1001の方法。
[本発明1052]
前記生物学的試料において、濾胞性腺腫、濾胞癌、リンパ性甲状腺炎、濾胞型甲状腺乳頭癌（follicular variant papillary thyroid carcinoma）、甲状腺乳頭癌、結節性過形成、甲状腺髄様癌、ハースル細胞癌、ハースル細胞腺腫、または甲状腺未分化癌を同定する、本発明1001の方法。
[本発明1053]
前記生物学的試料において、転移性非甲状腺癌を同定する、本発明1001の方法。
[本発明1054]
前記生物学的試料において、転移性副甲状腺癌、転移性黒色腫、転移性腎癌、転移性乳癌、または転移性B細胞リンパ腫を同定する、本発明1001の方法。
[本発明1055]
同定された情報を有する結果のセットを伝達する工程
をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1056]
前記情報がインターネットを通して伝達される、本発明1055の方法。
[本発明1057]
以下の工程を含む、癌を分類する方法：
（a）遺伝子発現産物を含む生物学的試料を得る工程；
（b）該生物学的試料の、図6から選択される遺伝子に対応する一つまたは複数の遺伝子発現産物について、発現レベルを測定する工程；
（c）該一つまたは複数の遺伝子発現産物の該発現レベルを、対照試料における各遺伝子発現産物についての対照発現レベルと比較する工程；および
（d）指定された信頼水準で、該生物学的試料と該対照試料との間に遺伝子発現レベルの差が存在する場合に、該生物学的試料を癌の亜型について陽性として同定する工程。
[本発明1058]
前記生物学的試料において、濾胞性腺腫、濾胞癌、リンパ性甲状腺炎、濾胞型甲状腺乳頭癌、甲状腺乳頭癌、結節性過形成、甲状腺髄様癌、ハースル細胞癌、ハースル細胞腺腫、または甲状腺未分化癌を同定する、本発明1057の方法。
[本発明1059]
前記生物学的試料において、転移性非甲状腺癌を同定する、本発明1057の方法。
[本発明1060]
前記生物学的試料において、転移性副甲状腺癌、転移性黒色腫、転移性腎癌、転移性乳癌、または転移性B細胞リンパ腫を同定する、本発明1057の方法。
[本発明1061]
図6にリスト化された一つもしくは複数の遺伝子発現産物の一部に、またはそれらの相補体に結合するプローブを含む、癌を診断するための組成物。
[本発明1062]
前記プローブが抗体である、本発明1061の組成物。
[本発明1063]
前記プローブがオリゴヌクレオチドである、本発明1061の組成物。
[本発明1064]
前記プローブが共有結合的に付着している、基板
をさらに含む、本発明1061の組成物。
[本発明1065]
訓練されたアルゴリズムを使用した指定された信頼水準での癌の診断において使用するのに適している、本発明1064の組成物。
[本発明1066]
前記癌が甲状腺癌である、本発明1065の組成物。
[本発明1067]
前記プローブが、表3、表4、または表5から選択される遺伝子に対応する一つまたは複数の遺伝子発現産物に結合する、本発明1061の組成物。
[本発明1068]
前記プローブが、リスト1〜31または表6のうちの一つまたは複数から選択される遺伝子に対応する一つまたは複数の遺伝子発現産物に結合する、本発明1061の組成物。
[本発明1069]
前記プローブが、急性骨髄性白血病経路、2型ソマトスタチン受容体経路、cAMP媒介経路、細胞周期およびDNA傷害チェックポイント経路、Gタンパク質共役型受容体経路、インテグリン経路、黒色腫細胞経路、リラキシン経路、または甲状腺癌シグナル伝達経路からの遺伝子のうちの一つまたは複数の一部に結合する、本発明1061の組成物。
[本発明1070]
前記プローブが、接着経路、ECM経路、甲状腺癌経路、接着斑経路、アポトーシス経路、p53経路、密着結合経路、TGFβ経路、ErbB経路、Wnt経路、癌概要経路、細胞周期経路、VEGF経路、Jak/STAT経路、MAPK経路、PPAR経路、mTOR経路、または自己免疫性甲状腺経路からの遺伝子のうちの一つまたは複数の一部に結合する、本発明1061の組成物。
[本発明1071]
少なくとも2つの異なる経路からの遺伝子発現産物に結合する少なくとも2個のプローブが存在する、本発明1061の組成物。
[本発明1072]
少なくとも遺伝子発現産物が接着経路由来であり、かつ少なくとも一つの遺伝子発現産物が接着斑経路由来である、本発明1071の組成物。
[本発明1073]
密着結合経路からの遺伝子発現産物をさらに含む、本発明1072の組成物。
[本発明1074]
前記遺伝子発現産物が複数の経路にカテゴリー化される、本発明1061の組成物。
[本発明1075]
前記遺伝子発現産物が接着経路および接着斑経路にカテゴリー化される、本発明1074の組成物。
[本発明1076]
前記遺伝子発現産物が密着結合経路にもカテゴリー化される、本発明1075の組成物。
[本発明1077]
前記遺伝子発現産物が、細胞老化オントロジー群、細胞皮質オントロジー群、細胞周期オントロジー群、細胞死／アポトーシスオントロジー群、細胞分化オントロジー群、細胞分裂オントロジー群、細胞間結合オントロジー群、細胞遊走オントロジー群、細胞形態形成オントロジー群、細胞運動オントロジー群、細胞突起オントロジー群、細胞増殖オントロジー群、細胞認識オントロジー群、細胞体オントロジー群、細胞表面オントロジー群、細胞表面結合型受容体シグナル伝達オントロジー群、細胞接着オントロジー群、転写オントロジー群、免疫応答オントロジー群、血管形成オントロジー群、細胞膜オントロジー群、稀少膜成分オントロジー群、細胞頂端膜オントロジー群、細胞側底膜または細胞側膜オントロジー群、インテグリンオントロジー群、細胞表面オントロジー群、細胞外空間オントロジー群、細胞骨格オントロジー群、または炎症オントロジー群からの遺伝子のうちの一つまたは複数の一部を含む、本発明1061の組成物。
[本発明1078]
以下の工程を含む、分子プロファイリングビジネスを実行する方法：
（a）本発明1001の遺伝子発現産物のレベルを測定することにより、癌の診断またはモニタリングのサービスを提供する工程；または
（b）一つまたは複数の本発明1001の遺伝子発現産物の量を測定するために、本発明1061の組成物を使用する工程；
（c）（a）または（b）の得られたデータに基づき、診断、予後、および必要とされる治療に関して助言する工程；および
（d）（a）、（b）、または（c）のサービスを、医師、病院、および診療所に、協同的にまたは独立して販売する工程。