【手続補正書】
【提出日】平成25年11月8日(2013.11.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の段階を含む、卵母細胞が受精した際に生存可能な妊娠を生じることができるかどうかの指標を提供する非侵襲的方法：
（ｉ）雌性ドナーから入手した妊娠受容能について検査すべき卵母細胞またはそのドナーの他の卵母細胞に随伴する少なくとも１個の卵丘細胞による少なくとも１つの遺伝子の発現をアッセイする；その遺伝子の発現は、その卵丘細胞に随伴する卵母細胞が、受精させて適切な子宮環境内へ移植した際に生存可能な妊娠をもたらす能力と相関し、その際、遺伝子は表４中のもの、および／またはＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰ、またはそれらのオルソログ、スプライスバリアントもしくは対立遺伝子バリアントから選択される；そして
（ｉｉ）その少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを、妊娠受容能をもつ卵母細胞に随伴する卵丘細胞による特徴的な発現レベルと比較したものに基づいて、その卵母細胞またはその雌性ドナーに由来する他の卵母細胞が、受精させて適切な子宮環境内へ移植した際に生存可能な妊娠をもたらすことが潜在的に可能であるかどうかの指標を提供する。
【請求項２】
その発現を検出すべき少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
その方法により、それらの遺伝子のうち２以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
その方法により、それらの遺伝子のうち３以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
その方法により、それらの遺伝子のうち４以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
その方法により、それらの遺伝子のうち５以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
その方法により、それらの遺伝子のうち６以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
その方法により、それらの遺伝子のうち７以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
その方法により、それらの遺伝子のうち８以上の発現を検出する、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
卵母細胞が哺乳動物の卵母細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
卵母細胞がヒトの卵母細胞である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
卵母細胞がヒト以外の霊長類の卵母細胞である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される少なくとも５つの遺伝子の発現を測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される少なくとも６つの遺伝子の発現を測定する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される少なくとも７つの遺伝子の発現を測定する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される少なくとも８つの遺伝子の発現を測定する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される少なくとも９つの遺伝子の発現を測定する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する少なくとも１０の遺伝子の発現を測定する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する少なくとも１５の遺伝子の発現を同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する少なくとも２０の遺伝子の発現を同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、表４中のものから選択される少なくとも２０〜５０の遺伝子の発現をアッセイする、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
その発現が生存可能な妊娠を潜在的にもたらす卵母細胞の能力と相関する、表４中のものから選択される少なくとも５０〜１００の遺伝子の発現をアッセイする、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
遺伝子の発現をアッセイする方法が差示的遺伝子発現をモニターする方法を使用する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
その方法が、インデクシングディファレンシャルディスプレイ逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＤＤＲＴ−ＰＣＲ）を指標とすることを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２５】
卵母細胞が最高で３５歳のヒト女性から入手される、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
卵母細胞が少なくとも２５歳のヒト女性から入手される、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
卵母細胞が少なくとも３０歳のヒト女性から入手される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２８】
卵母細胞が少なくとも３５歳のヒト女性から入手される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２９】
卵母細胞が少なくとも４０歳のヒト女性から入手される、請求項１９に記載の方法。
【請求項３０】
その少なくとも１つの遺伝子の異常な発現が、閉経、癌、卵巣機能障害、卵巣嚢胞、自己免疫障害およびホルモン機能障害から選択される状態と相関する、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
下記の段階を含む、受精処置の有効性の指標を提供する方法：
（ｉ）想定受精増強処置による処置をしたヒト女性から入手した卵母細胞に随伴する少なくとも１つの卵丘細胞による、表４中に含まれるものならびにさらにＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰ、またはそれらのオルソログおよび対立遺伝子バリアントもしくはスプライスバリアントから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現を測定する；そして
（ｉｉ）その卵母細胞に随伴する細胞によるその少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを、正常卵母細胞または妊娠卵母細胞に随伴する卵丘細胞によるその遺伝子の特徴的な発現レベルと比較したものに基づいて、その処置が有効であるかどうかの指標を提供する。
【請求項３２】
受精処置がホルモン療法を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
対象が閉経期にあり、処置がホルモン置換療法を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
遺伝子発現をリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）により検出する、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
遺伝子発現をＲＴ−ＰＣＲにより検出する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
遺伝子発現をインデクシングディファレンシャルディスプレイ逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＤＤＲＴ−ＰＣＲ）を指標とすることにより差示検出する、請求項１または３１に記載の方法。
【請求項３７】
遺伝子発現結果が卵丘細胞からのＲＮＡを用いて得られる、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
対象において受精潜在性に関する指標を提供する方法であって、妊娠潜在性を評価しようとする卵母細胞またはその対象から採取した他の卵母細胞に随伴する卵丘細胞による、表４中のもの、ならびにＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰ、またはそれらのオルソログ、スプライスバリアントもしくは対立遺伝子バリアントから選択される特異的妊娠シグナチャー遺伝子の発現レベルを検出し、その発現レベルを、生存可能な妊娠をもたらすことができる卵母細胞に随伴する卵丘細胞によるそれらの遺伝子の特徴的な発現レベルと比較し；そして、その卵丘細胞が妊娠受容能をもつ卵母細胞に特徴的なレベルで１以上の妊娠シグナチャー遺伝子を発現しているかどうかに基づいて、その対象が潜在的に“妊娠受容能をもつ”かどうかを判定することに関する指標を提供する。
【請求項３９】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも２つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも３つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも４つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも６つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される少なくとも７つの遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも１つの遺伝子が、ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３、およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群から選択される８、９、１０、１１、１２、１３、または１４すべての遺伝子を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４６】
その方法が、インデクシングディファレンシャルディスプレイ逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＤＤＲＴ−ＰＣＲ）を指標とすることにより差示的遺伝子発現をモニターする、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
“妊娠シグナチャー”ポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いて遺伝子発現を検出する、請求項１に記載の方法。
【請求項４８】
ドナー卵丘細胞における、表４からの遺伝子のセット、および／またはＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰの発現を用いて、異数性から選択される妊娠を排除する卵母細胞異常性を同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項４９】
受容能をもつ卵母細胞または受容能をもつ胚を選択するための方法であって、卵母細胞および胚を囲む卵丘細胞において、表４中の遺伝子、および／またはＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰから選択される１以上の遺伝子の発現レベルを測定する段階を含む方法。
【請求項５０】
受容能をもつ卵母細胞を選択するための方法であって、表４中の遺伝子のうち少なくとも５つまたはＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる遺伝子のうち少なくとも５つの発現レベルを測定する段階を含む方法。
【請求項５１】
受容能をもつ胚を選択するための方法であって、胚を囲む卵丘細胞において少なくとも１０の遺伝子の発現レベルを測定する段階を含み、その際、それらの遺伝子が表４中のもの、またはＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰからなる群の遺伝子から選択される方法。
【請求項５２】
さらに、試料中の遺伝子の発現レベルを対照と比較することからなる段階を含み、その際、試料と対照の間の遺伝子の発現レベルの差の検出はその卵母細胞または胚が受容能をもつかどうかの指標となる、請求項４９〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
さらに、卵丘細胞に随伴する卵母細胞を受精させることを含む、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
さらに、卵母細胞を雌性ホストの子宮に移植することを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
雌性ホストは卵母細胞と異なる種のものである、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
雌性ホストは卵母細胞と同じ種のものである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
雌性ホストはそれから卵母細胞を得た個体である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
雌性ホストはそれから卵母細胞を得た個体と異なる個体である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
妊娠受容能について検査すべき卵母細胞に随伴する少なくとも１つの卵丘細胞の遺伝子発現と、妊娠受容能をもつ卵母細胞に随伴する卵丘細胞による特徴的な発現レベルとの比較を、重み付き投票法、ベイズ複合共変量法、対角線形識別法、最近接重心法、ｋ−最近接法、シュランケン重心法、支援ベクターマシーン、複合共変量法、およびそのいずれかの組合わせからなる群から選択される方法を用いて実施する、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
妊娠受容能について検査すべき卵母細胞に随伴する少なくとも１つの卵丘細胞の遺伝子発現と、妊娠受容能をもつ卵母細胞に随伴する卵丘細胞による特徴的な発現レベルとの比較を、重み付き投票法を用いて実施する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
妊娠受容能について検査すべき卵母細胞に随伴する少なくとも１つの卵丘細胞の、遺伝子ＡＢＣＡ６、ＮＣＡＭ１、ＯＬＦＭＬ３、ＰＴＰＲＡ、ＳＤＦ４、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＤＤＩＴ４、ＤＵＳＰ１、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＩＤＵＡ、ＫＣＴＤ５、ＮＤＮＬ２、ＳＬＣ２６Ａ３およびＴＥＲＦ２ＩＰ、またはそれらのオルソログ、スプライスバリアントもしくは対立遺伝子バリアントの遺伝子発現を、妊娠受容能をもつ卵母細胞に随伴する卵丘細胞による特徴的な発現レベルと比較することを含む、請求項５９または６０に記載の方法。
【請求項６２】
さらに、雌性ドナーに由来する卵母細胞を受精させて適切な子宮環境内へ移植した際に生存可能な妊娠を潜在的にもたらすことができるかどうかを示すインディケーターを作成することを含む、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
インディケーターをレポートとして提供する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
インディケーターを電子ディスプレイ上に表示する、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
インディケーターを電子コミュニケーションとして提供する、請求項６２に記載の方法。