【手続補正書】
【提出日】平成24年9月27日(2012.9.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組換え酵母宿主細胞であって、少なくとも１種の異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質を含み、前記酵母宿主は、少なくとも１種の内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質の発現を低下させる組換え酵母宿主細胞。
【請求項２】
前記少なくとも１種の内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質をコードする遺伝子における破壊を含む、請求項１に記載の組換え酵母細胞。
【請求項３】
前記内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼ、イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ、亜硫酸還元酵素、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ｇｌｕｔａｍａｔｅ  ｄｅｈｙｄｄｒｏｇｅｎａｓｅ）、ビオチン合成酵素、アコニターゼ、ホモアコニターゼ、リポ酸合成酵素、フェレドキシン成熟化、ＮＡＤＨユビキノン酸化還元酵素、コハク酸デヒドロゲナーゼ、ユビキノール−シトクロム−ｃ還元酵素、ＡＢＣタンパク質Ｒｌｉ１、ＮＴＰアーゼＮｂｐ３５、およびヒドロゲナーゼ様タンパク質からなる群から選択される、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項４】
前記酵母が、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、シゾサッカロミセス（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、ハンゼヌラＨａｎｓｅｎｕｌａ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、クルイベロミセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ヤロウイア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、およびピキア（Ｐｉｃｈｉａ）からなる群から選択される、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項５】
前記内因性Ｆｅ−Ｓタンパク質が、ミトコンドリアにおいて発現される、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項６】
前記内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼおよびイソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ活性からなる群から選択される活性を有する、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項７】
前記宿主細胞が、配列番号１１４に記載の前記アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする遺伝子を発現するサッカロミセスである、請求項６に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項８】
前記少なくとも１種の異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、真菌２Ｆｅ−２Ｓジヒドロキシ酸デヒドラターゼおよび植物２Ｆｅ−２Ｓジヒドロキシ酸デヒドラターゼからなる群から選択される、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項９】
前記異種性真菌または植物の２Ｆｅ−２Ｓクラスタージヒドロキシ酸デヒドラターゼがサイトゾルにおいて発現される、請求項８に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項１０】
前記異種性真菌または植物の２Ｆｅ−２Ｓクラスタージヒドロキシ酸デヒドラターゼが、Ｅ値＜１０−５の表９の前記プロファイルＨＭＭに一致するアミノ酸配列を有するポリペプチドであり、前記ポリペプチドが、配列番号１７９に対応する前記ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ＤＨＡＤ酵素の前記アミノ酸配列の５６位、１２９位、および２０１位に対応する保存されたシステイン３種類すべてをさらに含む、請求項８に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項１１】
前記異種性真菌または植物の２Ｆｅ−２Ｓクラスタージヒドロキシ酸デヒドラターゼが、配列番号：４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、および１５２からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドである、請求項８に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項１２】
前記異種性真菌または植物の２Ｆｅ−２Ｓクラスタージヒドロキシ酸デヒドラターゼが、前記Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗアラインメント法で、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０、ＧＡＰ
ＬＥＮＧＴＨ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝０．１、および前記タンパク質配列の完全長にわたるタンパク質重量マトリックスのＧｏｎｎｅｔ  ２５０シリーズという前記デフォルトパラメーターを用いて、配列番号：１１４と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドである、請求項８に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項１３】
前記細胞がイソブタノール生合成経路を含む、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
【請求項１４】
前記細胞がイソブタノールを生成する、請求項１３に記載の組換え宿主細胞。
【請求項１５】
前記イソブタノールの生成方法であって、請求項１４に記載の組換え酵母宿主細胞を、イソブタノールが生成される条件下で増殖させるステップを含む方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１種の異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、Ｆｅ−Ｓプロパンジオールデヒドラターゼレアクティバーゼ活性を有する、請求項１に記載の組換え酵母宿主細胞。
【請求項１７】
Ｆｅ−Ｓプロパンジオールデヒドラターゼレアクティバーゼ活性を有する前記少なくとも１種の異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、前記Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗアラインメント法で、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０、ＧＡＰ  ＬＥＮＧＴＨ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝０.１、および前記タンパク質配列の完全長にわたるタンパク質重量マトリックスのＧｏｎｎ
ｅｔ  ２５０シリーズというデフォルトパラメーターを用いて、配列番号４４に記載のアミノ酸配列と少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を有するプロパンジオールデヒドラターゼレアクティバーゼである、請求項１６に記載の組換え宿主細胞。
【請求項１８】
前記細胞が２−ブタノールを生成する、請求項１６または１７に記載の組換え宿主細胞。
【請求項１９】
前記細胞が２−ブタノンを生成する、請求項１６または１７に記載の組換え宿主細胞。
【請求項２０】
前記細胞が２−ブタノール生合成経路を含む、請求項１８に記載の組換え宿主細胞。
【請求項２１】
前記細胞が２−ブタノン生合成経路を含む、請求項１９に記載の組換え宿主細胞。
【請求項２２】
２，３−ジヒドロキシイソバレレートからα−ケトイソバレレートへの変換方法であって、
ａ）（１）２Ｆｅ−２Ｓジヒドロキシ酸デヒドラターゼをコードする少なくとも１種の異種性遺伝子を含む組換え酵母宿主細胞であって、少なくとも１種の内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質の活性を低下させる組換え酵母宿主細胞；および（２）２，３−ジヒドロキシイソバレレートの供給源を準備するステップと、
ｂ）（ａ）の組換え宿主細胞を前記２，３−ジヒドロキシイソバレレートの供給源と共に、前記２，３−ジヒドロキシイソバレレートが前記宿主細胞によってα−ケトイソバレレートに変換される条件下で増殖させるステップと
を含む方法。
【請求項２３】
請求項２１に記載の組換え酵母宿主細胞を、２−ブタノンが生成される条件下で増殖させるステップを含む、２−ブタノンの生成方法。
【請求項２４】
前記２，３−ブタンジオールから２−ブタノンへの変換方法であって、
ａ）（１）Ｆｅ−Ｓプロパンジオールデヒドラターゼレアクティバーゼをコードする少なくとも１種の異種性遺伝子を含む組換え酵母宿主細胞であって、少なくとも１種の内因性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質の活性を低下させる組換え酵母宿主細胞；および（２）２，３−ブタンジオールの供給源を準備するステップと、
ｂ）（ａ）の前記組換え宿主細胞を前記２，３−ブタンジオールの供給源と共に、前記２，３−ブタンジオールが前記宿主細胞によって２−ブタノンに変換される条件下で増殖させるステップと
を含む方法。
【請求項２５】
異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、配列番号：１７９と少なくとも約９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。
【請求項２６】
異種性Ｆｅ−Ｓクラスタータンパク質が、配列番号：１８７と少なくとも約９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組換え宿主細胞。