【手続補正書】
【提出日】平成23年12月16日(2011.12.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO:1またはその一部を含むポリペプチドであって、該一部が、SEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸を含み、かつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
(a)SEQ ID NO:2;
(b)SEQ ID NO:1を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列;ならびに
(c)(a)または(b)の断片を含むポリヌクレオチド配列であって、該断片が、SEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸をコードし、かつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、ポリヌクレオチド配列、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む、単離されたまたは組換え型の核酸。
【請求項３】
癌予後を支援する方法であって、以下の工程を含む方法:
(a)癌と診断された被験体に由来する1つまたは複数の試料に存在する、発現された新規CAIX変種がある場合は、発現された新規CAIX変種を定量して、定量された新規CAIX変種の発現データを作成する工程であって、
該発現された新規CAIX変種が、
SEQ ID NO:1、
残基M33、G121、およびS374の1つもしくは複数を含むSEQ ID NO:1の一部、または新規CAIX変種もしくはその一部をコードする核酸
を含む、工程;ならびに
(b)定量された新規CAIX変種の発現データと、被験体の癌予後の確率を相関付ける工程。
【請求項４】
癌が腎明細胞癌を含む、請求項3記載の方法。
【請求項５】
癌が子宮頚癌を含む、請求項3記載の方法。
【請求項６】
癌が膀胱癌を含む、請求項3記載の方法。
【請求項７】
癌が低酸素誘導性癌を含む、請求項3記載の方法。
【請求項８】
新規CAIX変種をコードする核酸がmRNAを含む、請求項3記載の方法。
【請求項９】
発現されたCAIXが免疫組織化学染色によって定量される、請求項3記載の方法。
【請求項１０】
試料が、腫瘍および/または腫瘍に由来する転移性病巣に由来する、請求項3記載の方法。
【請求項１１】
定量されたCAIXの発現データがコンピュータ可読型である、請求項3記載の方法。
【請求項１２】
(b)が、
少なくとも1つのデータベースを含むプログラム可能なコンピュータを操作する工程;ならびに
コンピュータ可読の定量されたCAIXの発現データとデータベース入力との間のクロウスネスオブフィット(closeness-of-fit)を決定するアルゴリズムを実行する工程であって、該入力が癌患者集団の臨床データおよび/または病理学的データに対応する、工程
を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
癌予後を支援する方法であって、以下の工程を含む方法:
(a) CAIXを発現する癌であると診断された被験体に由来する1つまたは複数の試料に存在する、発現された新規CAIX変種ポリペプチドがある場合は、発現された新規CAIX変種ポリペプチドを定量して、定量されたCAIXポリペプチドの発現データを作成する工程であって、該試料が腫瘍および/または腫瘍に由来する転移性病巣に由来する、工程；ならびに
定量された新規CAIX変種ポリペプチドの発現データと、癌予後の確率を相関付ける工程であって、85％の定量パーセントが被験体の予後を層別化する、工程。
【請求項１４】
発現されたCAIXポリペプチドが免疫組織化学染色によって定量され、定量パーセントが陽性染色パーセントを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
被験体が転移性の腎明細胞癌、子宮頚癌、膀胱癌、または低酸素誘導性癌と診断された時に、85％よりも高い定量パーセントが、85％またはそれより低い定量パーセントよりも、良好な被験体予後と相関する、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
定量されたCAIXの発現データがコンピュータ可読型であり、かつ
(b)が、
少なくとも1つのデータベースを含むプログラム可能なコンピュータを操作する工程、および
コンピュータ可読の定量されたCAIXの発現データとデータベース入力との間のクロウスネスオブフィットを決定するアルゴリズムを実行して、定量されたCAIXの発現データと、被験体の癌予後の確率を相関付ける工程であって、該入力が癌患者集団の臨床データおよび/または病理学的データに対応する、工程
を含む、
請求項13記載の方法。
【請求項１７】
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)またはサイトカインと任意で結合された、新規CAIX変種(SEQ ID NO:1)の一部を含む構築物であって、新規CAIX変種の一部は残基M33、G121、および/またはS374の1つまたは複数を含む、構築物。
【請求項１８】
新規CAIX変種の一部が少なくとも20個の連続したアミノ酸を含む、請求項17記載の構築物。
【請求項１９】
GM-CSFまたはサイトカインがヒトGM-CSF、インターロイキン2、インターロイキン12、インターフェロンα、またはインターフェロンγである、請求項17記載の構築物。
【請求項２０】
新規CAIX変種およびGM-CSFまたはサイトカインが融合タンパク質の成分である、請求項17記載の構築物。
【請求項２１】
新規CAIX変種およびGM-CSFまたはサイトカインが、長さが2〜約20アミノ酸のペプチドリンカーによって接続されている、請求項17記載の構築物。
【請求項２２】
ペプチドリンカーが-Arg-Arg-または-lys-leu-である、請求項21記載の構築物。
【請求項２３】
請求項17記載の構築物および薬学的に許容される希釈剤または賦形剤を含む、組成物。
【請求項２４】
アジュバントをさらに含む、請求項23記載の組成物。
【請求項２５】
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)またはサイトカインに任意で取り付けられた、残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む新規CAIX変種(SEQ ID NO:1)の一部を含むタンパク質をコードする、核酸。
【請求項２６】
発現カセット内に存在する、請求項25記載の核酸。
【請求項２７】
ベクター内に存在する、請求項25記載の核酸。
【請求項２８】
請求項25の核酸を発現する、宿主細胞。
【請求項２９】
末梢血リンパ球または腫瘍浸潤性リンパ球である、請求項28記載の宿主細胞。
【請求項３０】
樹状細胞、抗原提示細胞、Bリンパ球、T細胞、および腫瘍浸潤性リンパ球からなる群より選択される免疫細胞である、請求項28記載の宿主細胞。
【請求項３１】
抗腫瘍ワクチンを生成する方法であって、以下の工程を含む方法:
請求項25記載の核酸を含む核酸を発現する細胞がCAIX変種タンパク質を発現する条件下で、該細胞を培養する工程、および
該タンパク質を回収する工程。
【請求項３２】
抗原提示細胞を感作させる方法であって、以下の工程を含む方法:
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)またはサイトカインに任意で取り付けられた新規CAIX変種を含む、感作に有効な量のタンパク質と、該細胞を接触させる工程であって、該新規CAIX変種が、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸の断片を含みかつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、工程。
【請求項３３】
抗原提示細胞が、末梢血リンパ球、単球、線維芽細胞、TIL、および樹状細胞からなる群より選択される、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
請求項32記載の方法により産生される、抗原提示細胞。
【請求項３５】
ポリペプチドリンカーを有するCAIXv-サイトカイン融合タンパク質をコードする核酸を含む、ベクター遺伝子送達システム。
【請求項３６】
サイトカインがIL-2、IL-12、インターフェロンα、またはインターフェロンγである、請求項35記載のシステム。
【請求項３７】
サイトカインがGM-CSFである、請求項35記載のシステム。
【請求項３８】
ベクターがウイルスベクターシステムであり、ウイルスベクターが、AAVベクターシステム、アデノウイルスベクターシステム、レトロウイルスベクターシステム、レンチウイルスベクターシステム、シミアンウイルス40ベクターシステム、およびバキュロウイルスベクターシステムである、請求項35記載のシステム。
【請求項３９】
ベクターが非ウイルスベクターシステムである、請求項35記載のシステム。
【請求項４０】
脂質遺伝子送達システムまたはポリマー遺伝子送達システムである、請求項35記載のシステム。
【請求項４１】
CAIXvが、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸の断片を含みかつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、請求項35記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本発明のこれらの特徴および様々なさらなる特徴は、以下の開示を検討すれば明らかになると考えられる。
[本発明1001]
SEQ ID NO:1またはその一部を含むポリペプチドであって、該一部が、SEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸を含み、かつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、ポリペプチド。
[本発明1002]
(a)SEQ ID NO:2;
(b)SEQ ID NO:1を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列;ならびに
(c)(a)または(b)の断片を含むポリヌクレオチド配列であって、該断片が、SEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸をコードし、かつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、ポリヌクレオチド配列、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む、単離されたまたは組換え型の核酸。
[本発明1003]
癌予後を支援する方法であって、以下の工程を含む方法:
(a)癌と診断された被験体に由来する1つまたは複数の試料に存在する、発現された新規CAIX変種がある場合は、発現された新規CAIX変種を定量して、定量された新規CAIX変種の発現データを作成する工程であって、
該発現された新規CAIX変種が、
SEQ ID NO:1、
残基M33、G121、およびS374の1つもしくは複数を含むSEQ ID NO:1の一部、または新規CAIX変種もしくはその一部をコードする核酸
を含む、工程;ならびに
(b)定量された新規CAIX変種の発現データと、被験体の癌予後の確率を相関付ける工程。
[本発明1004]
癌が腎明細胞癌を含む、本発明1003の方法。
[本発明1005]
癌が子宮頚癌を含む、本発明1003の方法。
[本発明1006]
癌が膀胱癌を含む、本発明1003の方法。
[本発明1007]
癌が低酸素誘導性癌を含む、本発明1003の方法。
[本発明1008]
新規CAIX変種をコードする核酸がmRNAを含む、本発明1003の方法。
[本発明1009]
発現されたCAIXが免疫組織化学染色によって定量される、本発明1003の方法。
[本発明1010]
試料が、腫瘍および/または腫瘍に由来する転移性病巣に由来する、本発明1003の方法。
[本発明1011]
定量されたCAIXの発現データがコンピュータ可読型である、本発明1003の方法。
[本発明1012]
(b)が、
少なくとも1つのデータベースを含むプログラム可能なコンピュータを操作する工程;ならびに
コンピュータ可読の定量されたCAIXの発現データとデータベース入力との間のクロウスネスオブフィット(closeness-of-fit)を決定するアルゴリズムを実行する工程であって、該入力が癌患者集団の臨床データおよび/または病理学的データに対応する、工程
を含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
癌予後を支援する方法であって、以下の工程を含む方法:
(a) CAIXを発現する癌であると診断された被験体に由来する1つまたは複数の試料に存在する、発現された新規CAIX変種ポリペプチドがある場合は、発現された新規CAIX変種ポリペプチドを定量して、定量されたCAIXポリペプチドの発現データを作成する工程であって、該試料が腫瘍および/または腫瘍に由来する転移性病巣に由来する、工程；ならびに
定量された新規CAIX変種ポリペプチドの発現データと、癌予後の確率を相関付ける工程であって、85％の定量パーセントが被験体の予後を層別化する、工程。
[本発明1014]
発現されたCAIXポリペプチドが免疫組織化学染色によって定量され、定量パーセントが陽性染色パーセントを含む、本発明1013の方法。
[本発明1015]
被験体が転移性の腎明細胞癌、子宮頚癌、膀胱癌、または低酸素誘導性癌と診断された時に、85％よりも高い定量パーセントが、85％またはそれより低い定量パーセントよりも、良好な被験体予後と相関する、本発明1013の方法。
[本発明1016]
定量されたCAIXの発現データがコンピュータ可読型であり、かつ
(b)が、
少なくとも1つのデータベースを含むプログラム可能なコンピュータを操作する工程、および
コンピュータ可読の定量されたCAIXの発現データとデータベース入力との間のクロウスネスオブフィットを決定するアルゴリズムを実行して、定量されたCAIXの発現データと、被験体の癌予後の確率を相関付ける工程であって、該入力が癌患者集団の臨床データおよび/または病理学的データに対応する、工程
を含む、
本発明1013の方法。
[本発明1017]
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)と結合された、新規CAIX変種(SEQ ID NO:1)の一部を含む構築物であって、新規CAIX変種の一部は残基M33、G121、および/またはS374の1つまたは複数を含む、構築物。
[本発明1018]
新規CAIX変種の一部が少なくとも20個の連続したアミノ酸を含む、本発明1017の構築物。
[本発明1019]
GM-CSFがヒトGM-CSFである、本発明1017の構築物。
[本発明1020]
新規CAIX変種およびGM-CSFが融合タンパク質の成分である、本発明1017の構築物。
[本発明1021]
新規CAIX変種およびGM-CSFが、長さが2〜約20アミノ酸のペプチドリンカーによって接続されている、本発明1017の構築物。
[本発明1022]
ペプチドリンカーが-Arg-Arg-または-lys-leu-である、本発明1021の構築物。
[本発明1023]
本発明1017の構築物および薬学的に許容される希釈剤または賦形剤を含む、組成物。
[本発明1024]
アジュバントをさらに含む、本発明1023の組成物。
[本発明1025]
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)に取り付けられた、残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む新規CAIX変種(SEQ ID NO:1)の一部を含む融合タンパク質をコードする、核酸。
[本発明1026]
発現カセット内に存在する、本発明1025の核酸。
[本発明1027]
ベクター内に存在する、本発明1025の核酸。
[本発明1028]
本発明1025の核酸でトランスフェクトされた、宿主細胞。
[本発明1029]
抗腫瘍ワクチンを生成する方法であって、以下の工程を含む方法:
本発明1025の核酸を含む核酸でトランスフェクトされた細胞がCAIX-GM-CSF融合タンパク質を発現する条件下で、該細胞を培養する工程、および
該融合タンパク質を回収する工程。
[本発明1030]
顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)と結合された、新規CAIX変種(SEQ ID NO:1)の一部を含む構築物を用いて、免疫系の細胞を活性化する工程を含む、CAIX抗原に対する免疫応答を誘導する方法であって、該新規CAIX変種の一部が残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含み、かつそれによる該活性化が新規CAIX変種に対する免疫応答を生じさせる、方法。
[本発明1031]
活性化する工程が、抗原提示細胞と構築物とを接触させることを含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
活性化する工程が、構築物を哺乳動物に注射することを含む、本発明1031の方法。
[本発明1033]
新規CAIX変種を保有する形質転換細胞の増殖または成長を阻害する方法であって、以下の工程を含む方法:
免疫細胞を哺乳動物宿主から取り出す工程;
該免疫細胞と、SEQ ID NO:1の新規CAIX変種、または残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含むその断片を含むタンパク質とを接触させることによって、該免疫細胞を活性化する工程であって、該新規CAIX変種またはその断片が、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)またはその断片に取り付けられている、工程;
任意で、活性化された細胞を増やす工程、および
該活性化された細胞を、新規CAIX変種を保有する形質転換細胞を含有する生物に注入する工程。
[本発明1034]
免疫細胞を取り出す工程が、哺乳動物宿主から末梢血リンパ球(PBL)または腫瘍浸潤性リンパ球(TIL)を得ることを含む、本発明1033の方法。
[本発明1035]
注入する工程が、活性化された細胞を、免疫細胞が取り出された宿主に注入することを含む、本発明1033の方法。
[本発明1036]
免疫細胞が、樹状細胞、抗原提示細胞、Bリンパ球、T細胞、および腫瘍浸潤性リンパ球からなる群より選択される、本発明1033の方法。
[本発明1037]
CAIXの発現変化を特徴とする癌を有する個体を治療する方法であって、以下の工程を含む方法:
(a)顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)に取り付けられた新規CAIX変種を含む、感作に有効な量のキメラ融合タンパク質を用いて、抗原提示細胞をインビトロで感作させる工程であって、該新規CAIX変種が、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:1の少なくとも20個の連続したアミノ酸の断片を含みかつ残基M33、G121、およびS374の1つまたは複数を含む、工程;ならびに
(b)治療的有効量の感作された抗原提示細胞を、該癌または転移を有する個体に投与する工程。
[本発明1038]
抗原提示細胞が、個体にとって自己に由来するものであるか、またはMHCが一致する同種異系の樹状細胞である、本発明1037の方法。
[本発明1039]
感作させる工程が、末梢血リンパ球、単球、線維芽細胞、TIL、および樹状細胞からなる群より選択される細胞と、キメラ融合タンパク質とを接触させることを含む、本発明1037の方法。
[本発明1040]
感作させる工程が、樹状細胞またはRCCを、キメラ融合タンパク質をコードする核酸でトランスフェクトすることを含む、本発明1037の方法。
[本発明1041]
ポリペプチドリンカーを有するCAIXv-サイトカイン融合タンパク質をコードする核酸を含む、ベクター遺伝子送達システム。
[本発明1042]
サイトカインがIL-2、インターフェロンα、またはインターフェロンγである、本発明1041のシステム。
[本発明1043]
サイトカインがGMCSFである、本発明1041のシステム。
[本発明1044]
ベクターがウイルスベクターシステムであり、ウイルスベクターが、AAVベクターシステム、アデノウイルスベクターシステム、レトロウイルスベクターシステム、レンチウイルスベクターシステム、シミアンウイルス40ベクターシステム、およびバキュロウイルスベクターシステムである、本発明1041のシステム。
[本発明1045]
ベクターが非ウイルスベクターシステムである、本発明1041のシステム。
[本発明1046]
脂質遺伝子送達システムまたはポリマー遺伝子送達システムである、本発明1041のシステム。