【手続補正書】
【提出日】平成26年3月6日(2014.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エンドヌクレアーゼ活性を有するウイルスＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのＰＡサブユニットのアミノ末端断片を含むポリペプチド断片であって、前記ＰＡサブユニットが、配列番号２に示されるインフルエンザＡ２００９パンデミックＨ１Ｎ１ウイルス由来のものであり、Ｎ末端が、配列番号２に示されるＰＡサブユニットのアミノ酸配列の１位のアミノ酸と同一若しくはこれに対応するものであり、且つ、Ｃ末端が、配列番号２に示されるＰＡサブユニットのアミノ酸配列の１９０位〜１９８位から選択される位置のアミノ酸と同一若しくはこれに対応するポリペプチド断片、又は前記ポリペプチド断片の変異体であり、前記変異体は、配列番号２に示されるアミノ酸位置１８６又はそれに対応するアミノ酸位置にアミノ酸セリンを含み、エンドヌクレアーゼ活性を保持している、ポリペプチド断片。
【請求項２】
可溶性及び／又は結晶化可能なポリペプチド断片である、請求項１に記載のポリペプチド断片。
【請求項３】
ポリペプチド断片は２つの二価の陽イオンが結合するものであり、該二価の陽イオンがマンガン及び／又はマグネシウムである、請求項１又は２に記載のポリペプチド断片。
【請求項４】
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のアミノ酸１〜１９８からなるポリペプチド断片か、若しくは該ポリペプチド断片とアミノ酸配列ＭＧＳＧＭＡ（配列番号３）からなるアミノ末端リンカーを含むポリペプチド断片からなり、（ｉ）図１に示される構造座標、（ｉｉ）図２に示される構造座標、（ｉｉｉ）図３に示される構造座標、（ｉｖ）図４に示される構造座標、若しくは（ｖ）図５に示される構造座標によって規定される構造を有するか、又は
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のアミノ酸１〜１９８のうち配列番号２に示されるアミノ酸配列のアミノ酸５２〜６４がアミノ酸グリシンによって置き換えられているアミノ酸配列からなるポリペプチド断片、若しくは該ポリペプチド断片とアミノ酸配列ＭＧＳＧＭＡ（配列番号３）からなるアミノ末端リンカーを含むポリペプチド断片からなり、（ｖｉ）図１５に示される構造座標、若しくは（ｖｉｉ）図１６に示される構造座標によって規定される構造を有する、
請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド断片。
【請求項５】
（ｉ）によって規定される構造を有するポリペプチド断片が、空間群Ｃ２及びａ＝２６．３６ｎｍ±０．５ｎｍ、ｂ＝６．６２ｎｍ±０．３ｎｍ、ｃ＝６．６３ｎｍ±０．３ｎｍ、α＝９０度、β＝９６度±２度、γ＝９０度の単位格子寸法を有する結晶形態を有し、
（ｉｉ）〜（ｖ）によって規定される構造を有するポリペプチド断片が、空間群Ｐ２１２１２１及びａ＝５．４６ｎｍ±０．３ｎｍ、ｂ＝１２．２５ｎｍ±０．４ｎｍ、ｃ＝１３．０ｎｍ±０．３ｎｍ、α＝９０度、β＝９０度、γ＝９０度の単位格子寸法を有する結晶形態を有し、（ｖｉ）によって規定される構造を有するポリペプチド断片が、空間群Ｐ６２２２及びａ＝７．５０ｎｍ±０．３ｎｍ、ｂ＝７．５０ｎｍ±０．３ｎｍ、ｃ＝１２．００ｎｍ±０．５ｎｍ、α＝９０度、β＝９０度、γ＝１２０度の単位格子寸法を有する結晶形態を有し、又は
（ｖｉｉ）によって規定される構造を有する該ポリペプチド断片が、空間群Ｐ６４２２及びａ＝９．９９ｎｍ±０．５ｎｍ、ｂ＝９．９９ｎｍ±０．５ｎｍ、ｃ＝８．２７ｎｍ±０．３ｎｍ、α＝９０度、β＝９０度、γ＝１２０度の単位格子寸法を有する結晶形態を有する、請求項４に記載のポリペプチド断片。
【請求項６】
結晶が、２．６Å以上、又は２．１Å以上、若しくは１．９Å以上の分解能までＸ線を回折する、請求項５に記載のポリペプチド断片。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離ポリペプチド断片をコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項８】
請求項７に記載の単離ポリヌクレオチドを含む組換えベクター。
【請求項９】
請求項７に記載の単離ポリヌクレオチド又は請求項８に記載の組換えベクターを含む組換え宿主細胞。
【請求項１０】
インフルエンザＡ２００９パンデミックＨ１Ｎ１ウイルス由来のＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのＰＡサブユニット又はその変異体のエンドヌクレアーゼ活性を調節する化合物を同定する方法であって、
（ａ）（ｉ）図１に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、（ｉｉ）図２に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、（ｉｉｉ）図３に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、（ｉｖ）図４に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、（ｖ）図５に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、（ｖｉ）図１５に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標、又は（ｖｉｉ）図１６に示される請求項５に記載のポリペプチド断片の構造座標によって規定される活性部位のコンピュータモデルを構築する工程、
（ｂ）有望な活性調節化合物を選択する工程であって、
（ｉ）分子断片を集合化させて前記化合物とすること、
（ｉｉ）小分子に関するデータベースから化合物を選択すること、及び
（ｉｉｉ）前記化合物の新規リガンドを設計すること、
からなる群から選択される方法によって、有望な活性調節化合物を選択する工程、
（ｃ）計算手段を利用する工程であって、活性部位における前記化合物のエネルギーを最小化した立体配置を提供するために、前記化合物と前記活性部位とのコンピュータモデル間のフィッティングプログラム操作を行う、計算手段を利用する工程、並びに
（ｄ）前記フィッティング操作の結果を評価する工程であって、前記化合物と活性部位モデルとの間の会合を定量化することによって前記活性部位と会合する前記化合物の能力を評価する、結果を評価する工程、
を含む、化合物を同定する方法。
【請求項１１】
活性部位が、配列番号２に示されるＰＡサブユニットのアミノ酸配列のアミノ酸Ｇｌｕ８０、Ｇｌｕ１１９、Ａｓｐ１０８、Ｉｌｅ１２０及びＨｉｓ４１、又はそれに対応するアミノ酸を含む、及び／又は
活性部位が、配列番号２に示されるＰＡサブユニットのアミノ酸配列のアミノ酸Ｌｙｓ３４、Ｔｙｒ２４、Ａｒｇ８４、Ｐｈｅ１０５、Ｔｙｒ１３０、Ｉｌｅ３８及びＡｒｇ１２４、又はそれに対応するアミノ酸を更に含む、及び／又は
活性部位が、配列番号２に示されるＰＡサブユニットのアミノ酸配列のアミノ酸Ｇｌｕ２６、Ｌｙｓ１３４、Ｌｅｕ１０６及びＬｙｓ１３７、又はそれに対応するアミノ酸を更に含む、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
活性部位が、図１〜図５に示されるＰＡサブユニット（配列番号２）のアミノ酸Ｇｌｕ８０、Ｇｌｕ１１９、Ａｓｐ１０８、Ｉｌｅ１２０及びＨｉｓ４１の構造座標によって規定される、又は図１５若しくは図１６に示される配列番号２のアミノ酸Ｇｌｕ８０、Ｇｌｕ１１９、Ａｓｐ１０８、Ｉｌｅ１２０及びＨｉｓ４１にそれぞれ対応するＰＡサブユニットのアミノ酸Ｇｌｕ、Ｇｌｕ、Ａｓｐ、Ｉｌｅ及びＨｉｓの構造座標によって規定される、及び／又は
活性部位が、図１〜図５に示されるＰＡサブユニット（配列番号２）のアミノ酸Ｌｙｓ３４、Ｔｙｒ２４、Ａｒｇ８４、Ｐｈｅ１０５、Ｔｙｒ１３０、Ｉｌｅ３８及びＡｒｇ１２４の構造座標によって規定される、又は図１５若しくは図１６に示される配列番号２のアミノ酸Ｌｙｓ３４、Ｔｙｒ２４、Ａｒｇ８４、Ｐｈｅ１０５、Ｔｙｒ１３０、Ｉｌｅ３８及びＡｒｇ１２４にそれぞれ対応するＰＡサブユニットのアミノ酸Ｌｙｓ、Ｔｙｒ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｉｌｅ及びＡｒｇの構造座標によって更に規定される、及び／又は
活性部位が、図１〜図５に示されるＰＡサブユニット（配列番号２）のアミノ酸Ｇｌｕ２６、Ｌｙｓ１３４、Ｌｅｕ１０６及びＬｙｓ１３７の構造座標によって規定される、又は図１５若しくは図１６に示される配列番号２のアミノ酸Ｇｌｕ２６、Ｌｙｓ１３４、Ｌｅｕ１０６及びＬｙｓ１３７にそれぞれ対応するＰＡサブユニットのアミノ酸Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ｌｅｕ及びＬｙｓの構造座標によって更に規定される、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法により化合物を同定する工程、及び
（ｂ）前記化合物を合成する工程、又は前記化合物を合成し、１つ若しくは複数の薬学的に許容可能な添加物及び／若しくは担体とともに前記化合物若しくはその薬学的に許容可能な塩を配合する工程、
を含む、化合物を生産する方法、又は
上記（ａ）及び（ｂ）の工程とともに
（ｃ）化合物と請求項１〜６のいずれか一項に記載のポリペプチド断片若しくはその変異体又は請求項９に記載の組換え宿主細胞とを接触させ、ＰＡサブユニットポリペプチド断片若しくはその変異体のエンドヌクレアーゼ活性を調節する前記化合物の能力を決定する工程、
を更に含む、化合物を生産する方法。
【請求項１４】
インフルエンザＡ２００９パンデミックＨ１Ｎ１ウイルス由来のＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼのＰＡサブユニット又はその変異体のエンドヌクレアーゼ活性を調節する化合物を同定する方法であって、
（ｉ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のポリペプチド断片若しくはその変異体又は請求項９に記載の組換え宿主細胞を試験化合物と接触させる工程、及び
（ｉｉ）前記ＰＡサブユニットポリペプチド断片又はその変異体のエンドヌクレアーゼ活性を調節する前記試験化合物の能力を分析する工程、
を含む、化合物を同定する方法。
【請求項１５】
ＰＡサブユニットポリペプチド断片又はその変異体のエンドヌクレアーゼ活性を阻害する試験化合物の能力を分析する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ハイスループット設定において行う、請求項１４又は１５に記載の方法。
【請求項１７】
試験化合物が小分子及び／又はペプチド若しくはタンパク質である、請求項１４〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
１つ又は複数の薬学的に許容可能な添加物及び／又は担体とともに化合物又はその薬学的に許容可能な塩を配合する工程を更に含む、請求項１４〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
配列番号２に示されるインフルエンザＡ２００９パンデミックＨ１Ｎ１ウイルスのＰＡサブユニット又はその変異体の活性部位を認識する抗体であって、前記変異体は、配列番号２に示されるアミノ酸位置１８６に又はそれに対応するアミノ酸位置にアミノ酸セリンを含むものである、抗体。
【請求項２０】
抗体が、配列番号２に示されるアミノ酸配列の５個〜１５個のアミノ酸の長さのポリペプチド断片を認識し、該ポリペプチド断片が、Ｌｙｓ３４、Ｇｌｕ２６、Ｉｌｅ３８、Ｔｙｒ２４、Ｈｉｓ４１、Ｇｌｕ８０、Ａｒｇ８４、Ｌｅｕ１０６、Ａｓｐ１０８、Ｇｌｕ１１９、Ｉｌｅ１２０、Ｔｙｒ１３０、Ｌｙｓ１３４、Ｐｈｅ１０５、Ｌｙｓ１３７及びＡｒｇ１２４からなる群から選択される１つ又は複数のアミノ酸残基を含む、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
オルトミクソウイルス科、ブニヤウイルス科及び／若しくはアレナウイルス科のウイルスによるウイルス感染によって引き起こされるか、又はインフルエンザＡ２００９パンデミックＨ１Ｎ１ウイルスによるウイルス感染によって引き起こされる疾患状態を治療、改善又は予防するための薬剤であって、請求項１９若しくは２０に記載の抗体を有効成分として含む薬剤。