【手続補正書】
【提出日】平成26年3月4日(2014.3.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ及びｍｅｃＡアッセイから選択される二つ以上の配列特異的アッセイを含み、試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ又はＭＳＣＮＳを同定及び鑑別するためのマルチプレックスアッセイであって、前記配列特異的アッセイが、少なくとも１つの標的遺伝子及び少なくとも１つの基準遺伝子を含み、ここで、前記マルチプレックスアッセイが、クロッシングポイント値又はサイクル閾値から選択されるアルゴリズムに従って、前記基準遺伝子に関する前記標的遺伝子の発現を解析するように構成されている、マルチプレックスアッセイ。
【請求項２】
前記配列特異的アッセイが、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、シークエンシング、ハイブリダイゼーション法及びそれらの任意の組合せの少なくとも一つに従って行われ、プライマーセットもしくはプローブまたはこれらの両方の少なくとも一つが、ｎｕｃ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｆｅｍＡ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｆｅｍＡ−Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ遺伝子、ｔｕｆ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｔｕｆ−ＣＮＳ遺伝子及びｍｅｃＡ遺伝子に選択的な少なくとも一つの配列の存在又は非存在を検出するために適用される、請求項１に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項３】
前記配列特異的ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連する前記プライマーセットが、配列番号１及び２を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項４】
前記配列特異的ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連する、配列番号３を含むプローブをさらに含む、請求項３に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項５】
前記配列特異的ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイと関連する前記プライマーセットが、配列番号４及び５を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項６】
前記配列特異的ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイと関連する、配列番号６を含むプローブをさらに含む、請求項５に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項７】
前記配列特異的ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号７及び８を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項８】
前記配列特異的ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連する、配列番号９を含むプローブをさらに含む、請求項７に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項９】
前記配列特異的ｔｕｆ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１０及び１１を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１０】
前記配列特異的ｔｕｆ−Ｓａアッセイと関連する、配列番号１２を含むプローブをさらに含む、請求項９に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１１】
前記配列特異的ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１３及び１４を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１２】
前記配列特異的ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイと関連する、配列番号１５を含むプローブをさらに含む、請求項１１に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１３】
前記配列特異的ｍｅｃＡアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１６及び１７を含む、請求項２に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１４】
前記配列特異的ｍｅｃＡアッセイと関連する、配列番号１８を含むプローブをさらに含む、請求項１３に記載のマルチプレックスアッセイ。
【請求項１５】
ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ；ｍｅｃＡアッセイ；並びにｎｕｃ−Ｓａアッセイ及びｆｅｍＡ−Ｓａアッセイから選ばれる少なくとも一つのアッセイから選択される配列特異的アッセイを含む、試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＳＥ又はＭＳＳＥを同定及び区別するためのマルチプレックスアッセイであって；
ａ．ここで、前記配列特異的アッセイが、少なくとも一つの標的遺伝子及び少なくとも一つの基準遺伝子を含み；ここで前記マルチプレックスアッセイが、クロッシングポイント値又はサイクル閾値から選択されるアルゴリズムに従って前記基準遺伝子に関する前記標的遺伝子の発現を解析するように構成されており；
ｂ．ここで、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号７及び８を含み、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプローブが、配列番号９を含み；
ｃ．ここで、前記ｍｅｃＡアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１６及び１７を含み、前記ｍｅｃＡアッセイと関連するプローブが、配列番号１８を含み；
ｄ．ここで、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１及び２を含み、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連するプローブが、配列番号３を含み；
ｅ．前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号４及び５を含み、前記ｆｅｍＡ−Ｓａと関連するプローブが、配列番号６を含む；
マルチプレックスアッセイ。
【請求項１６】
配列特異的ｍｅｃＡアッセイ並びにｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、及びｔｕｆ−ＣＮＳアッセイから選ばれる二つのアッセイを含む、試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ又はＭＳＣＮＳを同定及び区別するためのマルチプレックスアッセイであって；
ａ．ここで、前記配列特異的アッセイが、少なくとも一つの標的遺伝子及び少なくとも一つの基準遺伝子を含み；ここで前記マルチプレックスアッセイが、クロッシングポイント値又はサイクル閾値から選択されるアルゴリズムに従って前記基準遺伝子に関する前記標的遺伝子の発現を解析するように構成されており；
ｂ．ここで、前記配列特異的ｍｅｃＡアッセイが、配列番号１６及び１７を含み、前記ｍｅｃＡアッセイと関連するプローブが、配列番号１８を含み；
ｃ．ここで、ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイが、配列番号７及び８を含み、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプローブが、配列番号９を含み；
ｄ．ここで、ｔｕｆ−Ｓａアッセイが、配列番号１０及び１１を含み、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイと関連するプローブが、配列番号１０を含み；
ｅ．ここで、ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイが、配列番号１３及び１４を含み、前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイと関連するプローブが、配列番号１５を含む；
マルチプレックスアッセイ。
【請求項１７】
配列特異的ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、配列特異的ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、配列特異的ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、配列特異的ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ、及び配列特異的ｍｅｃＡアッセイを含む、試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ又はＭＳＣＮＳを同定及び区別するための、マルチプレックスアッセイ。
【請求項１８】
試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＳＥ、ＭＳＳＥ、ＭＲＣＮＳ及びＭＳＣＮＳを同定及び区別するための方法であって、
ａ．試料を取得する工程；
ｂ．ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ、及びｍｅｃＡアッセイから選択される少なくとも一つの配列特異的アッセイを行うことによって、試料をスクリーニングする工程；
ｃ．前記配列特異的アッセイから得られた結果を解析して、配列番号１及び２を含むプライマーセットもしくは配列番号３を含むプローブによって検出可能なｎｕｃ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子の存在又は非存在；配列番号４及び５を含むプライマーセットもしくは配列番号６を含むプローブによって検出可能なｆｅｍＡ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子の存在又は非存在；配列番号７及び８を含むプライマーセットもしくは配列番号９を含むプローブによって検出可能なｆｅｍＡ−Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ遺伝子の存在又は非存在；配列番号１０及び１１を含むプライマーセットもしくは配列番号１２を含むプローブによって検出可能なｔｕｆ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子の存在又は非存在；配列番号１３及び１４を含むプライマーセットもしくは配列番号１５を含むプローブによって検出可能なｔｕｆ−ＣＮＳ遺伝子の存在又は非存在；並びに配列番号１６及び１７を含むプライマーセットもしくは配列番号１８を含むプローブによって検出可能なｍｅｃＡ遺伝子の存在又は非存在、を決定する工程；
ｄ．前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ、及び前記ｍｅｃＡアッセイから選ばれる少なくとも一つの配列特異的アッセイの解析に基づいて、試料中に含有される少なくとも一つの細菌を、ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ又はＭＳＣＮＳと同定する工程；
を含む、方法。
【請求項１９】
ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ及びｍｅｃＡアッセイから選択される一つ以上の配列特異的アッセイを含む、マルチプレックスアッセイを通して試料中のＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ又はＭＳＣＮＳを同定及び区別するためのキットであって；
ａ．ここで、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１及び２を含み、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイと関連するプローブが、配列番号３を含み；
ｂ．ここで、前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号４及び５を含み、前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイと関連するプローブが、配列番号６を含み；
ｃ．ここで、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号７及び８を含み、前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイと関連するプローブが、配列番号９を含み；
ｄ．ここで、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１０及び１１を含み、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイと関連するプローブが、配列番号１２を含み；
ｅ．ここで、前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１３及び１４を含み、前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイと関連するプローブが、配列番号１５を含み；
ｆ．ここで、前記ｍｅｃＡアッセイと関連するプライマーセットが、配列番号１６及び１７を含み、前記ｍｅｃＡアッセイと関連するプローブが、配列番号１８を含む；
キット。
【請求項２０】
前記マルチプレックスアッセイが、ｎｕｃ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｆｅｍＡ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｆｅｍＡ−Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ、ｔｕｆ−Ｓ．ａｕｒｅｕｓ遺伝子、ｔｕｆ−ＣＮＳ遺伝子、及びｍｅｃＡ遺伝子から選ばれる少なくとも一つの標的配列の存在又は非存在を検出するように構成され、ここで前記配列特異的アッセイの各々が、単独で、複数の別々の反応系において、又はＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、シークエンシング、ハイブリダイゼーション法の少なくとも一つもしくはそれらの任意の組合せ用の一つの組合わされかつ混合された反応系において実行され得る、請求項１９に記載のキット。
【請求項２１】
前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ用；前記ｍｅｃＡアッセイ用；並びに前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイ及び前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイから選ばれる少なくとも一つの他のアッセイ用のプライマーセット及びプローブを含む、請求項１９に記載のキット。
【請求項２２】
前記ｍｅｃＡアッセイ用並びに前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、及び前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイから選ばれる二つの他のアッセイ用のプライマーセット及びプローブを含む、請求項１９に記載のキット。
【請求項２３】
前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイ及び前記ｍｅｃＡアッセイ用のプライマーセット及びプローブを含む、請求項１９に記載のキット。
【請求項２４】
工程（ｂ）の前記配列特異的アッセイがさらに、少なくとも一つの標的遺伝子及び少なくとも一つの基準遺伝子を含み；かつ工程（ｄ）の解析が、クロッシングポイント値又はサイクル閾値から選択されるアルゴリズムに従った前記基準遺伝子に関する前記標的遺伝子の発現の解析を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも一つの細菌を同定するための方法であって：
ａ．試料を取得する工程；
ｂ．配列特異的ｍｅｃＡアッセイ並びにｎｕｃ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイ、ｔｕｆ−Ｓａアッセイ、及びｔｕｆ−ＣＮＳアッセイから選択される少なくとも一つの追加の配列特異的アッセイを行うことによって、前記試料をスクリーニングする工程であって；ここで各前記配列特異的アッセイがさらに、少なくとも一つの標的遺伝子及び少なくとも一つの基準遺伝子を含む、工程；
ｃ．クロッシングポイント又はサイクル閾値に従って、前記基準遺伝子の各々に関する前記標的遺伝子の各々の発現を解析する工程；並びに
ｄ．試料中に存在する少なくとも一つの細菌を、ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ、ＭＳＣＮＳ、ＭＲＳＥ、及びＭＳＳＥのうちの一つ以上と同定する工程；
を含む、方法。
【請求項２６】
前記解析の工程が、同一検体内の異なる菌株が寄与する相対サイクル閾値の相加効果を使用することを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記少なくとも一つの細菌を同定する工程が、各標的遺伝子の発現を比較して、各遺伝子の存在を決定し、各遺伝子の存在を、少なくともＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ、ＭＳＣＮＳ、ＭＲＳＥ、及びＭＳＳＥの一つを含む、対応する細菌種に関連付けることを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも一つの追加の配列特異的アッセイが、前記ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、前記ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ、又は前記ｔｕｆ−Ｓａアッセイである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも一つの追加の配列特異的アッセイが、配列番号７及び８と９０％を超える配列同一性を有するプライマーセットを含む前記ｆｅｍＡ−Ｓｅアッセイである、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも一つの追加の配列特異的アッセイが、配列番号１３及び１４と９０％を超える配列同一性を有するプライマーセットを含む前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイである、請求項２５に記載の方法。
【請求項３１】
前記ｍｅｃＡアッセイが、配列番号１６及び１７と９０％を超える配列同一性を有するプライマーセットを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３２】
前記配列特異的ｍｅｃＡアッセイの標的遺伝子が検出され、前記少なくとも一つの追加の配列特異的アッセイの標的遺伝子が検出されず、かつ前記試料中に存在する少なくとも一つの細菌がＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属ではない細菌と同定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３３】
試料中の複数の種類の細菌の存在を決定するための方法であって：
ａ．試料を取得する工程；
ｂ．配列特異的ｍｅｃＡアッセイ、ｎｕｃ−Ｓａアッセイ、ｆｅｍＡ−Ｓａアッセイ及びｔｕｆ−Ｓａアッセイから選択される第二の配列特異的アッセイ、並びに配列特異的ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイを行うことによって、前記試料をスクリーニングする工程であって、ここで前記配列特異的アッセイの各々がさらに、少なくとも一つの標的遺伝子及び少なくとも一つの基準遺伝子を含む、工程；
ｃ．クロッシングポイント又はサイクル閾値に従って、前記基準遺伝子の各々に関する前記標的遺伝子の各々の発現を解析する工程；
を含む、方法。
【請求項３４】
前記ｍｅｃＡアッセイが、配列番号１６、１７又は１８と９０％を超える配列同一性を有するプライマーセットを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記発現を解析する工程がさらに、
ａ．試料内の前記ｍｅｃＡ標的遺伝子の存在を決定して、ＭＲＳＡ、ＭＲＳＣＮＳ及びＭＲＳＥの少なくとも一つの存在を検出する工程；
ｂ．前記第二の配列特異的標的遺伝子の存在を決定して、ＭＲＳＡ及びＭＳＳＡの少なくとも一つの存在を検出する工程；
ｃ．前記ｔｕｆ−ＣＮＳアッセイの標的遺伝子の存在を決定して、ＭＲＣＮＳ及びＭＳＣＮＳの少なくとも一つの存在を検出する工程；
ｄ．３つ全ての配列特異的アッセイの前記標的遺伝子の存在を決定して、ＭＲＳＡ、ＭＳＳＡ、ＭＲＣＮＳ、ＭＳＣＮＳ、ＭＳＳＥ、及びＭＲＳＥの各細菌の種類の存在を決定し、かつ区別する工程；
を含む、請求項３３に記載の方法。