【手続補正書】
【提出日】平成26年8月8日(2014.8.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体における微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、破壊するまたは処置するための方法において使用するための、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドを含む組成物であって、該ポリペプチドは、以下：
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドの高移動度ボックスドメインを含むポリペプチド、または
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドのＨＭＧボックスドメインに対して少なくとも８０％同一であるＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチド、
である、組成物。
【請求項２】
前記ポリペプチドが、前記被験体における前記微生物バイオフィルムのＤＮＡ／タンパク質マトリックス構成成分の形成を減少させる、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ポリペプチドが、デオキシリボ核酸ＢＩＩ（ＤＮＡＢＩＩ）ポリペプチドまたはタンパク質と微生物ＤＮＡとの結合を阻害する、競合する、または低減し、前記方法が、該ＤＮＡＢＩＩポリペプチドもしくはタンパク質または該微生物ＤＮＡを、該ポリペプチドと接触させ、それによって、該ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはポリペプチドと該微生物ＤＮＡとの結合を阻害する、競合する、または低減する工程を含む、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
単離されたまたは組み換え型の前記タンパク質が、翻訳後修飾されたもしくは翻訳後修飾されていない哺乳動物タンパク質、翻訳後にアルキル化されたもしくは翻訳後にアルキル化されていない哺乳動物のタンパク質、または非哺乳動物系において発現されたタンパク質の群から選択され、好ましくは、該タンパク質は、ヒトタンパク質である、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、有効量の、抗菌物質、抗原性ペプチド、またはアジュバントのうちの１つまたは複数と組み合わせて投与されることを特徴とする、請求項１から４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記被験体が、小児科の患者であり、前記ポリペプチドが、該小児科の患者用の処方物で投与される、請求項１から５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
前記バイオフィルムが、表１に特定される微生物由来の微生物ＤＮＡを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
前記ポリペプチドが、局所的に、経皮的に、舌下に、直腸に、膣に、眼に、皮下に、筋肉内に、腹腔内に、尿道に、鼻腔内に、吸入によって、または経口的に、を含む方法によって投与される、請求項１から７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
被験体における微生物バイオフィルムを阻害する、予防するまたは処置するための方法における使用のためのキットであって、該キットは、請求項１に記載の任意の１種または複数のポリペプチドと、バイオフィルムを破壊する、またはバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するのに使用するための指示書とを含む、キット。
【請求項１０】
アジュバント、抗原性ペプチド、または抗菌物質のうちの１種または複数をさらに含む、請求項９に記載の使用のためのキット。
【請求項１１】
インビトロにおける微生物バイオフィルムを阻害する、予防するまたは処置するための方法における使用のためのキットであって、該キットは、請求項１に記載の任意の１種または複数のポリペプチドと、バイオフィルムを破壊する、またはバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するのに使用するための指示書とを含む、キット。
【請求項１２】
微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、破壊するまたは処置するためのインビトロでの方法における、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドの使用であって、該ポリペプチドは、インビトロで該バイオフィルムと接触させられ、ここで、該ポリペプチドは、以下：
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドの高移動度ボックスドメインを含むポリペプチド、または
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドのＨＭＧボックスドメインに対して少なくとも８０％同一であるＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチド、
である、使用。
【請求項１３】
微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、破壊するまたは処置するためのインビトロでの方法であって、該方法は、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドを、インビトロで該バイオフィルムと接触させる工程を包含し、ここで、該ポリペプチドは、以下：
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドの高移動度ボックスドメインを含むポリペプチド、または
高移動度ボックス２タンパク質（ＨＭＧＢ２）、高移動度ボックス３タンパク質（ＨＭＧＢ３）、高移動度ボックス４タンパク質（ＨＭＧＢ４）、クロマチンＳＲＹ（性別決定領域Ｙタンパク質）の非ヒストン性成分、転写因子のＳＯＸファミリー、配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）、ＴＣＦ−１（Ｔ細胞因子１）、転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子、ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ１／２（上流結合因子）、Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ結合因子、ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１の群より選択される酵母転写因子；真菌の有性生殖に関与する接合型タンパク質（ＭＡＴ）、ＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子の群より選択されるポリペプチドのＨＭＧボックスドメインに対して少なくとも８０％同一であるＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチド、
である、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
本開示のさらに別の実施形態は、バイオフィルムを破壊する、またはバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するための医薬品の製造における、以下の群のポリペプチドの使用を提供する：
（ａ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１またはそのフラグメント；
（ｂ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ２またはそのフラグメント；
（ｃ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ３またはそのフラグメント；
（ｄ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ４またはそのフラグメント；または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のいずれかと少なくとも約７０％同一であるポリペプチド。
たとえば、本発明は、以下の項目を提供する：
（項目１）
ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質と微生物ＤＮＡとの結合を阻害する、競合する、または低減するための方法であって、該ＤＮＡＢＩＩポリペプチドもしくはタンパク質または該微生物ＤＮＡを、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドと接触させ、それによって、該ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはポリペプチドと該微生物ＤＮＡとの結合を阻害する、競合する、または低減する工程を含む、方法。
（項目２）
微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、または破壊するための方法であって、該バイオフィルムを、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドと接触させ、それによって、該微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、または破壊する工程を含む、方法。
（項目３）
上記接触させる工程が、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏにおけるものである、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
被験体においてバイオフィルムを阻害する、予防する、または破壊する方法であって、ＨＭＧボックスドメインを含む有効量のポリペプチドを該被験体に投与し、それによって、微生物バイオフィルムを阻害する、予防する、または破壊する工程を含む、方法。
（項目５）
被験体においてバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するための方法であって、ＨＭＧボックスドメインを含む有効量のポリペプチドを該被験体に投与し、それによって、該被験体において該バイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置する工程を含む、方法。
（項目６）
上記ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドが、
（ａ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１またはそのフラグメント；
（ｂ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ２またはそのフラグメント；
（ｃ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ３またはそのフラグメント；
（ｄ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ４またはそのフラグメント；または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のいずれかと少なくとも約７０％同一であるポリペプチド
のうちの１つまたは複数を含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
上記ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドが、１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１、ＨＭＧＢ１と少なくとも約７０％同一であるポリペプチド、またはそれらのフラグメントを含む、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
上記単離されたまたは組み換え型のタンパク質が、翻訳後修飾されたもしくは翻訳後修飾されていない哺乳動物タンパク質、翻訳後にアルキル化されたもしくは翻訳後にアルキル化されていない哺乳動物のタンパク質、または非哺乳動物系において発現されたタンパク質の群から選択される、項目６または７に記載の方法。
（項目９）
上記哺乳動物タンパク質が、ヒトタンパク質である、項目８に記載の方法。
（項目１０）
有効量の、抗菌物質、抗原性ペプチド、またはアジュバントのうちの１つまたは複数を上記被験体に投与する工程をさらに含む、項目４から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
上記被験体が、非ヒト動物またはヒト患者である、項目４から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
上記ポリペプチドが、局所的に、経皮的に、舌下に、直腸に、膣に、眼に、皮下に、筋肉内に、腹腔内に、尿道に、鼻腔内に、吸入によって、または経口的に、を含む方法によって投与される、項目４から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
上記被験体が、小児科の患者であり、上記ポリペプチドが、該小児科の患者用の処方物で投与される、項目４から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
上記バイオフィルムが、表１に特定される微生物由来の微生物ＤＮＡを含む、項目４から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
上記ポリペプチドが、上記微生物感染に対して局所的に投与される、項目４から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
免疫応答の誘発または提供を必要とする被験体において免疫応答を誘発するまたは提供するための方法であって、ＨＭＧボックスドメインを含む有効量のポリペプチドを該被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目１７）
上記投与が、上記免疫応答が所望される場所に限局的なものである、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
上記ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドが、
（ａ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１またはそのフラグメント；
（ｂ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ２またはそのフラグメント；
（ｃ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ３またはそのフラグメント；
（ｄ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ４またはそのフラグメント；または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のいずれかと少なくとも約７０％同一であるポリペプチド
のうちの１つまたは複数を含む：項目１６または１７に記載の方法。
（項目１９）
上記ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドが、１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１、ＨＭＧＢ１と少なくとも約７０％同一であるポリペプチド、またはそれらのフラグメントを含む、項目１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
上記単離されたまたは組み換え型のタンパク質が、哺乳動物タンパク質である、項目１８または１９に記載の方法。
（項目２１）
上記哺乳動物タンパク質が、ヒトタンパク質である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
上記被験体が、非ヒト動物またはヒト患者である、項目１６から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
バイオフィルムを破壊する、またはバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するのに使用するための、
（ａ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１またはそのフラグメント；
（ｂ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ２またはそのフラグメント；
（ｃ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ３またはそのフラグメント；
（ｄ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ４またはそのフラグメント；または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のいずれかと少なくとも約７０％同一であるポリペプチド
の群の任意の１種または複数のポリペプチドと、指示書とを含む、キット
（項目２４）
アジュバント、抗原性ペプチド、または抗菌物質のうちの１種または複数をさらに含む、項目２３に記載のキット。
（項目２５）
液体担体、薬学的に受容可能な担体、固相担体、薬学的に受容可能な担体、インプラント、ステント、ペースト、ゲル、歯科用インプラント、または医療用インプラントの群から選択される担体をさらに含む、項目２３または２４に記載のキット。
（項目２６）
バイオフィルムを破壊する、またはバイオフィルムを生じる微生物感染を阻害する、予防する、または処置するための医薬品の製造における、
（ａ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ１またはそのフラグメント；
（ｂ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ２またはそのフラグメント；
（ｃ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ３またはそのフラグメント；
（ｄ）１つまたは複数のＨＭＧボックスドメインを含む、単離されたまたは組み換え型のタンパク質ＨＭＧＢ４またはそのフラグメント；または
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のいずれかと少なくとも約７０％同一であるポリペプチド
の群のポリペプチドの使用。