【手続補正書】
【提出日】平成25年12月16日(2013.12.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
正常細胞から癌細胞を判別する方法であって、ＯＭＤまたはそのバリアント；ＰＲＥＬＰまたはそのバリアントからなる一覧から選択される標的タンパク質が前記細胞の中で過小発現されるかどうかを判定することを含む、方法。
【請求項２】
前記方法は、ＯＭＤまたはそのバリアントおよびＰＲＥＬＰまたはそのバリアントの両方が前記細胞の中で過小発現されるかどうかを判定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細胞が存在しているかまたは前記細胞が由来する個体において、癌の発症を診断、病期決定または予測することにおいて使用するための、請求項１または請求項２に記載の方法であって、前記標的タンパク質が癌細胞の中で過小発現されるかどうかの判定が、特異的な転写下方制御ならびに／あるいは患者由来の試料中の癌細胞の直接検査による、および／または血液および尿試料から任意に選択される体液の間接的検査による、エピジェネティックな修飾の検出によって成される、方法。
【請求項４】
個体の組織において癌の発症を診断、病期決定または予測するための方法であって、
（ａ）前記個体に由来する前記組織の試料において、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）の発現を判定することと、
（ｂ）前記試料中で観察された発現のパターンまたはレベルを、同じ個体に由来するかまたは１以上のさらなる健康な個体に由来する第２の臨床的に正常な組織試料の中の、または前記第２の臨床的に正常な組織試料に由来する、同じタンパク質（複数可）の前記発現のパターンまたはレベルと比較することを含み、前記試料において観察される前記発現の低下は、前記試料における癌細胞の存在の見込みと相関する、方法。
【請求項５】
前記発現のパターンまたはレベルは、
（ａ）前記発現のレベルが、任意にｍＲＮＡマイクロアレイおよびＲＴ−ＰＣＲを使用して評価される場合、前記もしくは各々の標的タンパク質のすべてもしくは一部分をコードする核酸配列、または前記核酸配列に相補的な配列を使用して評価されるか、あるいは
（ｂ）前記または各々の標的タンパク質をコードする遺伝子のプロモーター領域のメチル化を検出することにより評価される、
請求項１から請求項４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記または各々の標的タンパク質は、前記標的タンパク質に特異的に結合することができる結合部分である認識化合物を使用して検出され、前記結合部分は、検出可能な標識に任意に連結され、前記方法は、任意に、（ａ）癌細胞の存在について試験するべき組織試料を患者から入手する工程、（ｂ）試料調製プロセスにおいて調製された試料を生成する工程、（ｃ）前記調製された試料を前記または各々の標的タンパク質と反応する認識化合物と接触させる工程、および（ｄ）存在する場合、前記調製された試料において前記認識化合物の、前記標的タンパク質への結合を検出する工程を含む、請求項１から請求項４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
試料中の癌の診断または予後診断のためのキットであって、
（ａ）評価対象の試料を受けるための容器または他の手段と、
（ｂ）前記試料中の、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）の存在および／または量を特異的に検出するための手段と、任意に
（ｃ）このようなアッセイを実施するための取扱説明書と
を含む、キット。
【請求項８】
個体についての癌治療レジメンの有効性を１以上の時間点について判定する方法であって、
（ａ）前記個体の癌性組織における、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）の発現のベースライン値を測定する工程と、
（ｂ）治療用薬物を投与する工程と、次いで
（ｃ）投与後の１以上の場面における前記組織内での前記または各々の標的タンパク質の発現レベルを再測定する工程と
を含み、前記標的タンパク質発現レベルにおける観察される変化は、前記治療レジメンの有効性と相関し、
前記標的タンパク質は、病理学的に正常な細胞における発現と比較して腫瘍細胞において過小発現される、方法。
【請求項９】
癌治療化合物についてスクリーニングする方法であって、候補治療用化合物を、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）と接触させることと、（ａ）前記化合物と前記標的タンパク質との間の複合体の存在について、または（ｂ）前記標的タンパク質とリガンドまたはその結合パートナーとの間の複合体の存在について、または（ｃ）前記標的タンパク質の生物活性に対する前記化合物の効果についてアッセイすることと、を含む方法。
【請求項１０】
癌治療化合物についてスクリーニングするためのモデル系を生成する方法であって、真核生物宿主細胞内で、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）をコードする１以上の内因性の遺伝子を不活化することを含む、方法。
【請求項１１】
癌治療化合物についてスクリーニングすることに好適な遺伝子導入の非ヒト動物であって、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の標的タンパク質の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）をコードする遺伝子（複数可）の不活性なコピーを含む、遺伝子導入の非ヒト動物。
【請求項１２】
癌治療化合物についてスクリーニングする方法であって、候補治療用化合物を、請求項１１に記載の動物に投与することと、前記治療薬の効果を判定することと、を含む方法。
【請求項１３】
癌治療化合物についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）を過小発現する細胞を準備することと、
（ｂ）候補治療用化合物を前記細胞に加えることと、
（ｃ）前記標的タンパク質（複数可）の発現または生物活性に対する前記化合物の効果を判定することと、
任意に（ｄ）前記化合物が前記標的タンパク質（複数可）の前記発現または生物活性を上昇させる場合に、前記化合物を選択することと
を含み、任意に、前記候補治療用化合物の不存在下での前記または各々のタンパク質の発現または生物活性のレベルを、前記候補治療用化合物の存在下での発現または生物活性のレベルと比較することを含む、方法。
【請求項１４】
前記癌は上皮癌である、請求項１から請求項６、請求項８から請求項１０または請求項１２から１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌は、任意に膀胱癌もしくは腎癌である泌尿器の癌、または他の上皮癌から選択される、請求項１から請求項６、請求項８から請求項１０または請求項１２から１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記癌は、肺癌、乳癌、胃癌、結腸癌、直腸癌、前立腺癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、卵巣癌、甲状腺癌、食道癌、小腸癌、および副腎癌から選択され、前記癌において、標的タンパク質は下方制御される、請求項１から請求項６、請求項８から請求項１０または請求項１２から１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的タンパク質および癌は、ＯＭＤ／肺癌；ＰＲＥＬＰ／肺癌；ＰＲＥＬＰ／前立腺癌；ＰＲＥＬＰ／乳癌から選択される、請求項１から請求項６、請求項８から請求項１０または請求項１２から１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
癌の処置のための医薬の調製における、（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）の発現または活性をインビボで上昇させる、化合物の使用であって、前記処置は、
（ｉ）請求項３〜６のいずれか１項に記載の方法によって前記癌を診断することと、
（ｉｉ）治療有効量の前記化合物を患者に投与することとを含む、使用。
【請求項１９】
前記化合物は、（ａ）（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアントからなる一覧から選択されるタンパク質、（ｂ）（ｉ）ＯＭＤまたはそのバリアント；（ｉｉ）ＰＲＥＬＰまたはそのバリアント；（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方、からなる一覧から選択される標的タンパク質（複数可）をコードする任意のベクターであるポリヌクレオチドである、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
前記化合物は前記標的タンパク質と相互作用し、前記標的タンパク質の生物活性を上昇または増大する、請求項１８または請求項１９に記載の使用。
【請求項２１】
前記処置は、以下の、腫瘍形成の阻害；Ｇ１期での細胞周期の停止；増殖の阻害；アポトーシスによる細胞死の増加；癌細胞の足場非依存性増殖またはコロニー形成能の低下；治療用ＤＮＡ損傷試薬に対する癌細胞の感度の上昇のうちの１以上をもたらす、請求項１８から請求項２０のいずれか１項に記載の使用。