【手続補正書】
【提出日】平成23年10月20日(2011.10.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得る腎癌患者を特定するのを補助する方法であって、
該患者からの試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
参照試料と比較した、該患者からの該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す方法。
【請求項２】
抗血管新生療法に対する腎癌患者の応答性を予測するのを補助する方法であって、
該患者からの試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
参照試料と比較した、該患者からの該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、該抗血管新生療法単独に対して応答する可能性がより低いことを示す方法。
【請求項３】
前記抗血管新生療法がＶＥＧＦ特異的アンタゴニストの投与を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記患者からの試料が組織試料であるか、血漿からのものである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項７】
腎癌患者のために個人用のゲノム解析プロフィールを作成する方法であって、
該患者からの試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程と、
該発現レベルを参照試料と比較する工程と、
を含み、参照試料と比較した、該患者からの該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法の臨床上の利益の可能性の増加を示す方法。
【請求項８】
表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含むアレイを含むキットであって、抗血管新生療法単独に対する腎癌患者の応答性を予測するために該アレイを用いるための説明書をさらに含み、参照試料と比較した該１またはそれより多くの遺伝子の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示すキット。
【請求項９】
表１に記載の２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを検出することができる化合物のセットであって、参照試料と比較した、腎癌患者からの試料中の、該化合物のセットを用いて決定した該２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す、化合物のセット。
【請求項１０】
前記化合物がポリヌクレオチドである、請求項９に記載の化合物のセット。
【請求項１１】
前記化合物がタンパク質である、請求項９に記載の化合物のセット。
【請求項１２】
前記化合物のセットが、表１に記載の遺伝子または遺伝子産物のすべてを検出することができる、請求項９に記載の化合物のセット。
【請求項１３】
抗血管新生療法で処置される腎癌患者で処置の進行をモニターするのを補助する方法であって、
最初の腫瘍評価時の該患者からの試料中で表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
該抗血管新生療法の前または開始時の該患者からの試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該抗血管新生療法単独の臨床上の利益が減少している素因を該患者が有することを示す方法。
【請求項１４】
抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得る腎癌患者を特定するのを補助する方法であって、
最初の腫瘍評価時の該患者からの試料中で表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
該抗血管新生療法の前または開始時の該患者からの試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す方法。
【請求項１５】
前記抗血管新生療法がＶＥＧＦ特異的アンタゴニストの投与を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者からの試料が組織試料であるか、または血漿からのものである、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記臨床上の利益の減少が、短い無進行生存期間、低い応答率または低い全生存率である、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含むアレイを含むキットであって、抗血管新生療法単独に対する腎癌患者の応答性を検出するために該アレイを用いることについての説明書をさらに含み、該抗血管新生療法の前または開始時の該患者からの試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該患者からの試料中の該遺伝子のうちの１またはそれより多くの発現の増加は、該患者が、該抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示すキット。
【請求項２１】
表２に記載の２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを検出することができる化合物のセットであって、抗血管新生療法の前または開始時の腎癌患者からの試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該患者からの試料中の、該化合物のセットを用いて決定される該２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す化合物のセット。
【請求項２２】
前記化合物がポリヌクレオチドである、請求項２１に記載の化合物のセット。
【請求項２３】
前記化合物がタンパク質である、請求項２１に記載の化合物のセット。
【請求項２４】
前記化合物のセットが、表２に記載の遺伝子または遺伝子産物のすべてを検出することができる、請求項２１に記載の化合物のセット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
一部の実施形態では、抗血管新生療法は、抗ＶＥＧＦ抗体の投与を含む。一部の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ベバジクマブ（ｂｅｖａｚｉｃｕｍａｂ）である。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得る腎癌患者を特定する方法であって、
該患者から得た試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
参照試料と比較した、該患者から得た該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す方法。
（項目２）
抗血管新生療法に対する腎癌患者の応答性を予測する方法であって、
該患者から得た試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
参照試料と比較した、該患者から得た該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、該抗血管新生療法単独に対して応答する可能性がより低いことを示す方法。
（項目３）
前記抗血管新生療法がＶＥＧＦ特異的アンタゴニストの投与を含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記患者から得た試料が組織試料であるか、血漿から得られる、項目１または２に記載の方法。
（項目７）
腎癌患者のために個人用のゲノム解析プロフィールを作成する方法であって、
該患者から得た試料中の表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程と、
該発現レベルを参照試料と比較する工程と、
該決定工程および／または比較工程から得られるデータを要約する報告を作成する工程であり、該報告が該患者に対する抗血管新生療法単独の臨床上の利益の可能性の予測を含む工程とを含み、
参照試料と比較した、該患者から得た該試料中の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法の臨床上の利益の可能性の増加を示す方法。
（項目８）
表１に記載の１またはそれより多くの遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含むアレイを含むキットであって、抗血管新生療法単独に対する腎癌患者の応答性を予測するために該アレイを用いるための説明書をさらに含み、参照試料と比較した該１またはそれより多くの遺伝子の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示すキット。
（項目９）
表１に記載の２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを検出することができる化合物のセットであって、参照試料と比較した、腎癌患者から得た試料中の、該化合物のセットを用いて決定した該２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す、化合物のセット。
（項目１０）
前記化合物がポリヌクレオチドである、項目９に記載の化合物のセット。
（項目１１）
前記化合物がタンパク質である、項目９に記載の化合物のセット。
（項目１２）
前記化合物のセットが、表１に記載の遺伝子または遺伝子産物のすべてを検出することができる、項目９に記載の化合物のセット。
（項目１３）
抗血管新生療法で処置される腎癌患者で処置の進行をモニターする方法であって、
最初の腫瘍評価時に該患者から得た試料中で表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
該抗血管新生療法の前または開始時に該患者から得た試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該抗血管新生療法単独の臨床上の利益が減少している素因を該患者が有することを示す方法。
（項目１４）
抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得る腎癌患者を特定する方法であって、
最初の腫瘍評価時に該患者から得た試料中で表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを決定する工程を含み、
該抗血管新生療法の前または開始時に該患者から得た試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該１またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルの増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す方法。
（項目１５）
前記抗血管新生療法がＶＥＧＦ特異的アンタゴニストの投与を含む、項目１３または１４に記載の方法。
（項目１６）
前記ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストが抗ＶＥＧＦ抗体である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記抗ＶＥＧＦ抗体がベバシズマブである、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記患者から得た試料が組織試料であるか、または血漿から得られる、項目１３または１４に記載の方法。
（項目１９）
前記臨床上の利益の減少が、短い無進行生存期間、低い応答率または低い全生存率である、項目１３に記載の方法。
（項目２０）
表２に記載の１またはそれより多くの遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドを含むアレイを含むキットであって、抗血管新生療法単独に対する腎癌患者の応答性を検出するために該アレイを用いることについての説明書をさらに含み、該抗血管新生療法の前または開始時に該患者から得た試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該患者から得た試料中の該遺伝子のうちの１またはそれより多くの発現の増加は、該患者が、該抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示すキット。
（項目２１）
表２に記載の２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現レベルを検出することができる化合物のセットであって、抗血管新生療法の前または開始時に腎癌患者から得た試料と比較した、最初の腫瘍評価時の該患者から得た試料中の、該化合物のセットを用いて決定される該２またはそれより多くの遺伝子または遺伝子産物の発現の増加は、該患者が、抗血管新生療法以外の抗癌療法または抗血管新生療法に加えての抗癌療法から利益を受け得ることを示す化合物のセット。
（項目２２）
前記化合物がポリヌクレオチドである、項目２１に記載の化合物のセット。
（項目２３）
前記化合物がタンパク質である、項目２１に記載の化合物のセット。
（項目２４）
前記化合物のセットが、表２に記載の遺伝子または遺伝子産物のすべてを検出することができる、項目２１に記載の化合物のセット。