【手続補正書】
【提出日】平成24年2月24日(2012.2.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）細胞抽出物を生成するために抗癌剤の投与後、または抗癌剤とのインキュベーション前に単離された乳房腫瘍の細胞を溶解させる工程と；
（ｂ）前記細胞抽出物中の１つ以上の分析物の活性化状態を、前記１つ以上の分析物に対して特異的である複数の希釈系列の捕捉抗体を含むアッセイを用いて検出する工程であって、前記捕捉抗体が固体支持体上に固定され、そして
前記アッセイが、
（ｉ）複数の捕捉分析物を形成するために前記細胞抽出物を捕捉抗体の複数の希釈系列とインキュベートする工程と；
（ｉｉ）複数の検出可能な捕捉分析物を形成するために、前記複数の捕捉分析物を、前記複数の活性化状態非依存性抗体および前記対応する分析物に対して特異的である複数の活性化状態依存性抗体を含む検出抗体とインキュベートする工程であって、
前記活性化状態非依存性抗体はグルコースオキシダーゼで標識され、前記グルコースオキシダーゼ及び活性化状態非依存性抗体はスルフヒドリル活性化デキストラン分子へ結合され、前記活性化状態依存性抗体はシグナル増幅対の第１メンバーで標識され、前記グルコースオキシダーゼは前記シグナル増幅対の第１メンバーにチャネリングして反応する酸化剤を生成する工程と、
（ｉｉｉ）増幅シグナルを生成するために、前記複数の検出可能な捕捉分析物をシグナル増幅対の第２メンバーとインキュベートする工程と；
（ｉｖ）前記シグナル増幅対の第１および第２メンバーから生成された前記増幅シグナルを検出する工程と；を含む
前記検出工程と；
（ｃ）前記抗癌剤が、前記１つ以上の分析物について検出された活性化状態を前記抗癌剤の非存在下で作成された対照活性化プロファイルと比較することによって、前記乳房腫瘍の治療のために適切であるか、または不適切であるかを決定し、前記方法は乳房腫瘍を治療するのに適切な抗癌剤を選択するためである、工程と、
を含む方法。
【請求項２】
前記工程（ｃ）に代えて、
前記１つ以上の分析物について検出された活性化状態を前記抗癌剤の非存在下で作成された対照活性化プロファイルと比較することによって、前記乳房腫瘍が前記抗癌剤を用いた治療に応答性または非応答性であると同定し、前記方法が抗癌剤を用いた治療への乳房腫瘍の応答を同定するための方法である、工程を含む請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記工程（ｃ）に代えて、
前記１つ以上の分析物について検出された活性化状態を前記抗癌剤の非存在下で作成された対照活性化プロファイルと比較することによって、前記被験者が前記抗癌剤を用いた治療に応答する可能性を予測し、前記方法が抗癌剤を用いた治療への乳房腫瘍を有する被験者の応答を予測するための方法である、工程を含む請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記乳房腫瘍は、乳管癌を有する被験者に由来し、前記乳管癌は好ましくは浸潤性乳管癌または非浸潤性乳管癌であるか、又は前記乳房腫瘍は、小葉癌を有する被験者に由来し、前記小葉癌は、好ましくは浸潤性小葉癌または上皮内小葉癌である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞は、前記乳房腫瘍の循環細胞を含み、前記循環細胞は、好ましくは免疫磁気分離法によってサンプルから単離され、前記サンプルは、好ましくは全血、血清、血漿、管洗浄、乳頭吸引液、リンパ液、骨髄吸引液、尿、唾液、細針吸引液、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、前記循環細胞は、好ましくは循環腫瘍細胞、循環内皮細胞、循環内皮前駆細胞、癌幹細胞、播種性腫瘍細胞、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞は、腫瘍組織から単離され、前記腫瘍組織は、好ましくは原発性腫瘍組織または転移性腫瘍組織であり、前記細胞は、好ましくは細針吸引液サンプルとして腫瘍組織から単離される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記単離した細胞は、増殖因子を用いてインビトロ（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）で刺激される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記抗癌剤は、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法薬、ホルモン療法薬、放射線療法薬、ワクチン、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記モノクローナル抗体は、好ましくはトラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、ゲムツズマブ（Ｍｙｌｏｔａｒｇ（登録商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（商品名））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、トシツモマブ（ＢＥＸＸＡＲ（登録商標））、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記チロシンキナーゼ阻害剤は、好ましくはゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６）、イマチニブメシレート（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、レフルノミド（ＳＵ１０１）、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（商品名）；ＺＤ６４７４）、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記化学療法薬は、好ましくはペメトレキセド（ＡＬＩＭＴＡ（登録商標））、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、シロリムス（ラパマイシン）、ラパマイシンアナログ、白金化合物、カルボプラチン、シスプラチン、サトラプラチン、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標））、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記ホルモン療法薬は、好ましくはアロマターゼ阻害剤、選択的エストロゲン受容体調節剤、ステロイド、フィナステリド、ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニスト、それらの薬学的に許容される塩、それらの立体異性体、それらの誘導体、それらのアナログ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記放射線療法薬は、好ましくは４７Ｓｃ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、８９Ｓｒ、８６Ｙ、８７Ｙ、９０Ｙ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１１７ｍＳｎ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１６６Ｈｏ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔ、および２１２Ｂｉ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記１つ以上の分析物は、複数のシグナル伝達分子を含み、
前記複数のシグナル伝達分子は、好ましくは受容体チロシンキナーゼ、非受容体チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼシグナル伝達カスケード成分、核ホルモン受容体、核受容体コアクチベーター、核受容体リプレッサー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、
前記複数のシグナル伝達分子は、好ましくはＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ１）、ＨＥＲ−２（ＥｒｂＢ２）、ｐ９５ＥｒｂＢ２、ＨＥＲ−３（ＥｒｂＢ３）、ＨＥＲ−４（ＥｒｂＢ４）、Ｒａｆ、ＳＲＣ、Ｍｅｋ、ＮＦｋＢ−ＩｋＢ、ｍＴｏｒ、ＰＩ３Ｋ、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、Ｅｐｈ−ａ、Ｅｐｈ−ｂ、Ｅｐｈ−ｃ、Ｅｐｈ−ｄ、ｃＭｅｔ、ＦＧＦＲ、ｃＫｉｔ、Ｆｌｔ−３、Ｔｉｅ−１、Ｔｉｅ−２、Ｆｌｔ−３、ｃＦＭＳ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、Ａｂｌ、ＦＴＬ３、ＲＥＴ、Ｋｉｔ、ＨＧＦＲ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＩＧＦ−１Ｒ、ＥＲ、ＰＲ、ＮＣＯＲ、ＡＩＢ１、およびそれらの組み合わせからなる群より選択され、又は
前記複数のシグナル伝達分子は、好ましくはＥｒｂＢ１、ＥｒｂＢ２、ｐ９５ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、ＥＲ、ＰＲ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記活性化状態は、リン酸化状態、ユビキチン化状態、複合体形成状態、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記固体支持体は、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記捕捉抗体は、アドレス可能なアレイ内の固体支持体上に固定される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記活性化状態依存性抗体は、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて直接的に標識されるか、又は
前記活性化状態依存性抗体は、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて、前記活性化状態依存性抗体に結合された結合対の第１メンバーと前記シグナル増幅対の第１メンバーに結合された前記結合対の第２メンバーとの間の結合によって標識され、
前記結合対の第１メンバーは、好ましくはビオチンであり、
前記結合対の第２メンバーは、好ましくはストレプトアビジンである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記スルフヒドリル活性化デキストラン分子は、５００ｋＤａの分子量を有する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記酸化剤は、過酸化水素（Ｈ２Ｏ２）である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記シグナル増幅対の第１メンバーは、ペルオキシダーゼ、好ましくは西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）であり、及び／又は前記シグナル増幅対の第２メンバーは、チラミド試薬、好ましくはビオチン−チラミドである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記増幅シグナルは、活性化チラミドを生成するために前記ビオチン−チラミドのペルオキシダーゼ酸化によって生成される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記活性化チラミドは、直接検出されるか、又は前記活性化チラミドは、シグナル検出試薬の添加に基づいて検出され、前記シグナル検出試薬は、好ましくはストレプトアビジン標識フルオロフォアであるか、又はストレプトアビジン標識ペルオキシダーゼおよび発色試薬の組み合わせであり、前記発色試薬は、好ましくは３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
固体支持体上に固定された複数の希釈系列の捕捉抗体を含む優れたダイナミックレンジを有するアレイであって、各希釈系列中の捕捉抗体は細胞抽出物中のシグナル伝達経路の成分に対応する１つ以上の分析物に対して特異的である、アレイの請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法を行うための使用。