【手続補正書】
【提出日】平成24年5月11日(2012.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブを含むキット。
【請求項２】
前記プローブが、配列番号３４、３５、３６、３７、５３、５４、５５、５６、および５７からなる群より選択される核酸に対して少なくとも９０％同一である核酸試薬を含む、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択される少なくとも２つのマーカーを検出するための少なくとも２つのプローブを含むキット。
【請求項４】
前記少なくとも２つのプローブが複数の核酸試薬を含み、その各々が、配列番号３４、３５、３６、３７、５３、５４、５５、５６、および５７からなる群より選択される核酸に対して少なくとも９０％同一である、請求項３に記載のキット。
【請求項５】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを、患者が日和見感染およびリンパ腫からなる群より選択される障害に対して感受性であるか否かの指標とする方法であって、
ａ．治療レジメンを用いて治療する前に該患者から得られたサンプルと、該マーカーを検出するためのプローブとを接触させる工程；
ｂ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；および
ｃ．該治療レジメンを用いたいくつかの治療後に該患者から得られたさらなるサンプルについて工程ａおよびｂを反復する工程；
を包含し、
いくつかの治療後の該サンプル中の該マーカーの量が治療前の該サンプル中のレベルよりも少ない場合、該患者が該障害に対して感受性であることの指標である、方法。
【請求項６】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを、患者が日和見感染およびリンパ腫からなる群より選択される障害に対して感受性であるか否かの指標とする方法であって、
ａ．該患者から得られたサンプルと、該マーカーを検出するためのプローブとを接触させる工程；および
ｂ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；
を包含し、
該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも少ない場合、該患者が該障害に対して感受性であることの指標である、方法。
【請求項７】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを、免疫抑制からの患者の回復の指標とする方法であって、
ａ．該患者から得られたサンプルと、該マーカーを検出するためのプローブとを接触させる工程；および
ｂ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；
を包含し、
該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも多い場合、該患者が免疫抑制から回復したことの指標である、方法。
【請求項８】
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを、ワクチン接種が有効であるか否かの指標とする方法であって、
ａ．患者から得られたサンプルと、該マーカーを検出するためのプローブとを接触させる工程；および
ｂ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；
を包含し、
該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも多い場合、該患者が有効なワクチン接種を受けたことの指標である、方法。
【請求項９】
前記サンプルに加えるための安定剤をさらに含む、請求項１に記載のキット。
【請求項１０】
前記安定剤がＲＮＡ安定剤である、請求項９に記載のキット。
【請求項１１】
安定剤を含むサンプル収集容器をさらに含む、請求項１に記載のキット。
【請求項１２】
前記安定剤がＲＮＡ安定剤である、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
前記サンプルが末梢血サンプルである、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
前記サンプルをＢ細胞について富化する工程をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも２つのマーカーのレベルが決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項１６】
前記サンプル中のバイオマーカーのＲＮＡの量が決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項１７】
前記サンプル中の前記ＲＮＡが安定化される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記マーカーが、生殖細胞系列転写物ミュー（ＧＬＴ−μ）、ガンマ１含有サークル転写物（ＣＴ−γ１）、ガンマ２含有サークル転写物（ＣＴ−γ２）、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ）、免疫グロブリン重鎖タイプＧ１（ＩＧＨＧ１）、および免疫グロブリン重鎖タイプＡ２（ＩＧＨＡ２）からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項１９】
慢性免疫障害の継続治療のために支払うか否かを決定するための電子装置であって、
ａ）生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを含む、バイオマーカーまたはバイオマーカーセットの発現レベルを得るための手段；ならびに
ｂ）該発現レベルが該患者が免疫抑制されていないことを示す場合に支払いを認定するための手段
を含む、電子装置。
【請求項２０】
前記マーカーが、生殖細胞系列転写物ミュー（ＧＬＴ−μ）、ガンマ１含有サークル転写物（ＣＴ−γ１）、ガンマ２含有サークル転写物（ＣＴ−γ２）、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ）、免疫グロブリン重鎖タイプＧ１（ＩＧＨＧ１）、および免疫グロブリン重鎖タイプＡ２（ＩＧＨＡ２）からなる群より選択される、請求項１９に記載の電子装置。
【請求項２１】
免疫調節物質を同定するためのスクリーニングのための方法であって、
ａ）Ｂ細胞を含むサンプルを試験薬剤と接触させる工程；ならびに
ｂ）生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーの発現レベルを測定する工程；
を包含し、
該マーカーの該発現レベルが、該試験薬剤と接触されなかったサンプル中の該レベルと有意に異なる場合、該試験薬剤が免疫調節物質であることの指標である、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
（発明の要旨）
１つの態様において、本発明は、胚中心活性の判定において有用な組成物およびキットを提供する。別の態様において、本発明は、胚中心活性を判定するための方法を提供する。これらの態様において、患者サンプルにおけるバイオマーカーが測定される。１つの実施形態において、この活性は増加されている（すなわち、過形成によって）。この実施形態において、バイオマーカーのレベルの増加が測定できる。別の実施形態において、この活性は減少されている（すなわち、萎縮によって）。この実施形態において、バイオマーカーのレベルの減少が測定できる。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブを含むキット。
（項目２）
前記プローブが、配列番号３４、３５、３６、３７、５３、５４、５５、５６、および５７からなる群より選択される核酸に対して少なくとも９０％同一である核酸試薬を含む、項目１に記載のキット。
（項目３）
生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択される少なくとも２つのマーカーを検出するための少なくとも２つのプローブを含むキット。
（項目４）
前記少なくとも２つのプローブが複数の核酸試薬を含み、その各々が、配列番号３４、３５、３６、３７、５３、５４、５５、５６、および５７からなる群より選択される核酸に対して少なくとも９０％同一である、項目３に記載のキット。
（項目５）
患者が日和見感染およびリンパ腫からなる群より選択される障害に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ．治療レジメンを用いて治療する前に該患者からサンプルを入手する工程；
ｂ．生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブと該サンプルを接触させる工程；
ｃ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合したプローブの量を測定する工程；
ｄ．該治療レジメンを用いて該患者を治療する工程；
ｅ．いくつかの治療後に該患者からさらなるサンプルを入手する工程；
ｆおよびｇ．該さらなるサンプルに対して工程ｂおよびｃを反復する工程；ならびに
ｈ．いくつかの治療後の該サンプル中の該マーカーの量が治療前の該サンプル中のレベルよりも少ない場合、該患者が該障害に対して感受性であると決定する工程
を包含する、方法。
（項目６）
患者が日和見感染およびリンパ腫からなる群より選択される障害に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ．該患者からサンプルを入手する工程；
ｂ．生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブと該サンプルを接触させる工程；
ｃ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；
ｄ．該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも少ない場合、該患者が該障害に対して感受性であると決定する工程
を包含する、方法。
（項目７）
免疫抑制からの患者の回復を決定するための方法であって、
ａ．該患者からサンプルを入手する工程；
ｂ．生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブと該サンプルを接触させる工程；
ｃ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；ならびに
ｄ．該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも多い場合、該患者が免疫抑制から回復したと決定する工程
を包含する、方法。
（項目８）
ワクチン接種が有効であるか否かを決定するための方法であって、
ａ．患者からサンプルを入手する工程；
ｂ．生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを検出するためのプローブと該サンプルを接触させる工程；
ｃ．該サンプル中の該マーカーの量を決定するために該サンプルに結合した該プローブの量を測定する工程；
ｄ．該マーカーの量があらかじめ決定した標準よりも多い場合、該患者が有効なワクチン接種を受けたと決定する工程
を包含する、方法。
（項目９）
前記サンプルに加えるための安定剤をさらに含む、項目１に記載のキット。
（項目１０）
前記安定剤がＲＮＡ安定剤である、項目９に記載のキット。
（項目１１）
安定剤を含むサンプル収集容器をさらに含む、項目１に記載のキット。
（項目１２）
前記安定剤がＲＮＡ安定剤である、項目１１に記載のキット。
（項目１３）
前記サンプルが末梢血サンプルである、項目５に記載の方法。
（項目１４）
前記サンプルをＢ細胞について富化する工程をさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目１５）
少なくとも２つのマーカーのレベルが決定される、項目５に記載の方法。
（項目１６）
前記サンプル中のバイオマーカーのＲＮＡの量が決定される、項目５に記載の方法。
（項目１７）
前記サンプル中の前記ＲＮＡが安定化される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記マーカーが、生殖細胞系列転写物ミュー（ＧＬＴ−μ）、ガンマ１含有サークル転写物（ＣＴ−γ１）、ガンマ２含有サークル転写物（ＣＴ−γ２）、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ）、免疫グロブリン重鎖タイプＧ１（ＩＧＨＧ１）、および免疫グロブリン重鎖タイプＡ２（ＩＧＨＡ２）からなる群より選択される、項目５に記載の方法。
（項目１９）
慢性免疫障害の継続治療のために支払うか否かを決定する方法であって、
ａ）生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーを含む、バイオマーカーまたはバイオマーカーセットの発現レベルを得る工程；ならびに
ｂ）該発現レベルが患者が免疫抑制されていないことを示す場合に支払いを認定する工程
を包含する、方法。
（項目２０）
前記マーカーが、生殖細胞系列転写物ミュー（ＧＬＴ−μ）、ガンマ１含有サークル転写物（ＣＴ−γ１）、ガンマ２含有サークル転写物（ＣＴ−γ２）、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ）、免疫グロブリン重鎖タイプＧ１（ＩＧＨＧ１）、および免疫グロブリン重鎖タイプＡ２（ＩＧＨＡ２）からなる群より選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
免疫調節物質を同定するためのスクリーニングのための方法であって、
ａ）Ｂ細胞を含むサンプルを試験薬剤と接触させる工程；
ｂ）生殖細胞系列スイッチ転写物、サークル転写物、およびＤＮＡ組換えエフェクターからなる群より選択されるマーカーの発現レベルを測定する工程；ならびに
ｃ）該マーカーの該発現レベルが、該試験薬剤と接触されなかったサンプル中の該レベルと有意に異なる場合、該試験薬剤が免疫調節物質であると決定する工程
を包含する、方法。