【手続補正書】
【提出日】平成23年11月25日(2011.11.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
共通のスカフォールドに基づくポリペプチド変異体の集団であって、該集団中の各ポリペプチドは、スカフォールドアミノ酸配列
【化１】
2011509073.tif 000001
（ここで、各Ｘは、それぞれ該集団内で変化するアミノ酸残基に対応する）を含む、上記集団。
【請求項２】
共通のスカフォールドに基づくポリペプチド変異体の集団であって、該集団中の各ポリペプチドは、スカフォールドアミノ酸配列
【化２】
2011509073.tif 000002
（ここで、各Ｘは、それぞれ該集団内で変化するアミノ酸残基に対応する）
を含む、上記集団。
【請求項３】
少なくとも１×１０4のユニークなポリペプチド分子を含む、請求項１または２に記載
の集団。
【請求項４】
ポリヌクレオチド集団であって、それらの各メンバーが請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド集団のメンバーをコード化することを特徴とする、上記ポリヌクレオチド集団。
【請求項５】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド集団と請求項４に記載のポリヌクレオチド集団との組み合わせであって、ここで、該ポリペプチド集団の各メンバーは、遺伝
子型−表現型カップリング手段を介してそのメンバーをコード化するポリヌクレオチドと物理的または空間的に関連する、上記組み合わせ。
【請求項６】
ポリペプチド集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択する方法であって、
（ａ）請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド集団を備える工程；
（ｂ）ポリペプチド集団を、標的と標的に対する親和性を有する少なくとも１つの所望のポリペプチドとの間で特異性相互作用を可能にする条件下、所定の標的と接触させる工程；および
（ｃ）該特異性相互作用に基づいて、残りのポリペプチド集団から少なくとも１つの所望のポリペプチドを選択する工程を含む、上記方法。
【請求項７】
工程（ａ）が、請求項４に記載のポリヌクレオチド集団を備え、そして該ポリヌクレオチド集団を発現させて、該ポリペプチド集団を得る予備工程を含み、ここでポリペプチド集団の各メンバーが、遺伝子型−表現型カップリング手段を介してそのメンバーをコード化するポリヌクレオチドと物理的または空間的に関連する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを単離する方法であって、
−該所望のポリペプチドおよびそれをコード化するポリヌクレオチドを、ポリペプチド集団から請求項７に記載の方法を使用して選択する工程；および
−このように分離した、所望のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを単離する工程を含む、上記方法。
【請求項９】
所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを同定する方法であって、
−該所望のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを、請求項８に記載の方法を使用して単離する工程；および
−ポリヌクレオチドを配列決定して、該所望のポリペプチドのアミノ酸配列を推論することにより確立する工程を含む、上記方法。
【請求項１０】
所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを生産する方法であって、
−請求項９に記載の方法を使用して、所望のポリペプチドを単離し、そして同定するか；または、（ｉ）分離担体またはビーズ上の該ポリペプチド集団の各メンバーを合成し；（ii）担体またはビーズを、ポリペプチドと所定の標的との相互作用に基づいて選択または濃縮し；そして（iii）タンパク質キャラクタリゼーション方法により、該ポリペプチドを同定することにより、ポリペプチド集団から所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを選択し、そして同定する工程；および
−該所望のポリペプチドを生産する工程
を含む、上記方法。
【請求項１１】
所定の標的に対する親和性を有する所望のポリペプチドを生産する方法であって、
（ａ１）請求項８に記載の方法を使用して、該所望のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを単離する工程；または
（ａ２）（ｉ）分離担体またはビーズ上の該ポリペプチド集団の各メンバーを合成し；（ii）担体またはビーズを、ポリペプチドと所定の標的との相互作用に基づいて選択または濃縮し；そして（iii）タンパク質キャラクタリゼーション方法により、該ポリペプチドを同定することを含む、所望のポリペプチドを選択し同定するための方法、により同定されたポリペプチドを逆翻訳する工程；および
（ｂ）（ａ１）または（ａ２）のいずれかに続いて、このように単離されたポリヌクレオチドを発現させ、該所望のポリペプチドを生産する工程
を含む、上記方法。
【請求項１２】
第一のスカフォールドアミノ酸配列
【化３】
2011509073.tif 000003
（ここで、各Ｘは、元のスカフォールドアミノ酸配列に基づく第二のポリペプチド中のランダム化可能なアミノ酸残基に対応し、そしてここで該第二のポリペプチドは、該所定の標的に対する親和性を有する）を含む、
所定の標的に対する親和性を有するポリペプチド。
【請求項１３】
第一のスカフォールドアミノ酸配列
【化４】
2011509073.tif 000004
（ここで、各Ｘは、元のスカフォールドアミノ酸配列に基づく第二のポリペプチド中のランダム化可能なアミノ酸残基に対応し、そしてここで該第二のポリペプチドは、該所定の標的に対する親和性を有する）を含む、
所定の標的に対する親和性を有するポリペプチド。
【請求項１４】
検出試薬、捕捉試薬または分離試薬としての、請求項１２または１３に記載のポリペプチドの使用。
【請求項１５】
治療に使用するための、請求項１２または１３に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
診断剤として使用するための、請求項１２または１３に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
標的がＴＮＦ−α、インスリンおよびｔａｑ−ポリメラーゼから選択される、請求項１２または１３に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
スカフォールドに基づいて第一のポリペプチドを生産する方法であって、
所定の標的に対する親和性を有する第二のポリペプチドを備える工程（ここで、該第二のポリペプチドはＳｐＡ由来の元のスカフォールドに基づく）および
元のスカフォールドアミノ酸を突然変異させ、スカフォールドアミノ酸配列
【化５】
2011509073.tif 000005
（ここで、各Ｘは、それぞれ第二のポリペプチドから保存されるアミノ酸残基に対応する）を含む第一のポリペプチドを生成させる工程
を含む、上記方法。
【請求項１９】
スカフォールドに基づいて第一のポリペプチドを生産する方法であって、
所定の標的に対する親和性を有する第二のポリペプチドを備える工程（ここで、該第二のポリペプチドはＳｐＡ由来の元のスカフォールドに基づく）および
元のスカフォールドアミノ酸を突然変異させ、スカフォールドアミノ酸配列
【化６】
2011509073.tif 000006
（ここで、各Ｘは、それぞれ第二のポリペプチドから保存されるアミノ酸残基に対応する）を含む第一のポリペプチドを生成させる工程
を含む、上記方法。
【請求項２０】
元のスカフォールドが、
【化７】
2011509073.tif 000007
（ここで、各Ｘは、独立して、任意のアミノ酸残基に対応する）から選択されるスカフォールドアミノ酸を含む、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
元のスカフォールドがＳｐＡドメインＢ由来であり、そして配列番号１における位置２２のＡおよび配列番号２における位置２７のＡに対応するＧ２９Ａ突然変異を含む、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。