【手続補正書】
【提出日】平成26年3月6日(2014.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ある１つのアミノ酸配列を含む第１のペプチドをカップリングした第１のタグを含む内部ペプチド標準であって、該第１のペプチドのアミノ酸配列のＣ末端が、ペプチドのアミド結合、エステル結合またはチオエステル結合の配列特異的加水分解によって作製されたＣ末端に対応し、該第１のタグが標識を含み、化学的切断、酵素的切断および物理的切断を含む群から選択される手段によって除去可能である、内部ペプチド標準。
【請求項２】
標識が、質量標識、蛍光標識およびＵＶ標識を含む群から選択される、請求項１に記載の内部ペプチド標準。
【請求項３】
標識が修飾アミノ酸を含む、請求項１または２に記載の内部ペプチド標準。
【請求項４】
修飾アミノ酸がメタ−ニトロ−チロシンである、請求項３に記載の内部ペプチド標準。
【請求項５】
第１のタグの除去が配列特異的である、請求項１から４のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準。
【請求項６】
第１のペプチドが質量標識を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準。
【請求項７】
質量標識がＣ同位体およびＮ同位体を含む群から選択される、請求項６に記載の内部ペプチド標準。
【請求項８】
第２のタグを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準。
【請求項９】
第２のタグが、アンカー部分を含む、請求項８に記載の内部ペプチド標準。
【請求項１０】
アンカー部分が、ビオチン、デスチオビオチン、アビジンおよびストレプトアビジンを含む群から選択されるか、または表面での、適当な反応性官能基との化学選択的反応を可能にする化学基である、請求項９に記載の内部ペプチド標準。
【請求項１１】
アンカー部分と第１のペプチドの間をリンカーが連結する、請求項９または１０に記載の内部ペプチド標準。
【請求項１２】
第１のタグが、第１のペプチドのＣ末端とカップリングされる、請求項１から１１のいずれかに記載の内部ペプチド標準。
【請求項１３】
第２のタグが、第１のペプチドのＮ末端とカップリングされる、請求項１から１２のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準。
【請求項１４】
請求項１から１３のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準の複数の異なる種を含む組成物であって、該複数の異なる種の内部ペプチド標準が、第１のタグならびに／または第１のペプチドのアミノ酸配列において互いに異なる、組成物。
【請求項１５】
種々のポリペプチドの少なくとも１種の混合物中の標的ポリペプチドの存在および／または量、および／または精製ポリペプチドの量を決定する方法における、請求項１から１３のいずれか一項に記載の内部ペプチド標準の使用。
【請求項１６】
種々のポリペプチドの少なくとも１種の混合物中の、第１のペプチドがプロテオタイプのペプチドである標的ポリペプチドの存在および／または量を決定する方法であって、
ａ）好ましくは標的ポリペプチドを含有する種々のポリペプチドの混合物を提供することと；
ｂ）（ｉ）ある１つのアミノ酸配列を含む第１のペプチドをカップリングした第１のタグを含む内部ペプチド標準であって、該第１のペプチドのアミノ酸配列のＣ末端が、ペプチドのアミド結合、エステル結合またはチオエステル結合の配列特異的加水分解によって作製されたＣ末端に対応する、内部ペプチド標準、または（ｉｉ）該内部ペプチド標準の複数の異なる種であって、第１のタグおよび／または第１のペプチドのアミノ酸配列において互いに異なる該内部ペプチド標準の異なる種の一定量を加え、それによってスパイクされた混合物を作製することと；
ｃ）スパイクされた混合物を配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、種々のポリペプチドの混合物から複数のペプチドを作製し、内部ペプチド標準（単数または複数）から第１のタグを切断除去し、このようにして第１のペプチドを放出し、それによって、複数のペプチドが種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドと内部標準から放出された第１のペプチドとを含むことと；
ｄ）スパイクされた混合物中に含有される第１のタグの量を決定することならびにそれから工程ｂ）において添加された内部標準（単数または複数）の量を決定することと；
ｅ）各々工程ｃ）において作製された、第１のペプチド対種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドの比を決定することと；
ｆ）工程ｄ）において決定された内部標準（単数または複数）の比および量から種々のポリペプチドの混合物中の標的ポリペプチドの量を算出することと
を含み、種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドまたは内部ペプチド標準（単数または複数）の第１のペプチドいずれかが質量標識を含む、方法。
【請求項１７】
種々のポリペプチドの少なくとも１種の混合物中の、第１のペプチドがプロテオタイプのペプチドである標的ポリペプチドの存在および／または量を決定する方法であって、
ａ）好ましくは標的ポリペプチドを含有する種々のポリペプチドの混合物を提供することと；
ｂ）（ｉ）ある１つのアミノ酸配列を含む第１のペプチドをカップリングした第１のタグを含む内部ペプチド標準であって、該第１のペプチドのアミノ酸配列のＣ末端が、ペプチドのアミド結合、エステル結合またはチオエステル結合の配列特異的加水分解によって作製されたＣ末端に対応する、内部ペプチド標準、または（ｉｉ）該内部ペプチド標準の複数の異なる種であって、第１のタグおよび／または第１のペプチドのアミノ酸配列において互いに異なる該内部ペプチド標準の異なる種を提供し、内部ペプチド標準または該内部ペプチド標準の複数の異なる種を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、内部ペプチド標準または該内部ペプチド標準の複数の異なる種から第１のタグを切断除去し、このようにして、第１のペプチドを放出することと；
ｃａ１）工程ａ）の種々のポリペプチドの混合物に、工程ｂ）において得られた反応混合物を添加することと；
ｃａ２）工程ｃａ１）において得られた混合物を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、種々のポリペプチドの混合物から複数のペプチドを作製し、それによって、複数のペプチドがプロテオタイプのペプチドを含むこと、
または
ｃｂ１）工程ａ）の種々のポリペプチドの混合物を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、種々のポリペプチドの混合物から複数のペプチドを作製し、それによって、複数のペプチドがプロテオタイプのペプチドを含むことと；
ｃｂ２）工程ｃｂ１）において得られた混合物に、工程ｂ）において得られた反応混合物を添加すること
のいずれかによって、工程ｃａ２）およびｃｂ２）後に、それぞれ、スパイクされた混合物が得られることと；
ｄ）スパイクされた混合物中に含有される第１のタグの量を決定することならびにそれから工程ｃａ１）またはｃｂ２）において添加された内部標準（単数または複数）の量を決定することと；
ｅ）スパイクされた混合物中の、第１のペプチド対種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドの比を決定することと；
ｆ）工程ｄ）において決定された内部標準（単数または複数）の比および量から、種々のポリペプチドの混合物中の標的ポリペプチドの量を算出することと
を含み、
種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドまたは内部ペプチド標準（単数または複数）の第１のペプチドのいずれかが質量標識を含む、方法。
【請求項１８】
種々のポリペプチドの少なくとも１種の混合物中の、第１のペプチドがプロテオタイプのペプチドである標的ポリペプチドの存在および／または量を決定する方法であって、
ａ）（ｉ）ある１つのアミノ酸配列を含む第１のペプチドをカップリングした第１のタグを含む内部ペプチド標準であって、該第１のペプチドのアミノ酸配列のＣ末端が、ペプチドのアミド結合、エステル結合またはチオエステル結合の配列特異的加水分解によって作製されたＣ末端に対応する、内部ペプチド標準、または（ｉｉ）該内部ペプチド標準の複数の異なる種であって、第１のタグおよび／または第１のペプチドのアミノ酸配列において互いに異なる該内部ペプチド標準の異なる種を提供し、内部ペプチド標準または該内部ペプチド標準の複数の異なる種を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、内部ペプチド標準または該内部ペプチド標準の複数の異なる種から第１のタグを切断除去し、このようにして第１のペプチドを放出することと；
ｂ）場合によっては、配列特異的加水分解のための手段を除去することと；
ｃ）工程ａ）またはｂ）から得られた混合物中に含有されている第１のタグの量を決定することならびにそれから前記混合物中に含有された内部標準の量を決定することと；
ｄ）好ましくは標的ポリペプチドを含有する種々のポリペプチドの混合物を提供することと；
ｄａ１）工程ｄ）の種々のポリペプチドの混合物に、工程ａ）またはｂ）において得られた反応混合物の一部を添加することと；
ｄａ２）工程ｄａ１）において得られた混合物を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、種々のポリペプチドの混合物から複数のペプチドを作製し、それによって、複数のペプチドがプロテオタイプのペプチドを含むこと；
または
ｄｂ１）工程ｄ）の種々のポリペプチドの混合物を、配列特異的加水分解のための手段を用いて処理して、種々のポリペプチドの混合物から複数のペプチドを作製し、それによって、複数のペプチドがプロテオタイプのペプチドを含むことと；
ｄｂ２）工程ｄｂ１）において得られた混合物に、工程ａ）またはｂ）において得られた混合物の一部を添加すること
のいずれかによって、工程ｄａ２）およびｄｂ２）後にそれぞれ、スパイクされた混合物が得られることと；
ｅ）スパイクされた混合物中の、第１のペプチド対種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドの比を決定することと；
ｆ）内部標準（単数または複数）の比および量から、種々のポリペプチドの混合物中の標的ポリペプチドの量を算出することと
を含み、種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドまたは内部ペプチド標準（単数または複数）の第１のペプチドのいずれかが質量標識を含む、方法。
【請求項１９】
質量標識が、Ｃ同位体およびＮ同位体を含む群から選択される、請求項１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
内部ペプチド標準から放出された第１のペプチド対種々のポリペプチドに由来するプロテオタイプのペプチドの比が、質量分析、好ましくは多段質量分析によって決定される、請求項１６から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
配列特異的加水分解のための手段が、タンパク質分解性酵素、配列特異的化学反応または配列特異的物理的処理から選択される、請求項１６から２０のいずれか一項に記載の方法。