【手続補正書】
【提出日】平成26年7月28日(2014.7.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非天然に生じる微生物であって、
（Ｉ）前記微生物は、２，４−ペンタジエノエート経路を有し、前記微生物は、２，４−ペンタジエノエートを生産するのに十分な量で発現される２，４−ペンタジエノエート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
（Ａ）前記２，４−ペンタジエノエート経路は、
（ａ）（１）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートアルドラーゼ、（２）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、（３）２−オキソペンタノエートレダクターゼ、および（４）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼ；
（ｂ）（１）ＡＫＰデアミナーゼ、（２）アセチルアクリレートレダクターゼ、および（３）４−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｃ）（１）ＡＫＰアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、（２）２，４−ジオキソペンタノエート−２−レダクターゼ、（３）２−ヒドロキシ−４−オキソペンタノエートデヒドラターゼ、（４）アセチルアクリレートレダクターゼ、および（５）４−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｄ）（１）ＡＫＰアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、（２）２，４−ジオキソペンタノエート−４−レダクターゼ、（３）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、（４）２−オキソペンタノエートレダクターゼ、および（５）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼ；
ならびに
（ｅ）（１）ＡＫＰレダクターゼ、（２）２−アミノ−４−ヒドロキシペンタノエートアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、（３）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、（４）２−オキソペンテノエートレダクターゼ、および（５）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼからなる群から選択される酵素のセットを有し、
前記微生物は、
（イ）２，４−ペンタジエノエートを１，３−ブタジエンに変換することにより１，３−ブタジエンを生産するのに十分な量で発現される２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼをさらに含むか、あるいは
（ロ）ＡＫＰチオラーゼ、オルニチン４，５−アミノムターゼ、２，４−ジアミノペンタノエート４−アミノトランスフェラーゼおよび２，４−ジアミノペンタノエート４−デヒドロゲナーゼの少なくとも１つをさらに含み、
（Ｂ）前記２，４−ペンタジエノエート経路は、
（ａ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（５）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｂ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（５）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（７）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｃ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（６）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（７）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｄ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（５）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（７）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｅ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（５）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（６）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｆ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（６）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｇ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｈ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（６）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｉ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（５）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（６）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｊ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（６）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｋ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｌ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（６）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（７）Ｄ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（８）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｍ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｒ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（４）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｎ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｔ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、シンテターゼまたはヒドロラーゼ、および（４）Ｓ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；ならびに
（ｏ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｏ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｐ．３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ、および（４）Ｓ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｐ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｒ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、および（５）Ｅ．ペント−２，４−ジエノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ；
（ｑ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｔ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、シンテターゼまたはヒドロラーゼ、および（５）Ｓ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｒ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｏ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｐ．３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ、および（５）Ｓ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｓ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（５）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｔ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（５）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｕ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（５）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｖ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（６）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｗ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（６）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；ならびに
（ｘ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（５）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（６）Ｑ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ
からなる群から選択される酵素のセットを有し、
２，４−ペンタジエノエートを１，３−ブタジエンに変換するために２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼをさらに含み、
（Ｃ）前記２，４−ペンタジエノエート経路は、
（ａ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（３）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（４）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；および（５）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｂ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｃ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；ならびに
（ｄ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ
からなる群から選択され、
前記微生物は、
（ｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；
（ｉｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２ヒドロゲナーゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；または
（ｉｉｉ）ＣＯデヒドロゲナーゼ、Ｈ２ヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸
をさらに含み、
前記微生物は、
［１］ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、アセテートキナーゼ、ホスホトランスアセチラーゼ、アセチル−ＣｏＡシンテターゼ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、フェレドキシン、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、あるいは
［２］アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、
をさらに含み、
（Ｄ）前記２，４−ペンタジエノエート経路は、
（ａ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｂ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｃ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｄ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；ならびに
（ｅ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元剤）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ
からなる群から選択され、
前記微生物は、
（ｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；
（ｉｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２ヒドロゲナーゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；または
（ｉｉｉ）ＣＯデヒドロゲナーゼ、Ｈ２ヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸
をさらに含み、
前記微生物は、
［１］ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、アセテートキナーゼ、ホスホトランスアセチラーゼ、アセチル−ＣｏＡシンテターゼ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、フェレドキシン、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、あるいは
［２］アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、
をさらに含み、
（ＩＩ）前記微生物は、１，３−ブタジエン経路を有し、前記微生物は、１，３−ブタジエンを生産するのに十分な量で発現される１，３−ブタジエン経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
（Ａ）前記１，３−ブタジエン経路は、Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼを含む酵素のセットを有し、前記酵素のセットは、
（ａ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｔ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、シンテターゼまたはヒドロラーゼ、および（４）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｏ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｐ．３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ、および（４）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｔ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、シンテターゼまたはヒドロラーゼ、および（５）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｏ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｐ．３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ、および（５）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｎ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｔ．３−ヒドロキシペント−４−エノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、シンテターゼまたはヒドロラーゼ、および（５）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｏ．３−オキソペント−４−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｐ．３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ、および（５）Ｙ．３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ、
からなる群から選択され、
（Ｂ）前記１，３−ブタジエン経路は、
（ａ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（５）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（５）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｇ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｈ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ、
からなる群から選択され、
前記微生物は、
（ｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；
（ｉｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２ヒドロゲナーゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；または
（ｉｉｉ）ＣＯデヒドロゲナーゼ、Ｈ２ヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸
をさらに含み、
前記微生物は、
［１］ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、アセテートキナーゼ、ホスホトランスアセチラーゼ、アセチル−ＣｏＡシンテターゼ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、フェレドキシン、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、あるいは
［２］アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、
をさらに含み、
（Ｃ）前記１，３−ブタジエン経路は、２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼまたは３−ブテン−１−オールデヒドラターゼを含む酵素のセットを有し、前記酵素のセットは、
（ａ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｃ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｄ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（６）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｆ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（５）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｇ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｈ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｉ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｊ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｋ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｌ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｍ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（６）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｎ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；ならびに
（ｏ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（５）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ、
からなる群から選択され、
前記微生物は、
（ｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；
（ｉｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２ヒドロゲナーゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；または
（ｉｉｉ）ＣＯデヒドロゲナーゼ、Ｈ２ヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸
をさらに含み、
前記微生物は、
［１］ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、アセテートキナーゼ、ホスホトランスアセチラーゼ、アセチル−ＣｏＡシンテターゼ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、フェレドキシン、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、あるいは
［２］アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、
をさらに含み、
（Ｄ）前記１，３−ブタジエン経路は、
（ａ）１）ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートデカルボキシラーゼおよび２）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）１）ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートｃｉｓデカルボキシラーゼおよび２）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）１）ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートｔｒａｎｓ−デカルボキシラーゼ２）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）１）ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートデカルボキシラーゼおよび２）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｆ）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ
からなる群から選択され、
（ＩＩＩ）前記微生物は、３−ブテン−１−オールを生産するのに十分な量で発現される３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む１，３−ブタジエン経路を有し、
（Ａ）前記３−ブテン−１−オール経路は、
（ａ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、および（４）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（３）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（５）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（５）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（３）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（５）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、および（５）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｇ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｈ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（５）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｉ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｊ）（１）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（５）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｋ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｌ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（４）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｍ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（５）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｎ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｏ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ａ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（４）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（５）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（６）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｐ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、および（６）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｑ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｆ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（５）Ｉ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノエートレダクターゼ、（６）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（７）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｒ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（５）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｕ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｓ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（５）Ｇ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、（６）Ｊ．３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ、および（７）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｔ）（１）Ｋ．３−ヒドロキシプロパノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（２）Ｍ．アクリリル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（３）Ｌ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（４）Ｂ．３−オキソ−５−ヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡレダクターゼ、（５）Ｃ．３，５−ジヒドロキシペンタノイル−ＣｏＡデヒドラターゼ、（６）Ｈ．５−ヒドロキシペント−２−エノイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ、および（７）Ｖ．５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ
からなる群から選択され、
３−ブテン−１−オールを１，３−ブタジエンに変換するために３−ブテン−１−オールデヒドラターゼをさらに含み、
（ＩＶ）前記微生物はトルエン経路を有し、前記微生物は、トルエンを生産するのに十分な量で発現されるトルエン経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
（Ａ）前記トルエン経路は、
（ａ）（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼおよびフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）の１つまたは両方、（２）フェニルピルベートデカルボキシラーゼ、ならびに（３）フェニルアセトアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｂ）（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼおよびフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）の１つ以上、（２）フェニルピルベートデカルボキシラーゼ、（３）フェニルアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼおよびフェニルアセトアルデヒドオキシダーゼの１つ以上、ならびに（４）フェニルアセテートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼおよびフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）の１つ以上、（２）フェニルピルベートオキシダーゼ、ならびに（３）フェニルアセテートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｄ）（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼおよび／またはフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）、（２）フェニルピルベートオキシダーゼならびに（３）フェニルアセテートデカルボキシラーゼ
からなる群から選択され、
（Ｂ）前記トルエン経路は、
（ａ）ｐ−トルエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）ｐ−トルエートレダクターゼ、および（２）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｃ）（１）ｐ−トルエートキナーゼ、（２）（ｐ−メチルベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（３）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｄ）（１）（ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、（２）ホスホトランス−ｐ−メチルベンゾイラーゼ、（３）（ｐ−メチルベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（４）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；ならびに
（ｅ）（１）（ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、（２）ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（３）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｆ）（１）（ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、および（２）ｐ−トルエートデカルボキシラーゼ、
（ｇ）（１）ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（２）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｈ）（１）ホスホトランス−ｐ−メチルベンゾイラーゼ、（２）（ｐ−メチルベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（３）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｉ）（１）ホスホトランス−ｐ−メチルベンゾイラーゼ、（２）ｐ−トルエートキナーゼ、および（３）ｐ−トルエートデカルボキシラーゼ、
（ｊ）（１）ホスホトランス−ｐ−メチルベンゾイラーゼ、（２）ｐ−トルエートキナーゼ、（３）ｐ−トルエートレダクターゼ、（４）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｋ）（１）ホスホトランス−ｐ−メチルベンゾイラーゼ、（２）（ｐ−メチルベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ（脱リン酸化）、および（３）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；ならびに
（ｌ）（１）ｐ−メチルベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（２）ｐ−メチルベンズアルデヒドデカルボニラーゼ
からなる群から選択される経路の酵素のセットから選択され、
前記微生物は、
（イ）ｐ−トルエート経路をさらに含み、前記微生物は、ｐ−トルエートを生産するのに十分な量で発現されるｐ−トルエート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、ｐ−トルエート経路をさらに含み、前記ｐ−トルエート経路は、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトネートシンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキメートデヒドロゲナーゼ；シキメートキナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；ならびにコリスメートリアーゼを含み、あるいは
前記微生物は、
（ロ）ＤＸＰシンターゼ、ＤＸＰレダクトイソメラーゼ、および２ＭＥ４Ｐデヒドラターゼを含む（２−ヒドロキシ−３−メチル−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路をさらに含み、
（Ｖ）前記微生物はベンゼン経路を有し、前記微生物は、ベンゼンを生産するのに十分な量で発現されるベンゼン経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、
（Ａ）前記ベンゼン経路は、フェニルアラニンベンゼン−リアーゼを含み、あるいは
（Ｂ）前記ベンゼン経路は、
（ａ）（１）ベンゾエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）ベンゾエートレダクターゼ、および（２）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｃ）（１）ベンゾエートキナーゼ、（２）（ベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（３）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｄ）（１）（ベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、（２）ホスホトランスベンゾイラーゼ、３）（ベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および４）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｅ）（１）（ベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、（２）ベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（３）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｆ）（１）（ベンゾイル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼおよび／またはヒドロラーゼ）、および（２）ベンゾエートデカルボキシラーゼ、
（ｇ）（１）ベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（２）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｈ）（１）ホスホトランスベンゾイラーゼ、（２）（ベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（３）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ、
（ｉ）（１）ホスホトランスベンゾイラーゼ、（２）ベンゾエートキナーゼ、および（３）ベンゾエートデカルボキシラーゼ、
（ｊ）（１）ホスホトランスベンゾイラーゼ、（２）ベンゾエートキナーゼ、（３）ベンゾエートレダクターゼ、および（４）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；
（ｋ）（１）ホスホトランスベンゾイラーゼ、（２）（ベンゾイルオキシ）ホスホネートレダクターゼ、および（３）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ；ならびに
（ｌ）（１）ベンゾイル−ＣｏＡレダクターゼ、および（２）ベンズアルデヒドデカルボニラーゼ
からなる群から選択される経路の酵素のセットから選択され、
前記微生物は、
（イ）ベンゾエート経路をさらに含み、前記微生物は、ベンゾエートを生産するのに十分な量で発現されるベンゾエート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むベンゾエート経路をさらに含み、前記ベンゾエート経路は、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトネートシンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキメートデヒドロゲナーゼ；シキメートキナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；およびコリスメートリアーゼを含み、あるいは
前記微生物は、
（ロ）エリトロース−４−ホスフェートデヒドラターゼおよび（２，４−ジオキソブトキシ）ホスホネートレダクターゼを含む（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路をさらに含み、
（ＶＩ）前記微生物はスチレン経路を有し、前記微生物は、スチレンを生産するのに十分な量で発現されるスチレン経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記スチレン経路は、
（ａ）（１）ベンゾイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）３−オキソ−３−フェニルプロピオニル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼ、およびヒドロラーゼの１つ以上、（３）ベンゾイル−アセテートデカルボキシラーゼ、（４）アセトフェノンレダクターゼ、および（５）１−フェニルエタノールデヒドラターゼ；および
（ｂ）（１）ベンゾイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）ホスホトランス−３−オキソ−３−フェニルプロピオニラーゼ、（３）ベンゾイル−アセテートキナーゼ、（４）ベンゾイル−アセテートデカルボキシラーゼ、（５）アセトフェノンレダクターゼ、および（６）１−フェニルエタノールデヒドラターゼ
からなる群から選択され、
（ＶＩＩ）前記微生物は（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路を有し、前記微生物は、（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネートを生産するのに十分な量で発現される（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路は、エリトロース−４−ホスフェートデヒドラターゼおよび（２，４−ジオキソブトキシ）ホスホネートレダクターゼを含み、
（ＶＩＩＩ）前記微生物はベンゾエート経路を有し、前記微生物は、ベンゾエートを生産するのに十分な量で発現されるベンゾエート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むベンゾエート経路を有する微生物を含み、前記ベンゾエート経路は、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトネートシンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキメートデヒドロゲナーゼ；シキメートキナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；およびコリスメートリアーゼを含み、
前記微生物は、エリトロース−４−ホスフェートデヒドラターゼおよび（２，４−ジオキソブトキシ）ホスホネートレダクターゼを含む（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路をさらに含み、
（ＩＸ）前記微生物は、３−ブテン−１−オールを生産するのに十分な量で発現される３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む３−ブテン−１−オール経路を有し、
（Ａ）前記３−ブテン−１−オール経路は、
（ａ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｇ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｈ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｉ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｊ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；および（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ
からなる群から選択され、
前記微生物は、
（ｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；
（ｉｉ）還元的ＴＣＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む還元的ＴＣＡ経路であって、前記少なくとも１つの外因性核酸は、ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２ヒドロゲナーゼから選択される、還元的ＴＣＡ経路；または
（ｉｉｉ）ＣＯデヒドロゲナーゼ、Ｈ２ヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸
をさらに含み、
前記微生物は、
［１］ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、アセテートキナーゼ、ホスホトランスアセチラーゼ、アセチル−ＣｏＡシンテターゼ、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、フェレドキシン、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸、あるいは
［２］アコニターゼ、イソシトレートデヒドロゲナーゼ、スクシニル−ＣｏＡシンテターゼ、スクシニル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、フマラーゼ、マレートデヒドロゲナーゼ、およびそれらの組み合わせから選択される酵素をコードする外因性核酸
をさらに含む、非天然に生じる微生物。
【請求項２】
前記微生物は２，４−ペンタジエノエート経路を有し、前記微生物は、２，４−ペンタジエノエートを生産するのに十分な量で発現される２，４−ペンタジエノエート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記２，４−ペンタジエノエート経路は、（１）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートアルドラーゼ、（２）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、（３）２−オキソペンタノエートレダクターゼ、および（４）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼを有し、；
前記微生物は、２，４−ペンタジエノエートを１，３−ブタジエンに変換することにより１，３−ブタジエンを生産するのに十分な量で発現される２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼをさらに含む、請求項１に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項３】
前記微生物は、
（ｉ）前記２，４−ペンタジエノエート経路を含み、２，４−ペンタジエノエート経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、または８つの外因性核酸をさらに含む；
（ｉｉ）前記１，３−ブタジエン経路を含み、前記微生物は、１，３−ブタジエン経路の酵素を各々コードする２、３、４、５、６または７つの外因性核酸を含む；
（ｉｉｉ）前記トルエン経路を含み、トルエン経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、または４つの外因性核酸をさらに含む；
（ｉｖ）前記ベンゼン経路を含み、ベンゼン経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、または４つの外因性核酸をさらに含む；
（ｖ）前記スチレン経路を含み、スチレン経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、４つ、５つ、または６つの外因性核酸をさらに含む；
（ｖｉ）前記（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路を含み、（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路の酵素を各々コードする２つの外因性核酸をさらに含む；
（ｖｉｉ）前記ベンゾエート経路を含み、ベンゾエート経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、または８つの外因性核酸をさらに含む；
（ｖｉｉｉ）前記１，３−ブタジエン経路、および３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記微生物は、３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つの外因性核酸をさらに含む；あるいは
（ｉｘ）前記３−ブテン−１−オール経路を含み、前記微生物は、３−ブテン−１−オール経路の酵素を各々コードする２つ、３つ、４つ、または５つの外因性核酸を含む、
請求項１に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項４】
前記微生物は、
（ｉ）前記２，４−ペンタジエノエート経路を含み、
（ａ）前記４つの外因性核酸が、ｉ）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートアルドラーゼ、ｉｉ）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、ｉｉｉ）２−オキソペンテノエートレダクターゼ、およびｉｖ）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼをコードし；
（ｂ）前記３つの外因性核酸が、ｉ）ＡＫＰデアミナーゼ、ｉｉ）アセチルアクリレートレダクターゼ、およびｉｉｉ）４−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼをコードし；
（ｃ）前記５つの外因性核酸が、ｉ）ＡＫＰアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、ｉｉ）２，４−ジオキソペンタノエート−２−レダクターゼ、ｉｉｉ）２−ヒドロキシ−４−オキソペンタノエートデヒドラターゼ、ｉｖ）アセチルアクリレートレダクターゼ、およびｖ）４−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼをコードし；
（ｄ）前記５つの外因性核酸が、ｉ）ＡＫＰアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、ｉｉ）２，４−ジオキソペンタノエート−４−レダクターゼ、ｉｉｉ）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、ｉｖ）２−オキソペンタノエートレダクターゼ、およびｖ）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼをコードし；あるいは
（ｅ）前記５つの外因性核酸が、ｉ）ＡＫＰレダクターゼ、ｉｉ）２−アミノ−４−ヒドロキシペンタノエートアミノトランスフェラーゼおよび／またはデヒドロゲナーゼ、ｉｉｉ）４−ヒドロキシ−２−オキソバレレートデヒドラターゼ、ｉｖ）２−オキソペンテノエートレダクターゼ、およびｖ）２−ヒドロキシペンテノエートデヒドラターゼをコードし；
前記微生物は、
（ｉｉ）前記１，３−ブタジエン経路を含み、前記微生物は、
（ａ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（５）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（５）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｇ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｈ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｉ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｊ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｋ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｌ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（６）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｍ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｎ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（５）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｏ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｐ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｑ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５），５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｒ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（７）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｓ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（７）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｔ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；
（ｕ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；および（６）２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼ；
（ｖ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ；ならびに
（ｗ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグリタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；および（５）３−ブテン−１−オールデヒドラターゼ
からなる群から選択される酵素の各々をコードする外因性核酸を含み、
前記微生物は、
（ｉｉｉ）前記１，３−ブタジエン経路および前記還元的ＴＣＡ経路を含み、前記微生物は、
（ａ）ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼをコードする４つの外因性核酸；あるいは
（ｂ）ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２デヒドロゲナーゼをコードする５つの外因性核酸；
をさらに含み、
前記微生物は、
（ｉｖ）前記１，３−ブタジエン経路を含み、前記微生物は、ＣＯデヒドロゲナーゼおよびＨ２ヒドロゲナーゼをコードする２つの外因性核酸；をさらに含み、
前記微生物は、
（ｖ）前記トルエン経路を含み、
（ａ）前記３つの外因性核酸が、（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼまたはフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）、（２）フェニルピルベートデカルボキシラーゼ、（３）フェニルアセトアルデヒドデカルボニラーゼをコードし；あるいは
（ｂ）前記４つの外因性核酸が、（１）フェニルアラニンアミノトランスフェラーゼまたはフェニルアラニンオキシドレダクターゼ（脱アミノ化）、（２）フェニルピルベートデカルボキシラーゼ、（３）フェニルアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼまたはオキシダーゼ、および（４）フェニルアセテートデカルボキシラーゼをコードし；
前記微生物は、
（ｖｉ）前記ベンゼン経路を含み、前記少なくとも１つの外因性核酸が、前記フェニルアラニンベンゼン−リアーゼであり、
前記微生物は、
（ｖｉｉ）前記スチレン経路を含み、
（ａ）前記５つの外因性核酸が、（１）ベンゾイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）３−オキソ−３−フェニルプロピオニル−ＣｏＡシンテターゼ、トランスフェラーゼ、およびヒドラーゼの１つ、（３）ベンゾイル−アセテートデカルボキシラーゼ、（４）アセトフェノンレダクターゼ、および（５）１−フェニルエタノールデヒドラターゼをコードし；あるいは
（ｂ）前記６つの外因性核酸が、（１）ベンゾイル−ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、（２）ホスホトランス−３−オキソ−３−フェニルプロピオニラーゼ、（３）ベンゾイル−アセテートキナーゼ、（４）ベンゾイル−アセテートデカルボキシラーゼ、（５）アセトフェノンレダクターゼ、および（６）１−フェニルエタノールデヒドラターゼをコードし；
前記微生物は、
（ｖｉｉｉ）前記（２−ヒドロキシ−４−オキソブトキシ）ホスホネート経路を含み、前記２つの外因性核酸が、エリトロース−４−ホスフェートデヒドラターゼおよび（２，４−ジオキソブトキシ）ホスホネートレダクターゼをコードし；
前記微生物は、
（ｉｘ）前記ベンゾエート経路を含み、前記８つの外因性核酸が、２−デヒドロ−３−デオキシホスホヘプトネートシンターゼ；３−デヒドロキネートシンターゼ；３−デヒドロキネートデヒドラターゼ；シキメートデヒドロゲナーゼ；シキメートキナーゼ；３−ホスホシキメート−２−カルボキシビニルトランスフェラーゼ；コリスメートシンターゼ；およびコリスメートリアーゼをコードし；
前記微生物は、
（ｘ）前記２，４−ペンタジエノエート経路を含み、前記微生物は、
（ａ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートデカルボキシラーゼ；（５）３−オキソペント−４−エノエートレダクターゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｂ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートデヒドロゲナーゼ；（４）２−フマリルアセテートレダクターゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｃ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−オキソアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−オキソアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（３）３−オキソアジペートレダクターゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｄ）（１）スクシニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソアジピル−ＣｏＡレダクターゼ；（３）３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡシンテターゼまたは３−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡヒドロラーゼ；（４）３−ヒドロキシアジペートデヒドロゲナーゼ；（５）３−ヒドロキシヘキサ−４−エネジオエートデカルボキシラーゼ；および（６）３−ヒドロキシペント−４−エノエートデヒドラターゼ；
（ｅ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｆ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｇ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
（ｈ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；ならびに
（ｉ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元剤）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデヒドラターゼ；
からなる群から選択される酵素の各々をコードする外因性核酸を含み、
前記微生物は、
（ｘｉ）前記２，４−ペンタジエノエート経路および前記還元的ＴＣＡ経路を含み、前記微生物は、
（ａ）ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼをコードする４つの外因性核酸；あるいは
（ｂ）ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２デヒドロゲナーゼをコードする５つの外因性核酸；
をさらに含み、
前記微生物は、
（ｘｉｉ）前記２，４−ペンタジエノエート経路を含み、前記微生物が、ＣＯデヒドロゲナーゼおよびＨ２ヒドロゲナーゼをコードする２つの外因性核酸；
をさらに含み、
前記微生物は、
（ｘｉｉｉ）前記１，３−ブタジエン経路を含み、前記２つの外因性核酸が、
（ａ）（１）ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートデカルボキシラーゼ、および（２）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートｃｉｓデカルボキシラーゼ、および（２）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートｔｒａｎｓ−デカルボキシラーゼ、（２）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートデカルボキシラーゼ、および（２）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）ｃｉｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｆ）ｔｒａｎｓ−２，４−ペンタジエノエートデカルボキシラーゼ；
からなる群から選択される１，３−ブタジエン経路の酵素のセットをコードし、
前記微生物は、
（ｘｉｖ）前記３−ブテン−１−オール経路を含み、前記微生物は、
（ａ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｂ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（アルデヒド還元）；（４）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｃ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｄ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ＣｏＡ還元およびアルコール形成）；（３）５−ヒドロキシ−３−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｅ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｆ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（３）３，５−ジオキソペンタノエートレダクターゼ（ケトン還元）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｇ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（６）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；
（ｈ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成）；（４）３−ヒドロキシ−５−オキソペンタノエートレダクターゼ；および（５）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
（ｉ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデヒドラターゼ；および（５）５−ヒドロキシペント−２−エノエートデカルボキシラーゼ；ならびに
（ｊ）（１）マロニル−ＣｏＡ：アセチル−ＣｏＡアシルトランスフェラーゼ；（２）３−オキソグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（ケトン還元）；（３）３−ヒドロキシグルタリル−ＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成）；および（４）３，５−ジヒドロキシペンタノエートデカルボキシラーゼ；
からなる群から選択される酵素の各々をコードする外因性核酸を含み、
前記微生物は、
（ｘｖ）前記３−ブテン−１−オール経路および前記還元的ＴＣＡ経路を含み、前記微生物は、
（ａ）ＡＴＰ−シトレートリアーゼ、シトレートリアーゼ、フマレートレダクターゼ、およびアルファ−ケトグルタレート：フェレドキシンオキシドレダクターゼをコードする４つの外因性核酸；あるいは
（ｂ）ピルベート：フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシラーゼ、ホスホエノールピルベートカルボキシキナーゼ、ＣＯデヒドロゲナーゼ、およびＨ２デヒドロゲナーゼをコードする５つの外因性核酸；
をさらに含み、あるいは
前記微生物は、
（ｘｖｉ）前記３−ブテン−１−オール経路を含み、前記微生物は、ＣＯデヒドロゲナーゼおよびＨ２ヒドロゲナーゼをコードする２つの外因性核酸、
をさらに含む、請求項３に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項５】
前記少なくとも１つの外因性核酸が異種核酸である、請求項１に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項６】
前記非天然に生じる微生物が実質的に嫌気性培地に存在する、請求項１に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項７】
（ｉ）２，４−ペンタジエノエートを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の２，４−ペンタジエノエート経路を有する非天然に生じる微生物を、２，４−ペンタジエノエートを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む;
（ｉｉ）１，３−ブタジエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の２，４−ペンタジエノエート経路を有する非天然に生じる微生物を、２，４−ペンタジエノエートを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含み、前記方法は、２，４−ペンタジエノエートを１，３−ブタジエンに変換することをさらに含む；
（ｉｉｉ）１，３−ブタジエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の２，４−ペンタジエノエート経路を有し、かつ請求項１から６のいずれか１項に記載の２，４−ペンタジエンデカルボキシラーゼをさらに含む非天然に生じる微生物を、１，３−ブタジエンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｉｖ）１，３−ブタジエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の１，３−ブタジエン経路を有する非天然に生じる微生物を、１，３−ブタジエンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｖ）１，３−ブタジエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の１，３−ブタジエン経路を有し、かつ請求項１から６のいずれか１項に記載の３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を有する、非天然に生じる微生物を、１，３−ブタジエンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｖｉ）トルエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載のトルエン経路を有する非天然に生じる微生物を、トルエンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｖｉｉ）ベンゼンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載のベンゼン経路を有する非天然に生じる微生物を、ベンゼンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｖｉｉｉ）スチレンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載のスチレン経路を有する非天然に生じる微生物を、スチレンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｉｘ）ベンゾエートを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載のベンゾエート経路を有する非天然に生じる微生物を、トルエンを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；
（ｘ）３−ブテン−１−オールを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の１，３−ブタジエン経路を有し、かつ請求項１から６のいずれか１項に記載の３−ブテン−１−オール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を有する非天然に生じる微生物を、３−ブテン−１−オールを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含み、かつ、前記方法は、１，３−ブタジエンを提供するために３−ブテン−１−オールの化学的脱水をさらに含む；
（ｘｉ）３−ブテン−１−オールを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の３−ブテン−１−オール経路を有する非天然に生じる微生物を、３−ブテン−１−オールを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含む；あるいは
（ｘｉｉ）１，３−ブタジエンを生産するための方法であって、前記方法は、請求項１から６のいずれか１項に記載の３−ブテン−１−オール経路を有する非天然に生じる微生物を、３−ブテン−１−オールを生産するための条件下で、かつ、十分な期間、培養する工程を含み、かつ、前記方法は、３−ブテン−１−オールを１，３−ブタジエンに化学的に変換する工程をさらに含む、
方法。
【請求項８】
前記微生物は、細菌、酵母、または真菌である、
請求項１から６のいずれか１項に記載の非天然に生じる微生物。
【請求項９】
生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートを含む培地であって、
（ａ）前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートは、大気中炭素摂取源を反映する炭素−１２、炭素−１３、および炭素−１４の割合を有し；さらに
（ｉ）生合成された２，４−ペンタジエノエートを含む前記培地は、２，４−ペンタジエノエート経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；あるいは
（ｉｉ）生合成された１，３−ブタジエンを含む前記培地は、１，３−ブタジエン経路または３−ブテン−１オール経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｉｉｉ）生合成された３−ブテン−１オールを含む前記培地は、１，３−ブタジエン経路または３−ブテン−１オール経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｉｖ）生合成されたトルエンを含む前記培地は、トルエン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｖ）生合成されたベンゼンを含む前記培地は、ベンゼン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｖｉ）生合成されたスチレンを含む前記培地は、スチレン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｖｉｉ）生合成されたベンゾエートを含む前記培地は、ベンゾエート経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；あるいは
（ｂ）前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートは、請求項６に記載の方法に従って生産され；さらに、
（ｉ）生合成された２，４−ペンタジエノエートを含む前記培地は、２，４−ペンタジエノエート経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｉｉ）生合成された１，３−ブタジエンを含む前記培地は、１，３−ブタジエン経路または３−ブテン−１オール経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｉｉｉ）生合成された３−ブテン−１オールを含む前記培地は、１，３−ブタジエン経路または３−ブテン−１オール経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｉｖ）生合成されたトルエンを含む前記培地は、トルエン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｖ）生合成されたベンゼンを含む前記培地は、ベンゼン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
（ｖｉ）生合成されたスチレンを含む前記培地は、スチレン経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；あるいは
（ｖｉｉ）生合成されたベンゾエートを含む前記培地は、ベンゾエート経路を有する、非天然に生じる微生物から分離される；
培地。
【請求項１０】
生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートであって、前記生合成された１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートは、
（ａ）大気中炭素摂取源を反映する炭素−１２、炭素−１３、および炭素−１４の割合を有する；あるいは
（ｂ）請求項７に記載の方法に従って生産される、
生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエート。
【請求項１１】
（ａ）請求項９に記載の、前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエート、および、前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートの他の成分を含む；あるいは
（ｂ）前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエート、および請求項１から６のいずれか１項に記載の非天然に生じる微生物を含む、
成分。
【請求項１２】
請求項１０に記載の、前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートを含む、化学物質、ポリマー、または他の製造物。
【請求項１３】
化学物質、ポリマー、または他の製造物の製造における、請求項１０に記載の、前記生合成された２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートの、使用であって；
（ａ）前記製造は、２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、３−ブテン−１オール、トルエン、ベンゼン、スチレン、またはベンゾエートの化学的な変換を含む；あるいは
（ｂ）前記使用は、
（ｉ）前記生合成された１，３−ブタジエンの使用であって、かつ、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、合成ゴム、ＡＢＳ樹脂、ヘキサメチレンジアミン、または１，４−ブタンジオールである；
（ｉｉ）前記生合成された３−ブテン−１オールの使用であって、かつ、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、合成ゴム、ＡＢＳ樹脂、ヘキサメチレンジアミン、または１，４−ブタンジオールである；
（ｉｉｉ）前記生合成されたトルエンの使用であって、かつ、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、ＴＮＴ、ポリウレタンフォーム、ベンズアルデヒド、および安息香酸である；
（ｉｖ）前記生合成されたベンゼンの使用であって、かつ、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、スチレン、または、そのスチレンの化学物質、ポリマー、または他の製造物であり、プラスチック、フェノール、樹脂、接着剤、ナイロン、ゴム、潤滑剤、染料、洗浄剤、薬物、爆発物、ナパーム、または殺虫剤である；
（ｖ）前記生合成されたスチレンの使用であって、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、アクリロニトリル、１，３−ブタジエンスチレン（ＡＢＳ）、スチレン−１，３−ブタジエン（ＳＢＲ）ゴム、スチレン−１，３−ブタジエンラテックス、ＳＩＳ（スチレン−イソプレン−スチレン）、Ｓ−ＥＢ−Ｓ（スチレン−エチレン／ブチレン−スチレン）、スチレン−ジビニルベンゼン（Ｓ−ＤＶＢ）、不飽和ポリエステル、ゴム、プラスチック、絶縁材、繊維ガラス、パイプ、自動車およびボートの部品、食物容器、またはカーペット裏地である；あるいは
（ｖｉ）前記生合成された２，４−ペンタジエノエートの使用であって、前記化学物質、ポリマー、または他の製造物が、置換ブタジエン誘導体または１−カルバモイル−１，３−ブタジエンである、
使用。
【請求項１４】
培地中の他の成分から、２，４−ペンタジエノエート、１，３−ブタジエン、トルエン、ベンゼン、スチレン、ベンゾエート、または３−ブテン−１オールを分離する工程をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記分離する工程は、抽出処理、連続液液抽出、パーベーパレーション、膜濾過、膜分離、逆浸透、電気透析、蒸留、結晶化、遠心分離、抽出物濾過、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、吸着クロマトグラフィー、または限外濾過、を含む、請求項１４に記載の方法。