【手続補正書】
【提出日】平成26年5月15日(2014.5.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の異なる抗体を含む抗体のライブラリーであって、前記複数の異なる抗体のうちの少なくとも１０％が、同じプラットフォームにより作製され、前記同じプラットフォームにより作成された前記複数の抗体のうちの各抗体が、
（ａ）単一特異性抗体であるか、
（ｂ）その標的タンパク質に対する結合アフィニティーが少なくとも１０−７Ｍ（ＫＤ）であるか、
（ｃ）免疫沈降抗体であるか、または
（ｄ）その標的タンパク質の天然形態に結合する、
抗体のライブラリー。
【請求項２】
前記複数の異なる抗体のうちの少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％が、前記同じプラットフォームにより作製される、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
前記複数の異なる抗体が少なくとも５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５２５、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６７５、７００、７２５、７５０、７７５、８００、８２５、８５０、８７５、９００、または１０００の異なる抗体を含む、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項４】
前記複数の異なる抗体がヒトプロテオームのうちの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％に結合する、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項５】
前記複数の異なる抗体が表５に列挙されるヒトタンパク質のうちの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％に結合する、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項６】
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの少なくとも１０％の前記異なる抗体が有する、その標的に対する結合アフィニティーが、前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの別の抗体の結合アフィニティーの少なくとも２０％以内である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項７】
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体がモノクローナル抗体である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項８】
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体がＩｇＧ抗体である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項９】
請求項１に記載の抗体のライブラリーを含むアレイであって、前記複数の抗体のうちの各抗体が基材上に固定化されているアレイ。
【請求項１０】
前記基材が平面である、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１１】
前記基材が粒子である、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記基材が固体材料を含む、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記基材が多孔性材料を含む、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１４】
前記固定化が可逆性である、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１５】
前記固定化が不可逆性である、請求項９に記載のアレイ。
【請求項１６】
複数の異なる抗体のライブラリーを作製する方法であって、前記複数の異なる抗体のうちの少なくとも１０％が、同じプラットフォームにより作製され、前記方法は、
ａ）動物を、複数の抗原で免疫化するステップと、
ｂ）抗体生成細胞を、前記動物から単離するステップと、
ｃ）複数の抗体を、前記抗体生成細胞から単離するステップと、
ｄ）ｃ）の前記複数の抗体を、ヒトプロテオームアレイによりスクリーニングするステップと、
ｅ）前記プロテオームアレイ上の単一の標的に単一特異性である抗体を、前記ライブラリーのために選択するステップと
を含む方法。
【請求項１７】
ｃ）の前に、前記抗体生成細胞に由来する前記複数の抗体をプレスクリーニングするステップをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記プレスクリーニングするステップが、免疫細胞化学を実施することによるか、または前記抗体生成細胞に由来する抗体の、１または複数の標的抗原を含む混合物との結合を決定することによる、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数の抗原が生物学的試料、粗溶解物、細胞、タンパク質、ペプチド、または核酸を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数の抗原が、少なくとも１１，０００、１２，０００、１３，０００、１４，０００、１５，０００、１６，０００、１７，０００、１８，０００、１９，０００、または２０，０００の異なる抗原を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の抗原が、ヒトプロテオームのうちの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記選択された抗体を基材へと固定化するステップをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５６】
本明細書ではまた、標的を検出する方法であって、（ａ）標的を、抗体のライブラリー、または抗体のライブラリーを含むアレイと接触させるステップと、（ｂ）前記標的と、前記複数の抗体との結合の存在または非存在を決定するステップと、（ｃ）標的が、ライブラリーの少なくとも１つの抗体に結合する場合に、標的を検出するステップとを含む方法が提供される。ライブラリーは、複数の異なる抗体を含むことが可能であり、複数の異なる抗体のうちの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％が、同じプラットフォームから作製される場合もあり、単一特異性抗体である場合もあり、その標的タンパク質の天然形態に結合する場合もあり、モノクローナル抗体である場合もあり、免疫沈降抗体である場合もあり、ＩｇＧ抗体またはＩｇＧアイソタイプ抗体である場合もあり、その標的に対する結合アフィニティーが、同じプラットフォームにより作製された複数の抗体のうちの別の抗体の結合アフィニティーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９％以内など、少なくとも２０％以内である場合もあり、その標的に対する結合アフィニティーが、少なくとも１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、１０−１０Ｍ、１０−１１Ｍ、１０−１２Ｍ、１０−１３Ｍ、１０−１４Ｍ、１０−１５Ｍ、または１０−１６Ｍなど、少なくとも１０−７Ｍ（ＫＤ）である場合もあり、またはこれらの任意の組合せである場合もある。一部の実施形態では、方法が、複数の標的を検出するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法が、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５２５、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６７５、７００、７２５、７５０、７７５、８００、８２５、８５０、８７５、９００、または１０００の異なる標的を検出するステップを含む。一部の実施形態では、方法が、１または複数の標的のレベルを検出するステップを含む。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
複数の異なる抗体を含む抗体のライブラリーであって、前記複数の異なる抗体のうちの少なくとも１０％が、同じプラットフォームにより作製される、抗体のライブラリー。
（項目２）
前記複数の異なる抗体のうちの少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％が、前記同じプラットフォームにより作製される、項目１に記載のライブラリー。
（項目３）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体が単一特異性抗体である、項目１から２に記載のライブラリー。
（項目４）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体の、その標的タンパク質に対する結合アフィニティーが少なくとも１０−７Ｍ（ＫＤ）である、項目１から３に記載のライブラリー。
（項目５）
前記結合アフィニティーが、少なくとも１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、１０−１０Ｍ、１０−１１Ｍ、１０−１２Ｍ、１０−１３Ｍ、１０−１４Ｍ、１０−１５Ｍ、または１０−１６Ｍである、項目４に記載のライブラリー。
（項目６）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体がその標的タンパク質の天然形態に結合する、項目１から５に記載のライブラリー。
（項目７）
前記複数の異なる抗体が少なくとも５０の異なる抗体を含む、項目１から６に記載のライブラリー。
（項目８）
前記複数の異なる抗体が少なくとも７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５２５、５５０、５７５、６００、６２５、６５０、６７５、７００、７２５、７５０、７７５、８００、８２５、８５０、８７５、９００、または１０００の異なる抗体を含む、項目７に記載のライブラリー。
（項目９）
前記複数の異なる抗体がヒトプロテオームのうちの少なくとも０．５％に結合する、項目１から８に記載のライブラリー。
（項目１０）
前記複数の異なる抗体が、ヒトプロテオームのうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％に結合する、項目９に記載の抗体のライブラリー。
（項目１１）
前記複数の異なる抗体が表５に列挙されるヒトタンパク質のうちの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％に結合する、項目１から１０に記載のライブラリー。
（項目１２）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体が有する、その標的に対する結合アフィニティーが、前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの別の抗体の結合アフィニティーの少なくとも２０％以内である、項目１から１１に記載のライブラリー。
（項目１３）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体が有する、その標的に対する結合アフィニティーが、前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの別の抗体の結合アフィニティーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９％以内である、項目１２に記載のライブラリー。
（項目１４）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体がモノクローナル抗体である、項目１から１３に記載のライブラリー。
（項目１５）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体が免疫沈降抗体である、項目１から１４に記載のライブラリー。
（項目１６）
前記同じプラットフォームにより作製される前記複数の抗体のうちの各抗体がＩｇＧ抗体である、項目１から１５に記載のライブラリー。
（項目１７）
項目１から１６に記載の抗体のライブラリーを含むアレイであって、各抗体が基材上に固定化されているアレイ。
（項目１８）
前記基材が平面である、項目１７に記載のアレイ。
（項目１９）
前記基材が粒子である、項目１７に記載のアレイ。
（項目２０）
前記基材が固体材料を含む、項目１７から１９に記載のアレイ。
（項目２１）
前記基材が多孔性材料を含む、項目１７から１９に記載のアレイ。
（項目２２）
前記固定化が可逆性である、項目１７から２１に記載のアレイ。
（項目２３）
前記固定化が不可逆性である、項目１７から２１に記載のアレイ。
（項目２４）
項目１から１６に記載のライブラリーを作製する方法であって、
ａ）動物を、複数の抗原で免疫化するステップと、
ｂ）抗体生成細胞を、前記動物から単離するステップと、
ｃ）複数の抗体を、前記抗体生成細胞から単離するステップと、
ｄ）ステップｃ）の前記複数の抗体を、ヒトプロテオームアレイによりスクリーニングするステップと、
ｅ）前記プロテオームアレイ上の単一の標的に単一特異性である抗体を、前記ライブラリーのために選択するステップと
を含む方法。
（項目２５）
ステップｃ）の前に、前記抗体生成細胞に由来する前記複数の抗体をプレスクリーニングするステップをさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記プレスクリーニングするステップが、免疫細胞化学を実施することによる、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記プレスクリーニングするステップが、前記抗体生成細胞に由来する抗体の、１または複数の標的抗原を含む混合物との結合を決定することによる、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
前記混合物が、粗溶解物、細胞、タンパク質、ペプチド、または核酸を含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記混合物が生物学的試料を含む、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記複数の抗原が、粗溶解物、細胞、タンパク質、ペプチド、または核酸を含む、項目２４から２９に記載の方法。
（項目３１）
前記複数の抗原が生物学的試料を含む、項目２４から２９に記載の方法。
（項目３２）
前記生物学的試料が、組織、血液、血清、血漿、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液、尿道球腺液、女性射精液、汗、涙液、嚢胞液、胸膜液、腹腔液、心膜液、リンパ、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、経血、膿、皮脂、膣分泌物、粘膜分泌物、糞便水分、膵液、副鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞液、または臍帯血である、項目２９および３１に記載の方法。
（項目３３）
前記複数の抗原が、少なくとも１１，０００の異なる抗原を含む、項目２４から３２に記載の方法。
（項目３４）
前記複数の抗原が、少なくとも１２，０００、１３，０００、１４，０００、１５，０００、１６，０００、１７，０００、１８，０００、１９，０００、または２０，０００の異なる抗原を含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記複数の抗原が、ヒトプロテオームのうちの少なくとも０．５％を含む、項目２４から３２に記載の方法。
（項目３６）
前記複数の抗原が、ヒトプロテオームのうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記抗体生成細胞がＢ細胞である、項目２４から３６に記載の方法。
（項目３８）
前記抗体を基材へと固定化するステップをさらに含む、項目２４から３７に記載の方法。
（項目３９）
前記基材が平面である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記基材が粒子である、項目３８に記載の方法。
（項目４１）
前記基材が固体材料を含む、項目３８から４０に記載の方法。
（項目４２）
前記基材が多孔性材料を含む、項目３８から４０に記載の方法。
（項目４３）
前記固定化が可逆性である、項目３８から４２に記載の方法。
（項目４４）
前記固定化が不可逆性である、項目３８から４２に記載の方法。
（項目４５）
ヒトタンパク質に単一特異性である抗体を同定する方法であって、
ａ）複数の抗体を、ヒトプロテオームアレイと接触させるステップと、
ｂ）前記複数の抗体と、前記ヒトプロテオームアレイ上に存在する標的との結合を決定するステップと、
ｃ）抗体が前記プロテオームアレイ上の単一の標的に結合する場合に、前記抗体を単一特異性と同定するステップと
を含む方法。
（項目４６）
前記ヒトプロテオームアレイが、ヒトプロテオームのうちの少なくとも０．５％を含む、項目２４から４５に記載の方法。
（項目４７）
前記ヒトプロテオームアレイが、ヒトプロテオームのうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％を含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記ヒトプロテオームアレイが、表５に列挙されるヒトタンパク質のうちの少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％を含む、項目２４から４７に記載の方法。
（項目４９）
標的に対する抗体を同定する方法であって、
ａ）標的を、項目１から１６に記載の抗体のライブラリーと接触させるステップと、
ｂ）前記標的と、前記複数の抗体との結合を決定するステップと、
ｃ）前記標的が、前記ライブラリーの抗体に結合する場合に、前記標的に対する抗体を同定するステップと
を含む方法。
（項目５０）
標的に対する抗体を同定する方法であって、
ａ）標的を、項目１７から２３に記載のアレイと接触させるステップと、
ｂ）前記標的と、前記複数の抗体との結合を決定するステップと、
ｃ）前記標的が、前記アレイの抗体に結合する場合に、前記標的に対する抗体を同定するステップと
を含む方法。
（項目５１）
標的を同定する方法であって、
ａ）標的を、項目１から１６に記載の抗体のライブラリーと接触させるステップと、
ｂ）前記標的と、前記複数の抗体との結合を決定するステップと、
ｃ）前記標的が、前記ライブラリーの抗体に結合する場合に、前記標的を同定するステップと
を含む方法。
（項目５２）
標的を同定する方法であって、
ａ）標的を、項目１７から２３に記載のアレイと接触させるステップと、
ｂ）前記標的と、前記複数の抗体との結合を決定するステップと、
ｃ）前記標的が、前記アレイの抗体に結合する場合に、前記標的を同定するステップと
を含む方法。