【手続補正書】
【提出日】平成24年5月7日(2012.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の、取り込みおよび／またはクリアランスを調節するための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物を含む薬学的組成物であって、ここで、該ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記薬学的組成物。
【請求項２】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を調節するための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物を含む薬学的組成物であって、ここで、該ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記薬学的組成物。
【請求項３】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を調節するための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物を含む薬学的組成物であって、ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記薬学的組成物。
【請求項４】
化合物がポリペプチドである、請求項1〜3のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項５】
化合物が抗体またはその抗原結合性断片である、請求項1〜4のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項６】
抗体が、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、または四重特異性抗体である、請求項5項記載の薬学的組成物。
【請求項７】
抗体が、24/04-10B4、42/04-42D2、20/05-3A4もしくは23/05-4C6であるか、または24/04-10B4、42/04-42D2、20/05-3A4もしくは23/05-4C6の少なくとも1つの相補性決定領域を含む抗体である、請求項5または請求項6記載の薬学的組成物。
【請求項８】
化合物が、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片
を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項９】
生物活性、可溶性および／または抗原性断片がリガンドに結合する、請求項8記載の薬学的組成物。
【請求項１０】
化合物が治療物質へ結合されている、請求項1〜9のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項１１】
治療物質が細胞傷害性物質である、請求項10記載の薬学的組成物。
【請求項１２】
治療物質が薬物および／または薬理学的物質である、請求項10記載の薬学的組成物。
【請求項１３】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の取り込みおよび／またはクリアランスを調節するための、
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物を含む薬学的組成物。
【請求項１４】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を調節するための、
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物を含む、薬学的組成物。
【請求項１５】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を調節するための、  i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物を含む薬学的組成物。
【請求項１６】
化合物がポリヌクレオチドである、請求項13〜15のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項１７】
ポリヌクレオチドが、動物の細胞内で該ポリヌクレオチドの発現を導くことができるプロモーターと機能的に連結されている、請求項16記載の薬学的組成物。
【請求項１８】
ポリヌクレオチドが、前記ポリペプチドをコードする遺伝子からのmRNAレベルを下方制御する、請求項16または請求項17記載の薬学的組成物。
【請求項１９】
ポリヌクレオチドが、アンチセンスポリヌクレオチド、センスポリヌクレオチド、触媒性ポリヌクレオチド、マイクロRNA、および二本鎖RNAから選択される、請求項18記載の薬学的組成物。
【請求項２０】
ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：9〜16に提示されたヌクレオチドの配列のいずれか1つまたは複数を含むポリヌクレオチドへ生理的条件下でハイブリダイズするアンチセンスポリヌクレオチドである、請求項19記載の薬学的組成物。
【請求項２１】
ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：9〜16に提示されたヌクレオチドの配列のいずれか1つまたは複数を含むポリヌクレオチドを切断することができる触媒性ポリヌクレオチドである、請求項19記載の薬学的組成物。
【請求項２２】
ポリヌクレオチドが、SEQ ID NO：9〜16に提示されたヌクレオチドの配列のいずれか1つまたは複数のうち少なくとも19個の連続したヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む二本鎖RNA（dsRNA）分子であり、ここで、分子の二本鎖部分が、少なくとも19塩基対の長さでありかつ該オリゴヌクレオチドを含む、請求項19記載の薬学的組成物。
【請求項２３】
ポリヌクレオチドが、単一のプロモーターから発現され、ここで、二本鎖部分の鎖が、一本鎖部分によって連結されている、請求項22記載の薬学的組成物。
【請求項２４】
ポリヌクレオチドが、前記ポリペプチドをコードする遺伝子からのmRNAレベルを上方制御する、請求項16または請求項17記載の薬学的組成物。
【請求項２５】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の取り込みおよび／またはクリアランスを増加させる、請求項1、4〜13および16〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項２６】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の取り込みおよび／またはクリアランスを減少させる、請求項1、4〜13および16〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項２７】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を増加させる、請求項2、4〜12、14および16〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項２８】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を減少させる、請求項2、4〜12、14および16〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項２９】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を増加させる、請求項3〜12および15〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項３０】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を減少させる、請求項3〜12および15〜24のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項３１】
対象が、移植片対宿主病（GVHD）、自己免疫疾患、感染症、神経変性疾患、全身性炎症反応症候群（SIRS）、癌および損傷から選択される疾患に苦しんでいる、請求項1〜30のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項３２】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞を検出する方法であって、
i）以下を含むポリペプチドのリガンドに結合する化合物と細胞とを接触させる工程：
a）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
b）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
c）a）もしくはb）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片、ならびに
ii）該リガンドへの該化合物の結合が存在するかまたは存在しないかを測定する工程
を含み、
ここで、該リガンドへの該化合物の結合が、細胞が、破壊された細胞膜を有するか、病原に感染しているか、死にかけているか、または死滅していることを示す、前記方法。
【請求項３３】
破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞に関連する疾患の状態を予後判定および／またはモニタリングする方法であって、
i）以下を含むポリペプチドのリガンドに結合する化合物と細胞とを接触させる工程：
a）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
b）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
c）a）もしくはb）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片、ならびに
ii）該リガンドが存在するかまたは存在しないかを測定する工程
を含み、
ここで、該リガンドの存在が、疾患の予後および／または状態を提供する、前記方法。
【請求項３４】
化合物がポリペプチドである、請求項32または請求項33記載の方法。
【請求項３５】
化合物が、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片、
を含むポリペプチドである、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
化合物が抗体またはその抗原結合性断片である、請求項32または請求項33記載の方法。
【請求項３７】
抗体が、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、または四重特異性抗体である、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
抗体が、24/04-10B4、42/04-42D2、20/05-3A4もしくは23/05-4C6であるか、または24/04-10B4、42/04-42D2、20/05-3A4もしくは23/05-4C6の少なくとも1つの相補性決定領域を含む抗体である、請求項36または請求項37記載の方法。
【請求項３９】
化合物が検出可能に標識されている、請求項32〜38のいずれか一項記載の方法。
【請求項４０】
対象から得られた試料に対してインビトロで行われる、請求項32〜39のいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
疾患が、移植片対宿主病（GVHD）、自己免疫疾患、感染症、神経変性疾患、全身性炎症反応症候群（SIRS）、癌および損傷より選択される、請求項33〜40のいずれか一項記載の方法。
【請求項４２】
療法をモニタリングする方法であって、
i）細胞を療法へ曝露する工程、および
ii）請求項32〜41のいずれか一項記載の方法を使用して、破壊された細胞膜を有する細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞を検出する工程
を含む、前記方法。
【請求項４３】
療法が、細胞を死滅させるように意図され、破壊された細胞膜を有する細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞の存在が、療法は有効であることを示す、請求項42記載の方法。
【請求項４４】
療法が、細胞を死滅させるように意図されず、破壊された細胞膜を有する細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞の存在が、療法は望ましくない副作用を有することを示す、請求項42記載の方法。
【請求項４５】
対象が癌または感染症を有する、請求項42記載の方法。
【請求項４６】
工程ii）が、対象から得られた試料に対して行われる、請求項42〜45のいずれか一項記載の方法。
【請求項４７】
療法が薬物療法または放射線療法である、請求項42〜46のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
ポリペプチドのリガンドを同定する方法であって、
a）破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部を得る工程、
b）細胞またはその一部から得られた候補化合物とポリペプチドとを接触させる工程、
c）化合物がポリペプチドに結合するかどうかを測定する工程、
を含み、
ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記方法。
【請求項４９】
ポリペプチドのリガンドを同定する方法であって、
a）破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部を得る工程、
b）細胞またはその一部から得られた候補化合物、およびポリペプチドに結合する結合パートナーへ、ポリペプチドを曝露する工程、ならびに
c）ポリペプチドへ結合することについて、結合パートナーと競合する候補化合物の能力を評価する工程
を含み、
ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記方法。
【請求項５０】
結合パートナーが抗体である、請求項49記載の方法。
【請求項５１】
結合パートナーが、検出可能に標識されている、請求項49または請求項50記載の方法。
【請求項５２】
初期アポトーシス細胞と、後期アポトーシス細胞、壊死細胞または死細胞とを識別する方法であって、
i）以下を含むポリペプチドのリガンドに結合する化合物と細胞とを接触させる工程：
a）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
b）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
c）a）もしくはb）の生物活性、可溶性および／もしくは抗原性断片、ならびに
ii）リガンドへの化合物の結合が存在するかまたは存在しないかを測定する工程
を含み、
ここで、リガンドへの化合物の結合は、細胞が後期アポトーシス細胞、壊死細胞または死細胞であることを示す、前記方法。
【請求項５３】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の取り込みおよび／またはクリアランスを調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物の使用であって、ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記使用。
【請求項５４】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物の使用であって、ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記使用。
【請求項５５】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドの該ポリペプチドのリガンドへの結合を調節する化合物の使用であって、ここで、ポリペプチドが、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含む、前記使用。
【請求項５６】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞の取り込みおよび／またはクリアランスを調節するための医薬の製造のための、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物の使用。
【請求項５７】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質の抗原認識、プロセッシングおよび／または提示を調節するための医薬の製造のための、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物の使用。
【請求項５８】
対象中における、破壊された細胞膜を有する細胞、病原体に感染した細胞、死にかけている細胞もしくは死細胞、またはそれらの一部、または周囲細胞に由来する物質に対する免疫応答を調節するための医薬の製造のための、以下：
i）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つに提示されたアミノ酸配列；
ii）SEQ ID NO：1〜8のいずれか1つもしくは複数に対して少なくとも50％同一なアミノ酸配列；ならびに／または
iii）i）もしくはii）の生物活性および／もしくは抗原性断片
を含むポリペプチドの産生を調節する化合物の使用。