【手続補正書】
【提出日】平成26年5月16日(2014.5.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
異種ポリペプチドを発現するように改変されているＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌であって、該異種ポリペプチドは、胆汁への曝露後、該細菌から放出される、細菌。
【請求項２】
前記異種ポリペプチドが治療用ポリペプチドである、請求項１に記載の細菌。
【請求項３】
前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、請求項１または２に記載の細菌。
【請求項４】
請求項３に記載の細菌であって、前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド
からなる群より選択される、細菌。
【請求項５】
前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、請求項３に記載の細菌。
【請求項６】
前記胆汁への曝露後に生き残らない、請求項１〜５のいずれか一項に記載の細菌。
【請求項７】
前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌からなる群より選択される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の細菌。
【請求項８】
異種ポリペプチドを発現するように改変されているＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を作製する方法であって、該方法は、異種ポリペプチドを発現するように細菌を遺伝的に改変する工程を含み、該ポリペプチドは、胆汁への曝露後、該Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌から放出される、方法。
【請求項９】
前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
請求項８または９に記載の方法であって、前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド
からなる群より選択される、方法。
【請求項１１】
前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１２】
前記細菌が前記胆汁への曝露後に生き残らない、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌からなる群より選択される、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
異種ポリペプチドを被験体に送達するための組成物であって、請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含み、該組成物が該被験体に経口投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項１５】
被験体において障害を処置または防止するための組成物であって、請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌の治療的有効量を含み、該組成物が該被験体に経口投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項１６】
前記被験体が動物である、請求項１４または１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記被験体が哺乳動物である、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記被験体がヒトである、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記被験体が家畜である、請求項１６に記載の組成物。
【請求項２０】
前記被験体が農業用動物である、請求項１６に記載の組成物。
【請求項２１】
前記障害が胃腸障害である、請求項１５〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２２】
前記障害が細菌感染である、請求項１５〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、請求項１４〜２３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含む薬学的組成物。
【請求項２６】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含む食品生産物または飼料生産物。
【請求項２７】
乳製品である、請求項２６に記載の食品生産物。
【請求項２８】
薬剤として使用するためのものである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌。
【請求項２９】
被験体における障害の処置または防止において使用するためのものである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌。
【請求項３０】
前記障害が細菌感染である、請求項２８または２９に記載の使用のための細菌。
【請求項３１】
前記細菌感染が被験体におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、請求項３０に記載の使用のための細菌。
【請求項３２】
請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の細菌を含む製剤であって、該製剤は、治療的有効量で被験体に投与されるように処方され、ここで、該細菌の該治療的有効量は約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、製剤。
【請求項３３】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含む、薬剤として使用するための組成物。
【請求項３４】
前記薬剤が、被験体において障害を処置または防止するためのものである、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
前記障害が細菌感染である、請求項３４に記載の組成物。
【請求項３６】
前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
被験体の胃腸管の炎症性障害を処置するための組成物であって、治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を含む、組成物。
【請求項３８】
被験体において炎症を減少させるための組成物であって、治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を含む、組成物。
【請求項３９】
前記被験体が炎症性胃腸障害を有する、請求項３７または３８に記載の組成物。
【請求項４０】
前記炎症性胃腸障害がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
前記胆汁感受性Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌が、前記被験体において１つまたは複数の炎症促進性サイトカインの産生を減少させる、請求項３７〜４０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４２】
前記炎症促進性サイトカインが、ＭＩＰ１ａ、ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１６、ＩＬ−２２、ＶＥＧＦ、エオタキシン、ＩＬ−１ｂ、ＫＣ、およびＬＩＦ、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、請求項３７〜４２のいずれか一項に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
生物学的治療用物質の標的送達のための方法および組成物が提供される。組成物は、胆汁への曝露後、生物学的治療剤を放出するように改変された、胆汁感受性Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を含む。本明細書に開示されたＳｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌により放出される生物学的治療剤には、ＡＱリッチなペプチドおよびＡＱＲリッチなペプチドが挙げられる。本発明の方法は、胆汁への曝露後、生物学的治療剤を放出するように改変された、Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を被験体に投与することを含む。Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌の投与は、所望の治療的応答を促進する。細菌は、ＡＱまたはＡＱＲリッチなペプチドを発現し、放出するように改変されてもよく、そのペプチドは、その後、細胞アポトーシスを阻害し、または粘膜損傷を低減する。したがって、本発明の方法は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染および抗生物質関連下痢を含む様々な胃腸障害を処置または防止するのに用いられる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
異種ポリペプチドを発現するように改変されているＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌であって、該異種ポリペプチドは、胆汁への曝露後、該細菌から放出される、細菌。
（項目２）
前記異種ポリペプチドが治療用ポリペプチドである、項目１に記載の細菌。
（項目３）
前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、項目１または２に記載の細菌。
（項目４）
項目３に記載の細菌であって、前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド
からなる群より選択される、細菌。
（項目５）
前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、項目３に記載の細菌。
（項目６）
前記胆汁への曝露後に生き残らない、項目１〜５のいずれか一項に記載の細菌。
（項目７）
前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌からなる群より選択される、項目１〜６のいずれか一項に記載の細菌。
（項目８）
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を作製する方法であって、該方法は、異種ポリペプチドを発現するように細菌を遺伝的に改変する工程を含み、該ポリペプチドは、胆汁への曝露後、該細菌から放出される、方法。
（項目９）
前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、項目８に記載の方法。
（項目１０）
項目８または９に記載の方法であって、前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド
からなる群より選択される、方法。
（項目１１）
前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、項目８または９に記載の方法。
（項目１２）
前記細菌が前記胆汁への曝露後に生き残らない、項目８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌からなる群より選択される、項目８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
異種ポリペプチドを被験体に送達する方法であって、項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌を、被験体に経口投与する工程を含む、方法。
（項目１５）
被験体において障害を処置または防止する方法であって、項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌の治療的有効量を、被験体に経口投与する工程を含む、方法。
（項目１６）
前記被験体が動物である、項目１４または１５に記載の方法。
（項目１７）
前記被験体が哺乳動物である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記被験体がヒトである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記被験体が家畜である、項目１６に記載の方法。
（項目２０）
前記被験体が農業用動物である、項目１６に記載の方法。
（項目２１）
前記障害が胃腸障害である、項目１５〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記障害が細菌感染である、項目１５〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、項目１４〜２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含む薬学的組成物。
（項目２６）
項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌を含む食品生産物または飼料生産物。
（項目２７）
乳製品である、項目２４に記載の食品生産物。
（項目２８）
薬剤として使用するためのものである、項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌。
（項目２９）
被験体における障害の処置または防止において使用するためのものである、項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌。
（項目３０）
前記障害が細菌感染である、項目２８または２９に記載の使用のための細菌。
（項目３１）
前記細菌感染が被験体におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、項目３０に記載の使用のための細菌。
（項目３２）
項目２８〜３１のいずれか一項に記載の使用のための細菌であって、ここで、該細菌は、治療的有効量で被験体に投与されるように処方され、ここで、該細菌の該治療的有効量は約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、細菌。
（項目３３）
項目１〜７のいずれか一項に記載の細菌の、薬剤としての使用。
（項目３４）
前記薬剤が、被験体において障害を処置または防止するためのものである、項目３３に記載の細菌の使用。
（項目３５）
前記障害が細菌感染である、項目３４に記載の細菌の使用。
（項目３６）
前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、項目３５に記載の細菌の使用。
（項目３７）
被験体の胃腸管の炎症性障害を処置する方法であって、治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目３８）
被験体において炎症を減少させる方法であって、治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目３９）
前記被験体が炎症性胃腸障害を有する、項目３７または３８に記載の方法。
（項目４０）
前記炎症性胃腸障害がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記胆汁感受性Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌が、前記被験体において１つまたは複数の炎症促進性サイトカインの産生を減少させる、項目３７〜４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記炎症促進性サイトカインが、ＭＩＰ１ａ、ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１６、ＩＬ−２２、ＶＥＧＦ、エオタキシン、ＩＬ−１ｂ、ＫＣ、およびＬＩＦ、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、項目３７〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８０】
寄託
本出願人は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９の寄託をＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ  ２０１１０  ＵＳＡにＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１１８８８として行った。本出願人はさらに、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１１８８９としてＳｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１１８９０としてＳｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２、およびＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１１８９１としてＳｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３の寄託を行った。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２４】
上記で提供された説明に照らして、以下の実施形態がさらに提供される：
１．異種ポリペプチドを発現するように改変されているＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌であって、前記異種ポリペプチドが、胆汁への曝露後、前記細菌から放出される、細菌。
２．前記異種ポリペプチドが治療用ポリペプチドである、実施形態１に記載の細菌。
３．前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、実施形態１または２に記載の細菌。
４．前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、以下からなる群より選択される、実施形態３に記載の細菌：
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド。
５．前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、実施形態３に記載の細菌。
６．前記細菌が前記胆汁への曝露後に生き残らない、実施形態１〜５のいずれか１つに記載の細菌。
７．前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、以下からなる群より選択される、実施形態１〜６のいずれか１つに記載の細菌：
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌。８．Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を作製する方法であって、前記方法が異種ポリペプチドを発現するように前記細菌を遺伝的に改変することを含み、前記ポリペプチドが、胆汁への曝露後、前記細菌から放出される、方法。
９．前記異種ポリペプチドがアラニン−グルタミンリッチなペプチドである、実施形態８に記載の方法。
１０．前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、以下からなる群より選択される、実施形態８または９に記載の方法：
ａ）配列番号２または８に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｂ）配列番号４または１０に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｃ）配列番号６または１２に示されたアミノ酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むペプチド；
ｄ）配列番号１、３、５、７、９、または１１のいずれかに示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド；および
ｅ）配列番号１、３、５、７、９、または１１の少なくとも１つと少なくとも約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるペプチド。
１１．前記アラニン−グルタミンリッチなペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、または１２からなる群より選択される、実施形態８または９に記載の方法。
１２．前記細菌が前記胆汁への曝露後に生き残らない、実施形態８〜１１のいずれか１つに記載の方法。
１３．前記Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓが、以下からなる群より選択される、実施形態８〜１２のいずれか１つに記載の方法：
ａ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８８として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９；
ｂ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８８９として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７１；
ｃ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９０として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７２；
ｄ）ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１１８９１として寄託されている、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＣＫ２０７３；および
ｅ）プロバイオティクスＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌。１４．異種ポリペプチドを被験体に送達する方法であって、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌を被験体に経口投与することを含む、方法。
１５．被験体において障害を処置または防止する方法であって、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌の治療的有効量を被験体に経口投与することを含む、方法。
１６．前記被験体が動物である、実施形態１４または１５に記載の方法。
１７．前記被験体が哺乳動物である、実施形態１６に記載の方法。
１８．前記被験体がヒトである、実施形態１７に記載の方法。
１９．前記被験体が家畜である、実施形態１６に記載の方法。
２０．前記被験体が農業用動物である、実施形態１６に記載の方法。
２１．前記障害が胃腸障害である、実施形態１５〜２０のいずれか１つに記載の方法。
２２．前記障害が細菌感染である、実施形態１５〜２０のいずれか１つに記載の方法。
２３．前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、実施形
態２２に記載の方法。
２４．細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、実施形態１４〜２３のいずれか１つに記載の方法。
２５．実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌を含む薬学的組成物。
２６．実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌を含む食品または飼料生産物。
２７．前記食品が乳製品である、実施形態２４に記載の食品。
２８．薬剤として用いられる、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌。
２９．被験体において障害を処置または防止するのに用いられる、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌。
３０．前記障害が細菌感染である、実施形態２８または２９記載の用いられる細菌。
３１．前記細菌感染が被験体におけるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、実施形態３０記載の用いられる細菌。
３２．前記細菌が処方されて、治療的有効量で被験体に投与され、細菌の治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、実施形態２８〜３１のいずれか１つの用いられる細菌。
３３．実施形態１〜７のいずれか１つに記載の細菌の薬剤としての使用。
３４．該薬剤が、被験体において障害を処置または防止するのに用いられる、実施形態３３に記載の細菌の使用。
３５．前記障害が細菌感染である、実施形態３４に記載の細菌の使用。
３６．前記細菌感染がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、実施形態３５に記載の細菌の使用。
３７．治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を被験体に投与することを含む、被験体の胃腸管の炎症性障害を処置する方法。
３８．治療的有効量の単離された胆汁感受性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌を被験体に投与することを含む、被験体において炎症を減少させる方法。
３９．前記被験体が炎症性胃腸障害を有する、実施形態３７または３８に記載の方法。
４０．前記炎症性胃腸障害がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染である、実施形態３９に記載の方法。
４１．前記胆汁感受性Ｓｔ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌が、前記被験体において１つまたは複数の炎症促進性サイトカインの産生を減少させる、実施形態３７〜４０のいずれか１つに記載の方法。
４２．前記炎症促進性サイトカインが、ＭＩＰ１ａ、ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１６、ＩＬ−２２、ＶＥＧＦ、エオタキシン、ＩＬ−１ｂ、ＫＣ、およびＬＩＦ、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、実施形態４１に記載の方法。
４３．細菌の前記治療的有効量が約１０８〜１０１２ＣＦＵ／日である、実施形態３７〜４２のいずれか１つに記載の方法。