【事件の表示】
　平成　８年特許願第１８３１４０号「整列ペプチドを用いたタンパク質の結合・相互作用部位検出方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１０年　１月２７日出願公開、特開平１０−　２５２９９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
I．出願の経緯及び本願発明
　本願は、平成８年７月１２日に出願した特願平８−１８３１４０号であって、その請求項１〜２３に係る発明は、平成１１年５月１８日付けの手続補正書によって補正された明細書の特許請求の範囲に記載されたとおりのものと認められるところ、そのうちの請求項１に係る発明（以下、「本願発明１」という。）は次のとおりである。
　
「【請求項１】整列ペプチドを用いて任意あるいは特定タンパク質におけるそのリガンドとの結合部位あるいは相互作用部位を検出するタンパク質の結合・相互作用部位検出方法であって、前記整列ペプチドは、前記の任意あるいは特定タンパク質あるいはその一部に相当するアミノ酸配列を任意の配列長に区分してその区分した配列に相応するペプチドを合成することによりできるそれぞれの区分ペプチドが独立の一構成要素として配列されたものであり、これらの区分ペプチドの配列は、固定され、且つ、前記整列ペプチドのアミノ酸配列が前記の任意あるいは特定タンパク質あるいはその一部に相当するアミノ酸配列となるように配列されていることを特徴とするタンパク質の結合・相互作用部位検出方法。」
　
II．引用刊行物記載の発明
　これに対し、原査定の拒絶理由に引用された、本願出願日前に頒布された刊行物である「特表昭６０−５００６８４号公報」（以下、「引用刊行物１」という）、及び、「社団法人日本生化学会編「タンパク質VI−合成および発現−」株式会社東京化学同人(1992)P.59-60」（以下、「引用刊行物２」という）には次の事項が記載されている。
　
（１）引用刊行物１
　引用刊行物１には、「タンパク質またはタンパク質部分の既知のアミノ酸連鎖内の抗原活性アミノ酸連鎖を検出または決定する方法であり、該方法は下記段階から成る。
　１．各々のペプチドが既知のアミノ酸連鎖内の連鎖に相当する複数のアミノ酸の連鎖から成り、該ペプチドが重複するアミノ酸連鎖を有する、複数のペプチドを合成し、
　２．前記ペプチドの各々をタンパク質またはタンパク質部分に対する抗体と接触させ、
　３．前記ペプチドが抗原活性を有するか否かを示す、前記各ペプチドと前記抗体との間の抗原−抗体反応の有無を検出又は決定する。」なる発明が記載されており（請求の範囲１）、さらに、同請求の範囲２には、請求の範囲１に記載の決定方法が「抗原活性アミノ酸連鎖の決定方法」であることが記載されており、同刊行物の第２頁左上欄第５〜９行には、該「抗原活性」とは、「抗体と特異的に結合するアミノ酸連鎖を意味するものであり、抗体の製造を引き出し、または刺激するアミノ酸連鎖…を含める」と記載されており、また、同請求の範囲５には、これらの決定方法が「前記複数のペプチドの各々が固相担体上で合成され、該固相担体と結合して保持される各々のペプチドについて」行われるものであることが記載されている。
　同刊行物の第１図には、複数の合成ペプチドとしてヘキサペプチドの例が示されており、Ｎ末から１〜６番目、２〜７番目、３〜８番目と、鷲口瘡ウイルス（FMDV）のタイプO1のVP1なる既知のアミノ酸連鎖部分から、アミノ酸１個ずつをＮ末からずらすように重複して設計した複数のペプチドを固相に結合させて合成させる旨が記載されている。
　また、同刊行物では、本発明の方法が「あらゆる可能な結合の中から特定の抗原決定基のアミノ酸連鎖を確認する抗体の高度の特異性を利用して特定の抗原決定基が確認されるという概念に基づく」（第２頁左下欄第２〜７行）というものであることが記載されており、第３頁左下欄、第２ａ〜２ｆ図、第３図および第４図には、Ｎ末からずらして合成したペプチド全部に順に番号を付与した上で電算機にもとづくプログラムで管理し、抗体と結合・反応活性をもつものとそうでないものを網羅的に確認した旨が示されている。
　さらに、同刊行物の第２頁左下欄第１７行〜右下欄第１行には、「抗原決定基は一般的に約６つのアミノ酸の連鎖の長さから成ると信じられており、したがって本発明の第１の工程に従って製造されるアミノ酸の連鎖は、好ましくは６つのアミノ酸の連鎖である…本発明は６つのアミノ酸の連鎖に限定されないことを理解すべきである。」と記載されている。
　すなわち、同刊行物には、特定のタンパク質のうちの既知のアミノ酸連鎖内において、Ｎ末から順にアミノ酸を重複させてずらしながら、それぞれ６個程度以上の任意の数の連続アミノ酸から成るペプチドを網羅的に固相に結合させて合成し、それぞれ当該タンパク質に対する抗体と接触させて、いずれのペプチドと反応するかを検出することによって、当該抗体との結合・作用部位を検出する方法が記載されていると認める。
　
（２）引用刊行物２
　引用刊行物２には、ウイルスタンパク質HIV-1gp41などのタンパク質のエピトープを検索するために、「該タンパク質の抗原性の高い領域」のＮ末から少しずつアミノ酸をずらすように重複して設計した８〜１０個程度のアミノ酸からなる複数ペプチドを合成させる指示をコンピュータに導入し、その指示に従ってペプチド鎖を延長するマルチピン合成法により、固相上の複数のピンにそれぞれ配したプレートを用い（例えば、９６個のピンから成るプレート上にペプチド合成を行う自動ペプチド合成機を用いて提供する）、それに抗体を反応させることにより、理論的にタンパク質のエピトープを確実に見出すことができる旨、記載されている。
　また、図３・６には１４個のアミノ酸から構成される複数のペプチドが、HIV-1gp41の抗原性の高い領域のＮ末からアミノ酸３個ずつをずらすように重複して設計されたペプチドを上記ピン上に合成することが記載されている。
　
III．当審の判断
　本願発明１と、引用刊行物１に記載の発明とを比較する。
　本願の請求項９には、本願発明１に記載の「リガンド」の一態様として「抗体」があげられることが記載されている。
　したがって、両者は「任意あるいは特定のタンパク質におけるその抗体（リガンド）との結合部位あるいは相互作用部位を検出するタンパク質の結合・相互作用部位検出方法であって、
　前記ペプチドは、前記の任意あるいは特定のタンパク質あるいはその一部に相当するアミノ酸配列を任意の配列長にして、それらのペプチドをＮ末側から順に合成することによりできるペプチドであり、
　これらのペプチドは固定されていることを特徴とするタンパク質の結合・作用部位検出方法」である点で一致し、
　ただ、（１）用いるペプチドが、前者では「区分ペプチド」と称される「タンパク質あるいはその一部に相当するアミノ酸配列を任意の配列長に区分してその区分した配列に相応するペプチドを合成することによりできるそれぞれの区分ペプチドが独立の一構成要素であるもの」、すなわち、合成される複数のペプチドは、タンパク質を任意の配列長に区分したものに対応し、互いが重複しあうことがないものであるのに対し、後者では、Ｎ末から１個ずつずらして設計されて互いに重複し合うものである点、および、（２）前者は、これらの区分ペプチドが配列されて固定されることにより構成される整列ペプチドのアミノ酸配列が前記の任意あるいは特定タンパク質あるいはその一部に相当するアミノ酸配列となるように配列されているのに対し、後者では、合成された複数のペプチドが固定はされているが、それらがどのように配列されているかについては特に記載されていない点で相違する。
　
相違点（１）について
　抗原タンパクの部分ペプチドを用いた抗体との結合・作用部位検出に係る技術背景に鑑みると、例えば参考文献１の第２頁左上欄第１１〜１７行や、参考文献２の第１３１〜１３３頁の「Binding of Antibodies to Human Protein C」の項に示されるように、酵素により切断される抗原タンパクを用いるなど、自動ペプチド合成機の開発前から採られていた手法により、互いに重複し合うところのない区分ペプチドを用いる方法の方が、引用刊行物１や２に記載のものよりも、むしろ基本的なものと解される。そして、当該従来法では、結合・作用部位が複数のペプチドに分断された場合、抗体が該部位に結合できず、結合・作用部位の特定ができなくなる、というリスクがあったがために、その回避のため、引用刊行物１や２においては、Ｎ末から順に１〜数個のアミノ酸をずらして重複部分を作りながら、網羅的に、もしくはきめ細かにペプチドを合成することとしたものであって、それは、引用刊行物１における「あらゆる可能な結合の中から特定の抗原決定基のアミノ酸連鎖を確認する抗体の高度の特異性を利用して特定の抗原決定基が確認されるという概念に基づく」という表現や、引用刊行物２における「理論的にタンパク質のエピトープを確実に見いだすことができる」という表現にも集約されている。
　さらに、引用刊行物１では、アミノ酸は１個ずつずらして重複設計されているのに対し、引用刊行物２では、３個ずつずらして重複設計されており、ここから、重複アミノ酸数などは当業者が適宜選択し得るものであることがうかがえる。
　してみると、重複するアミノ酸を一切なくしたり、もしくは少なくすれば、一度の操作で結合・作用部位を検出できないリスクがあるが、他方、網羅的、もしくはきめ細かな重複設計をすれば、検出可能性は高まるものの費用や手間がかさむことは当業者に明らかなことであり、そのいずれを選択するのかは、両者のこれらの特徴を理解した上で当業者が適宜選択すればよいことである。
　したがって、コストや効率性の点を重視して、引用刊行物１に記載の方法を従来法と同じ水準にまで簡略化し、相互に重複することのない区分ペプチドだけを合成して、それを用いて抗体との結合・反応性を有するペプチド探索を試みる程度のことは当業者が容易に為し得たことといえる。
　
参考文献１　特開平２−１８１６５３号公報
参考文献２　J. Biochem. Vol.97, No.1(1985)P.127-138
　
相違点（２）について
　データ取得の簡便性や視認性などを考慮し、区分ペプチドのアミノ酸配列を、特定タンパク質のアミノ酸配列となるように整列して配置することなどは、当業者が適宜行うことである。また、引用文献２のように自動合成機を用いて、次工程で抗体との反応を行うことを目的としてプレートの９６個のピン上にペプチドを合成させるような場合には、設計の容易性などから、合成ペプチドを規則的に当該プレート上に配列させることが一般的であるから、固定ペプチドを製造するにあたり、このような合成法を採用した場合には、合成ペプチドが整列して配置されることは、むしろ通常のことである。
　したがって、複数の合成ペプチドを固相において合成させる場合に、引用刊行物２のような方法を用いてアミノ酸配列の順に配して固定することも当業者が容易に想到し得たことである。
　
本願発明１の奏する効果について
　本願明細書の発明の詳細な説明では、【００４８】段落に記載の線虫のα３−チュブリンの一部アミノ酸配列で表されるタンパクと、【００５４】段落に記載の線虫のタンパク質キナーゼＣ（PKC）の一部アミノ酸配列で表されるタンパクについて、前者は１０個のアミノ酸を一単位として４５区分のペプチドで、また、後者は１５個のアミノ酸を一単位として９区分のペプチドを作り、それぞれの抗体との反応により、結合・作用部位を特定できたことが示されている。
　しかしながら、それらは、これらのタンパクについては当該区分方法によって、たまたま抗体との結合・作用部位が検出可能な程度に保存されていたことを示すものにすぎず（すなわち、切る位置をずらした同じ大きさの区分ペプチドや、長さを短くした区分ペプチドでは、上記部位が検出できるとは限らない）、他方、そのような検出可能な区分法が存在するであろうことは引用刊行物１、２、参考文献等の記載から当業者が十分に理解していた事項であることを考慮すると、当該効果を当業者に予測外のものと認めることはできない。
　
請求人の主な主張
　平成１２年４月２５日付け提出の審判請求書の手続補正書において、請求人は、「本願発明は、各々のペプチドを個別的（逐次的）に用いるのではなく、タンパク質の着目する領域のアミノ酸配列を示す整列ペプチドを用いるため、複数の区分ペプチドを同時に（並列的に）検出するとともに、活性がある場合は迅速にその活性部位が特定でき、簡便かつ効率的に、ひいては体系的・組織的に活性部位の検出を行うことができること」を本願発明の効果として主張する。
　しかしながら、上述のとおり引用刊行物１においても、ペプチドと抗体との結合・反応性のデータ処理はコンピュータによっておこなわれており、また、得られるデータをコンピューターで並列処理することを前提にしているからこそ、一度に網羅的にペプチドを合成していると認められるから、当該効果を格別のものと認めることはできない。
　
　また、請求人は、同審判請求書の手続補正書において、「実際の検出においては、タンパク質を構成する或いは着目する領域のアミノ数は膨大であり、区分ペプチドの数も非常に多くなるため、整列ペプチドを構成する区分ペプチドの配列データを、対応するアミノ酸配列とともに予めコンピューターに入力しておき、活性部位の検出操作後あるいは同時にコンピューター処理を介して活性部位を特定することになります。このようにコンピューター処理を行う場合、本願発明では、一の整列ペプチドにおいて各々の区分ペプチドのアミノ酸配列が重複せず、整列ペプチドが示すアミノ酸配列がタンパク質の着目する領域の全てのアミノ酸配列を示しているため、区分ペプチドの配列や対応するアミノ酸配列のデータ入力操作が簡略化され、また処理プログラムも比較的簡単なものでよく、結果、処理速度が速くなり、解析装置も簡略化できます。また、整列ペプチドを構成する区分ペプチドの合成は、通常の自動ペプチド合成機を使用することになり、その際、本願発明では単にアミノ酸配列に沿って区分したペプチドを用いるため、自動ペプチド合成機のコンピューターへの指示データが単純となり、結果、入力操作やその後の処理も迅速に行うことができます。」と主張する。
　しかしながら、検出対象のペプチド群を、網羅的なものから区分ペプチドだけに間引くという構成を採ること自体が当業者に容易に想到し得たものであることは上述のとおりであり、そうすることにより処理すべきデータの数が減れば、データ処理も簡便となって効率化が図られるという効果は情報処理の分野において当然のことであるから、それを格別なものと認めることはできない。
　
　さらに、請求人は、「区分ペプチドだけとすると、結合部位が複数ペプチドに分断された場合、抗体によって認識されない」旨の原審の指摘に対し、「本願発明において、タンパク質の着目する領域のアミノ酸配列を区分する際、その区分をシフトさせて行い、そのシフトさせた区分に相応する区分ペプチドを合成し、配列、固定して整列ペプチドを形成すれば、このような問題は生じません。」と上記審判請求書の手続補正書で述べている。
　しかしながら、ここで請求人が主張するように、一度目の区分方法では部位の検出に成功しなかったため、区分方法を変えて複数回の試行を行うというのであれば、それは結局、引用刊行物１や２に示される、網羅的、もしくはきめ細かに重複設計したペプチドを用いて検出する方法を単に複数回にわけて行うにすぎないものであり、それは当業者が適宜行うことである。そして、そうすることにより、２度目、３度目などで検出に成功し、引用刊行物１や２で要するペプチド数よりは少ない数で検出できることがあったとしても、当該事項は、引用文献１、２および参考文献等から当業者が予測し得た範囲のことであり、格別のものとは認められない。
　ゆえに、請求人のこの主張をもって、本願発明が進歩性を有するものと認めることもできない。
　
IV．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明１は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないので、その余の本願の請求項に記載の発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。