【手続補正書】
【提出日】平成24年2月21日(2012.2.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
・配列番号2q-1 (qは1〜192で変動する)及び配列番号385〜414の核酸配列で表される222の核酸分子の集団から選択される少なくとも26の核酸分子を含むセット、
・前記少なくとも26の核酸分子の少なくとも26の相補核酸分子を含むセット、
・以下の：
・前記少なくとも26の核酸分子、若しくは
・前記少なくとも26の相補核酸分子
のそれぞれの少なくとも１つのフラグメントを含むセットであって、該フラグメントは、前記少なくとも26の核酸分子のそれぞれの少なくとも15〜18の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を有するセット、及び
・以下の：
・前記少なくとも26の核酸分子のそれぞれ、若しくは
・前記少なくとも26の相補核酸分子のそれぞれ
の少なくとも１つのバリアントを含むセットであって、前記バリアントの核酸配列が、前記核酸分子の核酸配列と比較して少なくとも70%の配列相同性を示すセット
から選択される少なくとも１つの核酸分子のセットであって、
前記26の核酸分子が配列番号2q-1 (qは1〜26で変動する)の核酸配列で表される、いずれかの型の体細胞性又は卵巣癌のインビトロ又はエクスビボでの診断のための前記核酸分子のセットであって、
前記体細胞性癌は固形腫瘍又は血液新生物であり、
-それぞれの型の体細胞性又は卵巣癌の癌細胞は、前記核酸分子のセットの少なくとも１つの核酸分子を異常発現し、
-前記核酸分子のセットの少なくとも１つの核酸分子は、少なくとも１つの型の体細胞性又は卵巣癌の癌細胞において異常発現される
前記核酸分子のセット。
【請求項２】
前記核酸分子のセットが、配列番号2q-1 (qは1〜57で変動する)及び配列番号385〜配列番号386の核酸配列で表される少なくとも59の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜88で変動する)及び配列番号385〜配列番号389の核酸配列で表される少なくとも93の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜103で変動する)及び配列番号385〜配列番号389の核酸配列で表される少なくとも108の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜121で変動する)及び配列番号385〜配列番号391の核酸配列で表される少なくとも128の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜144で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも160の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜150で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも166の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜163で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも179の核酸分子、
配列番号2q-1 (qは1〜186で変動する)及び配列番号385〜配列番号411の核酸配列で表される少なくとも213の核酸分子、又は
前記222核酸分子の群の222全ての核酸分子を含む、請求項１に記載の核酸分子のセット。
【請求項３】
・配列番号2q (qは1〜192で変動する)のアミノ酸配列で表される192のタンパク質の集団から選択される少なくとも26のタンパク質を含むセット、
・前記少なくとも26のタンパク質のそれぞれの少なくとも１つのバリアントを含むセットであって、該バリアントのアミノ酸配列が、前記タンパク質のアミノ酸配列と比較して少なくとも70%の配列相同性を示すセット、及び
・以下の：
・前記少なくとも26のタンパク質、若しくは
・前記少なくとも26のタンパク質のそれぞれの少なくともバリアント
のそれぞれの少なくとも１つのフラグメントを含むセットであって、該フラグメントが、該フラグメントが由来するタンパク質に対して特異的に指向された抗体により認識されることができるセット
から選択される少なくとも１つのアミノ酸分子のセットであって、
少なくとも26のタンパク質が、請求項１又は２で規定される少なくとも26の核酸分子によりコードされ、該少なくとも26のタンパク質が、配列番号2q (qは1〜26で変動する)のアミノ酸配列で表され、
上記で規定される所定のセットに含まれるそれぞれのアミノ酸分子が、少なくとも１つの特異的抗体により特異的に認識され、該特異的抗体が、上記で規定される所定のセットの１つのアミノ酸分子を特異的に認識できる、いずれかの型の体細胞性又は卵巣癌のインビトロ又はエクスビボでの診断のための前記アミノ酸分子のセットであって、
前記体細胞性癌は固形腫瘍又は血液新生物であり、
-いずれかの型の体細胞性又は卵巣癌に罹患した患者の生体試料が、前記アミノ酸分子のセットのアミノ酸分子を特異的に認識する少なくとも１つの抗体の異常な量を示し、
-前記アミノ酸分子のセットのアミノ酸分子を特異的に認識する少なくとも１つの抗体が、少なくとも１つの型の体細胞性又は卵巣癌に罹患した患者の生体試料中に異常な量で存在する
前記アミノ酸分子のセット。
【請求項４】
前記タンパク質のセットが、少なくとも57のタンパク質を含み、該少なくとも57のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜57で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも88のタンパク質を含み、該少なくとも88のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜88で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも103のタンパク質を含み、該少なくとも103のタンパク質が、配列番号2q (qは1〜103で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも121のタンパク質を含み、該少なくとも121のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜121で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも144のタンパク質を含み、該少なくとも144のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜144で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも150のタンパク質を含み、該少なくとも150のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜150で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも163のタンパク質を含み、該少なくとも163のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜163で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、少なくとも186のタンパク質を含み、該少なくとも186のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜186で変動する)のアミノ酸配列で表されるか、又は
前記タンパク質のセットが、前記192のタンパク質の群の192全てのタンパク質を含む、請求項３に記載のアミノ酸分子のセット。
【請求項５】
少なくとも26の抗体のセット、又は57の抗体のセット、88の抗体のセット、103の抗体のセット、121の抗体のセット、150の抗体のセット、163の抗体のセット、186の抗体のセット若しくは192の抗体のセットであって、上記の所定の抗体のセットのそれぞれの抗体が請求項３又は４で規定されるアミノ酸分子のセットのアミノ酸分子を特異的に認識し、請求項３又は４で規定される所定のアミノ酸分子のセットのそれぞれのアミノ酸分子が、前記所定の抗体のセットの抗体により特異的に認識されることを特徴とする、いずれかの型の体細胞性又は卵巣癌のインビトロ又はエクスビボでの診断のための前記抗体のセットであって、
-それぞれの型の体細胞性又は卵巣癌の癌細胞が、前記抗体のセットの抗体により認識される少なくとも１つのアミノ酸分子を異常発現し、
-前記抗体のセットの抗体により認識される少なくとも１つのアミノ酸分子が、少なくとも１つの型の体細胞性又は卵巣癌の癌細胞において異常発現される
前記抗体のセット。
【請求項６】
配列番号415〜446のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも32のオリゴヌクレオチドプローブを含むマイクロアレイであって、該少なくとも32のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、請求項１又は２に記載の少なくとも核酸分子のセットのうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成し、オリゴヌクレオチドプローブとそれらの対応する核酸配列との対応が表3aに示されるマイクロアレイ。
【請求項７】
配列番号415〜484のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも70のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも70のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜57で変動する)及び配列番号385〜配列番号386の核酸配列で表される少なくとも59の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜524のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも110のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも110のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜88で変動する)及び配列番号385〜配列番号389の核酸配列で表される少なくとも93の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜544のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも130のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも130のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜103で変動する)及び配列番号385〜配列番号389の核酸配列で表される少なくとも108の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜568のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも154のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも154のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜121で変動する)及び配列番号385〜配列番号391の核酸配列で表される少なくとも128の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜611のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも197のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも197のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜144で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも160の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜618のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも204のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも204のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜150で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも166の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜634のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも220のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも220のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜163で変動する)及び配列番号385〜配列番号400の核酸配列で表される少なくとも179の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜675のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも261のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも261のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜186で変動する)及び配列番号385〜配列番号411の核酸配列で表される少なくとも213の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成するか、又は
配列番号415〜684のオリゴヌクレオチド配列で表される少なくとも270のオリゴヌクレオチドプローブを含み、該少なくとも270のオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれが、配列番号2q-1 (qは1〜192で変動する)及び配列番号385〜配列番号414の核酸配列で表される222の核酸分子の集団の222の核酸分子のうちの１つの核酸分子と特異的にハイブリッド形成する
マイクロアレイであって、
オリゴヌクレオチドプローブとそれらの対応する遺伝子との対応が表3bに示され、
該マイクロアレイは、陽性及び陰性の対照核酸分子と特異的にハイブリッド形成する陽性及び陰性のオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項６に記載のマイクロアレイ。
【請求項８】
配列番号415〜配列番号684のオリゴヌクレオチド配列で表されるオリゴヌクレオチドプローブを含むか、若しくは配列番号415〜配列番号1617のオリゴヌクレオチド配列で表されるオリゴヌクレオチドプローブを含むか、若しくは配列番号415〜配列番号2989のオリゴヌクレオチド配列で表されるオリゴヌクレオチドプローブを含むか又はそれからなる、請求項６又は７に記載のマイクロアレイ。
【請求項９】
対象者からの生体試料からの核酸のうち、配列番号2q-1 (qは1〜192で変動する)及び配列番号385〜配列番号414の核酸配列で表される222の核酸分子又はそのフラグメントの集団から選択される少なくとも26の核酸分子の群の少なくとも１つの核酸分子の存在又は量の変動を決定することによる、対象者におけるインビトロ及び／又はエクスビボでの体細胞性又は卵巣癌の検出の方法であって、
該26の核酸分子が、配列番号2q-1 (qは1〜26で変動する)の核酸配列で表され、
核酸分子の存在又は量の変動が、健常対象者から単離された試料からの前記核酸分子の不在又は所定の量に関して評価され：
-生体試料からの核酸を、作用剤と接触させて、該作用剤と対象者の試料からの少なくとも１つの核酸との少なくとも１つの核酸複合体の形成を可能にするステップであって、
・該作用剤が、配列番号2q-1 (qは1〜192で変動する)及び配列番号385〜配列番号414の核酸配列で表される222の核酸分子から選択される少なくとも26の核酸分子のそれぞれの、少なくとも：
・１つの核酸分子、又は
・該核酸配列の相補分子、又は
・該核酸分子若しくは該相補分子のフラグメント
を含み、該少なくとも26の核酸分子は、配列番号2q-1 (qは1〜26で変動する)の核酸配列により表され、
・前記作用剤に含まれる核酸配列、該核酸配列の相補配列又はそれらのフラグメントは、前記少なくとも26の核酸分子と選択的にハイブリッド形成でき、
・前記少なくとも26の核酸分子は、健常対象者から単離された試料からの前記少なくとも26の核酸分子の所定の量とは異なる量で存在する傾向にある
ステップと、
-対象者が癌に罹患していることを示す、少なくとも１つの核酸複合体の存在又は量の変動を決定するステップと
を含む方法。
【請求項１０】
前記作用剤が、健常対象者から単離された試料からの少なくとも26の核酸分子の所定の量とは異なる量で存在する傾向にある少なくとも26の核酸分子の少なくとも１つの核酸分子のフラグメントのPCR増幅を可能にする核酸配列を含み、該PCR増幅は、逆転写定量PCR又はPCRアレイである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
-生体試料からの核酸を、請求項６〜８のいずれかで規定されるようなマイクロアレイ
である作用剤と接触させて、該作用剤と対象者の試料からの少なくとも１つの核酸との少なくとも１つの核酸複合体の形成を可能にするステップと、
-対象者が癌に罹患していることを示す少なくとも１つの核酸複合体の存在又は量の変動
を決定するステップと
を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
対象者からの生体試料からのポリペプチドのうち、配列番号2q (qは1〜192で変動する)からなるアミノ酸配列を含むか又はそれにより構成される192のタンパク質から選択される少なくとも26のタンパク質の群のうちの少なくとも１つのタンパク質又はそのフラグメントの存在又は量の変動を決定することによる、対象者におけるインビトロ及び/又はエクスビボでの癌の検出の方法であって、
前記少なくとも26のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜26で変動する)のアミノ酸配列により構成され、
前記少なくとも26のタンパク質のそれぞれのタンパク質は、少なくとも１つの特異的抗体により特異的に認識され、該特異的抗体は、該少なくとも26のタンパク質の１つのタンパク質を特異的に認識でき、
前記タンパク質の存在又は量の変動は、健常対象者から単離された試料からの前記タンパク質の不在又は所定の量に関して評価され：
-生体試料からのポリペプチドを、作用剤と接触させて、該作用剤と対象者の試料からの少なくとも１つのタンパク質との少なくとも１つの免疫複合体の形成を可能にするステップであって、
前記作用剤が、前記少なくとも26のタンパク質のそれぞれの１つのタンパク質と特異的にハイブリッド形成する少なくとも１つの抗体を含み、該少なくとも26のタンパク質のそれぞれのタンパク質が、少なくとも１つの抗体により特異的に認識され、
前記少なくとも26のタンパク質が、健常対象者から単離された試料からの少なくとも26のタンパク質の所定の量とは異なる量で存在する傾向にある
ステップと、
-対象者が癌に罹患していることを示す、少なくとも１つの免疫複合体の存在又は量の変動を決定するステップであって、前記免疫複合体が、免疫組織化学、免疫細胞化学、免疫蛍光、ウェスタンブロッティング及び免疫沈降により決定される傾向にあるステップと
を含む方法。
【請求項１３】
対象者からの生体試料からのポリペプチドを特異的に認識する抗体のうち、配列番号2q (qは1〜192で変動する)からなるアミノ酸配列を含むか又はそれにより構成される192のタンパク質から選択される、少なくとも26のタンパク質又はそのフラグメントを特異的に認識する少なくとも26の抗体の群のうちの少なくとも１つの抗体の存在又は量の変動を決定することによる、対象者におけるインビトロ及び/又はエクスビボでの癌の検出の方法であって、
該少なくとも26のタンパク質は、配列番号2q (qは1〜26で変動する)のアミノ酸配列により構成され、
タンパク質を特異的に認識する抗体の存在又は量の変動は、健常対象者から単離された試料からのタンパク質を特異的に認識する抗体の不在又は所定の量に関して評価され：
-生体試料からのポリペプチドを特異的に認識する抗体を含む傾向にある対象者の試料を、作用剤と接触させて、該作用剤と対象者の試料からの少なくとも１つの抗体との少なくとも１つの免疫複合体の形成を可能にするステップであって、該作用剤が、該少なくとも26の抗体と特異的にハイブリッド形成できる少なくとも26のタンパク質を含み、該少なくとも26のタンパク質のそれぞれのタンパク質が、少なくとも１つの抗体と特異的にハイブリッド形成でき、それぞれの抗体が、少なくとも26のタンパク質のうちの１つのタンパク質と特異的にハイブリッド形成し、
該少なくとも26の抗体が、健常対象者から単離された試料からの少なくとも26の抗体の所定の量とは異なる量で存在する傾向にある
ステップと、
-対象者が癌に罹患していることを示す、少なくとも１つの免疫複合体の存在又は量の変動を決定するステップであって、該免疫複合体が、免疫組織化学、免疫細胞化学、免疫蛍光、ウェスタンブロッティング及び免疫沈降により決定される傾向にあるステップと
を含む方法。
【請求項１４】
-請求項６〜８のいずれか１項で規定されるようなマイクロアレイと、
-癌に罹患していることが疑われる患者からの生体試料の核酸の調製のための物質と、
-上記の核酸を標識するための標識分子と、
-健常対象者からの生体試料からの核酸に相当する陰性対照と
を含む、インビトロ及び/又はエクスビボでの癌の診断のためのキット。
【請求項１５】
-配列番号2q (qは1〜192で変動する)からなるアミノ酸配列を含むか又はそれにより構成される192のタンパク質から選択される少なくとも26のタンパク質又はそのフラグメントを含むか又はそれにより構成されるELISA支持体であって、該少なくとも26のタンパク質が、配列番号2q (qは1〜26で変動する)のアミノ酸配列又はそのフラグメントにより構成される支持体と、
-癌に罹患していることが疑われる患者からの試料からのポリペプチドのうちに存在する傾向にある前記タンパク質を特異的に認識する抗体に対して指向された標識抗体と、
-健常対象者からの試料からの抗体ポリペプチドに相当する陰性対照と
を含む、インビトロ及び/又はエクスビボでの癌の診断のためのキット。
【請求項１６】
-配列番号2q (qは1〜192で変動する)からなるアミノ酸配列を含むか又はそれにより構成される192のタンパク質から選択される少なくとも26のタンパク質又はそのフラグメントを特異的に認識する少なくとも26の抗体を含むか又はそれにより構成されるELISA支持体であって、該少なくとも26のタンパク質が、配列番号2q (qは1〜26で変動する)のアミノ酸配列又はそのフラグメントにより構成される支持体と、
-癌に罹患していることが疑われる患者からの試料からの抗体のうちに存在する傾向にある前記抗体を特異的に認識するタンパク質に対して指向された標識抗体と、
-健常対象者からの試料からのポリペプチドに相当する陰性対照と
を含む、インビトロ及び/又はエクスビボでの癌の診断のためのキット。