【手続補正書】
【提出日】平成24年9月24日(2012.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検体においてループスを診断し又は予後予測するか又はループスの診断又は予後予測を助ける方法において、表２に記載された少なくとも３つのＳＬＥリスク遺伝子座の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料は、表２に記載された少なくとも３つのＳＬＥリスク遺伝子座を含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ、各遺伝子座はバリエーションを含み；
（ｂ）各遺伝子座におけるバリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；及び
（ｃ）各遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
【請求項２】
バリエーションが少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも７遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１２遺伝子座において、又は１６遺伝子座において検出される請求項１に記載の方法。
【請求項３】
３つのＳＬＥリスク遺伝子座がＰＴＴＧ１、ＡＴＧ５及びＵＢＥ２Ｌ３である請求項１に記載の方法。
【請求項４】
被検体においてループスのサブフェノタイプを診断し又は予後予測するか又はループスのサブフェノタイプの診断又は予後予測を助ける方法において、少なくとも３つのＳＬＥリスク遺伝子座の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料中において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料はＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３及びＩＲＦ５から選択される、少なくとも３つのＳＬＥリスク遺伝子座を含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ、各遺伝子座はバリエーションを含み；
（ｂ）各遺伝子座におけるバリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；及び
（ｃ）各遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
【請求項５】
ループスのサブフェノタイプが、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数のコントロール被検体と比較して、より高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられる請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、ＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３及びＩＲＦ５から選択される少なくとも３つのＳＬＥリスク遺伝子座の各々における表２に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
【請求項７】
バリエーションが少なくとも４遺伝子座又は少なくとも５遺伝子座において、又は７遺伝子座において検出される請求項６に記載の方法。
【請求項８】
各バリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含む請求項７に記載の方法。
【請求項９】
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ループスが、一又は複数のコントロール被検体と比較して、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数の治療のためのＲＮＡ結合タンパク質に対する自己抗体の存在、及び／又はより高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられるループスのサブフェノタイプである請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰｓ）のセットを含み、各ＳＮＰが表２に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法。
【請求項１２】
遺伝的サインが、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１２のＳＮＰ、又は１６のＳＮＰのセットを含む請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＳＬＥリスク遺伝子座が、ＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３及びＩＲＦ５から選択される請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
ＳＬＥリスク遺伝子座がＰＴＴＧ１、ＡＴＧ５及びＵＢＥ２Ｌ３である請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
被検体にコントロール被検体と比較して高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって特徴づけられるループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、リスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰｓ）のセットを含み、各ＳＮＰがＳＬＥリスク遺伝子座で生じており、各ＳＬＥリスク遺伝子座がＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３及びＩＲＦ５から選択される方法。
【請求項１６】
被検体においてループスを予後予測する方法において、ＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３、及びＩＲＦ５の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも２つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す方法。
【請求項１７】
少なくとも３つの遺伝子座、又は少なくとも４つの遺伝子座、又は少なくとも５つの遺伝子座、又は少なくとも６つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
予後が、少なくとも２つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、被検体におけるループスのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
被検体においてループスの予後予測を助ける方法であって、ＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３、及びＩＲＦ５の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも２つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す方法。
【請求項２０】
少なくとも３つの遺伝子座、又は少なくとも４つの遺伝子座、又は少なくとも５つの遺伝子座、又は少なくとも６つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの予後を示す請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
予後が、少なくとも２つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、被検体におけるループスのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
被検体においてループスのサブフェノタイプを予後予測するか又はループスのサブフェノタイプの予後予測を助ける方法であって、ＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＴＮＦＳＦ４、ＩＲＡＫ１、ＳＴＡＴ４、ＵＢＥ２Ｌ３、及びＩＲＦ５の各々におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各遺伝子座におけるバリエーションが表２に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、少なくとも２つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスのサブフェノタイプの予後を示す方法。
【請求項２３】
少なくとも３つの遺伝子座、又は少なくとも４つの遺伝子座、又は少なくとも５つの遺伝子座、又は少なくとも６つの遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスのサブフェノタイプの予後を示す請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
予後が、少なくとも２つの遺伝子座においてバリエーションの存在を欠いた被検体と比較した、ループスのサブフェノタイプのより早い年齢の診断の危険性の増加である請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
ループスのサブフェノタイプが、被検体から得た生物学的試料中における一又は複数のコントロール被検体と比較して、より高レベルのインターフェロン誘導性遺伝子発現によって少なくとも部分的に特徴づけられる請求項２２に記載の方法。