【手続補正書】
【提出日】平成26年8月8日(2014.8.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析するためのシステムであって、
試料の質量範囲にわたって可変前駆体質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含むタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信しているプロセッサであって、前記プロセッサは、前記質量範囲の単一スキャンにおける前記試料の質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓幅の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、プロセッサと
を備えている、システム。
【請求項２】
前記プロセッサは、各異なる前駆体質量選択窓に対して１つ以上の異なる取得パラメータを調節するように、前記タンデム質量分析計にさらに命令する、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記取得パラメータは、蓄積時間、衝突エネルギー、または衝突エネルギー拡散のうちの１つ以上を含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記前駆体質量選択窓幅は、同一数の質量値を含むように選択される、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記前駆体質量選択窓幅は、試料化合物の１つ以上の特性に基づいている、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記試料化合物の１つ以上の特性は、試料化合物分子量分布を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を前記試料中の予期される化合物の分子量分布から計算する、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を１つ以上の既知の化合物に対する分子量のリストから決定する、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
前記プロセッサは、前記プロセッサが、前記試料の後続分析の一部である、前記試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように前記タンデム質量分析計に命令する前に、前記試料の分析を実施するように前記タンデム質量分析計に命令する、請求項６に記載のシステム。
【請求項１０】
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析よって生成されたデータを受信し、前記データから前記試料化合物分子量分布を計算する、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記プロセッサは、前記データからスペクトルを求め、前記スペクトルから前記試料化合物分子量分布を計算することによって、前記試料化合物分子量分布を計算する、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析によって生成されたデータを受信し、前記データを解釈し、前記データの解釈から見つけられた事前計算化合物分子量分布から前記試料化合物分子量分布を決定する、請求項９に記載のシステム。
【請求項１３】
前記プロセッサは、リアルタイムでループ状様式において２回以上、前記分析および前記後続分析を実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、請求項９に記載のシステム。
【請求項１４】
可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法であって、
プロセッサを使用して、試料の質量範囲の単一スキャンにおける前記質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓幅の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することを含み、
前記タンデム質量分析計は、可変前駆体質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、方法。
【請求項１５】
コンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、命令を有し、前記命令は、プロセッサ上で実行されることにより、可変前駆体質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を実施し、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、質量選択窓幅モジュールを備えている、ことと、
前記質量選択窓幅モジュールを使用して、試料の質量範囲の単一スキャンにおける前記質量範囲にわたる異なる前駆体質量選択窓幅を有する少なくとも２つの可変前駆体質量選択窓幅の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することと
を含み、前記タンデム質量分析計は、可変前駆体質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、コンピュータプログラム製品。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
いくつかの質量分析計では、第２の質量分析器は、高分解能で動作されることが可能であり、特定性が、大幅に回復され得るように、断片イオン窓を狭くすることを可能にする。これらの器具はまた、本質的に、異なる断片を検出するように、全断片を検出し得る。そのような器具では、感度を最大化するために、広い窓を使用することが適している。定量化は、高分解能によって、１つ以上の断片イオンをモニタリングすることによって達成され、定質的分析は、これらが、直接選択されていない場合でも、断片の液体クロマトグラフィ（ＬＣ）プロファイルを適切な前駆体質量と相関させるアルゴリズムを使用して実施することができる。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
可変質量選択窓幅を使用して試料を分析するためのシステムであって、
可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含むタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信しているプロセッサであって、前記プロセッサは、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、プロセッサと
を備えている、システム。
（項目２）
前記プロセッサは、各異なる質量選択窓に対して１つ以上の異なる取得パラメータを調節するように、前記タンデム質量分析計にさらに命令する、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記取得パラメータは、蓄積時間、衝突エネルギー、または衝突エネルギー拡散のうちの１つ以上を含む、項目２に記載のシステム。
（項目４）
前記質量選択窓幅は、同一数の質量値を含むように選択される、項目１に記載のシステム。
（項目５）
前記質量選択窓幅は、試料化合物の１つ以上の特性に基づいている、項目１に記載のシステム。
（項目６）
前記試料化合物の１つ以上の特性は、試料化合物分子量分布を含む、項目１に記載のシステム。
（項目７）
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を前記試料中の予期される化合物の分子量分布から計算する、項目６に記載のシステム。
（項目８）
前記プロセッサは、前記試料化合物分子量分布を１つ以上の既知の化合物に対する分子量のリストから決定する、項目６に記載のシステム。
（項目９）
前記プロセッサは、前記プロセッサが、前記試料の後続分析の一部である、前記試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するように前記タンデム質量分析計に命令する前に、前記試料の分析を実施するように前記タンデム質量分析計に命令する、項目６に記載のシステム。
（項目１０）
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析よって生成されたデータを受信し、前記データから前記試料化合物分子量分布を計算する、項目９に記載のシステム。
（項目１１）
前記プロセッサは、前記データからスペクトルを求め、前記スペクトルから前記試料化合物分子量分布を計算することによって、前記試料化合物分子量分布を計算する、項目１０に記載のシステム。
（項目１２）
前記プロセッサは、前記タンデム質量分析計から前記分析によって生成されたデータを受信し、前記データを解釈し、前記データの解釈から見つけられた事前計算化合物分子量分布から前記試料化合物分子量分布を決定する、項目９に記載のシステム。
（項目１３）
前記プロセッサは、リアルタイムでループ状様式において２回以上、前記分析および前記後続分析を実施するように、前記タンデム質量分析計に命令する、項目９に記載のシステム。
（項目１４）
可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法であって、
プロセッサを使用して、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することを含み、
前記タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、方法。
（項目１５）
そのコンテンツがプログラムを含む有形コンピュータ可読記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムは、命令を有し、前記命令は、プロセッサ上で実行されることにより、可変質量選択窓幅を使用して試料を分析する方法を実施し、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、質量選択窓幅モジュールを備えている、ことと、
前記質量選択窓幅モジュールを使用して、異なる質量選択窓幅を用いて試料の少なくとも２回の断片化スキャンを実施するようにタンデム質量分析計に命令することと
を含み、前記タンデム質量分析計は、可変質量選択窓幅を可能にする質量分析器を含む、コンピュータプログラム製品。