【手続補正書】
【提出日】平成26年7月29日(2014.7.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
閉鎖型直鎖状デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を生成するためのインビトロ無細胞法であって、
（ａ）少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列を含むＤＮＡ鋳型を、少なくとも１つのＤＮＡポリメラーゼと、少なくとも１種のプライマーの存在下、前記鋳型の増幅を促進する条件下で接触させるステップであって、前記少なくとも１種のプライマーが、少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合することができ、両方向において前記鋳型の増幅を始動することができるステップと、
（ｂ）閉鎖型直鎖状ＤＮＡの生成を促進する条件下で、（ａ）で生成された増幅ＤＮＡを少なくとも１つのプロテロメラーゼと接触させるステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記ＤＮＡ鋳型が、別の鎖の鎖置換複製を介して複製された鎖の置換によって前記鋳型の増幅を促進する条件下でインキュベートされる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＤＮＡポリメラーゼが配列番号２のｐｈｉ２９もしくはその変異体であり、かつ／または前記プロテロメラーゼが配列番号１５のバクテリオファージＮ１５  ＴｅｌＮもしくはその変異体である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を増幅するためのインビトロ無細胞法であって、
少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列を含むＤＮＡ鋳型を、少なくとも１つのＤＮＡポリメラーゼと、少なくとも１種のプライマーの存在下、別の鎖の鎖置換複製を介して複製された鎖の置換によって前記鋳型の増幅を促進する条件下で接触させるステップであって、前記少なくとも１種のプライマーが、少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合することができ、両方向において前記鋳型の増幅を始動することができるステップ
を含む方法。
【請求項５】
前記鋳型の増幅が、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）によって行われる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記鋳型の増幅が、単一種のプライマーの存在下で行われる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記プライマーが、下記：
配列番号３０  ＣＧＣＡＴＡＴＴＡＣＣＹＧＷＴＡＡＣＡＣＡＣ、
配列番号３１  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３２  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧ、
配列番号３３  ＣＣＡＴＴＡＴＡＣＧＣ、
配列番号３４  ＣＡＣＡＣＡＡＴＷＧＹＣＣＡＴ、
配列番号３５  ＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３６  ＣＧＣＡＴＣＡＴＡＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＣＡ、
配列番号３７  ＧＣＧＴＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＡＡＴＡＧＧＴ、
配列番号３８  ＣＡＴＡＴＣＡＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＡＴＧＴＡＴＡＣＣ、
配列番号３９  ＧＴＡＴＡＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴＧＴＴＡＣＡＴＡＴＧＧ、
配列番号４０  ＴＡＴＡＴＴＡＷＡＡＡＷＷＡＡＴＣＡＴ、または
配列番号４１  ＡＴＡＴＡＡＴＷＴＴＴＷＷＴＴＡＧＴＡ
（ここで、ＹはＴまたはＣであり、ＷはＡまたはＴであり、かつＲはＡまたはＧである）から選択される配列からなり、場合によりホスホロチオエート結合を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
増幅されたＤＮＡが、前記ＤＮＡ鋳型から増幅されたＤＮＡ配列のタンデム単位を含むコンカテマーを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
請求項１〜３に従属している場合、または請求項１〜３に従属している請求項５〜７に従属している場合、前記コンカテマーが、前記プロテロメラーゼによって増幅されたＤＮＡ配列の単一単位に分解される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
請求項４に従属している場合、または請求項４に従属している請求項５〜７に従属している場合、前記コンカテマーが、制限エンドヌクレアーゼによって増幅されたＤＮＡ配列の単一単位に分解される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＤＮＡ鋳型が閉鎖型直鎖状ＤＮＡである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
プロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合し、両方向において前記プロテロメラーゼ標的配列の増幅を始動することができるプライマーであり、閉鎖型直鎖状ＤＮＡ鋳型のプロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に結合された、前記プライマー。
【請求項１３】
場合によりホスホロチオエート結合を含む、長さにして６〜５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドである、請求項１２に記載のプライマー。
【請求項１４】
前記パリンドローム配列の半分にのみ特異的に結合する、請求項１２または１３に記載のプライマー。
【請求項１５】
配列番号２５〜２９の配列のいずれか１つに結合することができる、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のプライマー。
【請求項１６】
下記：
配列番号３０  ＣＧＣＡＴＡＴＴＡＣＣＹＧＷＴＡＡＣＡＣＡＣ、
配列番号３１  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３２  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧ、
配列番号３３  ＣＣＡＴＴＡＴＡＣＧＣ、
配列番号３４  ＣＡＣＡＣＡＡＴＷＧＹＣＣＡＴ、
配列番号３５  ＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３６  ＣＧＣＡＴＣＡＴＡＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＣＡ、
配列番号３７  ＧＣＧＴＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＡＡＴＡＧＧＴ、
配列番号３８  ＣＡＴＡＴＣＡＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＡＴＧＴＡＴＡＣＣ、
配列番号３９  ＧＴＡＴＡＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴＧＴＴＡＣＡＴＡＴＧＧ、
配列番号４０  ＴＡＴＡＴＴＡＷＡＡＡＷＷＡＡＴＣＡＴ、または
配列番号４１  ＡＴＡＴＡＡＴＷＴＴＴＷＷＴＴＡＧＴＡ
（ここで、ＹはＴまたはＣであり、ＷはＡまたはＴであり、かつＲはＡまたはＧである）から選択される配列からなり、場合によりホスホロチオエート結合を含む、請求項１２に記載のプライマー。
【請求項１７】
下記：
配列番号３０  ＣＧＣＡＴＡＴＴＡＣＣＹＧＷＴＡＡＣＡＣＡＣ、
配列番号３１  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３２  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧ、
配列番号３３  ＣＣＡＴＴＡＴＡＣＧＣ、
配列番号３４  ＣＡＣＡＣＡＡＴＷＧＹＣＣＡＴ、
配列番号３５  ＡＴＧＧＲＣＷＡＴＴＧＴＧＴＧ、
配列番号３６  ＣＧＣＡＴＣＡＴＡＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＣＡ、
配列番号３７  ＧＣＧＴＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＡＡＴＡＧＧＴ、
配列番号３８  ＣＡＴＡＴＣＡＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＡＴＧＴＡＴＡＣＣ、
配列番号３９  ＧＴＡＴＡＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴＧＴＴＡＣＡＴＡＴＧＧ、
配列番号４０  ＴＡＴＡＴＴＡＷＡＡＡＷＷＡＡＴＣＡＴ、または
配列番号４１  ＡＴＡＴＡＡＴＷＴＴＴＷＷＴＴＡＧＴＡ
（ここで、ＹはＴまたはＣであり、ＷはＡまたはＴであり、かつＲはＡまたはＧである）から選択される配列からなり、場合によりホスホロチオエート結合を含む、プライマー。
【請求項１８】
請求項１７に記載の少なくとも１つのプライマー、および少なくとも１つのＤＮＡポリメラーゼを含むキット。
【請求項１９】
（ａ）前記ＤＮＡポリメラーゼが、鎖置換型ＤＮＡポリメラーゼであり、かつ／または
（ｂ）キットが、少なくとも１つのプロテロメラーゼ、および場合により請求項１〜３、もしくは請求項１〜３に従属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法において使用するための使用説明書をさらに含む、
請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
プロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合し、両方向において前記プロテロメラーゼ標的配列の増幅を始動することができるプライマーと、少なくとも１つのプロテロメラーゼとを含むキット。
【請求項２１】
宿主における抗原に対する免疫応答を誘導するための医薬を製造するための閉鎖型直鎖状ＤＮＡの使用であって、
前記抗原が前記宿主において発現され、前記抗原に対する免疫応答を誘導するように、前記抗原をコードする閉鎖型直鎖状ＤＮＡが前記宿主に投与され、
前記製造は、前記抗原をコードする前記ＤＮＡ鋳型を用いて、請求項１〜３または請求項１〜３に従属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法を行い、前記閉鎖型直鎖状ＤＮＡを得るステップを含む使用。
【請求項２２】
閉鎖型直鎖状ＤＮＡ分子を含む医薬組成物を製造するための方法であって、請求項１〜３または請求項１〜３に従属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法を行うステップと、薬学的に許容される担体または賦形剤とともに、得られた閉鎖型直鎖状ＤＮＡを製剤化するステップとを含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４５】
得られた結果は、単一の特定のオリゴヌクレオチドプライマーが、最終生成物の質に関して、ランダムヘキサマープライマーの混合物より性能が優れていたものとなり得ることを示す。
本発明は以下の態様を含み得る。
［１］
閉鎖型直鎖状デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を生成するためのインビトロ無細胞法であっ
て、
（ａ）少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列を含むＤＮＡ鋳型を、少なくとも１
つのＤＮＡポリメラーゼと、少なくとも１種のプライマーの存在下、前記鋳型の増幅を促
進する条件下で接触させるステップであって、前記少なくとも１種のプライマーが、少な
くとも１つのプロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合すること
ができ、両方向において増幅を始動することができるステップと、
（ｂ）閉鎖型直鎖状ＤＮＡの生成を促進する条件下で、（ａ）で生成された増幅ＤＮＡ
を少なくとも１つのプロテロメラーゼと接触させるステップと
を含む方法。
［２］
前記ＤＮＡ鋳型が、別の鎖の鎖置換複製を介して複製された鎖の置換によって前記鋳型
の増幅を促進する条件下でインキュベートされる、請求項１に記載の方法。
［３］
前記ＤＮＡポリメラーゼが配列番号２のｐｈｉ２９もしくはその変異体であり、かつ／
または前記プロテロメラーゼが配列番号１５のバクテリオファージＮ１５  ＴｅｌＮもし
くはその変異体である、請求項１または２に記載の方法。
［４］
デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を増幅するためのインビトロ無細胞法であって、
少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配列を含むＤＮＡ鋳型を、少なくとも１つのＤ
ＮＡポリメラーゼと、少なくとも１種のプライマーの存在下、別の鎖の鎖置換複製を介し
て複製された鎖の置換によって前記鋳型の増幅を促進する条件下で接触させるステップで
あって、前記少なくとも１種のプライマーが、少なくとも１つのプロテロメラーゼ標的配
列内のパリンドローム配列に特異的に結合することができ、両方向において増幅を始動す
ることができるステップ
を含む方法。
［５］
前記鋳型の増幅が、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）によって行われる、先行請求項
のいずれか一項に記載の方法。
［６］
前記鋳型の増幅が、単一種のプライマーの存在下で行われる、先行請求項のいずれか一
項に記載の方法。
［７］
前記プライマーが、下記：
配列番号３０  ＣＧＣＡＴＡＴＴＡＣＣＴ／ＣＧＡ／ＴＴＡＡＣＡＣＡＣ
配列番号３１  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧＡ／ＧＣＴ／ＡＡＴＴＧＴＧＴＧ
配列番号３２  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧ
配列番号３３  ＣＣＡＴＴＡＴＡＣＧＣ
配列番号３４  ＣＡＣＡＣＡＡＴＡ／ＴＧＣ／ＴＣＣＡＴ
配列番号３５  ＡＴＧＧＡ／ＧＣＡ／ＴＡＴＴＧＴＧＴＧ
配列番号３６  ＣＧＣＡＴＣＡＴＡＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＣＡ
配列番号３７  ＧＣＧＴＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＡＡＴＡＧＧＴ
配列番号３８  ＣＡＴＡＴＣＡＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＡＴＧＴＡＴＡＣＣ
配列番号３９  ＧＴＡＴＡＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴＧＴＴＡＣＡＴＡＴＧＧ
配列番号４０  ＴＡＴＡＴＴＡＡ／ＴＡＡＡＡ／ＴＴ／ＡＡＡＴＣＡＴ
配列番号４１  ＡＴＡＴＡＡＴＴ／ＡＴＴＴＴ／ＡＡ／ＴＴＴＡＧＴＡ
から選択される配列からなる、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
［８］
増幅されたＤＮＡが、前記ＤＮＡ鋳型から増幅されたＤＮＡ配列のタンデム単位を含む
コンカテマーを含む、先行のいずれか一項に記載の方法。
［９］
請求項１〜３に従属している場合、または請求項１〜３に従属している請求項５〜７に
従属している場合、前記コンカテマーが、前記プロテロメラーゼによって増幅されたＤＮ
Ａ配列の単一単位に分解される、請求項８に記載の方法。
［１０］
請求項４に従属している場合、または請求項４に従属している請求項５〜７に従属して
いる場合、前記コンカテマーが、制限エンドヌクレアーゼによって増幅されたＤＮＡ配列
の単一単位に分解される、請求項８に記載の方法。
［１１］
プロテロメラーゼ標的配列内のパリンドローム配列に特異的に結合し、両方向において
増幅を始動することができるプライマー。
［１２］
場合によりホスホロチオエート結合を含む、長さにして６〜５０ヌクレオチドのオリゴ
ヌクレオチドである、請求項１１に記載のプライマー。
［１３］
前記パリンドローム配列の半分にのみ特異的に結合する、請求項１１または１２に記載
のプライマー。
［１４］
配列番号２５〜２９の配列のいずれか１つに結合することができる、請求項１１〜１３
のいずれか一項に記載のプライマー。
［１５］
下記：
配列番号３０  ＣＧＣＡＴＡＴＴＡＣＣＴ／ＣＧＡ／ＴＴＡＡＣＡＣＡＣ
配列番号３１  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧＡ／ＧＣＴ／ＡＡＴＴＧＴＧＴＧ
配列番号３２  ＧＣＧＴＡＴＡＡＴＧＧ
配列番号３３  ＣＣＡＴＴＡＴＡＣＧＣ
配列番号３４  ＣＡＣＡＣＡＡＴＡ／ＴＧＣ／ＴＣＣＡＴ
配列番号３５  ＡＴＧＧＡ／ＧＣＡ／ＴＡＴＴＧＴＧＴＧ
配列番号３６  ＣＧＣＡＴＣＡＴＡＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＣＡ
配列番号３７  ＧＣＧＴＡＧＴＡＴＧＣＴＧＡＡＡＴＡＧＧＴ
配列番号３８  ＣＡＴＡＴＣＡＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＡＴＧＴＡＴＡＣＣ
配列番号３９  ＧＴＡＴＡＧＴＡＴＧＣＣＧＡＴＧＴＴＡＣＡＴＡＴＧＧ
配列番号４０  ＴＡＴＡＴＴＡＡ／ＴＡＡＡＡ／ＴＴ／ＡＡＡＴＣＡＴ
配列番号４１  ＡＴＡＴＡＡＴＴ／ＡＴＴＴＴ／ＡＡ／ＴＴＴＡＧＴＡ
から選択される配列からなる、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載のプライマー。
［１６］
請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の少なくとも１つのプライマー、および少なく
とも１つのＤＮＡポリメラーゼを含むキット。
［１７］
（ａ）前記ＤＮＡポリメラーゼが、鎖置換型ＤＮＡポリメラーゼであり、かつ／または
（ｂ）キットが、少なくとも１つのプロテロメラーゼ、および場合により請求項１〜３
、もしくは請求項１〜３に従属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法におい
て使用するための使用説明書をさらに含む、
請求項１６に記載のキット。
［１８］
宿主における抗原に対する免疫応答を誘導する方法であって、
前記抗原をコードする前記ＤＮＡ鋳型を用いて、請求項１〜３または請求項１〜３に従
属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法を行うステップと、
前記抗原が前記宿主において発現され、前記抗原に対する免疫応答を誘導するように、
前記抗原をコードする、得られた閉鎖型直鎖状ＤＮＡを前記宿主に投与するステップと
を含む方法。
［１９］
閉鎖型直鎖状ＤＮＡ分子を含む医薬組成物を製造するための方法であって、請求項１〜
３または請求項１〜３に従属している請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法を行うス
テップと、薬学的に許容される担体または賦形剤とともに、得られた閉鎖型直鎖状ＤＮＡ
を製剤化するステップとを含む方法。