【手続補正書】
【提出日】平成23年5月6日(2011.5.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
調節可能な遺伝子発現構築物であって、
コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含み、該リボスイッチが該ＲＮＡの発現を調節し、該リボスイッチと該コード領域とが異種であり、該リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチであり、好ましくは該リボスイッチは、ＧＥＭＭモチーフ、ＳＡＨモチーフ、ｐｒｅＱ１−ＩＩモチーフ、ＭｏｃｏモチーフまたはＳＡＭ−ＩＶモチーフを含む、構築物。
【請求項２】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインと該発現プラットフォームドメインとが異種であり、
好ましくは該リボスイッチが２つ以上のアプタマードメインおよび１つの発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインの少なくとも１つと該発現プラットフォームドメインとが異種であり、
好ましくは該アプタマードメインの少なくとも２つが協同的結合を示す、請求項１に記載の構築物。
【請求項３】
リボスイッチであって、該リボスイッチが天然に存在するリボスイッチの非天然誘導体であり、該リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチである、リボスイッチ。
【請求項４】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインと該発現プラットフォームドメインとが異種であり、
好ましくは該リボスイッチが、ＧＥＭＭモチーフ、ＳＡＨモチーフ、ｐｒｅＱ１−ＩＩモチーフ、Ｍｏｃｏモチーフ、またはＳＡＭ−ＩＶモチーフを含む、請求項３に記載のリボスイッチ。
【請求項５】
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化され、該リボスイッチが該トリガー分子によって活性化された場合にシグナルを産生する、請求項３に記載のリボスイッチ。
【請求項６】
前記リボスイッチが図１または図３のコンセンサス構造の１つを有する、請求項１に記載の構築物。
【請求項７】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインが天然に存在するサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチに由来し、
好ましくは該アプタマードメインが、天然に存在するサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチのアプタマードメインであり、
好ましくは該アプタマードメインが該天然に存在するリボスイッチのアプタマードメインのコンセンサス構造を有し、
好ましくは該アプタマードメインが、該天然に存在するリボスイッチの塩基対の保存的変化のみからなる、請求項１に記載の構築物。
【請求項８】
目的の化合物を検出する方法であって、該方法が、
サンプルとリボスイッチとを接触させる工程を含み、該リボスイッチが該目的の化合物によって活性化され、該リボスイッチが該目的の化合物によって活性化された場合にシグナルを産生し、該サンプルが該目的の化合物を含む場合に該リボスイッチがシグナルを産生し、該リボスイッチが、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチまたはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチまたはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチまたはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチまたはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチまたはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体である、方法。
【請求項９】
前記目的の化合物によって活性化された場合に前記リボスイッチが構造を変化させ、
（ａ）該構造の変化が、構造依存性標識を介してシグナルを産生するかまたは
（ｂ）該構造の変化によって該リボスイッチに連結されたＲＮＡの発現が変化し、該発現の変化によってシグナルが産生され、
好ましくは、該シグナルが、該リボスイッチに連結された該ＲＮＡから発現したレポータータンパク質によって産生される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
（ａ）リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の変化について化合物を試験する工程であって、該変化が該リボスイッチを介し、該リボスイッチが、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチまたはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチまたはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチまたはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチまたはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチまたはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体である、試験工程、
（ｂ）細胞と工程（ａ）で遺伝子発現を変化させた化合物との接触によって遺伝子発現を変化させる工程を含み、
該細胞がリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物が該リボスイッチへの結合によって該遺伝子の発現を阻害する、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの方法。
【請求項１１】
リボスイッチを同定する方法であって、該方法が、
化合物の存在下および非存在下でＲＮＡ分子のインライン自発性切断を評価する工程であって、該ＲＮＡ分子が該化合物によって調節される遺伝子によってコードされる、評価工程を含み、
該ＲＮＡ分子の該インライン自発性切断パターンの変化がリボスイッチを示し、（ａ）該ＲＮＡがサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチもしくはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がサイクリックジＧＭＰであり、（ｂ）該ＲＮＡがＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチもしくはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がＳ−アデノシルホモシステインであり、（ｃ）該ＲＮＡがｐｒｅＱ１応答性リボスイッチもしくはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がｐｒｅＱ１であり、または（ｄ）該ＲＮＡがＭｏｃｏ応答性リボスイッチもしくはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチもしくはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体を含む、方法。
【請求項１２】
非ヒトにおいて遺伝子発現を変化させる方法であって、該方法が、
化合物と非ヒト細胞とを接触させる工程を含み、ここで、該細胞がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチへの結合によって該遺伝子の発現を変化させる接触工程である、方法。
【請求項１３】
前記細胞が、遺伝子発現の変化を必要とすると同定されており、
好ましくは該細胞が細菌細胞であり、
好ましくは該化合物が細菌細胞を死滅させるか増殖を阻害する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
細胞において遺伝子発現を変化させるための組成物であって、該組成物は、化合物を含み、ここで、該細胞がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチへの結合によって該遺伝子の発現を変化させ；ここで該組成物は、該組成物と該細胞とを接触させるように被験体へ投与するのに適切である、組成物。
【請求項１５】
前記細胞が前記被験体中の細菌細胞であり、該化合物が前記細菌細胞を死滅させるか、増殖を阻害する、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記被験体が細菌に感染している、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記化合物を別の抗菌化合物と組み合わせて投与することを特徴とする、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１８】
前記化合物がバイオフィルム中の細菌増殖を阻害する、請求項１２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の名称
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】リボスイッチならびにリボスイッチを使用するためのおよびリボスイッチと共に使用するための方法および組成物
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
発明の概要
調節可能な遺伝子発現構築物であって、コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含み、リボスイッチがＲＮＡの発現を調節し、リボスイッチとコード領域とが異種である、構築物を本明細書中に開示する。リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチであり得る。リボスイッチはアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むことができ、アプタマードメインと発現プラットフォームドメインとは異種である。リボスイッチは、２つ以上のアプタマードメインおよび１つの発現プラットフォームドメインも含むことができ、アプタマードメインの少なくとも１つと発現プラットフォームドメインとは異種である。アプタマードメインの少なくとも２つは協同的結合を示すことができる。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
リボスイッチが天然に存在するリボスイッチの非天然誘導体であるリボスイッチも開示する。リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチであり得る。リボスイッチはアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むことができ、アプタマードメインと発現プラットフォームドメインとは異種である。リボスイッチは、１つまたは複数のさらなるアプタマードメインをさらに含むことができる。アプタマードメインの少なくとも２つは協同的結合を示すことができる。リボスイッチをトリガー分子によって活性化することができ、リボスイッチは、トリガー分子によって活性化された場合にシグナルを産生する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
本明細書中に組み込まれ、且つ本明細書の一部を構成する添付の図面は、開示の方法および組成物のいくつかの実施形態を例示し、記載と共に、開示の方法および組成物の原理を説明するのに役立つ。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
調節可能な遺伝子発現構築物であって、
コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含み、該リボスイッチが該ＲＮＡの発現を調節し、該リボスイッチと該コード領域とが異種であり、該リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチである、構築物。
（項目２）
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインと該発現プラットフォームドメインとが異種である、項目１に記載の構築物。
（項目３）
前記リボスイッチが２つ以上のアプタマードメインおよび１つの発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインの少なくとも１つと該発現プラットフォームドメインとが異種である、項目１に記載の構築物。
（項目４）
前記アプタマードメインの少なくとも２つが協同的結合を示す、項目３に記載の構築物。
（項目５）
リボスイッチであって、該リボスイッチが天然に存在するリボスイッチの非天然誘導体であり、該リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチである、リボスイッチ。
（項目６）
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインと該発現プラットフォームドメインとが異種である、項目５に記載のリボスイッチ。
（項目７）
前記リボスイッチが、ＧＥＭＭモチーフ、ＳＡＨモチーフ、ｐｒｅＱ１−ＩＩモチーフ、Ｍｏｃｏモチーフ、またはＳＡＭ−ＩＶモチーフを含む、項目６に記載のリボスイッチ。
（項目８）
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化され、該リボスイッチが該トリガー分子によって活性化された場合にシグナルを産生する、項目５に記載のリボスイッチ。
（項目９）
前記リボスイッチが図１または図３のコンセンサス構造の１つを有する、項目１に記載の構築物。
（項目１０）
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインが天然に存在するサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチに由来する、項目１に記載の構築物。
（項目１１）
前記アプタマードメインが、天然に存在するサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチのアプタマードメインである、項目１０に記載の構築物。
（項目１２）
前記アプタマードメインが前記天然に存在するリボスイッチのアプタマードメインのコンセンサス構造を有する、項目１０に記載の構築物。
（項目１３）
前記アプタマードメインが、前記天然に存在するリボスイッチの塩基対の保存的変化のみからなる、項目１０に記載の構築物。
（項目１４）
目的の化合物を検出する方法であって、該方法が、
サンプルとリボスイッチとを接触させる工程を含み、該リボスイッチが該目的の化合物によって活性化され、該リボスイッチが該目的の化合物によって活性化された場合にシグナルを産生し、該サンプルが該目的の化合物を含む場合に該リボスイッチがシグナルを産生し、該リボスイッチが、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチまたはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチまたはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチまたはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチまたはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチまたはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体である、方法。
（項目１５）
前記目的の化合物によって活性化された場合に前記リボスイッチが構造を変化させ、該構造の変化が、構造依存性標識を介してシグナルを産生する、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記目的の化合物によって活性化された場合に前記リボスイッチが構造を変化させ、該構造の変化によって該リボスイッチに連結されたＲＮＡの発現が変化し、該発現の変化によってシグナルが産生される、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結された前記ＲＮＡから発現したレポータータンパク質によって産生される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
（ａ）リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の変化について化合物を試験する工程であって、該変化が該リボスイッチを介し、該リボスイッチが、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチまたはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチまたはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチまたはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチまたはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチまたはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体である、試験工程、
（ｂ）細胞と工程（ａ）で遺伝子発現を変化させた化合物との接触によって遺伝子発現を変化させる工程を含み、
該細胞がリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物が該リボスイッチへの結合によって該遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目１９）
リボスイッチを同定する方法であって、該方法が、
化合物の存在下および非存在下でＲＮＡ分子のインライン自発性切断を評価する工程であって、該ＲＮＡ分子が該化合物によって調節される遺伝子によってコードされる、評価工程を含み、
該ＲＮＡ分子の該インライン自発性切断パターンの変化がリボスイッチを示し、（ａ）該ＲＮＡがサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチもしくはサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がサイクリックジＧＭＰであり、（ｂ）該ＲＮＡがＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチもしくはＳ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がＳ−アデノシルホモシステインであり、（ｃ）該ＲＮＡがｐｒｅＱ１応答性リボスイッチもしくはｐｒｅＱ１応答性リボスイッチの誘導体を含み、該化合物がｐｒｅＱ１であり、または（ｄ）該ＲＮＡがＭｏｃｏ応答性リボスイッチもしくはＭｏｃｏ応答性リボスイッチの誘導体、またはＳＡＭ応答性リボスイッチもしくはＳＡＭ応答性リボスイッチの誘導体を含む、方法。
（項目２０）
遺伝子発現を変化させる方法であって、該方法が、
化合物と細胞とを接触させる工程を含み、ここで、該細胞がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物がサイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、またはＳＡＭ応答性リボスイッチへの結合によって該遺伝子の発現を変化させる接触工程である、方法。
（項目２１）
前記細胞が、遺伝子発現の変化を必要とすると同定されている、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記細胞が細菌細胞である、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記化合物が細菌細胞を死滅させるか増殖を阻害する、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記化合物および前記細胞が、被験体への該化合物の投与によって接触する、項目２０に記載の方法。
（項目２５）
前記細胞が前記被験体中の細菌細胞であり、該化合物が前記細菌細胞を死滅させるか、増殖を阻害する、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記被験体が細菌に感染している、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記化合物を別の抗菌化合物と組み合わせて投与する、項目２０に記載の方法。
（項目２８）
前記化合物がバイオフィルム中の細菌増殖を阻害する、項目２０に記載の方法。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５５】
Ａ．リボスイッチ
リボスイッチは、発現するＲＮＡ分子の一部であり、トリガー分子によって結合した場合に状態が変化する発現調節エレメントである。リボスイッチを、典型的には、以下の２つの個別のドメインに分けることができる：１つは標的に選択的に結合するドメイン（アプタマードメイン）および他は遺伝子調節に影響を及ぼすドメイン（発現プラットフォームドメイン）である。遺伝子発現が代謝産物依存性にアロステリック調節されるこれらの２ドメイン間の動的相互作用がもたらされる。単離および組換えリボスイッチ、かかるリボスイッチを含む組換え構築物、かかるリボスイッチに作動可能に連結された異種配列、かかるリボスイッチを保有する細胞およびトランスジェニック生物、リボスイッチ組換え構築物、ならびに異種配列に作動可能に連結されたリボスイッチを開示する。異種配列は、例えば、目的のタンパク質またはペプチド（レポータータンパク質またはペプチドが含まれる）をコードする配列であり得る。好ましいリボスイッチは、天然に存在するリボスイッチであるか、これに由来する（天然に存在するサイクリックジＧＭＰリボスイッチなど）。リボスイッチは、人工アプタマーを含むか、任意選択的に排除することができる。例えば、人工アプタマーには、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ進化および／またはｉｎ  ｖｉｔｒｏ選択によってデザインまたは選択されるアプタマーが含まれる。リボスイッチは、天然に存在するリボスイッチのコンセンサス配列（サイクリックジＧＭＰリボスイッチ、ＳＡＨリボスイッチ、ｐｒｅＱ１リボスイッチ、Ｍｏｃｏリボスイッチ、およびＳＡＭ−ＩＶリボスイッチのコンセンサス配列など）を含むことができる。サイクリックジＧＭＰリボスイッチのコンセンサス配列を、図１および図３Ｂに示す。サイクリックジＧＭＰリボスイッチの例を、図２および３Ｃに示す。ＳＡＨリボスイッチのコンセンサス配列を、図１および９Ａに示す。ｐｒｅＱ１-ＩＩ（ｐｒｅＱ１−ＩＩまたはＣＯＧ４７０８モチーフ）リボスイッチのコンセンサス配列を、図１、１５（配列）および１６Ａ（構造）に示す。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
異種アプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むキメラリボスイッチを開示する。すなわち、キメラリボスイッチは、ある供給源由来のアプタマードメインおよび別の供給源由来の発現プラットフォームドメインから構成される。異種供給源は、例えば、異なる特異的リボスイッチ、異なるリボスイッチ型、または異なるリボスイッチクラスに由来し得る。異種アプタマーは、非リボスイッチアプタマーにも由来し得る。異種発現プラットフォームドメインは、非リボスイッチ供給源にも由来し得る。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含み、リボスイッチがＲＮＡの発現を調節し、リボスイッチとコード領域とが異種である、調節可能な遺伝子発現構築物を開示する。リボスイッチは、サイクリックジＧＭＰ応答性リボスイッチ、Ｓ−アデノシルホモシステイン応答性リボスイッチ、ｐｒｅＱ１応答性リボスイッチ、Ｍｏｃｏ応答性リボスイッチ、ＳＡＭ応答性リボスイッチ、またはかかるリボスイッチの誘導体であり得る。リボスイッチはアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むことができ、アプタマードメインと発現プラットフォームドメインとは異種である。リボスイッチは、２つ以上のアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むことができ、アプタマードメインの少なくとも１つと発現プラットフォームドメインとが異種である。アプタマードメインの少なくとも２つは協同的結合を示すことができる。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
異種リボスイッチおよびコード領域を含むＲＮＡ分子を開示する。すなわち、かかるＲＮＡ分子は、ある供給源由来のリボスイッチおよび別の供給源由来のコード領域から構成される。異種供給源は、例えば、異なるＲＮＡ分子、異なる転写物、異なる遺伝子由来のＲＮＡまたは転写物、異なる細胞由来のＲＮＡまたは転写物、異なる生物由来のＲＮＡまたは転写物、異なる種由来のＲＮＡまたは転写物、天然の配列および人工または操作された配列、特異的リボスイッチ、異なるリボスイッチ型、または異なるリボスイッチクラスに由来し得る。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３５】
２．ウイルスプロモーターおよびエンハンサー
哺乳動物宿主細胞中のベクターからの転写を調節する好ましいプロモーターを、種々の供給源（例えば、ポリオーマ、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、アデノウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、および最も好ましくはサイトメガロウイルスなどのウイルスゲノム）、または異種哺乳動物プロモーター（例えば、βアクチンプロモーター）から得ることができる。ＳＶ４０ウイルスの初期および後期プロモーターを、ＳＶ４０ウイルス複製起点も含むＳＶ４０制限フラグメントとして得ることが都合が良い（Ｆｉｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２７３：  １１３（１９７８））。ヒトサイトメガロウイルスの最初期プロモーターを、ＨｉｎｄＩＩＩ  Ｅ制限フラグメントとして得ることが都合が良い（Ｇｒｅｅｎｗａｙ，Ｐ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  １８：  ３５５−３６０（１９８２））。勿論、宿主細胞または関連種由来のプロモーターも本明細書中で有用である。