【手続補正書】
【提出日】平成25年12月20日(2013.12.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程；
該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートの実質的にすべてがｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、約３．５〜約４．５の間のｐＨで、ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートをｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程；
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを分離する工程；および
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを結晶化する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼおよびカテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現する組換え細胞を、前記再生可能炭素源を含む培地中で、かつ該再生可能炭素源が、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における酵素類によって３−デヒドロシキメートに変換され、かつ、該３−デヒドロシキメートがｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートへと生体触媒により変換される条件下で培養する工程をさらに包含し；必要に応じて、該培養する工程は、該組換え細胞および細胞外ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを含むブロスを生成し、該組換え細胞を該ブロスから除去する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記異性化反応は、酸により触媒され、ここで該酸は、無機酸もしくは有機酸であり得；必要に応じて、該異性化反応は、４７℃以上の温度、もしくは約６０℃以上の温度において行われ；必要に応じて、該異性化反応は、ほぼ大気圧より高い圧力で行われ；必要に応じて、該異性化反応は、８時間内に、７時間内に、６時間内に、５時間内に、４時間内に、３時間内に、２時間内に、１時間内に、０．５時間内に、もしくは０．２５時間内に実質的に完了し；必要に応じて、該異性化反応は、実質的にｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの沈殿なしで進行し；そして必要に応じて、該方法は、ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへの該異性化をモニターする工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記分離する工程は、前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを酸性化によって溶液から沈殿させる工程を包含し、ここで好ましくは、該溶液は、約３．０未満、もしくは約２．０未満のｐＨへと酸性化され、必要に応じて、該分離する工程は、約３７℃未満、約２５℃未満、約−４℃未満、もしくは約−２０℃未満の温度へと該溶液を冷却する工程をさらに包含し；必要に応じて、該方法は、分離された該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートから塩を除去する工程をさらに包含し、ここで好ましくは、該塩は、無機塩を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートは、有機溶媒で結晶化され、ここで好ましくは、該有機溶媒は、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、酢酸、アセトニトリル、アセトン、およびテトラヒドロフランのうちの１種以上を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの第１の収穫物を沈殿させた後に、前記溶液を濃縮する工程；および
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの第２の収穫物を、濃縮した該溶液から沈殿させる工程、
をさらに包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約６５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約７５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約８５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、もしくは該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約９５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程をさらに包含し；必要に応じて、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートは、Ｉ２によって、貴金属水素化触媒によって、スポンジメタル水素化触媒によって、もしくは骨格水素化触媒によって触媒される反応において、ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートに異性化される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されるｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを含む発酵ブロスを提供する工程；
ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのうちの実質的にすべてが、ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、約３．５〜約４．５の間のｐＨで、該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートをｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程；
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを該ブロスから分離する工程；および
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを結晶化する工程、
を包含する、方法。
【請求項９】
前記発酵ブロスは、３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼおよびカテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現する組換え細胞を含み、ここで必要に応じて、前記方法は、該組換え細胞を、前記再生可能炭素源を含む培地中で、かつ該再生可能炭素源が、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における酵素類によって３−デヒドロシキメートへと変換され、かつ、該３−デヒドロシキメートは、ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートへと生体触媒により変換される条件下で、培養する工程をさらに包含し、
ここで該組換え細胞は、発酵槽容器中で培養され、それによって、該発酵ブロスを生成する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記分離する工程は、前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを、有機溶媒を使用して溶液から抽出する工程を包含し；必要に応じて、該有機溶媒は、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、酢酸、アセトニトリル、アセトン、およびテトラヒドロフランのうちの１種以上を含み；必要に応じて、該分離する工程は、約７未満、約６．７５未満、約６．５未満、約６．２５未満、約６未満、約５．７５未満、約５．５未満、約５．２５未満、約５未満、約４．７５未満、約４．５未満、約４．２５未満、約４未満、約３．７５未満、約３．５未満、約３．２５未満、もしくは約３未満のｐＨにおいて行われ；必要に応じて、該分離する工程は、有機溶媒を使用して溶液から該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを抽出する工程を含まない方法と比較して、ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの単離収率を増大させる、請求項１または８に記載の方法。
【請求項１１】
前記提供する工程は、酵素３−デヒドロシキミ酸脱水酵素およびプロトカテク酸デカルボキシラーゼを発現するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する異種構造遺伝子、ならびに酵素カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現するＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓに由来する異種構造遺伝子で形質転換された細菌細胞を使用し、ここで該細菌細胞の培養は、約８８時間以内に、少なくとも約１．３８Ｍ  グルコースを少なくとも約０．４２Ｍ  ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸へと生体触媒により変換し；必要に応じて、該形質転換された細菌細胞は、酵素３−デオキシ−Ｄ−アラビノ−ヘプツロソン酸  ７−リン酸シンターゼ、３−デヒドロキナ酸シンターゼおよび／またはトランスケトラーゼを発現する異種ＤＮＡ配列をさらに含み；必要に応じて該細菌細胞は、芳香族アミノ酸生合成の共通経路における変異を有し、３−デヒドロシキメートのコリスメートへの変換をブロックする変異細胞系から選択される、請求項１または８に記載の方法。
【請求項１２】
前記提供する工程は、酵素種３−デヒドロシキミ酸脱水酵素およびプロトカテク酸デカルボキシラーゼを発現するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する構造遺伝子、ならびに酵素種カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現するＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓに由来する構造遺伝子で形質転換された細菌細胞を、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における前記酵素類によって３−デヒドロシキメートへと変換される炭素源を含む培地中で培養して、３−デヒドロシキメートの生体触媒による変換によって少なくとも約０．９５ミリモル／リットル／時間の速度でｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸を生成する工程を包含し；必要に応じて、該形質転換された細菌細胞は、３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼ、カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼ、トランスケトラーゼ、３−デオキシ−Ｄ−アラビノ−ヘプツロソン酸  ７−リン酸シンターゼ、および３−デヒドロキナ酸シンターゼをコードする異種構造遺伝子を発現する、請求項１または８に記載の方法。
【請求項１３】
ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートおよびｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの一方または両方を、該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのうちの実質的にすべてがｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程
を包含し；必要に応じて、該異性化反応は、貴金属水素化触媒によって、スポンジメタル水素化触媒によって、もしくは骨格水素化触媒によって触媒される、方法。
【請求項１４】
前記再生可能炭素源は、生物圏の供給材料である、請求項１、８または１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記組換え細胞は、組換え原核生物細胞または組換え真核生物細胞である、請求項２または９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
本発明の他の局面および利点は、以下の図面および説明から明らかになり、これらのうちのすべては、本発明の原理を、例示によってのみ示す。
一実施形態において、例えば、以下の項目が提供される。
（項目１）
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程；
該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートの実質的にすべてがｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートをｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程；
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを分離する工程；および
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを結晶化する工程
を包含する、方法。
（項目２）
３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼおよびカテコール
１，２−ジオキシゲナーゼを発現する組換え細胞を、前記再生可能炭素源を含む培地中で、かつ該再生可能炭素源が、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における酵素類によって３−デヒドロシキメートに変換され、かつ、該３−デヒドロシキメートがｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートへと生体触媒により変換される条件下で培養する工程、
をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記異性化反応は、酸により触媒され、ここで該酸は、無機酸もしくは有機酸であり得る、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記異性化反応は、約３．０〜約６．５の間、もしくは約３．５〜約４．５の間のｐＨにおいて溶液中で行われる、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記異性化反応は、４７℃以上の温度、もしくは約６０℃以上の温度において行われる、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記異性化反応は、８時間内に、７．７５時間内に、７．５時間内に、７．２５時間内に、７時間内に、６．７５時間内に、６．５時間内に、６．２５時間内に、６時間内に、５．７５時間内に、５．５時間内に、５．２５時間内に、５時間内に、４．７５時間内に、４．５時間内に、４．２５時間内に、４時間内に、３．７５時間内に、３．５時間内に、３．２５時間内に、３時間内に、２．７５時間内に、２．５時間内に、２．２５時間内に、２時間内に、１．７５時間内に、１．５時間内に、１．２５時間内に、１時間内に、０．７５時間内に、０．５時間内に、もしくは０．２５時間内に実質的に完了する、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記異性化反応は、実質的にｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの沈殿なしで進行する、項目１に記載の方法。
（項目８）
項目２に記載の方法であって、ここで、前記培養する工程は、前記組換え細胞および細胞外ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを含むブロスを生成し、かつ、該組換え細胞を該ブロスから除去する工程をさらに包含する、方法。
（項目９）
前記分離する工程は、前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを酸性化によって溶液から沈殿させる工程を包含し、ここで好ましくは、該溶液は、約３．０未満、もしくは約２．０未満のｐＨへと酸性化される、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記分離する工程は、約３７℃未満、約２５℃未満、約−４℃未満、もしくは約−２０℃未満の温度へと前記溶液を冷却する工程をさらに包含する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへの前記異性化をモニターする工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートは、有機溶媒で結晶化され、ここで好ましくは、該有機溶媒は、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、酢酸、アセトニトリル、アセトン、およびテトラヒドロフランのうちの１種以上を含む、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記分離されたｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートから塩を除去する工程をさらに包含し、ここで好ましくは、該塩は、無機塩を含む、項目１に記載の方法。
（項目１４）
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの第１の収穫物を沈殿させた後に、前記溶液を濃縮する工程；および
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの第２の収穫物を、濃縮した溶液から沈殿させる工程、
をさらに包含する、項目９に記載の方法。
（項目１５）
前記異性化反応は、ほぼ大気圧より高い圧力で行われる、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約６５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約７５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約８５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと、もしくは該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの少なくとも約９５％をｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートは、Ｉ２によって、貴金属水素化触媒によって、スポンジメタル水素化触媒によって、もしくは骨格水素化触媒によって触媒される反応において、ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートに異性化される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されるｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを含む発酵ブロスを提供する工程；
ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのうちの実質的にすべてが、ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートをｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程；
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを該ブロスから分離する工程；および
該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを結晶化する工程、
を包含する、方法。
（項目１９）
前記発酵ブロスは、３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼおよびカテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現する組換え細胞を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記組換え細胞を前記発酵ブロスから除去する工程をさらに包含する、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記発酵ブロスは容器中に提供され、ここで、前記異性化反応は、該容器中で行われ、ここで好ましくは、該容器は、発酵槽容器である、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼおよびカテコール
１，２−ジオキシゲナーゼを発現する組換え細胞を、前記再生可能炭素源を含む培地中で、かつ該再生可能炭素源が、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における酵素類によって３−デヒドロシキメートへと変換され、かつ、該３−デヒドロシキメートは、ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートへと生体触媒により変換される条件下で、培養する工程、
をさらに包含し、
ここで該組換え細胞は、前記発酵槽容器中で培養され、それによって、前記発酵ブロスを生成する、
項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記分離する工程は、前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを、有機溶媒を使用して溶液から抽出する工程を包含する、項目１または１８に記載の方法。
（項目２４）
前記有機溶媒は、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、ブタノール、酢酸、アセトニトリル、アセトン、およびテトラヒドロフランのうちの１種以上を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記分離する工程は、約７未満、約６．７５未満、約６．５未満、約６．２５未満、約６未満、約５．７５未満、約５．５未満、約５．２５未満、約５未満、約４．７５未満、約４．５未満、約４．２５未満、約４未満、約３．７５未満、約３．５未満、約３．２５未満、もしくは約３未満のｐＨにおいて行われる、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記分離する工程は、前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを無機塩から分離する工程をさらに包含する、項目２３に記載の方法。
（項目２７）
前記分離する工程は、有機溶媒を使用して溶液から前記ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを抽出する工程を含まない方法と比較して、ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートの単離収率を増大させる、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程は、酵素３−デヒドロシキミ酸脱水酵素およびプロトカテク酸デカルボキシラーゼを発現するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する異種構造遺伝子、ならびに酵素カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現するＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓに由来する異種構造遺伝子で形質転換された細菌細胞を使用し、ここで該細菌細胞の培養は、約８８時間以内に、少なくとも約１．３８Ｍ  グルコースを少なくとも約０．４２Ｍ  ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸へと生体触媒により変換する、項目１に記載の方法。
（項目２９）
酵素３−デオキシ−Ｄ−アラビノ−ヘプツロソン酸  ７−リン酸シンターゼおよび３−デヒドロキナ酸シンターゼを発現する異種ＤＮＡ配列をさらに含む、項目２８に記載の細菌細胞形質転換体。
（項目３０）
酵素トランスケトラーゼを発現する異種ＤＮＡ配列をさらに含む、項目２９に記載の細菌細胞形質転換体。
（項目３１）
前記細菌細胞は、芳香族アミノ酸生合成の共通経路における変異を有し、３−デヒドロシキメートのコリスメートへの変換をブロックする変異細胞系から選択される、項目３０に記載の細菌細胞形質転換体。
（項目３２）
前記細菌細胞は、芳香族アミノ酸生合成の共通経路における変異を有し、３−デヒドロシキメートのコリスメートへの変換をブロックする変異細胞系から選択される、項目２８に記載の細菌細胞形質転換体。
（項目３３）
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程は、酵素種３−デヒドロシキミ酸脱水酵素およびプロトカテク酸デカルボキシラーゼを発現するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する構造遺伝子、ならびに酵素種カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現するＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓに由来する構造遺伝子で形質転換された細菌細胞を、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における前記酵素類によって３−デヒドロシキメートへと変換される炭素源を含む培地中で培養して、３−デヒドロシキメートの生体触媒による変換によって少なくとも約０．９５ミリモル／リットル／時間の速度でｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸を生成する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３４）
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程は、３−デヒドロシキミ酸脱水酵素、プロトカテク酸デカルボキシラーゼ、カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼ、トランスケトラーゼ、３−デオキシ−Ｄ−アラビノ−ヘプツロソン酸  ７−リン酸シンターゼ、および３−デヒドロキナ酸シンターゼをコードする異種構造遺伝子を発現する形質転換された細菌細胞を、該細胞の芳香族アミノ酸生合成の共通経路における前記酵素類によって３−デヒドロシキメートに変換される炭素源を含む培地中で培養して、３−デヒドロシキメートの生体触媒による変換によって少なくとも約０．９５ミリモル／リットル／時間の速度でｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸を生成する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３５）
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを提供する工程は、酵素種３−デヒドロシキミ酸脱水酵素およびプロトカテク酸デカルボキシラーゼを発現するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに由来する構造遺伝子、ならびに酵素カテコール  １，２−ジオキシゲナーゼを発現するＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓに由来する構造遺伝子で形質転換された細菌細胞を、炭素源を含む培地中で、該炭素源が、少なくとも約０．９５ミリモル／リットル／時間の速度でｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコン酸へと生体触媒により変換される条件下で、培養する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目３６）
項目１〜１５および１８〜３５のいずれか１項に記載の方法によって生成される、再生可能なｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネート。
（項目３７）
ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートを、該ｃｉｓ，ｃｉｓ−ムコネートのうちの実質的にすべてがｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程
を包含する、方法。
（項目３８）
前記異性化反応は、貴金属水素化触媒によって、スポンジメタル水素化触媒によって、もしくは骨格水素化触媒によって触媒される、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを生成するための方法であって、該方法は、
生体触媒による変換を介して再生可能炭素源から生成されたｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートを、該ｃｉｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートのうちの実質的にすべてがｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化される反応条件下で、ｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネートへと異性化する工程、
を包含する、方法。
（項目４０）
前記異性化反応は、貴金属水素化触媒によって、スポンジメタル水素化触媒によって、もしくは骨格水素化触媒によって触媒される、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
項目１６〜１７および３７〜４０のいずれか１項に記載の方法によって生成された、再生可能なｔｒａｎｓ，ｔｒａｎｓ−ムコネート。