【手続補正書】
【提出日】平成26年2月18日(2014.2.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
多胎児を宿す妊婦の、胎児および母体のＤＮＡを含む生物学的試料を分析する方法であって、以下のステップ：
妊婦が１つまたは複数の第１の座位のそれぞれでホモ接合であるか、または１つまたは複数の第１の座位のそれぞれでヘテロ接合であり、第１の座位のそれぞれが生物学的試料中でそれぞれの主要アレルおよびそれぞれの副次的アレルを示し、第１の座位のそれぞれに対するそれぞれの主要アレルがそれぞれの副次的アレルよりも量が多い、第１の染色体領域内の１つまたは複数の第１の座位のそれぞれで妊婦の遺伝子型を決定し；
１つまたは複数の第１の座位で、生物学的試料中の１つまたは複数の主要アレルの第１の量および／または１つまたは複数の副次的アレルの第２の量を測定し；
第１の量または第２の量に対する正規化パラメータを取得し；ならびに
第１の染色体領域で胎児が遺伝的に同じ場合に、正規化パラメータが統計的に期待値（生物学的試料の測定により取得）とは異なるかどうかの判定を行うための正規化パラメータのカットオフ値とを比較すること、それによって、カットオフ値に対する正規化パラメータの比較に基づき、妊婦の胎児の内の少なくとも２人が二卵性であるか否かを評価する、
を含む、方法。
【請求項２】
第１の座位のそれぞれで、生物学的試料中のそれぞれの主要アレルおよびそれぞれの副次的アレルの検出をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
正規化パラメータの取得が、
異なる染色体領域内での１つまたは複数の座位由来の１つまたは複数の配列の第３の量の測定；および
正規化パラメータを計算するための第３の量の使用；
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
正規化パラメータの取得が、
１つまたは複数の第１の座位で、生物学的試料中の１つまたは複数の主要アレルの第１の量および１つまたは複数の副次的アレルの第２の量の測定；
第１の量および第２の量の間の相対量を与える、第１の量および第２の量からの第１のパラメータの決定；さらに
第１のパラメータの、第１の量の正規化値としての使用、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
正規化パラメータの取得が、
較正プロセスを使った測定ステップの実行；および
第１の量または第２の量の正規化パラメータとしての使用、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
期待値が、生物学的試料中の胎児ＤＮＡ濃度である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
１つまたは複数のエピジェネティックマーカーを使った胎児ＤＮＡ濃度の測定をさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
１つまたは複数のエピジェネティックマーカーが、１つまたは複数のＤＮＡメチル化マーカーを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
全ての胎児が胎児特異的配列を有する場合に、１つまたは複数の胎児特異的配列から選択される胎児特異的配列を有するＤＮＡ断片の第３の量の測定；
第３の量の正規化値の取得；および
正規化値の胎児ＤＮＡ濃度としての使用、
による遺伝子マーカーを使った胎児ＤＮＡ濃度の計算をさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
胎児が全て男児で、１つまたは複数の胎児特異的配列がＹ染色体上にある、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
胎児特異的配列がＲＨＤ遺伝子で、母親がＲｈＤ陰性であり、全ての胎児がＲｈＤ陽性である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
胎児特異的配列がそれぞれの第１のアレルであり、
第３の量に対する正規化値の取得が：
１つまたは複数の第２の座位でのアレル合計量の測定；
第３の量および合計量の比率からの胎児ＤＮＡ濃度の計算、
を含み、
胎児がそれぞれの第１のアレルを有し、母親がそれぞれの第１のアレルを持たない１つまたは複数の第２の座位の特定、
をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
１つまたは複数の座位がＲＨＤ遺伝子の座位を含み、母親がＲＨＤ遺伝子の非存在により表されるアレルに対しホモ接合であり、胎児の内の少なくとも１人がＲｈＤ陽性である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
妊婦が１つまたは複数の第１の座位のそれぞれでホモ接合であるか、または１つまたは複数の第１の座位のそれぞれでヘテロ接合であり、第２の座位のそれぞれが、生物学的試料中のそれぞれの主要アレルおよびそれぞれの副次的アレルを提示する場合に、第２の染色体領域内の１つまたは複数の第２の座位のそれぞれで妊婦の遺伝子型を決定し；
生物学的試料中の１つまたは複数の第２の座位で、１つまたは複数の主要アレルの第３の量および／または１つまたは複数の副次的アレルの第４の量を測定し；
第３の量または第４の量に対する第２の正規化パラメータを取得し；および
期待値を得るための第２の正規化パラメータを使用すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
第２の正規化パラメータが期待値として使用される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
他の染色体領域に対する追加の正規化パラメータの計算；
染色体領域の第１のグループの正規化パラメータから第１の統計値の計算；および
第１の統計値の期待値としての使用、
をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
第１の染色体領域グループの座位の全てに対し、それぞれの主要アレルが、それぞれの副次的アレルより量が多い、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
第１の統計値が、第１の染色体領域グループに対する正規化パラメータのヒストグラムの正規化パラメータの値のピーク位置である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
第１の染色体領域を含む第２の染色体領域グループのパラメータから第２の統計値の計算をさらに含み、
正規化パラメータのカットオフ値との比較が、第２の統計値のカットオフ値との比較を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
計算パラメータのヒストグラムの分析による第１および第２の染色体領域グループの特定をさらに含み、第１の染色体領域グループがヒストグラムの第１のピークに対応し、第２の染色体領域グループがヒストグラムの第２のピークに対応する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
他の染色体領域に対する追加の正規化パラメータの計算をさらに含み、正規化パラメータをカットオフ値に対し比較して、正規化パラメータが統計的に期待値とは異なるかどうかの判定が：
正規化パラメータ中の値の分散の計算；および
分散の閾値との比較、
により行われる、請求項１４に記載の方法。
【請求項２２】
変動が正規化パラメータの標準偏差である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
大量並列シーケンシング、標的大量並列シーケンシング、ＰＣＲ、定量ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、連結反応、ハイブリダイゼーションまたは質量分析から得たデータを使って測定が行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
多胎児を宿す妊婦の、胎児および母体のＤＮＡを含む生物学的試料を分析する方法であって、
生物学的試料中の１つまたは複数の第１の座位で、１つまたは複数の胎児特異的配列の  第１の量の測定；
第１の量の正規化パラメータの取得；ならびに
第１の染色体領域で胎児が遺伝的に同じ場合に、正規化パラメータが統計的に期待値（生物学的試料の測定により入手）と異なるか否かの判定のための、正規化パラメータのカットオフ値に対する比較；それによって、カットオフ値に対する正規化パラメータの比較に基づいて、妊婦の胎児の内の少なくとも２人が二卵性であるか否かを評価する、
を含む、方法。
【請求項２５】
胎児特異的配列がＹ染色体上にある、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
胎児特異的配列がＲＨＤ遺伝子であり、妊婦がＲｈＤ陰性である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
生物学的試料中の期待値が胎児ＤＮＡ濃度である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
１つまたは複数の第１の座位が第１の染色体領域内にあり、
第１の染色体領域とは異なる第２の染色体領域内にある１つまたは複数の第２の座位で、生物学的試料中の１つまたは複数の追加の胎児特異的配列の第２の量の測定；
第２の量に対する追加の正規化パラメータの取得；および
追加の正規化パラメータの期待値を得るための使用；
をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
多胎児を宿す妊婦の、胎児および母体のＤＮＡを含む生物学的試料を分析する方法であって、
複数の染色体領域のそれぞれに対し、それぞれの染色体領域の１つまたは複数の座位のそれぞれで、
生物学的試料中の１つまたは複数のアレルの測定；
それぞれ測定されたアレルのそれぞれの量の決定；
測定されたアレルのそれぞれの量に基づいて、胎児の内の少なくとも２人がそれぞれの染色体領域の第１の親由来の異なるハプロタイプを受け継いでいるか否かの判定；
胎児の内の少なくとも２人が第１の親由来の異なるハプロタイプを受け継いでいる染色体領域の第１の量の決定；および
胎児の内の少なくとも２人が二卵性か否かの判定のための第１の量の、１つまたは複数のカットオフ値に対する比較、それによって妊婦の胎児の内の少なくとも２人が二卵性であるか否かを評価する、
を含む、方法。
【請求項３０】
第１の量が比率である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
第１の染色体領域に対する複数の座位での第１の親の２つのハプロタイプの判定をさらに含み；
胎児の内の少なくとも２人が第１の親由来の第１の染色体領域の異なるハプロタイプを受け継いでいることの判定が：
第１の親がヘテロ接合である第１の染色体領域で第１の座位および第２の座位の特定；
生物学的試料中で第１の座位で第１の親の第１のハプロタイプの検出；および
生物学的試料中で第２の座位で第１の親の第２のハプロタイプの検出、
を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
第１の親が母親であり、父親が第１のアレルに対する第１の座位でホモ接合であり、母親が第１の座位で第１のアレルおよび第２のアレルに対しヘテロ接合であり、第１のアレルが母親の第１のハプロタイプ上にあり、第２のアレルが母親の第２のハプロタイプ上にあり、生物学的試料中の第１の座位での第１の親の第１のハプロタイプの検出が、
第１の座位で測定された第１のアレルのそれぞれの量が、第２の座位で測定された第２のアレルのそれぞれの量より統計的に有意な量だけ大きいことの判定
を含み、
父親が第２の座位で第３のアレルに対しホモ接合で、母親が第２の座位で第３のアレルおよび第４のアレルに対しヘテロ接合であり、第３のアレルが母親の第１のハプロタイプ上にあり、第４のアレルが母親の第２のハプロタイプ上にあり、生物学的試料中の第２の座位での第１の親の第２のハプロタイプの検出が、
第２の座位で測定された第４のアレルのそれぞれの量が第２の座位で測定された第３のアレルのそれぞれの量より統計的に有意な量だけ大きいことの判定
を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
第１の親が父親であり、第２の親が第１の座位で第１のアレルに対しホモ接合であり、第１の親が第１の座位で第１のアレルおよび第２のアレルに対しヘテロ接合であり、生物学的試料中の第１の座位で第１の親の第１のハプロタイプの検出が、生物学的試料中の第１の座位での第２のアレルの検出を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
第１の座位および第２の座位が充分に近接しているので第１の座位および第２の座位の組換え確率が０．１％未満である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
第１の親が父親で、
第１の親が第１のアレルおよび第２のアレルに対しヘテロ接合であり、これらの両方のアレルが第２の親の第１の座位に存在しない第１の染色体領域中の第１の座位の特定をさらに含み、
胎児の２人が第１の染色体領域の第１の親由来の異なるハプロタイプを受け継いでいることの判定が、第１の座位で第１のアレルおよび第２のアレルの検出を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
第１のアレルおよび第２のアレルが異なる数の短いタンデム反復を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも２人の胎児を宿す妊婦由来の、胎児および母体のＤＮＡを含む生物学的試料中の胎児ＤＮＡパーセンテージの決定方法であって、
複数の染色体領域のそれぞれに対し：
第１のアレルのそれぞれおよび第２のアレルのそれぞれが生物学的試料中で検出されるそれぞれの染色体領域中の１つまたは複数の座位の特定；
生物学的試料中の１つまたは複数の座位で、１つまたは複数の第１のアレルの第１の量および／または１つまたは複数の第２のアレルの第２の量の測定；
第１の量または第２の量に対する正規化パラメータの取得；および
規定値の正規化パラメータを有するいくつかの染色体領域に基づいてカウンターの増加；
によるヒストグラムの生成；
確率分布の線形結合のヒストグラムに対するフィッティング（ここで、胎児ＤＮＡパーセンテージが、確率分布の線形結合に対する入力である）；および
確率分布の線形結合のヒストグラムへのフィッティングを最適化する最適胎児ＤＮＡパーセンテージを見つけ出すための入力胎児ＤＮＡパーセンテージの変更；
を含む、方法。
【請求項３８】
確率分布の線形結合が２つの確率分布を有し、両方の確率分布が胎児ＤＮＡパーセンテージに依存する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
確率分布の線形結合が４つの確率分布を有し、確率分布の内の２つが胎児ＤＮＡパーセンテージに依存する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
正規化パラメータが第１の量および第２の量から計算され、正規化パラメータが第１の量および第２の量の間の相対量を与える、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
確率分布が二項分布またはガウス分布である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
最適胎児ＤＮＡパーセンテージに基づいて、母親がホモ接合で、胎児の内の少なくとも１人がヘテロ接合である座位に対応する確率分布の特定；
多成分混合モデル（多成分混合モデルは、複数の成分のそれぞれに対する混合係数を含む）の特定された確率分布へのフィッティング；および
混合係数の内の少なくとも２つが閾値を超える場合に、胎児の内の少なくとも２人が二卵性であることの判定、
をさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
閾値が混合係数の内の少なくとも１つに依存する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
混合モデルの成分のピークの位置が所定の値を超える分離ギャップを有するように強制される、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
胎児および母体のＤＮＡを含む妊婦の生物学的試料を分析する方法であって、
複数の染色体領域のそれぞれに対し：
第１のアレルのそれぞれおよび第２のアレルのそれぞれが生物学的試料中で検出されるそれぞれの染色体領域での１つまたは複数の座位の特定；
１つまたは複数の座位で、生物学的試料中の１つまたは複数の第１のアレルの第１の量および／または１つまたは複数の第２のアレルの第２の量の測定；ならびに
第１の量または第２の量に対する正規化パラメータの取得；および
規定値の正規化パラメータを有するいくつかの染色体領域に基づいてカウンターの増加；
によるヒストグラムの生成；
母親がホモ接合で、胎児の内の少なくとも１人がヘテロ接合である座位に対応するか、または母親がヘテロ接合であり、胎児の内の少なくとも１人がホモ接合である座位に対応する染色体領域の特定；および
多成分混合モデル（多成分混合モデルは複数の成分のそれぞれに対する混合係数を含む）の特定染色体領域に対応するヒストグラムへのフィッティング、それによって、混合係数の内の少なくとも２つを使って、胎児の内の少なくとも２人が二卵性であるか否かを評価する
を含む、方法。
【請求項４６】
多成分混合モデルが３つの成分を有する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
多成分混合モデルが混合ガウスモデルである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
第１の染色体領域に対応する正規化パラメータと最大オーバーラップを有する混合モデルの成分を特定することによる、第１の染色体領域の１つまたは複数の座位に対する胎児の遺伝子型の決定；
をさらに含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
混合係数の内の少なくとも２つが閾値を超える場合に、胎児の内の少なくとも２人が二卵性であると判定される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５０】
混合モデルの成分のピークの位置が所定の値を超える分離ギャップとなるように強制される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】
染色体領域の特定が：
確率分布の線形結合の、所与の生物学的試料の胎児ＤＮＡパーセンテージのヒストグラムへのフィッティング；および
母親がホモ接合で、胎児の内の少なくとも１人がヘテロ接合である座位に対応するか、母親がヘテロ接合で、胎児の内の少なくとも１人がホモ接合である座位に対応する確率分布の特定（多成分混合モデルは特定された確率分布にフィッティングする）、
を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５２】
１つまたは複数のエピジェネティックマーカーを使って、所与の胎児ＤＮＡパーセンテージの特定をさらに含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】
１つまたは複数のエピジェネティックマーカーが１つまたは複数のＤＮＡメチル化マーカーを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
演算を実行するためのプロセッサ制御用の複数の命令を記憶したコンピュータ読み取り可能記録媒体を含み、その命令が請求項１〜５３のいずれか１項記載で定義されたステップを含む、コンピュータ読み取り可能記録媒体。
【請求項５５】
請求項１〜５３のいずれか１項記載で定義されたステップを実行する手段を含むコンピュータシステムであって、少なくともプロセッサ及びメモリをさらに含む、コンピュータシステム。