(57)【要約】【課題】  本発明は、ＰＣＲ又はその他の増幅系を使用して、多重反応において、含まれる各座位の対立遺伝子を1回の反応で測定する、複数の異なる座位の同時増幅に関する。【解決手段】  測定する座位には、ＨＵＭｖＷＦＡ３１、ＨＵＭＬＩＰＯＬ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ、ＨＵＭＦ１３Ａ１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＴＨ０１、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ３Ｓ１５３９が含まれる。【選択図】          なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
1以上のDNAサンプルに由来する少なくとも4つのSTR座位に存在する対立遺伝子を同時測定する方法であって、
a)分析する少なくとも1つのDNAサンプルを得る工程、
b)分析する該DNAサンプルの一緒に増幅することができる少なくとも4つのSTR座位からなるセットを選択する工程であって、該少なくとも4つの座位からなるセットが、
D3S1539、D19S253、D13S317、D20S481;
D3S1539、D19S253、D4S2368、D20S481;及び、
D10S1239、D9S930、D4S2368、D20S481
からなる群より選ばれる工程、
c)多重増幅反応において、該座位のセットを同時増幅する工程であって、反応産物が、該セット内において同時増幅した各座位に由来する増幅した対立遺伝子の混合物である工程、及び、
d)該混合物中の該増幅した対立遺伝子を評価し、該DNAサンプル内のセットにおける分析された各座位に存在する対立遺伝子を測定する工程、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
該多重増幅反応が、分析する少なくとも4つの座位に隣接する少なくとも4つのプライマー対を含み、
該多重増幅反応に使用する各プライマー対の少なくとも1つが、
該セット中の座位の1つがD13S317であるとき、配列番号3及び配列番号4からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD3S1539であるとき、配列番号7、配列番号8及び配列番号49からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD20S481であるとき、配列番号11、配列番号12、配列番号52及び配列番号53からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD9S930であるとき、配列番号13、配列番号14、配列番号55及び配列番号61からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD10S1239であるとき、配列番号15、配列番号16及び配列番号54からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD19S253であるとき、配列番号50及び配列番号51からなる群より選ばれる配列を有しており、及び、
該セット中の座位の1つがD4S2368であるとき、配列番号56及び配列番号57からなる群より選ばれる配列を有している、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
1以上のDNAサンプルに由来する3つのSTR座位に存在する対立遺伝子を同時測定する方法であって、
a)分析する少なくとも1つのDNAサンプルを得る工程、
b)分析するDNAサンプルの一緒に増幅することができる少なくとも3つのSTR座位からなるセットを選択する工程であって、該少なくとも3つのSTR座位からなるセットが、
D3S1539、D19S253、D13S317;
D10S1239、D9S930、D20S481;
D10S1239、D4S2368、D20S481;
D10S1239、D9S930、D4S2368;及び、
D10S1239、D9S930、D13S317からなる群より選ばれる3つのSTR座位からなるセットを含む工程、
c)多重増幅反応において、該少なくとも3つの座位からなるセットを同時増幅する工程であって、反応産物が、該セットにおいて同時増幅した各座位に由来する増幅した対立遺伝子の混合物である工程、及び、
d)該混合物中の該増幅した対立遺伝子を評価し、該DNAサンプル内のセットにおける分析された各少なくとも3つの座位に存在する対立遺伝子を測定する工程、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項４】
多重増幅反応が、3対のプライマーのセットを含み、各プライマー対が、該反応において同時増幅する3つの座位のセット内の座位の1つに隣接しており、
各プライマー対が、該反応において同時増幅した座位からなるセットにおける座位の対立遺伝子とハイブリダイズするように設計されており、
D13S317が同時増幅する座位のセット内の1つであるとき、該プライマーの少なくとも１つが配列番号3及び配列番号4からなる群より選ばれる配列を有し、
D20S481が同時増幅する座位のセット内の1つであるとき、該プライマーの少なくとも１つが配列番号11、配列番号12、配列番号52及び配列番号53からなる群より選ばれる配列を有し、
D9S930が同時増幅する座位のセット内の1つであるとき、該プライマーの少なくとも１つが配列番号13、配列番号14、配列番号55及び配列番号61からなる群より選ばれる配列を有し、
D10S1239が同時増幅する座位のセット内の1つであるとき、該プライマーの少なくとも１つが配列番号15、配列番号16及び配列番号44からなる群より選ばれる配列を有し、
D4S2368が同時増幅する座位のセット内の1つであるとき、該プライマーの少なくとも１つが配列番号56及び配列番号57からなる群より選ばれる配列を有している、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも3つの座位におけるSTR配列を同時分析するためのキットであって、少なくとも3つのSTR座位からなるセットを同時増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーを有する容器を含んでおり、該座位のセットが、
D3S1539、D19S253、D13S317;
D10S1239、D9S930、D20S481;
D10S1239、D4S2368、D20S481;
D10S1239、D9S930、D4S2368;
D10S1239、D9S930、D13S317;
D3S1539、D19S253、D13S317、D20S481;
D3S1539、D19S253、D4S2368、D20S481;及び、
D10S1239、D9S930、D4S2368、D20S481;
からなる群より選ばれることを特徴とするキット。
【請求項６】
各オリゴヌクレオチドプライマーが、選択した座位のセットにおける3つの座位のうちの１つとハイブリダイズするように設計されており、
該セット中の座位の1つがD13S317であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号3及び配列番号4からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD3S1539であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号7、配列番号8及び配列番号49からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD20S481であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号11、配列番号12、配列番号52及び配列番号53からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD9S930であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号13、配列番号14、配列番号55及び配列番号61からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD10S1239であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号15、配列番号16及び配列番号54からなる群より選ばれる配列を有しており、
該セット中の座位の1つがD19S253であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号50及び配列番号51からなる群より選ばれる配列を有しており、及び、
該セット中の座位の1つがD4S2368であるとき、該プライマーの少なくとも1つが配列番号56及び配列番号57からなる群より選ばれる配列を有している、
請求項５に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願のクロスリファレンス
本出願は、米国特許出願第０８／３１６，５４４号（出願日１９９４年９月30日）の一部係属出願である。親出願の全ての開示は参照することにより本明細書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府後援研究又は開発に関する記載
適用せず。
【０００３】
発明の背景
本発明は、一般的に、ゲノム系における遺伝子マーカーの検出に向けられる。より詳細には、本発明は、多重系（multiplex system）内に含まれる各座位の対立遺伝子を１回の反応で測定するための、ポリメラーゼ連鎖反応又はその他の増幅系を使用した、多数の別個の多型性座位の同時増幅に向けられる。
【背景技術】
【０００４】
近年、遺伝子マーカーとしての多型性ＳＴＲ（polymorphic short tandem repeats）の発見及び開発が、連鎖地図の開発、不健全な遺伝子（diseased gene）の同定及び特徴付け並びにＤＮＡタイピング（DNA typing）の単純化及び精密化における進歩を刺激してきた。
少なくともヒトゲノムにおける多数の座位は、多型性ＳＴＲ領域を含んでいる（Adamson, D., et al. (1995) "A collection of ordered tetranucleotide-repeat markers from the human genome," Am. J. Hum. Genet. 57: 619-628; Murray, J.C., et al. (1994) "A comprehensive human linkage map with centimorgan density," Science 265: 2049-2054; Hudson, T.J., Engelstein, M., Lee, M. K., Ho, E. C., Rubenfield, M. J., Adams, C. P., Housman, D. E., and Dracopoli, N. C. (1992) "Isolation and chromosomal assignment of 100 highly informative human simple sequence repeat polymorphisms," Genomics 13: 622-629）。ＳＴＲ座位は、長さ３〜７塩基の短い反復配列要素から構成される。ヒトゲノムには、２，０００，０００の予想される三量体又は四量体ＳＴＲが、１５ｋｂ毎に１つの頻度で存在していると推測されている（Edwards et al. (1991) "DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats." Am. J. Hum. Genet. 49: 746-756; Beckman,J.S., and Weber, J.L. (1992) "Survey of human and rat microsatellites,"  Genomics 12: 627-631）。Edwardsら（1991）により研究されたＳＴＲ座位のほぼ半数が多型性であり、遺伝子マーカーの豊富な供給源を提供している。
【０００５】
特定の座位におけるＳＴＲ単位の数の変動は、対立遺伝子間及び個体間におけるその部位のＤＮＡの長さの変化を引き起こす。そのような長さの多型性は、ＶＮＴＲ（variable number tandem repeat）座位（Nakamura, Y., etal. (1987) "Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping," Science 235: 1616-1622）及びミニサテライト座位（Jeffreys, A.J., et al. (1985) "Hypervariable 'minisatellite' regions in human DNA," Nature 314: 67-73）（両者ともにＳＴＲ座位よりもかなり長い反復単位を含んでいる）を暗示している。長さの多型性は、ミニサテライト座位のジヌクレオチド反復形態（Litt, M. and Luty, J. A. (1989) "A hypervariable microsatellite revealed by in-vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene,"  Am. J. Hum. Genet. 44: 397-401, Tautz, D., et al. (1986) "Cryptic simplicity in DNA is a major source of genetic variation," Nature 322: 652-656, Weber, J. L. and May, P. E. (1989) "Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction," Am. J. Hum. Genet. 44: 388-396; Beckmann and Weber, (1992)）、ＳＴＲ座位よりも短い反復単位を有するマイクロサテライト座位形態を暗示している。
【０００６】
多型性ＳＴＲ座位は、ヒト同定用、父性検査用及び遺伝子マッピング用マーカーとして極めて有用である。ＳＴＲ座位は、直列型反復配列（tandem repeat）に隣接する領域おいて同定された特異的プライマー配列を用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅されるだろう。
これらの座位の対立遺伝子は、増幅した領域内に含まれる反復配列のコピー数により差別化され、放射能、蛍光、銀染色及び呈色を含むあらゆる適切な検出方法による電気泳動的分離にしたがい互いに区別される。
労力、材料及び分析時間を最小化するために、多数の座位及び／又はより多くのサンプルを同時に分析することが望ましい。この目的に対する１つのアプローチは、単一反応における多数の座位の同時増幅を含んでいる。「多重」増幅と呼ばれる方法が、広く文献に記載されている。多重増幅セットは、ヒトの遺伝子疾患、例えばデュシェンヌ型筋ジストロフィー（Chamberlain, J.S., et al. (1988) "Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA amplification," Nucleic Acid Res. 16: 11141-11156; Chamberlain, J.S., et al. (1989), "Multiple PCR for the diagnosis of Duchenne muscular dystrophy," In PCR Protocols, A Guide to Methods and Application (ed. Gelfand,D.H., et al.) pp.272-281.  Academic Press, SanDiego, CA; Beggs, A.H., et al. (1990) "Detection of 98% DMD/BMD gene deletions by PCR," Hum. Genet. 86: 45-48; Clemens, P.R., etal. (1991).  "Carrier detection and prenatal diagnosis in Duchenne and Becker muscular dystrophy families, using dinucleotide repeat polymorphisms," Am J. Hum. Genet. 49: 951-960; Schwartz, J.S., et al. (1992) "Fluorescent multiple linkage analysis and carrier detection for Duchenne/Becker's muscular dystrophy," Am J. Hum. Genet. 51: 721-729; Covone,A.E., et al. (1992)  "Screening Duchenne and Becker muscular dystrophy patients for deletions in 30 exons of the dystrophin gene by three-multiplex PCR," Am. J. Hum. Genet. 51: 675-677）、レッシュ・ナイハン症候群（Gibbs, R.A., et al. (1990)  "Multiple DNA deletion detection and exon sequencing of the hypoxanthine phosphoribosyltransferase gene in Lesch-Nyhan families," Genomics 7: 235-244）、嚢胞性線維症（Estivill,X., et al. (1991) "Prenatal diagnosis of cystic fibrosis by multiplex PCR of mutation and microsatellite alleles," Lancet 338: 458; Fortina, P., et al. (1992) "Nonradioactive detection of the most common mutations in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene by multiplex polymerase chain reaction," Hum. Genet. 90: 375-378; Ferrie, R.M., et al. (1992) "Development, multiplexing, and application of ARMS tests for common mutations in the CFTR gene," Am. J. Hum. Genet. 51: 251-262; Morral, N. and Estivill, X. (1992) "Multiplex PCR amplification of three microsatellites within the CFTR gene," Genomics 51: 1362-1364）及び網膜芽細胞腫（Lohmann, D., et al. (1992) "Detection of small RB1 gene deletions in retinoblastoma by multiplex PCR and high-resolution gel electrophoresis," Hum. Genet. 89: 49-53）などに関連する遺伝子の解析用に広く開発されてきた。多型性マイクロサテライトマーカーの多重増幅（Clemens et al. (1991); Schwartz et al. (1992); Huang,T.H.-M., et al. (1992) "Genetic mapping of four dinucleotide repeat loci DXS435, DXS45, DXS454, DXS424, on the X chromosome using the multiplex polymerase chain reaction," Genomics 13: 375-380）及びＳＴＲマーカーの多重増幅（Edwards, A., etal. (1992) "Genetic variation at five trimeric and tetrameric tandem repeat loci in four human population groups," Genomics 12: 241-253; Kimpton, C.P., et al. (1993) "Automated DNA profiling employing multiplex amplification of short tandem repeat loci," PCR Methods and Applications 3: 13-22; Hammond, H.A., et al. (1994) "Evaluation of 13 STR loci for use in personal identification applications," Am. J. Hum. Genet. 55: 175-189; Schumm, J.W. et al. (1994) "Development of nonisotopic multiplex amplification sets for analysis of polymorphic STR loci," in "The Fourth International Symposium on Human Identification 1993," pp. 177-187; Oldroyd, N. J., etal. (1995) "A highly discriminating octoplex short tandem repeat polymerase chain reaction system suitable for human individual identification," Electrophoresis 16: 334-337）が記載されている。
【０００７】
これらの増幅産物は、通常、当業者に既知の幾つかの電気泳動法の１つにより分離する。増幅産物の周知の検出方法の幾つかが記載されている。幾つかのケースにおいては、増幅した断片の臭化エチジウム染色又は銀染色が使用されているが、他方では、増幅した物質の２本鎖の１つのみを標識する方法を使用することが好ましい。この例としては、ある座位を増幅する前に、２つのプライマーの１つを放射性標識又は蛍光標識することが含まれる。検出に対するより洗練されたアプローチの１つは、異なる蛍光標識を使用して、異なる座位を示す増幅物質を検出することであるが、電気泳動にしたがう同一の空間が存在する。異なる座位の産物は、フィルター又は一度に１つの蛍光標識を可視化することができるその他の識別力のある検出器を用いて差別化される。
【０００８】
国際公開第９３／１８１７７号及び第９３／１８１７８号パンフレット（Fortinaら）について言及すると、対立遺伝子特異的多重ポリメラーゼ連鎖反応系を使用した、嚢胞性線維症及びβ−サラセミアなどの疾患の診断方法及び診断キットに向けられている。Fortinaらにしたがうと、多重ＰＣＲを多数の標的配列の同時増幅に使用し、アガロースゲルの２つのレーンを使用して変異対立遺伝子をスキャンする。
Ballabio, A.らは、（"PCR Tests for Cystic Fibrosis Deletion," Nature, 343: 220(1991)）で、Ｆ５０８嚢胞性線維症変異検出用の２つの異なる色素で標識した蛍光プライマーを使用しての、単一の管での、多重対立遺伝子特異的ＰＣＲ試験を開示している。
特定の座位についての多重増幅手順が存在するが、その他の型の座位、例えば特定のＳＴＲ座位における対立遺伝子検出についての多重増幅手順の使用が強く望まれている。そのような座位の多重増幅を可能にするプライマーを同定することも望まれている。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
発明の要約
本発明の目的は、多重系内に含まれる各座位の対立遺伝子を１回の反応で測定するための、ＰＣＲ又はその他の増幅系を使用した、多数の別個の多型性ＳＴＲ座位の同時増幅のための方法及び材料を提供することである。本明細書に開示する特定のＳＴＲ座位のセットの多重分析については、従来技術において開示されていない。ＳＴＲ座位の多重増幅に有用であることが示されている、以下に示す本明細書に開示された多数のプライマーの配列についても過去においてまったく開示されていない。
特定の座位を含む多重増幅に特異的な方法、キット及びプライマーを提供することも本発明の目的である。
これら及びその他の目的は、各多重系の個々の座位に存在する対立遺伝子を同時分析又は測定するための方法及び材料に向けられている本発明により扱われる（address）。一般的に、本発明の方法は、（ａ）分析する少なくとも１つのＤＮＡサンプルを得る工程であって、ＤＮＡサンプルが一緒に増幅することができる少なくとも２つの座位を有している工程、（ｂ）ＤＮＡサンプル中のＳＴＲ配列を増幅する工程、及び（ｃ）使用した系の多型性を明らかにする方法で、増幅した物質を検出する工程からなる。
【００１０】
より詳細には、本発明の方法は、１以上のＤＮＡサンプルに由来する少なくとも３つの直列型反復座位に存在する対立遺伝子を同時測定する方法であって、以下に示す工程：
（ａ）分析する少なくとも１つのＤＮＡサンプルを得る工程であって、ＤＮＡサンプルが増幅することができる少なくとも３つの座位のセットを有しており、座位のセットが本明細書に開示された特定の群又はセットから選ばれる工程、
（ｂ）多重増幅反応において座位のセットを同時増幅する工程であって、反応産物がセット中の同時増幅した各座位に由来する増幅した対立遺伝子の混合物である工程、
（ｃ）混合物中の増幅した対立遺伝子を評価して、ＤＮＡサンプル内のセットにおける分析した各座位に存在する対立遺伝子を測定する工程からなる。
【００１１】
本発明の１つ態様においては、３つのＳＴＲ座位を一緒に増幅する。３つの同時増幅する座位のセットは、
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７；及び、
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ１３Ｓ３１７からなる群より選ばれる。
【００１２】
本発明の方法のより好ましい態様においては、ＤＮＡサンプルは、一緒に増幅することができる少なくとも４つのＳＴＲ座位を有し、同時増幅する座位のセットは、
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ２２Ｓ６８３、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ、ＨＵＭＬＩＰＯＬ、ＨＵＭｖＷＦＡ３１からなる群より選ばれる。
【００１３】
より好ましくは、一緒に増幅する少なくとも４つのＳＴＲ座位のセットは、以下に示す４つの座位：
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；及び、
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、ＨＵＭｖＷＦＡ３１からなるセットより選ばれる。
【００１４】
より好ましくは、一緒に増幅するＳＴＲ座位のセットは、６つの座位のセットであり、以下に示す座位のセット：
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ；及び、
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳから選ばれる。
更に、より好ましくは、一緒に増幅するＳＴＲ座位のセットは、７つの座位のセットであり、以下に示す座位のセット：
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１；及び、
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩから選ばれる。
更に、より好ましくは、一緒に増幅するＳＴＲ座位のセットは、８つの座位のセットであり、以下に示す座位のセット：
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１、ＨＵＭｖＷＦＡ３１；及び、
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ、ＨＵＭＬＩＰＯＬから選ばれる。
【００１５】
本発明の方法の多重増幅反応工程は、好ましくは、反応において同時増幅する座位のセットにおける各座位に隣接（フランキング）するプライマー対を使用して行われる。より好ましくは、対立遺伝子をゲル電気泳動により分離するとき、反応において同時増幅したセット内のその他の座位の対立遺伝子とは重複しない各座位由来の対立遺伝子を生成する多重増幅反応用に、プライマー対を選択する。更に、より好ましくは、多重増幅反応において使用するプライマーの各対の１つの配列は、以下に示すプライマー配列：
セット内の座位の１つがＤ７Ｓ８２０であるとき、配列番号１、配列番号２； 
セット内の座位の１つがＤ１３Ｓ３１７であるとき、配列番号３、配列番号４； 
セット内の座位の１つがＤ５Ｓ８１８であるとき、配列番号５、配列番号６； 
セット内の座位の１つがＤ３Ｓ１５３９であるとき、配列番号７、配列番号８、配列番号４９；
セット内の座位の１つがＤ１７Ｓ１２９８であるとき、配列番号９、配列番号１０； 
セット内の座位の１つがＤ２０Ｓ４８１であるとき、配列番号１１、配列番号１２、配列番号５２、配列番号５３；
セット内の座位の１つがＤ９Ｓ９３０であるとき、配列番号１３、配列番号１４、配列番号５５、配列番号６１；
【００１６】
セット内の座位の１つがＤ１０Ｓ１２３９であるとき、配列番号１５、配列番号１６、配列番号５４；
セット内の座位の１つがＤ１４Ｓ１１８であるとき、配列番号１７、配列番号１８；
セット内の座位の１つがＤ１４Ｓ５６２であるとき、配列番号１９、配列番号２０；
セット内の座位の１つがＤ１４Ｓ５４８であるとき、配列番号２１、配列番号２２；
セット内の座位の１つがＤ１６Ｓ４９０であるとき、配列番号２３、配列番号２４； 
セット内の座位の１つがＤ１６Ｓ７５３であるとき、配列番号２５、配列番号２６； 
セット内の座位の１つがＤ１７Ｓ１２９９であるとき、配列番号２７、配列番号２８； 
セット内の座位の１つがＤ１６Ｓ５３９であるとき、配列番号２９、配列番号３０、配列番号５８；
セット内の座位の１つがＤ２２Ｓ６８３であるとき、配列番号３１、配列番号３２、
セット内の座位の１つがＨＵＭＣＳＦ１ＰＯであるとき、配列番号３３、配列番号３４、
セット内の座位の１つがＨＵＭＴＰＯＸであるとき、配列番号３５、配列番号３６、
セット内の座位の１つがＨＵＭＴＨ０１であるとき、配列番号３７、配列番号３８、
セット内の座位の１つがＨＵＭｖＷＦＡ３１であるとき、配列番号３９、配列番号４０、配列番号５９、配列番号６０、
セット内の座位の１つがＨＵＭＦ１３Ａ０１であるとき、配列番号４１、配列番号４２、
セット内の座位の１つがＨＵＭＦＥＳＦＰＳであるとき、配列番号４３、配列番号４４、
セット内の座位の１つがＨＵＭＢＦＸＩＩＩであるとき、配列番号４５、配列番号４６、
セット内の座位の１つがＨＵＭＬＩＰＯＬであるとき、配列番号４７、配列番号４８、
セット内の座位の１つがＤ１９Ｓ２５３であるとき、配列番号５０、配列番号５１、
セット内の座位の１つがＤ４Ｓ２３６８であるとき、配列番号５６、配列番号５７からなる群より選ばれる。
【００１７】
本発明の方法において、増幅した対立遺伝子は、好ましくは増幅した対立遺伝子をサイズ標準（size standard）と比較することにより評価する。サイズ標準は、ＤＮＡマーカー及び座位特異的アレリックラダー（allelic ladder）アレリックラダー）からなるサイズ標準の群から選ばれる。対立遺伝子の評価は、好ましくは対立遺伝子を分離するポリアクリルアミドゲル電気泳動を使用して行われ、これにより分離した対立遺伝子を含むポリアクリルアミドゲルを形成する。ポリアクリルアミドゲル中の分離した対立遺伝子は、好ましくは適切な技術、例えば銀染色などを用いて可視化することにより測定する。より好ましくは蛍光分析により測定する。
蛍光分析は、好ましくは、多重増幅反応に使用する各プライマー対の１つのプライマーを、反応に使用する前に蛍光標識で標識することにより行う。各プライマーを標識するために使用する蛍光標識は、好ましくはフルオレセイン標識又はテトラメチルローダミン標識である。最も好ましくは、少なくとも２つの異なる標識を使用して、多重増幅反応に使用する異なるプライマーを標識する。
【００１８】
本発明の方法を使用して分析する少なくとも１つのＤＮＡサンプルは、好ましくはヒト組織から分離したものであり、好ましくは血液、精液、膣細胞、毛髪、唾液、尿、骨、口腔サンプル、胎盤細胞又は胎児細胞を含む羊水及び前記組織のあらゆる混合物からなる群より選ばれる組織である。
代替の態様においては、本発明は、少なくとも３つの座位中のＳＴＲ配列を同時分析するためのキットであって、これは少なくとも３つのＳＴＲ座位のセットを同時増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマー対を有する容器を含んでいる。ここで座位のセットは、以下に示す座位のセット：
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ１３Ｓ３１７；
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
【００１９】
Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８；
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８、Ｄ２０Ｓ４８１；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、ＨＵＭｖＷＦＡ３１；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ；
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１、ＨＵＭｖＷＦＡ３１；および、
Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ、ＨＵＭＬＩＰＯＬから選ばれる。
【００２０】
キットに含まれる各プライマー対の少なくとも１つのプライマーは、好ましくは前記本発明の方法の記載に列挙した配列の群の１つから選ばれる配列を有している。
第三の態様においては、本発明は、ヒトＤＮＡの特定のＳＴＲ座位を増幅するためのプライマー配列及びプライマー対である。ヒトＤＮＡの多重分析のための本発明のプライマー及びプライマー対の使用は、以下に示される。本発明のプライマーは、本発明の方法の使用に適しており、本発明の方法の評価工程において、増幅した対立遺伝子をどのように測定するかどうかに依存して、標識化又は標識化されていない形態で使用することができる。
前記において簡潔に記載した種々の態様全てにおいて、本発明は、座位の特定の組合せと特定の条件を使用した、多型性遺伝子マーカーの検出及び分析用の高処理方法及び材料を提供する。評価工程に対して適切な検出技術を選択することにより、本発明の材料及び方法は、電源及びポリアクリルアミドゲル電気泳動用の標準装置又は蛍光ゲルスキャニング用の最新設備を有する装置、例えばフルオロイメージャー５７５（登録商標）FluorImagerTM 575 （モレキュラー・ダイナミックス（Molecular Dynamics）、サニーヴェール、カリフォルニア）若しくはヒタチＦＭＢＩＯ（登録商標）（Hitachi FMBIOTM）（サンブルーノ、カリフォルニア）蛍光スキャナー又はＡＢＩ３７３及びＡＢＩプリズム３７７（登録商標）（ABI PrismTM 377）ＤＮＡシークエンサー（応用バイオシステム部門、パーキンエルマー（Perkin Elmer）、フォスターシティ、カリフォルニア）のみを有する実験室において使用することができる。したがって、本発明の方法は、種々の用途及び実験室に適応する。
【００２１】
本発明において特定されるアプローチは、多重系（multiplex）に含まれる座位の分析において時間、労力及び材料を節約する。本発明の方法は、３以上、更には８以上の座位を、別々の管内で各座位を独立して増幅させる代わりに、１回の増幅反応を使用して、１つの管内で一緒に増幅させることを可能にする。
本発明は、法医学分析、父子鑑別、骨髄移植のモニター、連鎖地図作成並びに遺伝子疾患及びガンの検出の分野において特定の用途を有する。３以上の座位を同時に増幅及び分析することが可能になることにより、本発明の材料及び方法は、２つの異なる個体の血液又はその他の組織から分離したＤＮＡの適合性の確実性を有意に増加させる。異なる個体の少量の組織を正確に区別することの必要性は、多数の有罪判決（及び無罪判決）がＳＴＲ座位の分析を含むＤＮＡタイピング分析に依存している法医学用途において特に重要である。
科学者、特に法医学者は、２つの組織サンプルの適合性が統計学的に有意であることを保証するための、ＤＮＡの多数の多型性座位の分析の必要性を長い間認めてきた（Presley, L.A. etal. (1993) "The implementation of the polymerase chain reaction (PCR) HLA DQ alpha typing by the FBI laboratory," in "The Third International Symposium on Human Identification 1992," pp. 245-269; Bever, R.A., et al. (1992) "Characterization of five VNTR loci by Hae III RFLP analysis: application to paternity testing," in "The Second International Symposium on Human Identification 1991," pp. 103-128.）。しかしながら、本発明までに、１回の反応で３以上のＳＴＲ座位を同時に分析する方法はほとんど存在しなかった。多重増幅（Multiplexing）能力の重要性を明確に理解するためには、ＤＮＡタイピング分析の背後にあるいくつかの数学を理解することが役立つ。
【００２２】
説明目的のために、あらゆるＳＴＲ座位が、１０に１の頻度で１つ遺伝子型（すなわち２つの対立遺伝子のパターン）を有すると仮定する。換言すれば、ランダムに選択した２つの個体が１つのＳＴＲについて適合した型を有している可能性は１／１０であると仮定するいうことである。しかしながら、２つの異なるＳＴＲ座位を分析する場合、両方の系が任意に適合する（random match）可能性は１／１００となる。３つのＳＴＲ座位を分析する場合、３つの系それぞれが任意に適合する可能性は１／１０００となる。結果として、３をこえる座位について分析すべきＳＴＲ座位の数の著しい増加が、一般集団内の任意適合の可能性を有意に減少させ、これにより容疑者のタイプと犯行現場の証拠とを比較することにより容疑者を正確に同定（又は推定）する機会が増加することを理解することは容易である。同様の論法を使用することにより、本発明の方法は、父子鑑定における疑わしい父親の同定の正確性、骨髄組織の正確な適合、連鎖地図の研究から得られる有意な結果の発見並びに遺伝子疾患及びガンの検出の可能性を増加させるだろう。
本発明の更なる目的、特徴及び利点は、以下に示す発明の詳細な説明及び図面より明らかになるだろう。
【課題を解決するための手段】
【００２３】
発明の詳細な説明
Ａ．定義
以下に示す定義は、用語の範囲及び詳細の明確かつ矛盾のない理解を提供することを援助することを意図している。
アレリックラダー：座位に由来する増幅した対立遺伝子から構成される標準的な大きさのマーカー。
対立遺伝子：ＤＮＡのセグメントと関連する遺伝的変異。すなわち、同一の座位を占めるＤＮＡ配列の２以上の代替形態（alternate form）。
生化学命名法：本明細書においては、標準的な生化学命名法を使用して、アデニンをＡ、チミンをＴ、グアニンをＧ、シトシンをＣと表す。例えば、対応するヌクレオチドはデオキシグアノシン−５’−３リン酸（ｄＧＴＰ）である。
ＤＮＡ多型性：ＤＮＡ配列中の２以上の異なるヌクレオチド配列が、同一種群（same interbreeding population）に共存している状態。
座位：染色体上の特定の部位。座位の対立遺伝子は、相同染色体の同一部位に位置している。
【００２４】
座位特異的プライマー：増幅方法を使用する条件下、座位の少なくとも１つの対立遺伝子について規定された座位又はその相補鎖の部分と特異的にハイブリダイズするが、その他のＤＮＡ配列とは効率的にハイブリダイズしないプライマー。
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）：変性、プライマーを用いたアニーリング及びＤＮＡポリメラーゼを用いた伸張のサイクルを使用して、標的ＤＮＡ配列のコピー数を約１０6倍又はそれ以上に増幅する技術。核酸増幅用ポリメラーゼ連鎖反応は、米国特許第４，６８３，１９５号及び第４，６８３，２０２号明細書によりカバーされている。これらの方法の記載については参照することにより本明細書に組み込まれる。
多型性ＳＴＲ座位：ゲノムＤＮＡの特定の領域における反復配列要素の数（及び配列の正味の長さ）が、対立遺伝子間及び個体間で変化しているＳＴＲ座位。
多型情報量（polymorphism information content）（ＰＩＣ）：ある座位に存在する多型性の量の尺度（Botstein et al., 1980）。ＰＩＣ値は０〜１．０の範囲にあり、高い値は多型性の程度が高いことを示している。通常、この尺度は、一般に使用される尺度、例えばヘテロ接合性よりも小さい値を示す。有益性の高い（約７０％をこえるヘテロ接合性）マーカーについては、ヘテロ接合性とＰＩＣとの間の差異はわずかである。
一次反応：精製ヒトゲノムＤＮＡをＰＣＲ用の鋳型として使用した初期反応。
【００２５】
プライマー：プライマーの３’末端が最近接状態（closest proximity）にあるように、座位の対立鎖とハイブリダイズする、２つの１本鎖オリゴヌクレオチド又はＤＮＡ断片。
プライマー対：プライマー１及びプライマー２を含む２つのプライマーであって、プライマー１は、増幅するＤＮＡ配列の一方の１本鎖と一方の末端でハイブリダイズし、プライマー２は、増幅するＤＮＡ配列の相補鎖上の他方の末端とハイブリダイズする。
プライマー部位：プライマーがハイブリダイズする標的ＤＮＡの領域。
二次反応：一次反応の希釈を使用して、ＰＣＲ用鋳型として同一又は異なるプライマー対を用いての再増幅。
ＳＴＲ座位：長さ３〜７塩基対の、短い、反復配列要素を含むヒトゲノム領域。
【００２６】
Ｂ．多重反応成分の選択
本発明の方法は、適切な座位のセット、プライマー及び増幅技術を選択して、大きさにおいて重複しない多数の同時増幅した座位に由来する増幅した対立遺伝子、又は大きさにおいて重複している増幅した対立遺伝子を互いに区別できるようにする方法で標識した同時増幅した座位に由来する増幅した対立遺伝子を生成することを企図している。更に、本発明の方法は、１回の増幅プロトコルを用いての使用に適合するＳＴＲ座位の選択を企図している。本明細書に記載する座位の特定の組み合わせは、本出願に特有である。座位の組み合わせは、前記２つの理由により又は、適切な産物収量を生成しない１以上の座位若しくは本発明の反応において生成する真正の対立遺伝子を表さない断片との組合せで拒絶されるだろう。
本明細書に開示した組み合わせに加えて、成功する組み合わせを、座位の組み合わせの試行錯誤、プライマー対配列の選択、及び全ての含まれる座位が増幅する平衡（equilibrium）を同定するためのプライマー濃度の調節により生成することができる。本発明の方法及び材料を開示した後において、本発明の方法及びキットにおける使用のための、座位、プライマー対及び増幅技術の種々の選択方法は、当業者に容易に示唆されるだろう。そのような方法の全ては、請求の範囲内にあることが意図される。
本発明の方法の実施において特に重要なのは、多重増幅反応工程において一緒に増幅する個々の座位から生成する、増幅した対立遺伝子の大きさの範囲である。現在の技術を使用しての分析を容易にするために、５００塩基よりも小さい断片の増幅により検出することができる系が最も好ましい。最も好ましい座位の組み合わせ、プライマー及び増幅技術は、前記の発明の概要に記載されている。
プライマーの不適切な選択により、幾つかの好ましくない影響、例えば増幅の不足、多数の部位における増幅、プライマーの二量体形成、異なる座位に由来するプライマー配列の好ましくない相互作用、別の座位由来の対立遺伝子と重複するある座位由来の対立遺伝子の生成又は、多重系と適合しない異なる座位用の増幅条件及びプロトコルの必要性が生じる。本発明の方法に使用するプライマーの合成は、当業者に既知のオリゴヌクレオチド合成用の標準的手順を使用して行うことができる。
【００２７】
Ｃ．３より多い座位を使用した多重系を開発するための、３つの対立遺伝子の多重系の使用
多数の異なる技術のいずれかひとつを使用して、本発明の方法を使用して分析するＳＴＲ座位のセットを選択することができる。本発明の分析方法における使用に有用な座位のセットを開発するための１つの好ましい技術を以下に記載する。３つの座位を含む多重系を開発した後、それをコアとして使用して、３より多い座位を含む多重系を作成してもよい。第一の３つ座位を含む新しい組み合わせを作成した。例えば、座位Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８を含むコアの多重系を使用して、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８からなる多重系誘導体；ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８からなる多重系誘導体；ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８からなる多重系誘導体及びＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１、ＨＵＭｖＷＦＡ３１、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８からなる多重系誘導体を生成した。
座位のコアのセットを使用して、本発明の方法を使用した多重分析用のＳＴＲ座位の適切な誘導体のその他のセットを生成することができることが企図される。本発明の方法を使用して分析する座位を選択するために使用する方法にかかわらず、多重分析用に選択する全ての座位は以下に示す特徴を有していなければならない。（１）最小の滑り（minimal slippage）（例えば、増幅工程中の繰り返し配列の読み違いに由来するもの）を生成すること；（２）多重増幅工程中の増幅した対立遺伝子への塩基の付加または削除に由来する人工産物（artifact）がたとえ存在するとしても少数であること；（３）ポリメラーゼによる増幅反応の早すぎる終了に由来する人工産物がたとえ存在するとしても少数であること及び（４）連続的単一塩基の削除に由来する、与ある真性の増幅した対立遺伝子よりも低分子量の「トレーリング（trailing）」バンドが存在しないこと。Schumm et al., "Development of Nonisotopic Multiplex Amplification Sets for Analysis of Polymorphic STR Loci," Fourth International Symposium on Human Identification 1993, pp. 177-187 (pub. by Promega Corp., 1993)を参照のこと。
【００２８】
Ｄ．ＤＮＡサンプルの調製
単一の座位の増幅に適合するあらゆるＤＮＡ調製方法を使用して、本発明の方法に使用するためのヒトゲノムＤＮＡサンプルを調製することができる。以下に示す文献に記載される方法を含む多数の方法が、本発明の方法に使用するためのゲノムＤＮＡサンプル調製に適しているが、これに限定されるものではない。Patel, P.I., et al. (1984) "Organization of the HPRT gene and related sequences in the human genome," Somat Cell Mol Genet 10: 483-493, and Gill, P., et al. (1985) "Forensic application of DNA 'fingerprints'," Nature 318: 577-579。
本発明の方法に使用する前に、ＤＮＡ濃度を、あらゆる標準的なＤＮＡ検出方法を使用して測定することができる。しかしながら、ＤＮＡ濃度は、好ましくは、Brunk C.F., et al. 4 (1979) "Assay for nanogram quantities of DNA in cellular homogenates," Anal Biochem 92: 497-500に記載されるような測定技術を使用して蛍光定量的に測定する。より好ましくは、ＤＮＡ濃度は、Waye et al. (1979) Waye, J.S., et al. (1991) "Sensitive and specific quantification of human genomic deoxyribonucleic acid (DNA) in forensic science specimens: casework examples," J. Forensic Sci., 36:1198-1203に記載されるような、ＤＮＡ標準とヒト特異的プローブとのハイブリダイゼーション量と比較することにより測定する。増幅反応に多数の鋳型ＤＮＡを使用すると、真の対立遺伝子を示さない余計なバンドとして現れる人工産物が生じる。
【００２９】
Ｅ．ＤＮＡの増幅
ヒトゲノムＤＮＡサンプルを単離し、その濃度の前記の様にして測定した後、標的の座位を、本発明の方法の多重増幅工程で同時増幅することができる。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（Saiki, R.K., et al. (1985) "Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia," Science 230: 1350-1354）、転写を基本とした増幅（Kwoh, D.Y., and Kwoh,T.J. (1990) "Target amplification systems in nucleic acid-based diagnostic approaches," American Biotechnology Laboratory, October, 1990）及び鎖置換増幅（ＳＤＡ）（Walker, G.T., et al. (1992) "Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme-DNA Polymerase system," Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 89: 392-396）を含む多数の異なる増幅方法のいずれかひとつを使用して座位を増幅することができるが、これらに限定されるものではない。好ましくは、ＤＮＡサンプルを、プライマー対及びセット中の各座位に特有の熱サイクル条件を使用したＰＣＲ増幅に付する。以下に示す実施例に使用したプライマー配列を詳述している、本明細書の最後の配列表について言及すると、幾つかの配列は、本発明の代替の態様である。
本発明の方法に使用する座位の最も好ましい組合せに対する最も好ましい増幅プロトコルの詳細を、以下に示す実施例に記載する。各多重系に関連する特定の手順の更なる詳細を、実施例で言及する。実施例において使用した座位特異的プライマーの配列は、ハイブリダイゼーションで使用する条件下において、増幅する座位の対立遺伝子とハイブリダイズするのに十分であり、その他の座位の対立遺伝子の増幅を本質的に免れている多数のヌクレオチドを含んでいる。米国特許第５，１９２，６５９号明細書（Simons）について言及すると、遺伝子特異的プライマーのより詳細な記載について参照することにより、その教示は本明細書に組み込まれる。
【００３０】
Ｆ．ＤＮＡ断片の分離及び検出
増幅した対立遺伝子のセットを、本発明の多重増幅工程から生成した後、増幅した対立遺伝子を評価する。本発明の方法の評価工程は、多数の異なる手段のいずれかひとつにより達成することができる。最も好ましい方法を以下に記載する。
好ましくは、電気泳動を使用して、多重増幅反応産物を分離する。より好ましくは変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動である（Sambrook, J. et al. (1989) In Molecular CloningA Laboratory Manual, 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, pp. 13.45-13.57を参照のこと）。最も好ましいゲル調製及び電気泳動手順並びに本発明の方法の評価工程に使用する条件を実施例１に記載する。変性ポリアクリルアミドゲル中におけるＤＮＡ断片の分離は、断片の大きさを基礎にして起こる。
増幅した対立遺伝子をポリアクリルアミドゲル中で分離した後、ゲル中の対立遺伝子及びその他のあらゆるＤＮＡ（例えば、ＤＮＡマーカー又はアレリックラダー）を可視化し、分析することができる。ゲル中のＤＮＡの可視化は、銀染色、又は放射性同位体、蛍光物質、化学発光物質及び検出することができる基質と組合せた酵素などの報知物質（reporter）を含む多数の従来技術のいずれかひとつを使用して達成することができる。銀染色は、ゲル中の対立遺伝子を可視化する好ましい方法である（Bassam, B.J., et al. (1991) "Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels," Anal. Biochem. 196: 80-83を参照のこと）。より好ましい方法は、多重反応における各座位用に放射性標識（Hammond et al., (1994)を参照のこと）又は蛍光標識（Schumm et al., (1994)を参照のこと）したプライマーを使用し、それぞれオートラジオグラム又は蛍光定量的検出器を使用して標識した生成物を検出することである。対立遺伝子を可視化する先行技術の方法について記載している前記３つの文献は、参照することにより本明細書に組み込まれる。
ＤＮＡサンプル中に存在する対立遺伝子は、好ましくは、サンプル中の各座位に存在する対立遺伝子を測定するためのサイズ標準、例えばＤＮＡマーカー又は座位特異的アレリックラダーと比較することにより測定する。２以上の多型性ＳＴＲ座位を含む多重増幅評価用の最も好ましいサイズ標準は、評価する各座位についてのアレリックラダーの組合せから構成される。例えば、Schummら（supra,p. 178）のアレリックラダー及びラダー構築方法の記載を参照のこと。
各座位用の蛍光標識したプライマーを使用して生成した、２以上の多型性ＳＴＲ座位を含む多重増幅評価用の好ましいサイズ標準は、評価する座位についての蛍光標識したアレリックラダーの組合せから構成される。
個々の座位用のアレリックラダーの構築に続いて、アレリックラダーを混合し、増幅したサンプルのローディングと同時に、ロードしてもよい。各アレリックラダーは、対応の座位に由来するサンプル中の対立遺伝子と同等に移動（co-migrate）する。
データの永久記録は、オートマチック・プロセッサー・コンパチブル（Automatic Processor Compatible）（ＡＰＣ）フィルム（ＳＴＲシステムズマニュアル＃ＴＭＤ００４、プロメガ・コーポレーション（Promega Corporation）、マディソン、ウィスコンシンから入手可能）又は蛍光検出装置（ＳＴＲシステムズマニュアル＃ＴＭＤ００６、プロメガ・コーポレーション、マディソン、ウィスコンシンから入手可能）を使用して生成することができる。
【００３１】
Ｇ．好ましい検出技術：蛍光検出
本発明の方法の最も好ましい態様のひとつにおいては、蛍光検出を使用して、多重増幅反応により生成した混合物中の増幅した対立遺伝子を評価する。以下に記載するのは、検出方法が好ましくはどのように行われるかを要約したものである。
自動蛍光イメージングの出現により、多重増幅産物の迅速な検出及び分析を達成することが可能になった。蛍光分析については、１つのフルオレセイン標識化プライマーを、各座位の増幅に含ませることができる。蛍光標識プライマーの２つの好ましい種類、すなわちフルオレセイン標識化（ＦＬ−）プライマー及びテトラメチルローダミン標識化（ＴＭＲ−）プライマーの使用についての記載は、以下に示す実施例に含まれる。標識プライマーを使用しての、生成した増幅した断片の分離は、銀染色検出方法とまったく同様の様式で達成する。ゲルをスキャンし、非常に短時間、例えば３〜２０分間でデータをデジタル化する、フルオロイメージャー分析器（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニアより入手可能）又はＦＭＢＩＯ（登録商標）（ヒタチ・コーポレーション（Hitachi Corporation）、サンブルーノ、カリフォルニアより入手可能）を使用して、得られたゲルを分析することができる。
要約すれば、本発明の方法は、評価工程において蛍光検出を使用することにより最も好ましく実施される。好ましい検出方法においては、多重増幅反応に使用するプライマーの各対の１つが、プライマーに結合する蛍光標識を有している。その結果、増幅反応より生成した増幅した対立遺伝子は、蛍光標識されている。本発明の最も好ましい態様においては、増幅した対立遺伝子を、ポリアクリルアミドゲル中で分離し、次いで分離した対立遺伝子を可視化し、蛍光イメージ分析器を使用して分析する。
蛍光検出は、放射性標識法及び検出法よりも好ましい。なぜなら、放射性物質の使用及びそれに伴う規制面及び安全面の問題が要求されないからである。
蛍光検出は、非放射性検出方法、例えば銀染色よりも好ましい。なぜなら、蛍光検出方法は、染色よりも少数のゲル人工産物（gel artifact）を示すからである。少数のゲル人工産物の原因は、おそらく、結合した標識を有する増幅したＤＮＡ断片のみが蛍光検出において検出されるが、一方、銀染色検出方法では、多重増幅反応より生成した増幅したあらゆるＤＮＡ断片が染色され、検出されるという事実にその大部分が帰する。銀染色を用いて染色したポリアクリルアミドゲルは、銀染色のゲル自身への非特異的結合により、一般的にかなり高いバックグラウンドを有し、その結果、ゲル内で検出することができる個々のＤＮＡバンドに対する感度が低下する。銀染色及び蛍光検出法を、以下に示す２つの実施例において比較する。
【００３２】
Ｈ．キット
本発明は、前記の方法を利用するキットにも向けられる。基本的なキットは、各座位用の１以上の座位特異的プライマーを有する容器を含んでいる。使用説明書を含んでいてもよい。
その他の任意のキット成分は、特定の座位のそれぞれに向けられたアレリックラダー、十分量の増幅用酵素、増幅を促進するための増幅緩衝液、ゲル電気泳動用の増幅物質調製用ローディング溶液（loading solution）、鋳型コントロール（template control）としてのヒトゲノムＤＮＡ、物質のゲル中での予想される移動を保証するサイズ標準並びに使用者を教育し、使用中の誤りを制限するためのプロトコル及びマニュアルを含んでいてもよい。キット中の種々の試薬の量は、多数の因子、例えば方法の最適の感度等に依存して変化させることができる。手動適用における使用のためのテストキット又は自動検出器若しくは分析器を用いての使用のためのテストキットを提供することは、本発明の範囲に含まれる。
【実施例】
【００３３】
実施例
以下に示す実施例は、本発明の利点を説明し、当業者が本発明を製造及び実施することを補助するために提供される。実施例は、どんなことがあっても、開示又は特許権による保護の範囲を制限することを意図していない。
ゲノムＤＮＡ単離及び定量化は、文献（Puers, C., et al. (1993) "Identification of repeat sequence heterogeneity at the polymorphic short tandem repeat locus HUMTH01 [AATG]n and reassignment of alleles in population analysis by using a locus-specific allelic ladder," Am. J. Hum. Genet. 53: 953-958）に記載されているものと本質的に同様にして行った。これらの方法は当業者に既知であり、好ましいものであるが、本発明の適用に対して要求されるものではない。
増幅産物は、０．４ｍｍ厚の４％変性ポリアクリルアミドゲル（アクリルアミド：ビス−アクリルアミド＝１９：１）を用いた電気泳動により分離した。前記ゲルは７Ｍ尿素（Sambrook et al., (1989)）を含んでおり、銀染色分析に関する場合はガラスプレートに化学的に架橋していた（Kobayashi, Y. (1988) "A method to cast thin sequencing gels," BRL Focus 10: 73-74）。蛍光分析に関する場合は架橋を使用しなかった。ＤＮＡサンプルを、ローディング溶液２．５μｌ（１０ｍＭ  ＮａＯＨ、９５％ホルムアミド、０．０５％ブロモフェノールブルー、０．０５％キシレンシアノール）とを混合し、９５℃で２分間変性し、ローディング前に氷中で冷却した。
ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離した後、増幅した反応産物及びＤＮＡサイズ標準コントロールを、銀染色、蛍光検出、放射性検出又は前記方法の組合せを使用して検出した。ある実施例においては、ゲル中の反応産物及びサイズ標準を、先行技術に記載されている標準的染色方法及び検出方法を使用した銀染色により検出した（Bassam et al., (1991)を参照のこと）。染色したゲルの永久イメージは、オートマチック・プロセッサー・コンパチブルフィルム（ＡＰＣフィルム、プロメガ・コーポレーション、カタログ番号ＤＱ４４１１）に暴露することにより得た。その他の実施例においては、検出を、先行技術（Schumm et al., (1994)）に記載された方法を使用した蛍光スキャンにより行った。
【００３４】
以下に示す実施例は、本発明の方法の使用例であり、ある場合においては、本発明のプライマーの１種以上を使用して、１以上のＤＮＡサンプルに由来する少なくとも３つのＳＴＲ座位に存在する対立遺伝子を同時に測定した例である。表１及び２は、以下に示す各実施例に記載した多重増幅反応において、どの座位のセットが同時増幅したかを要約したものである。２つの表とも、各多重反応における各座位の増幅にどのプライマー対を使用したかということも示している。表１は、本明細書に記載した多重反応に由来する増幅した対立遺伝子を蛍光スキャンニングを使用して検出した実施例のすべてを列挙している。一方、表２は、銀染色を使用して、増幅した対立遺伝子を検出した実施例を列挙している。
表１に列挙した各プライマー対の１つのプライマーは、多重増幅反応における使用の前に、蛍光標識した。ある場合においては、異なる標識を使用して、異なる座位に対するプライマーを標識し、以下に示す実施例において使用する蛍光スキャナーを使用してスキャンしたときに、異なるプライマーを使用して生成した対立遺伝子が互いに区別できるようになるようにした。以下に示す実施例においては、２つの異なる蛍光標識を使用した。表１において、「ＦＬ」はフルオレセイン標識化を示し、「ＴＭＲ」はテトラメチルローダミン標識化を示している。更に表１は、各実施例において、多重増幅反応に使用した各プライマー対うちのどのプライマーが、標識されているか（例えば、「ＦＬ−２」は、多重増幅反応に使用する前に、フルオレセインを用いて５’末端を標識した配列番号２のプライマーを意味する）を示している。
【００３５】
同一の「ＦＬ」及び「ＴＭＲ」という略語を以下の実施例において使用する。しかしながら、標識の略語は、本明細書に記載した増幅反応に使用した標識プライマーの配列番号の直前に置かれる（例えば、「ＦＬ−２」の代わりに、「ＦＬ−配列番号２」）。
以下に示す４組の実施例（実施例２及び３、４及び５、７及び８並びに１９及び２３）においては、同一のプライマーのセット及び分析する各ＳＴＲ座位用の各プライマー対の１つに共有結合により結合した同一の蛍光標識を使用して、同一の座位のセットを分析した。しかしながら、各実施例においては、異なるプライマーのセットを標識した。これらの実施例の組は、
本発明の方法の多重増幅反応に使用する前に、プライマー対のどのプライマーを標識したかを問わず、同様の低いバックグラウンド及び同一の対立遺伝子測定結果が、検出方法として蛍光標識を使用した同一のプライマー対から得ることができることを示すために、本明細書に含まれる。
【００３６】
表１
2004313199.tif 000002
2004313199.tif 000003
2004313199.tif 000004
【００３７】
幾つかのケースにおいては、同一の座位のセット及び同一のプライマー対が、表１及び表２に現れていることに注意すべきである。このような場合、同一の対立遺伝子のセットを、それぞれ蛍光染色及び銀染色を使用して分析した。セットが重複する２つのケースは、実施例２４及び３３並びに実施例２５及び３０である。これらの実施例は、いずれの方法を用いても同一の結果が得られたことを明確に示している。
【００３８】
表２
2004313199.tif 000005
【００３９】
実施例１
座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー（Perkin Elmer）、フォスターシティ、カリフォルニア）を、以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．２５μＭのＤ３Ｓ１５３９プライマー１（配列番号７）及び２（ＦＬ−配列番号８）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２１９μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４０】
実施例２
座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．２５μＭのＤ１７Ｓ１２９８プライマー１（配列番号９）及び２（ＦＬ−配列番号１０）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２１９μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４１】
実施例３
座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８を、配列番号９をＦＬ−配列番号9で置換して、かつＦＬ−配列番号１０を配列番号１０で置換したことを除いて実施例２と同様にして増幅した。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図３は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８ついて同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４２】
実施例４
座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．２５μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号１１）及び２（ＦＬ−配列番号１２）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２１９μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図４は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４３】
実施例５
座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８を、配列番号１１をＦＬ−配列番号１１で置換して、かつＦＬ−配列番号１２を配列番号１２で置換したことを除いて実施例４と同様にして増幅した。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図５は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４４】
実施例６
座位Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７０μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号１３）及び２（ＦＬ−配列番号１４）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図６は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４５】
実施例７
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（ＦＬ−配列番号１６）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図７は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４６】
実施例８
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８を、配列番号１５をＦＬ−配列番号１５で置換して、かつＦＬ−配列番号１６を配列番号１６で置換したことを除いて実施例７と同様にして増幅した。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図８は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４７】
実施例９
座位Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１４Ｓ１１８プライマー１（配列番号１７）及び２（ＦＬ−配列番号１８）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図９は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４８】
実施例１０
座位Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１４Ｓ５６２プライマー１（ＦＬ−配列番号１９）及び２（配列番号２０）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１０は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００４９】
実施例１１
座位Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１４Ｓ５４８プライマー１（配列番号２１）及び２（ＦＬ−配列番号２２）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１１は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５０】
実施例１２
座位Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１６Ｓ４９０プライマー１（ＦＬ−配列番号２３）及び２（配列番号２４）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１２は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５１】
実施例１３
座位Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１６Ｓ７５３プライマー１（配列番号２５）及び２（ＦＬ−配列番号２６）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１３は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５２】
実施例１４
座位Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ１７Ｓ１２９９プライマー１（配列番号２７）及び２（ＦＬ−配列番号２８）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで４５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１４は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５３】
実施例１５
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．６０μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．５０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１５は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５４】
実施例１６
座位Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５０μＭのＤ２２Ｓ６８３プライマー１（配列番号３１）及び２（ＦＬ−配列番号３２）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．３７５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１６は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８とともに同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５５】
実施例１７
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ及びＨＵＭＴＰＯＸの多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ及びＨＵＭＴＰＯＸにおいて、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０６Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１２種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．６５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．３２５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．２２μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．５５μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．４０μＭのＨＵＭＣＳＦ１ＰＯプライマー（ＴＭＲ−配列番号３３）及び２（配列番号３４）、各０．４０μＭのＨＵＭＴＰＯＸプライマー１（配列番号３５）及び２（ＴＭＲ−配列番号３６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１７は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜４は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）及びＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５６】
実施例１８
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ及びＨＵＭＴＨ０１の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ及びＨＵＭＴＨ０１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０７Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１４種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．３０μＭのＨＵＭＣＳＦ１ＰＯプライマー（ＴＭＲ−配列番号３３）及び２（配列番号３４）、各０．４０μＭのＨＵＭＴＰＯＸプライマー１（配列番号３５）及び２（ＴＭＲ−配列番号３５）、各０．４０μＭのＨＵＭＴＨ０１プライマー１（配列番号３７）及び２（ＴＭＲ−配列番号３８）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１８は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）及びＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）とともに同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５７】
実施例１９
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１及びＨＵＭｖＷＦＡ３１の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１及びＨＵＭｖＷＦＡ３１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０８Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．３０μＭのＨＵＭＣＳＦ１ＰＯプライマー（ＴＭＲ−配列番号３３）及び２（配列番号３４）、各０．４０μＭのＨＵＭＴＰＯＸプライマー１（配列番号３５）及び２（ＴＭＲ−配列番号３６）、各０．４０μＭのＨＵＭＴＨ０１プライマー１（配列番号３７）及び２（ＴＭＲ−配列番号３８）、各０．４０μＭのＨＵＭｖＷＦＡ３１プライマー１（配列番号３９）及び２（ＴＭＲ−配列番号４０）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図１９は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）、ＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５８】
実施例２０
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ１及びＨＵＭＦＥＳＦＰＳの多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１及びＨＵＭＦＥＳＦＰＳにおいて、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０６Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１２種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．１０μＭのＨＵＭＦ１３Ａ０１プライマー１（ＴＭＲ−配列番号４１）及び２（配列番号４２）、各１．０μＭのＨＵＭＦＥＳＦＰＳプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４３）及び２（配列番号４４）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２０は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）及びＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００５９】
実施例２１
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ及びＨＵＭＢＦＸＩＩＩの多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ及びＨＵＭＢＦＸＩＩＩにおいて、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０７Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１４種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．１０μＭのＨＵＭＦ１３Ａ０１プライマー（ＴＭＲ−配列番号４１）及び２（配列番号４２）、各１．０μＭのＨＵＭＦＥＳＦＰＳプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４３）及び２（配列番号４４）、各０．５０μＭのＨＵＭＢＦＸＩＩＩプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４５）及び２（配列番号４６）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２１は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）及びＨＵＭＢＦＸＩＩＩ（「Ｆ１３Ｂ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６０】
実施例２２
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ及びＨＵＭＬＩＰＯＬの多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ及びＨＵＭＬＩＰＯＬにおいて、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０８Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＦＬ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＦＬ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＦＬ−配列番号６）、各０．１０μＭのＨＵＭＦ１３Ａ０１プライマー１（ＴＭＲ−配列番号４１）及び２（配列番号４２）、各１．０μＭのＨＵＭＦＥＳＦＰＳプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４３）及び２（配列番号４４）、各０．５０μＭのＨＵＭＢＦＸＩＩＩプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４５）及び２（配列番号４６）、各０．２０μＭのＨＵＭＬＩＰＯＬプライマー１（ＴＭＲ−配列番号４７）及び２（配列番号４８）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２２は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ（「Ｆ１３Ｂ」）及びＨＵＭＬＩＰＯＬ（「ＬＰＬ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６１】
実施例２３
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１及びＨＵＭｖＷＦＡ３１の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ、ＨＵＭＴＰＯＸ、ＨＵＭＴＨ０１及びＨＵＭｖＷＦＡ３１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０８Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
１６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（ＴＭＲ−配列番号３０）、各々０．４０μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（ＴＭＲ−配列番号２）、各々０．３０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＴＭＲ−配列番号４）、各々０．６０μＭのＤ５Ｓ８１８プライマー１（配列番号５）及び２（ＴＭＲ−配列番号６）、各０．４０μＭのＨＵＭＣＳＦ１ＰＯプライマー１（ＦＬ−配列番号３３）及び２（配列番号３４）、各０．５０μＭのＨＵＭＴＰＯＸプライマー１（配列番号３５）及び２（ＦＬ−配列番号３６）、各０．２０μＭのＨＵＭＴＨ０１プライマー１（配列番号３７）及び２（ＦＬ−配列番号３８）、各０．５５μＭのＨＵＭｖＷＦＡ３１プライマー１（配列番号３９）及び２（ＦＬ−配列番号４０）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでＦＭＢＩＯフルオロイメージャー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２３は、同一のゲルを５０５ｎｍ及び６２５ｎｍでスキャン（それぞれ、蛍光標識物質及びテトラメチルローダミン標識物質を明らかにする）したときの、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜３は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）、ＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６２】
実施例２４
座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．７５μＭのＤ３Ｓ１５３９プライマー１（配列番号７）及び２（ＦＬ−配列番号４９）、各々０．７５μＭのＤ１９Ｓ２５３プライマー１（ＦＬ−配列番号５０）及び２（配列番号５１）、各々０．５０μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（ＦＬ−配列番号４）、各々０．５０μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（ＦＬ−配列番号５３）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２４は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６３】
実施例２５
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の蛍光検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．３０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（ＦＬ−配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々０．４０μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号５５）及び２（ＦＬ−配列番号１４）、各々０．５０μＭのＤ４Ｓ２３６８プライマー１（配列番号５６）及び２（ＦＬ−配列番号５７）、各々０．５０μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（ＦＬ−配列番号５３）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでフルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を使用した蛍光シグナル検出により可視化した。
図２５は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６４】
実施例２６
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０及びＤ１３Ｓ３１７の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０及びＤ１３Ｓ３１７において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５〜２５ｎｇの鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（配列番号５８）、各々０．５μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（配列番号２）、各々０．５μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（配列番号４）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図２６は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜４は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０及びＤ１３Ｓ３１７について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン５は、ＤＮＡテンプレートなしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００６５】
実施例２７
座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＨＵＭｖＷＦＡ３１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＨＵＭｖＷＦＡ３１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；続いて６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．３μＭのＤ１６Ｓ５３９プライマー１（配列番号２９）及び２（配列番号３０）、各々０．３μＭのＤ７Ｓ８２０プライマー１（配列番号１）及び２（配列番号２）、各々０．５μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（配列番号４）、各０．５μＭのＨＵＭｖＷＦＡ３１プライマー１（配列番号５９）及び２（配列番号６０）。
増幅した産物を、３２ｃｍゲル中、４０Ｗで５０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図２７は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜３は、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６６】
実施例２８
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ１３Ｓ３１７の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ１３Ｓ３１７において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々０．３μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号５５）及び２（配列番号６１）、各々０．５μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（配列番号４）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図２８は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜３は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ１３Ｓ３１７について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６７】
実施例２９
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ４Ｓ２３６８の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ４Ｓ２３６８において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、ｎｇ数が未確定の鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回、６０℃で３０分間のサイクルを１回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々０．３μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号５５）及び２（配列番号６１）、各々０．１５μＭのＤ４Ｓ２３６８プライマー１（配列番号５６）及び２（配列番号５７）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６０分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図２９は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜６は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ４Ｓ２３６８とともに同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６８】
実施例３０
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、ｎｇ数が未確定の鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々４．０μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号５５）及び２（配列番号１４）、各々０．２μＭのＤ４Ｓ２３６８プライマー１（配列番号５６）及び２（配列番号５７）、各々０．２μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（配列番号５３）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６７分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３０は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜４は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１とともに同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。
【００６９】
実施例３１
座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３及びＤ１３Ｓ３１７の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３及びＤ１３Ｓ３１７において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５．０ｎｇの鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ３Ｓ１５３９プライマー１（配列番号７）及び２（配列番号４９）、各々１．０μＭのＤ１９Ｓ２５３プライマー１（配列番号５０）及び２（配列番号５１）、各々０．５μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（配列番号４）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３１は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜４は、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３及びＤ１３Ｓ３１７について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン５は、ＤＮＡ鋳型なしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００７０】
実施例３２
座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、５ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ３Ｓ１５３９プライマー１（配列番号７）及び２（配列番号４９）、各々０．５μＭのＤ１９Ｓ２５３プライマー１（配列番号５０）及び２（配列番号５１）、各々０．１μＭのＤ４Ｓ２３６８プライマー１（配列番号５６）及び２（配列番号５７）、各々０．１μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（配列番号５３）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６５分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３２は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜４は、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン５は、ＤＮＡ鋳型なしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００７１】
実施例３３
座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、０．５〜２５０ｎｇの鋳型及び０．０４Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；６０℃で３０分間のサイクルを１回。
８種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々０．５μＭのＤ３Ｓ１５３９プライマー１（配列番号７）及び２（配列番号４９）、各々０．５μＭのＤ１９Ｓ２５３プライマー１（配列番号５０）及び２（配列番号５１）、各々０．５μＭのＤ１３Ｓ３１７プライマー１（配列番号３）及び２（配列番号４）、各々０．２μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（配列番号５３）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６８分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３３は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３及びＤ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン６は、ＤＮＡ鋳型なしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００７２】
実施例３４
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、０．５〜２５０ｎｇの鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；６０℃で３０分間のサイクルを１回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々４．０μＭのＤ９Ｓ９３０プライマー１（配列番号５５）及び２（配列番号１４）、各々０．２μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（配列番号５３）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６８分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３４は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン６は、ＤＮＡ鋳型なしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００７３】
実施例３５
座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の多重増幅の銀検出
本実施例においては、ＤＮＡ鋳型を、１つの反応容器中、個々の座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１において、同時に増幅した。ＰＣＲ増幅を、２５μｌの１×ＳＴＲ緩衝液（５０ｍＭ  ＫＣｌ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（２５℃でｐＨ９．０）、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2及び各２００μＭのｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ）中、０．５〜２５０ｎｇの鋳型及び０．０３Ｕ  ＴａｑＤＮＡポリメラーゼ／μｌを使用して行った。サーマルサイクラー４８０（パーキンエルマー、フォスターシティ、カリフォルニア）を以下に示す増幅プロトコルを用いて使用した。９６℃で２分間；９４℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを１０回；９０℃で１分間、６０℃で１分間及び７０℃で１．５分間のサイクルを２０回；６０℃で３０分間のサイクルを１回。
６種の増幅プライマーを、以下に示すように組合せて使用した。各々１．０μＭのＤ１０Ｓ１２３９プライマー１（配列番号１５）及び２（配列番号５４）、各々０．２μＭのＤ４Ｓ２３６８プライマー１（配列番号５６）及び２（配列番号５７）、各々０．２μＭのＤ２０Ｓ４８１プライマー１（配列番号５２）及び２（配列番号５３）。
増幅した産物を、４０ｃｍゲル中、６０Ｗで６８分間、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し、次いでBassamら（1991）のプロトコルにしたがう銀染色分析により可視化した。
図３５は、各座位の増幅した断片を示している。レーン１〜５は、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１について同時増幅したＤＮＡサンプルを含んでいる。レーン６は、ＤＮＡ鋳型なしに同一の手順に付したサンプル、すなわち負の対照を示している。
【００７４】
配列表
(2)  配列番号１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(ii)    配列の種類：  ヒトゲノムＤＮＡ
(iii)   ハイポセティカル配列：  no
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置： D7S820
(xi)    配列：配列番号１
GAACACTTGT CATAGTTTAG AACG            24
(2)  配列番号２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D7S820
(xi)    配列：配列番号２
CTGAGGTATC AAAAACTCAG AGG             23
(2)  配列番号３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D13S317
(xi)    配列：配列番号３
ACAGAAGTCT GGGATGTGGA                 20
(2)  配列番号４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D13S317
(xi)    配列：配列番号４
GCCCAAAAAG ACAGACAGAA                 20
(2)  配列番号５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D5S818
(xi)    配列：配列番号５
GGGTGATTTT CCTCTTTGGT                 20
(2)  配列番号６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D5S818
(xi)    配列：配列番号６
TGATTCCAAT CATAGCCACA                 20
(2)  配列番号７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  26
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D3S1539
(xi)    配列：配列番号７
TCTCTTTCCA TTACTCTCTC CATAGC          26
(2)  配列番号８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  22
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D3S1539
(xi)    配列：配列番号８
AGTGCTGTTT TAGCTTCCAG GA              22
(2)  配列番号９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D17S1298
(xi)    配列：配列番号９
GTAGGTCTTT TGGTTGCCAG TATG            24
(2)  配列番号１０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D17S1298
(xi)    配列：配列番号１０
TGTCAGTAAA CCTGTGACCT GAGT            24
(2)  配列番号１１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  26
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D20S481
(xi)    配列：配列番号１１
AATGGTGAGA AATGGGTTAT GAGTGC          26
(2)  配列番号１２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  25
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D20S481
(xi)    配列：配列番号１２
TTTCCGGCTT TGTGTCATAA AACAG           25
(2)  配列番号１３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D9S930
(xi)    配列：配列番号１３
TGGACAACAG AGTGAGATGC                 20
(2)  配列番号１４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D9S930
(xi)    配列：配列番号１４
GCTATGGGAA TTACAAGCAG GAA             23
(2)  配列番号１５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  26
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D10S1239
(xi)    配列：配列番号１５
CTTTGAAATG GACCCCTAGC TAATGT          26
(2)  配列番号１６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  21
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D10S1239
(xi)    配列：配列番号１６
CACCCTGTCC CCAGCTATCT G               21
(2)  配列番号１７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  19
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S118
(xi)    配列：配列番号１７
CAGCTTGGGC AACATAGGG                  19
(2)  配列番号１８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S118
(xi)    配列：配列番号１８
CAAACTCCTG AGGTCAAACA ATCC            24
(2)  配列番号１９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  21
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S562
(xi)    配列：配列番号１９
CTTGGAGGGT GGGGTGGCTA A               21
(2)  配列番号２０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S562
(xi)    配列：配列番号２０
CGAAATTTTG TTGCCTTGCT CTGG            24
(2)  配列番号２１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  21
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S548
(xi)    配列：配列番号２１
CCTGGGCAAC AGAGTGAGAC T               21
(2)  配列番号２２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D14S548
(xi)    配列：配列番号２２
ACCCAGCTTT AACAGTTTGT GCTT            24
(2)  配列番号２３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S490
(xi)    配列：配列番号２３
GGGCGGACAC AGAATGTAAA ATC             23
(2)  配列番号２４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S490
(xi)    配列：配列番号２４
AAACCCAAAT AGATGACAGG CACA            24
(2)  配列番号２５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S753
(xi)    配列：配列番号２５
GCACTCCAGG CTGAATGACA GAAC            24
(2)  配列番号２６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S753
(xi)    配列：配列番号２６
GCAGTGCCGC CTATTTTTGT GAAT            24
(2)  配列番号２７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D17S1299
(xi)    配列：配列番号２７
ACCCTGATGA GATAGCACTT GAGC            24
(2)  配列番号２８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D17S1299
(xi)    配列：配列番号２８
CACTGTGTGG AGGTGTAGCA GAGA            24
(2)  配列番号２９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S539
(xi)    配列：配列番号２９
GGGGGTCTAA GAGCTTGTAA AAAG            24
(2)  配列番号３０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  26
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S539
(xi)    配列：配列番号３０
TGTGCATCTG TAAGCATGTA TCTATC          26
(2)  配列番号３１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D22S683
(xi)    配列：配列番号３１
CGAAGGTTGC ATTGAGCCAA GAT             23
(2)  配列番号３２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D22S683
(xi)    配列：配列番号３２
TGGTGGAAAT GCCTCATGTA GAAA            24
(2)  配列番号３３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMCSF1PO
(xi)    配列：配列番号３３
AACCTGAGTC TGCCAAGGAC TAGC            24
(2)  配列番号３４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMCSF1PO
(xi)    配列：配列番号３４
TTCCACACAC CACTGGCCAT CTTC            24
(2)  配列番号３５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMTPOX
(xi)    配列：配列番号３５
ACTGGCACAG AACAGGCACT TAGG            24
(2)  配列番号３６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMTPOX
(xi)    配列：配列番号３６
GGAGGAACTG GGAACCACAC AGGT            24
(2)  配列番号３７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMTHO1
(xi)    配列：配列番号３７
ATTCAAAGGG TATCTGGGCT CTGG            24
(2)  配列番号３８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMTHO1
(xi)    配列：配列番号３８
GTGGGCTGAA AAGCTCCCGA TTAT            24
(2)  配列番号３９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  29
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMvWFA31
(xi)    配列：配列番号３９
GAAAGCCCTA GTGGATGATA AGAATAATC       29
(2)  配列番号４０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  30
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMvWFA31
(xi)    配列：配列番号４０
GGACAGATGA TAAATACATA GGATGGATGG      30
(2)  配列番号４１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMF13A01
(xi)    配列：配列番号４１
GAGGTTGCAC TCCAGCCTTT GCAA            24
(2)  配列番号４２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMF13A01
(xi)    配列：配列番号４２
TTCCTGAATC ATCCCAGAGC CACA            24
(2)  配列番号４３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMFESFPS
(xi)    配列：配列番号４３
GCTGTTAATT CATGTAGGGA AGG             23
(2)  配列番号４４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMFESFPS
(xi)    配列：配列番号４４
GTAGTCCCAG CTACTTGGCT ACTC            24
(2)  配列番号４５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMBFXIII
(xi)    配列：配列番号４５
TGAGGTGGTG TACTACCATA                 20
(2)  配列番号４６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMBFXIII
(xi)    配列：配列番号４６
GATCATGCCA TTGCACTCTA                 20
(2)  配列番号４７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMLIPOL
(xi)    配列：配列番号４７
CTGACCAAGG ATAGTGGGAT ATAG            24
(2)  配列番号４８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMLIPOL
(xi)    配列：配列番号４８
GGTAACTGAG CGAGACTGTG TCT             23
(2)  配列番号４９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  18
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D3S1539
(xi)    配列：配列番号４９
CCACCCTTTC AGCACCAG                   18
(2)  配列番号５０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  20
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D19S253
(xi)    配列：配列番号５０
ATAGACAGAC AGACGGACTG                 20
(2)  配列番号５１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  19
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D19S253
(xi)    配列：配列番号５１
GGGAGTGGAG ATTACCCCT                  19
(2)  配列番号５２に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  21
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D20S481
(xi)    配列：配列番号５２
AAAGCTCTCT GAAGCAGGTG T               21
(2)  配列番号５３に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D20S481
(xi)    配列：配列番号５３
CAGATTGCAC TAGAAAGAGA GGAA            24
(2)  配列番号５４に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  23
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D10S1239
(xi)    配列：配列番号５４
CACCCTGTCC CCAGCTATCT GGA             23
(2)  配列番号５５に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  27
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D9S930
(xi)    配列：配列番号５５
AGTTGAATCT TGAGTCTCTC AGAGTCA         27
(2)  配列番号５６に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D4S2368
(xi)    配列：配列番号５６
TGTACTCATT TTCCCGCAAT GATG            24
(2)  配列番号５７に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  24
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D4S2368
(xi)    配列：配列番号５７
TCAGAAAGTA GGGTCTGGGC TCTT            24
(2)  配列番号５８に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  28
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D16S539
(xi)    配列：配列番号５８
TGTGCATCTG TAAGCATGTA TCTATCAT        28
(2)  配列番号５９に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  32
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMvWFA31
(xi)    配列：配列番号５９
GAAAGCCCTA GTGGATGATA AGAATAATCA GT   32
(2)  配列番号６０に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  33
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  HUMvWFA31
(xi)    配列：配列番号６０
GGACAGATGA TAAATACATA GGATGGATGG ATA  33
(2)  配列番号６１に関する情報
(i)     配列の特徴：
(A)  配列の長さ：  25
(B)  配列の型：  核酸
(C)  鎖の数：  １本鎖
(D)  トポロジー：  直鎖状
(viii)  ゲノム内での位置：
(B)  染色体上の位置：  D9S930
(xi)    配列：配列番号６１
GCTATGGGAA TTACAAGCAG GAAAC           25
【図面の簡単な説明】
【００７５】
【図１】図１は、実施例１において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２】図２は、実施例２において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図３】図３は、実施例３において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１７Ｓ１２９８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｓ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図４】図４は、実施例４において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図５】図５は、実施例５において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ２０Ｓ４８１、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図６】図６は、実施例６において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図７】図７は、実施例７において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図８】図８は、実施例８において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図９】図９は、実施例９において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１４Ｓ１１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１０】図１０は、実施例１０において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１４Ｓ５６２、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１１】図１１は、実施例１１において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１４Ｓ５４８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１２】図１２は、実施例１２において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ４９０、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１３】図１３は、実施例１３において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ７５３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１４】図１４は、実施例１４において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１７Ｓ１２９９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１５】図１５は、実施例１５において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１６】図１６は、実施例１６において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ２２Ｓ６８３、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ５Ｓ８１８の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１７】図１７は、実施例１７において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング（Hitachi Software Engineering）、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）及びＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１８】図１８は、実施例１８において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）及びＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図１９】図１９は、実施例１９において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）、ＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２０】図２０は、実施例２０において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）及びＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２１】図２１は、実施例２１において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）及びＨＵＭＢＦＸＩＩＩ（「Ｆ１３Ｂ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２２】図２２は、実施例２２において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＦ１３Ａ０１（「Ｆ１３Ａ０１」）、ＨＵＭＦＥＳＦＰＳ（「ＦＥＳＦＰＳ」）、ＨＵＭＢＦＸＩＩＩ（「Ｆ１３Ｂ」）及びＨＵＭＬＩＰＯＬ（「ＬＰＬ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２３】図２３は、実施例２３において、ＦＭＢＩＯ（登録商標）蛍光スキャナー（登録商標）（ヒタチ・ソフトウェア・エンジニアリング、サンブルーノ、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ５Ｓ８１８、ＨＵＭＣＳＦ１ＰＯ（「ＣＳＦ１ＰＯ」）、ＨＵＭＴＰＯＸ（「ＴＰＯＸ」）、ＨＵＭＴＨ０１（「ＴＨ０１」）及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２４】図２４は、実施例２４において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２５】図２５は、実施例２５において、フルオロイメージャー（登録商標）蛍光スキャナー（モレキュラー・ダイナミックス、サニーヴェール、カリフォルニア）を用いて検出した、座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の蛍光検出結果を示すレーザープリンター像である。
【図２６】図２６は、実施例２６において、３つの座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０及びＤ１３Ｓ３１７の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図２７】図２７は、実施例２７において、４つの座位Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ１３Ｓ３１７及びＨＵＭｖＷＦＡ３１（「ｖＷＡ」）の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図２８】図２８は、実施例２８において、３つの座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ１３Ｓ３１７の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図２９】図２９は、実施例２９において、３つの座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ４Ｓ２３６８の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３０】図３０は、実施例３０において、４つの座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３１】図３１は、実施例３１において、３つの座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３及びＤ１３Ｓ３１７の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３２】図３２は、実施例３２において、４つの座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３３】図３３は、実施例３３において、４つの座位Ｄ３Ｓ１５３９、Ｄ１９Ｓ２５３、Ｄ１３Ｓ３１７及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３４】図３４は、実施例３４において、３つの座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ９Ｓ９３０及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図３５】図３５は、実施例３５において、３つの座位Ｄ１０Ｓ１２３９、Ｄ４Ｓ２３６８及びＤ２０Ｓ４８１の同時増幅産物の銀染色検出結果を示す写真である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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