(57)【要約】【課題】ユーザ（構造情報利用者）のタンパク質立体構造を把握するという要求と、サプライヤー（構造情報提供者）のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たし、かつ、タンパク質立体構造座標に関連したバイオインフォマティクス情報を産業に結びつけ安定的な流通を図るビジネスモデルを提供することのできる構造情報処理装置等を提供することを課題とする。【解決手段】タンパク質の構造データを取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成するので、タンパク質立体構造の概要を把握でき、かつ構造上の重要な部分（ループ構造をとる活性部位など）は失った構造である公開用構造データを作成することができる。【選択図】      図１
2004280276.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、
を備えたことを特徴とする構造情報処理装置。
【請求項２】
上記構造変化手段は、
上記構造変化手段により作成された構造変化後の構造データが、上記タンパク質の機能を失っているか否かを判定する機能判定手段、
をさらに備え、上記機能判定手段により機能を失ったと判定されるまで、構造変化させることを特徴とする請求項１に記載の構造情報処理装置。
【請求項３】
上記構造変化手段は、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する２次構造判定手段と、
上記タンパク質の上記構造データのエネルギー指標となる目的関数について、上記へリックス部分および上記シート部分は固定するように、一方上記ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、上記タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する目的関数調節手段と、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１または２に記載の構造情報処理装置。
【請求項４】
上記目的関数調節手段は、
上記目的関数（Ｕｐｏｓ）を以下の数式で計算し、
【数１】
2004280276.tif 000145
（ここで、Ｕｐｏｓはタンパク質の原子位置に関するエネルギーを指標とする目的関数、Ｋｐｏｓはタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数、Ｘｉは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉ＊は摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
加える摂動の大きさを以下の数式のように設定すること、
Ｘｉｐｏｓｔ＝Ｘｉｐｒｅ＋ΔＹｉ
（ここで、ΔＹｉはタンパク質のｉ残基目の座標に加える摂動（Å）、Ｘｉｐｒｅは摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
を特徴とする請求項３に記載の構造情報処理装置。
【請求項５】
上記目的関数調節手段は、
加える摂動に関する関数ΔＹｉを以下の数式で計算すること、
ΔＹｉ＝Ｐ×Ｔｉ
（ここで、Ｔｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの大きさ、ＰはΔＹｉのノルム（ベクトルの大きさ）を０より大きく５より小さい値にするよう調整しながら発生する乱数である。）
を特徴とする請求項４に記載の構造情報処理装置。
【請求項６】
上記目的関数調節手段は、
タンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）を以下の数式で計算すること、
Ｋｐｏｓ＝Ｍ×Ｓｉ
（ここで、Ｓｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの値を反映したパラメータでありＳｉはＴｉの値が大きいと小さくなる揺らぎに対応した定数、ＭはＫｐｏｓを０〜１までの値にする調整因子である。）
を特徴とする請求項４または５に記載の構造情報処理装置。
【請求項７】
上記構造変化手段は、
上記タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、上記結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させる結合物質座標変化手段、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１から６のいずれか一つに記載の構造情報処理装置。
【請求項８】
上記結合物質座標変化手段は、
上記結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、上記結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させること、
を特徴とする請求項７に記載の構造情報処理装置。
【請求項９】
上記構造変化手段は、
上記タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成する公開用構造データ作成手段、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１から８のいずれか一つに記載の構造情報処理装置。
【請求項１０】
上記タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納する契約情報格納手段と、
上記構造情報創作者と上記構造情報利用者との間で上記タンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、
上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段と、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１から９のいずれか一つに記載の構造情報処理装置。
【請求項１１】
タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、
上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、
を含むことを特徴とする構造情報処理方法。
【請求項１２】
上記構造変化ステップは、
上記構造変化ステップにより作成された構造変化後の構造データが、上記タンパク質の機能を失っているか否かを判定する機能判定ステップ、
をさらに含み、上記機能判定ステップにより機能を失ったと判定されるまで、構造変化させることを特徴とする請求項１１に記載の構造情報処理方法。
【請求項１３】
上記構造変化ステップは、
上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する２次構造判定ステップと、
上記タンパク質の上記構造データのエネルギー指標となる目的関数について、上記へリックス部分および上記シート部分は固定するように、一方上記ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、上記タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する目的関数調節ステップと、
をさらに含むことを特徴とする請求項１１または１２に記載の構造情報処理方法。
【請求項１４】
上記目的関数調節ステップは、
上記目的関数（Ｕｐｏｓ）を以下の数式で計算し、
【数２】
2004280276.tif 000146
（ここで、Ｕｐｏｓはタンパク質の原子位置に関するエネルギーを指標とする目的関数、Ｋｐｏｓはタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数、Ｘｉは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉ＊は摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
加える摂動の大きさを以下の数式のように設定すること、
Ｘｉｐｏｓｔ＝Ｘｉｐｒｅ＋ΔＹｉ
（ここで、ΔＹｉはタンパク質のｉ残基目の座標に加える摂動（Å）、Ｘｉｐｒｅは摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
を特徴とする請求項１３に記載の構造情報処理方法。
【請求項１５】
上記目的関数調節ステップは、
加える摂動に関する関数ΔＹｉを以下の数式で計算すること、
ΔＹｉ＝Ｐ×Ｔｉ
（ここで、Ｔｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの大きさ、ＰはΔＹｉのノルム（ベクトルの大きさ）を０より大きく５より小さい値にするよう調整しながら発生する乱数である。）
を特徴とする請求項１４に記載の構造情報処理方法。
【請求項１６】
上記目的関数調節ステップは、
タンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）を以下の数式で計算すること、
Ｋｐｏｓ＝Ｍ×Ｓｉ
（ここで、Ｓｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの値を反映したパラメータでありＳｉはＴｉの値が大きいと小さくなる揺らぎに対応した定数、ＭはＫｐｏｓを０〜１までの値にする調整因子である。）
を特徴とする請求項１４または１５に記載の構造情報処理方法。
【請求項１７】
上記構造変化ステップは、
上記タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、上記結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させる結合物質座標変化ステップ、
をさらに含むことを特徴とする請求項１１から１６のいずれか一つに記載の構造情報処理方法。
【請求項１８】
上記結合物質座標変化ステップは、
上記結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、上記結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させること、
を特徴とする請求項１７に記載の構造情報処理方法。
【請求項１９】
上記構造変化ステップは、
上記タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成する公開用構造データ作成ステップ、
をさらに含むことを特徴とする請求項１１から１８のいずれか一つに記載の構造情報処理方法。
【請求項２０】
上記タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納する契約情報格納ステップと、
上記構造情報創作者と上記構造情報利用者との間で上記タンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、
上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、
をさらに含むことを特徴とする請求項１１から１９のいずれか一つに記載の構造情報処理方法。
【請求項２１】
上記請求項１１から２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラム。
【請求項２２】
上記請求項１１から２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したことを特徴とするコンピュータ読取可能な記録媒体。
【請求項２３】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、
上記構造情報処理装置は、
タンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、
上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、
上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、
上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段と、
を備え、
上記構造情報利用者の情報端末装置は、
上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、
購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、
上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段と、
を備えたことを特徴とする構造情報受発注システム。
【請求項２４】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、
上記構造情報処理装置は、
上記構造情報利用者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得手段と、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、
上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、
上記構造情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、
上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段と、
を備え、
上記構造情報利用者の情報端末装置は、
上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段と、
上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、
購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、
上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段と、
を備えたことを特徴とする構造情報受発注システム。
【請求項２５】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、
上記構造情報処理装置は、
上記構造情報創作者の情報端末装置からタンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、
上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、
上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、
上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段と、
を備え、
上記構造情報創作者の情報端末装置は、
上記タンパク質の構造データを上記構造情報処理装置に対して送信する構造データ登録手段、
を備え、
上記構造情報利用者の情報端末装置は、
上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、
購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、
上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段と、
を備えたことを特徴とする構造情報受発注システム。
【請求項２６】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、
上記構造情報処理装置は、
上記構造情報創作者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得手段と、
上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、
上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、
上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、
上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段と、
を備え、
上記構造情報創作者の情報端末装置は、
上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段、
を備え、
上記構造情報利用者の情報端末装置は、
上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、
購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、
上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段と、
を備えたことを特徴とする構造情報受発注システム。
【請求項２７】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、
上記構造情報処理装置において、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップと、
を含むことを特徴とする構造情報受発注方法。
【請求項２８】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、任意の上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の上記アミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップと、
を含むことを特徴とする構造情報受発注方法。
【請求項２９】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、
上記構造情報創作者の情報端末装置において、上記タンパク質の構造データを上記構造情報処理装置に対して送信する構造データ登録ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造情報創作者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップと、
を含むことを特徴とする構造情報受発注方法。
【請求項３０】
タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、
上記構造情報創作者の情報端末装置において、任意のタンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造情報創作者の情報端末装置から上記タンパク質の上記アミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、
上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、
上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップと、
を含むことを特徴とする構造情報受発注方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法に関し、特に、ユーザ（構造情報利用者）のタンパク質立体構造を把握するという要求と、サプライヤー（構造情報提供者）のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たし、かつ、タンパク質立体構造座標に関連したバイオインフォマティクス情報を産業に結びつけ安定的な流通を図るビジネスモデルを提供することのできる構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
タンパク質の立体構造を解明する試みは構造生物学において構造決定の主力とされるＸ線結晶構造解析、ＮＭＲを適用して行われている。また、ゲノム解析から推定されるタンパク質の数は多く、すべてのタンパク質をＸ線結晶構造解析などの実験的手法により解明することは極めて困難であることから、計算機を用いて、目的とするタンパク質とアミノ酸配列の相同性の高い立体構造既知のタンパク質を探し出し、目的タンパク質の機能を予測することが行われている。
【０００３】
ここで、アミノ酸配列から立体構造を作成する方法として、ホモロジーモデリング法が広く知られている。これは、任意のアミノ酸配列（目的配列）が与えられたとき、目的配列と類似の配列を有するタンパク質（参照タンパク質）をＰＤＢのような立体構造データベースから検索し、目的配列と類似配列の間のアライメント（配列を並置したもの）を与えた後、アライメント情報を基に、参照タンパク質の３次元座標から目的配列上のアミノ酸ごとの３次元座標を作成する手法である。ホモロジーモデリング法としては、蛋白質自動モデリングシステム（例えば、ＦＡＭＳ：非特許文献１などを参照。）が知られており、精度の高いタンパク質立体構造を構築することが出来る。
【０００４】
【非特許文献１】
Ｋ．Ｏｇａｔａ  ａｎｄ  Ｈ．Ｕｍｅｙａｍａ，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｒａｐｈｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  １８，  ２５８−２７２，  ２０００
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、創作者がタンパク質構造データを流通させる場合には、データ自体が容易に複製できるため、データ自体を公開して流通させることができないというシステム構造上の基本的問題点を有していた。
以下、この問題点の内容について、一層具体的に説明する。
【０００６】
近年、ポストゲノム技術の進展に伴い、タンパク質の立体構造や機能の解明などを研究開発や創薬の基盤としようとする構造プロテオミクスの研究開発が世界的に発展しつつあり、タンパク質の三次元形状を原子座標により特定する「タンパク質立体構造データ」や、薬理活性を示す官能基の空間的位置を特定する「ファーマコフォアデータ」などを用いた情報処理（バイオインフォマティクス）技術が発展している。
【０００７】
ここで、多くのタンパク質は、種々のホルモンやペプチド、タンパク質、ＤＮＡ、金属、農薬、医薬品などの化合物等といった分子と相互作用することにより、生体内で機能を発揮する。多くのタンパク質で、相互作用の共通の性質は、タンパク質と相互作用する分子との相補性のある立体構造であり、各タンパク質の特異的な立体構造の特徴が相互作用の強さ、相互作用する分子の機能を決定しているので、タンパク質の立体構造は医薬、農薬の設計に大変重要な情報である。よって、タンパク質の立体構造座標といった情報は産業的価値が高く、有効に産業に結び付けていくシステム、ビジネスモデルが必要とされる。
【０００８】
すなわち、ユーザ（構造情報利用者）は、タンパク質立体構造を把握するという要求があり、サプライヤー（構造情報提供者）はタンパク質立体構造の重要な部分は保護する（公開しない）という要求があるため、双方の要求を満たしたビジネスモデルが必要である。
【０００９】
しかしながら、新規のタンパク質の構造データを創作した場合には、タンパク質立体構造データに関するビジネスとしては、データ自体を公開できずに秘匿したまま個別のライセンスによる流通が主流ではあり、タンパク質の立体構造座標といった情報を取り扱う場合は、特許や著作権等の知的財産としての保護が困難であるということもあり、ユーザ（構造情報利用者）、サプライヤー（構造情報提供者）双方の立場、要求を満たしたビジネス形態にはなっていない。
【００１０】
すなわち、ユーザ（構造情報利用者）に対してタンパク質立体構造を把握させるのに十分な情報を開示しつつ、サプライヤー（構造情報提供者）に対してタンパク質立体構造の重要な部分は保護する（公開しない）という要求を満たした、タンパク質の構造の公開および流通システムは存在していない。
【００１１】
特に、ランダムにタンパク質の構造を変化させた場合には、ユーザにとっても必要なタンパク質の立体構造を把握することができなくなる場合もあり、また、サプライヤーにとっても重要な構造部分がユーザに筒抜けになってしまう場合もあるであろう。
【００１２】
このように、従来のシステム等は数々の問題点を有しており、その結果、構造データの利用者および提供者のいずれにとっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いものであった。
【００１３】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、ユーザ（構造情報利用者）のタンパク質立体構造を把握するという要求と、サプライヤー（構造情報提供者）のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たし、かつ、タンパク質立体構造座標に関連したバイオインフォマティクス情報を産業に結びつけ安定的な流通を図るビジネスモデルを提供することのできる、構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法を提供することを目的としている。
【００１４】
すなわち、本発明者等は、構造情報利用者のタンパク質立体構造を把握するという要求と、構造情報提供者のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たし、かつ、タンパク質立体構造座標に関連したバイオインフォマテクスの情報を産業に結びつけるビジネスモデルについて検討をおこなった。現状ではタンパク質立体構造の特許による保護は困難であり、こうした状況ではデータ創作者によるデータ秘匿を誘発してしまう。一方、構造ゲノミクス領域の急速な進歩に伴い、膨大な数のタンパク質構造データが創出されつつある現状があり、こうした構造データは医薬品、農薬の開発に対して大変重要な情報であり、産業的な価値を有する。そこで、本発明であるビジネスモデルでは、構造データを用いた新規ビジネスの構築、タンパク質立体構造データの流通の促進、バイオインフォマテクス関連事業の研究開発の発展、データの創作者および利用者の両者に対して過度な負担を強いることない簡便な仕組みで、これらの構造データについて知的創造サイクルが効率的に回るシステム等を作ることを目的とする。
【００１５】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の構造情報処理装置は、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段とを備えたことを特徴とする。
【００１６】
この装置によれば、タンパク質の構造データを取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成するので、タンパク質立体構造の概要を把握でき、かつ構造上の重要な部分（ループ構造をとる活性部位など）は失った構造である公開用構造データを作成することができる。
【００１７】
すなわち、公開用構造データは、ユーザ（構造情報利用者）のタンパク質立体構造を把握するという要求と、サプライヤー（構造情報提供者）のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たすことができる。
【００１８】
これにより、この公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００１９】
また、請求項２に記載の構造情報処理装置は、請求項１に記載の構造情報処理装置において、上記構造変化手段は、上記構造変化手段により作成された構造変化後の構造データが、上記タンパク質の機能を失っているか否かを判定する機能判定手段をさらに備え、上記機能判定手段により機能を失ったと判定されるまで、構造変化させることを特徴とする。
【００２０】
これは構造変化手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、作成された構造変化後の構造データが、タンパク質の機能を失っているか否かを判定し、機能を失ったと判定されるまで構造変化させるので、公開用構造データについて確実に構造変化が機能を失う（例えば、重要な活性部位を失うなど）まで構造変化を行うことができるようになる。
【００２１】
また、請求項３に記載の構造情報処理装置は、請求項１または２に記載の構造情報処理装置において、上記構造変化手段は、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する２次構造判定手段と、上記タンパク質の上記構造データのエネルギー指標となる目的関数について、上記へリックス部分および上記シート部分は固定するように、一方上記ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、上記タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する目的関数調節手段とをさらに備えたことを特徴とする。
【００２２】
これは構造変化手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、取得した構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出し、タンパク質の構造データのエネルギー指標となる目的関数について、へリックス部分およびシート部分は固定するように、一方ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整するので、タンパク質の原子の位置のエネルギーの指標となる目的関数に摂動を加える際に、へリックス、シート部分は固定するように、ループ部分は変化しやすくするようなタンパク質の動的な性質を反映したパラメータとして、タンパク質の二次構造判定結果から得られる各アミノ酸残基のαへリックスやβシートの判定、もしくはタンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いた立体構造のゆらぎにくさを使用し、目的関数に取り込んで「公開用構造データ」の構築に使用することができる。
【００２３】
また、請求項４に記載の構造情報処理装置は、請求項３に記載の構造情報処理装置において、上記目的関数調節手段は、上記目的関数（Ｕｐｏｓ）を以下の数式で計算し、
【数３】
2004280276.tif 000003
（ここで、Ｕｐｏｓはタンパク質の原子位置に関するエネルギーを指標とする目的関数、Ｋｐｏｓはタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（例えば、０  ＜Ｋｐｏｓ  ＜  １である。）、Ｘｉは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉ＊は摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
加える摂動の大きさを以下の数式のように設定することを特徴とする。
Ｘｉｐｏｓｔ＝Ｘｉｐｒｅ＋ΔＹｉ
（ここで、ΔＹｉはタンパク質のｉ残基目の座標に加える摂動（Å）、Ｘｉｐｒｅは摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
【００２４】
これは目的関数調節手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、上記の計算式からなるタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）、およびタンパク質の位置からタンパク質の原子位置の微小の移動に対応する摂動の大きさ（ΔＹｉ）などを用いるので、目的関数の調節を摂動の大きさなどを適切に反映して行うことができる。
【００２５】
また、請求項５に記載の構造情報処理装置は、請求項４に記載の構造情報処理装置において、上記目的関数調節手段は、加える摂動に関する関数ΔＹｉを以下の数式で計算することを特徴とする。
ΔＹｉ＝Ｐ×Ｔｉ
（ここで、Ｔｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの大きさ、ＰはΔＹｉのノルム（ベクトルの大きさ）を０より大きく５より小さい値にするよう調整しながら発生する乱数である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
【００２６】
これは目的関数調節手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、以下の計算式からなるタンパク質の位置からタンパク質の原子位置の微小の移動に対応する摂動の大きさ（ΔＹｉ）に、タンパク質のゆらぎにあたるやわらかさを指標としたパラメータに依存した定数（Ｔｉ）を用いることにより、現実のタンパク構造により近いモデルを作成することができるようになる。
【００２７】
また、請求項６に記載の構造情報処理装置は、請求項４または５に記載の構造情報処理装置において、上記目的関数調節手段は、タンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）を以下の数式で計算することを特徴とする。
Ｋｐｏｓ＝Ｍ×Ｓｉ
（ここで、Ｓｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの値を反映したパラメータでありＳｉはＴｉの値が大きいと小さくなる揺らぎに対応した定数、ＭはＫｐｏｓを０〜１までの値にする調整因子である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
【００２８】
これは目的関数調節手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、この装置によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、以下の計算式からなるタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）に、タンパク質のゆらぎにあたるやわらかさを指標としたパラメータに依存した定数（Ｓｉ）を用いることにより、現実のタンパク構造により近いモデルを作成することができるようになる。
【００２９】
また、請求項７に記載の構造情報処理装置は、請求項１から６のいずれか一つに記載の構造情報処理装置において、上記構造変化手段は、上記タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、上記結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させる結合物質座標変化手段をさらに備えたことを特徴とする。
【００３０】
これは構造変化手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、この装置によれば、タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させるので、タンパク質座標に関しては、機能に重要な部分の構造を失った座標にするとともに、リガンドの立体構造座標を、リガンドに対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を構築することができる。
【００３１】
ここで、リガンドに加える摂動の計算式の一例を以下に示す。
Ｘｌｉｇｉｐｏｓｔ  ＝  Ｘｌｉｇｉｐｒｅ  ＋ΔＹｌｉｇｉ
ここで、ΔＹｌｉｇｉはリガンドのｉ原子の座標に加える摂動（Å）、Ｘｌｉｇｉｐｒｅは摂動を加える前のリガンドのｉ原子の座標、Ｘｌｉｇｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のリガンドのｉ原子の座標である。また、ΔＹｌｉｇｉ（ベクトルの大きさ）は、加える摂動で、座標の回転移動、平行移動、単結合の回転の操作に対して、リガンド座標が以下の範囲で座標変換されるように発生する乱数である。
【００３２】
また、請求項８に記載の構造情報処理装置は、請求項７に記載の構造情報処理装置において、上記結合物質座標変化手段は、上記結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、上記結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させることを特徴とする。
【００３３】
これは結合物質座標変化手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させるので、リガンドに対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を構築することができる。
【００３４】
また、請求項９に記載の構造情報処理装置は、請求項１から８のいずれか一つに記載の構造情報処理装置において、上記構造変化手段は、上記タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成する公開用構造データ作成手段をさらに備えたことを特徴とする。
【００３５】
これは構造変化手段の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成するので、タンパク質立体構造の概要を把握でき、かつ構造上の重要な部分（ループ構造をとる活性部位など）は失った構造である公開用構造データを作成することができる。
【００３６】
また、請求項１０に記載の構造情報処理装置は、請求項１から９のいずれか一つに記載の構造情報処理装置において、上記タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納する契約情報格納手段と、上記構造情報創作者と上記構造情報利用者との間で上記タンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段とをさらに備えたことを特徴とする。
【００３７】
この装置によれば、タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納し、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にするので、公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００３８】
また、本発明は構造情報処理方法に関するものであり、請求項１１に記載の構造情報処理方法は、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップとを含むことを特徴とする。
【００３９】
この方法によれば、タンパク質の構造データを取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成するので、タンパク質立体構造の概要を把握でき、かつ構造上の重要な部分（ループ構造をとる活性部位など）は失った構造である公開用構造データを作成することができる。
【００４０】
すなわち、公開用構造データは、ユーザ（構造情報利用者）のタンパク質立体構造を把握するという要求と、サプライヤー（構造情報提供者）のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たすことができる。
【００４１】
これにより、この公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００４２】
また、請求項１２に記載の構造情報処理方法は、請求項１１に記載の構造情報処理方法において、上記構造変化ステップは、上記構造変化ステップにより作成された構造変化後の構造データが、上記タンパク質の機能を失っているか否かを判定する機能判定ステップをさらに含み、上記機能判定ステップにより機能を失ったと判定されるまで、構造変化させることを特徴とする。
【００４３】
これは構造変化ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、作成された構造変化後の構造データが、タンパク質の機能を失っているか否かを判定し、機能を失ったと判定されるまで構造変化させるので、公開用構造データについて確実に構造変化が機能を失う（例えば、重要な活性部位を失うなど）まで構造変化を行うことができるようになる。
【００４４】
また、請求項１３に記載の構造情報処理方法は、請求項１１または１２に記載の構造情報処理方法において、上記構造変化ステップは、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する２次構造判定ステップと、上記タンパク質の上記構造データのエネルギー指標となる目的関数について、上記へリックス部分および上記シート部分は固定するように、一方上記ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、上記タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する目的関数調節ステップとをさらに含むことを特徴とする。
【００４５】
これは構造変化ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、取得した上記構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出し、タンパク質の構造データのエネルギー指標となる目的関数について、へリックス部分およびシート部分は固定するように、一方ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整するので、タンパク質の原子の位置のエネルギーの指標となる目的関数に摂動を加える際に、へリックス、シート部分は固定するように、ループ部分は変化しやすくするようなタンパク質の動的な性質を反映したパラメータとして、タンパク質の二次構造判定結果から得られる各アミノ酸残基のαへリックスやβシートの判定、もしくはタンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いた立体構造のゆらぎにくさを使用し、目的関数に取り込んで「公開用構造データ」の構築に使用することができる。
【００４６】
また、請求項１４に記載の構造情報処理方法は、請求項１３に記載の構造情報処理方法において、上記目的関数調節ステップは、上記目的関数（Ｕｐｏｓ）を以下の数式で計算し、
【数４】
2004280276.tif 000004
（ここで、Ｕｐｏｓはタンパク質の原子位置に関するエネルギーを指標とする目的関数、Ｋｐｏｓはタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（例えば、０  ＜Ｋｐｏｓ  ＜  １である。）、Ｘｉは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉ＊は摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
加える摂動の大きさを以下の数式のように設定することを特徴とする。
Ｘｉｐｏｓｔ＝Ｘｉｐｒｅ＋ΔＹｉ
（ここで、ΔＹｉはタンパク質のｉ残基目の座標に加える摂動（Å）、Ｘｉｐｒｅは摂動を加える前のタンパク質のｉ残基目の座標、Ｘｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のタンパク質のｉ残基目の座標である。）
【００４７】
これは目的関数調節ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、上記の計算式からなるタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）、およびタンパク質の位置からタンパク質の原子位置の微小の移動に対応する摂動の大きさ（ΔＹｉ）などを用いるので、目的関数の調節を摂動の大きさなどを適切に反映して行うことができる。
【００４８】
また、請求項１５に記載の構造情報処理方法は、請求項１４に記載の構造情報処理方法において、上記目的関数調節ステップは、加える摂動に関する関数ΔＹｉを以下の数式で計算することを特徴とする。
ΔＹｉ＝Ｐ×Ｔｉ
（ここで、Ｔｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの大きさ、ＰはΔＹｉのノルム（ベクトルの大きさ）を０より大きく５より小さい値にするよう調整しながら発生する乱数である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
【００４９】
これは目的関数調節ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、以下の計算式からなるタンパク質の位置からタンパク質の原子位置の微小の移動に対応する摂動の大きさ（ΔＹｉ）に、タンパク質のゆらぎにあたるやわらかさを指標としたパラメータに依存した定数（Ｔｉ）を用いることにより、現実のタンパク構造により近いモデルを作成することができるようになる。
【００５０】
また、請求項１６に記載の構造情報処理方法は、請求項１４または１５に記載の構造情報処理方法において、上記目的関数調節ステップは、タンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）を以下の数式で計算することを特徴とする。
Ｋｐｏｓ＝Ｍ×Ｓｉ
（ここで、Ｓｉは上記タンパク質のｉ番目残基の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎの値を反映したパラメータでありＳｉはＴｉの値が大きいと小さくなる揺らぎに対応した定数、ＭはＫｐｏｓを０〜１までの値にする調整因子である。上式に示した値は規定値を示すが、変更可能な値であり、本請求項の範囲を制限するものではない。）
【００５１】
これは目的関数調節ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、この方法によれば、タンパク質の原子の位置に拘束するエネルギー指標の目的関数（Ｕｐｏｓ）に対して、目的関数に摂動を加え、座標を変化させる際に、タンパク質の原子の位置をエネルギー的に安定な点をめざしてランダムに移動するためのモンテカルロ法に工夫を加えて修正し、以下の計算式からなるタンパク質の原子位置に関する関数の比例定数（Ｋｐｏｓ）に、タンパク質のゆらぎにあたるやわらかさを指標としたパラメータに依存した定数（Ｓｉ）を用いることにより、現実のタンパク構造により近いモデルを作成することができるようになる。
【００５２】
また、請求項１７に記載の構造情報処理方法は、請求項１１から１６のいずれか一つに記載の構造情報処理方法において、上記構造変化ステップは、上記タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、上記結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させる結合物質座標変化ステップをさらに含むことを特徴とする。
【００５３】
これは構造変化ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、この方法によれば、タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させるので、タンパク質座標に関しては、機能に重要な部分の構造を失った座標にするとともに、リガンドの立体構造座標を、リガンドに対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を構築することができる。
【００５４】
ここで、リガンドに加える摂動の計算式の一例を以下に示す。
Ｘｌｉｇｉｐｏｓｔ  ＝  Ｘｌｉｇｉｐｒｅ  ＋ΔＹｌｉｇｉ
ここで、ΔＹｌｉｇｉはリガンドのｉ原子の座標に加える摂動（Å）、Ｘｌｉｇｉｐｒｅは摂動を加える前のリガンドのｉ原子の座標、Ｘｌｉｇｉｐｏｓｔは摂動を加えた後のリガンドのｉ原子の座標である。また、ΔＹｌｉｇｉ（ベクトルの大きさ）は、加える摂動で、座標の回転移動、平行移動、単結合の回転の操作に対して、リガンド座標が以下の範囲で座標変換されるように発生する乱数である。
【００５５】
また、請求項１８に記載の構造情報処理方法は、請求項１７に記載の構造情報処理方法において、上記結合物質座標変化ステップは、上記結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、上記結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させることを特徴とする。
【００５６】
これは結合物質座標変化ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、上記結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させるので、リガンドに対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を構築することができる。
【００５７】
また、請求項１９に記載の構造情報処理方法は、請求項１１から１８のいずれか一つに記載の構造情報処理方法において、上記構造変化ステップは、上記タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成する公開用構造データ作成ステップをさらに含むことを特徴とする。
【００５８】
これは構造変化ステップの一例を一層具体的に示すものである。この方法によれば、タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、上記タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成するので、タンパク質立体構造の概要を把握でき、かつ構造上の重要な部分（ループ構造をとる活性部位など）は失った構造である公開用構造データを作成することができる。
【００５９】
また、請求項２０に記載の構造情報処理方法は、請求項１１から１９のいずれか一つに記載の構造情報処理方法において、上記タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納する契約情報格納ステップと、上記構造情報創作者と上記構造情報利用者との間で上記タンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップとをさらに含むことを特徴とする。
【００６０】
この方法によれば、タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納し、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にするので、公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００６１】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項２１に記載のプログラムは、上記請求項１１〜２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータに実行させるためのプログラムであることを特徴とする。
【００６２】
このプログラムによれば、当該プログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項１１〜２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータを利用して実現することができ、これら各方法と同様の効果を得ることができる。
【００６３】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、請求項２２に記載の記録媒体は、上記請求項１１〜２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したことを特徴とする。
【００６４】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項１１〜２０のいずれか一つに記載された構造情報処理方法をコンピュータを利用して実現することができ、これら各方法と同様の効果を得ることができる。
【００６５】
また、本発明は構造情報受発注システムに関するものであり、請求項２３に記載の構造情報受発注システムは、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、上記構造情報処理装置は、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段とを備え、上記構造情報利用者の情報端末装置は、上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段とを備えたことを特徴とする。
【００６６】
このシステムによれば、構造情報処理装置は、タンパク質の構造データを取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成し、作成された公開用構造データおよび構造データの契約情報を構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にし、情報利用者の情報端末装置からタンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする。
【００６７】
また、構造情報利用者の情報端末装置は、閲覧可能にされた、公開用構造データおよび構造データの契約情報を閲覧し、購入するタンパク質の構造データに対する発注情報を送信し、発注情報を送信したタンパク質の構造データを受信する。
【００６８】
これにより、公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００６９】
また、請求項２４に記載の構造情報受発注システムは、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、上記構造情報処理装置は、上記構造情報利用者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得手段と、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段とを備え、上記構造情報利用者の情報端末装置は、上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段と、上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段とを備えたことを特徴とする。
【００７０】
このシステムによれば、構造情報処理装置は、上記構造情報利用者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成し、作成された公開用構造データおよび構造データの契約情報を構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にし、情報利用者の情報端末装置からタンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする。
【００７１】
また、構造情報利用者の情報端末装置は、タンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信し、閲覧可能にされた、公開用構造データおよび構造データの契約情報を閲覧し、購入するタンパク質の構造データに対する発注情報を送信し、発注情報を送信したタンパク質の構造データを受信する。
【００７２】
これにより、構造情報利用者からタンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信させ、そのアミノ酸配列に基づいて作成した構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００７３】
また、請求項２５に記載の構造情報受発注システムは、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、上記構造情報処理装置は、上記構造情報創作者の情報端末装置からタンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段と、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段とを備え、上記構造情報創作者の情報端末装置は、上記タンパク質の構造データを上記構造情報処理装置に対して送信する構造データ登録手段を備え、上記構造情報利用者の情報端末装置は、上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段とを備えたことを特徴とする。
【００７４】
このシステムによれば、構造情報処理装置は、構造情報創作者の情報端末装置からタンパク質の構造データを取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成し、作成された公開用構造データおよび構造データの契約情報を構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にし、情報利用者の情報端末装置からタンパク質の構造データに対する発注情報を受信し構造情報利用者と構造情報創作者との間の契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする。
【００７５】
また、構造情報創作者の情報端末装置は、タンパク質の構造データを構造情報処理装置に対して送信する。
【００７６】
また、構造情報利用者の情報端末装置は、閲覧可能にされた、公開用構造データおよび構造データの契約情報を閲覧し、購入するタンパク質の構造データに対する発注情報を送信し、発注情報を送信したタンパク質の構造データを受信する。
【００７７】
これにより、構造情報創作者が登録したタンパク質構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００７８】
また、請求項２６に記載の構造情報受発注システムは、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムであって、上記構造情報処理装置は、上記構造情報創作者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得手段と、上記構造データ取得手段にて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段と、上記構造変化手段にて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段と、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段と、上記契約情報管理手段により上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信手段とを備え、上記構造情報創作者の情報端末装置は、上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段を備え、上記構造情報利用者の情報端末装置は、上記公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段と、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注手段と、上記発注手段にて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信手段とを備えたことを特徴とする。
【００７９】
このシステムによれば、構造情報処理装置は、構造情報創作者の情報端末装置から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得し、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成し、作成された公開用構造データおよび構造データの契約情報を構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にし、情報利用者の情報端末装置からタンパク質の構造データに対する発注情報を受信し構造情報利用者と構造情報創作者との間の契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする。
【００８０】
また、構造情報創作者の情報端末装置は、タンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信する。
【００８１】
また、構造情報利用者の情報端末装置は、閲覧可能にされた、公開用構造データおよび構造データの契約情報を閲覧し、購入するタンパク質の構造データに対する発注情報を送信し、発注情報を送信したタンパク質の構造データを受信する。
【００８２】
これにより、構造情報創作者が登録したタンパク質のアミノ酸配列に基づいて作成した構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００８３】
また、本発明は構造情報受発注方法に関するものであり、請求項２７に記載の構造情報受発注方法は、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、上記構造情報処理装置において、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップとを含むことを特徴とする
【００８４】
この方法によれば、公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００８５】
また、請求項２８に記載の構造情報受発注方法は、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、上記構造情報利用者の情報端末装置において、任意の上記タンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の上記アミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップとを含むことを特徴とする。
【００８６】
この方法によれば、構造情報利用者からタンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信させ、そのアミノ酸配列に基づいて作成した構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００８７】
また、請求項２９に記載の構造情報受発注方法は、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、上記構造情報創作者の情報端末装置において、上記タンパク質の構造データを上記構造情報処理装置に対して送信する構造データ登録ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造情報創作者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データを取得する構造データ取得ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップとを含むことを特徴とする。
【００８８】
この方法によれば、構造情報創作者が登録したタンパク質構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００８９】
また、請求項３０に記載の構造情報受発注方法は、タンパク質の構造に関する情報を処理する構造情報処理装置と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置とを、ネットワークを介して通信可能に接続して構成された構造情報受発注システムを用いて行われる構造情報受発注方法であって、上記構造情報創作者の情報端末装置において、任意のタンパク質のアミノ酸配列を上記構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造情報創作者の情報端末装置から上記タンパク質の上記アミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造データ取得ステップにて取得した上記構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、上記タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化ステップと、上記構造情報処理装置において、上記構造変化ステップにて作成された上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を上記構造情報利用者の情報端末装置から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記公開用構造データ閲覧ステップにより閲覧可能にされた、上記公開用構造データおよび上記構造データの契約情報を閲覧する閲覧ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、購入する上記タンパク質の上記構造データに対する発注情報を送信する発注ステップと、上記構造情報処理装置において、上記情報利用者の情報端末装置から上記タンパク質の構造データに対する発注情報を受信し上記構造情報利用者と上記構造情報創作者との間の契約が成立した場合に上記構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理ステップと、上記構造情報処理装置において、上記契約情報管理ステップにより上記契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者の情報端末装置に対して当該構造データを送信可能にする構造データ送信ステップと、上記構造情報利用者の情報端末装置において、上記発注ステップにて上記発注情報を送信した上記タンパク質の上記構造データを受信する構造データ受信ステップとを含むことを特徴とする。
【００９０】
この方法によれば、構造情報創作者が登録したタンパク質のアミノ酸配列に基づいて作成した構造データを構造変化した公開用構造データを、構造モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発などに大切な活性部位情報などを失った構造（公開用タンパク質立体構造座標サンプル）として無料または低価格で構造情報利用者に譲渡し（例えば、タンパクの立体構造のデータベースまたはタンパク質立体構造作成サービスに従って得られたモデル構造について、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報を構造情報利用者に無料または低価格で提供）、構造情報創作者（構造情報提供者を含む）と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に、その公開構造データの作成の基となったタンパク質構造データやその機能付加データベース、タンパク質立体構造作成サービス等を有償で販売するというようなビジネスモデルが提供できる。
【００９１】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法の実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
【００９２】
［本発明の概要］
以下、本発明の構造情報受発注システム（以下、「本システム」という。）の概要について説明し、その後、本システムの構成および処理等について詳細に説明する。図１は本発明の基本原理を説明する概念図である。また、図２は本システムの全体構成の一例を示すブロック図であり、該システム構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００９３】
本システムは、図２に示すように、概略的に、タンパク質の構造に関する情報を処理し、構造情報提供者によって管理された構造情報処理装置１００と、構造情報創作者または構造情報利用者の情報端末装置２００とを、ネットワーク３００を介して通信可能に接続して構成されている。
【００９４】
このシステムは、概略的に、以下の基本的特徴を有する。すなわち、図１に示すように、本発明者等は、構造情報利用者のタンパク質立体構造を把握するという要求と、構造情報提供者のタンパク質立体構造の重要な部分は保護するという要求を同時に満たすものとして、タンパク質等の構造データに基づいて、タンパク質の機能に重要な部分の構造を失った座標を構築し、公開用構造データを作成する構造変化処理を実現する構造情報処理装置１００を開発した。
【００９５】
さらに、タンパク質の機能に重要な部分の構造を失った座標を有する公開用構造データを一般公開用のサンプルとして構造情報利用者の情報端末装置２００に無料提供することで、構造情報提供者のタンパク質立体構造の重要な部分は保護することと、構造情報利用者のタンパク質立体構造を把握することを同時に満たすことが可能となり、公開用構造データを広告媒体もしくは構造情報利用者の評価サンプルとすれば、タンパク質座標（またはシークエンス）、作成サービス等のバイオインフォマティックス技術によって算出されるデータやサービスの販売を効率的に進める新しいビジネスモデルを提供できることを見出した。
【００９６】
タンパク質の機能に重要な部分の構造を失った「公開用構造データ」は、例えば、タンパク質の立体構造に関して、タンパク質立体構造のエネルギー指標となる目的関数をへリックス、シート部分は固定するように、ループ部分は変化しやすくするように調整し、目的関数に摂動を加え座標を変化させてもよく、また、Ｃα原子のみから構成される座標として、または主鎖原子のみから構成させる座標として、または、タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子もしくは主鎖原子から構成する座標として構築してもよい。こうした手法により、全体の立体構造の特徴を失うことなく、かつ機能に重要な部分の構造を失った構造を提供することができる。
【００９７】
［システム構成］
以下、このような基本的特徴を具現化するための、本システムの構成について説明する。
【００９８】
［システム構成―構造情報処理装置１００］
まず、構造情報処理装置１００の構成について図３〜図５を参照して説明する。
図３は、本発明が適用される構造情報処理装置１００の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。図３において構造情報処理装置１００は、概略的に、構造情報処理装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、通信回線等に接続されるルータ等の通信装置（図示せず）に接続される通信制御インターフェース部１０４、入力装置１１２や出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやファイル等（利用者情報データベース１０６ａ〜契約情報データベース１０６ｄ）を格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この構造情報処理装置１００は、ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、ネットワーク３００に通信可能に接続されている。
【００９９】
図３において、記憶部１０６に格納される各種のデータベースやファイル等（利用者情報データベース１０６ａ〜契約情報データベース１０６ｄ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１００】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、利用者情報データベース１０６ａは、本システムの利用者（構造情報利用者および構造情報創作者を含む）に関する情報（利用者情報）を格納する利用者情報格納手段である。図４は、利用者情報データベース１０６ａに格納される利用者情報の一例を示す図である。
【０１０１】
この利用者情報データベース１０６ａに格納される情報は、図４に示すように、各利用者を一意に識別するための利用者ＩＤ、各利用者が正当な者であるか否かの認証を行うための利用者パスワード、各利用者の氏名、各利用者の所属する所属先を一意に識別するための所属先ＩＤ、各利用者の所属する所属先の部門を一意に識別するための部門ＩＤ、および、各利用者の電子メールアドレスなどを相互に関連付けて構成されている。
【０１０２】
また、構造データファイル１０６ｂは、タンパク質の構造データに関する情報等を格納する構造データ格納手段である。構造データファイル１０６ｂは、インターネットを経由してアクセスする外部のタンパク質構造データベースであってもよく、また、これらのデータベースをコピーしたり、オリジナルの構造情報を格納したり、さらに独自のアノテーション情報等を付加したりして作成したインハウスデータベースであってもよい。
【０１０３】
この構造データファイル１０６ｂに格納される情報は、タンパク質や複合体を一意に識別するための識別情報、タンパク質や複合体の各種の属性に関する属性情報、タンパク質や複合体の立体構造データ等を相互に関連付けて構成されている。
【０１０４】
また、公開用構造データファイル１０６ｃは、公開用構造データに関する情報等を格納する公開用構造データ格納手段である。
【０１０５】
この公開用構造データファイル１０６ｃに格納される情報は、タンパク質や複合体を一意に識別するための識別情報、タンパク質や複合体の各種の属性に関する属性情報、タンパク質や複合体の公開用構造データ等を相互に関連付けて構成されている。
【０１０６】
また、契約情報データベース１０６ｄは、タンパク質の構造データへのアクセスなどの契約に関する情報等を格納する契約情報格納手段である。
【０１０７】
この契約情報データベース１０６ｄに格納される情報は、タンパク質や複合体を一意に識別するための識別情報、構造情報創作者、構造情報利用者、対価、契約済みフラグ等を相互に関連付けて構成されている。
【０１０８】
また、その他の情報として、構造情報処理装置１００の記憶部１０６には、ウェブサイトを情報端末装置２００に提供するための各種のＷｅｂデータやＣＧＩプログラム等が記録されている。
【０１０９】
このＷｅｂデータとしては、後述する各種のＷｅｂページを表示するためのデータ等があり、これらデータは、例えば、ＨＴＭＬやＸＭＬにて記述されたテキストファイルとして形成されている。また、これらのＷｅｂデータを作成するための部品用のファイルや作業用のファイルやその他一時的なファイル等も記憶部１０６に記憶される。
【０１１０】
この他、必要に応じて、情報端末装置２００に送信するための音声をＷＡＶＥ形式やＡＩＦＦ形式の如き音声ファイルで格納したり、静止画や動画をＪＰＥＧ形式やＭＰＥＧ２形式の如き画像ファイルで格納したりすることができる。
【０１１１】
また、図３において、通信制御インターフェース部１０４は、構造情報処理装置１００とネットワーク３００（またはルータ等の通信装置）との間における通信制御を行う。すなわち、通信制御インターフェース部１０４は、他の端末と通信回線を介してデータを通信する機能を有する。
【０１１２】
また、図３において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置をモニタとして記載する）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【０１１３】
また、図３において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、要求解釈部１０２ａ、閲覧処理部１０２ｂ、認証処理部１０２ｃ、電子メール生成部１０２ｄ、Ｗｅｂページ生成部１０２ｅ、送信部１０２ｆ、構造データ取得部１０２ｇ、構造変化部１０２ｈ、および、契約情報管理部１０２ｉを備えて構成されている。
【０１１４】
このうち、要求解釈部１０２ａは、情報端末装置２００からの要求内容を解釈し、その解釈結果に応じて制御部の他の各部に処理を受け渡す要求解釈手段である。
【０１１５】
また、閲覧処理部１０２ｂは、情報端末装置２００からの各種画面の閲覧要求を受けて、これら画面のＷｅｂデータの生成や送信を行なう閲覧処理手段、構造変化部１０２ｈにて作成された公開用構造データおよび構造データの契約情報を構造情報利用者の情報端末装置２００から閲覧可能にする公開用構造データ閲覧手段である。
【０１１６】
また、認証処理部１０２ｃは、情報端末装置２００からの認証要求を受けて、この認証判断を行なう認証処理手段である。
【０１１７】
また、電子メール生成部１０２ｄは、各種の情報を含んだ電子メールを生成する電子メール生成手段である。
【０１１８】
また、Ｗｅｂページ生成部１０２ｅは、本システムの利用者が閲覧するＷｅｂページを生成するＷｅｂページ生成手段である。
【０１１９】
また、送信部１０２ｆは、各種の情報を当該利用者の情報端末装置２００に送信する送信手段、契約情報管理部１０２ｉにより契約済みフラグが設定された場合に構造情報利用者に対して構造データを送信可能にする構造データ送信手段である。
【０１２０】
また、構造データ取得部１０２ｇは、タンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段、構造情報創作者の情報端末装置２００からタンパク質の構造データを取得する構造データ取得手段、構造情報利用者または構造情報創作者の情報端末装置２００から任意のタンパク質のアミノ酸配列を受信し、当該タンパク質の構造データを新規構築することにより取得する構造データ取得手段である。
【０１２１】
また、構造変化部１０２ｈは、構造データ取得手段にて取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成する構造変化手段である。ここで、図５は、構造変化部１０２ｈの構成の一例を示すブロック図である。図５に示すように、構造変化部１０２ｈは、機能判定部１０２ｊ、２次構造判定部１０２ｋ、目的関数調節部１０２ｍ、結合物質座標変化部１０２ｎ、および、公開用構造データ作成部１０２ｐを含んで構成される。
【０１２２】
図５において、機能判定部１０２ｊは、構造変化手段により作成された構造変化後の構造データが、タンパク質の機能を失っているか否かを判定する機能判定手段である。
【０１２３】
また、２次構造判定部１０２ｋは、構造データ取得手段にて取得した構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する２次構造判定手段である。
【０１２４】
また、目的関数調節部１０２ｍは、タンパク質の構造データのエネルギー指標となる目的関数について、へリックス部分およびシート部分は固定するように、一方ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する目的関数調節手段である。
【０１２５】
また、結合物質座標変化部１０２ｎは、タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質の構造が含まれている場合に、結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させる結合物質座標変化手段である。
【０１２６】
また、公開用構造データ作成部１０２ｐは、タンパク質の公開用構造データを、Ｃα原子のみから構成される座標、主鎖原子のみから構成される座標、主鎖および側鎖原子から構成される座標、タンパク質の機能に重要な部分のみＣα原子または主鎖原子から構成される座標、のうち少なくとも一つの座標を有する構造データとして作成する公開用構造データ作成手段である。
【０１２７】
再び図３に戻り、契約情報管理部１０２ｉは、タンパク質の構造データに関する、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を契約情報データベース１０６ｄに格納し、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定する契約情報管理手段である。
【０１２８】
なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細については、後述する。
【０１２９】
［システム構成−情報端末装置２００］
次に、情報端末装置２００の構成について図６を参照して説明する。
図６は、本発明が適用される情報端末装置２００の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。この図６に示すように、情報端末装置２００は、概略的には、制御部２１０、ＲＯＭ２２０、ＨＤ２３０、ＲＡＭ２４０、入力装置２５０、出力装置２６０、入出力制御インターフェース２７０、および、通信制御インターフェース２８０を備えて構成されており、これら各部がバスを介してデータ通信可能に接続されている。
【０１３０】
この情報端末装置２００の制御部２１０は、Ｗｅｂブラウザ２１１および電子メーラ２１２を備えて構成され、公開用構造データ閲覧手段により閲覧可能にされた、公開用構造データおよび構造データの契約情報を閲覧する閲覧手段、購入するタンパク質の構造データに対する発注情報を送信する発注手段、発注手段にて発注情報を送信したタンパク質の構造データを受信する構造データ受信手段、タンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段、タンパク質の構造データを構造情報処理装置に対して送信する構造データ登録手段、タンパク質のアミノ酸配列を構造情報処理装置に対して送信するアミノ酸配列送信手段として機能する。
【０１３１】
このうち、Ｗｅｂブラウザ２１１は、基本的には、Ｗｅｂデータを解釈して、後述するモニタ２６１に表示させる表示制御（ブラウズ処理）を行うものである。また、Ｗｅｂブラウザ２１１は、ストリーム映像の受信、表示、フィードバック等を行う機能を備えたストリームプレイヤ等の各種のソフトウェアをプラグインしてもよい。
【０１３２】
また、電子メーラ２１２は、所定の通信規約（例えば、ＳＭＴＰ（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｍａｉｌ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ）やＰＯＰ３（Ｐｏｓｔ  Ｏｆｆｉｃｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ３）等）に従って、電子メールの送受信を行う。
【０１３３】
また、入力装置２５０としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、後述するモニタ２６１も、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【０１３４】
また、出力装置２６０としては、モニタ（家庭用テレビを含む）２６１、および、プリンタ２６２が設けられている。この他、出力装置２６０としては、スピーカ等を用いることができる。出力装置２６０は、通信制御ＩＦ２８０を介して受信された情報を出力する出力手段である。
【０１３５】
また、通信制御ＩＦ２８０は、情報端末装置２００とネットワーク３００（またはルータ等の通信装置）との間における通信制御を行う。この通信制御ＩＦ２８０は、構造情報処理装置１００から送信された情報を受信する受信手段である。
【０１３６】
このように構成された情報端末装置２００は、モデム、ＴＡ、ルータ等の通信装置と電話回線を介して、あるいは、専用線を介して、ネットワーク３００に接続されており、所定の通信規約（たとえば、ＴＣＰ／ＩＰインターネットプロトコル）に従って構造情報処理装置１００にアクセスすることができる。
【０１３７】
［システム構成−ネットワーク３００］
次に、ネットワーク３００の構成について説明する。ネットワーク３００は、構造情報処理装置１００と情報端末装置２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネット等である。
【０１３８】
［システムの処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本システムの処理の一例について、以下に図３〜図３７を参照して詳細に説明する。なお、以下の実施例において、情報端末装置２００のモニタ２６１に表示される各種の画面情報は、特記しない限り構造情報処理装置１００が作成して情報端末装置２００に送信している場合を一例に説明するが、本発明はこの場合に限定されるものではなく、情報端末装置２００の記憶部に予め画面情報の少なくとも一部を格納しておき、情報端末装置２００の制御部２１０の制御により必要な画面情報を適宜読み出して表示してもよい。
【０１３９】
［実施例１：リゾチーム抗体のＣα原子座標のみのモデリング例］
次に、実施例１の詳細について図７〜図１０などを参照して説明する。図７は、本実施形態における本システムの実施例１の一例を示すフローチャートである。
【０１４０】
治療、診断として使用されている抗体において、抗原との相互作用に関する詳細な理解は大変重要であり、抗体と抗原との立体構造は、その役割を担う解析方法である。こうした情報を用いることにより、抗原に対し、より選択性、活性とも優れた抗体設計を行うことが可能となる。
【０１４１】
本実施例においては、抗体の立体構造に際し、動的挙動を考慮して、立体構造を変化させたＣα原子のみの立体構造を構築することで、Ｃα座標のみから判断できる抗体のタンパク質表面に局在する抗原部位のような部分的な機能情報提供することが可能であり、かつこうした座標に主鎖や側鎖原子を付加して立体構造を構築した場合では、相互作用情報は失われてしまうことを示す。
【０１４２】
リゾチームとリゾチーム抗体の複合体の立体構造は多く解析されており、ＰＤＢデータベース中にも数多く登録されている。うち、Ｋ．Ｄｅｃａｎｎｉｅｒらの報告したトリの卵のリゾチームとラクダの抗体の抗原結合部分（ｃ−Ａｂ−Ｌｙｓ３）との複合体の立体構造は、抗原と抗体の立体配置の微妙な違いは、抗原と抗体の相互作用表面に大きな影響を引き起こすことを示した。（Ｄｅｃａｎｎｉｅｒｅ，  Ｋ．，  Ｔｒａｎｓｕｅ，  Ｔ．  Ｒ．，  Ｄｅｓｍｙｔｅｒ，  Ａ．，  Ｍａｅｓ，  Ｄ．，  Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ，  Ｓ．，  Ｗｙｎｓ，Ｌ．：  Ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｇｅｎ−Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．  ３１３ｐｐ．  ４７３  （２００１））。ＰＤＢとしては、１ＪＴＯ、１ＪＴＰ、１ＪＴＴとして登録されている。
【０１４３】
まず、構造情報処理装置１００は、構造データ取得部１０２ｇの処理により、構造データファイル１０６ｂにアクセスして、構造データを取得する（ステップＳＡ−１）。本実施例においては、ＰＤＢから１ＪＴＯのＡ鎖（ｃ−Ａｂ−Ｌｙｓ３）を取得した。
【０１４４】
そして、構造情報処理装置１００は、構造変化部１０２ｈの処理により、取得した構造データについて、２次構造がループとなる部分の構造を変化させた構造データを作成することにより、タンパク質の公開用構造データを作成する。公開用構造データの作成の具体例について以下に詳細に説明する。
【０１４５】
本実施例においては、１ＪＴＯのＡ鎖（ｃ−Ａｂ−Ｌｙｓ３）を用いて、タンパク質も動的挙動を考慮して、立体構造を変化させたＣα原子のみの立体構造を構築した。
【０１４６】
構造変化部１０２ｈは、２次構造判定部１０２ｋの処理により、取得した１ＪＴＯのＡ鎖の構造データについて、２次構造判定を行いへリックス部分、シート部分およびループ部分の構造を抽出する（ステップＳＡ−２）。ここで、２次構造判定の手法は、いずれの既知の２次構造判定プログラムなどを用いてもよい。
【０１４７】
そして、構造変化部１０２ｈは、目的関数調節部１０２ｍの処理により、タンパク質の構造データのエネルギー指標となる目的関数について、へリックス部分およびシート部分は固定するように、一方ループ部分は変化するように摂動を加えて、および／または、タンパク質の基準振動解析の計算から得られる常温付近のゆらぎのデータを用いて、調整する（ステップＳＡ−３）。
【０１４８】
本実施例においては、ループとして判定された部分に関しては、Ｕｐｏｓに対するモンテカルロ法の摂動の式において、その摂動の大きさΔＹｉを決めるＲの値を４、Ｕｐｏｓの中のＫｐｏｓの値を０．１に設定している。
【０１４９】
そして、構造変化部１０２ｈは、公開用構造データ作成部１０２ｐの処理により、まずＣα原子のみの立体構造を公開用構造データとして構築する（ステップＳＡ−４）。
【０１５０】
図８および図９に、モデリングしたＣα原子のみの座標（公開用構造データ）と、構造変化させる前の立体構造をグラフィックで表示させた場合の一例を示す。図８は、１ＪＴＯのＡ鎖を構造変化させたＣα原子座標のみのモデル（公開用構造データ）の３次元表示例を示す図である。図９は、１ＪＴＯのＡ鎖の立体構造データのモデル（構造データ）の３次元表示例を示す図である。
【０１５１】
このようにして作成したＣα原子のみの座標においては、座標変化させる前の立体構造と比較して、全体の立体構造の特徴を失うことなく、リゾチームとの結合部分であるループ部分が構造の自由度の高いことを示すモデルとして提供することができる。
【０１５２】
次に、構造変化部１０２ｈは、公開用構造データ作成部１０２ｐの処理により、作成したＣα原子のみの座標に主鎖、側鎖を付加して、立体構造を作成し（ステップＳＡ−５）、その構造に対して、本来１ＪＴＯのＡ鎖（ｃ−Ａｂ−Ｌｙｓ３）と結合しているリゾチームの立体構造（１ＪＴＯのＬ鎖）を加えた。
【０１５３】
ここで、構造変化部１０２ｈは、結合物質座標変化部１０２ｎの処理により、タンパク質の構造データに、リガンドを含む結合物質（本実施例におけるリゾチーム）の構造が含まれている場合に、結合物質に対応する立体構造座標に摂動を加えて変化させてもよい。すなわち、結合物質座標変化部１０２ｎは、結合物質に対応する立体構造座標について、重心を中心に０°〜１８０°の範囲で回転移動、０Å〜１Åの範囲で平行移動、０°〜３０°の範囲で単結合の回転移動、のうち少なくとも一つの座標移動を行い、結合物質に対しても機能に重要な部分の構造を失うように座標を変化させる。
【０１５４】
また、構造変化部１０２ｈは、機能判定部１０２ｊの処理により、作成された構造変化後の構造データが、タンパク質の機能を失っているか否かを判定し、機能を失ったと判定されるまで構造変化させてもよい（ステップＳＡ−６）。
【０１５５】
図１０に構造変位させたＣα原子のみの座標に主鎖および側鎖を付加して作成した立体構造と座標変化させる前の立体構造（１ＪＴＯのＡ鎖）にリゾチームの立体構造（１ＪＴＯのＬ鎖）を加えた立体構造に関して、その結合部分の拡大図をグラフィックで表示した場合の一例を示す。
【０１５６】
図１０は、リゾチーム（１ＪＴＯのＬ鎖：ｂｌａｃｋ）とモデル立体構造（構造変位Ｃαを用いて作成した抗体モデル：ｄａｒｋ  ｇｒｅｙ）および抗体（１ＪＴＯのＡ鎖：ｇｒｅｙ）の結合部分の拡大図の一例を示す図である。
【０１５７】
図１０では、リゾチーム立体構造中に表示したアミノ酸残基の側鎖はモデル立体構造との間にファンデルワールスの原子が衝突していることを示す。
【０１５８】
そして、構造情報処理装置１００は、構造変化部１０２ｈの処理により、作成した公開用構造データを公開用構造データファイル１０６ｃに格納する。
【０１５９】
このように、作成した複合体においては、本来結合している表面部分においてファンデルワールスの原子の衝突がおこり、正しい複合体の立体構造として利用できないことがわかる。よって、妥当な複合体の立体構造がデータベース中にある場合は、これを利用すべきであることが明確になる。すなわち、構造変位させたＣα原子のみの座標を表示したことにより、データベース中に存在している妥当な立体構造の産業的利用価値を高めることができる。
【０１６０】
このように、構築済みのタンパク質のＣα座標のみのタンパク質モデルの構築を実行し、その構築モデルまたはデータベースを、モデルを使う構造情報利用者に医薬品開発等に大切な活性部位情報などを失った構造として表示することは、Ｃα座標のみから判断できる抗原−抗体反応におけるタンパク質表面に局在部分的な機能情報として構造情報利用者に提供することができ、Ｃα原子のみからなるタンパク質の作成の基となったタンパク質やその機能付加データベースに産業的価値を認めてさせていくことができる。
【０１６１】
例えば、立体構造データベースが存在する場合、そこに含まれる立体構造の情報を評価サンプルとして無料で構造情報利用者に提供する場合は、本実施例で用いた手法により構造変位させたＣα原子座標のみの立体構造を用いる。その後、構造情報利用者より立体構造データベース中の主鎖、側鎖も含まれた立体構造の提供を依頼された場合には有料とするといった産業に結びつけることができる。
【０１６２】
これにて、実施例１が終了する。
【０１６３】
［実施例２：公開用立体構造座標サンプルを用いた、立体構造データベース「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」中に含まれるタンパク質立体構造座標の販売例］
次に、このように構成された本システムを用いて行なわれる本方法としての実施例２の詳細について図１１〜図２３などを参照して説明する。
【０１６４】
「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」は、遺伝研究所で公開している「ＧＴＯＰ」（Ｇｅｎｏｍｅｓ  ＴＯ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ：  ｈ  ＨＹＰＥＲＬＩＮＫ  ”ｈｔｔｐ：／／ｓｐｏｃｋ．ｇｅｎｅｓ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／￣ｇｅｎｏｍｅ／ｇｔｏｐ−ｊ．ｈｔｍｌ”  ｔｔｐ：／／ｓｐｏｃｋ．ｇｅｎｅｓ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／〜ｇｅｎｏｍｅ／ｇｔｏｐ−ｊ．ｈｔｍｌ）内の４１生物種の遺伝子についてＰＳＩ−ＢＬＡＳＴの検索結果を「ＦＡＭＳ」を用いてタンパク質の立体構造を構築し、その座標を保存しているデータベースのことである。「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」中には１８万個の立体構造モデルが保存されている。
【０１６５】
本実施例では、「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」中のタンパク質立体構造について、公開用立体構造座標サンプルを用いて、構造情報利用者に対して立体構造座標の販売を行う実施例を示す。
【０１６６】
Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ（ＥＧＦ）は、細胞膜上に埋まっているＥｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ受容体（ＥＧＦＲ）と結合して、特定の細胞の分裂を促進するタンパク質である。ＥＧＦとＥＧＦＲの細胞外ドメイン部分との複合体の立体構造はＸ線結晶構造により解析されており、ＰＤＢでその立体構造が公開されている（Ｏｇｉｓｏ，  Ｈ．，  Ｉｓｈｉｔａｎｉ，  Ｒ．，  Ｎｕｒｅｋｉ，  Ｏ．，  Ｆｕｋａｉ，  Ｓ．，  Ｙａｍａｎａｋａ，  Ｍ．，  Ｋｉｍ，  Ｊ．  Ｈ．，  Ｓａｉｔｏ，  Ｋ．，  Ｉｎｏｕｅ，  Ｍ．，  Ｓｈｉｒｏｕｚｕ，  Ｍ．，  Ｙｏｋｏｙａｍａ，  Ｓ．：  Ｃｒｙｓｔａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｏｍｐｌｅｘ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  ａｎｄＲｅｃｅｐｔｏｒ  Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｄｏｍａｉｎｓ．  Ｃｅｌｌ  （Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）  １１０  ｐｐ．  ７７５  （２００２）、ＰＤＢ  ＩＤ：１ＩＶＯ）。
【０１６７】
図１２は、ＥＧＦの（１ＪＴＯのＣ鎖）の立体構造のグラフィック表示の一例を示す図である。
【０１６８】
ＥＧＦＲと複合体を形成する可能性があるタンパク質は、ＥＧＦ以外にも存在することが知られているので、構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」に存在している立体構造のうちＥＧＦとシークエンスのホモロジーが高く、かつ立体構造も似ている座標を購入し、ＥＧＦＲ座標とのドッキングシュミレーションを行うこととした。
【０１６９】
構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は、「ＧＴＯＰ」から、興味あるタンパク質として生物種が「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ（ｈｕｇｅ０）」、遺伝子名が「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分を選びだした。
【０１７０】
そこで、「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」より「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の立体構造座標を購入するにあたり、該当する公開用立体構造座標サンプルを入手し、公開用立体構造サンプルがＥＧＦの立体構造と比較し、形がよく似ていた場合は座標を購入することとした。
【０１７１】
以下に、構造情報利用者が、構造情報提供者の提供する構造情報処理装置１００（本実施例における「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」である。）から構造データを購入するまでの手順について以下に、図１１等を参照して詳細に説明する。
【０１７２】
図１１は、本実施形態における本システムの実施例２の一例を示すフローチャートである。
【０１７３】
まず、構造情報処理装置１００は、閲覧処理部１０２ｂの処理により、「ＦＡＭＳＢＡＳＥ」のｗｅｂページを公開している（ステップＳＢ−１）。ここで、図１３は、構造情報受注用Ｗｅｂページの一例を示す図である。
【０１７４】
そして、情報端末装置２００は、構造情報処理装置１００の提供するウェブサイトのアドレス（ＵＲＬ等）を利用者がＷｅｂブラウザ２１１の表示される画面上で入力装置２５０を介して指定することにより、インターネットを介して、構造情報処理装置１００に接続する。
【０１７５】
具体的には、利用者が、情報端末装置２００のＷｅｂブラウザ２１１を起動し、このＷｅｂブラウザ２１１の所定の入力欄に、本システムの構造情報受注用画面に対応する所定のＵＲＬを入力する。そして、利用者が、このＷｅｂブラウザ２１１の画面更新を指示すると、Ｗｅｂブラウザ２１１は、このＵＲＬを通信制御ＩＦ２８０を介して所定の通信規約にて送信し、このＵＲＬに基づくルーティングによって構造情報処理装置１００に対する構造情報受注用Ｗｅｂページの送信要求を行う。
【０１７６】
ついで、構造情報処理装置１００の要求解釈部１０２ａは、情報端末装置２００からの送信の有無を監視しており、送信を受けると、この送信の内容を解析し、その結果に応じて当該制御部１０２内の各部に処理を移す。送信の内容が構造情報受注用Ｗｅｂページの送信要求である場合には、主として閲覧処理部１０２ｂの制御下において、記憶部１０６から構造情報受注用Ｗｅｂページを表示するためのＷｅｂデータを取得し、このＷｅｂデータを通信制御インターフェース部１０４を介して情報端末装置２００に送信する（ステップＳＡ−２）。ここで、構造情報処理装置１００から情報端末装置２００へデータ送信を行う際の情報端末装置２００の特定は、情報端末装置２００から送信要求と共に送信されたＩＰアドレスを用いて行う。
【０１７７】
なお、このように利用者からＷｅｂページの送信要求があった場合には、利用者に利用者ＩＤおよびパスワードの入力を求め、認証処理部１０２ｃが利用者情報データベース１０６ａに格納されている利用者ＩＤおよびパスワードに基づいて認証可否を判断し、認証可の場合にのみＷｅｂページを閲覧させてもよい（以下においても同様であるためその詳細を省略する）。
【０１７８】
この情報端末装置２００は、構造情報処理装置１００からのＷｅｂデータを通信制御ＩＦ２８０を介して受信し、このデータをＷｅｂブラウザ２１１にて解釈することにより、モニタ２６１に構造情報受注用Ｗｅｂページを表示する。以下、情報端末装置２００から構造情報処理装置１００への画面要求と、構造情報処理装置１００から情報端末装置２００へのＷｅｂデータの送信、および、情報端末装置２００におけるＷｅｂページの表示はほぼ同様に行われるものとし、以下ではその詳細を省略する。
【０１７９】
この構造情報受注用Ｗｅｂページの購入する構造データの選択画面を図１４に例示する。図１４のように４１生物種類の立体構造座標が含まれている。
【０１８０】
そして、利用者が情報端末装置２００の入力装置２５０を介していずれかの構造データを選択すると、入力情報および選択事項を特定するための識別子が構造情報処理装置１００に送信される。
【０１８１】
そして、構造情報処理装置１００の要求解釈部１０２ａは、この識別子を解析することによって、情報端末装置２００からの要求の内容を解析する（情報端末装置２００から構造情報処理装置１００への要求内容の識別については、以下の処理においてもほぼ同様に行われるものとし、以下ではその詳細を省略する）。
【０１８２】
そして、構造情報処理装置１００は、閲覧処理部１０２ｂの処理により、選択された構造データの詳細データ用のＷｅｂページを情報端末装置２００に閲覧させる。
【０１８３】
ここで、本実施例では、生物種が「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  （ｈｕｇｅ０）」、遺伝子名が「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の公開用立体構造座標サンプルの提供を依頼する。そのため以下の要領で画面上をクリックし、電子メールを利用して公開用立体構造サンプル座標の提供を依頼する。
【０１８４】
まず、図１５に示すように、生物種が「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ
（ｈｕｇｅ０）」で遺伝子名が「ＫＩＡＡ１２３７」を選びクリックする。
【０１８５】
そして、図１６に示すように、提供を希望する公開用立体構造サンプル（「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分）をクリックする。
そして、図１７に示すように、電子メールを構造情報提供者（ＦＡＭＳＢＡＳＥ）へ送信する。
【０１８６】
構造情報処理装置１００は、電子メールを受信すると、送信部１０２ｆの処理により、対応する公開用構造データを送信する（ステップＳＢ−３）。
【０１８７】
すなわち、電子メール生成部１０２ｄは、送信タイミングに従って、その電子メールの作成内容を含む電子メールデータを生成する。具体的には、利用者の利用者ＩＤ等に基づいて利用者情報データベース１０６ａに格納された利用者情報を参照し、この利用者の電子メールアドレスを呼び出す。
【０１８８】
そして、この電子メールアドレスを宛先とする電子メールであって、利用者の氏名およびメール本文（公開用構造データの添付ファイルを含む）を含む電子メールのメールデータを生成して、このメールデータを送信部１０２ｆに受け渡す。そして、送信部１０２ｆは、このメールデータを送信する。
【０１８９】
一方、利用者は、情報端末装置２００の電子メーラ２１２を用いて上記電子メールを任意のタイミングで受信する。この電子メールは電子メーラ２１２の公知の機能に基づいてモニタ２６１に表示される（ステップＳＡ−１０）。また、利用者は、必要に応じてこの電子メールの表示内容をプリンタ２６２にて印刷することができる。
【０１９０】
そして、情報端末装置２００では、図１８に示すように、公開用立体構造座標サンプルが添付された電子メールが構造情報提供者より届いた。
【０１９１】
添付された公開用立体構造座標サンプルは以下のとおりである。
2004280276.tif 000005
2004280276.tif 000006
2004280276.tif 000007
【０１９２】
そして、情報端末装置２００は、公開用構造データを表示する（ステップＳＢ−４）。図１９は、「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の公開用立体構造座標サンプルの表示例を示す図である。
【０１９３】
構造情報利用者は、「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の公開用立体構造サンプルをグラフィックスで考察すると、ＥＧＦとその大きさ、形がよく似ているので、購入することにした。そして、図２０の電子メールにて、目的タンパク質の立体構造座標を発注する（ステップＳＢ−５）。
【０１９４】
構造情報処理装置１００は、契約情報管理部１０２ｉの処理により、発注情報に基づいて、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納し、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする（ステップＳＢ−６）。
【０１９５】
そして、構造情報利用者は、図２１に示すように、電子メールにより、発注した目的タンパク質の立体構造座標とアライメント結果の提供を受けた（ステップＳＢ−７）。
【０１９６】
添付された立体構造座標は以下のとおりである。
2004280276.tif 000008
2004280276.tif 000009
2004280276.tif 000010
2004280276.tif 000011
2004280276.tif 000012
2004280276.tif 000013
2004280276.tif 000014
2004280276.tif 000015
2004280276.tif 000016
2004280276.tif 000017
2004280276.tif 000018
2004280276.tif 000019
2004280276.tif 000020
2004280276.tif 000021
2004280276.tif 000022
2004280276.tif 000023
【０１９７】
ここで、「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の購入した立体構造座標のグラフィック表示例を図２２に示す。
【０１９８】
また、添付ファイルには、アミノ酸一次配列アライメント結果を含めてもよい。ここで、本実施例において送信されたアミノ酸一次配列アライメントの一例を図２３に示す。図２３は、「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分のアミノ酸一次配列アライメント結果の一例を示す図である。
【０１９９】
また、構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は構造情報提供者（ＦＡＭＳＢＡＳＥ）対して、所定のタイミングで立体構造座標の対価を支払うものとする。
【０２００】
これにて、実施例２が終了する。
【０２０１】
［実施例３：公開用立体構造座標サンプルを用いた、タンパク質立体構造作成サービス「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」によるタンパク質立体構造座標の販売例］
次に、実施例３の詳細について図２４〜図３５などを参照して説明する。
【０２０２】
「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」は、本発明者らにより開発された「ＦＡＭＳ」を用いたタンパク質の立体構造を構築を行うウェブサーバである。構造情報利用者は立体構造構築を希望するタンパク質のアミノ酸一次配列を電子メールで本サイトに送信すると、参照タンパク質の選定、アミノ酸配列のアライメント、アライメントに従った立体構造の算出が自動的に行われ、構築されたタンパク質の立体構造座標とアミノ酸アライメントが電子メールで構造情報利用者に返信される。
【０２０３】
本実施例では、「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」（構造情報処理装置１００に該当する。）における、公開用立体構造座標サンプルを用いた、立体構造座標の販売を行う実施例を示す。
【０２０４】
マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）は、種々の疾患と関連が報告されており、多くのファミリーが存在し、立体構造も数多く解析されている。
【０２０５】
ＭＭＰにはいくつかの阻害剤が知られており、ＭＭＰに共通する触媒ドメインと阻害剤との複合体の立体構造も解析されている。そのうち、ＢａｔｉｍａｓｔａｔはいくつかのＭＭＰに対して阻害活性を示す薬剤であり、複合体の立体構造が解析されており、例えばＰＤＢではＭＭＰ−１２との複合体が解析されている（ＰＤＢ  ＩＤ：１ＪＫ３、Ｌａｎｇ，  Ｒ．，  Ｋｏｃｏｕｒｅｋ，  Ａ．，Ｂｒａｕｎ，  Ｍ．，  Ｔｓｃｈｅｓｃｈｅ，  Ｈ．，  Ｈｕｂｅｒ，  Ｒ．，  Ｂｏｄｅ，  Ｗ．，  Ｍａｓｋｏｓ，  Ｋ．：  Ｓｕｂｓｔｒａｔｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ  Ｅｌａｓｔａｓｅ  （Ｍｍｐ−１２）  Ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｔｈｅ  １．１  Ａ  Ｃｒｙｓｔａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．  ３１２  ｐｐ．  ７３１  （２００１））。
【０２０６】
そこで、構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は、アミノ酸一次配列が解析されているＭＭＰファミリーを選び出し、そのタンパク質立体構造座標を「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」より入手し、Ｂａｔｉｍａｓｔａｔとのドッキングシュミレーションを行うこととした。
【０２０７】
構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔから、興味あるタンパク質としてＭＭＰ−２０（エントリ−名  ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ、アクセッション番号：Ｏ６０８８２）を選んだ。
【０２０８】
構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は、「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」より「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の立体構造座標を購入するにあたり、公開用立体構造座標サンプルを入手し、これが１ＪＫ３等でよく共通した阻害剤との結合ドメインに形が似ていた場合は立体構造座標を購入することとした。ここで、図２５は、１ＪＫ３の立体構造のグラフィック表示例を示す図である。
【０２０９】
以下に、本実施例において構造情報提供者が構造データを購入するまでの手順を、図２４などを参照して詳細に説明する。図２４は、本実施形態における本システムの実施例３の一例を示すフローチャートである。
【０２１０】
まず、構造情報処理装置１００は、閲覧処理部１０２ｂの処理により、図２６のようなｗｅｂページを公開している（ステップＳＣ−１）。図２６は、構造情報提供者により公開された「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ」のｗｅｂページの表示例を示す図である。
【０２１１】
そして、情報端末装置２００は、当該Ｗｅｂページにアクセスして、構造情報利用者から目的タンパク質「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の公開用サンプル立体構造座標の提供依頼を以下の手順で行う（ステップＳＣ−２）。
【０２１２】
まず、構造情報利用者は、情報端末装置２００を用いて、ＳＷＩＳＳ  ＰＲＯＴより「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」アミノ酸一次配列を入する。ここで、図２７は、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」のアミノ酸配列の表示例を示す図である。
【０２１３】
そして、構造情報利用者は、情報端末装置２００を用いて、ｗｅｂページ上の「１．Ｒｅｑｕｅｓｔ  Ｍａｉｌ」をクリックし、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」のアミノ酸一次配列を記入した、図２８に示す電子メールを構造情報提供者（ＦＡＭＳ）へ送信する。
【０２１４】
構造情報処理装置１００は、構造データ取得部１０２ｇの処理により、作成依頼されたタンパク質のアミノ酸一次配列を受信し、ＦＡＭＳなどを用いて構造データを新規作成して取得する（ステップＳＣ−３）。
【０２１５】
そして、構造情報処理装置１００は、構造変化部１０２ｈの処理により、上述した構造変化処理を実行する（ステップＳＣ−４）。
【０２１６】
そして、構造情報処理装置１００は、送信部１０２ｆの処理により、対応する公開用構造データを送信する（ステップＳＣ−５）。
【０２１７】
すなわち、電子メール生成部１０２ｄは、送信タイミングに従って、その電子メールの作成内容を含む電子メールデータを生成する。具体的には、利用者の利用者ＩＤ等に基づいて利用者情報データベース１０６ａに格納された利用者情報を参照し、この利用者の電子メールアドレスを呼び出す。
【０２１８】
そして、この電子メールアドレスを宛先とする電子メールであって、利用者の氏名およびメール本文（公開用構造データの添付ファイルを含む）を含む電子メールのメールデータを生成して、このメールデータを送信部１０２ｆに受け渡す。そして、送信部１０２ｆは、このメールデータを送信する。
【０２１９】
一方、利用者は、情報端末装置２００の電子メーラ２１２を用いて上記電子メールを任意のタイミングで受信する。この電子メールは電子メーラ２１２の公知の機能に基づいてモニタ２６１に表示される。また、利用者は、必要に応じてこの電子メールの表示内容をプリンタ２６２にて印刷することができる。
【０２２０】
そして、情報端末装置２００では、図２９に示すように、公開用立体構造座標サンプルが添付された電子メールが構造情報提供者より届いた。
【０２２１】
添付された公開用立体構造座標サンプルは以下のとおりである。
2004280276.tif 000024
2004280276.tif 000025
2004280276.tif 000026
2004280276.tif 000027
2004280276.tif 000028
2004280276.tif 000029
2004280276.tif 000030
2004280276.tif 000031
2004280276.tif 000032
2004280276.tif 000033
2004280276.tif 000034
2004280276.tif 000035
2004280276.tif 000036
2004280276.tif 000037
2004280276.tif 000038
【０２２２】
そして、情報端末装置２００は、公開用構造データを表示する（ステップＳＣ−６）。図３０は、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の公開用立体構造座標サンプルの表示例を示す図である。
【０２２３】
構造情報利用者は、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の公開用立体構造サンプルをグラフィックスで考察すると、ＭＭＰに共通した阻害剤との結合ドメインに形が似ている部分を含んでいるので、購入することにした。そして、図３１の電子メールにて、目的タンパク質の立体構造座標を発注する（ステップＳＣ−７）。
【０２２４】
構造情報処理装置１００は、契約情報管理部１０２ｉの処理により、発注情報に基づいて、構造情報創作者、構造情報利用者および対価に関する情報を含む契約情報を格納し、構造情報創作者と構造情報利用者との間でタンパク質の構造データに対する契約が成立した場合に構造データの契約情報に契約済みフラグを設定し、契約済みフラグが設定された場合に当該構造情報利用者に対して当該構造データを送信可能にする（ステップＳＣ−８）。
【０２２５】
そして、構造情報利用者は、図３２および図３３に示すように、電子メールにより、発注した目的タンパク質の立体構造座標とアライメント結果の提供を受けた（ステップＳＢ−７）。
【０２２６】
添付された立体構造座標は以下のとおりである。
2004280276.tif 000039
2004280276.tif 000040
2004280276.tif 000041
2004280276.tif 000042
2004280276.tif 000043
2004280276.tif 000044
2004280276.tif 000045
2004280276.tif 000046
2004280276.tif 000047
2004280276.tif 000048
2004280276.tif 000049
2004280276.tif 000050
2004280276.tif 000051
2004280276.tif 000052
2004280276.tif 000053
2004280276.tif 000054
2004280276.tif 000055
2004280276.tif 000056
2004280276.tif 000057
2004280276.tif 000058
2004280276.tif 000059
2004280276.tif 000060
2004280276.tif 000061
2004280276.tif 000062
2004280276.tif 000063
2004280276.tif 000064
2004280276.tif 000065
2004280276.tif 000066
2004280276.tif 000067
2004280276.tif 000068
2004280276.tif 000069
2004280276.tif 000070
2004280276.tif 000071
2004280276.tif 000072
2004280276.tif 000073
2004280276.tif 000074
2004280276.tif 000075
2004280276.tif 000076
2004280276.tif 000077
2004280276.tif 000078
2004280276.tif 000079
2004280276.tif 000080
2004280276.tif 000081
2004280276.tif 000082
2004280276.tif 000083
2004280276.tif 000084
2004280276.tif 000085
2004280276.tif 000086
2004280276.tif 000087
2004280276.tif 000088
2004280276.tif 000089
2004280276.tif 000090
2004280276.tif 000091
2004280276.tif 000092
2004280276.tif 000093
2004280276.tif 000094
2004280276.tif 000095
2004280276.tif 000096
2004280276.tif 000097
2004280276.tif 000098
2004280276.tif 000099
2004280276.tif 000100
2004280276.tif 000101
2004280276.tif 000102
2004280276.tif 000103
2004280276.tif 000104
2004280276.tif 000105
2004280276.tif 000106
2004280276.tif 000107
2004280276.tif 000108
2004280276.tif 000109
2004280276.tif 000110
2004280276.tif 000111
2004280276.tif 000112
2004280276.tif 000113
2004280276.tif 000114
2004280276.tif 000115
2004280276.tif 000116
2004280276.tif 000117
2004280276.tif 000118
2004280276.tif 000119
2004280276.tif 000120
2004280276.tif 000121
2004280276.tif 000122
2004280276.tif 000123
2004280276.tif 000124
2004280276.tif 000125
2004280276.tif 000126
2004280276.tif 000127
2004280276.tif 000128
2004280276.tif 000129
2004280276.tif 000130
2004280276.tif 000131
2004280276.tif 000132
2004280276.tif 000133
2004280276.tif 000134
2004280276.tif 000135
2004280276.tif 000136
2004280276.tif 000137
2004280276.tif 000138
2004280276.tif 000139
2004280276.tif 000140
2004280276.tif 000141
2004280276.tif 000142
2004280276.tif 000143
2004280276.tif 000144
【０２２７】
ここで、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の購入した立体構造座標のグラフィック表示例を図３４に示す。
【０２２８】
また、添付ファイルには、アミノ酸一次配列アライメント結果を含めてもよい。ここで、本実施例において送信されたアミノ酸一次配列アライメントの一例を図３５に示す。図３５は、「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」のアミノ酸一次配列アライメント結果の一例を示す図である。
【０２２９】
また、構造情報利用者（Ｙｏｓｈｉａｋｉ  Ｗａｔａｎａｂｅ）は構造情報提供者（ＦＡＭＳＢＡＳＥ）対して、所定のタイミングで立体構造座標の対価を支払うものとする。
【０２３０】
これにて、実施例３が終了する。
【０２３１】
［実施例４］
次に、実施例４の詳細について図３６を参照して説明する。図３６は、本システムの実施例４の一例を示す概念図である。
【０２３２】
図３６に示すように、本実施例において、構造情報受発注システムは、共同研究仲介者の構造情報処理装置１００と、複数の共同研究者の情報端末装置２００とを含んで構成される。
【０２３３】
共同研究仲介者は、構造情報処理装置１００を用いて、各共同研究者の成果物であるタンパク質の立体構造データについて公開用構造データを、他の共同研究者の情報端末装置２００に開示する。これにより、各共同研究者の技術紹介や、期待される成果物の紹介を行うことができる。
【０２３４】
そして、構造情報処理装置１００は、契約情報管理部１０２ｉの処理により、各共同研究者間に共同研究契約が締結された場合にその契約情報を契約情報データベース１０６ｄに保持することにより、円滑な共同研究契約の支援を行うことができ、また、それに伴う手数料を得ることができる。
【０２３５】
これにて、実施例４が終了する。
【０２３６】
［実施例５］
次に、実施例５の詳細について図３７を参照して説明する。図３７は、本システムの実施例５の一例を示す概念図である。
【０２３７】
図３７に示すように、本実施例において、構造情報受発注システムは、販売仲介者の構造情報処理装置１００と、構造情報創作者の情報端末装置２００と、市場における構造情報利用者の情報端末装置２００とを含んで構成される。
【０２３８】
販売仲介者は、構造情報処理装置１００を用いて、各構造情報創作者の成果物であるタンパク質の立体構造データについて公開用構造データを、市場における構造情報利用者の情報端末装置２００に開示する。これにより、市場に対して、各構造情報創作者の技術紹介や、期待される成果物の紹介を行うことができる。
【０２３９】
そして、構造情報処理装置１００は、契約情報管理部１０２ｉの処理により、各構造情報創作者と市場の構造情報利用者との間に販売契約が締結された場合にその契約情報を契約情報データベース１０６ｄに保持することにより、円滑な販売契約の支援を行うことができ、また、それに伴う手数料を得ることができる。
【０２４０】
これにて、実施例５が終了する。
【０２４１】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０２４２】
また、上述した各種情報の権利情報の送信および受信は、既存の電子メール送信技術を用いて実現してもよく、また、構造情報処理装置１００が提供するＷｅｂサイトの提供する機能により、所定の入力フォーマットを提示して利用者等に情報を入力させ、その入力情報を送信することにより実現してもよく、さらに、ＦＴＰ等の既存のファイル転送技術等により実現してもよい。
【０２４３】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０２４４】
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０２４５】
また、構造情報処理装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０２４６】
例えば、構造情報処理装置１００の各サーバが備える処理機能、特に制御部にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて構造情報処理装置１００に機械的に読み取られる。
【０２４７】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（利用者情報データベース１０６ａ〜契約情報データベース１０６ｄ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０２４８】
また、構造情報処理装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０２４９】
さらに、構造情報処理装置１００等の分散・統合の具体的形態は明細書および図面に示すものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる（例えば、グリッド・コンピューティングなど）。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ  Ｇａｔｅｗａｙ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０２５０】
また、情報端末装置２００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション、家庭用ゲーム装置、インターネットＴＶ、ＰＨＳ端末、携帯端末、移動体通信端末またはＰＤＡ等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を必要に応じて接続し、該情報処理装置にウェブ情報のブラウジング機能や電子メール機能を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０２５１】
この情報端末装置２００の制御部２１０は、その全部または任意の一部を、ＣＰＵおよび当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができる。すなわち、ＲＯＭまたはＨＤには、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）と協働してＣＰＵに命令を与え、各種処理を行うためのコンピュータプログラムが記録されている。このコンピュータプログラムは、ＲＡＭにロードされることによって実行され、ＣＰＵと協働して制御部を構成する。
【０２５２】
しかしながら、このコンピュータプログラムは、情報端末装置２００に対して任意のネットワークを介して接続されたアプリケーションプログラムサーバに記録されてもよく、必要に応じてその全部または一部をダウンロードすることも可能である。このあるいは、各制御部の全部または任意の一部を、ワイヤードロジック等によるハードウェアとして実現することも可能である。
【０２５３】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブル・ディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代表されるネットワークを介してプログラムを送信する場合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持する「通信媒体」を含むものとする。
【０２５４】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０２５５】
また、ネットワーク３００は、構造情報処理装置１００と情報端末装置２００とを相互に接続する機能を有し、例えば、インターネットや、イントラネットや、ＬＡＮ（有線／無線の双方を含む）や、ＶＡＮや、パソコン通信網や、公衆電話網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、専用回線網（アナログ／デジタルの双方を含む）や、ＣＡＴＶ網や、ＩＭＴ２０００方式、ＧＳＭ方式またはＰＤＣ／ＰＤＣ―Ｐ方式等の携帯回線交換網／携帯パケット交換網や、無線呼出網や、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ等の局所無線網や、ＰＨＳ網や、ＣＳ、ＢＳまたはＩＳＤＢ等の衛星通信網等のうちいずれかを含んでもよい。すなわち、本システムは、有線・無線を問わず任意のネットワークを介して、各種データを送受信することができる。
【０２５６】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、タンパク質立体構造座標（またはシークエンス）およびデータベースの販売、解析、作成サービスに関して、公開用構造データを、例えば公開用の広告媒体として利用し、構造データ自体の販売を行っていくという新しいビジネスが可能となる構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法を提供することができる。タンパク質の立体構造データやファルマコフォアデータなど、その取得に膨大な時間と費用がかかり、製薬事業に極めて有効に利用されており、そのデータ自体に多大な経済的価値が発生しているのも関わらず、特許法による保護が困難である状況に対しては、不競争法による保護により、データが秘匿されてしまうため技術の公開による累積的進歩を図ることができず、また重複研究などの弊害もある。こうした状況に際し、本発明法による「公開用タンパク質立体構造座標サンプル」、さらには「公開用タンパク質立体構造座標サンプル」を利用したビジネスモデルにより、経済的価値が発生しているタンパク質の立体構造データやファルマコフォアデータの流通を促進し、重複研究をある程度防ぐことも可能となり、バイオインフォマティクス関連事業の研究開発の発展につながる。また、結果としては、タンパク質立体構造座標やそのデータベース等に対しても、知的財産として保護する手段ともなる。
【０２５７】
また、本発明で用いる公開用構造データは、構造情報利用者にとっては有用な情報であるため、購買意欲の促進が期待され、販売促進へとつながる構造情報処理装置、構造情報処理方法、プログラム、記録媒体、構造情報受発注システムおよび構造情報受発注方法を提供することができる。
【０２５８】
本ビジネスモデルに適応可能な、タンパク質立体構造座標（またはシークエンス）さらにはデータベースの販売、および検索、解析、作成サービスとしては、その対象となるデータは、Ｘ線やＮＭＲで解析されたタンパク質の立体構造座標、「ＦＡＭＳ」などホモロジーモデリング法によって構築された立体構造座標、既存立体構造座標に対して、基準振動解析法や分子動力学法を用いて解析された立体構造座標、複数のタンパク質の複合体の立体構造座標、リガンドとタンパク質の複合体の立体構造座標、ＤＮＡとタンパク質との複合体の立体構造座標、糖鎖などで修飾されたタンパク質の立体構造座標、タンパク質の立体構造のもととなるアミノ酸やＤＮＡの一次配列データ、タンパク質のＸ線やＮＭＲ、ＭＡＳＳといった分析方法で得られた実験データ、ＤＮＡやアミノ酸一次配列のアライメントデータ、などのバイオインフォマティックス技術によって算出されるデータ全般におよび、こうしたデータの産業的価値をより高めることができる。
【０２５９】
さらに、構造ゲノミクス領域の急速な進歩に伴い、膨大な数のタンパク質構造データが創出されつつあり、バイオインフォマティクスにおいても、実験的手法により取得されたタンパク質構造データを利用することにより精度が飛躍的に進歩し、創薬事業においてもタンパク質構造データの重要性が増していくことが予想される。こうした状況に対して、構造解析領域の保護に関して、データの創作者および利用者の両者に対して過度な負担を強いることない簡便な仕組みで、これらの構造データについて知的創造サイクルが効率的に回るシステムを作ることにより、関連技術が発展するための土壌を作り出すことが可能となる。そこで、本発明法による「公開用タンパク質立体構造座標サンプル」、さらには「公開用タンパク質立体構造座標サンプル」を利用したビジネスモデルは、こうした構造データについての知的創造サイクルが効率的に回るシステムの作成に寄与することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の基本原理を説明する概念図である。
【図２】本システムの全体構成の一例を示すブロック図である。
【図３】本発明が適用される構造情報処理装置１００の構成の一例を示すブロック図である。
【図４】利用者情報データベース１０６ａに格納される利用者情報の一例を示す図である。
【図５】構造変化部１０２ｈの構成の一例を示すブロック図である。
【図６】本発明が適用される情報端末装置２００の構成の一例を示すブロック図である。
【図７】本実施形態における本システムの実施例１の一例を示すフローチャートである。
【図８】１ＪＴＯのＡ鎖を構造変化させたＣα原子座標のみのモデル（公開用構造データ）の３次元表示例を示す図である。
【図９】１ＪＴＯのＡ鎖の立体構造データのモデル（構造データ）の３次元表示例を示す図である。
【図１０】リゾチーム（１ＪＴＯのＬ鎖：ｂｌａｃｋ）とモデル立体構造（構造変位Ｃαを用いて作成した抗体モデル：ｄａｒｋ  ｇｒｅｙ）および抗体（１ＪＴＯのＡ鎖：ｇｒｅｙ）の結合部分の拡大図の一例を示す図である。
【図１１】本実施形態における本システムの実施例２の一例を示すフローチャートである。
【図１２】ＥＧＦの（１ＪＴＯのＣ鎖）の立体構造のグラフィック表示の一例を示す図である。
【図１３】構造情報受注用Ｗｅｂページの一例を示す図である。
【図１４】構造情報受注用Ｗｅｂページの購入する構造データの選択画面の一例を示す図である。
【図１５】生物種が「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  （ｈｕｇｅ０）」で遺伝子名が「ＫＩＡＡ１２３７」の公開用立体構造座標サンプルの一例を示す図である。
【図１６】提供を希望する公開用立体構造サンプルの一例を示す図である。
【図１７】構造情報提供者へ送信する電子メールの一例を示す図である。
【図１８】構造情報提供者より届いた、公開用立体構造座標サンプルが添付された電子メールの一例を示す図である。
【図１９】「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の公開用立体構造座標サンプルの表示例を示す図である。
【図２０】目的タンパク質の立体構造座標を発注する電子メールの一例を示す図である。
【図２１】構造情報利用者が提供を受けた、発注した目的タンパク質の立体構造座標とアライメント結果の電子メールの一例を示す図である。
【図２２】「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分の購入した立体構造座標のグラフィック表示例を示す図である。
【図２３】「ＫＩＡＡ１２３７」の２９７−３５３番目の残基部分のアミノ酸一次配列アライメント結果の一例を示す図である。
【図２４】本実施形態における本システムの実施例３の一例を示すフローチャートである。
【図２５】１ＪＫ３の立体構造のグラフィック表示例を示す図である。
【図２６】構造情報提供者により公開された「ＦＡＭＳ  Ｅ−ｍａｉｌ  ｓｅｒｖｉｃｅｖｅｒｓｉｏｎ」のｗｅｂページの表示例を示す図である。
【図２７】「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」のアミノ酸配列の表示例を示す図である。
【図２８】構造情報提供者へ送信する電子メールの一例を示す図である。
【図２９】構造情報提供者より届いた公開用立体構造座標サンプルが添付された電子メールの一例を示す図である。
【図３０】「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の公開用立体構造座標サンプルの表示例を示す図である。
【図３１】目的タンパク質の立体構造座標を発注する電子メールの一例を示す図である。
【図３２】構造情報利用者が提供を受けた、発注した目的タンパク質の立体構造座標の電子メールの一例を示す図である。
【図３３】構造情報利用者が提供を受けた、発注した目的タンパク質のアライメント結果の電子メールの一例を示す図である。
【図３４】「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」の購入した立体構造座標のグラフィック表示例を示す図である。
【図３５】「ＭＭ２０＿ＨＵＭＡＮ」のアミノ酸一次配列アライメント結果の一例を示す図である。
【図３６】本システムの実施例４の一例を示す概念図である。
【図３７】本システムの実施例５の一例を示す概念図である。
【符号の説明】
１００  構造情報処理装置
１０２  制御部
１０２ａ  要求解釈部
１０２ｂ  閲覧処理部
１０２ｃ  認証処理部
１０２ｄ  電子メール生成部
１０２ｅ  Ｗｅｂページ生成部
１０２ｆ  送信部
１０２ｇ  構造データ取得部
１０２ｈ  構造変化部
１０２ｉ  契約情報管理部
１０２ｊ  機能判定部
１０２ｋ  ２次構造判定部
１０２ｍ  目的関数調節部
１０２ｎ  結合物質座標変化部
１０２ｐ  公開用構造データ作成部
１０４  通信制御インターフェース部
１０６  記憶部
１０６ａ  利用者情報データベース
１０６ｂ  構造データファイル
１０６ｃ  公開用構造データファイル
１０６ｄ  契約情報データベース
１０８  入出力制御インターフェース部
１１２  入力装置
１１４  出力装置
２００  情報端末装置
２１０  制御部
２１１  Ｗｅｂブラウザ
２１２  電子メーラ
２２０  ＲＯＭ
２３０  ＨＤ
２４０  ＲＡＭ
２５０  入力装置
２６０  出力装置
２６１  モニタ
２６２  プリン
２７０  入出力制御インターフェース
２８０  通信制御インターフェース
３００  ネットワーク
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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