(57)【要約】【課題】世界中に分散さた公共バイオデータベースを一元管理し、生物種別に分類、整理し、逐次最新データを取り込み、更新し、ユーザが求めるデータセットを毎日提供する。【解決手段】ユーザからデータセットの要求を受け付け、登録するユーザ要求登録部と、公共バイオデータベースをミラー処理し、逐次ダウンロードして格納する公共データベース逐次データファイル格納部と、ダウンロードしたデータファイルからエントリ単位にデータを抽出するためのインデックスファイルを作成するインデックスファイル作成部と、ダウンロードしたデータベースと作成したインデックスファイルを用いて生物名称別に整理分類し、生物種別分類データベースを構築する生物種別分類データベース構築部と、ユーザの要求に基づいて生物種別分類データベースとインデックスファイルを用いてユーザが要求するデータセットを構築し出力するユーザデータセット構築部とを有する。【選択図】      図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
バイオインフォマティクス研究に用いられるバイオサイセンス用の公共データベースを加工処理し、ユーザに提供するバイオデータ提供システムであって、
ユーザからデータセットの要求を受け付け、その条件を登録するユーザ要求登録部と、
ネット上に公開されている公共バイオデータベースをミラー処理し、逐次データファイルをダウンロードしてメモリに格納する公共データベース逐次データファイル格納部と、
ダウンロードしたデータファイルからエントリ単位にデータを抽出するための検索可能なインデックスファイルを作成するインデックスファイル作成部と、
ダウンロードしたデータベースと作成したインデックスファイルを用いて生物名称別に整理分類し、生物種別分類データベースを構築する生物種別分類データベース構築部と
前記で登録されたユーザ毎の要求に基づいて、生物種別分類データベースとインデックスファイルを用いてユーザが要求するデータセットを構築するユーザデータセット構築部と
を有することを特徴とするシステム。
【請求項２】
請求項１記載のシステムにおいて、
さらに、
構築したユーザセットを各ユーザ用のＦＴＰサーバにアップロードするデータアップロード部
を有することを特徴とするシステム。
【請求項３】
請求項１記載のシステムにおいて、
前記ユーザ要求登録部は、
ユーザの要求を所定の入力規則で入力させるためのインタフェースを生成するインタフェース生成部をさらに有し、
前記インタフェースを通して入力された情報をユーザ要求格納部に格納するものであることを特徴とするシステム。
【請求項４】
請求項３記載のシステムにおいて、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、少なくとも生物名または属種名を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５】
請求項３記載のシステムにおいて、
前記ユーザ要求登録ユニットは、前記インタフェースを通してユーザが生物指名若しくは属種名を入力させるために、前記生物種別分類データベース構築部によって構築された生物名リストファイルにアクセスして前記生物名又は属種名を検索するための生物名・属主名検索部をさらに有することを特徴とするシステム。
【請求項６】
請求項５記載のシステムにおいて、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、前記ユーザセットをアップロードする先のＦＴＰサーバ名若しくはそのパスを含むものであることを特徴とするシステム。
【請求項７】
請求項４記載のシステムにおいて、
さらに、日々更新されるユーザセットを使用して相同性検索やキーワード検索を提供する検索ユニットを有することを特徴とするシステム。
【請求項８】
請求項４記載のシステムにおいて、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、ユーザへのデータ提供フォーマットを含み、
データアップロード部は、構築したユーザセットを各ユーザ用のＦＴＰサーバにアップロードする前に前記で入力指定されたデータ提供フォーマットに変換するデータフォーマット変換部を有するものであることを特徴とするシステム。
【請求項９】
請求項４記載のシステムにおいて、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、データファイルの更新周期を含み、
前記ユーザデータセット構築ユニットは、ここで入力指定された周期に基づいてユーザが要求するデータセットを構築するものである
ことを特徴とするシステム。
【請求項１０】
（ａ）インターネット上に公開されている世界中の公共バイオデータベースをミラー処理し、逐次データファイルをダウンロードしてメモリに格納する工程と、
（ｂ）ダウンロードしたデータファイルからエントリ単位にデータを抽出するための高速検索可能なインデックスファイルを作成する工程と、
（ｃ）ダウンロードしたデータベースと作成したインデックスファイルを用いて生物名称別に整理分類し、生物種別分類データベースを構築する工程と、
（ｄ）予め登録されたユーザ毎の要求に基づいて、生物種別分類データベースとインデックスファイルを用いてユーザが要求するデータセットを構築する工程と、
（ｅ）構築したユーザセットをユーザ先のＦＴＰサーバにアップロードする工程と
を有することを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１０記載の方法において、
前記ユーザ要求登録工程は、
ユーザの要求を所定の入力規則で入力させるためのインタフェースを生成するインタフェース生成部をさらに有し、
前記インタフェースを通して入力された情報をユーザ要求格納部に格納するものであることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１１記載の方法において、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、少なくとも生物名または属種名を含むことを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１１記載の方法において、
前記ユーザ要求登録ユニットは、前記インタフェースを通してユーザが生物指名若しくは属種名を入力させるために、前記生物種別分類データベース構築部によって構築された生物名リストファイルにアクセスして前記生物名又は属種名を検索するための生物名・属主名検索部をさらに有することを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１２記載の方法において、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、前記ユーザセットをアップロードする先のＦＴＰサーバ名若しくはそのパスを含むものであることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１２記載の方法において、
さらに、日々更新されるユーザセットを使用して相同性検索やキーワード検索を提供する検索ユニットを有することを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１２記載の方法において、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、ユーザへのデータ提供フォーマットを含み、
データアップロード工程は、構築したユーザセットを各ユーザ用のＦＴＰサーバにアップロードする前に前記で入力指定されたデータ提供フォーマットに変換するデータフォーマット変換工程を有するものであることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１２記載の方法において、
前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、データファイルの更新周期を含み、
前記ユーザデータセット構築ユニットは、ここで入力指定された周期に基づいてユーザが要求するデータセットを構築するものである
ことを特徴とする方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
この発明は、バイオインフォマティクス研究に用いられるバイオサイセンス用の複数の異なる公共データベースをユーザの要望するデータセットに加工処理し提供するバイオデータ提供システム及びその方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
バイオインフォマティクス研究等で利用する公共のＤＮＡデータバンクのデータ量は膨大である。現在、毎日数万件のデータがＤＮＡデータバンクに登録され、毎日更新されて公開されている。データ量の増加率は、年率で１．７倍にも達している。
【０００３】
一方、研究者が利用したいのは自分の研究分野に関するデータだけであり、これは膨大なデータバンクに保管されているデータの極一部である。このため、研究者はＳＲＳ、Ｅｎｔｒｅｚ等の検索プログラムを利用してキーワード全文検索を行ったり、ＢＬＡＳＴやＦＡＳＴＡ等を利用して相同性検索を行って目的のデータのみを抽出している。
【０００４】
しかし、このような従来の検索プログラムは検索スピードが遅くまた、必要のないデータまで出力されてしまうという欠点がある。
【０００５】
また、データベース量の急激な増加と比例して登録される生物種も日々増えている。公開中のデータベースには既に１４万種以上の生物名が記載されている。この中から研究者が必要とする生物のデータだけを抜き取るのは簡単ではない。今後ますます、必要とするデータを取り出すのは難しくなると予想される。
【０００６】
【発明が解決しようとする課題】
上述したように、バイオデータベースは生命の設計図であり、ＤＮＡやアミノ酸単位で管理するよりもセントラルドグマとしてデータベースを一括管理することが重要であり、そのデータを即時提供できる環境が必要である。すなわち、データベースの種類としてゲノム、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＳＮＰｓ、アミノ酸、ペプチド、タンパク質立体構造、モチーフ、文献情報などのデータベースを整理せずに漠然と提供するだけではデータベースをユーザは活用できない（非常に使用しづらい）ということがある。
【０００７】
従って、世界中のバイオデータベースをその研究にあった形にカスタマイズし常に最新データを研究者に提供することが重要だと考えられ、ユーザの要求するデータベースを日々更新してあげる技術やサービスを早急に構築することが望まれる。
【０００８】
この発明は上記の事情に鑑みて成されたものであり、その目的は、世界中に分散さた公共バイオデータベースを一元管理し、生物種別に分類、整理し、逐次最新データを取り込み、更新し、ユーザーが求めるデータセットを毎日提供できるようにすることにある。
【０００９】
【課題を解決するための手段】
この発明の第１の観点によれば、バイオインフォマティクス研究に用いられるバイオサイセンス用の公共データベースを加工処理し、ユーザに提供するバイオデータ提供システムであって、ユーザからデータセットの要求を受け付け、その条件を登録するユーザ要求登録部と、インターネット上に公開されている世界中の公共バイオデータベースをミラー処理し、逐次データファイルをダウンロードしてメモリに格納する公共データベース逐次データファイル格納部と、ダウンロードしたデータファイルからエントリ単位にデータを抽出するための高速検索可能なインデックスファイルを作成するインデックスファイル作成部と、ダウンロードしたデータベースと作成したインデックスファイルを用いて生物名称別に整理分類し、生物種別分類データベースを構築する生物種別分類データベース構築部と、前記で登録されたユーザ毎の要求に基づいて、生物種別分類データベースとインデックスファイルを用いてユーザが要求するデータセットを構築するユーザデータセット構築部とを有することを特徴とするシステムが提供される。
【００１０】
このような構成によれば、世界中に分散さた公共バイオデータベースを一元化し、生物種別に分類、整理した生物種別データベースを用意でき、これを利用して、ユーザーが求めるデータセットを用意して提供することができる。
【００１１】
この発明の１の実施形態によれば、このシステムは、さらに、構築したユーザセットを各ユーザ用のＦＴＰサーバにアップロードするデータアップロード部を有する。
【００１２】
また、この発明の他の１の実施形態によれば、前記ユーザ要求登録部は、ユーザの要求を所定の入力規則で入力させるためのインタフェースを生成するインタフェース生成部をさらに有し、前記インタフェースを通して入力された情報をユーザ要求格納部に格納するものである。この場合、前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、少なくとも生物名または属種名を含むものであることが好ましい。また、前記ユーザ要求登録ユニットは、前記インタフェースを通してユーザが生物指名若しくは属種名を入力させるために、前記生物種別分類データベース構築部によって構築された生物名リストファイルにアクセスして前記生物名又は属種名を検索するための生物名・属主名検索部をさらに有することが望ましい。また、前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、前記ユーザセットをアップロードする先のＦＴＰサーバ名若しくはそのパスを含むものである。
【００１３】
更なる他の１の実施形態によれば、このシステムは、さらに、日々更新されるユーザセットを使用して相同性検索やキーワード検索を提供する検索ユニットを有する。
【００１４】
更なる他の１の実施形態によれば、このシステムでは、前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、ユーザへのデータ提供フォーマットを含み、データアップロード部は、構築したユーザセットを各ユーザ用のＦＴＰサーバにアップロードする前に前記で入力指定されたデータ提供フォーマットに変換するデータフォーマット変換部を有するものである。
【００１５】
更なる他の１の実施形態によれば、前記インタフェースを通してユーザに入力させる情報は、データファイルの更新周期を含み、前記ユーザデータセット構築ユニットは、ここで入力指定された周期に基づいてユーザが要求するデータセットを構築するものである。
【００１６】
この発明の他の特徴と顕著な効果は、発明の実施の形態の項と添付した図面とを参照することで当業者により明確に理解される。
【００１７】
【発明の実施の形態】
以下、添付した図面を参照し、この発明の一実施形態について説明する。
【００１８】
図１は、この発明の一実施形態にかかるシステム１の全体構成を示す概略構成図である。
【００１９】
このシステム１は、大きく分けてデータベース構築システム２とユーザ用データファイル公開システム３とからなる。データベース構築システム２は、公衆回線網やインターネット網、専用回線等の各種ネットワーク網４を介して異なる公共バイオデータベース５…に接続可能になっている。このデータベース構築システム２は、各公共バイオデータベース５…から更新されたデータをダウンロードし、後で詳しく説明するように生物種別のバイオデータベースを構築する。ユーザ用データファイル公開システム３は、この生物種別バイオデータベースと各契約ユーザからの要求とに基づいて各契約ユーザ用のカスタマイズされたデータセットを生成し、これを各種ネットワーク網６を介してユーザ用ＦＴＰサイト７…にアップロードする機能を有する。
【００２０】
データベース構築システム
図２は、前記データベース構築システム２を示す概略構成図である。
【００２１】
このシステム２では、ＣＰＵ１０、メモリ１１、Ｉ／Ｏ１２および入出力部１３が接続されてなるバス１４に、プログラム格納部１５とデータ格納部１６が接続されてなる。前記プログラム格納部１５は、この発明にのみ関係するのみ挙げると、メインプログラム１８の他、ユーザ要求登録プログラム１９と、公共データベース取得プログラム２０と、インデックスファイル作成プログラム２１と、生物種別分類データベース構築プログラム２２と、エントリデータ抽出プログラム（ＨＥＥＴ）２３と、フォーマット変換プログラム２４と、提供データセット構築プログラム２５とを有する。
【００２２】
また、前記データ格納部１６には、公共データベース２６と、インデックスデータファイル２７と、生物種別分類データベース２８と、公共データベース抽出データファイル２９と、フォーマット変換済みデータファイル３０と、ユーザ所望データセットファイル３１と、ユーザ要求登録ファイル３２が格納されている。
【００２３】
これらの各構成要素１５〜３２は、実際には、コンピュータシステムに接続されたハードディスク等の記録媒体に確保された一定の領域及びその領域にインストールされたソフトウエアプログラムであり、前記ＣＰＵ１０によってメモリ１１上に呼び出されて実行されることにより本発明の機能を奏するものである。
【００２４】
次に、前記各プログラムの構成及び機能について、それぞれの実際の動作に沿って詳しく説明する。
【００２５】
（１）ユーザ要求登録プログラム
前記ユーザ要求登録プログラム１９は、各ユーザからの要望を受取って前記ユーザ要求登録ファイル３２に格納する機能を有する。このために、このユーザ要求登録プログラム１９は、図３に示すように、ユーザから入力を受け付けるためのインタフェースを生成するインタフェース生成部４０と、前記生物種分類データファイルに基づいて生物種分類検索を行わせる生物種分類検索部４１と、このインタフェースを通して受取った情報を所定のフォーマットでユーザ要求登録ファイル３２に記述する登録部４２とを有する。
【００２６】
前記インタフェース生成部４０により生成されるインタフェースは図４に示すようなものであり、このインタフェースは、ユーザ要求設定部４３と、生物名選択部４４と、選択済み生物名表示部４５とからなる。ユーザ要求設定部４３には、設定項目として、対象データベース４６、出力フォーマット４７、ディビジョン指定４８、更新スパン４９、データファイル転送方法５０がユーザ選択可能に表示されている。また、データファイルをアップロードする場合のＦＴＰサイトの指定欄５１が設けられている。さらに、生物名や属種名については検索欄５２にキーワードを入力して検索ボタン５３を押すことによって検索・絞り込み可能になっている。この検索／絞り込みは、生物名選択部４４及び選択済み生物名表示部４５を利用して行われる。
【００２７】
図５は、生物名の検索及び選択の例を示す図である。
【００２８】
この図は、対象生物名にキーワード”Ｓｑｕｉｄ”を入力して検索ボタンを押した例である。この場合、後で説明する更新された最新の生物学名リストファイル６４に対して検索がかけられ、前記生物名選択部４４の欄に、このキーワードを含む生物名群５５が選択候補として選択表示される。この生物名群５５のうち所望のものをクリックすることで、選択済み生物名表示部４５の欄にその生物名５６が表示される。
【００２９】
上記各項目４６〜５１の入力及び生物名の選択が終了したならば、登録ボタン５７を押すことで、設定した情報が、当該ユーザに関連付けられた状態でユーザ要求登録ファイル３２（図２）に登録される。なお、前記生物名の情報は、後で説明する生物シーケンス番号が前記リストファイルから取り出されて登録される。
【００３０】
（２）公共データベース取得プログラム
前記公共データベース取得プログラム２０は、インターネット上に公開されている世界中の公共バイオデータベース５…をミラー処理し、逐次データファイルをダウンロードし、前記データ格納部内の公共データベース２６に格納する機能を有する。
【００３１】
一般的に利用可能な主要公共バイオデータベースとしては、ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬ、ＤＤＢＪ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＰＩＲ、ＰＤＢなどがある。
【００３２】
これらのダウンロードサイト（ＦＴＰ  ｓｉｔｅ）は現在のところ以下の通りである。
▲１▼ＧｅｎＢａｎｋ：（米国）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／
ｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ（ｎｅｗ  ｄａｔａ）：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／ｄａｉｌｙ−ｎｃ／
▲２▼ＥＭＢＬ：（英国）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｐｕｂ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ｅｍｂｌ／ｒｅｌｅａｓｅ／
ｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ（ｎｅｗ  ｄａｔａ）：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｐｕｂ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ｅｍｂｌ／ｎｅｗ／
▲３▼ＤＤＢＪ：（日本）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｄａｔａｂａｓｅ／ｄｄｂｊ／
ｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ（ｎｅｗ  ｄａｔａ）：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｄａｔａｂａｓｅ／ｄｄｂｊｎｅｗ／
▲４▼Ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔ：（スイス）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｋｒ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔ／ｒｅｌｅａｓｅ／
ｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ（ｎｅｗ  ｄａｔａ）：  ｆｔｐ：／／ｋｒ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｄａｔａｂａｓｅｓ／ｓｗｉｓｓ−ｐｒｏｔ／ｕｐｄａｔｅｓ／
▲５▼ＰＩＲ：（米国）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｎｂｒｆａ．ｇｅｏｒｇｅｔｏｗｎ．ｅｄｕ／ｐｉｒ＿ｄａｔａｂａｓｅｓ／ｐｓｄ／ｃｏｄａｔａ／
▲６▼ＰＤＢ：（米国）
Ｒｅｌｅａｓｅ：  ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐｕｂ／ｐｄｂ／ｄａｔａ／ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ／ｄｉｖｉｄｅｄ／ｐｄｂ／
【００３３】
これらのデータファイルは全てテキストのフラットファイルであり、データフォーマットはデータベース毎に全て異なる。また、ファイル名もファイル名については上記のアドレスをアクセスすれば分かるように、各バンク毎に異なる。
【００３４】
これらのデータファイルをミラー処理するために、この実施形態の前記公共バイオデータ取得プログラム２０はミラープログラム（例えば公知の「ｍｉｒｒｏｒ．ｐｌ」）を使用する。このミラープログラムにより、必要とするデータファイルを相手のＦＴＰサーバから自動的にダウンロードすることができる。通常のミラープログラムの場合、一度コピーされたファイルはリモート側のファイルが更新されない限りデータは再転送されないようになっている。
【００３５】
たとえば、ＧｅｎＢａｎｋのｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ  ｆｉｌｅをミラーする場合ミラープログラムで毎日下記のアドレスにアクセスする
ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／ｄａｉｌｙ−ｎｃ／
このサイトでは、その日に公開されたデータを１ファイルにまとめたデータファイルが１つ追加される。たとえば、実際のファイルは以下のような名前で毎日作成されている。
【００３６】
ｎｃ０３２０．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２１．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２２．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２３．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２４．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２５．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２６．ｆｌａｔ．ｇｚ
ｎｃ０３２７．ｆｌａｔ．ｇｚ
【００３７】
例えば、”ｎｃ０３２７．ｆｌａｔ．ｇｚ”というファイルは３月２７日に公開された全てのデータを含んだファイルであることを表している。そして３月２７日にファイルが追加されている。前記ミラープログラムは追加されたファイルを自動的に見つけそのファイルを自動転送し、前記データ格納部１６内の公共データベース２６に格納する。
【００３８】
（３）インデックス作成プログラム
このインデックス作成プログラム２１は、ダウンロードした公共データベース２６からエントリ単位にデータを抽出するための高速検索可能なインデックスファイル２７を作成する機能を有する。
【００３９】
ここでいうエントリとは通常データベース用語でいうレコードである。１エントリは１件の登録データを意味し、必ず１エントリ毎にユニークなアクセッション番号が振られている。この番号は論文に掲載され、この番号をキーにしてデータを検索することができる。
【００４０】
ここで、ＧｅｎＢａｎｋとＤＤＢＪの１エントリの形式はＬＯＣＵＳから始まり／／で終わる。また、ＥＭＢＬはＩＤから始まり／／で終わる。図６はＧｅｎＢａｎｋのフォーマット及びＤＤＢＪの１エントリの例であり、図７はＥＢＭＬの１エントリの例である。公共データベース２６は、このように１データを１エントリとして公開されている。
【００４１】
前記インデックスファイル２７の使用目的は前記のようなエントリの位置を高速に検索し、そのデータを瞬時に抽出することである。このインデックスファイルは高速検索に使用するためバイナリ形式で作成される。
【００４２】
後で説明するように、エントリデータ抽出プログラム（ＨＥＥＴ）２３でこのインデックスファイルからエントリ位置情報を取得し、その位置情報を元にフラットファイル（ミラーした元ファイル）からエントリを抽出する。
【００４３】
ここでＨＥＥＴには大きな特徴がある。それは元データがどんなに増大しても検索速度が落ちない（変わらない）ということである。速度が劣化しない理由は、インデックスの持ち方（構造）にある。
【００４４】
すなわち、エントリは基本的にはユニークに登録されているアクセッション番号をキーにして検索し抽出する。そのアクセッション番号の構成はアルファベット１文字＋数字５文字とアルファベット２文字＋数字６文字で成り立っている。たとえば、”Ｄ１２３４５”、”ＡＢ１２３４５６”というような番号である。
【００４５】
そこで、その数値の番号をハッシュにしてアルファベット部分をファイル名にしたインデックスファイルを作成してしまえば非常にスムーズに検索ができるのである。したがって、この実施形態のインデックス作成プログラム２１は、エントリ内のアクセッション番号を読み取ってインデックスファイルを作成する機能を備える。
【００４６】
このインデックス作成プログラム２１が作成するインデックスファイル名は従って以下の様な名前になる。
2004348532.tif 000003
ここでハイフォン（−）のあるファイルは６桁番号のインデックスファイルである。
【００４７】
インデックスファイルのデータ構造は非常にシンプルで、例えば、以下のようになる。
ｓｔｒｕｃｔ  ｄａｔａ  ｛
ｉｎｔ  ｆｉｌｅ＿ｎｏ；    ＜−−  フラットファイル（元ファイル）の番号
ｌｏｎｇ  ｏｆｆｓｅｔ；    ＜−−  ｓｅｅｋするためのデータの先頭アドレス
ｌｏｎｇ  ｓｉｚｅ；        ＜−−  １エントリ分のデータサイズ
｝  ｉｄｘｂｕｆ［１００００００］；＜−−  １つのｐｒｅｆｉｘ（先頭アルファベット）で最大１００万通り存在する。
【００４８】
このデータ構造でインデックスを作成した場合、データの更新追加も非常に容易にできることになる。
【００４９】
また、インデックスファイルのデータ構造を図にすると図８に示すようになる。
【００５０】
（４）生物種別分類データベース構築プログラム
生物種別分類データベース構築プログラム２２は、ダウンロードした公共データベース２６と上記で作成したインデックスファイル２７とを用いて、前記公共データベース２６を生物名称別に整理分類し、生物種別分類データベース２８を構築する機能を奏する。
【００５１】
生物種別分類データベース２８は基本的に前記公共データベース内のエントリデータを生物種別に分類してなるフラットファイルの集合体である。特にＲＤＢＭＳ等のデータベースソフトを使用している訳ではないのでフィールド名などは特に存在しない。
【００５２】
既存のＲＤＢＭＳなどのデータベースソフトを使用しない理由は、データベースソフトを使用するとそのソフトに１００％依存してしまうからである。１００％依存するとシステムを柔軟に変更できないことになる。また、商用データベースソフトは非常に高価で、維持費もかなりかかることになる。
【００５３】
もう一つの利点は移植性に優れていることである。構築するマシンのＯＳがＵＮＩＸかＬＩＮＵＸであれば容易にデータベースを構築できる。
【００５４】
この生物種別分類データベース構築プログラム２２は、生物学名リスト処理部６０と、生物種別アクセッション番号リストファイル作成部６１と、生物種別エントリ抽出部６２と、データベース構築部６３とを有する。以下、これらの構成要素の機能をその動作と共に説明する。
【００５５】
まず、前記生物学名リスト処理部６０は、現時点の登録されている生物種名に番号を振る機能を有する。例えば、ＮＣＢＩ（ＧｅｎＢａｎｋ）が管理公開しているＵｎｉｆｉｅｄ  ｔａｘｏｎｏｍｙ（生物種学名リスト）を基に全生物種名にシーケンシャルに番号を振る。
【００５６】
Ｕｎｉｆｉｅｄ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  Ｆｉｌｅ：
ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｕｂ／ｔａｘｏｎｏｍｙ／ｔａｘｄｕｍｐ．ｔａｒ．ｇｚ
このようにして処理した生物学名リストは生物学名リストファイル６４として格納される。
【００５７】
次に、前記生物種別アクセッション番号リストファイル作成部６１は、前記ダウンロードした公共データベース（フラットファイル）２６から各エントリ毎に生物名を抜き取りそのアクセッション番号をその前記生物種毎のリストファイル６４に格納する。また、生物種毎にディビジョン分割も行う。
【００５８】
ディビジョンとは大まかな生物分類のことで、たとえばウイルス、バクテリア、哺乳類、無脊椎動物、植物などのように大分類したものである。
【００５９】
この作業は全データについて行い１生物名について１つのリストファイル６４が作成される。現在生物種の数は約１４万種存在する。このリスト作成は最初に１回全データについて構築し、それ以降は毎日ｄａｉｌｙ  ｕｐｄａｔｅ  ｄａｔａを追加していく。
【００６０】
次に、前記生物種別エントリ抽出部６２は、前記エントリデータ抽出プログラム２３を用いて、前記で作成したリストファイルを基に生物種毎にフラットファイルを構築する。すなわち、前記リストファイル６４（アクセッション番号）及びインデックスファイル２７を用いて前記公共データベース２６から生物種別毎のエントリの抽出を高速で行う。
【００６１】
アクセッション番号”ＡＢ１２３４５６”のエントリを抽出する場合、ＡＢ．ｄａｔファイルでハッシュの添字が［１２３４５６］の位置にあるデータを参照することで、エントリの位置を特定でき、このエントリを抽出することができる。
【００６２】
そして、前記データベース構築部６３は、前記エントリを用いて生物種別分類データベース２８を構築する。
【００６３】
この実施形態では、この構築部６３で構築する生物種別分類データベースのディレクトリ構成を以下のようになっている。
【００６４】
ディレクトリ構成は２つのパターンが存在する。
【００６５】
１つは人間が使いやすい（参照しやすい）ように構成した生物名を用いたディレクトリ構成であり、もう１つはコンピュータがデータベースを構築しやすくするための生物シーケンス番号を用いたディレクトリ構成である。なお、ディレクトリ構成は２つあるが、データは１つである。
【００６６】
▲１▼生物名を用いたディレクトリ構成（人間が使いやすい構成）
このディレクトリ構成は、「／先頭１文字目／先頭から３文字／生物名／データファイル群」となっている。
【００６７】
実際のディレクトリ構成例は以下のようになる。
・生物名の先頭１文字目のディレクトリ
ａ  ｂ  ｃ  ｄ  ｅ  ｆ  ｇ  ｈ  ｉ  ｊ  ｋ  ｌ  ｍ  ｎ  ｏ  ｐ  ｑ  ｒ  ｓ  ｔ  ｕ  ｖ  ｗ  ｘ  ｙ  ｚ
【００６８】
・先頭３文字目のディレクトリ（以下例は先頭１文字目が”ｈ”の場合）
ｈ−ｐ    ｈａｄ    ｈａｌ    ｈａｔ    ｈｅｂ    ｈｅｍ    ｈｅｕ    ｈｉｅ    ｈｉｐ    ｈｏｂ    ｈｏｌ    ｈｏｓ    ｈｕ３    ｈｕｍ    ｈｙａ    ｈｙｎ    ｈ−ｓ    ｈａｅ    ｈａｍ    ｈａｕ    ｈｅｃ    ｈｅｎ    ｈｅｖ    ｈｉｇ    ｈｉｒ    ｈｏｄ    ｈｏｍ    ｈｏｔ    ｈｕａ    ｈｕｎ    ｈｙｂ    ｈｙｏ    ｈ１ｎ    ｈａｆ    ｈａｎ    ｈａｖ    ｈｅｄ    ｈｅｐ    ｈｅｘ    ｈｉｌ    ｈｉｓ    ｈｏｆ    ｈｏｎ    ｈｏｕ    ｈｕｂ    ｈｕｏ    ｈｙｄ    ｈｙｐ    ｈａａ    ｈａｇ    ｈａｐ    ｈａｗ    ｈｅｇ    ｈｅｒ    ｈｅｙ    ｈｉｍ    ｈｉｔ    ｈｏｇ    ｈｏｏ    ｈｏｖ    ｈｕｃ    ｈｕｐ    ｈｙｇ    ｈｙｒ    ｈａｂ    ｈａｈ    ｈａｒ    ｈａｙ    ｈｅｉ    ｈｅｓ    ｈｉａ    ｈｉｎ    ｈｉｖ    ｈｏｈ    ｈｏｐ    ｈｏｗ    ｈｕｇ    ｈｕｓ    ｈｙｌ    ｈｙｓ    ｈａｃ    ｈａｋ    ｈａｓ    ｈａｚ    ｈｅｌ    ｈｅｔ    ｈｉｂ    ｈｉｏ    ｈｉｚ    ｈｏｊ    ｈｏｒ    ｈｏｙ    ｈｕｌ    ｈｕｔ    ｈｙｍ    ｈｚ−
【００６９】
2004348532.tif 000004
この生物名ディレクトリ名は、この後に説明する生物名の番号ディレクトリにシンボリックリンクされている。
【００７０】
上記の例で生物名ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）のデータを見つけるには
／ｈ／ｈｏｍ／ｈｏｍｏ＿ｓａｐｉｅｎｓ／
のディレクトリを指定すればヒトの全データファイルを参照できる。
【００７１】
このディレクトリ構成はあくまで人間が使いやすい様にした構成でありシステム処理的には適さない。
【００７２】
▲２▼生物番号を用いたディレクトリ構成（コンピュータが使いやすい構成）
この場合のディレクトリは「／生物番号の左側３桁／生物番号の右側３桁／データファイル群」となる。この構成では、生物番号は数字６桁で構成され、００００００から９９９９９９番（１００万種）まで対応できる。
【００７３】
実際のディレクトリ構成例は以下のようになる。
・生物番号の左側３桁の生物番号のディレクトリ
０００    ００８    ０１６    ０２４    ０３２    ０４０    ０４８    ０５６    ０６４    ０７２    ０８０    ０８８    ０９６    １０４    １１２
００１    ００９    ０１７    ０２５    ０３３    ０４１    ０４９    ０５７    ０６５    ０７３    ０８１    ０８９    ０９７    １０５    １１３
００２    ０１０    ０１８    ０２６    ０３４    ０４２    ０５０    ０５８    ０６６    ０７４    ０８２    ０９０    ０９８    １０６    １１４
００３    ０１１    ０１９    ０２７    ０３５    ０４３    ０５１    ０５９    ０６７    ０７５    ０８３    ０９１    ０９９    １０７    １１５
００４    ０１２    ０２０    ０２８    ０３６    ０４４    ０５２    ０６０    ０６８    ０７６    ０８４    ０９２    １００    １０８    １１６
００５    ０１３    ０２１    ０２９    ０３７    ０４５    ０５３    ０６１    ０６９    ０７７    ０８５    ０９３    １０１    １０９
００６    ０１４    ０２２    ０３０    ０３８    ０４６    ０５４    ０６２    ０７０    ０７８    ０８６    ０９４    １０２    １１０
００７    ０１５    ０２３    ０３１    ０３９    ０４７    ０５５    ０６３    ０７１    ０７９    ０８７    ０９５    １０３    １１１
【００７４】
・生物番号の右側３桁の生物番号のディレクトリ（左側３桁が０００の場合）
０００    ０６３    １２６    １８９    ２５２    ３１５    ３７８    ４４１    ５０４    ５６７    ６３０    ６９３    ７５６    ８１９    ８８２    ９４５
００１    ０６４    １２７    １９０    ２５３    ３１６    ３７９    ４４２    ５０５    ５６８    ６３１    ６９４    ７５７    ８２０    ８８３    ９４６
００２    ０６５    １２８    １９１    ２５４    ３１７    ３８０    ４４３    ５０６    ５６９    ６３２    ６９５    ７５８    ８２１    ８８４    ９４７
００３    ０６６    １２９    １９２    ２５５    ３１８    ３８１    ４４４    ５０７    ５７０    ６３３    ６９６    ７５９    ８２２    ８８５    ９４８
００４    ０６７    １３０    １９３    ２５６    ３１９    ３８２    ４４５    ５０８    ５７１    ６３４    ６９７    ７６０    ８２３    ８８６    ９４９
００５    ０６８    １３１    １９４    ２５７    ３２０    ３８３    ４４６    ５０９    ５７２    ６３５    ６９８    ７６１    ８２４    ８８７    ９５０
００６    ０６９    １３２    １９５    ２５８    ３２１    ３８４    ４４７    ５１０    ５７３    ６３６    ６９９    ７６２    ８２５    ８８８    ９５１
００７    ０７０    １３３    １９６    ２５９    ３２２    ３８５    ４４８    ５１１    ５７４    ６３７    ７００    ７６３    ８２６    ８８９    ９５２
〜
〜
：
０５３    １１６    １７９    ２４２    ３０５    ３６８    ４３１    ４９４    ５５７    ６２０    ６８３    ７４６    ８０９    ８７２    ９３５    ９９８
０５４    １１７    １８０    ２４３    ３０６    ３６９    ４３２    ４９５    ５５８    ６２１    ６８４    ７４７    ８１０    ８７３    ９３６    ９９９
０５５    １１８    １８１    ２４４    ３０７    ３７０    ４３３    ４９６    ５５９    ６２２    ６８５    ７４８    ８１１    ８７４    ９３７
０５６    １１９    １８２    ２４５    ３０８    ３７１    ４３４    ４９７    ５６０    ６２３    ６８６    ７４９    ８１２    ８７５    ９３８
０５７    １２０    １８３    ２４６    ３０９    ３７２    ４３５    ４９８    ５６１    ６２４    ６８７    ７５０    ８１３    ８７６    ９３９
０５８    １２１    １８４    ２４７    ３１０    ３７３    ４３６    ４９９    ５６２    ６２５    ６８８    ７５１    ８１４    ８７７    ９４０
０５９    １２２    １８５    ２４８    ３１１    ３７４    ４３７    ５００    ５６３    ６２６    ６８９    ７５２    ８１５    ８７８    ９４１
０６０    １２３    １８６    ２４９    ３１２    ３７５    ４３８    ５０１    ５６４    ６２７    ６９０    ７５３    ８１６    ８７９    ９４２
０６１    １２４    １８７    ２５０    ３１３    ３７６    ４３９    ５０２    ５６５    ６２８    ６９１    ７５４    ８１７    ８８０    ９４３
０６２    １２５    １８８    ２５１    ３１４    ３７７    ４４０    ５０３    ５６６    ６２９    ６９２    ７５５    ８１８    ８８１    ９４４
生物分類データベースを構築（作成、更新）するのはこのディレクトリ構成を使用する。
【００７５】
この例で、ヒトのデータを参照したい場合はｕｎｉｆｉｅｄ  ｔａｘｏｎｏｍｙに振った番号を調べその番号のディレクトリを参照する。例えば、ヒトの番号が０００００１番ならばディレクトリは  ／０００／００１／  となる。前述したように、生物名で表したディレクトリがこのディレクトリをシンボリックリンクしているためデータファイルは一元管理されている。
【００７６】
（５）フォーマット変換処理プログラム
前記で作成した生物種毎のフラットファイル（生物種別分類データベース）をＦＡＳＴＡ形式、ＢＬＡＳＴ形式、ＸＭＬなどにフォーマット変換したデータファイルを作成する。
【００７７】
したがって、生物種別分類データベースは以下のファイル群から成り立つ。
【００７８】
生物名別アクセッション番号リストファイル
生物名別フラットファイル
生物名別ＦＡＳＴＡフォーマットファイル
生物名別ＢＬＡＳＴフォーマットファイル
生物名別ＸＭＬフォーマットファイル
また、生物種毎のデータファイル構成には以下のようになる。
アクセッション番号リストファイル：  生物名称．ａｃｃ
フラットファイル    ：  ディビジョン名．ｓｅｑ
ＦＡＳＴＡファイル          ：  ディビジョン名．ｆａｓｔａ
ＢＬＡＳＴファイル          ：  ディビジョン名．ｎｈｒ  ディビジョン名．ｎｉｎ  ディビジョン名．ｎｓｑ
ＸＭＬファイル              ：  ディビジョン名．ｘｍｌ
したがって、実ファイル例は以下のようになる。
【００７９】
ｈｏｍｏ＿ｓａｐｉｅｎｃｅ．ａｃｃ
ｅｓｔ．ｓｅｑ    ｈｔｇ．ｓｅｑ    ｓｔｓ．ｓｅｑ
ｇｓｓ．ｓｅｑ    ｈｕｍ．ｓｅｑ    ｓｙｎ．ｓｅｑ
ｈｔｃ．ｓｅｑ    ｐａｔ．ｓｅｑ    ｕｎａ．ｓｅｑ
ｅｓｔ．ｆａｓｔａ    ｈｔｇ．ｆａｓｔａ    ｓｔｓ．ｆａｓｔａ
ｇｓｓ．ｆａｓｔａ    ｈｕｍ．ｆａｓｔａ    ｓｙｎ．ｆａｓｔａ
ｈｔｃ．ｆａｓｔａ    ｐａｔ．ｆａｓｔａ    ｕｎａ．ｆａｓｔａ
ｅｓｔ．ｎｈｒ    ｈｔｇ．ｎｈｒ    ｓｔｓ．ｎｈｒ
ｇｓｓ．ｎｈｒ    ｈｕｍ．ｎｈｒ    ｓｙｎ．ｎｈｒ
ｈｔｃ．ｎｈｒ    ｐａｔ．ｎｈｒ    ｕｎａ．ｎｈｒ
ｅｓｔ．ｎｉｎ    ｈｔｇ．ｎｉｎ    ｓｔｓ．ｎｉｎ
ｇｓｓ．ｎｉｎ    ｈｕｍ．ｎｉｎ    ｓｙｎ．ｎｉｎ
ｈｔｃ．ｎｉｎ    ｐａｔ．ｎｉｎ    ｕｎａ．ｎｉｎ
ｅｓｔ．ｎｓｑ    ｈｔｇ．ｎｓｑ    ｓｔｓ．ｎｓｑ
ｇｓｓ．ｎｓｑ    ｈｕｍ．ｎｓｑ    ｓｙｎ．ｎｓｑ
ｈｔｃ．ｎｓｑ    ｐａｔ．ｎｓｑ    ｕｎａ．ｎｓｑ
ｅｓｔ．ｘｍｌ    ｈｔｇ．ｘｍｌ    ｓｔｓ．ｘｍｌ
ｇｓｓ．ｘｍｌ    ｈｕｍ．ｘｍｌ    ｓｙｎ．ｘｍｌ
ｈｔｃ．ｘｍｌ    ｐａｔ．ｘｍｌ    ｕｎａ．ｘｍｌ
なお、前記ディビジョンは以下のようになっている。
【００８０】
ｂｃｔ−バクテリア（ｂａｃｔｅｒｉａ）
ｅｓｔ−ＥＳＴ（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔａｇｓ）
ｇｓｓ−ゲノム研究関連の配列（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｕｒｖｅｙ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）
ｈｔｃ−Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｃＤＮＡ
ｈｔｇ−ゲノム研究関連の配列（Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）
頻繁にアップデートされるゲノムプロジェクトに由来するデータ
ｈｕｍ−ヒト（ｈｕｍａｎ）
ｉｎｖ−無脊椎動物（ｉｎｖｅｒｔｅｂｒａｔｅｓ）
ｍａｍ−哺乳類（ｈｕｍ、ｐｒｉを除く）  （ｏｔｈｅｒ  ｍａｍｍａｌｉａｎ）
ｐａｔ−特許データ（ｐａｔｅｎｓ）
ｐｈｇ−バクテリオファージ（ｐｈａｇｅｓ（ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ））
ｐｌｎ−植物・酵母・藻類（ｐｌａｎｔｓ，ｆｕｎｇｉ（ｆｕｎｇａｌ）  ａｎｄ  ａｌｇａｅ（ａｌｇａｌ））
ｐｒｉ−ヒト以外の霊長類（ｈｕｍを除く）  （ｐｒｉｍａｔｅｓ）
ｒｏｄ−齧歯類（ｒｏｄｅｎｔｓ）
ｓｔｓ−ＳＴＳ（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔａｇｇｅｄ  Ｓｉｔｅｓ）
ｓｙｎ−合成配列（合成遺伝子）（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ａｎｄ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）
ｕｎａ−未注釈データ（ｕｎａｎｎｏｔａｔｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）
ｖｒｌ−ウィルス（ｖｉｒｕｓｅｓ（ｖｉｒａｌ））
ｖｒｔ−哺乳類以外の脊椎動物（ｈｕｍ、ｍａｍ、ｐｒｉ、ｒｏｄを除く）（ｏｔｈｅｒ  ｖｅｒｔｅｂｒａｔｅｓ）
【００８１】
2004348532.tif 000005
【００８２】
（６）提供データセット構築プログラム
前記提供データセット構築プログラム２５は、前記ユーザ要求登録ファイル３２から取り出したユーザの要求に基づき、インデックスファイル２７を用いて生物種別分類データベースから、ユーザが要求するデータセット３１を構築する。
【００８３】
そして、構築したデータセット３１を前記データファイル公開システム３に転送する。
【００８４】
データファイル公開システム
図１０は、データファイル公開システム３を示す概略構成図である。
【００８５】
このシステム３では、ＣＰＵ７０、メモリ７１、Ｉ／Ｏ７２および入出力部７３が接続されてなるバス７４に、プログラム格納部７５とデータ格納部７６が接続されてなる。前記プログラム格納部７５は、この発明にのみ関係するのみ挙げると、メインプログラム（図示せず）の他、データセット配布プログラム７８と、相同性検索ＤＢ作成プログラム７９と、相同性検索プログラム８０とが格納されている。また、データ格納部７６には、前記データベース構築システム２から受取ったユーザ配布用データセットファイル８１と、前記相同性検索ＤＢ作成プログラム７９によって作成されたユーザ毎の相同性検索用データファイル８２とが格納されている。
【００８６】
まず、前記データセット配布プログラム７８は、前記ユーザ配布用データセット８１（ユーザが要求したデータファイル）をユーザ先のＦＴＰサイト７にアップロードする機能を有する。
【００８７】
また、前記相同性検索ＤＢ作成プログラム７９は、前記ユーザ配布用のデータセットファイル８１を利用して、相同性検索用データファイル８２を生成する。そして、前記相同性検索プログラム８０は、各ユーザからのアクセスを処理し、前記相同性検索用データファイル８２に接続して相同性検索やキーワード検索をＷｅｂ上で実行させるものである。
【００８８】
図１１に示すように、前記公共データベース取得処理から前記相同性検索用ＤＢの作成処理までの処理（Ｓ１〜Ｓ７）は、毎日繰り返される。また、前記データセットの配布処理（Ｓ８）は、ユーザの指定したスパン（毎日、毎週、１月毎）に従って実行される。
【００８９】
また、上記各構成要素の機能を示すと図１２に示すようになる。
【００９０】
なお、この発明は上記一実施形態に限定されるものではなく、発明の要旨を変更しない範囲で種々変形可能であることはいうまでもない。
【００９１】
例えば、上記一実施形態で挙げた公共データベースは一例でしかなく、これらに限定されるものではない。
【００９２】
【発明の効果】
以上説明したように、この発明によれば、世界中に分散さた公共バイオデータベースを一元管理し、生物種別に分類、整理し、逐次最新データを取り込み、更新し、ユーザが求めるデータセットを毎日提供できる。
【図面の簡単な説明】
【図１】この発明の一実施形態を示す概略構成図。
【図２】データファイル構築システムを示すシステム構成図。
【図３】ユーザ要求登録プログラムを示す概略構成図。
【図４】ユーザ要求設定インタフェースを示す模式図。
【図５】ユーザ要求設定インタフェースを示す模式図。
【図６】公共データベースのエントリフォーマットの例を示す図。
【図７】公共データベースのエントリフォーマットの例を示す図。
【図８】インデックスファイルのデータ構造を示す図。
【図９】生物種別データベース構築プログラムを示す概略構成図。
【図１０】データファイル公開システムを示す概略構成図。
【図１１】この実施形態による処理手順を示すフローチャート。
【図１２】この実施形態による処理手順を示すブロック図。
【符号の説明】
１…システム
２…データベース構築システム
３…ユーザ用データファイル公開システム
３…データファイル公開システム
４…ネットワーク網
５…公共バイオデータベース
７…ＦＴＰサイト
１０…ＣＰＵ
１１…メモリ
１３…入出力部
１４…バス
１５…プログラム格納部
１６…データ格納部
１８…メインプログラム
１９…ユーザ要求登録プログラム
２０…公共データベース取得プログラム
２１…インデックスファイル作成プログラム
２２…生物種別分類データベース構築プログラム
２４…フォーマット変換プログラム
２５…提供データセット構築プログラム
２６…公共データベース
２７…インデックスデータファイル
２８…生物種別分類データベース
２９…公共データベース抽出データファイル
３０…フォーマット変換済みデータファイル
３１…ユーザ所望データセットファイル
３２…ユーザ要求登録ファイル
４０…インタフェース生成部
４１…生物種分類検索部
４２…登録部
４３…ユーザ要求設定部
４４…生物名選択部
４５…選択済み生物名表示部
４６…対象データベース
４７…出力フォーマット
４８…ディビジョン指定
６０…生物学名リスト処理部
６１…生物種別アクセッション番号リストファイル作成部
６２…生物種別エントリ抽出部
６３…データベース構築部
６４…生物学名リストファイル
７８…データセット配布プログラム
７９…ＤＢ作成プログラム
８０…相同性検索プログラム
８１…ユーザ配布用データセットファイル
８２…相同性検索用データファイル
【図１】
2004348532.tif 000006
【図２】
2004348532.tif 000007
【図３】
2004348532.tif 000008
【図４】
2004348532.tif 000009
【図５】
2004348532.tif 000010
【図６】
2004348532.tif 000011
【図７】
2004348532.tif 000012
【図８】
2004348532.tif 000013
【図９】
2004348532.tif 000014
【図１０】
2004348532.tif 000015
【図１１】
2004348532.tif 000016
【図１２】
2004348532.tif 000017