(57)【要約】【課題】オブジェクト間二項関係の表示方法において、相互作用の全体像と局所的なネットワーク情報を、それらの間で相互に関連を持たせた上で同時に観察できるようにする。【解決手段】オブジェクト間二項関係情報を、表の形式で表示する機能、各オブジェクトの間を線分で結んだネットワークの形式で表示する機能を備え、かつ一方の表示形式から他方の表示形式へ変換する機能を設ける。【選択図】　図１
2004030034.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オブジェクト間の二項関係情報を画面表示する画面表示システムにおいて、
オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式の表示機能と、
前記二項関係情報を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示機能と、
前記一方の形式の表示を他方の形式の表示に変換して表示する機能とを有することを特徴とする画面表示システム。
【請求項２】
請求項１記載の画面表示システムにおいて、前記オブジェクト間の二項関係が所定以上の相互作用強度を有する場合、前記表形式の表示では前記交差セルを識別表示し、前記ネットワーク形式の表示では前記オブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示することを特徴とする画面表示システム。
【請求項３】
請求項１記載の画面表示システムにおいて、前記オブジェクトは生体内物質であり、前記オブジェクト間の二項関係は生体内物質間相互作用であることを特徴とする画面表示システム。
【請求項４】
請求項３記載の画面表示システムにおいて、前記オブジェクトは蛋白質であり、前記オブジェクト間の二項関係は蛋白質間の相互作用であることを特徴とする画面表示システム。
【請求項５】
請求項１記載の画面表示システムにおいて、前記オブジェクトは文書集合内に出現するワードであり、前記オブジェクト間の二項関係は文書集合内におけるワード間の共起情報であることを特徴とする画面表示システム。
【請求項６】
オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示するステップと、
前記表のオブジェクトを選択するステップと、
相互作用エッジ数を指定するステップと、
前記選択されたオブジェクトから出発して前記指定された相互作用エッジ数までの二項関係を表示している交差セルを強調表示するステップと、
前記強調表示された交差セルに対応する二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結ぶネットワーク形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする画面表示方法。
【請求項７】
請求項６記載の画面表示方法において、相互作用強度下限値を入力するステップを有し、前記強調表示する交差セルを、前記選択されたオブジェクトからの二項関係の連鎖的な繋がりが前記相互作用強度下限値以上の二項関係を表す交差セルに限ることを特徴とする画面表示方法。
【請求項８】
オブジェクト間の二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んでネットワーク形式で表示するステップと、
表示されたオブジェクトを選択するステップと、
相互作用エッジ数を指定するステップと、
前記選択されたオブジェクトから出発して前記指定された相互作用エッジ数までの二項関係を強調表示するステップと、
前記強調表示されたネットワーク形式に対応する二項関係を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする画面表示方法。
【請求項９】
請求項８記載の画面表示方法において、相互作用強度下限値を入力するステップを有し、前記強調表示する二項関係を、前記選択されたオブジェクトからの二項関係の連鎖的な繋がりが前記相互作用強度下限値以上の二項関係に限ることを特徴とする画面表示方法。
【請求項１０】
各オブジェクトに対し、そのオブジェクトと相互作用を有するオブジェクト名と相互作用強度が記録されているオブジェクト間相互作用情報データベースを備え、
検索オブジェクトの名称と相互作用強度下限値をパラメータとする検索要求を受信したとき、前記相互作用情報データベースから検索した、前記検索オブジェクトを起点とし前記相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項１１】
請求項１０記載のデータベースサーバにおいて、各オブジェクトに対してファミリーを構成するオブジェクトを記録したファミリー情報データベースを備え、オブジェクト名と共にファミリー検索要求を受信したとき、前記ファミリー情報データベースから検索した、前記オブジェクトのファミリーであるオブジェクトを起点とし前記相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項１２】
請求項１０記載のデータベースサーバにおいて、オブジェクトをソートする際の情報を記録したオブジェクトソート情報データベースを備え、オブジェクトのソートの指示を受信したとき、前記オブジェクトソート情報データベースから取得したソート情報に基づくオブジェクトの順番に関する情報を返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項１３】
請求項１０記載のデータベースサーバにおいて、前記オブジェクト間相互作用情報データベースはデータ更新によって追加された差分のデータ、及び前記差分のデータを利用可能なユーザを登録したアクセス権情報を有することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項１４】
蛋白質間の相互作用情報を画面表示する画面表示システムにおいて、
前記蛋白質間の相互作用情報を、各蛋白質を行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式の表示手段と、
前記蛋白質間の相互作用情報を、各蛋白質を表す図形の間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示手段と、
前記一方の形式で表示されない相互作用情報を、他方の形式の表示に変換することで表示させる変換機能とを有することを特徴とする画面表示システム。
【請求項１５】
請求項１４記載の画面表示システムにおいて、前記変換は、前記蛋白質それぞれに対し、その蛋白質と相互作用情報が記録されている蛋白質間相互作用情報データベースを用いて行われることを特徴とする画面表示システム。
【請求項１６】
請求項１５記載の画面表示システムにおいて、前記データベースには、更に相互作用の強度が記録されていることを特徴とする画面表示システム。
【請求項１７】
請求項１４記載の画面表示システムにおいて、前記一方の形式はネットワーク形式であり、前記他方の形式は表形式であることを特徴とする画面表示システム。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、オブジェクト間二項関係、特に蛋白質、低分子化合物、ＤＮＡ等の生体内物質間の相互作用情報、あるいは文書集合内に出現するワード間の共起情報の情報解析に係わり、その表示方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
ヒトゲノムプロジェクトの進展（２０００年７月にドラフトシーケンス完了）に伴い、得られたＤＮＡ配列上にコードされる蛋白質の機能解析に対する需要が拡大している。蛋白質の機能は、他の物質との間の相互作用によって特徴づけられるので、相互作用を網羅的に測定する試みが盛んになされている。一方で、相互作用情報を文献から取得する試みも始まっている。これらの大量に取得された相互作用情報をわかりやすく表示することは、相互作用情報の解釈を正しく行うために非常に重要である。
【０００３】
相互作用情報の表示は、従来、各物質間の間を線分で結んだネットワークの形式で表示することが一般に行われてきた｛坂本健「生体分子間相互作用データの収集と情報解析」、実験医学、１９巻１１号（増刊）、１１０頁〜１１５頁、２００１年｝。この表示方法は、相互作用情報の連鎖的な繋がりを表示するには適しているが、相互作用する物質の数が多い場合、その全体像を見るには表示が複雑になり適していない。
【０００４】
一方で、相互作用情報の表示方法として、物質間の１対１の相互作用情報を、それぞれの物質を行と列に持つ表中に記載する方法が可能である（金久実「ポストゲノム情報への招待」共立出版、第５章「ゲノム情報から生命システム情報へ」、「グラフ」、１３９〜１４０頁）。表の形式で表示すれば、ネットワーク形式表示のように線分が交差することがなく、表示する物質が多くなっても相互作用情報の全体像を観察することが可能になる。また、クラスタリング等によって物質の持つ特徴を分類し、その分類によって表中の各物質の並びをソートすることによって、物質の特徴の観点から相互作用情報を観察することが可能になる。すなわち、ある特徴を持つ物質群が他の特徴を有する物質群との間に、他と比べて有意な相互作用がある場合、その有意性を認識することが可能になる。しかし、この方法を用いる場合には、ネットワーク形式表示の場合と違って、相互作用情報の連鎖的な繋がりを追跡することは困難である。あくまでも１対１の関係に特化した表示方法である。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】
このように、相互作用情報の表示方式としてネットワーク形式と表形式が存在するが、それらは、相互作用表示の全体性と局在性、１対１相互作用と相互作用の連結性の観点で、互いに相補的な関係にある。従って、相互作用表示の表形式表示で、特徴的な１対１相互作用領域を検出した後で、その１対１相互作用を出発点とする相互作用ネットワークを追跡しようとする場合や、逆に、ネットワーク表示で、ある１対１相互作用を出発点とした相互作用ネットワークを追跡観察することによって、特定の興味ある物質や相互作用を検出し、その物質や相互作用が相互作用全体の中でどのような位置付けなのかを確認しようとする場合は、相互作用の表形式による表示、あるいはネットワーク表示単独の使用のみでは、それらを実施することは困難である。
【０００６】
このように一般的に拡張された問題のもう一つの例として、文書に関する問題がある。文書情報の数の増加は、近年そのスピードを増しており、すでに莫大な数の文書が利用可能である。文書数が増加すると共に、各々の文書に書かれた内容を簡便かつ迅速に抽出し表示する技術が必要となってきている。そのための方法として、文書内に出現するワード間の共起頻度情報（例えば、一つの文章内に同時に出現する頻度）が有効であることが認識されてきている。
【０００７】
文書集合内に出現するワードを物質とみなし、ワード間の共起頻度情報を相互作用とみなせば、「文書集合内に出現するワード間の共起頻度情報の表示方法に関する課題」は、「物質間相互作用の表示方法に関する課題」と同様に考えることができる。この場合、共起頻度情報の表示方法としては、物質間相互作用の表示方法の場合と同様に、ネットワーク形式表示と表形式表示を考えることができ、同様な課題が存在する。
【０００８】
上述した物質間相互作用情報の表示方法や、文書集合内に出現するワード間の共起頻度情報の表示方法に関する問題は、より一般的な対象に拡張して考えることができる。すなわち、物質間相互作用情報における「物質」や文書集合内に出現する「ワード」をより一般的に「オブジェクト」と表現し、「相互作用」や「共起頻度情報」をより一般的に「二項関係」と表現すれば、上述の課題は、「オブジェクト間二項関係の表示方法に関する課題」として拡張することができる。「オブジェクト間二項関係の表示方法に関する課題」も同様に、ネットワーク形式表示と表形式表示それぞれ単独の使用では不十分であるという点である。
【０００９】
本発明は、オブジェクト間二項関係、特に蛋白質、低分子化合物、ＤＮＡ等の生体内物質間の相互作用情報、あるいは文書集合内に出現するワード間の共起情報の表示方法において、二項関係の全体像と局所的なネットワーク情報を、それらの間で相互に関連を持たせた上で同時に観察する手段を提供することを目的とする。
【００１０】
【課題を解決するための手段】
前記目的を達成するため、本発明によるオブジェクト間の二項関係情報を画面表示する画面表示システムは、オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式の表示機能と、二項関係情報を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示機能と、一方の形式の表示を他方の形式の表示に変換して表示する機能とを有することを特徴とする。
【００１１】
オブジェクト間の二項関係が所定以上の相互作用強度を有する場合、表形式の表示では交差セルを識別表示し、ネットワーク形式の表示ではオブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示するのが好ましい。
【００１２】
オブジェクトが生体内物質の場合、オブジェクト間の二項関係は生体内物質間相互作用である。典型例としては、オブジェクトは蛋白質、オブジェクト間の二項関係は蛋白質間の相互作用である。また、オブジェクトは文書集合内に出現するワードとしてもよく、その場合にはオブジェクト間の二項関係は文書集合内におけるワード間の共起情報とすることができる。
【００１３】
本発明による画面表示方法は、オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示するステップと、前記表のオブジェクトを選択するステップと、相互作用エッジ数を指定するステップと、選択されたオブジェクトから出発して指定された相互作用エッジ数までの二項関係を表示している交差セルを強調表示するステップと、強調表示された交差セルに対応する二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結ぶネットワーク形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする。相互作用強度下限値を入力するステップを更に有し、強調表示する交差セルを、前記選択されたオブジェクトからの二項関係の連鎖的な繋がりが入力された相互作用強度下限値以上の二項関係を表す交差セルに限ってもよい。
【００１４】
本発明による画面表示方法は、また、オブジェクト間の二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んでネットワーク形式で表示するステップと、表示されたオブジェクトを選択するステップと、相互作用エッジ数を指定するステップと、選択されたオブジェクトから出発して指定された相互作用エッジ数までの二項関係を強調表示するステップと、強調表示されたネットワーク形式に対応する二項関係を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする。相互作用強度下限値を入力するステップを更に有し、強調表示する二項関係を、選択されたオブジェクトからの二項関係の連鎖的な繋がりが相互作用強度下限値以上の二項関係に限ってもよい。
【００１５】
本発明によるデータベースサーバは、各オブジェクトに対し、そのオブジェクトと相互作用を有するオブジェクト名と相互作用強度が記録されているオブジェクト間相互作用情報データベースを備え、検索オブジェクトの名称と相互作用強度下限値をパラメータとする検索要求を受信したとき、相互作用情報データベースから検索した、検索オブジェクトを起点とし前記相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信することを特徴とする。
【００１６】
データベースサーバに、各オブジェクトに対してファミリーを構成するオブジェクトを記録したファミリー情報データベースを備え、オブジェクト名と共にファミリー検索要求を受信したとき、ファミリー情報データベースから検索した、前記オブジェクトのファミリーであるオブジェクトを起点とし相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信するようにしてもよい。
【００１７】
また、データベースサーバに、オブジェクトをソートする際の情報を記録したオブジェクトソート情報データベースを備え、オブジェクトのソートの指示を受信したとき、オブジェクトソート情報データベースから取得したソート情報に基づくオブジェクトの順番に関する情報を返信するようにしてもよい。
オブジェクト間相互作用情報データベースはデータ更新によって追加された差分のデータ、及び差分のデータを利用可能なユーザを登録したアクセス権情報を有していてもよい。
【００１８】
物質間相互作用情報の表形式表示からネットワーク形式表示への変換機能を設けることで、表形式表示において興味ある物質間相互作用を中心とした連続する相互作用のネットワークが表示可能となる。表形式表示は、１対１の相互作用表示であるため、ある物質を中心として連続した相互作用を観察することは困難であるが、ネットワーク形式表示へ変換することによって、連続した相互作用の観察が可能になる。
【００１９】
物質間相互作用情報のネットワーク形式表示から表形式表示への変換機能を設けることで、ネットワーク形式表示において表示されている相互作用ネットワークが、物質全体の相互作用の中でどこに位置するのかを観察することが可能になる。ネットワーク形式表示は、ある物質を中心とした局所的に連続した相互作用の観察には適しているが、物質全体の相互作用の表示には適していない。そこで、表形式表示によって物質全体の相互作用の表示を行い、その中における局所的ネットワークの位置付けを観察することが可能となる。
【００２０】
物質間相互作用情報の表形式表示において、表の行及び列に並べる物質をその機能や構造で分類し、その分類に応じた順番に物質の並びをソートして、行及び列に並べる機能を設けることで、物質の機能が類似した相互作用ネットワークや物質の構造が類似した相互作用ネットワークを同定することが可能になる。
【００２１】
また、表形式の表示手段と、各蛋白質間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示手段とを有し、一方の形式で表示されない相互作用情報を、他方の形式の表示に変換することで表示させる変換機能を設けることによって、一方の表示形式のみでは表示できなかった相互作用情報を、他方の表示形式に変換することで、その相互作用の観察が可能となる。例えば、ネットワーク形式では、蛋白質間の相互作用が複雑に絡み合っている場合には、画面表示の上で各蛋白質を配置する関係で、全ての相互作用情報を表示できない場合がある。そこで、ネットワーク形式から表形式に変換すれば、ネットワーク形式では表示できなかった相互作用情報を、表形式で表示することができる。
【００２２】
【発明の実施の形態】
以下、図面を参照して本発明の実施の形態を説明する。
［実施例１］
オブジェクト間二項関係として、蛋白質、低分子化合物、ＤＮＡ等の生体内物質間相互作用を考える。一例として、蛋白質間の相互作用を扱う場合の実施例を、以下に説明する。
【００２３】
まず、図１を用いてシステムの概要を説明する。システムは、蛋白質間相互作用情報データベース１０１ａ、蛋白質ファミリー情報データベース１０１ｂ、及び様々な観点からの蛋白質ソート情報を格納した蛋白質ソート情報データベース１０１ｃがインストールされたデータベースサーバ１０２と、クライアント計算機１０３から構成されるネットワークシステムである。ユーザ１０４がクライアント計算機１０３に与えた蛋白質間相互作用検索のキーワード情報は、ネットワークを経由してデータベースサーバ１０２に送られ、データベースサーバ１０２では、受け取ったキーワード情報を基に蛋白質間相互作用情報を検索し、その結果をクライアント計算機１０３に返す。ユーザ１０４は、クライアント計算機１０３に、相互作用表示パラメータ、相互作用検索開始の指示、及び相互作用表示開始の指示を与えることが可能であり、それに応じて、クライアント計算機１０３とデータベースサーバ１０２との間で情報がやり取りされる。
【００２４】
図２は、データベースサーバに格納されている各種データベースの詳細例を示す図である。
蛋白質間相互作用データベース１０１ａは、各蛋白質に対して、その蛋白質と相互作用する蛋白質と相互作用強度がリストされている表形式のデータ構造を持つ。図示した蛋白質間相互作用情報データベース１０１ａは、例えば“蛋白質１”は“蛋白質２”と“強度Ｋ１”の相互作用をし、“蛋白質３”と“強度Ｋ２”の相互作用をすること、“蛋白質５”は“蛋白質９”と“強度Ｋ８”の相互作用をすることを示している。
【００２５】
蛋白質ファミリーデータベース１０１ｂには、各蛋白質に対して、その蛋白質のファミリー蛋白質の名称が登録されている。ここで、ある蛋白質のファミリー蛋白質とは、進化的に類縁で機能的に類似しているタンパク質のことをいう（Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｆａｍｉｌｙ　Ｄａｔａｂａｓｅｓ，　ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋ／ＧｅｎｏｍｅＷｅｂ／ｐｒｏｔ−ｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ）。
【００２６】
蛋白質ソート情報データベース１０１ｃには、後述する対角化ソートの場合と蛋白質ファミリーソートの場合のソート情報が登録されている。ソート情報としては、各蛋白質のそれぞれのソート方法における順番が登録されている。図示の例の場合、例えば、対角化ソートが指示されると、対角化ソートの列に記載された番号がタンパク質のソート順番として用いられる。
【００２７】
図１に戻り、クライアント計算機１０３とデータベースサーバ１０２との間の情報のやり取りを、クライアント計算機上の相互作用情報表示画面１０５内でのウィンドーの遷移を用いて説明する。
ユーザ１０４によるシステムの立ち上げと共に、クライアント計算機１０３の相互作用情報表示画面１０５内には初期ウィンドー１０６が表示される。初期ウィンドー１０６中には、相互作用検索キーワードとしての蛋白質名の入力ボックス１０７、相互作用表示パラメータとしての相互作用強度下限値の入力ボックス１０８、蛋白質間相互作用検索開始ボタン１０９が表示される。ユーザ１０４が、初期ウィンドー１０６において蛋白質間相互作用検索キーワードとして蛋白質名、相互作用表示パラメータして相互作用強度下限値を、それぞれ入力ボックス１０７，１０８に入力し、蛋白質間相互作用検索開始ボタン１０９を押すことによって、蛋白質間相互作用検索が開始される。検索終了後、検索結果リスト表示ウィンドー１１０がオープンし、その中に検索結果リスト１１１が表示される。
【００２８】
検索結果リスト表示ウィンドー１１０中の表形式表示ボタン１１２を押すことによって、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４がオープンする。また、検索結果リスト表示ウィンドー１１０中のネットワーク形式表示ボタン１１３を押すことによって、ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８がオープンする。表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４、及びネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８には、それぞれ再表示条件設定ウィンドー１１６、１２０があり、その中の操作によって後述するように様々な方法による相互作用情報の再表示が行える。
【００２９】
また、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４、及びネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８には、それぞれネットワーク形式へのリンクボタン１１７、及び表形式へのリンクボタン１２１がある。それらのボタンを押すことによって、それぞれの画面で再表示された相互作用情報を、ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１４、及び表形式相互作用情報表示ウィンドー１１８での表示に反映して表示させることができる。
【００３０】
以下では、これまで説明した内容をより詳細に説明する。まず、蛋白質間相互作用検索のフローについて説明する。
ユーザは、クライアント計算機１０３の初期ウィンドー１０６に表示されている検索キーワード蛋白質名の入力ボックス１０７に検索したい蛋白質名を入力し、相互作用強度下限値ボックス１０８に表示したい相互作用強度の下限値を入力する。その後、蛋白質間相互作用検索開始ボタン１０９を押すことによって、相互作用検索開始の信号がデータベースサーバ１０２に送信される。データベースサーバ１０２は、相互作用検索開始の信号を受けると、蛋白質間相互作用データベース１０１ａを用いて蛋白質間相互作用検索を開始する。
【００３１】
図３は、データベースサーバにおける、蛋白質間相互作用情報のデータ検索の流れを示すフローチャートである。
データベースサーバ１０２は、まず、クライアント計算機１０３から相互作用検索キーワードとして送信されてきた蛋白質名と相互作用強度の下限値を取得する（Ｓ３０１）。いま仮に、検索キーワード蛋白質名として“蛋白質１”を、相互作用強度の下限値として“Ｋ０”を受信したとする。次に、相互作用強度が与えられた下限値Ｋ０よりも大きいことを条件として、検索キーワードとして与えられた“蛋白質１”と相互作用する蛋白質名、及び相互作用強度を、蛋白質間相互作用データベース１０１ａの“蛋白質１”の行から取得する（Ｓ３０２）。いま、Ｋ３＞Ｋ２＞Ｋ１＞Ｋ０であるとすれば、図２に示した蛋白質間相互作用データベース１０１ａの１行目から“蛋白質２、Ｋ１”と“蛋白質３、Ｋ２”を取得することになる。
【００３２】
さらに、蛋白質間相互作用データベースを検索し、取得した蛋白質名、今の場合“蛋白質２”及び“蛋白質３”の行から、さらにそれらと相互作用する蛋白質名及び相互作用強度を、相互作用強度が与えられた下限値“Ｋ０”よりも大きいことを条件として取得する（Ｓ３０３）。このとき、すでに取得している蛋白質名が得られた場合は、その蛋白質についてはその次の操作を行わない。この操作を、繰り返しが可能な限り繰り返す（Ｓ３０４）ことによって、与えられた蛋白質と一定強度以上の相互作用によって繋がっている蛋白質群をその相互作用強度情報と共に、全て取得することができる。図３の表の場合、最終的に上から３行の情報が得られる。
【００３３】
検索の終了後、蛋白質間相互作用検索の結果はデータベースサーバ１０２からクライアント計算機１０３に返され、蛋白質名とその蛋白質が相互作用する蛋白質のリストとして検索結果リスト表示ウィンドー１１０中に表示される。すなわち、図４に示すように、検索結果は、クライアント計算機１０３上の検索結果リスト表示ウィンドー１１０内に、検索結果リスト１１１として表示される。
【００３４】
次に、検索結果の表示フローについて説明する。検索結果リスト表示ウィンドー１１０内には、表形式表示ボタン１１２とネットワーク形式表示ボタン１１３が設けられている。ユーザが、表形式表示ボタン１１２を押すことによって、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４がオープンし、検索結果リスト１１１中の相互作用情報が、表形式で表示される。また、ネットワーク形式表示ボタン１１３を押すと、ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８がオープンし、検索結果リスト１１１中の相互作用情報が、ネットワーク形式で表示される。
【００３５】
次に、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４とネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８の詳細とその間のリンク機能について説明する。
図５に、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４とネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８、及びその間のリンク機能を示す。表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４には、相互作用情報が表形式１１５にて表示される。図示した表形式相互作用情報表示１１５には、蛋白質１１〜１７，２１〜２６間の総当りの相互作用が、それぞれの蛋白質を行と列に持つセル内に、相互作用強度が与えられた下限値以上の場合は●、与えられた下限値より小さい場合は空白で表示されている。蛋白質１１〜１７，２１〜２６を表すセルの外側には、蛋白質の機能、あるいは構造等の特徴をセルのパターンによって分類表示している。ここでは、機能、あるいは構造等の特徴として蛋白質ファミリーを考える。すなわち、異なったセルのパターンは、異なった蛋白質ファミリーを表す。各行の左側には蛋白質選択チェックボックス５０３があり、各チェックボックスをチェックすることによって、蛋白質を選択することができる。
【００３６】
表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４には、再表示条件設定ウィンドー１１６とネットワーク形式へのリンクボタン１１７がある。再表示条件設定ウィンドー１１６の中には、蛋白質ファミリー情報取得領域５０５、蛋白質ソート領域５０７、ハイライト表示領域５０９があり、それぞれの中には、蛋白質ファミリー情報取得ボタン５０６、蛋白質ソート開始ボタン５０８、ハイライト表示ボタン５１０がある。
【００３７】
ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８には、相互作用情報がネットワーク形式１１９にて表示される。ネットワーク形式にすると、図示のように、蛋白質間を線分で結んだ形式で相互作用方法が表示される。ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８には、再表示条件設定ウィンドー１２０と表形式へのリンクボタン１２１がある。再表示条件設定ウィンドー１２０には、再表示ボタン５１５がある。
【００３８】
図５に示したウィンドーが備える、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４とネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８の間のリンク機能について、図６のフローチャートを用いて説明する。このリンク機能は、データベースサーバ１０２との間で情報のやり取りをすることなく、クライアント計算機が保持するデータのみを用いて実現される。
【００３９】
図６（ａ）に示すように、表形式表示ウィンドーの蛋白質選択チェックボックス５０３から蛋白質を選択し、再表示条件設定ウィンドー１１６のハイライト表示領域５０９内にある相互作用エッジ数入力ボックスと相互作用強度下限値入力ボックスに、相互作用エッジ数（エッジ数とは一繋がりの相互作用の数のことである）と相互作用強度下限値を入力し、ハイライト表示ボタン５１０を押す（Ｓ６０１）。すると、選択された蛋白質を中心にして、相互作用強度下限値以上で指定エッジ数までの相互作用情報が、表形式相互作用情報表示中でハイライト表示される（Ｓ６０２）。図５では、蛋白質１１を中心としてエッジ数１までの相互作用がハイライト表示されている。ハイライト表示は、図中では●を○で囲むことによって示されている。次に、ネットワーク形式へのリンクボタン１１７を押すと（Ｓ６０３）、ハイライト表示されている相互作用情報を、ネットワーク形式相互作用情報表示１１９中で表示する（Ｓ６０４）。図５では、蛋白質１１を中心として、蛋白質１２，１４，１７との相互作用がネットワークの形式で表示されている。
【００４０】
一方、図６（ｂ）に示したように、ネットワーク形式で表示された相互作用情報１１９中の蛋白質を選択し、再表示条件設定ウィンドー１２０内の相互作用エッジ数と相互作用強度下限値を設定し、再表示ボタン５１５を押す（Ｓ６１１）と、選択された蛋白質を中心にして、相互作用強度下限値以上で指定相互作用エッジ数までの相互作用情報を、ネットワーク形式相互作用情報表示中で再表示する（Ｓ６１２）。さらに、表形式へのリンクボタン１２１を押すと（Ｓ６１３）、ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー１１８に表示されている相互作用情報１１９が、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４中でハイライト表示される（Ｓ６１４）。
【００４１】
以上説明した事項について、図７を用いて具体的に説明する。図７の左側に示したネットワーク形式相互作用情報表示７０１は、蛋白質１１を中心としてエッジ数２までの相互作用を表示したものであり、これに対応した相互作用が、表形式相互作用情報表示７０３上でハイライト表示されている。蛋白質選択チェックボックス７０５では、相互作用ハイライト表示の中心である蛋白質１１がチェックされている。一方、図７の右側に示したネットワーク形式相互作用情報表示７０２は、蛋白質１４を中心としてエッジ数１までの相互作用を表示したものであり、これに対応した相互作用が、表形式相互作用情報表示７０４上でハイライト表示されている。また、蛋白質選択チェックボックス７０６では、相互作用ハイライト表示の中心である蛋白質１４がチェックされている。
【００４２】
ネットワーク形式表示では、ネットワークの連なりが増加していくと、蛋白質間を結ぶ線分が増加して、次第に見にくくなってくる。しかし、その場合でも、表形式相互作用情報表示では、相互作用の全体が観察可能である。すなわち、表形式相互作用情報表示において、相互作用全体の中で、ある蛋白質を中心としたネットワークに対応する部分領域を観察することが可能である。
【００４３】
［実施例２］
次に、図５に示したウィンドーの機能として、蛋白質ファミリー情報取得機能について、図８と図９を用いて説明する。図８は、表形式相互作用情報表示ウィンドーにおける蛋白質ファミリー情報取得と蛋白質ソート情報取得の処理の流れを、クライアント計算機とデータベースサーバとの間の情報のやり取りによって示す図である。図９は、表形式相互作用情報表示ウィンドーにおいて、蛋白質ファミリー情報取得処理の具体例を示した図である。
【００４４】
図５に示した表形式相互作用情報表示１１５中の蛋白質から、ファミリーを取得したい蛋白質を選択し、蛋白質選択チェックボックス５０３をチェックした後、蛋白質ファミリー情報取得ボタン５０６を押す（Ｓ８０１）。選択された蛋白質名と蛋白質ファミリー情報取得の情報は、データベースサーバ１０２に送信される。
【００４５】
データベースサーバ１０２では、送信された蛋白質名から、その蛋白質のファミリー蛋白質名を蛋白質ファミリー情報ｄデータベース１０１ｂより取得し、それをキーワードとした相互作用蛋白質の検索を、蛋白質間相互作用情報データベースに対して実行する（Ｓ８１１）。取得された蛋白質ファミリー名と相互作用情報は、クライアント計算機１０３に送信され、表形式相互作用情報表示ウィンドー中に、ファミリー蛋白質へ拡張された相互作用情報が表示される（Ｓ８０２）。
【００４６】
図９にその具体例を示す。表形式相互作用情報表示９０１中の蛋白質１１，１２，１３，１４，１５全部を蛋白質選択チェックボックス９０２で選択し、蛋白質ファミリー情報取得ボタン５０６を押す。ファミリー蛋白質へ拡張された相互作用情報は、表形式相互作用情報表示９０３に表示される。蛋白質選択チェックボックス９０４に示されるように、蛋白質選択チェックボックス９０２で選択された蛋白質それぞれの下に、取得されたファミリー蛋白質２１，２２，２３，２４，２５が並べて表示される。もともとの蛋白質間とファミリー蛋白質間の相互作用は○と●で区別して表示されており、ファミリー蛋白質間の相互作用は、蛋白質１１，１２，１３，１４，１５間の相互作用と同様な相互作用を有していることがわかる。
【００４７】
［実施例３］
次に、図５に示したウィンドーの機能として、蛋白質ソート機能について、図８と図１０を用いて説明する。図１０は、表形式相互作用情報表示ウィンドーにおいて、蛋白質ソート情報取得と表示処理の具体例を示した図である。
表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４中の蛋白質ソート領域５０７中でソート方法を選択する。ここでは、ソート方法の例として、対角化ソートと蛋白質ファミリーソートのについて説明する。対角化ソートは、表形式相互作用情報表示が、できるだけ複数の独立した蛋白質群に分割した形になるようにソートする方法である。すなわち、相互作用情報表の中で、相互作用の存在する領域が表形式表示したときできるだけ対角線近傍に集まるようにソートする方法であり、ここでは、これを対角化ソートと呼ぶ。
【００４８】
対角化ソートを実現するためには、例えば以下の様なことを行う。まず、相互作用が０でない部分が対角線付近にできるだけ集まることを表現する量、例えばその量が最小の場合に、対角線付近に最も集まることを表現する関数を定義する。関数の例としては、相互作用があるカラム（（行、列）＝（ｉ，　ｊ））の表対角線からの距離（ｉ−ｊ）の二乗和があげられる。対角化ソートは、この関数を最小にするようなタンパク質の並びを見つける問題に帰着する。この最適化問題を解くためには、ランダムに二つのタンパク質の組（ｉ，　ｊ）をサンプルし、それらの間で順番を入れ換えた場合に、入れ換える前に比べて上記の関数の値が小さくなる場合にその入れ換えを実際に実施し、等しいか大きい場合にはその入れ換えを実施しないというステップを繰り返す。順番の入れ換えによる最適化関数値の変化の、一定のステップ数における最大値に着目し、この最大値が一定の閾値以下になった場合に、上記のステップの繰り返しを中止する。
【００４９】
蛋白質ファミリーソートは、蛋白質をファミリーで分類した結果に基づいて、ファミリー毎に並べソートを行う方法であり、実施例２で説明した蛋白質ファミリーデータベースを用いて、蛋白質ファミリーソートの情報を取得することが可能である。
【００５０】
次に、対角化ソートか蛋白質ファミリーソートかをチェックボックスのチェックによって選択した上で、ソート開始ボタン５０８を押すことによって、ソート開始の情報がデータベースサーバ１０２に送信される。データベースサーバ１０２の蛋白質ソート情報データベース１０１ｃには、対角化ソートの場合と蛋白質ファミリーソートの場合のソート情報が登録されている。ソート情報としては、各蛋白質のそれぞれのソート方法における順番が登録されている。データベースサーバ１０２は、蛋白質ソート情報データベースから、指定されたソート方法におけるソート順番情報を取得する。取得されたソート結果情報はクライアント計算機に送信され、表形式相互作用情報表示ウィンドー１１４中に、蛋白質名がその順番に従って並べられてソートされた形で相互作用情報が表示される。
【００５１】
図１０にその具体例を示す。表形式相互作用情報表示１００３には、対角化ソートが実施された結果を示している。すなわち、表形式相互作用情報表示は、相互作用領域１００４と相互作用領域１００５で表されるほぼ独立した２つの領域に分割される。この分割に応じて蛋白質群も２つ（１１〜１７と２１〜２６）に分割されることになる。相互作用領域１００４に対応するのがネットワーク１００１であり、相互作用領域１００５に対応するのがネットワーク１００２である。ネットワーク１００１とネットワーク１００２は、図１０で示すようにネットワークとして類似している。この類似性は、ネットワークの形とともに、対応する蛋白質どうしの類似性も含めた類似性である。蛋白質をその機能や構造（ここでは、蛋白質ファミリー）で分類した結果に基づいて、蛋白質のソートを行うことによって、このような類似ネットワークを同定することが可能である。
【００５２】
表形式相互作用情報表示ウィンドー１００６は、蛋白質ファミリーソートが実施された結果を示している。それぞれのパターンが蛋白質のファミリーを表し、この場合は同一のパターン、すなわち同一のファミリーが５組だけ２つずつ並んでいる。相互作用領域１００４中の相互作用を○、相互作用領域１００５中の相互作用を●で表している。図からわかるように、領域１００７では、○の斜め右下に●があり、かつ○と●が同一のファミリーに対応している。このように、ファミリーでソートした場合に、同一のファミリー領域の中で対角近傍に相互作用が並ぶ場合には、類似したネットワークが存在することが推定できる。また、領域１００８では、○の斜め右下に●があるが、○と●が同一のファミリーに対応していない。このことから、この相互作用は、部分的に類似していない相互作用とみなすことができる。
［実施例４］
オブジェクト間二項関係として、文書集合内に出現するワード間の共起情報を考える場合の実施例を以下に説明する。
【００５３】
文書情報の数の増加は、近年そのスピードを増しており、すでに莫大な数の文書が利用可能である。文書数が増加すると共に、各々の文書に書かれた内容を簡便かつ迅速に抽出し表示する技術が必要となってきている。そのための方法として、文書内に出現するワード間の共起頻度情報（例えば、一つの文章内に同時に出現する頻度）が有効であることが認識されてきている。
【００５４】
ここで、ワードｉとワードｊとの間の共起頻度Ｆｉｊとは、例えば文書集合内でワードｉとワードｊが一つの文章内に共存する頻度ｆｉｊを、ワードｉとワードｊの頻度Ｗｉ、Ｗｊで規格化した値であり、以下の式で表すことができる。
Ｆｉｊ　＝　ｆｉｊ／（Ｗｉ・Ｗｊ）０．５
【００５５】
文書集合内に出現するワードを蛋白質と同列のオブジェクトとみなし、ワード間の共起頻度情報を相互作用と同列の二項関係とみなせば、「文書集合内に出現するワード間の共起頻度情報のネットワーク」は、「蛋白質間相互作用のネットワーク」と等価とみなすことができる。すなわち、上述した蛋白質間相互作用を扱う場合と全く同様の表示方法、すなわちネットワーク形式表示と表形式表示との間で相互に行き来ができる表示方法を用いることが可能であり、かつ同様に有効である。「蛋白質間相互作用のネットワーク」における蛋白質のファミリーに対しては、ワードの類義語を対応させることによって、「文書集合内に出現するワード間の共起頻度情報のネットワーク」に対して、実施例２や実施例３において示した処理を全く同様に当てはめることができる。
【００５６】
［実施例５］
次に、本方法を用いたビジネスモデルの実施例について、図１１を用いて説明する。
システムは、蛋白質間相互作用情報、蛋白質ファミリー情報、及び蛋白質ソート情報データベースがインストールされたデータベースサーバ１０２と、蛋白質間相互作用の表形式表示とネットワーク形式表示間の変換表示手段を有したクライアント計算機１０３から構成される。
【００５７】
ユーザは、相互作用検索キーワード、再表示の指示、変換表示の指示、蛋白質ファミリー情報取得の指示、及びソート方法とその開始の指示をクライアント計算機１０３に与える。この内、再表示の指示、変換表示の指示は、クライアント計算機１０３内で処理が行われる。一方、相互作用検索キーワード、蛋白質ファミリー情報取得の指示、及びソート方法とその開始の指示は、クライアント計算機１０３を通じてデータベースサーバ１０２に送信される。データベースサーバ１０２では、検索結果、蛋白質ファミリー情報、及びソート情報をクライアント計算機１０３に返す。クライアント計算機１０３では、データベースサーバ１０２からの情報に基づいて、検索結果の表示、蛋白質ファミリー情報、及びソート結果の表示がなされる。
【００５８】
データベースサーバ１０２では蛋白質間相互作用情報、蛋白質ファミリー情報、及び蛋白質ソート情報のアップデート等のメンテナンスを定期的に実施し、ユーザからデータベースサーバの運用管理者にメンテナンス料が支払われる。
【００５９】
図１２は、データベースのメンテナンス実行とメンテナンス料支払いの仕組みの一例を示す模式図である。データベース管理機関１２０１は定期的あるいは不定期にデータベースサーバ１０２のデータベースの情報更新やメンテナンスを実行する。例えば半年に一度データのアップデートを実施するとすれば、アップデートによって加わったその半年分の差分データはアップデートデータ１０１ｄとして管理される。データベース管理機関１２０１によるデータベースのアップデートが行われた後、ユーザがそのデータベースにアクセスすると、データベースサーバ１０２はクライアント計算機１０３の画面上で、データベースに更新データがあること、そしてアップデート分の情報を利用する場合には追加料金の支払いが必要になることを通知する。
【００６０】
ユーザが追加料金の支払いを了承して、クライアント計算機１０３の画面上で銀行口座やクレジットカード等による料金支払いの手続を取ると、データベースサーバが保持しているアクセス権情報１０１ｅが更新され、そのユーザはアップデートデータ１０１ｄを利用できるようになる。ユーザが追加料金の支払い手続を行わなければ、アップデートデータ１０１ｄを利用することはできない。データベースサーバ１０２は、どのユーザがどの範囲のデータを利用できるかに関し、アクセス権情報１０１ｅを参照して管理する。ユーザが追加料金の支払い手続を行った場合、その情報はデータベース管理機関１２０１に渡され、データベース管理機関１２０１は金融機関１２０２に振込依頼を行い、所定の手続の後、金融機関１２０２からデータベース管理機関１２０１に料金の振込が行われる。一方、金融機関は、ユーザに振込完了の報告を行う。
【００６１】
図１３は、アクセス権情報の一例を示す図である。アクセス権情報１０１ｅには、ユーザ毎にどのアップデートデータまで利用できるかを示す情報が納められている。図示した例の場合、○印はアクセス権を有することを示し、ユーザＩＤ“ＡＡＡＡ”のユーザは“ＵＰＤＡＴＥ　１”の差分データ、“ＵＰＤＡＴＥ　２”の差分データ及び“ＵＰＤＡＴＥ　３”の差分データを利用することができる。一方、ユーザＩＤ“ＢＢＢＢ”のユーザは“ＵＰＤＡＴＥ　１”の差分データは利用できるが、“ＵＰＤＡＴＥ　２”及び“ＵＰＤＡＴＥ　３”の差分データは利用することができない。このアクセス権情報の内容は、料金の支払い状況に応じて順次更新される。ここでは、全てのデータベースに共通のアクセス権情報を設定する例を示したが、データベース毎にアクセス権情報を設定してもよいのは勿論である。
【００６２】
本発明のクライアント計算機が有する機能及びデータベースサーバが有する機能は、プログラムによって実現することができる。このプログラムは、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、ＭＤ、フロッピーディスク等の記録媒体を介して計算機にロードして実行することもできるし、ネットワークを介して計算機にロードして実行することもできる。
【００６３】
【発明の効果】
本発明によれば、表の形式及びネットワークの形式で表示したオブジェクト間二項関係を互いに表示形式を変換して表示することにより、二項関係の全体像と局所的なネットワーク情報を、それらの間で相互に関連を持たせた上で同時に観察することが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の一実施の形態における、システムの概要と画面遷移、及び解析処理の流れを示す図。
【図２】データベースサーバに格納されている各種データベースの詳細例を示す図。
【図３】蛋白質間相互作用情報データベースからの、蛋白質間相互作用情報の取得の方法を示すフローチャート。
【図４】蛋白質間相互作用検索結果を表示する検索結果リスト表示ウィンドーの例を示す図。
【図５】表形式相互作用情報表示ウィンドーとネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドーの詳細とそれらの間のリンクを表す図。
【図６】表形式相互作用情報表示ウィンドーとネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー間の相互リンクの流れを表すフローチャート。
【図７】表形式相互作用情報表示ウィンドーとネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー間の相互リンク処理の具体例を示した図。
【図８】表形式相互作用情報表示ウィンドーにおける蛋白質ファミリー情報取得と蛋白質ソート情報取得の処理の流れを、クライアント計算機とデータベースサーバとの間の情報のやり取りによって示す図。
【図９】表形式相互作用情報表示ウィンドーにおいて、蛋白質ファミリー情報取得処理の具体例を示した図。
【図１０】表形式相互作用情報表示ウィンドーにおいて、蛋白質ソート情報取得と表示処理の具体例を示した図。
【図１１】本発明を用いたビジネスモデルを表した図。
【図１２】データベースのメンテナンス実行とメンテナンス料支払いの仕組みの一例を示す模式図。
【図１３】アクセス権情報の一例を示す図。
【符号の説明】
１０１ａ：蛋白質間相互作用情報データベース
１０１ｂ：蛋白質ファミリー情報データベース
１０１ｃ：蛋白質ソート情報データベース
１０１ｄ：アップデートデータ
１０２：データベースサーバ
１０３：クライアント計算機
１０５：相互作用情報表示画面
１０６：初期ウィンドー
１０７：蛋白質間相互作用検索キーワード（蛋白質名）の入力ボックス
１０８：相互作用強度下限値の入力ボックス
１０９：蛋白質間相互作用検索開始ボタン
１１０：検索結果リスト表示ウィンドー
１１１：検索結果リスト
１１２：表形式表示ボタン
１１３：ネットワーク形式表示ボタン
１１４：表形式相互作用情報表示ウィンドー
１１５：表形式相互作用情報表示
１１６：再表示条件設定ウィンドー
１１７：ネットワーク形式へのリンクボタン
１１８：ネットワーク形式相互作用情報表示ウィンドー
１１９：ネットワーク形式相互作用情報表示
１２０：再表示条件設定ウィンドー
１２１：表形式へのリンクボタン
５０３：蛋白質選択チェックボックス
５０６：蛋白質ファミリー情報取得ボタン
５０８：ソート開始ボタン
５１０：ハイライト表示ボタン
５１５：再表示ボタン
７０５：蛋白質選択チェックボックス
７０６：蛋白質選択チェックボックス
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【手続補正書】
【提出日】平成15年1月9日(2003.1.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オブジェクト間の二項関係情報を画面表示する画面表示システムにおいて、
オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式の表示機能と、
前記二項関係情報を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示機能と、
前記一方の形式の表示を他方の形式の表示に変換して表示する機能とを有することを特徴とする画面表示システム。
【請求項２】
請求項１記載の画面表示システムにおいて、前記オブジェクト間の二項関係が所定以上の相互作用強度を有する場合、前記表形式の表示では前記交差セルを識別表示し、前記ネットワーク形式の表示では前記オブジェクトを表す図形の間を線分で結んで表示することを特徴とする画面表示システム。
【請求項３】
オブジェクト間の二項関係情報を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示するステップと、
前記表のオブジェクトを選択するステップと、
相互作用エッジ数を指定するステップと、
前記選択されたオブジェクトから出発して前記指定された相互作用エッジ数までの二項関係を表示している交差セルを強調表示するステップと、
前記強調表示された交差セルに対応する二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結ぶネットワーク形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする画面表示方法。
【請求項４】
オブジェクト間の二項関係を、各オブジェクトを表す図形の間を線分で結んでネットワーク形式で表示するステップと、
表示されたオブジェクトを選択するステップと、
相互作用エッジ数を指定するステップと、
前記選択されたオブジェクトから出発して前記指定された相互作用エッジ数までの二項関係を強調表示するステップと、
前記強調表示されたネットワーク形式に対応する二項関係を、各オブジェクトを行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式にて表示するステップとを含むことを特徴とする画面表示方法。
【請求項５】
各オブジェクトに対し、そのオブジェクトと相互作用を有するオブジェクト名と相互作用強度が記録されているオブジェクト間相互作用情報データベースを備え、
検索オブジェクトの名称と相互作用強度下限値をパラメータとする検索要求を受信したとき、前記相互作用情報データベースから検索した、前記検索オブジェクトを起点とし前記相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項６】
請求項５記載のデータベースサーバにおいて、各オブジェクトに対してファミリーを構成するオブジェクトを記録したファミリー情報データベースを備え、オブジェクト名と共にファミリー検索要求を受信したとき、前記ファミリー情報データベースから検索した、前記オブジェクトのファミリーであるオブジェクトを起点とし前記相互作用強度下限値以上の相互作用強度を有して連続して繋がっているオブジェクト及びその相互作用強度を検索結果として返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項７】
請求項５記載のデータベースサーバにおいて、オブジェクトをソートする際の情報を記録したオブジェクトソート情報データベースを備え、オブジェクトのソートの指示を受信したとき、前記オブジェクトソート情報データベースから取得したソート情報に基づくオブジェクトの順番に関する情報を返信することを特徴とするデータベースサーバ。
【請求項８】
蛋白質間の相互作用情報を画面表示する画面表示システムにおいて、
前記蛋白質間の相互作用情報を、各蛋白質を行と列に配置した表の交差セルに表示する表形式の表示手段と、
前記蛋白質間の相互作用情報を、各蛋白質を表す図形の間を線分で結んで表示するネットワーク形式の表示手段と、
前記一方の形式で表示されない相互作用情報を、他方の形式の表示に変換することで表示させる変換機能とを有することを特徴とする画面表示システム。