(57)【要約】【課題】ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出することのできる、連鎖不平衡部位抽出装置等を提供することを課題とする。【解決手段】本発明は、ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定し、計算条件に従って、連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、連鎖不平衡指標値を計算し、連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件を設定し、２値化計算条件に従って、計算された連鎖不平衡指標値を２値化し、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定し、設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定し、抽出条件に従って、２値化された連鎖不平衡指標値を用いて連鎖不平衡部位を抽出する。【選択図】      図１
2004234100.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出装置であって、
上記ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する連鎖不平衡指標値計算条件設定手段と、
上記連鎖不平衡指標値計算条件設定手段にて設定された上記計算条件に従って、上記ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する連鎖不平衡指標値計算手段と、
上記連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する２値化計算条件設定手段と、
上記２値化計算条件設定手段にて設定された上記２値化計算条件に従って、上記連鎖不平衡指標値計算手段により計算された上記連鎖不平衡指標値を２値化する２値化計算手段と、
上記連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定する最大長設定手段と、
上記最大長設定手段にて設定された上記最大長の範囲内で上記連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定する抽出条件設定手段と、
上記抽出条件設定手段にて設定された上記抽出条件に従って、上記２値化計算手段により２値化された上記連鎖不平衡指標値を用いて上記連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出手段と、
を備えたことを特徴とする連鎖不平衡部位抽出装置。
【請求項２】
上記計算条件は、
上記最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、上記連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件であること、
を特徴とする請求項１に記載の連鎖不平衡部位抽出装置。
【請求項３】
上記連鎖不平衡指標は、
上記連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つであること、
を特徴とする請求項２に記載の連鎖不平衡部位抽出装置。
【請求項４】
上記２値化計算条件は、
上記２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件であること、
を特徴とする請求項１から３のいずれか一つに記載の連鎖不平衡部位抽出装置。
【請求項５】
上記抽出条件は、
上記最大長の範囲内の上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、上記最大長の範囲の頂点部位に存在する上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であること、
を特徴とする請求項１から４のいずれか一つに記載の連鎖不平衡部位抽出装置。
【請求項６】
ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムであって、
上記ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する連鎖不平衡指標値計算条件設定ステップと、
上記連鎖不平衡指標値計算条件設定ステップにて設定された上記計算条件に従って、上記ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する連鎖不平衡指標値計算ステップと、
上記連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する２値化計算条件設定ステップと、
上記２値化計算条件設定ステップにて設定された上記２値化計算条件に従って、上記連鎖不平衡指標値計算ステップにより計算された上記連鎖不平衡指標値を２値化する２値化計算ステップと、
上記連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定する最大長設定ステップと、
上記最大長設定ステップにて設定された上記最大長の範囲内で上記連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定する抽出条件設定ステップと、
上記抽出条件設定ステップにて設定された上記抽出条件に従って、上記２値化計算ステップにより２値化された上記連鎖不平衡指標値を用いて上記連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出ステップと、
を含む連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラム。
【請求項７】
上記計算条件は、
上記最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、上記連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件であること、
を特徴とする請求項６に記載のプログラム。
【請求項８】
上記連鎖不平衡指標は、
上記連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つであること、
を特徴とする請求項７に記載のプログラム。
【請求項９】
上記２値化計算条件は、
上記２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件であること、
を特徴とする請求項６から８のいずれか一つに記載のプログラム。
【請求項１０】
上記抽出条件は、
上記最大長の範囲内の上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、上記最大長の範囲の頂点部位に存在する上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であること、
を特徴とする請求項６から９のいずれか一つに記載のプログラム。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、連鎖不平衡部位抽出装置に関し、特に、ＳＮＰ（ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）データを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出することのできる、連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムに関する。
【０００２】
【従来の技術】
従来、連鎖不平衡（ｌｉｎｋａｇｅ  ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ）部位（以下、「ＬＤブロック」と呼ぶ。）の抽出法の目的は、連鎖不平衡マップを作成することである。つまり、ＳＮＰ数に関わらず、ゲノム上の真の構造を反映するＬＤブロックを抽出することである。
【０００３】
しかし、ＬＤブロックの抽出では、抽出過程上、連鎖不平衡がない場合はハプロタイプ数が理論上最大２Ｎ（Ｎ：ＬＤブロックに含まれるＳＮＰ座位数）になり、連鎖不平衡がある場合は２×Ｎ程度以内になるといわれているが、いずれにしても、ＬＤブロックが長くなると、ハプロタイプ数が多くなってしまう。
【０００４】
ここで、ＬＤブロックに含まれるＳＮＰ座位数が「４」である場合のハプロタイプ数について、図１２を参照して具体的に説明する。図１２は、ＬＤブロックに含まれるＳＮＰ数が「４」の場合のハプロタイプの一例を示す図である。この図に示すように、ＬＤブロックに含まれるＳＮＰ数が「４」の場合（座位１〜４）、ハプロタイプ数は理論上、２４（＝１６）であるが、連鎖不平衡がある場合はハプロタイプ数が２×４（＝８）程度以内（図１２では、「５」である）になる。なお、図１２の右側に示す数値は、各行に示すハプロタイプの頻度を、単位を「％」で表している。
【０００５】
ここで、従来の抽出法の一例である、非特許文献１と非特許文献２について、具体的に説明する。
【０００６】
まず、非特許文献１で示されている抽出法を、図１３等を参照して説明する。図１３は、非特許文献１における抽出法を示す図である。まず、隣接する５個のＳＮＰでハプロタイプを算出する（図１３の「Ｓｔｅｐ  １」）。ついで、ヘテロ接合度の観測値と理論値の比（観測値／理論値）を計算する。以降、隣接するＳＮＰを追加または削除して、ハプロタイプの算出（図１３の「Ｓｔｅｐ  Ｎ」、「Ｓｔｅｐ  Ｎ＋１」（Ｎ：自然数））と、ヘテロ接合度の観測値と理論値の比（Ｓｘ）の計算を行う。そして、ヘテロ接合度の観測値と理論値の比が最小になるＮを求め、「Ｓｔｅｐ  Ｎ＋１」の解析範囲をＬＤブロックとして抽出する。
【０００７】
次に、非特許文献２で示されている抽出法を説明する。まず、２ＳＮＰ中の対立遺伝子の頻度が低いものがあると、連鎖不平衡係数（Ｄ’）が極端に高値になる傾向があるため、全ＳＮＰ中、全ての２ＳＮＰ間のＤ’の信頼境界値を計算する。
【０００８】
ついで、後述する分類条件に従って、計算したＤ’の信頼境界値を用いて２ＳＮＰ間の関係を分類する。ここで、当該分類条件は、Ｄ’の９５％上限値が「０．９８」より大きく、かつ、Ｄ’の９５％下限値が「０．７」より大きい場合、当該２ＳＮＰの関係を「強い連鎖不平衡の関係（タイプＡ）」と分類し、Ｄ’の９５％上限値が「０．９」より小さい場合、「明らかな組換え有り（タイプＢ）」と分類し、タイプＡ、タイプＢ以外の場合、「その他（タイプＣ）」と分類する。
【０００９】
そして、互いの関係がタイプＢに分類された２ＳＮＰが、領域中の全ての２ＳＮＰの組み合わせの数の「５％以下」しかない領域をＬＤブロックとして抽出する。
【００１０】
【非特許文献１】
Ｍａｒｋ  Ｊ．  Ｄａｌｙ、Ｊｏｈｎ  Ｄ．  Ｒｉｏｕｘ、Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ｆ．  Ｓｃｈａｆｆｎｅｒ、Ｔｈｏｍａｓ  Ｊ．  Ｈｕｄｓｏｎ、Ｅｒｉｃ  Ｓ．  Ｌａｎｄｅｒ、「Ｈｉｇｈ−ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ」、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、２００１年１０月、ｖｏｌｕｍｅ  ２９、ｐ．２２９−２３２
【非特許文献２】
Ｓｔａｃｅｙ  Ｂ．  Ｇａｂｒｉｅｌ、Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ｆ．  Ｓｃｈａｆｆｎｅｒ、Ｈｕｙ  Ｎｇｕｙｅｎ、Ｊａｍｉｅ  Ｍ．  Ｍｏｏｒｅ、Ｊｅｓｓｉｃａ  Ｒｏｙ、Ｂｒｅｎｄａｎ  Ｂｌｕｍｅｎｓｔｉｅｌ、Ｊｏｈｎ  Ｈｉｇｇｉｎｓ、Ｍａｔｔｈｅｗ  ＤｅＦｅｌｉｃｅ、Ａｍｙ  Ｌｏｃｈｎｅｒ、Ｍａｕｒａ  Ｆａｇｇａｒｔ、Ｓｈａｕ  Ｎｅｅｎ  Ｌｉｕ−Ｃｏｒｄｅｒｏ、Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｏｔｉｍｉ、Ａｄｅｂｏｗａｌｅ  Ａｄｅｙｅｍｏ、Ｒｉｃｈａｒｄ  Ｃｏｏｐｅｒ、Ｒｙｋ  Ｗａｒｄ、Ｅｒｉｃ  Ｓ．  Ｌａｎｄｅｒ、Ｍａｒｋ  Ｊ．  Ｄａｌｙ、Ｄａｖｉｄ  Ａｌｔｓｈｕｌｅｒ、「Ｔｈｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ｂｌｏｃｋｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ」、Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ、２００２年５月２３日、ｐ．１−５
【００１１】
【発明が解決しようとする課題】
このように、従来の抽出法においては、２ＳＮＰ間の連鎖不平衡係数などを計算する範囲を設定せずに、物理的に離れた２ＳＮＰ間の連鎖不平衡係数なども計算していたため、計算時間がかかってしまい、非効率的であるという問題点がある。
【００１２】
また、従来の抽出法においては、２ＳＮＰ間の連鎖不平衡係数などを計算する際に複数の指標を用いていないため、信頼性が欠けるという問題点がある。
【００１３】
また、従来の抽出法においては、計算された２ＳＮＰ間の連鎖不平衡係数を、あらゆる指標を用いて、「＋（連鎖不平衡あり）」または「−（連鎖不平衡なし）」の２種類に分類していないため、信頼性が欠けるという問題点がある。
【００１４】
また、従来の抽出法においては、ＬＤブロックの抽出において、ＬＤブロックの抽出範囲の最大長を設定していないため、ハプロタイプ数が多くなった場合、計算時間がかかってしまい、非効率的であるという問題点がある。
【００１５】
また、従来の抽出法においては、ＬＤブロックの抽出において、ＬＤブロックの抽出範囲の最大長を設定していないため、ハプロタイプ数が多くなった場合、抽出されたＬＤブロックを疾患関連解析した際に分割表検定の精度が落ちてしまうという問題点がある。
【００１６】
また、従来の抽出法においては、ＬＤブロックの抽出において、最大長の範囲内の２ＳＮＰ間の連鎖不平衡係数の２値化（「連鎖不平衡あり（＋）」または「連鎖不平衡なし（−）」）の値が「＋」であるものの割合を閾値判定してＬＤブロックを抽出していないため、非効率的であり、信頼性が欠けるという問題点がある。
【００１７】
このように、従来のシステム等は数々の問題点を有しており、その結果、システムの利用者および管理者のいずれにとっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いものであった。
【００１８】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出することのできる、連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することを目的としている。
【００１９】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の連鎖不平衡部位抽出装置は、ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出装置であって、上記ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する連鎖不平衡指標値計算条件設定手段と、上記連鎖不平衡指標値計算条件設定手段にて設定された上記計算条件に従って、上記ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する連鎖不平衡指標値計算手段と、上記連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する２値化計算条件設定手段と、上記２値化計算条件設定手段にて設定された上記２値化計算条件に従って、上記連鎖不平衡指標値計算手段により計算された上記連鎖不平衡指標値を２値化する２値化計算手段と、上記連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定する最大長設定手段と、上記最大長設定手段にて設定された上記最大長の範囲内で上記連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定する抽出条件設定手段と、上記抽出条件設定手段にて設定された上記抽出条件に従って、上記２値化計算手段により２値化された上記連鎖不平衡指標値を用いて上記連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出手段とを備えたことを特徴とする。
【００２０】
この装置によれば、ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定し、設定された計算条件に従って、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算し、連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定し、設定された２値化計算条件に従って、計算された連鎖不平衡指標値を２値化し、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定し、設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定し、設定された抽出条件に従って、２値化された連鎖不平衡指標値を用いて連鎖不平衡部位を抽出するので、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００２１】
すなわち、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウを設定し、ウインドウをずらし解析対象とするＳＮＰ全てがカバーされるまで連鎖不平衡指標値を計算するため、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００２２】
また、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００２３】
また、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、抽出された連鎖不平衡部位を疾患関連解析した際に分割表検定の精度を高く維持することができる。
【００２４】
また、請求項２に記載の連鎖不平衡部位抽出装置は、請求項１に記載の連鎖不平衡部位抽出装置において、上記計算条件は、上記最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、上記連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件であることを特徴とする。
【００２５】
これは計算条件の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件を用いるので、計算時間を短縮でき、効率的に連鎖不平衡指標値の計算を行うことができる。
【００２６】
また、請求項３に記載の連鎖不平衡部位抽出装置は、請求項２に記載の連鎖不平衡部位抽出装置において、上記連鎖不平衡指標は、上記連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つであることを特徴とする。
【００２７】
これは連鎖不平衡指標の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つの連鎖不平衡指標を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値を算出することができる。
【００２８】
また、請求項４に記載の連鎖不平衡部位抽出装置は、請求項１から３のいずれか一つに記載の連鎖不平衡部位抽出装置において、上記２値化計算条件は、上記２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件であることを特徴とする。
【００２９】
これは２値化計算条件の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値の２値化の値を効率的に算出することができる。
【００３０】
また、請求項５に記載の連鎖不平衡部位抽出装置は、請求項１から４のいずれか一つに記載の連鎖不平衡部位抽出装置において、上記抽出条件は、上記最大長の範囲内の上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、上記最大長の範囲の頂点部位に存在する上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であることを特徴とする。
【００３１】
これは抽出条件の一例を一層具体的に示すものである。この装置によれば、最大長の範囲内のＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、最大長の範囲の頂点部位に存在するＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であることを条件として用いるので、連鎖不平衡部位の抽出を効率的に、信頼性高く行うことができる。
【００３２】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項６に記載のプログラムは、ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムであって、上記ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する連鎖不平衡指標値計算条件設定ステップと、上記連鎖不平衡指標値計算条件設定ステップにて設定された上記計算条件に従って、上記ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の上記連鎖不平衡指標値を計算する連鎖不平衡指標値計算ステップと、上記連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する２値化計算条件設定ステップと、上記２値化計算条件設定ステップにて設定された上記２値化計算条件に従って、上記連鎖不平衡指標値計算ステップにより計算された上記連鎖不平衡指標値を２値化する２値化計算ステップと、上記連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定する最大長設定ステップと、上記最大長設定ステップにて設定された上記最大長の範囲内で上記連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定する抽出条件設定ステップと、上記抽出条件設定ステップにて設定された上記抽出条件に従って、上記２値化計算手段により２値化された上記連鎖不平衡指標値を用いて上記連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出ステップとを含むことを特徴とする。
【００３３】
このプログラムによれば、ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定し、設定された計算条件に従って、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算し、連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定し、設定された２値化計算条件に従って、計算された連鎖不平衡指標値を２値化し、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定し、設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定し、設定された抽出条件に従って、２値化された連鎖不平衡指標値を用いて連鎖不平衡部位を抽出するので、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００３４】
すなわち、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウを設定し、ウインドウをずらし解析対象とするＳＮＰ全てがカバーされるまで連鎖不平衡指標値を計算するため、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００３５】
また、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる。
【００３６】
また、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、抽出された連鎖不平衡部位を疾患関連解析した際に分割表検定の精度を高く維持することができる。
【００３７】
また、請求項７に記載のプログラムは、請求項６に記載のプログラムにおいて、上記計算条件は、上記最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、上記連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件であることを特徴とする。
【００３８】
これは計算条件の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件を用いるので、計算時間を短縮でき、効率的に連鎖不平衡指標値の計算を行うことができる。
【００３９】
また、請求項８に記載のプログラムは、請求項７に記載のプログラムにおいて、上記連鎖不平衡指標は、上記連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つであることを特徴とする。
【００４０】
これは連鎖不平衡指標の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つの連鎖不平衡指標を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値を算出することができる。
【００４１】
また、請求項９に記載のプログラムは、請求項６から８のいずれか一つに記載のプログラムにおいて、上記２値化計算条件は、上記２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件であることを特徴とする。
【００４２】
これは２値化計算条件の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値の２値化の値を効率的に算出することができる。
【００４３】
また、請求項１０に記載のプログラムは、請求項６から９のいずれか一つに記載のプログラムにおいて、上記抽出条件は、上記最大長の範囲内の上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、上記最大長の範囲の頂点部位に存在する上記ＳＮＰの２値化された上記連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であることを特徴とする。
【００４４】
これは抽出条件の一例を一層具体的に示すものである。このプログラムによれば、最大長の範囲内のＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、最大長の範囲の頂点部位に存在するＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であることを条件として用いるので、連鎖不平衡部位の抽出を効率的に、信頼性高く行うことができる。
【００４５】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、本発明の記録媒体は、上記請求項６から１０のいずれか一つに記載されたプログラムを記録したことを特徴とする。
【００４６】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項６から１０のいずれか一つに記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現することができ、これら各方法と同様の効果を得ることができる。
【００４７】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムの実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
【００４８】
［本発明の概要］
以下、本発明の概要について説明し、その後、本発明の構成および処理等について詳細に説明する。図１は本発明の基本原理を示す原理構成図である。
【００４９】
本発明は、概略的に、以下の基本的特徴を有する。すなわち、本発明は、まず、ＳＮＰデータから各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する（ステップＳ−１）。
【００５０】
ここで、ステップＳ−１における計算条件には、２ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウの長さ、および、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件などを用いてもよい。
【００５１】
なお、当該ウインドウの長さは、後述する連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長以上の長さでなければならない。
【００５２】
また、当該連鎖不平衡指標には、連鎖不平衡の度合いを表す指標である、（１）ＬｏｄＳｃｏｒｅ、（２）連鎖不平衡係数（Ｄ）、（３）上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、（４）ｒ２などのうち少なくとも一つを用いてもよい。
【００５３】
つぎに、ステップＳ−１にて設定された計算条件に従って、ウインドウ毎に各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する（ステップＳ−２）。すなわち、ウインドウをずらし解析対象とするＳＮＰ全てがカバーされるまで連鎖不平衡指標値を計算する。
【００５４】
つぎに、ステップＳ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する（ステップＳ−３）。
【００５５】
ここで、ステップＳ−３における２値化計算条件には、２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件などを用いてもよい。
【００５６】
つぎに、ステップＳ−３にて設定された２値化計算条件に従って、ステップＳ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化する（ステップＳ−４）。
【００５７】
つぎに、ステップＳ−４にて２値化された連鎖不平衡指標値を用いて、連鎖不平衡部位を抽出するための、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長、および、抽出条件を設定する（ステップＳ−５）。
【００５８】
ここで、ステップＳ−５における抽出条件には、最大長の範囲内のＳＮＰにおいて、２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、最大長の範囲の頂点部位に存在するＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であること等を用いてもよい。
【００５９】
さらに、ステップＳ−５にて設定された最大長、および、抽出条件に従って、ステップＳ−４にて２値化された連鎖不平衡指標値を用いて、連鎖不平衡部位を抽出する（ステップＳ−６）。
【００６０】
［連鎖不平衡部位抽出装置１００の構成］
まず、本発明の連鎖不平衡部位抽出装置１００の構成について説明する。図２は、本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００６１】
連鎖不平衡部位抽出装置１００は、概略的に、ＳＮＰデータを用いて連鎖不平衡解析を行うことによりＳＮＰ間に連鎖不平衡がある部位である連鎖不平衡部位を抽出する機能を有する。
【００６２】
図２において、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、概略的に、連鎖不平衡部位抽出装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、入力装置１１２や出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやファイルなどを格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この連鎖不平衡部位抽出装置１００は、ルータ等の通信装置（図示せず）および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、各種の通信ネットワークに通信可能に接続されてもよい。
【００６３】
図２の記憶部１０６に格納される各種のデータベースやテーブルやファイル（ＳＮＰデータベース１０６ａ〜連鎖不平衡部位データベース１０６ｄ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【００６４】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、ＳＮＰデータベース１０６ａは、ＳＮＰデータを格納するＳＮＰデータ格納手段である。
【００６５】
図３は、ＳＮＰデータベース１０６ａに格納される情報の一例を示す図である。このＳＮＰデータベース１０６ａに格納される情報は、図３に示すように、各サンプルを一意に識別するためのサンプルＩＤと、各座位（ＳＮＰ）を一意に識別するための座位（ＳＮＰ）番号と、各座位（ＳＮＰ）の遺伝子型とを相互に関連付けて構成されている。
【００６６】
また、連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂは、連鎖不平衡指標値を格納する連鎖不平衡指標値格納手段である。
【００６７】
図４は、連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂに格納される情報の一例を示す図である。この連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂに格納される情報は、図４に示すように、連鎖不平衡指標の名称と、各座位（ＳＮＰ）を一意に識別するための座位（ＳＮＰ）番号と、連鎖不平衡指標値を計算する際の相手の座位（ＳＮＰ）番号と、２座位（ＳＮＰ）間の連鎖不平衡指標値とを相互に関連付けて構成されている。なお、図４は、連鎖不平衡指標が「ＬｏｄＳｃｏｒｅ」であり、ウインドウの長さが「５ＳＮＰ分」である場合の連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂに格納される情報の一例を示している。
【００６８】
また、２値化データファイル１０６ｃは、２値化データを格納する２値化データ格納手段である。
【００６９】
図５は、２値化データファイル１０６ｃに格納される情報の一例を示す図である。この２値化データファイル１０６ｃに格納される情報は、図５に示すように、各座位（ＳＮＰ）を一意に識別するための座位（ＳＮＰ）番号と、連鎖不平衡指標値を２値化する際の相手の座位（ＳＮＰ）番号と、２座位（ＳＮＰ）間の連鎖不平衡指標値の２値化の値（例えば、「＋」が「連鎖不平衡あり」を、「−」が「連鎖不平衡なし」を示す）とを相互に関連付けて構成されている。なお、図５は、図４に示されている連鎖不平衡指標値データを、判定式「「ＬｏｄＳｃｏｒｅ≧Ｕ」なら「＋（連鎖不平衡あり）」、「ＬｏｄＳｃｏｒｅ＜Ｕ」なら「−（連鎖不平衡なし）」」と、閾値「Ｕ＝３．０」で２値化した場合の２値化データファイル１０６ｃに格納される情報の一例を示している。
【００７０】
また、連鎖不平衡部位データベース１０６ｄは、連鎖不平衡部位を格納する連鎖不平衡部位格納手段である。
【００７１】
図６は、連鎖不平衡部位データベース１０６ｄに格納される情報の一例を示す図である。この連鎖不平衡部位データベース１０６ｄに格納される情報は、図６に示すように、連鎖不平衡部位を一意に識別するための連鎖不平衡部位ＩＤと、連鎖不平衡部位を構成する座位（ＳＮＰ）番号とを相互に関連付けて構成されている。
【００７２】
また、図２において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置１１４をモニタとして記載する場合がある）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【００７３】
また、図２において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａ、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂ、２値化計算条件設定部１０２ｃ、２値化計算部１０２ｄ、最大長設定部１０２ｅ、抽出条件設定部１０２ｆ、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇを含んで構成されている。
【００７４】
このうち、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａは、ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定する連鎖不平衡指標値計算条件設定手段である。ここで、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａは、図７に示すように、ウインドウ長設定部１０２ｈ、および、連鎖不平衡指標設定部１０２ｉをさらに含んで構成される。
【００７５】
図７は、本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００７６】
図７において、ウインドウ長設定部１０２ｈは、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウの長さを設定するウインドウ長設定手段である。なお、当該ウインドウの長さは、後述する最大長設定部１０２ｅにて設定される最大長以上の長さでなければならない。
【００７７】
また、連鎖不平衡指標設定部１０２ｉは、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標を設定する連鎖不平衡指標設定手段である。
【００７８】
再び図２に戻り、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂは、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａにて設定された計算条件に従って、ウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する連鎖不平衡指標値計算手段である。
【００７９】
また、２値化計算条件設定部１０２ｃは、連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定する２値化計算条件設定手段である。ここで、２値化計算条件設定部１０２ｃは、図８に示すように、２値化判定式設定部１０２ｊ、および、２値化閾値設定部１０２ｋをさらに含んで構成される。
【００８０】
図８は、本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の２値化計算条件設定部１０２ｃの構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００８１】
図８において、２値化判定式設定部１０２ｊは、２値化のための判定式を設定する２値化判定式設定手段である。
【００８２】
また、２値化閾値設定部１０２ｋは、２値化判定式設定部１０２ｊにて設定された判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値を設定する２値化閾値設定手段である。
【００８３】
再び図２に戻り、２値化計算部１０２ｄは、２値化計算条件設定部１０２ｃにて設定された２値化計算条件に従って、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂにより計算された連鎖不平衡指標値を２値化する２値化計算手段である。
【００８４】
また、最大長設定部１０２ｅは、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定する最大長設定手段である。なお、当該最大長は、ウインドウ長設定部１０２ｈにて設定されるウインドウの長さ以下の長さでなければならない。
【００８５】
また、抽出条件設定部１０２ｆは、最大長設定部１０２ｅにて設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定する抽出条件設定手段である。
【００８６】
さらに、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇは、抽出条件設定部１０２ｆにて設定された抽出条件に従って、２値化計算部１０２ｄにより２値化された連鎖不平衡指標値を用いて連鎖不平衡部位を抽出する連鎖不平衡部位抽出手段である。
なお、これら各部によって行われる処理の詳細については、後述する。
【００８７】
［連鎖不平衡部位抽出装置１００の処理］
次に、このように構成された本実施の形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００の処理の一例について、以下に図９〜図１１、図１４〜図１６等を参照して詳細に説明する。
【００８８】
［メイン処理］
まず、メイン処理の詳細について、図９等を参照して説明する。図９は、本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００のメイン処理の一例を示すフローチャートである。
【００８９】
まず、利用者は、入力装置１１２を介して、ＳＮＰデータからの各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を、予め出力装置１１４に出力された計算条件を入力するための画面（計算条件入力画面）の所定の入力領域に入力する。
【００９０】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａの処理により、当該計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された計算条件を取得し、ＳＮＰデータからの各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件として設定する（ステップＳＡ−１）。
【００９１】
ここで、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａにおいて行われる連鎖不平衡指標値計算条件設定処理の詳細について、図１０等を参照して説明する。
【００９２】
［連鎖不平衡指標値計算条件設定処理］
連鎖不平衡指標値計算条件設定処理の詳細について、図１０等を参照して説明する。図１０は、本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００の連鎖不平衡指標値計算条件設定処理の一例を示すフローチャートである。
【００９３】
まず、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａは、ウインドウ長設定部１０２ｈの処理により、当該計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された計算条件の一つである、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウの長さを取得し、ＳＮＰデータからの各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件として設定する（ステップＳＢ−１）。
【００９４】
ついで、連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａは、連鎖不平衡指標設定部１０２ｉの処理により、当該計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された計算条件の一つである、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標を取得し、ＳＮＰデータからの各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件として設定する（ステップＳＢ−２）。
【００９５】
ここで、当該ウインドウの長さは、後述する最大長設定部１０２ｅの処理により設定される最大長以上の長さでなければならない。
【００９６】
また、当該連鎖不平衡指標には、連鎖不平衡の度合いを表す指標である、（１）ＬｏｄＳｃｏｒｅ、（２）連鎖不平衡係数（Ｄ）、（３）上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、（４）ｒ２などから少なくとも一つを用いてもよい。
【００９７】
ここで、（１）から（４）の連鎖不平衡指標について説明する。
【００９８】
（１）ＬｏｄＳｃｏｒｅ
ＬｏｄＳｃｏｒｅとは、下記の数式１に示すように、連鎖不平衡がある場合の尤度と連鎖不平衡が無い場合の尤度との比を対数化した式である。なお、通常、ＬｏｄＳｃｏｒｅの値が「３以上」の値であるとき、連鎖不平衡が成立していると考えられている。
【００９９】
ＬｏｄＳｃｏｒｅ＝Ｌｏｇ１０（Ｌ（Ｈ１）／Ｌ（Ｈ０））・・・（数式１）
（Ｌ（Ｈ１）：座位（ＳＮＰ）間で連鎖不平衡がある場合の尤度、
Ｌ（Ｈ０）：座位（ＳＮＰ）間で連鎖不平衡がない場合の尤度）
【０１００】
（２）連鎖不平衡係数（Ｄ）
連鎖不平衡係数（Ｄ）は、下記の数式２の値から連鎖不平衡があるか否かを判定する式である。なお、「Ｄ＝０」の場合は「連鎖不平衡なし」を、「｜Ｄ｜＞０」の場合は「連鎖不平衡あり」を意味する。
【０１０１】
Ｄ＝Ｐ（ＡＢ）−Ｐ（Ａ）×Ｐ（Ｂ）                ・・・（数式２）
（Ｐ（ＡＢ）、Ｐ（Ａ）、Ｐ（Ｂ）はそれぞれ、座位（ＳＮＰ）１の遺伝子型を「Ａ／ａ」、座位（ＳＮＰ）２の遺伝子型を「Ｂ／ｂ」とした場合の、ハプロタイプ「ＡＢ」の頻度、対立遺伝子「Ａ」の頻度、対立遺伝子「Ｂ」の頻度を表す）
【０１０２】
（３）連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）
連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）は、下記の数式３に示すように、Ｄがとりうる範囲が限定されていることから、Ｄを正規化した式である。なお、Ｄ’の値は「０≦Ｄ’≦１」を満たし、「Ｄ’＝１」の場合、完全に「連鎖不平衡あり」を意味する。
【０１０３】
Ｄ’＝Ｄ／Ｄｍａｘ  （「Ｄ＞０」の場合）
Ｄ’＝Ｄ／Ｄｍｉｎ  （「Ｄ＜０」の場合）              ・・・（数式３）
（座位（ＳＮＰ）１の遺伝子型を「Ａ／ａ」、座位（ＳＮＰ）２の遺伝子型を「Ｂ／ｂ」とした場合、Ｄｍａｘは「−（Ｐ（Ａ）×Ｐ（Ｂ））」と「−（Ｐ（ａ）×Ｐ（ｂ））」のどちらか大きい値を、Ｄｍｉｎは「Ｐ（Ａ）×Ｐ（ｂ）」と「Ｐ（ａ）×Ｐ（Ｂ）」のどちらか小さい値を表し、Ｐ（Ａ）、Ｐ（ａ）、Ｐ（Ｂ）、Ｐ（ｂ）はそれぞれ、対立遺伝子「Ａ」の頻度、対立遺伝子「ａ」の頻度、対立遺伝子「Ｂ」の頻度、対立遺伝子「ｂ」の頻度を表す）
【０１０４】
（４）ｒ２
ｒ２は、下記の数式４に示すように、２座位（ＳＮＰ）の計４つの対立遺伝子を成分とする「２×２」表を対象にしたカイ２乗検定を行って得られた式である。なお、ｒ２の値は、「０≦ｒ２≦１」を満たし、「ｒ２＝１」の場合、完全に「連鎖不平衡あり」を意味する。
【０１０５】
ｒ２＝Ｄ２／（Ｐ（Ａ）×Ｐ（ａ）×Ｐ（Ｂ）×Ｐ（ｂ））・・・（数式４）
（Ｄ２は、上述した数式２を２乗した式を表し、Ｐ（Ａ）、Ｐ（ａ）、Ｐ（Ｂ）、Ｐ（ｂ）はそれぞれ、座位（ＳＮＰ）１の遺伝子型を「Ａ／ａ」、座位（ＳＮＰ）２の遺伝子型を「Ｂ／ｂ」とした場合の、対立遺伝子「Ａ」の頻度、対立遺伝子「ａ」の頻度、対立遺伝子「Ｂ」の頻度、対立遺伝子「ｂ」の頻度を表す）
【０１０６】
これにて、連鎖不平衡指標値計算条件設定処理が終了する。
【０１０７】
再び図９に戻り、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂの処理により、ステップＳＡ−１にて設定された計算条件に従って、ＳＮＰデータに含まれる各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算し、連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂの所定の領域に格納する（ステップＳＡ−２）。
【０１０８】
ここで、ステップＳＡ−１にて設定される計算条件を、「ウインドウの長さ」を「５ＳＮＰ分」に、「連鎖不平衡指標」を「連鎖不平衡係数（Ｄ）」にした場合の連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂにて行われる連鎖不平衡指標値計算処理について、図１４、図１５等を参照して具体的に説明する。
【０１０９】
［連鎖不平衡指標値計算処理］
図１４は、本実施形態における連鎖不平衡指標値計算（その１）の一例を示す図である。また、図１５は、本実施形態における連鎖不平衡指標値計算（その２）の一例を示す図である。
【０１１０】
まず、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂの処理により、ＳＮＰデータの先頭のＳＮＰ（ＳＮＰ１）にウインドウの左端が位置するようにウインドウを移動する（図１４のステップＳＥ−１）。
【０１１１】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂの処理により、ウインドウ内の先頭のＳＮＰであるＳＮＰ１と、ウインドウ内の他のＳＮＰ（ＳＮＰ２〜ＳＮＰ５）との２ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を、連鎖不平衡係数（Ｄ）を用いて計算する（図１４のステップＳＥ−２）。
【０１１２】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂの処理により、ウインドウを１ＳＮＰ分右に移動させ、ウインドウ内の先頭のＳＮＰであるＳＮＰ２と、ウインドウ内の他のＳＮＰ（ＳＮＰ３〜ＳＮＰ６）との２ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を、連鎖不平衡係数（Ｄ）を用いて計算する（図１４のステップＳＥ−３）。
【０１１３】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡指標値計算部１０２ｂの処理により、解析対象とするＳＮＰを全てカバーするまで、ウインドウを１ＳＮＰ分右に移動させながら、ウインドウ内の先頭のＳＮＰと、ウインドウ内の他のＳＮＰとの２ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を、連鎖不平衡係数（Ｄ）を用いて計算し続け（図１４のステップＳＥ−４）、図１５に示すように、連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂに格納する連鎖不平衡指標値データを作成し、連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂの所定の領域に格納する。
【０１１４】
なお、図１５に示すように、本実施形態における連鎖不平衡指標値計算では、ウインドウの長さ（図１５では、５ＳＮＰ分）が設定されているため、従来の連鎖不平衡指標値計算のように、物理的に遠いＳＮＰとの連鎖不平衡指標値を計算することがなく、注目したＳＮＰの前後少数のＳＮＰとの間の連鎖不平衡指標値を計算すればよい。
【０１１５】
また、本実施形態はかかる場合に限定されることなく、他のウインドウの長さ、および、他の連鎖不平衡指標を設定してもよい。
【０１１６】
これにて、連鎖不平衡指標値計算処理が終了する。
【０１１７】
再び図９に戻り、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、２値化計算条件設定部１０２ｃの処理により、連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件を入力するための画面（２値化計算条件入力画面）を出力装置１１４に表示する。
【０１１８】
ついで、利用者は、入力装置１１２を介して、ステップＳＡ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件を、当該２値化計算条件入力画面の所定の入力領域に入力する。
【０１１９】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、２値化計算条件設定部１０２ｃの処理により、当該２値化計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された２値化計算条件を取得し、ステップＳＡ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件として設定する（ステップＳＡ−３）。
【０１２０】
ここで、２値化計算条件設定部１０２ｃにおいて行われる２値化計算条件設定処理の詳細について、図１１等を参照して説明する。
【０１２１】
［２値化計算条件設定処理］
ここでは、２値化計算条件設定処理の詳細について、図１１等を参照して説明する。図１１は、本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００の２値化計算条件設定処理の一例を示すフローチャートである。
【０１２２】
まず、２値化計算条件設定部１０２ｃは、２値化判定式設定部１０２ｊの処理により、当該２値化計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された２値化計算条件の一つである、２値化の判定式を取得し、ステップＳＡ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件として設定する（ステップＳＣ−１）。
【０１２３】
ついで、２値化計算条件設定部１０２ｃは、２値化閾値設定部１０２ｋの処理により、当該２値化計算条件入力画面の所定の入力領域に入力された２値化計算条件の一つである、２値化判定式設定部１０２ｊにて設定された判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値を取得し、ステップＳＡ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化するための２値化計算条件として設定する（ステップＳＣ−２）。
【０１２４】
これにて、２値化計算条件設定処理が終了する。
【０１２５】
再び図９に戻り、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、２値化計算部１０２ｄの処理により、ステップＳＡ−３にて設定された２値化計算条件に従って、ステップＳＡ−２にて計算された連鎖不平衡指標値を２値化し、２値化データファイル１０６ｃの所定に領域に格納する（ステップＳＡ−４）。
【０１２６】
ここで、２値化計算部１０２ｄにて行われる２値化計算処理について、図１６等を参照して具体的に説明する。
【０１２７】
［２値化計算処理］
図１６は、本実施形態における連鎖不平衡部位の抽出の一例を示す図である。ここで、図１６は、ステップＳＡ−１にて設定された連鎖不平衡指標が「ＬｏｄＳｃｏｒｅとｒ２」であり、ステップＳＡ−３にて設定される２値化計算条件の一つである判定式が「「ＬｏｄＳｃｏｒｅ＞Ｎ」かつ「ｒ２＞Ｍ」」なら「連鎖不平衡あり（＋）」、「「ＬｏｄＳｃｏｒｅ≦Ｎ」または「ｒ２≦Ｍ」」なら「連鎖不平衡なし（−）」」であり、ステップＳＡ−３にて設定される２値化計算条件の一つである閾値が「「Ｎ＝３．０」、「Ｍ＝０．９８」」である場合の連鎖不平衡指標値の２値化の一例を示す。
【０１２８】
まず、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、２値化計算部１０２ｄの処理により、ステップＳＡ−３にて設定された判定式および閾値に従って、ステップＳＡ−２にて計算された２つの連鎖不平衡指標値であるＬｏｄＳｃｏｒｅの値およびｒ２の値を用いて、「連鎖不平衡あり（＋）」または「連鎖不平衡なし（−）」に２値化した１つの２値化データを作成し、２値化データファイル１０６ｃの所定に領域に格納する。
【０１２９】
ここで、他の判定式、および、他の閾値として、例えば、連鎖不平衡指標が「ＬｏｄＳｃｏｒｅ」である場合は、当該ＬｏｄＳｃｏｒｅの値を「２×ｌｏｇ１０（ＬｏｄＳｃｏｒｅ）」と変換して、当該変換したＬｏｄＳｃｏｒｅの値はカイ２乗分布に従うという事実から、有意水準を示す「ｐ値」を求め、判定式を「「ｐ＞Ｋ」なら「連鎖不平衡なし（−）」、「ｐ＜Ｋ」なら「連鎖不平衡あり（＋）」」とし、閾値を「Ｋ＝０．０１」と設定してもよい。
【０１３０】
また、例えば、連鎖不平衡指標が「ＬｏｄＳｃｏｒｅ」と「Ｄ’」である場合は、判定式を「「ＬｏｄＳｃｏｒｅ＞Ｌ」かつ「Ｄ’＞Ｈ」」なら「連鎖不平衡あり（＋）」、「「ＬｏｄＳｃｏｒｅ≦Ｌ」または「Ｄ’≦Ｈ」」なら「連鎖不平衡なし（−）」」とし、閾値を「「Ｌ＝３．０」、「Ｈ＝０．９８」」と設定してもよい。
【０１３１】
また、「ｒ２」（「Ｄ’」）を連鎖不平衡指標に用いる際、２つのＳＮＰのうち少なくとも一つの対立遺伝子の頻度が極端に低い場合は、「ｒ２」（「Ｄ’」）のぞれぞれは「１」に近くなるという性質があることから、例えば、「ｒ２」（「Ｄ’」）を連鎖不平衡指標に用いる場合は、当該「ｒ２」（「Ｄ’」）の信頼区間を計算し、判定式を「「ｒ２（Ｄ’）の９５％信頼区間上限値＞Ｓ」なら「連鎖不平衡あり（＋）」、「ｒ２（Ｄ’）の９５％信頼区間下限値＜Ｓ」なら「連鎖不平衡なし（−）」」とし、閾値を「Ｓ＝０．９８」と設定してもよい。
【０１３２】
なお、本実施形態は、かかる場合に限定されることなく、他の連鎖不平衡指標、および、他の判定式、および、他の閾値を設定してもよい。
【０１３３】
これにて、２値化計算処理が終了する。
【０１３４】
再び図９に戻り、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、最大長設定部１０２ｅの処理により、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を入力するための画面（最大長入力画面）を出力装置１１４に表示する。
【０１３５】
ついで、利用者は、入力装置１１２を介して、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を、当該最大長入力画面の所定の入力領域に入力する。
【０１３６】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、最大長設定部１０２ｅの処理により、当該最大長入力画面の所定の入力領域に入力された最大長を取得し、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長として設定する（ステップＳＡ−５）。
【０１３７】
ここで、当該「最大長」と、ステップＳＡ−１にて設定された「ウインドウの長さ」との関係は、「「最大長」≦「ウインドウの長さ」」を満たしていなければならない。
【０１３８】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、抽出条件設定部１０２ｆの処理により、最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出するための抽出条件を入力するための画面（抽出条件入力画面）を出力装置１１４に表示する。
【０１３９】
ついで、利用者は、入力装置１１２を介して、ステップＳＡ−５にて設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出するための抽出条件を、当該抽出条件入力画面の所定の入力領域に入力する。
【０１４０】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、抽出条件設定部１０２ｆの処理により、当該抽出条件入力画面の所定の入力領域に入力された抽出条件を取得し、ステップＳＡ−５にて設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出するための抽出条件として設定する（ステップＳＡ−６）。
【０１４１】
さらに、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、ステップＳＡ−６にて設定された抽出条件に従って、ステップＳＡ−４にて２値化された連鎖不平衡指標値を用いて、連鎖不平衡部位を抽出し、連鎖不平衡部位データベース１０６ｄの所定の領域に格納する（ステップＳＡ−７）。
【０１４２】
ここで、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇにて行われる連鎖不平衡部位抽出処理について、図１６等を参照して具体的に説明する。
【０１４３】
［連鎖不平衡部位抽出処理］
図１６は、当該抽出条件が、例えば、図１６の「２ＳＮＰ間の連鎖不平衡度合いを示すイメージ図」に示すように、ステップＳＡ−５にて設定された最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲内の２値化された２ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を表す三角行列の中で、「特定の位置（例えば、当該三角行列の頂点部位）に「連鎖不平衡あり（＋）」がある」および／または「「連鎖不平衡あり（＋）」の占める割合が、ある閾値（例えば、９０％）以上である」という条件の場合の連鎖不平衡部位の抽出の一例を示す。
【０１４４】
まず、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、ステップＳＡ−５にて設定された最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲内にある２値化の値を一つずつチェックし、「連鎖不平衡あり（＋）」の位置情報を、例えば、「（ＳＮＰ１，ＳＮＰ２，頂点）や（ＳＮＰ１，ＳＮＰ３，辺）」のようにして記憶部１０６のいずれかの記憶領域に格納する（ステップＳＤ−１）。
【０１４５】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、当該最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲内にある２値化の値を一つずつチェックし、「連鎖不平衡あり（＋）」の総数およびチェック回数を記憶部１０６のいずれかの記憶領域に格納する（ステップＳＤ−２）。
【０１４６】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、ステップＳＤ−１とステップＳＤ−２の処理を、当該最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲内にある全ての２値化の値に対して行う（ステップＳＤ−３）。
【０１４７】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、当該最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲に対して、記憶部１０６のいずれかの記憶領域に格納された位置情報および総数に従って、「三角行列の頂点部位に「連鎖不平衡あり（＋）」がある」および／または「「連鎖不平衡あり（＋）」の占める割合が、９０％以上である」という抽出条件を満たしているかを判定する（ステップＳＤ−４）。
【０１４８】
ついで、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、連鎖不平衡部位抽出部１０２ｇの処理により、ステップＳＤ−４にて行われた判定の結果、当該最大長（図１６では、５ＳＮＰ分）の範囲が当該抽出条件を満たしている場合に、当該範囲を連鎖不平衡部位として抽出し、連鎖不平衡部位抽出データベース１０６ｄの所定の領域に格納する。
【０１４９】
なお、本実施形態は、かかる場合に限定されることなく、他の抽出条件を用いてもよい。
【０１５０】
これにて、連鎖不平衡部位抽出処理が終了する。
【０１５１】
以上、メイン処理が終了する。
【０１５２】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０１５３】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０１５４】
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０１５５】
また、連鎖不平衡部位抽出装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０１５６】
例えば、連鎖不平衡部位抽出装置１００の各部または各装置が備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて連鎖不平衡部位抽出装置１００に機械的に読み取られる。
【０１５７】
すなわち、ＲＯＭまたはＨＤなどの記憶部１０６などには、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）と協働してＣＰＵに命令を与え、各種処理を行うためのコンピュータプログラムが記録されている。このコンピュータプログラムは、ＲＡＭ等にロードされることによって実行され、ＣＰＵと協働して制御部１０２を構成する。
【０１５８】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代表されるネットワークを介してプログラムを送信する場合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持する「通信媒体」を含むものとする。
【０１５９】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０１６０】
記憶部１０６に格納される各種のファイル等（ＳＮＰデータベース１０６ａ〜連鎖不平衡部位データベース１０６ｄ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１６１】
また、連鎖不平衡部位抽出装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０１６２】
さらに、連鎖不平衡部位抽出装置１００の分散・統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ  Ｇａｔｅｗａｙ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０１６３】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、ＳＮＰデータを用いてＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算するための計算条件を設定し、設定された計算条件に従って、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウ毎に、各ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算し、連鎖不平衡指標値を「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」に２値化するための２値化計算条件を設定し、設定された２値化計算条件に従って、計算された連鎖不平衡指標値を２値化し、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定し、設定された最大長の範囲内で連鎖不平衡部位を抽出する抽出条件を設定し、設定された抽出条件に従って、２値化された連鎖不平衡指標値を用いて連鎖不平衡部位を抽出するので、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６４】
すなわち、本発明によれば、ＳＮＰ間の連鎖不平衡指標値を計算する範囲を規定するウインドウを設定し、ウインドウをずらし解析対象とするＳＮＰ全てがカバーされるまで連鎖不平衡指標値を計算するため、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６５】
また、本発明によれば、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、計算時間を短縮でき、連鎖不平衡部位の抽出を効率よく行うことができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６６】
また、本発明によれば、連鎖不平衡部位の抽出範囲の最大長を設定するため、個別の計算においてハプロタイプ数が多くなることを防ぐことができるので、抽出された連鎖不平衡部位を疾患関連解析した際に分割表検定の精度を高く維持することができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６７】
また、本発明によれば、最大長以上の長さであるウインドウの長さ、および、連鎖不平衡指標値を計算するために用いる連鎖不平衡指標に関する条件を用いるので、計算時間を短縮でき、効率的に連鎖不平衡指標値の計算を行うことができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６８】
また、本発明によれば、連鎖不平衡の度合いを表す指標である、ＬｏｄＳｃｏｒｅ、連鎖不平衡係数（Ｄ）、上記連鎖不平衡係数（Ｄ）の正規化（Ｄ’）、ｒ２のうち少なくとも一つの連鎖不平衡指標を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値を算出することができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１６９】
また、本発明によれば、２値化のための判定式、および、当該判定式の計算結果に基づいて「連鎖不平衡あり」または「連鎖不平衡なし」のいずれかに分類するための閾値に関する条件を用いるので、信頼性の高い連鎖不平衡指標値の２値化の値を効率的に算出することができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１７０】
また、本発明によれば、最大長の範囲内のＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」である割合が９０％以上であること、および／または、最大長の範囲の頂点部位に存在するＳＮＰの２値化された連鎖不平衡指標値が「連鎖不平衡あり」であることを条件として用いるので、連鎖不平衡部位の抽出を効率的に、信頼性高く行うことができる連鎖不平衡部位抽出装置、および、連鎖不平衡部位抽出方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の基本原理を示す原理構成図である。
【図２】本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の構成の一例を示すブロック図である。
【図３】ＳＮＰデータベース１０６ａに格納される情報の一例を示す図である。
【図４】連鎖不平衡指標値データファイル１０６ｂに格納される情報の一例を示す図である。
【図５】２値化データファイル１０６ｃに格納される情報の一例を示す図である。
【図６】連鎖不平衡部位データベース１０６ｄに格納される情報の一例を示す図である。
【図７】本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の連鎖不平衡指標値計算条件設定部１０２ａの構成の一例を示すブロック図である。
【図８】本発明が適用される連鎖不平衡部位抽出装置１００の２値化計算条件設定部１０２ｃの構成の一例を示すブロック図である。
【図９】本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００のメイン処理の一例を示すフローチャートである。
【図１０】本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００の連鎖不平衡指標値計算条件設定処理の一例を示すフローチャートである。
【図１１】本実施形態における連鎖不平衡部位抽出装置１００の２値化計算条件設定処理の一例を示すフローチャートである。
【図１２】ハプロタイプの一例を示す図である。
【図１３】非特許文献１における抽出法の一例を示す図である。
【図１４】本実施形態における連鎖不平衡指標値計算（その１）の一例を示す図である。
【図１５】本実施形態における連鎖不平衡指標値計算（その２）の一例を示す図である。
【図１６】本実施形態における連鎖不平衡部位の抽出の一例を示す図ある。
【符号の説明】
１００  連鎖不平衡部位抽出装置
１０２  制御部
１０２ａ  連鎖不平衡指標値計算条件設定部
１０２ｂ  連鎖不平衡指標値計算部
１０２ｃ  ２値化計算条件設定部
１０２ｄ  ２値化計算部
１０２ｅ  最大長設定部
１０２ｆ  抽出条件設定部
１０２ｇ  連鎖不平衡部位抽出部
１０２ｈ  ウインドウ長設定部
１０２ｉ  連鎖不平衡指標設定部
１０２ｊ  ２値化判定式設定部
１０２ｋ  ２値化閾値設定部
１０６  記憶部
１０６ａ  ＳＮＰデータベース
１０６ｂ  連鎖不平衡指標値データファイル
１０６ｃ  ２値化データファイル
１０６ｄ  連鎖不平衡部位データベース
１０８  入出力制御インターフェース部
１１２  入力装置
１１４  出力装置
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
2004234100.tif 000013
【図１２】
2004234100.tif 000014
【図１３】
2004234100.tif 000015
【図１４】
2004234100.tif 000016
【図１５】
2004234100.tif 000017
【図１６】
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