(57)【要約】【課題】遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）について特定の疾患との関連性を表すことのできる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することを課題とする。【解決手段】本発明にかかる装置、および、プログラムは、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納し、各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示し、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示する。【選択図】      図１２
2004234101.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納する遺伝子型情報格納手段と、
上記遺伝子型情報格納手段にて格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ上記罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するプロット表示手段と、
を備え、
上記プロット表示手段は、各遺伝子型について表示された上記プロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することを特徴とする遺伝子型情報表示装置。
【請求項２】
上記ＳＮＰサンプルデータに基づいて、上記ハプロタイプの系統樹を作成する系統樹作成手段と、
上記系統樹作成手段にて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの上記疾患の有病率に従って識別可能に表示する有病率表示手段と、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１に記載の遺伝子型情報表示装置。
【請求項３】
上記系統樹に基づいて上記ハプロタイプを分類するハプロタイプ分類手段、
をさらに備え、
上記プロット表示手段は、上記ハプロタイプ分類手段による分類結果に従って、上記プロットを識別可能に表示すること、
を特徴とする請求項２に記載の遺伝子型情報表示装置。
【請求項４】
上記系統樹作成手段にて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って識別可能に表示するハプロタイプ頻度表示手段、
をさらに備えたことを特徴とする請求項２または３に記載の遺伝子型情報表示装置。
【請求項５】
上記有病率を２値化するための閾値を設定する２値化閾値設定手段と、
上記２値化閾値設定手段にて設定された上記閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化する有病率２値化手段と、
をさらに備えたことを特徴とする請求項１〜４のいずれか一つに記載の遺伝子型情報表示装置。
【請求項６】
特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納する遺伝子型情報格納ステップと、
上記遺伝子型情報格納ステップにて格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ上記罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するプロット表示ステップと、
を含む遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラムであって、
上記プロット表示ステップは、各遺伝子型について表示された上記プロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することを特徴とするプログラム。
【請求項７】
上記ＳＮＰサンプルデータに基づいて、上記ハプロタイプの系統樹を作成する系統樹作成ステップと、
上記系統樹作成ステップにて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの上記疾患の有病率に従って識別可能に表示する有病率表示ステップと、
をさらに含むことを特徴とする請求項６に記載のプログラム。
【請求項８】
上記系統樹に基づいて上記ハプロタイプを分類するハプロタイプ分類ステップ、
をさらに含み、
上記プロット表示ステップは、上記ハプロタイプ分類ステップによる分類結果に従って、上記プロットを識別可能に表示すること、
を特徴とする請求項７に記載のプログラム。
【請求項９】
上記系統樹作成ステップにて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って識別可能に表示するハプロタイプ頻度表示ステップ、
をさらに含むことを特徴とする請求項７または８に記載のプログラム。
【請求項１０】
上記有病率を２値化するための閾値を設定する２値化閾値設定ステップと、
上記２値化閾値設定ステップにて設定された上記閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化する有病率２値化ステップと、
をさらに含むことを特徴とする請求項６〜９のいずれか一つに記載のプログラム。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムに関し、特に、遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）について特定の疾患との関連性を表すことのできる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムに関する。
【０００２】
【従来の技術】
従来、ハプロタイプ解析において、ある座位におけるハプロタイプとその頻度からハプロタイプ系統樹を作成し、表示するものが存在する。
【０００３】
例えば、Ｇｅｎａｉｓｓａｎｃｅ（会社名）のＤｅｃｏＧｅｎ（登録商標）ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｓｙｓｔｅｍ（製品名）におけるＨＡＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ（登録商標）のブラウザ上に表示される系統樹は、各ハプロタイプに対応する円が結線で接続されたものである（例えば、非特許文献１参照。）。
【０００４】
非特許文献１の系統樹において、各ハプロタイプに対応する円はそれぞれのハプロタイプについて、人種を円の色で、ハプロタイプ頻度を円の大きさで表示する。
【０００５】
また、非特許文献１の系統樹において、円同士を接続する結線の太さは塩基の差異を示す。例えば、ハプロタイプ同士の塩基の差異が１つの場合は、薄い結線が表示され、また、ハプロタイプ同士の塩基の差異が２つの場合は、濃い結線が表示される。
【０００６】
【非特許文献１】
Ｇｅｎａｉｓｓａｎｃｅ（会社名）のホームページ、インターネット＜ＵＲＬ：  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎａｉｓｓａｎｃｅ．ｃｏｍ／ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ／ｄｅｃｏｇｅｎ．ｈｔｍｌ＞
【０００７】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、従来のハプロタイプ解析において、遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）について特定の疾患との関連性を表すように表示するものは存在しなかったという問題点を有していた。
【０００８】
すなわち、従来の特定座位におけるハプロタイプとその頻度からハプロタイプ系統樹を作成し、表示するプログラム等においては、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型座位、ハプロタイプブロック等）における遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型、ハプロタイプ等）の疾患関連性を、有病率などを用いて表すことができなかった。
【０００９】
このように、従来のプログラム等は数々の問題点を有しており、その結果、システムの利用者および管理者のいずれにとっても、利便性が悪く、また、利用効率が悪いものであった。
【００１０】
本発明は上記問題点に鑑みてなされたもので、遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）について特定の疾患との関連性を表すことのできる、遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することを目的としている。
【００１１】
【課題を解決するための手段】
このような目的を達成するため、請求項１に記載の遺伝子型情報表示装置は、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納する遺伝子型情報格納手段と、上記遺伝子型情報格納手段にて格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ上記罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するプロット表示手段とを備え、上記プロット表示手段は、各遺伝子型について表示された上記プロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することを特徴とする。
【００１２】
この装置によれば、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納し、格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するので、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することができるようになる。
【００１３】
これにより、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型座位、ハプロタイプブロック等）における遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型、ハプロタイプ等）の疾患関連性を、有病率を用いて表すことができる。
【００１４】
また、請求項２に記載の遺伝子型情報表示装置は、請求項１に記載の遺伝子型情報表示装置において、上記ＳＮＰサンプルデータに基づいて、上記ハプロタイプの系統樹を作成する系統樹作成手段と、上記系統樹作成手段にて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの上記疾患の有病率に従って識別可能に表示する有病率表示手段とをさらに備えたことを特徴とする。
【００１５】
この装置によれば、ＳＮＰサンプルデータに基づいて、ハプロタイプの系統樹を作成し、作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、遺伝子型がハプロタイプの場合には、当該ハプロタイプを有病率によりグループ化した後、それぞれの有病率のグループ（例えば、高有病率のグループと、低有病率のグループなど）とハプロタイプの系統樹との関連を視覚的に把握することができるようになる。
【００１６】
また、請求項３に記載の遺伝子型情報表示装置は、請求項２に記載の遺伝子型情報表示装置において、上記系統樹に基づいて上記ハプロタイプを分類するハプロタイプ分類手段をさらに備え、上記プロット表示手段は、上記ハプロタイプ分類手段による分類結果に従って、上記プロットを識別可能に表示することを特徴とする。
【００１７】
この装置によれば、系統樹に基づいてハプロタイプを分類し、当該分類結果に従って、プロットを形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、系統樹をもとに、ハプロタイプを分類し、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを視覚的に把握することができるようになる。
【００１８】
また、請求項４に記載の遺伝子型情報表示装置は、請求項２または３に記載の遺伝子型情報表示装置において、上記系統樹作成手段にて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って識別可能に表示するハプロタイプ頻度表示手段をさらに備えたことを特徴とする。
【００１９】
この装置によれば、系統樹作成手段にて作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、ハプロタイプ間の系統関係がハプロタイプ頻度と関係しているかを視覚的に把握することができるようになる。
【００２０】
また、請求項５に記載の遺伝子型情報表示装置は、請求項１〜４のいずれか一つに記載の遺伝子型情報表示装置において、上記有病率を２値化するための閾値を設定する２値化閾値設定手段と、上記２値化閾値設定手段にて設定された上記閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化する有病率２値化手段とをさらに備えたことを特徴とする。
【００２１】
この装置によれば、有病率を２値化するための閾値を設定し、設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化するので、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを単純化して容易に視覚的に把握することができるようになる。
【００２２】
また、本発明はプログラムに関するものであり、請求項６に記載のプログラムは、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納する遺伝子型情報格納ステップと、上記遺伝子型情報格納ステップにて格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ上記罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するプロット表示ステップとを含む遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させることを特徴とするプログラムであって、上記プロット表示ステップは、各遺伝子型について表示された上記プロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することを特徴とする。
【００２３】
このプログラムによれば、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納し、格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するので、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することができるようになる。
【００２４】
これにより、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型座位、ハプロタイプブロック等）における遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型、ハプロタイプ等）の疾患関連性を、有病率を用いて表すことができる。
【００２５】
また、請求項７に記載のプログラムは、請求項６に記載のプログラムにおいて、上記ＳＮＰサンプルデータに基づいて、上記ハプロタイプの系統樹を作成する系統樹作成ステップと、上記系統樹作成ステップにて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの上記疾患の有病率に従って識別可能に表示する有病率表示ステップとをさらに含むことを特徴とする。
【００２６】
このプログラムによれば、ＳＮＰサンプルデータに基づいて、ハプロタイプの系統樹を作成し、作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、遺伝子型がハプロタイプの場合には、当該ハプロタイプを有病率によりグループ化した後、それぞれの有病率のグループ（例えば、高有病率のグループと、低有病率のグループなど）とハプロタイプの系統樹との関連を視覚的に把握することができるようになる。
【００２７】
また、請求項８に記載のプログラムは、請求項７に記載のプログラムにおいて、上記系統樹に基づいて上記ハプロタイプを分類するハプロタイプ分類ステップをさらに含み、上記プロット表示ステップは、上記ハプロタイプ分類ステップによる分類結果に従って、上記プロットを識別可能に表示することを特徴とする。
【００２８】
このプログラムによれば、系統樹に基づいてハプロタイプを分類し、当該分類結果に従って、プロットを形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、系統樹をもとに、ハプロタイプを分類し、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを視覚的に把握することができるようになる。
【００２９】
また、請求項９に記載のプログラムは、請求項７または８に記載のプログラムにおいて、上記系統樹作成ステップにて作成された上記系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って識別可能に表示するハプロタイプ頻度表示ステップをさらに含むことを特徴とする。
【００３０】
このプログラムによれば、系統樹作成ステップにて作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、ハプロタイプ間の系統関係がハプロタイプ頻度と関係しているかを視覚的に把握することができるようになる。
【００３１】
また、請求項１０に記載のプログラムは、請求項６〜９のいずれか一つに記載のプログラムにおいて、上記有病率を２値化するための閾値を設定する２値化閾値設定ステップと、上記２値化閾値設定ステップにて設定された上記閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化する有病率２値化ステップとをさらに含むことを特徴とする。
【００３２】
このプログラムによれば、有病率を２値化するための閾値を設定し、設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化するので、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを単純化して容易に視覚的に把握することができるようになる。
【００３３】
また、本発明は記録媒体に関するものであり、本発明の記録媒体は、上記請求項６から１０のいずれか一つに記載されたプログラムを記録したことを特徴とする。
【００３４】
この記録媒体によれば、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータに読み取らせて実行することによって、請求項６から１０のいずれか一つに記載されたプログラムをコンピュータを利用して実現することができ、これら各方法と同様の効果を得ることができる。
【００３５】
【発明の実施の形態】
以下に、本発明にかかる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムの実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
特に、以下の実施の形態においては、本発明を、遺伝子型として主にハプロタイプに適用した例について説明するが、この場合に限られず、ＳＮＰ型において、同様に適用することができる。
【００３６】
［本発明の概要］
以下、本発明の概要について説明し、その後、本発明の構成および処理等について詳細に説明する。
本発明は、概略的に、以下の基本的特徴を有する。
【００３７】
（１）まず、本発明は、遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型・ハプロタイプ等）と特定の疾患との関連性を、有病率として表す。
【００３８】
すなわち、本発明では、ハプロタイプやＳＮＰ型である遺伝子型の疾患関連性を、数式１に示す有病率で表す。
有病率＝その遺伝子型の罹患者数／その遺伝子型の総数・・・（数式１）
【００３９】
そのため、本発明では、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて遺伝子型情報ファイルに格納する。
【００４０】
ここで、図１は、本発明の遺伝子型情報ファイルに格納される遺伝子型情報の一例を示す図である。図１に示すように、遺伝子型情報ファイルは、遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）と、当該遺伝子型を有する罹患者数と、当該遺伝子型を有する健常者数などを対応付けて格納する。
【００４１】
この場合、ハプロタイプｉの有病率Ｐは、以下の数式２となる。
Ｐ（ハプロタイプｉ）＝Ｘｉ／（Ｘｉ＋Ｙｉ）        ・・・（数式２）
【００４２】
このように、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型座位、ハプロタイプブロック等）における遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型、ハプロタイプ等）の疾患関連性を、有病率を用いて表すことができる。
【００４３】
（２）そして、特定の遺伝子型を持つ総数・罹患者数を２軸にプロットすることにより、高有病率のグループと、低有病率のグループと、疾患と関係のないグループとを分類可能に表示することができる。
【００４４】
すなわち、例えば、ｘ軸にそのアレルを持つ総数、ｙ軸にそのアレルを持つ罹患者数をとり、各ハプロタイプなどをプロットすると、アレル頻度が高いものほどｘの値が大きく、有病率が高いものほど傾き（ｙ／ｘ）が大きくなる。
【００４５】
そして、このプロットの分布により、遺伝子型を特定のグループ（例えば、高有病率の遺伝子型のグループや、低有病率の遺伝子型のグループなど）にグループ化することも可能となる。
【００４６】
ここで、図２は、特定の遺伝子型を持つ健常者数・罹患者数を２軸にプロットした場合に表示される表示画面の概念の一例を示す図である。また、図１３は、特定の遺伝子型を持つ総数・罹患者数を２軸にプロットした場合に表示される表示画面の概念の一例を示す図である。
【００４７】
図１３に示すように、各遺伝子型について、総数と健常者数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数（すなわち、罹患者数と健常者数の和）と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示する。
【００４８】
ここで、図２に示すように、各遺伝子型について、罹患者数と健常者数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ健常者数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示してもよい。
【００４９】
これにより、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することができる。また、遺伝子型頻度が、その遺伝子型をもつ総数の値で表される。原点から遠いものほどハプロタイプ頻度が高いことを表す。
【００５０】
すなわち、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型部位、ハプロタイプブロック等）において、もし疾患に全く関連がない場合は、罹患者と健常者で遺伝子型タイプの頻度に有意差は表れない。しかし、その座位が疾患との関連がある場合、有意な頻度差が表れうる。この有意差は、図３のような場合に現れると考えられる。
【００５１】
ここで、図３は、遺伝子型と疾患との関連性についてまとめた一覧表を示す図である。図３に示すにように、遺伝子型が罹患者に多い遺伝子型の場合は、疾患を引き起こす、あるいは促進する因子、または、サプレッサー的な働きを欠如させる因子であると考えることができる。
【００５２】
また、遺伝子型が健常者に多い遺伝子型の場合は、正常な働きをするための因子、または、サプレッサー的な働きをする因子であると考えることができる。
【００５３】
（３）また、遺伝子型がハプロタイプの場合には、当該ハプロタイプをグループ化した後、それぞれのグループとハプロタイプの系統樹との関連を見ることができる。
【００５４】
すなわち、ハプロタイプの場合には既存プログラムを使用して系統樹を作成し（例えば、上述した非特許文献１など）、グループ化されたハプロタイプと対応させることにより、どこで疾患原因変異が生じたのかなどが明らかになる。
【００５５】
さらに、系統樹に基づいてハプロタイプを分類し、ハプロタイプ間の系統関係が有病率にも関係しているかを見ることができるようになる。
【００５６】
ここで、図４は、ハプロタイプの系統樹の一例を示す図である。また、図５は、作成した系統樹と、グループ化されたハプロタイプとを対応させる場合の一例を示す図である。
【００５７】
図５に示すように、系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って色彩や模様などで識別可能に表示する。
【００５８】
すなわち、系統樹をグループ分けに対応して色づけまたは模様づけをすることにより、系統と有病率との関係が可視化されることになる。
【００５９】
また、図６は、本発明により表示される系統樹により可視化された系統と有病率との関係の概念の一例を示す図である。
【００６０】
図６は、プロットによりグループ分けをしたグループを例１〜例３のように系統樹と対応付けた場合を一例に、本発明の系統樹により色彩や模様などで可視化された系統と有病率との関係の概念を説明する。
【００６１】
例１では、ハプロタイプ３で原因変異が生じ、その変異が６まで受け継がれていると考えられる。また、ハプロタイプ３が系統上は比較的古い変異であるため、集団中でこれらのハプロタイプを持っている個体が多いと考えられる。従って、ハプロタイプ１とハプロタイプ２とハプロタイプ３の差異を詳細に調査することにより、原因変異を突き止められると思われる。
【００６２】
また、例２では、ハプロタイプ５およびハプロタイプ７は系統上比較的新しい変異と考えられるので、集団中でこれらのハプロタイプを持っている検体は少ないと考えられる。従って、ハプロタイプ４とハプロタイプ５とハプロタイプ７の差異を詳細に調査することにより、原因変異を突き止められる可能性がある。
【００６３】
また、例３では、ハプロタイプ同士の系統上の関係の解釈ができない。特に、疾患に関係のない座位である場合、このような分布になると考えられる。
【００６４】
（４）逆に系統樹をもとに、ハプロタイプを分類し、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを見ることもできる。
【００６５】
すなわち、作成した系統樹に基づいてハプロタイプを分類することにより、当該分類結果に従って各遺伝子型のプロットを色彩や模様などで識別可能に表示する。
【００６６】
図７および図８は、系統樹に基づくハプロタイプの分類結果に従って各遺伝子型のプロットを色彩や模様などで識別可能に表示する場合の概念の一例を説明する図である。
【００６７】
ここで、図７に示す例１の場合では、有病率とハプロタイプ系統関係が一致しており、罹患との関連性が高いと予想される。
【００６８】
また、図８に示す例１の場合では、系統樹で選ばれたものは、有病率では散在する傾向があるため、より絞り込む必要があると考えられる。
【００６９】
（５）ハプロタイプ系統樹において、ハプロタイプ頻度の高さを大きさなどで表し、有病率の高さを色の濃淡などで表すこともできる。また、有病率に閾値を設定することにより、有病率を２値に分類することもできる。
【００７０】
以下に図９〜図１１を参照して本発明のこれらの機能について詳細に説明する。
【００７１】
図９は、入力データとなるＳＮＰサンプルデータの一部分の一例を示す図である。
【００７２】
図９に示すように、入力データは、ハプロタイプＩＤ（例えば、ハプロタイプ１など）、ハプロタイプ（例えば、ＡＡＡＡＢＡＡＢＢＡＡなど）、ハプロタイプ頻度（例えば、１０．０など）、有病率（例えば、０．３など）などを含んで構成される。
【００７３】
また、図１０は、本入力データにより表示される系統樹の一例を示す図である。図１０に示すように、系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って大きさや色彩や模様などで識別可能に表示する（図１０の例では大きさにより識別可能に表示している）。
【００７４】
また、図１０に示すように、系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って大きさや色彩や模様などで識別可能に表示する（図１０の例では網掛け模様により識別可能に表示している）。
【００７５】
ここで、図１０において、有病率を２値化するための閾値を設定すると、図１１に示すように、設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化して表示することができる（図１１の例では有病率が５０％以上のものと、５０％未満のものに識別して表示している）。
【００７６】
［遺伝子型情報表示装置１００の構成］
まず、本発明の遺伝子型情報表示装置１００（以下、「本装置」という場合がある。）の構成について説明する。図１２は、本発明が適用される遺伝子型情報表示装置１００の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
【００７７】
図１２において遺伝子型情報表示装置１００は、概略的に、遺伝子型情報表示装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等の制御部１０２、入力装置１１２や出力装置１１４に接続される入出力制御インターフェース部１０８、および、各種のデータベースやテーブルなどを格納する記憶部１０６を備えて構成されており、これら各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。さらに、この遺伝子型情報表示装置１００は、ルータ等の通信装置（図示せず）および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、各種の通信ネットワークに通信可能に接続されてもよい。
【００７８】
記憶部１０６に格納される各種のデータベースやテーブル（ＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａ〜処理結果ファイル１０６ｃ）は、固定ディスク装置等のストレージ手段であり、各種処理に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【００７９】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、ＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａは、ＳＮＰサンプルデータを格納したデータベースである。ＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａは、インターネットを経由してアクセスする外部のＳＮＰサンプルデータベースであってもよく、また、これらのデータベースをコピーしたり、オリジナルのＳＮＰ情報を格納したり、さらに独自のアノテーション情報等を付加したりして作成したインハウスデータベースであってもよい。
【００８０】
このＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａに格納される情報は、ハプロタイプやＳＮＰを一意に識別するための遺伝子型のＩＤ、遺伝子型、頻度、有病率、当該遺伝子型を遺伝子型を有する罹患者数および健常者数などを相互に関連付けて構成されている。
【００８１】
また、遺伝子型情報ファイル１０６ｂは、遺伝子型情報に関する情報等を格納する遺伝子型情報格納手段である。図１は、遺伝子型情報ファイル１０６ｂに格納される情報の一例を示す図である。
【００８２】
この遺伝子型情報ファイル１０６ｂに格納される情報は、図１に示すように、遺伝子型（ハプロタイプ、ＳＮＰ型など）と、当該遺伝子型を有する罹患者数と、当該遺伝子型を有する健常者数等を相互に関連付けて構成されている。
【００８３】
また、処理結果ファイル１０６ｃは、制御部１０２の各種の処理結果などに関する情報等を格納する処理結果格納手段である。
【００８４】
また、図１２において、入出力制御インターフェース部１０８は、入力装置１１２や出力装置１１４の制御を行う。ここで、出力装置１１４としては、モニタ（家庭用テレビを含む）の他、スピーカを用いることができる（なお、以下においては出力装置１１４をモニタとして記載する場合がある）。また、入力装置１１２としては、キーボード、マウス、および、マイク等を用いることができる。また、モニタも、マウスと協働してポインティングデバイス機能を実現する。
【００８５】
また、図１２において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラム、各種の処理手順等を規定したプログラム、および所要データを格納するための内部メモリを有し、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、遺伝子型情報格納部１０２ａ、プロット表示部１０２ｂ、系統樹作成部１０２ｃ、有病率表示部１０２ｄ、ハプロタイプ分類部１０２ｅ、ハプロタイプ頻度表示部１０２ｆ、２値化閾値設定部１０２ｇ、および、有病率２値化部１０２ｈを備えて構成されている。
【００８６】
このうち、遺伝子型情報格納部１０２ａは、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納する遺伝子型情報格納手段である。
【００８７】
また、プロット表示部１０２ｂは、遺伝子型情報格納手段（１０２ａ）にて格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するプロット表示手段であり、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示する機能を有する。
【００８８】
なお、当該プロット表示手段（１０２ｂ）において、当該総数の代わりに健常者数を用いてもよい。
【００８９】
また、プロット表示部１０２ｂは、ハプロタイプ分類手段（１０２ｅ）による分類結果に従って、上記プロットを識別可能に表示する機能を有する。
【００９０】
また、系統樹作成部１０２ｃは、ＳＮＰサンプルデータに基づいて、ハプロタイプの系統樹を作成する系統樹作成手段である。
【００９１】
また、有病率表示部１０２ｄは、系統樹作成手段（１０２ｃ）にて作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って識別可能に表示する有病率表示手段である。
【００９２】
また、ハプロタイプ分類部１０２ｅは、系統樹に基づいて上記ハプロタイプを分類するハプロタイプ分類手段である。
【００９３】
また、ハプロタイプ頻度表示部１０２ｆは、系統樹作成手段（１０２ｃ）にて作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って識別可能に表示するハプロタイプ頻度表示手段である。
【００９４】
また、２値化閾値設定部１０２ｇは、有病率を２値化するための閾値を設定する２値化閾値設定手段である。
【００９５】
また、有病率２値化部１０２ｈは、２値化閾値設定手段（１０２ｇ）にて設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化する有病率２値化手段である。
【００９６】
なお、これら各部によって行なわれる処理の詳細については、後述する。
【００９７】
［システムの処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本装置の処理の一例について、以下に各図を参照して詳細に説明する。
【００９８】
（１）まず、遺伝子型情報表示装置１００は、遺伝子型情報格納部１０２ａの処理により、ＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａにアクセスして特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータを取得し、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、図１に示すように、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて遺伝子型情報ファイル１０６ｂに格納する。
【００９９】
（２）そして、遺伝子型情報表示装置１００は、プロット表示部１０２ｂの処理により、図１３に示すように、各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数（すなわち、罹患者数と健常者数の和）と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示する。
【０１００】
ここで、プロット表示部１０２ｂの処理により、図２に示すように、各遺伝子型について、罹患者数と健常者数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ健常者数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示してもよい。
【０１０１】
（３）そして、遺伝子型情報表示装置１００は、系統樹作成部１０２ｃの処理により、図４に示すように、ＳＮＰサンプルデータに基づいて、既知のハプロタイプ系統樹作成プログラムなどを用いてハプロタイプの系統樹を作成する。
【０１０２】
そして、遺伝子型情報表示装置１００は、有病率表示部１０２ｄの処理により、図５に示すように、系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って大きさや色彩や模様などで識別可能に表示する。
【０１０３】
（４）そして、遺伝子型情報表示装置１００は、ハプロタイプ分類部１０２ｅの処理により、図７および図８に示すように、作成した系統樹に基づいてハプロタイプを分類することにより、当該分類結果に従って各遺伝子型のプロットを色彩や模様などで識別可能に表示する。
【０１０４】
（５）そして、遺伝子型情報表示装置１００は、ハプロタイプ頻度表示部１０２ｆの処理により、図１０に示すように、系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って大きさや色彩や模様などで識別可能に表示する。
【０１０５】
ここで、遺伝子型情報表示装置１００は、２値化閾値設定部１０２ｇの処理により、図１０において、有病率を２値化するための閾値を設定すると、有病率２値化部１０２ｈの処理により、図１１に示すように、設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化して表示することができる。
【０１０６】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、上記特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０１０７】
例えば、遺伝子型情報表示装置１００がスタンドアローンの形態で処理を行う場合を一例に説明したが、遺伝子型情報表示装置１００とは別筐体で構成されるクライアント端末からの要求に応じて処理を行い、その処理結果を当該クライアント端末に返却するように構成してもよい。
【０１０８】
また、実施形態において説明した各処理のうち、自動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行なわれるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０１０９】
この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各種の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０１１０】
また、遺伝子型情報表示装置１００に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０１１１】
例えば、遺伝子型情報表示装置１００の各部または各装置が備える処理機能、特に制御部１０２にて行なわれる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現することができ、あるいは、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現することも可能である。なお、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じて遺伝子型情報表示装置１００に機械的に読み取られる。
【０１１２】
すなわち、ＲＯＭまたはＨＤなどの記憶部１０６などには、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）と協働してＣＰＵに命令を与え、各種処理を行うためのコンピュータプログラムが記録されている。このコンピュータプログラムは、ＲＡＭ等にロードされることによって実行され、ＣＰＵと協働して制御部１０２を構成する。
【０１１３】
また、本発明にかかるプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等の任意の「可搬用の物理媒体」や、各種コンピュータシステムに内蔵されるＲＯＭ、ＲＡＭ、ＨＤ等の任意の「固定用の物理媒体」、あるいは、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットに代表されるネットワークを介してプログラムを送信する場合の通信回線や搬送波のように、短期にプログラムを保持する「通信媒体」を含むものとする。
【０１１４】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０１１５】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（ＳＮＰサンプルデータファイル１０６ａ〜処理結果ファイル１０６ｃ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラムやテーブルやファイルやデータベースやウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１１６】
また、遺伝子型情報表示装置１００は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理端末等の情報処理装置にプリンタやモニタやイメージスキャナ等の周辺装置を接続し、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０１１７】
さらに、遺伝子型情報表示装置１００等の分散・統合の具体的形態は明細書および図面に示すものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷等に応じた任意の単位で、機能的または物理的に分散・統合して構成することができる（例えば、グリッド・コンピューティングなど）。例えば、各データベースを独立したデータベース装置として独立に構成してもよく、また、処理の一部をＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ  Ｇａｔｅｗａｙ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）を用いて実現してもよい。
【０１１８】
【発明の効果】
以上詳細に説明したように、本発明によれば、特定の疾患の罹患者と健常者から取得したＳＮＰサンプルデータに基づいて、特定のＳＮＰ型またはハプロタイプを含む遺伝子型を有する罹患者数および健常者数を特定し、当該遺伝子型と当該罹患者数と当該健常者数とを対応付けて格納し、格納された各遺伝子型について、罹患者数と総数を２軸とする平面座標上に、当該遺伝子型を持つ総数と当該遺伝子型を持つ罹患者数にそれぞれ対応するプロットを表示するので、各遺伝子型について表示されたプロットに基づいて、高有病率のグループと、低有病率のグループとに分類可能に表示することができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１１９】
また、これにより、特定の座位（ＳＮＰ・マイクロサテライト等の多型座位、ハプロタイプブロック等）における遺伝子型（ＳＮＰ遺伝子型、ハプロタイプ等）の疾患関連性を、有病率を用いて表すことができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１２０】
また、本発明によれば、ＳＮＰサンプルデータに基づいて、ハプロタイプの系統樹を作成し、作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、当該ハプロタイプの疾患の有病率に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、遺伝子型がハプロタイプの場合には、当該ハプロタイプを有病率によりグループ化した後、それぞれの有病率のグループ（例えば、高有病率のグループと、低有病率のグループなど）とハプロタイプの系統樹との関連を視覚的に把握することができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１２１】
また、本発明によれば、系統樹に基づいてハプロタイプを分類し、当該分類結果に従って、プロットを形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、系統樹をもとに、ハプロタイプを分類し、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを視覚的に把握することができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１２２】
また、本発明によれば、系統樹作成手段にて作成された系統樹を構成する各ハプロタイプの表示領域を、ハプロタイプのハプロタイプ頻度に従って形状、大きさ、色彩、模様などにより識別可能に表示するので、ハプロタイプ間の系統関係がハプロタイプ頻度と関係しているかを視覚的に把握することができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【０１２３】
さらに、本発明によれば、有病率を２値化するための閾値を設定し、設定された閾値に基づいて、各遺伝子型の有病率を２値化するので、ハプロタイプ間の系統関係が有病率と関係しているかを単純化して容易に視覚的に把握することができる遺伝子型情報表示装置、および、遺伝子型情報表示方法をコンピュータに実行させるプログラムを提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の遺伝子型情報ファイルに格納される遺伝子型情報の一例を示す図である。
【図２】特定の遺伝子型を持つ健常者数・罹患者数を２軸にプロットした場合に表示される表示画面の概念の一例を示す図である。
【図３】遺伝子型と疾患との関連性についてまとめた一覧表を示す図である。
【図４】ハプロタイプの系統樹の一例を示す図である。
【図５】作成した系統樹と、グループ化されたハプロタイプとを対応させる場合の一例を示す図である。
【図６】本発明により表示される系統樹により可視化された系統と有病率との関係の概念の一例を示す図である。
【図７】系統樹に基づくハプロタイプの分類結果に従って各遺伝子型のプロットを色彩や模様などで識別可能に表示する場合の概念の一例を説明する図である。
【図８】系統樹に基づくハプロタイプの分類結果に従って各遺伝子型のプロットを色彩や模様などで識別可能に表示する場合の概念の一例を説明する図である。
【図９】入力データとなるＳＮＰサンプルデータの一部分の一例を示す図である。
【図１０】本入力データにより表示される系統樹の一例を示す図である。
【図１１】本入力データにより表示される系統樹の一例を示す図である。
【図１２】本発明が適用される遺伝子型情報表示装置１００の構成の一例を示すブロック図である。
【図１３】特定の遺伝子型を持つ総数・罹患者数を２軸にプロットした場合に表示される表示画面の概念の一例を示す図である。
【符号の説明】
１００  遺伝子型情報表示装置
１０２  制御部
１０２ａ  遺伝子型情報格納部
１０２ｂ  プロット表示部
１０２ｃ  系統樹作成部
１０２ｄ  有病率表示部
１０２ｅ  ハプロタイプ分類部
１０２ｆ  ハプロタイプ頻度表示部
１０２ｇ  ２値化閾値設定部
１０２ｈ  有病率２値化部
１０６  記憶部
１０６ａ  ＳＮＰサンプルデータファイル
１０６ｂ  遺伝子型情報ファイル
１０６ｃ  処理結果ファイル
１０８  入出力制御インターフェース部
１１２  入力装置
１１４  出力装置
【図１】
2004234101.tif 000003
【図２】
2004234101.tif 000004
【図３】
2004234101.tif 000005
【図４】
2004234101.tif 000006
【図５】
2004234101.tif 000007
【図６】
2004234101.tif 000008
【図７】
2004234101.tif 000009
【図８】
2004234101.tif 000010
【図９】
2004234101.tif 000011
【図１０】
2004234101.tif 000012
【図１１】
2004234101.tif 000013
【図１２】
2004234101.tif 000014
【図１３】
2004234101.tif 000015