(57)【要約】      （修正有）【課題】アテローム性動脈硬化症、虚血／再貫灌流障害、高血圧症、再狭窄、動脈炎症、心筋梗塞、および卒中を包含する心血管疾患の予測と治療の方法の提供。【解決手段】心血管疾患状態のヒトに存在する、そして／または心血管疾患に関連する薬物投与に応答する遺伝子の同定、心血管疾患の治療薬の同定、心血管疾患の治療を受けている患者の診断的監視、薬物有害反応を排除した投薬計画を予測するための遺伝子変異の利用、様々な心血管疾患の診断的評価と予後のための対象の同定に関する方法の開示。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
心血管関連（ＣＡ）遺伝子によりコードされている単離されたポリヌクレオチドであって、ＣＡ遺伝子ポリペプチドの完全長ｃＤＮＡのような機能的環境の中にある配列セクションに記載のアレル変異を持ち、そしてＣＡ遺伝子プロモーター配列を有するまたは有さない、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４より成る群から選ばれるポリヌクレオチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリヌクレオチドを１またはそれ以上含む発現ベクター。
【請求項３】
請求項２に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項４】
請求項１に記載のポリヌクレオチドによりコードされている実質的に精製されたＣＡ遺伝子ポリペプチド。
【請求項５】
以下の工程：
ａ）  請求項３に記載の宿主細胞を、ＣＡ遺伝子ポリペプチドの発現に好適な条件下で培養し；そして、
ｂ）  この宿主細胞培養からＣＡ遺伝子ポリペプチドを回収する、
ことを含む、ＣＡ遺伝子ポリペプチドを生産する方法。
【請求項６】
請求項１に記載のポリヌクレオチドまたは請求項４に記載のＣＡ遺伝子ポリペプチドを検出するための方法であって、生物学的試料を請求項１に記載のポリヌクレオチドまたは請求項４に記載のＣＡ遺伝子ポリペプチドと特異的に相互作用する試薬と接触させる工程を含む方法。
【請求項７】
被験化合物を、請求項１に記載の任意のポリヌクレオチドによりコードされているＣＡ遺伝子ポリペプチドと接触させ、そして該ポリペプチドのＣＡ遺伝子活性を検出する工程を含む、ＣＡ遺伝子の活性を調節する物質についてスクリーニングする方法であって、ＣＡ遺伝子ポリペプチド活性を増大させる被験化合物をＣＡ遺伝子ポリペプチドの活性を増大させる可能性のある治療物質であると同定し、そして、該ポリペプチドのＣＡ活性を低下させる被験化合物をＣＡ遺伝子ポリペプチドの活性を低下させる可能性のある治療物質であると同定する方法。
【請求項８】
請求項７に記載の方法によって同定される、ＣＡポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性を調節する試薬。
【請求項９】
請求項２に記載の発現ベクターまたは請求項８に記載の試薬および製薬的に許容し得る担体、
を含む医薬組成物。
【請求項１０】
医薬の製造のための請求項８に記載の試薬の使用。
【請求項１１】
配列セクション中の、ヒト対象のＣＡ遺伝子座の配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４に示すヌクレオチド変異の実体を判定することを含む、ヒト対象が心血管疾患を持っているか、またはこれを発現するリスクを持つか、を判定するための方法であって、「リスク」遺伝子型は第６表から理解できるように、１より大きなリスク比率を有する方法。
【請求項１２】
ａ）  請求項１に記載のヒトＣＡ遺伝子中の多型位置にハイブラダイズするプライマー、および請求項１に記載のヒトＣＡ遺伝子中の多型位置に直接隣接してハイブリダイズするプライマーを含む群から選ばれる配列決定プライマー、および
ｂ）  配列決定試薬、
を含む心血管状態を評価するためのキット。
【請求項１３】
請求項１に定義する配列群から選ばれる多型部位の２またはそれ以上、全数までの組み合わせを検出する、請求項１２に記載のキット。
【請求項１４】
ヒトＣＡ遺伝子ポリペプチド内部の、請求項１に定義の多型位置におよび前記のもののうち任意のものの組み合わせに特異的な１またはそれ以上の抗体を含む、心血管状態を評価するためのキット。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（技術分野）
本発明は、アテローム性動脈硬化症、虚血／再灌流障害、高血圧症、再狭窄、動脈炎症、心筋梗塞、および卒中を包含する（但しこれらに限定されない）ヒトの心血管リスクの評価に有用な、遺伝子多型に関する。具体的には本発明は、正常な、または非心血管疾患状態のヒトと比較した、心血管疾患状態のヒトに個別的に存在する、そして／または心血管疾患に関連する薬物投与に応答する、遺伝子変異を同定し且つこれを記載するものである。さらに本発明は、心血管疾患の治療としての化合物の同定およびその治療的使用のための方法を提供する。さらに本発明は、心血管疾患の治療に対する臨床評価を受けている患者の診断的監視のための、および臨床試験における化合物の有効性監視のための方法を提供する。その上また本発明は、薬物有害反応を排除した個別的投薬計画を予測するために遺伝子変異を利用する方法を提供する。加えて本発明は、様々な心血管疾患の診断的評価および予後のための、そして係る状態に対する素因を示す対象の同定のための方法を説明する。
【０００２】
（背景技術）
心血管疾患は、工業世界全体の主要な健康上のリスク（危険）である。
心血管疾患は以下のような心臓および血管系の疾患を包含する（但しこれらに限定される訳ではない）：鬱血性心不全、心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症、虚血性心疾患、冠動脈性心疾患、あらゆる種類の心房および心室性不整脈、高血圧性血管疾患および末梢血管疾患。
【０００３】
心不全は、心機能の異常が原因で、心臓が代謝組織の要求に釣り合った速度で血液を送り出すことができない、病態生理学的状態として定義される。これには、基礎をなしている原因とは無関係に、高拍出量および低拍出量、急性および慢性、右側および左側、収縮期性または拡張期性といった全ての形態のポンプ不全が包含される。
【０００４】
心筋梗塞（ＭＩ）は一般に、動脈硬化によりそれまでに狭窄化していた冠動脈の血栓性閉塞の後に起こる突然の冠血流低下によって惹起される。ＭＩの予防（一次および二次防止）は、ＭＩの急性治療と共に合併症の防止を包含する。
【０００５】
虚血性疾患は、冠血流が制限されて心筋の酸素要求量を満たすには不充分な灌流をもたらしている状態である。この群の疾患は、安定狭心症、不安定狭心症および無症候性虚血を包含する。
【０００６】
不整脈は、全ての形態の心房性および心室性頻脈（心房性頻脈、心房性粗動、心房性細動、心房心室リエントリー性頻脈、前興奮症候群、心室性頻脈、心室性粗動、心室性細動）ならびに徐脈型不整脈を包含する。
【０００７】
高血圧性血管疾患は、原発性および全ての種類の二次性動脈性高血圧症（腎性、内分泌性、神経性、その他）を包含する。
【０００８】
末梢血管疾患は、動脈および／または静脈の血流が低下し、血液供給と組織の酸素要求量の間に不均衡が生ずる血管疾患と定義できる。これは、慢性末梢動脈閉塞疾患（ＰＡＯＤ）、急性動脈血栓症および塞栓症、炎症性血管疾患、レイノー現象ならびに静脈障害を包含する。
【０００９】
最も有病率の高い血管疾患であるアテローム性動脈硬化症は、心臓発作、卒中、および四肢の壊疽の主要な原因であり、故に主要な死因である。アテローム性動脈硬化症は、多くの細胞型および分子的因子の関与する複雑な疾患である（詳細な総説については、Ｒｏｓｓ，  １９９３，  Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：８０１−８０９およびＬｕｓｉｓ，Ａ．Ｊ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ４０７，  ２３３−２４１（２０００）を参照されたい）。正常な環境において、動脈壁の内皮および平滑筋細胞（ＳＭＣ）の傷害に対する保護反応であるこのプロセスは、線維脂肪性および線維性病変またはプラーク（斑）の形成から成り、炎症がこれに先立ち且つ付随する。アテローム性動脈硬化症の進行した病変は、関係する動脈を閉塞することがあり、また、多数の異なる型の傷害に対する過度の炎症性線維増殖性反応から生ずる。例えば、ずれ応力は、分岐点や不規則構造といった血液の乱流が起こる循環系の領域においてアテローム性動脈硬化プラークが頻回に出現する原因であると考えられる。
【００１０】
アテローム性動脈硬化プラークの形成において最初に観察され得る事象は、血液で生じた単球が血管内皮層に付着し内皮下腔を通って移行する時に起こる。同時に、隣接する内皮細胞は酸化された低密度リポ蛋白（ＬＤＬ）を産生する。次いでこれらの酸化されたＬＤＬが、表面で発現されるスカベンジャーレセプターを介して大量に単球に取り込まれる。この取り込みのスカベンジャー経路は、天然ＬＤＬ（ｎＬＤＬ）がｎＬＤＬ特異的レセプターによって取り込まれる調節された経路とは対照的に、単球によって調節されない。
【００１１】
脂肪で満たされたこれらの単球は泡沫細胞と呼ばれ、脂肪線条の主要構成成分である。泡沫細胞とこれらを取り巻く内皮およびＳＭＣとの相互作用は、慢性の局所炎症状態を招き、これが最終的には平滑筋細胞の増殖および遊走ならびに線維性プラークの形成につながる。このようなプラークが関連血管を閉塞し、それにより血流を制限し、虚血を導く。
【００１２】
虚血は、不充分な灌流に起因する、臓器組織における酸素供給の欠如を特徴とする状態である。このような不充分な灌流には、幾つかを列挙するとアテローム性動脈硬化性または再狭窄性病変、貧血、または卒中を包含する幾つかの自然的原因があり得る。例えばバイパス手術中の血流の途絶といった多くの医療的介入もまた虚血を導く。時に病的な心血管組織に起因することに加え、虚血は、虚血性心疾患の場合のように心血管組織に影響を及ぼすことがある。しかしながら虚血は、酸素供給の欠如を被ったいかなる臓器にも起こり得る。
【００１３】
心臓の虚血の最も一般的な原因は、心外膜の冠動脈のアテローム性動脈硬化疾患である。これらの血管の管腔が縮小することにより、アテローム性動脈硬化症は、基底状態における心筋の灌流の絶対的減少を惹起し、または流量の需要が増加した場合における適当な灌流の増大を制限する。冠動脈血流はまた、動脈血栓、痙縮、および稀に冠動脈塞栓、ならびに梅毒性大動脈炎による心門狭窄によっても制限され得る。先天性異常、例えば肺動脈からの左前下行冠動脈の異常起点は乳児に心筋虚血および梗塞を惹起し得るが、この原因は成人には極めて稀である。心筋虚血はさらに、高血圧症または大動脈狭窄による重篤な心室肥大の場合のように心筋酸素要求量が異常に増大した場合にも起こり得る。後者は狭心症と共に起こり得、これは冠アテローム性動脈硬化症により引き起こされるものと識別不能である。極めて重篤な貧血の場合またはカルボキシヘモグロビンの存在する場合のような血液の酸素結合能の低下は、心筋虚血の稀な原因である。左心室肥大による酸素要求量の増大と冠アテローム性動脈硬化症に続発する酸素供給の低下といったように、２またはそれ以上の虚血原因が共存することも稀ではない。
【００１４】
先の研究は、心血管疾患につながる正常な細胞機能のミスリード（誤導）に関わっていると推定される特定の遺伝子変異の役割を明確にすることを目的としている。しかしながら、このようなアプローチでは、疾病プロセスに関与する遺伝子変異の全容を明らかにすることはできない。
【００１５】
現在、心血管疾患に対して取り得る唯一の治療は、個々人の実際の異常を標的としていない、薬物に基づく治療であって、その例には、高血圧症にはアンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）インヒビターおよび利尿剤、インスリン非依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）にはインスリン補充、異常脂血症にはコレステロール低下戦略、心血管疾患には抗凝固薬、βブロッカー、そして肥満には減量戦略が包含される。もし標的を定めた治療が利用可能であるならば、特定の治療計画に対する応答を予知でき、係る治療の有効性を著明に向上させることができるであろう。標的化療法は疾病感受性に対する正確な診断試験を必要とするが、いったんこれらの試験が開発されたならば、標的化療法を利用できる機会は広範囲となるであろう。このような診断試験は最初に高血圧リスクの最も高い個体を同定する役割を果たし、そして彼等に、予防手段として生活習慣または食事の変更をさせることができる。診断試験と標的化療法のシステムとを結び付けることに伴う利点は、投与薬物の用量の低減と、それにより個体が被る不快な副作用の量の低減を包含する。より重篤な症例では、初期の外科的介入が病態のさらなる悪化を防止するのに有用であることを、診断試験が示すこともあり得る。
【００１６】
心血管疾患に対する素因または感受性の遺伝子診断を提供することが本発明の１つの目的である。関連するもう一つの目的は、この疾患に対する素因を持つまたは感受性の高い対象において、疾患の発症を低減または防止または遅延するための処置を提供することである。さらなる目的は、この診断を実施するための手段を提供することである。
【００１７】
したがって、本発明の第一の態様は、個体における疾病の診断方法であって、当該個体中の、実施例に列挙した遺伝子の１つまたは種々のまたは全ての遺伝子型を決定することを含む方法を提供する。
【００１８】
別の態様では、本発明は、或る疾病に対する素因を持つまたは感受性がある個体を同定する方法であって、当該個体中の、実施例に列挙した遺伝子の１つまたは種々のまたは全ての遺伝子型を決定することを含む方法を提供する。
【００１９】
本発明は、疾病の症状が発現する前に、または重篤な症状が発現する前に、利用可能な結果を産むことのできる遺伝子分析により、疾病または或る疾病状態の診断を可能にするという点で、有利である。本発明はさらに、遺伝子分析により、疾病に対する素因もしくは感受性または或る疾病状態の診断を可能にするという点で、有利である。
【００２０】
本発明はまた、他の診断方法の結果を確認または裏付ける際に有用である。したがって本発明に係る診断は、孤立した技術としてまたは他の診断方法および診断装置と組み合わせて好適に使用することができ、後者の例では、本発明は或る診断を評価するさらなる試験を提供する。
【００２１】
本発明は、個体の遺伝子型同定方法としてアレルの結びつきを使用することに由来し、心血管疾患の分子遺伝学的基礎の研究を可能にする。特別な態様では、本発明は実施例に列挙した遺伝子配列中の多型について試験する。本発明は、「悪い」血清脂質を持つ個体を「良い」血清レベルを持つ個体と比較した場合にアレル頻度が著しく相違する事を示すことにより、この多型と心血管疾患の素因の間のつながりを証明する。「良いおよび悪い」血清脂質レベルの意味は第１表に定義する。
【００２２】
或る疾病状態は、疾病の出現前に処置または治療を施すことによって、恩恵を受ける、即ち患者の罹患を低下させまたは防止しまたは遅延させる。これは、疾病の素因または感受性を前もって診断できたならば、より信頼性を持って実施できる。
【００２３】
（発明の詳しい説明）
本発明は少なくともその一部が、いわゆる「候補遺伝子」の多型領域の特異的アレルがＣＶＤに関連しているという発見に基づく。
【００２４】
本明細書中使用する「候補遺伝子」とは、正常な心血管機能、または心血管疾患の発症および／または進行に関連する代謝経路、のいずれかに割り当てることのできる遺伝子を包含する。心血管疾患の発現は完全には理解されていないため、「候補遺伝子」という語は現在分かっていない機能を持つ遺伝子をも含むことができる。
【００２５】
本発明のために以下の候補遺伝子を分析した：
−  心臓組織で発現されることが判明している遺伝子（Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  １９９７，  ９６：４１４６−４２０３）；
−  以下の代謝経路由来の遺伝子およびそれらの調節要素：
【００２６】
脂質代謝
数多くの研究が血清脂質レベルと心血管疾患のつながりを示している。この群に属する候補遺伝子は、コレステロール経路、アポリポ蛋白およびそれらの修飾因子の遺伝子を包含するが、これらに限定されない。
【００２７】
凝血
心臓の虚血性疾患およびとりわけ心筋梗塞は、血栓による閉塞によって起こり得る。この群に属する遺伝子は凝固カスケードの全遺伝子およびそれらの調節要素を包含する。
【００２８】
炎症
アテローム性動脈硬化症の合併症は西欧社会で最も一般的な死因である。概略的にはアテローム性動脈硬化症は、修飾リポ蛋白、単球由来マクロファージ、Ｔ細胞、および動脈壁の正常な細胞要素の相互作用が引き起こす慢性炎症の一形態であると考えることができる。結局この炎症プロセスは、動脈管腔の中に突き出た複雑な病変またはプラークの発現を導き得る。最後にプラークの破裂および血栓症が心筋梗塞と卒中の急性臨床的合併症を招く（Ｇｌａｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ２００１，  １０４：５０３−５１６）。
【００２９】
このことから、サイトカイン、サイトカインレセプターおよび細胞接着分子など（但しこれらに限定される訳ではない）、炎症プロセスに関連する全ての遺伝子がＣＶＤの候補遺伝子という事になる。
【００３０】
グルコースおよびエネルギー代謝
グルコースおよびエネルギー代謝は脂質の代謝と相互依存している（上記参照）ため、この経路もまた候補遺伝子を含む。エネルギー代謝は一般に肥満にも関係し、この肥満はＣＶＤの独立した危険因子である（Ｍｅｌａｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ＣａｒｄｉｏｌＲｅｖ  ２００１  ９：２０２−２０７）。加えて、高い血中グルコースレベルは多くの微小血管および大血管合併症と関連しており、故にＣＶＤに対する個体の素因に影響するかも知れない（Ｄｕｃｋｗｏｒｔｈ，  Ｃｕｒｒ  Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒ  Ｒｅｐ  ２００１，  ３：３８３−３９１）。
【００３１】
高血圧症
高血圧症はＣＶＤの独立した危険因子であることから、収縮期および拡張期血圧の調節に関与する遺伝子もまた、個体のＣＶＤのリスクに影響を及ぼす（Ｓａｆａｒ，  Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｃａｒｄｉｏｌ  ２０００，  １５：２５８−２６３）。興味深いことに、高血圧症は糖尿病のない患者に比して糖尿病の患者ではおよそ２倍の頻度であることから、高血圧と糖尿病（上記参照）は相互依存しているように見受けられる。逆に、最近のデータは、高血圧のヒトは正常血圧のヒトよりも糖尿病が発症し易いことを示唆している（Ｓｏｗｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ  ２００１，  ３７：１０５３−１０５９）。
【００３２】
非分類遺伝子
上に述べたように、心血管疾患を導く機構は完全に解明されている訳ではない。よって上に列挙した範疇に割り当てられない候補遺伝子もまた分析した。本発明は少なくともその一部を、未知の生理機能を持つゲノム領域に存在する多型の発見に基づいている。
【００３３】
結    果
関連研究を実施した後、驚くべき事に本発明者等は、健康な個体とＣＶＤに罹患し易い個体の間に強い相関を示す、幾つかの候補遺伝子中の多型部位を見出した。ここで使用する「健康な」とは、現在ＣＶＤに罹患しておらず、また血清脂質レベルプロフィールによるＣＶＤのリスクの増大を示してもいない個体を指す。ここで使用する「ＣＶＤに罹患し易い」とは、現在ＣＶＤに罹患している個体および／またはＣＶＤに罹患する高いリスクを与える血清脂質プロフィールを有する個体を指す（健康な、およびＣＶＤに罹患し易い血清脂質レベルの定義については第１表を参照されたい）。「健康な」または「ＣＶＤに罹患し易い」表現型と有意に関連していることが判明した候補遺伝子の多型部位は、「ＣＶＤ関連ＳＮＰ」（ＣＡ  ＳＮＰ）と称する。ＣＡ  ＳＮＰのあるそれぞれのゲノム座を、この遺伝子座の実際の機能に関わりなく「ＣＶＤ関連遺伝子」（ＣＡ遺伝子）と称する。
【００３４】
具体的には、本発明者等は以下に示す遺伝子においてＣＡ  ＳＮＰを見出したことは驚くべきことであった：
アポリポ蛋白Ｅ
キロミクロンレムナントおよび超低密度リポ蛋白（ＶＬＤＬ）レムナントは、肝臓でのレセプター仲介エンドサイトーシスにより循環から速やかに除去される。キロミクロンの主要なアポ蛋白であるアポリポ蛋白Ｅは肝細胞および末梢細胞上の特異的レセプターに結合する。アポＥはトリグリセリドに富むリポ蛋白構成成分の正常な異化に必須である。ＡＰＯＥ遺伝子は第１９染色体上にＡＰＯＣ１およびＡＰＯＣ２を伴うクラスターとしてマッピングされている。アポリポ蛋白Ｅの欠損は家族性異βリポ蛋白血症、またはＩＩＩ型高リポ蛋白血症（ＨＬＰ  ＩＩＩ）を引き起こし、この場合、増大した血漿コレステロールおよびトリグリセリドがキロミクロンとＶＬＤＬレムナントのクリアランスの障害という結果になる。
【００３５】
アポリポ蛋白ｅレセプター２（低密度リポ蛋白レセプター関連蛋白８、ＬＰＲ８）
この遺伝子は、低密度リポ蛋白レセプター（ＬＤＬＲ）ファミリーの一員であるアポリポ蛋白Ｅレセプターをコードしている。アポリポ蛋白Ｅは小型の親油性血漿蛋白であり、キロミクロンレムナント、超低密度リポ蛋白（ＶＬＤＬ）、および高密度リポ蛋白（ＨＤＬ）といったリポ蛋白の構成成分である。アポリポ蛋白Ｅレセプターはこれらのリポ蛋白の細胞認識とインターナライゼーションに関わっている。選択的スプライシングにより、この遺伝子について３種の転写変異体が生成され、さらなる変異体も開示されているが、それらの完全長の性質は確定されていない。
【００３６】
ジアゼパム結合インヒビター、エンドゼピン
ジアゼパム結合インヒビター（アシル−ＣｏＡ−結合蛋白）；結合して中鎖アシルＣｏＡエステル合成を誘導する。
【００３７】
非筋肉型ミオシン重鎖９
非筋肉型ミオシン重鎖９；筋収縮、細胞質分裂および貪食のための力を提供する運動蛋白；ＡＴＰアーゼ頭部ドメインと桿状尾部ドメインを含む。
【００３８】
アポリポ蛋白Ａ−ＩおよびＣ−ＩＩＩゲノム座
ＡＰＯＡ１は、排泄のために組織から肝臓へのコレステロール流出を促進する。アポリポ蛋白Ａ−Ｉは血漿中の高密度リポ蛋白（ＨＤＬ）の主要な蛋白成分である。これは肝臓および小腸で合成され、７７アミノ酸を持つ２個の同一の鎖より成る；１８アミノ酸シグナルペプチドが翻訳と同時に除去され、６アミノ酸プロペプチドが翻訳後に開裂する。いわゆるイソ型を導く修飾に加え、後者の工程における変異が、観察される幾つかの多型の原因である。ＡＰＯＡ１は、殆どの血漿コレステロールエステルの形成を担っているレシチンコレステロールアシルトランスフェラーゼ（ＬＣＡＴ）の補助因子である。ＡＰＯＡ１、ＡＰＯＣ３およびＡＰＯＡ４遺伝子はラットおよびヒトゲノムの両者で密接に連鎖している。Ａ−ＩおよびＡ−ＩＶ遺伝子は同じ鎖から転写され、一方Ｃ−ＩＩＩ遺伝子はＡ−Ｉに関連して集束的に転写される。アポリポ蛋白Ａ−１遺伝子の欠陥はＨＤＬ欠損およびタンジール病と関連している。
【００３９】
アポリポ蛋白Ｃ−ＩＩＩは超低密度リポ蛋白（ＶＬＤＬ）の蛋白である。ＡＰＯＣ３はリポ蛋白リパーゼと肝リパーゼを阻害し；トリグリセリドに富む粒子の異化を遅延させると考えられる。ＡＰＯＡ１、ＡＰＯＣ３およびＡＰＯＡ４遺伝子はラットおよびヒトゲノムの両者において密接に連鎖している。Ａ−ＩおよびＡ−ＩＶ遺伝子は同じ鎖から転写され、一方Ａ−ＩおよびＣ−ＩＩＩ遺伝子は集束的に転写される。アポＣ−ＩＩＩレベルの増大は高トリグリセリド血症の発現を誘導する。
【００４０】
アポリポ蛋白Ｂ
アポリポ蛋白Ｂ（ＡｐｏＢ）は、キロミクロンと低密度リポ蛋白（ＬＤＬ）の主要なアポリポ蛋白である。この蛋白は血漿中で２種類の主要なイソ型、アポＢ−４８およびアポＢ−１００として存在する。前者は専ら腸によって合成され、後者は肝臓によって合成される。アポＢの腸型（Ｂ−４８）および肝臓型（Ｂ−１００）は、単一の遺伝子により、そして１６ｋｂより大きい単一のｍＲＮＡ転写物によりコードされている。この２種類の蛋白は共通のアミノ末端配列を持っている。アポＢ−１００イソ型では、前駆体は４５６３アミノ酸を有し、成熟アポＢ−１００は４５３６アミノ酸残基を持っている。成熟した循環するＢ−４８は、その全長（２１３０および２１４４アミノ酸残基の間であると見積もられている）がＢ−１００のアミノ末端部分とホモローガスであり、Ｂ−１００のカルボキシ末端由来の配列を含まない。構造研究から、アポＢ−４８はアポＢ−１００のアミノ末端の４７％を表し、アポＢ−４８のカルボキシ末端はアポＢ−１００の残基２１５１付近にあると考えられる。アポリポ蛋白Ｂ−４８は、アポＢ−１００のｍＲＮＡにおいてＧｌｎ（２１５３）をコードしているコドンＣＡＡでのＣからＵへの変化によって生じたフレーム内ＵＡＡ停止コドンを有する腸ｍＲＮＡの産物であろう。Ｂ−１００をコードしている配列のみがゲノムＤＮＡに存在することから、これは、ｍＲＮＡへの停止コドンの臓器特異的導入の可能性と、このメッセージのコドン２１５３でのＣＡＡからＵＡＡへの変化がユニークなＲＮＡエディティングプロセスであることを示している。
【００４１】
ＬＩＭドメインキナーゼ１
それらが含んでいるＬＩＭドメインによりそのように命名されたおよそ４０の既知の真核生物ＬＩＭ蛋白が存在する。ＬＩＭドメインは、２個の亜鉛フィンガーを含む高度に保存されたシステインに富む構造である。亜鉛フィンガーは通常ＤＮＡまたはＲＮＡと結合することにより機能するが、このＬＩＭモチーフは恐らく蛋白−蛋白相互作用を仲介している。ＬＩＭキナーゼ１およびＬＩＭキナーゼ２は、２個の末端ＬＩＭモチーフとＣ末端蛋白キナーゼドメインのユニークな組み合わせを有する小さなサブファミリーに属している。ＬＩＭＫ１は細胞内シグナル伝達経路の構成要素であるらしく、脳の発達に関わっているかも知れない。ＬＩＭＫ１半接合は、ウィリアムズ症候群の視空間構成認知障害に関係している。２種類のスプライス変異体が同定されている。
【００４２】
熱安定性フェノールスルホトランスフェラーゼ（ＳＴＰ２）
スルホン化は、多くの薬物、生体異物、神経伝達物質、およびステロイドホルモンの生体内変化における重要な経路である。フェノールスルホトランスフェラーゼＳＴＰ２は第１６染色体にマッピングされており（Ｄｏｏｌｅｙ  ａｎｄ  Ｈｕａｎｇ，  １９９６）、専ら「単純な」平面フェノール類のスルホン化を触媒している。
【００４３】
低密度リポ蛋白レセプター
低密度リポ蛋白レセプター（ＬＤＬＲ）遺伝子ファミリーは、特異的リガンドのレセプター仲介エンドサイトーシスに関与する細胞表面蛋白より成る。低密度リポ蛋白（ＬＤＬ）は通常、細胞膜で結合し、最後にはリソソームになる細胞中に取り込まれ、ここでこの蛋白は分解を受け、コレステロールが、コレステロール合成の律速段階であるミクロソーム酵素３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル補酵素Ａ（ＨＭＧ  ＣｏＡ）レダクターゼの抑制に利用できるようになる。同時に、コレステロールエステル合成の相互刺激が起こる。ＬＤＬレセプター（ＬＤＬＲ）遺伝子の突然変異は、常染色体優性疾患、家族性高コレステロール血症を惹起する。
【００４４】
ＡＴＰ結合カセット、サブファミリーＢ（ＭＤＲ／ＴＡＰ）、成員１
この遺伝子によりコードされている膜結合蛋白は、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）輸送体のスーパーファミリーの一員である。ＡＢＣ蛋白は様々な分子を細胞膜の内外に輸送する。ＡＢＣ遺伝子は７個の明確なサブファミリーに分けられる（ＡＢＣ１、ＭＤＲ／ＴＡＰ、ＭＲＰ、ＡＬＤ、ＯＡＢＰ、ＧＣＮ２０、Ｗｈｉｔｅ）。この蛋白はＭＤＲ／ＴＡＰサブファミリーの一員である。ＭＤＲ／ＴＡＰサブファミリーの成員は多剤耐性に関与している。この遺伝子によりコードされている蛋白は、広範な基質特異性を有する、生体異物化合物のためのＡＴＰ依存性薬物流出ポンプである。これは、多剤耐性細胞における薬物蓄積の減少を担っており、しばしば抗癌薬に対する耐性の発現を仲介する。この蛋白はさらに、血液−脳関門での輸送体としても機能する。
【００４５】
アネキシンＶＩ（カルホビンディンＩＩ）
アネキシンＶＩは、カルシウム依存性膜および燐脂質結合蛋白のファミリーに属する。それらの機能は依然として明確に定義されていないものの、アネキシンファミリーの幾つかの成員が、エキソサイトーシスおよびエンドサイトーシス経路における膜関連事象に関わっていた。アネキシンＶＩ遺伝子はおよそ６０ｋｂｐ長であり、２６のエキソンを含んでいる。これは、様々な長さの連結配列によって隔てられた８個の６８アミノ酸反復配列より成る、約６８ｋＤａの蛋白をコードしている。これは、それぞれが係る反復を４個含むヒトアネキシンＩおよびＩＩ配列と極めて似通っている。アネキシンＶＩのエキソン２１は選択的スプライシングを受け、第７反復配列の起点での６アミノ酸挿入により相違している２種類のイソ型を生成する。アネキシンＶＩは、エキソサイトーシス中の上皮分泌におけるエンドソーム凝集と小胞融合の仲介に関わっていた。
【００４６】
プロテインＣインヒビター（ＰＣＩ−Ｂ）
ＭａｒｌａｒおよびＧｒｉｆｆｉｎ（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．  １９８０，  ６６：１１８６−１１８９）は、活性化したプロテインＣの蛋白インヒビターを正常血漿中で同定した。さらに彼等は、このインヒビターが第Ｖ因子と第ＶＩＩＩ因子の複合不全において欠損していることを示した。活性化プロテインＣは強力な抗凝固物質である。
【００４７】
プロテインＣインヒビター（プラスミノーゲン活性化因子インヒビターＩＩＩ）；は、セリンプロテアーゼインヒビター；セリンプロテアーゼインヒビターのセルピンファミリーの成員であろう。
【００４８】
ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ５
ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼのサブユニット（複合体Ｉ）；は、ＮＡＤＨからユビキノンに電子を輸送する。
【００４９】
リソソームα−グルコシダーゼ（酸マルターゼ）
この遺伝子は、リソソームにおけるグリコーゲンからグルコースへの分解に必須である酸α−グルコシダーゼをコードしている。異なる型の酸α−グルコシダーゼが蛋白分解的プロセシングによって得られる。この遺伝子の欠陥は、広範な臨床スペクトルを持つ常染色体劣性疾患であるＩＩ型糖原病（ポンペ病としても知られる）の原因である。
【００５０】
ポンペ病の典型的症例では、罹患した子供は肥大した心臓を持ち虚脱且つ著明な低緊張にある。舌は腫張しているかも知れない。肝臓は滅多に腫脹せず（心不全の結果としての腫脹を除く）、低血糖とアシドーシスはＩ型糖原病で起こることから、これらは起こらない。この疾病の典型的な型においては、通常、生後１年で死が訪れ、心臓の罹患が著しい。
【００５１】
インターロイキン６
インターロイキン６（インターフェロンβ２）；は、免疫グロブリン分泌細胞へのＢ細胞の成熟を誘導する。
【００５２】
フィブリノーゲンγ鎖／フィブリノーゲンα鎖遺伝子
これらの遺伝子によりコードされている蛋白は、３対の同一でないポリペプチド鎖を含む血液由来の糖蛋白である、フィブリノーゲンである。血管の傷害に続き、フィブリノーゲンがトロンビンによって開裂して、血餅中の最も豊富な成分であるフィブリンを形成する。加えて、フィブリノーゲンおよびフィブリンの様々な開裂産物は、細胞接着と拡延を調節し、血管収縮活性と走化性を示し、そして幾つかの細胞型のためのマイトジェンである。この遺伝子の突然変異は、異常フィブリノーゲン血症、低フィブリノーゲン血症および栓友病を包含する幾つかの疾病を招く。選択的スプライシングは、カルボキシ末端に相違のある２種類のイソ型を生成する。
【００５３】
パラオキソナーゼ２（ＰＯＮ２）
パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ２；は、恐らくは低密度リポ蛋白を酸化的修飾から守る機能を持ち；毒性の有機燐酸類を加水分解するファミリーの成員である。
【００５４】
ディフェンシン、α６
ディフェンシン類は、宿主の防御に関わっていると考えられる殺菌および細胞毒性ペプチドのファミリーである。これらは好中球の顆粒に豊富にあり、腸、気道、尿路、および膣といった粘膜表面の上皮にも見出される。ディフェンシンファミリーの成員は蛋白配列が極めて類似しており、保存されたシステインモチーフによって識別できる。幾つかのαディフェンシン遺伝子は第８染色体上に密集しているように見受けられる。この遺伝子によりコードされている蛋白、ディフェンシンα６は、小腸のパネート細胞の分泌顆粒で高度に発現され、ヒトの腸の宿主防御において役割を果たしているようである。
【００５５】
テトラサイクリン輸送体様蛋白
心臓βミオシン重鎖、ミオシン、重鎖ポリペプチド７
ＭＹＨ７はミオシンの心筋β（または遅速）イソ型をコードしている。ＭＹＨ７およびＭＹＨ６ｋの相対量の変化（心臓ミオシン重鎖のα、または迅速、イソ型）は、心筋の収縮速度と相関している。ＭＹＨ７での突然変異は家族性肥大型心筋症に関連している。
【００５６】
内皮白血球接着分子１（ＥＬＡＭ−１）
内皮白血球接着分子１はサイトカインにより刺激された内皮細胞によって発現される。これは、血管内壁への細胞の接着を仲介することによる、炎症部位における血液白血球の蓄積を担っていると考えられる。これは、６個の保存されたシステイン残基を含む短コンセンサス反復（ＳＣＲ）ドメインが後に続く、レクチン−およびＥＧＦ−様ドメインの存在といった構造的特徴を示す。これらの蛋白は細胞接着分子のセレクチンファミリーの一部である。この遺伝子はヒトゲノム中で単一コピーで存在し、約１３ｋｂのＤＮＡにわたる１４のエキソンを含んでいる。接着分子は白血球と内皮の相互作用に参加しており、アテローム性動脈硬化症の病因に関わっているように見受けられる。
【００５７】
ラミンＢ２（ＬＡＭＢ２）
ラミンＢ２は構造的核エンベロープ蛋白のファミリーの一員である。
【００５８】
エストロゲンレセプター２（ＥＲβ）
エストロゲンレセプターβ２は生殖の調節に関わる転写アクティベーターであり、５個のイソ型で存在する。
【００５９】
組織プラスミノーゲン活性化因子
この遺伝子は、プロ酵素プラスミノーゲンを、フィブリン溶解性酵素プラスミンに変換する分泌セリンプロテアーゼである組織型プラスミノーゲン活性化因子をコードしている。組織型プラスミノーゲン活性化因子は一本鎖として合成され、プラスミンにより二本鎖のジスルフィド連結した蛋白へと開裂する。この酵素は細胞遊走と組織リモデリングにおいて役割を果たしている。酵素活性の増大は過剰出血として現れる線溶亢進を惹起し；活性の低下は血栓症または塞栓症を導き得る線溶低下につながる。この遺伝子の選択的スプライシングは３種類の転写物を生成する。
【００６０】
ラミニンレセプター１
細胞外マトリックス糖蛋白のファミリーであるラミニン類は、基底膜の主要な非コラーゲン成分である。これらは、細胞接着、分化、遊走、シグナル伝達、軸索生長および転移を包含する多岐にわたる生体プロセスに関わっている。ラミニンの作用の多くは細胞表面レセプターとの相互作用によって仲介されている。これらのレセプターは、インテグリンファミリーの成員および非インテグリンラミニン結合蛋白を包含する。この遺伝子は、高親和性非インテグリンファミリー、ラミニンレセプター１をコードしている。このレセプターは、６７ｋＤラミニンレセプター、３７ｋＤラミニンレセプター前駆体（３７ＬＲＰ）およびｐ４０リボソーム関連蛋白と様々に呼称されている。ラミニンレセプター１のアミノ酸配列は進化を通じて高度に保存されており、重要な生体機能を示唆している。ラミニンレセプター転写物のレベルは、結腸癌腫組織および肺癌セルラインにおいてそれらの正常組織よりも高い。また、癌細胞におけるこのポリペプチドのアップレギュレーションとそれらの浸潤性および転移表現型の間には相関がある。この遺伝子のコピーは多数存在する。しかし、それらの殆どは、レトロポジション事象から生じたと考えられる偽遺伝子である。
【００６１】
インテグリン、β３（血小板糖蛋白ＩＩＩａ、抗原ＣＤ６１）
ＩＴＧＢ３蛋白産物はインテグリンβ鎖β３である。インテグリン類はα鎖とβ鎖から成る内在性細胞表面蛋白である。或る所定の鎖は複数の相手と合して異なるインテグリン類を生成する。インテグリンβ３は血小板においてαＩＩｂ鎖と共に見出される。インテグリン類は細胞表面仲介シグナル伝達と同様細胞接着に参加することが知られている。
【００６２】
骨髄性細胞分化蛋白（ＭＣＬ１）
Ｒｉｎｋｅｎｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．  ２０００，  １４：２３−２７）は、マウスＥＳ細胞のＭｃｌ１座を破壊して、このＢｃｌ２ファミリー成員の、発達における役割を確定した。Ｍｃｌ１の除去は着床前後で胚の死をもたらした。同型接合のＭｃｌ１欠損胚は子宮には着床しなかったが、Ｅ３．５−Ｅ４．０で回収できた。内細胞塊は培養中で増殖できたものの、無効の胚盤胞はインビトロで孵化することも付着することもできず、この事は、栄養外胚葉の欠陥を示していた。留意すべき事には、同型接合Ｍｃｌ１欠損胚盤胞はアポトーシス増大の証拠は示さなかったが、前コンパクション期を過ぎた成熟の遅延を示した。このモデルは、Ｍｃｌ１が、着床前の発生および着床にとって必須であることを示しており、これがアポトーシスの調節を超える機能を持っていることを示唆している。
【００６３】
腫瘍壊死因子１型レセプター関連蛋白（ＴＲＡＰ１）
ＴＲＡＰは、複数の機能を持つ分子シャペロンのクラスの、高度に保存された成員である。これはシグナル変換に関与する蛋白サブセットの成熟に関わっている。
【００６４】
キサンチンデヒドロゲナーゼ／オキシダーゼ
キサンチンデヒドロゲナーゼは、プリンの酸化的代謝に関与するモリブデン含有ヒドロキシラーゼの群に属している。この酵素はホモ二量体である。キサンチンデヒドロゲナーゼは可逆的スルフヒドリル酸化または不可逆的蛋白分解修飾により、キサンチンオキシダーゼに変換され得る。キサンチンデヒドロゲナーゼの欠損は、キサンチン尿症を惹起し、成人呼吸窮迫症候群の一因となり得、そして酸素代謝物依存機構によりインフルエンザ感染を増強し得る。
【００６５】
ストロマ細胞由来因子１（ＳＤＦ１）
ストロマ細胞由来因子１はレセプターＣＸＣＲ４を介してシグナル伝達をするリンパ球化学誘引物質である。
【００６６】
ジアシルグリセロールキナーゼδ
ジアシルグリセロールキナーゼδはアラキドン酸型のジアシルグリセロールを燐酸化し、プレクストリン相同ドメインおよびＥＰＨドメインを含んでいる。
【００６７】
平滑筋ミオシン重鎖、ＭＹＨ１１
この遺伝子によりコードされている蛋白は、ミオシン重鎖ファミリーに属する平滑筋ミオシンである。この遺伝子産物は、２個の重鎖サブユニットと２対の同一でない軽鎖サブユニットより成る六量体蛋白のサブユニットである。これは、ＡＴＰの加水分解により化学エネルギーを力学的エネルギーに変換する、主要な収縮蛋白として機能する。ラットＮＵＤＥ１のヒトオーソログをコードしている遺伝子は、ＭＹＨ１１遺伝子の逆鎖から転写され、その３’末端は後者の３’末端と部分重複する。第１６染色体の腕間逆位［ｉｎｖ（１６）（ｐ１３ｑ２２）］は、平滑筋ミオシン重鎖のＣ末端部分との融合で、コア結合因子βのＮ末端由来の最初の１６５残基より成るキメラ転写物を生成する。この染色体再編成は、Ｍ４Ｅｏサブタイプの急性骨髄性白血病と関連している。選択的スプライシングは、異なって発現されるイソ型を生成するが、その比率は筋細胞成熟の間に変化する。さらなるスプライス変異体が記載されているが、それらの完全長の性質は確定されていない。
【００６８】
カヴェオリン１
この遺伝子によりコードされているスカフォールド蛋白は、殆どの細胞型に見出される小胞原形質膜の主成分である。この蛋白はインテグリンサブユニットをチロシンキナーゼＦＹＮに連結させ、それはインテグリンをＲａｓ−ＥＲＫ経路に結び付け細胞周期の進行を促進する開始工程である。この遺伝子は腫瘍抑制遺伝子候補物質であり、そしてＲａｓ−ｐ４２／４４  ＭＡＰキナーゼカスケードの負の調節物質である。ＣＡＶ１およびＣＡＶ２は第７染色体上で互いに隣合って位置しており、安定なヘテロオリゴマー複合体を形成する局在蛋白を発現する。これに代わる開始コドンを同じリーディングフレームで使用することにより、２個のイソ型（αおよびβ）が、この遺伝子からの単一の転写物によりコードされる。
【００６９】
ＡＰ−２β
ＡＰ−２転写因子の発現は、かつて胚性腎組織で検出された。ＡＰ−２β−／−マウスは、胚の発生を完了し、多発性嚢胞腎のため生後１および２日で死亡することが示された。腎の発生の分析は、上皮変換の誘導、間葉の濃縮、そしてさらに糸球体と尿細管の分化がＡＰ−２β欠損マウスにおいて正常に起こることを明らかにした。胚発生の最後に、ｂｃｌ−Ｘ（Ｌ）、ｂｃｌ−ｗ、およびｂｃｌ−２の発現は、集合管および遠位尿細管上皮の大規模なアポトーシス死に向かって平行してダウンレギュレートされる。分子機構に注意を向けると、セルラインへのＡＰ−２のインビトロトランスフェクトは、ｃ−ｍｙｃにより誘導されたアポトーシスを強く抑制する事が示され、これは胚形成中の細胞生存のプログラミングにおけるＡＰ−２の機能を示すものである。ヒトＡＰ−２β遺伝子の位置は、染色体６ｐ１２−ｐ２１．１の、常染色体劣性多発性嚢胞腎（ＡＲＰＫＤ）についてマッピングされた領域内に同定された。ＡＲＰＫＤ患者の配列分析および遺伝子内多型マーカーを用いる連鎖解析は、ＡＰ−２β遺伝子はＡＲＰＫＤ遺伝子の極めて近傍に位置するが、これとは別個のものであることを示している（Ｍｏｓｅｒ  ｅｔａｌ．，  Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  １９９７，  １１：１９３８−１９４８）。
【００７０】
トランスフォーミング増殖因子β２（ＴＧＦＢ２）
トランスフォーミング増殖因子β２（グリオブラストーマ由来Ｔ細胞抑制因子）；は、Ｔ細胞のＩＬ２依存性増殖を抑制し、貫膜セリン／スレオニンキナーゼを介してシグナルを伝達するサイトカインファミリーの一員である。
【００７１】
腫瘍壊死因子、α誘導蛋白２（ＴＮＦＡＩＰ２、Ｂ９４）
血管内皮により分泌され、腫瘍壊死因子α、インターロイキン１β、およびリポ多糖により発現が誘導される。
【００７２】
蛋白ホスファターゼ１Ａ（以前は２Ｃ）、マグネシウム依存性、αイソ型
マグネシウムまたはマンガン依存性α蛋白ホスファターゼ１Ａ；は細胞のストレス応答を調節する。
【００７３】
ＡＴＰアーゼ、Ｃａ＋＋輸送、原形質膜３（ＰＭＣＡ３）
オステオニドゲン（ニドゲン２）
【００７４】
ＡＴＰ結合カセット、サブファミリーＡ（ＡＢＣ１）、成員１
この遺伝子によりコードされている膜結合蛋白は、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）輸送体のスーパーファミリーの一員である。ＡＢＣ蛋白は様々な分子を細胞膜の内外に輸送する。ＡＢＣ遺伝子は７個の明瞭なサブファミリーに分けられる（ＡＢＣ１、ＭＤＲ／ＴＡＰ、ＭＲＰ、ＡＬＤ、ＯＡＢＰ、ＧＣＮ２０、Ｗｈｉｔｅ）。この蛋白はＡＢＣ１サブファミリーの一員である。ＡＢＣ１サブファミリーの成員は、多細胞真核生物に独占的に見出される唯一の主要なＡＢＣサブファミリーを構成する。その基質であるコレステロールに関して、この蛋白は細胞の脂質除去経路においてコレステロール排出ポンプとして機能する。この遺伝子の突然変異はタンジール病および家族性高密度リポ蛋白欠損に関連している。
【００７５】
ブロモドメイン含有３（ＢＲＤ３）
この遺伝子は、セリン／スレオニンキナーゼであるＲＩＮＧ３蛋白をコードしている遺伝子との相同性に基づき同定した。この遺伝子は、幾つかの主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）遺伝子を含む領域である９ｑ３４に局在する。コードされている蛋白の機能は分かっていない。
【００７６】
ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプターγ（ＰＰＡＲγ）
ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプターγ（ＰＰＡＲγ）は脂肪細胞とマクロファージ遺伝子の発現と分化を調節する。
【００７７】
腫瘍壊死因子β（リンホトキシンα、ＬＴＡ）
腫瘍壊死因子ファミリーの一員であるリンホトキシンαはリンパ球の産生するサイトカインである。ＬＴＡは極めて誘導的であり、分泌性であり、そしてホモ三量体分子として存在する。ＬＴＡは、リンホトキシンαを細胞表面に係留するリンホトキシンβとヘテロ三量体を形成する。ＬＴＡは極めて多様な炎症、免疫刺激性、および抗ウイルス応答を仲介する。ＬＴＡはさらに発生中の二次リンパ系臓器の形成に関与しており、アポトーシスにおいて役割を果たしている。
【００７８】
ＤＥＫ癌遺伝子
位置特異性ＤＮＡ結合蛋白；転写調節とシグナル伝達に関与している。
【００７９】
Ｓ−アデノシルメチオニントランスフェラーゼ
Ｓ−アデノシルメチオニントランスフェラーゼは、メチオニンおよびＡＴＰからのＳ−アデノシルメチオニンの形成を触媒する。βおよびαイソ型の両者が１つの遺伝子によりコードされている。メチオニンアデノシルトランスフェラーゼの障害は劣性および優性突然変異により惹起されることが知られており、後者は常染色体優性持続性高メチオニン血症において同定されている。
【００８０】
凝固因子ＩＩＩ（トロンボプラスチン、組織因子）
この遺伝子は細胞表面糖蛋白である凝固因子ＩＩＩをコードしている。この因子は細胞が血液凝固カスケードを始動できるようにさせ、また、凝固因子ＶＩＩの高親和性レセプターとして機能する。生成する複合体は特異的限定的蛋白分解による凝固プロテアーゼカスケードの開始を担う触媒事象を提供する。非機能的前駆体として循環する、これらのプロテアーゼカスケードの他の補助因子と違って、この因子は細胞表面で発現された場合に完全に機能的である強力なイニシエーターである。この因子には３個の明瞭なドメイン：細胞外、貫膜、および細胞質、がある。この蛋白は、凝固経路の中で先天的障害が記載されていない唯一の蛋白である。
【００８１】
膜蛋白パルミトイル化２（ＭＰＰ２）
パルミトイル化膜蛋白２は、ＭＡＧＵＫ（膜結合グアニル酸キナーゼ相同体）と称する膜結合蛋白のファミリーの一員である。ＭＡＧＵＫは細胞骨格と相互作用し、細胞増殖、シグナル経路、および細胞内結合点を調節する。パルミトイル化膜蛋白２は、細胞骨格と結合する他の幾つかの蛋白に見出されシグナル伝達で重要な役割を果たしているのではないかと思われるＳＨ３（ｓｒｃ相同性３）モチーフと呼ばれる保存配列を含んでいる。
【００８２】
顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子２レセプター、β鎖（ＣＳＦ２ＲＢ）
ＣＳＦ２ＲＢは、ＩＬ−３、ＩＬ−５およびＣＳＦのための高親和性レセプターの共通β鎖である。ＣＳＦ２ＲＢの欠陥は蛋白肺胞蛋白症に関係していることが報告されている。
【００８３】
凝固因子ＩＩ（プロトロンビン、Ｆ２）
凝固因子ＩＩは、凝固カスケードの第一段階で蛋白分解的に開裂してトロンビンを形成し、これが最終的には血液喪失をくい止める結果となる。Ｆ２はさらに、発生および出生後の血管完全性を維持する役割を果たしている。Ｆ２の突然変異は様々な形の血栓症および異常プロトロンビン血症を導く。
【００８４】
リポ蛋白リパーゼ（ＬＰＬ）
ＬＰＬは、心臓、筋肉、および脂肪組織で発現されるリポ蛋白リパーゼをコードしている。ＬＰＬはホモ二量体として機能し、トリグリセリド加水分解酵素と、レセプター仲介リポ蛋白取り込みのためのリガンド／架橋因子の二重の機能を持っている。ＬＰＬ欠損を惹起する重篤な突然変異はＩ型高リポ蛋白血症を招き、より極端でないＬＰＬの突然変異は数多くのリポ蛋白代謝疾患に関連している。
【００８５】
アクチビンβ−Ｃ鎖（インヒビンβＣ）
この遺伝子は、ＴＧＦ−βスーパーファミリーの一員であるインヒビンのβＣ鎖をコードしている。このサブユニットはβＡおよびβＢサブユニットとヘテロ二量体を形成している。やはりＴＧＦ−βスーパーファミリーの成員であるインヒビンおよびアクチビンは相対する作用を持つホルモンであり、視床下部、下垂体、および性腺ホルモンの分泌に関与すると同時に様々な細胞型の増殖と分化に関与している。
【００８６】
メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤＰ＋依存性（ＭＴＨＦＤ）
この遺伝子は、３種類の異なる酵素活性、５，１０−メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、５，１０−メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼおよび１０−ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、を有する蛋白をコードしている。これらの活性の各々は、メチオニン、チミジン酸、およびデノボプリン合成の基質である、テトラヒドロ葉酸の１−炭素誘導体の相互変換において３つの連続的反応の１つを触媒する。この三機能酵素活性は、デヒドロゲナーゼとシクロヒドロラーゼ活性を含むアミノ末端部分、および、より大きなシンセターゼドメインという２個の主要ドメインにより付与されている。
【００８７】
下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチドのＰＡＣＡＰ遺伝子
この遺伝子はアデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド１をコードしている。このポリペプチドはアデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド１レセプターにより仲介されてアデニル酸シクラーゼを刺激し、その後標的細胞中のｃＡＭＰレベルを増大させる。アデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド１は低生理刺激性ホルモンであるのみならず、神経伝達物質および神経調節物質としても機能する。加えて、これは或る型の細胞のパラクリンおよびオートクリン調節において役割を果たしている。この遺伝子は５個のエキソンより成る。エキソン１および２は各々５’ＵＴＲおよびシグナルペプチドをコードしており、エキソン４はアデニル酸シクラーゼ活性化ポリペプチド１関連ペプチドを、そしてエキソン５は成熟蛋白および３’ＵＴＲをコードしている。この遺伝子は、短型および長型という２種類のアイソタイプを包含する３個の異なる成熟ペプチドをコードしている。
【００８８】
シトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＩＣ（メフェニトイン４−ヒドロキシラーゼ）、ポリペプチド８
この遺伝子は酵素シトクロムＰ４５０スーパーファミリーの一員をコードしている。シトクロムＰ４５０蛋白は、薬物代謝ならびにコレステロール、ステロイドおよびその他の脂質の合成に含まれる多くの反応を触媒する、モノオキシゲナーゼである。この蛋白は小胞体に局在し、その発現はフェノバルビタールにより誘導される。この酵素は、抗痙攣薬メフェニトイン、ベンゾ（ａ）ピレン、７−エチルオキシクマリン（７−ｅｔｈｙｏｘｙｃｏｕｍａｒｉｎ）、および抗癌薬タキソールを包含する多くの生体異物を代謝することが知られている。この遺伝子の２種類の転写変異体が記載されており；より長い型の蛋白産物はヘム結合部位を欠くことから、これは活性シトクロムＰ４５０をコードしていないと考えられる。この遺伝子は染色体１０ｑ２４上のシトクロムＰ４５０遺伝子のクラスター内に局在する。
【００８９】
白血球接着レセプター、Ｌ−セレクチン（ＳＥＬＬ）
ＳＥＬＬは、白血球−内皮細胞相互作用で重要な役割を演じる接着／ホーミングセセプターのファミリーの一員である細胞表面成分である。この分子は複数のドメインで構成され、１つはレクチンに相同性であり、１つは上皮増殖因子に、そして２つはＣ３／Ｃ４結合蛋白に見出されるコンセンサス反復ユニットに相同的である。
【００９０】
ミトコンドリアＡＴＰシンターゼｃサブユニット（Ｐ１型）
サブユニットｃのイソ型１（Ｐ１）、Ｆ０  ＡＴＰシンターゼのＨ＋転座サブユニット；酸化的燐酸化中にＡＴＰの合成を触媒する。
【００９１】
カルモデュリン
カルモデュリンはＣａ２＋に結合し、Ｃａ２＋依存的に蛋白および酵素を調節する。
【００９２】
ＷＮＴ１誘導性シグナル伝達経路蛋白１（ＷＩＳＰ１）遺伝子
ＷＩＳＰ１は結合組織増殖因子ファミリーの一員である。
【００９３】
リボフォリンＩ
リボフォリンＩ；リボソームに結合するオリゴ糖トランスフェラーゼのサブユニットである。
【００９４】
無症候性聴覚障害蛋白（ＤＦＮＡ５）
聴覚障害は、記載された４０以上の座のヘテロジニアスな状態である。この遺伝子がコードしている蛋白は胎児蝸牛で発現されるが、その機能は未知である。無症候性聴覚障害はこの遺伝子の突然変異に関係している。
【００９５】
シトクロムＰ４５０  ２Ｅ１（ＣＹＰ２Ｅ１）
この遺伝子は、酵素のシトクロムＰ４５０スーパーファミリーの一員をコードしている。シトクロムＰ４５０蛋白は、薬物代謝ならびにコレステロール、ステロイドおよびその他の脂質の合成に関わる多くの反応を触媒するモノオキシゲナーゼである。この蛋白は小胞体に局在しており、エタノール、糖尿病状態、および飢餓によって誘導される。この酵素は、例えばエタノール、アセトン、およびアセタールといった内因性基質、ならびに、ベンゼン、四塩化炭素、エチレングリコール、および煙草の煙に見出されるプレ変異原であるニトロソアミン類を包含する外因性基質の両者を代謝する。多数の基質があるため、この酵素は、グルコース新生、肝硬変、糖尿病、および癌といった多彩なプロセスに関わることができる。
【００９６】
空胞Ｈ＋  ＡＴＰアーゼＥサブユニット（ＡＴＰ６Ｅ）
空胞Ｈ＋ＡＴＰアーゼプロトンポンプのサブユニットＥ；ＡＴＰ結合とＡおよびＢサブユニットによる加水分解を調節する。
【００９７】
レチノイドＸレセプター、α
レチノイドＸレセプター（ＲＸＲ）およびレチン酸レセプター（ＲＡＲ）は、レチン酸仲介遺伝子活性化に関与することによりレチノイドの生物学的効果を仲介する核レセプターである。これらのレセプターは、ホモ二量体またはヘテロ二量体として標的遺伝子のプロモーター中の特異配列に結合し、それらの転写を調節することにより、その作用を発揮する。この遺伝子がコードしている蛋白は、転写調節因子のステロイドおよび甲状腺ホルモンレセプタースーパーファミリーの一員である。
【００９８】
ペルオキシソーム増殖活性化レセプター、δ（ＰＰＡＲＤ）
ペルオキシソーム増殖因子活性化レセプターδはステロイドホルモンレセプタースーパーファミリーの一員である。
【００９９】
アタキシン（ＳＣＡ１）
常染色体優性小脳性運動失調（ＡＤＣＡ）は、小脳、脳幹および脊髄の進行性変性を特徴とする神経変成疾患のヘテロジニアスな群である。臨床上、ＡＤＣＡは３つの群：ＡＤＣＡ  Ｉ−ＩＩＩ型に分けられる。  ＡＤＣＡ  Ｉは遺伝的にヘテロジニアスであり、５個の遺伝子座を持ち、脊髄小脳性運動失調（ＳＣＡ）１、２、３、４および６と呼称され、それらは５個の異なる染色体に割り当てられている。常に網膜変成と共に存在するＡＤＣＡ  ＩＩ（ＳＣＡ７）、およびしばしば「純粋な」小脳症候群と称せられるＡＤＣＡ  ＩＩＩ（ＳＣＡ５）は、ホモジニアスな疾患であることが多い。幾つかのＳＣＡ遺伝子がクローニングされ、それらのコード領域にＣＡＧ反復配列を含むことが示されている。ＡＤＣＡはＣＡＧ反復配列の拡大によって引き起こされ、それは対応蛋白でポリグルタミン路の延長をもたらす。拡大した反復配列はサイズが様々で不安定であり、次世代に伝えられた場合は通常サイズが大きくなる。アタキシンの機能は分かってない。ＳＣＡ１遺伝子座は第６染色体にマッピングされており、正常アレルにおいて６−３９であるのに比し、疾患アレルは４１−８１のＣＡＧ反復を含むことが確定されている。５’ＵＴＲ中のＳＣＡ１の幾つかの転写変異体が記載されているが、それらの完全長の性質は分かっていない。
【０１００】
アデューシン１（α）
アデューシンは３種類の遺伝子（α、β、γ）によりコードされている細胞骨格蛋白のファミリーである。αおよびγアデューシンは遍在的に発現される。対照的にβアデューシンは脳および造血組織で高レベルに発現される。アデューシンは、別個の遺伝子から生成され類似構造を持つ関連サブユニットαおよびβで構成されるヘテロ二量体蛋白である。αおよびβアデューシンはプロテアーゼ耐性Ｎ末端領域と、プロテアーゼ感受性親水性Ｃ末端領域を含む。アデューシンは高い親和性でＣａ（２＋）／カルモデュリンに結合し、蛋白キナーゼＡおよびＣの基質である。
【０１０１】
亜鉛フィンガー蛋白２０２（ＺＮＦ２０２）
亜鉛フィンガー蛋白２０２；脂質代謝に関与する遺伝子を抑制するかも知れず、亜鉛フィンガーを含む。
【０１０２】
メバロネートピロホスファートデカルボキシラーゼ
酵素メバロネートピロホスファートデカルボキシラーゼは、コレステロール生合成の初期段階の１つにおいて、イソペンテニルピロホスファートへのメバロネートピロホスファートの変換を触媒する。これは、ＡＴＰを加水分解しつつ基質を脱カルボキシル化および脱水する。
【０１０３】
インテグリン、β２（ＩＴＧＢ２、リンパ球機能関連抗原１、ＬＦＡ１）
ＩＴＧＢ２蛋白産物はインテグリンβ鎖β２である。インテグリン類はα鎖とβ鎖より成る内在性細胞表面蛋白である。所定の鎖が複数の相手と合して異なるインテグリンを生成する。例えばβ２は、αＬ鎖と合してインテグリンＬＦＡ−１を形成し、αＭ鎖と合してインテグリンＭａｃ−１を形成する。インテグリン類は細胞接着と細胞表面仲介性シグナル伝達に参加することが知られている。
【０１０４】
アドレナリンβ−３−レセプター（ＡＤＲＢ３）
ＡＤＲＢ３遺伝子産物、β−３−アドレナリンレセプターは主に脂肪組織に局在し、脂肪分解と熱産生の調節に関わっている。βアドレナリンレセプターは、Ｇプロテインの作用を介してエピネフリンおよびノルエピネフリンにより誘導されるアデニル酸シクラーゼの活性化に関与している。
【０１０５】
シトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド８
この遺伝子ＣＹＰ４Ｆ８は酵素シトクロムＰ４５０スーパーファミリーの一員をコードしている。シトクロムＰ４５０蛋白は、薬物代謝ならびにコレステロール、ステロイドおよびその他の脂質の合成に含まれる多くの反応を触媒する、モノオキシゲナーゼである。この蛋白は小胞体に局在し、精嚢でプロスタグランジンの１９−ヒドロキシラーゼとして機能する。この遺伝子は第１９染色体上のシトクロムＰ４５０遺伝子のクラスターの一部である。このファミリーのもう一つの成員ＣＹＰ４Ｆ３はおよそ１８ｋｂ離れている。
【０１０６】
凝固因子ＸＩＩＩ、Ａサブユニット
この遺伝子は凝固因子ＸＩＩＩ  Ａサブユニットをコードしている。凝固因子ＸＩＩＩは血液凝固カスケードで活性化される最後のチモーゲンである。血漿因子ＸＩＩＩは２個のＡサブユニットと２個のＢサブユニットから成るヘテロ四量体である。Ａサブユニットが触媒機能を持ち、Ｂサブユニットは酵素活性を持たず血漿担体分子として働くことができる。血小板因子ＸＩＩＩは２個のＡサブユニットのみを含み、これらは血漿起源のものと同一である。カルシウムイオンの存在下、トロンビンによる活性化ペプチドの開裂によって活性化すると、血漿因子ＸＩＩＩはそのＢサブユニットを乖離して、血小板因子ＶＩＩＩと同じ酵素であるが活性な第ＸＩＩＩａ因子を産生する。この酵素はフィブリン分子間を架橋するγ−グルタミル−ε−リジンの形成を触媒するトランスグルタミナーゼとして働き、そのようにしてフィブリン凝塊を安定化する。これはさらにα−２−プラスミンインヒビターまたはフィブロネクチンをフィブリンのα鎖と架橋する。第ＸＩＩＩ因子欠損症は２つの範疇に分類でき、Ｉ型欠損症はＡおよびＢサブユニット両者の欠失を特徴とし、ＩＩ型欠損症はＡサブユニットのみの欠失を特徴とする。これらの欠損症は生涯にわたる出血傾向、不完全な創傷治癒、および習慣性流産をもたらし得る。
【０１０７】
βアダプチン
βアダプチンサブユニットは被覆小孔および小胞においてクラスリンをレセプターと連結する、クラスリン被覆アセンブリー複合体の一部である。これらの小胞はエンドサイトーシスおよびゴルジ体のプロセシングに関与している。β１サブユニットはクラスリンと結合して被覆形成を開始させるアセンブリー蛋白の１つである。
【０１０８】
トランスフォーミング増殖因子β１（ＴＧＦＢ１）
トランスフォーミング増殖因子β１；細胞増殖、分化、およびアポトーシスを調節する。
【０１０９】
トランスフォーミング増殖因子β３（ＴＧＦＢ３）
トランスフォーミング増殖因子β３；貫膜セリン／スレオニンキナーゼを介してシグナルを伝達し、肺と口蓋の正常発達に必要であるらしく、サイトカインファミリーの成員であり、マウスＴｇｆｂ３に極めて類似している。
【０１１０】
フラビン含有モノオキシゲナーゼ１（ＦＭＯ１）
食餌由来のアミノトリメチルアミン（ＴＭＡ）の代謝的Ｎ−酸化がフラビン含有モノオキシゲナーゼによって仲介され、魚臭症候群トリメチルアミン尿症を導く低ＴＭＡ  Ｎ−酸化能を持つ小部分集団をもたらすヒトの遺伝性ＦＭＯ３多型を生じ易い。胎児肝臓に見出されるＦＭＯ１、成人の肝臓に見出されるＦＭＯ２、およびＦＭＯ３という３つの型の酵素が、１ｑ２３−ｑ２５領域にクラスターを形成する遺伝子によってコードされている。フラビン含有モノオキシゲナーゼは、薬物、殺虫剤、および生体異物においてソフト求核性へテロ原子センターの酸化を触媒するＮＡＤＰＨ依存性フラボ酵素である。
【０１１１】
凝固因子ＩＸ（Ｆ９）
この遺伝子は、不活性チモーゲンとして血中を循環するビタミンＫ依存性凝固因子ＩＸをコードしている。この因子は、活性化ペプチドを切り取り１またはそれ以上のジスルフィド結合により結び付けられた重鎖と軽鎖を生成させる第ＸＩａ因子によって、活性型に変換される。血液凝固カスケードにおけるこの活性化した第ＩＸ因子の役割は、Ｃａ＋２イオン、膜燐脂質、および第ＶＩＩＩ因子との相互作用を介して第Ｘ因子をその活性型に活性化することである。点突然変異、挿入および欠失を包含するこの遺伝子の変化は第ＩＸ因子欠損症を惹起するが、これは劣性Ｘ連鎖疾患であり、血友病Ｂまたはクリスマス病とも称する。
【０１１２】
先端プロテイン、アフリカツメガエル様（ＡＰＸＬ）
アミロライド感受性ナトリウムチャネルであるらしく、アフリカツメガエル先端プロテインに類似する。
【０１１３】
ＳＮＰは染色体上の近隣遺伝子中の他のＳＮＰと連鎖している（連鎖不均衡）ため、それらのＳＮＰはマーカーＳＮＰとしても使用できる。最近の発表では、ＳＮＰは１００ｋｂにわたって、また幾つかの場合には１５０ｋｂ以上にわたって連鎖することが示された（Ｒｅｉｃｈ  Ｄ．Ｅ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔｕｒｅ  ４１１，  １９９−２０４，  ２００１）。よってＣＡ  ＳＮＰの近傍領域にあるＳＮＰはＣＡ  ＳＮＰに連鎖することができ、それによりＣＶＤマーカーとなり得る。これらの関係は、方法において遺伝子多型について記載したようにして実施することができる。
【０１１４】
定義
便宜上、本明細書、実施例および付記した請求項で使用する或る種の用語および句の意味を下に記載する。さらに、この定義自体は、本発明のさらなる背景を説明することを意図している。
【０１１５】
本明細書中、「アレル変異体」と互換的に使用する「アレル」という語は、遺伝子またはその一部の代替型を指す。アレルはホモローガス染色体上の同じ座または位置を占有する。対象が、或る遺伝子について２個の同一アレルを持つ時、この対象はその遺伝子またはアレルについて同型接合であるという。対象が或る遺伝子について２個の異なるアレルを持つ時、この対象はその遺伝子について異型接合であるという。特定遺伝子のアレルは、単一ヌクレオチドにおいて、または幾つかのヌクレオチドにおいて互いに異なることがあり、また、ヌクレオチドの置換、欠失および挿入を含むことができる。遺伝子のアレルは突然変異を含む遺伝子の形であってもよい。
【０１１６】
「遺伝子の多型領域のアレル変異体」という語は、遺伝子領域であって他の個体の遺伝子におけるその領域に見出される幾つかのヌクレオチド配列のうちの１つを有するものを指す。
【０１１７】
「相同性」または「同一性」または「類似性」とは、２個のペプチドまたは２個の核酸分子の間の配列類似性を指す。相同性は、比較目的のために整列させることのできる各配列において位置を比較することにより決定できる。比較した配列中の位置が同じ塩基またはアミノ酸によって占有されている場合、その分子は当該位置において相同的である。配列間の相同性の程度は、それらの配列が共有する合致または相同的位置の数の関数である。「非関連」または「非相同的」配列は、本発明に係る配列の１つと４０％未満しか一致せず、好ましくは２５％未満しか一致しない。
【０１１８】
「核酸の相同体」という語は、核酸またはその相補物のヌクレオチド配列と或る程度の相同性を有するヌクレオチド配列を持つ核酸を指す。配列番号Ｘを持つ二本鎖核酸の相同体は、配列番号Ｘまたはその相補物と或る程度の相同性を有するヌクレオチド配列を持つ核酸を包含することを意図している。核酸の好ましい相同体は、該核酸またはその相補物とハイブリダイズできる。
【０１１９】
本明細書中使用する「相互作用する」という語は、例えばハイブリダイゼーション検定を用いて検出できるというように、分子間の検出可能な相互作用を包含する意味を有する。
【０１２０】
相互作用するという語はさらに、分子間の「結合」相互作用をも包含する意味を有している。相互作用は例えば、蛋白−蛋白、蛋白−核酸、蛋白−小分子、または小分子−核酸というものであってよい。
【０１２１】
「イントロン配列」または「イントロンヌクレオチド配列」という語は、イントロンまたはその一部のヌクレオチド配列を指す。
【０１２２】
核酸、例えばＤＮＡまたはＲＮＡに関して本明細書で使用する「単離された」という語は、高分子の天然供給源に存在する他のＤＮＡまたはＲＮＡからそれぞれ分離している分子を指す。本明細書中使用する単離されたという語はさらに、組換えＤＮＡ技術により生産した場合は細胞物質、ウイルス物質、または培養基を実質的に含まず、化学合成した場合は化学的前駆物質またはその他の化学物質を実質的に含まない、核酸またはペプチドをも意味する。
【０１２３】
さらに、「単離された核酸」とは、断片として天然に存在せず、天然状態では見出されない核酸断片を包含する意味である。「単離された」という語は本明細書ではさらに、他の細胞蛋白から単離されたポリペプチドを指すのに使用し、精製および組換えポリペプチドの両者を包含する。
【０１２４】
「脂質」という語は、水のような極性溶媒に不溶の脂肪または脂肪様物質を指す。「脂質」という語は、真性脂質（例えば脂肪酸およびグリセロールのエステル）；脂肪類（燐脂質、セレブロシド、ロウ）；ステロール（コレステロール、エルゴステロール）およびリポ蛋白（例えばＨＤＬ、ＬＤＬおよびＶＬＤＬ）を包含する。
【０１２５】
「座」という語は染色体の特定位置を指す。例えば、遺伝子の座は、その遺伝子の染色体中の位置を指す。
【０１２６】
本明細書中使用する「調節」という語は、例えば生物活性（例えば遺伝子の発現）のアゴナイズ（作働）によるアップレギュレーション（即ち、活性化または刺激）、および例えば生物活性（例えば遺伝子の発現）の拮抗によるダウンレギュレーション（即ち、阻害または抑制）の両者を指す。
【０１２７】
遺伝子またはその一部の「分子構造」という語は、ヌクレオチド含有量（１またはそれ以上のヌクレオチドの欠失、置換、付加を包含する）、ヌクレオチド配列、メチル化状態、および／または該遺伝子もしくはその一部のその他の修飾により定義される構造を指す。
【０１２８】
「突然変異した遺伝子」という語は、突然変異した遺伝子を持たない対象に比して突然変異した遺伝子を持つ対象の表現型を変化させることのできる、遺伝子のアレル型を指す。変化した表現型を持つためには対象がこの突然変異に関して同型接合でなければならない場合、その突然変異は劣性であると言う。対象の遺伝子型を変化させるには１コピーの突然変異した遺伝子で充分である時、この突然変異は優性であると言う。対象が、１コピーの突然変異した遺伝子を持ち、且つ同型接合と異型接合（当該遺伝子に関して）の中間の表現型を有する時、この突然変異は相互優性であると言う。
【０１２９】
本明細書中使用する「核酸」という語は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、および適当な場合にはリボ核酸（ＲＮＡ）といったポリヌクレオチドを指す。この語はまた、等価物として、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノオリゴヌクレオチド（Ｊ．Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ａｎｄ  Ｄ．Ｗｅｌｌｅｒ，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ７：１８７（１９７７））ならびに記載の態様に適用可能な一本鎖（センスまたはアンチセンス）および二本鎖ポリヌクレオチドを包含する、ヌクレオチド類似体から製造されるＲＮＡまたはＤＮＡの誘導体、変異体および類似体を包含すると理解すべきである。デオキシリボヌクレオチドはデオキシアデノシン、デオキシシチジン、デオキシグアノシン、およびデオキシチミジンを包含する。明確化のため、ＤＮＡまたはＲＮＡであってよい核酸のヌクレオチドに本明細書で言及する場合は、「アデノシン」、「シチジン」、「グアノシン」、および「チミジン」という語を使用する。核酸がＲＮＡである時、ウラシル塩基を有するヌクレオチドはウリジンであると理解できる。
【０１３０】
「配列番号ｘに開示のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列」という語は、配列番号ｘを有する核酸鎖の相補鎖のヌクレオチド配列を指す。「相補鎖」という語は本明細書中では「相補物」という語と互換的に使用する。核酸鎖の相補物は、コード鎖の相補物または非コード鎖の相補物であってよい。二本鎖核酸について言及する場合、配列番号ｘを有する核酸の相補物とは、配列番号ｘを持つ鎖の相補鎖、または配列番号ｘの相補鎖のヌクレオチド配列を有する任意の核酸を指す。配列番号ｘのヌクレオチド配列を有する一本鎖核酸について言及する場合、この核酸の相補物は配列番号ｘのヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を持つ核酸である。ヌクレオチド配列およびそれらの相補的配列は常に５’から３’の向きに表示する。「相補物」および「逆相補物」という語は本明細書中で互換的に使用する。
【０１３１】
「機能的に連結した」という語は、プロモーターが核酸の転写を促進するような態様で該核酸に結合していることを意味する。
【０１３２】
「多型」という語は、１以上の型の遺伝子またはその一部が共存していることを指す。少なくとも二つの異なる型が存在する遺伝子の一部、即ち二つの異なるヌクレオチド配列を、「遺伝子の多型領域」と称する。多型領域は、その実体が異なるアレルにおいて相違している単一のヌクレオチドであってよい。多型領域は、数ヌクレオチドの長さであってもよい。
【０１３３】
「多型遺伝子」とは、少なくとも１個の多型領域を持つ遺伝子を指す。
ヌクレオチド配列中の「多型部位」を表記するために、１つの部位において可能性のあるヌクレオチドの変異を表す「多義性コード」をしばしば使用する。多義性コードの一覧を以下の表にまとめる：
【０１３４】
多義性コード
（ＩＵＰＡＣ命名法）          
Ｂ                ｃ／ｇ／ｔ
Ｄ                ａ／ｇ／ｔ
Ｈ                ａ／ｃ／ｔ
Ｋ                ｇ／ｔ
Ｍ                ａ／ｃ
Ｎ                ａ／ｃ／ｇ／ｔ
Ｒ                ａ／ｇ
Ｓ                ｃ／ｇ
Ｖ                ａ／ｃ／ｇ
Ｗ                ａ／ｔ
Ｙ                ｃ／ｔ
【０１３５】
このように、例えばヌクレオチド配列中の「Ｒ」とは、「ａ」または「ｇ」のいずれかがその位置にあり得ることを意味する。
【０１３６】
「蛋白」、「ポリペプチド」および「ペプチド」という語は、遺伝子産物を指す場合、本明細書中で互換的に使用する。
【０１３７】
本明細書中で「調節配列」とも称する「調節要素」という語は、基本的プロモーターからの転写を調節できる要素を包含し、エンハンサーおよびサイレンサーといった要素を包含する。本明細書中で「エンハンサー要素」とも称する「エンハンサー」という語は、基本的プロモーターからの転写を増大させ、刺激し、または増強させることのできる調節要素の包含を意図している。本明細書中で「サイレンサー要素」とも称する「サイレンサー」という語は、基本的プロモーターからの転写を減少させ、阻害し、または抑制することのできる調節要素の包含を意図している。調節要素は典型的には遺伝子の５’フランキング領域に存在する。しかしながら、調節要素は遺伝子の他の領域、とりわけイントロンに存在することが示されてもいる。したがって、遺伝子は、イントロン、エキソン、コード領域、および３’フランキング配列に位置する調節要素を持っていることがあり得る。このような調節要素もまた本発明による包含が意図されており、遺伝子の５’フランキング領域の調節要素の同定に使用できる任意の検定によって同定することができる。
【０１３８】
「調節要素」という語はさらに、「組織特異的」調節要素、即ち、選ばれたＤＮＡ配列を専ら特異細胞（例えば特異組織の細胞）で発現させる調節要素を包含する。或る細胞型における発現が他の細胞型における発現より有意に高い場合、遺伝子発現は専らその特異細胞において起こる。「調節要素」という語はまた、非組織特異的調節要素、即ち、殆どの細胞型において活性である調節要素をも包含する。さらに調節要素は、構成的調節要素、即ち、誘導的である調節要素、即ち主として刺激に応答して活性となる調節要素とは逆に、転写を構成的に調節する調節要素であってよい。刺激とは、例えばホルモン、サイトカイン、重金属、ホルボールエステル、サイクリックＡＭＰ（ｃＡＭＰ）、またはレチン酸といった分子であってよい。
【０１３９】
調節要素は典型的には蛋白、例えば転写因子に結合している。「転写因子」という語は、特異的核酸配列、即ち調節要素と優先的に相互作用し、適当な条件において転写を刺激または抑制する、蛋白またはその修飾型を包含することを意図している。幾つかの転写因子はそれらが単量体の形である場合に活性である。これとは別に、２個の同一蛋白または異なる蛋白（ヘテロ二量体）より成る二量体の形で活性な転写因子もある。転写因子の修飾型とは、翻訳後修飾、例えば燐酸基の結合を有する転写因子を指すことを意図している。転写因子の活性は翻訳後修飾によってしばしば調節される。例えば、或る転写因子は特定の残基が燐酸化された時にのみ活性である。これに代わり、転写因子は燐酸化された残基の不在時に活性となり燐酸化によって不活性化されることもある。既知の転写因子とそれらのＤＮＡ結合部位のリストは、例えば公開されているデータベース、例えばＴＦＭＡＴＲＩＸ転写因子結合部位プロフィールデータベースに見出すことができる。
【０１４０】
本明細書中使用する「特異的にハイブリダイズする」または「特異的に検出する」という語は、遺伝子のいずれかの鎖のうち少なくともおよそ６、１２、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０または１４０個の連続するヌクレオチドにハイブリダイズする、本発明に係る核酸分子の能力を指す。
【０１４１】
「野生型アレル」という語は、対象において２コピーが存在する場合に野生型表現型をもたらす遺伝子のアレルを指す。遺伝子中の或るヌクレオチド変化は、そのヌクレオチド変化を持つ遺伝子を２コピー持つ対象の表現型に影響しないことがあるため、特定の遺伝子には幾つかの異なる野生型アレルが存在し得る。
【０１４２】
本明細書中使用する「候補遺伝子」は、正常な心血管機能、または心血管疾患の発症および／または進行に関係する代謝経路に割り当てられる遺伝子を包含する。心血管疾患の発現は完全には理解されていないため、「候補遺伝子」という語は、現在分かっていない機能を持つ遺伝子をも含み得る。
【０１４３】
「ＣＡ  ＳＮＰ」（心血管疾患関連ＳＮＰ）とは、心血管疾患を発現するリスクに有意な関連を示す多型部位を指す。
【０１４４】
「ＣＡ遺伝子」（心血管疾患関連遺伝子）とは、この遺伝子座の実際の機能に関わりなく、ＣＡ  ＳＮＰを有するゲノム座を指す。ＣＡ遺伝子ポリペプチドとは、少なくとも部分的にＣＡ遺伝子によりコードされているポリペプチドを指す。
【０１４５】
心血管の状態を評価するための方法
本発明はヒト個体の心血管状態を評価するための診断方法を提供する。本明細書中使用する心血管状態とは、１もしくはそれ以上のマーカーまたは指標に反映される個体の心血管系の生理的状態を指す。状態のマーカーは臨床測定値、例えば血圧、心電図プロフィール、および差別化血流分析、ならびにＬＤＬおよびＨＤＬコレステロールレベル、その他の脂質およびその他の当分野で標準的な充分確立されている臨床パラメータの測定を包含するが、これらに限定される訳ではない。本発明に係る状態マーカーは、１またはそれ以上の心血管症候群、例えば高血圧症、急性心筋梗塞、無症状心筋梗塞、卒中、およびアテローム性動脈硬化症の診断を包含する。開業医によりなされる心血管症候群の診断は、臨床検査と医学的判断を包含することが理解できるであろう。本発明に係る状態マーカーは当分野で周知の常套的方法を用いて評価する。例えば特定の治療計画に対する個体の応答の判定において利用する、状態マーカーの経時的な量的または質的変化もまた、心血管状態の評価に包含される。
【０１４６】
本方法は以下の工程によって実施する：
（ｉ）  個体における、実施例に列挙した遺伝子または本明細書に記載のその他の遺伝子の１個、数個または全ての中に、１またはそれ以上の多型位置の配列を決定し、その個体の多型パターンを確立し；そして、
【０１４７】
（ｉｉ）  （ｉ）において確立した多型パターンを、異なる心血管状態のマーカーを示すヒトの多型パターンと比較する。この、個体の多型パターンは、好ましくは、特定の状態マーカー、心血管症候群、および／または治療的介入に対する特定の応答パターンを示す個体の多型パターンと高度に類似して、そして最も好ましくは同一である。多型パターンはさらに、実施例に列挙した遺伝子中の１またはそれ以上の多型位置と組合わさって、特定の状態マーカーの存在との相関が示される、その他の遺伝子における多型位置をも包含する。或る態様では、この方法は、或る個体の多型パターンを、特定の治療計画に対して正のまたは負の応答をすることが示されている個体の多型パターンと比較することを含む。本明細書で使用する治療計画とは、心血管疾患に付随する症状および事象の排除または改善を目指す治療を指す。係る治療には、食事、生活習慣および運動療法における１またはそれ以上の変更；侵襲的および非侵襲的外科技術、例えばアテレクトミー、血管形成術、および冠状動脈バイパス手術；ならびに薬学的介入、例えばＡＣＥインヒビター、アンギオテンシンＩＩレセプターアンタゴニスト、利尿剤、α−アドレノレセプターアンタゴニスト、強心配糖体、ホスホジエステラーゼインヒビター、β−アドレノレセプターアンタゴニスト、カルシウムチャンネルブロッカー、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼインヒビター、イミダゾリンレセプターブロッカー、エンドセリンレセプターブロッカー、有機亜硝酸塩、および実施例に列挙した遺伝子の蛋白機能の調節物質が包含されるがこれらに限定される訳ではない。それらの活性が心血管疾患に関連する特定の多型パターンと相関している、未知の医薬物質による介入もまた包含される。例えば、特定の治療計画の候補者となる患者を、その特定治療に対する応答性と相関する多型パターンについてスクリーニングするという事が考えられる。
【０１４８】
好ましい態様では、本方法は、個体の多型パターンを、心血管疾患の１またはそれ以上のマーカー、例えばＬＤＬコレステロールレベルの上昇、高血圧、異常心電図プロフィール、心筋梗塞、卒中、またはアテローム性動脈硬化症を示すまたは示した個体の多型パターンと比較することを含む。
【０１４９】
本発明方法の実施にあたり、個体の多型パターンは、その個体からのＤＮＡを取得し、本明細書に記載のような、その遺伝子中の前もって定められた多型位置における配列を決定することによって確立できる。
【０１５０】
このＤＮＡは任意の細胞供給源から取得できる。臨床業務で得られる細胞供給源の非限定的例は、血液細胞、頬側細胞、膣頸管細胞、尿由来の上皮細胞、胎児細胞、または生検により得られる組織に存在する任意の細胞を包含する。細胞は、血液、唾液、汗、尿、脳脊髄液、便、および感染または炎症部位の組織滲出液を包含する（但しこれらに限定されない）体液から得ることもできる。ＤＮＡは、当分野で標準的な数多くの方法のいずれかを用いて細胞供給源または体液から抽出する。ＤＮＡ抽出に使用する個別的方法はその供給源の性質に依存するという事が理解できるであろう。
【０１５１】
診断および予後検定
本発明は、遺伝子の少なくとも１個の多型領域の分子構造、心血管疾患に関連する該多型領域の特異的アレル変異体を決定するための方法を提供する。一つの態様では、遺伝子の多型領域の分子構造の決定は、該アレル変異体の実体を決定することを含む。その特異的アレルが心血管疾患と関連している遺伝子の多型領域は、遺伝子のエキソン、イントロン、イントロン／エキソン境界、またはプロモーターに局在し得る。
【０１５２】
本発明は、対象が心血管疾患を持っているか、またはこれを発現するリスクがあるかどうかを判定する方法を提供する。このような疾患は、異常な遺伝子活性、例えば或る型の脂質の異常な結合、または異常な遺伝子蛋白レベルと関連し得る。異常な遺伝子蛋白レベルは、異常な転写または転写後調節に起因し得る。したがって、特定の遺伝子領域におけるアレルの相違は、発現の調節における相違に起因する遺伝子蛋白の相違をもたらし得る。特に、ヒト遺伝子において同定された多型の幾つかは、転写レベル、ＲＮＡ成熟、スプライシング、または該遺伝子もしくは転写産物の翻訳における相違に関連しているかも知れない。
【０１５３】
好ましい態様では、本発明方法は、対象由来の細胞試料中に、或る遺伝子の１またはそれ以上の多型領域の特異的アレル変異体の存在または不在を検出することを含むという特徴を有する。アレルの相違は、（ｉ）  少なくとも１ヌクレオチドの実体の相違、または（ｉｉ）ヌクレオチド数における相違（この相違は単一ヌクレオチドまたは幾つかのヌクレオチドであってよい）であってよい。
【０１５４】
好ましい検出方法は、多型部位に部分重複し、且つ多型領域付近の約５、１０、２０、２５、または３０ヌクレオチドを有するプローブを使用するアレル特異的ハイブリダイゼーションである。イントロンＸに存在する多型領域の特異的アレル変異体を検出するためのプローブの例は、配列番号Ｘのいずれかに開示するヌクレオチド配列を含むプローブである。本発明の好ましい態様では、アレル変異体と特異的にハイブリダイズできる幾つかのプローブを固相支持体、例えば「チップ」に結合させる。オリゴヌクレオチドは、リトグラフィーを包含する様々なプロセスによって固体支持体に結合させることができる。例えば、１個のチップは２５００００のオリゴヌクレオチドを保持できる（ＧｅｎｅＣｈｉｐ，  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）。オリゴヌクレオチドを含むこれらのチップ（「ＤＮＡプローブアレイ」とも称する）を使用する突然変異検出分析は、例えばＣｒｏｎｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）  Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４およびＫｏｚａｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：７５３に記載されている。或る態様では、１個のチップが、或る遺伝子の少なくとも１個の多型領域の全アレル変異体を含んでいる。次いで固相支持体を被験核酸に接触させ、特異的プローブとのハイブリダイゼーションを検出する。したがって、１またはそれ以上の遺伝子の多数のアレル変異体の実体が単純なハイブリダイゼーション実験で同定できる。例えば、配列番号１の１４０位のヌクレオチドＴまたはＧのヌクレオチド多型（ｂａｙＳＮＰ１０９４８）のアレル変異体の実体およびその他の可能な多型領域のアレル変異体の実体が、単一のハイブリダイゼーション実験で決定できる。
【０１５５】
別の検出法では、アレル変異体の同定に先立ち、遺伝子の少なくとも一部をまず増幅する必要がある。増幅は、例えばＰＣＲおよび／またはＬＣＲにより、当分野で周知の方法に従い実施できる。或る態様では、細胞のゲノムＤＮＡを２個のＰＣＲプライマーに暴露し、必要量の増幅ＤＮＡを生産するに充分な循環回数で増幅させる。好ましい態様では、プライマーは４０−３５０塩基対離れて位置している。本明細書に記載の遺伝子の遺伝子断片の増幅にとって好ましいプライマーを実施例の第２表に列挙する。
【０１５６】
これに代わる増幅方法は、当業者が周知の技術を用いる増幅した分子の検出がその後に続く、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，Ｊ．Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅系（Ｋｗｏｈ，Ｄ．Ｙ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−βレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ，Ｐ．Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．，  １９８８，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、またはその他任意の核酸増幅法を包含する。これらの検出計画は、核酸分子が極めて少数しか存在しない場合にこれを検出するのに特に有用である。
【０１５７】
或る態様では、当分野で既知の様々な配列決定反応のいずれかを用いて、試料の配列を対応する野生型（対照）配列と比較することにより、遺伝子の少なくとも一部の配列を直接決定し、そしてアレル変異体、例えば突然変異を検出することができる。配列決定反応の例は、ＭａｘａｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９７７）  ７４：５６０）またはＳａｎｇｅｒ（Ｓａｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９７７）  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ７４：５４６３）により開発された技術に基づくものを包含する。この検定を実施する際には、質量分析による配列決定を包含する様々な自動化配列決定法のいずれかを利用できることもまた考えられる（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９５５）  １９：４４８）（例えば、Ｈ．Ｋｏｓｔｅｒによる、ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙなる標題の米国特許第５５４７８３５号および国際特許出願公開番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｈ．ＫｏｓｔｅｒによるＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  Ｖｉａ  Ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓｅ  Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎなる標題の米国特許第５５４７８３５号および国際特許出願公開番号ＷＯ９４／２１８２２、ならびに、Ｈ．ＫｏｓｔｅｒによるＤＮＡ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  Ｂａｓｅｄ  ｏｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙなる標題の米国特許第５６０５７９８号および国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３６５１号；Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ａｄｖ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  ３６：１２７−１６２；ならびにＧｒｉｆｆｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３８：１４７−１５９を参照されたい）。或る態様については、１、２、または３個の核酸塩基の存在を配列決定反応において決定するだけでよいという事が、当業者には明らかであろう。例えば、ただ１つのヌクレオチドを検出する、Ａ−ｔｒａｃｋ等が実施できる。
【０１５８】
さらに別の配列決定法が、例えば米国特許第５５８０７３２号（標題：Ｍｅｔｈｏｄ  ｏｆ  ＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｅｍｐｌｏｙｉｎｇ  ａ  ｍｉｘｅｄ  ＤＮＡ−ｐｏｌｙｍｅｒ  ｃｈａｉｎ  ｐｒｏｂｅ）および米国特許第５５７１６７６号（標題：Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｍｉｓｍａｔｃｈ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）に開示されている。
【０１５９】
幾つかの場合には、対照由来のＤＮＡに遺伝子の特異的アレルが存在する事を、制限酵素分析によって示すことができる。例えば、特定のヌクレオチド多型は別のアレル変異体のヌクレオチド配列には存在しない制限部位を含むヌクレオチド配列をもたらすことがある。
【０１６０】
別の態様では、電気泳動移動度の変化を用いて遺伝子アレル変異体の型を同定する。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）を使用して、突然変異体と野生型核酸の間の電気泳動移動度の相違を検出できる（Ｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：２７６６、さらに、Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）  Ｍｕｔａｔ  Ｒｅｓ  ２８５：１２５−１４４；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）  Ｇｅｎｅｔ  Ａｎａｌ  Ｔｅｃｈ  Ａｐｐｌ  ９：７３−７９をも参照されたい）。試料と対照核酸の一本鎖ＤＮＡ断片を変成し、復元させることができる。一本鎖核酸の二次構造は配列によって異なり、結果として生ずる電気泳動移動度の変化が、単一塩基の変化でさえも検出可能にする。ＤＮＡ断片は標識化プローブで標識または検出できる。この検定の感受性は、二次構造が配列変化に対してより感受性である、ＲＮＡ（ＤＮＡではなく）を使用することにより増強できる。別の好ましい態様では、この方法はヘテロ二本鎖分析を利用し、電気泳動移動度の変化に基づいてヘテロ二本鎖分子を分離する（Ｋｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７：５）。
【０１６１】
さらに別の態様では、変成剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中での多型領域を含む核酸の動きを、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を用いて分析することにより、多型領域のアレル変異体の同定を行う（Ｍｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ（１９８５）  Ｎａｔｕｒｅ３１３：４９５）。ＤＧＧＥを分析方法として使用する場合、例えば、およそ４０ｂｐの高融点富ＧＣ  ＤＮＡのＧＣクランプをＰＣＲにより付加することによって、ＤＮＡを、完全に変性してしまわないよう修飾する。さらなる態様では、変性剤の勾配の代わりに温度勾配を使用して、対照と試料ＤＮＡの移動度の相違を同定する（Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ  ａｎｄ  Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  ２６５：１２７５）。
【０１６２】
２個の核酸の間で少なくとも１個のヌクレオチドの相違を検出する技術の例は、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長を包含するが、これらに限定される訳ではない。例えば、オリゴヌクレオチドプローブを製造することができるが、その場合、既知の多型ヌクレオチドを中心に置き（アレル特異的プローブ）、次いで、完全な対合が見出される時にのみハイブリダイゼーションを許すような条件の下で標的ＤＮＡとハイブリダイズさせる（Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９８６）  Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ（１９８９）  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０；およびＷａｌｌａｃｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９７９）  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ６：３５４３）。このようなアレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション技術を使用して、遺伝子の、異なる多型領域中の幾つかのヌクレオチド変化を同時に検出できる。例えば、特定のアレル変異体のヌクレオチド配列を持つオリゴヌクレオチドをハイブリダイズ膜に結合させ、次にこの膜を標識した試料核酸とハイブリダイズさせる。するとハイブリダイゼーションシグナルの分析が、試料核酸のヌクレオチドの実体を明らかにする。
【０１６３】
別法として、選択的ＰＣＲ増幅に依存するアレル特異的増幅技術を使用できる。特異的増幅のためのプライマーとして使用するオリゴヌクレオチドはその分子の中央に（その結果、増幅はディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存する）（Ｇｉｂｂｓ  ｅｔ  ａｌ（１９８９）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １７：２４３７−２４４８）または一方のプライマーの３’最末端に目的とするアレル変異体を持っているかも知れず、その場合、適当な条件の下では誤対合がポリメラーゼの伸長を防止または低下させ得る（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）  Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８；Ｎｅｗｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １７：２５０３）。この技術はプローブオリゴ塩基伸長を意味する「ＰＲＯＢＥ」とも称する。加えて、突然変異の領域に新規な制限部位を導入し、開裂に基づく検出ができるようにする事が望ましいかも知れない（Ｇａｓｐａｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）  Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１）。
【０１６４】
別の態様では、アレル変異体の同定を、例えば米国特許第４９９８６１７号およびＬａｎｄｅｇｒｅｎ，Ｕ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０（１９８８）に記載のようなオリゴヌクレオチドライゲーション検定（ＯＬＡ）を用いて実施する。ＯＬＡプロトコルは一本鎖標的の隣接配列にハイブリダイズできるよう設計した２個のオリゴヌクレオチドを使用する。このオリゴヌクレオチドの一方は分離マーカーに連結させ、例えばビオチニル化し、そして他方は検出可能なように標識する。もし正確な相補配列が標的分子中に発見されたならば、オリゴヌクレオチドはそれらの末端が隣接するようにハイブリダイズしてライゲーション基質を作り出すであろう。次いでライゲーションにより、アビジンまたは別のビオチンリガンドを用いる標識化オリゴヌクレオチドの回収が可能となる。Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．  ｅｔ  ａｌ．は、ＰＣＲおよびＯＬＡの特性を結び付けた核酸検出検定を記載している（Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．）８７：８９２３−８９２７（１９９０）。この方法では、ＰＣＲを用いて標的ＤＮＡの指数的増幅を達成し、次いでこれをＯＬＡを用いて検出する。
【０１６５】
このＯＬＡ法に基づく幾つかの技術が開発されており、遺伝子の多型領域の特異的アレル変異体を検出するために使用できる。例えば、米国特許第５５９３８２６号は、３’−アミノ基を持つオリゴヌクレオチドと５’燐酸化オリゴヌクレオチドを使用して、ホスホロアミダート結合を持つコンジュゲートを製造するＯＬＡを開示している。Ｔｏｂｅ  ｅｔ  ａｌ．（（１９９６）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３７２８）の記載したＯＬＡのもう一つの変形では、ＰＣＲと組み合わせたＯＬＡが単一の微量定量ウェル中の２個のアレルのタイピングを可能にする。ユニークなハプテン、即ちジゴキシゲニンおよびフルオレセインによりアレル特異的プライマーの各々を標識することにより、異なる酵素リポーター、アルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼで標識したハプテン特異的抗体を使用して各々のＬＡ反応を検出できる。この系は、２種類の異なる色の生成を導く高スループットフォーマットを用いて２個のアレルの検出を可能にする。
【０１６６】
本発明はさらに、遺伝子中の単一ヌクレオチド多型（一塩基多型）を検出する方法を提供する。一塩基多型は非変異配列領域が隣接する変異部位を構成するため、それらの分析は、変異部位に存在する単一ヌクレオチドの同定を行うだけでよく、各患者の完全な遺伝子配列を決定する必要はない。このような一塩基多型の分析を容易にするため、幾つかの方法が開発されている。
【０１６７】
或る態様では、例えばＭｕｎｄｙ，Ｃ．Ｒ．（米国特許第４６５６１２７号）に開示の特殊なエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチドを使用して単一塩基多型を検出できる。この方法によれば、多型部位の３’に隣接したアレル配列に相補的なプライマーを、特定の動物またはヒトから得られた標的分子とハイブリダイズさせることができる。この標的分子上の多型部位が、存在している特定のエキソヌクレアーゼ耐性ヌクレオチド誘導体に相補的なヌクレオチドを含むならば、その誘導体はハイブリダイズしたプライマーの末端に取り込まれるであろう。このような取り込みはプライマーをエキソヌクレアーゼに対し耐性とし、それによりその検出を可能とする。試料のエキソヌクレアーゼ耐性誘導体の実体は既知であることから、プライマーがエキソヌクレアーゼに耐性となったという発見は、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドが、反応に使用したヌクレオチド誘導体の多型部位と相補的であることを示す。この方法は、大量の外来配列データの決定を要しないという利点を持っている。
【０１６８】
本発明の別の態様では、多型部位のヌクレオチドの同定に溶液に基づく方法を用いる。Ｃｏｈｅｎ，Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．（フランス国特許２６５０８４０；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）。米国特許第４６５６１２７号のＭｕｎｄｙの方法のように、多型部位の３’に隣接するアレル配列に相補的なプライマーを使用する。この方法は、標識ジデオキシヌクレオチド誘導体を用いてその部位のヌクレオチドを同定するものであるが、この誘導体は、もし該多型部位のヌクレオチドに相補的であるならばプライマーの末端に取り込まれるであろう。
【０１６９】
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂｉｔ分析またはＧＢＡ  ＴＭとしても知られる別の方法がＧｏｅｌｅｔ，Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．（ＰＣＴ出願第９２／１５７１２号）により記載されている。Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．の方法は、標識したターミネーターおよび多型部位の３’配列に相補的なプライマーの混合物を使用する。よって取り込まれるこの標識化ターミネーターは、評価しようとする標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドに相補的であって且つこれにより決定される。Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（フランス国特許２６５０８４０；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）の方法とは対照的にＧｏｅｌｅｔ，Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．の方法は、プライマーまたは標的分子を固相に固定化する、不均質相検定であることが好ましい。
【０１７０】
近年、ＤＮＡ中の多型部位を検定するための幾つかのプライマーにより誘導するヌクレオチド取り込み法が記載された（Ｋｏｍｈｅｒ，Ｊ．Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．  １７：７７７９−７７８４（１９８９）；Ｓｏｋｏｌｏｖ，Ｂ．Ｐ．，  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １８：３６７１（１９９０）；Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８：６８４−６９２（１９９０），  Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ，Ｍ．Ｎ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．）  ８８：１１４３−１１４７（１９９１）；Ｐｒｅｚａｎｔ，Ｔ．Ｒ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．  １：１５９−１６４（１９９２）；Ｕｇｏｚｚｏｌｉ，Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．，  ＧＡＴＡ  ９：１０７−１１２（１９９２）；Ｎｙｒｅｎ，Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．  ２０８：１７１−１７５（１９９３））。これらの方法は全て、多型部位の塩基を識別するのに標識化デオキシヌクレオチドの取り込みに頼っている点で、ＧＢＡ  ＴＭとは相違している。このような形式では、シグナルは、取り込まれたデオキシヌクレオチドの数に比例するため、同じヌクレオチドのランに存在する多型は、そのランの長さに比例するシグナルを生ずる（Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．  ５２：４６−５９（１９９３））。
【０１７１】
遺伝子のコード領域に位置する多型領域のアレル変異体を同定するために、上記のものとはさらに別の方法もまた使用できる。例えば、突然変異した遺伝子蛋白をコードしているアレル変異体の同定は、その突然変異蛋白を特異的に認識する抗体を使用することにより、例えば免疫組織化学または免疫沈降により実施できる。野生型遺伝子蛋白に対する抗体が、例えばＡｃｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７１：５１８に記載されている（ヒト遺伝子と交差反応性の抗マウス遺伝子抗体）。野生型遺伝子または突然変異型遺伝子の蛋白に対するその他の抗体を、当分野で既知の方法に従って製造できる。別法として、或る遺伝子蛋白の活性、例えば脂質またはリポ蛋白との結合を測定することもできる。結合検定は当分野で知られており、例えば、対象から細胞を取得し、標識した脂質で結合実験を行い、突然変異した型のレセプターとの結合が、野生型レセプターとの結合と相違しているか否かを決定する。
【０１７２】
多型領域がエキソンのコード領域または非コード領域のいずれかに位置する場合、アレル変異体の同定は、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、またはｃＤＮＡの分子構造を決定することによって行うことができる。この分子構造は、ゲノムＤＮＡの分子構造決定のための上記方法のいずれか、例えば配列決定およびＳＳＣＰを用いて決定できる。
【０１７３】
本明細書に記載の方法は、例えば、対象が特定の遺伝子アレル変異体に関連する疾患を持っているか、またはこれを発現するリスクを持つか否かを判定するために、都合良く使用できる、例えば本明細書に記載の少なくとも１個のプローブまたはプライマー核酸を含む、上記のような包装済み診断キットを利用することにより、実施できる。
【０１７４】
上に記載の診断方法および予後判定法に使用する試料核酸は、対象の任意の細胞型または組織から取得できる。例えば、対象の体液（例えば血液）は、既知の技術（例えば静脈穿刺）により、または心臓のようなヒトの組織から（生検、移植した臓器）取得できる。別法として、核酸試験は乾燥試料（例えば毛髪または皮膚）について実施できる。出生前診断用の胎児核酸試料は、Ｂｉａｎｃｈｉの国際特許出願第ＷＯ９１／０７６６０号に記載のように母体血液から取得できる。これに代わり、出生前試験を実施するため、羊膜細胞または絨毛膜絨毛を取得することができる。
【０１７５】
診断方法はまた、核酸の精製が必要とならないよう、生検または切除から得られる患者組織の（固定化および／または凍結した）組織切片について、ｉｎ  ｓｉｔｕで直接実施することもできる。核酸試薬をこのようなｉｎ  ｓｉｔｕ法のためにプローブおよび／またはプライマーとして使用できる（例えば、Ｎｕｏｖｏ，Ｇ．Ｊ．，  １９９２，  ＰＣＲ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい）。
【０１７６】
主として１個の核酸配列の検出に焦点を絞った方法に加えて、次の検出スキームでプロフィールを評価することができる。例えば差別化ディスプレー法、ノーザン分析および／またはＲＴ−ＰＣＲを利用することにより、フィンガープリントプロフィールを作製できる。
【０１７７】
本発明の実施にあたり、心血管状態の特定マーカーを示す多数の個体における多型パターンの分布を、上記のいずれかの方法によって決定し、量的または質的に異なる状態マーカーを示す、年齢、民族的起源、および／またはその他何らかの統計学的もしくは医学的関連パラメータが合致する患者の多型パターンの分布と比較する。見掛けのロジスティック回帰、カイ二乗検定または標準最小二乗回帰分析を包含する当分野で既知の任意の方法を用いて相関関係を達成する。このようにして、特定の多型パターンと特定の心血管状態の間の統計学的に有意な相関を確立することが可能である（ｐ値で与えられる）。さらに、特定の多型パターンと心血管状態の変化、例えば特定の治療法がもたらす変化、の間の統計学的に有意な相関を確立することもできる。このようにして、多型パターンを、特定の治療に対する応答性と相関させることが可能である。
【０１７８】
単離された多型核酸、プローブおよびベクター
本発明は、ヒト遺伝子について本明細書に記載した多型位置を含む単離された核酸；該核酸を含むベクター；および該ベクターを含む形質転換された宿主細胞を提供する。本発明はさらに、これらの多型の検出に有用なプローブを提供する。
【０１７９】
本発明の実施にあたり、分子生物学、微生物学、および組換えＤＮＡにおける多くの常套技術を使用する。このような技術は周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；  ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ，  １９８５（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ  ｅｄ．）；  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  １９８４，  （Ｍ．Ｌ．Ｇａｉｔ  ｅｄ．）；  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，  １９８５，  （Ｈａｍｅｓ  ａｎｄ  Ｈｉｇｇｉｎｓ）；  Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  １９９７，  （Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ）；  およびＭｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌ．１５４  ａｎｄ  Ｖｏｌ．１５５  （それぞれＷｕおよびＧｒｏｓｓｍａｎ，  ならびにＷｕ，  ｅｄｓ．，）に詳細な説明がある。
【０１８０】
本発明に係る完全長ｃＤＮＡのような配列を機能的環境で含む核酸（典型的にはＤＮＡ）をベクターに挿入するのは、そのＤＮＡおよびベクターの末端が適合性制限部位を含む場合、容易に達成できる。これができない場合には、制限エンドヌクレアーゼ開裂により作製した一本鎖ＤＮＡ突出部を後方に消化することによりＤＮＡおよび／またはベクターの末端を修飾して平滑末端を作り出し、または、一本鎖末端を適当なＤＮＡポリメラーゼで満たすことにより同じ結果を達成することが必要になるであろう。
【０１８１】
別法として、例えばヌクレオチド配列（リンカー）を末端にライゲーションすることにより、所望のいかなる部位をも作り出すことができる。このようなリンカーは所望の制限部位を規定する特異的オリゴヌクレオチド配列を含み得る。制限部位はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して作製することもできる。例えば、Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８８，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：４８を参照されたい。開裂したベクターとＤＮＡ断片は、必要ならばホモポリマーテーリングによって修飾することもできる。
【０１８２】
核酸は細胞から直接単離でき、または既知の方法を用いて化学合成することができる。これとは別に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用し、化学合成鎖またはゲノム材料のいずれかを鋳型として本発明に係る核酸を製造できる。ＰＣＲに使用するプライマーは本明細書記載の配列情報を用いて合成でき、所望により適当な新しい制限部位を導入するように設計して、組換え発現のための所定のベクター中に組み込まれ易くすることができる。
【０１８３】
本発明に係る核酸は天然遺伝子配列と隣接していてよく、または、プロモーター、エンハンサー、応答配列、シグナル配列、ポリアデニル化配列、イントロン、５’−および３’−非コード領域等を包含するヘテロローガス配列に結合させることができる。この核酸はさらに当分野で既知の多くの手段によって修飾できる。係る修飾の非限定的例は、メチル化、「キャップ」、１またはそれ以上の天然ヌクレオチドの、類似体への置換、ヌクレオチド間修飾（例えば非荷電結合（例えばメチルホスホナート、ホスホトリエステル、ホスホロアミダート、カルバメート、モルホリン等）による、および荷電結合（例えばホスホロチオアート、ホスホロジチオアート等）によるヌクレオチド間修飾）を包含する。核酸は１またはそれ以上のさらなる共有結合部分、例えば蛋白（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジン等）、挿入物（例えば、アクリジン、ソラレン等）、キレート化剤（例えば、金属、放射性金属、鉄、酸化的金属等）、およびアルキル化剤を含むことができる。ＰＮＡもまた含まれる。この核酸は、メチルもしくはエチルホスホトリエステルまたはアルキルホスホロアミダート結合の形成によって誘導体化できる。さらに、本発明に係る核酸配列は、検出可能シグナルを提供できる標識により、直接的または間接的に修飾できる。標識の例は、ラジオアイソトープ、蛍光分子、ビオチン等を包含する。
【０１８４】
本発明はさらに、実施例に記載の遺伝子の遺伝子配列またはその誘導体もしくは断片を含む核酸ベクターを提供する。多彩な真核および原核宿主での複製および／または発現のために、プラスミドおよび真菌ベクターを包含する多数のベクターが記載されており、これらは遺伝子治療のため、そして単純なクローニングまたは蛋白発現のために使用できる。好適なベクターの非限定的例は、ｐＵＣプラスミド、ｐＥＴプラスミド（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｉｎｃ．，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓ．）、またはｐＲＳＥＴもしくはｐＲＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．）、ならびに、開示されたまたは本明細書に引用したまたはそれ以外で当関連分野における通常の知識を有する者が知悉する方法を用いる、多くの適当な宿主細胞を包含するが、これらに限定される訳ではない。特定のベクター／宿主の選択が本発明の実施にとって決定的である訳ではない。
【０１８５】
適切な宿主細胞を、電気穿孔（エレクトロポレーション）、ＣａＣｌ２仲介ＤＮＡ取り込み、真菌またはウイルス感染、マイクロインジェクション、マイクロ発射、またはその他の確立された方法を包含する任意の適当な方法により、適宜、形質転換／トランスフェクト／感染させることができる。適当な宿主細胞には、細菌、古細菌、真菌、特に酵母、ならびに植物および動物細胞、特に哺乳動物細胞が包含される。多数の転写開始および終止調節領域が単離され、そして様々な宿主におけるヘテロローガス蛋白の転写と翻訳に有効であることが示されている。これらの領域、単離方法、操作方法などの例は当分野で知られている。適当な発現条件の下で、宿主細胞は、実施例の遺伝子によりコードされている組換え産生ペプチドおよびポリペプチドの供給源として使用できる。実施例の遺伝子配列由来のペプチドまたはポリペプチドをコードしている核酸を、組換え事象によって細胞中に導入することもできる。例えば、このような配列を細胞中に導入し、それにより、内因性遺伝子または該遺伝子と実質的同一性を持つ配列の部位でホモローガス組換えを起こすことができる。非ホモローガスな組換えまたはホモローガス組換えによる内因性遺伝子の欠失といったその他の組換えに基づく方法もまた使用できる。
【０１８６】
ヘテロ二量体またはその他の多量体を形成する蛋白の場合、両方のまたは全てのサブユニットを１つの系または細胞で発現させる必要がある。
【０１８７】
本発明に係る核酸は、遺伝子多型の検出のためのプローブとして、そして実施例に列挙した遺伝子によりコードされている正常または変異体ペプチドもしくはポリペプチドの組換え産生のための鋳型として用途を見出せる。
【０１８８】
本発明に係るプローブは、長さが約１０−１００ｂｐ、好ましくは１５−７５ｂｐ、最も好ましくは１７−２５ｂｐの単離された核酸を含み（これに限定されない）、これは本明細書に開示の１またはそれ以上の多型配列と、または多型位置に直接隣接する配列と、高緊縮条件下でハイブリダイズする。さらに幾つかの態様では、完全長遺伝子配列をプローブとして使用できる。或る一連の態様では、このプローブは本明細書に開示した遺伝子の多型位置にまたがっている。別の一連の態様では、このプローブは該多型位置に直接隣接する配列に対応する。
【０１８９】
多型ポリペプチドおよび多型特異的抗体
本発明は、本明細書に開示する多型位置を含む、実施例に列挙した遺伝子によりコードされている単離されたペプチドおよびポリペプチドを包含する。１つの好ましい態様では、このペプチドおよびポリペプチドは心血管薬を同定するための有用なスクリーニング標的である。別の好ましい態様では、このペプチドおよびポリペプチドは、該多型位置を含むポリペプチドと特異的に反応し、その位置に異なる配列を持つ別のポリペプチドからそのポリペプチドを識別する抗体を、適当な宿主動物中で導くことができる。
【０１９０】
本発明に係るポリペプチドは、好ましくは長さが少なくとも５またはそれ以上の残基、好ましくは少なくとも１５残基である。これらのポリペプチドを取得するための方法を下に述べる。多くの蛋白生化学および免疫学の常套技術を使用する。このような技術は周知であり、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  １９８７（Ｍａｙｅｒ  ａｎｄ  Ｗａｌｅｒ，  ｅｄｓ；  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，  １９８７，  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，  Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，  Ｎ．Ｙ．）およびＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  １９８６，  Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＶ（Ｗｅｉｒ  ａｎｄ  Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  ｅｄｓ．）に説明されている。
【０１９１】
蛋白コード化配列を含む核酸を使用して、本明細書に開示する遺伝子によりコードされているポリペプチドの、無傷の細胞または無細胞翻訳系におけるＩＴＴ組換え発現を指令できる。所望により、所定の宿主生物における、より有効な発現を求めて作り替えた、既知の遺伝コードを使用して、所望アミノ酸配列をコードしているオリゴヌクレオチドを合成できる。このポリペプチドを、適当な蛋白コード化配列をその中に導入し発現させた、ヒト細胞から、またはヘテロローガス生物もしくは細胞（細菌、真菌、昆虫、植物、および哺乳動物細胞を包含するがこれらに限定されない）から単離することができる。さらに、このポリペプチドは組換え融合蛋白の一部であってよい。
【０１９２】
ペプチドおよびポリペプチドは、排他的固相合成、部分的固相法、フラグメント濃縮または古典的溶液合成を包含する（但しこれらに限定されない）、商業的に利用可能な自動化方法によって化学合成できる。このポリペプチドは、好ましくはＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  １９６３，  Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  ８５：２１４９に記載の固相ペプチド合成によって製造する。
【０１９３】
調製用ディスク−ゲル電気泳動、等電点電気泳動、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換および分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配を包含する（但しこれらに限定されない）ポリペプチド精製法は当分野で周知である。幾つかの目的のため、その蛋白が、精製を促進するさらなる配列タグ、例えばポリヒスチジン配列（但しこれに限定されない）を含む組換え系でポリペプチドを生産することが好ましい。次いでこのポリペプチドは、適当な固相マトリックス上のクロマトグラフィーによって宿主細胞の粗製溶解液から精製できる。別法として、本明細書に開示の遺伝子によりコードされているペプチドに対して産生された抗体を精製試薬として使用することもできる。他の精製法もまた可能である。
【０１９４】
本発明はさらに、該ポリペプチドの誘導体および相同体を包含する。幾つかの目的のため、該ペプチドをコードしている核酸を、機能的に等価な分子、即ち機能保存的変異体を提供する置換、付加、または欠失によって変化させることができる。例えば、その配列内の１またはそれ以上のアミノ酸残基を類似の性質を持つ別のアミノ酸、例えば正電荷のアミノ酸（アルギニン、リジン、およびヒスチジン）；負電荷のアミノ酸（アスパラギン酸およびグルタミン酸）；極性中性アミノ酸；および非極性アミノ酸に置換できる。
【０１９５】
単離されたポリペプチドは、例えば燐酸化、硫酸化、アシル化、またはその他の蛋白修飾により修飾できる。これらはまた、ラジオアイソトープおよび蛍光化合物を包含する（これらに限定されない）、直接的または間接的に検出可能シグナルを提供できる標識によって修飾できる。
【０１９６】
本発明はさらに、本発明に係る多型位置を特異的に認識し、特定の多型を含むペプチドまたはポリペプチドを、その位置に異なる配列を含むペプチドまたはポリペプチドと識別する、抗体を包含する。本発明に係るこのような多型位置特異抗体は、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を包含する。この抗体は、本明細書に開示する遺伝子によりコードされているペプチドを用いて免疫することにより動物宿主において導き出すことができ、または、免疫細胞のインビトロ免疫により製造できる。抗体の導出に使用する免疫原性成分は、ヒト細胞から単離でき、または組換え系で産生できる。この抗体はさらに、適当な抗体コード化ＤＮＡを用いてプログラムした組換え系で産生させることもできる。別法として、抗体は、精製した重鎖および軽鎖の生化学的再編成によって組み立てることができる。抗体は、ハイブリッド抗体（即ち、各々が異なる抗原を認識する２組の重鎖／軽鎖組み合わせを含む）、キメラ抗体（即ち、重鎖、軽鎖、または両者が融合蛋白である）、および一価抗体（即ち、第二の重鎖の不変領域に結合した重鎖／軽鎖複合体より成る）を包含する。抗体のＦａｂ’およびＦ（ａｂ）．ｓｕｂ．２断片を包含するＦａｂ断片もまた包含される。上の型の全ての抗体および誘導体を産生する方法は当分野で周知であり、以下により詳細に述べる。例えば、ポリクローナル抗血清を製造し加工する技術はＭａｙｅｒ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ，  １９８７，  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｌｏｎｄｏｎ）に開示されている。ハイブリドーマによるモノクローナル抗体作製の一般法は、よく知られている。抗体を産生する不死セルラインは細胞融合によって、そしてまた、癌遺伝子ＤＮＡによるＢリンパ球の直接形質転換、またはエプスタイン−バーウイルスによるトランスフェクションのようなその他の技術によって作り出すことができる。例えば、Ｓｃｈｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８０，  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ；  米国特許第４３４１７６１；  ４３９９１２１；  ４４２７７８３；  ４４４４８８７；  ４４６６９１７；４４７２５００；  ４４９１６３２；および４４９３８９０号を参照されたい。本明細書に開示の遺伝子によりコードされているペプチドに対して生成されたモノクローナル抗体のパネルを、様々な性質、即ちアイソタイプ、エピトープ親和性等についてスクリーニングできる。
【０１９７】
本発明に係る抗体は、調製用ディスク−ゲル電気泳動、等電点電気泳動、ＨＰＬＣ、逆相ＨＰＬＣ、ゲル濾過、イオン交換および分配クロマトグラフィー、ならびに向流分配を包含する（但しこれらに限定されない）標準法によって精製できる。抗体の精製法は、例えばＴｈｅ  Ａｒｔ  ｏｆ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，  １９８９，  Ａｍｉｃｏｎ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，  Ｗ．Ｒ．Ｇｒａｃｅ  ＆  Ｃｏ．に開示されている。一般的蛋白精製法は、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，  Ｒ．Ｋ．Ｓｃｏｐｅｓ，  Ｅｄ．，  １９８７，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，
Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．に記載されている。
【０１９８】
開示した配列の免疫原性能力と、得られる配列特異的抗体および免疫細胞の性質を判定する方法は、当分野で周知である。例えば、特定の多型配列を含むペプチドに応答して導かれた抗体は、その多型配列を特異的に認識する能力、即ち、その多型配列を含むペプチドまたはポリペプチドに差別的に結合し、そのようにしてこれを、同じ位置に異なる配列を含んでいる類似のペプチドまたはポリペプチドから識別する能力について試験できる。
【０１９９】
キット
本明細書に開示するように、本発明は、例えば本明細書に開示の遺伝子の遺伝子座に存在する多型領域のアレル変異体の実体［ここで、この多型領域の特異的アレル変異体は、心血管疾患に関連している］を決定するための診断方法を提供する。好ましい態様では、対象が心血管疾患を発現するおそれがあるか否かの決定に、診断キットを使用できる。次いでこの情報を用いて、例えば係る個体の治療を最適化する。
【０２００】
好ましい態様では、このキットは、遺伝子とハイブリダイズし、それにより該遺伝子が心血管疾患のリスクに関連する多型領域のアレル変異体を含むか否かを同定できる、プローブまたはプライマーを含んでいる。このキットは好ましくは、心血管疾患を発現している、またはその素因を有すると患者を診断する際に使用する、説明書をさらに含む。このキットのプローブまたはプライマーは本明細書に記載の任意のプローブまたはプライマーであってよい。
【０２０１】
目的とする多型領域を含む遺伝子の領域を増幅するための好ましいキットは、１または２またはそれ以上のプライマーを含む。
【０２０２】
抗体に基づく診断方法およびキット
本発明はさらに、生体試料の多型パターンを検出するための、抗体に基づく方法を提供する。この方法は、（ｉ）  抗体と、試料中の抗原性成分との間に安定な抗原抗体複合体が形成され得る条件の下で、試料を１またはそれ以上の抗体調製物と接触させ［ここで抗体調製物の各々は、本明細書に開示の遺伝子によりコードされている蛋白の特定の多型型について特異的である］；そして、（ｉｉ）  当分野で知られる任意の適当な手段を用いて、工程（ｉ）で形成された抗原抗体複合体があればそれを検出する［ここで、複合体の検出は、試料中にその特定の多型型が存在することを示す］、という工程を含む。
【０２０３】
典型的にはイムノアッセイは、（例えば、抗体との結合について試料中の抗原と競合する）標識化抗体または標識化抗原性成分のいずれかを使用する。好適な標識は、酵素に基づく、蛍光、化学ルミネセンス、放射性、または色素分子を包含するが、これらに限定される訳ではない。例えばビオチンおよびアビジン、ならびに酵素標識化イムノアッセイ、例えばＥＬＩＳＡ検定を利用するもののように、プローブ由来のシグナルを増幅する検定もまた知られている。
【０２０４】
本発明はさらに、抗体に基づく診断適用に好適なキットを提供する。診断キットは典型的には、以下の成分の１またはそれ以上を包含する：
【０２０５】
（ｉ）多型特異的抗体：  この抗体は前標識されていてよい。これに代わり、抗体を標識せず、標識用成分を別の容器に入れてキットに含め、または二次標識化抗体を提供してもよい；および、
（ｉｉ）反応成分：  このキットはさらに、特定のイムノアッセイプロトコルに必要なその他の適当に包装した試薬および材料、例えば適用可能ならば固相マトリックスおよび標品を含んでいてよい。
【０２０６】
上に言及したキットは、試験の遂行のための説明書を含んでいてよい。さらに、好ましい態様では、診断キットはハイスループットおよび／または自動化操業に適合させることができる。
【０２０７】
薬物標的およびスクリーニング法
本発明によると、本明細書に開示の遺伝子から誘導したヌクレオチド配列および本明細書に開示の遺伝子によりコードされているペプチド配列、特に１またはそれ以上の多型配列を含む当該ペプチド配列は、心血管薬、即ち心血管疾患の１またはそれ以上の臨床症状の処置に有効な化合物を同定するための有用な標的を含む。さらに、特に蛋白が２またはそれ以上のサブユニットで構築された多量体蛋白である場合、異なる多型サブユニットの組み合わせは極めて有用である。
【０２０８】
薬物標的は、（ｉ）  本明細書に開示の遺伝子から誘導した単離された核酸、および  （ｉｉ）  本明細書に開示の遺伝子によりコードされている単離されたペプチドおよびポリペプチド［これらの各々は１またはそれ以上の多型位置を含む］を包含するが、これらに限定されない。
【０２０９】
インビトロスクリーニング方法
或る一連の態様では、１またはそれ以上の多型位置を含む単離された核酸を、配列特異的に被験化合物に結合する能力についてインビトロで試験する。その方法は、
（ｉ）多型位置に特定配列を含む第一の核酸および、それと同じ多型位置に異なる配列を持つ以外は第一の核酸と配列が同一である、第二の核酸を提供し；
（ｉｉ）それらの核酸を、結合にとって適当な条件下で多数の被験化合物と接触させ；そして、
（ｉｉｉ）第一または第二の核酸配列のいずれかと選択的に結合する化合物を同定する。
【０２１０】
本明細書で使用する選択的結合とは、任意の結合パラメータ、例えば結合親和性、結合能、等における任意の測定可能な相違を指す。
【０２１１】
別の一連の態様では、１またはそれ以上の多型位置を含む単離されたペプチドまたはポリペプチドを、配列特異的に被験化合物に結合する能力についてインビトロで試験する。そのスクリーニング方法は、
（ｉ）多型位置に特定配列を含む第一のペプチドまたはポリペプチドおよび、それと同じ多型位置に異なる配列を持つ以外は第一のペプチドまたはポリペプチドと配列が同一である、第二のペプチドまたはポリペプチドを提供し；
（ｉｉ）それらのポリペプチドを、結合にとって適当な条件下で多数の被験化合物と接触させ；そして、
（ｉｉｉ）核酸配列のうち一方と選択的に結合する化合物を同定する。
【０２１２】
好ましい態様では、ハイスループットスクリーニングプロトコルを用いて、上に開示した遺伝子またはペプチドと配列特異的に結合する能力について、多数の被験化合物を調査する。
【０２１３】
被験化合物は合成または天然化合物の大ライブラリーからスクリーニングされる。糖類、ペプチド、および核酸に基づく化合物の無作為および有向合成のため、現在多数の手段が使用されている。合成化合物ライブラリーは、Ｍａｙｂｒｉｄｇｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｔｒｅｖｉｌｌｅｔ，  Ｃｏｒｎｗａｌｌ，  ＵＫ）、Ｃｏｍｇｅｎｅｘ（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，  Ｎ．Ｊ．）、Ｂｒａｎｄｏｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ，  Ｎ．Ｈ．）、およびＭｉｃｒｏｓｏｕｒｃｅ（Ｎｅｗ  Ｍｉｌｆｏｒｄ，  Ｃｏｎｎ．）から市販品が入手できる。稀少な化学ライブラリーはＡｌｄｒｉｃｈ（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ，  Ｗｉｓ．）から入手できる。これとは別に、細菌、真菌、植物および動物抽出物の形の天然化合物のライブラリーが、例えばＰａｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｂｏｔｈｅｌｌ，  Ｗａｓｈ．）またはＭｙｃｏＳｅａｒｃｈ（Ｎ．Ｃ．）から入手でき、または容易に製造できる。加えて、天然および合成により製造したライブラリーおよび化合物は、化学的、物理的および生化学的手段によって容易に修飾できる。
【０２１４】
インビボスクリーニング方法
本明細書に開示の遺伝子の多型変異体を発現する無傷の細胞または動物全体を、心血管候補薬を同定するスクリーニング方法に使用できる。
【０２１５】
或る一連の態様では、特定の多型パターンを示す個体から永久セルラインを確立する。これとは別に、細胞（哺乳動物、昆虫、酵母、または細菌細胞を包含するがこれらに限定されない）を、適当なＤＮＡの導入により、１またはそれ以上の多型配列を含む遺伝子を発現するようプログラムする。候補化合物の同定は、（ｉ）  本明細書に開示の遺伝子によりコードされている蛋白の特定多型変異体に対する被験化合物の選択的結合を測定する検定；（ｉｉ）  本明細書に開示の遺伝子によりコードされている蛋白の、測定可能な活性または機能を修飾（即ち、阻害または増強）する、被験化合物の能力を測定する検定；および、（ｉｉｉ）  本明細書に開示の遺伝子のプロモーター（即ち調節）領域から誘導した配列の転写活性を修飾（即ち、阻害または増強）する、化合物の能力を測定する検定、を包含する（但しこれらに限定される訳ではない）任意の適当な検定を用いて達成できる。
【０２１６】
別の一連の態様では、（ｉ）  特定の多型位置に異なる配列を有する、本明細書に開示の１またはそれ以上のヒト遺伝子を、トランスジェニック動物のゲノム内に安定に挿入し；そして／または（ｉｉ）  本明細書に開示の内因性遺伝子を不活性化して、特定の多型位置に異なる配列を有する本明細書に開示のヒト遺伝子に置換した、トランスジェニック動物を作製する。例えば、Ｃｏｆｆｍａｎ，  Ｓｅｍｉｎ．  Ｎｅｐｈｒｏｌ．１７：４０４，  １９９７；  Ｅｓｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．  ７４：９５３，  １９９６；  Ｍｕｒａｋａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ  Ｐｒｅｓｓ．Ｓｕｐｐｌ．  ２：３６，  １９９６を参照されたい。このような動物を候補化合物で処置し、心血管状態の１またはそれ以上の臨床マーカーについて監視することができる。
【０２１７】
以下は、本発明の例示であるが、本発明の限定を意図したものでない。
材料および方法
特許出願ＷＯ９８１３５２３に記載のＰｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（登録商標）法を用いた患者ＤＮＡの遺伝子型同定：
【０２１８】
最初に、ＳＮＰのまわりの隣接領域を増幅するためにＰＣＲを計画する。このため、ゲノムＤＮＡ（患者試料）２ｎｇを、０，３−１ＵのＱｉａｇｅｎｓ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒ  Ｔａｑ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（登録商標）と共に７５−３２０ｂｐ  ＰＣＲ断片を生成するプライマーセット（２０−４０ｐｍｏｌ）と、総容量２０μＬで混合する。１つのプライマーを、配列決定プライマーの向きに応じてビオチニル化する。このビオチニル化プライマーの取り込みを強制するため、これを０，８倍で使用する。
【０２１９】
プライマー設計のため、Ｏｌｉｇｏ  ６（登録商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ）またはＰｒｉｍｅｒ  Ｓｅｌｅｃｔ（登録商標）（ＤＮＡ  Ｓｔａｒ）のようなプログラムを使用する。ＰＣＲセットアップをＱｉａｇｅｎ製のＢｉｏＲｏｂｏｔ  ３０００（登録商標）によって実施する。ＰＣＲはＢｉｏｍｅｔｒａ製Ｔ１またはＴｇｒａｄｉｅｎｔ  Ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｅｒｓ（登録商標）で行う。
【０２２０】
全ＰＣＲ反応をＰＳＱプレート（登録商標）（Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）に移し、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ由来のＳａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌ（登録商標）およびＳＮＰ  Ｒｅａｇｅｎｔキット（登録商標）を使用し説明書に従って調製する。
【０２２１】
Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（登録商標）のための鋳型の調製
ＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌを用いる試料の調製
１．ＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌ  Ｃｏｖｅｒを以下のようにＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌ上にかぶせる：  カバーを机上に置き、磁性ロッドホルダーからハンドルを離すことにより、４個の取り付けロッドを格納し、この磁性ロッドをカバープレートの穴にはめ、カチッという音が聞こえるまでハンドルを押し下げる。こうしてＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌは使用準備が整った。
【０２２２】
２．１つのプレートから別のプレートにビーズを移すため、被蓋したｔｏｏｌを試料の入ったＰＳＱ  ９６  Ｐｌａｔｅ内に入れ、ハンドルを磁性ロッドホルダーから離すことにより磁性ロッドを下げる。ｔｏｏｌを上下に数回動かし、その後３０−６０秒間待つ。選ばれた溶液の入った新たなＰＳＱ  ９６プレートにビーズを移す。
【０２２３】
３．磁性ロッドホルダーを持ち上げハンドルと一諸にすることによりビーズを解放する。ｔｏｏｌを上下に数回動かしてビーズが解放されたことを確認する。
別途記載の無い限り、全ての工程を室温で実施する。
【０２２４】
ＰＣＲ産物の固定化：
ビオチニル化ＰＣＲ産物をストレプトアビジン被覆Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｍ−２８０  Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ上に固定化する。幾つかの試料の平行固定化をＰＳＱ  ９６プレートで実施する。
【０２２５】
１．ＰＣＲ産物、２０μｌの充分最適化したＰＣＲを２５μｌの２Ｘ  ＢＷ−緩衝液ＩＩと混合する。Ｄｙｎａｂｅａｄｓ  ６０−１５０μｇを加える。Ｄｙｎａｂｅａｄｓと２Ｘ  ＢＷ−緩衝液ＩＩの混合物をＰＣＲ産物に加え、およそ１ｘの最終ＢＷ−緩衝液ＩＩ濃度を導くこともまた可能である。
２．６５℃で１５分間定速攪拌しつつインキュベートしてビーズの分散を維持する。３００ｂｐより長い断片を最適に固定化するため、３０分間のインキュベート時間を使用する。
【０２２６】
鎖の分離
４．鎖の分離のため、ＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｏｏｌを用いて、固定化試料を伴うビーズを、ウェルあたり５０μｌの０．５０Ｍ  ＮａＯＨを含むＰＳＱ  ９６  Ｐｌａｔｅに移す。ビーズを解放する。
【０２２７】
５．およそ１分後、固定化した鎖を伴うビーズを、ウェルあたり９９μｌの１ｘアニーリング緩衝液を含むＰＳＱ  ９６  Ｐｌａｔｅに移し、良く混合する。
【０２２８】
６．ウェルあたり１ｘアニーリング緩衝液および３−１５ｐｍｏｌｅの配列決定プライマーの混合物４５μｌを含むＰＳＱ  ９６  Ｐｌａｔｅにビーズを移す。
【０２２９】
７．ＰＳＱ  ９６  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐ  Ｔｈｅｒｍｏｐｌａｔｅで２分間８０℃に加熱し、室温に移行させる。
【０２３０】
８．室温に達した後、配列決定反応を継続する。
【０２３１】
配列決定反応
１．使用する方法（「ＳＮＰ法」）を選択し、ＰＳＱ  ９６  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ  Ｃｏｎｔｒｏｌソフトウェアに関連情報を入力する。
２．カートリッジとＰＳＱ  ９６  ＰｌａｔｅをＰＳＱ  ９６  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔに装着する。
３．ランを開始する。
【０２３２】
サービス請負業者による遺伝子型同定
Ｑｉａｇｅｎ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（以前はＲａｐｉｇｅｎｅ）が、患者試料のＳＮＰの遺伝子型同定のためのサービス請負業者である。彼等の方法はプライマー伸長法に基づくものであり、この方法では、異なるタグで標識した２個の相補的プライマーを、各遺伝子型について設計する。遺伝子型に応じて、ただ１個のプライマーが或るタグと共に伸長する。このタグは質量分析で検出でき、それぞれの遺伝子型の尺度である。この方法は以下の特許に記載されている：「核酸分子の検出と同定    非蛍光分光光度法または電位差測定法によって検出できるタグの使用」（ＷＯ９７２７３２５）。
【０２３３】
実施例
【表１】
2004154120.tif 000002
【０２３４】
患者と対照の人々はインフォームドコンセントに署名した。血液は医学的標準法に従い医師が採取した。
試料は匿名で採集し、患者番号を表示した。
ＤＮＡはＱｉａｇｅｎ製キットを用いて抽出した。
【０２３５】
第２ａ表：
質量分析を用いる遺伝子型同定に使用したオリゴヌクレオチドプライマー
ｂａｙＳＮＰ番号とは、ＣＡ  ＳＮＰの内部ナンバリングを指す。ゲノム断片の前増幅のため（プライマーＥＦおよびＥＲ）およびその後のＳＮＰのアレル特異的ＰＣＲのために、プライマー配列を以下に列挙する。
【０２３６】
【表２】
2004154120.tif 000003
【０２３７】
【表３】
2004154120.tif 000004
【０２３８】
【表４】
2004154120.tif 000005
【０２３９】
【表５】
2004154120.tif 000006
【０２４０】
【表６】
2004154120.tif 000007
【０２４１】
【表７】
2004154120.tif 000008
【０２４２】
【表８】
2004154120.tif 000009
【０２４３】
【表９】
2004154120.tif 000010
【０２４４】
【表１０】
2004154120.tif 000011
【０２４５】
【表１１】
2004154120.tif 000012
【０２４６】
【表１２】
2004154120.tif 000013
【０２４７】
【表１３】
2004154120.tif 000014
【０２４８】
【表１４】
2004154120.tif 000015
【０２４９】
【表１５】
2004154120.tif 000016
【０２５０】
【表１６】
2004154120.tif 000017
【０２５１】
第２ｂ表：
Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇを用いる遺伝子型同定に使用したオリゴヌクレオチドプライマーｂａｙＳＮＰ番号とは、ＣＡ  ＳＮＰの内部ナンバリングを指す。ゲノム断片の前増幅のためおよびｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法を用いるＳＮＰの配列決定のために、プライマー配列を以下に列挙する。
【０２５２】
【表１７】
2004154120.tif 000018
【０２５３】
【表１８】
2004154120.tif 000019
【０２５４】
【表１９】
2004154120.tif 000020
【０２５５】
第３表：ＣＡ  ＳＮＰおよび推定ＣＡ遺伝子
ｂａｙＳＮＰ番号とは、ＣＡ  ＳＮＰの内部ナンバリングを指す。本発明者等の共同研究で見出された種々の多型を以下に列挙する。さらに、以下の配列セクションに列挙したＣＡ遺伝子に対し最もホモローガスである遺伝子座の受理番号とその解説を記載する。ホモローガス遺伝子とそれらの受理番号は、当業者ならばＧｅｎｂａｎｋデータベースで見出すことができる。
【０２５６】
【表２０】
2004154120.tif 000021
【０２５７】
【表２１】
2004154120.tif 000022
【０２５８】
【表２２】
2004154120.tif 000023
【０２５９】
【表２３】
2004154120.tif 000024
【０２６０】
【表２４】
2004154120.tif 000025
【０２６１】
【表２５】
2004154120.tif 000026
【０２６２】
第４表：コホート
遺伝子型同定に使用した様々なコホートの名称（第５表で使用）および構成を以下に説明する。
【表２６】
2004154120.tif 000027
【０２６３】
第５表：コホートのサイズおよびＣＡ  ＳＮＰのｐ値
ｂａｙＳＮＰ番号はＣＡ  ＳＮＰの内部ナンバリングを指す。ＧＴＹＰＥ  ＰおよびＡ  ＰＶＡＬは、コホートＡとＢを比較した時の、カイ二乗検定により得られるｐ値を示す。ＧＴＹＰＥ  Ｐ（遺伝子型のｐ値）については、遺伝子型１１、１２または２２を持つコホートＡ中の患者数（ＦＱ１１Ａ、ＦＱ１２Ａ、ＦＱ２２Ａ）を、コホートＢ中のそれぞれの患者（ＦＱ１１Ｂ、ＦＱ１２Ｂ、ＦＱ２２Ｂ）と比較して、３ｘ２マトリックスでのカイ二乗検定を得た。Ａ  ＰＶＡＬ（アレルのｐ値）については、それぞれコホートＡおよびＢ中のアレル１および２のアレル数を比較した（２ｘ２マトリックスでのカイ二乗検定）。サイズＡおよびＢ：それぞれコホートＡおよびＢ中の患者数。コホートＡおよびＢの定義については第４表を参照されたい。
【０２６４】
【表２７】
2004154120.tif 000028
【０２６５】
【表２８】
2004154120.tif 000029
【０２６６】
【表２９】
2004154120.tif 000030
【０２６７】
【表３０】
2004154120.tif 000031
【０２６８】
【表３１】
2004154120.tif 000032
【０２６９】
【表３２】
2004154120.tif 000033
【０２７０】
第６表：相対的リスクに対するＣＡ  ＳＮＰの遺伝子型の相関
特定の患者の遺伝子型同定から診断上の結論を引き出すため、本発明者等は、各ＳＮＰの可能な３つの遺伝子型について相対リスクＲＲ１、ＲＲ２、ＲＲ３を算出した。遺伝子型の頻度を、
【表３３】
2004154120.tif 000034
として、
【表３４】
2004154120.tif 000035
を算出する。
【０２７１】
ここで、症例および対照の集団はそれぞれ任意の症例−対照−群の対、または悪い（症例）−良い（対照）−群の対を表す。ＲＲ１＞１、ＲＲ２＞１、およびＲＲ３＞１の値は、それぞれ遺伝子型１、遺伝子型２、および遺伝子型３を持つ個体についてのリスクの増大を示す。例えば、ＲＲ１＝３とは、遺伝子型２または３を持つ個体に比して、遺伝子型１を持つ個体のリスクが３倍であることを示す（相対リスク算出および統計学の詳細な説明は、Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，  Ｌ．Ｄ．Ｆｉｓｈｅｒ  ａｎｄ  Ｇ．ｖａｎＢｅｌｌｅ，  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ  １９９３に見出すことができる）。ｂａｙＳＮＰ番号は、ＣＡ  ＳＮＰの内部ナンバリングを指し、配列表に見出すことができる。
【０２７２】
【表３５】
2004154120.tif 000036
【０２７３】
【表３６】
2004154120.tif 000037
【０２７４】
【表３７】
2004154120.tif 000038
【０２７５】
【表３８】
2004154120.tif 000039
【配列表】
2004154120.tif 000040
2004154120.tif 000041
2004154120.tif 000042
2004154120.tif 000043
2004154120.tif 000044
2004154120.tif 000045
2004154120.tif 000046
2004154120.tif 000047
2004154120.tif 000048
2004154120.tif 000049
2004154120.tif 000050
2004154120.tif 000051
2004154120.tif 000052
2004154120.tif 000053
2004154120.tif 000054
2004154120.tif 000055
2004154120.tif 000056
2004154120.tif 000057
2004154120.tif 000058
2004154120.tif 000059
2004154120.tif 000060
2004154120.tif 000061
2004154120.tif 000062
2004154120.tif 000063
2004154120.tif 000064
2004154120.tif 000065
2004154120.tif 000066
2004154120.tif 000067
2004154120.tif 000068
2004154120.tif 000069
2004154120.tif 000070
2004154120.tif 000071
2004154120.tif 000072
2004154120.tif 000073
2004154120.tif 000074
2004154120.tif 000075
2004154120.tif 000076
2004154120.tif 000077
2004154120.tif 000078
2004154120.tif 000079
2004154120.tif 000080
2004154120.tif 000081
2004154120.tif 000082
2004154120.tif 000083
2004154120.tif 000084
2004154120.tif 000085
2004154120.tif 000086
2004154120.tif 000087
2004154120.tif 000088
2004154120.tif 000089
2004154120.tif 000090
2004154120.tif 000091
2004154120.tif 000092
2004154120.tif 000093
2004154120.tif 000094
2004154120.tif 000095
2004154120.tif 000096
2004154120.tif 000097
2004154120.tif 000098
2004154120.tif 000099
2004154120.tif 000100
2004154120.tif 000101
2004154120.tif 000102
2004154120.tif 000103
2004154120.tif 000104
2004154120.tif 000105
2004154120.tif 000106
2004154120.tif 000107
2004154120.tif 000108
2004154120.tif 000109
2004154120.tif 000110
2004154120.tif 000111
2004154120.tif 000112
2004154120.tif 000113
2004154120.tif 000114
2004154120.tif 000115
2004154120.tif 000116
2004154120.tif 000117
2004154120.tif 000118
2004154120.tif 000119
2004154120.tif 000120
2004154120.tif 000121
2004154120.tif 000122
【外国語明細書】
2004154120.tif 000123
2004154120.tif 000124
2004154120.tif 000125
2004154120.tif 000126
2004154120.tif 000127
2004154120.tif 000128
2004154120.tif 000129
2004154120.tif 000130
2004154120.tif 000131
2004154120.tif 000132
2004154120.tif 000133
2004154120.tif 000134
2004154120.tif 000135
2004154120.tif 000136
2004154120.tif 000137
2004154120.tif 000138
2004154120.tif 000139
2004154120.tif 000140
2004154120.tif 000141
2004154120.tif 000142
2004154120.tif 000143
2004154120.tif 000144
2004154120.tif 000145
2004154120.tif 000146
2004154120.tif 000147
2004154120.tif 000148
2004154120.tif 000149
2004154120.tif 000150
2004154120.tif 000151
2004154120.tif 000152
2004154120.tif 000153
2004154120.tif 000154
2004154120.tif 000155
2004154120.tif 000156
2004154120.tif 000157
2004154120.tif 000158
2004154120.tif 000159
2004154120.tif 000160
2004154120.tif 000161
2004154120.tif 000162
2004154120.tif 000163
2004154120.tif 000164
2004154120.tif 000165
2004154120.tif 000166
2004154120.tif 000167
2004154120.tif 000168
2004154120.tif 000169
2004154120.tif 000170
2004154120.tif 000171
2004154120.tif 000172
2004154120.tif 000173
2004154120.tif 000174
2004154120.tif 000175
2004154120.tif 000176
2004154120.tif 000177
2004154120.tif 000178
2004154120.tif 000179
2004154120.tif 000180
2004154120.tif 000181
2004154120.tif 000182
2004154120.tif 000183
2004154120.tif 000184
2004154120.tif 000185
2004154120.tif 000186
2004154120.tif 000187
2004154120.tif 000188
2004154120.tif 000189
2004154120.tif 000190
2004154120.tif 000191
2004154120.tif 000192
2004154120.tif 000193
2004154120.tif 000194
2004154120.tif 000195
2004154120.tif 000196
2004154120.tif 000197
2004154120.tif 000198
2004154120.tif 000199
2004154120.tif 000200
2004154120.tif 000201
2004154120.tif 000202
2004154120.tif 000203
2004154120.tif 000204
2004154120.tif 000205
2004154120.tif 000206
2004154120.tif 000207
2004154120.tif 000208
2004154120.tif 000209
2004154120.tif 000210
2004154120.tif 000211
2004154120.tif 000212
2004154120.tif 000213
2004154120.tif 000214
2004154120.tif 000215
2004154120.tif 000216
2004154120.tif 000217
2004154120.tif 000218
2004154120.tif 000219
2004154120.tif 000220
2004154120.tif 000221
2004154120.tif 000222
2004154120.tif 000223
2004154120.tif 000224
2004154120.tif 000225
【配列表】
2004154120.tif 000226
2004154120.tif 000227
2004154120.tif 000228
2004154120.tif 000229
2004154120.tif 000230
2004154120.tif 000231
2004154120.tif 000232
2004154120.tif 000233
2004154120.tif 000234
2004154120.tif 000235
2004154120.tif 000236
2004154120.tif 000237
2004154120.tif 000238
2004154120.tif 000239
2004154120.tif 000240
2004154120.tif 000241
2004154120.tif 000242
2004154120.tif 000243
2004154120.tif 000244
2004154120.tif 000245
2004154120.tif 000246
2004154120.tif 000247
2004154120.tif 000248
2004154120.tif 000249
2004154120.tif 000250
2004154120.tif 000251
2004154120.tif 000252
2004154120.tif 000253
2004154120.tif 000254
2004154120.tif 000255
2004154120.tif 000256
2004154120.tif 000257
2004154120.tif 000258
2004154120.tif 000259
2004154120.tif 000260
2004154120.tif 000261
2004154120.tif 000262
2004154120.tif 000263
2004154120.tif 000264
2004154120.tif 000265
2004154120.tif 000266
2004154120.tif 000267
2004154120.tif 000268
2004154120.tif 000269
2004154120.tif 000270
2004154120.tif 000271
2004154120.tif 000272
2004154120.tif 000273
2004154120.tif 000274
2004154120.tif 000275
2004154120.tif 000276
2004154120.tif 000277
2004154120.tif 000278
2004154120.tif 000279
2004154120.tif 000280
2004154120.tif 000281
2004154120.tif 000282
2004154120.tif 000283
2004154120.tif 000284
2004154120.tif 000285
2004154120.tif 000286
2004154120.tif 000287
2004154120.tif 000288
2004154120.tif 000289
2004154120.tif 000290
2004154120.tif 000291
2004154120.tif 000292
2004154120.tif 000293
2004154120.tif 000294
2004154120.tif 000295
2004154120.tif 000296
2004154120.tif 000297
2004154120.tif 000298
2004154120.tif 000299
2004154120.tif 000300
2004154120.tif 000301
2004154120.tif 000302
2004154120.tif 000303
2004154120.tif 000304
2004154120.tif 000305
2004154120.tif 000306
2004154120.tif 000307
2004154120.tif 000308
2004154120.tif 000309