(57)【要約】【課題】遺伝子あるいはタンパク質が名前以外では検索できないなどの生物情報データベースの検索を行う際の問題を解決するような生物情報検索システム及び検索方法を提供する。【解決手段】ユーザから生物情報データベースへの問合せを受け取ったユーザ入力受付部１１がユーザクエリ１１１を生成し、クエリ生成部１２が生物情報データベースクエリ１２１を生成し、生物情報データベース検索部１３が実際に生物情報データベース９９９の検索を行って、生物情報データベース検索結果１３３を出力し、検索結果解析部１４が検索結果の解析を行って解析結果１４２を出力し、出力制御部１５が、解析結果を受けて順次出力を行うとともに未検索分について再検索クエリ１５１を生成してクエリ生成部１２に送り、出力情報指定保持部１６が、検索結果の抽出及び出力に関する条件をあらかじめ保持しておく。【選択図】      図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ユーザから生物情報データベースへの問合せを受け取ってユーザクエリを生成して出力するユーザ入力受付部と、
前記ユーザクエリあるいは後記再検索クエリを受けて、実際に生物情報データベースを検索するための生物情報データベースクエリを生成して出力するクエリ生成部と、
前記生物情報データベースクエリに従って実際に生物情報データベースの検索を行って、検索結果を出力する生物情報データベース検索部と、
前記生物情報データベース検索部が出力する前記検索結果の解析を行って、解析結果を出力する検索結果解析部と、
前記解析結果を受けて解析結果を出力情報として出力を行うとともに再検索を行うための再検索クエリを生成して前記クエリ生成部に送る出力制御部と、
検索結果の抽出及び解析結果の出力に関する条件をあらかじめ保持しておき、これを前記検索結果解析部及び前記出力制御部に送る出力情報指定保持部とを有することを特徴とする生物情報検索システム。
【請求項２】
さらに、検索結果の抽出及び解析結果の出力に関する条件をユーザから受け取って前記出力情報指定保持部に送る出力情報設定部を有し、前記出力情報指定保持部が、前記出力情報設定部を介して得た情報を保持する機能を有する、請求項１に記載の生物情報検索システム。
【請求項３】
ユーザから生物情報データベースへの問合せ及び出力情報指定を受け取ってユーザクエリを生成し、ユーザクエリ及び出力情報指定を出力する第２のユーザ入力受付部と、
前記ユーザクエリに従って生物情報データベースの検索手順を設定し、生物情報データベースクエリリストとして出力する検索手順設定部と、
前記生物情報データベースクエリリスト及び前記出力情報指定に従って生物情報データベースの検索及び解析を制御し、解析完了時に結果を出力情報として出力する生物情報データベース検索制御部と、
前記生物情報データベースクエリに従って実際に生物情報データベースの検索を行って、検索結果を出力する生物情報データベース検索部と、
前記生物情報データベース検索部が出力する前記検索結果の解析を行って、解析結果を出力する検索結果解析部と、
検索結果の抽出に関する条件をあらかじめ保持しておき、これを前記検索結果解析部に送る出力情報指定保持部とを有することを特徴とする生物情報検索システム。
【請求項４】
さらに、前記出力制御部及び前記生物情報データベース検索制御部のいずれかが出力する前記出力情報を受け取り、これを用いて文献データベースの検索を行って、文献検索結果を出力する文献データベース検索部を有する、請求項１から請求項３のいずれか１項に記載の生物情報検索システム。
【請求項５】
さらに、前記文献検索結果を受けて所定の情報を抽出して文献検索解析結果を出力する文献検索結果解析部を有する、請求項４に記載の生物情報検索システム。
【請求項６】
さらに、前記文献検索解析結果を受け、所定の書式に整形して出力する整形出力部を有する、請求項５に記載の生物情報検索システム。
【請求項７】
さらに、前記出力制御部及び前記生物情報データベース検索制御部のいずれかが出力する前記出力情報を受け取り、遺伝子名及びタンパク質名の補完を行う検索キーワード補完部を有する、請求項４から請求項６のいずれか１項に記載の生物情報検索システム。
【請求項８】
ユーザ入力受付部で、ユーザから生物情報データベースへの問合せを受け取ってユーザクエリを生成して出力し、
クエリ生成部で、前記ユーザクエリあるいは後記再検索クエリを受けて、実際に生物情報データベースを検索するための生物情報データベースクエリを生成して出力し、
生物情報データベース検索部で、前記生物情報データベースクエリに従って実際に生物情報データベースの検索を行って、検索結果を出力し、
検索結果解析部で、出力情報指定保持部が保持する検索結果の抽出条件に従って前記検索結果の解析を行って、解析結果を出力し、
出力制御部で、出力情報指定保持部が保持する解析結果の出力条件に従って、前記解析結果を受けて出力情報として出力を行うとともに、未検索分について再検索を行うための再検索クエリを生成して前記クエリ生成部に送る、各ステップを有することを特徴とする生物情報検索方法。
【請求項９】
さらに、出力情報設定部で検索結果の抽出及び解析結果の出力に関する条件をユーザから受け取って、前記出力情報指定保持部に保持するステップを有する、請求項８に記載の生物情報検索方法。
【請求項１０】
前記出力制御部での前記出力情報の出力が、解析結果を受けて順次行われる、請求項８または請求項９に記載の生物情報検索方法。
【請求項１１】
前記出力制御部での前記出力情報の出力が、入力した前記解析結果を保持しておき、再検索完了時に一括して行われる、請求項８または請求項９に記載の生物情報検索方法。
【請求項１２】
ユーザ入力受付部で、ユーザから生物情報データベースへの問合せとユーザ出力情報の指定を受け取ってユーザクエリと出力指定情報とを生成して出力し、
検索手順設定部で、前記ユーザクエリに従って生物情報データベースの検索手順を設定し、生物情報データベースクエリリストおよびユーザクエリ情報として出力し、
生物情報データベース検索制御部で、前記生物情報データベースクエリリスト及び出力情報指定に従って生物情報データベースの検索を制御する生物情報データベースクエリを生成して出力し、
生物情報データベース検索部で、前記生物情報データベースクエリに従って実際に生物情報データベースの検索を行って、検索結果を出力し、
検索結果解析部で、出力情報指定保持部が保持する検索結果の抽出条件に従って前記検索結果の解析を行って、解析結果を出力し、
生物情報データベース検索制御部で、前記解析結果を受けて前記出力指定情報の指定する出力条件に従って出力情報として出力する、各ステップを有することを特徴とする生物情報検索方法。
【請求項１３】
さらに、文献データベース検索部が前記出力情報を受け取り、これを用いて文献データベースの検索を行って、文献検索結果を出力するステップを有する、請求項８から請求項１２のいずれか１項に記載の生物情報検索方法。
【請求項１４】
さらに、文献検索結果解析部が前記文献検索結果を受け取って、所定の情報を抽出して文献検索解析結果を出力するステップを有する、請求項１３に記載の生物情報検索方法。
【請求項１５】
さらに、整形出力部が前記文献検索解析結果を受け取り、所定の書式に整形して出力するステップを有する、請求項１４に記載の生物情報検索方法。
【請求項１６】
さらに、検索キーワード補完部が前記出力情報を受け取って、遺伝子名及びタンパク質名の補完を行うステップを有する、請求項８から請求項１５のいずれか１項に記載の生物情報検索方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、生物情報データベースの検索システム及び検索方法に関し、特に別名の取得とこれを用いた文献検索の改良に関する。
【０００２】
【従来の技術】
医学、薬学、分子生物学等の分野においては、疾患原因と発症メカニズムの解明、治療薬の開発、生物学的発見等を目的として、これまでに多くの遺伝子やタンパク質の構造や機能が解明されてきた。また、生物の発生・成長メカニズムや生体機能を細胞レベルで明らかにすべく、ヒト、マウス、ラット、線虫、イネ等様々な生物種について、ゲノム、すなわち全ＤＮＡの塩基配列を解明する研究も盛んに行われている。ゲノム解明が進むとともに、遺伝子の持つ情報に従って生成されるタンパク質を解明する研究も急速に進展している。
【０００３】
このような遺伝子及びタンパク質の研究を通じて、遺伝子の塩基配列、染色体上の位置、類似の遺伝子、突然変異、タンパク質を構成するアミノ酸の配列や立体構造等、膨大なデータが得られており、各種の生物情報データベースが構築されている。
【０００４】
よく知られ、研究者に頻繁に利用されている生物情報データベースとして、米国の生物工学情報センター（ＮＣＢＩ：Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ。以下、ＮＣＢＩ  と略す）のＥｎｔｒｅｚ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／）がある。日本の国立遺伝学研究所、ヨーロッパ分子生物学研究所（ＥＭＢＬ：Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ。以下、ＥＭＢＬと略す）の中の  ＥＢＩ（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ。以下、ＥＢＩと略す）等も、遺伝子及びタンパク質の配列の情報を中心に収めたデータベースを提供している。  ＮＣＢＩが提供するＬｏｃｕｓＬｉｎｋ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ／）、タンパク質中心のＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  （ｈｔｔｐ：／／ｋｒ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｓｐｒｏｔ／）  等も、よく利用されるデータベースである。
【０００５】
このような状況において、医学、薬学、分子生物学等の分野の研究者は、上述のような生物情報データベースを活用することが必須となっている。例えば、疾患関連遺伝子の研究において、診断に利用できる遺伝子を特定する目的で患者と健常者の遺伝子発現を比較するような場合、予想外の遺伝子が発現し、その遺伝子に関わる詳しい情報をデータベースで調べる必要が生じることは珍しくない。新しい遺伝子を探す研究においては、ＤＮＡの断片が得られた場合、新規遺伝子かどうかは、既知のＤＮＡに配列が一致するものがないかをデータベースで検索することによって判断が可能となる。ある遺伝子がどのような機能をもったタンパク質を生成させるかの研究においては、注目する遺伝子の配列をデータベースで調べ、配列の一部を化学合成した後、ポリメラーゼ伸張反応によって注目する遺伝子の配列を含むようなＤＮＡを作り、タンパク質を生成させて、相互作用や電気的特性を測る等の実験を行う。これらは生物情報データベースを利用するごく一部の例であり、研究者は、生物情報データベースから様々な情報を得ながら研究を行っている。また、新規に得た知見はデータベースに登録するのが通例であり、そのため、生物情報データベースは、毎日ないし毎週程度の頻度で更新され続けている。
【０００６】
上述のようなデータベース検索において、キーワードとして問い合わせる語および句をクエリまたはクエリ−バイエグザンプル（ＱＢＥ）と呼ぶがここではクエリと称する。
【０００７】
研究者にとっては、前述のような遺伝子あるいはタンパク質の情報だけでなく、学術論文、書籍、特許文書等、文献の情報を得ることも、研究の中で非常に大きな比重を占めている。特に、世界中で発行される学術雑誌に掲載される論文を読むことは、既存の知見や、自分の研究分野における最新動向、あるいは、実験手法を知るためにも不可欠である。
【０００８】
ＰｕｂＭｅｄ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｑｕｅｒｙ．ｆｃｇｉ？ｄｂ＝ＰｕｂＭｅｄ）  は、ＮＣＢＩ  が全世界に対して無償で提供する生物医学文献データベースから生物医学文献を検索するためのツールであり、世界中の研究者により、極めて幅広くかつ頻繁に利用されている。ＰｕｂＭｅｄデータベースの中核となるＭＥＤＬＩＮＥ  （Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ，  Ａｎａｌｙｓｉｓ，  ａｎｄ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｏｎｌｉｎｅ）  は、医学、薬学、生物学等の分野の、アメリカをはじめとする７０以上の国で出版された４０以上の言語に渉る４６００以上の雑誌の文献を収録し、１９６０年代半ばから現在に至るまで、１１００万件以上のデータを収録している。また、新規の文献は原則的に毎日追加更新されている。研究者は、ＰｕｂＭｅｄ  を用い、遺伝子やタンパク質の名前、著者名等のキーワードで検索を行うことにより、関連する文献のリストを得ることができる。興味のある文献のリンクをたどることにより、雑誌記事の要約を読むことができ、全文についても、研究者の所属組織が契約してあれば、さらにリンクをたどることによって読むことが可能になっている。
【０００９】
【非特許文献１】
Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｉｓｓｕｅｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ３  （２００１）  ｐｐ．４７−５５
【非特許文献２】
Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ，  １６４  （２００１）  ｐｐ．１３１７−１３１９
【００１０】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、前述のような従来のシステムでは、次のような問題がある。第一の問題点は、検索を行う研究者の知る遺伝子あるいはタンパク質の名前だけでは、検索結果に漏れが生じることがある点である。
【００１１】
生物情報データベースを検索する際には、キーワードとして遺伝子あるいはタンパク質の名前が多く用いられる。しかし、新たに見つかった遺伝子及びタンパク質の名前に関しては、発見した研究者が各々独自の名前を付けるため、全体として名前の統一が図られていない。また、相同性の高い遺伝子あるいはタンパク質であっても、生物種が異なると、まったく別の名前がつけられていることがある。さらに、既知の遺伝子やタンパク質について新しい知見が得られ、機能に即した名前が新たに付けられたり、類似の遺伝子あるいはタンパク質を総称するような名前が新たに付けられたりすることがある。これらのことから、同じ遺伝子あるいはタンパク質に対して複数の名前が存在し、生物情報データベースでの登録名も一様でないことから、研究者個人が知っている遺伝子あるいはタンパク質の名前だけでは検索しきれないという問題、つまり検索漏れが生じる。
【００１２】
複数ある既存の生物情報データベースにおいて、遺伝子やタンパク質の名前の記述形式が一定でないことも、検索結果に漏れを生じさせる大きな要因となっている。例えば、酵素の名前のひとつである「Ｃａｒｂｏｎｉｃ  Ａｎｈｙｄｒａｓｅ  １」は、その略記として、「ＣＡ１」、「ＣＡ  １」、「ＣＡ−１」等、数通りの書き方があり、アラビア数字の「１」の代わりにローマ数字の「Ｉ」が用いられることもある。検索を行う生物情報データベースで用いられている表記を検索キーワードとして指定しなければ、やはり、検索結果に漏れが生じる。
【００１３】
以上のような検索漏れの問題は、さらに深刻な問題を引き起こす。例えば、研究者がある遺伝子やタンパク質の研究を行っているとき、自分が知る名前で既知のデータが検索されないと、登録がなされていない、つまり研究対象が新規遺伝子あるいは新規タンパク質であると勘違いし、実験によりその遺伝子やタンパク質の試料作成を行ってしまうため、時間、労力、費用の無駄を生じる恐れがある。このような問題を避けるために、研究者は、複数の生物情報データベースでの検索を行い、あるデータベースで遺伝子の別名を得て、さらに別名で検索を行うといった作業を強いられる。これは、研究者にとって大きな負担となっている。
【００１４】
第二の問題点は、いくつかの生物情報データベースを検索する際には、原則として遺伝子あるいはタンパク質の名前を用いなければならない点である。
【００１５】
遺伝子やタンパク質には、ＮＣＢＩや日本ＤＮＡデータバンクＤＤＢＪ  （ＤＮＡ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ。以下、ＤＤＢＪ  と略す）等の生物情報データベースに登録した際、データベースにおけるＩＤとして、アクセッション番号と呼ばれる番号が付与される。このアクセッション番号は、生物情報データベースごとに独自の体系であるため、同じ遺伝子あるいはタンパク質であってもデータベースによって異なっている。このことから、複数の生物情報データベースを検索する場合、アクセッション番号では検索できないことがある。よく利用される既存の生物情報データベースを対象として、名前やアクセッション番号の異なる体系を統合する試みも始まっているが、実用にはまだ遠く、研究論文では慣用名も多く用いられるため、困難な状況と言わざるをえない。
【００１６】
多くの生物情報データベースで、配列や分子量等、名前以外の生物情報で検索を行えない問題もある。例えば、アクセッション番号から文献を検索しようとする際には、従来の手法では、文献検索を行う前に、ＮＣＢＩのＥｎｔｒｅｚデータベースでアクセッション番号を検索し、その遺伝子あるいはタンパク質の名前を調べておかなくてはならない。これは使用者にとって大きな負担である。また、新規の遺伝子あるいはタンパク質の候補となる試料を得た場合は、まだ名前やアクセッション番号が付けられていない可能性があるため、まずは、塩基あるいはアミノ酸配列を用いてデータベースの検索を行うのが一般的である。
【００１７】
従来の手法では、塩基あるいはアミノ酸配列の相同性を調べるツールであるＢＬＡＳＴ（Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ。以下、ＢＬＡＳＴと略す）を用い、相同性のある遺伝子あるいはタンパク質を調べた後、その結果から、研究者が遺伝子やタンパク質の名前を読み取り、ＰｕｂＭｅｄのような文献検索ツールにキーワードとして名前を手入力して検索を行っていた。これら一連の作業は、研究者にとって少なからぬ負担であった。
【００１８】
本発明の目的は、検索を行う研究者の知る遺伝子あるいはタンパク質の名前だけで検索を行っても、検索結果の漏れが生じにくい生物情報検索システム及び検索方法を提供することにある。
【００１９】
本発明の別の目的は、遺伝子あるいはタンパク質の名前以外を検索キーワードにしても、これらの名前以外で検索できない生物情報データベースまで検索を行うような、生物情報検索システム及び検索方法を提供することにある。
【００２０】
さらに、本発明の別の目的は、以上のような生物情報検索システム及び検索方法を提供することにより、研究者が生物情報データベースを研究する際の負担を軽減することにある。
【００２１】
【課題を解決するための手段】
本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、ユーザ入力受付部を有することから、ユーザから生物情報データベースへの問合せを受け取ってユーザクエリを生成して出力することができ、クエリ生成部を有することから、ユーザクエリあるいは後記の再検索クエリを受けて、実際に生物情報データベースを検索するための生物情報データベースクエリを生成して出力することができ、生物情報データベース検索部を有することから、生物情報データベースクエリに従って実際に生物情報データベースの検索を行って検索結果を出力することができ、検索結果解析部を有することから、生物情報データベース検索部が出力する検索結果の解析を行って、解析結果を出力することができ、出力制御部を有することから、検索結果を受けて出力情報の出力を行うとともに再検索を行うための再検索クエリを生成してクエリ生成部に送ることができ、出力情報指定保持部を有することから、検索結果の抽出及び解析結果の出力に関する条件をあらかじめ保持しておき、これを検索結果解析部及び出力制御部に送ることができる。
【００２２】
さらに、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、出力情報設定部を有することから、検索結果の抽出及び解析結果の出力に関する条件をユーザから受け取って出力情報指定保持部に送ることができ、出力情報指定保持部が、出力情報設定部を介して得た情報を保持することができる。
【００２３】
さらに、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、出力制御部が、解析結果を順次出力情報として出力することもでき、あるいは解析結果を保持しておくことにより、再検索完了時に一括して出力情報の出力を行うことができる。
【００２４】
また、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、生物情報データベース検索部、検索結果解析部、出力情報指定保持部に加えて、第２のユーザ入力受付部を有することから、ユーザから生物情報データベースへの問合せ及び出力情報指定を受け取ってユーザクエリを生成し、ユーザクエリ及び出力情報指定を出力することができ、検索手順設定部を有することから、ユーザクエリに従って生物情報データベースの検索手順を設定し、生物情報データベースクエリリストとして出力することができ、生物情報データベース検索制御部を有することから、生物情報データベースクエリリスト及び出力情報指定に従って生物情報データベースの検索を制御し、検索・解析完了時に結果を出力情報として出力することができる。
【００２５】
さらに、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、上記の手段に加えて、文献データベース検索部を有することにより、出力制御部あるいは生物情報データベース検索制御部が出力する出力情報を受け取り、これを用いて文献データベースの検索を行って、文献検索結果を出力することができる。
【００２６】
さらに、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、上記の手段に加えて、文献検索結果解析部を有することにより、文献検索結果を受けて所定の情報を抽出して文献検索解析結果を出力することができる。
【００２７】
さらに、本発明の検索システム及び検索方法は、上記の手段に加えて、整形出力部を有することにより、文献検索解析結果を受け、所定の書式に整形して出力することができる。
【００２８】
さらに、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、上記の手段に加えて、文献検索キーワード補完部を有することにより、出力制御部及び生物情報データベース検索制御部が出力する出力情報を受け取り、遺伝子及びタンパク質の名前の補完を行うことができる。
【００２９】
【発明の実施の形態】
本発明の実施の形態について、図面を参照して詳細に説明する。図１のブロック構成図を参照すると、本発明の第一の実施形態としての生物情報検索システム及び検索方法が示されている。
【００３０】
図１に示すように、本発明の生物情報検索システム及び検索方法は、ユーザ入力受付部１１と、クエリ生成部１２と、生物情報データベース検索部１３と、検索結果解析部１４と、出力制御部１５と、出力情報指定保持部１６からなる。
【００３１】
ユーザ入力受付部１１は、ユーザ入力１０１を受け取る。ユーザ入力１０１は、例えば、遺伝子あるいはタンパク質の名前、アクセッション番号、塩基あるいはアミノ酸配列等の、生物情報データベースへの検索キーワードを含んでいる。
【００３２】
ユーザ入力受付部１１は、例えば、ユーザ入力１０１の種類に応じた入力欄を備えることにより、ユーザ入力１０１が含んでいる検索キーワードそれぞれに種類を対応付ける。あるいは、ユーザ入力受付部１１は、入力の種類に応じた書式・形式を保持しており、アクセッション番号の形式、あるいは配列とその要素の記述形式等に基づいて、ユーザ入力１０１が含む検索キーワードに種類を対応付ける。ここで、検索キーワードの種類を１つに特定できない入力は、ユーザ入力１０１がとりうるすべての種類に対応付ける。
【００３３】
以上のように、ユーザ入力部１１は、ユーザ入力１０１が含む検索キーワードそれぞれに種類を対応付けた後、検索キーワードとその種類の組のリストとして、ユーザクエリ１１１をクエリ生成部１２に送る。
【００３４】
クエリ生成部１２は、ユーザ入力受付部１１から、ユーザクエリ１１１を受け取る。
【００３５】
クエリ生成部１２は、各種データベースの所在と問い合わせ可能な情報の種類を組にして、データベース情報として保持している。クエリ生成部１２は、さらに、データベース情報に対応する検索済みフラグのテーブルをもっている。クエリ生成部１２は、ユーザクエリ１１１を受け取ると、すべての検索済みフラグを未検索の状態に初期化する。続いて、ユーザクエリ１１１が含む情報の種類とデータベース情報が含む情報の種類を比較し、問合せを行う生物情報データベースの所在を決定する。ここで、データベースの所在は、例えばＵＲＬ（Ｕｎｉｆｏｒｍ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｌｏｃａｔｏｒ。以下、ＵＲＬと略す）で表すことができる。
【００３６】
これら、生物情報データベースの所在、検索キーワードとその種類から、クエリ生成部１２は、実際にデータベース検索を行うための生物情報データベースクエリ１２１を生成し、生物情報データベース検索部１３に送る。このとき、クエリ生成部１２は、生物情報データベースクエリ１２１で検索を行うデータベースとデータの種類について、検索済みフラグを検索済みに変更する。
【００３７】
生物情報データベース検索部１３は、クエリ生成部１２から、生物情報データベースクエリ１２１を受け取ると、これを問合せ１３１として指定された生物情報データベース９９９に送信し、生物情報データベース９９９から検索結果１３２を受け取ると、その結果を生物情報データベース検索結果１３３として検索結果解析部１４に送る。
【００３８】
生物情報データベース９９９のサーバのエラーが発生した場合は、検索結果１３２の内容からエラーであることがわかり、また、所定時間内に検索結果１３２が得られなければ、通信障害が発生したことがわかる。これらのエラーが生じた場合、生物情報データベース検索部１３は、クエリ生成部１２にエラー情報１３４を送る。もちろん、所定回数の再検索を行っても検索結果１３２が得られない時にエラー情報１３４を送ってもよく、これには再検索を行う回数をあらかじめ与え、エラー発生時に再検索を繰り返すようにしておけばよい。クエリ生成部１２はエラー情報１３４を受け取ると、検索済みフラグを未検索の状態に戻す。
【００３９】
検索結果解析部１４は、生物情報データベース検索部１３から、生物情報データベース検索結果１３３を受け取ると、出力情報指定保持部１６に抽出条件要求１４１を送る。抽出条件要求１４１は、生物情報データベース検索結果１３３に基づいて、例えば、どの生物情報データベースの検索を行ったか、どの種類のデータを検索したか等の情報を含む。出力情報指定保持部１６は抽出条件要求１４１の内容に応じた抽出条件１６１を検索結果解析部１４に返す。抽出条件１６１は、各データベースの検索結果について、出力として用いる部分を特定するための情報や抽出のルール、検索しても結果が得られない場合に各生物情報データベースが返す情報の書式等を含む。検索結果解析部１４は、抽出条件１６１の内容に従って、生物情報データベース検索結果１３３から、データベースの種類、検索キーワードとその種類のリストを抽出し、解析結果１４２として、出力制御部１５に送る。
【００４０】
出力制御部１５は、検索のはじめに出力情報指定保持部１６から出力情報指定１６２を受け取り、これを出力フラグセットとして保持する。出力情報指定１６２は、データベースとその出力の種類の各組に対応する出力フラグの初期値を含む。
【００４１】
出力制御部１５は、検索結果解析部１４から解析結果１４２を受け取ると、これを保持するとともに、解析結果１４２が出力情報指定１６２で指定するデータベースと情報の種類の組を含むかどうかを調べる。解析結果１４２が出力情報指定１６２で指定する内容を含むならば、出力フラグセット中で該当するフラグを、結果取得済みを示す値に変更する。
【００４２】
出力情報指定１６２で指定された結果がすべて得られたとき、すなわち、出力フラグセットの全フラグがすべて結果取得済みとなったとき、出力制御部１５は、出力１５２として保持しておいたすべての解析結果１４２を一括して出力する。出力すべき内容が全部得られていないとき、つまり、出力フラグセットの中に結果取得済みでないものがある場合には、保持しているすべての解析結果１４２から検索キーワードとその種類の情報を組にして抽出し、その組のリストを、再検索クエリ１５１としてクエリ生成部１２に送る。
【００４３】
出力制御部１５の別の形態として、解析結果１４２を逐次出力するようにしてもよい。それには、受け取った解析結果１４２を、受け取るたびに出力１５２として出力しつつ、上述のような出力フラグセットの変更も行う。出力すべき内容が全部得られていないとき、つまり、出力フラグの中に結果取得済みでないものがある場合には、保持しているすべての解析結果１４２から検索キーワードとその種類を組にして抽出し、その組のリストを、再検索クエリ１５１としてクエリ生成部１２に送る。出力すべき内容が全部得られたとき、つまり、出力フラグセットの全フラグが検索済みとなったとき、検索を完了する。このとき検索完了を示す情報を出力すれば、利用者に検索完了を明示することが可能になる。
【００４４】
再検索クエリ１５１を受け取った後のクエリ生成部１２での処理は、再検索クエリ１５１の内容がユーザクエリ１１１の内容に置き換わったとすれば前述と同様であり、それ以降の生物情報データベース検索部１３、検索結果解析部１４、出力制御部１５の各処理も同様である。ただし、再検索クエリ１５１を受け取ったとき、クエリ生成部１２は、検索済みフラグの初期化は行わず、検索済みフラグが検索済みの情報の組に対しては、生物情報データベースクエリ１２１の内容を、検索済みであることを示す情報に変更する。また、再検索クエリ１５１が含むすべての組で検索が既に行われていた場合、クエリ生成部１２は、検索完了情報１２２を出力制御部１５に送る。出力制御部１５は、検索完了情報１２２を受け取ると、出力フラグセットの状態に関わらず、出力１５２として保持しておいたすべての解析結果１４２を一括して出力する。あるいは、検索を完了する。もちろん、このとき検索完了を示す情報を出力してもよい。
【００４５】
出力情報指定保持部１６は、前述のような抽出条件１６１をあらかじめ保持しており、検索結果解析部１４から抽出条件要求１４１を受け取ると、これを検索結果解析部１４に抽出条件１６１として送る。
【００４６】
また、出力情報指定保持部１６は、前述のような出力情報指定１６２をあらかじめ保持しており、出力制御部１５がユーザクエリ１１１に基づく最初の解析結果１４２を受け取るとき、出力情報指定保持部１６は、出力制御部１５に出力情報指定１６２を送る。
【００４７】
図２のフローチャートを参照すると、ユーザ入力受付部１１の処理の詳細が示されている。ユーザ入力受付部１１はユーザ入力１０１を受け取ると、まず、ユーザ入力１０１が含む検索キーワードに対して、その種類を対応付ける。ユーザ入力受付部１１は、前述のような入力の種類に応じた入力欄を持っている。この欄の違いから、ユーザ入力１０１が含んでいる検索キーワードそれぞれに種類を対応付ける。
【００４８】
ユーザ入力受付部１１の別の形態として、ユーザ入力受付部１１が、入力の種類に応じて、公に提供され、よく知られたデータの書式・形式を保持しておくようにしてもよい。この場合、ユーザ入力受付部１１は、まず、ステップ１１０１で、ユーザ入力１０１が含む検索キーワードが保持している書式・形式にのっとった記述でないかを確かめる。例えば、ＦＡＳＴＡ形式は、同業者の中ではよく知られた形式で、一行目に「＞」に続いて遺伝子あるいはタンパク質の名前が、二行目以降にその塩基あるいはアミノ酸配列が続く書式である。また、遺伝子名、タンパク質名、塩基配列、アミノ酸配列、生物種、発表学術論文といった情報が定型化されているＧｅｎＢａｎｋ形式も同業者の中ではよく知られた形式である。これらの書式にのっとっていた場合、ステップ１１０２において、ユーザ入力受付部１１があらかじめ保持している形式に基づいて情報を切り出し、データの種類との対応付けを行う。のっとっていない場合、ステップ１１０３に進む。
【００４９】
ステップ１１０３は、ユーザ入力１０１の文字数を算出し、所定数以上（たとえば２０字以上）であれば、ユーザ入力１０１を配列であると対応付ける。配列であると判定した場合には、ステップ１１０５において、配列の種類を対応付ける。配列情報に含まれる文字が、Ｇ，Ａ，Ｔ，Ｃのみ（もしくはそれに加えて、Ｘ，Ｎ等）しか含まない場合は、塩基配列、それ以外の文字を含む場合は、アミノ酸配列と対応付けることができる。
【００５０】
配列でないとみなした場合、ステップ１１０４に進む。ステップ１１０４では、ユーザ入力１０１が、アクセッション番号の所定の書式（英数字の組み合わせ）にのっとっているかを判定する。この書式・形式の情報は、ユーザ入力受付部１１があらかじめ保持しており、それとユーザ入力１０１を比較する。データベースの種類としては、例えばＥｎｔｒｅｚ、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  等が挙げられる。
【００５１】
仮に、検索キーワードの種類を１つに特定できない入力は、ユーザ入力１０１がとりうるすべての種類に対応付ける。
【００５２】
図３のフローチャートを参照すると、クエリ生成部１２の処理の詳細が示されている。クエリ生成部１２は、ユーザクエリ１１１あるいは再検索クエリ１５１として、検索キーワードとその種類の組のリストを受け取る。
【００５３】
ステップ１２０１では、すでに検索済みフラグのテーブルがつくられているかを判定する。検索済みフラグのテーブルがない場合、それは、ユーザ入力受付部１１からユーザクエリ１１１を受け取ったことを表し、次にステップ１２０２に進む。検索済みフラグのテーブルがすでにつくられている場合、それは、出力制御部１５から再検索クエリ１５１を受け取ったことを表し、続いてステップ１２０５に進む。
【００５４】
ステップ１２０２では、データベース情報として保持しているデータベースの所在と問い合わせ可能な情報の種類の組を読み込む。続いて、ステップ１２０３では、保持しているデータベースの所在及び情報の種類の各組に対応する検索済みフラグのテーブルを読み込む。ステップ１２０４では、すべての検索済みフラグを未検索の状態に初期化する。
【００５５】
ステップ１２０５では、ユーザクエリ１１１あるいは再検索クエリ１５１における種類の情報と、データベース情報が含む種類の情報を比較し、問合せを行う生物情報データベースの所在を決定する。ここで、データベースの所在は、例えばＵＲＬで表すことができる。
【００５６】
これら、生物情報データベース、検索キーワードとその種類から、クエリ生成部１２は、実際にデータベース検索を行う生物情報データベース検索クエリ１２１を生成する。
【００５７】
仮に、問い合わせのできるデータベースが見つからなかった場合は、検索不能の情報をその組について付与する。
【００５８】
ステップ１２０６では、ステップ１２０５で決定した生物情報データベースクエリ１２１に対して、その組で既に検索がなされていないかを判定する。もしも既に検索がなされていた場合、ステップ１２０７において、そのデータベースとクエリの種類の組に対して検索済みフラグが立てられている。この検索済みフラグの状態によって、既に検索が行われたか否かを判定する。もしも検索が行われていなかった場合、ステップ１２０７において、生物情報データベースクエリ１２１に対応する検索済みフラグを検索済みに変更する。
【００５９】
もしも検索が行われていた場合、ステップ１２０８において、クエリ生成部１２で決定した生物情報データベースクエリ１２１について、その内容を検索済みであることを示す情報に書き換え、ステップ１２０９において、全部のクエリが検索済みか判定する。
【００６０】
もし、入力されたリストのすべての組について、それが検索済みだった場合、ステップ１２１０において、検索完了情報１２２を出力制御部１５に送る。
【００６１】
図４のフローチャートを参照すると、生物情報データベース検索部１３の処理の詳細が示されている。生物情報データベース検索部１３は、生物情報データベースクエリ１２１を入力とする。
【００６２】
ステップ１３０１では、指定された生物情報データベース９９９に生物情報データベースクエリ１２１を問合せ１３１として送信する。すると、実際の検索が始まり、ステップ１３０２では、検索結果が出るのを待つ。
【００６３】
仮に、通信状態、あるいは実際の検索を行うサーバの問題により、所定時間内に結果が得られなかった場合、通信障害が発生したとみなし、ステップ１３０２において、タイムアウトとみなし、ステップ１３０４でクエリ生成部１２にエラー情報１３４を送る。クエリ生成部１２はエラー情報１３４を受け取ると、検索済みフラグセットを未検索の状態に戻す。
【００６４】
もちろん、所定回数の再検索を行っても検索結果１３２が得られないときに、エラー情報１３４を送ってもよく、これには、エラー発生時にあらかじめ与えた上限回数まで検索を繰り返しするようにしておけばよい。この場合、図５のフローチャートに示すように、ステップ１３０２においてタイムアウトとなった後、ステップ１３０５において、再検索カウンタを増やす処理を行う。次に、ステップ１３０６において再検索カウンタの値が、所定の回数以上かどうか判定する。もし所定回数以上だった場合、クエリ生成部１２にエラー情報１３４を送る。規定回数に満たない場合は、ステップ１３０１に戻り、再び検索を試みる。
【００６５】
一方、所定時間内に結果が返ってきた場合、ステップ１３０３では、検索を行っているデータベースから検索結果１３２を得る。その結果を、生物情報データベース検索結果１３３として、検索結果解析部１４に送る。
【００６６】
図６のフローチャートを参照すると、検索結果解析部１４の処理の詳細が示されている。
【００６７】
ステップ１４０１では、生物情報データベース検索部１３から、生物情報データベース検索結果１３３を受け取る。
【００６８】
ステップ１４０２では、出力情報指定保持部１６に抽出条件要求１４１を送る。ステップ１４０３では、出力情報指定保持部１６から、抽出条件１６１を受け取る。
【００６９】
ステップ１４０４では、生物情報データベース検索結果１３３より、抽出条件１６１に従って、データベースの種類、検索キーワードとその種類のリストを抽出する。
【００７０】
このとき、例えば、遺伝子あるいはタンパク質の名前からアクセッション番号を検索した際には、生物種、突然変異等が異なるデータが複数登録されているため、名前に対応するアクセッション番号が複数得られる。このように抽出可能なデータが複数存在し、そのうちひとつについて情報を得ればいいというとき、名前の付け方、アクセッション番号の付け方、出てくる順番等、所定の判定規則に従って、データの内容としてひとつを保持する。あるいは、抽出可能なデータをすべて抽出し、それらを生物情報データベースの検索キーワードとして複数キーワードをＯＲ条件で結合して用いる形式で保持してもよい。
【００７１】
ステップ１４０５では、抽出したデータベースの種類、検索キーワードとその種類のリストを解析結果１４２として出力制御部１５に送る。
【００７２】
図７のフローチャートを参照すると、出力制御部１５の第一の形態の処理の詳細が示されている。出力制御部１５の第一の形態は、逐次得られる解析結果１４２を保持しておき、検索完了時に一括出力を行う形態である。
【００７３】
ステップ１５０１では、検索結果解析部１４から、解析結果１４２を受け取る。
【００７４】
ステップ１５０２では、すでに出力フラグセットが設定されているかを確かめる。再検索が行われて、その解析結果を出力制御部１５が受け取った場合、すでに出力フラグセットが設定されている。出力フラグセットが設定されている場合、ステップ１５０６に進む。設定されていない場合、ステップ１５０３に進む。
【００７５】
ステップ１５０３では、出力情報指定保持部１６から、出力情報指定１６２を受け取る。ステップ１５０４では、受け取った出力情報指定１６２を、出力フラグセットとして保持する。出力には、この出力フラグセットで設定された条件を満たすことが必要である。そして、ステップ１５０５では、すべての出力フラグを結果未取得の状態に初期化する。
【００７６】
次に、ステップ１５０６では、受け取った解析結果１４２を保持しておく。ステップ１５０７では、出力フラグセットのデータベースとデータの種類の組と、解析結果１４２に含まれるデータベースの種類とデータの種類の組との比較を行う。そして、出力フラグに対応するものが解析結果１４２に含まれるとき、そのフラグを結果取得済みにかえる。
【００７７】
ステップ１５０８では、出力フラグセットの状態により、出力するか、再検索を行うかを判定する。出力フラグセットの全フラグがすべて結果取得済みとなったとき、ステップ１５０９で、保持しておいたすべての解析結果１４２を出力１５２として一括して出力する。出力すべき内容が全部得られていないとき、つまり、出力フラグセットの中に結果取得済みでないものがある場合には、ステップ１５１０で、保持しているすべての解析結果１４２から検索キーワードとその種類の情報を組にして抽出し、ステップ１５１１で、その組のリストを再検索クエリ１５１としてクエリ生成部１２に送る。
【００７８】
図８のフローチャートを参照すると、出力制御部１５の別の形態の処理の詳細が示されている。出力制御部１５の別の形態は、解析結果１４２を得るたびに逐次出力を行う形態である。
【００７９】
ここで、出力制御部１５の別の形態の詳細において、ステップ１５１２、ステップ１５１３以外は出力制御部１５の第一の形態の詳細と同じである。よって、以下では、主にステップ１５１２、ステップ１５１３の動作について説明する。
【００８０】
出力制御部１５の別の形態では、検索結果解析部１４から、解析結果１４２を受け取り、出力フラグセットの設定を行った後、ステップ１５１２で、受け取った解析結果１４２を出力１５２として出力する。そして、解析結果に対応する出力フラグを結果取得済みにした後、出力フラグセットの状態により、再検索を行うか、検索を終了するかを判定する。再検索を行う際の処理は前述の１５１０および１５１１と同様である。
【００８１】
検索を終了する場合は、ステップ１５１３において、検索を終了する。
【００８２】
ここで、図９のフローチャートに示すように、ステップ１５１４として、検索を終了する時に検索完了を示す情報を出力してもよい。これにより、利用者に検索完了を明示することが可能になる。
【００８３】
図１０のフローチャートを参照すると、出力情報指定保持部１６の処理の詳細が示されている。ステップ１６０１では、検索結果解析部１４から、抽出条件要求１４１を受け取る。
【００８４】
ステップ１６０２では、抽出条件要求１４１に従って、生物情報データベース検索結果１３３から出力させる部分を特定するための情報や抽出のルールを抽出条件として読み込む。ステップ１６０３では、読み込んだ抽出条件１６１を、検索結果解析部１４に送る。
【００８５】
ステップ１６０４では、データベースとその出力の種類の各組に対応する出力フラグの初期値を出力情報指定１６２として読み込む。ステップ１６０５では、読み込んだ出力情報指定１６２を出力制御部１５に送る。
【００８６】
次に、第一の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下は、ユーザが遺伝子あるいはタンパク質の名前の検索キーワードとして「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、ＥｎｔｒｅｚとＬｏｃｕｓＬｉｎｋからはその別名を取得し、また、Ｅｎｔｒｅｚで別名検索を行う過程で得た配列情報を用いてＢＬＡＳＴで相同性検索を行って、その結果から相同性の高い遺伝子あるいはタンパク質の名前を取得する場合を示している。
【００８７】
図１１は、ユーザによるキーワードの入力画面を示している。図１１に示すように、本実施例では、ユーザによって、遺伝子あるいはタンパク質の名前、アクセッション番号、配列等の指定が行える。
【００８８】
ユーザが「Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｏｒ  ｇｅｎｅ  ｎａｍｅ」欄に「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、Ｓｕｂｍｉｔ  ボタンをクリックすると、ユーザ入力受付部１１は、「ｐｅｎｄｒｉｎ」の種類は名前であると対応付ける。入力欄によって対応付けを行う他にも、第一の実施形態の説明で述べたように、アクセッション番号の書式である英字と数字の組み合わせではないこと、及び、塩基あるいはアミノ酸の配列のように決まった文字からから成るある程度の長さの情報ではないことからも判別は可能である。
【００８９】
そして、ユーザ入力受付部１１は、ユーザクエリ１１１として、検索キーワードが「ｐｅｎｄｒｉｎ」であり、その種類が遺伝子あるいはタンパク質の名前であるという情報をクエリ生成部１２に送る。
【００９０】
クエリ生成部１２は、上記のようなユーザクエリ１１１を受け取ると、データベース情報として保持しているデータベースの所在と問い合わせ可能な情報の種類の組を読み込み、さらに、検索済みフラグのテーブルを読み込んですべてのフラグを初期化する。本実施例では、データベース情報は、｛データベースの所在、受け付ける入力の種類｝として、次のような情報を持つものとする。
Ｅｎｔｒｅｚ１＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前｝
Ｅｎｔｒｅｚ２＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在２、ＧＩ番号｝
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１＝｛ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前｝
ＢＬＡＳＴ１＝｛ＢＬＡＳＴの所在１、配列情報｝
ここで、「Ｅｎｔｒｅｚの所在１」とは、ＥｎｔｒｅｚそのもののＵＲＬにＣＧＩ（Ｃｏｍｍｏｎ  Ｇａｔｅｗａｙ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）による検索文字列のテンプレートを結合したものとする。テンプレートとは、検索キーワード部分のみが置換可能な変数名に置き換えられたものである。「Ｅｎｔｒｅｚの所在２」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１」、「ＢＬＡＳＴの所在１」等も同様のものとする。もちろん、ＵＲＬはローカルなデータベースの所在も指定できる。
【００９１】
このようなデータベース情報に基づき、検索済みフラグのテーブルは、その要素である｛データベース、検索済みフラグ｝として、次のような情報を持つ。
Ｅｎｔｒｅｚ１フラグ＝｛Ｅｎｔｒｅｚ１、ＦＡＬＳＥ｝
Ｅｎｔｒｅｚ２フラグ＝｛Ｅｎｔｒｅｚ２、ＦＡＬＳＥ｝
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１フラグ＝｛ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１、ＦＡＬＳＥ｝
ＢＬＡＳＴ１フラグ＝｛ＢＬＡＳＴ１、ＦＡＬＳＥ｝
ここで、各フラグがＦＡＬＳＥであるのは、初期化によって、未検索と設定されていることを示す。
【００９２】
ユーザクエリ１１１によると、ユーザの入力によって、遺伝子あるいはタンパク質の名前であるｐｅｎｄｒｉｎが与えられているので、上記のようなデータベース情報から、クエリ生成部１２は、Ｅｎｔｒｅｚの所在１及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１を用い、検索キーワードとしてｐｅｎｄｒｉｎを用いて検索を行うことを決定する。そして、Ｅｎｔｒｅｚ１フラグ及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１フラグを、各々、｛Ｅｎｔｒｅｚ１、ＴＲＵＥ｝、｛ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１、ＴＲＵＥ｝のように変更するとともに、Ｅｎｔｒｅｚの所在１及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１に基づいて生物情報データベースクエリ１２１を生成して生物情報データベース検索部１３に送る。ここで生成された生物情報データベースクエリ１２１は、本実施例では、Ｅｎｔｒｅｚ及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋそのもののＵＲＬにＣＧＩによる検索文字列を結合したものであり、検索文字列のテンプレート中の検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎに置き換えられたものである。
【００９３】
生物情報データベース検索部１３は、生物情報データベースクエリ１２１の内容に従ってＥｎｔｒｅｚ及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋに対してクエリを送信し、これらのデータベースから検索結果１３２が得られたら、どの生物情報データベースにどういう種類のキーワードで検索を行ったかの情報を検索結果１３２に付加し、これを生物情報データベース検索結果１３３として検索結果解析部１４に送る。
【００９４】
検索結果解析部１４は、生物情報データベース検索結果１３３を受け取ると、出力情報指定保持部１６に抽出条件要求１４１を送る。抽出条件要求１４１は、ここでは、検索を行った生物情報データベースがＥｎｔｒｅｚ及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋであること、各々のデータベースを遺伝子あるいはタンパク質の名前で検索したことを含む。抽出条件要求１４１に応じて、出力情報指定保持部１６は抽出条件１６１を返し、検索結果解析部１４はこれを受け取る。抽出条件１６１には、Ｅｎｔｒｅｚ及びＬｏｃｕｓＬｉｎｋを遺伝子あるいはタンパク質の名前で検索したときに、生物情報データベース検索結果１３３がどのような書式であるか、及び、生物情報データベース検索結果１３３のどの部分を抽出するかが記述されている。ここでは、抽出条件１６１には、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋからは別名を抽出すること、Ｅｎｔｒｅｚからは遺伝子あるいはタンパク質の名前、アクセッション番号、ＧＩ番号を抽出することが記述されているとする。
【００９５】
通常のＷｅｂブラウザを用いた検索において、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋで遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎを検索すると、図１２に示すような結果が得られる。図１２に示すように、その結果は、所定の場所に、略号、略さない形式の名前、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ、冗長性を排除した遺伝子あるいはタンパク質のデータベースであるＲｅｆＳｅｑや疾患に関連する遺伝子あるいはタンパク質のデータベースであるＯＭＩＭ等の生物情報データベースにおけるアクセッション番号、遺伝子の染色体上の位置等が表示される。Ｓｙｍｂｏｌ、Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ及びＡｌｉａｓｅｓの欄には、遺伝子及びタンパク質の名前に関する情報が書かれている。これらのことから、生物情報データベース検索の結果として、通常のＷｅｂブラウザによる検索と同様の結果が得られるならば、ＨＴＭＬ（Ｈｙｐｅｒ  Ｔｅｘｔ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ）形式の検索結果中、所定位置もしくは書式の部分を抽出すれば、遺伝子やタンパク質の別名、アクセッション番号等が得られることがわかる。
【００９６】
本実施例においては、抽出条件１６１が、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの検索結果については  Ｓｙｍｂｏｌ、Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ及びＡｌｉａｓｅｓの欄に記載された内容を抽出することを指定しておくことにより、ｐｅｎｄｒｉｎの別名として、「ＰＤＳ」、「ＳＬＣ２６Ａ４」、「ＤＦＮＢ４」等を抽出する。
【００９７】
また、通常のＷｅｂブラウザを用いた検索において、Ｅｎｔｒｅｚで遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎを検索すると、図１３に示すような結果が得られる。図１３に示すように、その結果は、所定の場所に、ＧｅｎＢａｎｋあるいはＲｅｆＳｅｑのアクセッション番号、ＧＩ番号、遺伝子あるいはタンパク質の名前等が表示される。ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの場合と同様にして、ＨＴＭＬ形式で得られる検索結果中、所定位置もしくは書式の部分を抽出すれば、遺伝子やタンパク質の名前、アクセッション番号、ＧＩ番号等の情報が得られる。
【００９８】
本実施例においては、抽出条件１６１として、「名前  ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ」と記述されている部分と、ＲｅｆＳｅｑに基づくアクセッション番号が記述されている「｜ｒｅｆ｜ＮＷ＃０３９５４．８｜」の部分を抽出することを指定しておく。また、ヒトのデータを得るよう、名前には「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ」を含むことも条件としておく。これにより、名前として「Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｐｅｎｄｒｉｎ（ＰＤＳ）ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｃｄｓ」が、アクセッション番号としてＡＦ０３０８８０が、ＧＩ番号として２６５４００４が得られる。ここではヒトのデータを抽出したが、もちろん、他の生物種を指定することも容易である。
【００９９】
検索結果解析部１４は、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋから得た別名、Ｅｎｔｒｅｚから得た名前、アクセッション番号、ＧＩ番号等を解析結果１４２として出力制御部１５に送る。
【０１００】
出力制御部１５は、解析結果１４２を受け取ってこれを保持するとともに、出力フラグの変更を行う。本実施例は、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋとＥｎｔｒｅｚから別名を取得し、ＢＬＡＳＴから名前を取得するものであるので、出力フラグとしては、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋによる別名のフラグ、Ｅｎｔｒｅｚによる別名のフラグ、ＢＬＡＳＴによる名前のフラグが設定されている。受け取った解析結果１４２には、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの別名が含まれているので、  ＬｏｃｕｓＬｉｎｋによる別名のフラグのみ結果取得済みに変更する。
【０１０１】
次に出力制御部１５は、出力フラグがすべて結果取得済みかどうかを調べる。ここでは、Ｅｎｔｒｅｚによる別名のフラグ、ＢＬＡＳＴによる名前のフラグが結果取得済みになっていない。よって、解析結果１４２から、名前としてｐｅｎｄｒｉｎ、ＳＬＣ２６Ａ４、  ＰＤＳ及びＤＦＮＢ４を、アクセッション番号としてＡＦ０３８８０を、ＧＩ番号として２６５００４を抽出し、これらの種類とキーワードの組を再検索クエリ１５１としてクエリ生成部１２に送る。
【０１０２】
クエリ生成部１２は、出力制御部１５から再検索クエリ１５１を受け取ると、検索済みフラグと照らし合わせて、検索済みの組み合わせが無いかを調べる。ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１フラグ及びＥｎｔｒｅｚ１フラグから、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋと名前、Ｅｎｔｒｅｚと名前の組み合わせは既に検索済みであることがわかる。次にクエリ生成部１２は、データベース情報を参照し、再検索クエリ１５１が含む組み合わせで検索可能なデータベースを調べる。すると、Ｅｎｔｒｅｚ２から、ＥｎｔｒｅｚとＧＩ番号の組み合わせが検索可能であることがわかるので、前述の１回目の検索と同様にして、Ｅｎｔｒｅｚ２フラグを検索済みに変更するとともに、生物情報データベースクエリ１２１を生成する。この２回目の生物情報データベースクエリは、ＧＩ番号２６５００４でＥｎｔｒｅｚを検索することを示すものとなる。
【０１０３】
生物情報データベース検索部１３は１回目の検索と同様にして検索を行って、生物情報データベース検索結果１３３として、ＧＩ番号２６５００４でＥｎｔｒｅｚを検索した結果を検索結果解析部１４に送る。
【０１０４】
通常のＷｅｂブラウザを用いてＧＩ番号２６５００４でＥｎｔｒｅｚを検索すると、図１４に示すような画面を得ることができる。図１４に示すように、その結果には、遺伝子名、タンパク質名、生物種、文献情報、塩基配列、アミノ酸配列等の情報が含まれている。ここで、ｇｅｎｅ及びｐｒｏｄｕｃｔの欄には、遺伝子あるいはタンパク質の名前に関する情報が記述されており、ｐｅｎｄｒｉｎ以外は別名とみなすことができる。また、ＯＲＩＧＩＮの欄には塩基配列が、ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎの欄にはアミノ酸配列が記されている。
【０１０５】
ＥｎｔｒｅｚをＧＩ番号で検索した結果について、本実施例の抽出条件１６１は、ｇｅｎｅ及びｐｒｏｄｕｃｔの欄から別名を抽出し、ＯＲＩＧＩＮの欄から塩基配列を抽出し、ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎの欄からアミノ酸配列を抽出することを記述しておくものとする。これにより、ＥｎｔｒｅｚをＧＩ番号で検索した結果から、別名として「ＰＤＳ」を抽出することができる。また、ＯＲＩＧＩＮ及びｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎの欄から、それぞれ塩基配列及びアミノ酸配列を抽出することができる。配列情報は長いため、以下の説明でも省略する。
【０１０６】
検索結果解析部１４は、このようにして得たＥｎｔｒｅｚからの別名、塩基配列、アミノ酸配列を解析結果１４２として出力制御部１５に送る。
【０１０７】
出力制御部１５は、解析結果１４２を受け取ってこれを保持するとともに、出力フラグの変更を行う。ここで得た解析結果１４２は、Ｅｎｔｒｅｚから得た別名を含むので、Ｅｎｔｒｅｚによる別名のフラグを結果取得済みに変更する。ついで、出力フラグがすべて結果取得済みかどうかを調べると、ＢＬＡＳＴによる名前のフラグが結果取得済みになっていないことがわかる。よって、解析結果１４２から、名前としてＰＤＳ、配列として塩基配列及びアミノ酸配列を抽出し、これら種類とキーワードの組を再検索クエリ１５１としてクエリ生成部１２に送る。
【０１０８】
クエリ生成部１２は、出力制御部１５から再検索クエリ１５１を受け取ると、検索済みフラグと照らし合わせて、検索済みの組み合わせが無いかを調べる。すると、ＢＬＡＳＴ１フラグのみが未検索であることがわかる。次にクエリ生成部１２は、データベース情報を参照し、再検索クエリ１５１が含む組み合わせで検索可能なデータベースを調べる。すると、ＢＬＡＳＴ１から、再検索クエリ１５１が含む配列でＢＬＡＳＴによる相同性検索が可能であることがわかるので、前述の１回目、２回目の検索と同様にして、生物情報データベースクエリ１２１を生成する。この３回目の生物情報データベースクエリ１２１は、再検索クエリ１５１が含む塩基配列あるいはアミノ酸配列でＢＬＡＳＴによる検索を行うものとなる。
【０１０９】
生物情報データベース検索部１３は、１回目、２回目の検索と同様にして検索を行って、生物情報データベース検索結果１３３として、ＢＬＡＳＴによる相同性検索の結果を検索結果解析部１４に送る。
【０１１０】
通常のＷｅｂブラウザを用いてＢＬＡＳＴによる相同性検索を行うと、図１５に示すような画面を得ることができる。図１５に示すように、その結果には、入力とした塩基あるいはアミノ酸の配列と相同性のある塩基配列あるいはアミノ酸配列が列挙され、名前、アクセッション番号、相同性の高さを示すｅ−ｖａｌｕｅ、相同性の高い部位等の情報が含まれている。
【０１１１】
ＢＬＡＳＴによる配列相同性検索結果について、本実施例の抽出条件１６１は、ｅ−ｖａｌｕｅを参照して、相同性の高い配列の遺伝子あるいはタンパク質の名前のみを抽出するようにしておく。これにより、検索結果解析部１４は、ＢＬＡＳＴによる検索結果から遺伝子あるいはタンパク質の名前を抽出し、解析結果１４２を出力する。
【０１１２】
出力制御部１５は、解析結果１４２を受け取ってこれを保持するとともに、出力フラグの変更を行う。ここで得た解析結果１４２は、ＢＬＡＳＴによる検索から得た名前を含むので、ＢＬＡＳＴによる名前のフラグを取得済みに変更する。ついで、出力フラグがすべて結果取得済みかどうかを調べると、すべての出力フラグが取得済みになっていることがわかるので、出力制御部１５は、これまで保持しておいたすべての解析結果１４２を、出力１５２として出力する。
【０１１３】
以上では、出力制御部１５は、解析結果１４２を受け取るたびに保持しておき、出力フラグがすべて結果取得済みになってからまとめて出力する例を説明したが、解析結果１４２を受け取るたびに出力を行ってもよい。また、出力フラグがすべて結果取得済みになったときに、検索完了を示す情報を出力１５２に加えてもよい。
【０１１４】
図１６を参照すると、本発明の第二の実施形態が示されている。本発明の第二の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、図１６のブロック構成図に示すように、第一の実施形態に加えて、出力情報設定部２１を有する構成となっている。よって以下では出力情報設定部２１に関わる説明のみ行う。
【０１１５】
出力情報設定部２１は、出力情報指定保持部１６の保持する検索結果の抽出条件や解析結果の出力条件をユーザによって指定できるようにするものである。これによって、どの生物情報データベースからどの種類のデータを出力させるかをユーザが指定することが可能になる。
【０１１６】
出力情報設定部２１は、ユーザ出力情報指定２０１を受け取る。ユーザ出力情報指定２０１は、生物情報データベースと得られる情報の種類を含む。出力情報設定部２１は、例えば出力情報設定部２１が情報の種類に応じた条件指定欄を備えることにより、どの生物情報データベースからどのような種類の情報を抽出あるいは出力させるかを決定し、生物情報データベースと抽出あるいは出力させる情報の種類を組にする。このような組が複数あればリスト化し、出力情報設定部２１は、出力指定情報２１１として出力情報指定保持部１６に送る。
【０１１７】
出力情報設定部２１及びユーザ入力受付部１１は、どちらもユーザインタフェースとなる部分であり、図１７のブロック構成図に示すように、これらをまとめた第二のユーザ入力受付部２２としてもよい。
【０１１８】
次に、第二の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下は、ユーザが出力条件として、「Ｅｎｔｒｅｚデータベースから遺伝子あるいはタンパク質の別名を取得」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋデータベースから遺伝子あるいはタンパク質の別名を取得」、「ＢＬＡＳＴの結果から相同性のある遺伝子あるいはタンパク質の別名を取得」の３つを指定する場合を示している。ここで、本発明の第二の実施形態は出力情報設定部２１を持つ点が、第一の実施形態と異なっている。よって以下では、主に出力情報設定部２１に関する説明のみ行う。
【０１１９】
図１８は、ユーザによるユーザ出力情報指定２０１の入力画面を示している。ユーザが、「Ｅｎｔｒｅｚ」の「ｎａｍｅ」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ」の「ｎａｍｅ」、「ＢＬＡＳＴ」の「ｎａｍｅ」のそれぞれに対応するチェックボックスに印をつけ、ｓｕｂｍｉｔ  ボタンをクリックすると、出力情報設定部２１は、ユーザ出力情報指定２０１として、ユーザが出力条件を「Ｅｎｔｒｅｚ−遺伝子あるいはタンパク質の別名」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ−遺伝子あるいはタンパク質の別名」、「ＢＬＡＳＴ−相同性のある遺伝子あるいはタンパク質の名前」と指定したと対応付ける。そして、出力情報設定部２１は、これらの組の情報を出力指定情報２１１として出力情報指定保持部１６に送る。
【０１２０】
また、このとき、ユーザがｅ−ｖａｌｕｅの欄に数値を入力し、ｓｕｂｍｉｔボタンをクリックすることによって、ＢＬＡＳＴで、相同性検索を行った際に、その結果から、ｅ−ｖａｌｕｅによって、ある程度の相同性を持つ遺伝子あるいはタンパク質のみから、名前を取得することが可能になる。
【０１２１】
図１９のブロック構成図を参照すると、本発明の第三の実施形態が示されている。本発明の第三の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、生物情報データベースの検索手順をあらかじめ決めてから実際の検索を行うものである。
【０１２２】
図１９に示すように、本発明の第三の実施形態は、第二のユーザ入力受付部２２と、検索手順設定部３２と、生物情報データベース検索制御部３３と、生物情報データベース検索部１３と、検索結果解析部１４と、出力情報指定保持部１６とを有する。
【０１２３】
ここで、本発明の第三の実施形態における第二のユーザ入力受付部２２と、生物情報データベース検索部１３と、検索結果解析部１４と、出力情報指定保持部１６は、第一、第二の実施形態と同じものである。よって以下では、主に検索手順設定部３２と生物情報データベース検索制御部３３の動作について説明する。
【０１２４】
検索手順設定部３２は、第二のユーザ入力受付部２２から、ユーザクエリ１１１を受け取る。また、ユーザ出力指定情報２１１を受け取る。
【０１２５】
検索手順設定部３２は、各種の生物情報データベース９９９について、その所在、問い合わせ可能な情報（以下「入力」と記す）の種類、及び、検索によって得られる情報（以下「出力」と記す）の種類を組にした情報のリストをデータベース情報として保持している。
【０１２６】
検索手順設定部３２は、ユーザクエリ１１１を受け取ると、ユーザクエリ１１１が含む検索キーワードの種類と、データベース情報の各リストが含む入力の種類を比較し、ユーザクエリ１１１の検索キーワードで問合せを行うことができるデータベースを決定する。そして、はじめに問合せを行うデータベースに関して、所在、入力の種類及び出力の種類を組にした情報を生物情報データベースクエリリスト３２１として保持する。
【０１２７】
次に、検索手順設定部３２は、この生物情報データベースクエリリスト３２１が含む出力の種類の情報が、出力指定情報２１１で指定する出力の種類に一致するかを調べ、一致する場合は、生物情報データベースクエリリスト３２１とユーザクエリ情報３２２を生物情報データベース検索制御部３３に送る。一致しない場合は、データベース情報に基づいて、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後に保持されている組が含む出力の種類で問合せを行えるデータベースを求め、所在、入力の種類及び出力の種類を組にした情報を生物情報データベースクエリリスト３２１に追加する。このように、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後に保持されている、所在、入力の種類及び出力の種類の組について、出力の種類が出力指定情報２１１で指定する出力の種類に一致するまで、上述のような生物情報データベースクエリリスト３２１への追加を繰り返す。出力指定情報２１１で指定する出力の種類に一致する組が見つかったら、ユーザクエリ１１１からそこまでに至る組のリストを改めて生物情報データベースクエリリスト３２１とし、検索手順設定部３２は、生物情報データベースクエリリスト３２１とユーザクエリ情報３２２を生物情報データベース検索制御部３３に送る。ユーザクエリ情報３２２は、ユーザ受付部２２から受け取ったユーザクエリ１１１と同じものである。
【０１２８】
上記では、ユーザクエリ１１１から順次、問い合わせ可能なデータベースを探索し、生物情報データベースクエリリスト３２１を生成する処理を説明したが、出力指定情報２１１で指定するデータベースと出力の種類の情報から、問い合わせ可能なデータベースを順次探索して、ユーザクエリ１１１が含む検索キーワードの種類に一致させることによって生物情報データクエリリスト３２１を生成してもよい。この方法は、問い合わせ可能なデータベースを探索する処理を逆向きに行えば、上記の方法と同様の論理で実現でき、もちろん、上記の方法と組み合わせて、両側から探索してもよい。
【０１２９】
生物情報データベース検索制御部３３は、検索手順設定部３２から、生物情報データベースクエリリスト３２１を受け取る。また、ユーザクエリ３２２を受け取る。
【０１３０】
生物情報データベース検索制御部３３は、まず、生物情報データベースクエリリスト３２１の先頭にある、データベースの所在と入力となるデータの種類、出力となるデータの種類の組を取り出し、ユーザクエリ情報３２２に基づいて、実際に検索を行うための生物情報データベースクエリ３３１を生成する。この生物情報データベースクエリ３３１は、生物情報データベースのＵＲＬと検索キーワードを含む、実際の検索要求そのものの形で生成される。生物情報データベース検索制御部３３は、このようにして生成した生物情報データベースクエリ３３１を生物情報データベース検索部１３に送る。
【０１３１】
生物情報データベース検索部１３及び検索結果解析部１４における検索処理及び検索結果の解析処理は、第一及び第二の実施形態におけるこれらの構成要素が行う処理と同様である。また、出力情報指定保持部１６の処理も第一及び第二の実施形態のそれと同様である。
【０１３２】
生物情報データベースの検索と検索結果の解析の後、生物情報データベース検索制御部３３は、検索結果解析部１４から解析結果１４２を受け取り、生物情報データベースクエリリスト３２１の先頭にある組の内容に基づいて、解析結果１４２から、検索を行ったデータベースの出力の種類及び内容を抽出して保持する。
【０１３３】
このようにして１回目のデータベース検索を行った後、生物情報データベース検索制御部３３は、生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索をすべて行ったかどうかを判定する。すべての検索が済んだ場合は、保持している出力情報の種類と内容の情報を出力１５２として出力する。まだ生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索が済んでいない場合は、生物情報データベースクエリリスト３２１から次に検索すべき手順の情報を取り出し、直前の手順による検索の出力から得た情報から新たな検索キーワードを抽出して、新たな生物情報データベースクエリ３３１を生成する。生物情報データベース検索制御部３３は、新しいデータベースクエリ３３１を生物情報データベース検索部３４に送り、以降、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後の組に基づく検索が完了するまで、同様の処理を繰り返す。
【０１３４】
図２０のフローチャートを参照すると、検索手順設定部３２の処理の詳細が示されている。
【０１３５】
検索手順設定部３２は、ステップ３２０１で、第二のユーザ入力受付部２２からユーザクエリ１１１を読み込む。また、ステップ３２０２では、第二のユーザ入力受付部２２から出力情報指定２１１を読み込む。続いて、ステップ３２０３では、データベース情報として保持している、データベースの種類、及び入力の種類、出力の種類の情報を読み込む。
【０１３６】
次に、ステップ３２０４では、ユーザクエリ１１１が含むデータの種類と、データベース情報が含むデータの入力の種類を比較し、ユーザクエリ１１１の含む検索キーワードで問い合わせのできるデータベースの所在を決定する。そして、問い合わせを行うデータベースに関して、所在、入力の種類及び出力の種類の情報を組にして、生物情報データベースクエリリスト３２１として保持する。
【０１３７】
そして、ステップ３２０５では、生物情報データベースクエリリスト３２１が含むデータベースの種類と出力の種類の情報と、出力指定情報２１１が含むデータベース及びデータの種類の組と比較する。もし、生物情報データベースクエリリスト３２１が出力指定情報２１１を満たした場合、ステップ３２０６において、保持していた生物情報データベースクエリリスト３２１を生物情報データベース検索制御部３３に送る。また、ステップ３２０７で、ユーザクエリ１１１の検索キーワードとその種類の組を、そのままユーザクエリ情報３２２として生物情報データベース検索部３３に送る。もし、生物情報データベースクエリリスト３２１が出力指定情報２１１を満たさない場合、ステップ３２０８において、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後に保持されている組が含む、出力の種類の情報を抽出し、ステップ３２０９では、それを保持する。
【０１３８】
ここで、ステップ３２０４において、複数の生物情報データベースクエリリスト３２１が生成されるが、そのうちひとつでもステップ３２０５の条件を満たせば、残りの生物情報データベースクエリリスト３２１については、処理を行わない。もし、すべての生物情報データベースクエリリスト３２１が、ステップ３２０５の条件を満たさなかったとき、保持していた出力の種類の情報をステップ３２０４に戻し、問い合わせを行えるデータベースを求め、所在、入力の種類、出力の種類を組にして、生物情報データベースクエリリスト３２１に追加する。このように、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後に保持されている、所在、入力の種類、出力の種類の組について、出力の種類が出力指定情報２１１で指定するデータベースと出力の種類に一致するまで、上述のような生物情報データベースクエリリスト３２１への追加を繰り返す。もちろん、生物情報データベースクエリリスト３２１への追加の回数をどの段階まで行うかを規定してもよく、また、ユーザが指定できるようにしてもよい。
【０１３９】
上記では、ユーザクエリ１１１から順次、問い合わせ可能なデータベースを探索し、生物情報データベースクエリリスト３２１を生成する処理を説明したが、出力指定情報２１１で指定するデータベースと出力の種類の情報から、問い合わせ可能なデータベースを順次探索して、ユーザクエリ１１１が含む検索キーワードの種類に一致させることによってクエリリスト３２１を生成してもよい。この方法は、問い合わせ可能なデータベースを探索する処理を逆向きに行えば、上記の方法と同様の論理で実現でき、もちろん、上記の方法と組み合わせて、両側から探索してもよい。
【０１４０】
図２１のフローチャートを参照すると、生物情報データベース検索制御部３３の処理の詳細が示されている。
【０１４１】
ステップ３３０１では、生物情報データベースクエリリスト３２１を検索手順設定部３２から受け取る。続いて、ステップ３３０２では、検索手順設定部３２からユーザクエリ情報３２２を受け取る。
【０１４２】
ステップ３３０３では、生物情報データベースクエリリスト３２１の先頭にあるデータベースの所在、入力の種類、出力の種類の組を取り出し、保持する。
【０１４３】
次に、ステップ３３０４では、取り出した組と、ユーザクエリ情報３２２の検索キーワードとその種類の情報から、生物情報データベースクエリ３３１を生成する。
【０１４４】
そして、ステップ３３０５では、生成した生物情報データベースクエリ３３１を生物情報データベース検索部１３に送る。
【０１４５】
生物情報データベース検索部１３による生物情報データベース９９９の検索と、検索結果解析部１４での検索結果の解析の後、ステップ３３０６では、検索結果解析部１４から、解析結果１４２を受け取り、それを出力情報１５２として保持する。
【０１４６】
次にステップ３２０７では、生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索をすべて行ったか判定する。すべての検索が済んだ場合は、ステップ３２０８において、保持している出力情報１５２を出力する。まだ、すべての検索が済んでいない場合は、保持している出力情報１５２をステップ３３０３に送る。そして、再び検索すべき手順の情報を取り出し、新たな生物情報データベースクエリ３３１を生成する。ここで、ステップ３３０４では、ユーザクエリ３２２でなく出力情報１５２に基づいて、生物情報データベースクエリ３３１を生成する。以降、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後の組に基づく検索が完了するまで、同様の処理を繰り返す。
【０１４７】
次に、第三の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下においても、第一の実施の形態の具体的な実施例と同様、ユーザが遺伝子あるいはタンパク質の名前の検索キーワードとして「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、出力条件として「Ｅｎｔｒｅｚ」の「ｎａｍｅ」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ」の「ｎａｍｅ」、「ＢＬＡＳＴ」の「ｎａｍｅ」のそれぞれに対応するチェックボックスに印をつけたときに、ＥｎｔｒｅｚとＬｏｃｕｓＬｉｎｋからはその別名を取得し、また、Ｅｎｔｒｅｚで別名検索を行う過程で得た配列情報を用いてＢＬＡＳＴで相同性検索を行って、その結果から相同性の高い遺伝子あるいはタンパク質の名前を取得する場合を示している。
【０１４８】
ここで、本発明の第三の実施形態における第二のユーザ入力受付部２２と、生物情報データベース検索部１３と、検索結果解析部１４と、出力情報指定保持部１６は、第一、第二の実施形態と同じものである。よって以下では、主に検索手順設定部３２と生物情報データベース検索制御部３３の動作について説明する。
【０１４９】
検索手順設定部３２は、ユーザクエリ１１１として、検索キーワードが「ｐｅｎｄｒｉｎ」であり、その種類が遺伝子あるいはタンパク質の名前であるという情報を受け取る。また、出力指定情報２１１として、出力条件が「Ｅｎｔｒｅｚ−遺伝子あるいはタンパク質の別名」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ−遺伝子あるいはタンパク質の別名」、「ＢＬＡＳＴ−相同性のある遺伝子あるいはタンパク質の名前」であるという情報を受け取る。
【０１５０】
続いて、データベース情報として保持している、データベースの種類、及び入力の種類、出力の種類の情報を読み込む。本実施例では、データベース情報は、｛データベースの種類、受け付ける入力の種類、得られる出力の種類｝として、次のような情報を持つものとする。
Ｅｎｔｒｅｚ１１＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝
Ｅｎｔｒｅｚ１２＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在２、遺伝子あるいはタンパク質の名前、ＧＩ番号｝
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１１＝｛ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝
ＢＬＡＳＴ１１＝｛ＢＬＡＳＴの所在１、配列情報、相同性のある遺伝子あるいはタンパク質の名前｝
ここで、「Ｅｎｔｒｅｚの所在１」とは、ＥｎｔｒｅｚそのもののＵＲＬにＣＧＩによる検索文字列のテンプレートを結合したものとする。テンプレートとは、検索キーワード部分のみが置換可能な変数名に置き換えられたものである。「Ｅｎｔｒｅｚの所在２」、「ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１」、「ＢＬＡＳＴの所在１」等も同様のものとする。もちろん、ＵＲＬはローカルなデータベースの所在も指定できる。
【０１５１】
ユーザクエリ１１１によると、ユーザの入力によって、遺伝子あるいはタンパク質名が与えられているので、上記のようなデータベース情報から、検索手順設定部３２では、Ｅｎｔｒｅｚ１１、Ｅｎｔｒｅｚ１２及び、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ１１を用いて検索を行うことを決定する。そして、生物情報データベースクエリリスト３２１として保持する。生物情報データベースクエリリスト３２１は、次のような情報を持つものとする。
問合せ（１、１）＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝
問合せ（１、２）＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在２、遺伝子あるいはタンパク質の名前、ＧＩ番号｝
問合せ（１、３）＝｛ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝
そして、生物情報データベースクエリリスト３２１が含むデータベースの種類と出力の種類の情報と、出力指定情報２１１が含むデータベース及びデータの種類の組とを比較する。すると、この場合、ＬｏｃｕｓＬｉｎｋの別名、Ｅｎｔｒｅｚの別名は出力指定情報２１１を満たすが、まだ、ＢＬＡＳＴによる名前の条件は満たさない。よって、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後の組が含む出力の種類、この場合、遺伝子あるいはタンパク質の別名とＧＩ番号という情報を抽出する。この出力の種類の情報を新たな入力の情報として、データベース情報と照らし合わせると、新たな問合せの組が決定される。この場合、次のような組等が決定される。
【０１５２】
問合せ（２、１）＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在２、ＧＩ番号、塩基あるいはアミノ酸配列｝
そして、この組の情報を生物情報データベースクエリリスト３２１に追加する。このとき、生物情報データベースクエリ３２１は、次のような状況になっている。
｛問合せ（１、１）｝
｛問合せ（１、２）、問合せ（２、１）｝
｛問合せ（１、３）｝
ここで再び、生物情報データベースクエリリスト３２１が含むデータベースの種類と出力の種類の情報と、出力指定情報２１１が含むデータベース及びデータの種類の組と比較する。すると、この場合も、まだＢＬＡＳＴによる名前の条件は満たさない。よって、生物情報データベースクエリリスト３２１の最後の組が含む出力の種類、この場合、塩基あるいはアミノ酸配列という情報を抽出する。この出力の種類の情報を新たな入力の情報として、データベース情報と照らし合わせると、新たな問合せの組が決定される。この場合、次のような組等が決定される。
問合せ（３、１）＝｛ＢＬＡＳＴの所在１、塩基あるいはアミノ酸配列、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝
そして、この組の情報を生物情報データベースクエリリスト３２１に追加する。このとき、生物情報データベースクエリ３２１は、次のような状況になっている。
｛問合せ（１、１）｝
｛問合せ（１、２）、問合せ（２、１）、問合せ（３、１）｝
｛問合せ（１、３）｝
ここで再び、生物情報データベースクエリリスト３２１が含むデータベースの種類と出力の種類の情報と、出力指定情報２１１が含むデータベース及びデータの種類の組と比較する。すると、この場合は、すべての条件を満たすので、保持していた生物情報データベースクエリ３２１を生物情報データベース検索制御部３３に送る。また、ユーザクエリ１１１の検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎで、その種類が遺伝子あるいはタンパク質の名前であるという情報をユーザクエリ情報３２２として生物情報データベース検索制御部３３に送る。
【０１５３】
上記では、ユーザクエリ１１１から順次、問合せ可能なデータベースを探索し、生物情報データベースクエリリスト３２１を生成する処理を説明したが、出力指定情報２１１で指定するデータベースと出力の種類の情報から、問い合わせ可能なデータベースを順次探索して、ユーザクエリ１１１が含む検索キーワードの種類に一致させることによってクエリリスト３２１を生成してもよい。この方法は、問い合わせ可能なデータベースを探索する処理を逆向きに行えば、上記の方法と同様の論理で実現でき、もちろん、上記の方法と組み合わせて、両側から探索してもよい。
【０１５４】
生物情報データベース検索制御部３３は、生物情報データベースクエリリスト３２１と、ユーザクエリ情報３２２として検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎで、その種類が遺伝子あるいはタンパク質の名前であるという情報を受け取る。
【０１５５】
次に、生物情報データベースクエリリスト３２１の先頭にあるデータベースの種類、入力の種類、出力の種類の組を取り出し、保持する。今回の場合、例えば、問合せ（１、１）＝｛Ｅｎｔｒｅｚの所在１、遺伝子あるいはタンパク質の名前、遺伝子あるいはタンパク質の別名｝である。そして、これと検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎで、その種類が遺伝子あるいはタンパク質の名前であるという情報から、実際に検索を行う生物情報データベースクエリ３３１を生成する。ここで生成された、生物情報データベースクエリ３３１は、ＥｎｔｒｅｚそのもののＵＲＬにＣＧＩによる検索文字列を結合したものであり、検索文字列のテンプレート中の検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎに置き換えられたものである。生物情報データベース検索制御部３３は、生物情報データベースクエリ３３１を生物情報データベース検索部１３に送る。すると、検索が行われ、その結果が検索結果解析部１４で解析される。そして、検索結果解析部１４は、解析結果１４２を生物情報データベース検索制御部３３に送る。
生物情報データベース検索制御部３３は、解析結果１４２を受け取ると、それを出力情報１５２として保持する。ここには、Ｅｎｔｒｅｚから得た別名としてＰＤＳ、ＧＩ  番号として２６５００４等の情報が含まれている。
【０１５６】
次に、生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索をすべて行ったか判定するが、まだすべては行っていない。そこで生物情報データベースクエリリストから次の組を切り出し、生物情報データベース９９９の検索を行う。
【０１５７】
ＬｏｃｕｓＬｉｎｋにおける別名の取得の処理も同様に行う。すると、別名としてＳＬＣ２６Ａ４、ＤＦＮＢ４、ＰＤＳ、ｐｅｎｄｒｉｎ等の情報が得られる。次に、生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索をすべて行ったか判定するが、まだすべては行っていない。
【０１５８】
前述と同様、Ｅｎｔｒｅｚを遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎで検索し、ＧＩ  番号２６５００４を得る。次に手順に従い、ＥｎｔｒｅｚをＧＩ番号として２６５００４で検索すると、塩基あるいはアミノ酸配列が得られる。この塩基あるいはアミノ酸配列をＢＬＡＳＴで相同性検索を行って、その結果より、相同性のある遺伝子あるいはアミノ酸の名前が得られる。ここで、生物情報データベースクエリリスト３２１が含む手順の検索をすべて行ったかを判定すると、すべて行ったので、保持していた出力１５２を出力する。
【０１５９】
図２２のブロック構成図を参照すると、本発明の第四の実施形態が示されている。本発明の第四の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、前述の第一乃至第三の実施形態における出力制御部及び生物情報データベース検索制御部が出力する情報を受け取り、遺伝子名及びタンパク質名の補完を行って出力するものである。
【０１６０】
図２２に示すように、本発明の第四の実施形態は、前述の第一乃至第三の実施形態に検索キーワード補完部４１が追加された構成となっている。よって、以下では、検索キーワード補完部４１についてのみ説明する。
【０１６１】
検索キーワード補完部４１は、遺伝子あるいはタンパク質の名前に関わる所定の書式と補完ルールを持っている。そして、出力１５２を受け取ると、出力１５２が含む遺伝子あるいはタンパク質の名前について、それらが、英字及び数字から成る所定の形式である場合は、補完ルールに従って別の表記のしかたによるものを生成して出力１５２に追加し、第二の出力４１１として出力する。
【０１６２】
次に、第四の実施形態の具体的な実施例について、詳細に説明する。
【０１６３】
例えば、検索キーワード補完部４１が出力１５２を受け取ったとき、出力１５２が遺伝子あるいはタンパク質の名前として、「ＣＡ１」を含んでいた場合の例を示す。ここでは、遺伝子あるいはタンパク質の名前に関わる所定の書式として、英字が複数文字続いた後に数字という書式を保持しているものとする。また、補完ルールとして、英字と数字の間にスペース、ハイフンを補い、アラビア数字はローマ数字で表記したものを補完するというルールを設定しておくものとする。これらの書式及び補完ルールにより、出力１５２に含まれる「ＣＡ１」について、検索キーワード補完部４１は、「ＣＡ  １」「ＣＡ−１」「ＣＡ  Ｉ」「ＣＡ−Ｉ」等を出力１５２に付け加える。そして、検索キーワード補完部４１は、これを第二の出力４１１として出力する。
【０１６４】
また、遺伝子あるいはタンパク質の名前に関する書式として、英字が複数続いた後にスペースをはさんで数字という書式を保持し、補完ルールとして、英字と数字の間のスペースを削除する、スペースをハイフンに置換する、数字部分はアラビア数字とローマ数字の両方となるよう補完する等のルールを設定しておけば、出力１５２が遺伝子あるいはタンパク質の名前として「ＣＡ  １」を含んでいる場合、検索キーワード補完部４１は、「ＣＡ１」「ＣＡ−１」「ＣＡ  Ｉ」「ＣＡ−Ｉ」等を出力１５２に付け加える。そして、検索キーワード補完部４１は、これを第二の出力４１１として出力する。
【０１６５】
なお、以上のように遺伝子あるいはタンパク質の名前の補完を行えば、出力１５２が遺伝子あるいはタンパク質の名前として、「ｓｏｌｕｔｅ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｆａｍｉｌｙ  ２６，  ｍｅｍｂｅｒ  ４」を含んでいた場合や、「ｐ５３」を含んでいた場合には、保持している書式に該当しないので、検索キーワード補完部４１は、特に補完を行わずに、出力１５２をそのまま第二の出力４１１として出力する。つまり、上述のような書式及び補完ルールを設定することにより、「ｓｏｌｕｔｅ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｆａｍｉｌｙ  ２６，  ｍｅｍｂｅｒ  ４」や「ｐ５３」のように、補完すべきでない場合にはそのまま出力させることができる。
【０１６６】
図２３のブロック構成図を参照すると、本発明の第五の実施形態が示されている。本発明の第五の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、前述の第一乃至第四の実施形態における出力制御部、生物情報データベース検索制御部及び検索キーワード補完部が出力する出力１５２あるいは第二の出力４１１を受け取り、それを用いて学術論文あるいは特許等の文献検索を行うものである。
【０１６７】
図２３に示すように、本発明の第五の実施形態は、前述の第一乃至第四の実施形態に文献データベース検索部５１が追加された構成となっている。よって、以下では、文献データベース検索部５１についてのみ説明する。
【０１６８】
文献データベース検索部５１は、各種の文献データベース１０００について、その所在の情報を保持している。ここで、データベースの所在は、例えばＵＲＬで表すことができる。また、文献データベース検索部５１は、文献データベース１０００に示される各種の文献データベースから得られる検索結果に応じた文献データベース検索結果抽出条件を保持している。文献データベース検索結果抽出条件は、各文献データベースの検索結果について、出力に用いる部分を特定するための情報や抽出のルール、文献の一覧表示から各文献の詳細情報を抽出するルール、検索結果が得られない場合に各文献データベースが返す情報の書式等を含んでいる。
【０１６９】
文献データベース検索部５１は、出力１５２あるいは第二の出力４１１を受け取ると、出力１５２あるいは第二の出力４１１が含む遺伝子名、タンパク質名、及びこれらの別名等を文献検索キーワードとし、それらの種類とともに組にして保持する。各組について、文献データベース検索部５１は、保持している文献データベースの所在の情報に基づき、文献データベース１０００を検索するための文献データベース問合せ５１１を生成し、順次、文献データベース１０００に送る。文献データベース１０００から文献データベース検索結果５１２を受け取るごとに、文献データベース検索部５１は、文献データベース検索結果抽出条件に基づき、文献データベース検索結果５１２から、雑誌名、著者名あるいは発明者名、発行日、本文、各文献データベースがつけたＩＤ番号等のデータを抽出して文献検索結果５１３として保持する。さらに、文献データベース検索部５１は、文献データベース検索結果抽出条件に基づいて、文献データベース検索結果５１２から各文献の詳細情報を検索する情報が抽出可能かどうかを判定し、可能な場合は、詳細情報を得るための文献データベース検索を行って、その結果を文献検索結果５１３に追加して保持する。これらの処理を、出力１５２あるいは第二の出力４１１に含まれるすべての文献検索キーワードで文献データベース１０００を検索し終わるまで繰り返す。出力１５２あるいは第二の出力４１１に含まれるすべての文献検索キーワードで文献データベース１０００を検索し終わった場合、文献データベース検索部５１は保持していた文献検索結果５１３を出力する。
【０１７０】
図２４のフローチャートを参照すると、文献データベース検索部５１の処理の詳細が示されている。
【０１７１】
文献データベース検索部５１は、出力１５２あるいは第二の出力４１１を受け取る。
【０１７２】
ステップ５１０１では、保持している文献データベースの所在の情報を読み込む。続いて、ステップ５１０２では、保持している文献データベース検索結果抽出条件を読み込む。次にステップ５１０３では、受け取った出力１５２あるいは第二の出力４１１の先頭から、文献検索キーワードとその種類の組を抽出する。そして、ステップ５１０４では、抽出した組の情報と、保持していた文献データベースの所在の情報をもとに、文献検索問合せ５１１を生成し、ステップ５１０５で、文献検索問合せ５１１を文献データベース１０００に送る。ステップ５１０６では、文献データベース１０００から、文献データベース検索結果５１２を受け取り、それを保持する。次に、ステップ５１０７では、保持している文献データベース検索結果抽出条件に基づき、文献データベース検索結果５１２から、雑誌名、著者名あるいは発明者名、発行日、本文、各文献データベースがつけたＩＤ番号等のデータを抽出し、それを文献検索結果５１３として保持する。
【０１７３】
ステップ５１０８では、文献データベース検索結果５１２から各文献の詳細情報を検索する情報が抽出可能かどうかを判定し、可能な場合は、詳細情報を得るための文献検索問合せ５１１を生成し、ステップ５１０３からの検索処理を再び行わせる。文献の詳細情報を検索する情報が抽出できない場合は、ステップ５１０９へと進む。ステップ５１０９では、出力１５２あるいは第二の出力４１１として受け取った文献検索キーワードによる検索をすべて行ったか確かめる。すべて行った場合、ステップ５１１０で、保持していた文献検索結果５１３を出力する。まだすべて検索が終わっていない場合は、ステップ５１０３に戻る。
【０１７４】
ここで、ステップ５１０９で、文献検索結果５１３を保持する代わりに逐次出力をしてもよい。その場合、ステップ５１１０では、文献検索を終了する。また、ここで文献検索を終了する代わりに、検索完了を示す情報を出力してもよい。これにより、利用者に検索完了を明示することができる。
【０１７５】
また、上記では、文献データベース１０００の所在や、文献データベース検索結果５１２からどの文献データを抽出するかは規定であったが、もちろん、これらをユーザが指定することもできる。
【０１７６】
次に、第五の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下は、ユーザが遺伝子あるいはタンパク質の名前の検索キーワードとして「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、ＰｕｂＭｅｄにより学術論文の文献検索を行った場合を示している。
【０１７７】
ユーザが「ｐｅｎｄｒｉｎ」を入力としたとき、前述の第一乃至第四の実施形態により、別名として、「ＰＤＳ」、「ＤＦＮＢ４」、「ＳＬＣ２６Ａ６」等が得られている。文献データベース検索部５１はこの情報を受け取る。文献データベース検索部５１は、各種の文献データベース１０００について、その所在の情報を保持している。そして、文献データベース検索部５１は、データベースの所在の情報と、文献検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎという情報から、文献検索問合せ５１１を生成する。ここで生成された文献検索問合せ５１１は、本実施例では、ＰｕｂＭｅｄそのもののＵＲＬにＣＧＩによる検索文字列を結合したものであり、検索文字列のテンプレート中の検索キーワードがｐｅｎｄｒｉｎに置き換えられたものである。
【０１７８】
通常のＷｅｂブラウザを用いた検索において、ＰｕｂＭｅｄで遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎを検索すると、図２５に示すような結果が得られる。図２５に示すように、その結果は、所定の場所に「Ｈｕｌａｎｄｅｒ  Ｍ」といった著者名、「Ｌａｃｋ  ｏｆ  ｐｅｎｄｒｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｌｅａｄｓ  ｔｏ  ｄｅａｆｎｅｓｓ  ａｎｄ  ｅｘｐａｎｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｅｎｄｏｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔ  ｉｎ  ｉｎｎｅｒ  ｅａｒｓ  ｏｆ  Ｆｏｘｉ１  ｎｕｌｌ  ｍｕｔａｎｔ  ｍｉｃｅ  」といった題名、「Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ」といった雑誌名、「２００３  Ｍａｙ  １」といった発行日、「１２６４２５０３」といったＰｕｂＭｅｄ  ＩＤ等が表示される。
【０１７９】
これらのことから、文献データベース検索の結果として、通常のＷｅｂブラウザによる検索と同様の結果が得られるならば、ＨＴＭＬ形式の検索結果中、所定位置もしくは書式の部分を抽出すれば、著者名や題名あるいは雑誌名等の情報が得られる。この抽出した情報を文献検索結果５１３として保持する。
【０１８０】
次に、この場合、文献データベース検索部５１は、図２５に示すような文献データベース検索結果５１２であるので、その書式から各文献の詳細情報が検索可能であり、そのための情報が抽出可能であると判定する。そこで、文献データベース検索部５１は、ＰｕｂＭｅｄ  ＩＤの情報を抽出し、各文献の詳細情報を取得するべく、再び、文献データベースの検索を行う。
【０１８１】
ＰｕｂＭｅｄ  ＩＤの情報をもとに、前述した処理と同様の処理を行うと、図２６に示すような文献検索結果５１３が得られる。図２６に示すように、その結果は、所定の場所に文献の概要、著者名、題名、雑誌名等が表示される。これらのことから、文献データベース検索の結果として、通常のＷｅｂブラウザによる検索と同様の結果が得られるならば、文献の概要等の情報が得られる。この抽出した情報を文献検索結果５１３として保持する。
【０１８２】
ここで、文献データベース検索部５１は、図２６に示すような文献データベース検索結果５１２であるので、その書式から、これ以上の詳細情報は検索できないと判定する。
【０１８３】
次に、出力１５２あるいは第二の出力４１１として受け取った文献検索キーワードによる検索をすべて行ったか確かめる。今回の場合、検索を行ったのは  ｐｅｎｄｒｉｎに関してのみなので、順次、前述の処理を行って、「ＰＤＳ」、「ＤＦＮＢ４」、「ＳＬＣ２６Ａ６」等に関する論文を取得する。
【０１８４】
そして、出力１５２あるいは第二の出力４１１として受け取った文献検索キーワードによる検索をすべて行った後、保持していた文献検索結果５１３を出力する。
【０１８５】
図２７のブロック構成図を参照すると、本発明の第六の実施形態が示されている。本発明の第六の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、第五の実施形態で得た文献検索結果を統合したり、並べ替えたりする等により出力するものである。
【０１８６】
図２７に示すように、本発明の第六の実施形態は、上述の第五の実施形態に、文献検索結果解析部６１が加わった構成である。よって、以下では、文献検索結果解析部６１についてのみ説明する。
【０１８７】
文献検索結果解析部６１は、文献検索結果解析ルールを保持している。文献検索結果解析ルールは、例えば、文献検索結果５１３が同一の文献に関する同一の情報を含む場合に重複を除去する、文献ごとにインデックスを付ける、文献数を数える、発表年月の順に並べ替える、雑誌名で並べ替える、著者名で並べ替える等のルールを含む。
【０１８８】
文献検索結果解析部６１は、文献検索結果５１３を受け取ると、上述のような文献検索結果解析ルールに従って、内容の並べ替え、インデックスの付加、文献数の付加、重複の除去等を行って、文献検索解析結果６１１として出力する。
【０１８９】
次に、第六の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下は、ユーザが遺伝子あるいはタンパク質の名前の検索キーワードとして「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、第四の実施形態により、遺伝子あるいはタンパク質の名前の補完を行って、第五の実施形態によりＰｕｂＭｅｄにより学術論文の文献検索を行った後、「ｐｅｎｄｒｉｎ」と「ＳＬＣ２６Ａ４」に関する学術論文について、重複するものを除去し、結果を統合して表示する場合の例を示す。
【０１９０】
文献検索結果解析部６１は、文献検索結果５１３を受け取る。図２８は、文献検索結果５１３として、ＰｕｂＭｅｄで「ｐｅｎｄｒｉｎ」を検索した際の結果を示している。また、図２９は、文献検索結果として、ＰｕｂＭｅｄにおいて、第四の実施形態により補完された遺伝子あるいはタンパク質の名前である「ＳＬＣ２６Ａ４」を検索した際の結果を示している。すると、各々の文献検索結果５１３中に、重複する学術論文があることがわかる。そこで、文献検索結果解析部６１は、図３０のように、重複する論文を除去し、結果を統合した文献検索結果を生成する。
【０１９１】
図３１のブロック構成図を参照すると、本発明の第七の実施形態が示されている。本発明の第七の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法は、第五の実施形態あるいは第六の実施形態の出力を受けて、文献検索の結果を整形し出力するものである。
【０１９２】
図３１に示すように、本発明の第七の実施形態は、第五の実施形態あるいは第六の実施形態に整形出力部７１が付け加えられた構成である。よって、以下では、整形出力部７１についてのみ説明する。
【０１９３】
整形出力部７１は、文献検索結果が含む情報をどのような形式で出力するかを表す整形出力ルールを保持している。整形出力ルールとしては、例えば、はじめにユーザが指定した検索キーワードの表示色を変える、遺伝子名とその別名をまとめて表示する、タンパク質名とその別名をまとめて表示する、すべての文献のＩＤ番号と概要をリスト形式で表示する等を定めておく。
【０１９４】
整形出力部７１は、文献検索結果５１３あるいは文献検索解析結果６１１を受け取ると、上述のような整形出力ルールに従って、文献中の検索キーワードの表示色を変える、遺伝子あるいはタンパク質の名前と別名の表示、文献のＩＤ番号と概要のリスト状の表示等といった出力の整形を行って、整形出力結果７１１として出力する。
【０１９５】
次に、第七の実施形態の具体的な実施例について、図面を参照して詳細に説明する。以下は、ユーザが遺伝子あるいはタンパク質の名前の検索キーワードとして「ｐｅｎｄｒｉｎ」と入力し、第四の実施形態により、遺伝子あるいはタンパク質の名前の補完を行って、第五の実施形態によりＰｕｂＭｅｄにより学術論文の文献検索を行った後、文献中の検索キーワードの表示色の変更、文献の概要のリスト状の表示等を行った場合の例を示す。
【０１９６】
整形出力部７１は、文献検索結果５１３あるいは文献検索解析結果６１１を受け取ると、上述のような整形出力ルールに従って、文献中の検索キーワードの表示色を変える、遺伝子あるいはタンパク質の名前と別名の表示、文献のＩＤ番号と概要のリスト状の表示等といった出力の整形を行って、図３２のような整形出力結果７１１を出力する。
【０１９７】
【発明の効果】
以上、説明したように、本発明においては、次のような効果を奏する。
【０１９８】
第一の効果は、検索を行う研究者の知る遺伝子あるいはタンパク質の名前だけで検索を行っても、漏れの少ない検索結果が得られることである。その理由は、本発明の生物情報検索システム及び検索方法が、研究者の知る情報で検索を行った結果を用いて更なる検索を行うからである。
【０１９９】
第二の効果は、遺伝子あるいはタンパク質の名前以外を検索キーワードにして検索を行っても、これらの名前以外で検索できない生物情報データベースからの検索まで得られることである。その理由は、本発明の生物情報検索システム及び検索方法が、遺伝子あるいはタンパク質の名前以外を検索キーワードにして検索を行って、得られた結果から遺伝子あるいはタンパク質の名前を抽出してさらなる検索を行うからである。
【０２００】
第三の効果は、研究者が生物情報データベースを研究する際の負担を軽減することである。その理由は、第一及び第二の効果により、研究者自身が生物情報データベースの検索を繰り返し行うことが不要になるからである。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明の第一の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図２】ユーザ入力受付部において実施される処理の流れを説明したフローチャートある。
【図３】クエリ生成部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図４】生物情報データベース検索部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図５】生物情報データベース検索部の別の形態において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図６】検索結果解析部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図７】出力制御部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図８】出力制御部の別の形態において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図９】出力制御部のさらなる別の形態において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図１０】出力情報指定保持部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図１１】生物情報検索における生物情報の入力画面の一例である。
【図１２】生物情報検索におけるＬｏｃｕｓＬｉｎｋの結果画面の一例である。
【図１３】生物情報検索におけるＥｎｔｒｅｚの結果画面の一例である。
【図１４】生物情報検索におけるＥｎｔｒｅｚの結果画面の別の一例である。
【図１５】生物情報検索におけるＢＬＡＳＴの相同性検索結果画面の一例である。
【図１６】本発明の第二の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図１７】本発明の第二の実施形態の別の形態における生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図１８】生物情報検索における出力条件の入力画面の一例である。
【図１９】本発明の第三の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図２０】検索手順設定部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図２１】生物情報データベース検索制御部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図２２】本発明の第四の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図２３】本発明の第五の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図２４】文献データベース検索部において実施される処理の流れを説明したフローチャートである。
【図２５】文献検索におけるＰｕｂＭｅｄの結果画面の一例である。
【図２６】文献検索におけるＰｕｂＭｅｄの結果画面の別の一例である。
【図２７】本発明の第六の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図２８】遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎを入力した際の文献検索結果画面である。
【図２９】遺伝子あるいはタンパク質の名前としてＳＬＣ２６Ａ４を入力した際の文献検索結果画面である。
【図３０】遺伝子あるいはタンパク質の名前としてｐｅｎｄｒｉｎ、ＳＬＣ２６Ａ４を入力した際に、その結果を冗長性をなくす等、検索結果を統合した解析結果画面である。
【図３１】本発明の第七の実施形態の生物情報検索システム及び検索方法の構成を示したブロック構成図である。
【図３２】遺伝子あるいはタンパク質の名前で文献を検索した際に、その結果をルールに基づいて整形した出力結果画面である。
【符号の説明】
１１    ユーザ入力受付部
１２    クエリ生成部
１３    生物情報データベース検索部
１４    検索結果解析部
１５    出力制御部
１６    出力情報指定保持部
２１    出力情報設定部
２２    第二のユーザ入力受付部
３２    検索手順設定部
３３    生物情報データベース検索制御部
４１    検索キーワード補完部
５１    文献データベース検索部
６１    文献検索結果解析部
７１    整形出力部
１０１    ユーザ入力
１１１    ユーザクエリ
１２１    生物情報データクエリ
１２２    検索完了情報
１３１    問合せ
１３２    検索結果
１３３    生物情報データベース検索結果
１３４    エラー情報
１４１    抽出条件要求
１４２    解析結果
１５１    再検索クエリ
１５２    出力
１６１    抽出条件
１６２    出力情報指定
２０１    ユーザ出力情報指定
２１１    出力指定情報
３２１    生物情報データベースクエリリスト
３２２    ユーザクエリ情報
３３１    生物情報データベースクエリ
４１１    第二の出力
５１１    文献検索問合せ
５１２    文献データベース検索結果
５１３    文献検索結果
６１１    文献検索解析結果
７１１    整形出力結果
９９９    生物情報データベース
１０００    文献データベース
【図１】
2004318321.tif 000003
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
2004318321.tif 000007
【図６】
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【図７】
2004318321.tif 000009
【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
2004318321.tif 000033
【図３２】
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