(57)【要約】      （修正有）【課題】カヤツリグサ科植物の染色体構造の解明。【解決手段】特定の塩基配列を含有してなる、カヤツリグサ科植物由来レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸；（ｉ）該核酸若しくはそのアンチセンス鎖、又は（ｉｉ）前記（ｉ）の核酸中のユニーク配列からなる断片若しくはそのアンチセンス鎖をプローブとして用いて、動原体を検出する染色体の解析方法；並びに該核酸の配列若しくはその隣接配列中の少なくとも２０ヌクレオチド長の連続配列からなるプライマーと、該核酸に対するアンチセンス鎖中の少なくとも２０ヌクレオチド長の連続配列からなるプライマーとからなるプライマー対又は該核酸を増幅しうるプライマー対を用い、核酸増幅反応を介して、動原体領域中の配列からなる核酸を増幅する染色体の解析方法。【選択図】  なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列を含有してなる、カヤツリグサ科植物由来レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸。
【請求項２】
縮重を介して、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列とは異なる塩基配列を含有してなる、請求項１記載の核酸。
【請求項３】
配列番号：５、６、７及び８からなる群より選ばれた１種のアミノ酸配列と少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり、かつ下記（ａ）：
（ａ）配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている
を満たすアミノ酸配列をコードする塩基配列を含有してなる、請求項１記載の核酸。
【請求項４】
ストリンジェントな条件下に、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列からなる核酸のアンチセンス鎖とハイブリダイズし、かつコードされるアミノ酸配列が、下記（ａ）：
（ａ）配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている
を満たす配列である、請求項１記載の核酸。
【請求項５】
（ｉ）請求項１〜４いずれか１項に記載の核酸若しくはそのアンチセンス鎖、又は
（ｉｉ）前記（ｉ）の核酸中のユニーク配列からなる断片若しくはそのアンチセンス鎖
をプローブとして用いて、動原体を検出することを特徴とする、染色体の解析方法。
【請求項６】
該（ｉｉ）の断片若しくはそのアンチセンス鎖が、配列番号：１の塩基番号：１〜６１６、配列番号：２の塩基番号：１〜５０９、配列番号：３の塩基番号：１〜５１０及び配列番号：４の塩基番号：１〜５０９からなる群より選ばれた核酸である、請求項５記載の解析方法。
【請求項７】
下記▲１▼又は▲２▼のプライマー対：
▲１▼  請求項１〜４いずれか１項に記載の核酸の塩基配列若しくは該塩基配列の隣接配列中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーと、請求項１〜４いずれか１項に記載の核酸に対するアンチセンス鎖中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーとからなるプライマー対、又は
▲２▼  前記請求項１〜４いずれか１項に記載の核酸を増幅しうるプライマー対
を用い、核酸増幅反応を介して、動原体領域中の配列からなる核酸を増幅することを特徴とする、染色体の解析方法。
【請求項８】
プライマー対が、
配列番号：９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、
配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１１に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、及び
配列番号：１２に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１３に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対
からなる群より選ばれた１種である、請求項７記載の解析方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、分散型（非局在型）動原体のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸、及び植物の染色体の解析方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
現在、植物の機能の解明、より有用な植物の育種等を目的として、植物のゲノム解析、タンパク質機能解析等が行なわれている。このような解析において、特に、染色体の構造の解析は、重要である。
【０００３】
植物等の生物は、それぞれの種に固有の数及び形態の染色体を有する。染色体が、生体内で機能するためには、動原体、テロメア、複製起点等の種々の要素が必要であると考えている。
【０００４】
前記動原体は、多くの動物細胞及び植物細胞においては、染色体上の１ヶ所に動原体構造が局在する「局在型動原体（ｌｏｃａｌｉｚｅｄ  ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ）」である。しかしながら、動物では、カメムシ類、カイコ、チョウ等、植物では、カヤツリグサ科植物、イグサ科植物、モウセンゴケ属植物等の限られた分類群においては、前記動原体は、染色体の全体にわたって動原体構造が分散している「分散型（非局在型）動原体（ｎｏｎｌｏｃａｌｉｚｅｄ  ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ）」である。
【０００５】
一方、前記局在型動原体及び分散型動原体のうち、Ｔｙ３／ｇｙｐｓｙ型のレトロトランスポゾンは、局在型動原体に見いだされることが報告されている（非特許文献１、非特許文献２）。
【０００６】
【非特許文献１】
ゲルノート（Ｇｅｒｎｏｔ  Ｇ．  Ｐｒｅｓｔｉｎｇ）ら，  Ｔｈｅ  Ｐｌａｎｔ  Ｊｏｕｒｎａｌ，  （１９９８）  １６（６），  ７２１−７２８
【非特許文献２】
ジャン（Ｊｉａｎｇ）  ら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．，  （１９９６）  ９３，  １４２１０−１４２１３
【０００７】
【発明が解決しようとする課題】
本発明は、植物、特に、カヤツリグサ科植物の染色体構造の解明、該カヤツリグサ科植物の人工染色体の構築を行なうための有用な動原体の検索等に用いられうるマーカーとなる核酸を提供することを目的とする。さらに、本発明は、植物、例えば、カヤツリグサ科植物、イグサ科植物、イネ科植物等の染色体の構造（例えば、動原体の位置等）を解明すること、動原体を効率よく単離すること、カヤツリグサ科植物に属する植物を簡便に同定すること等を可能にする、染色体の解析方法を提供することを目的とする。
【０００８】
【課題を解決するための手段】
本発明の要旨は、
〔１〕  配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列を含有してなる、カヤツリグサ科植物由来レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸、
〔２〕  縮重を介して、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列とは異なる塩基配列を含有してなる、前記〔１〕記載の核酸、
〔３〕  配列番号：５、６、７及び８からなる群より選ばれた１種のアミノ酸配列と少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり、かつ下記（ａ）：
（ａ）配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている
を満たすアミノ酸配列をコードする塩基配列を含有してなる、請求項１記載の核酸。
〔４〕  ストリンジェントな条件下に、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列からなる核酸のアンチセンス鎖とハイブリダイズし、かつコードされるアミノ酸配列が、下記（ａ）：
（ａ）配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている
を満たす配列である、前記〔１〕記載の核酸、
〔５〕  （ｉ）前記〔１〕〜〔４〕いずれか１項に記載の核酸若しくはそのアンチセンス鎖、又は
（ｉｉ）前記（ｉ）の核酸中のユニーク配列からなる断片若しくはそのアンチセンス鎖
をプローブとして用いて、動原体を検出することを特徴とする、染色体の解析方法、
〔６〕  該（ｉｉ）の断片若しくはそのアンチセンス鎖が、配列番号：１の塩基番号：１〜６１６、配列番号：２の塩基番号：１〜５０９、配列番号：３の塩基番号：１〜５１０及び配列番号：４の塩基番号：１〜５０９からなる群より選ばれた核酸である、前記〔５〕記載の解析方法、
〔７〕  下記▲１▼又は▲２▼のプライマー対：
▲１▼  前記〔１〕〜〔４〕いずれか１項に記載の核酸の塩基配列若しくは該塩基配列の隣接配列中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーと、前記〔１〕〜〔４〕いずれか１項に記載の核酸に対するアンチセンス鎖中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーとからなるプライマー対、又は
▲２▼  前記〔１〕〜〔４〕いずれか１項に記載の核酸を増幅しうるプライマー対を用い、核酸増幅反応を介して、動原体領域中の配列からなる核酸を増幅することを特徴とする、染色体の解析方法、並びに
〔８〕  プライマー対が、
配列番号：９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、
配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１１に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、及び
配列番号：１２に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１３に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対
からなる群より選ばれた１種である、前記〔７〕記載の解析方法、
に関する。
【０００９】
【発明の実施の形態】
本発明は、局在型動原体に局在することが知られていたＴｙ３／ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾン様配列が、予想外にも、カヤツリグサ科植物の分散型（非局在型）動原体において局在するという本発明者らの驚くべき知見に基づく。
【００１０】
本明細書において、カヤツリグサ科植物とは、スゲ属植物、ハリイ属植物等をいう。
【００１１】
本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸は、前記分散型動原体に局在するため、該核酸によれば、植物、特に、カヤツリグサ科植物の染色体から、動原体の局在位置の決定、該動原体の単離等を行なうことが可能になる。
【００１２】
分散型動原体を有する染色体は、該染色体が、小さい断片状のものとなっても、動原体を保持しているため、細胞分裂後期で正常な染色体の分配が行なわれる。したがって、本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸を用いることにより単離される動原体は、人工染色体の構築に用いられうる。
【００１３】
本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸は、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列を含有する核酸である。前記配列番号：１は、ツクシミノボロスゲ（Ｃａｒｅｘ ｎｕｂｉｇｅｎａ）由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列であり、前記配列番号：２は、ケタガネソウ（Ｃａｒｅｘ ｃｉｌｉａｔｏ−ｍａｒｇｉｎａｔａ）由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列であり、前記配列番号：３は、ササノハスゲ（Ｃａｒｅｘ ｐａｃｈｙｇｙｎａ）由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列であり、前記配列番号：４は、ヌマハリイ（Ｅｌｅｏｃｈａｒｉｓ ｍａｍｉｌｌａｔａ）由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列である。
【００１４】
本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸は、カヤツリグサ科植物の分散型動原体に局在するものであればよい。したがって、本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸としては、
（１）縮重を介して、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列とは異なる塩基配列を含有する核酸、
（２）配列番号：５、６、７及び８からなる群より選ばれた１種のアミノ酸配列と少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であり、かつ（ａ）配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている
を満たすアミノ酸配列をコードする塩基配列を含有した核酸、並びに
（３）ストリンジェントな条件下に、配列番号：１、２、３及び４からなる群より選ばれた１種の塩基配列からなる核酸のアンチセンス鎖とハイブリダイズし、かつコードされるアミノ酸配列が、前記（ａ）を満たす配列である核酸
が挙げられる。前記（１）〜（３）の核酸は、好ましくは、コードされるポリペプチドがインテグラーゼ様活性を呈することが望ましい。前記インテグラーゼ様活性は、例えば、配列に特異的なエンドヌクレアーゼ活性により測定されうる。
【００１５】
前記（１）の核酸は、該核酸中のインテグラーゼ領域の塩基配列が、遺伝子コードの縮重を介して異なる塩基配列である核酸であればよい。したがって、前記領域は、塩基配列レベルでは異なっていても、それにコードされるアミノ酸配列は１種類である。
【００１６】
前記（２）の核酸において、配列番号：５、６、７及び８からなる群より選ばれた１種のアミノ酸配列との配列同一性は、全配列の比較では、少なくとも４０％であり、好ましくは、５０％以上、より好ましくは、６０％以上、さらに好ましくは７０％以上、よりさらに好ましくは８０％であることが望ましく、Ｇｙｐｓｙに保存された領域では、前記全配列の場合よりも高い配列同一性であることが望ましい。
【００１７】
なお、本明細書において、「配列同一性」は、２つの分子（例えば、核酸又はポリペプチド）間における比較対象の配列の領域にわたって、適切なアルゴリズムで、最適な状態にアラインメントされた２つの配列間における同一残基（例えば、同一ヌクレオチド又は同一アミノ酸残基）を比較することにより決定されうる。本明細書においては、最適なアラインメント及びホモロジーを得るためのアルゴリズムとしては、ＢＬＡＳＴアルゴリズム、マルチプルアライメントプログラム（例えば、商品名：ＧＥＮＥＴＩＸ、商品名：ＤＮＡＳＩＳ等に組み込まれている）等が用いられ得、好ましくは、ＢＬＡＳＴアルゴリズムが用いられうる。
【００１８】
また、前記（２）の核酸は、前記配列同一性を有し、かつ前記（ａ）を満たすアミノ酸配列をコードする塩基配列を含有する。すなわち、前記（２）の核酸は、配列番号：７に示されるアミノ酸配列を参照配列として用い、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件により整列化させたアミノ酸配列中、該配列番号：７に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号：６、１１、１６、１８〜２３、２５〜３０、３２、３５、３８、４１、４５、５１、５５、５７、５８、６０、６５〜６７、７０〜７２、７４〜７７、８０〜８７、８９、９０、９６〜９８、１００、１０２〜１０８、１１１、１１４、１１６〜１１８、１２０、１２３、１２４、１２７、１３２〜１３８、１４６、１４９〜１５１、１５３、１５７及び１５８からなる群より選ばれたアミノ酸残基に対応する残基が保存されている。
【００１９】
なお、前記アミノ酸残基は、生理的に同等な物理化学的性質を与えるアミノ酸により置換されてもよい。本明細書において、前記「生理的に同等な物理化学的性質を与えるアミノ酸」とは、ポリペプチドの有する生理活性を維持し、かつ生体において、立体構造における形状の特徴、疎水性、電荷、ｐＫ等に関して同等の物理化学的性質を示しうるアミノ酸をいう。生理的に同等な物理化学的性質を与えるアミノ酸による置換としては、具体的には、下記１群〜６群：
１群  グリシン、アラニン、
２群  バリン、イソロイシン、ロイシン、
３群  アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、
４群  セリン、スレオニン、
５群  リジン、アルギニン、
６群  フェニルアラニン、チロシン、
のいずれかのグループにおいて、同じグループに属する他のアミノ酸による置換が挙げられる。
【００２０】
前記（３）の核酸において、「ストリンジェントな条件」としては、中等度より厳しいストリンジェントな条件、好ましくは、高ストリンジェントな条件が挙げられ、具体的には、プローブ  １３％、脱イオン化ホルムアミド  ４２％、硫酸デキストラン  ２３％、５×ＳＳＣの条件下で２５℃、好ましくは２０℃でハイブリダイゼーションを行ない、その後、順に、３７℃で１５分間２×ＳＳＣでの洗浄、室温で１５分間１×ＳＳＣでの洗浄、室温で１５分間４×ＳＳＣでの洗浄を行なうことが例示される。
【００２１】
さらに、前記（３）の核酸は、ストリンジェントな条件下にハイブリダイズし、かつ前記（ａ）の条件を満たすアミノ酸配列をコードする塩基配列を含有する。
【００２２】
なお、前記配列番号：５は、ツクシミノボロスゲ（Ｃａｒｅｘ ｎｕｂｉｇｅｎａ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列であり、前記配列番号：６は、ケタガネソウ（Ｃａｒｅｘ ｃｉｌｉａｔｏ−ｍａｒｇｉｎａｔａ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列であり、前記配列番号：７は、ササノハスゲ（Ｃａｒｅｘ ｐａｃｈｙｇｙｎａ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列であり、前記配列番号：８は、ヌマハリイ（Ｅｌｅｏｃｈａｒｉｓ ｍａｍｉｌｌａｔａ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列である。
【００２３】
前記配列番号：５〜８のそれぞれに示されるカヤツリグサ科植物由来レトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列と、オオムギ（Ｂａｒｌｅｙ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列（配列番号：１４）及びユリ科植物（Ｌ．ｈｅｎｒｙｉ）由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列（配列番号：１５）のそれぞれとの配列同一性は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムで、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件で整列化させた場合、下記表１に示す値となる。
【００２４】
【表１】
2004267033.tif 000002
【００２５】
本発明の核酸は、動原体に局在し、例えば、図３に示すように、カヤツリグサ科植物の染色体に分散して局在するため、植物、例えば、カヤツリグサ科植物の染色体構造の解明、該カヤツリグサ科植物の人工染色体の構築を行なうための有用な動原体の検索等に用いられうるマーカーとして利用されうる。したがって、本発明の核酸により、植物、例えば、カヤツリグサ科植物等の染色体の解析が可能になる。本発明の核酸を利用する、染色体の解析方法も本発明に含まれる。
【００２６】
本発明の染色体の解析方法によれば、本発明の核酸を利用するため、植物の染色体の構造を解明することができる。具体的には、植物の染色体上における動原体の位置を決定すること、動原体を効率よく単離すること、カヤツリグサ科植物に属する植物を簡便に同定すること等が可能なる。
【００２７】
本発明の染色体の解析方法は、本発明の核酸、そのアンチセンス鎖等を利用して、前記レトロトランスポゾン遺伝子を検出することにより行なわれうる。
【００２８】
より具体的には、本発明の染色体の解析方法としては、本発明の核酸に特異的にハイブリダイズする核酸、例えば、（ｉ）前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸若しくはそのアンチセンス鎖、又は
（ｉｉ）前記（ｉ）の核酸中のユニーク配列からなる断片若しくはそのアンチセンス鎖
をプローブとして用いて、動原体を検出することを特徴とする方法（態様１という）；及び
▲１▼  前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列若しくは該塩基配列の隣接配列中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーと、前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸に対するアンチセンス鎖中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列からなるプライマーとからなるプライマー対、又は
▲２▼  前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸を増幅しうるプライマー対を用い、核酸増幅反応を介して、動原体領域中の配列からなる核酸を増幅することを特徴とする方法（態様２という）が挙げられる。
【００２９】
態様１の方法において、プローブとして用いられる核酸は、本発明の核酸に特異的にハイブリダイズする核酸であり、好ましくは、高ストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸であることが望ましい。ここで、前記「高ストリンジェントな条件」としては、プローブ  １３％、脱イオン化ホルムアミド  ４２％、硫酸デキストラン  ２３％、５×ＳＳＣの条件下で、２５℃、好ましくは２０℃で、被験対象の染色体を転写したメンブランと、プローブとのハイブリダイゼーションを行ない、ついで、ハイブリダイズ後のメンブランを、順に、３７℃で１５分間２×ＳＳＣ、室温で１５分間１×ＳＳＣ、室温で１５分間４×ＳＳＣの条件で洗浄すること等が挙げられる。態様１の方法においては、かかる条件下で、本発明の核酸に特異的にハイブリダイズする核酸をプローブとして用いることができる。
【００３０】
前記「本発明の核酸に特異的にハイブリダイズする核酸」としては、例えば、本発明の核酸中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列内において、少なくとも８０％、好ましくは、８５％以上、より好ましくは、９０％以上、さらに好ましくは、９５％以上、特に好ましくは１００％の配列同一性を有する核酸が挙げられ、具体的には、例えば、（ｉ）前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸若しくはそのアンチセンス鎖
（ｉｉ）前記（ｉ）の核酸中のユニーク配列からなる断片若しくはそのアンチセンス鎖
等が挙げられる。
【００３１】
前記「アンチセンス鎖」とは、対象となる核酸をセンス鎖とした場合の逆側の鎖を意味し、対象となる核酸と前記「高ストリンジェントな条件」下でハイブリダイズする核酸、好ましくは、対象となる核酸と少なくとも１個、具体的には、１若しくは複数個のヌクレオチド残基が異なる核酸、より好ましくは、対象となる核酸に完全に相補的な核酸であることが望ましい。
【００３２】
前記「ユニーク配列」とは、対象となる核酸中の配列のうち、「本発明の核酸以外の配列」との配列同一性が、２０％以下、好ましくは、１５％以下、より好ましくは、１０％以下、さらに好ましくは、５％以下、特に好ましくは、０％である配列を意味する。なお、ユニーク配列についての「配列同一性」は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用い、期待値  １０及びワードサイズ（ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ）  ３の条件で整列化させ、ホモロジーを算出することにより決定されうる。
【００３３】
前記（ｉｉ）の断片若しくはそのアンチセンス鎖としては、具体的には、配列番号：１の塩基番号：１〜６１６若しくはそのアンチセンス鎖、配列番号：２の塩基番号：１〜５０９若しくはそのアンチセンス鎖、配列番号：３の塩基番号：１〜５１０若しくはそのアンチセンス鎖、配列番号：４の塩基番号：１〜５０９若しくはそのアンチセンス鎖等が挙げられる。
【００３４】
態様１の方法は、例えば、
１）  被験対象の染色体の核酸を適切な制限酵素で消化するステップ、
２）  前記ステップ１）で得られた消化産物を電気泳動するステップ、
３）  前記ステップ２）で得られた電気泳動後の産物を、メンブランに転写するステップ、
４）  前記ステップ３）で得られたメンブランと、前記プローブとのハイブリダイゼーションを行なうステップ、及び
５）  前記４）のハイブリダイゼーション後のメンブラン上のハイブリダイズしたプローブを検出するステップ、
を含むプロセス等により行なわれうる。
【００３５】
前記ステップ１）において、制限酵素としては、特定塩基配列を認識し、特定部位を切断する制限酵素が挙げられる。
【００３６】
前記ステップ２）において、電気泳動には、慣用のアガロースゲル、ポリアクリルアミドゲル等が用いられうる。
【００３７】
前記ステップ３）において、メンブランへの転写は、例えば、慣用のサザンブロットハイブリダイゼーションの手法、例えば、モレキュラークローニング・ア・ラボラトリーマニュアル第２版〔ザンブルーク（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）ら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ２ｎｄ  ｅｄ．，  １９８０  〕等に記載の方法に従って行なわれうる。
【００３８】
前記ステップ４）において、用いられるプローブは、慣用の標識物質により標識されていることが望ましい。前記標識物質としては、例えば、放射性物質（３２Ｐ、３５Ｓ等）、蛍光物質（例えば、ローダミン、ＦＩＴＣ等）等が挙げられる。かかる標識物質によるプローブの標識は、該標識物質を有する標識ヌクレオチドとして用いて、酵素的にプローブに取り込ませる方法、該標識物質を有する標識ヌクレオチドとして用いて、化学合成によりプローブを作製する方法等により行なわれうる。
【００３９】
また、前記ステップ４）におけるハイブリダイゼーションは、ストリンジェントな条件下、好ましくは、前述の「高ストリンジェントな条件」下に行なわれうる。なお、当業者であれば、前記「高ストリンジェントな条件」を、例えば、前記モレキュラークローニング・ア・ラボラトリーマニュアル第２版等に記載の方法に基づき、より厳しい条件とすることができる。具体的には、高温下、例えば、プローブのＴｍ値−２０℃以上、好ましくは、Ｔｍ値−１０℃以上、より好ましくは、Ｔｍ値−８℃以上でのハイブリダイゼーション；低イオン条件下での洗浄、例えば、１×ＳＳＣ、より厳しい条件としては、０．２×ＳＳＣ、さらに厳しい条件としては、０．１×ＳＳＣでの洗浄；高温下、例えば、プローブのＴｍ値−２０℃以上、好ましくは、Ｔｍ値−１０℃以上、より好ましくは、Ｔｍ値−８℃以上での洗浄等が挙げられる。なお、前記プローブのＴｍ値は、前記モレキュラークローニング・ア・ラボラトリーマニュアル第２版等に記載の産出方法により算出されうる。
【００４０】
前記ステップ５）において、ハイブリダイズしたプローブは、該プローブに含まれる標識物質に由来するシグナルを指標として検出されうる。
【００４１】
態様１の方法により、染色体上の動原体の位置を決定する場合、ステップ２）において、同時にサイズマーカーを電気泳動し、かかるサイズマーカーの移動度を測定すること、染色体上の局在位置が既に決定されている既知遺伝子を含む核酸をプローブとして用いて、かかる既知遺伝子を含む核酸との相対位置を決定すること、ＤＮａｓｅ処理後ハイブリダイズさせること、ハイブリダイズ後ＳＳＣで洗浄してから検出し、蛍光顕微鏡で写真撮影すること等により行なわれうる。
【００４２】
染色体上の動原体の位置を決定する場合に用いられる「被験対象の染色体」は、慣用の手法により単離されうる。前記「染色体上の局在位置が既に決定されている既知遺伝子」としては、例えば、１８Ｓ  ｒＤＮＡ、５Ｓ  ｒＤＮＡ、テロメア等が挙げられる。かかる既知遺伝子の染色体上の位置は、末端や２次狭窄の位置にある。
【００４３】
態様１の方法により、動原体を単離する場合、動原体を含む核酸は、前記ステップ５）で検出されたシグナルと同じ移動度の位置の電気泳動バンドのゲルを切り出し、ゲルから、慣用の核酸単離法で核酸を単離することにより得られうる。用いられる「被験対象の染色体」としては、カヤツリグサ科植物、イグサ科植物、イネ科植物等由来の染色体等が挙げられる。
【００４４】
また、態様１の方法により、カヤツリグサ科植物の同定を行なう場合、前記ステップ１）〜３）のステップの代わりに、被験対象となる植物由来の染色体をメンブランにブロットするステップを行なえばよい。メンブランへの被験対象となる植物由来の染色体のブロットは、いわゆるドットブロットハイブリダイゼーションと同様の手法により行なえばよい。用いられる「被験対象の染色体」としては、カヤツリグサ科植物であることが疑われる植物等に由来する染色体等が挙げられる。
【００４５】
また、態様１の方法により、染色体上の動原体の位置を決定する方法の別法としては、植物の染色体標品のプレパラートを作製し、該プレパラートと前記プローブとを用いた蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行なう方法が挙げられる。蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションの条件としては、ＤＮａｓｅ処理後ハイブリダイズさせ、ＳＳＣで洗浄してから検出し、蛍光顕微鏡で写真撮影すること等が挙げられる。また、この場合、プローブを標識するための標識物質として、ローダミン、ＦＩＴＣ等が用いられる。プレパラートは、例えば、プロトプラスト空気乾燥法とにより作製されうる。
【００４６】
態様２の方法において、プライマーの長さは、少なくとも２０ヌクレオチド長であることが望ましい。
【００４７】
また、プライマーの配列は、前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列若しくは該塩基配列の隣接配列中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列、前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸若しくは該塩基配列の隣接配列に対するアンチセンス鎖中における少なくとも２０ヌクレオチド長の連続した塩基配列、前記レトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸を増幅しうるオリゴヌクレオチドの塩基配列であることが好ましい。
【００４８】
プライマー対としては、具体的には、配列番号：９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、配列番号：１０に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１１に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対、配列番号：１２に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号：１３に示される塩基配列からなるプライマーとのプライマー対が挙げられる。
【００４９】
態様２の方法においては、前記プライマーは、増幅産物の検出を容易にするために、前記標識物質により標識されていてもよい。
【００５０】
態様２の方法は、具体的には、
１）  被験対象の染色体を鋳型とし、前記プライマー対を用いて核酸増幅反応を行なうステップ、及び
２）  前記ステップ１）で得られた反応産物中の増幅産物を検出するステップ、を含むプロセスにより行なわれうる。なお、前記「反応産物」とは、核酸増幅反応後の反応液をいい、前記「増幅産物」とは、核酸増幅反応で鋳型から増幅されて生じた産物をいう。
【００５１】
前記ステップ１）において、核酸増幅は、慣用のＰＣＲで行なわれうる。核酸増幅反応のサーマルプロファイルとしては、用いるプライマーのＴｍ値等により異なるが、変性：９４  ℃、０．５分、アニーリング：４２℃、０．５分及び伸長：７２℃、０．５分を１サイクルとする３０サイクルの反応が挙げられる。
【００５２】
前記ステップ２）において、反応産物中の増幅産物は、
▲１▼  反応産物を慣用のゲル電気泳動に供し、電気泳動後のゲルを、臭化エチジウム、銀染色試薬等で染色して可視化させて検出すること、
▲２▼  標識されたプライマーを用いる場合、反応産物を慣用のゲル電気泳動に供し、電気泳動後のゲル上の標識プライマーに由来するシグナルを検出すること
等により検出されうる。
【００５３】
態様２の方法によれば、動原体の単離、カヤツリグサ科植物の同定を行なうことができる。動原体を単離する場合、前記「被験対象の染色体」として、カヤツリグサ科植物、イグサ科植物、イネ科植物由来の染色体が用いられる。また、カヤツリグサ科植物の同定を行なう場合、「被験対象の染色体」としては、カヤツリグサ科植物であることが疑われる植物等に由来する染色体等が用いられる。
【００５４】
【実施例】
実施例１
カヤツリグサ科植物（Ｃｙｐｅｒａｃｅａｅ）〔ケタガネソウ（Ｃａｒｅｘ ｃｉｌｉａｔｏ−ｍａｒｇｉｎａｔａ）、ツクシミノボロスゲ（Ｃａｒｅｘ ｎｕｂｉｇｅｎａ）、ササノハスゲ（Ｃａｒｅｘ ｐａｃｈｙｇｙｎａ）及びヌマハリイ（Ｅｌｅｏｃｈａｒｉｓ ｍａｍｉｌｌａｔａ  ｖａｒ．ｃｙｃｌｏｃａｒｐａ）〕のそれぞれの葉０．１ｇを、液体窒素下、乳鉢と乳棒とで磨り潰した。得られた各産物から、アマシャム  ファルマシア社製、商品名：ファイトピュア（Ｐｈｙｔｏｐｕｒｅ）溶液を用い、製造者の説明書に従い、それぞれ、染色体ＤＮＡを抽出した。得られた各抽出物に、それぞれ、エタノールを添加し、氷上に放置して、ＤＮＡを沈澱させた。得られた各沈殿物に、ＴＥ緩衝液（組成：１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ８．０）１００〜３００μｌを添加し、染色体ＤＮＡ試料を得た。
【００５５】
得られた各染色体ＤＮＡ試料について、任意に塩基配列解析をした。その結果、驚くべきことに、ケタガネソウ、ツクシミノボロスゲ、ササノハスゲ及びヌマハリイのそれぞれにおいて、Ｔｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾン様の配列が存在することが見出され、カヤツリグサ科植物において、非局在型動原体のレトロトランスポゾンであるＴｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾンが存在することが示された。
【００５６】
そこで、既知のＴｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾンであるソルガム（ｓｏｒｇｈｕｍ、イネ科植物）由来のＴｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾンの塩基配列〔ジャン（Ｊｉａｎｇ）  ら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ９３，  １４２１０−１４２１３，  （１９９６）〕を参照し、イネ科植物のインテグラーゼ領域のアミノ酸配列とユリ科植物のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のアミノ酸配列との間で特にホモロジーが高い部分に基づき、２３種類のプライマーを設計した。これらのプライマーを対として組み合わせて用い、前記カヤツリグサ科植物の各染色体ＤＮＡ試料を鋳型として、ＰＣＲを行なった。ここで、ＰＣＲの条件は、変性：９４  ℃、０．５分、アニーリング：５２℃、０．５分及び伸長：７２℃、０．５分を１サイクルとする３０サイクルの反応、又は変性：９４  ℃、０．５分、アニーリング：４６℃、０．５分及び伸長：７２℃、０．５分を１サイクルとする３０サイクルの反応とした。しかしながら、増幅産物を得ることができなかった。
【００５７】
そこで、種々反応条件を検討した。
【００５８】
その結果、プライマーＦ６とプライマーＲ４とからなるプライマー対又はプライマー１ＦとプライマーＲ４とからなるプライマー対を用い、低いアニーリング温度条件（４２℃）に設定し、変性：９４  ℃、０．５分、アニーリング：４２℃、０．５分及び伸長：７２℃、０．５分を１サイクルとする３０サイクルの反応のサーマルプロファイルでＰＣＲを行なうことにより、初めて、５００ｂｐ〜６００ｂｐの増幅産物が得られた。
【００５９】
得られた増幅産物について、ｐＧＥＭ−Ｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍ（商品名、プロメガ社）を用いて、クローニングした。具体的には、前記増幅産物（約２５ｎｇ相当量）  １μｌと、２×Ｒａｐｉｄ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒ（プロメガ社製、商品名：ｐＧＥＭ−Ｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍに添付された緩衝液）  ５μｌと、ｐＧＥＭ−Ｔベクター（５０ｎｇ相当量）  １μｌと、滅菌精製水  ２μｌと、Ｔ４  ＤＮＡリガーゼ（３  ｗｅｉｓｓ  ｕｎｉｔｓ／μｌ）  １μｌとを混合し、ついで、得られた混合物を、４℃で１６時間インキュベートした。
【００６０】
次に、得られた産物  ３μｌを用いて、大腸菌ＪＭ１０９株を形質転換した。得られたコロニーを、ＬＢ培地（組成：１重量％  ペプトン、０．５重量％  酵母エキス、１重量％  ＮａＣｌ）で培養し、得られた培養物を用いて、慣用の方法により、プラスミドを単離した。
【００６１】
得られた各プラスミドを、制限酵素ＳａｃＩとＳａｃＩＩとで消化した。得られた消化産物をアガロースゲル電気泳動に供し、クローニングされたＤＮＡ断片の長さを測定した。
【００６２】
６００ｂｐ前後の長さのＤＮＡ断片について、商品名：ＤＹＥｎａｍｉｃ  ＥＴ  ＴｅｒｍｉｎａｔｅｒＣｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ〔アマシャム（Ａｍｅｒｓｈａｍ）社製〕とＡＢＩ  ３１０  ＤＮＡシークエンサーとを用いて、塩基配列を決定した。得られた塩基配列から、コードされるアミノ酸配列を推定し、日本ＤＮＡデータバンク（ＤＤＢＪ）のデータベースをＢＬＡＳＴサーチし、既知配列との相同性を調べた。
【００６３】
その結果、ｐＣｃＧｙ７（ケタガネソウ由来のＤＮＡ断片を含有）、ｐＣｎＧｙ２（ツクシミノボロスゲ由来のＤＮＡ断片を含有）、ｐＣｐＧｙ１（ササノハスゲ由来のＤＮＡ断片を含有）及びｐＥｍＧＹ５２（ヌマハリイ由来のＤＮＡ断片を含有）が、Ｔｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾンとの相同性を有する断片を含むことがわかった。配列番号：１に、ツクシミノボロスゲ由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列を示し、配列番号：２に、ケタガネソウ由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列を示し、配列番号：３に、ササノハスゲ由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列を示し、配列番号：４に、ヌマハリイ由来のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸の塩基配列を示す。
【００６４】
また、図１に示すように、ツクシミノボロスゲ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域、ケタガネソウ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域、ササノハスゲ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域及びヌマハリイ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域のそれぞれのアミノ酸配列は、カヤツリグサ科植物間において、約５０％以上の配列同一性を示した。その詳細を表２に示す。
【００６５】
【表２】
2004267033.tif 000003
【００６６】
実施例２
（１）サザンブロットハイブリダイゼーション解析
実施例１と同様に、カヤツリグサ科植物から染色体ＤＮＡ試料を得た。得られた染色体ＤＮＡ試料を制限酵素（ＢａｍＨＩ、ＨｉｎｄＩＩＩ又はＢｇｌＩＩ）で消化し、得られた消化産物を０．７％  アガロースゲル電気泳動に供した。
【００６７】
ついで、電気泳動後に得られたゲル上のＤＮＡをメンブラン（アマシャム  ファルマシア社製、商品名：Ｈｙｂｏｎｄ−Ｎ＋  ）に転写した。
【００６８】
また、前記実施例１で得られたＴｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾン遺伝子を含む断片を、アマシャム  ファルマシア社製、商品名：ＡｌｋＰｈｏｓ  Ｄｉｒｅｃｔキットを用いて、アルカリホスファターゼで標識した。得られた標識産物をプローブとして用いた。
【００６９】
前記メンブランと前記プローブを、アマシャム  ファルマシア社製、商品名：ＡｌｋＰｈｏｓ  Ｄｉｒｅｃｔキットに添付のプロトコールを参照して、ハイブリダイゼーション及び洗浄の操作を行なった。得られたメンブランを、商品名：ＣＤＰ−Ｓｔａｒ（アマシャム  ファルマシア社製）を基質として反応させ、化学蛍光を検出した。図２に代表例として、ケタガネソウの染色体ＤＮＡについての解析結果を示す。
【００７０】その結果、図２に示すように、ケタガネソウの染色体ゲノムに、Ｔｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾン遺伝子が局在することがわかった。
【００７１】
（２）蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）解析
スライドグラス上、植物の成長点の細胞を酢酸アルコール液で固定し、ついで、固定細胞を、酵素混合液〔セルラーゼ（４％）、ペクトリアーゼ（０．５％）〕で処理して、成長点を解離させた。ついで、空気乾燥法によりプレパラートを作製した。
【００７２】
また、ＤＩＧ−ニックトランスレーションミックス〔ロシュ（Ｒｏｃｈｅ）  社製〕を用いて、前記実施例１で得られたレトロトランスポゾン様配列を含む各プラスミドを蛍光標識し、蛍光標識プラスミドを得た。
【００７３】
通常のＦＩＳＨ法により、３７℃、１８時間、暗室下に、前記各プレパラートと、蛍光標識プラスミドとをハイブリダイズさせた。
【００７４】
ハイブリダイゼーション後のプレパラート上の染色体について、蛍光顕微鏡で観察し、高感度冷却ＣＣＤカメラで写真撮影した。その結果、各カヤツリグサ科植物において、染色体全体に顆粒状のシグナルが観察された。図３に代表例として、減数分裂太糸期におけるケタガネソウの染色体ＤＮＡについての解析結果を示す。
【００７５】
その結果、図３に示すように、減数分裂太糸期におけるケタガネソウにおいては、間期核には、顆粒状のシグナルが多数見られ、減数分裂太糸期の染色体には、染色体に連続して顆粒状のシグナルが散在していることがわかった。すなわち、カヤツリグサ科植物においては、Ｔｙ３／Ｇｙｐｓｙ型レトロトランスポゾン様配列が、染色体全体に局在していることが示唆された。
【００７６】
配列表フリーテキスト
配列番号：９は、プライマーＦ６の配列である。
【００７７】
配列番号：１０は、プライマーＲ４の配列である。
【００７８】
配列番号：１１は、プライマー１Ｆの配列である。
【００７９】
配列番号：１２は、プライマー４Ｆの配列である。
【００８０】
配列番号：１３は、プライマー７Ｒの配列である。
【００８１】
【発明の効果】
本発明のレトロトランスポゾン遺伝子からなる核酸によれば、植物、特に、カヤツリグサ科植物の染色体構造の解明、該カヤツリグサ科植物の人工染色体の構築を行なうための有用な動原体の検索等におけるマーカーとして利用されうる。さらに、本発明の染色体の解析方法によれば、植物、特に、カヤツリグサ科植物の染色体の構造（例えば、動原体の位置等）を解明することができ、動原体を効率よく単離することができ、カヤツリグサ科植物に属する植物を簡便に同定することできるという優れた効果を奏する。
【００８２】
【配列表】
2004267033.tif 000004
2004267033.tif 000005
2004267033.tif 000006
2004267033.tif 000007
2004267033.tif 000008
2004267033.tif 000009
2004267033.tif 000010
2004267033.tif 000011
2004267033.tif 000012
2004267033.tif 000013
2004267033.tif 000014
2004267033.tif 000015
【図面の簡単な説明】
【図１】図１は、カヤツリグサ科植物由来のトランスポゾンのインテグラゼー領域のアミノ酸配列を比較した結果を示す図である。図中、「Ｂａｒｌｅｙ」は、オオムギ由来のトランスポゾンのインテグラゼー領域（配列番号：１４）、「Ｌ．ｈｅｎｒｙｉ」は、ユリ科植物由来のトランスポゾンのインテグラゼー領域（配列番号：１５）、「Ｃ．ｎｕｂｉｇｅｎａ」は、ツクシミノボロスゲ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域（配列番号：６）、「Ｃ．ｃｉｌｉａｔｏ−ｍａｒｇｉｎａｔａ」は、ケタガネソウ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域（配列番号：５）、「Ｃ．ｐａｃｈｙｇｙｎａ」は、ササノハスゲ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域（配列番号：７）、「Ｅ・ｍａｍｉｌｌａｔａ」は、ヌマハリイ由来のレトロトランスポゾンのインテグラーゼ領域（配列番号：８）を示す。
【図２】図２は、ケタガネソウの染色体ＤＮＡのサザンブロットハイブリダイゼーション解析の結果を示す図である。
【図３】図３は、ケタガネソウの染色体ＤＮＡの蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション解析の結果を示す図である。図の大きさは、図中のスケールバーに示す通りである。
【図１】
2004267033.tif 000016
【図２】
2004267033.tif 000017
【図３】
2004267033.tif 000018