(57)【要約】      （修正有）【課題】抗腫瘍免疫応答を引き起こすためのワクチン組成物中で、または薬理的／免疫学的活性化合物および細胞の開発のための標的として使用され得る、ヒト腫瘍細胞のＨＬＡクラスＩ分子に由来する、新規ペプチド配列およびそれらの変異型を提供する。【解決手段】ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合すると、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができる、特定のアミノ酸配列からなるペプチド、又はその薬学的に許容可能な塩とする。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号８１のアミノ酸配列からなるペプチド、又はその薬学的に許容可能な塩。
【請求項２】
ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合すると、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができる、請求項１に記載のペプチド。
【請求項３】
前記ペプチドが、非ペプチド結合を含む、請求項１又は２に記載のペプチド。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドとＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）の８０個のＮ末端アミノ酸を含んでなる融合タンパク質。
【請求項５】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質をエンコードする核酸、または、該核酸が異種プロモーター配列と結合する、核酸。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸を発現する能力がある、発現ベクター。
【請求項７】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質 、請求項５に記載の核酸または請求項６に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞、または該組換え宿主細胞が樹状細胞もしくは抗原提示細胞である、組換え宿主細胞。
【請求項８】
医療において使用するための、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター 、または請求項７に記載の組換え宿主細胞。
【請求項９】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質または請求項５に記載の核酸を発現する、または請求項６に記載の発現ベクターを含んでなる、請求項７に記載の組換え宿主細胞を培養するステップと、前記ペプチドまたは前記融合タンパク質を前記組換え宿主細胞またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質を製造する方法。
【請求項１０】
Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
【請求項１１】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、請求項１０に記載の方法によって製造される、活性化Ｔリンパ球。
【請求項１２】
請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球を含んでなる薬剤であって、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドを提示する標的細胞を死滅させるための薬剤。
【請求項１３】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質を、または、ＭＨＣ分子と結合する請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドを、特異的に認識する抗体、または、前記抗体が可溶性または膜結合抗体である抗体、または、前記抗体が、免疫刺激ドメインまたは毒素を含むエフェクター機能を保有する、抗体。
【請求項１４】
がんの治療またはがんに対する薬剤の製造またはがん性細胞検出のための診断に使用するための薬剤であって、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の組換え宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球または請求項１３に記載の抗体を含む、薬剤。
【請求項１５】
がんが、配列番号８１に示されるペプチド配列を含んでなるタンパク質の過剰発現を示す、膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前 立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、および胆管がんの群から選択される、請求項１４に記載の薬剤。
【請求項１６】
（ａ）請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の組換え宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１３に記載の抗体を含有する医薬組成物を溶液または凍結乾燥形態で含んでなる容器を含み、さらに、（ｂ）凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；（ｃ）配列番号１〜配列番号８０、および配列番号８２〜配列番号１７８からなる群から選択される少なくとも１つのペプチド、並びに（ｄ）（ｉ）前記溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／若しくは使用のための取扱説明書の（ｂ）〜（ｄ）のいずれか１以上を含んでなるキット。
【請求項１７】
（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、および（ｖｉｉ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、請求項１６に記載のキット。
【請求項１８】
ＨＬＡリガンドと反応性であるＴ細胞受容体であって、前記ＨＬＡリガンドが配列番号８１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドである、もしくは前記ＨＬＡリガンドが前記ペプチドとＭＨＣ分子との複合体の一部である、Ｔ細胞受容体、または該Ｔ細胞受容体が可溶性または膜結合性であるＴ細胞受容体。
【請求項１９】
前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、および／または、免疫刺激ドメインまたは毒素を含むエフェクター機能を保有する、請求項１８に記載のＴ細胞受容体。
【請求項２０】
請求項１８または１９に記載のＴ細胞受容体をエンコードする核酸、または、該核酸が異種プロモーター配列と結合する、核酸。
【請求項２１】
請求項２０に記載の核酸を発現する、発現ベクター。
【請求項２２】
請求項２０に記載の核酸、または請求項１３に記載の抗体をコードする核酸、または請求項２１に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞、または、該組換え宿主細胞がＴ細胞またはＮＫ細胞である、組換え宿主細胞。
【請求項２３】
請求項２０に記載の核酸又は請求項２１に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞を培養するステップと、前記Ｔ細胞受容体を前記組換え宿主細胞および／またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項１８または１９に記載のＴ細胞受容体を製造する方法。
【請求項２４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質、またはＭＨＣ分子と結合する請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドを、特異的に認識するアプタマー。
【請求項２５】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質 、請求項１８または１９に記載のＴ細胞受容体、請求項７に記載の組換え宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、請求項１３に記載の抗体、請求項２４に記載のアプタマーからなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容できる担体、薬学的に許容可能な賦形剤および／または安定剤とを含んでなる医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、免疫療法において使用するためのペプチド、タンパク質、核酸、および細胞に関する。特に、本発明は、がんの免疫療法に関する。本発明は、単独のまたはその他の腫瘍関連ペプチドと組み合わされた、腫瘍関連Ｔ細胞ペプチドエピトープにさらに関し、それは、例えば、抗腫瘍免疫応答を刺激し、または生体外でＴ細胞を刺激して患者に移入する、ワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子と結合しているペプチド、またはペプチドそれ自体もまた、抗体、可溶性Ｔ細胞受容体、およびその他の結合分子の標的になり得る。
【０００２】
本発明は、ヒト腫瘍細胞のＨＬＡクラスＩ分子に由来する、いくつかの新規ペプチド配列およびそれらの変異型に関し、それらは抗腫瘍免疫応答を引き起こすためのワクチン組成物中で、または薬理的／免疫学的活性化合物および細胞の開発のための標的として、使用され得る。
【背景技術】
【０００３】
膵臓がんは、世界的に最も侵襲性で致死性のがんの１つである。２０１２年には、それは世界的に、男性では１７８，０００症例で１２番目に頻度が高いがんであり、女性では１６０，０００症例で１１番目に頻度の高いがんであった。同年、３３万人の死亡が報告され、膵臓がんは、がんによる死亡の７番目に頻度が高い原因となった（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００４】
膵臓がんは、単一のがん実体でなく、いくつかの異なるサブタイプが区別されなくてはならない。外分泌腫瘍は全ての膵臓がんのおよそ９５％を占め、導管および腺房（ａｃｉｎａｒｙ）腺がん、膵管内乳頭粘液性新生物（ＩＰＭＮ）、固形偽乳頭新生物、粘液性嚢腺腫、および漿液性嚢胞腺腫が含まれる。全ての膵臓がんの残る５％は、膵臓の神経内分泌腫瘍のサブグループに属する（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００５】
浸潤管腺がんは、最も侵襲性の形態の膵臓がんに相当し、その高い発生頻度（全膵臓がんの９０％）のために、疫学データは主にこの特定のサブタイプを反映する（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００６】
２０１２年には、全ての新規症例の６８％が先進国で発生し、発生率は、中欧および東欧、北米、アルゼンチン、ウルグアイ、オーストラリアで最も高かった。対照的に、アフリカや東アジアのほとんどの国は低発生率を示す。世界的に、発生率は、男女共に経時的にかなり安定しているように見える（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００７】
特異的な症状が欠如するために、膵臓がんは、典型的に、進行した、往々にして既に転移性の病期に診断される。診断時の予後は非常に不良であり、５年生存率は５％で発生対死亡率は０．９８である。（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００８】
大部分の患者が診断時に６５才を超えることから、高齢、そして米国では黒人人口が白人人口と比較して１．５倍高いリスクを有することから、人種などをはじめとする、膵臓がんを発症するリスクを増大させるいくつかの要素が報告されている。さらなるリスク因子は、喫煙、体脂肪率、糖尿病、非０型ＡＢ０血液型、膵炎、および膵臓がんの家族歴である（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【０００９】
全ての膵臓がん症例の最大１０％が、家族性に起こると考えられる。以下の遺伝子における生殖系列変異は、膵臓がんを発症するリスクの増大に関連している：ｐ１６／ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＲＣＡ２、ＰＡＬＢ２、ＰＲＳＳ１、ＳＴＫ１１、ＡＴＭ、およびＤＮＡミスマッチ修復遺伝子。さらに、膵臓がんの散発性症例は、異なるがん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の変異によっても特徴付けられる。管腺がんにおける最も一般的な変異は、発がん遺伝子ＫＲＡＳ（９５％）およびＡＩＢ１（最大６０％）、および腫瘍抑制遺伝子ＴＰ５３（７５％）、ｐ１６／ＣＤＫＮ２Ａ（９５％）、およびＳＭＡＤ４（５５％）内で発生する（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【００１０】
膵臓がん患者のための治療の選択肢は、非常に限られている。効果的治療のための１つの大きな問題は、診断時における典型的に進行した腫瘍病期である。さらに、膵臓がんは化学療法薬に対してかなり抵抗性であり、それは、緻密で乏血管性の線維形成性腫瘍間質によって引き起こされるかもしれない。
【００１１】
Ｇｅｒｍａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｏｃｉｅｔｙ、Ｇｅｒｍａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ａｉｄ、およびＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｉｅｓ  ｉｎ  Ｇｅｒｍａｎｙによって発表された指針によると、腫瘍の切除術が唯一の利用可能な根治的治療選択肢である。腫瘍が膵臓に限定されている、または転移が隣接する臓器に限定されている場合は、切除術が推奨される。腫瘍が遠位部位に広がっている場合は、切除術は推奨されない。切除術には、６ヶ月間にわたる、ゲムシタビンまたは５−フルオロウラシル＋／−ロイコボリンによるアジュバント化学療法が続く（Ｓ３−Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ  Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ  Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。
【００１２】
進行した段階の手術不能な腫瘍を有する患者は、化学療法と放射線化学療法との併用で治療され得る（Ｓ３−Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ  Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ  Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。
【００１３】
緩和的化学療法の標準レジメンは、単独療法としての、またはＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤エルロチニブと組み合わされた、ゲムシタビンである。代案の選択肢は、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸプロトコルとしてもまた知られている、５−フルオロウラシル、ロイコボリン、イリノテカン、およびオキサリプラチンの併用、あるいはＭＰＡＣＴ試験においてゲムシタビン単剤療法と比較して、優れた効果が示されたゲムシタビンとｎａｂ−パクリタキセルとの併用である。（Ｖｏｎ  Ｈｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｓ３−Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ  Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ  Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。
【００１４】
高い発生対死亡率は、膵臓がんにおいて、より有効な治療ストラテジーを実行することの差し迫った必要性を反映する。
【００１５】
いくつかのその他のがん実体において、効力のあることが既に示されている標的療法は、興味深い選択肢に相当する。したがって、進行した膵臓がんにおける標的療法の恩恵を評価するために、いくつかの研究が行われているが、不運にも成功は非常に非常に限られている。（Ｗａｌｋｅｒ  ａｎｄ  Ｋｏ，２０１４）。それでもなお、ＢＲＣＡ２またはＰＡＬＢ２の二対立遺伝子不活性化を有する浸潤性管腺がんは、ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ阻害剤およびマイトマイシンＣ療法に対してより感受性であることが示されたので、膵臓がんの遺伝子多様性は個別化治療法の可能性を提供するかもしれない。（Ｗｏｒｌｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。
【００１６】
腫瘍間質を標的とすることは、膵臓がんの新療法を開発するための代替アプローチを構成する。典型的に高密度で乏血管性の間質は、化学療法薬の障壁として機能し、腫瘍の増殖、浸潤、およびがん幹細胞の維持を促進するシグナルを伝達することが示された。したがって、間質枯渇および不活性化の影響が分析するために、種々の前臨床および臨床研究が設計された（Ｒｕｃｋｉ  ａｎｄ  Ｚｈｅｎｇ，２０１４）。
【００１７】
ワクチン接種ストラテジーは、膵臓がんの治療のためのさらに革新的で有望な代案として研究されている。ＫＲＡＳ変異体、反応性テロメラーゼ、ガストリン、サバイビン、ＣＥＡ、およびＭＵＣ１を標的とするペプチドベースのワクチンが臨床試験で既に評価されており、ある程度有望な結果が得られている。さらに、膵臓がん患者における、樹状細胞ベースのワクチン、同種異系ＧＭ−ＣＳＦ分泌ワクチン、およびアルゲンパンツセル−Ｌの臨床試験もまた、免疫療法の有益な効果を明らかにした。異なるワクチン接種プロトコルの効率をさらに調べるための追加的な臨床試験が、現在進行中である（Ｓａｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
がんの治療に伴う重度の副作用および費用を考慮すると、がん全般、そして特に肝臓がんの治療に使用し得る要素を同定する必要がある。がんのより良い診断、予後の評価、および治療成功の予測につながる、がん全般、特に膵臓がんのためのバイオマーカーに相当する要素を同定する必要性もまたある。
【００１９】
がんの免疫療法は、がん細胞を特異的に標的化しながら副作用を最小化する選択肢に相当する。がん免疫療法は、腫瘍関連抗原の存在を利用する。
【００２０】
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）の現行の分類は、次の主要群を含んでなる：
ａ）がん精巣抗原：Ｔ細胞によって認識され得る、これまでに同定された最初のＴＡＡはこのクラスに属し、元々はがん精巣（ＣＴ）抗原と称されたが、それは、そのメンバーが組織学的に異なるヒト腫瘍において発現し、正常組織では精巣の精母細胞／精原細胞のみに存在し、時として胎盤に存在するためであった。精巣の細胞は、クラスＩおよびＩＩ  ＨＬＡ分子を発現しないので、これらの抗原は正常組織のＴ細胞によって認識され得ず、したがって免疫学的に腫瘍特異的と見なされる。ＣＴ抗原の周知の例は、ＭＡＧＥファミリーメンバーおよびＮＹ−ＥＳＯ−１である。
ｂ）分化抗原：これらのＴＡＡは、腫瘍と、それから腫瘍が生じる正常組織との間で共有される。既知の分化抗原のほとんどは、メラノーマおよび正常メラノサイトに見いだされる。これらのメラノサイト系関連タンパク質の多くは、メラニン生合成に関与し、したがって腫瘍特異的でないが、それでもなおがん免疫療法のために広く利用されている。例としては、メラノーマに対するチロシナーゼとＭｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、または前立腺がんに対するＰＳＡが挙げられるが、これに限定されるものではない。
ｃ）過剰発現ＴＡＡ：広範に発現されるＴＡＡをエンコードする遺伝子は、組織学的に異なる型の腫瘍において検出され、多数の正常組織においても概してより低い発現レベルで検出されている。正常組織によってプロセスされて潜在的に提示され得るエピトープの多くは、Ｔ細胞認識の閾値レベル未満であり得る一方で、腫瘍細胞におけるそれらの過剰発現は、以前確立された免疫寛容を破壊することによってより、抗がん応答を始動し得る。このクラスのＴＡＡの顕著な例は、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、サバイビン、テロメラーゼまたはＷＴ１である。
ｄ）腫瘍−特異的抗原：これらのユニークなＴＡＡは、正常な遺伝子（β−カテニン、ＣＤＫ４など）の変異から生じる。これらの分子変化のいくつかは、腫瘍性形質転換および／または進行に関連している。腫瘍特異的抗原は、通常、正常組織に対する自己免疫反応のリスクなしに、強力な免疫応答を誘導できる。他方、これらのＴＡＡは、ほとんどの場合、その上でそれらが同定されたまさにその腫瘍のみと関係があり、通常は、多くの個々の腫瘍間で共有されない。腫瘍特異的（関連）イソ型を有するタンパク質では、ペプチドの腫瘍特異性（または関連性）はまた、ペプチドが腫瘍（関連）エクソンに由来する場合に生じてもよい。
ｅ）異常な翻訳後修飾から生じるＴＡＡ：このようなＴＡＡは、特異的でなく腫瘍において過剰発現もされないタンパク質から生じてもよいが、それでもなお、腫瘍において主に活性である翻訳後プロセスによって腫瘍関連になる。このクラスの例は、腫瘍にＭＵＣ１のような新規エピトープをもたらす改変グリコシル化パターン、または腫瘍特異的であってもなくてもよい分解中のタンパク質スプライシングのような事象から生じる。
ｆ）オンコウイルスタンパク質：これらのＴＡＡはウイルスタンパク質であり、それらは発がん過程において重要な役割を果たしてもよく、外来性である（ヒト由来でない）ため、それらはＴ細胞応答を誘起し得る。このようなタンパク質の例は、子宮頸がんにおいて発現されるヒト乳頭腫１６型ウイルスタンパク質Ｅ６およびＥ７である。
【００２１】
Ｔ細胞ベースの免疫療法は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子によって提示される、腫瘍関連または腫瘍特異的タンパク質由来ペプチドエピトープを標的とする。腫瘍特異的Ｔリンパ球によって認識される抗原、すなわちそれらのエピトープは、酵素、受容体、転写因子などの全てのタンパク質クラスに由来する分子であり得て、それはそれぞれの腫瘍細胞において発現されて、同一起源の非改変細胞と比較して、通常、上方制御される。
【００２２】
ＭＨＣ分子には、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩの２つのクラスがある。ＭＨＣクラスＩ分子はα重鎖およびβ２ミクログロブリンから構成され、ＭＨＣクラスＩＩ分子はαおよびβ鎖から構成される。それらの三次元立体構造は、ペプチドとの非共有結合相互作用のために使用される、結合溝をもたらす。
【００２３】
ＭＨＣクラスＩ分子は、ほとんどの有核細胞上に見いだされる。それらは、主に内因性タンパク質、欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰ）、およびより大型のペプチドのタンパク質切断から得られる、ペプチドを提示する。しかし、エンドソームコンパートメントまたは外因性起源に由来するペプチドもまた、ＭＨＣクラスＩ分子上に頻繁に見いだされる。この非古典的様式のクラスＩ提示は、文献中で交差提示と称される（Ｂｒｏｓｓａｒｔ  ａｎｄ  Ｂｅｖａｎ，１９９７；Ｒｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０）。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、大部分はプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に見いだされ、例えば、エンドサイトーシス中にＡＰＣに取り込まれて引き続きプロセシングされる、外因性または膜貫通タンパク質のペプチドを主に提示する。
【００２４】
ペプチドとＭＨＣクラスＩの複合体が、適切なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＣＤ８陽性Ｔ細胞によって認識される一方で、ペプチドとＭＨＣクラスＩＩ分子の複合体は、適切なＴＣＲを有するＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞によって認識される。その結果、ＴＣＲ、ペプチド、およびＭＨＣは、化学量論的に１：１：１の量で存在することが良く知られている。
【００２５】
ＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞は、ＣＤ８陽性細胞傷害性Ｔ細胞による、効果的な応答の誘導と維持において重要な役割を果たす。腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に由来するＣＤ４陽性Ｔ細胞エピトープの同定は、抗腫瘍免疫応答を始動させる医薬品の開発に非常に重要である（Ｇｎｊａｔｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。腫瘍部位では、Ｔヘルパー細胞が、細胞毒性Ｔ細胞（ＣＴＬ）親和的サイトカイン環境を維持して（Ｍｏｒｔａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）、例えば、ＣＴＬ、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、および顆粒球などのエフェクター細胞を引きつける（Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【００２６】
炎症不在下では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、免疫系細胞、特に、例えば、単球、単球由来細胞、マクロファージ、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に主に限定される。がん患者においては、腫瘍細胞がＭＨＣクラスＩＩ分子を発現することが判明している（Ｄｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【００２７】
伸長された本発明のペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ活性エピトープとして作用し得る。
【００２８】
ＭＨＣクラスＩＩエピトープによって活性化されたＴヘルパー細胞は、抗腫瘍免疫におけるＣＴＬのエフェクター機能を統合するのに重要な役割を果たす。ＴＨ１型のＴヘルパー細胞応答を始動するＴヘルパー細胞エピトープは、し、それらの細胞表面に腫瘍関連ペプチド／ＭＨＣ複合体を提示する腫瘍細胞に向けられた、細胞傷害機能をはじめとする、ＣＤ８陽性キラーＴ細胞のエフェクター機能を支持する。このようにして腫瘍関連Ｔヘルパー細胞ペプチドエピトープは、単独で、またはその他の腫瘍関連ペプチドとの組み合わせで、抗腫瘍免疫応答を刺激するワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。
【００２９】
例えば、マウスなどの哺乳類動物モデルにおいて、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球の不在下であっても、インターフェロンγ（ＩＦＮγ）の分泌による血管新生阻害を通じて腫瘍発現を阻害するには、ＣＤ４陽性Ｔ細胞で十分であることが示された（Ｂｅａｔｔｙ  ａｎｄ  Ｐａｔｅｒｓｏｎ，２００１；Ｍｕｍｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＣＤ４  Ｔ細胞が、直接抗腫瘍エフェクターであるという証拠がある（Ｂｒａｕｍｕｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｔｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【００３０】
ＨＬＡクラスＩＩ分子の構成的発現は、通常、免疫細胞に限定されるので、原発性腫瘍からクラスＩＩペプチドを直接単離する可能性があり得るとは、これまで考えられなかった。しかし、Ｄｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．は、いくつかのＭＨＣクラスＩＩエピトープを腫瘍から直接成功裏に同定した（国際公開第２００７／０２８５７４号パンフレット，欧州特許第１７６００８８Ｂ１号明細書）。
【００３１】
ＣＤ８およびＣＤ４依存性の双方のタイプの応答は、抗腫瘍効果に共同して相乗的に寄与するので、ＣＤ８＋Ｔ細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩ分子＋ペプチドエピトープ）、またはＣＤ４陽性Ｔヘルパー細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩＩ分子＋ペプチドエピトープ）のどちらかによって認識される、腫瘍関連抗原の同定および特性解析は、腫瘍ワクチンの開発にとって重要である。
【００３２】
ＭＨＣクラスＩペプチドが、細胞性免疫応答を始動（惹起）するためには、それはまた、ＭＨＣ分子に結合しなくてはならない。この過程は、ＭＨＣ分子の対立遺伝子と、ペプチドのアミノ酸配列の特定の多形性とに依存する。ＭＨＣクラスＩ結合ペプチドは、通常は８〜１２アミノ酸残基長であり、通常は、ＭＨＣ分子の対応する結合溝と相互作用するそれらの配列中に、２つの保存残基（「アンカー」）を含有する。このようにして、各ＭＨＣ対立遺伝子は、どのペプチドが結合溝と特異的に結合し得るかを決定する、「結合モチーフ」を有する。
【００３３】
ＭＨＣクラスＩ依存免疫反応においては、ペプチドは腫瘍細胞によって発現される特定のＭＨＣクラスＩ分子に結合できるだけでなく、それらはまた、引き続いて特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＴ細胞によって認識されなくてはならない。
【００３４】
タンパク質が、Ｔリンパ球によって腫瘍特異的または腫瘍関連抗原として認識され、治療で利用されるためには、特定の必要条件が満たされなくてはならない。抗原は、主に腫瘍細胞によって発現され、健常組織によって発現されず、または比較的少量発現されるべきである。好ましい実施形態では、ペプチドは、腫瘍細胞によって、健常組織と比較して過剰提示されるべきである。それぞれの抗原は、ある種の腫瘍に存在するだけでなく、高い濃度（すなわち、それぞれのペプチド細胞当たりのコピー数）で存在することもさらに望ましい。腫瘍特異的および腫瘍関連抗原は、例えば、細胞周期調節またはアポトーシス抑制における機能のために、正常細胞から腫瘍細胞への形質転換に直接関与するタンパク質に由来することが多い。さらに、形質転換の直接原因となるタンパク質の下流標的が、上方制御されてもよく、（ｕｎｄ）したがって間接的に腫瘍関連であってもよい。このような間接的腫瘍関連抗原もまた、ワクチン接種アプローチの標的であってもよい（Ｓｉｎｇｈ−Ｊａｓｕｊａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。このようなペプチド（「免疫原性ペプチド」）が、腫瘍関連抗原に由来して、生体外または生体内Ｔ細胞応答をもたらすことを確実にするためには、抗原のアミノ酸配列内にエピトープが存在することが必須である。
【００３５】
基本的に、ＭＨＣ分子に結合できるあらゆるペプチドが、Ｔ細胞エピトープとして機能してもよい。生体外または生体内Ｔ細胞応答誘導のための必要条件は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞の存在、およびこの特定のエピトープに対する免疫寛容の不在である。
【００３６】
したがって、ＴＡＡは、腫瘍ワクチンをはじめとするが、これに限定されるものではない、Ｔ細胞ベースの治療法開発の出発点である。ＴＡＡを同定し特性決定する方法は、通常は、患者または健常人から単離され得るＴ細胞の使用に基づき、またはそれらは、腫瘍および正常組織間の示差的転写プロファイル、または示差的ペプチド発現パターンの生成に基づく。しかし、腫瘍組織またはヒト腫瘍細胞株において過剰発現され、またはこのような組織または細胞株において選択的に発現される遺伝子の同定は、免疫療法においてこれらの遺伝子から転写される抗原の使用に関する、正確な情報を提供しない。これは、これらの抗原のエピトープの個々の亜集団のみが、このような用途に適するためであり、その理由は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞が存在しなくてはならず、この特定のエピトープに対する免疫寛容が不在または最小でなくてはならないからである。したがって本発明の非常に好ましい実施形態では、それに対する機能性および／または増殖性Ｔ細胞が見いだされる、過剰にまたは選択的に提示されるペプチドのみを選択することが、重要である。このような機能性Ｔ細胞は、特異的抗原による刺激時にクローン増殖され得て、エフェクター機能を果たすことができるＴ細胞（「エフェクターＴ細胞」）と定義される。
【００３７】
本発明による特異的ＴＣＲ（例えば、可溶性ＴＣＲ）および抗体またはその他の結合分子（スキャフォールド）によってペプチドＭＨＣを標的化する場合、基礎となるペプチドの免疫原性は二次的である。これらの場合には、提示が決定要因である。
【００３８】
発明の概要
本発明の第１の態様では、本発明は、配列番号１〜配列番号１６１、または配列番号１〜配列番号１６１と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドに関し、その中で前記変異体は、ＭＨＣと結合し、および／またはＴ細胞と前記ペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩との交差反応を誘導し、その中で前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【００３９】
本発明は、配列番号１〜配列番号１６１、または配列番号１〜配列番号１６１と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、本発明のペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたはその変異型は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜１４アミノ酸の全長を有する。
【００４０】
続く表は、本発明によるペプチド、それらの各配列番号、およびそれらのペプチドの予測される起源（基礎）遺伝子を示す。表１および表２の全てのペプチドは、ＨＬＡ−Ａ＊０２に結合する。表２のペプチドは、誤り率が高い、またはアルゴリズムを使用して計算された、ハイスループットスクリーニングの結果としての大きなリスト中で以前開示されているが、これまでがんとは全く関連付けられていなかった。表３のペプチドは、本発明のその他のペプチドとの組み合わせで有用であってもよい、追加的なペプチドである。表４のペプチドは、それぞれの基礎ポリペプチドの過剰発現または過剰提示を伴う、様々なその他の悪性腫瘍の診断および／または治療においてさらに有用である。
【００４１】
表1:本発明によるペプチド 
【表１−１】
2022000007.tif 000002
【表１−２】
2022000007.tif 000003
【表１−３】
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【００４２】
表2:がん関連性が以前知られていない本発明による追加的なペプチド    
【表２】
2022000007.tif 000005
【００４３】
表3:例えば個別化がん治療で有用なペプチド     
【表３】
2022000007.tif 000006
【００４４】
本発明は、さらに、例えば、肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、および胆管がんなどの増殖性疾患の治療において使用するための本発明によるペプチドに一般に関する。
【００４５】
特に好ましいのは、配列番号１〜配列番号１６１からなる群から選択される、本発明による単独のまたは組み合わされたペプチドである。より好ましいのは、配列番号１〜配列番号７９（表１を参照されたい）からなる群から選択される単独のまたは組み合わせのペプチド、および膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、胆管がん、および好ましくは膵臓がんの免疫療法におけるそれらの使用である。
【００４６】
以下の表４に示されるように、本発明によるペプチドの多くは、その他の腫瘍型上にもまた見いだされ、したがって、その他の適応症のための免疫療法においても使用され得る。図１および実施例１もまた、参照されたい。
【００４７】
表4:本発明によるペプチド、およびその他の増殖性疾患、特にその他のがん性疾患における、それらの具体的使用。
表は、選択されたペプチドについて、測定された腫瘍サンプルの5%超で過剰提示されるか、または測定された腫瘍サンプルの5%超で3を超える腫瘍対正常組織の幾何学平均比で提示されるかのどちらかである、それらがその上で発見された追加的な腫瘍型を示す。過剰提示は、最大提示がある正常サンプルと比較して、より高い腫瘍サンプル上の提示と定義される。
【表４Ａ−１】
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【表４Ａ−２】
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【表４Ａ−３】
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【表４Ａ−４】
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【表４Ａ−５】
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【００４８】
表4B:本発明によるペプチド、およびその他の増殖性疾患、特にその他のがん性疾患における、それらの具体的使用 (表４の修正)。表は、表4のように、選択されたペプチドについて、測定された腫瘍サンプルの５%超で過剰提示を示すか、または測定された腫瘍サンプルの5%超で3を超える腫瘍対正常組織の幾何学平均比で提示を示す、それらがその上で発見された追加的な腫瘍型を示す。過剰提示は、最大提示がある正常サンプルと比較して、より高い腫瘍サンプル上の提示と定義される。それに対する過剰提示が試験された正常組織は、脂肪組織、副腎、血液細胞、血管、骨髄、脳、食道、眼、胆嚢、心臓、腎臓、大腸、肝臓、肺、リンパ節、神経、膵臓、副甲状腺、腹膜、下垂体、胸膜、唾液腺、骨格筋、皮膚、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、尿管、膀胱であった。
【表４Ｂ−１】
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【表４Ｂ−２】
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【表４Ｂ−３】
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【表４Ｂ−４】
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【００４９】
ＮＳＣＬＣ＝非小細胞肺がん、ＳＣＬＣ＝小細胞肺がん、ＲＣＣ＝腎臓がん、ＣＲＣ＝結腸または直腸がん、ＧＣ＝胃がん、ＨＣＣ＝肝臓がん、ＰｒＣ＝前立腺がん、ＢＲＣＡ＝乳がん、ＭＣＣ＝メルケル細胞がん、ＯＣ＝卵巣がん、ＮＨＬ＝非ホジキンリンパ腫、ＡＭＬ＝急性骨髄性白血病、ＣＬＬ＝慢性リンパ球性白血病。
【００５０】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の併用療法のための、配列番号４、５、８、１４、１９、２２、２９、３０、３１、３５、３７、４６、６０、６９、７０、７９、８５、９０、９２、９５、１０１、１０２、１１８、１２３、１２４、１２５、１２８、１３１、１３６、１３８、１４２、１４７、１４９、１５０、１５１、１５４、１５８、１６０、１６７、６、９、２１、８４、８５、９４、９６、９９、１１１、１１３、１１４、１１６、１２９、１３４、１５２、１５９、および１６９のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５１】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）の併用療法のための、配列番号１４、１９、３５、４６、５２、５９、６０、６２、６４、７５、７９、８０、８１、９０、９５、１０２、１１０、１１４、１２４、１２５、１２８、１２９、１３１、１３６、１３８、１４３、１４４、１４５、１４７、１４８、１４９、１５０、１５８、１６０、１６２、１６３、１６５、１６７、１６９、４、６、２３、３７、９４、１０４、および１５５のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５２】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、腎臓がんの併用療法のための、配列番号１３、１４、２９、４６、８４、１１５、１４７、１６２、１７５、１２、３０、３８、７５、９５、９９、１１１、１３０、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５３】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、脳がんの併用療法のための、配列番号１６、１７、２９、３４、３９、６３、６７、８１、９３、９４、９８、１０２、１０４、１０６、１１３、１１４、１１５、１１６、１２２、１２９、１３８、１４６、１５１、１５９、１６１、１６６、１６７、１６９、１７２、１１、１４、１９、７０、７１、８３、８７、９９、１１２、１２３、１２６、１３２、１５２、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５４】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、胃がんの併用療法のための、配列番号３１、３２、６８、８４、８８、９５、９７、１１７、１２０、１２１、１４７、１７４、９、４１、７７、１４９、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５５】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、大腸および直腸がんの併用療法のための、配列番号５、２８、２９、３０、３１、３７、４０、４１、６０、８５、９０、９２、９３、９４、９９、１１４、１１５、１２０、１２４、１２５、１２８、１３１、１３７、１４２、１４５、１４８、１５１、１５２、１５４、１５７、１５８、１５９、１６５、４、３４、８４、１１１、１４６、１４９、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５６】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、肝臓がんの併用療法のための、配列番号４、５、１４、１９、３１、３５、３７、４８、５０、５１、６０、６４、７０、７３、８０、８５、８６、９６、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１１１、１１４、１１５、１１６、１２０、１２３、１２４、１２５、１２９、１３１、１３２、１３５、１３６、１３７、１４２、１４５、１４６、１４８、１４９、１５０、１５５、１５８、１５９、１６０、１６１、１６５、１６７、１６９、１７４、および１７６のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５７】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、膵臓がんの併用療法のための、配列番号２、８、１０、２２、３１、３９、４６、７９、８６、１０４、１１１、１２３、１３０、１４２、１５６、および１６７のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５８】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、前立腺がんの併用療法のための、配列番号９８、１０２、１０９、１１１、１１５、１４２、１４８、１５１、および１６７のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００５９】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、白血病の併用療法のための、配列番号７、２２、４８、６２、７１、８１、８３、９４、９５、１０４、１１０、１２２、１４４、１４５、１４７、１４９、１５０、１５２、１５４、１５９、１６０、１６１、１７１、および１７６のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６０】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、ＡＭＬの併用療法のための、配列番号３、４、２１、２９、３０、３２、５２、５７、６５、６７、８４、９３、９９、１０２、１０３、１０６、１０８、１１１、１１４、１１７、１２０、１２３、１２６、１２７、１２８、１３９、１４０、１４２、１４３、１４８、１５１、および１５８のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６１】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、ＣＬＬの併用療法のための、配列番号４、６、８４、９１、９９、１０７、１１４、１１８、１２７、１３０、１４２、１５５、および１５８のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６２】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、乳がんの併用療法のための、配列番号２、４、８、９、１６、２２、２６、３１、３５、３７、４１、５９、７７、７９、８４、９０、９３、９９、１１０、１３７、１４２、１５０、１６９、１７５、２９、４２、６０、６９、７０、７５、８０、８２、８６、９５、１１１、１２０、１２４、１２７、１２８、１２９、１３８、１４４、１４９、１５１、１５５、１５８、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６３】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）の併用療法のための、配列番号１４９、８１、１０１、１１６、および１２４のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６４】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、メラノーマの併用療法のための、配列番号１４、１７、１９、３４、３７、４５、４６、５２、８５、９２、９５、９６、１０７、１１３、１１４、１１５、１１８、１２４、１３１、１３８、１４６、１４９、１５０、１５５、１５７、１５８、１６１、１６５、１６９、１、５、６、９、１２、１６、１８、２１、２２、２３、２５、２８、２９、３１、３２、４４、５５、５６、５７、５８、６０、６１、６５、６６、６７、６８、７５、８４、８７、８８、９０、９３、９４、９７、９９、１０６、１１１、１１６、１１７、１２０、１２１、１２３、１２７、１２８、１２９、１３０、１３２、１３３、１３４、１３５、１３７、１３９、１４２、１４３、１５６、１５９、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６５】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、卵巣がんの併用療法のための、配列番号４、１４、３５、３７、４６、５２、６０、７０、８１、８５、９２、９４、９５、１０１、１２０、１２４、１２５、１２９、１３１、１３２、１３４、１３６、１４２、１４６、１４７、１４９、１５０、１５４、１５７、１５８、１６０、１６２、１６５、１６７、３、４７、５７、８４、８９、９９、１１１、１３８、および１４８のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６６】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、食道がんの併用療法のための、配列番号１、２、４、５、８、９、１１、１２、１４、１９、２９、３５、３７、４０、４６、５０、５１、５２、５７、５８、６２、６３、６７、７０、７５、７７、７９、８５、９１、９２、９４、９５、１０６、１１４、１１８、１２０、１２４、１２９、１３１、１３２、１３５、１３６、１３７、１４２、１４７、１４８、１４９、１５４、１５８、１６５、１６９、１、２、４、５、８、９、１１、１２、１４、１９、２９、３５、３７、４０、４６、５０、５１、５２、５７、５８、６２、６３、６７、７０、７５、７７、７９、８５、９１、９２、９４、９５、１０６、１１４、１１８、１２０、１２４、１２９、１３１、１３２、１３５、１３６、１３７、１４２、１４７、１４８、１４９、１５４、１５８、１６５、および１６９のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６７】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、膀胱がんの併用療法のための、配列番号３、４、２０、２９、３７、４１、４２、５９、６０、６４、８２、８８、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０４、１０６、１１４、１１５、１２０、１２２、１３１、１３５、１３７、１４２、１５０、１５１、１５２、１５４、１５６、１５７、１６０、１６６、１６９、１７０、１７１、１７５、１、５、６、１２、１４、１５、１９、３０、３１、３８、４６、５２、５７、６５、６７、７０、７１、７４、８４、８６、８９、９２、９４、１００、１０３、１０７、１０９、１１１、１１３、１１８、１２３、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３８、１４８、１４９、１５８、および１５９のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６８】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、子宮内膜がんの併用療法のための、配列番号４１、８５、９４、１１６、１２０、１３０、１４３、１６２、１６５、および１６６のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００６９】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、胆嚢および胆管がんの併用療法のための、配列番号８、１０、１９、３１、７３、７５、９４、１０２、１１５、１１６、１２２、１２５、１３１、１４９、４、２１、２２、３０、４６、５０、６９、７０、８０、９０、９５、９６、１０３、１１１、１２０、１２９、１４２、１４４、１４５、１４７、１５２、１５４、１５６、および１６０のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００７０】
したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、子宮がんの併用療法のための、配列番号４、５、６、１２、１４、１５、１９、２９、３７、３８、３９、４２、４６、５０、５６、５７、６０、７０、７４、８２、８４、９１、９５、１０１、１０３、１０４、１０６、１１０、１１１、１１８、１２３、１２９、１３２、１３５、１４６、１４８、１４９、１５１、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、および１６１のいずれか１つに記載の本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。
【００７１】
したがって、本発明の別の態様は、好ましくは、膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、および胆管がんの群から選択される増殖性疾患の併用治療のための、本発明によるペプチドの使用に関する。
【００７２】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合する能力、または長さ変異体などの伸長形態ではＭＨＣクラスＩＩに結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【００７３】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、（それぞれ）配列番号１〜配列番号１６１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【００７４】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む。
【００７５】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、特にＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸に融合した、または例えば樹状細胞に対して特異的な抗体などの抗体（またはその配列中）に融合した、融合タンパク質の一部である。
【００７６】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関する。本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【００７７】
本発明は、本発明による核酸を発現でき、および／または発現する、発現ベクターにさらに関する。
【００７８】
本発明は、疾患の治療においてそして医療において、特にがんの治療において使用するための本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【００７９】
本発明は、本発明によるペプチドに、または前記本発明によるペプチドとＭＨＣの複合体に、特異的に対抗する抗体と、それらを製造する方法とにさらに関する。
【００８０】
本発明は、自己由来または同種異系Ｔ細胞に組み込まれた、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、特に可溶性ＴＣＲ（ｓＴＣＲ）、およびクローン化ＴＣＲ、そしてこれらを製造する方法、ならびに前記ＴＣＲを有するまたは前記ＴＣＲと交差反応する、ＮＫ細胞またはその他の細胞を製造する方法にさらに関する。
【００８１】
抗体およびＴＣＲは、本発明によるペプチドの免疫療法用途の追加的な実施形態である。
【００８２】
本発明は、前述のような本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。本発明は、抗原提示細胞であり、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【００８３】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【００８４】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。
【００８５】
本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１〜配列番号１６１を含有する、好ましくは配列番号１〜配列番号７９または変異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現する能力がありまたは発現する、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。
【００８６】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを発現する細胞を選択的に認識する。
【００８７】
本発明は、本発明によって製造されるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【００８８】
本発明は、薬剤としてのまたは薬剤の製造における、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、本発明による活性化Ｔリンパ球、Ｔ細胞受容体または抗体またはその他のペプチド−および／またはペプチド−ＭＨＣ−結合分子の使用にさらに関する。好ましくは、前記薬剤は、がんに対して有効である。
【００８９】
好ましくは、前記薬剤は、可溶性ＴＣＲまたは抗体に基づく、細胞療法、ワクチンまたはタンパク質である。
【００９０】
本発明は、本発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、胆管がん、好ましくは膵臓がん細胞である。
【００９１】
本発明は、がん、好ましくは膵臓がんの診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドをベースとするバイオマーカーにさらに関する。マーカーは、ペプチドそれ自体の過剰提示、または対応遺伝子の過剰発現であり得る。マーカーはまた、好ましくは免疫療法、最も好ましくはバイオマーカーによって同定されるのと同じ標的を標的とする免疫療法である、治療の成功確率を予測するのに使用されてもよい。例えば、抗体または可溶性ＴＣＲを使用して腫瘍切片が染色され、ＭＨＣと複合体形成する目的ペプチドの存在が検出され得る。
【００９２】
任意選択的に、抗体は、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する。
【００９３】
本発明はまた、がん治療の文脈におけるこれらの新規標的の使用に関する。
【００９４】
ＡＡＧＡＢは、クラスリン被覆小胞輸送に関与する複合体のγ−アダプチンおよびα−アダプチンサブユニットと相互作用するタンパク質をコードする。この遺伝子の変異は、Ｉ型点状掌蹠角皮症に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＡＧＡＢは、子宮頸がんにおいて過剰発現されるｍｉＲ−２０５の標的である（Ｘｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＡＡＧＡＢのノックダウンは、細胞分裂および増殖の増加をもたらす（Ｐｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【００９５】
ＡＣＴＲ２は、ＡＲＰ２／３複合体の主要構成要素である、ＡＲＰ２アクチン関連タンパク質２ホモログをコードする。この複合体は、葉状仮足アクチンの集合および突起を通じた、細胞の形状および運動性に必須である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。その他のタンパク質と複合体形成するＡＲＰ２／３は、がん細胞の浸潤および遊走において重要な役割を果たすことが示された（Ｎｕｒｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；  Ｆｅｌｄｎｅｒ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｔ，２００２；Ｆｒｕｇｔｎｉｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｋｕｒｉｓｕ  ａｎｄ  Ｔａｋｅｎａｗａ，２０１０；Ｋｉｒｋｂｒｉｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＷＡＳＰ／ＷＡＶＥタンパク質ファミリーメンバーと複合体形成するＡＲＰ２／３は、乳がんにおける細胞の浸潤および遊走に寄与する（Ｆｒｕｇｔｎｉｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＡｒｇＢＰ２と複合体形成するＡＲＰ２／３は、膵臓がん細胞の接着および遊走が調節される場合に、抗腫瘍機能を付与される（Ｒｏｉｇｎｏｔ  ａｎｄ  Ｓｏｕｂｅｙｒａｎ，２００９）。
【００９６】
ＡＤＡＭ９は、ＡＤＡＭ（ディスインテグリンおよびメタロプロテアーゼドメイン）ファミリーの１つのメンバー（メンバー９）をコードする。このメンバーは、細胞−細胞および細胞−マトリックス相互作用に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＤＡＭ９遺伝子サイレンシングは、食道扁平上皮がん（ＥＳＣＣ）がんの増殖を減少させる（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＡＤＡＭ９は、メラノーマの増殖および浸潤において重要な役割を果たす（Ｅｂｒａｈｉｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＡＤＡＭ９は、骨肉腫細胞、筋肉浸潤性（ＭＩ）膀胱がん細胞、非小細胞肺がん、膵臓がん、結腸がん、口腔扁平上皮がん、子宮頸がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、リンパ節がん、および乳がんにおいて上方制御されることが示された（Ｓｈａｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｖｉｎｃｅｎｔ−Ｃｈｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｅｂｒａｈｉｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｊｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｏ’Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｚｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＡＤＡＭ９は、肺がんの脳への転移に関与するとされている（Ｓｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｓｈｉｎｔａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【００９７】
ＡＧＡＰ９は、ＧＴＰアーゼドメイン、アンキリンリピート、およびＰＨドメイン９を有するＡｒｆＧＡＰをコードし、染色体１０ｑ１１．２２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【００９８】
ＡＨＣＹは、アデノシルホモシステイナーゼをコードする。それは、メチル基転移反応に重要であると考えられる、細胞内Ｓ−アデノシルホモシステイン（ＳＡＨ）濃度を調節する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＨＣＹの下方制御は、腫瘍形成に寄与する（Ｌｅａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＡＨＣＹは、アポトーシスを促進し得る。それは食道扁平上皮がん細胞の遊走および接着を阻害し、食道の発がんにおける役割が示唆される（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。ＡＨＣＹタンパク質の発現は、結腸がんにおいて上方制御される（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｗａｔａｎａｂｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＡＨＣＹは、卵巣がんにおける潜在的バイオマーカーであってもよい  （Ｐｅｔｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【００９９】
ＡＫ２は、アデニル酸キナーゼ２をコードする。ＡＫ２は、ミトコンドリア膜間腔に局在し、アポトーシスにおいて役割を果たしてもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＫ２は、腫瘍形成に関与してもよい、新規内因的アポトーシス経路を媒介する（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０１００】
ＡＮＫＬＥ２は、アンキリンリピートおよびＬＥＭドメイン含有２をコードする。ＡＮＫＬＥ２は、核内膜タンパク質のＬＥＭファミリーのメンバーである。コードされたタンパク質は、有糸分裂後核膜形成を通じて、有糸分裂調節因子として機能する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１０１】
ＡＮＫＲＤ１は、アンキリン反復ドメイン１をコードする。それは内皮細胞の核に局在し、ＩＬ−１およびＴＮＦ−α刺激によって誘導される。このタンパク質と、筋節（ｓａｒｃｏｍｅｔｒｉｃ）タンパク質であるミオパラジンおよびタイチンとの間の相互作用は、それが筋原線維伸展センサー系にもまた関与してもよいことを示唆する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＮＫＲＤ１の異所性発現は、肝腫瘍細胞において、コロニー形成の減少およびアポトーシス細胞死の亢進をもたらす（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。卵巣がんにおけるＡＮＫＲＤ１の高度発現は、低生存率に関連している（Ｌｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１０２】
ＡＮＬＮは、細胞の増殖および遊走と、細胞質分裂とにおいて役割を果たす、アクチン結合タンパク質をコードする。ＡＮＬＮは、糸球体の構成要素である有足細胞において、アクチン細胞骨格動態を調節すると考えられる。この遺伝子の変異は、局所分節性糸球体硬化症８に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＮＬＮは、乳がん組織ならびに頭頸部扁平上皮がんにおいて、高度に発現されることが分かった。ＡＮＬＮのノックダウンは、乳がん細胞の増殖速度、コロニー形成能、および遊走を著しく阻害する（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＡＮＬＮは、増殖性胃腫瘍、膵臓がん、およびホルモン不応性前立腺がんにおいて過剰発現される（Ｐａｎｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｔａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｓｈｉｍｉｚｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｏｌａｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＡＮＬＮは、肝細胞がんのバイオマーカーである（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）。ＡＮＬＮの発現は、腎細胞がんを有する患者における良好な予後のマーカーである（Ｒｏｎｋａｉｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１０３】
ＡＰＯＬ６は、アポリポタンパク質Ｌ、６をコードする。ＡＰＯＬ６は、アポリポタンパク質Ｌ遺伝子ファミリーのメンバーである。コードされたタンパク質は細胞質中に見いだされ、それはそこで脂質の移動に影響を及ぼしてもよく、または脂質の細胞小器官への結合を可能にしてもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＰＯＬ６は、がん細胞内でミトコンドリア媒介アポトーシスを誘導する（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１０４】
ＡＲＭＣ９（ＫＵ−ＭＥＬ−１とも称される）は、優先的にメラノサイトにおいて発現される以前単離されたメラノーマ抗原である、アルマジロリピート含有タンパク質をコードする。それは、フォークト・小柳・原田症候群に関連している（Ｏｔａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＡＲＭＣ９は、メラノーマ細胞株および組織サンプルにおいて強力に発現される。ＡＲＭＣ９に対する抗原は、脳、結腸、および食道がんに対して治療された患者の血清中で検出された（Ｋｉｎｉｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。
【０１０５】
ＡＳＮＳは、アスパラギンシンセターゼをコードする。ＡＳＮＳ遺伝子は、非許容温度において細胞周期のＧ１期の進行を阻止する、温度感受性ハムスター突然変異体ｔｓ１１の変異を補完する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＳＮＳ発現はグルコース枯渇によって誘導され、膵臓がん細胞をアポトーシスから保護する（Ｃｕｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＡＳＮＳは、白血病および子宮がんにおける薬剤耐性に関連している（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）。Ａ３７５細胞におけるＡＳＮＳのノックダウンは、ＣＤＫ４、ＣＤＫ６、およびサイクリンＤ１の発現レベルを下方制御し、ｐ２１の発現を上方制御する（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。ＡＳＮＳの下方制御は、細胞周期停止を誘導し、乳がんの細胞増殖を阻害する（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。ＡＳＮＳは、神経膠腫において高度に発現される（Ｐａｎｏｓｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＡＳＮＳは、卵巣がんにおける潜在的バイオマーカーである（Ｌｏｒｅｎｚｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｌｏｒｅｎｚｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｌｏｒｅｎｚｉ  ａｎｄ  Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ，２００９）。
【０１０６】
ＡＴＰ５Ｆ１は、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼのサブユニットである、ＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送、ミトコンドリアＦ０複合体、サブユニットＢ１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＴＰ５Ｆ１は、Ｂ型肝炎ウイルス関連肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８ａ）。
【０１０７】
ＢＭＳ１は、ＢＭＳ１リボソームバイオジェネシス因子をコードして、染色体１０ｑ１１．２１上に位置する。酵母中の類似タンパク質は、４０Ｓリボソームの形成に重要な一連の切断ステップを含む３５Ｓ−ｒＲＮＡプロセッシングにおいて機能する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｐｅｒｅｚ−Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１０８】
ＢＭＳ１Ｐ５は、ＢＭＳ１リボソームバイオジェネシス因子偽遺伝子５をコードして、染色体１０ｑ１１．２２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１０９】
ＢＲＫ１（Ｃ３ｏｒｆ１０またはＨＳＰＣ３００とも称される）は、Ｗａｖｅ複合体の最小サブユニットをコードし、胚発生および細胞形質転換中のアクチン細胞骨格動態に関与するＷａｖｅ／Ｓｃａｒ経路の重要な調節因子である。（Ｄｅｒｉｖｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｅｓｃｏｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＢＲＫ１は、肺がんおよび腎細胞がんをはじめとする異なるがん型において、発がん能を有する（Ｃａｓｃｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｃａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｅｓｃｏｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＢＲＫ１は、転写因子Ｓｐ１およびＮＲＦ−１によって調節される。それは、Ａｒｐ２／３調節に続くＷａｖｅ／Ｓｃａｒ経路に関与し、細胞増殖および形質転換に必要である（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；ｖａｎ’ｔ  Ｖｅｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｅｓｃｏｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｃ）。
【０１１０】
ＢＴＢＤ１は、ＢＴＢ（ＰＯＺ）ドメイン含有１をコードする。タンパク質のＣ末端は、トポイソメラーゼＩに結合する。Ｎ末端はプロリン富化領域およびａＢＴＢ／ＰＯＺドメインを含有し、そのどちらも典型的にタンパク質−タンパク質相互作用に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１１１】
ＢＵＢ１Ｂは、紡錘体チェックポイント機能に関与するキナーゼをコードする。タンパク質は動原体に局在して、後期促進複合体／サイクロソーム（ＡＰＣ／Ｃ）の阻害において役割を果し、分裂後期の開始を遅延させて適切な染色体分離を確実にする。損なわれた紡錘体チェックポイントが、多数の形態のがんで発いだされている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＢＵＢ１Ｂは、抗腫瘍タンパク質である。ＢＵＢ１Ｂは、紡錘体集合チェックポイントを調節する。ＢＵＢ１Ｂは、腫瘍において不活性化されまたは下方制御される。ＢＵＢ１Ｂの突然変異は、腫瘍発生とも関連している（Ａｙｌｏｎ  ａｎｄ  Ｏｒｅｎ，２０１１；Ｆａｇｉｎ，２００２；Ｍａｌｕｍｂｒｅｓ  ａｎｄ  Ｂａｒｂａｃｉｄ，２００７；Ｒａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＢＵＢ１Ｂは、発がん活性化を通じて、胃の発がんに関連している（Ｒｅｓｅｎｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＢＵＢ１Ｂ突然変異は、結腸直腸がんの原因の１つである（Ｋａｒｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｇｒａｄｙ，２００４）。
【０１１２】
Ｃ１１ｏｒｆ７０は、未同定機能を有するタンパク質をコードするが、筋萎縮性側索硬化を引き起こす変異タンパク質の結合に関連している（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｉ）。Ｃ１１ｏｒｆ７０は、正常精巣組織と比較して、精巣胚細胞腫瘍において下方制御される（Ｇｏｎｚａｌｅｚ−Ｅｘｐｏｓｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ａｌａｇａｒａｔｎａｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。Ｃ１１ｏｒｆ７０の遺伝子領域は、口腔扁平上皮がんにおいてＤＮＡコピー数の異常を示し、それは口腔がん特異的死亡率に関連している（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。
【０１１３】
Ｃ１１ｏｒｆ８０は染色体１１オープンリーディングフレーム８０をコードして、染色体１１ｑ１３．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１１４】
Ｃ１ｏｒｆ１９８は染色体１オープンリーディングフレーム１９８をコードして、染色体１ｑ４２．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１１５】
Ｃ２０ｏｒｆ２４は染色体２０オープンリーディングフレーム２４をコードして、染色体２０ｑ１１．２３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。Ｃ２０ｏｒｆ２４は、腺腫からがん腫への染色体不安定性関連進行において重要な役割を果たす。Ｃ２０ｏｒｆ２４は、腺腫と比較して、がんにおいて有意に過剰発現される。Ｃ２０ｏｒｆ２４は、結腸直腸がんの高度に特異的なバイオマーカーの役割を果たしてもよい（Ｃａｒｖａｌｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１１６】
ＣＡＤは、ピリミジン生合成経路の最初の３つの反応を触媒する三機能タンパク質、カルバモイルリン酸シンセターゼ２、アスパラギン酸トランスカルバミラーゼ、ジヒドロオロターゼをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＡＤ活性は、肝細胞腫、肉腫、および腎臓腺がんをはじめとする異なるがん型において増大し、ＣＡＤ遺伝子増幅に非常に頻繁に関連している（Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０；Ａｏｋｉ  ａｎｄ  Ｗｅｂｅｒ，１９８１；Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）。ＣＡＤは、ＭＡＰＫ、ｍＴＯＲＣ１、およびｃ−Ｍｙｃのような異なる発がん遺伝子および腫瘍形成制御経路の標的である（Ｍａｃ  ａｎｄ  Ｆａｒｎｈａｍ，２０００；Ｇｒａｖｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｓｈａｒｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＡＤはアンドロゲン受容体の核への移行を促進し、前立腺腫瘍細胞におけるその転写活性を刺激する。根治的前立腺切除術後、より高いＣＡＤｍＲＮＡレベルは、局所腫瘍拡大およがん再発に関連している（Ｍｏｒｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１１７】
ＣＡＲＭ１は、活性化補助因子関連アルギニンメチルトランスフェラーゼ１をコードする。ＣＡＲＭ１は、タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ（ＰＲＭＴ）ファミリーに属する。コードされた酵素は、タンパク質のアルギニル残基のグアニジン窒素のメチル化を触媒する。酵素は、遺伝子発現に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＡＲＭ１は、結腸直腸および前立腺がん、メラノーマ、および乳がんにおいて、調節不全であることが示されている。ＣＡＲＭ１は、前立腺腫瘍だけでなく、前立腺上皮内新生物（ＰＩＮ）においても過剰発現される。ＣＡＲＭ１は、非小細胞細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）において顕著に過剰発現される。ＣＡＲＭ１の発現は、腺腫において上昇し、肝細胞発がん中にがん種において異常である（Ｌｉｍｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｏｓａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｅｌａｋｏｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｂａｌｄｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＡＲＭ１は、クロマチン再構築因子ＢＡＦ１５５をメチル化して、腫瘍の進行および転移を亢進させる（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｓｔｅｆａｎｓｓｏｎ  ａｎｄ  Ｅｓｔｅｌｌｅｒ，２０１４）。
【０１１８】
ＣＣＮＡ２は、高度に保存されたサイクリンファミリーメンバーである、サイクリンＡ２をコードするＣＣＮＡ２は、ＣＤＣ２またはＣＤＫ２キナーゼに結合して活性化し、したがって細胞周期Ｇ１／ＳおよびＧ２／Ｍ遷移の双方を促進する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＣＮＡ２の過剰発現は、肝細胞がん細胞の増殖を阻害する。子宮内膜腺がん細胞内のＣＣＮＡ２の過剰発現は、細胞増殖を減少させてアポトーシスを増加させる。メラノーマ細胞におけるＣＣＮＡ２の発現は、腫瘍の増殖および転移を減少させ、同時に腫瘍におけるアポトーシスを増加させる（Ｌａｕ，２０１１）。ＣＣＮＡ２は、がん細胞の増殖、浸潤、接着、分化、生存、および転移を促進し得る。それは、血管新生および細胞外マトリックス生成において重要な役割を果たす。ＣＣＮＡ２は、胃腺がん細胞において過剰発現されると、腫瘍増殖を促進し、腫瘍血管新生を増加させる。ＣＣＮＡ２発現のサイレンシングは、膵臓がん細胞における腫瘍増殖を減少させる。ＣＣＮＡ２は、前立腺がん細胞の増殖を促進し得る（Ｌａｕ，２０１１；Ｃｈｅｎ  ａｎｄ  Ｄｕ，２００７）。ＣＣＮＡ２の過剰発現は、上皮間葉転換を誘導し、喉頭腫瘍の浸潤および転移をもたらす（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｅ）。ＣＣＮＡ２は、結腸直腸がんにおいて調節不全である（Ｃｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＣＮＡ２は、前立腺がん、神経膠腫、膵臓がん、および乳がんにおいて過剰発現される。ＣＣＮＡ２は、乳がんにおける侵襲性、血管新生およびエストロゲン非依存性の増大に関連しており、乳がんの進行におけるＣＣＮＡ２の主要な役割が示唆される（Ｚｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１１９】
ＣＣＮＤ１は、サイクリンＤ１をコードする。それは、細胞周期全体を通じてタンパク質存在量の劇的な周期性によって特徴付けられる、高度に保存されたサイクリンファミリーに属する。細胞周期の進行を変化させる、ＣＣＮＤ１の変異、増幅、および過剰発現は、多様な腫瘍で頻繁に観察されて、腫瘍形成に寄与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＣＮＤ１は、口腔扁平上皮がん、消化管間質腫瘍、非小細胞肺がん、脳下垂体腫瘍、および乳がんにおけるリンパ節転移症例において、増幅され過剰発現される（Ｎｏｏｒｌａｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｗｏｒａｋｏｗｓｋａ，２００５；Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｌａｍｂｒｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｙｕ  ａｎｄ  Ｍｅｌｍｅｄ，２００１）。ＣＣＮＤ１は、マントル細胞リンパ腫、膵臓神経内分泌腫瘍、副甲状腺腺腫、およびユーイング肉腫において過剰発現される（Ｎａｖａｒｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｓａｎｄｅｒ，２０１１；Ｃａｐｕｒｓｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｄｅｌａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｓｅｔｏｏｄｅｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｓａｎｃｈｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｗｅｓｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＣＣＮＤ１は、結腸直腸がんリスクを増大させ得る（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２ｂ；Ａｎｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＣＣＮＤ１の遺伝子変異は、膀胱がんを引き起こし得る（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｂａｆｆａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０１２０】
ＣＣＴ３は、分子シャペロンである、ＴＣＰ１含有シャペロニン、サブユニット３（γ）をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＣＴ３は、肝細胞がんにおいて上昇する（Ｍｉｄｏｒｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｓｋａｗｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＣＣＴ３は、卵巣がんの可能な新規バイオマーカーである（Ｐｅｔｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１２１】
ＣＣＴ４は、ＴＣＰ１含有シャペロニン、サブユニット４をコードする。ＣＣＴ４は、複数回のＡＴＰ駆動放出および部分的に折り畳まれた中間体の再結合を通じて、新たに翻訳されたポリペプチド基質の折り畳みを助ける（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＣＴ４の調節解除は、食道扁平上皮がんおよび肺腺がんを引き起こす（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｊ；Ｔａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＣＣＴ４は、胃がんにおいて上方制御される（Ｍａｌｔａ−Ｖａｃａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１２２】
ＣＤＣ２７は、細胞分裂周期２７をコードする。この遺伝子によってコードされたタンパク質は、後期促進複合体（ＡＰＣ）の構成要素である。タンパク質は、有糸分裂のタイミング調節に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。下方制御された場合、ＣＤＣ２７は、トリプルネガティブ乳がん細胞および扁平細胞子宮頸部がんに、放射線耐性を与える（Ｒａｊｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＤＣ２７は、肝細胞がんの進行において重要な役割を果たし、また食道扁平上皮がんおよび膵臓がんにおける予後不良と相関する（Ａｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｈ）。ＣＤＣ２７多型性は、細胞の有糸分裂進行に影響を及ぼすことを通じて、乳がんの易罹患性に寄与してもよい（Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＤＣ２７変異は、前立腺がんに関与する（Ｌｉｎｄｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＣＤＣ２７の変異および下方制御は、いくつかの乳がんおよび大腸がん細胞株に関与する（Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｒｏｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｐａｗａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１２３】
ＣＤＫ１２は、サイクリン依存性キナーゼ１２をコードして、染色体１７ｑ１２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ１２変異体は、卵巣、乳房、前立腺、および腸管腫瘍をはじめとする、多様な腫瘍において同定された（Ｖｒａｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１２４】
ＣＤＫ１３は、サイクリン依存性セリン／スレオニンタンパク質キナーゼファミリーのメンバーである、サイクリン依存性キナーゼ１３をコードする。このファミリーのメンバーは、細胞周期調節におけるマスタースイッチとしてのそれらの本質的役割が知られている。それらは、ｍＲＮＡプロセッシングにおいて役割を果たしてもよく、造血の調節に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ１３は、膵臓がんおよび皮膚がんに関連している（Ａｎｓａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｎｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｃｈａｎｄｒａｍｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＣＤＫ１３は、肝細胞がんにおいて増幅される（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２ｂ）。
【０１２５】
ＣＤＫ２は、細胞周期調節に関与するセリン／スレオニンタンパク質である、キナーゼサイクリン依存性キナーゼ２をコードする。このタンパク質の活性は、Ｇ１〜Ｓ期への移行中に特に重要である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ２の過剰発現は、がん細胞における過剰増殖に直接関連し得る、細胞周期の異常調節を示唆する（Ｃｈｏｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＤＫ２は、白血病、結腸直腸がん、メラノーマ、ヒトパピローマウイルス関連子宮頸新生物、肺がん、乳がん、および前立腺がんに関連している（Ｆｏｓｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｚａｊａｃ−Ｋａｙｅ，２００１；Ｒａｓｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｄｕｅｎｓｉｎｇ  ａｎｄ  Ｍｕｎｇｅｒ，２００２；Ｈｕ  ａｎｄ  Ｚｕｃｋｅｒｍａｎ，２０１４；Ａｇａｒｗａｌ，２０００）。ＣＤＫ２は、マントル細胞リンパ腫において高度に発現される（Ｒｕｍｍｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１２６】
ＣＤＫ５ＲＡＰ３は、ＣＤＫ５調節サブユニット関連タンパク質３をコードする。ＣＤＫ５ＲＡＰ３は、シグナル伝達経路支配転写調節および細胞周期進行において役割を果たす。それは、腫瘍形成および転移における機能を有してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ５ＲＡＰ３は、肝細胞がんにおいて過剰発現され、転移を促進する（Ｍａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｍａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＤＫ７は、サイクリン依存性タンパク質キナーゼファミリーのメンバーである、サイクリン依存性キナーゼ７をコードする。これは、転写開始およびＤＮＡ修復に関与する、転写因子ＴＦＩＩＨの必須構成要素である。このタンパク質は、転写調節と細胞周期との間の直接的な関係の役割を果たすと考えられている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ７遺伝的多型は、遺伝子環境または遺伝子−遺伝子相互作用によって、個人を乳がんに罹患しやすくする（Ｙｏｏ  ａｎｄ  Ｋａｎｇ，２００３）。ＣＤＫ７は、膵臓がんのリスク増大に関連している（Ｅｆｔｈｉｍｉｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。ＣＤＫ７は、乳がんに関連付けられている（Ｃａｎｃｅ  ａｎｄ  Ｌｉｕ，１９９５）。
【０１２７】
ＣＤＫ９は、サイクリン依存性タンパク質キナーゼファミリーのメンバーである、サイクリン依存性キナーゼ９をコードする。このタンパク質は、その調節サブユニットであるサイクリンＴまたはサイクリンＫと複合体を形成し、その制御下にある（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＤＫ９は、筋肉細胞、単球、およびニューロンなどのいくつかの細胞型の分化プログラムに関与するようである。ＣＤＫ９は、単球において抗アポトーシス機能を有するようである。細胞内のいくつかの生理学的過程におけるＣＤＫ９の関与は、がんの発生をもたらすこともある（Ｄｅ  ａｎｄ  Ｇｉｏｒｄａｎｏ，２００２）。
【０１２８】
ＣＥＬＳＲ３は、カドヘリン、ＥＧＦ遅滞７回膜貫通型Ｇ型受容体３をコードする。コードされたタンパク質は、接触依存性神経突起増殖の調節に関与してもよく、腫瘍形成において役割を果たしてもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。マイクロアレイスクリーニングは、正常口腔粘膜との比較で、原発性口腔扁平上皮がんにおけるＣＥＬＳＲ３過剰メチル化を明らかにした（Ｋｈｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＥＬＳＲ３は、卵巣がんおよび脳腫瘍に関連している（Ａｓａｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｋａｔｏｈ  ａｎｄ  Ｋａｔｏｈ，２００７）。ＣＥＬＳＲ３は、膵臓腫瘍のおよび肝臓腫瘍の星状細胞において、上方制御される（Ｅｒｋａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１２９】
ＣＥＰ９７は、中心体タンパク質９７ｋＤａをコードして、染色体３ｑ１２．３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＥＰ９７は、乳がんに関連している（Ｒａｐｐａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１３０】
ＣＦＬ１は、コフィリン１をコードする。それは、アクチン−コフィリン複合体の細胞質から核への移行に関与する。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＦＬ１変異は、多発性内分泌腺腫４型および多形性神経膠芽細胞腫に関連している（Ｓｏｌｏｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｇｅｏｒｇｉｔｓｉ，２０１０）。ＣＦＬ１は、リンパ腫、白血病、神経芽細胞腫、卵巣、前立腺、乳がん、および肺がん、および中皮腫において過剰発現される（Ｒａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＣＦＬ１は、精巣胚細胞腫瘍において下方制御される（ｖｏｎ  Ｅｙｂｅｎ，２００４）。
【０１３１】
ＣＨＤ３は、クロモドメインヘリカーゼＤＮＡ結合タンパク質３をコードする。タンパク質は、ヒストン脱アセチル化によるクロマチンのリモデリングに関与する、Ｍｉ−２／ＮｕＲＤ複合体と称されるヒストン脱アセチル化酵素複合体の構成要素の１つである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＨＤ３は、膵臓上皮内新生物および膵臓がんにおいて上方制御される（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＣＨＤ３変異は、胃および結腸直腸がんに関連している（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ａ）。ＣＨＤ３は、急性骨髄性白血病において過剰発現される（Ｃａｍｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０１３２】
ＣＨＤ４は、クロモドメインヘリカーゼＤＮＡ結合タンパク質４をコードする。それは、ヌクレオソーム再構築およびデアセチラーゼ複合体の主要構成要素であり、エピジェネティックな転写抑制において重要な役割を果たす。この遺伝子の体細胞変異は、漿液性子宮内膜腫瘍に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＨＤ４は、急性骨髄性白血病の新規治療標的である（Ｓｐｅｒｌａｚｚａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＨＤ４は、ＥｐＣＡＭ＋肝臓がん幹細胞における遺伝子調節およびＤＮＡ損傷応答をエピジェネティックに調節する（Ｎｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＨＤ４は、ＢＲＣＡ２変異がん細胞における治療応答を調節する（Ｇｕｉｌｌｅｍｅｔｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＨＤ４は、神経膠芽腫および結腸がんに関連している（Ｃａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｃｈｕｄｎｏｖｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１３３】
ＣＨＤ５は、クロモドメインヘリカーゼＤＮＡ結合タンパク質５をコードする。ＣＨＤ５は、神経芽細胞腫の発生において役割を果たしてもよい、潜在的腫瘍抑制因子である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＨＤ５は、神経膠腫において、そして乳がん、結腸がん、肺がん、卵巣がん、および前立腺がんをはじめとする多様なその他の腫瘍型において、腫瘍抑制因子遺伝子として機能する（Ｋｏｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１３４】
ＣＩＲＨ１Ａ（Ｃｉｒｈｉｎとも称される）は、核小体に局在するＷＤ４０反復含有タンパク質である、硬変常染色体性劣性１Ａをコードする。それは、北米インディアン小児肝硬変（ＮＡＩＣ）を引き起こす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＩＲＨ１Ａは、標準的ＮＦ−κＢ因子を上方制御し得て、ＮＦ−κＢ因子を含有するその他の遺伝子の調節に関与するかもしれない。これは、ＣＩＲＨ１Ａが、がん関連ＮＦ−κＢ経路に影響を与え得ることを示唆する（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１３５】
ＣＯＬ１Ａ１は、コラーゲン、１型、α１をコードする。１型は、ほとんどの結合組織に見いだされる原線維形成コラーゲンであり、骨、角膜、真皮、および腱に豊富である。この遺伝子と血小板由来成長因子βの遺伝子が位置する、染色体１７と２２との間の相互転座は、増殖因子の無制御発現に起因する、隆起性皮膚線維肉腫と呼ばれる特殊な型の皮膚腫瘍に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ１Ａ１は、胃がんにおいて示差的に発現される（Ｙａｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＣＯＬ１Ａ１は、色素性隆起性皮膚線維肉腫に関連している（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｃ）。
【０１３６】
ＣＯＬ１Ａ２は、コラーゲン、１型、α２をコードする。１型は、ほとんどの結合組織に見いだされる原線維形成コラーゲンであり、骨、角膜、真皮、および腱に豊富である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ１Ａ２は、胃がんに関連している（Ｙａｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｙａｓｕｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０１３７】
ＣＯＬ６Ａ１は、コラーゲン、６型、α１をコードする。コラーゲンＶＩは、ミクロフィブリルの主要構成要素である。コラーゲンＶＩサブユニットをコードする遺伝子の変異は、常染色体優性疾患であるベスレムミオパチーを引き起こす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ６Ａ１は、去勢抵抗性前立腺がんの反応性間質において上方制御され、腫瘍増殖を促進する（Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ）。ＣＯＬ６Ａ１は、ＣＤ１６６＋がん細胞よりも浸潤性および遊走性活性がより強い、ＣＤ１６６−膵臓がん細胞において過剰発現される（Ｆｕｊｉｗａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＯＬ６Ａ１は、骨転移において高度に発現される（Ｂｌａｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＯＬ６Ａ１は、子宮頸がんおよび卵巣がんにおいて上方制御されることが判明した（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｐａｒｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＣＯＬ６Ａ１は、星細胞腫および膠芽細胞腫において示差的に発現される（Ｆｕｊｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１３８】
ＣＯＬ６Ａ３は、コラーゲンＶＩ型α３をコードするが、これはほとんどの結合組織に見いだされてマトリックス成分の組織化に重要な、数珠状フィラメントコラーゲンであるＶＩ型コラーゲンの３つのα鎖の１つである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ６Ａ３は、ほとんどの結合組織に見いだされてマトリックス要素の組織化に重要な役割を果たす数珠状フィラメントコラーゲンである、ＶＩ型コラーゲンのα３鎖をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ６Ａ３は、結腸、膀胱、および前立腺がんにおいて、選択的にスプライスされる。ＣＯＬ６Ａ３の長いイソ型は、がんサンプル中でほぼ排他的に発現され、新しいがんマーカーの役割を果たす可能性がある（Ｔｈｏｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＣＯＬ６Ａ３は、膵臓導管腺がん組織で高度に発現されて、腫瘍特異的選択的スプライシングを受ける（Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＯＬ６Ａ３は、高悪性度卵巣がんと相関し、シスプラチン抵抗性に寄与することが実証されている。ＣＯＬ６Ａ３は、胃がん組織で頻繁に過剰発現されることが観察された（Ｘｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＯＬ６Ａ３変異は、腫瘍分化およびＴＮＭ進行度診断とは無関係に、結腸直腸がんのある患者のより良好な全生存期間を顕著に予測した（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＣＯＬ６Ａ３の発現は、膵臓がん、結腸がん、胃がん、粘液性類表皮腫、および卵巣がんにおいて増加することが報告された。エクソン３、４、および６をはじめとするがん関連転写変異体が、結腸がん、膀胱がん、前立腺がん、および膵臓がんにおいて検出された（Ａｒａｆａｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｘｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｅｉｖｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｓｈｅｒｍａｎ−Ｂａｕｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｇａｒｄｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｔｈｏｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。卵巣がんではＣＯＬ６Ａ３レベルはより高い腫瘍悪性度と相関し、膵臓がんでは、ＣＯＬ６Ａ３は適切な診断血清バイオマーカーに相当することが示された（Ｓｈｅｒｍａｎ−Ｂａｕｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１３９】
ＣＯＰＧ１（ＣＯＰＧとも称される）は、ゴルジ体からＥＲへの逆行性輸送およびゴルジ体内輸送を媒介する、コートマータンパク質複合体（ＣＯＰＩ）のγサブユニットをコードする。ＣＯＰＧ１は、ＡＲＦ−ＧＡＰと結合する（Ｗａｔｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１；Ｗａｔｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＣＯＰＧ１は、患者の年齢およびより高い悪性病変等級ならびに神経膠肉腫等級と相関する（Ｃｏｐｐｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＯＰＧ１は、肺がんおよび肺がん関連内皮細胞において豊富に発現されることが判明した（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１４０】
ＣＲＥＢ３Ｌ１は、ｃＡＭＰ応答因子結合タンパク質３様１をコードする。ＣＲＥＢ３Ｌ１は、ＥＲストレスに応答して切断され、放出された細胞質転写因子ドメインは、核に移行する。そこで、それはｂｏｘ−Ｂ因子に結合することによって、標的遺伝子の転写を活性化する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＲＥＢ３Ｌ１変異体は、硬化性類上皮線維肉腫（ＳＥＦ）において頻繁に見いだされる（Ｐｒｉｅｔｏ−Ｇｒａｎａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＲＥＢ３Ｌ１は、ヒト神経膠腫細胞株におけるＥＲストレスによって誘導され、折り畳まれていないタンパク質応答、細胞外マトリックス産生および細胞遊走に寄与する（Ｖｅｌｌａｎｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＣＲＥＢ３Ｌ１は、膀胱がんにおいてエピジェネティックに発現停止され、腫瘍細胞の拡散および遊走を促進する（Ｒｏｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＲＥＢ３Ｌ１は、乳がんにおける腫瘍形成抑制において重要な役割を果たす。転移性表現型の発生には、発現の喪失が必要である（Ｍｅｌｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１４１】
ＣＳＴＦ１は、切断刺激因子である、３’プレＲＮＡ、サブユニット１、５０ｋＤａをコードする。それは、プレｍＲＮＡのポリアデニル化および３’末端切断に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＳＴＦ１の変異は、ＢＲＣＡ２変異キャリアにおける乳がんリスクに関連することが判明した（Ｂｌａｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１４２】
ＣＴＨＲＣ１は、コラーゲン三重らせん反復含有１をコードする。ＣＴＨＲＣ１は、血管再構築に関与することで、動脈損傷に対する細胞応答において役割を果たしてもよい。この遺伝子座における変異は、バレット食道および食道腺がんに関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＴＨＲＣ１は、胃がんおよび乳管がんにおいて、発現増加を示す（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ；Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＣＴＨＲＣ１は、結腸直腸がんにおいて上方制御される（Ｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＣＴＨＲＣ１の発現は、Ｂ型肝炎ウイルスに感染した患者における肝細胞がん進行と高度に相関するＣＴＨＲＣ１は、肝細胞腫細胞のコロニー形成、遊走、および浸潤を増強する（Ｔａｍｅｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＣＴＨＲＣ１は、非小細胞肺がんにおいて過剰発される。過剰発現は、腫瘍の侵襲性と予後不良に関連している（Ｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。ＣＴＨＲＣ１は、食道扁平上皮がんおよびバレット腺がんにおいて上方制御される（Ｔｉｍｍｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＣＴＨＲＣ１は、メラノーマにおける細胞接着および生存を促進する（Ｉｐ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１４３】
ＣＸＣＬ５は、ケモカインＣ−Ｘ−Ｃモチーフリガンド５をコードする。このタンパク質は、Ｇタンパク質共役型受容体ケモカインＣＸＣモチーフ受容体２に結合して好中球を動員し、血管新生を促進して、結合組織を再構築することが提案されている。このタンパク質は、がん細胞の増殖、遊走、および浸潤において役割を果たすと考えられる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＸＣＬ５は、腎細胞がんの発生率、増殖、および転移において、重要な役割を果たす（Ｐａｒｉｈａｒ  ａｎｄ  Ｔｕｎｕｇｕｎｔｌａ，２０１４）。ＣＸＣＬ５は、慢性炎症の食道がんおよび胃がんへの移行に関与している（Ｖｅｒｂｅｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＣＸＣＬ５は、急性骨髄性白血病に関連している（Ｋｉｔｔａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４４】
ＤＣＢＬＤ２は、膜貫通共受容体タンパク質であって、内皮および平滑筋細胞誘導ニューロピリン様タンパク質とも称される、ジスコイジン、ＣＵＢおよびＬＣＣＬドメイン含有タンパク質２をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＣＢＬＤ２は、膠芽細胞腫および頭頸部がん（ＨＮＣ）において上方制御され、ＥＧＦＲ刺激腫瘍形成に必要である（Ｆｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。さらに、ＤＣＢＬＤ２は高度に転移性の肺がん亜系および組織サンプルにおいて、上方制御される（Ｋｏｓｈｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。対照的に、ＤＣＢＬＤ２の発現は、胃がんにおいてそのプロモーターの過剰メチル化によって停止される（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０１４５】
ＤＤＸ４３は、ＤＥＡＤ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ）ボックスポリペプチド４３をコードするＤＤＸ４３は、ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼであり、腫瘍特異的発現を示す（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＤＸ４３は、ぶどう膜メラノーマ細胞および急性および慢性骨髄性白血病において過剰発現される（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ａ；Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ａｍｂｒｏｓｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＤＤＸ４３は、乳がん予後のバイオマーカーである（Ｗｉｅｓｅ  ａｎｄ  Ｐａｊｅｖａ，２０１４）。ＤＤＸ４３は、神経膠腫細胞株で発現される（Ａｋｉｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１４６】
ＤＤＸ５３は、ＤＥＡＤ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ）ボックスポリペプチド５３をコードするＤＤＸ５３は、ＤＥＡＤボックスヘリカーゼタンパク質ファミリーのメンバーに見いだされる、いくつかのドメインを含有する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。がん／精巣抗原ＤＤＸ５３はＨＤＡＣ２を通じてｐ５３発現に負の調節をもたらし、抗がん剤に対する抵抗性を与える（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。ｍｉＲ−２００ｂおよびがん／精巣抗原ＤＤＸ５３はフィードバックループを形成して、微小管標的薬に対する、がん細胞株の浸潤および腫瘍形成および血管新生の応答を調節する（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｃ）。ｍｉＲ−２１７およびＤＤＸ５３は、ＥＧＦＲおよびＨＥＲ２を通じてフィードバックループを形成し、抗がん剤に対する応答を調節する（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＤＤＸ５３は、子宮平滑筋腫において異常なＤＮＡ低メチル化状態を有する、いくつかの遺伝子の１つである（Ｍａｅｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。２１個のＢ細胞悪性腫瘍および４個のＴ細胞悪性腫瘍に由来する細胞株では、広範なｍＲＮＡ発現プロフィールがＤＤＸ５３について観察された（Ｌｉｇｇｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４７】
ＤＮＡＪＣ７は、ＤＮＡＪ熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）４０タンパク質ファミリーのメンバーである、ＤｎａＪ（Ｈｓｐ４０）ホモログ、サブファミリーＣ、メンバー７をコードする。このタンパク質は、シャペロンタンパク質であるＨＳＰ７０およびＨＳＰ９０にＡＴＰ依存様式で結合し、コシャペロンとして機能してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＮＡＪＣ７は、ｐ５３とＭＤＭ２との間の複合体形成をブロックすることによって、ｐ５３の安定性および活性を高める（Ｋｕｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１４８】
ＤＰＰ９は、ジペプチジルペプチダーゼ９をコードする。ＤＰＰ９は、その基質の活性調節に関与しているようであり、ＩＩ型糖尿病、肥満、およびがんをはじめとする多様な疾患と結びつけられている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＰＰ９は、乳がんおよび卵巣がんにおいて潜在的役割を果たす（Ｗｉｌｓｏｎ  ａｎｄ  Ａｂｂｏｔｔ，２０１２）。ＤＰＰ９は、細胞生存および増殖経路の調節において、重要なシグナル伝達の役割を果たす（Ｙａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＤＰＰ９ｍＲＮＡレベルは、精巣腫瘍において上昇する（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＤＰＰ９は、髄膜腫において過剰発現される（Ｓｔｒｅｍｅｎｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１４９】
ＤＰＹＤ（ＤＰＤとしてもまた知られている）は、ピリミジン異化作用酵素であって、ウラシルおよびチミジン異化作用経路における初期および律速因子である、ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼをコードする。この遺伝子の変異は、ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ欠損症、チミンウラシル尿症に伴うピリミジン代謝異常、５−フルオロウラシル化学療法を受けているがん患者の毒性リスク増大をもたらす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＰＹＤ発現レベルは、胃がんにおける化学療法有効性の予測因子として使用され得る（Ｗａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＤＰＹＤ変異体と、アジュバントフルオロウラシルベースの併用化学療法で治療された患者における、グレード３以上のフルオロウラシル関連有害事象の発生率増加との間に、統計的に有意な関連性が見いだされた（Ｃａｖａｌｃａｎｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｂｏｉｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。結腸直腸がんにおけるＤＰＹＤ多型性と、ＫＲＡＳ野生型発現との間には相関がある（Ｋｌｅｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＤＰＹＤ遺伝子発現の上方制御は、結腸直腸がんにおけるフルオロピリミジン毒性をもたらす（Ｃｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｆａｌｖｅｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；ｖａｎ  Ｓｔａｖｅｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｎａｋａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ；Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＤＰＹＤの多型性発現は、頭頸部がん、膵臓がん、食道扁平上皮がん、消化器がん、胃がん、肝細胞がん、および結腸直腸がんを有する患者における治療応答を判定するのに重要であってもよい（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｔｏｆｆｏｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｉｓｈｉｚｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｂａｂａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌａｕｎａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｋｉｋｕｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｓｈｉｍａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｂａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｈａｗａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。
【０１５０】
マイクロＲＮＡ生合成における２つの重要な酵素の１つであるＤＲＯＳＨＡは、胃腸腫瘍、乳がん、および子宮頸がんをはじめとする、いくつかのがんにおいて過剰発現されて、腫瘍細胞の増殖、コロニー形成、および遊走を亢進させるようである（Ａｖｅｒｙ−Ｋｉｅｊｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｈａｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１５１】
ＤＳＥＬは、デルマタン硫酸エピメラーゼ様をコードして、染色体１８ｑ２２．１上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＳＥは、ＤＳＥＬの重要なパラログである。ＤＳＥは、肝細胞がんおよび結腸直腸がんの免疫療法のための免疫原性標的である（Ｍｉｚｕｋｏｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｓａｓａｔｏｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０１５２】
ＤＳＴ（水疱性類天疱瘡抗原Ｉ（ＢＰＡＧ１）としてもまた知られている）は、接着結合プラークタンパク質のプラキンタンパク質ファミリーのメンバーである、ジストニンをコードする。完全長イソ型は定義されていないが、神経および筋肉組織または上皮組織において発現されるいくつかのイソ型があり、神経性中間径フィラメントをアクチン細胞骨格に、またはケラチン含有中間径フィラメントを半接着斑に固着させる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｂｏｕａｍｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＤＳＴは、乳がん転移に関連してもよい（Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＤＳＴに対する自己抗体は、リンパ球性白血病および濾胞性リンパ腫において見いだされ得る（Ａｉｓａ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｔａｉｎｔｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＤＳＴは、鼻咽頭がんにおける６−１０Ｂ細胞（腫瘍形成性であるが転移能を欠く）と比較して、５−８Ｆ細胞（高い腫瘍形成能および転移能）において上方制御される（Ｆａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＤＳＴは、頭頸部扁上皮がんにおいて高度に発現される（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。新生物に関連する腫瘍随伴性天疱瘡には、ＤＳＴに対する自己抗体がある（Ｙｏｎｇ  ａｎｄ  Ｔｅｙ，２０１３；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｐｒｅｉｓｚ  ａｎｄ  Ｋａｒｐａｔｉ，２００７；Ｚｈｕ  ａｎｄ  Ｚｈａｎｇ，２００７）。前立腺がんにおけるＤＳＴの発現は、進行と強く逆相関する（Ｖａｎａｊａ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。抗ＤＳＴ自己抗体は、メラノーマ診断のための有望なマーカーである（Ｓｈｉｍｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＤＳＴは、悪液質がん患者の尿中に見いだされ得る（Ｓｋｉｐｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＤＳＴは、腺がんおよび肺の扁平上皮がんにおいて示差的に発現される（ＭｃＤｏｎｉｅｌｓ−Ｓｉｌｖｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。ＤＳＴは、浸潤性細胞増殖の開始と共に、明確に上方制御される（Ｈｅｒｏｌｄ−Ｍｅｎｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。
【０１５３】
ＤＹＮＣ１Ｈ１は、微小管に沿った逆行性輸送のための主要モータータンパク質のサブユニットである、ダイニン重鎖１をコードする。全エクソーム配列決定試験は、膵管内乳頭状粘液新生物を有する患者のＤＹＮＣ１Ｈ１遺伝子内における体細胞変異を明らかにした（Ｆｕｒｕｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１５４】
ＥＩＦ３Ｃは、真核生物翻訳開始因子３、サブユニットＣをコードして、染色体１６ｐ１１．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＥＩＦ３Ｃは過剰発現され、ヒトＵ−８７ＭＧ細胞における細胞増殖を促進する（Ｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＥＩＦ３Ｃは、結腸がんにおいて高度に発現される（Ｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＥＩＦ３Ｃ  ｍＲＮＡは、精巣セミノーマにおいて過剰発現される（Ｒｏｔｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０１５５】
ＥＩＦ３ＣＬは、真核生物翻訳開始因子３、サブユニットＣ様をコードする。それは、染色体１６ｐ１１．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１５６】
ＥＩＦ３Ｅは、真核生物翻訳開始因子３、サブユニットＥをコードして、染色体８ｑ２２−ｑ２３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＥＩＦ３Ｅは、口腔扁平上皮がんの発がんにおいて役割を果たすかもしれない（Ｙｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＥＩＦ３Ｅは、神経膠芽腫細胞の増殖および生存に必須である（Ｓｅｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＥＩＦ３Ｅは、乳がんの進行において発がん性の役割を有する。ＥＩＦ３Ｅ発現減少は、乳房上皮細胞において上皮から間葉への転換を引き起こす（Ｇｉｌｌｉｓ  ａｎｄ  Ｌｅｗｉｓ，２０１３；Ｇｒｚｍｉｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＥＩＦ３Ｅ発現レベルは、膀胱がんにおいて顕著に上昇する（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ｂ）。ＥＩＦ３Ｅは、非小細胞肺がんに関与する（Ｍａｒｃｈｅｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。
【０１５７】
ＥＸＴ２は、ヘパリン硫酸生合成の鎖伸長ステップに関与する２つのグリコシルトランスフェラーゼの１つである、エクソストシングリコシルトランスフェラーゼ２をコードする。この遺伝子（ｈｉｓ  ｇｅｎｅ）の変異は、複数のタイプＩＩ型外骨腫を引き起こす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＥＸＴ２変異は、軟骨肉腫において役割を果たす（Ｓａｍｕｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＥＸＴ２変異は、複数の骨軟骨腫症候群を誘導する（Ｊｏｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＥＸＴ２変異は、遺伝性の複数の外骨腫を引き起こし、ヘパラン硫酸欠乏をもたらす（Ｈｕｅｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１５８】
Ｆ２Ｒ（ＰＡＲ１としてもまた知られている）は、血栓応答の調節に関与する膜貫通受容体である、血液凝固第ＩＩ因子トロンビン受容体をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。Ｆ２Ｒは、Ｅｔｋ／Ｂｍｘのプレクストリン相同性（ＰＨ）ドメインと結合する。ＰＨドメインに結合できないＦ２Ｒ変異体は、乳房腫瘍および絨毛外栄養膜浸潤を減少させる（Ｋａｎｃｈａｒｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒは、腫瘍細胞遊走、血管新生、および宿主血管細胞との相互作用を容易にすることで、がんの浸潤および転移を促進すると考えられる（Ｗｏｊｔｕｋｉｅｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒの下方制御は、がん細胞死をもたらす（Ｂｕｒｎｓ  ａｎｄ  Ｔｈｅｖｅｎｉｎ，２０１５）。Ｆ２Ｒにおける多形性は、直腸がん患者における急性傷害に関連している（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。Ｆ２Ｒは、ＥＲ陰性乳がん患者における予後不良と明確に相関する（Ｌｉｄｆｅｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒ欠損マウスは、結腸腺がん増殖の減少を示す（Ａｄａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）−１は、Ｆ２Ｒを活性化して血管新生を誘導する（Ｆａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒは、肺がんにおけるＰＴＥＮの下方制御に関与する（Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒ活性化は、上皮間葉転換と相関するＨｉｐｐｏ−ＹＡＰ経路を誘導する（Ｊｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｏｗｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｆｕｊｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｆ２Ｒ活性化の阻害は、ＨＥＲ−２陰性乳がん、肝細胞がんおよび胃がんにおいて、がん細胞遊走および浸潤を減少させる（Ｍｕｓｓｂａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｇ；Ｇｏｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１５９】
ＦＡＤＳ２は、脂肪酸デサチュラーゼ遺伝子ファミリーのメンバーである、脂肪酸デサチュラーゼ２をコードする。デサチュラーゼ酵素は、脂肪酸アシル鎖の画定された炭素間への二重結合の導入により、脂肪酸の不飽和を調節する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＦＡＤＳ２は、肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｍｕｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＦＡＤＳ２活性は、乳がん組織において上昇する（Ｐｅｎｄｅｒ−Ｃｕｄｌｉｐ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＦＡＤＳ２の発現は、乳がんの侵襲性に関連している（Ｌａｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＦＡＤＳ２阻害は、腸管腫瘍形成を妨害する（Ｈａｎｓｅｎ−Ｐｅｔｒｉｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０１６０】
ＦＡＤＳ３は、脂肪酸デサチュラーゼ３をコードする。デサチュラーゼ酵素は、脂肪酸アシル鎖の画定された炭素間への二重結合の導入により、脂肪酸の不飽和を調節する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１６１】
ＦＡＭ８３Ｄは、配列類似性８３を有するファミリー、メンバーＤをコードして、染色体２０ｑ１１．２３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＦＡＭ８３Ｄの上方制御は、肝細胞がん細胞の増殖および浸潤に影響を及ぼす（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｌｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＦＡＭ８３Ｄは、乳がん細胞株および原発性ヒト乳がんにおいて有意に上昇する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｅ）。
【０１６２】
ＦＮ１は、糖タンパク質であるフィブロネクチン１をコードするが、これは血漿中に可溶性二量体形態で存在し、細胞表面および細胞外マトリックスには二量体または多量体形態で存在する。それは、胚形成、創傷治癒、血液血液凝固、宿主防御、および転移をはじめとする、細胞接着および移動プロセスに関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＦＮ１は、重要な腫瘍関連血管新生標的化剤である（Ｓｏｌｌｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＦＮ１は、膵臓がんのいくつかのバイオマーカーの１つである（Ａｎｓａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＦＮ１は、乳がんの内分泌抵抗性の原因となる多くの要因の１つである。ＦＮ１は、乳がんにおいて顕著に調節解除されて、腫瘍の進行および転移の広がりを促進する（Ｏｓｋａｒｓｓｏｎ，２０１３；Ｚｈｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。それは、扁平上皮がんにおける上皮間葉転換のバイオマーカーである（Ｓｃａｎｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＦＮ１は、多発性骨髄腫において重要な役割を果たす（Ｎｅｒｉ  ａｎｄ  Ｂａｈｌｉｓ，２０１２）。
【０１６３】
分泌型ヒトα−Ｌーフコシダーゼ２であるＦＵＣＡ２は、Ｌ−フコースの転移を担う重要な酵素であると同定された。加水分解酵素は、ヒト胃がん細胞へのＨ．ピロリ（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ）接着に必須であることが判明し、Ｈ．ピロリ（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ）関連胃がんの診断マーカー、および治療処置の標的としての大きな可能性を示す（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１６４】
ＧＣＧは、グルカゴンをコードする。それは、グリコーゲン分解および糖新生を刺激することにより、インスリンのグルコース低下作用を抑制する膵臓ホルモンである。それは、そのシグナル伝達経路が細胞増殖を調節する、特定のＧタンパク質結合受容体のリガンドである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＣＧ受容体イメージングは、膵臓β細胞量を評価するための潜在的なツールのようである。それはまた、ガストリノーマ、褐色細胞腫、および髄様甲状腺がんなどのその他の腫瘍をイメージングするための標的となるかもしれない（Ｈｕｂａｌｅｗｓｋａ−Ｄｙｄｅｊｃｚｙｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＧＣＧは、結腸発がんにおいて重要な役割を果たす（Ｋａｎｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＧＣＧは、神経内分泌腫瘍の新たに出現したトレーサーである（Ｒｅｕｂｉ  ａｎｄ  Ｍａｅｃｋｅ，２００８）。
【０１６５】
ＧＦＰＴ２は、グルタミンフルクトース６リン酸塩トランスアミナーゼ２をコードして、染色体５ｑ３４−ｑ３５上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＦＰＴ２は、乳がんおよびリンパ球性白血病において重要な役割を果たす（Ｋｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｓｉｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１６６】
ＧＰＮ１は、ＧＰＮループＧＴＰアーゼ１をコードして、染色体２ｐ２３．３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＰＮ１は、ヌクレオチド切除修復シグナル伝達経路を調節する決定的因子である、ＤＮＡ修復遺伝子ＸＰＡの核局在化に関与する細胞質ＧＴＰアーゼである（Ｎｉｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０１６７】
ＧＲＩＫ２は、グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、ｋａｉｎｉｔｅ２をコードする。この遺伝子の変異は、常染色体性劣性精神遅滞と連付けられている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＲＭＴ１１−ＧＲＩＫ２は、前立腺がんにおいて見いだされるいくつかの融合転写物の１つであり、腫瘍侵襲性に関連している（Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＧＲＩＫ２ＳＮＰは、口腔がんのリスクまたは易罹患性の増大に関連している（Ｂｈａｔｎａｇａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＧＲＩＫ２は、肺がんの潜在的バイオマーカーである（Ｒａｕｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。染色体欠失によるＧＲＩＫ２不活性化は、Ｔ細胞リンパ腫の発生に寄与してもよい。ＧＲＩＫ２の不活性化は、胃の発がんにおいて役割を果たす（Ｒｅｓｅｎｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｌｏｐｅｚ−Ｎｉｅｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１６８】
ＧＲＩＫ３は、グルタミン酸受容体、イオンチャネル型、ｋａｉｎｉｔｅ  ３をコードする。それはグルタミン酸受容体のファミリーに属し、これは哺乳類の脳における優勢な興奮性神経伝達物質受容体であり、多様な正常な神経生理学過程において活性化される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＲＩＫ３は肺腺がん（メチル化、機能修飾）、小児中枢神経系腫瘍、リンパ球性白血病、および神経芽細胞腫神に関連している（Ｐｒａｄｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＧＲＩＫ３は、中枢神経系のいくつかの小児腫瘍において示差的に発現される（Ｂｒｏｃｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１６９】
ＧＳＫ３Ｂは、グリコーゲンシンターゼキナーゼ３βをコードする。それは、エネルギー代謝、神経細胞発生、および身体パターン形成に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＳＫ３Ｂの異常調節は、いくつかのがんでは細胞増殖を促進する一方で、その他のがんでは抑制することが示され、食道がんにおいて重要な役割を果たしてもよい（Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。ＧＳＫ３Ｂは、多形性神経膠芽細胞腫において調節不全である（Ａｔｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。調節解除ＧＳＫ３Ｂは、胃がん、膵臓がん、および肝臓がんを促進する（Ｍｉｙａｓｈｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１７０】
ＨＬＡ−Ａは、小胞体管腔由来のペプチドを提示することにより免疫系において中心的役割を果たす、主要組織適合性複合体クラス１Ａをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＨＬＡ−Ａ抗原の喪失は、ヒト腫瘍における共通の特徴である。ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃ陽性細胞の百分率の減少、特定の抗原の選択的喪失、およびクラス１分子発現の完全喪失が、メラノーマ、がん種、リンパ腫、神経芽細胞腫、および急性白血病において実証されている（Ｇａｒｒｉｄｏ  ａｎｄ  Ｒｕｉｚ−Ｃａｂｅｌｌｏ，１９９１；Ｓａｌｅｒｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０）。ＨＬＡ−Ａの発現は、胃および食道がんにおけるＭＡＰＫ経路によって主に調節され、臨床腫瘍サンプルにおけるｐ−Ｅｒｋ発現とＨＬＡクラス１発現との間に強い逆相関を有する、Ａｋｔ経路の影響をある程度受ける（Ｍｉｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１７１】
ＨＮＲＮＰＵ（ＳＡＦ−Ａとも称される）は、ｍＲＮＡ前駆体プロセッシングおよびその他のｍＲＮＡの代謝および核内輸送の側面に関連するヘテロ核リボタンパク質（ｈｎＲＮＰｓ）のＲＮＡ結合サブファミリーに属する、ヘテロ核内リボ核タンパク質Ｕをコードする。ＨＮＲＮＰＵは、大型リボ核タンパク質複合体へのｈｎＲＮＡのパッケージングに関与すると考えられる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。肺がん細胞の転移を阻害するｍｉＲ−１９３ａ−３ｐの上方制御は、ＨＮＲＮＰＵの発現を下方制御する（Ｄｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。長い非コードＲＮＡＨ１９は、ＨＮＲＮＰＵ／ＰＣＡＦ／ＲＮＡＰｏｌ  ＩＩタンパク質複合体との結合を通じて、ｍｉＲ−２００経路を活性化し得て、したがって間葉系から上皮細胞への転換に、および肝細胞がんにおける腫瘍転移の抑制に寄与する（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｄ）。ＨＮＲＮＰＵは、いくつかのヒトがんにおいて再活性化されるようである、胚性および成体幹細胞の幹細胞性を維持するための重要な遺伝子であるＳＯＸ２と相互作用する（Ｆａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１７２】
ＨＳＰＡ２は、精母細胞およびがん細胞の増殖に必須である、精巣特異的熱ショックタンパク質７０−２をコードする。異なる研究が、子宮頸がん、腎細胞がん、および膀胱がんの疾患進行における、ＨＳＰＡ２の重要な役割を示唆する遺伝子内多形性は、胃がんの発生に関連している（Ｆｅｒｒｅｒ−Ｆｅｒｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ；Ｇａｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ；Ｓｉｎｇｈ  ａｎｄ  Ｓｕｒｉ，２０１４）。
【０１７３】
ＨＳＰＡ８は、食道扁平上皮がんで過剰発現されることが示された。食道がん細胞におけるＨＳＰＡ８の高発現レベルは、生体外でこれらの細胞の酸化的ストレス誘発アポトーシスを相殺した。さらに、ＨＳＰＡ８は、多発性骨髄腫および結腸がんにおいて過剰発現され、ＢＣＲ−ＡＢＬ１誘導性のＨＳＰＡ８の発現は、慢性骨髄性白血病において細胞生存を促進する（Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｄａｄｋｈａｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｊｏｓｅ−Ｅｎｅｒｉｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｋｕｂｏｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）。
【０１７４】
ＨＳＰＡ８Ｐ８は、偽遺伝子である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１７５】
ＨＳＰＡ９は、熱ショック７０ｋＤａタンパク質９をコードする。このタンパク質は、細胞の増殖、ストレス応答、およびミトコンドリアの維持において役割を果たす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＨＳＰＡ９は、ウイルス感染から、発がんもまた含む神経変性にまで及ぶ細胞過程を調節する（Ｆｌａｃｈｂａｒｔｏｖａ  ａｎｄ  Ｋｏｖａｃｅｃｈ，２０１３）。ＨＳＰＡ９は、肝細胞がんおよび結腸直腸がんにおいて上方制御される（Ｒｏｚｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｋｕｒａｍｉｔｓｕ  ａｎｄ  Ｎａｋａｍｕｒａ，２００５）。ＨＳＰＡ９は、胃がんの発生において役割を果たす（Ａｎｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＨＳＰＡ９は、薬剤耐性卵巣がんの改善された治療のための潜在的な治療標的である（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１７６】
ＩＧＤＣＣ４は、免疫グロブリンスーパーファミリー、ＤＣＣサブクラス、メンバー４をコードして、染色体１５ｑ２２．３１上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＧＤＣＣ４は、肝細胞がんにおいて発現される（Ｊｏｙ  ａｎｄ  Ｂｕｒｎｓ，１９８８；Ｍａｒｑｕａｒｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＧＤＣＣ４は、急性リンパ芽球性白血病において役割を果たす（Ｔａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０１７７】
ＩＧＦ２ＢＰ３は、インスリン様成長因子ＩＩの翻訳を抑制するがん胎児性タンパク質である、インスリン様成長因子ＩＩ  ｍＲＮＡ結合タンパク質３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。いくつかの研究は、ＩＧＦ２ＢＰ３が、細胞極性化、遊走、形態、代謝、増殖、および分化などの細胞機能の様々な重要な側面において機能することを示した。生体外実験は、ＩＧＦ２ＢＰ３が、腫瘍細胞増殖、接着、および浸潤を促進することを示した。さらに、ＩＧＦ２ＢＰ３は、侵襲性で進行したがんに関連することが示されている（Ｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｇｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＩＧＦ２ＢＰ３の過剰発現は、多数の腫瘍型で記載され、例えば、神経芽細胞腫、結腸直腸がん、肝臓内胆管細胞がん、肝細胞がん、前立腺がん、および腎細胞がんなどにおいて、予後不良、進行した腫瘍病期および転移と相関する（Ｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｆｉｎｄｅｉｓ−Ｈｏｓｅｙ  ａｎｄ  Ｘｕ，２０１２；Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｓｚａｒｖａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｊｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ｃ；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｈｏｆｆｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ；Ｙｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１７８】
ＩＰＯ５は、インポーチンベータファミリーのメンバーである、インポーチン５をコードする。インポーチンは、核膜孔複合体を通じたタンパク質の移行に不可欠である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１７９】
ＩＰＯ７は、インポーチン７をコードする。インポーチンα／β複合体およびＧＴＰアーゼＲａｎは、古典的な核局在化シグナルを有するタンパク質の核内搬入を媒介する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＩＰＯ７は、がんにおいて頻繁に過剰発現される（Ｇｏｌｏｍｂ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＩＰＯ７は、神経膠芽腫、ホジキンリンパ腫、および乳がんにおいて調節不全である（Ｊｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｊｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｎａｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｘｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＩＰＯ７は、前立腺がんにおいて下方制御されるマイクロＲＮＡ標的である  （Ｓｚｃｚｙｒｂａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。結腸直腸がんにおけるＩＰＯ７  ｍＲＮＡのレベルの上昇は、増殖の増加に関連している（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０１８０】
ＩＱＧＡＰ３は、細胞シグナル伝達と細胞骨格との間のインターフェイスで機能する、ＩＱモチーフ含有ＧＡＰファミリーメンバーをコードする。ＩＱＧＡＰ３は、Ｒａｃ１／Ｃｄｃ４２により促進される神経突起伸長を調節し、カルモジュリンおよびミオシン軽鎖と直接相互作用する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ａｔｃｈｅｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＩＱＧＡＰ３は、肺がんにおいて過剰発現され、腫瘍細胞増殖、遊走および浸潤に関連している。さらに、それは肝細胞がんにおける染色体増幅によって上方制御され、ＩＱＧＡＰ３の発現は、低生存率を有するｐ５３変異大腸がん患者において増加する（Ｋａｔｋｏｏｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｓｋａｗｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＩＱＧＡＰ３は、ＥＧＦＲ／Ｒａｓ／ＥＲＫシグナル伝達カスケードを調節し、Ｒａｃ／Ｃｄｃ４２と相互作用する（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｋｕｎｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１８１】
ＫＤＥＬＲ１は、ＫＤＥＬ（Ｌｙｓ−Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ｌｅｕ）小胞体タンパク質保持受容体１をコードする。ＫＤＥＬＲ１は、酵母ＥＲＤ２遺伝子産物と構造的および機能的に類似している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＤＥＬＲ１は、腫瘍形成において役割を有する（Ｙｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＫＤＥＬＲ１レベルの低下は、肝細胞腫細胞において見いだされる（Ｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＫＤＥＬＲ１の下方制御は、急性骨髄性白血病において見られる（Ｃａｌｄａｒｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１８２】
ＫＰＮＡ２は、カリオフェリンα２をコードする。ＫＰＮＡ２は、タンパク質核輸送に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＰＮＡ２の発現は、上皮性卵巣がんにおいて調節不全である（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＫＰＮＡ２は、小型腫瘍と比較して、大型口腔扁平上皮がん腫において下方制御される（Ｄｉｎｉｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＫＰＮＡ２は、主要タンパク質の異常な局在性および乳がんの予後不良に寄与する（Ａｌｓｈａｒｅｅｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＫＰＮＡ２の発現は、上部尿路上皮がんおよび子宮内膜がんにおいて有意に上方制御される（Ｉｋｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＫＰＮＡ２は、肝細胞がんにおいて腫瘍増殖を促進する（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。
【０１８３】
ＫＲＴ１９は、ケラチンファミリーのメンバーをコードする。ケラチンは、上皮細胞の構造的完全性に関与する中間径フィラメントタンパク質であり、サイトケラチンおよび毛髪ケラチンに細分化される。ＫＲＴ１９は、発生中の表皮を包む一過性の表面層である周皮において、特異的に発現される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。腫瘍細胞におけるＫＲＴ１９の発現は、乳がん、肺がん、卵巣がん、および肝細胞がんなどのいくつかの腫瘍実体の予後マーカーである（Ｓｋｏｎｄｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＫＲＴ１９は、膵臓神経内分泌腫瘍、特にインスリン陰性腫瘍の独立予後因子であることが示されている。ＫＲＴ１９陽性腫瘍は、サイズ、有糸分裂、リンパ管浸潤、および壊死などのなどの確立された病理学的パラメータに関わりなく、転帰不良に関連している（Ｊａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１８４】
ＫＲＴ８（ＣＫ８とも称される）は、ケラチン１８と二量体化して単層上皮細胞内で中間径フィラメントを形成する、ＩＩ型ケラチンファミリーのメンバーをコードする。ＫＲＴ８は、細胞の構造的完全性を維持する役割を果たし、また、シグナル伝達および細胞分化における機能を有する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＲＴ８は上方制御されて、肺がん、前立腺がん、および乳がんをはじめとする様々ながん細胞から分泌される。高レベルのＫＲＴ８は、遊走および浸潤の増加と相関する（Ｇｏｎｉａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｋｕｃｈｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｆｕｋｕｎａｇａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｔａｋｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）。ＴｈｅＭＥＫ／ＥＲＫ経路は、Ｓｅｒ４３１におけるスフィンゴシルホスフォリルコリン（ｓｐｈｉｎｇｏｓｙｌｐｈｏｓｐｈｏｒｙｃｈｏｌｉｎｅ）誘発ＫＲＴ８リン酸化を調節する。これは、ケラチン細胞骨格の再構成をもたらし、結果的に腫瘍細胞の遊走が亢進される（Ｂｕｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。腫瘍抑制因子ＳＭＡＲはＫＲＴ８発現を下方制御し、これは細胞の遊走および浸潤性の低下をもたらす（Ｐａｖｉｔｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｍｕｋｈｏｐａｄｈｙａｙ  ａｎｄ  Ｒｏｔｈ，１９９６）。
【０１８５】
ＫＲＴ８Ｐ４４は、染色体６ｑ２６上に位置する、ケラチン８偽遺伝子４４をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０１８６】
ＭＡＣＣ１は、細胞増殖、上皮間葉転換、血管新生、細胞運動性、浸潤性、および転移に関与する、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）受容体経路の重要な調節因子をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＡＣＣ１は、胃がん、結腸直腸がん、肺がん、および乳がんをはじめとする多くのがん実体において過剰発現され、患者のがんの進行、転移、および低生存率に関連している（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ；Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｓｔｅｉｎ，２０１３；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｍ；Ｉｌｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＭＡＣＣ１は、ｃ−Ｍｅｔおよびβカテニンの増加と、ｃ−Ｍｙｃ、サイクリンＤ１、ｃａｓｐａｓｅ９、ＢＡＤ、およびＭＭＰ９をはじめとするそれらの下流標的遺伝子の増加とをもたらす、βカテニンおよびＰＩ３Ｋ／ＡＫＴシグナル伝達経路を標的化することを通じて、発がんを促進する（Ｚｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｙａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１８７】
ＭＡＧＥＤ２は、Ｘ連鎖精神遅滞のホットスポットであるＸｐ１１．２における新たに定義されたＭＡＧＥ−Ｄクラスターのメンバーである、メラノーマ抗原ファミリーＤ、２をコードする。ＭＡＧＥＤ２は、特定の脳領域および精巣の間質において高発現レベルで遍在的に発現される。ＭＡＧＥＤ２は、野生型ｐ５３活性の潜在的な負の調節因子である（Ｌａｎｇｎａｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｐａｐａｇｅｏｒｇｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＭＡＧＥＤ２の過剰発現は、メラノーマ、乳がんおよび結腸がんに関連している（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｓｔｒｅｋａｌｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０１８８】
ＭＡＮ２Ａ１は、ゴルジ体に局在してアスパラギン結合オリゴ糖成熟経路の最終加水分解ステップを触媒する、マンノシダーゼαクラス２Ａ、メンバー１をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。スワインソニンはＭＡＮ２Ａ１を阻害し、腫瘍細胞の悪性表現型に関連するβ１，６分枝Ｎ結合グリカンの産生を阻害する（Ｙａｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０；Ｇｅｒｂｅｒ−Ｌｅｍａｉｒｅ  ａｎｄ  Ｊｕｉｌｌｅｒａｔ−Ｊｅａｎｎｅｒｅｔ，２０１０；Ｓａｎｔｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｐｒｚｙｂｙｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｄｅｎｎｉｓ  ａｎｄ  Ｌａｆｅｒｔｅ，１９８７；Ｂａｐｔｉｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｇｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｆｕｊｉｅｄａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｋｏｒｃｚａｋ  ａｎｄ  Ｄｅｎｎｉｓ，１９９３；Ｒｏｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｇｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７；Ｇｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５；Ｓｅｆｔｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）。ＭＡＮ２Ａ１のＳＮＰは、小児急性リンパ芽球性白血病と強く関連している（Ｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０１８９】
ＭＡＰ１Ａは、神経発生の必須段階である微小管集合に関与する、微小管関連タンパク質１Ａをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＡＰ１Ａは、レチノイン酸誘導Ｐ１９胚性がん細胞に蓄積する（Ｖａｉｌｌａｎｔ  ａｎｄ  Ｂｒｏｗｎ，１９９５）。ＭＡＰ１Ａは、前立腺がんの腫瘍隣接間質において下方制御される（Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＭＡＰ１Ａは、細胞増殖において役割を果たしてもよい（Ｍａｔｓｕｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ダヌセルチブは、乳がんにおける膜結合型ＭＡＰ１Ａの発現レベルを有意に増大させる（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ）。バイカレインは、肝細胞がん細胞株ＨｅｐＧ２においてＭＡＰ１Ａを上方制御する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｌ）。ＭＡＰ１Ａは、皮膚扁平上皮がんにおいてｐ６２と逆相関する（Ｙｏｓｈｉｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。γトコトリエノールは、ＭＡＰ１Ａの細胞質イソ型から脂質化イソ型への変換増加を誘導する（Ｔｉｗａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０１９０】
ＭＡＴ２Ａは、メチオニンおよびＡＴＰからのＳ−アデノシルメチオニンの生成を触媒する、メチオニンアデノシルトランスフェラーゼ２Ａをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＡＴ２Ａは、タモキシフェン抵抗性ＭＣＦ−７乳がん細胞において上方制御される（Ｐｈｕｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。結腸がんでは、ＳＵＭＯ化されたＭＡＴ２Ａおよび全ＭＡＴ２Ａのレベルがより高い。Ｕｂｃ９、Ｂｃｌ２、およびＭＡＴ２Ａ間の相互作用は、がん細胞の増殖および生存を促進する（Ｔｏｍａｓｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＭＡＴ２Ａの発現は、腎細胞がんおよびＳ−アデノシルメチオニン処置肝細胞がん細胞株ＷＣＨ１７において下方制御される（Ｋｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。ＭＡＴ１Ａ：ＭＡＴ２Ａスイッチは、肝細胞がんにおける包括的なＤＮＡ低メチル化、ＤＮＡ修復低下、ゲノム不安定性、およびシグナル調節解除に関連している（Ｗｏｏｄｂｕｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｆｒａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＭＡＴ２Ａは、肝細胞細胞がん、胃がん、および結腸がんにおいて上方制御される（Ｆｒａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｅ；Ｔｏｍａｓｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｆｒａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＭＡＴ２Ａは、胃がん患者における腫瘍分類、リンパ節転移、および腫瘍分化不良と相関する（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ｂ；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｅ）。ＭＡＴ２Ａは、腫瘍性タンパク質ＭａｆＫの転写共抑制因子である（Ｋａｔｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＭＡＴ２Ａは、肝臓がんにおける腫瘍増殖および進行に関連している（Ｖａｚｑｕｅｚ−Ｃｈａｎｔａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ａ；Ｌｕ  ａｎｄ  Ｍａｔｏ，２００８）。
【０１９１】
ＭＢＴＰＳ２は、転写のステロール制御に関与するタンパク質のシグナル伝達を活性化し、ＥＲストレス応答において役割を果たす、膜埋め込み亜鉛メタロプロテアーゼである（Ｏｅｆｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０１９２】
ＭＣＭ４は、真核生物ゲノム複製開始に必須のミニ染色体維持複合成分４をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＣＭ４の発現は、食道がんをはじめとするいくつかの実体における、生存率低下およびがん進行と相関する膜貫通糖タンパク質である、上方制御された炭酸脱水酵素ＩＸに関連している（Ｈｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｈａｓ−ｍｉＲ−６１５−３ｐは、ＭＣＭ４を調節することにより、鼻咽頭がんに関与してもよい（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＭＣＭ４は、膀胱がんの発生において役割を果たすかもしれない（Ｚｅｋｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ｐ５３の機能獲得型変異は、乳がんにおけるＭＣＭ４の発現を増加させる（Ｐｏｌｏｔｓｋａｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ヘリカーゼ活性の低下を示すヒト皮膚がんにおいて、ＭＣＭ４の変異がある（Ｉｓｈｉｍｉ  ａｎｄ  Ｉｒｉｅ，２０１５）。ＭＣＭ４の過剰発現単独では、乳がんにおけるより短い生存と弱く関連するだけである。ＭＣＭ複合体の６つの部分全ての過剰発現は、より短い生存と強く関連している（Ｋｗｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＭＣＭ４は、肺腺がんおよび喉頭扁平上皮がんにおいて示差的に発現される（Ｌｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｃ）。ＭＣＭ４は、子宮頸がんにおいて有意に過剰発現される（Ｄａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｄａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＭＣＭ４は、結腸直腸がんのバイオマーカーとして使用されてもよい（Ｆｉｊｎｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１９３】
ＭＩＥＲ１（ＭＩ−ＥＲ１とも称される）は、アフリカツメガエル（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｌａｅｖｉｓ）（Ｘｅｎｏｐｕｓｌｅａｖｉｓ）において最初に同定された、転写調節因子をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＩＥＲ１は、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）および乳がんにおいて上方制御され、核転写変異体αの喪失が、がんの進行および増殖に関連している（ＭｃＣａｒｔｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｄｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｍａｓｃａｒｅｎｈａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。転写リプレッサーＭＩＥＲ１は、ＨＤＡＣ１との相互作用が原因で機能する（Ｄｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。
【０１９４】
ＭＩＲ２８６１は、ｍＲＮＡの安定性および翻訳の双方に影響を及ぼすことによって、遺伝子発現の転写後調節に関与する短い非コードＲＮＡである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＩＲ２８６１の発現は、リンパ節転移のない乳頭状甲状腺がん（ＰＴＣ）と比較して、リンパ節転移を有するＰＴＣにおいて上方制御される（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｆ）。
【０１９５】
ＭＬＥＣは、Ｉ型膜固定型ＥＲタンパク質である、マレクチンをコードする。ＭＬＥＣは、Ｇｌｃ２Ｍａｎ９ＧｌｃＮＡｃ２（Ｇ２Ｍ９）Ｎ−グリカンに親和性を有し、ＥＲにおけるグリコシル化の調節に関与する。ＭＬＥＣは、リボフォリンＩと相互作用することも示されており、誤って折り畳まれたタンパク質の分解の誘導に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｐｉｅｒｃｅ  ａｎｄ  Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ，２００９）。ＭＬＥＣは、結腸直腸がんにおいて脱調節され、神経膠芽腫において増強される（Ｓｅｔｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｅｍｅｕｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＭＬＥＣは、甲状腺乳頭がんのバイオマーカーかもしれない（Ｂａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０１９６】
ＭＶＰは、ＭＡＰＫ、ＪＡＫ／ＳＴＡＴ、およびＰＩ３Ｋ／Ａｋｔシグナル伝達経路を調節することによって、複数の細胞過程において役割を果たしてもよいタンパク質である、ヴォールト複合体の主要な区画をコードする。それはまた、多剤耐性、先天免疫、細胞の生存および分化において役割も果たし、この遺伝子の発現は、いくつかのがん型の予後マーカーであってもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｔｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｌａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｓｃａｇｌｉｏｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｈｅｕｖｅｌ−Ｅｉｂｒｉｎｋ  ＭＭ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｐｅｒｅｚ−Ｔｏｍａｓ，２００６；Ｓｃｈｅｆｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ，２００７；Ｓｅｋｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｌｕ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒｖｉｎｇｔｏｎ，２００８）。ＭＶＰは、いくつかの中枢神経系腫瘍において高度に発現される（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２ａ）。ＭＶＰは、がんにおいて、およびいくつかの化学療法抵抗性がん細胞株において、高度に発現される（Ｓｚａｆｌａｒｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｍｏｓｓｉｎｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＭＶＰ発現レベルは加齢に伴って増大し、アポトーシス耐性を促進する（Ｒｙｕ  ａｎｄ  Ｐａｒｋ，２００９）。
【０１９７】
ＭＹＢＢＰ１Ａ（ｐ１６０とも称される）は、Ｍｙｂプロトオンコジーンタンパク質と結合するその能力によって最初に同定された、核小体転写調節因子をコードする。ＭＹＢＢＰ１Ａは、核小体ストレスへの応答、腫瘍抑制、およびリボソームＤＮＡの合成をはじめとする、多くの細胞過程において役割を果たすかもしれない（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＹＢＢＰ１Ａは、肺がん、乳がん、および頭頸部がんをはじめとする、異なるがん実体において脱調節される。それは、細胞の増殖および転移に関連している（Ｂｉｄｋｈｏｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｇｅｏｒｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ａｃｕｎａ  Ｓａｎｈｕｅｚａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ａｋａｏｇｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＭＹＢＢＰ１Ａはｐ５３活性化ならびにＭｙｂ結合を通じて転写活性を促進し、細胞周期および有糸分裂を調節して染色体分離の制御に影響を及ぼすことにより、Ｇ２／Ｍ停止または異常な有糸分裂をもたらす（Ｔａｖｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｔｓｕｃｈｉｙａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｍｏｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｏｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０１９８】
ＮＣＡＰＤ２（とも称されるＣＮＡＰ１）は、染色体凝縮に関与して、アルツハイマー病に関連する、非ＳＭＣコンデンシンＩ複合体サブユニットＤ２ｔをコードする。（Ｂａｌｌ，Ｊｒ．ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。ＮＣＡＰＤ２の過剰発現は、卵巣がんの発生において、腫瘍進行中のその増幅および変異と共に見いだされた（Ｅｍｍａｎｕｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０１９９】
ＮＣＡＰＧは、有糸分裂および減数分裂中の染色体の凝縮および安定化を担う、非ＳＭＣ凝縮Ｉ複合体サブユニットＧをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＣＡＰＧは、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病を有する患者、および血液または骨髄腫細胞に由来する白血病細胞において下方制御される（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＮＣＡＰＧは、結腸直腸がんにおける多剤耐性遺伝子であってもよい（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＮＣＡＰＧは、ヒト細胞がんの色素嫌性亜型において高度に上方制御されるが、従来のヒト腎細胞がんでは上方制御されない（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ）。ＮＣＡＰＧの上方制御は、メラノーマ進行に関連している（Ｒｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＮＣＡＰＧは、ぶどう膜メラノーマに関連している（Ｖａｎ  Ｇｉｎｋｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）。ＮＣＡＰＧは、異なる腫瘍細胞において、変動する発現を示す（Ｊａｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。
【０２００】
ＮＬＥ１は、異なるシグナル経路による胚発生に関与する、ノッチレスホモログおよびＷＤ４０リピートタンパク質ファミリーのメンバーをコードし、リボソーム成熟において役割を果たすようである（Ｂｅｃｋ−Ｃｏｒｍｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｒｏｍｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｌｏｓｓｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２０１】
ＮＯＭＯ１（ＰＭ５とも称される）は、脊椎動物の発生中にＮｏｄａｌシグナル伝達経路に関与するタンパク質複合体の一部かもしれない、Ｎｏｄａｌモジュレーター１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＯＭＯ１は、前立腺がんにおいて、およびＴ細胞リンパ腫細胞において脱調節される（Ｓｔｕｂｂｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｌａｎｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２０２】
ＮＯＭＯ２は、脊椎動物の発生中にＮｏｄａｌシグナル伝達経路に関与するタンパク質複合体の一部かもしれない、Ｎｏｄａｌモジュレーター２をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＯＭＯ２は、上皮性腫瘍細胞過密に対する応答であってもよい浸潤促進性ゲノムシグネチャの一部として、子宮頸上皮内新生物（ＣＩＮ）３および子宮頸がんへの転換において、上皮／間質細胞界面で上方制御される（Ｇｉｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０２０３】
ＮＯＭＯ３は、脊椎動物の発生中にＮｏｄａｌシグナル伝達経路に関与するタンパク質複合体の一部かもしれない、Ｎｏｄａｌモジュレーター３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＯＭＯ３は、非小細胞肺がんにおいてＤＮＡメチル化によって脱調節される（Ｍｕｌｌａｐｕｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＮＯＭＯ３は、卵巣がん組織におけるグリコシル化に関連している、富化された膜タンパク質である（Ａｌｌａｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２０４】
ＮＯＮＯ（ｐ５４ｎｒｂとしてもまた知られている）は、非ＰＯＵドメイン含有、八量体結合をコードする。ＮＯＮＯは、核内で、転写調節およびＲＮＡスプライシングをはじめとする々な役割を果たすＲＮＡ結合タンパク質である。この遺伝子と転写因子Ｅ３との間の再配列が、乳頭状腎細胞がんにおいて観察されている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｍａｃｈｅｒ−Ｇｏｅｐｐｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＮＯＮＯの発現は、血管浸潤および生存率低下と強く相関する（Ｂａｒｂｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。フロスピノスリンは、おそらくＮＯＮＯへの直接結合を通じて、低酸素適応がん細胞の増殖を選択的に阻害する、（Ａｒａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＮＯＮＯはＭＩＡ／ＣＤ−ＲＡＰの作用を媒介して、軟骨形成および悪性メラノーマの進行を促進する（Ｓｃｈｍｉｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＮＯＮＯの発現は、ｃ−Ｍｙｃ、サイクリンＤ１、およびＣＤＫ４の発現と相関する（Ｎｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＹＢ−１を過剰発現する結腸直腸がんにおけるＮＯＮＯのノックアウトは、それらをオキサリプラチンに感作させ得る（Ｔｓｏｆａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。シムバスタチンは、ＮＯＮＯを強力に下方制御して、メラノーマ進行を低下させる（Ｓｃｈｉｆｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｚａｎｆａｒｄｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＮＯＮＯは、乳がんおよびメラノーマにおいて過剰発現される（Ｓｃｈｉｆｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｄ）。
【０２０５】
ＮＰＣ１は、エンドソームおよびリソソームの境界膜に存在してコレステロールのＮ末端ドメインへの結合を通じた細胞内コレステロール輸送を媒介する大型タンパク質である、ニーマン・ピック病、Ｃ１型をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。食道がんにおいて、ＮＰＣ１のプロモーターは低メチル化され、ＮＰＣ１発現は上方制御される（Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＮＰＣ１は、同質遺伝子型転移性がん細胞株、ヒト胚性幹細胞、およびヒト胚性がん細胞において示差的に発現される（Ｌｕｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｏｒｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＮＰＣ１分解は、Ａｋｔによって調節される。したがってＮＰＣ１は、子宮頸がんにおける細胞の増殖および遊走に関連している（Ｄｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。シルデナフィルによる治療は、ＮＰＣ１発現を減少させて、脳がん幹細胞を殺滅する（Ｂｏｏｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。コレステロール取り込みのためのＮＰＣ１をはじめとするコレステロール代謝の阻害剤は、がん治療に有益であると考えられる（Ａｌｉ−Ｒａｈｍａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＮＰＣ１は、ＴＮＦ−α−抵抗性ＭＣＦ−７乳腺がん細胞において上方制御される（Ｖｉｎｃｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｍｏｕｓｓａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２０６】
ＮＰＣ２は、後期エンドソーム／リソソーム系を通じたコレステロール輸送の調節において機能してもよい脂質認識ドメインを有する、タンパク質をコードする。この遺伝子の変異は、ニーマン・ピック病および前頭葉萎縮症に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＰＣ２は、乳房、結腸、肺、腎臓、および肝臓がんをはじめとする、異なるがん実体において脱調節される（ＭｃＤｏｎａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｇａｒｃｉａ−Ｌｏｒｅｎｚｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｌｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＮＰＣ関連コレステロール摂動は異常なシグナル伝達経路を誘導して、ｐ３８ＭＡＰＫ活性化、Ｍｄｍ２媒介性ｐ５３分解、ＲＯＣＫ活性化、およびＲｈｏＡ合成増加をもたらす、（Ｑｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２０７】
ＮＵＰ１６０は、核細胞質輸送を媒介する核膜孔複合体の一部である、１６０ｋＤａのヌクレオポリンをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＵＰ１６０−ＳＬＣ４３Ａ３は、血管肉腫における再発性融合腫瘍遺伝子であり、腫瘍進行に関連している（Ｓｈｉｍｏｚｏｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２０８】
ＮＵＰ２０５は、ヌクレオポリン２０５ｋＤａをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＵＰ２０５は、ＴＭＥＭ２０９によって安定化される。この相互作用は、肺がん増殖の重要な駆動機構である（Ｆｕｊｉｔｏｍｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２０９】
ＮＵＰ９８は、核内搬入、核外搬出、有糸分裂進行、および遺伝子発現調節をはじめとする、多くの細胞過程に関与するヌクレオポリン９８ｋＤａをコードする。この遺伝子と多くの他のパートナー遺伝子との間の転座が、異なる白血病で観察されている。再配列は、典型的に、この遺伝子のＮ末端ＧＬＧＦドメインからパートナー遺伝子のＣ末端に向かう、キメラをもたらす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＮＵＰ９８再配列は、マウスにおいて白血病を誘発する。それは、原発性ヒト造血前駆細胞の増殖を増強して、分化を妨害する（Ｔａｋｅｄａ  ａｎｄ  Ｙａｓｅｅｎ，２０１４）。ＮＵＰ９８再配列を引き起こすホメオボックス遺伝子の調節不全は、白血病性形質転換をもたらす（Ｇｏｕｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｌａｐｅ  ａｎｄ  Ａｐｌａｎ，２００４；Ｇｒｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ａｂｒａｍｏｖｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｎａｋａｍｕｒａ，２００５；Ｓｈｉｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ａｒｇｉｒｏｐｏｕｌｏｓ  ａｎｄ  Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓ，２００７）。ＮＵＰ９８は、急性骨髄性白血病、急性転化期にある慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、急性リンパ芽球性白血病、および二系統／二表現型白血病をはじめとする造血性悪性腫瘍において、いくつかのパートナーと再配列する（Ｔｏｓｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｈａｚｎｅｄａｒｏｇｌｕ  ａｎｄ  Ｂｅｙａｚｉｔ，２０１０；Ｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｇｏｕｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｐａｎａｇｏｐｏｕｌｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｍｏｒｅｒｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｍｏｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ａｈｕｊａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；ＭｃＣｏｒｍａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｌａｍ  ａｎｄ  Ａｐｌａｎ，２００１）。ＮＵＰ９８は、腫瘍形成に関連している（Ｘｕ  ａｎｄ  Ｐｏｗｅｒｓ，２００９；Ｓｉｍｏｎ  ａｎｄ  Ｒｏｕｔ，２０１４）。ＮＵＰ９８は、ゲノム安定性の修飾物質であり、腫瘍発生の抑制因子である（Ｒａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２１０】
ＯＸＳＲ１は、酸化ストレスに応答して下流キナーゼを調節するＳｅｒ／Ｔｈｒタンパク質キナーゼをコードし、アクチン細胞骨格を制御する役割を果たしてもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＯＸＳＲ１は、ヒト乳がん患者に由来する腫瘍間質において上方制御され、再発に関連している（Ｐａｖｌｉｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１１】
ＰＣＳＫ９は、分泌経路の調節されたまたは構成的な分枝を通じて、タンパク質およびペプチド前駆体の輸送をプロセスするプロテアーゼを含むサブチリシン様プロタンパク質コンバターゼファミリーのメンバーをコードする。それは、コレステロールおよび脂肪酸代謝において役割を果たす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＣＳＫ９は、肝臓がん、肺がん、および胃がんをはじめとする、異なるがん実体において脱調節される（Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｍａｒｉｍｕｔｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｄｅｍｉｄｙｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＣＳＫ９欠損は、コレステロールレベルを低下させるその能力によって、そしてＴＮＦα媒介アポトーシスを増強することによって、肝臓転移を減少させる。これとは対照的に、その他の研究は、がんリスクに対するコレステロール値の影響がないことを示す（Ｆｏｌｓｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２１２】
ＰＤＡＰ１は、線維芽細胞のＰＤＧＦＡ刺激増殖を上方制御してもよく、ＰＤＧＦＢの分裂促進性もまた下方制御してもよい、リンタンパク質をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＤＡＰ１は、胃がんおよび直腸がんをはじめとする様々ながん型において過剰発現され、それによってバイオマーカーとしての役割を果たし得る（Ｃｈｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｍａｒｉｍｕｔｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２１３】
ＰＤＩＡ３（ＥＲｐ５７としてもまた知られている）は、レクチンシャペロン（ｃｈａｐｅｒｏｎｓ）、カルレティキュリン、およびカルネキシンと相互作用して新規合成糖タンパク質の折り畳みを調節する小胞体のタンパク質である、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼファミリーＡメンバー３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｃｏｅ  ａｎｄ  Ｍｉｃｈａｌａｋ，２０１０）。ＰＤＩＡ３は、バイオマーカーとして、および腫瘍の診断において使用されてもよい（Ｓｈｉｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＤＩＡ３は、神経膠腫において示差的に発現される（Ｄｅｉｇｈｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＤＩＡ３は、がんおよびアルツハイマー病をはじめとするヒト病変に関与するとされる（Ｃｏｅ  ａｎｄ  Ｍｉｃｈａｌａｋ，２０１０）。ＰＤＩＡ３は、ＭＨＣクラスＩ上に、ウイルスおよび自己ペプチドを負荷するＴＡＰの補助因子である（Ｃｏｅ  ａｎｄ  Ｍｉｃｈａｌａｋ，２０１０；Ａｂｅｌｅ  ａｎｄ  Ｔａｍｐｅ，２０１１）。
【０２１４】
ＰＦＤＮ１は、新たに合成されたポリペプチドに結合して安定化し、それによりそれらが正しく折り畳まれるようにする分子シャペロン複合体である、プレフォルディンの６つのサブユニットの１つである、プレフォルディンサブユニット１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＦＤＮ１は結腸直腸がん進行に関与して、腫瘍サイズおよび浸潤と正の相関がある（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｅ）。ＰＦＤＮ１ｉは、結腸直腸がんをはじめとする、いくつかのがんにおいて上方制御される（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｅ）。ＰＦＤＮ１は、鼻咽頭がんにおける参照遺伝子として使用され得る（Ｇｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１５】
ＰＨＢは、ヒト細胞の老化および腫瘍抑制において役割を果たすことが提案されているプロヒビチンをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｔｈｅｉｓｓ  ａｎｄ  Ｓｉｔａｒａｍａｎ，２０１１；Ｚｈｏｕ  ａｎｄ  Ｑｉｎ，２０１３；Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；ＭｃＣｌｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５；Ｒａｊａｌｉｎｇａｍ  ａｎｄ  Ｒｕｄｅｌ，２００５）。ＰＨＢは、細胞増殖および悪性形質転換に関与するＲａｆ／ＭＥＫ／ＥＲＫ経路を活性化する（Ｒａｊａｌｉｎｇａｍ  ａｎｄ  Ｒｕｄｅｌ，２００５）。ＰＨＢは、放射線療法に対する治療応答を予測する、鼻咽頭がんにおける潜在的バイオマーカーである（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｅ）。ＰＨＢは、薬剤耐性がん細胞、薬物作用、および疾病状態組織のプロテオミクス分析において同定された（Ｇｕｏ  ｅ  ａｌ．，２０１３）。ＰＨＢは、多くのがん実体において過剰発現される（Ｚｈｏｕ  ａｎｄ  Ｑｉｎ，２０１３）。肝細胞がんの主要危険因子である、Ｃ型肝炎ウイルスのコアタンパク質は、プロヒビチンを損なうことにより、酸化的ストレスの過剰生成を誘導する（Ｔｈｅｉｓｓ  ａｎｄ  Ｓｉｔａｒａｍａｎ，２０１１；Ｓｃｈｒｉｅｒ  ａｎｄ  Ｆａｌｋ，２０１１；Ｋｏｉｋｅ，２０１４）。ＰＨＢは、神経膠腫において示差的に発現される（Ｄｅｉｇｈｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２１６】
ＰＫＭ２は、解糖に関与するタンパク質であるピルビン酸キナーゼ、筋肉をコードする。ＰＫＭ２は甲状腺ホルモンと相互作用し、したがって甲状腺ホルモンによって誘導される細胞代謝効果を媒介してもよい。それはまた、細菌病原性にも関与すると考えられる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｉｓｒａｅｌｓｅｎ  ａｎｄ  ＶａｎｄｅｒＨｅｉｄｅｎ，２０１５）。ＰＫＭ２は、がん細胞増殖および腫瘍増殖に重要であることが示された（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｃ；ＤｅＬａＢａｒｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。Ｎ−ｍｙｃは、髄芽細胞腫においてＰＫＭ２の転写調節因子の役割を果たす（Ｔｅｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＫＭ２は、肝臓がん発生、上皮間葉転換、および血管新生において役割を果たすようである（Ｎａｋａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＰＫＭ２は、ワールブルク効果の２つの重要な因子の１つである（Ｔａｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｗａｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＫＭ２の発現は、がん細胞において上方制御される（Ｃｈａｎｅｔｏｎ  ａｎｄ  Ｇｏｔｔｌｉｅｂ，２０１２；  Ｌｕｏ  ａｎｄ  Ｓｅｍｅｎｚａ，２０１２；Ｗｕ  ａｎｄ  Ｌｅ，２０１３）。悪性細胞では、ＰＫＭ２は、転写共活性化因子として、およびプロテインキナーゼとして、解糖において機能する。後者の機能において、それは核に移行し、ヒストン３をリン酸化して、それは最終的に膠芽細胞腫において細胞周期の進行を引き起こす（Ｓｅｍｅｎｚａ，２０１１；Ｌｕｏ  ａｎｄ  Ｓｅｍｅｎｚａ，２０１２；Ｔａｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｖｅｎｎｅｔｉ  ａｎｄ  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，２０１３；Ｙａｎｇ  ａｎｄ  Ｌｕ，２０１３；Ｇｕｐｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｉｑｂａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｗａｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。低活性二量体ＰＫＭ２は、活性四量体形態の代わりに、がんにおいて役割を果たすかもしれない（Ｍａｚｕｒｅｋ，２０１１；Ｗｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｉｑｂａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｍａｚｕｒｅｋ，２００７）。
【０２１７】
ＰＫＰ３は、デスモソームおよび核に局在してカドヘリンを細胞骨格内の中間径フィラメントに連結するのに関与する、アームリピートおよびプラコフィリンファミリーのメンバーであるプラコフィリン３をコードする。ＰＫＰ３は、細胞のデスモソーム依存性接着およびシグナル伝達経路において機能してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＫＰ３  ｍＲＮＡの増加は、バイオマーカーおよび疾患転帰の予測因子として使用され得る（Ｖａｌｌａｄａｒｅｓ−Ａｙｅｒｂｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＫＰ３の過剰発現が、乳がん、肺がん、および前立腺がんにおける転帰不良と相関した一方で、膀胱がんにおける下方制御は、浸潤性挙動に関連している（Ｆｕｒｕｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｂｒｅｕｎｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｄｅｍｉｒａｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｔａｋａｈａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＰＫＰ３の喪失は、細胞遊走および腫瘍形成に必要なＭＭＰ７およびＰＲＬ３のタンパク質レベルの増大をもたらす（Ｋｈａｐａｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｂａｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。
【０２１８】
ＰＬＥＣは、細胞骨格および接着複合体の架橋および組織化に関与するタンパク質である、プラキンファミリーのメンバー、プレクチンをコードする（Ｂｏｕａｍｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＰＬＥＣは、結腸直腸腺がん、頭頸部扁平上皮がん、および膵臓がんにおいて過剰発現される（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｋａｔａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｂａｕｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２１９】
ＰＬＸＮＡ２は、セマフォリン共受容体であるプレキシンＡ２をコードする。ＰＬＸＮＡ２は、セマフォリン３Ａおよび３Ｃからシグナルを伝達すると考えられる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＩＡＡ１１９９はＰＬＸＮＡ２に結合し、ＥＧＦＲ安定化およびシグナル伝達を通じて、セマフォリン３Ａ媒介細胞死の阻害をもたらす（Ｓｈｏｓｔａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＰＬＸＮＡ２は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ陽性前立腺がんおよび転移性前立腺がんにおいて上方制御され、細胞の遊走および浸潤の亢進をもたらす（Ｔｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＰＬＸＮＡ２は、より侵襲性の乳がんにおいてより高い発現レベルを有して、腫瘍形成に関連している（Ｇａｂｒｏｖｓｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２２０】
ＰＯＬＡ２は、触媒サブユニットＡとプライマーゼ複合体とをつなぎ合わせることによって、ＤＮＡ複製の開始において重要な役割を果たすＤＮＡポリメラーゼα（７０／６８ｋＤａまたはＢサブユニットとも呼ばれる）のアクセサリーサブユニットをコードする（Ｃｏｌｌｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３；Ｐｏｌｌｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＰＯＬＡ２は、消化管間質腫瘍および非小細胞肺がんをはじめとする、異なるがん型において脱調節される（Ｍａｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。Ｓ期中に、ＰＯＬＡ２はテロメアに付着する。それはテロメラーゼ活性に関連し、フィルイン合成を通じた適切なテロメアオーバーハングプロセッシングに重要である（Ｄｉｏｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２２１】
ＰＰＭ１Ｇは、タンパク質ホスファターゼ、Ｍｇ２＋／Ｍｎ２＋依存性、１Ｇをコードする。このタンパク質は、機能性スプライセオソームの形成に重要なプレｍＲＮＡスプライシング因子の脱リン酸化に関与することが判明している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＰＭ１Ｇは、細胞ｐ７３およびＤｅｌｔａＮｐ７３を示差的に調節するＥ３リガーゼＷＷＰ２を調節する（Ｃｈａｕｄｈａｒｙ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｉｋａ，２０１４）。ＰＰＭ１Ｇは、様々な実体においてユニークに過剰発現される、ｐ５３のアポトーシス刺激タンパク質に結合できる（Ｓｋｅｎｅ−Ａｒｎｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＰＭ１Ｇは、脱リン酸化によってＵＳＰ７Ｓを下方制御し、ｐ５３蓄積をもたらす（Ｋｈｏｒｏｎｅｎｋｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０２２２】
ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂは、タンパク質ホスファターゼ−１（ＰＰ１）結合タンパク質をコードする。ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂは、ＰＰ１触媒性サブユニットの動員を通じて、転写開始因子ＥＩＦ２−αの脱リン酸化を促進する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂの下方制御は、細胞周期のＧ１からＳ期への移行不全、カスパーゼ３／７の活性増大によるアポトーシス誘導、およびＥＲα活性の調節に起因する、増殖障害をもたらす（Ｓｈａｈｍｏｒａｄｇｏｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２２３】
ＰＰＹは、ランゲルハンスの膵島において９５アミノ酸ポリペプチド前駆体として合成されるタンパク質をコードする。それは、３６アミノ酸の活性ホルモン、および機能不明のイコサペプチドの２つのペプチド産物に切断される。ホルモンは、膵臓および胃腸機能の調節因子の役割を果たし、食物摂取量の調節において重要であってもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。膵臓がんに続発する糖尿病（ｄｉａｂｅｔｅｓ  ｍｅｌｉｔｕｓ）を有する患者は，ＩＩ型糖尿病（ｄｉａｂｅｔｅｓ  ｍｅｌｉｔｕｓ）を有する患者と比較して、混合食に対する鈍いＰＰＹ応答を有する。しかし、鈍いＰＰＹ応答は、膵臓頭部に腫瘍を有する膵臓がん患者においてのみ観察される（Ｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２２４】
ＰＲＫＤＣは、ＤＮＡ依存性タンパク質キナーゼ（ＤＮＡ−ＰＫ）の触媒サブユニットをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＲＫＤＣは、子宮内膜症関連卵巣がんおよび乳がんにおいて、頻繁に変異する遺伝子である（Ｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｗｈｅｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＲＫＤＣは、結腸直腸がん中の正常組織と比較して、がん組織において上方制御される。高いＰＲＫＤＣ発現を有する患者は、低い全生を示す（Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６ｂ）。
【０２２５】
ＰＳＥＮ１は、アルツハイマー病に関連しているプレセニリン１をコードする。それは、Ｎｏｔｃｈ活性化に必要なγセクレターゼ複合体の一部である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｐｏｎｎｕｒａｎｇａｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。低分子干渉ＲＮＡによるＰＳＥＮ１の過剰発現は、化学療法抵抗性膀胱がん細胞を薬物誘発細胞死に感作させる（Ｄｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。ＰＳＥＮ１は、Ｅ−カドヘリンを下方制御することによって、上皮間葉転換および化学療法抵抗性において重要な役割を果たす（Ｓｅｈｒａｗａｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｄｉｎｉｃｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＴＲＡＦ６媒介性ＰＳＥＮ１活性化は、腫瘍浸潤性の促進をもたらす（Ｇｕｄｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｕｎｄａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。γ−セクレターゼ複合体の下方制御された発現は、乳がん特異的死亡のリスク因子であると考えられる（Ｐｅｌｔｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＳＥＮ１は、脱調節されたＮｏｔｃｈ１によって引き起こされるＴ細胞急性リンパ芽球性白血病において、示差的に発現される（Ｐａｒｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＳＥＮ１は、口腔扁平上皮がん細胞株、および原発性口腔ケラチノサイトから単離された口腔扁平上皮がん組織において、過剰発現される。ＰＳＥＮ１の過剰発現は、Ｐ−カドヘリンに影響を及ぼすことによって、口腔扁平上皮がんにおける細胞接着低下をもたらす（Ｂａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。内在性カンナビノイドであるアナンドアミドは、胆管細胞がんにおけるＰＳＥＮ１の発現および動員を増加させる（Ｆｒａｍｐｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ｐ５３は、ＰＳＥＮ１発現を調節できる（Ｃｈｅｃｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＳＥＮ１は、腫瘍復帰変異に関与する（Ｔｅｌｅｒｍａｎ  ａｎｄ  Ａｍｓｏｎ，２００９）。
【０２２６】
ＰＳＥＮ２は、アルツハイマー病に関連しているプレセニリン２をコードする。それは、Ｎｏｔｃｈ活性化に必要なγセクレターゼ複合体の一部である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。酸化ストレスおよびｐ５３発現レベルは、変異型ＰＳＥＮ２遺伝子を保有するＰＣ１２細胞において増大する（Ｎｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＰＳＥＮ２は、乳がんにおける有用な予後因子である。新規ＰＳＥＮ２対立遺伝子Ｒ６２ＨおよびＲ７１ＷはＰＳＥＮ２機能に影響を及ぼし、乳がんに対する易罹患性の中程度のリスクを潜在的に与えてもよい（Ｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＰＳＥＮ２は、卵巣がんにおける、全生存期間ではなく、無再発性生存期間に関連している、１０遺伝子シグネチャーセットの一員である（Ｃｈｅｎ  ａｎｄ  Ｌｉｕ，２０１５）。ＰＳＥＮ２の喪失は、ｉＰＬＡ２を上方制御することによって、肺腫瘍の発生を引き起こしてもよい（Ｙｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。γ−セクレターゼ複合体の下方制御された発現は、乳がん特異的死亡のリスク因子であると考えられる（Ｐｅｌｔｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＳＥＮ２は、巨核球白血病および胃がんにおいて示差的に発現される。ＰＳＥＮ２の発現は、腫瘍型、ＵＩＣＣ腫瘍病期、腫瘍悪性度、および患者生存と相関する（Ｗａｒｎｅｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＰＳＥＮ２のプロモーターは神経膠腫組織脱においてメチル化され、ＰＳＥＮ２過剰発現を引き起こす（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。２−アラキドニルグリセロールは、胆管がんにおけるＰＳＥＮ２の発現および動員を増加させる（Ｆｒａｍｐｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ＰＳＥＮ２は、ＥｐＣを切断することによって、ラット膵臓がんにおいて腫瘍細胞増殖を引き起こす（Ｍａｅｔｚｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｔｈｕｍａ  ａｎｄ  Ｚｏｌｌｅｒ，２０１３）。
【０２２７】
ＰＴＧＳ１（Ｃｏｘ１としてもまた知られている）は、プロスタグランジン−エンドペルオキシドシンターゼ１（プロスタグランジンＧ／Ｈシンターゼおよびシクロオキシゲナーゼ）をコードする。ＰＴＧＳ１は構成的に発現されて、アラキノデートのプロスタグランジンへの変換を触媒する。コードされたタンパク質は、内皮細胞における血管新生を調節し、アスピリンなどの非ステロイド性抗炎症薬によって阻害される。シクロオキシゲナーゼおよびペルオキシダーゼの双方として機能するその能力に基づいて、ＰＴＧＳ１は二職兼業タンパク質として同定されている。タンパク質は、腫瘍進行中に細胞増殖を促進してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｔｉｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＰＴＧＳ１は、腫瘍形成に関与してもよい（Ｒｏｕｚｅｒ  ａｎｄ  Ｍａｒｎｅｔｔ，２００９）。腫瘍増殖の亢進は、プロスタグランジンおよびＶＥＧＦ産生において役割を果たす、ＰＴＧＳ１の上方制御によって維持される（Ｃａｍｐｉｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＴＧＳ１は、再発性小唾液腺がんの生存率低下に関連している（Ｈａｙｍｅｒｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＴＧＳ１は、乳がんの発生に関連している（Ｂａｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｓｅｒｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＰＴＧＳ１は、がんの進行において頻繁に脱調節される（Ｋａｒｎｅｚｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＰＴＧＳ１の欠損は、基底細胞がんの強力な減少をもたらす（Ａｒｂｉｓｅｒ，２０１０）。アスピリンは、結腸直腸がん、頭頸部がん、胃腸がん、および膵臓がんをはじめとする、炎症およびがんの発生に関与すると考えられる、ＰＴＧＳ１誘導性血小板活性化を阻害する（Ｐｅｒｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｐｅｒｒｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｓｃｈｒｏｒ，２０１１；Ｇａｒｃｉａ  Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｂｒｕｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｙｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｏｓｔｒｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｃｈｒｏｒ  ａｎｄ  Ｒａｕｃｈ，２０１３；Ｇｕｉｌｌｅｍ−Ｌｌｏｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｐａｔｒｉｇｎａｎｉ  ａｎｄ  Ｐａｔｒｏｎｏ，２０１５；Ｐａｔｒｏｎｏ，２０１５；Ｄｏｖｉｚｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｊｉｍｅｎｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｋｌａｓｓ  ａｎｄ  Ｓｈｉｎ，２００７）。
【０２２８】
ＰＴＧＳ２（ＣＯＸ−２とも称される）は、ジオキシゲナーゼおよびペルオキシダーゼの役割を果たす、プロスタグランジン生合成における重要な酵素である、プロスタグランジン−エンドペルオキシドシンターゼ２（シクロオキシゲナーゼ）をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＴＧＳ２およびプロスタグランジンの発現は、乳がん、肺がん、胃がん、膵臓がん、結腸直腸がん、および前立腺腫瘍をはじめとする、様々ながん型に関連している。発現レベルはまた、転移をはじめとする腫瘍侵襲性にも正比例する（Ｓｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｋｕｎｚｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｍｉｓｒａ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｍａ，２０１４；Ａｚｉｚ  ａｎｄ  Ｑｉｕ，２０１４；Ｔｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｋｎａｂ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｈｕａｎｇ  ａｎｄ  Ｈｕａｎｇ，２０１４；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｃ）。ＰＴＧＳ２に対する活性を有する抗炎症剤は、がんの化学的予防の強力な可能性を有する（Ｈａｒｒｉｓ，２００９；Ｇｈｏｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２２９】
ＰＴＰＮ１４は、哺乳動物のリンパ発生を調節するようである、タンパク質チロシンホスファターゼ、非受容体タイプ１４をコードする。機能喪失型変異が、リンパ浮腫−後鼻孔閉鎖症を有する家系において見いだされている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＴＰＮ１４は、ＴＧＦ−βシグナル伝達を誘導し、内皮−間葉系転換、および器官形成を調節する（Ｗｙａｔｔ  ａｎｄ  Ｋｈｅｗ−Ｇｏｏｄａｌｌ，２００８）。ＰＴＰＮ１４は、胆管がんにおいて下方制御され、臨床病理学的特徴および生存率と逆相関する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｄ；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ）。ＰＴＰＮ１４は、可溶性および膜結合タンパク質の輸送を阻害して、転移の予防をもたらす（Ｂｅｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＰＴＰＮ１４は、臓器のサイズおよび腫瘍形成に関与するＨｉｐｐｏ経路の重要なタンパク質であるがんタンパク質、Ｙ関連タンパク質（ＹＡＰ）を負に調節する（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ；Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ）。ＰＴＰＮ１４における機能喪失型変異は、神経芽細胞腫再発、乳がん、および結腸直腸がんに関与する（Ｌａｃｚｍａｎｓｋａ  ａｎｄ  Ｓａｓｉａｄｅｋ，２０１１；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｓｃｈｒａｍｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｗｙａｔｔ  ａｎｄ  Ｋｈｅｗ−Ｇｏｏｄａｌｌ，２００８）。
【０２３０】
ＲＡＢＧＧＴＢは、Ｒａｂ  ＧＴＰアーゼの翻訳後ゲラニルゲラニル化を触媒する、Ｒａｂゲラニルゲラニルトランスフェラーゼのβサブユニットである（Ｐｙｌｙｐｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＲＡＢＧＧＴＢは、化学療法難治性びまん性大細胞リンパ腫で過剰発現される（Ｌｉｎｄｅｒｏｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０２３１】
ＲＡＣ１は、小型ＧＴＰ結合タンパク質のＲＡＳスーパーファミリーに属するＧＴＰアーゼである、ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質１（ｒｈｏファミリー、小型ＧＴＰ結合タンパク質Ｒａｃ１）をコードする。このスーパーファミリーのメンバーは、細胞増殖の抑制、細胞骨格再構成、およびタンパク質キナーゼの活性化をはじめとする、多様な一連の細胞事象を調節するようである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＡＣ１は、神経堤の発達にとって重要であり、メラノーマ形成を予防し得る（Ｓｈａｋｈｏｖａ，２０１４）。ＲＡＣ１は、肝細胞増殖因子およびＭｅｔチロシンキナーゼ受容体によって活性化され得て、内皮細胞の増殖および遊走がもたらされる（Ｂａｒｒｏｗ−ＭｃＧｅｅ  ａｎｄ  Ｋｅｒｍｏｒｇａｎｔ，２０１４；Ｇａｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＲＡＣ１は、カポジ肉腫のウイルス発がんにおいてＲＯＳを誘導する（Ｍｅｓｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＲＡＣ１は、メラノーマの開始と、乳がんおよび頭頸部がんにおける進行とに関与する（Ａｌａｎ  ａｎｄ  Ｌｕｎｄｑｕｉｓｔ，２０１３；Ｉｍｉａｎｉｔｏｖ，２０１３；Ｍｅｉｅｒｊｏｈａｎｎ，２０１４）。Ｔｉａｍ１は、ＲＡＣ１を調節でき、それは次に、細胞骨格活性、細胞極性、エンドサイトーシスおよび膜輸送、細胞遊走、接着および浸潤、細胞の増殖および生存、転移、血管新生、および発がんに関与するシグナル伝達経路を調節する（Ｂｉｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｂｏｉｓｓｉｅｒ  ａｎｄ  Ｈｕｙｎｈ−Ｄｏ，２０１４）。ＲＡＣ１は、発がん遺伝子であると考えられる（Ｋｕｎｚ，２０１３；Ｋｕｎｚ，２０１４）。ＲＡＣ１の変異は、悪性形質転換をはじめとする多様な疾患を引き起こし得る（Ｒｅａｄ，２０１３；Ｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。Ｒａｃ１の活性化は、アクチンストレス繊維、膜ラッフル、葉状仮足、および糸状仮足の形成をもたらす（Ｋｌｏｐｏｃｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；ｖａｎ  ａｎｄ  ｖａｎ  Ｂｕｕｌ，２０１２；Ｌａｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＲＡＣ１は、アストロサイト腫瘍では下方制御されるが、髄芽細胞腫腫瘍では過剰発現される（Ｋｈａｌｉｌ  ａｎｄ  Ｅｌ−Ｓｉｂａｉ，２０１２）。
【０２３２】
ＲＡＣ３は、小型ＧＴＰ結合タンパク質のＲＡＳスーパーファミリーに属するＧＴＰアーゼである、ｒａｓ関連Ｃ３ボツリヌス毒素基質３（ｒｈｏファミリー、小型ＧＴＰ結合タンパク質Ｒａｃ３）をコードする。このスーパーファミリーのメンバーは、細胞増殖抑制、細胞骨格再構成、およびタンパク質キナーゼ活性化をはじめとする、多様な一連の細胞事象を調節するようである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＡＣ３の過剰発現は、子宮内膜がんにおける予後不良に関連している（Ｂａｌｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＲＡＣ３は、子宮頸がんにおいて腫瘍抑制因子の役割を果たすＡＲＨＧＡＰ６を標的とする（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＲＡＣ３は、細胞骨格構成、細胞遊走、および浸潤に関与している（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ）。ＲＡＣ３は、白血病および非小細胞肺がんにおいて示差的に発現され、腫瘍増殖に関与する（Ｔａｎ  ａｎｄ  Ｃｈｅｎ，２０１４；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ；Ｋｏｌｄｅｈｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＲＡＣ３は、食道がんにおいて、Ｅ−カドヘリンのＴＧＦ−β誘導下方制御に関与する（Ｄｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。Ｒａｃ３は、乳がん細胞の侵襲性を引き起こす、Ｒａｃ３／ＥＲＫ−２／ＮＦ−κＢシグナル伝達経路を誘導する。内因性Ｒａｃ活性は、乳がん細胞における高い転移能と相関する（Ｇｅｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｂａｕｇｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＲＡＣ３は、白血病、前立腺がん、および乳がんをはじめとするいくつかのがんにおいて上方制御される（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ  Ｌａｒｒｏｓａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ；Ｃｕｌｉｇ  ａｎｄ  Ｂａｒｔｓｃｈ，２００６；Ｃａｌａｆ  ａｎｄ  Ｒｏｙ，２００７；Ｅｎｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｃｏｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７ａ；Ｃｏｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７ｂ）。ＲＡＣ３は、サイクリンＤ１発現を調節するＮＦ−κＢ活性化補助因子である（Ｒｕｂｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｃｏｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７ｂ）。ＥＲα陽性乳がんにおけるＲＡＣ３の過剰発現は、細胞遊走の亢進をもたらす（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｒｕｂｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０２３３】
ＲＡＤ５４は、ＤＥＡＤ様ヘリカーゼスーパーファミリーに属するタンパク質をコードする。それは、そのどちらもがＤＮＡの相同組換えおよび修復に関与する、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＲＡＤ５４およびＲＤＨ５４との類似性を共有する。このタンパク質は二本鎖ＤＮＡに結合し、ＤＮＡ存在下ではＡＴＰアーゼ活性を示す。この遺伝子は、精巣および脾臓で高度に発現され、それは減数分裂および有糸分裂組換えにおける積極的役割を示唆する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＡＤ５４Ｂのホモ接合型変異体は、原発性リンパ腫および結腸がんで観察された（Ｈｉｒａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＲＡＤ５４Ｂは、ヒト腫瘍細胞において、ｄｓＤＮＡに対するＲＡＤ５１の直接結合のゲノム不安定化効果を抑制する（Ｍａｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２３４】
ＲＡＩ１４（ＮＯＲＰＥＧとも称される）は、レチノイン酸誘導１４をコードする。この遺伝子は、網膜色素上皮細胞において検出され、そこでそれは、遍在的にヒト組織において発現される全トランスレチノイン酸によって誘導され、ヒト精巣発生および精子形成において役割を果たしてもよい（Ｋｕｔｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｙｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＲＡＩ１４は、胃がんにおいて脱調節され、細胞増殖に関連している。これは、肺がん患者および乳がん患者の無再発性生存の予後マーカーである（Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｈｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２３５】
ＲＢＭ１９は、６つのＲＮＡ結合モチーフを含有してリボソーム生合成に関与してもよい、核小体タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＢＭ１９は、ヒト結腸直腸がんにおいて広く発現される（Ｌｏｒｅｎｚｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ＲＢＭ１９の変異不活性化は、マウスにおいてｐ５３活性の上昇およびアポトーシスの増加をもたらす（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｄｅｉｓｅｎｒｏｔｈ  ａｎｄ  Ｚｈａｎｇ，２０１０）。
【０２３６】
ＲＰＦ１（ＢＸＤＣ５とも称される）は、σ（７０）様モチーフを含有してリボソーム生合成に必要とされる、核小体ＲＮＡ結合タンパク質をコードする（Ｗｅｈｎｅｒ  ａｎｄ  Ｂａｓｅｒｇａ，２００２）。ＲＰＬ１３Ａは、６０Ｓリボソームサブユニットの構成要素である、リボソームタンパク質のＬ１３Ｐファミリーのメンバーをコードする。コードされたタンパク質はまた、ＩＦＮ−γ活性化翻訳阻害因子（ＧＡＩＴ）複合体の構成要素として、炎症性遺伝子の抑制において役割を果たす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＰＬ１３Ａは、前立腺がん、肝臓がんん、および結腸直腸がんをはじめとする、異なるがん型において脱調節される（Ｋａｓａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｏｈｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｙｏｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＲＰＬ１３Ａの枯渇は、ｐ２７、ｐ５３、およびＳＮＡＴ２  ｍＲＮＡに由来するＩＲＥＳ因子によって媒介される、リボソームＲＮＡのメチル化およびキャップ非依存性翻訳の有意な低下を引き起こす（Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＲＰＬ１３ＡＰ２０は、染色体１２ｐ１３．１上に位置する、リボソームタンパク質Ｌ１３ａ偽遺伝子をコードする。（Ｂａｌａｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２３７】
ＲＰＬ１３ＡＰ５は、染色体１０ｑ２４．１上に位置する、リボソームタンパク質Ｌ１３ａ偽遺伝子をコードする（Ｂａｌａｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２３８】
ＲＰＬ３４は、６０Ｓサブユニットの構成要素である、リボソームタンパク質Ｌ３４をコードする。この遺伝子の過剰発現は、いくつかのがん細胞において観察されている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＰＬ３４の過剰発現は、非小細胞肺がんにおける悪性増殖の促進をもたらす（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＲＰＬ３４は、ヒト悪性胃細胞の細胞増殖、細胞周期分布、およびアポトーシスにおいて重要な役割を果たす（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。
【０２３９】
ＲＰＴＯＲ（ＲＡＰＴＯＲとしてもまた知られている）は、ｍＴＯＲ、複合体１の調節関連タンパク質をコードする。このタンパク質は、栄養素およびインスリンレベルに応えて細胞増殖を調節する、シグナル伝達経路の区画である。このタンパク質は、下流エフェクターリボソームタンパク質Ｓ６キナーゼを正に調節し、ｍＴＯＲキナーゼを負に調節する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。結節硬化症複合体１または２のどちらかの不在下では、ｍＴＯＲ−ＲＰＴＯＲシグナル伝達は構成的に活性化されて、タンパク質合成および細胞増殖の亢進および脱調節をもたらす（Ａｖｒｕｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｋｗｉａｔｋｏｗｓｋｉ  ａｎｄ  Ｍａｎｎｉｎｇ，２００５）。ｍＴＯＲは、主にＲＰＴＯＲとの直接的相互作用を通じて、細胞増殖および生存を正に調節する（Ｓｕｎ，２０１３）。ｍＴＯＲとの複合体形成時に、ＲＰＴＯＲはキャップ依存性翻訳を制御し、この機能はＰＩ３Ｋ開始性発がんに必須である（Ｖｏｇｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。ラパログは、主にｍＴＯＲ−ＲＰＴＯＲ複合体１（ｍＴＯＲＣ１、ラパマイシン感受性）を阻害し、乳がん治療に使用される薬剤である（Ｗｙｓｏｃｋｉ，２００９；Ｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｖｉｎａｙａｋ  ａｎｄ  Ｃａｒｌｓｏｎ，２０１３；Ｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０２４０】
ＳＥＣ２４Ｄは、ＳＥＣ２４ホモログＤ、ＣＯＰＩＩ被覆複合体成分をコードする。ＳＥＣ２４Ｄは、ＣＯＰＩＩの酵母Ｓｅｃ２４ｐ成分との類似性を有する。ＣＯＰＩＩは、ＥＲからの小胞の出芽に関与するコートタンパク質複合体である。この遺伝子産物は、小胞の形成、そしてカーゴの選択および濃縮にもまた関与するとされる。この遺伝子の変異は、骨形成に影響を及ぼして頭蓋顔面奇形および易骨折性をもたらす障害である、Ｃｏｌｅ−Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ症候群に関連付けられている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ヒト前立腺がん細胞株ＬＮＣａＰ  ＳＥＣ２４Ｄの誘導比は、ヒト前立腺がん細胞株ＬＮＣａＰにおいて亢進される（ＤｅＰｒｉｍｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＳＥＣ２４Ｄは、Ａｋｔによってリン酸化され得る（Ｓｈａｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２４１】
ＳＥＰＴ１０は、フィラメント形成細胞骨格ＧＴＰアーゼのセプチンファミリーのメンバーをコードする。それは細胞質および核に局在し、ＧＴＰ結合およびＧＴＰアーゼ活性を示す（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＰＴ１０は、膀胱がん、乳がん、肝臓がん、肺がん、膵臓がん、および前立腺がん、ならびにメラノーマおよび白血病をはじめとする、異なるがん型において下方制御される。それは、生存の予後不良に関連している（Ｋｉｅｎｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。
【０２４２】
ＳＥＰＴ１１は、細胞質分裂および小胞輸送をはじめとする多様な細胞機能に関与する、フィラメント形成細胞骨格ＧＴＰアーゼの保存されたセプチンファミリーのメンバーをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＰＴ１１は、脳がん、子宮頸部がん、膵臓がん、および前立腺がん、メラノーマおよび白血病をはじめとする、異なるがん実体において過剰発現される（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。ＳＥＰＴ１１のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）は、肝細胞がんにおける予後不良に関連している。ＭＬＬとの融合転写物が、骨髄性新生物において同定されている。（Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｃｅｒｖｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２４３】
ＳＥＰＴ８は、高度に保存されて細胞骨格構成および細胞質分裂の調節において役割を果たす、ヌクレオチド結合タンパク質のセプチンファミリーのメンバーをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＰＴ８は、膀胱がん、肝臓がん、膵臓がん、および肺がんならびに白血病をはじめとする、異なるがん型において上方制御される（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ｂ）。
【０２４４】
ＳＥＲＰＩＮＢ２（ＰＡＩ２としてもまた知られている）は、セルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー２をコードして、染色体１８ｑ２１．３に位置する。それは、遺伝子発現、細胞増殖および分化、およびアポトーシスに影響を及ぼす、非従来的なセリンプロテアーゼ阻害剤（ＳＥＲＰＩＮ）である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｍｅｄｃａｌｆ  ａｎｄ  Ｓｔａｓｉｎｏｐｏｕｌｏｓ，２００５）。ＳＥＲＰＩＮＢ２は、細胞外プロテアーゼウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーターおよび組織プラスミノーゲンアクチベーターのインヒビターである、セルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー２をコードする（Ｓｃｈｒｏｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ２は、いくつかの異なる腫瘍において発現される。ＳＥＲＰＩＮＢ２の発現は、乳がんおよび膵臓がんにおける良好な予後に関連しているが、子宮内膜がん、卵巣がん、および結腸直腸がんにおいては予後不良に関連している（Ｓｃｈｒｏｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ２は、浸潤および転移関連遺伝子である（Ｐｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＳＥＲＰＩＮＢ２は、プラスミノーゲンのプラスミンへの変換を引き起こす、ウロキナーゼ型プラスミノーゲンアクチベーター（ｕＰＡ）を調節する。プラスミンは細胞外マトリックス（ＥＣＭ）を分解することができ、これは腫瘍進行の重要な過程である（Ｇｅｒｓｈｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｋｕｓｈｌｉｎｓｋｉｉ，１９９９；Ｕｌｉｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｂｅｒｇｅｒ，２００２；Ｂａｌｄｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｍｅｋｋａｗｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ａｎｄｒｅａｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。ＥＣＭの分解は、腫瘍の進行、腫瘍の腫大、腫瘍増殖因子の放出、サイトカインの活性化、腫瘍細胞の増殖、遊走、および浸潤をもたらす（Ｈｉｌｄｅｎｂｒａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｍａｇｄｏｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｈａｌａｍｋｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｄｕｆｆｙ，２００４；Ｍｅｋｋａｗｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｄａｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。多くの腫瘍は、ｕＰＡ系の構成要素と、腫瘍侵襲性および生存との間に相関を示す（Ｍｅｋｋａｗｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｄｕｆｆｙ  ａｎｄ  Ｄｕｇｇａｎ，２００４；Ｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。高レベルのＳＥＲＰＩＮＢ２は、腫瘍増殖および転移を減少させる（Ｃｒｏｕｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【０２４５】
ＳＨ３ＢＰ４は、クラスリン媒介エンドサイトーシスのカーゴ特異的調節に関与するＳＨ３ドメイン結合タンパク質４をコードし、特異的タンパク質受容体の内部移行を特異的に調節する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＨ３ＢＰ４の発現は、網膜芽腫細胞株Ｙ７９において７倍増加した（Ｋｈａｎｏｂｄｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ＳＨ３ＢＰ４枯渇細胞における線維芽細胞増殖因子受容体１０刺激は、乳がん細胞における細胞遊走低下およびマウス肺外植片における上皮分枝の阻害を引き起こす（Ｆｒａｎｃａｖｉｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２４６】
ＳＨＣＢＰ１は、タンパク質をコードし、それはヒトセントラルスピンドリンと結合し、中心体組織化および細胞質分裂完了に関与する重要な因子の１つである。（Ａｓａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＳＨＣＢＰ１は、ヒト肝細胞がんにおいて上方制御される。ＳＨＣＢＰ１を標的とすることは、ヒト肝細胞がん細胞株における細胞増殖を阻害する（Ｔａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。随伴性ゲノム変化を有する１６の遺伝子の中で、ＳＨＣＢＰ１は、腫瘍形成に、および前浸潤性乳管がんから浸潤性乳管がんへの浸潤および進行過程に、関与してもよい（Ｃｏｌａｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２４７】
ＳＩＧＭＡＲ１（ＯＰＲＳ１またはＳＩＧ−１Ｒとも称される）は、コカインおよびアンフェタミンをはじめとする、多様な精神異常発現薬物と相互作用するσ非オピオイド細胞内受容体をコードする。この遺伝子の変異は、若年性筋萎縮性側索硬化に関連している（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＩＧＭＡＲ１は、腫瘍細胞株、および肺がん、結腸がん、皮膚がん、および乳がんをはじめとする、様々ながん組織の腫瘍において過剰発現される。ＳＩＧＭＡＲ１の過剰発現は、細胞増殖に関連している（Ｖｉｌｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５；Ａｙｄａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ａｙｄａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｂｅｍ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１；Ｓｋｒｚｙｃｋｉ  ａｎｄ  Ｃｚｅｃｚｏｔ，２０１３）。ＳＩＧＭＡＲ１は、ｈＥＲＧ／ｂｅｔ１インテグリンシグナル伝達を促進し、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ経路の活性化を引き起こし、ｐ７０Ｓ６Ｋ、Ｓ６、および４Ｅ−ＢＰ１のような翻訳調節タンパク質のリン酸化を誘導する。ＳＩＧＭＡＲ１は、運動性およびＶＥＧＦ分泌を増加させ、したがって腫瘍細胞の侵襲性を高める（Ｃｒｏｔｔｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２ａ）。
【０２４８】
ＳＬＣ１６Ａ３は、プロトン結合モノカルボン酸輸送体である、溶質輸送体ファミリー１６メンバー３をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ほとんどの固形腫瘍は、エネルギー産生を解糖に依存していることが知られている。高速の解糖は、臨床転帰不良、および腫瘍の成長および進行への直接的寄与に関連付けられている、乳酸産生の増加をもたらす。ＳＬＣ１６Ａ３は、がん細胞において乳酸の搬入を促進する、少数のモノカルボン酸輸送体の１つである（Ｄｈｕｐ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｄｒａｏｕｉ  ａｎｄ  Ｆｅｒｏｎ，２０１１）。ＳＬＣ１６Ａ３の発現は、肝細胞がん患者における予後不良に関連付けられており、細胞株実験において、細胞増殖、遊走、および浸潤を増加させた（Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。腫瘍形成におけるＳＬＣ１６Ａ３の機能的関与が、膵臓がんのサブセットにおいて示された（Ｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０２４９】
ＳＬＣ１Ａ４（ＡＳＣＴ１としてもまた知られている）は、染色体２ｐ１５−ｐ１３上に位置する、溶質輸送体ファミリー（グルタミン酸／中性アミノ酸輸送体）、メンバー４をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。肝細胞がん細胞株Ｃ３Ａは、システイン枯渇後におけるＳＬＣ１Ａ４発現を増強する（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８ｂ）。ＳＬＣ１Ａ４は、食道腺がんにおけるアミノ酸の動員係の役割を果たす（Ｙｏｕｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。ＡＳＣＴ２のノックダウンは、ヒト肝腫瘍細胞におけるＳＬＣ１Ａ４ｍＲＮＡレベルを高める（Ｆｕｃｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。ｖ−ｍｙｃ骨髄球腫症ウイルス発がん遺伝子ホモログ遺伝子の活性化は、ヒト神経膠腫細胞株Ｈｓ６８３におけるＳＬＣ１Ａ４の上方制御をもたらす（Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。グルタミン枯渇は、神経芽腫におけるＳＬＣ１Ａ４の上方制御を引き起こさない（Ｗａｓａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０２５０】
ＳＬＣ１Ａ５（ＡＳＣＴ２としてもまた知られている）は、ＲＤ１１４／Ｄ型レトロウイルスの受容体として作用し得るナトリウム依存性中性アミノ酸輸送体である、溶質輸送体ファミリー（グルタミン酸／中性アミノ酸輸送体）、メンバー５をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ｃ−Ｍｙｃの活性化は、ＳＬＣ１Ａ５発現を増加させる（Ｐｅｒｅｚ−Ｅｓｃｕｒｅｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ＳＬＣ１Ａ５の過剰発現は、明細胞腎細胞がんにおける予後不良に関連している（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｄ）。ＣＤ１４７の高度発現は、膵臓がんを有する患者におけるＳＬＣ１Ａ５と有意に関連している（Ｋａｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＳＬＣ１Ａ５は、非小細胞肺がんのバイオマーカーであるかもしれない（Ｈａｓｓａｎｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｈａｓｓａｎｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。ユビキチンリガーゼＲＮＦ５は、乳がんにおいてＳＬＣ１Ａ５を調節する（Ｊｅｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＳＬＣ１Ａ５は、進行した喉頭がん、前立腺がん、および腺様嚢胞がんをはじめとする、いくつかのがん実体において過剰発現される（Ｋｏｏ  ａｎｄ  Ｙｏｏｎ，２０１５；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｆ；Ｂｈｕｔｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｎｉｋｋｕｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｇａｎａｐａｔｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。乳がんにおけるＳＬＣ１Ａ５の阻害は、グルタミン取り込みおよび増殖の減少をもたらす（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｄ；ｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＳＬＣ１Ａ５は、ｍＴＯＲを調節することによって腫瘍増殖を刺激してもよい（Ｎａｋａｎｉｓｈｉ  ａｎｄ  Ｔａｍａｉ，２０１１；Ｆｕｃｈｓ  ａｎｄ  Ｂｏｄｅ，２００５；Ｃｏｒｂｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；ＭｃＧｉｖａｎ  ａｎｄ  Ｂｕｎｇａｒｄ，２００７）。
【０２５１】
ＳＬＣ２６Ａ６は、アニオン輸送タンパク質からなる溶質輸送体ファミリー２６のメンバーをコードする。ＳＬＣ２６Ａ６は、塩化物、シュウ酸塩、硫酸塩、および炭酸水素塩イオンの輸送に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＬＣ２６Ａ６の変異が、異なる結腸直腸がん細胞株において同定されている（Ｄｏｎｎａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＳＬＣ２６Ａ６遺伝子発現およびプロモーター活性は、ＩＦＮ−γによって阻害される（Ｓａｋｓｅｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２５２】
ＳＬＣ５２Ａ３（ＲＦＴ２またはＣ２０ｏｒｆ５４とも称される）は、溶質輸送体ファミリー５２のメンバーをコードする。これは、リボフラビンの腸管吸収において役割を果たす可能性が高い、リボフラビン輸送体タンパク質である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＬＣ５２Ａ３は、胃がん、食道扁平上皮がん、および子宮頸がんをはじめとする、異なるがん実体において脱調節される。ＳＬＣ５２Ａ３の一塩基多型は、食道扁平上皮がんおよび胃噴門腺がんにおけるがんリスクと相関する（Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｄｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｍａｔｎｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｅｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ａｉｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＳＬＣ５２Ａ３のノックダウンは、ｐ２１およびｐ２７タンパク質レベルを増大させ、その下流標的であるサイクリンＥ１およびＣｄｋ２を減少させ、Ｇ１−Ｇ１／Ｓ期における細胞周期停止を導く。ＳＬＣ５２Ａ３のノックダウンはまた、カスパーゼ−３およびアポトーシスの活性化をもたらす（Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。
【０２５３】
ＳＬＣ６Ａ１５は、中性アミノ酸を輸送する溶質輸送体ファミリー６のメンバーをコードする。ＳＬＣ６Ａ１５は、神経細胞のアミノ酸輸送において役割を果たすかもしれず、大うつ病に関連するかもしれない（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＬＣ６Ａ１５は、過剰メチル化され、それによって結腸直腸がんにおいて下方制御され、大便に基づくアッセイのための候補バイオマーカーでであってもよい（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１ｂ；Ｍｉｔｃｈｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０２５４】
ＳＭＩＭ１０（ＣＸｏｒｆ６９またはＬＯＣ６４４５３８とも称される）は、染色体Ｘｑ２６．３上に位置する、小型内在性膜タンパク質をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０２５５】
ＳＮＸ１４はソーティングネキシンファミリーのメンバーをコードし、Ｇタンパク質シグナル伝達（ＲＧＳ）ドメインのレギュレーターを含有する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＮＸ１４はマウス胚線維芽細胞のｒａｓＶ１２／Ｅ１Ａ形質転換時に下方制御され、腫瘍発生に関連してもよい（Ｖａｓｓｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０２５６】
ＳＳＨ１（ＳＳＨ１Ｌとも称される）は、ホスファターゼのスリングホモログ（ＳＳＨ）ファミリーのメンバーをコードする。ＳＳＨファミリーは、コフィリンタンパク質を再活性化することによって、アクチン動態において役割を果たすようである（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＳＨ１は、膵臓がんにおいて過剰発現され、腫瘍細胞遊走に関連している（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｋ）。ニューレグリンによるＰＫＤ１の阻害は、ＳＳＨ１のＦ−アクチンへの局在化、コフィリン活性の増大、およびアクチン細胞骨格再構成および細胞遊走の増加をもたらす。コフィリンのＳＳＨ１依存性活性化は、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔシグナル伝達経路によって誘導される（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｄｏｐｐｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２５７】
ＳＴＡＴ２は、ＩＦＮによって誘発される転写活性化応答において、正の調節因子として機能する（Ｓｔｅｅｎ  ａｎｄ  Ｇａｍｅｒｏ，２０１２）。ＳＴＡＴ２は、インターフェロンに対する腫瘍細胞応答を調節してもよい（Ｓｈｏｄｅｉｎｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＳＴＡＴ２と腫瘍形成間の関連性が、ＳＴＡＴ２が欠如している（Ｙｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、または脳内でＩＦＮ−αを構成的に発現する（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）、遺伝子組換えマウスで観察された。
【０２５８】
ＳＵＰＴ１６Ｈは、クロマチンにパッケージされたＤＮＡの転写に必要な補助要素であるＦＡＣＴのサブユニット（クロマチン転写を促進する）をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＵＰＴ１６Ｈは、若年性鼻咽頭血管線維腫（ＪＮＡ）の内皮および間質構成要素において脱調節され、それにより潜在的な分子マーカーとしての役割を果たし得る（Ｓｉｌｖｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＳＵＰＴ１６Ｈは、クロマチンの再構築によるＤＮＡ二本鎖切断修復に関与する。ＳＵＰＴ１６Ｈは、ＣＫ２と複合体を形成することによりｐ５３を活性化する（Ｋｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｋａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２５９】
ＳＵＳＤ１は、ｓｕｓｈｉドメイン含有タンパク質をコードして、静脈血栓塞栓症のリスク増大に関連している（Ｔａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ヘテロ接合のＳＵＳＤ１−ＲＯＤ１／ＰＴＢＰ３融合転写物は、ヒト乳がん細胞株において発現される（Ｎｅｗｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２６０】
ＴＡＦ６Ｌは、ヒストン様ＴＡＴＡ−ボックス結合タンパク質関連因子６（ＴＡＦ６）と構造的に類似する、タンパク質をコードする。これは、筋原性転写および分化に必要なＰＣＡＦヒストンアセチラーゼ複合体の構成要素である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ｍｉＲ−１４５およびｍｉＲ−１９６ａの発現は、ＴＡＦ６Ｌの発現と負に相関する（Ｈａｖｅｌａｎｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＴＡＦ６Ｌは、小細胞肺がん細胞株Ｈ１８７において、融合転写物ＴＡＦ６Ｌ−ＧＮＧ３を形成することによって不活性化される（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ−Ｃｕｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２６１】
ＴＥＰ１は、染色体末端への新たなテロメアの付加を触媒する、テロメラーゼ活性を担うリボ核タンパク質複合体構成要素である、テロメラーゼ関連タンパク質１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｓｚａｆｌａｒｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。ＴＥＰ１は、主要ボールトタンパク質（ＭＶＰ）が属するヴォールトの主要部分である（Ｌａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｍｏｓｓｉｎｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＴＥＰ１は、甲状腺がんにおいて発現される（Ｈｏａｎｇ−Ｖｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。
【０２６２】
ＴＦＰＩは、血液凝固の組織因子（ＴＦ）依存性経路を調節するプロテアーゼインヒビターである、組織因子経路インヒビターをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＦＰＩは、乳がん、結腸直腸がん、および膵臓がん細胞株において発現される（Ｋｕｒｅｒ，２００７）。ＴＦＰＩは、乳がんにおいて、ＨＩＦ１α、ｃ−Ｍｙｃ、ｃ−ＳＲＣ、およびＨＤＡＣ２を誘導する（Ｄａｖｉｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＴＦＰＩ発現レベルは、非悪性病変と比較して、肉腫において低下する（Ｓａｖｉｔｓｋａｙａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＴＦＰＩは、転移に関与するＴＦ−ＶＩＩａ複合体のプロテアーゼ活性を阻害する（Ｆｉｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｓａｎｄｓｅｔ  ａｎｄ  Ａｂｉｌｄｇａａｒｄ，１９９１；Ｌｉｎｄａｈｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）。
【０２６３】
ＴＦＰＩ２は、第ＶＩＩａ因子／組織因子、Ｘａ因子、プラスミン、トリプシン、キモトリプシン、および血漿カリクレインをはじめとする多様なセリンプロテアーゼを阻害し得る、組織因子経路インヒビター２をコードする。この遺伝子は、いくつかのがん型において腫瘍抑制遺伝子として同定されている（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｓｉｅｒｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＴＦＰＩ２は、膵臓がんにおける再発予測のためのバイオマーカーとして使用されてもよい（Ｚｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｃ）。ＴＦＰＩ２のＤＮＡメチル化は、糞便潜血検査において結腸直腸がんのバイオマーカーとして使用され得る（Ｋｏｇａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＴＦＰＩ２は、アポトーシスを誘導し、浸潤性、新生物の成長、転移、および血管新生を阻害する（Ｇｈｉｌａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ａｍｉｒｋｈｏｓｒａｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｓｉｅｒｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＴＦＰＩ２はがんにおいて過剰メチル化されて下方制御され、発現はがんの程度、早期の腫瘍再発、予後不良と相関する（Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６ａ；Ｓｉｅｒｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＴＦＰＩ２は、膵臓がんおよび胆管細胞がんにおいて下方制御される（Ｃｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｚｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｚｈａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ）。ＴＦＰＩ２は、胃がん、イヌびまん性大細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、非小細胞肺がん、子宮頸がん、口腔扁平上皮がん、炎症関連結腸がん、および肝細胞がんにおいてメチル化される（Ｑｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｆｅｒｒａｒｅｓｓｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｓｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｈａｍａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｄ；Ｇｅｒｅｃｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６ａ）。ＴＦＰＩ２は、がんにおける十分に確認されたＤＮＡメチル化バイオマーカーである（Ｆｕｋｕｓｈｉｇｅ  ａｎｄ  Ｈｏｒｉｉ，２０１３；Ｈｕｉｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２６４】
ＴＧＦＢＩは、Ｉ型、ＩＩ、およびＩＶコラーゲンと結合するＲＧＤ含有タンパク質をコードし、それは細胞−コラーゲン相互作用において役割を果たして細胞接着阻害するように機能する、形質転換成長因子−βによって誘導される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＧＦＢＩの発現は、胆管細胞がん、肝臓がん、胃がん、食道扁平上皮がん、および腎明細胞がんにおいて上昇することが示されたさらに、ＴＧＦＢＩは、結腸直腸がんに関連することが示された（Ｌｅｂｄａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｏｚａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ；Ｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２６５】
ＴＧＩＦ２−Ｃ２０ｏｒｆ２４は、ＴＧＩＦ２およびＣ２０ｏｒｆ２４と配列同一性を共有する融合タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。
【０２６６】
ＴＭＥＭ１５４は、膜貫通タンパク質をコードし、それはＩＩ型糖尿病のリスク上昇に関連し、β細胞機能において役割を果たすようである（Ｈａｒｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２６７】
ＴＲＡＭ２は、移行関連膜タンパク質２をコードする。これは、小胞体（ＥＲ）膜における新生分泌タンパク質および膜タンパク質の翻訳後プロセシングを制御する、ゲートされた高分子のチャネルであるトランスロコンの構成要素である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。Ｒｕｎｘ２は、ＴＲＡＭ２発現を調節してもよい（Ｐｒｅｇｉｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。ＴＲＡＭ２中のＳＮＰは、ＥＲ陽性乳がん患者において骨折リスクを増大させ得る（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。
【０２６８】
ＴＲＰＶ２は、摂氏５２度以上の温度で活性化されるイオンチャネルをコードする。それは、知覚神経節における高温熱応答の伝達に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＲＰＶ２は、食道がん、前立腺がん、肝臓がん、および膀胱がん、および白血病をはじめとする、異なるがん型において脱調節される。ＴＲＰＶ２の喪失または変化は、制御されない増殖とアポトーシス刺激に対する抵抗性とをもたらす（Ｌｉｂｅｒａｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉｂｅｒａｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０ａ；Ｍｏｒｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。神経膠腫細胞におけるＴＲＰＶ２のサイレンシングは、Ｆａｓおよびプロカスパーゼ８の下方制御、ならびにサイクリンＥ１、ＣＤＫ２  Ｅ２Ｆ１、およびＢｃｌ−２関連Ｘタンパク質の上方制御をもたらす。膀胱がん細胞におけるＴＲＰＶ２過剰発現は、細胞の遊走および浸潤の亢進をもたらす（Ｎａｂｉｓｓｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｌｉｕ  ａｎｄ  Ｗａｎｇ，２０１３）。
【０２６９】
ＴＳＥＮ１５は、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼサブユニット１５をコードする。このエンドヌクレアーゼは、ｔＲＮＡ前駆体からのイントロンの除去を触媒する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２；Ｔｒｏｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＴＳＥＮ１５は、神経芽細胞腫の腫瘍抑制因子として機能する、ｍｉＲＮＡ−４４９ａの標的である。ＴＳＥＮ１５は、ｍｉＲＮＡ−４４９ａの分化誘導機能の媒介において重要な役割を果たす（Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＴＳＥＮ１５は、ヒト胎児大腿骨由来細胞における細胞分化能に関連している（Ｍｉｒｍａｌｅｋ−Ｓａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２７０】
ＵＢＥ２Ｃ（ＵＢＣＨ１０とも称される）は、Ｅ２ユビキチン結合酵素ファミリーのメンバーをコードする。それは、また有糸分裂サイクリンの破壊および細胞周期の進行に必要である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。乳がん、肺がん、および結腸直腸がんを有する患者において観察されるように、ＵＢＥ２Ｃはしばしば遺伝子増幅によって上方制御される。ＵＢＥ２Ｃの上方制御は、予後不良および腫瘍進行と相関する（Ｏｋａｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｗａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｆｕｊｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＵＢＥ２Ｃは、Ｕ２５１神経膠腫細胞において、および結腸直腸がん（ＣＲＣ）患者由来の組織において上方制御される。ＵＢＥ２Ｃのノックダウンは、Ｂａｘおよびｐ５３の誘導、細胞周期のＢｃｌ−２およびＧ２／Ｍ停止の下方制御によって、アポトーシスを誘導する。ＵＢＥ２Ｃ抑制は、ＣＲＣにおいてサイクリンＢおよびＥＲＫ１を脱調節する（Ｃａｃｃｉｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２７１】
ＵＢＩＡＤ１（ＴＥＲＥ１とも称される）は、コレステロールおよびリン脂質代謝に関与するかもしれない、ＵｂｉＡプレニルトランスフェラーゼドメインを含むタンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。腫瘍抑制因子であるＵＢＩＡＤ１は、膀胱がん、前立腺がん、および腎臓がんをはじめとする、異なるがん実体において下方制御され、成長調節に関連している（ＭｃＧａｒｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；ＭｃＧａｒｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＵＢＩＡＤ１は、増殖因子関連ｐ４２／４４ＭＡＰキナーゼのリン酸化を調節する。ＵＢＩＡＤ１の適切なゴルジ体局在化は、アポトーシスをはじめとするその腫瘍抑制活性に影響を及ぼす（ＭｃＧａｒｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｄ）。
【０２７２】
ＵＢＲ１は、ユビキチンタンパク質リガーゼＥ３構成要素Ｎ−レコグニン１をコードする。それは、基質タンパク質の不安定化Ｎ末端残基に結合して、基質結合多ユビキチン鎖の形成に関与し、タンパク質をユビキチン系のタンパク分解経路に方向付ける（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＵＢＲ１発現の喪失または減少は、特発性Ｂ細胞リンパ腫およびＴ細胞急性リンパ芽球性白血病に関連している（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＵＢＲ１は、アルキル化剤の発がん効果から細胞を保護するＤＮＡ修復酵素である、ＭＧＭＴの恒常性を調節する（Ｌｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２７３】
ＵＢＲ２は、不安定化Ｎ末端残基を有するタンパク質を、ポリユビキチン化およびプロテアソーム媒介分解に標的化する、末端規則タンパク質分解経路のＥ３ユビキチンリガーゼをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＵＢＲ２に対する自己抗体が、自己免疫性膵臓炎および膵臓がんを有する患者の血清中に検出される（Ｆｒｕｌｌｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ＵＢＲ２は、腫瘍細胞誘発悪液質刺激によって、ｐ３８β／ＭＡＰＫの活性化、Ｃ／ＥＢＰ  βリン酸化、およびＵＢＲ２プロモーターへの結合を通じて、アップレギュレートされる（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ）。
【０２７４】
ＵＲＢ１は、６０Ｓリボソームサブユニットの早期成熟中のリボソーム生合成に必要である（Ｒｏｓａｄｏ  ａｎｄ  ｄｅｌａＣｒｕｚ，２００４）。
【０２７５】
ＵＳＰ１１は、ユビキチン特異的ペプチダーゼ１１をコードする。タンパク質ユビキチン化は、細胞周期の進行、転写活性化、およびシグナル伝達をはじめとする、多くの細胞内プロセスを制御する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＵＳＰ１１は、ＤＮＡ損傷に応答したｐ５３活性化に必要なｐ５３の新規調節因子である（Ｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。ＵＳＰ１１は、前骨髄球性白血病および膵臓がんにおいて主要な役割を果たす（Ｂｕｒｋｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【０２７６】
ＵＳＰ２２は、ユビキチン特異的ペプチダーゼ２２をコードして、染色体１７ｐ１１．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＵＳＰ２２の高度発現は、肝細胞がん、大腸がん、胃がん、上皮性卵巣がん、膵臓がん、神経膠腫、唾液腺様嚢胞がん、および乳頭状甲状腺がんにおいて観察された。（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ；Ｄａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ；Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｊｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｎ；Ｔａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＵＳＰ２２は、腫瘍進行を促進し、肺腺がんにおける上皮間葉転換を誘導する（Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ）。ＵＳＰ２２は、非小細胞肺がんにおいて、シクロオキシゲナーゼ２の安定性を調節することによって、発がん遺伝子の役割を果たす（Ｘｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＵＳＰ２２は、鼻咽頭がんの病的過程において重要な調節的役割を果たし、潜在的な治療標的であってもよい（Ｚｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＵＳＰ２２の過剰発現は、乳がんの進行に寄与してもよい（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。
【０２７７】
ＵＴＰ２０は、Ｕ３小核ＲＮＡタンパク質複合体の成分であり、１８ｓｒＲＮＡプロセシングに関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＵＴＰ２０の発現は、転移性ヒト乳房腫瘍細胞株において低下する（Ｓｃｈｗｉｒｚｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８；Ｇｏｏｄｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。ＵＴＰ２０は、胃がん組織および前がん病変において高レベルで発現され、細胞形質転換におけるＵＴＰ２０の関与が示唆される（Ｘｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。
【０２７８】
ＷＬＳ（ＥＶＩまたはＧＰＲ１７７とも称される）は、Ｗｎｔｌｅｓｓ  Ｗｎｔリガンド分泌媒介物をコードする。ＷＬＳはＷｎｔの古くからのパートナーに相当し、細胞外環境へのそれらの分泌の促進に特化されている（Ｂａｎｚｉｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。ＷＬＳは、乳がん、胃がん、卵巣がん、および結腸直腸がん、ならびに白血病をはじめとする、異なるがん実体において過剰発現され、転帰不良に関連している（Ｃｈｉｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｓｔｅｗａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｖｏｌｏｓｈａｎｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。ＷＬＳは、全てのＷｎｔタンパク質の分泌に重要である。それは、βカテニンおよびサイクリン−Ｄ１の発現を調節し、それによって細胞増殖に影響する（Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ｂ；Ｂａｎｚｉｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０２７９】
ＹＩＦ１Ａは、Ｙｉｐ１相互作用因子ホモログＡをコードして、染色体１１ｑ１３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。いくつかの変異体（増幅および欠失）が，肝細胞がんのＹＩＦ１Ａ遺伝子において検出されている（Ｎａｌｅｓｎｉｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＹＩＦ１Ａの発現は、正常サンプルと扁平上皮がんサンプルの間で有意差を示す（Ｓｕｇｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。
【０２８０】
ＺＲＡＮＢ３は、ジンクフィンガー、ＲＡＮ結合ドメイン含有３をコードして、染色体２ｑ２１．３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＺＲＡＮＢ３は、構造特異的ＡＴＰ依存性エンドヌクレアーゼであるジンクフィンガータンパク質をコードする。これは、複製ストレス応答に関与し、ゲノムの完全性を維持する（Ｃｉｃｃｉａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｗｅｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。染色体２ｑ２１．３上のＺＲＡＮＢ３に位置する一塩基多型ｒｓ４９５４２５６は、食道がんの治療における同時化学放射線療法に対する、病理学的完全寛解の３．９３倍の増加に関連していた（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＺＲＡＮＢ３は、子宮内膜がんにおいて頻繁に変異する（Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。
【発明を実施するための形態】
【０２８１】
免疫応答の刺激は、宿主免疫系によって外来性として認識された抗原の存在に依存する。腫瘍関連抗原の存在の発見は、宿主の免疫系を用いて腫瘍成長に介入する可能性を高めた。免疫系の体液性および細胞性アームの双方を活用する様々な機構が、がん免疫療法のために目下探求されている。
【０２８２】
細胞性免疫応答の特定の要素は、腫瘍細胞を特異的に認識して破壊できる。腫瘍浸潤性細胞集団からの、または末梢血からのＴ細胞の単離は、がんに対する自然免疫防御において、このような細胞が重要な役割を果たすことを示唆する。特に、細胞質ゾル内に位置するタンパク質または欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰＳ）に由来する、通常は８〜１０アミノ酸残基の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）保有ペプチドのクラスＩ分子を認識するＣＤ８陽性Ｔ細胞が、この応答において重要な役割を果たす。ヒトのＭＨＣ分子はまた、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも称される。
【０２８３】
「Ｔ細胞応答」という用語は、生体外または生体内でペプチドによって誘導される、エフェクター機能の特異的増殖および活性化を意味する。ＭＨＣクラスＩ限定細胞毒性Ｔ細胞では、エフェクター機能は、ペプチドパルスされた、ペプチド前駆体パルスされたまたは天然ペプチド提示標的細胞の溶解；好ましくはペプチドによって誘導されるインターフェロン−γ、ＴＮＦ−α、またはＩＬ−２であるサイトカインの分泌；好ましくはペプチドによって誘導されるグランザイムまたはパーフォリンであるエフェクター分子の分泌；または脱顆粒であってもよい。
【０２８４】
「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書で使用される。ペプチドは、好ましくは９アミノ酸長であるが、８アミノ酸長程度に短くあり得て、１０、１１、１２、１３アミノ酸以上に長くあり得て、ＭＨＣクラスＩＩペプチド（本発明のペプチドの伸長された変種）の場合、それらは１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０アミノ酸長以上に長くあり得る。
【０２８５】
さらに「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基の塩を含むものとする。好ましくは、塩は、例えば、塩化物塩または酢酸塩（トリフルオロ酢酸塩）などの、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。ペプチドは生体内においては塩ではないので、本発明によるペプチドの塩は、それらの生体内の状態が、ペプチドと実質的に異なることに留意すべきである。
【０２８６】
「ペプチド」という用語は、「オリゴペプチド」もまた含むものとする。「オリゴペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書で使用される。オリゴペプチドの長さは、その中で正しいエピトープまたはエピトープが保持されれば、本発明には重要でない。オリゴペプチドは、典型的に、約３０アミノ酸残基長未満であり、約１５アミノ酸長を超える。
【０２８７】
「ポリペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα−アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を指す。正しいエピトープが保持されれば、ポリペプチドの長さは本発明にとって重要でない。ペプチドまたはオリゴペプチドという用語とは対照的に、ポリペプチドという用語は、約３０を超えるアミノ酸残基を含有する分子を指すことが意図される。
【０２８８】
ペプチド、オリゴペプチド、タンパク質またはこのような分子をコードするポリヌクレオチドは、免疫応答を誘導できれば「免疫原性」である（したがって本発明における「免疫原」である）。本発明では、免疫原性は、より具体的には、Ｔ細胞応答を誘導する能力と定義される。したがって「免疫原」は、免疫応答を誘導できる分子であり、本発明では、Ｔ細胞応答を誘導できる分子である。別の態様では、免疫原は、それに対する特異的抗体またはＴＣＲを生じさせるのに使用される、ペプチド、ペプチドとＭＨＣの複合体、オリゴペプチド、および／またはタンパク質であり得る。
【０２８９】
クラスＩ  Ｔ細胞「エピトープ」は、クラスＩ  ＭＨＣ受容体に結合している短いペプチドを必要とし、三成分複合体（ＭＨＣクラスＩα鎖、β−２−ミクログロブリン、およびペプチド）を形成し、それは、適切な親和性でＭＨＣ／ペプチド複合体に結合する適合Ｔ細胞受容体を保有するＴ細胞によって、認識され得る。ＭＨＣクラスＩ分子に結合するペプチドは、典型的に８〜１４アミノ酸長であり、最も典型的には９アミノ酸長である。
【０２９０】
ヒトにおいては、ＭＨＣクラスＩ分子（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）ともまた称されるヒトのＭＨＣ分子）をコードする、３つの異なる遺伝子座、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃがある。ＨＬＡ−Ａ＊０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２、およびＨＬＡ−Ｂ＊０７は、これらの遺伝子座から発現され得る、異なるＭＨＣクラスＩ対立遺伝子の例である。
【０２９１】
表5:HLA-A*02およびHLA-A*24の発現頻度F、および最も高頻度のHLA-DR血清型。頻度は、ハーディ・ワインベルグ式、F=1-(1-Gf)2;を用いてMori et al. (Mori et al.,1997)から適応された、米国人母集団内のハプロタイプ頻度Gfから推定される。連鎖不均衡のために、A*02またはA*24と特定のHLA-DR対立遺伝子との組み合わせは、それらの単一頻度から予測されるよりも、豊富でありまたは低頻度であるかもしれない。詳細については、Chanock et al.を参照されたい。 (Chanock et al., 2004)
【表５−１】
2022000007.tif 000016
【表５−２】
2022000007.tif 000017
【０２９２】
本発明のペプチドは、好ましくは、本明細書に記載される本発明のワクチンに包含される場合、Ａ＊０２に結合する。ワクチンはまた、汎結合ＭＨＣクラスＩＩペプチドを含んでもよい。したがって、本発明のワクチンを使用して、Ａ＊０２陽性の患者においてがんを治療し得る一方で、これらのペプチドの汎結合特性のために、ＭＨＣクラスＩＩアロタイプを選択する必要はない。
【０２９３】
本発明のＡ＊０２ペプチドが、例えばＡ＊２４などの別の対立遺伝子に結合するペプチドと組み合わされた場合、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子のいずれか単独による対処と比較して、任意の患者集団のより高い割合を治療し得る。大多数の母集団では、対立遺伝子のいずれか単独によって、５０％未満の患者が対処され得る一方で、ＨＬＡ−Ａ＊２４およびＨＬＡ−Ａ＊０２エピトープを含んでなるワクチンは、任意の妥当な母集団で、少なくとも６０％の患者を治療し得る。具体的には、様々な地域において、以下の百分率の患者が、これらの対立遺伝子の少なくとも１つについて陽性である：米国６１％、西欧６２％、中国７５％、韓国７７％、日本８６％（ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔから計算された）。
【０２９４】
好ましい実施形態では、「ヌクレオチド配列」という用語は、デオキシリボヌクレオチドのヘテロ重合体を指す。
【０２９５】
特定のペプチド、オリゴペプチド、またはポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、天然起源であってもよく、またはそれらは合成的に構築されてもよい。一般に、本発明のペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質をエンコードするＤＮＡ断片は、ｃＤＮＡフラグメントと短いオリゴヌクレオチドリンカーから構築され、またはひと続きのオリゴヌクレオチドから構築されて、微生物またはウイルスオペロンに由来する調節因子を含んでなる、組換え転写単位で発現できる合成遺伝子が提供される。
【０２９６】
本明細書の用法では「ペプチドをコーディング（またはコード）するヌクレオチド」という用語は、配列が、例えば、ＴＣＲの製造に有用な樹状細胞または別の細胞株によって発現される生体系と適合性である、人工（人造）開始および停止コドンを含むペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を指す。
【０２９７】
本明細書の用法では、核酸配列への言及は、一本鎖および二本鎖の核酸の双方を含む。したがって、例えば、特異的配列は、文脈上明らかに別の意味が示唆されない限り、このような配列の一本鎖ＤＮＡ、このような配列とその補体との二本鎖（二本鎖ＤＮＡ）、およびこのような配列の補体を指す。
【０２９８】
「コード領域」という用語は、その天然ゲノム環境内で、遺伝子の発現産物を天然にまたは正常にコードする遺伝子の部分、すなわち、遺伝子の天然発現産物を生体内でコードする領域を指す。
【０２９９】
コード領域は、非変異（「正常」）、変異または改変遺伝子に由来し得て、またはＤＮＡ合成技術の当業者に周知の方法を使用して実験室で完全に合成された、ＤＮＡ配列または遺伝子にさえ由来し得る。
【０３００】
「発現産物」という用語は、遺伝子の、そして遺伝コード縮重に起因する同等物をコードし、したがって同一アミノ酸をコードする任意の核酸配列の天然翻訳産物である、ポリペプチドまたはタンパク質を意味する。
【０３０１】
コード配列に言及する場合、「フラグメント」という用語は、その発現産物が、完全コード領域の発現産物と本質的に同一の生物学的機能または活性を保つ、完全未満のコード領域を含んでなるＤＮＡの部分を意味する。
【０３０２】
「ＤＮＡ断片」という用語は、別々のフラグメントの形態の、またはより大型のＤＮＡコンストラクトの構成要素としての、ＤＮＡポリマーを指し、それは、実質的に純粋な、すなわち、混入内因性物質を含まない形態で、例えばクローニングベクターを使用した標準生化学的方法によって、断片およびその構成ヌクレオチド配列が同定、操作、および回収できる量または濃度で、少なくとも１回単離されたＤＮＡに由来する。このような断片は、典型的に真核生物遺伝子内に存在する内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されていない、読み取り枠の形態で提供される。非翻訳ＤＮＡ配列は、それがコード領域の操作または発現を妨げない、読み取り枠下流に存在してもよい。
【０３０３】
「プライマー」という用語は、短い核酸配列を意味し、それはＤＮＡの１本鎖と対合し得て、ＤＮＡポリメラーゼがそこでデオキシリボヌクレオチド鎖合成を開始する、遊離３’−ＯＨ末端を提供する。
【０３０４】
「プロモーター」という用語は、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼ結合に関与する、ＤＮＡの領域を意味する。
【０３０５】
「単離」という用語は、物質が、その元の環境（例えば、それが天然起源であれば天然環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生きている動物に存在する天然ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されていないが、天然システムで共存する物質の一部または全部から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されている。このようなポリヌクレオチドはベクターの一部であり得て、および／またはこのようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドは組成物の一部であり得るが、このようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部でないと言う意味では、なおも単離されている。
【０３０６】
本発明によって開示されるポリヌクレオチド、および組換えまたは免疫原性ポリペプチドは、「精製」形態であってもよい。「精製」という用語は、完全に純粋である必要はなく；むしろ、それは相対的定義であることが意図されて、これらの用語が当業者によって理解されるように、高度に精製された調製物、または部分的にのみ精製された調製物を含み得る。例えば、ｃＤＮＡライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動的に均一に、従来法で精製されている。少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、より好ましくは４または５桁までの、出発原料または天然物質の精製が明示的に検討される。さらに、重量基準で、好ましくは９９．９９９％、または少なくとも９９．９９％または９９．９％；さらに望ましくは９９％以上の純度を有する、特許請求されるポリペプチドが明示的に包含される。
【０３０７】
本発明によって開示される核酸およびポリペプチド発現産物、ならびにこのような核酸および／またはこのようなポリペプチドを含有する発現ベクターは、「富化形態」であってもよい。本明細書の用法では、「富化」という用語は、物質濃度が、（例えば）その天然濃度の少なくとも約２、５、１０、１００、または１０００倍であることを意味し、有利には重量基準で０．０１％、好ましくは重量基準で少なくとも約０．１％である。重量基準で約０．５％、１％、５％、１０％、および２０％の富化調製物もまた、検討される。本発明を構成する、配列、コンストラクト、ベクター、クローン、およびその他の物質は、有利には、富化または単離形態であり得る。「活性フラグメント」という用語は、通常は、単独で、または任意選択的に適切なアジュバントと共に、またはベクター中で、例えば、ウサギまたはマウスのようなそしてまたヒトをはじめとする哺乳類などの動物に投与すると免疫応答を生じる（すなわち、免疫原性を有する）ペプチド、ポリペプチドまたは核酸配列のフラグメントを意味し、このような免疫応答は、ヒトなどのレシピエント動物内でＴ細胞応答を刺激する形態を取る。代案としては、「活性フラグメント」はまた、生体外Ｔ細胞応答を誘導するのに使用されてもよい。
【０３０８】
本明細書の用法では、ポリペプチドとの関連で使用される場合、「部分」、「断片」、および「フラグメント」という用語は、アミノ酸残基などの連続する残基の配列を指し、その配列は、より大型の配列の部分集合を形成する。例えば、ポリペプチドが、トリプシンまたはキモトリプシンなどの一般的エンドペプチダーゼのいずれかによって処理されれば、このような処理から得られるオリゴペプチドは、出発ポリペプチドの部分、断片またはフラグメントに相当するであろう。ポリヌクレオチドに関して使用される場合、これらの用語は、いずれかのエンドヌクレアーゼによる前記ポリヌクレオチドの処理によって生じる生成物を指す。
【０３０９】
本発明によると、配列に言及する場合、「同一性百分率」または「パーセント同一」という用語は、比較される配列（「比較配列」）と、記載されまたは特許請求される配列（「参照配列」）とのアライメント後に、配列が、特許請求されまたは記載される配列と比較されることを意味する。次に同一性百分率は、次式に従って判定される：
同一性百分率＝１００［１−（Ｃ／Ｒ）］
式中、Ｃは、参照配列と比較される配列との間のアライメント長にわたる、参照配列と比較配列の間の差異の数であり、
（ｉ）比較配列中に対応する整列塩基またはアミノ酸を有しない、参照配列中の各塩基またはアミノ酸、および
（ｉｉ）参照配列中の各ギャップ、および
（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基またはアミノ酸と異なる、参照配列中の各整列塩基またはアミノ酸が差異を構成して、
（ｉｉｉｉ）アライメントは、整合配列の１位から開始しなくてはならず；
Ｒは、比較配列とのアライメント長にわたる参照配列中の塩基またはアミノ酸の数であり、参照配列中に生じる任意のギャップもまた、塩基またはアミノ酸として数えられる。
【０３１０】
比較配列と、それに対して同一性百分率が上のように計算される参照配列との間に、特定の最小同一性百分率とほぼ同じまたはそれを上回るアライメントが存在すれば、その中に、上記のように計算された同一性百分率が特定の同一性百分率未満であるアライメントが存在したとしても、比較配列は、参照配列との特定の最小同一性百分率を有する。
【０３１１】
したがって上述したように、本発明は、配列番号１〜配列番号１６１、または配列番号１〜配列番号１６１と８８％相同的であるその変異体、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、ペプチドを提供する。本発明のペプチドは、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子または前記ペプチドの伸長バージョンをクラスＩＩに結合する能力を有する。
【０３１２】
本発明では、「相同的」という用語は、２つのアミノ酸配列、すなわちペプチドまたはポリペプチド配列の配列間の同一性の程度を指す（上の同一性百分率を参照されたい）。前述の「相同性」は、比較される配列にわたり、最適条件下でアライメントされた２つの配列を比較することで判定される。このような配列相同性は、例えばＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムを使用してアライメントを作成することで、計算され得る。一般に利用できる配列解析ソフトウェア、より具体的には、Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ、ＧＥＮＥＴＹＸまたはその他のツールが、公共データベースによって提供される。
【０３１３】
当業者は、特定のペプチドの変異体によって誘導されるＴ細胞が、ペプチドそれ自体と交差反応できるかどうかを評価できるであろう（Ａｐｐａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｃｏｌｏｍｂｅｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｆｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｚａｒｅｍｂａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）。
【０３１４】
所与のアミノ酸配列の「変異型」によって、本発明者らは、ペプチドが、配列番号１〜配列番号１６１からなる所与のアミノ酸配列からなるペプチドと実質的に同様に、ＨＬＡ分子となおも結合できるように、（例えば、それらを別の天然アミノ酸残基の側鎖で、またはその他の側鎖で置換することにより）例えば、アミノ酸の１つまたは２つの残基の側鎖が変化することを意味する。例えば、ペプチドは、それがＨＬＡ−Ａ＊０２または−ＤＲなどの適切なＭＨＣ分子の結合溝と相互作用して結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持するように修飾されてもよく、このようにしてそれは、活性化ＣＴＬのＴＣＲに結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持する。
【０３１５】
これらのＴ細胞は、引き続いて細胞と交差反応して、本発明の態様で定義される同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞を殺滅し得る。学術文献およびデータベース（Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｇｏｄｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）から誘導され得るように、ＨＬＡ結合ペプチドの特定の位置は、典型的に、アンカー残基であり、結合溝を構成するポリペプチド鎖の極性、電気物理的、疎水性、および空間特性によって画定されるＨＬＡ受容体の結合モチーフと適合する、コア配列を形成する。したがって、当業者は、既知のアンカー残基を保つことで、配列番号１〜配列番号１６１に記載されるアミノ酸配列を修飾でき、このような変異型がＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を維持するかどうかを判定できるであろう。本発明の変異型は、活性化Ｔ細胞のＴＣＲに結合する能力を維持し、それは引き続いて、本発明の態様で定義されるような同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞と交差反応して、それを殺滅し得る。
【０３１６】
本明細書で開示される元の（未修飾）ペプチドは、特に明記されない場合は、ペプチド鎖内の異なる、おそらくは選択的な部位における、１つまたは複数の残基の置換によって修飾され得る。好ましくはこれらの置換は、アミノ酸鎖の末端に位置する。このような置換は、保存的性質であってもよく、例えば、疎水性アミノ酸が別の疎水性アミノ酸によって置換されるなど、構造および特徴の類似したアミノ酸によってアミノ酸が置換される。さらにより保存的な置換は、ロイシンのイソロイシンによる置換などの、同一または類似サイズおよび化学的性質のアミノ酸の置換である。天然起源相同タンパク質ファミリーの配列多様性の研究では、特定のアミノ酸置換は、他よりも耐容されることが多く、これらは、元のアミノ酸とその置換物の間のサイズ、電荷、極性、および疎水性の類似性との相関を示すことが多く、これが「保存的置換」の定義の基礎である。
【０３１７】
保存的置換は、本明細書では、以下の５つのグループの１つの中の交換として定義される：グループ１−小型脂肪族、非極性またはわずかに極性の残基（Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ）；グループ２−極性の負に帯電した残基およびそれらのアミド（Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ）；グループ３−極性の正に帯電した残基（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；グループ４−大型脂肪族非極性残基（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ）；およびグループ５−大型芳香族残基（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）。
【０３１８】
より保存的でない置換は、アラニンのイソロイシン残基による置換などの、類似した特徴を有するがサイズがいくらか異なる別のアミノ酸による置換を伴うかもしれない。高度に非保存的な置換は、極性アミノ酸の、または塩基性アミノ酸の酸性アミノ酸による置換を伴うかもしれない。しかし化学効果は完全に予測可能でなく、遊離基置換は単純な化学的原理からは予測できない偶然の効果を生じさせる可能性があるので、このような「遊離基」置換は、潜在的に無効であるとして却下され得ない。
【０３１９】
もちろんこのような置換には、通常のＬ−アミノ酸以外の構造体が関与してもよい。したがってＤ−アミノ酸が、本発明の抗原性ペプチドに通常見いだされるＬ−アミノ酸を置換するかもしれず、依然として本明細書の開示に包含される。さらに、非標準アミノ酸（すなわち、一般的な天然タンパク質新生アミノ酸以外）もまた置換目的で使用して、本発明による免疫原および免疫原性ポリペプチドが製造されてもよい
【０３２０】
２つ以上の位置における置換が、以下に定義されるように実質的に同等のまたはそれを超える抗原活性のあるペプチドをもたらすことが判明した場合、これらの置換の組み合わせを試験して、置換の組み合わせが、ペプチドの抗原性に相加または相乗効果をもたらすかどうかが判定される。最大でも、ペプチド内の４つ以上の位置を超えて同時に置換されることはない。
【０３２１】
本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドは、非修飾ペプチドと比較すると、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が、実質的に変化したり悪影響を受けたりすることなく交換される、１つまたは２つの非アンカーアミノ酸を有し得る（アンカーモチーフについては下記を参照されたい）。別の実施形態では、本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドにおいては、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が非修飾ペプチドと比較して実質的に変化したり悪影響を受けることなく、１つまたは２つのアミノ酸が、それらの保存的交換パートナー（以下を参照されたい）で交換され得る。
【０３２２】
Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、その組み込みが、Ｔ細胞反応性に実質的に影響を及ぼさず、関連ＭＨＣとの結合を排除しない、その他のアミノ酸での置換によって修飾され得る。したがって与えられた但し書きを除いて、本発明のペプチドは、与えられたようなアミノ酸配列またはそれらの部分または変異体を含む、任意のペプチド（本発明者らは、その用語にオリゴペプチドまたはポリペプチドを含める）であってもよい。
【０３２３】
表6:配列番号7、32、46、および76に記載のペプチドの好ましい変異体およびモチーフ:
【表６−１】
2022000007.tif 000018
【表６−２】
2022000007.tif 000019
【表６−３】
2022000007.tif 000020
【０３２４】
より長い（伸長された）ペプチドもまた、適切であってもよい。ＭＨＣクラスＩエピトープは、通常は８〜１１アミノ酸長であるが、実際のエピトープを含むより長いペプチドまたはタンパク質から、ペプチドプロセッシングによって作製することが可能である。実際のエピトープ側面に位置する残基は、プロセッシング中に実際のエピトープを曝露させるのに必要なタンパク質分解切断に、実質的に影響を及ぼさない残基であることが好ましい。
【０３２５】
本発明のペプチドは、最大４個のアミノ酸によって伸長させ得て、すなわち４：０〜０：４の間のあらゆる組み合わせで、どちらかの末端に１、２、３または４個のアミノ酸が付加され得る。本発明による伸長の組み合わせは、表７にある。
【０３２６】
表7:本発明のペプチドの伸長の組み合わせ         
【表７】
2022000007.tif 000021
【０３２７】
伸長／延長のためのアミノ酸は、元のタンパク質配列のペプチドまたは任意のその他のアミノ酸であり得る。伸長を利用して、ペプチドの安定性または溶解度を高め得る。
【０３２８】
したがって本発明のエピトープは、天然起源腫瘍関連または腫瘍特異的エピトープと同一であってもよく、またはそれらが実質的に同一の抗原活性を有しさえすれば、４つ以下の残基が参照ペプチドと異なるエピトープを含んでもよい。
【０３２９】
代案の実施形態では、ペプチドは、４つを超えるアミノ酸で、好ましくは最大３０アミノ酸の全長まで、片側または両側で伸長される。これは、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドをもたらしてもよい。ＭＨＣクラスＩＩへの結合は、当該技術分野で公知の方法によって試験される得る。
【０３３０】
したがって、本発明は、ＭＨＣクラスＩエピトープのペプチドおよび変異型を提供し、ペプチドまたは変異型は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜１４、すなわち８、９、１０、１１、１２、１３、１４アミノ酸の全長を有し、伸長されたクラスＩＩ結合ペプチドの場合、長さはまた、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１または２２アミノ酸であり得る。
【０３３１】
もちろん、本発明によるペプチドまたは変異型は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する。ペプチドまたは変異体のＭＨＣ複合体への結合は、当該技術分野で既知の方法によって試験されてもよい。
【０３３２】
好ましくは、本発明によるペプチドに特異的なＴ細胞を置換ペプチドについて試験する場合、置換ペプチドが背景に対して最大溶解増加の半分を達成するペプチド濃度は、約１ｍＭ以下、好ましくは約１μＭ以下、より好ましくは約１ｎＭ以下、さらにより好ましくは約１００ｐＭ以下、最も好ましくは約１０ｐＭ以下である。置換ペプチドが、２人以上、少なくとも２人、より好ましくは３人の個人からのＴ細胞によって認識されることもまた好ましい。
【０３３３】
本発明の特に好ましい実施形態では、ペプチドは、配列番号に１〜配列番号１６１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【０３３４】
「から本質的になる」は、本発明によるペプチドが、配列番号１〜配列番号１６１のいずれかに記載の配列またはその変異体に加えて、ＭＨＣ分子エピトープのエピトープとして機能するペプチドの一部を必ずしも構成しない、追加的なＮおよび／またはＣ末端に位置するアミノ酸の一連の配列を含有することを意味するものとする。
【０３３５】
それでもなお、これらの一連の配列は、本発明によるペプチドの細胞への効率的な導入を提供するのに重要であり得る。本発明の一実施形態では、ペプチドは、例えば、ＮＣＢＩ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｘ００４９７に由来する、ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（ｐ３３、以下の「Ｉｉ」）の８０個のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質の一部である。その他の融合物においては、本発明のペプチドは、本明細書に記載されるような抗体、またはその機能的部分に、特に抗体の配列に、前記抗体によって特異的に標的化されるように融合し得て、または例えば、本明細書に記載されるような樹状細胞に対して特異的な抗体に、またはその中に融合し得る。
【０３３６】
さらにペプチドまたは変異型は、より強力な免疫応答を引き起こすために、安定性および／またはＭＨＣ分子への結合を改善するようにさらに修飾されてもよい。ペプチド配列のこのような最適化方法は当該技術分野で周知であり、例えば、逆ペプチド結合または非ペプチド結合の導入が挙げられる。
【０３３７】
逆ペプチド結合においては、アミノ酸残基はペプチド（−ＣＯ−ＮＨ−）結合によって連結せず、ペプチド結合が逆転する。このようなレトロ−インベルソペプチド模倣剤は、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ（１９９７）（Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）に記載されるものなどの当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよい。このアプローチは、側鎖の方向でなく主鎖に関与する変化を含有する、擬ペプチドの生成を伴う。Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．（Ｍｅｚｉｅｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）は、ＭＨＣ結合およびＴヘルパー細胞応答のために、これらの擬ペプチドが有用であることを示す。ＣＯ−ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ−ＣＯ結合を含有するレトロインバースペプチドは、タンパク質分解に対してはるかにより高い耐性がある。
【０３３８】
非ペプチド結合は、例えば、−ＣＨ２−ＮＨ、−ＣＨ２Ｓ−、−ＣＨ２ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−ＣＯＣＨ２−、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−、および−ＣＨ２ＳＯ−である。米国特許第４，８９７，４４５号明細書は、標準手順によって合成されるポリペプチド、およびＮａＣＮＢＨ３の存在下でアミノアルデヒドとアミノ酸を反応させることで合成される非ペプチド結合が関与する、ポリペプチド鎖中の非ペプチド結合（−ＣＨ２−ＮＨ）を固相合成する方法を提供する。
【０３３９】
上述の配列を含んでなるペプチドは、それらのアミノおよび／またはカルボキシ末端に存在する追加的な化学基と共に合成して、ペプチドの安定性、生物学的利用能、および／または親和性を高めてもよい。例えば、カルボベンゾキシル、ダンシル、またはｔ−ブチルオキシカルボニル基などの疎水性基が、ペプチドのアミノ末端に付加されてもよい。同様に、アセチル基または９−フルオレニルメトキシ−カルボニル基が、ペプチドのアミノ末端に配置されてもよい。さらに、疎水性基、ｔ−ブチルオキシカルボニル、またはアミド基が、ペプチドのカルボキシ末端に付加されてもよい。
【０３４０】
さらに、本発明のペプチドは、それらの立体配置を改変するように合成されてもよい。例えば、通常のＬ異性体でなく、ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸残基のＤ異性体が使用されてもよい。なおもさらに、本発明のペプチドのアミノ酸残基の少なくとも１つは、周知の非天然起源アミノ酸残基の１つで置換されてもよい。これらのような変化は、本発明のペプチドの安定性、生物学的利用能および／または結合作用の増大に役立ってもよい。
【０３４１】
同様に、本発明のペプチドまたは変異体は、ペプチド合成の前または後のどちらかに、特定のアミノ酸を反応させることで化学的に修飾されてもよい。このような修飾の例は、当該技術分野で周知であり、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｒ．Ｌｕｎｄｂｌａｄ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，３ｒｄ  ｅｄ．ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００４（Ｌｕｎｄｂｌａｄ，  ２００４）に要約される。アミノ酸の化学修飾としては、これに限定されるものではないが（ａｌｔｈｏｕｇｈ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ  ｔｈｅｒｅｔｏ）、アシル化、アミジン化、リジンのピリドキシル化、還元アルキル化、２，４，６−トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）によるアミノ基のトリニトロベンジル化、システインのシステイン酸への過ギ酸酸化によるカルボキシル基のアミド修飾およびスルフヒドリル修飾、水銀誘導体形成、その他のチオール化合物との混合ジスルフィド形成、マレイミドとの反応、ヨード酢酸またはヨードアセトアミドによるカルボキシメチル化、およびアルカリ性ｐＨでのシアネートによるカルバモイル化による修飾が挙げられるが、これに限定されるものではない（ｉｓ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ）。この点において、当業者は、タンパク質の化学修飾に関するより詳細な手順について、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄｓ．Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ  ＮＹ  １９９５−２０００）（Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）の第１５章を参照されたい。
【０３４２】
簡単に述べると、例えばタンパク質中のアルギニル残基の修飾は、付加体を形成するためのフェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、および１，２−シクロヘキサンジオンなどの隣接するジカルボニル化合物の反応に基づくことが多い。別の実施例は、メチルグリオキサールとアルギニン残基の反応である。システインは、リジンおよびヒスチジンなどのその他の求核性部位の同時の修飾なしに修飾され得る。その結果、システイン修飾のために多数の試薬が利用可能である。Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈなどの会社のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｉｇｍａ−ａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）が、特定の試薬に関する情報を提供する。
【０３４３】
タンパク質中のジスルフィド結合の選択的還元もまた、一般的である。ジスルフィド結合は、生物医薬品の加熱処理中に形成されて酸化され得る。ウッドワード試薬Ｋを使用して、特定のグルタミン酸残基が修飾されてもよい。Ｎ−（３−（ジメチルアミノ）プロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミドを利用して、リジン残基とグルタミン酸残基の間に分子内架橋が形成され得る。例えば、ジエチルピロ炭酸は、タンパク質中のヒスチジル残基修飾のための試薬である。ヒスチジンはまた、４−ヒドロキシ−２−ノネナールを使用して修飾され得る。リジン残基およびその他のα−アミノ基の反応物は、例えば、ペプチドの表面への結合またはタンパク質／ペプチド架橋で有用である。リジンはポリ（エチレン）グリコールの付着部位であり、タンパク質のグリコシル化の主要な修飾部位である。タンパク質中のメチオニン残基は、例えば、ヨードアセトアミド、ブロモエチルアミン、およびクロラミンＴによって修飾され得る。
【０３４４】
テトラニトロメタンおよびＮ−アセチルイミダゾールを使用して、チロシル残基が修飾され得る。ジチロシンの形成を通じた架橋は、過酸化水素／銅イオンによって達成され得る。
【０３４５】
トリプトファンの修飾に関する最近の研究では、Ｎ−ブロモサクシニミド、臭化２−ヒドロキシ−５−ニトロベンジルまたは３−ブロモ−３−メチル−２−（２−ニトロフェニルメルカプト）−３Ｈ−インドール（ＢＰＮＳ−スカトール）が使用されている。
【０３４６】
ＰＥＧによる治療用タンパク質およびペプチドの成功裏の修飾が、循環半減期の延長に関連することが多い一方で、タンパク質と、グルタルアルデヒド、ポリエチレングリコールジアクリレート、およびホルムアルデヒドとの架橋は、ハイドロゲル調製のために使用される。免疫療法のためのアレルゲンの化学修飾は、カリウムシアネートでのカルバミル化によって達成されることが多い。
【０３４７】
ペプチドが修飾されまたは非ペプチド結合を含む、ペプチドまたは変異体は、本発明の好ましい実施形態である。一般に、ペプチドおよび変異体（少なくともアミノ酸残基間にペプチド結合を含有するもの）は、Ｌｕｋａｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｌｕｋａｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８１）によって、そしてその中で引用される参考文献によって開示される、Ｆｍｏｃ−ポリアミド様式の固相ペプチド合成によって合成されてもよい。一時的なＮ−アミノ基保護は、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）基によってもたらされる。この高度に塩基不安定性の保護基の反復性切断は、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド中の２０％ピペリジンを使用して実施される。側鎖官能基は、それらのブチルエーテル（セリン、スレオニン、およびチロシンの場合）、ブチルエステル（グルタミン酸およびアスパラギン酸の場合）、ブチルオキシカルボニル誘導体（リジンおよびヒスチジンの場合）、トリチル誘導体（システインの場合）、および４−メトキシ−２，３，６−トリメチルベンゼンスルホニル誘導体（アルギニンの場合）として保護されてもよい。グルタミンまたはアスパラギンがＣ末端残基である場合、側鎖アミド官能基を保護するために、４，４’−ジメトキシベンズヒドリル基が活用される。固相担体は、ジメチルアクリルアミド（主鎖単量体）、ビスアクリロイルエチレンジアミン（架橋剤）、およびアクリロイルサルコシンメチルエステル（機能化因子）の３つの単量体から構成される、ポリジメチル−アクリルアミドポリマーをベースとする。使用されるペプチド−対−樹脂の切断可能な結合因子は、酸不安定性４−ヒドロキシメチル−フェノキシ酢酸誘導体である。逆転Ｎ，Ｎ−ジシクロヘキシル−カルボジイミド／１ヒドロキシベンゾトリアゾール媒介共役手順を使用して付加されるアスパラギンおよびグルタミンを除いて、全てのアミノ酸誘導体は、それらのあらかじめ形成された対称的な無水物誘導体として付加される。全ての共役および脱保護反応は、ニンヒドリン、トリニトロベンゼンスルホン酸またはイサチン（ｉｓｏｔｉｎ）試験手順を使用してモニターされる。合成完了時に、ペプチドは樹脂担体から切断され、同時に、５０％スカベンジャー混合物を含有する９５％トリフルオロ酢酸での処理によって、側鎖保護基が除去される。一般に使用されるスカベンジャーとしては、エタンジチオール、フェノール、アニソール、および水が挙げられ、正確な選択は、合成されるペプチドの構成アミノ酸に左右される。ペプチドの合成のための固相法と溶液相法の組み合わせもまた、可能である（例えば、（Ｂｒｕｃｋｄｏｒｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、およびその中で引用される参考文献を参照されたい）。
【０３４８】
トリフルオロ酢酸は、真空蒸発によって除去され、引き続くジエチルエーテルを用いた磨砕は、粗製ペプチドをもたらす。存在する任意のスカベンジャーは、単純な抽出手順によって除去され、それは水相の凍結乾燥時に、スカベンジャーを含まない粗製ペプチドを与える。ペプチド合成のための試薬は、通常、例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ−Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ，ＵＫ）から入手できる。
【０３４９】
精製は、再結晶化、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、および（通常は）例えば、アセトニトリル／水勾配分離を使用した逆相高速液体クロマトグラフィーなどの技術の任意の１つまたは組み合わせによって実施されてもよい。
【０３５０】
ペプチドの分析は、薄層クロマトグラフィー、電気泳動法、特にキャピラリー電気泳動法、固相抽出（ＣＳＰＥ）、逆相高速液体クロマトグラフィー、酸加水分解後のアミノ酸分析を使用して、高速原子衝撃（ＦＡＢ）質量分光分析によって、ならびにＭＡＬＤＩおよびＥＳＩ−Ｑ−ＴＯＦ質量分光分析によって、実施されてもよい。
【０３５１】
過剰提示ペプチドを選択するために、中央値サンプル提示ならびに反復試験変動を示す、提示プロファイルが計算される。プロファイルは、目的腫瘍実体のサンプルを正常なサンプルのベースラインに並置させる。次に、線形混合効果モデルのｐ値を計算し（Ｐｉｎｈｅｉｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、誤検出率によって複数試験について補正することで（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ  ａｎｄ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，１９９５）、これらの各プロファイルが過剰提示スコアに統合され得る。
【０３５２】
質量分析によるＨＬＡリガンドの同定と相対的定量化のために、衝撃凍結サンプルからのＨＬＡ分子が精製されて、ＨＬＡ関連ペプチドが単離された。単離ペプチドを分離して、オンラインナノエレクトロスプレーイオン化（ｎａｎｏＥＳＩ）液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ−ＭＳ）実験によって配列を同定した。その結果生じたペプチド配列は、膵臓がんサンプル（Ｎ＝２０Ａ＊０２陽性サンプル）から記録されたＴＵＭＡＰの断片化パターンと、同一配列の対応する合成標準ペプチドの断片化パターンとの比較によって、確認された。ペプチドは、腫瘍細胞のＨＬＡ分子のリガンドとして直接同定されたので、これらの結果は、膵臓がん組織上における同定されたペプチドのプロセッシングおよび提示の直接的証拠を提供する。
【０３５３】
発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）ｖ２．１（例えば、その内容全体が参照により本明細書に援用される、米国特許第２０１３−００９６０１６号明細書を参照されたい）は、いくつかの異なる非がん性組織および臓器と比較した、がん組織上のＨＬＡ拘束性ペプチドレベルの直接相対定量化に基づく、妥当な過剰提示ペプチドワクチン候補の同定と選択ができるようにする。これは、独自仕様のデータ解析パイプラインで処理された獲得ＬＣ−ＭＳデータを使用して、配列同定のためのアルゴリズム、スペクトルクラスタリング、イオン計数、滞留時間アライメント、電荷状態のデコンボリューション、および正規化を組み合わせる、無標識示差定量化の開発によって達成された。
【０３５４】
各ペプチドおよびサンプルの誤差推定値を含む、提示レベルが確立された。腫瘍組織上で排他的に提示されるペプチド、および腫瘍において過剰提示されるペプチドが、非がん性の組織および臓器との比較で同定されている。
【０３５５】
膵臓がんサンプルからのＨＬＡペプチド複合体は精製されてＨＬＡ結合ペプチドが単離され、ＬＣ−ＭＳによって分析された（実施例を参照されたい）。本出願に含まれる全てのＴＵＭＡＰは、この膵臓がんサンプルに対するアプローチを用いて同定され、それらの膵臓がん上の提示が確認された。
【０３５６】
複数の膵臓がんおよび正常組織上で同定されたＴＵＭＡＰは、無標識ＬＣ−ＭＳデータのイオン計数を使用して定量化された。方法は、ペプチドのＬＣ−ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量と相関すると仮定する。様々なＬＣ−ＭＳ実験におけるペプチドの全ての定量的シグナルは、中心傾向に基づいて正規化され、サンプル当たりで平均化されて、提示プロファイルと称される棒グラフにマージされた。提示プロファイルは、タンパク質データベース検索、スペクトルクラスタリング、電荷状態デコンボリューション（除電）、および滞留時間アライメントおよび正規化のような、異なる解析法を統合する。
【０３５７】
本発明は、本発明のペプチドを過剰にまたは排他的に提示する、好ましくは膵臓がんである、がん／腫瘍を治療するのに有用なペプチドを提供するこれらのペプチドは、ヒト膵臓がんサンプル上で、ＨＬＡ分子によって天然に提示されることが、質量分析法によって示された。
【０３５８】
それにペプチドが由来する起源遺伝子／タンパク質（「完全長タンパク質」または「基礎タンパク質」とも称される）の多くは、正常組織と比較してがんにおいて高度に過剰発現されることが示されて、起源遺伝子の高度な腫瘍関連性が実証され、「正常組織」は、本発明との関連で、健康な膵臓細胞またはその他の正常組織細胞のどちらかを意味するものとする（実施例２を参照されたい）。さらに，ペプチドそれ自体が腫瘍組織上で強力に過剰提示され、本発明との関連で「腫瘍組織」は、膵臓がんサンプルを意味するものとするが、正常組織は意味しない（実施例１を参照されたい）。
【０３５９】
ＨＬＡ結合ペプチドは、免疫系、特にＴリンパ球によって認識され得る。Ｔ細胞は、例えば誘導ペプチドを提示する肝臓がん細胞などの、認識されたＨＬＡ／ペプチド複合体を提示する細胞を破壊し得る。
【０３６０】
本発明のペプチドは、Ｔ細胞応答を刺激でき、および／または過剰提示されることが示されおり、したがって本発明に従って、抗体および／または可溶性ＴＣＲなどのＴＣＲの製造のために使用され得る（実施例３、実施例４を参照されたい）。さらに、ペプチドは、それぞれのＭＨＣと複合体化した場合に、本発明による抗体および／またはＴＣＲ、特にＴＣＲ製造のためにも使用され得る。それぞれの方法は当業者に良く知られており、それぞれの参考文献にもまた見られる。したがって本発明のペプチドは、それによって腫瘍細胞が破壊され得る、患者における免疫応答を生じさせるのに有用である。患者における免疫応答は、理想的には免疫原性を増強する薬剤（すなわちアジュバント）との組み合わせで、記載されるペプチド、または適切な前駆体（例えば伸長ペプチド、タンパク質、またはこれらのペプチドをコードする核酸）を患者に直接投与することで、誘導され得る。本発明の標的ペプチドは、正常組織上では同等のコピー数で提示されないので、このような治療的ワクチン接種から生じる免疫応答は、腫瘍細胞に対して高度に特異的であることが予測され得て、患者の正常細胞に対する望まれない自己免疫反応のリスクを防止する。
【０３６１】
本明細書は、鎖およびａβ鎖（「α／βＴＣＲ」）を含んでなるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）にさらに関する。ＭＨＣ分子によって提示された際に、ＴＣＲおよび抗体に結合できるＨＡＶＣＲ１−００１ペプチドもまた提供される。本明細書はまた、本明細書のＴＣＲおよびペプチドを発現するための核酸、ベクター、および宿主細胞；そしてそれを使用する方法にも関する。
【０３６２】
「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲと略記される）という用語は、αポリペプチド鎖（α鎖）およびａβポリペプチド鎖（β鎖）を含んでなるヘテロ二量体分子を指し、ヘテロ二量体受容体は、ＨＬＡ分子によって提示されるペプチド抗原と結合できる。本用語は、いわゆるγ／δＴＣＲもまた含む。
【０３６３】
一実施形態では、本明細書は、本明細書に記載されるようなＴＣＲを製造する方法を提供し、方法は、ＴＣＲの発現を促進するのに適した条件下でＴＣＲを発現できる、宿主細胞を培養するステップを含んでなる。
【０３６４】
本明細書の別の態様では、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に、抗原が負荷され、または抗原／クラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ複合体モノマーを四量体化することで、クラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ四量体上に抗原が負荷される、本明細書に記載の方法に関する。
【０３６５】
α／βＴＣＲのαおよびβ鎖、そしてγ／δＴＣＲのγおよびδ鎖は、一般にそれぞれ２つの「領域」、すなわち可変および定常領域を有すると見なされる。可変領域は、可変領域（Ｖ）の連結と、連結領域（Ｊ）とからなる。可変領域はまた、リーダー領域（Ｌ）を含んでもよい。βおよびδ鎖はまた、多様性領域（Ｄ）を含んでもよい。αおよびβ定常領域はまた、αおよびβ鎖を細胞膜に固着させるＣ末端膜貫通（ＴＭ）領域を含んでもよい。
【０３６６】
γ／δＴＣＲに関して、「ＴＣＲγ可変領域」という用語は、本明細書の用法ではリーダー領域（Ｌ）のないＴＣＲγＶ（ＴＲＧＶ）領域とＴＣＲγＪ（ＴＲＧＪ）領域との連結を指し、ＴＣＲγ定常領域という用語は、細胞外ＴＲＧＣ領域を指し、またはＣ末端トランケート型ＴＲＧＣ配列を指す同様に「ＴＣＲδ可変領域」という用語は、リーダー領域（Ｌ）のないＴＣＲδＶ（ＴＲＤＶ）領域とＴＣＲδＤ／Ｊ（ＴＲＤＤ／ＴＲＤＪ）領域との連結を指し、「ＴＣＲδ定常領域」という用語は、細胞外ＴＲＤＣ領域を指し、またはＣ末端トランケート型ＴＲＤＣ配列を指す。
【０３６７】
本明細書のＴＣＲは、好ましくは、約１μＭ以下、約００１μＭ以下、約２５μＭ以下、または約１０μＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で、ＨＡＶＣＲ１−００１ペプチド−ＨＬＡ分子複合体に結合する。より好ましいのは、約１μＭ以下、約１００ｎＭ以下、約５０ｎＭ以下、約２５ｎＭ以下の結合親和性を有する、高親和性ＴＣＲである。本発明のＴＣＲの好ましい結合親和性範囲の非限定的例としては、約１ｎＭ〜約１０ｎＭ；約１０ｎＭ〜約２０ｎＭ；約２０ｎＭ〜約３０ｎＭ；約３０ｎＭ〜約４０ｎＭ；約４０ｎＭ〜約５０ｎＭ；約５０ｎＭ〜約６０ｎＭ；約６０ｎＭ〜約７０ｎＭ；約７０ｎＭ〜約８０ｎＭ；約８０ｎＭ〜約９０ｎＭ；および約９０ｎＭ〜約１００ｎＭが挙げられる。
【０３６８】
本明細書の用法では、本明細書のＴＣＲとの関連で、「特異的結合」およびそれらの文法的変種は、ＨＡＶＣＲ１−００１ペプチド−ＨＬＡ分子複合体に対して、１μＭ以下の結合親和性（ＫＤ）を有するＴＣＲを意味するために使用される。
【０３６９】
本明細書のα／βヘテロ二量体ＴＣＲは、それらの定常領域の間に導入された、ジスルフィド結合を有してもよい。このタイプの好ましいＴＣＲとしては、ＴＲＡＣ定常領域配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常領域配列とを有するものが挙げられるが、ただし、ＴＲＡＣのＴｈｒ４８およびＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２のＳｅｒ５７は、システイン残基によって置換されており、前記システインは、ＴＣＲのＴＲＡＣ定常領域配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常領域配列との間に、ジスルフィド結合を形成する。
【０３７０】
上述の導入された鎖間結合の存在下または不在下で、本明細書のα／βヘテロ二量体ＴＣＲは、ＴＲＡＣ定常領域配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常領域配列とを有してもよく、ＴＣＲのＴＲＡＣ定常領域配列と、ＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常領域配列とが、ＴＲＡＣのエクソン２のＣｙｓ４と、ＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２のエクソン２のＣｙｓ２との間の天然ジスルフィド結合によって連結されてもよい。
【０３７１】
本明細書のＴＣＲは、放射性核種、フルオロフォア、およびビオチンからなる群から選択される、検出可能な標識を含んでなってもよい。本明細書のＴＣＲは、放射性核種、化学療法剤、または毒素などの治療的活性薬剤にコンジュゲートされてもよい。
【０３７２】
一実施形態では、α鎖に少なくとも１つの変異を有し、および／またはβ鎖に少なくとも１つの変異を有する本明細書のＴＣＲは、非変異ＴＣＲと比較して修飾されたグリコシル化を有する。
【０３７３】
一実施形態では、ＴＣＲα鎖および／またはＴＣＲβ鎖に少なくとも１つの変異を含んでなるＴＣＲは、ＨＡＶＣＲ１−００１ペプチド−ＨＬＡ分子複合体に対して、非変異ＴＣＲα鎖および／または非変異ＴＣＲβ鎖を含んでなるＴＣＲの少なくとも倍の結合親和性および／または結合半減期を有する。腫瘍特異的ＴＣＲの親和性増大とその利用は、最適ＴＣＲ親和性のウィンドウの存在に依存する。このようなウィンドウの存在は、ＨＬＡ−Ａ２限定病原体に対して特異的なＴＣＲが、ＨＬＡ−Ａ２限定腫瘍関連自己抗原に対して特異的なＴＣＲと比較して、一般に約１０分の１のＫＤ値を有するという観察に基づく。腫瘍抗原は免疫原性である可能性を有するが、腫瘍は個人自身の細胞から生じるので、改変された翻訳プロセッシングのある変異型タンパク質またはタンパク質のみが、免疫系によって異質と見なされことが今や知られている。上方制御されまたは過剰発現される抗原（いわゆる自己抗原）は、腫瘍に対する機能性免疫応答を必ずしも誘導しない。これらの抗原に対して高度に反応性のＴＣＲを発現するＴ細胞は、中枢性免疫寛容として知られている過程、すなわち自己抗原に対する低親和性ＴＣＲを有するＴ細胞のみが残留する過程によって、胸腺において負選択される。したがって、ＨＡＶＣＲ１−００１に対する本明細書のＴＣＲまたは変異体の親和性は、当技術分野で周知の方法によって高め得る。
【０３７４】
本明細書は、本明細書に従ってＴＣＲを同定して単離する方法にさらに関し、前記方法は、ＨＬＡ−Ａ＊０２陰性健常ドナーからのＰＢＭＣをＡ２／ＨＡＶＣＲ１−００１Ａ２と共にインキュベートするステップと、ＰＢＭＣを四量体フィコエリトリン（ＰＥ）と共にインキュベートするステップと、高結合活性Ｔ細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）Ｃａｌｉｂｕｒ分析によって単離するステップとを含んでなる。
【０３７５】
本明細書は、本明細書に従ってＴＣＲを同定して単離する方法にさらに関し、前記方法は、そのＴ細胞がマウスＴＣＲ欠損を補償する多様なヒトＴＣＲレパートリーを発現する、全ヒトＴＣＲαβ遺伝子遺伝子座（１．１および０．７Ｍｂ）を有する遺伝子組換えマウスを得るステップと、マウスをＨＡＶＣＲ１−００１で免疫化するステップと、四量体フィコエリトリン（ＰＥ）を有する遺伝子組換えマウスから得られたＰＢＭＣをインキュベートするステップと、高結合活性Ｔ細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）Ｃａｌｉｂｕｒ分析によって単離するステップとを含んでなる。
【０３７６】
一態様では、本明細書のＴＣＲを発現するＴ細胞を得るために、本明細書のＴＣＲ−αおよび／またはＴＣＲ−β鎖をコードする核酸が、γレトロウイルスまたはレンチウイルスなどの発現ベクターにクローン化される。組換えウイルスが生成され、次に、抗原特異性および機能性結合活性などの機能について試験される。次に、最終生成物のアリコートを使用して、標的Ｔ細胞集団（一般に患者のＰＢＭＣから精製される）が形質導入され、それは患者への輸液前に増殖される。
【０３７７】
別の態様では、本明細書のＴＣＲを発現するＴ細胞を得るために、例えば、生体外転写システム（ｓｙｓ−ｔｅｍｓ）などの当該技術分野で公知の技術によって、ＴＣＲ  ＲＮＡが合成される。次に生体外で合成されたＴＣＲ  ＲＮＡは、健常ドナーから得られた原発性ＣＤ８＋Ｔ細胞内に電気穿孔によって導入され、腫瘍特異的ＴＣＲ−αおよび／またはＴＣＲ−β鎖が再発現される。
【０３７８】
発現を増加させるために、本明細書のＴＣＲをコードする核酸は、レトロウイルス長末端反復（ＬＴＲ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）Ｕ３、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）、β−アクチン、ユビキチン、およびシミアンウイルス４０（ＳＶ４０）／ＣＤ４３複合プロモーター、伸長因子（ＥＦ）−１ａ、および脾臓フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）プロモーターなどの強力なプロモーターと作動可能に連結されてもよい。好ましい実施形態では、プロモーターは、発現される核酸に対して異種である。
【０３７９】
強力なプロモーターに加えて、本明細書のＴＣＲ発現カセットは、レンチウイルスコンストラクトの核転座を促進する、中央ポリプリントラクト（ｃＰＰＴ）（Ｆｏｌｌｅｎｚｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）、およびＲＮＡ安定性を増大させることで導入遺伝子発現のレベルを高める、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ｗＰＲＥ）（Ｚｕｆｆｅｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）をはじめとする、導入遺伝子発現を高め得る追加的な要素を含有してもよい。
【０３８０】
本発明のＴＣＲのαおよびβ鎖は、別々のベクターにある核酸によってコードされてもよく、または同一ベクターにあるポリヌクレオチドによってコードされてもよい。
【０３８１】
高レベルのＴＣＲ表面発現の達成には、導入されたＴＣＲのＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖の双方が、高レベルで転写される必要がある。これを行うために、本明細書のＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖は、この障害を克服できることが示されている、単一ベクター内のバイシストロニックコンストラクトにクローン化されてもよい。ＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖は、翻訳中に２つのタンパク質に分かれて等モル比のＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖の生成を確実にする単一転写物から生成されるので、ＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖の間のウイルス配列内リボソーム進入部位の使用は、双方の鎖の協調発現をもたらす（Ｓｃｈｍｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．２００９）。
【０３８２】
本明細書のＴＣＲをコードする核酸はコドン最適化されて、宿主細胞からの発現が増加されてもよい。遺伝コードの重複は、いくつかのアミノ酸が２つ以上のコドンによってコードされるようにするが、特定のコドンは、適合ｔＲＮＡの相対可用性ならびにその他の要因のために、他のものよりも「最適」でない（Ｇｕｓｔａｆｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。各アミノ酸が、哺乳類遺伝子発現のための最適コドンによってコードされるように、ＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β遺伝子配列を修飾すること、ならびにｍＲＮＡ不安定モチーフまたは潜在的スプライス部位を除去することは、ＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β遺伝子発現を有意に高めることが示されている（Ｓｃｈｏｌｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０３８３】
さらに、導入ＴＣＲ鎖と内因性ＴＣＲ鎖の間の誤対合は、自己免疫に重大なリスクをもたらす特異性の獲得を引き起こすこともある。例えば、混合ＴＣＲ二量体の形成は、適切に対合するＴＣＲ複合体を形成するために利用できるＣＤ３分子の数を減少させてもよく、ひいては導入ＴＣＲを発現する細胞の機能性結合活性を有意に低下させ得る（Ｋｕｂａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。
【０３８４】
誤対合を減少させるために、本明細書の導入ＴＣＲ鎖のＣ末端領域は、鎖間親和性を高める一方で、導入鎖が内因性ＴＣＲと対形成する能力を低下させるために、修飾されてもよい。これらのストラテジーとしては、ヒトＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−βのＣ末端領域をそれらのマウス対応物（マウス化Ｃ末端領域）で置換する；導入ＴＣＲのＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖の双方に第２のシステイン残基を導入することで、Ｃ末端領域に第２の鎖間ジスルフィド結合を作製する（システイン修飾）；ＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖Ｃ末端領域内の相互作用残基を交換する（「ノブ・イン・ホール」）；そしてＴＣＲ−αおよびＴＣＲ−β鎖の可変領域をＣＤ３ζに直接融合させる（ＣＤ３ζ融合）（Ｓｃｈｍｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．２００９）ことが挙げられる。。
【０３８５】
一実施形態では、宿主細胞は、本細書のＴＣＲを発現するように遺伝子操作される。好ましい実施形態では、宿主細胞は、ヒトＴ細胞またはＴ細胞前駆細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞またはＴ細胞前駆細胞は、がん患者から得られる。その他の実施形態では、Ｔ細胞またはＴ細胞前駆細胞は、健常ドナーから得られる。本明細書の宿主細胞は、治療される患者に関して、同種異系または自己由来であり得る。一実施形態では、宿主は、α／βＴＣＲを発現するように形質転換されたγ／δＴ細胞である。
【０３８６】
「医薬組成物」は、医学的状況においてヒトへの投与に適する組成物である。好ましくは、医薬組成物は無菌であり、ＧＭＰガイドラインに準拠して製造される。
【０３８７】
医薬組成物は、遊離形態または薬学的に許容可能な塩の形態のどちらかのペプチドを含んでなる（上記もまた参照されたい）。本明細書の用法では、「薬学的に許容可能な塩」は、開示されたペプチドの誘導体を指し、ペプチドは、薬剤の酸性または塩基性塩を生成することで修飾される。例えば、酸性塩は、適切な酸との反応を伴って、遊離塩基から調製される（典型的に、薬剤の中性形態が中性ＮＨ２基を有する）。酸性塩を調製するための適切な酸としては、例えば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、リンゴ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸、ならびに例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸リン酸などの無機酸の双方が挙げられる。逆に、ペプチド上に存在してもよい酸部分の塩基性塩の調製物は、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、トリメチルアミンなどの薬学的に許容可能な塩基を使用して調製される。
【０３８８】
特に好ましい一実施形態では、医薬組成物は、酢酸（酢酸塩）、トリフルオロ酢酸または塩酸（塩化物）の塩としてのペプチドを含んでなる。
【０３８９】
好ましくは、本発明の薬剤は、ワクチンなどの免疫療法剤である。それは、患者に直接、罹患臓器に、または全身的に、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．投与され、または生体外で患者またはヒト細胞株に由来する細胞に適用されて、それが引き続いて患者に投与され、または生体外で使用されて患者に由来する免疫細胞の亜集団が選択され、次にそれが患者に再投与されてもよい。核酸が、生体外で細胞に投与される場合、インターロイキン２などの免疫刺激サイトカインを同時発現させるように、細胞を形質移入することが有用であってもよい。ペプチドは、実質的に純粋であり、または免疫刺激アジュバント（下記参照）と組み合わされ、または免疫賦活性サイトカインと組み合わせて使用され、または例えば、リポソームなどの適切な送達系によって投与されてもよい。ペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシニアン（ＫＬＨ）またはマンナンなどの適切な担体に共役されてもよい（国際公開第９５／１８１４５号パンフレットおよび（Ｌｏｎｇｅｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３）を参照されたい）。ペプチドはまた、標識されてもよく、融合タンパク質であってもよく、またはハイブリッド分子であってもよい。その配列が本発明に記載されるペプチドは、ＣＤ４またはＣＤ８  Ｔ細胞を刺激することが予測される。しかし、ＣＤ８  Ｔ細胞の刺激は、ＣＤ４  Ｔヘルパー細胞によって提供される援助の存在下で、より効率的である。したがって、ＣＤ８  Ｔ細胞を刺激するＭＨＣクラスＩエピトープでは、ハイブリッド分子の融合パートナーまたはセクションは、適切にはＣＤ４陽性Ｔ細胞を刺激するエピトープを提供する。ＣＤ４およびＣＤ８刺激エピトープは、当該技術分野で周知であり、本発明で同定されたものが挙げられる。
【０３９０】
一態様では、ワクチンは、配列番号１〜配列番号１６１に記載されるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのペプチドと、少なくとも１つの追加的なペプチド、好ましくは２〜５０、より好ましくは２〜２５、なおもより好ましくは２〜２０、最も好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のペプチドとを含んでなる。ペプチドは、１つまたは複数の特異的ＴＡＡから誘導されてもよく、ＭＨＣクラスＩ分子に結合してもよい。
【０３９１】
本発明のさらなる態様は、本発明のペプチドまたはペプチド変異体をエンコードする核酸（例えばポリヌクレオチド）を提供する。ポリヌクレオチドは、それがペプチドをコードしさえすれば、例えば、単鎖および／または二本鎖のいずれかのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよく、または例えばホスホロチオエート主鎖を有するポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドの未変性または安定化形態であってもよく、それはイントロンを含有してもまたはしなくてもよい。もちろん、天然起源ペプチド結合によって連結する天然アミノ酸残基を含有するペプチドのみが、ポリヌクレオチドによってエンコードされ得る。本発明のなおもさらなる態様は、本発明によるポリペプチドを発現できる発現ベクターを提供する。
【０３９２】
例えば相補的付着端を通じて、ポリヌクレオチド、特にＤＮＡをベクターに連結する、多様な方法が開発されている。例えば、ベクターＤＮＡに挿入されるＤＮＡ断片に、相補的ホモポリマー配列が付加され得る。次に、相補的ホモポリマー尾部間の水素結合によって、ベクターおよびＤＮＡ断片が連結されて組換えＤＮＡ分子が形成する。
【０３９３】
１つまたは複数の制限酵素認識部位を含有する合成リンカーは、ＤＮＡ断片をベクターに連結する代替え方法を提供する。多様な制限エンドヌクレアーゼ部位を含有する合成リンカーは、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，ＣＮ，ＵＳＡをはじめとするいくつかの供給元から商業的に入手できる。
【０３９４】
本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡを修飾する望ましい方法は、Ｓａｉｋｉ  ＲＫ，ｅｔ  ａｌ．（Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８）で開示されるようなポリメラーゼ連鎖反応を用いる。この方法は、例えば適切な制限酵素認識部位を改変することで、ＤＮＡを適切なベクターに導入するために使用されてもよく、またはそれは、当該技術分野で既知のその他の有用な様式でＤＮＡを修飾するために使用されてもよい。ウイルスベクターを使用するのであれば、ポックスウイルスまたはアデノウイルスベクターが好ましい。
【０３９５】
次にＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）を適切な宿主において発現させ、本発明のペプチドまたは変異体を含んでなるポリペプチドが製造されてもよい。このようにして、本明細書に含まれる教示を考慮して適切に修正された既知の技術に従って、本発明のペプチドまたは変異体をコードするＤＮＡを使用して、発現ベクターが構築されてもよく、次にそれを使用して、本発明のポリペプチドの発現および製造のために、適切な宿主細胞が形質転換される。このような技術としては、例えば、米国特許第４，４４０，８５９号明細書、米国特許第４，５３０，９０１号明細書、米国特許第４，５８２，８００号明細書、米国特許第４，６７７，０６３号明細書、米国特許第４，６７８，７５１号明細書、米国特許第４，７０４，３６２号明細書、米国特許第４，７１０，４６３号明細書、米国特許第４，７５７，００６号明細書、米国特許第４，７６６，０７５号明細書、および米国特許第４，８１０，６４８号明細書で開示されるものが挙げられる。
【０３９６】
本発明の化合物を構成するポリペプチドをエンコードするＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）は、適切な宿主への導入のために、多種多様なその他のＤＮＡ配列に連結されてもよい。コンパニオンＤＮＡは、宿主の性質、ＤＮＡの宿主への導入様式、およびエピソームの維持または組み込みが所望されるかどうかに左右される。
【０３９７】
一般に、ＤＮＡは、発現のための適切な方向および正しい読み枠で、プラスミドなどの発現ベクターに挿入される。必要ならば、ＤＮＡは、所望の宿主によって認識される適切な転写および翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結されてもよいが、このような制御は、一般に発現ベクター中で利用できる。次に、標準的な技術を通じて、ベクターが宿主に導入される。一般に、全ての宿主がベクターによって形質転換されるわけではない。したがって、形質転換された宿主細胞を選択することが必要になる。一選択技術は、抗生物質耐性などの形質転換細胞内で選択可能な形質をコードする、任意の必要な制御因子を有するＤＮＡ配列を発現ベクター内に組み込むことを伴う。
【０３９８】
代案としては、このような選択可能な形質の遺伝子は、所望の宿主細胞を同時形質転換するのに使用される、別のベクター上にあり得る。
【０３９９】
次に、本明細書で開示される教示を考慮して、当業者に知られている適切な条件下で十分な時間にわたり、本発明の組換えＤＮＡによって形質転換された宿主細胞が培養されてポリペプチドが発現され、次にそれが回収れされ得る。
【０４００】
細菌（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびバチルス・サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、酵母（例えばサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、糸状菌（例えばアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ））、植物細胞、動物細胞、および昆虫細胞をはじめとする多数の発現系が知られている。好ましくは、発現系は、ＡＴＣＣ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手できるＣＨＯ細胞などの哺乳類細胞であり得る。
【０４０１】
構成的発現のための典型的な哺乳類細胞ベクタープラスミドは、適切なポリＡ尾部と、ネオマイシンなどの耐性マーカーとを有する、ＣＭＶまたはＳＶ４０プロモーターを含んでなる。一例は、Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ，ＵＳＡから入手できるｐＳＶＬである。誘導性哺乳類発現ベクターの一例であるｐＭＳＧもまた、Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手できる。有用な酵母プラスミドベクターは、ｐＲＳ４０３−４０６およびｐＲＳ４１３−４１６であり、通常、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ  ９２０３７，ＵＳＡから入手できる。プラスミドｐＲＳ４０３、ｐＲＳ４０４、ｐＲＳ４０５、およびｐＲＳ４０６は、酵母組み込みプラスミド（ＹＩｐｓ）であり、酵母の選択可能なマーカーＨＩＳ３、ＴＲＰ１、ＬＥＵ２、およびＵＲＡ３が組み込まれている。プラスミドｐＲＳ４１３−４１６は、酵母セントロメアプラスミド（Ｙｃｐｓ）である。ＣＭＶプロモーターベースのベクター（例えばＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製）は、一過性または安定性発現、細胞質内発現または分泌、およびＦＲＡＧ、３ｘＦＬＡＧ、ｃ−ｍｙｃまたはＭＡＴの様々な組み合わせでのＮ末端またはＣ末端標識付けを提供する。これらの融合タンパク質は、組換えタンパク質を検出、精製、および分析できるようにする。二重標識融合物は、検出に融通性を与える。
【０４０２】
強力なヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター調節領域は、ＣＯＳ細胞において、構成タンパク質発現レベルを１ｍｇ／Ｌ程度の高さに駆動する。効力がより低い細胞株では、タンパク質レベルは、典型的に約０．１ｍｇ／Ｌである。ＳＶ４０複製起点の存在は、ＳＶ４０複製許容ＣＯＳ細胞における高レベルのＤＮＡ複製をもたらす。ＣＭＶベクターは、例えば、細菌細胞におけるｐＭＢ１（ｐＢＲ３２２の誘導体）複製起点、細菌におけるアンピシリン耐性選択のためのｂ−ラクタマーゼ遺伝子、ｈＧＨポリＡ、およびｆ１起点を含有し得る。プレプロトリプシンリーダー（ＰＰＴ）配列を含有するベクターは、抗ＦＲＡＧ抗体、樹脂、およびプレートを使用した精製のために、培養液中へのＦＲＡＧ融合タンパク質分泌を誘導し得る。多様な宿主細胞において使用するためのその他のベクターおよび発現系が、当該技術分野で周知である。
【０４０３】
別の実施形態では、本発明の２つ以上のペプチドまたはペプチド変異型がコードされ、したがって順次発現される（「数珠玉構造」コンストラクトに類似する）。その際に、ペプチドまたはペプチド変異型は、例えばＬＬＬＬＬＬなどの一続きのリンカーアミノ酸によって、共に連結または融合されてもよく、またはそれらの間のいかなる追加的なペプチドもなしに連結されてもよい。これらのコンストラクトはまた、がん療法のために使用され得て、ＭＨＣ  ＩとＭＨＣ  ＩＩの双方が関与する免疫応答を誘導してもよい。
【０４０４】
本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドベクターコンストラクトで形質転換された宿主細胞にも関する。宿主細胞は、原核または真核生物のどちらかであり得る。細菌細胞は、いくつかの状況では、好ましい原核宿主細胞であってもよく、典型的には、例えば、Ｂｅｔｈｅｓｄａ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５株、および米国微生物系統保存機関（ＡＴＣＣ）Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できるＲＲ１（ＡＴＣＣ番号３１３４３）などの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株である。好ましい真核宿主細胞としては、酵母、昆虫、および哺乳類細胞、好ましくはマウス、ラット、サルまたはヒト線維芽および結腸細胞株に由来するものなどの脊椎動物細胞が挙げられる。酵母宿主細胞としては、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ  ９２０３７，ＵＳＡから一般に入手できる、ＹＰＨ４９９、ＹＰＨ５００、およびＹＰＨ５０１が挙げられる。好ましい哺乳類宿主細胞としては、ＡＴＣＣからＣＣＬ６１として入手できるチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５８として入手できるＮＩＨ  Ｓｗｉｓｓマウス胚細胞ＮＩＨ／３Ｔ３、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５０として入手できるサル腎臓由来ＣＯＳ−１細胞、およびヒト胎児由来腎細胞である２９３細胞が挙げられる。好ましい昆虫細胞は、バキュロウイルス発現ベクターで形質移入され得るＳｆ９細胞である。発現のための適切な宿主細胞の選択に関する概説は、例えば、Ｐａｕｌｉｎａ  Ｂａｌｂａｓ  ａｎｄ  Ａｒｇｅｌｉａ  Ｌｏｒｅｎｃｅによる教科書”Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、Ｒｅｖｉｅｗｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ｐａｒｔ  Ｏｎｅ、Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、ＩＳＢＮ  ９７８−１−５８８２９−２６２−９、および当業者に知られているその他の文献にある。
【０４０５】
本発明のＤＮＡコンストラクトによる適切な細胞宿主の形質転換は、典型的に使用されるベクターのタイプに左右される周知の方法によって達成される。原核宿主細胞の形質転換に関しては、例えば、Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９７２）および（Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，２０１２）を参照されたい。酵母細胞の形質転換は、Ｓｈｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｓｈｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６）に記載される。Ｂｅｇｇｓ（Ｂｅｇｇｓ，１９７８）の方法もまた有用である。脊椎動物細胞に関しては、このような細胞を形質移入するのに有用な、例えば、リン酸カルシウムおよびＤＥＡＥ−デキストランまたはリポソーム製剤などの試薬が、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，ｏｒ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ  ２０８７７，ＵＳＡから入手できる。電気穿孔もまた、細胞を形質転換および／または形質移入するのに有用であり、酵母細胞、細菌細胞、昆虫細胞、および脊椎動物細胞を形質転換する技術分野で周知である。
【０４０６】
成功裏に形質転換された細胞、すなわち本発明のＤＮＡコンストラクトを含有する細胞は、ＰＣＲなどの周知の技術によって同定され得る。代案としては、抗体を使用して、上清中のタンパク質の存在が検出され得る。
【０４０７】
例えば、細菌、酵母、および昆虫細胞などの本発明の特定の宿主細胞は、本発明のペプチドの調製において有用であることが理解されるであろう。しかしその他の宿主細胞が、特定の治療法において有用であってもよい。例えば、樹状細胞などの抗原提示細胞は、それらが適切なＭＨＣ分子中に負荷されてもよいように、本発明のペプチドを発現するために有用に使用されてもよい。したがって、本発明は、本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる宿主細胞を提供する。
【０４０８】
好ましい実施形態では、宿主細胞は、抗原提示細胞、特に樹状細胞または抗原提示細胞である。前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）を含有する組換え融合タンパク質が負荷されたＡＰＣは、無症候性または微小症候性転移性ＨＲＰＣを治療するために、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって２０１０年４月２０日に認可された（シプロイセルＴ）（Ｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｓｍａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０４０９】
本発明のさらなる態様は、宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる。ペプチドまたはその変異型を製造する方法を提供する。
【０４１０】
別の実施形態では、本発明のペプチド、核酸または発現ベクターは、医療において使用される。例えば、ペプチドまたはその変異体は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射のために調合されてもよい。ペプチド注射の好ましい方法としては、ｓ．ｃ．、ｉ．ｄ．、ｉ．ｐ．、ｉ．ｍ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。ＤＮＡ注射の好ましい方法としては、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。例えば、５０μｇ〜１．５ｍｇ、好ましくは１２５μｇ〜５００μｇのペプチドまたはＤＮＡの用量が投与されてもよく、それぞれのペプチドまたはＤＮＡに左右される。この範囲の用量は、以前の治験で成功裏に使用された（Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０４１１】
活性ワクチン接種のために使用されるポリヌクレオチドは、実質的に純粋であってもよく、または適切なベクターまたは送達系に含有されてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよい。このような核酸をデザインして導入する方法は、当該技術分野で周知である。概説は、例えば、Ｔｅｕｆｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（Ｔｅｕｆｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）によって提供される。ポリヌクレオチドワクチンは調製が容易であるが、免疫応答誘導におけるこれらのベクターの作用機序は、完全には分かっていない。適切なベクターおよび送達系としては、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルス、または２つ以上のウイルスの構成要素を含有するハイブリッドベースのシステムなどのウイルスＤＮＡおよび／またはＲＮＡが挙げられる。非ウイルス送達系としては、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマーが挙げられ、ＤＮＡ送達技術分野において周知である。「遺伝子銃」などを通じた物理的送達もまた、使用されてもよい。核酸によってコードされるペプチド（単数）またはペプチド（複数）は、例えば、上述のように、それぞれの逆ＣＤＲのＴ細胞を刺激する、エピトープとの融合タンパク質であってもよい。
【０４１２】
本発明の薬剤は、１つまたは複数のアジュバントもまた含んでもよい。アジュバントは、免疫応答（例えば、ＣＤ８陽性Ｔ細胞およびヘルパーＴ（ＴＨ）細胞によって媒介される抗原に対する免疫応答を非特異的に促進または増強する物質であり、したがって本発明の薬剤中で有用であると見なされる。適切なアジュバントとしては、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、ＡＭＰＬＩＶＡＸ（登録商標）、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、フラジェリンまたはフラジェリン由来ＴＬＲ５リガンド、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド（ＡＬＤＡＲＡ（登録商標））、レシキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＬ−２やＬ−１３やＩＬ−２１などのインターロイキン、インターフェロン−αまたは−βまたはそれらのＰＥＧ化誘導体、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＩＳＣＯＭ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ（登録商標）、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＡＬＰ２、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、モンタニドＩＭＳ１３１２、モンタニドＩＳＡ２０６、モンタニドＩＳＡ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ−５１、油中水型および水中油型エマルション、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＯｓｐＡ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ポリ（ラクチドコグリコリド）［ＰＬＧ］ベースおよびデキストラン微粒子、タラクトフェリンＳＲＬ１７２、ビロソームおよびその他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンに由来するＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ、マイコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣体、およびＲｉｂｉ’ｓ  ＤｅｔｏｘまたはＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどのその他の独自仕様の補助剤が挙げられるが、これに限定されるものではない。フロイントまたはＧＭ−ＣＳＦなどのアジュバントが好ましい。樹状細胞およびそれらの調製物に対して特異的な、いくつかの免疫学的アジュバント（例えばＭＦ５９）が、以前記載されている（Ａｌｌｉｓｏｎ  ａｎｄ  Ｋｒｕｍｍｅｌ，１９９５）。サイトカインもまた使用されてもよい。数種のサイトカインは、樹状細胞のリンパ組織（例えばＴＮＦ−）への移動に影響を与えること、Ｔリンパ球（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１、およびＩＬ−４）のための効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速すること（その内容全体が参照により本明細書に具体的に援用される、米国特許第５，８４９，５８９号明細書）、および免疫増強剤（例えば、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２３、ＩＬ−７、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β）として作用することと、直接関連付けられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６）。
【０４１３】
ＣｐＧ免疫賦活性オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン環境において、アジュバント効果を増強することが報告されている。理論により拘束されることなく、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主にＴＬＲ９を通じた、内在的（非適応性）免疫系の活性化によって作用する。ＣｐＧ誘導性ＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生きたまたは死滅ウイルス、樹状細胞ワクチン、自己細胞ワクチン、そして予防的および治療的ワクチンの双方における多糖コンジュゲートをはじめとする、多種多様な抗原に対する、抗原特異的体液性および細胞性応答を増強する。より重要なことには、それは樹状細胞の成熟と分化を増強し、ＣＤ４  Ｔ細胞援助の不在下であってさえも、ＴＨ１細胞の活性化の促進、および強力な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）生成をもたらす。ＴＬＲ９刺激によって誘導されるＴＨ１バイアスは、通常はＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたは不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）などのワクチンアジュバント存在下であってさえも、維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、その他のアジュバントと調合されまたは同時投与された際に、または微粒子、ナノ粒子、脂質エマルションなどの配合物、または類似配合物中で、なおもより高いアジュバント活性を示し、それは、抗原が比較的弱い場合、強力な応答を誘導するのに特に必要である。それらは免疫応答もまた加速し、いくつかの実験では、ＣｐＧなしのワクチン総量と同等の抗体応答で、抗原用量のほぼ２桁分の低減を可能にする（Ｋｒｉｅｇ，２００６）。米国特許第６，４０６，７０５Ｂ１号明細書は、抗原特異的免疫応答を誘導するためのＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバント、および抗原の併用を記載する。ＣｐＧ  ＴＬＲ９拮抗薬は、本発明の医薬組成物の好ましい構成要素である、Ｍｏｌｏｇｅｎ（Ｂｅｒｌｉｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）製のｄＳＬＩＭ（二重ステムループ免疫調節剤）である。ＲＮＡ結合ＴＬＲ７、ＴＬＲ８および／またはＴＬＲ９などのその他のＴＬＲ結合分子もまた、使用されてもよい。
【０４１４】
有用なアジュバントその他の例としては、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）；ポリ（Ｉ：Ｃ）などのｄｓＲＮＡアナログおよびそれらの誘導体（例えばＡｍｐｌｉＧｅｎ（登録商標）、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標）、ポリ（ＩＣＬＣ）、ポリ（ＩＣ−Ｒ）、ポリ（Ｉ：Ｃ１２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ；ならびにシクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ（登録商標）、セレブレックス、ＮＣＸ−４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフェニブ、テモゾロマイド、テムシロリムス、ＸＬ−９９９、ＣＰ−５４７６３２、パゾパニブ、ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、抗ＣＴＬＡ４などの免疫活性小型分子および抗体；免疫系の重要な構造体を標的にするその他の抗体（例えば、抗ＣＤ４０、抗ＴＧＦβ、抗ＴＮＦα受容体）；ＳＣ５８１７５が挙げられるが、これに限定されるものではなく、これらは治療的におよび／またはアジュバントとして作用してもよい。本発明の文脈で有用なアジュバントおよび添加剤の量と濃度は、過度の実験を実施することなく、当業者によって容易に判定され得る。
【０４１５】
好ましいアジュバントは、抗ＣＤ４０、イミキモド、レシキモド、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、インターフェロンα、ＣｐＧオリゴヌクレオチドおよび誘導体、ポリ（Ｉ：Ｃ）および誘導体、ＲＮＡ、シルデナフィル、およびＰＬＧまたはビロソーム微粒子調合物である。
【０４１６】
本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、レシキモド、およびインターフェロンαなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。
【０４１７】
本発明による医薬組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、およびレシキモドなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、シクロホスファミド、イミキモドまたはレシキモドである。なおもより好ましいアジュバントは、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ポリＩＣＬＣ（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））、および抗ＣＤ４０ｍＡＢまたはそれらの組み合わせである。
【０４１８】
この組成物は、皮下、皮内、筋肉内などの非経口投与、または経口投与のために使用される。このためには、ペプチドおよび任意選択的にその他の分子が、薬学的に許容可能な、好ましくは水性担体に溶解され、または懸濁される。さらに組成物は、緩衝液、結合剤、ブラスチング剤、希釈剤、風味、潤滑剤などの賦形剤を含有し得る。ペプチドはまた、サイトカインなどの免疫刺激物質と共に投与され得る。このような組成物中で使用され得る賦形剤の詳細な一覧は、例えば、Ａ．Ｋｉｂｂｅ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（Ｋｉｂｂｅ，２０００）から採用され得る。組成物は、腺腫様またはがん性疾患の阻止、予防法および／または治療法のために使用され得る。例示的調合物は、例えば、欧州特許第２１１２２５３号明細書にある。
【０４１９】
本発明によるワクチンによって引き起こされる免疫応答は、異なる細胞分裂期および異なる発生段階のがんを攻撃することを理解することが重要である。さらに、異なるがん関連シグナル伝達経路が攻撃される。これは、１つまたは少数の標的のみに対処して、攻撃に対する腫瘍の容易な適応（腫瘍エスケープ）を引き起こすこともある、ワクチンに優る利点である。さらに個々の腫瘍の全てが、同一パターンの抗原を発現するとは限らない。したがって、いくつかの腫瘍関連ペプチドの組み合わせによって、ありとあらゆる腫瘍が標的の少なくとも一部を有することが確実になる。組成物は、それぞれの腫瘍が抗原のいくつかを発現することを予期して設計され、腫瘍の増殖と維持に必要ないくつかの独立した経路をカバーする。したがって、ワクチンは、より大きな患者集団のために、容易に「出来合」で使用され得る。これは、ワクチンで治療される患者の予備選択が、ＨＬＡタイピングに限定され得て、抗原発現に関する任意の追加的なバイオマーカーアセスメントを必要としないことを意味するが、いくつかの標的が誘導免疫応答によって同時に攻撃されることはなおも確実であり、これは有効性にとって重要である（Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。
【０４２０】
本明細書の用法では、「スキャフォールド」という用語は、（例えば、抗原性）決定因子に特異的に結合する分子を指す。一実施形態では、スキャフォールドはまた、それが付着する実体（例えば、（第２の）抗原結合部分）を例えば、抗原決定基（例えば本出願書に記載のペプチドとＭＨＣの複合体）を有する特異的腫瘍細胞または腫瘍間質などの型標的部位に誘導できる。別の実施形態では、キャフォールドは、例えば、Ｔ細胞受容体複合体抗原などのその標的抗原を介して、シグナル伝達を活性化できる。スキャフォールドとしては、抗体およびそれらのフラグメント、抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を含んでなる抗体の抗原結合ドメイン、少なくとも１つのアンキリンリピートモチーフと単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子とを含んでなる結合タンパク質、アプタマー、（可溶性）ＴＣＲ、および同種または自己由来Ｔ細胞などの（改変）細胞が挙げられるが、これに限定されるものではない。分子が標的に結合するスキャフォールドであるかどうかを評価するために、結合アッセイが実施され得る。
【０４２１】
「特異的」結合は、特異的標的を保有する細胞を殺滅できる活性分子を装備したスキャフォールドが、特異的標的がないがその他のペプチド−ＭＨＣ複合体を提示する別の細胞を殺滅できない程度に、スキャフォールドがその他の天然ペプチド−ＭＨＣ−複合体よりもさらに良好に、目的ペプチド−ＭＨＣ−複合体に結合することを意味する。交差反応性ペプチド−ＭＨＣのペプチドが天然に存在せず、すなわち、ヒトＨＬＡ−ペプチドームに由来しない場合、その他のペプチド−ＭＨＣ複合体への結合は無関係である。標的細胞死滅を評価する試験は、当該技術分野で周知である。それらは、非改変ペプチド−ＭＨＣ提示を有する標的細胞（初代細胞または細胞株）、または天然に存在するペプチド−ＭＨＣレベルに達するようにペプチドを負荷された細胞を使用して、実施されるべきである。
【０４２２】
各スキャフォールドは標識を含んでなり得て、それは、標識によって提供されるシグナルの存在または不在を判定することで、結合スキャフォールドが検出され得ることを提供する。例えば、スキャフォールドは、蛍光染料または任意のその他の適用可能な細胞マーカー分子で標識され得る。このようなマーカー分子は、当該技術分野で周知である。例えば、蛍光染料によって提供される蛍光標識は、蛍光またはレーザー走査顕微鏡またはフローサイトメトリーによる、結合アプタマーの視覚化を提供し得る。
【０４２３】
各スキャフォールドは、例えば、ＩＬ−２１、抗−ＣＤ３、および抗−ＣＤ２８などの第２の活性分子にコンジュゲートされ得る。
【０４２４】
ポリペプチドスキャフォールドに関するさらなる情報については、例えば国際公開第２０１４／０７１９７８Ａ１号パンフレットの背景セクション、およびその中で引用された参考文献を参照されたい。
【０４２５】
本発明は、アプタマーにさらに関する。アプタマー（例えば、国際公開第２０１４／１９１３５９号パンフレット、およびその中で引用される文献を参照されたい）は、短い一本鎖核酸分子であり、それは、所定の三次元構造に折り畳まれて、特異的標的構造体を認識し得る。それらは、標的療法を開発するための適切な代案のようであった。アプタマーは、高い親和性および特異性で、多様な複合体標的と選択的に結合することが示されている。
【０４２６】
細胞表面に位置する分子を認識するアプタマーは、過去１０年内に同定されており、診断および治療的アプローチを開発する手段を提供する。アプタマーは、毒性および免疫原性がほぼ皆無であることが示されているので、それらは生物医学的用途のための有望な候補である。確かに、例えば、前立腺特異的膜抗原認識アプタマーなどのアプタマーは、標的療法のために成功裏に用いられており、異種移植片生体内モデルにおいて機能できることが示されている。さらに、特異的腫瘍細胞株を認識するアプタマーが同定されている。
【０４２７】
ＤＮＡアプタマーは、様々ながん細胞、特に固形腫瘍に由来するものに対して広域スペクトル認識特性を示す一方で、非腫瘍形成性および主要健常細胞を認識しないように選択され得る。同定されたアプタマーが、特異的腫瘍サブタイプを認識するだけでなく、むしろ一連の腫瘍と相互作用する場合、これは、アプタマーをいわゆる広域スペクトル診断薬および治療薬として応用可能にする。
【０４２８】
さらに、フローサイトメトリーによる細胞結合挙動の研究は、アプタマーが、ナノモル濃度範囲内の非常に良好な見かけの親和性を見せたことを示した。
【０４２９】
アプタマーは、診断および治療目的で有用である。さらに、アプタマーの一部は腫瘍細胞に取り込まれ、したがって腫瘍細胞内へのｓｉＲＮＡなどの抗がん剤の標的化送達のための分子ビヒクルとして、機能し得ることが示され得た。
【０４３０】
アプタマーは、細胞ＳＥＬＥＸ（試験管内進化法）技術を使用して、細胞および組織などの複合体標的に対して、および本発明による配列番号１〜配列番号１６１のいずれかに記載の配列とＭＨＣ分子とを含んでなり、好ましくはそれからなるペプチド複合体などに対して、選択され得る。
【０４３１】
本発明のペプチドを使用して、ＭＨＣ／ペプチド複合体に対する特異的抗体が生成され、開発され得る。これらは、毒素または放射性物質を患部組織に標的化する治療法のために、使用され得る。これらの抗体の別の用途は、ＰＥＴなどのイメージング目的の放射性核種の患部組織への標的化であり得る。この用途は、小規模な転移の検出、または病的組織のサイズと正確な位置確認の判定を助け得る。
【０４３２】
したがってＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、組換え抗体を製造する方法を提供することが、本発明のさらなる態様であり、方法は、前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩを発現する細胞を含んでなる、遺伝子操作された非ヒト哺乳類を前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した可溶性形態のＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子によって免疫化するステップと；ｍＲＮＡ分子を前記非ヒト哺乳類の抗体産生細胞から単離するステップと；前記ｍＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質分子を提示する、ファージディスプレイライブラリーを作製するステップと；少なくとも１つのファージを前記ファージディスプレイライブラリーから単離するステップとを含んでなり、前記少なくとも１つのファージは、前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、前記抗体を提示する。
【０４３３】
ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化したヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する抗体を提供することも、本発明のさらなる態様であり、その中で抗体は、好ましくは、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体および／またはキメラ抗体である。
【０４３４】
このような抗体および一本鎖クラスＩ主要組織適合性複合体を製造するそれぞれの方法、ならびにこれらの抗体を製造するためのその他のツールは、本発明の目的で、その内容全体が参照により全て明示的に援用される、国際公開第０３／０６８２０１号パンフレット、国際公開第２００４／０８４７９８号パンフレット、国際公開第０１／７２７６８号パンフレット、国際公開第０３／０７０７５２号パンフレット、および文献中（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３ａ；Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３ｂ；Ｄｅｎｋｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）で開示される。
【０４３５】
好ましくは、抗体は、２０ナノモル濃度未満、好ましくは１０ナノモル濃度未満の結合親和性で複合体に結合し、それは本発明の文脈で「特異的」とも見なされる。
【０４３６】
本発明は、配列番号１〜配列番号１６１からなる群から選択される配列、または配列番号１〜配列番号１６１と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチド、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体に関し、前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【０４３７】
本発明は、配列番号１〜配列番号１６１からなる群から選択される配列、または、配列番号１〜配列番号１６１と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたは変異体は、８〜１００、好ましくは８〜３０、最も好ましくは８〜１４アミノ酸の全長を有する。
【０４３８】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０４３９】
本発明は、ペプチドが、配列番号１〜配列番号１６１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０４４０】
本発明は、ペプチドが（化学的に）修飾された、および／または非ペプチド結合を含む、本発明によるペプチドにさらに関する。
【０４４１】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、ペプチドは、融合タンパク質の一部であり、特にＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなり、またはペプチドは、例えば樹状細胞特異的抗体などの抗体に（またその中に）融合する。
【０４４２】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関するが、ただしペプチドは完全（完全長）ヒトタンパク質でない。
【０４４３】
本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【０４４４】
本発明は、本発明による核酸を発現できる、発現ベクターにさらに関する。
【０４４５】
本発明は、医療において、特に膵臓がんの治療において使用される、本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【０４４６】
本発明は、本発明による核酸または本発明による発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。
【０４４７】
本発明は、抗原提示細胞、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【０４４８】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【０４４９】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に、抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。
【０４５０】
本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１〜配列番号１６１または前記異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。
【０４５１】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。
【０４５２】
本発明は、本発明によるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【０４５３】
本発明は、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、または本発明による活性化細胞傷害性Ｔリンパ球の、薬剤としての、または薬剤の製造における、使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。
【０４５４】
本発明は、薬剤がワクチンである、本発明による使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。
【０４５５】
本発明は、発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、膵臓がん細胞であり、または肺がん、腎臓がん、脳がん、胃がん、結腸または直腸がん、肝臓がん、前立腺がん、白血病、乳がん、メルケル細胞がん（ＭＣＣ）、メラノーマ、卵巣がん、食道がん、膀胱がん、子宮内膜がん、胆嚢がん、および胆管がんなどのその他の固形または血液学的腫瘍細胞である。
【０４５６】
本発明は、膵臓がんの診断および／または予後診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドベースの特定の標識タンパク質およびバイオマーカーにさらに関する。本発明はまた、がん治療のためのこれらの新規標的の使用に関する。
【０４５７】
「抗体（単数）」または「抗体（複数）」という用語は、本明細書では広義に使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の双方を含む。無処理または「完全」免疫グロブリン分子に加えて、「抗体」という用語には、本発明による所望の特性（例えば、膵臓がんマーカー（ポリ）ペプチドの特異的結合、がんマーカー遺伝子を増大レベルで発現する膵臓がん細胞への毒素の送達、および／または膵臓がんマーカーポリペプチドの活性阻害）のいずれかを示しさえすれば、フラグメント（例えば、ＣＤＲｓ、Ｆｖ、Ｆａｂ、およびＦｃフラグメント）、またはこれらの免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子ヒト化バージョンのポリマーもまた含まれる。
【０４５８】
可能な場合は常に、本発明の抗体は、商業的供給元から購入されてもよい。また本発明の抗体は、周知の方法を使用して生成されてもよい。当業者は、本発明の抗体を生成するために、完全長膵臓がんマーカーポリペプチドまたはそのフラグメントのどちらを使用してもよいことを理解するであろう。本発明の抗体を製造するために使用されるポリペプチドは、天然原料から部分的にまたは完全に精製されてもよく、または組換えＤＮＡ技術を使用して製造されてもよい。
【０４５９】
例えば、配列番号１〜配列番号１６１ポリペプチドに記載のペプチドなどの本発明によるペプチドをコードするｃＤＮＡ；またはその変異体またはフラグメントが、原核細胞（例えば、細菌）または真核細胞（例えば、酵母、昆虫、または哺乳類細胞）で発現され得て、その後、組換えタンパク質が精製されて、本発明による抗体を生成するために使用される、膵臓がんマーカーポリペプチドに特異的に結合する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体製剤を生成するために使用され得る。
【０４６０】
当業者は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体の２つ以上の異なるセットの生成が、その目的の用途（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、生体内イメージング、免疫毒素療法）に必要な特異性および親和性を有する抗体を得る可能性を最大化することを理解するであろう。抗体は、それに対して抗体が使用される目的に従って、既知の方法によりそれらの所望の活性について試験される（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、免疫療法など；抗体の生成および試験のさらなるガイダンスについては、例えば、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ、２０１４（Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ、２０１４））を参照されたい。例えば、抗体は、ＥＬＩＳＡアッセイ、ウエスタンブロット、ホルマリン固定がんまたは冷凍組織切片の免疫組織化学染色で試験されてもよい。それらの最初の生体外特性解析後、治療または生体内診断用途を意図した抗体が、既知の臨床試験法によって試験される。
【０４６１】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書の用法では、実質的に均質な抗体集団から入手される抗体を指し；すなわち、母集団を構成する個々の抗体は、微量で存在してもよい可能な自然発生的変異以外は同一である。本明細書では、「モノクローナル抗体」は、それらが所望の拮抗活性を示しさえすれば、その中で重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来しまたは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する、抗体中の対応する配列と同一または相同的である一方、鎖の残部は、別の種に由来しまたは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同的である、「キメラ」抗体、ならびにこのような抗体のフラグメントを特に含む（その内容全体が本明細書に援用される、米国特許第４，８１６，５６７号明細書）。
【０４６２】
本発明のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法を使用して調製されてもよい。ハイブリドーマ法においては、マウスまたはその他の適切な宿主動物が免疫剤によって典型的に免疫化されて、免疫剤と特異的に結合する抗体を産生するまたは産生できるリンパ球を生じさせる。代案としては、リンパ球は、生体外で免疫化されてもよい。
【０４６３】
モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載されるものなどの組換えＤＮＡ法によって製造されるものであってもよい。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して、容易に単離および配列決定され得る（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合できる、オリゴヌクレオチドプローブの使用によって）。
【０４６４】
インビトロ法もまた、一価の抗体を調製するのに適する。抗体フラグメント、特にＦａｂフラグメントを作製するための抗体の消化は、当該技術分野で既知の通例の技術を使用して達成され得る。例えば、消化は、パパインを使用して実施され得る。パパイン消化の例は、国際公開第９４／２９３４８号パンフレットおよび米国特許第４，３４２，５６６号明細書に記載される。抗体のパパイン消化は、それぞれ単一抗原結合部位を有するＦａｂフラグメントと称される２つの同一の抗原結合フラグメントと、残りのＦｃフラグメントとを典型的に生じる。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントおよびｐＦｃ’フラグメントをもたらす。
【０４６５】
抗体フラグメントは、その他の配列に付着するかどうかに関わりなく、フラグメントの活性が非修飾抗体または抗体フラグメントと比較して顕著に変化せずまたは損なわれないという条件で、特定領域または特定アミノ酸残基の挿入、欠失、置換、またはその他の選択された修飾もまた含み得る。これらの修飾は、ジスルフィド結合できるアミノ酸の除去／付加、そのバイオ寿命増大、その分泌特性改変などのいくつかの追加的な特性を提供し得る。いずれにしても、抗体フラグメントは、結合活性、結合領域における結合調節などの生理活性特性を有しなくてはならない。抗体の機能性または活性領域は、タンパク質の特定領域の変異誘発と、それに続く発現と、発現したポリペプチドの試験によって同定されてもよい。このような方法は、当該技術分野の熟練した実務家には容易に分かり、抗体フラグメントをエンコードする核酸の部位特異的変異誘発を含み得る。
【０４６６】
本発明の抗体は、ヒト化抗体またはヒト抗体をさらに含んでなってもよい。非ヒト（例えばマウス）抗体などのヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント（抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’またはその他の抗原結合部分配列など）である。ヒト化抗体としては、その中でレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性、および能力を有する、マウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト生物種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基によって置換される、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）が挙げられる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体または移入ＣＤＲまたはフレームワーク配列のどちらにも見いだされない、残基を含んでなってもよい。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つおよび典型的に２つの可変領域の実質的に全てを含んでなり、その中では、ＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン共通配列のものである。ヒト化抗体は、至適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にヒト免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部もまた含んでなる。
【０４６７】
非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で周知である。通常、ヒト化抗体は、非ヒト起源から導入された、１つまたは複数のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と称され、それは典型的に「移入」可変領域から得られる。ヒト化は、齧歯類ＣＤＲ（複数）またはＣＤＲ（単数）配列を対応するヒト抗体配列によって置換することで、基本的に実施され得る。したがって、このような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号明細書）であり、その中では、実質的に非損傷ヒト可変領域未満が、非ヒト生物種からの対応する配列によって置換されている。実際には、ヒト化抗体は典型的にヒト抗体であり、その中ではいくつかのＣＤＲ残基と、おそらくはいくつかのＦＲ残基とが、齧歯類抗体中の類似部位からの残基によって置換される。
【０４６８】
免疫化に際して、内因性免疫グロブリン生成不在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生できる遺伝子組換え動物（例えばマウス）を用い得る。例えば、キメラおよび生殖細胞系変異マウスにおける、抗体重鎖連結領域遺伝子のホモ接合型欠失が、内因性抗体生成の完全阻害をもたらすことが記載されている。このような生殖細胞系変異マウスにおけるヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイの転写は、抗原チャレンジに際してヒト抗体の産生をもたらす。ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリー中でも産生され得る。
【０４６９】
本発明の抗体は、好ましくは薬学的に許容できる担体中で、対象に投与される。典型的に、製剤中で適当量の薬理的に許容可能な塩が使用されて、製剤を等張にする。薬理的に許容可能な担体の例としては、生理食塩水、リンゲル液、およびデキストロース溶液が挙げられる。溶液のｐＨは、好ましくは約５〜約８、より好ましくは約７〜約７．５である。さらなる担体としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス徐放性製剤が挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルム、リポソームまたは微粒子などの造形品の形態である。当業者には、例えば、投与される抗体の投与経路と濃度次第で、特定の担体がより好ましくあってもよいことが明らかであろう。
【０４７０】
抗体は、注射（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内）によって、またはその有効形態での血流への送達を確実にする輸液などのその他の方法によって、対象、患者、または細胞に投与され得る。抗体はまた、腫瘍内または腫瘍周囲経路によって投与されて、局所性ならびに全身性の治療効果を発揮してもよい。局所注射または静脈注射が好ましい。
【０４７１】
抗体を投与するための有効投与量およびスケジュールは、経験的に判定されてもよく、このような測定の実施は、当該技術分野の技術範囲内である。当業者は、投与しなくてはならない抗体用量が、例えば、抗体を投与される対象、投与経路、使用される特定の抗体型、および投与されるその他の薬剤次第で変動することを理解するであろう。単独使用される抗体の典型的な１日量は、上述の要素次第で、１日当たり約１（μｇ／ｋｇ〜最大１００ｍｇ／ｋｇ体重またはそれ以上の範囲に及ぶかもしれない。好ましくは膵臓がんを治療するための抗体投与に続いて、治療用抗体の効力が、熟練した実務家に良く知られている様々な方法で評価され得る。例えば、標準腫瘍イメージング技術を使用して、治療を受ける対象におけるがんのサイズ、数、および／または分布がモニターされてもよい。抗体投与不在下で起こるであろう疾患経過と比較して、腫瘍成長を停止させ、腫瘍収縮をもたらし、および／または新規腫瘍の発生を予防する、治療的に投与された抗体は、がん治療のための有効な抗体である。
【０４７２】
特異的ペプチド−ＭＨＣ複合体を認識する可溶性Ｔ細胞受容体（ｓＴＣＲ）を製造する方法を提供することもまた、本発明のさらなる態様である。このような可溶性Ｔ細胞受容体は、特異的Ｔ細胞クローンから生成され得て、それらの親和性は、相補性決定領域を標的とする変異誘発によって増大させ得る。Ｔ細胞受容体の選択目的で、ファージディスプレイを利用し得る（米国特許第２０１０／０１１３３００号明細書、（Ｌｉｄｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２））。ファージディスプレイ中に、そして薬剤として実用する際に、Ｔ細胞受容体を安定化させる目的で、例えば、非天然ジスルフィド結合、その他の共有結合（一本鎖Ｔ細胞受容体）、または二量体化ドメインによって、αおよびβ鎖を連結させ得る（Ｂｏｕｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｃａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｗｉｌｌｃｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。Ｔ細胞受容体は、標的細胞上で特定機能を発揮させるために、毒素、薬剤、サイトカイン（例えば、米国特許第２０１３／０１１５１９１号明細書を参照されたい）、および抗ＣＤ３ドメインのようなエフェクター細胞動員ドメインなどに、連結させ得る。さらにそれは、養子免疫伝達のために使用されるＴ細胞において発現され得る。さらなる情報は、国際公開第２００４／０３３６８５Ａ１号パンフレットおよび国際公開第２００４／０７４３２２Ａ１号パンフレットにある。ＴＣＲの組み合わせは、国際公開第２０１２／０５６４０７Ａ１号パンフレットに記載される。さらなる製造法は、国際公開第２０１３／０５７５８６Ａ１号パンフレットで開示される。
【０４７３】
さらに本発明のペプチドおよび／またはＴＣＲまたは抗体またはその他の結合分子を使用して、病理学者の生検サンプルに基づくがん診断を確認し得る。
【０４７４】
抗体またはＴＣＲはまた、生体内診断アッセイのために使用されてもよい。通常、抗体は、免疫シンチグラフィー（ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｏｇｒａｐｈｙ）を使用して腫瘍が位置確認され得るように、放射性ヌクレオチド（１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、３Ｈ、３２Ｐまたは３５Ｓなど）で標識される。一実施形態では、抗体またはそれらのフラグメントは、上述のタンパク質からなる群から選択されるタンパク質の２つ以上の標的の細胞外ドメインに結合し、親和性（Ｋｄ）は１×１０μＭ未満である。
【０４７５】
診断用の抗体は、様々なイメージング法による検出に適するプローブで標識されてもよい。プローブの検出方法としては、蛍光、光学、共焦点および電子顕微鏡検査；磁気共鳴画像法および分光法；蛍光透視法、コンピュータ断層撮影および陽電子放射型断層撮影法が挙げられるが、これに限定されるものではない。適切なプローブとしては、フルオレセイン、ローダミン、エオジンおよびその他のフルオロフォア、放射性同位体、金、ガドリニウムおよびその他のランタニド、常磁性鉄、フッ素１８およびその他の陽電子放出放射性核種が挙げられるが、これに限定されるものではない。さらに、プローブは二官能価または多官能価であってもよく、列挙される方法の２つ以上によって検出可能であってもよい。これらの抗体は、前記プローブで直接または間接的に標識されてもよい。特に十分に技術分野で承認されている、プローブの抗体への付着としては、プローブの共有結合、プローブの抗体への組み込み、およびプローブ結合のためのキレート化合物の共有結合が挙げられる。免疫組織化学的検査では、疾患組織サンプルは、新鮮または冷凍であってもよく、またはパラフィン包埋されてホルマリンなどの保存料で固定されてもよい。サンプルを含有する固定または包埋切片は、標識一次抗体および二次抗体と接触されて、抗体を使用して原位置タンパク質発現が検出される。
【０４７６】
本発明の別の態様は、活性化Ｔ細胞を製造するインビトロ法を含み、方法は、生体外Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトＭＨＣ分子に、Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり接触させるステップを含んでなり、抗原は本発明によるペプチドである。好ましくは、抗原提示細胞と共に、十分な量の抗原が使用される。
【０４７７】
好ましくは、哺乳類細胞は、ＴＡＰペプチド輸送体のレベルまたは機能が皆無でありまたは低下している。ＴＡＰペプチド輸送体が欠如している適切な細胞としては、Ｔ２、ＲＭＡ−Ｓ、およびショウジョウバエ細胞が挙げられる。ＴＡＰは、抗原処理に関連する輸送体である。
【０４７８】
ヒトペプチド負荷欠損細胞株Ｔ２は、１２３０１  Ｐａｒｋｌａｗｎ  Ｄｒｉｖｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ  ２０８５２，ＵＳＡの米国微生物系統保存機関からカタログ番号ＣＲＬ１９９２の下に入手でき；ショウジョウバエ細胞株Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ株２は、カタログ番号ＣＲＬ１９８６３の下にＡＴＣＣから入手でき；マウスＲＭＡ−Ｓ細胞株は、Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ  ａｎｄ  Ｋａｒｒｅ，１９８５）に記載される。。
【０４７９】
好ましくは、移入前に、宿主細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子を実質的に発現しない。刺激因子細胞が、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＣＡＭ−１、およびＬＦＡ３のいずれかなどのＴ細胞のための共刺激シグナルを提供するのに重要な分子を発現することもまた好ましい。多数のＭＨＣクラスＩ分子および共刺激因子分子の核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋおよびＥＭＢＬデータベースから公的に入手可能である。
【０４８０】
ＭＨＣクラスＩエピトープが抗原として使用される場合、Ｔ細胞はＣＤ８陽性Ｔ細胞である。
【０４８１】
抗原提示細胞が、このようなエピトープを発現するために形質移入される場合、好ましくは、細胞は、配列番号１〜配列番号１６１、またはその変異アミノ酸配列を含有するペプチドを発現する能力がある発現ベクターを含んでなる。
【０４８２】
生体外でＴ細胞を製造するために、その他のいくつかの方法が使用されてもよい。例えば、自己由来腫瘍浸潤性リンパ球が、ＣＴＬを生成するために使用され得る。Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５）は、Ｔ細胞の調製において、自己由来末梢血リンパ球（ＰＬＢ）を利用した。さらに、樹状細胞をペプチドまたはポリペプチドでパルス処理する、または組換えウイルスで感染させることによる、自己由来Ｔ細胞の製造も可能である。Ｂ細胞もまた、自己由来Ｔ細胞の製造において使用され得る。さらに、ペプチドまたはポリペプチドでパルス処理された、または組換えウイルスで感染されたマクロファージが、自己ＣＴＬの調製において使用されてもよい。Ｓ．Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）は、人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）を使用したＴ細胞の生体外プライミングを記載し、それはまた、選択されたペプチドに対するＴ細胞を製造するための適切な方法でもある。本発明では、ビオチン：ストレプトアビジン生化学によって、あらかじめ形成されたＭＨＣ：ペプチド複合体を表面ポリスチレン粒子（ミクロビーズ）に共役することで、ａＡＰＣが生成された。このシステムは、ａＡＰＣ上のＭＨＣ密度の正確な調節を可能にし、それは、血液サンプルから高効率で、高または低結合活性の抗原特異的Ｔ細胞応答を選択的に引き起こすことを可能にする。ＭＨＣ：ペプチド複合体の他に、ａＡＰＣは、それらの表面に共役する、抗ＣＤ２８抗体のような共刺激活性を有するその他のタンパク質を保有すべきである。さらにこのようなａＡＰＣベースのシステムは、例えばサイトカイン様インターロイキン１２などの適切な可溶性因子の付加を要することが多い。
【０４８３】
同種異系細胞はまた、Ｔ細胞の調製において使用されてもよく、方法は、参照により本明細書に援用される、国際公開第９７／２６３２８号パンフレットで詳述される。例えば、ショウジョウバエ細胞およびＴ２細胞に加えて、その他の細胞を使用して、ＣＨＯ細胞、バキュロウイルス感染昆虫細胞、細菌、酵母、およびワクシニア感染標的細胞などの抗原が提示されてもよい。さらに植物ウイルスが使用されてもよい（例えば、外来性ペプチド提示のための高収率システムとしてのササゲモザイクウイルス開発を記載するＰｏｒｔａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｏｒｔａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４を参照されたい）。
【０４８４】
本発明のペプチドに向けられた活性化Ｔ細胞は、治療法において有用である。したがって、本発明のさらなる態様は、前述の本発明の方法によって入手可能な活性化Ｔ細胞を提供する。
【０４８５】
上記方法によって製造される活性化Ｔ細胞は、配列番号１〜配列番号１６１のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。
【０４８６】
好ましくは、Ｔ細胞は、そのＴＣＲを通じた、ＨＬＡ／ペプチド複合体（例えば結合）との相互作用によって、細胞を認識する。Ｔ細胞は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法で有用であり、患者には有効数の活性化Ｔ細胞が投与される。患者に投与されるＴ細胞は、患者に由来して、上述のように活性化されてもよい（すなわち、それらは自己Ｔ細胞である）。代案としては、Ｔ細胞は、患者でなく別の個人に由来する。もちろん、個人が健常人であれば、それが好ましい。「健常人」によって、本発明者らは、個人が概して健康良好であり、好ましくは有能な免疫系を有して、より好ましくは容易に検査され検出され得るいかなる疾患にも罹患していないことを意味する。
【０４８７】
生体内で、本発明によるＣＤ８陽性Ｔ細胞の標的細胞は、（時にＭＨＣクラスＩＩを発現する）腫瘍細胞であり得て、および／または（時にＭＨＣクラスＩＩもまた発現する；（Ｄｅｎｇｊｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００６））腫瘍（腫瘍細胞）周囲の間質細胞であり得る。
【０４８８】
本発明のＴ細胞は、治療用組成物の活性成分として使用されてもよい。したがって、本発明は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法もまた提供し、方法は、上で定義されるようなＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる。
【０４８９】
「異常に発現される」によって、本発明者らは、正常な発現レベルと比較して、ポリペプチドが過剰発現されること、または腫瘍がそれに由来する組織においては遺伝子がサイレントであるが、腫瘍においてはそれが発現されることもまた意味する。「過剰発現」によって、本発明者らは、ポリペプチドが、正常組織に存在するレベルの少なくとも１．２倍のレベルで；好ましくは正常組織に存在するレベルの少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも５倍または１０倍のレベルで存在することを意味する。
【０４９０】
Ｔ細胞は、例えば上で記載されるものなどの当該技術分野で公知の方法によって得られてもよい。
【０４９１】
Ｔ細胞のこのいわゆる養子免疫伝達のためのプロトコルは、当該技術分野で周知である。概説は、Ｇａｔｔｉｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．ａｎｄ  Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）にある。
【０４９２】
本発明の別の態様は、その核酸がクローン化されて、好ましくはＴ細胞である宿主細胞に導入されるＴ細胞受容体を生成するための、ＭＨＣと複合体形成するペプチドの使用を含む。次に、この遺伝子操作Ｔ細胞は、がん治療のために患者に移入され得る。
【０４９３】
本発明の任意の分子、すなわちペプチド、核酸、抗体、発現ベクター、細胞、活性化Ｔ細胞、Ｔ細胞受容体またはそれをエンコードする核酸は、免疫応答を逃れた細胞によって特徴付けられる障害の治療に有用である。したがって本発明の任意の分子は、薬剤として、または薬剤の製造において使用されてもよい。分子は、単独で、または本発明のその他の分子または既知の分子との組み合わせで、使用されてもよい。
【０４９４】
本発明は、
（ａ）溶液中のまたは凍結乾燥形態の上述の医薬組成物を含有する容器；
（ｂ）任意選択的に、凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；および
（ｃ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキットをさらに目的とする。
【０４９５】
キットは、（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）濾過、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなってもよい。容器は、好ましくは、ボトル、バイアル、シリンジまたは試験管であり；それは、多回使用容器であってもよい。医薬組成物は、好ましくは凍結乾燥される。
【０４９６】
本発明のキットは、好ましくは、適切な容器内の本発明の凍結乾燥製剤と、その再構成および／または使用のための取扱説明書とを含んでなる。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル（例えば二重チャンバーバイアル）、シリンジ（二重チャンバーシリンジなど）、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されてもよい。好ましくは、キットおよび／または容器は、容器上の、または容器に付随する、取扱説明を含み、それは再構成および／または使用上の指示を示す。例えば、ラベルは、凍結乾燥製剤が、上述されるようなペプチド濃度に再構成されることを表示してもよい。ラベルは、製剤が皮下投与に有用であり、または皮下投与用であることをさらに表示してもよい。
【０４９７】
製剤を収容する容器は、多回使用バイアルであってもよく、それは再構成製剤の反復投与（例えば２〜６回の投与）を可能にする。キットは、適切な希釈剤（例えば、炭酸水素ナトリウム溶液）を含んでなる、第２の容器をさらに含んでなってもよい。
【０４９８】
希釈剤と凍結乾燥製剤の混合時に、再構成製剤中の最終ペプチド濃度は、好ましくは少なくとも０．１５ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝７５μｇ）であり、好ましくは３ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝１５００μｇ）以下である。キットは、その他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および取扱説明が掲載されるパッケージインサートをはじめとする、商業的および使用者観点から望ましい、その他の物品をさらに含んでもよい。
【０４９９】
本発明のキットは、その他の構成要素（例えば、その他の化合物またはこれらのその他の化合物の医薬組成物）が添加されたまたは添加されない、本発明による医薬組成物製剤を含有する単回容器を有してもよく、または各構成要素のための別個の容器を有してもよい。
【０５００】
好ましくは、本発明のキットは、第２の化合物（アジュバント（例えばＧＭ−ＣＳＦ）、化学療法剤、天然物、ホルモンまたは拮抗薬、抗血管新生因子または阻害剤、アポトーシス誘導剤またはキレート剤など）またはその医薬組成物の同時投与と合わせて使用するためにパッケージされた、本発明の製剤を含む。キットの構成要素は、あらかじめ混合されてもよく、または各構成要素は、患者への投与前に別個の異なる容器内にあってもよい。キットの構成要素は、１つまたは複数の液体溶液、好ましくは水溶液、より好ましくは無菌水溶液中で、提供されてもよい。またキットの構成要素は、固体として提供されてもよく、それは、好ましくは別の異なる容器内に提供される、適切な溶媒の添加によって液体に変換されてもよい。
【０５０１】
治療用キットの容器は、バイアル、試験管、フラスコ、ボトル、シリンジ、または固体または液体を封入するその他のあらゆる手段であってもよい。通常、２つ以上の構成要素がある場合、キットは、第２のバイアルまたはその他の容器を含有して、別々の投薬を可能にする。キットは、薬学的に許容可能な液体のための別の容器もまた、含有してもよい。好ましくは、治療用キットは、装置（例えば、１本または複数本の針、シリンジ、点眼器、ピペットなど）を含有して、本キットの構成要素である本発明の作用物質の投与を可能にする。
【０５０２】
本製剤は、経口（腸内）、経鼻、眼、皮下、皮内、筋肉内、静脈内または経皮などの任意の許容できる手段によるペプチド投与に適するものである。好ましくは、投与はｓ．ｃ．であり、最も好ましくはｉ．ｄ．投与であり、輸液ポンプによってもよい。
【０５０３】
本発明のペプチドは膵臓がんから単離されるので、本発明の薬剤は、好ましくは膵臓がんを治療するために使用される。
【０５０４】
本発明は、予備スクリーニングＴＵＭＡＰの貯蔵庫から選択される少なくとも１つのペプチドを含んでなる、医薬組成物を製造するステップを含んでなる、個々の患者のための個別化医薬品を製造する方法にさらに関し、医薬組成物中で使用される少なくとも１つのペプチドは、個々の患者における適切さについて選択される。一実施形態では、医薬組成物はワクチンである。方法はまた、ＴＣＲ単離などの下流用途、または可溶性抗体、およびその他の治療選択肢のためのＴ細胞クローンを製造するためにも適応され得る。
【０５０５】
「個別化医薬品」は、積極的個別化がんワクチンおよび自己由来患者組織を使用した養子細胞療法をはじめとする、このような個々の患者の治療のためにのみ使用される、一個人の患者のために特に調整された治療法を意味するものとする。
【０５０６】
本明細書の用法では、「貯蔵庫」という用語は、特定の腫瘍型における免疫原性および／または過剰提示について予備スクリーニングされている、一群のまたは一組のペプチドを指すものとする。「貯蔵庫」という用語は、ワクチンに含まれる特定のペプチドが、予備製造されて物理的設備内で貯蔵されることを暗示することは意図されないが、その可能性も検討される。ペプチドは、製造される各個別化ワクチンのために新規に製造されてもよく、または予備製造されて貯蔵されてもよいことが、明示的に検討される。貯蔵庫（例えば、データベースの形態）は、様々なＨＬＡ−ＡＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子を有する膵臓がん患者の腫瘍組織において高度に過剰発現される、腫瘍関連ペプチドから構成される。それは、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩペプチドまたは伸長ＭＨＣクラスＩペプチドを含有してもよい。いくつかの膵臓がんサンプルから採取された腫瘍関連ペプチドに加えて、貯蔵庫は、ＨＬＡ−Ａ＊０２およびＨＬＡ−Ａ＊２４標識ペプチドを含有してもよい。これらのペプチドは、ＴＵＭＡＰによって誘導されるＴ細胞免疫の規模を定量的に比較できるようにし、したがって抗腫瘍応答を引き起こすワクチンの能力について、重要な結論が導かれるようにする。第２に、それらは、患者において、「自己」抗原に由来するＴＵＭＡＰに対するいかなるワクチン誘導Ｔ細胞応答も観察されない症例において、「非自己」抗原に由来する重要な陽性対照ペプチドとして機能する。第３に、それは、患者の免疫能力状態に関する結論が導かれるようにしてもよい。
【０５０７】
貯蔵庫のためのＴＵＭＡＰは、遺伝子発現解析、質量分析、およびＴ細胞免疫学を組み合わせた、統合ゲノム機能解析アプローチ（ＸＰｒｅｓｉｄｅｎｔ（登録商標））を使用して同定される。アプローチは、高い割合の腫瘍上に真に存在するが、正常組織上では発現されず、または最小限にのみ発現されるＴＵＭＡＰだけが、さらなる分析のために選択されることを保証する。最初のペプチド選択のために、膵臓がんサンプルおよび健常ドナーからの血液を段階的アプローチで分析した：
１．悪性物質からのＨＬＡリガンドを質量分析法によって同定した
２．ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を使用して、一連の正常器官および組織と比較して悪性組織（膵臓がん）中の遺伝子過剰発現を同定した
３．同定されたＨＬＡリガンドを遺伝子発現データと比較した。好ましくは、ステップ２で検出されたような選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、腫瘍組織上で過剰提示されまたは選択的に提示されるペプチドが、多重ペプチドワクチンのための適切なＴＵＭＡＰ候補と見なされた。
【０５０８】
４．同定されたペプチドのＴＵＭＡＰとしての妥当性を支持する追加的な証拠を同定するために、文献調査を実施した
５．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性をステップ３からの選択されたＴＵＭＡＰの腫瘍組織上における再検出と、健常組織における検出の欠如（またはまれな）検出によって確認した。
【０５０９】
６．選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーならびに膵臓がん患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイを実施した。
【０５１０】
一態様では、貯蔵庫に含める前に、ペプチドが免疫原性について予備スクリーニングされる。制限を意図しない一例として、貯蔵庫に包含されるペプチドの免疫原性は、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体が負荷された人工抗原提示細胞による、健常ドナーからのＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激を通じた、生体外Ｔ細胞プライミングを含んでなる方法によって判定される。
【０５１１】
この方法は、稀ながんに、そして稀な発現プロファイルを有する患者にとって、好ましい。一定組成を有する多重ペプチド混合物とは対照的に、現在開発されている貯蔵庫は、腫瘍における抗原の実際の発現とワクチンとの顕著により高いマッチングを可能にする。多標的アプローチでは、各患者のために、選択された単一のまたは組み合わされた数種の「既製」ペプチドが利用される。理論上は、例えば５０個の抗原性ペプチドのライブラリーからの５個の異なる抗原性ペプチドの選択に基づくアプローチは、それだけでおよそ１７００万個の可能な医薬品（ＤＰ）組成物をもたらす。
【０５１２】
一態様では、ペプチドは、本明細書に記載される、または以下のような本発明による方法に基づく、個々の患者に対するそれらの適切さに基づいて、ワクチンへの包含のために選択される。
【０５１３】
ＨＬＡ表現型、トランスクリプトミクスおよびペプチドミクスデータが、患者の腫瘍材料および血液サンプルから収集されて、「貯蔵庫」および患者に特有の（すなわち変異）ＴＵＭＡＰを含有する、各患者に対して最も適切なペプチドが同定される。患者の腫瘍において選択的にまたは過剰発現されて、可能であれば、患者の個々のＰＢＭＣと共に試験すると、強力な生体外免疫原性を示すペプチドが選択される。
【０５１４】
好ましくは、ワクチンに含まれるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で同定されたペプチドを上述のペプチド貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドに関連がある貯蔵庫（データベース）から選択するステップとを含んでなる方法によって同定される。例えば、腫瘍サンプルによって提示されるＴＵＭＡＰは、（ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合しているＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される。好ましくは、ＭＨＣリガンドの配列は、腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させて、溶出したリガンドを配列決定することで同定される。好ましくは、腫瘍サンプルおよび正常組織は、同一患者から入手される。
【０５１５】
貯蔵庫（データベース）モデルを使用してペプチドを選択するのに加えて、またはその代案として、ＴＵＭＡＰを患者において新規に同定し、次に、ワクチンに含めてもよい。一実施例として、（ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合しているＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって、候補ＴＵＭＡＰが患者において同定されてもよい。別の実施例として、個々の患者からの正常な対応組織と比較して、腫瘍サンプルに特有の変異を含有するタンパク質が同定されてもよく、特異的に変異を標的とするＴＵＭＡＰが同定され得る。例えば、腫瘍のゲノム、および対応する正常組織のゲノムは、全ゲノム配列決定によって配列決定され得る。遺伝子のタンパク質コード領域における非同義の変異を発見するために、ゲノムＤＮＡおよびＲＮＡが腫瘍組織から抽出され、正常な非変異ゲノム生殖細胞系ＤＮＡが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から抽出される。適用されたＮＧＳアプローチは、タンパク質コード領域の再配列決定（エクソーム再配列決定）に限定される。この目的で、供給業者が提供する標的富化キットを使用して、ヒトサンプルからのエクソンＤＮＡが捕捉され、例えばＨｉＳｅｑ２０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）による配列決定がそれに続く。それに加えて、遺伝子発現の直接定量化と、変異遺伝子が患者の腫瘍において発現されることの妥当性評価とのために、腫瘍ｍＲＮＡが配列決定される。結果として得られる数百万の配列読み取りは、ソフトウェアアルゴリズムを通じて処理される。出力一覧は、変異および遺伝子発現を含有する。ＰＢＭＣ由来生殖細胞系の多様性と比較することで腫瘍特異的体細胞突然変異が判定され、優先順位がつけられる。次に、新規に同定されたペプチドは、貯蔵庫について上述した免疫原性について試験され得て、適切な免疫原性を保持する候補ＴＵＭＡＰが、ワクチンへの包含のために選択される。
【０５１６】
例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を上述の方法（方法）によって同定するステップと；（ｂ）ａ）で同定されたペプチドを対応する正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および過剰提示について予備選別されたペプチドの貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドに関連がある貯蔵庫から選択するステップと；（ｄ）任意選択的に、（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。
【０５１７】
例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。
【０５１８】
ひとたび個別化ペプチドベースのワクチンのためのペプチドを選択したら、ワクチンを製造する。ワクチンは、好ましくは、約３３％ＤＭＳＯなどの２０〜４０％ＤＭＳＯ、好ましくは約３０〜３５％ＤＭＳＯに溶解された、個々のペプチドからなる液体製剤である。
【０５１９】
製品に包含される各ペプチドをＤＭＳＯに溶解する。単一ペプチド溶液の濃度は、製品に包含されるペプチド数に応じて選択しなくてはならない。単一ペプチドＤＭＳＯ溶液を等量で混合し、ペプチド当たり約２．５ｍｇ／ｍｌの濃度で、製品に包含される全てのペプチドを含有する溶液を得る。次に、混合溶液を注射用水で１：３に希釈して、３３％ＤＭＳＯ中でペプチド当たり０．８２６ｍｇ／ｍｌの濃度を得る。希釈溶液を０．２２μｍの無菌フィルターを通して濾過する。最終バルク溶液を得る。
【０５２０】
最終バルク溶液をバイアルに充填して、使用時まで−２０℃で保存する。１本のバイアルは、０．５７８ｍｇの各ペプチドを含有する７００μＬの溶液を含有する。この内、５００μＬ（ペプチド当たりおよそ４００μｇ）を皮内注射のために適用する。
【０５２１】
がんを治療するために有用であるのに加えて、本発明のペプチドは、診断法としてもまた有用である。ペプチドは膵臓がんサンプルから生成されたので、そしてこれらのペプチドは正常組織には存在せずまたはより低レベルで存在すると判定されたので、これらのペプチドを利用してがんの存在を診断し得る。
【０５２２】
特許請求されるペプチドの血液サンプル中の組織生検上の存在は、がん診断において病理学者を補佐し得る。抗体、質量分析法またはその他の当該技術分野で公知の方法の手段による特定のペプチドの検出は、組織サンプルが悪性または炎症性または概して病的であることを病理学者に告げ得て、または膵臓がんのバイオマーカーとして利用され得る。ペプチド基の存在は、病的組織の分類または下位分類を可能にし得る。
【０５２３】
患部組織検体上のペプチドの検出は、特にＴリンパ球が作用機序に関与することが知られておりまたは予測される場合に、免疫系が関与する治療法の利点を判定できるようにする。ＭＨＣ発現の喪失は、それによって感染悪性細胞が免疫監視を逃れる、十分に説明された機序である。したがってペプチドの存在は、この機序が、分析した細胞によって活用されていないことを示す。
【０５２４】
本発明のペプチドは、ペプチドまたはＭＨＣ分子と複合体化したペプチドに対するＴ細胞応答または抗体応答などの、これらのペプチドに対するリンパ球応答を分析するのに使用されるかもしれない。これらのリンパ球応答は、さらなる治療段階を決定するための予後マーカーとして使用され得る。これらの応答はまた、例えば、タンパク質、核酸、自己材料のワクチン接種や、リンパ球の養子免疫伝達などの異なる手段によるリンパ球応答の誘導を目指す、免疫療法アプローチにおける代理応答マーカーとして使用され得る。遺伝子治療の設定では、副作用の評価において、ペプチドに対するリンパ球応答が考慮され得る。リンパ球応答のモニタリングはまた、例えば移植片対宿主病および宿主対移植片病の検出など、移植治療の経過観察検査のための有益な手段かもしれない。
【０５２５】
本発明をここで、その好ましい実施形態を描写する以下の実施例において、添付図面を参照して説明するが、それでもなお、それらには限定されないものとする。本発明の目的で、本明細書で引用される全ての参考文献は、その内容全体が参照により援用される。
【図面の簡単な説明】
【０５２６】
【図１Ａ】正常組織（白色バー）および膵臓がん（黒色バー）における様々なペプチドの過剰提示を示す。図１Ａ）遺伝子記号：ＰＴＧＳ１、ＰＴＧＳ２、ペプチド：ＩＬＩＧＥＴＩＫＩ（配列番号３）、組織左から右：１脂肪組織、３副腎、６動脈、５骨髄、７脳、３乳房、１神経、１３結腸、１卵巣、８食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、２１肝臓、４６肺、３リンパ節、４白血球サンプル、３卵巣、４末梢神経、１腹膜、３脳下垂体、２胎盤、３胸膜、３前立腺、６直筋、７唾液腺、３骨格筋、５皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、４精巣、３胸腺、４甲状腺腺、７気管、３尿管、６膀胱、２子宮、２静脈、７膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、４／９１肺がん，１／２０卵巣がん，１／２４結腸直腸がん，１／１８腎臓がん，および１／４膀胱がん上でさらに検出された（図示せず）。図１Ｂ）遺伝子記号：ＣＯＬ１Ａ２、ペプチド：ＦＶＤＴＲＴＬＬ（配列番号１）、組織左から右：１脂肪組織、３副腎、６動脈、５骨髄、７脳、３乳房、１神経、１３結腸、１卵巣、８食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、２１肝臓、４６肺、３リンパ節、４白血球サンプル、３卵巣、４末梢神経、１腹膜、３脳下垂体、２胎盤、３胸膜、３前立腺、６直筋、７唾液腺、３骨格筋、５皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、４精巣、３胸腺、４甲状腺腺、７気管、３尿管、６膀胱、２子宮、２静脈、７膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、３／９１肺がんおよび１／１７食道がん上でさらに検出された。図１Ｃ）遺伝子記号：ＰＴＰＮ１４、ペプチド：ＡＱＹＫＦＶＹＱＶ（配列番号１２）、組織左から右：１脂肪組織、３副腎、６動脈、５骨髄、７脳、３乳房、１神経、１３結腸、１卵巣、８食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、２１肝臓、４６肺、３リンパ節、４白血球サンプル、３卵巣、４末梢神経、１腹膜、３脳下垂体、２胎盤、３胸膜、３前立腺、６直筋、７唾液腺、３骨格筋、５皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、４精巣、３胸腺、４甲状腺腺、７気管、３尿管、６膀胱、２子宮、２静脈、７膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、１／２０卵巣がん、２／１７食道がん、１／４６胃がん、１／９１肺がん、および１／１８腎臓がん上でさらに検出された。図１Ｄ）遺伝子記号：ＵＢＲ１、ペプチド：ＳＬＭＤＰＮＫＦＬＬＬ（配列番号１１５）、組織左から右：１３膵臓細胞株、２ＰＢＭＣ培養物、１前立腺細胞培養物、３皮膚細胞株、７正常組織（１肝臓、２肺、２脾臓、１胃、１気管）、６２がん組織（８脳がん、２乳がん、２結腸がん、１食道がん、１胆嚢がん、５腎臓がん、３白血病、６肝臓がん、１９肺がん、５卵巣がん、１膵臓がん、３前立腺がん、３直腸がん、１皮膚がん、２膀胱がん）。試験された、正常組織パネル（疾患なし）およびがん細胞株および異種移植片は、図１Ａ）〜Ｃと同じであり、１脂肪組織、３副腎、６動脈、５骨髄、７脳、３乳房、１神経、１３結腸、１卵巣、８食道、２胆嚢、５心臓、１６腎臓、２１肝臓、４６肺、３リンパ節、４白血球サンプル、３卵巣、４末梢神経、１腹膜、３脳下垂体、２胎盤、３胸膜、３前立腺、６直筋、７唾液腺、３骨格筋、５皮膚、２小腸、４脾臓、７胃、４精巣、３胸腺、４甲状腺腺、７気管、３尿管、６膀胱、２子宮、２静脈、７膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプルからなった。ペプチドは、１／６乳がん、５／２４結腸直腸がん、１／２胆嚢／胆管がん、６／１６肝臓がん、１／２メラノーマ、５／２０卵巣がん、１／１７食道がん、３／１２白血病、７／２９脳がん、１６／９１非小細胞細胞肺がん、３／３３前立腺がん、３／１８腎臓がん、３／１４小細胞肺がん、および１／４膀胱がん上でさらに検出された図１Ｄと表４との間の腫瘍型に関する齟齬は、表４に適用されたより厳密な選択基準に起因してもよい（詳細は表４を参照されたい）。図１Ｄは、過剰提示パラメータおよび技術的サンプル品質試験にかかわりなく、ペプチドＹの検出可能な提示があった全てのサンプルを示す。図１Ｅ）遺伝子記号：ＮＵＰ２０５、ペプチド：ＡＬＬＴＧＩＩＳＫＡ（配列番号５）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／３４脳がん、１／１８乳がん、２／２９結腸または直腸がん、１／１８食道がん、１／８頭頸部がん、１／２１肝臓がん、８／１０７肺がん、１／２０リンパ節がん、１／２０卵巣がん、１／１８皮膚がん、２／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｆ）遺伝子記号：ＮＵＰ１６０、ペプチド：ＡＬＷＨＤＡＥＮＱＴＶＶ（配列番号１９）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／１７胆嚢または胆管がん、２／３４脳がん、１／１８乳がん、１／１８食道がん、１／２１肝臓がん、８／１０７肺がん、２／１８皮膚がん、２／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｇ）遺伝子記号：Ｃ１１ｏｒｆ８０、ペプチド：ＩＬＳＴＥＩＦＧＶ（配列番号２２）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、３／１８乳がん、１／１７胆嚢がん、１／８頭頸部がん、５／１７白血病、６／１０７肺がん、４／２０リンパ節がん、１／２０卵巣がん、１／１９膵臓がん、１／１８皮膚がん、１／２１胃がん上でさらに見いだされた。図１Ｈ）遺伝子記号：ＦＡＭ８３Ｄ、ペプチド：ＦＬＮＰＤＥＶＨＡＩ（配列番号３７）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／１７胆嚢または胆管がん、２／３４脳がん、３／１８乳がん、６／２９結腸または直腸がん、２／１８食道がん、２／８頭頸部がん、１／２３腎臓がん、５／２１肝臓がん、２５／１０７肺がん、４／２０リンパ節がん、７／２０卵巣がん、１／８７前立腺がん、２／１８皮膚がん、２／４５胃がん、６／１５膀胱がん、３／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｉ）遺伝子記号：ＤＣＢＬＤ２、ペプチド：ＴＭＶＥＨＮＹＹＶ（配列番号４６）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、１／１８食道がん、１／１７胆嚢がん、１／８頭頸部がん、３／２３腎臓がん、９／１０７肺がん、７／２０卵巣がん、１／１９膵臓がん、１／１８皮膚がん、１／４５胃がん、２／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｊ）遺伝子記号：ＳＨＣＢＰ１、ペプチド：ＲＬＳＥＬＧＩＴＱＡ（配列番号５７）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、１／３４脳がん、１／１８乳がん、２／１８食道がん、２／８頭頸部がん、１／２１肝臓がん、８／１０７肺がん、４／２０リンパ節がん、１／１８骨髄性細胞がん、４／２０卵巣がん、４／１８皮膚がん、２／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｋ）遺伝子記号：ＣＴＨＲＣ１、ペプチド：ＶＬＦＳＧＳＬＲＬ（配列番号６９）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／１８乳がん、１／１８食道がん、１／１７胆嚢がん、９／１０７肺がん、１／２０卵巣がん上でさらに見いだされた。図１Ｌ）遺伝子記号：ＣＤＣ２７、ペプチド：ＫＩＳＴＩＴＰＱＩ（配列番号１２３）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／３４脳がん、２／８頭頸部がん、１／２３腎臓がん、１／１７白血病、２／２１肝臓がん、７／１０７肺がん、２／２０リンパ節がん、１／１８骨髄性細胞がん、１／１８皮膚がん、１／４５胃がん、２／１５膀胱がん、３／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｍ）遺伝子記号：ＵＢＥ２Ｃ、ペプチド：ＡＬＹＤＶＲＴＩＬＬ（配列番号１２８）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／１８乳がん、３／２９結腸または直腸がん、１／１７白血病、８／１０７肺がん、１／２０リンパ節がん、１／２０卵巣がん、１／１５膀胱がん上でさらに見いだされた。図１Ｎ）遺伝子記号：ＭＢＴＰＳ２、ペプチド：ＶＬＩＳＧＶＶＨＥＩ（配列番号）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、７／３４脳がん、１／１８乳がん、２／２９結腸または直腸がん、１／１８食道がん、１／２３腎臓がん、３／２１肝臓がん、５／１０７肺がん、１／２０リンパ節がん、２／２０卵巣がん、１／８７前立腺がん、３／１８皮膚がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｏ）遺伝子記号：ＰＦＤＮ１、ペプチド：ＫＬＡＤＩＱＩＥＱＬ（配列番号８９）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、２／２９結腸または直腸がん、１／１７白血病、４／１０７肺がん、４／２０卵巣がん、４／１６膀胱がん上でさらに見いだされた。図１Ｐ）遺伝子記号：ＰＫＰ３、ペプチド：ＡＬＶＥＥＮＧＩＦＥＬ（配列番号１０１）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、１／１７胆管がん、２／１８乳がん、２／２９結腸または直腸がん、２／１８食道がん、２／８頭頸部がん、１／２１肝臓がん、７／１０７肺がん、６／２０卵巣がん、３／８７前立腺がん、４／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｑ）遺伝子記号：ＧＦＰＴ２、ペプチド：ＬＭＭＳＥＤＲＩＳＬ（配列番号１１３）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、３／１７胆嚢または胆管がん、５／３４脳がん、３／１８乳がん、２／２９結腸または直腸がん、２／１８食道がん、１／８頭頸部がん、１／２１肝臓がん、１８／１０７肺がん、３／２０リンパ節がん、１／１９膵臓がん、１／８７前立腺がん、２／１８皮膚がん、２／１５膀胱がん、１／１６子宮がん上でさらに見いだされた。図１Ｒ）遺伝子記号：ＣＣＴ４、ペプチド：ＡＬＳＤＬＡＬＨＦＬ（配列番号１２７）、組織左から右：６脂肪組織、８副腎、２４血液細胞、１５血管、１０骨髄、１４脳、７乳房、９食道、２眼、３胆嚢、１６心臓、１７腎臓、２３大腸、２３肝臓、４９肺、７リンパ節、１２神経、２卵巣、６副甲状腺腺、１腹膜、６脳下垂体、７胎盤、１胸膜、３前立腺、７唾液腺、１０骨格筋、１１皮膚、８小腸、１２脾臓、７胃、５精巣、３胸腺、３甲状腺腺、１５気管、７尿管、８膀胱、６子宮、１０膵臓、２０膵臓がん細胞株および異種移植片サンプル。ペプチドは、１／３４脳がん、２／１８乳がん、２／８頭頸部がん、３／１７白血病、１／２１肝臓がん、３／１０７肺がん、４／２０リンパ節がん、２／１８骨髄性細胞がん、１／２０卵巣がん、３／１８皮膚がん、４／１５膀胱がん上でさらに見いだされた。図１Ｓ）遺伝子記号：ＮＵＰ２０５、ペプチド：ＡＬＬＴＧＩＩＳＫＡ（配列番号５）、組織左から右：１２がん細胞株，１正常組織（１脾臓），２２がん組織（２脳がん，１乳がん，１結腸がん，１食道がん，１頭頸部がん，１肝臓がん，８肺がん，１リンパ節がん，１卵巣がん，１直腸がん，１皮膚がん，２膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｔ）遺伝子記号：ＮＵＰ１６０、ペプチド：ＡＬＷＨＤＡＥＮＱＴＶＶ（配列番号１９）、組織左から右：１３がん細胞株，１初代培養，１正常組織（１脾臓），２０がん組織（１胆管がん，２脳がん，１乳がん，１食道がん，１胆嚢がん，１肝臓がん，８肺がん，２皮膚がん，２膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｕ）遺伝子記号：Ｃ１１ｏｒｆ８０、ペプチド：ＩＬＳＴＥＩＦＧＶ（配列番号２２）、組織左から右：１がん細胞株、３初代培養、１正常組織（１リンパ節）、２４がん組織（３乳がん、１胆嚢がん、１頭頸部がん、５白血病、６肺がん、４リンパ節がん、１卵巣がん、１膵臓がん、１皮膚がん、１胃がん）試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｖ）遺伝子記号：ＦＡＭ８３Ｄ、ペプチド：ＦＬＮＰＤＥＶＨＡＩ（配列番号３７）、組織左から右：１６がん細胞株，３初代培養，１正常組織（１気管），７３がん組織（１胆管がん，２脳がん，３乳がん，４結腸がん，２食道がん，１胆嚢がん，２頭頸部がん，１腎臓がん，５肝臓がん，２５肺がん，４リンパ節がん，７卵巣がん，１前立腺がん，２直腸がん，２皮膚がん，２胃がん，６膀胱がん，３子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｗ）遺伝子記号：ＤＣＢＬＤ２、ペプチド：ＴＭＶＥＨＮＹＹＶ（配列番号４６）、組織左から右：４がん細胞株，１初代培養，２８がん組織（１食道がん，１胆嚢がん，１頭頸部がん，３腎臓がん，９肺がん，７卵巣がん，１膵臓がん，１皮膚がん，１胃がん，２膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｘ）遺伝子記号：ＳＨＣＢＰ１、ペプチド：ＲＬＳＥＬＧＩＴＱＡ（配列番号５７）、組織左から右：２０がん細胞株，２初代培養，２正常組織（１骨髄，１胎盤），３１がん組織（１脳がん，１乳がん，２食道がん，２頭頸部がん，１肝臓がん，８肺がん，４リンパ節がん，１骨髄性細胞がん，４卵巣がん，４皮膚がん，２膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｙ）遺伝子記号：ＣＴＨＲＣ１、ペプチド：ＶＬＦＳＧＳＬＲＬ（配列番号６９）、組織左から右：５がん細胞株，１４がん組織（２乳がん，１食道がん，１胆嚢がん，９肺がん，１卵巣がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１Ｚ）遺伝子記号：ＣＤＣ２７、ペプチド：ＫＩＳＴＩＴＰＱＩ（配列番号１２３）、組織左から右：１９がん細胞株，２初代培養，３正常組織（１副腎，１肝臓，１胎盤），２５がん組織（２脳がん，２頭頸部がん，１腎臓がん，１白血病，２肝臓がん，７肺がん，２リンパ節がん，１骨髄性細胞がん，１皮膚がん，１胃がん，２膀胱がん，３子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＡ）遺伝子記号：ＵＢＥ２Ｃ、ペプチド：ＡＬＹＤＶＲＴＩＬＬ（配列番号１２８）、組織左から右：１０がん細胞株，１７がん組織（２乳がん，１盲腸がん，２結腸がん，１白血病，８肺がん，１リンパ節がん，１卵巣がん，１膀胱がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＢ）遺伝子記号：ＭＢＴＰＳ２、ペプチド：ＶＬＩＳＧＶＶＨＥＩ（配列番号）、組織左から右：１６がん細胞株，２初代培養，２正常組織（１脾臓，１子宮），２８がん組織（７脳がん，１乳がん，２結腸がん，１食道がん，１腎臓がん，３肝臓がん，５肺がん，１リンパ節がん，２卵巣がん，１前立腺がん，３皮膚がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＣ）遺伝子記号：ＰＦＤＮ１、ペプチド：ＫＬＡＤＩＱＩＥＱＬ（配列番号８９）、組織左から右：１１がん細胞株，２正常組織（２副腎），１５がん組織（２結腸がん，１白血病，４肺がん，４卵巣がん，４膀胱がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＤ）遺伝子記号：ＰＫＰ３、ペプチド：ＡＬＶＥＥＮＧＩＦＥＬ（配列番号１０１）、組織左から右：３がん細胞株，３初代培養，２正常組織（２結腸），３１がん組織（１胆管がん，２乳がん，１盲腸がん，１結腸がん，２食道がん，２頭頸部がん，１肝臓がん，７肺がん，６卵巣がん，３前立腺がん，４膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＥ）遺伝子記号：ＧＦＰＴ２、ペプチド：ＬＭＭＳＥＤＲＩＳＬ（配列番号１１３）、組織左から右：８がん細胞株，１正常組織（１眼），４５がん組織（１胆管がん，５脳がん，３乳がん，１結腸がん，２食道がん，２胆嚢がん，１頭頸部がん，１肝臓がん，１８肺がん，３リンパ節がん，１膵臓がん，１前立腺がん，１直腸がん，２皮膚がん，２膀胱がん，１子宮がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。図１ＡＦ）遺伝子記号：ＣＣＴ４、ペプチド：ＡＬＳＤＬＡＬＨＦＬ（配列番号１２７）、組織左から右：９がん細胞株，２６がん組織（１骨髄がん，１脳がん，２乳がん，２頭頸部がん，３白血病，１肝臓がん，３肺がん，４リンパ節がん，１骨髄性細胞がん，１卵巣がん，３皮膚がん，４膀胱がん）。試験された正常組織パネルは、図１Ｅ）〜Ｒと同じであった。
【図１Ｂ】同上
【図１Ｃ】同上
【図１Ｄ】同上
【図１Ｅ】同上
【図１Ｆ】同上
【図１Ｇ】同上
【図１Ｈ】同上
【図１Ｉ】同上
【図１Ｊ】同上
【図１Ｋ】同上
【図１Ｌ】同上
【図１Ｍ】同上
【図１Ｎ】同上
【図１Ｏ】同上
【図１Ｐ】同上
【図１Ｑ】同上
【図１Ｒ】同上
【図１Ｓ】同上
【図１Ｔ】同上
【図１Ｕ】同上
【図１Ｖ】同上
【図１Ｗ】同上
【図１Ｘ】同上
【図１Ｙ】同上
【図１Ｚ】同上
【図１ＡＡ】同上
【図１ＡＢ】同上
【図１ＡＣ】同上
【図１ＡＤ】同上
【図１ＡＥ】同上
【図１ＡＦ】同上
【図２Ａ】正常組織（白色バー）および９膵臓がんサンプル（黒色バー）のパネルにおいて、膵臓がんで高度に過剰発現されまたは排他的に発現される、本発明の起源遺伝子の例示的発現プロファイルを示す（正常膵臓と比較した相対発現）。組織左から右：副腎、動脈、骨髄、脳（全体）、乳房、結腸、食道、心臓、腎臓（三連）、白血球、肝臓、肺、リンパ節、卵巣、膵臓、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、皮膚、小腸、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、膀胱、子宮子宮頸部、子宮、静脈、９膵臓がんサンプル。図２Ａ）ＳＨＣＢＰ１；図２Ｂ）ＦＮ１；および図２Ｃ）ＰＬＥＣ。
【図２Ｂ】同上
【図２Ｃ】同上」
【図３−１】図３Ａ〜Ｄは、例示的免疫原性データを示す：ペプチド特異的多量体染色後のフローサイトメトリー結果。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、配列番号１２５ペプチド（Ａ、左パネル）、配列番号１４８ペプチド（Ｂ、左パネル）、配列番号１５６ペプチド（Ｃ、左パネル）、配列番号１７８ペプチド（Ｄ、左パネル、上部）、および配列番号１７７ペプチド（Ｄ、左パネル、下部）とそれぞれ複合体形成する、抗ＣＤ２８ｍＡｂおよびＨＬＡ−Ａ＊０２ｉで被覆された人工ＡＰＣを用いて、初回刺激された。３サイクルの刺激後、＊０２／配列番号１２５（Ａ）、Ａ＊０２／配列番号１４８（Ｂ）、またはＡ＊０２／配列番号１５６（Ｃ）を用いた２Ｄ多量体染色によって、ペプチド反応性細胞の検出を実施した。右パネル（Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤ）は、無関係のＡ＊０２／ペプチド複合体で刺激された細胞の対照染色を示す。生存一重細胞は、ＣＤ８＋リンパ球についてゲートされた。ブーリアンゲートは、異なるペプチドに対して特異的な多量体によって検出された、擬陽性事象の排除を助けた。ＣＤ８＋リンパ球の中の特異的多量体＋細胞の頻度が示される。
【図３−２】同上
【実施例】
【０５２７】
実施例１
細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの同定および定量化
組織サンプル
患者の腫瘍組織および細胞株は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｔｕｂｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ    ｏｆ  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，  Ｇｅｒｍａｎｙ、ＮＭＩ  Ｒｅｕｔｌｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ、ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡから入手された。正常組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＵＳＡ  ａｎｄ  Ｒｏｙｓｔｏｎ，Ｈｅｒｔｓ，ＵＫ；Ｂｉｏ−Ｏｐｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．，ＣＡ，ＵＳＡ；ＢｉｏＳｅｒｖｅ，Ｂｅｌｔｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ；Ｃａｐｉｔａｌ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ  Ｉｎｃ．，Ｇｌｅｎｄａｌｅ，ＣＡ，ＵＳＡ；Ｔｉｓｓｕｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  Ｌｔｄ，Ｇｌａｓｇｏｗ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ，ＵＫ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＧｅｎｅｖａ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ；Ｋｙｏｔｏ  Ｐｒｅｆｅｃｔｕｒａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＫＰＵＭ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｍｕｎｉｃｈ；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ  Ｉｎｃ．，Ｃｕｌｖｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｔｕｂｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙから入手された。全てのドナーの告知に基づく同意書が、外科手術または検死解剖前に得られた。組織は切除直後に衝撃凍結され、ＴＵＭＡＰの単離まで−７０℃未満で保存された。
【０５２８】
組織サンプルからのＨＬＡペプチドの単離
わずかに改変されたプロトコルＨＬＡ−Ａ＊０２−特異的抗体ＢＢ７．２、ＨＬＡ−Ａ、−Ｂ、−Ｃ特異的抗体Ｗ６／３２、ＣＮＢｒ活性化セファロース、酸処理、および限外濾過を使用して（Ｆａｌｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１；Ｓｅｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）に従って、冷凍組織サンプルからのＨＬＡペプチド貯留を免疫沈降によって得た。
【０５２９】
質量分析
得られたＨＬＡペプチド貯留は、逆相クロマトグラフィー（ｎａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ  ＵＰＬ  Ｃ  ｓｙｓｔｅｍ、Ｗａｔｅｒｓ）によってそれらの疎水性に従って分離し、ＥＳＩ源を装着したＬＴＱ−ｖｅｌｏｓおよびｆｕｓｉｏｎ  ｈｙｂｒｉｄ質量分光計（ＴｈｅｒｍｏＥｌｅｃｔｒｏｎ）内で溶出ペプチドを分析した。ペプチド貯留は、毎分４００ｎＬの流速を適用して、１．７μｍ  Ｃ１８逆相材料（Ｗａｔｅｒｓ）で充填された分析用融合シリカマイクロキャピラリーカラム（７５μｍ内径×２５０ｍｍ）上に直接挿入した。引き続いて、毎分３００ｎＬの流速で１０％から３３％へのＢの二段階１８０分間二成分勾配を用いて、ペプチドを分離した。勾配は、溶媒Ａ（水中の０．１％ギ酸）および溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）から構成された。ｎａｎｏＥＳＩ源への導入には、金被覆ガラス毛管（ＰｉｃｏＴｉｐ、Ｎｅｗ  Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）を使用した。ＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分光計は、ＴＯＰ５ストラテジーを使用してデータ依存モードで操作した。手短に述べると、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝３００００）内の高質量精度の完全スキャンでスキャンサイクルを開始し、これもまたＯｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝７５００）内の５種の最も豊富な前駆イオンのＭＳ／ＭＳスキャンがそれに続き、以前選択されたイオンは動的に排除された。タンデム質量スペクトルは、ＳＥＱＵＥＳＴおよび追加的な手動調節によって解釈した。同定されたペプチド配列は、生成された天然ペプチド断片化パターンと、配列が同一の合成参照ペプチドの断片化パターンとの比較によって確認した。
【０５３０】
イオン計数によって、すなわちＬＣ−ＭＳ特性の抽出と解析（Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）によって、無標識相対ＬＣ−ＭＳ定量化を実施した。方法は、ペプチドのＬＣ−ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量と相関すると仮定する。抽出された特性は、電荷状態デコンボリューションと滞留時間アライメント（Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｓｔｕｒｍ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）によってさらに処理した。最終的に、全てのＬＣ−ＭＳ特性を配列同定結果と相互参照して、異なるサンプルの定量的データと、組織からペプチドへの提示プロファイルとを組み合わせた。定量的データは、技術的および生物学的反復試験内の変動を考慮した中心傾向に従って、二段法で正規化された。このようにして、それぞれの同定されたペプチドが定量的データに関連付けられ得て、サンプルと組織の間の相対定量化ができるようになる。さらに、ペプチド候補について得られた全ての定量的データを手動で検査し、データ整合性を保証して自動解析の確度を確認した。各ペプチドについて提示プロファイルを計算し、平均サンプル提示ならびに反復試験変動を示した。プロファイルは、膵臓がんサンプルを正常組織サンプルのベースラインに並置する。例示的過剰提示ペプチドの提示プロファイルは、図１に示される。代表的ペプチドの提示スコアは、表８に示される。
【０５３１】
表8:提示スコア表は、正常組織パネルと比較して腫瘍上で非常に高度に過剰提示され(+++)、正常組織パネルと比較して腫瘍上で高度に過剰提示され(++)、正常組織パネルと比較して腫瘍上で過剰提示される(+)、ペプチドを列挙する。
【表８−１】
2022000007.tif 000022
【表８−２】
2022000007.tif 000023
【表８−３】
2022000007.tif 000024
【表８−４】
2022000007.tif 000025
【０５３２】
実施例２
本発明のペプチドをコードする遺伝子発現プロファイリング
正常細胞と比較した腫瘍細胞上のペプチドの過剰提示または特異的提示は、免疫療法におけるその有用性にとって十分であり、いくつかのペプチドは、それらの起源タンパク質が正常組織にもまた存在するにもかかわらず、腫瘍特異的である。それでもなお、ｍＲＮＡ発現プロファイリングは、免疫療法のためのペプチド標的の選択において、安全性のレベルを高めることができる。特に、アフィニティ成熟ＴＣＲなどの安全性リスクが高い治療の選択肢では、理想的な標的ペプチドは、腫瘍に特有で正常組織上には見いだされないタンパク質に由来する。
【０５３３】
ＲＮＡ起源および調製
外科的に除去された組織標本は、告知に基づく同意書が各患者から入手された後に、上述の通り提供された（実施例１を参照されたい）。腫瘍組織標本を手術直後にスナップ凍結し、その後、液体窒素下で乳鉢と乳棒を用いて均質化した。ＴＲＩ試薬（Ａｍｂｉｏｎ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、これらのサンプルから全ＲＮＡを調製し、ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）による精製がそれに続き；どちらの方法も製造業者のプロトコルに従って実施した。
【０５３４】
健常ヒト組織からの全ＲＮＡは、商業的に入手された（Ａｍｂｉｏｎ，Ｈｕｎｔｉｎｇｄｏｎ，ＵＫ；Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ；Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ；ＢｉｏＣｈａｉｎ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）。幾人（２〜１２３人）かの個人からのＲＮＡは、各個人からのＲＮＡが等しく重み付けされるように混合した。
【０５３５】
全てのＲＮＡサンプルの品質および量は、ＲＮＡ  ６０００  Ｐｉｃｏ  ＬａｂＣｈｉｐキット（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｗａｌｄｂｒｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）上で評価した。
【０５３６】
マイクロアレイ実験
全ての腫瘍および正常組織ＲＮＡサンプルの遺伝子発現解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ（ＨＧ）Ｕ１３３ＡまたはＨＧ−Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０オリゴヌクレオチドマイクロアレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）によって実施した。全てのステップは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘマニュアルに従って実施した。簡単に述べると、マニュアルに記載されるようにして、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＲＴＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）およびオリゴｄＴ−Ｔ７プライマー（ＭＷＧ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｅｂｅｒｓｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、５〜８μｇの全ＲＮＡから二本鎖ｃＤＮＡを合成した。生体外転写は、Ｕ１３３ＡアレイのためのＢｉｏＡｒｒａｙ  Ｈｉｇｈ  Ｙｉｅｌｄ  ＲＮＡ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ  Ｋｉｔ（ＥＮＺＯ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，ＮＹ，ＵＳＡ）を用いて、またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０のためのＧｅｎｅＣｈｉｐ  ＩＶＴ  Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ  Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を用いて実施し、ｃＲＮＡ断片化、ハイブリダイゼーション、そしてストレプトアビジン−フィコエリトリンとビオチン化抗ストレプトアビジン抗体（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｌｅｉｄｅｎ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）とを用いた染色がそれに続いた。Ａｇｉｌｅｎｔ  ２５００Ａ  ＧｅｎｅＡｒｒａｙ  Ｓｃａｎｎｅｒ（Ｕ１３３Ａ）またはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｅ−Ｃｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００（Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）で画像をスキャンして、全てのパラメータについてデフォルト設定を使用して、ＧＣＯＳソフトウェア（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によってデータを解析した。正規化のために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって提供される１００個のハウスキーピング遺伝子を使用した。ソフトウェアによって与えられるシグナルｌｏｇ比から、相対的発現値を計算し、正常な腎臓サンプルを自由裁量で１．０に設定した。膵臓がんにおいて高度に過剰発現され、または排他的に発現される本発明の起源遺伝子の代表的発現プロファイルは、図２に示される。さらなる例示的遺伝子の発現スコアは、表９に示される。
【０５３７】
表9:発現スコア
表は、正常組織パネルと比較して腫瘍において非常に高度に過剰発現され(+++)、正常組織パネルと比較して腫瘍において高度に過剰発現され(++)、正常組織パネルと比較して腫瘍において過剰発現される(+)、遺伝子に由来するペプチドを列挙する。         
【表９−１】
2022000007.tif 000026
【表９−２】
2022000007.tif 000027
【０５３８】
実施例３
ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの生体外免疫原性
本発明のＴＵＭＡＰの免疫原性に関する情報を得るために、本発明者らは、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）によるＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激に基づく、生体外Ｔ細胞プライミングアッセイを用いて研究を実施した。このようにして、本発明者らは、これまでに本発明の２２個のＨＬＡ−Ａ＊０２０１拘束性ＴＵＭＡＰの免疫原性を示し得て、これらのペプチドが、それに対するＣＤ８＋前駆Ｔ細胞がヒトに存在する、Ｔ細胞エピトープであることを実証した（表１０）。
【０５３９】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の生体外プライミング
ペプチドＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）および抗ＣＤ２８抗体を負荷した、人工抗原提示細胞による生体外刺激を実施するために、本発明者らは、最初に、告知に基づく同意後に、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｃｌｉｎｉｃｓ  Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙから得られた健常ドナーのＣＤ８ミクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ，Ｂｅｒｇｉｓｃｈ−Ｇｌａｄｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用した正の選択を通じて、新鮮ＨＬＡ−Ａ＊０２白血球除去生成物からＣＤ８＋Ｔ細胞を単離した。
【０５４０】
ＰＢＭＣおよび単離ＣＤ８＋リンパ球またはＰＢＭＣは、１０％熱不活性化ヒトＡＢ血清（ＰＡＮ−Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ａｉｄｅｎｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１００Ｕ／ｍｌペニシリン／１００μｇ／ｍｌストレプトマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ，Ｃｏｌｏｇｎｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（ＣＣ  Ｐｒｏ，Ｏｂｅｒｄｏｒｌａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、２０μｇ／ｍｌゲンタマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ）を添加した、ＲＰＭＩ−Ｇｌｕｔａｍａｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）からなるＴ細胞培地（ＴＣＭ）中で、使用時まで培養した。２．５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−７（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）および１０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａ，Ｎｕｒｎｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）もまた、この段階でＴＣＭに添加した。
【０５４１】
ｐＭＨＣ／抗ＣＤ２８被覆ビーズの生成、Ｔ細胞刺激、および読み取りは、高度に定義された生体外システム内で、刺激条件当たり４種の異なるｐＭＨＣ分子と、読み取り条件当たり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用して実施した。
【０５４２】
製造会社（Ｐｅｒｂｉｏ，Ｂｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）が推奨する通りにスルホ−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドビオチンを使用して、精製共刺激マウスＩｇＧ２ａ抗ヒトＣＤ２８  Ａｂ９．３（Ｊｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７）を化学的にビオチン化した。使用されたビーズは、直径５．６μｍのストレプトアビジン被覆ポリスチレン粒子（Ｂａｎｇｓ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ，ＵＳＡ）であった。
【０５４３】
陽性および陰性対照刺激のために使用されたｐＭＨＣは、それぞれ、Ａ＊０２０１／ＭＬＡ−００１（修飾Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１に由来するペプチドＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ（配列番号１７９））およびＡ＊０２０１／ＤＤＸ５−００１（ＤＤＸ５に由来するＹＬＬＰＡＩＶＨＩ、配列番号１８０）であった。
【０５４４】
４×１２．５ｎｇの異なるビオチンｐＭＨＣの存在下で、８００，０００個のビーズ／２００μｌを９６ウェルプレート内で被覆し、洗浄して、引き続いて２００μｌの容量中で６００ｎｇのビオチン抗ＣＤ２８を添加した。５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）を添加した２００μｌのＴＣＭ中で、１×１０６のＣＤ８＋Ｔ細胞を２×１０５個の洗浄被覆ビーズと、３７℃で３日間にわたり同時インキュベートすることで、９６ウェルプレート内で刺激を開始した。次に８０Ｕ／ｍｌのＩＬ−２を添加した新鮮ＴＣＭで培地の半分を交換し、３７℃で４日間にわたり培養を継続した。この刺激サイクルを合計３回実施した。条件当たり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用したｐＭＨＣ多量体読み取りでは、５種の異なる蛍光色素への共役を包含するわずかな修正を加えて、以前記載されたような（Ａｎｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）二次元コンビナトリアルコーディングアプローチを使用した。最後に、Ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ近赤外染料（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、ＣＤ８−ＦＩＴＣ抗体クローンＳＫ１（ＢＤ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、および蛍光性ｐＭＨＣ多量体による細胞の染色によって多量体解析を実施した。解析では、適切なレーザーおよびフィルターを装着したＢＤ  ＬＳＲＩＩ  ＳＯＲＰ血球計数器を使用した。ペプチド特異的細胞を全ＣＤ８＋細胞の百分率として計算した。ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ，Ｏｒｅｇｏｎ，ＵＳＡ）を使用して、多量体解析の評価を実施した。特異的多量体＋ＣＤ８＋リンパ球の生体外初回刺激は、陰性対照刺激と比較することで検出された。１人の健常ドナーの少なくとも１つの評価可能生体外刺激ウェルが、生体外刺激後に、特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞株を含有することが判明したら、所与の抗原の免疫原性が検出された（すなわちこのウェルは、ＣＤ８＋Ｔ細胞内に少なくとも１％の特異的多量体＋を含有し、特異的多量体＋細胞の百分率は、陰性対照刺激の中央値の少なくとも１０倍であった）。
【０５４５】
膵臓がんペプチドの生体外免疫原性
ＨＬＡクラスＩペプチドを試験するために、ペプチド特異的Ｔ細胞株の生成によって生体外免疫原性が実証され得た。本発明の２種のペプチドの、ＴＵＭＡＰ特異的多量体染色後の例示的フローサイトメトリー結果は、対応する陰性対照と共に図３に示される。本発明からの４種のペプチドの結果は、表１０に要約される。
【０５４６】
表10:本発明のHLAクラスIペプチドの生体外免疫原性
出願人によって実施された、本発明のHLA-A*02拘束性ペプチドについての生体外免疫原性実験の代表的結果である。生体外免疫原性実験の結果が示される。陽性ウェルおよびドナーの百分率(評価可能内の)は、示されるように要約される<20% = +; 20% - 49%= ++; 50% - 69%= +++; >= 70%= ++++         
【表１０】
2022000007.tif 000028
【０５４７】
実施例４
ペプチドの合成
Ｆｍｏｃストラテジーを使用した標準的な十分に確立された固相ペプチド合成を使用して、全てのペプチドを合成した。個々のペプチドのアイデンティティーおよび純度は、質量分析および分析用ＲＰ−ＨＰＬＣによって判定された。ペプチドは、純度＞５０％の白色から灰白色の凍結乾燥物（トリフルオロ酢酸塩）として得られた。全てのＴＵＭＡＰは、好ましくはトリフルオロ酢酸塩または酢酸塩として投与され、その他の塩形態もまた可能である。
【０５４８】
実施例５
ＭＨＣ結合アッセイ
本発明によるＴ細胞ベースの治療法のための候補ペプチドを、それらのＭＨＣ結合能力（親和性）についてさらに試験した。個々のペプチド−ＭＨＣ複合体は、ＵＶリガンド交換によって生成され、ＵＶ感受性ペプチドはＵＶ照射に際して切断されて、分析される目的ペプチドで交換された。ペプチド受容性ＭＨＣ分子と効果的に結合して安定化し得るペプチド候補のみが、ＭＨＣ複合体の分離を防止する。交換反応の収率を判定するために、安定化ＭＨＣ複合体の軽鎖（β２ｍ）の検出に基づくＥＬＩＳＡを実施した。アッセイは、Ｒｏｄｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．（Ｒｏｄｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）に一般的に記載されるようにして実施した。
【０５４９】
９６ウェルＭＡＸＩＳｏｒｐプレート（ＮＵＮＣ）をＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌストレプトアビジンにより室温で一晩被覆して４回洗浄し、ブロック緩衝液を含有する２％ＢＳＡ中で３７℃で１時間ブロックした。再折りたたみされたＨＬＡ−Ａ＊０２０１０２：０１／ＭＬＡ−００１単量体が、１５〜５００ｎｇ／ｍｌの範囲をカバーする標準物質の役割を果たした。ＵＶ交換反応のペプチド−ＭＨＣ単量体をブロック緩衝液で１００倍に希釈した。サンプルを３７℃で１時間インキュベートし、４回洗浄して、２μｇ／ｍｌのＨＲＰ結合抗β２ｍと共に３７℃で１時間インキュベートし、再度洗浄して、ＮＨ２ＳＯ４で停止させたＴＭＢ溶液で検出した。吸収は、４５０ｎｍで測定された。抗体またはそれらのフラグメント、および／またはＴ細胞受容体またはそれらのフラグメントの生成および製造のためには、高い交換収率（好ましくは５０％より高い、最も好ましくは７５％より高い）を示す候補ペプチドが、ＭＨＣ分子に対する十分な結合活性を示してＭＨＣ複合体の分離を防止することから、一般に好ましい。
【０５５０】
ＭＨＣクラスＩ結合スコア。ＨＬＡクラスＩ拘束性ペプチドとＨＬＡ−Ａ＊０２：０１との結合は、ペプチド交換収率によって変動した：＞１０％＝＋；＞２０％＝＋＋；＞５０＝＋＋＋；＞７５％＝＋＋＋＋
【表１１−１】
2022000007.tif 000029
【表１１−２】
2022000007.tif 000030
【表１１−３】
2022000007.tif 000031
【表１１−４】
2022000007.tif 000032
【０５５１】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
2022000007.tif 000035
【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【図１Ｇ】
2022000007.tif 000039
【図１Ｈ】
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【図１Ｉ】
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【図１Ｊ】
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【図１Ｋ】
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【図１Ｌ】
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【図１Ｍ】
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【図１Ｎ】
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【図１Ｏ】
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【図１Ｐ】
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【図１Ｑ】
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【図１Ｒ】
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【図１Ｓ】
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【図１Ｔ】
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【図１Ｕ】
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【図１Ｖ】
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【図１Ｗ】
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【図１Ｘ】
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【図１Ｙ】
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【図１Ｚ】
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【図１ＡＡ】
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【図１ＡＢ】
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【図１ＡＣ】
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【図１ＡＤ】
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【図１ＡＥ】
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【図１ＡＦ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【配列表】
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