(57)【要約】【課題】遺伝子や化合物・薬物、疾患の各データを作用、効力、症状等で分類することにより、研究ターゲット検索を効率化するとともに、ノイズデータ、文献引用回数の多いデータグループ、どの分類にも属さないデータを早い段階で除去できる研究遺伝子産物データ分類システムを提供する。【解決手段】遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶しているデータベースから、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する。この第１のランキングデータからさらに第２のランキングデータを作成し、第１のランキング情報毎に第２のランキング情報を並べる。第２のランキングデータを用いて第１のランキングデータ間の類似度を測り、類似度により第１のランキングデータをグループ分けする。【選択図】        図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成することを特徴とする研究遺伝子産物データ分類システム。
【請求項２】
遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成し、第２のランキング情報の所定の順位以上の情報について第２のランキング情報間で比較し、情報の一致件数によって類似度の尺度を測ることを特徴とする研究遺伝子産物データ分類システム。
【請求項３】
遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成し、前記第１のランキング情報間の距離を第２のランキング情報のスコアを用いて算出することによって、情報間の類似度の尺度を測ることを特徴とする研究遺伝子産物データ分類システム。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、コンピューターを用い、遺伝子と化合物と疾患の関連を検討することによって遺伝子とその産物の研究を行うために有用な候補となりうる遺伝子と化合物を効率的に検出するシステムに関する。
【０００２】
【従来の技術】
遺伝子とその産物の研究を進めていく上では、最も重要だと思われる遺伝子とその産物を見つけることが有効である。そのために、重要だと思われる遺伝子候補を選択しなければならない。重要と思われる遺伝子とは特定の疾患に対して創薬のターゲットとなる遺伝子である。そのため遺伝子と疾患との関連を考えながら候補となる低分子化合物候補を特定し、最終的にスクリーニング試験を行っていく。この中で、疾患と遺伝子の関連を特定する作業と、選択された遺伝子群に対して化合物候補を作製する作業をするとき、遺伝子と化合物を直接結びつけるデータベースは無いために、遺伝子配列から特定していく作業と文献などを参考にこれらの遺伝子と化合物候補を作成する。実際には公開された論文と公共遺伝子データベースと産物のデータベースを参照にしながら、経験を頼りにその重要性を見つけていた。
【０００３】
また、従来において、文献や遺伝子データベースなどを用いて遺伝子に関する情報や化合物等に関する情報を一次元的に検索することはできたが、それらの関連、つまり特定遺伝子に関与している化合物と関与の程度を見つけるには、勘と経験を頼りにしか見つけることができなかった。
【０００４】
例えば、他人の研究成果を参照しながら遺伝子とその産物に関する情報を研究する場合、産物や遺伝子データベース、文献データベースを手動で遺伝子名、化合物名、検索し該当する遺伝子データベースの検索をおこない、文献の要約を印刷し、それを見ながら経験的に該当しそうな化合物を見つけては実験を繰り返し行っていた。
【０００５】
これでは、客観的に検討することができず、また大量の文献をすべて読むことは不可能で、判断をあやまることも多く、無駄な実験を行ってしまうために研究費に無駄が生じていた。さらに、遺伝子データベースや文献データベースには更新頻度が高く手作業では実現不可能であった。
そして、特定の疾患に関してどのような遺伝子と化合物がよく研究対象になっているのかを知るためには、これら３要素の関連の強さをならべて見なければならないが、客観的にランク付けを行って見ることはできなかった。
【０００６】
そのために、いまから研究課題になりそうな遺伝子や化合物、重要な化合物と遺伝子やすでに研究ステージが終了しているもの、さらに、研究しても無駄である遺伝子と化合物を見つけることは不可能であった。
加えて、近年の遺伝子に関する研究データが急増しているために検索で出てくるデータ量は非常に多く、その中から経験的にこれらの関連を知るには経験と多くの時間が必要であった。
【０００７】
そこで、これらの問題を解決するために、日々更新される遺伝子や文献などのデータベースより、遺伝子に関連する疾患や化合物の関連性をコンピューターで見つけ、今後どの遺伝子や化合物を特定の疾患に関して検討していけばよいか、研究しても無駄な遺伝子や化合物は何かという指針を支援するための情報を随時研究者に提供するため、化合物・薬物と遺伝子あるいは、遺伝子と疾患などの組み合わせにおいて、特定の組み合わせで論じられた文献数を利用し、文献数を得点化したデータにより、特定データに関連の強いデータのスコア（文献数）によって順位付けを行うなど、相互のデータの関連の強さの尺度を測る方法がとられるようになってきている。
【０００８】
【特許文献１】
特願２００１−２３５３４５号
【０００９】
【発明が解決しようとする課題】
しかしながら、上記改善方法を取ったとしても、特定データに関わるデータの抽出は可能であるが、抽出したデータの傾向に着目していないために、抽出したデータ間に関連性を見出すことはできない。
したがって、単純に順位付けされたデータから研究ターゲットを決定するには、順位付けされた後、その１つ１つのデータの特性を調査し、どのような実験過程もしくは研究分野で用いるデータなのかを知る調査を行う必要があり、ターゲットの決定までに時間を費やす可能性がある。
【００１０】
本発明は上記課題を解決するために創案されたものであり、遺伝子や化合物・薬物、疾患の各データを作用、効力、症状等で分類することにより、研究ターゲット検索を効率化するとともに、ノイズデータ、文献引用回数の多いデータグループ、どの分類にも属さないデータを早い段階で除去できる研究遺伝子産物データ分類システムを提供することを目的とする。
【００１１】
【発明を解決するための手段】
上記目的を達成するために、本発明の研究遺伝子産物データ分類システムでは、遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成することを特徴とする。
【００１２】
また、本発明は、遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成し、第２のランキング情報の所定の順位以上の情報について第２のランキング情報間で比較し、情報の一致件数によって類似度の尺度を測ることを特徴とする。
【００１３】
さらに、本発明では、遺伝子情報、化合物／薬品情報、疾患情報とこれらの各情報に関する文献情報とを対応づけて記憶する手段と、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかをキーワードにして関連の強い順に他の情報にスコアをつけて順位付けを作成する手段とを備えたシステムにおいて、キーワードに関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行って並べられた第１のランキング情報と、前記第１のランキング情報の各情報に関する文献情報と共有する文献数が多い情報から順位付けを行い前記第１のランキング情報毎に並べられた第２のランキング情報とを作成し、前記第１のランキング情報間の距離を第２のランキング情報のスコアを用いて算出することによって、情報間の類似度の尺度を測ることを特徴とする。
【００１４】
上記の各手段を備えるシステムにより、遺伝子や化合物・薬物、疾患の各データを作用、効力、症状等で分類することが可能となり、研究ターゲット検索を効率化するとともに、ノイズデータ、文献引用回数の多いデータグループ、どの分類にも属さないデータを早い段階で除去できる。
【００１５】
【発明の実施の形態】
本発明の一実施例の概要を図１に示す。以下図１に従って本発明の概要を述べることとし、細部の構成については図２以下を用いて説明することとする。
まず、前提として本発明における検出システムで用いるデータベースは、例えば、以下のような方法で構築される。
【００１６】
（１）基礎となるデータベースの構築
（ａ）遺伝子データベースの構成
遺伝子データベースは、ヒトを含む遺伝子を有する全ての生物を対象とした遺伝子情報を格納する。格納時には、各遺伝子に対して遺伝子ＩＤを割り当てる。遺伝子ＩＤの他に格納するデータ項目は遺伝子名と遺伝子のシンボル、シンボルのエイリアス（同義語）およびＭｅｓｈなどを利用した同義語を必須項目とし、ＬＯＣＡＴＩＯＮの項目を含む場合もある。
（ｂ）化合物・薬品データベースの構成
化合物・薬品データベースは、化合物や薬品情報を格納する。格納時には、各化合物・薬品に対して化合物・薬品ＩＤを割り当てる。化合物・薬品ＩＤの他に格納するデータ項目は化合物名または薬品名、分子量（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｗｅｉｇｈｔ）、ＣＡＳナンバー、Ｍｅｓｈなど利用した同義語を必須項目とする。
（ｃ）疾患データベースの構成
疾患データベースは、疾患情報を格納する。格納時には、各疾患に対して化疾患ＩＤを割り当てる。疾患ＩＤの他に格納するデータ項目は疾患名とＭｅｓｈなどを利用した同義語を必須項目とする。
（ｄ）文献（論文）データベースの構成
文献から抽出した文献（論文）情報データベースは、文献情報をデータ項目別に格納したデータベース。格納するデータ項目は、各文献に割り当てられた文献（論文）ＩＤ、論文名、著者名、論文雑誌名、出版日、要約、ケミカルリスト、ＣＡＳナンバー、Ｍｅｓｈを必須項目とする。
【００１７】
（２）遺伝子／化合物・薬品／疾患と文献とを対応付けするデータベースの構築
（ａ）遺伝子／文献対応付けデータベースＤＢ１の構成
上記遺伝子データベースに含まれる遺伝子に関連するキーワードが上記文献情報データベースの論文情報に含まれるかを判別し、遺伝子と論文の関係が決定すれば、遺伝子データベースと文献情報データベースを対応づけたデータを格納する。遺伝子ＩＤ、論文ＩＤ、要約文中の遺伝子名出現回数、論文タイトル名に遺伝子名の有無、Ｍｅｓｈなどの同義語と遺伝子名が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
（ｂ）化合物・薬品／文献対応付けデータベースＤＢ２の構成
上記化合物・薬品データベースに含まれる化合物又は薬品に関連するキーワードが上記文献情報データベースの論文情報に含まれるかを判別し、化合物・薬品と論文の関係が決定すれば、化合物・薬品データベースと文献情報データベースを対応づけたデータを格納する。
化合物ＩＤ、論文ＩＤ、要約文中の化合物出現回数、論文タイトル名に化合物名の有無、ケミカルリストと化合物が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
（ｃ）疾患／文献対応付けデータベースＤＢ３の構成
上記疾患データベースに含まれる疾患に関連するキーワードが上記文献情報データベースの論文情報に含まれるかを判別し疾患と論文の関係が決定すれば、疾患データベースと文献情報データベースを対応づけたデータを格納する。
疾患ＩＤ、論文ＩＤ、要約文中の疾患名出現回数、論文タイトル名に疾患名の有無、Ｍｅｓｈなどの同義語と疾患名が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
【００１８】
なお、上記データベースには、未完成の論文データがある場合があるので、未完成データの場合には未完成であるという情報を入れておき、次回の更新時に文献（論文）データを更新できるようにしておく。論文のデータが削除されているなど情報を取得できなかった論文ＩＤを削除する。情報を取得できなかった論文ＩＤを、上記ＤＢ１、ＤＢ２、ＤＢ３の各々のデータベースから削除する。
一方、上記ＤＢ１、ＤＢ２、ＤＢ３の各々のデータベースに論文の出版日データを論文の情報から取得して更新する。これを利用して画面出力時、文献（論文）の出版件数のチャートを表示する。
さて、遺伝子／文献対応付けデータベースＤＢ１、化合物・薬品／文献対応付けデータベースＤＢ２、疾患／文献対応付けデータベースＤＢ３の各データベースファイルは、概略、図２（Ａ）、図２（Ｂ）、図２（Ｃ）のように構成されている。
【００１９】
ＤＢ１では、遺伝子名に対して割り当てられた遺伝子ＩＤに対してその遺伝子名またはシンボル、エイリアス、同義語が文献（論文）内に記載されている場合には、その文献に割り当てられているＩＤが遺伝子ＩＤに対して列挙された状態で格納される。図２（Ａ）では、遺伝子ＩＤのＧ１に関する情報が記載されている文献には、Ｔ１４、Ｔ２５、Ｔ２７、Ｔ９０、その他の文献が存在することを示している。また、Ｇ２に関する情報が記載されている文献には、Ｔ２、Ｔ８、Ｔ２５、Ｔ３０等があり、Ｔ２５の文献には、Ｇ１及びＧ２の両方の情報が記載されていることがわかる。付加情報の欄には、文献の要約文中の遺伝子名出現回数、論文タイトル名に遺伝子名の有無、Ｍｅｓｈなどの同義語と遺伝子名が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
【００２０】
同様に図２（Ｂ）では、例えば、化合物・薬品ＩＤのＣ１に関する情報が記載されている文献には、Ｔ１、Ｔ４、Ｔ１４、Ｔ１００、その他の文献が存在することを示している。この図２（Ｂ）と図２（Ａ）とを比較すると、Ｔ１４の文献にはＧ１とＣ１の情報がＴ９０の文献には、Ｇ１とＣ２の情報が記載されていることがわかる。付加情報の欄には、文献の要約文中の化合物・薬品出現回数、論文タイトル名に化合物名・薬品名の有無、ケミカルリストと化合物・薬品が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
【００２１】
また、図２（Ｃ）では、例えば、疾患ＩＤのＤ１に関する情報が記載されている文献には、Ｔ３５、Ｔ４６、Ｔ５８、Ｔ７７等が存在することを示している。図２（Ｃ）と図２（Ａ）と図２（Ｂ）とを比較すると、Ｔ１４の文献には、Ｇ１とＣ１とＤ２の情報が記載されていることがわかる。付加情報の欄には、文献の要約文中の疾患名出現回数、論文タイトル名に疾患名の有無、Ｍｅｓｈなどの同義語と疾患名が一致したかの有無、論文の出版日等のデータが格納される。
次に類似度を測る最初のステップとして、順位付け（ランキング）について述べる。
ここでのランキングの方法は、共有する論文ＩＤの多い順に順位付けを行うものである。例えば、図２を用いて説明すると、遺伝子ＩＤのＧ１をキーワードにして、疾患のランキングを行う場合には、Ｇ１についての文献情報と疾患ＩＤのＤ１、Ｄ２、・・・、Ｄｎ（データベースの最後のデータ）までの各データについての文献情報を逐次比較し、共通する文献の件数を累計して累計の件数の多い疾患から順に並べるようにする。
【００２２】
Ｇ１とＤ１との文献情報を比較すると、図２で表示されている部分からは、共通文献がないが、Ｇ１とＤ２との文献情報を比較すると、図２で表示されている部分からは、Ｔ１４とＴ９０の２件が共通文献情報として得られる。このようにしてデータベースに格納されているデータを次々と参照していき、共通論文件数の多い疾患ＩＤを順にならべ、これを記憶する。
特定の遺伝子をキーワードにして、疾患のランキングを行う場合を説明したが、特定の遺伝子をキーワードにして、化合物・薬品についてランキングを行う場合、特定の化合物・薬品をキーワードにして遺伝子あるいは疾患についてランキングを行う場合、特定の疾患をキーワードにして遺伝子あるいは化合物・薬品についてランキングを行う場合等についても同様の処理が行われる。
次に、データ分類システムを図１にしたがって説明すると、Ｓ１で遺伝子、化合物・薬品、疾患のいずれかのカテゴリからキーワードとなるデータを選び、ランキングを行いたいカテゴリを選択する。
【００２３】
遺伝子／文献対応付データベースＤＢ１、化合物・薬品／文献対応付データベースＤＢ２、疾患／文献対応付データベースＤＢ３の各データを用いて、特定のキーワードについて上述した方法によりＳ２でランキングを実行すると、選択されたカテゴリについて第１のランキングデータｂｎ（ｎ＝１，２，３，・・・・ｎ）が得られる（Ｓ３）。
Ｓ４では、さらにランキングデータｂｎの中から特定のデータｂｉをキーワードとして選び、ランキングを行いたいカテゴリを選ぶ。遺伝子／文献対応付データベースＤＢ１、化合物・薬品／文献対応付データベースＤＢ２、疾患／文献対応付データベースＤＢ３の各データを用い、この選択されたキーワードデータｂｉについて上述した方法でランキングを実行し、選択されたカテゴリについて第２のランキングデータｃｉｍ（ｍ＝１，２，３，・・・ｍ）を得る（Ｓ６）。そして、Ｓ７でｂ１からｂｎまでの各データに対するランキングデータが得られるまで、上記のランキング処理を実行し、それが終了すると、Ｓ８でｂｎの各データ間の類似度を計算して、類似度によりｂｎデータを分類する。分類されたデータ毎に登録し、ｐ個のグループ（カテゴリ）を作成する。以上で、データ分類処理は終了する。
【００２４】
図３は、上述した第１のランキングデータｂｎ（ｎ＝１，２，３，・・・・ｎ）の各データについて作成された第２のランキングデータｃｎｍ（ｎ＝１，２，３，・・・・ｎ、ｍ＝１，２，３，・・・ｍ）をランキング順位の高いものから並べたものである。ここで、ｂｎの各データ間の類似度を測る手法は、次のとおりである。
例えば、順位が上位１００のデータｃｎｍ（ｍ≦１００）に絞って考える。この上位何番目までのデータを選ぶかという閾値は適宜定められる。
ｂｎの各データ（これらのデータのまとまりをｂ群とする）についてのランキングデータｃｎｍ（ｍ≦１００）を比較し、データ一致数の多いｂ群のデータ同士程類似度が高い。例えばｂ１とｂ２の類似度を測る場合には、ｂ１に関するランキングデータ  ｃ１１からｃ１ｍ（ｍ≦１００）までのデータと、ｂ２に関するランキングデータｃ２１からｃ２ｍ（ｍ≦１００）までのデータを比較し、同じデータがいくつあるかを算出する。例えばｃ１１とｃ２３が同じデータで、ｃ１４とｃ２１とが同じデータであれば、この時点で２件がカウントされる。同様にして、その他に同じデータがないかチェックをしてゆく。そして最終的に一致データが何件あったかが、算出される。同様にして、ｂ１とｂ３との類似度を計算し、ｂｎまで同じ作業を繰り返す。次にｂ２とｂ３からｂｎまでとを各々比較して、類似度を算出する。ｂｎ−１とｂｎとの間の類似度が算出された時点、すなわち、ｂ群に属するデータのすべての組み合わせについて類似度が算出されたときに、処理は終了する。
【００２５】
次に、第２の類似度を測る方法を述べる。
ｂ１からｂｎまでのｂ群のデータは、ｍ次元の座標を有しているものと考えれば、ｂ１は、座標（ｃ１１・・・ｃ１ｍ）を有することになり、ｂｎは、座標（ｃｎ１・・・ｃｎｍ）を有することになる。したがって、ｂ群の各点（各データ）の間の距離としては、以下の式により計算される。
ｂｉとｂｊとの距離＝Σ（ｃｉｍ−ｃｊｍ）２＝（ｃｉ１−ｃｊ１）２＋（ｃｉ２−ｃｊ２）２・・・・＋（ｃｉｍ−ｃｊｍ）２
または、
（Σ（ｃｉｍ−ｃｊｍ）２）１／２＝（（ｃｉ１−ｃｊ１）２＋・・＋（ｃｉｍ−ｃｊｍ）２）１／２のいずれかを用いる。
このように、各データ間の距離を計算し、距離が近い（短い）程、類似度が高くなる。しかし、ｃｎｍは、遺伝子、化合物／薬品、疾患のいずれかのＩＤ番号を示すものなので、このままでは距離を計算する上での座標とはならないので、実際には、このｃｎｍにはランキングデータのスコアを割り当てる。
【００２６】
スコアとは、図４で示されているＦｒｅｑ、または、［％］が該当する。図４の例は、キーワードにＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬという化合物（ｃｈｅｍｉｃａｌ）を選び、ｓｅｌｅｃｔ  ｎｅｘｔ  ｄｉｓｐｌａｙの項目でｇｅｎｅ（遺伝子）を選んだ場合のランキング結果を表示したものである。ここで、Ｃｏｕｎｔはｇｅｎｅ  ｎａｍｅの欄に表示された遺伝子が記載されている文献数を示し、Ｆｒｅｑは当該遺伝子が記載されているとともに、ＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬという化合物も記載されている文献数を示す。［％］は以下の式であらわされた数値を意味する。
［％］＝１００×（Ｆｒｅｑ）／（Ｃｏｕｎｔ）
第１のランキングデータと第２のランキングデータとの関係で言えば、Ｆｒｅｑは、ｂｉ（ｉ＝１，２，・・ｎ）という情報が記載されいるとともに、ｃｉｍ（ｍ＝１，２，３，・・ｍ）という情報も記載されている文献数を示す。Ｃｏｕｎｔは、ｃｉｍという情報が記載された文献数を示す。［％］の意味は上記の式と同じである。
以上のように、第１の方法又は第２の方法により、類似度が算出されると、類似度が近いもの同士を１つのグループとして、いくつかのグループに分類する。
【００２７】
類似度によってグループに分類された例を図４から図８を用いて説明する。
ユーザーが使用する場合は、図４のようなキーワード入力画面において、遺伝子（シンボル名も可）、化合物・薬品（ＣＡＳナンバーも可）、疾患のいずれかの名前またはその一部を入力し、キーワードのカテゴリ、遺伝子（ｇｅｎｅ）、化合物・薬品（ｃｈｅｍｉｃａｌ）、疾患（ｄｉｓｅａｓｅ）のいずれかを選択する。また、ｓｅｌｅｃｔ  ｎｅｘｔｄｉｓｐｌａｙの項目で、ｇｅｎｅ、  ｃｈｅｍｉｃａｌ、  ｄｉｓｅａｓｅ、のいずれのカテゴリのランキングリストを表示するかの選択を行う。
【００２８】
以上の選択を行った後、ＧＯボタンをクリックすると、上記で入力されたキーワードのカテゴリのデータベース（ＤＢ１、ＤＢ２、ＤＢ３のいずれか）とランキングリストを表示したいカテゴリのデータベースとを用いて上述したように、共通文献の件数を検出してその件数の多いものから順に表示する。
図４の例は、キーワードにＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬという化合物（ｃｈｅｍｉｃａｌ）を選び、ｓｅｌｅｃｔ  ｎｅｘｔ  ｄｉｓｐｌａｙの項目でｇｅｎｅ（遺伝子）を選んだ場合のランキング結果を表示したものである。表示されている遺伝子は、本発明の第１のランキングデータに相当する。表示は、第１位から１５位までであるが、実際にはデータベースＤＢ１に格納されている遺伝子のすべてについてランキングされている。遺伝子名の横に数字が並んでいるが、上述したように、Ｃｏｕｎｔは当該遺伝子が記載されている文献数を示し、Ｆｒｅｑは当該遺伝子が記載されているとともに、ＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬという化合物も記載されている文献数を示す。
［％］は以下の式であらわされた数値を意味する。
［％］＝１００×（Ｆｒｅｑ）／（Ｃｏｕｎｔ）
さらに、Ｔｉｍｅ  ｃｈａｒｔの項目は、ＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬという化合物の情報と当該遺伝子の情報が両方記載された文献の出版件数の時間的な推移を示したものである。文献の出版日を取得し、出版年で出版件数の合計をとりグラフに表示している。
【００２９】
図４で順位付けされた遺伝子のうち、２番目の［ＤＲＤ１］：ｄｏｐａｍｉｎｅ  ｒｅｃｅｐｔｅｒ  Ｄ１をキーワードにし、キーワードカテゴリとしてｇｅｎｅを選び、ｓｅｌｅｃｔ  ｎｅｘｔ  ｄｉｓｐｌａｙの項目でｄｉｓｅａｓｅ（疾患）を選択し、ランキングの結果例を表示したのが図５である。疾患のランキングが、本発明の第２のランキングデータに相当する。ここでも、数字の意味は上記と同様で、Ｃｏｕｎｔは当該疾患が記載されている文献数を示し、Ｆｒｅｑは当該疾患が記載されているとともに、ＤＲＤ１という遺伝子も記載されている文献数を示す。［％］は上記同様以下のようになる。
［％］＝１００×（Ｆｒｅｑ）／（Ｃｏｕｎｔ）
このようにして、図４で順位付けされている遺伝子のすべてについて疾患の順位付けを行う。そして、前述した方法で、類似度を算出して、類似度の近さによってグループ（カテゴリ）分けを行う。
【００３０】
グループに分類した結果の例を示すのが、図６である。順位付けを表す数字に○印、×印、□印、△印が付されており、同じ印を付されたものが、同じグループに属する遺伝子となる。図６の例では、順位付けを表す数字に○印等を付して分類しているが、実際には、同じグループに属する遺伝子の欄や文字に、同一の色や模様を割り当てて分類することができる。
これを２次元平面にプロットして、視覚化したのが図７である。
図８は図７のプロットデータについて、分類上、同じカテゴリに入る範囲の大きさを示したものである。所定グループに分類されたデータがどのような特性をもつかは、例えば、図８の分布状態が遺伝子の例であるならば、横軸中央値付近にインターフェロン遺伝子（抗ウイルス作用を示す因子）が分布し、縦軸下方は偽遺伝子であるものが多いといったようなことがわかる。
特定薬品のＨＡＬＯＰＥＲＩＤＯＬから影響を受ける遺伝子データ群を発症疾患別に分類したような形になっている。
また、分類されたデータが、薬品ならば、横軸の右へ行くほど毒性が強い、縦軸上方向程降圧効果が高いといったようなことがわかる。また、分類されたデータが、疾患ならば、横軸の右へ行く程ガンとの併発頻度が高い疾患で、縦軸上方向ほど女性に発症しやすい傾向があるといったようなことがわかる。
他にもいろいろな作用、効力、症状等により分類される。
【００３１】
【発明の効果】
本発明の研究遺伝子産物データ分類システムによれば、特定データを適応・機能別に分類することができ、遺伝子や化合物・薬物、疾患の各データを作用、効力、症状等で分類することが可能となる。また、研究ターゲット検索を効率化するとともに、ノイズデータ、文献引用回数の多いデータグループ、どの分類にも属さないデータを早い段階で除去できる。
【図面の簡単な説明】
【図１】本発明のデータ分類処理の過程を示すフロー図である。
【図２】本発明のデータベースのファイル構成図である。
【図３】本発明の第１のランキングデータと第２のランキングデータの関係を示す図である。
【図４】本発明の第１のランキングデータの例を示す図である。
【図５】本発明の第２のランキングデータの例を示す図である。
【図６】本発明の第１のランキングデータをグループ分けした例を示す図である。
【図７】本発明においてグループ分けされたデータを視覚化するために２次元平面にプロットした図である。
【図８】本発明において２次元平面にプロットしたデータのグループ範囲を示す図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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