(57)【要約】【課題】乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーおよびこれを用いて乳がん発症のリスクを予測する方法を提供する。【解決手段】ヒト染色体１９ｑに由来する乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーである。とくに、この遺伝子マーカーはヒト染色体１９ｑのフラグメントであるＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子に由来する。たとえばこの遺伝子マーカーは、ＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子上の多形マーカーｒｓ１５６６４１からなる。【選択図】　　　図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト染色体１９ｑに由来する乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカー。
【請求項２】
ＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子に由来する請求項１記載の遺伝子マーカー。
【請求項３】
ＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子上の多形マーカーｒｓ１５６６４１からなる請求項１もしくは２記載の遺伝子マーカー。
ｒｓ１５６６４１：
５’
ｔａｃａｔｔｃｔｃａ　ｇａｇａｃａｔｔａｇ　ｔｔｔｃｔｇｔｃｔｃ　ｃｔｃｔｔｇｇｔｇｇ　ｇｇａａｔａａａａｇ　ａａａａｇｃａｔｃｔ
ａ／ｇ
ｔｇｔｇｃａｃｃｔ　ｇｃｃｔｃｔｔｔｇｔ　ｔａｇｔｇｃａｔｃｔ　ｔｇａｇａｇｃｔｇｃ　ａｇａａｇｇａａａａ　ｇｇｇａａｔｔｔａｔ　ｃ　３’（配列番号１）
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか記載の乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーの多形を利用して、対象者の塩基配列から乳がん発症のリスクを予測することを特徴とする乳がん発症リスクの予測方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーおよびこれを用いて乳がん発症のリスクを予測する方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】
従来、乳がん発症のリスクの大きさは遺伝的要素、食習慣等の種々の要因によると考えられており、その遺伝的要素に関しては、乳がん発症と連鎖しうると考えられる、いくつかの原因遺伝子についてなお研究が行なわれている。そして、それぞれの原因遺伝子に対応して遺伝子マーカーの検討も行なわれており、乳がん易罹患性に関わる色々な種類の遺伝子マーカーを揃えることがその予測精度を上げるために望まれている。
【０００３】
【発明が解決しようとする課題】
本発明は、乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーおよびこれを用いて乳がん発症のリスクを予測する方法を提供する。
【０００４】
【課題を解決するための手段】
本発明の要旨は、ヒト染色体１９ｑに由来する乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーにある。
【０００５】
【発明の実施の形態】
以下、本発明を詳細に説明する。
【０００６】
本発明に係る遺伝子マーカーは、ヒト染色体１９ｑに由来する乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーである。とくに、この遺伝子マーカーはヒト染色体１９ｑのフラグメントであるＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子に由来する。たとえばこの遺伝子マーカーは、ＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子上の多形マーカーｒｓ１５６６４１からなり、配列番号１に記載される塩基配列を有する。
５’
ｔａｃａｔｔｃｔｃａ　ｇａｇａｃａｔｔａｇ　ｔｔｔｃｔｇｔｃｔｃ　ｃｔｃｔｔｇｇｔｇｇ　ｇｇａａｔａａａａｇ　ａａａａｇｃａｔｃｔ
ａ／ｇ
ｔｇｔｇｃａｃｃｔ　ｇｃｃｔｃｔｔｔｇｔ　ｔａｇｔｇｃａｔｃｔ　ｔｇａｇａｇｃｔｇｃ　ａｇａａｇｇａａａａ　ｇｇｇａａｔｔｔａｔ　ｃ　３’（配列番号１）
このｒｓ１５６６４１は、図１に示されるように６４８９９ｂｐのＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子上に存在する。
【０００７】
さらに、本発明に係る遺伝子マーカーはたとえばＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子の５’もしくは３’側に隣接する約１００ｋｂｐの配列に見出しうる。
【０００８】
本発明においては、このような乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーの多形を利用して、対象者の塩基配列から乳がん発症のリスクを予測しうる。たとえば、対象者のＤＮＡを鋳型として、配列番号１に記載される塩基配列中のｇｔｔｔｃｔｇｔｃｔｃｃｔｃｔｔｇｇｔｇ（配列番号２）（１９から３９番目）で示されるプライマーおよびｃａｔｃｔｔｇａｇａｇｃｔｇｃａｇａａｇ（配列番号３）（８６から１０５番目）で示されるプライマー（相補鎖）を用いて、ＰＣＲ法により増幅し、ｔｇｔｇｃａｃｃｔｇｃｃｔｃｔｔｔ（６２から７８番目）（配列番号４）で示されるタイピングプライマーを用いて対象者が６１番目（ａ／ｇ）にａの配列を持つか、ｇの配列を持つかを検出する。ここで対象者がどの配列を持つかにより乳がん発症のリスクを予測しうる。すなわち、ｇの配列を持つ人はａの配列を持つ人より１．５倍そのリスクが大きいと判断されうる。
【０００９】
上記の方法で使用されたリンカーは上述のものに限定されず、標的となる一本鎖ＤＮＡに特異的に結合し、ポリメラーゼが相補的ＤＮＡ鎖を開始できるようにする通常１５〜２５塩基長の短いヌクレオチドであれば特に制限されない。
【００１０】
【実施例】
以下、実施例により本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されない。
実施例１　乳癌易罹患性に関わる遺伝子マーカー（ｒｓ１５６６４１）の使用
１）　最終濃度１．５ｍｇ／ｍｌ　ＥＤＴＡを加え、凍結溶解したヒト血液からＤＮＡを抽出した。白血球を遠心処理により濃縮し、０．２％ＮａＣｌで洗浄を繰り返した。白血球を最終濃度０．４ｍｇ／ｍｌプロテナーゼＫ／トリス緩衝液（ｐＨ８．０）に懸濁し、９０℃，　１０分インキュベート、撹拌５分処理を５サイクル繰り返してタンパク質を分解後、酢酸カリウム、イソプロパノールを加える事によってＤＮＡを析出させた。遠心によってＤＮＡを回収し、１０　ｍＭトリス緩衝液（ｐＨ８．０）／１ｍＭ　ＥＤＴＡに溶解した。ＤＮＡ濃度を１０μｇ／ｍｌに合わせて保存し、使用時に１０　ｍＭトリス緩衝液（ｐＨ８．０）／０．１ｍＭ　ＥＤＴＡを用いて２．５μｇ／ｍｌに希釈した。
２）　ＤＮＡの増幅は５μｌ中、２．５ｎｇ　ＤＮＡ，　プライマ−１、２、ＨｏｔＳｔａｒＴａｑ　（Ｑｉａｇｅｎ　ＧｍｂＨ，　Ｇｅｒｍａｎｙ）を含む標準的な溶液中で行った。反応は９５℃、１５分の熱処理後、９５℃２０秒、５６℃３０秒、７２℃６０秒のサイクルを４５回繰り返し、最終的に７２℃５分処理して終了した。
プライマ−１：５’−ｇｔｔｔｃｔｇｔｃｔｃｃｔｃｔｔｇｇｔｇ−３’　（配列番号２）
プライマ−２：５’−ｃｔｔｃｔｇｃａｇｃｔｃｔｃａａｇａｔｇ−３’　（配列番号５）
３）　ＤＮＡの増幅産物にタイピング用プライマー　（５’−ａａａｇａｇｇｃａｇｇｔｇｃａｃａ　−３’）
（配列番号６）、ｄｄＡＴＰ，　ｄｄＣＴＰ、ｔｈｅｒｍｏｓｅｑｕｅｎａｓｅ　（ＡｍｅｒｓｈａｍＰｈａｒｎｍａｃｉａ　Ｂｉｏｔｅｃｈ，　Ｂｕｃｋｉｎｇｈａｍｓｈｉｒｅ，　ＵＫ）を含む溶液を加え、９０℃２分の熱処理後９４℃５秒、４０℃５秒、７２℃２秒のサイクルを４０回繰り返した。タイピングプライマーの次にシトシンが取り込まれたかグアニンが取り込まれたか（配列は表示の相補鎖になっている）を質量分析計により測定することによって多形部位の配列を検出した。
４）対象者９２人（乳がん患者５４人、健常人３８人）について、上述の多形部位の配列を検出した。その結果は、次のとおりであった。
【００１１】
乳がん患者５４人（１０８染色体）：ａ４４染色体、ｇ６４染色体
健常人３８人（７６染色体）　　　：ａ５０染色体、ｇ２６染色体
すなわち、ｇの配列を持つ人はａの配列を持つ人より１．５倍、乳がん発症のリスクが大きいことが示される。
【００１２】
【発明の効果】
本発明は、乳がん易罹患性に関わる遺伝子マーカーを提供する。これを用いて乳がん発症のリスクを予測し得、従来公知の遺伝子マーカーと併用することによりその予測精度を一層上げうる。
【００１３】
【配列表】
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【図面の簡単な説明】
【図１】多形マーカーｒｓ１５６６４１のＬＩＧ１（ＤＮＡリガーゼ１）遺伝子上の位置を示す。
【図１】
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