(57)【要約】【課題】バクテロイデス・フラジリス以外の生物（例、他の近縁なバクテロイデス属細菌、ヒト等の宿主）由来の情報の非特異的な取得を回避することにより、バクテロイデス・フラジリスを特異的に検出すること。【解決手段】３−オキソ−５−α−ステロイド  ４−デヒドロゲナーゼ１（ＫＯ番号：Ｋ１２３４３）等の１以上の遺伝子を検出し得る、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）に対して特異的な１以上のプライマーまたはプローブ；当該プライマーまたはプローブを用いて、バクテロイデス・フラジリスを検出することを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出方法；ならびに当該プライマーまたはプローブを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出試薬。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記１）〜４９）からなる群より選ばれる１以上の遺伝子を検出し得る、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）に対して特異的な１以上のプライマーまたはプローブ：
１）３−オキソ−５−α−ステロイド  ４−デヒドロゲナーゼ１（ＫＯ番号：Ｋ１２３４３）；
２）ＣＲＰ／ＦＮＲファミリー転写レギュレーター，多糖利用系転写レギュレーター（ＫＯ番号：Ｋ２１５５６）；
３）コンドロイチンＡＣリアーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１９０４９）；
４）ジペプチジル−ペプチダーゼＩＩＩ（ＫＯ番号：Ｋ０１２７７）；
５）α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２０５）；
６）（Ｒ）−シトラマレートシンターゼ（ＫＯ番号：Ｋ０９０１１）；
７）α−アミラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０７４０５）；
８）４−Ｏ−β−Ｄ−マンノシル−Ｄ−グルコースホスホリラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１６２１２）；
９）Ｎ−アセチルグルコサミン  ２−エピメラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１７８７）；
１０）グルカン  １，４−α−グルコシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７４）；
１１）β−１，４−マンノオリゴ糖／β−１，４−マンノシル−Ｎ−アセチルグルコサミンホスホリラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１８７８５）；
１２）スターチ結合外膜タンパク質ＳｕｓＥ／Ｆ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７１）；
１３）マンナン  エンド−１，４−β−マンノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１９３５５）；
１４）２，３−ビスホスホグリセレート−非依存性ホスホグリセレートムターゼ（ＫＯ番号：Ｋ１５６３５）；
１５）Ｎ−スクシニル−Ｌ−オルニチントランスカルバミラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１３０４３）；
１６）ＴｏｎＢ−依存性スターチ結合外膜タンパク質ＳｕｓＣ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７３）；
１７）ＵＤＰ−３−Ｏ−［３−ヒドロキシミリストイル］  Ｎ−アセチルグルコサミンデアセチラーゼ／３−ヒドロキシアシル−［アシル−キャリア−タンパク質］  デヒドラターゼ（ＫＯ番号：Ｋ１６３６３）；
１８）シトクロームｃ  ニトリトレダクターゼ  小サブユニット（ＫＯ番号：Ｋ１５８７６）；
１９）ヒスチジンデカルボキシラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１５９０）；
２０）特徴付けられていないタンパク質（ＫＯ番号：Ｋ０７０７９）；
２１）ジホスフェート−依存性ホスホフルクトキナーゼ（ＫＯ番号：Ｋ００８９５）；
２２）ジアミノピメレートデヒドロゲナーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０３３４０）；
２３）特徴付けられていないタンパク質（ＫＯ番号：Ｋ０１１６３）；
２４）シアレート  Ｏ−アセチルエステラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０５９７０）；
２５）アスパルテート  ４−デカルボキシラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０９７５８）；
２６）ヒアルロノグルコサミニダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１１９７）；
２７）トリコーンプロテアーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０８６７６）；
２８）アラビナン  エンド−１，５−α−Ｌ−アラビノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０６１１３）；
２９）２−オキソグルタレート  フェレドキシンオキシドレダクターゼ  サブユニットδ（ＫＯ番号：Ｋ００１７６）；
３０）２−オキソグルタレート  フェレドキシンオキシドレダクターゼ  サブユニットγ（ＫＯ番号：Ｋ００１７７）；
３１）二成分系，ＮｔｒＣファミリー，応答レギュレーター（ＫＯ番号：Ｋ０２４８１）；
３２）α−Ｌ−フコシダーゼ２（ＫＯ番号：Ｋ１５９２３）；
３３）マンナン  エンド−１，４−β−マンノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２１８）；
３４）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＥ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２１）；
３５）シアリダーゼ−１（ＫＯ番号：Ｋ０１１８６）；
３６）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＤ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２０）；
３７）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＩ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２３）；
３８）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＡ（ＫＯ番号：Ｋ０２１１７）；
３９）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＫ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２４）；
４０）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＢ（ＫＯ番号：Ｋ０２１１８）；
４１）トリプトファンシンターゼβ鎖（ＫＯ番号：Ｋ０６００１）；
４２）ピルベートカルボキシラーゼ  サブユニットＢ（ＫＯ番号：Ｋ０１９６０）；
４３）コリスメートムターゼ（ＫＯ番号：Ｋ０４５１６）；
４４）ホスフェート選択的ポリンＯｐｒＯおよびＯｐｒＰ（ＫＯ番号：Ｋ０７２２１）；
４５）ホスフェート  ブチリルトランスフェラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ００６３４）；
４６）ＬＬ−ジアミノピメレート  アミノトランスフェラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１０２０６）；
４７）２−オキソイソバレレートデヒドロゲナーゼ  Ｅ１成分（ＫＯ番号：Ｋ１１３８１）；
４８）ジペプチジル−ペプチダーゼ４（ＫＯ番号：Ｋ０１２７８）；および
４９）α−Ｌ−フコシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２０６）。
【請求項２】
プライマーまたはプローブが、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列またはその相補塩基配列を含む、請求項１記載のプライマーまたはプローブ。
【請求項３】
前記部分塩基配列が、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基として、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列に特異的な部分領域中のヌクレオチド残基を含む、請求項２記載のプライマーまたはプローブ。
【請求項４】
プライマーまたはプローブが、２以上のプライマーである、請求項１〜３のいずれか一項記載のプライマーまたはプローブ。
【請求項５】
被験体から得られたバクテロイデス・フラジリス含有サンプルにおいて、請求項１〜４のいずれか一項記載のプライマーまたはプローブを用いて、バクテロイデス・フラジリスを検出することを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出方法。
【請求項６】
バクテロイデス・フラジリスの検出が、２以上のプライマーを用いる遺伝子増幅法により行われる、請求項５記載の方法。
【請求項７】
遺伝子増幅法がＰＣＲである、請求項６記載の方法。
【請求項８】
検出が定量的に行われる、請求項５〜７のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
請求項１〜４のいずれか一項記載のプライマーまたはプローブを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出試薬。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）に対して特異的な１以上のプライマーまたはプローブなどに関する。
【背景技術】
【０００２】
特定の細菌種の組成やその割合を比較する場合、１６Ｓ  ｒＲＮＡを対象とするシーケンス解析およびショットガンメタゲノム解析などの網羅的解析のデータが通常用いられている。しかし、網羅的解析は、膨大なコストや複雑な情報解析工程を必要とすることに加えて、検出対象ではない生物（例、近縁種、宿主）由来の情報も非特異的に取得してしまうという問題がある。
【０００３】
また、１６Ｓ  ｒＲＮＡは細菌ゲノム中に複数コピー存在しているため、１６Ｓ  ｒＲＮＡの検出に基づく測定値は、細菌量に当該コピー数を乗算した値になるという問題もある。
【０００４】
実際、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の既報の検出系は、複数の細菌を非特異的に検出することが示唆されており、また、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子を対象とする定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）による定量的な測定値は、実際の細菌数の数倍となることが報告されている（特許文献１および２、ならびに非特許文献１）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】特開２００６−１４９４００号公報
【特許文献２】国際公開第２０１１／０１７０１３号
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｍａｔｓｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，ＡＰＰＬＩＥＤ  ＡＮＤ  ＥＮＶＩＲＯＮＭＥＮＴＡＬ  ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ，２００７，Ｖｏｌ．７３，Ｎｏ．１，ｐ．３２−３９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）は、ヒトの正常な腸内細菌叢を構成する主要な細菌の一つであり、健康状態によっては疾患の原因となる場合もあれば、免疫を調整し腸炎症を抑制する良い効果も知られており、日和見菌とみなされている細菌である。したがって、ヒト腸内等に存在するバクテロイデス・フラジリスの量は、生体環境を評価するための一指標として有用であると考えられる。バクテロイデス・フラジリスの量は、ヒト糞便等のサンプルに存在するバクテロイデス・フラジリスの量を測定することにより間接的に決定することができる。したがって、糞便等のヒトサンプルに存在する、バクテロイデス・フラジリスの特異的な検出および定量が所望される。
【０００８】
本発明の目的は、バクテロイデス・フラジリス以外の生物（例、他の近縁なバクテロイデス属細菌、ヒト等の宿主）由来の情報の非特異的な取得を回避することにより、バクテロイデス・フラジリスを特異的に検出することを目的とする。
【０００９】
本発明のさらなる目的は、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）等の定量的方法において、実際の細菌数をより反映するように、バクテロイデス・フラジリスを定量的に検出することである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、鋭意検討した結果、バクテロイデス・フラジリスにおいて特異的であり、かつシングルコピーしか認められ得ない遺伝子を検出対象とする核酸分子を用いることで、上記課題を解決できることを着想した。本着想に基づき、本発明者らは、バクテロイデス・フラジリスにおいて、このような遺伝子を同定することにより、このような遺伝子を検出対象とする核酸分子を提供すること、およびこのような核酸分子を実際に用いてバクテロイデス・フラジリスを定量的に検出することなどに成功し、もって本発明を完成するに至った。
【００１１】
すなわち、本発明は、以下のとおりである。
〔１〕下記１）〜４９）からなる群より選ばれる１以上の遺伝子を検出し得る、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）に対して特異的な１以上のプライマーまたはプローブ：
１）３−オキソ−５−α−ステロイド  ４−デヒドロゲナーゼ１（ＫＯ番号：Ｋ１２３４３）；
２）ＣＲＰ／ＦＮＲファミリー転写レギュレーター，多糖利用系転写レギュレーター（ＫＯ番号：Ｋ２１５５６）；
３）コンドロイチンＡＣリアーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１９０４９）；
４）ジペプチジル−ペプチダーゼＩＩＩ（ＫＯ番号：Ｋ０１２７７）；
５）α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２０５）；
６）（Ｒ）−シトラマレートシンターゼ（ＫＯ番号：Ｋ０９０１１）；
７）α−アミラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０７４０５）；
８）４−Ｏ−β−Ｄ−マンノシル−Ｄ−グルコースホスホリラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１６２１２）；
９）Ｎ−アセチルグルコサミン  ２−エピメラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１７８７）；
１０）グルカン  １，４−α−グルコシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７４）；
１１）β−１，４−マンノオリゴ糖／β−１，４−マンノシル−Ｎ−アセチルグルコサミンホスホリラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１８７８５）；
１２）スターチ結合外膜タンパク質ＳｕｓＥ／Ｆ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７１）；
１３）マンナン  エンド−１，４−β−マンノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１９３５５）；
１４）２，３−ビスホスホグリセレート−非依存性ホスホグリセレートムターゼ（ＫＯ番号：Ｋ１５６３５）；
１５）Ｎ−スクシニル−Ｌ−オルニチントランスカルバミラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１３０４３）；
１６）ＴｏｎＢ−依存性スターチ結合外膜タンパク質ＳｕｓＣ（ＫＯ番号：Ｋ２１５７３）；
１７）ＵＤＰ−３−Ｏ−［３−ヒドロキシミリストイル］  Ｎ−アセチルグルコサミンデアセチラーゼ／３−ヒドロキシアシル−［アシル−キャリア−タンパク質］  デヒドラターゼ（ＫＯ番号：Ｋ１６３６３）；
１８）シトクロームｃ  ニトリトレダクターゼ  小サブユニット（ＫＯ番号：Ｋ１５８７６）；
１９）ヒスチジンデカルボキシラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１５９０）；
２０）特徴付けられていないタンパク質（ＫＯ番号：Ｋ０７０７９）；
２１）ジホスフェート−依存性ホスホフルクトキナーゼ（ＫＯ番号：Ｋ００８９５）；
２２）ジアミノピメレートデヒドロゲナーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０３３４０）；
２３）特徴付けられていないタンパク質（ＫＯ番号：Ｋ０１１６３）；
２４）シアレート  Ｏ−アセチルエステラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０５９７０）；
２５）アスパルテート  ４−デカルボキシラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０９７５８）；
２６）ヒアルロノグルコサミニダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１１９７）；
２７）トリコーンプロテアーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０８６７６）；
２８）アラビナン  エンド−１，５−α−Ｌ−アラビノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０６１１３）；
２９）２−オキソグルタレート  フェレドキシンオキシドレダクターゼ  サブユニットδ（ＫＯ番号：Ｋ００１７６）；
３０）２−オキソグルタレート  フェレドキシンオキシドレダクターゼ  サブユニットγ（ＫＯ番号：Ｋ００１７７）；
３１）二成分系，ＮｔｒＣファミリー，応答レギュレーター（ＫＯ番号：Ｋ０２４８１）；
３２）α−Ｌ−フコシダーゼ２（ＫＯ番号：Ｋ１５９２３）；
３３）マンナン  エンド−１，４−β−マンノシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２１８）；
３４）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＥ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２１）；
３５）シアリダーゼ−１（ＫＯ番号：Ｋ０１１８６）；
３６）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＤ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２０）；
３７）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＩ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２３）；
３８）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＡ（ＫＯ番号：Ｋ０２１１７）；
３９）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＫ（ＫＯ番号：Ｋ０２１２４）；
４０）Ｖ／Ａ型Ｈ＋／Ｎａ＋輸送ＡＴＰアーゼ  サブユニットＢ（ＫＯ番号：Ｋ０２１１８）；
４１）トリプトファンシンターゼβ鎖（ＫＯ番号：Ｋ０６００１）；
４２）ピルベートカルボキシラーゼ  サブユニットＢ（ＫＯ番号：Ｋ０１９６０）；
４３）コリスメートムターゼ（ＫＯ番号：Ｋ０４５１６）；
４４）ホスフェート選択的ポリンＯｐｒＯおよびＯｐｒＰ（ＫＯ番号：Ｋ０７２２１）；
４５）ホスフェート  ブチリルトランスフェラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ００６３４）；
４６）ＬＬ−ジアミノピメレート  アミノトランスフェラーゼ（ＫＯ番号：Ｋ１０２０６）；
４７）２−オキソイソバレレートデヒドロゲナーゼ  Ｅ１成分（ＫＯ番号：Ｋ１１３８１）；
４８）ジペプチジル−ペプチダーゼ４（ＫＯ番号：Ｋ０１２７８）；および
４９）α−Ｌ−フコシダーゼ（ＫＯ番号：Ｋ０１２０６）。
〔２〕プライマーまたはプローブが、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列またはその相補塩基配列を含む、〔１〕のプライマーまたはプローブ。
〔３〕前記部分塩基配列が、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基として、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列に特異的な部分領域中のヌクレオチド残基を含む、〔２〕のプライマーまたはプローブ。
〔４〕プライマーまたはプローブが、２以上のプライマーである、〔１〕〜〔３〕のいずれかのプライマーまたはプローブ。
〔５〕被験体から得られたバクテロイデス・フラジリス含有サンプルにおいて、〔１〕〜〔４〕のいずれかのプライマーまたはプローブを用いて、バクテロイデス・フラジリスを検出することを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出方法。
〔６〕バクテロイデス・フラジリスの検出が、２以上のプライマーを用いる遺伝子増幅法により行われる、〔５〕の方法。
〔７〕遺伝子増幅法がＰＣＲである、〔６〕の方法。
〔８〕検出が定量的に行われる、〔５〕〜〔７〕のいずれかの方法。
〔９〕〔１〕〜〔４〕のいずれかのプライマーまたはプローブを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出試薬。
【発明の効果】
【００１２】
本発明によれば、バクテロイデス・フラジリスに特異的な遺伝子を検出対象とするため、非特異的な検出を回避できる。また、本発明は、シングルコピー遺伝子を検出対象とするため、バクテロイデス・フラジリスを定量的に検出し易い。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】図１は、バクテロイデス・フラジリス（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）特異的遺伝子〔ＫＥＧＧ（Ｋｙｏｔｏ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅｓ）  Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙ（ＫＯ）番号：Ｋ１２３４３〕の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。図１の上に配置された模式図の上段において、白色部分はＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の配列中でＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致しない領域の概要を示す。模式図の下段において、黒色部分は全３８株のＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓゲノムのうち１ゲノムでも残り全てのＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓゲノムと異なる配列である領域の概要を示し、白色部分は全３８株のゲノムが同じ配列である領域の概要を示す。上段・下段共に白色部分で表される、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致せず、且つ株間多様性のない領域（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な部分領域）は、模式図の下に配置されたＫ１２３４３の基準塩基配列中の下線を付した塩基に対応する。基準塩基配列として、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＹＣＨ４６株の塩基配列（ＡＰ００６８４１．１）を採用した（以降の図面について同様）。
【図２】図２は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５５６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３Ａ】図３Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１９０４９）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図３Ｂ】図３Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１９０４９）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図４Ａ】図４Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２７７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図４Ｂ】図４Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２７７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図５Ａ】図５Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２０５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図５Ｂ】図５Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２０５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図６】図６は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０９０１１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図７】図７は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０７４０５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図８】図８は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１６２１２）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図９】図９は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１７８７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１０Ａ】図１０Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７４）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図１０Ｂ】図１０Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７４）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図１１】図１１は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１８７８５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１２】図１２は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１３】図１３は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１９３５５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１４】図１４は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１５６３５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１５】図１５は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１３０４３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１６Ａ】図１６Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図１６Ｂ】図１６Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。塩基配列は、配列番号１６における１〜１５００位のヌクレオチド残基に対応する。
【図１６Ｃ】図１６Ｃは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ２１５７３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その３）を示す図である。塩基配列は、配列番号１６における１５０１〜３００９位のヌクレオチド残基に対応する。
【図１７】図１７は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１６３６３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１８】図１８は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１５８７６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図１９】図１９は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１５９０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２０】図２０は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０７０７９）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２１】図２１は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ００８９５）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２２】図２２は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０３３４０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２３】図２３は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１１６３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２４Ａ】図２４Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０５９７０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図２４Ｂ】図２４Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０５９７０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図２５】図２５は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０９７５８）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２６Ａ】図２６Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１１９７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図２６Ｂ】図２６Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１１９７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。
【図２７Ａ】図２７Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０８６７６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図２７Ｂ】図２７Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０８６７６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。塩基配列は、配列番号２７における１〜１６２０位のヌクレオチド残基に対応する。
【図２７Ｃ】図２７Ｃは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０８６７６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その３）を示す図である。塩基配列は、配列番号２７における１６２１〜３２３４位のヌクレオチド残基に対応する。
【図２８】図２８は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０６１１３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図２９】図２９は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ００１７６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３０】図３０は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ００１７７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３１】図３１は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２４８１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３２Ａ】図３２Ａは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１５９２３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その１）を示す図である。
【図３２Ｂ】図３２Ｂは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１５９２３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その２）を示す図である。塩基配列は、配列番号３２における１〜１５００位のヌクレオチド残基に対応する。
【図３２Ｃ】図３２Ｃは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１５９２３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要（その３）を示す図である。塩基配列は、配列番号３２における１５０１〜２４９０位のヌクレオチド残基に対応する。
【図３３】図３３は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２１８）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３４】図３４は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１２１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３５】図３５は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１１８６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３６】図３６は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１２０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３７】図３７は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１２３）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３８】図３８は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１１７）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図３９】図３９は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１２４）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４０】図４０は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０２１１８）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４１】図４１は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０６００１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４２】図４２は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１９６０）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４３】図４３は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０４５１６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４４】図４４は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０７２２１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４５】図４５は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ００６３４）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４６】図４６は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１０２０６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４７】図４７は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ１１３８１）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４８】図４８は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２７８）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図４９】図４９は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子（ＫＯ番号：Ｋ０１２０６）の塩基配列のなかでも特に特異性が高い部分の塩基配列の概要を示す図である。
【図５０】図５０は、本発明のプライマーの特異性を示す図である。
【図５１】図５１は、本発明のプライマーを用いたＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓの定量的な検出を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
本発明は、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）に対して特異的な１以上のプライマーまたはプローブを提供する。本発明のプライマーまたはプローブは、上記１）〜４９）からなる群より選ばれる１以上の遺伝子を検出し得るものである。
【００１５】
本発明のプライマーまたはプローブは、一本鎖核酸または二本鎖核酸であってもよく、一本鎖核酸が好ましい。核酸分子はまた、ＤＮＡ、ＲＮＡ、または修飾核酸であってもよく、ＤＮＡまたはＲＮＡが好ましく、ＤＮＡがより好ましい。
【００１６】
特定の実施形態では、プライマーまたはプローブは、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列またはその相補塩基配列を含んでいてもよい。
【００１７】
好ましい実施形態では、上記部分塩基配列は、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基として、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列に特異的な部分領域中のヌクレオチド残基を含んでいてもよい。
【００１８】
本明細書で使用される場合、表現「配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列に特異的な部分領域」とは、バクテロイデス・フラジリス以外の微生物中のゲノム領域中に見出されず、かつバクテロイデス・フラジリス株間（例、実施例１中の（１）〜（７）として列挙された株を参照）で共通する、バクテロイデス・フラジリスに特異的な部分塩基配列からなる領域をいう。このような部分領域は、図１〜４９に示されるとおり、配列番号１〜４９の塩基配列中の下線を付した領域に対応する。したがって、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列に特異的な部分領域中のヌクレオチド残基を含む、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基は、配列番号１〜４９の塩基配列中の下線を付した領域のうち、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基からなる下線を付した領域から選択することができる（図１〜４９を参照）。
【００１９】
より具体的には、配列番号１〜４９の塩基配列中の下線を付した領域のうち、少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基からなる下線を付した領域は、以下である。
【００２０】
１）配列番号１（図１参照）
１４〜３２位、１８４〜２０６位、３１７〜３３５位、３４９〜３６８位、５１２〜５２７位、７３３〜７４９位
【００２１】
２）配列番号２（図２参照）
１〜７７位、８２〜１０４位、１５８〜１７３位、１９９〜２３０位、２５０〜２６６位、２７４〜２９６位、３２５〜３４７位、６０７〜６２６位、６２８〜６４５位、６４７〜６６２位、６７６〜６９５位
【００２２】
３）配列番号３（図３参照）
８４〜９８位、１６０〜２１８位、２５９〜２９０位、３０１〜３３０位、４１１〜４２５位、４５６〜４８２位、４８４〜５０６位、５１４〜５２８位、５６５〜５８１位、５８６〜６０５位、６０７〜６４１位、６９１〜７１２位、７２４〜７５２位、７６５〜７８５位、８０２〜８２９位、８９５〜９１１位、９７０〜９８６位、１００４〜１０２５位、１１５９〜１１７３位、１１９５〜１２１７位、１２２８〜１２５０位、１２５５〜１２８３位、１２８５〜１３０１位、１３５６〜１３７３位、１４７８〜１４９９位、１５１４〜１５３２位、１５３４〜１５７２位、１５９７〜１６４２位、１６５０〜１６７６位、１６７８〜１７００位、１７２３〜１７４８位、１７５５〜１７７２位、１７９２〜１８１９位、１８３７〜１８７３位、１９５０〜１９８１位
【００２３】
４）配列番号４（図４参照）
２７５〜２９７位、３０１〜３２３位、３２６〜３４７位、４１３〜４２７位、１５７３〜１５８７位
【００２４】
５）配列番号５（図５参照）
１〜２９位、９１〜１２５位、１６６〜１８２位、２１８〜２３９位、２５９〜２７５位、３７６〜３９３位、３９５〜４１０位、４８４〜５０９位、５４４〜５７０位、６３７〜６５３位、７００〜７２５位、８５７〜８７８位、９４３〜９６２位、１０６３〜１０８５位、１１７２〜１１８７位、１３８４〜１４１５位、１４８９〜１５４５位、１８１０〜１８２６位、１８８２〜１８９８位、１９３６〜１９５８位、２１３６〜２１５０位
【００２５】
６）配列番号６（図６参照）
１２９〜１４３位、１４５〜１６４位、２２３〜２３７位、２６８〜２８４位、３６４〜３８６位、８１７〜８３４位、９７９〜１００２位、１１８７〜１２１７位、１２３４〜１２７４位、１４３２〜１４５１位
【００２６】
７）配列番号７（図７参照）
５９〜７７位、１１９７〜１２１７位、１２５２〜１２６７位
【００２７】
８）配列番号８（図８参照）
１〜３３位、３８〜５４位、３７６〜４１０位、５２４〜５３９位、５４１〜５６３位、５９２〜６１７位、６１９〜６４１位、６４６〜６６２位、７３６〜７５２位、７５４〜７７０位、７９３〜８０９位、８５７〜８７２位、９１６〜９４５位、１０６１〜１０７６位、１１３０〜１１４８位
【００２８】
９）配列番号９（図９参照）
１〜１８位、２８〜６２位、６４〜１０１位、１０３〜１２５位、１５４〜２１８位、２９５〜３１１位、３２８〜３５０位、３５５〜３７１位、４３７〜４５２位、５２０〜５３９位、６３１〜６５１位、６６４〜６８０位、７００〜７１６位、８７１〜８８７位、９０７〜９２９位、１０１２〜１０２８位、１１０６〜１１２７位、１１２９〜１１５１位、１１５３〜１１６９位、１１７１〜１１８５位
【００２９】
１０）配列番号１０（図１０参照）
４９〜７８位、１４２〜１６４位、１７０〜１９７位、４９６〜５１０位、１０３９〜１０６１位、１２００〜１２１９位、１７５１〜１７６６位、１８３４〜１８５０位、１９９６〜２０１２位、２１４２〜２１６０位
【００３０】
１１）配列番号１１（図１１参照）
１１〜３８位、４０〜６８位、７０〜９５位、９７〜１７９位、１８４〜２０３位、３７９〜３９５位、４８１〜５０６位、６２５〜６４４位、６４６〜６６２位、７３０〜７４６位、７８７〜８０６位、８４４〜８６０位、８７４〜８９９位、９７９〜９９９位
【００３１】
１２）配列番号１２（図１２参照）
７〜３５位、６４〜１５５位、１８７〜２０３位、２８２〜２９８位、３３１〜３７７位、３９４〜４２２位、４３５〜４６１位、４６６〜４８２位、５４７〜５６３位、５９５〜６１５位、７００〜７１９位、７２１〜７３５位、７５７〜７９４位、８１４〜８４１位、８４３〜８５７位、８８９〜９１６位、９５９〜９９８位、１０４５〜１０６４位、１０９９〜１１２１位、１１３５〜１１５１位、１２５８〜１２７７位、１２７９〜１３１６位、１３１８〜１３３４位、１３８５〜１４０６位、１４０８〜１４２４位、１４７１〜１４８７位
【００３２】
１３）配列番号１３（図１３参照）
８８〜１０２位、１０９〜１３１位、１５１〜１６７位、３８５〜４０４位、４２４〜４４９位、４５４〜４７０位、４９４〜５１２位、５１９〜５３３位、６６４〜６８３位、８６８〜９０２位、９６６〜９８１位、１０７２〜１０８６位、１１２９〜１１５１位、１２１３〜１２４１位、１２７８〜１３０８位
【００３３】
１４）配列番号１４（図１４参照）
１〜２３位、２８〜４２位、６３〜８４位、８６〜１１３位、１３９〜１５５位、１５７〜１７９位、１９１〜２０７位、２１１〜２２７位、２６０〜２７８位、３４９〜３７４位、４２１〜４３５位、４３７〜４５２位、４８１〜４９７位、４９９〜５２７位、５３５〜５５１位、６０４〜６２９位、８９５〜９０９位
【００３４】
１５）配列番号１５（図１５参照）
５３〜７２位、１７８〜２００位、５９５〜６１１位
【００３５】
１６）配列番号１６（図１６参照）
１〜２１位、２３〜４４位、４６〜８３位、８５〜１０１位、１０３〜１４０位、１４２〜１８５位、１８７〜２１９位、２３５〜２５１位、３０４〜３３５位、３３７〜３５６位、３６７〜３９５位、３９７〜４１９位、４９６〜５１２位、５２３〜５４２位、５４８〜５６３位、５６５〜５８４位、６２２〜６７４位、７６０〜７７９位、８２９〜８４５位、９０４〜９２０位、９５２〜９７７位、９７９〜９９５位、１０２１〜１０４３位、１０６６〜１０８２位、１１１１〜１１４２位、１１４４〜１１６０位、１１６２〜１１８７位、１１９８〜１２３５位、１２４２〜１２５９位、１２７３〜１２９８位、１３２１〜１３３７位、１３３９〜１３６１位、１４４２〜１４６３位、１４７４〜１４９６位、１５４１〜１５５６位、１５７３〜１６１９位、１６７８〜１７００位、１７０２〜１７３３位、１７３５〜１７６０位、１８５２〜１８８０位、１９０６〜１９２８位、１９７２〜１９９７位、２０１７〜２０３６位、２０３８〜２０６６位、２０６８〜２１０８位、２１１０〜２１６８位、２２０９〜２２３１位、２２４２〜２２５８位、２３２０〜２３３６位、２３５３〜２３７８位、２４４６〜２４６２位、２４７０〜２４９２位、２５７８〜２６００位、２６１１〜２６３０位、２６３８〜２６５４位、２６８９〜２７２０位、２７２５〜２７４７位、２７５２〜２７７４位、２７７６〜２８０７位、２８０９〜２８２５位、２８６０〜２９０３位、２９１７〜２９４８位、２９５３〜２９６９位、２９７１〜３００２位
【００３６】
１７）配列番号１７（図１７参照）
６８〜８９位、９８〜１１７位、１７４〜１８８位、２２１〜２３７位、４１３〜４２８位、４６０〜４７４位、６２２〜６３９位、７５２〜７６７位、１０１３〜１０２９位、１０５４〜１０６８位、１２７９〜１２９８位
【００３７】
１８）配列番号１８（図１８参照）
１９６〜２２１位、２２３〜２４２位、２７１〜３３８位、３４０〜３６９位、４２７〜４９７位、５０５〜５８８位
【００３８】
１９）配列番号１９（図１９参照）
１〜１４９位、１５８〜１９７位、２０２〜２１８位、２２３〜２４２位、２５９〜２８１位、２９８〜３２６位、３７３〜４３４位、４３６〜４５２位、４５４〜４７９位、４８１〜４９７位、５０８〜５３０位、５３２〜５７８位、５９２〜６３３位、６７３〜７４０位、７４７〜７７６位、７８２〜８４５位、８４７〜８６６位
【００３９】
２０）配列番号２０（図２０参照）
１９〜３９位、１６５〜１８０位、４１２〜４２８位、４６６〜４９１位、５１１〜５４５位、５９２〜６４４位、７２９〜７４７位、９８３〜９９９位、１００５〜１０２６位、１１４８〜１１６７位、１１７３〜１１８８位、１１９４〜１２５５位、１２９３〜１３６７位、１３６９〜１３８３位
【００４０】
２１）配列番号２１（図２１参照）
１００９〜１０２８位
【００４１】
２２）配列番号２２（図２２参照）
１０１〜１２３位、１５４〜１６８位
【００４２】
２３）配列番号２３（図２３参照）
１５〜２９位、３４〜５０位、５２〜７１位、１０９〜１４０位、１４６〜１６７位、３４３〜３６５位、３８５〜４０１位、４０３〜４１９位、５２０〜５４２位、５９８〜６１７位、６１９〜６３５位、６６１〜６８９位、７３３〜７６４位、７６６〜７９５位、８６３〜８８１位、８９５〜９１８位
【００４３】
２４）配列番号２４（図２４参照）
１〜３８位、５２〜６６位、１３９〜１６１位、１６６〜２００位、２０８〜２３０位、２４４〜２６６位、２７３〜２９１位、２９４〜３４１位、３４３〜３６５位、３６７〜３８１位、３９０〜４３４位、４３６〜５１８位、５２３〜５５７位、５５９〜６０２位、６０４〜６５６位、７１２〜７３７位、７３９〜７７５位、８５０〜８６４位、８６６〜８８１位、８８３〜８９９位、９０１〜９２９位、９３１〜９４５位、９４９〜１０２２位、１０５６〜１１０９位、１１６５〜１１８１位、１１８３〜１２６２位、１２７３〜１３１６位、１３３３〜１３５６位、１３５９〜１３９７位、１３９９〜１４４２位、１４４７〜１５０８位、１５１０〜１５４２位、１５５２〜１５８７位、１５９１〜１６３０位、１６４２〜１６７９位、１６８１〜１７１５位、１７１７〜１７６６位、１７８０〜１８２３位、１８２５〜１８４１位、１９００〜１９２８位、１９３０〜１９５４位、１９６９〜２００６位、２０１１〜２０３０位、２０４４〜２０７０位
【００４４】
２５）配列番号２５（図２５参照）
４〜５９位、６４〜７８位、９０〜１０７位、１３３〜１５８位、１９３〜２１６位、２８３〜３０５位、３７０〜３９２位、４８１〜５００位、５２６〜５４２位、５６２〜６１７位、６１９〜６５０位、６６７〜７１３位、７３４〜７６１位、７９３〜８７５位、９２２〜９４４位、９８８〜１００４位、１０３０〜１０５２位、１０５７〜１０７４位、１０９９〜１１１８位、１１４４〜１１５８位、１３４８〜１３６７位、１４５７〜１４７５位、１４７７〜１４９１位、１５１３〜１５５０位、１５５５〜１５７７位、１５８８〜１６２０位
【００４５】
２６）配列番号２６（図２６参照）
１〜５５位、６９〜９２位、２２７〜２５１位、４４８〜４７０位、４８４〜５０６位、５３５〜５５４位、６２５〜６４４位、６５５〜６７７位、９６４〜９８０位、１０９３〜１１１０位、１１４４〜１１６９位、１１８３〜１２０２位、１２１０〜１２２７位、１２６１〜１２８０位、１３５１〜１３７０位、１５４３〜１５６５位、１６６０〜１６７９位、１７２６〜１７５７位、１８６１〜１８７５位、１８８２〜１９０４位、１９２４〜１９４０位、１９６４〜１９８５位、２０６２〜２０７８位、２０８９〜２１０８位、２１７１〜２１８６位、２２０３〜２２１９位
【００４６】
２７）配列番号２７（図２７参照）
１０９〜１５３位、１７５〜２４５位、２５３〜２８４位、３１６〜３３２位、３４１〜３５９位、４６０〜４７８位、５１４〜５３０位、５３２〜５５４位、５７４〜５９３位、６０１〜６１８位、６２４〜６３８位、６４３〜７０７位、７３５〜７４９位、７７５〜７９４位、８３８〜８６０位、８７４〜８９１位、９３７〜９６２位、９８５〜１０７３位、１０８１〜１１７２位、１１８６〜１２０２位、１２０４〜１３６４位、１３６６〜１４８８位、１４９５〜１６１６位、１６１８〜１６５５位、１６７８〜１７２７位、１７２９〜１７６３位、１７６５〜１８０２位、１８０４〜１８５７位、１８５９〜１９４６位、１９４８〜２０５１位、２０５３〜２１２２位、２１２４〜２１３９位、２１４１〜２１８９位、２１９１〜２２１９位、２２２１〜２２５２位、２２７６〜２２９１位、２２９６〜２３３６位、２３３８〜２３９５位、２４１０〜２４３５位、２４３７〜２５０６位、２５０８〜２５５５位、２５５７〜２６０６位、２６０８〜２６２４位、２６２６〜２６６０位、２６６２〜２８０４位、２８０６〜２８８５位、２８８７〜２９５４位、２９５６〜２９７５位、３１４５〜３１８０位、３２００〜３２２７位
【００４７】
２８）配列番号２８（図２８参照）
１１〜３０位、３２〜４７位、４９〜７４位、７６〜９２位、９４〜１２５位、１４５〜１５９位、１６３〜２１５位、２１７〜２４５位、２４７〜２６９位、２７１〜３４４位、３８３〜３９８位、４３６〜４６４位、４９３〜５１２位、５５６〜６０２位、６５５〜６９３位、７０３〜７２７位、７２９〜７４９位、７５１〜７７２位、８０５〜８３４位、８４７〜８９１位、８９３〜９１１位、９１３〜９２９位、９４０〜９５６位
【００４８】
２９）配列番号２９（図２８参照）
１〜３５位、４９〜１１３位、１１５〜１７９位、１８７〜２０１位
【００４９】
３０）配列番号３０（図３０参照）
１７〜６８位、８８〜１２５位、１３９〜１６４位、２１１〜２３３位、２３５〜２５４位、３４０〜３５６位、３７３〜３８９位、４３６〜４５０位、５２０〜５３６位
【００５０】
３１）配列番号３１（図３１参照）
１〜３２位、３４〜８４位、９５〜１２２位、１２４〜１７６位、１９３〜２２１位、２２３〜２４２位、２７５〜３２３位、３８５〜４０２位、４０９〜４３１位、４３３〜４７９位、４９６〜５７２位、５７４〜５９６位、６２２〜６６９位、６７１〜７３１位、７５７〜７８０位、７８２〜８２１位、８３５〜８５８位、８６０〜９０５位、９０７〜９３５位、９３７〜９６５位、９７０〜１００１位、１０３９〜１０７０位、１１１２〜１１４１位、１１８３〜１１９７位、１２０５〜１２６５位、１３２１〜１３４４位
【００５１】
３２）配列番号３２（図３２参照）
２６〜５０位、８５〜１１０位、１２４〜１４０位、２０８〜２２４位、２４１〜２５７位、２６２〜２８１位、３０４〜３２３位、３４９〜３７１位、３９４〜４１０位、４１８〜４５２位、５５７〜５７７位、６１６〜６４４位、７５４〜７６８位、７９１〜８３０位、８４１〜８６４位、９０４〜９２０位、９２２〜９３８位、９７３〜１０１３位、１０１５〜１０３５位、１０３８〜１０５５位、１１５６〜１１７５位、１２４２〜１２６０位、１４４４〜１４５８位、１６９３〜１７０９位、１７１４〜１７３９位、１８４６〜１８６２位、１９８４〜２００９位、２０１１〜２０２７位、２１１７〜２１３２位、２３０８〜２３３０位、２３３３〜２３５１位、２３５３〜２３６７位
【００５２】
３３）配列番号３３（図３３参照）
１〜６８位、７４〜１１８位、１２１〜２０６位、２１７〜３７４位、３７６〜５１８位、５２０〜６４７位、６５２〜７２２位、７２４〜８０９位、８１１〜８７９位、８８１〜８９６位、８９８〜９９３位、１００３〜１０３４位、１０３６〜１０６４位、１０９６〜１１１１位
【００５３】
３４）配列番号３４（図３４参照）
７０〜８４位、９８〜１１３位、２４４〜２６０位、２８０〜３０２位、３７７〜３９２位、４１５〜４３５位
【００５４】
３５）配列番号３５（図３５参照）
１〜６１位、６７〜１４０位、１４２〜１６７位、１７５〜１９５位、１９７〜２４８位、２５０〜２７２位、２７４〜３０８位、３１０〜３６７位、３６９〜３９９位、４０１〜４４１位、４４３〜４７６位、４８４〜５０４位、５０６〜５３３位、５５０〜５９０位、５９２〜６４４位、６４６〜６９５位、６９７〜８８０位、８８２〜９２９位、９４０〜９７７位、９８８〜１０８８位、１０９０〜１１２４位、１１２６〜１２２６位、１２２８〜１２６１位、１２６４〜１３５８位、１３６２〜１３８５位、１３８７〜１４３６位、１４３８〜１５３８位、１５４０〜１５９２位、１５９４〜１６２９位
【００５５】
３６）配列番号３６（図３６参照）
３６２〜３７７位、３７９〜３９３位、５３８〜５５２位
【００５６】
３７）配列番号３７（図３７参照）
１０〜２６位、２８〜５５位、１４８〜１６２位、２９２〜３１６位、４２２〜４３７位、４３９〜４５８位、５２６〜５６０位、６１０〜６３８位、６６１〜６８０位、８４４〜８６０位、１０９９〜１１１５位、１１１７〜１１４８位、１１８５〜１２１１位、１２２５〜１２４１位、１３０９〜１３２５位、１３８４〜１４１５位、１４４８〜１４６３位、１５０７〜１５２９位、１６１９〜１６４６位、１７０８〜１７３３位、１７５０〜１７８４位、１７９５〜１８１７位
【００５７】
３８）配列番号３８（図３８参照）
なし
【００５８】
３９）配列番号３９（図３９参照）
なし
【００５９】
４０）配列番号４０（図４０参照）
なし
【００６０】
４１）配列番号４１（図４１参照）
１〜２６位、７０１〜７１６位
【００６１】
４２）配列番号４２（図４２参照）
１〜２１位、４８〜７５位、８３〜１０８位、１６１〜２４０位、３１１〜３４５位、３５３〜４８６位、５４７〜５７９位、５８７〜６１０位、６６３〜６７８位、６８４〜７５０位、７５８〜７８６位、８５０〜９１１位、９１３〜９５０位、９５２〜９９５位、９９７〜１０５８位、１０６０〜１１４７位、１１５４〜１２６０位、１２６６〜１３０４位、１３０６〜１４３０位、１４４１〜１４６６位、１４６８〜１５５３位、１５６７〜１７７６位
【００６２】
４３）配列番号４３（図４３参照）
１〜１５位、３４〜５３位、１２０〜１４７位、１６９〜１８５位、２０５〜２２４位、３４０〜３５９位、４６１〜４７６位、６１４〜６３４位、７２２〜７４１位、８６２〜８９６位、９１６〜９４０位、９６１〜９８７位、９９３〜１０４２位、１０４８〜１０６２位
【００６３】
４４）配列番号４４（図４４参照）
１〜５３位、５５〜３４１位、３４３〜４７３位、４７８〜６０８位、６１３〜６４７位、６４９〜６７４位、６７６〜７４３位、７４５〜７８０位、７８２〜８２４位、８２６〜８９９位、９２５〜９８０位、９９１〜１０１３位、１０１５〜１０３２位、１０３４〜１０７９位、１０８１〜１２５３位、１３００〜１３２０位
【００６４】
４５）配列番号４５（図４５参照）
６５〜８６位、８８〜１０５位、６７２〜７１６位、７２４〜７４０位、９０１〜９２１位、９２３〜９４２位
【００６５】
４６）配列番号４６（図４６参照）
１２８〜１５３位、２３６〜２６９位、２７８〜３０４位、４４３〜４５９位、６２３〜６４７位、６６２〜６８２位、６９２〜７１０位、９１４〜９３６位、９９５〜１０１１位、１０６１〜１０８３位
【００６６】
４７）配列番号４７（図４７参照）
１３〜３８位、４０〜５９位、１２７〜１４６位、２３５〜２５１位、３１６〜３７１位、３８２〜４０１位、４７８〜５００位、５０８〜５２４位、５８９〜６０５位、６０７〜６２３位、６６１〜６８０位、７４２〜７６１位、１０００〜１０１９位、１４１４〜１４４８位、１４５０〜１４８１位、１４９５〜１５１７位、１５２２〜１５４１位、１５７６〜１６０１位、１７５６〜１７７０位、１８１２〜１８２６位、１９３３〜１９６５位、１９８４〜２０１８位
【００６７】
４８）配列番号４８（図４８参照）
１〜１０４位、１０６〜１４８位、１５０〜２５４位、２６４〜２７８位、２８０〜３１４位、３１６〜３５３位、３５５〜３９３位、３９５〜４１６位、４３３〜５４０位、５４２〜５９０位、６１３〜６５６位、６６６〜８０３位、８０５〜９０５位、９０７〜９７７位、９８６〜１０１０位、１０１２〜１０６４位、１０６６〜１１０４位、１１１０〜１１４５位、１１４７〜１２９８位、１３００〜１３４１位、１３６６〜１４４０位、１４４２〜１４６４位、１５１０〜１５２４位、１５９２〜１６１１位、１６４３〜１６６１位、１７１２〜１７４３位、１８２０〜１８３６位、１８９８〜１９１７位、２０１２〜２０２８位、２１１７〜２１４５位
【００６８】
４９）配列番号４９（図４９参照）
５９〜１０９位、１１５〜１７３位、２１６〜２３６位、２４２〜３６３位、３７０〜３９８位、４００〜４４８位、４５５〜５００位、５０９〜５２９位、５５１〜６１６位、６２４〜６３８位、６４０〜６６８位、６８５〜７０５位、７１２〜７２７位、７２９〜７６４位、７７５〜８３９位、８４５〜９６８位、９７３〜９９２位、１０００〜１０３３位、１０４２〜１１１９位、１１５０〜１１７６位、１２０４〜１２２０位、１３３３〜１３５０位
【００６９】
一実施形態では、本発明のプライマーまたはプローブは、１以上のプライマーであってもよい。例えば、このような本発明の１以上のプライマーは、バクテロイデス・フラジリスへの特異性に優れるので、シーケンシング用プライマーとして有用である。
【００７０】
本発明の１以上のプライマーがシーケンシング用プライマーである場合、シーケンシング用プライマーは、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列またはその相補塩基配列からなるものであってもよい。
【００７１】
別の実施形態では、本発明の１以上のプライマーは、２以上のプライマーを含むプライマーセットであってもよい。例えば、このようなプライマーセットは、バクテロイデス・フラジリスへの特異性に優れるので、遺伝子増幅用プライマーセットとして有用である。
【００７２】
本発明の１以上のプライマーが遺伝子増幅用プライマーセットである場合、遺伝子増幅用プライマーセットは、（ａ）配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列を含む第１プライマー、および（ｂ）配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列の相補塩基配列を含む第２プライマーを含んでいてもよい（ここで、（ａ）および（ｂ）において対象とされる配列番号は同じである）。
【００７３】
遺伝子増幅に必要とされるプライマーの数は、遺伝子増幅法の種類に応じて変動する。例えば、ＰＣＲでは、遺伝子増幅に必要とされるプライマーの数は、２個である。一方、ＬＡＭＰ（Ｌｏｏｐ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（例、国際公開第００／２８０８２号参照）では、遺伝子増幅に必要とされるプライマーの数は、４個または６個である。したがって、２個を超えるプライマーが必要な遺伝子増幅法による増幅が意図される場合、プライマーセットは、追加のプライマーを含んでいてもよい。
【００７４】
上記（ａ）および（ｂ）を含むプライマーセットは、その増幅産物が検出可能なサイズであるように設定される限り特に限定されないが、好ましくは、検出が容易な任意のサイズ（例えば、１５０ｂｐ以上、２００ｂｐ以上、２５０ｂｐ以上、３００ｂｐ以上、３５０ｂｐ以上、４００ｂｐ以上、４５０ｂｐ以上、または５００ｂｐ以上）の増幅産物を生成するように設定することができる。上記のような増幅産物を生成できる遺伝子増幅法としては、例えば、ＰＣＲ、ＬＡＭＰ、ＴＭＡ、ＩＣＡＮ、ＳＤＡ、ＬＣＲ、ＮＡＳＢＡが挙げられる。
【００７５】
別の実施形態では、本発明のプライマーまたはプローブは、１以上のプローブであってもよい。例えば、このような本発明の１以上のプローブは、バクテロイデス・フラジリスへの特異性に優れるので、バクテロイデス・フラジリスの検出に有用である。
【００７６】
本発明のプローブは、配列番号１〜４９の塩基配列からなる群より選ばれる１以上の塩基配列における少なくとも１５個の連続するヌクレオチド残基を含む部分塩基配列またはその相補塩基配列からなるものであってもよい。
【００７７】
本発明のプライマーまたはプローブの長さは、１以上のプライマーまたはプローブにより上記１）〜４９）からなる群より選ばれる１以上の遺伝子を検出し得る限り特に限定されず、例えば、少なくとも１５個のヌクレオチド残基を含んでいてもよい。好ましくは、本発明の核酸分子の長さは、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個のヌクレオチド残基を含んでいてもよい。本発明のプライマーまたはプローブの長さはまた、１００個以下、９０個以下、８０個以下、７０個以下、６０個以下、５０個以下、４５個以下、または４０個以下のヌクレオチド残基を含んでいてもよい。
【００７８】
本発明はまた、バクテロイデス・フラジリスの検出方法を提供する。本発明の方法は、バクテロイデス・フラジリス含有サンプルにおいて、本発明のプライマーまたはプローブを用いて、バクテロイデス・フラジリスを検出することを含む。
【００７９】
一実施形態では、バクテロイデス・フラジリス含有サンプルは、被験体から得られたバクテロイデス・フラジリス含有サンプルであってもよい。被験体から得られたバクテロイデス・フラジリス含有サンプルとしては、バクテロイデス・フラジリスの菌体、ゲノムおよび／または遺伝子の転写物を含有する限り特に限定されない。被験体としては、例えば、哺乳動物、鳥類等の動物が挙げられ、哺乳動物が好ましく、ヒトがより好ましい。このようなサンプルとしては、低侵襲性のサンプルが好ましい。このようなサンプルとしては、例えば、糞便、直腸スワブ、唾液、口腔内スワブ、尿、血液、皮膚スワブ、涙液、鼻汁、鼻腔内スワブが挙げられる。
【００８０】
別の実施形態では、バクテロイデス・フラジリス含有サンプルは、環境サンプルであってもよい。環境サンプルとしては、例えば、土壌、下水、河川、海水、建造環境を構成する壁、天井、床、建具、家具、装具、機械、乗り物の外装及び内装などの表面が挙げられる。
【００８１】
本発明の方法では、サンプルからゲノムＤＮＡまたは遺伝子の転写物が抽出されてもよい。このような抽出は、任意の方法により行うことができる。抽出されたゲノムＤＮＡまたは遺伝子の転写物は、意図される増幅産物のサイズに応じた適切な遺伝子増幅法（例、ＰＣＲ、またはＬＡＭＰ）に供することができる。あるいは、試料は、遺伝子増幅法に直接供されてもよい（例、ダイレクトＰＣＲ）。
【００８２】
検出は、定性的または定量的に行うことができる。好ましくは、検出は、定量的に行うことができる（例、定量的ＰＣＲ）。本発明で標的とされる、上記１）〜４９）からなる群より選ばれる１以上の遺伝子は、バクテロイデス・フラジリスにおいてシングルコピーしか認められ得ない遺伝子であるため、本発明の方法は、バクテロイデス・フラジリスの定量性に優れる。
【００８３】
特定の実施形態では、検出は、リアルタイムで行われてもよい（例、リアルタイムＰＣＲ）。この場合、リアルタイムでの検出を可能にする方法としては、例えば、インターカレーター法、蛍光物質標識プローブ法が挙げられる。
【００８４】
本発明はまた、本発明のプライマーまたはプローブを含む、バクテロイデス・フラジリスの検出試薬を提供する。本発明の試薬によれば、本発明の方法を簡便に行うことができる。
【００８５】
本発明の試薬は、本発明の１以上のプライマーまたはプローブを粉末（例、凍結乾燥）または溶液の形態で含むことができる。溶液は、水溶液が好ましい。水溶液としては、例えば、水（例、滅菌蒸留水）、緩衝液が挙げられる。緩衝液としては、例えば、ＴＥ（Ｔｒｉｓ−ＥＤＴＡ）緩衝液、塩酸−塩化カリウム緩衝液、グリシン−塩酸緩衝液、クエン酸緩衝液、酢酸緩衝液、クエン酸−リン酸緩衝液、リン酸緩衝液、Ｔｒｉｓ−塩酸緩衝液、グリシン−水酸化ナトリウム緩衝液、炭酸−重炭酸緩衝液、ホウ酸緩衝液、酒石酸緩衝液が挙げられる。本発明の試薬が本発明の１種以上のプライマーを含む溶液である場合、溶液中のプライマーの濃度は、プライマーの用途およびプライマーの使用の際の希釈倍率等の因子によって変動するが、例えば０．１〜１００ｍＭ、好ましくは１〜１０ｍＭであってもよい。溶液は、安定化剤等の他の成分を含んでいてもよい。
【００８６】
本発明の試薬は、キットの形態で提供されてもよい。このような場合、本発明の試薬は、（ａ）１以上のプライマーまたはプローブ、および（ｂ）蛍光物質または蛍光物質標識プローブを含んでいてもよい。蛍光物質としては、例えば、インターカレーター法に用いられる蛍光物質（例、ＳＹＢＲ（登録商標）  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ）が挙げられる。蛍光物質標識プローブとしては、例えば、５’末端または３’末端の一方に蛍光物質が結合し、かつ５’末端または３’末端の他方にクエンチャーが結合しているプローブ（例、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ）が挙げられる。
【００８７】
本発明の試薬は、遺伝子増幅用試薬である場合、（ａ）１以上のプライマー、および（ｂ）ポリメラーゼを含むキットの形態で提供されてもよい。ポリメラーゼとしては、遺伝子増幅法の種類に応じた適切なポリメラーゼを使用することができる。例えば、ＰＣＲであれば耐熱性ポリメラーゼの使用が好ましく、ＬＡＭＰであれば鎖置換型ポリメラーゼの使用が好ましい。ポリメラーゼとしては、ＤＮＡポリメラーゼが好ましい。  
【００８８】
本発明のキットは、（ａ）および（ｂ）に加えて、さらなる構成成分を含んでいてもよい。このような構成要素としては、デオキシヌクレオシドトリホスフェート（ｄＮＴＰ）混合物、反応緩衝液、分子量マーカー、コントロール（例、各種ＨＬＡアレルの増幅産物の標品）が挙げられる。本発明のキットがさらなる構成成分を含む場合、各構成成分は、互いに隔離された形態、例えば、異なる容器（例、チューブ）に格納された形態で提供されてもよいが、予め混合された形態（例、ＰｒｅＭｉｘ）等で提供されてもよい。  
【実施例】
【００８９】
以下の実施例により本発明を詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【００９０】
実施例１：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子の抽出
下記手順１〜４により、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子を抽出した。
［手順１］まず、保有遺伝子データテーブルを、下記手順ａ〜ｇにより作成した。
【００９１】
［手順ａ］ＮＣＢＩが公開しているゲノムデータベースから、計１１，５９６株の微生物の全ゲノム配列をダウンロードした。
【００９２】
［手順ｂ］遺伝子予測ソフトウェア「Ｐｒｏｋｋａ」を用いて、ダウンロードした各全ゲノム配列上における遺伝子領域配列を予測した。これにより、計１１，５９６件の全ゲノム配列のそれぞれに対し、遺伝子領域が紐付けられた。
【００９３】
［手順ｃ］相同性検索ソフトウェア「ＤＩＡＭＯＮＤ」を用いて、予測した各遺伝子領域の配列の相同性検索を、遺伝子配列データベース「ＫＯ（ＫＥＧＧ  Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙ）データベース」に対し行うことによって、各遺伝子領域のアノテーションを行った。これにより、予測した全ての遺伝子領域のそれぞれに対し、機能分類が紐付けられた。
【００９４】
［手順ｄ］各遺伝子領域の機能分類ごとに、遺伝子ＩＤを付与した。これにより、予測した全ての遺伝子領域のそれぞれに対し、遺伝子ＩＤが紐付けられた。
【００９５】
［手順ｅ］ダウンロードした全ゲノム配列ごとに、付与した全ての遺伝子ＩＤのそれぞれの保有数を集計した。
【００９６】
［手順ｆ］ＮＣＢＩが公開しているＴａｘｏｎｏｍｙデータベースを参照して、ダウンロードした全ゲノム配列ごとに系統情報（生物種名）を付与した。
【００９７】
［手順ｇ］ダウンロードした各全ゲノム配列についての、集計した各遺伝子ＩＤの保有数と付与した系統情報とを含む保有遺伝子データテーブルを作成した。
【００９８】
次に、このように作成された保有遺伝子データテーブルを記憶する遺伝子検索装置を用いて、検出対象となる「Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓの全ての株」が共通して保有し、且つ、非検出対象となる「保有遺伝子データテーブルで管理されている、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の全ての微生物の保有率が０．１未満であり、且つ、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓの全ての株がゲノム中に１コピーのみ保有している６６遺伝子ＩＤを検索した。
【００９９】
検出対象となる「Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓの全ての株」は、以下であった。
（１）ＹＣＨ４６株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＡＰ００６８４１．１）
（２）ＮＣＴＣ９３４３株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＣＲ６２６９２７．１）
（３）６３８Ｒ株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＦＱ３１２００４．１）
（４）ＢＯＢ２５株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＣＰ０１１０７３．１）
（５）ＢＦＢＥ１．１株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＬＮ８７７２９３．１）
（６）Ｓ１４株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＣＰ０１２７０６．１）
（７）Ｑ１Ｆ２株（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号：ＣＰ０１８９３７．１）
【０１００】
［手順２］［手順１］で検索した遺伝子ＩＤに対応する遺伝子領域配列を、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓの全ゲノム配列から抽出した。
【０１０１】
［手順３］マルチプルアライメント解析プログラム「ＭＡＦＦＴ」およびコンセンサス配列作成プログラム「ｃｏｎｓ」を用いて、遺伝子ＩＤに対応する抽出した遺伝子領域配列に対しコンセンサス配列を作成した。
【０１０２】
［手順４］プライマー設計プログラム「Ｐｒｉｍｅｒ３」を用いて、作成したコンセンサス配列に対しプライマー配列セットを作成した。Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ株間の配列多様性が低い領域にプライマーが結合し、かつ１５０塩基対から２００塩基対の長さの増幅産物が得られるようなプライマーペアが作成可能な４９個の遺伝子を抽出した。結果を表１に示す。
【０１０３】
【表１−１】
2022002506.tif 000002
【０１０４】
【表１−２】
2022002506.tif 000003
【０１０５】
以上より、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ株間で高度に保存されており、かつ所望の遺伝子増幅産物を生成するプライマーペアが作成可能である、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子が４９個抽出された。
【０１０６】
実施例２：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子における高特異性領域の抽出
上記手順１〜４後に下記手順５〜７を行うことで、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子を抽出した。
【０１０７】
［手順５］相同性検索プログラム「Ｂｌａｓｔ＋」を用いて、ＮＣＢＩが公開しているゲノムデータベースからダウンロードした計１１，５９６件の全ゲノム配列をデータベースとして、［手順４］で抽出した遺伝子の相同性検索を行った。抽出した遺伝子と部分的に同じ配列を持つＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域を抽出した。
【０１０８】
［手順６］マルチプルアライメントツール「Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｏｍｅｇａ」を用いて、［手順４］で抽出したＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子と、［手順５］で抽出した部分的に同じ配列であるＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域のアライメントを行った。
【０１０９】
［手順７］Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の配列中で、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致しない領域をＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列として抽出した。
【０１１０】
結果を図１〜図４９に示す。図の左端がＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の５’末端を示し、図の右側がＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の３’末端を示す。図の上段において、黒色はＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の配列中でＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致する領域であり、白色はＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的遺伝子の配列中でＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致しない領域である。図の下段において、黒色は全３８のＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓゲノムのうち１ゲノムでも残り全てのＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓゲノムと異なる配列である領域であり、白色は３８ゲノム全てが同じ配列である領域である。上段・下段共に白色で表される、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外の微生物のゲノム領域と一致せず、且つ株間多様性のない領域について図下の塩基配列で表す。
【０１１１】
［手順７］で抽出したＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子における高特異性領域を用いれば、核酸プローブによりＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ由来ＤＮＡを検出することで、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓを特異的、且つ、定量性高く同定・解析することが可能となる。
【０１１２】
実施例３：Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列に基づき設計されたプライマーの特異性の検証（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）
Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列を対象にプライマーを設計し、当該プライマーの特異性をｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで検証した。検証は、下記手順８および９で行った。
【０１１３】
［手順８］非検出対象における保有率が最も低い遺伝子のうち、遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」について、［手順４］で作成したＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列を検出するプライマーを検証に使用した。使用したフォワードプライマー配列は、「５’−ＡＴＴＧＣＡＧＡＧＡＴＧＴＧＧＧＣＴＣＣ−３’」（配列番号５０）であり、リバースプライマー配列は、「５’−ＣＴＴＣＴＧＣＣＴＣＣＴＡＣＡＣＣＧＴＣ−３’」（配列番号５１）である。配列番号５０の塩基配列は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のフォワードプライマーの塩基配列を示す。配列番号５１の塩基配列は、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のリバースプライマーの塩基配列を示す。
【０１１４】
［手順９］相同性検索プログラム「Ｂｌａｓｔ＋」を用いて、設計したプライマー配列（配列番号５０、配列番号５１）、及び、既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマー配列の相同性検索を［手順５］にてダウンロードした計１１，５９６件の全ゲノム配列をデータベースとして行った。既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なフォワードプライマー配列は、「５’−ＡＴＡＧＣＣＴＴＴＣＧＡＡＡＧＲＡＡＧＡＴ−３’」（配列番号５２）であり、リバースプライマー配列は、「５’−ＣＣＡＧＴＡＴＣＡＡＣＴＧＣＡＡＴＴＴＴＡ−３’」（配列番号５３）である。結果、設計したプライマー配列が前記非検出対象に存在しないことが確認された。一方、１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマー配列はＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔａｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｈｅｌｃｏｇｅｎｅｓに存在することが確認された。結果を図５０に示す。図５０において、縦軸はプライマー配列の存在が確認された菌種であり、横軸はプライマー配列である。ＨＵ＿ＦはＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のフォワードプライマー、ＨＵ＿ＲはＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のリバースプライマー、ｇ＿Ｂｆｒａ＿Ｆ３＿Ｆは既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なフォワードプライマー、ｇ＿Ｂｆｒａ＿Ｆ３＿Ｒは既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なリバースプライマーを示す。図５０において、ヒートマップ中の黒色はプライマー配列と細菌ゲノムが１００％一致または１塩基を除き全て一致していることを示し、白色はプライマー配列と細菌ゲノムに一致する場所が存在しなかったことを示している。
【０１１５】
本実施例の上記結果から、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列を検出するプライマー配列はＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ以外には存在せず、非特異検出が予想されないこと、および、既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子検出プライマー配列は複数のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属細菌に存在し、これら菌種の非特異検出が予想されることが確認された。
【０１１６】
実施例４：Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列に基づき設計されたプライマーの特異性の検証（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）
実施例３で作成したＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列遺伝子を検出するプライマーを用いて、当該遺伝子が実際に検出できるかをｉｎ  ｖｉｔｒｏで検証した。検証は、下記手順１０〜１２で行った。
【０１１７】
［手順１０］定量ＰＣＲの絶対定量のスタンダードとすることを目的に、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡを用いて、１０μＬのＰＣＲ反応溶液を調製した。反応溶液の成分は以下の通りである。以下に列挙した計２の反応溶液を調製した。
【０１１８】
＜反応溶液の成分＞
テンプレートＤＮＡ：１μＬ
Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ社製の「ＮＥＢＮｅｘｔ  Ｑ５  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔ  ＨｉＦｉ  ２Ｘ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ」：５μＬ
１０μＭに調製されたフォワードプライマー：０．５μＬ
１０μＭに調製されたリバースプライマー：０．５μＬ
精製水：３μＬ
【０１１９】
＜調製した反応溶液＞
（１）Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡと、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセット（配列番号５０、配列番号５１）を用いた反応溶液１
（２）Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡと、１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマーセット（配列番号５２、配列番号５３）を用いた反応溶液２
【０１２０】
［手順１１］調製したＰＣＲ反応溶液を用いてＰＣＲを実施した。ＰＣＲには、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社製のサーマルサイクラー「Ｖｅｒｉｔｉ」を用いた。ＰＣＲ反応条件は、９８℃で３０秒のインキュベーションを行った後、９８℃１０秒の熱変性、６５℃１５秒のアニーリングおよび７２℃３０秒の伸長反応を３５サイクル行うというものである。
【０１２１】
［手順１２］Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡを用いて、２０μＬの定量ＰＣＲ反応溶液を調製した。また、絶対定量のためのスタンダードとして、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７コピーのＰＣＲ増幅産物が含まれるＤＮＡ溶液を用いた２０μＬの定量ＰＣＲ反応溶液を調製した。反応溶液の成分は以下の通りである。以下に列挙した計４の反応溶液を調製した。
【０１２２】
＜反応溶液の成分＞
テンプレートＤＮＡ：１μＬ
Ｔｏｙｏｂｏ社製の「２ｘ  ＫＯＤ  ＳＹＢＲ  ｑＰＣＲ  Ｍｉｘ」：１０μＬ
１０μＭに調製されたフォワードプライマー：１μＬ
１０μＭに調製されたリバースプライマー：１μＬ
ＲＯＸ：０．４μＬ
精製水：６．６μＬ
【０１２３】
＜調製した反応溶液＞
（１）Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡと、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセット（配列番号５０、配列番号５１）を用いた反応溶液１
（２）Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡと、１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマーセット（配列番号５２、配列番号５３）を用いた反応溶液２
（３）［手順１０〜１１］の通り、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡとＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセットを用いてＰＣＲ増幅した増幅産物で、１０３または１０４または１０５または１０６または１０７コピーのＰＣＲ増幅産物が含まれるＤＮＡ溶液と、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセット（配列番号５０、配列番号５１）を用いた反応溶液３
（４）［手順１０〜１１］の通り、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムＤＮＡと１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマーセットを用いてＰＣＲ増幅した増幅産物で、１０３または１０４または１０５または１０６または１０７コピーのＰＣＲ増幅産物が含まれるＤＮＡ溶液と、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセット（配列番号５０、配列番号５１）を用いた反応溶液４
【０１２４】
［手順１３］調製した定量ＰＣＲ反応溶液を用いて定量ＰＣＲを実施した。定量ＰＣＲには、Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製の「Ｍｘ３００５Ｐ」を用いた。定量ＰＣＲ反応条件は、９８℃で２分のインキュベーションを行った後、９８℃１０秒の熱変性、６０℃１０秒のアニーリング、６８℃３０秒の伸長反応を４０サイクル行うというものである。
【０１２５】
［手順１４］取得したスタンダードデータから遺伝子コピー数とＣｔ値の検量線を作成し、取得したサンプルデータからテンプレートＤＮＡ中の遺伝子コピー数を算出した。算出結果をテンプレートＤＮＡ溶液のＤＮＡ濃度とＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムサイズから算出した理論値と比較した。比較結果を図５１に示す。実験内で３個のテクニカルレプリケートで実施し、平均値を解析に用いた。図５１において、白色のグラフは、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的な遺伝子（遺伝子ＩＤ「Ｋ２１５５６」）検出用のプライマーセット（配列番号５０、配列番号５１）を用いたｑＰＣＲの絶対定量値を示し、黒色のグラフは、１６Ｓ  ｒＲＮＡを検出するＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓに特異的なプライマーセット（配列番号５２、配列番号５３）を用いたｑＰＣＲの絶対定量値を示し、網掛けのグラフはＢ．ｆｒａｇｉｌｉｓ  ＪＣＭ  １１０１９株のゲノムサイズから算出した理論値を示す。図５１において、棒グラフの頂点は３個のテクニカルレプリケートでの平均値を示し、エラーバーは３個のテクニカルレプリケートでの標準誤差を示す。
【０１２６】
本実施例の上記結果から、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ特異的な遺伝子配列を検出するプライマーで、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓが実際に検出できること、および、既存の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子検出による定量に比べ絶対定量値が正確であることが確認された。
【図１】
2022002506.tif 000004
【図２】
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【図３Ａ】
2022002506.tif 000006
【図３Ｂ】
2022002506.tif 000007
【図４Ａ】
2022002506.tif 000008
【図４Ｂ】
2022002506.tif 000009
【図５Ａ】
2022002506.tif 000010
【図５Ｂ】
2022002506.tif 000011
【図６】
2022002506.tif 000012
【図７】
2022002506.tif 000013
【図８】
2022002506.tif 000014
【図９】
2022002506.tif 000015
【図１０Ａ】
2022002506.tif 000016
【図１０Ｂ】
2022002506.tif 000017
【図１１】
2022002506.tif 000018
【図１２】
2022002506.tif 000019
【図１３】
2022002506.tif 000020
【図１４】
2022002506.tif 000021
【図１５】
2022002506.tif 000022
【図１６Ａ】
2022002506.tif 000023
【図１６Ｂ】
2022002506.tif 000024
【図１６Ｃ】
2022002506.tif 000025
【図１７】
2022002506.tif 000026
【図１８】
2022002506.tif 000027
【図１９】
2022002506.tif 000028
【図２０】
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【図２１】
2022002506.tif 000030
【図２２】
2022002506.tif 000031
【図２３】
2022002506.tif 000032
【図２４Ａ】
2022002506.tif 000033
【図２４Ｂ】
2022002506.tif 000034
【図２５】
2022002506.tif 000035
【図２６Ａ】
2022002506.tif 000036
【図２６Ｂ】
2022002506.tif 000037
【図２７Ａ】
2022002506.tif 000038
【図２７Ｂ】
2022002506.tif 000039
【図２７Ｃ】
2022002506.tif 000040
【図２８】
2022002506.tif 000041
【図２９】
2022002506.tif 000042
【図３０】
2022002506.tif 000043
【図３１】
2022002506.tif 000044
【図３２Ａ】
2022002506.tif 000045
【図３２Ｂ】
2022002506.tif 000046
【図３２Ｃ】
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【図３３】
2022002506.tif 000048
【図３４】
2022002506.tif 000049
【図３５】
2022002506.tif 000050
【図３６】
2022002506.tif 000051
【図３７】
2022002506.tif 000052
【図３８】
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【図３９】
2022002506.tif 000054
【図４０】
2022002506.tif 000055
【図４１】
2022002506.tif 000056
【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
2022002506.tif 000060
【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５１】
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【配列表】
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