(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
胃腫瘍の処置を必要とする患者における胃腫瘍を処置する方法において使用するための、単独の活性剤として有効量の抗ＥＧＦＲ抗体を含む医薬組成物であって、
前記医薬組成物が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅を有する患者のみに投与するためのものであり、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記医薬組成物。
【請求項２】
前記胃腫瘍が胃腺癌である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記患者が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅を有し、ＨＥＲ２バイオマーカーを有さないと判定されている、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項４】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を胃腫瘍を有する患者の試料において検出する工程を含む、前記患者が抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置に好適かどうか判定するための方法であって、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在が、前記患者が抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置に適していることを示し、ＥＧＦＲ遺伝子増幅の非存在が、前記患者が抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置に適していないことを示し、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項５】
胃腫瘍を有する患者の試料を受け取る工程、ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を前記試料において検出するための試験を行う工程、及び前記患者の医療提供者に試験結果を提供する工程を含む、ラボサービスを提供するための方法であって、
前記方法が、前記医療提供者がＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在を検出された患者のみに胃腫瘍を処置するために単独の活性剤として抗ＥＧＦＲ抗体を処方することを補助するためのものであり、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項６】
胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料におけるＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を検出する工程を含む、前記胃腫瘍に罹患している対象における抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置の応答性または有効性をモニターするための方法であって、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在が、抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置を用いた処置の有効性を示し、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項７】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を検出する工程を含む、胃腫瘍に罹患している対象を処置するための処置レジメンを決定することを補助するための方法であって、
前記処置レジメンが、ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在を検出された対象のみに与えられるものであり、前記処置が、対象への単独の活性剤としての抗ＥＧＦＲ抗体の投与からなり、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項８】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を検出する工程を含む、胃腫瘍に罹患している対象についての処置有効性を予測するための方法であって、
ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在が、肯定的な処置有効性を示し、前記処置が、対象への単独の活性剤としての抗ＥＧＦＲ抗体の投与からなり、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項９】
（ａ）胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料においてＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を検出する工程、及び
（ｂ）ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在に関する情報を、前記対象の診断または処置のために医療提供者に提供する工程
を含む、データを提供するための方法であって、
前記方法が、前記医療提供者がＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在を検出された対象のみに胃腫瘍を処置するために単独の活性剤として抗ＥＧＦＲ抗体を処方することを補助するためのものであり、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項１０】
前記検出工程の前に前記医療提供者から前記生体試料を受け取る工程をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料においてＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在を検出する工程、及び
（ｂ）ＥＧＦＲ遺伝子増幅の存在または非存在に関する情報を、抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置の胃腫瘍の処置有効性の予測または判定を提供する実体に提供する工程
を含む、抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置の胃腫瘍の処置有効性をモニターする、予測する、または決定するために有用な情報を提供する方法であって、
前記実体が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅を有する対象のみが抗ＥＧＦＲ抗体単独療法の処置に応答性であることを予測または判定し、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記方法。
【請求項１２】
前記試料が、血液、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液（ｓｅｍｅｎ）、精液（ｓｅｍｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー液）、排泄物、生検材料、腹水、脳脊髄液、リンパ液、および組織抽出試料または生検試料から選択される、請求項４〜６および９〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、前記患者の試料において検出され、前記試料が、血液、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液（ｓｅｍｅｎ）、精液（ｓｅｍｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー液）、排泄物、生検材料、腹水、脳脊髄液、リンパ液、および組織抽出試料または生検試料から選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
胃腫瘍の処置のためのＥＧＦＲ遺伝子増幅の検出に好適な試薬を含むキットであって、
前記胃腫瘍の処置が、胃腫瘍の処置を必要とする患者への単独の活性剤としての有効量の抗ＥＧＦＲ抗体の投与を含む胃腫瘍を処置するための方法に従って行われ、前記患者が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅を有すると判定されており、前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、リアルタイム定量ＰＣＲによって決定された場合に、１つの核あたり４コピーを超えるＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムによって決定された場合に、少なくとも７コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であるか、または蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定された場合に、少なくとも２．８コピーのＥＧＦＲ遺伝子コピー数であり、かつ前記抗ＥＧＦＲ抗体がセツキシマブである、前記キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、全ての目的のためにその全体において参照により本明細書に組み入れられる、２０１３年３月１４日に出願された、国際特許出願ＰＣＴ／ＣＮ２０１３／０７２６３８号の恩典を主張する。
【０００２】
発明の分野
本発明は、概して胃腫瘍を処置するための方法に関し、具体的には、特定の上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーを有すると以前に判定されている患者を処置するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
胃癌腫（ＧＣ）は、全世界で年間約１００万件の診断及び約７０万件の死亡例１があり、東アジアでの発生率が高い２、最も一般的及び死に至る癌の一つである。しかしながら、ＧＣ患者の大半に関して、外科手術よりほかに利用できる有効な処置選択肢は非常に少ない。ＨＥＲ２を標的とするモノクローナル抗体である、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））のみが承認された標的療法であるが、より高いＨＥＲ２（ＥＧＦＲ２）遺伝子の発現３及び増幅を有するＧＣ患者のごく一部に限られている。ＧＣに有意な利益を実証することができる最近承認された薬剤は、かかる緊急の必要性を満たすのに特に魅力的であり得る。ＥＲＢＢ１／ＨＥＲ１とも呼ばれる、ＥＧＦＲは、ＨＥＲ２と同じファミリーに属し、大腸癌腫（ＣＲＣ）、ＧＣ及び非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）などを含む上皮癌において発現される受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）である。セツキシマブはモノクローナル抗体であり、ＥＧＦＲに結合し、そのリガンドに誘導される下流のシグナル伝達をブロックし、ゆえに細胞増殖を阻害する。セツキシマブは食品医薬品局（ＦＤＡ）によって、ＫＲＡＳ変異をコドン１２／１３で活性化することなくＥＧＦＲ発現性転移性大腸癌（ｍＣＲＣ）を処置する４、及び頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）を処置する５ことについては承認されたが、セツキシマブはいまだＧＣの処置については承認されていない。進行性ＧＣについてのセツキシマブ／化学療法剤の併用処置におけるいくつかの第ＩＩ相臨床試験があるが、それらの研究はまだ現在の基準治療（ＳＯＣ）を超える有意に優れた臨床的な利益を実証していない６−８。Ｍｅｒｃｋ  Ｓｅｒｏｎａ社による無作為化比較第ＩＩＩ相試験は、その主要評価項目を満たせなかったと最近報告している（ＮＣＴ００６７８５３５：進行食道胃、癌におけるゼローダおよびシスプラチンと組み合わせたエルビタックス、またはＥＸＰＡＮＤ）。
【０００４】
それゆえ、新規の有効な標的療法が緊急に必要とされている。本発明は、新規の有効な標的療法及び他の利点を提供する。
【発明の概要】
【０００５】
本発明の一態様は、胃腫瘍を処置するための方法であって、かかる処置を必要とする患者に有効量の薬剤を投与する工程を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、薬剤は、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）に対するものである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲの下流のシグナル伝達経路に対するものである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲのリガンドのアンタゴニストまたは抗体であり、例えば、上皮成長因子（ＥＧＦ）、形質転換成長因子α（ＴＧＦα）、ＨＢ−ＥＧＦ、アンフィレギュリン、ベータセルリン、エピゲン（ｅｐｉｇｅｎ）、及び／またはエピレグリンのアンタゴニストまたは抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、小分子である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲ及びＥｆｂＢ２／Ｈｅｒ２／ｎｅｕなどのＥｒｂＢ受容体ファミリーの別のメンバーによって形成されたヘテロ二量体に対するものである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲによって形成されたホモ二量体に対するものである。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲに対する抗体または抗体様治療的実体（抗ＥＧＦＲ抗体処置）、例えばセツキシマブである。いくつかの実施形態では、患者はＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている。本方法の一実施形態では、胃腫瘍は胃腺癌である。本方法の別の実施形態では、抗ＥＧＦＲ薬は抗ＥＧＦＲ抗体である。別の実施形態では、抗ＥＧＦＲ薬はセツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、抗体８０６、Ｓｙｍ００４、またはＭＭ−１５１である。ある特定の実施形態では、抗ＥＧＦＲ薬は二つ以上の抗ＥＧＦＲ薬の組み合わせである。別の実施形態では、本方法は、抗ＥＧＦＲ薬を胃腫瘍のための標準的処置と組み合わせて投与する工程をさらに含む。一実施形態では、本方法は、抗ＥＧＦＲ薬を化学療法または放射線療法と組み合わせて投与する工程をさらに含む。なおもさらなる実施形態では、本方法は、抗ＥＧＦＲ薬を、シスプラチン及びカペシタビン、５−フルオロウラシル、オキサリプラチン、イリノテカン、ドセタキセル、パクリタキセル、ドキソルビシンマイトマイシンＣ、エトポシド、ゲムシタビンまたはカルボプラチンの一つ以上と組み合わせて投与する工程を含む。さらに本明細書で概説するように、一実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、ＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現である。この点について、ＥＧＦＲ遺伝子増幅は、所定の数より多いＥＧＦＲ遺伝子コピー数を含み得る。ＥＧＦＲ過剰発現は、所定のレベルより高いＥＧＦＲ  ＲＮＡ、タンパク質、または活性のレベルを含み得る。本方法のある特定の実施形態では、患者はＥＧＦＲバイオマーカーを有し、ＨＥＲ２バイオマーカーを有さないと判定されている。ゆえに、一実施形態では、患者は抗ＨＥＲ２薬を伴わずに抗ＥＧＦＲ薬を投与される。
【０００６】
本発明の別の態様は、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を患者の試料において検出する工程を含み、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在が、患者が抗ＥＧＦＲ処置に好適であることを示すことを特徴とする、患者が抗ＥＧＦＲ処置に好適かどうか判定するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、処置は、一つ以上の、ＥＧＦＲに対する薬剤、ＥＧＦＲの下流のシグナル伝達経路に対する薬剤、ＥＧＦＲのリガンドに対する薬剤、ＥＧＦＲによって形成されるホモ二量体またはＥＧＦＲ及びＥｒｂＢ受容体ファミリーの別のメンバーによって形成されるヘテロ二量体に対する薬剤を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＥＧＦＲ薬である。いくつかの実施形態では、抗ＥＧＦＲ薬は、抗ＥＧＦＲ抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗ＥＧＦＲ抗体は、セツキシマブを含む。
【０００７】
本発明のさらなる態様は、胃腫瘍を有する患者の試料を受け取る工程、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を試料において検出するための試験を行う工程、及び患者の医療提供者に試験結果を提供する工程を含む、ラボサービスを提供するための方法を提供する。
【０００８】
本発明のさらに別の態様は、ＥＧＦＲバイオマーカーの検出に好適な試薬と、本明細書に記載の方法に従って胃腫瘍を処置するためにＥＧＦＲバイオマーカーを使用するための説明書とを含むキットを提供する。
【０００９】
なおも別の実施形態では、本発明は、抗ＥＧＦＲ薬、例えばセツキシマブを用いた胃腫瘍の処置または処置の有効性を予測する、判定する、評価するまたはモニターするために有用な情報を提供するための方法を提供する。本方法は、患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有するかどうか判定する工程も含む。
【００１０】
なおも別の実施形態では、本発明は、胃腫瘍に罹患している対象における抗ＥＧＦＲ処置の応答性または有効性をモニターするための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する方法を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、所定の基準レベルと比較したＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現である。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在は、患者が処置に対して応答者であること、及び抗ＥＧＦＲ処置が患者において有効性を有し得ることを示し、一方でＥＧＦＲバイオマーカーの非存在は、患者が処置に対して応答者でなく、抗ＥＧＦＲ処置が患者において有効性を有さない可能性があることを示す。
【００１１】
なおも別の実施形態では、本発明は、胃腫瘍に罹患している対象を処置するための処置レジメンを決定するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、所定の基準レベルと比較したＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現である。いくつかの実施形態では、処置レジメンは、生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に基づいて決定される。
【００１２】
なおも別の実施形態では、本発明は、胃腫瘍に罹患している対象についての処置有効性を予測するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、所定の基準レベルと比較したＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現である。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在は、肯定的な処置有効性を示す。
【００１３】
なおも別の実施形態では、本発明は、データを提供するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に関する情報を医療提供者に対象の診断または処置のために提供する工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、検出工程の前に医療提供者から生体試料を受け取る工程をさらに含む。
【００１４】
なおも別の実施形態では、本発明は、抗ＥＧＦＲ処置の処置有効性をモニター、予測または判定するために有用な情報を提供する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料における、所定の基準レベルと比較したＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する方法を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に関する情報を、処置有効性の予測または判定を提供する実体に提供する工程をさらに含む。
【００１５】
本明細書に記載の全ての方法について、いくつかの実施形態では、患者におけるＥＧＦＲ活性のベースラインレベルは、抗ＥＧＦＲ処置の前に検出される。ＥＧＦＲ活性のかかるベースラインレベルは、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数、転写産物量、転写産物の安定性、転写速度、翻訳速度、翻訳後修飾、タンパク質量、タンパク質安定性、及び／またはタンパク質酵素活性、などを含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、所定の基準レベルと比較したときの、患者のＥＧＦＲ活性のベースラインレベルにおける増加は、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在を示す。
【００１６】
本明細書に記載の全ての方法について、いくつかの実施形態では、生体試料は、血液、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液（ｓｅｍｅｎ）、精液（ｓｅｍｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー液）、排泄物、生検材料、腹水、脳脊髄液、リンパ液、組織抽出試料または生検試料から選択される。
[本発明1001]
処置を必要とする患者に有効量の抗ＥＧＦＲ薬を投与する工程を含む、胃腫瘍を処置するための方法であって、前記患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている、前記方法。
[本発明1002]
前記胃腫瘍が胃腺癌である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記抗ＥＧＦＲ薬が抗ＥＧＦＲ抗体である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記抗ＥＧＦＲ薬が、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、抗体806、Ｓｙｍ004、またはＭＭ−151である、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記抗ＥＧＦＲ薬が、2種以上の抗ＥＧＦＲ薬の組み合わせである、本発明1001の方法。
[本発明1006]
胃腫瘍の標準的処置と組み合わせて前記抗ＥＧＦＲ薬を投与する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1007]
化学療法または放射線療法と組み合わせて前記抗ＥＧＦＲ薬を投与する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
シスプラチン及びカペシタビン、または5−フルオロウラシル、オキサリプラチン、イリノテカン、ドセタキセル、パクリタキセル、ドキソルビシンマイトマイシンＣ、エトポシド、ゲムシタビン、カルボプラチンと組み合わせて前記抗ＥＧＦＲ薬を投与する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1009]
前記ＥＧＦＲバイオマーカーが、ＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現である、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、所定の数より多いＥＧＦＲ遺伝子コピー数を含む、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記ＥＧＦＲ過剰発現が、所定のレベルより高いＥＧＦＲ  ＲＮＡ、タンパク質、または活性のレベルを含む、本発明1009の方法。
[本発明1012]
前記患者が、ＥＧＦＲバイオマーカーを有し、ＨＥＲ2バイオマーカーを有さないと判定されている、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記患者が、抗ＨＥＲ2薬を伴わずに抗ＥＧＦＲ薬を投与される、本発明1012の方法。
[本発明1014]
ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を患者の試料において検出する工程を含む、患者が抗ＥＧＦＲ処置に好適かどうか判定するための方法であって、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在が、前記患者が前記抗ＥＧＦＲ処置に好適であることを示す、前記方法。
[本発明1015]
胃腫瘍を有する患者の試料を受け取る工程、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を前記試料において検出するための試験を行う工程、及び前記患者の医療提供者に試験結果を提供する工程を含む、ラボサービスを提供するための方法。
[本発明1016]
対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む、胃腫瘍に罹患している対象における抗ＥＧＦＲ処置の応答性または有効性をモニターするための方法であって、前記ＥＧＦＲバイオマーカーが、所定の基準レベルと比較してのＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現であり、前記ＥＧＦＲバイオマーカーの存在が、前記抗ＥＧＦＲ処置を用いた処置の有効性を示す、前記方法。
[本発明1017]
対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む、胃腫瘍に罹患している対象を処置するための処置レジメンを決定するための方法であって、前記ＥＧＦＲバイオマーカーが、所定の基準レベルと比較してのＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現であり、処置レジメンが、前記生体試料における前記ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に基づいて決定される、前記方法。
[本発明1018]
対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程を含む、胃腫瘍に罹患している対象についての処置有効性を予測するための方法であって、前記ＥＧＦＲバイオマーカーが、所定の基準レベルと比較してのＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現であり、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在が、肯定的な処置有効性を示す、前記方法。
[本発明1019]
（ａ）胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料におけるＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程、及び（ｂ）ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に関する情報を前記対象の診断または処置のために医療提供者に提供する工程を含む、データを提供するための方法。
[本発明1020]
前記検出工程の前に前記医療提供者から前記生体試料を受け取る工程をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1021]
（ａ）胃腫瘍に罹患している対象からの生体試料において、所定の基準レベルと比較してＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出する工程、及び（ｂ）ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在に関する情報を、前記処置有効性の予測または判定を提供する実体に提供する工程を含む、抗ＥＧＦＲ処置の処置有効性をモニターする、予測する、または決定するために有用な情報を提供する方法。
[本発明1022]
ＥＧＦＲ活性のベースラインレベルが抗ＥＧＦＲ処置の前に検出され、所定の基準レベルと比較したときのＥＧＦＲ活性の前記ベースラインレベルにおける増加が、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在を示す、本発明1001〜1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
生体試料が、血液、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液（ｓｅｍｅｎ）、精液（ｓｅｍｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー液）、排泄物、生検材料、腹水、脳脊髄液、リンパ液、および組織抽出試料または生検試料から選択される、本発明1001〜1022のいずれかの方法。
[本発明1024]
ＥＧＦＲバイオマーカーの検出に好適な試薬と、本発明1001の方法に従って胃腫瘍を処置するために前記ＥＧＦＲバイオマーカーを使用するための説明書とを含む、キット。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
本発明は、添付の図面と併せて以下の詳細な説明に関連してより完全に理解される。
【００１８】
【図１】セツキシマブに対するＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデル応答：パネルＡ（図１Ａ）：応答者（上位３モデル）及び非応答者（８モデルの下位３列）のセツキシマブによる代表的な腫瘍増殖阻害。パネルＢ（図１Ｂ）：モデルＧＡ００２２の薬力学的分析。セツキシマブ処置後０、６、２４及び７２時間の時点でのモデルＧＡ００２２腫瘍のｐＥＲＫ−ＩＨＣ解析。ＩＨＣ画像及びスコアの両方を示す。パネルＣ（図１Ｃ）：ＰＤＸ−ＧＣモデルをセツキシマブに対する腫瘍応答によって分類する（ＤＴ／ＤＣ）。右部の応答者はより高いＥＧＦＲのｍＲＮＡレベル及びＩＨＣ染色強度、及び２ケースのみ（ＧＡ００７５及びＧＡ０１５２、ＣＮ＞５）の遺伝子増幅を表示する。
【図２】抗腫瘍活性とＥＧＦＲ遺伝子増幅及び過剰発現の相関関係。（四角内のアイテムはＥＧＦＲ遺伝子増幅を伴うモデルを表す）。パネルＡ（図２Ａ）：セツキシマブに対するＧＣ−ＡＤＣ腫瘍応答の滝グラフ；パネルＢ（図２Ｂ）。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＳＮＰ６チップ解析を使用したＧＣモデルのＥＧＦＲ遺伝子コピー数解析。パネルＣ（図２Ｃ）。Ａｆｆｙｍｅｔｉｘ社のＧｅｎｅＣｈｉｐ  ＨＧ−Ｕ２１９で測定される相対的なｍＲＮＡレベル。Ｄ  ｐＰＣＲによって測定されるＥＧＦＲのｍＲＮＡ発現。
【図３】ＬｏｂｏｄａのＲＡＳ経路シグネチャースコア（ｐａｔｈｗａｙ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｓｃｏｒｅｓ）を継時的に腫瘍サイズに対してプロットした。ＬｏｂｏｄａのＲＡＳ経路シグネチャースコアは、腫瘍応答に相関性がほぼ無いことが見出された。
【図４】ＥＧＦＲ過剰発現／遺伝子増幅を伴うＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルは、ＨＥＲ２過剰発現／遺伝子増幅を有さない。パネルＡ：ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２発現レベル；パネルＢ：ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２遺伝子コピー数。
【図５】応答者及び非応答者の代表的な画像。応答者ＧＡ０１５２及びＧＡ００７５は、ＩＨＣスコア３＋、及び遺伝子増幅（ＧＡ００７５、ＣＮ＝５．８；ＧＡ０１５２、ＣＮ＞１５）を表示し、一方で非応答者ＧＡ０１１９及びＧＡ０１３９は、ＩＨＣの低発現を伴い、遺伝子増幅を伴わない。左：応答者及び非応答者の代表的な腫瘍成長曲線。真ん中：腫瘍モデルのＩＨＣ解析；右：胃癌腫における２色ＦＩＳＨアッセイ。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
発明の詳細な説明
本発明は、概して抗ＥＧＦＲ薬を用いた胃腫瘍を処置するための方法、具体的には、特定のＥＧＦＲバイオマーカーを有すると以前に判定されている患者を処置するための方法に関する。本発明は、治療薬、つまり抗ＥＧＦＲ抗体を、ＥＧＦＲタンパク質をコードする遺伝子の増幅またはＥＧＦＲの過剰発現（ｍＲＮＡ発現、タンパク質発現、または活性レベルによって測定される）を有すると見出された患者に投与することによる処置に対して応答する可能性が高い患者の処置を可能にする。本発明は、一部には、例えば蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって、マイクロアレイ分析によって、または当該分野で周知の他の方法によって検出される、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、またはＥＧＦＲ過剰発現が、ＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ過剰発現が処置に対する応答に相関するために、処置する患者を選択するための基盤を提供するという発見に基づく。
【００２０】
一態様では、本発明は、患者の試料においてＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を検出することを含み、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在が、患者が抗ＥＧＦＲ処置に好適であると示すことを特徴とする、患者が抗ＥＧＦＲ処置に好適かどうか判定するための方法を提供する。
【００２１】
薬剤は、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）に対する任意の薬剤であることができる。本明細書で用いるとき、ＥＧＦＲに対する薬剤は、ＥＧＦＲの活性を改変することができる組成物、例えば、ＥＧＦＲの活性を増加、低減、除去、増強、遅延、減少、またはブロックすることができる組成物を指す。いくつかの実施形態では、組成物は、転写レベル、翻訳レベル、翻訳後レベル、及び／またはタンパク質レベルでＥＧＦＲに対する。組成物は、特異的にＥＧＦＲを標的とすることができる、または少なくともＥＧＦＲを標的とすることができる。いくつかの実施形態では、組成物は、ＥＧＦＲの遺伝子抑圧及び／または遺伝子サイレンシング、例えば、ＥＧＦＲのノックダウンまたはノックアウトを引き起こすことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、例えばＥＧＦＲのそのリガンドに対する結合活性及び／または下流シグナル伝達経路を誘導するその能力を改変するなど、ＥＧＦＲタンパク質の活性を改変することができる。いくつかの実施形態では、薬剤はＥＧＦＲのリガンドのアンタゴニストまたは抗体であり、例えば、上皮成長因子（ＥＧＦ）、形質転換成長因子α（ＴＧＦα）、ＨＢ−ＥＧＦ、アンフィレギュリン、ベータセルリン、エピゲン、及び／またはエピレグリンのアンタゴニストまたは抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤はＥＧＦＲ及び／またはリガンドを標的とし、リガンド−受容体結合をブロックすることができる。いくつかの実施形態では、薬剤は、受容体及び／またはリガンドにおける立体構造変化を引き起こす及びＥＧＦＲ媒介細胞シグナル伝達を減少させるまたは不活性化させることができる。
【００２２】
いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲ及びＥｆｂＢ２／Ｈｅｒ２／ｎｅｕなどのＥｒｂＢ受容体ファミリーの別のメンバーによって形成されたヘテロ二量体、または二つのＥＧＦＲ分子によって形成されたホモ二量体に対するものである。
【００２３】
いくつかの実施形態では、薬剤は、ＥＧＦＲの下流のシグナル伝達経路に対するものである。本明細書で用いるとき、用語「ＥＧＦＲの下流のシグナル伝達経路に対する薬剤」は、ＥＧＦＲの一つ以上の下流標的など、ＥＧＦＲのシグナル伝達経路下流の活性を改変することができる薬剤を含む組成物を指す。ＥＧＦＲシグナル伝達経路は、Ｓｅｃｈａｃｈａｒｙｕｌｕら、（Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｔｈｅ  ＥＧＦＲ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｔｈｅｒ  Ｔａｒｇｅｔｓ，２０１２年１月；１６（１）：１５−３１．）、Ｏｄａら、（Ａ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｔｈｗａｙ  ｍａｐ  ｏｆ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｂｉｏｌｏｇｙ１：２００５．００１０）、及びＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ＥＧＦＲ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｐａｔｈｗａｙ（Ｐａｔｈｗａｙ  Ｍａｐｓ，Ｔｈｏｍｓｏｎ  Ｒｅｕｔｅｒｓ，２０１２）にて記載されており、そのそれぞれが全ての目的のためにその全体において本明細書に組み込まれる。
【００２４】
いくつかの実施形態では、薬剤は小分子を含む。本明細書で用いるとき、用語「小分子」は、５００ＭＷ未満の分子量を有する分子を指し、ここで該薬剤は非ペプチジルまたはペプチド薬剤である。いくつかの実施形態では、薬剤は、タンパク質またはポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ハイブリッド分子を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＥＧＦＲ抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、抗ＥＧＦＲリガンド抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ヒト化抗ＥＧＦＲリガンド抗体である。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。
【００２５】
いくつかの実施形態では、薬剤は抗ＥＧＦＲ抗体である。いくつかの実施形態では、薬剤は、セツキシマブまたはその機能的変異体または誘導体である。抗ＥＧＦＲ抗体の非限定的な例は、そのそれぞれが全ての目的のためにその全体において参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ公開番号ＷＯ／２０１１／１４０１５１、ＷＯ／２００７／０５８８２３、ＷＯ／２０１１／０８０２０９、ＷＯ／２０１０／０８０４６３、ＷＯ／２０１２／０２００５９、ＷＯ／２０１１／０８０２０９、ＷＯ／２０１１／０５９７６２、ＷＯ／２０１１／１５２５２５、ＷＯ／２０１１／１４０２５４、ＷＯ／２０１０／０３４４４１、ＷＯ／２０１１／１５６６１７、ＷＯ／２００５／０９０４０７、ＷＯ／２０１３／００６５４７、ＷＯ／２００８／１４０４９３、ＷＯ／２０１１／１５６６１７、米国特許第５９４２６０２号、６１２９９１５号、７７２３４８４号、７６１８６３１号、７５９８３５０号、及び米国特許出願公開第２０１００１６６７５５号、２００８０２７４１１４号、２０１３０１４２８１２号、２０１１０１５８９８７号、２０１２０１０７２３４号、２０１１０１１７１１０号、２０１１０２８７００２号、２０１２０１４９８７９号、２０１２０２８２６３３号、２０１００００９３９０号、２００５０２３８６４０号、２００６０１５４３３４号、２０１２０２３１０２１号及び２０１３０１４９２９９号、に記載されている。
【００２６】
本明細書で用いるとき、用語「上皮成長因子受容体」（「ＥＧＦＲ」）は、上皮成長因子（ＥＧＦ）に結合し、それによって活性化される、膜ポリペプチドをコードする遺伝子を指す。ＥＧＦＲは、ＥＲＢＢ、ＥＲＢＢ１及びＨＥＲ１としても文献で知られている。例示的なＥＧＦＲは、ヒト上皮成長因子受容体である（Ｕｌｌｒｉｃｈら、（１９８４）Ｎａｔｕｒｅ３０９：４１８−４２５；Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ−００５２１９．２；完全長コード配列ＡＹ５８８２４６．１を参照）。ＥＧＦリガンドの結合はＥＧＦＲを活性化する（例えば、細胞内の分裂促進的なシグナル伝達、ＥＧＦＲの自己リン酸化の活性化をもたらす）。当業者は、ＥＧＦに加えて、他のリガンドがＥＧＦＲに結合でき、活性化できることを理解するだろう。かかるリガンドの例には、アンフィレギュリン、エピレギュリン、ＴＧＦ−α、ベータセルリン、及びヘパリン結合ＥＧＦ（ＨＢ−ＥＧＦ）が含まれるが、これに限定されない。ヒト、ＥＧＦＲの細胞内ドメインは、ＥＧＦＲの膜貫通ドメインに隣接するアミノ酸からＣＯＯＨ末端までのポリペプチド配列を含む。細胞内ドメインは、特に、チロシンキナーゼドメインを含む。
【００２７】
本明細書で用いるとき、「ＥＧＦＲ遺伝子」は、ＥＧＦＲ遺伝子産物、例えばＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ、ＥＧＦＲポリペプチドなどをコードする核酸を指す。
【００２８】
本明細書で用いるとき、「抗ＥＧＦＲ薬」は、直接的または間接的にＥＧＦＲに結合し、ＥＧＦＲの活性化を阻害する、またはＥＧＦＲの下流のシグナル伝達経路の活性を変調することが可能な任意の薬剤を指す。抗ＥＧＦＲ薬は、ＥＧＦＲに結合してＥＧＦＲの活性化を阻害する抗体、ならびにＥＧＦＲの活性化を阻害する小分子チロシンキナーゼ阻害剤または「キナーゼ阻害剤」を含む。ＥＧＦＲに対する抗体は、ＩｇＧ；ＩｇＭ；ＩｇＡ；ＥＧＦＲ結合能を保持する抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、一本鎖抗体など；キメラ抗体；などを含む。ＥＧＦＲの小分子チロシンキナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲ選択的チロシンキナーゼ阻害剤を含む。ＥＧＦＲの小分子チロシンキナーゼ阻害剤は、約５０Ｄａから約１０，０００Ｄａの範囲の分子量を有することができる。
【００２９】
本発明によれば、「抗ＥＧＦＲ薬」または「ＥＧＦＲ阻害剤」は、任意のＥＧＦＲを含む、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）の発現及び／または生物学的活性を阻害する（ブロックする、減少させる、拮抗する、低減させる、逆行させる）任意の薬剤であることができる。従って、抗ＥＧＦＲ薬は、薬剤／化合物／ペプチドの設計物または選択物、抗体またはその抗原結合断片、タンパク質、ペプチド、核酸（リボザイム、アンチセンス、ＲＮＡｉ及びアプタマーを含む）、またはＥＧＦＲの発現及び／または生物学的活性を阻害する任意の他の薬剤を含むことができるが、これに限定されない。例えば、ＥＧＦＲの周知阻害剤には、薬剤である、ゲフィチニブ（ＺＤ１８３９、Ｉｒｅｓｓａ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、英国）及びエルロチニブ（ＯＳＩ７７４、Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、米国）、及びモノクローナル抗体であるセツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ社）が含まれる。しかしながら、本発明は、これらの特定の薬剤に限定されず、このような薬剤またはこれらの薬剤と実質的に同様の生物学的活性を有する薬剤のアゴニストを含むことができる。ＥＧＦＲなどのタンパク質の生物学的活性または生物学的作用は、インビボ（つまり、タンパク質の天然の生理学的環境下）またはインビトロ（つまり、実験室条件下）で測定されるまたは観察されるように、天然に存在する形態のタンパク質によって呈されるまたは行われる任意の機能（複数可）を指す。ＥＧＦＲの生物学的活性としては、ＥＧＦへの結合、受容体ホモ二量体化またはヘテロ二量体化、チロシンキナーゼ活性、及び細胞のホメオスタシス及び発達に関連する下流活性が挙げられるが、これに限定されない。
【００３０】
チロシンキナーゼ阻害剤は、腫瘍細胞などの細胞内の受容型及び／または非受容型チロシンキナーゼを標的とする治療薬または薬剤のクラスを表す。ある特定の例では、チロシンキナーゼ阻害剤は、抗体ベース（例えば、抗チロシンキナーゼモノクローナル抗体など）またはポリヌクレオチドベース（例えば、チロシンキナーゼアンチセンスオリゴヌクレオチド、低分子干渉リボ核酸など）形態の標的療法である。好ましくは、チロシンキナーゼ阻害剤は、酵素のＡＴＰ結合部位に結合することにより標的チロシンキナーゼを阻害する小分子である。小分子チロシンキナーゼ阻害剤の例としては、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標）；ＳＵ１１２４８）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）；ＯＳＩ−１７７４）、ラパチニブ（ＧＷ５７２０１６；ＧＷ２０１６）、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、セマクサニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６）、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標）；ＳＴ１５７１）、ダサチニブ（ＢＭＳ−３５４８２５）、レフルノミド（ＳＵ１０）、バンデタニブ（Ｚａｃｔｉｍａ（登録商標）；ＺＤ６４７４）、その薬学的に許容され得る塩、その誘導体、その類似体、及びそれらの組み合わせが含まれるが、これに限定されない。本発明での使用に好適なチロシンキナーゼ阻害剤のさらなる例としては、キナゾリン（例えば、ＰＤ１５３０３５、４−（３−クロロアニリノ）キナゾリン、など）、ピリドピリミジン、ピリミドピリミジン、ピロロピリミジン（例えば、ＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１、ＣＧＰ６２７０６、など）、ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２、３−ｄ］ピリミジン、クルクミン（ジフェルロイルメタン）、４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド、ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン、キノキサリン（例えば、米国特許第５，８０４，３９６号を参照）、トリホスチン（ｔｒｙｐｈｏｓｔｉｎ）（例えば、米国特許第５，８０４，３９６号を参照）、ＰＤ０１８３８０５、ＰＫＩ−１６６、ＥＫＢ−５６９、ＩＭＣ−１Ｃ１１、Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（登録商標）（ＬＹ９００００３；ＩＳＩＳ３５２１）、及びＰＣＴ公開番号、ＷＯ９９／０９０１６、ＷＯ９８／４３９６０、ＷＯ９７／３８９８３、ＷＯ９９／０６３７８、ＷＯ９９／０６３９６、ＷＯ９６／３０３４７、ＷＯ９６／３３９７８、ＷＯ９６／３３９７９、及びＷＯ９６／３３９８０に記載のチロシンキナーゼ阻害剤が挙げられる。
【００３１】
例示的な抗ＥＧＦＲ薬は抗ＥＧＦＲ抗体であり、抗ＥＧＦＲ抗体：免疫学的に有効な断片（Ｆａｂ、Ｆｖ）及び免疫コンジュゲート、特に免疫サイトカインを含む、マウス、キメラまたはヒト化バージョンの、セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（商標））、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（商標））、マツズマブ、ニモツズマブ、抗体８０６、Ｓｙｍ００４、及びＭＭ−１５１を含むが、これに限定されない。ＥＧＦＲの細胞外ドメインに特異的な他の抗体（または他の結合分子）は、当該分野で周知であり、本明細書での使用が企図される（例えば、米国特許第５、４５９、０６１号号、５、５５８、８６４号、５、８９１、９９６号、６、２１７、８６６号、６、２３５、８８３号、６、６９９、４７３号、及び７、０６０、８０８号；欧州特許第ＥＰ０３５９２８２号及びＥＰ０６６７１６５号を参照）。
【００３２】
本明細書で用いる用語「腫瘍試料」は、癌患者から得られた腫瘍材料を含む試料を意味する。この用語は、臨床試料、例えば外科的切除によって得られた組織、及びコア生検または細針生検などの生検によって得られた組織を包含する。この用語は、原発腫瘍以外の部位から得られた腫瘍細胞、例えば末梢循環腫瘍細胞を含む試料も包含する。この用語は、患者の腫瘍細胞の後代となる細胞、例えば、原発腫瘍細胞または抹消循環腫瘍細胞に由来する細胞培養試料を包含する。この用語は、インビボで腫瘍細胞から流出したタンパク質または核酸物質を含む可能性のある試料、例えば骨髄、血液、血漿、血清などを包含する。この用語は、この用語はまた、調達した後に、腫瘍細胞を濃縮したか、さもなければ操作した試料、及び患者の腫瘍材料から得られるポリヌクレオチド及び／またはポリペプチドを含む試料を包含する。
【００３３】
本明細書で用いるとき、用語「マーカー」または「バイオマーカー」は、広範囲の細胞内及び細胞外事象ならびに生体全体の生理学的変化を包含する。マーカーは、本質的に細胞機能の任意の側面、例えば、これに限定されないが、シグナル伝達分子、転写因子、代謝物、遺伝子転写物ならびにタンパク質の翻訳後修飾の産生のレベルまたは速度を表し得る。マーカーは、転写レベル、速度、及び／または安定性の一部及び／または全体のゲノム解析、及びタンパク質レベル、活性及び／または修飾の一部及び／または全体のプロテオーム解析を含み得る。シグネチャーは、臨床的に正常な対象と比較して、処置される対象における上方制御または下方制御された遺伝子または遺伝子産物を指し得る。シグネチャーは、処置されていない対象と比べて、疾患を有する処置された対象の上方制御または下方制御された遺伝子または遺伝子産物も意味し得る。すなわち、この遺伝子または遺伝子産物は、処置された細胞に対し十分に特異的であるため、小分子の有効性を同定、予測、または検出するために、任意選択的に他の遺伝子または遺伝子産物とともに使用され得る。ゆえに、いくつかの実施形態では、シグネチャーは、疾患細胞における化合物の有効性または化合物による処置に対する疾患細胞の応答性に特徴的な、遺伝子または遺伝子産物である。
【００３４】
本明細書で用いるとき「ＥＧＦＲバイオマーカー」は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲの過剰発現を指す。ＥＧＦＲの過剰発現は、転写産物量、転写産物の安定性、転写速度、翻訳速度、翻訳後修飾、タンパク質量、タンパク質安定性、及び／またはタンパク質酵素活性、ｍＲＮＡ、タンパク質及び／またはタンパク質活性、などによって測定される過剰発現に関し得る。本明細書で用いるとき、用語「遺伝子活性」は、遺伝子発現レベル、ＲＮＡ活性レベル、またはタンパク質活性レベルを指す。本明細書で用いるとき、用語「ＲＮＡ活性レベル」は、ｍＲＮＡ量、合成速度、及び／または安定性などを指す。本明細書で用いるとき、用語「タンパク質活性レベル」は、タンパク質量、合成速度、安定性、酵素活性、リン酸化速度、などを指す。
【００３５】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーに関する情報は、一つ以上の試験から得られる。試験は、対象自身、医師、看護師、試験機関、医療提供者、または試験をすることが可能な任意の他の当事者によって実行されることができる。バイオマーカー情報を含有する試験結果は、次いで、同じ当事者または第二の当事者、例えば、対象自身、医師、看護師、試験機関、医療提供者、内科医、臨床試験の担当者、病院、研究室、研究機関、または対象が薬剤に応答性を有するかどうかを判定するための試験を分析することが可能な任意の他の当事者によって分析されることができる。
【００３６】
ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数またはＥＧＦＲの過剰発現の閾値（複数可）は確立されることができ、患者の腫瘍試料におけるＥＧＦＲ遺伝子コピー数またはＥＧＦＲ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、「所定の閾値」（「所定のレベル」または「所定のカットオフ値」とも呼ぶ）と比較されることができる。
【００３７】
ＥＧＦＲコピー数または発現レベルの、所定のカットオフとも呼ばれることのある、所定のレベルは、当該分野で周知の方法、具体的には受信者動作特性曲線または「ＲＯＣ」曲線を使用して確立され得る。実際に、ＲＯＣ曲線は、一般的に、変数の値を「正常」及び「疾患」集団におけるその相対的頻度に対してプロットすることによって、及び／または処置前、処置中／処置後の対象からの結果の比較によって計算される。ある特定の実施形態では、正常試料対試験試料におけるＥＧＦＲ発現または遺伝子コピー数、またはその両方が比較される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、増加は、一つ以上の基準レベルと比較することによって、または基準レベルとして当該分野で周知であるレベルと比較することによって判定される。遺伝子増幅、発現の増加、ＲＮＡまたはＤＮＡレベルの増加を測定する方法、ならびに、タンパク質が恒常的に活性であるかどうか判定する方法は、当該分野で周知であり、本発明では任意のかかる方法が採用されることができる。
【００３８】
ＥＧＦＲバイオマーカー、またはＨＥＲ２などの対象となる他のバイオマーカー、の存在または非存在を判定するために、特定の試験またはアッセイで使用されるレポーター基から検出されるシグナルは、通常、所定のカットオフ値または所定の閾値に対応するシグナルと比較される。一実施形態では、バイオマーカーの検出のための所定の閾値は、疾患を有さない、例えば胃癌を有さない患者からの試料から得られる平均レベルである。一般に、所定の閾値を３つの基準偏差超えるシグナルを生成する試料は、癌に陽性であると考えられる。代替の好ましい実施形態では、カットオフ値は、ＲＯＣを使用して決定され、Ｓａｃｋｅｔｔら，Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｂａｓｉｃ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌｉｔｔｌｅ  Ｂｒｏｗｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，１９８５，ｐ．１０６−７の方法に従う。簡潔には、この実施形態では、カットオフ値は、診断試験結果に対するそれぞれの可能なカットオフ値に相当する真の陽性率（すなわち、感受性）及び偽陽性率（１００％特異性）のペアのプロットから決定することができる。左上の角に最も近い（つまり、最も大きい領域を囲む値）プロットのカットオフ値は、最も精密なカットオフ値であり、この方法によって決定されるカットオフ値より高いシグナルを生成する試料は陽性であると考えられ得る。あるいは、偽陽性率を最小にするためにカットオフ値はプロットに沿って左に移行されてよく、または偽陰性率を最小にするために右に移行されてよい。一般に、この方法によって決定されるカットオフ値より高いシグナルを生成する試料は、癌に陽性であると考えられる。
【００３９】
いくつかの実施形態では、抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置に対する患者の応答を表すＲＯＣ曲線は、目的関数を規定するために使用され得る。例えば、目的関数は、ＲＯＣ曲線下面積を反映し得る。抗ＥＧＦＲ薬を用いて処置される患者におけるＥＧＦＲ遺伝子コピー数（例えば、ＥＧＦＲ遺伝子増幅）またはＥＧＦＲの過剰発現のレベルに関して曲線下面積を最大化させることによって、癌に罹患している患者が抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置に応答するか否かを最大化させ得る。いくつかの他の実施形態では、ＲＯＣ曲線は、特定の値より大きい曲線下面積を提供するように制約され得る。０．５の曲線下面積を有するＲＯＣ曲線は、完全な不確定性を示し、一方で１．０の曲線化面積は、二つのセットが完全に分離されることを反映する。ゆえに、ある特定の実施形態では、０．７５などの、最小の許容値が制約として使用され得る。
【００４０】
他の実施形態では、ＲＯＣ曲線の勾配が１に等しい点の使用；感度と特異度の積が最大になる点の使用などの他の特性；またはこれらのＲＯＣ曲線の特性の二つ以上の組み合わせが、目的関数を規定するために使用され得る。
【００４１】
ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ過剰発現（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現）は、腫瘍が生じたのと同じタイプの正常組織内に比べ、腫瘍組織内で少なくとも約２倍、３倍、４倍、５倍、６倍またはより高いレベルで存在する。
【００４２】
いくつかの実施形態では、所定の閾値と比べて、腫瘍試料中のＥＧＦＲ遺伝子コピー数のレベルの増加またはＥＧＦＲの過剰発現、またはその両方は、癌に罹患している患者が抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置に対して応答性であるだろうことを示す。いくつかの実施形態では、所定の閾値と比較して、腫瘍試料中のＥＧＦＲ遺伝子コピー数レベルの低減は、癌に罹患している患者がＥＧＦＲ阻害剤を用いた処置に応答性でないだろうことを示す。
【００４３】
本発明は、一部には、ＥＧＦＲバイオマーカー（過剰発現及び／または遺伝子増幅）を有するＨｕＰｒｉｍｅモデルはＨＥＲ２バイオマーカー（過剰発現及び／または遺伝子増幅）をさらに有さないことの観察に関し、逆も同様、すなわち単一モデルにおいてＥＧＦＲ及びＨＥＲ２両方の過剰発現（遺伝子増幅）が観察されないことにも関する（実施例を参照）。従って、一実施形態では、所定の閾値に比較して腫瘍試料におけるＥＧＦＲ遺伝子コピー数のレベルの増加またはＥＧＦＲの過剰発現及びＨＥＲ２バイオマーカーの欠如は、抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置をする患者を選択するための指標として使用される。この点について、ヒトチロシンキナーゼ受容体型受容体（ＨＥＲ２）遺伝子のヌクレオチド配列も、当該分野で周知であり、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｍ１６７８９、Ｍ１６７９０、Ｍ１６７９１、Ｍ１６７９２及びＭ１１７３０（参照により全て本明細書に組み込まれる）に見出される。ヌクレオチドプローブ及び抗ＨＥＲ２抗体も当該分野で周知であり、ＨＥＲ２遺伝子及びタンパク質に対するプローブとして、その発現レベル／活性を決定するために利用可能である。
【００４４】
用語「遺伝子コピー数」（ＧＣＮ）は、通常、ゲノムあたりの遺伝子の数として定義される。用語「ＥＧＦＲ遺伝子コピー数」は、１つの核に対するＥＧＦＲ遺伝子の数の比率を意味する。非腫瘍形成性細胞または非腫瘍性細胞では、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数は２と同様かまたは２未満である。インサイチューハイブリダイゼーションを用いて検出された場合、非腫瘍形成性起源または非腫瘍性起源の組織切片では、ＧＣＮは２と同様かまたは２未満である。
【００４５】
用語「ＥＧＦＲ遺伝子コピー数の増加」、「ＥＧＦＲ遺伝子コピー数の増幅」または「ＥＧＦＲ遺伝子増幅」は、患者に関連する腫瘍の細胞における上述で規定した比率が、同一起源の非腫瘍性細胞に関連する腫瘍の細胞における特定の比率または閾値と比較して、高いまたは増幅していることを意味する。一実施形態では、この比率、または閾値（ＥＧＦＲ遺伝子数／核）は、２または３または４または５または６または７より大きい。別の実施形態では、当該比率または閾値は４と同様か、４より大きい。ある特定の実施形態では、用語、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数の増加または増幅は、非腫瘍形成性または非腫瘍性細胞のＥＧＦＲ遺伝子コピー数よりも大きいＧＣＮを意味する。ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ  ＧＣＮ、または閾値は、４超であり得、例えば、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、３０．５、１４、１４．５、１５、５０．５、１６またはそれ以上である。ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ  ＧＣＮ、または閾値は４未満、例えば３．５、３、または２．５であり得る。
【００４６】
いくつかの実施形態では、４と同様または４より大きいＥＧＦＲ遺伝子コピー数により、抗ＥＧＦＲ薬剤を用いた処置に対して応答する可能性が高い、癌に罹患している患者が同定される。
【００４７】
ＥＧＦＲ遺伝子コピー数の「増加」または「増幅」に当てはまるこれらの前述の値によれば、ＥＧＦＲ阻害剤または抗ＥＧＦＲ抗体を用いた処置に対して、応答しない、または有効にまたは正に応答しない、または非応答である、患者の腫瘍細胞によって表される相対的に低減または低いまたは非増幅のコピー数についての比率値は２未満である。一実施形態では、当該比率、または閾値は４未満である。いくつかの実施形態では、４未満のＥＧＦＲ遺伝子コピー数により、癌に罹患し、かつ抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置に対して非応答である可能性が高い患者が同定される。
【００４８】
ＥＧＦＲバイオマーカー、例えば、遺伝子増幅またはＥＧＦＲの過剰発現、または対象となる他のバイオマーカー（例えば、ＨＥＲ２バイオマーカー）の存在を判定するための方法は、遺伝子発現プロファイリングを含む。かかる方法は、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション解析に基づく方法、ポリヌクレオチドの配列決定に基づく方法、及びプロテオミクスをベースとする方法を含む。試料におけるｍＲＮＡ発現の定量化のための当該分野で周知である例示的な方法として、ノーザンブロッティング及びインサイチューハイブリダイゼーション（Ｐａｒｋｅｒ＆Ｂａｒｎｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ１０６：２４７−２８３（１９９９））；ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイ（Ｈｏｄ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ１３：８５２−８５４（１９９２））；及び逆転写ＰＣＴ（ＲＴ−ＰＣＲ）などのＰＣＲをベースとする方法（Ｗｅｉｓら，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ８：２６３−２６４（１９９２））が挙げられる。ＤＮＡ二本鎖、ＲＮＡ二本鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二本鎖またはＤＮＡ−タンパク質二本鎖を含む、配列特異的二本鎖を認識することができる抗体が採用され得る。次世代シーケンシング、ｑＰＣＲ、ｑｃＰＣＲ、及びデジタルＰＣＲもＥＧＦＲ発現レベルを判定するために使用されてよい。
【００４９】
ＲＮＡまたはＤＮＡなどの核酸のレベルを検出するための方法は、十分に説明されてきており当業者に周知である。ＲＮＡを検出するための方法には、限定されないが、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット解析、遺伝子発現解析、マイクロアレイ解析、遺伝子発現チップ解析、ハイブリダイゼーション技術（ＦＩＳＨを含む）、Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ＢｅａｄＣｈｉｐアレイ、及びクロマトグラフィーならびに当該分野で周知の任意の他の技術を含むことができる。ＤＮＡを検出するための方法には、限定されないが、ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、ハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨを含む）、マイクロアレイ解析、ＳＮＰ検出アッセイ、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ及びクロマトグラフィーならびに当該分野で周知の任意の他の技術を含むことができる。
【００５０】
タンパク質及びポリペプチドを検出するための方法には、限定されないが、タンパク質濃度の分光光度定量法、定量的アミノ酸分析、タンパク質濃度アッセイ、クロマトグラフィーアッセイ、ウェスタンブロット解析、ゲル電気泳動、（クマシーブルー、シルバーステイン、サイバーグリーン、サイバーゴールドを含むがこれに限定されない染色手順が後に続く）、ハイブリダイゼーション、多重サイトカインアッセイ、イムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ、ビシンコニン酸（ＢＣＡ）タンパク質アッセイ、ブラッドフォードタンパク質アッセイ、及びローリータンパク質アッセイならびに当該分野で周知の任意の他の技術を含むことができる。タンパク質検出は、安定または活性なタンパク質のレベルを検出することも含むことができ、カイネティックアッセイ、キナーゼアッセイ、酵素アッセイ及び翻訳後修飾アッセイ（例えば、リン酸化及びグリコシル化状態を判定するためのアッセイ）などの方法も採用されることができる。
【００５１】
本明細書で用いるとき、用語「所定の基準レベル」または「所定の活性プロファイル」は、特定の集団における一つ以上のバイオマーカーの平均、代表的な特性、または特徴を表す基準化されたデータまたはデータセットを指す。かかる特性または特徴は、転写産物量、転写産物の安定性、転写速度、翻訳速度、翻訳後修飾、タンパク質量、タンパク質安定性、及び／またはタンパク質酵素活性、などを含むがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、対象の特定の集団は、約５、約１０、約２０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、約１０００、約５０００、約１０，０００、またはそれ以上の個別の対象からなる。所定の活性プロファイルは、対象の特定の集団が全て薬剤に曝される前、最中、後に収集された基準化されたデータまたはデータセットであることができる。いくつかの実施形態では、特定の集団は、臨床的に正常な対象からなる。本明細書で用いるとき、用語「臨床的に正常な対象」は、胃腫瘍に関連する症状を有さない、または実質的に有さない対象を指す。所定の基準レベルは、当業者に周知の様々な方法を使用して規定することができる。一般に、バイオマーカーについての基準レベルは、正常、健常対照対象から得た十分に大きい数の試料においてＥＧＦＲバイオマーカーのレベルを決定することによって決定される。いくつかの実施形態では、基準レベル情報は、公に利用可能なデータベース、並びに他の情報源から得ることができる（例えば、Ｂｕｎｋ，Ｄ．Ｍ．，Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．，２８（４）：１３１−１３７（２００７）；Ｓｕｒａｊ  Ｐｅｒｉ１ら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３：２３６３−２３７１（２００３）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｔｗｅｎｔｙ  Ｆｉｒｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（２００５）を参照）。
【００５２】
バイオマーカーレベルの検出、定量及び比較に関する方法について、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｅｄ．Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｍ．（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｌａｓｔ，Ｅｄ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊｏｈｎ  Ｅ．，ら（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｅｄ．Ｅｇｌｉ，Ｍａｒｔｉｎ（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｅｄ．Ｂａｘｅｖａｎｉｓ，ＡｎｄｒｅａｓＤ．（２０１０）；及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，第３版，Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊｏｓｅｐｈ（２００１）（その全てがその全体において参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
【００５３】
ＥＧＦＲ発現レベルはまた、任意の様々な利用可能なマイクロアレイを使用して評価されることができる。この方法では、対象のポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）を基板上に配置する。次いで、配置された配列を、検査試料のｍＲＮＡから生成した、検出可能に標識したｃＤＮＡと特異的ハイブリダイゼーションに好適な条件下で接触させる。ｍＲＮＡの供給源は、典型的には、腫瘍試料から、場合によっては、内部対照として同じ患者の正常組織または細胞株から単離した全ＲＮＡである。ｍＲＮＡは、例えば、凍結した組織試料またはアーカイブ保管パラフィン包埋及び固定（例えば、ホルマリン固定）の組織試料から抽出されることができる。本明細書で使用するための例示的なマイクロアレイは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＨＧ−Ｕ２１９  ＧｅｎｅＣｈｉｐまたはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＳＮＰ６アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、カリフォルニア州サンタクララ）を含むがこれに限定されない。
【００５４】
ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数またはｍＲＮＡ発現レベルの検出は、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して達成される。核酸ハイブリダイゼーションは、単純に、プローブ及びその相補的標的が相補的塩基対合を通して安定したハイブリッド二本鎖を形成できる条件下で、プローブ（例えば、オリゴヌクレオチドまたはより大きなポリヌクレオチド）と標的核酸を接触させることを含む。本明細書で用いるとき、ハイブリダイゼーション条件は、核酸分子を使用して類似の核酸分子を同定する標準ハイブリダイゼーション条件を指す。かかる標準条件は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｓ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９において開示されている。Ｓａｍｂｒｏｏｋらの同書は、その全体において参照により本明細書に組み込まれる（具体的には、９．３１〜９．６２頁を参照）。加えて、ヌクレオチドの様々なミスマッチ度を許容するハイブリダイゼーションを達成するために適切なハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を計算する式が当業者に周知である。
【００５５】
低いストリンジェンシー条件（例えば、低温及び／または高塩濃度）下では、アニーリングした配列が完全に相補的ではない場合でも、ハイブリッド二本鎖（例えば、ＤＮＡ：ＤＮＡ、ＲＮＡ：ＲＮＡまたはＲＮＡ：ＤＮＡ）が形成するだろう。したがって、ハイブリダイゼーションの特異性は、低いストリンジェンシーでは低下する。逆に、高いストリンジェンシー（例えば、高温またはより低い塩濃度）では、ハイブリダイゼーションの成功には、ミスマッチがより少ないことが必要である。
【００５６】
ハイブリダイズした核酸は、試料核酸に結合した一つ以上の標識を検出することによって検出される。標識は、当業者に周知の多くの手法のうちのいずれによって組み込まれてよい。
【００５７】
一実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数はＣＦＩＳＨ解析を使用して検出される。ＦＩＳＨ（２色）の手順は、本明細書の実施例に記載のものなどの市販の試薬及び方法を使用して行われることができる（例えば、Ａｂｂｏｔｔ社のＰａｔｈＶｙｓｉｏｎ  ＥＧＦＲ  ＤＮＡ  Ｐｒｏｂｅ  Ｋｉｔ（Ａｂｂｏｔｔ、イリノイ州ダウナーズ・グローブ）を参照）。ある特定の実施形態では、かかるＦＩＳＨ解析に使用される標識プローブは、染色体７ｐ１２上のＥＧＦＲ遺伝子座に特異的なスペクトラムオレンジ蛍光標識ＥＧＦＲ（３０３ｋｂ）及び／または染色体７のセントロメア領域（ＣＥＰ７；７ｐ１１．１〜ｑ１１．１）に配置されたα−サテライトＤＮＡ配列を標的としたスペクトラムグリーン蛍光標識染色体エニュメレータープローブ（５．４ｋｂ）を含む。
【００５８】
多くの従来の検出方法は、酵素を活用する。高感度な検出のために一般に使用される酵素基質のタイプは、一般的には比色性、放射性、または蛍光性である。従来の比色基質は、発色基質に対する酵素作用で新しい色（またはスペクトル吸収の変化）を生成する。このタイプの検出は、生成される色素原が、光学顕微鏡検査によってまたは分光装置を用いて容易に検出されるという点で有利である。検出にかかる設備費用も、他の方法より一般的に少なく、例えば病理学では、西洋ワサビペルオキシダーゼ酵素が３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）基質に作用することによって生成される褐色は、生検切片の観察のために単純な明視野光学顕微鏡のみを必要とする。西洋ワサビペルオキシダーゼと併せて使用することができる他の色素原には、３−アミノ−９−エチルカルバゾール（ＡＥＣ）及びＢａｊｏｒａｎ  Ｐｕｒｐｌｅが含まれるが、これに限定されない。アルカリホスファターゼと併せて使用することができる他の色素原には、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ及びＦｅｒａｎｇｉ  Ｂｌｕｅが含まれるが、これに限定されない。多くの色素原が当業者に利用可能であり、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃなどの会社が提供するカタログを通して商業的に入手可能である。
【００５９】
検出方法において使用される様々な標識は、蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、など）、及び酵素（例えば、ＬａｃＺ、ＣＡＴ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、及びグルコースオキシダーゼ、アセチルコリンエステラーゼ及び一般に検出可能な酵素として使用される他の酵素）、またはストレプトアビジン／ビオチン、アビジン／ビオチンまたは、例えば、ウサギＩｇＧ及び抗ウサギＩｇＧを含む抗原／抗原複合体など、複合体を形成することが可能な結合対のメンバー；フルオロフォア；金や銀の粒子または量子ドットなどの光散乱物質またはプラズモン共鳴物質；または放射性標識；及び例えば、６．ｓｕｐ．ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｂｙ  Ｒｉｃｈａｒｄ  Ｐ．Ｈｏａｇｌａｎｄにおいて記載されるような当業者に周知の任意の他のシグナル生成標識で標識されたプローブを含む。ある特定の実施形態では、標識プローブは、染色体７ｐ１２上のＥＧＦＲ遺伝子座に特異的なスペクトラムオレンジ蛍光標識ＥＧＦＲ（３０３ｋｂ）及び／または染色体７のセントロメア領域（ＣＥＰ７；７ｐ１１．１〜ｑ１１．１）に配置されたα−サテライトＤＮＡ配列を標的としたスペクトラムグリーン蛍光標識染色体エニュメレータープローブ（５．４ｋｂ）を含む。
【００６０】
ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ遺伝子またはその断片などのハイブリダイズする核酸は、金属標識または「酵素的金属組織学」によって検出され、最も好ましくは、銀インサイチューハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）アッセイによって検出される（例えば、特許公開ＵＳ２００８０２９９５５５Ａ１を参照）。具体的には、酵素的金属組織学は、油浸を必要とすることなく従来の明視野顕微鏡によって染色体中の標的遺伝子の１コピーの検出を可能にする。ＳＩＳＨは、個々の遺伝子コピーに対する別個の金属沈着ドットなどのシグナルを個々に数え上げることができる解像度で遺伝子コピーの検出も可能にする。一実施形態では、本発明は、核内ヒト染色体７のＥＧＦＲ遺伝子の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５またはそれ以上のコピーを、別個の金属沈着ドットとして検出することを可能にする。
【００６１】
本発明による腫瘍細胞の遺伝子及び染色体のコピー数を、例えばＦＩＳＨまたはＳＩＳＨアッセイで核において測定することができ、タンパク質発現を、例えば免疫組織化学アッセイで腫瘍細胞の核、細胞質及び／または膜において評価することができる。これらの検査、例えば、ＦＩＳＨまたはＳＩＳＨ及び免疫組織化学、ならびに他の検出方法は、原発腫瘍、転移性腫瘍、局所再発腫瘍または他の腫瘍状態において実施することができる。腫瘍検体は、新鮮、凍結、固定または他の保存状態であってもよい。
【００６２】
ヒト上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子のヌクレオチド配列は、当技術分野で周知であり、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＹ５８８２４６（参照によって本明細書に組み込まれる）に見つけることができる。ヌクレオチドプローブも、当技術分野で周知であり、ＥＧＦＲ遺伝子の検出用プローブとして使用するために入手することができる。例えば、ＥＧＦＲ及び染色体７動原体の配列を検出するためのそのようなプローブが入手可能である（例えば、ＬＳＩ  ＥＧＦＲ  ＳｐｅｃｔｒｕｍＯｒａｎｇｅ／ＣＥＰ７ＳｐｅｃｔｒｕｍＧｒｅｅｎプローブ（Ｖｙｓｉｓ、Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ））。
【００６３】
タンパク質発現は、生検により得られた腫瘍組織及び腫瘍細胞材料などの好適な組織において検出されることができる。例えば、患者の固定化可能な腫瘍生検試料を、検出すべきタンパク質に選択的に結合する抗体、抗体断片またはアプタマーと接触させて、抗体、その断片またはアプタマーがそのタンパク質に結合したか否かを判定することができる。タンパク質発現は、当技術分野で標準の様々な方法を使用して測定することができ、それらの方法としては、限定されないが、ウェスタンブロット法、免疫ブロット法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、リン光、免疫組織化学的分析、マトリックス支援レーザ脱離イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡検査、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）及びフローサイトメトリーが挙げられる。一実施形態では、免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析をタンパク質発現の検出のために使用する。タンパク質発現を検出するためのＩＨＣ法及び好ましい評価基準は、例えば、Ｈｉｒｓｃｈら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２００３，２１：３７９８−３８０７に詳細に記載されている。
【００６４】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅または過剰発現は、ＥＧＦＲ活性の増加をもたらし得る。異常に高いＥＧＦＲの活性化は、いくつかの細胞内基質のリン酸化をもたらし、それが分裂促進シグナル伝達ならびに他の腫瘍誘導活性を生じさせる。従って、ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在を判定することは、細胞増殖アッセイ、アポトーシスアッセイ、受容体結合アッセイ、受容体リン酸化アッセイなどを使用して判定されるＥＧＦＲの生物学的活性の一つ以上の指標を測定することを含み得る。
【００６５】
バイオマーカーレベルの検出、定量及び比較に関する方法について、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｅｄ．  Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｍ．（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｌａｓｔ，Ｅｄ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊｏｈｎ  Ｅ．ら，（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｅｄ．Ｅｇｌｉ，Ｍａｒｔｉｎ（２０１０）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｅｄ．Ｂａｘｅｖａｎｉｓ，Ａｎｄｒｅａｓ  Ｄ．（２０１０）；及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊｏｓｅｐｈ（２００１）、（その全てがその全体において参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
【００６６】
本発明の別の態様は、胃腫瘍を有する患者の試料を受け取る工程、ＥＧＦＲバイオマーカーの存在または非存在を試料において検出するための本明細書に記載の試験を行う工程、及び患者の医療提供者に試験結果を提供する工程を含む、ラボサービスを提供するための方法を提供する。
【００６７】
本発明は、ＥＧＦＲバイオマーカーの検出に好適な試薬と、本明細書に記載の方法に従って胃腫瘍を有する患者への処置選択肢を決定するためにＥＧＦＲバイオマーカーを使用するための説明書とを含むキットも提供する。かかるキットは一般的に、診断アッセイを行うのに必要な二つ以上の構成要素を含む。構成要素は、化合物、試薬、容器及び／または装置であってよい。例えば、キット内の一つの容器は、ＥＧＦＲ（及び／またはある特定の実施形態では、ＨＥＲ２タンパク質）に特異的に結合するモノクローナル抗体またはその断片を含有し得る。かかる抗体または断片は、上述のように保持体材料に結合されて提供され得る。一つ以上のさらなる容器は、試薬または緩衝剤などの、アッセイにて使用される要素を封入し得る。かかるキットは、抗体結合の直接または間接検出に好適なレポーター基を含有する上述の検出試薬をさらに、または代替的に含有する。
【００６８】
あるいは、キットは、生体試料におけるＥＧＦＲ（及び／またはＨＥＲ２）タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを検出するように、またはＥＧＦＲ遺伝子増幅の検出用に設計され得る。かかるキットは、通常、上述のように、ＥＧＦＲタンパク質をコードするポリヌクレオチドまたはＥＧＦＲ  ＤＮＡへとハイブリダイズする少なくとも一つのオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを含む。かかるオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーションアッセイにて使用され得る。かかるキット内に存在し得るさらなる構成要素には、ＥＧＦＲまたはＨＥＲ２タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出を促進するために第二オリゴヌクレオチド及び／または診断試薬または容器が含まれ得る。
【００６９】
生体試料を得るための手段は当該分野で周知であり、生体試料を得るための任意の標準的な方法が採用されることができる。本発明の方法での使用が見出される生体試料は、血清、血液、血漿、全血及びその派生体、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液（ｓｅｍｅｎ）、精液（ｓｅｍｉｎａｌ、ｆｌｕｉｄ）、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー液）、排泄物、生検材料、腹水、脳脊髄液、リンパ液、組織抽出試料または生検試料を含むが、これに限定されない。（例えば、Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｖｏｌ．４２８  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｅｄ．Ａｎｔｏｎｉａ  Ｖｌａｈｏｕ（２００８）を参照）。一実施形態では、本発明の生体試料は、食道の任意の細胞または組織試料、例えば食道癌の部位上または循環細胞または遊走細胞を含む。別の実施形態では、本発明の生体試料は、食道の細胞または組織試料の任意の抽出または一部のまたは全体の分画、例えば食道癌の部位上または循環細胞または遊走細胞を含む。
【００７０】
医薬組成物及び処置方法
本発明は、胃腫瘍を処置するための方法であって、かかる処置を必要とする患者に本明細書に記載の治療有効量の抗ＥＧＦＲ薬を投与することを含み、ここで患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている、方法を提供する。本明細書で用いるとき、用語「有効量」は、所望の処置結果を与える一つ以上の化合物の量を指す。有効量は、一つ以上の投薬内に備えられ得る、つまり単回投薬または複数回投薬が所望の処置エンドポイントを達成するために必要とされ得る。用語「治療有効量」は、本明細書で用いるとき、場合によっては重大なマイナスのまたは有害副作用を引き起こすことなく、病状を処置する、または傷害または損傷を減らすまたは防ぐために必要な一つ以上の薬剤のレベルまたは量を指す。例えば、治療有効量は、例えば所望の治療結果（例えば疾患または病状の重症度の低減）を生成するのに十分にＥＧＦＲ経路を変調することができる一つ以上の化合物を含む、医薬製剤の量を含む。一実施形態では、胃腫瘍は胃腺癌である。本明細書に記載の方法は、本明細書に記載のように患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている場合の、腸型及びびまん型胃腺癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、消化管平滑筋肉腫、消化管カルチノイド及び消化管リンパ腫を含む任意のタイプの胃癌を処置するための方法を含む。ある特定の実施形態では、本方法は胃癌を処置するためのものである。具体的な実施形態では、本方法は、胃癌などのＥＧＦＲ発現癌を処置するための方法を含み、ここで癌は食道胃腺癌（ｅｓｏｐｈａｇｏｇａｓｔｒｉｃ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）（ＯＧＡ）または転移性大腸癌でないことを特徴とする。一実施形態では、本発明は、胃腫瘍を処置するための方法であって、かかる処置を必要とする患者に治療有効量の抗ＥＧＦＲ薬を上述のように投与することを含み、患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有し、ＨＥＲ２バイオマーカーを有さないと判定されている、方法を提供する。
【００７１】
別の実施形態は、患者は本明細書に記載のようにＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている場合の、癌患者に治療有効量の本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ薬（ＥＧＦＲ特異的抗体など）を投与することによって、腸型及びびまん型胃腺癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、消化管平滑筋肉腫、消化管カルチノイド及び消化管リンパ腫を含むが、これに限定されない、胃癌の転移を予防するための方法を提供する。この点について、本方法は、投与後、統計的に有意な方式（すなわち、当業者に周知であるだろう適切な対照と比較して）で胃癌の転移を阻害する、防ぐ、または遅らせる、ある量の抗ＥＧＦＲ薬を投与することを含む。ある特定の実施形態では、患者は、ＥＧＦＲバイオマーカーを有するが、ＨＥＲ２バイオマーカーは有さないと判定されている。ゆえに、一実施形態では、本発明は、胃癌の転移を防ぐための方法であって、それを必要とする患者が抗ＨＥＲ２薬を用いずに抗ＥＧＦＲ薬を投与される場合の、方法を提供する。
【００７２】
本明細書で使用するとき、用語「処置」、「処置する」などは、効果を得る目的で薬剤を投与することまたは手技（例えば放射線、外科手術等）を行なうことを指す。この効果は、癌などの疾患またはその症状を完全にまたは部分的に防止する点で予防的であり得、及び／または疾患またはその疾患の症状を部分的にまたは完全に治癒させる点で治療的であり得る。本明細書で使用するとき、「処置」は、哺乳類における、特にヒトにおける、癌などの疾患に対するいずれの処置も包含し、（ａ）疾患に罹患する可能性があるが、それに罹患しているとまだ診断されていない患者にその疾患またはその疾患の症状が起こるのを防止すること（例えば原疾患と関連するかまたは原疾患が原因となっている可能性がある疾患を含む）、（ｂ）疾患を阻害すること、すなわち、その進行を阻止すること、及び（ｃ）疾患を軽減すること、すなわち退縮をもたらすまたは疾患の進行を停止させることを含む。
【００７３】
抗ＥＧＦＲ薬処置に対する患者応答に関連して本明細書で使用する場合、用語「応答する」、「有益な応答」、「有益な患者応答」及び「臨床的に有益な応答」、「臨床的有益性」などは互換可能に使用され、薬剤に対する好ましくない応答、すなわち処置に非応答性である及び／または有害事象を有するとは反対の、薬剤に対する好ましい患者応答を指す。個々の患者において、いくつかの臨床的パラメータを用いて有益な応答を示すことができる。臨床的パラメータには、検出可能な腫瘍の消失（完全寛解、ＣＲ）、腫瘍サイズ及び／または癌細胞数の減少（部分寛解、ＰＲ）、腫瘍成長停止（不変、ＳＤ）、腫瘍の退縮または拒絶をもたらす可能性のある抗腫瘍免疫応答の増強；腫瘍に関連した一つ以上の症状のある程度の軽減；処置後の生存期間の増加；及び／または処置後の所与の時点での死亡率の減少が含まれる。腫瘍サイズ及び／または癌細胞数の継続的な増加及び／または腫瘍転移は、処置に対する有益な応答が欠如していることを示す。
【００７４】
集団においては、薬剤の臨床的有益性、すなわちその有効性は、一つ以上のエンドポイントに基づいて評価することができる。例えば、一実施形態では、全奏効率（ＯＲＲ）の分析では、薬剤処置の後にＣＲまたはＰＲになる患者を応答者と分類する。疾病管理（ＤＣ）の分析では、薬剤処置の後にＣＲ、ＰＲまたはＳＤになる患者を応答者と分類する。
【００７５】
本明細書で使用するとき、用語「無増悪生存期間」は、患者の処置から癌の増悪または患者の死亡のいずれでも最初に起こるまでの期間を指す。
【００７６】
本明細書で使用するとき、本発明に係る応答者は、抗ＥＧＦＲ処置の後に処置有効性を呈する（例えば、有益な臨床応答を呈する）個体である。患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されており、抗ＥＧＦＲ薬を用いた処置の後に有益な臨床応答を呈する患者は、応答者である。
【００７７】
本明細書で使用するとき、用語「非応答者」または「非応答性」は、ＥＧＦＲ阻害剤を用いた処置の後に、処置有効性（例えば、有益な臨床応答）を呈さない患者を指す。ある特定の実施形態では、非応答者はＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されていてもよい。他の実施形態では、非応答者はＥＧＦＲバイオマーカーを有さないと判定されていてもよい。
【００７８】
語句「処置有効性を判定する」または「処置の有効性を判定する」及びその変異形は、処置が利益を対象に提供することを判定するための任意の方法を含むことができる。用語「処置有効性」及びその変異形は、通常、疾患に関連する一つ以上の兆候または症状の緩和によって示され、当業者によって容易に判定されることができる。「処置有効性」は、典型的に、疾患の標準的または非標準的処置、すなわち癌の処置のための化学療法または放射線療法に関連する毒性の兆候及び症状の予防または改善も指しうる。処置有効性の判定は、通常は適応症及び疾患特異的であり、処置が有益な有効性を患者に提供していることを判定するために当該分野で周知または利用可能な任意の方法を含むことができる。例えば、処置有効性の証拠には、疾患または適応症の緩解を含むがこれに限定されず、癌についてこれは、腫瘍の大きさ、腫瘍転移などの低減または減少を含むが、これに限定されない。さらに、処置有効性は、限定されないが、患者の生活の質の向上、予測される対象生存率の増加、うつ病の低減または適応症の再発率の低減（緩解期間の増加）などの、対象の全体的な健康における全般的な改善も含むことができる（例えば、Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ'  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ（２０１０）を参照）。
【００７９】
本発明の方法について、ＥＧＦＲバイオマーカーは、ＥＧＦＲ  ＲＮＡレベル、恒常的に活性なＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ活性、ＥＧＦＲ経路活性化またはＥＧＦＲ経路シグナル伝達などのＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現についての任意のインビトロまたはインビボ指標であることができる。一実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、Ｌ８５８Ｒ／Ｔ７９０Ｍ二重変異、挿入変異（エクソン２０：２３１９〜２３２０）、欠失変異（エクソン１９：２２３６〜２３５０）などのＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現と関連するＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質レベルで変異の任意の形態を含む。別の実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、直接または間接的にＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／またはＥＧＦＲ過剰発現と関連する任意の測定を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーは、所定の基準レベルと比較したときの、ＥＧＦＲ遺伝子増幅、ＥＧＦＲ発現の増加、ＥＧＦＲ  ＲＮＡレベルの増加、恒常的に活性なＥＧＦＲ及びＥＧＦＲ経路活性化の増強またはＥＧＦＲ経路シグナル伝達の増強から選択される。
【００８０】
抗ＥＧＦＲ抗体などの本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ薬の、その物質だけ、または適切な医薬組成物中にある形での投与は、類似の有用性を提供するための任意の承認された様式の薬剤の投与を介して実行されることができる。医薬組成物は、抗ＥＧＦＲ薬（例えば、抗体）または抗ＥＧＦＲ薬含有組成物と適切な生理学的に許容され得る担体、希釈剤または賦形剤を組み合わせることによって調製されることができ、錠剤、カプセル、粉末、顆粒、軟膏、液剤、坐剤、注射剤、吸入剤、ゲル、ミクロスフェア、及びエアロゾルなどの、固体、半固体、液体、または気体の形態へと製剤化されてよい。加えて、他の、医薬活性成分（本明細書の他の箇所に記載のような他の抗がん剤を含む）及び／または塩、緩衝剤及び安定剤などの好適な賦形剤が、組成物の中に存在してもよいが、必須ではない。投与は、経口、非経口、経鼻、静脈内、皮内、皮下または局所を含むがこれに限定されない様々な異なる経路で達成されてよい。投与の好ましい様式は、処置または予防される状態の性質に依存する。癌の進行及び／または転移を、投与後、減少させる、阻害する、予防する、または遅らせる量は、有効であると考えられる。
【００８１】
抗ＥＧＦＲ抗体処置は、何ら制限なく、一つ以上の抗ＥＧＦＲ  ＣＤＲを有する任意の分子を含む抗ＥＧＦＲ抗体または抗体様治療薬を使用した任意の処置を含むことができる。一実施形態では、抗ＥＧＦＲ抗体処置は、任意の承認された抗ＥＧＦＲ抗体、例えば、セツキシマブ（アービタックスとしても知られる）またはそのバイオシミラーまたは誘導体、例えば、完全ヒト抗ＥＧＦＲ抗体、などを含む。セツキシマブ（北米ではＩｍＣｌｏｎｅ社及びＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ社によって、世界の残りの部分では、Ｍｅｒｃｋ社によって販売されている）は、上皮成長因子（ＥＧＦ）受容体（ＥＧＦＲ）の活性化をブロックする、組換え、ヒト／マウスキメラモノクローナル抗体である。セツキシマブは、転移性大腸癌及び頭頚部癌の処置のために静脈内投与によって与えられることができる。いくつかの実施形態では、セツキシマブは、ｐＨ７．０から７．４の無菌の無色の液体中に製剤化される。いくつかの実施形態では、セツキシマブは、１００ｍｇ（５０ｍＬ）または２００ｍｇ（１００ｍＬ）のいずれかに２ｍｇ／ｍＬの濃度で製剤化される。いくつかの実施形態では、セツキシマブは、単回使用バイアルに製剤化される。いくつかの実施形態では、セツキシマブ製剤は、８．４８ｍｇ／ｍＬの塩化ナトリウム、１．８８ｍｇ／ｍＬのリン酸ナトリウム二塩基性七水和物、０．４１ｍｇ／ｍＬリン酸ナトリウム一塩基一水和物、及び注射のための無菌水を含む。セツキシマブを投与するための方法及び製剤は、医療分野の当業者によって周知であり、任意の周知のセツキシマブを投与するための方法、セツキシマブの用法または、セツキシマブの製剤は、本発明の方法とともに使用することが企図される。詳細な組成物及びセツキシマブの使用方法は、米国特許第８０７５９１６号、７９７７３３６号、６２１７８６６号に記載されている（そのそれぞれが全ての目的のためにその全体において参照により組み込まれる）。
【００８２】
いくつかの実施形態では、本発明のバイオマーカーは、胃腫瘍に罹患している患者を処置するために使用される同一の薬剤及び／または異なる薬剤の有効性を示す別のバイオマーカーと一緒に使用されることができる。
【００８３】
いくつかの実施形態では、試料から得られた情報は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ遺伝子過剰発現レベルにおける増加または低減に基づくインデックス値を含むことができる。例えば、ＥＧＦＲ遺伝子増幅またはＥＧＦＲ遺伝子過剰発現のレベルは、増加または低減率に基づくインデックス値を割り当てられることができる。いくつかの実施形態では、増加または低減が大きければ、インデックス値も大きくなる。いくつかの実施形態では、インデックス値は複合物を生成するための群として蓄積されることができる。いくつかの実施形態では、複合物は所定の基準と比較される。いくつかの実施形態では、複合物の所定の基準に対する比較は、治療的実体を用いた処置の処置有効性を示す。いくつかの実施形態では、複合物の所定の基準に対する比較は、治療的実体を用いた処置の処置レジメンを改変するために使用されることができる。
【００８４】
ある特定の実施形態では、投与される量は、成長し得る腫瘍の量の統計的に有意な低減、例えば腫瘍質量における少なくとも５０％の低減、またはスキャン寸法の変更（統計学的有意性を伴う低減）によって示されるように、腫瘍退縮をもたらすのに十分である。他の実施形態では、投与される量は、胃癌において臨床的に妥当な減少をもたらすのに十分である。
【００８５】
処置の正確な用量及び間隔は、処置される疾患の関数であり、既知の試験プロトコルを使用して経験的に、または当該分野で周知のモデルシステムで組成物を試験してそこから推定することによって決定され得る。比較臨床治験もまた行われ得る。用量は、緩和するべき状態の重症度に伴っても変動し得る。医薬組成物は通常、望ましくない副作用を最小にしつつ、治療的に有用な効果を及ぼすように処方され投与される。組成物は、一度で投与されてもよく、または間隔を空けて投与される複数のより小さい用量に分割されてもよい。任意の具体的な対象について、個別の必要性に従って、特定の用量が継時的に調整され得る。
【００８６】
本明細書に記載のような抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物は、単独または、放射線療法、化学療法、移植、免疫療法、ホルモン療法、光線力学療法などの他の既知の癌処置と組み合わせて投与されてよい。組成物は、抗生物質と組み合わせて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、化学療法は、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エトポシド、ミトラマイシン、パクリタキセル、ドセタキセル、シスプラチン、カルボプラチン、フルオロウラシル、フォリン酸及びイリノテカンを含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、標的療法は、ベバシズマブ、トラスツズマブ、エルロチニブ、パニツムマブ、ソラフェニブ、インフリキシマブ、アダリムマブ、バシリキシマブ、ダクリズマブ及びオマリズマブを含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、放射線療法は、約４０Ｇｙから約８０Ｇｙの用量で投与される。いくつかの実施形態では、用量は約５０Ｇｙから約７０Ｇｙ、いくつかの実施形態では、用量は約５０Ｇｙから約６５Ｇｙである。いくつかの実施形態では、放射線療法は、約５０Ｇｙ、約５５Ｇｙ、約６０Ｇｙまたは約６５Ｇｙの用量で投与される。
【００８７】
これら及び関連する医薬組成物を投与する典型的な経路は、限定されないが、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、頬側、直腸、膣、及び鼻腔内を含む。本明細書で用いられる非経口という用語は、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射または注入技術を含む。本発明のある特定の実施形態に係る医薬組成物は、そこに含有される活性成分が患者への組成物の投与の際に生物学的に利用可能であることを可能にするように、製剤化される。対象または患者に投与されるだろう組成物は、一つ以上の投薬単位の形態をとってよく、例えば、錠剤は単一投薬単位であってもよく、エアロゾル形態での本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ剤の容器は複数の投薬単位を保持してよい。そのような剤形を調製する実際の方法は当業者に周知であるか、または明らかになるであろう；例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ａｎｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００）を参照。投与される組成物は、いずれにせよ、本明細書の教示に従い対象となる疾患または状態を処置するための、治療有効量の抗ＥＧＦＲ薬、例えば、本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ抗体を含有するだろう。
【００８８】
医薬組成物は固体または液体の形態であってよい。一実施形態では、組成物が例えば錠剤または粉末形態となるように、担体（複数可）は、粒子状である。組成物が、例えば吸入投与において有用である、例えば経口油、注射可能な液体またはエアロゾルで、担体（複数可）が液体であってよい。経口投与を意図するとき、医薬組成物は好ましくは固体または液体形態のいずれかであり、半固体、半液体、懸濁液及びゲル形態は本明細書では固体または液体のいずれかと考えられる形態に含まれる。
【００８９】
経口投与用の固体組成物として、医薬組成物は、粉末、顆粒、圧縮錠剤、丸剤、カプセル剤、チューインガム、ウエハなどに製剤化され得る。かかる固体組成物は、一般的には一つ以上の不活性希釈剤または食用担体を含むだろう。加えて、以下の１つ以上が存在し得る：カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶性セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチンなどの結合剤；デンプン、ラクトースまたはデキストリンなどの賦形剤、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、プリモゲル、コーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステロテックスなどの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤；スクロースまたはサッカリンなどの甘味剤；ペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香料などの香味剤；及び着色剤。医薬組成物がカプセルの形態、例えば、ゼラチンカプセルである場合、上記の種類の材料に加えて、ポリエチレングリコールまたは油などの液体担体を含有し得る。
【００９０】
医薬組成物は、液体、例えば、エリキシル、シロップ、溶液、エマルジョンまたは懸濁液の形態であってよい。液体は、２つの例として、経口投与用または注射による送達用であってよい。経口投与を意図する場合、好ましい組成物は、本発明の化合物に加えて、甘味剤、防腐剤、染料／着色剤及び風味増強剤の一つ以上を含有する。注射による投与を意図する組成物では、界面活性剤、防腐剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝剤、安定剤、及び等張剤の１つ以上が含まれ得る。
【００９１】
液体医薬組成物は、溶液、懸濁剤または他の同様の形態であっても、以下の１つ以上を含んでよい：注射用水、食塩水、好ましくは生理食塩水、リンゲル液、等張性塩化ナトリウムなどの滅菌希釈剤、溶媒または懸濁媒、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の溶媒として作用できる合成モノまたはジグリセリドなどの固定油；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなどの抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸などのキレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩などの緩衝剤及び塩化ナトリウムまたはデキストロースなどの等張性の調整のための薬剤。非経口製剤は、アンプル、使い捨てシリンジ、またはガラスもしくはプラスチック製の複数用量バイアル中に封入することができる。ある特定の実施形態では、生理食塩水は好ましい組成物である。注射用医薬組成物は好ましくは無菌である。
【００９２】
非経口または経口投与のいずれかを意図する液体医薬組成物は、適切な投与量が得られるように、本明細書に開示のＥＧＦＲ特異的抗体などの、ある量の抗ＥＧＦＲ薬を含有するべきである。一般的に、この量は、組成物中少なくとも０．０１％の抗体である。経口投与を意図する場合、この量は、組成物の重量の０．１％〜約７０％の間になるように変動し得る。ある特定の経口医薬組成物は、約４％から約７５％の抗体を含有する。ある特定の実施形態では、本発明にかかる医薬組成物及び製剤は、非経口投薬単位が０．０１〜１０重量％の抗体を希釈前に含有するように調製される。
【００９３】
医薬組成物は、局所投与を意図し得、その場合には、担体が、好適に、溶液、エマルジョン、軟膏またはゲル基材を含み得る。基材は、例えば、以下の１つ以上を含み得る：ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、鉱油、水及びアルコールなどの希釈剤、及び乳化剤及び安定剤。増粘剤が、局所投与用の医薬組成物中に存在し得る。経皮投与を意図する場合、組成物は、経皮パッチまたはイオン導入装置を含んでよい。医薬組成物は、例えば、直腸で融解して薬物を放出する座薬の形態で、直腸投与を意図し得る。直腸投与用の組成物は、好適な非刺激性賦形剤として油性基剤を含有してよい。かかる基材は、限定されないが、ラノリン、ココアバター及びポリエチレングリコールを含む。
【００９４】
医薬組成物は、固体または液体投薬単位の物理的形態を改変する種々の材料を含んでよい。例えば、組成物は、活性成分の周りにコーティングシェルを形成する材料を含み得る。コーティングシェルを形成する材料は、一般的には不活性であり、例えば、糖、シェラック、及び他の腸溶コーティング剤から選択され得る。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセルに入れてよい。固体または液体形態の医薬組成物は、本発明の抗体に結合し、それによって化合物の送達を補助する薬剤を含んでよい。この役割で作用することができる好適な薬剤には、他のモノクローナルまたはポリクローナル抗体、一つ以上のタンパク質またはリポソームが含まれる。医薬組成物は、本質的にエアロゾルとして投与されることができる投薬単位からなり得る。用語エアロゾルは、コロイド性質のものから加圧パッケージからなる系までの様々な系を示すために使用される。送達は、液化または圧縮ガスによって、または活性成分を分注する好適なポンプシステムによってなされ得る。エアロゾルは、活性成分（複数可）を送達するために、単相、二相、または三相系で送達され得る。エアロゾルの送達には、必要な容器、アクチベーター、バルブ、サブ容器、などが含まれ、一緒になってキットを形成してもよい。当業者は、不要な実験をすることなく、好ましいエアロゾルを決定し得る。
【００９５】
医薬組成物は、医薬分野で周知の方法によって調製され得る。例えば、注射によって投与されることを意図する医薬組成物は、本明細書に記載のＥＧＦＲ特異的抗体などの抗ＥＧＦＲ薬、及び必要に応じて、塩、緩衝剤及び／または安定剤の一つ以上を含む組成物と、溶液を形成するように無菌、蒸留水を、組み合わせることによって調製されることができる。界面活性剤は、均質な溶液または懸濁液の形成を促進するために添加され得る。界面活性剤は、水性送達系における抗体の溶解または均質な懸濁を促進するように、抗体組成物と非共有結合的に相互作用する組成物である。
【００９６】
組成物は、使用される特定の化合物（例えば、ＥＧＦＲ特異的抗体）の活性；化合物の代謝安定性及び作用の長さ；患者の年齢、体重、一般健康状態、性別、及び食事；投与の様式及び時間；排泄速度；薬剤の組み合わせ；特定の障害または状態の重症度；治療を受ける対象を含む、種々の因子に依存して変動する治療有効量で投与され得る。
【００９７】
ＥＧＦＲ特異的抗体などの抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物は、一つ以上の他の治療薬の投与と同時に、その前に、または後に投与されてもよい。一実施形態では、本発明は、胃腫瘍を処置するための方法であって、かかる処置を必要とする患者に有効量の二つ以上の抗ＥＧＦＲ薬の組み合わせを投与することを含み、患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている、方法を提供する。この点に関して、処置は、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、抗体８０６、Ｓｙｍ００４、ＭＭ−１５１、及び本明細書に記載の他の抗ＥＧＦＲ薬から選択される、有効量の２つ以上の抗ＥＧＦＲ薬の組み合わせを含み得る。
【００９８】
一実施形態では、本発明は、胃腫瘍を処置するための方法であって、かかる処置を必要とする患者に有効量の抗ＥＧＦＲ薬を投与することを含み、患者がＥＧＦＲバイオマーカーを有すると判定されている、方法を、胃癌のための標準治療と組み合わせて提供する。胃癌についての標準的処置は、外科手術、放射線療法、または化学療法、またはこれらの処置の組み合わせを含む。外科手術は、胃の患部や近くのリンパ節を除去するための手術を含んでもよく、またはある特定の場合には胃切除術を含むことができる。現在、胃癌の処置のために世界中で使用される単一の標準的な化学療法の処置計画はない。しかしながら、化学療法処置は、少なくとも二つの薬剤、フルオロウラシル（５−ＦＵ、アドルシル）及びシスプラチン（プラチノール）の組み合わせを含み得る。５−ＦＵに類似する他の薬剤（カペシタビンまたはゼローダなど）、及びシスプラチンに類似する他の薬剤（オキサリプラチンまたはエロキサチンなど）は、等価であるとみられる。一般的に使用される他の薬剤は、ドセタキセル（タキソテール）、パクリタキセル（タキソール）、イリノテカン（カンプトサール）、及びエピルビシン（エレンス）を含む。
【００９９】
当業者によって理解され得るように、併用療法は、抗ＥＧＦＲ薬を含有する単一の医薬投与製剤と一つ以上の追加の活性剤の投与、並びに抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物とその別々の医薬投与製剤の各活性剤の投与を含み得る。例えば、本明細書に記載のような抗ＥＧＦＲ抗体及び残りの活性剤は、錠剤またはカプセルなどの単一の経口投与組成物内で一緒に患者に投与されることができ、または各薬剤は別々の経口投与製剤において投与されることができる。同様に、本明細書に記載のような抗ＥＧＦＲ抗体及び残りの活性剤は、生理食塩水または他の生理学的に許容され得る溶液などの単一の非経口投与組成物内で一緒に患者に投与されることができ、または各薬剤は別々の非経口投与製剤において投与されることができる。別々の投与製剤が使用される場合、抗体などの抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物、及び一つ以上の追加の活性剤は、本質的に同じ時間、つまり同時、または別々に時間をずらして、つまり順次及び任意の順番で投与されることができ、併用療法は全てのこれらのレジメンを含むと理解される。
【０１００】
ゆえに、ある特定の実施形態では、ＥＧＦＲ特異的抗体などの抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物を、一つ以上の他の治療薬と組み合わせて、投与することも企図される。かかる治療薬は、癌、具体的には胃癌などの本明細書に記載のような特定の疾患状態に対する標準的処置として当分野で受け入れられ得る。企図される例示的な治療薬には、サイトカイン、成長因子、ステロイド、ＮＳＡＩＤ、ＤＭＡＲＤ、抗炎症剤、化学療法剤、放射線療法剤、または他の活性及び補助剤が含まれる。
【０１０１】
ある特定の実施形態では、抗ＥＧＦＲ抗体などの抗ＥＧＦＲ薬は、ＥＧＦＲバイオマーカーを有すると同定された患者に、任意の数の化学療法剤を併用して投与され得る。化学療法剤の例としては、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル類；ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）などのアジリジン類；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド（ｔｒｉｅｔｙｌｅｎｅｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）、トリエチレンチオホスホラミド（ｔｒｉｅｔｈｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）及びトリメチロロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミン類及びメチルアメラミン類（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅｓ）；クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード類；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロソ尿素類；アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウスラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなどの抗生物質；メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗物質；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵなどのピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン類；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌｓ）；フロリニン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）などの葉酸補助剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラムブシル（ｂｅｓｔｒａｂｕｃｉｌ）；ビサントレン；エダトラキサ���ト；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルチン；ジアジクオン；エルフォルミチン（ｅｌｆｏｒｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ．ＲＴＭ．；ラゾキサン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，  ２'，２''−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「アラ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、ニュージャージー州プリンストン）及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ、フランス、アントニー）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン及びカルボプラチンなどのプラチナ類似体；オキサリプラチン；イリノテカン；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害薬ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（商標）（ベキサロテン）、Ｐａｎｒｅｔｉｎ（商標）（アリトレチノイン）などのレチノイン酸誘導体；ＯＮＴＡＫ（商標）（デニロイキンジフチトクス）；エスペラミシン；カペシタビン；及び上述のいずれかの薬学的に許容され得る塩、酸または誘導体が挙げられる。この定義には、以下のような、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するよう作用する抗ホルモン剤が含まれる：抗エストロゲン（例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害性４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン及びトレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ））；ならびに抗アンドロゲン（例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリン）；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容可能な塩、酸または誘導体。
【０１０２】
種々の他の治療薬は、本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ薬と併用され得る。一実施形態では、ＥＧＦＲバイオマーカーを有すると同定された患者は、抗炎症剤とともに抗ＥＧＦＲ薬を投与される。抗炎症薬または薬剤は、ステロイド類及びグルココルチコイド類（ベタメタゾン、ブデソニド、デキサメタゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、プレドニゾン、トリアムシノロンを含む）、アスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、メトトレキサート、スルファサラジンを含む非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤＳ）、レフルノミド、抗ＴＮＦ薬、シクロホスファミド及びマイコフェノレートを含むが、これに限定されない。
【０１０３】
例示的なＮＳＡＩＤは、イブプロフェン、ナプロキセン、ナプロキセンナトリウム、ＣＯＸ−２阻害薬、例えばＶＩＯＸＸ（登録商標）（ロフェコキシブ）及びＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標）（セレコキシブ）、及びシアリレート（ｓｉａｌｙｌａｔｅｓ）からなる群から選択される。例示的な鎮痛剤は、アセトアミノフェン、オキシコドン、塩酸プロポキシフェンのトラマドールからなる群から選択される。例示的なグルココルチコイドは、コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、またはプレドニゾンからなる群から選択される。例示的な生物学的応答修飾因子には、細胞表面マーカー（たとえば、ＣＤ４、ＣＤ５など）に向けられた分子、ＴＮＦアンタゴニスト（たとえば、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））及びインフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）））などのサイトカイン阻害剤、ケモカイン阻害剤ならびに接着分子阻害剤が挙げられる。生物学的応答修飾因子には、モノクローナル抗体ならびに組換え型の分子が挙げられる。例示的なＤＭＡＲＤには、アザチオプリン、シクロホスファミド、シクロスポリン、メトトレキサート、ペニシラミン、レフルノミド、スルファサラジン、ヒドロキシシクロロキン、Ｇｏｌｄ（経口（オーラノフィン）及び筋肉内）及びミノサイクリンが挙げられる。
【０１０４】
ＥＧＦＲ特異的抗体などの、本明細書に記載の抗ＥＧＦＲ薬を含む組成物は、時限放出型製剤またはコーティングなどの、抗体を体内からの迅速な排出に対して保護する担体と共に調製され得る。かかる担体は、インプラント及びマイクロカプセル化送達系を含むが、これに限定されない放出制御製剤、及びエチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸及び当業者に周知の他のものなどの生物分解性、生体適合性のポリマーを含む。
【実施例】
【０１０５】
実施例1  ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び過剰発現は、胃腺癌におけるセツキシマブ処置に対する応答についての予測的バイオマーカーである
この実施例は、完全に分子的に注釈付けされた（発現及び変異プロファイリング）未処置のアジア人胃腺癌（ＧＣ−ＡＤＣ）患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）のコホートで、応答者及び非応答者を同定し、その後予測的バイオマーカーの発見をするために実施された無作為化セツキシマブ試験の結果を記載する。
【０１０６】
序論及び要約
患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）は、いかなるインビトロ操作も伴わずに、患者の組織病理学的及び遺伝子プロファイルを反映する９−１４。それは前臨床癌モデルとして予測力を改善しており、真の個別化療法及び予測的バイオマーカーの発見を可能にする。モデルは、「アバターマウス」または「異種移植モデル（ｘｅｎｏｐａｔｉｅｎｔ）」とも呼ばれ、それらの大規模な収集は、患者における腫瘍の多様性を潜在的に反映することが可能である。癌患者集団の広範囲にわたる多様性に起因して、臨床試験の成功性は、意図された標的を発現して適切な遺伝子プロファイルを有する有望な応答者の包含と、非応答者の排除に大いに依存する。これらのモデルはゆえに、臨床試験形式をモデル化することによって治験標的薬を試験するために使用されることができる。
【０１０７】
ＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデル（類似のＮＳＣＬＣ−ＨｕＰｒｉｍｅが以前に記載されている）１５と呼ばれる胃腺癌（ＧＣ−ＡＤＣ）ＰＤＸの大規模な収集が確立された。１９のＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）のコホートをセツキシマブに対する腫瘍応答を評価するために試験し、ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び過剰発現を伴うＧＣ−ＡＤＣのサブセットがセツキシマブに十分に応答することが発見された。この観察は、ＥＧＦＲ遺伝子コピー及び／または過剰発現が、セツキシマブに対する患者応答を予測するための潜在的な実用的な単一のバイオマーカーとして役割を果たし得ることを示し、これはＧＣ−ＡＤＣのＨＥＲ２／Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）シナリオに類似した状況であった。ＥＧＦＲ遺伝子コピー数を患者選択基準として使用する前向き臨床研究が、観察をさらに確かなものにするように保証され、規制当局が最終的にセツキシマブをＧＣ−ＡＤＣ処置として承認する結果となり得る。
【０１０８】
所見：試験された１９のＰＤＸ  ＧＣモデルのうちで、４モデル（２１％）が、セツキシマブに応答した（ΔＴ／ΔＣ＞２０％により規定される）。発現プロファイリング及びコピー数多型解析は、１５の非応答者（ΔＴ／ΔＣ＞２０％）とは対照的に、４応答者全てがＥＧＦＲ遺伝子の増幅及び／または対応する高ＥＧＦＲ発現を有することを明らかにした。この結果は、ＥＧＦＲ増幅を有する４患者全てが応答者である追加の第ＩＩ相臨床試験（ＥＸＴＲＡ）においてなされた観察と一致する。これらの結果は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び／または高発現が、ＮＳＣＬＣ及びＣＲＣについては一般的ではない、ＧＣ−ＡＤＣのこのサブセットについて重要な発がん要因であることを示した。
【０１０９】
解釈：ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び過剰発現は、ＧＣ−ＡＤＣにおけるセツキシマブ応答についての単一の予測的バイオマーカーとして役に立つことができる。
【０１１０】
材料及び方法
患者の試料、移植、セツキシマブ処置実験及びモデルの特徴付け。
外科的に取り出された新鮮なＧＣ腫瘍組織を、外科手術の直後に、６〜８週齢の雌Ｂａｌｂ／ｃヌードマウス（Ｂｅｉｊｉｎｇ  ＨＦＫ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｃｏ．Ｌｔｄ．，中国、北京）に、以前に記載された手順１０で皮下移植するために使用した。確立された腫瘍モデルは、経過及び研究実行のために連続的に再移植された。患者試料へのアクセス及びその使用は、患者からのインフォームドコンセントに加えて北京腫瘤医院の倫理委員会によって承認された。全ての手順は、Ｃｒｏｗｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社のＳＦＰ施設にて滅菌条件下で行われた。本発明者らの研究に関係する全ての実験動物は、国立衛生研究所の実験動物の管理と使用に関するガイドの推奨事項に厳密に従って行われた。プロトコルは、Ｃｒｏｗｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｉｎｃの動物実験の倫理委員会（Ｃｒｏｗｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社のＩＡＣＵＣ委員会）によって承認された。
【０１１１】
ＰＤＸモデルのセツキシマブに対する腫瘍応答を評価するための手順は、以前に詳細に記載されている１５、１７。腫瘍成長を週２回モニターし、ΔＴ／ΔＣ％値をセツキシマブに対する腫瘍応答を評価するために算出した（ΔＴ＝処置群における腫瘍の体積変化及びΔＣ＝対照群における腫瘍体積変化）。
【０１１２】
Ａｆｆｙ  Ｕ２１９、ＳＮＰ６、ＩＨＣ、ｑＰＣＲ、発がん遺伝子変異解析を使用する発現プロファイリングを含むモデルの特徴付けは、全て以前に詳細に記載されている１５、１７。
【０１１３】
抗腫瘍活性の評価。
腫瘍体積が１００〜１５０ｍｍに達したとき、マウスを類似の平均腫瘍体積を有する５匹のマウスの２群に無作為にグループ分けした。グループ分けの直後に、対照群をビヒクルで処置し（ＰＢＳ、週一回の腹腔内注射（またはＩＰ）を二週間）、処置群にセツキシマブを注射した（週一回のＩＰ注射を二週間、５０ｍｇ／ｋｇ、Ｍｅｒｃｋ社）。腫瘍成長を週二回モニターし、ＤＴ／ＤＣ値を処置に対する腫瘍応答を評価するために算出した（ＤＴ５  処置群における腫瘍体積変化及びＤＣ５  対照群における腫瘍体積変化）。異種移植用のマウスの総数は２００（２０のＰＤＸモデルについて１０匹のマウス／モデル）である。
【０１１４】
ＧＣ腫瘍のＥＧＦＲ  ＩＨＣ解析。
標準の免疫組織化学（ＩＨＣ）が、ＰＤＸ異種移植片モデルからの腫瘍組織を解析するために使用された。簡潔には、組織を１０％中性緩衝ホルマリンで固定し、標準的な組織学的手順に従って、パラフィンに包埋した。脱パラフィン及び再水和の後、厚さ３ｍｍの組織切片を０．０１Ｍ  クエン酸ナトリウム、ｐＨ６．０溶液中で９５ｕＣで３０分間前処理し、その後ウサギ抗ヒトＥＧＦＲ抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、米国、ボストン）を用いて最終希釈１５２００で染色した。検出システム：ＨＲＰポリマーキット（Ｌａｂ  Ｖｉｓｉｏｎ、米国、フリーモント）を使用して陽性染色が検出された。ＤＡＢを発色基質として使用し、切片をギルヘマトキシリン（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ニュージャージー州フェアローン）を用いて対比染色した。試験片を、次いで、２００５年にＳｈｉａらが推奨した以下の基準に従って盲検様式で３人の研究者によって独立して採点した：スコア０は、特定の膜染色が腫瘍内になかったときであり、バックグラウンドレベルを超える任意の腫瘍細胞膜の染色があったとき正数である。正数であった場合、膜の染色強度に基づいてさらに１１、２１、及び３１へと分類される。最強度の領域は、腫瘍切片を低倍率（１００３）で走査することによって同定され、次いで画像を、ＤＰ７１デジタルカメラ（オリンパス、ニューヨーク州メルヴィル）を用いて、オリンパスＢＸ５１顕微鏡システムを使用して高倍率（４００３）で撮影した。
【０１１５】
ＧＣ−ＰＤＸの遺伝子発現プロファイリング及び遺伝子コピー数解析。
新鮮なＧＣＰＤＸ腫瘍組織を、腫瘍を有するマウスから採取し、遺伝子及びゲノム解析に使用される前に、瞬間凍結して２８０ｕＣで保管した。遺伝子プロファイリング解析のために、全ＲＮＡを、Ｔｒｉｚｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）を製造業者の説明書に従って使用して凍結組織から単離し、ＲＮｅａｓｙミニカラム（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して精製した。ＲＮＡの質をバイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ）で評価した。高品質のＲＮＡ試料（ＲＩＮ．８）のみが、標準プロトコル（ＧｅｎＣｈｉｐ（登録商標）３'ＩＶＴエクスプレスキットユーザーマニュアル、Ｐ／Ｎ  ７０２６４６  Ｒｅｖ．８、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）に従って、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＨＧ−Ｕ２１９アレイプレート上で発現プロファイリングアッセイのために使用された。全ての試料の生ＣＥＬデータセットをＲＭＡアルゴリズムによって正規化した。プローブセット強度を、ｌｏｇ（２）変換値として表した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰ６．０チップを使用するＣＮＶアッセイのために、ゲノムＤＮＡを、ゲノムＤＮＡ組織及び血液単離キット（Ｑｉａｇｅｎ）を製造業者の説明書に従い使用して、単離及び精製した。ＤＮＡプロセシング及びチップハイブリダイゼーションを、標準的なＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のプロトコル（ゲノムワイドｓｎｐ６＿マニュアル、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）に従って行った。生ＣＥＬデータを品質チェックし（ＱＣ−ｅｄ）、フィルタリングして低コールレート試料を除去し、ＰＩＣＮＩＣ及び／またはＰｅｎｎＣＮＶ方法によって遺伝子コピー数解析を行った。全ての試料について、相対的なＥＧＦＲ遺伝子発現レベルは、定量ＲＴ−ＰＣＲによって決定された。抽出されたｍＲＮＡを、ＴａｑＭａｎ  ｑ−ＰＣＲにより、ヒトＥＧＦＲ特異的プライマーを使用して増幅に供した。ヒトＧＡＰＤＨ遺伝子を参照として使用した。ＥＧＦＲについてのＴａｑＭａｎプローブ及びプライマー（アッセイＩＤ：Ｈｓ０１０７６０７８＿ｍ１）、ＧＡＰＤＨ（アッセイＩＤ：Ｈｓ９９９９９９０５＿ｍ１）を、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから得た。システムによって生成された生データを、ＤＣＴ相対定量を用いて処理した。ＤＣＴ５（標的遺伝子のＣＴ値）−（参照遺伝子のＣＴ値）。ＤＣＴ値を、次いで強度値（相対ｍＲＮＡレベル５  ２'  （２ＤＣＴ））に変換した。また、ＥＧＦＲ遺伝子コピー数を定量ＰＣＲによって決定した。簡潔には、同一のゲノムＤＮＡをＴａｑＭａｎ  ｑ−ＰＣＲによって増幅に供した。ＥＧＦＲ（アッセイＩＤ：Ｈｓ０４９６０１９７＿ｃｎ）及び内因性参照としてのＲＮａｓｅ  Ｐ（部品番号４４０１６３１）についてのプライマーを、ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社から購入した。生データをＣｏｐｙＣａｌｌｅｒソフトウェアへと転送し、解析した。
【０１１６】
ＥＧＦＲ遺伝子変異解析。
ＥＧＦＲ（エクソン１８；１９；２０；２１）、ＫＲＡＳ（エクソン２；３；４）、ＢＲＡＦ（エクソン１５；Ｖ６００Ｅ）、ｃ−ＭＥＴ（エクソン１４；１６；１７；１８；１９；２１）、ＰＩ３ＫＣ（エクソン１；９；２０）などの、セツキシマブに対する耐性に関連する一般的な発がん遺伝子の遺伝子ホットスポット解析を、腫瘍における変異を同定するために実行した。簡潔には、ゲノムＤＮＡを、製造業者の説明書に従って上述のキットを使用して組織から抽出した。変異解析に使用されたプライマーを表５に示す。ポリメラーゼ連鎖反応を、１００ｎｇのゲノムＤＮＡ、５ｍＬの１０３ＰＣＲ緩衝液、各々０．２ｍＭのプライマー、０．２ｍＭの４３ｄＮＴＰ及び１ｍＬのＴａｑＥを含有する５０ｍＬの反応混合物において行った。反応は、４０回の増幅サイクルにわたって実行された。増幅されたＰＣＲ産物をゲル精製し、サンガー自動シーケンサー（ＡＢＩ）によって配列決定した。プライマーのヒト遺伝子に対する特異性は、ＢＬＡＳＴ検索によって保証されていた。シーケンスデータアライメント解析及び変異同定を、ＢｉｏＥｄｉｔソフトウェアを使用して行った。
【０１１７】
ＣＦＩＳＨ解析。
ＦＩＳＨ（２色）手順を、Ａｂｂｏｔｔ社のＰａｔｈＶｙｓｉｏｎ  ＥＧＦＲ  ＤＮＡプローブキットを製造業者のプロトコル（Ａｂｂｏｔｔ、イリノイ州ダウナーズ・グローブ）に従って使用して、実行した。スペクトラムオレンジ蛍光標識ＥＧＦＲ（３０３ｋｂ）は、染色体７ｐ１２上のＥＧＦＲ遺伝子座に特異的であり、スペクトラムグリーン蛍光標識染色体エニュメレータープローブ（５．４ｋｂ）は、染色体７のセントロメア領域（ＣＥＰ７；７ｐ１１．１〜ｑ１１．１）に配置されたα−サテライトＤＮＡ配列を標的とした。簡潔には、ＦＦＰＥ切片を脱パラフィンし、その後ペプシンで消化しハイブリダイゼーションした。処理されたスライドを変性させ、プローブでハイブリダイズし、その後１５μＬのＤＡＰＩ／抗フェード溶液で対比染色し、ＤＡＰＩ、ローダミン（７ｐ１２）及びＦＩＴＣ（染色体７）を１０００倍で検出するために単一のバンドパスフィルタセットを装備したオリンパスＢＸ５１蛍光顕微鏡（オリンパスＢＸ５１、日本）を使用して走査した。
【０１１８】
統計解析。
腫瘍体積のデータを２つの比較についてスチューデントのｔ検定を、及び多重比較について一元配置分散分析を使用して評価した。全てのデータはＳＰＳＳ１６．０を使用して解析された。Ｐ＜０．０５は統計学的に有意であると考えられた。ＥＧＦＲ増幅モデルと非増幅モデル間の応答差異にアクセスするためにフィッシャーの正確確率検定を使用した（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｓｋｉｌｌｓ．ｃｏｍ／ｓｉｓａ／ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ／ｆｉｓｈｅｒ．ｈｔｍを参照）。
【０１１９】
結果
ＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルのサブセットはセツキシマブに応答する。
本発明者らは、ＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルの無作為に選択されたコホートを臨床試験のような研究によって潜在的なセツキシマブの活性を評価するための試験に着手した。これらのモデルはまず、ＧＣ−ＡＤＣ患者から外科的に取り出された腫瘍組織を免疫低下状態のＢａｌｂ／ｃヌードマウスに皮下接種を介して移植することによって確立された。元となる患者の診断及び説明を表２及び表３に要約した。次に、１９の無作為に選択されたモデルを週一回のセツキシマブ処置に２週間供した（１ｍｇ／マウスまたは５０ｍｇ／ｋｇ）。セツキシマブに対する腫瘍応答を、ΔＴ／ΔＣ１５によって定量化し、表４に要約した。モデルは、活性に応じて二つのカテゴリーに分割することができる。ＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）の４／１９または２１％がセツキシマブ処置に応答した（ΔＴ／ΔＣ＜０％でほぼ完全奏効）；１５／１９または７９％は応答しなかった（ΔＴ／ΔＣ＞３０％で部分的または完全抵抗性）。これらの二つのカテゴリーの代表的な腫瘍成長阻害曲線を図１Ａに示す。ΔＴ／ΔＣ値によって測定される腫瘍応答の定量化を表１Ａ及び表１Ｂに要約する。ＧＡ０１５２及びＧＡ００７５は、セツキシマブ感受性モデルの例であり、一方でＧＡ０１１９及びＧＡ０１３９は抵抗性モデルである。ＧＣ−ＡＤＣモデルにて見られるこれらのかなり明確な応答は、ＣＲＣ１７及びＮＳＣＬＣ１５ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルにおいて観察された応答といくらか対照的である。それにもかかわらず、本発明者らのデータはＧＣのサブセットにセツキシマブが潜在的に有効であり得ることを示した。移植の生着率が１００％未満（本発明者らの手で通常３０〜５０％）であること及び応答者または非応答者間での生着率にバイアスがかかる可能性があることに起因して、このＧＣ−ＡＤＣ研究で観察された２１％の応答者が、ＧＣ−ＡＤＣ集団における潜在的応答者の真のパーセンテージを必ずしも反映しない可能性があることは注目に値した。
【０１２０】
約５０％の応答者がＥＧＦＲ遺伝子増幅を呈する。
セツキシマブ応答の潜在的な予測マーカーを発見するために、それゆえ、本発明者らは、ゲノム全体のコピー数多型及びトランスクリプトームプロファイリングを含む、これらのモデルの分子特徴付けを行った。まず、本発明者らはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ６．０  ａｒｒａｙ及びＰＩＣＮＩＣ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｇｒａｌ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ；癌における全体的なコピー数の予測）アルゴリズムを使用してＧＣ−ＰＤＸのコピー数多型を調べた。本発明者らは４応答者全てのＥＧＦＲコピー数が非応答者の大半のものよりも高いことを見出した（表１、Ｐ＝０．００２）。この発見をさらに確証するため、本発明者らはＥＧＦＲ遺伝子コピー数をリアルタイム定量ＰＣＲ（ｑ−ＰＣＲ）によって評価し、１６の非応答者のうちの２（１２．５％）のみが４以上のコピー数を有する一方で、全応答者が４以上のコピー数を有することを見出した。これらの二群間の差異は有意である（Ｐ＝０．００８）。ＳＮＰ６  １  ＰＩＣＮＩＣ解析による最高値である１５、及びｑ−ＰＣＲによる最高値である１０４０．９は、最良の応答者でもあるＧＡ０１５２からである。
【０１２１】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅をさらに確証するために、本発明者らは、臨床診療で進行性ＧＣに対する抗ＨＥＲ２処置をガイドするためのＨＥＲ２遺伝子増幅の測定に使用されるより精密なアッセイである、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに行った。少なくとも１００の非重複中間期核がＥＧＦＲのコピー数について観察された。ＥＧＦＲの状態を核あたりのＥＧＦＲシグナルの数としてスコア化した。本発明者らの結果は、それぞれ平均コピー数５．８（ＧＡ００７５）及び．１５（ＧＡ０１５２）（図１Ｃ、表１）を伴って、２／４（５０％）の応答者でＥＧＦＲ増幅を実証した。ＧＡ０１５２は、ＥＧＦＲ／ＣＥＰ７比率が．１５でもあった。ゆえに、２／４（５０％）応答者は、ＥＧＦＲ増幅によって予測されることができ得る。
【０１２２】
次に、セツキシマブによってこれらの腫瘍においてＥＧＦＲシグナル伝達が実際に不活性化されたかどうかを、単回投与薬力学的分析を行うことによって調査した。腫瘍を有する動物は、まずセツキシマブを用いて処置され、処置後６、２４、７２時間の時点で腫瘍を採取した。一例として、処置後にＧＡ００２２の腫瘍組織をｐＥＲＫ（ＥＧＦＲシグナル伝達の下流エフェクター）について免疫化学解析（ＩＨＣ）によって解析した。結果は、同一モデルにおいて観察された抗腫瘍活性と相関して、腫瘍におけるｐＥＲＫの減少（図１Ｂ）を明確に実証した。
【０１２３】
ＣＲＣにおけるセツキシマブに対する応答を支配する因子は、ＧＣ−ＡＤＣにおける応答に対し有意に少なく寄与するように見える。
観察された応答ＧＣ−ＡＤＣについての予測的バイオマーカー（複数可）を発見するために、このコホートのモデルを、いくつかの一般的な発がん遺伝子の発現及び遺伝子コピー数、ならびに遺伝子変異について全身的にプロファイルした。ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）、ｃ−ＭＥＴ、ＥＧＦＲ、ＡＫＴ及びＰＩ３ＫＣのものを含む、活性化変異は、ＣＲＣ患者におけるセツキシマブに対する耐性と関連してきた１５、１７−２１。ゆえに、これらのモデルは、まずこれらの発がん遺伝子のホットスポット変異配列決定によって解析された。興味深いことに、検査されたモデルのほとんどが、応答者または非応答者にかかわらず、Ｇ１３Ｄを含有するＧＡ０１３９及びＰＩＫ３ＣＡにおいて３２７〜３２９欠失を含有するＧＡ０４４を除いて、いずれの変異も示さなかった（表１）。ゆえに、ＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）のセツキシマブに対する非応答は、明らかにこれらの発がん遺伝子の変異に単に起因することができない。
【０１２４】
以前の別の研究では、セツキシマブに対するＣＲＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）応答がＲＡＳ経路シグナル伝達に依存しているか、または低いＬｏｂｏｄａ−ＲＡＳ経路シグネチャースコアと関連することが観察された１７、２２。それゆえ、ＲＡＳシグナル伝達経路またはＬｏｂｏｄａスコアがＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）応答への影響を同様に持っているかどうかを知ることは興味深いだろう。驚くべきことに、Ｌｏｂｏｄａ  ＲＡＳ経路シグネチャースコアが、腫瘍応答にはほとんど相関関係を有さないことが見出され（図３参照）、これはＲＡＳ経路の活性化状態が、ＣＲＣにおいて見られるものよりも、ＧＣ−ＡＤＣにおけるセツキシマブに対する応答または耐性に有意に少なく寄与することを示す。
【０１２５】
ＥＧＦＲ遺伝子増幅は、セツキシマブに応答する、ＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）のサブセットにおいて発がん要因であるとみられる。
しかしながら、一方で、Ａｆｆｙｍｅｔｉｘ社のＨＧ−Ｕ２１９  ＧｅｎｅＣｈｉｐ解析は、４応答者全てが高レベルのＥＧＦＲ（ｍＲＮＡレベル）を発現したこと、及び１５の不良応答者全てがより低レベルの発現と関連することを明らかにした（図２Ａ及び２Ｃ、表１）。より高い発現を介したＥＧＦＲのより高い活性は、これらの腫瘍において発がん性形質転換を推進でき、ゆえにセツキシマブによる不活性化は腫瘍成長を阻害することができるため、この観察結果はもっともらしく思われる。
【０１２６】
さらには、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰ６解析を使用して遺伝子コピーを調べることによってどの遺伝的欠損が高ＥＧＦＲ発現の背景にあるのか調査した（図２Ｂ）。興味深いことに、全ての応答者が、対応するＥＧＦＲ遺伝子増幅を有する（図２Ａ及び２Ｂ）（表１、表４）（フィッシャーの正確確率検定に従い、Ｐ値＜０．０００２６）。このほぼ完璧な相関は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅が、応答者における重要な発がん要因であり、ＧＣ−ＡＤＣのセツキシマブに対する応答を予測するための潜在的な実用的な単一のバイオマーカーである可能性が高いことを示唆した。遺伝子増幅をさらに確証するために、本発明者らはＥＧＦＲ−蛍光インサイチューハイブリダイゼーション、またはＦＩＳＨ（臨床的に実用的なアッセイである）を全てのモデルのＥＧＦＲ遺伝子増幅状態を評価するために行った。ＦＩＳＨデータはＳＮＰ６によってみられる観察を実際に確証した。一例としてＧＡ１５２のＦＩＳＨ解析は、ＥＧＦＲ増幅を明確に示した。臨床的に許容されるＦＩＳＨ手順は、セツキシマブＧＣ−ＡＤＣ処置のための診療現場でのセツキシマブ処置についてのコンパニオン診断の発展を可能にする。
【０１２７】
（表１Ａ）ＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルパネルのプロファイル
0006675300.tif 000002
網掛け部分は応答者を示す：ＮＥ：評価不可
【０１２８】
（表１Ｂ）ＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルパネルのプロファイル
0006675300.tif 000003
網掛け部分は応答者を示す
【０１２９】
（表２）ＧＣ患者診断及び病理、及び対応するモデルの病理確証
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網掛け部分は応答者を示す
【０１３０】
（表３）ＧＣ患者の臨床病理学的パラメータ及び対応するＰＤＸモデルの病理学確証
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＊ＧＣのステージは、国際対癌連合推奨の、腫瘍−結節−転移（ＴＮＭ）分類第７版に従い分類された。
【０１３１】
（表４）異なる方法で測定されたＥＧＦＲコピー数。
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網掛け部分は応答者を示す
【０１３２】
（表５）変異解析に使用されるプライマーのパネル
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【０１３３】
全応答者が、より高いＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ発現レベルを呈する。
一方で、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＨＧ−Ｕ２１９  ＧｅｎｅＣｈｉｐを使用したトランスクリプトームプロファイリングは、１６の非応答者全てよりも４応答者全てがより高いレベルのＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ発現を発現したことを明らかにした（Ｐ＝０．００３）（表１）。ＥＧＦＲ遺伝子発現は、さらにｑ−ＲＴ−ＰＣＲ（定量逆転写ＰＣＲ）によって、ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨに対して定量化された。試験された試料の中で、高いＥＧＦＲ  ｍＲＮＡレベル（相対強度≧０．５、恣意的に定義された）を呈した４試料は、全て応答者であり、残りのモデルが中から低のＥＧＦＲ  ｍＲＮＡレベル（相対強度≦０．１）（表１、図１Ｃ）を示したこととは対照的である。差異は有意である（Ｐ＝０．００２）。具体的には、最も高い値はＧＡ０１５２からであり、ＧｅｎｅＣｈｉｐ解析によって１０．５及びｑ−ＲＴ−ＰＣＲによって１３であり、上記のＥＧＦＲ増幅に起因することができる。
【０１３４】
全応答者が、より高いＥＧＦＲ免疫組織化学スコアを呈する。
次いで、本発明者らはＥＧＦＲ免疫組織化学（ＩＨＣ）（ＧＣの抗ＨＥＲ２処置についてのＨＥＲ２発現を決定するための臨床的に実用的なアッセイ）を行った。ＩＨＣは、１２／２０（６０％）のモデルにおいて陽性なＥＧＦＲ免疫染色を実証した。それらの中で、６／１２は１１、３／１２は２１、及び３／１２は３１の染色強度を示した。全応答者でＥＧＦＲ  ＩＨＣ  ３１が見出され、一方で非応答者はより低いＥＧＦＲ  ＩＨＣスコア０〜２１（Ｐ  ５  ０．００２）（表１、図１Ｃ）を呈した。典型的なＥＧＦＲの強い免疫染色（ＧＡ０１５２及びＧＡ００７５）を図１Ｂに示す。これらの結果は、ＥＧＦＲ高発現（ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの両方において）が、セツキシマブに対する応答に相関することを実証した。関連する発がん遺伝子の変異は稀である。ＥＧＦＲ経路に関連するいくつかの一般的な発がん遺伝子の遺伝的変異、例えば、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）、ｃ−ＭＥＴ、ＥＧＦＲ、ＡＫＴ及びＰＩ３ＫＣもまた、これらのモデルにおいてホットスポット変異配列決定によって調査されている。興味深いことに、Ｇ１３Ｄ  ＫＲＡＳ変異を含有するＧＡ０１３９、ＰＩＫ３ＣＡにおいて３２７〜３２９欠失を含有するＧＡ００４４、及びＧ５４５ＹＰＩＫ３ＣＡ変異を含有するＧＡ００９８を除く試験されたモデルのほとんどが、応答者または非応答者にかかわらず、異常を示さなかった（表１）。それゆえ、ＧＣ異種移植片のセツキシマブに対する非応答は、明らかにこれらの発がん遺伝子の変異に単に起因することができない。
【０１３５】
考察
この研究は、ＥＧＦＲ遺伝子増幅及び過剰発現を伴うＧＣ−ＡＤＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）モデルのサブセットがセツキシマブに応答する（４／４）ことを明確に実証した。これと一致して、ＥＸＴＲＡ第ＩＩ相試験における４人中４人のＥＧＦＲ増幅患者は、セツキシマブ及びシスプラチン／カペシタビン（ＮＣＴ００４７７７１１）の併用処置に対して応答者であり１６、ＰＤＸモデルの想定される予測力及びセツキシマブＧＣ−ＡＤＣ処置についてのＥＧＦＲ予測的バイオマーカーの本発明者らの仮説を支持する。この仮定は、データが入手可能になったときに、最近完了された食道胃腺癌における第ＩＩＩ相試験（ＥＸＰＡＮＤ）を遡及的に調査することによってもさらに確証されることができる。ＥＧＦＲ遺伝子増幅についてのＦＩＳＨは、医療現場にて日常的に行われることができ、したがって、これがコンパニオン診断として使用されることが可能になる。それゆえ、かかる前向き試験は容易に実現できる。最終的な承認は、ＨＥＲ２遺伝子増幅を有する患者へのトラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））３に加えて、ＧＣ−ＡＤＣ患者のためのもう一つの標的療法選択肢を提供するだろう。
【０１３６】
セツキシマブに対するＧＣ  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）応答で見られたＥＧＦＲ遺伝子増幅への大きな依存は、しかしながら、ＮＳＣＬＣ（Ｙａｎｇら、提出中）及びＣＲＣ１７  ＨｕＰｒｉｍｅ（登録商標）では観察されなかった。これは、異なる癌のタイプ間で根本的な差異があることを示している。非常に興味深いことに、ＧＣ−ＡＤＣにおけるこのＥＧＦＲ依存性は、どういうわけか、ＧＣ−ＡＤＣにおけるトラスツズマブ応答についてのＨｅｒ２依存性を反映する。この類似性は、トラスツズマブについてのコンパニオン診断のように、ＧＣのセツキシマブ治療についてのコンパニオン診断に明確な実現可能な開発パスを提供する。
【０１３７】
別の興味深い観察としては、ＥＧＦＲ過剰発現（同じく遺伝子増幅）を有するモデルは、ＨＥＲ２過剰発現（または遺伝子増幅）を有さないこと、及び逆も同様、すなわち単一モデルにおいて両方のこれらの遺伝子の過剰発現（遺伝子増幅）は観察されていないことが挙げられる（図４Ａ及び４Ｂを参照）。この観察は、両遺伝子の増幅／過剰発現は、発がんを推進しないことを示す。ゆえに、ＧＣ患者処置のためにセツキシマブ及びトラスツズマブの組み合わせを使用する理由はないだろうことは理解できる。
【０１３８】
本発明者らのデータは、ＧＣにおけるセツキシマブ応答とｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの両方でのＥＧＦＲ高発現、ならびにＥＧＦＲ遺伝子増幅間の正の相関を指し示す。この相関は、最も高いＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ発現、ＩＨＣスコア及び遺伝子増幅を有するＧＡ０１５２によって例示される。データは、より高い発現を介したＥＧＦＲのより高い活性はこれらの腫瘍における発がん性形質転換を推進すると示すようであり、それゆえセツキシマブによるその不活性化は腫瘍成長を阻害する。ＥＧＦＲの過剰発現は、２つの症例において、遺伝子増幅に起因し得る。
【０１３９】
本発明者らのデータは、ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの両方におけるＥＧＦＲ高発現が応答に相関することも実証した。しかしながら、ＥＧＦＲ遺伝子のｍＲＮＡ発現が臨床試料において日常的にアッセイされていないため、及びＩＨＣが生物学的及び技術的要因のために議論となり得るため、抗ＨＥＲ２処置の診療と同様に、本発明者らはＦＩＳＨとＩＨＣ試験の併用が日常の診療としてセツキシマブの有効性を予測するのに好適であると推奨する。
【０１４０】
要約すると、本発明者らの研究は、高ＥＧＦＲ  ｍＲＮＡ発現及びＩＨＣスコアを伴うＧＣサブタイプに、セツキシマブ処置が有効である可能性があり、ＦＩＳＨによるＥＧＦＲ遺伝子増幅はまた、約５０％前後の陽性予測値で応答者を予測することができることを示した。これらのマーカーは、将来の潜在的に成功する臨床試験を導く及び最終的には臨床処置のための患者の階層化ガイドとして役立つことができる。
【０１４１】
参考文献
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0006675300.tif 000010
0006675300.tif 000011
0006675300.tif 000012
【図１Ａ−１】
0006675300.tif 000013
【図１Ａ−２】
0006675300.tif 000014
【図１Ａ−３】
0006675300.tif 000015
【図１Ａ−４】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
0006675300.tif 000018
【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
0006675300.tif 000022
【図５−１】
0006675300.tif 000023
【図５−２】
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【配列表】
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