(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、
ａ）ｉ）複数のモジュールを備え、前記モジュールは移動可能かつ取外し可能な挿入物であり、各モジュールがレーンまたは流体チャネルの表面に結合した生体分子を含み、前記複数のモジュールが流入口および流出口を共有しており、各モジュールが流体チャネルを備え、前記１つのモジュールの流体チャネルが遮断されているため、前記遮断された流体チャネルに溶液が侵入しない、モジュール式フローセル、ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、少なくとも１つのヌクレオチドアナログが、固有の標識で標識されており、かつ３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、およびｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと、
ｂ）第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記複数のモジュールのうちの少なくとも１つのモジュール内に導入することと、
ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと、
ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することと
を含む、方法。
【請求項２】
前記１つのモジュールの流体チャネルがプラグで遮断されている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生体分子が、シーケンシングのためのプライマーを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、
ａ）ｉ）複数のモジュールを備え、前記モジュールは移動可能かつ取外し可能な挿入物であり、各モジュールが流体チャネルの表面に結合した生体分子を含み、各流体チャネルが別個の流入口および流出口を有し、前記１つのモジュールの流体チャネルが遮断されているため、前記遮断された流体チャネルに溶液が侵入しない、モジュール式フローセル、ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、少なくとも１つのヌクレオチドアナログが、固有の標識で標識されており、かつ３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、およびｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと、
ｂ）第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記複数のモジュールの少なくとも１つのモジュール内に導入することと、
ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと、
ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することと
を含む、方法。
【請求項５】
前記１つのモジュールの流体チャネルがプラグで遮断されている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記生体分子がプライマーを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、
ａ）ｉ）４つのモジュールを備え、前記モジュールは移動可能かつ取外し可能な挿入物であり、そのうちの少なくとも１つが流体チャネルの表面に結合した生体分子を含まず、そのチャネル内でシーケンシングが実施されない、モジュール式フローセル、ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、各ヌクレオチドアナログが、固有の標識で標識されており、かつ３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、およびｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと、
ｂ）前記４つのモジュールの少なくとも一つにおいて、第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記４つのモジュール内に導入することと、
ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと、
ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することと
を含む、方法。
【請求項８】
前記生体分子が、シーケンシングのためのプライマーを含む、請求項７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、モジュール式フローセル、モジュール式フローセルを備えた装置およびモジュール式フローセルを用いるシーケンシングの方法、ならびに、例えば合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、および他の核酸シーケンシング法から得たデータを用いて、ヌクレオチド配列内の核酸の同一性を決定するための、試薬、混合物、データ処理工程、アルゴリズム、コンピュータ読取り可能媒体およびコンピュータプログラムを含むがこれらに限定されない他の構成要素とともにモジュール式フローセルを含む、システムおよびキットに関する。一実施形態では、本発明は、小規模なシーケンシングプロジェクト、すなわち、小規模なバッチの核酸のシーケンシングのための方法および装置を提供する。
【背景技術】
【０００２】
この２５年間で作成され、Ｇｅｎｂａｎｋに寄託されたＤＮＡ配列情報の量は指数関数的に増加している。次世代シーケンシング技術の多くは、合成によるシーケンシング（ＳＢＳ）の形態を用い、特別に設計したヌクレオチドおよびＤＮＡポリメラーゼを用いて、制御された方法でＤＮＡ鋳型の配列を読み取る。他の次世代シーケンシング技術では、核酸配列を決定するために、ネイティブヌクレオチドおよび／またはポリメラーゼあるいは標識オリゴヌクレオチドおよびライゲーション酵素を使用し得る。ハイスループットを実現するには、それぞれが単一または複数の分子であるこのような鋳型を何百万も用いて表面全体にアレイにし、その配列を個別に読み取り記録する。ハイスループットシーケンシングの実施が望まれるのは、処理速度を高めコストを削減する必要があるためである。しかし、市販のハイスループットシステムは、大規模シーケンシング（例えば、１００〜２００ギガベース）のコストは削減されるが、小規模シーケンシング（例えば、１０ギガベース、２０ギガベース、２５ギガベースなど）にはコストが高く、不便である。このため、平均的な科学者の実際の日常的なシーケンシング作業に対処するべく、核酸をシーケンシングする方法および装置を改善することが依然として必要とされている。
【発明の概要】
【０００３】
本発明は、モジュール式フローセル、モジュール式フローセルを備えた装置およびモジュール式フローセルを用いるシーケンシングの方法、ならびに、例えば合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、および他の核酸シーケンシング法から得たデータを用いて、ヌクレオチド配列内の核酸の同一性を決定するための、試薬、混合物、データ処理工程、アルゴリズム、コンピュータ読取り可能媒体およびコンピュータプログラムを含むがこれらに限定されない他の構成要素とともにモジュール式フローセルを含む、システムおよびキットに関する。一実施形態では、本発明は、小規模なシーケンシングプロジェクト、すなわち、小規模なバッチの核酸のシーケンシングのための方法および装置を提供する。この概念は、入れ子状フローセルまたはモジュール式フローセルのいずれかによって実現することが可能である。モジュール式フローセルによって、最大処理能力未満のシーケンシングが望まれる、柔軟性のある量のシーケンシングが可能となる。
【０００４】
現時点で、ほとんどの市販の高速並列型シーケンサでは、研究の規模または必要な個別試料の多少にかかわらず、使用者が大きいフローセル全体を稼働させる必要がある。これは、シングルフローセルまたはデュアルフローセルを採用している現在の設計が原因であり、この設計は、各フローセルの試薬および洗浄液がすべて単一のステーションに存在し、フローセルに送達される試薬を変更するために弁を用いている。このような柔軟性の欠如により、多くの不都合な結果が生じている。このことは、第一に、小規模シーケンシング作業の無駄および高コストを我慢するか、または多数の小規模シーケンシング作業を組み合わせて大規模に実施できるまで待たなければならないことを意味する。第二に、大規模シーケンシングプロジェクトは、費用効果が高いという理由で（例えば、コア施設では）好まれ、そのためにプロジェクトが小規模な平均的な研究者は除外されるか、（よくても）共有機械が利用できるまで数日から数週間待たされることを意味する。
【０００５】
一実施形態では、本発明は、より高い柔軟性をもたらすシーケンシングシステムの重要な特徴を提供する。つまり、比較的小規模なシーケンシング研究（例えば、１０ギガベース、２０ギガベース、２５ギガベース）を実施したい研究者が、より大規模な実施に「組み込まれる」まで数日から数週間待たなくてもそれを実施することができる。実際、研究者は自身のプロジェクトの規模を選択し、その試薬の使用量を見積もることが可能となり、その結果、費用効果の高い小規模実施が可能である。例えば、一実施形態では、予め充填した試薬カートリッジ（または別の試薬供給源）がフローセルの出力能（２５ＧＢ、５０ＧＢ、７５ＧＢ、１００ＧＢのいずれかによらず）に適合し、それにより１ＧＢ当たりのコストを固定することが可能になる。
【０００６】
一実施形態では、この柔軟性はモジュール式フローセル、すなわち、シーケンシングのレーンまたはチャネルを１超有し、各レーンまたはチャネルがモジュール内で活性または不活性である、フローセルによってもたらされる。一実施形態では、複数のモジュールを予め組み込む。本発明はモジュールの数に制限はないものとし、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個および１０個またはそれ以上のモジュールを予め組み込むことができる。別の実施形態では、モジュールは、フローセルのチャンバ内に導入することができる挿入物であり、各挿入物はシーケンシングを実施するためのレーンまたはチャネルを提供する。一実施形態では、これらの挿入物は（好ましくは）移動可能かつ取外し可能である。
【０００７】
不活性レーンまたはチャネル（「ダミーレーン」）は、限定されないが、その表面を修飾しないこと、その中にシーケンシング試薬を導入しないこと、または例えば試薬がレーンに到達しないようにするプラグ（１つまたは複数）を用いてシーケンシング試薬との相互作用を遮断することを含む様々な方法によって、作製することができる。活性レーンは、シーケンシングの出発物質（１つまたは複数）を含むよう表面を修飾する、例えば、プライマー、鋳型またはその両方を結合させる。各レーンまたはチャネルは、それ自体の流体チャネルの流入および流出とつながっていても、あるいは、流入および流出を共有していてもよい。
【０００８】
本発明は、レーンまたはチャネルの寸法に制限はないと意図される。しかし、幅は１〜５ｍｍ、長さは５〜１００ｍｍであり；レーンまたはチャネルに深さがある場合、それは、好ましくは１０〜３００ミクロン、より好ましくは１０〜１５０ミクロンの深さである。寸法は、反応チャンバの大きさおよび撮像する所望の面積に基づいて調整することができる。例えば、一実施形態では、反応チャンバまたはフローセルの大きさは、撮像する面積が標準的な顕微鏡スライドの大きさよりも小さく（すなわち、７５ｍｍ×２５ｍｍ未満）、好ましくは相当小さい（例えば、３５ｍｍ×２．５ｍｍまたはそれ未満）寸法である。
【０００９】
本発明はこのほか、特定の試薬量に限定されないと意図される。しかし、コストを削減するには、各モジュールの各レーンまたはチャネルに使用する試薬量を１〜１００マイクロリットル、より典型的には１０〜４０マイクロリットル、より好ましくは約２０マイクロリットルとするのが好ましい。さらに、撮像する面積を小さくする（撮像時間を短縮し、より安価な撮像設備が可能である）。このように本発明は、シーケンシングの規模を拡大し続けるのではなく、一実施形態では、より小さいバッチでシーケンシングを実施する方法を採用する。
【００１０】
これらの変更点は、特に限定されないが、ゲノムの中で疾患と関係のある多型領域のシーケンシングを含むゲノム解析および診断検査においても利点をもたらす。本発明は、限定されないがヒト患者を含む複数の対象の核酸を混合する比較的大きい単一のアレイまたはチップを単一のフローセルで使用するのではなく、一実施形態では、各モジュールが、限定されないが単一のヒト患者を含む単一の対象のみの核酸を含む、複数のモジュールを使用することを企図する。このようにして、大きいフローセルシステムよりも短時間かつ費用効果が高くシーケンシングを完了させ得る。
【００１１】
上記の通り、本発明は、単一のフローセルで比較的大きい単一のアレイまたはチップを使用することの代替法を提供する。この概念は、入れ子状フローセルまたはモジュール式フローセルによって実現することが可能である。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１Ａ】入れ子スキームの一実施形態を模式的に示す図であり、図中、小さいフローセルまたはアレイ（Ａ）が、それよりも大きいフローセルまたはアレイ（Ｂ）の中に入れ子になっており、次いで（Ｂ）は、それよりもさらに大きいフローセルまたはアレイ（Ｃ）の中に入れ子になっている。使用者は、シーケンシングの実施またはプロジェクトの規模に応じて用いるフローセルまたはアレイの大きさを選択し、その面積で試薬を投入し撮像を実施する。当然のことながら、これ以外の幾何学的配置および（大小を問わず）追加のフローセルを使用することができ、図１Ａは、このような３個のフローセルの例を示しているにすぎない。各フローセルまたはアレイは、共有されていない専用の試薬流入口を有し得る。あるいは、図１Ａに示されるように、小さいフローセルまたはアレイ（Ａ）が流入導管（１）を有し、それより大きいフローセルまたはアレイ（Ｂ）が流入導管（２）を有し、最も大きいフローセルまたはアレイ（Ｃ）が流入導管（３）を有し、各流入導管は共有の試薬供給源またはリザーバ（４）から来ており、切替え弁（５）または別の機序によって試薬流入が制御される。当然のことながら、これ以外の連結スキーム（例えば、Ｔ字様コネクタ）を用いてもよい。
【図１Ｂ】モジュール式フローセル概念の一実施形態を模式的に示す図である。モジュール式フローセル概念は柔軟な出力を提供する。最大出力は１００ギガベース（「ＧＢ」）であり得るが、より一般的な、または望ましい出力範囲は１００ＧＢ未満、例えば１０ＧＢ、２０ＧＢ、２５ＧＢ、５０ＧＢまたは７５ＧＢであろう。実際には、フローセルを等しい増分で、例えば２５ＧＢ、５０ＧＢ、７５ＧＢおよび１００ＧＢに「分割」するという言い方が道理にかなっている。この概念は、入れ子状フローセル（図１Ａに示されるもの）またはモジュール式フローセル（図１Ｂに示されるもの）のいずれかによって実現することが可能である。一実施形態では、モジュール式フローセルは、活性（表面がＤＮＡ、例えば、プライマー、鋳型またはその両方で修飾されている）または不活性（例えば、ＤＮＡのないダミーまたはＤＮＡはあるが試薬が流れないダミー）のいずれかであるレーンを有する。好ましい実施形態では、フローセルカートリッジまたは他の試薬供給源は、様々な数の活性レーン（図１Ｂに透明な部分として示される）およびダミーレーン（図１Ｂに縞模様で示される部分）の収容能力を有する。図１Ｂには４個の活性レーン（Ａ、Ｂ、ＣおよびＤ）を有する実施形態が示されているが、活性レーン（例えば、Ｄ）はモジュール式であり、ダミーレーン（縞模様）挿入物またはアダプタと交換することができる（矢印を参照されたい）。この場合も、様々なモジュールのレーンまたはチャネルは、モジュール（Ａ、Ｂ、ＣおよびＤ）に接続される（図１Ｂに示されるように）導管（１、２、３および４）を通して所望の試薬を提供するために切替え弁（５）で制御される単一の試薬供給源を共有する。他方で、各レーンを個々の専用（共有されていない）試薬流入口に接続することができる。当然のことながら、これ以外の連結スキーム（例えば、Ｔ字様コネクタ）を用いることができる。試薬の流れは、（限定されないが）シリンジポンプ（６、７、８および９）の使用を含む多数の方法で得ることができる。
【図１Ｃ】活性レーン（Ａ）がわずか１個の実施形態、すなわち、ダミーレーンが０個、１個、２個および３個（縞模様）である実施形態を模式的に示す図である。一実施形態では、予め充填した試薬カートリッジ（または別の試薬供給源）がフローセルの出力能（２５ＧＢ、５０ＧＢ、７５ＧＢ、１００ＧＢのいずれかによらず）に適合し、それにより１ＧＢ当たりのコストを固定することが可能になる。例えば、活性レーンが１個のみ（２５ＧＢ）の場合、試薬の量を、その１個のレーンの必要量に合うように（例えば、１００ＧＢに使用する量の４分の１まで）減少させる。
【図２】モジュール式フローセルの単一のモジュールの一実施形態を二次元図（側面図）で模式的に示す図である。一実施形態では、モジュールは、表面を有するレーンまたはチャネルを備えている。一実施形態では、表面は、例えば１つまたは複数のシーケンシングの出発試薬で修飾されている（例えば、表面にプライマーがスポット状に結合している）。表面は、これ以外の分子または生体分子、例えばアンカー分子で修飾することができる。スポットはチャネルの上面に示されているが、下面（または両方の面）にあってもよい。いくつかの実施形態では、スポットはビーズを含んでもよく、すなわち、ビーズの表面がプライマー、鋳型またはその両方で修飾されている。生体分子（例えば、プライマー、鋳型またはその両方）は一般に、反応および／または洗浄を行うことができる条件下で緩衝剤およびシーケンシング試薬の溶液を表面上に導入することができるように流体チャネルに位置している。矢印は、流体の流れの１つの好ましい方向を、入口（流入口）および出口（流出口）ならびに１つの好ましい密封方法（Ｏリングシール）とともに示している。流入口および流出口は、流体配管連結を用いて流体系の試薬供給源に接続されている。任意選択で、各モジュールは熱源、例えばカートリッジヒータを有し得る。重要なのは、シーケンシングの前に各モジュールを、例えばモジュール式フローセル内に予め組み込まれた別のモジュールに接続する（あるいは、単にキャリアまたはホルダの中に並べる）ことができるということである。
【図３】フローセルモジュール（側面の入口と１つまたは複数の任意選択のヒータとを備える）の一実施形態と連通した（弁を備えたマニホールド内への配管または他の通路により）種々の例示的な試薬および緩衝液リザーバを備えた流体システムの一実施形態を模式的に示す図であり、図中、アレイまたはチップは反転して、出口が底部にあり、それにより、流体チャネルから重力によって少なくとも一部が排水され、廃棄物をリザーバの中に容易に収集することができる。流体システムは、各シーケンシング段階に必要な蛍光シグナルの生成に必要な核酸、酵素、緩衝液などを送達し、次いで、必要な試薬を送達して蛍光シグナル除去し次のサイクルに備える。この２つの段階の間に検出器による測定を実施する。シーケンシング、撮像および解析については、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第８，６１２，１６１号にさらに詳細に記載されている。一実施形態では、個々のモジュールまたはモジュール式フローセルは、撮像のための透明な部分または「窓」を備えている。ヒータは、フローセルの２つの異なるモジュールで異なる処理を実施する別の実施形態に有用であり得る。この「分割フローセル」の概念では、フローセルの一部分（例えば、１個または２個のモジュール）を撮像する間に、第二の部分（例えば、１個または２個のモジュール）で化学反応を実施する。撮像部分と化学反応部分が独立して温度管理されるよう断熱材、例えばペルチェユニットを設置する。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
（好ましい実施形態の説明）
一実施形態では、本発明は、モジュール式フローセルを備えた自動装置を含む装置でのヌクレオチド組込みの実施を企図する。様々な組合せの生体分子を含む溶液が企図され、このような溶液は、一実施形態では、モジュール式フローセルと流体連通したリザーバに保管すると好都合であり得る。これらの溶液（およびそれが含む試薬）を（例えば、弁操作によって）反応チャンバ内に導入して反応（１つまたは複数）を実施する、一連の工程を実施することができる。
【００１４】
したがって、一実施形態では、本発明は、核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、ａ）ｉ）複数のモジュールを備え、各モジュールが表面（例えば、レーン、流体チャネルまたはレーンもしくはチャネル中のビーズ）に結合した生体分子（例えば、プライマー、核酸鋳型またはその両方）を含み、前記複数のモジュールが流入口および流出口を共有している、モジュール式フローセル、ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、少なくとも１つのヌクレオチドアナログが固有の標識で標識されており（他のヌクレオチドアナログは標識されていてもいなくてもよい）、各ヌクレオチドが３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、ｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと；ｂ）第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記複数のモジュールのうちの少なくとも１つのモジュール内に導入する（および任意選択で、前記第一の溶液をすべてのモジュール内に導入するわけではない）ことと；ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと；ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することと、を含む方法を企図する。この方法の一実施形態では、各モジュールは流体チャネルを備え、少なくとも１つのモジュールの流体チャネルは遮断されているため、前記遮断された流体チャネルに溶液が侵入しない。一実施形態では、前記１つのモジュールの流体チャネルがプラグで遮断されている。
【００１５】
一実施形態では、本発明は、核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、ａ）ｉ）複数のモジュールを備え、各モジュールが流体チャネルの表面に結合した生体分子（例えば、プライマー、核酸鋳型またはその両方）を含み、各流体チャネルが別個の流入口および流出口を有する、モジュール式フローセル、ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、少なくとも１つのヌクレオチドアナログが、固有の標識で標識されており（同じく、他のヌクレオチドは標識されていてもいなくてもよい）、かつ３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、ｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと；ｂ）第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記複数のモジュールのうちの少なくとも１つのモジュール内に導入する（および任意選択で、前記第一の溶液をすべてのモジュール内に導入するわけではない）ことと；ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと；ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することとを含む、方法を企図する。この方法の一実施形態では、各モジュールは流体チャネルを備え、少なくとも１つのモジュールの流体チャネルは遮断されているため、前記遮断された流体チャネルに溶液が侵入しない。一実施形態では、前記１つのモジュールの流体チャネルがプラグによって遮断されている。
【００１６】
別の実施形態では、本発明は、核酸に標識ヌクレオチドを組み込む方法であって、ａ）ｉ）４つのモジュールを備え、そのうちの少なくとも１つ（最大３つ）が流体チャネルの表面に結合した生体分子（例えば、プライマー、核酸鋳型またはその両方）を含む、モジュール式フローセル；ｉｉ）ポリメラーゼと複数のヌクレオチドアナログとを含み、各ヌクレオチドアナログが、固有の標識で標識されており、かつ３’−ＯＨ基をキャッピングする除去可能な化学的部分を含む、第一の溶液、ｉｉｉ）切断剤を含む第二の溶液、を準備することと；ｂ）第一のヌクレオチドアナログが前記ポリメラーゼによって組み込まれる条件下、前記第一の溶液を前記４つのモジュール（または生体分子を有する少なくとも１つのモジュール）内に導入することと；ｃ）組み込まれたヌクレオチドアナログの標識を検出することと；ｄ）３’−ＯＨ基をキャッピングする組み込まれたヌクレオチドアナログの化学的部分が前記切断剤によって除去される条件下、前記第二の溶液を前記少なくとも１つのモジュール内に導入することとを含む、方法を企図する。この方法の一実施形態では、少なくとも１つのモジュール（最大３つのモジュール）は流体チャネル内に生体分子を含まず、すなわち、チャネルにシーケンシングの出発物質（例えば、プライマー、鋳型またはその両方）が存在せず、シーケンシングが実施されない。
【００１７】
さらに別の実施形態では、本発明は、核酸シーケンシングの処理工程を実施する方法であって、ａ）ｉ）第一のモジュールと第二のモジュールとを備え、各モジュールが流体チャネルを備える、モジュール式フローセル、ｉｉ）シーケンシングされる核酸、ｉｉｉ）核酸シーケンシング試薬およびｉｖ）カメラ、を準備することと；ｂ）前記第一のモジュールが１つまたは複数の反応段階を実施している間に、前記第二のモジュールがスキャンおよび前記カメラで撮像される条件下、前記シーケンシングされる核酸および前記核酸シーケンシング試薬を前記モジュール式フローセルの前記第一のモジュール内および前記第二のモジュール内に導入することと、を含む方法を企図する。
【００１８】
一実施形態では、本発明は、モジュール式フローセルを、試薬および試薬混合物を非限定的に含む他の構成要素とともに含む、キットを企図する。キットは、例えば合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、および他の核酸シーケンシング法を用いてヌクレオチド配列内の核酸の同一性を決定するための自動装置とともに用いることができる。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２】
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【図３】
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