(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む、Ｌｙ６Ｅに結合する単離された抗体。
【請求項２】
（ａ）配列番号２８のアミノ酸配列に少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列に少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）のＶＨ配列及び（ｂ）のＶＬ配列を含む、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
配列番号２８のＶＨ配列を含む、請求項１又は２に記載の抗体。
【請求項４】
配列番号２７のＶＬ配列を含む、請求項１から３の何れか一項に記載の抗体。
【請求項５】
配列番号２８のＶＨ配列及び配列番号２７のＶＬ配列を含む、Ｌｙ６Ｅに結合する単離された抗体。
【請求項６】
モノクローナル抗体である、請求項１から５の何れか一項に記載の抗体。
【請求項７】
マウス、ウサギ、ヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である、請求項６に記載の抗体。
【請求項８】
ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４から選択されるＩｇＧである、請求項１から７の何れか一項に記載の抗体。
【請求項９】
請求項１から８の何れか一項に記載の抗体をコードする単離された核酸。
【請求項１０】
請求項９に記載の核酸を含む宿主細胞。
【請求項１１】
抗体が産生されるように、請求項１０に記載の宿主細胞を培養することを含む、抗体を産生する方法。
【請求項１２】
請求項１から８の何れか一項に記載の抗体及び細胞傷害性薬物を含む、イムノコンジュゲート。
【請求項１３】
請求項１２に記載のイムノコンジュゲート及び薬学的に許容可能な担体を含む薬学的製剤。
【請求項１４】
標識にコンジュゲートした、請求項１から８の何れか一項に記載の抗体。
【請求項１５】
標識が陽電子放出体である、請求項１４に記載の抗体。
【請求項１６】
陽電子放出体が８９Ｚｒである、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
天然に生じるヒトＬｙ６Ｅに対する抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、生物学的試料を請求項１から８及び１４から１６の何れか一項に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体と接触させること、及び生物学的試料中で抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に生じるヒトＬｙ６Ｅとの間に複合体が形成されるかを検出することを含む、生物学的試料中のヒトＬｙ６Ｅを検出するインビトロ方法。
【請求項１８】
抗Ｌｙ６Ｅ抗体が請求項５に記載の抗体である、請求項１７に記載のインビトロ方法。
【請求項１９】
生物学的試料が乳がん試料、膵臓がん試料、結腸がん試料、結腸直腸がん試料、黒色腫がん試料、卵巣がん試料、非小細胞肺がん試料、食道がん試料、頭頸部がん試料、腎臓がん試料、軟組織がん試料、子宮内膜がん試料、又は胃がん試料である、請求項１７又は請求項１８に記載のインビトロ方法。
【請求項２０】
被験体においてＬｙ６Ｅ陽性がんを検出するためのキットであって、請求項１から８の何れか一項に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含み、（ｉ）該標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体がＬｙ６Ｅ陽性がんを有するか又は有することが疑われる被験体に投与され、及び（ｉｉ）被験体において標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体が検出され、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体の検出が、被験体のＬｙ６Ｅ陽性がんを示す、キット。
【請求項２１】
標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体が標識された請求項５に記載の抗体である、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体が陽電子放出体にコンジュゲートした抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む、請求項２０又は２１に記載のキット。
【請求項２３】
陽電子放出体が８９Ｚｒである、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するとしてがん患者を同定するためのキットであって、請求項１から８及び１４から１６の何れか一項に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含み、天然に生じるヒトＬｙ６Ｅに対する抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、患者からのがん試料が抗Ｌｙ６Ｅ抗体と接触させられ、及びがん試料中で抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に生じるヒトＬｙ６Ｅとの間に複合体が形成されるかが検出される、キット。
【請求項２５】
がん生検試料中で抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間の複合体が検出される場合、がん患者はＬｙ６Ｅ陽性がんを有するとして同定される、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むイムノコンジュゲートによる治療のためのＬｙ６Ｅ陽性がんを有するがん患者を選択するためのキットであって、請求項１から８及び１４から１６の何れか一項に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含み、天然に生じるヒトＬｙ６Ｅに対する抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、患者からのがん試料が抗Ｌｙ６Ｅ抗体と接触させられ、及びがん試料中で抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に生じるヒトＬｙ６Ｅとの間に複合体が形成されるかが検出される、キット。
【請求項２７】
がん生検試料中で抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間の複合体が検出される場合、上記がん患者が選択される、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
イムノコンジュゲートが、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む、請求項２６又は請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
抗Ｌｙ６Ｅ抗体が配列番号５のＶＨ配列及び配列番号３のＶＬ配列を含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３０】
イムノコンジュゲートが細胞傷害性薬物にコンジュゲートした抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む、請求項２６から２９の何れか一項に記載のキット。
【請求項３１】
Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するがん患者からのがん試料が、乳がん試料、膵臓がん試料、結腸がん試料、結腸直腸がん試料、黒色腫がん試料、卵巣がん試料、非小細胞肺がん試料、食道がん試料、頭頸部がん試料、腎臓がん試料、軟組織がん試料、子宮内膜がん試料、又は胃がん試料である、請求項２６から３０の何れか一項に記載のキット。
【請求項３２】
乳がん試料が、Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、又は三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんからのものである、請求項１９に記載の方法。
【請求項３３】
胃がん試料がＨｅｒ２陽性胃がん又はＨｅｒ２陰性胃がんからのものである、請求項１９に記載の方法。
【請求項３４】
乳がん試料が、Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、又は三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんからのものである、請求項３１に記載のキット。
【請求項３５】
胃がん試料がＨｅｒ２陽性胃がん又はＨｅｒ２陰性胃がんからのものである、請求項３１に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、抗ＬＹ６Ｅ抗体及びイムノコンジュゲート並びにその使用方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
リンパ球抗原６複合体Ｅ遺伝子座（Ｌｙ６Ｅ）は、レチノイン酸誘導性遺伝子Ｅ（ＲＩＧ−Ｅ）及び幹細胞抗原２（ＳＣＡ−２）としても知られる。これはＧＰＩ連結性の、１３１アミノ酸長の、結合パートナーが知られてない〜８．４ｋＤａの機能未知タンパク質である。これは、マウスの未熟な胸腺細胞、胸腺髄質上皮細胞で発現する転写産物として最初に同定された。マウスＬｙ−６ファミリーのヒトホモログであるＲＩＧ−Ｅは、急性前骨髄球性白血病細胞の分化の間、レチノイン酸によって誘導される。Mao M., Yu M., Tong J.-H., Ye J., Zhu J., Huang Q.-H., Fu G., Yu L., Zhao S.-Y., Waxman S., Lanotte M., Wang Z.-Y., Tan J.-Z., Chan S.-J., Chen Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93:5910-5914 (1996). 
【０００３】
がんなどのＬｙ６Ｅ関連疾患を診断及び治療するために、Ｌｙ６Ｅを標的にする薬剤に対する要求が当技術分野において存在する。本発明は、その要求を満たし、他の利点も提供する。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、抗ＬＹ６Ｅ抗体及びイムノコンジュゲート並びにその使用方法を提供する。
【０００５】
幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅに結合する単離された抗体が提供され、ここで抗体は、（ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｂ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び（ｃ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号２８のアミノ酸配列に少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列に少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）（ａ）のＶＨ配列及び（ｂ）のＶＬ配列を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、配列番号２８のＶＨ配列を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、配列番号２７のＶＬ配列を含む。
【０００６】
幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅに結合する単離された抗体が提供され、ここで抗体は、配列番号２８のＶＨ配列及び配列番号２７のＶＬ配列を含む。
【０００７】
幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅに結合する抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は、マウス、ウサギ、ヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はＩｇＧである。他の実施態様において、ＩｇＧは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ又はＩｇＧ２ｂ、又はＩｇＧ３、又はＩｇＧ４である。
【０００８】
幾つかの実施態様において、本明細書に記載される抗体の何れかをコードする単離された核酸が提供される。幾つかの実施態様において、単離された核酸を含む宿主細胞が提供される。幾つかの実施態様において、宿主細胞を培養することを含む、本明細書に記載される抗体を産生する方法が提供される。
【０００９】
幾つかの実施態様において、本明細書に記載される抗体を含むイムノコンジュゲート及び細胞障害性剤が提供される。幾つかの実施態様において、イムノコンジュゲート及び薬学的に許容されるれる担体を含む薬学的組成物が提供される。
【００１０】
幾つかの実施態様において、本明細書に記載される抗体は標識にコンジュゲートしている。幾つかの実施態様において、標識は陽電子放射体である。幾つかのそのような実施態様において、陽電子放射体は８９Ｚｒである。
【００１１】
幾つかの実施態様において、生物学的試料中のヒトＬｙ６Ｅを検出する方法が提供される。幾つかの実施態様において、方法は、天然に存在するヒトＬｙ６Ｅへの抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と生物学的試料を接触させることを含む。幾つかの実施態様において、方法は、複合体が、生物学的試料中で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間に形成されているかどうかを検出することを含む。幾つかの実施態様において、生物学的試料は、乳がん試料、膵臓がん試料、結腸がん試料、結腸直腸がん試料、黒色腫がん試料、卵巣がん試料、非小細胞肺がん試料、食道がん試料、頭頸部がん試料、腎臓がん試料、軟組織がん試料、子宮内膜がん試料、又は胃がん試料である。
【００１２】
幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを検出する方法が提供される。幾つかの実施態様において、方法は、（ｉ）標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体が本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含み、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するか又は有する疑いのある被験体に標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体を投与すること、及び（ｉｉ）被験体において標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体を検出することを含む。幾つかの実施態様において、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体の検出は、被験体におけるＬｙ６Ｅ陽性がんを示す。幾つかの実施態様において、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、陽電子放出体にコンジュゲートした本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む。幾つかのそのような実施態様において、陽電子放射体は８９Ｚｒである。
【００１３】
幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するようながん患者を同定する方法が提供される。幾つかの実施態様において、方法は、天然に存在するヒトＬｙ６Ｅへの抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と患者からのがん試料を接触させることを含む。幾つかの実施態様において、方法は、複合体が、がん試料中で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間に形成されているかどうかを検出することを含む。幾つかの実施態様において、複合体が、がん生検試料中で、本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間に形成されている場合、がん患者は、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するとして同定される。
【００１４】
幾つかの実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むイムノコンジュゲートによる治療のためのがん患者を選択する方法が提供される。幾つかの実施態様において、方法は、天然に存在するヒトＬｙ６Ｅへの抗Ｌｙ６Ｅ抗体の結合を許容する条件下で、本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と患者からのがん試料を接触させることを含む。幾つかの実施態様において、方法は、複合体が、がん試料中で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間に形成されているかどうかを検出することを含む。幾つかの実施態様において、複合体が、がん生検試料中で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体と天然に存在するヒトＬｙ６Ｅとの間に形成されている場合、がん患者が選択される。幾つかのそのような実施態様において、がん患者は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むイムノコンジュゲートによる治療のために選択される。幾つかの実施態様において、がん患者は、配列番号５のＶＨ配列及び配列番号３のＶＬ配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むイムノコンジュゲートによる治療のために選択される。幾つかの実施態様において、イムノコンジュゲートは、細胞傷害性薬物にコンジュゲートした抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む。幾つかの実施態様において、がん試料は、乳がん試料、膵臓がん試料、結腸がん試料、結腸直腸がん試料、黒色腫がん試料、卵巣がん試料、非小細胞肺がん試料、食道がん試料、頭頸部がん試料、腎臓がん試料、軟組織がん試料、子宮内膜がん試料、又は胃がん試料である。幾つかの実施態様において、乳がん試料は、Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、又は三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんからである。幾つかの実施態様において、胃がん試料は、Ｈｅｒ２陽性胃がん又はＨｅｒ２陰性胃がんからである。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】図１は、ヒト（配列番号１）、カニクイザル（配列番号２）、アカゲザル（配列番号３５）、マウス（配列番号３６）、及びラット種（配列番号３７）からのＬｙ６Ｅオルソログの配列を比較する配列アラインメントを示す。細胞外ドメイン（ＥＣＤ）中のこれらの配列の間のアミノ酸レベルでの同一性パーセントは、ヒトとカニクイザルのＬｙ６Ｅ間で〜９６％、及びヒトとラットＬｙ６Ｅ間で〜５２％であることが示されている。
【図２】図２は、実施例１に更に記載されるＬｙ６Ｅ ｍＲＮＡ発現の系譜プロファイルを示す。測定は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｕ１３３Ｐチップ上で実施され、ヒト組織におけるＬｙ６Ｅ発現のスケーリングされた平均の差として表される。各点は、正常（緑）、腫瘍（赤）、又は患部非腫瘍（青）ヒト組織標本を表す。長方形は、各分布の２５から７５パーセンタイルの範囲を包含する。ＷＢＣ＝白血球。Ｌｙ６Ｅの過剰発現は、乳がん、膵臓がん、結腸直腸がん、肺がん、黒色腫及び卵巣がんなどに見られる。
【図３】図３は、実施例２に記載したように正常ヒト組織及び厳選したがん細胞株及び組織のパネルにおいてＲＰＬ１９制御遺伝子の発現に対して正規化されたＬｙ６Ｅ転写産物発現のＱＲＴ−ＰＣＲ相対倍数変化を示す。結果は、正常組織におけるＬｙ６Ｅ転写物の発現は、乳がん及び膵臓がんにおけるＬｙ６Ｅの発現と比較して低いことを示している。
【図４】図４は、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１の軽鎖可変ドメイン配列及び重鎖可変ドメイン配列を示す。超可変領域（ＨＶＲ）は下線が引かれる。位置は、Ｋａｂａｔに従って番号付けされる。
【図５】図５は、実施例７に記載されるように、Ｈｅｒ２増幅乳がん異種移植マウスモデルにおける上皮増殖因子受容体における抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、ＨＣＣ１５６９ Ｘ２乳がん細胞を接種された免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又はヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）の何れかの単回ＩＶ注射を示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり９匹の動物から決定した。パネルＢは、フローサイトメトリーによって見られるように、生きているＨＣＣ１５６９ Ｘ２細胞における表面Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を示し、ここで、灰色のピークは二次検出試薬単独に対して処置された細胞を示し、黒ピークは、３μｇ／ｍＬのＬｙ６Ｅ抗体（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣにより処置され、続いて二次検出試薬としてヒトＩｇＧにコンジュゲートされたＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ４８８により処置された細胞を示す。ＧｅｏＭｅａｎ値としてのＬｙ６Ｅの発現がヒストグラムの右側に示される。パネルＣは、乳がん細胞株ＨＣＣ１５６９ Ｘ２についてのｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２ ＡＤＣ滴定による細胞死滅を示す。指示濃度のｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２ ＡＤＣ、対照ＩｇＧ−ｖｃ−ＭＭＡＥ、又はＰＢＳビヒクル対照の当量が、５日間細胞とともにインキュベートされ、相対細胞生存率（ｙ軸）がＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏを使用して評価された。パネルＤは、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用して、免疫組織化学によるＨＣＣ１５６９ Ｘ２腫瘍に対する１＋／２＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用してＬｙ６Ｅについて１＋レベルで染色する腫瘍細胞の割合が示される。パネルＥは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学によるＨＣＣ１５６９ Ｘ２腫瘍に対する３＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。
【図６】図６は、膵臓がん異種移植マウスモデルにおける抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、ＳＵ．８６．８６膵臓がん細胞を接種された免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又は抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣの何れかの単回ＩＶ注射を図５に記述されるように示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり９匹の動物から決定した。パネルＢは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用するイムノブロッティングによって、ＨＣＣ１５６９ Ｘ２及びＳＵ．８６．８６細胞溶解物中の全Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を比較する。総βチューブリンタンパク質レベルが、負荷対照（loading control）として機能するように平行して測定された。パネルＣは、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用する免疫組織化学によるＳＵ．８６．８６腫瘍に対する１＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。パネルＤは、膵臓がん細胞株ＳＵ．８６．８６についての抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣ滴定による細胞死滅を示す。指示濃度の抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣ、対照ＩｇＧ−ｖｃ−ＭＭＡＥ、又はＰＢＳビヒクル対照の当量が、５日間細胞とともにインキュベートされ、相対発光単位（ＲＬＵ）における相対細胞生存率（ｙ軸）がＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏを使用して評価された。パネルＥは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学によるＳＵ．８６．８６腫瘍に対する２＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。
【図７】図７は、図５で記述されるように、ＸｅｎＴｅｃｈ（Ｅｖｒｙ，Ｆｒａｎｃｅ）で樹立された原発性三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がん腫瘍異種移植片モデルＨＢＣｘ−９における抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、患者由来の乳がん腫瘍材料を接種された免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又は抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣの何れかの単回ＩＶ注射を示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり９匹の動物から決定した。パネルＢは、マウス抗Ｌｙ６Ｅ抗体４Ｄ８を用いたイムノブロッティングによって、様々なＸｅｎＴｅｃｈ原発性腫瘍モデルにおいて並びにＨＣＣ１５６９ Ｘ１及びＳＵ．８６．８６細胞溶解物中における全Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を比較する。総βアクチンタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。パネルＣは、免疫組織化学によるＨＢ Ｃｘ−９腫瘍に対するＬｙ６Ｅ染色を示す。複数の腫瘍試料の独立した染色は不均質な染色パターンを示した。マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用してＬｙ６Ｅについて１＋レベルで染色する腫瘍細胞の割合が示される。パネルＤは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学によるＨＢＣｘ−９腫瘍に対する２＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。パネルＥは、抗体ＧＥＮ−９３−８−１を用いたイムノブロッティングによる、ＨＢＣｘ−９細胞溶解物中の総Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を示す。ＧＡＰＤＨタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。
【図８】図８は、図５で記述されるように、ＸｅｎＴｅｃｈ（Ｅｖｒｙ，Ｆｒａｎｃｅ）で樹立された原発性三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がん腫瘍異種移植片モデルＨＢＣｘ−８における抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、患者由来の乳がん腫瘍材料を接種された免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又は抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣの何れかの単回ＩＶ注射を示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり１０匹の動物から決定した。パネルＢは、マウス抗Ｌｙ６Ｅ抗体４Ｄ８を用いたイムノブロッティングによって、様々なＸｅｎＴｅｃｈ原発性腫瘍モデルにおいて並びにＨＣＣ１５６９ Ｘ１及びＳＵ．８６．８６細胞溶解物中における全Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を比較する。総βアクチンタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。パネルＣは、マウス抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローン１０Ｇ７．７．８を使用する免疫組織化学によるＨＢＣｘ−８腫瘍に対するＬｙ６Ｅ染色を示す。パネルＤは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学によるＨＢＣｘ−８腫瘍に対する１＋／２＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。複数の腫瘍試料の独立した染色は、１０Ｇ７．７．８又はＧＥＮ−９３−８−１を使用して１＋又は２＋レベルでの染色パターンを示したが、しかしＧＥＮ−９３−８−１を用いた染色は１０Ｇ７．７．８染色と比較してより堅牢で均質であった。パネルＥは、抗体ＧＥＮ−９３−８−１を用いたイムノブロッティングによる、ＨＢＣｘ−８細胞溶解物中の総Ｌｙ６Ｅタンパク質の発現を示す。ＧＡＰＤＨタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。
【図９】図９は、図５で記述されるように、Ｏｎｃｏｔｅｓｔ ＧｍｂＨ（Ｆｒｅｉｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で樹立された原発性上皮成長因子受容体、Ｈｅｒ２増幅乳がん腫瘍異種移植モデルＭＡＸＦ−１１６２における抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、患者由来の乳がん腫瘍材料を接種された免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又は抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣの何れかの単回ＩＶ注射を示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり１０匹の動物から決定した。パネルＢは、イムノブロッティングにより、様々なＯｎｃｏｔｅｓｔ原発性腫瘍モデル及び細胞溶解物中の総Ｌｙ６Ｅタンパク質発現を比較する。総ＧＡＰＤＨタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。パネルＣは、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用する免疫組織化学によるＭＡＸＦ−１１６２腫瘍に対するＬｙ６Ｅ染色を示す。複数の腫瘍試料の独立した染色は不均質な染色パターンを示した。Ｌｙ６Ｅについて１＋又は２＋レベルで染色する腫瘍細胞の割合が示される。パネルＤは、ウサギ抗ＬＹ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学による、ＭＡＸＦ−１１６２腫瘍に対する強い２＋Ｌｙ６Ｅ染色（及び潜在的に低酸素の中心領域における一部の１＋染色）を示す。
【図１０】図１０は、図５で記述されるように、Ｏｎｃｏｔｅｓｔ ＧｍｂＨ（Ｆｒｅｉｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）で樹立された原発性膵臓がん腫瘍異種移植モデルＰＡＸＦ−１６５７における抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性を示す。パネルＡは、患者由来の膵臓がん腫瘍外植片を用いた免疫不全マウスにおいて確立された皮下腫瘍を示す。腫瘍体積が約１００−２５０ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は、対照ＡＤＣ（対照−ｖｃ−ＭＭＡＥ）又は抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣの何れかの単回ＩＶ注射を示された用量で与えられた。標準偏差と共に平均腫瘍体積を（グラフ上に示される）群あたり１０匹の動物から決定した。パネルＢは、イムノブロッティングにより、様々な原発性腫瘍モデル及び細胞溶解物中の総Ｌｙ６Ｅタンパク質発現を比較する。総ＧＡＰＤＨ又はβアクチンタンパク質レベルが、負荷対照として機能するように平行して測定された。パネルＣは、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用する免疫組織化学によるＰＡＸＦ−１６５７腫瘍に対するＬｙ６Ｅ染色を示す。複数の腫瘍試料の独立した染色は不均質な染色パターンを示した。Ｌｙ６Ｅについて非常に弱い（＋／−）レベルで染色する腫瘍細胞の割合が示される。パネルＤは、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１を使用する免疫組織化学によるＰＡＸＦ−１６５７腫瘍に対する２＋Ｌｙ６Ｅ染色を示す。
【００１６】
本発明の実施態様の詳細な記述
Ｉ．定義
本明細書における目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」とは、下記に定義されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークから得られる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含有するフレームワークである。ヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同一のアミノ酸配列を含んでもよく、又はそれはアミノ酸配列の変化を含み得る。幾つかの実施態様において、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下である。幾つかの実施態様において、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、ＶＬのヒト免疫グロブリンのフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列に、配列が同一である。
【００１７】
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合的相互作用の総和の強度のことである。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載したものを含む、当技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例示であって典型的な実施態様は、以下で説明される。
【００１８】
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）において一又は複数の改変を持つ抗体を指す。
【００１９】
用語「抗Ｌｙ６Ｅ抗体」及び「Ｌｙ６Ｅに結合する抗体」は、抗体が、Ｌｙ６Ｅを標的とし、診断薬剤及び／又は治療的薬剤として有用であるように、十分な親和性でＬｙ６Ｅに結合することができる抗体を指す。一実施態様では、抗Ｌｙ６Ｅ抗体と無関係非Ｌｙ６Ｅタンパク質の結合の程度は、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）により又はスキャッチャード分析により又は例えばＢｉａｃｏｒｅなどの表面プラズモン共鳴により測定して、抗体とＬｙ６Ｅの結合の約１０％未満である。ある実施態様において、Ｌｙ６Ｅへ結合する抗体は、解離定数（Ｋｄ）は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）を有する。ある実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、異なる種由来のＬｙ６Ｅ間で保存されているＬｙ６Ｅのエピトープに結合する。
【００２０】
本明細書における用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。
【００２１】
本明細書で使用する用語「抗体薬物コンジュゲート」（ＡＤＣ）は、用語「イムノコンジュゲート」に相当する。
【００２２】
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；直鎖状抗体；単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
【００２３】
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。例示的な競合アッセイを本明細書で提供する。
【００２４】
用語「がん」及び「がん性」は、典型的には無秩序な細胞成長／増殖を特徴とする、哺乳動物の生理的条件を指すか又は説明する。がんの例には、限定されないが、癌腫、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫と非ホジキンリンパ腫）、芽細胞腫、肉腫、及び白血病を含む。このようながんのより特定の例としては、Ｌｙ６Ｅを過剰発現するがんを含み、例えば、Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）、及び三種陰性乳がんを含む乳がん及び／又は転移性乳がん、膵臓がん及び／又は転移性膵臓がん、結腸がん、結腸直腸がん、皮膚がん、黒色腫及び／又は転移性黒色腫、卵巣がん、非小細胞肺がん（腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、Ｈｅｒ２陽性胃がん及び／又はＨｅｒ３陰性胃がんを含む胃がん、扁平上皮がん、小細胞肺がん、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜がん、肝細胞がん、消化器がん、神経膠腫、子宮頸がん、肝臓がん、膀胱がん、肝癌、軟組織がん、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、食道がん、腎臓がん、肝臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝癌、白血病及び他のリンパ増殖性疾患、及び様々な型の頭頸部がんを含み得る。
【００２５】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りは異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
【００２６】
本明細書で使用される用語「細胞傷害性薬物」とは、細胞機能を阻害するもしくは妨害する及び／又は細胞死もしくは破壊を引き起こす物質のことである。細胞傷害性薬物は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法剤又は薬物（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）；成長阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など；抗生物質；小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）；及び様々な抗腫瘍剤又は抗がん剤を包含する。
【００２７】
「エフェクター機能」は、抗体アイソタイプによって異なる、抗体のＦｃ領域に起因し得る生物活性を指す。抗体のエフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合性；抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）；貪食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が含まれる。
【００２８】
薬剤、例えば、薬学的製剤の「有効量」は、例えば、所望の治療的又は予防的結果を達成するために、必要な用量及び期間で有効な量を指す。
【００２９】
用語「エピトープ」は、抗体が結合する、抗原分子上の特定の部位を指す。
【００３０】
本明細書では、用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するのに使用される。この用語には、天然配列Ｆｃ領域及び変異体Ｆｃ領域が含まれる。一実施態様では、ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は、Ｃｙｓ２２６又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで延びる。しかし、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在しても、存在しなくてもよい。本明細書に明記されていない限り、Ｆｃ領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
【００３１】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、高頻度可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般的に４つのＦＲのドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。従って、ＨＶＲ配列及びＦＲ配列は、一般に次のＶＨ（又はＶＬ）の配列：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４に現れる。
【００３２】
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【００３３】
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」は互換的に使用され、外因性の核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫を含める。宿主細胞は、「形質転換体」及び「形質転換された細胞」を含み、継代の数に関係なく、それに由来する一次形質転換細胞及び子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではないかもしれないが、突然変異が含まれる場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニング又は選択されたものと同じ機能又は生物活性を有する変異型子孫が本明細書において含まれる。
【００３４】
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
【００３５】
「ウサギ抗体」は、ウサギ又はウサギ細胞により産生されるか、又はウサギ抗体のレパートリー又は他のウサギ抗体をコードする配列を利用した非ウサギ起源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。
【００３６】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨのフレームワーク配列の選択において、最も一般的に存在するアミノ酸残基に相当するフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般的には、配列のサブグループは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3にあるサブグループである。一実施態様において、ＶＬについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらに記載のサブグループカッパＩである。一実施態様において、ＶＨについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらにあるサブグループＩＩＩである。  
【００３７】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基、及びヒトＦＲ由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。抗体の「ヒト化型」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。
【００３８】
本明細書で使用される用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変であるか、及び／又は構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般に、天然の４鎖抗体は、６つのＨＶＲ、すなわちＶＨ中の３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）及びＶＬ中の３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。ＨＶＲは、一般に、超可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、配列変動性が最も高く、及び／又は抗原の認識に関与する。典型的な超可変ループはアミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。典型的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２で生じる。（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）。ＶＨのＣＤＲ１の例外を除いて、ＣＤＲは一般的に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」も含む。ＳＤＲは、短縮型ＣＤＲ又はａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲ領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１−３４、Ｌ２の５０−５５、Ｌ３の８９−９６、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−５８、及びＨ３の９５−１０２で生じる。（Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照のこと）。特に断らない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のＫａｂａｔらに従い、本明細書において番号が付けられる。
【００３９】
「イムノコンジュゲート」は、一以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。イムノコンジュゲートは、用語「抗体薬物コンジュゲート」（ＡＤＣ）に相当する。
【００４０】
「個体」又は「被験体」は哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウマ）、霊長類（例えば、ヒト、及びサルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、げっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。ある実施態様において、個体又は被験体はヒトである。
【００４１】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から分離されたものである。幾つかの実施態様において、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）により決定される場合、９５％以上又は９９％の純度に精製される。抗体純度の評価法の総説としては、例えばFlatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)を参照のこと。
【００４２】
「単離された」核酸は、その自然環境の成分から分離された核酸分子を指す。単離された核酸としては、核酸分子を通常含む細胞に含まれる核酸分子が挙げられるが、核酸分子は、染色体外に、又はその天然の染色体上の位置とは異なる染色体上の位置にも存在する。  
【００４３】
「抗Ｌｙ６Ｅ抗体をコードする単離された核酸」は、抗体の軽鎖及び重鎖（又はその断片）をコードする１種又は複数の核酸分子を指す。これには、単一のベクター又は別々のベクター中のそうした核酸分子（複数可）が含まれ、そうした核酸分子（複数可）は、宿主細胞の１か所又は複数の位置に存在する。
【００４４】
本明細書で使用する場合、用語「Ｌｙ６Ｅ」は、細胞におけるＬｙ６Ｅの前駆タンパク質のプロセシングによって生じる、任意の天然の成熟Ｌｙ６Ｅを指す。この用語には、別段指示がない限り、霊長類（例えば、ヒト及びカニクイザル又はアカゲザル）などの哺乳動物並びにげっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含めた任意の脊椎動物供給源由来のＬｙ６Ｅが含まれる。この用語には、天然に存在するＬｙ６Ｅの変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体も含まれる。シグナル配列（アミノ酸１−２０＝シグナル配列）を有する例示的なヒトＬｙ６Ｅの前駆タンパク質のアミノ酸配列を配列番号１に示す。例示的な成熟ヒトＬｙ６Ｅのアミノ酸配列は、配列番号３８に示される。例示的なカニクイザルＬｙ６Ｅのアミノ酸１−１３１の配列は、配列番号２に示される。例示的な成熟カニクイザルＬｙ６Ｅのアミノ酸配列は、配列番号３９に示される。例示的なラットＬｙ６Ｅ前駆体のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１−２６を有する）及び成熟配列は配列番号３７及び４２にぞれぞれ示される。例示的なマウスＬｙ６Ｅ前駆体のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１−２６を有する）及び成熟配列は配列番号３６及び４１にぞれぞれ示される。例示的なアカゲザルＬｙ６Ｅ前駆体のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１−２０を有する）及び成熟配列は配列番号３５及び４０にぞれぞれ示される。
【００４５】
用語「Ｌｙ６Ｅ陽性のがん」は、その表面でＬｙ６Ｅを発現する細胞を含むがんを指す。細胞が表面でＬｙ６Ｅを発現するかどうかの測定においては、Ｌｙ６Ｅ ｍＲＮＡの発現が、細胞表面でのＬｙ６Ｅ発現と相関すると考えられる。幾つかの実施態様では、Ｌｙ６Ｅ ｍＲＮＡの発現は、インサイツハイブリダイゼーション及びＲＴ−ＰＣＲ（定量的ＲＴ−ＰＣＲを含む）から選択される方法によって測定する。あるいは、細胞表面でのＬｙ６Ｅの発現は、例えば、Ｌｙ６Ｅに対する抗体を使用して、例えば免疫組織化学、ＦＡＣＳなどの方法において測定することができる。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、トリプルネガティブ（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんを含む、乳がん及び転移性乳がん、膵臓がん、結腸がん、結腸直腸がん、黒色腫、卵巣がん、肺がん、非小細胞肺がん（腺癌などの扁平上皮及び／又は非扁平上皮）、軟組織がん、子宮内膜がん、食道がん、頭頸部がん、腎臓がん、又はＨｅｒ２陽性胃がん及びＨｅｒ２陰性胃がんを含む胃がんを含み、それぞれの場合にＬｙ６Ｅ発現の検出可能なレベルを示す。
【００４６】
用語「Ｌｙ６Ｅ陽性細胞」は、その表面にＬｙ６Ｅを発現するがん細胞を指す。
【００４７】
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体の調製物とは異なり、モノクローナル抗体の調製物の各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定基に対するものである。「モノクローナル」なる修飾語句は、抗体の、実質的に均一な抗体の集団から得られたものであるという特性を示し、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないと解釈されるべきものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、これらに限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン座の全て又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含めた種々の手法によって作製することができ、モノクローナル抗体を作製するためのそうした方法及び他の例示的方法は、本明細書に記載されている。
【００４８】
「ネイキッド抗体」とは、異種の部分（例えば、細胞傷害性部分）又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在してもよい。
【００４９】
「天然型抗体」は、天然に生じる様々な構造をとる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖と２つの同一の重鎖から成る、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）、続いて３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３）を有する。同様に、Ｎ末端からＣ末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）、続いて軽鎖定常領域とも呼ばれる定常軽鎖（ＣＬ）ドメインを有する。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つのタイプのうちの１つに帰属させることができる。
【００５０】
用語「添付文書」は、効能、用法、用量、投与、併用療法、禁忌についての情報、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
【００５１】
基準ポリペプチド配列に対する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、配列を整列させ、必要に応じて最大の配列同一性パーセントを得るためにギャップを導入した後の、いかなる保存的置換も配列同一性の一部としてみなさない、基準ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージと定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアのような公に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて得られる。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によって作成され、ソースコードは米国著作権庁、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムはジェネンテク社、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａを通して公的に入手可能であり、ソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステム、特にデジタルＵＮＩＸ（登録商標）Ｖ４．０Ｄでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは、Ａ及びＢのプログラムアラインメントにおいて、配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基の全数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと一致しない場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは一致しないと評価されるであろう。特に断らない限りは、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性値は、直前のパラグラフに記載したように、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて得られる。
【００５２】
用語「薬学的製剤」は、その中に有効で含有される活性成分の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被験体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない調製物を指す。
【００５３】
「薬学的に許容可能な担体」は、被験体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容可能な担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
【００５４】
本明細書で使用される「白金錯体」とは、限定されないが、例えば、ＤＮＡに共有結合する能力に基づいて腫瘍に対する有効性を発揮する、シスプラチン、オキサリプラチン、カルボプラチン、イプロプラチン、サトラプラチン、ＣＩ−９７３、ＡＺ０４７３、ＤＷＡ２１１４Ｒ、ネダプラチン、及びスプリオプラチン（sprioplatin）などの抗癌化学療法剤を指す。
【００５５】
本明細書で使用されるように、「治療」（及び、「治療する（treat）」又は「治療すること（treating）」などのその文法的変形）とは、治療を受けている個体の自然経過を変える試みにおける臨床的介入のことであり、予防のために又は臨床病理の経過中に実施することができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生又は再発を予防すること、症状の軽減、疾患のいかなる直接的又は間接的病理学的結果も減少すること、転移を予防すること、疾患進行の速度を減少すること、疾患状態の寛解又は緩和、及び寛解又は予後改善が含まれるが、これらに限定されない。幾つかの実施態様では、本発明の抗体は、疾患の発生を遅延させる又は疾患の進行を遅らせるために使用される。
【００５６】
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖又は軽鎖のドメインを指す。天然型抗体の可変重鎖ドメイン及び軽鎖（それぞれＶＨ及びＶＬ）は、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む各ドメインを有し、一般的に似たような構造を有する。（例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 第６版, W.H. Freeman and Co., 91頁 (2007)を参照）。単一のＶＨ又はＶＬドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。更に、抗原に結合する抗体由来のＶＨ又はＶＬドメインを使用して、それぞれ相補的なＶＬ又はＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングし、特定の抗原を結合する抗体を単離することができる。例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照。
【００５７】
本明細書で使用される、用語「ベクター」は、それがリンクされている別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。この用語には、自己複製核酸構造物としてのベクター及びそれが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターが含まれる。ある種のベクターは、作動可能に連結された核酸の発現を指令することができる。そうしたベクターを、本明細書では、「発現ベクター」と称する。
【００５８】
ＩＩ．組成物及び方法
一態様において、本発明は、Ｌｙ６Ｅに結合する抗体及びそのような抗体を含むイムノコンジュゲートに、一部、基づいている。本発明の抗体とイムノコンジュゲートは、例えば、Ｌｙ６Ｅ陽性がんの診断又は治療のために有用である。
【００５９】
Ａ．例示的な抗Ｌｙ６Ｅ抗体
幾つかの実施態様において、本発明はＬｙ６Ｅに結合する単離された抗体を提供する。ある実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、以下の特性の少なくとも一以上を、任意の組み合わせで有する：
（ａ）配列番号１のアミノ酸２１〜１３１内のエピトープに結合し；及び
（ｂ）ＳＰＲ又はスキャッチャード分析の何れかによって測定される場合、≦７ｎＭ、又は≦６ｎＭ、又は≦５ｎＭ、又は≦４ｎＭ、又は≦３ｎＭ、又は≦２ｎＭ、又は≦１ｎＭ、及び必要に応じて≧０．０００１ｎＭ、又は≧０．００１ｎＭ、又は≧０．０１ｎＭの親和性でＬｙ６Ｅに結合する。
【００６０】
抗体９Ｂ１２
非限定的な例示的抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、マウス９Ｂ１２及びそのヒト化変異体、例えば、ｈｕ９Ｂ１２．ｖ１２などである（例えば、配列番号４及び６並びに配列番号３及び５に示される可変領域配列を参照）。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６ＥはヒトＬｙ６Ｅである。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅは、ヒト、カニクイザル、アカゲザル、マウス又はラットＬｙ６Ｅから選択される。
【００６１】
幾つかの実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号１のアミノ酸２１〜１３１内のエピトープに結合する。幾つかのそのような実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、ＳＰＲ又はスキャッチャード分析の何れかによって測定される場合、≦７ｎＭ、又は≦６ｎＭ、又は≦５ｎＭ、又は≦４ｎＭ、又は≦３ｎＭ、又は≦２ｎＭ、又は≦１ｎＭ、及び必要に応じて≧０．０００１ｎＭ、又は≧０．００１ｎＭ、又は≧０．０１ｎＭの親和性でＬｙ６Ｅに結合する。本発明の非限定的な例示的抗体は、マウス９Ｂ１２及びそのヒト化変異体、例えば、ｈｕ９Ｂ１２．ｖ１２などである幾つかの実施態様において、Ｌｙ６ＥはヒトＬｙ６Ｅである。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６ＥはヒトＬｙ６Ｅ又はカニクイザルＬｙ６Ｅである。
【００６２】
一態様において、本発明は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも一つ、二つ、三つ、四つ、五つ、又は六つのＨＶＲを含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を提供する。
【００６３】
一態様において、本発明は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも一つのＶＨ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＨ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様において、抗体は、配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。その他の実施態様において、抗体は、配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。更なる実施態様において、抗体は、配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。更なる実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
【００６４】
別の態様において、本発明は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも一つのＶＬ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＬ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【００６５】
その他の態様において、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一つのＶＨ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＨ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン；及び（ｂ）（ｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一つのＶＬ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＬ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
【００６６】
その他の態様において、本発明は、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を提供する。
【００６７】
上記実施態様の何れかにおいて、抗Ｌｙ６Ｅ抗体はヒト化されている。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、上記実施態様の何れかにおけるＨＶＲを含み、更に、アクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。別の実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、上記実施態様の何れかにおけるＨＶＲを含み、それは更に、配列番号２０の軽鎖可変ドメインフレームワークＦＲ２配列若しくは配列番号２１の軽鎖可変ドメインフレームワークＦＲ３又は配列番号２３の重鎖可変ドメインフレームワークＦＲ１若しくは配列番号２４の重鎖可変ドメインフレームワークＦＲ２を含む。
【００６８】
別の態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号５のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある実施態様において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体はＬｙ６Ｅへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号５において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号５に記載のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施態様において、ＶＨは、（ａ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三つのＨＶＲを含む。
【００６９】
別の態様において、配列番号３のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供される。ある実施態様において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体はＬｙ６Ｅへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号３において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号３に記載のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施態様において、ＶＬは、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＨＶＲーＬ３から選択される一つ、二つ、又は三つのＨＶＲを含む。
【００７０】
別の態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供され、その抗体は、上記に与えられた実施態様の何れかに記載のＶＨ、及び上記に与えられた実施態様の何れかに記載のＶＬを含む。一実施態様において、抗体は、配列番号５及び配列番号３のそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を、それらの配列の翻訳後修飾を含み、含む。
【００７１】
更なる態様において、本発明は、本明細書に提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同一エピトープに結合する抗体を提供する。例えば、ある実施態様において、配列番号５のＶＨ配列及び配列番号３のＶＬ配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。ある実施態様において、配列番号１のアミノ酸２１〜１３１からなるＬｙ６Ｅの断片内のエピトープに結合する抗体が提供される。
【００７２】
本発明の更なる態様において、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【００７３】
更なる態様にて、以下のセクション１−７で説明されるように、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、単独又は組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる。
【００７４】
抗体ＧＥＮ−９３−８−１
非限定的な例示的抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、図４に示されるようなウサギＧＥＮ−９３−８−１及び抗体ＧＥＮ−９３−８−１の一又は複数のＨＶＲを含む抗体である。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６ＥはヒトＬｙ６Ｅである。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅは、ヒト、非ヒト霊長類、マウス又はラットＬｙ６Ｅから選択される。幾つかの実施態様において、非ヒト霊長類Ｌｙ６Ｅは、カニクイザル又はアカゲザルＬｙ６Ｅである。
【００７５】
一態様において、本発明は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも一つ、二つ、三つ、四つ、五つ、又は六つのＨＶＲを含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体を提供する。
【００７６】
一態様において、本発明は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される、少なくとも一つのＶＨ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＨ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様において、抗体は、配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。その他の実施態様において、抗体は、配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。更なる実施態様において、抗体は、配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。更なる実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
【００７７】
別の態様において、本発明は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも一つのＶＬ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＬ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様において、抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【００７８】
別の態様において、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号３４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一つのＶＨ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＨ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン；及び（ｂ）（ｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも一つのＶＬ ＨＶＲ配列、少なくとも二つのＶＬ ＨＶＲ配列、又は三つ全てのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
【００７９】
別の態様において、本発明は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体を提供する。
【００８０】
上記実施態様の何れかにおいて、抗Ｌｙ６Ｅ抗体はヒト化されている。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、上記実施態様の何れかにおけるＨＶＲを含み、更に、アクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。
【００８１】
別の態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号２８のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある実施態様において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体はＬｙ６Ｅへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号２８において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号２８に記載のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施態様において、ＶＨは、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される一、二又は三つのＨＶＲを含む。
【００８２】
別の態様において、配列番号２７のアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供される。ある実施態様において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体はＬｙ６Ｅへ結合する能力を保持する。ある実施態様において、配列番号２７において、合計１から１０のアミノ酸が、置換、挿入及び／又は欠失している。ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、ＨＶＲ外の（すなわちＦＲ内の）領域で生じる。任意で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、配列番号２７に記載のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。特定の実施態様において、ＶＬは、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲーＬ３から選択される一つ、二つ、又は三つのＨＶＲを含む。
【００８３】
別の態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供され、その抗体は、上記に与えられた実施態様の何れかに記載のＶＨ、及び上記に与えられた実施態様の何れかに記載のＶＬを含む。一実施態様において、抗体は、配列番号２８及び配列番号２７にそれぞれ記載のＶＨ及びＶＬ配列を、それらの配列の翻訳後修飾を含み、含む。
【００８４】
更なる態様において、本発明は、本明細書に提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。例えば、ある実施態様において、配列番号２８のＶＨ配列及び配列番号２７のＶＬ配列を含む抗Ｌｙ６Ｅ抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。
【００８５】
本発明の更なる態様において、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【００８６】
更なる態様にて、以下のセクション１−７で説明されるように、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、単独又は組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる。
【００８７】
アッセイ
抗Ｌｙ６Ｅ抗体が、配列番号１のアミノ酸２１〜１３１内のエピトープに結合するかどうかを決定するため、Ｎ末端及びＣ末端の欠失を有するＬｙ６Ｅポリペプチドが２９３細胞で発現され、切断型ポリペプチドに対する抗体の結合がＦＡＣＳによって試験され、ここで、２９３細胞で発現された完全長Ｌｙ６Ｅへの結合に比較して、切断型ポリペプチドに対する抗体の結合の実質的な減少（≧７０％の減少）又は消失は、抗体がその切断型ポリペプチドに結合しないことを示している。
【００８８】
抗Ｌｙ６Ｅ抗体が、「≦６ｎＭ、又は≦５ｎＭ、又は≦４ｎＭ、又は≦３ｎＭ、又は≦２ｎＭ、又は≦１ｎＭの親和性で結合する」かどうかは、本明細書の実施例４に記載されるようにスキャッチャード分析によって決定される。あるいは、抗Ｌｙ６Ｅ抗体の親和性は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅアッセイに従って決定することができる。具体的には、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を用いた表面プラズモン共鳴アッセイを用いて測定される。ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）研究グレードＣＭ５チップが、供給業者の説明書に従って、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）試薬で活性化される。ヤギ抗ヒトＦｃ ＩｇＧが、各フローセルにおいて約１０，０００応答単位（ＲＵ）を得るようにチップに結合される。未反応のカップリング基を１Ｍのエタノールアミンで遮断する。速度論測定については、抗Ｌｙ６Ｅ抗体が、約３００ＲＵを得るように捕獲される。ヒトＬｙ６Ｅ（例えば、バキュロウイルス系で発現させたＨｉｓ−Ｆｃに融合したアミノ酸２１−１３１、又はＣＨＯ細胞から発現させたＦｃに融合したアミノ酸２１−１３１；１２５ｎＭから０．４９ｎＭ）の２倍階段希釈物が、ＨＢＳ−Ｐ緩衝液（０．０１ＭのＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、０．１５ＭのＮａＣｌ、０．００５％界面活性剤Ｐ２０）に、３０μｌ／分の流速で２５℃で注入される。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）が、１：１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）評価ソフトウェア３．２版）を使用して計算される。平衡解離定数（Ｋｄ）はｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出される。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによる結合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、流動停止を備えた分光光度計（stop-flow equipped spectrophometer）（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズのＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（登録商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）で測定される、漸増濃度の抗原の存在下にて、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中、２５℃で、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）における増加又は減少を測定する蛍光消光技術を用いて結合速度を測定することができる。
【００８９】
上記実施態様の何れかにおいて、抗Ｌｙ６Ｅ抗体はヒト化されている。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、上記実施態様の何れかに記載のＨＶＲを含み、更に、ヒトアクセプターフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを含む。ある実施態様において、ヒトアクセプターフレームワークは、ヒトＶＬカッパＩＶコンセンサス（ＶＬＫＩＶ）フレームワーク及び／又はＶＨフレームワークＶＨ１である。
【００９０】
本発明の更なる態様において、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、本明細書において定義されるＩｇＧ１抗体、又は他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【００９１】
更なる態様にて、以下のセクション１−７で説明されるように、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、単独又は組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる。
【００９２】
本発明の更なる態様では、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、ヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ２ａ抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【００９３】
更なる態様にて、以下のセクション１−７で説明されるように、上記実施態様の何れかに記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、単独又は組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる。
【００９４】
１．抗体親和性
ある実施態様において、本明細書において与えられる抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ、及び任意で≧１０−１３Ｍ（例えば、１０−８Ｍ未満、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
【００９５】
一実施態様において、以下のアッセイにより説明されるように、Ｋｄは、目的の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。非標識抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）−標識抗原にてＦａｂを均衡化して、抗Ｆａｂ抗体コートプレートと結合した抗原を捕獲することによって抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性を測定する（例として、Chen, et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照）。アッセイの条件を決めるために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５μｇ／ｍｌの捕獲抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）を含む５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）にて一晩コートして、その後２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンを含むＰＢＳにて室温（およそ２３℃）で２〜５時間、ブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ ＃２６９６２０）に、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を段階希釈した所望のＦａｂと混合する（例えば、Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)の抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一致する）。次に、対象のＦａｂは一晩インキュベートされるが；しかし、インキュベーションは平衡に達していることを確実にするために更に長い期間（例えば、約６５時間）続いてもよい。その後、混合物を捕獲プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。次いで、溶液を除去し、プレートをＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０ＴＭ；Ｐａｃｋａｒｄ）を添加し、プレートは１０分間ＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭガンマカウンター（Ｐａｃｋａｒｄ）でカウントされる。最大結合の２０％以下を与えるそれぞれのＦａｂの濃度が、競合結合アッセイにおいて使用するために選択される。
【００９６】
別の実施態様において、Ｋｄは、実施例４に記載されるように、スキャッチャード分析を用いて測定される。別の実施態様に従って、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定した抗原 ＣＭ５チップを用いて２５℃のＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を用いる表面プラズモン共鳴アッセイを使用してＫｄを測定する。簡単に言うと、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５，ＢＩＡｃｏｒｅ Ｉｎｃ．）を、提供者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシニミド（ＮＨＳ）で活性化した。抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈し、結合したタンパク質の反応単位（ＲＵ）がおよそ１０になるように５μｌ／分の流速で注入する。抗原の注入後、反応しない群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。速度論の測定のために、Ｆａｂの２倍の段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流速で、０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ２０ＴＭ）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳに注入した。会合及び解離のセンサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル（simple one-to-one Langmuir binding model）（ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）評価ソフトウェア３．２版）を用いて、会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出した。平衡解離定数（Ｋｄ）をｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出した。例えば、 Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによる結合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、流動停止を備えた分光光度計（stop-flow equipped spectrophometer）（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズ ＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ ＴＭ分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）で測定される、漸増濃度の抗原の存在下にて、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中、２５℃の、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）の増加又は減少を測定する蛍光消光技術を用いて結合速度を測定することができる。
【００９７】
２．抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、 Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃＦｖ断片の総説については、例えば、Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び第５５８７４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
【００９８】
ダイアボディーは、二価又は二重特異性であってもよい２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号； Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003);及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまた Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【００９９】
単一ドメイン抗体は、抗体の、重鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ；例えば、米国特許第６２４８５１６号（Ｂ１）を参照）。
【０１００】
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌やファージ）による生産を含む。
【０１０１】
３．キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例では、キメラ抗体は非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のクラス又はサブクラスから変えられている「クラス転換された」抗体である。キメラ抗体にはその抗原結合断片が含まれる。
【０１０２】
ある特定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトへの免疫原性を抑えるために親非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持したままヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（又はその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
【０１０３】
ヒト化抗体及びそれらの製造方法は、例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、 Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５，８２１，３３７号、第７，５２７，７９１号、第６，９８２，３２１号及び第７，０８７，４０９号； Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述）；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) （「リサーフェシング」を記述）； Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)（「ＦＲシャッフリング」を記述）；及びOsbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 及びKlimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) （ＦＲのシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述）に記載されている。
【０１０４】
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域（例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）；及びＦＲライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及びRosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）を含む。
【０１０５】
４．ヒト抗体
ある特定の実施態様では、本明細書に提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は当技術分野で公知の種々の技術を使用して産生することができる。ヒト抗体は、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に一般的に記載されている。
【０１０６】
ヒト抗体は、抗原投与に応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するか若しくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て又は一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般的に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している、米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７０４１８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。そのような動物により産生されるインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより更に改変しうる。
【０１０７】
ヒト抗体はハイブリドーマベースの方法によっても作製することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞系は記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications、頁51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li et al., PNAS USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) （ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 及びVollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載される。
【０１０８】
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
【０１０９】
５．ライブラリー由来抗体
本発明の抗体は、所望の活性又は活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
【０１１０】
所定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、又はＦａｂ断片の何れかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性を伴うことなく免疫原に高親和性抗体を提供する。あるいは、ナイーブレパートリーを（例えばヒトから）クローニングして、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載のように如何なる免疫化を伴うことなく、幅広い非自己抗原及び自己抗原に対する抗体の単一源を提供することが可能である。最後に、ナイーブなライブラリはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の非再配列Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号を含む。
【０１１１】
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書でヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
【０１１２】
６．多重特異性抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはＬｙ６Ｅに対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、結合特異性の一つはＬｙ６Ｅに対してであり、他はＣＤ３に対してである。例えば、米国特許第５８２１３３７号を参照。ある実施態様において、二重特異性抗体は、Ｌｙ６Ｅの２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたＬｙ６Ｅを発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０１１３】
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現（Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)）、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照）及び「ノブ・イン・ホール（ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ）」エンジニアリング（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４，６７６，９８０号；及びBrennan et al., Science, 229: 81 (1985)を参照）；２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）；二重特異性抗体フラグメントを作製するため、「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）；単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えば、Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）；及び、例えばTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
【０１１４】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６号（Ａ１）を参照）。
【０１１５】
本明細書中の抗体又は断片はまた、Ｌｙ６Ｅ並びにその他の異なる抗原（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号参照）に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用（Ｄｕａｌ Ａｃｔｉｎｇ）ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む。
【０１１６】
７．抗体変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、又はペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
【０１１７】
ａ）置換、挿入、及び欠失変異体
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換型変異誘発の対象となる部位は、ＨＶＲとＦＲを含む。保存的置換は、表１の「望ましい置換」の見出しの下に示されている。より実質的な変更が、表１の「例示的置換」の見出しの下に与えられ、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下に更に説明される。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされる。
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【０１１８】
アミノ酸は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ．
【０１１９】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。
【０１２０】
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の超可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換型変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０１２１】
改変（例えば、置換）は、例えば抗体の親和性を向上させるために、ＨＶＲで行うことができる。このような改変は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程中に高頻度で変異を受けるコドンにコードされた残基で（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）で行うことができ、得られた変異体ＶＨ又はＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリーを構築しそこから選択し直すことによる親和性成熟が、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001)に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様において、多様性が、種々の方法（例えば、変異性ＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチドを標的とした突然変異誘発）の何れかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。次いで、二次ライブラリーが作成される。次いで、ライブラリーは、所望の親和性を持つ抗体変異体を同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入するするもう一つの方法は、幾つかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４から６残基）がランダム化されたＨＶＲ指向のアプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発、又はモデリングを用いて、特異的に同定され得る。ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的にされる。
【０１２２】
ある実施態様において、置換、挿入、又は欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限りにおいて、一以上のＨＶＲ内で生じる可能性がある。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えば本明細書で与えられる保存的置換）をＨＶＲ内で行うことができる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上記に与えられた変異体ＶＨ又はＶＬ配列の所定の実施態様において、各ＨＶＲは不変であるか、又はわずか１個、２個又は３個のアミノ酸置換が含まれているかの何れかである。
【０１２３】
突然変異誘発のために標的とすることができる抗体の残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085により説明されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基の残基又はグループ（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕなどの荷電残基）が同定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを判断するために、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）に置換される。更なる置換が該アミノ酸位に導入されて、最初の置換に対する機能的感受性を実証してもよい。代わりに、又は更に、抗原抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との接触点を同定するために用いられる。そのような接触残基及び隣接残基が、置換の候補として標的とされるか又は排除され得る。変異体はそれらが所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされ得る。
【０１２４】
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端又はＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、又は抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
【０１２５】
ｂ）グリコシル化変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度が増加又は減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成又は削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
【０１２６】
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えば、Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は、一定の改善された特性を有する抗体変異体を作成するために行われ得る。
【０１２７】
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接又は間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、又は２０％から４０％であり得る。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着している全ての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流又は下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。脱フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ａ１号）、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２号（Ａ１）、Ａｄａｍｓら、特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、アルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
【０１２８】
抗体変異体は、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を更に備えている。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔｔら）；米国特許第６６０２６８４号（Ｕｍａｎａら）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａら）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌら）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
【０１２９】
ｃ）Ｆｃ領域変異体
ある実施態様において、１つ又は複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域変異体は、１つ又は複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
【０１３０】
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣなど）が不要又は有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。インビトロ及び／又はインビボでの細胞毒性アッセイを、ＣＤＣ活性及び／又はＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認するために行うことができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠くが（それゆえ、おそらくＡＤＣＣ活性を欠く）、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確認するために行うことができる。ＡＤＣＣを媒介する初代細胞、ＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)の464頁の表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５８２１３３７号（例えば、Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に説明される。あるいは、非放射性アッセイ法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ；及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）。このようなアッセイにおいて有用なエフェクター細胞には、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1998)に開示されるように、インビボで、例えば動物モデルにおいて評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体が体Ｃ１ｑを結合することができないこと、したがって、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために行うことができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行うことができる（例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。また、ＦｃＲｎ結合、及びインビボでのクリアランス／半減期の測定は、当該分野で公知の方法を用いて行うことができる（例えば、Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
【０１３１】
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７，３３２，５８１号）。
【０１３２】
ＦｃＲへの結合を改善又は減少させた特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)）。
【０１３３】
ある実施態様において、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する１つ又は複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。
【０１３４】
幾つかの実施態様において、改変された（即ち、改善され又は減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
【０１３５】
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４号（Ａ１）（Ｈｉｎｔｏｎら）に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つ又は複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の一以上の置換、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７３７１８２６号）。
【０１３６】
Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては、Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０１３７】
ｄ）システイン操作抗体変異体
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で存在する。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中で更に記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分又はリンカー−薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔの番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
【０１３８】
ｅ）抗体誘導体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、当技術分野で知られ、容易に入手される追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性に起因して製造における利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であってよい。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が限定された条件下で治療に使用されるのか等を含む考慮に基づいて決定することができる。
【０１３９】
別の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体と非タンパク質部分とのコンジュゲートが提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである（Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)）。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体−非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
【０１４０】
Ｂ．組換え方法及び組成物
抗体は、例えば米国特許第４，８１６，５６７号で説明したように、組換えの方法及び組成物を用いて製造することができる。一実施態様において、本明細書に記載される抗Ｌｙ６Ｅ抗体をコードする単離された核酸が提供される。このような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードし得る。更なる実施態様において、そのような核酸を含む一以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施態様において、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。一実施態様において、宿主細胞は以下を含む（例えば、以下で形質転換される）：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一ベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二ベクター。一実施態様において、宿主細胞は、真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、又はリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様において、抗Ｌｙ６Ｅ抗体を作る方法が提供され、その方法は、上記のように、抗体の発現に適した条件下で、抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を培養することを含み、及び必要に応じて、宿主細胞（又は宿主細胞培養培地）から抗体を回収することを含む。
【０１４１】
抗Ｌｙ６Ｅ抗体の組換え生産のために、例えば上述したように、抗体をコードする核酸が単離され、宿主細胞内での更なるクローニング及び／又は発現のために１つ以上のベクターに挿入される。このような核酸は、容易に単離され、従来の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定することができる。
【０１４２】
抗体をコードするベクターのクローニング又は発現に適切な宿主細胞は、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞を含む。例えば、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要ない場合には、抗体は、細菌で産生することができる。細菌における抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、第５，７８９，１９９号及び第５，８４０，５２３号を参照。（また、大腸菌における抗体の発現を説明している、Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254も参照。）発現の後、抗体は可溶性画分において細菌の細胞ペーストから単離され、更に精製することができる。
【０１４３】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、菌類や酵母菌株を含む抗体をコードするベクターのための、適切なクローニング宿主又は発現宿主であり、そのグリコシル化経路が、「ヒト化」されており、部分的又は完全なヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、及びLi et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照。
【０１４４】
グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物と脊椎動物）から派生している。無脊椎動物細胞の例としては、植物及び昆虫細胞が挙げられる。多数のバキュロウイルス株が同定され、これらは特にＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と組み合わせて使用することができる。
【０１４５】
植物細胞培養を宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、第６，０４０，４９８号、第６，４２０，５４８号、第７，１２５，９７８号及び第６，４１７，４２９号（トランスジェニック植物における抗体産生に関するＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記載）を参照。
【０１４６】
脊椎動物細胞もまた宿主として用いることができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適合されている哺乳動物細胞株は有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）で形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株；ヒト胚腎臓株（Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載された２９３細胞又は２９３細胞；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスのセルトリ細胞（Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるＴＭ４細胞）；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頚癌細胞（ＨｅＬａ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（ＨｅｐＧ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えば、Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されるＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞；及びＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株を含む。抗体産生に適した特定の哺乳動物宿主細胞系の総説については、例えば、Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)を参照。
【０１４７】
Ｃ．アッセイ
本明細書で提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、当技術分野で公知の様々なアッセイによってその物理的／化学的性質及び／又は生物学的活性について同定され、スクリーニングされ、又は特徴づけることができる。
【０１４８】
一態様において、本発明の抗体は、例えばＥＬＩＳＡ、ＢＩＡＣｏｒｅ（登録商標）、ＦＡＣＳ、ウエスタンブロット法など公知の方法により、その抗原結合活性について試験される。
【０１４９】
その他の態様において、Ｌｙ６Ｅへの結合について、本明細書に記載される抗体の何れかと競合する抗体を同定するために、競合アッセイを用いることができる。ある実施態様において、このような競合する抗体は、本明細書に記載される抗体により結合される同一のエピトープ（例えば、直鎖状又は立体構造エピトープ）に結合する。抗体が結合するエピトープをマッピングするための詳細な例示的方法が、Methods in Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, NJ)のMorris (1996) “Epitope Mapping Protocols," に提供されている。
【０１５０】
例示的競合アッセイにおいて、固定化Ｌｙ６Ｅに結合する第一標識抗体（例えば、本明細書に記載される抗体の何れか）、及びＬｙ６Ｅへ結合について第一抗体と競合する能力について試験された第二未標識抗体を含む溶液中でインキュベートされる。第二抗体はハイブリドーマ上清中に存在してもよい。対照として、固定化Ｌｙ６Ｅが、第二未標識抗体でなく、第一標識抗体を含む溶液中でインキュベートされる。第一抗体のＬｙ６Ｅへの結合を許容する条件下でインキュベートした後、過剰の未結合の抗体が除去され、固定化Ｌｙ６Ｅに結合した標識の量が測定される。もし、固定化Ｌｙ６Ｅに結合した標識の量が、対照試料と比較して試験試料中で実質的に減少している場合、それは、第二抗体がＬｙ６Ｅへの結合に対して、第一抗体と競合していることを示している。Harlow and Lane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual ch.14 (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY)を参照。
【０１５１】
Ｄ．イムノコンジュゲート
本発明はまた、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、又は動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片）、又は放射性同位元素（即ち、放射性コンジュゲート）など、１つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした本明細書中の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含むイムノコンジュゲートを提供する。
【０１５２】
イムノコンジュゲートは、腫瘍への薬物部分の標的送達、及び幾つかの実施態様において、そこへの細胞内蓄積を可能にし、ここで非コンジュゲート薬物の全身投与は、正常細胞への許容できないレベルの毒性をもたらし得る（Polakis P. (2005) Current Opinion in Pharmacology 5:382-387）。
【０１５３】
抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、抗原を発現する腫瘍細胞に対して強力な細胞傷害性薬物を標的とすることによって、抗体及び細胞傷害性薬物の両方の性質を組み合わせ（Teicher, B.A. (2009) Current Cancer Drug Targets 9:982-1004）、これにより、有効性の最大化させ、非特異的毒性を最小化することにより、治療指数を向上させる（Carter, P.J. and Senter P.D. (2008) The Cancer Jour. 14(3):154-169; Chari, R.V. (2008) Acc. Chem. Res. 41:98-107）、標的型化学療法分子である。
【０１５４】
本発明のＡＤＣ化合物は、抗がん活性を有するものを含む。幾つかの実施態様において、ＡＤＣ化合物は、薬物部分にコンジュゲートした、すなわち共有結合した抗体を含む。幾つかの実施態様において、抗体はリンカーを介して薬物部分に共有結合している。抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、薬物の有効量を腫瘍組織に選択的に送達し、それによって治療指数（「治療ウインドウ」）を増加させつつ、より大きな選択性、すなわちより低い有効用量を達成することができる。
【０１５５】
抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の薬物部分（Ｄ）は、細胞毒性又は細胞増殖抑制効果を有する任意の化合物、部分又は基を含み得る。薬物部分は、限定されないが、チューブリン結合、ＤＮＡ結合又はインターカレーション、及びＲＮＡポリメラーゼ、タンパク質合成、及びトポイソメラーゼの阻害を含むメカニズムによってそれらの細胞毒性及び細胞増殖抑制効果を与え得る。例示的な薬物部分は、限定されないが、メイタンシノイド、ドラスタチン、アウリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ネモルビシン及びその誘導体、ＰＮＵ−１５９６８２、アントラサイクリン、デュオカルマイシン、ビンカアルカロイド、タキサン、トリコテセン、ＣＣ１０６５、カンプトテシン、エリナフィド（ｅｌｉｎａｆｉｄｅ）、及びそれらの立体異性体、アイソスター、類似体、及び細胞毒性活性を有するそれらの誘導体を含む。
【０１５６】
Ｅ．診断及び検出のための方法及び組成物
ある実施態様において、本明細書で提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体の何れかは、生物学的試料中のＬｙ６Ｅの存在を検出するために有用である。本明細書で使用する「検出」という用語は、定量的又は定性的検出を包含する。「生物学的試料」は、例えば細胞又は組織（例えば、がん性又は潜在的にがん性の結腸、結腸直腸、子宮内膜、膵臓、又は卵巣組織を含む生検材料）を含む。
【０１５７】
一実施態様において、診断又は検出の方法に使用される抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供される。更なる態様において、生物学的試料中のＬｙ６Ｅの存在を検出する方法が提供される。ある実施態様において、方法は、抗Ｌｙ６Ｅ抗体がＬｙ６Ｅに結合可能な条件下で、本明細書に記載のように、抗Ｌｙ６Ｅ抗体に生物学的試料を接触させること、及び生物学的試料において抗Ｌｙ６Ｅ抗体及びＬｙ６Ｅの間で複合体が形成されているかどうかを検出することを含む。そのような方法は、インビトロ又はインビボでの方法であり得る。一実施態様では、例えば、Ｌｙ６Ｅが患者を選択するための生物指標である場合、抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、抗Ｌｙ６Ｅ抗体を用いる療法に好適な被験体を選択するために使用される。更なる実施態様において、「生物学的試料」は、例えば細胞又は組織（例えば、がん性又は潜在的にがん性の結腸、結腸直腸、子宮内膜、膵臓、又は卵巣組織を含む生検材料）である。
【０１５８】
更なる実施態様において、例えば、がんを診断し、予後予測し、又は病期を分類し、治療の適切なコースを決定し、又は治療に対するがんの応答をモニタリングすることを目的として、例えばインビボでのイメージングにより、被験体のＬｙ６Ｅ陽性がんを検出するために、抗Ｌｙ６Ｅ抗体がインビボで使用される。インビボ検出のための当技術分野で知られている一方法は、例えば、van Dongen et al., The Oncologist 12:1379-1389 (2007) 及びVerel et al., J. Nucl. Med. 44:1271-1281 (2003)に記載されているような、免疫陽電子放出断層撮影法（免疫ＰＥＴ）である。そうした実施態様では、被験体のＬｙ６Ｅ陽性がんを検出するための方法が提供され、この方法は、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有するか又は有することが疑われる被験体に標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体を投与すること、及び被験体において標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体を検出することを含み、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体の検出が、被験体のＬｙ６Ｅ陽性がんを示す。ある種のそうした実施態様では、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、陽電子放出体、例えば６８Ｇａ、１８Ｆ、６４Ｃｕ、８６Ｙ、７６Ｂｒ、８９Ｚｒ及び１２４Ｉにコンジュゲートした抗Ｌｙ６Ｅ抗体を含む。特定の実施態様では、陽電子放出体は８９Ｚｒである。８９Ｚｒ標識抗体を作製し使用する非限定的な例示的方法は、例えば、ＰＣＴ公報番号ＷＯ２０１１／０５６９８３に記述される。幾つかの実施態様において、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、一以上のジルコニウム複合体にコンジュゲートしたシステイン操作抗体である。例えば、国際公開第２０１１／０５６９８３号を参照のこと。
【０１５９】
更なる実施態様では、診断又は検出の方法は、支持体に固定化された第１の抗Ｌｙ６Ｅ抗体を、Ｌｙ６Ｅの存在について試験される生物学的試料と接触させること、第２の抗Ｌｙ６Ｅ抗体に支持体をさらすこと、及び生物学的試料において第１の抗Ｌｙ６Ｅ抗体とＬｙ６Ｅの間の複合体に第２の抗Ｌｙ６Ｅが結合しているかどうかを検出することを含む。基板は、任意の支える媒体、例えば、ガラス、金属、セラミック、ポリマービーズ、スライド、チップ、及び他の基板であってもよい。ある実施態様において、「生物学的試料」は、例えば細胞又は組織（例えば、がん性又は潜在的にがん性の結腸直腸、子宮内膜、膵臓、又は卵巣組織を含む生検材料）を含む。ある実施態様において、第１又は第２の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、本明細書に記載の抗体のうちの何れかである。そうした実施態様では、第２の抗Ｌｙ６Ｅ抗体は、６Ｄ３又は７Ｃ９でもよく；又は例えば本明細書に記載される６Ｄ３又は７Ｃ９に由来する抗体でもよい。
【０１６０】
上記実施態様の何れかに従って診断され又は検出され得る例示的な障害は、例えば、Ｌｙ６Ｅ陽性乳がん（Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんを含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸がん、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸直腸がん（腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、Ｌｙ６Ｅ陽性卵巣がん（卵巣漿液性腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性膵臓がん（膵管腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性肺がん、Ｌｙ６Ｅ陽性非小細胞肺がん（例えば、腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、Ｌｙ６Ｅ陽性胃がん、Ｌｙ６Ｅ陽性食道がん、Ｌｙ６Ｅ陽性頭頸部がん、Ｌｙ６Ｅ陽性腎臓がん、Ｌｙ６Ｅ陽性軟組織がん、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、及びＬｙ６Ｅ陽性子宮内膜がんなどのＬｙ６Ｅ陽性がんを含む。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、「０」（腫瘍細胞の９０％超における非常に弱い又はゼロの染色に対応する）を超える抗Ｌｙ６Ｅ免疫組織化学（ＩＨＣ）又はインサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）スコアを受けるがんである。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、本明細書の実施例４に記載の条件の下で定義されるように、１＋、２＋又は３＋レベルでＬｙ６Ｅを発現する。幾つかの実施態様において、１＋、２＋、及び３＋の免疫組織化学染色は表３に従って決定される。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、Ｌｙ６Ｅ ｍＲＮＡを検出する逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイに従って、Ｌｙ６Ｅを発現するがんである。幾つかの実施態様において、ＲＴ−ＰＣＲは、定量ＲＴ−ＰＣＲである。
【０１６１】
ある実施態様において、標識抗Ｌｙ６Ｅ抗体が提供される。標識は、限定されるものではないが、（例えば、蛍光標識、発色団標識、高電子密度標識、化学発光標識、放射性標識など）直接検出される標識又は部分、並びに、例えば、酵素反応又は分子間相互作用を介して間接的に検出される酵素又はリガンドのような部分が含まれる。典型的な標識は、限定されないが、ラジオアイソトープ３２Ｐ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ、及び１３１Ｉ、フルオロフォア、例えば希土類キレート又はフルオレセイン及びその誘導体、ローダミン及びその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシェフェラーゼ、例えばホタルルシェフェラーゼ及び細菌ルシェフェラーゼ（米国特許第４７３７４５６号）、ルシェフェリン、２，３−ジヒドロフタルジネジオン、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリフォスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖オキシダーゼ、例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘテロサイクリックオキシダーゼ、例えばウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ、色素前駆体を酸化する過酸化水素を利用する酵素、例えばＨＲＰ、ラクトペルオキシダーゼ、又はマイクロペルオキシダーゼと共役したもの、ビオチン／アビジン、スピンラベル、バクテリオファージラベル、安定な遊離ラジカルなどが含まれる。別の実施態様では、標識は陽電子放出体である。陽電子放出体は、限定されないが、６８Ｇａ、１８Ｆ、６４Ｃｕ、８６Ｙ、７６Ｂｒ、８９Ｚｒ及び１２４Ｉを含む。特定の実施態様では、陽電子放出体は８９Ｚｒである。
【０１６２】
Ｆ．薬学的製剤
本明細書に記載の抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの薬学的製剤は、所望の程度の純度を有するその抗体又はイムノコンジュゲートと任意の薬学的に許容可能な担体（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.: Williams and Wilkins PA, USA (1980)）とを、凍結乾燥製剤又は水性溶液の形態で混合することによって調製される。薬学的に許容可能な担体は、使用される投薬量及び濃度でレシピエントに毒性でなく、そしてこれには、限定しないが、リン酸塩、クエン酸塩及び他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチオルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチル又はプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン又はリジン；マンノサッカライド、ジサッカライド、及びグルコース、マンノース又はデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。本明細書における典型的な薬学的に許容可能な担体は、水溶性の中性アクティブヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）などの介在性薬物分散剤、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）などのヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質を更に含む。特定の例示的ｓＨＡＳＥＧＰ及び使用方法は、ｒＨｕＰＨ２０を含めて、米国特許公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様において、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼなどの一以上の付加的なグルコサミノグリカナーゼと組み合わされる。
【０１６３】
例示的な凍結乾燥抗体又はイムノコンジュゲート製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体又はイムノコンジュゲート製剤には、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されているものが含まれ、後者の製剤は、ヒスチジン−酢酸緩衝液を含む。
【０１６４】
本明細書の製剤は、治療される特定の適応症に必要である場合、１種より多い活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有するものを含むこともできる。例えば、幾つかの例において、Ｌｙ６Ｅ陽性がん、例えば、Ｌｙ６Ｅ陽性乳がん（Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんを含む）、又はＬｙ６Ｅ陽性膵臓がん、又はＬｙ６Ｅ陽性結腸がん、又はＬｙ６Ｅ陽性結腸直腸がん、又はＬｙ６Ｅ陽性黒色腫、又はＬｙ６Ｅ陽性卵巣がん、又はＬｙ６Ｅ陽性非小細胞肺がん（例えば、腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、又はＬｙ６Ｅ陽性胃がん、又はＬｙ６Ｅ陽性食道がん、又はＬｙ６Ｅ陽性頭頸部がん、又はＬｙ６Ｅ陽性腎臓がん、又はＬｙ６Ｅ陽性軟組織がん、又はＬｙ６Ｅ陽性子宮内膜がんなどの治療のための白金錯体を更に提供することが望まれ得る。
【０１６５】
活性成分は、例えば、コアセルベーション技術又は界面重合法によって、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メチルメタクリレート（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセルにより、コロイド薬物送達系に（例えばリポソーム、アルブミンミクロスフィア、ミクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロ・エマルジョンで調製されたマイクロカプセルに封入されてもよい。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に開示される。
【０１６６】
徐放製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体又はイムノコンジュゲートを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリックスが成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形をしている。
【０１６７】
インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することにより達成することができる。
【０１６８】
Ｇ．治療的方法及び組成物
本明細書で提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの何れかを、例えば治療方法などの方法で使用することができる。
【０１６９】
一態様において、本明細書に提供されるＬｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートは、Ｌｙ６Ｅ陽性細胞の増殖を阻害する方法において使用され、該方法は、細胞の表面上のＬｙ６Ｅへの抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの結合を許容する条件下で、抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートに細胞を曝露し、それにより細胞の増殖を阻害することを含む。ある実施態様において、方法はインビトロ又はインビボの方法である。更なる実施態様において、細胞は、乳がん細胞（Ｈｅｒ２陽性乳がん細胞、Ｈｅｒ２陰性乳がん細胞、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん細胞、三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がん細胞を含む）、又は膵臓がん細胞、又は結腸がん細胞、又は結腸直腸がん細胞、又は黒色腫がん細胞、又はＬ卵巣がん細胞、又は非小細胞肺がん細胞（例えば、腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、又は胃がん細胞、又は食道がん細胞、又は頭頸部がん細胞、又は腎臓がん細胞、又は軟組織がん細胞、又は子宮内膜がん細胞である。
【０１７０】
体外での細胞増殖の阻害は、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から市販されている、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓｓａｙを使用してアッセイされてもよい。そのアッセイは、代謝的に活性な細胞を示す、存在するＡＴＰの定量に基づいて、培養物中の生存細胞の数を決定する。Crouch et al. (1993) J. Immunol. Meth. 160:81-88、米国特許第６６０２６７７号を参照。アッセイは、自動化ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）に適するように、９６穴形式又は３８４穴形式で行うことができる。Cree et al (1995) AntiCancer Drugs 6:398-404を参照。アッセイ法では、直接培養細胞に単一試薬（ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）試薬）を追加することを含む。これにより、細胞溶解とルシフェラーゼ反応により生成した発光シグナルの生成を生じる。発光シグナルは、培養中に存在する生存細胞の数に直接的に比例しているＡＴＰの存在量に比例する。データは、ルミノメーター又はＣＣＤカメラ撮像装置によって記録することができる。発光出力は相対光単位（ＲＬＵ）として表される。
【０１７１】
別の態様では、医薬として使用のための抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートが提供される。更なる態様では、治療の方法において使用のための抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートが提供される。ある実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを治療することにおいて使用のための抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートが提供される。ある実施態様において、本発明は、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを有する個体を治療する方法における使用のための抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートを提供し、該方法は個体に抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの有効量を投与することを含む。一つのそのような実施態様において、本方法は、例えば後述するように、少なくとも一の付加的治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。
【０１７２】
更なる態様にて、本発明は、医薬の製造又は調製における抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの使用を提供する。一実施態様において、医薬はＬｙ６Ｅ陽性がんの治療のためのものである。更なる実施態様において、医薬は、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを治療する方法において使用のためのものであり、該方法はＬｙ６Ｅ陽性がんを有する個体に、医薬の有効量を投与することを含む。一つのそのような実施態様において、方法は、例えば後述するように、少なくとも一の付加的治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。
【０１７３】
更なる態様において、本発明は、Ｌｙ６Ｅ陽性がんを治療するための方法を提供する。一実施態様において、方法は、かかるＬｙ６Ｅ陽性がんを有する個体に抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの有効量を投与することを含む。一つのそのような実施態様において、本方法は、後述するように、少なくとも一の付加的治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。
【０１７４】
上記実施態様の何れかに記載のＬｙ６Ｅ陽性がんは、例えば、Ｌｙ６Ｅ陽性乳がん（Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんを含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸がん、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸直腸がん（腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、Ｌｙ６Ｅ陽性卵巣がん（卵巣漿液性腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性膵臓がん（膵管腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性肺がん、Ｌｙ６Ｅ陽性非小細胞肺がん（例えば、腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、Ｌｙ６Ｅ陽性胃がん、Ｌｙ６Ｅ陽性食道がん、Ｌｙ６Ｅ陽性頭頸部がん、Ｌｙ６Ｅ陽性腎臓がん、Ｌｙ６Ｅ陽性軟組織がん、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、及びＬｙ６Ｅ陽性子宮内膜がんなどのＬｙ６Ｅ陽性がんであり得る。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、本明細書に記載される条件下で、「０」（腫瘍細胞の９０％超における非常に弱い又はゼロの染色に対応する）を超える抗Ｌｙ６Ｅ免疫組織化学（ＩＨＣ）又はインサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）スコアを受けるがんである。別の実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、本明細書に記載の条件の下で定義されるように、１＋、２＋又は３＋レベルでＬｙ６Ｅを発現する。幾つかの実施態様において、Ｌｙ６Ｅ陽性がんは、Ｌｙ６Ｅ ｍＲＮＡを検出する逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイに従って、Ｌｙ６Ｅを発現するがんである。幾つかの実施態様において、ＲＴ−ＰＣＲは、定量ＲＴ−ＰＣＲである。
【０１７５】
上記実施態様の何れかに記載の「個体」はヒトであり得る。
【０１７６】
更なる態様において、本発明は、例えば、上の治療方法の何れかにおいて使用するための、本明細書に提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの何れかを含む薬学的製剤を提供する。一実施態様において、薬学的製剤は、本明細書に提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの何れかと薬学的に許容可能な担体とを含む。別の実施態様において、薬学的製剤は、本明細書に提供される抗Ｌｙ６Ｅ抗体又はイムノコンジュゲートの何れかと、例えば、下に記載されるような、少なくとも一の付加的治療剤とを含む。
【０１７７】
本発明の抗体又はイムノコンジュゲートは、治療において、単独で、又は他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、本発明の抗体又はイムノコンジュゲートは少なくとも一の付加的治療剤と同時投与され得る。ある実施態様において、付加的治療剤は、例えば、Ｌｙ６Ｅ陽性乳がん（Ｈｅｒ２陽性乳がん、Ｈｅｒ２陰性乳がん、Ｈｅｒ２陰性／ホルモン受容体陽性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ＋／ＰＲ＋）乳がん、三種陰性（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）乳がんを含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸がん、Ｌｙ６Ｅ陽性結腸直腸がん（腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、Ｌｙ６Ｅ陽性卵巣がん（卵巣漿液性腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性膵臓がん（膵管腺癌を含む）、Ｌｙ６Ｅ陽性肺がん、Ｌｙ６Ｅ陽性非小細胞肺がん（例えば、腺癌などの扁平上皮又は非扁平上皮）、Ｌｙ６Ｅ陽性胃がん、Ｌｙ６Ｅ陽性食道がん、Ｌｙ６Ｅ陽性頭頸部がん、Ｌｙ６Ｅ陽性腎臓がん、Ｌｙ６Ｅ陽性軟組織がん、Ｌｙ６Ｅ陽性黒色腫、及びＬｙ６Ｅ陽性子宮内膜がんなどのＬｙ６Ｅ陽性がんの治療のための白金錯体である。
【０１７８】
上記のこうした併用療法は、併用投与（２つ以上の治療剤が、同一又は別々の製剤に含まれている）、及び、本発明の抗体又はイムノコンジュゲートの投与が、付加的治療剤及び／又はアジュバントの投与の前、同時、及び／又はその後に起きうる分離投与を包含する。本発明の抗体又はイムノコンジュゲートはまた、放射線療法と組み合わせて使用することができる。
【０１７９】
本発明の抗体又はイムノコンジュゲート（及び任意の付加的治療剤）は、任意の適切な手段によって投与することができ、非経口、肺内、及び鼻腔内、並びに局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内又は皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一又は複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。
【０１８０】
本発明の抗体又はイムノコンジュゲートは、適正医療規範に適合するように製剤化され、用量決定され、投与される。これに関連した考慮因子としては、治療すべき具体的な疾患、治療すべき具体的な哺乳動物、個々の患者の臨床状態、疾患の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジュール及び医師にとって既知の他の因子が挙げられる。抗体又はイムノコンジュゲートは、必要ではないが任意で、問題となる障害の予防又は治療のために、現在使用中の一又は複数の薬剤ともに処方される。そのような他の薬剤の有効量は製剤中に存在する抗体又はイムノコンジュゲートの量、障害又は治療の種類及び上記した他の要因に依存する。これらは、一般に、本明細書に記載のものと同じ投与量及び投与経路を用いて、又は本明細書に記載の投与量の約１％から９９％までの投与量で、又は、適切であることが経験的／臨床的に決定される任意の投与量及び任意の経路によって使用される。  
【０１８１】
疾患を予防又は治療するために、本発明の抗体又はイムノコンジュゲートの適切な投与量（単独で、又は１種又は複数種の他の付加的治療剤と組み合わせて使用する場合）は、治療される疾患の種類、抗体又はイムノコンジュゲートの種類、疾患の重症度及び経過、抗体又はイムノコンジュゲートを予防目的で投与するのか治療目的で投与するのか、以前の療法、患者の臨床的病歴及び抗体又はイムノコンジュゲートに対する応答、並びに主治医の自由裁量に左右される。抗体又はイムノコンジュゲートは、患者に、１回で、又は一連の治療にわたって、好適に投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、例えば一回以上の別個の投与によるか、連続注入によるかに関わらず、抗体又はイムノコンジュゲート約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（例えば０．１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇ）が患者への投与のための初期候補用量となり得る。１つの典型的な１日投薬量は、上述の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲であり得る。病態に応じて数日間又はより長い日数にわたる反復投与について、治療は、一般に、疾患症状の所望の抑制が生じるまで持続されるであろう。抗体又はイムノコンジュゲートの１つの例となる投薬量は、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であろう。故に、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇ、又は１０ｍｇ／ｋｇ（又はそれらの任意の組み合わせ）の１回以上の用量が患者に投与されてもよい。このような用量は断続的に、例えば毎週又は３週毎（例えば患者が抗体の約２投与量から約２０投与量、例えば約６投与量を受けるように）投与してよい。初期の高負荷投与量の後に一以上の低投与量が投与され得る。しかしながら、他の投与量レジメンも有益であり得る。この治療法の進行は従来の手法及び試験により容易にモニタリングされる。
【０１８２】
上記製剤又は治療方法のうちのいずれも、本発明のイムノコンジュゲート及び抗Ｌｙ６Ｅ抗体の両方を使用して行われ得ることが理解される。
【０１８３】
Ｈ．製造品
本発明の別の態様において、上述した障害の治療、予防、及び／又は診断に有用な物質を含む製造品が提供される。製造品は、容器とラベル又は容器上にある又は容器に付属する添付文書を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ輸液バッグ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、単独で、又は別の組成物と組み合わせて、障害を治療、予防及び／若しくは診断するのに有効な組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有する静脈輸液バッグ又はバイアルでもよい）。組成物中の少なくとも一の活性剤は本発明の抗体又はイムノコンジュゲートである。ラベル又はパッケージ挿入物は、組成物が特定の症状の治療のために使用されることを示している。更に、製造品は、（ａ）組成物が本発明の抗体又はイムノコンジュゲートを包含する組成物を含む第一の容器；及び（ｂ）組成物が更なる細胞障害性又はその他の治療的薬剤を包含する組成物を含む第二の容器を含み得る。本発明の本実施態様における製造品は、組成物が特定の疾患を治療することに用いることができることを示すパッケージ挿入物を更に含んでいてもよい。あるいは、又は更に、製造品は、薬学的に許容可能な緩衝液、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンガー液又はデキストロース溶液を含む第２（又は第３）の容器を更に含むことができる。他の緩衝液、希釈剤、濾過器、針及び注射器を含めた、商業的及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含んでいてもよい。
【０１８４】
Ｉ．本発明の配列
本発明の別の態様において、上述した障害の治療、予防、及び／又は診断に有用な以下の配列が提供される。
0006707445.tif 000003
0006707445.tif 000004
0006707445.tif 000005
【実施例】
【０１８５】
ＩＩＩ．実施例
以下は本発明の方法及び組成物の例である。上記提供される一般的な説明を前提として、他の様々な実施態様が実施され得ることが理解される。
【０１８６】
実施例１ − ヒトＬｙ６Ｅ遺伝子発現
ＧｅｎｅＬｏｇｉｃプロファイル：複数のヒト腫瘍及び正常な生検試料におけるＬｙ６Ｅ ｍＲＮＡ発現の解析のために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘデータをジーンロジック社から入手した。プローブセットＩＤ２０２１４５＿ａｔについて示される解析は、３８７９の正常なヒト組織試料（緑の記号）、１６０５のヒトがん組織試料（赤の記号：１２９１は原発性及び３１４は転移性）、並びに３８７２ヒトの非がん疾患組織試料（青の記号）に関してＨＧＵ１３３ Ｐｌｕｓ ｖ２遺伝子チップを使用して実施された。マイクロアレイデータをＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＭＡＳ（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｕｉｔｅ）５．０版ソフトウェアを使用して標準化し、試料発現値を５００のトリム平均にスケーリングした。
【０１８７】
本解析によって、Ｌｙ６Ｅは、特に乳房、膵臓、結腸、肺及び卵巣がんで過剰発現しており、正常組織ではＬｙ６Ｅは低／無検出であることが示された（図２）。
【０１８８】
インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）：Methods Mol Biol.2006;326:255-64で確立された方法に従って、卵巣がん組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）に関してインサイツハイブリダイゼーションを実施し、Ｌｙ６Ｅの広まりを評価した。
【０１８９】
フォワードプライマー ＧＴＧ ＣＣＴ ＧＡＴ ＣＴＧ ＴＧＣ ＣＣＴ ＴＧＧ−配列番号４５
【０１９０】
リバースプライマー ＣＣＣ ＧＧＡ ＡＧＴ ＧＧＣ ＡＧＡ ＡＡＣ ＣＣ−配列番号４６
【０１９１】
プローブ配列：ＧＴＧＣＣＴＧＡＴＣＴＧＴＧＣＣＣＴＴＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＣＣＡＣＣＣＣＣＴＧＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＧＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＴＧＣＣＣＡＡＧＴＧＧＧＣＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＣＡＣＴＴＣＴＧＧＧＧＴＧＧＡＴＧＡＴＧＴＧＡＣＣＴＴＣＣＴＴＧＧＧＧＧＡＣＴＧＣＧＧＡＡＧＧＧＡＣＧＡＧＧＧＴＴＣＣＣＴＧＧＡＧＴＣＴＴＡＣＧＧＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＧＡＣＣＡＡＧＴＣＣＣＡＴＧＧＡＣＡＴＧＣＴＧＡＣＡＧＧＧＴＣＣＣＣＡＧＧＧＡＧＡＣＣＧＴＧＴＣＡＧＴＡＧＧＧＡＴＧＴＧＴＧＣＣＴＧＧＣＴＧＴＧＴＡＣＧＴＧＧＧＴＧＴＧＣＡＧＴＧＣＡＣＧＴＧＡＧＡＧＣＡＣＧＴＧＧＣＧＧＣＴＴＣＴＧＧＧＧＧＣＣＡＴＧＴＴＴＧＧＧＧＡＧＧＧＡＧＧＴＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＴＧＧＡＧＡＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＣＴＧＴＡＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＣＴＧＧＣＡＣＡＧＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＴＴＣＡＡＧＧＧＣＡＧＣＣＴＴＴＧＧＧＧＧＴＴＧＧＧＧＴＴＴＣＴＧＣＣＡＣＴＴＣＣＧＧＧ−配列番号４７．
【０１９２】
この結果は、解析した卵巣腫瘍の４７／６５（７２％）がＬｙ６Ｅの発現を示すことを表した（データ非表示）。
【０１９３】
免疫組織化学（ＩＨＣ）：ガラススライド上にマウントした４μｍ厚のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片に関して、免疫組織化学を実施した。キシレン中でスライドを脱パラフィンし、蒸留水までの段階的なアルコールを通して再水和した。スライドをＴａｒｇｅｔ Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ溶液（Ｄａｋｏ、Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ、ＵＳＡ）で２０分間９９℃で前処理した。次いでスライドを、ＫＰＬブロッキング溶液（Ｋｉｅｒｋｅｇａａｒｄ ａｎｄ Ｐｅｒｒｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ、ＵＳＡ）及びアビジン／ビオチンブロック（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ、ＵＳＡ）それぞれで処理した。非特異的なＩｇＧ結合を、リン酸緩衝食塩水に入れた３％ウシ血清アルブミン（Ｒｏｃｈｅ、Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）中の１０％ウマ血清（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）でブロッキングした。１次抗体であるマウス抗Ｌｙ６Ｅのクローン１０Ｇ７．７．８（実施例３を参照されたい）を１０μｇ／ｍＬに希釈し、スライド上で６０分間室温でインキュベートした。
【０１９４】
スライドをすすぎ、ウマ抗マウスＩｇＧビオチン標識化２次抗体（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ）でインキュベートし、続いてＶｅｃｔａｓｔａｉｎ ＡＢＣ Ｅｌｉｔｅ試薬（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ）中でインキュベートした。次いで、スライドをＰｉｅｒｃｅの金属増強ＤＡＢ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｆｒｅｍｏｎｔ、ＣＡ）中でインキュベートし、カウンター染色し、脱水し、カバーガラスをかけた。
【０１９５】
マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用するＩＨＣの研究から、Ｌｙ６Ｅの広まりは、乳がんにおいて２７−３６％、膵臓がんにおいて〜４０％、結腸がんにおいて〜２６％、メラノーマにおいて１７−２６％、ＮＳＣＬＣにおいて〜２９％で検出された（データ非表示）。
【０１９６】
マウス抗ＬＹ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用した正常組織における免疫組織化学：正常なヒト及びカニクイザル組織のパネルに関して、低及び中程度のＬｙ６Ｅ発現がヒト及びカニクイザルの両方の胃及び唾液腺で検出され、低から中程度までのＬｙ６Ｅ発現がカニクイザルの副腎皮質の細胞のサブ集団で、より少ない程度までがヒト標本で検出され、中程度のＬｙ６Ｅの発現が膀胱の移行上皮で検出される（カニクイザルのみを調べた）。下記の表２は、包括的なヒト及びカニクイザルの正常組織パネルにおけるマウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を使用して決定されたＬｙ６Ｅの免疫組織化学（ＩＨＣ）の発現を表にしている。低（ＬＯＷ）から中等度（ＭＯＤ）のＬｙ６Ｅの発現は、灰色の強調表示された組織（副腎皮質、子宮頸部、唾液腺、胃及び膀胱）に限定されている。ＮＤ＝行っていない。ＮＯ＝発現無し。
0006707445.tif 000006
【０１９７】
実施例２ − 定量的ＰＣＲ（ＱＲＴ ＰＣＲ）
Ｏｒｉｇｅｎｅ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ（ＨＭＲＴ １０２）の４８正常組織のパネル由来の第１鎖ＤＮＡを含むヒト主要組織のｑＰＣＲアレイを、Ｌｙ６ＥＲＮＡの発現についてアッセイした。選択したがん細胞系統及び組織（乳房及び膵臓）のパネル中のＬｙ６Ｅの発現を同時にアッセイした。Ｔａｑｍａｎアッセイを、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（ＡＢＩ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）の試薬、機器及びソフトウェアを使用してセットアップした。プライマー−プローブセットは、レポーター色素ＦＡＭ及びクエンチャー色素ＴＡＭＲＡにより二重に標識された蛍光発生プローブに隣接するプライマーを考慮して設計された。
【０１９８】
ＲＰＬ１９用のプライマー−プローブセット：
【０１９９】
フォワードプライマー −５’ＡＧＣ ＧＧＡ ＴＴＣ ＴＣＡ ＴＧＧ ＡＡＣ Ａ（配列番号４８）；リバースプライマー −５’ＣＴＧ ＧＴＣ ＡＧＣ ＣＡＧ ＧＡＧ ＣＴＴ （配列番号４９）及びプローブ −５’ＴＣＣ ＡＣＡ ＡＧＣ ＴＧＡ ＡＧＧ ＣＡＧ ＡＣＡ ＡＧＧ（配列番号５０）。
【０２００】
Ｌｙ６Ｅ用のプライマー−プローブセット：
フォワードプライマー −５’ＡＧＡ ＡＧＧ ＣＧＴ ＣＡＡ ＴＧＴ ＴＧＧ Ｔ（配列番号５１）；リバースプライマー −５’ＣＡＣ ＴＧＡ ＡＡＴ ＴＧＣ ＡＣＡ ＧＡＡ ＡＧＣ（配列番号５２）及びプローブ −５’ＴＴＣ ＣＡＴ ＧＧＧ ＣＡＴ ＣＡＧ ＣＴＧ ＣＴＧ（配列番号５３）。
【０２０１】
結果は、正常組織におけるＬｙ６Ｅ転写物の発現は、乳がん及び膵臓がんにおけるＬｙ６Ｅの発現と比較して低いことを示している（図３）。
【０２０２】
実施例３ − ウサギモノクローナル抗体の産生
３匹のウサギは、細菌（大腸菌）が生成したＨｉｓタグ付きＬｙ６Ｅ（ＹｅｎＺｙｍ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）を用いて免疫化された。試験採血を用いたＬｙ６Ｅに対する血清力価は、標準的なプロトコルを用いて評価された。１匹のウサギが良好な免疫応答を有することが判明し、脾臓摘出及びモノクローナル融合のための候補として選択された。
【０２０３】
抗原の最終ＩＶ追加免疫後４日で脾臓摘出を行った。脾細胞が単離され、２００×１０６のリンパ球細胞が１００×１０６の融合パートナー細胞と融合され２０ ９６ウェルプレート上に播種された（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ，Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）。プレートは標準的な条件下で培養された。
【０２０４】
プレートは標準的なＥＬＩＳＡプロトコールを用いてスクリーニングされ、プレートは、ウェルあたり５０ｎｇのヒトＬｙ６Ｅでコーティングされた。１１のクローンが選択され、２４ウェルプレート中へ増殖させた。クローンうちの７つは、抗Ｌｙ６Ｅ抗体について陽性であることが確認された。７つのクローンのうち３つが限定された細胞希釈法を用いてサブクローニングするために選択された。サブクローニングされた株から、クローンＧＥＮ−９３−８−１を含む３つのハイブリドーマが増殖され凍結されるために選択された。
【０２０５】
更なる試験の後、ＧＥＮ−９３−８−１は、ＨＥＫ２９３細胞における分子クローニング及び組換え発現のために選択された。簡潔には、製造業者の指示に従ってハイブリドーマ細胞からｍＲＮＡがＴｕｒｂｏＣａｐｔｕｒｅキット（Ｑｉａｇｅｎ：カタログ＃７２２３２）を用いて単離され、次いで、オリゴｄＴプライマーを用いてｃＤＮＡに逆転写された。重鎖（ＶＨ）の可変領域がＰＣＲ増幅された。全軽鎖（ＬＣ）はＰＣＲであった。ＰＣＲ増幅ＶＨ領域は制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩ及びＫｐｎＩを用いて消化された。ＰＣＲ増幅ＬＣは制限酵素ＨｉｎｄＩＩＩ及びＫｎｏｔＩを用いて消化された。消化物をＱｉａｇｅｎ ＱＩＡｑｕｉｃｋ ＰＣＲ精製キット（カタログ＃２８０１４）を用いて精製した。精製後、ＶＨ及びＬＣは、重鎖又は軽鎖発現ベクターにライゲートされＤＨ５α細胞（ＭＣ Ｌａｂ、カタログ番号ＤＡ−１００）中に形質転換された。形質転換されたコロニーを採取し、挿入物を、対応する制限酵素を用いて、予測されたサイズ（ＶＨについては約４４０ｂｐ及びＬＣについては７４０ｂｐ）により確認した。予想されるサイズの挿入物を有するプラスミドは、ＴＴ５プライマーを用いて配列決定された。重鎖可変領域及び軽鎖可変領域の配列は、図４及び配列番号２８及び２７のそれぞれに示される。
【０２０６】
軽鎖及び重鎖の発現ベクターは、６ウェルプレート中の２９３細胞に同時導入された。上清はトランスフェクション後５日で収集され、対応する抗原に対して試験された。更に、ＩｇＧ濃度が測定された。抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１は、プロテインＡを用いて細胞培養上清から精製された。
【０２０７】
実施例４ − 免疫組織化学によって決定された悪性及び正常組織における及び原発腫瘍モデルにおけるＬｙ６Ｅ発現
免疫組織化学（ＩＨＣ）はＶｅｎｔａｎａ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ＸＴ自動染色装置（Ｖｅｎｔａｎａ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ；Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で行われた。ホルマリン固定パラフィン包埋全組織及び組織マイクロアレイ切片を脱パラフィンし、６０分間ＣＣ１溶液（Ｖｅｎｔａｎａ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ）で前処理し、続いて０．２μｇ／ｍＬの抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１又はナイーブウサギＩｇＧ（Ｃｌｏｎｅ ＤＡ１Ｅ，Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ）の何れかとともに３７℃で６０分間インキュベートした。検出は、３２分間のＯｍｎｉＭａｐ抗ウサギ西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）インキュベーション及びジアミノベンジジン（ＤＡＢ）（Ｖｅｎｔａｎａ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ）により行われ、続いてヘマトキシリンＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ）によるカウンター染色を行った。
【０２０８】
染色強度のスコアは、染色の強度及び標識された細胞の割合の両方を考慮した。陽性の発現は、腫瘍細胞の５０％以上における染色として定義された。強度スコアは、表３に定義される。
0006707445.tif 000007
【０２０９】
ヒト腫瘍のウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ９３８１の反応性は、ヒト乳がん（Ｎ＝９０、三種陰性乳房腫瘍（Ｎ＝３９）及びＨｅｒ２／ホルモン受容体＋（ＨＲ＋）乳房腫瘍（Ｎ＝５１）を含む）、膵臓腺癌（Ｎ＝７８）、非小細胞肺がん（Ｎ＝２７６、腺癌（Ｎ＝２０５）及び扁平上皮癌（Ｎ＝７１）を含む）、卵巣癌（Ｎ＝５７）、頭部／頸部扁平上皮癌（Ｎ＝６１）、胃腺癌（Ｎ＝９４）、及び結腸直腸腺癌（Ｎ＝１０６）の組織マイクロアレイに対して行われたＩＨＣにより評価された。
【０２１０】
ＬＹ６Ｅ ＩＨＣの結果を表４に示す。乳がん試料では、ＴＮＢＣの症例の９４％及びＨｅｒ２／ＨＲ＋の症例の８１％は、ＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であり、ＴＮＢＣの症例の７９％及びＨｅｒ２／ＨＲ＋の症例の６１％は中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。
【０２１１】
Ｈｅｒ２＋及びＨｅｒ２−乳がん試料の組では、８７％（１３０症例）がＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であった。発現は、中程度又は強レベル（２＋又は３＋）で６５％−６８％の乳がんで見られた。局在化は、本質的に細胞質／膜性であった。弱から中程度のＬｙ６Ｅの発現が、正常及び正常に隣接する癌乳房組織の両方において認められた。対照的に、上述したように、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を用いたＩＨＣ研究は、乳がんのわずか２７−３６％においてＬｙ６Ｅを検出した。
【０２１２】
Ｌｙ６Ｅは、膵管腺癌において高度に発現され、試料の８９％（６９症例）がＩＨＣによりＬｙ６Ｅについて陽性染色し、６３％が中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。正常膵臓試料（Ｎ＝５）のいずれもがＬｙ６Ｅの発現を示さなかった。対照的に、上述したように、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を用いたＩＨＣ研究は、膵臓がんのわずか〜４０％においてＬｙ６Ｅを検出した。
【０２１３】
Ｌｙ６Ｅは、非小細胞肺がんにおいて発現され、腺癌の８９％及び扁平上皮癌の８３％がＩＨＣによってＬｙ６Ｅについて陽性に染色し、腺癌の６４％及び扁平上皮癌の４６％が中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。対照的に、上述したように、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を用いたＩＨＣ研究は、非小細胞肺がんのわずか〜２９％においてＬｙ６Ｅを検出した。
【０２１４】
肺がんにおける優勢な染色は細胞質／膜性であった。染色は、約１＋（Ｎ＝１２）で正常肺胞マクロファージにおいて認められたが、染色がＬｙ６Ｅ又はヘモジデリンに特異的であったかどうかは明らかではない。染色は、正常な肺細胞に認められなかった。
【０２１５】
結腸直腸がん試料では、６４％（６８症例）は、ＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であり、症例の１１％は中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。陽性試料の約３分の２において、Ｌｙ６Ｅ染色は、癌細胞の頂端表面に偏光した。試験された正常な結腸試料はＬｙ６Ｅの発現を示さなかった（Ｎ＝２）。対照的に、上述したように、マウス抗Ｌｙ６Ｅクローン１０Ｇ７．７．８を用いたＩＨＣ研究は、結腸がんのわずか〜２６％においてＬｙ６Ｅを検出した。
【０２１６】
卵巣がんでは、症例の７７％は、ＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であり、症例の５３％は中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。頭頸部扁平上皮癌では、症例の８５％は、ＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であり、症例の４２％は中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。最後に、胃腺癌では、症例の７０％は、ＩＨＣ染色によってＬｙ６Ｅについて陽性であり、症例の３１％は中程度又は強レベルの染色を示した（ＩＨＣにより２＋又は３＋）。
【０２１７】
ナイーブアイソタイプ対照は、０．２ｇ／ｍＬで、全ての対照試料について陰性であった。
0006707445.tif 000008
【０２１８】
実施例５ − ＩＨＣ染色によるヒト及びカニクイザルの正常組織におけるＬｙ６Ｅの相対的発現
正常なヒト組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）は、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体ＧＥＮ９３８１で染色された。弱い（１＋）陽性染色は、脾臓、乳房、副腎、唾液腺、子宮頸部、及び子宮の子宮内膜で観察され、中程度（２＋）の陽性染色は、大脳皮質及び小脳で観察された。同じ抗Ｌｙ６Ｅ抗体で染色された正常カニクイザル組織は、正常な乳房組織において弱い（１＋）発現、及び及び脾臓、子宮の子宮内膜、及び膀胱上皮において中程度（２＋）の染色を明らかにした。表５を参照。
0006707445.tif 000009
【０２１９】
実施例６ − 抗体薬物コンジュゲートの生成
大規模な抗体産生のために、抗体ｈｕ９Ｂ１２．ｖ１２ ｗａは、ＣＨＯ細胞において産生された。ＶＬ及びＶＨをコードするベクターは、ＣＨＯ細胞にトランスフェクトされ、ＩｇＧはプロテインＡアフィニティークロマトグラフィーによって細胞培養培地から精製された。
【０２２０】
ｖｃＭＭＡＥ ＡＤＣの生成：抗Ｌｙ６Ｅ抗体−薬剤コンジュゲート（ＡＤＣ）は、ｈｕ９Ｂ１２．ｖ１２をコンジュゲートさせることにより生成され、又対照の抗ｇＤ ＡＤＣは、本明細書に示される薬物−リンカー部分ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥにコンジュゲートされた。便宜のために、薬物−リンカー部分ＭＣ−ＶＣ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥは、ときに、これらの実施例において及び図において「ｖｃＭＭＡＥ」又は「ＶＣＥ」と称される。コンジュゲーションの前に、抗体は、国際公開第２００４／０１０９５７号（Ａ２）に記載の方法論に従って標準的な方法を用いてＴＣＥＰで部分的に還元された。部分的に還元された抗体は、例えば、Doronina et al. (2003) Nat. Biotechnol. 21:778-784及び国際公開第２００５／０２３８６４９号（Ａ１）に記載された方法に従って標準的な方法を用いて、薬物−リンカー部分にコンジュゲートされた。簡潔には、部分的に還元された抗体は、抗体の還元されたシステイン残基に薬物−リンカー部分の結合を可能にするために、薬物−リンカー部分と結合された。コンジュゲーション反応を反応停止し、ＡＤＣが精製された。各ＡＤＣの薬物負荷（抗体当たりの薬物部分の平均数）が決定され、抗Ｌｙ６Ｅ抗体及び抗ｇＤ対照抗体について３．３と４．０の間であった。
【０２２１】
実施例７：異種移植マウスモデルにおける抗Ｌｙ６Ｅ ＡＤＣのインビボでの有効性及びがん細胞株のＩＨＣ染色
乳がん細胞株ＨＣＣ１５６９（ＣＲＬ−２３３０）及び膵臓がん細胞株ＳＵ．８６．８６（ＣＲＬ−１８３７）は、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から入手した。ＣＨＯ−Ｋ１Ｓは、ＣＨＯ−Ｋ１の懸濁細胞株誘導体である。ＨＣＣ１５６９ Ｘ２細胞株は、インビボでの増殖のために最適化された親ＨＣＣ１５６９細胞株（ＡＴＣＣ、ＣＲＬ−２３３０）の誘導体である。親のＨＣＣ１５６９細胞は、の右脇腹に皮下注射され、一つの腫瘍が回収され、刻まれ、インビトロで増殖され、ＨＣＣ１５６９ Ｘ１細胞株を生じた。ＨＣＣ１５６９ Ｘ１株は、細胞株の成長を改善する目的で、メスのＴａｃｏｎｉｃ ＮＣｒヌードマウスの右脇腹に再び皮下注射された。この研究からの腫瘍を回収し、ＨＣＣ１５６９ Ｘ２細胞株を生成するためにインビトロでの増殖に再び適応させた。この株から由来する腫瘍はＬｙ６Ｅを発現する。
【０２２２】
異種移植モデル：抗Ｌｙ６Ｅ抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣの）の有効性は、上記の細胞株に由来する異種移植モデルにおいて又は患者由来の原発性腫瘍モデルにおいて評価され、後者の実験はＯｎｃｏｔｅｓｔ，Ｆｒｅｉｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ及びＸｅｎＴｅｃｈ，Ｇｅｎｏｐｏｌｅ，Ｆｒａｎｃｅにおいて行われた。
【０２２３】
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡで行われた全ての研究は、実験動物の管理と使用に関する指針（参考文献：Institute of Laboratory Animal Resources (NIH publication no. 85-23), Washington, DC: National Academies Press; 1996）に従った。Ｏｎｃｏｔｅｓｔで行われた全ての実験は地方当局により承認され、ドイツの動物保護法（Ｔｉｅｒｓｃｈｕｔｚｇｅｓｅｔｚ）のガイドラインに従って行われる。ＸｅｎＴｅｃｈのＣＥＲＦＥ施設で動物を使用するための認可は、The Direction des Services Veterinaires, Ministere de l'Agriculture et de la Peche, France （契約番号Ａ ９１−２２８−１０７）により得られた。動物の管理とハウジングは、欧州条約のＳＴＥ１２３に従っている。ＸｅｎＴｅｃｈにおける全ての実験は、実験動物の保護に関するフランスの法律に従って、及び脊椎動物の動物実験のために、フランスの農業・水産省によってＴｒｕｏｎｇ−Ａｎ ＴＲＡＮ博士に対して発行された現在有効なライセンスに基づいて行われることとなる（２０１０年１２月２１日付の番号Ａ ９１−５４１；５年間有効）。６から９週齢の雌免疫不全マウスは背側右脇腹に皮下接種され、ＳＤ付で平均腫瘍体積がグループごとに９−１０匹のマウスから決定された。
【０２２４】
細胞株に由来する異種移植片による有効性の研究のため、ＴａｃｏｎｉｃからのＮＣＲヌードマウスは、マトリゲルを含むＨＢＳＳ中の５００万細胞が播種され、又はチャールズリバーからのＣ．Ｂ−１７ ＳＣＩＤ（近交系）マウスは、マトリゲルを含むＨＢＳＳ中の２００万細胞が播種された。０．３６ｍｇのエストロゲン移植片が、ＨＣＣ１５６９ Ｘ２の異種移植片モデルのために使用された。ＸｅｎＴｅｃｈ及びＯｎｃｏｔｅｓｔでの腫瘍外植片を用いた有効性研究のために、Ｈａｒｌａｎ又はＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒからの無胸腺ヌード又はＮＭＲＩ ｎｕ／ｎｕ マウスに、モデルＨＢＣｘ−８、ＨＢＣｘ−９、ＭＡＸＦ−１１６２及びＰＡＸＦ−１６５７からの原発性乳がん又は膵臓がん患者由来の材料が移植された。腫瘍体積が約８０−２００ｍｍ３に達したとき（０日目）、動物は各々９〜１０匹の群に無作為化され、ビヒクル対照又はＡＤＣの何れかを適切な用量で単回静脈内（ＩＶ）注射で投与された。腫瘍体積は、研究終了まで１週間あたり２回測定された。
【０２２５】
図５から１０に示すように、ウサギ抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローンＧＥＮ−９３−８−１は、以前の免疫組織化学抗体、マウス抗Ｌｙ６Ｅ抗体クローン１０Ｇ７．７．８より感受性である。
【０２２６】
ＨＣＣ１５６９ Ｘ２乳がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１を用いた免疫組織化学は、３＋染色を示したが、１０Ｇ７．７．８はより低い１＋／２＋染色を示した。図５、パネルＥ及びＤをそれぞれ参照。ＨＣＣ１５６９ Ｘ２乳がん細胞は、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ＋及びＥＲ−／ＰＲ−／ｐ５３−である。ＨＣＣ１５６９ Ｘ２乳がん異種移植モデルは、２ｍｇ／ｋｇ及び４ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図５、パネルＡを参照。
【０２２７】
ＳＵ．８６．８６膵臓がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１を用いた免疫組織化学は、２＋染色を示したが、１０Ｇ７．７．８はより低い１＋／２＋染色を示した。図６、パネルＥ及びＣをそれぞれ参照。ＳＵ．８６．８６膵臓がん異種移植モデルは、１ｍｇ／ｋｇ及び３ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図６、パネルＡを参照。
【０２２８】
ＨＢＣｘ−９乳がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１を用いた免疫組織化学は、２＋染色を示したが、１０Ｇ７．７．８はより低い１＋染色を示した。図７、パネルＤ及びＣをそれぞれ参照。ＨＢＣｘ−９乳がん細胞は、三種陰性である（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）。ＨＢＣｘ−９乳がん異種移植モデルは、８ｍｇ／ｋｇ及び１２ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図７、パネルＡを参照。
【０２２９】
ＨＢＣｘ−８乳がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１及び１０Ｇ７．７．８を用いた免疫組織化学は、１＋／２＋染色を示したが；しかしＧＥＮ−９３−８−１を用いた染色は１０Ｇ７．７．８を用いた染色と比較してより強く均質であった。図８、パネルＤ及びＣをそれぞれ参照。ＨＢＣｘ−８乳がん細胞は、三種陰性である（Ｈｅｒ２−／ＥＲ−／ＰＲ−）。ＨＢＣｘ−８乳がん異種移植モデルは、１２ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図８、パネルＡを参照。
【０２３０】
ＭＡＸＦ−１１６２乳がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１を用いた免疫組織化学は強い２＋染色を示したが（中央の低酸素領域内の一部は１＋染色）、１０Ｇ７．７．８はより均質性の低い１＋／２＋染色を示した。図９、パネルＤ及びＣをそれぞれ参照。ＭＡＸＦ−１１６２乳がん細胞はＨｅｒ２増幅を有する。ＭＡＸＦ−１１６２乳がん異種移植モデルは、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ及び１２ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図９、パネルＡを参照。
【０２３１】
ＰＡＸＦ−１６５７膵臓がん異種移植モデルにおいて、ＧＥＮ−９３−８−１を用いた免疫組織化学は、強い２＋染色を示したが、１０Ｇ７．７．８は弱い１＋／２＋染色を示した。図１０、パネルＤ及びＣをそれぞれ参照。ＰＡＸＦ−１６５７膵臓がん異種移植モデルは、２ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ及び１２ｍｇ／ｋｇでのヒト化抗Ｌｙ６Ｅ（ｈｕ９Ｂ１２ ｖ１２）ＡＤＣ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）に対して感受性であった。図１０、パネルＡを参照。
【０２３２】
全体的に、１０Ｇ７．７．８と比較して、ＧＥＮ−９３−８−１は、ＩＨＣによって、より強くかつ均質な染色を示した。
【０２３３】
前述の発明は、理解を明確にする目的のために例示及び実施例によってある程度詳細に説明してきたが、説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。全ての特許及び本明細書に引用される科学文献の開示は、参照によりその全体が援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ−Ｂ】
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【図５Ｃ−Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ−Ｄ】
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【図６Ｅ】
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【図７Ａ−Ｃ】
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【図７Ｄ−Ｅ】
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【図８Ａ−Ｃ】
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【図８Ｄ−Ｅ】
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【図９Ａ−Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図１０Ａ−Ｃ】
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【図１０Ｄ】
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【配列表】
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