(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第10〜31番目、第10〜32番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第13〜34番目、第13〜35番目、第13〜36番目、第14〜34番目、第14〜35番目、第14〜36番目、第15〜34番目、第15〜35番目、第15〜36番目又は第16〜34番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー。
【請求項２】
配列番号5の第160〜181番目、第159〜181番目、第160〜180番目、第159〜180番目、第157〜178番目、第156〜178番目、第155〜178番目、第157〜177番目、第156〜177番目、第155〜177番目、第157〜176番目、第156〜176番目、第155〜176番目又は第157〜175番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列からなる、請求項1に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドである、請求項1又は2に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドの糖部分及び/又はリン酸結合部分が修飾されている、請求項3に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドの糖部分が、2’位の-OH基が、OR、R、R’OR、SH、SR、NH2、NHR、NR2、N3、CN、F、Cl、Br及びIからなる群より選択されるいずれかの基で置換されたリボースである、請求項4に記載のアンチセンスオリゴマー。
（上記Rは、アルキル又はアリールを示し、上記R’は、アルキレンを示す。）
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドのリン酸結合部分が、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホネート結合、ホスホロアミデート結合、及びボラノフォスフェート結合からなる群より選択されるいずれか1つのものである、請求項4又は5に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項７】
モルホリノオリゴマーである、請求項1又は2に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項８】
ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーである、請求項7に記載のアンチセンスオリゴマー。
【請求項９】
5’末端が、下記化学式（1）〜（3）のいずれかの基である、請求項7又は8に記載のアンチセンスオリゴマー。
【化１】
0006734222.tif 000045
【請求項１０】
請求項1〜9のいずれか1項に記載のアンチセンスオリゴマー、その医薬的に許容可能な塩又は水和物を有効成分とする、筋ジストロフィー治療用医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ヒトジストロフィン遺伝子の第55、45、50及び44番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマー及び該オリゴマーを含む医薬組成物に関する。
【背景技術】
【０００２】
デュシェンヌ型筋ジストロフィー（DMD）は出生男子約3,500人に1人が発症する最も頻度の高い遺伝性進行性筋萎縮症である。乳幼児期には正常のヒトとほとんど変わらない運動機能を示すが、4〜5歳頃から筋力低下がみられる。その後筋力低下は進行し12歳頃までに歩行不能になり、20歳代で心不全または呼吸器不全により死に至る重篤な疾患である。現在、DMDに対する有効な治療法はなく、新たな治療薬の開発が強く求められている。
【０００３】
DMDはジストロフィン遺伝子の変異が原因であることが知られている。ジストロフィン遺伝子はX染色体に存在し、220万塩基対のDNAから成る巨大な遺伝子である。DNAからmRNA前駆体に転写され、さらにスプライシングによりイントロンが除かれ79のエクソンが結合したmRNAが合成される。このmRNAから3,685のアミノ酸に翻訳され、ジストロフィンタンパク質が生成される。ジストロフィンタンパク質は筋細胞の膜安定性の維持に関与しており、筋細胞を壊れにくくするために必要である。DMD患者のジストロフィン遺伝子は変異を有するため、筋細胞において機能を有するジストロフィンタンパク質が殆ど発現されない。そのため、DMD患者体内では、筋細胞の構造を維持できなくなり、多量のカルシウムイオンが筋細胞内に流れ込む。その結果、炎症に似た反応が生じ、線維化が進むために筋細胞が再生されにくくなる。
【０００４】
ベッカー型筋ジストロフィー（BMD）もジストロフィン遺伝子の変異が原因であるが、その症状は筋萎縮による筋力低下を呈するものの一般にDMDと比較して軽く、筋力低下の進行も遅く、多くの場合、成人期に発症する。DMDとBMDとの臨床症状の違いは、変異によりジストロフィンのmRNAがジストロフィンタンパク質へと翻訳される際のアミノ酸読み取り枠が破壊されるか、あるいは維持されるかによるものと考えられている（非特許文献1）。つまり、DMDでは、アミノ酸読み取り枠がずれる変異を有することにより、機能を持つジストロフィンタンパク質がほとんど発現しないが、BMDでは変異によりエクソンの一部は欠失しているが、アミノ酸読み取り枠は維持されているために不完全ながらも機能を有するジストロフィンタンパク質が産生される。
【０００５】
DMDの治療法として、エクソンスキッピング法が期待されている。この方法は、スプライシングを改変することでジストロフィンのmRNAのアミノ酸読み取り枠を修復し、部分的に機能を回復したジストロフィンタンパク質の発現を誘導する方法である（非特許文献2）。エクソンスキッピングの対象となるアミノ酸配列部分は失われることになる。そのためこの治療で発現されるジストロフィンタンパク質は正常のものより短くなるが、アミノ酸読み取り枠が維持されるために筋細胞を安定化する機能が部分的に保持される。従って、エクソンスキッピングにより、DMDは、より軽症のBMDと同じような症状を呈するようになると期待されている。エクソンスキッピング法は、マウスやイヌによる動物実験を経て、ヒトDMD患者に対する臨床試験が行われている。
【０００６】
エクソンスキッピングは、5’若しくは3’スプライス部位のいずれか若しくは両方、又はエクソンの内部を標的とするアンチセンス核酸の結合により誘導することができる。エクソンは両方のスプライス部位がスプライソソーム複合体によって認識された場合のみmRNAに包含される。従って、スプライス部位をアンチセンス核酸でターゲッティングすることにより、エクソンスキッピングを誘導することができる。また、エクソンがスプライシングの機構に認識されるためにはエクソンスプライシングエンハンサー（ESE）へのSRタンパク質の結合が必要であると考えられており、ESEをターゲッティングすることでもエクソンのスキッピングを誘導することができる。
【０００７】
ジストロフィン遺伝子の変異はDMD患者によって異なるため、遺伝子変異の場所や種類に応じたアンチセンス核酸が必要になる。これまでに、西オーストラリア大学のSteve Wiltonらによって79個全てのエクソンに対してエクソンスキッピングを誘導するアンチセンス核酸が作製されており（非特許文献3）、オランダのAnnemieke Aartsma-Rusらによって39種類のエクソンに対してエクソンスキッピングを誘導するアンチセンス核酸が作られている（非特許文献4）。
【０００８】
全DMD患者の20％程度は、第55、45、50及び44番目のエクソン（以下、それぞれ「エクソン55」、「エクソン45」、「エクソン50」及び「エクソン44」という）をスキッピングすることで治療可能と考えられている。近年では、ジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44をエクソンスキッピングのターゲットとした研究について、複数の研究機関から報告がなされている（特許文献1〜8）。しかしながら、エクソン55、45、50及び44を患者細胞にて高効率にスキッピングさせる技術は、いまだに確立されていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
【特許文献１】国際公開公報 WO 2006/000057
【特許文献２】国際公開公報 WO 2004/048570
【特許文献３】米国特許公開公報  US 2010/0168212
【特許文献４】国際公開公報 WO 2010/048586
【特許文献５】国際公開公報 WO 2004/083446
【特許文献６】国際公開公報 WO 2010/050801
【特許文献７】国際公開公報 WO 2009/139630
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】Monaco A. P. et al., Genomics 1988; 2: p. 90-95
【非特許文献２】Matsuo M., Brain Dev 1996; 18: p. 167-172
【非特許文献３】Wilton S. D., e t al., Molecular Therapy 2007: 15: p. 1288-96
【非特許文献４】Annemieke Aartsma-Rus et al., (2002) Neuromuscular Disorders 12: S71-S77
【非特許文献５】Linda J. Popplewell et al., (2010) Neuromuscular Disorders , vol. 20, no. 2, p. 102-10
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
上記のような状況において、ジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44のスキッピングを強く誘導するアンチセンスオリゴマー及びそのオリゴマーを含む筋ジストロフィー治療薬が望まれている。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本発明者らは、ジストロフィン遺伝子の構造を詳細に研究した結果、ジストロフィン遺伝子のmRNA前駆体（以下、「pre-mRNA」という）のうちエクソン55の5’末端から第1〜21番目、第11〜31番目及び第14〜34番目周辺のヌクレオチドからなる配列をアンチセンスオリゴマーでターゲッティングすることにより、高効率にエクソン55のスキッピングを誘導できることを見出した。
また、本発明者らは、ジストロフィン遺伝子pre-mRNAのうちエクソン45の5’末端から第1〜25番目及び第6〜30番目周辺のヌクレオチドからなる配列をアンチセンスオリゴマーでターゲッティングすることにより、高効率にエクソン45のスキッピングを誘導できることを見出した。
さらに、本発明者らは、ジストロフィン遺伝子pre-mRNAのうちエクソン50の5’末端から第107〜127番目周辺のヌクレオチドからなる配列をアンチセンスオリゴマーでターゲッティングすることにより、高効率にエクソン50のスキッピングを誘導できることを見出した。
またさらに、本発明者らは、ジストロフィン遺伝子pre-mRNAのうちエクソン44の5’末端から第11〜32番目及び第26〜47番目周辺のヌクレオチドからなる配列をアンチセンスオリゴマーでターゲッティングすることにより、高効率にエクソン44のスキッピングを誘導できることを見出した。
本発明者らは、この知見に基づき、本発明を完成させた。
【００１３】
即ち、本発明は、以下のとおりである。
[１］  ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第3〜19番目、第3〜20番目、第3〜21番目、第3〜22番目、第3〜23番目、第9〜29番目、第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第10〜29番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第11〜29番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第12〜29番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第13〜29番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第12〜34番目、第12〜35番目、第12〜36番目、第13〜34番目、第13〜35番目、第13〜36番目、第14〜32番目、第14〜33番目、第14〜34番目、第14〜35番目、第14〜36番目、第15〜32番目、第15〜33番目、第15〜34番目、第15〜35番目、第15〜36番目、第16〜32番目、第16〜33番目、第16〜34番目、第16〜35番目又は第16〜36番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー。
[２］  ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第-3〜19番目、第-3〜20番目、第-3〜21番目、第-3〜22番目、第-3〜23番目、第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第-2〜24番目、第-2〜25番目、第-2〜26番目、第-2〜27番目、第-1〜24番目、第-1〜25番目、第-1〜26番目、第-1〜27番目、第1〜24番目、第1〜25番目、第1〜26番目、第1〜27番目、第2〜24番目、第2〜25番目、第2〜26番目、第2〜27番目、第3〜23番目、第3〜24番目、第3〜25番目、第3〜26番目、第3〜27番目、第4〜28番目、第4〜29番目、第4〜30番目、第4〜31番目、第4〜32番目、第5〜28番目、第5〜29番目、第5〜30番目、第5〜31番目、第5〜32番目、第6〜28番目、第6〜29番目、第6〜30番目、第6〜31番目、第6〜32番目、第7〜28番目、第7〜29番目、第7〜30番目、第7〜31番目、第7〜32番目、第8〜28番目、第8〜29番目、第8〜30番目、第8〜31番目又は第8〜32番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー。
[３］  ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンの5’末端から第105〜125番目、第105〜126番目、第105〜127番目、第105〜128番目、第105〜129番目、第106〜125番目、第106〜126番目、第106〜127番目、第106〜128番目、第106〜129番目、第107〜125番目、第107〜126番目、第107〜127番目、第107〜128番目、第107〜129番目、第108〜125番目、第108〜126番目、第108〜127番目、第108〜128番目、第108〜129番目、第109〜125番目、第109〜126番目、第109〜127番目、第109〜128番目又は第109〜129番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー。
[４］  ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第9〜34番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第10〜34番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第11〜34番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第12〜34番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第13〜34番目、第24〜45番目、第24〜46番目、第24〜47番目、第24〜48番目、第24〜49番目、第25〜45番目、第25〜46番目、第25〜47番目、第25〜48番目、第25〜49番目、第26〜45番目、第26〜46番目、第26〜47番目、第26〜48番目、第26〜49番目、第27〜45番目、第27〜46番目、第27〜47番目、第27〜48番目、第27〜49番目、第28〜45番目、第28〜46番目、第28〜47番目、第28〜48番目、第28〜49番目、第29〜45番目、第29〜46番目、第29〜47番目、第29〜48番目又は第29〜49番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー。[５］  ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第1〜21番目、第11〜31番目又は第14〜34番目のヌクレオチドからなる配列に相補的な塩基配列からなる、前記［1］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[６］  配列番号5の第170〜190番目、第160〜180番目又は第157〜177番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列からなる、前記［1］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[７］  ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第-2〜19番、第1〜21番目、第1〜25番目又は第6〜30番目のヌクレオチドからなる配列に相補的な塩基配列からなる、前記［2］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[８］  配列番号6の第158〜178番目、第156〜176番目、第152〜176番目又は第147〜171番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列からなる、前記［2］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[９］  ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンの5’末端から第106〜126番又は第107〜127番目のヌクレオチドからなる配列に相補的な塩基配列からなる、前記［3］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１０］  配列番号7の第4〜24番目又は第3〜23番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列からなる、前記［3］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１１］  ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第11〜32番、第25〜45番、第26〜46番、第26〜47番又は第27〜47番目のヌクレオチドからなる配列に相補的な塩基配列からなる、前記［4］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１２］  配列番号8の第117〜138番目、第104〜124番目、第103〜123番目、第102〜123番目又は第102〜122番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列からなる、前記［4］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１３］  オリゴヌクレオチドである、前記［1］〜［12］のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴマー。
[１４］  前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドの糖部分及び/又はリン酸結合部分が修飾されている、前記［13］に記載のアンチセンスオリゴマー。[１５］  前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドの糖部分が、2’位の-OH基が、OR、R、R’OR、SH、SR、NH2、NHR、NR2、N3、CN、F、Cl、Br及びIからなる群より選択されるいずれかの基で置換されたリボースである、前記［14］に記載のアンチセンスオリゴマー。
（上記Rは、アルキル又はアリールを示し、上記R’は、アルキレンを示す。）
[１６］  前記オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも1つのヌクレオチドのリン酸結合部分が、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホネート結合、ホスホロアミデート結合、及びボラノフォスフェート結合からなる群より選択されるいずれか1つのものである、前記［14］又は［15］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１７］  モルホリノオリゴマーである、前記［1］〜［12］のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴマー。
[１８］  ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーである、前記［17］に記載のアンチセンスオリゴマー。
[１９］  5’末端が、下記化学式（1）〜（3）のいずれかの基である、前記［17］又は［18］に記載のアンチセンスオリゴマー。
【化１】
0006734222.tif 000002
[２０]  前記［1］〜［19］のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴマー、その医薬的に許容可能な塩又は水和物を有効成分とする、筋ジストロフィー治療用医薬組成物。
【発明の効果】
【００１４】
本発明のアンチセンスオリゴマーにより、ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44のスキッピングを高効率に誘導することが可能である。また、本発明の医薬組成物を投与することにより、デュシェンヌ型筋ジストロフィーの症状を、効果的に軽減することができる。また、本発明のアンチセンスオリゴマーは、患者のエクソン配列のみをターゲットとするため、イントロンをターゲットとするアンチセンスオリゴマーの場合と比べて、ターゲット配列が個体間（個人間）で保存されており、このため、個体差（個人差）に関係なく良好なスキッピング効率が得られることを特徴とする。さらに、本発明のアンチセンスオリゴマーは、その鎖長が20bp前後と短いため、従来のDMD治療を目的としたアンチセンスオリゴマー（25bp前後）と比べて、ターゲット配列中にSNP(Single Nucleotide Polymorphism)等の個体（個人）間の変異を含む可能性が低く、この点からも個体差（個人差）に関係なく良好なスキッピング効率が得られることを特徴とする。また、一般的に短鎖のアンチセンスオリゴマーは比較的免疫を誘導しにくいため、本発明のアンチセンスオリゴマーはサイトカイン等の誘導による副作用が生じにくいという特徴を有する。
さらに、本発明のアンチセンスオリゴマーは、鎖長が短いため、製造コストが比較的安価である。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図２】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図３】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図４】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図５】ヒトDMD患者由来線維芽細胞（GM05017細胞）にヒトMyoD遺伝子を導入して筋肉細胞に分化誘導した細胞におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図６】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図７】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図８】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図９】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図１０】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）における2’-OMe-S-RNAオリゴマーによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図１１】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図１２】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図１３】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング効率を示す図である。
【図１４】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図１５】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン45のスキッピング効率を示す図である。
【図１６】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図１７】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図１８】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図１９】ヒト横紋筋肉腫細胞株（RD細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング効率を示す図である。
【図２０】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング効率を示す図である。
【図２１】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン44のスキッピング結果（ウェスタンブロッティング）を示す図である。
【図２２】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング結果（RT-PCR）を示す図である。
【図２３】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング効率を示す図である。
【図２４】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング結果（RT-PCR）を示す図である。
【図２５】エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM05112細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【図２６】エクソン8-9重複DMD患者由来線維芽細胞（11-0627細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング結果（RT-PCR）を示す図である。
【図２７】エクソン8-9重複DMD患者由来線維芽細胞（11-0627細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング効率を示す図である。
【図２８】エクソン51-55欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM04364細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング結果（RT-PCR）を示す図である。
【図２９】エクソン51-55欠損DMD患者由来線維芽細胞（GM04364細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン50のスキッピング効率を示す図である。
【図３０】エクソン54単独欠損DMD患者由来細胞（04-035細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング結果（RT-PCR）を示す図である。
【図３１】エクソン54単独欠損DMD患者由来細胞（04-035細胞）におけるPMOによるヒトジストロフィン遺伝子エクソン55のスキッピング効率を示す図である。
【発明の実施するための形態】
【００１６】
以下、本発明を詳細に説明する。以下の実施の形態は、本発明を説明するための例示であり、本発明をこの実施の形態のみに限定する趣旨ではない。本発明は、その要旨を逸脱しない限り、様々な形態で実施をすることができる。
なお、本明細書において引用した全ての文献、および公開公報、特許公報その他の特許文献は、参照として本明細書に組み込むものとする。また、本明細書は、本願優先権主張の基礎となる2011年12月28日に出願された日本国特許出願（特願2011-288040号）及び2012年02月29日に出願された日本国特許出願（特願2012-043092号）の明細書及び図面に記載の内容を包含する。
以下、本発明を詳細に説明する。以下の実施の形態は、本発明を説明するための例示であり、本発明をこの実施の形態のみに限定する趣旨ではない。本発明は、その要旨を逸脱しない限り、様々な形態で実施をすることができる。
また、特に記載のない場合、アミノ酸配列は左端をアミノ末端及び右端をカルボキシル末端とし、塩基配列は左端を5’末端及び右端を3’末端として表わすものとする。
【００１７】
1．アンチセンスオリゴマー
本発明は、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第3〜19番目、第3〜20番目、第3〜21番目、第3〜22番目、第3〜23番目、第9〜29番目、第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第10〜29番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第11〜29番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第12〜29番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第13〜29番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第12〜34番目、第12〜35番目、第12〜36番目、第13〜34番目、第13〜35番目、第13〜36番目、第14〜32番目、第14〜33番目、第14〜34番目、第14〜35番目、第14〜36番目、第15〜32番目、第15〜33番目、第15〜34番目、第15〜35番目、第15〜36番目、第16〜32番目、第16〜33番目、第16〜34番目、第16〜35番目又は第16〜36番目のヌクレオチドからなる配列（以下、「エクソン55標的配列」ともいう。）のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー（以下、「本発明のエクソン55スキッピングオリゴマー」という）を提供する。
【００１８】
また、本発明は、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第-3〜19番目、第-3〜20番目、第-3〜21番目、第-3〜22番目、第-3〜23番目、第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第-2〜24番目、第-2〜25番目、第-2〜26番目、第-2〜27番目、第-1〜24番目、第-1〜25番目、第-1〜26番目、第-1〜27番目、第1〜24番目、第1〜25番目、第1〜26番目、第1〜27番目、第2〜24番目、第2〜25番目、第2〜26番目、第2〜27番目、第3〜23番目、第3〜24番目、第3〜25番目、第3〜26番目、第3〜27番目、第4〜28番目、第4〜29番目、第4〜30番目、第4〜31番目、第4〜32番目、第5〜28番目、第5〜29番目、第5〜30番目、第5〜31番目、第5〜32番目、第6〜28番目、第6〜29番目、第6〜30番目、第6〜31番目、第6〜32番目、第7〜28番目、第7〜29番目、第7〜30番目、第7〜31番目、第7〜32番目、第8〜28番目、第8〜29番目、第8〜30番目、第8〜31番目又は第8〜32番目のヌクレオチドからなる配列（以下、「エクソン45標的配列」ともいう。）のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー（以下、「本発明のエクソン45スキッピングオリゴマー」という）を提供する。
【００１９】
さらに、本発明は、ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンの5’末端から第105〜125番目、第105〜126番目、第105〜127番目、第105〜128番目、第105〜129番目、第106〜125番目、第106〜126番目、第106〜127番目、第106〜128番目、第106〜129番目、第107〜125番目、第107〜126番目、第107〜127番目、第107〜128番目、第107〜129番目、第108〜125番目、第108〜126番目、第108〜127番目、第108〜128番目、第108〜129番目、第109〜125番目、第109〜126番目、第109〜127番目、第109〜128番目又は第109〜129番目のヌクレオチドからなる配列（以下、「エクソン50標的配列」ともいう。）のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー（以下、「本発明のエクソン50スキッピングオリゴマー」という）を提供する。
【００２０】
またさらに、本発明は、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンのスキッピングを可能にするアンチセンスオリゴマーであって、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第9〜34番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第10〜34番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第11〜34番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第12〜34番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第13〜34番目、第24〜45番目、第24〜46番目、第24〜47番目、第24〜48番目、第24〜49番目、第25〜45番目、第25〜46番目、第25〜47番目、第25〜48番目、第25〜49番目、第26〜45番目、第26〜46番目、第26〜47番目、第26〜48番目、第26〜49番目、第27〜45番目、第27〜46番目、第27〜47番目、第27〜48番目、第27〜49番目、第28〜45番目、第28〜46番目、第28〜47番目、第28〜48番目、第28〜49番目、第29〜45番目、第29〜46番目、第29〜47番目、第29〜48番目又は第29〜49番目のヌクレオチドからなる配列（以下、「エクソン44標的配列」ともいう。）のいずれか1つに相補的な塩基配列からなる、アンチセンスオリゴマー（以下、「本発明のエクソン44スキッピングオリゴマー」という）を提供する。
以下、本発明のエクソン55、45、50及び44スキッピングオリゴマーを、「本発明のオリゴマー」と総称する場合がある。
【００２１】
[ヒトジストロフィン遺伝子の第55、45、50及び44番目のエクソン]
本発明において、「遺伝子」には、ゲノム遺伝子以外に、cDNA、mRNA前駆体及びmRNAも含まれる。好ましくは、遺伝子は、mRNA前駆体、即ち、pre-mRNAである。
【００２２】
ヒトゲノムにおいて、ヒトジストロフィン遺伝子は遺伝子座Xp21.2に存在する。ヒトジストロフィン遺伝子は、3.0 Mbpのサイズを有しており、既知のヒト遺伝子としては最大の遺伝子である。但し、ヒトジストロフィン遺伝子のコード領域はわずか14kbに過ぎず、該コード領域は79個のエクソンとしてジストロフィン遺伝子内に分散している（Roberts, RG., et al., Genomics, 16: 536-538 (1993)）。ヒトジストロフィン遺伝子の転写物であるpre-mRNAは、スプライシングを受けて14kbの成熟mRNAを生成する。ヒトの野生型ジストロフィン遺伝子の塩基配列は公知である（GenBank Accession No. NM_004006）。
ヒトの野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン55の5’末端から第-2 〜190番目のヌクレオチドからなる塩基配列を配列番号1に示す。また、ヒトの野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン45の5’末端から第-3 〜176番目のヌクレオチドからなる塩基配列を配列番号2に示す。また、ヒトの野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン50の5’末端から第1 〜109番目及びイントロン50の5’末端から第1 〜20番目のヌクレオチドからなる塩基配列を配列番号3に示す。
また、ヒトの野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン44の5’末端から第1 〜148番目のヌクレオチドからなる塩基配列を配列番号4に示す。
【００２３】
本発明のオリゴマーは、ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50又は44のスキッピングにより、DMD型ジストロフィン遺伝子でコードされるタンパク質を、BMD型ジストロフィンタンパク質に改変することを目的として作製されたものである。従って、本発明のオリゴマーのエクソンスキッピングの対象となるジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44には、野生型だけではなく、その各変異型も含まれる。
変異型のヒトジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44は、具体的には、以下の（a）又は（b）に記載のポリヌクレオチドである。
（a）配列番号1（若しくは配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列）、2（若しくは配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列）、3（若しくは配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列）又は4の塩基配列と相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド；
（b）配列番号1（若しくは配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列）、2（若しくは配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列）、3（若しくは配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列）又は4の塩基配列に対して、90％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【００２４】
本明細書中、「ポリヌクレオチド」とは、DNA又はRNAを意味する。
本明細書中、「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド」とは、例えば、配列番号1（若しくは配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列）、2（若しくは配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列）、3（若しくは配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列）又は4の塩基配列と相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドの全部又は一部をプローブとして、コロニーハイブリダイゼーション法、プラークハイブリダイゼーション法又はサザンハイブリダイゼーション法などを用いることにより得られるポリヌクレオチドをいう。ハイブリダイゼーションの方法としては、例えば、"Sambrook ＆ Russell，  Molecular Cloning： A Laboratory Manual Vol. 3, Cold Spring Harbor, Laboratory Press 2001"及び"Ausubel, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley ＆ Sons 1987-1997"などに記載されている方法を利用することができる。
【００２５】
本明細書中、「相補的な塩基配列」とは、対象となる塩基配列とワトソン・クリック対を形成する塩基配列に限定されるものではなく、揺らぎ塩基対（Wobble base pair）を形成する塩基配列も含む。ここで、ワトソン・クリック対とは、アデニン-チミン、アデニン-ウラシル及びグアニン-シトシン間に水素結合が形成される塩基対を意味し、揺らぎ塩基対とは、グアニン-ウラシル、イノシン-ウラシル、イノシン-アデニン及びイノシン-シトシン間に水素結合が形成される塩基対を意味する。また、「相補的な塩基配列」とは、対象となる塩基配列と１００％の相補性を有していなくてもよく、例えば、対象となる塩基配列に対して、1〜3個、1〜2個又は1個の非相補的塩基が含まれていてもよい。
【００２６】
本明細書中、「ストリンジェントな条件」とは、低ストリンジェントな条件、中ストリンジェントな条件及び高ストリンジェントな条件のいずれでもよい。「低ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5％SDS、50％ホルムアミド、32℃の条件である。また、「中ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5％SDS、50％ホルムアミド、42℃又は5×SSC、1％ SDS、50 mM Tris−HCl（pH7.5）、50％ホルムアミド、42℃の条件である。「高ストリンジェントな条件」は、例えば、5×SSC、5×デンハルト溶液、0.5％SDS、50％ホルムアミド、50℃又は0.2×SSC、0.1％ SDS、65℃の条件である。これらの条件において、温度を上げるほど高い同一性を有するポリヌクレオチドが効率的に得られることが期待できる。ただし、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに影響する要素としては温度、プローブ濃度、プローブの長さ、イオン強度、時間、塩濃度等の複数の要素が考えられ、当業者であればこれらの要素を適宜選択することで同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。
【００２７】
なお、ハイブリダイゼーションに市販のキットを用いる場合は、例えばAlkphos Direct Labelling and Detection System（GE Healthcare）を用いることができる。この場合は、キットに添付のプロトコールにしたがい、標識したプローブとのインキュベーションを一晩行った後、メンブレンを55℃の条件下で0.1％（w/v）SDSを含む1次洗浄バッファーで洗浄後、ハイブリダイズしたポリヌクレオチドを検出することができる。あるいは、配列番号1（若しくは配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列）、2（若しくは配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列）、3（若しくは配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列）又は4の塩基配列と相補的な塩基配列の全部又は一部に基づいてプローブを作製する際に、市販の試薬（例えば、PCRラベリングミックス（ロシュ・ダイアグノス社）等）を用いて該プローブをジゴキシゲニン（DIG）ラベルした場合には、DIG核酸検出キット（ロシュ・ダイアグノス社）を用いてハイブリダイゼーションを検出することができる。
【００２８】
上記のハイブリダイズ可能なポリヌクレオチド以外のポリヌクレオチドとしては、相同性検索ソフトウェアであるBLASTにより、デフォルトのパラメーターを用いて計算したときに、配列番号1（若しくは配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列）、2（若しくは配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列）、3（若しくは配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列）又は4のポリヌクレオチドからなる配列と90％以上、91％以上、92％以上、93％以上、94％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、99％以上、99.1％以上、99.2％以上、99.3％以上、99.4％以上、99.5％以上、99.6％以上、99.7％以上、99.8％以上、又は99.9％以上の同一性を有するポリヌクレオチドをあげることができる。
【００２９】
なお、塩基配列の同一性は、カーリン及びアルチュールによるアルゴリズムBLAST (Basic Local Alignment Search Tool)（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 872264-2268, 1990; Proc Natl Acad Sci USA 90: 5873, 1993）を用いて決定できる。BLASTのアルゴリズムに基づいたBLASTNやBLASTXと呼ばれるプログラムが開発されている（Altschul SF, et al: J Mol Biol 215: 403, 1990）。BLASTNを用いて塩基配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore = 100、wordlength = 12とする。BLASTとGapped BLASTプログラムを用いる場合は、各プログラムのデフォルトパラメーターを用いる。
【００３０】
エクソン55の5’末端から第-2〜190番目のヌクレオチドの配列に相補的な配列を配列番号5に示す。ここで、エクソン55の5’末端から第-2 〜-1番目のヌクレオチドからなる配列（配列番号1の第1〜2番目のヌクレオチドからなる配列）は、エクソン54とエクソン55との間に存在するイントロン54の3’末端の最下流の2つのヌクレオチドからなる配列を示す。即ち、エクソン55の塩基配列は、配列番号1の第3〜192番目のヌクレオチドからなる配列であり、エクソン55の塩基配列に相補的な配列は、配列番号5の第1〜190番目のヌクレオチドからなる配列である。
【００３１】
ここで、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第3〜19番目、第3〜20番目、第3〜21番目、第3〜22番目、第3〜23番目、第9〜29番目、第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第10〜29番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第11〜29番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第12〜29番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第13〜29番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第12〜34番目、第12〜35番目、第12〜36番目、第13〜34番目、第13〜35番目、第13〜36番目、第14〜32番目、第14〜33番目、第14〜34番目、第14〜35番目、第14〜36番目、第15〜32番目、第15〜33番目、第15〜34番目、第15〜35番目、第15〜36番目、第16〜32番目、第16〜33番目、第16〜34番目、第16〜35番目又は第16〜36番目のヌクレオチドからなる塩基配列に相補的な配列とは、それぞれ、配列番号5の第172〜192番目、第171〜192番目、第170〜192番目、第169〜192番目、第168〜192番目、第172〜191番目、第171〜191番目、第170〜191番目、第169〜191番目、第168〜191番目、第172〜190番目、第171〜190番目、第170〜190番目、第169〜190番目、第168〜190番目、第172〜189番目、第171〜189番目、第170〜189番目、第169〜189番目、第168〜189番目、第172〜188番目、第171〜188番目、第170〜188番目、第169〜188番目、第168〜188番目、第162〜182番目、第161〜182番目、第160〜182番目、第159〜182番目、第158〜182番目、第162〜181番目、第161〜181番目、第160〜181番目、第159〜181番目、第158〜181番目、第162〜180番目、第161〜180番目、第160〜180番目、第159〜180番目、第158〜180番目、第162〜179番目、第161〜179番目、第160〜179番目、第159〜179番目、第158〜179番目、第162〜178番目、第161〜178番目、第160〜178番目、第159〜178番目、第158〜178番目、第157〜179番目、第156〜179番目、第155〜179番目、第157〜178番目、第156〜178番目、第155〜178番目、第159〜177番目、第158〜177番目、第157〜177番目、第156〜177番目、第155〜177番目、第159〜176番目、第158〜176番目、第157〜176番目、第156〜176番目、第155〜176番目、第159〜175番目、第158〜175番目、第157〜175番目、第156〜175番目又は第155〜175番目のヌクレオチドからなる配列と同一である。
【００３２】
エクソン45の5’末端から第-3 〜176番目のヌクレオチドの配列に相補的な配列を配列番号6に示す。ここで、エクソン45の5’末端から第-3 〜-1番目のヌクレオチドからなる配列（配列番号2の第1〜3番目のヌクレオチドからなる配列）は、エクソン44とエクソン45との間に存在するイントロン44の3’末端の最下流の3つのヌクレオチドからなる配列を示す。即ち、エクソン45の塩基配列は、配列番号2の第4〜179番目のヌクレオチドからなる配列であり、エクソン45の塩基配列に相補的な配列は、配列番号6の第1〜176番目のヌクレオチドからなる配列である。
【００３３】
ここで、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第-3〜19番目、第-3〜20番目、第-3〜21番目、第-3〜22番目、第-3〜23番目、第-2〜19番目、第-2〜20番目、第-2〜21番目、第-2〜22番目、第-2〜23番目、第-1〜19番目、第-1〜20番目、第-1〜21番目、第-1〜22番目、第-1〜23番目、第1〜19番目、第1〜20番目、第1〜21番目、第1〜22番目、第1〜23番目、第2〜19番目、第2〜20番目、第2〜21番目、第2〜22番目、第2〜23番目、第-2〜24番目、第-2〜25番目、第-2〜26番目、第-2〜27番目、第-1〜24番目、第-1〜25番目、第-1〜26番目、第-1〜27番目、第1〜24番目、第1〜25番目、第1〜26番目、第1〜27番目、第2〜24番目、第2〜25番目、第2〜26番目、第2〜27番目、第3〜23番目、第3〜24番目、第3〜25番目、第3〜26番目、第3〜27番目、第4〜28番目、第4〜29番目、第4〜30番目、第4〜31番目、第4〜32番目、第5〜28番目、第5〜29番目、第5〜30番目、第5〜31番目、第5〜32番目、第6〜28番目、第6〜29番目、第6〜30番目、第6〜31番目、第6〜32番目、第7〜28番目、第7〜29番目、第7〜30番目、第7〜31番目、第7〜32番目、第8〜28番目、第8〜29番目、第8〜30番目、第8〜31番目又は第8〜32番目のヌクレオチドからなる配列に相補的な塩基配列とは、それぞれ、配列番号6の第158〜179番目、第157〜179番目、第156〜179番目、第155〜179番目、第154〜179番目、第158〜178番目、第157〜178番目、第156〜178番目、第155〜178番目、第154〜178番目、第158〜177番目、第157〜177番目、第156〜177番目、第155〜177番目、第154〜177番目、第158〜176番目、第157〜176番目、第156〜176番目、第155〜176番目、第154〜176番目、第158〜175番目、第157〜175番目、第156〜175番目、第155〜175番目、第154〜175番目、第153〜178番目、第152〜178番目、第151〜178番目、第150〜178番目、第153〜177番目、第152〜177番目、第151〜177番目、第150〜177番目、第153〜176番目、第152〜176番目、第151〜176番目、第150〜176番目、第153〜175番目、第152〜175番目、第151〜175番目、第150〜175番目、第154〜174番目、第153〜174番目、第152〜174番目、第151〜174番目、第150〜174番目、第149〜173番目、第148〜173番目、第147〜173番目、第146〜173番目、第147〜173番目、第149〜172番目、第148〜172番目、第147〜172番目、第146〜172番目、第145〜172番目、第149〜171番目、第148〜171番目、第147〜171番目、第146〜171番目、第145〜171番目、第149〜170番目、第148〜170番目、第147〜170番目、第146〜170番目、第145〜170番目、第149〜169番目、第148〜169番目、第147〜169番目、第146〜169番目又は第145〜169番目のヌクレオチドからなる配列と同一である。
【００３４】
エクソン50の5’末端から第1〜109番目のヌクレオチド及びイントロン50の5’末端から第1〜20番目のヌクレオチドからなる塩基配列に相補的な配列を配列番号7に示す。ここで、イントロン50の5’末端から第1〜20番目のヌクレオチドからなる配列（配列番号3の第110〜129番目のヌクレオチドからなる配列）は、エクソン50とエクソン51との間に存在するイントロン50の5’末端の最上流の20個のヌクレオチドからなる配列を示す。即ち、エクソン50の塩基配列は、配列番号3の第1〜109番目のヌクレオチドからなる配列であり、エクソン50の塩基配列に相補的な配列は、配列番号7の第21〜129番目のヌクレオチドからなる配列である。
【００３５】
ここで、ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンの5’末端から第105〜125番目、第105〜126番目、第105〜127番目、第105〜128番目、第105〜129番目、第106〜125番目、第106〜126番目、第106〜127番目、第106〜128番目、第106〜129番目、第107〜125番目、第107〜126番目、第107〜127番目、第107〜128番目、第107〜129番目、第108〜125番目、第108〜126番目、第108〜127番目、第108〜128番目、第108〜129番目、第109〜125番目、第109〜126番目、第109〜127番目、第109〜128番目又は第109〜129番目のヌクレオチドからなる塩基配列に相補的な配列とは、それぞれ、配列番号7の第5〜25番目、第4〜25番目、第3〜25番目、第2〜25番目、第1〜25番目、第5〜24番目、第4〜24番目、第3〜24番目、第2〜24番目、第1〜24番目、第5〜23番目、第4〜23番目、第3〜23番目、第2〜23番目、第1〜23番目、第5〜22番目、第4〜22番目、第3〜22番目、第2〜22番目、第1〜22番目、第5〜21番目、第4〜21番目、第3〜21番目、第2〜21番目又は第1〜21番目のヌクレオチドからなる配列と同一である。
【００３６】
エクソン44の5’末端から第1〜148番目のヌクレオチドの配列に相補的な配列を配列番号8に示す。
【００３７】
ここで、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第9〜30番目、第9〜31番目、第9〜32番目、第9〜33番目、第9〜34番目、第10〜30番目、第10〜31番目、第10〜32番目、第10〜33番目、第10〜34番目、第11〜30番目、第11〜31番目、第11〜32番目、第11〜33番目、第11〜34番目、第12〜30番目、第12〜31番目、第12〜32番目、第12〜33番目、第12〜34番目、第13〜30番目、第13〜31番目、第13〜32番目、第13〜33番目、第13〜34番目、第24〜45番目、第24〜46番目、第24〜47番目、第24〜48番目、第24〜49番目、第25〜45番目、第25〜46番目、第25〜47番目、第25〜48番目、第25〜49番目、第26〜45番目、第26〜46番目、第26〜47番目、第26〜48番目、第26〜49番目、第27〜45番目、第27〜46番目、第27〜47番目、第27〜48番目、第27〜49番目、第28〜45番目、第28〜46番目、第28〜47番目、第28〜48番目、第28〜49番目、第29〜45番目、第29〜46番目、第29〜47番目、第29〜48番目又は第29〜49番目のヌクレオチドからなる塩基配列に相補的な配列とは、それぞれ、配列番号8の第119〜140番目、第118〜140番目、第117〜140番目、第116〜140番目、第115〜140番目、第119〜139番目、第118〜139番目、第117〜139番目、第116〜139番目、第115〜139番目、第119〜138番目、第118〜138番目、第117〜138番目、第116〜138番目、第115〜138番目、第119〜137番目、第118〜137番目、第117〜137番目、第116〜137番目、第115〜137番目、第119〜136番目、第118〜136番目、第117〜136番目、第116〜136番目、第115〜136番目、第104〜125番目、第103〜125番目、第102〜125番目、第101〜125番目、第100〜125番目、第104〜124番目、第103〜124番目、第102〜124番目、第101〜124番目、第100〜124番目、第104〜123番目、第103〜123番目、第102〜123番目、第101〜123番目、第100〜123番目、第104〜122番目、第103〜122番目、第102〜122番目、第101〜122番目、第100〜122番目、第104〜121番目、第103〜121番目、第102〜121番目、第101〜121番目、第100〜121番目、第104〜120番目、第103〜120番目、第102〜120番目、第101〜120番目又は第100〜120番目のヌクレオチドからなる配列と同一である。
【００３８】
エクソン55、45、50及び44の塩基配列と、配列番号5〜8の対応は、以下の表のようにまとめることができる。
【００３９】
【表１−１】
0006734222.tif 000003
【表１−２】
0006734222.tif 000004
【表１−３】
0006734222.tif 000005
【表２−１】
0006734222.tif 000006
【表２−２】
0006734222.tif 000007
【表２−３】
0006734222.tif 000008
【表３】
0006734222.tif 000009
【表４−１】
0006734222.tif 000010
【表４−２】
0006734222.tif 000011
【００４０】
本発明のエクソン55スキッピングオリゴマーは、好ましくは、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第1〜21番目、第11〜31番目又は第14〜34番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列（例えば、配列番号5の第170〜190番目、第160〜180番目又は第157〜177番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列）からなる。
【００４１】
本発明のエクソン45スキッピングオリゴマーは、好ましくは、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第-2〜19番、第1〜21番目、第1〜25番目又は第6〜30番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列（例えば、配列番号6の第158〜178番目、第156〜176番目、第152〜176番目又は第147〜171番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列）からなる。
【００４２】
本発明のエクソン50スキッピングオリゴマーは、好ましくは、ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンの5’末端から第106〜126番又は第107〜127番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列（例えば、配列番号7の第4〜24番目又は第3〜23番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列）からなる。
【００４３】
本発明のエクソン44スキッピングオリゴマーは、好ましくは、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第11〜32番、第25〜45番、第26〜46番、第26〜47番又は第27〜47番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つに相補的な塩基配列（例えば、配列番号8の第117〜138番目、第104〜124番目、第103〜123番目、第102〜123番目又は第102〜122番目のヌクレオチドからなる配列のいずれか1つの塩基配列）からなる。      
【００４４】
「ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンのスキッピングを可能にする」とは、ヒトジストロフィン遺伝子の転写物（例えば、pre-mRNA）のエクソン55に相当する部位に本発明のオリゴマーが結合することにより、該転写物がスプライシングを受けた際に、例えばエクソン54が欠失したDMD患者の場合、エクソン53の3’末端に相当する塩基配列の3’側にエクソン56の5’末端に相当する塩基配列が連結し、コドンのフレームシフトが起こっていない成熟mRNAが形成されることを意味する。
【００４５】
同様に「ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンのスキッピングを可能にする」とは、ヒトジストロフィン遺伝子の転写物（例えば、pre-mRNA）のエクソン45に相当する部位に本発明のオリゴマーが結合することにより、該転写物がスプライシングを受けた際に、例えばエクソン44が欠失したDMD患者の場合、エクソン43の3’末端に相当する塩基配列の3’側にエクソン46の5’末端に相当する塩基配列が連結し、コドンのフレームシフトが起こっていない成熟mRNAが形成されることを意味する。
【００４６】
また、「ヒトジストロフィン遺伝子の第50番目のエクソンのスキッピングを可能にする」とは、ヒトジストロフィン遺伝子の転写物（例えば、pre-mRNA）のエクソン50に相当する部位に本発明のオリゴマーが結合することにより、該転写物がスプライシングを受けた際に、例えばエクソン51が欠失したDMD患者の場合、エクソン49の3’末端に相当する塩基配列の3’側にエクソン52の5’末端に相当する塩基配列が連結し、コドンのフレームシフトが起こっていない成熟mRNAが形成されることを意味する。
【００４７】
また同様に、「ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンのスキッピングを可能にする」とは、ヒトジストロフィン遺伝子の転写物（例えば、pre-mRNA）のエクソン44に相当する部位に本発明のオリゴマーが結合することにより、該転写物がスプライシングを受けた際に、例えばエクソン45 が欠失したDMD患者の場合、エクソン43の3’末端に相当する塩基配列の3’側にエクソン46の5’末端に相当する塩基配列が連結し、コドンのフレームシフトが起こっていない成熟mRNAが形成されることを意味する。
従って、本発明のオリゴマーは、ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44のスキッピングを可能にする限り、各ターゲット配列（エクソン55、45、50及び44）に対して100％相補的な塩基配列を有していなくてもよい。例えば、本発明のオリゴマーには、ターゲット配列に対して、1〜3個、1〜2個又は1個の非相補的塩基が含まれていてもよい。
【００４８】
ここで、前記「結合」は、本発明のオリゴマーとヒトジストロフィン遺伝子の転写物とを混合した場合に、生理的条件下で両者がハイブリダイズして二本鎖を形成することを意味する。上記「生理的条件下」とは、生体内と類似のpH、塩組成、温度に調節された条件を意味する。例えば、25〜40℃、好ましくは37℃、pH 5〜8、好ましくは、pH 7.4であって、塩化ナトリウム濃度が150 mMの条件が挙げられる。
【００４９】
ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン55、45、50及び44のスキッピングが生じたか否かは、ジストロフィン発現細胞（例えば、ヒト横紋筋肉腫細胞）に本発明のオリゴマーを導入し、前記ジストロフィン発現細胞のtotal RNAから、ヒトジストロフィン遺伝子のmRNAのエクソン55、45、50及び44の周辺領域をRT-PCR増幅し、該PCR増幅産物に対してnested PCR又はシークエンス解析を行うことにより確認することができる。  スキッピング効率は、ヒトジストロフィン遺伝子のmRNAを被検細胞から回収し、該mRNAのうち、エクソン55、45、50及び44がスキップしたバンドのポリヌクレオチド量「A」と、エクソン55、45、50及び44がスキップしなかったバンドのポリヌクレオチド量「B」を測定し、これら「A」及び「B」の測定値に基づき、以下の式に従って計算することができる。
スキッピング効率（％）= A /（ A ＋ B ）x 100
【００５０】
本発明のオリゴマーとしては、例えば、18〜28 塩基の長さを有する、オリゴヌクレオチド、モルホリノオリゴマー、又はペプチド核酸（Peptide Nucleic Acid:PNA）オリゴマーを挙げることができる。15〜30塩基又は20〜25塩基の長さが好ましく、モルホリノオリゴマーが好ましい。
【００５１】
前記オリゴヌクレオチド（以下、「本発明のオリゴヌクレオチド」という）は、ヌクレオチドを構成単位とする本発明のオリゴマーであり、かかるヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド又は修飾ヌクレオチドのいずれであってもよい。
修飾ヌクレオチドとは、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドを構成する核酸塩基、糖部分、及びリン酸結合部分の全部又は一部が修飾されているものをいう。
【００５２】
核酸塩基としては、例えば、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、シトシン、チミン、ウラシル又はそれらの修飾塩基を挙げることができる。かかる修飾塩基としては、例えば、シュードウラシル、3-メチルウラシル,ジヒドロウラシル、5-アルキルシトシン（例えば、5-メチルシトシン）、5-アルキルウラシル（例えば、5-エチルウラシル）、5-ハロウラシル（5-ブロモウラシル）、6-アザピリミジン、6-アルキルピリミジン（6-メチルウラシル）、2-チオウラシル、4-チオウラシル、4-アセチルシトシン、5-(カルボキシヒドロキシメチル) ウラシル、5'-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、1-メチルアデニン、1-メチルヒポキサンチン、2,2-ジメチルグアニン、3-メチルシトシン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、N6-メチルアデニン、7-メチルグアニン、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メチルカルボニルメチルウラシル、5-メチルオキシウラシル、5-メチル-2-チオウラシル、2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸、2-チオシトシン、プリン、2,6-ジアミノプリン、2-アミノプリン、イソグアニン、インドール、イミダゾール、キサンチン等が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【００５３】
糖部分の修飾としては、例えば、リボースの2’位の修飾及び糖のその他の部分の修飾を挙げることができる。リボースの2’位の修飾としては、例えば、リボースの2’位の-OH基をOR、R、R’OR、SH、SR、NH2、NHR、NR2、N3、CN、F、Cl、Br、Iに置換する修飾を挙げることができる。ここで、Rはアルキル又はアリールを表す。R’はアルキレンを表す。
糖のその他の部分の修飾としては、例えば、リボース又はデオキシリボースの4’位のOをSに置換したもの、糖の 2' 位と 4' 位を架橋したもの、例えば、LNA（Locked Nucleic Acid）又はENA(2'-O,4'-C-Ethylene-bridged Nucleic Acids)などが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【００５４】
リン酸結合部分の修飾としては、例えば、ホスホジエステル結合をホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホネート結合、ホスホロアミデート結合、ボラノフォスフェート結合（Enya et al: Bioorganic & Medicinal Chemistry ,2008, 18, 9154-9160 ）に置換する修飾を挙げることができる（例えば、特許再公表公報第2006/129594号及び第2006/038608号を参照）。
【００５５】
アルキルとしては、直鎖状または分枝鎖状の炭素数1〜6のアルキルが好ましい。具体的には、例えば、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、n-ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、tert-ペンチル、n-ヘキシル、イソヘキシルが挙げられる。当該アルキルは置換されていてもよく、かかる置換基としては、例えば、ハロゲン、アルコキシ、シアノ、ニトロを挙げることができ、これらが1〜3個置換されていてもよい。
シクロアルキルとしては、炭素数5〜12のシクロアルキルが好ましい。具体的には、例えば、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、シクロデシル、シクロドデシルが挙げられる。
ハロゲンとしては、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素を挙げることができる。
アルコキシとしては、直鎖状または分枝鎖状の炭素数1〜6のアルコキシ、例えば、メトキシ、エトキシ、n-プロポキシ、イソプロポキシ、n-ブトキシ、イソブトキシ、sec-ブトキシ、tert-ブトキシ、n-ペンチルオキシ、イソペンチル
オキシ、n-ヘキシルオキシ、イソヘキシルオキシ等を挙げることができる。とりわけ、炭素数1〜3のアルコキシが好ましい。
アリールとしては、炭素数6〜10のアリールが好ましい。具体的には、例えば、フェニル、α-ナフチル、β-ナフチルを挙げることができる。とりわけフェニルが好ましい。当該アリールは置換されていてもよく、かかる置換基としては、例えば、アルキル、ハロゲン、アルコキシ、シアノ、ニトロを挙げることができ、これらが1〜3個置換されていてもよい。
アルキレンとしては、直鎖状または分枝鎖状の炭素数1〜6のアルキレンが好ましい。具体的には、例えば、メチレン、エチレン、トリメチレン、テトラメチレン、ペンタメチレン、ヘキサメチレン、2-（エチル）トリメチレン、1-（メチル）テトラメチレンを挙げることができる。  アシルとしては、直鎖状若しくは分枝鎖状のアルカノイル、又はアロイルを挙げることができる。アルカノイルとしては、例えば、ホルミル、アセチル、２−メチルアセチル、２，２−ジメチルアセチル、プロピオニル、ブチリル、イソブチリル、ペンタノイル、２，２−ジメチルプロピオニル、ヘキサノイル等が挙げられる。アロイルとしては、例えば、ベンゾイル、トルオイル、ナフトイルを挙げることができる。かかるアロイルは置換可能な位置において置換されていてもよく、アルキルで置換されていてもよい。
【００５６】
本発明のオリゴヌクレオチドは、好ましくは、リボースの2’位の-OH基がメトキシで置換され、リン酸結合部分がホスホロチオエート結合である、下記一般式で表される基を構成単位とする本発明のオリゴマーである。
【化２】
0006734222.tif 000012
（式中、Baseは、核酸塩基を表す。）
【００５７】
本発明のオリゴヌクレオチドは、各種自動合成装置（例えば、AKTA oligopilot plus 10 / 100（GE Healthcare））を用いて容易に合成することが可能であり、あるいは、第三者機関（例えば、Promega社又はTakara社）等に委託して作製することもできる。
【００５８】
本発明のモルホリノオリゴマーは、下記一般式で表される基を構成単位とする本発明のオリゴマーである。
【化３】
0006734222.tif 000013
（式中、Baseは、前記と同義であり；
Wは、以下のいずれかの式で表わされる基を表す。
【００５９】
【化４】
0006734222.tif 000014
【００６０】
(式中、Xは、-CH2R1、-O-CH2R1、-S-CH2R1、-NR2R3又はFを表し；
R1は、H、アルキルを表し；
R2及びR3は、同一又は異なって、H、アルキル、シクロアルキル、又は、アリールを表し；
Y1は、0、S、CH2又はNR1を表し；
Y2は、0、S又はNR1を表し；
Zは、0又はSを表す。))
【００６１】
モルホリノオリゴマーは、好ましくは、以下の式で表わされる基を構成単位とするオリゴマー（ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（以下、「PMO」という））である。
【化５】
0006734222.tif 000015
（式中、Base、R2、R3は、前記と同義である。）
【００６２】
モルホリノオリゴマーは、例えば、国際公開公報第1991/009033号、又は国際公開公報第2009/064471号に従って製造することができる。特に、PMOは、国際公開公報第2009/064471号に記載の方法に従って製造するか、又は以下に示す方法に従って製造することができる。
【００６３】
[PMOの製法]
PMOの１つの態様として、例えば、次の一般式(I)で表される化合物（以下、PMO(I)という。）を挙げることができる。
【化６】
0006734222.tif 000016
【００６４】
［式中、各Base、R2、R3は、前記と同義であり；
nは、1〜99の範囲内にある任意の整数であり、好ましくは、18〜28の範囲内にある任意の整数である。］
【００６５】
PMO（I）は、公知の方法に従い製造することができるが、例えば、下記工程の操作を実施することにより製造することができる。
下記工程に使用されている化合物及び試薬は、PMOの製造に一般的に使用されているものであれば特に限定されない。
また、下記のすべての工程は、液相法又は固相法（マニュアル又は市販の固相自動合成機を用いる）で実施することができる。固相法でPMOを製造する場合、操作手順の簡便化及び合成の正確性の点から自動合成機を用いる方法が望ましい。
【００６６】
（１）工程A：
次の一般式（II）で表される化合物（以下、化合物（II）という。）に酸を作用させることによって、次の一般式（III）で表される化合物（以下、化合物（III）という。）を製造する工程。
【化７】
0006734222.tif 000017
【００６７】
［式中、n、R2、R3は、前記と同義であり；
各BPは，独立して、保護されていてもよい核酸塩基を表し；
Tは、トリチル基、モノメトキシトリチル基、又はジメトキシトリチル基を表し；
Lは、水素、アシル、又は次の一般式（IV）で表される基（以下、基（IV）という。）を表す。］
【化８】
0006734222.tif 000018
【００６８】
BPに係る「核酸塩基」としては、Baseと同じ「核酸塩基」を挙げることができる。但し、BPに係る核酸塩基のアミノ基又は水酸基は保護されていてもよい。
かかるアミノ基の保護基としては、核酸の保護基として使用されるものであれば特に制限されず、具体的には、例えば、ベンゾイル、4-メトキシベンゾイル、アセチル、プロピオニル、ブチリル、イソブチリル、フェニルアセチル、フェノキシアセチル、4-tert-ブチルフェノキシアセチル、4-イソプロピルフェノキシアセチル、(ジメチルアミノ)メチレンを挙げることができる。水酸基の保護基としては、例えば、2-シアノエチル、４−ニトロフェネチル、フェニルスルホニルエチル、メチルスルホニルエチル、トリメチルシリルエチル、置換可能な任意の位置で1〜5個の電子吸引性基で置換されていてもよいフェニル、ジフェニルカルバモイル、ジメチルカルバモイル、ジエチルカルバモイル、メチルフェニルカルバモイル、1-ピロリジニルカルバモイル、モルホリノカルバモイル、4-（tert-ブチルカルボキシ）ベンジル、4-[(ジメチルアミノ)カルボキシ]ベンジル、4-(フェニルカルボキシ)ベンジルを挙げることができる（例えば、国際公開公報第2009/064471号公報参照）。
「固相担体」としては、核酸の固相反応に使用しうる担体であれば特に制限されないが、例えば、（i）モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬（例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラゾール、N-メチルイミダゾール、ピリジン、無水酢酸、ルチジン、トリフルオロ酢酸）にほとんど溶解せず、（ii）モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬に対して化学的に安定であり、（iii）化学修飾ができ、（iv）望ましいモルホリノ核酸誘導体の装填ができ、（v）処理中にかかる高圧に耐える十分な強度をもち、（vi）一定の粒径範囲と分布であるものが望ましい。具体的には、膨潤性ポリスチレン（例えば、アミノメチルポリスチレン樹脂  1%ジベンジルベンゼン架橋（200〜400メッシュ）（2.4〜3.0mmol/g）（東京化成社製）、Aminomethylated Polystyrene Resin・HCl［ジベンジルベンゼン1%，100〜200メッシュ］（ペプチド研究所社製））、非膨潤性ポリスチレン（例えば、Primer Support(GE Healthcare社製））、PEG鎖結合型ポリスチレン（例えば、NH2-PEG resin（渡辺化学社製）、TentaGel resin）、定孔ガラス（controlled pore glass;CPG）（例えば、CPG社製）、オキサリル化−定孔ガラス（例えば、Alulら，Nucleic Acids Research,Vol.19,1527(1991)を参照）、TentaGel支持体−アミノポリエチレングリコール誘導体化支持体（例えば、Wrightら，Tetrahedron Letters,Vol.34,3373(1993)を参照）、Poros-ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーを挙げることができる。
「リンカー」としては、通常核酸やモルホリノ核酸誘導体を連結するために使用される公知のものを用いることができるが、例えば、3-アミノプロピル、スクシニル、2,2’-ジエタノールスルホニル、ロングチェーンアルキルアミノ（LCAA）を挙げることができる。
【００６９】
本工程は、化合物（II）に酸を作用させることにより実施することができる。
【００７０】
本工程に使用しうる「酸」としては、例えば、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸又はトリクロロ酢酸を挙げることができる。酸の使用量としては、例えば、化合物（II）1モルに対して0.1モル当量〜1000モル当量の範囲内が適当であり、好ましくは1モル当量〜100モル当量の範囲内である。
また、前記酸と一緒に、有機アミンを使用することができる。有機アミンとしては、特に限定されるものではないが、例えば、トリエチルアミンを挙げることができる。有機アミンの使用量は、例えば、酸1モルに対して、0.01モル当量〜10モル当量の範囲内が適当であり、好ましくは、0.1モル当量〜2モル当量の範囲内である。
本工程において酸と有機アミンとの塩又は混合物を使用する場合には、例えば、トリフルオロ酢酸とトリエチルアミンの塩又は混合物を挙げることができ、より具体的には、トリフルオロ酢酸2当量に対してトリエチルアミン1当量を混合したものを挙げることができる。
本工程に使用しうる酸は、0.1%〜30%の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類（エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど）、水又はこれらの混合物を挙げることができる。
【００７１】
上記反応における反応温度は、例えば、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。
反応時間は、使用する酸の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当である。好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
【００７２】
また、本工程が終了した後、必要に応じて、系中に存在する酸を中和するために塩基を添加することができる。「塩基」としては、特に限定されないが、例えば、ジイソプロピルアミンが挙げられる。塩基は、0.1%（v/v）〜30%（v/v）の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。
本工程に用いる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類（エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど）、水又はこれらの混合物を挙げることができる。反応温度は、例えば、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
【００７３】
なお、化合物（II）において、n=1であって、Lが基（IV）である、次の一般式（IIa）で表される化合物（以下、化合物（IIa）という。）は、以下の方法に従って製造することができる。
【化９】
0006734222.tif 000019
［式中、BP、T、リンカー、固相担体は、前記と同義である。］
【００７４】
工程１：
次の一般式（V）で表される化合物にアシル化剤を作用させることによって、次の一般式（VI）で表される化合物（以下、化合物（VI）という。）を製造する工程。
【化１０】
0006734222.tif 000020
［式中、BP、T、リンカーは、前記と同義であり；
R4は、水酸基、ハロゲン、又は、アミノを表す。］
【００７５】
本工程は、化合物（V）を出発原料として、公知のリンカーの導入反応により実施することができる。
特に、次の一般式（VIa）で表される化合物は、化合物（V）と無水コハク酸とを用いてエステル化反応として知られた方法を実施することにより製造することができる。
【化１１】
0006734222.tif 000021
［式中、BP、Tは、前記と同義である。］
【００７６】
工程２：
化合物（VI）に縮合剤等を作用させることによって、固相担体と反応させ、化合物（IIa）を製造する工程。
【化１２】
0006734222.tif 000022
［式中、BP、R4、T、リンカー、固相担体は、前記と同義である。］
本工程は、化合物(VI)と固相担体とを用いて縮合反応として知られた方法により製造することができる。
化合物(II)において、n=2〜99であって、Lが基(IV)である、次の一般式(IIa2)で表される化合物は、化合物(IIa)を出発原料とし、本明細書に記載のPMOの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
【化１３】
0006734222.tif 000023
［式中、BP、R2、R3、T、リンカー、固相担体は、前記と同義であり；
n’は、1〜98を表す。］
【００７７】
また、化合物(II)において、n=1であって、Lが水素である、次の一般式(IIb)で表される化合物は、例えば、国際公開公報第1991/009033号に記載の方法により製造することができる。
【化１４】
0006734222.tif 000024
［式中、BP、Tは、前記と同義である。］
【００７８】
化合物（II）において、n=2〜99であって、Lが水素である、次の一般式（IIb2）で表される化合物は、化合物（IIb）を出発原料とし、本明細書に記載のPMOの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
【化１５】
0006734222.tif 000025
［式中、BP、n’、R2、R3、Tは、前記と同義である。］
【００７９】
また、化合物（II）において、n=1であって、Lがアシルである、次の一般式（IIc）で表される化合物は、化合物（IIb）に対してアシル化反応として知られた方法を実施することにより製造することができる。
【化１６】
0006734222.tif 000026
［式中、BP、Tは、前記と同義であり；
R5は、アシルを表す。］
【００８０】
化合物（II）において、n=2〜99であって、Lがアシルである、次の一般式（IIc2）で表される化合物は、化合物（IIc）を出発原料とし、本明細書に記載のPMOの製法にかかる工程A及び工程Bを所望の回数繰り返し実施することにより製造することができる。
【化１７】
0006734222.tif 000027
［式中、BP、n’、R2、R3、R5、Tは、前記と同義である。］
【００８１】
（２）工程B：
化合物（III）に塩基存在下にモルホリノモノマー化合物を作用させることによって、次の一般式（VII）で表される化合物（以下、化合物（VII）という。）を製造する工程。
【化１８】
0006734222.tif 000028
［式中、各BP、L、n、R2、R3、Tは、前記と同義である。］
【００８２】
本工程は、化合物（III）に塩基存在下にモルホリノモノマー化合物を作用させることにより実施することができる。
【００８３】
モルホリノモノマー化合物としては、例えば、次の一般式（VIII）で表される化合物を挙げることができる。
【化１９】
0006734222.tif 000029
［式中、BP、R2、R3、Tは前記と同義である。］
【００８４】
本工程に使用しうる「塩基」としては、例えば、ジイソプロピルアミン、トリエチルアミン、又は、N-エチルモルホリンを挙げることができる。塩基の使用量としては、例えば、化合物（III）1モルに対して、1モル当量〜1000モル当量の範囲内が適当であり、好ましくは10モル当量〜100モル当量の範囲内である。
本工程に使用しうるモルホリノモノマー化合物および塩基は、0.1%〜30%の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、N,N-ジメチルイミダゾリドン、N-メチルピペリドン、DMF、ジクロロメタン、アセトニトリル、テロラヒドロフラン、又はこれらの混合物を挙げることができる。
【００８５】
反応温度は、例えば、0℃〜100℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、10℃〜50℃の範囲内である。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常1分〜48時間の範囲内が適当であり、好ましくは、30分〜24時間の範囲内である。
【００８６】
さらに本工程の終了後、必要に応じて、アシル化剤を添加することができる。「アシル化剤」としては、例えば、無水酢酸、酢酸クロライド、フェノキシ酢酸無水物を挙げることができる。アシル化剤は、例えば、0.1%〜30%の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類（エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど）、水又はこれらの混合物を挙げることができる。
また、必要であれば、アシル化剤と一緒に、例えば、ピリジン、ルチジン、コリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、N-エチルモルホリン等の塩基を使用することができる。アシル化剤の使用量としては、0.1モル当量〜10000モル当量の範囲内が好ましく、1モル当量〜1000モル当量の範囲内がより好ましい。塩基の使用量としては、例えば、アシル化剤１モルに対して、0.1モル当量〜100モル当量の範囲内が適当であり、好ましくは1モル当量〜10モル当量の範囲内である。
本反応の反応温度は、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。反応時間は、例えば、使用するアシル化剤の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分から5時間の範囲内である。
【００８７】
（３）工程C：
工程Bにおいて製造される化合物（VII）において、脱保護剤を用いて保護基を脱離し、一般式（IX）で表される化合物を製造する工程。
【化２０】
0006734222.tif 000030
［式中、Base、BP、L、n、R2、R3、Tは、前記と同義である。］
【００８８】
本工程は、化合物（VII）に脱保護剤を作用させることにより実施することができる。
【００８９】
「脱保護剤」としては、例えば、濃アンモニア水、メチルアミンを挙げることができる。本工程に使用しうる「脱保護剤」は、例えば、水、メタノール、エタノール、イソプロピルアルコール、アセトニトリル、テトラヒドロフラン、DMF、N,N-ジメチルイミダゾリドン、N-メチルピペリドン又はこれらの混合溶媒で希釈して使用することもできる。なかでも、エタノールが好ましい。脱保護剤の使用量としては、例えば、化合物（VII）1モルに対して、例えば、1モル当量〜100000モル当量の範囲内が適当であり、好ましくは10モル当量〜1000モル当量の範囲内である。
【００９０】
反応温度は、例えば、15℃〜75℃の範囲内が適当であり、好ましくは40℃〜70℃の範囲内であり、より好ましくは50℃〜60℃の範囲内である。脱保護反応時間は、化合物（VII）の種類、反応温度等によって異なるが、10分〜30時間の範囲内が適当であり、好ましくは30分〜24時間の範囲内であり、より好ましくは5時間〜20時間の範囲内である。
【００９１】
（４）工程D：
工程Cにおいて製造される化合物（IX）に酸を作用させることによって、PMO（I）を製造する工程。
【化２１】
0006734222.tif 000031
［式中、Base、n、R2、R3、Tは、前記と同義である。］
本工程は、化合物（IX）に酸を加えることによって実施することができる。
【００９２】
本工程において使用しうる「酸」としては、例えば、トリクロロ酢酸、ジクロロ酢酸、酢酸、リン酸及び塩酸等を挙げることができる。酸の使用量としては、例えば、溶液のpHが0.1〜4.0の範囲内になるように使用するのが適当であり、より好ましくは1.0〜3.0の範囲内になるように使用する。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、水、又はこれらの混合溶媒を挙げることができる。
【００９３】
反応温度は、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。脱保護反応時間は、化合物（IX）の種類、反応温度等によって異なるが、0.1分〜5時間の範囲内が適当であり、好ましくは1分〜1時間の範囲内であり、より好ましくは1分〜30分の範囲内である。
【００９４】
PMO(I)は、本工程で得られた反応混合物から通常の分離精製手段、例えば、抽出、濃縮、中和、濾過、遠心分離、再結晶、C8からC18の逆相カラムクロマトグラフィー、陽イオン交換カラムクロマトグラフィー、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、ゲルろ過カラムクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、透析、限界ろ過などの手段を単独若しくは組み合わせて用いることにより得ることができ、所望のPMO(I)を単離精製することができる（例えば、国際公開公報WO1991/09033を参照）。
逆相クロマトグラフィーを用いてPMO(I)を精製する場合には、溶出溶媒として、例えば20mMのトリエチルアミン／酢酸緩衝液とアセトニトリルの混合溶液を使用することができる。
また、イオン交換クロマトグラフィーを用いてPMO(I)を精製する場合には、例えば、1Mの食塩水と10mMの水酸化ナトリウム水溶液の混合溶液を使用することができる。
【００９５】
ペプチド核酸は、下記一般式で表される基を構成単位とする本発明のオリゴマーである。
【化２２】
0006734222.tif 000032
（式中、Baseは、前記と同義である。）
【００９６】
ペプチド核酸は、例えば、以下の文献に従って製造することができる。
１）P. E. Nielsen, M. Egholm, R. H. Berg, O. Buchardt，Science, 254, 1497 (1991)
２）M. Egholm, O. Buchardt, P. E. Nielsen, R. H. Berg，Jacs., 114, 1895 (1992)
３）K. L. Dueholm, M. Egholm, C. Behrens, L. Christensen, H. F. Hansen, T. Vulpius, K. H. Petersen, R. H. Berg, P. E. Nielsen, O. Buchardt，J. Org. Chem., 59, 5767 (1994)
４）L. Christensen, R. Fitzpatrick, B. Gildea, K. H. Petersen, H. F. Hansen, T. Koch, M. Egholm，O. Buchardt, P. E. Nielsen, J. Coull, R. H. Berg, J. Pept. Sci., 1, 175 (1995)
５）T. Koch, H. F. Hansen, P. Andersen, T. Larsen, H. G. Batz, K. Otteson, H. Orum, J. Pept. Res., 49, 80 (1997)
【００９７】
また、本発明のオリゴマーは、5’末端が、下記化学式（1）〜（3）のいずれかの基であってもよい。好ましくは(3)-OHである。
【化２３】
0006734222.tif 000033
以下、上記(1)、(2)及び(3)で示される基を、それぞれ「基(1)」、「基(2)」及び「基(3)」と呼ぶ。
【００９８】
2．医薬組成物
本発明のオリゴマーは、従来技術に係るアンチセンスオリゴマーと比較して、高効率にエクソン55、45、50及び44のスキッピングを可能にする。従って、本発明のオリゴマーを含む医薬組成物をDMD患者に投与することにより、高効率に筋ジストロフィーの症状を緩和することができると予測される。例えば、本発明のオリゴマーを含む医薬組成物を用いる場合、従来技術に係るオリゴマーと比べて少量の投与量でも同程度の治療効果を得られるため、副作用を軽減することができ、かつ経済的である。
そこで、別の実施態様として、本発明のオリゴマー、その医薬的に許容可能な塩又は水和物を有効成分とする、筋ジストロフィー治療用医薬組成物（以下、「本発明の組成物」という）を提供する。
【００９９】
本発明の組成物に含まれる本発明のオリゴマーの医薬的に許容可能な塩の例としては、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩のようなアルカリ金属塩、カルシウム塩、マグネシウム塩のようなアルカリ土類金属塩；アルミニウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、ニッケル塩、コバルト塩などの金属塩;アンモニウム塩；t-オクチルアミン塩、ジベンジルアミン塩、モルホリン塩、グルコサミン塩、フェニルグリシンアルキルエステル塩、エチレンジアミン塩、N-メチルグルカミン塩、グアニジン塩、ジエチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、N， N' -ジベンジルエチレンジアミン塩、クロロプロカイン塩、プロカイン塩、ジエタノールアミン塩、N-ベンジル-フェネチルアミン塩、ピペラジン塩、テトラメチルアンモニウム塩、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン塩のような有機アミン塩;弗化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、沃化水素酸塩のようなハロゲン化水素酸塩；硝酸塩、過塩素酸塩、硫酸塩、リン酸塩などの無機酸塩;メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩のような低級アルカンスルホン酸塩；ベンゼンスルホン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩のようなアリールスルホン酸塩；酢酸塩、りんご酸塩、フマール酸塩、コハク酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、シュウ酸塩、マレイン酸塩などの有機酸塩;グリシン塩、リジン塩、アルギニン塩、オルニチン塩、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩のようなアミノ酸塩などが挙げられる。これらの塩は、公知の方法で製造することができる。あるいは、本発明の組成物に含まれる本発明のオリゴマーは、その水和物の形態にあってもよい。
【０１００】
本発明の組成物の投与形態は、医薬的に許容可能な投与形態であれば特に制限されず、治療方法に応じて選択することができるが、筋組織への送達容易性の観点から、静脈内投与、動脈内投与、筋肉内投与、皮下投与、経口投与、組織内投与、経皮投与等が好ましい。また、本発明の組成物が取り得る剤型としては、特に制限されないが、例えば、各種の注射剤、経口剤、点滴剤、吸入剤、軟膏剤、ローション剤等を挙げることができる。
【０１０１】
本発明のオリゴマーを筋ジストロフィー患者に投与する場合、本発明の組成物は、該オリゴマーの筋組織への送達を促進する担体を含むことが好ましい。このような担体は、医薬的に許容可能なものであれば特に制限されず、その例として、カチオン性リポソーム、カチオン性ポリマー等のカチオン性担体、またはウイルスエンベロープを利用した担体を挙げることができる。カチオン性リポソームとしては、例えば、2-O-（2-ジエチルアミノエチル）カルバモイル-1,3-O-ジオレオイルグリセロールとリン脂質とを必須構成成分として形成されるリポソーム（以下、「リポソームA」という）、オリゴフェクトアミン（登録商標）（Invitrogen社製）、リポフェクチン（登録商標）（Invitrogen社製）、リポフェクトアミン（登録商標）（Invitrogen社製）、Lipofectamine 2000（登録商標）（Invitrogen社製）、DMRIE-C（登録商標）（Invitrogen社製）、GeneSilencer（登録商標）（Gene Therapy Systems社製）、TransMessenger（登録商標）（QIAGEN社製）、TransIT TKO（登録商標）（Mirus社製）、Nucleofector II（Lonza）を挙げることができる。それらの中で、リポソームAが好ましい。カチオン性ポリマーとしては、例えば、JetSI（登録商標）（Qbiogene社製）、Jet-PEI（登録商標）（ポリエチレンイミン、Qbiogene社製）を挙げることができる。ウイルスエンベロープを利用した担体としては、例えば、GenomeOne（登録商標）（HVJ-Eリポソーム、石原産業社製）を挙げることができる。あるいは、特許2924179号に記載の医薬デバイス、特許再公表公報第2006/129594号及び特許再公表公報第2008/096690号に記載のカチオン性担体を用いることもできる。
【０１０２】
本発明の組成物に含まれる本発明のオリゴマーの濃度は、担体の種類等によって異なるが、0.1 nM〜100 μMの範囲内が適当であり、1 nM〜10 μMの範囲内が好ましく、10 nM〜1 μMの範囲内がより好ましい。また、本発明の組成物に含まれる本発明のオリゴマーと担体との重量比（担体/本発明のオリゴマー）は、該オリゴマーの性質及び該担体の種類等によって異なるが、0.1〜100の範囲内が適当であり、1〜50の範囲内が好ましく、10〜20の範囲内がより好ましい。
【０１０３】
本発明の組成物には、本発明のオリゴマーと上述した担体以外に、任意に医薬的に許容可能な添加剤を配合することができる。かかる添加剤として、例えば、乳化補助剤（例えば、炭素数6〜22の脂肪酸やその医薬的に許容可能な塩、アルブミン、デキストラン）、安定化剤（例えば、コレステロール、ホスファチジン酸）、等張化剤（例えば、塩化ナトリウム、グルコース、マルトース、ラクトース、スクロース、トレハロース）、pH調整剤（例えば、塩酸、硫酸、リン酸、酢酸、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、トリエタノールアミン）を挙げることができる。これらを一種又は二種以上使用することができる。本発明の組成物中の当該添加剤の含有量は、90重量％以下が適当であり、70重量％以下が好ましく、50重量％以下がより好ましい。
【０１０４】
本発明の組成物は、担体の分散液に本発明のオリゴマーを加え、適当に攪拌することにより調製することができる。また、添加剤は、本発明のオリゴマーの添加前でも添加後でも適当な工程で添加することができる。本発明のオリゴマーを添加させる際に用い得る水性溶媒としては、医薬的に許容可能なものであれば特に制限されず、例えば、注射用水、注射用蒸留水、生理食塩水等の電解質液、ブドウ糖液、マルトース液等の糖液を挙げることができる。また、かかる場合のpH及び温度等の条件は、当業者が適宜選択することができる。
【０１０５】
本発明の組成物は、例えば、液剤やその凍結乾燥製剤とすることができる。当該凍結乾燥製剤は、常法により、液剤の形態を有している本発明の組成物を凍結乾燥処理することにより調製することができる。例えば、液剤の形態を有している本発明の組成物を適当な滅菌を行った後、所定量をバイアル瓶に分注し、約−40〜−20℃の条件で予備凍結を2時間程度行い、約0〜10℃で減圧下に一次乾燥を行い、次いで、約15〜25℃で減圧下に二次乾燥して凍結乾燥することができる。そして、一般的にはバイアル内部を窒素ガスで置換し、打栓して本発明の組成物の凍結乾燥製剤を得ることができる。
【０１０６】
本発明の組成物の凍結乾燥製剤は、一般には任意の適当な溶液（再溶解液）の添加によって再溶解し使用することができる。このような再溶解液としては、注射用水、生理食塩水、その他一般輸液を挙げることができる。この再溶解液の液量は、用途等によって異なり特に制限されないが、凍結乾燥前の液量の0.5〜2倍量、又は500 mL以下が適当である。
【０１０７】
本発明の組成物を投与する際の用量としては、含有される本発明のオリゴマーの種類、剤形、年齢や体重等の患者の状態、投与経路、疾患の性質と程度を考慮した上で調製することが望ましいが、成人に対して本発明のオリゴマーの量として、1日当たり0.1mg〜10g/ヒトの範囲内が、好ましくは1 mg〜1 g/ヒトの範囲内が一般的である。この数値は標的とする疾患の種類、投与形態、標的分子によっても異なる場合がある。従って、場合によってはこれ以下でも十分であるし、また逆にこれ以上の用量を必要とするときもある。また1日1回から数回の投与又は1日から数日間の間隔で投与することができる。
【０１０８】
本発明の組成物の別の態様として、本発明のオリゴヌクレオチドを発現し得るベクターと上述した担体とを含む医薬組成物を挙げることができる。かかる発現ベクターは、複数の本発明のオリゴヌクレオチドを発現し得るものであってもよい。当該組成物には、本発明のオリゴマーを含有する本発明の組成物と同様に、医薬的に許容可能な添加剤を添加することができる。当該組成物中に含まれる発現ベクターの濃度は、担体の種類等によって異なるが、0.1 nM〜100 μMの範囲内が適当であり、1 nM〜10 μMの範囲内が好ましく、10 nM〜1 μMの範囲内がより好ましい。当該組成物中に含まれる発現ベクターと担体との重量比（担体/発現ベクター）は、発現ベクターの性質、担体の種類等によって異なるが、0.1〜100の範囲内が適当であり、1〜50の範囲内が好ましく、10〜20の範囲内がより好ましい。また、当該組成物中に含まれる担体の含有量は、本発明のオリゴマーを含有する本発明の組成物の場合と同様であり、その調製方法等に関しても、本発明の組成物の場合と同様である。
【実施例】
【０１０９】
以下に、実施例及び試験例を掲げて、本発明をさらに詳しく説明するが、本発明は実施例に示される範囲に限定されるものではない。
【０１１０】
［参考例1］
アミノポリスチレン樹脂に担持された4−｛［（2S，6R）−6−（4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸
工程1：4−｛［（2S，6R）−6−（4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1（2H）−イル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸の製造
アルゴン雰囲気下、N−｛1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−2−オキソ−1，2−ジヒドロピリミジン−4−イル｝ベンズアミド3.44gと4−ジメチルアミノピリジン（4−DMAP）1.1gをジクロロメタン50mLに懸濁し、無水コハク酸0.90gを加え、室温で3時間撹拌した。反応液にメタノール10mLを加え、減圧濃縮した。残渣に酢酸エチルと0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液を用いて抽出操作を行った。得られた有機層を0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液、水、飽和食塩水の順で洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮し、4.0gの目的物を得た。
【０１１１】
工程2：アミノポリスチレン樹脂に担持された4−｛［（2S，6R）−6−（4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸の製造
4−｛［（2S，6R）−6−（4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1（2H）−イル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸4.0gをピリジン（脱水）200mLに溶解し、4−DMAP0.73g、1−エチル−3‐（3−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩11.5gを加えた。次いで、アミノポリスチレン樹脂  Primer support 200 amino（GE Healthcare  Japan社製、17-5214-97）25.0g、トリエチルアミン8.5mLを加え、室温で4日間振とうした。反応後、樹脂をろ取した。得られた樹脂をピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥した。得られた樹脂にテトラヒドロフラン（脱水）200mL、無水酢酸15mL、2，6−ルチジン15mLを加え、室温で2時間振とうした。樹脂をろ取し、ピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥し、26.7gの目的物を得た。
当該目的物のローディング量は、公知の方法を用いて、樹脂1g当たりのトリチルのモル量を409nmにおけるUV吸光度を測定することにより決定した。樹脂のローディング量は、129.2μmol/gであった。
UV測定条件
機器：U-2910（日立製作所）
溶媒：メタンスルホン酸
波長：265 nm
ε値：45000
【０１１２】
［参考例2］
アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
工程1：N2−（フェノキシアセチル）グアノシンの製造
グアノシン100gを80℃で減圧下、24時間乾燥した。ピリジン（脱水）500mL、ジクロロメタン（脱水）500mLを加え、アルゴン雰囲気下、0℃にてクロロトリメチルシラン401mLを滴下し室温で3時間撹拌した。再度氷冷し、フェノキシアセチルクロライド66.3gを滴下し、氷冷下、更に3時間撹拌した。反応液にメタノール500mlを加え、室温で終夜撹拌後、減圧下溶媒を留去した。残渣にメタノール500mLを加え、減圧下濃縮することを3回行った。残渣に水4Lを加え氷冷下1時間撹拌し、析出物をろ取した。このものを、水、次いで、冷メタノールで洗浄し、乾燥して目的化合物を150.2g得た（収率：102％）（参考：Org．Lett．（2004），Vol．6，No．15，2555−2557）。
【０１１３】
工程2：N9−｛［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−モルホリン−2−イル］−6−オキソ−6，9−ジヒドロ−1H−プリン−2−イル｝−2−フェノキシアセタミド  p−トルエンスルホン酸塩
工程1で得られた化合物30gをメタノール480mLに懸濁し、氷冷下、2N塩酸130mLを加えた。次いで、四ほう酸アンモニウム4水和物56.8g、過ヨウ素酸ナトリウム16.2gをこの順で加え、室温で3時間撹拌した。反応液を氷冷し、不溶物をろ過して除き、これをメタノール100mLで洗浄した。ろ液と洗浄液を合わせて氷冷し、2−ピコリンボラン11.52gを加えて20分間撹拌後、p−トルエンスルホン酸・1水和物54.6gをゆっくり加えて、4℃で終夜撹拌した。析出物をろ取し、冷メタノール500mLで洗浄後、乾燥して目的化合物を17.7g得た（収率：43.3％）。
1H NMR（δ，DMSO−d6）：9.9−9.2（2H，br）、8.35（1H，s）、7.55（2H，m）、7.35（2H，m）、7.10（2H，d, J＝7.82Hz）、7.00（3H，m）、5.95（1H，dd， J＝10.64，2.42Hz）、4.85（2H，s）、4.00（1H，m）、3.90−3.60（2H，m）、3.50−3.20（5H，m）、2.90（1H，m）、2.25（3H，s）
【０１１４】
工程3：Ｎ９−｛（２Ｒ，６Ｓ）−６−ヒドロキシメチル−４−トリチルモルホリン−２−イル｝−Ｎ２−（フェノキシアセチル）グアニンの製造
工程2で得られた化合物2.0gをジクロロメタン（３０ｍｌ）に懸濁し、氷冷下、トリエチルアミン（１３．９ｇ）、トリチルクロリド（１８．３ｇ）を加えて、室温で１時間撹拌した。反応液を飽和重曹水、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮した。残渣に０．２Ｍクエン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ３）／メタノール（１：４（ｖ／ｖ），４０ｍｌ）を加えて撹拌し、次いで水（４０ｍｌ）を加えて氷冷下１時間撹拌した（懸濁状態）。これをろ取し、冷メタノールで洗浄、乾燥して目的化合物を１．８４ｇ得た（収率：８２．０％）。
【０１１５】
工程4：Ｎ９−［（２Ｒ，６Ｓ）−６−｛（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）メチル｝−４−トリチルモルホリン−２−イル］−Ｎ２−（フェノキシアセチル）グアニンの製造  
工程3で得られた化合物（３８．３ｇ）をジクロロメタン（３００ｍＬ）に溶解し、氷冷下、イミダゾール（４．６４ｇ）、ｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（９．４７ｇ）をこの順で加え、室温で１時間撹拌した。反応液を０．２Ｍクエン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ３）、次いで、飽和食塩水で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として４４．１ｇを得た。
【０１１６】
工程5：Ｎ９−［（２Ｒ，６Ｓ）−６−｛（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）メチル｝−４−トリチルモルホリン−２−イル］−Ｎ２−（フェノキシアセチル）−Ｏ６−トリイソプロピルベンゼンスルホニルグアニンの製造
工程4で得られた化合物（４４．１ｇ）をジクロロメタン（３００ｍＬ）に溶解し、氷冷下、４−ジメチルアミノピリジン（０．６４ｇ）、トリエチルアミン（２９．２ｍＬ）、トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド（１９．０ｇ）を加えて室温で１時間撹拌した。反応液を１Ｍリン酸二水素ナトリウム水溶液で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として６０．５ｇを得た。
【０１１７】
工程6：  Ｎ９−［（２Ｒ，６Ｓ）−６−｛（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルオキシ）メチル｝−４−トリチルモルホリン−２−イル］−Ｎ２−（フェノキシアセチル）−Ｏ６−（２−シアノエチル）グアニンの製造
工程5で得られた化合物（６０．５ｇ）をジクロロメタン（３００ｍＬ）に溶解し、氷冷下、Ｎ−メチルピロリジン（５４．５ｍＬ）を加えて１時間撹拌した。反応液にエチレンシアノヒドリン（３７．２ｇ）、次いで１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ−７−エン（１１．９６ｇ）を加え、氷冷下、更に２時間撹拌した。反応液を１Ｍリン酸二水素ナトリウム水溶液、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として７２．４ｇを得た。
【０１１８】
工程7：Ｎ９−［（２Ｒ，６Ｓ）−６−ヒドロキシメチル−４−トリチルモルホリン−２−イル］−Ｎ２−（フェノキシアセチル）−Ｏ６−（２−シアノエチル）グアニンの製造
工程6で得られた化合物（７２．４ｇ）をジクロロメタン（３００ｍＬ）に溶解し、トリエチルアミントリヒドロフルオリド（２１．１ｇ）を加えて室温で１７時間撹拌した。反応液を冷飽和重曹水に注ぎ、中和後ジクロロメタン層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＰＳＱ１００Ｂ（冨士シリシア化学株式会社製、以下同じ。））により精製し、目的化合物を１４．３ｇ得た（工程4からの収率：３９．２％）。
【０１１９】
工程8：アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸の製造
参考例1と同様の方法で標記化合物を製造した。但し、参考例1の工程1で用いたN−｛1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−2−オキソ−1，2−ジヒドロピリミジン−4−イル｝ベンズアミドの代わりに、本工程では、Ｎ９−［（２Ｒ，６Ｓ）−６−ヒドロキシメチル−４−トリチルモルホリン−２−イル］−Ｎ２−（フェノキシアセチル）−Ｏ６−（２−シアノエチル）グアニンを使用した。
【０１２０】
［参考例3］
アミノポリスチレン樹脂に担持された4−｛［（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸
参考例1と同様の方法で標記化合物を製造した。但し、参考例1の工程1で用いたN−｛1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−2−オキソ−1，2−ジヒドロピリミジン−4−イル｝ベンズアミドの代わりに、本工程では、1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−5−メチルピリミジン−2，4（1H，3H）−ジオンを使用した。
【０１２１】
[参考例4]
アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸
参考例1と同様の方法で標記化合物を製造した。但し、参考例1の工程1で用いたN−｛1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−2−オキソ−1，2−ジヒドロピリミジン−4−イル｝ベンズアミドの代わりに、本工程では、N-｛9-[(2R,6S)-6-(ヒドロキシメチル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]プリン-6-イル｝ベンズアミドを使用した。
【０１２２】
［参考例5］
アミノポリスチレン樹脂に担持された1，12−ジオキソ−1−（4−トリチルピペラジン−1−イル）−2，5，8，11−テトラオキサ−15−ペンタデカン酸
参考例1と同様の方法で標記化合物を製造した。但し、参考例1の工程1で用いたN−｛1−［（2R，6S）−6−（ヒドロキシメチル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］−2−オキソ−1，2−ジヒドロピリミジン−4−イル｝ベンズアミドの代わりに、本工程では、2−［2−（2−ヒドロキシエトキシ）エトキシ］エチル  4−トリチルピペラジン−1−カルボン酸（国際公開公報第2009/064471号に記載の化合物）を使用した。
【０１２３】
エクソン45について
以下の実施例1〜8及び比較例1の記載に従い、表5のPMO No.1〜6及び8〜10に示す各種PMOを合成した。合成したPMOを注射用水（大塚製薬工場社製）で溶解した。なお、PMO No.7はジーンツールズ社から購入した。
【０１２４】
【表５】
0006734222.tif 000034
【０１２５】
［実施例1］
PMO  No．1
アミノポリスチレン樹脂に担持された4−｛［（2S，6R）−6−（4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1（2H）−イル）−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸（参考例1）0.2g（26μmol）をフィルター付きカラムに充填し、核酸合成機（ＡＫＴＡ  Ｏｌｉｇｏｐｉｌｏｔ  １０  ｐｌｕｓ）を使用して、下記合成サイクルを開始した。標記化合物の塩基配列になるよう、各カップリングサイクルにおいて所望のモルホリノモノマー化合物を添加した。
【表６】
0006734222.tif 000035
【０１２６】
なお、デブロック溶液としては、3％（w/v）トリフルオロ酢酸を含有するジクロロメタン溶液を用いた。中和・洗浄溶液としては、N，N−ジイソプロピルエチルアミンを10％（v/v）になるように、かつテトラヒドロフランを5％（v/v）になるように、35％（v/v）のアセトニトリル含有するジクロロメタン溶液で溶解したものを用いた。カップリング溶液Aとしては、モルホリノモノマー化合物を0.10Mになるように、テトラヒドロフランで溶解したものを用いた。カップリング溶液Bとしては、N，N−ジイソプロピルエチルアミンを20％（v/v）になるように、かつテトラヒドロフランを10％（v/v）になるように、アセトニトリルで溶解したものを用いた。キャッピング溶液としては、アセトニトリルに対して20％（v/v）の無水酢酸と30％（v/v）の2，6−ルチジンを溶解したものを使用した。
【０１２７】
上記で合成したPMOが担持されたアミノポリスチレン樹脂を反応容器から回収し、2時間以上室温で減圧乾燥した。乾燥したアミノポリスチレン樹脂に担持されたPMOを反応容器に入れ、28％アンモニア水−エタノール（1/4）5mLを加え、55℃で15時間撹拌した。アミノポリスチレン樹脂をろ別し、水−エタノール（1/4）1mLで洗浄した。得られたろ液を減圧濃縮した。得られた残渣を20mMの酢酸−トリエチルアミン緩衝液（TEAA緩衝液）とアセトニトリルの混合溶媒（4/1）10mLに溶解し、メンブレンフィルターでろ過した。得られたろ液を逆相HPLCにて精製した。使用した条件は、以下の通りである。
【表７】
0006734222.tif 000036
【０１２８】
各フラクションを分析して、目的物を回収し、減圧濃縮した。濃縮残渣に2Mのリン酸水溶液0.5mLを加え、15分間攪拌した。さらに、2Mの水酸化ナトリウム水溶液2mLを加えてアルカリ性とし、メンブレンフィルター（0.45μm）でろ過した。
得られた目的物を含有する水溶液を陰イオン交換樹脂カラムで精製した。使用した条件は下記の通りである。
【０１２９】
【表８】
0006734222.tif 000037
【０１３０】
各フラクションを分析（HPLC）し、目的物を水溶液として得た。得られた水溶液に0.1Mのリン酸緩衝液（pH 6.0）を添加し中和した。次いで、下記条件で逆相HPLCにて脱塩した。
【表９】
0006734222.tif 000038
【０１３１】
目的物を回収し、減圧濃縮した。得られた残渣を水に溶かし、凍結乾燥して、白色綿状固体として1.5mgの目的化合物を得た。
ESI−TOF−MS  計算値：6877.8
測定値：6877.4
【０１３２】
［実施例2］
PMO．No．3
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。
ESI−TOF−MS  計算値：6862.8
測定値：6862.5
【０１３３】
［実施例3］
PMO．No．2
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。
ESI−TOF−MS  計算値：6862.8
測定値：6862.3
【０１３４】
［実施例4］
PMO．No．4
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6902.8
測定値：6902.3
【０１３５】
［実施例5］
PMO．No．5
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6902.8
測定値：6902.4
【０１３６】
［実施例6］
PMO．No．8
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。
ESI−TOF−MS  計算値：6547.5
測定値：6547.2
【０１３７】
［実施例7］
PMO．No．9
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。
ESI−TOF−MS  計算値：6547.5
測定値：6547.2
【０１３８】
［実施例8］
PMO．No．10
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された1，12−ジオキソ−1−（4−トリチルピペラジン−1−イル）−2，5，8，11−テトラオキサ−15−ペンタデカン酸（参考例5）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：7214.1
測定値：7213.7
【０１３９】
［比較例1］
PMO．No．6
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。
ESI−TOF−MS  計算値：8193.9
測定値：8195.3
【０１４０】
[試験例1]
In vitroアッセイ
配列番号19〜35に記載の2’-O-メトキシ-ホスホロチオエート体（2’-OMe-S-RNA）のアンチセンスオリゴマーを用いて実験を行った。アッセイに用いた各種アンチセンスオリゴマーは日本バイオサービス社より購入した。各種アンチセンスオリゴマーの配列を以下に示す。
【表１０】
0006734222.tif 000039
【０１４１】
RD細胞（ヒト横紋筋肉腫細胞株）1×105個を12穴プレートに播種し、10％ウシ胎児血清（FCS）（インビトロジェン社製）を含むEagle's minimal essential medium(EMEM)培地（シグマ社製、以下同じ）1mL中、37℃、5％CO2条件下で一晩培養した。上記のエクソン45スキッピング用の各種アンチセンスオリゴマー（日本バイオサービス社製）（0.3または1 μM）とLipofectamine2000（インビトロジェン社製）の複合体を作成し、0.9ｍLで培地交換したRD細胞に、100μl添加し、終濃度30または100 nMとした。
【０１４２】
添加後、一晩培養した。細胞をPBS（ニッスイ社製、以下同じ）で2回洗浄した後、ISOGEN （ニッポンジーン社製）250 μl を細胞に添加し、数分間室温に放置して細胞を溶解させ、該溶解物をEppendorfチューブに回収した。ISOGENに添付のプロトコールに従ってtotal RNAを抽出した。抽出したtotal RNAの濃度はNanoDrop ND-1000（エル・エム・エス社製）を用いて測定した。
抽出したtotal RNA  400 ngに対し、QIAGEN OneStep RT-PCR Kitを用いてRT-PCRを行った。キットに添付のプロトコールに従って、反応液を調製した。サーマルサイクラーはPTC-100（MJ Research社製）を用いた。用いたRT-PCRのプログラムは、以下の通りである。
50℃、30分間：逆転写反応
95℃、15分間：熱変性
[94℃、30秒間；60℃、30秒間；72 ℃、1分間]x 35サイクル：PCR増幅
72℃、10分間： 
【０１４３】
RT-PCRに使用したフォワードプライマーとリバースプライマーの塩基配列は以下の通りである。
フォワードプライマー：5’- GCTCAGGTCGGATTGACATT-3’  （配列番号36）
リバースプライマー：5’- GGGCAACTCTTCCACCAGTA-3’  （配列番号37）
【０１４４】
上記PCRの反応産物1 μlをBioanalyzer（アジレント社製）を用いて解析した。
エクソン45 がスキップしたバンドのポリヌクレオチド量「A」と、エクソン45がスキップしなかったバンドのポリヌクレオチド量「B」を測定した。これら「A」及び「B」の測定値に基づき、以下の式に従って、スキッピング効率を求めた。
スキッピング効率（％）= A /（ A ＋ B ）x 100
【０１４５】
実験結果
結果を図１、２に示す。本実験により、ヒトジストロフィン遺伝子の第45番目のエクソンの5’末端から第1〜25番目又は第6〜30番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合、第45番目のエクソンの5’末端から第7〜31番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合と比較して高い効率でエクソン45をスキッピングさせることが判明した。
【０１４６】
[試験例2]
In vitroアッセイ
RD細胞（ヒト横紋筋肉腫細胞株）3.5×105個に対して、PMO No.1〜5及び8〜10の本発明のオリゴマー並びにPMO No. 6及び7のアンチセンスオリゴマーを1、3、10 μMずつAmaxa Cell Line Nucleofector Kit Lを用いてNucleofector II（Lonza）により導入した。プログラムはT-030を用いた。
【０１４７】
導入後、細胞を、10％ウシ胎児血清（FCS）（インビトロジェン社製）を含むEagle's minimal essential medium(EMEM)培地（シグマ社製、以下同じ。） 2mL中、37℃、5％CO2条件下で3日間培養した。細胞をPBS（ニッスイ社製、以下同じ。）で2回洗浄した後、ISOGEN （ニッポンジーン社製）500 μl を細胞に添加し、数分間室温に放置して細胞を溶解させ、該溶解物をEppendorfチューブに回収した。ISOGENに添付のプロトコールに従ってtotal RNAを抽出した。抽出したtotal RNAの濃度はNanoDrop ND-1000（エル・エム・エス社製）を用いて測定した。
【０１４８】
抽出したtotal RNA  400 ngに対し、QIAGEN OneStep RT-PCR Kit（キアゲン社製）を用いてRT-PCRを行った。キットに添付のプロトコールに従って、反応液を調製した。サーマルサイクラーはPTC-100（MJ Research社製）を用いた。用いたRT-PCRのプログラムは、以下の通りである。
50℃、30分間：逆転写反応
95℃、15分間：熱変性
[94℃、30秒間；60℃、30秒間；72 ℃、1分間]x 35サイクル：PCR増幅
72℃、10分間： 
【０１４９】
RT-PCRに使用したフォワードプライマーとリバースプライマーの塩基配列は以下の通りである。
フォワードプライマー：5’-GCTCAGGTCGGATTGACATT-3’  （配列番号36）
リバースプライマー：5’-GGGCAACTCTTCCACCAGTA-3’  （配列番号37）
【０１５０】
上記PCRの反応産物1 μlをBioanalyzer（アジレント社製）を用いて解析した。
エクソン45 がスキップしたバンドのポリヌクレオチド量「A」と、エクソン45がスキップしなかったバンドのポリヌクレオチド量「B」を測定した。これら「A」及び「B」の測定値に基づき、以下の式に従って、スキッピング効率を求めた。
スキッピング効率（％）= A /（ A ＋ B ）x 100
【０１５１】
実験結果
結果を図３、図４、図１４及び図１５に示す。本実験により、PMONo.1、3の本発明のオリゴマーは、RD細胞において、PMO No.6のアンチセンスオリゴマーと同等の効率でエクソン45をスキッピングさせることが判明した（図３、図４）。また、PMONo.1、2、3の本発明のオリゴマーは、RD細胞において、PMO No.7のアンチセンスオリゴマーと比較して高い効率でエクソン45をスキッピングさせることが判明した（図１４）。さらに、PMONo.3は末端構造の異なるPMO No.10と比較して高い効率でエクソン45をスキッピングさせることが判明した（図１５）。
【０１５２】
[試験例3]
ヒト線維芽細胞を用いたIn vitroアッセイ
ZsGreen1共発現レトロウイルスベクターによりGM05017細胞（ヒトDMD患者由来線維芽細胞、Coriell Institute for Medical Research）にヒトMyoD遺伝子（配列番号38）を導入した。
4から5日間インキュベートした後に、FACSによりZsGreen陽性のMyoD転換線維芽細胞を回収し、5×104個/cm2になるように12穴プレートに播種した。増殖培地は10％FCS及び1％Penicillin/Streptomycin（P/S）(シグマ  アルドリッチ社)を含むDulbecco's Modified Eagle Medium:Nutrient Mixture F-12（DMEM・F-12）(インビトロジェン社)を1 mL使用した。
【０１５３】
24時間後に分化培地（2％ウマ血清(インビトロジェン社)、1％P/S及びITS Liquid Media Supplement（シグマ社）含有DMEM/F-12）に交換した。2、3日ごとに培地交換を行い12から14日間インキュベートし、筋管細胞に分化させた。
【０１５４】
その後、分化培地を6 μMのEndo-Porter（ジーンツール社）含有分化培地に交換し、終濃度10μMになるようにモルホリノオリゴマーを添加した。48時間インキュベート後に、TRIzol （インビトロジェン社製）により、細胞からtotal RNAを抽出した。抽出したtotal RNA  50 ngに対し、QIAGEN OneStep RT-PCR Kitを用いてRT-PCRを行った。添付のプロトコールに従って、反応液を調製した。サーマルサイクラーはiCycler（Bio-Rad社製）を用いた。用いたRT-PCRのプログラムは、以下の通りである。
50℃、30分間：逆転写反応
95℃、15分間：熱変性
[94℃、1分間；60℃、1分間；72 ℃、1分間]x 35サイクル：PCR増幅
72℃、7分間：ポリメラーゼの熱失活
【０１５５】
プライマーはhDMD44F及びhDMD46Rを使用した。
hDMD44F：5’- CCTGAGAATTGGGAACATGC-3’  （配列番号39）
hDMD46R：5’- TTGCTGCTCTTTTCCAGGTT-3’  （配列番号40）
上記RT-PCR反応の反応産物を2％アガロースゲル電気泳動によって分離し、 GeneFlash（Syngene社）によりゲル写真を撮影した。Image J（アメリカ国立衛生研究所製）により、エクソン45 がスキップしたバンドのポリヌクレオチド量「A」と、エクソン45がスキップしなかったバンドのポリヌクレオチド量「B」を測定した。これら「A」及び「B」の測定値に基づき、以下の式に従って、スキッピング効率を求めた。
スキッピング効率（％）= A /（ A ＋ B ）x 100
【０１５６】
実験結果
結果を図５に示す。本実験により、PMO No.3の本発明のオリゴマーは、GM05017細胞において、高い効率でエクソン45をスキッピングさせることが判明した。
【０１５７】
エクソン55について
以下の実施例9〜19の記載に従い、表11 PMO No.11〜14及び16〜22に示す各種PMOを合成した。合成したPMOを注射用水（大塚製薬工場社製）で溶解した。なお、PMO No.15はジーンツールズ社から購入した。
【表１１】
0006734222.tif 000040
【０１５８】
［実施例9］
PMO．No．11
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6807.8
測定値：6807.0
【０１５９】
［実施例10］
PMO．No．12
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6822.8
測定値：6822.5
【０１６０】
［実施例11］
PMO．No．13
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6837.8
測定値：6837.3
【０１６１】
［実施例12］
PMO．No．14
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6861.8
測定値：6861.4
【０１６２】
［実施例13］
PMO．No．16
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6812.8
測定値：6812.7
【０１６３】
［実施例14］
PMO．No．17
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6852.8
測定値：6852.7
【０１６４】
［実施例15］
PMO．No．18
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6901.8
測定値：6901.5
【０１６５】
［実施例16］
PMO．No．19
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6901.8
測定値：6901.7
【０１６６】
［実施例17］
PMO．No．20
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6522.5
測定値：6522.0
【０１６７】
［実施例18］
PMO．No．21
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6546.5
測定値：6546.0
【０１６８】
［実施例19］
PMO．No．22
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された1，12−ジオキソ−1−（4−トリチルピペラジン−1−イル）−2，5，8，11−テトラオキサ−15−ペンタデカン酸
（参考例5）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：7213.1
測定値：7212.5
【０１６９】
[試験例４]
In vitroアッセイ
配列番号49〜68に記載の2’-O-メトキシ-ホスホロチオエート体（2’-OMe-S-RNA）のアンチセンスオリゴマーを用いて実験を行った。アッセイに用いた各種アンチセンスオリゴマーは日本バイオサービス社より購入した。各種アンチセンスオリゴマーの配列を以下に示す。
【表１２】
0006734222.tif 000041
【０１７０】
RT-PCRを以下のプライマーで実施した他は、エクソン45（試験例１）と同様の条件・手順で行った。
フォワードプライマー：5’- CATGGAAGGAGGGTCCCTAT-3’  （配列番号69）
リバースプライマー：5’- CTGCCGGCTTAATTCATCAT-3’  （配列番号70）
【０１７１】
実験結果
結果を図６、７に示す。本実験により、ヒトジストロフィン遺伝子の第55番目のエクソンの5’末端から第1〜21番目又は第11〜31番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合、第55番目のエクソンの5’末端から第104〜123番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合と比較して高い効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した。
【０１７２】
[試験例５]
In vitroアッセイ
RT-PCRを以下のプライマーで実施した他は、エクソン45（試験例２）と同様の条件・手順で行った。
フォワードプライマー：5’- CATGGAAGGAGGGTCCCTAT-3’  （配列番号69）
リバースプライマー：5’- CTGCCGGCTTAATTCATCAT-3’  （配列番号70）
【０１７３】
実験結果
結果を図８、１６及び１７に示す。本実験により、PMONo.12、13、14（H55_8-28(OH)、H55_11-31(OH)及びH55_14-34(OH)）の本発明のオリゴマーは、RD細胞において、高い効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した（図８）。また、PMO No. 14、16、17、18、19（H55_14-34(OH)、H55_12-32(OH)、H55_13-33(OH)、H55_15-35(OH)及びH55_16-36(OH)）の本発明オリゴマーは、RD細胞において、PMO No.15（H55_139-156(GT)）のアンチセンスオリゴマーと比較して著しく高い効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した（図１６）。PMO No. 14の本発明オリゴマーと鎖長を1塩基短くしたPMO No. 21(H55_15-34(OH))は同等の効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した（図１７）。さらに、PMO No. 14の本発明オリゴマーは、末端構造の異なるPMO No. 22(H55_14-34(TEG))と比較して、同等の効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した（図１７）。
【０１７４】
エクソン44について
以下の実施例20〜29の記載に従い、下記表のPMO No.23〜29及び31〜33に示す各種PMOを合成した。合成したPMOを注射用水（大塚製薬工場社製）で溶解した。なお、PMO No.30はジーンツールズ社から購入した。
【表１３】
0006734222.tif 000042
【０１７５】
［実施例20］
PMO．No．23
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6918.9
測定値：6918.3
【０１７６】
［実施例21］
PMO．No．24
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6903.9
測定値：6904.2
【０１７７】
［実施例22］
PMO．No．25
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6912.9
測定値：6912.4
【０１７８】
［実施例23］
PMO．No．26
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6903.9
測定値：6904.2
【０１７９】
［実施例24］
PMO．No．27
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6927.9
測定値：6927.4
［実施例25］
PMO．No．28
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6942.9
測定値：6942.3
【０１８０】
［実施例26］
PMO．No．29
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6917.9
測定値：6918.3
【０１８１】
［実施例27］
PMO．No．31
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6573.6
測定値：6572.4
【０１８２】
［実施例28］
PMO．No．32
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6588.6
測定値：6588.3
【０１８３】
［実施例29］
PMO．No．33
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された1，12−ジオキソ−1−（4−トリチルピペラジン−1−イル）−2，5，8，11−テトラオキサ−15−ペンタデカン酸（参考例5）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：7255.2
測定値：7254.7
【０１８４】
[試験例６]
In vitroアッセイ
配列番号82〜95及び配列番号109〜118に記載の2’-O-メトキシ-ホスホロチオエート体（2’-OMe-S-RNA）のアンチセンスオリゴマーを用いて実験を行った。アッセイに用いた各種アンチセンスオリゴマーは日本バイオサービス社より購入した。各種アンチセンスオリゴマーの配列を以下に示す。
【表１４】
0006734222.tif 000043
【０１８５】
エクソン45（試験例１）と同様の条件・手順で行った。
【０１８６】
実験結果
結果を図９、１０に示す。本実験により、ヒトジストロフィン遺伝子の第44番目のエクソンの5’末端から第11〜32番目又は第26〜47番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合、第44番目のエクソンの5’末端から第62〜81番目にアンチセンスオリゴマーを設計した場合と同等の効率でエクソン44をスキッピングさせることが判明した。
【０１８７】
[試験例７]
In vitroアッセイ
エクソン45（試験例２）と同様の条件・手順で行った。
【０１８８】
実験結果
結果を図１１、１２及び１８に示す。本実験により、PMONo.24、26（H44_25-45(OH)、H44_27-47(OH)）の本発明のオリゴマーは、RD細胞において、PMO No.30（H44_10-39(OH)）のアンチセンスオリゴマーと同等の効率でエクソン44をスキッピングさせることが判明した（図１１、１２）。PMONo. 26の本発明オリゴマーと鎖長を1塩基短くしたPMO No. 31(H44_27-46(OH))は同等の効率でエクソン44をスキッピングさせることが判明した（図１８）。さらに、PMO No. 26の本発明オリゴマーは、末端構造の異なるPMO No. 33 (H44_27-47(TEG))と比較して、同等の効率でエクソン44をスキッピングさせることが判明した（図１８）。
【０１８９】
エクソン50について
以下の実施例30〜39の記載に従い、表 15 PMO No.34〜38及び41〜45に示す各種PMOを合成した。合成したPMOを注射用水（大塚製薬工場社製）で溶解した。なお、PMO No.39,40はジーンツールズ社から購入した。
【表１５】
0006734222.tif 000044
【０１９０】
［実施例30］
PMO．No．34
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−｛［（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル］メトキシ｝−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6861.8
測定値：6861.8
【０１９１】
［実施例31］
PMO．No．35
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6885.8
測定値：6885.9
【０１９２】
［実施例32］
PMO．No．36
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6925.9
測定値：6925.9
【０１９３】
［実施例33］
PMO．No．37
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6950.9
測定値：6950.9
【０１９４】
［実施例34］
PMO．No．38
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6990.9
測定値：6991.0
【０１９５】
［実施例35］
PMO．No．41
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6635.6
測定値：6635.0
【０１９６】
［実施例36］
PMO．No．42
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-[[(2S,6R)-6-[6-(2-シアノエトキシ)-2-[(2-フェノキシアセチル)アミノ]プリン-9-イル]-4-トリチルモルホリン-2-イル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸（参考例2）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6635.6
測定値：6634.9
【０１９７】
［実施例37］
PMO．No．43
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4−（（（2S，6R）−6−(5−メチル−2，4−ジオキソ−3，4−ジヒドロピリミジン−1（2H）−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル）メトキシ）−4−オキソブタン酸（参考例3）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6965.9
測定値：6965.2
【０１９８】
［実施例38］
PMO．No．44
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された4-｛[(2S,6R)-6-(6-ベンズアミドプリン-9-イル)-4-トリチルモルフォリン-2-イル]メトキシ｝-4-オキソブタン酸（参考例4）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：6949.9
測定値：6949.2
【０１９９】
［実施例39］
PMO．No．45
実施例1と同様の方法に従って、標記化合物を製造した。但し、出発原料として、アミノポリスチレン樹脂に担持された1，12−ジオキソ−1−（4−トリチルピペラジン−1−イル）−2，5，8，11−テトラオキサ−15−ペンタデカン酸（参考例5）を使用した。
ESI−TOF−MS  計算値：7342.2
測定値：7341.6
【０２００】
[試験例8]
In vitroアッセイ
濃度を0.1、0.3、1μMとして、RT-PCRを以下のプライマーで実施した他は、エクソン45（試験例２）と同様の条件・手順で行った。
フォワードプライマー：5’- AACAACCGGATGTGGAAGAG-3’  （配列番号103）
リバースプライマー：5’-TTGGAGATGGCAGTTTCCTT-3’  （配列番号104）
【０２０１】
実験結果
結果を図１３、１９に示す。本実験により、PMONo.38 (H50_107-127(OH)) の本発明のオリゴマーは、RD細胞において、PMO No.39又は40（H50_90-114(GT)、H50_103-127(GT)）のアンチセンスオリゴマーと比較して高い効率でエクソン50をスキッピングさせることが判明した。また、PMONo.38は末端構造の異なるPMO No. 45(H50_107-127(TEG))と比較して高い効率でエクソン50をスキッピングさせることが判明した（図１９）。
【０２０２】
エクソン44スキッピング検討
ヒト線維芽細胞を用いたIn vitroアッセイ
［試験例9］
GM05112細胞（エクソン45欠損DMD患者由来線維芽細胞、Coriell Institute for Medical Research）を使用し、エクソン44スキッピング活性を検討した。増殖培地は10％FCS及び1％Penicillin/Streptomycin（P/S）(シグマ  アルドリッチ社)を含むDulbecco's Modified Eagle Medium:Nutrient Mixture F-12（DMEM/F-12）(インビトロジェン社)を使用し、5% CO2存在下、37℃で培養した。
細胞はT225フラスコで培養し、増殖培地35 mLに対して2.5 mLのヒト由来MyoD（配列番号38）発現レトロウイルス（ZsGreen1共発現）及び終濃度8 μg/mLでポリブレン（シグマ  アルドリッチ社）を添加した。32℃で2日間培養後、新鮮な増殖培地で培地交換を行い、さらに37℃で3日間培養した。BD FACSAria Cell Sorter（BD Bioscience社）にてZsGreen1陽性細胞を選択することでMyoD転換線維芽細胞を回収し、コラーゲンコートの24-wellプレートに9×104 cells/wellで播種した。翌日、分化培地（2％ウマ血清(インビトロジェン社)、1％P/S及びITS Liquid Media Supplement（シグマ社）含有DMEM/F-12）に交換した。2〜3日ごとに培地交換を行いながら培養し、筋管細胞へ分化誘導した。
分化培地に交換後7日目に、終濃度6 μMとなるようにEndo-Porter（ジーンツール社）を添加した分化培地に交換し、終濃度が1、3、10μMとなるようにPMO No.26及び31を添加した。7日間インキュベート後に、細胞を回収し、RNeasy Mini Kit（キアゲン社）を用いてtotal RNAを抽出した。抽出したtotal RNA  50 ngに対し、QIAGEN OneStep RT-PCR Kitを用いてRT-PCRを行った。添付のプロトコールに従って、反応液を調製した。サーマルサイクラーはiCycler（Bio-Rad社）を用いた。用いたRT-PCRのプログラムは、以下の通りである。
50℃、30分間：逆転写反応
95℃、15分間：熱変性
[94℃、1分間；60℃、1分間；72℃、1分間]x 35サイクル：PCR増幅
72℃、7分間：最終伸長反応
【０２０３】
RT-PCRに使用したフォワードプライマーとリバースプライマーの塩基配列は以下の通りである。
フォワードプライマー：5’- GCTCAGGTCGGATTGACATT-3’  （配列番号36）
リバースプライマー：5’- GGGCAACTCTTCCACCAGTA-3’  （配列番号37）
【０２０４】
上記RT-PCR反応の反応産物を2％アガロースゲル電気泳動によって分離し、 イメージアナライザーImageQuant LAS 4000 mini（富士フィルム社）によりゲル写真を撮影した。付属のソフトにより、エクソン44 がスキップしたバンドのポリヌクレオチド量「A」と、エクソン44がスキップしなかったバンドのポリヌクレオチド量「B」を測定した。これら「A」及び「B」の測定値に基づき、以下の式に従って、スキッピング効率を求めた。
スキッピング効率（％）= A /（ A ＋ B ）x 100
【０２０５】
実験結果
結果を図２０に示す。本実験により、PMO No.26及び31の本発明のオリゴマーは、GM05112細胞において、高い効率でエクソン44をスキッピングさせることが判明した。
【０２０６】
［試験例10］
試験例9と同様にGM05112細胞を使用してMyoD転換線維芽細胞を調製し、筋管細胞へ分化誘導した。分化培地に交換後6日目に終濃度6 μMとなるようにEndo-Porter（ジーンツール社）を添加した分化培地に交換し、終濃度10μMになるようにPMO No.26及び31を添加した。14日間インキュベート後に、プロテアーゼインヒビターカクテルComplete Mini（ロッシュ社）を添加した細胞溶解バッファーRIPA buffer（Pierce社）によりスクレーパーで細胞を回収した。超音波破砕機Bioruptor UCD-250（東湘電機社）により細胞を破砕し、遠心後の上清を回収し、セルライセートとした。セルライセートのタンパク質濃度は、Pierce BCA protein assay kit （Pierce社）を用いて求めた。波長544 nmの吸光度はプレートリーダーThermo Appliskan Type2001（Thermo Electron社）を用いて測定した。
セルライセート3 μgをポリアクリルアミドゲルNuPAGE Novex Tris-Acetate Gel 3-8%（インビトロジェン社）を用いて電気泳動した。電気泳動終了後、セミドライブロット法によりImmobilon-P membrane（Millipore社）へ転写した。転写した膜は0.1% Tween20を含むPBS（PBST）で洗浄後、5% Amersham ECL Prime Blocking agent（GE Healthcare社）を含むPBSTで冷蔵庫内一晩ブロッキングした。膜をPBSTで洗浄後、抗ジストロフィン抗体（NCL-Dys1、Novocastra社）をCan Get Signal1（TOYOBO）で50倍希釈した溶液中で、室温にて1時間インキュベートした。PBSTで洗浄後、ペルオキシダーゼ標識ヤギ抗マウスIgG抗体（170-6516、Bio-Rad社）をCan Get Signal2（TOYOBO社）で2,500倍希釈した溶液中で、室温にて10分間インキュベートした。PBSTで洗浄後、ECL Plus Western Blotting Detection System（GE Healthcare社）で処理した。エクソン44-45に相当する部分が欠損したジストロフィンの化学発光を、ルミノ・イメージアナライザーImageQuant LAS 4000 mini（富士フィルム社）により検出した。
【０２０７】
実験結果
ウェスタンブロッティングの結果を図２１に示す。図２１において矢印は発現が確認されたジストロフィンタンパク質のバンドを示す。本実験により、PMO No. 26及び31の本発明のオリゴマーは、GM05112細胞において、ジストロフィンタンパク質の発現を誘導することが判明した。
【０２０８】
エクソン50スキッピング検討
ヒト線維芽細胞を用いたIn vitroアッセイ
［試験例11］
試験例9と同様にGM05112細胞を使用してMyoD転換線維芽細胞を調製し、筋管細胞へ分化誘導した。
分化培地に交換後12日目に、終濃度6 μMとなるようにEndo-Porter（ジーンツール社）を添加した分化培地に交換し、終濃度0.1、0.3、1、3、10μMになるようにPMO No.38を添加した。2日間インキュベート後に、細胞を回収した。試験例9と同様にtotal RNAを抽出後、RT-PCRを実施し、スキッピング効率を求めた。ただし、RT-PCRに使用したフォワードプライマーとリバースプライマーの塩基配列は以下の通りである。
フォワードプライマー：5’- AACAACCGGATGTGGAAGAG-3’  （配列番号103）
リバースプライマー：5’-TTGGAGATGGCAGTTTCCTT-3’  （配列番号104）
【０２０９】
実験結果
RT-PCRの結果を図２２に、スキッピング効率を図２３に示す。本実験により、PMO No.38の本発明のオリゴマーは、GM05112細胞において、高い効率でエクソン50をスキッピングさせ、EC50値は1.3μMであることが判明した。
【０２１０】
［試験例12］
11-0627細胞（エクソン8-9重複DMD患者由来線維芽細胞、国立精神・神経医療研究センター神経・筋疾患研究資源レポジトリー）を使用し、PMO No.38添加時の終濃度を0.1、1、10μMとした他は試験例11と同様の条件・手順でスキッピング試験を行った。
【０２１１】
実験結果
RT-PCRの結果を図２６に、スキッピング効率を図２７に示す。本実験により、PMO No.38の本発明のオリゴマーは、11-0627細胞において、高い効率でエクソン50をスキッピングさせることが判明した。
【０２１２】
［試験例13］
pLVX-MyoD-ZsGreen1レンチウイルスの作製
pLVX-puro（8120 bp、Clontech社）のマルチクローニングサイト内XhoI （位置2816）から、Puromycin耐性遺伝子コード領域の3'末端近傍（位置3890）まで、1164 bp を削除して直鎖化したベクターに、ヒトMyoD遺伝子、IRES配列、ZsGreen1遺伝子の順でコードされた配列（2272bp）を組み込み、レンチウイルス発現ベクターpLVX-MyoD-ZsGreen1（9210bp）を作製した。Lenti-X HTX Packaging System（Clontech社）のプロトコールに従い、Lenti-X 293T細胞を10cmコラーゲンコートディッシュに播種した。線維芽細胞への感染予定日の3日前に、レンチウイルス発現ベクター、パッケージングベクターをトランスフェクションし、4時間後に培地を交換、以後は培地を交換せず3日間培養した。感染予定日当日に、培養上清をウイルス液として回収した（10cmディッシュあたり約9mL）。培養上清をセルストレーナー（40 μm）でろ過し、これをさらに500 x g, 10 minで遠心した。この上清をLenti-X Concentrator（Clontech社）のプロトコールに従い濃縮し、最終的に回収直後の10倍濃度となるように、DMEM/F12培地に溶解した。この溶液をウイルス液として使用した。
【０２１３】
線維芽細胞へのウイルス感染
感染予定日までに、GM04364細胞（エクソン51-55欠損DMD患者由来線維芽細胞、Coriell Institute for Medical Research）をコラーゲンコート24ウェルプレートに、3x104/well の密度で播種した。感染予定日当日に、１ウェルあたり分化培地 400 uL, ウイルス液 100 uL, ポリブレン 最終濃度 8 ug/mL を添加した。感染翌日、ウイルス含有培地を分化培地500 uLに交換した。 以降は2〜3日おきに分化培地を交換し12日間培養することで、筋管細胞に分化誘導した。
分化培地に交換後12日目に、終濃度6 μMとなるようにEndo-Porter（ジーンツール社）を添加した分化培地に交換し、終濃度0.1、0.3、1、3、10μMになるようにPMO No.38を添加した。2日間インキュベート後に、細胞を回収した。試験例11と同様に、スキッピング効率を求めた。ただし、RT-PCRに使用したフォワードプライマーとリバースプライマーの塩基配列は以下の通りである。
フォワードプライマー：5’- AACAACCGGATGTGGAAGAG-3’  （配列番号103）
リバースプライマー：5’- CTGCCGGCTTAATTCATCAT-3’  （配列番号70）
【０２１４】
実験結果
RT-PCRの結果を図２８に、スキッピング効率を図２９に示す。本実験により、PMO No.38の本発明のオリゴマーは、GM04364細胞において、高い効率でエクソン50をスキッピングさせることが判明した。
【０２１５】
エクソン55スキッピング検討
ヒト線維芽細胞を用いたIn vitroアッセイ
［試験例14］
PMO No.14、21を使用し、RT-PCRを以下のプライマーで実施した他は、試験例11と同様の条件・手順で行った。
フォワードプライマー：5’- CATGGAAGGAGGGTCCCTAT-3’  （配列番号69）
リバースプライマー：5’- CTGCCGGCTTAATTCATCAT-3’  （配列番号70）
【０２１６】
実験結果
RT-PCRの結果を図２４に、スキッピング効率を図２５に示す。本実験により、PMO No.14、21の本発明のオリゴマーは、GM05112細胞において、高い効率でエクソン55をスキッピングさせ、EC50値はそれぞれ3.5μM、7.5μMであることが判明した。
【０２１７】
［試験例15］
細胞を04-035細胞（エクソン54単独欠損DMD患者由来細胞、国立精神・神経医療研究センター神経・筋疾患研究資源レポジトリー）を使用し、PMO No.14、21を終濃度1、3、10μMで添加し、RT-PCRを以下のプライマーで実施した他は、試験例13と同様の条件・手順で行った。
フォワードプライマー：5’- CATGGAAGGAGGGTCCCTAT-3’  （配列番号69）
リバースプライマー：5’-  CTGCCGGCTTAATTCATCAT-3’  （配列番号70）
【０２１８】
実験結果
RT-PCRの結果を図３０に、スキッピング効率を図３１に示す。本実験により、PMO No.14、21の本発明のオリゴマーは、エクソン54単独欠損DMD患者由来細胞において、高い効率でエクソン55をスキッピングさせることが判明した。
【産業上の利用可能性】
【０２１９】
試験例に示す実験結果から、本発明のオリゴマーは、RD細胞及びDMD患者由来細胞の両環境において、著しく高い効率で標的エクソン（例えば、エクソン55等）をスキッピングさせることが示された。
従って、本発明のオリゴマーは、DMDの治療において、非常に有用である。
【配列表フリーテキスト】
【０２２０】
配列番号9：合成核酸
配列番号10：合成核酸
配列番号11：合成核酸
配列番号12：合成核酸
配列番号13：合成核酸
配列番号14：合成核酸
配列番号15：合成核酸
配列番号16：合成核酸
配列番号17：合成核酸
配列番号18：合成核酸
配列番号19：合成核酸
配列番号20：合成核酸
配列番号21：合成核酸
配列番号22：合成核酸
配列番号23：合成核酸
配列番号24：合成核酸
配列番号25：合成核酸
配列番号26：合成核酸
配列番号27：合成核酸
配列番号28：合成核酸
配列番号29：合成核酸
配列番号30：合成核酸
配列番号31：合成核酸
配列番号32：合成核酸
配列番号33：合成核酸
配列番号34：合成核酸
配列番号35：合成核酸
配列番号36：合成核酸
配列番号37：合成核酸
配列番号38：合成核酸
配列番号39：合成核酸
配列番号40：合成核酸
配列番号41：合成核酸
配列番号42：合成核酸
配列番号43：合成核酸
配列番号45：合成核酸
配列番号46：合成核酸
配列番号47：合成核酸
配列番号48：合成核酸
配列番号49：合成核酸
配列番号50：合成核酸
配列番号51：合成核酸
配列番号52：合成核酸
配列番号53：合成核酸
配列番号54：合成核酸
配列番号55：合成核酸
配列番号56：合成核酸
配列番号57：合成核酸
配列番号58：合成核酸
配列番号59：合成核酸
配列番号60：合成核酸
配列番号61：合成核酸
配列番号62：合成核酸
配列番号63：合成核酸
配列番号64：合成核酸
配列番号65：合成核酸
配列番号66：合成核酸
配列番号67：合成核酸
配列番号68：合成核酸
配列番号69：合成核酸
配列番号70：合成核酸
配列番号71：合成核酸
配列番号72：合成核酸
配列番号73：合成核酸
配列番号74：合成核酸
配列番号75：合成核酸
配列番号76：合成核酸
配列番号77：合成核酸
配列番号78：合成核酸
配列番号79：合成核酸
配列番号80：合成核酸
配列番号81：合成核酸
配列番号82：合成核酸
配列番号83：合成核酸
配列番号84：合成核酸
配列番号85：合成核酸
配列番号86：合成核酸
配列番号87：合成核酸
配列番号88：合成核酸
配列番号89：合成核酸
配列番号90：合成核酸
配列番号91：合成核酸
配列番号92：合成核酸
配列番号93：合成核酸
配列番号94：合成核酸
配列番号95：合成核酸
配列番号96：合成核酸
配列番号97：合成核酸
配列番号98：合成核酸
配列番号99：合成核酸
配列番号100：合成核酸
配列番号101：合成核酸
配列番号102：合成核酸
配列番号103：合成核酸
配列番号104：合成核酸
配列番号105：合成核酸
配列番号106：合成核酸
配列番号107：合成核酸
配列番号108：合成核酸
配列番号109：合成核酸
配列番号110：合成核酸
配列番号111：合成核酸
配列番号112：合成核酸
配列番号113：合成核酸
配列番号114：合成核酸
配列番号115：合成核酸
配列番号116：合成核酸
配列番号117：合成核酸
配列番号118：合成核酸
配列番号119：合成核酸
配列番号120：合成核酸
配列番号121：合成核酸
配列番号122：合成核酸
【図１】
0006734222.tif 000046
【図２】
0006734222.tif 000047
【図３】
0006734222.tif 000048
【図４】
0006734222.tif 000049
【図５】
0006734222.tif 000050
【図６】
0006734222.tif 000051
【図７】
0006734222.tif 000052
【図８】
0006734222.tif 000053
【図９】
0006734222.tif 000054
【図１０】
0006734222.tif 000055
【図１１】
0006734222.tif 000056
【図１２】
0006734222.tif 000057
【図１３】
0006734222.tif 000058
【図１４】
0006734222.tif 000059
【図１５】
0006734222.tif 000060
【図１６】
0006734222.tif 000061
【図１７】
0006734222.tif 000062
【図１８】
0006734222.tif 000063
【図１９】
0006734222.tif 000064
【図２０】
0006734222.tif 000065
【図２１】
0006734222.tif 000066
【図２２】
0006734222.tif 000067
【図２３】
0006734222.tif 000068
【図２４】
0006734222.tif 000069
【図２５】
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【図２６】
0006734222.tif 000071
【図２７】
0006734222.tif 000072
【図２８】
0006734222.tif 000073
【図２９】
0006734222.tif 000074
【図３０】
0006734222.tif 000075
【図３１】
0006734222.tif 000076
【配列表】
0006734222000001.app