(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
IBSを有する対象がリファキシミン治療に反応するであろうと判断する方法であって、
前記対象の胃腸(GI)管ミクロビオーム内に存在する細菌の16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を分析するステップ、
操作的分類単位（OTU）数を生成するステップ、及び
スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科から選択される1つ以上の分類群のOTU数が下記表１に挙げる対応する分類群の反応例の平均数よりも大きい場合に前記対象がリファキシミン治療に反応するであろうと判断するステップ
を含む、前記方法。
0006693946.tif 000007
【請求項２】
前記細菌が分類群スフィンゴバクテリウム科に属する、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記細菌が分類群フィロバクテリア科に属する、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記細菌が分類群フラボバクテリア科に属する、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
前記GI管ミクロビオームが、便細菌を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
IBSを有する対象がリファキシミン治療に反応しないであろうと判断する方法であって、
前記対象の胃腸(GI)管ミクロビオーム内に存在する細菌の16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を分析するステップ、
操作的分類単位（OTU）数を生成するステップ、及び
ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスから選択される1つ以上の分類群のOTU数が下記表１に挙げる対応する分類群の非反応例の平均数よりも大きい場合に前記対象がリファキシミン治療に反応しないであろうと判断するステップ
を含む、前記方法。
0006693946.tif 000008
【請求項７】
前記細菌が分類群ステレラ科に属する、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
前記細菌が分類群サーモアナエロバクター科に属する、請求項6に記載の方法。
【請求項９】
前記細菌が分類群バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスに属する、請求項6に記載の方法。
【請求項１０】
前記GI管ミクロビオームが、便細菌を含む、請求項6に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、2014年5月4日付け出願の米国仮特許出願第61/988,293号、2014年5月5日付け出願の米国仮特許出願第61/988,841号、2014年8月11日付け米国仮特許出願第62/036,085号、及び2015年3月19日付け出願の米国仮特許出願第62/135,658の利益を主張する。上記参照の出願の全ては、本明細書に参照により組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
過敏性腸症候群(IBS)は、高頻度で衰弱性の症状(例えば下痢、腹部膨満、腹痛、便意逼迫、ガス、及び便失禁)により特徴付けられる不均一性の胃腸(GI)障害であり、多くの場合症状が周期的に増減する。IBSは、健康に関連した生活の質(QOL)における実質的な不具合、作業性及び生産性の喪失、社会的な問題、及び高医療費の原因となる。IBSの有病率は、米国(US)人口の10〜15%とみられているが、しかし医学治療を実際に求めるIBS患者は15%に過ぎず、これは、有効な療法を欠くことに一部起因し得る。患者及びヘルスケアシステムにとって、IBSは非常な負担となっているにもかかわらず、有効且つ安全な療法に対するかなりの必要性が、特に下痢を伴うIBS(IBS-D)について、未だ満たされないまま存在する。
【０００３】
IBSの正確な原因は不明であるが、いくつかの仮説が提案されている。腸内細菌の腸内菌共生バランス失調に関係する1つの一般仮説では、IBS症状は、正常な生理機能にも関与している腸ミクロビオームの変化や異常なコロニー化により引き起こされることが示唆されている。腸内細菌の腸内菌共生バランス失調は、感染そのものではなく、微生物の生態系変化として最も良く理解されている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
当技術分野では、IBS治療を必要とする患者を診断する必要性が存在する。また、当技術分野では、IBSについてまさに治療を受けるべき患者、又は現在治療を受けている患者、又は過去に受けたことがある患者の予後指標を提供する必要性も存在する。
【０００５】
また、当技術分野では、短期間の治療コース後に、抗生物質多剤耐性という懸念に不利に関わるリスクを低く抑えながら、IBS-D罹患対象に症状緩和をもたらす方法についても必要性がある。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本明細書では、IBSを診断及び/又は治療する方法が提示される。
【０００７】
特定の実施形態では、方法は、IBS治療に反応する対象を診断するステップも含む。
【０００８】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて、リファキシミン治療に反応する対象を診断するステップも含む。
【０００９】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて、リファキシミン治療及び再治療に反応する対象を診断するステップも含む。
【００１０】
特定の実施形態では、治療は、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む。
【００１１】
特定の実施形態では、再治療は、第1の治療又はその他の治療からの再発後に、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む。
【００１２】
方法は、胃腸(GI)管内のバクテリア群(例えば、母集団)の帰属性(identity)を判断するステップを含む。
【００１３】
方法は、胃腸(GI)管内のバクテリア群の帰属性及び繁栄性(prevalence)を判断するステップを含む。
【００１４】
特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管ミクロビオームを含む。特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管微生物集団を含む。特定の実施形態では、ミクロビオームは、便細菌を含む。
【００１５】
方法は、胃腸(GI)管内の細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【００１６】
方法は、メタゲノミクスによるミクロビオーム分析を含む。
【００１７】
方法は、バクテリア群の多様性プロファイルを生成するための、胃腸(GI)ミクロビオーム内バクテリア群に関する帰属性分析を含む。
【００１８】
方法は、メタゲノミクスにより、胃腸管(GI) GIミクロビオームの帰属性、繁栄性、及び多様性を判断するステップを含む。
【００１９】
方法は、メタゲノミクスによる胃腸(GI)ミクロビオーム分析を含む。
【００２０】
方法は、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【００２１】
方法は、メタゲノミクスにより、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【００２２】
方法は、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む。
【００２３】
本明細書では、IBSについて対象を治療する方法が提示され、同方法は、例えばメタゲノミクスを用いて、対象のGI管ミクロビオームを判断、及び/又は検出、及び/又は分析するステップを含む。
【００２４】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて対象を治療するステップを含み、メタゲノミクスにより、対象のGI管ミクロビオームを判断、及び/又は、検出、及び/又は分析するステップを含む。
【００２５】
特定の実施形態では、方法は、特定の細菌を有する対象にリファキシミンを投与するステップを含み、この場合、薬物に対する反応例の相対的存在量が非反応例の相対的存在量より大きいという事実について、その存在が判断される。
【００２６】
特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管ミクロビオームを含む。特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管微生物集団を含む。特定の実施形態では、ミクロビオームは、便細菌を含む。
【００２７】
特定の実施形態では、検出するステップは、16S rRNA遺伝子を分析するステップを含む。
【００２８】
特定の実施形態では、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域が分析される。
【００２９】
特定の実施形態では、表1の分類群の分析において、反応例の平均数が非反応例の平均数よりも大きいという事実について、その存在が確認されれば、対象は治療に反応する。
【００３０】
特定の実施形態では、表1の分類群の分析において、反応例の平均数が非反応例の平均数よりも小さいという事実について、その不存在が確認されれば、対象は治療に反応する。
【００３１】
特定の実施形態では、表1の分類群の分析において、非反応例の平均数が反応例の平均数よりも大きいという事実について、その存在が確認されれば、対象は治療に反応しない。
【００３２】
特定の実施形態では、表1の分類群の分析において、非反応例の平均数が反応例の平均数よりも小さいという事実について、その不存在が確認されれば、対象は治療に反応しない。
【００３３】
特定の実施形態では、ある細菌種において、反応例の平均数が非反応例の平均数よりも大きいという事実について、その存在が確認されれば、対象は治療に反応する。
【００３４】
特定の実施形態では、ある細菌種において、反応例の平均数が非反応例の平均数よりも小さいという事実について、その不存在が確認されれば、対象は治療に反応する。
【００３５】
特定の実施形態では、ある細菌種において、非反応例の平均数が反応例の平均数よりも大きいという事実について、その存在が確認されれば、対象は治療に反応しない。
【００３６】
特定の実施形態では、ある細菌種において、非反応例の平均数が反応例の平均数よりも小さいという事実について、その不存在が確認されれば、対象は治療に反応しない。
【００３７】
特定の実施形態では、ステレラ科(Sutterellacae)が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００３８】
特定の実施形態では、ステレラ科が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００３９】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科(Sphingobacteriacease)が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４０】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４１】
特定の実施形態では、フィロバクテリア科(Phyllobacteriaceae)が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４２】
特定の実施形態では、フィロバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４３】
特定の実施形態では、サーモアナエロバクター科(Thermoanaerobacteraceae)が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００４４】
特定の実施形態では、サーモアナエロバクター科が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００４５】
特定の実施形態では、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス(Burkholderiales incertae sedis)が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００４６】
特定の実施形態では、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００４７】
特定の実施形態では、フラボバクテリア科(Flavobacteriaceae)が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４８】
特定の実施形態では、フラボバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００４９】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００５０】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【００５１】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００５２】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【００５３】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応せず、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合には、対象は治療に反応する。
【００５４】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応せず、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合には、対象は治療に反応する。
【００５５】
また、本明細書では、IBSの治療について予後に関する情報を提供する方法も提示される。
【００５６】
本明細書では、リファキシミンを用いた治療を行う対象を選択する方法が提示される。
【００５７】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始され、前記対象の糞便微生物叢集団、又はその他の抗生物質に対する前記対象の交差耐性、又は前記リファキシミンによる後続治療後の微生物出現に対する傾向に効果が及ばない。
【００５８】
1つの実施形態では、対象の糞便微生物叢の一般的母集団に効果は及ばない。
【００５９】
1つの実施形態では、対象の糞便微生物叢に対する効果は、Bray-Curtis類似性指標により評価される。
【００６０】
1つの実施形態では、対象の糞便微生物叢に対する効果は、Shannon多様性インデックスにより評価される。
【００６１】
1つの実施形態では、対象のリファンピン以外の抗生物質に対する耐性に効果は及ばない。
【００６２】
1つの実施形態では、対象のリファンピンに対する耐性に効果が及ぶ。
【００６３】
1つの実施形態では、対象の非リファマイシン抗生物質に対する交差耐性に効果は及ばない。
【００６４】
1つの実施形態では、抗生物質に対する対象の交差耐性に及ぼす効果は、対象の便スワブから増殖させた単離物の培養により評価される。
【００６５】
1つの実施形態では、抗生物質に対する対象の交差耐性に及ぼす効果は、対象の皮膚サンプルから増殖させた単離物の培養により評価される。
【００６６】
1つの実施形態では、抗生物質は、リファキシミン、リファンピン、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、又はタゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール又はバンコマイシンを含む。
【００６７】
1つの実施形態では、抗生物質は、リファキシミン、リファンピン、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、又はタゾバクタムを含む。
【００６８】
1つの実施形態では、抗生物質は、リファキシミン、リファンピン、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン又はタゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、又はバンコマイシンを含む。
【００６９】
1つの実施形態では、リファキシミンによる後続治療後の、微生物の出現に対する対象の傾向に効果は及ばない。
【００７０】
1つの実施形態では、リファキシミンによる後続治療は、対象の便内における微生物の出現に対する対象の傾向に効果を及ぼさない。
【００７１】
1つの実施形態では、リファキシミンによる後続治療は、対象の皮膚上における微生物の出現に対する対象の傾向に効果を及ぼさない。
【００７２】
1つの実施形態では、微生物は、酵母菌である。
【００７３】
1つの実施形態では、微生物は、病原性細菌である。
【００７４】
1つの実施形態では、微生物は、グラム陽性細菌である。
【００７５】
1つの実施形態では、微生物は、グラム陰性菌である。
【００７６】
1つの実施形態では、病原性細菌は、大腸菌(E. coli)、クレブシエラ属(Klebsiella)、シュードモナス属(Pseudomonas)、エンテロバクター属(Enterobacter)、セラシア属(Serratia)、プロテウス属(Proteus)、バクテロイド属(Bactericides)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、スタフィロコッカス属(Staphylococcus)、又はクロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)の種を含む。
【００７７】
1つの実施形態では、病原性細菌は、スタフィロコッカス種である。
【００７８】
1つの実施形態では、病原性細菌は、エンテロコッカス種である。
【００７９】
1つの実施形態では、病原性細菌は、クロストリジウム種である。
【００８０】
1つの実施形態では、リファンピンに対する対象の耐性に効果が及ぶ。
【００８１】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始され、リファンピン耐性がリファキシミン耐性の後を追う。
【００８２】
1つの実施形態では、リファキシミン耐性の増加を示す対象では、リファンピン耐性の増加が認められる
【００８３】
1つの実施形態では、リファキシミン耐性の増加を示さない対象では、リファンピン耐性の増加は認められない。
【００８４】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始され、前記対象がリファキシミン最低阻止濃度(MIC)に一過性の変化を示す。
【００８５】
1つの実施形態では、MICの変化は、時間が経過しても可逆的である。
【００８６】
1つの実施形態では、MICの一過性の増加は、スタフィロコッカス種に対して認められる。
【００８７】
1つの実施形態では、方法は、リファンピンMICの一過性の変化を更に含む。
【００８８】
1つの実施形態では、MICの変化は、時間が経過しても可逆的である。
【００８９】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始され、リファンピンMICの変化が、リファキシミンMICの変化と類似する。
【００９０】
1つの実施形態では、含む、と類似して、例えば、後を追うは、同じ方向にあり、類似する量又はレベルにより変化する。
【００９１】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、後続治療は、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際に開始される。
【００９２】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550を、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、後続治療は、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始される。
【００９３】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、前記対象の糞便微生物叢に効果は及ばない。
【００９４】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、リファンピン以外の抗生物質に対する前記対象の交差耐性に変化は生じない。
【００９５】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、この場合、前記リファキシミンによる後続治療後の微生物の出現に対する前記対象の傾向に検出可能な変化は生じない。
【００９６】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、第1の治療を実施するステップ、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップを含み、この場合、1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体の出現に対して有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及びリファキシミンを用いた治療及び各後続治療は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む。
【００９７】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、第1の治療を実施するステップ、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップを含み、この場合、1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体の感受性に対して有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及びリファキシミンを用いた治療及び各後続治療は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む。
【００９８】
本明細書では、下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法が提示され、同方法は、第1の治療を実施するステップ、1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップを含み、この場合、1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルに含まれる一般的な微生物集団に対して有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及びリファキシミンを用いた治療及び各後続治療は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む。
【００９９】
本明細書では、対象の過敏性腸症候群(IBS)を診断又は治療する方法が提示される。該方法は、対象のサンプルを、1つ以上の細菌の有無について分析するステップ、及びリファキシミンを前記対象に投与するステップを含み、前記細菌は、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属し、前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミンに対して反応し、及び前記対象のサンプルは対象に由来する胃腸の微生物叢を含む。
【０１００】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、リファキシミンは、550mg、1日3回、14日間の投与計画で投与される。
【０１０１】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０１０２】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の症状は、腹痛又は軟便若しくは水様便を含む。
【０１０３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０１０４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、サンプルは、便サンプルである。
【０１０５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、サンプルから単離された細菌DNA、より具体的には16S rRNA遺伝子又は16S rRNA遺伝子のV4超可変領域のゲノム分析により判断される。
【０１０６】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される。
【０１０７】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、任意選択的にゲノム分析と併用した細菌培養により判断される。
【０１０８】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１０９】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１１０】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１１１】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０１１２】
本明細書では、過敏性腸症候群(IBS)を治療する方法が提示され、前記方法は、リファキシミンを、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属する1つ以上の細菌を保菌することが判明している対象に投与するステップを含み、この場合、リファキシミンは、550mg、1日3回、14日間の投与計画で前記対象に投与される。
【０１１３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、IBSと関連した1つ以上の症状、例えば除外することなく、腹痛、及び/又は軟便若しくは水様便が再発した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０１１４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、投与計画を繰り返すテップを更に含む。
【０１１５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１１６】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１１７】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０１１８】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０１１９】
また、本明細書では、対象の下痢型IBS(d-IBS)を治療する方法も提示され、前記方法は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間の投与計画で、前記対象にリファキシミンを投与するステップ、及び1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを含む。
【０１２０】
また、本明細書では、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい細菌の有無について、対象のサンプルを分析することにより、対象のリファキシミン反応性IBSを診断する方法も提示され、前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミン反応性IBSと診断され、及び前記対象のサンプルは、前記対象に由来する胃腸の微生物叢を含有する。
【０１２１】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、IBSは、d-IBSである。
【０１２２】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、サンプルは、便サンプルである。
【０１２３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により、例えば16S rRNA遺伝子分析により、例えば16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される。
【０１２４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅、及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される。
【０１２５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、任意選択的にゲノム分析と併用した細菌培養により判断される。
【０１２６】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０１２７】
その他の実施形態は、以下に開示される。
【図面の簡単な説明】
【０１２８】
【図１】治験デザインを示す図である。
【図２】サンプル449例×2ペアドエンド(paired-end)によるオーディネーションプロット(ordination plot)を示す図である。来院日毎の明白なクラスタリングは認められない。
【図３】反応例/非反応例状態のクラスタリングを示す図である。
【図４】V3におけるペアドエンドの読み取りの1つに由来するサンプルを示す図である。
【図５】V4におけるペアドエンドの読み取りの1つに由来するサンプルを示す図である。
【図６】表1マーカーの相対的存在量を示す図である。
【図７】V3とV4の間で何が異なるか、相違点を示す図である(n=100)。
【図８】V3と治療終了時の間で、誰が異なるかを問う、対応のあるWilcoxon検定を用いることにより(n=94)、微生物群の長期回復力の存在が明らかになり得ることを示す図である。
【図９】抗生物質により抑制された細菌と反応例予測性の細菌の間で、一般的な関連性が認められないことを示す図である。
【図１０】統計モデリングの結果を示す図であり、リファキシミン治療の各時点において、微生物群は個体内できわめて安定であることを実証する。
【図１１】非盲検段階でのミクロビオームの豊富度を示す図である。
【図１２】非盲検段階での豊富度について、ベースラインからの変化を示す図である。
【図１３】二重盲検試験を受けた対象の豊富度について、ベースラインからの変化を示す図である。
【図１４】二重盲検リファキシミン投与を受けた対象の豊富度について、ベースラインからの変化を示す図である。
【図１５】非盲検段階及び二重盲検段階で、二重盲検プラセボ治療を受けた対象における便微生物叢の豊富度を示す図である。
【図１６】非盲検段階及び二重盲検段階で、二重盲検リファキシミン治療を受けた対象における便微生物叢の豊富度を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【０１２９】
いくつかの一連のエビデンスから、腸ミクロビオームの腸内菌共生バランス失調と当該腸内菌共生バランス失調に対する宿主の反応が、下痢を伴う過敏性腸症候群(IBS-D)の原因と関連することが明らかにされている。IBS-D治療におけるリファキシミンの有効性は、単回及び複数の治療コースを経た後の薬物の統計的及び臨床的に有意な効果を明らかにしたいくつかの試験で立証されている。リファキシミンは、その臨床薬理学プロファイルより、IBS-Dの治療について試験されたその他の抗生物質とは区別される。特に、リファキシミンは腸を標的としており、その結果、全身曝露は最低限に抑えられ(全身性の抗生物質又はその他の最低限度で吸収される抗生物質よりも暴露の程度は低い)、それと共に、経口投与後のGI管内の局所濃度は高くなる。リファキシミンは、ヒトプレグナンX受容体を活性化させ、その結果、宿主の解毒機構の上方制御、及び腸内菌共生バランス失調に対する宿主の反応を調節し得る炎症プロセスの制御を引き起こす。リファキシミンは、in vitroで実証可能な抗菌効果を有し、公表文献のデータより、有益な腸細菌叢の根絶を引き起こさないことが示唆されるが、本試験で収集されたデータは、これについてこれまでに公表された所見に関する検証を提供する。更に、リファキシミンは、細菌の毒性及び宿主上皮への結合を変化させることが明らかにされている。
【０１３０】
抗生物質の投与に伴う一般的な懸念として、細菌の抗生物質多剤耐性の発生が挙げられる。リファマイシンに対する細菌耐性の機構は文献で取り上げられているが、また本明細書に提示する本発明の1つの態様は、非リファマイシン抗生物質に対して交差耐性を発生する可能性は低いこと、リファマイシン耐性菌は適応性に乏しいこと、及び臨床的に重要な耐性の発生に関する見かけ上のシグナルを欠いていることを示している。
【０１３１】
本明細書に提示する本発明は、16S rRNA細菌遺伝子ディープシーケンシングデータの前方視的な評価に一部基づく。これらのデータから、リファキシミン治療は、Shannonの多様性、又はIBS-Dを有するプラセボ治療対象及びリファキシミン治療対象の間の均斉度に対して有意な効果を有さなかったこと、及び微生物叢の豊富度に一過性の変化を引き起こしたことが実証された。このような豊富度の低下は、リファキシミン治療コース終了後には回復した。
【０１３２】
また、リファキシミン治療により影響を受けた細菌ファミリーについて、16S rRNA遺伝子の配列決定を行うと、存在量が低い分類群の方が、存在量が高い分類群よりもリファキシミン治療による影響を受けたことも明らかにされた。全体として、単回コースの非盲検リファキシミンとその後の二重盲検プラセボによる処置を受けた対象と比較して、リファキシミンを用いた反復治療期間中の対象において、便微生物叢の不具合は認められなかった。
【０１３３】
また、本明細書に記載する本発明は、第3相試験にも一部準拠しており、同試験は、リファキシミン550mgを1日3回用いた2週間の治療にこれまでに反応したが、IBS症状につき再発経験を有するIBS-D対象において、リファキシミン550mgを1日3回、2週間用いた反復治療の有効性を評価するようにデザインされた。
【０１３４】
リファキシミンの全身吸収性の低さは、この微生物学データ及び全体的な安全性プロファイルと共に、IBS-D治療に対する最適で十分に特徴付けがなされた選択肢として、リファキシミンを経口使用することの裏付けとなり、また短期間の治療コース後、IBS-Dを有する対象に症状の緩和をもたらす一方、抗生物質多剤耐性の懸念と有害な関わりを有するリスクが低く抑えられた方法に対する、当技術分野における必要性も満たす。
【０１３５】
リファキシミン耐性に関する1つの臨床的検討事項として、リファキシミンの化学的類似体であるリファンピンに対する交差耐性が生ずる可能性が挙げられる。感染性疾患を対象とする抗生物質としてのリファンピンの価値は、主にその結核の治療にある。結核の治療では、リファンピンは、単一の薬剤として用いられることはなく、臨床的に重要な耐性が生ずる可能性を低減するために、その他の抗結核抗生物質と併用される。
【０１３６】
リファキシミンは、リファマイシンOから製造される半合成抗生物質である。リファキシミンは、リファマイシンクラスの抗生物質、例えばピリド-イミダゾリファマイシンに属する分子である。リファキシミンは、感染性の下痢、過敏性腸症候群、小腸の細菌異常繁殖、クローン病、及び/又は膵機能不全を引き起こす局在性の胃腸細菌に対して、例えば胃腸管内で幅広い抗菌活性を示す。
【０１３７】
また、リファキシミンは、イタリア特許第1154655号及び欧州特許第0161534号にも記載されている。欧州特許第0161534号は、出発物質としてリファマイシンO (メルクインデックス、第13版、8301)を用いたリファキシミン製造方法について開示する。米国特許第7,045,620号はリファキシミンの多形形態について開示するが、米国特許出願第11/658,702号、同第61/031,329号、同第12/119,622号、同第12/119,630号、同第12/119,612号、同第12/119,600号、同第11/873,841、国際公開広報第2006/094662号、及び米国特許出願第12/393012号も同様である。ここで参照する出願及び特許は、目的の如何を問わず、参照によりそれらの全体において本明細書に組み込まれる。
【０１３８】
「リファキシミン」には、本明細書で用いる場合、溶媒和化合物や、例えばリファキシミンの形態α、形態β、形態γ、形態δ、形態ε、形態ζ、形態η、形態ι、形態κ、形態θ、形態μ、形態O、形態π、形態λ、形態ξ、メシレート形態、非結晶形態、又は固体分散形態を含む、分子の多形体が含まれる。これらの形態は、例えば2005年3月3日付け出願の欧州特許第05 004 635.2号、米国特許第7,045,620号、同第7,612,199号、同第7,709,634号、同第7,915,275号、同第8,067,429号、同第8,193,196号、同第8,227,482、Viscomi, et al., CrystEngComm, 2008, 10, 1074-1081 (April 2008)、米国特許公報第2010/0174064号、同第2009/0028940号、同第2005/0272754号、同第2012/0077835、及び同第2012/0108620号に、より詳細に記載されている。これらの参考資料のそれぞれは、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
【０１３９】
「GI特異的抗生物質を取得する」の中の用語「取得する」には、GI特異的抗生物質の購入、合成、さもなければ獲得が含まれるように意図されている。例えば、リファキシミンを取得することには、リファキシミンの購入、合成、さもなければ獲得が含まれ得る。
【０１４０】
用語「医薬品組成物」(又は薬剤若しくは薬物)は、本明細書で用いる場合、患者に適切に投与された際に、所望の治療効果を誘発する能力を有する化学物質、組成物、薬剤、又は薬物を意味する。2種類以上の成分を必ずしも必要としない。
【０１４１】
本明細書で用いる場合、「反応の持続性」には、例えば治療除去後の適切な症状の緩和、治療除去後の継続的で適切な症状の緩和、又はプラセボ反応を上回る若しくは凌駕する反応が含まれる。例えば治療除去後に、対象がリファマイシンクラス抗生物質(例えば、リファキシミン)に反応する場合には、対象の反応は持続的と考えられる。反応の持続期間は、例えば2日間、7日間、2週間、3週間、4週間、12週間、約1週間〜約24週間の間である、又はこれらより長期であり得る。いくつかの実施形態では、反応の持続性は、3ヶ月の期間のうち、少なくとも2ヶ月間認められるような治療効果である。反応は、例えば対象による症状の主観的評価、又はヘルスケア提供者若しくは介護者による対象の症状の評価を含む、例えば下記に概説する方法のうちの1つ以上を用いて測定され得る。
【０１４２】
本明細書で用いる場合、「反応する対象を選択する」、「反応する対象の選択」等には、例えば腸疾患(BD)又はIBSの症状の減少に基づき、対象が治療に反応したと判断するステップ、及び/又はラベル説明書に従って製品(例えば、リファマイシンクラス抗生物質)をしかるべき期間投与するステップ等が含まれる。測定又は選択は、ラベル(例えば、パッケージ又は添付文書)説明書、又は対象による症状の主観的評価、又はヘルスケア提供者若しくは介護者による対象の症状の評価に準拠し得る。
【０１４３】
本明細書で用いる場合、「反応例」とは、本明細書に記載する疾患、障害、又は感染の治療を目的としてリファキシミンを投与された対象であって、症状の緩和、不快感若しくは疼痛の緩和、又はベースラインとの比較における健康状態の一般的な改善を経験することにより、治療に対して反応する対象である。例えば、反応例は、IBS治療を目的としてリファキシミンを投与された対象であって、腹痛及び便の硬さの両方に対する1週間の反応に関する日々の質問に基づき、4週間のうち少なくとも2週間陽性反応を有する対象であり得る。1つの実施形態では、反応例は、1週間の平均腹痛スコアの低下、及びRome III診断基準の定義に従い、少なくとも1回の便が6以上の硬さ(Bristol排便スケールに基づく)を有する1週間当たりの日数の減少を認める。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、反応例は、中等度の腹部膨満、及び腹痛、軟便、及び/又は鬱陶しい便意切迫のうちの1つ以上を有するIBS-Dの対象として識別され得る。例えば、下記の基準、すなわち例えば2、2.5、3、又は3.5以上の腹痛、例えば2、2.5、3、又は3.5を上回る腹部膨満、平均便の硬さスコアが3、3.5、4、4.5以上の軟便、又は例えば3.0、3.5、4.0、又は4.5日間以上の切迫感を伴う鬱陶しい便意切迫のうちの任意の1つがリファキシミンを用いた治療に反応する可能性がある対象を識別するのに利用可能である。あるいは、上記で識別された基準のうちの2つ以上が、リファキシミンを用いた治療に反応する可能性がある対象を識別するのに利用可能である。例えば、腹痛と腹部膨満、腹痛と軟便、腹痛と鬱陶しい便意切迫、腹痛、腹部膨満、及び軟便等。
【０１４５】
反応例は、1)≧30%の腹痛改善、<4の便の硬さ、及び≧1ポイントの1日のIBS症状の減少、2)≧30%の腹痛改善、及びベースラインと比較して、所定の1週間内における軟便/水様便の回数の≧50%減少、3)所定の1週間における日記のうち最悪3スコアを用いたときに、ベースラインからの平均腹痛スコアの≧30%減少、4)ベースラインと比較して、所定の1週間において便意切迫を認めた日数の≧30%減少、5)選択された最悪ベースライン症状の≧30%の改善、或いは6)所定の1週間のうち、少なくとも50%の日数において、1日の反応例スコアが0(まったく認めない)若しくは1(ほとんど認めない)、又は選択された最悪ベースライン症状について、所定の1週間のうちすべての日が、0(まったく認めない)、1(ほとんど認めない)、若しくは2(若干認める)、として定義することも可能である。
【０１４６】
特別な実施形態では、対象は、対象がリファキシミンの投与を受け、治療後2週間目に反応例とみなされた場合、「1ヶ月反応例」として定義され、この場合、治療はリファキシミンを14日間投与するステップを含む。
【０１４７】
本明細書で用いる場合、反応の基準が4週間のうち少なくとも3週間満たされなければ、対象には「再発」が認められるものとみなされる。あるいは、「再発」は、便の硬さ、腹痛、又は便の硬さと腹痛のうちの1つ以上の悪化として定義され得る。
【０１４８】
本明細書では、疾患、障害、又は感染を治療、予防、又は緩和する方法が提示され、同方法はそれを必要としている対象に有効量のリファキシミンを投与するステップを含む。感染は、例えばC.ディフィシル(C. difficile)により引き起こされた感染であり得る。疾患又は障害は、例えば腸関連の障害であり得る。腸関連の障害(例えば、腸疾患)には、過敏性腸症候群(IBS)、交互優位型IBS、下痢型過敏性腸症候群(d-IBS、IBS-D)、クローン病、旅行者下痢症、潰瘍性大腸炎、小腸炎、小腸の細菌異常繁殖、慢性膵炎、膵機能不全、大腸炎、憩室性疾患、肝性脳症、IBS及び/又は嚢炎と関連した腹痛のうちの1つ以上が含まれる。いくつかの実施形態では、腸関連の障害として肝性脳症が挙げられる。いくつかの実施形態では、腸関連の障害としてIBSが挙げられる。1つの実施形態では、本明細書に記載する方法による治療の対象とされるIBSは、軽度、中等度、又は重度である。特別な実施形態では、IBSは重度である。別の特別な実施形態では、IBSはIBS-Dである。
【０１４９】
クロストリジウム・ディフィシルは、グラム陽性嫌気性バクテリアであり、軽度の下痢から劇症型偽膜性腸炎(PMC)に及ぶ疾患スペクトルを引き起こす重要なヒト病原体とみなされる。バクテリアは、病院に特有で、試験により、急性期治療用医療病棟において抗生物質治療を受けている患者の約三分の一で、入院中にC.ディフィシルのコロニー形成が生じていることが明らかにされた(Kyne, L., et al., 2002, Clin. Infect. Dis. 34(3), pp346-53, PMID: 11774082)。CDIに罹患した患者は、バンコマイシンを用いた治療に良く反応する。しかし、バンコマイシンの使用は、いくつかの問題と関連するので、それは最後の手段の1つである。バンコマイシンは、腎毒性、聴器毒性、骨髄毒性、及びレッドマン症候群を引き起こす可能性があるだけでなく、バンコマイシン治療は、多くの場合CDIの治療に有効ではない。更に、C.ディフィシルは、バンコマイシンに対して少なくとも部分的に耐性となるというエビデンスが存在し、CDIの治療における新規代替法に対する必要性が実証される。
【０１５０】
従って、本明細書では、対象のC.ディフィシル感染症(CDI)を治療、予防、又は緩和する方法が提示され、同方法は、対象に有効量のリファキシミンを投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、対象は、その他の療法又はリファキシミン以外の抗生物質による治療に対して反応しなかった者である。いくつかの実施形態では、対象は、バンコマイシンを用いた治療に反応しなかった者である。
【０１５１】
また、本明細書では、抗生物質耐性C.ディフィシル感染症を治療、予防、又は緩和する方法が提示され、リファキシミンを、それを必要としている対象に投与するステップを含み、この場合、リファキシミンの投与は、抗生物質耐性CDIの治療において有効である。本発明の実施形態では、CDIを予防する方法が提示されるが、同方法は、ある状態について抗生物質治療を必要とする対象に、非全身性抗生物質を投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、状態は、クローン病、旅行者下痢症、肝性脳症、ミニマル肝性脳症、過敏性腸症候群、下肢静止不能症候群、経皮感染症、小腸の細菌異常繁殖、慢性膵炎、膵機能不全、憩室炎、小腸炎及び大腸炎、皮膚感染、粘膜障害、嚢炎、膣感染、裂肛、耳感染症、肺感染症、歯周の状態、酒さ、及びその他の皮膚感染症、及び/又はその他の関連する状態の群より選択されるものである。いくつかの実施形態では、非全身性抗生物質は、リファキシミンである。
【０１５２】
リファキシミンは、様々な治療計画で利用可能である。このような計画は、対象及び治療の種類に応じて変化し得る。例えば、リファキシミンは、例えば1日2回、1日3回若しくは1日4回、又は必要に応じてそれよりも頻繁に投与され得る。リファキシミンは、例えば約2mg、1日1回〜約3000mg、1日3回の間の用量で投与され得る。例えば、リファキシミンは、約5mg〜100mg、約5mg、約10mg、約15mg、約20mg、約25mg、約30mg、約35mg、約40mg、約45mg、約50mg、約55mg、約60mg、約65mg、約70mg、約75mg、約80mg、約85mg、約90mg、約95mg、又は約100mgの日用量で投与され得るが、いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約125mg、約150mg、約175mg、約200mg、約225mg、約250mg、約275mg、約300mg、約325mg、約350mg、約375mg、約400mg、約425mg、約450mg、約475mg、又は約500mgの日用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約550mg、約600mg、約650mg、約700mg、約750mg、約800mg、約850mg、約900mg、約950mg、又は約1000mgの日用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約1100mg、約1200mg、約1300mg、約1400mg、約1500mg、約1600mg、約1700mg、約1800mg、約1900mg、約2000mg、約2100mg、約2200mg、約2300mg、約2400mg、約2500mg、約2600mg、約2700mg、約2800mg、約2900mg、又は約3000mgの日用量で投与され得るが、いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約25mgを1日2回、約30mgを1日2回、約35mgを1日2回、約40mgを1日2回、約45mgを1日2回、約50mgを1日2回、約55mgを1日2回、約60mgを1日2回、約65mgを1日2回、約70mgを1日2回、約75mgを1日2回、約80mgを1日2回、約85mgを1日2回、約90mgを1日2回、約95mgを1日2回、又は約100mgを1日2回の用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約125mgを1日2回、約150mgを1日2回、約175mgを1日2回、約200mgを1日2回、約225mgを1日2回、約250mgを1日2回、約275mgを1日2回、約300mgを1日2回、約325mgを1日2回、約350mgを1日2回、約375mgを1日2回、約400mgを1日2回、約425mgを1日2回、約450mgを1日2回、約475mgを1日2回、又は約500mgを1日2回の用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約550mgを1日2回、約600mgを1日2回、約650mgを1日2回、約700mgを1日2回、約750mgを1日2回、約800mgを1日2回、約850mgを1日2回、約900mgを1日2回、約950mgを1日2回、又は約1000mgを1日2回の用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約1100mgを1日2回、約1200mgを1日2回、約1300mgを1日2回、約1400mgを1日2回、約1500mgを1日2回、約1600mgを1日2回、約1700mgを1日2回、約1800mgを1日2回、約1900mgを1日2回、約2000mgを1日2回、約2100mgを1日2回、約2200mgを1日2回、約2300mgを1日2回、約2400mgを1日2回、約2500mgを1日2回、約2600mgを1日2回、約2700mgを1日2回、約2800mgを1日2回、約2900mgを1日2回、又は約3000mgを1日2回の用量で投与され得るが、いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約25mgを1日3回、約30mgを1日3回、約35mgを1日3回、約40mgを1日3回、約45mgを1日3回、約50mgを1日3回、約55mgを1日3回、約60mgを1日3回、約65mgを1日3回、約70mgを1日3回、約75mgを1日3回、約80mgを1日3回、約85mgを1日3回、約90mgを1日3回、約95mgを1日3回、又は約100mgを1日3回の用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約125mgを1日3回、約150mgを1日3回、約175mgを1日3回、約200mgを1日3回、約225mgを1日3回、約250mgを1日3回、約275mgを1日3回、約300mgを1日3回、約325mgを1日3回、約350mgを1日3回、約375mgを1日3回、約400mgを1日3��、約425mgを1日3回、約450mgを1日3回、約475mgを1日3回、又は約500mgを1日3回の用量で投与され得るが、いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約550mgを1日3回、約600mgを1日3回、約650mgを1日3回、約700mgを1日3回、約750mgを1日3回、約800mgを1日3回、約850mgを1日3回、約900mgを1日3回、約950mgを1日3回、又は約1000mgを1日3回の用量で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約1100mgを1日3回、約1200mgを1日3回、約1300mgを1日3回、約1400mgを1日3回、約1500mgを1日3回、約1600mgを1日3回、約1700mgを1日3回、約1800mgを1日3回、約1900mgを1日3回、約2000mgを1日3回、約2100mgを1日3回、約2200mgを1日3回、約2300mgを1日3回、約2400mgを1日3回、約2500mgを1日3回、約2600mgを1日3回、約2700mgを1日3回、約2800mgを1日3回、約2900mgを1日3回、又は約3000mgを1日3回の用量で投与され得る。リファキシミンは、例えば錠剤形態、粉末形態、液状形態、又はカプセルの状態で投与され得る。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、持効性処方物として投与され得る。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、リファキシミンは、可溶性固体分散物として投与される。例えば、リファキシミンは、リファキシミンの可溶性固体分散物として、約2〜550mgの間で投与され得る。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、リファキシミンは、約1週間〜約6週間、約8週間〜約12週間、又は約1日〜約21日間、対象に投与される。1つの実施形態では、リファキシミンは、10日間投与される。リファキシミンは、約1日〜約1年間、又は1週間〜約52週間投与され得る。リファキシミンは、治療コース期間中、断続的に又は連続的に投与され得る。治療の長さは、疾患の種類及び長さに応じて変化し得るが、また適切な治療の長さは、本開示のベネフィットを享受する当業者により容易に決定可能である。
【０１５５】
任意の実施形態において、リファキシミンは、例えば1日1回、1日2回、1日3回、又は1日4回、対象に(又は特定の対象に対しては、必要に応じてより頻繁に)投与され得る。いくつかの実施形態では、例えば副作用を最低限に抑え、また患者の服薬順守を高め得るので、方法は、リファキシミンを1日1回、対象に投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、リファキシミンは、1日2回及び/又は3回投与される。
【０１５６】
特定の好ましい実施形態によれば、毎日投与されるリファキシミンの用量は、約50〜約6000mgの範囲である。例えば、400mgの用量が、1日3回、対象に投与され得る、又は550mgの用量が、1日2回、対象に投与され得る、又は550mgの用量が、1日3回投与され得る。本明細書に開示する方法に関するその他の適する用量は、ヘルスケア専門家により、又は対象により決定され得る。毎日投与されるリファキシミンの量は、対象の体重、年齢、健康、性別、又は医学的状態に基づき増減し得る。当業者は、本開示に基づき、対象のために、適切な用量を決定することができる。
【０１５７】
硬変症及びHEを有する患者において、ミクロビオーム、認知不良、及び炎症マーカーで相関関係が認められ、並びに硬変症を有する患者において、大半の認識力テストにおける障害とアルカリゲネス科及びポルフィロモナス科分類群の相対的存在量との間に相関関係が認められること(Bajaj JS et al. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2012;302(1):G168-G175)、及びHEの履歴を有する患者において、粘膜性の腸微生物叢に対するリファキシミンメンテナンス療法の効果が認められる(土着菌及びベイヨネラ科の存在量の減少が認められたが、リファキシミン群内のプロピオニバクテリウム属(Propionibacterium)について、その存在量の増加が認められた)こと(Bajaj JS et al. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2012;303(6):G675-G685)がこれまでに指摘されたが、本発明では、驚くべきことに、特別な細菌が存在し、対象の治療前からその存在の有無を把握すれば、IBSにおいて、リファキシミン治療に対する反応及び非反応を予測できることが判明した。
【０１５８】
本明細書では、IBSを診断する方法が提示される。
【０１５９】
特定の実施形態では、方法は、IBS治療に反応する対象を診断するステップを含む。
【０１６０】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて、リファキシミン治療に反応する対象を診断するステップも含む。
【０１６１】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて、リファキシミン治療及び再治療に反応する対象を診断するステップも含む。
【０１６２】
特定の実施形態では、治療は、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む。
【０１６３】
特定の実施形態では、再治療は、第1の治療又はその他の治療からの再発後に、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む。
【０１６４】
方法は、胃腸(GI)管内のバクテリア群(例えば、母集団)の帰属性を判断するステップを含む。
【０１６５】
方法は、胃腸(GI)管内のバクテリア群の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む。
【０１６６】
特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管ミクロビオームである。特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管ミクロビオームである。特定の実施形態では、ミクロビオームは、便微生物集団により代表されるGI管ミクロビオームである。
【０１６７】
方法は、胃腸(GI)管内の細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【０１６８】
方法は、メタゲノミクスによるミクロビオーム分析を含む。
【０１６９】
方法は、バクテリア群の多様性プロファイルを生成するための、胃腸(GI)ミクロビオーム内バクテリア群に関する帰属性分析を含む。
【０１７０】
方法は、メタゲノミクスにより、胃腸管(GI) GIミクロビオームの帰属性、繁栄性、及び多様性を判断するステップを含む。
【０１７１】
方法は、メタゲノミクスによる胃腸(GI)ミクロビオーム分析を含む。
【０１７２】
方法は、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【０１７３】
方法は、メタゲノミクスにより、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性を判断するステップを含む。
【０１７４】
方法は、皮膚、鼻、及びGI管のうち、1つ以上に存在する細菌の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む。
【０１７５】
本明細書では、IBSについて対象を治療する方法が提示され、同方法は、例えばメタゲノミクスを用いて、対象のGI管ミクロビオームを判断、及び/又は検出、及び/又は分析するステップを含む。
【０１７６】
特定の実施形態では、方法は、IBSについて対象を治療するステップを含み、メタゲノミクスにより、対象のGI管ミクロビオームを判断、及び/又は検出、及び/又は分析するステップを含む。
【０１７７】
特定の実施形態では、方法は、特定の細菌を有する対象にリファキシミンを投与するステップを含み、この場合、前記特定の細菌について、薬物に対する反応例の相対的存在量が非反応例の相対的存在量より大きいと判断される。
【０１７８】
特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管ミクロビオームである。特定の実施形態では、ミクロビオームは、GI管微生物集団である。特定の実施形態では、ミクロビオームは、便微生物集団により代表されるGI管微生物集団である。
【０１７９】
特定の実施形態では、検出するステップは、16S rRNA遺伝子を分析するステップを含む。
【０１８０】
特定の実施形態では、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域が分析される。
【０１８１】
特定の実施形態では、表1の分類群に対する反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい場合、その分析結果と検出より、対象が治療に反応することが示唆される。
【０１８２】
特定の実施形態では、表1の分類群に対する反応例の平均数が非反応例の平均数より小さい場合、その不存在の分析結果と判断より、対象が治療に反応することが示唆される。
【０１８３】
特定の実施形態では、表1の分類群に対する非反応例の平均数が反応例の平均数より大きい場合、その分析結果と検出より、対象は治療に反応しないことが示唆される。
【０１８４】
特定の実施形態では、非反応例の平均数が反応例の平均数より小さい表1の分類群について、その不存在の分析結果と判断より、対象は治療に反応しない。
【０１８５】
特定の実施形態では、ある細菌種に対する反応例の平均数が非反応例の平均数より大きく、前記細菌種が存在すると判断される場合、対象は治療に反応する。
【０１８６】
特定の実施形態では、ある細菌種に対する反応例の平均数が非反応例の平均数より小さく、前記細菌種が存在しないと判断される場合、対象は治療に反応する。
【０１８７】
特定の実施形態では、ある細菌種に対する非反応例の平均数が反応例の平均数より大きく、前記細菌種が存在すると判断される場合、対象は治療に反応しない。
【０１８８】
特定の実施形態では、ある細菌種に対する非反応例の平均数が反応例の平均数より小さく、前記細菌種が存在しないと判断される場合、対象は治療に反応しない。
【０１８９】
特定の実施形態では、ステレラ科が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９０】
特定の実施形態では、ステレラ科が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９１】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０１９２】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０１９３】
特定の実施形態では、フィロバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０１９４】
特定の実施形態では、フィロバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０１９５】
特定の実施形態では、サーモアナエロバクター科が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９６】
特定の実施形態では、サーモアナエロバクター科が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９７】
特定の実施形態では、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９８】
特定の実施形態では、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０１９９】
特定の実施形態では、フラボバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２００】
特定の実施形態では、フラボバクテリア科が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２０１】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２０２】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２０３】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２０４】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２０５】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合、対象は治療に反応せず、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも多量に存在する場合には、対象は治療に反応する。
【０２０６】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が、非反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合、対象は治療に反応せず、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が、反応例で認められる平均的な量よりも有意に多量に存在する場合には、対象は治療に反応する。
【０２０７】
特定の実施形態では、ステレラ科が存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２０８】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科が存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２０９】
特定の実施形態では、フィロバクテリア科が存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２１０】
特定の実施形態では、サーモアナエロバクター科が存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２１１】
特定の実施形態では、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２１２】
特定の実施形態では、フラボバクテリア科が存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２１３】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、対象は治療に反応しない。
【０２１４】
特定の実施形態では、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合、対象は治療に反応する。
【０２１５】
特定の実施形態では、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、対象は治療に反応せず、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合には、対象は治療に反応する。
【０２１６】
また、本明細書では、IBSの治療について予後に関する情報を提供する方法も提示される。
【０２１７】
本明細書では、リファキシミンを用いた治療について、対象を選択する方法が提示される。
【０２１８】
本明細書では、対象の過敏性腸症候群(IBS)を診断又は治療する方法が提示される。該方法は、対象のサンプルを、1つ以上の細菌の有無について分析するステップ、及びリファキシミンを対象に投与するステップを含み、前記細菌は、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属し、前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミンに対して反応し、及び前記対象のサンプルは、対象に由来する胃腸の微生物叢を含む。
【０２１９】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、リファキシミンは、550mg、1日3回、14日間の投与計画で投与される。
【０２２０】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０２２１】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の症状は、腹痛又は軟便若しくは水様便を含む。
【０２２２】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０２２３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、サンプルは、便サンプルである。
【０２２４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、サンプルから単離された細菌DNA、より具体的には16S rRNA遺伝子又は16S rRNA遺伝子のV4超可変領域のゲノム分析により判断される。
【０２２５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される。
【０２２６】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、任意選択的にゲノム分析と併用した細菌培養により判断される。
【０２２７】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２２８】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２２９】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２３０】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０２３１】
本明細書では、過敏性腸症候群(IBS)を治療する方法が提示され、前記方法は、リファキシミンを、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属する1つ以上の細菌を保菌することが判明している対象に投与するステップを含み、この場合、リファキシミンは、550mg、1日3回、14日間の投与計画で前記対象に投与される。
【０２３２】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、IBSと関連した1つ以上の症状、例えば除外することなく、腹痛、及び/又は軟便若しくは水様便が再発した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０２３３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、方法は、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、投与計画を繰り返すステップを更に含む。
【０２３４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２３５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２３６】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、前記1つ以上の細菌は、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する。
【０２３７】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０２３８】
また、本明細書では、対象の下痢型IBS(d-IBS)を治療する方法も提示され、前記方法は、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間の投与計画で、対象にリファキシミンを投与するステップ、及び1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを含む。
【０２３９】
また、本明細書では、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい細菌の有無について、対象のサンプルを分析することにより、対象のリファキシミン反応性IBSを診断する方法も提示され、この場合、前記細菌が検出されれば、前記対象はリファキシミン反応性IBSと診断され、及び前記対象のサンプルは、前記対象に由来する胃腸の微生物叢を含有する。
【０２４０】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、IBSは、d-IBSである。
【０２４１】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、サンプルは、便サンプルである。
【０２４２】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により、例えば16S rRNA遺伝子分析により、例えば16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される。
【０２４３】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される。
【０２４４】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、細菌の有無は、任意選択的にゲノム分析と併用した細菌培養により判断される。
【０２４５】
本明細書に記載する本発明のいくつかの実施形態では、反応例の平均数及び非反応例の平均数は、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類を行い、その分類に基づき決定される。
【０２４６】
[実施例]
本発明は、これより記載する実施例に限定されると解釈すべきでなく、むしろ本発明は本明細書に提示するあらゆるすべての応用例、及び当業者の技能範囲に含まれるすべての同等の変更例を含むと解釈されるものと認識される。
【０２４７】
[実施例1]
本試験では、すべての収集時点において便サンプル検査を実施し、組成及び多様性に関して腸内微生物叢の特徴づけを行った。(図1は、治験デザインを示し、またV3、V4、V6の時点を定義する)。試験期間中、対象は、ベースライン時及び非盲検によるリファキシミン550mg、1日3回を2週間投与後の各時点において便サンプルを提供したが、便サンプルは、リファキシミン550mg、1日3回、又はプラセボを用いた二重盲検再治療を実施する前、及び2週間実施した直後に提供され、また便サンプルは、試験終了時にも提供された。便サンプルを、ポリプロピレンクライオバイアル内で2mLの一定分量に分割し、臨床施設において≦-20℃で保管し、ドライアイス同梱で発送し、≦-70℃で長期保管する。
【０２４８】
細菌DNAを、糞便サンプルから単離し、Illumina HiSeq2000配列決定技術を採用する2ステップPCRを用いて16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を増幅する。
【０２４９】
配列決定反応は、フォアワード及びバックワードのペアドIlluminaの読み取りが重複しないように設計した。フォアワード及びバックワードの読み取りは、独立した分析によりテクニカルレプリケートとして処理した。
【０２５０】
配列を、2つの方法により分析した。
【０２５１】
平均して97%の同一性を有する配列のクラスターであるOTU(操作的分類単位)
配列決定されたサンプル数:
治療2(V3)        101
治療2終了時(V4)  102
治療3(V6)        69
治療3終了時(V7)  72
フォローアップ/試験終了時    96
サンプル合計449例×2ペアドエンド
【０２５２】
【表１】
0006693946.tif 000002
【０２５３】
図2は、サンプル449例×2ペアドエンドによるオーディネーションプロットを示す。来院日毎の明白なクラスタリングは認められない。
【０２５４】
図3では、反応例/非反応例状態にクラスタリングが認められる。
【０２５５】
治療前、反応例が有する多様性は、非反応例よりも低い。分類群の抑制がIBSの考え得る原因である。
【０２５６】
治療期間中に、リファキシミンは、主に存在量が低い分類群に影響を及ぼすことにより、多様性を一時的に抑制する。リファキシミンは、IBSの治療において有効であることが判明している。驚くべきことに、本発明者らは、IBSについて、リファキシミン治療から利益を享受する対象を予測する方法を見出した。
【０２５７】
本明細書では、微生物群の分析結果が、反応例状態の予後に関する情報として用いられる。
【０２５８】
本試験に基づき、表1は、分類群毎に平均反応例と非反応例の数を示す。反応例の平均数が非反応例の平均数よりも大きいという事実について、その存在が確認されれば、対象は治療に反応することが分かる。特定の実施形態では、表1の分類群において、反応例の平均数が非反応例の平均数より小さいという事実について、その不存在が確認されれば、対象は治療に反応する。
【０２５９】
従って、表1のこの分類群により、V3のデータから、反応例が非反応例と区別される。
【０２６０】
【表２】
0006693946.tif 000003
【０２６１】
マーカーの存在量は、一般的にきわめて低い(図6を参照)。V3データから、反応例を非反応例と区別するのに、教師付き分類を用いた。
【０２６２】
本試験では、微生物群の長期回復力を示すデータが存在する。
【０２６３】
[実施例2]
GI微生物叢の特徴付け
本試験では、治験母集団の約10%を対象として、すべての収集時点において便サンプルを検査し、また組成及び多様性に関して腸内微生物叢の特徴づけを行った。
【０２６４】
試験期間中に、対象は、来院3及び4(それぞれ、ベースライン時、及び非盲検リファキシミン550mg、1日3回を2週間実施[治療2]後)、来院6及び7(リファキシミン550mg、1日3回、又はプラセボを用いた二重盲検再治療[治療3]実施前、及び2週間実施した直後)、及び来院11(試験終了時)において便サンプルを提供した。細菌DNAを、糞便サンプルから単離し、Illumina HiSeq2000配列決定技術を採用する2ステップPCRを用いて16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を増幅する。
【０２６５】
配列決定反応は、フォアワード及びバックワードのペアドIlluminaの読み取りが重複しないように設計した。従って、フォアワード及びバックワードの読み取りは、本発明の結論が、16S rRNA遺伝子の任意の特定のサブ領域の利用に依存しないことを保証するために、本発明者らのパイプライン内で実施された独立分析によるテクニカルレプリケートとして処理される。
【０２６６】
すべての非微生物配列、品質スコアが低い配列、及び期待されるプライマー配列と正確な一致を有さない配列を除去した。配列を2つの方法により分析した。プログラムAbundantOTUが、データベースに依存しないように、配列のde-novoクラスタリングを実施するのに利用される。
【０２６７】
IBS-D反復治療試験、TARGET 3において、リファキシミンが腸の微生物叢に及ぼす効果を、2つの方法、すなわち従来方式の培養技法、及びトライアルにおいてランダムに選択された対象約100例から収集された便サンプルの次世代遺伝子配列決定法により評価した。皮膚スワブも、ランダムに選択された追加の対象113例から取得し、スタフィロコッカス菌について培養した。
【０２６８】
次世代16S rRNA遺伝子配列決定法を用いて、ランダムに選択された対象約100例から試験の全コースにわたり収集された便サンプルより、約22億の塩基対を生成した。リファキシミンの単回コースと、これに続いてトライアルの残りの期間、プラセボ治療を受けた対象と比較して、リファキシミンの反復コースを受けた対象において、多様性(表2を参照)、及びBray-Curtis類似性(表3を参照)指標の両方に基づき、糞便微生物叢に不具合が認められないことがデータより判明した。
【０２６９】
【表３】
0006693946.tif 000004
【０２７０】
【表４】
0006693946.tif 000005
【０２７１】
培養及び感受性試験の結果より、便又は皮膚スワブ培養物から増殖させた単離物において、非リファマイシン抗生物質に対する交差耐性のエビデンスは認められないことが実証される。リファキシミンによる治療コースを反復しても、便内又は皮膚上における潜在的病原性細菌(例えば、C.ディフィシル、エンテロコッカス属、又はスタフィロコッカス属)の出現について、患者にそのような傾向をもたらさないと思われる。リファキシミンは便内で高濃度に達することから、抗生物質に対する微生物の感度の指標であるリファキシミンの最低阻止濃度(MIC)に一過性の変化が、正常な細菌叢の一部で認められたが、このような変化は時間が経過しても可逆的であった。ごく少数のC.ディフィシル単離物が、一般母集団中の無症候性保菌者に関する文献報告と一致する割合で、便サンプル内で同定されたが、またこの単離物のいずれも、リファキシミン耐性を示さなかった。
【０２７２】
これは、IBS患者を対象とした、今日までで最も網羅的なミクロビオームデータセットであり、20億を超えるデータポイントが収集された。縦方向のサンプルは、リファキシミンを反復投与した時のミクロビオームの安定性を表し(図aを参照)、またリファキシミンを反復使用しても、潜在的な主要病原体に対する抗生物質感受性に変化は認められなかった。
【０２７３】
[実施例3]
GI細菌培養及び耐性
本試験(図1の治験デザインを参照)では、治験母集団を対象として、すべての収集時点において便サンプルを検査し、また臨床的に注目されている抗生物質に対するグラム陰性桿菌及びC.ディフィシルを含む便微生物叢の感受性についても特徴づけを行った。微生物叢試験の記載に従い、便サンプルを収集した。
【０２７４】
好気性生物を同定するために、選択された対象に由来する便の一定分量を、5%のヒツジ血液を含む大豆トリプシン寒天プレート上に播種した。好気性プレートを、34〜36℃で5〜7%のCO2と共に24時間、又は所望の条件下でインキュベーションした。嫌気性生物用の便の一定分量を、C.ディフィシル及びバクテロイド種を選択するために、シクロセリンセフトキシチンフルクトース寒天又はバクテロイデス胆汁エスクリン寒天上に播種した。便サンプルに由来する追加のサンプル播種と共に、嫌気性プレートを嫌気性条件下で播種した。嫌気性プレートを、34〜36℃、嫌気性条件(例えば、嫌気性チャンバー)において48時間インキュベーションした。
【０２７５】
対象の試料を用いて、便サンプルを寒天プレートの第一象限に播種した。細菌コロニーを単離するために、播種の標準的な手段を用いて、試料を寒天プレートの相互に接する象限をまたいでストリークした。1+、2+、3+、及び4+の半定量的基準を用いて、寒天プレートを増殖について評価した。基準は、播種された寒天プレートの四分割と関連して規定された。微量液体希釈法を用いて、好気性の単離物を、抗生物質のパネルに対する感受性について試験した。寒天希釈法を用いて、嫌気性の単離物を、抗生物質のパネルに対する感受性について試験した。
【０２７６】
単離され、抗生物質感受性について試験された各細菌種を、より大きなクラス、すなわちエンテロバクター科(Enterobactericeae)、エンテロコッカス科(Enterococcaceae)、バクテロイデス科(Bacteroidaceae)、スタフィロコッカス科(Staphylococcaceae)、クロストリジウム科(Clostridiaceae)、又はシュードモナス科(Pseudomonadaceae)にグループ化した。調査したエンテロバクター科には、大腸菌属、クレブシエラ属、プロテウス属、エンテロバクター属、及びシトロバクター(Citrobacter)種のメンバーが含まれた。治療母集団のMIC範囲を決定するために、治療群(二重盲検(DB)プラセボ、DBリファキシミン、非盲検(OL)リファキシミン)の各対象から得られたMICデータを、来院別にコンパイルした。単離物の≧50%が阻害されるMIC濃度が、その母集団のMIC50であった。MIC90値は、母集団の≧90%が阻害されるMIC値を表した。
【０２７７】
特定の細菌種(M100-S24)に対してCLSI定義のブレークポイントを有するすべての抗生物質について、MIC値を、前記ブレークポイントを用いて解釈した。しかし、この分析では、抗生物質が定義された感受性及び中間分類を有した場合、両者は感受性ありとして分類された。抗生物質についてブレークポイントが規定されなかったが、抗生物質の製品ラベルにin vitro感受性について範囲が表示されていた場合には、MICを分類するのにその数値を用いた。その他のすべてのケースにおいて、MICパネルで試験された最高希釈倍率以上のMIC値を耐性とみなし、及び最高希釈倍率未満のMIC値を感受性ありとみなした。
【０２７８】
RFIB3053で試験した便サンプルから単離された細菌を以下にまとめる。
グラム陰性菌
大腸菌
クレブシエラ種
シュードモナス種
エンテロバクター種
セラシア種
プロテウス種
バクテロイド種
グラム陽性菌
エンテロコッカス種
スタフィロコッカス種
クロストリジウム・ディフィシル
【０２７９】
感度試験を、好気性菌につき微量液体希釈により、及び嫌気性菌につき寒天希釈により、下記の抗生物質、すなわち
リファキシミン-嫌気性菌
リファンピン-嫌気性菌
バンコマイシン-嫌気性菌
フィダキソマイシン-嫌気性菌
メトロニダゾール-嫌気性菌
リファキシミン-好気性菌
リファンピン-好気性菌
セフタジジム-好気性菌
セフトリアキソン-好気性菌
シプロフロキサシン-好気性菌
イミペネム-好気性菌
メロペネム-好気性菌
ピペルシリン/タゾバクタム-好気性菌
の各抗生物質を用いて実施した。
【０２８０】
単離された便培養物から単離された主要な細菌ファミリーは、バクテロイデス科(525例の単離物、全単離物の36.7%を占める)、エンテロバクター科(484例の単離物、全単離物の33.9%を示す)、及びエンテロコッカス科(286例の単離物、全単離物の20%を占める)であった。来院全体にわたり、治療群を問わず、C.ディフィシルの単離物22例を便から培養した。C.ディフィシルは、全培養細菌の1.5%を占めた。スタフィロコッカス属単離物は、全単離物の約6.4%を占めるに過ぎなかった。
【０２８１】
試験のOL相に登録し、治療2を受けた対象は、第1日目の便から培養された、合計336例の単離物を有した。エンテロバクター科(124例の単離物)及びバクテロイデス科(122例の単離物)の両ファミリーが、単離物の大部分を占めた。スタフィロコッカス属は、第1日目の全単離物のうちの18例を占めた(5.4%)。C.ディフィシルの単離物4例が、第1日目に同定された。この単離物の割合は、OL相全体を通じて一定のまま留まり、C.ディフィシル及びシュードモナス属の単離物は、来院全体にわたり稀であり、また散発的に培養された。
【０２８２】
DB相の第1日目、113例の単離物が、プラセボ群に登録された対象に由来する便から同定され、また131例の単離物が、リファキシミン治療群に登録された対象から同定された。OL相と同様に、バクテロイデス科及びエンテロバクター科に属する細菌が、両群の便から培養された単離物の大部分を占めた。2例のC.ディフィシル単離物が、プラセボ治療対象において第1日目に見出され、4例のC.ディフィシル単離物が、リファキシミンの投与を受けるようにランダム化された対象において第1日目に同定された。リファキシミン又はプラセボを用いた治療を2週間行った後、類似した数の細菌が2治療群において単離された。2例のC.ディフィシル単離物がプラセボ治療対象の便から回収され、また1例の単離物が、第2週目にリファキシミン治療対象から回収された。フォローアップ期間全体を通じて、単離物の相対的な割合(%)は、第1日目及び第2週目に認められた割合と整合した。フォローアップ期間中に、C.ディフィシル単離物はリファキシミン治療対象においてまったく見出されなかったが、フォローアップ期間中、5例のC.ディフィシル単離物がプラセボ治療対象から培養された。
【０２８３】
7系統の酵母菌が、対象14例から、合計17例の酵母菌単離物として単離された。全体として、酵母菌培養物は、便から単離された培養物(細菌及び酵母菌を含む合計1429例の培養物)の1.2%を占めた。単離物のうちの4例をリファキシミン治療前に採取された治療2のサンプルから培養した。1例の対象に限り、2回以上の来院時に酵母菌が単離された。
【０２８４】
本明細書に記載する試験で行われたリファキシミン治療は、微生物培養能力及びリファキシミン、リファンピン、及び非リファマイシン抗生物質に対する感受性の両方に関し、便微生物叢に対してほとんど効果を有さないと思われる。治療群全体として、培養された生物の数に若干の変化が認められた以外、リファキシミン治療による異常繁殖は認められなかった。更に、便から培養された酵母菌単離物は最低限度で存在し、正常な保因パターンと整合した。
【０２８５】
便から培養されたスタフィロコッカス単離物について、リファキシミン及びリファンピンについて、MIC値の一過性の増加が認められた。MICの増加が、OL相の治療2終了時、及びDBR相の治療3終了時に認められた。対象がいつ復帰したかその時期に応じていくつかの群に分けたフォローアップ来院において、スタフィロコッカス属のMICは、最後のリファキシミン治療以降の時間が経過するに従い、ベースラインまで戻った。いくつかの種、例えばバクテロイド属に対するリファキシミンのMIC50又はMIC90に若干の増加が認められたが、その増加は、いずれの場合も、ベースライン時において報告されたMICの範囲内であった。エンテロバクター科については、MIC50はRFIB3053で1〜2希釈分増加したが、ベースライン感受性レベルまで急速に回復した。この便内の急速な回復は、リファキシミン耐性細菌、特に急速に回復すると思われる好気性菌が、便から急速に消失したという報告と一致する。MICに最低限の変化しか認められなかったと共に、便から培養された潜在的病原体の数について増加は認められなかった。その他の抗生物質に対する便細菌の感受性について、治療関連の効果は明白でなかったが、リファキシミンに対する耐性の機構を前提とすれば、予測通りである。リファキシミン及びその他のリファマイシン抗生物質は、細菌性RNA合成の阻害剤であり、細菌性DNA依存性RNAポリメラーゼのβ-サブユニットに結合することにより作用する。リファマイシンクラスに対する細菌耐性の公知の機構、すなわちポリメラーゼをコードする遺伝子の突然変異は、プラスミド媒介型ではなく、染色体媒介型である。突然変異は、rpoB遺伝子の特定の2座位において最も高頻度で生じ、耐性を引き起こすが、酵素として最適には機能しないことが知られている。従って、その他の抗生物質クラスに対する交差耐性は、プラスミド転移の欠如により限定的であり、またリファキシミンが非リファマイシン抗生物質に対する耐性を拡散させるリスクは低い。
【０２８６】
本明細書に記載する試験では、スタフィロコッカス種に対する一過性の耐性が、便サンプルから得られた培養において同定されたに過ぎず、非リファマイシン抗生物質に対する交差耐性は認められなかった。リファキシミン及びリファンピンのMIC値に認められた一過性の増加は、リファキシミン治療を中止すると急速に回復したが、これは、薬剤圧力が無くなれば突然変異適合性が失われることのエビデンスを裏づける。便内で培養された任意の細菌について、任意の非リファマイシン抗生物質に対するリファキシミン媒介型交差耐性の試験を行なったが、そのようなエビデンスは認められなかった。更に、便内で培養されたスタフィロコッカス属においてMICの一過性増加が認められたが、経時的に可逆的であった。その他の細菌の感度は、リファキシミン治療による影響を受けないと思われた。IBSの治療を目的とするリファキシミンの長期安全性及び有効性と整合して、IBS患者を対象として、リファキシミンを用いた単回又は反復治療コースを行った後に、感染率の増加は認められなかった。
【０２８７】
リファキシミン治療は、スタフィロコッカス属に対するMICの一過性の増加を引き起こす。このMICの増加は、リファキシミン治療中止後に急速に回復し、従って長期にわたり遷延しない。換言すれば、リファキシミンは、リファキシミン又はその他の抗生物質に対する微生物叢の感受性に及ぼすような長期的効果を有さない。リファンピンMIC及びMICの変化は、反復治療で用いられるリファキシミンの場合に類似することが、驚くべきことに判明した。全体として、試験のOL相及びDB相、両相において、リファンピンは、一過性のMIC上昇及びスタフィロコッカス属等の細菌に対する耐性を認めたが、リファキシミン治療の中止に伴い回復した。その他の抗生物質に関するパターンについては、観察しなかった。
【０２８８】
本明細書では、第3相試験から得られた便培養物及び抗生物質感受性データの前方視的評価が提示される。このデータから実証されることとして、全体としては、対象から培養された便サンプルにおいて、プラセボと比較して、病原体、例えばクロストリジウム・ディフィシル等のレベルが増加したというエビデンスは認められなかったことが挙げられる。培養されたすべてのC.ディフィシルは、感受性試験において、リファキシミンに対してきわめて高い感受性を有した。便内で培養された任意の細菌について、任意の非リファマイシン抗生物質に対するリファキシミン媒介型交差耐性の試験を行なったが、そのようなエビデンスは認められなかった。便内で培養されたスタフィロコッカス属においてリファキシミン最低阻止濃度の一過性の増加が認められたが、経時的に可逆的であった。その他の細菌の感度は、リファキシミン治療による影響を受けなかった。
【０２８９】
リファキシミンによる治療コースを反復しても、便内の潜在的病原性細菌(例えば、C.ディフィシル、エンテロコッカス属、又はスタフィロコッカス属)の出現について、患者にそのような傾向をもたらさないことが、驚くべきことに判明した。ごく少数のC.ディフィシル単離物が、一般母集団中の無症候性保菌者に関する文献報告と一致する割合で、便サンプル内で同定されたが、またこの単離物のいずれも、リファキシミン耐性を示さなかった。リファキシミンは便内で高濃度に達することから、抗生物質に対する微生物の感度の指標であるリファキシミンの最低阻止濃度(MIC)に一過性の変化が、正常な細菌叢の一部で認められたが、このような変化は時間が経過しても可逆的であった。
【０２９０】
[実施例4]
皮膚スワブ
下痢を伴う過敏性腸症候群(IBS-D)の患者に関する本試験では、IBS-Dの患者の皮膚スワブサンプルから培養されたスタフィロコッカス系統の増殖性及び抗生物質感受性について、特徴づけを行った。
【０２９１】
皮膚スワブ試験では、来院3及び4(それぞれ、ベースライン時、及び非盲検リファキシミン550mg、1日3回、2週間[治療2]実施後)、来院6及び7(リファキシミン550mg、1日3回、又はプラセボを用いた二重盲検再治療[治療3]を実施する前、及び2週間実施した直後)、及び来院11(試験終了時)の各来院時において、対象のサブセット(治験母集団の約10%)について、皮膚スワブ収集を実施した。本試験の対象毎に、皮膚スワブを直腸周辺、鼻孔、掌、及び前腕から収集し、スワブを媒体含有チューブ内、周囲温度にて、微生物学検査室に向けて速やかに発送した。あらゆるスタフィロコッカス種を単離するために皮膚スワブ培養を実施した。
【０２９２】
非盲検(OL)リファキシミン期間(治療2)中に、すべての対象がリファキシミンの投与を受けた。リファキシミン治療に反応した対象が、試験の二重盲検(DB)再治療相について適格性を有した。再治療の可能性のある合併症を伴わないリファキシミン単回治療の効果を評価するために、試験のDB相に登録した対象の場合、治療3の開始時に採取した前記対象の皮膚スワブサンプルは、試験の非盲検相に対する「試験終了時」サンプルとして扱われた。
【０２９３】
試験のDB相に登録した対象を、リファキシミン又はプラセボの投与を受けるようにランダム化した。対象を、治療3来院、EOT3来院、及びEOS来院の時点で比較した。
【０２９４】
スワブを、下記の手順、すなわち、
・左前腕及び右前腕の皮膚:合計約10回のストロークを用いて前腕を単一のスワブでスワブ処理した。スワブのすべての側面が皮膚に曝露されるように、スワブをストローク毎に回転させた。各腕について1つのスワブを用いた。
・掌:掌全体をスワブ処理し、すべての側面が皮膚に曝露されるように、スワブを回転させた。両方の掌を同じスワブを用いてスワブ処理した。
・鼻孔:スワブの先端を各鼻孔に慎重に挿入し、2回捻った。スワブは外鼻孔のみをサンプリングするように意図されたので、スワブが鼻孔内に深く挿入されないよう徹底するために注意を払った。各鼻孔につき、約1/4インチを超えてスワブ挿入は行わなかった。両方の鼻孔を、同じスワブを用いてサンプリングした。
・直腸周辺:直腸領域周辺をスワブでスワイプし、スワブのすべての側面が皮膚に曝露されるよう徹底するために、ストローク毎に回転させた。スワブの直腸挿入は行わず、直腸外部周辺のみをスワブ処理した。
の各手順を用いて収集した。
【０２９５】
微生物学検査室で入手したら、グラム陽性コロニーを選択するために、各皮膚スワブを、5%のヒツジ血液を含有するトリプシン大豆寒天、及び5%のヒツジ血液を含むコロンビア-コリスチン・ナリジクス酸寒天上に蒔いた。試料スワブを寒天プレートの第1象限に播種した。細菌コロニーを単離するために、播種の標準的な手段を用いて、試料を寒天プレートの相互に接する象限をまたいでストリークした。播種されたプレートを、35℃、5〜7%のCO2インキュベータ中でインキュベーションし、24及び48時間の時点で細菌増殖についてプレートを調べた。1+、2+、3+、及び4+の半定量的基準を用いて、寒天プレートを増殖について評価した。基準は、播種された寒天プレートの四分割と関連して規定された。
【０２９６】
皮膚スワブ単離物の培養及び感受性試験
微量液体希釈法を用いて、スタフィロコッカス属の単離物を、抗生物質のパネルに対する感受性について試験した。最低阻止濃度(MIC)測定の場合、約3〜5例の単離されたコロニーを継代培養プレートから選択して、CLSIガイドラインに基づき、0.5のマクファーランド標準に近づけた懸濁液を作製した。インキュベーションプレートの播種直前に、細菌懸濁液を調製した。抗生物質のストックを調製し、陽イオン調整ミューラー・ヒントン液体培地で希釈した。各試験プレートを、35±1℃、CO2中でしかるべき時間インキュベーションした。必要に応じて、品質管理用の系統が試験プレートに含まれた。純度対照プレート並びに陽性及び陰性増殖対照が各サンプル測定時に含まれた。
【０２９７】
感度試験を、微量液体希釈により、下記の抗生物質、すなわち
リファキシミン
リファンピン
セフタジジム
セフトリアキソン
セファロチン
シプロフロキサシン
イミペネム
メロペネム
ピペラシリン
タゾバクタム
トリメトプリム
スルファメトキサゾール
バンコマイシン
の各抗生物質を用いて実施した。
【０２９８】
試験のOL相では、ブドウ球菌単離物1115例が、皮膚スワブ試験に参加した対象(対象113例)より収集された皮膚スワブから同定された。OLリファキシミン開始前の治療2来院(第1日目)に、単離物373例を培養し、EOT2来院時(第2週目)に、ブドウ球菌単離物336例を培養した。皮膚スワブから同定されたスタフィロコッカス属の最も多く存在する種は、S.エピデルミデス(S. epidermidis)であり、全単離物カウントの55%を占めた。黄色ブドウ球菌(S. aureus)の単離物合計52例が、試験のOL相において同定された(OL相の全単離物の4.7%)。この単離物のうち、22例が第1日目に培養され、11例が第2週目に培養され、残りの19例がフォローアップ期間中に培養された。場所に関しては、来院全体にわたり認められた大部分の単離物が、鼻孔及び直腸皮膚周辺から培養された。
【０２９９】
試験の二重盲検(DB)反復治療相では、ブドウ球菌単離物171例がプラセボ投与を受けるようにランダム化された対象12例から培養され、またブドウ球菌単離物208例が、リファキシミン投与を受けるようにランダム化された対象18例から培養された。S.エピデルミデス単離物81例、及び黄色ブドウ球菌単離物9例が、プラセボ治療対象から同定され、またS.エピデルミデス単離物114例、及び黄色ブドウ球菌単離物17例が、リファキシミン治療対象から同定された。場所に関しては、来院全体にわたり認められた大部分の単離物が、鼻孔及び直腸皮膚周辺から培養された。
【０３００】
リファキシミンのMIC分析
試験のOL相に限定で登録し、治療2のみを受けた対象において、治療2来院時に培養された(第1日目)ブドウ球菌単離物合計373例が認められた。治療2におけるブドウ球菌単離物のリファキシミンMIC50値は0.015μg/mLであり、またMIC90値は0.03μg/mLであった。EOT2来院(第2週目)において、リファキシミンのMIC50は0.015μg/mLであったが、MIC90値は32μg/mLまで増加した。MIC値の全体的な範囲は、第2週目においてより広がり、≦0.001μg/mL〜128μg/mLであった。第7週〜第32週の間で生じたOL最終評価来院では、リファキシミンのMIC90値は、第7週〜第10週の期間中の2μg/mLから、第11週目以降のMIC90値0.03μg/mLまで低下した。観察された最大MIC濃度は、64μg/mLから0.06μg/mLに低下し、MIC濃度範囲は、リファキシミン治療から時間が経つにつれて狭まった。
【０３０１】
DB相  (治療3)の第1日目に、ブドウ球菌単離物48例が、皮膚スワブ試験に参加し、プラセボ投与を受けるようにランダム化された対象12例から回収され、リファキシミンMIC50値は0.015μg/mLであり、またMIC90値は0.03μg/mLであった。この数値は、残りの試験全体を通じて一定のまま留まり、リファキシミンに対するブドウ球菌単離物の感受性に対して、リファキシミン治療の長期効果は認められないことが実証される。
【０３０２】
対象は、OL治療2において、リファキシミンを用いてこれまでに治療されており、ブドウ球菌単離物が治療前の感受性まで完全に戻る前にDB治療3に登録し得た、という事実に少なくとも一部起因して、第1日目のMICの範囲は広かった(≦0.001μg/mL〜64μg/mL)。DL最終評価来院(第11週〜第38週の間で生ずる)のすべてにおいて、リファキシミンのMIC範囲は狭まった(0.004μg/mL〜0.06μg/mL)。試験のDB相において、リファキシミンの投与を受けるようにランダム化された皮膚スワブ対象(対象18例)の場合、第1日目では、最初のMIC50及びMIC90値は、それぞれ0.015μg/mL及び0.03μg/mLであり、プラセボ治療群との差異は認められなかった。EOT3来院時(第2週目)では、リファキシミンのMIC90値は32μg/mLであった。DB最終評価来院では、MIC50値は低いままであったが(0.015〜0.06μg/mL)、MIC90は上昇したままであった。第11週〜第14週の間にサンプリングされた対象の場合、MIC90は64μg/mLであった。MIC90値は、第15週〜第22週の間で0.5μg/mLまで低下したが、また第23週〜第38週の間にサンプリングされた対象では0.06μg/mLであった。最高3回のリファキシミン治療を受けた後でも、ブドウ球菌単離物が示したリファキシミンMIC値の上昇は、継続しなかった。
【０３０３】
リファンピンのMIC分析
リファンピンのMICを、CLSIにより定義されたブレークポイントに基づき、スタフィロコッカス属について分析したが、この場合、MIC≧4μg/mLは、耐性とみなされた。分析の目的からすると、<4μg/mLであるすべてのMIC値は、リファンピンに対して感受性を有するとみなされた。試験のOL相に登録した対象は、治療2の第1日目に≦0.015〜0.12μg/mLのMIC範囲を有したが、リファキシミンを用いた治療前の治療2来院時では、MIC50及びMIC90は、≦0.015μg/mLであった。リファキシミンを用いた治療後、第2週目において、MIC値が≧4μg/mLである単離物39例、及びMIC値が<4μg/mLである単離物297例が認められた。リファンピン耐性単離物は、直腸周辺に主に位置したが(耐性単離物32例)、耐性単離物4例が掌から培養され、また耐性単離物3例が左前腕スワブから培養された。EOT2におけるMIC50は≦0.015μg/mLであり、MIC90は16μg/mLであった。第7週〜第32週の間で生じたOL最終評価来院では、ブドウ球菌単離物合計406例のうち16例が、≧4μg/mLのリファンピンMIC値を有した。第7週〜第10週の期間において、リファンピンのMIC90は0.5μg/mLであったが、第11週目以降では≦0.015μg/mLまで低下した。リファンピン耐性単離物7例(単離物の9.5%)が、第7週〜第10週の間に、皮膚スワブサンプルから単離されたが、大部分の耐性単離物は直腸周辺に局在した。第11週〜第14週の間で、耐性単離物7例が皮膚スワブから培養された(単離物の2.8%)。第15週〜第32週では、リファンピン耐性単離物は、皮膚スワブサンプルにおいて認められなかった。
【０３０４】
DB相においてプラセボ治療を受けた対象が有したリファンピンMIC50及びMIC90値は、第1日目(治療3)からDB最終評価来院に至るすべての来院において、≦0.015μg/mLであった。リファキシミンと同様に、リファンピンのMIC値について認められた最大値は、第1日目及び第2週目来院時に上昇したが、これは、DB相でランダム化される前までの感受性レベルの戻りが不完全であったことに起因し得る。プラセボ治療対象の場合、治療期間中にリファンピン耐性単離物3例、すなわち第1日目に単離物1例、及び第2週目に単離物2例が認められ、すべて直腸周辺に由来した。
【０３０５】
その他の抗生物質の場合、治療群(OLリファキシミン、DBプラセボ、又はDBリファキシミン)を問わず、RFIB3053におけるMIC変化に対してパターンは認められなかった。スタフィロコッカス属単離物の一部は、シプロフロキサシン等の抗生物質に対して低レベルの耐性示したが、リファキシミン治療又は時間に関して実質的に変化しなかった。
【０３０６】
リファキシミン及びリファンピンのMICにおける一過性のシフトが、リファキシミンを用いた単回治療及び反復治療で認められた。MICの増加は、長期間にわたり持続しなかったが、対象が有した皮膚ブドウ球菌細菌叢は、試験終了時までに感受性レベルに戻った。直腸周辺上で見出された単離物の耐性が最も高く、手、前腕、掌、又は鼻孔上の単離物の耐性が最低であった。
【０３０７】
試験したその他の抗生物質では、リファキシミン治療により引き起こされた可能性のあるMICの変化は認められなかった。
【０３０８】
培養及び感受性試験の結果は、便又は皮膚スワブの培養から増殖させた単離物において、非リファマイシン抗生物質に対する交差耐性のエビデンスが認められないことを実証する。リファキシミンの治療コースを反復しても、皮膚上における潜在的病原性のスタフィロコッカス系統の出現について、患者にそのような傾向をもたらさないと思われる。
【０３０９】
リファキシミンの治療コースを反復しても、便内又は皮膚上における潜在的病原性細菌(例えば、C.ディフィシル、エンテロコッカス属、又はスタフィロコッカス属)の出現について、患者にそのような傾向をもたらさないと思われる。ごく少数のC.ディフィシル単離物が、一般母集団中の無症候性保菌者に関する文献報告と一致する割合で、便サンプル内で同定されたが、またこの単離物のいずれも、リファキシミン耐性を示さなかった。リファキシミンは便内で高濃度に達することから、抗生物質に対する微生物の感度の指標であるリファキシミンの最低阻止濃度(MIC)に一過性の変化が、正常な細菌叢の一部で認められたが、このような変化は時間が経過しても可逆的であった。
【０３１０】
全体として、皮膚スワブ培養物に由来するデータより、リファキシミンを用いて治療を行っても、臨床的に重要な抗生物質耐性を引き起こさないことが示唆される。試験したその他の抗生物質について交差耐性は認められなかった。リファキシミン又はリファンピンのMIC50値に変化は認められなかった。ブドウ球菌単離物について、リファキシミン及びリファンピンのMIC90値に一過性の変化が認められたが、試験終了時までにベースライン値に戻ることが観察された。リファキシミン及びリファンピンのいずれも、ブドウ球菌感染症のための第一選択治療ではないので、この一過性の変化は、臨床診療に障害をもたらすとは予想されない。更に、黄色ブドウ球菌単離物の数の増加は、試験のOL相又はDB相において認められず、また黄色ブドウ球菌単離物は、リファキシミン又はリファンピンに対して耐性を示さなかった。
【０３１１】
[実施例5]
治験デザイン
第3相トライアルに関する全体的な治験デザインを図1に示す。
対象は、10(±3)日間の治療を含むスクリーニング/治療1相に参入し、この期間中、対象は単盲検プラセボの投与を1日3回受け、日々の症状に関する日記を作成した。スクリーニング/治療1相の後、適格性を有する対象が、治療2相に参入し、非盲検リファキシミン550mg、1日3回、2週間の投与と共に、治療を行わない4週間のフォローアップを受けた。治療2相の終了時に、4週間のフォローアップ期間のうち少なくとも2週間、IBS関連の腹痛及び便の硬さの両方において治療の奏功を実現した対象が、反応例として分類され、治療を行わないメンテナンス相1に参入した。治療2相での非反応例は試験から撤退させ、リファキシミンを用いた治療に反応する対象の母集団が増すようにした。
【０３１２】
治療を行わないメンテナンス相1の期間は異なり(合計最長18週間)、症状再発の時期に依存した。メンテナンス相1終了時までに再発基準を満たさなかった対象は、試験から撤退した。再発した対象は、二重盲検(DB)反復治療相とも呼ばれる治療3相に参入した。この相では、対象は、リファキシミン550mg、1日3回、又はプラセボ、1日3回、2週間の治療を受けるように1:1にランダム化され、これに治療を行わない4週間のフォローアップが付加した。治療3相を経たすべての対象は、次に6週間メンテナンス相(メンテナンス相2)に参入した。メンテナンス相2を経たすべての対象は、次に第2の反復治療(SRT)相(すなわち、治療相4)に参入し、治療3相(リファキシミン550mg、1日3回、又はプラセボ、1日3回)でこれまでに割り振られた治療と同じ治療を2週間受け、これに治療を行わない4週間のフォローアップが付加した。SRT相終了後に、すべての対象は、追加の治療を行わない4週間のフォローアップを受け、これに最終的な試験終了時(EOS)来院が付加した。
【０３１３】
図1では、便収集時点は、濃い灰色のボックスで表されている。RFIB3053に参加したすべての対象は、治療2(T2)来院、治療2終了時(EOT2)来院、治療3(T3)来院、EOT 3来院、及び試験終了時(EOS)来院の各時点で便サンプルを提供した。フォローアップ期間は対象に応じて変化し、従ってデータを分析及び解釈する目的から、ブドウ球菌単離物の抗生物質感受性に対する時間の効果が存在するか、その存否を確認するために、フォローアップ来院は4週間の期間内で割り振った。更に、対象が症状を再発し、試験のDB相に登録した場合には、治療3来院は、OL治療相の最終来院として処理された。また、治療3来院は、試験のDB相に登録した対象について、DBベースライン来院として扱われた。
【０３１４】
16S rRNA遺伝子の配列決定
選択された対象から得た便の一定分量を、ゲノム配列決定用として凍結発送した。試験時に、サンプルを解凍した。DNAを便から抽出した。次世代配列決定技術(Illumina HiSeq2500)を、16SリボソームRNAのV4領域を配列決定するのに用いた。そうするために、286塩基対(bp)領域を、F515(フォアワード): GTGCCAGCMGCCGCGGTAA、及びR806(リバース): GGACTACHVGGGTWTCTAATプライマー(17)を用いて増幅した。
データを、Illuminaのアダプター情報を用いて最初に多重分離し、次に多重分離の第2ラウンドを実施した。
【０３１５】
合計103例の対象を、便微生物叢分析に組み入れるようにランダムに選択した。メジアン年齢は48.0歳であった(最年少19歳、最高齢85歳)、ほとんどの対象は白人であり(82.5%)、また大半は女性であった(73.8%)。合計73例のこれらの対象が試験の二重盲検相に参加し、36例がプラセボ群、また37例がリファキシミン群に含まれた。プラセボ対象及びリファキシミン対象は、人口統計学的特徴に関して一般的に類似した。
【０３１６】
合計約46億(約22億×2ペアドエンド)の配列を、選択された便サンプルから生成した。分析は、50%の閾値で、重複しないペアドエンドの両方に由来するマッチングRDP(リボソームデータベースプロジェクト)ファミリーコールを有した約19億の読み取りに基づいた。172種類の異なるファミリーが、ランダムに選択された対象から同定された。臨床的意義を有する可能性のある分類群に重点を置くために、同じ対象から培養された細菌ファミリー、IBSにおいて変動したものとして配列決定法により同定された細菌、及び第3相試験コース期間中に変化したと思われる細菌ファミリーを含む172種類から分類群のサブセットを識別した(表4)。このリストには、既知の病原体を含む細菌のファミリーも含まれる。
【０３１７】
【表５】
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【０３１８】
豊富度、多様性、及び類似性の分析:
Shannon多様性インデックスを、各来院時において便微生物叢の多様性を調べるのに用いた(存在する細菌ファミリーの数だけでなく、細菌ファミリーの相対的存在量も考慮する)。便微生物叢の多様性について、試験のOL相で行われたリファキシミン治療による実質的変化は認められなかった。
【０３１９】
更に、試験のOL相の各来院時において、微生物叢の均斉度を評価した。微生物叢の均斉度は、リファキシミン治療により影響を受けず、ベースライン来院後に、微生物叢の全体的な均斉度に軽微な変更が生じたに過ぎなかった。
【０３２０】
微生物叢の豊富度は、便微生物叢に認められた細菌ファミリーの数を反映する指標であるが、治療前のベースラインからOL相の第2週目にかけてわずかに低下するものと思われたが、これはリファキシミン治療期間に相当した(図11)。豊富度は、ベースラインから第2週目にかけて1.235ファミリーだけ低下した。2週間のOLリファキシミン治療終了後のフォローアップ期間中に、豊富度はベースラインレベルまで正常化した。図11は、データの視覚的な印象を提供するために示し、一方、図12は、第2週目及びOL相のフォロー期間におけるベースラインからの変化を示す。
【０３２１】
便微生物叢から配列決定された細菌ファミリーでは、試験のOL相において対象から配列決定された最も豊富なファミリーは、アシダミノコッカス科(Acidaminococcaceae)、バクテロイデス科、ビフィドバクテリア科、コーリオバクテリア科(Coriobacteriaceae)、エンテロバクター科、ラクノスピラ科(Lachnospiraceae)、プレボテラ科、リケネラ科(Rikenellaceae)、ルミノコッカス科、ベイヨネラ科、及びヴェルコミクロビア科であった。これらの細菌ファミリー11例は、試験のOL相、第1日目の読み取りのうち、約90%を占めた。第2週目(非盲検リファキシミン治療を2週間実施した直後)に減少が認められた細菌ファミリーに関して、第1日目に母集団の約2.0%を占めたビフィドバクテリア科の存在量は、第1日目との比較において12%〜49%減少した。第1日目に母集団全体の約14%を占めたバクテロイデス科の存在量は、第2週目に1%〜66%増加した。ラクトバチルス科等のいくつかの細菌ファミリーでは、試験のOL相の第1日目から第2週目にかけて統計的に有意な変化が認められたが、しかしその存在量は小さく、従って全体的なコミュニティー構造への寄与は小さかったはずであることが、重要事項として指摘される。同様に、ラクトバチルス科は、第2週目に8%〜51%減少したが、全体として、配列決定された母集団のうちの0.2%を占めたに過ぎない。従って、各ファミリーで認められた変化だけでなく、便微生物叢全体に対して細菌が有する量的寄与も考慮することが重要である。
【０３２２】
二重盲検相における豊富度、多様性、及び類似性の分析:
試験のDB相のベースライン時において、プラセボ又はリファキシミンの投与を受けるようにランダム化する前では、DBプラセボ群及びDBリファキシミン群のShannon多様性は類似しており、それぞれ1.733及び1.786であった。2週間の治療期間後、Shannon多様性は、プラセボ群で1.743、及びDBリファキシミン群で1.698であったが、治療間で有意差は認められなかった(p値=0.4335)。Shannon多様性は、フォローアップ期間中、実質的に不変のままであり、治療群間で有意差は認められなかった。
【０３２３】
微生物叢内の均斉度の指標も、試験のDB相において、リファキシミン治療又はプラセボ治療のいずれによっても変化を受けなかった。微生物叢の均斉度について、治療群内又は群間で有意な変化は認められなかった。
【０３２４】
微生物叢の豊富度は、試験のDB相において、リファキシミン治療により一時的に影響を受けた。DBプラセボ治療を受けた対象の微生物叢の豊富度は不変のままであったが(図13)、一方リファキシミン治療対象において、第2週目で豊富度は低下した(ベースラインから第2週目までのリファキシミン治療群の変化につきp=0.0331、及び第2週目にプラセボ治療対象をリファキシミン治療対象と比較すると、p=0.0224)。フォローアップ期間中、リファキシミン治療により引き起こされた豊富度の低下が戻り、フォローアップ期間内のいずれの来院時においても、プラセボ治療対象又はファキシミン治療対象の微生物叢に有意差は認められなかった(図14)。
【０３２５】
便微生物叢から配列決定された細菌ファミリーに関して、試験のDB相において、対象から配列決定された最も豊富な細菌ファミリーは、アシダミノコッカス科、バクテロイデス科、ビフィドバクテリア科、コーリオバクテリア科、エンテロバクター科、ラクノスピラ科、プレボテラ科、リケネラ科、ルミノコッカス科、ベイヨネラ科、及びヴェルコミクロビア科であった。これらの細菌ファミリー11例は、プラセボ群及びリファキシミン群のいずれの群においても、試験のDB相、第1日目の読み取りのうち、約90%を占めた。
【０３２６】
試験のDB相と同様に、ベースラインから第2週目の治療終了にかけて、いくつかの細菌ファミリーにおいて変化が認められたが、OL相と同様に、この変化の多くは、存在量が低いファミリーで生じた。変化は、DBプラセボ群及びDBリファキシミン群の両方で明白であった。リファキシミンを用いて治療された対象のいくつかのファミリーで認められた変化は、クロストリジウム1ファミリーで認められた場合と同じように、リファキシミンの抗菌活性と関連する可能性があり、第2週目において35〜88%減少した(p値=0.004)。このファミリーは、プラセボ治療対象及びリファキシミン治療対象の両方の配列の約0.2%を占めた。リファキシミンは、クロストリジウムファミリー内の種に対して強力なin vitro抗菌活性を有することが判明している。このファミリーの存在量は、フォローアップ期間中にベースラインまで戻った。第2週目において、プラセボで治療された対象から得たサンプルと比較して、クロストリジウム科に認められた減少は有意ではなかった(p値=0.062)。全体として、存在量が低い分類群は、リファキシミン治療による若干の効果を示したが、その変化は一過性であり、試験終了までに回復した。
【０３２７】
二重盲検治療にランダム化された対象における便微生物叢の豊富度に関する分析:
RFIB3053のOL相及びDB相の両コースにおける微生物の豊富度の変化を、リファキシミン(対象37例)又はプラセボ(対象36例)の投与を受けるように試験のDB相にランダム化された対象において調査した。DBプラセボ治療対象は、試験のOL相においてリファキシミンの投与を受けたが、同対象は、OL相の第2週目において豊富度の減少を示したものの、DB相の開始までに回復する(図15)。更に、豊富度は、OL相開始時とDB相終了時で類似した。
【０３２８】
DBリファキシミンの投与を受けた対象では、OLの第2週目及びDBの第2週目の両方で、豊富度の減少が認められ、各リファキシミン治療終了時に対応した(図16)。両治療を行った後に豊富度は回復したが、それは、リファキシミンを用いた単回治療又は反復治療を行った後でも、細菌分類群の長期的抑制は生じないことを示唆する。リファキシミン治療は、IBS-Dを有するプラセボ治療対象及びリファキシミン治療対象において、Shannon多様性又は均斉度に対して有意な効果は有さず、また微生物叢の豊富度に一過性の変化をもたらした。この豊富度の減少は、リファキシミン治療コース終了後に回復した。リファキシミン治療により影響を受けた細菌ファミリーについて、16S rRNA遺伝子の配列決定を行うと、より豊富な分類群よりも存在量の低い分類群の方が、リファキシミン治療による影響をより多く受けることが明らかになった。全体として、非盲検リファキシミンの単回コースとこれに続く二重盲検プラセボ治療を受けた対象と比較したとき、リファキシミンを用いた反復治療期中の対象において、便微生物叢の障害は認められなかった。
本発明の実施形態として、例えば以下を挙げることができる。
(1)  IBSの治療について、対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数よりも大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(2)  前記細菌の存在が、16S rRNA遺伝子の分析により検出される、(1)に記載の方法。
(3)  前記細菌の存在が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により検出される、(2)に記載の方法。
(4)  IBS治療に反応する対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数よりも大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(5)  IBSの再治療に反応する対象を診断する方法であって、
対象のGI管ミクロビオームを分析するステップ、
リファキシミンを、細菌を有する対象に投与するステップ、
を含み、反応例の平均数が、非反応例の平均数より大きく、且つ前記細菌の存在が、前記対象において検出される、
前記方法。
(6)  治療が、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む、(1)に記載の方法。
(7)  再治療が、第1の治療又はその他の治療からの再発後に、リファキシミン550mg、1日3回、14日間の投与を含む、(5)に記載の方法。
(8)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(9)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(10)  分析するステップが、メタゲノミクスにより、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(11)  分析するステップが、前記胃腸(GI)管内の微生物集団の帰属性及び繁栄性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(12)  分析するステップが、16S rRNA遺伝子の分析により細菌の帰属性を判断するステップを含む、(1)、(4)、又は(5)に記載の方法。
(13)  16S rRNA遺伝子のV4超可変領域が分析される、(12)に記載の方法。
(14)  前記対象が、表1の分類群のうちの1つ以上に該当する細菌を有する、(1)に記載の方法。
(15)  ステレラ科が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(16)  スフィンゴバクテリウム科が存在する場合、前記対象は治療に反応する。(1)に記載の方法。
(17)  フィロバクテリア科が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(18)  サーモアナエロバクター科が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(19)  バークホルデリアレス・インケルタエ・セディスが存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(20)  フラボバクテリア科が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(21)  ステレラ科、サーモアナエロバクター科、又はバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、(1)に記載の方法。
(22)  スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、又はフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(23)  ステレラ科、サーモアナエロバクター科、若しくはバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスのうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応しない、及び/又はスフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、若しくはフラボバクテリア科のうちの1つ以上が存在する場合、前記対象は治療に反応する、(1)に記載の方法。
(24)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を治療する方法であって、
リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
前記対象の糞便微生物叢、又はリファキシミン以外の抗生物質に対する前記対象の交差耐性、又は前記リファキシミンによる後続治療後の微生物出現に対する前記対象の傾向に効果が及ばない、
前記方法。
(25)  前記対象の全体的な糞便微生物叢に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(26)  前記対象の糞便微生物叢に対する効果が、Bray-Curtis類似性指標により評価される、(25)に記載の方法。
(27)  前記対象の糞便微生物叢に対する効果が、Shannon多様性インデックスにより評価される、(25)に記載の方法。
(28)  前記対象のリファンピン以外の抗生物質に対する交差耐性に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(29)  非リファマイシン抗生物質に対する前記対象の交差耐性に効果が及ばない、(24)に記載の方法。
(30)  抗生物質に対する前記対象の交差耐性に及ぼす効果が、前記対象から得た便スワブサンプルから増殖させた単離物の培養により評価される、(28)に記載の方法。
(31)  その他の抗生物質に対する前記対象の交差耐性に及ぼす効果が、前記対象から得た皮膚スワブサンプルから増殖させた単離物の培養により評価される、(28)に記載の方法。
(32)  前記抗生物質が、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、タゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、及びバンコマイシンを含む、(28)に記載の方法。
(33)  前記抗生物質が、バンコマイシン、フィダキソマイシン、メトロニダゾール、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、及びタゾバクタムを含む、(32)に記載の方法。
(34)  前記抗生物質が、セフタジジム、セフトリアキソン、セファロチン、シプロフロキサシン、イミペネム、メロペネム、ピペルシリン、タゾバクタム、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、及びバンコマイシンを含む、(32)に記載の方法。
(35)  前記リファキシミンによる後続治療が、前記対象の便内における微生物出現に対する前記対象の傾向に効果を及ぼさない、(24)に記載の方法。
(36)  前記リファキシミンによる後続治療が、前記対象の皮膚上における微生物出現に対する前記対象の傾向に効果を及ぼさない、(24)に記載の方法。
(37)  前記微生物が、酵母菌である、(24)に記載の方法。
(38)  前記微生物が、病原性細菌である、(24)に記載の方法。
(39)  前記微生物が、グラム陽性菌である、(24)に記載の方法。
(40)  前記微生物が、グラム陰性菌である、(24)に記載の方法。
(41)  前記病原性細菌が、大腸菌、クレブシエラ属、シュードモナス属、エンテロバクター属、セラシア属、プロテウス属、バクテロイド属、エンテロコッカス属、スタフィロコッカス属、及びクロストリジウム・ディフィシルの種を含む、(38)に記載の方法。
(42)  前記病原性細菌が、スタフィロコッカス種である、(41)に記載の方法。
(43)  前記病原性細菌が、エンテロコッカス種である、(41)に記載の方法。
(44)  前記病原性細菌が、クロストリジウム種である、(41)に記載の方法。
(45)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピン耐性がリファキシミン耐性を経験する患者で認められる、
前記方法。
(46)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgの1日3回(TID)、14日間の投与計画を、前記対象に実施するステップを含み、
1つ以上のリファキシミンによる後続投与計画を伴い、
後続投与計画が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピン耐性がリファキシミン耐性に匹敵する、
前記方法。
(47)  リファキシミン耐性の増加を示す対象で、リファンピン耐性の増加が認められる、(45)又は(46)に記載の方法。
(48)  リファキシミン耐性の増加を示さない対象で、リファンピン耐性の増加が認められない、(45)又は(46)に記載の方法
(49)  前記対象が、リファキシミン最低阻止濃度(MIC)において一過性の変化を示す、(24)に記載の方法。
(50)  MICの変化が、可逆的である、(49)に記載の方法。
(51)  リファキシミンMICの一過性の変化が、スタフィロコッカス種に対して呈されるようなMICの増加である、(49)に記載の方法。
(52)  前記対象が、リファンピンMICにおいて一過性の変化を更に示す、(49)に記載の方法。
(53)  リファンピンMICにおける一過性の変化が、可逆的である、(52)に記載の方法。
(54)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際に開始される、
前記方法。
(55)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際に開始される、
前記方法。
(56)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
前記対象の全体的な糞便微生物叢集団に効果が及ばない、
前記方法。
(57)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
リファンピン以外の抗生物質に対する前記対象の交差耐性に変化は生じない、
前記方法。
(58)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
前記リファキシミンによる後続治療後の微生物出現に対する前記対象の傾向に検出可能な変化は生じない、
前記方法。
(59)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含み、  1つ以上のリファキシミンによる後続治療を伴い、
後続治療が、
IBS関連の腹痛の兆候又は症状が再発した際、又は
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%増加した際
に開始され、
リファンピンMICの変化が、リファキシミンMICの変化と類似する、
前記方法。
(60)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体の出現に対して有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(61)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける病原体感受性に有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(62)  下痢型IBS(d-IBS)を有する対象を、リファキシミンを用いて治療する方法であって、
第1の治療を実施するステップ、
1つ以上のリファキシミンによる後続治療を実施するステップ、
を含み、
1つ以上の後続治療を行っても、対象の便又は皮膚サンプルにおける一般的な微生物集団に有意な効果を及ぼすというエビデンスは認められず、及び
リファキシミンを用いた前記治療及び各後続治療が、リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間、前記対象に投与するステップを含む、
前記方法。
(63)  対象の過敏性腸症候群(IBS)を診断又は治療する方法であって、
対象のサンプルを、1つ以上の細菌の有無について分析するステップ、及び
リファキシミンを前記対象に投与するステップ、
を含み、
前記細菌が、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属し、
前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミンに反応し、及び
前記対象のサンプルが、前記対象に由来する胃腸微生物叢を含む、
前記方法。
(64)  リファキシミンが、550mg、1日3回、14日間の投与計画で投与される、(63)に記載の方法。
(65)  IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(64)に記載の方法。
(66)  前記1つ以上の症状が、腹痛を含む、(65)に記載の方法。
(67)  前記1つ以上の症状が、軟便又は水様便を含む、(65)に記載の方法。
(68)  1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(64)に記載の方法。
(69)  前記サンプルが、便サンプルである、(63)から(68)のいずれかに記載の方法。
(70)  前記細菌の有無が、前記サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により判断される、(63)から(69)のいずれかに記載の方法。
(71)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子の分析により判断される、(70)に記載の方法。
(72)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される、(71)に記載の方法。
(73)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅、及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される、(72)に記載の方法。
(74)  前記細菌の有無が、細菌培養により判断される、(63)から(73)のいずれかに記載の方法。
(75)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(76)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(77)  前記1つ以上の細菌が、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(63)から(74)のいずれかに記載の方法。
(78)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(63)から(77)のいずれかに記載の方法。
(79)  過敏性腸症候群(IBS)を治療する方法であって、
リファキシミンを、反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい分類群に属する1つ以上の細菌を保菌することが判明している対象に投与するステップを含み、
リファキシミンが、550mg、1日3回、14日間の投与計画で前記対象に投与される、
前記方法。
(80)  IBSと関連した1つ以上の症状が再発した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(79)に記載の方法。
(81)  前記1つ以上の症状が、腹痛を含む、(80)に記載の方法。
(82)  前記1つ以上の症状が、軟便又は水様便を含む、(80)に記載の方法。
(83)  1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを更に含む、(79)から(82)のいずれかに記載の方法。
(84)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、サーモアナエロバクター科、バークホルデリアレス・インケルタエ・セディス、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(83)のいずれかに記載の方法。
(85)  前記1つ以上の細菌が、ステレラ科、サーモアナエロバクター科、及びバークホルデリアレス・インケルタエ・セディスからなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(84)のいずれかに記載の方法。
(86)  前記1つ以上の細菌が、スフィンゴバクテリウム科、フィロバクテリア科、及びフラボバクテリア科からなる群より選択される1つ以上の分類群に属する、(79)から(84)のいずれかに記載の方法。
(87)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(79)から(86)のいずれかに記載の方法。
(88)  対象の下痢型IBS(d-IBS)を治療する方法であって、
リファキシミン550mgを、1日3回(TID)、14日間の投与計画で、前記対象にリファキシミンを投与するステップ、及び
1週間のうちに1日当たりの軟便若しくは水様便の回数が50%以上増加した際に、前記投与計画を繰り返すステップを含む、
前記方法。
(89)  反応例の平均数が非反応例の平均数より大きい細菌の有無について、対象のサンプルを分析することにより、対象のリファキシミン反応性IBSを診断する方法であって、
前記細菌が検出された場合、前記対象はリファキシミン反応性IBSと診断され、及び
前記対象のサンプルは、前記対象に由来する胃腸微生物叢を含有する、
前記方法。
(90)  IBSが、d-IBSである、(89)に記載の方法。
(91)  前記サンプルが、便サンプルである、(89)又は(90)に記載の方法。
(92)  前記細菌の有無が、前記サンプルから単離された細菌DNAのゲノム分析により判断される、(89)から(91)のいずれかに記載の方法。
(93)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子の分析により判断される、(92)に記載の方法。
(94)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の分析により判断される、(93)に記載の方法。
(95)  前記細菌の有無が、16S rRNA遺伝子のV4超可変領域の増幅、及びV4超可変領域の増幅された配列の配列決定により判断される、(94)に記載の方法。
(96)  前記細菌の有無が、細菌培養により判断される、(89)から(95)のいずれかに記載の方法。
(97)  反応例の平均数及び非反応例の平均数が、リファキシミン550mgを、1日3回、14日間投与された患者の胃腸微生物叢データセットについて教師付き分類に基づき決定される、(89)から(96)のいずれかに記載の方法。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【配列表】
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