(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
６番染色体上に野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体であって、前記移入断片によってキュウリ果実収量が増加しており、前記移入断片が、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から栽培された栽培植物体を栽培キュウリ植物と交配することにより得ることができるものであり、６番染色体上の前記移入断片が、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
の全てのマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である、植物体。
【請求項２】
前記のキュウリ果実収量の増加が、同じ環境下で栽培されたときの前記移入断片を持っていない遺伝的対照系統と比較して、前記移入断片を含んでなる前記植物系統の有意に高い植物体当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）、および／または同じ環境下で栽培されたときの前記移入断片を持っていない遺伝的対照系統と比較して、前記移入断片を含んでなる前記植物系統の有意に高い植物体当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）として表現型の上で表される、請求項１に記載の植物体。
【請求項３】
前記植物体が次のキュウリ品種：ピクルス型キュウリ、スライス型キュウリ、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室型キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、東洋つる棚型キュウリ、アジア型キュウリのうちの１つである、請求項１または２に記載の植物体。
【請求項４】
前記植物体が単交配Ｆ１雑種または純系である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項５】
前記植物体が一斉機械収穫に適している、請求項１〜４のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項６】
前記植物体が野生キュウリ植物または在来種ではない、または前記植物体がユーラシア型キュウリ群、東アジア型キュウリ群またはシーシュアンバンナ型キュウリ群の栽培キュウリである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項７】
前記植物体が受粉せずに種なし果実をつける、請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項８】
前記植物体が主に雌性型または完全に雌性型である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項９】
前記植物体がつけた果実の形態学的特徴に関して前記植物体が均一である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項１０】
前記植物体が食用できるほど成熟したときに少なくとも１０ｃｍの平均果実長および／または２以上である果実の直径に対する長さの比率を有する果実をつける、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項１１】
６番染色体上の前記移入断片が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子の６番染色体上に見られる断片またはそれより短い断片である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項１２】
６番染色体上の前記移入断片のサイズが、１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、より好ましくは３Ｍｂ以下である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項１３】
前記移入断片のサイズが、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂである、請求項１２に記載の植物体。
【請求項１４】
前記植物体が無限伸育型キュウリである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の植物体。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の植物体が育ち得る、種子。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の植物体から収穫される、キュウリ果実。
【請求項１７】
前記果実が食用に適した収穫時に苦味を持たない、請求項１６に記載の果実。
【請求項１８】
前記果実が食用に適した収穫時に薄い果皮を有する、請求項１６または１７に記載の果実。
【請求項１９】
少なくとも１本の組換え６番染色体であって、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなり、該移入断片が果実収量を増加させるＱＴＬを備えるものである前記組換え６番染色体を含んでなる、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の植物体または種子の植物細胞、組織、または植物部分。
【請求項２０】
野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片であって、果実収量を増加させるアレルを備える前記移入断片を含んでなる組換え６番染色体の、増加した果実収量を有するキュウリ品種を育種するための使用であって、前記組換え６番染色体が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られるような組換え６番染色体である、使用。
【請求項２１】
移入断片を持っていない遺伝的対照キュウリ植物体と比較して果実収量を増加させる移入断片を６番染色体上に含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫に見られる前記６番染色体の使用。
【請求項２２】
増加した果実収量を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫から栽培された植物体の使用であって、前記果実収量の増加が前記植物体または子孫の６番染色体から得られた移入断片によって付与される、使用。
【請求項２３】
６番染色体上の移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるようなものである前記移入断片である前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体を特定するための方法であって、
ａ）栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体の集団を提供すること、
ｂ）次の全てのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを使用して前記集団をスクリーニングすること：
1）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
2）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
3）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
4）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
5）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
6）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
7）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
8）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
9）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
10）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
11）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
12）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
13）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
14）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
15）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
16）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
17）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
18）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
19）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、ｃ）前記ＳＮＰマーカーの全てを含んでなる植物体を特定および／または選抜すること
を含んでなる、方法。
【請求項２４】
果実収量を増加させる移入断片を含んでなるキュウリＦ１雑種植物体を作製するための方法であって、
ａ）収量を増加させるアレルを備える移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２にある通りである前記移入断片である前記移入断片を有する組換え６番染色体をホモ接合型で含んでなる第１純系キュウリ植物体を提供すること、
ｂ）第２純系キュウリ植物体を提供すること、
ｃ）（ａ）の前記キュウリ植物体を（ｂ）の前記キュウリ植物体と交配すること、
ｄ）前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集すること
を含んでなる、方法。
【請求項２５】
ＮＣＩＭＢ４２２６２の子孫を作製するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物体を栽培すること、
ｂ）子孫種子を作製するために前記植物体を１回以上自殖させること、または前記植物体を別のキュウリ植物体と１回以上交配すること、
ｃ）次の全てのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記子孫種子または前記種子から栽培された植物体または前記種子もしくは植物体の部分をスクリーニングすること：
1）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
2）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
3）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
4）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
5）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
6）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
7）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
8）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
9）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
10）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
11）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
12）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
13）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
14）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
15）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
16）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
17）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
18）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
19）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、ｄ）前記ＳＮＰマーカーの全てを含んでなる子孫植物体を特定および／または選抜すること
を含んでなる、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法によって作製された、子孫植物体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明はキュウリの育種分野に関する。キュウリゲノムの２番染色体と６番染色体の上に位置する２か所の量的形質座位（ＱＴＬ）であって、ピクルス型キュウリ（例えばアメリカピクルス型、ヨーロッパピクルス型）、スライス型キュウリ（例えばアメリカスライス型）、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室型キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、東洋つる棚型キュウリ（「バープレス」としても市販されている）、アジア型キュウリ（インドマダラ（Ｉｎｄｉａｎ  Ｍｏｔｔｌｅｄ）キュウリ、中国長形（Ｃｈｉｎｅｓｅ  Ｌｏｎｇ）キュウリ、朝鮮型（Ｋｏｒｅａｎ）キュウリおよび日本型キュウリなどの様々な型にさらに細分化することができ、これによって１番目のキュウリはインド型キュウリ群に属し、後の３つのキュウリは東アジア型キュウリ群の一部である）などの栽培キュウリ（キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ））において収量を増加させるために使用され得る前記量的形質座位が提供される。それらの２か所のＱＴＬを本明細書においてＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と呼ぶ。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える２番染色体および／または６番染色体の上の移入断片を含んでなることにより、その遺伝子移入が無い同じ栽培キュウリと比較して、果実収量が前記移入断片によって著しく増加している栽培キュウリ植物体も提供する。また、前記移入断片上に存在し、且つ、前記移入断片の存在の指標となる１個以上の分子マーカー（特に一塩基多型、すなわちＳＮＰ）、およびそのようなマーカーの使用方法も本明細書において提供する。同様に、ゲノム中にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備え、且つ、この他にゲノム中に栽培キュウリのゲノムを含んでなる種子、植物部分、細胞および／または組織を提供する。１つの態様ではＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち前記ＱＴＬを備える前記移入断片）は栽培キュウリの植物体、細胞または組織の中にヘテロ接合型で存在する。別の態様ではＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち前記ＱＴＬを備える前記移入断片）は栽培キュウリの植物体、細胞または組織の中にホモ接合型で存在する。特定の態様では前記栽培キュウリ植物体はＦ１雑種、特に、２つの純系親系統のうちの少なくとも一方にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち前記ＱＴＬを備える前記移入断片）をホモ接合型で持たせているそれらの親系統を交配することにより作製されたＦ１雑種である。
【背景技術】
【０００２】
栽培キュウリ（キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）Ｌ．）は世界中で重要な野菜である。それはウリ科に属する。栽培キュウリは東南アジアに、キュウリ変種ハードウィッキー（ｈａｒｄｗｉｃｋｉｉ）のような小さくて苦い果実を有する野生原種に起源を持つと考えられている。
【０００３】
栽培キュウリゲノムは７対の染色体（ｎ＝７）と約３６７Ｍｂ（メガベース）の半数体ゲノムサイズを有し、推定で総計約２６６８２遺伝子を含む。キュウリゲノムは配列決定された最初の野菜ゲノムでとなった（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283 および http://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/）。
【０００４】
栽培キュウリの収量は過去数十年間にわたってあまり増加していない。ＳｈｅｔｔｙとＷｅｈｎｅｒの２００２年の論文（CropSci. 42: 2174-2183）では果実の品質と果実の収量について米国農務省（ＵＳＤＡ）キュウリ生殖質コレクションがノースカロライナ州（米国）の野外条件下でスクリーニングされた。高収量性栽培種の開発のために彼らの研究の中で特定された高収量性栽培型植物を使用することができることがその論文によって示唆されている。
【０００５】
国際公開第２００９／０８２２２２号パンフレットはＳｈｅｔｔｙとＷｅｈｎｅｒの２００２年の論文（上掲）によって特定された系統種のうちの１つであるトルコ・ベイトアルファ在来種ＰＩ  １６９３８３を使用して収穫時期のキュウリの果実重量についてのＱＴＬをＰＩ  ６９３８３の第３連鎖群および／または第４連鎖群の上に特定した。
【０００６】
Ｙｕａｎらの２００８年の論文（Euphytica 164: 473-491）は華北型キュウリＳ９４と北西ヨーロッパ型キュウリＳ０６との間の交配の中で特定の果実形質を遺伝的にマップした。彼らの第３連鎖群は物理的な２番染色体に対応するようであり、彼らの第２連鎖群は物理的な６番染色体に対応するようである。彼らはｆｗ２．１（ｆｒｕｉｔ  ｗｅｉｇｈｔ）と呼ばれる座位を６番染色体（ＬＧ２）の頂部にマップし、ｆｗ３．１（ｆｒｕｉｔ  ｗｅｉｇｈｔ）と呼ばれる座位を２番染色体（ＬＧ３）の底部にマップした。しかしながら全果実収量は彼らによってマップされなかった。
【０００７】
Ｆａｚｉｏらの２００３年の論文（Theor Appl Genet 107: 864-874）は、３回の収穫にわたる累積的な植物体当たりの果実数、およびｌｉｔｔｌｅ  ｌｅａｆ（「ｌｌ」）のような形態学的形質を含む多数の形質を遺伝的にマップした。彼らの第１連鎖群は物理的な６番染色体に対応するようである。ｆｐｌ１．２（ｆｒｕｉｔｓ  ｐｅｒ  ｐｌａｎｔ）と呼ばれる座位は両方の環境において一致し、ｌｉｔｔｌｅ  ｌｅａｆ座位にマップされた。ｌｉｔｔｌｅ  ｌｅａｆは物理的な６番染色体の７Ｍｂと８．５Ｍｂの間の領域に物理的に局在する。すなわち、それは６番染色体の頂部に存在する。
【０００８】
それでもなお、現代のキュウリ品種の果実収量を増加させることを可能にするためにキュウリの果実収量についてのＱＴＬを特定する必要性が依然として存在する。
【発明の開示】
【０００９】
一般的定義
不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、１つの要素が存在する、および複数のその要素のうちのたった１つが存在すると文脈から明確に要求されない限り、１つより多くのその要素が存在する可能性を排除しない。したがって、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は通常は「少なくとも１つの」を意味する。
【００１０】
本明細書において使用される場合、「植物体」という用語には植物体全体、または植物器官（例えば、収穫された、または収穫されていない貯蔵器官、塊茎、果実、葉、種子等）、植物細胞、植物プロトプラスト、植物体全体を再生させることができる植物細胞培養物または植物組織培養物、植物カルス、植物細胞集塊、および植物体内で完全である植物細胞のようなその植物体全体のいずれかの部分または派生物、または胚、花粉、胚珠、子房、果実（例えば、収穫されたキュウリ果実または収穫されたキュウリ果実の部分のような収穫された組織または器官）、花、葉、種子、塊茎、球根、クローン増殖させた植物体、根、根茎、茎、根端等のような植物体の部分が含まれる。苗、未成熟段階および成熟段階等のようなあらゆる発生段階も含まれる。「植物体の種子」に言及するとき、これらはその植物体が育ち得る種子、または自家受粉もしくは異家受粉の後にその植物体がつけた種子のどちらかを指す。
【００１１】
「植物品種」は公知の最も低い階級の同じ植物分類群内の植物体のグループであり、それは、（植物育種家の権利の承認についての法令が満たされているか否かにかかわらず）ある特定の遺伝型または複数の遺伝型の組合せにより生じる特徴の発現に基づいて定義することができ、それらの特徴のうちの少なくとも１つの特徴の発現によって他のあらゆるグループの植物体と区別することができ、且つ、どのような変化も起こさずにその品種を増やすことができるので一つの実体として見なすことができるグループである。したがって、全ての植物体が１つまたは２つの座位または遺伝子（またはこれらの特定の座位または遺伝子に起因する表現型の特徴）の存在を特徴としているが、この他にはその他の座位または遺伝子に関して相互に大きく異なっている可能性がある場合、たとえ同じ種類の植物体であってもそれらの植物体のグループを表すために「植物品種」という用語を使用することはできない。
【００１２】
「Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３等」は２つの親植物体間または２つの親系統間での交配後の連続近交世代を指す。２つの植物体または系統の交配により作製された種子から栽培された植物体はＦ１世代と呼ばれる。Ｆ１植物体の自殖によってＦ２世代が生じ、同じように続く。
【００１３】
「Ｆ１雑種」植物体（またはＦ１雑種の種子）は２つの純系親系統の交配から得られた世代である。したがって、Ｆ１雑種の種子はＦ１雑種植物体が育つ種子である。Ｆ１雑種は雑種強勢のために育ちがより良く、且つ、収量性がより高い。純系は基本的にゲノム中の大半の座位においてホモ接合性である。
【００１４】
「植物系統」または「育種系統」は植物体およびその子孫を指す。本明細書において使用される場合、「純系」という用語は、繰返し自殖されており、ほとんどホモ接合性である植物系統を指す。したがって、「純系」または「親系統」は、数世代（例えば、少なくとも５世代、６世代、７世代またはそれより多くの世代）の同系交配を経ており、非常に均一な植物系統になった植物体を指す。
【００１５】
「アレル」という用語は特定の座位にある遺伝子の１つ以上の代替的形態のうちのいずれかの形態を意味し、それらのアレルの全てが特定の座位における１つの形質または特徴と関連する。ある生物の二倍体細胞では所与の遺伝子のアレルは染色体上の特定の場所または座位（ｌｏｃｕｓ）（複数形では座位（ｌｏｃｉ））に局在する。１つのアレルは相同染色体対の各染色体上に存在する。二倍体の植物種は特定の座位に多数の異なるアレルを含んでなる場合がある。これらはその遺伝子の同一のアレル（ホモ接合性）であっても、２つの異なるアレル（ヘテロ接合性）であってもよい。こうして例えば収量座位ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１の「収量アレル」を本明細書において参照することができる。
【００１６】
「遺伝子」という用語は細胞内でメッセンジャーＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）に転写される領域（転写領域）および機能可能であるように結合した調節性領域（例えばプロモーター）を含んでなる（ゲノム）ＤＮＡ配列を意味する。したがって、遺伝子の異なるアレルはその遺伝子の異なる代替的形態であり、それらは例えば（例えば、プロモーター配列内、エクソン配列内、イントロン配列内等の）ゲノムＤＮＡ配列の１個以上のヌクレオチド、ｍＲＮＡの１個以上のヌクレオチド、および／またはコードされるタンパク質のアミノ酸配列が異なる形態であり得る。
【００１７】
「座位（ｌｏｃｕｓ）」（複数形では座位（ｌｏｃｉ））という用語は例えばＱＴＬ、遺伝子または遺伝マーカーが見られる染色体上の特定の単数の場所または複数の場所または単数の部位を意味する。したがって、収量座位（または収量増加座位）はＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１が見られるキュウリゲノム内の場所である。栽培キュウリではそれらのＱＴＬはそれぞれ２番染色体および６番染色体の上に見られる（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283 および http://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/の染色体アサインメントを使用する）。すなわち、それらは野生または原種のキュウリ系統種から前記栽培キュウリゲノムに（すなわち、２番染色体および６番染色体の上に）移入されている。
【００１８】
「量的形質座位」または「ＱＴＬ」は連続的に分布する（量的）表現型の発現度に影響する１つ以上のアレルをコードする染色体座位である。収量付与量的形質座位（または「収量ＱＴＬ」）が本明細書においてＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と名付けられている。
【００１９】
「キュウリゲノム」ならびに「キュウリゲノム上の物理的位置」および「２番染色体」および／または「６番染色体上の物理的位置」はｉｃｕｇｉ．ｏｒｇ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｂ２／ｇｂｒｏｗｓｅ／ｃｕｃｕｍｂｅｒ＿ｖ２／のワールドワイドウェブの栽培キュウリの物理的ゲノム、および物理的染色体、およびそれらの染色体上での物理的位置を指す。それで例えば、ＳＮＰ＿０１は０〜２３．１７Ｍｂ（すなわち２３１７４６２６ベース）までの物理的サイズを有する２番染色体のヌクレオチド４３３０８６に物理的に位置するヌクレオチド（または「ベース」）に局在する。同様に、ＳＮＰ＿１２は０〜２９．０７Ｍｂ（すなわち２９０７６２２８ベース）までの物理的サイズを有する６番染色体の２６８３３９０７に位置するヌクレオチド（または「ベース」）に局在する。
【００２０】
同じ染色体上にある座位間の（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間の）「物理的距離」はベースまたは塩基対（ｂｐ）、キロベースまたはキロ塩基対（ｋｂ）、またはメガベースもしくはメガ塩基対（Ｍｂ）で表される実際の物理的距離である。
【００２１】
同じ染色体上にある座位間の（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間の）「遺伝的距離」は交差の頻度、すなわち組換え頻度（ＲＦ）によって測定され、センチモルガン（ｃＭ）で表される。１ｃＭは１％の組換え頻度に対応する。組換えを見つけることができない場合、ＲＦはゼロであり、それらの座位は物理的に非常に近くにあるか、または同一であるかのどちらかである。２か所の座位が離れるほどＲＦが高くなる。
【００２２】
「移入断片」または「移入セグメント」または「移入領域」は交配または戻し交配などの伝統的な育種技術によって同種または近縁の種の別の植物体に導入された染色体断片（または染色体部分または染色体領域）を指す。すなわち、その移入された断片は「移入する」という動詞によって言及される育種方法（戻し交配など）の結果である。キュウリでは野生ゲノムの断片を栽培キュウリであるキュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）Ｌ．のゲノムに移入するために野生または原種のキュウリ系統種（例えば在来種）または栽培キュウリの近縁野生種が使用され得る。したがって、そのような栽培キュウリ植物体は「栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）のゲノム」を有するが、野生または原種のキュウリ（例えば在来種）またはキュウリの近縁野生種の断片、例えばキュウリ変種ハードウィッキー（ｈａｒｄｗｉｃｋｉｉ）、キュウリ変種シッキメンシス（ｓｉｋｋｉｍｅｎｓｉｓ）キュウリ変種シーシュアンバンネシス（ｘｉｓｈｕａｎｇｂａｎｎｅｓｉｓ）、または別の野生キュウリ、または別のキュウリ近縁野生種など、近縁の野生キュウリゲノムの移入断片をゲノム内に含んでなる。それで例えば、栽培キュウリのゲノムとそのゲノムの中に１つまたは２つの移入断片を栽培キュウリの２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる栽培キュウリであって、それらの移入断片を持っていない（そして遺伝子移入が無い栽培キュウリの２番染色体および／または６番染色体を有する）前記栽培キュウリゲノムと比較して収量がそれらの移入断片によって増加している前記栽培キュウリが本明細書において提供される。「移入断片」という用語には染色体全体は決して含まれず、染色体の一部だけが含まれることが理解される。移入断片は大きくてよく、例えば染色体の４分の３または半分であってもよいが、好ましくは約１５Ｍｂ以下などのもっと小さいもの、例えば、約１０Ｍｂ以下、約９Ｍｂ以下、約８Ｍｂ以下、約７Ｍｂ以下、約６Ｍｂ以下、約５Ｍｂ以下、約４Ｍｂ以下、約３Ｍｂ以下、約２．５Ｍｂまたは２Ｍｂ以下、約１Ｍｂ（１００００００塩基対に等しい）以下、または約０．５Ｍｂ（５０００００塩基対に等しい）以下、例えば、約２０００００ｂｐ（２００キロ塩基対に等しい）以下、約１０００００ｂｐ（１００ｋｂ）以下、約５００００ｂｐ（５０ｋｂ）以下、約２５０００ｂｐ（２５ｋｂ）以下のものであり得る。
【００２３】
「栽培キュウリ」または「栽培化キュウリ」は、ヒトによって栽培され、且つ、良好な農学的特徴を有するキュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）の植物体であって、特にサイズが好適であり、品質が良好であり、且つ、均一性が高い食用可能で市場性のある果実を生産する植物体、すなわち品種、育種系統または栽培種を指す。そのような植物体は「野生キュウリ」植物体または「原種キュウリ」植物体、すなわち栽培植物体よりもずっと少ない収量と劣った農学的特徴を一般的に有し、且つ、遺伝学的に、およびそれらの生理学的特徴および／または形態学的特徴に関して均一性が低い植物体ではない。「野生植物体」には例えばある種の生態型、在来種、または野生系統種、または近縁野生種が含まれる。栽培キュウリ植物体（系統または品種）は、Qi et al, Nature Genetics December 2013, Vol 45, No. 12, pages 1510 − 1518の表１に記載されるように、ゲノム中の著しく少ない量のＳＮＰ（２００００００未満のＳＮＰ）とＩＮＤＥＬ（５ｂｐ未満の挿入／欠失；１５００００未満のＩＮＤＥＬ）およびそれらの著しく低い塩基多様度（２．３×１０−３π以下）によっても野生または原種のキュウリ系統種から区別され得る。ＳＮＰ数、ＩＮＤＥＬ数および塩基多様度は本明細書、特に「オンラインの方法」という節に記載されるように決定され得る。
【００２４】
「インド型キュウリ群」は、インド由来であり、ゲノム中に多量のＳＮＰ（３００００００を超えるＳＮＰ）とＩＮＤＥＬ（５ｂｐ未満の挿入／欠失；２０００００を超えるＩＮＤＥＬ）を有し、且つ、高い塩基多様度（３．０×１０−３を超えるπまたは４．０×１０−３をずっと超えるπ）を有する野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を指す。
【００２５】
「ユーラシア型キュウリ群」は、中央アジアまたは西アジア、ヨーロッパおよび米国に由来し、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２００００００未満のＳＮＰ、または１５０００００未満のＳＮＰ）とＩＮＤＥＬ（５ｂｐ未満の挿入／欠失；１５００００未満のＩＮＤＥＬ）を有し、且つ、低い塩基多様度（２．３×１０−３以下のπ、好ましくは２．０×１０−３未満のπ）を有する栽培キュウリを指す。
【００２６】
「東アジア型キュウリ群」は、中国、朝鮮および日本などの東アジアに由来し、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２００００００未満のＳＮＰ、または１５０００００未満のＳＮＰ）とＩＮＤＥＬ（５ｂｐ未満の挿入／欠失；１５００００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１０００００未満）を有し、且つ、低い塩基多様度（２．３×１０−３以下のπ、好ましくは２．０×１０−３未満のπまたは１．５×１０−３よりずっと下のπ）を有する栽培キュウリを指す。
【００２７】
「シーシュアンバンナ型キュウリ群」は、中国のシーシュアンバンナ領域に由来し、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２００００００未満のＳＮＰ、または１５０００００未満のＳＮＰまたは１０００００よりずっと少ないＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐ未満の挿入／欠失；１５００００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１０００００未満）を有し、且つ、低い塩基多様度（２．３×１０−３以下のπ、好ましくは２．０×１０−３未満のπまたは１．５×１０−３よりずっと下のπ）を有するキュウリを指す。
【００２８】
「野生キュウリ」または「原種キュウリ」は、栽培植物体よりもずっと少ない収量と劣った農学的特徴を一般的に有し、且つ、遺伝学的に、およびそれらの生理学的特徴および／または形態学的特徴に関して均一性が低いキュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）を指す。野生植物体には例えばある種の生態型、在来種、または野生系統種、または近縁野生種が含まれる。
【００２９】
「キュウリの近縁野生種」はキュウリ変種ハードウィッキー（ｈａｒｄｗｉｃｋｉｉ）、キュウリ変種シッキメンシス（ｓｉｋｋｉｍｅｎｓｉｓ）、キュウリ変種シーシュアンバンネシス（ｘｉｓｈｕａｎｇｂａｎｎｅｓｉｓ）を指す。
【００３０】
「在来種」は局所的な地理的領域において発達したキュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）の原始的な栽培種を指し、それらはゲノム中に高い程度の遺伝的多様性を示すことが多く、その在来種内で高い程度の形態学的および／または生理学的なばらつき（例えば果実のサイズの大きな違い等）を示す、すなわち栽培キュウリよりも均一性が著しく低い。したがって、在来種は本明細書において「栽培キュウリ」と区別される「野生キュウリ」群に含まれる。
【００３１】
「均一性」または「均一である」は植物系統または植物品種の遺伝的な特徴および表現型の特徴に関する。純系は数世代の同系交配によって作られているので遺伝的に非常に均一である。同様に、そのような純系から作られているＦ１雑種はそれらの遺伝的特徴および表現型の特徴および出来栄えに関して非常に均一である。
【００３２】
「収量アレル」という用語は野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種から栽培キュウリに（栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）２番染色体および／または６番染色体の上に）移入された収量座位ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１に見られるアレルを指す。したがって、「収量アレル」という用語は他のキュウリ属の系統種から得ることができる収量アレルも包含する。１つまたは２つの収量アレルがゲノム中の座位に（すなわちヘテロ接合型またはホモ接合型で）存在するとき、その植物系統または植物品種はそのＱＴＬを持っていない遺伝的対照よりも有意に高い果実収量を実現する。その移入断片を持っていない栽培キュウリ植物体において２番染色体および／または６番染色体の上の同じ座位に見られるキュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）のアレルを本明細書において「野生型」アレル（ｗｔ）と呼ぶ。それらの収量ＱＴＬは優性であるのでｗｔ／ｗｔ植物体は通常の収量を示し、一方でＱＴＬ２．１／ｗｔ植物体および／またはＱＴＬ６．１／ｗｔ植物体ならびにＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１植物体および／またはＱＴＬ６．１／ＱＴＬ６．１植物体は収量アレルによって付与される高収量表現型を有する植物体である。本明細書において提供されるＳＮＰマーカーの遺伝型によっても野生型か、またはホモ接合型もしくはヘテロ接合型のどちらかのそれらのＱＴＬが表される。例えば、ＱＴＬ２．１を表すＳＮＰ＿０１の遺伝型は「ＡＧ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）または「ＧＧ」（ＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１）であり、一方で野生型を表す遺伝型は「ＡＡ」（ｗｔ／ｗｔ）である。
【００３３】
形質（収量など）を付与する遺伝的要素、移入断片、または遺伝子またはアレルは、それが存在する植物体または種子からそれが存在しない別の植物体または種子（系統または品種など）へ、その遺伝的要素、座位、移入断片、遺伝子またはアレルによって付与される形質の付加以外に受容側植物体の表現型を変えることなく伝統的な育種技術を用いて移転され得る場合に、植物体または種子または組織または細胞「から得られる」、または「から獲得され得る」または「から誘導できる」または「に由来し得る」または「に存在するような」または「に見られる」と言われる。それらの用語は互換的に使用され、したがって、その遺伝的要素、座位、移入断片、遺伝子またはアレルはその形質を持っていない他のあらゆる遺伝的背景に移転され得る。寄託され、且つ、前記遺伝的要素、座位、移入断片、遺伝子またはアレルを含んでなる種子を使用することができるだけでなく、その遺伝的要素、座位、移入断片、遺伝子またはアレルを保持するように選抜されたそのような種子からの子孫／末裔、例えばそれらの寄託された種子から、またはそれらの末裔から開発された商業品種も使用することができ、それらも本発明に包含される。植物体（または植物体のゲノムＤＮＡ、細胞または組織）がそれらの寄託された種子から得られる遺伝的要素、座位、移入断片、遺伝子またはアレルと同じものを含んでなるかどうかは、表現型アッセイ、全ゲノムシーケンシング、分子マーカー分析、形質マッピング、染色体ペインティング、対立性検定など、または組合せ技術のような当技術分野において知られている１つ以上の技術を用いて当業者によって決定され得る。
【００３４】
「変異」配列または「オーソロガス」配列または「変異ＱＴＬ２．１または変異ＱＴＬ６．１」は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に存在するＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と異なり野生キュウリ植物体またはキュウリ近縁野生種植物体に由来するが、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１に連鎖するＳＮＰのうちの１個以上を含んでなる変異体であり、前記ＳＮＰを含んでなる配列番号（配列番号１〜３０のうちのいずれか１つ）に対して実質的な配列同一性、すなわち少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含んでなる変異配列である収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１）、またはこれらを備える移入断片に関連する。したがって、本明細書において特定のゲノム配列（配列番号１から配列番号３０より選択される）の中のある特定のＳＮＰ遺伝型を参照するとき、そのゲノム配列の変異体の中のそのＳＮＰ遺伝型、すなわち、参照された配列（配列番号１から配列番号３０より選択される）に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含んでなるゲノム配列の中のそのＳＮＰ遺伝型もこれに包含される。したがって、１つの態様では本明細書における配列番号１〜３０のうちのいずれか１つに対するどんな参照にも、配列番号１〜３０のうちのいずれか１つの変異体であって、前記配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含んでなる前記変異体が包含される。
【００３５】
本明細書において特定の位置、例えば配列番号１または「その配列番号に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含んでなる配列」のヌクレオチド７５にあるＳＮＰ遺伝型を参照するとき、これは、変異配列、すなわち言及された配列番号に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含んでなる配列の中の同ヌクレオチドに対応する（例えば、配列番号１のヌクレオチド７５に対応する）ヌクレオチドにおいてそのＳＮＰ遺伝型が前記変異配列の中に存在することを意味する。これは、例えば、その変異配列は１ヌクレオチドまたは数ヌクレオチド短いが、その言及された配列番号とその変異配列をペアワイズアラインするとその変異配列のどのヌクレオチドが同ヌクレオチドに対応するか見ることができるということであり得る。その変異配列ではこれは、例えば、言及された配列のヌクレオチド７５に対応するその変異配列のヌクレオチド番号７６または７４であり得る。
【００３６】
「収量」または「果実収量」または「平均収量」は単回収穫時点における植物体当たりの（１．５ｃｍ以上の直径を有する）果実の平均数（ＦｒＰＰ）および／または植物体当たりの（直径が１．５ｃｍ以上の果実の）平均果実重量（グラム数）（ＧｒＰＰ）を指す。その単回収穫時点は栽培者の経験と合致し、且つ、１．５ｃｍと５．０ｃｍの間の直径を有する果実の数を最大にするように選択される。所望の果実サイズに応じて約５％、約１０％、約１５％、または約２０％の果実が育ち過ぎた（すなわち、５．０ｃｍ以上の果実直径を有する）ときに概ねその時点に到達する。収穫は手による収穫か、または機械収穫による収穫かのどちらかである。したがって、１つの態様では植物体当たりの全ての果実が収穫され、そして少なくとも１．５ｃｍの直径を有する果実だけが計数および／または計量される（すなわち、育ち過ぎた果実を含む少なくとも１．５ｃｍの直径を有する全ての果実が計数および／または計量される）。これは同じ条件下で栽培された各植物系統または植物品種について行われ、各系統または品種の平均ＦｒＰＰおよび／または平均ＧｒＰＰが計算される。
【００３７】
「増加した果実収量」または「著しく増加した果実収量」は、ＱＴＬ２．１を備える移入断片を２番染色体上に含んでなり、且つ／またはＱＴＬ６．１を備える移入断片を６番染色体上に含んでなる栽培キュウリ植物の系統または品種であって、収量実験において同じ環境条件下で栽培されると２番染色体および６番染色体の上にその移入断片を持っていない遺伝的対照植物体と比較して（そのＱＴＬのために）統計的に有意に高い植物体当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または有意に高い植物体当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）を有する栽培キュウリ植物の系統または品種に当てはまる。実地試験は前記遺伝子移入を含んでなる充分な数の植物体（例えば系統当たり少なくとも１０、１５、２０、３０、４０、またはそれより多くの植物体）と前記遺伝子移入が無い充分な数の植物体（すなわち遺伝的対照）を用いて数か所の場所（２か所、３か所、またはそれより多くの場所）において数組の複製実験（２組、３組、またはそれより多い組の複製実験）を用意して行われることが好ましい。
【００３８】
「遺伝的対照」は、２番染色体および６番染色体の上の前記遺伝子移入が無い、すなわち、２番染色体および６番染色体が「野生型」、すなわち栽培キュウリゲノムであることを除き、２番染色体および／または６番染色体の上に前記遺伝子移入を含んでなる前記キュウリ植物体と同じ、または非常に類似した栽培種ゲノムを有するキュウリ系統、品種または雑種である。例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子は２番染色体および６番染色体の上にＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を備える移入系統とエリート育種系統との間で作られた検査雑種の種子であり、一方で遺伝的対照はＮＣＩＭＢ４２２６１として寄託されており、前記移入系統の反復親（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を持っていない）と同エリート育種系統の種子である。
【００３９】
「マーカーアッセイ」という用語は、ＱＴＬ２．１に連鎖する任意の１個以上のマーカーの遺伝型、例えばＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１より選択される１個以上のＳＮＰマーカーの遺伝型、および／またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１の間にあり、且つ／またはこれらのマーカーのうちのいずれか１つから７ｃＭ以内または５ｃＭ以内にあり、且つ／またはこれらのマーカーのうちのいずれか１つから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーの遺伝型を決定し、且つ／またはＱＴＬ６．１に連鎖する任意の１個以上のマーカーの遺伝型、例えばＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０より選択される１個以上のＳＮＰマーカーの遺伝型、および／またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０の間にあり、且つ／またはこれらのマーカーのうちのいずれか１つから７ｃＭ以内または５ｃＭ以内にあり、且つ／またはこれらのマーカーのうちのいずれか１つから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーの遺伝型を決定することにより、栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）の２番染色体および／または６番染色体の上に収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６）を備える野生キュウリ由来またはキュウリの近縁野生種由来の移入断片が存在するか（または、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種がそれらのゲノム中にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備えるか）検査するために用いられ得る分子マーカーアッセイを指す。２個のマーカー「の間にある」マーカーは染色体上でそれらのマーカーの間に物理的に局在する。
【００４０】
「平均（ａｖｅｒａｇｅ）」または「平均（ｍｅａｎ）」は本明細書において算術平均を指し、両方の用語が互換的に使用される。したがって、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）」または「平均（ｍｅａｎ）」という用語は数個の測定値の算術平均を指す。当業者は植物系統または植物品種の表現型が栽培条件にある程度依存することを理解しており、したがって、好ましくは同じ実験の中に数回の複製実験および同じ条件下で栽培された適切な対照植物体を含むランダム化実験計画の中で少なくとも１０、１５、２０、３０、４０、５０またはそれより多くの植物体（または植物部分）の算術平均が測定されることを理解する。「統計的に有意な」または「統計的に有意に異なる」または「有意に異なる」は、適切な対照（例えば本明細書においては遺伝的対照）と比較するとその対照（の平均）とある特徴に関して統計的有意差を示す（例えば、ＡＮＯＶＡを用いてＰ値が０．０５未満、すなわちＰ＜０．０５）植物系統または植物品種のその特徴に当てはまる。
【００４１】
「組換え染色体」は相同染色体間の交差を介して生じる新しい遺伝的構成を有する染色体、例えば「組換え２番染色体」または「組換え６番染色体」、すなわち、親植物体のどちらにも存在せず、且つ、２番染色体対または６番染色体対の相同染色体間での稀な交差を介して生じた２番染色体または６番染色体を指す。本明細書において、例えば、各々が収量ＱＴＬを備える組換えキュウリ２番染色体および６番染色体が提供される。
【００４２】
本明細書において、「伝統的育種技術」という用語には育種家に知られているような交配、戻し交配、自殖、選抜、倍加半数体作製、胚救出、プロトプラスト融合、マーカー利用選抜、突然変異育種等（すなわち遺伝子改変／形質転換／遺伝子導入法以外の方法）であって、例えば組換え２番染色体または組換え６番染色体を獲得、特定、および／または移転することができるようにする技術が包含される。
【００４３】
「戻し交配」は、収量ＱＴＬなどの（単一の）形質を下位遺伝的背景（例えば野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種；「ドナー」とも呼ばれる）から上位遺伝的背景（「反復親」とも呼ばれる）、例えば栽培キュウリに移転することができるようにする育種法を指す。交配の子孫（例えば、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を栽培キュウリと交配することで得られたＦ１植物体またはそのＦ１の自殖から得られたＦ２植物体またはＦ３植物体等）がその上位遺伝的背景を持つ親、例えば栽培親に「戻し交配」される。戻し交配を繰り返し行った後に下位遺伝的背景の形質が上位遺伝的背景に組み込まれることになる。
【００４４】
「マーカー利用選抜」または「ＭＡＳ」はある特定の座位またはある特定の染色体領域（例えば移入断片）に遺伝的に連鎖する分子マーカーの存在を利用してその特定の座位または領域（移入断片）の存在について植物を選抜する処理である。例えば、収量ＱＴＬに遺伝的に連鎖する分子マーカーを使用してその収量ＱＴＬを２番染色体および／または６番染色体の上に備えるキュウリ植物体を検出および／または選抜することができる。その分子マーカーのその座位への遺伝的連鎖が近くなるほど（例えば約７ｃＭ、約６ｃＭ、約５ｃＭ、約４ｃＭ、約３ｃＭ、約２ｃＭ、約１ｃＭ、約０．５ｃＭ、またはそれより近い）、そのマーカーが減数分裂期組換えを介してその座位から分離する可能性が低くなる。同様に、２個のマーカーが相互に対して近くに連鎖するほど（例えば７ｃＭ以内、または５ｃＭ以内、４ｃＭ以内、３ｃＭ以内、２ｃＭ以内、１ｃＭ以内、またはそれより小さいサイズ以内）、それらの２個のマーカーが相互から分離することになる可能性が低くなる（そして一つの単位としてそれらが共分離する可能性が高くなる）。
【００４５】
あるマーカーから「７ｃＭ以内または５ｃＭ以内」の別のマーカーは、そのマーカーに隣接する（すなわちそのマーカーの両側の）７ｃＭまたは５ｃＭの領域の内側に遺伝的にマップされるマーカーを指す。同様に、あるマーカーから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２．５Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．４Ｍｂ以内、０．３Ｍｂ以内、０．２Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、１０ｋｂ以内、５ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内にある別のマーカーは、そのマーカーに隣接する（すなわちそのマーカーの両側の）ゲノムＤＮＡ領域から５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２．５Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．４Ｍｂ以内、０．３Ｍｂ以内、０．２Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、１０ｋｂ以内、５ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内に物理的に局在するマーカーを指す。
【００４６】
「ＬＯＤスコア」（底が１０の対数オッズ）は動物集団および植物体集団における連鎖分析において使用されることが多い検定を指す。ＬＯＤスコアは、２か所の座位（分子マーカー座位および／または表現型形質座位）が実際に連鎖している場合に検査データが得られる尤度を純粋に偶然にその同じデータが観察される尤度と比較する。陽性ＬＯＤスコアは連鎖の存在を支持し、３．０より大きいＬＯＤスコアが連鎖の証拠と見なされる。＋３のＬＯＤスコアは観察されている連鎖が偶然に生じたものではないことを１０００対１のオッズで表している。
【００４７】
「栄養繁殖」、「栄養生殖」または「クローン性繁殖」は本明細書において互換的に使用され、そして植物部分が、例えば、葉、花粉、胚、子葉、胚軸、細胞、プロトプラスト、分裂組織細胞、根、根端、雌蕊、葯、花、茎端、シュート、茎、果実、葉柄等として定義される場合、または（切断により）それらに由来する場合に植物体の一部を採取し、そしてその植物部分に少なくとも根を形成させる方法を意味する。植物体全体が栄養繁殖により再生されるときもそれは栄養繁殖と呼ばれる。
【００４８】
「細胞培養」または「組織培養」は植物体の細胞または組織のインビトロ培養を指す。
【００４９】
「再生」は細胞培養または組織培養または栄養繁殖からの植物体の発生を指す。
【００５０】
「導入遺伝子」または「キメラ遺伝子」はアグロバクテリウム介在性形質転換などの形質転換によって植物体のゲノムに導入された組み換え遺伝子などのＤＮＡ配列を含んでなる遺伝子座位に関連する。ゲノムに安定的に組み込まれた導入遺伝子を含んでなる植物体は「遺伝子導入植物」と呼ばれる。
【００５１】
「単離核酸配列」または「単離ＤＮＡ」はもはやそれが単離された天然環境の中にはない核酸配列、例えば細菌宿主細胞内または植物核ゲノム内または植物プラスチドゲノム内の核酸配列を指す。
【００５２】
「宿主細胞」または「組換え宿主細胞」または「形質転換細胞」は、前記細胞に導入された少なくとも１つの核酸分子の結果として生じる新しい個々の細胞（または生物）に当てはまる用語である。その宿主細胞は植物細胞または細菌細胞であることが好ましい。その宿主細胞は染色体外（エピソーマル）複製性分子としての核酸を含んでもよく、またはその宿主細胞の核ゲノムまたはプラスチドゲノムに組み込まれた核酸を含んでなり、または導入された染色体、例えばミニ染色体としての核酸を含んでなる。
【００５３】
「配列同一性」および「配列類似性」はグローバルアラインメントアルゴリズムまたはローカルアラインメントアルゴリズムを使用する２つのペプチド配列または２つのヌクレオチド配列のアラインメントによって決定され得る。配列が少なくともある特定の最小パーセンテージの配列同一性（以下でさらに定義される）を有するように例えばＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「Ｎｅｅｄｌｅ」（初期パラメーターを使用する。以下参照）によって最適に整列させられるとき、それらの配列は「実質的に同一である」または「基本的に類似している」と言うことができる。これらのプログラムはＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのグローバルアラインメントアルゴリズムを使用して２つの配列をそれらの全長にわたって整列させ、マッチ数を最大化し、且つ、ギャップ数を最小化している。ギャップ生成ペナルティ＝１０およびギャップ延長ペナルティ＝０．５（両方ともヌクレオチドアラインメントおよびタンパク質アラインメント向け）の初期パラメーターを使用することが一般的である。ヌクレオチドについて使用される初期スコアリングマトリックスはＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質について初期スコアリングマトリックスはＢｌｏｓｕｍ６２である（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919）。配列アラインメントおよびパーセンテージ配列同一性のスコアは、例えば、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／のアドレスのワールドワイドウェブ上で利用可能なＥＭＢＯＳＳなどのコンピュータープログラムを使用して決定され得る。あるいは、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ等のようなデータベースの検索によって配列類似性または配列同一性を決定してもよいが、配列同一性を比較するためにヒットを回収し、ペアワイズで整列させる必要がある。パーセンテージ配列同一性が少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、またはそれを超える（例えば少なくとも９９．１、９９．２９９．３９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９またはその上（核酸用のＤＮＡＦＵＬＬスコアリングマトリックス、タンパク質用のＢｌｏｓｕｍ６２スコアリングマトリックスを使用して初期パラメーター、すなわちギャップ生成ペナルティ＝１０およびギャップ延長ペナルティ＝０．５を使用するＥｍｂｏｓｓ「ｎｅｅｄｌｅ」によって決定される））場合に２つのタンパク質または２つのタンパク質ドメイン、または２つの核酸配列が「実質的な配列同一性」を有する。
【００５４】
基準配列に対して「実質的な配列同一性」を有する、または基準配列に対して少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．９％の核酸配列同一性を有する核酸配列（例えばＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）を参照するとき、１つの実施形態では前記ヌクレオチド配列は所与のヌクレオチド配列と実質的に同一であると見なされ、且つ、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用して特定され得る。別の実施形態では前記核酸配列は所与のヌクレオチド配列と比較して１つ以上の突然変異を含んでなるが、それでもストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて特定され得る。
【００５５】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は所与のヌクレオチド配列と実質的に同一であるヌクレオチド配列を特定するために用いられ得る。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、様々な状況で違ってくる。一般的にはストリンジェントな条件は規定のイオン強度およびｐＨにおける特定の配列の熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低いように選択される。そのＴｍは標的配列の５０％が完全に一致するプローブにハイブリダイズする（規定のイオン強度およびｐＨの下での）温度である。典型的にはｐＨ７で塩濃度が約０．０２モル濃度であり、且つ、温度が少なくとも６０℃であるストリンジェントな条件が選択される。塩濃度を下げること、および／または温度を上げることによってストリンジェンシーが上昇する。ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば１００ｎｔのプローブを使用するノーザンブロット）向けのストリンジェントな条件は例えば６３℃の０．２×ＳＳＣ内での２０分間にわたる少なくとも１回の洗浄が含まれる条件、または同等の条件である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば１００ｎｔのプローブを使用するサザンブロット）向けのストリンジェントな条件は例えば少なくとも５０℃、通常は約５５℃の温度の０．２×ＳＳＣ内での２０分間にわたる少なくとも１回（通常は２回）の洗浄が含まれる条件、または同等の条件である。Ｓａｍｂｒｏｏｋら著（１９８９年）とＳａｍｂｒｏｏｋおよびＲｕｓｓｅｌｌ著（２００１年）も参照されたい。
【００５６】
詳細な説明
本発明は野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種から移入された１つまたは２つの収量ＱＴＬを備える栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体に関する。具体的には、栽培キュウリ２番染色体および／または６番染色体の上にある移入断片であって、キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）種の野生植物またはキュウリの近縁野生種に由来する前記移入断片によって収量の増加を付与する。
【００５７】
本明細書において収量ＱＴＬを有する２番染色体または６番染色体の上の移入断片を参照するとき、これは様々なサイズの移入断片を包含し、例えば全てのＳＮＰマーカー（２番染色体上の断片についてはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、またはこれらの間にあるあらゆるマーカー；６番染色体上の断片についてはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、またはこれらの間にあるあらゆるマーカー）を含んでなるＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるような断片を包含するが、（例えばそれらのＳＮＰマーカーのうちの１個、２個、３個、または４個のマーカーを備える）それより小さいけれども前記栽培キュウリゲノムにヘテロ接合型またはホモ接合型でその移入断片が存在するときに（遺伝的対照と比較して）著しい収量の増加を付与するほどには充分に大きな前記断片も包含する。
【００５８】
前記移入断片（およびその移入断片の上に存在する収量ＱＴＬ）の存在の指標となるＳＮＰマーカーを本明細書において参照するときはその移入断片を表すＳＮＰ遺伝型、すなわち表５および表６および本明細書において以下に提供されるＳＮＰ遺伝型が参照されていることが理解される。これらの表に示されているようにそのＳＮＰマーカー遺伝型はホモ接合型またはヘテロ接合型である移入断片の間で区別され得ることに留意されたい。ホモ接合型ではそのヌクレオチドは同一であり、一方でヘテロ接合型ではそのヌクレオチドは同一ではない。前記移入断片を持っていない「野生型」染色体のＳＮＰ遺伝型はその他の遺伝型であり、表５および表６（反復親の遺伝型の下）にも記載されている。それで例えば、ＱＴＬ２．１を備える前記移入断片を表すＳＮＰ＿０１の遺伝型は「ＡＧ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）または「ＧＧ」（ＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１）であり、一方で（その移入断片を持っていない）野生型／遺伝的対照を表すＳＮＰ遺伝型は「ＡＡ」（ｗｔ／ｗｔ）である。したがって、前記移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる植物体または植物部分（例えば細胞）を参照するとき、その移入断片に連鎖するＳＮＰマーカーが対応するＳＮＰ遺伝型を有していることが理解される。
【００５９】
それで１つの態様では移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなり、前記移入断片によってキュウリ果実収量が増加している栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体が提供される。
【００６０】
２番染色体上のそのＱＴＬは、２番染色体のヌクレオチド４３３，０８６ｂｐで始まり、且つ、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域にマップされた。したがって、１つの態様では野生キュウリ由来またはキュウリの近縁野生種由来の前記移入断片はＱＴＬ２．１またはその変異体を備え、２番染色体のヌクレオチド４３３，０８６ｂｐで始まり、且つ、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域の全体を備える。
【００６１】
別の態様では本発明の移入断片（ＱＴＬ２．１またはその変異体を備える）は、２番染色体の４３３，０８６ｂｐで始まり、且つ、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域の小さな断片（部分）を含んでなる断片、例えば、サイズが例えば２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれより小さいサイズであり、且つ、そのＱＴＬまたはその変異体を備える断片である。１つの態様ではその部分はサイズが少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれより大きい。
【００６２】
１つの態様では本発明の栽培キュウリ植物体は、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来するＱＴＬ２．１またはその変異体を備える移入断片であって、物理的な２番染色体の０．４Ｍｂで始まり、且つ、３Ｍｂで終わり、別の態様では０．３Ｍｂで始まり、且つ、４Ｍｂで終わる領域の全体を備える前記移入断片を含んでなる。
【００６３】
６番染色体上のそのＱＴＬは、６番染色体の底部、すなわち、６番染色体のヌクレオチド２６，８３３，９０７ｂｐで始まり、且つ、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域にマップされた。したがって、１つの態様では野生キュウリ由来またはキュウリの近縁野生種由来の前記移入断片はＱＴＬ６．１またはその変異体を備え、６番染色体のヌクレオチド２６，８３３，９０７ｂｐで始まり、且つ、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域の全体を備える。
【００６４】
別の態様では本発明の移入断片（ＱＴＬ６．１またはその変異体を備える）は、６番染色体の２６，８３３，９０７ｂｐで始まり、且つ、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域の小さな断片（部分）を含んでなる断片、例えば、サイズが例えば１．９Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれより小さいサイズであり、且つ、そのＱＴＬまたはその変異体を備える断片である。１つの態様ではその部分はサイズが少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂ、またはそれより大きい。
【００６５】
１つの態様では本発明の栽培キュウリ植物体は、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来するＱＴＬ６．１またはその変異体を備える移入断片であって、２６Ｍｂで始まり、且つ、物理的な６番染色体の末端、すなわち２９．０７Ｍｂで終わり、別の態様では２５Ｍｂで始まり、且つ、６番染色体の末端で終わる領域の全体を備える前記移入断片を含んでなる。
【００６６】
前記のキュウリ果実収量の増加は、同じ環境下で栽培されたときの２番染色体および６番染色体の上に前記移入断片を持っていない遺伝的対照の系統または品種と比較して、その移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる前記栽培キュウリ植物の系統または品種の（統計的に）有意に高い植物体当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）、および／または同じ環境下で栽培されたときの前記移入断片を持っていない遺伝的対照の系統または品種と比較して、その移入断片を含んでなる前記植物の系統または品種の有意に高い植物体当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）として表現型の上で表される。
【００６７】
したがって、（ＱＴＬ２．１を備える）２番染色体上の移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる、または（ＱＴＬ６．１を備える）６番染色体上の移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる、または両方の移入断片（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１）を含んでなり、どちらの移入断片もホモ接合性またはヘテロ接合型である様々な栽培キュウリ植物体が本明細書において提供される。
【００６８】
したがって、本発明の植物体は１本、２本、３本、または４本の組換え染色体、すなわち１本または２本の組換え２番染色体および／または１本または２本の組換え６番染色体を含む栽培キュウリのゲノムを含んでなる。それらの組換え染色体は野生キュウリ（またはキュウリの近縁野生種）の断片を含んでなり、その断片は分子マーカー分析、全ゲノムシーケンシング、染色体ペインティングおよび同様の技術によって栽培キュウリゲノムと容易に区別可能である。
【００６９】
１つの態様では前記植物体または植物細胞または植物組織のゲノムの中の（またはそれから抽出されたＤＮＡの中の）２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片の存在は、前記移入断片の１個以上の分子マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。しかしながら、前述のように、他の技術を使用してよい。例えば、前記マーカーのＳＮＰ遺伝型はシーケンシングによって決定されてもよく、または本明細書において提供されるＳＮＰマーカーの間に位置する代替的マーカー、または本明細書において提供されるあるマーカーから７ｃＭ以内または５ｃＭ以内に位置する代替的マーカー、または本明細書において提供されるあるマーカーから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２．５Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．４Ｍｂ以内、０．３Ｍｂ以内、０．２Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、１０ｋｂ以内、５ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内に位置する代替的マーカーを使用することにより決定されてもよい。
【００７０】
２番染色体上の移入断片（収量ＱＴＬ２．１）を含んでなるキュウリ植物体
１つの態様では２番染色体上の前記移入断片は、
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｃ）配列番号３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｅ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｆ）配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｈ）配列番号８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｉ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｊ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｌ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００７１】
前述のように、当業者は他の分子マーカー、例えばマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１との間にあり、且つ／またはＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１のうちのいずれか１つから７ｃＭ以内または５ｃＭ以内にあり、且つ／またはＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１のうちのいずれか１つから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２．５Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．４Ｍｂ以内、０．３Ｍｂ以内、０．２Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、１０ｋｂ以内、５ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内にある野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーを開発することもできる。そのようなマーカーはヌクレオチドストレッチ、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られる前記移入断片をシーケンシングし、そしてその配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することができる。
【００７２】
別の態様では２番染色体上の前記移入断片は、
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｃ）配列番号３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｅ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｆ）配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｈ）配列番号８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｉ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｊ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または１１個全てのマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００７３】
別の態様では移入断片を２番染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなり、前記移入断片によってキュウリ果実収量が増加し、且つ、前記移入断片が、
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｃ）配列番号３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｅ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｆ）配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｈ）配列番号８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｉ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｊ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型
からなる群より選択される少なくとも２連続、３連続または４連続（または少なくとも５連続、６連続、７連続、８連続、９連続、１０連続、または１１連続）のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体が提供される。
【００７４】
ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１はその与えられた順序で前記移入断片上に局在する。連続マーカーは同一連続順序のマーカーを指し、それで例えば２連続のマーカーはＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿０２、ＳＮＰ＿０２とＳＮＰ＿０３、ＳＮＰ＿０３とＳＮＰ＿０４等であり得、および３連続のマーカーはＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿０２とＳＮＰ＿０３、ＳＮＰ＿０２とＳＮＰ＿０３とＳＮＰ＿０４等であり得る。
【００７５】
したがって、前記断片はより小さく、且つ、前記マーカーのうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個のマーカーを、または１０個ものマーカーを欠いていてよいが、その断片はそれでも収量の増加を栽培キュウリ植物体に付与し得る。すなわち、その断片はそれでも収量アレルを備え得る。そのようなより小さい移入断片が本発明の実施形態である。より小さい移入断片を有する植物体は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ  ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られるような前記移入断片を含んでなる植物体から始め、そのような植物体を別の栽培キュウリ植物体と交配し、前記交配の子孫を自殖して２番染色体上により小さい移入断片を有する組換え体を含み得る植物体集団を作製することにより作製され得る。そのより小さい移入断片のサイズを決定するためにマーカーアッセイを用いることができる。ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のうちの１個以上のマーカーが欠けていてもよい（すなわち、その植物体は前記ＳＮＰマーカーのうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のマーカーを備えているだけでよい）。そこで、そのようなより小さい移入断片を含んでなる植物体の収量は、本明細書に記載されるような収量実験において、すなわち、その移入断片を持っていない適切な対照植物体と共にそのより小さい移入断片を含んでなる複数の植物を実地試験において栽培して比較され得る。それらの対照植物体は遺伝的対照であることが好ましい。その平均収量が対照における平均収量よりも有意に高いままである場合、そのより小さい移入断片はＱＴＬ２．１を保持している。
【００７６】
あるいは、同ＱＴＬまたは変異ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１または変異ＱＴＬ２．１）は、本明細書において開示される全てのＳＮＰマーカーが存在していなくてもよいように異なる野生供給源から移入されてもよい。そのような代替的野生供給源は、本明細書において提供されるＳＮＰマーカーを使用し、マーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の遺伝型を検出するためのマーカーアッセイを用いる野生生殖質のスクリーニングによって特定され得る。他の供給源に由来する同ＱＴＬ２．１または変異ＱＴＬ２．１を含んでなる植物体も本発明の実施形態である。前記ＳＮＰのうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれより多くが、好ましくはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のうちの少なくとも２連続、３連続、４連続、５連続、６連続、７連続、８連続、９連続、１０連続、またはそれ以上の連続ＳＮＰマーカーも収量増加遺伝型を有している限り、その植物体はＱＴＬ２．１（またはその変異体）を含んでなる。当業者は本明細書に記載されるように果実収量を増加させるためにＱＴＬ２．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。
【００７７】
特定の実施形態では本発明の植物体は、少なくとも一組のＳＮＰマーカー、すなわち
ａ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｃ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および
ｅ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型
からなる群より選択される次のマーカーのうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、または５個全てのマーカーを備える移入断片を含んでなる。
【００７８】
したがって、前記移入断片（および前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体または植物部分、例えば細胞）は、上記マーカーのうちの１個以上のマーカーまたは全てのマーカーについて前記移入断片のＳＮＰ遺伝型（すなわち、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の生殖質のＳＮＰ遺伝型）を検出することによりマーカーアッセイにおいて検出され得る。
【００７９】
さらに別の態様では本発明の植物体は少なくともＳＮＰ＿０６を備える移入断片を含んでなる。すなわち前記移入断片は、配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型を検出するマーカーアッセイにおいて検出される。所望により隣接するマーカーであるＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７も検出される。すなわち、前記移入断片は、少なくともＳＮＰ＿０６を検出し、所望により次のマーカー：
‐配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
‐配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および所望により
‐ＳＮＰ＿０５とＳＮＰ＿０７との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
のうちの少なくとも１個のマーカーも検出するマーカーアッセイにおいて検出される。
【００８０】
６番染色体上の移入断片（収量ＱＴＬ６．１）を含んでなるキュウリ植物体
１つの態様では６番染色体上の前記移入断片（および前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体または植物部分）は、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｔ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、または１９個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００８１】
前述のように、当業者は他の分子マーカー、例えばマーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあり、且つ／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちのいずれか１つから７ｃＭ以内または５ｃＭ以内にあり、且つ／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちのいずれか１つから５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２．５Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、０．４Ｍｂ以内、０．３Ｍｂ以内、０．２Ｍｂ以内、０．１Ｍｂ以内、５０ｋｂ以内、２０ｋｂ以内、１０ｋｂ以内、５ｋｂ以内、またはそれより小さいサイズ以内にある野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーを開発することもできる。そのようなマーカーはヌクレオチドストレッチ、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られる前記移入断片をシーケンシングし、そしてその配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することができる。
【００８２】
別の態様では６番染色体上の前記移入断片は、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個または３個、または少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、または１９個全てのマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００８３】
別の態様では移入断片を６番染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなり、前記移入断片によってキュウリ果実収量が増加し、且つ、前記移入断片が、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型
からなる群より選択される少なくとも２連続、３連続または４連続（または少なくとも５連続、６連続、７連続、８連続、９連続、１０連続、１１連続、１２連続、１３連続、１４連続、１５連続、１６連続、１７連続、１８連続、または１９連続）のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体が提供される。
【００８４】
ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０はその与えられた順序で前記移入断片上に局在する。連続マーカーは同一連続順序のマーカーを指し、それで例えば２連続のマーカーはＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１３とＳＮＰ＿１４、ＳＮＰ＿１４とＳＮＰ＿１５等であり得、３連続のマーカーはＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿１３とＳＮＰ＿１４、ＳＮＰ＿１３とＳＮＰ＿１４とＳＮＰ＿１５等であり得る。
【００８５】
したがって、前記断片はより小さく、且つ、前記マーカーのうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個のマーカー、または１８個ものマーカーを欠いていてよいが、その断片はそれでも収量の増加を栽培キュウリ植物体に付与し得る。すなわち、その断片はそれでも収量アレルを備え得る。そのようなより小さい移入断片が本発明の実施形態である。より小さい移入断片を有する植物体は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られるような前記移入断片を含んでなる植物体から始め、そのような植物体を別の栽培キュウリ植物体と交配し、前記交配の子孫を自殖して６番染色体上により小さい移入断片を有する組換え体を含み得る植物体集団を作製することにより作製され得る。そのより小さい移入断片のサイズを決定するためにマーカーアッセイを用いることができる。ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちの１個以上のマーカーが欠けていてもよい（すなわち、その植物体は前記ＳＮＰマーカーのうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個または１８個のマーカーを備えているだけでよい）。そこで、そのようなより小さい移入断片を含んでなる植物体の収量は、本明細書に記載されるような収量実験において、すなわち、その移入断片を持っていない適切な対照植物体と共にそのより小さい移入断片を含んでなる複数の植物を実地試験において栽培して比較され得る。それらの対照植物体は遺伝的対照であることが好ましい。その平均収量が対照における平均収量よりも有意に高いままである場合、そのより小さい移入断片はＱＴＬ６．１を保持している。
【００８６】
あるいは、同ＱＴＬまたは変異ＱＴＬ（ＱＴＬ６．１または変異ＱＴＬ６．１）は、本明細書において開示される全てのＳＮＰマーカーが存在していなくてもよいように異なる野生供給源から移入されてもよい。そのような代替的野生供給源は、本明細書において提供されるＳＮＰマーカーを使用し、マーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の遺伝型を検出するためのマーカーアッセイを用いる野生生殖質のスクリーニングによって特定され得る。他の供給源に由来するＱＴＬ６．１または変異ＱＴＬ６．１を含んでなる植物体も本発明の実施形態である。前記ＳＮＰのうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個またはそれより多くが、好ましくはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちの少なくとも２連続、３連続、４連続、５連続、６連続、７連続、８連続、９連続、１０連続、１１連続、１２連続、１３連続、１４連続、１５連続、１６連続、１７連続、１８連続、またはそれ以上の連続ＳＮＰマーカーも収量増加遺伝型を有している限り、その植物体はＱＴＬ６．１（またはその変異体）を含んでなる。当業者は本明細書に記載されるように果実収量を増加させるためにＱＴＬ６．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。
【００８７】
特定の実施形態では本発明の植物体は、少なくとも一組のＳＮＰマーカー、すなわち
‐配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
‐配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
‐配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型
からなる群より選択される次のマーカーのうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個または１３個全てのマーカーを備える移入断片を含んでなる。
【００８８】
特に、１つの態様では本発明の栽培キュウリ植物体は
‐配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
‐配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
‐配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および所望により
‐マーカーＳＮＰ＿１３とＳＮＰ＿１８との間にあるおよび／またはマーカーＳＮＰ＿１８とＳＮＰ＿２８との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択される少なくとも１個、２個または３個のマーカーを備える。
【００８９】
したがって、前記移入断片（および前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体または植物部分、例えば細胞）は、上記マーカーのうちの１個以上のマーカーまたは全てのマーカーについて前記移入断片のＳＮＰ遺伝型（すなわち、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の生殖質のＳＮＰ遺伝型）を検出することによりマーカーアッセイにおいて検出され得る。
【００９０】
したがって、１つの態様では２か所の量的形質座位（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１）は、栽培キュウリ品種または栽培育種系統に別々に、または組み合わせて移転（移入）され、ヘテロ接合型またはホモ接合型で存在するとその栽培キュウリ植物体に著しい果実収量の増加を付与する野生キュウリの２番染色体と６番染色体の上に存在することが分かった。したがって、それらのＱＴＬ、または（収量アレルを備える）それらのＱＴＬを備える前記移入断片は優性である。すなわち、２番染色体または６番染色体のうちの１本の上に前記移入断片を有する（１本の組換え２番染色体または組換え６番染色体）ことが充分であり、一方で対になっている相同２番染色体または相同６番染色体はその移入断片を持っていない栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）の（非組換え）２番染色体または６番染色体であり得る。
【００９１】
それらの２つの収量ＱＴＬの現在の供給源は単一の特定の野生供給源であるが、２番染色体および／または６番染色体の上の同じ座位にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える他の野生キュウリ系統種が存在する可能性がある。そのような座位はわずかに異なるヌクレオチド配列を有する収量アレル、すなわち本明細書において見られる前記アレル（ＱＴＬ）の変異体を備えていてよい。栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）のゲノムと組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる栽培キュウリ植物体であって、ホモ接合型またはヘテロ接合型で存在すると栽培キュウリ植物体に高収量表現型を付与する野生キュウリ種移入断片を含んでなる前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる前記栽培キュウリ植物体を作製するため、本明細書に記載されるようにそのような変異ＱＴＬを特定し、栽培キュウリに移入することもできる。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備えるそのような野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を特定するため、本明細書において提供されるＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカーの存在について野生系統種を例えばマーカーアッセイにおいて、または配列比較もしくは他の方法によってスクリーニングすることができる。その後、例えばＭＡＳを用いて、すなわち組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる子孫植物体（例えば戻し交配植物体）を検出および／または選抜するための本明細書において提供されるＳＮＰマーカーのうちの１個以上の（または全ての）マーカーを使用して、推定上の収量ＱＴＬ（または変異ＱＴＬ）を栽培キュウリに移入することができる。それらの選抜植物体、すなわち２番染色体および／または６番染色体の上に移入断片を含んでなり、２番染色体上の前記移入断片が（本明細書中の別の場所に記載されるように）ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のうちの１個以上のマーカーによって検出可能であり、且つ、６番染色体上の前記移入断片が（本明細書中の別の場所に記載されるように）ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちの１個以上のマーカーによって検出可能である栽培キュウリ植物体は、次に前記移入断片が実際に収量の著しい増加を引き起こすのか判定するために適切な対照植物体、好ましくは少なくとも遺伝的対照と共に収量実験において表現型の解析を受けることができる。
【００９２】
野生キュウリおよびキュウリの近縁野生種の系統種は米国農務省（ＵＳＤＡ）国立植物生殖質系統コレクションまたは他の種子コレクションから入手可能であり、したがって例えば本明細書に記載されるようなマーカーアッセイを用いてそれらの系統種をＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１の存在についてスクリーニングすることができ、そして前記ＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカー（例えば、ＱＴＬ２．１を表す少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または１１個全てのＳＮＰマーカー；および／またはＱＴＬ６．１を表す少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、または１９個全てのＳＮＰマーカー）を含んでなる系統種を、通常の野生型の非組換え２番染色体および非組換え６番染色体を有する栽培キュウリ植物体と交配することができる。その後、本明細書に記載される分子マーカーアッセイを用いて前記移入断片またはその一部を有する組換え植物体についてＦ２世代（またはＦ３世代もしくは戻し交配世代などの後代）をスクリーニングすることができる。
【００９３】
特定の実施形態では、収量ＱＴＬ２．１および／または収量ＱＴＬ６．１を備える前記移入断片は代表的な試料が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されている種子またはそれらの子孫から誘導可能であり（または由来し）、またはそれら得ることができる（またはそれらから得られる、またはそれらに存在するようである）。その子孫は、記載したように、前記ＱＴＬを表す１個以上の（または全ての）ＳＮＰマーカーを保持するあらゆる子孫であり得る。したがって、子孫は前記寄託物のＦ１子孫またはＦ２子孫に限定されず、自殖により得られたにしても、別のキュウリ植物体との交配によって得られたにしても、あらゆる子孫であり得る。
【００９４】
１つの実施形態では前記移入断片は、本明細書中の別の場所に記載される前記マーカー、特に２番染色体上の前記移入断片向けのマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および６番染色体上の前記移入断片向けのマーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちの１個以上のマーカーによって特定可能である。１つの態様では本発明は、栽培キュウリ２番染色体および／または６番染色体の上にある移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から栽培された栽培植物体または（前記ＱＴＬに連鎖する本明細書において開示される前記マーカーのうちの１個以上のマーカーを含んでなる）この植物体の子孫を栽培キュウリ植物と交配することにより得られる（または得ることが可能である）前記移入断片によって付与される果実収量の増加を備える栽培（栽培化）キュウリのゲノムを有する栽培キュウリ植物を提供する。
【００９５】
別の実施形態では本発明は、本発明の植物体、すなわち、ホモ接合型またはヘテロ接合型で２番染色体および／または６番染色体の上に野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなる栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体であって、前記移入断片が１つの態様では番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子「にある通りである」、そのような種子「と同一である」、そのような種子「におけるものと同じである」、またはその移入断片のより短い断片であるが、それでも果実収量を増加させるものである前記栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体に関する。
【００９６】
さらに別の実施形態では本発明は、本発明の植物体、すなわち、ホモ接合型またはヘテロ接合型で２番染色体および／または６番染色体の上に野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなる栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体であって、前記移入断片が番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された前記移入断片種子の変異体である可能性、すなわち、その移入断片が収量ＱＴＬを備えるが、ゲノム配列が異なる可能性がある前記栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体に関する。野生系統種は遺伝的に多様であるので、他の野生キュウリ系統種またはキュウリの近縁野生種に由来するＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１を備える移入断片のゲノム配列はＮＣＩＭＢ４２２６２に移入されているゲノム配列と同一ではない可能性が非常に高く、（プロモーター、イントロンおよびエクソンを備える）収量付与遺伝子ですらヌクレオチド配列が異なっている可能性があるが、機能は同じになる、すなわち果実収量を増加させる。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に連鎖するある特定のＳＮＰマーカーを様々な系統種において共通して見ることができるが、一方で他のＳＮＰマーカーは特定の系統種でしか見られないという点で多様性を見ることができる。それで例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の全てが他の野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種で見られるわけではない。しかしながら、収量増加性ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１（その収量アレルの変異体またはオーソログを含んでなる）はそれでもそのような野生系統種に存在し得る。当業者は他の野生キュウリ系統種または他のキュウリの近縁野生種に見られる領域を含んでなるＱＴＬ２．１および６．１を特定し、栽培キュウリに移入することができる。
【００９７】
１つの実施形態ではＱＴＬ２．１を備える前記移入断片または２番染色体領域（または変異またはオーソロガス２番染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｃ）配列番号３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｅ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｆ）配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｈ）配列番号８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｉ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｊ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型
からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれより多く（または１１個全て）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００９８】
したがって、１つの実施形態では本発明による植物体は配列番号１のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０１と呼ばれる）または配列番号１に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０２と呼ばれる）または配列番号２に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号３のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０３と呼ばれる）または配列番号３に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号４のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０４と呼ばれる）または配列番号４に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧ遺伝型またはＧＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号５のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０５と呼ばれる）または配列番号５に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＡＣ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号６のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０６と呼ばれる）または配列番号６に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のチミン（Ｔ）（すなわちＴＴ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号７のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０７と呼ばれる）または配列番号７に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号８のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０８と呼ばれる）または配列番号８に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のチミン（Ｔ）（すなわちＴＴ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号９のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿０９と呼ばれる）または配列番号９に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１０のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１０と呼ばれる）または配列番号１０に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧ遺伝型またはＧＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１１のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１１と呼ばれる）または配列番号１１に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなる。
【００９９】
さらに１つの実施形態ではＱＴＬ６．１を備える前記移入断片、または６番染色体領域（または変異またはオーソロガス６番染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型
からなる群より選択される少なくとも１個、好ましくは少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、またはそれより多く（または１９個全て）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１００】
したがって、１つの実施形態では本発明による植物体は配列番号１２のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１２と呼ばれる）または配列番号１２に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１３のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１３と呼ばれる）または配列番号１３に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１４のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１４と呼ばれる）または配列番号１４に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１５のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１５と呼ばれる）または配列番号１５に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のチミン（Ｔ）（すなわちＴＴ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１６のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１６と呼ばれる）または配列番号１６に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１７のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１７と呼ばれる）または配列番号１７に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のチミン（Ｔ）（すなわちＴＴ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１８のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１８と呼ばれる）または配列番号１８に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号１９のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿１９と呼ばれる）または配列番号１９に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＣ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２０のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２０と呼ばれる）または配列番号２０に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＣ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２１のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２１と呼ばれる）または配列番号２１に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２２のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２２と呼ばれる）または配列番号２２に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２３のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２３と呼ばれる）または配列番号２３に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２４のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２４と呼ばれる）または配列番号２４に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２５のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２５と呼ばれる）または配列番号２５に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも一個のグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２６のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２６と呼ばれる）または配列番号２６に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２７のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２７と呼ばれる）または配列番号２７に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のアデニン（Ａ）（すなわちＡＡ遺伝型またはＡＧ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２８のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２８と呼ばれる）または配列番号２８に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号２９のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿２９と呼ばれる）または配列番号２９に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも一個のシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣ遺伝型またはＣＴ遺伝型）を含んでなり、且つ／または配列番号３０のヌクレオチド７５（ＳＮＰ＿３０と呼ばれる）または配列番号３０に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて２個のグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも一個のチミン（Ｔ）（すなわちＴＴ遺伝型またはＧＴ遺伝型）を含んでなる。
【０１０１】
ＳＮＰ遺伝型は各２番染色体（ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１について）または各６番染色体（ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０について）に１個ずつある２個のヌクレオチド、およびこれらの２個のヌクレオチドのうちの１個を含んでなるゲノム配列を指す。それで、ＳＮＰ＿３０のＴＴ遺伝型を有する植物体は両方の染色体上に同一のヌクレオチド（Ｔ）を有し、一方でＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型を有する植物体は配列番号３０のヌクレオチド７５において（または配列番号３０に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて）一個のＧを含む１本の染色体と配列番号３０のヌクレオチド７５において（または配列番号３０に対する実質的な配列同一性を含んでなるゲノム配列の同等のヌクレオチドにおいて）一個のＴを含む１本の染色体を有する。本明細書において提供されるＳＮＰマーカーの周囲のゲノム配列は他の野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片（すなわち変異またはオーソロガス２番染色体領域または６番染色体領域）の中でわずかに異なっている可能性があるので、そのＳＮＰの前後のヌクレオチド配列が本明細書において提供される配列と１００％同一ではない場合があることは明らかである。したがって、本明細書において提供される配列に対する実質的な配列同一性を有するが、同じＳＮＰを含んでなる配列が本発明に包含される。
【０１０２】
１つの態様では上記の１個以上のマーカーによって検出可能であるＱＴＬ（ＱＴＬ２．１もしくは変異体および／またはＱＴＬ６．１もしくは変異体）を備える前記移入断片または２番染色体領域または６番染色体領域（または変異またはオーソロガス２番染色体領域または６番染色体領域）は野生キュウリ植物または近縁野生種キュウリに由来し、１つの態様ではその移入断片は種子の代表的な試料が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されている植物体またはその子孫に由来し、１つの態様ではその移入断片はしたがって受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子の２番染色体および６番染色体の上に見られる同じ移入断片、またはそれより短い断片である。１つの態様では２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片はサイズが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、より好ましくは６Ｍｂ以下、５Ｍｂ以下、４Ｍｂ以下、３Ｍｂ以下、または２．５Ｍｂ以下、例えば２ＭｂＭｂ以下である。１つの態様では前記移入断片はサイズが少なくとも０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１．０Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１．９Ｍｂ、２．０Ｍｂ、２．５Ｍｂまたは３Ｍｂである。したがって、１０Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂを超える断片、５Ｍｂまたは３Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂ、０．５ＭＢまたは１Ｍｂを超える断片等のような様々な範囲の移入サイズが本発明に包含される。そのサイズは、例えばＱｉら著、２０１３年（上掲）またはＨｕａｎｇら著、２００９年（上掲）に記載されるように、例えば全ゲノムシーケンシングまたは次世代シーケンシングによって容易に決定され得る。特に移入領域はその移入領域内の比較的多量の遺伝的変異（ＳＮＰ、ＩＮＤＥＬ等）のために容易に栽培ゲノム領域と区別され得る。
【０１０３】
寄託された種子（ＮＣＩＭＢ４２２６２）から２番染色体および／または６番染色体の上に存在する前記移入断片を獲得するため、すなわち前記ＱＴＬを備える前記移入断片の一方または両方を別の栽培キュウリ植物体に移転するため、その種子から植物体が栽培され、Ｆ１の種子を得るためにその植物体が栽培キュウリ植物体と交配される。Ｆ１雑種の種子およびその種子から栽培された植物体はＮＣＩＭＢ４２２６２親に由来する１本の組換え２番染色体と１本の組換え６番染色体および他方の栽培親に由来する１本の非組み換え２番染色体と１本の非組み換え６番染色体を含む。相同染色体間で新しい組換えイベントを起こすためには減数分裂が起こることが必要であり、前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる植物体を特定することが必要である。例えば、前記Ｆ１植物体を１回以上自殖させてＦ２植物体またはＦ３植物体（または後代の自殖世代）を作製することができ、および／またはＦ２植物体またはＦ３植物体等を栽培親に対して戻し交配することができる。組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる植物体、前記の寄託された種子に由来する前記移入断片を含んでなる植物体、またはそれより小さい移入断片（それでも前記ＱＴＬを備える）を含んでなる植物体を特定するために上記のＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカーの存在によってＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える植物体をスクリーニングすることができ、選抜することができる。
【０１０４】
同様に、異なる方法を使用してＱＴＬ２．１（またはその変異体）またはＱＴＬ６．１（またはその変異体）を備える栽培キュウリ植物体を作製および／または特定することができる。例えば、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体を得るため、まず本明細書において開示されるＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬＬ６．１と連鎖するＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカー、例えば本明細書中の上記のマーカーのうちのいずれか１つ、またはそれより多く、または全てのマーカーを含んでなる野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を特定する。その特定された植物体を栽培キュウリ植物体と交配してＦ１の種子を得る。そのＦ１植物体を自殖させてＦ２植物体、Ｆ３植物体等を作製することができ、且つ／またはＦ２植物体またはＦ３植物体等を前記栽培キュウリ親に対して戻し交配することができる。ＱＴＬ２．１（またはその変異体）またはＱＴＬ６．１（またはその変異体）を備えている植物体を上記のＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカーの存在によってスクリーニングおよび／または選抜することができ、且つ／または（前記遺伝子移入が無い）最初の栽培親と比較した高収量表現型によってスクリーニングおよび／または選抜することができる。あるいは、または加えて、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異体）に連鎖するその他の分子マーカーを特定するために、および／または収量を著しく増加させる移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するためにＱＴＬマッピングを行うことができる。
【０１０５】
１つの実施形態ではＱＴＬ２．１を備える栽培キュウリ植物中の前記移入断片または２番染色体領域（またはオーソロガス２番染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、
ｂ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１１から７ｃＭ以内、５ｃＭ以内、３ｃＭ以内、またはそれより小さいサイズ以内で遺伝的に連鎖するあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１１から５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、または０．２Ｍｂ以下以内で物理的に連鎖するあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１０６】
１つの態様では（ｃ）のマーカーはＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿１０のうちの１個以上のマーカーである。
【０１０７】
１つの態様では少なくとも１個の、２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、またはそれより多くのマーカーが上記の（ａ）、（ｂ）および／または（ｃ）のマーカーより検出される。別の態様では少なくとも１個の、２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、またはそれより多くのマーカーが上記の（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）および／または（ｅ）のマーカーより検出される。１つの実施形態では少なくとも（ａ）および／または（ｂ）のマーカーが検出され、所望により少なくとも（ｃ）、（ｄ）および／または（ｅ）のうちの少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多くのマーカーが検出される。
【０１０８】
（ａ）のマーカーと（ｂ）のマーカーとの間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーは、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間の２番染色体領域に遺伝的にマップされ、且つ／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間に物理的に存在し、且つ、野生キュウリ２番染色体領域またはキュウリ近縁野生種２番染色体領域を表すあらゆる分子マーカーを指す。これは、前記栽培キュウリゲノムと野生キュウリまたはキュウリ近縁野生種のゲノムとの間でそのマーカーが多型であることを意味している。１つの態様ではそのマーカーは一塩基多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＤＮＡシーケンシング等の他の分子マーカーを同じように使用してよい。
【０１０９】
１つの実施形態ではＱＴＬ６．１を備える栽培キュウリ植物中の前記移入断片または６番染色体領域（またはオーソロガス６番染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、
ｂ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、
ｃ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、
ｄ）マーカーＳＮＰ＿１２またはＳＮＰ＿３０から７ｃＭ以内、５ｃＭ以内、３ｃＭ以内、またはそれより小さいサイズ以内で遺伝的に連鎖するあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿１２またはＳＮＰ＿３０から５Ｍｂ以内、３Ｍｂ以内、２Ｍｂ以内、１Ｍｂ以内、０．５Ｍｂ以内、または０．２Ｍｂ以下以内で物理的に連鎖するあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群より選択されるマーカーのうちの少なくとも１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１１０】
１つの態様では（ｃ）のマーカーはＳＮＰ＿１３〜ＳＮＰ＿２９のうちの１個以上のマーカーである。
【０１１１】
１つの態様では少なくとも１個の、２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、またはそれより多くのマーカーが上記の（ａ）、（ｂ）および／または（ｃ）のマーカーより検出される。別の態様では少なくとも１個の、２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、またはそれより多くのマーカーが上記の（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）および／または（ｅ）のマーカーより検出される。１つの実施形態では少なくとも（ａ）および／または（ｂ）のマーカーが検出され、所望により少なくとも（ｃ）、（ｄ）および／または（ｅ）のうちの少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多くのマーカーが検出される。
【０１１２】
（ａ）のマーカーと（ｂ）のマーカーとの間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーは、マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の６番染色体領域に遺伝的にマップされ、且つ／またはマーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間に物理的に存在し、且つ、野生キュウリ６番染色体領域またはキュウリ近縁野生種６番染色体領域を表すあらゆる分子マーカーを指す。これは、前記栽培キュウリゲノムと野生キュウリまたはキュウリ近縁野生種のゲノムとの間でそのマーカーが多型であることを意味している。１つの態様ではそのマーカーは一塩基多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＤＮＡシーケンシング等の他の分子マーカーを同じように使用してよい。
【０１１３】
１つの態様では本発明の植物体中の移入断片は受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に存在する２番染色体または６番染色体の断片、または（例えば前記移入断片内での組換えによって生じた）前記ＱＴＬを保持するより短いその断片である。
【０１１４】
１つの態様では前記移入断片はサイズが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、５Ｍｂ以下、３Ｍｂ以下、２．５Ｍｂ以下、２Ｍｂ以下、１．５Ｍｂ以下、１Ｍｂ以下である。その他の態様では前記移入断片はサイズが少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂである。
【０１１５】
本発明の植物体が育ち得る種子も提供され、同様に本発明の植物体から収穫され、且つ、ゲノム中に組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなるキュウリ果実も提供される。同様に、少なくとも１本の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなり、前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体が野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなり、そして前記移入断片が果実収量を著しく増加させるアレルを備える植物体または種子の植物細胞、組織、または植物部分が提供される。
【０１１６】
本明細書に記載される分子マーカーは標準的方法に従って検出され得る。例えばＫＡＳＰ−アッセイ（ｗｗｗ．ｋｐｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ．ｃｏ．ｕｋを参照されたい）または他のアッセイを用いてＳＮＰマーカーを容易に検出することができる。ＫＡＳＰ−アッセイの開発のために例えばＳＮＰの７０塩基対上流と７０塩基対下流を選択することができ、２つのアレル特異的フォワードプライマーとおよび１つのアレル特異的リバースプライマーをデザインすることができる。ＫＡＳＰアッセイ方法については例えばAllen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1086-1099、特に p097-1098 を参照されたい。
【０１１７】
したがって、１つの態様では前記収量ＱＴＬと連鎖する前記ＳＮＰマーカーおよび前記マーカーの存在／不在がＫＡＳＰアッセイを用いて判定されるが、他のアッセイを同じように用いることができる。例えば、所望によりＤＮＡシーケンシングを用いてもよい。
【０１１８】
移入断片の物理的サイズは物理的マッピング、シーケンシングなどの様々な方法により、または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）画像を用いる前記遺伝子移入の可視化（Verlaan et al. 2011, Plant Journal 68: 1093-1103）により決定され得る。
【０１１９】
より短い移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に有する植物体は、（前記遺伝子移入が無い）栽培キュウリ植物体と本発明の植物体との間の交配から得られた植物体の集団から新しい組換え植物体を作製し、より小さい移入サイズを有する組換え子孫を選抜することにより作製され得る。
【０１２０】
トマトでは、例えば、Ｔｙ−３アレルを備える６番染色体上の大きなソラナム・チレンセ（Ｓ．  ｃｈｉｌｅｎｓｅ）移入断片（約２７ｃＭ）が、Ｔｙ−３を備えるずっと小さなソラナム・チレンセ（Ｓ．  ｃｈｉｌｅｎｓｅ）移入断片（約６ｃＭ）を含んでなる組換え子孫系列（ＬＡ１９３１−ＡＬ−Ｆ２）を選抜することにより縮小されている（Ji et al. 2007, Mol. Breeding 20: 271-284を参照されたい）。
【０１２１】
本発明による栽培キュウリ植物体は純系のＯＰ（放任受粉品種）またはＦ１雑種であり得る。１つの態様ではそのＦ１雑種は前記移入断片の一方または両方をヘテロ接合型で含んでなる。すなわちそのＦ１雑種は、一方の系統が前記移入断片を（必須ではないが、好ましくはホモ接合型で）有している２つの純系親系統を交配し、前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集することにより作製されている。そのＦ１雑種は前記移入断片の一方または両方をホモ接合型で含んでなってもよく、すなわち、それぞれが前記移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる２つの純系親系統を交配することにより作製されている。
【０１２２】
前記栽培キュウリ植物体はあらゆる種類のものであり得る。その栽培キュウリ植物体は良好な農学的特徴および良好な果実品質特性を有していることが好ましい。１つの態様では前記栽培キュウリ植物体は遺伝的にも表現型の上でも均一である。特に果実の特徴、例えば形状、果皮色、果皮の厚さ、果皮のひだ、果皮の硬さ、トゲ（トゲの色、トゲの密度等）、イボの有無、食用できるほど成熟したときの長さと直径、芳香等に関する特徴が均一である。同様に種子の特徴（すなわち前記植物体が育つ種子の特徴）、例えば種子のサイズ、種子の色等が均一である。したがって、前記ＱＴＬをホモ接合型またはヘテロ接合型で備える系統または品種の植物体は均一な果実をつけ、このことは同じ環境条件下で栽培され、且つ、果実が同じ発生段階にあるときの植物体の果実の間でほとんど違いが無いことを意味する（例えば、定性的特徴について全ての植物体または植物部分、果実または種子のうちの少なくとも９８％、９９％、または好ましくは１００％がその特徴について同一であり、量的特徴について全ての植物体または植物部分、果実または種子のうちの少なくとも９０％、９５％、９８％がその特徴について同一である）。
【０１２３】
ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのうちのどちらかの変異体）を備える本発明による栽培キュウリ植物体はあらゆる種類のものであり得、例えばその栽培キュウリ植物体は次の種類のキュウリ、すなわちピクルス型キュウリ（例えばアメリカピクルス型、ヨーロッパピクルス型）、スライス型キュウリ（例えばアメリカスライス型）、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室型キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、東洋つる棚型キュウリ、アジア型キュウリ（例えば、インドマダラ（Ｉｎｄｉａｎ  Ｍｏｔｔｌｅｄ）キュウリ、中国長形（Ｃｈｉｎｅｓｅ  Ｌｏｎｇ）キュウリ、朝鮮型（Ｋｏｒｅａｎ）キュウリおよび日本型キュウリから選択される）のうちの１つであり得る。１つの態様では本発明による栽培キュウリはピクルス型キュウリ、スライス型キュウリ、長形キュウリ、短形キュウリ、ヨーロッパ温室型キュウリ、ベイトアルファ型キュウリ、東洋つる棚型キュウリ、中国長形（Ｃｈｉｎｅｓｅ  ｌｏｎｇ）キュウリ、朝鮮型（Ｋｏｒｅａｎ）キュウリまたは日本型キュウリの純系またはＦ１雑種である。
【０１２４】
前記植物体は一方または両方のＱＴＬをホモ接合型またはヘテロ接合型で備える単交配Ｆ１雑種または純系であり得る。１つの態様ではその植物体は、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を持っていない（すなわち、前記ＱＴＬを備える移入断片を持っていない）（純系）親植物体とＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのうちのどちらかの変異体）をホモ接合型で備える（純系）親植物体を交配することにより作製されたＦ１雑種である。したがって、１つの態様ではそのＦ１雑種はＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１についてヘテロ接合性である。
【０１２５】
別の態様では前記植物体は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのうちのどちらかの変異体）をホモ接合型で備える（純系）親植物体を、これもＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのうちのどちらかの変異体）をホモ接合型で備える（純系）親植物体と交配することにより作製されたＦ１雑種である。したがって、１つの態様ではそのＦ１雑種はＱＴＬ２．１についてホモ接合性であり（且つ、ＱＴＬ６．１を持っていないか、またはＱＴＬ６．１についてヘテロ接合性であり）、またはＱＴＬ６．１についてホモ接合性であり（且つ、ＱＴＬ２．１を持っていないか、またはＱＴＬ２．１についてホモ接合性であり）、またはＱＴＬ２．１とＱＴＬ６．１の両方についてホモ接合性である。
【０１２６】
１つの態様では前記Ｆ１雑種は一斉機械収穫に適しているピクルス型キュウリである。１つの態様ではそのピクルス型キュウリは種子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された植物体、または（別の場所に記載された１個以上のマーカーの存在によって検出可能である）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持するその植物体の子孫である。
【０１２７】
したがって、本発明による栽培キュウリ植物体は一斉機械収穫に適しているキュウリ植物体であり得る。
【０１２８】
別の態様では本発明による植物体は野生キュウリ植物または在来種ではない。
【０１２９】
さらに別の態様では本発明による植物体はユーラシア型キュウリ群、東アジア型キュウリ群またはシーシュアンバンナ型キュウリ群の栽培キュウリである。別の態様では本発明による植物体はインド型キュウリ群のキュウリではない。
【０１３０】
本発明の１つの実施形態ではＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を備える前記栽培キュウリ植物体は受粉せずに種なし果実をつける。すなわち、その栽培キュウリ植物体は単為結実性である。
【０１３１】
本発明のその他の実施形態ではＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を備える前記栽培キュウリ植物体は主に雌性型または完全に雌性型である。
【０１３２】
本発明のその他の実施形態ではＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を備える前記栽培キュウリ植物体は前記植物体がつけた果実の形態学的特徴に関して、例えば果実の形状、果実の色、果皮の厚さ、イボ等に関して均一であり、遺伝的に安定している。
【０１３３】
平均果実長、平均果実直径、果皮の厚さ、イボの有無、トゲ、果皮の硬さ、果皮色、果実頚部の形状、先細りの果実の形状、中間部の横断面の形状、種子の有無（単為結実）等のような果実の特徴はキュウリの種類、すなわち前記ＱＴＬが移入されている栽培種の遺伝的背景（遺伝子プール）に依存する。したがって、キュウリの種類に応じて様々な果実の形状、サイズおよび果実の種類が本明細書に含まれる。１つの態様ではそれらの果実は種なしである。
【０１３４】
米国で今日商業的に栽培されている２つの主な種類のキュウリ果実は生食（スライス）型と加工（ピクルス）型である。最終的な使用法に品種と生産方法を合せることが典型的である。スライス型キュウリはより長く、より大きく、そしてより濃くて厚い果皮を有していることが多く、一方でピクルス型／加工型キュウリはより短い果実、より薄い果皮を有し、それらのキュウリをピクルスにより適したものにする内部の果肉を有する。発生中の種子および大きな種子は口当たりが悪いので、種なし品種は一般的に生食とピクルスの両方にとって好ましい。
【０１３５】
１つの態様では本発明の植物体はピクルス型（加工型）であり、食用できるほど成熟したときに少なくとも１０ｃｍ、または少なくとも１１ｃｍ、または少なくとも１２ｃｍ、または少なくとも１３ｃｍの平均果実長を有し、且つ／または少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、またはそれを超える果実の直径に対する長さの比率を有する果実をつける。
【０１３６】
異なる態様では本発明の植物体は生食型、例えば長形キュウリまたはスライス型キュウリであり、食用できるほど成熟したときにピクルス型よりも長い平均果実長、例えば少なくとも１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２５ｃｍ、３０ｃｍ、３２ｃｍ、４０ｃｍ、またはそれより長い平均果実長を有する果実をつける。
【０１３７】
１つの態様では前記植物体は無限伸育型（indeterminate）キュウリである。別の態様では前記キュウリは有限伸育型（determinate）である。
【０１３８】
本発明による植物体が育ち得る種子も本明細書において提供され、同様に本発明による植物体から収穫されたキュウリ果実も提供される。これらはゲノム中に前記ＱＴＬを備え、したがって、本明細書において提供されるＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカーの存在によって他の果実と区別され得る。
【０１３９】
１つの態様では前記果実は食用に適した収穫時に苦味を持たない（苦いグループおよび苦味の無いグループより選抜される）。
【０１４０】
その他の態様では前記果実は食用に適した収穫時に薄い果皮を有する（果皮が厚いグループおよび薄いグループより選抜される）。
【０１４１】
異なる実施形態では前記ＱＴＬは米国特許第８７１０３０３（Ｂ２）号明細書に記載される「コンパクト」と呼ばれる種類のキュウリに移入される。したがって、本発明によるキュウリ植物体は米国特許第８７１０３０３（Ｂ２）号明細書に記載されるｃｏｍｐａｃｔ遺伝子を例えばＨｉ−ＪａｃｋおよびＨｉ−Ｌｉｓａという品種（両方ともＮｕｎｈｅｍｓ社）に存在するようにホモ接合型またはヘテロ接合型で備える。
【０１４２】
本発明のその他の実施形態は、少なくとも１本の組換え２番染色体および／または少なくとも１本の組換え６番染色体であって、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含んでなり、そして前記移入断片が果実収量を増加させるＱＴＬを備える前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる本発明による植物体または種子の植物細胞、組織、または植物部分である。
【０１４３】
増加した果実収量を有するキュウリ品種を育種するために野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片（前記移入断片は果実収量を増加させるアレルを備える）を含んでなる組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を使用することも本発明に包含される。１つの態様では前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体は受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見られるような組換え２番染色体および／または組換え６番染色体であり、または前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体に由来する（例えば、前記種子に見られる移入断片のより小さな断片である）。
【０１４４】
同様に、ある移入断片を持っていない遺伝的対照キュウリ植物体と比較して果実収量を増加させる前記移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するために受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫に見られるような前記２番染色体および／または６番染色体を使用することが本発明に包含される。
【０１４５】
同様に、増加した果実収量を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するために受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫から栽培された植物体を使用することであって、前記果実収量の増加が前記植物体またはそれらの子孫の２番染色体および／または６番染色体から得られた移入断片によって付与される前記植物体の使用が本発明に包含される。
【０１４６】
２番染色体および／または６番染色体の上の移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるようなものである前記移入断片、または前記移入断片に由来するより短い断片である前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体を特定するための方法であって、
ａ）栽培キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）植物体の集団を提供すること、
ｂ）次のものからなる群より選択される少なくとも１個のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを使用して前記集団をスクリーニングすること：
ｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および／または
ｉｉ）６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、
ｃ）次のものを含んでなる植物体を特定および／または選抜すること：
ｉｉｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個のマーカー、または
ｉｖ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１より選択される少なくとも２連続、３連続、または４連続のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０より選択される少なくとも２連続、３連続、または４連続のマーカー、または
ｖ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２、ＳＮＰ＿５、ＳＮＰ＿７、ＳＮＰ＿９およびＳＮＰ１０からなる群より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２、ＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８〜ＳＮＰ＿２６、ＳＮＰ＿２８およびＳＮＰ＿３０からなる群より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー、または
ｖｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するための最低でもマーカーＳＮＰ＿０６および所望によりマーカーＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７も、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８およびＳＮＰ＿２８より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー
を含んでなる前記方法も提供される。
【０１４７】
さらに、果実収量を増加させる移入断片を含んでなるキュウリＦ１雑種植物体を作製するための方法であって、
ａ）収量を増加させるアレルを備える移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２にある通りである前記移入断片、またはより短い断片である前記移入断片を有する組換え２番染色体および／または組換え６番染色体をホモ接合型で含んでなる第１純系キュウリ植物体を提供すること、
ｂ）第２純系キュウリ植物体を提供すること、
ｃ）（ａ）の前記キュウリ植物体を（ｂ）の前記キュウリ植物体と交配すること、
ｄ）前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集すること
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１４８】
別の態様ではＮＣＩＭＢ４２２６２の子孫を作製するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物体を栽培すること、
ｂ）子孫種子を作製するために前記植物体を１回以上自殖させること、または前記植物体を別のキュウリ植物体と１回以上交配すること、
ｃ）次のものからなる群より選択される少なくとも１個のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記子孫種子または前記種子から栽培された植物体または前記種子もしくは植物体の部分をスクリーニングすること：
ｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および／または
ｉｉ）６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、
ｄ）次のものを含んでなる子孫植物体を特定および／または選抜すること：
ｉｉｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個のマーカー、または
ｉｖ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１より選択される少なくとも２連続、３連続、または４連続のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０より選択される少なくとも２連続、３連続、または４連続のマーカー、または
ｖ）２番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２、ＳＮＰ＿５、ＳＮＰ＿７、ＳＮＰ＿９およびＳＮＰ１０からなる群より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２、ＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８〜ＳＮＰ＿２６、ＳＮＰ＿２８およびＳＮＰ＿３０からなる群より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー、または
ｖｉ）２番染色体上の前記移入断片を検出するための最低でもマーカーＳＮＰ＿０６および所望によりマーカーＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７も、および／または６番染色体上の前記移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８およびＳＮＰ＿２８より選択される少なくとも１個、２個、または３個のマーカー
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１４９】
上記の方法によって作製された子孫植物体も本発明の態様である。
【０１５０】
本発明の植物体が育ち得る種子を含む、または含んでなる容器およびパッケージも本明細書において提供される。これらは増加した果実収量または高い果実収量を実現する栽培キュウリの種子を含むと表示されてよい。
【０１５１】
２番染色体および／または６番染色体の上に前記遺伝子移入、またはそれより小さいが、それでも収量を増加させる遺伝子移入を保持する本発明の植物体の子孫種子および子孫植物体も提供される。子孫は本発明によるキュウリ植物体の１回以上の自殖、および／または本発明によるキュウリ植物体の別のキュウリ植物体との１回以上の交配によって得られるあらゆる世代の子孫であり得る。したがって、子孫は１回目の交配（Ｆ１）または自殖（Ｓ１）から生じた世代（種）であるか、またはＦ１世代やＳ１世代やＢＣ１世代の１個体以上の選抜された植物体（またはあらゆる後代、例えばＦ２の植物体）の別のキュウリ植物体との（および／またはキュウリの近縁野生種との）交配および／または自殖（Ｆ２、Ｆ３等）および／または戻し交配（ＢＣ１、ＢＣ２等）により生じたあらゆる後代のどちらかである。子孫が野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する前記移入断片を含んでなる組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を保持するように選抜されることが好ましい。したがって、子孫は高収量表現型、好ましくは最初の交配または自殖に使用された植物体と同じ収量も有する。前記ＱＴＬを備える前記移入断片の存在（または保持）は表現型で、および／または本明細書に記載される分子マーカーアッセイを用いて判定され得る。表現型の評価に関して、優性であるそれらのＱＴＬの性質に注意が必要であることは当然である。
【０１５２】
その他の態様では本発明によるキュウリ植物体の部分が提供される。部分には、例えば、細胞および細胞培養物、組織培養物、栄養植物組織（葉、根等）、花、花粉、胚、果実、果実の部分等が含まれる。それらの植物部分は、記載したように、前記のマーカーのうちの１個以上のマーカーを用いて検出され得るような前記移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる。また、植物体全体がそのようなキュウリ部分、例えば細胞、細胞培養物または組織培養物から再生されるとき、再生された植物体は前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体、および前記収量表現型を含んでなる。
【０１５３】
したがって、少なくとも１本の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体であって、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種植物に由来する移入断片を含んでなり、そして前記移入断片が果実収量を増加させるアレルを備える前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる本発明による植物体または種子の植物細胞、組織、または植物部分も提供される。
【０１５４】
前記の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる細胞または組織のインビトロ細胞培養物およびインビトロ組織培養物も本発明に包含される。好ましくは、それらの細胞または組織はキュウリ植物体全体に再生可能であり、すなわち、それらの細胞は再生可能細胞であり、それらの組織は再生可能細胞を含んでなる。したがって、本発明による植物体の栄養繁殖も本明細書における実施形態である。したがって、本明細書に記載されるような組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる栄養繁殖した栽培キュウリ植物体が提供される。異なる態様ではＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える非増殖性細胞が本発明に包含され、同様にそのような細胞を含んでなる組織も本発明に包含される。
【０１５５】
特定の態様では本発明による植物体から収穫されたキュウリ果実が提供される。市場性のあるキュウリ果実、特に生食（スライス）用のキュウリ果実は一般的に収穫後の果実のサイズおよび品質特性に応じて等級付けされる。例えば、１９８５年３月に有効となり、１９９７年１月に再発行された米国農務省の米国キュウリ等級規格を参照されたい。本明細書において異なる等級のキュウリが区別される。したがって、１つの態様では米国最高級、米国特１級、米国１級、米国１級小型、米国１級大型、米国２級の収穫された果実が提供される。収穫されたキュウリ果実を含んでなる、または収穫されたキュウリ果実からなる容器またはパッケージも提供される。また、前記果実の細胞は（前記分子マーカーアッセイのうちの１つ以上のアッセイにおいて判定可能であるような）前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体の存在によって他のキュウリ果実から識別可能である。
【０１５６】
別の態様では前記キュウリはピクルス型であり、収穫され、そして所望により漬物にされた果実が提供される。
【０１５７】
本発明は、本明細書に記載された植物部分、好ましくはキュウリ果実またはその部分、および／または本明細書に記載された植物部分の抽出物を含んでなる、またはそのようなものからなる食料製品または飼料製品も提供する。その食料製品または飼料製品は生でもよく、または、例えば、漬物にされていてもよく、缶詰にされていてもよく、蒸されていてもよく、茹でられていてもよく、揚げられていてもよく、湯がかれていてもよく、および／または冷凍されていてもよい等、加工されていてもよい。本明細書に記載された果実または果実部分（新鮮なものおよび／または加工されたもの）などの植物部分を含んでなる、例えば、缶、箱、木箱、バッグ、ボール箱、調整雰囲気包装、フィルム（例えば生物分解性フィルム）等のような容器も本明細書において提供される。
【０１５８】
本発明による方法と使用法
その他の実施形態では本発明は、記載されたように（収量を増加させる）移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる新しい栽培キュウリ植物体を作製する方法を提供する。その方法は雄親または雌親のどちらかとしての本発明の植物体またはその子孫植物体を第２のキュウリ植物体（またはキュウリの近縁野生種）と１回以上交配すること、および／または本発明によるキュウリ植物体またはその子孫植物体を１回以上自殖すること、および前記交配および／または自殖に由来する子孫を選抜することを含んでなる。
【０１５９】
したがって、前記収量ＱＴＬを備える組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を１つの（栽培）キュウリ植物体から別の（栽培）キュウリ植物体、特に果実収量を増加させる必要があるキュウリの品種または育種系統に移転するための方法が提供される。
【０１６０】
前記方法は、
ａ）果実収量を増加させるアレルを備える移入断片を有する組換え２番染色体および／または組換え６番染色体をホモ接合型で含んでなる第１栽培キュウリ植物体を提供するステップ、
ｂ）第２栽培キュウリ植物体、特に野生型（非組換え）２番染色体および／または６番染色体を有する植物体を提供するステップ、
ｃ）（ａ）の前記キュウリ植物体を（ｂ）の前記キュウリ植物体と交配するステップ、
ｄ）前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集するステップ、および
ｅ）所望により前記Ｆ１雑種の種子から栽培された植物体を自殖させてＦ２の種子またはさらに後代の自殖世代を作製し、所望により前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を有する前記Ｆ２の種子またはさらに後代の自殖世代の種子を選抜するステップ、および
ｆ）所望により前記Ｆ１の種子またはＦ２の種子または後代の自殖種子から栽培された植物体を用いてさらに育種を行って良好な農学的特徴を有し、且つ、前記移入断片の一方または両方をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなるキュウリ植物体を作製するステップ
を含んでなる。
【０１６１】
前記組換え２番染色体および／または組換え６番染色体の有無、および前記移入断片の有無は本明細書に記載される分子マーカーアッセイのうちの１つ以上のアッセイによって、および／または（ｂ）の植物体と比較して収量が著しく増加しているか決定することによって判定され得る。ステップ（ｆ）の追加の育種作業は自殖、交配、倍加半数体作製、戻し交配、およびそれらの組合せ（例えば戻し交配と自殖）等を含んでなり得る。上記の方法によって得られる植物体と種子が本発明に包含される。１つの態様ではステップ（ａ）の植物体はＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から栽培された植物体またはその子孫であり得、またはＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に存在するような２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片またはその断片のより短い断片を含んでなる植物体であり得る。
【０１６２】
２番染色体および／または６番染色体の上に収量ＱＴＬを備える栽培キュウリＦ１雑種植物体を作製する方法であって、
ａ）ＱＴＬ２．１またはその変異体およびＱＴＬ６．１またはその変異体から選択される収量ＱＴＬを備える移入断片を含んでなる少なくとも１本の組換え２番染色体および／または少なくとも１本の組換え６番染色体を含んでなる第１純系キュウリ植物体を提供すること、
ｂ）ＱＴＬ２．１またはその変異体およびＱＴＬ６．１またはその変異体から選択される収量ＱＴＬを備える移入断片を含んでなる少なくとも１本の組換え２番染色体および／または少なくとも１本の組換え６番染色体を含んでなる第２純系キュウリ植物体を提供すること、
ｃ）（ａ）の前記キュウリ植物体を（ｂ）の前記キュウリ植物体と交配すること、
ｄ）前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集すること
を含んでなる前記方法も提供される。
【０１６３】
（ａ）および（ｂ）の純系キュウリ植物体は２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片についてホモ接合性および／またはヘテロ接合性であり得、且つ、それらの純系キュウリ植物体は異なるサイズおよび／または異なる起源の移入断片、すなわち異なる野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片を含み得る。それで例えば、（ａ）の移入断片は（ｂ）におけるものと同じ移入断片でも異なる移入断片でもよい。１つの態様では（ａ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ２．１またはその変異体をホモ接合型で備え、且つ／または（ｂ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ２．１またはその変異体をホモ接合型で備える。１つの態様ではＱＴＬ２．１を備える前記移入断片はＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるような断片またはそのより短い断片である。別の態様では（ａ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ６．１またはその変異体をホモ接合型で備え、且つ／または（ｂ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ６．１またはその変異体をホモ接合型で備える。１つの態様ではＱＴＬ６．１を備える前記移入断片はＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるような断片またはそのより短い断片である。さらに別の態様では（ａ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ２．１または変異体およびＱＴＬ６．１またはその変異体をホモ接合型で備え、且つ／または（ｂ）の純系キュウリ植物体はＱＴＬ２．１または変異体およびＱＴＬ６．１またはその変異体をホモ接合型で備える。１つの態様ではＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を備える前記移入断片はＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるような断片またはそのより短い断片である。
【０１６４】
前記Ｆ１雑種の種子は少なくとも１本の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなることが好ましく、したがって、前記種子から栽培されたＦ１植物体は遺伝的対照と比較して果実収量を増加させる。
【０１６５】
上記方法により得られる植物体および種が本発明に包含される。
【０１６６】
異なる態様では収量ＱＴＬを備える移入断片であって、２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するための方法であって、
ａ）第１栽培キュウリ植物体を提供するステップ、
ｂ）第２野生キュウリ植物体またはキュウリの近縁野生種であって、本明細書に記載されるような１個以上のＳＮＰマーカーの存在によって判定可能であるようなＱＴＬ２．１（またはその変異体）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異体）を備える前記植物体を提供するステップ、
ｃ）（ａ）の前記キュウリ植物体を（ｂ）の前記キュウリ植物体と交配するステップ、
ｄ）前記交配に由来するＦ１の種子を収集し、そしてＦ１植物体を（ａ）のキュウリ植物体に対して戻し交配して戻し交配（ＢＣ１）集団を作製するステップ、または前記Ｆ１植物体を１回以上自殖させてＦ２集団またはＦ３集団またはさらに後代の自殖集団を作製するステップ、
ｅ）所望により（ｄ）の植物体を（ａ）のキュウリ植物体に対して１回以上戻し交配してさらに後代の戻し交配集団を作製するステップ、および
ｆ）ＱＴＬ２．１（またはその変異体）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異体）を備える移入断片であって、２番染色体および／または６番染色体の上の前記遺伝子移入を含んでなるＦ２植物体、Ｆ３植物体、またはさらに後代の自殖植物体、またはＢＣ１植物体またはさらに後代の戻し交配植物体を特定するステップ
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１６７】
前記方法の中で戻し交配集団を参照するとき、その戻し交配集団は自殖されたもの、すなわちＢＣ１Ｓ１、ＢＣ１Ｓ２、ＢＣ２Ｓ１、ＢＣ２Ｓ２、またはそのようなものであってもよい。
【０１６８】
ステップ（ｂ）からステップ（ｆ）のうちの１つ以上のステップにおいて、本明細書中の別の場所に記載されるような分子マーカーアッセイを実施することによって、例えば植物体が前記ＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカー（例えばＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のうちの１個以上および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のうちの１個以上；および／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間もしくはＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー）を含んでなっているか決定することによって前記ＱＴＬ（または前記ＱＴＬを備える前記移入断片）の存在が検査され得る（そして前記植物体が選抜され得る）。
【０１６９】
この方法を用いると、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種などの野生供給源に由来するＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を含む遺伝子移入を含んでなる新しい栽培キュウリ植物体を作製および／または選抜することができる。
【０１７０】
１つの態様では収量ＱＴＬを備える移入断片であって、２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するための前記方法は、
ａ）第１栽培キュウリ植物体を提供するステップ、
ｂ）本明細書において提供されるＳＮＰマーカーのうちの１個以上のマーカーを含んでなる第２野生キュウリ植物体またはキュウリの近縁野生種を提供するステップ、
ｃ）（ａ）の前記植物体を（ｂ）の前記植物体と交配するステップ、
ｄ）前記交配に由来するＦ１の種子を収集し、そしてＦ１植物体を（ａ）のキュウリ植物体に対して戻し交配して戻し交配（ＢＣ１）集団を作製するステップ、または前記Ｆ１植物体を１回以上自殖させてＦ２集団またはＦ３集団を作製するステップ、
ｅ）所望により前記戻し交配集団を自殖させて例えばＢＣ１Ｓ１集団またはＢＣ１Ｓ２集団を作製するステップ、
ｆ）前記（１個以上の）ＳＮＰマーカーおよび／または前記ＳＮＰマーカーの間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカーを含んでなるＦ２植物体、Ｆ３植物体、ＢＣ１植物体、ＢＣ１Ｓ１植物体、またはＢＣ１Ｓ２植物体を特定するステップ
を含んでなる。
【０１７１】
２番染色体および／または６番染色体の上に収量ＱＴＬを備える野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種を特定するための方法であって、
ａ）野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の単数の系統種または幾つかの系統種を提供すること、
ｂ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０からなる群より選択される少なくとも１個（または少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれより多く）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記系統種をスクリーニングすること、
ｃ）次のマーカーのうちの少なくとも１個以上のマーカーを含んでなる（ｂ）からの系統種を特定および／または選抜すること：
ａ）配列番号１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｂ）配列番号２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｃ）配列番号３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｄ）配列番号４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｅ）配列番号５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｆ）配列番号６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、および／または
ｇ）配列番号７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｈ）配列番号８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、および／または
ｉ）配列番号９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｊ）配列番号１０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｋ）配列番号１１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｌ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および／または
ｄ）次のマーカーのうちの少なくとも１個以上のマーカーを含んでなる（ｂ）からの系統種を特定および／または選抜すること：
ａ）配列番号１２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｂ）配列番号１３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｃ）配列番号１４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｄ）配列番号１５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、および／または
ｅ）配列番号１６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｆ）配列番号１７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、および／または
ｇ）配列番号１８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｈ）配列番号１９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｉ）配列番号２０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｊ）配列番号２１内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｋ）配列番号２２内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｌ）配列番号２３内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｍ）配列番号２４内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｎ）配列番号２５内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧ遺伝型またはＧＧ遺伝型、および／または
ｏ）配列番号２６内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｐ）配列番号２７内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧ遺伝型またはＡＡ遺伝型、および／または
ｑ）配列番号２８内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｒ）配列番号２９内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴ遺伝型またはＣＣ遺伝型、および／または
ｓ）配列番号３０内の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴ遺伝型またはＴＴ遺伝型、および／または
ｔ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、
および所望により前記野生系統種に由来する前記ＱＴＬを栽培キュウリに（例えば戻し交配によって）移入すること
を含んでなる前記方法も提供される。
【０１７２】
ステップ（ｂ）、（ｃ）および（ｄ）では本明細書中の別の場所に記載される他の分子マーカーテストも用いることができる。したがって、この方法を用いると、前記マーカーのうちの１個以上のマーカーの存在について、したがってＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらの変異体）の存在ついて野生キュウリ系統種またはキュウリの近縁野生種をスクリーニングすることができ、そしてそれらのＱＴＬを栽培キュウリ植物体に移入することができる。この方法によって得られた植物体および種子も本発明の実施形態である。
【０１７３】
さらに別の態様では収量ＱＴＬを備える移入断片であって、２番染色体および／または６番染色体の上の前記移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体を特定するための方法であって、本明細書中の別の場所に記載されるようにＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を表す少なくとも１個以上のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて栽培キュウリ植物体または栽培キュウリ植物体集団またはそのようなキュウリ植物体の部分（例えば果実、細胞、ＤＮＡ）をスクリーニングすることを含んでなる前記方法が提供される。
【０１７４】
この方法では本明細書中の別の場所に記載される前記分子マーカーテストのうちのいずれかを用いることができる。したがって、この方法を用いると、栽培キュウリ植物体または植物部分中のＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える２番染色体および／または６番染色体の上の移入断片の存在を検出することができる。
【０１７５】
さらに別の態様では栽培キュウリ植物体がＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える移入断片である前記移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなるかどうか検出するための方法であって、
ａ）栽培キュウリ植物体または植物部分を提供すること、
ｂ）次のものからなる群より選択される少なくとも１個（好ましくは少なくとも２個、３個、４個、５個、またはそれより多く）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記植物体または前記植物部分（または前記植物体もしくは植物部分から得られたＤＮＡ）をスクリーニングすること：
ｉ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および／または
ｉｉ）ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、および／またはマーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間にあるあらゆる野生キュウリゲノム特異的またはキュウリ近縁野生種ゲノム特異的マーカー
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１７６】
分子マーカースクリーニングは植物材料を得ること、およびマーカー遺伝型についてその材料のゲノムＤＮＡを分析することを明らかに伴う。
【０１７７】
この方法では本明細書中の別の場所に記載される他の分子マーカーテストも用いることができる。
【０１７８】
ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える移入断片である前記移入断片をそれぞれ２番染色体および／または６番染色体の上に含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するための方法であって、
ａ）ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を備える移入断片を持っていない第１栽培キュウリ植物体を提供すること、
ｂ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫から栽培された植物体より選抜された第２栽培キュウリ植物体を提供すること、
ｃ）（ａ）の前記植物体を（ｂ）の前記植物体と交配すること、
ｄ）前記交配に由来するＦ１の種子を収集し、そして所望により前記Ｆ１植物体を１回以上自殖させてＦ２集団またはＦ３集団またはさらに後代の自殖集団を作製すること、
ｅ）所望により前記Ｆ１植物体またはＦ２植物体またはＦ３植物体またはさらに後代の自殖植物体を（ａ）の植物体に対して戻し交配して戻し交配集団を作製すること、
ｆ）所望により前記戻し交配集団を１回以上自殖させること、
ｇ）２番染色体上の前記移入断片を表し、且つ／または６番染色体上の前記移入断片を表す前記ＳＮＰマーカー遺伝型のうちの１つ以上または全てを含んでなるＦ１植物体、Ｆ２植物体、Ｆ３植物体、さらに後代の自殖植物体または戻し交配植物体を特定すること
を含んでなる前記方法も本発明に包含される。
【０１７９】
その他の態様ではＦ１雑種植物体を作製する方法であって、
ａ）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える移入断片であって、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見られるような断片である前記移入断片、またはその移入断片のより短い断片である前記移入断片を有する少なくとも１本の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる第１純系キュウリ植物体を提供すること、
ｂ）組換え２番染色体および／または組換え６番染色体含むか、または含まない第２純系キュウリ植物体を提供すること、
ｃ）（ａ）の前記植物体を（ｂ）の前記植物体と交配すること、
ｄ）前記交配に由来するＦ１雑種の種子を収集すること
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１８０】
別の態様ではＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持するＮＣＩＭＢ４２２６２の子孫を作製するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物体を栽培すること、
ｂ）前記植物体を１回以上自殖して、または前記植物体を別の栽培キュウリ植物体と１回以上交配して子孫種子を作製すること、
ｃ）本明細書において開示される少なくとも１個のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記子孫種子または前記種子から栽培された植物体または前記種子もしくは植物体の部分をスクリーニングすること、
ｄ）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える前記移入断片を表す前記ＳＮＰマーカーのうちの少なくとも１個、２個、３個、またはそれより多くのマーカーを含んでなる子孫植物体を（本明細書中の別の場所に記載されるように）特定および／または選抜すること、および
ｅ）所望により前記子孫植物体の果実収量の増加を確認すること
を含んでなる前記方法が提供される。
【０１８１】
１つの態様では（ｅ）における収量は、同じ条件下で栽培されたとき、ＮＣＩＭＢ４２２６２から栽培された植物体の収量と少なくとも同じ収量であることが好ましい。
【０１８２】
前記ＱＴＬを備える前記移入断片のサイズを減少させるために、すなわち、より短い移入断片であるが、前記移入断片の収量増加性部分を保持するその移入断片を２番染色体および／または６番染色体の上に有する組換え体を作製し、且つ、選抜するために本明細書に記載される前記方法と前記マーカーを使用することもできる。
【０１８３】
１つの態様では本発明は、増加した果実収量を有するキュウリ品種を育種するため、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する移入断片であって、収量ＱＴＬを備える前記移入断片を含んでなる組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を使用することを包含する。
【０１８４】
受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫に見られるような２番染色体および／または６番染色体の移入断片を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するために前記２番染色体および／または６番染色体を使用することも提供される。
【０１８５】
増加した果実収量を含んでなる栽培キュウリ植物体を作製するために受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはそれらの子孫から栽培された植物体を使用することであって、前記果実収量の増加が前記植物体または子孫の２番染色体および／または６番染色体から得られた移入断片によって付与される前記植物体の使用も提供される。
【０１８６】
本発明によるＤＮＡと染色体
１つの態様では明細書を通して記載されるように野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の移入断片を含んでなる改変（組換え）栽培キュウリ２番染色体および／または６番染色体が本明細書において提供される。１つの態様ではその組換え染色体はその自然の環境から単離される。別の態様ではその組換え染色体は植物細胞内に、特にキュウリ細胞内に、特に栽培キュウリ細胞内にある。前記ＱＴＬを備えるその組換え染色体の単離部分も本明細書において提供される。
【０１８７】
その他の態様では本発明による収量アレルを備える組換え核酸分子、特に組換えＤＮＡ分子が提供される。１つの態様ではその収量アレルは本明細書に記載される分子マーカーアッセイのうちの１つ以上のアッセイによって検出可能である。その組換えＤＮＡを含んでなるＤＮＡベクターも提供される。その組換えＤＮＡ分子またはＤＮＡベクターは単離核酸分子であり得る。前記収量アレルを備えるＤＮＡは細菌などの微生物（例えばアグロバクテリウム）の中にあってよい。
【０１８８】
収量アレルを備える植物細胞および植物体を作製するためにそのような（単離または抽出）核酸分子および／またはそのような組換え染色体もしくはその部分を使用することが本発明に包含される。１つの態様ではそのようなものを使用して前記収量アレルを備える遺伝子導入植物細胞および遺伝子導入植物体、例えばキュウリ細胞、キュウリ植物体および部分（例えば果実）を作製してよく、前記植物体は果実高収量表現型を含んでなる。
【０１８９】
したがって、前記のような組換え２番染色体および／または組換え６番染色体および／または収量アレルを備える組換え核酸分子をゲノム中に含んでなる遺伝子導入植物細胞、例えば遺伝子導入キュウリ細胞も本発明の実施形態である。１つの態様では前記収量アレルを備えるＤＮＡ分子は安定的にキュウリゲノムに組み込まれている。
【０１９０】
前記収量アレルをクローニングしてもよく、例えば前記収量アレルに植物発現可能プロモーターを機能可能であるように連結してキメラ遺伝子を作ってよい。そのようなキメラ遺伝子を植物細胞に導入してよく、その植物細胞を植物体全体に再生して遺伝子導入植物体を作製してよい。１つの態様ではその遺伝子導入植物体はキュウリ植物体またはメロン植物体である。
【０１９１】
したがって、収量アレルを備え、且つ、増加した果実収量を有する遺伝子導入植物体、特に遺伝子導入栽培キュウリ植物体またはメロン植物体が本明細書において提供される。
【０１９２】
特に本発明による組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる細胞または細胞培養物は、その組換え２番染色体および／または組換え６番染色体が遺伝子導入法によって導入されていようと、または育種法によって導入されていようと関係なく、一実施形態である。それらの細胞は例えばインビトロの細胞であり、本発明の組換え２番染色体および／または組換え６番染色体を含んでなる植物体に再生可能である。
【０１９３】
収量ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に連鎖する本明細書において開示された分子マーカー配列（および前記配列を含んでなる単離核酸分子）、および本明細書に記載された前述の分子マーカーのうちのいずれかの間にある分子マーカー、および前記ＱＴＬを備えるキュウリ植物体の検出および／または作製におけるそれらの使用法も本発明に包含される。
【０１９４】
種子の寄託物
ＣＵＸＹＬＤと名付けられたＱＴＬ２．１とＱＴＬ６．１をヘテロ接合型で備えるピクルス型の雑種キュウリ変種サティウス（ｓａｔｉｖｕｓ）の種子の代表的な試料、およびＣＵＸＧＣと名付けられたそれらの２か所のＱＴＬを持っていない遺伝的対照の種子の代表的な試料がブダペスト条約専門家解決法（ＥＰＣ２０００、ルール３２（１））に基づいて２０１４年７月２日にＮｕｎｈｅｍｓ  Ｂ．Ｖ．社によってＮＣＩＭＢ社（英国、スコットランドＡＢ２１  ９ＹＡ、アバディーン、バックスバーン、クライブストーン・エステート、ファーガソンビルディング）に寄託された。次の寄託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２（ＣＵＸＹＬＤ）およびＮＣＩＭＢ４２２６１（ＣＵＸＧＣ）が種子に与えられた。
【０１９５】
本出願者は、特許付与が公告されるまで、または本出願が拒絶されるか、撤回されるか、または撤回されたと見なされる場合には出願日から２０年間にわたり、本生物材料の試料および本生物材料に由来するあらゆる材料の試料がＥＰＣルール３２（１）または関連の国内法または類似の規則および規定を有する条約に基づいて指定専門家にのみ公開されることを求める。
【０１９６】
本出願の係属中は、請求に基づき米国特許庁長官によって権利者であることが決定された者は本寄託物へアクセス可能になる。米国特許法施行規則第１．８０８条（ｂ）に従い、公衆の本寄託物の入手可能性に対して本寄託者が課した全ての制限は特許付与の時点で不可逆的に解除される。寄託物は３０年間、または最新の請求から５年間、または特許の存続期間のうちのいずれか長い期間にわたって維持され、その期間の間にその寄託物が生存不可能となった場合には交換される。本出願人は本出願に基づく本特許によって、または植物品種保護法（合衆国法典第７編第２３２１条以下）によって認められるあらゆる権利を放棄していない。
【０１９７】
次の非限定的な実施例はどのようにＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を備える本発明による植物体を得ることができるかを説明している。それらの実施例の中で特に指示が無い限り、全ての組換えＤＮＡ技術はSambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第２版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、およびSambrook and Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第３版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、ニューヨーク、およびAusubel et al. (1994) Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols、米国、の第１巻と第２巻に記載されている標準的プロトコルに従って実施される。植物分子作業のための標準的な材料と方法はＢＩＯＳ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ社（英国）とＢｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ、英国によって共同出版されたＲ．Ｄ．Ｄ．  Ｃｒｏｙ著のPlant Molecular Biology Labfax (1993) に記載されている。標準的な育種法は「Principles of Plant breeding」、第２版、Robert W. Allard (ISBN 0-471-02309-4)に記載されている。
【実施例】
【０１９８】
実施例１―収量ＱＴＬの特定
集団の養成
米国から得た野生キュウリ系統種を自社専有ピクルス型キュウリ育種系統であるＨＭＯ１１２５と交配した。ＨＭＯ１１２５は一斉機械収穫のためのピクルス型キュウリプログラムのエリート系統である。
【０１９９】
ＨＭＯ１１２５と前記野生系統種との間の交配からＱＴＬ発見集団を養成した。集団の養成中に収量の測定を容易にするために雌花だけを咲かせる植物体を保持した。
【０２００】
ＳＮＰマーカーはゲノム被覆度とホモ接合性について最適になるために数世代にわたって使用されている。遺伝地図を作製するためにＢＣ２Ｓ２集団を使用した。
【０２０１】
２４５個体のＢＣ２Ｓ２植物体を自家受粉させてＢＣ２Ｓ３植物体を作製した。それらのＢＣ２Ｓ２植物体を前記育種プログラムのエリート系統とも交配して検査雑種を作製した。それらの２４５個体の検査雑種を収量の試験に使用した。
【０２０２】
収量実験
一斉収穫用ピクルス型キュウリの収量を測定することが収量実験の目的であった。前記２４５個体の検査雑種を手作業でピートポットに播種した。ポット当たり３個の種子を蒔き、検査雑種当たり８０ポットに播種した。温室の中でそれらのピートポットへの播種を行った。４８時間にわたってそれらのピートポットを少なくとも２４℃の温度に維持した。播種から４日後にそれらのピートポットを畑に移植した。移植から約３週間後にピートポット当たり２個体の最も良く育っている植物体を維持した。最終植物体密度は１０植物体／ｍ２であった。各区画地から１１０個体と１２０個体の間の数の植物体の果実を収穫した。区画地当たりの植物体の正確な数を記録した。２つの異なる方法で収量を測定した。区画地当たりの果実の総数を計数し、そしてその区画地の植物体の数で除算した。これにより植物体当たりの果実の平均数（ＦｒＰＰ）で表される収量が得られる。２つ目の測定は区画地当たりの果実重量を求め、そして植物体の数でそれを除算して植物体当たりのグラム数の平均収量（ＧｒＰＰ）を得ることであった。１．５ｃｍよりも大きい直径を有する果実のみを測定した。
【０２０３】
オランダで２０１０年に２回の実地試験を実施した。他の２回の実地試験をオレゴン州（米国）、ブルックスで実施した。４回全ての試験において前記２４５個体の検査雑種を完全にランダムなデザインで移植した。
【０２０４】
１．５ｃｍと５．０ｃｍの間の直径を有する果実の総数が最大になるように収穫の時期を選択した。収穫時にポット当たりの全ての植物体から全ての果実を摘み取ったが、１．５ｃｍよりも大きい直径を有する果実のみを計数および計量した。それらの４回の試験の収量データをＱＴＬ分析に使用した。
【０２０５】
２か所のＱＴＬが検出された。２番染色体上の１つのＱＴＬをＱＴＬ２．１と名付け、６番染色体上の１つのＱＴＬをＱＴＬ６．１と名付けた。
【０２０６】
表１は２番染色体上の遺伝子移入が無い検査雑種と比較したＱＴＬ２．１を備える遺伝子移入を有する検査雑種の出来栄えを示している。全ての測定において前記ＱＴＬ２．１の移入を含んでなる植物体で収量が増加した。
【０２０７】
表２はＱＴＬ６．１を備える遺伝子移入を有する検査雑種の出来栄えを、この遺伝子移入を有しない検査雑種と比較して示している。全ての測定において前記ＱＴＬ６．１の移入を含んでなる植物体で収量が増加した。
【０２０８】
【表１】
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【０２０９】
【表２】
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【０２１０】
実施例２
ＱＴＬ検出試験の結果に基づいて１つの特定のＢＣ２Ｓ３系統を選抜し、そして別の自社専有エリート系統（ＶＤＳ８２６）に交配して新しい検査雑種であるＣＵＸＹＬＤ雑種を作製した。ＣＵＸＹＬＤの種を番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託した。ＣＵＸＹＬＤは前記野生ドナーに由来する遺伝子移入をヘテロ接合型で２番染色体（ＱＴＬ２．１を備える）と６番染色体（ＱＴＬ６．１を備える）の上に有する。
【０２１１】
反復親ＨＭＯ１１２５とエリート系統ＶＤＳ８２６との間の直接的な雑種を作製した。この雑種をＣＵＸＧＣと名付け、ＣＵＸＧＣの種を番号ＮＣＩＭＢ４２２６１として寄託した。ＣＵＸＧＣは前記野生ドナーの遺伝子移入を有しておらず、ＣＵＸＹＬＤに対する比較（遺伝的対照）として使用される。
【０２１２】
米国で２０１２年と２０１３年にＣＵＸＹＬＤとＣＵＸＧＣを使用する収量試験を実施した。両方の年で３つの異なる播種日を用いて３回の試験を実施した。６回の試験（２年×３試験）の合計で収量を測定した。
【０２１３】
２０１２年と２０１３年の試験結果がそれぞれ表３と表４にまとめられている。両方の年で２番染色体と６番染色体の上に遺伝子移入を有する前記検査雑種はＱＴＬ２．１移入およびＱＴＬ６．１移入が無い遺伝的対照よりも有意に高い収量を有した。
【０２１４】
【表３】
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【０２１５】
【表４】
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【０２１６】
実施例３
野生移入断片をカバーする一塩基多型マーカー（ＳＮＰ）を特定し、キュウリ物理地図上のそれらのマーカーの位置を決定した。
【０２１７】
【表５】
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【０２１８】
【表６】
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【配列表】
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