(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の生理学的特徴づけの方法であって、生物学的流体である前記被験者由来の生理学的試料中の、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、インターロイキン（ＩＬ）−１０、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−２、ＩＬ−５、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）９、レジスチン、可溶性細胞間接着分子（“ｓＩＣＡＭ”）−１、単球走化性タンパク質１（“ＭＣＰ−１”）、ＩＬ−４、およびレプチンからなる群から選択される複数のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含んでなり、ここにおいて、前記複数のバイオマーカーの少なくとも１つがＨＧＦであり、前記バイオマーカーの発現レベルの程度が、非小細胞肺癌または喘息である肺疾患の指標である、前記方法。
【請求項２】
前記被験者が、男性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記被験者が、女性である。請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記肺疾患が、非小細胞肺癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記肺疾患が、喘息である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
発現の程度を決定することが、定量的多重免疫アッセイを行うことを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記被験者が、哺乳動物である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
被験者中の肺疾患を診断するためのキットを設計するための方法であって、前記方法が、
（ａ）肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、インターロイキン（ＩＬ）−１０、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−２、ＩＬ−５、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）９、レジスチン、可溶性細胞間接着分子（“ｓＩＣＡＭ”）−１、単球走化性タンパク質１（“ＭＣＰ−１”）、ＩＬ−４、およびレプチンからなる群から複数のバイオマーカーを選択し、ここにおいて、前記複数のバイオマーカーの少なくとも１つがＨＧＦであり；（ｂ）前記バイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）発現の程度を決定するための前記手段を含んでなるキットを設計すること；
を含んでなり、前記肺疾患が、非小細胞肺癌または喘息である、前記方法。
【請求項９】
肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）、インターロイキン（ＩＬ）−１０、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−２、ＩＬ−５、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）９、レジスチン、可溶性細胞間接着分子（“ｓＩＣＡＭ”）−１、単球走化性タンパク質１（“ＭＣＰ−１”）、ＩＬ−４、およびレプチンからなる群からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットであって、ここにおいて、前記複数のバイオマーカーの少なくとも１つがＨＧＦであり、前記複数のバイオマーカーの発現の程度が、非小細胞肺癌または喘息である肺疾患の指標である、前記キット。
【請求項１０】
前記バイオマーカーがポリペプチドである、請求項９に記載のキット。
【請求項１１】
前記発現の程度を決定するための前記手段が、検出剤を含んでなる、請求項９に記載のキット。
【請求項１２】
前記検出剤が、前記バイオマーカーに特異的に結合する試薬を含んでなる、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
前記試薬が、抗体を含んでなる、請求項１２に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（ａ）技術分野
[001]本発明は、バイオマーカーを使用する、肺疾患の検出、識別、評価、予防、診断
、及び治療並びにそのキットに関する。更に具体的には、本発明は、特異的バイオマーカーの発現レベルを測定し、そして定量することによる非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の診断に関する。本発明は、更に、ヒトの血清又は他の生物学的流体中に存在するバイオマーカーの識別にも関し、これは、正常な集団中に見出されるものと異なったレベルで発現することが見いだされた場合、ヒトの肺組織及びヒトの気道系に関連する病態の指標である。このような病態に伴うバイオマーカーを識別し、これらのバイオマーカーの発現レベルを定量し、そして発現レベルを正常なヒトの血清中に存在することが一般的に予測されるレベルと比較することによって、簡単な血液検査によってその進行の初期において病態の存在を検出し、そして病態の進行を特徴づけし、そして同様に病態間区別することが可能である。
【背景技術】
【０００２】
（ｂ）関連する技術の説明
[002]喘息及び肺癌のような呼吸器系の病態は、数百万人のアメリカ人に影響している
。事実、米国肺協会（登録商標）は、殆ど２千万人のアメリカ人が喘息に罹っていることを報告している。米国癌協会は、２００７年単年で２２９，４００人の新しい呼吸器系の癌の事例及び１６４，８４０人の呼吸器系の癌による死亡を推定した。癌がまだ局所的である間に検出された全ての癌の事例の５年間生存率は４６％であるが、肺癌患者の５年間生存率は僅か１３％である。それに対応して、肺癌の１６％のみが疾病が広がる前に発見されている。肺癌は、一般的に癌細胞の病態に基づいて二つの主要な型に分類される。それぞれの型は、癌性となるために形質転換される細胞の型によって命名される。小細胞肺癌は、ヒトの肺組織の小細胞に由来し、一方非小細胞肺癌は、一般的に小細胞型ではない全ての肺癌を包含する。非小細胞肺癌は、治療が全ての非小細胞型のために一般的に同一であるために、一緒に分類される。更に、非小細胞肺癌、全体として、ＮＳＣＬＣは、全ての肺癌の約７５％を構成する。
【０００３】
[003]肺癌患者の低い生存率の主要な因子は、肺癌を初期に診断することが困難である
という事実である。肺癌を診断する、又はヒトにおけるその存在を識別する現時点の方法は、腫瘍の存在又は非存在を物理的に決定するための、肺のＸ−線の撮影、コンピューター化断層撮影（ＣＴ）走査及び同様な試験に制限される。従って、肺癌の診断は、しばしば有意な時間存在する症状に応じてのみ、そして疾病が物理的に検出可能な集団を生じるために十分に長くヒト中に存在した後に行われている。
【０００４】
[004]同様に、喘息を検出する現時点の方法は、典型的には再発性の喘鳴、咳、及び胸
部絞扼感のような長期の症状の提示後に行われる。喘息を検出する現時点の方法は、典型的には、肺活量測定又は負荷試験のような肺の機能試験に限定される。更に、これらの試験は、しばしば他の病態又は慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、気管支炎、肺炎、及び鬱血性心不全のような反応性気道疾患を除外するための多くの他の試験と共に行うように医師によって指示される。
【０００５】
[005]その発症の初期にヒトの肺組織の病態を診断する簡単な信頼性のある方法は、当
技術において存在しない。更に、特定の肺組織の病態の存在を示すことが可能である今日使用可能な血液試験は存在しない。従って、肺癌の存在をその疾病の進行の初期に決定す
るための方法を開発することが好ましい。喘息及び非小細胞肺癌を診断し、そしてこれらを互いに、そして感染のような他の肺疾患と、症状の初期の出現において区別するための方法を開発することも同様に好ましい。発現の相対的強度が変化した場合、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患の存在の指標であるヒトの血液中に存在する特異的タンパク質を識別することが更に好ましい。
【発明の概要】
【０００６】
[006]本発明は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患に関する被験者の生
理学的状態を特徴づけるために有用である多くのバイオマーカーを識別する。これらのバイオマーカーは、表１から２３において示される。
【０００７】
[007]表１Ａは、その発現レベルが、一つ又はそれより多い肺の疾患を持つ個体におい
て測定された場合に、正常な個体におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１Ｂは、その発現レベルが、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のいずれかを持つ個体において測定された場合に、正常な個体におけるレベルと異なり、そして非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の間に異なった発現レベルを示すことが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１Ｃは、その発現が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を持つ個体において測定された場合に、正常な個体におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【０００８】
[008]表２は、その発現が、反応性気道疾患を持つ個体において測定された場合に、正
常な個体におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表３は、その発現が、非小細胞肺癌を持つ個体において測定された場合に、正常な個体におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表４は、その発現レベルが、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ個体間で測定された場合に異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【０００９】
[009]表５Ａは、その発現レベルが、一つ又はそれより多い肺疾患を持つ男性において
測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表５Ｂは、その発現レベルが、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のいずれかを持つ男性において測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なり、そして非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の間に異なった発現レベルを示すことが見いだされたバイオマーカーを記載する。表５Ｃは、その発現が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を持つ男性において測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１０】
[010]表６は、その発現が、反応性気道疾患を持つ男性において測定された場合に、正
常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表７は、その発現が、非小細胞肺癌を持つ男性において測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表８は、その発現レベルが、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ男性間で異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１１】
[011]表９Ａは、その発現レベルが、一つ又はそれより多い肺疾患を持つ女性において
測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表９Ｂは、その発現レベルが、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のいずれかを持つ女性において測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なり、そして非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の間に異なった発現レベルを示すことが見いだされたバイオマーカーを記載する。表９Ｃは、その発現が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を持つ女性において測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なっていることが
見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１２】
[012]表１０は、その発現が、反応性気道疾患を持つ女性において測定された場合に、
正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１１は、その発現が、非小細胞肺癌を持つ女性において測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１２は、その発現レベルが、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ女性間で異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１３】
[013]表１３Ａは、その発現が、男性及び女性の反応性気道疾患の集団間で有意に異な
るバイオマーカーを記載する。表１３Ｂは、その発現が、男性及び女性の反応性気道疾患の集団間で有意に異ならないバイオマーカーを記載する。表１４Ａは、その発現が、男性及び女性の非小細胞肺癌の集団間で有意に異なるバイオマーカーを記載する。表１４Ｂは、その発現が、男性及び女性の非小細胞肺癌の集団間で有意に異ならないバイオマーカーを記載する。表１５Ａは、正常な集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差によって順位づけされたバイオマーカーを記載する。表１５Ｂは、正常な女性の集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差によって順位づけされたバイオマーカーを記載する。表１５Ｃは、正常な男性の集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差によって順位づけされたバイオマーカーを記載する。
【００１４】
[014]表１６Ａは、その発現レベルが、一つ又はそれより多い肺疾患を持つ男性におい
て測定した場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１６Ｂは、その発現レベルが、正常な男性におけるレベルと、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のいずれかを持つ男性において測定された場合に異なり、そして非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の間に異なった発現レベルを示すことが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１６Ｃは、その発現が、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ男性において測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１５】
[015]表１７は、その発現が、反応性気道疾患を持つ男性において測定された場合に、
正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１８は、その発現が、非小細胞肺癌を持つ男性において測定された場合に、正常な男性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表１９は、その発現レベルが、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ男性間で異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１６】
[016]表２０Ａは、その発現レベルが、一つ又はそれより多い肺疾患を持つ女性におい
て測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表２０Ｂは、その発現レベルが、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のいずれかを持つ女性において測定された場合に、正常な女性における発現レベルと異なり、そして非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の間に異なった発現レベルを示すことが見いだされたバイオマーカーを記載する。表２０Ｃは、その発現が、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ女性において測定された場合に、正常な女性における発現レベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１７】
[017]表２１は、その発現が、反応性気道疾患を持つ女性において測定された場合に、
正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表２２は、その発現が、非小細胞肺癌を持つ女性において測定された場合に、正常な女性におけるレベルと異なっていることが見いだされたバイオマーカーを記載する。表２３は、その発現レベルが、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患を持つ女性間で異なっているこ
とが見いだされたバイオマーカーを記載する。
【００１８】
[018]表１−１５の有意性は、スチューデントｔ検定を使用して決定した。表１６−２
３の有意性は、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。
[019]配列番号１−１７を含んでなるポリペプチドは、その発現が一つ又はそれより多
い疾病により変化することが見いだされた更なるバイオマーカーである。
【００１９】
[020]本発明は、これらのバイオマーカーの識別に依存する各種の診断、予測及び治療
法を提供する。
[021]本発明は、被験者の生理学的試料における、表１−１２又は１６−２３の任意の
数からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標であるか、或いは非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患を識別することを補助することができる。本発明は、更に被験者の生理学的試料中の、表１−１２又は１６−２３にも表れる、表１３Ｂ、１４Ｂ、又は１５Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、好ましくは、バイオマーカーは、表１−１２又は１６−２３の番号１−１０のバイオマーカーの少なくとも一つであり、ここにおいて、前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標である。別に又は更に、これらのバイオマーカーの一次相互作用物質の発現の程度を決定することができる。
【００２０】
[022]本発明は、被験者の生理学的試料中の配列番号１２の発現を程度を決定すること
を含んでなる被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、配列番号１２の発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標である。
【００２１】
[023]本発明は、被験者の生理学的試料中の配列番号１−１７からなる群から選択され
る少なくとも一つのポリペプチドの発現を程度を決定し、そしていずれもの数の表１−１２又は表１６−２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのポリペプチド及び前記いずれもの数の表１−１２又は表１６−２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標である。
【００２２】
[024]本発明は、被験者の生理学的試料中の表２、表６、表１０、表１７及び表２１か
らの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患の指標である。
【００２３】
[025]本発明は、被験者の生理学的試料中の表３、表７、表１１、表１８、又は表２２
からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌の存在又は発症の指標である。
【００２４】
[026]本発明は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の少なくとも一つの危険性がある被
験者の生理学的試料中の表４、表８、表１２、表１９、又は表２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の危険性がある被験者の可能性を区別することを援助するための診断法を提供し、ここにおいて、表４、表８、表１２、表１９、又は表２３からの少なくとも一つのバイオ
マーカーの発現の程度は、前記被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の危険性にある可能性を区別することを援助する。
【００２５】
[027]本発明は、被験者の生理学的試料中の本明細書中に記載される少なくとも一つの
バイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、治療的介入に被験者が反応するものである可能性を予測するための方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記治療的介入に対する被験者の反応を予測することを援助する。
【００２６】
[028]本発明は、更に被験者の生理学的試料中の本明細書中に記載される少なくとも一
つのバイオマーカーの一回目の発現の程度、前記最初の決定後の時間における被験者の生理学的試料中の前記の少なくとも一つのバイオマーカーの二回目の発現の程度を決定し、そして前記一回目の発現の程度及び二回目の発現の程度を比較することを含んでなる、被験者をモニターする方法を提供する。
【００２７】
[029]本発明は、更に本明細書中に記載される少なくとも一つのバイオマーカーを選択
し、前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し、そして前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、キットを設計する方法を提供する。
【００２８】
[030]本発明は、更に本明細書中に記載される少なくとも一つのバイオマーカーを選択
し、前記の少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を選択し、そして前記少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを設計することを含んでなる、キットを設計する方法を提供する。
【００２９】
[031]本発明は、更に本明細書中に記載される少なくとも一つのバイオマーカーを含ん
でなるキットを提供する。
[032]本発明は、更に配列番号１２からなる群から選択される少なくとも一つのポリペ
プチドの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。
【００３０】
[033]本発明は、更に配列番号１２からなる群から選択される少なくとも一つのポリペ
プチドを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供する。
[034]本発明は、更に（ａ）配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一
つのポリペプチドの発現の程度を決定するための手段、及び（ｂ）いずれもの表１−１２又は表１６−２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。
【００３１】
[035]本発明は、更に（ａ）配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一
つのポリペプチドを検出するための検出剤、及び（ｂ）いずれもの表１−１２又は表１６−２３からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供する。
【００３２】
[036]本発明は、更に複数の上記表からのバイオマーカー及び／又はポリペプチドを含
有するキットを提供する。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
[037]
【図１Ａ】図１Ａは、実施例１からの正常な（ＮＯ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [038]
【図１Ｂ】図１Ｂは、実施例１からの非小細胞肺癌の（ＬＣ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。
【００３４】
[039]
【図１Ｃ】図１Ｃは、実施例１からの喘息の（ＡＳＴ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [040]
【図１Ｄ】図１Ｄは、実施例１からのＬＣ集団対ＮＯ集団、ＡＳＴ集団対ＮＯ集団、及びＬＣ集団対ＡＳＴ集団中のそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００３５】
[041]
【図１Ｅ】図１Ｅは、実施例１からの集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれＬＣ集団対ＮＯ集団、ＡＳＴ集団対ＮＯ集団、及びＬＣ集団対ＡＳＴ集団である。
【００３６】
[042]
【図２Ａ】図２Ａは、実施例２からの正常な（ＮＯ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [043]
【図２Ｂ】図２Ｂは、実施例２からの非小細胞肺癌の（ＬＣ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。
【００３７】
[044]
【図２Ｃ】図２Ｃは、実施例２からの喘息の（ＡＳＴ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [045]
【図２Ｄ】図２Ｄは、実施例２からのＬＣ集団対ＮＯ集団、ＡＳＴ集団対ＮＯ集団、及びＡＳＴ対ＬＣ集団中のそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００３８】
[046]
【図２Ｅ】図２Ｅは、実施例２からの集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれＬＣ集団対ＮＯ集団、ＡＳＴ集団対ＮＯ集団、及びＡＳＴ集団対ＬＣ集団である。
【００３９】
[047]
【図３Ａ】図３Ａは、実施例３からの正常な（ＮＯ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [048]
【図３Ｂ】図３Ｂは、実施例３からの非小細胞肺癌の（ＬＣ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。
【００４０】
[049]
【図３Ｃ】図３Ｃは、実施例３からの喘息の（ＡＳＴ）集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [050]
【図３Ｄ】図３Ｄは、実施例３からのＡＳＴ集団対ＮＯ集団、ＬＣ集団対ＮＯ集団、及びＡＳＴ集団対ＬＣ集団中のそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００４１】
[051]
【図３Ｅ】図３Ｅは、実施例３からの集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれＡＳＴ集団対ＮＯ集団、ＬＣ集団対ＮＯ集団、及びＡＳＴ対ＬＣ集団である。
【００４２】
[052]
【図４Ａ】図４Ａは、実施例３からの正常な（ＮＯ）女性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [053]
【図４Ｂ】図４Ｂは、実施例３からの非小細胞肺癌の（ＬＣ）女性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。
【００４３】
[054]
【図４Ｃ】図４Ｃは、実施例３からの喘息の（ＡＳＴ）女性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [055]
【図４Ｄ】図４Ｄは、実施例３からの女性のＡＳＴ集団対ＮＯの集団、女性のＬＣ集団対ＮＯの集団、及び女性のＡＳＴ集団対ＬＣの集団中のそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００４４】
[056]
【図４Ｅ】図４Ｅは、実施例３からの女性の集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ女性のＡＳＴ集団対ＮＯ集団、女性のＬＣ集団対ＮＯ集団、及び女性のＡＳＴ集団対ＬＣ集団である。
【００４５】
[057]
【図５Ａ】図５Ａは、実施例３からの正常な（ＮＯ）男性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [058]
【図５Ｂ】図５Ｂは、実施例３からの非小細胞肺癌の（ＬＣ）男性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。
【００４６】
[059]
【図５Ｃ】図５Ｃは、実施例３からの喘息の（ＡＳＴ）男性の集団中のバイオマーカーの平均蛍光強度レベル、並びに標準偏差及び相対標準偏差を示す。  [060]
【図５Ｄ】図５Ｄは、実施例３からの男性のＡＳＴ集団対ＮＯ集団、男性のＬＣ集団対ＮＯ集団、及び男性のＡＳＴ集団対ＬＣ集団中のそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００４７】
[061]
【図５Ｅ】図５Ｅは、実施例３からの男性の集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ男性のＡＳＴ対ＮＯ集団、男性のＬＣ対ＮＯ集団、及び男性のＬＣ対ＡＳＴ集団である。
【００４８】
[062]
【図６Ａ】図６Ａは、実施例３からの女性のＡＳＴ集団と比較した男性のＡＳＴ集団、女性のＬＣ集団と比較した男性のＬＣ集団、及び女性のＮＯ集団と比較した男性のＮＯ集団におけるそれぞれのバイオマーカーの蛍光強度の平均における変化のパーセントを示す。
【００４９】
[063]
【図６Ｂ】図６Ｂは、実施例３からの男性及び女性の集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された平均蛍光強度及び変動性を比較することによって得られたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ男性及び女性のＡＳＴ集団、男性及び女性のＬＣ集団、並びに男性及び女性のＮＯ集団である。
【００５０】
[064]
【図７Ａ】図７Ａは、実施例３のＬＣ対ＮＯ女性集団、ＡＳＴ対ＮＯ女性集団、及びＡＳＴ対ＬＣ女性集団中のそれぞれのバイオマーカーの平均濃度の変化のパーセントを示す。
【００５１】
[065]
【図７Ｂ】図７Ｂは、実施例３の女性の集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された濃度を比較することによって計算されたクラスカル−ウォリス検定に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ女性のＡＳＴ対ＮＯ集団、女性のＬＣ対ＮＯ集団、及び女性のＡＳＴ対ＬＣ集団である。
【００５２】
[066]
【図８Ａ】図８Ａは、実施例３の男性のＬＣ対ＮＯ集団、男性のＡＳＴ対ＮＯ集団、及び男性のＡＳＴ対ＬＣ集団中のそれぞれのバイオマーカーの平均濃度の変化のパーセントを示す。
【００５３】
[067]
【図８Ｂ】図８Ｂは、実施例３の男性の集団中のそれぞれのバイオマーカーに対して測定された濃度を比較することによって計算されたクラスカル−ウォリス検定に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ男性のＡＳＴ対ＮＯ集団、男性のＬＣ対ＮＯ集団、及び男性のＡＳＴ対ＬＣ集団である。
【００５４】
[068]
【図９】図９は、表１６Ｂのバイオマーカー間の関係を示す。
【発明を実施するための形態】
【００５５】
[069]本発明は、性別に基づく疾病の検出、識別、評価、予防、及び診断、並びに治療
を含む、バイオマーカーを使用する肺疾患の検出、識別、評価、予防、診断、及び治療の各種の方法に関する。これらの方法は、それに対する変化した発現が、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患（例えば、喘息、慢性閉塞性肺炎、等）の指標である特異的バイオマーカーの発現の程度を決定することを含む。本発明は、更にこれらのバイオマーカーを検出するための検出剤、又はこれらのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなる各種のキットを提供する。
【００５６】
定義
[070]本明細書中で使用される場合、“バイオマーカー”又は“マーカー”は、生物学
的系の生理学的状態の特徴的指標として客観的に測定される生物学的分子である。本開示の目的のために、生物学的分子は、イオン、小分子、ペプチド、タンパク質、翻訳後修飾を保有するペプチド及びタンパク質、ヌクレオシド、ヌクレオチド並びにＲＮＡ及びＤＮＡを含むポリヌクレオチド、糖タンパク質、リポタンパク質、並びにこれらの種類の分子の各種の共有結合及び非共有結合の修飾を含む。生物学的分子は、生物学的系の機能に自然な、特徴的な及び／又は必須ないずれものこれらの実体を含む。バイオマーカーの殆どは、ポリペプチドであるが、これらは、更にｍＲＮＡ又はポリペプチドとして発現される遺伝子産物の翻訳前の形態である修飾されたｍＲＮＡであることができるか、或いはこれらは、ポリペプチドの翻訳後修飾を含むことができる。
【００５７】
[071]本明細書中で使用される場合、“被験者”は、いずれもの動物を意味するが、し
かし好ましくは、例えばヒトのような哺乳動物である。多くの態様において、被験者は、肺疾患を有する、又はそれを有する危険性があるヒトの患者であるものである。
【００５８】
[072]本明細書中で使用する場合、“生理学的試料”は、生物学的流体及び組織からの
試料を含む。生物学的流体は、全血、血液血漿、血液血清、痰、尿、汗、リンパ液、及び肺胞洗浄液を含む。組織の試料は、固形肺組織又は他の固形組織からの生検、リンパ節の生検組織、転移巣の生検を含む。生理学的試料を得る方法は公知である。
【００５９】
[073]本明細書中で使用する場合、“治療的介入”は、一つ又はそれより多い小分子又
は大分子、放射線照射、外科手術、又はこれらのいずれもの組合せのような治療剤の投与を含む。
【００６０】
[074]本明細書中で使用する場合、“検出剤”は、本明細書中に記載されるバイオマー
カーを特異的に検出する試薬及び系を含む。検出剤は、抗体、核酸プローブ、アプタマー、レクチン、或いは特定のマーカー又は複数のマーカーに対して、対象の試料中にある特定のマーカー及び他のマーカー間を弁別するために十分な特異的親和性を有する他の試薬のような試薬、並びに先に記載したような結合又は他の方法による不動化されたリガンドを使用するセンサーを含むセンサーのような系を含む。
【００６１】
バイオマーカーの識別
[075]本発明のバイオマーカーは、二つの方法を使用して識別された。第１に、非小細
胞肺癌及び／又は喘息の指標であるバイオマーカーの識別は、それぞれの病態を持つと診断された集団からの患者の血漿中の５９種の選択されたバイオマーカーの測定された発現レベルを、医師によって確認されたように、病態を持つと診断されていない集団と比較することによって行われた。この方法は、実施例１−３中に詳述される。
【００６２】
[076]第２に、バイオマーカーは、質量分光法を使用して識別された。非小細胞肺癌及
び／又は喘息の指標であるタンパク質の識別は、異なった生理学的状態の患者から得られた試料のトリプシンペプチド消化物の質量スペクトルのデータを比較することによって行われた。特に、データは、時間を超えて発現した断片を含有するペプチド及びタンパク質の、偽性の又はプロトン化された分子イオンのシグナルの強度の一次元のグラフ化された指示として表されるペプチド断片の質量であった。数千のタンパク質の発現レベルを比較し、１７種のタンパク質の識別を得て、これを、いずれもの診断された肺組織の病態を有しない個体の集団、医師によって診断されたように喘息を有する個体の集団、及び医師によって診断されたように非小細胞肺癌を有する個体の集団間で有意に異なった強度で発現した。この方法は、実施例６及び７中に詳述される。
【００６３】
一次相互作用物質
[077]生命を維持するために必要な多数の細胞及び生命体の生理学的機能を促進及び制
御するために、生物学的分子は、互いに相互作用しなければならない。これらの相互作用は、通信の一種と考えることができる。この通信において、各種の生物学的分子は、メッセージと考えることができる。そのシグナル伝達機能の一部として、これらの分子は、他の種類の生物学的分子を含む広範囲の標的と必然的に相互作用する。
【００６４】
[078]相互作用する分子の一つの種類は、受容体として一般的に知られている。直接の
分子内相互作用のもう一つの種類は、補助因子の酵素への結合である。これらの分子内相互作用は、シグナル伝達分子のネットワークを形成し、これは一緒に作業して、細胞及び有機体の必須の生命機能を行い、そして制御する。本発明の特定のバイオマーカーは、他のバイオマーカーに生理学的に結合し、そのレベルは、特定のバイオマーカーのレベルと調和した様式で増加又は減少する。これらの他のバイオマーカーは、本発明の特定のバイ
オマーカーに関して“一次相互作用物質”と呼ばれる。
【００６５】
[079]“一次相互作用物質”は、特定の生物学的分子と直接相互作用する分子の実体で
ある。例えば、薬物モルヒネは、オピエート受容体と直接相互作用して、最終的に疼痛の感覚の消失をもたらす。従って、オピエート受容体は“一次相互作用物質”の定義下の一次相互作用物質である。一次相互作用物質は、これらが相互作用する通信経路における前記のバイオマーカーの上流及び下流の両方の直接の近隣物を含む。これらの実体は、タンパク質、核酸及び小分子を包含し、これらは、制約されるものではないが、直接（又は間接）制御、発現、化学反応、分子合成、結合、プロモーター結合、タンパク質修飾及び分子運搬を含む関係によって接続されていることができる。そのレベルが調和されているバイオマーカーの群は、当業者並びに生理学及び細胞生物学の知識のある者にとって公知である。実際に、特定のバイオマーカーに対する一次相互作用物質は、当技術において既知であり、そして各種のデータベース及びＡＲＩＡＤＮＥ  ＰＡＴＨＷＡＹ  ＳＴＵＤＩＯ，ＥｘＰＡＳＹ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｓｅｒｖｅｒ  Ｑｌｕｃｏｒｅ  Ｏｍｉｃｓ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｏｒ，ＰＱｕａｄ，ＣｈＥＭＢＬ、等のような入手可能な生物情報学のソフトウェアを使用して見出すことができる（例えば、ＡＲＩＡＤＮＥ  ＰＡＴＨＷＡＹ  ＳＴＵＤＩＯ，Ａｒｉａｄｎｅ，Ｉｎｃ．，＜ｗｗｗ．ａｒｉａｄｎｅ．ｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｃｏｍ＞又はＣｈＥＭＢＬ  Ｄａｔａｂａｓｅ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，＜ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ＞を参照されたい）。
【００６６】
[080]本発明の特定のバイオマーカーのレベルが異常である場合、その発現が特定のバ
イオマーカーと調和する一次相互作用物質のレベルも更に異常である。従って、特定のバイオマーカーのレベルが異常であることの決定は、それと調和する一次相互作用物質のレベルを測定することによって達成することができる。当業者は、もちろん特定のバイオマーカーの代わりに、又はそれに加えて使用された一次相互作用物質のレベルが、特定のバイオマーカーの挙動と一致して、規定された、そして再現可能な方法で変化するものであることを確認するものである。
【００６７】
[081]本発明は、いずれもの本明細書中に記載される方法に対して、特定のバイオマー
カーと共に行われる方法を、別の方法として、その特定のバイオマーカーの一次相互作用物質と共に行うことができることを提供する。例えば、本発明は、ＨＧＦの発現の程度を決定することを含んでなる、生理学的特徴づけの方法を提供する。同様に、本発明は、更にＨＧＦの一次相互作用物質の発現の程度を決定することを含んでなる、生理学的特徴づけの方法を提供する。ＨＧＦの一次相互作用物質は、制約されるものではないが、実施例１２において規定されるものを含む。
【００６８】
有意なバイオマーカーを規定する表
[082]表１Ａは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯ集団、ＬＣ対ＮＯ集団及びＡＳＴ対
ＬＣ集団間の少なくとも一つで、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。
【００６９】
【表１Ａ】
0006774925.tif 000002
【００７０】
[083]表１Ｂは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯ集団、ＬＣ対ＮＯ集団、及びＡＳＴ
対ＬＣ集団間の少なくとも一つで、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００７１】
【表１Ｂ】
0006774925.tif 000003
【００７２】
[084]表１Ｃは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯ集団及びＬＣ対ＮＯ集団間の少なく
とも一つで、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００７３】
【表１Ｃ】
0006774925.tif 000004
【００７４】
[085]表２は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯ集団間で有意な又は僅かに有意な差を
有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔを使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００７５】
【表２】
0006774925.tif 000005
【００７６】
[086]表３は、その発現レベルが、ＬＣ対ＮＯ集団間で有意な又は僅かに有意な差を有
するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００７７】
【表３】
0006774925.tif 000006
【００７８】
[087]表４は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＬＣ集団間で有意な又は僅かに有意な差を
有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００７９】
【表４】
0006774925.tif 000007
【００８０】
[088]表５Ａは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団、ＬＣ対ＮＯの男性の
集団、及びＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間の少なくとも一つで、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００８１】
【表５Ａ】
0006774925.tif 000008
【００８２】
[089]表５Ｂは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団、ＬＣ対ＮＯの男性の
集団、及びＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間の少なくとも一つで、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００８３】
【表５Ｂ】
0006774925.tif 000009
【００８４】
[090]表５Ｃは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団及びＬＣ対ＮＯの男性
の集団間の少なくとも一つで、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００８５】
【表５Ｃ】
0006774925.tif 000010
【００８６】
[091]表６は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団間で有意な又は僅かに有
意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００８７】
【表６】
0006774925.tif 000011
【００８８】
[092]表７は、その発現レベルが、ＬＣ対ＮＯの男性の集団間で有意な又は僅かに有意
な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００８９】
【表７】
0006774925.tif 000012
【００９０】
[093]表８は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間で有意な又は僅かに有
意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００９１】
【表８】
0006774925.tif 000013
【００９２】
[094]表９Ａは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の
集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間の少なくとも一つで、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の有意性及び差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００９３】
【表９Ａ】
0006774925.tif 000014
【００９４】
[095]表９Ｂは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の
集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００９５】
【表９Ｂ】
0006774925.tif 000015
【００９６】
[096]表９Ｃは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団及びＬＣ対ＮＯの女性
の集団間で、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００９７】
【表９Ｃ】
0006774925.tif 000016
【００９８】
[097]表１０は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団間で有意な又は僅かに
有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【００９９】
【表１０】
0006774925.tif 000017
【０１００】
[098]表１１は、その発現レベルが、ＬＣ対ＮＯの女性の集団間で有意な又は僅かに有
意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１０１】
【表１１】
0006774925.tif 000018
【０１０２】
[099]表１２は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間で有意な又は僅かに
有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１０３】
【表１２】
0006774925.tif 000019
【０１０４】
[0100]表１３Ａは、その発現レベルが、男性及び女性のＡＳＴ集団間で、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１０５】
【表１３Ａ】
0006774925.tif 000020
【０１０６】
[0101]表１３Ｂは、その発現レベルが、男性及び女性のＡＳＴ集団間で、有意でない差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１０７】
【表１３Ｂ】
0006774925.tif 000021
【０１０８】
[0102]表１４Ａは、その発現レベルが、男性及び女性のＬＣ集団間で、有意な又は僅かに有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１０９】
【表１４Ａ】
0006774925.tif 000022
【０１１０】
[0103]表１４Ｂは、その発現レベルが、男性及び女性のＬＣ集団間で、有意でない差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例１−３に示すように、スチューデントｔ検定を使用して決定した。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１１１】
【表１４Ｂ】
0006774925.tif 000023
【０１１２】
[0104]表１５Ａは、正常な集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差による、昇順で順位づけされたバイオマーカーを記載する。
【０１１３】
【表１５Ａ】
0006774925.tif 000024
【０１１４】
[0105]表１５Ｂは、正常な女性の集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差による、昇順で順位づけされたバイオマーカーを記載する。
【０１１５】
【表１５Ｂ】
0006774925.tif 000025
【０１１６】
[0106]表１５Ｃは、正常な男性の集団に対する蛍光強度の相対的標準偏差による、昇順で順位づけされたバイオマーカーを記載する。
【０１１７】
【表１５Ｃ】
0006774925.tif 000026
【０１１８】
[0107]表１６Ａは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団、ＬＣ対ＮＯの男性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間の少なくとも一つで、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の有意性及び差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１１９】
【表１６Ａ】
0006774925.tif 000027
【０１２０】
[0108]表１６Ｂは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団、ＬＣ対ＮＯの男性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１２１】
【表１６Ｂ】
0006774925.tif 000028
【０１２２】
[0109]表１６Ｃは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団及びＬＣ対ＮＯの男性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１２３】
【表１６Ｃ】
0006774925.tif 000029
【０１２４】
[0110]表１７は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの男性の集団間で有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１２５】
【表１７】
0006774925.tif 000030
【０１２６】
[0111]表１８は、その発現レベルが、ＬＣ対ＮＯの男性の集団間で有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１２７】
【表１８】
0006774925.tif 000031
【０１２８】
[0112]表１９は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＬＣの男性の集団間で有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１２９】
【表１９】
0006774925.tif 000032
【０１３０】
[0113]表２０Ａは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間の少なくとも一つで、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の有意性及び差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１３１】
【表２０Ａ】
0006774925.tif 000033
【０１３２】
[0114]表２０Ｂは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１３３】
【表２０Ｂ】
0006774925.tif 000034
【０１３４】
[0115]表２０Ｃは、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団及びＬＣ対ＮＯの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１３５】
【表２０Ｃ】
0006774925.tif 000035
【０１３６】
[0116]表２１は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１３７】
【表２１】
0006774925.tif 000036
【０１３８】
[0117]表２２は、その発現レベルが、ＬＣ対ＮＯの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１３９】
【表２２】
0006774925.tif 000037
【０１４０】
[0118]表２３は、その発現レベルが、ＡＳＴ対ＬＣの女性の集団間で、有意な差を有するバイオマーカーを記載する。有意性は、実施例４に示すように、クラスカル−ウォリス法を使用して決定した。僅かに有意なバイオマーカーは含んでいない。マーカーは、蛍光強度の差の大きさに基づく降順で記載されている。
【０１４１】
【表２３】
0006774925.tif 000038
【０１４２】
発現の程度の決定
[0119]発現の程度は、典型的にはタンパク質又はペプチドである発現産物の定量的測定に、一般的に関係する。本発明は、ＲＮＡ（翻訳前）又はタンパク質レベル（翻訳後修飾を含む）における発現の程度を決定することを意図する。特に、本発明は、転写、翻訳、翻訳後修飾のレベル、或いはタンパク質の分解の程度又は度合における増加若しくは減少が反映されるバイオマーカーの濃度の変化を決定することを意図し、ここで、これらの変化は、特定の疾病状態又は疾病の進行に伴う。
【０１４３】
[0120]試料は、被験者中の発現の程度が、試料中の前記のマーカーの濃度に比例していることを確実にするように採取される。測定は、測定値が、試料中のバイオマーカーの濃度に比例するように行われる。従って、測定値は、発現の程度に比例する。これらの要求に合致する試料採取技術及び測定技術の選択は、当技術の範囲内である。
【０１４４】
[0121]典型的には、肺の疾患の指標である少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、正常な個体における平均的発現レベルから統計的に有意な程度異なっている少なくとも一つのバイオマーカーのレベルである；言い換えれば、少なくとも一つのバイオマーカーは、正常からの統計的異常者である。統計的有意性及び偏差は、集団の平均を比較するためのいずれもの既知の方法を使用して、又は測定値を集団の平均値と比較することによって決定することができる。このような方法は、単一の及び同時に考慮される多数のマーカーに対するスチューデントｔ検定、分散分析（ＡＮＯＶＡ）、を等を含む。
【０１４５】
[0122]発現の程度を決定するための別の方法として、又はそれと組合せて、本明細書中に記載される方法は、バイオマーカーのレベルが、正常なレベル（例えば、範囲）内に入るか、又は正常なレベルの範囲外（即ち、異常）であるか否かを決定することを含む。生理学的試料中の生物学的分子のレベルを測定する者は、彼らが定期的に測定する集団中の特定のバイオマーカーの正常なレベルを日常的に決定し、典型的には特定の研究室によっ
て決定された値の正常な範囲として記載する。従って、当業者は、特定のバイオマーカーの正常なレベルを必然的に熟知し、そしてそのバイオマーカーのレベルが正常なレベル又は範囲の範囲外であるか否かを決定することができるものである。
【０１４６】
[0123]更に典型的には、肺疾患の指標である少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、差が、肺疾患の診断、予測、及び／又は評価を決定することができるように、正常な個体中の平均的発現レベルと分析的に有意であるように更に十分な大きさで異なっている少なくとも一つのバイオマーカーのレベルである。当業者は、より大きい大きさの差が、肺疾患の診断、予測、及び／又は評価を援助するために好ましいことを理解する。Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｌ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｏｆ  Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８８を参照されたい。
【０１４７】
[0124]正常な被験者によって発現される多くのタンパク質は、小細胞肺癌又は喘息のような疾病又は症状を有する被験者において程度の差はあるが発現されるものである。当業者は、殆どの疾病が、多数の異なったバイオマーカーの変化を顕在化することを認識するものである。このように、疾病は、複数のマーカーの発現のパターンによって特徴づけすることができる。実際に、複数のバイオマーカーの発現のパターンにおける変化は、各種の診断及び予測法、並びにモニター、療法の選択、及び患者の評価法において使用することができる。本発明は、このような方法を提供する。これらの方法は、特定の生理学的状態に対する複数のマーカーの発現のパターンを決定すること、又は適したパターン認識のためのいずれもの技術によって特徴づけされるような生理学的状態の変化に相関する、このようなパターンの変化を決定することを含んでなる。
【０１４８】
[0125]発現の程度を決定する多くの方法は、当技術において既知である。発現を決定するための手段は、制約されるものではないが、放射性免疫測定法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射測定又は可視若しくは紫外光の吸光による分光検出法を伴う高圧液体クロマトグラフィー、質量分光法の定性及び定量分析、ウェスタンブロット、放射能、蛍光又は化学発光プローブ又は核の検出による定量的可視化を伴う一又は二次元のゲル電気泳動、吸収又は蛍光測光法を伴う抗体基材検出、多くの化学発光レポーター系のいずれかの蛍光による定量化、酵素アッセイ、免疫沈澱又は免疫捕捉アッセイ、固相及び液相免疫アッセイ、プロテインアレイ又はチップ、ＤＮＡアレイ又はチップ、プレートアッセイ、アプタマー及び分子刷込みポリマーのような弁別を可能にする結合親和性を有する分子を使用するアッセイ、並びにいずれもの他の適した技術、いずれもの記載された検出技術又は機器の機器操作によるバイオマーカーの濃度のいずれもの他の定量分析的決定を含む。
【０１４９】
[0126]発現の程度を決定する工程は、当技術において既知の発現を決定するためのいずれもの手段、特に本明細書中で考察される手段によって行うことができる。好ましい態様において、発現の程度を決定する工程は、抗体による免疫アッセイを行うことを含んでなる。
【０１５０】
決定のためのバイオマーカーの選択
[0127]当業者は、本発明において使用するための適当な抗体を容易に選択することが可能であるものである。選択された抗体は、好ましくは対象の抗原に対して選択性であり、前記抗原に対する高い結合特異性を保有し、そして他の抗原と最小の交差反応性を有する。対象の抗原に結合する抗体の能力は、例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、流動細胞計測法、及び免疫組織化学法のような既知の方法によって決定することができる。好ましくは、抗体が結合する対象の抗原は、健康な患者から採取された細胞又は生物学的試料とは対照的に、疾病の患者から採取された細胞又は生物学的試料中に異なって存在する。異なった集団中の抗原の異なった存在は、対象のそれぞれの集団（例えば、疾病
の集団対健康な集団）から採取された試料に対する抗体の結合を比較することによって決定することができる。例えば、実施例１−４を参照されたい；更に図１−８も参照されたい。例えば、非癌細胞より癌細胞中で高いレベルで発現する対象の抗原を決定することができる。例えば、実施例１−４を参照されたい；更に図１−８も参照されたい。更に、抗体は、対象の抗体に対する相対的に高い結合特異性を有していなければならない。抗体の結合特異性は、免疫沈澱法のような既知の方法によって、或いは放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）又はＥＬＩＳＡのようなｉｎ  ｖｉｔｒｏの結合アッセイによって決定することができる。高い結合特異性及び最小の交差反応性を持つ対象の抗原を結合する能力のある抗体を選択する方法の開示は、例えば、米国特許第７，２８８，２４９号中に提供され、これは、参考文献としてその全てが本明細書中に援用される。
【０１５１】
[0128]本発明は、本明細書中に記載される一つ又はそれより多いバイオマーカーの発現の程度を決定する工程を含んでなる各種の方法を提供する。一つの態様において、この方法は、いずれもの数の表１−１４又は１６−２３からのいずれものバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。表１−１４及び１６−２３中のバイオマーカーは、一般的に発現の程度の降順で記載される。これらの表の上部に近いバイオマーカーは、一般的により大きい感受性（例えば、より低いレベルの差を検出する）を示す。このようなバイオマーカーの使用は、疾病の状態間の弁別を援助することができる。表１５のバイオマーカーは、蛍光強度の相対的標準偏差に基づく昇順で記載されている。表１５の上部に近いバイオマーカーは、更に、一般的に疾病状態の存在による変動以外の低い程度の変動のために、より感受性である。特に、これらのバイオマーカーは、より少ない全体的な変動性を有し、そして従って、正常な個体における発現の程度と比較するような、疾病の個体の発現の程度を比較する場合、バックグランドのノイズを減少することを援助する。
【０１５２】
[0129]従って、好ましい方法は、特定の表のバイオマーカー１−２０番、或いは２０個より少なく含有している表の場合、記載されたバイオマーカーの全部の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、このモードは、１−１０番のバイオマーカー、更に好ましくは１−８番のバイオマーカー、なお更に好ましくは１−６番のバイオマーカー、そして最も好ましくは１−４番のバイオマーカー、或いはいずれものこれらの群のバイオマーカーの部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、特定の表からのバイオマーカーのいずれもの組合せの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、特定の表の１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、好ましくは１−１０番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、更に好ましくは１−８番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、なお更に好ましくは１−６番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、そして最も好ましくは１−４番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、或いはいずれものこれらの群のバイオマーカーの部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。好ましいモードにおいて、この方法は、特定の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、特定の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、特定の表の１−１５又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２、又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。もちろん、当業者は、対象の疾病に伴うか否かを問わず、他のバイオマーカーの発現の程度を同時に決定することが、本発明の意図の範囲内であることを認識するものである。
【０１５３】
[0130]複数のバイオマーカーの発現レベルの決定は、発現の変化のパターンの観察を容易にし、そしてこのようなパターンは、個々のバイオマーカーの検出より更に敏感な、そして更に正確な診断を提供する。例えば、変化のパターンは、異常なレベルで同時に発現する複数の特定のバイオマーカーを含むものである。変化のパターンは、更に、他の特定のバイオマーカーの異常な減少と同時に、幾つかの特定のバイオマーカーの異常な上昇を含んでなる。当業者は、本明細書中に含まれる図に与えられるデータ中のこのようなパターンを観察するものである。（以下の実施例４の考察を参照）。このような決定は、多重免疫アッセイのような多重又はマトリックスベースの形式で行うことができる。
【０１５４】
[0131]もう一つの態様において、この方法は、少なくとも二つの表（例えば、表２及び表３）からのいずれものバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、特定の表の１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）のバイオマーカー、及び別の表からの１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）のバイオマーカー、好ましくは一つ又は両方の表からの１−１０番のバイオマーカー、更に好ましくは一つ又は両方の表からの１−８番のバイオマーカー、なお更に好ましくは一つ又は両方の表からの１−６番のバイオマーカー、そして最も好ましくは一つ又は両方の表からの１−４番のバイオマーカー、或いはいずれものこれらの群のバイオマーカーの部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、特定の表及び別の表からの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、特定の表の１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、及び別の表からの１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、好ましくは一つ又は両方の表からの１−１０番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、更に好ましくは一つ又は両方の表からの１−８番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、なお更に好ましくは一つ又は両方の表からの１−６番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、そして最も好ましくは一つ又は両方の表からの１−４番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、或いはいずれものこれらの群のバイオマーカーの部分集団の発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、一つの表からの複数の（諸）バイオマーカーは、他のいずれもの表中に存在しない。好ましいモードにおいて、この方法は、特定の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合及び別の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、特定の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、及び別の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、特定の表の１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２、又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、及び別の表の１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２、又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。もちろん、当業者は、対象の疾病に伴うか否かを問わず、他のバイオマーカーの発現の程度を同時に決定することが、本発明の意図の範囲内であることを認識するものである。
【０１５５】
[0132]この方法が、少なくとも三つの異なった表（例えば、表２、表３、及び表４）からのいずれものバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる場合、同じ種類
の組合せが適用可能であることは理解されるものである。例えば、一つの態様において、この方法は、第１の表の１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）からの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、第２の表からの１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）からの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、及び第３の表の１−２０番（又は２０個より少ない場合、記載の最大）からの複数のバイオマーカーのいずれもの組合せ、好ましくはそれぞれの表からの１−１０番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーの組合せ、更に好ましくはそれぞれの表からの１−８番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーの組合せ、なお更に好ましくはそれぞれの表からの１−６番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーの組合せ、そして最も好ましくはそれぞれの表からの１−４番のバイオマーカーからの複数のバイオマーカーの組合せの発現の程度を決定することを含んでなる。好ましいモードにおいて、この方法は、第１の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、第２の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、及び第３の表の１−６、１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される三つのバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、第１の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、第２の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、及び第３の表の１−８、１−１０、１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される４、５、６、又は７個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。別の方法として、この方法は、第１の表の１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、第２の表の１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合、及び第３の表の１−１５、又は１−２０番のバイオマーカーから選択される８、９、１０、１１、１２又は１３個のバイオマーカーのいずれもの特定の部分集合の発現の程度を決定することを含んでなる。もちろん、当業者は、対象の疾病に伴うか否かを問わず、他のバイオマーカーの発現の程度を同時に決定することが、本発明の意図の範囲内であることを認識するものである。
【０１５６】
[0133]複数のバイオマーカーの発現レベルの決定は、発現の変化のパターンの観察を容易にし、そしてこのようなパターンは、個々のバイオマーカーの検出より更に敏感な、そして更に正確な診断を提供する。この決定は、多重免疫アッセイのような多重又はマトリックスベースの形式で行うことができる。
【０１５７】
[0134]他の態様において、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、又は４０より多くない発現の程度が決定される。
[0135]診断又は予測アッセイにおいて使用するためのバイオマーカーの選択は、特定のバイオマーカー及びその一次相互作用物質間の既知の関係を使用して容易にすることができる。本発明人等によって識別された全ての、でなければ、多くのバイオマーカー（表１−２３参照）は、細胞又は生命体の各種の通信経路に関与する。通信経路の一つの構成要素の正常からの逸脱は、通信経路の他のメンバー中の関連する逸脱によって伴われることが予想される。当業者は、各種のデータベース及び入手可能な生物情報学のソフトウェア（例えば、ＡＲＩＡＤＮＥ  ＰＡＴＨＷＡＹ  ＳＴＵＤＩＯ，Ａｒｉａｄｎｅ，Ｉｎｃ．，＜ｗｗｗ．ａｒｉａｄｎｅ．ｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｃｏｍ＞  又はＣｈＥＭＢＬ  Ｄａｔａｂａｓｅ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，＜ｗ
ｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ＞を参照）を使用して通信経路のメンバーを容易に連結することができる。複数のバイオマーカーが複数のもの中の他のものと同じ通信経路にはない幾つかのバイオマーカーを含む、複数のバイオマーカーのレベルが異常であるか否かを決定することに基づく診断法は、バイオマーカーのレベルを測定することによって収集された情報を最大化する可能性がある。
【０１５８】
[0136]先に考察したバイオマーカーの各種の組合せは、キットを設計するための方法及び本明細書中に記載されるキットにも、更に適用可能であることも更に理解されるものである。
【０１５９】
[0137]マーカーの特定の部分集合を選択するための優先度を含む先に考察した選択基準は、特定の方法に伴うこれらの表に関して本明細書中に記載されるいずれもの方法のために使用することができることは認識されるものである。
【０１６０】
生理学的特徴づけの方法
[0138]本発明は、以下に記載されるように各種の集団中の個体の生理学的特徴づけのための方法に関する。本明細書中で使用する場合、本発明の方法による生理学的特徴づけの方法は、特定の疾病を診断する方法、個体が治療的介入に反応するものである可能性を予測する方法、治療的介入に対する個体の反応をモニターする方法、個体が個々の疾病の危険性があるか否かを決定する方法、特定の疾病に対する危険性の程度を決定するための方法、患者の疾病の重度の程度を分類する方法、及び共通な幾つかの症状を有する疾病間を区別するための方法を含む。一般的に、これらの方法は、先に記載したような特定のバイオマーカーの発現の程度を決定することに依存する。
【０１６１】
Ａ．一般的集団
[0139]本発明は、被験者の生理学的特徴づけの方法を提供する。一つの態様において、本発明は、被験者の生理学的試料中の表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表１Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表１Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。
【０１６２】
[0140]もう一つの態様において、本発明は、配列番号１２の発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの態様において、この方法は、配列番号１２並びに配列番号１−１１及び１３−１７のいずれか一つの発現の程度を決定することを含んでなる。
【０１６３】
[0141]好ましい態様において、本発明は、被験者の生理学的試料中の表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、複数のマーカーの発現のパターンは、生理学的状態又は症状、或いは疾病状態（例えば、非小細胞肺がんの段階）又は症状の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンは、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。好ましくは、複数のバイオマーカーは、実施例中
で計算されるようなスチューデントｔ値に基づく誤ったパターンの分類の低い確率に基づいて選択される。もう一つの好ましい態様において、表１Ａからのバイオマーカーの発現のパターンは、被験者が特定の疾病又は症状を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。更に好ましい態様において、被験者中の表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定する方法は、被験者が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例えば、喘息）のような肺疾患を発症するか、有するか又は有することができる可能性の増加を検出する。発現のパターンは、パターン認識に対して当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。
【０１６４】
[0142]本発明は、更に被験者の生理学的試料中の配列番号１２の発現の程度を決定することを含んでなる被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、配列番号１２の発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の肺疾患の指標である。好ましい態様において、配列番号１２の複数のマーカー及び配列番号１−１１及び１３−１７のいずれか一つの発現のパターンを決定し、そして本明細書中に記載されているように使用する。
【０１６５】
[0143]もう一つの側面において、本発明は、（ａ）被験者の生理学的試料を得て；（ｂ）前記被験者の、配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一つのポリペプチドの発現の程度を決定し；そして（ｃ）前記被験者の、表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、前記ポリペプチド及び表１Ａからのバイオマーカーの両方の発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の肺疾患の指標である。もう一つの態様において、配列番号１−１７の複数のマーカー、及び表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンを決定し、そして本明細書中に記載されるように使用する。
【０１６６】
[0144]一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例えば、喘息、慢性閉塞性肺炎、等）の肺疾患に対する危険性がある。“危険性がある”被験者は、無症状であるが、個人的又は家族的病歴、行動、疾病を起こす薬物（例えば、発癌性物質）への暴露、又は幾つかの他の原因のために、疾病を発症することに対して大部分の集団より大きい可能性のある個体を含む。“危険性がある”個体は、個体に対して決定される危険因子を集めることによって伝統的に確認される。本発明は、関連するバイオマーカーの発現の程度を決定することにより、“危険性がある”個体の向上した検出を提供する。一つの態様において、疾病に伴う特定のバイオマーカー（特に表２又は表３からのバイオマーカー）のレベルを、一つの個体に対して決定し、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体に“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する関連するバイオマーカー（疾病に対して適当に表２又は表３から）の数は、より大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。
【０１６７】
[0145]先に記載した態様は、表１Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、いずれもの記載された態様において、表１Ｂ又は１Ｃのバイオマーカーで、表１Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることも更に認識されるものである。
【０１６８】
Ｂ．男性の集団
[0146]本発明は、男性の被験者における生理学的特徴づけの方法を提供する。一つの態様において、本発明は、前記男性の被験者から試料を得て、そして男性の被験者の生理学
的試料中の表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表５Ｂ又は１６Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表５Ｃ又は１６Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌の指標である。
【０１６９】
[0147]好ましい態様において、本発明は、男性の被験者の生理学的試料中の表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、複数のマーカーの発現のパターンは、生理学的状態又は症状、或いは疾病状態（例えば、非小細胞肺癌の段階）又は症状の変化と相関する。もう一つの態様において、表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンは、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。好ましくは、複数のバイオマーカーは、複数のバイオマーカーは、実施例中で計算されるようなスチューデントｔ値に基づく誤ったパターンの分類の低い確率に基づいて選択される。もう一つの好ましい態様において、表５Ａ又は１６Ａからのバイオマーカーの発現のパターンは、男性の被験者が特定の疾病又は症状を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。更に好ましい態様において、男性の被験者中の表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定する方法は、男性の被験者が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例えば、喘息）のような肺疾患を発症するか、有するか又は有することができる可能性の増加を検出する。発現のパターンは、パターン認識に対して当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表５Ａ又は１６Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。
【０１７０】
[0148]もう一つの側面において、本発明は、（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；（ｂ）前記被験者の、配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一つのポリペプチドの発現の程度を決定し；そして（ｃ）前記被験者の、表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、前記ポリペプチド及び表５Ａ又は１６Ａからのバイオマーカーの両方の発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の肺疾患の指標である。もう一つの態様において、配列番号１−１７の複数のマーカー、及び表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンを決定し、そして本明細書中に記載されるように使用する。
【０１７１】
[0149] 一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例
えば、喘息、慢性閉塞性肺炎、等）の肺疾患に対する危険性がある。“危険性がある”被験者は及び個体は、先に考察されている。一つの態様において、疾病に伴う特定のバイオマーカー（特に表６、７、１７又は１８からのバイオマーカー）のレベルは、一つの男性の個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体に“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する関連するバイオマーカー（疾病に対して適当に表６、７、１７又は１８から）の数は、より大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。
【０１７２】
[0150] 先に記載した態様は、表５Ａ又は１６Ａのバイオマーカーを参照している。然
しながら、いずれもの記載された態様における、表５Ｂ又は５Ｃのバイオマーカーで、表５Ａのバイオマーカーを置換えることができ、そして表１６Ｂ又は１６Ｃのバイオマーカーで、表１６Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることも更に認識されるものである。
【０１７３】
Ｃ．女性の集団
[0151]本発明は、女性の被験者における生理学的特徴づけの方法を提供する。一つの態様において、本発明は、前記女性の被験者から試料を得て、そして女性の被験者の生理学的試料中の表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表９Ｂ又は２０Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。もう一つの態様において、この方法は、表９Ｃ又は２０Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなり、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌の指標である。
【０１７４】
[0152]好ましい態様において、本発明は、女性の被験者の生理学的試料中の表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者における生理学的特徴づけの方法を提供し、ここで、複数のマーカーの発現のパターンは、生理学的状態又は症状、或いは疾病状態（例えば、非小細胞肺癌の段階）又は症状の変化と相関する。もう一つの好ましい態様において、表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンは、反応性気道疾患又は非小細胞肺癌のような肺疾患の指標であるか、或いは反応性気道疾患及び小細胞肺癌間を弁別することを援助する。好ましくは、複数のバイオマーカーは、複数のバイオマーカーは、実施例中で計算されるようなスチューデントｔ値に基づく誤ったパターンの分類の低い確率に基づいて選択される。もう一つの好ましい態様において、表９Ａ又は２０Ａからのバイオマーカーの発現のパターンは、女性の被験者が特定の疾病又は症状を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。更に好ましい態様において、女性の被験者中の表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定する方法は、女性の被験者が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例えば、喘息）のような肺疾患を発症する、有する又は有することができる可能性の増加を検出する。発現のパターンは、パターン認識に対して当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表９Ａ又は２０Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。
【０１７５】
[0153]もう一つの側面において、本発明は、（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；（ｂ）前記被験者の、配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一つのポリペプチドの発現の程度を決定し；（ｃ）前記被験者の、表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者の生理学的特徴づけの方法を提供し、ここにおいて、前記ポリペプチド及び表９Ａ又は２０Ａからのバイオマーカーの両方の発現の程度は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の肺疾患の指標である。もう一つの態様において、配列番号１−１７の複数のマーカー、及び表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現のパターンを決定し、そして本明細書中に
記載されるように使用する。
【０１７６】
[0154] 一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患（例
えば、喘息、慢性閉塞性肺炎、等）の肺疾患に対する危険性がある。“危険性がある”被験者は及び個体は、先に考察されている。一つの態様において、疾病に伴う特定のバイオマーカー（特に表１０、１１、２１、又は２２からのバイオマーカー）のレベルは、一つの女性の個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体に“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する関連するバイオマーカー（疾病に対して適当に表１０、１１、２１、又は２２から）の数は、より大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。
【０１７７】
[0155] 先に記載した態様は、表９Ａ又は２０Ａのバイオマーカーを参照している。然
しながら、いずれもの記載された態様における、表９Ｂ又は９Ｃのバイオマーカーで、表９Ａのバイオマーカーを置換えることができ、そして表２０Ｂ又は２０Ｃのバイオマーカーで、表２０Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることも更に認識されるものである。
【０１７８】
肺疾患
[0156]本発明は、肺疾患のための各種の診断及び予測の方法を提供する。特に、本発明は、反応性気道疾患を、そして特に過剰反応性ＴＨ２及びＴＨ１７細胞に伴う疾病を診断する方法を提供する。反応性気道疾患は、喘息、慢性閉塞性肺炎、アレルギー性鼻炎、嚢胞性線維症、気管支炎、又は各種の生理学的及び／又は環境的刺激に対する過敏性を顕在化した他の疾病を含む。特に、本発明は、喘息及び慢性閉塞性肺炎を診断する、更に特に喘息を診断する方法を提供する。
【０１７９】
[0157]本発明は、更に非小細胞肺癌を診断する方法も提供する。これらの方法は、本明細書中に記載される少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含み、ここにおいて、（諸）バイオマーカーは、非小細胞肺癌の存在又は発症の指標である。例えば、本明細書中に記載されるバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌の進行の程度、前癌性病変の存在、又は非小細胞肺癌の段階付けを決定するために使用することができる。
【０１８０】
[0158]特別な態様において、被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。症状は、咳、息切れ、喘鳴、胸痛、及び喀血；腕の外側を下向きに降りる肩の疼痛、又は嗄れ声に導く声帯の麻痺を含むことができ；食道の侵襲は嚥下の困難性に導くことができる。中枢気道が閉塞された場合、肺の一部の圧潰を起こし、そして膿瘍又は肺炎に導く感染を起こすことができる。骨への転移は、極度の疼痛を生じることができる。脳への転移は、霞目  頭痛、癲癇を含む神経性の症状、或いは身体の部分の感覚の衰弱又は喪失のような卒中に普通に伴う症状を起こすことができる。肺癌は、しばしば腫瘍細胞によるホルモン様物質の産生から得られる症状を生じる。ＮＳＣＬＣにおいて見られる普通の腫瘍随伴症候群は、上昇した血流中のカルシウムを起こす副甲状腺ホルモン様物質の産生である。喘息は、典型的には特に夜間の咳、喘鳴、息切れ、及び胸部絞扼感、疼痛又は圧迫のような症状を生じる。従って、喘息の症状の多くは、ＮＳＣＬＣと共通であることは明らかである。
【０１８１】
反応性気道疾患を診断する方法
[0159]本発明は、以下に記載するように各種の集団中の個体における反応性気道疾患を
診断する方法に関する。一般的に、これらの方法は、本明細書中に記載されるような特定のバイオマーカーの発現の程度を決定することに依存する。
【０１８２】
Ａ．一般的集団
[0160]本発明は、（ａ）被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患の指標である。
【０１８３】
[0161]好ましい態様において、本発明は、被験者の生理学的試料中の表２からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、反応性気道疾患の指標であるか、又は反応性気道疾患の状態の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、被験者が、反応性気道疾患を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表２に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０１８４】
[0162]一つの態様において、被験者は、反応性気道疾患に対する危険性がある。一つの態様において、反応性気道疾患に伴う特定のバイオマーカーのレベルが個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表２からの関連するバイオマーカーの数は、反応性気道疾患のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、被験者は、反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０１８５】
[0163]いずれもの上記の態様において、この方法で使用するための好ましいバイオマーカーは、表１３Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。更に好ましくは、この態様におけるバイオマーカーの全ては、表１３Ｂ中に見出すことができる。
【０１８６】
Ｂ．男性の集団
[0164]本発明は、（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表６又は１７からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、男性の被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患の指標である。
【０１８７】
[0165] 好ましい態様において、本発明は、男性の被験者の生理学的試料中の表６又は
１７からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、反応性気道疾患の指標であるか、又は反応性気道疾患の状態の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、男性の被験者が、反応性気道疾患を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表６又は１７に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考
察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０１８８】
[0166] 一つの態様において、男性の被験者は、反応性気道疾患に対する危険性がある
。一つの態様において、反応性気道疾患に伴う特定のバイオマーカーのレベルが男性の個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表６からの関連するバイオマーカーの数は、反応性気道疾患のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、男性の被験者は、反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０１８９】
[0167]もう一つの態様において、この方法において使用するためのバイオマーカーは、表１３Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。
Ｃ．女性の集団
[0168]本発明は、（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表１０又は２１からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、女性の被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患の指標である。
【０１９０】
[0169]好ましい態様において、本発明は、女性の被験者の生理学的試料中の表１０又は２１からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、女性の被験者における反応性気道疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、反応性気道疾患の指標であるか、又は反応性気道疾患の状態の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、女性の被験者が、反応性気道疾患を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１０又は２１に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０１９１】
[0170]一つの態様において、女性の被験者は、反応性気道疾患に対する危険性がある。一つの態様において、反応性気道疾患に伴う特定のバイオマーカーのレベルが、女性の個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表１０又は２１からの関連するバイオマーカーの数は、反応性気道疾患のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、女性の被験者は、反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０１９２】
[0171]もう一つの態様において、この方法において使用するためのバイオマーカーは、表１３Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。
非小細胞肺癌を診断する方法
[0172]本発明は、以下に記載するように各種の集団中の個体における非小細胞肺癌を診断する方法に関する。一般的に、これらの方法は、本明細書中に記載されるような特定のバイオマーカーの発現の程度を決定することに依存する。
【０１９３】
Ａ．一般的集団
[0173]本発明は、（ａ）被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌の存在又は発症の指標である。
【０１９４】
[0174]好ましい態様において、本発明は、被験者の生理学的試料中の表３からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、非小細胞肺癌の指標であるか、又は非小細胞肺癌の状態の変化（即ち、臨床又は診断段階）に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、被験者が、非小細胞肺癌を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表３に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０１９５】
[0175]一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌に対する危険性がある。一つの態様において、非小細胞肺癌に伴う特定のバイオマーカーのレベルが個体に対して決定され、そして正常な集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表３からの関連するバイオマーカーの数は、非小細胞肺癌のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０１９６】
[0176]いずれもの上記の態様において、この方法で使用するための好ましいバイオマーカーは、表１４Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。更に好ましくは、この態様におけるバイオマーカーの全ては、表１４Ｂ中に見出すことができる。
【０１９７】
Ｂ．男性の集団
[0177]本発明は、（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表７又は１８からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、男性の被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌の存在又は発症の指標である。
【０１９８】
[0178] 好ましい態様において、本発明は、男性の被験者の生理学的試料中の表７又は
１８からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、非小細胞肺癌の指標であるか、又は非小細胞肺癌の状態（例えば、段階）の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、被験者が、非小細胞肺癌を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表７又は１８に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０１９９】
[0179] 一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌に対する危険性がある。
一つの態様において、非小細胞肺癌に伴う特定のバイオマーカーのレベルが男性の個体に対して決定され、そして正常な男性の集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表７からの関連するバイオマーカーの数は、非小細胞肺癌のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０２００】
[0180]もう一つの態様において、この方法において使用するためのバイオマーカーは、表１４Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。
Ｃ．女性の集団
[0181]本発明は、（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表１１又は２２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、女性の被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌の存在又は発症の指標である。
【０２０１】
[0182]好ましい態様において、本発明は、女性の被験者の生理学的試料中の表１１又は２２からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者における非小細胞肺癌を診断する方法を提供し、ここにおいて、複数のマーカーの発現のパターンは、非小細胞肺癌の指標であるか、又は非小細胞肺癌の状態（例えば、段階）の変化に相関する。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、女性の被験者が、非小細胞肺癌を有するか、又は有することができる可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１１又は２２に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２０２】
[0183]一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌に対する危険性がある。一つの態様において、非小細胞肺癌に伴う特定のバイオマーカーのレベルが女性の個体に対して決定され、そして正常な女性の集団に対して予測されるものと異なるレベルは、個体が“危険性がある”ことを示唆する。もう一つの態様において、正常から統計的に逸脱する表１１又は２２からの関連するバイオマーカーの数は、非小細胞肺癌のより大きい危険性を示す異常なマーカーのより大きい数により決定される。もう一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０２０３】
[0184]もう一つの態様において、この方法において使用するためのバイオマーカーは、表１４Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを含んでなる。
非小細胞肺癌及び反応性気道疾患間を弁別する方法
[0185]本発明は、以下に記載するような各種の集団中の個体における肺疾患を診断する方法に関する。一般的に、これらの方法は、反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の指標間を弁別する特定のバイオマーカーの発現の程度を決定することに依存する。
【０２０４】
Ａ．一般的集団
[0186]本発明は、更に前記被験者中の、表４からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者における肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、表４からの前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の指標間を弁別することを援助する。一つの態様において、被験者は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌を有すると診断される。例えば、この
診断は、被験者の生理学的試料中の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度によって決定することができ、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌の指標である。
【０２０５】
[0187]本発明は、更に（ａ）被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表４からの少なくとも一つのバイオマーカー、表２からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる被験者の肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、（ｉ）前記表２、表３、及び表４のそれぞれからの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではなく、（ｉｉ）前記表２及び表３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、それぞれ反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の肺疾患の指標であり；そして（ｉｉｉ）前記表４からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の指標間を弁別することを援助する。好ましくは、この方法は、それぞれの表からの、他の表のいずれにも存在しない少なくとも一つのマーカーを含む。
【０２０６】
[0188]好ましい態様において、この方法は、表４からの複数のバイオマーカー、そして好ましくは、更に表２からの複数のバイオマーカー、及び表３からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表２、表３、及び表４に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２０７】
[0189]一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患に対する危険性がある。もう一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０２０８】
[0190]本発明は、更に（ａ）非小細胞肺癌又は反応性気道疾患に対する危険性にある被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験体中の、表４からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、被験者が、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を発症する危険性があるか又はそれに罹った可能性を区別することを援助するための診断法を提供し、ここにおいて、前記表４からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の危険性がある可能性を区別することを援助する。
【０２０９】
[0191]好ましい態様において、この方法は、表４からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加に相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表４に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２１０】
[0192]一つの態様において、被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。“危険性がある”被験者に関する方法は、先
に記載され、そしてこれに関連する方法は、本明細書中で意図されている。
【０２１１】
Ｂ．男性の集団
[0193]本発明は、更に前記被験者中の、表８又は１９からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者における肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、表８又は１９からの前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の指標間を弁別することを援助する。一つの態様において、男性の被験者は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌を有すると診断される。例えば、この診断は、男性の被験者の生理学的試料中の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度によって決定することができ、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌の指標である。
【０２１２】
[0194]本発明は、更に（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表８からの少なくとも一つのバイオマーカー、表６からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表７からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者の肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、（ｉ）前記表６、表７、及び表８のそれぞれからの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではなく、（ｉｉ）前記表６及び表７からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、それぞれ反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の肺疾患の指標であり；そして（ｉｉｉ）前記表８からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の指標間を弁別することを援助する。好ましくは、この方法は、それぞれの表からの、他の表のいずれにも存在しない少なくとも一つのマーカーを含む。
【０２１３】
[0195]本発明は、更に（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表１９からの少なくとも一つのバイオマーカー、表１８からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表１７からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる男性の被験者の肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、（ｉ）前記表１７、表１８、及び表１９のそれぞれからの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではなく、（ｉｉ）前記表１７及び表１８からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、それぞれ反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の肺疾患の指標であり；そして（ｉｉｉ）前記表１９からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の指標間を弁別することを援助する。好ましくは、この方法は、それぞれの表からの、他の表のいずれにも存在しない少なくとも一つのマーカーを含む。
【０２１４】
[0196]好ましい態様において、この方法は、表８からの複数のバイオマーカーの、そして好ましくは、更に表６からの複数のバイオマーカー、及び表７からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、男性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表６、表７、及び表８に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２１５】
[0197]好ましい態様において、この方法は、表１９からの複数のバイオマーカー、そして好ましくは、更に表１７からの複数のバイオマーカー、及び表１８からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、男性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増
加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１７、表１８、及び表１９に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２１６】
[0198]一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患に対する危険性がある。もう一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０２１７】
[0199]本発明は、更に（ａ）非小細胞肺癌又は反応性気道疾患に対する危険性がある男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の表８又は表１９からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を発症する危険性があるか、又はそれに罹った男性の被験者の可能性を区別することを援助する診断法を提供し、ここにおいて、前記表８又は１９からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の危険性がある可能性を区別することを援助する。
【０２１８】
[0200]好ましい態様において、この方法は、表８からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、男性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表８又は表１９に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２１９】
[0201]一つの態様において、男性の被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。“危険性がある”被験者に関する方法は、先に記載され、そしてこれに関連する方法は、本明細書中で意図されている。
【０２２０】
Ｂ．女性の集団
[0202]本発明は、更に前記被験者中の、表１２又は２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者における肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、表１２又は２３からの前記の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の指標間を弁別することを援助する。一つの態様において、女性の被験者は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌を有すると診断される。例えば、この診断は、女性の被験者の生理学的試料中の少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度によって決定することができ、ここで、少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、反応性気道疾患及び／又は非小細胞肺癌の指標である。
【０２２１】
[0203]本発明は、更に（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表１２からの少なくとも一つのバイオマーカー、表１０からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表１１からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者の肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、（ｉ）前記表１０、表１１、及び表１２のそれぞれからの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではなく、（ｉｉ）前記表１０及び表１１からの少なくとも一つのバイオマー
カーの発現の程度は、それぞれ反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の肺疾患の指標であり；そして（ｉｉｉ）前記表１２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の指標間を弁別することを援助する。好ましくは、この方法は、それぞれの表からの、他の表のいずれにも存在しない少なくとも一つのマーカーを含む。
【０２２２】
[0204]本発明は、更に（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表２３からの少なくとも一つのバイオマーカー、表２１からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表２２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる女性の被験者の肺疾患を診断する方法を提供し、ここにおいて、（ｉ）前記表２１、表２２、及び表２３のそれぞれからの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではなく、（ｉｉ）前記表２１及び表２２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、それぞれ反応性気道疾患及び非小細胞肺癌の肺疾患の指標であり；そして（ｉｉｉ）前記表２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、非小細胞肺癌及び反応性気道疾患の指標間を弁別することを援助する。好ましくは、この方法は、それぞれの表からの、他の表のいずれにも存在しない少なくとも一つのマーカーを含む。
【０２２３】
[0205]好ましい態様において、この方法は、表１２からの複数のバイオマーカーの、そして好ましくは、更に表１０からの複数のバイオマーカー、及び表１１からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、女性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１０、表１１、及び表１２に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２２４】
[0206]好ましい態様において、この方法は、表２３からの複数のバイオマーカー、そして好ましくは、更に表２１からの複数のバイオマーカー、及び表２２からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、男性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表２１、表２２、及び表２３に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２２５】
[0207]一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患に対する危険性がある。もう一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌及び／又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。
【０２２６】
[0208]本発明は、更に（ａ）非小細胞肺癌又は反応性気道疾患に対する危険性がある女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の表１２又は表２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を発症する危険性があるか、又はそれに罹った女性の被験者の可能性を区別することを援助する診断法を提供し、ここにおいて、前記表１２又は２３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記被験者が非小細胞肺癌又は反応性
気道疾患の危険性がある可能性を区別することを援助する。
【０２２７】
[0209]好ましい態様において、この方法は、表１２又は２３からの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。もう一つの好ましい態様において、発現のパターンは、女性の被験者が非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を有する可能性の増加と相関する。発現のパターンは、パターン認識のための当技術において既知のいずれもの技術によって特徴づけすることができる。複数のバイオマーカーは、表１２又は表２３に関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２２８】
[0210]一つの態様において、女性の被験者は、非小細胞肺癌又は反応性気道疾患の一つ又はそれより多い症状を示す個体から選択される。“危険性がある”被験者に関する方法は、先に記載され、そしてこれに関連する方法は、本明細書中で意図されている。
【０２２９】
[0211]例えば異なった疾病状態又は異なった集団間を弁別する目的のために、一つより多い表から選択されるバイオマーカーを使用する本明細書中のいずれもの方法において、個体からのバイオマーカーに対する結果の分析は、同時に又は連続して行うことができる。
【０２３０】
治療をモニターする方法
[0212]本発明は、以下に記載されるように各種の集団中の個体の治療をモニターする方法に関する。一般的に、これらの方法は、特定のバイオマーカーの発現の程度を決定することに依存する。
【０２３１】
Ａ．一般的集団
[0213]本発明は、更に（ａ）第１に、被験者から得た試料中の表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの前記被験者中の発現の程度を決定し；（ｂ）前記第１の発現の程度とは異なった時間において被験者から得た第２の試料を使用して、前記表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの第２の前記被験者中の発現の程度を決定し；そして（ｄ）前記第１の発現の程度及び前記第２の発現の程度を比較することを含んでなる被験者をモニターする方法を提供する。典型的には、被験者は、第１及び第２の試料を得る時間の間に治療的介入を経験した。第１及び第２の決定間の発現のパターンの変化の検出は、治療的介入の効果を反映すると考えることができる。この態様は、更に特定の治療的介入に反応するその発現の程度の変化を示す特定のバイオマーカーを識別するために有用である。
【０２３２】
[0214]好ましい態様において、この方法は、表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表１Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２３３】
[0215]先に記載した態様は、表１Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、又は表４のバイオマーカーで、いずれもの記載された態様における表１Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２３４】
Ｂ．男性の集団
[0216]本発明は、更に（ａ）第１に、男性の被験者から得た試料中の表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの前記男性の被験者中の発現の程度を決定し；（ｂ）前記第１の発現の程度とは異なった時間において男性の被験者から得た第２の試料を使用して、前記表１Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの第２の前記男性の被験者中の発現の程度を決定し；そして（ｄ）前記第１の発現の程度及び前記第２の発現の程度を比較することを含んでなる男性の被験者をモニターする方法を提供する。典型的には、男性の被験者は、第１及び第２の試料を得る時間の間に治療的介入を経験した。第１及び第２の決定間の発現のパターンの変化の検出は、治療的介入の効果を反映すると考えることができる。この態様は、更に特定の治療的介入に反応するその発現の程度の変化を示す特定のバイオマーカーを識別するために有用である。
【０２３５】
[0217]好ましい態様において、この方法は、表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表５Ａ又は１６Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２３６】
[0218]先に記載した態様は、表５Ａ又は１６Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表５Ｂ、表５Ｃ、表６、表７、表８、表１６Ｂ、表１６Ｃ、表１７、表１８、又は表１９のバイオマーカーで、いずれもの記載された態様における表５Ａ又は１６Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２３７】
Ｃ．女性の集団
[0219]本発明は、更に（ａ）第１に、女性の被験者から得た試料中の表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの前記女性の被験者中の発現の程度を決定し；（ｂ）前記第１の発現の程度とは異なった時間において女性の被験者から得た第２の試料を使用して、前記表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの第２の前記女性の被験者中の発現の程度を決定し；そして（ｄ）前記第１の発現の程度及び前記第２の発現の程度を比較することを含んでなる女性の被験者をモニターする方法を提供する。典型的には、女性の被験者は、第１及び第２の試料を得る時間の間に治療的介入を経験した。第１及び第２の決定間の発現のパターンの変化の検出は、治療的介入の効果を反映すると考えることができる。この態様は、更に特定の治療的介入に反応するその発現の程度の変化を示す特定のバイオマーカーを識別するために有用である。
【０２３８】
[0220]好ましい態様において、この方法は、表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表９Ａ又は２０Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２３９】
[0221]先に記載した態様は、表９Ａ又は２０Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表９Ｂ、表９Ｃ、表１０、表１１、表１２、表２０Ｂ、表２０Ｃ、表２１、表２２、又は表２３のバイオマーカーが、いずれもの記載された態様において表９Ａ又は２０Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２４０】
治療的介入に対する被験者の反応を予測する方法
[0222]本発明は、以下に記載されるように各種の集団中の治療的介入に対する被験者の反応を予測する方法に関する。一般的に、これらの方法は、特定のバイオマーカーの発現
の程度を決定することに依存する。
【０２４１】
Ａ．一般的方法
[0223]本発明は、更に（ａ）被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記被験者中の、表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる治療的介入に対する被験者の反応を予測するための方法を提供し、ここにおいて、前記表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記治療的介入に対する被験者の反応を予測することを援助する。この態様において使用するための好ましいバイオマーカーは、被験者の集団をモニターすることによる対象の治療的介入に対して反応性であることを示すバイオマーカーである。この態様は、更に治療に対して反応性である可能性のある患者の選択のために使用することもできる。
【０２４２】
[0224]好ましい態様において、この方法は、表１Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表１Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２４３】
[0225]先に記載した態様は、表１Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、又は表４のバイオマーカーが、いずれもの記載された態様における表１Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２４４】
Ｂ．男性の集団
[0226]本発明は、更に（ａ）男性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記男性の被験者中の、表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる治療的介入に対する男性の被験者の反応を予測するための方法を提供し、ここにおいて、前記表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記治療的介入に対する男性の被験者の反応を予測することを援助する。この態様において使用するための好ましいバイオマーカーは、男性の被験者の集団をモニターすることによる対象の治療的介入に対して反応性であることを示すバイオマーカーである。この態様は、更に治療に対して反応性である可能性のある男性の患者の選択のために使用することもできる。
【０２４５】
[0227]好ましい態様において、この方法は、表５Ａ又は１６Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表５Ａ又は１６Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２４６】
[0228]先に記載した態様は、表５Ａ又は１６Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表５Ｂ、表５Ｃ、表６、表７、表８、表１６Ｂ、表１６Ｃ、表１７、表１８、又は表１９のバイオマーカーで、いずれもの記載された態様における表５Ａ又は１６Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２４７】
Ｃ．女性の集団
[0229]本発明は、更に（ａ）女性の被験者の生理学的試料を得て；そして（ｂ）前記女性の被験者中の、表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる治療的介入に対する女性の被験者の反応を予測するための方
法を提供し、ここにおいて、前記表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度は、前記治療的介入に対する女性の被験者の反応を予測することを援助する。この態様において使用するための好ましいバイオマーカーは、女性の被験者の集団をモニターすることによる対象の治療的介入に対して反応性であることを示すバイオマーカーである。この態様は、更に治療に対して反応性である可能性のある女性の患者の選択のために使用することもできる。
【０２４８】
[0230]好ましい態様において、この方法は、表９Ａ又は２０Ａからの複数のバイオマーカーの発現の程度を決定することを含んでなる。複数のバイオマーカーは、表９Ａ又は２０Ａに関して先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを含んでなることができる。実際に、これらの特定の方法で決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２４９】
[0231]先に記載した態様は、表９Ａ又は２０Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表９Ｂ、表９Ｃ、表１０、表１１、表１２、表２０Ｂ、表２０Ｃ、表２１、表２２、又は表２３のバイオマーカーで、いずれもの記載された態様における表９Ａ又は２０Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２５０】
キットを設計する方法
Ａ．一般的集団
[0232]本発明は、更に（ａ）表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５１】
[0233]本発明は、更に（ａ）表１Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５２】
[0234]本発明は、更に（ａ）表１Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５３】
[0235]本発明は、更に（ａ）表２からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５４】
[0236]本発明は、更に（ａ）表３からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の非小細胞肺癌を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５５】
[0237]本発明は、更に（ａ）表４からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２５６】
[0238]上記の方法において、別の方法として工程（ｂ）及び（ｃ）は、（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を選択し、そして（ｃ）少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための前記検出剤を含んでなるキットを設計することによって行うことができる。
【０２５７】
[0239]本発明は、更に一つより多い表からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。例えば、本発明は、表２からの少なくとも一つのバイオマーカー及び表３からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表２からの少なくとも一つのバイオマーカー、表３からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表４からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。これらの方法が、更に先に記載したように工程（ｂ）及び（ｃ）を含んでなることは理解されるものである。
【０２５８】
[0240]これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２５９】
Ｂ．男性の集団
[0241]本発明は、更に（ａ）表５Ａ又は１６Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６０】
[0242]本発明は、更に（ａ）表５Ｂ又は１６Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６１】
[0243]本発明は、更に（ａ）表５Ｃ又は１６Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６２】
[0244]本発明は、更に（ａ）表６又は１７からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６３】
[0245]本発明は、更に（ａ）表７又は１８からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の非小細胞肺癌を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６４】
[0246]本発明は、更に（ａ）表８又は１９からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、男性の被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６５】
[0247]上記の方法において、別の方法として工程（ｂ）及び（ｃ）は、（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を選択し、そして（ｃ）少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための前記検出剤を含んでなるキットを設計することによって行うことができる。
【０２６６】
[0248]本発明は、更に一つより多い表からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。例えば、本発明は、表６からの少なくとも一つのバイオマーカー及び表７からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表６からの少なくとも一つのバイオマーカー、表７からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表８からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表１７からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表１８からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表１７からの少なくとも一つのバイオマーカー、表１８からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表１９からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。これらの方法が、更に先に記載したように、工程（ｂ）及び（ｃ）を含んでなることは理解されるものである。
【０２６７】
[0249]これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２６８】
Ｃ．女性の集団
[0250]本発明は、更に（ａ）表９Ａ又は２０Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２６９】
[0251]本発明は、更に（ａ）表９Ｂ又は２０Ｂからの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２７０】
[0252]本発明は、更に（ａ）表９Ｃ又は２０Ｃからの少なくとも一つのバイオマーカー
を選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の非小細胞肺癌又は反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２７１】
[0253]本発明は、更に（ａ）表１０又は２１からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の反応性気道疾患を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２７２】
[0254]本発明は、更に（ａ）表１１又は２２からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の非小細胞肺癌を診断するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２７３】
[0255]本発明は、更に（ａ）表１２又は２３からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択し；（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を選択し；そして（ｃ）前記発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを設計することを含んでなる、女性の被験者の肺疾患を診断することを援助するためのキットを設計するための方法を提供する。
【０２７４】
[0256]上記の方法において、別の方法として工程（ｂ）及び（ｃ）は、（ｂ）前記少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を選択し、そして（ｃ）少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための前記検出剤を含んでなるキットを設計することによって行うことができる。
【０２７５】
[0257]本発明は、更に一つより多い表からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。例えば、本発明は、表１０からの少なくとも一つのバイオマーカー及び表１１からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表１０からの少なくとも一つのバイオマーカー、表１１からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表１２からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表２１からの少なくとも一つのバイオマーカー及び表２２からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。もう一つの例において、本発明は、表２１からの少なくとも一つのバイオマーカー、表２２からの少なくとも一つのバイオマーカー、及び表２３からの少なくとも一つのバイオマーカーを選択することを含んでなるキットを設計するための方法を提供する。これらの方法が、更に先に記載したように工程（ｂ）及び（ｃ）を含んでなることは理解されるものである。
【０２７６】
[0258]これらの特定の方法において決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることは認識されるものである。
【０２７７】
キット
[0259]本発明は、本明細書中に記載される少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。本発明は、更に本明細書中に記
載される少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供する。
【０２７８】
[0260]本発明は、表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。本発明は、表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供する。
【０２７９】
[0261]本発明は、更に配列番号１２の発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。一つの態様において、キットは、配列番号１２並びに配列番号１−１１及び１３−１７のいずれもの組合せの発現の程度を決定するための手段を含んでなる。
【０２８０】
[0262]本発明は、更に配列番号１２を検出するための検出剤を含んでなるキットを提供する。一つの態様において、キットは、配列番号１２並びに配列番号１−１１及び１３−１７のいずれもの組合せを検出するための検出剤を含んでなる。
【０２８１】
[0263]本発明は、更に配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一つのポリペプチドの発現の程度を決定するための手段、及び表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための手段を含んでなるキットを提供する。
【０２８２】
[0264]本発明は、更に配列番号１−１７からなる群から選択される少なくとも一つのポリペプチドを検出するための検出剤、及び表１Ａからの少なくとも一つのバイオマーカーを検出する検出剤を含んでなるキットを提供する。
【０２８３】
[0265]先に記載した態様は、表１Ａのバイオマーカーを参照している。然しながら、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５Ａ、表５Ｂ、表５Ｃ、表６、表７、表８、表９Ａ、表９Ｂ、表９Ｃ、表１０、表１１、表１２、表１６Ａ、表１６Ｂ、表１６Ｃ、表１７、表１８、表１９、表２０Ａ、表２０Ｂ、表２０Ｃ、表２１、表２２、又は表２３のバイオマーカーで、いずれもの記載されたキット中の表１Ａのバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。
【０２８４】
[0266]本発明は、更に（ａ）表２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための第１の手段；及び（ｂ）表３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための第２の手段を含んでなるキットを提供し、ここにおいて、前記表２及び表３からの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではない。
【０２８５】
[0267]本発明は、更に（ａ）表２からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤；及び（ｂ）表３からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供し、ここにおいて、前記表２及び表３からの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではない。
【０２８６】
[0268]本発明は、更に（ａ）表２からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための第１の手段；（ｂ）表３からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための第２の手段；及び（ｃ）表４からの少なくとも一つのバイオマーカーの発現の程度を決定するための第３の手段を含んでなるキットを提供し、ここにおいて、前記表２、表３及び表４からの少なくとも一つのバイオマーカーは、同一ではない。
【０２８７】
[0269]本発明は、更に（ａ）表２からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤；（ｂ）表３からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤；及び（ｃ）表４からの少なくとも一つのバイオマーカーを検出するための検出剤を含んでなるキットを提供し、ここにおいて、前記表２、表３及び表４からの少なくとも一つの
バイオマーカーは、同一ではない。
【０２８８】
[0270]先に記載した態様は、表２、表３、及び表４のバイオマーカーを参照している。然しながら、表６、表７、表８、表１７、表１８、又は表１９のバイオマーカーで、それぞれいずれもの記載されたキット中の、表２、表３、及び表４のバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。更に、表１０、表１１、表１２、表２１、表２２、又は表２３のバイオマーカーで、それぞれ記載されたキット中の、表２、表３、及び表４のバイオマーカーを置換えることができることは認識されるものである。なお更に、本発明が特定の複数のバイオマーカーの検出を必要とするいずれもの方法のために、先に記載したバイオマーカーのいずれもの組合せを検出するための手段を含んでなるキットを意図することを当業者は理解するものである。これらの特定のキットにおいて決定される複数のバイオマーカーを、“決定のためのバイオマーカーの選択”と題する項で先に考察した基準を使用して規定された表から選択することができることも更に認識されるものである。
【実施例】
【０２８９】
[0271]以下の実施例は、本明細書中に開示される本発明の各種のモードを例示するために提供されるが、しかしこれらは、本発明をいかなる方法ででも制約することを意図するものではない。
【０２９０】
実施例１
[0272]ヒトの血液試料を、志願者から収集した。３０種の試料を、非小細胞肺癌又は喘息のいずれかを有することが知られていない個体から収集した。これらの３０種の試料は、本明細書中で“正常な集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。２８種の血液試料を、喘息を有し、そして医師によってそのように診断された個体から収集した。これらの２８種の試料は、本明細書中で“喘息の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。３０種の血液試料を、非小細胞肺癌を有することが知られ、そしてそのように医師によって診断された個体から収集した。これらの３０種の試料は、“肺癌の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。
【０２９１】
[0273]変化した発現レベルが肺癌又は喘息に伴われるものであると信じられるバイオマーカーを選択する研究を行った。本明細書中で使用される場合、“肺癌”は、非小細胞肺癌であることが知られる肺癌を包含することを意味する。試験するために、以下の５９種のバイオマーカー：ＣＤ４０、肝細胞増殖因子（“ＨＧＦ”）、Ｉ−ＴＡＣ（“ＣＸＣＬ１１”；“ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１”、“インターフェロン誘導性Ｔ細胞アルファ化学誘引物質”）、レプチン（“ＬＥＰ”）、マトリックスメタルプロテイナーゼ（“ＭＭＰ”）１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＣＤ４０可溶性リガンド（“ＣＤ４０リガンド”）、上皮細胞増殖因子（“ＥＦＧ”）、エオタキシン（“ＣＣＬ１１”）、フラクタルカイン、顆粒球コロニー刺激因子（“Ｇ−ＣＳＦ”）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（“ＧＭ−ＣＳＦ”）、インターフェロンγ（“ＩＦＮγ”）、インターロイキン（“ＩＬ”）１α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１ｒａ、ＬＩ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２（ｐ４０）、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＰ−１０、単球走化性タンパク質１（“ＭＣＰ−１”）、マクロファージ炎症性タンパク質（“ＭＩＰ”）１α、ＭＩＰ−１β、トランスフォーミング増殖因子α（“ＴＧＦα”）、腫瘍壊死因子α（“ＴＮＦα”）、血管内皮増殖因子（“ＶＥＧＦ”）、インスリン（“Ｉｎｓ”）、Ｃ−ペプチド、グルカゴン様タンパク質−１／アミリン（“ＧＬＰ−１／アミリン”）、アミリン（全体）、グルカゴン、アジポネクチン、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１（“ＰＡＩ−１”；“セルピン”）（活性／全体）、レジスチン（“ＲＥＴＮ”；“ｘｃｐ１”）、ｓＦａｓ、可溶性Ｆａｓリガンド（
“ｓＦａｓＬ”）、マクロファージ遊走阻止因子（“ＭＩＦ”）、ｓＥ−セレクチン、可溶性血管細胞接着分子（“ｓＶＣＡＭ”）、可溶性細胞間接着分子（“ｓＩＣＡＭ”）、ミエロペルオキシダーゼ（“ＭＰＯ”）、Ｃ反応性タンパク質（“ＣＲＰ”）、血清アミロイドＡ（“ＳＡＡ”；“ＳＡＡ１”）、及び血清アミロイドＰ（“ＳＡＰ”）を選択した。
【０２９２】
[0274]正常、喘息及び肺癌の集団のそれぞれの血漿検体を、血漿検体を、自動化ビーズ基剤技術を使用する定量的多重免疫アッセイであるＬｕｍｉｎｅｘのｘＭＡＰ技術を使用する分析にかけることによってそれぞれの５９種のバイオマーカーに対してスクリーニングした。
【０２９３】
[0275]幾つかの異なったアッセイのキット、即ち、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅのヒトサイトカイン／ケモカイン（カタログ番号ＭＰＸＨＣＹＴＯ−６０Ｋ、ヒト内分泌（カタログ番号ＨＥＮＤＯ−６５Ｋ）、ヒト血清アジポカイン（カタログ番号ＨＡＤＫＩ−６１Ｋ）、ヒト敗血症／アポトーシス（カタログ番号ＨＳＥＰ−６３Ｋ）、ヒト心血管パネル１（カタログ番号ＨＣＶＤ１−６７ＡＫ）及びヒト心血管パネル２（ＨＣＶＤ２−６７ＢＫ）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．のヒトフルオロカインＭＡＰ鑑定ベースキットＢ（カタログ番号ＬＵＢ００）及びヒトフルオロカインＭＡＰ  ＭＭＰ鑑定ベースキット（カタログ番号ＬＭＰ０００）を、バイオマーカー男性クリーニングするためにＬｕｍｉｎｅｘのｘＭＡＰ技術と共に使用した。多重免疫アッセイから得られた蛍光強度レベルを、それぞれの集団のそれぞれの血漿検体に対するそれぞれの５９種のバイオマーカーに対して記録した。記録された蛍光強度は、試料中の対応するバイオマーカーの濃度に、そして個体中のその発現の程度に比例する。それぞれの集団に対するそれぞれのバイオマーカーに伴う蛍光強度のレベルに対する平均、標準偏差、及び相対的標準偏差を計算した。図１Ａないし１Ｃは、正常な（ＮＯ）、非小細胞肺癌の（ＬＣ）、及び喘息の（ＡＳＴ）集団中のそれぞれのバイオマーカーに対する平均の平均、標準偏差及び相対的標準偏差を示す。
【０２９４】
[0276]次いでスチューデントｔ検定を、それぞれの集団間のそれぞれの特定のバイオマーカーに対する病態間の差を特徴づけるために使用した。正常な患者からの試料に対するそれぞれのバイオマーカーの平均の蛍光強度の測定値を、肺癌に罹った患者からの試料のもの及び更に喘息に罹った患者由来の試料のものと比較した。図１Ｄは、それぞれのマーカーに対する各種の集団の平均間の差を示す。更に、肺癌の患者に対する平均の蛍光強度の測定値を、喘息の患者に対する平均の蛍光強度の測定値と比較し、そして有意性男性チューデントｔ統計を使用して評価した。
【０２９５】
[0277]正常、喘息及び肺癌の集団間のそれぞれのバイオマーカーに対する統計的差の更なる解析を行った。集団間のそれぞれのバイオマーカーに対する平均発現レベルの差を特徴づけるために、スチューデントｔ値を、マイクロソフトのＥＸＣＥＬのソフトウェアパッケージ中で使用可能なｔ検定機能を使用して計算した。ＥＸＣＥＬのｔ検定機能男性チューデントｔ値に伴う確率を計算するために、両側検定分布を使用する等分散の仮定下で使用した。
【０２９６】
[0278]集団間の発現レベルの差の有意性は、０．０５より小さい関連する確率を伴ういずれものスチューデントｔ値を、喘息又は肺癌に関わらず所定の病態の存在を示すために有意であると考える基準により決定した。０．０５又はそれより小さい基準を使用することは、一般的に科学の分野において受容される。０．１より大きい関連する確率を伴ういずれものスチューデントｔ値は、所定の病態の存在を示すために有意ではないと考えられる。更に、０．０５１及び０．１間の関連する確率を伴ういずれものスチューデントｔ値は、限界的であると決定される。
【０２９７】
[0279]ここで図１Ｅを参照して、それぞれの集団に対するそれぞれのバイオマーカーを比較して計算された関連する確率に伴うスチューデントｔ値を示す。図１Ｅに示した確率を伴うスチューデントｔ値は、それぞれの喘息、正常、及び肺癌の集団が、単一の平均及び正規分布を有することに基づいて計算されていることは注意されるべきである。
【０２９８】
[0280]バイオマーカーの発現レベルにおける差の有意性は、バイオマーカーの相対的重要性を順位付けするために使用される。病態間で最も有意に異なることが見いだされたバイオマーカーは、相対的により重要として分類される。平均蛍光強度の測定値は、試験され、そして他の集団中の検体の平均強度と有意に異ならない強度を有する全てのバイオマーカーに対するデータは、更なる分析から排除された。相対的に低い相対的標準偏差を有するバイオマーカーは、相対的に高い標準偏差を有するものより更に有意であると分類された。
【０２９９】
[0281]逸脱の方向、即ち、特定のマーカーの平均的レベルが、いずれもの他の病態に対するいずれもの病態中で増加するか又は減少するか否かは、特定のマーカーの相対的有意性を判断するために使用しなかった。このような方法で、バイオマーカーのグループは構築され、これは、病態間の高い変動性、相対的に低い相対的標準偏差及び良好な計器の検出性（ゼロではない未補正平均蛍光強度として定義）を示した。これらの計算を、免疫アッセイの効率を試験するために使用し、そして正常な集団の発現レベル間の発現レベルの有意な差を示すバイオマーカーを決定するために、並びに肺癌及び／又は喘息の病態の特徴であり、そしてそれに伴う参照範囲を決定するために分析した。
【０３００】
[0282]なお図１Ｅを参照して、スチューデントｔ値に伴う確率を計算して、喘息の集団を正常な集団と比較した。喘息の集団及び正常な集団間の有意な差を、バイオマーカーｓＥ−セレクチン、ＥＧＦ、レプチン、ＩＬ−５、ＰＡＩ−１、レジスチン、ＭＭＰ−１３、ＣＤ４０リガンド  ｓＶＣＡＭ−１、ＨＧＦ、Ｃペプチド、ｓＩＣＡＭ−１、ＭＭＰ−７、アジポネクチン、ＧＭ−ＣＳＦ及びＭＩＦに対するスチューデントｔの確率から決定された。この決定は、本明細書中に記載されたスチューデントｔ機能を使用して、喘息の集団からの２８種の検体を、正常な集団からの３０種の検体と比較した場合、それぞれのこれらのバイオマーカーに対するスチューデントｔ値に伴う確率が０．０５より小さかったことに基づいて行った。バイオマーカーＣＲＰ、ＭＭＰ−９、ＩＬ−４、ＩＬ−１α、ＳＡＡ、ＩＬ−７及びＩＬ−６に対する喘息の集団及び正常な集団間の差は、これらのバイオマーカーのそれぞれに対するスチューデントｔ確率が０．０５より有意に大きいために有意ではないと決定された。
【０３０１】
[0283]更に図１Ｅに示すように、スチューデントｔ値に伴う確率を計算して、肺癌の集団と正常な集団を比較した。肺癌の集団及び正常な集団間の有意な差は、バイオマーカーｓＥ−セレクチン、ＥＧＦ、レプチン、ＩＬ−５、ＰＡＩ−１、レジスチン、ＣＲＰ、ＭＭＰ−９、ＩＬ−４、ＩＬ−１α、ＳＡＡ、ＩＬ−７、ＣＤ４０リガンド、ＭＭＰ−７及びＭＭＰ−１２に対するスチューデントｔ確率から決定した。再び、この決定は、本明細書中に記載されたスチューデントｔ機能を使用して、肺癌の集団からの３０種の検体を、正常な集団からの３０種の検体と比較した場合、それぞれのこれらのバイオマーカーに対するスチューデントｔ確率が０．０５より小さかったことに基づいて行った。バイオマーカーＭＭＰ−１３、ＨＧＦ、Ｃペプチド、ｓＩＣＡＭ、アジポネクチン、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１７、ＴＮＦα、ＩＴＡＣ及びＭＩＦに対する肺癌の集団及び正常な集団間の差は、これらのそれぞれに対するスチューデントｔ確率が０．０５より有意に大きいために有意ではないと決定された。
【０３０２】
[0284]三つのバイオマーカーは、肺癌の集団及び正常な集団間で０．０５より僅かに大きいのみのスチューデントｔ値に伴う確率を有していた。具体的には、肺癌の集団を正常
な集団と比較した場合、ＩＬ−６は、０．０７６１９５５２８のスチューデントｔ確率を有し、ｓＶＣＡＭ−１は、０．０８８６９９４９のスチューデントｔ確率を有し、そしてＩＬ−１５は、０．０８６３２４３７２のスチューデントＴ確率を有していた。これらのバイオマーカーは、肺癌の集団及び正常な集団間で有意ではない差を有すると見做される。然しながら、これらの三つのバイオマーカーに対するスチューデントｔ確率が、０．０５に近いという事実のために、それぞれの集団が、正常及び肺癌の集団間で有意に変化することができることが可能である。
【０３０３】
[0285]最後に、図１Ｅに示すように、更なる分析を、肺癌の集団と喘息の集団を比較するために、スチューデントｔ値に伴う確率を計算することによって行った。肺癌の集団及び喘息の集団間の有意な差を、バイオマーカーｓＥ−セレクチン、ＥＧＦ、レプチン、ＩＬ−５、ＰＡＩ−１、レジスチン、ＣＲＰ、ＭＭＰ−９、ＩＬ−４、ＩＬ−１α、ＳＡＡ、ＩＬ−７．ＩＬ−６、ＭＭＰ−１３、ｓＶＣＡＭ、ＨＧＦ、Ｃペプチド、ｓＩＣＡＭ、アジポネクチン、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１５、ＴＮＦα及びＩ−ＴＡＣに対するスチューデントｔ確率から決定した。この決定は、本明細書中に記載されたスチューデントｔ機能を使用して、肺癌の集団からの３０検体を、喘息の集団からの２８種の検体と比較した場合、それぞれのこれらのバイオマーカーに対するスチューデントｔ確率が０．０５より小さかったことに基づいて行った。バイオマーカーＣＤ４０リガンド、ＭＭＰ−７、ＭＭＰ−１２及びＭＩＦに対する肺癌の集団及び喘息の集団間の差は、これらのバイオマーカーのそれぞれに対するスチューデントｔ確率が、０．０５より有意に大きいために有意ではないと決定された。
【０３０４】
実施例２
[0286]ヒトの血液試料を志願者から収集した。１４２種の試料を、非小細胞肺癌又は喘息のいずれかを有することが知られていない個体から収集した。これらの試料は、“正常な集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。１０８種の血液試料を、喘息を有し、そして医師によってそのように診断された個体から収集した。これらの試料は、本明細書中で“喘息の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。１４６種の血液試料を、非小細胞肺癌を有することが知られ、そしてそのように医師によって診断された個体から収集した。これらは、“肺癌の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。
【０３０５】
[0287]実施例１に記載したものと同じ方法を行った。図２Ａ−２Ｅは、得られた結果を示す。これらの結果は、本発明の方法のために適したバイオマーカーを選択するための指針を提供する。特に、特定のマーカーに対する確率は、これに関して有用である。
【０３０６】
[0288]図２Ｅは、異なった集団の生理学的状態間を弁別するための各種のバイオマーカーの有効性に伴う確率を示す。０．１又はそれより小さい確率値は、対象のバイオマーカーを識別するためにこの表で強調されている。本発明の好ましい方法において使用されるバイオマーカーは、０．０５又はそれより小さい、更に好ましくは０．０１、そしてなお更に好ましくは０．００１又はそれより小さい確率値を有するものである。
【０３０７】
実施例３
[0289]ヒトの血液試料を、志願者から収集した。２８８種の試料を、非小細胞肺癌又は喘息のいずれかを有することが知られていない個体から収集した。これらの試料は、“正常な集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。１８０種の血液試料を、喘息を有することが知られ、そして医師によってそのように診断された個体から収集した。これらの試料は、本明細書中で“喘息の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。３６０種の血液試料を、非小細胞肺癌を有することが知られ、そしてそのように医師によって診断された個体から収集した。これらは、“肺癌の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。
【０３０８】
[0290]実施例１に記載したものと同じ方法を行った。更にＰａｎｏｍｉｃｓのＰｒｏｃａｒｔａサイトカインキット（カタログ番号ＰＣ１０１７）を使用した。ＰＡＩ−１及びレプチンに対する抗体を、二つの別のキットから使用した。ＰＡＩ−１Ａ及びレプチン１に対する抗体を、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅによって産生した。ＰＡＩ−１Ｂに対する抗体を、Ｐａｎｏｍｉｃｓによって産生した。図３Ａ−３Ｅは、得られた結果を示す。これらの結果は、本発明の方法のために適したバイオマーカーを選択するための指針を提供する。特に、特定のマーカーに対する確率値は、これに関して有用である。
【０３０９】
[0291]図３Ｅは、異なった集団の生理学的状態間を弁別するための各種のバイオマーカーの有効性に伴う確率を示す。０．１又はそれより小さい確率値は、対象のバイオマーカーを識別するためにこの表で強調されている。本発明の好ましい方法において使用されるバイオマーカーは、０．０５又はそれより小さい、更に好ましくは０．０１、そしてなお更に好ましくは０．００１又はそれより小さい確率値を有するものである。
【０３１０】
[0292]次いで得られたデータを分離し、そして性別によって分析した。
[0293]図４Ａ−４Ｃは、正常（ＮＯ）、非小細胞肺癌（ＬＣ）、及び喘息（ＡＳＴ）の女性の集団におけるバイオマーカーの平均の蛍光強度レベルを示す。図４Ｄは、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団における、それぞれのバイオマーカーの平均における変化のパーセントを示す。図４Ｅは、それぞれのバイオマーカーに対して測定された平均の蛍光強度を比較することによって計算されたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された平均は、それぞれ、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団である。
【０３１１】
[0294]男性の集団に関する同じ情報を、図５Ａ−５Ｅに示す。
[0295]次に、女性及び男性の集団のデータを比較した。図６Ａは、ＡＳＴの女性の集団と比較したＡＳＴの男性の集団、ＬＣの女性の集団と比較したＬＣの男性の集団、及びＮＯの女性の集団と比較したＮＯの男性の集団における、それぞれのバイオマーカーの平均における変化のパーセントを示す。図６Ｂは、実施例３からの男性及び女性の集団における、それぞれのバイオマーカーに対して測定された平均の蛍光強度を比較することによって計算されたスチューデントｔ値に伴う確率を示し、ここで、比較された平均は、それぞれ、ＡＳＴの男性及び女性の集団、ＬＣの男性及び女性の集団、及びＮＯの男性及び女性の集団である。
【０３１２】
実施例４
[0296]クラスカル−ウォリス検定は、公知のノンパラメトリック統計法である。実施例３から得られたデータを、性別によって分離し、そしてクラスカル−ウォリス（Ｕ検定）によって解析した。０．０５又はそれより小さい確率値を持つマーカーを、有意と考えた。僅かに有意な（０．０５１−０．１０間の確率）及び有意ではない（０．１０より大きい確率）を示すマーカーは廃棄した。保持したマーカーに対する結果を、図７−８に示す。
【０３１３】
[0297]図７Ａは、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団におけるそれぞれのバイオマーカーの平均濃度におけるパーセントの変化を示す。スカラー和（即ち、全ての三つの比較に対する変化のパーセントの絶対値の和）が、更に提供され、そしてバイオマーカーを順位付けするために使用された。図７Ｂは、それぞれのバイオマーカーに対して測定された濃度を比較することによって計算されたクラスカル−ウォリス検定に伴う確率を示し、ここで、比較された集団は、それぞれ、ＡＳＴ対ＮＯの女性の集団、ＬＣ対ＮＯの女性の集団、及びＡＳＴ対ＬＣの女性の集団である。
【０３１４】
[0298] 男性の集団に関する同じ情報を、図８Ａ及び８Ｂに示す。
[0299]バイオマーカーは、独特の性別及び疾病特異的パターンを示した。ＬＣの性別に無関係の解析において、少なくとも２５％のカットオフ閾値の絶対的変化を持つ３６種のマーカー及び少なくとも５０％のカットオフを持つ３２種のマーカーが識別された。女性において、少なくとも２５％のカットオフを持つ３２種のマーカー及び少なくとも５０％のカットオフを持つ３０種が見いだされた。男性において、３９種のマーカーが少なくとも２５％のカットオフであり、そして３７種が少なくとも５０％のカットオフであることが見いだされた。四つのマーカー：ＩＬ−８及び血清アミロイドＰ（下方制御）、ケッセイアミロイドＡ及びＣ反応性タンパク質（全て上方制御）の発現が、ＬＣを持つ女性に対して、ＮＯと比較して独特であった。五つのマーカー：インスリン（下方制御）、マトリックスメタルプロテイナーゼ−７及び−８並びに肝細胞増殖因子（全て上方制御）が、ＬＣを持つ男性に対して、ＮＯと比較して独特であった。三つのマーカーが、逆の発現のパターンを示し：（ｉ）ＶＥＧＦは、ＬＣを持つ女性において、ＮＯと比較して下方制御され、そして男性において上方制御され；（ｉｉ）レプチンは、女性において上方制御され、そして男性において下方制御され、そして（ｉｉｉ）ＭＩＰ−１ａは、ＬＣを持つ男性において、ＮＯに対して上方制御され、そして女性において下方制御された。
【０３１５】
[0300]本発明は、疾病状態の性別基準の識別の各種の方法を提供する。例えば、本発明は、インスリンが下方制御され、及び／又はマトリックスメタロプロテイナーゼ−７及び−８、レジスチン並びに肝細胞増殖因子が上方制御されているか否かを決定することを含んでなる男性の被験者における生理学的特徴づけの方法を提供する。このようなパターンは、疾病の指標である。本発明の意図中のアッセイは、男性の被験者中の三つ、四つ、又は五つのこれらのバイオマーカーの異常な上方／下方制御を検出することを含む。
【０３１６】
[0301]もう一つの例において、本発明は、ＩＬ−８及び／又は血清アミロイドＰが下方制御され、及び／又は血清アミロイドＡ及びＣ反応性タンパク質が上方制御されているか否かを決定することを含んでなる、女性の被験体における生理学的特徴づけの方法を提供する。このようなパターンは、疾病の指標である。本発明の意図中のアッセイは、女性の被験者の三つ、四つ、又は五つのこれらのバイオマーカーの異常な上方／下方制御を検出することを含む。
【０３１７】
実施例５
[0302]ヒトの血液試料を、志願者から収集した。３０種の試料を、非小細胞肺癌又は喘息のいずれかを有することが知られていない個体から収集した。非小細胞肺癌又は喘息のいずれかを有さないことが知られてる個体は、“正常な集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。２８種の血液試料を、喘息を有することが知られ、そして医師によってそのように診断された個体から収集した。喘息を有することが知られた個体は、本明細書中で“喘息の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。３０種の血液試料を、非小細胞肺癌を有することが知られ、そしてそのように医師によって診断された個体から収集した。非小細胞肺癌を有することが知られた個体は、本明細書中で“肺癌の集団”を構成し、そしてそのように呼ばれる。一般的に、本明細書中で使用される場合、用語“肺癌”又は“複数の肺癌”は、非小細胞肺癌を指すことを意味する。
【０３１８】
[0303]それぞれの喘息の集団、正常な集団及び肺癌の集団から８ないし１０種の血漿試料を、試験するために無作為に選択した。それぞれの集団からのそれぞれの血漿の検体をプロテアーゼ又は消化剤に晒した。トリプシンをプロテアーゼとして使用し、そしてプロテアーゼとして使用することが、トリプシンが、プロリンがリシン又はアルギニンのいずれかに直接続いて存在する場合を除き、ペプチド鎖をリシン及びアルギニンのカルボキシル側で開裂することが知られている事実により、高度に特異的で、そして高度に予測可能な開裂を起こすその能力のために好ましい。トリプシンが使用されたが、他のプロテアー
ゼ又は消化剤を使用することは可能である。少なくともトリプシンのように特異的に開裂するプロテアーゼ、又はプロテアーゼの混合物を使用することが好ましい。
【０３１９】
[0304]開裂後、トリプシンによって残されたペプチドであるトリプシンペプチドは、次いで、遠心及び産生されたトリプシンペプチドのクロマトグラフ的分割を行うための、Ｅｋｓｉｇｅｎｔ  ２Ｄ毛管ＨＰＬＣの０．３７５×１８０ｍｍのＳｕｐｅｌｃｏｓｉｌ  ＡＢＺ＋カラムを使用する、０．１％のギ酸を伴うアセトニトリル水溶液の勾配による毛管液体クロマトグラフィーに、検体をかけることによって不溶性物質から分離された。このペプチドの分離は、エレクトロスプレーイオン化過程が、これらが、この場合ＨＰＬＣカラムの終点と共通の末端であるエレクトロスプレーのエミッターから同時に溶出される場合、高いプロトン親和性を有する種類のイオンが、低いプロトン親和性を有するイオンのイオン形成を抑制するものである、イオンコサプレッションに晒されるために必要である。
【０３２０】
[0305]この方法は、トリプシン消化中に産生される多くのぺプチドのクロマトグラフ的分離を可能にし、そしてコサプレッションの問題を最小にすることを援助し、これによって擬分子イオンのコサプレッションの形成の機会を最大にし、これによってイオンの試料採取を最大にする。次いでそれぞれの検体のトリプシンペプチドをＬＣ−ＥＳＩＭＳにかけた。ＬＣ−ＭＳＩＭＳは、それぞれの検体中のペプチドを、先に記載したように、水、アセトニトリル及びギ酸からなる溶媒系のカラムを通して通過させることによって、それぞれの検体中のそれぞれのペプチドを時間内に分離した。
【０３２１】
[0306]次いでペプチドをエレクトロスプレーイオン化源でスプレーして、ペプチドをイオン化し、そして先に記載したようにペプチドの擬分子イオンを産生した。ペプチドを、ＬＣ−ＥＳＩＭＳ中の質量分析器を通過させ、ここで、それぞれのペプチドの擬分子イオンの分子質量が測定された。ＬＣ−ＭＳＩＭＳを通過した後、それぞれの試料中に存在するペプチドのために、質量スペクトルのデータ、即ち強度、分子量及びペプチドのクロマトグラフのカラムからの溶出の時間から質量スペクトルの読出しを作成した。質量スペクトルの読出しは、一般的にＬＣ−ＭＳＩＭＳによって記録されたペプチドの擬分子イオンのシグナルのグラフ的説明であり、ここにおいて、ｘ軸は質量と電荷の比であり、ｙ軸は擬分子イオンシグナルの強度である。次いでこれらのデータは、ＬＣ−ＭＳＩＭＳを制御するソフトウェア系によって加工され、そして結果としてのデータを獲得し、そして保存する。
【０３２２】
[0307]質量スペクトルデータが得られ、そして質量スペクトル読出しに入れられた後、比較解析が行われ、ここにおいて、それぞれの集団に対してＬＣ−ＭＳＩＭＳにおいて試験されたそれぞれの血漿検体の質量スペクトル読出しが、病態間及び病態内の両方で行われた。質量スペクトルのピークを、正常な集団中の試験されたそれぞれの検体間で比較した。次いで、質量スペクトルのピークを、喘息の集団及び肺癌の集団中の試験されたそれぞれの検体間で比較した。病態内の比較が行われた後、病態間の比較が行われ、ここにおいて、喘息集団に対してＬＣ−ＭＳＩＭＳ中で試験されたそれぞれの検体に対する質量スペクトルの読出しを、正常な集団中の試験されたそれぞれの検体に対して比較した。同様に、肺癌の集団中のためのＬＣ−ＭＳＩＭＳ中で試験されたそれぞれの検体に対する質量スペクトルの読出しを、正常な集団中の試験されたしれぞれの検体に対して比較した。
【０３２３】
[0308]ペプチド強度が、病態内で不調和に異なって発現するか、又は喘息の集団又は肺癌の集団を正常な集団と比較した場合、実質的に変化しない（強度で１０倍より小さい変動）ことを示す質量スペクトルの読出しを伴うペプチドは、有意ではないと決定し、そして除外した。一般的に、使用された除外の基準は、識別され特徴づけされたペプチドの少なくとも半数のペプチドのピーク強度を、それぞれの病態からの個々の患者の血漿検体の
分析から誘導された少なくとも１０組のデータからの所定のタンパク質と比較することを含んでいた。所定のタンパク質から誘導されたペプチドのピークの大部分の強度が、血漿のデータの組の８０％の強度において少なくとも１０倍高い場合、このタンパク質は、二つの病態の群間で異なって制御されると分類された。
【０３２４】
[0309]然しながら、異なって制御されることが観察されるペプチドを与えるタンパク質の識別は、未知であり、そして識別する必要がある。タンパク質の識別を行うために、ペプチドの擬分子イオンシグナルの強度を、既知のタンパク質及びペプチド並びに疑わしいタンパク質及びペプチドのライブラリーを含有する既知のデータベースにわたって比較した。
【０３２５】
[0310]それぞれの正常な、それぞれの肺癌及び喘息の集団からのそれぞれの検体に対するトリプシン消化物の質量スペクトルの読出しを、ＭＡＳＣＯＴと呼ばれる既知のサーチエンジンにインプットした。ＭＡＳＣＯＴは、当技術において既知のサーチエンジンであり、これは、四つの主要な配列データベース、即ちＭＳＤＢ、ＮＣＢＩｎｔ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ及びｄｂＥＳＴデータベースからのタンパク質を識別するために、質量スペクトルのデータを使用する。これらのデータベースは、既知の配列の全てのタンパク質、及び遺伝子配列から誘導される特徴的タンパク質転写開始領域の観察に基づく全ての推定的タンパク質の情報を含有する。これらのデータベースは、継続的に正確さ及び重複性に対して検討され、そして新しいタンパク質及び遺伝子配列が識別され、そして科学及び特許文献中に公開されると、継続的な付加が行われる。
【０３２６】
[0311]検索基準及びパラメータを、ＭＡＳＣＯＴプログラムにインプットし、そしてそれぞれの集団に対する質量スペクトル読出しからの質量スペクトルデータを、ＭＡＳＣＯＴプログラムによって実行した。ＭＡＳＣＯＴプログラムに入れた質量スペクトルデータは、それぞれの病態の全ての検体に対する。次いでＭＡＳＣＯＴプログラムは、配列データベースに対してインプットされたペプチドに対する質量スペクトルデータを、それぞれのペプチドのピーク強度及び質量を、既知のペプチド及びタンパク質の質量及びピーク強度と比較することによって実行する。次いでＭＡＳＣＯＴは、検索結果を作成し、これを、通常、分析されたそれぞれの試料に対する“有意な一致”として知られる可能なタンパク質識別の一致の候補のリストを返した。
【０３２７】
[0312]有意な一致は、試験されるそれぞれの検体に対する“ＭＯＷＳＥスコア”と呼ばれるスコアを指定することによってＭＡＳＣＯＴプログラムによって決定される。ＭＯＷＳＥスコアは、スコアが−１０＊ＬＯＧ１０（Ｐ）であるアルゴリズムであり、式中、Ｐは、観察された一致が無作為な出来事である確率であり、これは、ｐが０．０５より小さい場合に有意なｐ値に相関し、これは、一般的に科学の分野で受容される標準である。概略５５ないし概略６６又はそれより大きいＭＯＷＳＥスコアは、一般的に有意と考えられる。有意性なレベルは、具体的な検索上の考慮及びデータベースのパラメータにより僅かに変化する。有意な一致は、それぞれのペプチドの実行に対して返され、タンパク質の候補リストとなる。
【０３２８】
[0313]次に、その全てが参考文献として本明細書中で援用される、ＵＳ２００９００６９１８９中に記載されているものと同じ方法を使用して比較分析を行った。
[0314]質量スペクトルの読出しからのデータを、有意な一致と照合して、未処理のデータ、ピーク強度、電荷の多重度、同位体の分布及び隣接電荷の状態を確認した。次いで逆検索を行って、ＭＡＳＣＯＴプログラムによる自動的検索によって欠損され得るペプチドを候補リストに加えた。更なるペプチドを、トリプシンペプチド及びその対応する分子質量が既知のアミノ酸、又はタンパク質の遺伝子配列に基づいて計算されるコンピューター上の消化を行って比較されたペプチドの、それぞれのパラメータと実質的に一致する一つ
のタンパク質を意味する“最良の一致”を選択することによって識別した。次いでこれらの予測したペプチド質量を、未処理の質量スペクトルのデータに対して検索し、そしていずれもの識別されたピークを検査し、そして先に記載したように認定した。次いで、ＭＡＳＣＯＴによって自動的に識別されたもの及び手計算によって識別されたものを含む全てのペプチドを、ＭＡＳＣＯＴによって使用される質量リストに入れた。次いで洗練された一致を、洗練されたＭＯＷＳＥスコアを誘導するために使用した。
【０３２９】
[0315]識別過程の結果として、タンパク質アルギナーゼ−１が、喘息の集団、肺癌の集団及び／又は正常な集団間で有意に異なって発現することが決定された。この方法を使用して識別された他のタンパク質は、ＢＡＣ０４６１５、Ｑ６ＮＳＣ８、ＣＡＦ１７３５０、Ｑ６ＺＵＤ４、Ｑ８Ｎ７Ｐ１、ＣＡＣ６９５７１、タンパク質４を含有するＦＥＲＭ領域、ＪＣＣ１４４５プロテアソームエンドペプチダーゼ複合体のＣ２長さの鎖によるスプライス型、シンタキシン１１、ＡＡＫ１３０８３、及びＡＫＫ１３０４９０である。その全てが本明細書中に参考文献として援用される、ＵＳ２００９００６９１８９を参照されたい。
【０３３０】
[0316]喘息及び肺癌患者において一貫して異なって発現する特異的タンパク質を、患者の血漿中のタンパク質を、トリプシン消化及びＬＣ−ＥＳＩＭＳによる分析にかけ、質量スペクトルを得て、そして質量スペクトルデータが一つ又はそれより多いアルギナーゼ１、ＢＡＣ０４６１５、Ｑ６ＮＳＣ８、ＣＡＦ１７３５０、Ｑ６ＺＵＤ４、Ｑ８Ｎ７Ｐ１、ＣＡＣ６９５７１、タンパク質４を含有するＦＥＲＭ領域、ＪＣＣ１４４５プロテアソームエンドペプチダーゼ複合体のＣ２長さの鎖によるスプライス型、シンタキシン１１、ＡＡＫ１３０８３、及びＡＡＫ１３０４９０のピークを含むか否かを決定することによって、識別することにより、これらの病態を疾病の進行の初期に診断することが可能である。次いで患者の試料中に見出されたいずれものタンパク質のレベルを、正常な集団中に見出されるレベルと比較した。
【０３３１】
[0317]配列番号１に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＢＡＣ０４６１５に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号２に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質Ｑ６ＮＳＣ８に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号３に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＣＡＦ１７３５０に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号４に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質Ｑ６ＺＵＤ４に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号５に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質、タンパク質４を含有するＦＥＲＭ領域に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号６に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＡＡＫ１３０８３に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号７に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質Ｑ８Ｎ７Ｐ１に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号８に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＣＡＣ６９５７１に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号９に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＪＣＣ１４４５プロテアソームエンドペプチダーゼ複合体のＣ２長さの鎖によるスプライス型に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号１０に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質シンタキシン１１に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号１１に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質ＡＡＫ１３０４９に対して知られた第一アミノ酸の配列である。配列番号１２に開示されるアミノ酸配列は、本出願の出願の日付においてタンパク質アルギナーゼ−１に対して知られた第一アミノ酸の配列である。
【０３３２】
実施例６
[0318]喘息の患者から選択された組織検体を、実施例５に記載したものと同じ方法にかけた。更にその全てが本明細書中に参考文献として援用される、出願番号６１／１７６，４３７を参照されたい。
【０３３３】
[0319]認識過程の結果として、以下のタンパク質が、喘息の患者中で有意に異なって発現することが決定された：
【０３３４】
【表２４】
0006774925.tif 000039
【０３３５】
[0320]喘息の患者中で一貫して有意に異なって発現する五つの特異的タンパク質を、患者の組織の検体中のタンパク質をトリプシン消化及びＬＣ−ＥＳＩＭＳによる分析にかけ、質量スペクトルデータを得て、そして質量スペクトルデータが、一つ又はそれより多い配列番号１３−１７に対するピークを含むか否かを決定することによって、疾病の進行の初期にこれらの病態を診断することが可能である。次いで患者の試料中に見出されたいずれものタンパク質のレベルを、正常な集団中に見出されたレベルと比較される。
【０３３６】
実施例７
非小細胞肺癌の診断試験
[0321]生物学的流体の試料を、診断情報が所望される患者から得る。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の１４種のバイオマーカー：ＩＬ−１３、Ｉ−ＴＡＣ、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−１、ＭＰＯ、ＨＧＦ、エオタキシン、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−７、ＩＰ−１０、ＳＡＡ、レジスチン、ＩＬ−５、及びｓＶＡＣＭ−１の七つ（７種）の濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーに対する試料からの測定された濃度を、正常なヒトの個体、喘息を持つと診断された個体の集団、及びＮＳＣＬＣを持つと診断された個体の集団中の同じ流体中に見出されたそのマーカーの濃度の範囲と比較する。正常な範囲からの逸脱は、肺疾患の指標であり、そして喘息を持つ個体の集団に対する範囲からの逸脱は、ＮＳＣＬＣの指標である。同じ１４種の組からのバイオマーカーを使用する患
者の試験を、喘息又は他の反応性気道疾患の診断のために類似の方法で使用することができる。
【０３３７】
実施例８
非小細胞肺癌に対する治療のモニター
[0322]生物学的流体の治療前の試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された患者から、疾病に対するいずれもの治療の前に得た。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の２４種のバイオマーカー：ＩＬ−１３、ＥＧＦ、Ｉ−ＴＡＣ、ＭＭＰ−１、ＩＬ−１２（ｐ７０）、エオタキシン、ＭＭＰ−８、ＭＣＰ−１、ＭＰＯ、ＩＰ−１０、ＳＡＡ、ＨＧＦ、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、アミリン（全体）、ＭＭＰ−７、ＩＬ−６、ＭＩＬ−１β、アジポネクチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＳＥ−セレクチン、及びＭＩＰ−１αの八つ（８種）の濃度を決定した。試料からのそれぞれのバイオマーカーに対する測定された濃度を、正常なヒトの個体中の同じ流体中に見出されたそのマーカーの濃度の範囲と比較することができる。治療前の試料が採取された後、患者は、外科手術とそれに続く照射を含んでなる治療的介入を受ける。外科手術後、しかし照射の前に同じ流体の試料を採取する。更なる試料をそれぞれの照射セッション後に採取する。それぞれの試料中の同じ八つ（８種）のバイオマーカー中の濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーの発現のレベルの変化を記録し、そして疾病の進行の他の症状と比較する。
【０３３８】
実施例９
予知的なバイオマーカーの選択
[0323]生物学的流体の治療前の試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された患者の集団から、疾病に対するいずれもの治療の前に得た。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の２４種のバイオマーカー：ＩＬ−１３、ＥＧＦ、Ｉ−ＴＡＣ、ＭＭＰ−１、ＩＬ−１２（ｐ７０）、エオタキシン、ＭＭＰ−８、ＭＣＰ−１、ＭＰＯ、ＩＰ−１０、ＳＡＡ、ＨＧＦ、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、アミリン（全体）、ＭＭＰ−７、ＩＬ−６、ＭＩＬ−１β、アジポネクチン、ＩＬ−１０、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＳＥ−セレクチン、及びＭＩＰ−１αの八つ（８種）の濃度を決定した。試料からのそれぞれのバイオマーカーに対する測定された濃度を、正常なヒトの個体中の同じ流体中に見出されるそのマーカーの濃度の範囲と比較する。治療前の試料が採取された後、それぞれの患者は、外科手術とそれに続く照射を含んでなる治療的介入を受ける。外科手術後、しかし照射の前に同じ流体の試料を採取する。更なる試料をそれぞれの照射セッション後に採取する。それぞれの試料中の２４種のバイオマーカーの濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーの発現のレベルの変化を記録し、そして疾病の進行の他の症状と比較する。そのレベルが治療後に変化した全てのマーカーを識別する。
【０３３９】
実施例１０
感受性の患者の選択
[0324]生物学的試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された患者から得る。好ましくは、試料は血液の血清又は血漿である。試料中の先の実施例で識別されたそれぞれのバイオマーカーの濃度を決定し、そして正常から逸脱した値を示す最高の数のバイオマーカーを示す患者を、治療のために選択する。
【０３４０】
実施例１１
男性の被験体中の非小細胞肺癌に対する診断試験
[0325]生物学的流体の試料を、診断情報が所望される男性の患者から得る。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の１４種のバイオマーカー：Ｉ−ＴＡＣ、ＭＰＯ、ＨＧＦ、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−８、エオタキシン、ＩＬ−８、ＭＭＰ−７、ＩＰ−１０、ｓＶＡＣＭ−１、ＩＬ−１０、アジポネクチン、ＳＡＰ、及びＩＦＮ−γの七つ（７種）の濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーに対する試料からの測定された
濃度を、正常なヒトの男性の個体、喘息を持つと診断された男性の個体の集団、及びＮＳＣＬＣを持つと診断された男性の個体の集団中の同じ流体中に見出されたそのマーカーの濃度の範囲と比較する。正常な範囲からの逸脱は、肺疾患の指標であり、そして喘息を持つ個体の集団の範囲からの逸脱は、ＮＳＣＬＣの指標である。同じ１４種の組からのバイオマーカーを使用する患者の試験を、喘息又は他の反応性気道疾患の診断のために類似の方法で使用することができる。
【０３４１】
実施例１２
男性の被験体における非小細胞肺癌に対する別の試験
[0326]表１−１５中に規定した全ての、でなければ、多くバイオマーカーは、先に記載した種類の通信経路に関与する。幾つかのバイオマーカーは、一次相互作用物質として互いに関連する。診断又は予測アッセイにおいて使用するためのマーカーの選択は、特定のバイオマーカー及びその一次相互作用物質間の既知の関係を使用して容易にすることができる。表１６Ｂに記載したバイオマーカー間の既知の通信の関係は、Ａｒｉａｄｎｅ系によって発生した図９中に見ることができる。図９は、ＨＧＦ（肝細胞増殖因子）の一次相互作用物質が、ｓＦａｓＬ（可溶性Ｆａｓリガンド）、ＰＡＩ−１（セルピン  プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１）（活性／全体）、Ｉｎｓ（インスリン；これは更にＣペプチドを含む）、ＥＧＦ（上皮細胞増殖因子）、ＭＰＯ（ミエロペルオキシダーゼ）、及びＭＩＦ（遊走阻止因子）を含むことを示す。他の相互作用物質（一次ではない）は、ＲＥＴＮ（レジスチン、ｘｃｐ１）、ＳＡＡ１（血清アミロイドＡ、ＳＡＡ）、ＣＣＬ１１（エオタキシン）、ＬＥＰ（レプチン）及びＣＸＣＬ１１（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１、インターフェロン誘導Ｔ細胞アルファ走化性因子（Ｉ−ＴＡＣ）又はインターフェロン−ガンマ誘導タンパク質９（ＩＰ−９））を含む。更に、図９は、二つのバイオマーカーＭＭＰ１及びＭＭＰ−８（マトリックスメタルプロテイナーゼ１及び８）が、ＨＧＦとの通信経路上にないことを示す。
【０３４２】
[0327]バイオマーカーの選択を測定することによって収集される情報を最大化するための一つの方法は、同じ通信経路にないバイオマーカーが収集物中に含まれるように、複数のバイオマーカーを選択することである。表１６Ｂ中のバイオマーカーのリストを使用することにより、少なくともＨＧＦ又はＨＧＦ及びＭＭＰ−８との一次相互作用物質であるもう一つのバイオマーカーのレベルが、男性の被験者中で異常である場合、被験者が肺癌を有する可能性は、非常に高いように見受けられる。ＭＭＰ−１のレベルも更に異常である場合、可能性はなお更に高い。従って、男性の被験者における肺癌を診断するための本発明による一つの方法は、少なくともＨＧＦ又はＨＧＦ及びＭＭＰ−８との一次相互作用物質であるもう一つのバイオマーカーのレベルを決定し、そしてこのレベルを正常な集団に対して予測される範囲と比較して、これらのバイオマーカーのレベルが異常であることを見ることであるものである。好ましいモードにおいて、この診断法は、更にＭＭＰ−１のレベルが、正常であるか否かを決定することを含むものである。更に好ましくは、一つ又はそれより多いＣＸＣＬ１１、ＬＥＰ、ＳＡＡ１及び／又はＲＥＴＮも、更に決定され、そしてそのレベルを、正常な個体の集団に対して予測される範囲と比較されるものである。異常なレベルで存在するこれらのバイオマーカーが多ければ、被験者が肺癌である可能性は大きい。
【０３４３】
実施例１３
男性における非小細胞肺癌に対する治療のモニター
[0328]生物学的流体の治療前の試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された男性の患者から、疾病に対するいずれもの治療の前に得た。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の２４種のバイオマーカー：ＩＬ−１３、Ｉ−ＴＡＣ、ＥＧＦ、ＭＰＯ、ＨＧＦ、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−８、ＭＩＦ、エオタキシン、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−９、ＳＡＡ、ＩＰ−１０、アミリン（全体）、ＭＭＰ−７、レジスチン
、ＩＬ−６、ＭＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＩＬ−８、ＩＬ−５、ＣＲＰ、及びＩＬ−１０の八つ（８種）の濃度を決定した。試料からのそれぞれのバイオマーカーに対する測定された濃度を、正常なヒトの個体中の同じ流体中に見出されるそのマーカーの濃度の範囲と比較することができる。治療前の試料が採取された後、患者は、外科手術とそれに続く照射を含んでなる治療的介入を受ける。外科手術後、しかし照射の前に同じ流体の試料を採取する。更なる試料をそれぞれの照射セッション後に採取する。それぞれの試料中の同じ八つ（８種）のバイオマーカーの濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーの発現のレベルの変化を記録し、そして疾病の進行の他の症状と比較する。
【０３４４】
実施例１４
予知的なバイオマーカーの選択
[0329]生物学的流体の治療前の試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された男性の患者の集団から、疾病に対するいずれもの治療の前に得た。好ましくは試料は、血液の血清又は血漿である。試料中の次の２４種のバイオマーカー：ＩＬ−１３、Ｉ−ＴＡＣ、ＥＧＦ、ＭＰＯ、ＨＧＦ、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−８、ＭＩＦ、エオタキシン、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＭＣＰ−１、ＭＭＰ−９、ＳＡＡ、ＩＰ−１０、アミリン（全体）、ＭＭＰ−７、レジスチン、ＩＬ−６、ＭＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＩＬ−８、ＩＬ−５、ＣＲＰ、及びＩＬ−１０の濃度を決定した。試料からのそれぞれのバイオマーカーに対する測定された濃度を、正常なヒトの個体中の同じ流体中に見出されるそのマーカーの濃度の範囲と比較する。治療前の試料が採取された後、それぞれの患者は、外科手術とそれに続く照射を含んでなる治療的介入を受ける。外科手術後、しかし照射の前に同じ流体の試料を採取する。更なる試料をそれぞれの照射セッション後に採取する。それぞれの試料中の２４種のバイオマーカーの濃度を決定する。それぞれのバイオマーカーの発現のレベルの変化を記録し、そして疾病の進行の他の症状と比較する。
【０３４５】
実施例１５
感受性の患者の選択
[0330]生物学的流体の試料を、ＮＳＣＬＣを持つと診断された男性患者から得る。好ましくは、試料は血液の血清又は血漿である。試料中の先の実施例で識別されたそれぞれのバイオマーカーの濃度を決定し、そして正常から逸脱した値を示す最高の数のバイオマーカーを示す患者を、治療のために選択する。
【図１Ａ】
0006774925.tif 000040
【図１Ｂ】
0006774925.tif 000041
【図１Ｃ】
0006774925.tif 000042
【図１Ｄ】
0006774925.tif 000043
【図１Ｅ】
0006774925.tif 000044
【図２Ａ】
0006774925.tif 000045
【図２Ｂ】
0006774925.tif 000046
【図２Ｃ】
0006774925.tif 000047
【図２Ｄ】
0006774925.tif 000048
【図２Ｅ】
0006774925.tif 000049
【図３Ａ】
0006774925.tif 000050
【図３Ｂ】
0006774925.tif 000051
【図３Ｃ】
0006774925.tif 000052
【図３Ｄ】
0006774925.tif 000053
【図３Ｅ】
0006774925.tif 000054
【図４Ａ】
0006774925.tif 000055
【図４Ｂ】
0006774925.tif 000056
【図４Ｃ】
0006774925.tif 000057
【図４Ｄ】
0006774925.tif 000058
【図４Ｅ】
0006774925.tif 000059
【図５Ａ】
0006774925.tif 000060
【図５Ｂ】
0006774925.tif 000061
【図５Ｃ】
0006774925.tif 000062
【図５Ｄ】
0006774925.tif 000063
【図５Ｅ】
0006774925.tif 000064
【図６Ａ】
0006774925.tif 000065
【図６Ｂ】
0006774925.tif 000066
【図７Ａ】
0006774925.tif 000067
【図７Ｂ】
0006774925.tif 000068
【図８Ａ】
0006774925.tif 000069
【図８Ｂ】
0006774925.tif 000070
【図９】
0006774925.tif 000071
【配列表】
0006774925000001.app