(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、前立腺がんの進行状態を決定するステップを含む方法であって、
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさず、
前記遺伝子発現プロファイルは、少なくとも１つの前立腺がんＰＤＥ指標（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）に変換され、前記前立腺がんＰＤＥ指標は、前立腺がんの進行状態を示し、
前記少なくとも１つのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、
（ｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１：
ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ
（ｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２：
ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）
（ｉｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
（ｉｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
（ｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
から選択される、方法。
【請求項２】
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子発現プロファイルは、前記ＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを、少なくとも１つの参照遺伝子の発現に対して正規化することによって得られる正規化された遺伝子発現プロファイルであり、当該方法は、前記正規化の前に、試料中の少なくとも１つの参照遺伝子の発現レベルを決定するステップを任意的に含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前立腺がん、又は、前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定する方法である、又は、
前立腺がん治療に対する適格性につき個々を同定する方法であって、前記個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが前立腺がんの存在を示す場合に、又は、前記個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性又は進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に前立腺がん治療を受けるのが適格であるとして個々を同定するステップをさらに含む方法である、又は、
個々を処置する方法であって、（ｉ）前記個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが前立腺がんの存在を示す場合に、又は、前記個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性又は進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に前立腺がん治療を受けるのが適格であるとして個々を同定するステップ、及び、（ｉｉ）前記前立腺がん治療を受けるのが適格である個々を処置するステップをさらに含む方法である、請求項１乃至３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ａ）の前に、試料内のＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを決定して、遺伝子発現プロファイルを得るステップを含む、請求項１乃至４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
コンピュータ可読媒体上に記憶された、又は、通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含むコンピュータプログラムであって、コンピュータ上で実行された場合に前記コンピュータに、
ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、前立腺がんの進行状態を決定するステップを行わせ、
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさず、
前記遺伝子発現プロファイルは、少なくとも１つの前立腺がんＰＤＥ指標（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）に変換され、前記前立腺がんＰＤＥ指標は、前立腺がんの進行状態を示し、
前記少なくとも１つのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、
（ｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１：
ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ
（ｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２：
ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）
（ｉｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
（ｉｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
（ｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
から選択される、コンピュータプログラム。
【請求項７】
ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含み、参照遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含む製品、及び、請求項６に記載のコンピュータプログラムを含むシステム。
【請求項８】
請求項４に記載の方法によって前立腺がん治療を受けるのが適格であるとして同定された個々の前立腺がんの治療又は予防において使用するための刺激性医薬組成物であって、
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物、
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物、
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質、又は、その生理活性等価物、
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸、
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質、
（ｆ）脱メチル化剤、及び、
（ｇ）ホスホジエステラーゼ置換因子、
の群から選択される少なくとも１つの要素を含み、
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される、刺激性医薬組成物。
【請求項９】
請求項４に記載の方法によって前立腺がん治療を受けるのが適格であるとして同定された個々の前立腺がんの治療又は予防において使用するための阻害性医薬組成物であって、
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に阻害する化合物、
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に阻害する化合物、
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質のドミナントネガティブ型、又は、その生理活性等価物、
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのドミナントネガティブ型をコード化及び発現する核酸、
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｍｉＲＮＡ、
（ｆ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに対するアンチセンス分子、
（ｇ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｓｉＲＮＡ、
（ｈ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの発現産物に特異的な、又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的なアプタマー、
（ｉ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的に結合する能力を持つ小分子又はペプチド模倣体、及び、
（ｊ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体、及び／又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体バリアント、
の群から選択される少なくとも１つの要素を含み、
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される、阻害性医薬組成物。
【請求項１０】
前記参照遺伝子は、ハウスキーピング遺伝子である、請求項７に記載のシステム。
【請求項１１】
前記参照遺伝子は、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１又はＡＬＡＳ−１である、請求項７に記載のシステム。
【請求項１２】
前記ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物は、酵素活性のアロステリックアゴニストである、請求項８に記載の刺激性医薬組成物。
【請求項１３】
前記ホスホジエステラーゼ置換因子は、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子、抗体又はアプタマーである、請求項８に記載の刺激性医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定する方法に関し、当該方法は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルに基づき前立腺がんの状態を決定する。本発明は、さらに、前立腺がん治療に対する適格性につき個々を同定する方法に関する。本発明は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの分析のための製品、並びに、ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性及び／又は発現を調節する医薬組成物にも関する。
【背景技術】
【０００２】
がんは、細胞の群が制御不能な増殖、浸潤及び時には転移を示す疾患の種類である。がんのこれら３つの悪性の性質により、自己限定的であり、浸潤も転移もしない良性腫瘍と区別される。
【０００３】
前立腺がん（ＰＣａ）は、男性において最も一般的に生じる非皮膚の悪性病変であり、２００８年には世界的に推定９００，０００件の新規症例が診断されている。高齢化する人口に起因して、ＰＣａの発生率は今後何年も劇的に上昇すると思われる。前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）の血中レベルの決定、直腸診（ＤＲＥ）及び経直腸的超音波分析（ＴＲＵＳ）による日常的な診断では、非がん性の良性前立腺状態の著しい第一選択過剰診断が生じる。米国単独で、毎年実施されるおよそ百万件の前立腺生検のうち、新規の症例は約２５０，０００件発見され、約７５％が不必要に行われており、患者における実質的な合併症（尿路性敗血症、出血、尿閉）及びＵＳ＄２０億を超える（生検手順当たり約ＵＳ＄２，１００）の総費用の両方をこうむる。生検陰性の男性１００名のうち少なくとも４名が、副作用に起因して入院する可能性があり、生検を受けた患者の１０，０００名のうち９名が、現在使用されている手順によって死亡するリスクがある。
【０００４】
米国において１年当たりに新しく検出されるＰＣａ症例およそ２５０，０００件のうち、約２００，０００件は、最初、限局性疾患、すなわち、前立腺器官に限局されているがんであると特徴付けられる。この状態は、放射線療法、又は、特に、外科手術による前立腺の部分的若しくは完全な除去（前立腺切除）等の一次治療の手法によってある特定の程度まで治癒する。しかし、これらの介入には、典型的には、重篤な副作用、特に、前立腺切除の非常に発生頻度の高い結果として尿失禁及び／又は勃起不全が付随する。根治的前立腺切除を受けた男性の５０％に至るまでが尿失禁を起こす。複数の研究により、外科手術の１年後に、男性の１５％から５０％の間でなおそのような問題が報告されることが示されてきている。勃起問題も同様に根治的前立腺切除（ＲＰ）の重篤な副作用である。手術を受けた男性の約半数だけが勃起能の一部を回復することができる。さらに、限局性ＰＣａに対して日常的に適用される全ての治療には費用がかかり（一般には、ＵＳ＄２０〜３０，０００程度）、米国で毎年ＵＳ＄５０億の直接総費用が発生する。
【０００５】
米国において、診断時に臨床的限局性疾患を有する男性約２００，０００名の中で、５０％に至るまでが、リスクが非常に低い又は低いがんを有する。従って、ＮＣＣＮ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）のＰＣａ治療ガイドラインが最近改訂されて、そのような低リスク疾患を有する患者に対する穏やかな好都合の代替治療として積極的監視（ＡＳ）が拡大された。適切な患者をＡＳに差し向けることにより、そのような患者の生活の質は、一次治療受けた男性と比較して有意に改善され、また、ＡＳにかかる５年間の費用は、患者当たりＵＳ＄１０，０００未満であることが報告されている。
【０００６】
さらに、所与の患者に対して一般的に好まれる治療として外科手術が（ＡＳと対比して）選択される場合、患者の腫瘍の潜在的な攻撃性に従って外科手術の程度について層別化することは、重要な利点である。例えば、低リスク疾患であると予測される男性に対して、根治的前立腺切除の効力に関連する有害作用を最小限にするために、神経温存の手術技法をより一般的に適用することができる。同様に、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｕｒｏｌｏｇｙ（ＥＡＵ）の最新の前立腺がんガイドラインによると、高リスクのがんであると予測される場合には、手順が複雑であり、時間がかかり、また、より限定された手順と比較して高い合併症率が伴うという事実にもかかわらず、拡大リンパ節郭清が推奨される。その結果、より限定されないリンパ節郭清ではリンパ節転移の約５０％が見逃されることが示されている一方で、限局性前立腺がんの男性の管理には、各患者に対して最適なケアを提供するために、個々の腫瘍の攻撃性の潜在性についての非常に正確な外科手術前の予測が必要とされる。
【０００７】
特許文献１は、ホスホジエステラーゼ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルを決定するステップを含む、悪性のホルモン感受性前立腺がんを診断又は検出する方法を開示している。この文献はまた、良性の疾患と悪性の疾患を効果的に識別するためのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの使用を開示しており、ＰＤＥ４Ｄ７の発現が、内部標準としてのＰＤＥ４Ｄ５に対して正規化されている。
【０００８】
特許文献２は、ＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルを決定するステップを含む、ホルモン感受性前立腺がんと対比してホルモン抵抗性前立腺がんを診断する方法を記載している。ＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルは参照遺伝子に対して正規化され、参照遺伝子は、ＰＤＥ４Ｄ５であってもよい。
【０００９】
非特許文献１は、ＰＤＥ４Ｄ７が、アンドロゲン感受性前立腺がん細胞において高度に発現されている一方、アンドロゲン非感受性前立腺がん細胞において有意に下方制御されている証拠を示し、アンドロゲン非感受性前立腺がんに対するバイオマーカーとしてのあり得る適用、並びに、治療の可能性を示唆している。
【００１０】
特許文献３は、化合物の生理活性を、遺伝子発現を調節するその能力を分析することによって決定するための転写活性アッセイを対象としている。あり得る標的発現産物の中にＰＤＥ４Ｄアイソザイムがある。記載されたスクリーニングで同定される化合物は抗体であってもよく、これは、例えば乳がんの治療において治療上価値のあるものである。
【００１１】
特許文献４は、ホスホジエステラーゼ−４（ＰＤＥ４）の阻害物質、及び、脳卒中、心筋梗塞、心血管炎症性の疾患及び障害、並びに、中枢神経系の障害の治療及び予防におけるその使用に関する。
【００１２】
特許文献５は、ＰＤＥ４Ｄ、特にＰＤＥ４Ｄ５又はＰＤＥ４Ｄ７の、アテローム性動脈硬化症の治療又は再狭窄の治療に使用することができる化合物の同定のための標的としての使用を開示している。
【００１３】
特許文献６は、ホスホジエステラーゼ４Ｄの発現を調節するためのアンチセンス化合物、組成物及び方法、並びに、ホスホジエステラーゼ４Ｄの発現に関連する疾患の治療のためのこれらの化合物の使用を記載している。
【００１４】
非特許文献２は、前立腺がんの進行におけるｃＡＭＰ及びｃＡＭＰ依存性プロテインキナーゼの役割に関する研究である。この研究に関して、ＰＤＥ４Ｄ発現はがん組織において増加することが述べられている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１５】
【特許文献１】ＷＯ２０１０／１３１１９４  Ａ１
【特許文献２】ＷＯ２０１０／１３１１９５  Ａ１
【特許文献３】ＥＰ１４７１１５３  Ａ２
【特許文献４】ＷＯ２０１０／０５９８３８  Ａ２
【特許文献５】ＷＯ２００４／０９０１５７  Ａ１
【特許文献６】ＵＳ２００３／２２０２７３  Ａ１
【特許文献７】米国特許出願第１０／０６２，８５７号
【特許文献８】米国仮特許出願６０／２９８，８４７号
【特許文献９】米国仮特許出願６０／２５７，８０１号
【非特許文献】
【００１６】
【非特許文献１】“Ｔｈｅ  ｃＡＭＰ  ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ−４Ｄ７（ＰＤＥ４Ｄ７）ｉｓ  ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｉｎ  ａｎｄｒｏｇｅｎ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｉｎｇ  ｃＡＭＰ  ａｔ  ｔｈｅ  ｐｌａｓｍａ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｏｆ  ＶＣａＰ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ”ｂｙ  Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｖｏｌｕｍｅ  １１０，Ｎｕｍｂｅｒ  ５，ｐａｇｅｓ  １２７８−１２８７，（２０１４）
【非特許文献２】“Ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｃＡＭＰ  ａｎｄ  ｃＡＭＰ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：Ｃｒｏｓｓ−ｔａｌｋ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ａｎｄｒｏｇｅｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ” ｂｙ  Ｍｅｒｋｌｅ  ａｎｄ  Ｈｏｆｆｍａｎｎ  ｉｎ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅ  ２３，Ｎｕｍｂｅｒ  ３，ｐａｇｅｓ  ５０７−５１５，（２０１１）
【非特許文献３】Ｔａｙｌｏｒ  ＢＳ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  １８，１１−２２，２０１０（ＧＳＥ２１０３４  （ＮＣＢＩ  ＧＥＯ））
【非特許文献４】Ｂｏｏｒｍａｎｓ  ＪＬ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＴＤＲＤ１  ａｓ  ａ  ｄｉｒｅｃｔ  ｔａｒｇｅｔ  ｇｅｎｅ  ｏｆ  ＥＲＧ  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２０１３  Ｊｕｌ  １５；１３３（２）：３３５−４５（ＧＳＥ４１４１０（ＮＣＢＩ  ＧＥＯ））
【非特許文献５】Ｔｏｍｌｉｎｓ，Ｓ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．“Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ｆｕｓｉｏｎ  ｏｆ  ＴＭＰＲＳＳ２  ａｎｄ  ＥＴＳ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．”Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１０，６４４−６４８（２００５）
【非特許文献６】Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３-４１０
【非特許文献７】Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌ．，１５（９）：８８３−９１
【非特許文献８】Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００５，Ｎａｔｕｒｅ，４３８：６８５−６８９
【非特許文献９】Ｅｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，４：７２１−７２６
【非特許文献１０】Ｂｒａｓｅ  ＪＣ  ｅｔ  ａｌ；ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  ａｎｄ  ＴＧＦ−ｂ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ．ＢＭＣ  Ｃａｎｃｅｒ  ２０１１，１１，５０７−５１５
【非特許文献１１】Ｅｒｈｏ  Ｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ  ｔｈａｔ  Ｐｒｅｄｉｃｔｓ  Ｅａｒｌｙ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ．ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ８（６），ｅ６６８５５（２０１３）
【非特許文献１２】Ｃ．Ｌ．Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｊ．Ｌ．Ｊｅｎｓｅｎ，ａｎｄ  Ｔ．Ｆ．０ｒｎｔｏｆｔ，“Ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ＰＣＲ  Ｄａｔａ：Ａ  Ｍｏｄｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｖａｒｉａｎｃｅ  Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｉｄｅｎｔｉｆｙ  Ｇｅｎｅｓ  Ｓｕｉｔｅｄ  ｆｏｒ  Ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ，Ａｐｐｌｉｅｄ  ｔｏ  Ｂｌａｄｄｅｒ  ａｎｄ  Ｃｏｌｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄａｔａ  Ｓｅｔｓ，”Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，ｖｏｌ．６４，ｎｏ．１５，ｐｐ．５２４５−５２５０，Ａｕｇ．２００４
【非特許文献１３】Ｊ．Ｖａｎｄｅｓｏｍｐｅｌｅ，Ｋ．Ｄｅ  Ｐｒｅｔｅｒ，Ｆ．Ｐａｔｔｙｎ，Ｂ．Ｐｏｐｐｅ，Ｎ．Ｖａｎ  Ｒｏｙ，Ａ．  Ｄｅ  Ｐａｅｐｅ，ａｎｄ  Ｆ．Ｓｐｅｌｅｍａｎ，“Ａｃｃｕｒａｔｅ  ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ＲＴ−ＰＣＲ  ｄａｔａ  ｂｙ  ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ  ａｖｅｒａｇｉｎｇ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｉｎｔｅｒｎａｌ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｇｅｎｅｓ，”Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．，ｖｏｌ．３，ｎｏ．７，ｐ．ＲＥＳＥＡＲＣＨ００３４，Ｊｕｎ．２００２
【非特許文献１４】Ｊ．Ｈｅｌｌｅｍａｎｓ，Ｇ．Ｍｏｒｔｉｅｒ，Ａ．Ｄ．Ｐａｅｐｅ，Ｆ．Ｓｐｅｌｅｍａｎ，ａｎｄ  Ｊ．Ｖａｎｄｅｓｏｍｐｅｌｅ，“ｑＢａｓｅ  ｒｅｌａｔｉｖｅ  ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ  ａｎｄ  ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ＰＣＲ  ｄａｔａ，”Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．，ｖｏｌ．８，ｎｏ．２，ｐ．Ｒ１９，Ｆｅｂ．２００７
【非特許文献１５】Ｔｏｍｌｉｎｓ  Ｓ．ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ，２００５
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１７】
本発明は、前立腺がんに対する臨床的関連性を有する関心のあるバイオマーカー遺伝子（マーカー遺伝子とも呼ばれる）の遺伝子発現プロファイル、シグネチャー又はパターンの同定及び使用に関する。特に、本発明は、生体試料から得られた核酸、好ましくはバイオマーカー遺伝子の転写物の遺伝子発現分析に基づく。特に、これらのマーカー遺伝子の発現分析は、前立腺がんの進行状態を示す前立腺がんＰＤＥ指数（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）を提供することにおいて使用される。
【００１８】
従って、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、前立腺がん患者の予後判定及び治療に関連する個別化医療に対して非常に有用なパラメータを提供する。ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、単独で、又は、患者の個人的疾患の状態又は疾患のステージに関する情報を提供する他の手段及び方法と組み合わせて使用されてもよい。
【００１９】
医師及び／又は病理学者は、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを有利に使用して、患者を診断、同定、予後判定する他の方法で得られた結果を確認することができる。従って、本発明によって提供される方法及び手段は、より良い予後判定等を確立するのに寄与して、患者にとって最良の治療を見つけ、さらに、副作用のために危険な、時には過剰な、公衆衛生システムに対して莫大なコストをもたらす不必要な外科手術又は他の治療を回避する。
【課題を解決するための手段】
【００２０】
本発明の一態様は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、前立腺がんの進行状態を決定するステップを含む方法であって、ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさない方法を対象としている。
【００２１】
本発明の別の態様は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の有無、又は、転写因子ＥＲＧの発現レベルを決定するステップを含む方法であって、ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさない方法を対象としている。
【００２２】
上記の態様のうちいずれかの一部の実施形態では、遺伝子発現プロファイルは、少なくとも１つの前立腺がんＰＤＥ指標（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）に変換され、前立腺がんＰＤＥ指標は、前立腺がんの進行状態を示す。ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの導入によって、前立腺がんの予後判定における良好な予測、又は、本明細書に記載の臨床用途における良好な性能が提供される。
【００２３】
参照遺伝子としての役割を果たさないＰＤＥ４Ｄバリアントは、前立腺がんの予後判定における良好な予測、又は、本明細書に記載の臨床用途における良好な性能を提供する。
【００２４】
一部の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。選択される遺伝子は、前立腺がんの予後判定における良好な予測、又は、本明細書に記載の臨床用途における良好な性能を提供する。
【００２５】
一部の実施形態では、遺伝子発現プロファイルは、試料、好ましくは個々由来の試料の遺伝子発現プロファイルである。
【００２６】
一部の実施形態では、遺伝子発現プロファイルは、ＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを、少なくとも１つの参照遺伝子の発現に対して正規化することによって得られる正規化された遺伝子発現プロファイルであり、当該方法は、正規化の前に、試料中の少なくとも１つの参照遺伝子の発現レベルを決定するステップを任意的に含む。
【００２７】
一部の実施形態では、本明細書において記載される方法は、前立腺がん、又は、前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定する方法である。
【００２８】
一部の実施形態では、本明細書において記載される方法は、個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが前立腺がんの存在を示す場合に、又は、個々のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性又は進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に前立腺がん治療を受けるのが適格であるとして個々を同定するステップをさらに含む。
【００２９】
一部の実施形態では、本明細書において記載される方法は、前立腺がん治療を受けるのが適格である個々を処置するステップをさらに含む。
【００３０】
一部の実施形態では、本明細書において記載される方法は、ステップ（ａ）の前に、試料内のＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを決定して、遺伝子発現プロファイルを得るステップをさらに含む。一実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【００３１】
さらなる実施形態では、前立腺がんの進行状態は、非進行性又は進行性である。
【００３２】
一実施形態では、ＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の発現レベルは、両方のバリアントに対して共に決定される。
【００３３】
別の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む、好ましくは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【００３４】
一実施形態では、ステップ（ａ）において、少なくとも３つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルが決定される。
【００３５】
一部の実施形態では、少なくとも１つのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは：
（ｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１：
ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ
（ｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２：
ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）
（ｉｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
（ｉｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
（ｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
から選択される。
【００３６】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの計算は、前立腺がんの予後判定における良好な予測、又は、本明細書に記載の臨床用途における良好な性能を提供する。
【００３７】
加えて、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１が、非がん性の前立腺をがん性の前立腺から区別するために決定されてもよい。
【００３８】
別の実施形態では、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の少なくとも１つが、非進行性の前立腺がんを進行性の前立腺がんから区別するために決定され、及び／又は、所定のカットオフ値より上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は、非進行性の前立腺がんの進行状態を示し、及び／又は、所定のカットオフ値より下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は、進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【００３９】
さらなる実施形態では、融合遺伝子、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合遺伝子の存在が決定され、及び／又は、当該方法は、融合遺伝子ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ陽性試料を用いて実施される。
【００４０】
一実施形態では、ステップ（ａ）における発現レベルの決定は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの核酸又はタンパク質レベルの測定によって、又は、生理活性の決定によって達成されるか又はさらに達成される。
【００４１】
一実施形態では、参照遺伝子の発現レベルの決定は、少なくとも１つの参照遺伝子の核酸又はタンパク質レベルの測定によって、又は、生理活性の決定によって達成されるか又はさらに達成される。
【００４２】
一部の実施形態では、少なくとも１つの参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子であり、好ましくは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（＝ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１である。
【００４３】
一部の実施形態では、試料は、組織試料、尿試料、尿沈渣試料、血液試料、唾液試料、精液試料、循環性腫瘍細胞を含む試料、前立腺分泌エキソソームを含有する試料、又は、細胞株若しくはがん細胞株である。
【００４４】
別の実施形態では、本明細書において記載される方法は、ｐＧｌｅａｓｏｎスコア及び／又はｐＴステージを決定するさらなるステップを含む。
【００４５】
別の実施形態では、遺伝子発現レベルは、１つ又は複数のプローブ及び／又は１つ又は複数のプローブのセットを使用してｍＲＮＡ発現を検出することによって決定される。
【００４６】
さらなる実施形態では、遺伝子発現レベルは、増幅に基づく方法及び／又はマイクロアレイ分析及び／又はＲＮＡ配列決定によって決定される。
【００４７】
さらなる実施形態では、遺伝子発現レベルは、ＲＮＡ配列決定、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ又は多重ＰＣＲによって決定される。
【００４８】
特定の実施形態では、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、個々が、前立腺外科手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、限局又は拡大リンパ節除去から選択される前立腺がん治療を受けるのに適格であるとして同定される。
【００４９】
さらなる実施形態では、ステップ（ｃ）において、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、個々が、積極的監視を前立腺がん治療として受けるのに適格であるとして同定される。
【００５０】
本発明のさらなる態様は：
ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含み、
参照遺伝子、好ましくはハウスキーピング遺伝子、より好ましくはＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１又はＡＬＡＳ−１の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含む製品を対象としている。
【００５１】
当該製品は、本明細書において記載される方法を行うための基礎又は入力を提供し、次に、前立腺がんの予後判定における良好な予測、又は、本明細書に記載の臨床用途における良好な性能を提供する。
【００５２】
一部の実施形態では、製品は、ＰＣＲキット、ＲＮＡ配列決定キット又はマイクロアレイキットを含むキットである。別の実施形態では、当該製品はマイクロアレイである。当該製品は、要求される発現レベルを得るための効率的な方法を提供する。
【００５３】
一部の実施形態では、当該製品は、上記の方法のうちいずれかを行うための製品であるか、又は、当該製品は、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するため、又は、前立腺がん治療に対する適格性につき個々を同定するための製品である。
【００５４】
一部の実施形態では、当該製品は、核酸分子のセットを含む組成物であり、核酸分子のそれぞれが、ＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現の分析のための少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブ配列を含み、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１から選択される参照遺伝子の遺伝子発現の分析のための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブ配列を含む。
【００５５】
一部の実施形態では、当該製品は核酸アレイであり、核酸アレイは、請求項のいずれか一項に記載のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを決定するために、少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９のコード配列に相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１から選択される参照遺伝子の少なくとも１つに相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含む。
【００５６】
一部の実施形態では、当該製品は、前立腺がん治療に対する適格性につき個々を同定するために前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するためのキットであって、ａ）上記のアレイ、ｂ）キット対照；及びｃ）任意的に使用説明書を含むキットである。
【００５７】
本発明のさらなる態様は、本明細書において記載される方法のステップを含む、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するためのコンピュータにより実施される方法を意味する。
【００５８】
本発明のさらなる態様は、コンピュータ可読媒体上に記憶された又は通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含むコンピュータプログラムプロダクトであって、コンピュータ上で実行されると、本明細書に記載の方法のうちいずれか１つの方法の１つ又は複数のステップ又は全てのステップを行う、コンピュータプログラムプロダクトに関する。
【００５９】
本発明のさらなる態様は、実行可能なプログラムが記憶された非一過性のコンピュータ可読記憶媒体であって、プログラムが、本明細書に記載の方法のうちいずれか１つの方法のステップの１つ又は複数を行うようマイクロプロセッサに命令するものである、非一過性のコンピュータ可読記憶媒体に関する。
【００６０】
本発明の別のさらなる態様は、本明細書において記載される製品、及び、本明細書において記載されるコンピュータプログラムプロダクト又は非一過性のコンピュータ可読記憶媒体を含むシステムに関する。
【００６１】
本発明の別のさらなる態様は、前立腺がんの治療又は予防において使用するための刺激性医薬組成物に関し、当該刺激性医薬組成物は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物であり、好ましくは、酵素活性のアロステリックアゴニストである、化合物；
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物；
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質、又は、その生理活性等価物；
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸；
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質；
（ｆ）脱メチル化剤；及び、
（ｇ）ホスホジエステラーゼ置換因子、好ましくは、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子、抗体又はアプタマー、
の群から選択される少なくとも１つの要素を含み、
ＰＤＥ４Ｄバリアントは、好ましくは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【００６２】
本発明の別のさらなる態様は、前立腺がんの治療又は予防において使用するための阻害性医薬組成物に関し、当該阻害性医薬組成物は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に阻害する化合物；
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に阻害する化合物；
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質のドミナントネガティブ型、又は、その生理活性等価物；
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのドミナントネガティブ型をコード化及び発現する核酸；
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｍｉＲＮＡ；
（ｆ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに対するアンチセンス分子；
（ｇ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｓｉＲＮＡ；
（ｈ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの発現産物に特異的な、又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的なアプタマー；
（ｉ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的に結合する能力を持つ小分子又はペプチド模倣体；及び、
（ｊ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体、及び／又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体バリアント；
の群から選択される少なくとも１つの要素を含み、
ＰＤＥ４Ｄバリアントは、好ましくは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【００６３】
本明細書において記載される医薬組成物は、広範囲の前立腺がんを治療する効果的な手法を提供する。
【００６４】
一部の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【００６５】
一部の実施形態では、刺激性又は阻害性の医薬組成物は、前立腺がんの治療のためのものであり、当該組成物は、前立腺がんの進行状態を示すＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘに応じて個々に投与される。
【００６６】
一部の実施形態では、刺激性又は阻害性の医薬組成物は、前立腺がんの治療のためのものであり、当該組成物は、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に個々に投与される。
【００６７】
一部の実施形態では、刺激性又は阻害性の医薬組成物は、前立腺がんの治療のためのものであり、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが所定の閾値未満である。
【００６８】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんを有する対象を治療する方法に関し、当該方法は、
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を、選択された対象に投与するステップ、
を含む。
【００６９】
当該方法は、広範囲の前立腺がんを治療する効果的な手法を提供する。
【００７０】
一部の実施形態では、当該方法は：
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが所定の閾値未満である場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を、選択された対象に投与するステップ、
を含む。
【００７１】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんの進行状態についてのマーカーとして使用するための、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントに関する。
【００７２】
本発明の別のさらなる態様は、前立腺がん、又は、前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するための、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの使用に関する。
【図面の簡単な説明】
【００７３】
【図１】Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｘｏｎ  １．０  ＳＴ  Ａｒｒａｙのプローブセットを、対応するＰＤＥ４ＤバリアントのＮＣＢＩ遺伝子参照配列及びＮＣＰＩタンパク質受入番号、並びに、ＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なプライマー及びプローブの配列と共に示した図である。
【図２−１】参照遺伝子を、その転写物ＩＤ及びタンパク質ＩＤ、並びに、参照遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列と共に列挙した図である。
【図２−２】参照遺伝子を、その転写物ＩＤ及びタンパク質ＩＤ、並びに、参照遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列と共に列挙した図である。
【図２−３】参照遺伝子を、その転写物ＩＤ及びタンパク質ＩＤ、並びに、参照遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列と共に列挙した図である。
【図３−１】非がん性の組織、非進行性の前立腺がん及び進行性の前立腺がんを識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能を示した図である。
【図３−２】非がん性の組織、非進行性の前立腺がん及び進行性の前立腺がんを識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能を示した図である。
【図４−１】非がん性の組織及び非進行性の前立腺がんを識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図４−２】非がん性の組織及び非進行性の前立腺がんを識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図５】ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１の性能結果を示した図である。合計で８つの前立腺がんデータセットにわたる概要が提供されており、データセットは、正常な隣接組織、良性の病変、良性の過形成、並びに、腫瘍組織のカテゴリー由来の合計で＞９００の患者試料を含んでいる。
【図６−１】非進行性の前立腺腫瘍の試料及び進行性の前立腺腫瘍の試料を識別するための、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図６−２】非進行性の前立腺腫瘍の試料及び進行性の前立腺腫瘍の試料を識別するための、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図７−１】非がん性の組織及び非進行性の前立腺腫瘍試料を識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図７−２】非がん性の組織及び非進行性の前立腺腫瘍試料を識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図７−３】非がん性の組織及び非進行性の前立腺腫瘍試料を識別するための、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９、及び、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の性能結果を示した図である。
【図８−１】前立腺がんのセットにおける、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５、並びに、病理学Ｇｌｅａｓｏｎスコアの相関性を示した図である。
【図８−２】前立腺がんのセットにおける、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５、並びに、病理学Ｇｌｅａｓｏｎスコアの相関性を示した図である。
【図８−３】前立腺がんのセットにおける、ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５、並びに、病理学Ｇｌｅａｓｏｎスコアの相関性を示した図である。
【図９−１】ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の付加価値の概要を、腫瘍のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じた無増悪生存期間に関する臨床データと共に示した図である。
【図９−２】ＰＤＥ４Ｄ１からＰＤＥ４Ｄ９及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１からＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５の付加価値の概要を、腫瘍のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じた無増悪生存期間に関する臨床データと共に示した図である。
【図１０】非特許文献３に記載のデータセットにおける６つの異なる前立腺がん組織のタイプにわたるＰＤＥ４Ｄ１／２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４及びＰＤＥ４Ｄ５の正規化された発現を示した図である。
【図１１】非特許文献３に記載のデータセットにおける６つの異なる前立腺がん組織のタイプにわたるＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９の正規化された発現を示した図である。
【図１２】非特許文献４に記載のデータセットにおける６つの異なる前立腺がん組織のタイプにわたるＰＤＥ４Ｄ１／２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４及びＰＤＥ４Ｄ５の正規化された発現を示した図である。
【図１３】非特許文献４に記載のデータセットにおける６つの異なる前立腺がん組織のタイプにわたるＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９の正規化された発現を示した図である。
【発明を実施するための形態】
【００７４】
本発明は特定の実施形態に関して記載されるけれども、この記載は、限定的な意味で解釈されることはない。
【００７５】
本発明の例証的な実施形態を詳細に記載する前に、本発明を理解するのに重要な定義が与えられる。
【００７６】
本明細書及び付随の特許請求の範囲において使用される場合、不定冠詞を有した単数形は、その前後で何か他に明確に指示していない限り、それぞれの複数形も含む。
【００７７】
本発明と関連して、「約」及び「ほぼ」という用語は、くだんの特徴の技術的効果を依然として保証すると当業者が理解するであろう正確さの差を示している。この用語は、典型的に、±２０％、好ましくは±１５％、より好ましくは±１０％、及び、さらにより好ましくは±５％の示された数値からの偏差を示している。
【００７８】
「含む」という用語は限定的ではないということが理解されたい。本発明の解釈上、「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」という用語は、「から構成される（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ  ｏｆ）」という用語の好ましい具体化であると考慮される。以後、群が少なくとも特定数の具体化を含むよう規定される場合、これは、好ましくはこれらの具体化から成る群のみを包含するとも意味する。
【００７９】
さらに、本明細書及び特許請求の範囲において「第１」、「第２」、「第３」、又は、「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」等の用語は、類似の要素を区別するために使用され、必ずしも順番又は時系列順を記述するために使用されているのではない。そのように使用されている用語は、適切な状況下で交換可能であり、本明細書において記述されている本発明の実施形態は、本明細書に記述又は例示された順序以外の順序で操作できることが理解されたい。
【００８０】
「第１」、「第２」、「第３」、又は、「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」等の用語が方法又は使用のステップに関する場合、ステップ間の時間又は時間間隔の一貫性はなく、すなわち、ステップは、同時に実行することができるか、又は、本明細書において上記又は下記に定められるように本願において示されていない限り、そのようなステップ間には秒、分、時、日、週、月、若しくは年さえの時間間隔があってもよい。本発明は、本明細書において記載される特定の方法論、プロトコル、タンパク質、細菌、ベクター、試薬等は変わり得るためこれらに限定されないことが理解されたい。本明細書において使用される用語法は特定の実施形態を記載する目的のみにあり、付随の特許請求の範囲によってのみ限定されることになる本発明の範囲を限定すると意図されないことも理解されたい。定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術的及び科学的用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
【００８１】
本発明の一態様は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、前立腺がんの進行状態を決定するステップを含む方法であって、ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさない方法を対象としている。
【００８２】
本発明の別の態様は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを含む遺伝子発現プロファイルに基づき、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の有無、又は、転写因子ＥＲＧの発現レベルを決定するステップを含む方法であって、ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子としての役割を果たさない方法を対象としている。
【００８３】
「ＰＤＥ４Ｄ転写バリアント」又は「ＰＤＥ４Ｄアイソフォーム」又は「ＰＤＥ４Ｄバリアント」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４ＤのＰＤＥ４Ｄスプライスバリアントのいずれかに関し、すなわち、例えばＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９等のヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ遺伝子に関する。
【００８４】
「マーカー」「マーカー遺伝子」「ＧＯＩ」又は「ＰＤＥ４Ｄバリアントマーカー」という用語は、交換可能に使用することができ、本明細書において先に記載された遺伝子、遺伝学的単位又は配列（ヌクレオチド配列又はアミノ酸若しくはタンパク質配列）に関し、その発現レベルは、対照レベルと比較した場合に、好ましくは正常組織における発現と比較した場合に、悪性又は良性の前立腺がん細胞若しくは組織、又は、そのような細胞若しくは組織を含むいかなるタイプの試料又はその一部若しくは断片において増加又は減少する。この用語はまた、本明細書において先に記載された上記の遺伝学的単位又は配列のいかなる発現産物、特にＰＤＥ４ＤバリアントｍＲＮＡ転写物、ＰＤＥ４Ｄバリアントの転写物又はその断片によってコードされるポリペプチド又はタンパク質、並びに、その同種の誘導体も意味する。特に、「マーカー」「マーカー遺伝子」「ＧＯＩ」又は「ＰＤＥ４Ｄバリアントマーカー」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４ＤのＰＤＥ４Ｄスプライスバリアントのいずれかを意味し、すなわち、例えばＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９等のヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ遺伝子を意味する。
【００８５】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ１」又は「ＰＤＥ４Ｄ１」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント１、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ１の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２２２．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ１転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応するＳＥＱ  ＩＤ番号：１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１５１．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：２に記載される対応するアミノ酸配列に関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ１」又は「ＰＤＥ４Ｄ１」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ１Ｄ２＿フォワード（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２０）及びＰＤＥ１Ｄ１Ｄ２＿リバース（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２１）によって生成することができ、プローブＳＥＱ  ＩＤ番号：２２によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００８６】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ２」又は「ＰＤＥ４Ｄ２」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント２、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ２の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２２１．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ２転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：３に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１５０．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：４に記載される対応するアミノ酸配列に関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ２」又は「ＰＤＥ４Ｄ２」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ１Ｄ２＿フォワード（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２０）及びＰＤＥ１Ｄ１Ｄ２＿リバース（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２１）によって生成することができ、プローブＳＥＱ  ＩＤ番号：２２によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００８７】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ３」又は「ＰＤＥ４Ｄ３」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント３、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ３の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００６２０３．４で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ３転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：５に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ３ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００６１９４．２で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：６に記載される対応するアミノ酸配列に関する。
【００８８】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ４」又は「ＰＤＥ４Ｄ４」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント４、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ４の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１０４６３１．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ４転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ４ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１０９８１０１．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：８に記載される対応するアミノ酸配列に関する。
【００８９】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント５、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ５の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２１８．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ５転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：９に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ５ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１４７．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１０に記載される対応するアミノ酸配列に関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ５＿フォワード（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２３）及びＰＤＥ１Ｄ５＿リバース（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２４）によって生成することができ、プローブＳＥＱ  ＩＤ番号：２５によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００９０】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ６」又は「ＰＤＥ４Ｄ６」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント６、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ６の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２２３．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ６転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ６ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１５２．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１２に記載される対応するアミノ酸配列に関する。
【００９１】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント７、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１６５８９９．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ７転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１３に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１５９３７１．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１４に記載される対応するアミノ酸配列に関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ７＿フォワード（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２６）及びＰＤＥ１Ｄ７＿リバース（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２７）によって生成することができ、プローブＳＥＱ  ＩＤ番号：２８によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００９２】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ８」又は「ＰＤＥ４Ｄ８」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント８、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ８の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２１９．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ８転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１５に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ８ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１４８．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１６に記載される対応するアミノ酸配列に関する。
【００９３】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント９、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子に関し、好ましくは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２２０．１で規定される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ９転写物のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ９ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質受入参照配列ＮＰ＿００１１８４１４９．１で規定されるタンパク質配列に対応する、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１８に記載される対応するアミノ酸配列に関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ５＿フォワード（ＳＥＱ  ＩＤ番号：２９）及びＰＤＥ１Ｄ５＿リバース（ＳＥＱ  ＩＤ番号：３０）によって生成することができ、プローブＳＥＱ  ＩＤ番号：３１によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００９４】
「ＰＤＥ４Ｄ１」、「ＰＤＥ４Ｄ２」、「ＰＤＥ４Ｄ３」、「ＰＤＥ４Ｄ４」、「ＰＤＥ４Ｄ５」、「ＰＤＥ４Ｄ６」、「ＰＤＥ４Ｄ７」、「ＰＤＥ４Ｄ８」及び「ＰＤＥ４Ｄ９」という用語はまた、それぞれＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９に対して高度の相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、それぞれＳＥＱ  ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５又は１７において記載される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、又は、それぞれＳＥＱ  ＩＤ番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６又は１８において記載される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、又は、ＳＥＱ  ＩＤ番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６又は１８において記載される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、又は、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５又は１７において記載される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含む。
【００９５】
「発現レベル」という用語は、本明細書において使用される場合、規定の数の細胞又は規定の組織部分から導き出せるＰＤＥ４Ｄバリアントの転写物及び／又はＰＤＥ４Ｄタンパク質の量を意味し、好ましくは、標準的な核酸（例えば、ＲＮＡ）の抽出手順又はタンパク質の抽出手順で得られるＰＤＥ４Ｄバリアントの転写物及び／又はＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質の量を意味する。適した抽出方法は、当業者には既知である。
【００９６】
「対照レベル」（又は「対照状態」）という用語は、本明細書において使用される場合、例えば非がん性、正常又は良性の前立腺腫瘍、進行性の前立腺がん等の状態又は病態が分かっている１人又は複数の対象から事前に採取及び保管された１つ又は複数の試料を使用することによって、試験試料と同時に、及び／又は、類似若しくは同等の条件下で決定することができる発現レベルに関する。「病態」又は「がん性の病態」という用語は、非がん性の細胞の状態と末期がん性の細胞の状態（これを含む）の間のいかなる状態又はタイプの細胞又は分子状態にも関する。好ましくは、この用語は、非がん性の細胞の状態（これを除く）と末期がん性の細胞の状態（これを含む）の間の生物における腫瘍発生の異なるがん性の増殖／発生ステージ又はレベルを含む。そのような発生ステージは、例えば、ステージ０及びＩ乃至ＩＶ等、ＵＩＣＣによって定義される悪性腫瘍のＴＮＭ（腫瘍、ノード、転移）分類体系の全てのステージを含んでもよい。この用語は、例えば、当業者には既知のがんバイオマーカーが変化した発現又は発現パターンを示す発生ステージ等、ＴＮＭステージ０より前のステージも含む。
【００９７】
上記の発現レベルは、好ましくは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルであってもよい。或いは又は加えて、発現レベルはまた、例えばＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（＝ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１等のハウスキーピング遺伝子の発現レベル又はハウスキーピング遺伝子の組み合わせの発現レベル等、細胞内で発現されるいかなる他の適した遺伝子又は遺伝学的要素の発現レベルであってもよい。好ましい実施形態において、発現レベルは、参照遺伝子の組み合わせに対して決定される。
【００９８】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１又はＡＬＡＳ−１を含む群から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は少なくとも３つのさらなる参照遺伝子を含む。
【００９９】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１又はＡＬＡＳ−１を含む群から選択される少なくとも２つのさらなる参照遺伝子を含む。
【０１００】
特に好ましい組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０である。別の特に好ましい組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＡＬＡＳ−１である。
【０１０１】
「がん性」という用語は、本発明に関して、本明細書において記載されるがん性の病態に関する。
【０１０２】
「非がん性」という用語は、本発明に関して、良性の増殖も悪性の増殖も検出することができない状態に関する。上記の検出のための適した手段は、当技術分野において既知である。
【０１０３】
本発明に関して好ましい対照レベルは、正常な、すなわち健康な又は非がん性の組織におけるＰＤＥ４Ｄバリアントの発現、又は、良性の前立腺腫瘍組織におけるＰＤＥ４Ｄバリアントの発現である。「良性の前立腺腫瘍」という用語は、本明細書において使用される場合、がんの３つの悪性特性全てを欠く、すなわち、無制限で攻撃的な様式で増殖せず、周囲組織に浸潤せず、転移しない前立腺腫瘍を意味する。典型的には、良性の前立腺腫瘍は、がんの浸潤性質を欠く軽度で非進行性の前立腺新生物又は肥大疾患を意味する。さらに、良性の前立腺腫瘍は、典型的には被包され、従って、悪性の様式で振る舞う能力が阻害される。良性の腫瘍又は健康な状態は、当業者には既知のいかなる適した独立した分子学的、組織学的又は生理学的方法によって決定することができる。
【０１０４】
本発明に関してより好ましい対照レベルは、正常な、すなわち健康な又は非がん性の組織におけるＰＤＥ４Ｄバリアントの発現、又は、非進行性の前立腺腫瘍組織におけるＰＤＥ４Ｄバリアントの発現である。
【０１０５】
発現対照レベルは、病態が既知である患者由来の試料中の本発明の１つ又は複数のマーカー遺伝子の事前に決定された１つ又は複数の発現レベルを分析することにより得られる結果に基づく統計学的方法によって決定することができる。さらに、対照レベルは、事前に試験した患者、組織又は細胞からの発現パターン又は発現レベルのデータベースから得ることができる。対照レベルは、例えば、ホルモン非依存的又はホルモン抵抗性前立腺がん由来等、前立腺がんを患うと診断された患者由来の参照試料から決定することができる。さらに、試験されることになる生体試料中の本発明のマーカー遺伝子の発現レベルは、多数の参照試料から決定される多数の対照レベルと比較されてもよい。患者由来の生体試料のものと類似の組織のタイプに由来する参照試料から決定された対照レベルを使用することが考えられる。病態が、本明細書において先に記載されたがん性である患者に由来する１つ又は複数の試料を使用することが特に好ましい。
【０１０６】
或いは、参照試料は、例えば不死化がん細胞株等の細胞株から得られる、又は、組織の異種移植片から得られる材料を含んでもよい。好ましくは、前立腺がん細胞株から得られる材料、又は、ヒト前立腺組織を有する、特に良性及び腫瘍由来のヒト前立腺組織を有する組織の異種移植片から得られる材料が、本発明による参照試料に含まれてもよい。好ましいがん細胞株の例は、細胞株ＰＣ３４６Ｐ、ＰＣ３４６Ｂ、ＬＮＣａＰ、ＶＣａＰ、ＤｕＣａＰ、ＰＣ３４６Ｃ、ＰＣ３、ＤＵ１４５、ＰＣ３４６ＣＤＤ、ＰＣ３４６Ｆｌｕ１、ＰＣ３４６Ｆｌｕ２を含む。好ましい異種移植片の例は、ＰＣ２９５、ＰＣ３１０、ＰＣ−ＥＷ、ＰＣ８２、ＰＣ１３３、ＰＣ１３５、ＰＣ３２４及びＰＣ３７４を含む。好ましくは、例えばヒトＰＣ３４６パネル等、細胞株及び異種移植片のパネル全体を使用することができる。
【０１０７】
さらなる好ましい代替では、参照試料は、臨床的な環境で得られる患者組織又は組織パネル又は組織収集物から得られてもよい。試料は、例えば、外科手術を受ける男性患者から得られてもよい。試料は、例えば前立腺組織又はリンパ節から等、いかなる適した組織タイプから得られてもよい。患者組織収集物の好ましい例は、外科手技（例えば前立腺切除）から得られる。
【０１０８】
さらに、例えば非進行性の前立腺腫瘍を有する集団又は健康な集団等、病態が分かっている集団における本発明のＰＤＥ４Ｄバリアントマーカーの発現レベルの標準値を使用することが好ましい。標準値は、当技術分野において既知のいかなる方法によっても得ることができる。例えば、平均±２ＳＤ（標準偏差）又は平均±３ＳＤの範囲を標準値として使用することができる。
【０１０９】
さらに、対照レベルは、病態ががん性であることが分かっている、すなわち前立腺がん、特に悪性のホルモン感受性前立腺がんを患っていると独立して診断された１人又は複数の対象から事前に採取及び保管された１つ又は複数の試料を使用することによって、試験試料と同時に、及び／又は、類似若しくは同等の条件下で決定することもできる。
【０１１０】
本発明に関して、例えば、健康な組織試料又は非進行性の前立腺腫瘍の試料である等、がん性でないことが分かっている生体試料から決定された対照レベルは、「正常対照レベル」と呼ばれる。
【０１１１】
対照レベルが、がん性の生体試料、特にホルモン抵抗性がんが独立して診断された対象由来の試料から決定される場合、「がん性の対照レベル」と呼ばれてもよい。
【０１１２】
「前立腺がん」という用語は、前立腺の細胞が突然変異し、制御不能に増加し始める場合に生じる、男性生殖器系における前立腺のがんに関する。典型的には、前立腺がんは、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルの上昇に関連づけられる。本発明の一実施形態では、「前立腺がん」という用語は、４．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。別の実施形態では、この用語は、２．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。「ＰＳＡレベル」という用語は、ｎｇ／ｍｌの血液中のＰＳＡの濃度を意味する。
【０１１３】
「非進行性の前立腺がんの状態」という用語は、「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータの値を個々の試料が示さないということを意味する。
【０１１４】
「進行性の前立腺がんの状態」という用語は、「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータの値を個々の試料が示すということを意味する。
【０１１５】
本願に関して、「生化学的再発」という表現は、例えば、試料中の前立腺がん細胞の存在を示す、ＰＳＡの上昇という再発の生物学的値を意味する。しかし、存在の検出に使用することができる又はそのような存在の疑いが生じる他のマーカーを使用することも可能である。
【０１１６】
本願に関して、「臨床的再発」という用語は、例えばｉｎ  ｖｉｖｏイメージングを使用して測定される腫瘍細胞の存在を示す臨床徴候の存在を意味する。
【０１１７】
従って、本発明に関して、「上昇した」又は「上昇した発現レベル」又は「上方制御された発現レベル」又は「発現レベルの上昇」という用語（同義に使用することができる）は、例えば患者の試料から導き出せる状況等、分析されることになる状況と、当業者には既知のいかなる適した前立腺腫瘍若しくはがんのステージから導き出せる正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれかであり得る参照点との間の発現レベルにおける上昇を意味する。発現レベルは、例えば、分析されることになる試料中のＰＤＥ４Ｄバリアント遺伝子発現が、対照レベルと比較して、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、若しくは５０％を超えて、又は、対照レベルと比較して、少なくとも０．１倍、少なくとも０．２倍、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも５倍、若しくは少なくとも１０倍若しくはそれを超えて異なる、すなわち上昇する場合に「上昇した」とみなされる。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。がん性の対照レベルとの比較が実行されることになる場合、正常対照レベルとのさらなる比較が好ましい。そのようなさらなる比較により、変化の傾向の決定が可能になり、例えば、発現レベルの上昇の大きさを観察することができ、及び／又は、対応する結論を導くことができる。好ましいのは、良性の前立腺腫瘍との比較、又は、健康な組織若しくは健康な個々から得られる試料との比較である。
【０１１８】
さらなる実施形態では、対象から得られた試料と、本明細書において先に記載されたがん性である参照との間の全体の遺伝子発現パターンにおけるさらなる類似性は、対象が前立腺がんを患っていることを示す。本発明の別の実施形態では、診断は、さらなるがんバイオマーカー、特に前立腺がんバイオマーカーの発現レベルの解明と組み合わせることができる。適したバイオマーカー、特に前立腺がんバイオマーカーは、当業者には既知であろう。例えば、ＰＳＡのようなバイオマーカーの発現を試験することができる。
【０１１９】
悪性のホルモン感受性前立腺がんは、本明細書において先に記載された正常対照レベルと比較して、本発明のＰＤＥ４Ｄバリアントマーカーの発現レベルが増加した場合に診断されるとみなされ得る。
【０１２０】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ１発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ１発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２１】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ２発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ２発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康な組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に診断されるとみなされ得る。
【０１２２】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ３発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ３発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２３】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ４発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ４発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２４】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ５発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ５発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２５】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ６発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ６発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２６】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ７発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ７発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２７】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ８発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ８発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２８】
進行がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ９発現レベルが、試験試料において、対照レベルと比較して２０％乃至８０％の値だけ、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値だけ減少した場合に示され得る。対照レベルは、本明細書において先に記載された正常対照レベル又はがん性の対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ９発現レベルが、試験試料において、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して３／４乃至１／１０に減少（１．５乃至１０倍だけ減少）、好ましくは、１／２乃至１／５に減少（２乃至５倍だけ減少）した場合に示され得る。
【０１２９】
非進行性の前立腺がんの進行段階は、ＰＤＥ４Ｄ７マーカーの発現レベルが、本明細書において先に記載された正常対照レベルと比較して増加した場合に検出され得る。本発明の好ましい実施形態では、非進行性の前立腺がんは、ＰＤＥ４Ｄ７マーカーの発現レベルが、例えば独立して確立された等、確立された前立腺がん細胞、又は、例えば非進行がん細胞株である細胞株の発現レベルと類似している場合に検出され得る。
【０１３０】
進行性の前立腺がんの進行段階は、ＰＤＥ４Ｄ７マーカーの発現レベルが、正常対照レベル、特に健康組織又は非進行性の前立腺腫瘍と比較して減少した場合に検出され得る。本発明の好ましい実施形態では、進行性の前立腺がんは、ＰＤＥ４Ｄ７マーカーの発現レベルが、例えば独立して確立された等、確立された進行性の前立腺がんの細胞、又は、例えば進行性の前立腺がんの細胞株である細胞株の発現レベルと類似している場合に検出され得る。
【０１３１】
非進行性又は進行性の前立腺がんは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９マーカーのうち少なくとも１つのマーカーの発現レベルが、本明細書において先に記載された正常対照レベルと比較して減少した場合に検出され得る。本発明の好ましい実施形態では、非進行性又は進行性の前立腺がんは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９マーカーのうち少なくとも１つのマーカーの発現レベルが、例えば独立して確立された等、確立された前立腺がん細胞、又は、細胞株の発現レベルと類似している場合に検出され得る。
【０１３２】
「前立腺がんをモニタリングする」という用語は、本明細書において使用される場合、例えば、治療手順の間若しくはある特定の期間の間、典型的には、２カ月、３カ月、４カ月、６カ月、１年、２年、３年、５年、１０年又はいかなる他の期間にわたる、診断又は検出された前立腺がん疾患又は障害への付随に関する。「付随」という用語は、本明細書において先に記載された病態及び特にこれらの病態の変化を、試料中の本発明のＰＤＥ４Ｄバリアントマーカーの発現レベルを、本明細書において先に記載された正常対照レベル、好ましくは進行腫瘍対照、非進行腫瘍対照又は健康な対照から得られる対照発現レベルと、又は、例えば独立して確立された等、確立された前立腺がん細胞若しくは細胞株、又は、例えば、毎週、２週毎、毎月、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２カ月毎、１．５年毎、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０年毎等の、いかなるタイプの周期的な時間セグメントにおける細胞株の発現レベルと、例えば、それぞれ２週間、３週間、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２カ月、１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５又は２０年間等、いかなる期間の間比較することによって検出することができるということを意味する。さらなる対照レベルを生じさせる、例えば独立して確立された等、確立された前立腺がん細胞若しくは細胞株は、例えば、ＴＮＭ分類体系のステージ０及びＩ乃至ＩＶ等、がん発生の異なるステージに対応する試料から得ることができる。本発明の好ましい実施形態では、この用語は、診断された前立腺がん、より好ましくは進行性又は非進行性の前立腺がんの付随に関する。モニタリングは、例えばハウスキーピング遺伝子等のさらなる遺伝子又は遺伝学的要素の発現の検出も含み得る。
【０１３３】
「前立腺がんを予後判定する」という用語は、本明細書において使用される場合、例えば、ある特定の期間、治療の間又は治療の後の、診断又は検出された前立腺がんの経過又は転帰を予測することを意味する。この用語は、疾患からの生存又は回復の確率を決定すること、並びに、予想される対象の生存時間を予測することも意味する。予後判定は、具体的には、６カ月、１年、２年、３年、５年、１０年又はいかなる他の期間等、将来の期間の対象の生存の可能性を確立することを伴い得る。
【０１３４】
「転写因子ＥＲＧ」という用語は、本明細書において使用される場合、遺伝子ＥＲＧ（ＥＴＳ関連遺伝子）、癌遺伝子によってコードされる、プリンリッチなＤＮＡ配列に結合する核タンパク質を意味する。ＥＲＧは、転写因子のＥＴＳ（赤芽球形質転換特異的）ファミリーのメンバーである。転写制御因子ＥＲＧは、内皮下層への血小板粘着に必要であり、造血を制御し、ＤＮＡ結合ドメイン及びＰＮＴ（ポイント）ドメインを有する。
【０１３５】
一部の実施形態において、ＰＤＥ４Ｄの上方制御された発現は、転写因子ＥＲＧの上方制御された発現レベル又はＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の存在を示す。
【０１３６】
「参照遺伝子」又は「対照遺伝子」という用語は、本明細書において使用される場合、いかなる適した遺伝子も意味し、例えば、一般的に好まれる生物における着実に発現され且つ継続的に検出可能ないかなる遺伝子、遺伝子産物、発現産物、タンパク質又はタンパク質バリアントを意味する。この用語は、発現されたタンパク質、ペプチド、ポリペプチド、並びに、その変化したバリアント等、遺伝子産物も含む。従って、本発明は、参照遺伝子から得られる参照タンパク質も含む。さらに包含されるのは、参照遺伝子から得ることができる全ての種類の転写物、並びに、その変態又はそこに関連づけられる二次パラメータである。或いは又は加えて、例えば代謝濃度、細胞サイズ等、他の参照パラメータも参照目的で使用することができる。
【０１３７】
発現は、好ましくは、同じ試料において実行することができ、すなわち、ＰＤＥ４Ｄバリアントのレベル及び参照遺伝子のレベルが、同じ試料において決定される。試験が同じ試料において実行される場合、本明細書において記載される単一検出又は多重検出の手法が行われてもよい。多重検出の実施のために、プライマー及び／又はプローブのオリゴヌクレオチドの濃度が変更され得る。さらに、緩衝液、イオン等のようなさらなる成分の濃度及び存在が、例えば、製造者の指示と比較して増加又は減少する等、変更され得る。
【０１３８】
本発明の特定の実施形態では、２つ以上の参照遺伝子又は着実に発現される遺伝子の発現を決定することができる。例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２０、３０以上の参照遺伝子の発現を決定することができる。そのような測定の結果は、別々に計算されてもよく、又は、平均発現指標を得るために組み合わされてもよい。さらに、参照遺伝子発現のパターンを、後のステップに対する基礎として決定及び／又は使用することができる。そのようなパターンは、特定のがん、特に前立腺がんのステージ又は状態における既知の遺伝子の発現挙動に基づいてもよい。
【０１３９】
さらに、発現結果を、参照のケース又はデータベースからのすでに既知の結果と比較することができる。比較は、結果の統計学的関連性を改善するために正規化手順をさらに含んでもよい。
【０１４０】
本発明の代替的な実施形態では、試料中の参照遺伝子の発現レベルを決定する代わりに、さらなるがんマーカー又は着実には発現されない遺伝子の発現を決定することができる。例えば、ホルモン抵抗性前立腺がんの間に減少すること既知であるか、又は、ホルモン感受性前立腺がんの間に増加することが既知である遺伝子の発現を決定することができる。
【０１４１】
さらなる実施形態では、どちらの発現の決定も、すなわち参照遺伝子の発現の決定も、さらなるがん又はバイオマーカー遺伝子の発現の決定も実行することができる。
【０１４２】
例証的な対照遺伝子としては、特に、ヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、ヒトアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）、ヒト６０Ｓ酸性リボソームリンタンパク質Ｐ０  ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）、ヒトプミリオＲＮＡ−Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｍｅｍｂｅｒ（ＰＵＭ１）、ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）、ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、チューブリン−アルファ−１ｂ（Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１）、アミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）が挙げられる。
【０１４３】
特定の実施形態では、本明細書において記載される方法において、以下のステップ、すなわち、（ａ２）試料中の参照遺伝子の発現レベルを決定するステップ；（ａ３）ステップ（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの測定された発現レベルを参照遺伝子の発現に対して正規化して正規化された遺伝子発現プロファイルを得るステップ；が実行され、前立腺がん進行状態及び／又は前立腺がん進行指数は、ステップ（ａ３）のＰＤＥ４Ｄバリアントの正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいている。
【０１４４】
「ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも参照遺伝子として使用されない」という用語は、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、測定された発現レベルを正規化するための参照遺伝子として使用されないことを意味する。
【０１４５】
特に、ＰＤＥ４Ｄ５は参照遺伝子として使用されない。
【０１４６】
より具体的には、ＰＤＥ４Ｄバリアントのいずれも、ＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルを正規化するための参照遺伝子として使用されない。
【０１４７】
さらなるより特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄ５は、ＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルを正規化するための参照遺伝子として使用されない。
【０１４８】
発現結果は、当業者には既知のいかなる適した方法に従って正規化することができる。典型的には、遺伝子発現レベルにおける実際の変動と測定プロセスに起因する変動との弁別を可能にするために、当業者には既知であろうそのような検定又は対応する式を使用して発現データが標準化される。マイクロアレイに対しては、Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−ａｒｒａｙ  Ａｖｅｒａｇｅ（ＲＭＡ）を正規化の手法として使用することができる。
【０１４９】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下の式：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
を適用することによって生成され、式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、選択された参照遺伝子の組合せのＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である。
【０１５０】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下の式：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
を適用することによって生成され、式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１及びＡＬＡＳ−１から選択される少なくとも２つの参照遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である。
【０１５１】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下の式：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
を適用することによって生成され、式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、参照遺伝子ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ及びＲＰＬＰ０のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である。
【０１５２】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下の式：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
を適用することによって生成され、式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、参照遺伝子ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１及びＡＬＡＳ−１のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である。
【０１５３】
例証的な参照遺伝子としては、特に、ＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、ヒトアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）、ヒト６０Ｓ酸性リボソームリンタンパク質Ｐ０  ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）、ヒトプミリオＲＮＡ−Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｍｅｍｂｅｒ（ＰＵＭ１）、ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）、ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、チューブリン−アルファ−１ｂ（Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１）、アミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）が挙げられる。特に好ましい組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０である。別の特に好ましい組み合わせは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＡＬＡＳ−１である。
【０１５４】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１を含む群から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は少なくとも３つのさらなる参照遺伝子を含む。
【０１５５】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１を含む群から選択される少なくとも２つのさらなる参照遺伝子を含む。
【０１５６】
特に好ましい組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０である。別の特に好ましい組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＡＬＡＳ−１である。
【０１５７】
転写物ＩＤ（ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑ）及び対応するヌクレオチド配列のＳＥＱ  ＩＤ番号、タンパク質ＩＤ（タンパク質受入）及び対応するアミノ酸配列のＳＥＱ  ＩＤ番号を含む参照遺伝子の詳細な説明が図２に開示されている。さらに図２は、参照遺伝子毎に、参照遺伝子に特異的である、アンプリコン生成のためのフォワードプライマー、リバースプライマー、及び、アンプリコンに特異的に結合するプローブ配列を開示している。
【０１５８】
特に、参照遺伝子はＰＤＥ４Ｄバリアントではない。
【０１５９】
特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【０１６０】
別の特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【０１６１】
さらなる実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【０１６２】
別の特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ７を含む群から選択される。
【０１６３】
別の特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【０１６４】
別の特定の実施形態では、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ７を含む群から選択される。
【０１６５】
好ましい実施形態では、少なくとも３つのＰＤＥ４Ｄバリアント、少なくとも４つのＰＤＥ４Ｄバリアント、少なくとも５つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルが、ステップ（ａ）において選択される。
【０１６６】
より好ましい実施形態では、少なくとも３つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルは、ステップ（ａ）において選択される。
【０１６７】
さらなる実施形態では、異なるＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルは、例えばいくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントを共に検出するプローブによって共に決定される。
【０１６８】
好ましい実施形態では、ＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の発現レベルは、どちらのバリアントに対しても共に決定される。それは、これらの非常に密接に関連するＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の発現を共に報告するために、単一のプローブのみが使用されることを意味する。
【０１６９】
本発明に関して、「診断する」及び「予後判定する」という用語は、予測及び可能性の分析を包含するようにも意図される。マーカーとしてのＰＤＥ４Ｄバリアントは、従って、疾患に対するサーベイランス等の治療介入又は診断基準を含む治療モダリティに関する意思決定において臨床的に使用することができる。本発明によると、対象の状態を調べるための中間結果を提供することができる。そのような中間結果をさらなる情報と組み合わせて、医師、看護師又は他の実務家が疾患を患っている患者を診断するのに寄与することができる。或いは、本発明は、対象由来の組織においてがん性の細胞を検出し、疾患を患っている患者を診断するのに有用な情報を医師に提供するために使用することができる。
【０１７０】
本発明に従って前立腺がん又は前立腺がんの進行状態を診断、モニター又は予後判定されることになる対象又は個々は、動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。
【０１７１】
特に好ましいのは、悪性のホルモン感受性前立腺がん、又は、悪性のホルモン感受性前立腺がんへの進行を診断、モニター又は予後判定するためのマーカーとしてＰＤＥ４Ｄバリアントを使用するという面に関して、例えば、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）及び／又は磁気光子共鳴画像法（ＭＰＩ）の技術等、当業者には既知の分子イメージングツールの使用である。例えば、ＰＤＥ４Ｄバリアントは、ヒトの対象内の診断マーカーのオンライン検出を可能にするＭＲＩ又はＭＰＩのような手法において、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態を診断、モニター又は予後判定するマーカーとして使用されてもよい。
【０１７２】
一部の実施形態では、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するための方法であって、
（ａ）試料中のＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを決定して、遺伝子発現プロファイルを得るステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）において得られた遺伝子発現プロファイルに基づき、前立腺がんの進行状態を示す少なくとも１つのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを決定するステップ；
を含む方法が提供される。
【０１７３】
一部の実施形態では、前立腺がん治療の適格性について個々を同定する方法であって：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを、個々から得た試料において決定して、遺伝子発現プロファイルを得るステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）の前立腺がんの進行状態を示すＰＤＥ４Ｄバリアントの遺伝子発現プロファイルに基づき、少なくとも１つの前立腺がんの進行指数を決定するステップ；
（ｃ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが前立腺がんの存在を示す場合、又は、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性又は進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に前立腺がん治療を受けるのに適格であるとして個々を同定するステップ；
を含む方法が提供される。
【０１７４】
「ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ」という用語は、少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄアイソフォームの発現値の単一データモデルへの組み合わせを意味する。その結果、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、前立腺がんの進行状態を予測するために著しく改善された分類力を提供する。
【０１７５】
特定の実施形態では、前立腺がんの進行状態は、非進行性又は進行性である。
【０１７６】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘは、例えば：
（ｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１：
ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ、
（ｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２：
ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）、
（ｉｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）、又は、
（ｉｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）、
（ｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
であってもよい。
【０１７７】
「ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ」という用語は、ＰＤＥ４Ｄ４の（参照遺伝子に対して）正規化された発現レベルを意味し、「ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ」という用語は、ＰＤＥ４Ｄ５の（参照遺伝子に対して）正規化された発現レベルを意味し、「ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ」という用語は、ＰＤＥ４Ｄ７の（参照遺伝子に対して）正規化された発現レベルを意味し、さらに、「ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ」という用語は、ＰＤＥ４Ｄ９の（基準遺伝子に対して）正規化された発現レベルを意味する。「ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ」という用語は、単一アッセイによって一緒に検出されたＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の（参照遺伝子に対して）正規化された発現レベルを意味する。
【０１７８】
前立腺がんの進行指数ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐによって決定される。特に、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は、非がん性の前立腺を前立腺がんから区別する。好ましくは、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は、非がん性の前立腺をがん性の前立腺から区別する。
【０１７９】
例えば、所定のカットオフ値より下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は非がん性の前立腺を示し、さらに、所定のカットオフ値より上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は前立腺がんを示す。
【０１８０】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は、ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）によって決定される。ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は、非進行性のがんの進行状態と進行性のがんの進行状態とを識別する。
【０１８１】
例えば、所定のカットオフ値より下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、所定のカットオフ値より上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１８２】
別の実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１８３】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
によって決定される。
【０１８４】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は、非進行性のがんの進行状態と進行性のがんの進行状態とを識別する。
【０１８５】
例えば、所定のカットオフ値より下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、所定のカットオフ値より上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１８６】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
によって決定される。
【０１８７】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は、非進行性のがんの進行状態と進行性のがんの進行状態とを識別する。
【０１８８】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
によって決定される。
【０１８９】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は、非進行性のがんの進行状態と進行性のがんの進行状態とを識別する。
【０１９０】
例えば、所定のカットオフ値より下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、所定のカットオフ値より上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１９１】
「所定のカットオフ」という用語は、対照レベル、すなわち、非がん性の組織又は非進行性の前立腺組織について決定されるＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘに基づき定められ得る。特定の実施形態では、カットオフは、対照レベルに設定されてもよい。別の実施形態では、カットオフは、対照レベルとは異なってもよい。
【０１９２】
対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は非がん性の前立腺を示し、さらに、所定のカットオフ値である対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は前立腺がんを示す。
【０１９３】
対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は非がん性の前立腺を示し、さらに、所定のカットオフ値である対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１は前立腺がんを示し、対照レベルは、非がん性の組織のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１である。
【０１９４】
別の実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１９５】
好ましい実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２は非進行性の前立腺がんの進行状態を示し、対照レベルは、非進行性の腫瘍組織のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２である。
【０１９６】
別の実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１９７】
好ましい実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３は非進行性の前立腺がんの進行状態を示し、対照レベルは、非進行性の腫瘍組織のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３である。
【０１９８】
別の実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０１９９】
好ましい実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は非進行性の前立腺がんの進行状態を示し、対照レベルは、非進行性の腫瘍組織のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４である。
【０２００】
別の実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は非進行性の前立腺がんの進行状態を示す。
【０２０１】
好ましい実施形態では、対照レベルより下のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は進行性の前立腺腫瘍の状態を示し、さらに、対照レベルより上のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５は非進行性の前立腺がんの進行状態を示し、対照レベルは、非進行性の腫瘍組織のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５である。
【０２０２】
本発明の特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子の存在が決定され、すなわち、試料がＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ陽性か陰性かが決定される。特に、非特許文献５に記載のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧが発現されているかどうかが決定される。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧは、アンドロゲン調節セリンプロテアーゼＴＭＰＲＳＳ２と、ＥＴＳ転写ファミリーのメンバーである転写因子ＥＲＧ２との間のゲノム再編成である。本明細書において記載される方法は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子又はＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧの発現を検出することができる試料において前立腺がんの進行を予測するために特に有意に改善された分類力を提供する。
【０２０３】
好ましい実施形態では、本発明の方法は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧが存在する試料に適用される。
【０２０４】
ＰＤＥ４Ｄバリアントのレベルは、本明細書において記載される核酸レベル、タンパク質レベル又は活性レベルで決定されてもよい。１つ又は複数のＰＤＥ４Ｄバリアントの転写物及び／又はタンパク質の量の決定が好ましい。加えて、試料中の参照遺伝子のレベルが決定されてもよい。
【０２０５】
本発明の好ましい実施形態では、上記のモニタリング又は予後判定は、個々から得られた試料に対して行われることになる。「個々から得られた試料」という用語は、本明細書において使用される場合、個々から当業者に既知の適した方法を介して得られたあらゆる生体材料に関する。本発明に関して使用される試料は、好ましくは、臨床的に許容される様式で、より好ましくは、核酸（特にＲＮＡ）又はタンパク質が保たれる方法で収集されるべきである。
【０２０６】
生体試料は、体組織、及び、血液、汗及び尿等の体液を含み得る。さらに、生体試料は、上皮細胞、好ましくはがん性上皮細胞若しくはがん性であることが疑われる組織から得られる上皮細胞に由来する細胞抽出物、又は、上皮細胞、好ましくはがん性上皮細胞若しくはがん性であることが疑われる組織得られる上皮細胞を含む細胞集団を含有し得る。さらにより好ましくは、例えば、試料は、男性個体の前立腺に由来するものであり得る等、生体試料は、腺組織に由来する細胞集団を含有し得る。加えて、細胞は、必要に応じて、得られた体組織及び体液から精製され、次に、生体試料として使用されてもよい。
【０２０７】
試料、特に最初の処理後の試料をプールすることができる。しかし、プールされていない試料を使用することもできる。
【０２０８】
本発明の特定の実施形態では、生体試料の内容物を富化ステップに供することもできる。例えば、試料は、例えば磁気粒子を用いて官能性を持たされた、例えば前立腺細胞等のある特定の細胞型の細胞膜又は細胞小器官に特異的なリガンドと接触させられてもよい。磁気粒子によって濃縮された材料を、その後、本明細書において上記又は下記の検出及び分析ステップのために使用することができる。
【０２０９】
本発明の特定の実施形態では、生検又は切除試料を得る及び／又は使用することができる。そのような試料は、細胞又は細胞可溶化物を含んでもよい。
【０２１０】
さらに、例えば腫瘍細胞等の細胞を、例えば、血液、尿等の流体又は液体試料の濾過プロセスを介して富化することができる。そのような濾過プロセスは、本明細書において先に記載されたリガンド特異的相互作用に基づく富化ステップと組み合わせることもできる。
【０２１１】
本発明の特に好ましい実施形態では、試料は、組織試料、生検試料、尿試料、尿沈渣試料、血液試料、唾液試料、精液試料、循環性腫瘍細胞を含む試料、又は、前立腺から分泌されたエキソソームを含有する試料であってもよい。血液試料は、例えば、血清試料又は血漿試料であってもよい。
【０２１２】
本発明の複数の実施形態では、マーカー遺伝子の発現パターン（又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）は、外科手術前又は外科手術後のＰＳＡレベル、Ｇｌｅａｓｏｎスコア及びｐＴステージと相関し得る。
【０２１３】
本発明の好ましい実施形態では、本明細書において記載される方法は、ｐＧｌｅａｓｏｎスコア及び／又はｐＴステージを決定する追加のステップを含む。
【０２１４】
本発明のより好ましい実施形態では、本明細書において記載される方法は、ｐＧｌｅａｓｏｎスコア及びｐＴステージを決定する追加のステップを含む。
【０２１５】
「Ｇｌｅａｓｏｎスコア」又は「ｐＧｌｅａｓｏｎ」は、Ｇｌｅａｓｏｎシステムに従った訓練された病理学者による前立腺がんの試料のグレード分類を意味し、がん性の組織又は正常な前立腺組織に対する前立腺組織の試料の細胞における類似性に基づいて１から５までの数を使用したＧｌｅａｓｏｎスコアが割り当てられる。正常な前立腺組織と非常によく似た組織には１というスコア又はグレードが与えられ、正常な特徴を欠く組織及び前立腺中にでたらめに拡散していると思われる細胞には、５というスコア又はグレードが与えられる。２から４までの全てを含んだスコア又はグレードは、これらの可能性の間の特徴を有する。しかし、前立腺がんはスコア又はグレードが異なる領域を有する可能性があるため、組織の大部分を構成する２つの領域に別々のスコア又はグレードが与えられる。２つのスコア又はグレードを合算して２から１０の間のＧｌｅａｓｏｎスコア（又はＧｌｅａｓｏｎ  ｓｕｍ）が得られる。
【０２１６】
さらなる態様では、発現レベルの分析を、前立腺がんに関する他の評価又は指標と組み合わせて又はその代わりに行うことができる。一部の実施形態では、分析は、対象由来の前立腺がん細胞を含む試料中の前立腺がんのグレードを決定する方法と組み合わせて行われる。他の実施形態では、組合せは、試料中の前立腺がんのステージを決定する方法との組合せである。第３の可能性は、対象におけるＰＳＡレベルを、任意的に、前立腺がん細胞を単離するために使用される手順の前に検出又は決定することとの組合せである。当然ながら、これらの代表例のうちいずれか１つ、２つ、又は３つ全てとの組合せが可能である。２つ以上のタイプの評価が使用される場合には必ず、結果は多変量解析である。本発明は、多変量の実施形態として本明細書において記載されている評価の、全ての可能性のある組合せを明白に含む。
【０２１７】
一般的に、当業者には既知の前立腺がんのグレード及び／又はステージを評価するためのあらゆる許容される方法が使用されてもよい。場合によっては、前立腺がんのグレードを決定する方法は、Ｇｌｅａｓｏｎスコア（又はＧｌｅａｓｏｎ  Ｇｒａｄｅ）の決定を含む。他の場合では、前立腺がんのステージを決定する方法は、前立腺がんのステージを評価するためのＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ）腫瘍ステージ分類システムに従った決定を含む。また、本明細書において記載されているように、遺伝子（配列）発現レベルの分析は、Ｇｌｅａｓｏｎスコア又はＡＪＣＣ腫瘍ステージ決定のいずれかの代わりに行われてもよい。ＰＳＡレベルの場合、その評価は前立腺切除の前に実行することができ、前立腺切除は、本明細書において記載されるいずれかの方法において使用するための前立腺がん細胞を含む試料をもたらすために使用される。
【０２１８】
本発明のさらなる実施形態では、本明細書において先に記載される方法は、さらに、１つ又は複数の異なるバイオマーカーの発現に基づき、１つ又は複数の類似の同定方法と組み合わされてもよい。血液中の前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルを決定することが好ましい。従って、血液中のＰＳＡのレベルが、約２乃至５ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上、好ましくは約２．２乃至４．８ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上、２．４乃至４．４ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上、２．６乃至４．２ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上、又は、２．８乃至４．０ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上、より好ましくは約２．５〜４ｎｇ／ｍｌ又はそれ以上の範囲のレベルになる場合、個々を、悪性のホルモン感受性前立腺がんを患っていると、又は、近い将来、すなわち、次の１、２、３、４、５、６、１２、１４、４８カ月以内に悪性のホルモン感受性前立腺がんが発生する可能性があるとみなすことができる。ＰＤＥ４Ｄバリアントの発現についての試験は、本明細書において記載されるステップに従って行うことができる。コントロール又は対照サンプルとして、本明細書において先に記載された対照を使用することができる。特に好ましい実施形態では、試験するステップは、例えばＮＢ３００−６５２又はＧＴＸ１４６２９のような市販の抗ＰＤＥ４Ｄ７抗体等、特定のＰＤＥ４Ｄバリアント又はいくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的に結合する抗体の使用に基づいてもよい。
【０２１９】
一実施形態では、遺伝子発現レベルは、１つ又は複数のプローブ及び／又は１つ又は複数のプローブセットを使用してｍＲＮＡの発現を検出することによって決定される。
【０２２０】
一部の実施形態では、例えば個々における、前立腺がん又は前立腺がんの進行の状態をモニタリング又は予後判定する方法が提供され、当該方法は、少なくとも、試料中の１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩのレベルを決定するステップを含む。「１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩのレベルを決定する」又は「遺伝子発現レベルを決定する」又は「ＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを決定する」という用語は、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの発現産物の存在又は量の決定を意味する。従って、「１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩのレベル」という用語は、例えば１つ又は複数の転写物等の１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現産物の存在又は量、及び／又は、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの存在又は量の決定を意味する。１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現産物の存在又は量の決定は、当技術分野において既知のいかなる手段によっても成し遂げることができる。
【０２２１】
本発明の好ましい実施形態では、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現産物の存在又は量の決定は、核酸の測定によって成し遂げられる。従って、１つ又は複数の発現レベルは、遺伝子によりコードされるｍＲＮＡの検出を伴う方法によって決定することができる。
【０２２２】
例えば、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現の核酸レベルの測定は、試料から得られた核酸分子（例えばＲＮＡ又はｃＤＮＡ等）の精製、その後の、本明細書において先に記載された特異的なオリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションによって評価することができる。発現レベルの比較は、視覚的に又は適切な装置によって成し遂げることができる。ｍＲＮＡ又は発現産物を検出するための方法は、当業者には既知である。
【０２２３】
或いは、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現の核酸レベルは、ＤＮＡアレイ又はマイクロアレイの手法で検出されてもよい。典型的には、試験されることになる患者に由来する試料の核酸は処理され、好ましくは蛍光ラベルで標識される。その後、そのような核酸分子は、本発明のマーカー遺伝子に対応する固定化された捕捉プローブを用いるハイブリダイゼーションの手法において使用することができる。マイクロアレイ解析を実行するための適した手段は、当業者には既知である。
【０２２４】
標準的な設定では、ＤＮＡアレイ又はマイクロアレイは、多くの遺伝子を検出するための固定化された高密度のプローブを含む。アレイ上のプローブは、マーカー遺伝子の配列の１つ又は複数の部分に相補的なものである。典型的には、ｃＤＮＡ、ＰＣＲ産物及びオリゴヌクレオチドがプローブとして有用である。
【０２２５】
ＤＮＡアレイに基づく検出方法又はマイクロアレイに基づく検出方法は、典型的には、以下のステップを含む：（１）試料からｍＲＮＡを単離し、任意的に、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、その後、このＲＮＡ又はｃＤＮＡを標識するステップ。ＲＮＡを単離し、それをｃＤＮＡに変換する、及び、核酸を標識する方法は、マイクロアレイ技術に関するマニュアルに記載されている。（２）ステップ１からの核酸を、マーカー遺伝子に対するプローブとハイブリダイズさせるステップ。試料由来の核酸は、蛍光色素Ｃｙ３（赤色）又はＣｙ５（青色）等の色素で標識することができる。一般的に、対照試料は異なる色素で標識される。（３）プローブとの試料由来の核酸のハイブリダイゼーションを検出し、調査されるマーカー遺伝子に対する試料中のｍＲＮＡの量を、少なくとも定性的に、及びより詳細には定量的に決定するステップ。試料と対照の間の発現レベルの差は、信号強度の差に基づいて推定することができる。これらは、これだけに限定されないが、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘにより提供されるソフトウェア等の適切なソフトウェアによって測定及び分析することができる。
【０２２６】
ＤＮＡアレイ上にスポットされる、使用されるマーカー遺伝子に対応するプローブの数に制限はない。また、マーカー遺伝子は、遺伝子の異なる部分にハイブリダイズする２つ以上のプローブによって表すことができる。プローブは、選択されたマーカー遺伝子毎に設計される。そのようなプローブは、典型的には、５〜５０のヌクレオチド残基を含むオリゴヌクレオチドである。より長いＤＮＡは、ＰＣＲによって又は化学的に合成することができる。そのようなオリゴヌクレオチドを合成し、それらを基板に適用する方法は、マイクロアレイの分野において良く知られている。マーカー遺伝子以外の遺伝子もＤＮＡアレイ上にスポットすることができる。例えば、アッセイ結果を正規化するため、又は、多数のアレイ又は異なるアッセイのアッセイ結果を比較するために、発現レベルが有意に変化しない遺伝子に対するプローブがＤＮＡアレイ上にスポットされてもよい。
【０２２７】
或いは、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現の核酸レベルは、関心のある逆転写の転写物に続く定量的ＲＴ−ＰＣＲの手法、好ましくはリアルタイムＰＣＲの手法で検出されてもよい。典型的には、第１のステップとして、転写物が、当業者には既知のあらゆる適した方法に従ってｃＤＮＡ分子に逆転写される。その後、定量的ＰＣＲ又はリアルタイムＰＣＲの手法を、上記の通り得られた第１のＤＮＡ鎖に基づいて実行することができる。
【０２２８】
好ましくは、このタイプの主要なＦＲＥＴに基づくプローブとしてＴａｑｍａｎ又は分子ビーコンプローブを定量的ＰＣＲ検出に使用することができる。どちらの場合でも、プローブは、関心のある標的領域に隣接する反対側にあるプライマーの対、好ましくは、本明細書において先に記載された１つ又は複数のマーカー遺伝子特異的オリゴヌクレオチドのセットと併せて使用される内部のプローブとして役立つ。標的セグメントが増幅されると、プローブは、プライマー部位の間の同定配列において産物に選択的に結合することができ、その結果、標的発生頻度の増大と相対的なＦＲＥＴシグナル伝達の増大が引き起こされる。
【０２２９】
好ましくは、本発明に従って定量的ＰＣＲの手法に使用されることになるＴａｑｍａｎプローブは、両末端がＦＲＥＴ対で標識された約２２乃至３０塩基の、先に記載された特異的なオリゴヌクレオチドを含んでもよい。典型的には、５’末端は、フルオレセイン（例えばＦＡＭ）等のより短い波長のフルオロフォアを有することになり、３’末端は、一般に、より長い波長の蛍光クエンチャー（例えばＴＡＭＲＡ）又は非蛍光クエンチャー化合物（例えばＢｌａｃｋ  Ｈｏｌｅ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒ）で標識される。定量的ＰＣＲに使用されることになるプローブ、特に本明細書において先に記載されたプローブは、プローブが分解された後でレポーター蛍光がクエンチされるのを回避するために、レポーター色素に隣接した５’末端においてグアニン（Ｇ）を有さないことが好ましい。
【０２３０】
本発明に従って定量的ＰＣＲの手法に使用されることになる分子ビーコンプローブは、好ましくは、ＦＲＥＴ相互作用を使用してＰＣＲ産物を検出及び数量化し、各プローブは、蛍光標識された５’末端及びクエンチャーで標識された３’末端を有する。このプローブ構造のヘアピン又はステムループの立体配置は、好ましくは、２つの短い自己結合性末端を有するステム、及び、約２０乃至３０塩基の長い内部標的特異的領域を有するループを含む。
【０２３１】
同様に本発明に関して利用することができる代替的な検出機構は、ループ構造のみを用いて製作され、短い相補的なステム領域を有さないプローブを対象とする。同様に本発明に関して使用することができる定量的ＰＣＲのための代替的なＦＲＥＴに基づく手法は、標的上の隣接する部位に結合する２つのハイブリダイゼーションプローブの使用に基づき、ここで、第１のプローブは３’末端にて蛍光ドナーラベルを有し、第２のプローブはその５’末端にて蛍光アクセプターラベルを有する。
【０２３２】
特定の実施形態では、遺伝子発現レベルは、増幅に基づく方法及び／又はマイクロアレイ解析及び／又はＲＮＡ配列決定によって決定される。
【０２３３】
特定の実施形態では、前立腺がん治療の適格性について個々を同定する方法のステップ（ｃ）において、個々の試料の前立腺がんの進行指標が進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、個々が、前立腺外科手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、限局又は拡大リンパ節除去から選択される前立腺がん治療を受けるのに適格であるとして同定される。
【０２３４】
一部の実施形態では、前立腺がん治療の適格性について個々を同定する方法であって：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを、個々から得た試料において決定して、遺伝子発現プロファイルを得るステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）の前立腺がんの進行状態を示すＰＤＥ４Ｄバリアントの遺伝子発現プロファイルに基づき、少なくとも１つの前立腺がんの進行指数を決定するステップ；
（ｃ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが前立腺がんの存在を示す場合、又は、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが非進行性又は進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に前立腺がん治療を受けるのに適格であるとして個々を同定するステップ；
を含む方法が提供される。
【０２３５】
好ましい実施形態では、前立腺がん治療の適格性について個々を同定する方法のステップ（ｃ）において、個々の試料の前立腺がんの進行指標が進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、個々が、前立腺外科手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、限局又は拡大リンパ節除去から選択される前立腺がん治療を受けるのに適格であるとして同定され、さらに、個々の試料の前立腺がんの進行指標が非進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、個々が、前立腺がん治療の積極的監視を受けるのに適格であるとして同定される。
【０２３６】
本発明のさらなる態様は：
ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）バリアントの発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含み、
参照遺伝子、好ましくはハウスキーピング遺伝子、より好ましくはＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１又はＡＬＡＳ−１の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含む製品に関する。
【０２３７】
一部の実施形態では、核酸分子のセットを含む組成物が提供され、核酸分子のそれぞれが、少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現の分析のための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブ配列を含み、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１から選択される参照遺伝子の遺伝子発現の分析のための少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプローブ配列を含む。
【０２３８】
一部の実施形態では、本明細書において先に記載されたＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを決定するために、少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９のコード配列に相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１から選択される参照遺伝子の少なくとも１つに相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含む核酸アレイが提供される。
【０２３９】
「マイクロアレイ」は、これだけに限定されないが、ガラス、プラスチック又は合成膜等の一般に硬い支持体の表面上に形成された規定の面積をそれぞれが有する別個の領域の直線状又は２次元のアレイである。マイクロアレイ上の別個の領域の密度は、一部の実施形態では、少なくとも約５０／ｃｍ２、少なくとも約１００／ｃｍ２、少なくとも約５００／ｃｍ２であるが約１，０００／ｃｍ２未満等、単一の固相支持体の表面上の検出されることになる固定化されたオリゴヌクレオチドの総数によって決定される。アレイは、全部で約５００個未満、約１０００個未満、約１５００個未満、約２０００個未満、約２５００個未満又は約３０００個未満の固定化されたオリゴヌクレオチドを含有してもよい。本明細書において使用される場合、ＤＮＡマイクロアレイは、試料由来の増幅又はクローン化されたオリゴヌクレオチドとのハイブリダイズに使用されるオリゴヌクレオチドのアレイ、又は、チップ又は他の表面に配置されたオリゴヌクレオチドである。アレイ内のそれぞれ特定のポリヌクレオチドの群の位置は分かっているため、試料のオリゴヌクレオチドのマイクロアレイ内の特定の位置への結合に基づき、それらの同一性を決定することができる。
【０２４０】
「オリゴヌクレオチド」は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドのいずれかのヌクレオチドのポリマー形態である。この用語は、分子の一次構造のみを意味する。従って、この用語は、二本鎖及び一本鎖のＤＮＡ及びＲＮＡを含む。この用語はまた、当技術分野において既知のラベル、メチル化、「キャップ」、１つ又は複数の自然発生のヌクレオチドの類似体との置換、及び、非荷電結合等のヌクレオチド間修飾（例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）を含む既知のタイプの修飾を含むだけでなく、修飾されていない形態のオリゴヌクレオチドが含まれる。
【０２４１】
「増幅する」という用語は、広い意味で使用され、増幅産物の創出を、ＤＮＡ又はＲＮＡポリメラーゼを用いて酵素的に行うことができることを意味する。「増幅」は、本明細書において使用される場合、一般に、所望の配列、特に試料の所望の配列の多数のコピーを作製するプロセスを意味する。「多数のコピー」とは、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、必ずしも鋳型配列との完全な配列相補性又は同一性を意味するものではない。ＧＯＩの配列を同定するために、当技術分野において既知のいかなる配列決定方法もさらに使用することが可能である。
【０２４２】
「対応する」という用語は、必要に応じて、核酸分子が別の核酸分子と実質的な量の配列同一性を共有することを意味し得る。実質的な量とは、少なくとも９５％、通常は少なくとも９８％、より通常は少なくとも９９％を意味し、配列同一性は、非特許文献６に記載されているＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して決定される（公開されたデフォルト設定、すなわち、パラメータｗ＝４、ｔ＝１７を使用する）。ｍＲＮＡを増幅する方法は、一般に、当技術分野において既知であり、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、及び、特許文献７（２００１年１０月２５日出願）、並びに、特許文献８（２００１年６月１５日出願）及び特許文献９（２０００年１２月２２日出願）に記載されているものを含み、これらの文献の全てが完全に明記されているようにその全文が本明細書によって参照により組み込まれる。使用することができる別の方法は、定量的ＰＣＲ（又はＱ−ＰＣＲ）である。或いは、当技術分野において既知の方法によってＲＮＡを対応するｃＤＮＡとして直接標識することができる。
【０２４３】
本発明は、過剰発現又は過少発現される遺伝子（又は発現される配列）の同定に依拠するため、本発明の一実施形態は、特定の遺伝子配列に独特であるオリゴヌクレオチドに対する、試料の細胞のｍＲＮＡ又はその増幅若しくはクローン化されたバージョン（ＤＮＡ又はｃＤＮＡ等）のハイブリダイゼーションによって発現を決定することを伴う。このタイプのオリゴヌクレオチドは、他の遺伝子配列においては見いだされない、遺伝子配列の少なくとも約２０、少なくとも約２２、少なくとも約２４、少なくとも約２６、少なくとも約２８、少なくとも約３０又は少なくとも約３２の連続した塩基対を含有し得る。前の文において使用されている「約」という用語は、規定された数値から１の増減を意味する。他の実施形態は、他の遺伝子配列においては見いだされない、少なくとも又は約５０、少なくとも又は約１００、少なくとも約又は１５０、少なくとも又は約２００、少なくとも又は約２５０、少なくとも又は約３００、少なくとも又は約３５０、又は、少なくとも又は約４００の遺伝子配列の塩基対のオリゴヌクレオチドを使用してもよい。前の文において使用されている「約」という用語は、規定された数値から１０％の増減を意味する。そのようなオリゴヌクレオチドは、本明細書において記載される遺伝子の配列又はその独特の一部にハイブリダイズする能力を持つオリゴヌクレオチドプローブとも称され得る。多くの場合、ハイブリダイゼーションの条件は、約３０％ｖ／ｖ乃至約５０％ホルムアミド、及び、ハイブリダイゼーションのための約０．０１Ｍから約０．１５Ｍまでの塩、及び、約５５乃至約６５℃以上の洗浄条件、又は、それと同等の条件のための約０．０１Ｍから約０．１５Ｍまでの塩というストリンジェントな条件である。
【０２４４】
他の実施形態では、本発明において使用するためのオリゴヌクレオチドプローブは、発現が決定されるであろうマーカー遺伝子配列との約９５％又は９５％、約９６％又は９６％、約９７％又は９７％、約９８％又は９８％、又は、約９９％又は９９％の同一性を有し得る。同一性は、上記のＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して決定される。これらのプローブはまた、上記のストリンジェントな条件又はそれと同等の条件下で、本発明の方法において使用される発現されるマーカー遺伝子にハイブリダイズする能力に基づき記載することもできる。
【０２４５】
多くの場合、配列は、マーカー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡの配列、そのようなｍＲＮＡの対応するｃＤＮＡの配列、及び／又は、そのような配列の増幅されたバージョンの配列である。本発明の一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、プローブを局在させるアレイ、他の装置又は個々のスポットの上に固定化される。
【０２４６】
本発明に従って使用することができる適したラベルは、放射性同位体、ヌクレオチド発色団、酵素、基質、蛍光分子、化学発光部分、磁気粒子及び生物発光部分等を含む。そのようなものとして、ラベルは、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的又は化学的な手段によって検出可能ないかなる組成物である。「支持体」という用語は、ビーズ、粒子、ディップスティック、線維、フィルター、膜、及び、シラン又はケイ酸塩の支持体、例えばガラススライド等の従来の支持体を意味する。
【０２４７】
一部の実施形態では、前立腺がん治療に対する適格性につき個々を同定するために前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するためのキットが提供され、当該キットは：ａ）上述の項目のいずれかにおいて定められているＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを決定するために、少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアント、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９のコード配列に相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１から選択される参照遺伝子の少なくとも１つに相補的であり且つハイブリダイズ可能である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含むアレイ、ｂ）キット対照；及びｃ）任意的に使用説明書を含む。
【０２４８】
典型的には、本発明のキットは、本明細書において先に記載された１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの特異的検出を可能にする１つ又は複数の薬剤を含有する。キットの薬剤又は成分は、本発明に従って、１つ又は複数の容器又は別々の実体に含まれていてもよい。薬剤の性質は、キットが対象とされる検出の方法によって決定される。
【０２４９】
さらに、キットは、キットの較正に又は内部標準として使用することができる、ある量の既知の核酸分子を含んでもよい。典型的には、１つ又は複数のマーカー遺伝子又はＧＯＩの発現産物を検出するためのキットは、ＰＣＲ緩衝液、ｄＮＴＰ、ポリメラーゼ、二価カチオン又は一価カチオンのようなイオン、ハイブリダイゼーション溶液等のような副成分を含んでもよい。そのような成分は、当業者には既知であり、実行される検出方法に応じて変わり得る。加えて、キットは、指示リーフレットを含んでもよく、及び／又は、得られた結果の関連性に関する情報を提供してもよい。
【０２５０】
本発明のさらなる態様は、本明細書において記載される方法を行うための装置であって：ａ）前立腺がんの進行状態に関連する参照遺伝子発現値を含む記録を含むデータベースであり、各参照プロファイルが、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを含む、データベース、及び／又は、ｂ）データベース内の遺伝子参照発現プロファイルとの比較に使用するための、ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される少なくとも２つのＰＤＥ４Ｄバリアントの発現レベルを含む遺伝子のセットの遺伝子発現値の選択を受信及び／又は入力する能力を持つユーザインタフェース；ｃ）遺伝子のセットの発現レベルに従ったがんの状態の予測を表示する出力、を含む装置に関する。
【０２５１】
さらなる態様は、本明細書において記載される方法のステップを含む、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するためのコンピュータ実装方法に関する。
【０２５２】
本願に関して、「前立腺がん又は前立腺がんの進行状態をモニター又は予後判定するためのコンピュータ実装方法」という表現は、分析される患者について、ソフトウェアアルゴリズムがＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを算出し、それに基づき予後判定を提供する方法を意味し、この方法は、本明細書において言及される遺伝子の遺伝子発現レベルを測定し、それを上記の方程式を使用してＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘに変換することで得られる生のデータを使用する。
【０２５３】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんの治療又は予防において使用するための刺激性医薬組成物に関し、当該刺激性医薬組成物は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物であり、好ましくは、酵素活性のアロステリックアゴニストである、化合物；
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物；
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質、又は、その生理活性等価物；
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸；
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質；
（ｆ）脱メチル化剤；及び、
（ｇ）ホスホジエステラーゼ置換因子、好ましくは、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子、抗体又はアプタマー；
の群から選択される少なくとも１つの要素を含む。
【０２５４】
一部の実施形態では、前立腺がんの治療又は予防において使用するための刺激性医薬組成物が提供され、当該刺激性医薬組成物は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８及びＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物であり、好ましくは、酵素活性のアロステリックアゴニストである、化合物；
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物；
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質、又は、その生理活性等価物；
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸；
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質；
（ｆ）脱メチル化剤；及び、
（ｇ）ホスホジエステラーゼ置換因子、好ましくは、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子、抗体又はアプタマー；
の群から選択される少なくとも１つの要素を含む。
【０２５５】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんの治療又は予防において使用するための阻害性医薬組成物に関し、当該阻害性医薬組成物は：
（ａ）ＰＤＥ４Ｄ１、ＰＤＥ４Ｄ２、ＰＤＥ４Ｄ３、ＰＤＥ４Ｄ４、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ６、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択されるＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に阻害する化合物；
（ｂ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に阻害する化合物；
（ｃ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質のドミナントネガティブ型、又は、その生理活性等価物；
（ｄ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのドミナントネガティブ型をコード化及び発現する核酸；
（ｅ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｍｉＲＮＡ；
（ｆ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに対するアンチセンス分子；
（ｇ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なｓｉＲＮＡ；
（ｈ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントの発現産物に特異的な、又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的なアプタマー；
（ｉ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的に結合する能力を持つ小分子又はペプチド模倣体；及び、
（ｊ）（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体、及び／又は、（ａ）のＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質に特異的な抗体バリアント；
の群から選択される少なくとも１つの要素を含み、
ＰＤＥ４Ｄバリアントは、好ましくは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ８、ＰＤＥ４Ｄ９を含む群から選択される。
【０２５６】
一部の実施形態では、前立腺がんの治療のための刺激性又は阻害性の医薬組成物が提供され、当該組成物は、前立腺がんの進行状態を示すＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘに応じて個々に投与される。
【０２５７】
一部の実施形態では、前立腺がんの治療のための刺激性又は阻害性の医薬組成物が提供され、当該組成物は、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に個々に投与される。
【０２５８】
好ましい実施形態では、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが所定のカットオフを下回る。
【０２５９】
別の好ましい実施形態では、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが対照レベルを下回る。
【０２６０】
別の好ましい実施形態では、個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが対照レベルを下回り、ここで、対照レベルは、それぞれ個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５である。
【０２６１】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんを有する対象を治療する方法に関し、当該方法は、
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を投与するステップ、
を含む。
【０２６２】
本発明のさらなる態様は、前立腺がんを有する対象を治療する方法に関し、当該方法は、
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘが進行性の前立腺がんの進行状態を示す場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を投与するステップ、
を含む。
【０２６３】
前立腺がんを有する対象を治療する方法であって、当該方法は、
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが所定の閾値未満である場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を投与するステップ、
を含む。
【０２６４】
前立腺がんを有する対象を治療する方法であって、当該方法は、
（ｉ）個々の試料のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４又はＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５のうち少なくとも１つが所定の閾値未満である場合に、前立腺がんを有する対象を選択するステップ、及び、
（ｉｉ）本明細書において記載される刺激性又は阻害性の医薬組成物を投与するステップ、
を含む。
【０２６５】
本明細書において使用される場合「ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物」という用語は、ＰＤＥ４Ｄバリアントとの直接的な相互作用によってＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を増加させてｃＡＭＰを分解する能力を持つ化合物を意味する。そのような化合物は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの触媒活性に正の影響を及ぼすＰＤＥ４Ｄバリアントのいかなる直接的な相互作用物質であってもよい。そのような化合物は、好ましくは、例えばホモトロピックなアロステリックモジュレーター等のＰＤＥ４Ｄバリアントの触媒活性のアロステリックアゴニストであってもよい。好ましいＰＤＥ４Ｄバリアントのアロステリックアゴニストは、ｃＡＭＰ又はｃＡＭＰ類似体である。本発明によって構想される他の直接的に刺激する化合物は、イオン、好ましくは、Ｃａ２＋、Ｍｇ２＋のような生物学的に活性な一価及び二価の陽イオンである。
【０２６６】
本明細書において使用される場合「ＰＤＥ４Ｄの活性を直接的に刺激する又は調節する化合物」という用語は、ＰＤＥ４Ｄとの直接的な相互作用によって、特定のバリアントに対して選択的であることなくＰＤＥ４Ｄの活性を増加させてｃＡＭＰを分解する能力を持つ化合物を意味する。そのような化合物は、ＰＤＥ４Ｄの触媒活性に正の影響を及ぼすＰＤＥ４Ｄのいかなる直接的な相互作用物質であってもよい。そのような化合物は、好ましくは、例えばホモトロピックなアロステリックモジュレーター等のＰＤＥ４Ｄの触媒活性のアロステリックアゴニストであってもよい。好ましいＰＤＥ４Ｄのアロステリックアゴニストは、ｃＡＭＰ又はｃＡＭＰ類似体である。本発明によって構想される他の直接的に刺激する化合物は、イオン、好ましくは、Ｃａ２＋、Ｍｇ２＋のような生物学的に活性な一価及び二価の陽イオンである。
【０２６７】
本明細書において使用される場合「ＰＤＥ４Ｄの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物」という用語は、ＰＤＥ４Ｄの直接的な相互作用物質との相互作用（「間接的な相互作用物質」）によって、又は、ＰＤＥ４Ｄとの相互作用を伴わない間接的な作用経路を介して、特定のバリアントに対して選択的であることなくＰＤＥ４Ｄの活性を増加させてｃＡＭＰを分解する能力を持つ化合物を意味する。そのような化合物は、ＰＤＥ４Ｄの相互作用物質のいかなる直接的な相互作用物質であってもよい。ＰＤＥ４Ｄの相互作用物質の直接的な相互作用物質によって伝えられる効果は、ＰＤＥ４Ｄの相互作用物質自体がＰＤＥ４Ｄの活性に正の影響を及ぼす場合に正であり、又は、ＰＤＥ４Ｄの相互作用物質がＰＤＥ４Ｄの活性に負の影響を及ぼす場合に負であり得る。典型的には、正に作用する間接的な相互作用物質は、直接的な相互作用物質のアゴニスト効果を刺激することができ、例えば、ｃＡＭＰの産生等を高めることによって、ＰＤＥ４Ｄ７により与えられることのないｃＡＭＰの分解プロセスを阻害することにより、ｃＡＭＰ又はその類似体のようなアロステリックに作用する化合物の濃度の増加を誘発することができる。
【０２６８】
或いは、そのような正に作用する間接的な相互作用物質は、直接的に結合するタンパク質の結合挙動の変更を誘発し、特定のバリアントに対して選択的であることなくＰＤＥ４Ｄの活性を増加させる可能性がある。典型的には、負に作用する間接的な相互作用物質は、ＰＤＥ４Ｄの阻害物質に対して阻害効果を有し得る。そのような相互作用物質の例は、ＰＤＥ４Ｄの阻害物質を分解する酵素活性、又は、ＰＤＥ４Ｄの阻害物質に結合してクエンチする能力を持つタンパク質である。或いは、例えばプロテアーゼ阻害剤等のそのような相互作用物質は、ＰＤＥ４Ｄの分解をもたらす活性を阻害することができる。さらなる例及びその実行は、当業者には知られているであろう。
【０２６９】
本明細書において使用される場合「ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を間接的に刺激する又は調節する化合物」という用語は、ＰＤＥ４Ｄ７の直接的な相互作用物質との相互作用（「間接的な相互作用物質」）によって、又は、ＰＤＥ４Ｄバリアントとの相互作用を伴わない間接的な作用経路を介して、ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を増加させてｃＡＭＰを分解する能力を持つ化合物を意味する。そのような化合物は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの相互作用物質のいかなる直接的な相互作用物質であってもよい。ＰＤＥ４Ｄバリアントの相互作用物質の直接的な相互作用物質によって伝えられる効果は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの相互作用物質自体がＰＤＥ４Ｄバリアントの活性に正の影響を及ぼす場合に正であり、又は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの相互作用物質がＰＤＥ４Ｄバリアントの活性に負の影響を及ぼす場合に負であり得る。典型的には、正に作用する間接的な相互作用物質は、直接的な相互作用物質のアゴニスト効果を刺激することができ、例えば、ｃＡＭＰの産生等を高めることによって、ＰＤＥ４Ｄ７により与えられることのないｃＡＭＰの分解プロセスを阻害することにより、ｃＡＭＰ又はその類似体のようなアロステリックに作用する化合物の濃度の増加を誘発することができる。
【０２７０】
或いは、そのような正に作用する間接的な相互作用物質は、直接的に結合するタンパク質の結合挙動の変更を誘発し、ＰＤＥ４Ｄバリアントの活性を増加させる可能性がある。典型的には、負に作用する間接的な相互作用物質は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの阻害物質に対して阻害効果を有し得る。そのような相互作用物質の例は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの阻害物質を分解する酵素活性、又は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの阻害物質に結合してクエンチする能力を持つタンパク質である。或いは、例えばプロテアーゼ阻害剤等のそのような相互作用物質は、ＰＤＥ４Ｄバリアントの分解をもたらす活性を阻害することができる。さらなる例及びその実行は、当業者には知られているであろう。
【０２７１】
或いは、ＰＤＥ４Ｄ活性の間接的な刺激は、内因性ＰＤＥ４Ｄ遺伝子の発現を活性化、保護又は維持する化合物によって伝えられ得る。そのような化合物の例は、ＰＤＥ４Ｄ特異的な転写因子、ＰＤＥ４Ｄ特異的又はＰＤＥ４Ｄバリアント特異的なｍＲＮＡ安定化活性、又は、ＰＤＥ４Ｄスプライス因子／ＰＤＥ４Ｄ特異的なスプライス因子である。さらなる例及びその実行は、当業者には知られているであろう。
【０２７２】
刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質」は、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質であってもよい。特に、本明細書において記載されるヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント１、２、４、５、６、８、９によりコードされるタンパク質であってもよい。これに関して使用される場合「ＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質」は、ＳＥＱ  ＩＤ番号：２、４、６、８、１０、１２、１６又は１８に記載の配列と少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、及び、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１、３、５、９、７、９、１１、１５又は１７に記載の配列と少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列も含む。
【０２７３】
刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４Ｄのタンパク質」は、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントの混合物、又は、少なくとも２つのＰＦＥ４Ｄバリアントに共通のＰＤＥ４Ｄバリアントの切断型であってもよい。
【０２７４】
「ＰＤＥ４Ｄの生理活性等価物」という用語は、又は、本明細書において使用される場合、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントに共通するＰＤＥ４Ｄの機能の全て又は大部分を行う能力を持つＰＤＥ４Ｄのタンパク質を意味する。好ましくは、ｃＡＭＰを分解する能力を持つタンパク質に関する。
【０２７５】
「ＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物」という用語は、又は、本明細書において使用される場合、ＰＤＥ４Ｄバリアントの機能の全て又は大部分を行う能力を持つＰＤＥ４Ｄバリアントのタンパク質を意味する。好ましくは、ｃＡＭＰを分解する能力を持つタンパク質に関する。
【０２７６】
本発明によるＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ４Ｄバリアント、又は、ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物は、当業者には既知のいかなる適した方法によっても組換えにより作製することができる。従って、本発明は、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ４Ｄバリアント、又は、ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物の作製方法も包含する。
【０２７７】
従って、本発明は、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ４Ｄバリアント、又は、ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物をコードするオリゴヌクレオチドを含有するベクター、宿主細胞、及び、組換え技術によるＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄの生理活性等価物の作製を熟考する。
【０２７８】
適切なベクターは、例えば、ファージ、プラスミド、ウイルス又はレトロウイルスのベクターであってもよい。レトロウイルスのベクターは、複製可能又は複製欠損であり得る。後者の場合、ウイルス増殖は、一般的に、捕捉（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ）宿主細胞においてのみ発生することになる。ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ４Ｄバリアント、又は、ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物をコードするポリヌクレオチドは、宿主における増殖のための選択可能なマーカーを含有するベクター又はキャリアに結合され得る。対応するポリヌクレオチドの挿入部は、ファージラムダＰＬプロモーター、大腸菌ｌａｃ、ｔｒｐ、ｐｈｏＡ及びｔａｃのプロモーター、ＳＶ４０初期及び後期のプロモーター、及び、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、又は、ＰＳＡプロモーター等の適切なプロモーターに動作可能に連結されてもよい。他の適したプロモーターは、当業者には既知である。発現構築物は、転写開始、終止のための部位、及び、転写される領域においては、翻訳のためのリボソーム結合部位をさらに含有してもよい。構築物によって発現される転写物のコード部分は、好ましくは、開始部分にて翻訳開始コドン、及び、翻訳されることになるポリペプチドの末端に適切に位置する終止コドン（ＵＡＡ、ＵＧＡ又はＵＡＧ）を含む。
【０２７９】
ポリペプチド又はタンパク質は、グリコシル化されてもよく、又は、非グリコシル化であってもよく、又さもなければ、修飾されてもよい。加えて、ポリペプチド又はタンパク質は、場合によっては宿主媒介プロセスの結果として、初期に修飾された（ｉｎｉｔｉａｌ  ｍｏｄｉｆｉｅｄ）メチオニン残基も含むことができる。さらに、ポリペプチド、タンパク質又はペプチドは、アセチル化、ＰＥＧ化、ＨＥＳ化、ホルミル化、リン酸化、アミド化、既知の保護／ブロッキング基による誘導体化、特異的化学的切断、タンパク質切断、細胞リガンド又は他のタンパク質への結合、又は、ＨＡＰ化、すなわち、グリシンが豊富なホモアミノ酸ポリマー（ＨＡＰ）との融合等によって修飾されてもよい。そのような修飾は、当業者には既知の適した技術によって実行することができる。加えて、ポリペプチド、ペプチド又はバリアントは、１つ又は複数の非古典的なアミノ酸を含有し得る。
【０２８０】
加えて、本発明のＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ４Ｄバリアント又はＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物は、例えばペプチド合成機を使用することによって等、当技術分野において既知の技術を使用して化学的に合成することができる。
【０２８１】
「ポリヌクレオチド」は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドのいずれかのヌクレオチドのポリマー形態である。この用語は、分子の一次構造のみを意味する。従って、この用語は、二本鎖及び一本鎖のＤＮＡ及びＲＮＡを含む。この用語は、当技術分野において既知のラベル、メチル化、「キャップ」、１つ又は複数の自然発生のヌクレオチドの類似体との置換、及び、非荷電結合等のヌクレオチド間修飾（例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）を含めた既知のタイプの修飾を含むだけでなく、修飾されていない形態のオリゴヌクレオチドも含む。
【０２８２】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４Ｄをコード化及び発現する核酸」は、いかなる適したキャリア要素も意味し、例えば、本明細書において先に記載されたように、発現可能なＰＤＥ４Ｄ遺伝子を含む。
【０２８３】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸」は、いかなる適したキャリア要素も意味し、例えば、本明細書において先に記載されたように、発現可能なＰＤＥ４Ｄ遺伝子を含む。好ましくは、そのようなキャリア要素は、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１５及び１７に記載のヌクレオチド配列を含んでもよい。そのようなキャリア要素は、ＰＤＥ４Ｄバリアントに対して高い相同性の程度を示すヌクレオチド配列、例えば、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１、３、５、７、９、１１、１５及び１７に記載の配列と少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％一致する核酸配列、又は、ＳＥＱ  ＩＤ番号：２、４、６、８、１０、１２、１６及び１８に記載の配列と少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％一致するアミノ酸配列をコードする核酸配列も含むことができる。或いは、キャリアは、ＰＤＥ４Ｄのゲノム配列、好ましくは、ＥＮＳＥＭＢＬ  データベースエントリ  ＥＮＳＧ０００００１１３４４８（バージョンＥＮＳＧ０００００１１３４４８．８，Ｅｎｓｅｍｂｌリリース５３−Ｍａｒｃｈ  ２００９）に記載されている配列を含んでもよく、これは、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１９に対応するか、又は、Ｇｅｎｂａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＡＣ０３４２３４（２００９年３月２４日の時点でバージョンＡＣ０３４２３４．４，ＧＩ：１８３９０１８２）と組み合わせてＧｅｎｂａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＡＣ００８９３４（２００９年３月２４日の時点でバージョンＡＣ００８９３４．５，ＧＩ：１７３８６２３５）から得ることができるか、又は、非特許文献から得ることができる。より好ましくは、キャリアは、ＳＥＱ  ＩＤ番号：１９に記載のＰＤＥ４Ｄのゲノム配列を含んでもよい。
【０２８４】
さらに、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物が、本発明のキャリアに含まれてもよい。
【０２８５】
ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントをコードするポリヌクレオチドは、好ましくは、ヒト細胞における増殖のために選択可能なマーカーを含有するベクターに結合させることができる。好ましい実施形態では、ポリヌクレオチドの挿入部は、ＰＳＡプロモーターに動作可能に連結されてもよい。
【０２８６】
本発明の一実施形態では、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントをコード化及び発現する核酸は、生きた（ｌｉｖｉｎｇ）治療を介して提供することができる。「生きた治療」という用語は、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアント、又は、ＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントの生理活性等価物が、あらゆる適した生きたキャリアにおいて発現させられることを意味する。従って、本発明は、生細胞における発現に適した対応するポリヌクレオチドに関する。本発明は、そのようなポリヌクレオチドを含有するベクター、適切な宿主細胞及びその宿主細胞内における組み換え技術によるポリペプチドの作製にも関する。
【０２８７】
「生きたキャリア」という用語は、当業者には既知のあらゆる適切な生きている宿主細胞又はウイルスに関する。適切な宿主の代表的な例として、大腸菌又は乳酸菌等の細菌細胞、酵母細胞等の真菌細胞、原生動物、昆虫細胞又は動物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。好ましくは、この用語は、弱毒性細菌、弱毒性真菌細胞又は弱毒性原生動物に関する。適切なウイルスの代表的な例として、アデノウイルス、レトロウイルス又はレンチウイルスの群のウイルス、好ましくは、アデノウイルス、レトロウイルス又はレンチウイルスの群の弱毒性ウイルスが挙げられる。好ましい実施形態では、生菌の細菌細胞、特に、生菌の大腸菌又は乳酸菌細胞が使用されてもよい。より好ましくは、大腸菌ニッスル（Ｎｉｓｓｌｅ）１９７３の細胞、さらにより好ましくは、ラクトバチルスカゼイ又はラクトバチルスゼアエ３９３の細胞が使用されてもよい。
【０２８８】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４ＤのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質」は、特定のＰＤＥ４Ｄバリアントに対して選択性を有することのない、ＰＤＥ４ＤのｍｉＲＮＡ又はマイクロＲＮＡ分子に相補的な核酸配列をコードする核酸分子を意味する。
【０２８９】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「ＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡに特異的なｍｉＲＮＡ阻害物質」は、ＰＤＥ４ＤバリアントのｍｉＲＮＡ又はマイクロＲＮＡ分子に相補的な核酸配列をコードする核酸分子を意味する。
【０２９０】
本明細書において使用される場合「相補的」という用語は、いかなるミスマッチもないｍｉＲＮＡ阻害物質の核酸（センス分子）とｍｉＲＮＡ（アンチセンス分子）との完全な相補、並びに、核酸がｍｉＲＮＡ分子と比較してあらゆる塩基のミスマッチ及び／又は追加の又は欠損したヌクレオチドを含有している状況を意味する。他の実施形態では、２つの分子が、１つ又は複数の塩基のミスマッチを含むか、又は、（追加又は欠失のために）そのヌクレオチドの総数が異なる。さらなる実施形態では、「相補的な」ｍｉＲＮＡ阻害物質の核酸分子は、ｍｉＲＮＡ分子に含まれる配列との完全な相補性を示す少なくとも１０の近接しているヌクレオチドを含む。
【０２９１】
典型的には、ｍｉＲＮＡ阻害物質の核酸分子は、自然発生のＤＮＡ又はＲＮＡ分子、又は、その配列中に同じタイプ又は１つ又は複数の異なるタイプの１つ又は複数の修飾されたヌクレオチドを含む合成核酸分子である。
【０２９２】
例えば、本発明によって、そのようなｍｉＲＮＡ阻害物質の核酸分子は、少なくとも１つのリオヌクレオチド骨格ユニット及び少なくとも１つのデオキシリボヌクレオチド骨格ユニットを含むということが構想される。さらに、ｍｉＲＮＡ阻害物質の核酸分子は、２´−Ｏ−メチル基又は２´−Ｏ−メトキシエチル基（「２´−Ｏ−メチル化」とも呼ばれる）へのＲＮＡ骨格の１つ又は複数の修飾を含有してもよく、これは、培地内のヌクレアーゼの分解を防ぎ、重要なことには、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体のヌクレアーゼによるヌクレオチド鎖切断も防ぎ、ｍｉＲＮＡの不可逆的な阻害を引き起こす。２´−Ｏ−メチル化と機能的に同等である別の可能な修飾は、本明細書において先に記載されているように、１つ又は複数のＬＮＡヌクレオチドモノマーを含有する核酸類似体を表すロックド核酸（ＬＮＡ）を伴う。
【０２９３】
本発明に関して使用されることになるｍｉＲＮＡ発現の別の種類のサイレンサーは、コレステロールに結合した一本鎖ＲＮＡ分子を表す「アンタゴミル」と称される化学的に操作されたオリゴヌクレオチドを含む。この分子は、１９から２５のヌクレオチドを含んでもよい。好ましくは、この分子は、２０、２１、２２、２３又は２４のヌクレオチドを含む。より好ましくは、この分子は、２３のヌクレオチドを含む（さらなる詳細は、非特許文献８から得ることができる）。
【０２９４】
本発明の別の実施形態では、本明細書において先に記載されたｍｉＲＮＡ阻害物質は、組織又は細胞に導入されることになる発現ベクターの形態で提供されてもよい。或いは、そのようなベクターは、また、本明細書において先に記載された生きた治療において導入されてもよい。
【０２９５】
典型的には、ＲＮＡは、遺伝子導入又は一過性発現のベクター又はキャリアの形態で提供される導入遺伝子から作製することができる。例えば、競合的ｍｉＲＮＡ阻害物質は、強力なプロモーターから発現させられる転写物として提供することができ、関心のあるマイクロＲＮＡへの２つ以上の、好ましくは多数のタンデム結合部位を含有する。非特許文献９に記載されている「マイクロＲＮＡスポンジ」は、この技術の例示的で非限定的な例である。
【０２９６】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「脱メチル化剤」は、クロマチン構造、好ましくはプロモーター領域、より好ましくはＰＤＥ４Ｄ又はＰＤＥ４Ｄバリアントのプロモーターを脱メチル化する能力を持つ作用物質を意味する。本発明に関して使用されることになる脱メチル化剤の例は、５−アザ−２´−デオキシシチジン及び５−アザシチジンであり、これらは、ＤＮＡのメチル化を伴う構造的なクロマチンの変化によって不適切に発現停止させられた遺伝子を再活性化し、さらに、これらの変化を逆転させることができ、従って、主要な細胞経路を回復させることができる。これは、典型的には、遺伝子の再発現及び形質転換状態のいくつかの態様の復帰をもたらす。５−アザシチジン及び５−アザ−２´−デオキシシチジンは、典型的には、ＤＮＡ中の５−アザ−２´−デオキシシチジン残基と酵素との安定した複合体の形成を介してＤＮＡシトシンＣ５−メチルトランスフェラーゼを不活性化し、その結果、メチルトランスフェラーゼ酵素に結合した場合に、安定した遷移状態の中間体を模倣する。
【０２９７】
それ自体で又は５−アザ−２´−デオキシシチジン及び／又は５−アザシチジンと組み合わせて本発明による刺激性医薬組成物に含まれ得るさらなる作用物質は、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）である。
【０２９８】
本明細書において先に記載された刺激性医薬組成物に含まれる「ホスホジエステラーゼ置換因子」は、特定のＰＤＥ４Ｄに対する選択性を有して又は有することなく、相互作用パートナー又は相互作用物質とのホスホジエステラーゼ、特にＰＤＥ４Ｄの相互作用を妨げる又は妨害する能力を持つ化合物を意味する。そのようなプロセスは、最終的には、特定のＰＤＥ４Ｄに対する選択性を有して又は有することなく、以前とは異なる相互作用パートナーとのＰＤＥ、特にＰＤＥ４Ｄの会合をもたらし、その結果、ＰＤＥの再分布をもたらし得る。そのような新たな相互作用パートナーは、特定のＰＤＥ４Ｄに対する選択性を有して又は有することなく、ＰＤＥ、特にＰＤＥ４Ｄを隔離し、それに応じて、例えば、受容体の結合又は他の下流の活性に対する影響を誘発する等、細胞挙動を変更し得る。そのような置換反応に含まれ得る及び／又はＰＤＥ、特にＰＤＥ４Ｄ７を隔離する能力を持つタンパク質パートナーの例は、ＡＫＡＰのようなアンカー型タンパク質、ＤＩＳＣ１、ベータ−アレスチン又はＲＡＣＫ１のようなスキャフォールドタンパク質、ＸＡＰ２／ＡＩＰ／ＡＲＡ９のような調節タンパク質、ＰＫＡ−ＲサブユニットのようなｃＡＭＰ結合タンパク質、又は、ベータ１−アドレナリン受容体のようなＥＰＡＣ又は受容体、並びに、ＥＲＫのような酵素である。
【０２９９】
好ましいホスホジエステラーゼ置換因子は、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子、抗体及びアプタマーである。
【０３００】
ホスホジエステラーゼ置換因子に関して「ペプチド」は、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントに共通の、又は、ある特定のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なホスホジエステラーゼ分子に存在するか又はそれを表すひと続きのアミノ酸、又は、本明細書において先に記載された相互作用又は隔離タンパク質を意味する。ペプチドに含まれるひと続きのアミノ酸は、５乃至１００のアミノ酸、好ましくは１０乃至５０のアミノ酸、より好ましくは２０乃至３０のアミノ酸の長さを有してもよい。ひと続きのアミノ酸は、ＰＤＥ、又は、相互作用タンパク質又はその一部と完全に一致してもよく、又は、配列多様性を含み得る。例えば、ペプチド配列は、全ての位置のうち２５％までの位置にて修飾されたアミノ酸残基を含んでもよく、好ましくは、分子の構造特性又は結合特性を変えない修飾を含んでもよい。ペプチドに存在するアミノ酸配列は、或いは、ＰＤＥ又は相互作用タンパク質の空間ドメインを表し、それに応じて、分子の一次配列において隣接していないアミノ酸のひと続きの並置を含み得る。
【０３０１】
ホスホジエステラーゼ置換因子に関して「ペプチド模倣体」は、ペプチドを模倣するように設計された小さいタンパク質様の鎖を意味する。そのようなペプチド模倣体は、分子の性質を変えるために既存のペプチド、例えば、本明細書において先に記載されたペプチドの修飾から生じ得る。ペプチド模倣体は、分子の安定性又は結合能力を変化させる修飾から生じ得る。これらの修飾は、典型的には、自然には発生しないペプチドへの変化を伴う。例えば、本発明によるペプチド模倣体は、変えられたペプチド主鎖を有してもよく、又は、非天然のアミノ酸を含んでもよい。好ましくは、本発明によるペプチド模倣体は、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントに対して共通の、又は、ある特定のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なホスホジエステラーゼ分子、又は、本明細書において先に記載された相互作用又は隔離タンパク質を表し得る。
【０３０２】
本発明の一実施形態では、ペプチド模倣体は、ＰＤＥ、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントのうちいずれか又は選択的に特定のＰＤＥ４Ｄバリアントとその相互作用物質との相互作用を阻止し得る。本発明の別の実施形態では、ペプチド模倣体は、ＰＤＥ、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントのうちいずれか又は選択的に特定のＰＤＥ４Ｄバリアントとその相互作用物質との相互作用を増強し得る。
【０３０３】
ペプチド模倣体の調製のための方法及び技術、並びに、ペプチド模倣体の検査のためのアッセイは、当業者には既知である。
【０３０４】
ホスホジエステラーゼ置換因子に関して「小分子」は、好ましくは生理活性である小さい有機化合物、すなわち生体分子であるが、好ましくはポリマーではないものを意味する。そのような有機化合物は、いかなる適した形態又は化学的性質を有してもよい。上記の化合物は、例えば二次代謝産物等の天然化合物、又は、デノボ設計され生成された人工化合物であってもよい。本発明の一実施形態では、小分子は、ＰＤＥ、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントのうちいずれか又は選択的に特定のＰＤＥ４Ｄバリアントとその相互作用物質との相互作用を阻止する能力を持つ。本発明の別の実施形態では、小分子は、ＰＤＥ、特にＰＤＥ４Ｄ７とその相互作用物質との相互作用を増強し得る。小分子の同定及び調製のための方法及び技術、並びに、小分子の検査のためのアッセイは、当業者には既知である。
【０３０５】
ホスホジエステラーゼ置換因子に関して「抗体」又は「アプタマー」は、ＰＤＥ、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントのうちいずれか又は選択的に特定のＰＤＥ４Ｄバリアントとその相互作用物質のうち１つ又は複数との相互作用を妨げる又は妨害する能力を有する、本明細書において先に記載されたいくつかのＰＤＥ４Ｄバリアント又は選択的にある特定のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なＰＤＥ４Ｄ特異的抗体又は抗体バリアント若しくはフラグメント、又は、本明細書において先に記載されたいくつかのＰＤＥ４Ｄバリアント又は選択的にある特定のＰＤＥ４Ｄバリアントに特異的なＰＤＥ４Ｄ７特異的アプタマーを意味する。或いは、この用語は、同様にＰＤＥ、いくつかのＰＤＥ４Ｄバリアントのうちいずれか又は選択的に特定のＰＤＥ４Ｄバリアントとその相互作用物質のうち１つ又は複数との相互作用を妨げる又は妨害する能力を有する、本明細書において先に記載されたＰＤＥ４Ｄ／ＰＤＥ４Ｄバリアント相互作用物質のうちいずれか１つ又は複数に結合する抗体又はアプタマーも意味し得る。抗体又はアプタマーの作製又は検査のための方法は、本明細書において先に記載されており、及び／又は、当業者には既知である。
【０３０６】
本発明のさらなる態様は、コンピュータ可読媒体に記憶されたか又は通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含むコンピュータプログラムプロダクトであって、コンピュータ上で実行されると、本明細書において記載される方法のうちいずれか１つの方法の１つ又は複数のステップ又は全てのステップを実行する、コンピュータプログラムプロダクトに関する。
【０３０７】
１つ又は複数のコンピュータ可読媒体のいかなる組合せも利用することができる。コンピュータ可読媒体は、コンピュータ可読シグナル媒体又はコンピュータ可読記憶媒体であってもよい。コンピュータ可読記憶媒体は、例えば、電子的、磁気的、光学的、電磁的、赤外の、又は、半導体のシステム、器具又は装置、又は、前述のもののいかなる適した組合せであってよいが、これらに限定されない。コンピュータ可読記憶媒体のより具体的な例（非網羅的なリスト）として、以下の：１つ又は複数のワイヤを有する電気接続、携帯型コンピュータディスケット、ハードディスク、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリー（ＲＯＭ）、又は消去可能プログラム可能リードオンリーメモリー（ＥＰＲＯＭ又はフラッシュメモリ）、光ファイバー、携帯型コンパクトディスクリードオンリーメモリー（ＣＤ−ＲＯＭ）、光記憶装置、磁気記憶装置、又は、上述のもののいかなる適した組合せも挙げられるであろう。本出願に関して、コンピュータ可読記憶媒体は、命令実行システム、器具又は装置によって又はそれと接続して使用するためのプログラムを含有する又は記憶させることができるいかなる有形の媒体であってもよい。
【０３０８】
コンピュータ可読シグナル媒体は、コンピュータ可読プログラムコードが組み込まれた伝播されるデータシグナルを、例えば、ベースバンドにおいて又は搬送波の一部として含んでもよい。そのような伝播されるシグナルは、これだけに限定されないが、電磁的、光学的又はそのいかなる適した組合せも含めた種々の形態のいずれをとってもよい。コンピュータ可読シグナル媒体は、コンピュータ可読記憶媒体ではなく、且つ、命令実行システム、器具、又は装置により又はそれと接続して使用するためのプログラムを通信、伝播又は運搬することができるいかなるコンピュータ可読媒体であってもよい。
【０３０９】
コンピュータ可読媒体に組み込まれるプログラムコードは、無線、有線、光ファイバーケーブル、ＲＦ等、又は、前述のもののいかなる適した組合せも含むがこれらに限定されないいかなる適切な媒体も使用して伝達され得る。
【０３１０】
本発明の態様に対する作動を実行するためのコンピュータプログラムコードは、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｓｍａｌｌｔａｌｋ又はＣ＋＋等のオブジェクト指向のプログラミング言語、及び、「Ｃ」プログラミング言語又は同様のプログラミング言語等の従来の手続き型プログラミング言語を含めた１つ又は複数のプログラミング言語のいかなる組合せにおいて書かれたものであってもよい。プログラムコードは、独立型ソフトウェアパッケージとして、ユーザのコンピュータ上で完全に、ユーザのコンピュータ上で部分的に、ユーザのコンピュータ上で部分的に且つ遠隔コンピュータ上で部分的に、又は、遠隔コンピュータ又はサーバー上で完全に実行されてもよい。後者の筋書きでは、遠隔コンピュータは、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）又はワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）を含めたあらゆるタイプのネットワークを通じてユーザのコンピュータと接続されてもよく、又は、接続は、（例えば、インターネットサービスプロバイダーを使用してインターネットを通じて）外部のコンピュータに対して行われてもよい。
【０３１１】
これらのコンピュータプログラム命令は、コンピュータ、他のプログラム可能なデータ処理器具、又は、他の装置に特定の様式で機能するように指示することができるコンピュータ可読媒体に記憶させることもでき、従って、コンピュータ可読媒体に記憶された命令により、本明細書に記載の機能／作用を実行させる命令を含む製造品がもたらされる。
【０３１２】
コンピュータプログラム命令は、コンピュータ、他のプログラム可能な器具又は他の装置において一連の作動ステップを実施させて、コンピュータにより実行されるプロセスがもたらされるように、コンピュータ、他のプログラム可能なデータ処理器具又は他の装置上にロードすることもでき、従って、コンピュータ又は他のプログラム可能な器具上で実行される命令により、本明細書に記載の機能／作用を実行するためのプロセスがもたらされる。
【実施例】
【０３１３】
前立腺がんＰＤＥ指標（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ）を構築するための遺伝子の選択：
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを構築するための遺伝子候補を選択するために、（現在注釈が付けられている９のＰＤＥアイソフォームＰＤＥ４Ｄ１乃至ＰＤＥ４Ｄ９から）種々のＰＤＥ４Ｄ転写物を、特許文献１及び２に記載されている推定上の予後判定遺伝子マーカーＰＤＥ４Ｄ７の相関性について調査した。
【０３１４】
前立腺がんＰＤＥ指標を構築するために、以下のデータセットを使用した：
１）非特許文献３（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ２１０３２）
２）非特許文献４（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ４１４０８）
３）非特許文献１０（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ２９０７９）。
【０３１５】
前立腺がんＰＤＥ指標の構築をさらに検査及び検証するために、以下のデータセットを使用した：
１）非特許文献１１（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ４６６９１）。
【０３１６】
ＧＳＥ遺伝子発現データの処理
それぞれのＣＥＬファイルをＧＥＯ（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓ）：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｏ／からダウンロードした。ＣＥＬファイルデータをＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｌｅ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃ；Ｂｕｉｌｄ  １．３．１．１８７）にアップロードし、適切な場合には、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃ．により提供される適切なプローブセットアノテーションファイルを使用して前処理し、すなわち、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃプラットフォームでデータセットを実行した：ＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６。
【０３１７】
個々のＰＤＥ４ＤアイソフォームＰＤＥ４Ｄ１〜ＰＤＥ４Ｄ９の発現値を、図１において概略が示されているＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｘｏｎ  １．０ＳＴアレイのプローブセットのエクソンアレイシグナル値を使用することによって推定した。非常に密接に関連しているアイソフォームＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の発現の照合に対しては、単一のプローブセットのみを使用し、さらに、対応する活性を、両方のアイソフォーム（ＰＤＥ４Ｄ１＆２）について一緒に報告したことに留意されたい。全ての他のＰＤＥ４Ｄ転写物に対しては、いくつかのプローブセットを使用してそれぞれのアイソフォームの発現を計算し、単一のＰＤＥ４Ｄバリアントについて測定した異なるプローブセットの平均として報告した。
【０３１８】
ｑＲＴ−ＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）データ正規化手順
参照遺伝子は、処理されている試料とは独立して安定した発現を有すると考えられ、従って、ＰＣＲ分析の出力Ｃｑ値を正規化するための内部標準として使用することができるため、結果は、使用される入力試料の量とは独立して比較可能である。そのような遺伝子は安定していると考えられるけれども、その発現においては常にいくらかの変動があり、この安定性は、分析されている組織にも依存し得る。そのような理由から、ＰＣＲ  Ｃｑ値の正規化において２つ以上の参照遺伝子を使用すること、及び、分析されている特定のタイプの組織／試料において低い変動性を示す遺伝子のセットを使用することが推奨される（非特許文献１２、非特許文献１３）。
【０３１９】
この試験において使用されることになる９の参照遺伝子の最初の選択を行った。分析される臨床試料全てに対してＢｉｏｇａｚｅｌｌｅ  Ｓｏｆｔｗａｒｅツール（ｑＢａｓｅ＋ＧｅＮｏｒｍ  ａｎａｌｙｓｉｓ（非特許文献１４））を実行することによって、正規化のために使用される参照遺伝子セットの最終的な選択を行った。
【０３２０】
ＰＣＲアッセイの出力Ｃｑ値は、本質的に、対数（底２）であり、試料中に存在するｍＲＮＡの量に反比例する。生のＣｑ値を正規化するために、以下の式：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
を使用し、ここで、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、選択された参照遺伝子の組合せのＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である。
【０３２１】
ｑＲＴ−ＰＣＲ以外の技術を使用して参照遺伝子又は目的の遺伝子の発現を測定する場合、ＰＣＲ  Ｃｑ値は、それぞれの技術の正規化された測定値と置き換えられる（例えば、ＤＮＡマイクロアレイに対しては、ＲＭＡ（Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−ａｒｒａｙ  Ａｖｅｒａｇｅ）で正規化された遺伝子発現値、又は、ＲＮＡ配列決定に対しては、ＦＰＫＭ（Ｆｒａｇｅｍｅｎｔｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｏｂａｓｅ  ｏｆ  Ｅｘｏｎ  Ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ  Ｍａｐｐｅｄ）で正規化された遺伝子発現値等）。
【０３２２】
２つのデータセット（非特許文献３及び非特許文献４）の異なる前立腺がん組織にわたるＰＤＥ４Ｄ転写物の正規化された発現レベルが、図１０乃至１３において示されている。転写物の発現は、以下の参照遺伝子：ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、ＴＢＰ及びＴＵＢＡ１Ｂに対して正規化されている。使用されるデータは、公開されているエクソンアレイ発現データに基づく。すなわち、遺伝子毎に、それぞれの遺伝子の様々なエクソンに向けられたエクソンプローブセットの範囲が、先に概説されたように異なるエクソンの発現を測定する。第１のステップでは、参照遺伝子に対する全てのプローブセットのｌｏｇ２発現を使用して、平均参照遺伝子発現が計算される。個々の４Ｄ転写物を標的とする異なるプローブセットに対しても同じことが行われる。次に、参照遺伝子の平均が、平均４Ｄ転写物発現から差し引かれる。結果は、正規化されたＰＤＥ４Ｄ転写物の発現である。見て分かるように、異なる４Ｄ転写物は、（正常な前立腺、一次治療後の進行に対して異なる可能性（ＢＣＲ＝生化学的再発；ＣＲ＝転移の臨床的再発）を有する原発前立腺がんから、転移組織（ホルモンナイーブ、すなわち、いかなる抗アンドロゲン治療の前；及び、ホルモン抵抗性、すなわち、抗アンドロゲン治療の後）に及ぶ）異なる組織にわたってアイソフォームに特異的な様式において調節される。例えば、ＰＤＥ４Ｄ３及びＰＤＥ４Ｄ６は、他の４Ｄ転写物と比較して高度には発現されず；ＰＤＥ４Ｄ４は、現実には組織にわたって変化せず；ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９は、正常な組織からホルモン抵抗性組織まで下方制御され、ＰＤＥ４Ｄ７は、原発前立腺がんにおいて過剰発現し、次に、再び、他の組織にわたってより下方制御されることになる。
【０３２３】
（定量的リアルタイムＰＣＲデータに基づく）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの計算
（ｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿１：ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ−ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ
ここで、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ７））であり、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ５））である。
（ｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２：ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）
ここで、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ７））であり、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ５））である。
（ｉｉｉ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３：（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
ここで、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ５））であり、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ７））であり、ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ９））であり、ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ４））であり、さらに、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））は、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ及びＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐの算術平均である。
（ｉｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４：（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
ここで、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ５））であり、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ７））であり、ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ９））であり、ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ１＿２））であり、さらに、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））は、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ及びＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐの算術平均である。
（ｖ）ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５：（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
ここで、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ５））であり、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ７））であり、ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐは（Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ９））であり、さらに、
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））は、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ及びＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐの算術平均である。
【０３２４】
計算したＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを、あらゆるさらなる統計データ分析に使用した。
【０３２５】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘと臨床的パラメータの患者の転帰に対する相関解析
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの全ての統計解析（例えば、ロジスティック回帰分析、ＲＯＣ分析、ＣＯＸ回帰分析等）、及び、ＰＳＡ、ｐＧｌｅａｓｏｎ、ｐＴ  Ｓｔａｇｅのような臨床的パラメータと比較した、患者の転帰に対するその相関を、ＸＬＳＴＡＴバージョン２０１４．１．０３を用いて行った。
【０３２６】
結果
図３は、個々のＰＤＥ４Ｄアイソフォームの差次的正規化発現の概要だけでなく、２つの遺伝子発現データセットにわたる異なる患者群比較のための４つのバリアントのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを示している。分析されるペアワイズ患者比較は以下の通りであった：
（ｉ）ＮＡＴ  ｖｓ  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ
（ｉｉ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ  ｖｓ  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＢＣＲ＆ＣＲ
（ｉｉｉ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ＆ＢＣＲ  ｖｓ  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＣＲ
（ｉｖ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ（ａｌｌ）  ｖｓ  Ｍｅｔａｓｔａｓｅｓ
（ｖ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ（ａｌｌ）  ｖｓ  ＣＲＰＣ
ここで、
−  ＮＡＴは正常な隣接組織、すなわち患者材料からの腫瘍病変の隣で収集された組織であるが、組織学的検査上、がんはない
−  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰは、臨床的なフォローアップの間に腫瘍進行を示さなかった患者から収集した原発腫瘍組織である
−  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＢＣＲ＆ＣＲは、最初の生化学的再発及びその後の臨床的再発まで、臨床的なフォローアップの間に腫瘍進行を示した患者から収集した原発腫瘍組織である
−  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ＆ＢＣＲは、臨床的なフォローアップの間に腫瘍進行を示さなかったか、又は、最初の生化学的再発を示した患者から収集した原発腫瘍組織である
−  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＣＲは、臨床的再発まで、臨床的なフォローアップの間に腫瘍進行を示した患者から収集した原発腫瘍組織である
−  Ｍｅｔａｓｔａｓｅｓは、ホルモンナイーブ患者から収集した転移性腫瘍組織である
−  ＣＲＰＣは、去勢抵抗性疾患を有する患者から収集した組織である
データからわかるように、様々なＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを、前立腺がんの診断及び／又は前立腺がんの進行の予後において異なる用途に使用することができる。
【０３２７】
バリアント
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ  バリアント＿１：ＰＤＥ４Ｄ７＿発現−ＰＤＥ４Ｄ５＿発現
は、非常に高い識別力で、正常な隣接組織（ＮＡＴ）と前立腺の原発がん性組織とを識別するのにほとんどの場合有用である（図３参照）。他のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘのバリアントと比較して（図４参照）、ＮＡＴと原発性前立腺がんとの識別のための様々な他のデータセットにおけるこの指標の計算により、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿１は、強い識別力を提供することが確認される。「ＢＬ」という略語は良性の病変を示し、「Ｈ」は良性の前立腺過形成を示す。
【０３２８】
図５は、正常な隣接組織、良性の病変、良性の過形成並びに腫瘍組織のカテゴリーからの合計＞９００の患者サンプルを含む合計８つの前立腺がんデータセットの概要を提供している。異なる組織カテゴリー間の全てのペアワイズ比較は、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿１を使用することによって、組織グループ間の非常に高い識別力を示している。
【０３２９】
図３からさらに分かるように、ＰＤＥ−ＩｎｄｅｘバリアントのＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３及びＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４は、より高悪性度の疾患に相関している。
【０３３０】
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿２（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿２）：
ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ  ＆  ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ）
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿３（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿３）：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ）
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿４（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿４）：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））／（ＰＤＥ４Ｄｌ＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ）
ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＿５（ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿５）：
（ＭＥＡＮ（ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ＆ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ））
ここで、「ＰＤＥ４Ｄ４＿ｅｘｐ」という用語はＰＤＥ４Ｄ４の発現レベルを表し、「ＰＤＥ４Ｄ５＿ｅｘｐ」という用語はＰＤＥ４Ｄ５の発現レベルを表し、「ＰＤＥ４Ｄ７＿ｅｘｐ」という用語はＰＤＥ４Ｄ７の発現レベルを表し、さらに、「ＰＤＥ４Ｄ９＿ｅｘｐ」という用語はＰＤＥ４Ｄ９の発現レベルを表している。「ＰＤＥ４Ｄ１＆ＰＤＥ４Ｄ２＿ｅｘｐ」という用語は、単一のプローブによって共に検出されるＰＤＥ４Ｄ１及びＰＤＥ４Ｄ２の発現レベルを表している。
【０３３１】
以下の患者群のペアワイズ比較は、有意な発現の差を概してもたらす（図３を参照）：
（ｉ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ  ｖｓ  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＢＣＲ＆ＣＲ
（ｉｉ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＮＰ＆ＢＣＲ  ｖｓ  Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ，ＣＲ
（ｉｉｉ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ（ａｌｌ）  ｖｓ  Ｍｅｔａｓｔａｓｅｓ
（ｉｖ）Ｐｒｉｍａｒｙ  ＰＣａ（ａｌｌ）  ｖｓ  ＣＲＰＣ。
【０３３２】
これは、図６のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ２〜４に対して概説したＲＯＣ分析によってさらに裏付けられている。上記のペアワイズ比較に対するＲＯＣ分析のＡＵＣ（曲線下面積）は、正の識別力を示している。このデータは、進行性の前立腺がんを予測するための様々なＰＤＥ４Ｄ転写物の組み合わせの予後判定力を強調している。
【０３３３】
本発明者等は、正常な隣接組織（ＮＡＴ、ＴＭＲＰＳＳ２−ＥＲＧ陰性）と比較した、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ陰性腫瘍とＴＭＲＳＳ２−ＥＲＧ陽性腫瘍との差次的発現についても様々なＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘを試験した。結果が、図７において要約されている。陽性のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の存在とＰＤＥ４Ｄ７アイソフォームの発現との間に強い相関性を観察する一方で、他のＰＤＥ４Ｄ転写物（特にＰＤＥ４Ｄ１＆２、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９）の発現は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の欠如により相関しているということに留意することは興味深いことである。この効果は、ＰＤＥ４Ｄ５に対して非常に強力である。４つの独立した前立腺がんデータセットにおいて確認されているもの（図７）を有したこの観察（すなわち、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の存在とのＰＤＥ４Ｄ７の正の発現相関、及び、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ遺伝子融合の欠如とのＰＤＥ４Ｄ５発現の正の相関）は、ＰＤＥ４Ｄ５とＰＤＥ４Ｄ７のＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアント＿１への組み合わせに対して非常に強力な論理を提供し、がんと非がん性の前立腺組織との間の強力な識別を表している（図５も参照）。
【０３３４】
さらに、本発明者等は、前立腺がんデータセットにおける病理Ｇｌｅａｓｏｎスコアに対するＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアントの相関性を分析した。分析は、前立腺がん特異的遺伝子融合ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧの状態に依存して行った（非特許文献１５）。アンドロゲン間のこのゲノム再編成は、セリンプロテアーゼＴＭＰＲＳＳ２と、ＥＴＳ転写因子ファミリーのメンバーである転写因子ＥＲＧ２とを調節した。図８において概説されているように、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ２〜４及びＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合の存在との有意な正の関連があった。
【０３３５】
図９は、腫瘍のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存する無増悪生存（生化学的及び臨床的）に関する臨床データと共に、ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘの付加価値の概要を表している。付加価値は、臨床モデル単独（ｐＧｌｅａｓｏｎ＆ｐＴ  Ｓｔａｇｅ）対ＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘ＆ｐＧｌｅａｓｏｎ＆ｐＴ  Ｓｔａｇｅの組み合わせモデルからのＲＯＣ分析におけるＡＵＣの増加において見られる。試験した両方のエンドポイント、すなわち生化学的な無増悪生存及び臨床的な無増悪生存についてもＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合の存在の場合には、調査したＰＤＥ−Ｉｎｄｅｘバリアントについてのみ有意なＡＵＣの増加が検出され得るということに留意されたい。
【図１】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図５】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【図７−３】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図８−３】
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【図９−１】
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【図９−２】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【配列表】
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