(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＨ３プロファイルおよび１つ以上の臨床学的因子を、患者のための癌処置の決定のための指標とする方法であって、
患者の腫瘍または患者の骨髄吸引物から採取した癌細胞検体の前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップであって、前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップが、前記患者の腫瘍または癌細胞を透過処理するステップと、前記透過処理された細胞とＮＯＸＡペプチドとを接触させる際のミトコンドリア膜電位の変化を決定することを含み、前記ＮＯＸＡペプチドが配列番号１のアミノ酸配列を含む、ステップと；
前記患者の前記１つ以上の臨床学的因子を提供するステップと、
を包含し、ここで、前記ＢＨ３プロファイルおよび前記１つ以上の臨床学的因子は、１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するために使用され、前記癌処置はアルボシジブを含み、
ここで前記１つ以上の臨床学的因子が、臨床反応との関連についてＢＨ３プロファイルの特異性および／または感度を増大するように選択される、方法。
【請求項２】
前記癌が血液癌であり、
必要に応じて、
ａ）前記血液癌が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病、および非ホジキンリンパ腫から選択され、好ましくは、前記非ホジキンリンパ腫が、マントル細胞リンパ腫、およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫から選択される；または
ｂ）前記血液癌が、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である；または
ｃ）前記血液癌が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記値が、末梢血から採取された患者サンプルのＢＨ３プロファイリング値、および処置をガイドするために用いられる相違と比較される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ａ）前記検体が、凍結された腫瘍組織検体、培養された細胞、循環中の腫瘍細胞、およびホルマリン固定されたパラフィン包埋腫瘍組織検体から選択される生検である；または
ｂ）前記検体が、ヒト腫瘍由来細胞株である；または
ｃ）前記検体が、癌幹細胞である；または
ｄ）前記検体が、固形腫瘍の生検由来であり、必要に応じて、前記検体が、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓または卵巣の原発性腫瘍の生検由来である；または
ｅ）前記検体が、非固形腫瘍の生検由来であり、必要に応じて、前記検体が、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検由来であり、好ましくは、
ｉ）前記検体が、固体マトリクスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いた生検サンプルからの選択によって富化される多発性骨髄腫細胞である；または
ｉｉ）前記癌細胞が、ＣＤ４５指向性抗体に対する結合によって富化される急性骨髄性白血病である；または
ｉｉｉ）前記癌細胞が、非Ｂ細胞除去によって富化される、慢性リンパ性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ａ）前記臨床学的因子が、年齢、細胞遺伝学的状況、性別、および病期のうちの１つ以上である；または
ｂ）前記方法が、突然変異状態、一塩基多型、定常状態タンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加のバイオマーカーの測定をさらに包含する；または
ｃ）前記ＢＨ３プロファイルおよび前記１つ以上の臨床学的因子が、患者における臨床反応を予測するためにさらに用いられ、必要に応じて、前記臨床反応が、少なくとも約１、約２、約３、または約５年の無増悪生存／イベントフリー生存である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記臨床反応の確率が、以下の式：
【数１】
0006774951.tif 000021
によって規定され、
式中：
ＡＵＣが、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含み；
ＤＭＳＯがベースラインの陰性対照を含み；かつ
ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）が、ミトコンドリア内の電子伝達鎖の電子伝達体の正常活性中に形成されたプロトン勾配の脱共役剤として機能することによるタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含み、
必要に応じて、
ａ）前記曲線下面積が、均一性時間分解蛍光測定（ＨＴＲＦ）によって確立される；または
ｂ）前記時間が、約０〜約３００分〜約０〜約３０分の間ウインドウにまたがって生じる；または
ｃ）前記曲線下面積が、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）で確立される；または
ｄ）前記シグナル強度が、約５分と約３００分との間で行う一時点測定値である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ａ）前記方法が、ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を提供するステップ；ならびにシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンとＡＭＬ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する；または
ｂ）前記方法が、ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を提供するステップ；ならびに化学療法とＭＭ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する；または
ｃ）前記癌が、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ前記臨床学的因子が、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ミトコンドリア膜電位の変化がＪＣ−１染色を用いて測定される、請求項１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、全ての目的のためにその内容が本明細書に援用される、２０１５年１月１２日出願の米国特許仮出願第６２／１０２，４９９号に対する優先権を主張する。本出願は、その全体が以下の参考文献の内容を、参照によって援用する：２０１３年５月１０日出願のＰＣＴ／ＵＳ１３／４０５８５（２０１２年５月１０日出願の米国特許仮出願第号６１／６４５，２５３、および２０１３年３月１３日出願の米国特許仮出願第６１／７８０，２５２号に対する優先権を主張する）。
【０００２】
（電気的に提出されたテキストファイルの説明）
本明細書において電気的に提出されたテキストファイルの内容は、その全体が参照によって本明細書に援用される：配列表のコンピューター読み取り可能なフォーマットコピー（ファイル名：ＥＵＴＲ＿０１７＿０１ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ，記録されたデータ：２０１６年１月１１日、ファイルサイズ４キロバイト）。
【０００３】
発明の分野
本開示は、ヒトサンプルにおいて腫瘍を評価するのに有用である方法を提供する。
【背景技術】
【０００４】
標的化癌治療と組み合わせた予測バイオマーカーおよび予後予測バイオマーカーの使用は、薬物開発時間を短縮し、薬物有効性を改善し、臨床決定をガイドすることの鍵を握る。癌処置においては進歩があるが、化学療法は依然として極めて不十分かつ無力である。化学療法の全体的な効果が低い理由の１つは、選択した処置が個々の患者の疾患に対して密接に適合しないことが多いということである。正確な診断を治療と結び付ける患者別の医学的アプローチは、この問題を軽減し得る。２０１４年７月には、ＦＤＡは、「Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ：  Ｉｎ  Ｖｉｔｒｏ  Ｃｏｍｐａｎｉｏｎ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  Ｄｅｖｉｃｅｓ」を公表して、薬物開発における早期段階で、会社がコンパニオン診断の必要性を特定するのに役立っている。
【０００５】
今までに、臨床腫瘍学の診療に価値を加えたバイオマーカーは一握りしかない。一部では、これは、認知されたマーカーが、薬物の機序と相関するが、因果関係はない場合が多いからである。「バイオマーカー」の仕組みが、コンパニオン療法の薬理学とぴったり合う場合でさえ、薬物がどのように個々の患者で作用するかを予測するのにはやはり有意な課題がある。これに加えて、臨床開発の過程には、試験の価値を調べる医師兼科学者の参加を要し、これによって、それらの患者に利点がもたらされ得ると考えられる。
【０００６】
抗アポトーシスＢＣＬ−２ファミリータンパク質は、化学療法に対する癌細胞応答に重要な原因因子である。ミトコンドリアのアポトーシスの調節においてこれらのタンパク質の機能を測定することによって、処置に対する癌患者応答の予測的なバイオマーカーが提供されることが証明された。多くの化学療法は、アポトーシスが有効であることに依拠し、いくつかの場合には、特定の抗アポトーシスタンパク質によるアポトーシスの調整は、特定の治療に対する応答性と相関する。従って、特定のタンパク質を測定することにより、薬物応答のバイオマーカーが得られる。このため、治療剤に対する予想の応答を決定するバイオマーカーが追求され続けている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
従って、一態様では、本発明は、患者の癌処置を選択するための方法を提供し、この方法は、患者の癌細胞のアポトーシス促進性タンパク質を封鎖するＭＣＬ１およびＢＦＬ１タンパク質の機能を障害する薬剤に対する応答を、ＢＨ３プロファイリングを用いて測定すること、ならびにＭＣＬ１の機能を障害する１つ以上の癌処置に対する各患者の臨床反応の確率を分類する予測アルゴリズムへ患者の１つ以上の臨床特徴を含めることを包含する。
【０００８】
いくつかの実施形態では、かつ本明細書に示されるように、患者の癌検体は、骨髄吸引物から精製された癌細胞からなる。癌細胞を、ＭＣＬ１またはＭＣＬ１およびＢＦＬ１について選択的であるＢＨ３−ｏｎｌｙタンパク質のＮＯＸＡを含むペプチドまたはＢＨ３模倣剤を用いて決定される、アポトーシス促進性タンパク質ＢＩＭ、Ｂｉｄ、ＢａｘまたはＢａｋに対して結合しているＭＣＬ１、またはＭＣＬ１およびＢＦＬ１を選択的に障害する薬剤に暴露する。
【０００９】
いくつかの態様では、アッセイで用いられるＮＯＸＡペプチドは、ＡＥＬＰＰＥＦＡＡＱＬＲＫＩＧＤＫＶＹＣ（配列番号１）である。他の態様では、ＮＯＸＡペプチドは、配列番号１を含んでもよい。いくつかの態様では、配列番号１を、コアＮＯＸＡペプチドとして用い、かつＮＯＸＡペプチドは、内因性ＮＯＸＡタンパク質由来の隣接配列を含んでもよい。例えば、いくつかの態様では、ＮＯＸＡペプチドは、ＭＰＧＫＫＡＲＫＮＡＱＰＳＰＡＲＡＰ［ＡＥＬＰＰＥＦＡＡＱＬＲＫＩＧＤＫＶＹＣ］ＦＲＱＫＬＬＮＬＩＳＫＬＦＣＳＧＴ（配列番号２）であってもよい。他の態様では、この隣接配列は、上記コア、およびデフォールトパラメーターを用いたＮＰ＿０６６９５０に対するＢＬＡＳＴによる測定として、コア（すなわち、ＡＥＬ．．．ＫＬＮ）に対して同一性を有する領域から延びるＮＯＸＡペプチド由来の最大１０個までのアミノ酸、最大２０個までのアミノ酸、最大３０個までのアミノ酸または最大４０個までのアミノ酸を含んでもよい。このアミノ酸は、Ｎ末端、Ｃ末端、またはその両方に加えられてもよい。アミノ酸は、Ｇｅｎｂａｎｋ  ｅｎｔｒｙ  ＮＰ＿０６６９５０で提供される配列に従ってナンバリングして、それから選択してもよい。他の態様では、用いられるコアペプチドは、配列番号１ペプチドに対して同一性を有する野性型配列（すなわち、ＡＥＬ．．．ＫＬＮ）である。
【００１０】
ＮＯＸＡ配列に対する長さまたは相同性の変動に基づくペプチドに加えて、ペプチドはまた、バルクフローまたはクラスリン媒介性エンドサイトーシスを通じて、例えば、ＴＡＴ配列とのＮＯＸＡ配列の融合を通じて細胞浸透の増大を可能にするように改変してもよく（例えば、Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＴＡＴ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ｃｏｍｐｌｅｘ  Ｉ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ  ｄｉｓｅａｓｅｓ」、Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １３５０，１７−２８に開示のように）、ペプチドは親和性の改善のための突然変異生成および選択を通じてＭＣＬ−１に対する結合について最適化してもよく（Ｄｕｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．「Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｆ  ＢＨ３  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ  ｆｏｒ  Ｍｃｌ−１  ｖｅｒｓｕｓ  Ｂｃｌ−ｘＬ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ」３９８，７４７−７６２（２０１０））、ペプチドはアルファ−らせんの安定性を改善するための化学部分の付加によって改変してもよい（Ｓｔｅｗａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｔｈｅ  ＭＣＬ−１  ＢＨ３  ｈｅｌｉｘ  ｉｓ  ａｎ  ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ  ＭＣＬ−１  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ａｎｄ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ｓｅｎｓｉｔｉｚｅｒ」，Ｎａｔｕｒｅ  ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ６，  ５９５−６０１，（２０１０））の構造的および機能的な情報を参照のこと）。さらに、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０４６８２６（また米国特許出願公開２０１５−０１５０８６９号としても公開）に規定のもののような、大規模の機能的結合スクリーニングを通じて特定されるＮＯＸＡ模倣剤化合物を、ＮＯＸＡプライミングアッセイにおけるＭＣＬ−１依存性の追加または代替マーカーとしてＮＯＸＡペプチドの代わりに用いてもよい。さらに、追加のＢＨ３タンパク質に対するＢＨ３プライミングを評価するための適切なペプチドは、これらのペプチドについて参照によって援用される、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０４６８２６（これはまた、米国特許出願公開第２０１５−０１５０８６９としても公開）の表１に開示されている。
【００１１】
いくつかの実施形態では、および本明細書に示されるとおり、骨髄吸引から精製された癌細胞からなる患者癌検体からのＢＨ３アッセイの値と、末梢血からのＢＨ３プロファイリング値が比較される。異なる値は、別個の処置選択肢に対する応答を予測する。さらに、患者骨髄から採取したＡＭＬ細胞で行ったＢＨ３プロファイリングを示して、ＦＬＡＭ処置を予測しているが、末梢血由来のＡＭＬ細胞でのＢＨ３プロファイリングはＦＬＡＭ処置を予測しておらず、ただし７＋３処置を予測する。
【００１２】
いくつかの実施形態では、本明細書に示されるとおり、アポトーシスに関連しないか、またはアポトーシスに関連することが知られていない種々の臨床学的因子を用いて、試験を予測試験であって、単なる予後予測ではない試験に変換する、ＢＨ３プロファイリングの予測力を増大してもよい。
【００１３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、ＣＤＫ−９阻害性化合物に対する白血病患者の応答を予測する診断試験を提供する。いくつかの態様では、ＣＤＫ−９インヒビターは、Ｆｌａｖｏｐｉｒｉｄｏｌ（アルボシジブ）である。さらなる態様では、ＣＤＫ−９インヒビターは、治療レジメンの一部として１つ以上の追加の化合物と同時投与されてもよい。例えば、レジメンは、ａｒａ−Ｃおよびミトキサントロン（ＦＬＡＭ）と組み合わせたアルボシジブであってもよい。追加の変数を考慮して、アッセイ変数の感度を増大してもよい。例えば、患者の細胞遺伝学的プロファイルまたは状態および／または年齢を、予測アルゴリズムの因子としてもよい。いくつかの実施形態では、この診断試験は、ＭＣＬ１の機能を測定するステップを包含し、これは、ＢＨ３ペプチドＮＯＸＡ、またはＭＣＬｌ／Ｂｆｌ−１選択性ＢＨ３模倣剤化合物ＥＵ５３４６（Ｄ．Ｒｉｃｈａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，２０１３における化合物９）に対する応答におけるミトコンドリア膜電位の変化を測定するステップを包含する。
【００１４】
別の態様では、本発明は、患者のための癌処置を決定するための方法を提供し、この方法は、プライミングの程度を決定するために透過処理した患者の癌細胞に対して１つ以上のＢＨ３ドメインペプチドを送達するステップ；免疫組織化学および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって患者の癌細胞の１つ以上の臨床学的因子の有無を決定するステップ；ならびに１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップを包含する。
【００１５】
別の態様では、本発明は、アルボシジブまたはＦＬＡＭ処置に対するＡＭＬ患者応答を決定するための方法を提供し、この方法は：骨髄から収集した患者のＡＭＬ癌細胞検体についてＢＨ３プロファイルを決定するステップと；患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップ（ここで１つ以上の臨床学的因子が、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択される）；および１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップとを包含する。
【００１６】
別の態様では、本発明は、アルボシジブもしくはＦＬＡＭ処置、またはシタラビンベースの処置単独に対するＡＭＬ患者応答を決定するための方法を提供し：この方法は、骨髄から収集される患者のＡＭＬ癌細胞検体についてＢＨ３プロファイルを決定するステップ；患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップ（ここでこの１つ以上の臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択される）；および１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップを包含する。次いで、この値を、末梢血検体からのＢＨ３プロファイル値と比較する。具体的には、０．１μＭでのＢＩＭ  ＢＨ３ペプチドのＢＨ３プロファイル値は、アルボシジブなしでａｒａ−Ｃベースの処置に関して予測することが実証された。
【００１７】
別の態様では、本発明は、（インターロイキン−６）ＩＬ−６拮抗性治療剤またはＭＣＬ１選択性ＢＨ３模倣剤に対するＡＭＬ患者応答を決定するための方法を提供し、この方法は：骨髄から収集した患者のＡＭＬ癌細胞検体についてＢＨ３プロファイルを決定するステップと；患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップ（ここでこの１つ以上の臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択される）と；１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するためのステップとを包含する。次いで、この値を、末梢血検体からのＢＨ３プロファイル値と比較する。
【００１８】
本発明の詳細は、下の添付の図面に示す。本明細書に記載のものと同様または等価である方法および材料は、本発明の実施または試験で用いられ得るが、例示的な方法および材料がここで記載される。本発明の他の特徴、目的および利点は、詳細な説明からおよび特許請求の範囲から明らかである。本明細書および添付の特許請求の範囲において、単数形はまた、その文脈が明らかに他を示すのでない限り、複数を包含する。他に規定しない限り、本明細書で用いる全ての技術および科学用語は、本発明が属する当該分野の当業者が通常理解するのと同じ意味を有する。
【００１９】
さらに、癌細胞のインビボのコンテクストは、ＭＣＬ１タンパク質が、癌の発現および維持に関与する程度、およびＭＣＬ１標的化治療の有効性に影響する。具体的には、骨髄性白血病および骨髄腫細胞（骨髄の間質にある）は、末梢血中で循環しているものよりも生存についてＭＣＬ１にさらに依存性である。さらに、末梢血サンプル由来のＢＩＭ  ＢＨ３ペプチドが、ａｒａ−Ｃに対するＡＭＬ患者応答に対して、アントラサイクリ７＋３と相関することが確立された。この値にもかかわらず；末梢血中の白血病細胞からのいずれのＢＨ３プロファイリング値も、ＦＬＡＭまたは他のＭＣＬ１阻害性治療に対するＡＭＬ患者応答を予測しない。
【００２０】
一方、ＢＨ３プロファイリングは、そのままで、治療に対する化学的感度または化学物質反応性の一般的指標を提供することが公知である。しかし、ここで、ＭＣＬ１タンパク質に焦点を当てた機構に関する特定の相関を認識することで、処置に影響するＭＣＬ１に対する患者応答を予測するための固有の鋭敏な方法が提供される。しかしこれは、癌細胞が、骨髄の間質から単離される場合、特定のＭＣＬ１標的治療のみに当てはまる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
患者のための癌処置を決定するための方法であって、
患者の腫瘍または患者の骨髄から採取した癌細胞検体のＢＨ３プロファイルを決定するステップと；
前記患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップと、
１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップと；
を包含し、
ここで前記１つ以上の臨床学的因子が、臨床反応との関連についてＢＨ３プロファイルの特異性および／または感度を増大するように選択される、方法。
（項目２）
前記癌が血液癌である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記血液癌が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病、および非ホジキンリンパ腫から選択される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記非ホジキンリンパ腫が、マントル細胞リンパ腫、およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫から選択される、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記血液癌が、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、項目２に記載の方法。
（項目６）
前記血液癌が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）である、項目２に記載の方法。
（項目７）
前記値が、末梢血から採取された患者サンプルのＢＨ３プロファイリング値、および処置をガイドするために用いられる相違と比較される、項目１に記載の方法。
（項目８）
癌処置が、ＩＬ−６障害剤、サイクリン依存性キナーゼインヒビター、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤のうちの１つ以上である、項目７に記載の方法。
（項目９）
癌処置が、プロテアソームインヒビターである、項目７に記載の方法。
（項目１０）
癌処置が、細胞周期調節の修飾因子である、項目７に記載の方法。
（項目１１）
前記細胞周期調節の修飾因子が、サイクリン依存性キナーゼインヒビターである、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
癌処置が、細胞のエピジェネティック機構の修飾因子である、項目７に記載の方法。
（項目１３）
エピジェネティック機構の前記修飾因子が、ボリノスタットまたはエンチノスタットの１つ以上を含むヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）のインヒビターである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
エピジェネティック機構の修飾因子がアザシチジンである、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
前記エピジェネティック機構の修飾因子がデシタビンである、項目１２に記載の方法。
（項目１６）
癌処置が、アントラサイクリンまたはアントラセネジオンである、項目７に記載の方法。
（項目１７）
前記アントラサイクリンまたはアントラセネジオンが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、およびイダルビシンのうちの１つ以上である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
癌処置が、白金ベースの治療である、項目７に記載の方法。
（項目１９）
前記白金ベースの治療が、アルボシジブである、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記癌処置がＦＬＡＭである、項目７に記載の方法。
（項目２１）
前記癌処置が、ＢＨ３模倣剤である、項目７に記載の方法。
（項目２２）
前記ＢＨ３模倣剤が、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、およびＭＣＬ１のうちの１つ以上である、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記癌処置が、ＭＣＬ１のインヒビターである、項目７に記載の方法。
（項目２４）
前記ＢＨ３プロファイリングが、患者の癌細胞を透過処理するステップと、前記透過処理された細胞と１つ以上のＢＨ３ドメインペプチドとを接触させる際のミトコンドリア膜電位の変化を決定するステップと、ミトコンドリア膜電位の喪失とアポトーシス誘発性化学療法剤に対する細胞の化学的感受性とを関連付けるステップと、を包含する、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記ＢＨ３プロファイリングが、ペプチドの使用を包含し、ここで前記ペプチドが、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＨ３、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａのうちの１つ以上である、項目１に記載の方法。
（項目２６）
前記ペプチドが、０．１μΜ〜２００μΜの濃度で用いられる、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記検体が、凍結された腫瘍組織検体、培養された細胞、循環中の腫瘍細胞、およびホルマリン固定されたパラフィン包埋腫瘍組織検体から選択される生検である、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記検体が、ヒト腫瘍由来細胞株である、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記検体が、癌幹細胞である、項目１に記載の方法。
（項目３０）
前記検体が、固形腫瘍の生検由来である、項目１に記載の方法。
（項目３１）
前記検体が、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓または卵巣の原発性腫瘍の生検由来である、項目３０に記載の方法。
（項目３６）
前記検体が、非固形腫瘍の生検由来である、項目1に記載の方法。
（項目３７）
前記検体が、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検由来である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記検体が、多発性骨髄腫細胞である場合、固体マトリクスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いた生検サンプルからの選択によって富化される、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記癌細胞が急性骨髄性白血病であり、ＣＤ４５指向性抗体に対する結合によって富化される場合の、項目３７に記載の方法。
（項目４０）
前記癌細胞が、慢性リンパ性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫であり、非Ｂ細胞除去によって富化される場合の、項目３７に記載の方法。
（項目４２）
前記臨床学的因子が、年齢、細胞遺伝学的状況、能力、組織学的小分類、性別、および病期のうちの１つ以上である、項目１に記載の方法。
（項目４３）
突然変異状態、一塩基多型、定常状態タンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加のバイオマーカーの測定をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目４４）
前記方法がさらに、患者における臨床反応を予測するステップを包含する、項目１に記載の方法。
（項目４５）
前記臨床反応が、少なくとも約１、約２、約３、または約５年の無増悪生存／イベントフリー生存である、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記臨床反応の確率が、以下の式：
【数１】
0006774951.tif 000002
によって規定され、
式中：
ＡＵＣが、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含み；
ＤＭＳＯがベースラインの陰性対照を含み；かつ
ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）が、ミトコンドリア内の電子伝達鎖の電子伝達体の正常活性中に形成されたプロトン勾配の脱共役剤として機能することによるタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含む、項目１に記載の方法。
（項目４７）
前記曲線下面積が、均一性時間分解蛍光測定（ＨＴＲＦ）によって確立される、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記時間が、約０〜約３００分〜約０〜約３０分の間ウインドウにまたがって生じる、項目４６に記載の方法。
（項目４９）
前記曲線下面積が、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）で確立される、項目４６に記載の方法。
（項目５０）
前記シグナル強度が、約５分と約３００分との間で行う一時点測定値である、項目４６に記載の方法。
（項目５１）
ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を決定するステップ；ならびにシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンとＡＭＬ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する、項目１に記載の方法。
（項目５２）
ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を決定するステップ；ならびに化学療法とＭＭ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する、項目１に記載の方法。
（項目５３）
前記癌が、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ前記臨床学的因子が、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である、項目１に記載の方法。
（項目５４）
前記癌がＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ前記癌処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンである、項目１に記載の方法。
（項目５５）
前記癌処置がシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり、かつ前記臨床学的因子が年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である、項目１に記載の方法。
（項目５６）
前記癌処置がシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり；前記癌がＡＭＬおよび／またはＭＭであり；かつ前記臨床学的因子が年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である、項目１に記載の方法。
（項目５７）
患者のための癌処置を決定するための方法であって：
前記患者の透過処理された癌細胞と、１つ以上の  ＢＨ３ドメインペプチドとを接触させるステップと；
前記患者の癌細胞の１つ以上の臨床学的因子の有無を、免疫組織化学および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定するステップと；
１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率に関して患者を分類するステップと、
を包含する、方法。
（項目５８）
シタラビンおよび／またはアザシチジンに対するＡＭＬ患者応答を決定するための方法であって：
前記患者のＡＭＬ癌細胞検体についてＢＨ３プロファイルを決定するステップと；
前記患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップであって、
ここで、前記１つ以上の臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択されるステップと；
１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率に関して患者を分類するステップと、
を包含する方法。
（項目５９）
ＢＨ３プロファイルを決定するステップが、前記患者のＡＭＬ癌細胞検体とＮＯＸＡとを接触させるステップを包含する、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前処置ＡＭＬ患者における癌治療ストラテジーを選択する方法であって、
（ａ）前記患者の骨髄（ＢＭ）サンプルにおけるＮＯＸＡプライミングを決定するステップと；
（ｂ）前記患者の末梢血（ＰＢ）サンプル中でＢＩＭ０．１プライミングを決定するステップと；
（ｃ）前記ＢＩＭ０．１プライミングに対して前記ＮＯＸＡプライミングを比較して、前記患者を：
（ｉ）ＢＭ  ＮＯＸＡプライミングが、約１０．８％より大きく、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１プライミングが約３５％未満である場合、ＦＬＡＭ候補として、または
（ｉｉ）ＢＭ  ＮＯＸＡプライミングが、約１０．８％未満であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１が約１５％より大きい場合７＋３候補として、または
（ｉｉ）ＢＭ  ＮＯＸＡが、約１０．８％未満であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ
０．１が約３５％より大きい場合７＋３候補、
として特定するステップ、または
（ｉｖ）ＢＭ  ＮＯＸＡプライミングが、１０．８％未満であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１が１５％未満である場合、別の治療の候補として前記候補を特定するステップと、
を包含する、方法。
（項目６１）
ＦＬＡＭレジメントに対する完全寛解を有する可能性が高いＡＭＬ患者を特定する方法であって、
（ｉ）ＡＭＬ患者から得られる骨髄サンプル中でＮＯＸＡプライミングを決定するステップと、
（ｉｉ）ＮＯＸＡプライミングが、約１１％より大きいとき、前記患者がＦＬＡＭに対する完全寛解を有すると予測するステップと、
を包含する、方法。
（項目６２）
プライミングが、式
【数２】
0006774951.tif 000003
を用いて算出される、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
（ｉｉｉ）ＦＬＡＭレジメンを用いて前記患者を処置するステップをさらに包含する、項目６１に記載の方法。
（項目６４）
完全寛解が：全ての細胞株の正常な成熟を伴う５％未満の骨髄芽球、ＡＮＣ≧１０００／μＬおよび血小板数≧１００，０００／μＬ、末梢血中の芽球の非存在、骨髄中の白血病細胞の非存在、疾患に関連する細胞遺伝学の消失、および以前の髄外疾患の消失からなる群より選択される１つ以上の患者応答を含む、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
ＮＯＸＡプライミングが、配列番号１を含むＮＯＸＡペプチドを用いて決定される、項目６１に記載の方法。
（項目６６）
ＮＯＸＡプライミングが、配列番号１からなるＮＯＸＡペプチドを用いて決定される、項目６１に記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１Ａ】図１Ａ〜図Ｅは、ＦＬＡＭレジメンで処置した患者から得られた骨髄サンプルからの代表的なＢＨ３プロファイリングを示す。この図は、ＡＭＬ患者由来の高対低プライム芽球細胞のパターンにおける相違を示す。骨髄中のＮＯＸＡプライミングについてＲＯＣ解析により最高の感度および特異性の組み合わせで特定されたカットオフは、約１０．７％であって、４０％でのカットオフによって、陰性予測値（ＮＰＶ）が７０．５％で、１００％という陽性予測値（ＰＰＶ）が得られる。応答者または非応答者として患者を分類するためにこの閾値を変化することで、種々のレベルの感度および特異性が得られ、その閾値の選択は、検査の性質に依存する。例えば、目的が、ある薬剤に応答するあらゆる患者を特定することである場合、偽陽性の結果を生じることを代償に低い閾値を選択するか、または目的が、陽性であることを最高の正確性（ＰＰＶ）で特定することであるならば、所定の研究には、もっと高い閾値を選択してもよい。従って、ＮＯＸＡプライミングに基づく分類は、絶対的ではなく、所望の医学的有用性に適合するように調整してもよい。パネルＡ〜Ｃは、各々の細胞遺伝学的リスク分類コンテクストの例を示しており（Ｆａｖ−（有益：ｆａｖｏｒａｂｌｅ）、ａｄｖ−（有害：ａｄｖｅｒｓｅ）、およびｉｎｔ−中間：ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ））、これは、ＣＲを経験した高いＮＯＸＡプライミングを用いた患者を示している。パネルＤ〜Ｅは、処置が失敗した、低いＮＯＸＡプライミングを用いた中間リスクおよび有害リスク患者を示す。
【図１Ｂ】図１Ａ〜図Ｅは、ＦＬＡＭレジメンで処置した患者から得られた骨髄サンプルからの代表的なＢＨ３プロファイリングを示す。この図は、ＡＭＬ患者由来の高対低プライム芽球細胞のパターンにおける相違を示す。骨髄中のＮＯＸＡプライミングについてＲＯＣ解析により最高の感度および特異性の組み合わせで特定されたカットオフは、約１０．７％であって、４０％でのカットオフによって、陰性予測値（ＮＰＶ）が７０．５％で、１００％という陽性予測値（ＰＰＶ）が得られる。応答者または非応答者として患者を分類するためにこの閾値を変化することで、種々のレベルの感度および特異性が得られ、その閾値の選択は、検査の性質に依存する。例えば、目的が、ある薬剤に応答するあらゆる患者を特定することである場合、偽陽性の結果を生じることを代償に低い閾値を選択するか、または目的が、陽性であることを最高の正確性（ＰＰＶ）で特定することであるならば、所定の研究には、もっと高い閾値を選択してもよい。従って、ＮＯＸＡプライミングに基づく分類は、絶対的ではなく、所望の医学的有用性に適合するように調整してもよい。パネルＡ〜Ｃは、各々の細胞遺伝学的リスク分類コンテクストの例を示しており（Ｆａｖ−（有益：ｆａｖｏｒａｂｌｅ）、ａｄｖ−（有害：ａｄｖｅｒｓｅ）、およびｉｎｔ−中間：ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ））、これは、ＣＲを経験した高いＮＯＸＡプライミングを用いた患者を示している。パネルＤ〜Ｅは、処置が失敗した、低いＮＯＸＡプライミングを用いた中間リスクおよび有害リスク患者を示す。
【図１Ｃ】図１Ａ〜図Ｅは、ＦＬＡＭレジメンで処置した患者から得られた骨髄サンプルからの代表的なＢＨ３プロファイリングを示す。この図は、ＡＭＬ患者由来の高対低プライム芽球細胞のパターンにおける相違を示す。骨髄中のＮＯＸＡプライミングについてＲＯＣ解析により最高の感度および特異性の組み合わせで特定されたカットオフは、約１０．７％であって、４０％でのカットオフによって、陰性予測値（ＮＰＶ）が７０．５％で、１００％という陽性予測値（ＰＰＶ）が得られる。応答者または非応答者として患者を分類するためにこの閾値を変化することで、種々のレベルの感度および特異性が得られ、その閾値の選択は、検査の性質に依存する。例えば、目的が、ある薬剤に応答するあらゆる患者を特定することである場合、偽陽性の結果を生じることを代償に低い閾値を選択するか、または目的が、陽性であることを最高の正確性（ＰＰＶ）で特定することであるならば、所定の研究には、もっと高い閾値を選択してもよい。従って、ＮＯＸＡプライミングに基づく分類は、絶対的ではなく、所望の医学的有用性に適合するように調整してもよい。パネルＡ〜Ｃは、各々の細胞遺伝学的リスク分類コンテクストの例を示しており（Ｆａｖ−（有益：ｆａｖｏｒａｂｌｅ）、ａｄｖ−（有害：ａｄｖｅｒｓｅ）、およびｉｎｔ−中間：ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ））、これは、ＣＲを経験した高いＮＯＸＡプライミングを用いた患者を示している。パネルＤ〜Ｅは、処置が失敗した、低いＮＯＸＡプライミングを用いた中間リスクおよび有害リスク患者を示す。
【図１Ｄ】図１Ａ〜図Ｅは、ＦＬＡＭレジメンで処置した患者から得られた骨髄サンプルからの代表的なＢＨ３プロファイリングを示す。この図は、ＡＭＬ患者由来の高対低プライム芽球細胞のパターンにおける相違を示す。骨髄中のＮＯＸＡプライミングについてＲＯＣ解析により最高の感度および特異性の組み合わせで特定されたカットオフは、約１０．７％であって、４０％でのカットオフによって、陰性予測値（ＮＰＶ）が７０．５％で、１００％という陽性予測値（ＰＰＶ）が得られる。応答者または非応答者として患者を分類するためにこの閾値を変化することで、種々のレベルの感度および特異性が得られ、その閾値の選択は、検査の性質に依存する。例えば、目的が、ある薬剤に応答するあらゆる患者を特定することである場合、偽陽性の結果を生じることを代償に低い閾値を選択するか、または目的が、陽性であることを最高の正確性（ＰＰＶ）で特定することであるならば、所定の研究には、もっと高い閾値を選択してもよい。従って、ＮＯＸＡプライミングに基づく分類は、絶対的ではなく、所望の医学的有用性に適合するように調整してもよい。パネルＡ〜Ｃは、各々の細胞遺伝学的リスク分類コンテクストの例を示しており（Ｆａｖ−（有益：ｆａｖｏｒａｂｌｅ）、ａｄｖ−（有害：ａｄｖｅｒｓｅ）、およびｉｎｔ−中間：ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ））、これは、ＣＲを経験した高いＮＯＸＡプライミングを用いた患者を示している。パネルＤ〜Ｅは、処置が失敗した、低いＮＯＸＡプライミングを用いた中間リスクおよび有害リスク患者を示す。
【図１Ｅ】図１Ａ〜図Ｅは、ＦＬＡＭレジメンで処置した患者から得られた骨髄サンプルからの代表的なＢＨ３プロファイリングを示す。この図は、ＡＭＬ患者由来の高対低プライム芽球細胞のパターンにおける相違を示す。骨髄中のＮＯＸＡプライミングについてＲＯＣ解析により最高の感度および特異性の組み合わせで特定されたカットオフは、約１０．７％であって、４０％でのカットオフによって、陰性予測値（ＮＰＶ）が７０．５％で、１００％という陽性予測値（ＰＰＶ）が得られる。応答者または非応答者として患者を分類するためにこの閾値を変化することで、種々のレベルの感度および特異性が得られ、その閾値の選択は、検査の性質に依存する。例えば、目的が、ある薬剤に応答するあらゆる患者を特定することである場合、偽陽性の結果を生じることを代償に低い閾値を選択するか、または目的が、陽性であることを最高の正確性（ＰＰＶ）で特定することであるならば、所定の研究には、もっと高い閾値を選択してもよい。従って、ＮＯＸＡプライミングに基づく分類は、絶対的ではなく、所望の医学的有用性に適合するように調整してもよい。パネルＡ〜Ｃは、各々の細胞遺伝学的リスク分類コンテクストの例を示しており（Ｆａｖ−（有益：ｆａｖｏｒａｂｌｅ）、ａｄｖ−（有害：ａｄｖｅｒｓｅ）、およびｉｎｔ−中間：ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ））、これは、ＣＲを経験した高いＮＯＸＡプライミングを用いた患者を示している。パネルＤ〜Ｅは、処置が失敗した、低いＮＯＸＡプライミングを用いた中間リスクおよび有害リスク患者を示す。
【図２Ａ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図２Ｂ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図２Ｃ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図２Ｄ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図２Ｅ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図２Ｆ】図２Ａ〜図２Ｆは、全てのＦＬＡＭ処置患者検体中の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析によるＦＬＡＭに対する応答を有するＢＨ３ペプチド関連を示す。パネルＡ、ＣおよびＥは、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ（骨髄異形成症候群）の病歴の臨床変数と組み合わせた、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。パネルＢ、Ｄ、およびＦは、ＣＲに達した患者における組み合わせた計測値での各々の患者のデータポイントを、ＣＲに達しなかったものと比較して図示している対応するデータプロットを示す。
【図３】図３Ａ〜図３Ｃは、骨髄由来ＦＬＡＭ処置患者検体における応答とのドットブロット相関解析によるＮＯＸＡ  ＢＨ３ペプチド関連（Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）を示す。ＮＯＸＡプライミング単独で、骨髄間質コンテクストのサンプルにおける予測値が示される。パネルＡ〜Ｃは、全てのサンプル（Ａ）、ならびに骨髄（Ｂ）または末梢血（Ｃ）からとったサンプルで測定したＮＯＸＡプライミングを示すドットプロットを示す。骨髄から得たサンプルは、末梢血間質コンテクストから採取したサンプル中には見られない、ＣＲとの有意な関連を示す。
【図４Ａ】図４Ａ〜図４Ｄは、骨髄由来のコンテクストのＦＬＡＭ処置患者検体における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析による応答とのＮＯＸＡ  ＢＨ３ペプチド関連を示す。図Ａおよび図Ｂは、全てのサンプルにおける細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の臨床変数と組み合わせた、ＮＯＸＡペプチドプライミングの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。図Ｃおよび図Ｄでは、骨髄から採取したサンプル中で同じであるが、末梢血由来のサンプルでは異なることが示される。細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の追加で、試験の予測力が改善され、ＡＵＣ値は、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴をプライミングしたＢＭ  ＭＯＸＡにおいて０．９２であった。
【図４Ｂ】図４Ａ〜図４Ｄは、骨髄由来のコンテクストのＦＬＡＭ処置患者検体における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析による応答とのＮＯＸＡ  ＢＨ３ペプチド関連を示す。図Ａおよび図Ｂは、全てのサンプルにおける細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の臨床変数と組み合わせた、ＮＯＸＡペプチドプライミングの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。図Ｃおよび図Ｄでは、骨髄から採取したサンプル中で同じであるが、末梢血由来のサンプルでは異なることが示される。細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の追加で、試験の予測力が改善され、ＡＵＣ値は、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴をプライミングしたＢＭ  ＭＯＸＡにおいて０．９２であった。
【図４Ｃ】図４Ａ〜図４Ｄは、骨髄由来のコンテクストのＦＬＡＭ処置患者検体における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析による応答とのＮＯＸＡ  ＢＨ３ペプチド関連を示す。図Ａおよび図Ｂは、全てのサンプルにおける細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の臨床変数と組み合わせた、ＮＯＸＡペプチドプライミングの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。図Ｃおよび図Ｄでは、骨髄から採取したサンプル中で同じであるが、末梢血由来のサンプルでは異なることが示される。細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の追加で、試験の予測力が改善され、ＡＵＣ値は、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴をプライミングしたＢＭ  ＭＯＸＡにおいて０．９２であった。
【図４Ｄ】図４Ａ〜図４Ｄは、骨髄由来のコンテクストのＦＬＡＭ処置患者検体における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析による応答とのＮＯＸＡ  ＢＨ３ペプチド関連を示す。図Ａおよび図Ｂは、全てのサンプルにおける細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の臨床変数と組み合わせた、ＮＯＸＡペプチドプライミングの受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線解析を示す。図Ｃおよび図Ｄでは、骨髄から採取したサンプル中で同じであるが、末梢血由来のサンプルでは異なることが示される。細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴の追加で、試験の予測力が改善され、ＡＵＣ値は、細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳの病歴をプライミングしたＢＭ  ＭＯＸＡにおいて０．９２であった。
【図５Ａ】図５Ａ〜図５Ｃは、処置に対する応答を予測するためのプライミングの例を図示する。図５Ａは、ＢＩＭ  ０．１（左パネル）およびＮＯＸＡ（右パネル）のプロファイリングの例を示す。図５Ｂは、特定の個体のＢＨ３ペプチドについての混合末梢血と骨髄血液サンプル中のアッセイの値の間に相関関係がないことを示す。図５Ｃでは、ＡＭＬ患者の末梢血サンプル中のアッセイの値の間に相関がないことが示される。
【図５Ｂ】図５Ａ〜図５Ｃは、処置に対する応答を予測するためのプライミングの例を図示する。図５Ａは、ＢＩＭ  ０．１（左パネル）およびＮＯＸＡ（右パネル）のプロファイリングの例を示す。図５Ｂは、特定の個体のＢＨ３ペプチドについての混合末梢血と骨髄血液サンプル中のアッセイの値の間に相関関係がないことを示す。図５Ｃでは、ＡＭＬ患者の末梢血サンプル中のアッセイの値の間に相関がないことが示される。
【図５Ｃ】図５Ａ〜図５Ｃは、処置に対する応答を予測するためのプライミングの例を図示する。図５Ａは、ＢＩＭ  ０．１（左パネル）およびＮＯＸＡ（右パネル）のプロファイリングの例を示す。図５Ｂは、特定の個体のＢＨ３ペプチドについての混合末梢血と骨髄血液サンプル中のアッセイの値の間に相関関係がないことを示す。図５Ｃでは、ＡＭＬ患者の末梢血サンプル中のアッセイの値の間に相関がないことが示される。
【図６】図６は、処置ナイーブなＡＭＬ患者における癌処置の間の選択のためのアルゴリズムを特定するための方法を示す。相対的なＢＩＭ０．１およびＮＯＸＡプロファイリングを比較することによって、患者は、ＦＬＡＭ治療、７＋３治療に割り当ててもよく、またはいずれの治療についても適切でないとして特定される。
【図７】図７は、薬剤に対する細胞株応答を、ＣＴＲＰ  ｖ２．０薬物スクリーンからダウンロードした。全部で４３７の細胞株を、ディナシクリブ（ＣＤＫ１、２、５、および９のインヒビター）およびアルボシジブ（ＣＤＫ９インヒビター）を用いて試験した。曲線下面積の値を、数値積分法によって８つの濃度ポイントを用いて算出した。これらの剤に対する応答の間の相関は、ピアソン法を用いて算出し、約０．９５であることを見出した。これらのデータによって、２つの薬剤の間の類似性に起因して、ＮＯＸＡバイオマーカーが、ディナシクリブおよびアルボシジブに対する応答を予測するのに有用であることが示される。
【図８】図８は、６０歳以上の患者集団を示すＡＭＬサンプルからのＮＯＸＡ値を示す。ＮＯＸＡシグナルの広がりによって、この代表的集団にまたがるシグナルの広範な呈示が示される。このデータによって、ＮＯＸＡプライミングによって決定される細胞中のより高いＭＣＬ−１依存性は、低メチル化剤（ＨＭＡ）に対するより大きい感度を示すことが示される。癌細胞株（ｎ＝３３）を、ＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）アッセイを用いてＮＯＸＡペプチドとのＭＣＬ−１依存性についてプロファイリングした。それらの細胞株中のアザシチビンおよびデシタビンに対する応答は、癌応答治療剤ポータル（Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ＣＴＤ２公的データベース）から入手して、細胞を、応答に対する閾値として、デシタビンについて４０％変位値、およびアザシチジンについて１２％変位値を用いて得たＡＵＣ（曲線下面積）値に基づいて、低メチル化剤（ＨＭＡｓ）に応答するとして分類した。順位和検定ｐ値は、２つの群の間で算出して、プロット上に示す。まとめると、これによって、ＮＯＸＡバイオマーカーを通じたＭＣＬ−１依存性が、ＨＭＡ類に対する応答に必要であり得ることが示される。
【図９】ＮＯＸＡによってプライミングされることが示された細胞株はまた、ＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）フォーマットに従って、透過処理した細胞に直接与えられたＭＣＬ−１選択性ＢＨ３模倣剤化合物、ＥＵ５３４６（Ｒｉｃｈａｒｄ  ｅｔ  ａｌ  ２０１３）に対しても反応性であることが示される。３つの懸濁癌細胞株中の化合物に対するプライミング値として表されたミトコンドリア反応によって、ＥＵ５３４６は、ＮＯＸＡプライミングを検出するＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）アッセイのリガンドとして用いられ得ることが示される。
【図１０Ａ】図１０Ａおよび図１０Ｂは、ＦＬＡＭレジメンに対するＡＭＬ患者のＮＯＸＡプライミングの間の関係を図示する。図１０Ａによって、ＮＯＸＡプライミングが、患者集団６０歳以上のＡＭＬおよびＭＤＳ患者サンプル中で示されることが示される。ＮＯＸＡプライミングは、Ｐｒａｅｄｉｃａｒｅ  Ｄｘ試験を用いて評価したとおりである。図１０Ｂは、ＮＯＸＡプライミング係数を示し、生存関数、Ｓ（ｘ）が、ＦＬＡＭで処置されたＡＭＬ患者で時間に対してプロットされている。生存曲線は、カットオフとして４０％ＮＯＸＡプライミン6298グを用いる。この群では７例の完全寛解および１７例の非応答者（ＮＲ）があった。ＮＯＸＡ低群の生存期間の中央値は、３０３日であり、生存期間の中央値は、ＮＯＸＡ高群については達しなかった。本発明者らの９５％の信頼帯は、ＮＯＸＡ低群について下側が１４２日、上側は未決定であり、ＮＯＸＡ高群について、下側が９５９日、上側が未決定である。ＮＯＸＡの高群と低群との間の生存の相違に関するログランク検定によって０．０２３というｐ値が得られる。
【図１０Ｂ】図１０Ａおよび図１０Ｂは、ＦＬＡＭレジメンに対するＡＭＬ患者のＮＯＸＡプライミングの間の関係を図示する。図１０Ａによって、ＮＯＸＡプライミングが、患者集団６０歳以上のＡＭＬおよびＭＤＳ患者サンプル中で示されることが示される。ＮＯＸＡプライミングは、Ｐｒａｅｄｉｃａｒｅ  Ｄｘ試験を用いて評価したとおりである。図１０Ｂは、ＮＯＸＡプライミング係数を示し、生存関数、Ｓ（ｘ）が、ＦＬＡＭで処置されたＡＭＬ患者で時間に対してプロットされている。生存曲線は、カットオフとして４０％ＮＯＸＡプライミン6298グを用いる。この群では７例の完全寛解および１７例の非応答者（ＮＲ）があった。ＮＯＸＡ低群の生存期間の中央値は、３０３日であり、生存期間の中央値は、ＮＯＸＡ高群については達しなかった。本発明者らの９５％の信頼帯は、ＮＯＸＡ低群について下側が１４２日、上側は未決定であり、ＮＯＸＡ高群について、下側が９５９日、上側が未決定である。ＮＯＸＡの高群と低群との間の生存の相違に関するログランク検定によって０．０２３というｐ値が得られる。
【図１１Ａ】図１１Ａおよび図１１Ｂは、ＦＬＴ３突然変異状態によって分類され、デシタビンに対する応答によって分類された、６４例のＡＭＬ患者サンプルのミトコンドリアプロファイリング関連を示す。前処置のサンプルプライミングは、単一の薬剤としてのデシタビンに対する応答と相関した（図１１Ａ）。デシタビン処置に応答した、ＦＬＴ３変異陰性患者は、応答しなかった患者と比較して、ＢＨ３模倣剤、ＢＩＭ０．１に対して有意に高いミトコンドリア応答があった（ｐ＝０．０４）。ＦＬＴ３変異を有する患者は、一般に、有意に（ｐ＝０．０２）高いＢＩＭ０．１プライミングを有した（図１１Ｂ）。
【図１１Ｂ】図１１Ａおよび図１１Ｂは、ＦＬＴ３突然変異状態によって分類され、デシタビンに対する応答によって分類された、６４例のＡＭＬ患者サンプルのミトコンドリアプロファイリング関連を示す。前処置のサンプルプライミングは、単一の薬剤としてのデシタビンに対する応答と相関した（図１１Ａ）。デシタビン処置に応答した、ＦＬＴ３変異陰性患者は、応答しなかった患者と比較して、ＢＨ３模倣剤、ＢＩＭ０．１に対して有意に高いミトコンドリア応答があった（ｐ＝０．０４）。ＦＬＴ３変異を有する患者は、一般に、有意に（ｐ＝０．０２）高いＢＩＭ０．１プライミングを有した（図１１Ｂ）。
【図１２】図１２Ａ〜図１２Ｄは、ＦＬＴ３突然変異状態、プライミングとデシタビンに対する応答の間の関係の態様を示す。図１２は、ＦＬＴ３陰性患者におけるＢＩＭ０．１およびＨＲＫのプライミングを図示しており（それぞれ、図１２Ａおよび図１２Ｂ）、ここで本発明者らは、より高いプライミングとデシタビンに対する応答との関連がわかる。この関連は、順位和検定およびｔ検定で試験し、その結果を各々のプロットで示す。最下のパネルは、患者のＦＬＴ３状況と、ＢＩＭ  ０．１（図１２Ｃ）およびＨＲＫ（図１２Ｄ）プライミングとの関連を示しており、ここではＦＬＴ３プライミングは、ＦＬＴ３  ＩＴＤ陽性患者では高いようである。この関連は、応答としてプライミングおよび予測因子としてＦＬＴ３状況を用いる線形回帰分析で試験した。全体的モデルのｐ値（ｆ統計値による）およびＦＬＴ３  ＩＴＤ係数ｐ値（ｔ統計値による）を、下のプロットの各々に示す。これによって、ＦＬＴ３陽性状態は、ＦＬＴ３陰性患者よりも高いプライミングと関連することが示唆される。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
表１は、ＦＬＡＭ患者研究を示す。全体的な患者の概要を、表に示しており、各々の値について入手可能なデータとともに総数に対する各々のコンテクストでの陽性の患者の数を示す。
【００２３】
表２は、ＦＬＡＭ処置された患者の概要の解析を示す。この表は、得られた全てのサンプルを列挙する。患者は、３つの異なるプロトコール（Ｊ０６６９、Ｊ０８５６、およびＪ０１１０１）に登録され、ほとんどが新しく診断されたＡＭＬ患者であった。サンプルは、末梢血または骨髄吸引のいずれかから得た。年齢を診断の時点で算出した。細胞遺伝学的リスクファクターを、ＣＡＬＧＢガイドラインを用いて決定した。細胞遺伝学、ＦＬＴ−３、およびＮＰＭ１突然変異状態、ＭＤＳ病歴、化学療法の履歴、骨髄芽球パーセント、白血球（ＷＢＣ）数、処置、および応答は全て得られた。影付きの灰色のサンプルは、ＢＨ３プライミングに関してうまくアッセイされず、その後の全ての解析から排除する（ＭＲＤ−微小残存病変、ＴＦ−処置不全、ＰＲ−部分反応、ＣＲ−完全寛解（ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ））。完全反応（ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）（ＣＲ）は、以下のうち、１つ以上、典型的には全てによって特徴付けされる：全ての細胞株の正常な成熟を有する５％未満の骨髄芽球、ＡＮＣ≧１０００／μＬおよび血小板数≧１００，０００／ｕＬ、末梢血中の芽球がないこと、骨髄中に白血病細胞がないこと、疾患に関連する細胞遺伝学の消失、および既往の髄外疾患の消失。
【００２４】
表３は、ＦＬＡＭ応答との臨床特徴の関連を示す。臨床の変数の統計学的解析を、応答に対して行った。各々の示された計測値を、順位和マン・ホイットニー検定によって、およびロジスティック回帰分析によって有意差について試験した。ＡＵＣ（曲線下面積）は、ＲＯＣ曲線解析から得た。
【００２５】
表４は、ＦＬＡＭ患者研究からのＢＨ３プロファイリングデータを示す。ＢＨ３プロファイリングは、表２に列挙する全ての患者サンプルで行った。影付きの灰色の行は、処理の間にＢＨ３プロファイリングの合否基準を通らなかったサンプルである。ダッシュ（−）を含むすべての細胞は、示されたサンプルのそれぞれのＢＨ３ペプチドアッセイを行うために十分な細胞がなかった。シグナル対ノイズは、ＣＣＣＰ  ＪＣ−１ＭＦＩ値に対するＤＭＳＯ  ＪＣ−１レッド（ｒｅｄ）平均蛍光強度（ＭＦＩ）の測定である。細胞カウントおよび生存度のパーセントを、トリパンブルー排除での手動的な細胞カウントで決定した。芽球のパーセントは、透過処理された生存細胞のＣＤ４５−ｄｉｍ、ＣＤ３／ＣＤ２０陰性、およびＳＳＣ−低のパーセンテージである。全てのＢＨ３プロファイリングを、それらのゲートされた芽球細胞で行った。
【００２６】
表５は、ＣＲとの個々のＢＨ３ペプチドプロファイルの関連を示す。ＢＨペプチドの統計学的解析を、応答に対して行い、ＣＲサンプルは、全ての部分反応、微小残存病変、および処置の失敗（ＮＲ−非応答者）と比較した。示した計測値の各々を、順位和マン・ホイットニー検定によって、およびロジスティック回帰分析によって有意差について試験した。ＡＵＣ（曲線下面積）は、ＲＯＣ曲線解析から得た。
【００２７】
表６は、ＦＬＡＭ研究における他の臨床変数によるＢＨ３ペプチドプロファイリングの多変量解析を示す。ＢＨ３ペプチドの統計学的解析は、応答に対して行い、ＣＲサンプルをＮＲサンプルと比較した。変数の組み合わせを、ロジスティック回帰を用いて試験して、ロジスティック回帰モデル下で係数および定数を決定し、次いでこれらの係数および定数を、順位和マン・ホイットニー検定およびＲＯＣ曲線解析によって試験した。
【００２８】
表７は、骨髄サンプルにおけるＣＲとの個々のＢＨ３ペプチドプロファイルとの関連を示す。ＢＨ３ペプチドの統計学的解析は、表５のように骨髄から得たサンプルでのみ行った。各々の示した計測値を、順位和マン・ホイットニー検定によって、およびロジスティック回帰分析によって有意差について試験した。ＡＵＣ（曲線下面積）は、ＲＯＣ曲線解析から得た。この解析によって、ＮＯＸＡプライミングは、非応答者と比較して処置に応答した患者で有意に高いことが明らかになる。
【００２９】
表８は、骨髄間質コンテクスト由来のサンプル中のＢＨ３ペプチドの統計学的解析を示す。マン・ホイットニーのｐ値は、プライミング値を用いて決定するか、またはロジスティック回帰から対数尤度を算出した。ロジスティック回帰のｐ値は、最終モデル対ヌルモデルのＡＮＯＶＡ分析を通じて算出した。この解析によって、ＢＡＤ、ＢＩＭ１００、およびＰＵＭＡの組み合わせが、骨髄サンプル単独での応答とも関連することが示される。ＮＯＸＡおよび３つのペプチドの値の両方とも、細胞遺伝学的リスクのカテゴリー、ＭＤＳ病歴に対して相加的であり、かつ高い有意性およびＡＵＣ値をもたらす。
【００３０】
発明の詳細な説明
本開示は、部分的には、ＢＨ３プロファイリングアッセイの医学的有用性が、患者の骨髄間質由来である癌細胞における応答を測定することによって、ＣＤＫインヒビター、例えば、ＣＤＫ−９インヒビター（例えば、アルボシジブ）単独に対する応答、または同時処置レジメン（例えば、ＦＬＡＭ）における応答を予測するために実現され得るという発見に基づく。ＢＨ３プロファイリング測定の感度および／または特異性は、末梢血から収集された血液、または末梢血サンプルおよび骨髄サンプルの組み合わせよりも有意に改善されている。ＮＯＸＡの関連における劇的な増大は、骨髄間質コンテクスト由来のサンプルのみを用いる場合、０．４４５〜０．０００７というｐ値低下で示されるように、応答をともなうシグナルを生成したことが示された（表６および表７）。アッセイの感度は、臨床的変数、細胞遺伝学、および年齢コンテクストが解析の因子とされた場合、０．８０５（ＡＵＣ）から０．９１（ＡＵＣ）に改善した。種々のアルゴリズムを本明細書で提供して、ＦＬＡＭ処置に対するＡＭＬ患者の応答を予測する。一態様では、ＮＯＸＡプライミングを単独で用いて、ＦＬＡＭレジメンに対する患者応答を予測する。別の態様では、ＢＡＤ＋ＢＩＭ  １００＋ＰＵＭＡプライミングを、組み合わせて用いて、ＦＬＡＭレジメンに対する患者応答を予測してもよい。本明細書に記載される診断アプローチによって、ＭＣＬ１摂動療法に対する応答を予想するための新しい方法が提供される。
【００３１】
一態様では、本発明は、患者のための癌処置を決定するための方法を提供し、この方法は、患者の腫瘍または骨髄由来の癌細胞検体中のＭＣＬ１依存性の程度を決定するステップと；その患者の１つ以上の臨床学的因子を決定するステップと、１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップとを包含し；ここで１つ以上の臨床学的因子が、臨床反応との関連についてＭＣＬ１特異的なＢＨ３プロファイリング値の特異性および／または感度を増大するように選択される。
【００３２】
別の態様では、本発明は、患者のための癌処置を決定するための方法を提供し、この方法は、ＮＯＸＡ  ＢＨ３ドメインペプチドに対して患者の透過処理された癌細胞を暴露して、プライミングの程度を決定するステップと；免疫組織化学および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって患者の癌細胞の１つ以上の臨床学的因子の有無を決定するステップと；１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するステップとを包含する。
【００３３】
別の態様では、本発明は、シタラビンおよび／またはＦＬＡＭに対するＡＭＬ患者応答を決定するための方法を提供し、この方法は、骨髄または末梢血から採取した患者のＡＭＬ癌細胞検体についてＢＨ３プロファイルを決定するステップと；２つの癌細胞供給源からの値を比較するステップと、その情報を用いて、ＦＬＡＭまたはシタラビンベースの処置のいずれかをガイドするステップとを包含する。
【００３４】
種々の実施形態では、臨床的コンテクストは、年齢、細胞遺伝学的状況、能力、組織学的小分類、性別および病期のうちの１つ以上である。別の実施形態では、この方法はさらに、突然変異状態、一塩基多型、定常状態タンパク質レベル、および動的タンパク質レベル（試験に対してさらに特異性および／または感度を追加し得る）から選択される追加のバイオマーカーの測定を包含する。別の実施形態では、この方法はさらに、患者における臨床応答を予測するステップを包含する。別の実施形態では、臨床反応は、少なくとも約１年、約２年、約３年、または約５年の無増悪生存／イベントフリー生存である。
【００３５】
特定の実施形態では、プライミングは、以下の式によって定義される：
【数１】
0006774951.tif 000004
式中、ＡＵＣは、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含む；ＤＭＳＯは、ベースラインの陰性対照を含む；ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）は、ミトコンドリア中の電子伝達鎖中の電子伝達体の正常な活性中に形成されるプロトン勾配の脱共役剤として働くことによってタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含む。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、均一性時間分解蛍光測定（ＨＴＲＦ）によって確立される。いくつかの実施形態では、この時間は、約０〜約３００分〜約０〜約３０分のウインドウにまたがって生じる。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、中央蛍光強度（ＭＦＩ）統計値によって、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）で確立される。いくつかの実施形態では、シグナル強度は、約５分〜約３００分の間で生じる一時点測定である。個々のペプチドに関して、プライミングは、以下として算出され得る：
【数２】
0006774951.tif 000005
【００３６】
例示的な臨床的決定
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、患者の評価において、例えば、診断、予後予測および処置に対する応答を評価するために有用である。種々の態様では、本発明は、腫瘍または血液癌を評価するステップを包含する。種々の実施形態では、この評価は、診断、予後予測、および処置に対する応答から選択され得る。
【００３７】
診断とは、例えば、癌のような潜在的な疾患または障害を決定または特定するための企図のプロセスを指す。予後診断とは、例えば、癌のような、疾患または障害の可能性のある転帰を予測することを指す。完全な予後診断は、期待される期間、機能および疾患の経過の説明、例えば、進行性の衰退、間欠的な危機、または突然の予測不能な危機を含む場合が多い。処置に対する応答は、処置を受ける時の患者の医学的転帰の予測である。処置に対する応答は、非限定的な例では、病理学的な完全寛解、生存、無増悪生存率、無増悪期間および再発可能性であり得る。
【００３８】
種々の実施形態では、本発明の方法は、患者が特定の処置を受けるか否かに関する臨床的決定に関する。一実施形態では、本発明の方法は、ネオアジュバントおよび／もしくはアジュバント化学療法に対する陽性反応、またはネオアジュバントおよび／もしくはアジュバント化学療法に対する非応答性の予測指標である。一実施形態では、本発明の方法は、アポトーシス促進性剤、またはアポトーシスを介して作動する薬剤、および／またはアポトーシスを介して作動しない薬剤に対する陽性反応、あるいは、アポトーシスエフェクター剤および／またはアポトーシスを介して作動しない薬剤に対する非応答性の予測指標である。種々の実施形態では、本発明は、例えば、どの種類の処置が施されるべきか、または止められるべきかを含む、癌患者の処置に関する。
【００３９】
一実施形態では、本発明の方法は、ある患者が、一次の、主要な、または最初の処置の後に、限定するものではないが、単一の唯一のアジュバント療法を含むアジュバント療法を受けるか否かに関する臨床決定に関する。アジュバント療法はまた、アジュバントケアとも呼ばれ、一次の、主要な、または最初の処置に加えて与えられる処置である。非限定的な例として、アジュバント療法は、全ての検出可能な疾患が除去されるが、潜在性の疾患のせいで再発という統計学的なリスクは残る手術後に通常施される追加の処置であり得る。
【００４０】
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、アジュバント療法を含む患者の処置に関する。例えば、特定の処置に応答性であるとスコア付けされる患者は、アジュバント療法などの処置を受けてもよい。さらに、本発明の方法は、非限定的な例では、アポトーシス促進性の方式で誘導するかおよび／または作動する処置、あるいはしない処置として、アジュバント療法の同一性に関し得る。一実施形態では、本発明の方法は、患者が、特定の処置に応答性でないか、または特定の処置に応答性が低く、したがって、そのような患者がアジュバント療法のような処置を受けない場合があることを示し得る。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者の予測される応答に従って、アジュバント療法を提供するか、または中止することを提供する。この方法では、患者のクオリティーオブライフおよびケアのコストは改善され得る。
【００４１】
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者が特定の種類の処置を受けるか否かに関する臨床決定に関する。従って、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、患者の処置のためのガイド試験である。
【００４２】
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、ある患者の特定の処置に対する予測される応答に関する情報を提供する。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、高い応答の確率を提供し、積極的な処置を含む処置に関し得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、低い応答の確率をもたらし、積極的な処置および緩和ケアの使用を含む処置の中断を指示して、良好なクオリティーオブライフのために、無効な化学療法からの不必要な毒性を回避し得る。
【００４３】
例示的な実施形態では、本発明の方法は、特定の処置に対する応答の確率を示す。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の方法は、アポトーシス促進性剤、および／またはアポトーシスを介して作動する薬剤、および／または直接のタンパク質調節によって駆動されるアポトーシスを介して作動する薬剤に対する応答の高い確率または低い確率を示す。種々の実施形態では、例示的なアポトーシス促進性剤および／またはアポトーシスを介して作動する薬剤および／または直接タンパク質調節によって駆動される、アポトーシスを介して作動する薬剤としては、ＡＢＴ−２６３（Ｎａｖｉｔｏｃｌａｘ）、オバトクラックス、ＷＥＰ、ボルテゾミブ、およびカルフィルゾミブが挙げられる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、アポトーシスを介して作動しない薬剤および／または直接タンパク質調節によって駆動される、アポトーシスを介して作動しない薬剤に対する応答の高い確率または低い確率を示す。種々の実施形態では、アポトーシスを介して作動しない例示的な薬剤としては、キネシンスピンドルタンパク質インヒビター、サイクリン依存性キナーゼインヒビター、Ａｒｓｅｎｉｃ  Ｔｒｉｏｘｉｄｅ（ＴＲＩＳＥＮＯＸ）、ＭＥＫインヒビター、ポモリドミド、アザシチジン、デシタビン、ボリノスタット、エンチノスタット、ディナシクリブ、ゲムツズマブ、ＢＴＫインヒビター、例としては、イブルチニブ、ＰＩ３キナーゼデルタインヒビター、レノリジミド、アントラサイクリン類、シタラビン、メルファラン（ｍｅｌｐｈａｌａｍ）、Ａｋｔインヒビター類、ｍＴＯＲインヒビター類が挙げられる。
【００４４】
例示的な実施形態では、本発明の方法は、患者が癌処置のためにアポトーシス促進性剤またはアポトーシスを介して作動する薬剤を投与されるべきか否かを示す。別の例示的な実施形態では、本発明の方法は、患者がアポトーシスを介して作動しない薬剤を投与されるべきか否かを示す。
【００４５】
特異的な実施形態では、本発明の方法は、本明細書に記載される任意の処置（薬剤を含む）に対する癌患者の応答を予測するのに有用である。例示的な実施形態では、本発明は、ＡＭＬ患者のシタラビンおよびアザシチジンに対する応答の確率を予測し、患者のＢＨ３プロファイル、年齢プロファイルおよび細胞遺伝学的因子の評価を含む。
【００４６】
種々の実施形態では、癌処置は、本明細書に記載の方法に基づいて投与されるかまたは停止される。例示的な処置としては、外科的切除、放射線療法（本明細書に記載の化合物をそのまま、または放射線増感剤と組み合わせての使用を含む）、化学療法、薬力学的療法、標的化療法、免疫療法、および支持療法（例えば、鎮痛薬、利尿薬、抗利尿薬、抗ウイルス薬、抗生物質、栄養補助剤、貧血治療薬、血液凝固治療薬、骨治療薬および精神医学治療薬および心理学的治療薬）が挙げられる。
【００４７】
例示的な処置
例示的な実施形態では、本発明は、特定の処置剤に対する予想される反応速度を算出する。このような剤の例としては限定するものではないが、１つ以上の抗癌薬、化学療法、手術、アジュバント療法、およびネオアジュバント療法が挙げられる。一実施形態では、癌処置は、ＢＨ３模倣剤、エピジェネティックな修飾剤、トポイソメラーゼインヒビター、サイクリン依存性キナーゼインヒビター、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤のうちの１つ以上である。別の実施形態では、癌処置は、プロテアソームインヒビター；および／または細胞周期調節の修飾因子（非限定的な例では、サイクリン依存性キナーゼインヒビター）；および／または細胞のエピジェネティックな機構の修飾因子（非限定的な例では、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）（例えば、ボリノスタットまたはエンチノスタットのうちの１つ以上）、アザシチジン、デシタビンのうちの１つ以上）；および／またはアントラサイクリンもしくはアントラセネジオン（非限定的な例では、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンのうちの１つ以上）；および／または白金ベースの治療剤（非限定的な例としては、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンのうちの１つ以上）；シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法；ＢＨ３模倣剤（非限定的な例では、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、またはＭＣＬ１のうちの１つ以上）；ならびにＭＣＬ１のインヒビターである。
【００４８】
種々の実施形態では、本発明は、癌処置に関与し、これには、限定するものではないが、その全体が参照によってその内容が本明細書に援用される、米国特許出願公開第２０１２−０２２５８５１号および国際公開ＷＯ２０１２／１２２３７０に記載のものが挙げられる。
【００４９】
種々の実施形態では、本発明は、癌処置、例としては、限定するものではないが、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびＣＹＴＯＸＡＮシクロホスファミド；アルキルスルホネート、例えば、ブスルファン、イムプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン類、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、およびウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）；エチレンイミン類及びメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）類、例としては、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびトリメチロメラミン；アセトゲニン類（例えば、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成アナログのトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン（ｃａｌｌｙｓｔａｔｉｎ）；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシンの合成アナログを含む）；クリプトフィシン類（例えば、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（ｄｕｏｃａｒｍｙｃｉｎ）（その合成アナログのＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン（ｅｌｅｕｔｈｅｒｏｂｉｎ）；パンクラチスタチン（ｐａｎｃｒａｔｉｓｔａｔｉｎ）；サルコディクチン（ｓａｒｃｏｄｉｃｔｙｉｎ）；スポンジスタチン（ｓｐｏｎｇｉｓｔａｔｉｎ）；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアミシン、特にカリケアミシンガンマ１１およびカリケアミシンオメガ１１（例えば、Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４，３３：１８３−１８６）を参照のこと）；ダイネミシンＡを含むダイネミシン（ｄｙｎｅｍｉｃｉｎ）；クロドロネートなどのビスホスホネート；エスペラミシン（ｅｓｐｅｒａｍｉｃｉｎ）；ならびにネオカルチノスタチン発色団および関連する色素タンパクのエンジイン抗生発色団）、アクラシノマイシン類、アクチノマイシン、オースラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カミノマイシン（ｃａｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カルジノフィリン、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（ドキソルビシン）（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン（ｍａｒｃｅｌｌｏｍｙｃｉｎ）、マイトマイシン類、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシ���類、ペプレオマイシン（ｐｅｐｌｏｍｙｃｉｎ）、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン（ｄｅｎｏｐｔｅｒｉｎ）、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌｓ、例えば、アミノグルテチミド（ｍｉｎｏｇｌｕｔｅｔｈｉｍｉｄｅ）、ミトーテン、トリロスタン；フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）などの葉酸補充物質（ｒｅｐｌｅｎｉｓｈｅｒ）；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル（ｅｎｉｌｕｒａｃｉｌ）；アムサクリン；ベストラブシル（ｂｅｓｔｒａｂｕｃｉｌ）；ビサントレン；エダトレキサート；デメコルチン；ジアジコン（ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；エルフォミチン（ｅｌｆｏｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エポチロン（ｅｐｏｔｈｉｌｏｎｅ）；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン（ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ）；マイタンシノイド（ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｉｄ）類、例えば、マイタンシン（ｍａｙｔａｎｓｉｎｅ）およびアンサミトシン（ａｎｓａｍｉｔｏｃｉｎ）類；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメト（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン（ｌｏｓｏｘａｎｔｒｏｎｅ）；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ  ｃｏｍｐｌｅｘ）（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン（ｒｈｉｚｏｘｉｎ）；シゾフラン（ｓｉｚｏｆｕｒａｎ）；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅｎｅ）類（例えば、Ｔ−２トキシン、ベラクリンＡ（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ  Ａ）、ロリジンＡ（ｒｏｒｉｄｉｎ  Ａ）およびアングイジン（ａｎｇｕｉｄｉｎｅ））；ウレタン（ｕｒｅｔｈａｎ）；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド類、例えば、ＴＡＸＯＬパクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ���Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ−ｆｒｅｅ），パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子処方物（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，１１１．）、およびＴＡＸＯＴＥＲＥドセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ、Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ＧＥＭＺＡＲゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンなどの白金アナログ；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトザントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ｘｅｌｏｄａ；イバンドロネート（ｉｂａｎｄｒｏｎａｔｅ）；イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）イリノテカンと５−ＦＵおよびロイコボリンの処置レジメンを含む）；トポイソメラーゼインヒビターＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチン酸などのレチノイド類；カペシタビン；コンブレスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン、例としては、オキサリプラチン処置レジメン（ＦＯＬＦＯＸ）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）；ＰＫＣ−αのインヒビター、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲ（例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））および細胞増殖を低下するＶＥＧＦ−Ａ、ダコゲン、ベルケード、ならびに任意の上記のものの薬学的に許容される塩、酸および誘導体に関する。
【００５０】
例示的な検出方法
種々の実施形態では、本発明の方法は、タンパク質および／または核酸の有無、またはレベルを評価するステップを包含する。種々の実施形態では、本発明の方法は、ＢＨ３プロファイリングの特異性および／または感度を増強し得るタンパク質および／または核酸の有無またはレベルを評価するステップを包含する。いくつかの実施形態では、この評価は、患者応答のマーカーを包含する。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、免疫組織化学染色、ウエスタンブロット、細胞内ウエスタン、免疫蛍光染色、ＥＬＩＳＡおよび蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）、または本明細書において記載されるか、もしくは当該分野で公知の任意の他の方法のうちの１つ以上を用いる測定を包含する。本発明の方法は、抗体と腫瘍検体（例えば、生検または組織または体液）とを接触させて、組織または体液に特異的であり、かつ癌の状態の指標であるエピトープを特定するステップを包含し得る。
【００５１】
一般的に、体液または組織中の抗原上のエピトープの検出のために用いられる２つのストラテジー、直接法および間接法がある。この直接法は、一工程の染色を含み、体液または組織サンプル中の抗原と直接反応する標識された抗体（例えば、ＦＩＴＣコンジュゲートされた抗血清）を含んでもよい。この間接的な方法は、体液または組織抗原と反応する未標識の一次抗体、およびこの一次抗体と反応する標識された二次抗体を含む。標識は、放射性標識、蛍光標識、ハプテン標識、例えば、ビオチン、または酵素、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼを含んでもよい。これらのアッセイを行う方法は、当該分野で周知である。例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ，１９８８）、Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．（Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ，１９９９），Ｖｉｒｅｌｌａ  （Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第６版，Ｉｎｆｏｒｍａ  ＨｅａｌｔｈＣａｒｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，２００７）、およびＤｉａｍａｎｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９６）を参照のこと。これらのアッセイを行うためのキットは、例えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＬＬＣ．（Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）から市販されている。
【００５２】
種々の実施形態では、抗体は、抗体全体および／または任意の抗原結合フラグメント（例えば、抗原−結合部分）および／またはこれらの単鎖（例えば、ジスルフィド結合によって内部接続された少なくとも２つの重鎖（Ｈ）および２つの軽鎖（Ｌ）、Ｆａｂフラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント；Ｆ（ａｂ）２フラグメント、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結される２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント；ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント；抗体の単一のアームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント；など）を含む。種々の実施形態では、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体が有用であり、単離されたヒトもしくはヒト化抗体、またはそれらの機能的なフラグメントも同様である。
【００５３】
様々な種の標的に対する抗体の結合能力を評価する標準アッセイが、当該分野で公知であり、これには、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロットおよびＲＩＡが挙げられる。抗体の結合の反応速度論（例えば、結合親和性）はまた、Ｂｉａｃｏｒｅ解析などによる、当該分野で公知の標準的なアッセイによって評価してもよい。
【００５４】
別の実施形態では、測定は核酸の有無またはレベルを評価するステップを包含する。当業者は、多数の方法を用いて、適切なマーカーのＤＮＡ／ＲＮＡレベルを検出または定量し得ることを理解する。
【００５５】
遺伝子発現は、例えば、低〜中プレックスの（ｌｏｗ−ｔｏ−ｍｉｄ−ｐｌｅｘ）技術を用いて測定してもよく、この技術としては、限定するものではないが、レポーター遺伝子アッセイ、ノーザンブロット、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、および逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられる。遺伝子発現はまた、例えば、高次プレックス（ｈｉｇｈｅｒ−ｐｌｅｘ）技術を用いて測定してもよく、これには限定するものではないが、遺伝子発現連続解析法（ＳＡＧＥ）、ＤＮＡマイクロアレイが挙げられる。チリングアレイ（ｔｉｌｉｎｇ  ａｒｒａｙ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ／全トランスクリプトソームショットガン配列決定（ｗｈｏｌｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ  ｓｈｏｔｇｕｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ：ＷＴＳＳ）、ハイスループットシーケンシング、マルチプレックスＰＣＲ、マルチプレックス・ライゲーション依存性プローブ増幅（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  ｌｉｇａｔｉｏｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｂｅ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ：ＭＬＰＡ）、ライゲーションによるＤＮＡ配列決定、およびＬｕｍｉｎｅｘ／ＸＭＡＰが挙げられる。当業者は、マイクロアレイなどのアレイ、ＲＴ−ＰＣＲ（定量ＰＣＲを含む）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイおよびノーザンブロット解析を含む多数の方法を使用して、サンプル内のバイオマーカーのＲＮＡ生成物レベルを検出または定量化できることを理解する。
【００５６】
例示的な癌および患者
いくつかの実施形態では、本発明は、癌処置を決定する方法を提供するか、および／または患者の腫瘍試料もしくは癌細胞試料を含む。癌または腫瘍とは、制御不能な細胞増殖、ならびに／または異常増殖した細胞の生存、ならびに／または身体器官および系の正常な機能を妨げるアポトーシスの阻害を指す。癌または腫瘍を有する被験体とは、被験体の体内に存在する客観的に測定可能な癌細胞を有する被験体である。良性および悪性の癌、ならびに休止腫瘍または微小転移も本発明に含まれる。原発巣から遊走して重要な器官に播種する癌は、最終的に影響を受けた器官の機能悪化により、被験体を死に至らしめる場合がある。
【００５７】
種々の実施形態では、本発明は、転移前の癌、または転移癌に適用可能である。転移とは、癌がその原発部位から体内のその他の場所へ広がることを指す。癌細胞は、原発腫瘍から分離してリンパ管および血管に侵入し、血流を通じて循環し、体内の他の部位にて正常な組織内で遠隔病巣を増殖（転移）させる場合がある。転移は、局所的であっても、または遠隔であってもよい。転移とは、腫瘍細胞が原発腫瘍から分離して血流を通じて移動し、遠隔部位にて留まることに付随した、連鎖的プロセスである。新しい部位にて、細胞は血液供給を確立して成長し得、生命を脅かす腫瘤を形成し得る。腫瘍細胞内の刺激分子および阻害性分子の両方の経路によって、この挙動が調節され、遠隔部位の腫瘍細胞および宿主細胞間の相互作用もまた重要である。転移は、特定症状のモニタリングに加えて、磁気共鳴映像法（ＭＲＩ）スキャン、コンピューター断層撮影法（ＣＴ）スキャン、血球数および血小板数測定、肝機能検査、胸部Ｘ線ならびに骨スキャンの単独使用または併用によって、検出される場合が多い。
【００５８】
本明細書に記載の方法は、癌の予後予測、癌の診断、癌の治療、ならびに／または悪性腫瘍および細胞の生存の増大を伴う増殖障害の増殖、進行、および／もしくは転移の診断、予後予測、処置、予防もしくは改善、あるいはアポトーシスの阻害に関する。いくつかの実施形態では、癌は血液癌であり、これには、限定するものではないが、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病、ならびに非ホジキンリンパ腫（限定するものではないが、マントル細胞リンパ腫およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫を含む）が挙げられる。いくつかの実施形態では、癌は固形腫瘍であり、これには限定するものではないが、非小細胞肺癌、卵巣癌、および黒色腫が挙げられる。
【００５９】
いくつかの実施形態では、本発明は、以下の癌のうち１つ以上に関する：急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、肛門癌、虫垂癌、星細胞腫（例えば、小児小脳性または大脳性）、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍（例えば、骨肉腫、悪性線維性組織球腫）、脳幹グリオーマ、脳癌、脳腫瘍（例えば、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性グリオーマ、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、視経路および視床下部グリオーマ）、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、中枢神経系リンパ腫、小脳星細胞腫、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄増殖性疾患，結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌、胆嚢癌、胃体部（胃）癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍（例えば、頭蓋外、性腺外、卵巣）、妊娠性絨毛腫瘍、グリオーマ（例えば、脳幹、大脳星細胞腫、視経路および視床下部）、胃カルチノイド、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞（肝）癌、下咽頭癌、視床下部および視経路グリオーマ、眼内黒色腫、膵島細胞癌（膵臓内分泌部）、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、有毛細胞）、口唇および口腔（ｏｒａｌ  ｃａｖｉｔｙ）癌、脂肪肉腫、肝癌、肺癌（例えば、非小細胞、小細胞）、リンパ腫（例えば、ＡＩＤＳ関連、バーキット、皮膚Ｔ細胞、ホジキン、非ホジキン、中枢神経系原発）、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性扁平上皮頸部癌、口腔（ｍｏｕｔｈ）癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性（ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ）白血病、骨髄性（ｍｙｅｌｏｉｄ）白血病、骨髄性（ｍｙｅｌｏｉｄ）白血病、骨髄増殖性障害、慢性、鼻腔癌および副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、口腔（ｏｒａｌ）癌、中咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、膵臓癌、副鼻腔および鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭（ｐｈａｒｙｎｇｅａｌ）癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫および／または胚細胞腫、松果体芽細胞腫およびテント上原始神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、中枢神経系原発リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、腎盂および尿管、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（例えば、ユーイングファミリー、カポジ、軟部、子宮）、セザリー症候群、皮膚癌（例えば、非黒色種、黒色種、メルケル細胞）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部肉腫、扁平上皮細胞癌、扁平上皮頸部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、ｔ細胞リンパ腫、睾丸癌、咽頭（ｔｈｒｏａｔ）癌、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺癌、絨毛腫瘍、尿管および腎盂癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、視経路および視床下部グリオーマ、外陰癌，ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、ならびにウイルムス腫瘍。
【００６０】
一実施形態では、癌はＡＭＬである。ＡＭＬは２番目に多い白血病であり、アメリカでは年間約１３，０００人が新たにＡＭＬと診断され、年間死者数は９，０００人である。定評のある療法が存在しているが、白血病患者の多くは予後が悪く、治療が成功する可能性は低い。ＡＭＬに対する現在の標準的治療は、誘導シトシンアラビノシド（ａｒａ−Ｃ）に、アントラサイクリン剤（例えば、ダウノルビシン、イダルビシンまたはミトキサントロンなど）を併用する。通常、この治療レジメンに続いて、高用量シタラビンの投与および／または幹細胞移植を行う。これらの治療法は、若年患者における治療結果を改善した。急性前骨髄球性白血病の治療にも進展があり、オールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）または三酸化ヒ素を用いた標的療法によって、生存率が良くなった。しかしながら、ＡＭＬ症例の大半である、６０歳超の患者集団では、依然として治療が不明確なままである。６５〜８５％の患者は、当初既存の治療法に応答するが、その応答した患者のうち６５％が再発し、多くの患者が再発した疾患により亡くなる。少なくともこの理由で、そして上述の治療法が深刻な副作用を有する場合もあるので、本発明の予測試験によって、これらの訴えを緩和する処置の使用を導くことができる。いくつかの実施形態では、本発明は、適切な患者を適切な処置に合致させることにより、処置が成功する可能性を向上させる。更に、処置に対するＡＭＬ患者の応答を予測する試験は現状存在しない。
【００６１】
「被験体（ｓｕｂｊｅｃｔ）」という用語は、本明細書で使用する場合、他に規定されない限り、哺乳動物、例えばヒト、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ、またはサル、チンパンジー、もしくはヒヒなどの非ヒト霊長類である。「被験体（ｓｕｂｊｅｃｔ）」および「患者（ｐａｔｉｅｎｔ）」という用語は、同じ意味で使用される。
【００６２】
例示的な検体
いくつかの実施形態では、上記検体は、ヒト主要由来の細胞株である。特定の実施形態では、この検体は癌幹細胞である。他の実施形態では、この検体は、固形腫瘍の生検、例えば、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓または卵巣の原発性腫瘍などの生検由来である。
【００６３】
特定の実施形態では、この検体は、非固形腫瘍、例えば、本明細書に記載の任意の癌などの生検に由来する。特定の実施形態では、この検体は、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検に由来する。ある特定の実施形態では、検体は、固体マトリックスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いた生検サンプルからの選択により濃縮される多発性骨髄腫細胞である。ある特定の実施形態では、検体は、ＣＤ４５に対する抗体への結合により濃縮される急性骨髄性白血病細胞である。ある特定の実施形態では、検体は、非Ｂ細胞の枯渇により濃縮される慢性リンパ性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。
【００６４】
いくつかの実施形態では、検体は、循環中の腫瘍細胞に由来する。
【００６５】
ＢＨ３プロファイリング
種々の実施形態では、本発明は、ＢＨ３プロファイリングを含む。種々の実施形態では、本発明は、ＢＨ３プロファイリングを含み、ここでは少なくとも２、または３、または４、または５、または６、または７、または８、または９、または１０のＢＨ３ペプチドを一度に評価する。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、単一ＢＨ３ペプチドの評価とは対照的に、マルチペプチド解析を含む。いくつかの実施形態では、ＢＨ３ペプチドのパネルを、単一の患者検体でスクリーニングする。
【００６６】
ＢＨ３プロファイリングおよびこのような方法に有用な試薬は、その内容が、その全体が参照によって本明細書に援用される、米国特許第７，８６８，１３３号；同第８，２２１，９６６号；および同第８，１６８，７５５号および米国特許出願公開第２０１１／０１３０３０９号に記載される。
【００６７】
要するに、理論で束縛されることは望まないが、異常な表現型の結果として、癌細胞は、アポトーシス経路で機能的なブロックを発達させる。これらのブロックによって、癌細胞は、いくつかの治療に対して耐性になり、かつ驚くべきことに、いくつかの癌細胞は他の治療に対して感受性になる。「癌遺伝子依存（ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ａｄｄｉｃｔｉｏｎ）」という概念は、生存のための特定のタンパク質に対する癌細胞の依存性（ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ）、または依存症・中毒（ａｄｄｉｃｔｉｏｎ）の獲得という現象を表す。ＢＨ３プロファイリングは、タンパク質を調節する特定のアポトーシスに対するこのような依存性が所定の癌細胞で生じるか否かを決定し、依存性タンパク質を特定する。癌細胞は、アポトーシスするようにプレセットされ得るが、常にではなく、これは、これらの細胞の機能であり、それらの他の意図されない生存について抗アポトーシスＢＣＬ−２ファミリータンパク質のいずれかまたはすべてに依存する。これによって、処置に応答する癌細胞の確率が洞察される。
【００６８】
癌細胞は、理論によって束縛されるものではないが、異常、例えば、ＤＮＡ損傷、遺伝子不安定性、異常増殖因子シグナル伝達、およびマトリクス相互作用の異常または欠如を示し、そのいずれもが、内因性（ミトコンドリア）アポトーシス経路を通じて典型的にはアポトーシスを誘発するはずである。しかし、癌細胞は、これらのアポトーシスシグナルに応答するのではなく、生存する。しばしば、そうするには、これらの細胞は、慢性のアポトーシスシグナルに対する選択されたブロックに大きく依存するようになる。この順応によって、癌細胞の生存機序が得られる；しかし、これらの順応はまた、特定のアポトーシス誘導治療に対して癌細胞を感受性にさせ得る。内因性のアポトーシスによって細胞が死ぬように方向づけている重大な事象は、ミトコンドリア外側膜（ＭＯＭＰ）の透過処理およびエフェクターカスパーゼを活性化する分子の放出である。多くの場合に、ＭＯＭＰは、内因性のアポトーシス経路におけるポイントオブノーリターンである。ＢＣＬ−２ファミリータンパク質は、ＭＯＭＰの重要な調節因子であり、それらの活性は、リンパ腫およびいくつかの固形腫瘍癌の発症に関連しており、かつ多くの癌において、化学療法に対する耐性の重要な媒介因子であると考えられる。
【００６９】
ＢＣＬ−２タンパク質は、生存促進（抗アポトーシス）とアポトーシス促進メンバーとの間の別個のタンパク質−タンパク質相互作用によって調節される。これらの相互作用は、主にＢＨ３（ＢＣＬ−２相同性ドメイン−３）媒介性結合を通じて生じる。アポトーシス開始のシグナル伝達は、ミトコンドリアの最も上流の部分で生じ、かつ短いＢＨ３−ｏｎｌｙ  ＢＣＬ−２ファミリーメンバーの、それらがＭＯＭＰを活性化するかまたは感作させるミトコンドリアへの転位を生じる。活性化因子ＢＨ３−ｏｎｌｙタンパク質、ＢＩＭおよびＢｉｄは、エフェクター、アポトーシス促進性タンパク質ＢａｘおよびＢａｋに結合して直接活性化し、また抗アポトーシス性ＢＣＬ−２ファミリータンパク質、ＢＣＬ−２、ＭＣＬ１、Ｂｆｌ−１、ＢＣＬ−ｗおよびＢＣＬ−ｘＬに結合して阻害もする。感作物質ＢＨ３タンパク質、Ｂａｄ、Ｂｉｋ、ＮＯＸＡ、Ｈｒｋ、Ｂｍｆ、およびＰｕｍａは、抗アポトーシス性ＢＣＬ−２ファミリータンパク質、ＢＣＬ−２、ＭＣＬ１、Ｂｆｌ−１、ＢＣＬ−ｗ、およびＢＣＬ−ｘＬにのみ結合し、それによって、それらの抗アポトーシス性の機能をブロックする。理論によって束縛されることは望まないが、各々の感作物質タンパク質は、固有の特異性プロファイルを有する。例えば、ＮＯＸＡ（ＡおよびＢ）は、高い親和性でＭＣＬ１に結合し、Ｂａｄは、ＢＣＬ−ｘＬおよびＢＣＬ−２に結合するが、ＭＣＬ１にはごく弱く結合し、およびＰｕｍａは、全ての３つの標的によく結合する。これらのタンパク質の抗アポトーシス性機能は、活性化因子ＢＨ３タンパク質ＢＩＭおよびＢｉｄの封鎖である。感作物質ペプチドをこれらの活性化因子に置き換えることで、Ｂａｘ／Ｂａｋ媒介性のアポトーシス性の方向付けを生じる。これらの相互作用は、種々の転帰を有し得、これには限定するものではないが、ホメオスターシス、細胞死、アポトーシスに対する感作、およびアポトーシスの遮断が挙げられる。
【００７０】
アポトーシス性シグナル伝達がブロックされる癌細胞の決定的な特徴は、ミトコンドリア表面でのＢＨ３−ｏｎｌｙ活性化因子タンパク質の蓄積であり、これらのタンパク質の結果は、抗アポトーシス性タンパク質によって封鎖される。それらのエフェクター標的タンパク質に対するこの蓄積および近接性は、「ＢＨ３プライミング」状態でのＢＣＬ−２ファミリータンパク質の拮抗作用に対する感度の増大を説明する。
【００７１】
いくつかの実施形態では、ＮＯＸＡ（ＡまたはＢ）に対する高いアポトーシス性応答を生じる細胞は、ＭＣＬ１プライミングされるが、ペプチドＢａｄに対する高い応答によって、ＢＣＬ−ｘＬまたはＢＣＬ−２が、アポトーシスをブロックすることが示される。いくつかの実施形態では、Ｐｕｍａは、ｐａｎ−ＢＣＬ−２ファミリープライミングを反映する。このように、ＭＣＬ１もしくはＢＣＬ−ｘＬのいずれか、または両方のタンパク質に、またはいくつかのＢＣＬ−２ファミリーのメンバーに依存する細胞は容易に識別されて、それに合わせて適切な処置が適宜調整され得る。これらのペプチドに対するミトコンドリアの反応の区別は、ＭＣＬ１またはＢＣＬ−ｘＬのいずれかが影響した内因性のシグナル伝達へ収束する経路を通じて機能することが公知である治療の使用をガイドする。ＢＣＬ−２阻害性またはＭＣＬ１阻害性化合物の使用がこのような場合に示され得る。いくつかの実施形態では、本発明の方法はまた、ＭＣＬ１またはＢＣＬ−ｘＬの上流を標的する治療を示すかまたは禁忌を示す。
【００７２】
ＢＨ３プロファイリングアッセイは、癌細胞がプライミング状態であるとき、ならびにプライミングが生じ、およびこれが予測値を有する構成を特定する。
（例示的な臨床学的因子および追加のバイオマーカー）  
いくつかの実施形態では、本発明は、臨床学的因子の評価を含む。いくつかの実施形態では、本発明は、患者の応答を評価するために、ＢＨ３プロファイリングおよび／または臨床学的因子の評価を含む。いくつかの実施形態では、ＢＨ３プロファイリング研究と組み合わせて患者の応答情報を提供する臨床学的因子が、アポトーシスと関連しない場合もある。いくつかの実施形態では、臨床学的因子は、アポトーシスの影響を受けない。一実施形態では、臨床学的因子は、年齢、細胞遺伝学的状態、パフォーマンス、組織学的サブクラス（ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｕｂｃｌａｓｓ）、性別、および疾患ステージのうちの１つ以上である。一実施形態では、この臨床学的因子は表３に示す。
【００７３】
一実施形態では、上記臨床学的因子は年齢である。一実施形態では、患者の年齢プロファイルは、約１０歳超、または約２０歳超、または約３０歳超、または約４０歳超、または約５０歳超、または約６０歳超、または約７０歳超、または約８０歳超として分類される。
【００７４】
一実施形態では、上記臨床学的因子は細胞遺伝学的状態である。ウイルムス腫瘍および網膜芽細胞腫などのいくつかの癌では、例えば、遺伝子欠失または不活性化は、腫瘍抑制因子に関連する染色体領域が通常欠失または変異するので、癌の進行の開始に関与する。例えば、欠失、逆位、および転座は通常、グリオーマ、非小細胞肺癌、白血病、および黒色腫では染色体領域９ｐ２１で検出される。理論に束縛されるものではないが、これらの染色体の変化によって、腫瘍抑制因子であるサイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａを不活性化させる場合もある。特定の遺伝子のこれらの欠失に加えて、染色体の大部分も欠損され得る。例えば、染色体１ｐおよび１６ｑは通常、固形腫瘍細胞において欠損している。遺伝子重複および遺伝子コピー数の増加もまた癌に寄与し得、転写解析またはコピー数変化アレイで検出できる。例えば、染色体領域１２ｑ１３−ｑ１４は、多くの肉腫において増幅されている。この染色体領域は、ｐ５３と呼ばれる腫瘍抑制因子と結合すると知られている、ＭＤＭ２と呼ばれる結合タンパク質をコードする。ＭＤＭ２が増幅されると、ｐ５３が細胞増殖を調節しようとするのを妨げ、腫瘍を形成させる場合がある。さらに、ある種の乳癌では、ヒト上皮成長因子受容体２をコードするＥＲＢＢ２遺伝子の過剰発現およびコピー数増加に関連する。また、染色体１ｑおよび３ｑなどの染色体数の増加も、癌発症リスクの増加と関連する。
【００７５】
細胞遺伝学的状態は、当該技術分野において公知の様々な方法で測定することができる。例えば、ＦＩＳＨ、従来の核型分析、および仮想核型分析（例えば、比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイ、ＣＧＨおよび一塩基多型アレイ）を使用してもよい。例えば、ＦＩＳＨを使用して特定の遺伝子座における染色体再構成を評価してよく、これらの現象は疾患リスクの状態に関連する。いくつかの実施形態では、細胞遺伝学的状態は、限定するものではないが、Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ（ＳＷＯＧ）、Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｕｎｃｉｌ（ＭＲＣ）、およびＣａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  Ｇｒｏｕｐ  Ｂ（ＣＡＬＧＢ）を含む分類システムで決定されるとおり、好ましい、中間、または好ましくないのいずれかである。
【００７６】
一実施形態では、臨床学的因子はパフォーマンスである。パフォーマンスステータス（ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  ｓｔａｔｕｓ）は、患者のパフォーマンスステータスをスコア付けする、当技術分野において公知である任意のシステムおよび方法を用いて定量化できる。多くの場合、測定を使用して、患者が化学療法、投与量調節の調節を受けることができるか否かを決定し、緩和ケアの強度を決定する。カルノフスキースコアおよびズブロドスコアを含む、様々なスコアリングシステムがある。類似のスコアリングシステムとしては、機能の全体的評定（Ｇｌｏｂａｌ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｉｎｇ、ＧＡＦ）スコアが挙げられ、これは精神医学の診断と統計マニュアル（Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ａｎｄ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｍａｎｕａｌ、ＤＳＭ）の第５軸として組み込まれている。高いパフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアリングシステムを使用して、少なくとも８０％、または少なくとも７０％）では、疾患状態の進行を妨げ、かつ化学療法および／または放射線治療を受ける患者の能力を向上させる処置を示し得る。例えば、これらの実施形態では、患者は歩行可能かつ自己管理できる。他の実施形態では、評価は、低いパフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアリングシステムを使用して、５０％未満、３０％未満、または２０％未満）の患者が、従来の放射線療法および／または化学療法を許容できることを示している。これらの実施形態では、患者はほとんどベッドまたは椅子で過ごし、自己管理すら不可能である。
【００７７】
カルノフスキースコアは１００から０までで、１００が「完全に」健康、０は死である。スコアは、１０間隔にて使用してよく：１００％は正常、疾患の訴えはなく、徴候もない；９０％は正常活動が可能だが、わずかに疾患の症状または徴候がある；８０％は、正常活動であるがいくつか困難を伴い、いくつか症状または徴候がある；７０％は、自己管理できるが正常活動または労働ができない；６０％は時々介助が必要になるが、個人的に必要な活動はほとんどできる；５０％は、多くの場合介助が必要であり、頻繁に診療が必要である；４０％は、障害があり特別な治療および介助が必要である；３０％は、高度障害があり入院が必要であるが死の危険性はない；２０％は、非常に重篤で緊急入院が必要であり、介護または治療が必要である；ならびに１０％は、瀕死の状態で、致死的疾患プロセスが急激に進行する。
【００７８】
パフォーマンスステータスのズブロド（Ｚｕｂｒｏｄ）スコアリングシステムは以下を含む：０、十分に活動的、制限なく発病前と同等に生活できる；１、身体的に激しい活動には制限があるが、歩行可能で軽労働または座業、例えば軽い家事、事務作業の労働を行うことができる；２、歩行可能ですべての自己管理ができるが、覚醒時間中の約５０％超で労働活動ができない；３、限定された自己管理だけ可能であり、覚醒時間中の５０％超をベッドまたは椅子で過ごす；４、完全に障害があり、自己管理が全くできず、終日ベッドまたは椅子で過ごす；５、死亡。
【００７９】
一実施形態では、臨床学的因子は組織学的サブクラス（ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｕｂｃｌａｓｓ）である。いくつかの実施形態では、腫瘍の組織学的サンプルは、Ｅｌｓｔｏｎ＆Ｅｌｌｉｓ，Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ  １９９１，１９：４０３−１０に従ってグレード付けし、その内容が全体として本明細書に参考として組み込まれる。
【００８０】
一実施形態では、臨床学的因子は性別である。一実施形態では、性別は男性である。別の実施形態では、性別は女性である。
【００８１】
一実施形態では、臨床学的因子は疾患ステージである。非限定的例として、全体的なステージの分類を使用すると、ステージＩの癌は、体内の１か所に限局している；ステージＩＩの癌は、局所的に進行していて、ステージＩＩＩの癌も同様である。癌が、ステージＩＩまたはステージＩＩＩとして示されるか否かは、癌の特定のタイプに依存し得る。一つの非限定的例のホジキン病では、ステージＩＩは、横隔膜の片側にのみ浸潤されたリンパ節を示すが、ステージＩＩＩでは、横隔膜の上下に浸潤されたリンパ節を示す。従って、ステージＩＩおよびＩＩＩの特定基準は、診断によって異なる。ステージＩＶの癌は、多くの場合転移しているか、またはその他の器官もしくは全身へと広がっている。
【００８２】
いくつかの実施形態では、臨床学的因子は、血液疾患に対するフランス−アメリカ−イギリス（ＦＡＢ）分類システムである（例えば、骨髄細胞形態異常（ｄｙｓｍｙｅｌｏｐｏｉｅｓｉｓ）の存在、ならびに骨髄芽球および赤芽球の定量を示す）。一実施形態では、急性リンパ芽球性白血病のＦＡＢは、Ｌ１−Ｌ３であり、または急性骨髄性白血病のＦＡＢは、Ｍ０−Ｍ７である。
【００８３】
別の実施形態では、この方法は、突然変異状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加バイオマーカーの測定を更に含む。別の実施形態では、この方法は、患者における臨床反応を予測することを更に含む。別の実施形態では、臨床反応は、約１年、約２年、約３年、または約５年の無増悪生存／無再発生存である。
【００８４】
年齢プロファイルおよびパフォーマンスステータスなどの様々な臨床学的因子が、同定されてきた。限定するものではないが、遺伝子ＭＬＬ、ＡＭＬ／ＥＴＯ、Ｆｌｔ３−ＩＴＤ、ＮＰＭ１（ＮＰＭｃ＋）、ＣＥＢＰα、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＲＵＮＸ１、ＲＡＳ、およびＷＴ１の突然変異、ならびにエピジェネティック修飾遺伝子ＴＥＴ２およびＡＳＸＬの突然変異、ならびに細胞シグナル伝達タンパク質プロファイルの変化を含む、細胞遺伝学的および分子事象などの、診断の多数の静的測定もまた利用されている。
【００８５】
いくつかの実施形態では、予防的方法は、本明細書に記載される方法によってガイドされて、癌に罹患している可能性が高い患者に対する処置を施すステップを包含する。いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、ある癌について高いリスク、ある癌に対する遺伝的素因（例えば、遺伝的なリスクファクター）、癌の既往のエピソード（例えば、新しい癌および／または再発）、癌の家族歴、癌誘発剤（例えば、環境的因子）に対する暴露、および薬理ゲノミクス情報（薬物動態、薬力学的または治療の有効性プロファイルに対する遺伝子型の影響）のうちの１つ以上によって特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。
【００８６】
いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、ある癌について高いリスクによって特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、ある癌に対する遺伝的素因によって特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。いくつかの実施形態では、ある癌に対する遺伝的素因は、当該分野で公知のような遺伝的臨床学的因子である。このような臨床学的因子としては、例えば、少なくとも結腸、子宮、小腸、胃、尿路の癌についてＨＮＰＣＣ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２が挙げられる。いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、ある癌の既往のエピソードで特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。いくつかの実施形態では、被験体は、癌の１、または２、または３、または４、または５、または６つの既往のエピソードに罹患している。いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、癌の家族歴によって特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。いくつかの実施形態では、親および／または祖父母および／または兄弟姉妹および／または叔母／叔父および／または大叔母／大叔父および／またはいとこが、ある癌に罹患したか、または罹患している。いくつかの実施形態では、被験体は、その被験体が、癌誘発剤（例えば、環境剤）に対する暴露によって特徴付けられる場合、癌に罹患している可能性が高い。例えば、強力な日光に対する皮膚暴露は、皮膚癌の臨床学的因子である。例えば、喫煙は、肺、口腔、喉頭、膀胱、腎臓およびいくつかの他の臓器の癌の臨床学的因子である。
【００８７】
さらに、いくつかの実施形態では、以下の臨床学的因子のいずれか１つが、本明細書に記載の方法で有用であり得る：性別；遺伝的リスクファクター；家族歴；個人の病歴；人種および民族；特定の組織の特徴；種々の良性状態（例えば、非増殖性病変）；以前の胸部照射；発癌物質の暴露など。
【００８８】
さらになお、いくつかの実施形態では、以下の臨床学的因子のいずれか１つが、本明細書に記載の方法で有用であり得る：１つ以上の細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位でのセリンのリン酸化。
【００８９】
いくつかの実施形態では、臨床学的因子は、限定するものではないが、インターロイキン６を含むサイトカインの発現レベルである。いくつかの実施形態では、インターロイキン６レベルは、患者の劣った予後予測または患者の良好な予後予測を含む、ＭＭ患者における応答の確率と相関する。
【００９０】
特定の実施形態では、応答の確率は、プライミングパーセントを評価することによって決定する。特定の実施形態では、プライミングは以下の式で規定される：
【数３】
0006774951.tif 000006
式中、ＡＵＣは、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含む；ＤＭＳＯは、ベースラインの陰性対照を含む；ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）は、ミトコンドリア中の電子伝達鎖中の電子伝達体の正常な活性中に形成されるプロトン勾配の脱共役剤として働くことによってタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含む。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、均一性時間分解蛍光測定（ＨＴＲＦ）によって確立される。いくつかの実施形態では、この時間は、約０〜約３００分〜約０〜約３０分のウインドウにまたがって生じる。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、中央蛍光強度（ＭＦＩ）統計値を測定することによって、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）で確立される。いくつかの実施形態では、シグナル強度は、約５分〜約３００分の間で生じる一時点測定である。
【００９１】
別の実施形態では、この方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイ、および１つ以上の細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化を測定するステップ；ならびにシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンを用いてＡＭＬ患者を処置することにおける有効性に対して関連付けるステップを包含する。
【００９２】
別の実施形態では、この方法は、ＢＨ３プロファイリングアッセイ、および１つ以上の細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化を測定するステップ；ならびに化学療法を用いてＭＭ患者を処置することにおける有効性に対して関連付けるステップを包含する。
【００９３】
なお別の実施形態では、癌は、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況であるか；あるいは癌はＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ癌処置はシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであるか、あるいは癌処置はシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり、かつ臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況であるか、あるいは癌処置はシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり；癌はＡＭＬおよび／またはＭＭであり；かつ臨床学的因子は年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である。
【００９４】
本発明はまた、腫瘍または癌細胞検体の評価を単純化し得るキットも提供する。本発明の典型的なキットは、例えばＢＨ３ペプチドを検出するための１つ以上の薬剤を含む種々の試薬を備える。キットはまた、検出のための１つ以上の試薬を含んでもよく、これには、例えば、抗体のような、種々の検出方法で有用な試薬を含む。このキットはさらに、ウェルのあるプレート、シリンジなどを含む、評価に必要な材料を備えてもよい。このキットはさらに、記載される試薬の使用を指示する表示または印刷された説明書を備えてもよい。このキットはさらに、試験すべき処置も備えてもよい。
【００９５】
「約」という用語は、言及する参照の数的表示と組み合わせて用いられる場合、その言及される数的表示プラスマイナス最大１０％までの言及される数的表示を意味する。例えば、「約５０」という語句は、４５〜５５の範囲をカバーする。
【００９６】
本明細書において用いる場合、「含む、包含する、備える（ｉｎｃｌｕｄｅ）」という用語、およびその変形は、非限定的であるものとし、その結果、あるリストの項目の記載はその技術の材料、構成要素、デバイスおよび方法においても有用であり得る他類似項目の除外を意図しない。同様に、「し得る、できる、してもよい、場合がある（ｃａｎ）」および「し得る、してもよい、する場合がある（ｍａｙ）」という用語、およびそれらの変形は、非限定であることを意図し、その結果、ある実施形態が特定の要素または特徴を含むことが「できる（ｃａｎ）」または含んでも「よい（ｍａｙ）」という記載は、これらの要素または特徴を含まない本発明の技術のその他の実施形態を排除するものではない。含む・備える（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）、含む・備える（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）、または有する（ｈａｖｉｎｇ）などの用語の同義語であるオープンエンド用語の「含む、含んでいる、備えている、包含している（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」を、本明細書で使用して本発明を記載および請求するが、本発明の技術、またはその実施形態は、記載成分「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」または記載成分「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」などのさらに限定する用語を使って、代替的に記載してもよい。
【００９７】
特に断らなければ、本明細書の全ての技術および科学用語は、本発明が属する当業者により通常理解されているものと同じ意味を有する。本発明を実施または試験する上で本明細書に記載されるものと同様または同等のいかなる方法および材料も使用することができるが、好適な方法および材料を本明細書に記載している。引用されている全ての出版物、特許、および特許公報は、全ての目的のためにその全体が本明細書に参照によって援用される。
【００９８】
本発明はさらに、以下の非限定的な実施形態によって図示される。
実施例
【００９９】
実施例１：ＡＭＬ患者ベースのコホートを用いる研究
本発明者らは、全部で６３の末梢血および骨髄サンプルを、プロトコールＮＣＴ００７９５００２（Ｊ０８５６）、ＮＣＴ００４０７９６６（Ｊ０６６９）、またはＮＣＴ０１３４９９７２（Ｊ１１０１）に登録したＡＭＬまたはＭＤＳを有すると新たに診断された患者から入手した。患者を、ＦＬＡＭ：アルボシジブ（Ｆｌａｖｏｐｉｒｉｄｏｌ）、Ａｒａ−Ｃおよびミトキサントロン（ｎ＝５４）または７＋３（ＡｒａＣおよびダウノルビシン、ｎ＝９）で処理した。完全寛解は、すべての細胞株のうち５％未満という正常な成熟の骨髄芽球、ＡＮＣ≧１０００／μＬおよび血小板数≧１００，０００／μＬ、末梢血中に芽球がないこと、骨髄に白血病細胞がないこと、疾患に関連する細胞遺伝学の消失、ならびに以前の髄外疾患の消失によって特徴づけられる。全体的な患者特徴は、ＢＨ３プロファイリングが完了し、表１にまとめられた後に、盲検による外部レビューで得られ、これには患者年齢、細胞遺伝学的リスク、ＦＬＴ−３変異、ＮＰＭ１変異、ＭＤＳ／骨髄障害病歴、以前の化学療法歴、ＢＭ芽球％、診断時のＷＢＣ数、および治療に対する応答が挙げられる。個々の患者の特徴を表２に列挙する。
【０１００】
ミトコンドリアのプロファイリング
要するに、凍結し、抽出した白血球サンプルを、急速に解凍し、細胞生存度を、トリパンブルー排除（Ｔｒｙｐａｎ  Ｂｌｕｅ  ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ）によって決定した。細胞を、ＦＡＣＳ緩衝液（２％ＦＢＳ含有１×ＰＢＳ）中で洗浄し、蛍光標識したＣＤ４５、ＣＤ３、およびＣＤ２０モノクローナル抗体を用いて免疫表現した。次いで、細胞をＮｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液（１０ｍＭのトレハロース、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、８０ｍＭのＫＣｌ、２０μΜのＥＧＴＡ、２０μΜのＥＤＴＡ、５ｍＭのスクシネート、ｐＨ７．４）中に障害ステップのために再懸濁した。ＢＨ３ペプチドを、Ｎｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液中で希釈して、ワーキング溶液を作製し、最終濃度は：ＢＩＭ（１００μΜ）、ＢＩＭ（０．１μΜ）、ＮＯＸＡ（１００μΜ）、Ｐｕｍａ（１０μΜ）、ＨＲＫ（１００μΜ）、ＢＡＤ（１００μΜ）、およびＢＨ３（１．０μΜ）。ＤＭＳＯおよびＣＣＣＰは、陰性および陽性のペプチド対照として用いた。ジギトニンおよびオリゴマイシンを個々のＦＡＣＳチューブに添加し、続いてＢＨ３ペプチドを添加した。次いで細胞をＦＡＣＳチューブに加えて、細胞透過処理、ペプチドまたは化合物の送達、およびミトコンドリア脱分極が生じるように、室温で２時間１５分間インキュベートした。インキュベーション後、ＪＣ−１色素を、Ｎｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液中で調製して、処置した細胞に直接添加した。ペプチドでも化合物でも処置されていない細胞の追加のチューブをヨウ化プロピジウム（ＰＩ）で染色して、確実に細胞がジギトニンで効率的に透過処理されるようにした。ＪＣ−１とのインキュベーションの４５分後、細胞を３つのレーザーＢＤ  ＦＡＣＳＣａｎｔｏＩＩ上で解析した。ＡＭＬ芽球を、以下の４つのパラメーターに基づいてゲーティングした：１）透過処理（ＰＩ染色によって決定）、２）ＳＳＣに基づいた一重項識別、３）ＣＤ４５  ｄｉｍおよびＣＤ３／ＣＤ２０陰性、ならびに４）ＳＳＣ低。次いで、ゲーティングされた芽球集団の中央ＪＣ−１レッド（ｒｅｄ）蛍光を用いて、ＤＭＳＯ（陰性）およびＣＣＣＰ（陽性）対照と比較して脱分極％を算出した。
【０１０１】
細胞遺伝学的リスク状態決定
個々の患者の細胞遺伝学的危険の分類（有益、中間、および有害）を、癌および白血病Ｂ群（Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  Ｇｒｏｕｐ  Ｂ）（ＣＡＬＧＢ）ガイドラインから決定した：有益（Ｆａｖｏｒａｂｌｅ）＝ｉｎｖｌ６、ｔ（８：２１）、ｔ（１５；１７）中間（ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ）＝二倍体、不都合（Ｕｎｆａｖｏｒａｂｌｅ）＝−５、−７、＋８、ｔ（６；９）、１１ｑ、ＰＨ１＋、≧３つの無関係の細胞遺伝学的異常など。
【０１０２】
統計学的解析：各々のペプチドに関して、プライミングパーセンテージは、以下の式を用いて算出し、この式は完全に非プライミングとしてＤＭＳＯ陰性対照、および１００％プライミングの参照としてＣＣＣＰに基づいてプライミングを決定する：
【数４】
0006774951.tif 000007
【０１０３】
解析のために、ＣＲに分類されなかった全ての患者を、非応答者として処理した［微小残存病変（ＭＲＤ）、部分寛解（ＰＲ）、およびＴＦ（処置失敗）］。スチューデントのｔ検定、マン・ホイットニー順位和ノンパラメトリック検定、多変量ロジスティック回帰、およびＲＯＣ曲線解析、ＢＨ３ペプチド（および他の腫瘍特徴づけ、例えば、細胞遺伝学など）と応答との間、を、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ５．０４およびＭｅｄＣａｌｃ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  １４．８．１．を用いて算出した。
ＦＬＡＭプロトコールに登録したＡＭＬ患者サンプルのミトコンドリアプロファイリング
【０１０４】
全部で６３例の患者サンプルを、受け取って、処理し、それらのサンプルを表１および表２にまとめる。完全なプロファイルは、サンプルのうち４３から得て、追加の九（９）つを、プロファイルのサブセットで処理した（アッセイ全体を行うには細胞数が不十分なため）。残りの１１個のサンプルは、シグナル対ノイズ比が劣ること（細胞はアッセイ前にすでにアポトーシスであった）、または不十分な細胞数のいずれかのせいで、ＢＨ３プロファイリングを決定するには不十分な質であった。全てのその後の解析は、ＢＨ３プロファイリングについて首尾よく処理されたサンプルでのみ行った（全部でｎ＝５２）。
【０１０５】
患者から得た臨床的変数を、応答と比較して、もしあればこれらの因子のうちのどれが、患者が治療に反応するかしないかに影響したかを決定した（表３）。ＣＲとの有意な関連を有することが見いだされた唯一の変数は、細胞遺伝学的リスクファクターであって、ここで有害な分類の患者は、治療に応答する可能性が低い。ＷＢＣ、ＭＤＳの病歴およびどのプロトコールに従ったかは、全てがほぼ有意であって、ＷＢＣ値が高いこと、およびＭＤＳの病歴は、治療に対する応答と関連している。プロトコールＪ０８５６は、Ｊ１１０１（２５のうち８）よりも高いＣＲ率（２５患者のうち１３のＣＲ）、プロトコールＪ０６６９は、首尾よくＢＨ３プロファイリングされた２例の患者でのみ示された。年齢、ＢＭ芽球パーセンテージ、およびＮＰＭ／ＦＬＴ−３突然変異状態は、このデータセットにおける応答と有意に関連しなかった。
【０１０６】
全てのＢＨ３の個々の患者データを表４にまとめており、芽球細胞中でミトコンドリア脱分極を誘導する（すなわち、「プライムする」）各々のＢＨ３ペプチドの能力を詳述する。応答の全てを見たところ、ＢＩＭ  １００μΜペプチドは、最高の中央脱分極（９９．２％プライミング）を生じ、ＮＯＸＡは、全体的な脱分極が最低であった（１６．０％プライミング）。次いで、単一ペプチドＢＥ３プロファイルを、表６において、処置に応答しなかった（ＮＲ）患者に対して、処置に対して応答した患者（ＣＲ）で比較した。単一ペプチドは、応答と有意に関連しなかった；しかし、ＢＡＤペプチドは、０．０９というｐ値で有意差に達し、ただし、０．６５というＡＵＣ値しか有さなかった。これによって、全体的な患者セットを用いて、個々のＢＨ３ペプチドが、ＦＬＡＭ処置に応答した患者を特定するのに十分ではないことが示される。
【０１０７】
ＢＥ３ペプチドを、他のＢＨ３ペプチドプロファイルを用い、臨床的変数を用いて多変量解析で試験した（表８）。この解析によって、ＢＩＭの１００μΜプラスＢＡＤプラスＰＵＭＡの間の強力に有意な関連が、応答に関連して存在しており、ｐ値は０．００９であり、ＲＯＣのＡＵＣは０．７３２であることが明らかになる（図１）。これらの３つのペプチドを細胞遺伝学的なリスクカテゴリーと組み合わせた場合、ｐ値は、０．０００１になり、ＡＵＣは０．８４である。解析に対してＭＤＳ病歴をさらに追加して、０．０００１というｐ値の有意差および０．８５というＡＵＣをさらに得る。細胞遺伝学的リスクカテゴリー単独では、０．６０というＡＵＣ値が得られるのみである（細胞遺伝学的リスクプラスＭＤＳ病歴で、０．７２というＡＵＣを得る）。これによって、解析に対するＢＨ３ペプチドプライミングの追加は、ＦＬＡＭに対して応答する患者を特定する能力を大きく増大することが示される。細胞遺伝学的リスクカテゴリーおよびＭＤＳ病歴を伴うＢＨ３ペプチドデータを用いる理想的なカットオフ（ヨーデン係数−最高の特異性プラス感度）では、このアッセイは、この研究での処置に応答した患者を特定するのに８９．５％鋭敏でおよび７６％特異的である。これによって、これらの３つのペプチドからのＢＨ３ペプチドプライミングデータを、臨床的情報とともに用いることは、ＦＬＡＭレジメンでの処置について予測値に有用であり得ることが示される。
【０１０８】
この研究の経過の間、本発明者らはまた、ＢＨ３プライミングにおいてある役割を果たし得る他の因子も検査した。白血病細胞の供給源（すなわち、末梢血または骨髄）は、異なる集団の細胞を潜在的に単離し得るので、本発明者らは、患者の骨髄から得られたサンプルのみで解析を行った。表８は、各々のＢＨ３ペプチドと応答との関連を骨髄サンプル中でのみ示す。このサンプルサブセットでは、ＮＯＸＡプライミングは、処置に応答した患者では、処置に応答しなかった患者と比較して有意に（ｐ＝０．００６）高く（それぞれ、４４．５％および５．２％）、０．８０５というＡＵＣ値を有する（図２および図３）。他の単一のペプチドで、骨髄サンプル単独における応答と有意な関連を示したものはなかった。１０．７８％より高いＮＯＸＡプライミングのカットオフ値では、試験は、９２％鋭敏で、６７％特異的である。アルゴリズムに細胞遺伝学的リスクファクターおよびＭＤＳ病歴を加えることで、ＮＯＸＡプライミングは、処置に対する応答を予測するのにこれらの変数に加わり、０．９２というＡＵＣ値を生じ、理想的なカットオフ値では、９２％の感度および８０％の特異性である（表８および図３）。
【０１０９】
本研究の結果、ＢＨ３プロファイリングは、ＦＬＡＭ処置に応答する可能性が高い患者を特定するのに有用であることが確立される。データセット全体を見たところ、個々のＢＨ３ペプチドは、応答と相関しなかったが、いくつかのペプチド（ＢＩＭ、ＢＡＤ、およびＰＵＭＡ）の組み合わせは、ＦＬＡＭ応答との強力な相関を示す。これらのいくつかのペプチドによって、この研究での骨髄および末梢血サンプルの両方で応答との相関が示された。さらに、これらのデータは、公知の患者リスクファクターに対して相加的であり、これによって本発明者らは、患者応答を予測する単一の計測値へ患者のＭＤＳ病歴とともに細胞遺伝学的状況を組み込むアルゴリズムを特定することが可能になった。
【０１１０】
この研究の別の興味深い知見は、ＮＯＸＡシグナル伝達が、データセット全体でのＦＬＡＭ応答と有意に関連することは見いだされなかったということである。しかし、骨髄サンプルだけの検査によって応答とのきわめて強力な関連が示された。ＡＭＬ腫瘍細胞のニッチは、骨髄であるので、骨髄と比較して末梢血中に異なるＢＨ３プロファイルがあることは驚くべきことではない。なぜなら芽球の表現型マーカーは、骨髄と比較して末梢血中では異なる場合があるからである（１、２）。さらに、骨髄間質は、直接の細胞接触を通じて、および骨髄中に存在する可溶性の因子を通じて種々の治療に対して、ＡＭＬ細胞に対する耐性を付与することが以前に示されている（３）。骨髄吸引は潜在的にＡＭＬ芽球、可溶性因子および潜在的には実際の間質細胞を収集するので、骨髄中のＢＨ３プライミングアッセイは、それらの正常な環境コンテクストにおける白血病細胞のさらに直接的な試験に相当し得る。機能的な相違が、ＦＬＴ３キナーゼインヒビター単独療法を用いて、ＡＭＬで以前に観察されており、循環中の芽球は治療によって末梢血から浄化されるが、骨髄芽球は影響が最小限である（４）。ＮＯＸＡ値は、同様の機能的な相違を検出することであり得、ここではＮＯＸＡでのプライミングは、ＭＣＬ−１置き換えを生じ、アポトーシスを引き起こし、ＦＬＡＭに対して応答する可能性が高い癌が特定される。
【０１１１】
本研究で特定した両方のアルゴリズム、ＮＯＸＡおよび［ＢＡＤ＋ＢＩＭ１００＋ＰＵＭＡ］プライミングは、ＭＣＬ−１プライミングされる癌細胞を特定することであり得る。ＮＯＸＡに対して高いアポトーシス応答を生じる細胞は、ＭＣＬ−１プライミングされると言われるが、ペプチドＢａｄに対する高い応答によって、ＢＣＬ−ｘＬまたはＢＣＬ−２が、アポトーシス性のブロックを提供することが示される。ＰＵＭＡは、ｐａｎ−ＢＣＬ−２ファミリープライミングを反映し得、［ＢＡＤ＋ＢＩＭ  １００＋ＰＵＭＡ］のアルゴリズムは正確にＰＵＭＡ−ＢＡＤ−ＢＩＭ  １００であり、そのため事実上；これらの読み取りの両方とも、ＭＣＬ−１のプライミング状態を効果的に測定することであり得、最終的には、ＦＬＡＭレジメンに対して応答する患者は、ＭＣＬ−１依存性であり得る。この研究からのＦＬＡＭに対する応答の確率を決定するための１つのアルゴリズムは、応答者である可能性が高いとして特定の閾値を超える患者を特定することであり、次いで、この閾値を使用して、試験について感度、特異性、陽性予測値、および陰性予測値を特徴付ける。患者またはサンプル特異的なコンテクストについて説明するための臨床的な調節変数の包含は、トレーニングデータセットにあてはまるロジスティック回帰モデルの使用を通じて行い、次いで確証してもよい。次いで、そのモデルを使用して、確率を、ロジスティックモデルによるシグモイド関数を用いて算出してもよい；これらの可能性を、閾値を特定するために用いて、特異性、感度、陽性予測値、および陰性予測値に関してそれらのカットオフ値で試験の特徴付けを確立してもよい。任意の患者またはサンプルの特徴付けおよびＢＨ３プロファイリング結果を考慮する、意思決定の樹状図（決定木）も用いて、応答の確率を確立してもよい。他のアルゴリズムもまた使用して、限定するものではないが、ランダムフォレスト、ナチュラルネットワークおよびブースティングを含む患者およびサンプルの特徴を含む、予測アルゴリズムを開発してもよい。
【０１１２】
実施例２：伝統的な７＋３処置ストラテジーとＦＬＡＭレジメンとの間を識別するアルゴリズム
ＡＭＬ患者の骨髄または末梢血におけるＢＩＭ  ０．１プライミングは、７＋３レジメン（シタラビンプラスアントラサイクリン）に対する応答と相関した；Ｐｉｅｒｃｅａｌｌ，  ｅｔ  ａｌ．「ＢＨ３  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅｓ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｃｙｔａｒａｂｉｎｅ−ｂａｓｅｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ａｃｕｔｅ  Ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ」Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．を参照のこと。上記で考察したとおりＮＯＸＡ骨髄プライミングは、ＦＬＡＭ（アルボシジブ、ａｒａ−Ｃ、ミトキサントロン）レジメンに対する応答と相関する。本発明者らは、どのアルゴリズムが、ＦＬＡＭまたは７＋３のいずれがナイーブなＡＭＬ患者を処置するために用いられるべきかを識別するであろうかを検討した。
【０１１３】
ＢＩＭ  ０．１は、０．８０というＡＵＣ値、ならびにそれぞれ６４．３％および１００％という感度および特異性で（下の左側）ＢＭサンプルサブセットにおける７＋３に対する応答を予測する。しかし、これらの同じサンプル中では、ＮＯＸＡは、０．５４というＡＵＣ値、ならびにそれぞれ４２．９％および１００％という感度および特異性を有し、本質的に予測力なしである。図５を参照のこと（ＦＬＡＭで処置した場合、０．８１というＡＵＣ、ならびに９２％／６７％の感度／特異性と比較）。これによって、ＮＯＸＡプライミングは、前処置のＡＭＬ患者から採取した骨髄細胞中で検出した場合、ＦＬＡＭに対する応答とは相関するが、７＋３とは相関しないこと、ならびに処置前に試験したＡＭＬ患者の末梢血からのＢＩＭ  ０．１値が７＋３に対する応答とは相関するが、ＦＬＡＭとは相関しないことが示される。
【０１１４】
ＢＩＭ  ０．１プライミングと比較したＮＯＸＡプライミングのさらなる検査によって、ある薬剤に応答する可能性は低いが、別の薬剤に応答する可能性が高いことを示す、プライミング値を有する患者のサブクラスがあることが明らかになる。図６は、もとの７＋３研究由来の骨髄サンプル由来のＢＩＭ  ０．１プライミングに対するＮＯＸＡプライミングを図示する（ｎ＝２３）。図６におけるデータによって、患者の末梢血（ＰＢ）サンプル中のＢＩＭ  ０．１プライミングに対して骨髄サンプル中のＮＯＸＡプライミングを比較することによって、前処理ＡＭＬ患者において癌治療ストラテジーの間を選択する方法が提供される。ＢＭ  ＮＯＸＡが＞１０．８％であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１が＜３５％であるならば、その患者は、ＦＬＡＭの候補である。ＢＭ  ＮＯＸＡが＜１０．８％であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１＞１５％であるならば、患者は、７＋３療法の候補である。患者がまた７＋３療法の候補でもある場合、ＢＭ  ＮＯＸＡ＜１０．８％およびＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１＞３５％である。最終的に、ＢＭ  ＮＯＸＡ＜１０．８％であり、かつＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１が＜１５％である場合、その患者はＦＬＡＭまたは７＋３療法のいずれについても候補ではない。
【０１１５】
本発明者らはまた、ＮＯＸＡプライミング単独で、ＦＬＡＭ処置に応答するＡＭＬ患者生存を予測することも確認した。図１０Ｂ。サンプル中のカットオフとして４０％のＮＯＸＡプライミングを用いて、４０％以上のＮＯＸＡプライミングを有する患者は、完全寛解および生存を有する確率がかなり高い。このデータによって、ＦＬＡＭ処置に対するＡＭＬ患者応答は、ＮＯＸＡプライミングを用いて予測され得ると確認される。
【０１１６】
実施例３：標的化薬物クラス内のＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）値有用性を特定するＮＯＸＡ
本発明者らは、特定のミトコンドリアの値が、特定の処置に対する細胞応答と関連していることを示した。ミトコンドリアの値の有用性におけるバリエーションに対する細胞コンテクストの影響をさらに評価するために、本発明者らは、培養物中で増殖された癌細胞に対してＭＣＬ−１障害薬の活性を比較し、患者から収集した細胞中のミトコンドリアプロファイリング値の本発明者らの理解と比較した。本発明者らは、標的クラス内の２つの治療化合物の癌細胞応答の範囲内の重複が、ミトコンドリアプロファイリングにおける同じ値に関連することを確認した。ある場合には、本発明者らは、ＣＤＫ９に対する一般的な活性を有する２つのＣＤＫ阻害性化合物、アルボシジブおよびディナシクリブを確認した。図７によって、ＮＯＸＡ値が、これらの化合物の各々に対する応答を予測することが、図７に述べられる癌細胞株にまたがってディナシクリブの場合に示されることが図示される。それらの細胞株におけるアルボシジブおよびディナシクリブに対する応答は、癌応答治療剤ポータル（ｃａｎｃｅｒ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ｐｏｒｔａｌ（ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｃｔｒｐ／）から得て、細胞を、得られたＡＵＣ（曲線下面積）値に基づいてこれらの化合物に対する応答として分類した。図７に示されるとおり、細胞株応答プロファイルにおける重複は著しく、相関係数は０．９５である。
【０１１７】
これらのデータによって、ＣＤＫ９に対する一般的な活性で化合物を阻害する多数のＣＤＫについてのＮＯＸＡプライミング試験の有用性を確立する。
【０１１８】
実施例４：エキソビボコンテクストＮＯＸＡ化合物
癌細胞株由来の公的に利用可能な治療薬応答データを使用して、ＮＯＸＡバイオマーカーが重要であり得る追加の治療薬クラスを特定してもよい。この能力を検査するために、本発明者らは、例として低メチル化剤（ＨＭＡ）に対する癌細胞応答を評価するためにＮＯＸＡプライミング値における有用性を検査した。本発明者らは、ＮＯＸＡプライミングで決定された細胞中のＭＣＬ−１依存性が、これらのＨＭＡに対する大きい感度を示したことを見出した。癌細胞株（ｎ＝３３）を、ＦＡＣＳ  ＢＨ３プロファイリングアッセイ（Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ａｓｓａｙ）（ＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）アッセイ）を使用してＮＯＸＡペプチドによるＭＣＬ−１依存性についてプロファイリングした。これらの細胞株におけるアザシチジンおよびデシタビンに対する応答は、癌応答治療剤ポータル（ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｃｔｒｐ／）から得て、細胞を、応答の閾値として、デシタビンについて４０％の変位値およびアザシチジンについて１２％の変位値を用いて得たＡＵＣ（曲線下面積）値によって、薬剤に対する応答に基づいてＨＭＡに対する応答として分類した。順位和検定のｐ値は、２つの群の間で算出し、プロット上に提示する。まとめると、ＮＯＸＡバイオマーカーを通じたＭＣＬ−１依存性が、ＨＭＡに対する応答について必要であり得ることが示される（図８）。
【０１１９】
実施例５：変位状態は、低メチル化剤および他の薬物に対するＡＭＬ患者におけるプライミング状態および奏功率に影響する
薬物活性と完全に合致し、標的された治療の処置をガイドし得る標的タンパク質中には変異があり、再発および毒性についての疑問、ならびに最高の組み合わせの選択肢は、追加の測定を必要とし、まだ解答はない。開発では、標的化剤を、標的されている活性について選択する。変異プロファイルまたは遺伝子発現パターンによって直接説明できない、通常予想されない活性も存在する。
【０１２０】
白血病の分野では、種々の予後予測の遺伝的バイオマーカーが特定されており、これには以下が挙げられる：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）についてのＦＬＴ３、ＩＤＨ、およびｐ５３変異、ならびに慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）についてＩＧＨＶ、ＢＣＬ−６、ＢＴＫ、およびｐ５３変異。これらのバイオマーカーは一般には、概して治療に対する劣った転帰または有利な転帰のいずれかに関連する。ＣＬＬ集団の小セグメントを例外として、これらの試験の予測値には、さらなる感度が必要であるため、治療選択をガイドするのに用いられていない。多くの共通の薬物の機構およびこれらの薬剤に対する患者の応答は、癌細胞がアポトーシス促進性のシグナル伝達に応答する能力に対して高頻度に依存する。薬物応答に関連する変異のコンテクストでさえ、応答に関して患者の間に変動があり、そのため癌のアポトーシスの素因の程度を測定することは重要である。
【０１２１】
低メチル化剤、デシタビンで処置した患者を検査した。これらの患者は、ＦＬＴ３異常を含むいくつかの変異の特徴について以前に特徴づけられた。突然変異状態を用いるこれらのプロファイルの検査によって、アッセイの値とＦＬＴ３突然変異状態の組み合わせは、必須であったことが示された。なぜなら、ＦＬＴ３変異を有するＡＭＬ患者は、それらのミトコンドリアプロファイリングレベルにかかわらず、一般にはデシタビンに対して非応答性であることが見いだされたからである。しかし、未変異のＦＬＴ３を有する患者では、ＢＩＭ（０．１）ペプチドは、応答と関連することが見出された（図１１Ａ）。さらに、デシタビン処置に対して応答したＦＬＴ３変異陰性患者は、応答しなかった患者と比較して、ＢＨ３模倣剤、ＢＩＭ  ０．１に対して有意に高いミトコンドリア応答を示した（ｐ＝０．０４）。ＦＬＴ３変異を有する患者は、一般に有意に高い（ｐ＝０．０２）ＢＩＭ  ０．１プライミングを有した。これによって、ＢＨ３プロファイリングから生じる突然変異状態の組み合わせで、どの患者がデシタビンに対して高い正確性で十分応答するかを予測できることが示される。
【０１２２】
実施例６：ＭＣＬ−１依存性を評価するための代替的方法
ＭＣＬ−１依存性をさらに探査するために、本発明者らは、癌細胞におけるＭＣＬ−１依存性を決定するためにＮＯＸＡ値の代替物としての特定のＢＨ３模倣剤化合物の有用性を探索した。本発明者らのアプローチは、ＭＣＬ１を選択的に標的する膜透過性のＢＨ３模倣剤化合物に直接あてはめることであった。そうすることで、治療剤の標的活性を直接観察するという利点が加わる。図９は、ＮＯＸＡによってプライミングされる細胞株が、ＰｒａｅｄｉＣａｒｅ  Ｄｘ（商標）フォーマットＦＡＣＳ  ＢＨ３プロファイリングアッセイに従って、透過化処理された細胞に対して直接適用された、ＭＣＬ−１選択性ＢＨ３模倣剤化合物に対して応答性であることを示す。
【０１２３】
当業者は、本明細書に具体的に記載される特定の実施形態に対する多数の等価物を慣用的以下の実験を用いて認識するか、または突き止めることが可能である。このような等価物は、以下の特許請求の範囲に包含されるものとする。
【０１２４】
引用文献
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【０１２５】
【表１】
0006774951.tif 000008
【０１２６】
患者の特徴
【表２−１】
0006774951.tif 000009
【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【表２−５】
0006774951.tif 000013
【０１２７】
臨床特徴付けは応答と関連する
【表３】
0006774951.tif 000014
【０１２８】
表４：ＢＨ３プロファイリングデータ
【表４−１】
0006774951.tif 000015
【表４−２】
0006774951.tif 000016
【０１２９】
個々のＢＨ３ペプチドプロファイルとＣＲとの関連
【表５】
0006774951.tif 000017
【０１３０】
他の臨床変数とのＢＨ３ペプチドプロファイリングの多変量解析
【表６】
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【０１３１】
個々のＢＨ３ペプチドプロファイルと骨髄サンプルにおけるCRとの関連
【表７】
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【０１３２】
ＢＨ３ペプチドの統計学的解析は、骨髄から得たサンプルでのみ行った
【表８】
0006774951.tif 000020
【図１Ａ】
0006774951.tif 000022
【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
0006774951.tif 000030
【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２】
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【配列表】
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