(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
真菌細胞中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組換えの方法であって、
（ａ）ヘルパー真菌株と標的真菌株との間で異核共存体を生じさせることであって、前記ヘルパー真菌株が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物を含む、生じさせること、
（ｂ）前記異核共存体にドナーＤＮＡを導入することであって、前記ドナーＤＮＡが、前記標的株中におけるゲノム遺伝子座での相同組換えに十分な前記ゲノム遺伝子座に対する相同領域を含む、導入すること、
（ｃ）前記（ｂ）の異核共存体細胞から胞子を生じさせてプレーティングすること、ならびに
（ｄ）前記プレーティングした胞子から、（ｉ）前記ドナーＤＮＡが前記ゲノム遺伝子座での相同組換えによりゲノムに組み込まれているおよび（ｉｉ）前記非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる前記発現構築物が存在しない細胞を同定すること
を含むとともに、前記発現構築物がｋｕ８０、ｋｕ７０、およびｌｉｇ４の内の１種または複数種を沈黙させる、
方法。
【請求項２】
前記発現構築物がｋｕ８０、ｋｕ７０の両方を沈黙させる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することであって、前記Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体が前記ゲノム遺伝子座内で標的部位を有する、導入することを更に含む請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＣａｓがＣａｓニッカーゼである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ドナーＤＮＡが目的のポリヌクレオチド配列を含み、前記ゲノム遺伝子座での相同組換えにより前記ゲノム遺伝子座中で前記目的のポリヌクレオチド配列が挿入される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ＣａｓエンドヌクレアーゼがＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの多様体である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの多様体が、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種、Ｃ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種、Ｎ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種、Ｆ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ）およびパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種、Ｐ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）からなる群から選択される種由来の完全長Ｃａｓ９またはこの機能的断片を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記異核共存体に前記機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することが、前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を前記真菌細胞に導入することを含む、請求項３〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記異核共存体に前記機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することが、前記ガイドＲＮＡ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を前記真菌細胞に導入することを含む、請求項３〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記導入する工程が、前記真菌細胞に前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼを直接導入することを含む、請求項３〜７または請求項９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記導入する工程が、前記真菌細胞に前記ガイドＲＮＡを直接導入することを含む、請求項３〜８または請求項１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記真菌細胞が糸状真菌細胞である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記真菌細胞がユウミコチニア（Ｅｕｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞またはペジゾミコチニア（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
糸状真菌細胞が、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、フミコーラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、マイセリオフトラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ヒポクレア（Ｈｙｐｏｃｒｅａ）およびエメリセラ（Ｅｍｅｒｉｃｅｌｌａ）からなる群から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記真菌細胞がトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種の細胞である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種がトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ドナーＤＮＡが前記ゲノム遺伝座で前記ゲノムに部分的に組み込まれている、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ドナーＤＮＡの組込みにより前記ゲノム遺伝子座が改変される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記改変が、１個または複数個のヌクレオチドの欠失、１個または複数個のヌクレオチドの挿入、目的のタンパク質をコードする発現カセットの挿入、１個または複数個のヌクレオチドの置換およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記同定する工程が、前記ゲノム遺伝子座での前記ドナーＤＮＡの組込みまたは前記ゲノム遺伝子座の改変を選択するためのまたはスクリーニングするための条件下で前記工程（ｃ）からの胞子から成長した細胞を培養することを含む、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、全体が参照により本明細書に援用される米国仮出願第６２／０９２，４４４号明細書（２０１４年１２月１６日に出願されている）に対する優先権を主張する。
【０００２】
配列表
（３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５２（ｅ）に従って）ＥＦＳを介して提出した配列表を参照により本明細書に援用する。ＥＦＳを介して提出した配列表テキストファイルには、２０１５年１２月１１日に作成したファイル「４０６９２−ＷＯ−ＰＣＴ−４＿２０１５−５７９  ｆｉｎａｌ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」（１００キロバイトのサイズである）が含まれている。
【背景技術】
【０００３】
ヘルパー株（ｈｅｌｐｅｒ  ｓｔｒａｉｎ）概念を真菌ゲノム改変に適用するための必要条件は、２種の異なる細胞型：ヘルパー株（ＨＳ）および標的株（ＴＳ）を融合させることにより異核共存体を形成する能力である。一部の真菌細胞（例えばＮ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ））では、この融合を、ＨＳの胞子およびＴＳの胞子を単純に混合し、これらの胞子を選択培地上で一緒に発芽させることにより達成することができる。その他の真菌細胞（例えばＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）では、細胞融合はそのように容易には起こらず、融合を容易にするためにはプロトプラストを作製する必要がある。ＨＳからの細胞およびＴＳからの細胞が融合されると、細胞質の共有により、ＨＳが提供する利益をＴＳが利用することが可能になる。Ｎ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ）では、これらの細胞は、細胞質および細胞小器官が細胞コンパートメント間を遊走することを可能にする合胞体へと結合される（Ｒｏｐｅｒ，Ｍ．Ｓｉｍｏｎｉｎ，Ａ．，Ｈｉｃｋｅｙ，Ｐ．Ｃ．，Ｌｅｅｄｅｒ，Ａ．，ａｎｄ  Ｇｌａｓｓ，Ｎ．Ｌ．２０１３．Ｎｕｃｌｅａｒ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｉｎ  ｆｕｎｇａｌ  ｃｈｉｍｅｒａ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１１０（３２），１２８７５−１２８８０）。その結果、ＨＳ核により産生される有益な成分が菌糸体全体にわたって自由に分布する。その一方で、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）のコンパートメントは、細胞成分の遊走を制限する隔膜により区切られている。
【０００４】
異核共存体からの利益が利用されると、構成している株を分離する必要がある。このことは、異核共存体を胞子形成させ、個々の分生子をプレーティングし、単一の単核胞子に由来する株を検証することにより達成される。Ｎ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ）では、ヨード酢酸を含む培地上で小分生子（単一核を含む）を作ることができる（Ｅｂｂｏｌｅ，Ｄ．ａｎｄ  Ｓａｃｈｓ，Ｍ．Ｓ．１９９０．Ａ  ｒａｐｉｄ  ａｎｄ  ｓｉｍｐｌｅ  ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ  ｈｏｍｏｋａｒｙｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  ｍｉｃｒｏｃｏｎｉｄｉａ．Ｆｕｎｇａｌ  Ｇｅｎｅｔ．Ｎｅｗｓｌｅｔｔ．３７）が、一部のＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）株は多核分生子を主に有する。Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）では、多核分生子を作る株を単核分生子を作る株で置き換えることができない場合には胞子精製（ｓｐｏｒｅ−ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を更に実施する必要があり、手順が長くなる。
【０００５】
これらの相違およびその他の相違の結果として、ヘルパー株概念は、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）での日常的操作および株の改善の方法に組み込まれていない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
そのため、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）等の多くの真菌宿主細胞のための効率的で効果的なヘルパー株媒介型ゲノム改変の方法および組成物を開発することが依然として必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
真菌宿主細胞（例えば糸状真菌細胞）中での遺伝子変更を促進するためにヘルパー株システムを用いる組成物および方法が提供される。
【０００８】
本開示の態様は、真菌細胞（例えば糸状真菌細胞）中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組換え用の組成物および方法に関する。
【０００９】
従って、本開示の態様は、真菌細胞中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組換えの方法であって、（ａ）ヘルパー真菌株と標的真菌株との間で異核共存体を生じさせることであって、ヘルパー真菌株が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物を含む、生じさせること、（ｂ）異核共存体にドナーＤＮＡを導入することであって、ドナーＤＮＡが、標的株中におけるゲノム遺伝子座での相同組換えに十分なゲノム遺伝子座に対する相同領域を含む、導入すること、（ｃ）（ｂ）の異核共存体細胞から胞子を生じさせてプレーティングすること、ならびに（ｄ）プレーティングした胞子から、（ｉ）ドナーＤＮＡがゲノム遺伝子座での相同組換えによりゲノムに組み込まれているおよび（ｉｉ）非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物が存在しない細胞を同定することを含む方法を含む。
【００１０】
ある特定の実施形態では、発現構築物はｋｕ８０、ｋｕ７０、ｒａｄ５０、ｍｒｅ１１、ｘｒｓ２、ｌｉｇ４およびｘｒｓの内の１種または複数種を沈黙させる。ある特定の実施形態では、発現構築物はｋｕ８０、ｋｕ７０または両方を沈黙させる。
【００１１】
ある特定の実施形態では、この方法は、異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することであって、Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体がゲノム遺伝子座内で標的部位を有する、導入することを更に含む。ある特定の実施形態では、ＣａｓはＣａｓニッカーゼである。ある場合では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、１種または複数種の核ターゲティングシグナル（核局在化シグナル／配列とも称される、ＮＬＳ）に作動可能に連結されている。配列番号１および配列番号２はそれぞれ、Ｎ末端およびＣ末端でＮＬＳ配列を有する糸状真菌細胞最適化Ｃａｓ９遺伝子の一例とコードされるアミノ酸配列とを提供する。真核生物では多くの異なるＮＬＳが知られている。このＮＬＳとして、１分節（ｍｏｎｏｐａｒｔｉｔｅ）型、２分節（ｂｉｐａｒｔｉｔｅ）型および３分節（ｔｒｉｐａｒｔｉｔｅ）型が挙げられる。あらゆる好都合なＮＬＳを使用することができるが、例としてＳＶ４０  ＮＬＳ（配列番号９）、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ｂｌｒ２（青色光制御因子（ｂｌｕｅ  ｌｉｇｈｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ）２；配列番号１０）遺伝子に由来するＮＬＳまたは両方の組み合わせが挙げられる１分節型がやや好都合である。
【００１２】
ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡは目的のポリヌクレオチド配列を含み、ゲノム遺伝子座での相同組換えにより目的のポリヌクレオチド配列がゲノム遺伝子座に挿入される。
【００１３】
ある特定の実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼはＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体である。ある特定の実施形態では、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種、Ｃ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種、Ｎ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種、Ｆ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ）およびパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種、Ｐ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）からなる群から選択される種由来の完全長Ｃａｓ９またはこの機能的断片を含む。
【００１４】
ある特定の実施形態では、異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することは、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を真菌細胞に導入することを含む。
【００１５】
ある特定の実施形態では、異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することは、ガイドＲＮＡ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を真菌細胞に導入することを含む。
【００１６】
ある特定の実施形態では、導入する工程は、真菌細胞にＣａｓエンドヌクレアーゼを直接導入することを含む。
【００１７】
ある特定の実施形態では、導入する工程は、真菌細胞にガイドＲＮＡを直接導入することを含む。
【００１８】
ある特定の実施形態では、真菌細胞は糸状真菌細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞はユウミコチニア（Ｅｕｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞またはペジゾミコチニア（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞は、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、フミコーラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、マイセリオフトラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ヒポクレア（Ｈｙｐｏｃｒｅａ）およびエメリセラ（Ｅｍｅｒｉｃｅｌｌａ）からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、真菌細胞はトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種の細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞はトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種であり、例えばトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）である。
【００１９】
一部の実施形態では、ドナーＤＮＡは真菌細胞のゲノム遺伝座でゲノムに部分的に組み込まれている。一部の実施形態では、ドナーＤＮＡは真菌細胞のゲノム遺伝子座でゲノムに完全に組み込まれている。
【００２０】
ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡの組込みによりゲノム遺伝子座が改変される。特定の実施形態では、この改変は、１個または複数個のヌクレオチドの欠失、１個または複数個のヌクレオチドの挿入、目的のタンパク質をコードする発現カセットの挿入、１個または複数個のヌクレオチドの置換およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
【００２１】
ある特定の実施形態では、同定する工程は、ゲノム遺伝子座でのドナーＤＮＡの組込みまたはゲノム遺伝子座の改変を選択するためのまたはスクリーニングするための条件下で工程（ｃ）からの胞子から成長した細胞を培養することを含む。
【００２２】
本開示の態様は、上記で説明した方法により製造されている組換え真菌細胞と、この方法の実施において親細胞として使用するための組換え真菌細胞とに関する。
【００２３】
本開示の方法および組成物の更なる実施形態を本明細書で示す。
【００２４】
下記の詳細な説明および本出願の一部を形成する添付図面から、本開示をより完全に理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】ＮＨＥＪが沈黙しているヘルパー株を使用して、標的としたＤＮＡカセットの相同組込みを改善する戦略の概略を示す図である。ＮＨＥＪｓｉｌ＝非相同末端サイレンシングカセット、ＧＲ＝遺伝子置換配列、ａｍｄＳ＝アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）由来のアセトアミダーゼをコードする遺伝子、ｈｉｓ３＝ヒスチジノールデヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．１．１．２３）、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）由来のホスホリボシル−ＡＴＰ−ピロホスホヒドロラーゼ（ＥＣ３．６．１．３１）およびホスホリボシル−ＡＭＰシクロヒドロラーゼ（ＥＣ３．５．４．１９）をコードする多ドメイン構造遺伝子（ｍｕｌｔｉｄｏｍａｉｎ  ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｇｅｎｅ）、ｈｐｈ＝大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）由来のハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼをコードする遺伝子、ｐｙｒ２＝オロチジン５’−モノホスフェートピロホスホリラーゼをコードする遺伝子。
【図２Ａ】Ｋｕ８０サイレンシング構築物：ｐＡＶＴｒｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ａ）、ｐＡＶＴｒｋｕ７０ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｂ）およびｐＡＶＴｒｋｕ７０ｌｉｇ４ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｃ）を説明する図である。
【図２Ｂ】Ｋｕ８０サイレンシング構築物：ｐＡＶＴｒｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ａ）、ｐＡＶＴｒｋｕ７０ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｂ）およびｐＡＶＴｒｋｕ７０ｌｉｇ４ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｃ）を説明する図である。
【図２Ｃ】Ｋｕ８０サイレンシング構築物：ｐＡＶＴｒｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ａ）、ｐＡＶＴｒｋｕ７０ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｂ）およびｐＡＶＴｒｋｕ７０ｌｉｇ４ｋｕ８０ｓｉｌ（図２Ｃ）を説明する図である。
【図３】ｈｉｓ３欠失構築物ｐＡＶｄｅｌｔａ−ｈｉｓ３を説明する図である。ｈｐｈ＝大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）由来のハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼをコードするハイグロマイシン耐性遺伝子、ｋａｎ（Ｒ）＝ホスホトランスフェラーゼをコードするカナマイシン耐性遺伝子。
【図４】遺伝子置換（ＧＲ）構築物ｐＡＶ  ＧＲ  ｐｙｒ２を示す図である。ｐｙｒ２＝オロチジン５’−モノホスフェートピロホスホリラーゼをコードする遺伝子、Ａｐｒ＝β−ラクタマーゼをコードするアンピシリン耐性遺伝子、Ｆ１  ＯＲＩ＝複製のＦ１開始点、ＵＲＡ３＝オロチジン５’−ホスフェートデカルボキシラーゼをコードするサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）遺伝子、２ＭＩＣＲＯＮ＝Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）２ミクロンプラスミド開始配列（２−ｍｉｃｒｏｎ  ｐｌａｓｍｉｄ−ｏｒｉｇｉｎａｔｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）。
【図５】多数の株が構築物で同時に形質転換される異核共存体の形質転換を示す図である。
【図６】ｃｒｅリコンビナーゼ遺伝子を含むテロメアベクター（発現クローン／ｐＴｒｅｘ−Ｔｅｌ−ｐｙｒＧ１３／ｐＤＯＮＲ２２１／０９２７８５３ｃｒｅ）を示す図である。
【図７】コロニー増殖を補完するためのおよび対立遺伝子の優性を決定するためのヘルパー株の使用を示す図である。図５および図７での略語：  ｈｉｓ３＝ヒスチジノールデヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．１．１．２３）、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）由来のホスホリボシル−ＡＴＰ−ピロホスホヒドロラーゼ（ＥＣ３．６．１．３１）およびホスホリボシル−ＡＭＰシクロヒドロラーゼ（ＥＣ３．５．４．１９）をコードする多ドメイン構造遺伝子；  ｈｐｈ＝大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）由来のハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼをコードする遺伝子；  ａｄ３Ａ＝Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）由来のホスホリボシルアミノイミダゾール−スクシノカルボキサミドシンターゼ（ＥＣ６．３．２．６）をコードする遺伝子  ｐｙｒ２＝オロチジン５’−モノホスフェートピロホスホリラーゼ遺伝子
【図８】ｈｉｓ３欠失構築物ｐＡＶｄｅｌｔａ−ｈｉｓ３を説明する図である。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
真菌宿主細胞（例えば糸状真菌細胞）中での遺伝子変更を促進するためにヘルパー株システムを用いる組成物および方法が提供される。
【００２７】
本組成物および本方法をより詳細に説明する前に、本組成物および本方法は説明されている特定の実施形態に限定されず、当然のことながらそれ自体が変わり得ることを理解すべきである。本組成物および本方法の範囲は添付した特許請求の範囲によってのみ限定され得ることから、本明細書で使用する用語は特定の実施形態を説明することを目的とするのみであり、限定することを意図されていないことも理解すべきである。
【００２８】
ある範囲の値が記載されている場合、この範囲の上限と下限との間に介在する各値（別途文脈が明確に指示しない限り下限の単位の１０分の１まで）ならびにこの言及した範囲中におけるあらゆるその他の言及した値または間に介在する値が本組成物および本方法に包含されることが理解される。言及した範囲における任意の特定の除外された限度を条件として、これらのより小さい範囲の上限および下限は独立して、より小さい範囲にふくまれ得、本組成物および本方法にも包含され得る。言及した範囲が一方のまたは両方の限度を含む場合、これらの含まれた限度のいずれかまたは両方を除外する範囲も本組成物および本方法に含まれる。
【００２９】
本明細書では、ある特定の範囲が用語「約」に先行される数値で示される。用語「約」は本明細書において、この用語が先行する正確な数およびこの用語が先行する近いまたは近似的な数である数を文字通り補強するために使用される。ある数が具体的に列挙された数に近い数または近似的な数であるかどうかの判定では、列挙されていない近いまたは近似的な数は、この数が示されている文脈において、具体的に列挙された数の実質的な等価を提供する数であり得る。例えば、ある数値に関して、用語「約」は、この用語が文脈において別途明確に定義されていない限り、この数値の−１０％〜＋１０％の範囲を意味する。別の例では、語句「約６のｐＨ値」は、ｐＨ値が別途具体的に定義されていない限り、５．４〜６．６のｐＨ値を意味する。
【００３０】
本明細書に記載した見出しは、本明細書全体の参照により有することができる本組成物および本方法の様々な態様または実施形態を限定するものではない。従って、真下で定義する用語は、本明細書全体の参照により更に完全に定義される。
【００３１】
本文書は、読みやすくするために多くの節に分かれているが、読者は、ある節での記載をその他の節に適用することができることを認識するだろう。このように、本開示の様々な節に使用される見出しは限定的に解釈されるべきではない。
【００３２】
別途定義されない限り、本明細書で使用する全ての技術用語および科学用語は、本組成物および本方法が属する分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。本組成物および本方法の実施または試験では、本明細書で説明するものと類似のまたは等価のあらゆる方法および材料も使用することができるが、代表例の方法および材料をこれより説明する。
【００３３】
本明細書で引用する全ての刊行物および特許は、各個々の刊行物または特許が参照により援用されると具体的におよび個々に示されたかのように参照により本明細書に援用され、引用される刊行物に関連する方法および／または材料を開示するためにおよび説明するために参照により本明細書に援用される。引用したあらゆる刊行物はその開示が本出願日前であるが、本組成物および本方法が先行発明によりそのような刊行物に先行する権利がないということを認めると解釈すべきはない。更に、記載されている公開日は、個々に確認する必要があるであろう実際の公開日とは異なる場合がある。
【００３４】
この詳細な説明に従って、下記の略語および定義を適用する。単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は別途文脈が明確に指示しない限り複数の指示対象を含むことに留意されたい。そのため、例えば「酵素」への言及には複数のそのような酵素が含まれ、「投与量」への言及には、１回または複数回の投与量および当業者に既知のこの等量等への言及が含まれる。
【００３５】
あらゆる任意選択的な要素を除外するように特許請求の範囲を作成することができることに更に留意されたい。そのため、この記載は、特許請求の範囲の要素の列挙または「消極的な（ｎｅｇａｔｉｖｅ）」限定の使用に関連して「のみ（ｓｏｌｅｌｙ）」、「のみ（ｏｎｌｙ）」および同類のもののような排他的な用語を使用するための先行する根拠として機能することが意図されている。
【００３６】
本開示を読む際に当業者に明らかであるように、本明細書で説明されているおよび示されている個々の実施形態はそれぞれ、個別の成分と、本明細書で説明する本組成物および本方法の範囲および趣旨から逸脱することなくその他のいくつかの実施形態の内のいずれかの特徴から容易に分離され得るまたはこの特徴と容易に組み合わされ得る特徴とを有する。任意の列挙された方法を、列挙した事象の順序でまたは論理的に可能であるあらゆるその他の順序で実行することができる。
【００３７】
定義
用語「機能的断片」、「機能的に等価である断片」、「機能的に等価な断片」および同類のものは互換的に使用され、親ポリペプチドの定性的な酵素活性を保持する親ポリペプチドの一部または部分配列を意味する。機能的断片は親ポリペプチドと比較して定量的な酵素活性が変更されている場合があることに本明細書では留意されたい。
【００３８】
用語「機能的変異体」、「機能的に等価である変異体」、「機能的に等価な変異体」および同類のものは互換的に使用され、親ポリペプチドの定性的な酵素活性を保持する親ポリペプチドの変異体を意味する。機能的変異体は親ペプチドと比較して定量的な酵素活性が変更されている場合があることに本明細書では留意されたい。
【００３９】
断片および変異体を、部位特異的な変異誘発および合成構築等のあらゆる好都合な方法により得ることができる。
【００４０】
用語「ゲノム」は、真菌細胞に適用する場合、核内で見出される染色体ＤＮＡだけでなく、細胞の細胞内成分（例えばミトコンドリア）内で見出される細胞小器官ＤＮＡも包含する。
【００４１】
「コドン改変遺伝子」または「コドン優先（ｃｏｄｏｎ−ｐｒｅｆｅｒｒｅｄ）遺伝子」または「コドン最適化遺伝子」とは、宿主細胞の好ましいコドン使用頻度を模倣するように設計されているコドン使用頻度を有する遺伝子のことである。遺伝子をコドン最適化するために行われる核酸変更は、親遺伝子のコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変更しないことを意味する「同義」である。しかしながら、天然遺伝子および変異遺伝子の両方を特定の宿主細胞用にコドン最適化することができ、従って、これに関して制限は意図されていない。
【００４２】
「コーディング配列」は、特定のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列を意味する。「制御配列」は、コーディング配列の上流（５’−非コーディング配列）、コーディング配列内またはコーディング配列の下流（３’−非コーディング配列）に位置するヌクレオチド配列を意味しており、関連するコーディング配列の転写、ＲＮＡプロセシングまたは安定性または翻訳に影響を及ぼす。制御配列として、プロモーター、翻訳リーダー配列、５’非翻訳配列、３’非翻訳配列、イントロン、ポリアデニル化標的配列、ＲＮＡプロセシング部位、エフェクター結合部位およびステム−ループ構造を挙げることができるがこれらに限定されない。
【００４３】
「プロモーター」は、コーディング配列または機能的ＲＮＡの発現を制御することができるＤＮＡ配列を意味する。プロモーター配列は近位のおよびより遠位の上流エレメントからなり、後者のエレメントはエンハンサーと称されることが多い。「エンハンサー」はプロモーター活性を刺激することができるＤＮＡ配列であり、プロモーターの固有のエレメントであってもよいしプロモーターのレベルまたは組織特異性を増強するために挿入された異種エレメントであってもよい。プロモーターは、その全体が天然遺伝子に由来していてもいし天然に見出される異なるプロモーターに由来する異なるエレメントで構成されていてもよく、および／または合成ＤＮＡセグメントを含んでもよい。様々なプロモーターが、様々な組織型もしくは細胞型で、または様々な発達段階で、または様々な環境条件に応じて、遺伝子の発現を誘導することができることが当業者に理解される。ほとんどの場合では制御配列の正確な境界が完全には定義されていないことから、いくつかのバリエーションのＤＮＡ断片が同一のプロモーター活性を有する場合があることが更に認識される。当分野で公知であるように、プロモーターを、このプロモーターの強度および／またはこのプロモーターが活性である条件に従って、例えば構成的プロモーター、強力なプロモーター、弱いプロモーター、誘導性／抑制性プロモーター、組織特異的に／発達的に制御されるプロモーター、細胞周期依存性プロモーター等に分類することができる。
【００４４】
「ＲＮＡ転写物」は、ＲＮＡポリメラーゼにより触媒されるＤＮＡ配列の転写により生じる産物を意味する。「メッセンジャーＲＮＡ」または「ｍＲＮＡ」は、イントロンを有しておらず細胞によりタンパク質に翻訳され得るＲＮＡを意味する。「ｃＤＮＡ」は、ｍＲＮＡテンプレートに相補的であるおよび逆転写酵素を使用してｍＲＮＡテンプレートから合成されるＤＮＡを意味する。「センス」ＲＮＡは、ｍＲＮＡを含むおよび細胞内でまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏでタンパク質に翻訳され得るＲＮＡ転写物を意味する。「アンチセンスＲＮＡ」は、標的一次転写物またはｍＲＮＡの全部または一部に対して相補的であるおよびある特定の条件下で標的遺伝子の発現をブロックするＲＮＡ転写物を意味する（例えば米国特許第５，１０７，０６５号明細書を参照されたい）。アンチセンスＲＮＡの相補性は、特定の遺伝子転写物の任意の部分（即ち５’非コーディング配列、３’非コーディング配列、イントロンまたはコーディング配列）との相補性であることができる。「機能的ＲＮＡ」は、アンチセンスＲＮＡ、リボザイムＲＮＡまたはポリペプチドに翻訳され得ないがそれにもかかわらず細胞内プロセスに影響を及ぼすその他のＲＮＡを意味する。用語「相補体」および「逆相補体」はｍＲＮＡ転写物に関して本明細書において互換的に使用され、メッセージのアンチセンスＲＮＡを定義することが意図されている。
【００４５】
本明細書で使用する場合、「機能的に付着している」または「作動可能に連結されている」は、既知のまたは所望の活性を有するポリペプチド配列またはポリヌクレオチド配列の制御領域または機能的ドメイン（例えばプロモーター、エンハンサー領域、ターミネーター、シグナル配列、エピトープタグ等）が、この既知のまたは所望の活性に従って、制御領域または機能的ドメインが標的（例えば遺伝子またはポリペプチド）の発現、分泌または機能を制御することを可能にするような様式でこの標的に付着しているまたは連結されていることを意味する。例えば、プロモーターは、コーディング配列の発現を制御することができる場合には、このコーディング配列に作動可能に連結されている（即ち、このコーディング配列はプロモーターの転写制御下にある）。
【００４６】
用語「組換え」は、生物学的な成分または組成物（例えば細胞、核酸、ポリペプチド／酵素、ベクター等）に関して使用される場合、この生物学的な成分または組成物が天然では見出されない状態にあることを示す。換言すると、この生物学的な成分または組成物は、ヒトの介入により天然の状態から改変されている。例えば、組換え細胞には、天然の親（即ち非組換え）細胞中で見出されない１種もしくは複数種の遺伝子を発現する細胞、天然の親細胞とは異なる量で１種もしくは複数種の天然遺伝子を発現する細胞、および／または天然の親細胞とは異なる条件下で１種もしくは複数種の天然遺伝子を発現する細胞が包含される。組換え核酸は、１個もしくは複数個のヌクレオチドで天然配列と異なり得る、異種配列（例えば異種プロモーター、非天然のもしくは変異のシグナル配列をコードする配列等）に作動可能に連結され得る、イントロン配列を欠くことができる、および／または単離型であり得る。組換えポリペプチド／酵素は、１個もしくは複数個のアミノ酸で天然配列と異なり得る、異種配列と融合され得る、トランケートされ得る、もしくはアミノ酸の内部欠失を有し得る、天然細胞中では見出されない様式で発現され得る（例えば、このポリペプチドをコードする発現ベクターの細胞中の存在に起因して、このポリペプチドを過剰発現する組換え細胞から発現され得る）、および／または単離型であり得る。一部の実施形態では、組換えポリヌクレオチドまたは組換えポリペプチド／酵素は、野生型対応物と同一であるが非天然型（例えば単離型または富化型）である配列を有することが強調される。
【００４７】
用語「プラスミド」、「ベクター」、および「カセット」は、目的のポリヌクレオチド配列（例えば、細胞中で発現させる目的の遺伝子）を担持する染色体外エレメント（「発現ベクター」または「発現カセット」）を意味する。そのようなエレメントは概して、二本鎖ＤＮＡの形態であり、多くのヌクレオチド配列が連結されているまたは目的のポリヌクレオチドを細胞に導入することができる固有の構築物に組み換えられている（任意の起源に由来する）一本鎖または二本鎖のＤＮＡまたはＲＮＡの（線状のまたは環状の）自律的に複製する配列、ゲノム組込み配列、ファージまたはヌクレオチド配列であることができる。目的のポリヌクレオチド配列は、標的細胞中で発現させようとするポリペプチドまたは機能的ＲＮＡをコードする遺伝子であることができる。発現カセット／ベクターは概して遺伝子を含み、この遺伝子は、この遺伝子の宿主細胞中での発現を可能にするエレメントに作動可能に連結されている。
【００４８】
本明細書で使用する場合、「Ｃａｓエンドヌクレアーゼ」と称されるまたは「Ｃａｓエンドヌクレアーゼ活性」を有するポリペプチドは、Ｃａｓ遺伝子によりコードされるＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）ポリペプチドに関し、Ｃａｓタンパク質は、１種または複数種のガイドポリヌクレオチドと機能的に連結された場合に標的ＤＮＡ配列を切断することができる（例えば「ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ  ｓｙｓｔｅｍｓ  ａｎｄ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ａｌｔｅｒｉｎｇ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ」という表題の米国特許第８６９７３５９号明細書を参照されたい）。ガイドポリヌクレオチド依存性のエンドヌクレアーゼ活性を保持するＣａｓエンドヌクレアーゼの変異体もこの定義に含まれ、この変異体として、ニッキングエンドヌクレアーゼ活性を有する（即ち二本鎖ＤＮＡ標的部位で一本鎖ニックを導入する）Ｃａｓ変異体が挙げられる（下記の定義を参照されたい）。（これまで同定されている野生型Ｃａｓエンドヌクレアーゼは標的部位で二本鎖切断を導入することに留意されたい）。Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、ガイドポリヌクレオチドにより導かれて二本鎖ＤＮＡ中の特定の標的部位（例えば細胞のゲノム中の標的部位）を認識して切断する。いくつかの異なる型のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムが説明されており、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステム、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムおよびＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムに分類され得る（例えばＬｉｕ  ａｎｄ  Ｆａｎ，ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ  ｓｙｓｔｅｍ：ａ  ｐｏｗｅｒｆｕｌ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ．Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ（２０１４）８５：２０９−２１８での説明を参照されたい）。ある特定の態様では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムは、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体（例えばＣａｓニッカーゼ等）を用いるＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムである。Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼは、あらゆる好都合なＣａｓ９エンドヌクレアーゼであることができ、下記の細菌種由来のＣａｓ９エンドヌクレアーゼおよびこの機能的断片が挙げられるがこれらに限定されない：ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種（例えば、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）およびＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ））、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種（例えばＣ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ））、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種（例えばＮ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ））、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種（例えばＦ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ））ならびにパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種（例えばＰ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ））。Ｃａｓ９に関して多くのその他の種を使用することができる。例えば、機能的Ｃａｓエンドヌクレアーゼまたはこの変異体であって、配列番号２、８および１１〜１６のいずれか一つに対して少なくとも７０％の同一性を有し、例えば配列番号２、８および１１〜１６のいずれか一つに対して少なくとも８０％の同一性を有し、少なくとも９０％の同一性を有���、少なくとも９５％の同一性を有し、少なくとも９６％の同一性を有し、少なくとも９７％の同一性を有し、少なくとも９８％の同一性を有し、少なくとも９９％の同一性を有し、例えば最大で１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む機能的Ｃａｓエンドヌクレアーゼまたはこの変異体を用いることができる。その他の実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼまたはこの変異体は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＣｐｆ１エンドヌクレアーゼである。Ｃｐｆ１は、Ｃａｓ９とは異なる特徴により頑強なＤＮＡ干渉を媒介する。Ｃｐｆ１はｔｒａｃｒＲＮＡを欠いており、Ｔリッチなプロトスペーサー隣接モチーフを用いる。Ｃｐｆ１は、千鳥足状のＤＮＡ二本鎖切断を介してＤＮＡを切断する。例えばＺｅｔｓｃｈｅ  ｅｔａｌ．，Ｃｅｌｌ（２０１５）１６３：７５９−７７１を参照されたい。
【００４９】
本明細書で使用する場合、「Ｃａｓニッカーゼ」は、１種または複数種のガイドポリヌクレオチドと機能的に連結された場合に標的の二本鎖ＤＮＡ配列中に一本鎖ニックを導入することができるＣａｓエンドヌクレアーゼである。（例えば部位特異的変異誘発により）親Ｃａｓエンドヌクレアーゼ中の２つのヌクレアーゼドメインの内の一方を不活性化することによって、Ｃａｓニッカーゼを組換えにより生成することができる。Ｃａｓニッカーゼの非限定的な一例は、Ｄ１０Ａ変異によりＲｕｖＣドメインが不活性化されている、ＳａｎｄｅｒおよびＪｏｕｎｇ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１３，１−９）で説明されているＣａｓ９ニッカーゼである。上述したように、一般的用語「Ｃａｓエンドヌクレアーゼ」には、二本鎖切断ＣａｓポリペプチドおよびニッキングＣａｓポリペプチドの両方が包含される。例えば、ガイドＲＮＡがＣａｓエンドヌクレアーゼを所望の標的部位に誘導することができると説明されている場合、二本鎖切断ＣａｓエンドヌクレアーゼおよびニッキングＣａｓポリペプチド（下記で定義する）の両方に関してそうすることができることになる。
【００５０】
本明細書で使用する場合、用語「ガイドポリヌクレオチド」は、Ｃａｓエンドヌクレアーゼと複合体を形成することができるおよびＣａｓエンドヌクレアーゼがＤＮＡ標的部位を認識して切断することを可能にするポリヌクレオチド配列に関する。このガイドポリヌクレオチドは単分子または二重分子であることができる。ガイドポリヌクレオチド配列は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列またはこれらの組み合わせ（ＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列）であることができる。リボ核酸のみを含むガイドポリヌクレオチドは「ガイドＲＮＡ」とも称される。
【００５１】
このガイドポリヌクレオチドは、標的ＤＮＡ中のヌクレオチド配列（下記において「プロトスペーサー」または「標的部位」とも呼ばれる）に相補的である第１のヌクレオチド配列ドメイン（可変ターゲティングドメインまたはＶＴドメインとも称される）と、Ｃａｓエンドヌクレアーゼポリペプチドと相互作用する第２のヌクレオチド配列ドメイン（Ｃａｓエンドヌクレアーゼ認識ドメインまたはＣＥＲドメインと称される）とを含む二重分子（二本鎖ガイドポリヌクレオチドとも称される）であることができる。この二重分子ガイドポリヌクレオチドのＣＥＲドメインは、相補領域に沿ってハイブリダイズされる２個の別々の分子を含む。この２個の別々の分子は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列および／またはＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列であることができる。一部の実施形態では、ＣＥＲドメインに連結されているＶＴドメインを含む二本鎖ガイドポリヌクレオチドの第１の分子は、（ＤＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「ｃｒＤＮＡ」と称され、（ＲＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「ｃｒＲＮＡ」と称され、（ＤＮＡヌクレオチドとＲＮＡヌクレオチドとの組み合わせで構成されている場合には）「ｃｒＤＮＡ−ＲＮＡ」と称される。ｃｒヌクレオチドは、細菌中におよび古細菌中に天然に存在するｃｒＲＮＡの断片を含むことができる。一実施形態では、本明細書で開示するｃｒヌクレオチド中に存在する細菌中におよび古細菌中に天然に存在するｃｒＲＮＡの断片のサイズは、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個またはより多くのヌクレオチドから変動することができるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、ＣＥＲドメインを含む二本鎖ガイドポリヌクレオチドの第２の分子は、（ＲＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「ｔｒａｃＲＮＡ」と称され、（ＤＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「ｔｒａｃｒＤＮＡ」と称され、（ＤＮＡヌクレオチドとＲＮＡヌクレオチドとの組み合わせで構成されている場合には）「ｔｒａｃｒＤＮＡ−ＲＮＡ」と称される。ある特定の実施形態では、ＲＮＡ／Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ複合体を誘導するＲＮＡは、二本鎖ｃｒＲＮＡ−ｔｒａｃｒＲＮＡを含む二本鎖ＲＮＡである。
【００５２】
ガイドポリヌクレオチドはまた、標的ＤＮＡ中のヌクレオチド配列に相補的である第１のヌクレオチド配列ドメイン（可変ターゲティングドメインまたはＶＴドメインと称される）と、Ｃａｓエンドヌクレアーゼポリペプチドと相互作用する第２のヌクレオチドドメイン（Ｃａｓエンドヌクレアーゼ認識ドメインまたはＣＥＲドメインと称される）とを含む単分子であることもできる。「ドメイン」は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列および／またはＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列であることができるヌクレオチドの連続ストレッチを意味する。単一ガイドポリヌクレオチドのＶＴドメインおよび／またはＣＥＲドメインは、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列を含むことができる。一部の実施形態では、単一ガイドポリヌクレオチドは、ｔｒａｃｒヌクレオチド（ＣＥＲドメインを含む）に連結されているｃｒヌクレオチド（ＣＥＲドメインに連結されているＶＴドメインを含む）を含み、この連結は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列を含むヌクレオチド配列である。ｃｒヌクレオチド由来の配列およびｔｒａｃｒヌクレオチド由来の配列で構成されている単一ガイドポリヌクレオチドを、（ＲＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「単一ガイドＲＮＡ」と称することができ、（ＤＮＡヌクレオチドの連続ストレッチで構成されている場合には）「単一ガイドＤＮＡ」と称することができ、（ＲＮＡヌクレオチドとＤＮＡヌクレオチドとの組み合わせで構成されている場合には）「単一ガイドＲＮＡ−ＤＮＡ」と称することができる。本開示の一実施形態では、単一ガイドＲＮＡは、ＩＩ型Ｃａｓエンドヌクレアーゼと複合体を形成することができるＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓシステムのｃｒＲＮＡまたはｃｒＲＮＡ断片およびｔｒａｃｒＲＮＡまたはｔｒａｃｒＲＮＡ断片を含み、このガイドＲＮＡ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ複合体は、Ｃａｓエンドヌクレアーゼを真菌細胞ゲノム標的部位へと誘導することができ、Ｃａｓエンドヌクレアーゼがこのゲノム標的部位に二本鎖切断を導入することを可能にする。
【００５３】
二本鎖ガイドポリヌクレオチドと対比して単一ガイドポリヌクレオチドを使用する一態様は、標的細胞中で単一ガイドポリヌクレオチドを発現させるために作製する必要がある発現カセットが１種のみであるということである。
【００５４】
用語「可変ターゲティングドメイン」または「ＶＴドメイン」は本明細書において互換的に使用され、二本鎖ＤＮＡ標的部位の一方の鎖（ヌクレオチド配列）に相補的であるヌクレオチド配列を含む。第１のヌクレオチド配列ドメイン（ＶＴドメイン）と標的配列との間の相補性の％は少なくとも５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６３％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％である、または１００％相補的である。ＶＴドメインは、少なくとも１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個または３０個のヌクレオチドの長さであることができる。一部の実施形態では、ＶＴドメインは１２〜３０個のヌクレオチドの連続ストレッチを含む。ＶＴドメインは、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、改変ＤＮＡ配列、改変ＲＮＡ配列またはこれらの任意の組み合わせで構成され得る。
【００５５】
ガイドポリヌクレオチドの用語「Ｃａｓエンドヌクレアーゼ認識ドメイン」または「ＣＥＲドメイン」は本明細書において互換的に使用され、Ｃａｓエンドヌクレアーゼポリペプチドと相互作用するヌクレオチド配列（例えば、ガイドポリヌクレオチドの第２のヌクレオチド配列ドメイン）を含む。ＣＥＲドメインは、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、改変ＤＮＡ配列、改変ＲＮＡ配列（例えば本明細書で説明する改変を参照されたい）またはこれらの任意の組み合わせで構成され得る。
【００５６】
単一ガイドポリヌクレオチドのｃｒヌクレオチドとｔｒａｃｒヌクレオチドとを連結するヌクレオチド配列は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ−ＤＮＡ組み合わせ配列を含むことができる。一実施形態では、単一ガイドポリヌクレオチドのｃｒヌクレオチドとｔｒａｃｒヌクレオチドとを連結するヌクレオチド配列は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００個のヌクレオチドの長さであることができる。別の実施形態では、単一ガイドポリヌクレオチドのｃｒヌクレオチドとｔｒａｃｒヌクレオチドとを連結するヌクレオチド配列は、限定されないがＧＡＡＡテトラループ配列等のテトラループ配列を含むことができる。
【００５７】
本明細書で使用する場合、用語「ガイドポリヌクレオチド／Ｃａｓエンドヌクレアーゼシステム」（および等価物）には、ＤＮＡ標的部位で二本鎖切断を誘導することができる、Ｃａｓエンドヌクレアーゼとガイドポリヌクレオチド（単一または二重）との複合体が含まれる。Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、ＤＮＡ標的部位の極めて近くでＤＮＡ二本鎖をほどき、ガイドＲＮＡによる標的配列の認識時に両方のＤＮＡ鎖を切断するが、但し、正しいプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）が標的配列の３’末端で適切に配向されている場合に限られる。
【００５８】
用語「発現」は、本明細書で使用する場合、前駆体または成熟型のいずれかでの機能的最終産物（例えばｍＲＮＡ、ガイドＲＮＡまたはタンパク質）の産生を意味する。
【００５９】
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの細胞への挿入（例えば組換えＤＮＡ構築物／発現構築物）に関する「導入される」は、そのような課題を実施するためのあらゆる方法を意味しており、所望の生体分子の導入を達成するための「遺伝子導入」、「形質転換」、「形質導入」、物理的手段または同類のものの内のいずれかの手段を含む。
【００６０】
「成熟」タンパク質は、翻訳後にプロセシングされたポリペプチド（即ち、一次翻訳産物中に存在する任意のプレペプチドまたはプロペプチドが除去されているポリペプチド）を意味する。「前駆体」タンパク質は、ｍＲＮＡの翻訳の一次産物（即ち、プレペプチドおよびプロペプチドが依然として存在している）を意味する。プレペプチドおよびプロペプチドは細胞内局在化シグナルであり得るがこれに限定されない。
【００６１】
「安定した形質転換」は、核ゲノムおよび細胞小器官ゲノムの両方が挙げられる宿主生物のゲノム中への核酸断片の移動を意味しており、遺伝的に安定した遺伝がもたらされる。対照的に、「一過性の形質転換」は、組み込まれることなくまたは安定して遺伝することなく遺伝子が発現される、宿主生物の核中へのまたはその他のＤＮＡ含有細胞小器官中への核酸断片の移動を意味している（本明細書では「不安定な形質転換」と称される場合もある）。形質転換された核酸断片を含む宿主生物を「トランスジェニック」生物と称する。
【００６２】
「真菌細胞」、「真菌」、「真菌宿主細胞」および同類のものは、本明細書で使用する場合、子嚢菌（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）門、担子菌（Ｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ）門、ツボカビ（Ｃｈｙｔｒｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ）門および接合菌（Ｚｙｇｏｍｙｃｏｔａ）門（Ｈａｗｋｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎ，Ａｉｎｓｗｏｒｔｈ  ａｎｄ  Ｂｉｓｂｙ’ｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｆｕｎｇｉ，８ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９５，ＣＡＢ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫにより定義される）と、卵菌門（Ｏｏｍｙｃｏｔａ）（Ｈａｗｋｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，上記を参照、で言及されている）および全ての栄養胞子形成（ｍｉｔｏｓｐｏｒｉｃ）真菌（（Ｈａｗｋｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，上記を参照）とを含む。ある特定の実施形態では、真菌宿主細胞は酵母細胞であり、「酵母」は、有子嚢胞子酵母（エンドミケス目（Ｅｎｄｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ））、担子菌酵母（ｂａｓｉｄｉｏｓｐｏｒｏｇｅｎｏｕｓ  ｙｅａｓｔ）、および不完全菌（不完全酵母菌類（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｔｅｓ））に属する酵母を意味する。従って、酵母宿主細胞として、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、クルイベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）、サッカロマイセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、シゾサッカロマイセス（ＳｃｈｉｚｏＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）またはヤロウイア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）の細胞が挙げられる。酵母の種として、下記のものが挙げられるがこれらに限定されない：サッカロマイセス・カールスベルゲンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、サッカロマイセス・ジアスタティクス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ）、サッカロマイセス・ドウグラシイ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｄｏｕｇｌａｓｉｉ）、サッカロマイセス・クルイベリ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ）、サッカロマイセス・ノルベンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｒｂｅｎｓｉｓ）、サッカロマイセス・オビフォルミス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、クルイベロミセス・ラクチス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ）およびヤロウィア・リポリティカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）の細胞。
【００６３】
用語「糸状真菌細胞」は、ユウミコチニア（Ｅｕｍｙｃｏｔｉｎａ）亜門の全ての糸状形態を含む。糸状真菌属の適切な細胞として、アクレモニウム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アウレオバシジウム（Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、ブジェルカンデラ（Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ）、セリポリオプシス（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、コプリナス（Ｃｏｐｒｉｎｕｓ）、コリオルス（Ｃｏｒｉｏｌｕｓ）、コリナスカス（Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ）、ケトミウム（Ｃｈａｅｒｔｏｍｉｕｍ）、クリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、フィロバシディウム（Ｆｉｌｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、ジベレラ（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ）、フミコーラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、マグナポルテ（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ）、ムコール（Ｍｕｃｏｒ）、マイセリオフトラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ムコール（Ｍｕｃｏｒ）、ネオカリマスティクス（Ｎｅｏｃａｌｌｉｍａｓｔｉｘ）、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ペシロマイセス（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、ファネロケーテ（Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ）、フレビア（Ｐｈｌｅｂｉａ）、ピロミセス（Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ）、プレウロタス（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ）、シタリジウム（Ｓｃｙｔａｌｄｉｕｍ）、シゾフィラム（Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ）、スポロトリクム（Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ）、タラロミセス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）、サーモアスカス（Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ）、チエラビア（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ）、トリポクラジウム（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）、トラメテス（Ｔｒａｍｅｔｅｓ）およびトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）の細胞が挙げられるがこれらに限定されない。糸状真菌種として、アスペルギルス・アワモリ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ａｗａｍｏｒｉ）、アスペルギルス・フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）、アスペルギルス・フォエティダス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｏｅｔｉｄｕｓ）、アスペルギルス・ジャポニクス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｊａｐｏｎｉｃｕｓ）、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）、アスペルギルス・オリザエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）、クリソスポリウム・ラクノウェンス（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｌｕｃｋｎｏｗｅｎｓｅ）、フサリウム・バクトリジオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｂａｃｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ）、フサリウム・セレアリス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｅｒｅａｌｉｓ）、フサリウム・クロックウェレンズ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｒｏｏｋｗｅｌｌｅｎｓｅ）、フサリウム・クルモラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｕｌｍｏｒｕｍ）、フサリウム・グラミネアルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ）、フサリウム・グラミナム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｕｍ）、フサリウム・ヘテロスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｈｅｔｅｒｏｓｐｏｒｕｍ）、フサリウム・ネグンジ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｎｅｇｕｎｄｉ）���フサリウム・オキシスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、フサリウム・レチキュラタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｒｅｔｉｃｕｌａｔｕｍ）、フサリウム・ロゼウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｒｏｓｅｕｍ）、フサリウム・サムブシウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓａｍｂｕｃｉｎｕｍ）、フサリウム・サルコクロウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓａｒｃｏｃｈｒｏｕｍ）、フサリウム・スポロトリキオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｉｏｉｄｅｓ）、フサリウム・スルフレウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｕｌｐｈｕｒｅｕｍ）、フサリウム・トルロサム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｔｏｒｕｌｏｓｕｍ）、フサリウム・トリコセシオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｉｏｉｄｅｓ）、フサリウム・ベネナタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｅｎｅｎａｔｕｍ）、ブジェルカンデラ・アダスタ（Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ  ａｄｕｓｔａ）、セリポリオプシス・アネイリナ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ａｎｅｉｒｉｎａ）、セリポリオプシス・アネイリナ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ａｎｅｉｒｉｎａ）、セリポリオプシス・カレギエア（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｃａｒｅｇｉｅａ）、セリポリオプシス・ギルベスセンス（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｇｉｌｖｅｓｃｅｎｓ）、セリポリオプシス・パンノシンタ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｐａｎｎｏｃｉｎｔａ）、セリポリオプシス・リブローサ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｒｉｖｕｌｏｓａ）、セリポリオプシス・スブルファ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｕｂｒｕｆａ）、セリポリオプシス・スブヴェルミスポラ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｕｂｖｅｒｍｉｓｐｏｒａ）、コプリナス・シネレウス（Ｃｏｐｒｉｎｕｓ  ｃｉｎｅｒｅｕｓ）、コリオルス・ヒルスツス（Ｃｏｒｉｏｌｕｓ  ｈｉｒｓｕｔｕｓ）、フミコーラ・インソレンス（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓ）、フミコーラ・ラヌギノサ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｌａｎｕｇｉｎｏｓａ）、ムコール・ミエヘイ（Ｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）、マイセリオフトラ・サーモフィラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、ニューロスポラ・クラッサ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ）、ニューロスポラ・インターメディア（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、ペニシリウム・プルプロゲナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ）、ペニシリウム・カネスセンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃａｎｅｓｃｅｎｓ）、ペニシリウム・ソリタム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｏｌｉｔｕｍ）、ペニシリウム・フニクロスム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｆｕｎｉｃｕｌｏｓｕｍ）、ファネロケーテ・クリソスポリウム（Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ  ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フレビア・ラジエート（Ｐｈｌｅｂｉａ  ｒａｄｉａｔｅ）、プレウロタス・エリンギ（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ  ｅｒｙｎｇｉｉ）、タラロマイセス・フラバス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｕｓ）、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）、トラメテス・ビローサ（Ｔｒａｍｅｔｅｓ  ｖｉｌｌｏｓａ）、トラメテス・ベルシコロル（Ｔｒａｍｅｔｅｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、トリコデルマ・ハルジアナム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｈａｒｚｉａｎｕｍ）、トリコデルマ・コニンギ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｋｏｎｉｎｇｉｉ）、トリコデルマ・ロンジブラキアタム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ）、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）およびトリコデルマ・ビリデ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｖｉｒｉｄｅ）の細胞が挙げられるがこれらに限定されない。
【００６４】
Ｃａｓ／ガイドポリヌクレオチドシステムの文脈で使用される場合、用語「標的部位」、「標的配列」、「ゲノム標的部位」、「ゲノム標的配列」（および等価物）は本明細書において互換的に使用され、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ切断が望ましい真菌細胞のゲノム中のポリヌクレオチド配列を意味する。しかしながら、この用語が使用される文脈では、この用語の意味がわずかに変更され得る。例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ用の標的部位は一般に非常に特異的であり、正確なヌクレオチド配列／位置に定義され得ることが多いが、ある場合では、所望のゲノム改変用の標的部位は、ＤＮＡ切断が起こる部位のみと比べて広く定義され得る（例えば、相同組換えが望ましいゲノム遺伝子座または領域）。そのため、ある特定の場合（Ｃａｓ／ガイドＲＮＡの活性により起こるゲノム改変）では、ＤＮＡ切断が「標的部位でまたは標的部位付近で」起こると説明される。標的部位は真菌細胞ゲノム中の内在性部位であり得る、或いは、標的部位は真菌細胞に対して異種であり得、そのためゲノム中に天然には存在していない、または標的部位を、天然で生じる場所と比較して非相同のゲノム位置で見出すことができる。
【００６５】
本明細書で使用する場合、「核酸」はポリヌクレオチドを意味しており、デオキシリボヌクレオチド塩基またはリボヌクレオチド塩基の一本鎖ポリマーまたは二本鎖ポリマーを含む。核酸はまた、断片および改変ヌクレオチドも含むことができる。そのため、用語「ポリヌクレオチド」、「核酸配列」、「ヌクレオチド配列」および「核酸断片」は、一本鎖または二本鎖であるＲＮＡおよび／またはＤＮＡのポリマーを示すために互換的に使用され、合成ヌクレオチド塩基、非天然ヌクレオチド塩基または改変ヌクレオチド塩基を任意選択で含む。ヌクレオチド（通常は５’−モノフォスフェート形態で見出される）は下記のように一文字記号で言及される：アデノシンまたはデオキシアデノシン（それぞれＲＮＡまたはＤＮＡの場合）の場合の「Ａ」、シトシンまたはデオキシシトシンの場合の「Ｃ」、グアノシンまたはデオキシグアノシンの場合の「Ｇ」、ウリジンの場合の「Ｕ」、デオキシチミジンの場合の「Ｔ」、プリンの場合の「Ｒ」（ＡまたはＧ）、ピリミジンの場合の「Ｙ」（ＣまたはＴ）、ＧまたはＴの場合の「Ｋ」、ＡまたはＣまたはＴの場合の「Ｈ」、イノシンの場合の「Ｉ」およびあらゆるヌクレオチドの場合の「Ｎ」。
【００６６】
用語「に由来する」は、用語「を起源とする」、「から得られる」、「から入手可能である」、「から単離される」および「から生成される」を包含しており、別の特定の材料中に起源が見出されるまたは別の特定の材料を参照して説明され得る特徴を有するある特定の材料を一般に示す。
【００６７】
本明細書で使用する場合、用語「ハイブリダイゼーション条件」は、ハイブリダイゼーション反応を行う条件を意味する。この条件は概して、ハイブリダイゼーションが測定される条件の「ストリンジェンシー」の程度により分類される。このストリンジェンシーの程度は、例えば核酸結合複合体またはプローブの融解温度（Ｔｍ）をベースとすることができる。例えば、典型的には、「最高ストリンジェンシー」は約Ｔｍ−５℃（プローブのＴｍよりも５℃下）で起こり、「高ストリンジェンシー」はＴｍよりも約５〜１０℃下で起こり、「中間ストリンジェンシー」はプローブのＴｍよりも約１０〜２０℃下で起こり、「低ストリンジェンシー」はＴｍよりも約２０〜２５℃下で起こる。或いは、または加えて、ハイブリダイゼーション条件は、ハイブリダイゼーションの塩強度条件もしくはイオン強度条件ならびに／または１回もしくは複数回のストリンジェンシー洗浄（例えば、６×ＳＳＣ＝非常に低いストリンジェンシー、３×ＳＳＣ＝低〜中間のストリンジェンシー、１×ＳＳＣ＝中間ストリンジェンシーおよび０．５×ＳＳＣ＝高ストリンジェンシー）をベースとすることができる。機能上、最高ストリンジェンシー条件を使用してハイブリダイゼーションプローブとの厳密な同一性またはほぼ厳密な同一性を有する核酸配列を同定することができ、高ストリンジェンシー条件が使用されるとプローブと約８０％以上の配列同一性を有する核酸配列が同定される。高選択性を必要とする用途の場合、ハイブリッドを形成するのに比較的ストリンジェントな条件を使用することが概して望ましい（例えば、比較的に低い塩条件および／または高い温度条件が使用される）。
【００６８】
本明細書で使用する場合、「ハイブリダイゼーション」は、当分野で既知であるように、核酸の鎖が塩基対合により相補鎖と結合するプロセスを意味する。より具体的には、「ハイブリダイゼーション」は、ブロットハイブリダイゼーション技術中におよびＰＣＲ技術中に起こるように核酸の一本鎖が相補鎖と二本鎖（即ち塩基対）を形成するプロセスを意味する。中間〜高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件および洗浄条件の下で２種の配列が互いに特異的にハイブリダイズする場合、核酸配列は参照核酸配列に対して「選択的にハイブリダイズ可能」であると考えられる。ハイブリダイゼーション条件は、核酸が結合する複合体またはプローブの融解温度（Ｔｍ）をベースとする。例えば、典型的には、「最高ストリンジェンシー」は約Ｔｍ−５℃（プローブのＴｍよりも５℃下）で起こり、「高ストリンジェンシー」はＴｍよりも約５〜１０℃下で起こり、「中間ストリンジェンシー」はプローブのＴｍよりも約１０〜２０℃下で起こり、「低ストリンジェンシー」はＴｍよりも約２０〜２５℃下で起こる。機能上、最高ストリンジェンシー条件を使用してハイブリダイゼーションプローブとの厳密な同一性またはほぼ厳密な同一性を有する配列を同定することができ、中間のまたは低いストリンジェンシー条件を使用してポリヌクレオチド配列相同体を同定することができる、または検出することができる。
【００６９】
中間ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件および高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は当分野で公知である。例えば、中間ストリンジェンシーハイブリダイゼーションを、２０％のホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％の硫酸デキストランおよび２０ｍｈ／ｍＬの変性されて剪断されたサケ精子（ｄｅｎａｔｕｒｅｄ  ｓｈｅａｒｅｄ  ｓａｌｍｏｎ  ｓｐｅｒｍ）ＤＮＡを含む溶液中で３７℃にて一晩インキュベートし、続いて約３７〜５０℃にて１×ＳＳＣでフィルタを洗浄することにより実行することができる。高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件は、６５℃および０．１×ＳＳＣ（１×ＳＳＣ＝０．１５ＭのＮａＣｌ、０．０１５Ｍのクエン酸Ｎａ、ｐＨ７．０）でのハイブリダイゼーションであることができる。或いは、高ストリンジェンシー条件を、５０％のホルムアミド、５×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％のＳＤＳおよび１００μｇ／ｍＬの変性担体ＤＮＡ中で約４２ｏＣにて実行することができ、続いて、室温にて２×ＳＳＣおよび０．５％のＳＤＳで２回洗浄し、４２ｏＣにて０．１×ＳＳＣおよび０．５×ＳＤＳで更に２回洗浄する。そして、非常に高いストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、６８℃および０．１×ＳＳＣでのハイブリダイゼーションであることができる。プローブ長および同類のもの等の因子を適応させるために、必要に応じて温度、イオン強度等を調整する方法が当業者に知られている。
【００７０】
少なくとも２種の核酸またはポリペプチドの文脈における語句「実質的に類似」または「実質的に同一」は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、親配列もしくは参照配列と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％もしくは更に少なくとも９９％同一である配列を含むこと、または機能性を付加することなく本明細書を回避するためにのみ行われるアミノ酸の置換、挿入、欠失もしくは修飾を含まないことを意味する。
【００７１】
核酸配列またはポリペプチド配列の文脈における「配列同一性」または「同一性」は、特定の比較ウィンドウ全体にわたり最大の一致のためにアラインされた場合に同一である２種の配列における核酸塩基またはアミノ酸残基を意味する。
【００７２】
用語「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウィンドウ全体にわたり２種の適切にアラインされた配列を比較することにより決定される値を意味しており、比較ウィンドウ中のポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列の部分は、これら２種の配列を最適にアラインさせるために、参照配列（付加または欠失を含まない）と比較して付加または欠失（即ちギャップ）を含む場合がある。このパーセンテージは、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に存在する位置の数を決定して一致した位置の数を得、この一致した位置の数を比較ウィンドウ中の位置の総数で除算し、結果を１００で乗算して配列同一性のパーセンテージを得ることにより算出される。配列同一性パーセントの有用な例として、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％もしくは９５％または５０％〜１００％の任意の整数パーセンテージが挙げられるがこれらに限定されない。この同一性を、本明細書で説明するプログラムのいずれかを使用して決定することができる。
【００７３】
配列アラインメントおよび同一性パーセントまたは類似性計算を、ＬＡＳＥＲＧＥＮＥバイオインフォマティクスコンピューティングサイト（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）のＭｅｇＡｌｉｇｎ（商標）プログラムが挙げられるがこれに限定されない相同配列を検出するために設計された様々な比較方法を使用して決定することができる。本出願の文脈内では、配列分析ソフトウェアを分析に使用する場合、別途指定しない限り、分析結果は、言及したプログラムの「デフォルト値」をベースとすることが理解されるだろう。本明細書で使用する場合、「デフォルト値」は、最初に初期化された場合にソフトウェアで最初にロードされる値またはパラメータの任意のセットを意味することができる。
【００７４】
「アラインメントのＣｌｕｓｔａｌ  Ｖ方法」は、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｖ（Ｈｉｇｇｉｎｓ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｐ，（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ  ５：１５１−１５３、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）Ｃｏｍｐｕｔ  Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｓｃｉ  ８：１８９−１９１により説明されている）と標識されているおよびＬＡＳＥＲＧＥＮＥバイオインフォマティクスコンピューティングサイト（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）のＭｅｇＡｌｉｇｎ（商標）プログラム中で見出されるアラインメント方法に対応する。多重アラインメントの場合、デフォルト値は、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０およびＧＡＰ  ＬＥＮＧＴＨ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０に対応する。Ｃｌｕｓｔａｌ方法を使用するタンパク質配列のペアワイズアラインメント（ｐａｉｒｗｉｓｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）用のおよび同一性パーセントの算出用のデフォルトパラメータは、ＫＴＵＰＬＥ＝１、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝３、ＷＩＮＤＯＷ＝５およびＤＩＡＧＯＮＡＬＳ  ＳＡＶＥＤ＝５である。核酸の場合、これらのパラメータは、ＫＴＵＰＬＥ＝２、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝５、ＷＩＮＤＯＷ＝４およびＤＩＡＧＯＮＡＬＳ  ＳＡＶＥＤ＝４である。Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｖプログラムを使用した配列のアラインメントの後、同じプログラム中の「配列距離」表を調べることにより、「同一性パーセント」を得ることができる。
【００７５】
「アラインメントのＣｌｕｓｔａｌ  Ｗ方法」は、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ（Ｈｉｇｇｉｎｓ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｐ，（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ  ５：１５１−１５３、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）Ｃｏｍｐｕｔ  Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｓｃｉ  ８：１８９−１９１により説明されている）と標識されているおよびＬＡＳＥＲＧＥＮＥバイオインフォマティクスコンピューティングサイト（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）のＭｅｇＡｌｉｇｎ（商標）ｖ６．１プログラム中で見出されるアラインメント方法に対応する。多重アラインメント用のデフォルトパラメータ（ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０、ＧＡＰ  ＬＥＮＧＴＨ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝０．２、Ｄｅｌａｙ  Ｄｉｖｅｒｇｅｎ  Ｓｅｑｓ（％）＝３０、ＤＮＡ  Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  Ｗｅｉｇｈｔ＝０．５、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｗｅｉｇｈｔ  Ｍａｔｒｉｘ＝Ｇｏｎｎｅｔ  Ｓｅｒｉｅｓ、ＤＮＡ  Ｗｅｉｇｈｔ  Ｍａｔｒｉｘ＝ＩＵＢ）。Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗプログラムを使用した配列のアラインメントの後、同じプログラム中の「配列距離」表を調べることにより、「同一性パーセント」を得ることができる。
【００７６】
別途述べない限り、本明細書で提供される配列の同一性／類似性の値は、下記のパラメータを使用するＧＡＰ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  １０（ＧＣＧ、Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用して得られた値を意味する：ギャップ生成ペナルティの重み（ｐｅｎａｌｔｙ  ｗｅｉｇｈｔ）５０、ギャップ長伸長ペナルティの重み３およびｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリックスを使用するヌクレオチド配列に関する同一性％および類似性％；ＧＡＰ生成ペナルティの重み８およびギャップ長伸長ペナルティの重み２およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ａｎｄ  Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１０９１５）を使用するアミノ酸配列に関する同一性％および類似性％。ＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，（１９７０）Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３−５３のアルゴリズムを使用して、一致の数を最大化するおよびギャップの数を最小限に抑える２種の配列全体のアラインメントを見出す。ＧＡＰは、全ての可能なアラインメントおよびギャップ位置を考慮し、一致した塩基の単位でギャップ生成ペナルティおよびギャップ伸長ペナルティを使用して、一致した塩基の最大数および最小のギャップを有するアラインメントを作成する。
【００７７】
多くのレベルの配列同一性が、その他の種からのまたは天然にもしくは合成により改変されているポリペプチド（そのようなポリペプチドは同一のまたは類似した機能または活性を有する）の同定で有用であることが当業者に理解されるだろう。同一性パーセントの有用な例として、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％もしくは９５％または５０％〜１００％の任意の整数パーセンテージが挙げられるがこれらに限定されない。実際に、５０％〜１００％の任意の整数のアミノ酸同一性は本開示の説明に有用であり得、例えば５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％であり得る。
【００７８】
「遺伝子」は、機能的分子（限定されないが、例えば特定のポリペプチド（例えば酵素）または機能的ＲＮＡ分子（例えば、ガイドＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム等））をコードし、または発現させることができ、このコーディング配列に先行する制御配列（５’−非コーディング配列）および／または後続する制御配列（３’−非コーディング配列）を含む核酸断片を含む。「天然遺伝子」は、それ自体の制御配列と共に天然で見出される遺伝子を意味する。組換え遺伝子は、異なる生物または同一の生物に由来するであろう別の遺伝子の制御配列により制御される遺伝子を意味する。
【００７９】
「変異遺伝子」とは、人の介入により変更されている遺伝子のことである。そのような「変異遺伝子」は、少なくとも１個のヌクレオチドの付加、欠失または置換により、対応する非変異遺伝子の配列とは異なる配列を有する。本開示のある特定の実施形態では、この変異遺伝子は、本明細書で開示するガイドポリヌクレオチド／Ｃａｓエンドヌクレアーゼシステムの結果として生じる変更を含む。変異真菌細胞とは、変異遺伝子を含む真菌細胞のことである。
【００８０】
本明細書で使用する場合、「標的型変異」は、本明細書で開示するまたは当分野で既知である標的配列のＤＮＡ中で二本鎖切断を導入することができる二本鎖切断誘導剤を含む方法を使用して、天然遺伝子内の標的とされる配列を変更することにより行われた天然遺伝子中の変異のことである。
【００８１】
用語「ドナーＤＮＡ」または「ドナー核酸配列」または「ドナーポリヌクレオチド」は、標的細胞ゲノムに挿入される目的のポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを意味する。そのため、ドナーＤＮＡ中の目的のポリヌクレオチド配列は、標的部位でもしくは標的部位付近で挿入される新規の領域および／または標的部位でもしくは標的部位付近で置き換えられる／編集されるヌクレオチドと比較した場合に改変されているポリヌクレオチド配列を含むことができる。ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡ構築物は、目的のポリヌクレオチド配列に隣接する相同の第１のおよび第２の領域を更に含む。ドナーＤＮＡの相同の第１のおよび第２の領域は、それぞれが真菌細胞ゲノム存在する第１のおよび第２のゲノム領域に対する相同性を共有する。「相同性」は、類似するＤＮＡ配列を意味する。例えば、ドナーＤＮＡ上で見出される「ゲノム領域に対する相同領域」とは、真菌細胞ゲノムの所与の「ゲノム領域」と類似する配列を有するＤＮＡの領域のことである。相同領域は、切断される標的部位での相同組換えを促進するのに十分である任意の長さであることができる。例えば、相同領域は、この相同領域が、対応するゲノム領域との相同組換えを受けるのに十分な相同性を有するように、少なくとも５〜１０、５〜１５、５〜２０、５〜２５、５〜３０、５〜３５、５〜４０、５〜４５、５〜５０、５〜５５、５〜６０、５〜６５、５〜７０、５〜７５、５〜８０、５〜８５、５〜９０、５〜９５、５〜１００、５〜２００、５〜３００、５〜４００、５〜５００、５〜６００、５〜７００、５〜８００、５〜９００、５〜１０００、５〜１１００、５〜１２００、５〜１３００、５〜１４００、５〜１５００、５〜１６００、５〜１７００、５〜１８００、５〜１９００、５〜２０００、５〜２１００、５〜２２００、５〜２３００、５〜２４００、５〜２５００、５〜２６００、５〜２７００、５〜２８００、５〜２９００、５〜３０００、５〜３１００個またはより多い塩基の長さを含むことができる。「十分な相同性」は、２種のポリヌクレオチド配列が相同組換え反応用の基質として作用するのに十分な構造的類似性を有することを示す。この構造的類似性は、各ポリヌクレオチド断片の全長とポリヌクレオチドの配列類似性とを含む。配列類似性を、配列の全長にわたる配列同一性パーセントで、ならびに／または１００％配列同一性を有する連続ヌクレオチド等の局在化した類似性を含む保存領域および配列の長さの一部にわたる配列同一性パーセントで説明することができる。
【００８２】
標的およびドナーポリヌクレオチドにより共有される相同性または配列同一性の量は多様であり得、約１〜２０ｂｐ、２０〜５０ｂｐ、５０〜１００ｂｐ、７５〜１５０ｂｐ、１００〜２５０ｂｐ、１５０〜３００ｂｐ、２００〜４００ｂｐ、２５０〜５００ｂｐ、３００〜６００ｂｐ、３５０〜７５０ｂｐ、４００〜８００ｂｐ、４５０〜９００ｂｐ、５００〜１０００ｂｐ、６００〜１２５０ｂｐ、７００〜１５００ｂｐ、８００〜１７５０ｂｐ、９００〜２０００ｂｐ、１〜２．５ｋｂ、１．５〜３ｋｂ、２〜４ｋｂ、２．５〜５ｋｂ、３〜６ｋｂ、３．５〜７ｋｂ、４〜８ｋｂ、５〜１０ｋｂの範囲で単位整数値を有する全長および／または全領域を含む、または最大で標的部位の全長を含む。これらの範囲にはこの範囲内の全ての整数が含まれ、例えば１〜２０ｂｐの範囲には、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９および２０ｂｐが含まれる。相同性の量を、少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性パーセントを含む２種のポリヌクレオチドの完全にアラインされた長さ全体にわたる配列同一性パーセントで説明することもできる。十分な相同性は、ポリヌクレオチドの長さと、全体的な配列同一性パーセントと、任意選択で連続ヌクレオチドの保存領域または局所的な配列同一性パーセントとの任意の組み合わせを含み、例えば、十分な相同性を、標的遺伝子座の領域に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する７５〜１５０ｂｐの領域として説明することができる。十分な相同性を、高ストリンジェンシー条件下で２種のポリヌクレオチドの特異的にハイブリダイズする予想された能力により説明することもでき、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｄｓ（１９９４）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，（Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．ａｎｄ  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ）およびＴｉｊｓｓｅｎ（１９９３）Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）を参照されたい。
【００８３】
本明細書で使用する場合、真菌細胞（例えば、標的細胞）のゲノム中の染色体のセグメントのことである。このゲノム領域は、少なくとも５〜１０、５〜１５、５〜２０、５〜２５、５〜３０、５〜３５、５〜４０、５〜４５、５〜５０、５〜５５、５〜６０、５〜６５、５〜７０、５〜７５、５〜８０、５〜８５、５〜９０、５〜９５、５〜１００、５〜２００、５〜３００、５〜４００、５〜５００、５〜６００、５〜７００、５〜８００、５〜９００、５〜１０００、５〜１１００、５〜１２００、５〜１３００、５〜１４００、５〜１５００、５〜１６００、５〜１７００、５〜１８００、５〜１９００、５〜２０００、５〜２１００、５〜２２００、５〜２３００、５〜２４００、５〜２５００、５〜２６００、５〜２７００、５〜２８００．５〜２９００、５〜３０００、５〜３１００個またはより多くの塩基を含むことができ、その結果、このゲノム領域は、対応する相同領域との相同組換えを受けるのに十分な相同性を有する。ゲノム領域は、ゲノム中のＣａｓ／ガイドＲＮＡ標的部位を囲む領域を含むことができる。
【００８４】
本明細書で使用する場合、「相同組換え」は、相同部位での２種のＤＮＡ分子間でのＤＮＡ断片の交換を含み、当分野で十分に説明されている。
【００８５】
表現型マーカーとは、陽性選択可能マーカーであるか陰性選択可能マーカーであるかにかかわらず、視覚マーカーおよび選択可能マーカーが挙げられるスクリーニング可能なまたは選択可能なマーカーのことである。あらゆる表現型マーカーを使用することができる。具体的には、選択可能なまたはスクリーニング可能なマーカーは、多くの場合は特定の条件下で、ある分子もしくはこの分子を含む細胞を同定すること、この分子もしくは細胞を有利にもしくは不利に選択すること、またはスクリーニングすることを可能にするＤＮＡセグメントを含む。これらのマーカーは活性（限定されないが、ＲＮＡ、ペプチドもしくはタンパク質の産生等）をコードすることができる、またはＲＮＡ、ペプチド、タンパク質、無機化合物および有機化合物もしくは組成物および同類のものの結合部位を提供することができる。
【００８６】
選択可能マーカーの例として、制限酵素部位を含むＤＮＡセグメント；クロリムロンエチル、ベノミル、バスタおよびハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ（ＨＰＴ）等の別の毒性化合物および抗生物質に対する耐性を付与する生成物をコードするＤＮＡセグメント；普通はレシピエント細胞で欠失している生成物（例えば、ｔＲＮＡ遺伝子、栄養要求性マーカー、優性異種マーカー−ａｍｄＳ）をコードするＤＮＡセグメント；容易に同定され得る生成物（例えば、β−ガラクトシダーゼ、ＧＵＳ等の表現型マーカー；緑色蛍光タンパク質（ＧＲＰ）、青緑色（ＣＦＰ）、黄色（ＹＦＰ）、赤色（ＲＦＰ）および細胞表面タンパク質等の蛍光タンパク質）をコードするＤＮＡセグメント；ＰＣＲ用の新たなプライマー部位の生成（例えば、以前は並置されていない２種のＤＮＡ配列の並置）、制限エンドヌクレアーゼおよびその他のＤＮＡ改変酵素、化学物質等が作用するまたは作用しないＤＮＡ配列の包含；ならびに同定を可能にする特定の改変（例えばメチル化）に必要なＤＮＡ配列の包含が挙げられるがこれらに限定されない。
【００８７】
真菌細胞ゲノムを改変するための方法および組成物
上記でまとめたように、本開示は、真菌宿主細胞（例えば糸状真菌宿主細胞）中での遺伝子変更を促進するためにヘルパー株システムを用いるための組成物および方法を提供する。
【００８８】
本開示の態様を説明する前に、多数の細胞プロセス（例えば、老化を制御する分子プロセス）が異なる真菌細胞種の間（例えばＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）とＮ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ）との間）で異なる方法で実行されるまたは制御されることに留意することが重要である。Ｎ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ）では、ユビキチンリガーゼ複合体の一部であるＦ−ボックスタンパク質であるｍｕｓ−１０（Ｋａｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，２０１０，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １８５，１２５７−１２６９）またはマイトフジン（ｍｉｔｏｆｕｚｉｎ）であるｆｚｏ−１（Ｋｕｒａｓｈｉｍａ，ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｅｕｋａｒｙｏｔ．Ｃｅｌｌ  １２（２），２３３−２４３）への変異の導入により、細胞死で終わる老化が起きる。同じ変異がＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）のｍｕｓ−１０相同体およびｆｚｏ−１相同体に導入される場合には細胞死は観察されない。従って、１つの種（例えばＮ．クラッサ（Ｎ．ｃｒａｓｓａ））で実証されているプロセスをその他全て（例えばＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ））に自動的に外挿することはできない。
【００８９】
Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）は、ＤＮＡ断片がＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）のゲノムに組み込まれる２種の主要な様式（即ち相同組込みおよび異所的組込み）を有する。異所的組込みには非相同末端結合（ＮＨＥＪ）機構が重要であり、この機構の成分が欠失している場合には相同組込みの割合が著しく増加する（Ｇｕａｎｇｔａｏ，ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１３９，１４６−１５１）。
【００９０】
従って、標的株中でのＤＮＡ断片の相同組換えを増加させる代替方法は、１種または複数種のＮＨＥＪ成分が沈黙しているヘルパー株を使用することである（図１）。最初に、ＮＨＥＪ遺伝子サイレンシング構築物（ａｍｄＳ選択マーカー、アセトアミダーゼを含む）と、第１の栄養マーカー（Δｈｉｓ、株はヒスチジノールデヒドロゲナーゼを欠いている）とを含むヘルパー株（ＨＳ）を製造する。この株を、第２の異なる栄養マーカー（Δｐｙｒ２）を含む標的株（ＴＳ）に融合させる。便宜上および標的株とヘルパー株との区別を容易にするために劣性の特徴（例えばコロニーの形態または胞子の色の変化）を標的株に付加することができるが、この付加は任意選択である。最少培地上では、強制型異核共存体（ｆｏｒｃｅｄ  ｈｅｔｅｒｏｋａｒｙｏｎ）の共有されている細胞質により両方の株中のＮＨＥＪサイレンシングが可能になる。次いで、この異核共存体を、標的株ゲノムＤＮＡ（ＧＲ）に対して相同な配列と標的株の栄養マーカー欠損を補完する選択マーカー（ｐｙｒ２、この構築物をＧＲ：：ｐｙｒ２として示す）とを含むＤＮＡ断片で形質転換する。形質転換体を選択培地上でプレーティングし、主に単核分生子を回収する。分生子を、あらゆる栄養補完剤を含まない選択最少培地上でプレーティングする。遺伝子置換が相同的に組み込まれている標的株核を有する胞子に由来するコロニー（ＧＲ：：ｐｙｒ２）は選択最少培地上で増殖することができる。なぜならば、この選択最少培地は第２の栄養マーカー欠損（Δｐｙｒ）が補完されているからである。このコロニーはまた、劣性表現型（例えばコロニーの形態または胞子の色の変化）を有することもできる。ヘルパー株核のみを有する胞子は増殖することができない。なぜならば、この最少培地は第１の栄養マーカー補完剤（この場合はＬ−ヒスチジン）を含まないからである。異核共存体胞子に由来するコロニーは最少培地上で増殖することができるが、このコロニーの表現型が優性であり（例えば野生型コロニーの形態または野生型胞子の色）、このコロニーを除去することができる。
【００９１】
ＮＨＥＪ機構が沈黙しているヘルパー株の使用により、標的株のゲノムが改変されることなく相同組み換えの増加を達成することができ、株の開発に必要な面倒で時間がかかる工程の数が低減される。
【００９２】
本開示の態様は、真菌細胞（例えば糸状真菌細胞）中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組み換え用の組成物および方法に関する。
【００９３】
従って、本開示の態様は、真菌細胞中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組み換えの方法であって、（ａ）ヘルパー真菌株と標的真菌株との間で異核共存体を生じさせることであって、ヘルパー真菌株が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物を含む、生じさせること、（ｂ）異核共存体にドナーＤＮＡを導入することであって、ドナーＤＮＡが、標的株中におけるゲノム遺伝子座での相同組換えに十分なゲノム遺伝子座に対する相同領域を含む、導入すること、（ｃ）（ｂ）の異核共存体細胞から胞子を生じさせてプレーティングすること、ならびに（ｄ）プレーティングした胞子から、（ｉ）ドナーＤＮＡがゲノム遺伝子座での相同組換えによりゲノムに組み込まれているおよび（ｉｉ）非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物が存在しない細胞を同定することを含む方法を含む。
【００９４】
ある特定の実施形態では、発現構築物はｋｕ８０、ｋｕ７０、ｒａｄ５０、ｍｒｅ１１、ｘｒｓ２、ｌｉｇ４およびｘｒｓの内の１種または複数種を沈黙させる。ある特定の実施形態では、発現構築物はｋｕ８０、ｋｕ７０または両方を沈黙させる。
【００９５】
ある特定の実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼはＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体である。ある特定の実施形態では、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体は、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種、Ｃ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種、Ｎ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種、Ｆ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ）およびパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種、Ｐ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）からなる群から選択される種由来の完全長Ｃａｓ９またはこの機能的断片を含む。
【００９６】
ある特定の実施形態では、異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することは、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を真菌細胞に導入することを含む。
【００９７】
ある特定の実施形態では、異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することは、ガイドＲＮＡ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を真菌細胞に導入することを含む。
【００９８】
ある特定の実施形態では、導入する工程は、真菌細胞にＣａｓエンドヌクレアーゼを直接導入することを含む。
【００９９】
あ特定の実施形態では、導入する工程は、真菌細胞にガイドＲＮＡを直接導入することを含む。
【０１００】
ある特定の実施形態では、真菌細胞は糸状真菌細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞はユウミコチニア（Ｅｕｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞またはペジゾミコチニア（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞は、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、フミコーラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、マイセリオフトラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ヒポクレア（Ｈｙｐｏｃｒｅａ）およびエメリセラ（Ｅｍｅｒｉｃｅｌｌａ）からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、真菌細胞はトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種の細胞である。ある特定の実施形態では、真菌細胞はトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種であり、例えばトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）である。
【０１０１】
一部の実施形態では、ドナーＤＮＡは真菌細胞のゲノム遺伝子座でゲノムに部分的に組み込まれている。一部の実施形態では、ドナーＤＮＡは真菌細胞のゲノム遺伝子座でゲノムに完全に組み込まれている。「部分的に組み込まれている」には、ドナーＤＮＡの一部（例えば、真菌細胞のゲノムに組み込まれているドナーＤＮＡの２０〜５０ｂｐ、５０〜１００ｂｐ、７５〜１５０ｂｐ、１００〜２５０ｂｐ、１５０〜３００ｂｐ、２００〜４００ｂｐ、２５０〜５００ｂｐ、３００〜６００ｂｐ、３５０〜７５０ｂｐ、４００〜８００ｂｐ、４５０〜９００ｂｐ、５００〜１０００ｂｐ、６００〜１２５０ｂｐ、７００〜１５００ｂｐ、８００〜１７５０ｂｐ、９００〜２０００ｂｐ、１〜２．５ｋｂ、１．５〜３ｋｂ、２〜４ｋｂ、２．５〜５ｋｂ、３〜６ｋｂ、３．５〜７ｋｂ、４〜８ｋｂ、５〜１０ｋｂまたはより多く）が真菌細胞のゲノムと組み換えられているシナリオが含まれ得る。
【０１０２】
ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡの組込みによりゲノム遺伝子座が改変される。特定の実施形態では、この改変は、１個または複数個のヌクレオチドの欠失、１個または複数個のヌクレオチドの挿入、目的のタンパク質をコードする発現カセットの挿入、１個または複数個のヌクレオチドの置換およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。一部の実施形態では、この改変はドナーＤＮＡ中に元々存在する。ある特定の実施形態では、発現カセットによりコードされる目的のタンパク質は酵素である。特定の実施形態では、目的のタンパク質は、ヘミセルラーゼ、ペルオキシダーゼ、プロテアーゼ、セルラーゼ、キシラナーゼ、リパーゼ、ホスホリパーゼ、エステラーゼ、クチナーゼ、ペクチナーゼ、ケラチナーゼ、レダクターゼ、オキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、リポキシゲナーゼ、リグニナーゼ、プルラナーゼ、タンナーゼ、ペントサナーゼ、マンナナーゼ、ベータ−グルカナーゼ、アラビノシダーゼ、ヒアルロニダーゼ、コンドロイチナーゼ、ラッカーゼ、アミラーゼ、グルコアミラーゼ、これらの変異体、これらの機能的断片またはこれらの内の２種以上のハイブリッドもしくは混合物である。更にその他の特定の実施形態では、目的のタンパク質は、ペプチドホルモン、増殖因子、凝固因子、ケモカイン、サイトカイン、リンホカイン、抗体、受容体、接着分子、微生物抗原、これらの変異体、これらの機能的断片またはこれらの内の２種以上のハイブリッドもしくは混合物である。
【０１０３】
ある特定の実施形態では、同定する工程は、ゲノム遺伝子座でのドナーＤＮＡの組込みまたはゲノム遺伝子座の改変を選択するためのまたはスクリーニングするための条件下で工程（ｃ）からの胞子から成長した細胞を培養することを含む。これらの態様それぞれの更に詳細を下記に記載する。
【０１０４】
Ｃａｓエンドヌクレアーゼ、ガイドポリヌクレオチドおよびドナーＤＮＡの導入を、遺伝子導入技術、形質導入技術、形質転換技術、電気穿孔技術、粒子衝突技術、細胞融合技術等が挙げられるあらゆる好都合な方法で行うことができる。これらの成分それぞれを、使用者が望むように同時にまたは順次に導入することができる。例えば、最初に、真菌細胞をＣａｓ発現ＤＮＡ構築物で安定的に遺伝子導入し、続いて、安定した遺伝子導入体に（直接的にまたはガイドポリヌクレオチド発現ＤＮＡ構築物を使用して）ガイドポリヌクレオチドを導入することができる。この仕組みは、使用者が、様々なガイドポリヌクレオチドを独立して導入することができる（ある場合では、複数種のガイドポリヌクレオチドを、このことが望まれるべき同一の細胞に導入することができる）安定したＣａｓ遺伝子導入真菌細胞の集団を生成することができることから有利でさえあり得る。一部の実施形態では、Ｃａｓ発現真菌細胞は使用者により得られ、そのため、使用者は、この細胞に、Ｃａｓエンドヌクレアーゼを発現することができる組換えＤＮＡ構築物を導入する必要がなく、むしろこのＣａｘ発現細胞にガイドポリヌクレオチド導入することのみが必要である。
【０１０５】
ある特定の実施形態では、ガイドポリヌクレオチドをコードする発現カセット（または遺伝子）を含む組換えＤＮＡ構築物を導入することにより、ガイドポリヌクレオチドを真菌細胞／異核共存体に導入する。一部の実施形態では、この発現カセットは真核生物のＲＮＡｐｏｌＩＩＩプロモーターに作動可能に連結されている。このプロモーターは、ＲＮＡｐｏｌＩＩ依存性プロモーターからＲＮＡポリメラーゼＩＩによる転写時に起こる５’キャップ構造の付加またはポリアデニル化をＲＮＡｐｏｌＩＩＩによる転写が生じないことから特に興味深い。ある特定の実施形態では、ＲＮＡｐｏｌＩＩＩプロモーターは、糸状真菌細胞のＵ６ポリメラーゼＩＩＩプロモーター（例えば、配列番号３およびこの機能的変異体（例えば配列番号４）、下記で更に詳細に説明する）である。ある特定の実施形態では、Ｕ６ポリメラーゼＩＩＩプロモーターにより制御される遺伝子は、Ｕ６遺伝子のイントロン（配列番号５）および／またはＵ６遺伝子の転写ターミネーター（配列番号６）を含む。
【０１０６】
本発明者らは、糸状真菌では、二本鎖切断での形質転換ＤＮＡの非相同挿入が、二本鎖切断での染色体ＤＮＡの２つの末端の間の単純な末端結合よりも高度に有利であることを発見した。従って、発現カセット含有ＤＮＡ構築物による形質転換によりＣａｓエンドヌクレアーゼまたはガイドＲＮＡが提供される場合では、このＤＮＡ構築物またはこの断片が高頻度にて二本鎖切断で挿入される。この挿入は、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ上のまたはガイドＲＮＡ発現構築物上のＤＮＡ配列と二本鎖切断の周りの配列との間に相同性がない場合に起こる。このプロセスはまた、ドナーＤＮＡとゲノム遺伝子座との間の相同組み換えが望ましい場合には、ドナーＤＮＡ全体の挿入が相同組み換えよりも有利であることから問題もある。本発明者らは、形質転換ＤＮＡが、真菌細胞中で自律的に維持されることが期待されているテロメア配列を含むベクターの形態であっても、この形質転換ＤＮＡの望ましくない挿入が起こることを発見した。
【０１０７】
本開示のある特定の実施形態は、ヘルパー株のゲノム中でＣａｓエンドヌクレアーゼ発現カセット（および任意選択で選択可能マーカー）を組み込んで、Ｃａｓエンドヌクレアーゼを発現するヘルパー株を製造することを含む。このヘルパー細胞を様々な手段で用いて、例えば標的株のゲノムとドナーＤＮＡとの相同組み換え等の標的株中での目的の遺伝子改変を得ることができる。
【０１０８】
例として、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ発現宿主細胞を使用して、「標的株」にＣａｓエンドヌクレアーゼをｉｎ  ｔｒａｎｓで供給することができる「ヘルパー株（ｈｅｌｐｅｒ  ｓｔｒａｉｎ）」を生成することができる。簡潔に言うと、例えば、各株からのプロトプラストの融合により、または糸状真菌の種に応じた菌糸の吻合により、このヘルパー株と標的株との間で異核共存体を生成することができる。異核共存体の維持は、適切な栄養またはその他のマーカー遺伝子または各親株中の変異、および親株は増殖することができないが異核共存体は相補性に起因して増殖することができるような適切な選択培地上での増殖に依存するだろう。異核共存体形成時またはその後のいずれかで、ガイドＲＮＡ（および任意選択でドナーＤＮＡ）を遺伝子導入により導入する。ガイドＲＮＡを直接導入してもよいし、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ発現カセットおよび選択可能マーカー遺伝子を有するＤＮＡ構築物を介して導入してもよい。Ｃａｓエンドヌクレアーゼはヘルパー株の核中で遺伝子から発現され、異核共存体の細胞質中に存在する。Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、ガイドＲＮＡと会合してゲノム中の所望の標的部位を標的とする活性複合体を生成する。その後、この異核共存体から胞子を回収し、標的部位でまたは標的部位付近で改変（例えばゲノム遺伝子座でのドナーＤＮＡとの相同組換え）を有する標的株を回収するために選択またはスクリーニングにかける。発現カセットを使用してガイドＲＮＡを導入する場合、ガイドＲＮＡ発現構築物が安定的に維持されていない異核共存体を選択する。
【０１０９】
上記で述べたように、本開示の方法は、ＤＮＡ構築物を、染色体ＤＮＡ領域（例えばＣａｓ／ガイドＲＮＡ複合体の標的部位の各側上）とのＤＮＡ配列相同性を有する細胞（またはドナーＤＮＡ）に導入することを含む。目的は、標的細胞ゲノムへの相同組込み／組換えによりＤＮＡ断片（例えば線状ＤＮＡ断片）を組み込むことである。
【０１１０】
真菌細胞でのＤＮＡ修復に関して、本発明者らは、機能しているＮＨＥＪ経路の存在下では、エラーを起こしやすい修復が二本鎖切断部位での相同組換えよりも高度に有利であることを発見した。換言すると、糸状真菌細胞での二本鎖切断（例えば、Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体により標的部位で導入された二本鎖切断）のＤＮＡ修復に関して、本発明者らは、機能しているＮＨＥＪ経路の存在下では、切断でのＤＮＡの非相同挿入が（１）ＤＮＡ挿入を伴わない非相同末端結合および（２）ドナーＤＮＡによる二本鎖切断部位での相同組換えよりも高度に有利であることを発見した。従って、本発明のある特定の態様では、集団中の真菌細胞中における標的部位での非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路の機能は抑制されている、活性化されていない、機能していない、または低下している。このことをあらゆる好都合な方法で達成することができ、この方法の一部を下記で説明する。
【０１１１】
ある場合では、ドナーＤＮＡは、真菌細胞のゲノム中の対応する第１のおよび第２の領域に対して相同である第１の領域および第２の領域を含む。例えば、これらの相同領域は、ゲノムＤＮＡがＣａｓエンドヌクレアーゼにより切断される標的部位を含むことができる、またはこの標的部位を囲むことができる。これらの相同領域は、対応するゲノムの相同領域との相同組換えを促進し、この相同組換えにより、ドナーＤＮＡとゲノムとの間でＤＮＡが交換される。そのため、この提供される方法により、異核共存体の標的細胞ゲノム中での相同領域でドナーＤＮＡの目的のポリヌクレオチドが組み込まれ、適切な胞子形成／選択基準を異核共存体に適用すると、標的細胞中でゲノムの改変が生じる。
【０１１２】
所与のゲノム領域とドナーＤＮＡ上に見出される対応する相同領域との間の構造的類似性は、相同組換えが起こることを可能にする任意の程度の配列同一性であることができる。例えば、ドナーＤＮＡの「相同領域」および真菌細胞ゲノムの「ゲノム領域」により共有される相同性または配列同一性の量は、配列が相同組換えを受けるように、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または更に１００％の配列同一性であることができる。
【０１１３】
（本明細書の他の箇所で論じているように）ドナーＤＮＡをあらゆる好都合な手段で導入することができる。
【０１１４】
Ｃａｓ／ガイドＲＮＡシステムが用いられるある特定の実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼはＣａｓ９エンドヌクレアーゼである（例えば「ＲＮＡ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｃｌｅａｖａｇｅ  ｂｙ  ｔｈｅ  Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ  Ｃｏｍｐｌｅｘ」という表題の国際公開第２０１３１４１６８０号パンフレットを参照されたい）。Ｃａｓエンドヌクレアーゼの例として、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種（例えばＳ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）およびＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ））、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種（例えばＣ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ））、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種（例えばＮ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ））、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種（例えばＦ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ））ならびにパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種（例えばＰ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ））に由来するものが挙げられる（例えば、配列番号８および１１〜１６、これらの機能的断片、および機能活性を保持する、これらの配列のいずれか一つに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列）（例えば、Ｆｏｎｆａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２０１３，ｐａｇｅｓ１−１４（参照により本明細書に援用される）で説明されているＣａｓ９エンドヌクレアーゼを参照されたい）。一部の実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、例えば真菌細胞中での発現に最適化されている最適化Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ遺伝子（例えば、下記で説明するように配列番号７を含むＣａｓ９コーディング遺伝子（例えば配列番号１））によりコードされる。
【０１１５】
ある特定の場合では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ遺伝子は、核局在化シグナルをコードする１種または複数種のポリヌクレオチドに作動可能に連結されており、その結果、細胞中で発現されるＣａｓエンドヌクレアーゼ／ガイドポリヌクレオチド複合体は核へと効率的に運ばれる。あらゆる好都合な核局在化シグナル、例えばＣａｓコドン領域の上流およびこのＣａｓコドン領域を含むフレーム中に存在するＳＶ４０核局在化シグナルをコードするポリヌクレオチド、ならびにＣａｓコドン領域の下流およびこのＣａｓコドン領域を含むフレーム中に存在するＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ｂｌｒ２（青色光制御因子（ｂｌｕｅ  ｌｉｇｈｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ）２）遺伝子に由来する核局在化シグナルをコードするポリヌクレオチドを使用することができる。その他の核局在化シグナルを用いることができる。例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼを、１種または複数種の核ターゲティングシグナル（核局在化シグナル／配列とも称される、ＮＬＳ）に作動可能に連結することができる。配列番号１および配列番号２はそれぞれ、Ｎ末端およびＣ末端でＮＬＳ配列を有する糸状真菌細胞最適化Ｃａｓ９遺伝子の一例とコードされるアミノ酸配列とを提供する。真核生物では多くの異なるＮＬＳが知られている。このＮＬＳとして、１分節（ｍｏｎｏｐａｒｔｉｔｅ）型、２分節（ｂｉｐａｒｔｉｔｅ）型および３分節（ｔｒｉｐａｒｔｉｔｅ）型が挙げられる。あらゆる好都合なＮＬＳを使用することができるが、例としてＳＶ４０  ＮＬＳ、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ｂｌｒ２（青色光制御因子２）遺伝子に由来するＮＬＳまたは両方の組み合わせが挙げられる１分節型がやや好都合である。
【０１１６】
本開示のある特定の実施形態では、ガイドポリヌクレオチドは、ＩＩ型Ｃａｓエンドヌクレアーゼと複合体を形成することができるＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓシステムのｃｒＲＮＡ領域（またはｃｒＲＮＡ断片）およびｔｒａｃｒＲＮＡ（またはｔｒａｃｒＲＮＡ断片）を含むガイドＲＮＡである。上記で示したように、ガイドＲＮＡ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ複合体はＣａｓエンドヌクレアーゼを真菌細胞のゲノム標的部位へと誘導することができ、Ｃａｓエンドヌクレアーゼがゲノム標的部位に二本鎖切断を導入することを可能にする。ある場合では、ＲＮＡ／Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ複合体を誘導するＲＮＡは、ｃｒＲＮＡと独立したｔｒａｃｒＲＮＡとを含む二本鎖である。その他の場合では、ガイドＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ領域およびｔｒａｃｒＲＮＡ領域の両方を含む単一ＲＮＡ分子（本明細書において融合ガイドＲＮＡと称される場合がある）である。二本鎖ｃｒＲＮＡ−ｔｒａｃｒＲＮＡに対して融合ガイドＲＮＡを使用する利点の１つは、融合ガイドＲＮＡを発現させるために作製する必要がある発現カセットが１種のみであるということである。
【０１１７】
標的部位が必要なプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を含む限り、本開示の方法を使用して真菌細胞ゲノム中の実質的にいかなる標的部位もＣａｓエンドヌクレアーゼにより標的とすることができる。Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９の場合、ＰＡＭは配列ＮＧＧ（５’から３’へ、ＮはＡ、Ｇ、ＣまたはＴである）を有し、そのため、ゲノム中の標的部位の選択に対する相当な制限を加えない。その他の既知のＣａｓ９エンドヌクレアーゼは異なるＰＡＭ部位を有する（例えば、Ｆｏｎｆａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２０１３，ｐａｇｅｓ１−１４（参照により本明細書に援用される）で説明されているＣａｓ９エンドヌクレアーゼＰＡＭ部位を参照されたい）。
【０１１８】
標的部位の長さは変動することができ、例えば、少なくとも１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはより多くのヌクレオチドの長さである標的部位が挙げられる。標的部位は回文構造であることができ、換言すれば、一方の鎖上の配列が相補鎖上で反対方向に同じものを読み取ることが更に可能である。切断部位は標的配列内に存在することができる、または切断部位は標的配列の外側に存在する可能性がある。別のバージョンでは、切断が互いに直接向かい合ったヌクレオチド位置で起きて平滑末端切断が起きる可能性があり、その他の場合では、切り込みが千鳥足状となり、５’オーバーハングまたは３’オーバーハングのいずれかであることができる一本鎖オーバーハング（「粘着末端」とも呼ばれる）を生じさせる可能性がある。
【０１１９】
ある場合では、真菌細胞のゲノム中の活性変異体標的配列も使用することができ、このことは、標的部位が（ガイドポリヌクレオチドのｃｒＲＮＡ配列内の）ガイドポリヌクレオチド中の関連配列と１００％同一ではないことを意味する。そのような活性変異体は、所与の標的部位に対して少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはより高い配列同一性を含むことができ、活性変異体標的配列は生物学的活性を保持しており、従ってＣａｓエンドヌクレアーゼにより認識されて切断され得る。エンドヌクレアーゼによる標的部位の二本鎖切断を確認するためのアッセイは当分野で既知であり、一般には、認識部位を含むＤＮＡ基質への薬剤の全体的な活性および特異性を測定する。
【０１２０】
目的の標的部位として、目的の遺伝子の領域内に位置する標的部位が挙げられる。目的の遺伝子内の領域の非限定的な例として、オープンリーディングフレーム、プロモーター、転写制御エレメント、翻訳制御エレメント、転写ターミネーター配列、ｍＲＮＡスプライス部位、タンパク質コーディング配列、イントロン部位およびイントロン強化モチーフ（ｉｎｔｒｏｎ  ｅｎｈａｎｃｉｎｇ  ｍｏｔｉｆ）が挙げられる。ある特定の場合では、ドナーＤＮＡが、真菌細胞のゲノム遺伝子座に対する相同領域を含む場合、この真菌細胞に導入されるＣａｓエンドヌクレアーゼおよびガイドＲＮＡは、Ｃａｓエンドヌクレアーゼが真菌細胞のゲノム遺伝子座中のまたはこのゲノム遺伝子座付近の標的部位で作用することを可能にする複合体を形成することができる。一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡ上のＣａｓエンドヌクレアーゼ切断部位（または標的部位）は、相同組換えが起こり得るドナーＤＮＡとゲノム遺伝子座との間の相同領域中に存在する。その他の実施形態では、この切断部位はドナーＤＮＡとゲノム遺伝子座との間の相同領域付近であり、この相同領域付近は、相同領域から１ｂｐ〜約１０ｋｂの範囲で離れることができ、例えば相同領域の部位から１ｂｐ、２ｂｐ、５ｂｐ、１０ｂｐ、２０ｂｐ、５０ｂｐ、１００ｂｐ、２５０ｂｐ、５００ｂｐ、１ｋｂ、２ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋｂ、６ｋｂ、７ｋｂ、８ｋｂ、９ｋｂまたは１０ｋｂ離れることができる。
【０１２１】
ある特定の実施形態では、真菌細胞のゲノム改変により検出可能な表現型効果が生じ、多くの場合には使用者の所望の結果である。非限定的な例として、選択可能な細胞増殖表現型（例えば抗生物質に対する耐性または感度、栄養要求性特性の獲得または喪失、増殖率の増加または低下等）、検出可能マーカー（例えば蛍光マーカー、細胞表面分子、発色酵素等）の発現、および培養上清中で活性が検出され得る酵素の分泌が挙げられる。
【０１２２】
真菌細胞のゲノムの改変により表現型効果が生じる場合、表現型マーカーである（または表現型マーカーをコードする）目的のポリヌクレオチドを含むドナーＤＮＡを用いることが多い。あらゆる好都合な表現型マーカーを使用することができ、この表現型マーカーとして、任意の選択可能なまたはスクリーニング可能なマーカーであって、多くの場合は特定の培養条件下で、このマーカーを含む真菌細胞を同定すること、この真菌細胞を有利にもしくは不利に選択すること、またはスクリーニングすることを可能にするマーカーが挙げられる。そのため、本発明の一部の態様では、所望のゲノム改変を有する真菌細胞の同定は、標的部位で改変を有する細胞を選択するためのまたはスクリーニングするための条件下で、Ｃａｓエンドヌクレアーゼおよびガイドポリヌクレオチド（ならびに任意選択でドナーＤＮＡ）が与えられている真菌細胞集団を培養することを含む。真菌細胞中の酵素活性（選択可能マーカーとも称される）の獲得または喪失（例えば抗生物質耐性の取得または栄養要求性マーカーの獲得／喪失）に関して評価すること等のあらゆるタイプの選択システムを用いることができる。
【０１２３】
ある場合では、真菌細胞中でのゲノム改変をあらゆる好都合な方法を使用して直接検出し、この方法として、シークエンシング、ＰＣＲ、サザンブロット、制限酵素分析および同類のもが挙げられ、そのような方法の組み合わせも挙げられる。
【０１２４】
一部の実施形態では、特定の遺伝子を本開示の方法を使用して改変の標的とし、この遺伝子として、酵素（例えば、アセチルエステラーゼ、アミノペプチダーゼ、アミラーゼ、アラビナーゼ、アラビノフラノシダーゼ、カルボキシペプチダーゼ、カタラーゼ、セルラーゼ、キチナーゼ、クチナーゼ、デオキシリボヌクレアーゼ、エピメラーゼ、エステラーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、α−グルカナーゼ、グルカンリアーゼ、エンド−β−グルカナーゼ、グルコアミラーゼ、グルコースオキシダーゼ、α−グルコシダーゼ、β−グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、ヘミセルラーゼ、ヘキソースオキシダーゼ、ヒドロラーゼ、インベルターゼ、イソメラーゼ、ラッカーゼ、リパーゼ、リアーゼ、マンノシダーゼ、オキシダーゼ、オキシドレダクターゼ、ペクテートリアーゼ、ペクチンアセチルエステラーゼ、ペクチンデポリメラーゼ、ペクチンメチルエステラーゼ、ペクチン分解酵素、ペルオキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、フィターゼ、ポリガラクツロナーゼ、プロテアーゼ、ラムノ−ガラクツロナーゼ、リボヌクレアーゼ、トランスフェラーゼ、輸送タンパク質、トランスグルタミナーゼ、キシラナーゼ、ヘキソースオキシダーゼおよびこれらの組み合わせ）をコードする遺伝子が挙げられる。
【０１２５】
本開示の態様は、上記で説明した方法により製造されている組換え真菌細胞と、この方法の実施において親宿主細胞として使用するための組換え真菌細胞とに関する。
【０１２６】
本開示の方法および組成物の追加の実施形態を本明細書で示す。本明細書で開示する方法および組成物の非限定的な例または実施形態は下記の通りである。
１．真菌細胞中でのゲノム遺伝子座とドナーＤＮＡとの相同組換えの方法であって、
（ａ）ヘルパー真菌株と標的真菌株との間で異核共存体を生じさせることであって、前記ヘルパー真菌株が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる発現構築物を含む、生じさせること、
（ｂ）前記異核共存体にドナーＤＮＡを導入することであって、前記ドナーＤＮＡが、前記標的株中におけるゲノム遺伝子座での相同組換えに十分な前記ゲノム遺伝子座に対する相同領域を含む、導入すること、
（ｃ）前記（ｂ）の異核共存体細胞から胞子を生じさせてプレーティングすること、ならびに
（ｄ）前記プレーティングした胞子から、（ｉ）前記ドナーＤＮＡが前記ゲノム遺伝子座での相同組換えによりゲノムに組み込まれているおよび（ｉｉ）前記非相同末端結合（ＮＨＥＪ）メカニズムを沈黙させる前記発現構築物が存在しない細胞を同定すること
を含む方法。
２．前記発現構築物がｋｕ８０、ｋｕ７０、ｒａｄ５０、ｍｒｅ１１、ｘｒｓ２、ｌｉｇ４およびｘｒｓの内の１種または複数種を沈黙させる、実施形態１に記載の方法。
３．前記発現構築物がｋｕ８０、ｋｕ７０または両方を沈黙させる、実施形態２に記載の方法。
４．前記異核共存体に機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することであって、前記Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体が前記ゲノム遺伝子座内で標的部位を有する、導入することを更に含む実施形態１〜３のいずれか一つに記載の方法。
５．前記ＣａｓがＣａｓニッカーゼである、実施形態４に記載の方法。
６．前記ドナーＤＮＡが目的のポリヌクレオチド配列を含み、前記ゲノム遺伝子座での相同組換えにより前記ゲノム遺伝子座中で前記目的のポリヌクレオチド配列が挿入される、実施形態１〜５のいずれか一つに記載の方法。
７．前記ＣａｓエンドヌクレアーゼがＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体である、実施形態１〜６のいずれか一つに記載の方法。
８．前記Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはこの変異体が、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｓ．ミュータンス（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種、Ｃ．ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種、Ｎ．メニンジティデス（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、フランシセラ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種、Ｆ．ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ）およびパスツレラ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種、Ｐ．ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）からなる群から選択される種由来の完全長Ｃａｓ９またはこの機能的断片を含む、実施形態７に記載の方法。
９．前記異核共存体に前記機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することが、前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を前記真菌細胞に導入することを含む、実施形態４〜８のいずれか一つに記載の方法。
１０．前記異核共存体に前記機能的Ｃａｓ／ガイドＲＮＡ複合体を導入することが、前記ガイドＲＮＡ用の発現カセットを含むＤＮＡ構築物を前記真菌細胞に導入することを含む、実施形態４〜９のいずれか一つに記載の方法。
１１．前記導入する工程が、前記真菌細胞に前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼを直接導入することを含む、実施形態４〜８のいずれか一つまたは実施形態１０に記載の方法。
１２．前記導入する工程が、前記真菌細胞に前記ガイドＲＮＡを直接導入することを含む、実施形態４〜９のいずれか一つまたは実施形態１１に記載の方法。
１３．前記真菌細胞が糸状真菌細胞である、実施形態１〜１２のいずれか一つに記載の方法。
１４．前記真菌細胞がユウミコチニア（Ｅｕｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞またはペジゾミコチニア（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）真菌細胞である、実施形態１〜１３のいずれか一つに記載の方法。
１５．前記糸状真菌細胞が、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、フミコーラ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、クリソスポリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フサリウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、マイセリオフトラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ヒポクレア（Ｈｙｐｏｃｒｅａ）およびエメリセラ（Ｅｍｅｒｉｃｅｌｌａ）からなる群から選択される、実施形態１〜１４のいずれか一つに記載の方法。
１６．前記真菌細胞がトリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種の細胞である、実施形態１〜１５のいずれか一つに記載の方法。
１７．前記トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）種がトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）である、実施形態１６に記載の方法。
１８．前記ドナーＤＮＡが前記ゲノム遺伝座で前記ゲノムに部分的に組み込まれている、実施形態１〜１７のいずれか一つに記載の方法。
１９．前記ドナーＤＮＡの組込みにより前記ゲノム遺伝子座が改変される、実施形態１〜１８のいずれか一つに記載の方法。
２０．前記改変が、１個または複数個のヌクレオチドの欠失、１個または複数個のヌクレオチドの挿入、目的のタンパク質をコードする発現カセットの挿入、１個または複数個のヌクレオチドの置換およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態１９に記載の方法。
２１．前記同定する工程が、前記ゲノム遺伝子座での前記ドナーＤＮＡの組込みまたは前記ゲノム遺伝子座の改変を選択するためのまたはスクリーニングするための条件下で前記工程（ｃ）からの胞子から成長した細胞を培養することを含む、実施形態１〜２０のいずれか一つに記載の方法。
２２．実施形態１〜２１のいずれか一つに記載の方法により製造されている組換え真菌細胞。
【実施例】
【０１２７】
下記の実施例では、別途明記しない限り、部および割合は重量によるものであり、度は摂氏である。この実施例は本開示の実施形態を示すが例示のみを目的として提示されることを理解すべきである。上記の議論およびこの実施例から、当業者は本開示の様々な変更および改変を行って本開示を様々な用法および条件に適合させることができる。そのような改変も、添付した特許請求の範囲に含まれるものとする。
【０１２８】
このヘルパー株をベースとする概念は、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）または別の糸状真菌を宿主として使用するおよび高い割合の相同組込みが必要とされるあらゆるプロジェクトに利益をもたらすことができる。
【０１２９】
実施例１：コロニー増殖を補完するためのおよび対立遺伝子の優性を決定するためのヘルパー株の使用
コロニー増殖を補完するためにおよび対立遺伝子の優性を決定するためにヘルパー株を使用する実験を実施した。そのような実験の内の一つのワークフローおよび結果を図７に示す。実験の工程は下記を含む。
１）ヘルパー株（ＨＳ）と標的株（ＣＳ、または図７中のコロニー株）とを融合させて異核共存体にする、
２）この異核共存体から分生子を生じさせる、
３）分生子を回収して適切な濃度まで希釈する、
４）選択培地上で分生子をプレーティングし、コロニーを計数して表現型および栄養要求性に印を付ける、
５）得られた株を確認する。
【０１３０】
この特定の実験では、ヘルパー株（ＨＳ）は、野生型コロニー増殖速度および分生子形成を有するＲＬ−Ｐ３７  Δｃｂｈ１  Δｃｂｈ２  Δｅｇｌ１  Δｅｇｌ２  Δｈｉｓ３株であり、標的コロニー株（ＣＳ）は、目的の特徴（この実験では、目的の特徴は正常なコロニー増殖率および分生子形成であり、従って遺伝子欠失株はコロニー増殖率および分生子形成が低下している）を変化させる目的の遺伝子の欠失を有するＲＬ−Ｐ３７  Δｃｂｈ１  Δｃｂｈ２  Δｅｇｌ１  Δｅｇｌ２  Δｐｙｒ２株である。ＨＳ株およびＣＳ株のプロトプラストを、ソルビトールを補充した最少培地プレート上で共播種した。これらの株を融合させて異核共存体を形成して増殖を開始させた後、この異核共存体を、栄養補完剤を含まない最少培地プレートに移し、２８℃および１２時間の明暗サイクルにて分生子の産生を促進する条件下で増殖させた。異核共存体は、ヘルパー株と同等の野生型コロニー増殖および分生子形成を有しており、このことは、ＣＳ株のコロニー増殖および分生子形成の低下が補完されているおよび目的の遺伝子の変異が劣性であることを示す。異核共存体から成熟分生子を回収し、分生子の連続希釈物を、ヒスチジンまたはウリジンのいずれかを補充した選択最少培地上でプレーティングした。最少培地に移すとすぐに増殖したコロニーを異核共存体と同定して除去した。ヒスチジンを補充した最少培地上で増殖した全ての株は野生型コロニー増殖および分生子形成を有しており、これらの特徴はヘルパー株と関連している。ウリジンを補充した最少培地上で増殖した全ての株はコロニー増殖および分生子形成が低下しており、これらの特徴は目的の遺伝子の劣性変異と関連している。このことは、目的の遺伝子の劣性変異を含む、コロニー増殖および分生子が準最適に低下している株を異核共存体から救出することができることを示した。
【０１３１】
実施例２：ＤＮＡ構築物による真菌細胞中のＮＨＥＪメカニズムのサイレンシング
構築物
ｋｕ８０を沈黙させるためのｐＡＶＴｒｋｕ８０ｓｉｌ構築物（図２Ａ）は、イントロン配列で中断されているセンスｋｕ８０  ＤＮＡ配列およびアンチセンスｋｕ８０  ＤＮＡ配列を含み、分岐プロモーター（ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ）により駆動される。この分岐プロモーターはまた、プチロサルカス（Ｐｔｉｌｏｓａｒｃｕｓ）種の緑色蛍光タンパク質（ＰｔＧＦＰ）の発現も駆動させ、緑色蛍光タンパク質はアンチセンスカセット発現の指標と機能する。この構築物はａｍｄＳ選択マーカーも含む。
【０１３２】
ｋｕ８０およびｋｕ７０の両方を沈黙させるための中間構築物（ｐＡＶＴｒｋｕ７０ｋｕ８０ｓｉｌ、図２Ｂ）ならびにｋｕ７０、ｌｉｇ４およびｋｕ８０を沈黙させるための別の構築物（ｐＡＶＴｒｋｕ７０ｌｉｇ４ｋｕ８０ｓｉｌ、図２Ｃ）を生成して検証した。これらの構築物は、それぞれの遺伝子の約５００ｂｐのセンス配列、イントロン配列および等価のアンチセンス配列、続いて酵母ｐＲＳ４２６ベクター骨格中のｋｕ７０ターミネーター配列を含む。
【０１３３】
ｐＲＳ４２６ベクターに組み込まれている遺伝子置換構築物をｉｎ  ｖｉｔｒｏで組み立てて酵母中でクローニングした。この構築物から、ｐｙｒ２マーカーを含む遺伝子置換カセットを増幅させることができる。
【０１３４】
株
Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）株（ＲＬ−Ｐ３７  Δｃｂｈ１  Δｃｂｈ２  Δｅｇｌ１  Δｅｇｌ２）を、Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ｋｕ８０遺伝子サイレンシング構築物（図２Ａ）で形質転換した。強力なＧＦＰシグナルを有する６個の安定した候補を選択し、検証し、胞子精製した。６個の候補それぞれからの４個の胞子精製済単離株を２４ウェルプレート中で増殖させ、サイレンシングのレベルを示すＧＦＰシグナルの強度を評価した。最高のＧＦＰシグナルを有する各候補からの１個の胞子精製済単離株を、Δｈｉｓ３：：ｈｐｈ欠失構築物による形質転換用に選択した。
【０１３５】
プロトコル
最高レベルのＧＦＰ発現を有するサイレンシング構築物を含む上記からの胞子精製済株を、ｈｐｈ選択マーカーを含む線状ｈｉｓ３欠失カセット（図３）による形質転換での相同組込みの効率に関して試験した。最高レベルのＮＨＥＪサイレンシングを示すΔｈｉｓ３欠失（６０％）を含む形質転換体の割合が最も高いサイレンシング株を選択し、ヘルパー株として使用することができる。ヘルパー株を、機能していないｐｙｒ２遺伝子座（栄養マーカー）および任意選択でコロニー形態の変化（劣性の特徴）を有する宿主株と融させることができる。次いで、最少培地上で増殖した強制型異核共存体を、選択マーカーとして機能的ｐｙｒ２マーカー（このマーカーは栄養マーカーでもある）を含む線状の遺伝子置換構築物（図４）でのＰＥＧ形質転換により形質転換し、最少培地上でプレーティングした。分生子を回収し、連続希釈物を最少培地上でプレーティングすることができる。最少培地上で増殖するコロニー（および、コロニー形態の変化という特徴が含まれた場合にはこの変化を有する）を欠失構築物の相同組換えに関して評価することができ、相同組換えの効率を決定することができる。
【０１３６】
ヘルパー株組成物および方法をどのようにして用いることができるかの具体的で非限定的な例を下記で説明する。
【０１３７】
実施例３：標的細胞中のＤＮＡ断片の除去のためのヘルパー株中でのまたは異核共存体中でのｃｒｅリコンビナーゼの使用
一実施形態では、使用者は、ヘルパー株中でｃｒｅリコンビナーゼを発現させて、ｌｏｘＰ部位が隣接している標的細胞中の任意のＤＮＡ断片の除去に使用することができる。
【０１３８】
別の実施形態では、使用者は、ｃｒｅリコンビナーゼを発現するテロメアベクターを異核共存体に導入することができ、同時に、ヘルパー株および標的株それぞれにおいてｌｏｘＰ部位が隣接している１種または複数種のＤＮＡ断片を除去することができる。概要例を図５に示す。相同組換えにより、２個の欠失株（それぞれが、野生型株のａｄ３Ａ（株２）またはｈｉｓ３（株１）遺伝子座で２個のｌｏｘＰ部位が隣接しているｈｐｈマーカーを含む欠失カセットを有する）を得た。ｈｐｈマーカーを再利用して一方または両方の株から同時に除去するために、実施例１で説明した手順を使用して、最初に株１および株２を融合させて強制型異核共存体にした。次いで、異核共存体を、微粒子銃またはＰＥＧ形質転換により、ａｍｄＳマーカーを担持するｃｒｅ含有テロメアベクター（図６）で形質転換し、次いで、適切なアセトアミド含有プレート上で増殖させてベクターを維持した。選択中に、テロメアベクターは、ゲノムに組み込まれることなく両方の構成株にＣｒｅを提供し、一方または両方の寄与しているゲノム中においてｌｏｘＰ部位での組換えおよびｈｐｈマーカーのループアウトを可能にした。形質転換された異核共存体から分生子を回収し、アデニンおよびヒスチジンを補充したＰＤＡ培地上でプレーティングした。補充ＰＤＡ培地上での規定回数の移動の後、個々のコロニーを、栄養要求性およびハイグロマイシンＢに対する耐性に関して試験した。ｈｐｈカセットがループアウトしているａｄ３Ａ欠失およびｈｉｓ３欠失を有する株は、ハイグロマイシンＢに対して耐性を示さなかった。ゲノムへのテロメアベクターの組込みというまれな事象が起きていないことを確認するために、ＰＣＲ分析によりテロメアベクターＤＮＡ断片の存在に関して株を試験し、ｃｒｅ含有テロメアベクターが組み込まれている候補を除去した。野生型Δｈｉｓ３  Δｈｐｈ株を診断用ＰＣＲで確認した。この結果は、異核共存体に導入されているテロメアベクターから発現されたｃｒｅリコンビナーゼが、ベクターがゲノムに組み込まれることなくヘルパー株および標的株それぞれにおいてｌｏｘＰ部位が隣接している１種または複数種のＤＮＡ断片を成功裏に除去することができたことを示す。
【０１３９】
実施例４：標的細胞中で標的とする二本鎖ＤＮＡ切断を生じさせるためのヘルパー株中でのＣａｓＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ（Ｃａｓ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ）の使用
別の実施形態では、使用者は、好ましくはＮＨＥＪが沈黙しているヘルパー株中でＣａｓＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを発現させて、このＣａｓＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを使用して標的細胞中において標的とする二本鎖ＤＮＡ切断を生じさせることができる。１つの利点は、標的部位での相同組換えによるドナーＤＮＡ断片の組込みを二本鎖ＤＮＡ切断が刺激するということである。ＮＨＥＪを沈黙させることにより、ＮＨＥＪ経路を介してドナーＤＮＡ断片が組み込まれる頻度が最小限に抑えられる。一実験では、実施例２で説明したＮＨＥＪサイレンシングＤＮＡ構築物を含むおよび効率的な相同組換えを示しているヘルパー株を、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＣＮ２０１４／０９３９１４号（２０１４年１２月１６日に出願された、参照により本明細書に援用される）で開示されているものと類似したＣａｓ９発現ベクター（図８）で形質転換する。このベクターは、選択可能マーカーとしてのクロリムロンエチルに対する耐性を付与するＴ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ａｌｓ１遺伝子の変異バージョンを使用し、このベクターが染色体ＤＮＡに安定的に組み込まれている形質転換体を新規のヘルパー株として選択する。このヘルパー株を標的株（機能していないｐｙｒ２遺伝子を有する）と融合させて、ヒスチジンおよびウリジンを欠いている選択培地上で強制型異核共存体を作製する。次いで、この異核共存体を、ｓｇＲＮＡ（単一ガイドＲＮＡ）と標的細胞のゲノム内の定義された標的部位での組込みが望ましいドナーＤＮＡ断片との混合物で共形質転換する。ｓｇＲＮＡを、前記定義された標的部位にｃａｓ９エンドヌクレアーゼを誘導するように設計し、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＣＮ２０１４／０９３９１６号（２０１４年１２月１６日に出願された、参照により本明細書に援用される）で説明されているｉｎ  ｖｉｔｒｏでの転写反応を使用して生成する。Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）のａｄ３Ａ遺伝子、グルコアミラーゼ（ＴｒＧＡ）遺伝子またはｐｙｒ２遺伝子にＣａｓ９を誘導するにように設計されているｓｇＲＮＡの配列の例を下記に示す。
ｓｇＲＮＡ：ｇＡｄ３Ａ  ＴＳ１；配列番号１７
【化１】
0006725513.tif 000002
ｓｇＲＮＡ：ｇＴｒＧＡ  ＴＳ２；配列番号１８
【化２】
0006725513.tif 000003
ｓｇＲＮＡ：ｇＴｒＧＡ  ＴＳ１１；配列番号１９
【化３】
0006725513.tif 000004
ｓｇＲＮＡ：ｇＰｙｒ２  ＴＳ６；配列番号２０
【化４】
0006725513.tif 000005
【０１４０】
或いは、ｓｇＲＮＡの代わりに、ｓｇＲＮＡ発現カセットを含むＤＮＡ構築物が共形質転換に含まれる。定義された標的部位での組込みが望ましいＤＮＡ断片は、ｃａｓ９標的部位のいずれか側上で隣接するＤＮＡ領域と相同の末端領域を含む。このＤＮＡ断片はまた、選択可能マーカー（例えばｐｙｒ２）および目的の遺伝子用の発現カセットも含む。異核共存体の胞子形成時におよび胞子のプレーティング時に、標的細胞表現型を有するがウリジンに関して原栄養性である（ｐｙｒ２＋）胞子コロニーを単離し、標的部位でのＤＮＡ断片の組込みに関してスクリーニングする。好都合なことに、この方法は、同じ標的部位で組み込まれた異なる目的の遺伝子を有する形質転換体の効率的な生成を可能にする。
【０１４１】
上述の組成物および方法は、理解を明確にするために例示および実施例により若干詳細に説明されているが、本明細書の教示を考慮して、添付した特許請求の範囲の趣旨および範囲から逸脱することなく上述の組成物および方法に対してある程度の変更および改変を行うことができることは当業者に容易に明らかである。
【０１４２】
従って、上述は本組成物および本方法の原理を単に例示しているにすぎない。本明細書で明確に説明されていないまたは示されていないが本組成物および本方法の原理を具体化するならびに本組成物および本方法の趣旨および範囲に含まれる様々な構成を当業者は考案することができることが認識されるだろう。更に、本明細書で列挙した全ての例および条件付き文言は、本組成物および本方法の原理ならびに当分野の促進に寄与する本発明者らによる概念の理解で読者を助けることが主に意図されており、そのように具体的に列挙された例および条件に限定されないと解釈すべきである。更に、本明細書において本組成物および本方法の原理、態様および実施形態を列挙する全ての記載ならびにこの具体例は、この構造および機能の両方の等価物を包含することが意図される。加えて、そのような等価物が、現在知られている等価物と将来創出される等価物（即ち、構造にかかわらず同じ機能を発揮する、創出されるあらゆる要素）との両方を含むことが意図される。従って、本発明および本組成物の範囲は、本明細書で示されたおよび説明された典型的な実施形態に限定されることが意図されていない。
【０１４３】
配列
配列番号１
コドン最適化ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９コーディング遺伝子；Ｎ末端ＮＬＳ配列およびＣ末端ＮＬＳ配列あり
【化５】
0006725513.tif 000006
【化６】
0006725513.tif 000007
配列番号２
配列番号１によりコードされるストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９、Ｎ末端ＮＬＳ配列およびＣ末端ＮＬＳ配列あり
【化７】
0006725513.tif 000008
配列番号３
完全なＵ６遺伝子プロモーター配列（転写開始部位を含まない）
【化８】
0006725513.tif 000009
配列番号４
トランケートされた／短いＵ６遺伝子プロモーター配列（転写開始部位を含まない）
【化９】
0006725513.tif 000010
配列番号５
Ｕ６遺伝子のイントロン
【化１０】
0006725513.tif 000011
配列番号６
Ｕ６遺伝子の転写ターミネーター配列
ＴＴＴＴＴＴＴＴＣＴＣＴＴ
配列番号７
糸状真菌細胞コドン最適化ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９コーディング遺伝子、ＮＬＳなし
【化１１】
0006725513.tif 000012
【化１２】
0006725513.tif 000013
【化１３】
0006725513.tif 000014
配列番号８
配列番号７によりコードされるストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９、ＮＬＳなし
【化１４】
0006725513.tif 000015
配列番号９
ＳＶ４０  ＮＬＳ
ＰＫＫＫＲＫＶ
配列番号１０
Ｔ．リーゼイ（Ｔ．ｒｅｅｓｅｉ）ｂｌｒ２（青色光制御因子２）遺伝子のＮＬＳ
ＫＫＫＫＬＫＬ
配列番号１１
ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）ＬＭＤ−９  Ｃａｓ９
【化１５】
0006725513.tif 000016
配列番号１２
ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ＵＡ１５９  Ｃａｓ９
【化１６】
0006725513.tif 000017
配列番号１３
カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）Ｃａｓ９
【化１７】
0006725513.tif 000018
配列番号１４
ナイセリア・メニンジティデス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）Ｃａｓ９
【化１８】
0006725513.tif 000019
配列番号１５
フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）亜種ノビシダ（ｎｏｖｉｃｉｄａ）Ｃａｓ９
【化１９】
0006725513.tif 000020
配列番号１６
パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）Ｃａｓ９
【化２０】
0006725513.tif 000021
配列番号１７
ｓｇＲＮＡ：ｇＡｄ３Ａ  ＴＳ１
【化２１】
0006725513.tif 000022
配列番号１８
ｓｇＲＮＡ：ｇＴｒＧＡ  ＴＳ２
【化２２】
0006725513.tif 000023
配列番号１９
ｓｇＲＮＡ：ｇＴｒＧＡ  ＴＳ１１
【化２３】
0006725513.tif 000024
配列番号２０
ｓｇＲＮＡ：ｇＰｙｒ２  ＴＳ６
【化２４】
0006725513.tif 000025
【図１】
0006725513.tif 000026
【図２Ａ】
0006725513.tif 000027
【図２Ｂ】
0006725513.tif 000028
【図２Ｃ】
0006725513.tif 000029
【図３】
0006725513.tif 000030
【図４】
0006725513.tif 000031
【図５】
0006725513.tif 000032
【図６】
0006725513.tif 000033
【図７】
0006725513.tif 000034
【図８】
0006725513.tif 000035
【配列表】
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0006725513000002.xml