(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２に対して少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＤＨ）活性、エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０に対して少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２に対して少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４に対して少なくとも９０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項２】
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２に対して少なくとも９５％同一である、請求項１記載の単離された核酸分子。
【請求項３】
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２のポリヌクレオチド配列を含む、請求項１記載の単離された核酸分子。
【請求項４】
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み、該ポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。
【請求項５】
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９５％同一である、請求項４記載の単離された核酸分子。
【請求項６】
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５のアミノ酸配列を含む、請求項４記載の単離された核酸分子。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項記載の核酸分子またはそれらの組み合わせと、転写制御配列とを含む、組換え核酸分子。
【請求項８】
組換えベクターである、請求項７記載の組換え核酸分子。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれか一項記載の核酸分子、請求項７もしくは請求項８記載の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを発現する、宿主細胞。
【請求項１０】
植物細胞、微生物細胞、および動物細胞からなる群より選択される、請求項９記載の宿主細胞。
【請求項１１】
微生物細胞である、請求項１０記載の宿主細胞。
【請求項１２】
細菌である、請求項１１記載の宿主細胞。
【請求項１３】
ヤブレツボカビである、請求項１１記載の宿主細胞。
【請求項１４】
ヤブレツボカビがシゾキトリウム属であるか、またはヤブレツボカビ属である、請求項１３記載の宿主細胞。
【請求項１５】
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。
【請求項１６】
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９５％同一である、請求項１５記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１７】
請求項１５または請求項１６記載のポリペプチドと、生物学的に許容される担体とを含む、組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、エイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）またはそれらの組み合わせに富むＰＵＦＡを含むＰＵＦＡの産生に関与する、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）シンターゼの単離された核酸分子およびポリペプチドを対象とする。本発明は、それらの核酸分子を含むベクターおよび宿主細胞、それらの核酸分子によってコードされるポリペプチド、それらの核酸分子またはポリペプチドを含む組成物、ならびにそれらの作製方法および使用を対象とする。
【背景技術】
【０００２】
ヤブレツボカビ類（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｄｓ）は、ヤブレツボカビ属（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）およびシゾキトリウム属（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）のメンバーを含む、ヤブレツボカビ目（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉａｌｅｓ）の微生物であり、ＰＵＦＡの代替源として認識されている。例えば、米国特許第５，１３０，２４２号（特許文献１）を参照。海洋細菌およびヤブレツボカビ類におけるポリケチドシンターゼ（ＰＫＳ）様の系は、アセチル−ＣｏＡおよびマロニル−ＣｏＡから多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）を合成しうることが最近示されている。これらのＰＫＳシンターゼ様の系を、本明細書ではＰＵＦＡシンターゼ系とも称する。海洋細菌であるシュワネラ属（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ）およびビブリオ・マリナス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｍａｒｉｎｕｓ）におけるＰＵＦＡシンターゼ系は、米国特許第６，１４０，４８６号（特許文献２）に記載されている。シゾキトリウム属のあるヤブレツボカビ（ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｄ）におけるＰＵＦＡシンターゼ系が、米国特許第６，５６６，５８３号（特許文献３）に記載されている。シゾキトリウム属およびヤブレツボカビ属のヤブレツボカビにおけるＰＵＦＡシンターゼ系も、米国特許第７，２４７，４６１号（特許文献４）に記載されている。米国特許第７，２１１，４１８号（特許文献５）は、ヤブレツボカビ属のあるヤブレツボカビにおけるＰＵＦＡシンターゼ系、およびその系を用いたエイコサペンタエン酸（Ｃ２０：５、ω−３）（ＥＰＡ）および他のＰＵＦＡの産生を記載している。米国特許第７，２１７，８５６号は、シュワネラ・オレヤナ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｏｌｌｅｙａｎａ）およびシュワネラ・ジャポニカにおけるＰＵＦＡシンターゼ系を記載している。国際公開公報第２００５／０９７９８２号（特許文献６）は、ＳＡＭ２１７９菌株におけるＰＵＦＡシンターゼ系を記載している。米国特許第７，２０８，５９０号（特許文献７）および米国特許第７，３６８，５５２号（特許文献８）は、スラウストキトリウム・アウレウム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ａｕｒｅｕｍ）由来のＰＵＦＡシンターゼ遺伝子およびタンパク質を記載している。
【０００３】
ＰＫＳ系は、典型的にはＩ型（モジュール式または反復的）、ＩＩ型およびＩＩＩ型と称される、３つの基本的なタイプのうち１つに該当するとして、文献中に従来より記載されている。Ｉ型モジュール式ＰＫＳ系は「モジュール式」ＰＫＳ系とも称され、Ｉ型反復的ＰＫＳ系は「Ｉ型」ＰＫＳ系とも称される。ＩＩ型の系は、それぞれが別個の酵素反応を遂行する分離可能な複数のタンパク質によって特徴づけられる。これらの酵素は協調的に働いて最終生成物を生成し、系の個々の各酵素は、典型的には最終生成物の生成に数回かかわる。このタイプの系は、植物および細菌に認められる脂肪酸シンターゼ（ＦＡＳ）系と類似の様式で動作する。Ｉ型反復的ＰＫＳ系は、それらの酵素が反復的な形で用いられて最終生成物を生成するという点でＩＩ型の系に類似している。Ｉ型反復系は、酵素活性が、分離可能な複数のタンパク質に伴うのではなく、より大きなタンパク質の複数のドメインとして生じる点で、ＩＩ型の系とは異なる。この系は、動物および真菌に認められるＩ型ＦＡＳ系と類似している。
【０００４】
ＩＩ型の系とは対照的に、Ｉ型モジュール式ＰＫＳ系における各酵素ドメインは、最終生成物の生成において１回しか用いられない。これらのドメインは極めて大型のタンパク質に認められ、各反応の生成物はＰＫＳタンパク質中の別のドメインに送られる。
【０００５】
ＩＩＩ型の系はさらに最近になって発見されており、植物の縮合酵素のカルコンシンターゼファミリーに属する。ＩＩＩ型ＰＫＳは、Ｉ型およびＩＩ型ＰＫＳ系とは異なり、遊離ＣｏＡ基質を反復的縮合反応に利用して、通常は複素環式最終生成物を生成する。
【０００６】
ＰＵＦＡ合成のための従来の経路または標準的な経路では、中鎖長飽和脂肪酸（脂肪酸シンターゼ（ＦＡＳ）系の生成物）が一連の伸長反応および不飽和化反応によって修飾される。伸長反応の基質は、脂肪酸アシル−ＣｏＡ（伸長される脂肪酸鎖）およびマロニル−ＣｏＡ（各伸長反応のたびに付加される２個の炭素の供給源）である。このエロンガーゼ反応の生成物は、直鎖状に２つの炭素が付加された脂肪酸アシル−ＣｏＡである。デサチュラーゼは、酸素依存的反応における２個の水素の引き出しにより、既存の脂肪酸鎖の中にシス二重結合を作り出す。デサチュラーゼの基質は、アシル−ＣｏＡ（ある種の動物において）、またはリン脂質（例えば、ホスファチジルコリン）のグリセロール骨格に対してエステル化された脂肪酸である。
【０００７】
脂肪酸は、炭素鎖の長さおよび飽和状態の特徴に基づいて分類される。脂肪酸は鎖の中に存在する炭素の数に基づいて短鎖脂肪酸、中鎖脂肪酸または長鎖脂肪酸と呼ばれており、炭素原子間に二重結合が存在しない場合は飽和脂肪酸と呼ばれ、二重結合が存在する場合は不飽和脂肪酸と呼ばれる。不飽和長鎖脂肪酸は、二重結合が１つしか存在しない場合は一価不飽和であり、複数の二重結合が存在する場合は多価不飽和である。
【０００８】
ＰＵＦＡは、脂肪酸のメチル末端から最初の二重結合の位置に基づいて分類される：ω−３（ｎ−３）脂肪酸は３番目の炭素の箇所に最初の二重結合を含み、一方、ω−６（ｎ−６）脂肪酸は６番目の炭素の箇所に最初の二重結合を含む。例えば、ドコサヘキサエン酸（「ＤＨＡ」）は、鎖の長さが炭素２２個で二重結合が６個のω−３  ＰＵＦＡであり、しばしば「２２：６  ｎ−３」と称される。他のω−３  ＰＵＦＡには、「２０：５  ｎ−３」と称されるエイコサペンタエン酸（「ＥＰＡ」）、および「２２：５  ｎ−３」と称されるω−３ドコサペンタエン酸（「ＤＰＡ  ｎ−３」）が含まれる。ＤＨＡおよびＥＰＡは「必須」脂肪酸と呼ばれる。ω−６  ＰＵＦＡには、「２０：４  ｎ−６」と称されるアラキドン酸（「ＡＲＡ」）、および「２２：５  ｎ−６」と称されるω−６ドコサペンタエン酸（「ＤＰＡ  ｎ−６」）が含まれる。
【０００９】
ω−３脂肪酸は、それらの細胞膜内への存在によって細胞の生理現象に影響を及ぼし、生物活性化合物の産生および遺伝子発現を調節するとともに、生合成の基質ともなる、生物学的に重要な分子である。Ｒｏｃｈｅ，  Ｈ．  Ｍ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎｕｔｒ．  Ｓｏｃ．  ５８：  ３９７−４０１  （１９９９）  （非特許文献１）。例えば、ＤＨＡは、ヒト大脳皮質内の脂質のおよそ１５％〜２０％および網膜内の脂質の３０％〜６０％を占め、精巣内および精子内で濃度が高く、母乳の重要な成分である。Ｂｅｒｇｅ，  Ｊ．Ｐ．，  ａｎｄ  Ｂａｍａｔｈａｎ，  Ｇ．  Ａｄｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｅｎｇ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ９６：４９−１２５  （２００５）  （非特許文献２）。ＤＨＡは脳内のω−３脂肪酸の最大で９７％、網膜内のω−３脂肪酸の最大で９３％を占める。その上、ＤＨＡは胎児および乳児の発達のため、さらには成人の認知機能の維持のためにも必須である。同上。ω−３脂肪酸はヒトの体内では合成されないため、これらの脂肪酸は栄養源から得られなければならない。
【００１０】
アマニ油および魚油は、ω−３脂肪酸の優れた食事供給源であると考えられている。アマニ油はＥＰＡ、ＤＨＡ、ＤＰＡおよびＡＲＡをいずれも含まないが、その代わり、生体がＥＰＡを製造することを可能にする構成単位であるリノレン酸（Ｃ１８：３  ｎ−３）を含む。しかし、代謝変換の速度は遅く、かつ変化しやすい恐れがあり、特に健康に障害のある者ではそうであることが実証されている。魚油は、個々の種およびそれらの食事内容に応じて脂肪酸組成のタイプおよびレベルがかなり異なる。例えば、水産養殖によって飼育された魚は、野生のものよりもω−３脂肪酸のレベルが低い傾向がある。さらに、魚油は環境汚染物を含むリスクを抱えており、安定性の問題および魚の臭いまたは味が伴うこともある。
【００１１】
ヤブレツボカビから産生される油は、多くの場合、対応する魚油または微細藻類の油よりも単純な多価不飽和脂肪酸プロフィールを有する。Ｌｅｗｉｓ，  Ｔ．Ｅ．，  Ｍａｒ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  １：  ５８０−５８７  （１９９９）  （非特許文献３）。ヤブレツボカビ種の菌株は、ω−３脂肪酸を、その生物によって産生される全脂肪酸中で高率に産生することが報告されている。米国特許第５，１３０，２４２号（特許文献１）；Ｈｕａｎｇ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｏｉｌ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  ７８：  ６０５−６１０  （２００１）  （非特許文献４）；Ｈｕａｎｇ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍａｒ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ５：  ４５０−４５７  （２００３）  （非特許文献５）。しかし、分離されたヤブレツボカビは、産生するＰＵＦＡの実体および量に関してさまざまであり、その結果、以前に記載されている菌株の中には望ましくないＰＵＦＡプロフィールを有するものがある可能性がある。
【００１２】
内因性に産生される脂肪酸の修飾によって、油糧種子作物植物にＰＵＦＡを産生させるための取り組みが行われてきた。脂肪酸エロンガーゼおよびデサチュラーゼに対するさまざまな個別の遺伝子を用いたこれらの植物の遺伝子改変により、測定可能なレベルのＰＵＦＡ、例えばＥＰＡなどを含むが、より短鎖でより不飽和度の低い混合ＰＵＦＡも有意なレベルで含む葉または種子が作製されている（Ｑｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  ２２：７３９  （２００４）  （非特許文献６）；ＰＣＴ国際公開公報第０４／０７１４６７号（特許文献９）；Ａｂｂａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  １６：１  （２００４）  （非特許文献７））；Ｎａｐｉｅｒ  ａｎｄ  Ｓａｙａｎｏｖａ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ６４：３８７−３９３  （２００５）  （非特許文献８）；Ｒｏｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３２：４７３−４７９  （２００５）  （非特許文献９）；および米国特許出願公開第２００４／０１７２６８２号（特許文献１０））。
【００１３】
このため、望ましいＰＵＦＡプロフィールを伴う核酸分子およびポリペプチドの単離、ならびにそのような核酸分子およびポリペプチドの使用を通じて望ましいＰＵＦＡプロフィールを作り出すことに対して、継続的な必要性が存在する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１４】
【特許文献１】米国特許第５，１３０，２４２号
【特許文献２】米国特許第６，１４０，４８６号
【特許文献３】米国特許第６，５６６，５８３号
【特許文献４】米国特許第７，２４７，４６１号
【特許文献５】米国特許第７，２１１，４１８号
【特許文献６】国際公開公報第２００５／０９７９８２号
【特許文献７】米国特許第７，２０８，５９０号
【特許文献８】米国特許第７，３６８，５５２号
【特許文献９】国際公開公報第０４／０７１４６７号
【特許文献１０】米国特許出願公開第２００４／０１７２６８２号
【非特許文献】
【００１５】
【非特許文献１】Roche, H.M., Proc. Nutr. Soc. 58: 397-401 (1999)
【非特許文献２】Berge,J.P., and Bamathan, G. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol.96:49-125 (2005)
【非特許文献３】Lewis,T.E., Mar. Biotechnol. 1: 580-587 (1999)
【非特許文献４】Huang, J.et al., J. Am. Oil. Chem. Soc. 78: 605-610 (2001)
【非特許文献５】Huang, J.et al., Mar. Biotechnol. 5: 450-457 (2003)
【非特許文献６】Qi etal., Nature Biotech. 22:739 (2004)
【非特許文献７】Abbadi etal., Plant Cell 16:1 (2004)
【非特許文献８】Napierand Sayanova, Proc. Nutrition Society 64:387-393 (2005)
【非特許文献９】Robert etal., Functional Plant Biology 32:473-479 (2005)
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明は、以下のものからなる、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ（ＫＳ）活性、マロニル−ＣｏＡ：ＡＣＰアシルトランスフェラーゼ（ＭＡＴ）活性、アシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）活性、ケトレダクターゼ（ＫＲ）活性、β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＤＨ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＭＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１または２３のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５および２７に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５および２７のポリヌクレオチド配列を含む。
【００１７】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＭＡＴ活性を含む、核酸分子；（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２または２４のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；（ｆ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＲ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｇ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８のアミノ酸配列を含む。
【００１８】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、鎖長因子（ｃｈａｉｎ  ｌｅｎｇｔｈ  ｆａｃｔｏｒ）（ＣＬＦ）活性、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）活性、エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＣＬＦ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、２９、３１、３３および３５に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、２９、３１、３３および３５のポリヌクレオチド配列を含む。
【００１９】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＣＬＦ活性を含む、核酸分子；（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＴ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６のアミノ酸配列を含む。
【００２０】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３７、３９および４１に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３７、３９および４１のポリヌクレオチド配列を含む。
【００２１】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２のアミノ酸配列を含む。
【００２２】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＭＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６または９８のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１１８および１２０に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１１８および１２０のポリヌクレオチド配列を含む。
【００２３】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＭＡＴ活性を含む、核酸分子；（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；（ｆ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＲ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｇ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９のアミノ酸配列を含む。
【００２４】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、鎖長因子（ＣＬＦ）活性、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）活性、エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＣＬＦ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０、１０２、１０４、１０６、１０８および１２１に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０、１０２、１０４、１０６、１０８および１２１のポリヌクレオチド配列を含む。
【００２５】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＣＬＦ活性を含む、核酸分子；（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＴ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９のアミノ酸配列を含む。
【００２６】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。いくつかの態様において、ポリヌクレオチド配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、核酸分子はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２のポリヌクレオチド配列を含む。
【００２７】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子を対象とする：（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；ならびに（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５のアミノ酸配列を含む。
【００２８】
本発明は、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子であって、そのポリヌクレオチドが、上記のいずれかのポリヌクレオチド配列の相補物と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、該単離された核酸分子を対象とする。
【００２９】
本発明は、上記のポリヌクレオチド配列のいずれかに対して完全に相補的であるポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子を対象とする。
【００３０】
本発明は、上記の核酸分子のいずれかまたはそれらの組み合わせと、転写制御配列とを含む、組換え核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、組換え核酸分子は組換えベクターである。
【００３１】
本発明は、上記の核酸分子のいずれか、上記の組換え核酸分子のいずれか、およびそれらの組み合わせを発現する宿主細胞を対象とする。いくつかの態様において、宿主細胞は、植物細胞、微生物細胞、および動物細胞からなる群より選択される。いくつかの態様において、微生物細胞は細菌である。いくつかの態様において、細菌は大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）である。いくつかの態様において、細菌は海洋細菌である。いくつかの態様において、微生物細胞はヤブレツボカビである。いくつかの態様において、ヤブレツボカビはシゾキトリウム属である。いくつかの態様において、ヤブレツボカビはヤブレツボカビ属である。いくつかの態様において、ヤブレツボカビはウルケニア属（Ｕｌｋｅｎｉａ）である。
【００３２】
本発明は、以下の段階を含む、少なくとも１種類のＰＵＦＡを産生するための方法を対象とする：宿主細胞において、ＰＵＦＡを産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、上記の単離された核酸分子のいずれか、上記の組換え核酸分子のいずれか、またはそれらの組み合わせを含み、かつ少なくとも１種類のＰＵＦＡが産生される、段階。この態様の１つの局面において、宿主細胞は、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される。この態様の別の局面において、少なくとも１種類のＰＵＦＡには、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）またはエイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）が含まれる。
【００３３】
本発明は、以下の段階を含む、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質を産生するための方法を対象とする：宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、宿主細胞において、上記の単離された核酸分子のいずれか、上記の組換え核酸分子のいずれか、またはそれらの組み合わせを含み、かつＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質が産生される、段階。本発明は、上記の単離された核酸分子のいずれか１つをベクター中に挿入する段階を含む、組換えベクターを作製するための方法を対象とする。
【００３４】
本発明は、上記の組換えベクターを宿主細胞に導入する段階を含む、組換え宿主細胞を作製する方法を対象とする。いくつかの態様において、宿主細胞は、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される。
【００３５】
本発明は、上記のポリヌクレオチド配列のいずれかによってコードされる、単離されたポリペプチドを対象とする。
【００３６】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＭＡＴ活性を含むポリペプチド；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２または２４のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＲ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８のアミノ酸配列を含む。
【００３７】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＣＬＦ活性を含むポリペプチド；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＴ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６のアミノ酸配列を含む。
【００３８】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２のアミノ酸配列を含む。
【００３９】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＭＡＴ活性を含むポリペプチド；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＲ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９のアミノ酸配列を含む。
【００４０】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＣＬＦ活性を含むポリペプチド；（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＴ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９のアミノ酸配列を含む。
【００４１】
本発明は、以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチドを対象とする：（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；ならびに（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。いくつかの態様において、アミノ酸配列はそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９０％同一であるか、または少なくとも９５％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドはそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５のアミノ酸配列を含む。
【００４２】
いくつかの態様において、本発明の単離されたポリペプチドのいずれかは融合ポリペプチドでありうる。
【００４３】
本発明は、上記のポリペプチドのいずれかと、生物学的に許容される担体とを含む、組成物を対象とする。
【００４４】
本発明は、以下の段階を含む、ＰＵＦＡシンターゼ活性を有する生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生を増加させる方法を対象とする：生物において、上記の単離された核酸分子のいずれか、上記の組換え核酸分子のいずれか、またはそれらの組み合わせを、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせを産生させるのに有効な条件下で発現させる段階であって、そのＰＵＦＡシンターゼ活性が、その生物において、不活性な活性または消失した活性に取って代わるか、新たな活性を導入するか、または既存の活性を増強し、かつその生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生が増加する、段階。
【００４５】
本発明は、以下の段階を含む、宿主細胞から脂質を単離する方法を対象とする：（ａ）宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、宿主細胞において、上記の単離された核酸分子のいずれか、上記の組換え核酸分子のいずれか、またはそれらの組み合わせを含む、段階；および（ｂ）宿主細胞から脂質を単離する段階。いくつかの態様において、宿主細胞は、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される。いくつかの態様において、脂質はＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせを含む。
［本発明１００１］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ（ＫＳ）活性、マロニル−ＣｏＡ：ＡＣＰアシルトランスフェラーゼ（ＭＡＴ）活性、アシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）活性、ケトレダクターゼ（ＫＲ）活性、β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＤＨ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）シンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＭＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１または２３のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１００２］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５および２７に対して少なくとも９０％同一である、本発明１００１の単離された核酸分子。
［本発明１００３］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５および２７に対して少なくとも９５％同一である、本発明１００１の単離された核酸分子。
［本発明１００４］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５および２７のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１００１の単離された核酸分子。
［本発明１００５］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＭＡＴ活性を含む、核酸分子；
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２または２４のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；
（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；
（ｆ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＲ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｇ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子。
［本発明１００６］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９０％同一である、本発明１００５の単離された核酸分子。
［本発明１００７］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９５％同一である、本発明１００５の単離された核酸分子。
［本発明１００８］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８のアミノ酸配列を含む、本発明１００５の単離された核酸分子。
［本発明１００９］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、鎖長因子（ｃｈａｉｎ  ｌｅｎｇｔｈ  ｆａｃｔｏｒ）（ＣＬＦ）活性、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）活性、エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＣＬＦ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１０１０］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、２９、３１、３３および３５に対して少なくとも９０％同一である、本発明１００９の単離された核酸分子。
［本発明１０１１］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、２９、３１、３３および３５に対して少なくとも９５％同一である、本発明１００９の単離された核酸分子。
［本発明１０１２］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、２９、３１、３３および３５のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１００９の単離された核酸分子。
［本発明１０１３］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＣＬＦ活性を含む、核酸分子；
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＴ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。
［本発明１０１４］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０１３の単離された核酸分子。
［本発明１０１５］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０１３の単離された核酸分子。
［本発明１０１６］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６のアミノ酸配列を含む、本発明１０１３の単離された核酸分子。
［本発明１０１７］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１０１８］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３７、３９および４１に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０１７の単離された核酸分子。
［本発明１０１９］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３７、３９および４１に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０１７の単離された核酸分子。
［本発明１０２０］  それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３７、３９および４１のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１０１７の単離された核酸分子。
［本発明１０２１］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、該ポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。
［本発明１０２２］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０２１の単離された核酸分子。
［本発明１０２３］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０２１の単離された核酸分子。
［本発明１０２４］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２のアミノ酸配列を含む、本発明１０２１の単離された核酸分子。
［本発明１０２５］
ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子であって、
該ポリヌクレオチドが、本発明１００１〜１０２４のいずれかのポリヌクレオチド配列の相補物と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、単離された核酸分子。
［本発明１０２６］
本発明１００１〜１０２４のいずれかのポリヌクレオチド配列に対して完全に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
［本発明１０２７］
本発明１００１〜１０２５のいずれかの核酸分子またはそれらの組み合わせと、転写制御配列とを含む、組換え核酸分子。
［本発明１０２８］
組換えベクターである、本発明１０２７の組換え核酸分子。
［本発明１０２９］
本発明１００１〜１０２５のいずれかの核酸分子、本発明１０２７もしくは本発明１０２８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを発現する、宿主細胞。
［本発明１０３０］
植物細胞、微生物細胞、および動物細胞からなる群より選択される、本発明１０２９の宿主細胞。
［本発明１０３１］
微生物細胞である、本発明１０３０の宿主細胞。
［本発明１０３２］
細菌である、本発明１０３１の微生物細胞。
［本発明１０３３］
ヤブレツボカビ（ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｄ）である、本発明１０３１の微生物細胞。
［本発明１０３４］
ヤブレツボカビがシゾキトリウム属（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）であるか、またはヤブレツボカビ属（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）である、本発明１０３３の微生物細胞。
［本発明１０３５］
以下の段階を含む、少なくとも１つのＰＵＦＡを産生するための方法：
宿主細胞において、ＰＵＦＡを産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、
該ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、本発明１００１〜１０２５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０２７もしくは本発明１０２８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含み、かつ
少なくとも１種類のＰＵＦＡが産生される、段階。
［本発明１０３６］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１０３５の方法。
［本発明１０３７］
少なくとも１種類のＰＵＦＡがドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）を含む、本発明１０３５の方法。
［本発明１０３８］
以下の段階を含む、ＤＨＡに富む脂質を産生するための方法：
宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、該ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、宿主細胞において、本発明１００１〜１０２５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０２７もしくは本発明１０２８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含み、かつ
ＤＨＡに富む脂質が産生される、段階。
［本発明１０３９］
本発明１００１〜１０２５のいずれかの単離された核酸分子をベクター中に挿入する段階を含む、組換えベクターを作製する方法。
［本発明１０４０］
本発明１０３９の組換えベクターを宿主細胞に導入する段階を含む、組換え宿主細胞を作製する方法。
［本発明１０４１］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１０４０の方法。
［本発明１０４２］
本発明１００１〜１０２５のいずれかのポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離されたポリペプチド。
［本発明１０４３］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＭＡＴ活性を含むポリペプチド；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２または２４のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；
（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＲ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド。
［本発明１０４４］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０４３の単離されたポリペプチド。
［本発明１０４５］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０４３の単離されたポリペプチド。
［本発明１０４６］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６および２８のアミノ酸配列を含む、本発明１０４３の単離されたポリペプチド。
［本発明１０４７］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＣＬＦ活性を含むポリペプチド；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＴ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。
［本発明１０４８］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０４７の単離されたポリペプチド。
［本発明１０４９］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０４７の単離されたポリペプチド。
［本発明１０５０］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４、３０、３２、３４および３６のアミノ酸配列を含む、本発明１０４７の単離されたポリペプチド。
［本発明１０５１］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。
［本発明１０５２］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０５１の単離されたポリペプチド。
［本発明１０５３］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０５１の単離されたポリペプチド。
［本発明１０５４］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６、３８、４０および４２のアミノ酸配列を含む、本発明１０５１の単離されたポリペプチド。
［本発明１０５５］
融合ポリペプチドである、本発明１０４２〜１０５４のいずれかの単離されたポリペプチド。
［本発明１０５６］
本発明１０４２〜１０５４のいずれかのポリペプチドと、生物学的に許容される担体とを含む、組成物。
［本発明１０５７］
以下の段階を含む、ＰＵＦＡシンターゼ活性を有する生物におけるＤＨＡの産生を増加させる方法：
生物において、本発明１００１〜１０２５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０２７もしくは本発明１０２８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを、ＤＨＡを産生させるのに有効な条件下で発現させる段階であって、
該ＰＵＦＡシンターゼ活性が、該生物において、不活性な活性もしくは消失した活性に取って代わるか、新たな活性を導入するか、または既存の活性を増強し、かつ
該生物におけるＤＨＡの産生が増加する、段階。
［本発明１０５８］
以下の段階を含む、宿主細胞から脂質を単離する方法：
（ａ）宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＫＳ系が、宿主細胞において、本発明１００１〜１０２５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０２７もしくは本発明１０２８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含む、段階、および
（ｂ）宿主細胞から脂質を単離する段階。
［本発明１０５９］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１０５８の方法。
［本発明１０６０］
脂質がＤＨＡを含む、本発明１０５８の方法。
［本発明１０６１］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＭＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６または９８のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１０６２］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１１８および１２０に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０６１の単離された核酸分子。
［本発明１０６３］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１１８および１２０に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０６１の単離された核酸分子。
［本発明１０６４］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１１８および１２０のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１０６１の単離された核酸分子。
［本発明１０６５］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＭＡＴ活性を含む、核酸分子；
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；
（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、核酸分子；
（ｆ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＲ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｇ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子。
［本発明１０６６］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０６５の単離された核酸分子。
［本発明１０６７］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０６５の単離された核酸分子。
［本発明１０６８］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９のアミノ酸配列を含む、本発明１０６５の単離された核酸分子。
［本発明１０６９］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＣＬＦ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１０７０］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０、１０２、１０４、１０６、１０８および１２１に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０６９の単離された核酸分子。
［本発明１０７１］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０、１０２、１０４、１０６、１０８および１２１に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０６９の単離された核酸分子。
［本発明１０７２］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０、１０２、１０４、１０６、１０８および１２１のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１０６９の単離された核酸分子。
［本発明１０７３］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドが、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＫＳ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＣＬＦ活性を含む、核酸分子；
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＡＴ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｅ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。
［本発明１０７４］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０７３の単離された核酸分子。
［本発明１０７５］  アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０７３の単離された核酸分子。
［本発明１０７６］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９のアミノ酸配列を含む、本発明１０７３の単離された核酸分子。
［本発明１０７７］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリヌクレオチド配列がＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
［本発明１０７８］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０７７の単離された核酸分子。
［本発明１０７９］
ポリヌクレオチド配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０７７の単離された核酸分子。
［本発明１０８０］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２、１１０、１１２、１１４および１２２のポリヌクレオチド配列を含む、本発明１０７７の単離された核酸分子。
［本発明１０８１］
以下のものからなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、該ポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、核酸分子；
（ｂ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；
（ｃ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＤＨ活性を含む、核酸分子；ならびに
（ｄ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、該ポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつ該ポリペプチドがＥＲ活性を含む、核酸分子。
［本発明１０８２］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９０％同一である、本発明１０８１の単離された核酸分子。
［本発明１０８３］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９５％同一である、本発明１０８１の単離された核酸分子。
［本発明１０８４］
ポリペプチドがそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５のアミノ酸配列を含む、本発明１０８１の単離された核酸分子。
［本発明１０８５］
ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子であって、
該ポリヌクレオチドが、本発明１０６１〜１０８４のいずれかのポリヌクレオチド配列の相補物と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、単離された核酸分子。
［本発明１０８６］
本発明１０６１〜１０８４のいずれかのポリヌクレオチド配列に対して完全に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
［本発明１０８７］
本発明１０６１〜１０８５のいずれかの核酸分子またはそれらの組み合わせと、転写制御配列とを含む、組換え核酸分子。
［本発明１０８８］
組換えベクターである、本発明１０８７の組換え核酸分子。
［本発明１０８９］
本発明１０６１〜１０８５のいずれかの核酸分子、本発明１０８７もしくは本発明１０８８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを発現する、宿主細胞。
［本発明１０９０］
植物細胞、微生物細胞、および動物細胞からなる群より選択される、本発明１０８９の宿主細胞。
［本発明１０９１］
微生物細胞である、本発明１０９０の宿主細胞。
［本発明１０９２］
細菌である、本発明１０９１の微生物細胞。
［本発明１０９３］
ヤブレツボカビである、本発明１０９１の微生物細胞。
［本発明１０９４］
ヤブレツボカビがシゾキトリウム属であるか、またはヤブレツボカビ属である、本発明１０９３の微生物細胞。
［本発明１０９５］
以下の段階を含む、少なくとも１種類のＰＵＦＡを産生するための方法：
宿主細胞において、ＰＵＦＡを産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、
該ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、本発明１０６１〜１０８５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０８７もしくは本発明１０８８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含み、かつ
少なくとも１種類のＰＵＦＡが産生される、段階。
［本発明１０９６］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１０９５の方法。
［本発明１０９７］
少なくとも１種類のＰＵＦＡがＤＨＡまたはエイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）を含む、本発明１０９５の方法。
［本発明１０９８］
以下の段階を含む、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質を産生するための方法：
宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、該ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、宿主細胞において、本発明１０６１〜１０８５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０８７もしくは本発明１０８８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含み、かつ
ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質が産生される、段階。
［本発明１０９９］
本発明１０６１〜１０８５のいずれかの単離された核酸分子をベクター中に挿入する段階を含む、組換えベクターを作製する方法。
［本発明１１００］
本発明１０９９の組換えベクターを宿主細胞に導入する段階を含む、組換え宿主細胞を作製する方法。
［本発明１１０１］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１１００の方法。
［本発明１１０２］
本発明１０６１〜１０８５のいずれかのポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離されたポリペプチド。
［本発明１１０３］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＭＡＴ活性を含むポリペプチド；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチド；
（ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＲ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｇ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド。
［本発明１１０４］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９０％同一である、本発明１１０３の単離されたポリペプチド。
［本発明１１０５］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９に対して少なくとも９５％同一である、本発明１１０３の単離されたポリペプチド。
［本発明１１０６］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１および１１９のアミノ酸配列を含む、本発明１１０３の単離されたポリペプチド。
［本発明１１０７］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＣＬＦ活性を含むポリペプチド；
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＴ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。
［本発明１１０８］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９０％同一である、本発明１１０７の単離されたポリペプチド。
［本発明１１０９］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９に対して少なくとも９５％同一である、本発明１１０７の単離されたポリペプチド。
［本発明１１１０］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１、１０３、１０５、１０７および１０９のアミノ酸配列を含む、本発明１１０７の単離されたポリペプチド。
［本発明１１１１］
以下のものからなる群より選択される、単離されたポリペプチド：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；
（ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチド；ならびに
（ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチド。
［本発明１１１２］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９０％同一である、本発明１１１１の単離されたポリペプチド。
［本発明１１１３］
アミノ酸配列がそれぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５に対して少なくとも９５％同一である、本発明１１１１の単離されたポリペプチド。
［本発明１１１４］
それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３、１１１、１１３および１１５のアミノ酸配列を含む、本発明１１１１の単離されたポリペプチド。
［本発明１１１５］
融合ポリペプチドである、本発明１１０２〜１１１４のいずれかの単離されたポリペプチド。
［本発明１１１６］
本発明１１０２〜１１１４のいずれかのポリペプチドと、生物学的に許容される担体とを含む、組成物。
［本発明１１１７］
以下の段階を含む、ＰＵＦＡシンターゼ活性を有する生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生を増加させる方法：
生物において、本発明１０６１〜１０８５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０８７もしくは本発明１０８８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせを産生させるのに有効な条件下で発現させる段階であって、
該ＰＵＦＡシンターゼ活性が、該生物において、不活性な活性もしくは消失した活性に取って代わるか、新たな活性を導入するか、または既存の活性を増強し、かつ
該生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生が増加する、段階。
［本発明１１１８］
以下の段階を含む、宿主細胞から脂質を単離する方法：
（ａ）宿主細胞において脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＫＳ系が、宿主細胞において、本発明１０６１〜１０８５のいずれかの単離された核酸分子、本発明１０８７もしくは本発明１０８８の組換え核酸分子、またはそれらの組み合わせを含む、段階、および
（ｂ）宿主細胞から脂質を単離する段階。
［本発明１１１９］
宿主細胞が、植物細胞、単離された動物細胞、および微生物細胞からなる群より選択される、本発明１１１８の方法。
［本発明１１２０］
脂質がＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせを含む、本発明１１１８の方法。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１】本発明のシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＵＦＡシンターゼの遺伝子構成を示している。
【図２】本発明のヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＵＦＡシンターゼの遺伝子構成を示している。
【図３】本発明のシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＵＦＡシンターゼ、ならびにシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ２０８９２、スラウストキトリウム・アウレウム、およびＳＡＭ２１７９由来のシンターゼのドメイン構成を示している。
【図４−１】本発明のシゾキトリウム属種（Ｓｃｈ．  ｓｐ．）ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）およびヤブレツボカビ属種（Ｔｈｒ．  ｓｐ．）ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）と、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４）およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ２０８９２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）由来のＯｒｆＡ配列、ならびにスラウストキトリウム・アウレウム（Ｔｈｒ．  ａｕｒｅｕｍ）由来のＯＲＦ  Ａ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５５）とのアラインメントを示している。
【図４−２】図４−１の続きを示している。
【図４−３】図４−２の続きを示している。
【図４−４】図４−３の続きを示している。
【図４−５】図４−４の続きを示している。
【図４−６】図４−５の続きを示している。
【図４−７】図４−６の続きを示している。
【図５−１】本発明のシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）と、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５７）およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ２０８９２由来（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５８）のＯｒｆＢ配列、ならびにスラウストキトリウム・アウレウム由来のＯＲＦ  Ｂ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５９）とのアラインメントを示している。
【図５−２】図５−１の続きを示している。
【図５−３】図５−２の続きを示している。
【図５−４】図５−３の続きを示している。
【図５−５】図５−４の続きを示している。
【図６−１】本発明のシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６）およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）と、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１）およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ２０８９２由来（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０）のＯｒｆＣ配列とのアラインメントを示している。
【図６−２】図６−１の続きを示している。
【図６−３】図６−２の続きを示している。
【図７】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を示している。
【図８】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）を示している。
【図９】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を示している。
【図１０】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）を示している。
【図１１】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を示している。
【図１２】シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６）を示している。
【図１３−１】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８）を示している。
【図１３−２】図１３−１の続きを示している。
【図１４−１】シゾキトリウム属における発現のためにコドンが最適化された、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を示している。
【図１４−２】図１４−１の続きを示している。
【図１５】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）を示している。
【図１６−１】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０）を示している。
【図１６−２】図１６−１の続きを示している。。
【図１７−１】シゾキトリウム属における発現のためにコドンが最適化された、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を示している。
【図１７−２】図１７−１の続きを示している。
【図１８】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）を示している。
【図１９】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２）を示している。
【図２０】シゾキトリウム属における発現のためにコドンが最適化された、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を示している。
【図２１】ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３ｐのアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）を示している。
【図２２】シゾキトリウム属に関するコドン使用頻度の表を示している。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
発明の詳細な説明
本発明は、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、エイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）、またはそれらの組み合わせに富むＰＵＦＡを含むＰＵＦＡの産生に関与する、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）シンターゼの単離された核酸分子およびポリペプチドを対象とする。本発明は、それらの核酸分子を含むベクターおよび宿主細胞、それらの核酸分子によってコードされるポリペプチド、それらの核酸分子またはポリペプチドを含む組成物、ならびにそれらの作製方法および使用を対象とする。
【００４８】
ＰＵＦＡシンターゼ
本明細書で用いる場合、「ＰＵＦＡシンターゼ」という用語は、多価不飽和脂肪酸の産生に関与する酵素のことを指す。例えば、Ｍｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９３：２９０−２９３  （２００１）を参照。
【００４９】
本発明は、一部には、Ｐｆａ１ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）、Ｐｆａ２ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）およびＰｆａ３ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）と名付けられた３種のＰＵＦＡシンターゼサブユニット、さらにはＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）、ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）およびＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）と名付けられたそれらのサブユニットをコードする遺伝子を対象とする。図１〜３および７〜２１を参照。他のヤブレツボカビにおけるＰＵＦＡシンターゼも、それぞれＯＲＦ  １、ＯＲＦ  ２およびＯＲＦ  ３と、またはそれぞれＯｒｆＡ、ＯｒｆＢおよびＯｒｆＣと称される。例えば、ｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣ遺伝子ならびに対応するＯｒｆＡ、ＯｒｆＢおよびＯｒｆＣタンパク質に言及している米国特許第７，２４７，４６１号および第７，２５６，０２２号におけるシゾキトリウム属（ＡＴＣＣ  ２０８８８）およびヤブレツボカビ属（ＡＴＣＣ  ２０８９２）、ならびにＯＲＦ  Ａ、ＯＲＦ  ＢおよびＯＲＦ  Ｃ遺伝子およびタンパク質に言及している米国特許第７，３６８，５５２号におけるスラウストキトリウム・アウレウム（ＡＴＣＣ  ３４３０４）を参照。同じく、ＯＲＦ  １、ＯＲＦ  ２およびＯＲＦ  ３遺伝子およびタンパク質に言及している国際公開公報第２００５／０９７９８２号におけるＳＡＭ２１７９菌株も参照のこと。
【００５０】
核酸分子
本発明は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、２００９年３月１９日に提出された同時係属中の米国特許出願第１２／４０７，６８７号の主題である、分離された微生物に由来する、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子およびドメインに対するポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子を対象とする。これらの微生物は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年１月７日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９６９５が割り当てられており、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５とも呼ばれる。発現されると、これらの遺伝子は、ω−３脂肪酸のレベルが高いこと、特にＤＨＡのレベルが高いことを特徴の１つとする、独特の脂肪酸プロフィールを生じる。
【００５１】
本発明は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、２０１０年１月１９日に提出された同時係属中の米国特許出願第６１／２９６，４５６号の主題である、分離された微生物に由来する、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子およびドメインのポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子を対象とする。これらの微生物は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年７月１４日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１０２１２が割り当てられており、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２とも呼ばれる。発現されると、これらの遺伝子は、ω−３脂肪酸のレベルが高いこと、特にＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせのレベルが高いことを特徴の１つとする独特な脂肪酸プロフィールを生じる。
【００５２】
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」は、通常のホスホジエステル結合、または通常と異なる結合（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）に見られるようなアミド結合）を含みうる。ポリヌクレオチドは、５’および３’非翻訳配列、コード配列を含む完全長ｃＤＮＡ配列のヌクレオチド配列のほか、核酸配列の断片、エピトープ、ドメインおよび変異体も含みうる。ポリヌクレオチドは任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドで構成されてよく、それは非修飾性のＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡでありうる。例えば、ポリヌクレオチドは、一本鎖および二本鎖のＤＮＡ、一本鎖領域および二本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖領域および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖、もしくはより典型的には二本鎖であり、または一本鎖領域および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子で構成されうる。加えて、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含む三本鎖領域で構成されてもよい。ポリヌクレオチドは、リボヌレオシド（アデノシン、グアノシン、ウリジンまたはシチジン；「ＲＮＡ分子」）またはデオキシリボヌレオシド（デオキシアデノシン、デオキシグアノシン、デオキシチミジンまたはデオキシシチジン；「ＤＮＡ分子」）、またはそれらの任意のホスホエステル類似体、例えばホスホロチオエートおよびチオエステルなどを含みうる。ポリヌクレオチドはまた、１つまたは複数の修飾塩基、または安定性のため、もしくは他の理由のために修飾されたＤＮＡ骨格もしくはＲＮＡ骨格を含むこともできる。「修飾」塩基には、例えば、トリチル化塩基、およびイノシンのような通常ではない塩基が含まれる。種々の修飾をＤＮＡおよびＲＮＡに加えることができる；それ故に「ポリヌクレオチド」は、化学的、酵素的または代謝的に修飾された形態を包含する。核酸分子という用語は、分子の一次構造および二次構造のみのことを指し、それを何らかの特定の三次形態に限定することはない。したがって、この用語は、とりわけ、直鎖状または環状ＤＮＡ分子（例えば、制限断片）、プラスミドおよび染色体に認められる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二本鎖ＤＮＡ分子の構造について考察する際に、本明細書では配列を、ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、ｍＲＮＡと相同な配列を有する鎖）に沿って５’から３’への向きの配列のみを表示するという通常の慣習に従って記載する場合がある。
【００５３】
「単離された」核酸分子という用語は、その自然の環境から取り出された核酸分子、ＤＮＡまたはＲＮＡのことを指す。単離された核酸分子のさらなる例には、異種宿主細胞内に維持された組換えポリヌクレオチドを含む核酸分子、または溶液中にある（部分的もしくは実質的に）精製されたポリヌクレオチドが含まれる。単離されたＲＮＡ分子には、本発明のポリヌクレオチドのインビボまたはインビトロでのＲＮＡ転写物が含まれる。本発明による単離された核酸分子には、合成により生成されたそのような分子もさらに含まれる。加えて、核酸分子またはポリヌクレオチドは、プロモーター、リボソーム結合部位または転写ターミネーターなどの調節エレメントも含むことができる。
【００５４】
「遺伝子」は、ポリペプチドをコードするヌクレオチドの集合体のことを指し、これにはｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ核酸が含まれる。「遺伝子」はまた、個々のコードセグメント（エクソン）の間の介在配列（イントロン）、ならびにコード配列の前（５’非コード配列）および後（３’非コード配列）にある調節配列を含む、特定のタンパク質を発現する核酸断片のことも指す。「ネイティブ遺伝子」とは、それ自体の調節配列とともに天然に認められる遺伝子のことを指す。
【００５５】
本発明は、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）のポリヌクレオチド配列およびそれらの組み合わせに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子であって、そのポリヌクレオチドが、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、該単離された核酸分子を対象とする。
【００５６】
これらのＰＵＦＡシンターゼ活性は各シンターゼポリペプチド中の１つまたは複数のドメインと関連しており、それらのドメインはそれらの保存された構造的または機能的モチーフにより、公知のモチーフとのそれらの相同性に基づいて同定することができ、かつ、また、それらの特異的な生化学活性に基づいて同定することもできる。例えば、米国特許第７，２１７，８５６号を参照されたく、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。ＰＵＦＡシンターゼドメインの例には、以下のものが含まれる：Ｐｆａ１ｐにおけるβ−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ（ＫＳ）ドメイン、マロニル−ＣｏＡ：ＡＣＰアシルトランスフェラーゼ（ＭＡＴ）ドメイン、アシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）ドメイン、ケトレダクターゼ（ＫＲ）ドメインおよびβ−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＤＨ）ドメイン；Ｐｆａ２ｐにおけるＫＳドメイン、鎖長因子（ＣＬＦ）ドメイン、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）ドメインおよびエノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）ドメイン；ならびにＰｆａ３ｐにおけるＤＨドメインおよびＥＲドメイン。
【００５７】
β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ（ＫＳ）生物活性（機能）を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、脂肪酸伸長反応サイクルの初期段階を遂行しうることが以前に示されている。「β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ」という用語は、「３−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ」、「β−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼ」および「ケト−アシルＡＣＰシンターゼ」という用語と互換的に用いられている。他の系において、伸長のためのアシル基は、ＫＳの活性部位にあるシステイン残基とチオエステル結合によって連結され、アシル−ＫＳがマロニル−ＡＣＰとの縮合を受けて、−ケトアシル−ＡＣＰ、ＣＯ２、および非結合（「遊離」）ＫＳを生成することが示されている。そのような系において、ＫＳは反応サイクルの他のポリペプチドよりも高い基質特異性を有することが示されている。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＫＳ配列との相同性により、ＫＳファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００５８】
マロニル−ＣｏＡ：ＡＣＰアシルトランスフェラーゼ（ＭＡＴ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、マロニル部分をマロニル−ＣｏＡからＡＣＰに転移させうることが以前に示されている。「マロニル−ＣｏＡ：ＡＣＰアシルトランスフェラーゼ」という用語は、「マロニルアシルトランスフェラーゼ」と互換的に用いられている。活性部位モチーフ（ＧｘＳｘＧ）に加えて、ＭＡＴは延長モチーフ（鍵となる位置におけるＲおよびＱアミノ酸）も有することが示されている。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＭＡＴ配列とのそれらの相同性により、およびそれらの延長モチーフ構造により、ＭＡＴファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００５９】
アシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、共有結合した補因子に対するチオエステル結合を介して脂肪酸アシル鎖を成長させる担体として機能しうることが以前に示されている。ＡＣＰは典型的には約８０〜約１００アミノ酸長であり、ＣｏＡのホスホパンテテイニル（ｐｈｏｓｐｈｏｐａｎｔｅｔｈｅｉｎｙｌ）部分の、ＡＣＰの高度に保存されたセリン残基への転移により、不活性なアポ型から機能性のホロ型に変換されることが示されている。また、アシル基が、ホスホパンテテイニル部分の遊離末端でのチオエステル結合によってＡＣＰに結びつけられることも示されている。活性部位モチーフ（ＬＧＩＤＳ＊）の変形物の存在も、ＡＣＰのシグネチャーとして認知されている。活性部位セリン（Ｓ＊）の機能性は細菌ＰＵＦＡシンターゼにおいて実証されている（Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １３０：６３３６−７  （２００８））。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、放射性パンテテインによる標識により、および公知のＡＣＰとの配列相同性により、ＡＣＰファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００６０】
デヒドラーゼ活性またはデヒドラターゼ（ＤＨ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、脱水反応を触媒しうることが以前に示されている。ＤＨ活性に対する言及は、典型的には、ＦａｂＡ様β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ生物活性のことを指す。ＦａｂＡ様β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ生物活性は、β−ケトアシル−ＡＣＰからＨＯＨを除去して、初めに炭素鎖の中にトランス二重結合を生じさせる。「ＦａｂＡ様β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ」という用語は、「ＦａｂＡ様β−ヒドロキシ  アシル−ＡＣＰデヒドラーゼ」、「β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ」および「デヒドラーゼ」という用語と互換的に用いられている。ＰＵＦＡシンターゼ系のＤＨドメインは、（他のＰＫＳ系のＤＨドメインに対してよりもむしろ）ＦＡＳ系と関連のある細菌ＤＨ酵素に対して相同性を示すことが実証されている。例えば、米国特許第７，２１７，８５６号を参照されたく、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。細菌ＤＨのサブセットであるＦａｂＡ様ＤＨは、シス−トランスイソメラーゼ活性を有する（Ｈｅａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２７１，  ２７７９５  （１９９６））。ＦａｂＡ様ＤＨタンパク質との相同性に基づけば、ＰＵＦＡシンターゼ系ＤＨドメインの１つまたはすべてが、ＰＵＦＡシンターゼの生成物におけるシス二重結合の挿入の原因である可能性がある。また、ポリペプチドまたはドメインが、非ＦａｂＡ様ＤＨ活性、または非ＦａｂＡ様β−ヒドロキシアシル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＤＨ）活性を有してもよい。より具体的には、約１３アミノ酸長の保存された活性部位モチーフがＰＵＦＡシンターゼＤＨドメイン中に以前に同定されている：ＬｘｘＨｘｘｘＧｘｘｘｘＰ（このモチーフ中のＬの位置はＩでもありうる）。例えば、米国特許第７，２１７，８５６号、およびＤｏｎａｄｉｏ  Ｓ，  Ｋａｔｚ  Ｌ．，  Ｇｅｎｅ  １１１（１）：５１−６０  （１９９２）を参照されたく、これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。この保存されたモチーフは公知のすべてのＰＵＦＡシンターゼ配列の類似の領域内に認められ、非ＦａｂＡ様の脱水の原因である可能性がある。
【００６１】
β−ケトアシル−ＡＣＰレダクターゼ（ＫＲ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、３−ケトアシル型のＡＣＰのピリジン−ヌクレオチド依存的還元を触媒しうることが以前に示されている。「β−ケトアシル−ＡＣＰレダクターゼ」という用語は、「ケトレダクターゼ」、「３−ケトアシル−ＡＣＰレダクターゼ」および「ケト−アシルＡＣＰレダクターゼ」という用語と互換的に用いられている。他の系において、ＫＲの機能がデノボ脂肪酸生合成伸長サイクルにおける第１の還元段階にかかわることが明らかにされている。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＰＵＦＡシンターゼＫＲとの配列相同性により、ＫＲファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００６２】
鎖長因子（ＣＬＦ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、以下の活性または特徴の１つまたは複数を有するとして以前に定義されている：（１）伸長サイクルの数を判別し、それ故に最終生成物の鎖長を判別することができる、（２）ＫＳとの相同性を有するが、ＫＳ活性部位システインを持たない、（３）ＫＳとヘテロ二量体化することができる、（４）伸長される最初のアシル基を与えることができる、または（５）マロネート（ｍａｌｏｎａｔｅ）（マロニル−ＡＣＰとして）からカルボキシル基を除去して、それにより、ＫＳ活性部位への転移が可能でありかつ最初の伸長（縮合）反応を受ける「プライミング」分子として作用しうる酢酸基（ａｃｅｔａｔｅ  ｇｒｏｕｐ）を、生成することができる。ＣＬＦドメインは、現時点で同定されているすべてのＰＵＦＡシンターゼ系で見いだされており、いずれの場合にも多ドメインタンパク質の一部として見いだされる。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＰＵＦＡシンターゼＣＬＦとの配列相同性により、ＣＬＦファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００６３】
アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、以下の活性または特徴の１つまたは複数を有するとして以前に定義されている：（１）脂肪酸アシル基をＡＣＰドメインから水に転移させて（すなわち、チオエステラーゼ）、脂肪酸アシル基を遊離脂肪酸として放出させることができる、（２）脂肪酸アシル基をＣｏＡなどのアクセプターに転移させることができる、（３）さまざまなＡＣＰドメイン間でアシル基を転移させることができる、または（４）脂肪酸アシル基を親油性アクセプター分子（例えば、リゾホスファチジン酸）に転移させることができる。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＰＵＦＡシンターゼＡＴとの配列相同性により、ＡＴファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００６４】
エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＥＲ）生物活性を有するポリペプチド、またはポリペプチドのドメインは、脂肪酸アシル−ＡＣＰにおけるトランス二重結合（ＤＨ活性によって導入された）を還元し、関連する炭素の飽和をもたらすことが以前に示されている。ＰＵＦＡシンターゼ系におけるＥＲドメインは、ＥＲ酵素のファミリーとの相同性を有することが以前に示されており（Ｈｅａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ４０６：  １４５−１４６  （２０００）、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる）、ＥＲホモログはインビトロでエノイル−ＡＣＰレダクターゼとして機能することが示されている（Ｂｕｍｐｕｓ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  １３０：  １１６１４−１１６１６  （２００８）、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる）。「エノイル−ＡＣＰレダクターゼ」という用語は、「エノイルレダクターゼ」、「エノイルＡＣＰ−レダクターゼ」および「エノイルアシル−ＡＣＰレダクターゼ」と互換的に用いられている。ポリペプチド（またはポリペプチドのドメイン）は、公知のＰＵＦＡシンターゼＥＲとの配列相同性により、ＥＲファミリーに属すると容易に同定することができる。
【００６５】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ１内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、核酸分子は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１、２３、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６または９８のうちいずれか１つなど）、２つまたはそれ以上のＡＣＰドメインの組み合わせ、例えば、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインなど、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ１内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸分子は２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ１内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０の内部の同じポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０の内部の対応する配列の順序と比較して、核酸配列中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥ���  ＩＤ  ＮＯ：７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１、２３、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６または９８のいずれか１つなど）、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインの組み合わせ、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ１内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、核酸分子は、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードする、ＰＦＡ１内部の１つまたは複数のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を含む。
【００６６】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ２内部のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含む核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、これらの核酸分子は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ２内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸分子は２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列をコードし、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ２内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１の内部の同じポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１の内部の対応する配列の順序と比較して、核酸分子中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ２内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、Ｓ���Ｑ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、核酸分子は、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードする、ＰＦＡ２内部の１つまたは複数のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含む。
【００６７】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ３内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、核酸分子は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ３内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸分子は２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＰＦＡ３内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２の内部の同じポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２の内部の異なるポリヌクレオチド配列に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２の内部の対応する配列と比較して、核酸分子中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４）およびそれらの組み合わせなどをコードするＰＦＡ３内部のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、核酸分子は、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードする、ＰＦＡ３内部の１つまたは複数のポリヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を含む。
【００６８】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００６９】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７０】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＭＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７１】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１、２３、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６または９８のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７２】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７３】
いくつかの態様において、核酸分子は、１個、２個、３個、４個、５個または６個のＡＣＰドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１内部のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含み、そのポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３、１５、１７、１９、２１および２３は、それぞれがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１内部の単一のＡＣＰドメインをコードする、代表的なポリヌクレオチド配列である。
【００７４】
いくつかの態様において、核酸分子は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインをコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８内部のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含み、そのポリヌクレオチド配列は１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含むポリペプチドをコードする。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６および９８は、それぞれがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８内部の単一のＡＣＰドメインをコードする、代表的なポリヌクレオチド配列である。
【００７５】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＫＲ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７６】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７７】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７８】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＫＳ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００７９】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＣＬＦ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８０】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＡＴ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８１】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８２】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８３】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８４】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８５】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８６】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＤＨ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８７】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４に対して少なくとも８０％同一なポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリヌクレオチド配列が、ＥＲ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８８】
本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子であって、そのポリペプチドが、Ｐｆａ１ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）、Ｐｆａ２ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）またはＰｆａ３ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含み、そのポリヌクレオチドが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードする、該核酸分子を対象とする。
【００８９】
本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、本発明のＰＵＦＡシンターゼの１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む、該核酸分子を対象とする。
【００９０】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む、該核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つなど）、２つまたはそれ以上のＡＣＰドメインの組み合わせ、例えば、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインなど、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ１ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ１ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）の順序と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つなど）、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインの組み合わせ、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）を含む。
【００９１】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む、該核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えばＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２���内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）を含む。
【００９２】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む、該核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ３ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ３ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）の順序と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと任意の他の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）を含む。
【００９３】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドが、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせを含むＰＵＦＡシンターゼ活性からなる群より選択される、該核酸分子を対象とする。
【００９４】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＫＳ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【００９５】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＭＡＴ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【００９６】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【００９７】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【００９８】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、該核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、アミノ酸配列は、１個、２個、３個、４個、５個または６個のＡＣＰドメインを含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であり、そのポリペプチドは１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含む。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２および２４は、それぞれがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部の単一のＡＣＰドメインを含む、代表的なアミノ酸配列である。
【００９９】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＡＣＰ活性を含む、該核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、アミノ酸配列は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインを含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であり、そのポリペプチドは１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含む。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７および９９は、それぞれがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部の単一のＡＣＰドメインを含む、代表的なアミノ酸配列である。
【０１００】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＫＲ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０１】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＤＨ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０２】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドが、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０３】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＫＳ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０４】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＣＬＦ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０５】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＡＴ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０６】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＥＲ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０７】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドが、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０８】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＤＨ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１０９】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＤＨ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１１０】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＤＨ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１１１】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＤＨ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１１２】
いくつかの態様において、本発明は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、そのポリペプチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含み、かつそのポリペプチドがＥＲ活性を含む、該核酸分子を対象とする。
【０１１３】
いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書で報告したポリヌクレオチド配列に対して少なくとも約８０％、８５％もしくは９０％同一な、または本明細書で報告したポリヌクレオチド配列に対して少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一なポリヌクレオチド配列を含む。「同一性％（ｐｅｒｃｅｎｔ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」という用語は、当技術分野で公知であるように、２つもしくはそれ以上のアミノ酸配列間または２つもしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の、配列を比較することによって決定されるような、関係のことを指す。当技術分野において、「同一性」とは、アミノ酸配列間またはポリヌクレオチド配列間の配列関連性の度合いのことも意味し、これは場合に応じて、そのような配列の連鎖間の一致によって決定される。
【０１１４】
本発明の参照ポリヌクレオチド配列に対して、例えば、少なくとも９５％同一なポリヌクレオチド配列を有する核酸分子とは、その核酸分子のポリヌクレオチド配列が、ポリヌクレオチド配列が参照ポリヌクレオチド配列の各１００ヌクレオチド当たり最大５つまでのヌクレオチドの違いを含みうることを除き、参照配列と同一であることを意図している。換言すれば、参照ポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９５％同一なポリヌクレオチド配列を有する核酸分子を得るためには、参照配列中の最大５％までのヌクレオチドを欠失させること、もしくは別のヌクレオチドと置換すること、または参照配列中の全ヌクレオチドの最大５％までの数のヌクレオチドを参照配列中に挿入することができる。
【０１１５】
実際的な問題として、任意の特定のポリヌクレオチド配列またはアミノ酸配列が、本発明のポリヌクレオチド配列またはアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるか否かは、公知のコンピュータプログラムを用いて慣例的に判定することができる。クエリー配列（本発明の１つの配列）と対象配列との間の最良の全体的一致（ｂｅｓｔ  ｏｖｅｒａｌｌ  ｍａｔｃｈ）を決定するための好ましい方法は、配列のアラインメントおよび同一性スコアの計算を用いて決定することができる。アラインメントは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）のＶｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ  Ｓｕｉｔｅ  １０．０パッケージの構成要素であるコンピュータプログラムＡｌｉｇｎＸを用いて行った。アラインメントは、アミノ酸配列およびポリヌクレオチド配列のいずれのアラインメントに関しても、ＣｌｕｓｔａｌＷアラインメント（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，  Ｊ．Ｄ．，  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２２：  ４６７３−４６８０  （１９９４））を用いて行った。デフォルトのスコアリング行列であるＢｌｏｓｕｍ６２ｍｔ２およびｓｗｇａｐｄｎａｍｔを、それぞれアミノ酸配列およびポリヌクレオチド配列のアラインメントのために用いた。アミノ酸配列に関しては、デフォルトのギャップオープニングペナルティ（ｇａｐ  ｏｐｅｎｉｎｇ  ｐｅｎａｌｔｙ）を１０とし、ギャップ伸長ペナルティ（ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）を０．１とする。ポリヌクレオチド配列に関しては、デフォルトのギャップオープニングペナルティを１５とし、ギャップ伸長ペナルティを６．６６とする。
【０１１６】
本発明は、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子であって、そのポリヌクレオチドが、上記のいずれかのポリヌクレオチド配列の相補物と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、該単離された核酸分子を対象とする。
【０１１７】
核酸分子は、その核酸分子の一本鎖形態が、適切な温度および溶液イオン強度の条件下で、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡなどの別の核酸分子とアニーリングしうる場合に、そのもう一方の核酸分子と「ハイブリダイズ可能」である。ハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件は周知であり、例示されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｊ．  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ  Ｄ．  ２００１．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，  ３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ．  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照。温度およびイオン強度の条件は、ハイブリダイゼーションの「ストリンジェンシー」を決定づける。ストリンジェンシー条件は、遠い関係にある生物由来の相同配列のように中程度の類似性のある断片から、近い関係にある生物由来の全く同じ機能性酵素を産生する遺伝子のように極めて類似性の高い断片に至るまでのスクリーニングを行いうるように調節することが可能である。ハイブリダイゼーション後の洗浄もストリンジェンシー条件を決定づける。条件の１つのセットでは、６×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳ、室温、１５分間で開始し、続いて２×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳ、４５℃、３０分間で再度行い、続いて０．２×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳ、５０℃、３０分間を２回繰り返す、一連の洗浄を用いる。よりストリンジェントな条件に関しては、０．２×ＳＳＣ、０．５％  ＳＤＳ中での最後の２回の３０分間の洗浄の温度を６０℃に高める以外は洗浄を上記のものと同じにして、洗浄をより高い温度で行う。高度にストリンジェントな条件の別のセットでは、０．１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、６５℃での最後の２回の洗浄を用いる。高度にストリンジェントな条件のさらなるセットは、０．１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ、６５℃でのハイブリダイゼーション、および２×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ、続いて０．１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳでの洗浄によって定義される。
【０１１８】
本発明は、上記のポリヌクレオチド配列のいずれかに対して完全に相補的なポリヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子を対象とする。「相補的な」という用語は、互いにハイブリダイズ可能なヌクレオチド塩基間の関係を記述するために用いられる。例えば、ＤＮＡに関して、アデノシンはチミンに対して相補的であり、シトシンはグアニンに対して相補的である。
【０１１９】
ある態様において、ポリヌクレオチドまたは核酸はＤＮＡである。ＤＮＡの場合、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む核酸分子は、通常、１つまたは複数のコード領域と機能的に関連しているプロモーターおよび／または他の転写もしくは翻訳制御エレメントを含みうる。機能的な関連とは、ある遺伝子産物、例えばポリペプチドのコード領域が、１つまたは複数の調節配列と、その調節配列の影響下または制御下にある遺伝子産物の発現を行わせるような様式で関連している場合のことである。２つのＤＮＡ断片（ポリペプチドのコード領域およびそれと関連しているプロモーターなど）は、プロモーター機能の誘導が所望の遺伝子産物をコードするｍＲＮＡの転写をもたらすならば、および２つのＤＮＡ断片間の結合の性質が、発現調節配列が遺伝子産物の発現を導く能力と干渉しないか、またはＤＮＡテンプレートが転写される能力と干渉しなければ、「機能的に関連している」。したがって、プロモーター領域は、そのプロモーターがポリヌクレオチド配列の転写を生じさせることができれば、ポリペプチドをコードするそのポリヌクレオチド配列と機能的に関連していると考えられる。プロモーターは、所定の細胞のみにおいてそのＤＮＡの実質的な転写を導く細胞特異的プロモーターであってもよい。一般に、コード領域はプロモーターの３’側に位置する。プロモーターは、その全体がネイティブ遺伝子に由来してもよく、または天然に見いだされる異なるプロモーターに由来する異なるエレメントで構成されてもよく、またはさらには合成ＤＮＡセグメントを含んでもよい。当業者であれば、異なるプロモーターが、異なる組織または細胞種における、または発生の異なる段階における、または異なる環境条件もしくは生理的条件に応答した、遺伝子の発現を導くことを理解するであろう。遺伝子をほとんどの細胞種においてほとんどの時点で発現させるプロモーターは、一般的には「構成的プロモーター」と呼ばれる。さらに、ほとんどの場合、調節配列の正確な境界は完全に明確には定められていないため、異なる長さのＤＮＡ断片が同一のプロモーター活性を有しうることも認識されている。プロモーターは一般に、その３’末端では転写開始部位を境界とし、上流（５’方向）には、バックグラウンドを超える検出可能なレベルで、転写を開始させるのに必要な最少数の塩基またはエレメントを含むように伸びている。プロモーターの内部には、転写開始部位（例えば、ヌクレアーゼＳ１を用いたマッピングによって簡便に範囲が定められる）のほか、ＲＮＡポリメラーゼの結合を担うタンパク質結合ドメイン（コンセンサス配列）も存在する。
【０１２０】
適した調節領域には、コード領域の上流（５’非コード配列）、内部、または下流（３’非コード配列）に位置し、関連するコード領域の転写、ＲＮＡプロセシングもしくは安定性、または翻訳に影響を及ぼす核酸領域が含まれる。調節領域には、プロモーター、翻訳リーダー配列、ＲＮＡプロセシング部位、エフェクター結合部位およびステム−ループ構造が含まれうる。プロモーターのほかに、他の転写制御エレメント、例えばエンハンサー、オペレーター、リプレッサーおよび転写終結シグナルが、細胞特異的な転写を導くためにポリヌクレオチドと機能的に関連していてもよい。コード領域の境界は、５’（アミノ）末端の開始コドンおよび３’（カルボキシル）末端の翻訳終止コドンによって決まる。コード領域には、原核生物領域、ｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ分子、合成のＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子が非限定的に含まれうる。コード領域の真核細胞における発現を意図する場合には、ポリアデニル化シグナルおよび転写終結配列を、通常はコード領域の３’側に配置する。
【０１２１】
本発明のある局面において、少なくとも２０塩基、少なくとも３０塩基または少なくとも５０塩基を有し、かつ本発明のポリヌクレオチド配列とハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を、ＰＣＲプライマーとして用いることができる。典型的には、ＰＣＲ型の増幅手法において、これらのプライマーは異なる配列を有し、互いに相補的ではない。所望の試験条件に応じて、プライマーの配列は、標的核酸の効率的かつ忠実な複製が得られるように設計されるべきである。ＰＣＲプライマーの設計の方法は一般的であり、当技術分野において周知である。一般に、本配列の２つの短いセグメントをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のプロトコールに用いることで、相同遺伝子をコードするより長い核酸断片をＤＮＡまたはＲＮＡから増幅する。また、ポリメラーゼ連鎖反応を、クローニングされた核酸断片のライブラリーに対して行うこともでき、この場合、一方のプライマーの配列は本核酸断片に由来し、もう一方のプライマーの配列は、微生物遺伝子をコードするｍＲＮＡ前駆体の３’末端にポリアデニル酸トラクトが存在することを利用する。または、第２のプライマー配列が、クローニングベクターに由来する配列に基づくこともできる。
【０１２２】
加えて、本配列の一部または完全長を増幅するために、特異的プライマーを設計して用いることもできる。その結果生じた増幅産物を、増幅反応の間に直接標識するか、または増幅反応後に標識して、適切なストリンジェンシーの条件下で完全長ＤＮＡ断片を単離するためのプローブとして用いることができる。
【０１２３】
したがって、本発明の核酸分子は、同じまたは他の種または細菌種から、相同タンパク質をコードする遺伝子を単離するために用いることができる。配列依存的プロトコールを用いた相同遺伝子の単離は、当技術分野において周知である。配列依存的プロトコールの例には、核酸ハイブリダイゼーション法、ならびに核酸増幅技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  米国特許第４，６８３，２０２号；リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（Ｔａｂｏｒ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８２：  １０７４  （１９８５））；または鎖置換増幅（ＳＤＡ；Ｗａｌｋｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８９：  ３９２  （１９９２））のさまざまな使用によって例示されるようなＤＮＡおよびＲＮＡの増幅方法が非限定的に含まれる。
【０１２４】
いくつかの態様において、本発明の単離された核酸分子は、類似の、または改善されたＰＵＦＡプロフィールを生じるＰＵＦＡシンターゼを同定する目的で、他の生物から相同な核酸分子を単離するために用いることができる。いくつかの態様において、本発明の単離された核酸分子は、多量のＤＨＡの産生に関与する、他の生物由来の相同な核酸分子を単離するために用いられる。
【０１２５】
本発明の核酸分子はまた、本発明のポリペプチドの検出を可能にするマーカー配列とインフレームに融合した、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子のドメイン、またはＰＵＦＡシンターゼ遺伝子の断片をコードするポリヌクレオチド配列も含む。マーカー配列には、ＺＥＯ（ゼオシン）、ＮＥＯ（Ｇ４１８）、ハイグロマイシン、亜ヒ酸塩、ＨＰＨ、ＮＡＴなどといった、当業者に公知である栄養要求性マーカーまたは優性マーカーが含まれる。
【０１２６】
本発明はまた、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子の変異体も範囲に含む。変異体は、コード領域、非コード領域またはその両方にある種の変化を含みうる。その例は、サイレントな置換、付加または欠失を生じさせるが、コードされるポリペプチドの特性も活性も変化させない変化を含むポリヌクレオチド配列変異体である。ある態様において、ポリヌクレオチド配列変異体は、遺伝暗号の縮重性に起因するサイレント置換によって生じる。さらなる態様において、ポリヌクレオチド配列変異体を、種々の理由のため、例えば、特定の宿主に対してコドン発現を最適化する（例えば、ヤブレツボカビｍＲＮＡ中のコドンを、大腸菌またはサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）などの他の生物によって選好されるものに変える）ために作製することもできる。
【０１２７】
アレル変異体、オルソログおよび／または種ホモログも、同じく本発明において提供される。当技術分野において公知の手順を用いることで、本明細書に開示された配列からの情報を用いて、本明細書に記載された遺伝子の完全長遺伝子、アレル変異体、スプライス変異体、完全長コード部分、オルソログおよび／または種ホモログを得ることができる。例えば、本明細書に提示したプローブ配列から適したプローブまたはプライマーを作製して、アレル変異体および／または所望のホモログに関して適した核酸供給源をスクリーニングすることにより、アレル変異体および／または種ホモログを単離して同定することができる。
【０１２８】
本発明は、上記の核酸分子のいずれかまたはそれらの組み合わせと、転写制御配列とを含む、組換え核酸分子を対象とする。いくつかの態様において、組換え核酸分子は組換えベクターである。
【０１２９】
本発明は、本明細書に記載されたような１つまたは複数の単離された核酸分子をベクター中に挿入する段階を含む、組換えベクターを作製するための方法を対象とする。
【０１３０】
本発明のベクターは、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターでありうる。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイルス粒子、ファージなどの形態でありうる。
【０１３１】
本発明のポリヌクレオチド配列は、ポリペプチドを発現させるために、種々の発現ベクターのいずれか１つの中に含めることができる。そのようなベクターには、染色体ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、非染色体ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列および合成ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、例えば、ＳＶ４０の派生物；細菌プラスミド；および酵母プラスミドが含まれる。しかし、当業者に公知である他の任意の適切なベクターも用いることができる。
【０１３２】
種々の手順により、適切なＤＮＡ配列をベクター中に挿入することができる。一般に、ＤＮＡ配列は、当技術分野において公知の手順により、適切な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿入される。そのような手順などは、当業者の範囲内にあると考えられる。
【０１３３】
本発明はまた、上記のポリヌクレオチド配列の１つまたは複数を含む組換え構築物も含む。構築物には、本発明の１つまたは複数の配列が順方向または逆方向に挿入された、プラスミドベクターまたはウイルスベクターなどのベクターが含まれる。この態様の１つの局面において、構築物はさらに、その配列と機能的に関連している、例えばプロモーターを含む調節配列を含む。数多くの適したベクターおよびプロモーターが当業者に公知であり、市販されている。
【０１３４】
ポリペプチド
本発明は、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９６９５およびＰＴＡ−１０２１２として寄託された分離された微生物に由来するＰＵＦＡシンターゼタンパク質およびドメインのアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドを対象とする。
【０１３５】
本明細書で用いる場合、「ポリペプチド」という用語は、単数の「ポリペプチド」のみならず、複数の「ポリペプチド」も範囲に含むことを意図しており、アミド結合（ペプチド結合としても知られる）によって直鎖状に連結された単量体（アミノ酸）で構成される分子のことを指す。「ポリペプチド」という用語は、アミノ酸が２個またはそれ以上である任意の１つまたは複数の鎖のことを指し、特定の長さの産物を指すわけでなない。したがって、ペプチド、ジペプチド、トリペプチド、オリゴペプチド、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、またはアミノ酸が２個もしくはそれ以上である１つもしくは複数の鎖を指して用いられる他の任意の用語は「ポリペプチド」の定義の範囲に含まれ、「ポリペプチド」という用語をこれらの用語のいずれかの代わりに、または互換的に用いることができる。「ポリペプチド」という用語はまた、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、公知の保護基／遮断基による誘導体化、タンパク質分解切断、または天然に存在しないアミノ酸による修飾を非限定的に含む、ポリペプチドの発現後修飾の産物を指すことも意図している。
【０１３６】
本明細書に記載されたポリペプチドには、その断片、変異体または誘導体分子が非限定的に含まれる。ポリペプチドに言及する場合の「断片」、「変異体」、「誘導体」および「類似体」という用語には、少なくともある程度の生物活性を保っている任意のポリペプチドが含まれる。ポリペプチド断片には、タンパク質分解断片、欠失断片、および、動物に送達された場合に作用部位により容易に到達する断片が含まれうる。ポリペプチド断片にはさらに、直鎖状ならびに三次元エピトープを含む、ネイティブポリペプチドの抗原性または免疫原性エピトープを含む、ポリペプチドの任意の部分が含まれる。ポリペプチド断片には、上記のような断片を含む変異体領域のほかに、アミノ酸の置換、欠失または挿入のために変化したアミノ酸配列を有するポリペプチドも含まれうる。変異体は、アレル変異体のように天然に存在してもよい。「アレル変異体」とは、生物の染色体上の所与の座位を占める遺伝子の代替的な形態を意図している。天然に存在しない変異体は、当技術分野で公知の突然変異誘発手法を用いて作製することができる。本発明のポリペプチド断片は、保存的または非保存的なアミノ酸の置換、欠失または付加を含みうる。また、変異体ポリペプチドを本明細書で「ポリペプチド類似体」と称することもできる。本発明のポリペプチド断片は、誘導体分子を含むこともできる。本明細書で用いる場合、ポリペプチドまたはポリペプチド断片の「誘導体」とは、官能側基の反応によって化学的に誘導体化された１つまたは複数の残基を有する、対象ポリペプチドのことを指す。２０種の標準的なアミノ酸の天然に存在するアミノ酸誘導体を１つまたは複数含むペプチドも、同じく「誘導体」として含まれる。例えば、４−ヒドロキシプロリンでプロリンを置換することができ；５−ヒドロキシリジンでリジンを置換することができ；３−メチルヒスチジンでヒスチジンを置換することができ；ホモセリンでセリンを置換することができ；かつオルニチンでリジンを置換することができる。
【０１３７】
本発明のポリペプチドは、本発明の核酸分子の任意のものによってコードされうる。
【０１３８】
本発明は、Ｐｆａ１ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）、Ｐｆａ２ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）、Ｐｆａ３ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）のアミノ酸配列、およびそれらの組み合わせに対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドであって、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼ活性を含む単離されたポリペプチドを対象とする。
【０１３９】
本発明は、本発明のＰＵＦＡシンターゼの１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４０】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つなど）、２つまたはそれ以上のＡＣＰドメインの組み合わせ、例えば、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインなど、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ１ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ１ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）の順序と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５）、ＭＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７）、ＡＣＰドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つなど）、縦列ドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９およびそれらの部分）を含む、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインの組み合わせ、ＫＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１）、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ１ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと他の任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ１ｐ内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）を含む。
【０１４１】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ２ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）の順序と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＫＳドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３）、ＣＬＦドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５）、ＡＴドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ２ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと他の任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ２ｐ内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）を含む。
【０１４２】
いくつかの態様において、本発明は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを対象とする。いくつかの態様において、ポリペプチドは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ポリペプチドは２つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含み、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列のそれぞれは、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の同じアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、それぞれが１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ３ｐ内部の異なるアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一であり、ここで少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、Ｐｆａ３ｐ内部の対応するドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）の順序と比較して、ポリペプチド中に同じ順序または異なる順序で位置する。いくつかの態様において、少なくとも２つまたはそれ以上のアミノ酸配列は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメイン、例えば、ＤＨドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３など）、ＥＲドメイン（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５）およびそれらの組み合わせなどを含むＰｆａ３ｐ内部のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）に対して８０％同一である。いくつかの態様において、ポリペプチドは、任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーと他の任意の個々のドメインの１つまたは複数のコピーとの組み合わせを含む、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインを含むＰｆａ３ｐ内部の１つまたは複数のアミノ酸配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）を含む。
【０１４３】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＭＡＴ活性、ＡＣＰ活性、ＫＲ活性、ＤＨ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４４】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４５】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＭＡＴ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４６】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２、２４、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７または９９のいずれか１つなどに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４７】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１４８】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドを対象とする。いくつかの態様において、そのアミノ酸配列は、１個、２個、３個、４個、５個または６個のＡＣＰドメインを含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であり、そのポリペプチドは１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含む。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４、１６、１８、２０、２２および２４は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２内部の単一のＡＣＰドメインを含む代表的なアミノ酸配列である。
【０１４９】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＣＰ活性を含むポリペプチドを対象とする。いくつかの態様において、そのアミノ酸配列は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個または１０個のＡＣＰドメインを含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％同一であり、そのポリペプチドは１つまたは複数のＡＣＰドメインに付随するＡＣＰ活性を含む。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７および９９は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９内部の単一のＡＣＰドメインを含む代表的なアミノ酸配列である。
【０１５０】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＲ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５１】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５２】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性、ＣＬＦ活性、ＡＴ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５３】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＫＳ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５４】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＣＬＦ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５５】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＡＴ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５６】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５７】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性、ＥＲ活性、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＵＦＡシンターゼ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５８】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１５９】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１６０】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１６１】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＤＨ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１６２】
いくつかの態様において、本発明は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５に対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ＥＲ活性を含むポリペプチドを対象とする。
【０１６３】
いくつかの態様において、ポリペプチドは、本明細書で報告したアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％、８５％もしくは９０％同一な、または本明細書で報告したアミノ酸配列に対して少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一なアミノ酸配列を含む。
【０１６４】
本発明のクエリーアミノ酸配列に対して、少なくとも、例えば９５％「同一な」アミノ酸配列を有するポリペプチドとは、対象ポリペプチドのアミノ酸配列が、対象ポリペプチド配列がクエリーアミノ酸配列の各１００アミノ酸当たり最大５つまでのアミノ酸の変化を含みうることを除き、クエリー配列と同一であることを意図している。換言すれば、クエリーアミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、対象配列中の最大５％までのアミノ酸残基を挿入すること、欠失させること（インデル）、または別のヌクレオチドと置換することができる。参照配列のこれらの変化は、参照アミノ酸配列のアミノ末端もしくはカルボキシ末端の位置に存在してもよく、または、それらの末端位置の間の任意の場所に、参照配列中の残基間に個別に分散するか、もしくは参照配列内部に１つもしくは複数の連続した群として分散するかのいずれかとして存在してもよい。
【０１６５】
実際的な問題として、例えば本発明のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一なアミノ酸配列を有する任意の特定のポリペプチドは、公知のコンピュータプログラムを用いて慣例的に判定することができる。以上に考察したように、クエリー配列（本発明の１つの配列）と対象配列との間の最良の全体的一致を決定するための方法は、配列のアラインメントおよび同一性スコアの計算を用いて決定することができる。アラインメントは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）のＶｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ  Ｓｕｉｔｅ  １０．０パッケージの構成要素であるコンピュータプログラムＡｌｉｇｎＸを用いて行った。アラインメントは、ＣｌｕｓｔａｌＷアラインメント（Ｊ．  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２２（２２）：４６７３−４６８０  （１９９４）を用いて行った。デフォルトのスコアリング行列であるＢｌｏｓｕｍ６２ｍｔ２を用いた。デフォルトのギャップオープニングペナルティは１０とし、ギャップ伸長ペナルティは０．１とする。
【０１６６】
本発明のさらなる局面において、本明細書に開示されたポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一なポリヌクレオチド配列を有する核酸分子は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼ活性を有するポリペプチドをコードする。１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼ活性を有するポリペプチドは、本発明のＰＵＦＡシンターゼの１つまたは複数の活性と類似しているが必ずしも同一ではない１つまたは複数の活性を呈する。
【０１６７】
当然ながら、当業者は、遺伝暗号の縮重性のために、本明細書に記載されたポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一なポリヌクレオチド配列を有する核酸分子の大部分が、「ＰＵＦＡシンターゼ機能活性を有する」ポリペプチドをコードすると考えられることを直ちに認識するであろう。実際に、これらのポリヌクレオチド配列の任意のものの縮重変異体はすべて同じポリペプチドをコードし、多くの場合には、どのポリペプチドが活性を呈するかは、保存的置換ならびに保存された機能ドメインの知識に基づいて、当業者によって予想されるであろう。本発明のある局面において、本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは単離された形態で、例えば、均質になるまで精製された形態で提供される。または、本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドを、従来の合成装置によって合成して製造することもできる。
【０１６８】
当技術分野において公知であるように、２つのポリペプチド間の「類似性」は、ポリペプチドのアミノ酸配列およびそれに対する保存されたアミノ酸置換物を、第２のポリペプチドの配列と比較することによって決定される。
【０１６９】
いくつかの態様において、本発明のポリペプチドは融合ポリペプチドである。
【０１７０】
本明細書で用いる場合、「融合ポリペプチド」とは、ペプチド結合を介して第２のポリペプチドと直鎖状に連結された第１のポリペプチドを含むポリペプチドのことを意味する。第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドは同一であっても異なってもよく、それらは直接連結されていてもペプチドリンカーを介して連結されていてもよい。本明細書で用いる場合、「連結された」、「融合した」、または「融合」という用語は、互換的に用いられる。これらの用語は、２つまたはそれ以上の要素または構成成分を、化学的コンジュゲーションまたは組換え手段を含む任意の手段によって１つに接続することを指す。「インフレーム融合」とは、元のオープンリーディングフレームの正しいリーディングフレームを維持する様式での、より長い連続したオープンリーディングフレームを形成する、２つまたはそれ以上のオープンリーディングフレームの接続のことを指す。このため、その結果生じる組換え融合タンパク質は、元の複数のオープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドに対応する２つまたはそれ以上のセグメントを含む単一のタンパク質である（これらのセグメントは通常、天然にはそのようには連結されない）。リーディングフレームは、融合されたセグメントの全体を通してそのように連続的に作られるものの、これらのセグメントは、例えばインフレームのリンカー配列によって物理的または空間的に隔たっていてもよい。「リンカー」配列とは、融合タンパク質中の２つのポリペプチドコード領域を隔てる一連の１つまたは複数のアミノ酸のことである。
【０１７１】
本発明は、１つまたは複数の本発明のポリペプチドと、生物学的に許容される担体とを含む組成物を対象とする。
【０１７２】
いくつかの態様において、組成物は生物学的に許容される「添加剤」を含み、ここで添加剤とは、本発明の組成物に望ましい特徴を与えるために組成物中に用いられる１つの構成成分または構成成分の混合物のことであり、これには担体も含まれる。「生物学的に許容される」とは、適切な医学的判断の範囲で、妥当な利益／リスク比に相応した形で、生細胞の組織との接触に適しており、所望の接触時間にわたって過度の毒性、刺激、炎症反応および他の問題となる合併症を伴わない、化合物、材料、組成物、塩および／または剤形のことを指す。さまざまな添加剤を用いることができる。いくつかの態様において、添加剤は、アルカリ剤、安定剤、酸化防止剤、粘着剤、分離剤、コーティング剤、外面相（ｅｘｔｅｒｉｏｒ  ｐｈａｓｅ）構成成分、制御放出構成成分、溶媒、界面活性剤、湿潤剤、緩衝剤、充填剤、皮膚軟化剤、またはそれらの組み合わせであってよいが、それらには限定されない。添加剤には、本明細書において考察したものに加えて、限定的ではないものの、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，  ２１ｓｔ  ｅｄ．  （２００５）に列記されたものが含まれうる。添加剤を本明細書における特定の分類（例えば、「溶媒」）に含めていることは、添加剤の役割を限定するのではなく、それを例示することを意図している。個々の添加剤が複数の分類に該当することもある。
【０１７３】
本発明はさらに、本明細書に開示されたポリペプチドの任意のものの断片、変異体、誘導体、または類似体にも関する。
【０１７４】
本発明のポリペプチドは、組換えポリペプチド、天然ポリペプチド、または合成ポリペプチドのいずれであってもよい。
【０１７５】
宿主細胞
本発明は、上記の核酸分子および組換え核酸分子の任意のもの、さらにはそれらの組み合わせを発現する宿主細胞を対象とする。
【０１７６】
「発現」という用語は、本明細書で用いる場合、遺伝子が生化学物質、例えばＲＮＡまたはポリペプチドを産生するプロセスのことを指す。このプロセスには、一過性発現および安定的発現ばかりでなく遺伝子ノックダウンを非限定的に含む、細胞内における遺伝子の機能的存在の何らかの徴候（ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ）も含まれる。これには、遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）または他の任意のＲＮＡ産物への転写、およびそのようなｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳が非限定的に含まれる。所望の最終産物が生化学物質である場合、発現はその生化学物質および任意の前駆体の生成を含む。
【０１７７】
１つまたは複数の所望の多価不飽和脂肪酸を産生させるために、本発明のＰＵＦＡシンターゼ系が宿主細胞内に導入されるように宿主細胞を遺伝子改変することができる。
【０１７８】
本発明によるＰＵＦＡシンターゼ系を発現するように生物を遺伝子改変する場合、宿主生物の中には、ＰＵＦＡを産生するためにＰＵＦＡシンターゼ系と併せて必要とされるアクセサリータンパク質を内因性に発現しうるものがある。しかし、生物によっては、たとえその生物が相同なアクセサリータンパク質を内因性に産生する場合でも、その生物によるＰＵＦＡの産生を可能にするかまたは増強するために、１つまたは複数のアクセサリータンパク質をコードする核酸分子による形質転換を行うことが必要な場合もある。異種アクセサリータンパク質の中には、宿主細胞の内因性アクセサリータンパク質でよりも、形質転換されたＰＵＦＡシンターゼタンパク質での方がより効果的または効率的に動作するものがある可能性がある。
【０１７９】
アクセサリータンパク質は、本明細書において、中核的なＰＵＦＡシンターゼ系の一部分ではない（すなわち、ＰＵＦＡシンターゼ酵素複合体それ自体の一部分ではない）が、本発明の中核的なＰＵＦＡシンターゼ酵素複合体を用いるＰＵＦＡ産生または効率的なＰＵＦＡ産生のためには必要な可能性があると考えられるタンパク質と定義される。例えば、ＰＵＦＡを生成するために、ＰＵＦＡシンターゼ系は、４’−ホスホパンテテイニル部分を補酵素Ａからアシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）ドメインに転移させるアクセサリータンパク質とともに働かなくてはならない。このため、ＰＵＦＡシンターゼ系は少なくとも１つの４’ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ（ＰＰＴアーゼ）ドメインを含むと考えることができ、またはそのようなドメインは、ＰＵＦＡシンターゼ系に対するアクセサリードメインもしくはアクセサリータンパク質であると考えることもできる。ＰＰＴアーゼの構造的および機能的な特徴は、例えば、米国特許出願公開第２００２／０１９４６４１号；第２００４／０２３５１２７号；および第２００５／０１００９９５号に記載されている。
【０１８０】
４’−ホスホパンテテイニルトランスフェラーゼ（ＰＰＴアーゼ）生物活性（機能）を有するドメインまたはタンパク質は、４’−ホスホパンテテイニル部分を補酵素Ａからアシルキャリアータンパク質（ＡＣＰ）に転移させる酵素として特徴づけられる。ＡＣＰの不変セリン残基へのこの転移は、不活性なアポ型をホロ型に活性化する。ポリケチドおよび脂肪酸のいずれの合成においても、ホスホパンテテイン基は、成長中のアシル鎖とともにチオエステルを形成する。ＰＰＴアーゼは、脂肪酸合成、ポリケチド合成および非リボソームペプチド合成において明確に特徴づけられている酵素のファミリーである。多くのＰＰＴアーゼの配列が公知であり、結晶構造が決定されていて（例えば、Ｒｅｕｔｅｒ  Ｋ．，  ｅｌ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １８（２３）：６８２３−３１  （１９９９））、活性にとって重要なアミノ酸残基が突然変異分析によって同定されている（Ｍｏｆｉｄ  Ｍ．Ｒ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４３（１４）：４１２８−３６  （２００４））。
【０１８１】
シゾキトリウム属ＡＣＰドメインを基質として認識することが以前に実証されている異種ＰＰＴアーゼの１つは、ネンジュモ属（Ｎｏｓｔｏｃ）種ＰＣＣ  ７１２０（以前はアナベナ属（Ａｎａｂａｅｎａ）種ＰＣＣ  ７１２０と呼ばれていいた）のＨｅｔ  Ｉタンパク質である。Ｈｅｔ  Ｉは、ネンジュモ属において、その生物の異質細胞に存在する糖−脂質層の構成成分である長鎖ヒドロキシ脂肪酸の合成を担当することが知られている遺伝子クラスター内に存在する（Ｂｌａｃｋ  ａｎｄ  Ｗｏｌｋ，  Ｊ．  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．  １７６：  ２２８２−２２９２  （１９９４）；Ｃａｍｐｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｒｃｈ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  １６７：  ２５１−２５８  （１９９７））。Ｈｅｔ  Ｉは、そのクラスター内に存在するタンパク質Ｈｇｌ  ＥのＡＣＰドメインを活性化する可能性が高い。Ｈｅｔ  Ｉを含む配列および構築物は、例えば、米国特許出願公開第２００７／０２４４１９２号に記載されており、その全体は参照により本明細書に組み入れられる。
【０１８２】
本明細書に記載されたシゾキトリウム属ＡＣＰドメインを認識することが以前に実証されている別の異種ＰＰＴアーゼは、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）に由来するＳｆｐである。Ｓｆｐは明確に特徴づけられており、広範囲にわたる基質を認識する能力があるという理由から広く用いられている。公開されている配列情報（Ｎａｋａｎａ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２３２：  ３１３−３２１  （１９９２））に基づき、そのコード領域を、規定された上流および下流の隣接ＤＮＡ配列とともにｐＡＣＹＣ−１８４クローニングベクター中にクローニングすることにより、発現ベクターが以前にＳｆｐ用に作製されている。この構築物は、大腸菌においてシゾキトリウム属Ｏｒｆと共発現されて、適切な条件下でそれらの細胞におけるＤＨＡの蓄積をもたらす能力によって実証されているように、機能性ＰＰＴアーゼをコードする（米国特許出願公開第２００４／０２３５１２７号を参照。これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる）。
【０１８３】
宿主細胞には、微生物細胞；動物細胞；植物細胞；および昆虫細胞が含まれうる。適切な宿主の代表的な例には、細菌細胞；好熱性または中温性細菌；海洋細菌；ヤブレツボカビ；酵母などの真菌細胞；植物細胞；昆虫細胞；および単離された動物細胞が含まれる。宿主細胞は非トランスフェクト細胞、または少なくとも１つの他の組換え核酸分子によってすでにトランスフェクトされた細胞のいずれであってもよい。宿主細胞にはまた、ＰＵＦＡシンターゼを発現するように操作されたトランスジェニック細胞も含まれうる。適切な宿主の選択は、本明細書における教示に基づき、当業者の範囲内にあると考えられる。
【０１８４】
宿主細胞には、ヤブレツボカビ目の任意の微生物、例えば、ヤブレツボカビ属、ラビリンチュロイデス属（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｉｄｅｓ）、ジャポノキトリウム属（Ｊａｐｏｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）およびシゾキトリウム属を非限定的に含む属の微生物などが含まれる。これらの属に含まれる種には、以下のものが非限定的に含まれる：シゾキトリウム・アグレガツム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ａｇｇｒｅｇａｔｕｍ）、シゾキトリウム・リマシヌム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ｌｉｍａｃｉｎｕｍ）、シゾキトリウム・ミヌツム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｕｍ）を含む、シゾキトリウム属の任意の種；スラウストキトリウム・ストリアツム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ｓｔｒｉａｔｕｍ）、スラウストキトリウム・アウレウム、スラウストキトリウム・ロゼウム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ｒｏｓｅｕｍ）を含む、ヤブレツボカビ属の任意の種（以前はウルケニア属（Ｕｌｋｅｎｉａ）とされた種、例えば、Ｕ．ビスルゲンシス（Ｕ．  ｖｉｓｕｒｇｅｎｓｉｓ）、Ｕ．  アモエボイダ（Ｕ．  ａｍｏｅｂｏｉｄａ）、Ｕ．サルカリアナ（Ｕ．  ｓａｒｋａｒｉａｎａ）、Ｕ．プロファンダ（Ｕ．  ｐｒｏｆｕｎｄａ）、Ｕ．ラジアタ（Ｕ．  ｒａｄｉａｔａ）、Ｕ．ミヌタ（Ｕ．  ｍｉｎｕｔａ）およびウルケニア属種ＢＰ−５６０１などを含む）；ならびにジャポノキトリウム属の任意の種。ヤブレツボカビ目の菌株には、以下のものが非限定的に含まれる：シゾキトリウム属種（Ｓ３１）（ＡＴＣＣ  ２０８８８）；シゾキトリウム属種（Ｓ８）（ＡＴＣＣ  ２０８８９）；シゾキトリウム属種（ＬＣ−ＲＭ）（ＡＴＣＣ  １８９１５）；シゾキトリウム属種（ＳＲ２１）；シゾキトリウム・アグレガツム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ａｇｇｒｅｇａｔｕｍ）（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  ｅｔ  Ｂｅｌｓｋｙ）（ＡＴＣＣ  ２８２０９）；シゾキトリウム・リマシヌム（Ｈｏｎｄａ  ｅｔ  Ｙｏｋｏｃｈｉ）（ＩＦＯ  ３２６９３）；ヤブレツボカビ属種（２３Ｂ）（ＡＴＣＣ  ２０８９１）；スラウストキトリウム・ストリアツム（Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ）（ＡＴＣＣ  ２４４７３）；スラウストキトリウム・アウレウム（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ）（ＡＴＣＣ  ３４３０４）；スラウストキトリウム・ロゼウム（Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ）（ＡＴＣＣ  ２８２１０）；およびジャポノキトリウム属種（Ｌ１）（ＡＴＣＣ  ２８２０７）。遺伝子改変のために適した宿主微生物の他の例には、サッカロミセス・セレビシエ、サッカロミセス・カールスベルゲンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）を含む酵母、もしくはカンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、クルイベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）などの他の酵母、または他の真菌、例えばアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ノイロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）などの繊維状真菌が非限定的に含まれる。細菌細胞を宿主として用いることもできる。これには大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）が非限定的に含まれ、これは発酵工程において有用な可能性がある。または、ラクトバシラス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の種ま��はバシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）の種などの宿主を宿主として用いることもできる。
【０１８５】
植物宿主細胞には、双子葉植物および単子葉植物の両方を含む任意の高等植物、ならびに作物植物およびその油のために用いられる植物を含む消費可能な植物が非限定的に含まれる。そのような植物には、例えば、以下のものが非限定的に含まれる：キャノーラ、ダイズ、ナタネ、アマニ、トウモロコシ、ベニバナ、ヒマワリおよびタバコ。他の植物には、医薬品、香味剤、ニュートラシューティカル薬、機能的食品成分、化粧用活性物質として用いられる化合物を産生することが知られているような植物、またはこれらの化合物／作用物質を産生するように遺伝子操作された植物が含まれる。すなわち、任意の植物種または植物細胞を選択することができる。植物および植物細胞、ならびにそれらから育成されるかまたは導き出される植物には、以下のものから得られる細胞および植物細胞が非限定的に含まれる：キャノーラ（Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｒａｐａ  Ｌ．）；キャノーラ栽培品種ＮＱＣ０２ＣＮＸ１２（ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−６０１１）、ＮＱＣ０２ＣＮＸ２１（ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−６６４４）およびＮＱＣ０２ＣＮＸ２５（ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−６０１２）、ならびにキャノーラ栽培品種ＮＱＣ０２ＣＮＸ１２、ＮＱＣ０２ＣＮＸ２１およびＮＱＣ０２ＣＮＸ２５から導き出される栽培品種、育成品種および植物部分（それぞれ米国特許第７，３５５，１００号、第７，４５６，３４０号および第７，３４８，４７３号を参照）；ダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ  ｍａｘ）；ナタネ（Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｓｐｐ．）；アマニ／アマ（Ｌｉｎｕｍ  ｕｓｉｔａｔｉｓｓｉｍｕｍ）；モロコシ（トウモロコシ）（Ｚｅａ  ｍａｙｓ）；ベニバナ（Ｃａｒｔｈａｍｕｓ  ｔｉｎｃｔｏｒｉｕｓ）；ヒマワリ（Ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓ  ａｎｎｕｕｓ）；タバコ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ  ｔａｂａｃｕｍ）；シロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ）、ブラジルナッツ（Ｂｅｔｈｏｌｅｔｔｉａ  ｅｘｃｅｌｓａ）；トウゴマ（Ｒｉｃｃｉｎｕｓ  ｃｏｍｍｕｎｉｓ）；ココナッツ（Ｃｏｃｕｓ  ｎｕｃｉｆｅｒａ）；コリアンダー（Ｃｏｒｉａｎｄｒｕｍ  ｓａｔｉｖｕｍ）；ワタ（Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ  ｓｐｐ．）；ラッカセイ（Ａｒａｃｈｉｓ  ｈｙｐｏｇａｅａ）；ホホバ（Ｓｉｍｍｏｎｄｓｉａ  ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）；カラシ（Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｓｐｐ．およびＳｉｎａｐｉｓ  ａｌｂａ）；アブラヤシ（Ｅｌａｅｉｓ  ｇｕｉｎｅｅｉｓ）；オリーブ（Ｏｌｅａ  ｅｕｒｐａｅａ）；イネ（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ）；カボチャ（Ｃｕｃｕｒｂｉｔａ  ｍａｘｉｍａ）；オオムギ（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ）；コムギ（Ｔｒａｅｔｉｃｕｍ  ａｅｓｔｉｖｕｍ）；およびウキクサ（Ｌｅｍｎａｃｅａｅ  ｓｐ．）。これらの植物および他の植物からの植物系統を、以下には限定されないものの、種子の収量、耐倒伏性、出芽、病害抵抗性もしくは耐病性、成熟、晩期の植物無傷性（ｌａｔｅ  ｓｅａｓｏｎ  ｐｌａｎｔ  ｉｎｔａｃｔｎｅｓｓ）、草高、耐脱粒性、植物の形質転換の容易さ、油の含量もしくは油のプロフィールなどの、またはこれらに関連した、望ましい形質に関して、作製、選択または最適化することができる。植物系統は、系統育種、循環選択育種、交雑受精および戻し交雑育種などの植物育種��通じて、さらにはマーカーを利用した育種およびティリング法などの方法を通じて選択することができる。例えば、米国特許第７，３４８，４７３号を参照。
【０１８６】
動物細胞には、任意の単離された動物細胞が含まれる。
【０１８７】
本発明は、本発明の、ベクターを含む、１つまたは複数の核酸分子または組換え核酸分子を発現する宿主細胞を対象とする。
【０１８８】
本発明は、組換えベクターを宿主細胞に導入する段階を含む、組換え宿主細胞を作製するための方法を対象とする。
【０１８９】
宿主細胞は、例えばクローニングベクターまたは発現ベクターであってよい、本発明のベクターによって遺伝子操作（形質導入または形質転換またはトランスフェクト）されていてよい。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイルス粒子、ファージなどの形態であってよい。本明細書に記載されたようなポリヌクレオチド配列を適切なプロモーターまたは制御配列とともに含むベクターを用いることで、そのポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドの発現が可能になるように、適切な宿主を形質転換させることができる。また、宿主細胞の遺伝子改変には、好ましいまたは最適な宿主コドン使用頻度に関しての遺伝子の最適化も含まれうる。
【０１９０】
操作された宿主細胞は、プロモーターを活性化するため、形質転換体を選択するため、または本発明の遺伝子を増幅するために適切に改変された従来の栄養培地中で培養することができる。温度、ｐＨなどの培養条件は、発現のために選択された宿主細胞で以前に用いられたものであり、当業者には明らかであろう。
【０１９１】
いくつかの態様において、本発明は、少なくとも中核的なＰＵＦＡシンターゼ酵素複合体を含む、本明細書に記載されたＰＵＦＡシンターゼ系を発現するように、植物または植物の部分を遺伝子改変することを対象とする。「植物の部分」または「植物部分」という用語は、本明細書で定義する場合、種子（未熟性および成熟性）、油、花粉、胚、花、果実、苗条、葉、根、茎、外植片などを非限定的に含む、植物の任意の部分を含む。いくつかの態様において、遺伝子改変植物または植物の部分は、１つまたは複数のＰＵＦＡ、例えばＥＰＡ、ＤＨＡ、ＤＰＡ（ｎ−３またはｎ−６）、ＡＲＡ、ＧＬＡ、ＳＤＡ、他のＰＵＦＡ、およびそれらの組み合わせなどを産生する。植物はＰＵＦＡシンターゼ系を内因性には含まないことが知られている；このため、本発明のＰＵＦＡシンターゼ系は、他に類のない脂肪酸産生能力を備えた植物を作製するために利用することができる。１つのさらなる態様において、植物または植物の部分はさらに、少なくとも１種類のＰＵＦＡシンターゼアクセサリータンパク質（例えば、ＰＰＴアーゼ）も発現するように遺伝子改変される。いくつかの態様において、植物は油糧種子植物であり、ここで油糧種子および／または油糧種子中の油は、ＰＵＦＡシンターゼ系によって生成されるＰＵＦＡを含む。いくつかの態様において、遺伝子改変植物、植物の部分、油糧種子、および／または油糧種子中の油は、ＰＵＦＡシンターゼ系の生成物である、検出可能な量の少なくとも１種類のＰＵＦＡを含む。さらなる態様において、そのような植物、植物の部分、油糧種子、および／または油糧種子中の油は、導入されたＰＵＦＡシンターゼ系の主ＰＵＦＡ産物でなく、野生型植物において内因性ＦＡＳ系によって天然に産生されることがない中間生成物および副生成物を実質的に含まないことが可能である。野生型植物は、ＦＡＳ系を介して炭素１８個のＰＵＦＡといったいくつかのより短鎖または中鎖のＰＵＦＡを産生するものの、本明細書に記載されたＰＵＦＡシンターゼ系による遺伝子改変の結果として、植物、植物の部分、油糧種子、および／または油糧種子中の油中に新たなまたは追加的なＰＵＦＡが産生されると考えられる。
【０１９２】
植物の遺伝子改変は、古典的な系統開発および／または分子遺伝学の手法を用いて達成することができる。米国特許出願公開第２００７／０２４４１９２号を参照。所望のアミノ酸配列をコードする組換え核酸分子がその植物のゲノム中に組み入れられているトランスジェニック植物を作製するための方法は、当技術分野において公知である。  例えば、米国特許第５，５６９，５９７号；第５，５８９，３６７号；および第５，３１６，９３１号に記載された方法を用いたウイルスベクターによる単子葉植物の形質転換などにより、ウイルスベクターを用いてトランスジェニック植物を作製することができる。生物的および物理的な形質転換プロトコールを含む、形質転換による遺伝子操作または改変のための方法も当技術分野において周知である。例えば、Ｂ．Ｌ．  Ｍｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ  ｆｏｒ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｆｏｒｅｉｇｎ  ＤＮＡ  ｉｎｔｏ  Ｐｌａｎｔｓ，  ｉｎ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＰＬＡＮＴ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ  ６７−８８  （Ｇｌｉｃｋ，  Ｂ．  Ｒ．  ａｎｄ  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，  Ｊ．  Ｅ．  ｅｄｓ．，  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，  １９９３）を参照。加えて、植物細胞または組織の形質転換および植物の再生のためのベクターおよびインビトロ培養方法も利用可能である。例えば、Ｍ．  Ｙ．  Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｐｌａｎｔ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ，  ｉｎ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＰＬＡＮＴ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ  ８９−１１９  （Ｇｌｉｃｋ，  Ｂ．  Ｒ．  ａｎｄ  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，  Ｊ．  Ｅ．  ｅｄｓ．，  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，  １９９３）を参照。
【０１９３】
発現ベクターを植物に導入するために幅広く利用されている方法は、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の天然の形質転換系に基づく。例えば、Ｈｏｒｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２７：１２２９  （１９８５）および米国特許第６，０５１，７５７号を参照。アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａ．  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）およびアグロバクテリウム・リゾゲネス（Ａ．  ｒｈｉｚｏｇｅｎｅｓ）は、植物細胞を遺伝的に形質転換させる植物病原性土壌細菌である。Ａ．ツメファシエンスおよびＡ．リゾゲネスのそれぞれＴｉプラスミドおよびＲｉプラスミドは、植物の遺伝的形質転換の原因となる遺伝子を保有する。例えば、Ｋａｄｏ，  Ｃ．Ｉ．，  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｐｌａｎｔ．  Ｓｃｉ．  １０：１  （１９９１）を参照されたい。アグロバクテリウムベクター系およびアグロバクテリウムを介した遺伝子導入の方法に関する記載は、Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  前記、Ｍｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  前記、Ｍｏｌｏｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ８：２３８  （１９８９）；ならびに米国特許第５，１７７，０１０号；第５，１０４，３１０号；第５，１４９，６４５号；第５，４６９，９７６号；第５，４６４，７６３号；第４，９４０，８３８号；第４，６９３，９７６号；第５，５９１，６１６号；第５，２３１，０１９号；第５，４６３，１７４号；第４，７６２，７８５号；第５，００４，８６３号；第５，１５９，１３５号；ならびに欧州特許出願第０１３１６２４号、第１２０５１６号、第１５９４１８号、第１７６１１２号、第１１６７１８号、第２９０７９９号、第３２０５００号、第６０４６６２号、第６２７７５２号、第０２６７１５９号および第０２９２４３５号を含む、多くの参考文献によって提供されている。
【０１９４】
植物の形質転換の他の方法には、ＤＮＡが微小発射体（ｍｉｃｒｏｐｒｏｊｅｃｔｉｌｅ）の表面にある状態で運搬される、微小発射体を介した形質転換が含まれる。発現ベクターは、植物細胞壁および膜を貫通するのに十分な速度まで微小発射体を加速する遺伝子銃装置を用いて植物組織に導入される。Ｓａｎｆｏｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐａｒｔ．  Ｓｃｉ．  Ｔｅｃｈｎｏｌ．  ５：２７  （１９８７），  Ｓａｎｆｏｒｄ，  Ｊ．Ｃ．，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  ６：２９９  （１９８８），  Ｓａｎｆｏｒｄ，  Ｊ．Ｃ．，  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  Ｐｌａｎｔ  ７９：２０６  （１９９０），  Ｋｌｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：２６８  （１９９２）、ならびに米国特許第５，０１５，５８０号および第５，３２２，７８３号を参照。細胞内へ向けた微粒子上にコーティングされた遺伝子材料を加速するための方法は、例えば、米国特許第４，９４５，０５０号および第５，１４１，１４１号にも記載されている。植物へのＤＮＡの物理学的送達のための別の方法は、標的細胞の超音波処理である。例えば、Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：９９６  （１９９１）を参照。または、リポソームまたはスフェロプラスト融合も、発現ベクターを植物に導入するために用いられている。例えば、Ｄｅｓｈａｙｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ４：２７３１  （１９８５），  Ｃｈｒｉｓｔｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８４：３９６２  （１９８７）を参照。ＣａＣｌ２沈降、ＤＮＡ注入、ポリビニルアルコールまたはポリ−Ｌ−オルニチンを用いたプロトプラストへのＤＮＡの直接的な取り込みも報告されている。例えば、Ｈａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔ．  １９９：１６１  （１９８５）およびＤｒａｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ２３：４５１  （１９８２）を参照。プロトプラストならびに全細胞および組織のエレクトロポレーションも記載されている。例えば、Ｄｏｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ｉｎ  Ａｂｓｔｒａｃｔｓ  ｏｆ  ＶＩＩｔｈ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｎｇｒｅｓｓ  ｏｎ  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  ＩＡＰＴＣ，  Ａ２−３８，  ｐ．５３  （１９９０）；Ｄ’Ｈａｌｌｕｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ４：１４９５−１５０５  （１９９２）；Ｓｐｅｎｃｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２４：５１−６１  （１９９４）；国際公開公報第８７／０６６１４号、国際公開公報第９２／０９６９６号および国際公開公報第９３／２１３３５号；ならびに米国特許第５，４７２，８６９号および第５，３８４，２５３号を参照。他の形質転換技術には、ｗｈｉｓｋｅｒｓ（ホイスカー）技術が含まれ、これについては例えば、米国特許第５，３０２，５２３号および第５，４６４，７６５号を参照されたい。
【０１９５】
葉緑体またはプラスチドを直接的に形質転換することもできる。そのため、葉緑体またはプラスチドのＤＮＡのみが、上記の核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、さらにはそれらの組み合わせによって改変された組換え植物を作製することができる。葉緑体およびプラスチドにおいて機能するプロモーターは、当技術分野において公知である。例えば、Ｈａｎｌｅｙ−Ｂｏｗｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １２：６７−７０  （１９８７）を参照。異種ＤＮＡが挿入された葉緑体を含む細胞を入手するための方法および組成物は、例えば、米国特許第５，６９３，５０７号および第５，４５１，５１３号に記載されている。
【０１９６】
また、効率的な形質転換をもたらす任意の他の方法を用いることもできる。
【０１９７】
植物の形質転換に用いるのに適したベクターは、当技術分野において公知である。例えば、米国特許第６，４９５，７３８号；第７，２７１，３１５号；第７，３４８，４７３号；第７，３５５，１００号；第７，４５６，３４０号；およびそれらの中に開示された参考文献を参照。
【０１９８】
発現ベクターは、そのマーカーを含む形質転換細胞を、陰性選択、すなわち、選択マーカー遺伝子を含まない細胞の増殖の阻害によって、または陽性選択、すなわち、その遺伝マーカーによってコードされる産物に関するスクリーニングによって回収することを可能にする、調節エレメント（例えば、プロモーター）と機能的に連結された少なくとも１つの遺伝マーカーを含みうる。植物の形質転換のために一般的に用いられる選択マーカー遺伝子は、数多くのものが形質転換の技術分野では周知であり、これには例えば、抗生物質もしくは除草剤である可能性のある選択的化学薬品を代謝的に無毒化する酵素をコードする遺伝子、または、そうした阻害物質に対する感受性のない変化した標的をコードする遺伝子が含まれる。植物の形質転換に適した選択マーカーには、抗生物質であるカナマイシン、ネオマイシンおよびＧ４１８に対する耐性をコードするトランスポゾンＴｎ５（Ａｐｈ  ＩＩ）のアミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ遺伝子、さらには、グリホサート、ハイグロマイシン、メトトレキサート、ホスフィノトリシン（ビアラホス）、イミダゾリノン、スルホニル尿素およびトリアゾロピリミジン系除草剤、例えばクロルスルフロン、ブロモキシニル、ダラポンなどに対する耐性または耐容性をコードする遺伝子が非限定的に含まれる。植物の形質転換のために一般的に用いられる選択マーカー遺伝子の１つは、カナマイシンに対する耐性を付与する、植物調節シグナルの制御下にあるネオマイシンホスホトランスフェラーゼＩＩ（ｎｐｔＩＩ）遺伝子である。例えば、Ｆｒａｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８０：  ４８０３  （１９８３）を参照。一般的に用いられる別の選択マーカー遺伝子は、抗生物質であるハイグロマイシンに対する耐性を付与するハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子である。例えば、Ｖａｎｄｅｎ  Ｅｌｚｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ５：２９９  （１９８５）を参照。抗生物質に対する耐性を付与する、細菌由来のそのほかの選択マーカー遺伝子には、ゲンタマイシンアセチルトランスフェラーゼ、ストレプトマイシンホスホトランスフェラーゼ、アミノグリコシド３’−アデニルトランスフェラーゼおよびブレオマイシン耐性決定因子が含まれる。例えば、Ｈａｙｆｏｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ８６：１２１６  （１９８８），  Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２１０：  ８６  （１９８７），  Ｓｖａｂ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １４：１９７  （１９９０），  Ｈｉｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ７：１７１  （１９８６）を参照。他の選択マーカー遺伝子には、グリホサート、グルホシネート、またはブロモキシニルなどの除草剤に対する耐性を付与するものがある。例えば、Ｃｏｍａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１７：７４１−７４４  （１９８５），  Ｇｏｒｄｏｎ−Ｋａｍｍ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ２：６０３−６１８  （１９９０）およびＳｔａｌｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４１９−４２３  （１９８８）を参���。植物の形質転換のための他の選択マーカー遺伝子には、細菌由来でないものがある。これらの遺伝子には、例えば、マウスジヒドロ葉酸レダクターゼ、植物５−エノールピルビルシキミ酸−３−リン酸シンターゼおよび植物アセト乳酸シンターゼが含まれる。例えば、Ｅｉｃｈｈｏｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  １３：６７  （１９８７），  Ｓｈａｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３３：４７８  （１９８６），  Ｃｈａｒｅｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐ．  ８：６４３  （１９９０）を参照。
【０１９９】
レポーター遺伝子を、選択マーカーを伴って、または伴わずに用いることができる。レポーター遺伝子とは、典型的にはレシピエントの生物または組織に存在せず、典型的には、何らかの表現型変化または酵素特性をもたらすタンパク質をコードする、遺伝子のことである。例えば、Ｋ．  Ｗｅｉｓｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２２：  ４２１  （１９８８）を参照。レポーター遺伝子には、β−グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）、β−ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、緑色蛍光タンパク質およびルシフェラーゼ遺伝子が非限定的に含まれる。例えば、Ｊｅｆｆｅｒｓｏｎ，  Ｒ．  Ａ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  Ｒｅｐ．  ５：３８７  （１９８７），  Ｔｅｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ８：３４３  （１９８９），  Ｋｏｎｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８４：１３１  （１９８７），  ＤｅＢｌｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ３：１６８１  （１９８４）、およびＣｈａｌｆｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６３：８０２  （１９９４）を参照。レポーター遺伝子の発現を検出するためのアッセイは、遺伝子をレシピエント細胞に導入した後の適した時点で行うことができる。そのようなアッセイの１つは、Ｊｅｆｆｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  Ｔｒａｎｓ．  １５：  １７−１９  （１９８７）によって記載された、大腸菌のｕｉｄａ座位（ｕｉｄａ  ｌｏｃｕｓ）のβ−グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）をコードする遺伝子の使用を伴う。
【０２００】
種々の供給源に由来するプロモーター調節エレメントを、植物細胞において外来性遺伝子を発現させるために効率的に用いることができる。例えば、細菌由来のプロモーター調節エレメント、例えばオクトピンシンターゼプロモーター、ノパリンシンターゼプロモーター、マンノピンシンターゼプロモーター、さらにはウイルス由来のプロモーター、例えばカリフラワーモザイクウイルスプロモーター（３５Ｓおよび１９Ｓ）、３５Ｔプロモーター（これは再構築された３５Ｓプロモーターである。国際公開公報第９７／１３４０２号を参照）を用いることができる。植物プロモーター調節エレメントには、リブロース−１，６−二リン酸（ＲＵＢＰ）カルボキシラーゼ小サブユニット（ｓｓｕ）、β−コングリシニンプロモーター、β−ファゼオリンプロモーター、ＡＤＨプロモーター、熱ショックプロモーターおよび組織特異的プロモーターが非限定的に含まれる。マトリックス付着領域、スカフォールド付着領域、イントロン、エンハンサーおよびポリアデニル化配列を、転写効率またはＤＮＡ組込みを向上させるために用いることもできる。そのようなエレメントを含めることで、植物における形質転換されたＤＮＡの最適な遂行能力を得ることができる。典型的なエレメントには、Ａｄｈ−イントロン１、Ａｄｈ−イントロン６、アルファルファモザイクウイルスコートタンパク質リーダー配列、トウモロコシ縞葉枯病ウイルスコートタンパク質リーダー配列、さらには当業者が利用することのできる他のものが非限定的に含まれる。また、連続的な遺伝子発現を導くために構成性プロモーター調節エレメントを用いることもできる。構成性プロモーターには、ＣａＭＶ由来の３５Ｓプロモーター（Ｏｄｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：８１０−８１２  （１９８５））のような植物ウイルス由来のプロモーター、およびイネアクチン（ＭｃＥｌｒｏｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ２：１６３−１７１  （１９９０））、ユビキチン（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １２：６１９−６３２  （１９８９）およびＣｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １８：６７５−６８９  （１９９２））、ｐＥＭＵ（Ｌａｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｈｅｏｒ．  Ａｐｐｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  ８１：５８１−５８８  （１９９１））、ＭＡＳ（Ｖｅｌｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ３：２７２３−２７３０  （１９８４））、トウモロコシＨ３ヒストン（Ｌｅｐｅｔｉｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２３１：２７６−２８５  （１９９２）およびＡｔａｎａｓｓｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ２（３）：  ２９１−３００  （１９９２））などの遺伝子由来のプロモーター、ならびにセイヨウアブラナ（Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｎａｐｕｓ）ＡＬＳ３構造遺伝子の５’側のＸｂａｌ／ＮｃｏＩ断片であるＡＬＳプロモーター（またはＸｂａｌ／ＮｃｏＩ断片に類似したヌクレオチド配列）が非限定的に含まれる（国際公開公報第９６／３０５３０号）。また、組織特異的プロモーター調節エレメントを、特定の種類の細胞または組織、例えば葉または種子などにおける遺伝子発現のた���に用いることもできる（例えば、ゼイン、オレオシン、ナピン、ＡＣＰ、グロブリンなど）。組織特異的または組織選好的なプロモーターには、ファゼオリン遺伝子などに由来する根選好的プロモーター（Ｍｕｒａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３：４７６−４８２  （１９８３）およびＳｅｎｇｕｐｔａ−Ｇｏｐａｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８２：３３２０−３３２４  （１９８５））；ｃａｂまたはルビスコなどに由来する葉特異的かつ光誘導性のプロモーター（Ｓｉｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ４（１１）：２７２３−２７２９  （１９８５）およびＴｉｍｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１８：５７９−５８２  （１９８５））；ＬＡＴ５２などに由来する葯特異的プロモーター（Ｔｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２１７：２４０−２４５  （１９８９））；Ｚｍ１３などに由来する花粉特異的プロモーター（Ｇｕｅｒｒｅｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２４４：１６１−１６８  （１９９３））；または、ａｐｇなどに由来する小胞子選好的プロモーター（Ｔｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｅｘ．  Ｐｌａｎｔ  Ｒｅｐｒｏｄ．  ６：２１７−２２４  （１９９３））が非限定的に含まれる。また、プロモーター調節エレメントが、植物の発生のある特定の段階において、ならびに植物の組織および器官において活性を有してもよく、これには、花粉特異的、胚特異的、トウモロコシ毛特異的、綿繊維特異的、根特異的および種子内乳特異的なプロモーター調節エレメントが非限定的に含まれる。特定のシグナル、例えば：物理的刺激（熱ショック遺伝子）；光（ＲＵＢＰカルボキシラーゼ）；ホルモン（Ｅｍ）；代謝産物；化学物質；およびストレスなどに応答しての遺伝子の発現の原因となる、誘導性プロモーター調節エレメントを用いることもできる。誘導性プロモーターには、銅に応答するＡＣＥＩ系（Ｍｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  ＰＮＡＳ  ９０：４５６７−４５７１  （１９９３））、ベンゼンスルホンアミド系除草剤の毒性緩和剤に応答するトウモロコシのＩｎ２遺伝子（Ｈｅｒｓｈｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２２７：２２９−２３７  （１９９１）およびＧａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２４３：３２−３８  （１９９４））、Ｔｎ１０のＴｅｔリプレッサー（Ｇａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２２７：２２９−２３７  （１９９１））；および、グルココルチコステロイドホルモンによって転写活性が誘導されるステロイドホルモン遺伝子（Ｓｃｈｅｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８８：０４２１  （１９９１）に由来するプロモーターが非限定的に含まれる。
【０２０１】
また、ポリペプチドを細胞内オルガネラもしくは細胞内区画に導くため、またはアポプラストへの分泌のために、シグナル配列を用いることもできる。例えば、Ｂｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２０：４９  （１９９２），  Ｋｎｏｘ，  Ｃ．，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ９：３−１７  （１９８７），  Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ９１：１２４−１２９  （１９８９），  Ｆｏｎｔｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ３：４８３−４９６  （１９９１），  Ｍａｔｓｕｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ８８：８３４  （１９９１），  Ｇｏｕｌｄ  ｅｔ  ａｌ，，  Ｊ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．  １０８：１６５７  （１９８９），  Ｃｒｅｉｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｊ．  ２：１２９  （１９９１），  Ｋａｌｄｅｒｏｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｅｌｌ  ３９：４９９−５０９  （１９８４）、およびＳｔｅｉｆｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ２：７８５−７９３  （１９９０）を参照。そのような標的指向性配列は、発現された所望のタンパク質を、それが最も効果的に機能する細胞構造に、または所望の表現型機能のために必要な細胞プロセスが集中している領域に移行させるようにする。
【０２０２】
いくつかの態様において、シグナル配列は、本発明のタンパク質を細胞内区画に、例えばプラスチドまたは葉緑体に導くために用いられる。異種遺伝子産物を含め、遺伝子産物は、その遺伝子産物を、葉緑体移入の際に切断されて成熟タンパク質を生じるシグナル配列と融合させることにより、プラスチドまたは葉緑体に向かわせることができる。例えば、Ｃｏｍａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６３：  １５１０４−１５１０９  （１９８８）およびｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｒｏｅｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：  ３５８−３６３  （１９８５）を参照。適切なシグナル配列をコードするＤＮＡを、ＲＵＢＩＳＣＯタンパク質、ＣＡＢタンパク質、ＥＰＳＰシンターゼ酵素、ＧＳ２タンパク質、または標的指向性タンパク質を葉緑体に導くシグナル配列（葉緑体移行ペプチド（ＣＴＰ）とも呼ばれる）を含むあらゆる天然の葉緑体標的指向性タンパク質をコードするｃＤＮＡから単離することができる。そのような葉緑体標的指向性タンパク質は当技術分野において周知である。葉緑体標的指向性タンパク質を、より大型の前駆体タンパク質として、その前駆体を葉緑体移入機構に導くアミノ末端ＣＴＰを含むように合成する。ＣＴＰは一般に、葉緑体オルガネラ内部に位置する特異的エンドプロテアーゼによって切断され、それにより、酵素などの活性タンパク質を含む標的指向性成熟タンパク質が、前駆体から葉緑体環境に放出される。遺伝子または遺伝子産物を植物細胞の葉緑体またはプラスチドに向かわせるために適したペプチドをコードする配列の例には、ペチュニアＥＰＳＰＳ  ＣＴＰ、アラビドプシス（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＥＰＳＰＳ  ＣＴＰ２、ならびに当技術分野において公知であるイントロンおよび他の配列が含まれる。ＣＴＰの特定の例には、シロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ）リブロース二リン酸カルボキシラーゼ小サブユニットａｔｓ１Ａ移行ペプチド、シロイヌナズナＥＰＳＰＳ移行ペプチド、およびトウモロコシ（Ｚｅａ  ｍａｉｚｅ）リブロース二リン酸カルボキシラーゼ小サブユニット移行ペプチドが非限定的に含まれる。最適化された移行ペプチドは、例えば、Ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｒｏｅｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：３５８−３６３  （１９８５）に記載されている。原核生物性および真核生物性のシグナル配列は、例えば、Ｍｉｃｈａｅｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  ３６：  ４２５  （１９８２）によって開示されている。本発明に用いることのできる移行ペプチドのそのほかの例には、Ｖｏｎ  Ｈｅｉｊｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  Ｒｅｐ．  ９：１０４−１２６（１９９１）；Ｍａｚｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  ８５：  １１１０  （１９８７）；Ｖｏｒｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｅ  ６５：  ５９  （１９８８）；Ｃｈｅｎ  ＆  Ｊａｇｅｎｄｏｒｆ，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６８：  ２３６３−２３６７  （１９９３）に記載された葉緑体移行ペプチド；ニコチアナ・プルムバギニフォリア（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ  ｐｌｕｍｂａｇｉｎｉｆｏｌｉａ）のｒｂｃＳ遺伝子に由来する移行ペプチド（Ｐｏｕｌｓｅ��  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０５：  １９３−２００  （１９８６））；およびセイヨウアブラナのアシル−ＡＣＰチオエステラーゼに由来する移行ペプチド（Ｌｏａｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２３：  ７６９−７７８  （１９９３）；Ｌｏａｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  １１０：３３６−３３６  （１９９５）が含まれる。
【０２０３】
本発明の遺伝子改変植物を、内因性脂肪酸シンターゼを欠失または失活させるため、マロニルＣｏＡをめぐる外因性ＰＵＦＡシンターゼ系との内因性競合を低下させるため、生物におけるマロニルＣｏＡのレベルを上昇させるため、およびそれらの組み合わせのために、さらに改変することもできる。例えば、米国特許出願公開第２００７／０２４５４３１号を参照。
【０２０４】
遺伝子改変植物は、発酵培地中で培養するか、または土壌のような適した媒質中で成長させる。高等植物のために適した成長培地には、土壌、砂、根の成長または水耕栽培を補助する他の任意の粒状媒質（例えば、バーミキュライト、パーライトなど）、ならびに適切な光、水および高等植物の成長を最適化する栄養補給剤を非限定的に含む、植物のための任意の増殖培地が含まれる。ＰＵＦＡは、植物から化合物を抽出する精製プロセスにより、遺伝子改変植物から回収することができる。ＰＵＦＡは、植物を収穫することにより、さらには植物（例えば、油糧種子）から油を収集することにより、回収することができる。また、植物をその自然の状態で消費してもよく、または消費可能な製品へさらに加工処理してもよい。いくつかの態様において、本発明は、遺伝子改変植物を対象とし、ここでこの植物は遺伝子改変の結果として少なくとも１種類のＰＵＦＡを産生し、この植物、またはＰＵＦＡを蓄積する植物の部分における総脂肪酸プロフィール  は、植物の遺伝子改変の結果として産生された、検出可能な量のＰＵＦＡを含む。いくつかの態様において、植物は油糧種子植物である。いくつかの態様において、油糧種子植物はＰＵＦＡをその成熟種子中に産生するか、またはＰＵＦＡをその種子の油中に含む。
【０２０５】
また、さまざまな哺乳動物細胞培養系を用いて、組換えタンパク質を発現させることもできる。発現ベクターは、複製起点、適したプロモーターおよびエンハンサー、さらには何らかの必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナー部位およびアクセプター部位、転写終結配列、ならびに５’フランキング非転写配列を含むと考えられる。
【０２０６】
異種発現を伴う方法
本発明は、以下の段階を含む、少なくとも１種類のＰＵＦＡを産生するための方法を対象とする：宿主細胞において、ＰＵＦＡを産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ系を発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ系が、本明細書に記載された単離された核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、ならびにそれらの組み合わせを含み、少なくとも１つのＰＵＦＡが産生される、段階。いくつかの態様において、少なくとも１種類のＰＵＦＡには、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの態様において、宿主細胞は植物細胞、単離された動物細胞、または微生物細胞である。いくつかの態様において、宿主細胞はヤブレツボカビである。
【０２０７】
本発明は、以下の段階を含む、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質を産生するための方法を対象とする：宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子が、宿主細胞において、本明細書に記載された単離された核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、ならびにそれらの組み合わせを含み、かつＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む脂質が産生される、段階。
【０２０８】
本発明は、宿主細胞において、脂質を産生させるのに有効な条件下でＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を発現させる段階、および宿主細胞から脂質を単離する段階を含む、宿主細胞から脂質を単離する方法を対象とし、ここで、宿主細胞におけるＰＵＦＡシンターゼ系は、本明細書に記載された単離された核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、ならびにそれらの組み合わせを含む。
【０２０９】
いくつかの態様においては、ＰＵＦＡを含む１つまたは複数の脂質画分を宿主細胞から単離する。いくつかの態様において、宿主細胞から単離される１つまたは複数の画分には、総脂肪酸画分、ステロールエステル画分、トリグリセリド画分、遊離脂肪酸画分、ステロール画分、ジグリセロール画分、リン脂質画分、またはそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの態様においては、ＰＵＦＡを宿主細胞から単離し、ここでＰＵＦＡは、宿主細胞に導入されたＰＵＦＡシンターゼ系の組成に基づき、ω−３脂肪酸、ω−６脂肪酸、またはそれらの組み合わせに富む。いくつかの態様において、ＰＵＦＡは、宿主細胞に導入されたＰＵＦＡシンターゼ系の組成に基づき、ＤＨＡ、ＥＰＡ、ＤＰＡ  ｎ−６、ＡＲＡ、またはそれらの組み合わせに富む。いくつかの態様において、ＰＵＦＡはＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせに富む。いくつかの態様において、宿主細胞から単離されたＰＵＦＡのＰＵＦＡプロフィールは、高濃度のＤＨＡ、および低濃度のＥＰＡ、ＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの態様において、宿主細胞から単離されたＰＵＦＡのＰＵＦＡプロフィールは、高濃度のＤＨＡおよびＥＰＡ、ならびに低濃度のＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの態様において、宿主細胞から単離されたＰＵＦＡのＰＵＦＡプロフィールは、高濃度のＥＰＡ、および低濃度のＤＨＡ、ＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６またはそれらの組み合わせを含む。
【０２１０】
本発明は、ＰＵＦＡシンターゼ活性を有する生物において、不活性な活性もしくは消失したＰＵＦＡシンターゼ活性を置き換える方法、新たなＰＵＦＡシンターゼ活性を導入する方法、または既存のＰＵＦＡシンターゼ活性を増強する方法であって、その生物において、ＰＵＦＡシンターゼ活性を発現させるのに有効な条件下で、本明細書に記載された単離された核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、ならびにそれらの組み合わせを発現させる段階を含む方法を対象とする。いくつかの態様において、核酸分子は、１つまたは複数のＰＵＦＡシンターゼドメインをコードする、本明細書に記載された１つまたは複数のＰＦＡ１、ＰＦＡ２またはＰＦＡ３  ＰＵＦＡシンターゼポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、生物のＰＵＦＡプロフィールは、１つまたは複数の本発明の核酸分子の導入によって改変される。いくつかの態様において、改変されたＰＵＦＡプロフィールには、ω−３脂肪酸の増加およびω−６脂肪酸の増加が含まれる。いくつかの態様において、改変されたＰＵＦＡプロフィールには、ω−６脂肪酸の増加およびω−３脂肪酸の減少が含まれる。いくつかの態様においては、ω−３およびω−６脂肪酸の両方が増加する。いくつかの態様においては、ＤＨＡの量は増加し、一方、ＥＰＡ、ＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６の１つもしくは複数、またはそれらの組み合わせの量は維持されるかまたは減少する。いくつかの態様においては、ＥＰＡおよびＤＨＡの量は増加し、一方、ＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６またはそれらの組み合わせの量は維持されるかまたは減少する。いくつかの態様においては、ＥＰＡの量は増加し、一方、ＥＰＡ、ＡＲＡ、ＤＰＡ  ｎ−６の１つもしくは複数、またはそれらの組み合わせの量は維持されるかまたは減少する。いくつかの態様において、核酸分子は、ＰＦＡ３またはその中の１つもしくは複数のドメインのポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、核酸分子はＰＦＡ３またはその中の１つもしくは複数のドメインのポリヌクレオチド配列を含み、その生物におけるω−３脂肪酸の量は増加し、一方、ω−６脂肪酸の量は減少する。いくつかの態様において、核酸分子はＰＦＡ２またはその中の１つもしくは複数のドメインのポリヌクレオチド配列を含み、その生物におけるＤＨＡの量は増加し、一方、ＥＰＡの量は減少する。
【０２１１】
本発明は、以下の段階を含む、ＰＵＦＡシンターゼ活性を有する生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生を増加させる方法を対象とする：その生物において、本明細書に記載された単離された核酸分子および組換え核酸分子のいずれか、ならびにそれらの組み合わせを、ＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせを産生させるのに有効な条件下で発現させる段階であって、ＰＵＦＡシンターゼ活性が、その生物において、不活性な活性または消失した活性に取って代わるか、新たな活性を導入するか、または既存の活性を増強し、かつその生物におけるＤＨＡ、ＥＰＡ、またはそれらの組み合わせの産生が増加する、段階。
【０２１２】
本発明を全般的に説明してきたが、本明細書に提示された実施例を参照することにより、さらなる理解を得ることができる。これらの例は、例示のみを目的としており、限定を意図したものではない。
【実施例】
【０２１３】
実施例１
ＰＵＦＡシンターゼのＫＳおよびＤＨドメイン用の縮重プライマーを、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ９６９５としても公知であるＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９６９５として寄託された分離された微生物から対応する配列を単離する目的で設計した。
【０２１４】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１  ＫＳ領域（すなわち、ＫＳドメインを含む領域）用の縮重プライマーを、シュワネラ・ジャポニカ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｊａｐｏｎｉｃａ）、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８、スラウストキトリウム・アウレウム（ＡＴＣＣ  ３４３０４）およびヤブレツボカビ属種２３Ｂ  ＡＴＣＣ  ２０８９２に関して公表されているＰＦＡ１（以前はｏｒｆＡまたはＯＲＦ  １と称された）配列に基づいて設計した：
0006659044.tif 000002
【０２１５】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（以前はｏｒｆＣまたはＯＲＦ  ３と称された）のＤＨ領域用の縮重プライマーは、モリテーラ・マリーナ（Ｍｏｒｉｔｅｌｌａ  ｍａｒｉｎａ）；シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８；シュワネラ属種ＳＣＲＣ２７３８；フォトバクター・プロファンダム（Ｐｈｏｔｏｂａｃｔｅｒ  ｐｒｏｆｕｎｄｕｍ）；およびヤブレツボカビ属種２３Ｂ  ＡＴＣＣ  ２０８９２に関して公表されている配列に基づいて設計した：
0006659044.tif 000003
【０２１６】
染色体ＤＮＡテンプレートを用いるＰＣＲ条件は以下の通りとした：０．２μＭのｄＮＴＰ、０．１ｕＭの各プライマー、８％  ＤＭＳＯ、２００ｎｇの染色体ＤＮＡ、２．５ＵのＨｅｒｃｕｌａｓｅ（登録商標）ＩＩ融合ポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）および１×Ｈｅｒｃｕｌａｓｅ（登録商標）緩衝剤（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）を５０μＬの全容積中に。ＰＣＲプロトコールには以下の段階を含めた：（１）９８℃を３分間；（２）９８℃を３０秒間；（３）５０℃を３０秒間；（４）７２℃を２分間；（５）段階２〜４を４０サイクル繰り返す；（６）７２℃を５分間；および（７）６℃に保つ。
【０２１７】
どちらのプライマー対の場合も、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９６９５由来の染色体テンプレートを用いたＰＣＲにより、予想されたサイズの別個のＤＮＡ産物が生じた。各々のＰＣＲ産物をベクターｐＪＥＴ１．２／ｂｌｕｎｔ（Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）中に製造元の指示に従ってクローニングし、インサート配列を、供給された標準的なプライマーを用いて決定した。
【０２１８】
ＰＣＲ産物から得られたＤＮＡ配列を、ＮＣＢＩ  ＧｅｎＢａｎｋから、標準的なＢＬＡＳＴｘ検索（ＢＬＡＳＴｘパラメーター：低複雑度フィルターをオンに；マトリックス：ＢＬＯＳＵＭ６２；ギャップコスト（Ｇａｐ  ｃｏｓｔ）；Ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ  １１、Ｅｘｔｅｎｓｔｉｏｎ１。Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ｆ．  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｔｈｏｍａｓ  Ｌ．  Ｍａｄｄｅｎ，  Ａｌｅｊａｎｄｒｏ  Ａ．  Ｓｃｈａｆｆｅｒ，  Ｊｉｎｇｈｕｉ  Ｚｈａｎｇ，  Ｚｈｅｎｇ  Ｚｈａｎｇ，  Ｗｅｂｂ  Ｍｉｌｌｅｒ，  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｊ．  Ｌｉｐｍａｎ  （１９９７），  “Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：  ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ”，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２）で得られた公知の配列と比較した。
【０２１９】
アミノ酸レベルで、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５由来のＫＳ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下のものであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＡ」（同一性＝８７％；陽性率＝９２％）；シュワネラ・オネイデンシス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｏｎｅｉｄｅｎｓｉｓ）ＭＲ−１「多ドメインβ−ケトアシルシンターゼ」（同一性＝４９％；陽性率＝６４％）；およびシュワネラ属種ＭＲ−４「β−ケトアシルシンターゼ」（同一性＝４９％；陽性率＝６４％）。
【０２２０】
アミノ酸レベルで、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５由来のＤＨ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下のものであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＣ」（同一性＝６１％；陽性率＝７１％）；シュワネラ・ペアレアナ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｐｅａｌｅａｎａ）ＡＴＣＣ  ７００３４５「β−ヒドロキシアシル−（アシル−キャリアータンパク質）デヒドラターゼＦａｂＡ／ＦａｂＺ」（同一性＝３５％；陽性率＝５０％）；およびシュワネラ・セディミニス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｓｅｄｉｍｉｎｉｓ）ＨＡＷ−ＥＢ３「ω−３多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＣ」（同一性＝３４％；陽性率＝５０％）。
【０２２１】
実施例２
ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５から同定した。
【０２２２】
ゲノムＤＮＡを微生物から標準的な手順によって調製した。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｊ．  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ  Ｄ．  ２００１．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，  ３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ．  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照。手短に述べると：（１）対数期中間部の培養物から、５００μＬの細胞をペレット化した。細胞を再遠心し、小口径チップを用いて細胞から液体の痕跡をすべて取り除いた；（２）ペレットを、２００μＬの溶解用緩衝剤（２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ  ８．０、１２５μｇ／ｍＬのプロテイナーゼＫ、５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ  ｐＨ  ８．０、０．５％  ＳＤＳ）で再懸濁させた；（３）細胞を５０℃で１時間にわたって溶解させた；（４）溶解混合物をピペット操作によってフェーズロック（ｐｈａｓｅ−ｌｏｃｋ）ゲル（ＰＬＧ−Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）２ｍＬチューブに移した；（５）等容積のＰ：Ｃ：Ｉを添加し、１．５時間にわたり混合させた；（６）チューブを１２ｋ×ｇで５分間遠心した；（７）ＰＬＧチューブ内のゲルの上の水相を除去し、等容積のクロロホルムを水相に添加して、３０分間にわたり混合した；（８）チューブを１４ｋでおよそ５分間にわたって遠心した；（９）上層（水相）をピペット操作によってクロロホルムから取り出して、新たなチューブに入れた；（１０）０．１倍容積の３Ｍ  ＮａＯＡＣを添加して、混合した（数回倒置した）；（１１）２倍容積の１００％  ＥｔＯＨを添加し、この段階で形成されるゲノムＤＮＡ沈降物とともに混合した（数回倒置した）；（１２）チューブを微量遠心管に入れ、４℃にて１４ｋでおよそ１５分間遠心した；（１３）液体を丁寧に注ぎ出し、ゲノムＤＮＡがチューブの底に残るようにした；（１４）ペレットを０．５ｍＬの７０％  ＥｔＯＨで洗浄した；（１５）チューブを微量遠心管に入れ、４℃にて１４ｋでおよそ５分間遠心した；（１６）ＥｔＯＨを丁寧に注ぎ出し、ゲノムＤＮＡペレットを乾燥させた；および（１７）適した容積のＨ２ＯおよびＲＮアーゼを、ゲノムＤＮＡペレットに直接添加した。
【０２２３】
この単離したゲノムＤＮＡを用いて、大きな断片（およそ４０ｋＢ）からなる組換えライブラリーを、製造元の指示に従ってコスミドｐＷＥＢ−ＴＮＣ（商標）（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）中に作製した。コスミドライブラリーを、３２Ｐ放射性標識プローブを用いる標準的なコロニーハイブリダイゼーション手順によってスクリーニングした（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｊ．  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ  Ｄ．  ２００１．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，  ３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ．  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）。これらのプローブは、実施例１に記載したような他の生物に由来する公表されているＰＵＦＡシンターゼ配列に対して相同なＤＮＡを含んでいた。これらのプローブは、上記のｐＪＥＴ１．２／ｂｌｕｎｔ由来の各々のクローンのクローニングされた断片のＤＮＡ制限消化によって作製し、標準的な方法によって標識した。いずれの場合にも、個々のプローブの、ある特定のコスミドに対する強いハイブリダイゼーションにより、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子に対して相同なＤＮＡを含むクローンが指し示された。
【０２２４】
コスミドクローンｐＤＳ１１５はプローブとＫＳ領域との強いハイブリダイゼーションを明らかに示し、これをシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１遺伝子のＤＮＡシークエンシングのために選択した。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５のＰＦＡ１遺伝子およびＰＦＡ２遺伝子を含むコスミドクローンｐＤＳ１１５は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年１月２７日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９７３７を付与された。実施例１において決定されたＫＳ領域のＤＮＡ配列に対するシークエンシング用プライマーを、標準的な方法を用いて設計した。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１のＤＮＡ配列を決定するために、コスミドクローンの「ウォーキング」を行わせる目的で、標準的な方法によるシークエンシング用プライマーの設計を以後に伴う、連続した複数回のＤＮＡシークエンシングを行った。
【０２２５】
以前に公表されているヤブレツボカビＰＵＦＡシンターゼ系では、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子ＰＦＡ１およびＰＦＡ２は１つにまとまってクラスター化しており、多岐に転写されるように配置されている。これはシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５由来のＰＦＡ１およびＰＦＡ２の場合も同様である。コスミドクローンｐＤＳ１１５由来のＤＮＡ配列の「ウォーキング」により、ＰＦＡ２の概念上の開始部はＰＦＡ１の開始部から４９３ヌクレオチドのところにあり、多岐に転写されることが見いだされた。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５のＰＦＡ１およびＰＦＡ２  ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子の各ヌクレオチド塩基対を、少なくとも２つの別個のＤＮＡシークエンシング反応により、最小総合（ｍｉｎｉｍｕｍ  ａｇｇｒｅｇａｔｅｄ）Ｐｈｒｅｄスコアが少なくとも４０（信頼水準９９．９９％）であるという高品位でカバーした。
【０２２６】
コスミドクローンｐＢＳ４は、プローブとＤＨ領域との強いハイブリダイゼーションを明らかに示し、これをシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３遺伝子のＤＮＡシークエンシングのために選択した。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３遺伝子を含むコスミドクローンｐＢＳ４は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年１月２７日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−９７３６を付与された。実施例１において決定されたＤＨ領域のＤＮＡ配列に対して、標準的な方法を用いてシークエンシング用プライマーを設計した。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３遺伝子のＤＮＡ配列を決定するために、コスミドクローンの「ウォーキング」を行わせる目的で、標準的な方法によるシークエンシング用プライマーの設計を以後に伴う、連続した複数回のＤＮＡシークエンシングを行った。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３遺伝子の各ヌクレオチド塩基対を、少なくとも２つの別個のＤＮＡシークエンシング反応により、最小総合Ｐｈｒｅｄスコアが少なくとも４０（信頼水準９９．９９％）であるという高品位でカバーした。
【０２２７】
表１は、以前に公表されている配列と比較した、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５のＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）、ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）およびＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）ポリヌクレオチド配列に関する同一性を示している。同一性は、ＤＮＡアラインメントのための標準の１つである、ＶｅｃｔｏｒＮＴＩプログラムの「ＡｌｉｇｎＸ」プログラムの中のスコアリングマトリックス「ｓｗｇａｐｄｎａｍｔ」によって決定した。
【０２２８】
（表１）ＰＦＡ１、ＰＦＡ２、およびＰＦＡ３ポリヌクレオチド配列に対する同一性％
0006659044.tif 000004
【０２２９】
表２は、以前に公表されているＰＵＦＡシンターゼアミノ酸配列と比較した、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５のＰｆａ１ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）、Ｐｆａ２ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）およびＰｆａ３ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６）に関するアミノ酸配列の同一性を示している。同一性は、タンパク質アラインメントのための標準の１つである、ＶｅｃｔｏｒＮＴＩプログラムの「ＡｌｉｇｎＸ」プログラムの中のスコアリングマトリックス「ｂｌｏｓｕｍ６２ｍｔ２」を用いることによって決定した。
【０２３０】
（表２）Ｐｆａ１ｐ、Ｐｆａ２ｐ、およびＰｆａ３ｐアミノ酸配列に対する同一性％
0006659044.tif 000005
【０２３１】
実施例３
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３のＰＵＦＡシンターゼドメインおよび活性部位のそれぞれについて、配列座標に注釈づけを行うためにドメイン解析を行った。ドメインは、ＰＵＦＡシンターゼ、脂肪酸シンターゼおよびポリケチドシンターゼの公知のドメインに対する相同性に基づいて同定した。
【０２３２】
表３は、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２３３】
（表３）シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１のドメイン解析
0006659044.tif 000006
0006659044.tif 000007
【０２３４】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１における第１のドメインはＫＳドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＫＳドメインをコードするヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の７〜１４０１位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＫＳドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の３〜４６７位に対応する。ＫＳドメインは活性部位モチーフ：ＤＸＡＣ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）を含み、ここで＊アシル結合部位（ｂｉｎｄｉｎｇ  ｃｉｔｅ）はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＣ２０３に対応する。また、ＫＳドメインの末端にも特徴的モチーフ：ＧＦＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４）が存在し、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の４５５〜４５８位およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８の４５３〜４５６位に対応する。
【０２３５】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１における第２のドメインは、ＭＡＴドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＭＡＴドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の１７９８〜２７００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＭＡＴドメインを含むアミノ酸配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の６００〜９００位に対応する。ＭＡＴドメインは活性部位モチーフ：ＧＨＳ＊ＸＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）を含み、ここで＊アシル結合部位はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＳ６９９に対応する。
【０２３６】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１の第３〜第８のドメインは６個の縦列ＡＣＰドメインであり、これは本明細書中でＡＣＰ１、ＡＣＰ２、ＡＣＰ３、ＡＣＰ４、ＡＣＰ５およびＡＣＰ６とも称される。第１のＡＣＰドメインであるＡＣＰ１を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約３３２５位から約３６００位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ１を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１１０９位から約１２００位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ２を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約３６６７位から約３９４２位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ２を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１２２３位から約１３１４位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ３を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約４０１５位から約４２９０位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ３を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１３３９位から約１４３０位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ４を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約４３６３位から約４６３８位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ４を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１４５５位から約１５４６位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ５を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約４７１１位から約４９８６位にわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ５を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１５７１位から約１６６２位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ６を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約５０５３位から約５３２８位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ６を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１６８５位から約１７７６位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。この６個のＡＣＰドメインの全体を合わせると、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約３２９８位から約５４００位までのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１の領域にわたり、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の約１１００〜約１８００のアミノ酸位置に対応する。６個のドメインすべてを含むＡＣＰ領��全体のヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１として表されている；一方、６個のドメインすべてを含むＡＣＰ領域全体のアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２として表されている。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１の内部の６個のＡＣＰドメインの反復間隔はおよそ３４２ヌクレオチド毎であることが見いだされた（隣り合う活性部位セリン間で計測した実際のアミノ酸の数は１１４〜１１６アミノ酸の範囲である）。６個のＡＣＰドメインはそれぞれパンテテイン結合モチーフＬＧＩＤＳ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７）を含み、ここでＳ＊はパンテテイン結合部位セリン（Ｓ）である。パンテテイン結合部位セリン（Ｓ）は各ＡＣＰドメイン配列の中央近くに位置する。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸配列に関して、６個のＡＣＰＤドメインのそれぞれについての活性部位セリン残基（すなわち、パンテテイン結合部位）の位置は以下の通りである：ＡＣＰ１＝Ｓ１１５２、ＡＣＰ２＝Ｓ１２６６、ＡＣＰ３＝Ｓ１３８２、ＡＣＰ４＝Ｓ１４９８、ＡＣＰ５＝Ｓ１６１４、およびＡＣＰ６＝Ｓ１７２８。
【０２３７】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１における第９のドメインはＫＲドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＫＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の５６２３〜７８００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＫＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の１８７５〜２６００位に対応する。ＫＲドメインの内部には、短鎖アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＫＲはこのファミリーのメンバーである）に対する相同性を有するコア領域（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８のヌクレオチド配列およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４９のアミノ酸配列の内部に含まれる）がある。このコア領域はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の約５９９８位〜約６９００にわたり、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のアミノ酸２０００〜２３００位に対応する。
【０２３８】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１における第１０のドメインはＤＨドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＤＨドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の７０２７〜７０６５位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ１  ＤＨドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の２３４３〜２３５５位に対応する。ＤＨドメインは、保存された活性部位モチーフ（Ｄｏｎａｄｉｏ，  Ｓ．  ａｎｄ  Ｋａｔｚ，，  Ｌ．，  Ｇｅｎｅ  １１１（１）：  ５１−６０  （１９９２）を参照）：ＬｘｘＨｘｘｘＧｘｘｘｘＰ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０）を含む。
【０２３９】
表４は、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２４０】
（表４）シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２のドメイン解析
0006659044.tif 000008
【０２４１】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２における第１のドメインはＫＳドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＫＳドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の１０〜１３５０位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＫＳドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４の４〜４５０位に対応する。ＫＳドメインは活性部位モチーフ：ＤＸＡＣ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）を含み、ここで＊アシル結合部位はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４のＣ１９１に対応する。また、ＫＳドメインの末端にも特徴的モチーフ：ＧＦＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４）が存在し、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４の４３８〜４４１位およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０の４３５〜４３８位に対応する。
【０２４２】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２における第３のドメインはＣＬＦドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＣＬＦドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の１４０８〜２７００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＣＬＦドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４の４７０〜９００位に対応する。
【０２４３】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２における第３のドメインはＡＴドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＡＴドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の２９９８〜４２００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＡＴドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４の１０００〜１４００位に対応する。ＡＴドメインは、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）タンパク質に特徴的な活性部位モチーフＧｘＳ＊ｘＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２）を含み、ここで活性部位セリン残基はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４のＳ１１４１に対応する。
【０２４４】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２の第４のドメインはＥＲドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ２  ＥＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の４４９８〜５７００位に対応する。このＰｆａ２  ＥＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４の１５００〜１９００位に対応する。
【０２４５】
表５は、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２４６】
（表５）シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３のドメイン解析
0006659044.tif 000009
【０２４７】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３の第１および第２のドメインはＤＨドメインであり、これは本明細書中でそれぞれＤＨ１およびＤＨ２と称される。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＤＨ１ドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の１〜１３５０位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＤＨ１ドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の１〜４５０位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＤＨ２ドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の１５０１〜２７００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＤＨ２ドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の５０１〜９００位に対応する。ＤＨドメインは活性部位モチーフ：ＦｘｘＨ＊Ｆ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３）を含む。ＤＨ１における活性部位モチーフを含むヌクレオチド配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の９３１〜９３３位に対応し、一方、ＤＨ２における活性部位モチーフを含むヌクレオチド配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の２４０１〜２４０３位に対応する。モチーフＦｘｘＨ＊Ｆにおける活性部位Ｈ＊は、Ｌｅｅｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ４：２５３−６４  （１９９６）およびＫｉｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  ２７９：５２５９３−６０２  （２００４）からのデータに基づき、ここでＤＨ１における活性部位Ｈ＊はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６のＨ３１０に対応し、ＤＨ２における活性部位Ｈ＊はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６のＨ８０１に対応する。
【０２４８】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３の第３のドメインはＥＲドメインである。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＥＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の２８４８〜４２００位に対応する。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  Ｐｆａ３  ＥＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の９５０〜１４００位に対応する。
【０２４９】
実施例４
ＰＵＦＡシンターゼのＫＳ、ＥＲおよびＤＨドメイン用の縮重プライマーを、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２としても公知であるＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１０２１２として寄託された分離された微生物から対応する配列を単離する目的で設計した。
【０２５０】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１  ＫＳ領域（すなわち、ＫＳドメインを含む領域）用の縮重プライマーを、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８、スラウストキトリウム・アウレウム（ＡＴＣＣ  ３４３０４）およびヤブレツボカビ属種２３Ｂ  ＡＴＣＣ  ２０８９２に関して公表されているＰＦＡ１（以前はｏｒｆＡまたはＯＲＦ  １と称された）配列に基づいて設計した：
0006659044.tif 000010
【０２５１】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２のＥＲ領域（すなわち、ＥＲドメインを含む領域）用の縮重プライマーは、シュワネラ・ジャポニカ、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８、スラウストキトリウム・アウレウム（ＡＴＣＣ  ３４３０４）およびヤブレツボカビ属種２３Ｂ  ＡＴＣＣ  ２０８９２に関して公表されているＰＦＡ２（以前はｏｒｆＢまたはＯＲＦ  ２と称された）配列に基づいて設計した：
0006659044.tif 000011
【０２５２】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３のＥＲ領域（すなわち、ＥＲドメインを含む領域）用の縮重プライマーは、シュワネラ・ジャポニカ、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８、スラウストキトリウム・アウレウム（ＡＴＣＣ  ３４３０４）およびヤブレツボカビ属種２３Ｂ  ＡＴＣＣ  ２０８９２に関して公表されているＰＦＡ３（以前はｏｒｆＣまたはＯＲＦ  ３と称された）配列に基づいて設計した：
0006659044.tif 000012
【０２５３】
縮重プライマーＪＧＭ１９０（順方向、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６４）およびＢＬＲ２４２（逆方向、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６５）を、上記のように、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２由来のＰＦＡ３のＤＨ領域を増幅するために用いた。
【０２５４】
染色体ＤＮＡテンプレートを用いるＰＣＲ条件は以下の通りとした：０．２μＭのｄＮＴＰ、０．１ｕＭの各プライマー、６％  ＤＭＳＯ、２００ｎｇの染色体ＤＮＡ、２．５ＵのＨｅｒｃｕｌａｓｅ（登録商標）ＩＩ融合ポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）および１×Ｈｅｒｃｕｌａｓｅ（登録商標）緩衝剤（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）を５０μＬの全容積中に。ＰＣＲプロトコールには以下の段階を含めた：（１）９８℃を３分間；（２）９８℃を３０秒間；（３）５４℃を４５秒間；（４）７２℃を１分間；（５）段階２〜４を４０サイクル繰り返す；（６）７２℃を５分間；および（７）６℃に保つ。
【０２５５】
いずれのプライマー対の場合も、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２由来の染色体テンプレートを用いたＰＣＲにより、予想されたサイズの別個のＤＮＡ産物が生じた。各々のＰＣＲ産物をベクターｐＪＥＴ１．２／ｂｌｕｎｔ（Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）中に製造元の指示に従ってクローニングし、インサート配列を、供給された標準的なプライマーを用いて決定した。
【０２５６】
ＰＣＲ産物から得られたＤＮＡ配列を、実施例１に記載した通りに、ＮＣＢＩ  ＧｅｎＢａｎｋから入手可能な公知の配列と比較した。
【０２５７】
アミノ酸レベルで、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ１由来のＫＳ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下のものであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＡ」（同一性＝８０％；陽性率＝９０％）；シュワネラ・ベンチカ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｂｅｎｔｈｉｃａ）ＫＴ９９「ω−３多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＡ」（同一性＝５１％；陽性率＝６７％）；シュワネラ・ロイヒカ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｌｏｉｈｉｃａ）ＰＶ−４「β−ケトアシルシンターゼ」（同一性＝５０％；陽性率＝６７％）；シュワネラ・ウーディイ（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｗｏｏｄｙｉ）ＡＴＣＣ  ５１９０８「ポリケチド型多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＡ」（同一性＝５１％；陽性率＝６６％）。
【０２５８】
アミノ酸レベルで、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ２由来のＥＲ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下のものであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＢ」（同一性＝７０％；陽性率＝８５％）；シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＣ」（同一性＝６６％；陽性率＝８３％）；ノドゥラリア・スプミゲナ（Ｎｏｄｕｌａｒｉａ  ｓｐｕｍｉｇｅｎａ）ＣＣＹ９４１４「２−ニトロプロパンジオキシゲナーゼ」（同一性＝５７％；陽性率＝７４％）；モリテーラ属種（Ｍｏｒｉｔｅｌｌａ  ｓｐ．）ＰＥ３６「多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＤ」（同一性＝５７％；陽性率＝７１％）。
【０２５９】
アミノ酸レベルで、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ３由来のＥＲ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下のものであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＣ」（同一性＝８０％；陽性率＝９０％）；シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＢ」（同一性＝７８％；陽性率＝８９％）；モリテーラ属種ＰＥ３６「多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＤ」（同一性＝５６％；陽性率＝７１％）；シュワネラ・アマゾネンシス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ａｍａｚｏｎｅｎｓｉｓ）ＳＢ２Ｂ「ω−３多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＤ」（同一性＝５５％；陽性率＝７３％）。
【０２６０】
アミノ酸レベルで、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ３由来のＤＨ断片を含むクローニングされたＤＮＡに由来する推定アミノ酸配列に対して最も高いレベルの相同性を有していた配列は、以下の通りであった：シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８「多価不飽和脂肪酸シンターゼサブユニットＣ」（同一性＝６３％；陽性率＝７６％）；シュワネラ・ペアレアナＡＴＣＣ  ７００３４５「β−ヒドロキシアシル−（アシルキャリアータンパク質）デヒドラターゼＦａｂＡ／ＦａｂＺ」（同一性＝３５％；陽性率＝５３％）；シュワネラ・ピエゾトレランス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｐｉｅｚｏｔｏｌｅｒａｎｓ）ＷＰ３「多ドメインβ−ケトアシルシンターゼ」（同一性＝３６％；陽性率＝５２％）；シュワネラ・ベンチカＫＴ９９「ω−３多価不飽和脂肪酸シンターゼＰｆａＣ」（同一性＝３５％；陽性率＝５１％）。
【０２６１】
実施例５
ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子を、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２から同定した。
【０２６２】
−８０℃のクライオバイアル（ｃｙｒｏｖｉａｌ）から、１ｍＬの細胞を室温で解凍させ、２５０ｍＬバッフル無しフラスコ内に入れた５０ｍＬの液体ＨＳＦＭ培地（下記）中に添加した。フラスコを２３℃で３日間インキュベートした。細胞を収集し、標準的な細菌人工染色体（ＢＡＣ）ライブラリーの構築のために利用した（Ｌｕｃｉｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ，  ＷＩ  ＵＳＡ）。
【０２６３】
（表６）ＨＳＦＭ培地
0006659044.tif 000013
【０２６４】
典型的な培養条件には以下が含まれると考えられる：
0006659044.tif 000014
【０２６５】
大きな断片（平均およそ１２０ｋＢ）からなる組換えＢＡＣライブラリーを、製造元の指示に従い、ＢＡＣベクターｐＳＭＡＲＴ（登録商標）（Ｌｕｃｉｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）中で操作した。ＢＡＣライブラリーを、３２Ｐ放射標識プローブを用いる標準的なコロニーハイブリダイゼーション手順によってスクリーニングした（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｊ．  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ  Ｄ．  ２００１．  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ，  ３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ．  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）。これらのプローブには、実施例４に記載したような他の生物に由来する公表されているＰＵＦＡシンターゼ配列に対して相同なＤＮＡを含んでいた。これらのプローブは、上記のｐＪＥＴ１．２／ｂｌｕｎｔ由来の各々のクローンからクローニングされた断片のＤＮＡ制限消化によって作製し、標準的な方法によって標識した。いずれの場合にも、個々のプローブの、ある特定のＢＡＣに対する強いハイブリダイゼーションにより、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子に対して相同なＤＮＡを含むクローンが指し示された。
【０２６６】
ＢＡＣクローンｐＬＲ１３０（ＬｕＭａＢＡＣ  ２Ｍ２３としても知られる）は、プローブと、ＫＳ領域およびＥＲ領域の両方との強いハイブリダイゼーションを明らかに示したが、これはそれがＰＦＡ１遺伝子およびＰＦＡ２遺伝子を含むことを指し示しており、そのため、これをヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ１遺伝子およびＰＦＡ２遺伝子のＤＮＡシークエンシングのために選択した。ＢＡＣのシークエンシングは、標準的な手順（Ｅｕｒｏｆｉｎｓ  ＭＷＧ  Ｏｐｅｒｏｎ，  Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，  ＡＬ）によって行った。ＰＦＡ１遺伝子およびＰＦＡ２遺伝子を含むＢＡＣクローンｐＬＲ１３０は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年１２月１日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１０５１１を付与された。
【０２６７】
以前に公表されているヤブレツボカビＰＵＦＡシンターゼ系では、ＰＵＦＡシンターゼ遺伝子ＰＦＡ１およびＰＦＡ２は１つにまとまってクラスター化しており、多岐に転写されるように配置されている。これはヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２由来のＰＦＡ１およびＰＦＡ２の場合も同様である。ＰＦＡ２の概念上の開始部はＰＦＡ１の開始部から６９３ヌクレオチドのところにあり、多岐に転写されることが見いだされた。
【０２６８】
ＢＡＣクローンｐＤＳ１２７（ＬｕＭａＢＡＣ  ９Ｋ１７としても知られる）は、プローブとＰＦＡ３のＤＨ領域およびＥＲ領域との強いハイブリダイゼーションを明らかに示し、これをＰＦＡ３遺伝子のＤＮＡシークエンシングのために選択した。ＰＦＡ３遺伝子を含むＢＡＣクローンｐＤＳ１２７は、ブダペスト条約に従って、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，  Ｐａｔｅｎｔ  Ｄｅｐｏｓｉｔｏｒｙ，  １０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９に２００９年１２月１日に寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１０５１０を付与された。ＤＨ領域およびＥＲ領域ならびに実施例４において決定されたＤＮＡ配列に対して、標準的な方法を用いてシークエンシング用プライマー設計した。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３遺伝子のＤＮＡ配列を決定するために、ＢＡＣクローンの「ウォーキング」を行わせる目的で、標準的な方法によるシークエンシング用プライマーの設計を以後に伴う、連続した複数回のＤＮＡシークエンシングを行った。ＰＦＡ３遺伝子の各ヌクレオチド塩基対を、少なくとも２つの別個のＤＮＡシークエンシング反応により、最小総合Ｐｈｒｅｄスコアが少なくとも４０（信頼水準９９．９９％）であるという高品位でカバーした。
【０２６９】
表７は、以前に公表されている配列およびシゾキトリウム属種ＰＴＡ−９６９５由来の配列と比較した、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８）、ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０）およびＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２）ポリヌクレオチド配列に関する同一性を示している。同一性は、ＤＮＡアラインメントのための標準の１つである、ＶｅｃｔｏｒＮＴＩプログラムの「ＡｌｉｇｎＸ」プログラムの中のスコアリングマトリックス「ｓｗｇａｐｄｎａｍｔ」によって決定した。
【０２７０】
（表７）ＰＦＡ１、ＰＦＡ２、およびＰＦＡ３ポリヌクレオチド配列に対する同一性％
0006659044.tif 000015
【０２７１】
表８は、以前に公表されているＰＵＦＡシンターゼのアミノ酸配列およびシゾキトリウム属種ＰＴＡ−９６９５由来の配列と比較した、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰｆａ１ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９）、Ｐｆａ２ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１）およびＰｆａ３ｐ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３）アミノ酸配列に関する同一性を示している。同一性は、タンパク質アラインメントのための標準の１つである、ＶｅｃｔｏｒＮＴＩプログラムの「ＡｌｉｇｎＸ」プログラムの中のスコアリングマトリックス「ｂｌｏｓｕｍ６２ｍｔ２」を用いることによって決定した。
【０２７２】
（表８）Ｐｆａ１ｐ、Ｐｆａ２ｐ、およびＰｆａ３ｐアミノ酸配列に対する同一性％
0006659044.tif 000016
【０２７３】
実施例６
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３のＰＵＦＡシンターゼドメインおよび活性部位のそれぞれについて、配列座標に注釈づけを行うためにドメイン解析を行った。ドメインは、ＰＵＦＡシンターゼ、脂肪酸シンターゼおよびポリケチドシンターゼの公知のドメインに対する相同性に基づいて同定した。
【０２７４】
表９は、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２７５】
（表９）ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１のドメイン解析
0006659044.tif 000017
0006659044.tif 000018
0006659044.tif 000019
【０２７６】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１における第１のドメインはＫＳドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１  ＫＳドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の１３〜１３６２位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１  ＫＳドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の５〜４５４位に対応する。ＫＳドメインは活性部位モチーフ：ＤＸＡＣ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）を含み、ここで＊アシル結合部位はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９のＣ２０４に対応する。また、ＫＳドメインの末端にも特徴的モチーフ：ＧＦＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４）が存在し、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の４５１〜４５４位およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７５の４４７〜４５０位に対応する。
【０２７７】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１における第２のドメインはＭＡＴドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１  ＭＡＴドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の１７８３〜２７０３位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１  ＭＡＴドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の５９５〜９０１位に対応する。ＭＡＴドメインは活性部位モチーフ：ＧＨＳ＊ＸＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）を含み、ここで＊アシル結合部位はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９のＳ６９５に対応する。
【０２７８】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１ｐの第３〜第１２のドメインは１０個の縦列ＡＣＰドメインであり、これは本明細書中でＡＣＰ１、ＡＣＰ２、ＡＣＰ３、ＡＣＰ４、ＡＣＰ５、ＡＣＰ６、ＡＣＰ７、ＡＣＰ８、ＡＣＰ９およびＡＣＰ１０とも称される。第１のＡＣＰドメインであるＡＣＰ１を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約３２８０位から約３５３４位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ１を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１０９４位から約１１７８位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ２を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約３６０７位から約３８６１位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ２を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１２０３位から約１２８７位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ３を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約３９３４位から約４１８５位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ３を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１３１２位から約１３９６位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ４を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約４２６１位から約４５１５位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ４を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１４２１位から約１５０５位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ５を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約４５８９位から約４８４２位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ５を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１５３０位から約１６１４位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ６を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約４９１５位から約５１６９位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ６を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１６３９位から約１７２３位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ７を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約５２４２位から約５４９６位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ７を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１７４８位から約１８３２位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ８を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約５５６９位から約５８３２位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ８を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１８５７位から約１９４１位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ９を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約５８９６位から約６１５０位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ９を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１９６６位から約２０５０位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。ＡＣＰ１０を含むヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約６１９９位から約６４５３位までにわたるヌクレオチド配列の内部に含まれる。ＡＣＰ１０を含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約２０６７位から約２１５１位までにわたるアミノ酸配列の内部に含まれる。この１０個のＡＣＰドメインの全体を合わせると、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約３２０８位から約６５１０位までのヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１の領域にわたり、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の約１０７０〜約２１７０のアミノ酸位置に対応する。１０個のドメインすべてを含むＡＣＰ領域全体のヌクレオチド配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８として表されている；一方、６個のドメインすべてを含むＡＣＰ領域全体のアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９として表されている。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７８の内部の１０個のＡＣＰドメインの反復間隔はおよそ３２７ヌクレオチド毎であることが見いだされた（隣り合う活性部位セリン間で計測した実際のアミノ酸の数は１０１〜１０９アミノ酸の範囲である）。１０個のＡＣＰドメインはそれぞれパンテテイン結合モチーフＬＧＩＤＳ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７）を含み、ここでＳ＊はパンテテイン結合部位セリン（Ｓ）である。パンテテイン結合部位セリン（Ｓ）は各ＡＣＰドメイン配列の中央近くに位置する。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９のアミノ酸配列に関して、６個のＡＣＰＤドメインのそれぞれについての活性部位セリン残基（すなわち、パンテテイン結合部位）の位置は以下の通りである：ＡＣＰ１＝Ｓ１１３５、ＡＣＰ２＝Ｓ１２４４、ＡＣＰ３＝Ｓ１３５３、ＡＣＰ４＝Ｓ１４６２、ＡＣＰ５＝Ｓ１５７１、ＡＣＰ６＝Ｓ１６８０、ＡＰＣ７＝Ｓ１７８９、ＡＣＰ７＝Ｓ１７８９、ＡＣＰ８＝Ｓ１８９８、ＡＣＰ９＝Ｓ２００７、およびＡＣＰ１０＝Ｓ２１０８。
【０２７９】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１における第１３のドメインはＫＲドメインである。Ｐｆａ１  ＫＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１００として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の６８０８〜８９５８位に対応する。Ｐｆａ１  ＫＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の２２７０〜２９８６位に対応する。ＫＲドメインの内部には、短鎖アルデヒド−デヒドロゲナーゼ（ＫＲはこのファミリーのメンバーである）に対する相同性を有するコア領域（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１６のヌクレオチド配列およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１７のアミノ酸配列の内部に含まれる）がある。このコア領域はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の約５９９８位〜約６９００にわたり、これはアミノ酸ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の２０００〜２３００位に対応する。
【０２８０】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ１における第１４のドメインはＤＨドメインである。Ｐｆａ１  ＤＨドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８の７０２７〜７０６５位に対応する。Ｐｆａ１  ＤＨドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６９の２３４３〜２３５５位に対応する。ＤＨドメインは、保存された活性部位モチーフ（Ｄｏｎａｄｉｏ，  Ｓ．  ａｎｄ  Ｋａｔｚ．，  Ｌ．，  Ｇｅｎｅ  １１１（１）：  ５１−６０  （１９９２）を参照）：ＬｘｘＨｘｘｘＧｘｘｘｘＰ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０）を含む。
【０２８１】
表１０は、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２８２】
（表１０）ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２のドメイン解析
0006659044.tif 000020
【０２８３】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２における第１のドメインはＫＳドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＫＳドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０の１０〜１３２０位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＫＳドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１の４〜４４０位に対応する。ＫＳドメインは活性部位モチーフ：ＤＸＡＣ＊（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）を含み、ここで＊アシル結合部位はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１のＣ１９１に対応する。また、ＫＳドメインの末端にも特徴的モチーフ：ＧＦＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４４）が存在し、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１の４２３〜４２６位およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０の１２６７〜１２７８位に対応する。
【０２８４】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２における第２のドメインはＣＬＦドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＣＬＦドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０の１３７８〜２７００位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＣＬＦドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１の４６０〜９００位に対応する。
【０２８５】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２における第３のドメインはＡＴドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＡＴドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０６として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０の２８４８〜４２００位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＡＴドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０７として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１の９５０〜１４００位に対応する。ＡＴドメインは、アシルトランスフェラーゼ（ＡＴ）タンパク質に特徴的な活性部位モチーフＧｘＳ＊ｘＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０）を含み、ここで活性部位セリン残基はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１のＳ１１２１に対応する。
【０２８６】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２の第４のドメインはＥＲドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＥＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０８として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０の４４９８〜５７００位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ２  ＥＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０９として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７１の１５００〜１９００位に対応する。
【０２８７】
表１１は、ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３に付随するドメインおよび活性部位を示している。
【０２８８】
（表１１）ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３のドメイン解析
0006659044.tif 000021
【０２８９】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３における第１および第２のドメインはＤＨドメインであり、これは本明細書中でそれぞれＤＨ１およびＤＨ２と称される。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＤＨ１ドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１０として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２の１〜１３５０位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＤＨ１ドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１１として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３の１〜４５０位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＤＨ２ドメインをコードするヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２の１５０１〜２７００位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＤＨ２ドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３の５０１〜９００位に対応する。ＤＨドメインは活性部位モチーフ：ＦｘｘＨ＊Ｆ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３）を含む。ＤＨ１における活性部位モチーフを含むヌクレオチド配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２の９３４〜９３６位に対応し、一方、ＤＨ２における活性部位モチーフを含むヌクレオチド配列はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２の２４０１〜２４０３位に対応する。モチーフＦｘｘＨ＊Ｆにおける活性部位Ｈ＊は、Ｌｅｅｓｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ４：２５３−６４  （１９９６）およびＫｉｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．  ２７９：５２５９３−６０２  （２００４）からのデータに基づき、ここでＤＨ１における活性部位Ｈ＊はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３のＨ３１２に対応し、ＤＨ２における活性部位Ｈ＊はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３のＨ８０１に対応する。
【０２９０】
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３の第３のドメインはＥＲドメインである。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＥＲドメインをコードする配列を含むヌクレオチド配列は、本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２の２８４８〜４２００位に対応する。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  Ｐｆａ３  ＥＲドメインを含むアミノ酸配列は本明細書中にＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５として表されており、これはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７３の９５０〜１４００位に対応する。
【０２９１】
実施例７
ＰＵＦＡ栄養要求性菌株を作製するためのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８におけるネイティブＰＵＦＡシンターゼ遺伝子の不活性化、およびＰＵＦＡ合成を回復させるための、外因性に導入された相同遺伝子によるそのような不活性化遺伝子の置換は、以前に実証され、記載されている。例えば、米国特許第７，２１７，８５６号を参照、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来の３種のＰＵＦＡシンターゼ遺伝子は以前はｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣと称されており、これらはそれぞれ、本明細書中で用いるＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３という命名に対応する。同上。
【０２９２】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８におけるネイティブｏｒｆＡ遺伝子を、ｏｒｆＡフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ遺伝子を持たない突然変異菌株が生じた。この突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とした。
【０２９３】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を発現ベクターｐＲＥＺ３７中にクローニングして、ｐＲＥＺ３４５を作製した。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＡ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。機能的なｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ１を含むｐＲＥＺ３４５による酵素前処理（以下を参照）を伴うエレクトロポレーションを介して形質転換させた。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＲＥＺ３４５においてＰＦＡ１遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、ＰＦＡ１がネイティブｏｒｆＡ座位に挿入された。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）による組換えは、ｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。手短に述べると、細胞を３０℃のＭ２Ｂ液体培地（次の段落を参照）中で、２００ｒｐｍで振盪させながら３日間増殖させた。細胞を採取し、標準的な手法を用いて脂肪酸をメチル−エステルに変換させた。脂肪酸プロフィールを、フレームイオン化検出ガスクロマトグラフィー（ＧＣ−ＦＩＤ）を用いて、脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）として決定した。機能的なｏｒｆＡ遺伝子を含むネイティブのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８菌株は、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を２．３：１の比で産生した。不活性化されたｏｒｆＡ遺伝子の代わりにシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を含む組換え菌株も、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を２．４：１の比で産生した。この組換え菌株のＥＰＡ含量は脂肪酸メチル−エステル（ＦＡＭＥ）として２．７％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．７％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は８．８％であり、ＤＨＡ含量は２１．２％であった。
【０２９４】
Ｍ２Ｂ培地‐１０ｇ／Ｌのグルコース、０．８ｇ／Ｌの（ＮＨ４）２ＳＯ４、５ｇ／ＬのＮａ２ＳＯ４、２ｇ／ＬのＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ、０．５ｇ／ＬのＫＨ２ＰＯ４、０．５ｇ／ＬのＫＣｌ、０．１ｇ／ＬのＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏ、０．１Ｍ  ＭＥＳ（ｐＨ  ６．０）、０．１％のＰＢ２６金属および０．１％のＰＢ２６ビタミン（ｖ／ｖ）。ＰＢ２６ビタミンは、５０ｍｇ／ｍＬのビタミンＢ１２、１００μｇ／ｍＬのチアミンおよび１００μｇ／ｍＬのパントテン酸カルシウムからなった。ＰＢ２６金属をｐＨ  ４．５に調整し、これは３ｇ／ＬのＦｅＳＯ４・７Ｈ２Ｏ、１ｇ／ＬのＭｎＣｌ２・４Ｈ２Ｏ、８００ｍｇ／ｍＬのＺｎＳＯ４・７Ｈ２Ｏ、２０ｍｇ／ｍＬのＣｏＣｌ２・６Ｈ２Ｏ、１０ｍｇ／ｍＬのＮａ２ＭｏＯ４・２Ｈ２Ｏ、６００ｍｇ／ｍＬのＣｕＳＯ４・５Ｈ２Ｏおよび８００ｍｇ／ｍＬのＮｉＳＯ４・６Ｈ２Ｏからなった。ＰＢ２６貯蔵液を別々に濾過滅菌して、オートクレーブ処理後にブロスに添加した。グルコース、ＫＨ２ＰＯ４およびＣａＣｌ２・２Ｈ２Ｏは、塩析沈殿および糖質カラメル化を防ぐために、混合の前に、残りのブロス成分とは別にそれぞれオートクレーブ処理した。培地成分はすべて、Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ，  ＭＯ）から購入した。
【０２９５】
酵素前処理を伴うエレクトロポレーション‐細胞を、５０ｍＬのＭ５０−２０培地（米国特許出願公開第２００８／００２２４２２号）中で、２００ｒｐｍの振盪器上にて３０℃で２日間増殖させた。細胞をＭ２Ｂ培地中に１：１００に希釈し、対数期中期の増殖（０Ｄ６００が１．５〜２．５）に達するように、一晩増殖させた（１６〜２４時間）。細胞を５０ｍＬの円錐チューブに入れて約３０００×ｇで５分間遠心した。上清を除去して、細胞を、最終濃度が２  ０Ｄ６００単位に達する、適した容積の１Ｍマンニトール、ｐＨ  ５．５中に再懸濁させた。５ｍＬの細胞を２５ｍＬ振盪フラスコ内に分注し、１０ｍＭ  ＣａＣｌ２（１．０Ｍ貯蔵液、濾過滅菌済み）および０．２５ｍｇ／ｍＬ  Ｐｒｏｔｅａｓｅ  ＸＩＶ（１０ｍｇ／ｍＬ貯蔵液、濾過滅菌済み；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，  Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ，  ＭＯ）で追加補正した。フラスコを振盪器上で３０℃および約１００ｒｐｍで４時間インキュベートした。細胞を顕微鏡でモニターしてプロトプラスト形成の度合いを判定し、この際、単細胞が望ましいものとした。細胞を丸底チューブ（すなわち、１４ｍＬ  Ｆａｌｃｏｎ（商標）チューブ、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，  ＣＡ）に入れて約２５００×ｇで５分間再遠心した。上清を除去し、細胞を５ｍＬの氷冷１０％グリセロール中に穏やかに再懸濁させた。細胞を丸底チューブに入れて約２５００×ｇで５分間再遠心した。上清を除去し、細胞を、５００μＬの氷冷１０％グリセロールにより、大口径ピペットチップを用いて穏やかに再懸濁させた。９０μＬの細胞を、前もって冷やしたエレクトロキュベット（ｅｌｅｃｔｒｏ−ｃｕｖｅｔｔｅ）（Ｇｅｎｅ  Ｐｕｌｓｅｒ（登録商標）キュベット‐ギャップ０．１ｃｍまたはギャップ０．２ｃｍ、Ｂｉｏ−Ｒａｄ，  Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，  ＣＡ）内に分注した。１μｇ〜５μｇのＤＮＡ（容積は１０μＬ未満または１０μＬに等しい）をキュベットに添加し、ピペットチップで穏やかに混合して、氷上に５分間置いた。細胞のエレクトロポレーションは、２００オーム（抵抗）、２５μＦ（キャパシタンス）、および２５０Ｖ（ギャップ０．１ｃｍの場合）または５００Ｖ（ギャップ０．２ｃｍの場合）のいずれかで行った。０．５ｍＬのＭ５０−２０培地を、直ちにキュベットに添加した。続いて細胞を２５ｍＬの振盪フラスコに入れた４．５ｍＬのＭ５０−２０培地に移し、振盪器上で３０℃および約１００ｒｐｍで２〜３時間インキュベートした。細胞を丸底チューブに入れて約２５００×ｇで５分間遠心した。上清を除去し、細胞ペレットを０．５ｍＬのＭ５０−２０培地中に再懸濁させた。細胞を適切な数（２〜５個）のＭ２Ｂプレート上に適切な選択を施してプレーティングし、３０℃でインキュベートした。
【０２９６】
機能的なｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ１が突然変異体の中にランダムに組み込まれてＰＵＦＡ産生を回復させるように、ＰＦＡ１を含むｐＲＥＺ３４５によっても形質転換させる。
【０２９７】
実施例８
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８）を再合成し（ＤＮＡ２．０）、シゾキトリウム属における発現のためにコドンを最適化した上で（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）、発現ベクター中にクローニングし、ｐＬＲ９５を作製した。コドン最適化は、図２２中のシゾキトリウム属コドン使用頻度の表を用いて行った。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＡ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。
【０２９８】
実施例７による、機能的なｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を含むｐＬＲ９５による酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例７参照）を介して形質転換させた。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＬＲ９５においてＰＦＡ１遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１がネイティブｏｒｆＡ座位に挿入された。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）による組み換えは、ｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。機能的なｏｒｆＡ遺伝子を含むネイティブのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８菌株は、ＤＨＡおよびＥＰＡを２５：１の比で産生した。不活性化されたｏｒｆＡ遺伝子の代わりにコドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を含む組換え菌株は、ＤＨＡおよびＥＰＡを５．４：１の比で産生したが、このことは、シゾキトリウム属のＰＵＦＡプロフィールを、本明細書に記載した核酸分子によって改変しうることをさらに実証している。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして４．４％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は２．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は４．９％であり、ＤＨＡ含量は２４．０％であった。
【０２９９】
機能的なｏｒｆＡを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ１が突然変異体の中にランダムに組み込まれてＰＵＦＡ産生を回復させるように、ＰＦＡ１を含むｐＬＲ９５によっても形質転換させる。
【０３００】
実施例９
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８におけるネイティブｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＢフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例７参照）を介した形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＢ遺伝子を持たない突然変異菌株が生じた。この突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とした。
【０３０１】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を発現ベクターｐＤＳ０４中にクローニングして、ｐＲＥＺ３３１を作製した。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＢ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。
【０３０２】
機能的なｏｒｆＢを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ２を含むｐＲＥＺ３３１によって形質転換させた。突然変異体へのランダムな組み込みに基づき、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）によってＰＵＦＡ産生が回復した。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。機能的なｏｒｆＢ遺伝子を含むネイティブのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８菌株はＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を２．３：１の比で産生した。不活性化されたｏｒｆＢ遺伝子の置換物としてシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を含む組換え菌株は、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を３．５：１の比で産生した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして０．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．１％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は７．１％であり、ＤＨＡ含量は２５．１％であった。
【０３０３】
機能的なｏｒｆＢを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ２がネイティブｏｒｆＢ座位の中にランダムに組み込まれてＰＵＦＡ産生を回復させるように、ＰＦＡ２を含むｐＲＥＺ３３１によっても形質転換させる。
【０３０４】
実施例１０
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０）を再合成し（ＤＮＡ２．０）、シゾキトリウム属における発現のためにコドンを最適化した上で（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）、発現ベクター中にクローニングし、ｐＬＲ８５を作製した。コドン最適化は、図２２中のシゾキトリウム属コドン使用頻度の表を用いて行った。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＢ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。
【０３０５】
ｏｒｆ遺伝子の置換を、ＤＨＡ産生性が改善されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８の娘菌株（ｄａｕｇｈｔｅｒ  ｓｔｒａｉｎ）においても検討した。娘菌株におけるネイティブｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＢフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例７参照）を介した形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＢ遺伝子を持たない突然変異菌株が生じた。この突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とした。この突然変異菌株を、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含むｐＬＲ８５による、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例８参照）を介して形質転換させた。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＬＲ８５においてＰＦＡ２遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）が突然変異菌株のネイティブｏｒｆＢ座位に挿入された。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）による組換えは、ｏｒｆＢを持たない娘菌株突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．０％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は７．０％であり、ＤＨＡ含量は３１．０％であった。
【０３０６】
実施しようとしている１つの実験では、実施例９による、機能的なｏｒｆＢを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含むｐＬＲ８５により、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例８参照）を介して形質転換させる。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＬＲ８５においてＰＦＡ２遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）がネイティブｏｒｆＢ座位に挿入される。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）による組換えは、ｏｒｆＢを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させる。
【０３０７】
機能的なｏｒｆＢを持たない、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８および娘菌株の突然変異体を、ＰＦＡ２が突然変異体の中にランダムに組み込まれて、突然変異体のそれぞれにおけるＰＵＦＡ産生を回復させるように、ＰＦＡ２を含むｐＬＲ８５によっても形質転換させる。
【０３０８】
実施例１１
シゾキトリウム属において機能を有するパロモマイシン耐性マーカーカセットを含むプラスミドを、ｐＭＯＮ５００００／ｐＴＵＢＺＥＯ１１−２（米国特許第７，００１，７７２  Ｂ２号）におけるブレオマイシン／Ｚｅｏｃｉｎ（商標）耐性遺伝子（ｂｌｅ）コード領域の、元来は細菌トランスポゾンＴｎ５に由来するネオマイシン  ホスホトランスフェラーゼＩＩ（ｎｐｔ）のものによる置換により、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８用に開発した。ｐＭＯＮ５００００において、ｂｌｅ耐性遺伝子はシゾキトリウム属α−チューブリンプロモーターによって作動し、後方にはＳＶ４０転写ターミネーターがある。ｐＭＯＮ５００００におけるｂｌｅ領域は、ＡＴＧ開始コドンの箇所にあるＮｃｏＩ制限部位、およびＴＧＡ終止シグナルの直後にあるＰｍｌＩ制限部位を範囲に含む。ＰＣＲを用いて、ｐＣａＭＶｎｐｔ（Ｓｈｉｍｉｚｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｌａｎｔ  Ｊ．  ２６（４）：３７５  （２００１））中に存在するｎｐｔコード領域を増幅し、その結果、産物が、開始ＡＴＧ（太字）の箇所にあるＢｓｐＨＩ制限部位（以下の下線部、プライマーＣＡＸ０５５）および終止シグナル（太字−逆相補物）の直後にあるＰｍｌＩ制限部位（以下の下線部、プライマーＣＡＸ０５６）を含むようにした：
0006659044.tif 000022
【０３０９】
ＰＣＲはＴａｑＭａｓｔｅｒポリメラーゼキット（５Ｐｒｉｍｅ）を用いて行い、産物をｐＣＲ４−ＴＯＰＯ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）中にクローニングし、その結果得られたプラスミドを、大腸菌ＴＯＰ１０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に導入して形質転換させた。ベクタープライマーを用いたＤＮＡ配列解析により、所望の８０５ｂｐ構造（すなわち、供給源のテンプレートに人工的に作製した制限部位を加えたものに合致する配列）を含む複数のクローンが同定された。改変されたｎｐｔコード領域を、ＢｓｐＨＩ＋ＰｍｌＩ制限酵素による消化によって単離し、精製したＤＮＡ断片を、ＮｃｏＩ＋ＰｍｌＩ酵素による消化によって生成されたｐＭＯＮ５００００ベクター断片と連結させた。制限酵素ＢｓｐＨＩおよびＮｃｏＩは適合性のあるオーバーラッピング末端をそのまま残し、ＰｍｌＩは平滑末端をそのまま残す。その結果得られるプラスミドであるｐＴＳ−ＮＰＴは、ｎｐｔネオマイシン／パロモマイシン耐性遺伝子を、ｐＭＯＮ５００００における元のｂｌｅ遺伝子のものと同一な前後関係で含む。
【０３１０】
シゾキトリウム属への微粒子銃法（米国特許第７，００１，７７２  Ｂ２号）を用いて、ｐＴＳ−ＮＰＴ中の新規パロモマイシン耐性カセットの機能を評価した。パロモマイシン（ＰＡＲ）耐性に関する選択は、５０μｇ／ｍＬの硫酸パロモマイシン（Ｓｉｇｍａ）を含む寒天プレート上で行った。パロモマイシン耐性シゾキトリウム属形質転換体は、ｐＭＯＮ５００００によるＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性に関するものと同程度の頻度で見いだされた。「α−チューブリンプロモーター／ｎｐｔ／ＳＶ４０ターミネーター」カセットは、その後に他の開発の取り組みに用いるために、さまざまな制限酵素によってｐＴＳ−ＮＰＴから遊離させることができる。
【０３１１】
実施例１２
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８におけるネイティブｏｒｆＣ遺伝子を、ｏｒｆＣフランキング領域由来の配列によって囲まれたパロモマイシン耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たない突然変異菌株が生じた。この突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とした。
【０３１２】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を発現ベクターｐＲＥＺ２２中にクローニングして、ｐＲＥＺ３２４を作製した。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＣ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。
【０３１３】
機能的なｏｒｆＣを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含むｐＲＥＺ３２４によって形質転換させた。突然変異体においてパロモマイシン耐性マーカーに隣接する領域とｐＲＥＺ３２４においてシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、２重交叉組換えが起こり、その結果、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３がネイティブｏｒｆＣ座位に挿入された。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）による相同組換えは、ｏｒｆＣを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。機能的なｏｒｆＣ遺伝子を含むネイティブのシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８菌株は、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を２．３：１の比で産生した。不活性化されたｏｒｆＣ遺伝子の代わりにシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を含む組換え菌株は、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６を１４：９の比で産生したが、このことは、シゾキトリウム属のＰＵＦＡプロフィールを、本明細書に記載した核酸分子によって改変しうることをさらに実証している。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．９％であり、ＤＨＡ含量は４３．４％であった。
【０３１４】
機能的なｏｒｆＣを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、ＰＦＡ３が突然変異体の中にランダムに組み込まれてＰＵＦＡ産生が回復するように、ＰＦＡ３を含むｐＲＥＺ３２４によっても形質転換させた。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．５％であり、ＤＨＡ含量は３９．１％であった。
【０３１５】
実施例１０において考察した娘菌株におけるネイティブｏｒｆＣ遺伝子を、ｏｒｆＣフランキング領域由来の配列によって囲まれたパロモマイシン耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たない突然変異菌株が生じた。この突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とした。機能的なｏｒｆＣを持たない突然変異体をｐＲＥＺ３２４によって形質転換させた。二重交叉型組換えが起こり、その結果、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３が突然変異菌株のネイティブｏｒｆＣ座位に挿入された。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）による相同組換えは、ｏｒｆＣを持たない娘菌株突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．８％であり、ＤＨＡ含量は４３．１％であった。
【０３１６】
機能的なｏｒｆＢを持たない娘菌株突然変異体を、ＰＦＡ３が突然変異体の中にランダムに組み込まれてＰＵＦＡ産生が回復するように、ＰＦＡ３を含むｐＲＥＺ３２４によっても形質転換させる。
【０３１７】
実施例１３
ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２）を再合成し（ＤＮＡ２．０）、シゾキトリウム属における発現のためにコドンを最適化した上で（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）、発現ベクターｐＲＥＺ２２中にクローニングして、ｐＲＥＺ２３７を作製した。コドン最適化は、図２２中のシゾキトリウム属コドン使用頻度の表を用いて行った。この発現ベクターは、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のネイティブｏｒｆＣ遺伝子座のフランキング領域に由来するおよそ２ｋｂのＤＮＡを含んでいた。
【０３１８】
実施例１２による、機能的なｏｒｆＣを持たない娘菌株突然変異体を、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を含むｐＲＥＺ３３７による、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例８参照）を介して形質転換させた。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＲＥＺ３３７においてＰＦＡ３遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）がネイティブｏｒｆＣ座位に挿入された。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）による組換えは、ｏｒｆＣを持たない娘菌株突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．４％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．７％であり、ＤＨＡ含量は５０．２％であった。
【０３１９】
実施しようとしている１つの実験では、実施例１２による、機能的なｏｒｆＣを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を含むｐＲＥＺ３３７による、酵素前処理を伴うエレクトロポレーション（実施例８参照）を介して形質転換させる。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーに隣接する領域とｐＲＥＺ３３７においてＰＦＡ３遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）がネイティブｏｒｆＣ座位に挿入される。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）による組換えは、ｏｒｆＣを持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させる。
【０３２０】
機能的なｏｒｆＣを持たない、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８および娘菌株の突然変異体を、ＰＦＡ３が突然変異体の中にランダムに組み込まれて、突然変異体のそれぞれにおけるＰＵＦＡ産生を回復させるように、ＰＦＡ３を含むｐＲＥＺ３３７によっても形質転換させる。
【０３２１】
実施例１４
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８におけるｏｒｆＡ遺伝子、ｏｒｆＢ遺伝子およびｏｒｆＣ遺伝子のいずれか２つ、または３つすべてを、適切なｏｒｆフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーまたはパロモマイシン耐性マーカーのいずれかを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させる。ｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣのいずれか２つ、または３つすべてに関して機能的な遺伝子を持たない突然変異菌株が生じる。これらの突然変異菌株は栄養要求性であり、ＰＵＦＡ補給を増殖のために必要とする。
【０３２２】
機能的なｏｒｆ遺伝子を持たないシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８突然変異体を、対応するＰＦＡ遺伝子（ＳＥＤ  ＩＤ  ＮＯ：１、３、５、１２０、１２１または１２２のうち１つまたは複数）を含む１つまたは複数の発現ベクターによって形質転換させる。突然変異体においてＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーまたはパロモマイシン耐性マーカーに隣接する領域と各々の発現ベクターにおいてＰＦＡ遺伝子に隣接する領域との相同性に基づき、二重交叉型組換えが起こり、その結果、ＰＦＡ遺伝子がネイティブｏｒｆ座位に挿入される。これらの発現ベクターのランダムな組み込みを、ＰＵＦＡ産生の回復のみに基づく形質転換体の選択によって行わせることもできる。ＰＦＡ遺伝子による相同組換えは、突然変異体の中に挿入されたＰＦＡ遺伝子の組み合わせに基づいてネイティブＰＵＦＡプロフィールが回復するかまたは改変されるように、突然変異体におけるＰＵＦＡ産生を回復させる。
【０３２３】
実施した１つの実験では、機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を含む、実施例１２によるシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８菌株を、ｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子の置換のために用いた。この菌株におけるネイティブｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢのフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む菌株が生じた。この菌株を、ＰＦＡ１およびＰＦＡ２のランダムな組み込みが起こるように、コドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を含むｐＲＥＺ３４５、およびコドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を含むｐＲＥＺ３３１によって形質転換させた。その結果得られた組換え菌株は、機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３のランダムな組み込みを含んでいた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして６．６％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は１．６％であり、ＤＨＡ含量は２０．９％であった。
【０３２４】
実施した別の実験では、機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たず、ネイティブｏｒｆＣ座位に挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を含む、実施例１２による娘菌株を、ｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子の置換のために用いた。この菌株におけるネイティブのｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢのフランキング領域由来の配列によって囲まれたパロモマイシン耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもネイティブｏｒｆＣ座位に挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む菌株が生じた。この菌株を、コドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を含むｐＲＥＺ３４５、およびコドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を含むｐＲＥＺ３３１によって形質転換させた。二重交叉型組換えが起こり、その結果、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１がこの菌株のネイティブｏｒｆＡ座位に挿入され、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２がネイティブｏｒｆＢ座位に挿入された。その結果得られた組換え菌株は、機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもｏｒｆＡ座位、ｏｒｆＢ座位およびｏｒｆＣ座位のそれぞれに挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３を含んでいた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして７．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．４％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は１．５％であり、ＤＨＡ含量は２３．９％であった。
【０３２５】
実施した別の実験では、機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を含む、実施例１２による娘菌株を、ｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子の置換のために用いた。この菌株におけるネイティブのｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢのフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む菌株が生じた。この菌株を、ＰＦＡ１およびＰＦＡ２のランダムな組み込みが起こるように、コドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）を含むｐＲＥＺ３４５、およびコドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）を含むｐＲＥＺ３３１によって形質転換させた。その結果得られた組換え菌株は、機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３のランダムな組み込みを含んでいた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして６．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は１．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．９％であり、ＤＨＡ含量は１６．６％であった。
【０３２６】
実施した別の実験では、機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たず、ネイティブｏｒｆＣ座位に挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を含む、実施例１３による娘菌株を、ｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子の置換のために用いた。この菌株におけるネイティブのｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢのフランキング領域由来の配列によって囲まれたパロモマイシン耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、ネイティブｏｒｆＣ座位に挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む菌株が生じた。この菌株を、コドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を含むｐＬＲ９５、およびコドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含むｐＬＲ８５によって形質転換させた。二重交叉型組換えが起こり、その結果、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１がこの菌株のネイティブｏｒｆＡ座位に挿入され、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２がネイティブｏｒｆＢ座位に挿入された。その結果得られた組換え菌株は、機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもｏｒｆＡ座位、ｏｒｆＢ座位およびｏｒｆＣ座位のそれぞれに挿入されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３を含んでいた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして５．２％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．６％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．１％であり、ＤＨＡ含量は４７．１％であった。
【０３２７】
実施した別の実験では、機能的なｏｒｆＣ遺伝子を持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）を含む、実施例１３による娘菌株を、ｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子の置換のために用いた。この菌株におけるネイティブｏｒｆＡ遺伝子およびｏｒｆＢ遺伝子を、ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢのフランキング領域由来の配列によって囲まれたＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカーを含むベクターによる形質転換後に相同組換えによって置換させた。機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、ランダムに組み込まれたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む菌株が生じた。この菌株を、ＰＦＡ１およびＰＦＡ２のランダムな組み込みが起こるように、コドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）を含むｐＬＲ９５、およびコドンが最適化されたシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）を含むｐＬＲ８５によって形質転換させた。その結果得られた組換え菌株は、機能的なｏｒｆＡ、ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣを持たず、しかもシゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３のランダムな組み込みを含んでいた。細胞を増殖させ、実施例７に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。この組換え菌株のＥＰＡ含量はＦＡＭＥとして１．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−３含量は１．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は２．３％であり、ＤＨＡ含量は３４．１％であった。
【０３２８】
実施例１５
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８由来のｏｒｆＡ遺伝子、ｏｒｆＢ遺伝子およびｏｒｆＣ遺伝子を、一連のＤｕｅｔベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）中にクローニングした。Ｄｕｅｔ発現ベクターは、複数の標的遺伝子がクローニングされて、大腸菌においてＴ７誘導性プロモーターから共発現される、適合性プラスミドのセットである。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ９１には、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡをｐＥＴＤｕｅｔ−１中に含めた；ｄｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ９６には、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢをｐＣＤＦＤｕｅｔ−１中に含めた；ｄｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ１０１には、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣをｐＣＯＬＡＤｕｅｔ−１中に含めた。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ９１、ｐＲＥＺ９６およびｐＲＥＺ１０１を、必要とされる補助遺伝子ＨｅｔＩ（米国特許第７，２１７，８５６号に記載、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる）を含めたプラスミドｐＪＫ７３７とともに、誘導性Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼ遺伝子を含む大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。細胞を増殖させ、ＩＰＴＧを製造元（Ｎｏｖａｇｅｎ）の指示に従って添加すると、ＤＨＡおよびＤＰＡ  ｎ−６が産生された。手短に述べると、細胞の６００ｎｍでの光学密度が約０．５に達した時点で、１ｍＭのＩＰＴＧを誘導のために添加した。細胞をＬｕｒｉａブロス中で３０℃で１２時間増殖させた上で採取した。標準的な手法を用いて、脂肪酸をメチル−エステルに変換させた。脂肪酸プロフィールを、フレームイオン化検出ガスクロマトグラフィー（ＧＣ−ＦＩＤ）を用いて、脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）として決定した。
【０３２９】
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）遺伝子を発現ベクターｐＥＴＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＲＥＺ３４６を作製した。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３４６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ９６（ｏｒｆＢを含む）およびｐＲＥＺ１０１（ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１遺伝子は、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８のｏｒｆＢ遺伝子およびｏｒｆＣ遺伝子と共発現された。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして２．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は１．１％、ＤＰＡ  ｎ−３含量は０．６％であり、ＥＰＡ含量は３．７％であった。
【０３３０】
実施例１６
コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２０）遺伝子を、発現ベクターｐＥＴＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＬＲ１００を作製する。ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ１００（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ９６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢを含む）およびｐＲＥＺ１０１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させる。実施例１５参照。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１遺伝子を、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８のｏｒｆＢ遺伝子およびｏｒｆＣ遺伝子と共発現させる。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢおよびｏｒｆＣと併せて発現されることにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡおよびＥＰＡの産生が裏づけられる。
【０３３１】
実施例１７
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）遺伝子を発現ベクターｐＣＯＬＡＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＲＥＺ３２６を作製した。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３２６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む）、ｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）およびｐＲＥＺ９６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．３％であった。
【０３３２】
実施例１８
コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２）遺伝子を発現ベクターｐＣＯＬＡＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＲＥＺ３４８を作製した。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３４８（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む）、ｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）およびｐＲＥＺ９６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。ヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡおよびｏｒｆＢと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして２．９％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．４％であった。
【０３３３】
実施例１９
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）遺伝子を発現ベクターｐＣＤＦＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＲＥＺ３３０を作製した。ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３３０（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２を含む）、ｐＲＥＺ３２６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む）およびｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例９参照。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２およびＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．８％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．２％であった。
【０３３４】
実施例２０
コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２１）遺伝子を発現ベクターｐＣＤＦＤｕｅｔ−１中にクローニングして、ｐＬＲ８７を作製した。ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ８７（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２を含む）、ｐＲＥＺ３４８（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む）およびｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２およびＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生、および低レベルのＥＰＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして４．４％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は１．１％であり、ＥＰＡ含量は０．１％であった。
【０３３５】
実施例２１
ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３４６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ３３０（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２を含む）およびｐＲＥＺ３２６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３の発現により、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．３％であり、ＥＰＡ含量は０．３％であった。
【０３３６】
実施例２２
ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ１００（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１を含む）、ｐＬＲ８７（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２を含む）およびｐＲＥＺ３４８（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させる。実施例１５参照。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のＰＦＡ１、ＰＦＡ２およびＰＦＡ３の発現により、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡおよびＥＰＡの産生が裏づけられる。
【０３３７】
実施例２３
ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３３０（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２を含む）、ｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）およびｐＲＥＺ１０１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡおよびｏｒｆＣと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．６％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．３％であった。
【０３３８】
実施例２４
ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ８７（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２を含む）、ｐＲＥＺ９１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡを含む）およびｐＲＥＺ１Ｏ１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＡおよびｏｒｆＣと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生、および低レベルのＥＰＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして１．７％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．９％であり、ＥＰＡ含量は０．１％であった。
【０３３９】
実施例２５
ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３４６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ３３０（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ２を含む）およびｐＲＥＺ１０１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。ＰＦＡ１およびＰＦＡ２が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．３％であり、ＤＰＡ  ｎ−６含量は０．１％であり、ＥＰＡ含量は０．５％であった。
【０３４０】
実施例２６
ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ１００（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１を含む）、ｐＬＲ８７（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ２を含む）およびｐＲＥＺ１０１（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣを含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させる。実施例１５参照。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１およびＰＦＡ２が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＣと併せて発現されることにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡおよびＥＰＡの産生が裏づけられる。
【０３４１】
実施例２７
ＤｕｅｔプラスミドｐＲＥＺ３４６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ９６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢを含む）およびｐＲＥＺ３２６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ３を含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させた。実施例１５参照。シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５  ＰＦＡ１およびＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢと併せて発現されたことにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡ産生が裏づけられた。細胞を増殖させ、実施例１５に記載した通りにＦＡＭＥに関して分析した。形質転換された大腸菌のＤＨＡ含量はＦＡＭＥとして０．１％であり、ＥＰＡ含量は０．１％であった。
【０３４２】
実施例２８
ＤｕｅｔプラスミドｐＬＲ１００（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１を含む）、ｐＲＥＺ９６（シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢを含む）およびｐＲＥＺ３４８（コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ３を含む）を、ｐＪＫ７３７（ＨｅｔＩを含む）とともに、大腸菌株ＢＬＲ（ＤＥ３）に導入して形質転換させる。実施例１５参照。コドンが最適化されたヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２  ＰＦＡ１およびＰＦＡ３が、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ２０８８８  ｏｒｆＢと併せて発現されることにより、誘導条件下での大腸菌におけるＤＨＡおよびＥＰＡの産生が裏づけられる。
【０３４３】
実施例２９
シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５およびヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２におけるＰｆａ１ｐ、Ｐｆａ２ｐおよびＰｆａ３ｐ  ＰＵＦＡシンターゼ活性を、標準的な手順によって個別にノックアウトする。例えば、米国特許第７，２１７，８５６号を参照、これはその全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【０３４４】
Ｚｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカー、ハイグロマイシン耐性マーカー、ブラストサイジン耐性マーカー、または他の適切な耐性マーカーを、プラスミド中に含まれるＰＦＡ１遺伝子（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６８）の制限部位に挿入する。耐性マーカーの挿入後に、プラスミドを、微粒子銃法、エレクトロポレーションまたは他の適切な形質転換方法によって、シゾキトリウム属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−９６９５またはヤブレツボカビ属種ＡＴＣＣ  ＰＴＡ−１０２１２のそれぞれに導入する。相同組換えが起こり、ネイティブＰＦＡ１遺伝子がＺｅｏｃｉｎ（商標）耐性マーカー、ハイグロマイシン耐性マーカー、ブラストサイジン耐性マーカーまたは他の適切な耐性マーカーによって置換または破壊された突然変異体が生じる。形質転換体を、ＰＵＦＡとともに補給したＺｅｏｃｉｎ（商標）、ハイグロマイシン、ブラストサイジンまたは他の適切な選択物質を含むプレート上で選択する。コロニーをさらに、ＰＵＦＡ補給の非存在下で増殖する能力についても調べる。選択物質に対して耐性があり、かつＰＵＦＡ補給の非存在下では増殖することができないコロニーから、ゲノムＤＮＡを単離する。ＰＦＡ１遺伝子が欠失しているかまたは破壊されているかのいずれかであることを実証するために、このＤＮＡのＰＣＲおよびサザンブロット分析を行う。
【０３４５】
ＰＦＡ２を同様の手順によってノックアウトする。ＰＵＦＡ補給を必要とする、その結果得られたノックアウト突然変異体は、完全長ＰＦＡ２を持たないことが見いだされる。
【０３４６】
ＰＦＡ３を同様の手順によってノックアウトする。ＰＵＦＡ補給を必要とする、その結果得られたノックアウト突然変異体は、完全長ＰＦＡ３を持たないことが見いだされる。
【０３４７】
本明細書において記載されたさまざまな局面、態様および選択肢はすべて、任意およびすべての変法において組み合わせることができる。
【０３４８】
本明細書において言及された刊行物、特許および特許出願はすべて、それぞれの個々の刊行物、特許または特許出願が参照により組み入れられるように特定的および個別的に示されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み入れられる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図４−３】
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【図４−４】
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【図４−５】
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【図４−６】
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【図４−７】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図５−４】
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【図５−５】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３−１】
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【図１３−２】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６−１】
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【図１６−２】
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【図１７−１】
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【図１７−２】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【配列表】
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