(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法であって、
前記患者由来の生体試料を、少なくともＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１又はＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３を含むＦＧＦＲ変異体について評価する工程であって、前記評価する工程が、
前記ＦＧＦＲ変異体を増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することと、
前記ＦＧＦＲ変異体が前記試料中に存在するかどうかを判定することと、
を含み、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１及び／又はＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３の存在は、前記患者が前記ＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆し、前記がんは副腎がん、尿路上皮がん及び神経膠芽腫から選択され、前記ＦＧＦＲ阻害剤は式（Ｉ）
【化１】
0006766037.tif 000031
の構造を有する化合物、そのＮ−酸化物、その医薬的に許容される塩、又はその溶媒和物を含む、方法。
【請求項２】
前記ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対が、
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、及び配列番号５と配列番号６のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、及び配列番号７と配列番号８のヌクレオチド配列を有するプライマー；
又はこれらの両方である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記評価する工程が、前記生体試料由来のＲＮＡを単離して、前記単離されたＲＮＡ由来のｃＤＮＡを合成することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記増幅する工程に先立って前記ｃＤＮＡをプレ増幅することを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ｃＤＮＡがプレ増幅されたものである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記増幅する工程が、リアルタイムＰＣＲを実行することを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記リアルタイムＰＣＲが、配列番号４３、及び／又は配列番号４４を含む１つ以上のプローブを用いて実行される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記判定する工程が、前記増幅されたｃＤＮＡの配列を決定することを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法に使用するためのキットであって、
配列番号５と配列番号６の配列を有するプライマー対、配列番号７と配列番号８の配列を有するプライマー対、又はこれらの両方と、
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１及び／又はＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３を検出するためのアッセイを実行する指示と、を含む、キット。
【請求項１０】
１つ以上のプローブを更に含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１１】
ａ．前記プライマー対が配列番号５と配列番号６の配列を有し、前記プローブが配列番号４３の配列を有するか；
ｂ．前記プライマー対が配列番号７と配列番号８の配列を有し、前記プローブが配列番号４４の配列を有するか；又は
ｃ．これらの両方を含む、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
配列番号５と配列番号６、配列番号７と配列番号８、又はこれらの任意の組み合わせの配列を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法に使用するためのプライマーのセット。
【請求項１３】
配列番号４３、配列番号４４又はこれらの両方を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法に使用するためのオリゴヌクレオチドプローブ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１４年９月２６日に出願された米国特許仮出願第６２／０５６，１５９号に対する優先権を主張するものであり、その開示の全容は本明細書に参照により援用されている。
【０００２】
配列表
本出願には、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表が含まれており、その配列表の全容は本明細書に参照により援用されている。２０１５年８月６日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、「１０３６９３．０００７８２＿ＳＬ．ｔｘｔ」というファイル名で、サイズは６６，１８５バイトである。
[技術分野]
【０００３】
本明細書において、線維芽細胞成長因子受容体阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法、及び同がん患者の治療方法が提供される。
【背景技術】
【０００４】
遺伝子異常の同定は、がん患者に適切な治療法を選択するうえで有用であり得る。これはまた、特に、第２の及びその後の選択療法について受け入れられる標準的な治療（standard of care）が存在しない場合に、がんの種類に対する主要な治療法の選択肢（最前線の療法）に失敗したがん患者にも有用である。線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）は、細胞の存続、増殖、遊走及び分化の調節に関与する受容体チロシンキナーゼのファミリーである。数種のがんにおいてＦＧＦＲの改変が観測されてきた。ＦＧＦＲ改変を有する患者において有効とされる認可済み療法は、現在まで存在しなかった。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本明細書において、患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来のＦＧＦＲ変異体について評価する工程であって、ＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、前記評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することと、遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在するかどうかを判定することであって、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、判定することと、を含む、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法が、開示される。
【０００６】
また、患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在について評価する工程と、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在する場合に患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療する工程と、を含む、患者におけるがんの治療方法も開示される。
【０００７】
本明細書において、生体試料中の１つ以上ＦＧＦＲ変異遺伝子の存在を同定するためのキット及びプライマーを更に提供する。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
発明の概要、及び以下の発明を実施するための形態は、添付の図面と併せて読むことで、更に理解される。開示される方法、キット、及びプライマーを例証するため、本方法、キット、及びプライマーの例示的実施形態が図面に示してあるが、本方法、キット、及びプライマーは、開示される特定の実施形態に限定されるものではない。図面は、以下の通りである。
【図１】例示的なＦＧＦＲ融合遺伝子の図であり、ＦＧＦＲ融合遺伝子の少なくとも１つが存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する。また、融合遺伝子を増幅するための例示的なプライマー部位も例示する（小矢印）。
【図２Ａ】Ａ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｂ】Ｂ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｃ】Ｃ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンに対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｄ】Ｄ）ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｅ】Ｅ）ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｆ】Ｆ）ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｇ】Ｇ）ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｈ】Ｈ）ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図２Ｉ】Ｉ）ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１に対して陽性のＦＦＰＥＴ試料のサンガー配列決定法（Sanger Sequencing）の結果を表す。
【図３】３'ジデオキシ野生型（ＷＴ）遮断剤オリゴヌクレオチドを使用したＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲのための、例示的な戦略を例示する。
【図４】ＦＧＦＲ  ＳＮＰを検出するための、例示的な解析検証戦略を例示する。ＦＧＦＲ融合を発現する操作されたＲＫ３Ｅ細胞株に対して実験を行い、この細胞株を希釈することにより、ＦＧＦＲ３／ＦＧＦＲ２融合を有さない野生型の細胞株を得た。
【図５Ａ】（Ａ）Ｇ３７０Ｃ用のジデオキシＷＴ遮断剤を用いたＳＮＰ特異的ＰＣＲを例示する。
【図５Ｂ】（Ｂ）Ｙ３７３Ｃ用のジデオキシＷＴ遮断剤を用いたＳＮＰ特異的ＰＣＲを例示する。
【図５Ｃ】（Ｃ）Ｓ２４９Ｃ用のジデオキシＷＴ遮断剤を用いたＳＮＰ特異的ＰＣＲを例示する。
【図５Ｄ】（Ｄ）Ｒ２４８Ｃ用のジデオキシＷＴ遮断剤を用いたＳＮＰ特異的ＰＣＲを例示する。
【図６Ａ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ａ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１の効率標準曲線を表す。
【図６Ｂ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｂ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３の効率標準曲線を表す。
【図６Ｃ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｃ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンの効率標準曲線を表す。
【図６Ｄ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｄ）ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１の効率標準曲線を表す。
【図６Ｅ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｅ）ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３の効率標準曲線を表す。
【図６Ｆ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｆ）ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１の効率標準曲線を表す。
【図６Ｇ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｇ）ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７の効率標準曲線を表す。
【図６Ｈ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｈ）ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６の効率標準曲線を表す。
【図６Ｉ】ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイ：Ｉ）ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１の効率標準曲線を表す。
【図７】膀胱がん（原発性及び転移性）、ＮＳＣＬＣ（腺がん及び扁平上皮がん）、卵巣がん、食道がん（原発性及び転移性）、頭頸部がん（Ｈ＆Ｎ；原発性及び転移性）、子宮内膜がん（転移性）、乳がん、並びに前立腺がんにおけるＦＧＦＲ融合遺伝子の状態を例示的に表したものである。
【図８】ＮＳＣＬＣ腺癌及び扁平上皮細胞がんにおける、ＦＧＦＲ融合遺伝子及び突然変異の状態を例示的に表したものである。
【図９Ａ】第Ｉ相患者試料による、例示的な結果を表す。合成鋳型アッセイ対照（ＳＴ）、ＧＡＰＤＨ（品質対照試料）用のプライマー、又は次の融合：Ａ）ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１融合に特異的なプライマーを用いてアッセイを実施した。患者試料は、以下の通りである：Ａ−尿路上皮がん。
【図９Ｂ】第Ｉ相患者試料による、例示的な結果を表す。合成鋳型アッセイ対照（ＳＴ）、ＧＡＰＤＨ（品質対照試料）用のプライマー、又は次の融合：Ｂ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３（エクソン１８：エクソン１）融合に特異的なプライマーを用いてアッセイを実施した。患者試料は、以下の通りである：Ｂ−膀胱がん。
【図９Ｃ】第Ｉ相患者試料による、例示的な結果を表す。合成鋳型アッセイ対照（ＳＴ）、ＧＡＰＤＨ（品質対照試料）用のプライマー、又は次の融合：Ｃ）ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合に特異的なプライマーを用いてアッセイを実施した。患者試料は、以下の通りである：Ｃ−胆管がん。
【図９Ｄ】第Ｉ相患者試料による、例示的な結果を表す。合成鋳型アッセイ対照（ＳＴ）、ＧＡＰＤＨ（品質対照試料）用のプライマー、又は次の融合：Ｄ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３若しくはＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合に特異的なプライマーを用いてアッセイを実施した。患者試料は、以下の通りである：Ｄ−副腎がん。
【図１０】進行性固形腫瘍患者におけるＪＮＪ−４２７５６４９３のヒト初回投与試験のための、例示的な第Ｉ相試験デザインを表す。
【図１１】用量レベル６ｍｇ以上で、標的病変の直径の和の阻害率減少がベースラインに比して最大限であることを表す。固形腫瘍患者は、日々の投与レジメン又は断続的な投与レジメン（７日間投与／７日間休薬）のいずれかにて、異なる用量で、ＦＧＦＲ阻害剤ＪＮＪ−４２７５６４９３による治療を受けた。用量及び腫瘍の種類を示してある。腫瘍減少率は、ＲＥＣＩＳＴ基準に従って測定された。腫瘍にＦＧＦＲ遺伝子転座及び突然変異がある患者は、ＦＧＦＲ阻害剤ＪＮＪ−４２７５６４９３に対する感受性が高いと思われる。
【図１２】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、様々なＦＧＦＲ融合の発現を例示する。
【図１３Ａ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、コロニー形成アッセイを例示する。（Ａ）０．１％クレシルクリスタルバイオレットで染色された６ウェルチャンバを例証する棒グラフである。結果は、２つの独立した実験を表している。
【図１３Ｂ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、コロニー形成アッセイを例示する。（Ｂ）平板培養された細胞１００個当たりのコロニーの数を例証する棒グラフである。結果は、２つの独立した実験を表している。
【図１４Ａ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｂ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｃ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｄ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｅ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｆ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｇ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【図１４Ｈ】指示されたＦＧＦＲ融合により安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞における、例示的な下流標的の発現を例示する。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
開示される方法、キット、及びプライマーは、本開示の一部を構成する、添付図面に関連して取られる以下の詳細な説明を参照することにより理解し易くなるであろう。開示される方法、キット、及びプライマーは、本明細書に記載及び／又は示す特定の方法、キット、及びプライマーに限定されるものではなく、本明細書において用いられる専門用語は、あくまで一例として特定の実施形態を説明するためのものであり、請求される方法、キット、及びプライマーを制限することを意図したものではないことを理解すべきである。
【００１０】
特定の数値が言及されている場合、文脈によって明確に指定されない限り、少なくともその特定の値が包含される。値の範囲が表される場合、別の実施形態は、その１つの特定の値から、及び／又は他の特定の値までを含む。更に、範囲で記述される値への言及、その範囲内のあらゆる値が包含される。範囲はいずれも包括的であり、組み合わせることが可能である。
【００１１】
当然のことながら、明確さを期すため、開示される方法、キット及びプライマーの特定の特徴は、本明細書において別個の実施形態の文脈で記載されるが、これらの特徴はまた、単一の実施形態において組み合わせて記載することができる。逆に、簡潔さを期すために単一の実施形態の文脈で記載される、開示される方法、キット、及びプライマーの様々な特徴はまた、別個に又は任意の下位の組み合わせにより提示される場合もある。
【００１２】
本明細書で使用するとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」には、複数形が包含される。
【００１３】
本明細書全体を通じて、以下の略語が使用されている。ＦＧＦＲ（線維芽細胞成長因子受容体）；ＬＬＯＱ（定量下限値）；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３（ＦＧＦＲ３をコードする遺伝子と形質転換性酸性コイルドコイル含有タンパク質３との間の融合）；ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１（ＦＧＦＲ３をコードする遺伝子と脳特異的血管新生阻害剤１関連タンパク質２様タンパク質１との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とＡＦ４／ＦＭＲ２ファミリー、メンバー３との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とｂｉｃａｕｄａｌ  Ｃホモログ１との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とカスパーゼ７との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とコイルドコイル領域含有６との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子と口顔指症候群１との間の融合）；ＦＦＰＥＴ（ホルマリン固定パラフィン包埋組織）；ＳＮＰ（一塩基多型）；ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺がん）、ｃｔ（サイクル閾値）。
【００１４】
本明細書で使用するとき、「治療すること」及びこれに類する用語は、がん症状の重篤度及び／又は頻度を減ずること；がん症状及び／又は前記症状の根本原因を排除すること；がん症状の頻度若しくは可能性、及び／又はその根本原因を減ずること；並びに直接若しくは間接的に、がんに起因する損傷を改善又は修復することを指す。
【００１５】
「生体試料」とは、がん細胞を採取することができ、またＲＮＡを単離することができる、患者由来の任意の試料を指す。好適な生体試料としては、限定されないが、血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられる。幾つかの実施形態において、生体試料は、ＦＦＰＥＴであり得る。
【００１６】
本明細書で使用するとき、「プレ増幅」とは、増幅工程に備えて鋳型ｃＤＮＡの数量を増分するために、増幅工程に先立って実行されるＰＣＲ手技を指す。プレ増幅工程は、例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）製品＃４３９１１２８）を使用して実行することができる。
【００１７】
本明細書で使用するとき、「増幅すること」、「増幅する」、及びこれらに類する用語は、核酸試料と同一の数多くの複製物を生成することを指す。核酸試料を増幅するための好適な技法としては、限定されないが、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）及びリアルタイムポリメラーゼ鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられる。幾つかの実施形態において、増幅する工程は、ＲＴ−ＰＣＲを含む。
【００１８】
ＦＧＦＲ変異体
本明細書で使用するとき、「ＦＧＦＲ変異体」という語句は、ＦＧＦＲ融合遺伝子、ＦＧＦＲ一塩基多型、又は両方を指す。
【００１９】
「ＦＧＦＲ融合」又は「ＦＧＦＲ融合遺伝子」とは、ＦＧＦＲ（例えば、ＦＧＲＦ２若しくはＦＧＦＲ３）をコードする遺伝子又はその一部分、及び２つの遺伝子間の転座により生じた、本明細書において開示される融合パートナーの１つ又はその一部分を指す。患者由来の生体試料中における、次のＦＧＦＲ融合遺伝子（ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせ）の１つ以上の存在は、開示される方法を用いて判定することができる。ＦＧＦＲ融合遺伝子、ＦＧＦＲエクソン、及び融合されている融合パートナーエクソンは、表１に記載されている。図１は、様々なＦＧＦＲ融合遺伝子の例を提供する。個々のＦＧＦＲ融合遺伝子の配列は、表１６に開示されている。
【００２０】
【表１】
0006766037.tif 000002
【００２１】
「ＦＧＦＲ一塩基多型」（ＳＮＰ）とは、個体間で一塩基が異なる、ＦＧＦＲ２又はＦＧＦＲ３遺伝子を指す。特に、「ＦＧＦＲ一塩基多型」（ＳＮＰ）とは、個体間で一塩基が異なるＦＧＦＲ３遺伝子を指す。患者由来の生体試料中における、次のＦＧＦＲ  ＳＮＰ（ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせ）の１つ以上の存在は、開示される方法を用いて判定することができる。ＦＧＦＲ  ＳＮＰの配列は、表２に記載されている。
【００２２】
【表２】
0006766037.tif 000003
ＦＧＦＲ３（遺伝子ブランクＩＤ＃ＮＭ＿０００１４２．４）のヌクレオチド９２０〜１５１０に対応する配列。
ボールドの下線が付いたヌクレオチドは、ＳＮＰを表す。
*文献中でＹ３７５Ｃと誤称される場合がある。
【００２３】
本明細書で使用するとき、「ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル」は、上の表に記載された１つ以上のＦＧＦＲ変異体を含む。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、患者のがんの種類に依存する。
【００２４】
開示される方法の評価する工程に用いられるＦＧＦＲ変異体パネルは、幾分、患者のがんの種類に基づく。膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００２５】
転移性膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００２６】
卵巣がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００２７】
頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００２８】
転移性頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００２９】
食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３０】
転移性食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３１】
非小細胞肺腺がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３２】
非小細胞肺扁平上皮細胞がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３３】
転移性子宮内膜がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３４】
乳がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。
【００３５】
ＦＧＦＲ変異体を増幅するためのプライマー
当業者に公知であるように、核酸の増幅には、増幅しようとする領域の側面に位置する核酸ストランドの５'及び３'領域に相補的であり、かつ結合するプライマーが必要とされる。本明細書で使用するとき、「プライマー対」とは、増幅する工程において用いられる順方向プライマー及び逆方向プライマーを指す。開示される方法を実行するうえで好適なプライマー対は、表３に記載されている。
【００３６】
【表３】
0006766037.tif 000004
【００３７】
本明細書において、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせの核酸配列を有するプライマーが開示される。
【００３８】
また、本明細書において、配列番号５と配列番号６、配列番号７と配列番号８、配列番号９と配列番号１０、配列番号１１と配列番号１２、配列番号１３と配列番号１４、配列番号１５と配列番号１６、配列番号１７と配列番号１８、配列番号１９と配列番号２０、配列番号２１と配列番号２２、配列番号２３と配列番号２４、配列番号２５と配列番号２６、配列番号２７と配列番号２８、配列番号２９と配列番号３０、配列番号３１と配列番号３２、配列番号３３と配列番号３４、配列番号３５と配列番号３６、配列番号３７と配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせの配列を有するプライマーのセットも開示される。
【００３９】
幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号５と配列番号６の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号７と配列番号８の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号９と配列番号１０の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号１１と配列番号１２の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号１３と配列番号１４の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号１５と配列番号１６の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号１７と配列番号１８の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号１９と配列番号２０の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号２１と配列番号２２の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号２３と配列番号２４の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号２５と配列番号２６の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号２７と配列番号２８の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号２９と配列番号３０の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号３１と配列番号３２の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号３３と配列番号３４の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号３５と配列番号３６の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、配列番号３７と配列番号３８の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、プライマーのセットは、上記プライマーのセットの任意の組み合わせの配列を有し得る。
【００４０】
開示されている方法に用いるためのＦＧＦＲ阻害剤
本明細書において、開示される方法に用いるための好適なＦＧＦＲ阻害剤が提供される。
【００４１】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には、米国特許出願公開第２０１３／００７２４５７（Ａ１）号（本明細書において参照により援用される）に開示されているＦＧＦＲ阻害剤で患者を治療することができ、ＦＧＦＲ阻害剤は、任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、及びこれらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む（好適なＲ基はまた、米国特許出願公開第２０１３／００７２４５７（Ａ１）号に開示されている）。幾つかの態様では、例えば、Ｎ−（３，５−ジメトキシフェニル）−Ｎ'−（１−メチルエチル）−Ｎ−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）キノキサリン−６−イル］エタン−１，２−ジアミン（本明細書において「ＪＮＪ−４２７５６４９３」又は「ＪＮＪ４９３」と称される）で患者を治療することができ、
【００４２】
【化１】
0006766037.tif 000005
これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。幾つかの態様では、医薬的に許容される塩は、ＨＣＬ塩である。幾つかの態様では、ＪＮＪ４９３塩基で患者を治療することができる。
【００４３】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、Ｇａｖｉｎｅ，Ｐ．Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．，「ＡＺＤ４５４７：Ａｎ  Ｏｒａｌｌｙ  Ｂｉｏａｖａｉｌａｂｌｅ，Ｐｏｔｅｎｔ，ａｎｄ  Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｙｒｏｓｉｎｅ  Ｋｉｎａｓｅ  Ｆａｍｉｌｙ」，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．Ａｐｒｉｌ  １５，２０１２  ７２；２０４５に記載されているように、Ｎ−［５−［２−（３，５−ジメトキシフェニル）エチル］−２Ｈ−ピラゾール−３−イル］−４−（３，５−ジメチルピペラジン−１−イル）ベンズアミド（ＡＺＤ４５４７）であり、
【００４４】
【化２】
0006766037.tif 000006
化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、及びこれらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。
【００４５】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、国際公開第２００６／０００４２０号に記載されているように、３−（２，６−ジクロロ−３，５−ジメトキシ−フェニル）−ｌ−｛６−［４−（４−エチル−ピペラジン−ｌ−イル）−フェニルアミノ］−ピリミド−４−イル｝−ｌ−メチル−ウレア（ＮＶＰ−ＢＧＪ３９８）であり、；
【００４６】
【化３】
0006766037.tif 000007
化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、及びこれらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。
【００４７】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、国際公開第２００６／１２７９２６号に記載されているように、４−アミノ−５−フルオロ−３−［６−（４−メチルピペラジン−ｌ−イル）−ｌＨ−ベンズイミダゾール−２−イル］−ｌＨ−キノリン−２−オン（ドビチニブ）であり、
【００４８】
【化４】
0006766037.tif 000008
化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、及びこれらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。
【００４９】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、Ｂｅｌｌｏ，Ｅ．ｅｔ  ａｌ．，Ｅ−３８１０「Ｉｓ  ａ  Ｐｏｔｅｎｔ  Ｄｕａｌ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ＶＥＧＦＲ  ａｎｄ  ＦＧＦＲ  ｔｈａｔ  Ｅｘｅｒｔｓ  Ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｏｄｅｌｓ」，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  １５，２０１１  ７１（Ａ）１３９６〜１４０５、及び国際公開公開第２００８／１１２４０８号に記載されているように、６−（７−（（ｌ−アミノシクロプロピル）−メトキシ）−６−メトキシキノリン−４−イルオキシ）−Ｎ−メチル−１−ナフタアミド（ＡＬ３８１０）（ｌｕｃｉｔａｎｉｂ；Ｅ−３８１０）であり、
【００５０】
【化５】
0006766037.tif 000009
化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、及びこれらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。
【００５１】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することが可能であり、このＦＧＦＲ阻害剤は、国際公開第２０１３／０７６１８６号に記載されているような抗ＦＧＦＲ２抗体とされる。
【００５２】
更なる好適なＦＧＦＲ阻害剤としては、ＢＡＹ１１６３８７７（Ｂａｙｅｒ）、ＢＡＹ１１７９４７０（Ｂａｙｅｒ）、ＴＡＳ−１２０（Ｔａｉｈｏ）、ＡＲＱ０８７（ＡｒＱｕｌｅ）、ＡＳＰ５８７８（Ａｓｔｅｌｌａｓ）、ＦＦ２８４（Ｃｈｕｇａｉ）、ＦＰ−１０３９（ＧＳＫ／ＦｉｖｅＰｒｉｍｅ）、Ｂｌｕｅｐｒｉｎｔ、ＬＹ−２８７４４５５（Ｌｉｌｌｙ）、ＲＧ−７４４４（Ｒｏｃｈｅ）、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられ、これらのＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む。
【００５３】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＢＡＹ１１６３８７７（Ｂａｙｅｒ）である。
【００５４】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＢＡＹ１１７９４７０（Ｂａｙｅｒ）である。
【００５５】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含む、ＴＡＳ−１２０（Ｔａｉｈｏ）である。
【００５６】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＡＲＱ０８７（ＡｒＱｕｌｅ）である。
【００５７】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＡＳＰ５８７８（Ａｓｔｅｌｌａｓ）である。
【００５８】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＦＦ２８４（Ｃｈｕｇａｉ）である。
【００５９】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＦＰ−１０３９（ＧＳＫ／ＦｉｖｅＰｒｉｍｅ）である。
【００６０】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＢｌｕｅｐｒｉｎｔである。
【００６１】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＬＹ−２８７４４５５（Ｌｉｌｌｙ）である。
【００６２】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合には患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することができ、このＦＧＦＲ阻害剤は、化学的に可能な場合、これらの任意の互変異性的若しくは立体化学的な異性体形態、これらのＮ−酸化物、これらの医薬的に許容される塩、又はこれらの溶媒和物を含むＲＧ−７４４４（Ｒｏｃｈｅ）である。
【００６３】
塩は、本明細書において参照により援用される「Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｕｓｅ」，Ｐ．Ｈｅｉｎｒｉｃｈ  Ｓｔａｈｌ（Ｅｄｉｔｏｒ），Ｃａｍｉｌｌｅ  Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ（Ｅｄｉｔｏｒ），ＩＳＢＮ：３−９０６３９−０２６−８，Ｈａｒｄｃｏｖｅｒ，３８８  ｐａｇｅｓ，Ａｕｇｕｓｔ  ２００２に記載されている方法等の慣習的な化学的方法によって、塩基性残基又は酸性残基を含有する親化合物から合成することができる。そのような塩は、一般的に、それらの化合物の遊離酸又は遊離塩基形態を、水中若しくは有機溶媒中、又はその両方の混合物中で、適切な塩基又は酸と反応させることにより調製することができる。一般的に使用されるのは、エーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノール、又はアセトニトリルのような非水性培地である。開示される方法に用いるためのＦＧＦＲ阻害剤は、その塩の形成に用いられる酸のｐＫａに応じて、単塩又は二塩として存在し得る。
【００６４】
酸付加塩は、無機及び有機の両方の多種多様な酸により形成され得る。酸付加塩の例としては、酢酸、２，２−ジクロロ酢酸、アジピン酸、アルギン酸、アスコルビン酸（例えば、Ｌ−アスコルビン酸）、Ｌ−アスパラギン酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、４−アセトアミド安息香酸、ブタン酸、（＋）樟脳酸、カンファ−スルホン酸、（＋）−（１Ｓ）−カンファ−１０−スルホン酸、カプリン酸、カプロン酸、カプリル酸、ケイ皮酸、クエン酸、シクラミン酸、ドデシル硫酸、エタン酸−１，２−ジスルホン酸、エタンスルホン酸、２−ヒドロキシエタンスルホン酸、ギ酸、フマル酸、ガラクタル酸、ゲンチシン酸、グルコヘプトン酸、Ｄ−グルコン酸、グルクロン酸、（例えば、Ｄ−グルクロン酸）、グルタミン酸（例えば、Ｌ−グルタミン酸）、α−オキソグルタル酸、グリコール酸、馬尿酸、臭化水素酸、塩酸、ヨウ水素酸、イセチオン酸、乳酸（例えば、（＋）−Ｌ−乳酸、（±）−ＤＬ−乳酸）、ラクトビオン酸、マレイン酸、リンゴ酸、（−）−Ｌ−リンゴ酸、マロン酸、（±）−ＤＬ−マンデル酸、メタンスルホン酸、ナフタレンスルホン酸（例えば、ナフタレン−２−スルホン酸）、ナフタレン−１，５−ジスルホン酸、１−ヒドロキシ−２−ナフトエ酸、ニコチン酸、硝酸、オレイン酸、オロチン酸、シュウ酸、パルミチン酸、パモ酸、リン酸、プロピオン酸、Ｌ−ピログルタミン酸、ピルビン酸、サリチル酸、４−アミノ−サリチル酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸、硫酸、タンニン酸、（＋）−Ｌ−酒石酸、チオシアン酸、トルエンスルホン酸（例えば、ｐ−トルエンスルホン酸）、ウンデシレン酸及びバレリアン酸、並びにアシル化アミノ酸及びカチオン交換樹脂を含むがこれらに限定されない、酸により形成される塩が挙げられる。
【００６５】
具体的な塩の群の１つは、酢酸、塩酸、ヨウ水素酸、リン酸、硝酸、硫酸、クエン酸、乳酸、コハク酸、マレイン酸、リンゴ酸、イセチオン酸、フマル酸、ベンゼンスルホン酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸（メシル酸）、エタンスルホン酸、ナフタレンスルホン酸、バレリアン酸、プロパン酸、ブタン酸、マロン酸、グルクロン酸、及びラクトビオン酸から形成される塩から構成される。酸付加塩の別の群としては、酢酸、アジピン酸、アスコルビン酸、アスパラギン酸、クエン酸、ＤＬ−乳酸、フマル酸、グルコン酸、グルクロン酸、馬尿酸、塩酸、グルタミン酸、ＤＬ−リンゴ酸、メタンスルホン酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸、及び酒石酸から形成される塩が挙げられる。
【００６６】
化合物がアニオン性であるか、又はアニオン性であり得る官能基を有する（例えば、−ＣＯＯＨが−ＣＯＯ-であり得る）場合、塩は、好適なカチオンにより形成され得る。好適な無機カチオンの例としては、限定されないが、Ｎａ+及びＫ+などのアルカリ金属イオン、Ｃａ2+及びＭｇ2+などのアルカリ土類金属カチオン、並びにＡｌ3+などの他のカチオンが挙げられる。好適な有機カチオンの例としては、限定されないが、アンモニウムイオン（即ち、ＮＨ4+）及び置換アンモニウムイオン（例えば、ＮＨ3Ｒ+、ＮＨ2Ｒ2+、ＮＨＲ3+、ＮＲ4+）が挙げられる。
【００６７】
幾つかの好適な置換アンモニウムイオンの例には、エチルアミン、ジエチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、トリエチルアミン、ブチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン、ベンジルアミン、フェニルベンジルアミン、コリン、メグルミン、及びトロメタミン、並びにアミノ酸（例えばリジン酸及びアルギニン酸）から誘導されたものがある。一般的な第四級アンモニウムイオンの例は、Ｎ（ＣＨ3）4+である。
【００６８】
アミン官能基を含有する化合物の場合、例えば、当業者に周知の方法に従って、アルキル化剤と反応させることにより、第四級アンモニウム塩を形成し得る。そのような第四級アンモニウム化合物は、開示される化合物の範囲内にある。アミン官能基を含有する化合物はまた、Ｎ−酸化物を形成し得る。本明細書において、アミン官能基を含有する化合物に対する言及は、Ｎ−酸化物も含む。数個のアミン官能基が含有する化合物の場合、１つ又は２つ以上の窒素原子を酸化することによって、Ｎ−酸化物を形成することができる。Ｎ−酸化物の具体的な例は、第三級アミンのＮ−酸化物、又は窒素含有の複素環の窒素原子である。Ｎ−酸化物は、対応するアミンを、過酸化水素又は過酸（例えば、ペルオキシカルボン酸）などの酸化剤で処理することによって、形成され得る。例については、「Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」，ｂｙ  Ｊｅｒｒｙ  Ｍａｒｃｈ，４th  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅの頁を参照のこと。より具体的には、例えばジクロロメタン等の不活性溶媒中でアミン化合物をｍ−クロロ過酸化安息香酸（ＭＣＰＢＡ）と反応させる、Ｌ．Ｗ．Ｄｅａｄｙ（「Ｓｙｎ．Ｃｏｍｍ」．（１９７７），７，５０９〜５１４）の手技によって、Ｎ−酸化物を製造することができる。
【００６９】
本明細書で使用するとき、「溶媒和（solvate）」という用語は、化合物と１つ以上の溶媒分子との物理的会合を意味する。この物理的会合は、水素結合を含むイオン結合及び共有結合の度合いが変化することを伴う。場合によっては、例えば、結晶質固体の結晶格子に１つ以上の溶媒分子を混和させると、溶媒和物が単離可能になることがある。「溶媒和物」という用語は、溶液相溶媒和物及び単離可能な溶媒和物の両方を包含するものとする。好適な溶媒和物の非限定例としては、開示される化合物と、水、イソプロパノール、エタノール、メタノール、ＤＭＳＯ、酢酸エチル、酢酸、エタノールアミン及びこれらに類するものとの組み合わせが挙げられる。化合物は、溶液中にある間、その生物学的効果を発揮し得る。
【００７０】
溶媒和物は、製薬化学において周知である。それらの溶媒和物は、（例えば、精製に関連する）物質の調製のためのプロセス、物質の貯蔵（例えば、貯蔵安定性）のためのプロセス、及び物質を難なく取り扱うためのプロセスにとって重要であり得、化学合成の単離段階又は精製段階の一環として形成されることが多い。当業者は、水和物又は他の溶媒和物が、所与の化合物の調製に用いられた単離条件又は精製条件によって形成されたかどうかを、標準の技法及び長期的な利用実績のある手技を使用して判定することができる。そのような技法の例としては、熱重量解析（ＴＧＡ）、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、Ｘ線結晶学（例えば、単結晶Ｘ線結晶学又はＸ線粉末回折）、及び固体核磁気共鳴（ＳＳ−ＮＭＲ）が挙げられ、ＳＳ−ＮＭＲはマジック角スピニング核磁気共鳴（ＭＡＳ−ＮＭＲ）としても知られる。そのような技法は、ＮＭＲ、ＩＲ、ＨＰＬＣ及びＭＳと同様、熟練化学者向け標準解析ツールキットの一部となっている。代替的に、当業者は、特定の溶媒和物に必要とされるある量の溶媒を含む結晶化条件を利用して、溶媒和物を慎重に形成することもできる。その後、上述の標準的な方法を用いて、溶媒和物が形成されたかどうかを確定することができる。また、ＦＧＦＲ阻害剤の任意の錯体（例えば、シクロデキストリン、又は金属を含む錯体等の化合物を含む、包接錯体又は包接化合物）も包含される。
【００７１】
更にまた、本化合物は、１種以上の多形体（結晶質）形態又は非晶質形態を有し得る。
【００７２】
本化合物は、１つ以上の同位体置換が為された化合物を含み、特定の元素に対する言及は、その範囲内に、その元素の全ての同位体を含む。例えば、水素に対する言及は、その範囲内に、1Ｈ、2Ｈ（Ｄ）、及び3Ｈ（Ｔ）を含む。同様に、炭素及び酸素に対する言及は、それらの範囲内に、12Ｃ、13Ｃ及び14Ｃ、並びに16Ｏ及び18Ｏをそれぞれ含む。かかる同位体は、放射性であってもよく、又は非放射性であってよい。一実施形態において、本化合物は、放射性同位体を含まない。そのような化合物は、治療に用いられるのが好ましい。しかしながら、別の実施形態において、本化合物は、１つ以上の放射性同位元素を含有し得る。そのような放射性同位元素を含有する化合物は、診断の文脈で有用であり得る。
【００７３】
幾つかの実施形態では、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合、患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療され、ＦＧＦＲ阻害剤は、Ｎ−（３，５−ジメトキシフェニル）−Ｎ'−（１−メチルエチル）−Ｎ−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）キノキサリン−６−イル］エタン−１，２−ジアミン（本明細書中で「ＪＮＪ−４２７５６４９３」と称される）、又はこれらの医薬的に許容される塩若しくはこれらの溶媒和物である。
【００７４】
患者におけるがんの治療方法
本明細書において、患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体について評価する工程と、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合に患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療する工程と、を含む、患者におけるがんの治療方法が開示される。
【００７５】
開示される方法を用いて、膀胱がん、転移性膀胱がん、卵巣がん、頭頸部がん、転移性頭頸部がん、食道がん、転移性食道がん、非小細胞肺腺がん、非小細胞肺扁平上皮細胞がん、前立腺がん、肺がん、胃がん、尿路上皮がん、小細胞肺がん、乳がん、子宮内膜がん、転移性子宮内膜がん、胆管がん、肝細胞がん、神経膠芽腫、神経膠腫、結腸がん、肉腫、扁平上皮由来の固形腫瘍、及び多発性骨髄腫を含むがこれらに限定されない、多岐にわたるがん種類を治療することができる。
【００７６】
評価する工程に用いられるＦＧＦＲ変異体パネルは、幾分患者のがんの種類に基づく。膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００７７】
転移性膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性膀胱がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００７８】
卵巣がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、卵巣がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００７９】
頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８０】
転移性頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８１】
食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８２】
転移性食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８３】
非小細胞肺（ＮＳＣＬ）腺がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８４】
非小細胞肺（ＮＳＣＬ）扁平上皮細胞がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８５】
転移性子宮内膜がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態において、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８６】
乳がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態において、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８７】
肝細胞がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【００８８】
幾つかの実施形態において、評価する工程は、生体試料由来のＲＮＡを単離することと、単離されたＲＮＡ由来のｃＤＮＡを合成することと、ｃＤＮＡをプレ増幅することと、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡをプレ増幅することと、を含む。
【００８９】
生体試料由来のＲＮＡを単離する工程は、当業者に公知の幾つかの手技により実行することができる。一実施形態では、Ｑｉａｇｅｎ製（製品番号８０２３４）ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキットを使用することにより、生体試料からＲＮＡを単離することができる。
【００９０】
単離されたＲＮＡからのｃＤＮＡの合成は、当業者に公知の幾つかの手技により実行することができる。一実施形態では、Ｈｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡＲｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅキット、及びＡＢＩ製（製品番号４３７４９６６）ＲＮａｓｅ阻害剤を使用することにより、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成することができる。
【００９１】
ｃＤＮＡのプレ増幅は、当業者に公知の幾つかの手技により実行することができる。増幅手技は、当該技術分野において周知である。一実施形態では、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）製品番号４３９１１２８）を使用して、ｃＤＮＡをプレ増幅することができる。
【００９２】
幾つかの実施形態において、増幅する工程は、リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を実行することを含み得る。例示的なｑＲＴ−ＰＣＲ手技については、本明細書の実施例の節で論じられている。幾つかの態様では、ｑＲＴ−ＰＣＲは、Ｔａｑｍａｎ（登録商標）Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲアッセイであり得る。ｑＲＴ−ＰＣＲ手技にプローブの使用を含めることにより、アッセイの特異性を増強させることができる。ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイに使用するための好適なプローブには、本明細書において開示される任意のプローブ、例えば、表１５に開示されるプローブが含まれる。幾つかの実施形態において、例えば、リアルタイムＰＣＲは、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、及び／又は配列番号５５を含む１つ以上のプローブを用いて実行することができる。他の実施形態において、リアルタイムＰＣＲは、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、及び／又は配列番号５５から実質的になる１つ以上のプローブを用いて実行することができる。他の実施形態において、リアルタイムＰＣＲは、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、及び／又は配列番号５５からなる１つ以上のプローブを用いて実行することができる。他の実施形態において、リアルタイムＰＣＲは、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、及び／又は配列番号５５を有する１つ以上のプローブを用いて実行することができる。
【００９３】
ｑＲＴ−ＰＣＲは、１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行することができる。３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いた例示的なｑＲＴ−ＰＣＲ手技は、本明細書の実施例の節に開示されている。好適な３'ブロッキングオリゴヌクレオチドとして、例えば、表８に開示されているものが挙げられる。幾つかの実施形態において、ｑＲＴ−ＰＣＲは、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、及び／又は配列番号４２を含む１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行することができる。幾つかの実施形態において、ｑＲＴ−ＰＣＲは、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、及び／又は配列番号４２から実質的になる１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行することができる。幾つかの実施形態において、ｑＲＴ−ＰＣＲは、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、及び／又は配列番号４２からなる１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行することができる。幾つかの実施形態において、ｑＲＴ−ＰＣＲは、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、及び／又は配列番号４２を有する１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行することができる。
【００９４】
増幅する工程において用いるための好適なプライマー対には、表３に開示されているものが含まれる。例えば、幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、及び配列番号５と配列番号６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、及び配列番号７と配列番号８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、及び配列番号９と配列番号１０のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、及び配列番号１１と配列番号１２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、及び配列番号１３と配列番号１４のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、及び配列番号１５と配列番号１６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、及び配列番号１７と配列番号１８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、及び配列番号１９と配列番号２０のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、及び配列番号２１と配列番号２２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｒ２４８Ｃ、及び配列番号２３と配列番号２４のヌクレオチド配列、又は配列番号３１と配列番号３２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｓ２４９Ｃ、及び配列番号２５と配列番号２６のヌクレオチド配列、又は配列番号３３と配列番号３４のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｇ３７０Ｃ、及び配列番号２７と配列番号２８のヌクレオチド配列、又は配列番号３５と配列番号３６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｙ３７３Ｃ、及び配列番号２９と配列番号３０のヌクレオチド配列、又は配列番号３７と配列番号３８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、上記に開示されているＦＧＦＲ変異体
の任意の組み合わせ、及び対応するプライマー対であり得る。
【００９５】
幾つかの実施形態において、増幅する工程は、
ａ．プライマー対が配列番号５と配列番号６の配列を有し、プローブが配列番号４３の配列を有するか；
ｂ．プライマー対が配列番号７と配列番号８の配列を有し、プローブが配列番号４４の配列を有するか；
ｃ．プライマー対が配列番号９と配列番号１０の配列を有し、プローブが配列番号４６の配列を有するか；
ｄ．プライマー対が配列番号１１と配列番号１２の配列を有し、プローブが配列番号４７の配列を有するか；
ｅ．プライマー対が配列番号１３と配列番号１４の配列を有し、プローブが配列番号４５の配列を有するか；
ｆ．プライマー対が配列番号１５と配列番号１６の配列を有し、プローブが配列番号４８の配列を有するか；
ｇ．プライマー対が配列番号１７と配列番号１８の配列を有し、プローブが配列番号４９の配列を有するか；
ｈ．プライマー対が配列番号１９と配列番号２０の配列を有し、プローブが配列番号５０の配列を有するか；
ｉ．プライマー対が配列番号２１と配列番号２２の配列を有し、プローブが配列番号５１の配列を有するか；
ｊ．プライマー対が配列番号２３と配列番号２４の配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有するか；
ｋ．プライマー対が配列番号２５と配列番号２６の配列を有し、プローブが配列番号５３の配列を有するか；
ｌ．プライマー対が配列番号２７と配列番号２８の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有するか；
ｍ．プライマー対が配列番号２９と配列番号３０の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有するか；
ｎ．プライマー対が配列番号３１と配列番号３２の配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号３９の配列を有するか；
ｏ．プライマー対が配列番号３３と配列番号３４の配列を有し、プローブが配列番号５３の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４０の配列を有するか；
ｐ．プライマー対が配列番号３５と配列番号３６の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４１の配列を有するか；
ｑ．プライマー対が配列番号３７と配列番号３８の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４２の配列を有するか；又は
ｒ．これらの任意の組み合わせにより実行することができる。
【００９６】
開示される方法は、試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在する場合に患者を治療する工程を含む。試料中における１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、例えば、増幅ｃＤＮＡの配列を決定することによって判定することができる。
【００９７】
治療方法に用いるための好適なＦＧＦＲ阻害剤としては、本明細書で前述したものが挙げられる。
【００９８】
また、患者から採取された生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体について評価することにより、ＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性である患者を同定し、試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を検出する、患者におけるがんの治療に用いるためのＦＧＦＲ阻害剤も開示される。
【００９９】
患者から採取された生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体について評価することにより、ＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性である患者を同定し、１つ以上のＦＧＦＲ変異体はＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ  ＳＮＰであり；試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を検出し、前記評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することを含む、患者におけるがんの治療に用いるためのＦＧＦＲ阻害剤が更に開示される。
【０１００】
患者から採取された生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体について評価することにより、ＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性である患者を同定し、ＦＧＦＲ変異体はＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ  ＳＮＰであり、試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を検出し、前記評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いて、プレ増幅されたｃＤＮＡを増幅することを含む、患者におけるがんの治療に用いるためのＦＧＦＲ阻害剤も更に開示される。
【０１０１】
線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法
本明細書において、患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来のＦＧＦＲ変異体について評価する工程であって、ＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、前記評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することと、遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在するかどうかを判定することであって、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、判定することと、を含む、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法が開示される。
【０１０２】
また、患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来のＦＧＦＲ変異体について評価する工程であって、ＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、前記評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することと、遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在するかどうかを判定する工程であって、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、判定することと、を含む、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法も提供される。
【０１０３】
患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在について評価する工程を含み、ＦＧＦＲ変異体がＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在はは、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法も更に提供される。
【０１０４】
幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することを含み得る。幾つかの実施形態では、ｃＤＮＡは、プレ増幅されたｃＤＮＡであり得る。
【０１０５】
幾つかの実施形態において、評価する工程は、生体試料由来のＲＮＡを単離して、単離されたＲＮＡ由来のｃＤＮＡを合成することを含む。幾つかの態様において、評価する工程は、プレ増幅されたｃＤＮＡに対して実行することができる。したがって、評価する工程は、前記増幅する工程に先立ってｃＤＮＡをプレ増幅することを更に含み得る。生体試料由来のＲＮＡを単離することは、当業者に公知の幾つかの手技により実行することができる。一実施形態では、Ｑｉａｇｅｎ製（例えば、製品番号８０２３４）ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキットを使用することにより、生体試料からＲＮＡを単離することができる。単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成することは、当業者に公知の幾つかの手技により、実行することができる。一実施形態では、Ｈｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡＲｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅキット、及びＡＢＩ製（例えば、製品番号４３７４９６６）ＲＮａｓｅ阻害剤を使用することにより、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成することができる。ｃＤＮＡのプレ増幅は、当業者に公知の幾つかの手技により実行することができる。増幅手技は、当該技術分野において周知である。一実施形態では、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）製品番号４３９１１２８）を使用して、ｃＤＮＡをプレ増幅することができる。
【０１０６】
開示される方法は、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性である、数種類のがんに罹患した患者の同定に使用することができ、数種類のがんには、膀胱がん、転移性膀胱がん、卵巣がん、頭頸部がん、食道がん、非小細胞肺腺がん、非小細胞肺扁平上皮細胞がん、前立腺がん、肺がん、胃がん、尿路上皮がん、小細胞肺がん、乳がん、子宮内膜がん、胆管がん、肝細胞がん、神経膠芽腫、神経膠腫、結腸がん、肉腫、扁平上皮由来の固形腫瘍、及び多発性骨髄腫を含むが、これらに限定されない。
【０１０７】
評価する工程に用いられるＦＧＦＲ変異体パネルは、幾分患者のがんの種類に基づく。膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、膀胱がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１０８】
転移性膀胱がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、転移性膀胱がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１０９】
卵巣がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、卵巣がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１１０】
頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、頭頸部がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１１１】
転移性頭頸部がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性頭頸部がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【０１１２】
食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、食道がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１１３】
転移性食道がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性食道がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【０１１４】
非小細胞肺（ＮＳＣＬ）腺がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者由来の生体試料中に、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ腺がんを有する患者を有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１１５】
非小細胞肺（ＮＳＣＬ）扁平上皮細胞がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、評価する工程は、ＮＳＣＬ扁平上皮細胞がんを有する患者由来の生体試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在するかどうかを判定することを含む。
【０１１６】
転移性子宮内膜がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態において、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、転移性子宮内膜がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【０１１７】
乳がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態において、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、乳がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【０１１８】
肝細胞がん患者用の好適なＦＧＦＲ変異遺伝子パネルは、例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。したがって、幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロンが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１が存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中にＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。幾つかの実施形態では、試料中に上記ＦＧＦＲ変異体のいずれかの組み合わせが存在する場合、肝細胞がんを有する患者はＦＧＦＲ阻害剤で治療される。
【０１１９】
増幅する工程で用いるための好適なプライマー対には、表３に開示されているものが含まれる。例えば、幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、及び配列番号５と配列番号６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、及び配列番号７と配列番号８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、及び配列番号９と配列番号１０のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、及び配列番号１１と配列番号１２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、及び配列番号１３と配列番号１４のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、及び配列番号１５と配列番号１６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、及び配列番号１７と配列番号１８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、及び配列番号１９と配列番号２０のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、及び配列番号２１と配列番号２２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｒ２４８Ｃ、及び配列番号２３と配列番号２４のヌクレオチド配列、又は配列番号３１と配列番号３２のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｓ２４９Ｃ、及び配列番号２５と配列番号２６のヌクレオチド配列、又は配列番号３３と配列番号３４のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｇ３７０Ｃ、及び配列番号２７と配列番号２８のヌクレオチド配列、又は配列番号３５と配列番号３６のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、Ｙ３７３Ｃ、及び配列番号２９と配列番号３０のヌクレオチド配列、又は配列番号３７と配列番号３８のヌクレオチド配列を有するプライマーであり得る。幾つかの実施形態において、ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対は、上記に開示されているＦＧＦＲ変異体の任意の組み合わせ、及び対応するプライマー対であり得る。
【０１２０】
開示される方法は、遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在するかどうかを判定することを含む。幾つかの実施形態において、判定する工程は、増幅されたｃＤＮＡの配列を決定することを含む。
【０１２１】
幾つかの実施形態において、本方法は、遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在する場合に患者をＦＧＦＲ阻害剤で治療することを更に含む。治療方法に用いるための好適なＦＧＦＲ阻害剤としては、本明細書において前述したもの、特にＪＮＪ−４２７５６４９３が挙げられる。
【０１２２】
ＦＧＦＲ変異遺伝子の存在を同定するためのキット
更に、配列番号５と配列番号６、配列番号７と配列番号８、配列番号９と配列番号１０、配列番号１１と配列番号１２、配列番号１３と配列番号１４、配列番号１５と配列番号１６、配列番号１７と配列番号１８、配列番号１９と配列番号２０、配列番号２１と配列番号２２、配列番号２３と配列番号２４、配列番号２５と配列番号２６、配列番号２７と配列番号２８、配列番号２９と配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせの配列を有するプライマー対と、１つ以上のＦＧＦＲ変異遺伝子を検出するためのアッセイを実行するための指示と、を備える、生体試料中にＦＧＦＲ変異遺伝子が１つ以上存在するかどうかを同定するためのキットが開示される。
【０１２３】
本キットは、１つ以上のプローブ、１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチド、又は両方を更に含み得る。幾つかの実施形態において、本キットは、１つ以上のプローブ、例えば、表１５に開示されているプローブのうちのいずれか１つ以上を更に含み得る。幾つかの実施形態において、本キットは、１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチド、例えば、表８に開示されている３'ブロッキングオリゴヌクレオチドのうちのいずれか１つ以上を更に含み得る。幾つかの実施形態において、本キットは、１つ以上のプローブと、１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドと、を更に含み得る。例えば、幾つかの実施形態において、本キットは、
ａ．プライマー対が配列番号５と配列番号６の配列を有し、プローブが配列番号４３の配列を有するか；
ｂ．プライマー対が配列番号７と配列番号８の配列を有し、プローブが配列番号４４の配列を有するか；
ｃ．プライマー対が配列番号９と配列番号１０の配列を有し、プローブが配列番号４６の配列を有するか；
ｄ．プライマー対が配列番号１１と配列番号１２の配列を有し、プローブが配列番号４７の配列を有するか；
ｅ．プライマー対が配列番号１３と配列番号１４の配列を有し、プローブが配列番号４５の配列を有するか；
ｆ．プライマー対が配列番号１５と配列番号１６の配列を有し、プローブが配列番号４８の配列を有するか；
ｇ．プライマー対が配列番号１７と配列番号１８の配列を有し、プローブが配列番号４９の配列を有するか；
ｈ．プライマー対が配列番号１９と配列番号２０の配列を有し、プローブが配列番号５０の配列を有するか；
ｉ．プライマー対が配列番号２１と配列番号２２の配列を有し、プローブが配列番号５１の配列を有するか；
ｊ．プライマー対が配列番号２３と配列番号２４の配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有するか；
ｋ．プライマー対が配列番号２５と配列番号２６の配列を有し、プローブが配列番号５３の配列を有するか；
ｌ．プライマー対が配列番号２７と配列番号２８の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有するか；
ｍ．プライマー対が配列番号２９と配列番号３０の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有するか；
ｎ．プライマー対が配列番号３１と配列番号３２の配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号３９の配列を有するか；
ｏ．プライマー対が配列番号３３と配列番号３４の配列を有し、プローブが配列番号５３の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４０の配列を有するか；
ｐ．プライマー対が配列番号３５と配列番号３６の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４１の配列を有するか；
ｑ．プライマー対が配列番号３７と配列番号３８の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４２からなる配列を有するか；又は
ｒ．これらの任意の組み合わせを更に含み得る。
【０１２４】
オリゴヌクレオチドプローブ
配列番号４３〜５５のいずれか１つの配列を有するオリゴヌクレオチドプローブも開示される。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４３の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４４の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４５の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４６の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４７の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４８の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号４９の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５０の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５１の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５２の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５３の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５４の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、配列番号５５の配列を有し得る。
【０１２５】
３'ブロッキングオリゴヌクレオチド
本明細書において、配列番号３９〜４２のいずれか１つの配列を有するオリゴヌクレオチドも開示される。幾つかの実施形態において、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドは、配列番号３９の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドは、配列番号４０の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドは、配列番号４１の配列を有し得る。幾つかの実施形態において、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドは、配列番号４２の配列を有し得る。
【実施例】
【０１２６】
実施例１−プラスミドＤＮＡ単離及び精製
ＦＧＦＲ融合プラスミドＤＮＡを調製するための例示的な手技は、以下の通りである。
【０１２７】
必須機器：遠心分離機（１５００ｘ  ｇに対応）；マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター；ボルテクサー；ＮａｎｏＤｒｏｐ分光光度計；振盪機（３７℃）／インキュベータ；及びオーブン（３７℃に設定）。
【０１２８】
必須材料：プラスミドＤＮＡ含有の凍結グリセロール細菌株；カナマイシンＬＢ寒天プレート（Ｔｅｋｎｏｖａ＃Ｌ１１５５）；ＬＢブロス（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１０８５５−０２１）；カナマイシン（Ｓｉｇｍａ＃Ｋ０２５４）；プラスミド精製キット（Ｑｉａｇｅｎ＃１２１２３）；無水エタノール（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ＃Ｅ７０２３）；イソプロパノール（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ＃Ｗ２９２９０７）；ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理）（ＩＤＴ製又はＡｍｂｉｏｎ＃ＡＭ９９３２）；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；ＲＮａｓｅ不含マイクロチューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）；血清ピペット；及び１４ｍｌの丸底チューブ（ＶＷＲ＃３５２０５７）。
【０１２９】
グリセロールストックから細菌を回収するため、グリセロールストックチューブ頂上の冷凍された細菌を滅菌ピペットチップでこすり取り、ＬＢ寒天プレートの上に縞状に付着させ、これを逆さにして、３７℃に設定されたオーブンに入れた。
【０１３０】
Ｑｉａｇｅｎ製プラスミドＤＮＡ精製プロトコールを使用して、ＤＮＡプラスミドを精製した。概説すると、縞状に細菌を付着させた（streaked）プレートから単一コロニーを採集し、５０μｇ／ｍｌのカナマイシンを含有するＬＢ培地５ｍｌ中に入れ、３７℃の振盪機でおよそ３００ｒｐｍで一晩インキュベートした。４℃にて６０００ｘｇで１５分間遠心分離して、細菌細胞を採取してから、３００μｌのバッファーＰ１中にペレットを再懸濁させた。３００μｌのバッファーＰ２を添加し、チューブを４〜６回反転させて混ぜ合わせ、ＲＴ（室温）にて５分間インキュベートした。３００μｌの冷蔵バッファーＰ３を添加し、即座に４〜６回反転させて混ぜ合わせ、氷上で５分間インキュベートしてから、最高速度で１０分間遠心分離させた。プラスミドＤＮＡを含有する上清を、即座に取り除いた。Ｑｉａｇｅｎ−ｔｉｐ２０に１ｍｌのバッファーＱＢＴを塗布して平衡化し、重力流により空にした。Ｑｉａｇｅｎ−ｔｉｐ２０に上清を塗布し、重力流により樹脂を流入させた。Ｑｉａｇｅｎ−ｔｉｐ２０を２×２ｍｌのバッファーＱＣで洗浄し、ＤＮＡをバッファーＱＦ８００μｌで溶出させて、溶出液を１．５ｍｌエッペンドルフチューブ内に採取した。０．７容量のイソプロパノールを添加してＤＮＡを沈殿させ、混ぜ合わせてから即座に、マイクロ遠心分離機で１５０００ｘｇにて３０分間遠心分離させた。上清をデカントし、ＤＮＡペレットを７０％エタノール１ｍｌで洗浄して、１５０００ｘｇにて１０分間遠心分離させた。上清をデカントした。ペレットを５〜１０分間空気乾燥させ、ＤＮＡを１００μｌ又は好適な容量のヌクレアーゼ不含水中に再溶解させた。プラスミドＤＮＡをＮａｎｏＤｒｏｐで定量し、爾後の使用まで−２０℃で保管した。
【０１３１】
実施例２−ＮＲＫ細胞株の生成
各ＦＧＦＲ融合を発現する発現ベクターを構築した。次いで、その発現ベクターを、正常ラット腎臓上皮細胞（ＮＲＫ細胞）にトランスフェクトした。トランスフェクションに続いて、カナマイシン含有培地中の安定な細胞株を選択した。次いで、これらの細胞を生育し、ｍＲＮＡを単離して、ＦＧＦＲ融合アッセイにかけることにより、特異的ＦＧＦＲ融合ｍＲＮＡの存在を確証した。
【０１３２】
実施例３−ＦＧＦＲ融合細胞株の維持
以下のプロトコールには、ＮＲＫ  ＦＧＦＲ融合を過剰発現する細胞株を培養し維持するための、例示的な手技が記載されている。細胞株としては、限定されないが、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３ｖ１、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＮＲＫ／ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、及びＮＲＫ／空ベクター（プラスミド対照）が挙げられる。
【０１３３】
必須機器：真空吸引システム搭載のバイオセーフティキャビネット；ＣＯ2インキュベータ（３７℃に設定、５％  ＣＯ2）；冷凍庫（−８０℃）；液体窒素タンク；水浴（３７℃に設定）；及び顕微鏡。
【０１３４】
必須材料：血清ピペット；組織培養フラスコ（Ｔ７５ＶＷＲ＃ＢＤ３５３１３６及び／又はＴ１５０ＶＷＲ＃１５７０５−０７４）；組織培養０．２μｍフィルタ装置（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ＃５６６−００２０）；ＤＭＥＭ（ダルベッコ改変イーグル培地）細胞培養培地（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１１９６５−０８４）；認定済みウシ胎児血清（ＦＢＳ）、熱不活性化（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１００８２１４７）；ＰｅｎＳｔｒｅｐ抗生物質溶液（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１５１４０−１２２）；トリプシンＥＤＴＡ０．２５％溶液（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃２５２００−０５６）；ＤＰＢＳ（カルシウムもマグネシウムも含まないダルベッコリン酸緩衝溶液）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１４１９０１３６）；凍結保存用の細胞冷凍コンテナ；ハンドヘルド型ピペットマン；細胞寒剤（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃１２６４８−０１０）；１５ｍｌのコニカルチューブ（ＶＷＲ＃６２４０６−２）；及びクライオバイアル（ＶＷＲ＃８９０９４−８００）。
【０１３５】
細胞培養培地を調製するため、４４５ｍｌのＤＭＥＭ、５０ｍｌのＦＢＳ、及び５ｍｌのＰｅｎＳｔｒｅｐを結合することにより、ＤＭＥＭ培地を調製した。調製された培地を０．２μｍ径のフィルタ装置に通し、４℃にて保管した。
【０１３６】
冷凍された細胞を解凍するため、調製済みＤＭＥＭ培地を３７℃の水浴中で少なくとも１５分間暖めて、暖めた培地１５ｍｌをＴ７５フラスコに入れた。細胞を液体窒素タンクから取り出し、即座に３７℃の水浴中に入れて、サッと解かした。クライオバイアルに７０％アルコールを十分に噴霧し、過剰分をペーパータオルで拭き取った。全内容物を、ＤＭＥＭ含有のＴ７５フラスコに中に分注した。フラスコを静かにかき回して混ぜ合わせ、インキュベータ内に２４時間入れた。細胞がすぐ分裂できる状態にない場合、培地を、新たに調製したＤＭＥＭに変えて、残留寒剤を取り除いた。細胞がすぐ分裂できる状態にある場合、いったんフラスコが８０％培養密度に達したら、各細胞株を繁殖させた（各細胞株の分裂比は、実験ニーズに依存した）。
【０１３７】
ＲＴ細胞株を凍結させるため、細胞を培養フラスコから取り出し、１５ｍｌのコニカルチューブに入れて室温にて１５００ｒｐｍで５分間遠心し。た培地を吸引して、６ｍｌの細胞凍結培地を添加した。上下に数回ピペッティング操作して細胞を混ぜ合わせ、５本のクライオバイアルの各々に細胞溶液を１ｍｌずつ分注した。細胞が入ったクライオバイアルをクライオ冷凍コンテナに入れ、−８０℃の冷凍庫で一晩保管した後、液体窒素タンクで長期貯蔵した。
【０１３８】
実施例４−ＦＦＰＥＴ  ＳＮＰアッセイ
ＦＦＰＥＴ  ＳＮＰアッセイを実行するための例示的なワークフロー及びプロトコールについては、後述する。ＦＦＰＥＴ融合アッセイに対して同様な手技を実行し、結果を図２に示す。
【０１３９】
ＦＦＰＥＴの脱パラフィン化
増量したキシレンでスライド（Slides）を処理した後、アルコール処理を施してパラフィンを除去した。
【０１４０】
ＦＦＰＥＴからのＲＮＡ抽出
下流遺伝子発現アッセイ用に乳がんのホルマリン固定パラフィン包埋組織試料からＲＮＡを抽出するための手技については、後述する。
【０１４１】
必須機器：プレートアダプタ付き遠心分離機（１５００ｘｇに対応）；マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター；ボルテクサー；ＮａｎｏＤｒｏｐ  ８０００；加熱ブロック（３７℃、５６℃及び８０℃でのインキュベーションに対応）；及びパスツールピペット（Ｐｉｐｅｔ  Ｔｒａｎｓ  ＥＸ−ＦＴ  １．５ｍｌのｐｋ５００、ＶＷＲ＃１４６７０−３２９）。
【０１４２】
必須材料：ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキット（Ｑｉａｇｅｎ＃８０２３４）；無水エタノール（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ＃Ｅ７０２３）；イソプロパノール；キシレン；ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理）（ＩＤＴ製又はＡｍｂｉｏｎ＃ＡＭ９９３２）；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；ＲＮａｓｅ不含マイクロチューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）；及びＱｉａｇｅｎ製ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキットハンドブック。
【０１４３】
ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥキットを使用してＲＮＡを抽出した。概説すると、１切片１〜１０μｍを１．５ｍｌ反応チューブに入れ、８００μｌのヘモディ（HemoDe）又はキシレンを添加した。試料に対し４秒間のボルテックスを３回行い、２分間インキュベートし、４秒間のボルテックスを３回行って、５分間インキュベートした。
【０１４４】
試料を２分間最高速度で（１２，０００〜１４，０００ｘｇ）で遠心分離させ、上清を吸い取って捨てた。組織の乾燥を回避するため、即座にチューブにキャップをかぶせた。
【０１４５】
上記の工程を繰り返した。
【０１４６】
無水エタノール８００μｌを添加し、チューブをはじいてペレットを取り除き、４秒間のボルテックスを３回行い、２分間最高速度で（１２，０００〜１４，０００ｘｇにて）遠心分離させ、上清を吸い取って捨てた。
【０１４７】
７０％エタノール８００μｌを添加し、チューブをはじいてペレットを取り除き、４秒間のボルテックスを３回行い、最高速度で２分間遠心分離させ、上清を吸い取って捨てた。７０％エタノールを取り出した後、チューブを１０〜２０秒間再回転させ、残留流体を小口径ピペットで慎重に取り除いた。
【０１４８】
開いたチューブを３７℃の加熱ブロック中で５〜１５分間インキュベートし、組織ペレットを空気乾燥させた。
【０１４９】
１５０μｌのバッファーＰＫＤを添加してペレットを再懸濁させ、チューブをはじいてペレットをほぐした。１０μｌのプロテイナーゼＫを添加し、ボルテックスでチューブをかき混ぜた。
【０１５０】
チューブを５６℃で１５分間インキュベートし、氷上で３分間インキュベートして、２０，０００ｘｇで１５分間遠心分離させた。
【０１５１】
ＲＮＡを精製するため、新しい１．５ｍｌのマイクロ遠心分離チューブに上清を、ペレットを乱すことのないよう慎重に移した。上清を８０℃で１５分間インキュベートした。チューブを手早に遠心分離させて、蓋の内側からの液滴を取り除いた。３２０μｌのバッファーＲＬＴを添加することによって結合条件を調整し、ボルテックス又はピペッティング操作してチューブをかき混ぜた。１１２０μｌのエタノール（９６〜１００％）を添加し、ボルテックス又はピペッティング操作によってチューブをよくかき混ぜた。
【０１５２】
何らかの沈澱物（形成された場合）を含む試料７００μｌをＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに移し、２ｍｌの採取チューブに入れ、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させた。素通り画分を捨てた。この工程を、ＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムを全試料が通過するまで繰り返した。
【０１５３】
３５０μｌのバッファーＦＲＮをＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに添加して、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させた。素通り画分を捨てた。
【０１５４】
ＤＮａｓｅ  Ｉの原液１０μｌをバッファーＲＤＤ  ７０μｌに添加して、チューブを静かに反転させて混ぜ合わせ、手早に遠心分離させて、チューブの側面から残液を採取した。
【０１５５】
ＤＮａｓｅ  Ｉインキュベーションミックス（８０μｌ）を直接にＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムメンブレンに添加して、（２０〜３０℃の）ベンチトップ上に１５分間載置した。
【０１５６】
５００μｌのバッファーＦＲＮをＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに添加し、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させた。小型のＲＮＡを含有する素通り画分を、次の工程での使用に備えて保存した。
【０１５７】
ＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムを新しい２ｍｌの採取チューブ（付属）内に入れた。前の工程からの素通り画分をスピンカラムに塗布し、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させた。素通り画分を捨てた。
【０１５８】
５００μｌのバッファーＲＰＥをＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに添加して、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させ、スピンカラムメンブレンを洗浄した。素通り画分を捨てた。
【０１５９】
５００μｌのバッファーＲＰＥをＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに添加して、≧８０００ｘｇ（≧１０，０００ｒｐｍ）で１５秒間遠心分離させ、スピンカラムメンブレンを洗浄した。素通り画分と共に採取チューブを捨てた。
【０１６０】
ＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムを新しい２ｍｌの採取チューブに入れ、全速力で５分間遠心分離させた。素通り画分と共に採取チューブを捨てた。
【０１６１】
ＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムを新しい１．５ｍｌの採取チューブに入れ、ＲＮａｓｅ不含水３０μｌを直接にスピンカラムメンブレンに添加し、室温にて１分間インキュベートして、全速力で１分間遠心分離させ、ＲＮＡを溶出させた。
【０１６２】
ＲＮＡ試料を即座に−８０℃の冷凍庫に保管した。
【０１６３】
ｃＤＮＡの合成
リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）解析を使用した、ＦＦＰＥＴのＳＮＰアッセイのｃＤＮＡの合成手技は、以下に開示される。
【０１６４】
必須機器：プレートアダプタ付き遠心分離機（１５００ｘｇに対応）、マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター（好ましい単一及びマルチチャンネルピペッター）；ボルテクサー；及びＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（ＡＢＩ＃４３１４８７９）又は同等物。
【０１６５】
必須材料：Ｈｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡＲｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅキット（ＲＮａｓｅ阻害剤：反応２００回分付属）（ＡＢＩ＃４３７４９６６）；ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理）（ＩＤＴ製）又は同等物；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；ＲＮａｓｅ不含マイクロチューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）；ＭｉｃｒｏＡｍｐ（商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  ９６ウェル反応プレート（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃４３０６７３６）；及び密封フィルム（ＶＷＲ＃６０９４１−０７２）。
【０１６６】
（上記に開示されている）ＲＮＡ抽出の後、ＲＮＡ試料チューブを氷上に保持した。
【０１６７】
キット構成成分を使用して、陰性（水）対照１つを含む全ての反応物用に、２ｘ逆転写（ＲＴ）マスターミックスを調製した。構成成分をおよそ１５分間かけて氷上で解かし、静かに反転させて混ぜ合わせ、手早に遠心分離させて溶液の液面を下げた。全ての試薬が氷の方へ戻された。チューブはボルテックスせずにおいた。
【０１６８】
１つのマスターミックスは、１反応当たり次の量の試薬を合わせることによって、適切な数（反応物２０μＬにつき反応回数＋１０％）の反応物ごとに、１．５ｍｌチューブ中で氷上にて調製した。
１０Ｘ  ＲＴバッファーミックス２μｌ；
２５Ｘ  ｄＮＴＰミックス０．８μｌ；
１０Ｘ  ＲＴランダムプライマー２μｌ；
５０Ｕ／μＬ  ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅ逆転写酵素１μｌ；
ＲＮａｓｅ阻害剤１μｌ；及び
ヌクレアーゼ／ＲＮａｓｅ不含Ｈ2０  ３．２μｌ。
【０１６９】
マスターミックスを数回（５〜１０回）ボルテックスして混ぜ合わせ、手早に（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）遠心分離させた。反応ミックス１０μｌを、９６ウェルプレートの適切なウェルに添加した。
【０１７０】
ＲＮＡ試料を希釈して２０ｎｇ／μｌの濃度にした。水陰性対照を含む各１０μＬＲＮＡ試料を、９６ウェルプレートの適切な対応するウェルに添加して、最終反応容量を２０μＬにした。上下に３回ピペッティング操作してウェルを静かに混ぜ合わせ、プレートシールで密閉して、手早に（１５００ｘｇで６０秒間）遠心分離させた。プレートを、熱サイクラーに装填する準備が完了するまで、氷上に保持した。
【０１７１】
クリーン（Clean）ラボ又はワークステーションで、ＡＢＩ  ９７００  Ｔｈｅｒｍａｌ  Ｃｙｃｌｅｒに反応プレートを装填し、反応容量２０μｌを用いた次の逆転写プログラムを使用して、実験を行った。
工程１：２５℃で１０分間
工程２：３７℃で１２０分間
工程３：８５℃で５秒間
工程４：４℃で無限保持
【０１７２】
次のプレ増幅する工程のために、合成されたｃＤＮＡを−２０℃で保管した。
【０１７３】
プレ増幅アッセイプールミクスチャーの調製
ＦＦＰＥＴ  ＳＮＰアッセイのプレ増幅プロトコールに関連したプレ増幅アッセイプールミクスチャーを、後述の方法で調製した。
【０１７４】
必須機器：マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター；及びボルテクサー。
【０１７５】
必須材料：ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理）（ＩＤＴ製）又は同等物；ＩＤＴＥ  ｐＨ８．０（１Ｘ  ＴＥ溶液）（ＩＤＴ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；及びＲＮａｓｅ不含チューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）。
【０１７６】
ＴａｑＭａｎ  ＳＮＰアッセイはいずれも、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃに注文したものである。
【０１７７】
２０Ｘ  ＳＮＰアッセイ１００μｌを調製した。
【０１７８】
０．２Ｘプレ増幅アッセイプールを調製するため、全てのアッセイをおよそ１５分間かけて氷上で解かした。次の容量の構成成分を１．５ｍｌチューブに添加した。
【０１７９】
【表４】
0006766037.tif 000010
注記：上記は、０．２Ｘプレ増幅アッセイプール２００μｌを調製する場合の容量である。したがって、試験対象となる試料の個数に応じて、容量を調整することもできる。
【０１８０】
０．２Ｘプレ増幅アッセイプールを手早にボルテックスし、（５〜１０秒間）混合して、手早に（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）遠心分離させた。プレ増幅プライマープール１００μｌを１．５ｍｌのチューブに分注し、−２０℃で保管した。
【０１８１】
リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）解析を使用した、乳がんのホルマリン固定パラフィン包埋組織のＳＮＰアッセイのためのプレ増幅
必須機器：プレートアダプタ付き遠心分離機（１５００ｘｇに対応）；マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター；ボルテクサー；ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ９７００（ＡＢＩ＃４３１４８７９）又は同等物。
【０１８２】
必須材料：ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（２Ｘ）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃４３９１１２８）；０．２Ｘのプールされたアッセイミックス（Ａｓｓａｙ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｈａｎｄｌｉｎｇ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌを参照）；１Ｘ  ＩＤＴＥバッファー（１０ｍＭトリス／０．１ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．５、ＩＤＴ製）又は同等物；ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理）（ＩＤＴ製）又は同等物；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；ＲＮａｓｅ不含マイクロチューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）；ＭｉｃｒｏＡｍｐ（商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  ９６ウェル反応プレート（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃４３０６７３６）；ＭｉｃｒｏＡｍｐ（登録商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  Ａｄｈｅｓｉｖｅ  Ｆｉｌｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＰＮ  ４３１１９７１）；深底ウェルプレート（ＶＷＲ＃４７７３４−７８８）；箔シール（ＶＷＲ＃６０９４１−１２６）。
【０１８３】
ｃＤＮＡ及び０．２Ｘアッセイミックスプールをおよそ５分間かけて氷上で解かして試料を調製し、手早に（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）プレートを遠心分離させた。
【０１８４】
キット構成成分を使用して、２Ｘプレ増幅マスターミックスを調製した。キット構成成分をおよそ５分間かけて氷上で解かした。全ての試薬が解けた後、チューブを静かに反転させて混ぜ合わせ、手早に遠心分離させて溶液の液面を下げた。全ての試薬が氷の方へ戻された。チューブはボルテックスせずにおいた。
【０１８５】
クリーンラボ又はバイオセーフティフッドで、以下の表５に示すような必要容量（反応回数＋１０％）の試薬を合わせて、適切な数の反応物用の各マスターミックスを氷上で調製した。
【０１８６】
【表５】
0006766037.tif 000011
アッセイプールは、プライマー及びプローブを含む。
【０１８７】
ＳＮＰアッセイの交差プライミングを防ぐため、アッセイを５つとも全て、試料別の３つのプレ増幅反応物に分割した。
【０１８８】
各マスターミックスを数回（５〜１０回）ボルテックスし、混合した後、短時間（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）遠心分離させた。１８．７５μＬの各マスターミックスを、９６ウェル反応プレート内の適切なウェルに分注した。プレ増幅反応物ごとに、水陰性対照ウェルを含む各６．２５μＬのｃＤＮＡ試料を、マスターミックス反応プレート内の適切なウェルに移した。上下に３回ピペッティング操作して試料を静かに混ぜ合わせ、キャップを閉めた。プレートを手早に（１５００ｘｇ６０秒間）遠心分離させ、熱サイクラーに装填する準備が完了するまで、プレートを氷上に保持した。
【０１８９】
反応プレートＡＢＩ  ９７００  Ｔｈｅｒｍａｌ  Ｃｙｃｌｅｒを装填して、次のプログラムを使用して、実験を行った。
工程１：９５℃で１０分間
工程２：９５℃で１５秒間
工程３：６０℃で４分間
工程４：設定工程２〜３を１０サイクル
ゴールド又はシルバーブロック使用時には、最大モードを選択し、温度変化率（Ramp rate）を７７％に設定した。アルミニウムブロック使用時には、標準モード（率変更なし）を選択した。
工程５：４℃で無限保持
反応容量を２５μＬに設定した。
【０１９０】
プレ増幅の完了後、プレ増幅反応プレートを手早に（１５００ｘｇ、６０秒間）遠心分離させた。新しい深底の９６ウェルプレートの適切なウェルにＩＤＴＥ１００μｌを添加して、各プレ増幅産物を２５μＬずつ対応するウェルに移して、最終希釈容量を１２５μＬにした。上下に３回ピペッティング操作して各ウェルを混ぜ合わせ、プレートを箔接着剤で密閉して、プレートを手早に（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）遠心分離させ、プレ増幅産物を−２０℃にて爾後の使用まで保管した。
【０１９１】
ＦＦＰＥＴ  ＳＮＰアッセイ−リアルタイムＰＣＲ
リアルタイムＰＣＲ解析を使用した、ホルマリン固定パラフィン包埋組織のＳＮＰアッセイの手技は、以下に開示される。
【０１９２】
必須機器：プレートアダプタ付き遠心分離機（１５００ｘｇに対応）；マイクロ遠心分離機；容積型又は空気容積型ピペッター（好ましい単一及びマルチチャンネルピペッター；ボルテクサー；及びＡＢＩ  ＶｉｉＡ  ７リアルタイムＰＣＲ計器（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。
【０１９３】
必須材料：ＴａｑＭａｎ  Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ＃４３７１３５５）；ＳＮＰアッセイ；ヌクレアーゼ不含水（ＤＥＰＣ未処理、ＩＤＴ製）又は同等物；ＲＮａｓｅ不含バリア（フィルタ）チップ；ＲＮａｓｅ不含マイクロチューブ（１．５〜２ｍＬ  ＶＷＲ＃１００１１−７２４）；ＭｉｃｒｏＡｍｐ（登録商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  Ａｄｈｅｓｉｖｅ  Ｆｉｌｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＰＮ  ４３１１９７１）；及びＭｉｃｒｏＡｍｐ（商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  ３８４ウェル反応プレート。
【０１９４】
表１５は、リアルタイムＰＣＲアッセイ中に使用されるプローブの配列の一覧である。
【０１９５】
試料を調製するため、クリーンラボ又はワークステーションで、ＳＮＰアッセイをおよそ５分間氷上に置いて解かした。全ての試薬を光線から保護することにより、蛍光プローブに暴露されないように防護する。遺伝子型判定用マスターミックスを調製した後に、ダーティ（Dirty）ラボ又はワークステーションで、希釈されたプレ増幅プレートを氷上に置いて解かした。
【０１９６】
遺伝子型判定用マスターミックスを調製するため、遺伝子型判定用マスターミックスをおよそ５分間かけて氷上で解かした。氷上に置いた必要数のチューブ内で、マスターミックス（ＭＭ）を調製した。必要容量（反応回数＋１０％）の試薬を、以下の表６に示すような適切なラベルの付いたチューブ内で合わせた。
【０１９７】
【表６】
0006766037.tif 000012
２０Ｘ  ＳＮＰアッセイミックスは、プライマー、プローブ及びブロッキングオリゴが含む。
【０１９８】
マスターミックスを数回（５〜１０回）ボルテックスし、混合した後、手早に（１５００ｘｇ、５〜１０秒間）遠心分離させた。各１５μｌのマスターミックスを、ＭｉｃｒｏＡｍｐ（商標）Ｏｐｔｉｃａｌ  ３８４ウェル反応プレート内の適切なウェルに添加した。反応プレートを光学接着フィルムで密閉した。
【０１９９】
１：５に希釈されたプレ増幅産物をプレートに入れ、およそ５〜１０分間氷上に置いて、解かした。マルチチャンネルピペッターを使用して、各５μＬの希釈されたプレ増幅産物を適切な対応するウェルに移した。反応プレートを光学接着フィルムで密閉し、手早に（１５００ｘｇ、６０秒間）遠心分離させた。プレートを熱サイクラーに装填する準備が完了するまで、プレートを氷上に保持した。
【０２００】
ｖｉｉＡ  ７  Ｓｏｆｔｗａｒｅを用い、容量を２０μｌに設定して、次の条件を実行した。
【０２０１】
【表７】
0006766037.tif 000013
【０２０２】
ＦＧＦＲ  ＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲ
がん診断において、過剰な野生型対立遺伝子中の体細胞突然変異が検出されることはごく稀であり、こうした突然変異を検出することの重要性はますます高まってきている。関心対象の突然変異が相互に酷似している場合、この突然変異を検出することは困難である。ＦＧＦＲ  ＳＮＰとＦＦＰＥＴとを同定し易くするために、ＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイが開発され、このアッセイでは、Ｔａｑｍａｎ  ＭＧＢプローブを用いたＳＮＰ特異的増幅と、３'ジデオキシ野生型（ＷＴ）対立遺伝子遮断剤とを組み合わせて使用した。本アッセイは非特異的な結合を防ぎ、オンターゲット（on-target）増幅の数を向上させ、ＷＴ対立遺伝子からの偽陽性シグナルを最小限に抑え、アッセイの感受性を増強した。このＲＮＡベースのＳＮＰ検出アッセイは、本アッセイにおけるプレ増幅工程と組み合わせて、突然変異シグナルが貧弱又は稀有な場合に、その増強を図るものである。
【０２０３】
３'ジデオキシＷＴ遮断剤オリゴヌクレオチドを用いたＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲの例示的な戦略を図３に示し、例示的なＦＦＰＥ試料検証戦略を図４に示す。概説すると、ＦＧＦＲ  ＳＮＰプライマーを用い、ＷＴ対立遺伝子側面に位置するヌクレオチドの短区間と相補的でありかつこれらのヌクレオチドを含有する３'ジデオキシＷＴ遮断剤オリゴヌクレオチドの存在下で、ｑＲＴ−ＰＣＲを実行した。遮断剤オリゴヌクレオチドをＷＴ対立遺伝子と結合することにより、ＷＴ対立遺伝子の増幅（applification）を防ぐ一方で、ＦＧＦＲ  ＳＮＰプライマーをＦＧＦＲ  ＳＮＰに結合し、このＦＧＦＲ  ＳＮＰを特異的に増幅した。ＦＧＦＲ  ＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲに用いられた３'ジデオキシＷＴ遮断剤オリゴヌクレオチドを、表８に示す。ＦＧＦＲ  ＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲに用いられたＦＧＦＲ  ＳＮＰプライマーは、配列番号３１と配列番号３２（ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ）；配列番号３３と配列番号３４（ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ）；配列番号３５と配列番号３６（ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ）；及び配列番号３７と配列番号３８（ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３）であった。表１５は、リアルタイムＰＣＲアッセイ中に使用されるプローブの配列の一覧である。
【０２０４】
【表８】
0006766037.tif 000014
*  Ｙは、Ｔ又はＣであり得る。３’ＷＴブロッキングオリゴは、合成中に、その特定位置にてＴ：５０％及びＣ：５０％を有する（その特定位置にてＴ又はＣを提供するため、メーカーにより精製された）。
【０２０５】
表９に示すような、検証試験用の試料を調製した。ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｙ３７３、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、及びＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃに対して３'ジデオキシＷＴ遮断剤オリゴヌクレオチドを使用した、ＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲの例示的な検証データは、図５Ａ〜図５Ｄにそれぞれ例証されている。３'ジデオキシＷＴ遮断剤オリゴヌクレオチドを用いたＳＮＰ特異的ｑＲＴ−ＰＣＲにかけたＦＦＰＥ試料に関する未加工Ｃｔ（サイクル閾値）データを、表１０に示す。様々なプラットフォーム／技法を使用してＤＮＡ及びＲＮＡから導き出されたデータは、３'ブロッキングヌクレオチドを用いたＳＮＰ特異的ＰＣＲが、堅牢で、信頼性が高く、しかも感受性の高いアッセイであることを示唆する。検証データは、かなり過剰に存在するＷＴを担持するゲノムＤＮＡ中に１つの変異対立遺伝子／ＳＮＰを検出し得ることを示唆し、したがって各アッセイの感受性及び特異性が強化される。
【０２０６】
【表９】
0006766037.tif 000015
【０２０７】
各ＦＧＦＲ３  ＳＮＰ（Ｒ２４８Ｃ、Ｓ２４９Ｃ、Ｇ３７０Ｃ、Ｙ３７３Ｃ）及びＦＧＦＲ３  ＷＴを発現する、安定な細胞株由来のＲＮＡ
【０２０８】
【表１０】
0006766037.tif 000016
*２つのＣｔの平均
ＦＭＩ／ＮＧＳ＝突然変異（３'ブロッキングオリゴヌクレオチドなし）を同定するための鋳型としてＤＮＡを用いた、次世代配列決定技法；Ｊａｎｓｓｅｎ  Ｒ＆Ｄ＝ＲＮＡ鋳型（３'ブロッキングオリゴヌクレオチドなし）に対して実行；ＲＮＡ鋳型（３'ブロッキングヌクレオチドあり）に対して実行されたＳＮＰ特異的ＰＣＲ。
【０２０９】
実施例５−カスタムＦＧＦＲ融合遺伝子検出アッセイの検証
ＦＧＦＲ融合アッセイ用の陽性対照の生成
ＦＧＦＲ融合である「合成ミニ遺伝子」、ＦＧＦＲ融合をコードするプラスミド、及びＦＧＦＲ融合を含む安定な細胞株を生成した。概説すると、約１００塩基対の一連のヌクレオチドを、関心対象の遺伝子の標的ＤＮＡ配列に対応するものに相互に連結することにより、合成ミニ遺伝子を人工的に構築した。様々なＦＧＦＲ融合遺伝子をコードするｃＤＮＡを、発現ベクターにクローニングすることにより、ＦＧＦＲ融合をコードするプラスミドを生成した。ＦＧＦＲ遺伝子をコードするプラスミドを、正常ラット腎臓上皮細胞（ＮＲＫ細胞）にトランスフェクトすることにより、ＦＧＦＲ融合を含む安定な細胞株を生成した。その安定な細胞株は、Ｇ４１８抗生物質下で選択されたものである。これらの細胞系から単離された全ＲＮＡに対してＦＧＦＲ融合Ｔａｑｍａｎアッセイを実行し、ＦＧＦＲ融合を発現する安定な細胞株が正常に生成されたことを確証した。ＦＧＦＲ融合を発現する安定な細胞株を、陽性対照として用いた。表１５は、リアルタイムＰＣＲアッセイ中に使用されるプローブの配列の一覧である。
【０２１０】
ＦＧＦＲ融合アッセイの定量下限値及び効率の解析
ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイの定量下限値（ＬＬＯＱ）及び効率を特定するため、ＦＧＦＲ融合産物を、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ（実施例４に記載）により生成し、サンガー配列決定法（図２）により確証した。融合陽性ＤＮＡ１００ｐｇを、正常ヒトｃＤＮＡ（融合陰性が確証されたもの）と混ぜ合わせ、１：１０に系列希釈して、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製ＶｉｉＡ７  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｖ１．１を使用して解析した。効率標準曲線を、図６に示す。ＦＧＦＲ融合のＬＬＯＱ及び効率を、表１１に示す。
【０２１１】
【表１１】
0006766037.tif 000017
【０２１２】
次に、融合遺伝子陽性細胞株で、ＦＧＦＲ融合遺伝子アッセイを検証した。融合タンパク陽性細胞系を融合タンパク陰性細胞株にスパイクすることにより、ＦＧＦＲ融合遺伝子発現、連続希釈物を調製した。例えば、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３ｖ１及びＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１の双方について１：２の連続希釈物を調製し、百万個のＢＡＦ細胞にスパイクした。ＲＮＡを（Ｑｉａｇｅｎ製Ｒｎｅａｓｙキットを使用して）単離した後、標的化されたＦＧＦＲ融合遺伝子に対してＲＴ−ＰＣＲ、ｃＤＮＡのプレ増幅、及びＴａｑＭａｎ  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＲを実行した。表１２に示すように、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１アッセイ及びＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１融合遺伝子のＴａｑＭａｎアッセイの両方が、融合陰性細胞１００万個中３１個において融合標的を検出できる（感受性＝０．００３％）。
【０２１３】
【表１２】
0006766037.tif 000018
ＲＴ１１２及びＳＷ７８０＝ＦＧＦＲ融合を有する市販の膀胱がん細胞株（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ製）。
【０２１４】
実施例６−カスタムＦＧＦＲ  ＳＮＰ検出アッセイの検証
膀胱がんにおけるＦＧＦＲ３突然変異の評価
試験された膀胱がん試料のおよそ８％、およそ６１％、及びおよそ１９％においてそれぞれ、Ｒ２４８Ｃ、Ｓ２４９Ｃ、及びＹ３７３Ｃ  ＳＮＰが観測された。
【０２１５】
実施例７−がん試料の解析
実施例４に記載の手技と同じ手技を用い、試料を解析した。結果を表１３及び図７に示す。表１３は、様々ながんにおけるＦＧＦＲ融合の発生率を示している。ＦＧＦＲ融合は、ｑＲＴ−ＰＣＲ法を用いることにより、膀胱がん（原発性及び転移性）、ＮＳＣＬＣ（腺がん及び扁平上皮がん）、卵巣がん、食道がん（原発性及び転移性）、頭頸部がん（Ｈ＆Ｎ；原発性及び転移性）、子宮内膜がん（転移性）、乳がん、並びに前立腺がんなどの様々ながんのＦＦＰＥ試料中に検出されたものである。試験された全てのＦＧＦＲ融合が、前立腺がん試料に対して陰性であった。ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン融合は、膀胱がん（原発性）、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮がん）、卵巣がん及び食道がん（原発性）、Ｈ＆Ｎがん（原発性及び転移性）、及び乳がんにおいて陰性であった。ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１融合は、膀胱がん（原発性及び転移性）、ＮＳＣＬＣ（腺がん）、卵巣がん及び食道がん（原発性及び転移性）において陰性であった。ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合は、膀胱がん（原発性及び転移性）、ＮＳＣＬＣ（腺がん）、卵巣がん、食道がん（原発性）、及びＨ＆Ｎがん（原発性及び転移性）において陰性であった。
【０２１６】
図８は、ＮＳＣＬＣ腺がん及び扁平上皮細胞がんにおける、ＦＧＦＲ融合遺伝子及び突然変異の状態を例示的に表したものである。ＦＧＦＲ融合陽性のＮＳＣＬＣ腺がん試料中、３／１７の試料はＥＧＦＲ突然変異に対して陽性であり、３／１７の試料はＫＲＡＳ突然変異に対して陽性であり、１／１７の試料はｃＭＥＴ突然変異に対して陽性であった。しかしながら、ＦＧＦＲ融合陽性のＮＳＣＬＣ扁平上皮細胞がん試料中にＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、又はｃＭＥＴ突然変異は観測されなかった。
【０２１７】
【表１３】
0006766037.tif 000019
Ｅｓｏ＝食道；Ｅｎｄｏ＝子宮内膜
【０２１８】
実施例８−進行性固形腫瘍患者の治療
臨床試験を実施し、本臨床試験では、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、及びＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１融合遺伝子を発現する様々な固形腫瘍を有する患者を、ＪＮＪ−４２７５６４９３で治療した。図９は、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用して第Ｉ相ＪＮＪ−４２７４９３（ＥＤＩ１０００１）治験試料中のＦＧＦＲ融合が検出された、第Ｉ相患者試料から得られた例示的な結果を例証したものである。全てのＦＧＦＲ融合アッセイを陽性対照（ＳＴ）及びＧＡＰＤＨと同時に実行し、ＲＮＡの品質管理評価を行った。Ａ）ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１融合に対してのみ陽性のｐｔ＃１００００８１に関して生成されたｑＲＴ−ＰＣＲデータのグラフ図である（挿入画は、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１融合、ＳＴ陽性対照、及びＧＡＰＤＨのＣｔ値の詳細を示す）。Ｂ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３ｖ１融合に対してのみ陽性のｐｔ＃３３０００１５８に関して生成されたｑＲＴ−ＰＣＲデータのグラフ図である（挿入画は、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３ｖ１融合、ＳＴ陽性対照、及びＧＡＰＤＨのＣｔ値の詳細を示す）。Ｃ）ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合に対してのみ陽性のｐｔ＃３４０００１２３に関して生成されたｑＲＴ−ＰＣＲデータのグラフ図である（挿入画は、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合、ＳＴ陽性対照、及びＧＡＰＤＨのＣｔ値の詳細を示す）。Ｄ）ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ＃ｖ３、及びＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６融合に対して陽性のｐｔ＃３４００００１１５に関して生成されたｑＲＴ−ＰＣＲデータのグラフ図である（ＦＧＦＲ融合、ＳＴ陽性対照、及びＧＡＰＤＨのＣｔ値の詳細は、挿入画に示してある）。
【０２１９】
図１０は、進行性固形腫瘍患者におけるＪＮＪ−４２７５６４９３のヒト初回投与試験のための、例示的な第Ｉ相試験デザインを表す。第Ｉ相臨床試験のための従来の３＋３デザインの用量漸増法のグラフィカルな描写を示す。用量漸増相は、最大耐量（ＭＴＤ）、及び推奨される第ＩＩ相用量（ＲＰＤ）を確定することを目指したものである。パート１群（arm）は、断続的な投薬スケジュール、即ち、７日間投与／７日間休薬（１０ｍｇ／ｋｇ及び１２ｍｇ／ｋｇ）を決定するために用いられた。パート２群は、生検及び血液試料の試験が為されたＰＤバイオマーカー（薬力学バイオマーカーメーカー各社は、薬剤の作用が、標的及び生物学的な腫瘍応答性（tumor response）と繋がりを持つかどうかを調べた）を判定することを目的に用いられたものである。パート３群は、用量拡大コホートに用いられたものであり、様々な適格性基準（ＦＧＦＲ異常：転座／突然変異／増幅）により、特異的な適応症（ＮＳＣＬＣ、ＳＣＬＣ、乳がん及び固形腫瘍）の更なる患者の増加を含み、ＪＮＪ４９３の毒性プロファイルを更に特徴づけた。
【０２２０】
臨床活性の評価
ＦＧＦＲ融合遺伝子を有する患者において、１日１回（ＱＤ）９ｍｇを投与、１日１回１２ｍｇを投与、及び７日間１２ｍｇを投与／７日間休薬し、有意な臨床的応答性（ＲＥＣＩＳＴ）が観測された（図１１に、全ての投与レジメンを表す）。
【０２２１】
実施例９−ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞の生成
ＦＧＦＲ融合を過剰発現する細胞株
ラット腎臓上皮細胞（ＲＫ３Ｅ）は、ＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）から購入され、ＤＭＥＭ中で培養され、ＦＢＳ及び抗生物質（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ，ＵＳＡ）を補給されたものであった。ＦＧＦＲ融合遺伝子構築物をデザインし、ＨＡタグを含むｐＲｅｃｅｉｖｅｒ発現ベクター（Ｇｅｎｅｃｏｐｏｅｉａ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）にクローニングした。メーカーのプロトコールに従い、Ａｍａｘａ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（Ｌｏｎｚａ，Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）を使用してクローンをＲＫ３Ｅ細胞にトランスフェクトした。８００μｇ／ｍｌのＧ４１８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を有する完全培地で、安定的にトランスフェクトされた細胞を選択した。抗ｐＦＧＦＲ抗体を用いたリアルタイムＰＣＲ及び免疫ブロッティングによって、安定的にトランスフェクトされた細胞における融合の過剰発現を確証した（図１２）。図１２に示すように、安定な細胞株は、ＦＧＦＲのリン酸化の発現によって示される、活性なＦＧＦＲ融合キナーゼの発現を呈した。
【０２２２】
コロニー形成アッセイ
ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞の足場非依存性増殖を試験した。０．８％の低溶融点アガロースを有する培養培地１ｍｌを、最初に６ウェルプレートの中の３つのウェルにそれぞれ平板培養した。寒天の凝固後、細胞１００個を含有する培養培地中の別の０．４％寒天１ｍｌを、各ウェルに捕捉した。１４日後、コロニーが固定され、０．１％クレシルクリスタルバイオレットで染色した。三連のウェルから細胞株ごとに手動で計測することによって、コロニーの数を微視的に定量した。各融合を過剰発現した細胞株の代表的な図を、図１３Ａに示す。ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされた細胞では、軟寒天中での足場非依存性細胞成長を検出できたのに対して、空ベクター対照では検出できなかった。図１３Ｂは、ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞及び空ベクター対照を対象の、軟寒天中のコロニーの定量解析を表す。全ての実験を二度にわたって実行し、結果を、平板培養された細胞１００個当たりのコロニー数として表した。試験された全てのＦＧＦＲ融合が、足場非依存性増殖を誘発したことから、それらの形質転換能力が強調された。
【０２２３】
下流標的の発現
ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞を、完全増殖培地中で平板培養し、一晩血清飢餓させてから、０．５％ＦＢＳ増殖培地を再補給した。リガンドの存在下にて細胞を、１μＭのＪＮＪ−４２７５６４９３、ＡＺＤ４５４７、又はＮＶＰ−ＢＧＪ３９８で１時間処理した。免疫ブロッティング用に、全細胞の可溶化物をＲＩＰＡバッファー（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中に採取し、ＢＣＡ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｓｓａｙ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、試料タンパク質濃度をアッセイした。等量のタンパク質（１レーンにつき３０ μｇ）を４〜１２％のビストリス（Bis-Tris）ゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ製）上にロードしてから、ＳＤＳ−ＰＡＧＥを実行した。タンパク質をニトロセルロースメンブレンに移し、抗体をｐ−ＦＧＦＲ、総ＦＧＦＲ２、ｐ−ＭＡＰＫ、総ＭＡＰＫ、ｐ−Ｓ６、総Ｓ６、βアクチン（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ，ＵＳＡ）、及び総ＦＧＦＲ３（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，Ｄａｌｌａｓ，ＴＸ，ＵＳＡ）に対してプローブした。メンブレンを、室温にてＯｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファーで１時間ブロッキングし、Ｏｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファーで希釈された原発性抗体溶液（１：１０００）中で、４℃にて一晩インキュベートした。メンブレンを０．１％のＴｗｅｅｎトリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳＴ）中で３回洗浄した後、Ｏｄｙｓｓｅｙブロッキングバッファー中のヤギ抗マウス若しくはロバ抗ウサギＩＲ染料６７０又は８００ｃｗ標識二次抗血清を用い、室温で１時間プローブした。二次標識の後、洗浄を繰り返して、ＬｉＣｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙスキャナ及びＯｄｙｓｓｅｙ３．０解析ソフトウェア（ＬｉＣｏｒ，Ｌｉｎｃｏｌｎ，ＮＥ，ＵＳＡ）を用いてメンブレンを撮像した。ＪＮＪ−４２７５６４９３の薬効をＡＺＤ４５４７及びＮＶＰ−ＢＧＪ３９８と比較した。図１４Ａ〜図１４Ｈに示すように、ＪＮＪ−４２７５６４９３、ＡＺＤ４５４７、及びＮＶＰ−ＢＧＪ３９８（各ブロット中のレーン２〜４）による治療によって、ＦＧＦＲ並びに下流標的（即ち、ＭＡＰＫ及びＳ６）のリン酸化が阻害された。
【０２２４】
ＦＧＦＲ融合を過剰発現する細胞株に対する薬剤応答性試験
ＦＧＦＲ融合が安定的にトランスフェクトされたＲＫ３Ｅ細胞を９６ウェルプレート（１ウェル当たり細胞１０００個）に播種し、リガンドＦＧＦ−１及びＦＧＦ−２を加えた完全増殖培地を、３組作製した。２４時間後、細胞を一晩血清飢餓させてから、０．５％ＦＢＳ増殖培地を再補給した。平板培養の７２時間後に、ＪＮＪ４９３、ＡＺＤ４５４７（ＡＺＤ）、及びＮＶＰ−ＢＧＪ３９８（ＮＶＳ）の濃度を様々に変えて（初期濃度＝１０μＭ、１８ポイント、１：３の希釈系列で）、細胞を処理した。次いで、マイクロタイタープレートを７２時間インキュベートし、メーカーの指示に従って修正を施し、Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｃｏｒｐ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ，ＵＳＡ）を使用して、アデノシン三リン酸（ＡＴＰ；代謝的に活性な細胞のマーカー）の産生量（content）をアッセイした。概説すると、細胞を室温に平衡させ、その時点でＣｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）試薬の１：１混合物を添加した。次いで、細胞を軌道振盪機に２分間載置し、室温にて１０分間インキュベートして、発光シグナルを安定させる。Ｅｎｖｉｓｉｏｎ  Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ；Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）を使用して、蛍光を定量化し、測定を行った。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ５．０を使用して、ＩＣ50値（表１４に示す）を算出した。表１４に示すように、ＦＧＦＲ融合を有する細胞は、生体外でＦＧＦＲ阻害剤ＪＮＪ−４２７５６４９３、ＡＺＤ４５４７及びＮＶＰ−ＢＧＪ３９８に対する感受性を呈し、ＪＮＪ−４２７５６４９３は、ＡＺＤ４５４７及びＮＶＰ−ＢＧＪ３９８と比べて高い感受性（ナノモラー濃度範囲）を呈したのに対して、空ベクター対照は感受性を呈さなかった。
【０２２５】
【表１４】
0006766037.tif 000020
ＡＺＤ＝ＡＺＤ４５４７；ＮＶＳ＝ＮＶＰ−ＢＧＪ３９８
【０２２６】
【表１５】
0006766037.tif 000021
【０２２７】
当業者に認識されるように、本発明の好ましい実施形態に対し多数の変更及び修正を行うことが可能であり、本発明の趣旨から逸脱することなくそのような変更及び修正を行うことができる。したがって、本発明の真の趣旨及び範囲内に含まれるそのような全ての同等なバリエーションを、添付の特許請求の範囲により網羅することが意図される。
【０２２８】
本明細書に引用又は記載されている各特許、特許出願、及び公告の開示は、その全容が本明細書において参照により援用される。
【０２２９】
ＦＧＦＲ融合遺伝子のヌクレオチド配列
発現ベクターへと操作されたＦＧＦＲ融合ｃＤＮＡについてのヌクレオチド配列をを、表１６に示す。下線付きの配列はＦＧＦＲ３又はＦＧＦＲ２のいずれかに対応し、通常フォントの配列は融合パートナーを表し、斜体フォントの配列はＦＧＦＲ３遺伝子のイントロン配列を表す。
【０２３０】
【表１６−０１】
0006766037.tif 000022
【０２３１】
【表１６−０２】
0006766037.tif 000023
【０２３２】
【表１６−０３】
0006766037.tif 000024
【０２３３】
【表１６−０４】
0006766037.tif 000025
【０２３４】
【表１６−０５】
0006766037.tif 000026
【０２３５】
【表１６−０６】
0006766037.tif 000027
【０２３６】
【表１６−０７】
0006766037.tif 000028
【０２３７】
【表１６−０８】
0006766037.tif 000029
【０２３８】
【表１６−０９】
0006766037.tif 000030
【０２３９】
実施形態
次の実施形態のリストは、上記説明を補完することを意図したものであって、上記説明に置き換わるものでも、又は上記説明に優先されるものではない。
【０２４０】
実施形態１．線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法であって、
患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来のＦＧＦＲ変異体について評価する工程であって、ＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、前記評価する工程が、
ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することと、
ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在するかどうかを判定することであって、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、判定することと、
を含む、方法。
【０２４１】
実施形態２．線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する方法であって、
患者由来の生体試料をＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在について評価する工程を含み、ＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ融合遺伝子又はＦＧＦＲ一塩基多型であり、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在は、患者がＦＧＦＲ阻害剤による治療に応答性であることを示唆する、方法。
【０２４２】
実施形態３．ＦＧＦＲ融合遺伝子が、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４３】
実施形態４．ＦＧＦＲ一塩基多型が、Ｒ２４８Ｃ、Ｓ２４９Ｃ、Ｇ３７０Ｃ、若しくはＹ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４４】
実施形態５．がんが膀胱がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４５】
実施形態６．がんが転移性膀胱がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４６】
実施形態７．がんが卵巣がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４７】
実施形態８．がんが頭頸部がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４８】
実施形態９．がんが転移性頭頸部がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２４９】
実施形態１０．がんが食道がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５０】
実施形態１１．がんが転移性食道がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５１】
実施形態１２．がんが非小細胞肺がん／腺がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５２】
実施形態１３．がんが非小細胞肺がん／扁平上皮細胞がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５３】
実施形態１４．がんが転移性子宮内膜がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５４】
実施形態１５．がんが乳がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤ６、若しくはＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５５】
実施形態１６．がんが肝細胞がんであり、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネルが、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、ＦＧＦＲ３  Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３  Ｇ３７０Ｃ、若しくはＦＧＦＲ３  Ｙ３７３Ｃ、又はこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１又は２に記載の方法。
【０２５６】
実施形態１７．評価する工程が、ＦＧＦＲ変異遺伝子パネル由来の１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し増幅するプライマー対を用いてｃＤＮＡを増幅することを含む、実施形態２〜１６のいずれか１つに記載の方法。
【０２５７】
実施形態１８．ｃＤＮＡが、プレ増幅されたｃＤＮＡである、実施形態１７に記載の方法。
【０２５８】
実施形態１９．ＦＧＦＲ変異体及びプライマー対が、
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ１、及び配列番号５と配列番号６のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３  ｖ３、及び配列番号７と配列番号８のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３イントロン、及び配列番号９と配列番号１０のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１、及び配列番号１１と配列番号１２のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１、及び配列番号１３と配列番号１４のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３、及び配列番号１５と配列番号１６のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７、及び配列番号１７と配列番号１８のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６、及び配列番号１９と配列番号２０のヌクレオチド配列を有するプライマー；
ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１、及び配列番号２１と配列番号２２のヌクレオチド配列を有するプライマー；
Ｒ２４８Ｃ、及び配列番号２３と配列番号２４のヌクレオチド配列、若しくは配列番号３１と配列番号３２のヌクレオチド配列を有するプライマー；
Ｓ２４９Ｃ、及び配列番号２５と配列番号２６のヌクレオチド配列、若しくは配列番号３３と配列番号３４のヌクレオチド配列を有するプライマー；
Ｇ３７０Ｃ、及び配列番号２７と配列番号２８のヌクレオチド配列、若しくは配列番号３５と配列番号３６のヌクレオチド配列を有するプライマー；
Ｙ３７３Ｃ、及び配列番号２９と配列番号３０のヌクレオチド配列、若しくは配列番号３７と配列番号３８のヌクレオチド配列を有するプライマー；
又はこれらの任意の組み合わせである、実施形態１〜１８のいずれか１つに記載の方法。
【０２５９】
実施形態２０．評価する工程が、
生体試料由来のＲＮＡを単離して、単離されたＲＮＡ由来のｃＤＮＡを合成することを含む、実施形態１〜１９のいずれか１つに記載の方法。
【０２６０】
実施形態２１．増幅する工程に先立ってｃＤＮＡをプレ増幅することを更に含む、実施形態２０に記載の方法。
【０２６１】
実施形態２２．ｃＤＮＡがプレ増幅される、実施形態１又は３〜２１のいずれか１つに記載の方法。
【０２６２】
実施形態２３．増幅する工程が、リアルタイムＰＣＲを実行することを含む、実施形態１又は３〜２２のいずれか１つに記載の方法。
【０２６３】
実施形態２４．リアルタイムＰＣＲが、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、及び／又は配列番号５５を含む１つ以上のプローブを用いて実行される、実施形態２３に記載の方法。
【０２６４】
実施形態２５．リアルタイムＰＣＲが、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、及び／又は配列番号４２を含む１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチドを用いて実行される、実施形態２３又は２４に記載の方法。
【０２６５】
実施形態２６．前記判定する工程が、増幅されたｃＤＮＡの配列を決定することを含む、実施形態１又は３〜２５のいずれか１つに記載の方法。
【０２６６】
実施形態２７．生体試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異遺伝子の存在を同定するためのキットであって、
配列番号５と配列番号６、配列番号７と配列番号８、配列番号９と配列番号１０、配列番号１１と配列番号１２、配列番号１３と配列番号１４、配列番号１５と配列番号１６、配列番号１７と配列番号１８、配列番号１９と配列番号２０、配列番号２１と配列番号２２、配列番号２３と配列番号２４、配列番号２５と配列番号２６、配列番号２７と配列番号２８、配列番号２９と配列番号３０、配列番号３１と配列番号３２、配列番号３３と配列番号３４、配列番号３５と配列番号３６、配列番号３７と配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせの配列を有するプライマー対と、
１つ以上のＦＧＦＲ変異遺伝子を検出するためのアッセイを実行する指示と、を含む、キット。
【０２６７】
実施形態２８．１つ以上のプローブ、１つ以上の３'ブロッキングオリゴヌクレオチド、又は両方を更に含む、実施形態２７に記載のキット。
【０２６８】
実施形態２９．
ａ．プライマー対が配列番号５と配列番号６の配列を有し、プローブが配列番号４３の配列を有するか；
ｂ．プライマー対が配列番号７と配列番号８の配列を有し、プローブが配列番号４４の配列を有するか；
ｃ．プライマー対が配列番号９と配列番号１０の配列を有し、プローブが配列番号４６の配列を有するか；
ｄ．プライマー対が配列番号１１と配列番号１２の配列を有し、プローブが配列番号４７の配列を有するか；
ｅ．プライマー対が配列番号１３と配列番号１４の配列を有し、プローブが配列番号４５の配列を有するか；
ｆ．プライマー対が配列番号１５と配列番号１６の配列を有し、プローブが配列番号４８の配列を有するか；
ｇ．プライマー対が配列番号１７と配列番号１８の配列を有し、プローブが配列番号４９の配列を有するか；
ｈ．プライマー対が配列番号１９と配列番号２０の配列を有し、プローブが配列番号５０の配列を有するか；
ｉ．プライマー対が配列番号２１と配列番号２２の配列を有し、プローブが配列番号５１の配列を有するか；
ｊ．プライマー対が配列番号２３と配列番号２４の配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有するか；
ｋ．プライマー対が配列番号２５と配列番号２６の配列を有し、プローブが配列番号５３の配列を有するか；
ｌ．プライマー対が配列番号２７と配列番号２８の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有するか；
ｍ．プライマー対が配列番号２９と配列番号３０の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有するか；
ｎ．プライマー対が配列番号３１と配列番号３２との配列を有し、プローブが配列番号５２の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号３９の配列を有するか；
ｏ．プライマー対が配列番号３３と配列番号３４の配列を有し、プローブが配列番号５３からなる配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４０の配列を有するか；
ｐ．プライマー対が配列番号３５と配列番号３６の配列を有し、プローブが配列番号５４の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４１の配列を有するか；
ｑ．プライマー対が配列番号３７と配列番号３８の配列を有し、プローブが配列番号５５の配列を有し、３'ブロッキングオリゴヌクレオチドが配列番号４２の配列を有するか；又は
ｒ．これらの任意の組み合わせである、実施形態２８に記載のキット。
【０２６９】
実施形態３０．配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせのヌクレオチド配列を有する、プライマー。
【０２７０】
実施形態３１．配列番号５と配列番号６、配列番号７と配列番号８、配列番号９と配列番号１０、配列番号１１と配列番号１２、配列番号１３と配列番号１４、配列番号１５と配列番号１６、配列番号１７と配列番号１８、配列番号１９と配列番号２０、配列番号２１と配列番号２２、配列番号２３と配列番号２４、配列番号２５と配列番号２６、配列番号２７と配列番号２８、配列番号２９と配列番号３０、配列番号３１と配列番号３２、配列番号３３と配列番号３４、配列番号３５と配列番号３６、配列番号３７と配列番号３８、又はこれらの任意の組み合わせの配列を有する、プライマーのセット。
【０２７１】
実施形態３２．配列番号４３〜５５のいずれか１つ又はこれらの任意の組み合わせの配列を有する、オリゴヌクレオチドプローブ。
【０２７２】
実施形態３３．配列番号３９〜４２のいずれか１つ又はこれらの任意の組み合わせの配列を有する、オリゴヌクレオチド。
【図１】
0006766037.tif 000032
【図２Ａ】
0006766037.tif 000033
【図２Ｂ】
0006766037.tif 000034
【図２Ｃ】
0006766037.tif 000035
【図２Ｄ】
0006766037.tif 000036
【図２Ｅ】
0006766037.tif 000037
【図２Ｆ】
0006766037.tif 000038
【図２Ｇ】
0006766037.tif 000039
【図２Ｈ】
0006766037.tif 000040
【図２Ｉ】
0006766037.tif 000041
【図３】
0006766037.tif 000042
【図４】
0006766037.tif 000043
【図５Ａ】
0006766037.tif 000044
【図５Ｂ】
0006766037.tif 000045
【図５Ｃ】
0006766037.tif 000046
【図５Ｄ】
0006766037.tif 000047
【図６Ａ】
0006766037.tif 000048
【図６Ｂ】
0006766037.tif 000049
【図６Ｃ】
0006766037.tif 000050
【図６Ｄ】
0006766037.tif 000051
【図６Ｅ】
0006766037.tif 000052
【図６Ｆ】
0006766037.tif 000053
【図６Ｇ】
0006766037.tif 000054
【図６Ｈ】
0006766037.tif 000055
【図６Ｉ】
0006766037.tif 000056
【図７】
0006766037.tif 000057
【図８】
0006766037.tif 000058
【図９Ａ】
0006766037.tif 000059
【図９Ｂ】
0006766037.tif 000060
【図９Ｃ】
0006766037.tif 000061
【図９Ｄ】
0006766037.tif 000062
【図１０】
0006766037.tif 000063
【図１１】
0006766037.tif 000064
【図１２】
0006766037.tif 000065
【図１３Ａ】
0006766037.tif 000066
【図１３Ｂ】
0006766037.tif 000067
【図１４Ａ】
0006766037.tif 000068
【図１４Ｂ】
0006766037.tif 000069
【図１４Ｃ】
0006766037.tif 000070
【図１４Ｄ】
0006766037.tif 000071
【図１４Ｅ】
0006766037.tif 000072
【図１４Ｆ】
0006766037.tif 000073
【図１４Ｇ】
0006766037.tif 000074
【図１４Ｈ】
0006766037.tif 000075
【配列表】
0006766037000001.app