(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
−  シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２についての遺伝子発現レベルを決定して、対象についての対象発現プロファイルを得るステップを含み、さらに、
−  前記対象を、前記対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がん若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、前記予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、及び生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は、局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ、及び／又は、
−  前記対象を、前記対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、前記素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、及び生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は、局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ、
をさらに含み、
前記対象発現プロファイルは、前立腺がん進行指数に変換され、
前記前立腺がん進行指数が、以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
に従って算出され、
式中、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐは、上方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎは、下方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、前記値は、対象試料毎に正規化された遺伝子発現データに基づいて決定される、方法。
【請求項２】
−  対象を、該対象についての対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、前記対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２の遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、及び生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は、局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ、及び／又は、
−  対象を、該対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、前記対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２の遺伝子発現レベルを含み、前記素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は、局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ、
を含み、
前記対象発現プロファイルは、前立腺がん進行指数に変換され、
前記前立腺がん進行指数が、以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
に従って算出され、
式中、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐは、上方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎは、下方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、前記値は、対象試料毎に正規化された遺伝子発現データに基づいて決定される、方法。
【請求項３】
前記シグネチャー遺伝子のセットの発現レベルが、参照遺伝子の発現に対して正規化される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記対象は、前記前立腺がん進行指数が選択された閾値を下回る場合には予後良好を有するとして分類されるか、又は、前記前立腺がん進行指数が前記選択された閾値を上回る場合には予後不良を有するとして分類され、及び／又は、
前記対象は、前記前立腺がん進行指数が選択された閾値を上回る場合には疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有するとして分類されるか、又は、前記前立腺がん進行指数が前記選択された閾値を下回る場合には疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有さないとして分類される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記対象を、決定された予後又は決定された素因に従って、非高悪性度疾患と対比して高悪性度疾患のリスクについて層別化するステップ
をさらに含む、請求項１乃至４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記予後不良、又は、前記疾患が進行しやすい前立腺がんの素因が、前立腺手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、密封小線源治療、限局又は拡大リンパ節郭清、ホルモン療法を含む群から選択される治療のうちいずれか１つ又は複数の治療を用いて治療されることになる前記対象の適格性を示すものである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２についての遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含む製品の、前立腺がんと診断された患者について予後を確立するため、前立腺がんと診断された患者を層別化するため、又は、前立腺がんを有する患者における高悪性度前立腺がん若しくは低悪性度前立腺がんの素因を決定するための使用であって、
前記シグネチャー遺伝子についての遺伝子発現レベルに基づき得られる対象についての対象発現プロファイルが、前立腺がん進行指数に変換され、
前記前立腺がん進行指数が、以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
に従って算出され、
式中、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐは、上方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎは、下方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、前記値は、対象試料毎に正規化された遺伝子発現データに基づいて決定される、使用。
【請求項８】
ＰＣＲキット、ＲＮＡ配列決定キット、又は、マイクロアレイ若しくはマイクロアレイキットである、請求項７に記載の使用。
【請求項９】
コンピュータ可読媒体上に記憶された又は通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含む、コンピュータプログラムであって、コンピュータ上で実行されると、請求項１乃至６のいずれか一項に記載の１つ又は複数のステップを実行する、コンピュータプログラム。
【請求項１０】
請求項９に記載のコンピュータプログラムと、
シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２についての遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含む製品と、
を含むシステム。
【請求項１１】
前記製品は、ＰＣＲキット、ＲＮＡ配列決定キット、又は、マイクロアレイ若しくはマイクロアレイキットである、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
前記シグネチャー遺伝子は、ＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームをさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１３】
前記シグネチャー遺伝子は、ＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームをさらに含む、請求項７に記載の使用。
【請求項１４】
前記シグネチャー遺伝子は、ＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームをさらに含む、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１５】
前記参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子である、請求項３に記載の方法。
【請求項１６】
前記ハウスキーピング遺伝子はＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
参照遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含む、請求項７に記載の使用。
【請求項１８】
前記参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子である、請求項１７に記載の使用。
【請求項１９】
前記ハウスキーピング遺伝子はＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍである、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
参照遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含む、請求項１０に記載のシステム。
【請求項２１】
前記参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子である、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２２】
前記ハウスキーピング遺伝子はＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍである、請求項２１に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、前立腺がんの患者を診断して、例えば、そのような患者について予後を確立するために、上記の患者の、例えば一次治療後に高悪性度疾患若しくは低悪性度疾患が発生する素因を決定するために、及び／又は、利用可能な療法について患者を同定及び層別化するために遺伝子発現シグネチャーを決定するための方法に関する。本発明は、そのような方法において使用される製品、例えばキット、ソフトウェアなどにも関する。本発明は、さらに、本明細書に開示されている方法のいずれかにおいて診断、同定、又は層別化された患者の治療において使用するための療法に関する。
【背景技術】
【０００２】
がんは、細胞の群が制御不能な増殖、浸潤及び時には転移を示す疾患の種類である。がんは、これらの３つの悪性の性質により、自己限定的であり、浸潤も転移もしない良性腫瘍と区別される。
【０００３】
前立腺がん（ＰＣａ）は、男性において最も一般的に生じる非皮膚の悪性病変であり、２００８年には世界的に推定９００，０００件の新規症例が診断されている。高齢化する人口に起因して、ＰＣａの発生率は今後何年も劇的に上昇すると思われる。前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）の血中レベルの決定、直腸診（ＤＲＥ）及び経直腸超音波分析（ＴＲＵＳ）による常套的な診断では、非がん性良性前立腺状態の著しい第一選択過剰診断が生じる。米国単独で、毎年実施されるおよそ百万件の前立腺生検のうち、新規の症例は約２５０，０００件発見され、約７５％が不必要に行われており、患者における実質的な合併症（尿路性敗血症、出血、尿閉）及びＵＳ＄２０億を超える（生検手順当たり約ＵＳ＄２，１００）の総費用の両方をこうむる。生検陰性の男性１００名のうち少なくとも４名が、副作用に起因して入院する可能性があり、生検を受けた患者の１０，０００名のうち９名が、現在使用されている手順によって死亡するリスクがある。
【０００４】
米国において１年当たりに新しく検出されるＰＣａ症例およそ２５０，０００件のうち、約２００，０００件は、最初、限局性疾患、すなわち、前立腺器官に限局されているがんであると特徴付けられる。この状態は、放射線療法、又は、特に、部分的若しくは完全な外科手術による前立腺の除去（前立腺切除）などの一次治療手法によってある特定の程度まで治癒する。しかし、一般には、これらの介入には重篤な副作用、特に、前立腺切除の非常に発生頻度の高い結果として尿失禁及び／又は勃起不全が付随する。根治的前立腺切除を受けた男性の５０％に至るまでが尿失禁を起こす。複数の研究により、外科手術の１年後に、男性の１５％から５０％の間でなおそのような問題が報告されることが示されている。勃起問題も同様に根治的前立腺切除（ＲＰ）の重篤な副作用である。手術を受けた男性の約半数だけが勃起能の一部を回復することができる。さらに、限局性ＰＣａに対して常套的に適用される全ての治療には費用がかかり（一般には、ＵＳ＄２０〜３０，０００程度）、米国で毎年ＵＳ＄５０億の直接総費用が発生する。
【０００５】
米国において、診断時に臨床的限局性疾患を有する男性約２００，０００名の中で、５０％に至るまでが、リスクが非常に低い又は低いがんを有する。したがって、ＮＣＣＮ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）のＰＣａ治療ガイドラインが最近改訂されて、そのような低リスク疾患を有する患者に対する穏やかな好都合の代替治療として積極的監視（ＡＳ）が拡大された。適切な患者をＡＳに差し向けることにより、そのような患者の生活の質は、一次治療受けた男性と比較して著しく改善され、また、ＡＳにかかる５年間の費用は、患者当たりＵＳ＄１０，０００未満であることが報告されている。
【０００６】
さらに、所与の患者に対する選択治療として外科手術（ＡＳと対比して）を選択する場合、患者の腫瘍の潜在的な攻撃性に応じて外科手術の程度について層別化することは、重要な利点である。例えば、低リスク疾患であると予測される男性に対して、根治的前立腺切除の効力に関連する有害作用を最小限にするために、神経温存手術技法をより一般的に適用することができる。同様に、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｕｒｏｌｏｇｙ（ＥＡＵ）の最新の前立腺がんガイドラインによると、高リスクのがんであると予測される場合には、手順が複雑であり、時間がかかり、また、より限定された手順と比較して高い合併症率が伴うという事実にもかかわらず、拡大リンパ節郭清が推奨される。したがって、より限定されないリンパ節郭清ではリンパ節転移の約５０％が見逃されることが示されている一方で、限局性前立腺がんの男性の管理には、各患者に対して最適なケアを提供するために、個々の腫瘍の攻撃性の潜在性を外科手術前に高度に正確に予測することが必要とされる。
【０００７】
ＵＳ２０１３／１９６３２１Ａ１には、臨床転帰の可能性に関する情報を提供し、リスク分類を同定し、治療決定を行うのを容易にするために、前立腺がん患者由来の試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、分子アッセイが記載されている。この参考文献には、例えばハウスキーピング遺伝子に対して正規化される、そのようなアッセイにおいて分析されるいくつもの遺伝子が開示されている。さらに、アッセイを実施するための遺伝子特異的プローブ及び／又はプライマーを含むキット並びに発現レベルの解析を行うためのコンピュータに基づくシステム、アルゴリズム及びコンピュータプログラム製品も開示されている。
【０００８】
論文「ＤＹＲＫ２  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｔｈｅ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ−ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｂｙ  ｄｅｇｒａｄｉｎｇ  Ｓｎａｉｌ」、Ｍｉｍｏｔｏ  Ｒｅｉら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔｅｒｓ（２０１３年）、３３９巻、２号、２１４〜２２５頁には、ＤＹＲＫ２がヒト乳がん組織において下方制御されること、及び、低ＤＹＲＫ２発現腫瘍を有する患者は高ＳＹＲＫ２発現腫瘍を有する患者よりも悪い転帰を有することが開示されている。著者らは、ＤＹＲＫ２が乳がんについての潜在的な予後マーカーであると結論づけており、さらに、ＤＹＲＫ２は肺がん、結腸がん及び前立腺がんにおいても下方制御されることが見出されていることが実証されていると述べている。
【０００９】
ＷＯ２０１０／１３１１９４Ａ１は、悪性ホルモン感受性前立腺がんについてのマーカーとしてのＰＤＥ４Ｄ７に関し、悪性ホルモン感受性前立腺がんを診断、検出、モニタリング及び予後判定するための方法であって、ＰＤＥ４Ｄ７のレベルを決定するステップを含む方法が開示されている。さらに、ある特定のがん療法に対して適格性である個体を同定するための方法、並びに、ＰＤＥ４Ｄ７発現産物に特異的なオリゴヌクレオチド又はプローブを含む、当該方法を実行するための組成物が開示されている。
【００１０】
ＷＯ２０１４／１５３４４２Ａ２には、卵巣がんを診断、予後判定及び治療する方法であって、ある特定のマーカー遺伝子の発現レベルの決定を伴う方法が開示されている。上方制御される遺伝子の発現レベルから下方制御される遺伝子の発現レベルを引き算して遺伝子を同等に重み付けして、発現レベルを指数に変換する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
本発明は、前立腺がんと臨床的に関連する目的のバイオマーカー遺伝子（マーカー遺伝子とも称される）の遺伝子発現プロファイル、シグネチャー、又はパターンの同定及び使用に関する。具体的には、本発明は、核酸、好ましくは生体試料から得たバイオマーカー遺伝子の転写物の遺伝子発現解析、並びに高悪性度疾患及び低悪性度疾患、患者の生存及び前立腺がん再発と相関するバイオマーカー遺伝子の同定に基づく。これらのマーカー遺伝子の発現解析は、患者を、高悪性度疾患を有する患者及び低悪性度疾患を有する患者、そして対応する予後不良を有する患者又は予後良好を有する患者として分類するのに使用することができる前立腺がん進行指数（ＰＣＰＩ）をもたらすのに使用することができる。
【００１２】
さらに、ＰＣＰＩは、以前に臨床的に診断され、治療された対象における疾患の進行を予測するため、及び患者を各個人のＰＣＰＩに応じて層別化するために使用することもできる。したがって、ＰＣＰＩにより、前立腺がん患者の診断、予後判定及び治療に関する個人向け医薬のための、非常に役立つパラメータがもたらされる。ＰＣＰＩは、単独で、又は、患者の個人的な病状又は病期に関する情報を提供する他の手段及び方法と組み合わせて使用することができる。
【００１３】
医師及び／又は病理医は、患者、例えば、低悪性度の前立腺がんの形態と対比して、高悪性度の前立腺がんの形態が発生する素因を有する患者を診断、同定、予後判定、分類、及び／又は層別化するために、ＰＣＰＩを有利に使用して、他の方法で得られた結果を確認することができる。したがって、本発明により提供される方法及び手段は、患者に対する最良の治療を見出すため、及び、不必要な外科手術、又は、副作用に起因して危険であり、時々過剰であり、公衆衛生制度に巨額の費用が生じる他の治療を回避するために、より良好な診断、予後判定などを確立するのに役立つ。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明の１つの態様は、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームについての遺伝子発現レベルを決定して、対象についての対象発現プロファイルを得るステップを含み、さらに、
【００１５】
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がんを有する若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び／又は
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
をさらに含む方法を対象とする。
【００１６】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がんを有する若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；又は
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
をさらに含む。
【００１７】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がんを有する若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
をさらに含む。
【００１８】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がんを有する若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；又は
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
をさらに含む。
【００１９】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、予後良好の前立腺がんを有する若しくは予後不良の前立腺がんを有するとして分類するステップであって、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び
対象を、対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
をさらに含む。
【００２０】
本発明の別の態様は、
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び／又は
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
を含む方法を対象とする。
【００２１】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；又は
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ、
を含む。
【００２２】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象の対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
を含む。
【００２３】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；又は
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
を含む。
【００２４】
一実施形態では、方法は、
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、予後良好若しくは予後不良を有するとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、予後良好が、最初の診断後の所定の期間内の生存の可能性の増大及び／又は一次治療後に疾患が進行しないことを予測するものであり、予後不良が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ；及び
対象を、対象についての対象発現プロファイルに基づいて、疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する若しくは有さないとして分類するステップであって、対象発現プロファイルが、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームの遺伝子発現レベルを含み、素因が、最初の診断後の所定の期間内の高悪性度疾患、生存の可能性の低下、生化学的再発、臨床的再発の可能性の増大、及び／又は局所転移若しくは遠隔転移の存在を予測するものである、ステップ
を含む。
【００２５】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、対象は、前立腺がんと診断された患者である。
【００２６】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、対象発現プロファイルは、対象由来の試料から得られる。
【００２７】
本発明の種々の態様の特定の実施形態では、試料は細胞株である。
【００２８】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、患者は、（ａ）新しく診断された前立腺がんを有する患者、（ｂ）前立腺がんに対する一次治療を受けている患者、で構成される群から選択される。
【００２９】
本発明の種々の態様のある実施形態では、患者は、以前に臨床的限局性前立腺がんと診断されている。
【００３０】
本発明の種々の態様のある実施形態では、一次治療は、前立腺手術、前立腺除去、照射療法、化学療法、限局又は拡大リンパ節除去からなる群から選択される。
【００３１】
本発明の種々の態様のある実施形態では、群（ａ）の患者は、以下の方法：前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）の血中レベルの決定、直腸診（ＤＲＥ）及び経直腸超音波分析（ＴＲＵＳ）、及び前立腺の生検のうちの少なくとも１つを受けている、新しく診断された前立腺がんを有する患者からさらに選択される。
【００３２】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、所定の期間は、少なくとも６カ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも１０年、又は少なくとも１５年である。
【００３３】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、遺伝子発現レベルは、１つ若しくは複数のプローブ及び／又は１つ若しくは複数のプローブセットを使用してｍＲＮＡ発現を検出することによって決定される。
【００３４】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、遺伝子発現レベルは、増幅に基づく方法及び／又はマイクロアレイ解析によって決定される。
【００３５】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、遺伝子発現レベルは、ＲＮＡ配列決定、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ又はマルチプレックス−ＰＣＲによって決定される。
【００３６】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、患者発現プロファイルは、前立腺がん進行指数（ＰＣＰＩ）に変換される。
【００３７】
ある実施形態では、前立腺がん進行指数は、以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
に従って算出され、式中、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐは、上方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎは、下方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、これらの値は、対象試料毎に正規化された遺伝子発現データに基づいて決定される。ＰＣＰＩ算出により、本明細書に記載の他の臨床的適用における予後の良好な予測又は良好な性能が付与され得る。
【００３８】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、シグネチャー遺伝子のセットの発現レベルが、参照遺伝子の発現に対して正規化され、参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子であることが好ましく、ハウスキーピング遺伝子はＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍであることがより好ましい。
【００３９】
本明細書において記載されているのは、対象が、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＤＹＲＫ２を含む群から選択されるいずれか１つ若しくは複数の遺伝子の発現が、対照試料中の対応する遺伝子発現レベルと比較して上方制御されている場合、並びに、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２を含む、及び、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／若しくはＰＤＥ４Ｄ７を含む群から選択されるいずれか１つ若しくは複数の遺伝子の発現が、対照試料中の対応する遺伝子発現レベルと比較して下方制御されている場合、前立腺がん陽性として分類される；又は、対象は、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＤＹＲＫ２を含む群から選択されるいずれか１つ若しくは複数の遺伝子の発現が、対照試料中の対応する遺伝子発現レベルと比較して下方制御されている場合、並びに、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２を含む、及び、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／若しくはＰＤＥ４Ｄ７を含む群から選択されるいずれか１つ若しくは複数の遺伝子の発現が、対照試料中の対応する遺伝子発現レベルと比較して上方制御されている場合、前立腺がん陰性として分類される方法でもある。選択された遺伝子により、分類における良好な性能が付与され得る。
【００４０】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、対象は、前立腺がん進行指数が選択された閾値を下回る場合には予後良好を有するとして分類されるか、又は、前立腺がん進行指数が選択された閾値を上回る場合には予後不良を有するとして分類され；及び／又は、対象は、前立腺がん進行指数が選択された閾値を上回る場合には疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有するとして分類されるか、又は、前立腺がん進行指数が選択された閾値を下回る場合には疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有さないとして分類される。
【００４１】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、方法は、対象を、決定された予後又は決定された素因に従って、非高悪性度疾患と対比して高悪性度疾患のリスクについて層別化するステップ；及び／又は、決定された予後又は決定された素因に従って、適切ながん治療を、それを必要とする対象に提供するステップをさらに含む。
【００４２】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、がん治療は、前立腺手術、前立腺除去、照射療法、化学療法、ホルモン療法、限局又は拡大リンパ節除去又はこれらの組合せ、好ましくはホルモン療法と放射線療法の組合せから選択される。
【００４３】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、予後不良又は疾患が進行しやすい前立腺がんの素因は、前立腺手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、限局又は拡大リンパ節郭清からなる群から選択される治療のうち任意の１つ又は複数の治療を用いて治療されることになる対象の適格性を示すものである。
【００４４】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、高悪性度前立腺がんについての素因は、再生検、前立腺手術、前立腺除去、化学療法、照射療法、ホルモン療法、限局若しくは拡大リンパ節郭清又はこれらの組合せ、好ましくはホルモン療法と放射線療法の組合せで構成される群から選択される治療に対する適格性を示すものである。
【００４５】
本発明の種々の態様の一部の実施形態では、方法は、ステップのうちの１つの結果を、ユーザインタフェースデバイス、コンピュータ可読記憶媒体、モニター、又は、ネットワークの一部であるコンピュータに表示又は出力するステップをさらに含む。
【００４６】
別の態様は、シグネチャー遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２、並びに、任意的にＰＤＥ４Ｄ５及び／又はＰＤＥ４Ｄ７を含むＰＤＥ４アイソフォームについての遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブを含み；
任意的に、上記の遺伝子以外の、図１若しくは２のいずれかに列挙されている遺伝子のセットの発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブをさらに含み；及び／又は、
任意的に、参照遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するためのプライマー及び／又はプローブであって、参照遺伝子がハウスキーピング遺伝子であることが好ましく、ハウスキーピング遺伝子がＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍであることがより好ましい、プライマー及び／又はプローブをさらに含む、
製品の、前立腺がんと診断された患者についての予後を確立するため、前立腺がんと診断された患者を層別化するため、前立腺がんを有する患者における高悪性度前立腺がん若しくは低悪性度前立腺がんの素因を決定するための使用に関する。
【００４７】
一部の実施形態では、製品は、例えばＰＣＲキット、ＲＮＡ配列決定キット、又はマイクロアレイキット、好ましくはＤＮＡマイクロアレイキットを含めたキットである。別の実施形態では、製品は、マイクロアレイである。製品により、本明細書に記載のレベルを決定するための効率的なやり方がもたらされ得、したがって、本明細書に記載の臨床的適用における良好な性能が付与され得る。
【００４８】
一部の実施形態では、製品は、本発明の方法を実施するための製品であるか、又は、製品は、前立腺がんを診断するため、前立腺がんと診断された患者について予後を確立するため、前立腺がんと診断された患者を層別化するため、前立腺がんを有する患者における高悪性度前立腺がん若しくは低悪性度前立腺がんの素因を決定するための製品である。
【００４９】
一部の実施形態では、製品は、核酸分子のセットを含む組成物であり、核酸分子のそれぞれが、図１若しくは２のいずれか１つに含まれる遺伝子又は上記の遺伝子の遺伝子発現の解析における少なくとも１つのポリヌクレオチドプローブ配列を含む。
【００５０】
一部の実施形態では、製品は核酸アレイであり、核酸アレイは、図１若しくは２に列挙されている遺伝子又は上記の遺伝子を含む遺伝子のセット内の各遺伝子について、１つ又は複数のポリヌクレオチドプローブを含み、ポリヌクレオチドプローブは、上で定義されている前立腺発現プロファイル及び／又はＰＣＰＩを決定するために、遺伝子内のコード配列と相補的であり、それとハイブリダイズ可能である。
【００５１】
一部の実施形態では、製品は、本明細書に記載の方法のいずれか１つに従って、前立腺がんと診断された患者について予後を確立するため、前立腺がんと診断された患者を層別化するため、前立腺がんを有する患者における高悪性度前立腺がん若しくは低悪性度前立腺がんの素因を決定するためのキットであって、ａ）本明細書で定義されているアレイ、ｂ）キット対照；及びｃ）任意的に使用説明書を含むキットである。
【００５２】
一部の実施形態では、製品は、生体試料から得た核酸の発現解析のための核酸アレイであって、図１若しくは２で参照される遺伝子又は上記の遺伝子によりコードされる核酸又はその断片の特異的な結合に適したプローブを含む基板を含むアレイである。
【００５３】
一部の実施形態では、製品は、図１若しくは２で参照される遺伝子又は上記の遺伝子によりコードされる核酸又はその断片を特異的に増幅し、検出するための試薬を含む、ＰＣＲ用の物品である。
【００５４】
本発明の別の態様は、適格であると同定された患者の治療に使用するための、前立腺手術、前立腺除去、照射療法、ホルモン療法、化学療法、限局又は拡大リンパ節除去又はこれらの組合せから選択される療法に関し、上記の患者は、本発明の方法で定義される高悪性度前立腺がんについての素因が診断されている。
【００５５】
本発明の別の態様は、コンピュータ可読媒体上に記憶された又は通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含むコンピュータプログラム製品であって、コンピュータ上で実行されると、本明細書に記載の方法のうちいずれか１つの方法の１つ若しくは複数のステップ又は全てのステップを実行する、コンピュータプログラム製品に関する。
【００５６】
本発明の別の態様は、実行可能なプログラムが記憶された非一過性のコンピュータ可読記憶媒体であって、プログラムが、本発明の方法のうちいずれかの方法のステップの１つ又は複数を実施するようマイクロプロセッサに命令するものである、非一過性のコンピュータ可読記憶媒体に関する。
【００５７】
本発明のさらに別の態様は、図１若しくは２で参照される遺伝子又は上記の遺伝子によりコードされる核酸（又はその断片）の遺伝子発現解析のためのデバイスであって、
ａ）臨床転帰に関連する参照遺伝子発現値を含む記録、図１若しくは２のいずれかに列挙されている遺伝子若しくは上記の遺伝子のセットの発現レベルを含む各参照プロファイルを含むデータベース、及び／又は
ｂ）データベース内の遺伝子参照発現プロファイルとの比較に使用するための、図１若しくは２に列挙されている遺伝子又は上記の遺伝子を含む遺伝子のセットの遺伝子発現値の選択を受信及び／又は入力することが可能なユーザインタフェース；
ｃ）遺伝子のセットの発現レベルに従って臨床的予後の予測を表示する出力、
を含むことが好ましいデバイスに関する。
【００５８】
本発明のさらに別の態様は、本発明の方法を実施するためのデバイスに関する。
【００５９】
本発明のさらに別の態様は、上記の製品、及び、本発明のコンピュータプログラム製品若しくは非一過性のコンピュータ可読記憶媒体、又は、本発明の核酸の遺伝子発現解析のためのデバイス、又は、本発明の方法を実施するためのデバイスを含むシステムに関する。
【図面の簡単な説明】
【００６０】
【図１−１】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−２】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−３】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−４】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−５】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−６】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−７】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−８】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−９】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１０】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１１】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１２】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１３】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１４】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１５】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１６】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１７】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１８】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−１９】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−２０】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図１−２１】公的に入手可能な試験データから得た、解析した遺伝子候補を含む表である。
【図２−１】ＰＣＰＩを構築するために解析した５７種の遺伝子候補を含む表である。
【図２−２】ＰＣＰＩを構築するために解析した５７種の遺伝子候補を含む表である。
【図２−３】ＰＣＰＩを構築するために解析した５７種の遺伝子候補を含む表である。
【図３−１】ＰＣＰＩ＿１８又はＰＣＰＩ＿１７の、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５についての一次治療（前立腺手術）後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能に関する概要である。
【図３−２】ＰＣＰＩ＿１８又はＰＣＰＩ＿１７の、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５についての一次治療（前立腺手術）後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能に関する概要である。
【図４】ＰＣＰＩ＿１８の、データセットＧＳＥ４６６９１についての一次治療後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である。
【図５】ＰＣＰＩ＿１８又はＰＣＰＩ＿１７の、治療前ＰＳＡ、生検又は病理学的グリーソンスコア、又は臨床的／病理学的病期のような標準の臨床的パラメータと比較した多変量コックス回帰分析における、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である。個々のデータセットに関するＰＣＰＩについてのカイ二乗並びにハザード比、並びに個々の臨床的パラメータが示されている。
【図６】ＰＣＰＩ＿１８の、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の生化学的疾患再発（ＢＣＲ）の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能の概要である。
【図７】ＰＣＰＩ＿１８の、治療前ＰＳＡ、生検又は病理学的グリーソンスコア、又は臨床的／病理学的病期のような標準の臨床的パラメータと比較した多変量コックス回帰分析における、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の生化学的疾患再発（ＢＣＲ）の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である。
【図８】例えば積極的監視（ＡＳ）又は積極的治療（例えば、前立腺切除、照射療法及びホルモン療法）のいずれかへの患者の層別化を行う臨床決定を支持するための、ＰＣＰＩ＿１８についてのＲＯＣ曲線カットオフ解析を示す表である。
【図９−１】本出願で言及される目的の遺伝子と、それらの転写物ＩＤ、タンパク質ＩＤ並びに目的の遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列の一覧である。
【図９−２】本出願で言及される目的の遺伝子と、それらの転写物ＩＤ、タンパク質ＩＤ並びに目的の遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列の一覧である。
【図９−３】本出願で言及される目的の遺伝子と、それらの転写物ＩＤ、タンパク質ＩＤ並びに目的の遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列の一覧である。
【図１０−１】本出願で言及される参照遺伝子と、それらの転写物ＩＤ、タンパク質ＩＤ並びに参照遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列の一覧である。
【図１０−２】本出願で言及される参照遺伝子と、それらの転写物ＩＤ、タンパク質ＩＤ並びに参照遺伝子に特異的なプライマー及びプローブの配列の一覧である。
【図１１】ＰＣＰＩ＿１９に従って群分けされた４２２名の患者についての５〜１０年にわたる種々の再発リスク及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＣＣＮ）ウェブページ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐ）のガイドラインから推定することができるＮＣＣＮ臨床的リスク特性の分析を示す図である。
【図１２】ＧＰＳｕスコアに従って群分けされた４０７名の患者についての５〜１０年にわたる種々の再発リスク及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＣＣＮ）ウェブページ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐ）のガイドラインから推定することができるＮＣＣＮ臨床的リスク特性の分析を示す図である。
【図１３】ＣＣＰスコアに従って群分けされた４０７名の患者についての５〜１０年にわたる種々の再発リスク及びＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＣＣＮ）ウェブページ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐ）のガイドラインから推定することができるＮＣＣＮ臨床的リスク特性の分析を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００６１】
本発明は特定の実施形態に関して記載されるけれども、本記載は、限定の意味で解釈されるべきではない。
【００６２】
本発明の例示的な実施形態を詳細に記載する前に、本発明を理解するために重要な定義が示される。
【００６３】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、文脈により明確に別段の規定がなされない限り、単数形「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」は、それぞれの複数形も含む。
【００６４】
本発明に関しては、「約」及び「およそ」という用語は、それでもなお問題の特徴の技術的効果が確実になると当業者に理解される正確度の間隔を示す。この用語は、一般には、示されている数値から±２０％、好ましくは±１５％、より好ましくは±１０％、及びなおより好ましくは±５％の偏差を示す。
【００６５】
「含む」という用語は限定するものではないことが理解されるべきである。本発明の目的に関して、「からなる」という用語は、「構成される」という用語の好ましい実施形態であるとみなされる。以下、群が少なくともある特定の数の実施形態を含むと定義される場合、これは、これらの実施形態のみからなる好ましい群も包含することを意味する。
【００６６】
さらに、説明及び特許請求の範囲における「第１の」、「第２の」、「第３の」又は「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」などという用語は、同様の要素を区別するために使用され、逐次的又は経時的な順序を記載するものとは限らない。そのように使用される用語は、適切な状況下で互換的であること、及び、本明細書に記載の発明の実施形態は、本明細書に記載又は例示されているものとは別の順序で機能し得ることが理解されるべきである。
【００６７】
「第１の」、「第２の」、「第３の」又は「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」などという用語が、方法又は使用のステップに関する場合、ステップ間に時間又は時間間隔の干渉性は存在しない、すなわち、本明細書において上記又は下記されている適用においては、別段の指定のない限り、ステップは、同時に行うこともでき、そのようなステップの間に数秒間、数分間、数時間、数日間、数週間、数カ月間又はさらには数年間の時間間隔があってもよい。本明細書に記載されている特定の方法体系、プロトコール、タンパク質、細菌、ベクター、試薬などは変動し得るので、本発明は、これらに限定されないことが理解されるべきである。本明細書において使用される用語法は、特定の実施形態を説明するためだけのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定するものではないことも理解される。別段の定義のない限り、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、当業者に一般に理解されるものと同じ意味を有する。
【００６８】
「シグネチャー遺伝子」、マーカー遺伝子、又は「目的の遺伝子（ＧＯＩ）」という用語は、本発明に関しては、互換的に使用することができ、本発明の方法において発現レベルが決定されるバイオマーカーを指す。本発明の好ましい実施形態では、これらの遺伝子は、本開示の図２に示されており、以下で、並びに特許請求の範囲において明確に言及される。したがって、本発明は、一次治療の後又は最初の前立腺がん診断の後に得た前立腺がん組織における発現を最初の前立腺がん診断の前及び／又は最初の前立腺がん特異的治療の前に得た前立腺がん組織における発現と比較した場合に、発現が上方制御されるか又は下方制御されるマーカー遺伝子（１つ又は複数）に関する。一次治療の後又は最初の前立腺がん診断の後に得た組織におけるマーカー遺伝子発現は、患者転帰パラメータ、例えば、生化学的再発、転移の発生、骨がん及び／又は死亡と相関し得る。
【００６９】
本発明の方法に関して発現値が決定される場合、試料中のＧＯＩの遺伝子発現値又は対象におけるＧＯＩの遺伝子発現値を反映する、個別化された「遺伝子発現プロファイル」が得られる。後者の場合、発現値は、「対象発現プロファイル」とも称される。試料発現プロファイル及び／又は対象発現プロファイルは時間に応じて変化し得ることに留意されたい。例えば、前立腺がんと診断された患者の治療的処置の前後の遺伝子発現プロファイルは異なり得る。同様に、前立腺がん細胞を含有する試料において見いだされる遺伝子発現プロファイルは、前立腺がん細胞を含有しない試料において見いだされる遺伝子発現プロファイルとは異なることになる。
【００７０】
したがって、「マーカー遺伝子」又は「目的の遺伝子」という用語は、本明細書で使用される場合、前立腺がん細胞若しくは組織において、又はそのような細胞若しくは組織若しくはその部分若しくは断片を含む任意の型の試料において、対照レベルと比較した場合、好ましくは、異なる時点、例えば、最初の診断時、一次治療の直後、又はもっと後、すなわち、最初の診断又は一次治療の数カ月後又は数年後に得た前立腺組織における発現と比較した場合に、発現レベルが上方制御されるか又は下方制御される、上で定義されている遺伝子（１つ又は複数）のセット、遺伝子単位（１つ若しくは複数）又は配列（１つ又は複数）（ヌクレオチド配列（１つ又は複数））に関する。この用語は、上記の遺伝子単位又は配列の任意の発現産物、特にｍＲＮＡ転写物を指す。マーカー遺伝子又は目的の遺伝子を初めて検査する場合、すなわち、患者に、初めて前立腺がんを有する疑いがある場合、正常な組織又は良性前立腺腫瘍組織に由来する追加的な対照材料の使用も意図されている。
【００７１】
「発現レベル」という用語は、本明細書で使用される場合、規定の数の細胞又は規定の組織部分から導き出せるマーカー遺伝子転写物（１つ又は複数）の量、好ましくは標準の核酸（例えば、ＲＮＡ）抽出手順で得られる転写物の量を指す。適切な抽出方法は、当業者には公知である。
【００７２】
「対照レベル」（又は「対照状態」）という用語は、本明細書で使用される場合、状態又は病態、例えば、非がん性、正常又は良性前立腺腫瘍、進行前立腺がんなどが分かっている患者／複数の患者から以前に採取され、保管された試料（１つ又は複数）を使用することにより、試験試料と同時に、及び／又は同様若しくは同等の条件下で決定することができる発現レベルに関する。低悪性度のがんと対比して高悪性度がんに対する素因を決定するために、最初の診断を確立するために得たがん組織における対照レベルを決定し、次いで、それを、それよりも後の段階で、例えば一次治療後に決定したＧＯＩの発現と比較することが好ましい。「病態」又は「がん性病態」という用語は、非がん性細胞状態と末期がん性細胞状態（これを含む）の間の任意の状態又は型の細胞又は分子状態に関する。この用語は、非がん性細胞状態（これを除く）と末期がん性細胞状態（これを含む）の間の生物における腫瘍発生の異なるがん性増殖／発生ステージ又はレベルを包含することが好ましい。そのような発生ステージは、ＵＩＣＣにより定義される悪性腫瘍のＴＮＭ（腫瘍、ノード、転移）分類体系の全てのステージ、例えば、ステージ０及びＩ〜ＩＶを含み得る。この用語は、ＴＮＭステージ０より前のステージ、例えば、当業者に公知のがんバイオマーカーが変化した発現又は発現パターンを示す発生ステージも包含する。
【００７３】
上記の発現レベルは、好ましくは、本明細書で定義されているマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルであり得る。
【００７４】
「がん性」という用語は、本発明に関しては、上で定義されているがん性病態に関する。
【００７５】
「非がん性」という用語は、本発明に関しては、良性の増殖も悪性の増殖も検出されない状態に関する。上記の検出のための適切な手段は、当技術分野で公知である。
【００７６】
発現制御レベルは、病態が分かっている対象由来の試料中の本発明のマーカー遺伝子（１つ又は複数）の予め決定された発現レベル（１つ又は複数）を解析することによって得られる結果に基づいて、統計学的方法によって決定することができる。さらに、対照レベルは、予め試験された患者、組織又は細胞からの発現パターン又は発現レベルのデータベースに由来するものであってよい。対照レベルは、前立腺がん、例えばホルモン非依存性又はホルモン抵抗性前立腺がんに罹患していると診断された患者に由来する参照試料から決定することができる。さらに、試験される生体試料中の本発明のマーカー遺伝子の発現レベルを多数の対照レベルと比較することができ、対照レベルは、多数の参照試料から決定される。対象由来の生体試料の組織型と同様の組織型に由来する参照試料から決定された対照レベルを使用することが意図されている。病態が上で定義されているがん性である患者に由来する試料（１つ又は複数）を使用することが特に好ましい。
【００７７】
一般に、本明細書で言及されるマーカー遺伝子を使用する前立腺がんの診断方法では、良性の増殖も悪性の増殖も検出されない健康状態を示す対象の組織における対照レベルを決定することが可能である。上で定義されている良性前立腺腫瘍を有する、すなわち、良性増殖が検出され得る健康状態を示す患者／複数の患者に由来する試料（１つ又は複数）を使用することも意図されている。
【００７８】
「良性前立腺腫瘍」という用語は、本明細書で使用される場合、がんの悪性性質の３つ全てを欠く、すなわち、無制限の高悪性度様式での増殖をせず、周囲の組織に浸潤せず、転移しない、前立腺腫瘍を指す。一般には、良性前立腺腫瘍とは、がんの浸潤性を欠く軽度で非進行性の前立腺新生物又は肥大疾患を意味する。さらに、良性前立腺腫瘍は、一般には、被包性であり、したがって、悪性様式で挙動する能力は阻害される。良性腫瘍又は健康な状態は、任意の適切な、独立した、当業者に公知の分子学的、組織学的又は生理的方法によって決定することができる。
【００７９】
あるいは、参照試料は、細胞株、例えば、不死化がん細胞株に由来する材料を含み得る。前立腺がん細胞株に由来する材料が本発明による参照試料中に含まれ得ることが好ましい。好ましいがん細胞株の例は、細胞株ＰＣ３４６Ｐ、ＰＣ３４６Ｂ、ＬＮＣａＰ、ＶＣａＰ、ＤｕＣａＰ、ＰＣ３４６Ｃ、ＰＣ３、ＤＵ１４５、ＰＣ３４６ＣＤＤ、ＰＣ３４６Ｆｌｕｌ、ＰＣ３４６Ｆｌｕ２を含む。
【００８０】
さらに好ましい代替では、参照試料は、臨床的な環境で得られた対象／患者の組織、又は組織パネル又は組織採取物に由来するものであってよい。試料は、例えば、外科手術を受ける男性患者から得ることができる。試料は、任意の適切な組織型、例えば、前立腺組織又はリンパ節に由来するものであってよい。患者組織採取の好ましい例は、外科手技（例えば、前立腺切除）に由来するものである。
【００８１】
さらに、病態が分かっている集団、例えば良性前立腺腫瘍を有する集団又は健康な集団における本発明のマーカー遺伝子（１つ又は複数）の発現レベルの標準の値を使用することが意図されている。標準の値は、当技術分野で公知の任意の方法によって得ることができる。例えば、平均±２ＳＤ（標準偏差）又は平均±３ＳＤの範囲を標準の値として使用することができる。
【００８２】
さらに、対照レベルは、病態ががん性であることが分かっている患者／複数の患者、すなわち、前立腺がん、特に高悪性度前立腺がんと独立に診断された患者から以前に採取され、保管された試料（１つ又は複数）を使用することにより、試験試料と同時に、及び／又は同様若しくは同等の条件下で決定することもできる。
【００８３】
本発明に関しては、がん性でないことが分かっている、例えば、健康な組織試料又は良性前立腺腫瘍試料である生体試料から決定された対照レベルは「正常対照レベル」と称される。
【００８４】
対照レベルを、がん性生体試料、特に前立腺がんが独立に診断された患者試料から決定する場合、「がん性対照レベル」と称することができる。
【００８５】
「前立腺がん」という用語は、前立腺の細胞が突然変異し、制御不能に増加し始めると生じる、男性生殖系における前立腺のがんに関する。一般には、前立腺がんは、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルの上昇に関連づけられる。本発明の一実施形態では、「前立腺がん」は、４．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。別の実施形態では、この用語は、２．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。「ＰＳＡレベル」という用語は、血液中のＰＳＡの濃度をｎｇ／ｍｌの単位で指す。
【００８６】
「前立腺がん」という用語はまた、それらの成長又は増殖に関する限りは、男性ホルモン刺激に対して感受性である前立腺がん又は前立腺がん細胞株も含む。「感受性」という用語は、前立腺がん又は前立腺がん細胞株が、男性ホルモンの存在下での生化学的又は細胞反応パターンを示すが、成長及び／又は増殖のために男性ホルモンを必要とする状況に関する。したがって、ホルモン感受性前立腺がんは、ＰＩＮ（前立腺上皮内新形成）のような前悪性形態から発生し、その成長がなお男性ホルモンであるアンドロゲンの存在に依存するという事実を特徴とする悪性前立腺腫瘍と理解される。対照的に、そのような腫瘍は、ホルモン枯渇療法によって治療されると、それらのがんは、一般には、アンドロゲンの存在に依存せずに成長するホルモン抵抗性形態に発達する。
【００８７】
「ホルモン抵抗性前立腺がん」という用語は、前立腺がん又は前立腺がん細胞株の成長及び増殖が男性ホルモン刺激に対して抵抗性であることを意味する。この用語は、上で定義されている抗ホルモン薬、好ましくは抗アンドロゲン薬の投与がもはや適さない後期前立腺がん発生ステージにも関する。
【００８８】
「男性ホルモン」という用語は、本明細書で使用される場合、アンドロゲン、好ましくはテストステロン、アンドロステンジオン、ジヒドロテストステロン、デヒドロエピアンドロステロン、アンドロステンジオール又はアンドロステロンを指す。
【００８９】
別の態様では、本発明は、悪性ホルモン感受性前立腺がん又は前立腺がんへの進行を診断、検出、モニタリング又は予後判定するためのマーカーとしての、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの使用に関する。
【００９０】
したがって、「上方制御」又は「発現レベルの上方制御」又は「発現レベルの上昇」という用語（同義に使用することができる）は、本発明に関しては、分析される状況、例えば患者の試料から導き出せる状況と、正常対照レベル又は当業者に公知の任意の適切な前立腺腫瘍若しくはがんのステージから導き出せるがん性対照レベルのいずれかであり得る参照点との間で発現レベルが上昇することを意味する。発現レベルは、例えば、分析される試料中の遺伝子発現が、対照レベルと比較して、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、若しくは５０％超、又は、対照レベルと比較して、少なくとも０．１倍、少なくとも０．２倍、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも５倍、若しくは少なくとも１０倍若しくはそれを超えて異なる、すなわち、上昇する場合に、「上方制御」されるとみなされる。対照レベルは、上で定義されている正常対照レベル又はがん性対照レベルのいずれであってもよい。がん性対照レベルとの比較を行う場合、正常対照レベルとのさらなる比較が好ましい。そのようなさらなる比較により、変化の傾向を決定することが可能になり、例えば、発現レベルの上昇の大きさを観察することができ、及び／又は対応する結論を引き出すことができる。良性前立腺腫瘍との比較、又は健康な個体に由来する健康な組織若しくは試料との比較が好ましい。
【００９１】
したがって、「下方制御」又は「発現レベルの下方制御」又は「発現レベルの低下」という用語（同義に使用することができる）は、本発明に関しては、分析される状況、例えば患者の試料から導き出せる状況と、正常対照レベル又は好ましくは当業者に公知の任意の適切な前立腺腫瘍又はがんのステージから導き出せるがん性対照レベルのいずれかであり得る参照点との間で発現レベルが低下することを意味する。発現レベルは、例えば、分析される試料中の遺伝子発現が、例えば、対照レベルと比較して、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、若しくは５０％を超えて、又は、対照レベルと比較して、少なくとも０．１倍、少なくとも０．２倍、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも５倍、若しくは少なくとも１０倍若しくはそれを超えて異なる、すなわち、低減する場合に、「下方制御」されるとみなされる。対照レベルは、上で定義されている正常対照レベル又はがん性対照レベルのいずれであってもよい。がん性対照レベルとの比較を行う場合、正常対照レベルとのさらなる比較が可能である。そのようなさらなる比較により、変化の傾向を決定することが可能になり、例えば、発現レベルの低下の大きさを観察することができ、及び／又は対応する結論を引き出すことができる。良性前立腺腫瘍との比較、又は健康な個体に由来する健康な組織若しくは試料との比較が好ましい。
【００９２】
以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
を使用して「前立腺がん進行指数（ＰＣＰＩ）」を確立するために、本明細書で言及される目的の遺伝子（１つ又は複数）の発現値を使用することができ、式中、ＧＯＩは、選択された目的の遺伝子、例えば（バイオ）マーカー遺伝子を指し、これらは、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で下方制御されるものと、それと比較して、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で上方制御されるものに群分けされる。下方制御される遺伝子についての平均遺伝子発現値（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）並びに上方制御される遺伝子についての平均遺伝子発現値（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）が算出される。
【００９３】
特定の実施形態では、対象試料に特異的な前立腺がん進行指数は、以下の方程式：
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
に従って算出され、式中、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐは、上方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎは、下方制御される遺伝子の平均遺伝子発現値であり、値は、患者試料毎に正規化された遺伝子発現データに基づいて決定され、「上方制御される遺伝子」とは、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で上方制御される遺伝子を指し、「下方制御される遺伝子」とは、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で下方制御される遺伝子を指す。
【００９４】
前立腺がんにおける患者の層別化又は一次治療後に高悪性度前立腺がんが発生する素因の決定に潜在的に関連する遺伝子の選択は、例えば、図２に提供される。図２は、有意に（ｐ＜０．０５）示差的に発現し、患者群間で同じ方向に制御される（すなわち、上方制御又は下方制御のいずれか）ことが見いだされた、５７種の選択された遺伝子の概要を提供する。これらの５７種の遺伝子を本発明の一態様によるＧＯＩとして使用することができる。上記の５７種の遺伝子から選択された遺伝子、例えば、少なくとも１７種の遺伝子、少なくとも１８種の遺伝子、少なくとも１９種の遺伝子、少なくとも２０種の遺伝子、少なくとも２１種の遺伝子、少なくとも２２種の遺伝子、少なくとも２３種の遺伝子、少なくとも２４種の遺伝子、少なくとも２５種の遺伝子、少なくとも２６種の遺伝子、少なくとも２７種の遺伝子、少なくとも２８種の遺伝子、少なくとも２９種の遺伝子、少なくとも３０種の遺伝子、少なくとも３１種の遺伝子、少なくとも３２種の遺伝子、少なくとも３３種の遺伝子、少なくとも３４種の遺伝子、少なくとも３５種の遺伝子、少なくとも３６種の遺伝子、少なくとも３７種の遺伝子、少なくとも３８種の遺伝子、少なくとも３９種の遺伝子、少なくとも４０種の遺伝子、少なくとも４１種の遺伝子、少なくとも４２種の遺伝子、少なくとも４３種の遺伝子、少なくとも４４種の遺伝子、少なくとも４５種の遺伝子、少なくとも４６種の遺伝子、少なくとも４７種の遺伝子、少なくとも４８種の遺伝子、少なくとも４９種の遺伝子、少なくとも５０種の遺伝子、又はそれを超える遺伝子を使用することも可能である。
【００９５】
別の態様では、個々の遺伝子の組合せで構成される遺伝子発現予後シグネチャーが提供され、ここで、これらのＧＯＩの発現レベルは、例えば、ヒト前立腺がん組織試料から定量的に抽出されたＲＮＡを使用して測定することができる。これらの特徴を単一のデータモデル（すなわち、ＰＣＰＩ）に組み合わせることにより、前立腺がんの進行を予測するための分類力の有意な改善がもたらされる。
【００９６】
好ましい一実施形態では、ＰＣＰＩシグネチャーは、以下の１９種の遺伝子：ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２を含む。
【００９７】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント５、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ５の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１１９７２１８．１で定義される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ５転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ５ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１１８４１４７．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号２に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ５＿フォワード（配列番号３）及びＰＤＥ１Ｄ５＿リバース（配列番号４）によって生成することができ、プローブ配列番号５によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００９８】
「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」という用語は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライスバリアント７、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１１６５８９９．１で定義される配列、より好ましくは、上記のＰＤＥ４Ｄ７転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号６に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１１５９３７１．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号７に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」という用語は、プライマー対ＰＤＥ１Ｄ７＿フォワード（配列番号８）及びＰＤＥ１Ｄ７＿リバース（配列番号９）によって生成することができ、プローブ配列番号１０によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【００９９】
「ＡＺＧＰ１」という用語は、アルファ−２−糖タンパク質１−亜鉛結合性遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１１８５．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＡＺＧＰ１転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＡＺＧＰ１ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１１７６．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１２に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＡＺＧＰ１」という用語は、プライマー対ＡＺＧＰ１＿フォワード（配列番号１３）及びＡＺＧＰ１＿リバース（配列番号１４）によって生成することができ、プローブ配列番号１５によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１００】
「ＦＢＬＮ１」という用語は、フィビュリン１の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１９９６．３、ＮＭ＿００６４８５．３、ＮＭ＿００６４８６．２及びＮＭ＿００６４８７．２で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のフィビュリン１転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号１６、１７、１８及び１９に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、フィビュリン１ポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１９８７．２、ＮＰ＿００６４７６．２、ＮＰ＿００６４７７．２及びＮＰ＿００６４７８．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号２０、２１、２２及び２３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＦＢＬＮ１」という用語は、プライマー対ＦＢＬＮ１＿フォワード（配列番号２４）及びＦＢＬＮ１＿リバース（配列番号２５）によって生成することができ、プローブ配列番号２６によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１０１】
「ＩＬＫ」という用語は、インテグリン連結キナーゼ遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１０１４７９４．２、ＮＭ＿００１０１４７９５．２、ＮＭ＿００１２７８４４１．１、ＮＭ＿００１２７８４４２．１及びＮＭ＿００４５１７．３で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のインテグリン連結キナーゼ転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号２７、２８、２９、３０及び３１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、インテグリン連結キナーゼポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１０１４７９４．１、ＮＰ＿００１０１４７９５．１、ＮＰ＿００１２６５３７０．１、ＮＰ＿００１２６５３７１．１及びＮＰ＿００４５０８．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号３２、３３、３４、３５及び３６に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＩＬＫ」という用語は、プライマー対ＩＬＫ＿フォワード（配列番号３７）及びＩＬＫ＿リバース（配列番号３８）によって生成することができ、プローブ配列番号３９によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１０２】
「ＫＲＴ１５」という用語は、ケラチン１５の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００２２７５．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＫＲＴ１５転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号４０に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＫＲＴ１５ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００２２６６．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号４１に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＫＲＴ１５」という用語は、プライマー対ＫＲＴ１５＿フォワード（配列番号４２）及びＫＲＴ１５＿リバース（配列番号４３）によって生成することができ、プローブ配列番号４４によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１０３】
「ＭＥＩＳ２」という用語は、Ｍｅｉｓホメオボックス２、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１２２０４８２．１、ＮＭ＿００２３９９．３、ＮＭ＿１７０６７４．４、ＮＭ＿１７０６７５．４、ＮＭ＿１７０６７６．４、ＮＭ＿１７０６７７．４、ＮＭ＿１７２３１５．２及びＮＭ＿０２０１４９．２で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のＭＥＩＳ２転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号４５、４６、４７、４８、４９、５０、及び／又は５１に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＭＥＩＳ２ポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１２０７４１１．１、ＮＰ＿００２３９０．１、ＮＰ＿７３３７７４．１、ＮＰ＿７３３７７５．１、ＮＰ＿７３３７７６．１、ＮＰ＿７３３７７７．１、ＮＰ＿７５８５２６．１及びＮＰ＿７５８５２７．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９及び／又は６０に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＭＥＩＳ２」という用語は、プライマー対ＭＥＩＳ２＿フォワード（配列番号６１）及びＭＥＩＳ２＿リバース（配列番号６２）によって生成することができ、プローブ配列番号６３によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１０４】
「ＭＹＢＰＣ１」という用語は、ミオシン結合タンパク質Ｃ、遅型、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１２５４７１８．１、ＮＭ＿００１２５４７１９．１、ＮＭ＿００１２５４７２０．１、ＮＭ＿００１２５４７２１．１、ＮＭ＿００１２５４７２２．１、ＮＭ＿００１２５４７２３．１、ＮＭ＿００２４６５．３、ＮＭ＿２０６８１９．２、ＮＭ＿２０６８２０．２及びＮＭ＿２０６８２１．２で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のＭＹＢＰＣ１転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号６４、６５、６６，６７、６８、６９、７０、７１、７２及び／又は７３に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＭＹＢＰＣ１ポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１２４１６４７．１、ＮＰ＿００１２４１６４８．１、ＮＰ＿００１２４１６４９．１、ＮＰ＿００１２４１６５０．１、ＮＰ＿００１２４１６５１．１、ＮＰ＿００１２４１６５２．１、ＮＰ＿００２４５６．２、ＮＰ＿９９６５５５．１、ＮＰ＿９９６５５６．１及びＮＰ＿９９６５５７．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２及び／又は８３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＭＹＢＰＣ１」という用語は、プライマー対ＭＹＢＰＣ１＿フォワード（配列番号８４）及びＭＹＢＰＣ１＿リバース（配列番号８５）によって生成することができ、プローブ配列番号８６によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１０５】
「ＰＡＧＥ４」という用語は、Ｐ抗原ファミリー、メンバー４の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００７００３．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＰＡＧＥ４転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号８７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＰＡＧＥ４ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００８９３４．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号８８に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＰＡＧＥ４」という用語は、プライマー対ＰＡＧＥ４＿フォワード（配列番号８９）及びＰＡＧＥ４＿リバース（配列番号９０）によって生成することができ、プローブ配列番号９１によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１０６】
「ＳＲＤ５Ａ２」という用語は、ステロイド５−アルファ−レダクターゼ２の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿０００３４８．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＳＲＤ５Ａ２転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号９２に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＳＲＤ５Ａ２ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿０００３３９．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号９３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＳＲＤ５Ａ２」という用語は、プライマー対ＳＲＤ５Ａ２＿フォワード（配列番号９４）及びＳＲＤ５Ａ２＿リバース（配列番号９５）によって生成することができ、プローブ配列番号９６によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１０７】
「ＣＯＬ１Ａ１」という用語は、コラーゲン、Ｉ型、アルファ１の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００００８８．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＣＯＬ１Ａ１転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号９７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＣＯＬ１Ａ１ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００００７９．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号９８に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＣＯＬ１Ａ１」という用語は、プライマー対ＣＯＬ１Ａ１＿フォワード（配列番号９９）及びＣＯＬ１Ａ１＿リバース（配列番号１００）によって生成することができ、プローブ配列番号１０１によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１０８】
「ＣＯＬ３Ａ１」という用語は、コラーゲン、ＩＩＩ型、アルファ１遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００００９０．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＣＯＬ３Ａ１転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１０２に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＣＯＬ３Ａ１ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００００８１．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１０３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＣＯＬ３Ａ１」という用語は、プライマー対ＣＯＬ３Ａ１＿フォワード（配列番号１０４）及びＣＯＬ３Ａ１＿リバース（配列番号１０５）によって生成することができ、プローブ配列番号１０６によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１０９】
「ＣＯＬ５Ａ２」という用語は、コラーゲン、Ｖ型、アルファ２の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿０００３９３．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＣＯＬ５Ａ２転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１０７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＳＲＤ５Ａ２ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿０００３８４．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１０８に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＣＯＬ５Ａ２」という用語は、プライマー対ＣＯＬ５Ａ２＿フォワード（配列番号１０９）及びＣＯＬ５Ａ２＿リバース（配列番号１１０）によって生成することができ、プローブ配列番号１１１によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１１０】
「ＩＮＨＢＡ」という用語は、インヒビン、ベータＡ遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００２１９２．２で定義される配列、より好ましくは、上記のＩＮＨＢＡ転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１１２に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＩＮＨＢＡポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００２１８３．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１１３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＩＮＨＢＡ」という用語は、プライマー対ＩＮＨＢＡ＿フォワード（配列番号１１４）及びＩＮＨＢＡ＿リバース（配列番号１１５）によって生成することができ、プローブ配列番号１１６によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１１１】
「ＴＨＢＳ２」という用語は、トロンボスポンジン２の遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００３２４７．３で定義される配列、より好ましくは、上記のＴＨＢＳ２転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１１７に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＴＨＢＳ２ポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００３２３８．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１１８に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＴＨＢＳ２」という用語は、プライマー対ＴＨＢＳ２＿フォワード（配列番号１１９）及びＴＨＢＳ２＿リバース（配列番号１２０）によって生成することができ、プローブ配列番号１２１によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１１２】
「ＶＣＡＮ」という用語は、バーシカン遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１１２６３３６．２、ＮＭ＿００１１６４０９７．１、ＮＭ＿００１１６４０９８．１及びＮＭ＿００４３８５．４で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のＶＣＡＮ転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号１２２、１２３、１２４及び１２５に記載される１つ又は複数のヌクレオチド配列に関し、また、ＶＣＡＮポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１１１９８０８．１、ＮＰ＿００１１５７５６９．１、ＮＰ＿００１１５７５７０．１及びＮＰ＿００４３７６．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１２６、１２７、１２８及び１２９に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＶＣＡＮ」という用語は、プライマー対ＶＣＡＮ＿フォワード（配列番号１３０）及びＶＣＡＮ＿リバース（配列番号１３１）、によって生成することができ、プローブ配列番号１３２によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１１３】
「ＢＮＧ」という用語は、ビグリカン遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１７１１．４で定義される配列、より好ましくは、上記のＢＮＧ転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、配列番号１３３に記載されるヌクレオチド配列に関し、また、ＢＮＧポリペプチドをコードする、ＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１７０２．１で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１３４に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＢＮＧ」という用語は、プライマー対ＢＮＧ＿フォワード（配列番号１３５）及びＢＮＧ＿リバース（配列番号１３６）によって生成することができ、プローブ配列番号１３７によって検出することができるアンプリコンにも関する。
【０１１４】
「ＢＩＲＣ５」という用語は、バーシカン遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００１０１２２７０．１、ＮＭ＿００１０１２２７１．１及びＮＭ＿００１１６８．２で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のＢＩＲＣ５転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号１３８、１３９及び１４０に記載される１つ又は複数のヌクレオチド配列に関し、また、ＢＩＲＣ５ポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１０１２２７０．１、ＮＰ＿００１０１２２７１．１及びＮＰ＿００１１５９．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１４１、１４２、及び１４３に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＢＩＲＣ５」という用語は、プライマー対ＢＩＲＣ５＿フォワード（配列番号１４４）及びＢＩＲＣ５＿リバース（配列番号１４５）によって生成することができ、プローブ配列番号１４６によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１１５】
「ＤＹＲＫ２」という用語は、バーシカン遺伝子、好ましくは、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿００３５８３．３及びＮＭ＿００６４８２．２で定義される配列の１つ又は複数、より好ましくは、上記のＤＹＲＫ２転写物のＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅの配列に対応する、それぞれ配列番号１４７及び１４８に記載される１つ又は複数のヌクレオチド配列に関し、また、ＤＹＲＫ２ポリペプチドをコードする、それぞれＮＣＢＩ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００３５７４．１及びＮＰ＿００６４７３．２で定義されるタンパク質配列に対応する、配列番号１４９及び１５０に記載される対応するアミノ酸配列にも関する。「ＤＹＲＫ２」という用語は、プライマー対ＤＹＲＫ２＿フォワード（配列番号１５１）及びＤＹＲＫ２＿リバース（配列番号１５２）によって生成することができ、プローブ配列番号１５３によって検出することができるアンプリコン（１つ又は複数）にも関する。
【０１１６】
他の実施形態では、ＰＣＰＩシグネチャーは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ７の代わりにＰＤＥ４Ｄを含む１８種の遺伝子一覧であり得る、又は、残りの１７種の遺伝子を含み得る。したがって、好ましい実施形態では、ＰＣＰＩシグネチャーは、上記の１７種の遺伝子を含み、ＰＤＥ４Ｄ５もＰＤＥ４Ｄ７も含まない１７種の遺伝子一覧であり得る。
【０１１７】
別の実施形態では、本発明は、ヒト前立腺がん組織試料から定量的に抽出されたＲＮＡに関して測定することができる１９種の個々の遺伝子の組合せで構成される遺伝子発現予後シグネチャーを提供する。これらの特徴を単一のデータモデル（＝ＰＣＰＩ−＞前立腺がん進行指数）に組み合わせることにより、前立腺がんの進行を予測するための分類力の有意な改善がもたらされる。これらの１９種の遺伝子、又は１７種の遺伝子、１８種の遺伝子又は５７種の遺伝子のいずれかを使用する実施形態では、本発明で言及されるＰＣＰＩを、試料において前立腺がんを診断し、患者の個々の病状及び予測される疾患の発達を予後判定する方法に使用し、また、ＰＣＰＩにより、患者を、該当する場合、好ましい治療又は療法に個別に層別化及び／又は同定するための方法におけるパラメータがもたらされる。ＰＣＰＩパラメータに基づいて、例えば、腫瘍が高悪性度前立腺がんに進行する素因又は可能性を決定することができる。例えば、腫瘍の分析において得られるＰＣＰＩが規定のカットオフ（又は閾値）レベルよりも高い場合、上記の腫瘍が高悪性度の形態に進行する確率も高くなり、逆もまた同じである。
【０１１８】
したがって、本明細書に記載の方法に従って分析される腫瘍試料の分類ステップは、過去の特定の時点（例えば、前立腺がんと最初に診断される前）で得られた試料と、それよりも後の段階で得られた試料の間でＰＣＰＩ値を比較することを含む。上記の後の段階で腫瘍試料の分析において得られたＰＣＰＩが規定の閾値又はカットオフよりも高ければ、このパラメータを高悪性度前立腺がんへの進行の指標として使用することができる。
【０１１９】
カットオフは、進行があった患者群又は進行がなかった患者群を含む参照データセットに基づいて規定することができる。カットオフは、進行があった患者又は進行がなかった患者の分類に関しては、例えば、７０％、８０％、８５％、９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％感受性に設定することができる。好ましい実施形態では、カットオフは、９０％感受性に設定することができる。
【０１２０】
当然、患者の予後を確立する方法、患者を適切な治療の群に層別化するための方法においてもＰＣＰＩを使用することができ、その助けにより、医師が特定の治療が適切でない、療法が（まだ）必要でない、又は患者の全体的な健康状態を考慮して療法がもはや必要ないという結論を出す。
【０１２１】
したがって、本発明の実施形態は、前立腺がんに関して臨床的に意義のあるマーカー遺伝子（又は配列）発現パターン（又は「プロファイル」又は「シグネチャー」）の同定及び使用に関する。マーカー遺伝子発現プロファイルは、核酸発現、タンパク質発現、又は他の発現形式のいずれに具体化されるかにかかわらず、前立腺がんを患っている対象の前立腺がん再発及び／又は生存を予測するために使用することができる。特に、高悪性度疾患若しくは低悪性度疾患を有する患者の同定／分類に使用される本明細書に記載の前立腺がん進行プロファイル（ＰＣＰＩ）の確立において、マーカー遺伝子を使用する。
【０１２２】
本出願に関しては、「最初の診断」という表現は、本発明による方法のうちの１つが実施され、ＰＣＰＩが算出された日に先立つ、最初の又はその後の診断を指す。例えば、最初の診断は前立腺組織材料が初めて分析された、好ましくは前立腺がんと診断される前の患者について、確立することができる。
【０１２３】
本出願に関しては、「最初の診断後の所定の期間」という用語は、約６カ月、１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１５年若しくは２０年又はそれ超の期間を含む。本出願に関しては、「新しく診断された前立腺がんを有する患者」という表現は、この患者から初めて取得した試料中の前立腺がん細胞の存在が確認される又はその疑いが生じる生化学的値、臨床的値又はＰＣＰＩ値を有すると診断された個体を指す。
【０１２４】
本出願に関しては、「前立腺がんに対する一次治療」という表現は、前立腺がんを治療するための任意の公知の方法、すなわち、外科手術、化学療法、生物製剤を用いた治療、放射線療法などを指す。
【０１２５】
本出願に関しては、「生物製剤を用いた治療」という表現は、成長、増殖、維持、又は前立腺がん細胞に使用される任意の他の代謝経路に関係づけられる生体分子をｉｎ  ｖｉｖｏ並びにｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて特異的に阻害する又は遮断する又は中和するモノクローナル抗体又はその誘導体、又はそのペプチド若しくは断片を用いて前立腺がんを治療することを指す。確立された標的を対象とするモノクローナル抗体としては、固形腫瘍に関して承認されたもの、例えば、トラスツズマブなどの抗ヒトＥＧＦＲ２モノクローナル抗体、セツキシマブ及びパニツムマブなどの抗ＥＧＦＲ抗体、並びに抗血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）モノクローナル抗体ベバシズマブなどが挙げられる。
【０１２６】
本出願に関しては、「生化学的再発」という表現は、例えば、試料中の前立腺がん細胞の存在を示す、ＰＳＡの上昇という再発生物学的値を指す。しかし、存在の検出に使用することができる又はそのような存在の疑いが生じる他のマーカーを使用することも可能である。
【０１２７】
本出願に関しては、「臨床的再発」という用語は、例えばグリーソンスコアを使用して測定される臨床徴候又は臨床的値が存在することを指す。
【０１２８】
本出願に関しては、「疾患が進行しやすい前立腺がんの素因」という表現は、試料が調査された患者に高悪性度前立腺がんが発生する、すなわち、診断された前立腺がんの、例えば前立腺切除、化学療法及び／又は放射線療法による一次治療後に、リンパ節及び骨における転移の形成などの高悪性度成長の潜在性を有する前立腺がん細胞が再出現する可能性の指標をもたらす、測定可能な有意なパラメータ（例えば、ＰＣＰＩ）を指す。
【０１２９】
本出願に関しては、「前立腺がんを有する患者の予後を決定するためのコンピュータにより実行される方法」という表現とは、分析される患者について、ソフトウェアアルゴリズムによってＰＣＰＩを算出し、それに基づいて予後判定をもたらす方法を指し、この方法では、本明細書で言及される遺伝子の遺伝子発現レベルを測定し、それを上記の方程式を使用してＰＣＰＩに変換することで得られる生のデータを使用する。
【０１３０】
本出願に関しては、診断、予後判定、高悪性度前立腺がんの発生又は進行についての素因の同定、前立腺がんに罹患している又は一次治療後に前立腺がんの再発が生じている患者の同定のための方法は、本発明による方法のいずれかにおいて得られる結果に基づいて、適切な治療レジメンを用いて治療することができる。したがって、例えば、予後判定が、この型のがんについての素因を決定する結果に基づいて、患者に高悪性度前立腺がんが発生するというものである場合、医師は、外科手術、化学療法、放射線療法、ホルモン療法又はこれらの組合せなどの、前立腺がんを治療するために利用可能な療法のいずれかを使用するか否かを決定することができる。
【０１３１】
本発明による方法は、ＰＣＰＩを活用して情報の提供も行い、それに基づいて、患者を外科手術、化学療法、放射線療法に供するべきか否か、又は、さらなる生検を実施するかどうかを決定することができる。したがって、ＰＣＰＩは、個別化された診断、予後判定の確立における重要なパラメータであり、高悪性度前立腺がんについての素因を有する患者を同定すること、又は当該患者を最も適した療法に関して層別化することを可能にするものである。診断又は予後を確立するため、及び本明細書で考察されている患者を同定又は層別化するために、ＰＣＰＩを他の手段及び方法と組み合わせて使用することもできる。したがって、本発明は、上記の前立腺がんに特異的な療法又は治療であって、患者に対して最も適切ながん治療を選択することを目的として、任意的に他の診断方法又は予後判定方法と組み合わせたＰＣＰＩに基づいて、そのような療法に対して適格であると同定された患者の治療に使用するための、上記の前立腺がんに特異的な療法又は治療にも関する。例えば、同定若しくは診断された患者又は本発明による方法を使用して予後が確立され、ＰＣＰＩが対照試料と比較して高い患者の治療では、リンパ節の完全な除去が選択肢になり得る。
【０１３２】
最初の臨床的診断後に前立腺切除による治療を受けた患者に関する本発明の実施形態では、本発明は、前立腺がん再発、がん転移、及び／又はＰＳＡレベルの上昇の再発の可能性又は素因を予測する方法を包含する。
【０１３３】
本発明の別の実施形態は、前立腺がんに関連する予後情報をもたらすものである、試料中のマーカー遺伝子（又は配列）発現プロファイルを同定し、次いで、それを使用する方法に関する。発現プロファイルは、がん再発、がん転移、及び／又は生存の転帰が良好である患者と不良である患者で相関する（したがって、それらを識別することができる）。
【０１３４】
本発明の実施形態では、前立腺がんを患っている患者における、がん再発及び／又は転移に関連するマーカー遺伝子発現プロファイル同定するための方法が提供される。
【０１３５】
本発明のさらなる実施形態では、例えば前立腺切除、化学療法、放射線療法などの後の、患者についての可能性が高い転帰を決定するために、患者由来の前立腺がん細胞における遺伝子発現解析を含む試料中のマーカー遺伝子（又は配列）発現を、同定された発現プロファイル、ＰＣＰＩと比較する方法が提供される。本発明のこれらの実施形態の別の態様では、前立腺がんを治療するために、例えば、外科手術が患者に有益である可能性が高いかどうか、又は、患者にとって別の型の治療の方が良いか、若しくは外科手術に加えてアジュバント治療が必要かどうかを予測するために、得られた情報を有利に使用することができる。根治的前立腺切除などの外科手術が有益である可能性が高い患者は、本明細書に開示されている患者の前立腺試料の発現プロファイルに基づいて、外科手術後にがん再発及び／又は転移がないとして選択され得る。さらなる実施形態では、外科手術が有益でないと予測され得る患者は、本明細書に開示されている患者の前立腺がん細胞の発現プロファイルにより、外科手術後にがん転移が発生すると予測される患者である。例として、前立腺がんの再発は同じ位置におけるものであり得るが、転移は、頻繁に、リンパ節又は骨などの異なる位置又は組織へのものである。本発明の別の実施形態は、患者を、前立腺がん細胞を有する若しくは前立腺切除後の患者の集団から、別の亜集団と比較してより良好ながん再発及び／若しくは生存の転帰（例えば、再発若しくは転移のリスクがより低いなど）を有する患者の亜集団に属するとして、又は、別の亜集団と比較してより不良ながん再発及び／若しくは生存の転帰（例えば、再発若しくは転移のリスクの上昇など）を有する亜集団に属するとして同定するための方法に関する。したがって、本発明の方法は、患者を亜集団又は亜型に層別化することを可能にするものである。
【０１３６】
本発明の方法は、前立腺がんを有する、任意的に前立腺切除後の患者を、本明細書に開示されているＰＣＰＩについてアッセイすることにより、より良好又は不良ながん再発、がん転移、及び／又は生存の転帰を有する可能性があるとして同定するための実施形態に関する。低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患についての素因、及び／又は、前立腺がん患者、又は前立腺切除前の患者若しくは前立腺切除後の患者、又は異なる療法による治療を受けている前立腺がん患者の治療を決定するために、患者から得た試料の主観的解釈（例えば、免疫組織化学染色及び主観的分析に基づくものなど）が以前に使用されている可能性がある場合、本発明は、生存及びがんの再発若しくは転移を含めた、患者の転帰のより正確な評価をもたらすために、単独で又は他の（主観的及び／又は客観的）基準と組み合わせて使用することができる、発現パターンを反映する客観的な指数を導入する。したがって、本発明のマーカー遺伝子発現パターンの解析に基づく方法は、前立腺がん、若しくは、前立腺切除前若しくは前立腺切除後の予後を検出／診断するため、又は、より一般的には、一次治療前若しくは一次治療後の高悪性度疾患若しくは低悪性度疾患のいずれかの素因を決定するための手段を含む。
【０１３７】
ＰＣＰＩは、前立腺がんのステージ、又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の前立腺がんのステージを有意な正確度で識別することができる、１つ超のマーカー遺伝子、又は発現配列の解析に基づく。目的のマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又は発現配列（１つ又は複数）の発現レベル（１つ又は複数）は転帰と相関して同定され、したがって、発現レベル（１つ又は複数）は、患者の好ましい治療プロトコールの決定と関連する。したがって、本発明は、任意的に前立腺切除前若しくは前立腺切除後の、前立腺がんを患っている対象の転帰を、上記の患者由来のがん細胞を含有する疑いがある前立腺試料を患者の転帰と相関する発現レベルについて本明細書において開示されている方法に従ってアッセイすることによって決定するための方法に関する実施形態を包含する。本発明の別の実施形態では、対象患者における前立腺がん再発及び／又は転移のリスクを決定するための方法が開示される。
【０１３８】
本発明の方法では、患者由来の前立腺がん細胞を含む疑いがある試料を、本明細書に開示されているマーカー遺伝子の発現レベルについて解析する。集計したマーカー遺伝子の発現レベルを前立腺がん細胞の集団におけるその発現レベル（１つ又は複数）の平均値又は中央値と比較することができる。次いで、この評価を使用して、ＰＣＰＩを使用する際に試料を得た対象における前立腺がん再発及び／又は転移のリスクを決定することができる。開示されている遺伝子（又は発現配列）の発現レベルは、がん再発及び／又は転移のリスクが低いこと、又はがん再発及び／又は転移のリスクが高いことと相関する。
【０１３９】
違うように言うと、本明細書に開示されている個々のマーカー遺伝子（又は発現配列）は、より高いレベル又はより低いレベルで発現され（前立腺がん細胞集団における正規化された発現値と比較して）、したがって、偏差は、以前に前立腺がんと診断された患者、任意的に、特に前立腺がんに対する治療をすでに受けている患者、又は新規に診断された患者における、低悪性度のがんと対比して高悪性度のがんの発生のより高い又はより低いリスク又は素因と相関する。
【０１４０】
一部の実施形態では、発現レベルについてのアッセイは、本明細書に開示されているマーカー遺伝子を特異的に認識する、選択された核酸プローブを使用することによって実施することができる。これらのプローブは、本明細書に開示されている発現配列と適切な条件下でハイブリダイズし、それを検出するものである。本発明の実施形態では、プローブを使用して、発現されたマーカー（遺伝子）配列から増幅された配列の領域を検出することができる。
【０１４１】
マーカー（遺伝子）配列の発現レベルの検出又は決定は、発現プロファイル又はシグネチャーの検出又は決定と称することができる。開示されたマーカー遺伝子配列を含む本発明の発現パターンを同定し、本明細書に記載の通り使用する。それらを同定するために、ｍＲＮＡの発現レベルを数量化することによって、前立腺がん細胞を含有する試料中の遺伝子発現レベルの広範な試料採取を得る。一実施形態では、本発明は、マーカー遺伝子（又は配列）発現レベルを、単純な生検によって可能な範囲を超えて混入細胞から解離させた又は他のやり方で単離若しくは精製した単一の細胞又は均一な細胞集団からの遺伝子発現を解析することによって検出することを包含する。多数の遺伝子の発現は、異なる患者に由来する細胞間で、並びに同じ患者試料に由来する細胞間で上下するので、個々の遺伝子配列の発現からの多数のデータを参照データとして使用してモデルを生成し、それにより今度は、発現が、特定の前立腺がん、若しくは、前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰と相関する、又は、患者を、低悪性度のがんと対比して高悪性度のがんについての素因に応じて分類することを可能にする、個々の遺伝子及び配列を同定することが可能になる。これらの方法では、特許請求の範囲において及び本出願全体を通して参照される目的のマーカー遺伝子を使用して、遺伝子発現レベルを上で定義されているＰＣＰＩに変換することが好ましい。
【０１４２】
本発明に従って、次いで、これらのモデルにおける種々の遺伝子のマーカー遺伝子発現レベルを解析して、発現が前立腺がん又は前立腺がん治療後の転帰と正に又は負に相関する核酸配列を同定する。
【０１４３】
本発明の好ましい実施形態は、本明細書に記載の転帰と相関すると同定される、細胞における発現されたマーカー遺伝子配列のサブセットの同定に基づく。本発明の発現パターン又はプロファイルは、ＰＣＰＩに変換される、これらの同定されたマーカー配列（又は遺伝子）の組合せを含む。発現配列を同定するために多数の試料を使用することにより、遺伝子が前立腺がん再発、転移、及び／又は生存の転帰と相関すると考えられる信頼度が増大する。信頼度が十分でないと、特定の遺伝子が転帰と実際に相関するかどうかが予測不可能なままになり、同様に、前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の対象又は患者についての転帰を同定するために遺伝子の発現を首尾よく使用することができるかどうかも予測不可能なままになる。同定された、開示されている目的のマーカー遺伝子（又は発現配列）に対応する核酸配列を、評価のために、その予測性について検出又は評価される発現プロファイルとして選択することができる。
【０１４４】
ある転帰と、別の転帰よりも高度に相関する発現レベルのプロファイル又はＰＣＰＩを、対象又は患者由来の前立腺がん細胞含有試料のアッセイに使用して、試料を得た対象の転帰を予測することができる。そのようなアッセイは、同定された転帰に基づいて上記の対象に対する治療的処置を決定するための方法の一部として使用することができる。この相関により、本明細書に開示されている前立腺がん再発、がん転移、及び／又は生存の転帰の分子決定がもたらされる。理論に束縛されることなく、本発明の理解を改善するために提供するものとして、開示されている分子決定は、前立腺血清抗原（ＰＳＡ）レベルの決定などの、前立腺がんに関連する他の分子指標よりも強力なものである。相関づけられた発現パターン及びプロファイルの追加的な使用は、細胞及び組織の分類；診断及び／又は予後の決定；及び療法の決定及び／又は変更における使用である。
【０１４５】
識別能は、関連性のある個々のマーカー遺伝子配列の発現を同定することにより付与され、実際の発現のレベルを決定するために使用されるアッセイの形式によって付与されるのではない。本発明の方法は、「トランスクリプトーム」（ゲノム内の遺伝子の転写される画分）におけるマーカー遺伝子配列（１つ又は複数）の発現を定量的又は定性的に反映する。前立腺がん細胞含有試料の性質は、限定されず、新鮮な組織、新鮮に凍結された組織、及びホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織などの固定された組織を、開示されている方法において使用することができる。一部の実施形態では、試料は、針（コア）生検試料又は他の生検試料であってよい。
【０１４６】
同定された発現パターン又はＰＣＰＩシグネチャーを検出するために、本発明の実施形態は、単純な生検で可能な範囲を超えて混入細胞から解離させた又は他のやり方で単離若しくは精製した単一の細胞又は均一な細胞集団から全体的又はほぼ全体的な遺伝子発現データを収集することによって遺伝子（又は配列）発現パターンを検出することを含む。次いで、パターン又はプロファイルでのマーカー遺伝子（配列）の発現レベルを検出する又は他のやり方で測定する。他の実施形態では、方法は、他の遺伝子又は配列の発現に関する評価又は他の決定を伴わずに、プロファイルでの遺伝子（配列）の発現レベルの検出又は測定のみを行うものであり得る。
【０１４７】
さらなる態様では、発現レベルの解析を、前立腺がんに関する他の評価又は指標と組み合わせて又はその代わりに実施することができる。一部の実施形態では、解析を、対象由来の前立腺がん細胞を含む試料中の前立腺がんのグレードを決定する方法と組み合わせて行う。他の実施形態では、組合せは、試料中の前立腺がんのステージを決定する方法との組合せである。第３の可能性は、対象におけるＰＳＡレベルを、任意的に、前立腺がん細胞を単離するために使用される手順の前に検出又は決定することとの組合せである。当然、これらの代表例のうちの任意の１つ、２つ、又は３つ全てとの組合せが可能である。１つ超の型の評価を使用する場合には必ず、結果は多変量解析である。本発明は、多変量実施形態として本明細書に記載されている評価の、全ての可能性のある組合せを明白に含む。
【０１４８】
一般に、当業者に公知の、前立腺がんのグレード及び／又はステージを評価するための任意の許容される方法を使用することができる。一部の場合では、前立腺がんのグレードを決定する方法は、グリーソンスコア（又はグリーソングレード）の決定を含む。他の場合では、前立腺がんのステージを決定する方法は、前立腺がんのステージを評価するためのＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ）腫瘍ステージ分類システムに従った決定を含む。また、本明細書に記載の通り、遺伝子（配列）発現レベルの解析は、グリーソンスコア若しくはＡＪＣＣ腫瘍ステージ決定のいずれかの代わりに又はグリーソンスコア若しくはＡＪＣＣ腫瘍ステージ決定のいずれかと組み合わせて実施することができる。ＰＳＡレベルの場合には、その評価は、本明細書に記載の任意の方法において使用するための前立腺がん細胞を含む試料をもたらすために使用される前立腺切除の前に行うことができる。
【０１４９】
さらなる実施形態では、本発明は、本明細書に開示されている遺伝子（又は配列）の発現を検出するための物理的及び方法論的手段を包含する。これらの手段は、遺伝子（又は配列）、遺伝子（又は配列）を発現させるための中間体として使用されるＲＮＡ、又は遺伝子（又は配列）によって発現されるタンパク質産物の発現の基礎をなすＤＮＡ鋳型（１つ又は複数）の１つ又は複数の態様をアッセイすることを対象とするものであり得る。
【０１５０】
本発明は、ヒト前立腺がんに関して主に記載されているが、前立腺がんを潜在的に患っていることが分かっている任意の動物の前立腺がんに関して実施することができる。本発明の適用のための動物の非限定的な例は、哺乳動物、特に、農業への適用において重要な哺乳動物（例えば、これだけに限定されないが、ウシ、ヒツジ、ウマ、及び他の「農場動物」など）、前立腺がんの動物モデル、及びヒトにとってのコンパニオン動物（例えば、これだけに限定されないが、イヌ及びネコなど）である。
【０１５１】
遺伝子発現「パターン」又は「プロファイル」又は「シグネチャー」及び対応する算出されたＰＣＰＩは、その発現が、転帰間を区別することができることと相関する、２つ又はそれ超の前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後のがん再発、転移、及び／又は生存の転帰の間での目的の遺伝子（発現配列）の相対的な発現量を指す。
【０１５２】
「遺伝子」又は「発現配列」とは、ＲＮＡであるかタンパク質性であるかにかかわらず、別個の産物をコードし、検出可能な様式で発現するポリヌクレオチドである。１つ超のポリヌクレオチドが別個の産物をコードすることができ得ることが理解される。この用語は、同じ産物をコードする遺伝子又は発現配列の対立遺伝子及び多型、又は染色体上の位置及び正常な有糸分裂の間に組み換えられる能力に基づいて機能的に関連する（機能の獲得、喪失、又は調節を含む）その類似体を包含する。
【０１５３】
「相関する」又は「相関」という用語又はその等価物は、２種以上の遺伝子の発現と、本明細書に記載の方法を使用することによって同定される１つ又は複数の他の状態を除外した前立腺細胞の生理的な状態との間の関連を指す。遺伝子は、より高いレベル又はより低いレベルで発現され得、なお、１つ又は複数の前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の状態又は転帰と相関し得る。
【０１５４】
本明細書で使用される場合、その発現が解析される「マーカー遺伝子」又は「マーカー遺伝子配列」は、本発明に関しては、目的の遺伝子（ＧＯＩ）とも称され得る。
【０１５５】
本発明の複数の実施形態では、所与のマーカー遺伝子（又は発現配列）の発現の強度を正規化して（例えば、比較的一定のレベルで発現する参照遺伝子の発現に対して、又は、入手可能な試料全てにわたってＧＯＩの発現を測定し、発現値を正規化する）、マーカー遺伝子発現シグネチャー（例えば、ＰＣＰＩ）及び他のパラメータ、例えば、臨床的なデータの相関分析のための正規化された値又はスコアをもたらす。多くの場合、当業者に公知の通り、さらなる使用の前に発現データを正規化し、中央値を中心に置き、ｌｏｇ変換した後に、例えばクラスタリング及び判別分析において使用する。１つ超の発現レベルを使用する場合（遺伝子発現プロファイル又は指数、例えばＰＣＰＩの場合と同様に）、値又はスコアを合計し、次いで、集計値として、相関を評価する又は相関に基づいて分類を行うために解析することができる。
【０１５６】
「ポリヌクレオチド」は、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドのいずれかのヌクレオチドの任意の長さのポリマーの形態である。この用語は、分子の一次構造のみを指す。したがって、この用語は、二本鎖ＤＮＡ及びＲＮＡ並びに一本鎖ＤＮＡ及びＲＮＡを包含する。この用語はまた、当技術分野で公知の標識、メチル化、「キャップ」、天然に存在するヌクレオチドの１つ又は複数の類似体での置換、及び、非荷電連結（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）などのヌクレオチド間修飾を含めた公知の型の修飾、並びにポリヌクレオチドの非修飾形態も包含する。
【０１５７】
「増幅する」という用語は、広範な意味で使用され、増幅産物の創出を、ＤＮＡ又はＲＮＡポリメラーゼを用いて酵素的に行うことができることを意味する。「増幅」とは、本明細書で使用される場合、一般に、所望の配列、特に試料の所望の配列の多数のコピーを作製するプロセスを指す。「多数のコピー」とは、少なくとも２コピーを意味する。「コピー」は、必ずしも鋳型配列との完全な配列相補性又は同一性を意味するものではない。ＧＯＩの配列を同定するために、当技術分野で公知の任意の配列決定方法をさらに使用することが可能である。
【０１５８】
「対応する」という用語は、適切な場合には、核酸分子が別の核酸分子と実質的な量の配列同一性を共有することを指し得る。実質的な量とは、少なくとも９５％、通常は少なくとも９８％、より通常は少なくとも９９％を意味し、配列同一性は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０年）、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、２１５巻：４０３〜４１０頁に記載されているＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して決定される（公開されたデフォルト設定、すなわち、パラメータｗ＝４、ｔ＝１７を使用する）。ｍＲＮＡを増幅するための方法は、一般に、当技術分野で公知であり、それらとして、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、並びに、全てがこれによってその全体が完全に記載されたものと同じく参照により組み込まれる、米国特許出願第１０／０６２，８５７号（２００１年１０月２５日出願）並びに米国仮特許出願第６０／２９８，８４７号（２００１年６月１５日出願）及び同第６０／２５７，８０１号（２０００年１２月２２日出願）に記載されているものが挙げられる。使用することができる別の方法は、定量的ＰＣＲ（又はＱ−ＰＣＲ）である。あるいは、当技術分野で公知の方法によってＲＮＡを対応するｃＤＮＡとして直接標識することができる。
【０１５９】
「Ｃｑ値」という用語は、ｑＲＴ−ＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）において、測定される蛍光が初めてバックグラウンド蛍光と交差するＰＣＲサイクル数を定義する。
【０１６０】
「マイクロアレイ」は、一般に、例えば、これだけに限定されないが、ガラス、プラスチック、又は合成膜などの固体支持体の表面上に形成された、それぞれが規定の面積を有する別個の領域の直線状又は２次元アレイである。マイクロアレイ上の別個の領域の密度は、例えば、一部の実施形態では、少なくとも約５０／ｃｍ２、少なくとも約１００／ｃｍ２、少なくとも約５００／ｃｍ２であるが約１，０００／ｃｍ２未満など、単一の固相支持体の表面上に固定化される、検出されるポリヌクレオチドの総数によって決定される。アレイは、全部で約５００個未満、約１０００個未満、約１５００個未満、約２０００個未満、約２５００個未満、又は約３０００個未満の固定化されたポリヌクレオチドを含有し得る。本明細書で使用される場合、ＤＮＡマイクロアレイは、試料由来の増幅又はクローニングされたポリヌクレオチドとのハイブリダイズに使用されるチップ又は他の表面に配置されたオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドのアレイである。アレイ内の特定のポリヌクレオチドの群のそれぞれの位置は分かっているので、試料ポリヌクレオチドのマイクロアレイ内への特定の位置への結合に基づいて、それらの同一性を決定することができる。
【０１６１】
本発明は、過剰発現又は過少発現される遺伝子（又は発現配列）の同定に依拠するので、本発明の一実施形態は、試料細胞のｍＲＮＡ、又はその増幅若しくはクローニングされたバージョン（例えば、ＤＮＡ又はｃＤＮＡなど）の特定の遺伝子配列に独特であるポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによって発現を決定することを伴う。この型のポリヌクレオチドは、他の遺伝子配列においては見いだされない、遺伝子配列の少なくとも約２０、少なくとも約２２、少なくとも約２４、少なくとも約２６、少なくとも約２８、少なくとも約３０、又は少なくとも約３２の連続した塩基対を含有し得る。前の文で使用されている「約」という用語は、規定された数値から１の増加又は減少を指す。他の実施形態は、他の遺伝子配列においては見いだされない、遺伝子配列の少なくとも又は約５０、少なくとも又は約１００、少なくとも約又は１５０、少なくとも又は約２００、少なくとも又は約２５０、少なくとも又は約３００、少なくとも又は約３５０、又は少なくとも又は約４００塩基対のポリヌクレオチドを使用することができる。前の文で使用されている「約」という用語は、規定された数値から１０％の増加又は減少を指す。そのようなポリヌクレオチドは、本明細書に記載の遺伝子の配列又はその独特の一部とハイブリダイズすることが可能なポリヌクレオチドプローブとも称され得る。多くの場合、ハイブリダイゼーション条件は、約３０％ｖ／ｖ〜約５０％ホルムアミド、及びハイブリダイゼーションのために約０．０１Ｍから約０．１５Ｍまでの塩、及び約５５〜約６５℃以上の洗浄条件又はそれと同等の条件のために約０．０１Ｍから約０．１５Ｍまでの塩という、ストリンジェントな条件である。
【０１６２】
他の実施形態では、本発明において使用するためのポリヌクレオチドプローブは、発現が決定されるマーカー遺伝子配列に対して約９５％又は９５％、約９６％又は９６％、約９７％又は９７％、約９８％又は９８％、又は約９９％又は９９％の同一性を有し得る。同一性は、上記のＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して決定される。これらのプローブはまた、本発明の方法において使用される、発現されるマーカー遺伝子と、上記のストリンジェントな条件又はそれと同等の条件下でハイブリダイズする能力に基づいて記載することもできる。
【０１６３】
多くの場合、配列は、マーカー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡ、そのようなｍＲＮＡの対応するｃＤＮＡ、及び／又はそのような配列の増幅されたバージョンの配列である。本発明の一部の実施形態では、ポリヌクレオチドプローブを、プローブが局在するアレイ、他のデバイス、又は個々のスポット上に固定化する。
【０１６４】
本発明に従って使用することができる適切な標識としては、放射性同位元素、ヌクレオチド発色団、酵素、基質、蛍光分子、化学発光部分、磁気粒子、生物発光部分などが挙げられる。そのように、標識は、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、電気的手段、光学的手段又は化学的手段によって検出可能な任意の組成物である。「支持体」という用語は、例えば、ビーズ、粒子、ディップスティック、線維、フィルター、膜及びシラン又はケイ酸塩支持体、例えばガラススライドなどの従来の支持体を指す。
【０１６５】
本明細書で使用される場合、「前立腺組織試料」又は「前立腺がん細胞試料」とは、前立腺がんを患っている個体などの個体から単離された前立腺組織の試料を指す。試料は、根治的前立腺切除などの前立腺切除によって取り出された材料であり得る。あるいは、試料は、針（コア）生検、又は、側方生検、従来の６カ所生検手法、拡大技法として６カ所生検と側方生検の異なる組合せ、経直腸超音波ガイド前立腺生検、及び当業者に公知のその他の生検などの他の生検技法などの他の手段によって得られる。そのような試料は、最初に単離し（培養細胞とは対照的に）、当技術分野において認められている任意の適切な手段によって採取することができる。一部の実施形態では、「試料」は、これだけに限定されないが、外科生検を含めた、浸潤性の方法によって採取することができる。試料は、公知の方法又は当業者により望ましいと考えられる他の適切な方法によって単離される前立腺腫瘍細胞を含有し得る。単離方法としては、これだけに限定されないが、本発明に従った使用前の、マイクロダイセクション、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）、又はレーザー  マイクロダイセクション（ＬＭＤ）が挙げられる。「発現」及び「遺伝子発現」は、核酸材料の転写及び／又は翻訳を含む。本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語及びその同語族は、それらの包括的な意味で使用される；すなわち、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及びその対応する同語族という用語と同等である。
【０１６６】
事象が起こることを「可能にする」条件、又は、例えばハイブリダイゼーション、鎖伸長などの事象が起こるのに「適した」条件、又は「適した」条件は、そのような事象が起こるのを妨げない条件である。したがって、これらの条件は、事象を増強する、容易にする、及び／又は促すことを可能にするものである。そのような条件は、当技術分野で公知であり、本発明に記載されており、例えば、ヌクレオチド配列の性質、温度、及び緩衝液条件に依存する。これらの条件はまた、ハイブリダイゼーション、切断、鎖伸長又は転写などのどんな事象が望まれるかにも依存する。
【０１６７】
「検出」は、遺伝子発現及びその変化の直接的な検出及び間接的な検出を含めた、任意の検出手段を含む。例えば、「検出可能により少ない」産物は、直接的又は間接的に観察することができ、この用語は、任意の減少（検出可能なシグナルが存在しないことを含む）を示す。同様に、「検出可能により多い」産物は、直接的に観察されるか間接的に観察されるかにかかわらず、任意の増加を示す。
【０１６８】
「前立腺切除」とは、外科医などの熟練臨床医による前立腺組織の除去を指す。非限定的な例として、根治的前立腺切除；開放性（従来の）前立腺切除（会陰部を通じた切開を伴う）；腹腔鏡下前立腺切除；及びロボット（神経温存）前立腺切除が挙げられる。
【０１６９】
「グリーソンスコア」とは、前立腺がんの試料の、訓練された病理医による、前立腺組織の試料の細胞の、がん性組織又は正常な前立腺組織との類似性に基づいて１から５までの数を使用したグリーソンスコアを割り当てるグリーソン系に従ったグレード分類を指す。正常な前立腺組織と非常によく似た組織には１というスコア又はグレードが与えられ、正常な特徴を欠き、細胞が前立腺中にでたらめに拡散していると思われる組織には、５というスコア又はグレードが与えられる。包括的に２から４までのスコア又はグレードは、これらの可能性の中間の特徴を有する。しかし、前立腺がんはスコア又はグレードが異なる領域を有する可能性があるので、組織の大部分を構成する２つの領域に別々のスコア又はグレードが与えられる。２つのスコア又はグレードを合算して２から１０の間のグリーソンスコア（又はグリーソン合計）を得る。
【０１７０】
本明細書で言及されるマーカー遺伝子の発現レベルは、臨床本明細書に記載の転帰と相関し、したがって、本明細書に記載の予測因子として使用することができる。ｈｔｔｐ：／／ｃｓｂｉ．ｌｔｄｋ．  Ｈｅｌｓｉｎｋｉ．ｆｉ／ａｎｄｕｒｉｌ／ｔｃｇａ−ｇｂｍ／ｔａｂｌｅ４＿２．ｈｔｍｌにおいて概説されている通り、同定された遺伝子は種々の細胞機能に関与することが報告されている。本発明の実施形態の基礎をなす方法では、これらのデータは、その内容がこれにより参照により組み込まれるＷＯ２０１０１３１１９４及びＷＯ２０１０１３１１９５に記載されている通り、推定される予後判定遺伝子マーカーＰＤＥ４Ｄ７と相関した。本発明に関しては、有意な相関が示された分子経路を下流の解析のために選択した（図２）。
【０１７１】
本発明の複数の実施形態では、マーカー遺伝子発現パターン（又はＰＣＰＩ）は、外科手術前又は外科手術後のＰＳＡレベル、グリーソンスコア及びｐＴステージと相関し得る。プロファイルにより、グリーソンスコアが６以下である試料と７である試料をＰＳＡ不良の低リスクと高リスクに層別化することもできる。公知の予後因子を用いた多変量解析では、プロファイルは、統計的に有意（ｐ＜０．０５）なままである唯一の予測因子である。したがって、生検時のプロファイルの検出、又は前立腺切除の間に取り出された組織におけるプロファイルの検出により、低悪性度がんと高悪性度がんを区別することが可能になる。
【０１７２】
したがって、本発明の実施形態は、対象における前立腺がんの生存及び再発転帰を識別する（又はそれと相関する）遺伝子発現パターン（又はプロファイル又は「シグネチャー」）の同定及び使用に関する。そのようなパターンは、正常な又は他の非がん性細胞とは対照的に前立腺がん細胞を反映する、前立腺がんの病態に関して通常の技術を有する病理医によって精査されたものなどの、いくつもの参照細胞試料又は組織試料を使用することにより、本発明の方法によって決定することができる。試料が由来する対象に生じる転帰を発現データと相関づけて、転帰と相関するパターンを同定することができる。全体的な遺伝子発現プロファイルは、人によって、がんによって、及びがん細胞によって異なるので、本明細書に開示されている通り、発現又は過少発現されるある特定の細胞及び遺伝子間の相関づけを行って、前立腺がんの転帰間を識別することが可能な遺伝子を同定することができる。
【０１７３】
本発明の実施形態では、前立腺がん（又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後）の生存、転移、又は再発の転帰と有意に相関する遺伝子を使用して転帰間を識別する。パターン又は指標により、モデルにおいて識別に使用される遺伝子の発現に基づいて、未知の試料の分類を予測することができる。
【０１７４】
本発明の実施形態では、前立腺がん又は前立腺切除／一次治療前若しくは前立腺切除／一次治療後の転帰と相関して発現されるマーカー遺伝子（配列）により、遺伝子発現解析を、対象を異なる転帰に層別化することを可能にするこれらの遺伝子のみに焦点を当てたものにすることができる。
【０１７５】
当業者には理解されるように、発現パターン（及びＰＣＰＩ）は、前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の異なる転帰を識別するために高度に有用であり、当業者が容易に実施して、これらの遺伝子の発現レベルに基づいて未知の試料のステータスを予測するための上記のモデルの生成を可能にすることができる。
【０１７６】
本発明の実施において遺伝子（発現配列）の（上方制御又は下方制御される）発現レベル決定するために、当技術分野で公知の任意の方法を利用することができる。一部の実施形態では、同定され、本明細書に開示されている遺伝子（又はプローブ配列）とハイブリダイズするＲＮＡの検出に基づく発現を使用する。これは、例えば、これだけに限定されないが、ＲＮＡ配列決定、逆転写−ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ、米国特許出願第１０／０６２，８５７号（２００１年１０月２５日出願）並びに米国仮特許出願第６０／２９８，８４７号（２００１年６月１５日出願）及び同第６０／２５７，８０１号（２０００年１２月２２日出願）に開示されている方法、並びに、ＲＮＡ安定化又は不安定化配列の存在、又は不在を検出する方法などの、当技術分野において公知である又は同等であると認められる任意のＲＮＡ検出又は増幅＋検出方法によって容易に実施される。
【０１７７】
あるいは、ＤＮＡのステータスの検出に基づく発現を使用することができる。特定の前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰と相関して発現が低下する遺伝子に対して、メチル化される又は欠失すると同定された遺伝子のＤＮＡの検出を使用することができる。これは、これだけに限定されないが、Ｑ−ＰＣＲを含めた、当技術分野で公知のＰＣＲに基づく方法によって容易に実施することができる。
【０１７８】
逆に、特定の前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰と相関して発現が上方制御される遺伝子に対しては、増幅されると同定された遺伝子のＤＮＡの検出を使用することができる。これは、当技術分野で公知である、ＰＣＲに基づく方法、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）法及び染色体ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法によって容易に実施することができる。
【０１７９】
個々の試料／患者について、例えば、ＰＣＰＩの算出に加えて、タンパク質レベル又は活性の存在、上昇、又は低下の検出に基づく発現も使用することができる。検出は、当技術分野で公知であり、タンパク質の検出に適すると認められている任意の免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）に基づく方法、血液に基づく方法（特に分泌タンパク質に対して）、抗体（タンパク質に対する自己抗体を含む）に基づく方法、細胞の（がんからの）剥離に基づく方法、質量分析に基づく方法、及び画像（標識されたリガンドの使用を含む）に基づく方法によって実施することができる。抗体に基づく方法及び画像に基づく方法は、さらに、非侵襲的手順（例えば、洗浄又は針穿刺吸引など）によって得た細胞を使用することによってがんが決定された後、がん性細胞の供給源が未知である場合に、腫瘍の場所を突き止めるために有用である。標識された抗体又はリガンドを、患者内の癌腫（１つ又は複数）の場所を突き止めるために使用することができる。
【０１８０】
発現を決定するための、核酸に基づくアッセイの使用に関する本発明の実施形態は、本明細書においてポリヌクレオチドとして同定されるマーカー遺伝子の１つ又は複数の配列を、これだけに限定されないが、当技術分野で公知のアレイのような固体基材又はビーズ若しくはビーズに基づく技術を含めた固体支持体に固定化することによって実現される。一部の実施形態では、アッセイは、Ｉｌｌｕｍｉｎａから入手可能なＤＡＳＬ（ｃＤＮＡ媒介性アニーリング、選択、伸長及びライゲーション）アッセイである。あるいは、当技術分野で公知の溶液に基づく発現アッセイも使用することができる。固定化されるポリヌクレオチドプローブは、開示されている遺伝子（又は発現配列）に対して独特又は他の点で特異的であり得、したがって、当該ポリヌクレオチドは、遺伝子（又は発現配列）に対応するＤＮＡ又はＲＮＡとハイブリダイズすることができる。これらのポリヌクレオチドは、全長の遺伝子（又は発現配列）であってもよいし、又は、任意的にそれらの遺伝子（又は発現配列）に対応するコグネイトＤＮＡ又はＲＮＡとのハイブリダイゼーションが影響を受けないように最小限の割り込みを有する（例えば、ミスマッチ又は非相補的塩基対の挿入によって）より長さが短い（当技術分野で公知の全長配列よりも、配列の５’末端又は３’末端からの欠失によって最大１ヌクレオチド短い）プローブであってもよい。多くの実施形態では、ポリヌクレオチドプローブは、開示されている遺伝子又は発現配列の３’末端由来の配列を含有する。開示されている遺伝子の配列と比較して突然変異を含有するポリヌクレオチドプローブも、突然変異が存在してもなお、検出可能なシグナルを生じるハイブリダイゼーションが可能である限りは、使用することができる。固定化されたポリヌクレオチドを使用して、試料の対象（例えば試料を得た患者）の転帰が未知である又は転帰の確認が試料の対象にすでに割り当てられている、試料前立腺細胞（１つ又は複数）から調製した核酸試料の状態を決定することができる。本発明を限定することなく、そのような細胞は、前立腺切除によって取り出された材料などの、前立腺がんの患者に由来するものであってよい。固定化されたポリヌクレオチド（１つ又は複数）は、試料に由来する対応する核酸分子と適切な条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分であることだけが必要とされる。１種のみの相関遺伝子の発現により、２つの前立腺がん転帰の識別において適切な正確度をもたらすことができるが、本発明は、１種超の遺伝子又は発現配列からの発現レベルの使用を包含する。具体的には、実施例の節（下記）で言及される１７種、１８種、１９種の遺伝子（発現配列）のセット、又は５７種の遺伝子（発現配列）のセットを使用する。
【０１８１】
一部の実施形態では、試料前立腺がん細胞（１つ又は複数）に由来する核酸を、適切なプライマー（例えば、ＰＣＲにおいて使用するものなど）を使用することによって優先的に増幅し、したがって、解析される遺伝子のみを増幅して、試料中の他の発現遺伝子又は配列からの混入バックグラウンドシグナルを低減することができる。本発明のＰＣＲアンプリコンのサイズは、全て、使用するＰＣＲプライマーと相補的な部分を含め、少なくとも若しくは約５０個、少なくとも若しくは約１００個、少なくとも約又は１５０個、少なくとも若しくは約２００個、少なくとも若しくは約２５０個、少なくとも若しくは約３００個、少なくとも若しくは約３５０個、又は少なくとも若しくは約４００個の連続したヌクレオチドを含めた任意のサイズであってよい。当然、ＰＣＲは、任意的に、逆転写カップリングＰＣＲ（若しくはＲＮＡ出発材料の場合ではＲＴ−ＰＣＲ）又はリアルタイムＰＣＲなどの定量的ＰＣＲ、又はこれらの組合せであってよい。当然、本明細書に記載されている試料由来のＲＮＡは、当業者には容易に分かる手段によって調製及び使用することができる。あるいは、多数の遺伝子を解析する場合又は非常に少数の細胞（又は１つの細胞）を使用する場合、例えばアレイ又はマイクロアレイ上などに固定化されるポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションの前に、試料由来の核酸を全体的に増幅させることができる。当然、ＲＮＡ、又はそのｃＤＮＡ対応物を、当技術分野で公知の方法により、増幅せずに、直接標識し、使用することができる。本明細書に記載されているマーカー遺伝子を検出するための方法の好ましい実施形態は、ＲＮＡ配列決定である。
【０１８２】
本発明は、前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰を識別（又は詳細に説明）し、低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患についての素因の予測を可能にするための、マーカー遺伝子の別個のセットの遺伝子発現プロファイルの形態であるより客観的な基準のセットを提供する。一部の実施形態では、アッセイを使用して、約６カ月以内、約１年以内、約２年以内、約３年以内、約４年以内、約５年以内、約７年以内、約１０年以内、約１５年以内又はさらに後の、より良好な転帰とより不良の転帰を識別する。
【０１８３】
より良好ながん再発、転移及び／又は生存の転帰とより不良のがん再発、転移及び／又は生存の転帰は、互いと比較して相対的に定義することができるが、「良好な」転帰又は「予後良好」は、前立腺がん腫瘍（１つ又は複数）を除去するための外科的介入の約６０カ月後に、５０％の可能性のがん再発及び／又は５０％の可能性の生存よりも良好なものとみなすことができる。「良好な」転帰又は「予後良好」はまた、外科的介入の約６０カ月後に、約６０％、約７０％、約８０％又は約９０％のがん再発及び／又は生存の可能性よりも良好でもあり得る。「より不良の」転帰／予後判定は、前立腺がん腫瘍（１つ又は複数）を除去するための外科的介入の約６０カ月後に、５０％以上の可能性のがん再発及び／又は５０％未満の可能性の生存とみなすことができる。本発明によるＰＣＰＩ及び方法は、患者を上記の予後判定を有する患者に分類するのに役立つ。
【０１８４】
開示されている方法は、固形組織材料を用いて使用することもできる。例えば、固体生検材料を採取し、可視化のために調製し、その後、本明細書において同定される２種以上の遺伝子又は発現配列の発現を決定して、前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰を決定することができる。１つの手段は、上記の遺伝子（１つ又は複数）の発現をアッセイするためにポリヌクレオチド同定プローブ（１つ又は複数）を用いたｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを使用することによるものである。
【０１８５】
一部の実施形態では、試料からの遺伝子発現の検出は、便益及び正確度のために、本明細書に開示されている遺伝子の一部又は全部からの遺伝子発現をアッセイすることができる単一のマイクロアレイを使用することによるものであり得る。
【０１８６】
本発明の他の使用は、さらなる研究又は試験のために、前立腺がん細胞試料を特定の前立腺がんの生存又は再発の転帰と相関すると同定する能力をもたらすことを含む。これにより、客観的な遺伝学的基準又は分子基準に基づく細胞の同定が必要とされる多くの状況において、特定の利点がもたらされる。
【０１８７】
本発明の方法において使用するための材料は、周知の手順に従って作製されるキットの調製に適するものであることが理想的である。したがって、本発明は、前立腺がん又は前立腺切除前若しくは前立腺切除後の転帰を同定するための開示されている遺伝子及び配列の発現を検出するための薬剤を含むキットを提供する。そのようなキットは、任意的に、薬剤を、同定用の説明若しくは標識又は本発明の方法におけるそれらの使用に関する説明書と共に含む。そのようなキットは、それぞれが、例えば、予め制作されたマイクロアレイ、緩衝液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ；又はｒＡＴＰ、ｒＣＴＰ、ＲＧＴＰ及びＵＴＰ）、逆転写酵素、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、及び１つ又は複数の本発明のプライマー複合体（例えば、ＲＮＡポリメラーゼと反応性のプロモーターと連結した適切な長さのポリ（Ｔ）又はランダムプライマー）を含めた、方法において利用される種々の試薬（一般には、濃縮された形態で）の１つ又は複数を伴う容器を含んでよい。説明書のセットも一般に含まれる。
【０１８８】
本発明により提供される方法は、全体的に又は部分的に自動化することもできる。本発明の全ての態様を実施することもでき、したがって、細胞含有試料を介した前立腺がん再発、転移、及び／又は生存の転帰の同定とは無関連の材料を除外して、開示されている遺伝子のサブセットから本質的になる。
【０１８９】
本発明の方法に関しては、患者における前立腺がんを診断するため、患者における前立腺がんを同定するため、及び前立腺がん患者についての予後を確立するため、低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患が発生する素因を決定するため、及び前立腺がん患者を層別化するために、ＰＣＰＩを使用し、したがって、決定は、治療にあたる医師が、仮にするとして、患者をどのように治療するべきかに基づいて行うことができる。ＰＣＰＩを、上記の目的のために唯一のパラメータとして使用することもでき、医師にさらなる支持をもたらすために他の公知の診断方法、予後判定方法、又は層別化方法と組み合わせて使用することもできる。
【０１９０】
「前立腺がんを診断する」とは、本明細書で使用される場合、本発明のＧＯＩ（１つ又は複数）の発現レベルが、上で定義されている対照レベルと比較して、好ましくは上で定義されている正常対照レベルと比較して、上方制御されるか又は下方制御され、したがって、ＰＣＰＩが対照組織において見いだされるＰＣＰＩよりも有意に高い／それとは異なる場合に、患者又は個体を前立腺がんに罹患しているとみなすことができることを意味する。「診断する」という用語は、その比較プロセスを通じて到達した結論も指す。
【０１９１】
本発明の別の実施形態では、診断は、追加的ながんバイオマーカー、特に前立腺がんバイオマーカーの発現レベルの解明と組み合わせることができる。いくつかの特定の前立腺がんバイオマーカーは当業者には公知であろう。例えば、ＰＳＡのようなバイオマーカーの発現を試験することができる。
【０１９２】
前立腺がんは、本発明のＧＯＩの発現レベルが上で定義されている正常対照レベルと比較して上方制御又は下方制御される場合、及びＰＣＰＩが（対照材料を用いて得られるものよりも有意に高い）場合、診断されるとみなすことができる。
【０１９３】
さらに好ましい実施形態では、本明細書で言及されるＧＯＩの発現レベルが、試験試料において、対照レベル、好ましくは正規化された対照レベルと比較して、２０％〜８０％の値、好ましくは、３０％、４０％、５０％、６０％又は７０％の値で上方制御又は下方制御される場合、前立腺がんが診断された又は低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患が発生する素因が決定されたとみなすことができる。対照レベルは、上で定義されている正常対照レベル又はがん性対照レベルのいずれであってもよい。特に好ましい実施形態では、上で定義されている発現レベルが、試験試料において、対照レベル、具体的には健康な組織若しくは良性前立腺腫瘍と比較して、又は非常に好ましくは同じ患者の最初の診断時の前立腺がん組織と比較して、１．５〜１０倍、好ましくは２〜５倍、上方制御又は下方制御される場合、前立腺がんが診断された又は低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患が発生する素因が決定されたとみなすことができる。
【０１９４】
「前立腺がんを検出する」という用語は、本明細書で使用される場合、生物における前立腺がん疾患若しくは障害の存在を決定することができること、又は、そのような疾患若しくは障害を生物において同定することができることを意味する。前立腺がん疾患又は障害の決定又は同定は、本発明のＧＯＩの発現レベルと上で定義されている正常対照レベルを比較することによって、又はＰＣＰＩを決定することによって実現することができる。前立腺がんは、ＧＯＩの発現レベルが、上で定義されている正常対照レベルと比較して上方制御又は下方制御される場合に検出することができる。本発明の好ましい実施形態では、前立腺がんは、ＧＯＩの発現レベルが、確立された、例えば独立に確立された、前立腺がん細胞若しくは細胞株、例えば、前立腺がん細胞株、又は上記の細胞株の発現レベルと同様である場合に検出することができる。
【０１９５】
「前立腺がんをモニタリングする」及び「疾患が進行しやすい前立腺がんの素因を有する対象を同定する」（すなわち、低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患の同定）という用語は、本明細書で使用される場合は、例えば、治療手順の間若しくはその後又はある特定の期間の間若しくはその後、一般には、２カ月、３カ月、４カ月、６カ月、１年、２年、３年、５年、１０年、又は任意の他の期間にわたる、一次治療の開始若しくは終了の間若しくはその後の、診断又は検出された前立腺がん疾患又は障害への付随に関する。「付随」という用語は、上で定義されている病態又はＰＣＰＩ、特にこれらの病態又はＰＣＰＩの変化を、試料中の本発明のＧＯＩの発現レベルを、上で定義されている正常対照レベル、好ましくは良性腫瘍対照若しくは健康な対照に由来する対照の発現レベルと、又は、確立された、例えば独立に確立された、前立腺がん細胞若しくは細胞株、例えば、前立腺がん細胞株、若しくは細胞株の発現レベルと、任意の型の周期的な時間セグメント、例えば、毎週、２週間毎、毎月、２カ月毎、３カ月毎、４カ月毎、５カ月毎、６カ月毎、７カ月毎、８カ月毎、９カ月毎、１０カ月毎、１１カ月毎又は１２カ月毎、１．５年毎、２年毎、３年毎、４年毎、５年毎、６年毎、７年毎、８年毎、９年毎又は１０年毎に、任意の期間、例えば、それぞれ２週間、３週間、１月、２月、３月、４月、５月、６月、７月、８月、９月、１０月、１１月、１２カ月年、１．５年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１５年又は２０年の間、比較することによって検出することができることを意味する。追加的な対照レベルを生じさせる、確立された、例えば独立に確立された、前立腺がん細胞若しくは細胞株は、がん発達の異なるステージ、例えば、ＴＮＭ分類体系のステージ０及びＩ〜ＩＶに対応する試料に由来するものであってよい。本発明の好ましい実施形態では、この用語は、診断された前立腺がん、例えば悪性ホルモン感受性前立腺がんへの付随に関する。モニタリングは、追加的な遺伝子又は遺伝因子、例えば、ＧＡＰＤＨ又はＰＢＧＤのようなハウスキーピング遺伝子の発現の検出も含み得る。本発明は、高悪性度前立腺がんが発生する可能性が高い患者を同定するために、本明細書全体を通して開示されているＰＣＰＩを使用して本明細書において開示されているシグネチャー遺伝子の変化を同定することを目的として患者をモニタリングする方法にも関する。次いで、これらの患者を、本明細書全体を通して記載されている通り治療する。
【０１９６】
「（高悪性度）前立腺がんを予後判定する」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、ある特定の期間、治療の間又は治療の後の、診断又は検出された高悪性度前立腺がんの経過又は転帰を予測することを指す。この用語は、疾患からの生存又は回復の可能性の決定、並びに患者の予測される生存の予測も指す。予後判定は、具体的には、６カ月、１年、２年、３年、５年、１０年又は任意の他の期間などの将来の期間の患者の生存の可能性を確立することを伴う。
【０１９７】
「前立腺がんへの進行」及び「高悪性度（低悪性度と対比して）前立腺がんへの進行」という用語は、本明細書で使用される場合は、がん発達の異なるステージ、例えば、ＴＮＭ分類のステージ０及びＩ〜ＩＶ、又は健康な状態から開始して悪性ホルモン感受性又は悪性ホルモン抵抗性前立腺がんに至るまでの任意の他のステージ若しくはサブステージの間の切り換えに関する。一般には、そのような切り換えには、試験試料において、同じ個体由来の以前の試験試料と比較して、例えば、良性前立腺腫瘍対照又は健康な組織対照に由来する試料と比較して、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルの変化及び本明細書で使用される異なるＰＣＰＩが伴う。上で定義されているＰＣＰＩを算出するために使用されるＧＯＩの発現レベルが、試験試料において、同じ個体由来の試験試料中の遺伝子発現値から算出された以前のＰＣＰＩと比較して、例えば、３％〜５０％の値、好ましくは１０％、１５％、２０％又は２５％の値、異なる場合、高悪性度前立腺がんへの進行が検出又は診断されたとみなすことができる。変化は、任意の期間にわたって、好ましくは１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１．５年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１５年又は２０年にわたって検出することができる、すなわち、上記の値は、マーカー遺伝子（１つ又は複数）若しくはＧＯＩの発現レベル又はＰＣＰＩを第１の時点と上記の期間後の第２の時点とで比較することによって算出することができる。
【０１９８】
本発明の特に好ましい実施形態では、「前立腺がんへの進行」という用語は、健康な状態又は良性前立腺腫瘍の状態から悪性前立腺がんの状態への切り換えに関する。上で定義されているＰＣＰＩが、試験試料において、健康であると診断された、以前の同じ個体由来の試験試料と比較して、２０％〜５０％の値、好ましくは２０％、２５％、３０％又は３５％の値、高い場合、健康な状態から前立腺がんの状態への進行が検出又は診断されたとみなすことができる。あるいは、他の個体由来の試験試料、例えば、健康な個体の試験試料との比較を使用することができる。発現に関する利用可能なデータベース情報の使用又はがん細胞採取試料などの使用も想定される。
【０１９９】
上で定義されているＰＣＰＩが、試験試料において、良性前立腺腫瘍に罹患していると診断された、以前の同じ個体由来の試験試料と比較して３％〜３０％の値、好ましくは５％、１０％、１５％、又は２０％の値、高い場合、良性前立腺腫瘍の状態から悪性前立腺がんの状態への進行が検出又は診断されたとみなすことができる。あるいは、他の個体由来の試験試料、例えば、良性前立腺腫瘍に罹患していると診断された個体の試験試料との比較を使用することができる。発現に関する利用可能なデータベース情報の使用又はがん細胞採取試料などの使用も想定される。
【０２００】
変化は、任意の期間にわたって、好ましくは、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１．５年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１５年又は２０年にわたって検出することができる、すなわち、上記の値は、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルを、第１の時点と上記の期間後の第２の時点とで比較することによって算出することができる。
【０２０１】
さらなる実施形態では、本発明は、前立腺がんが発生する素因の診断及び検出に関する。「（高悪性度）前立腺がんが発生する素因」とは、本発明に関しては、（高悪性度）前立腺がんが発生するリスクの状態である。好ましくは、高悪性度前立腺がんが発生する素因は、ＧＯＩの発現レベル又は上で定義されているＰＣＰＩが、本明細書で定義されている対照レベル、すなわち、明らかに健康な患者の組織又は試料、又は前立腺がんと最初に診断される前に得た患者の試料又は組織に由来する参照発現レベル又は参照ＰＣＰＩと有意に異なる、したがって、同様にがん性組織における遺伝子発現に基づいて算出されたＰＣＰＩが対照試料について得られたＰＣＰＩよりも高い場合に存在し得る。したがって、上記の状況が観察された場合、高悪性度前立腺がんについての素因が診断又は検出されたとみなすことができる。
【０２０２】
一般に、及び同様にＰＣＰＩの確立において、試験生体試料の発現レベルと対照レベルの差異を、別の対照核酸、例えば、細胞のがん性状態又は非がん性状態に応じて発現レベルが異ならないことが公知であるハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することができる。例示的な対照遺伝子としては、とりわけ、β−アクチン、グリセルアルデヒド３−リン酸脱水素酵素（ＧＡＰＤＨ）、ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ（ＰＢＧＤ）などが挙げられる。
【０２０３】
本発明に関しては、「診断する」及び「予後判定する」という用語は、予測及び可能性分析も包含するものとする。したがって、パラメータとしてのＰＣＰＩは、疾患に対するサーベイランスなどの治療介入又は診断基準を含めた治療モダリティにかかわる決定において臨床的に使用される。本発明に従って、患者の状態の調査の中間結果を提供することができる。そのような中間結果を追加的な情報と組み合わせて、医師、看護師、又は他の実践者が疾患に罹患している患者を診断するのを補助することができる。あるいは、本発明は、患者由来の組織におけるがん性細胞を検出し、医師に、疾患に罹患している患者を診断するための有用な情報を提供するために使用することができる。
【０２０４】
本発明に従って、診断、モニタリングされる、又は、前立腺がん、低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんへの進行若しくは低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんについての素因が検出若しくは予後判定される患者又は個体は、動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。前立腺がんの低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんへの進行を診断、検出、モニタリング又は予後判定するためのマーカーとしてのＰＣＰＩに加えて、当業者に公知の分子イメージングツール、例えば、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）及び／又は磁気光子共鳴画像法（ＭＰＩ）技術及び／又は多パラメータＭＲＩ（ｍｐＭＲＩ）技術の使用。
【０２０５】
別の態様では、本発明は、個体における前立腺がん又は前立腺がんへの進行又は前立腺がんについての素因を診断、検出、モニタリング又は予後判定するための組成物に関する。本発明による組成物は、ＧＯＩ発現産物（１つ又は複数）に対する核酸親和性リガンドを含み得る。
【０２０６】
「ＧＯＩ発現産物に対する核酸親和性リガンド」という用語は、本明細書で使用される場合、ＧＯＩ転写物に特異的に結合することができる核酸分子を指す。核酸親和性リガンドはまた、ＧＯＩ配列、又は上記の配列の任意の断片と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列にも特異的に結合することができる。
【０２０７】
「発現産物」という用語は、本明細書で使用される場合、ＧＯＩの転写物又はＧＯＩの発現によって生成するｍＲＮＡ分子を指す。この用語は、上で定義されているプロセシングされた転写物に関することがより好ましい。
【０２０８】
本発明の組成物は、例えば、ＧＯＩ発現産物に特異的なオリゴヌクレオチドのセット及び／又はＧＯＩ発現産物に特異的なプローブを含む。「ＧＯＩ発現産物に特異的なオリゴヌクレオチド」という用語は、本明細書で使用される場合、ＧＯＩのセンス鎖又はアンチセンス鎖と相補的なヌクレオチド配列を指す。
【０２０９】
オリゴヌクレオチドは、ＧＯＩ又はその相補物の配列から導き出せる、当業者に公知の任意の適切な長さ及び配列を有し得る。一般には、オリゴヌクレオチドは、８ヌクレオチドから６０ヌクレオチドの間、好ましくは１０ヌクレオチドから３５ヌクレオチドの間の長さ、より好ましくは１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３ヌクレオチドの長さを有し得る。オリゴヌクレオチド配列、例えば、ＧＯＩ発現産物に特異的なフォワードプライマー及びリバースプライマーとして使用可能なオリゴヌクレオチドは、当業者に公知のソフトウェアツールを利用して定義することができる。
【０２１０】
「ＧＯＩ発現産物に特異的なプローブ」という用語は、本明細書で使用される場合、本明細書に記載のＧＯＩセンス鎖又はアンチセンス鎖と相補的であるヌクレオチド配列を意味する。
【０２１１】
プローブは、本明細書に記載のＧＯＩの配列から導き出せる、当業者に公知の任意の適切な長さ及び配列を有し得る。一般には、プローブは、６ヌクレオチドから３００ヌクレオチドの間、好ましくは１５ヌクレオチドから６０ヌクレオチドの間の長さ、より好ましくは２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０ヌクレオチドの長さを有し得る。ＧＯＩの発現産物に特異的なプローブ配列は、当業者に公知のソフトウェアツールを利用して定義することができる。
【０２１２】
検出、可視化及び／又は数量化を可能にするために、上記の核酸親和性リガンドを種々のマーカーで標識することもでき、種々のマーカーで標識された二次親和性リガンドによって検出することもできる。これは、発現産物と相互作用することができる親和性リガンドと、又は任意の二次親和性リガンドと、当業者に公知の任意の適切な技法又は方法を使用してコンジュゲートすることができる任意の適切な標識を使用することによって実現することができる。「二次親和性リガンド」という用語は、上で定義されている親和性リガンド（すなわち、２つの相互作用する親和性リガンドを用いる系に関して使用する場合、「一次親和性リガンド」）に結合することができる分子を指す。結合相互作用は、特異的な結合であることが好ましい。
【０２１３】
一次親和性リガンド及び／又は二次親和性リガンドとコンジュゲートすることができる標識の例としては、蛍光色素又は金属（例えば、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、フルオレスカミン）、発色団色素（例えば、ロドプシン）、化学発光化合物（例えば、ルミノール、イミダゾール）及び生物発光タンパク質（例えば、ルシフェリン、ルシフェラーゼ）、ハプテン（例えば、ビオチン）が挙げられる。
【０２１４】
本発明の実施形態では、プローブ、特に上で定義されているＧＯＩ発現産物に特異的なプローブとして使用される核酸親和性リガンドは、６−ＦＡＭ、ＨＥＸ、ＴＥＴ、ＲＯＸ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ又はローダミンのような蛍光標識で標識することができ、及び／又は、同時に、ＴＡＭＲＡ、Ｄａｂｃｙｌ、ブラックホールクエンチャー、ＢＨＱ−Ｉ又はＢＨＱ−２のようなクエンチング標識で標識することができる。種々の他の有用な蛍光及び発色団は、Ｓｔｒｙｅｒ、１９６８年、Ｓｃｉｅｎｃｅ、１６２巻：５２６〜５３３頁に記載されている。親和性リガンドは、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ラクタマーゼ）、放射性同位元素（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓ、１２５Ｉ）又は粒子（例えば、金）で標識することもできる。異なる型の標識を、種々の化学、例えば、アミン反応又はチオール反応を使用して親和性リガンドとコンジュゲートすることができる。しかし、アミン及びチオール以外の反応性基、例えば、アルデヒド、カルボン酸及びグルタミンも使用することができる。
【０２１５】
本発明の特定の実施形態では、組成物は、ＰＣＲ緩衝液、ｄＮＴＰ、ポリメラーゼ、二価カチオン又は一価カチオンのようなイオン、ハイブリダイゼーション溶液、検出用色素、及び、当業者に公知の、上で定義されている検出の性能に必要な任意の他の適切な化合物又は液体のような副成分をさらに含み得る。
【０２１６】
別の態様では、本発明は、上記の通り、個体における、前立腺がん又は低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんへの進行又は低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患についての素因を診断、検出、モニタリング又は予後判定するための組成物を調製するための、上で定義されているＧＯＩ発現産物の核酸の使用に関する。
【０２１７】
好ましい実施形態では、本発明は、上で定義されている、上記の通り、個体における、前立腺がん又は低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんへの進行又は低悪性度疾患と対比して高悪性度疾患についての素因を診断、検出、モニタリング又は予後判定するための組成物を調製するための、ＧＯＩ発現産物に特異的オリゴヌクレオチドのセット及び／又は発現産物に特異的なプローブの使用に関する。
【０２１８】
本発明の好ましい実施形態では、上で定義されている組成物は、診断用組成物である。
【０２１９】
別の態様では、本発明は、前立腺がん又は前立腺がんへの進行又は高悪性度前立腺がんについての素因を検出、診断、モニタリング又は予後判定するための診断用キットであって、ＧＯＩ発現産物に特異的オリゴヌクレオチドのセット、ＧＯＩ発現産物に特異的なプローブを含むキットに関する。
【０２２０】
一般には、本発明の診断用キットは、上で定義されているマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの特異的な検出を可能にする１つ又は複数の薬剤を含有する。診断用キットの薬剤又は成分は、本発明に従って、１つ若しくは複数の容器又は別々の実体に含まれていてよい。薬剤の性質は、キットで意図されている検出方法によって決定される。
【０２２１】
さらに、キットは、キットの較正用に又は内部標準として使用することができる、ある量の公知の核酸分子を含み得る。一般には、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現産物を検出するための診断用キットは、ＰＣＲ緩衝液、ｄＮＴＰ、ポリメラーゼ、二価カチオン又は一価カチオンのようなイオン、ハイブリダイゼーション溶液などのような副成分を含み得る。そのような成分は、当業者には公知であり、実施される検出方法に応じて変動し得る。さらに、キットは、説明書リーフレットを含み得、及び／又は、得られた結果の関連性に関する情報を提供するものであり得る。
【０２２２】
他の態様では、本発明は、例えば、個体における、前立腺がん又は低悪性度前立腺がんと対比して高悪性度前立腺がんへの進行を検出、診断、モニタリング又は予後判定するための方法であって、少なくとも、試料中のマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベルを決定するステップを含む方法に関する。「マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベルを決定する」という用語は、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現産物の存在又は量の決定を指す。したがって、「マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベル」という用語は、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現産物、例えば転写物（１つ又は複数）の存在又は量、及び／又はマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの存在又は量の決定を意味する。マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現産物の存在又は量の決定は、当技術分野で公知の任意の手段によって実現することができる。
【０２２３】
本発明の好ましい実施形態では、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現産物の存在又は量の決定は、核酸の測定によって実現される。したがって、発現レベル（１つ又は複数）は、遺伝子によりコードされるｍＲＮＡの検出を伴う方法によって決定することができる。
【０２２４】
例えば、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）の核酸レベル又はＧＯＩ発現の測定は、試料から得た核酸分子（例えば、ＲＮＡ又はｃＤＮＡ）の精製、その後の、上で定義されている特異的オリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションによって評価することができる。発現レベルの比較は、視覚的に又は適切なデバイスによって実現することができる。ｍＲＮＡ又は発現産物を検出するための方法は、当業者には公知である。
【０２２５】
あるいは、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）の核酸レベル又はＧＯＩ発現は、ＤＮＡアレイ又はマイクロアレイ手法で検出することができる。一般には、試験される患者に由来する試験核酸を処理し、好ましくは蛍光標識で標識する。その後、そのような核酸分子を、本発明のマーカー遺伝子に対応する固定化された捕捉プローブを用いるハイブリダイゼーション手法において使用することができる。マイクロアレイ解析を実行するための適切な手段は、当業者には公知である。
【０２２６】
標準の設定では、ＤＮＡアレイ又はマイクロアレイは、いくつもの遺伝子を検出するための固定化された高密度プローブを含む。アレイ上のプローブは、マーカー遺伝子の配列の１つ又は複数の部分と相補的なものである。一般には、ｃＤＮＡ、ＰＣＲ産物、及びオリゴヌクレオチドがプローブとして有用である。
【０２２７】
ＤＮＡアレイに基づく検出方法又はマイクロアレイに基づく検出方法は、一般には、以下のステップを含む：（１）試料からｍＲＮＡを単離し、任意的に、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、その後、このＲＮＡ又はｃＤＮＡを標識するステップ。ＲＮＡを単離し、それをｃＤＮＡに変換するための方法、及び核酸を標識するための方法は、マイクロアレイ技術に関するマニュアルに記載されている。（２）ステップ１からの核酸をマーカー遺伝子に対するプローブとハイブリダイズさせるステップ。試料由来の核酸を蛍光色素Ｃｙ３（赤色）又はＣｙ５（青色）などの色素で標識することができる。一般に、対照試料は異なる色素で標識する。（３）試料由来の核酸とプローブのハイブリダイゼーションを検出し、試料中の、調査されるマーカー遺伝子のｍＲＮＡの量を、少なくとも定性的に、及びより詳細には、定量的に決定するステップ。試料と対照の間の発現レベルの差異は、シグナル強度の差異に基づいて推定することができる。これらは、例えば、これだけに限定されないが、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘにより提供されるソフトウェアなどの適切なソフトウェアによって測定及び解析することができる。
【０２２８】
ＤＮＡアレイ上にスポットされる、マーカー遺伝子に対応するプローブの使用数に制限はない。また、マーカー遺伝子は、遺伝子の異なる部分にハイブリダイズする２つ又はそれ超のプローブによって表すことができる。プローブは、各選択マーカー遺伝子に対して設計される。そのようなプローブは、一般には、５〜５０ヌクレオチド残基を含むオリゴヌクレオチドである。より長いＤＮＡは、ＰＣＲによって又は化学的に合成することができる。そのようなオリゴヌクレオチドを合成し、それらを基材に適用するための方法は、マイクロアレイの分野において周知である。マーカー遺伝子以外の遺伝子をＤＮＡアレイ上にスポットすることもできる。例えば、アッセイ結果を正規化するため、又は多数のアレイ又は異なるアッセイのアッセイ結果比較するために、発現レベルが有意に変化しない遺伝子に対するプローブをＤＮＡアレイ上にスポットする。
【０２２９】
あるいは、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）の核酸レベル又はＧＯＩ発現は、定量的ＲＴ−ＰＣＲ手法、好ましくはリアルタイムＰＣＲ手法、その後、目的の転写物の逆転写で検出することができる。一般には、第１のステップとして、当業者に公知の任意の適切な方法に従って転写物をｃＤＮＡ分子に逆転写する。その後、上記の通り得られた第１のＤＮＡ鎖に基づいて定量的又はリアルタイムＰＣＲ手法を行うことができる。
【０２３０】
好ましくは、この型の主要なＦＲＥＴに基づくプローブとしてＴａｑｍａｎ又は分子ビーコンプローブを定量的ＰＣＲ検出に使用することができる。どちらの場合でも、プローブは、目的の標的領域を挟む対立するプライマーの対、好ましくは上で定義されているマーカー遺伝子（１つ又は複数）特異的オリゴヌクレオチドのセットと併せて使用される、内部プローブとして機能する。標的セグメントが増幅されると、プローブがプライマー部位の中間の同定配列において産物に選択的に結合することができ、それにより、標的発生頻度の増大と相対的なＦＲＥＴシグナル伝達の増大が引き起こされる。
【０２３１】
好ましくは、本発明に従って定量的ＰＣＲ手法に使用されるＴａｑｍａｎプローブは、両末端がＦＲＥＴ対で標識された、約２２〜３０塩基の、上で定義されている特異的オリゴヌクレオチドを含み得る。一般には、５’末端には、フルオレセイン（例えば、ＦＡＭ）などの、より短い波長のフルオロフォアを持たせ、３’末端は、一般に、より長い波長の蛍光クエンチャー（例えば、ＴＡＭＲＡ）又は非蛍光クエンチャー化合物（例えば、ブラックホール  クエンチャー）で標識する。定量的ＰＣＲに使用されるプローブ、特に上で定義されているプローブは、プローブが分解された後にレポーター蛍光がクエンチされるのを回避するために、５’末端において、レポーター色素に隣接したグアニン（Ｇ）を有さないことが好ましい。
【０２３２】
本発明に従って定量的ＰＣＲ手法に使用される分子ビーコンプローブは、ＦＲＥＴ相互作用を使用してＰＣＲ産物を検出し、数量化するものであることが好ましく、各プローブは、蛍光標識された５’末端及びクエンチャーで標識された３’末端を有する。このプローブ構造のヘアピン又はステムループ立体配置は、２つの短い自己結合性末端を有する幹及び約２０〜３０塩基の長い内部標的特異的領域を有するループを含むことが好ましい。
【０２３３】
同様に本発明に関して使用することができる代替的な検出機構は、ループ構造のみを用いて製作され、短い相補的な幹領域を有さないプローブを対象とする。同様に本発明に関して使用することができる代替的な定量的ＰＣＲのためのＦＲＥＴに基づく手法は、標的上の隣接する部位に結合する２つのハイブリダイゼーションプローブの使用に基づき、ここで、第１のプローブは３’末端に蛍光ドナー標識を有し、第２のプローブはその５’末端に蛍光アクセプター標識を有する。
【０２３４】
さらに別の実施形態では、さらなる追加的なステップとして、がんの存在若しくはステージ又はがんの進行に関する決定は、比較ステップの結果に基づくものであり得る。悪性前立腺がんについてのマーカーとしてマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩに関して上記されている対応する定義に従って、悪性ホルモン感受性前立腺がんを診断又は予後判定することができる又は（高悪性度）前立腺がんへの進行を診断又は予後判定することができる。
【０２３５】
別の実施形態では、本発明は、（高悪性度）前立腺がん又は（高悪性度）前立腺がんへの進行を検出、診断、モニタリング又は予後判定するための方法であって、少なくとも、
（ａ）前立腺がんに罹患している疑いのある少なくとも１個体から得た少なくとも１つの試料を、ＧＯＩ発現産物の発現レベルについて試験するステップ；
（ｂ）少なくとも１つの対照試料において、ＧＯＩ発現産物の発現レベルについて試験するステップ；
（ｃ）ステップ（ａ）及び（ｂ）の発現の差異を決定するステップ；及び
（ｄ）ステップ（ｃ）で得られた結果に基づいて、前立腺がんの存在若しくはステージ又は高悪性度前立腺がんへの進行を決定するステップを含む方法に関する。
【０２３６】
一実施形態では、この診断方法のステップａ）、ｂ）、ｃ）及び／又はｄ）は、ヒト又は動物の体の外で、例えば、患者又は個体から得た試料において実施することができる。
【０２３７】
別の態様では、本発明は、例えば、高悪性度前立腺がん又は高悪性度前立腺がんへの進行を診断、モニタリング又は予後判定するための方法であって、良性と高悪性度前立腺がんとを識別するものであり、
（ａ）マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベルを決定するステップ、
（ｂ）試料中の参照遺伝子の発現レベルを決定するステップ、
（ｃ）測定されたマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルを参照遺伝子の発現に対して正規化するステップ、及び
（ｄ）正規化された発現レベルを、選択された所定のカットオフ値と比較して、良性前立腺腫瘍を排除するステップであり、正規化された発現レベルがカットオフ値を上回ることにより高悪性度前立腺がんが示され、上記のカットオフ値が、−２から＋２の間、好ましくは約０であるステップ
を含む方法に関する。
【０２３８】
発現に関する結果は、当業者に公知の任意の適切な方法に従って正規化することができる。一般には、遺伝子発現レベルの実際の変動と測定プロセスに起因する変動の弁別を可能にするために、当業者に公知のそのような検定又は対応する式を使用して発現データを標準化する。マイクロアレイに関しては、正規化手法としてＲｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−ａｒｒａｙ  Ａｖｅｒａｇｅ（ＲＭＡ）を使用することができる。
【０２３９】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
（式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、選択された参照遺伝子の組合せのＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である）
を適用することによって生成される。
【０２４０】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
（式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１及びＡＬＡＳ−１から選択される少なくとも２種の参照遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である）
を適用することによって生成される。
【０２４１】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
（式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、参照遺伝子ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ及びＲＰＬＰ０のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である）
を適用することによって生成される。
【０２４２】
特定の実施形態では、正規化された値は、以下：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
（式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、参照遺伝子ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１及びＡＬＡＳ−１のＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である）
を適用することによって生成される。
【０２４３】
例示的な参照遺伝子としては、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＴＡＴＡボックス結合性タンパク質（ＴＢＰ）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ６０Ｓ酸性リボソームリンタンパク質Ｐ０  ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｐｕｍｉｌｉｏ  ＲＮＡ−Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｍｅｍｂｅｒ（ＰＵＭ１）、ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ依存性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）、ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、チューブリン−アルファ−１ｂ（Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１）、アミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）が挙げられる。
【０２４４】
好ましい実施形態では、参照遺伝子の組合せは、ＴＡＴＡボックス結合性タンパク質（ＴＢＰ）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ６０Ｓ酸性リボソームリンタンパク質Ｐ０  ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｐｕｍｉｌｉｏ  ＲＮＡ−Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｆａｍｉｌｙ  Ｍｅｍｂｅｒ（ＰＵＭ１）、ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ依存性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）、ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、チューブリン−アルファ−１ｂ（Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１）、アミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）から選択される。
【０２４５】
特定の実施形態では、シグネチャー遺伝子の発現レベルを参照遺伝子の発現に対して正規化し、ここで、参照遺伝子はハウスキーピング遺伝子であることが好ましく、ハウスキーピング遺伝子は、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ又はＢ２Ｍであることが好ましい。
【０２４６】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、ＰＯＬＲ２Ａ、Ｂ２Ｍ、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１で構成される群から選択される少なくとも１種、少なくとも２種又は少なくとも３種の追加的な参照遺伝子を含む。
【０２４７】
別の好ましい実施形態では、参照遺伝子の組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、及び、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１（ＴＵＢＡ１Ｂ）又はＡＬＡＳ−１で構成される群から選択される少なくとも２種の追加的な参照遺伝子を含む。
【０２４８】
特に好ましい組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＡＣＴＢ、ＲＰＬＰ０である。別の特に好ましい組合せは、ＴＢＰ、ＨＰＲＴ１、ＰＵＭ１、Ｋ−ＡＬＰＨＡ−１、ＡＬＡＳ−１である。
【０２４９】
転写物ＩＤ（ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑ）及び対応するヌクレオチド配列の配列番号、タンパク質ＩＤ（タンパク質受託）及び対応するアミノ酸配列の配列番号を含めた参照遺伝子の詳細な説明が図１０に開示されている。さらに、図１０には、各参照遺伝子について、参照遺伝子に対して特異的な、アンプリコン生成用のフォワードプライマー、リバースプライマー、及びアンプリコンに特異的に結合するプローブ配列が開示されている。上記の核酸に関してマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルを決定することができる。マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩ転写物（１つ又は複数）の発現レベルを決定することが好ましい。さらに、試料中のハウスキーピング遺伝子のレベルを決定することができる。
【０２５０】
「参照遺伝子」という用語は、本明細書で使用される場合、任意の適切な遺伝子、例えば、選択された生物において着実に発現され、継続的に検出可能な任意の遺伝子、遺伝子産物、発現産物、タンパク質又はタンパク質バリアントを指す。
【０２５１】
発現は、好ましくは、同じ試料において行われ得る、すなわち、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベル及び参照遺伝子のレベルを同じ試料において決定する。試験を同じ試料において行う場合、本明細書に記載の単一検出又は多重検出手法を実施することができる。多重検出の実施に関しては、プライマー及び／又はプローブオリゴヌクレオチドの濃度を変更することができる。さらに、緩衝液、イオンなどのような別の成分の濃度及び存在を変更すること、例えば、製造者の指示と比較して上方制御若しくは下方制御すること、又は低下させることができる。
【０２５２】
さらに、発現に関する結果を、参照の場合又はデータベースからの既知の結果と比較することができる。比較は、結果の統計学的関連性を改善するために手順を標準化することをさらに含み得る。
【０２５３】
発現に関する結果は、当業者に公知の任意の適切な方法に従って、例えば、偏差値、スチューデントのＴ検定、スチューデント化残差検定、標準化モーメント検定、又は変動係数検定のような正規化統計学的方法に従って正規化することができる。一般には、遺伝子発現レベルの実際の変動と測定プロセスに起因する変動の弁別を可能にするために、当業者に公知のそのような検定又は対応する式を使用して、発現データを標準化する。
【０２５４】
ステップ（ａ）及び（ｂ）で得られた発現に関する結果及び／又はステップ（ｃ）で得られた正規化された結果に基づいて、ＧＯＩ発現レベルについてのカットオフ値を用いた比較を行うことができる。マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現レベルがそれを上回ることにより、高悪性度前立腺がんが示され、それにより、良性前立腺腫瘍の形態又は健康な状況又は健康な組織形態が除外されるカットオフ値は、約−３〜＋３、−３〜＋２．７５、−３〜＋２．５、−３〜＋２．２５、−３〜＋２、−３〜＋１．７５、−３〜＋１．５、−３〜＋１．２５、−３〜＋１、−３〜＋０．７５、−３〜＋０．５、−３〜＋０．２５、−３〜０、−２．７５〜＋３、−２．５〜＋３、−２．２５〜＋３、−２〜＋３、−１．７５〜＋３、−１．５〜＋３、−１．２５〜＋３、−１〜＋３、−０．７５〜＋３、−０．５〜＋３、−０．２５〜＋３、又は０〜＋３である。より好ましいカットオフ値は、約０、例えば、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、０．１又は−０．９、−０．８、−０．７、−０．６、−０．５、−０．４、−０．３、−０．２、又は−０．１である。
【０２５５】
測定され、及び／又は正規化された発現レベルが指示カットオフ値を下回る場合、これは、当該個体が前立腺腫瘍に関して健康であるか又は良性前立腺腫瘍のみに罹患しており高悪性度前立腺がんには罹患していないことを示すものとみなすことができる。
【０２５６】
別の態様では、本発明は、データの取得方法であって、少なくとも、
（ａ）個体において、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現について試験するステップ；及び
（ｂ）ステップ（ａ）で決定された発現を対照レベルと比較するステップ
を含む方法に関する。マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現についての試験は、上で定義されているステップに従って行うことができ、好ましくは、試験は、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの核酸の測定として行うことができる。試験は、個体の内部、すなわちｉｎ  ｖｉｖｏで行うこともでき、個体の外部、すなわちｅｘ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｖｉｔｒｏで行うこともできる。「対照レベル」という用語は、データの取得方法に関して使用される場合、上で定義されている正常対照又はがん性対照における本明細書で言及されるマーカー遺伝子又は他の適切なマーカーの発現を指す。対照レベルのステータス、性質、量及び状態は必要に応じて調整することができ、好ましくは、正常な、健康な対照レベルを使用することができる。対照レベルとの発現の比較は、データを評価、算出、評価又は処理する、特に、２つのデータセット間の差異の検出を目的とする、任意の適切な方法に従って行うことができる。差異の有意性の統計学的評価をさらに行うことができる。適切な統計学的方法は、当業者には公知である。得られたデータ及び情報は、当業者に公知であり、及び／又は実践者がデータを１つ又は複数のその後の推論又は結論ステップに使用することを可能にするための適切な様式で提供される、適切なインフォマティクス又はコンピュータ方法又はツールによって保管、蓄積又は処理することができる。
【０２５７】
さらに、試料中の、上で定義されている参照遺伝子のレベルを決定することができる。あるいは、参照遺伝子の決定は、任意の他の適切な薬剤を用いて行うことができる、又は本明細書に記載の核酸の存在又は量の検出と組み合わせることができる。
【０２５８】
別の態様では、本発明は、前立腺がん療法に対して適格性である個体を同定する方法であって、
（ａ）個体から得た試料中のマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現を試験するステップ；
（ｂ）上記の試料中の参照遺伝子の発現について試験し、及び／又は対照試料中のマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現について試験するステップ；
（ｃ）ステップ（ａ）の発現レベルとステップ（ｂ）のレベルを比較して分類し、それぞれのＰＣＰＩを算出するステップ；
（ｄ）前立腺がん療法を受けることに対して適格性である個体を同定するステップであり、個体の試料が、上方制御若しくは下方制御されるマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）若しくはＧＯＩの発現のレベル又は高悪性度疾患を示すＰＣＰＩを有するとして分類される、ステップ
を含む方法に関する。
【０２５９】
「ステップ（ａ）の発現レベルとステップ（ｂ）のレベルを比較して分類する」という用語は、本明細書で使用される場合、試験試料中のＧＯＩの発現と対照試料中のＧＯＩの発現を、例えば、適切な正規化参照に対して正規化した後、及び／又はそれぞれのＰＣＰＩを算出するステップの後に比較することを意味する。
【０２６０】
ＰＣＰＩの算出に従って、遺伝子発現レベルが対照試料と比較して有意に異なる場合、個体を、前立腺がん療法に対して適格性であるとみなすことができる。
【０２６１】
「個体又は個体のコホートを前立腺がん療法に関して層別化する」という用語は、本明細書で使用される場合、個体が、最適な療法の形態が前立腺がん療法、例えば上記のＰＣＰＩの算出の転帰に応じた療法である同様の個体の群に属すると同定されることを意味する。
【０２６２】
前立腺がん療法に対して適格性であるとみなされる又は上記の前立腺がん療法に層別化される個体は、当技術分野の当業者に公知のこの前立腺がん形態に対する任意の適切な治療的処置を受けることができる。特に、「前立腺がん療法」という用語は、本明細書で使用される場合、当業者に公知の任意の適切な前立腺がん療法を指し、男性ホルモン産生の主要な器官である精巣を除去することによる外科的去勢、例えばアンドロゲンの生成の抑制などのホルモン療法による、又はアンドロゲン受容体の活性の阻害による化学的去勢、細胞傷害、化学療法、放射線療法（遠隔照射放射線療法、密封小線源治療）、寒冷療法、ＨＩＦＵアブレーション（高周波超音波アブレーション）若しくは熱アブレーションなどの限局的療法、又はこれらの組合せ、好ましくはホルモン療法と放射線療法の組合せを含むことが好ましい。
【０２６３】
一般には、前立腺がん療法に対して適格性であるとみなされる個体は、（高悪性度）前立腺がんに罹患している、又は将来、例えば、次の１〜２４カ月以内に、（高悪性度）前立腺が発生しやすいと考えられ得る。対応して同定又は層別化された個体を、阻害性医薬組成物を用いて治療することができる。さらなる実施形態では、対応して同定された個体を、阻害性医薬組成物と追加的ながん療法を組み合わせて治療することができる。「追加的ながん療法」という用語は、当業者に公知の任意の型のがん療法を指す。前立腺がんに関して公知のがん療法形態が好ましい。この用語は、例えば、全ての適切な形態の化学療法、放射線療法、外科手術、抗体療法などを包含する。
【０２６４】
あるいは、対応して同定又は層別化された個体を、化学療法、放射線療法、外科手術、抗体療法などなどの１つ又は複数のがん療法を単独で用いて治療することもできる。前立腺がんに対して一般に使用されるがん療法が好ましく、高悪性度前立腺がんに対して使用されるがん療法がより好ましい。
【０２６５】
本発明のさらなる実施形態では、上記の適格性又は層別化に関する分類方法を、個体、例えば、高悪性度前立腺がんに罹患しているとして分類される個体の治療をモニタリングするために使用することもできる。モニタリングプロセスは、長期間にわたる、例えば、治療セッションの間又はその後、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、又は１年、２年、３年又はそれ以上にわたる、発現の決定として行うことができる。決定ステップは、適切な間隔で、例えば、毎週、２週間、３週間、毎月、２カ月、３カ月、６カ月、１２カ月などで行うことができる。本発明のさらなる実施形態では、上記の任意の治療スキームを調整すること、例えば、モニタリングプロセスの結果に対応して、任意の適切な様式で、強める若しくは弱めること、又は変更することができる。
【０２６６】
本発明のさらなる実施形態では、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現及び対応する上記のＰＣＰＩに基づいて、高悪性度前立腺がん療法に対して適格性である個体を同定する方法を、１つ又は複数の異なるバイオマーカーの発現に基づく１つ又は複数の同様の同定方法とさらに組み合わせることができる。血液中の前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルを決定することが好ましい。したがって、血液中のＰＳＡのレベルが、約２〜５ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超の範囲、好ましくは約２．２〜４．８ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超、２．４〜４．４ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超、２．６〜４．２ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超又は２．８〜４．０ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超の範囲、より好ましくは約２．５〜４ｎｇ／ｍｌ若しくはそれ超の範囲になった場合、個体を、悪性前立腺がんに罹患している、又は、近い将来、すなわち、次の１カ月以内、２カ月以内、３カ月以内、４カ月以内、５カ月以内、６カ月以内、１２カ月以内、１４カ月以内、４８カ月以内に悪性前立腺がんが発生する可能性があるとみなすことができる。マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの発現についての試験及びＰＣＰＩの決定は、上で定義されているステップに従って行うことができる。
【０２６７】
本発明の好ましい実施形態では、上記の診断、検出、モニタリング又は予後判定は、個体から得た試料に対して行われる。「個体から得た試料」という用語は、本明細書で使用される場合、当業者に公知の適切な方法によって個体から得た任意の生物材料に関する。本発明に関して使用される試料は、好ましくは、臨床的に許容される様式で、より好ましくは、核酸（特にＲＮＡ）又はタンパク質が保護される様式で採取されるべきである。
【０２６８】
生体試料は、体組織及び体液、例えば、血液、汗、及び尿などを含み得る。さらに、生体試料は、上皮細胞、好ましくはがん性上皮細胞若しくはがん性であることが疑われる組織に由来する上皮細胞に由来する細胞抽出物、又は、上皮細胞、好ましくはがん性上皮細胞若しくはがん性であることが疑われる組織を含む細胞集団を含有し得る。なおより好ましくは、生物学的試料は、腺組織に由来する細胞集団を含有し得、例えば、試料は、男性個体の前立腺に由来するものであり得る。さらに、細胞を、必要であれば得られた体組織及び体液から精製し、次いで、生体試料として使用することができる。
【０２６９】
試料、特に最初の処理後の試料をプールすることができる。しかし、非プール試料を使用することもできる。
【０２７０】
本発明の特定の実施形態では、生体試料の内容物を富化ステップに供することもできる。例えば、試料を、例えば磁気粒子を用いて機能化される、ある特定の細胞型、例えば前立腺細胞の細胞膜又は細胞小器官に特異的なリガンドと接触させることができる。磁気粒子によって濃縮された材料を、その後、上記又は下記の検出及び分析ステップのために使用することができる。
【０２７１】
本発明の特定の実施形態では、生検又は切除試料を得、及び／又は使用することができる。そのような試料は、細胞又は細胞溶解物を含み得る。
【０２７２】
さらに、細胞、例えば、腫瘍細胞を、体液又は液体試料、例えば、血液、尿などの濾過プロセスによって富化することができる。そのような濾過プロセスは、上記のリガンド特異的相互作用に基づく富化ステップと組み合わせることもできる。
【０２７３】
本発明の特に好ましい実施形態では、試料は、組織試料、生検試料、尿試料、尿沈渣試料、血液試料、唾液試料、精液試料、循環性腫瘍細胞を含む試料、又は前立腺から分泌されたエキソソームを含有する試料であり得る。血液試料は、例えば、血清試料又は血漿試料であり得る。
【０２７４】
前立腺がんの治療では、がん細胞に対して活性な化合物又は医薬組成物を使用することができる。医薬組成物は、ホルモン阻害剤、好ましくは抗アンドロゲン薬又はスピロノラクトンのようなアンドロゲンアンタゴニスト、酢酸シプロテロン、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ケトコナゾール、フィナステリド又はデュタステリドを含み得る。
【０２７５】
別の特定の実施形態では、本発明では、前立腺がんの発生をモニタリングする方法であって、マーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩの決定を、好ましくは上記の参照遺伝子の決定と組み合わせて、ある特定の期間にわたって、すなわち、決定ステップを、例えば、４週間毎、６週間毎、２カ月毎、４カ月毎、６カ月毎、８カ月毎、１２カ月毎、１．５年毎、２年毎、２．５年毎、３年毎、４年毎又は任意の他の適切な期間毎に繰り返した後に行うことを包含する方法が想定される。当該方法により、対照、例えば、非がん性対照、がん性対照と比較して、又は同じ個体から得られた以前のデータと比較してマーカー遺伝子（１つ若しくは複数）又はＧＯＩのレベルの上昇又は低下を示すデータがもたらされ得る。当業者に公知の適切な統計学的方法を利用して、上記の曲線内の位置を決定することができる。上記の曲線内の位置、すなわち、上記の曲線の増大部分であるか低下部分であるかに応じて、前立腺がんの存在又は将来の発生を診断することができる。対応して、医薬組成物の使用が想定される。好ましくは、任意のそのような決定を、二次バイオマーカー、例えば、前立腺がんについてのマーカー、具体的にはＰＳＡの決定と組み合わせることができる。低ＰＳＡレベルの場合（最大２．０〜４．０ｎｇ／ｍｌ）、ＧＯＩデータを、初期前立腺がん、すなわち、良性又はホルモン依存性／ホルモン感受性前立腺がんに関して解析することができる。高ＰＳＡレベル（約２０ｎｇ／ｍｌ超、例えば、約３０ｎｇ／ｍｌ、約４０ｎｇ／ｍｌ又は約５０ｎｇ／ｍｌ）の場合、データを、より進行した前立腺がん、例えば、ホルモン抵抗性前立腺がんに関して解析することができる。
【０２７６】
「ホルモン感受性ステージＩ〜ＩＶ前立腺がん」とは、本明細書で使用される場合、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｏｎ  Ａｇａｉｎｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ（ＵＩＣＣ）によるＴＮＭ分類に従ってステージＩ〜ＩＶに分類することができる前立腺がんを意味する。
【０２７７】
「ホルモン感受性再発性前立腺がん」とは、本明細書で使用される場合、成長及び進行が男性ホルモンによって調節され、それに依存する前立腺がんを意味する。そのような男性ホルモンの好ましい例は、アンドロゲンである。
【０２７８】
「ホルモン感受性転移性前立腺がん」とは、本明細書で使用される場合、成長及び進行が男性ホルモンによって調節され、それに依存する前立腺がんを意味する。そのような男性ホルモンの好ましい例は、アンドロゲンである。
【０２７９】
「ホルモン非感受性前立腺がん」とは、本明細書で使用される場合、成長及び進行が男性ホルモンによって調節されるものでなく、それに依存しない前立腺がんを意味する。そのような男性ホルモンの好ましい例は、アンドロゲンである。
【０２８０】
本発明の別の態様は、コンピュータ上で実行されると、本明細書に記載の方法のいずれか１つの１つ若しくは複数のステップ又は全てのステップを実行する、コンピュータ可読媒体上に記憶された又は通信ネットワークからダウンロード可能なコンピュータ可読コードを含むコンピュータプログラム製品に関する。
【０２８１】
１つ又は複数のコンピュータ可読媒体の任意の組合せを利用することができる。コンピュータ可読媒体は、コンピュータ可読シグナル媒体又はコンピュータ可読記憶媒体であってよい。コンピュータ可読記憶媒体は、例えば、これだけに限定されないが、電子、磁気、光学、電磁気、赤外、又は半導体のシステム、器具、又はデバイス、又は前述のものの任意の適切な組合せであってよい。コンピュータ可読記憶媒体のより具体的な例（非網羅的一覧）として、以下が挙げられる：１つ又は複数の電線を有する電気的接続、携帯型コンピュータディスケット、ハードディスク、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリー（ＲＯＭ）、又は消去可能プログラム可能リードオンリーメモリー（ＥＰＲＯＭ又はフラッシュメモリ）、光ファイバー、携帯型コンパクトディスクリードオンリーメモリー（ＣＤ−ＲＯＭ）、光学ストレージデバイス、磁気ストレージデバイス、又は前述のものの任意の適切な組合せ。本文書に関しては、コンピュータ可読記憶媒体は、命令実行システム、器具、又はデバイスにより又はそれと接続して使用するためのプログラムを含有させる又は保存することができる任意の有形媒体であってよい。
【０２８２】
コンピュータ可読シグナル媒体は、コンピュータ可読プログラムコードが組み込まれた伝送データシグナルを、例えば、ベースバンドで又は搬送波の一部として含む。そのような伝送シグナルは、これだけに限定されないが、電磁気、光学、又は任意の適切なその組合せを含めた種々の形態のいずれをとってもよい。コンピュータ可読シグナル媒体は、コンピュータ可読記憶媒体ではない、命令実行システム、器具、又はデバイスにより又はそれと接続して使用するためのプログラムを通信、伝送、又は移送することができる任意のコンピュータ可読媒体であってよい。
【０２８３】
コンピュータ可読媒体に組み込まれるプログラムコードは、これだけに限定されないが、無線、ワイヤーライン、光ファイバーケーブル、ＲＦなど、又は前述のものの任意の適切な組合せを含めた任意の適切な媒体を使用して伝達される。
【０２８４】
本発明の態様に関する操作を実行するためのコンピュータプログラムコードは、例えばＪａｖａ（登録商標）、Ｓｍａｌｌｔａｌｋ、Ｃ＋＋などのオブジェクト指向プログラミング言語及び「Ｃ」プログラミング言語などの従来の手続き型プログラミング言語又は同様のプログラミング言語を含めた１つ又は複数のプログラミング言語の任意の組合せで書かれたものであってよい。プログラムコードは、使用者のコンピュータ上で完全に、使用者のコンピュータ上で部分的に、独立型ソフトウェアパッケージとして、使用者のコンピュータ上で部分的に且つ遠隔コンピュータ上で部分的に、又は遠隔コンピュータ又はサーバー上で完全に実行することができる。後者の筋書きでは、遠隔コンピュータと使用者のコンピュータをローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）又はワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）を含めた任意の型のネットワークを通じて接続することもでき、外部コンピュータと接続することもできる（例えば、インターネットサービスプロバイダーを使用してインターネットを通じて）。
【０２８５】
これらのコンピュータプログラム命令は、コンピュータ、他のプログラム可能なデータ処理器具、又は他のデバイスに特定の様式で機能するように指示することができるコンピュータ可読媒体に記憶させることもでき、したがって、コンピュータ可読媒体に記憶された命令により、本明細書に記載の機能／作用を実行させる命令を含む製造品がもたらされる。
【０２８６】
コンピュータプログラム命令はまた、コンピュータ、他のプログラム可能な器具又は他のデバイスにおいて一連の操作ステップを実施させて、コンピュータにより実行されるプロセスがもたらされるように、コンピュータ、他のプログラム可能なデータ処理器具、又は他のデバイスにローディングすることもでき、したがって、コンピュータ又は他のプログラム可能な器具上で実行される命令により、本明細書に記載の機能／作用を実行するためのプロセスがもたらされる。
【０２８７】
別段の定義のない限り、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する当業者に一般に理解されるものと同じ意味を有する。
【０２８８】
以下の実施例及び図は、例示の目的で提供される。したがって、実施例及び図は、限定とは解釈されないことが理解されよう。本明細書に記載されている原理のさらなる改変が当業者には明白に想定されよう。
【実施例】
【０２８９】
（実施例１）
前立腺がん予後指数（ＰＣＰＩ）を構築するための遺伝子の選択
ＰＣＰＩを構築するための遺伝子候補を選択するために、種々の分子経路（ｈｔｔｐ：／／ｃｓｂｉ．ｌｔｄｋ．ｈｅｌｓｉｎｋｉ．ｆｉ／ａｎｄｕｒｉｌ／ｔｃｇａ−ｇｂｍ／ｔａｂｌｅ４＿２．ｈｔｍｌにおいて概説されている通り）を、ＷＯ２０１０１３１１９４及びＷＯ２０１０１３１１９５に記載されている推定される予後判定遺伝子マーカーＰＤＥ４Ｄ７の相関について調査した。有意な相関が示された分子経路を下流の解析のために選択した（図１）。
【０２９０】
さらに、転移性及び／又はホルモン不応性前立腺がんに関連する遺伝子候補を以下の文献から選択した
−  Ｇｏｒｌｏｖ  ＩＰら、Ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ａｎｄ  ｇｅｎｅｓ  ｆｏｒ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：  ａ  ｍｅｔａ−ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｄａｔａ；ＢＭＣ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２００９年、２巻：４８頁
−  Ｓｔａｎｂｒｏｕｇｈ  Ｍら：Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  Ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｇ  Ａｄｒｅｎａｌ  Ａｎｄｒｏｇｅｎｓ  ｔｏ  Ｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｅ  ｉｎ  Ａｎｄｒｏｇｅｎ−Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ；Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、２００６年；６６巻：２８１５〜２８２５頁
−  Ｔａｍｕｒａ  Ｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｏｆ  Ｈｏｒｍｏｎｅ−Ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  Ｇｅｎｏｍｅ−Ｗｉｄｅ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｅｓ；Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、２００７年；６７巻（１１号）：５１１７〜２５頁
−  Ｌａｐｏｉｎｔｅ  Ｊら、Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ  ｒｅｌｅｖａｎｔ  ｓｕｂｔｙｐｅｓ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ；ＰＮＡＳ、２００３年；１０１巻（３号）：８１１０８１６頁
−  Ｓｕｎ  Ｙら、Ｏｐｔｉｍｉｚｉｎｇ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ．  Ｔｈｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ、６９巻：１１１９〜１１２７頁（２００９年）
【０２９１】
前立腺がん進行に潜在的に関連することが報告された、全部で９６７種の遺伝子（図１参照）をさらなる解析のために選択した。
【０２９２】
１９種の遺伝子予後シグネチャー、すなわち、目的のマーカー遺伝子のセットを構築するために、以下のデータセットを使用した：
−  Ｔａｙｌｏｒ  ＢＳら、Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ、１８巻、１１〜２２頁、２０１０年（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ２１０３２）
−  Ｂｏｏｒｍａｎｓ  ＪＬら、Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＴＤＲＤ１  ａｓ  ａ  ｄｉｒｅｃｔ  ｔａｒｇｅｔ  ｇｅｎｅ  ｏｆ  ＥＲＧ  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．  Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ、２０１３年７月１５日；１３３巻（２号）：３３５〜４５頁（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ４１４０８）
−  Ｓｕｎ  Ｙら、Ｏｐｔｉｍｉｚｉｎｇ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ．  Ｔｈｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ、６９巻：１１１９〜１１２７頁（２００９年）（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ２５１３６）
−  Ｓｂｏｎｅｒ  Ａら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓａｍｐｌｉｎｇ  ｏｆ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：ａ  ｄｉｌｅｍｍａ  ｆｏｒ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ．  ＢＭＣ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２０１０年、３巻：８頁（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ１６５６０）
−  Ｎａｇａｋａｗａ  Ｔら、Ａ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ  Ｐａｎｅｌ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｆｔｅｒ  ＰＳＡ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ  Ｐｏｓｔ−Ｄｅｆｉｎｉｔｉｖｅ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ．  ＰＬｏＳ  ｏｎｅ、３巻（５号）、ｅ２３１８頁（２０１０年）（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ１０６４５）
【０２９３】
構築された前立腺がん予後指数（ＰＣＰＩ）をさらに試験し、検証するために、以下のデータセットを使用した：
Ｅｒｈｏ  Ｎら、Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ  ｔｈａｔ  Ｐｒｅｄｉｃｔｓ  Ｅａｒｌｙ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ．  ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ、８巻（６号）、ｅ６６８５５頁（２０１３年）（ＧＥＯデータセットＩＤ：ＧＳＥ４６６９１）
【０２９４】
ＧＳＥ遺伝子発現データの処理
それぞれのＣＥＬファイルをＧＥＯ（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓ）：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｏ／からダウンロードした。ＣＥＬファイルデータをＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｌｅ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃ；Ｂｕｉｌｄ  １．３．１．１８７）にアップロードし、適切な場合には、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃ．により提供される適切なプローブセットアノテーションファイルを使用して前処理した、すなわち、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｉｎｃプラットフォーム：ＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６でデータセットを実行した。ＤＡＳＬプラットフォーム（すなわち、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５）で実行したデータセットについては、データシリーズマトリックスファイルをＧＥＯによる規定の通り下流のデータ解析のために使用した。
【０２９５】
参照遺伝子は、処理される試料に左右されずに安定発現を有するはずであり、したがって、ＰＣＲ分析からの出力Ｃｑ値を正規化するための内部標準として使用することができ、したがって、結果は、使用される入力試料の量に左右されずに同等なものになる。そのような遺伝子は安定なはずであるが、常に発現がいくらか変動し、この安定性はまた、分析される組織にも左右される。そのような理由から、ＰＣＲ  Ｃｑ値の正規化に１種超の参照遺伝子を使用すること、及び分析される特定の型の組織／試料における変動性が低い遺伝子のセットを使用することが推奨される（Ｃ．  Ｌ．  Ａｎｄｅｒｓｅｎ、Ｊ．  Ｌ．  Ｊｅｎｓｅｎ、及びＴ．  Ｆ．  Ｏｒｎｔｏｆｔ、「Ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ＰＣＲ  Ｄａｔａ：  Ａ  Ｍｏｄｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｖａｒｉａｎｃｅ  Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｉｄｅｎｔｉｆｙ  Ｇｅｎｅｓ  Ｓｕｉｔｅｄ  ｆｏｒ  Ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ、Ａｐｐｌｉｅｄ  ｔｏ  Ｂｌａｄｄｅｒ  ａｎｄ  Ｃｏｌｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄａｔａ  Ｓｅｔｓ」、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．、６４巻、１５号、５２４５〜５２５０頁、２００４年８月；Ｊ．  Ｖａｎｄｅｓｏｍｐｅｌｅ、Ｋ．  Ｄｅ  Ｐｒｅｔｅｒ、Ｆ．  Ｐａｔｔｙｎ、Ｂ．  Ｐｏｐｐｅ、Ｎ．  Ｖａｎ  Ｒｏｙ、Ａ．  Ｄｅ  Ｐａｅｐｅ、及びＦ．  Ｓｐｅｌｅｍａｎ、「Ａｃｃｕｒａｔｅ  ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ＲＴ−ＰＣＲ  ｄａｔａ  ｂｙ  ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ  ａｖｅｒａｇｉｎｇ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｉｎｔｅｒｎａｌ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｇｅｎｅｓ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．、３巻、７号、ＲＥＳＥＡＲＣＨ００３４頁、２００２年６月）。
【０２９６】
この試験において使用する９種の参照遺伝子の最初の選択を実施した。分析した臨床試料全てに関して、Ｂｉｏｇａｚｅｌｌｅ  Ｓｏｆｔｗａｒｅツール（ｑＢａｓｅ＋  ｗｉｔｈ  ＧｅＮｏｒｍ  ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｊ．  Ｈｅｌｌｅｍａｎｓ、Ｇ．  Ｍｏｒｔｉｅｒ、Ａ．  Ｄ．  Ｐａｅｐｅ、Ｆ．  Ｓｐｅｌｅｍａｎ、及びＪ．  Ｖａｎｄｅｓｏｍｐｅｌｅ、「ｑＢａｓｅ  ｒｅｌａｔｉｖｅ  ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ  ａｎｄ  ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ＰＣＲ  ｄａｔａ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．、８巻、２号、Ｒ１９頁、２００７年２月）を実行することにより、正規化のために使用する参照遺伝子セットの最終的な選択を行った。
【０２９７】
ＰＣＲアッセイの出力Ｃｑ値は、本来、対数（底２）であり、試料中に存在するｍＲＮＡの量に反比例する。次式を使用して未加工のＣｑ値を正規化する：
Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）＝平均（Ｃｑ参照遺伝子）−（Ｃｑ目的の遺伝子）
（式中、Ｎ（Ｃｑ目的の遺伝子）は、選択された目的の遺伝子についての正規化された遺伝子発現値であり、平均（Ｃｑ参照遺伝子）は、選択された参照遺伝子の組合せのＰＣＲ  Ｃｑ値の算術平均であり、（Ｃｑ目的の遺伝子）は、目的の遺伝子のＰＣＲ  Ｃｑ値である）。
【０２９８】
ｑＲＴ−ＰＣＲ以外の技術を使用して参照遺伝子又は目的の遺伝子の発現を測定する場合、ＰＣＲ  Ｃｑ値をそれぞれの技術の正規化された測定値で置き換える（例えば、ＤＮＡマイクロアレイに関してはＲＭＡ（Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−ａｒｒａｙ  Ａｖｅｒａｇｅ）で正規化された遺伝子発現値、又はＲＮＡ配列決定に関してはＦＰＫＭ（Ｆｒａｇｅｍｅｎｔｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｏｂａｓｅ  ｏｆ  Ｅｘｏｎ  Ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ  Ｍａｐｐｅｄ）で正規化された遺伝子発現値）。
【０２９９】
前立腺がん進行指数（ＰＣＰＩ）の算出
選択された目的の遺伝子（ＧＯＩ）を、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で下方制御されるものと、それと比較して、一次治療後に進行があった患者群と進行がなかった患者群の間で上方制御されるものとに群分けした。分析した患者試料毎に、正規化された遺伝子発現データから、下方制御される遺伝子についての平均遺伝子発現値（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）並びに上方制御される遺伝子についての平均遺伝子発現値（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）を算出した。患者試料毎の前立腺がん進行指数ＰＣＰＩを
ＰＣＰＩ＝（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｕｐ）−（ＧＥＶ＿ａｖ＿ＧＯＩ＿ｄｏｗｎ）
の通り決定した。
【０３００】
算出されたＰＣＰＩを任意のさらなる統計学的データ解析に使用した。
【０３０１】
ＰＣＰＩ＿１７の計算（定量的リアルタイムＰＣＲデータに基づく）
次式：
ＰＣＰＩ＝平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））−平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））
（式中、平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））は、遺伝子：ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＤＹＲＫ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、及びＶＣＡＮについての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均であり、
平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））は、遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、及びＳＲＤ５Ａ２についての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均である）
を使用してＰＣＰＩを計算した。
【０３０２】
ＰＣＰＩ＿１８の計算（定量的リアルタイムＰＣＲデータに基づく）
次式：
ＰＣＰＩ＝平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））−平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））（式中、平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））は、遺伝子：ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＤＹＲＫ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、及びＶＣＡＮについての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均であり、
平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））は、遺伝子：ＰＤＥ４Ｄ、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、及びＳＲＤ５Ａ２についての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均である）
を使用してＰＣＰＩを計算した。
【０３０３】
ＰＣＰＩ＿１９の計算（定量的リアルタイムＰＣＲデータに基づく）
次式：
ＰＣＰＩ＝平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））−平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））
（式中、平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｕｐ））は、遺伝子：ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＤＹＲＫ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、及びＶＣＡＮについての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均であり、
平均（Ｎ（Ｃｑ  ＰＣＰＩ遺伝子ｄｏｗｎ））は、遺伝子：ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、及びＳＲＤ５Ａ２についての正規化された遺伝子発現値（上記を参照されたい）の算術平均である）
を使用してＰＣＰＩを計算した。
【０３０４】
前立腺がん進行指数（ＰＣＰＩ）と臨床的パラメータの患者の転帰に対する相関分析
ＰＣＰＩの全ての統計解析（例えば、ロジスティック回帰分析、ＲＯＣ分析、コックス回帰分析など）、及び、ＰＳＡ、ｐＧｌｅａｓｏｎ、ｐＴ  Ｓｔａｇｅのような臨床的パラメータと比較した、患者の転帰に対するその相関を、ＸＬＳＴＡＴバージョン２０１４．１．０３を用いて実施した。
【０３０５】
結果
９６７種の選択された遺伝子候補を、一次治療後に疾患の進行が示されなかった前立腺がん患者と、以下の臨床的エンドポイント：生化学的再発、局所転移又は遠隔転移の検出による臨床的再発、前立腺がん特異的死亡のいずれかまでの疾患の進行が実証された患者群との間での上記の遺伝子発現データセットにおける示差的な発現について調査した。
【０３０６】
表２（図２参照）は、少なくとも試験したデータセット５つのうち３つにおいて、上記の患者群間で有意に（ｐ＜０．０５）示差的に発現し、患者群間で同じ方向に制御される（すなわち、上方制御又は下方制御のいずれか）ことが見いだされた、５７種の選択された遺伝子の概要を提供する。その後、遺伝子を以下の基準に応じて３つのカテゴリーにランク分けした：
Ｒａｎｋ＿３：最大３つのデータセットにおいて同じ方向に有意なｐ値（ｐ＜０．０５）で示差的に発現することが観察された全ての遺伝子又は独特でないアノテーションを有する遺伝子
Ｒａｎｋ＿２：４つ又は５つのデータセットにおいて同じ方向に有意なｐ値（ｐ＜０．０５）で示差的に発現することが観察された全ての遺伝子
Ｒａｎｋ＿１：４つ又は５つのデータセットにおいて同じ方向に有意なｐ値（ｐ＜０．０５）で示差的に発現することが観察されたが、９種の上方制御される遺伝子並びに１０種の下方制御される遺伝子に限定される全ての遺伝子
【０３０７】
好ましいＰＣＰＩシグネチャーは、以下の１９種の遺伝子：ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ５Ａ２、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、及びＤＹＲＫ２を含む、又はそれからなる。
【０３０８】
全てのデータセットによりＰＤＥ４Ｄアイソフォーム（すなわち、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ７）の転写レベルに関する情報がもたらされるとは限らないので、実証された結果は、データセットＧＳＥ２１０３２及びＧＳＥ４１４０８においてＰＤＥ４Ｄの発現はＰＤＥ４Ｄ７の発現と非常によく相関する（ＰＤＥ４Ｄ５の発現に対して正規化したもの）ので、ＰＤＥ４Ｄ遺伝子の測定値に基づく；したがって、決定されたＰＣＰＩ＿１８は、以下の１８種の遺伝子：ＰＤＥ４Ｄ、ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＤＹＲＫ２を含むものであった。
【０３０９】
ＰＤＥ４Ｄ遺伝子が測定されなかったデータセット（すなわち、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５）については、決定されたＰＣＰＩ＿１７は、以下の１７種の遺伝子：ＡＺＧＰ１、ＦＢＬＮ１、ＩＬＫ、ＫＲＴ１５、ＭＥＩＳ２、ＭＹＢＰＣ１、ＰＡＧＥ４、ＳＲＤ５Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＶＣＡＮ、ＢＧＮ、ＢＩＲＣ５、ＤＹＲＫ２を含むものであった。
【０３１０】
一次治療後の前立腺がん患者のＰＣＰＩと臨床転帰データの相関
表３（図３参照）は、ＰＣＰＩ＿１８又はＰＣＰＩ＿１７の、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能に関する概要を示す。データセットＧＳＥ１６５６０において調査された患者については、前立腺のがんはＴＵＲＰ（経尿道切除術）の間に検出され、患者はその後、保存的に管理された（すなわち、前立腺の除去を伴わない）。データセットＧＳＥ１０６４５において調査された患者については、エンドポイントについての患者のモニタリングを生化学的再発後にのみ開始した）。これらのデータセットを使用してＰＣＰＩシグネチャー（訓練データ）を構築した。群（進行なし対転移までの進行）当たりの患者の数並びにＲＯＣ分析から得られたＡＵＣ（曲線下面積）が示されている。ＡＵＣは、コホート内のプライマリーエンドポイントを予測することに関する、異なるデータセットにおけるＰＣＰＩの相対的な力を示す）。
【０３１１】
表４（図４参照）は、ＰＣＰＩ＿１８の、データセットＧＳＥ４６６９１についての一次治療後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である；このデータセットは、ＰＣＰＩを訓練するためには使用しておらず、独立した検証データセット（検証データ）として使用される。データセットＧＳＥ１０６４５において調査された患者については、エンドポイントについての患者のモニタリングを生化学的再発後にのみ開始した）。群（進行なし対転移までの進行）当たりの患者の数並びにＲＯＣ分析から得られたＡＵＣ（曲線下面積）が示されている。ＡＵＣは、コホート内のプライマリーエンドポイントを予測することに関する、異なるデータセットにおけるＰＣＰＩの相対的な力を示す。
【０３１２】
表５（図５参照）は、ＰＣＰＩ＿１８又はＰＣＰＩ＿１７の、治療前ＰＳＡ、生検又は病理学的グリーソンスコア、又は臨床的／病理学的病期のような標準の臨床的パラメータと比較した多変量コックス回帰分析における、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ１６５６０、ＧＳＥ１０６４５についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の遠隔転移の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である。個々のデータセットに関するＰＣＰＩについてのカイ二乗並びにハザード比、並びに個々の臨床的パラメータが示されている。
【０３１３】
表６（図６参照）は、ＰＣＰＩ＿１８の、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の生化学的疾患再発（ＢＣＲ）の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能に関する概要を示す。群（進行なし対ＢＣＲまでの進行）当たりの患者の数並びにＲＯＣ分析から得られたＡＵＣ（曲線下面積）が示されている。ＡＵＣは、コホート内のプライマリーエンドポイントを予測することに関する、異なるデータセットにおけるＰＣＰＩの相対的な力を示す）。
【０３１４】
表７（図７参照）は、ＰＣＰＩ＿１８の、治療前ＰＳＡ、生検又は病理学的グリーソンスコア、又は臨床的／病理学的病期のような標準の臨床的パラメータと比較した多変量コックス回帰分析における、データセットＧＳＥ２１０３２、ＧＳＥ４１４０８、ＧＳＥ２５１３６についての一次治療（一般に前立腺手術）後１０〜１５年以内の生化学的疾患再発（ＢＣＲ）の発生というプライマリーエンドポイントを予測する性能を示す表である。個々のデータセットに関するＰＣＰＩについてのカイ二乗並びにハザード比、並びに個々の臨床的パラメータが示されている。
【０３１５】
表８（図８参照）は、積極的監視（ＡＳ）又は積極的治療（例えば、前立腺切除、照射療法及びホルモン療法）のいずれかへの患者の層別化を行う臨床決定を支持するためのＰＣＰＩ＿１８についてのＲＯＣ曲線カットオフ解析を示す。表に示されているカットオフは、ＲＯＣ曲線から、高悪性度疾患を有する男性の≧９０％が正確に分類されるように選択したものである（９０％感度に対応する）。このカットオフにより、非常に低リスクのプロファイルを有する１３４名を、例えば外科手術の代わりに例えば積極的監視に層別化することが可能になる。このコホートにおける、およそ１０年の経過観察にわたる転移性疾患のエンドポイントまでの無進行生存率は、ほぼ８５％である。同じ手法を臨床モデル（病理学的グリーソンスコア）に適用し、その結果、グリーソンスコア≦６のカットオフにより、男性５７名のみが、例えば外科手術の代わりに例えば積極的監視に層別化される。この患者コホートにおける無進行生存率は、ほぼ９０％になるが、その代わりに、非進行性疾患を有する男性が例えば外科手術に層別化される数がはるかに多くなる；ＰＣＰＩ＿１８の使用では、病理学的グリーソンスコアと比較して、リスクプロファイルは非常に類似しているが（それぞれ無進行生存率が８５％対９０％）、ＡＳに層別化される男性が２倍超多くなる。層別化力は、ＰＣＰＩ＿１８と病理学的グリーソンの組合せモデルにより、さらにいっそう増大し得る。このモデルを使用すると、男性１４６名（１３４名と比較して）がＡＳに層別化され、１０年にわたる無進行生存率確率は約８７％になる。
【０３１６】
示されている患者コホートのカットオフ解析を、全コホート（５４５患者）、病理学的グリーソンスコアが≧７であるサブコホート（患者４８２名）、並びに病理学的グリーソンスコアが≧８である別のサブコホート（患者２１１名）について実施した。
【０３１７】
図１１、１２及び１３は、およそ５００名の患者に対して実施され、ＰＣＰＩ＿１９（図１１）、１２種のがん関連遺伝子及び５種の参照遺伝子の発現を解析するＲＮＡｓｅｑデータに由来し、文献「Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｏｎｃｏｔｙｐｅ  ＤＸ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ  ａｓｓａｙ−ａ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ＲＴ−ＰＣＲ  ａｓｓａｙ  ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ  ｆｏｒ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｎｅｅｄｌｅ  ｂｉｏｐｓｉｅｓ」、Ｄｅｊａｎ  Ｋｎｅｚｅｖｉｃら、ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（２０１３年）、１４巻：６９０頁から推定することができる範囲の方法に従って算出したＧＰＳｕスコア（図１２）、及び、３１種の遺伝子の発現レベルに由来し、文献「Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｖａｌｕｅ  ｏｆ  ａｎ  ＲＮＡ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｄｅｒｉｖｅｄ  ｆｒｏｍ  ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅｓ  ｆｏｒ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ  ａｎｄ  ｄｅａｔｈ  ｆｒｏｍ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：  Ａ  ｒｅｔｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｓｔｕｄｙ  ｉｎ  ｔｗｏ  ｃｏｈｏｒｔｓ」、Ｊａｃｋ  Ｃｕｚｉｃｋら、Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ．（２０１１年）；１２巻（３号）：２４５〜２５５頁）推定することができる範囲で算出したＣＣＰスコア（図１３）の性能を比較する縦断的な経過観察を伴った試験から得た解析を示す。
【０３１８】
よりよい比較のために、ＧＰＳｕ及びＣＣＰスコアを１〜５の範囲のスケールにした。
【０３１９】
図１１、１２及び１３は、異なる患者群に応じて５年又は１０年にわたる種々の再発リスクを示す（説明については以下を参照されたい）。ｘ軸は、ＮＣＣＮリスク群；ＶＬ＆ＬＲ＝非常に低い及び低リスク；ＦＩＲ＝好ましい中間リスク；ＵＩＲ＝好ましくない中間リスク；ＨＲ＝高リスクによって定義された患者群である。ＮＣＣＮは、一般に使用される腫瘍学において米国のガイドラインである（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｃｎ．ｏｒｇ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌｓ／ｐｈｙｓｉｃｉａｎ＿ｇｌｓ／ｆ＿ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ａｓｐ）。ｙ軸は、異なるスコア：スコア１−２；２−３；３−４、及び４−５の４つのカテゴリーによって定義された患者群である。４×４格子において、患者は、ＮＣＣＮ臨床的リスク特性に応じて、及びＰＣＰＩ、ＧＰＳｕ又はＣＣＰのスコアに応じて格子のセルのいずれかに選択されている。臨床的リスク群に応じた異なるリスク（下部の線）又はスコアカテゴリーに応じた異なるリスク（表の右側の欄）を算出した。明瞭にするために、セル内には５年ＢＣＲ再発リスクのみを示す。
【０３２０】
リスクの説明：
５−ｙ  ＢＣＲ−５年にわたる、生化学的再発
１０−ｙ  ＣＲ−１０年にわたる、転移までの臨床的再発
１０−ｙ  ＰＣＳＭ−１０年にわたる、前立腺がん特異的死亡率
１０−ｙ  ＯＭ−１０年にわたる、全死亡率（全ての理由によるもの）
【０３２１】
図１１、１２及び１３において下線が引かれている数字は、他のシグネチャーと比較してＰＣＰＩの性能が改善された領域を示す。これらのカテゴリーに入る患者は、積極的治療の臨床決定と比較して積極的監視に対する潜在的な患者であり、したがって、好ましくは可能な限り低い再発リスクを有するはずである。ＰＣＰＩは、これらの領域で他のシグネチャーよりも優れている。
【図１−１】
0006743056.tif 000002
【図１−２】
0006743056.tif 000003
【図１−３】
0006743056.tif 000004
【図１−４】
0006743056.tif 000005
【図１−５】
0006743056.tif 000006
【図１−６】
0006743056.tif 000007
【図１−７】
0006743056.tif 000008
【図１−８】
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【図１−９】
0006743056.tif 000010
【図１−１０】
0006743056.tif 000011
【図１−１１】
0006743056.tif 000012
【図１−１２】
0006743056.tif 000013
【図１−１３】
0006743056.tif 000014
【図１−１４】
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【図１−１５】
0006743056.tif 000016
【図１−１６】
0006743056.tif 000017
【図１−１７】
0006743056.tif 000018
【図１−１８】
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【図１−１９】
0006743056.tif 000020
【図１−２０】
0006743056.tif 000021
【図１−２１】
0006743056.tif 000022
【図２−１】
0006743056.tif 000023
【図２−２】
0006743056.tif 000024
【図２−３】
0006743056.tif 000025
【図３−１】
0006743056.tif 000026
【図３−２】
0006743056.tif 000027
【図４】
0006743056.tif 000028
【図５】
0006743056.tif 000029
【図６】
0006743056.tif 000030
【図７】
0006743056.tif 000031
【図８】
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【図９−１】
0006743056.tif 000033
【図９−２】
0006743056.tif 000034
【図９−３】
0006743056.tif 000035
【図１０−１】
0006743056.tif 000036
【図１０−２】
0006743056.tif 000037
【図１１】
0006743056.tif 000038
【図１２】
0006743056.tif 000039
【図１３】
0006743056.tif 000040
【配列表】
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