(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を、第２染色体上にホモ接合もしくはヘテロ接合形態で含む栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus）植物であって、前記遺伝子移入断片がキュウリの果実収量を増加させ、食用収穫時に果実に苦味がなく、前記遺伝子移入断片が、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から栽培された植物と栽培キュウリ植物とを交配させることによって得られ、前記第２染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型
の全てのマーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である、栽培キュウリ植物。
【請求項２】
前記キュウリの果実収量の増加が、同一環境下で生育した場合に、遺伝子移入断片を含む植物系統の植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）が、遺伝子移入断片を含まない遺伝的対照系統と比較して有意に高いこと、および／または、同一環境下で生育した場合に、遺伝子移入断片を含む植物系統の植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）が、遺伝子移入断片を含まない遺伝的対照系統と比較して有意に高いことにより、表現型的に表現される、請求項１記載の植物。
【請求項３】
第６染色体上にホモ接合またはヘテロ接合形態で遺伝子移入断片をさらに含み、前記遺伝子移入断片がキュウリ果実収量を増加させ、かつ、前記第６染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つのマーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である、請求項１または２に記載の植物。
【請求項４】
前記第６染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、および
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型
からなる群から選択される、少なくとも２、３または４つの連続するマーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である、請求項３に記載の植物。
【請求項５】
少なくとも１、２または３つのマーカーが、
−配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
−配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
−配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型
からなる群から選択されて検出される、請求項３または４に記載の植物。
【請求項６】
少なくとも１、２または３つのマーカーが、
−配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
からなる群から選択される、請求項３〜５のいずれか一項に記載の植物。
【請求項７】
前記植物が、以下の型のキュウリ：ピックルキュウリ（pickling cucumbers）、スライスキュウリ（slicing cucumbers）、長キュウリ（long cucumbers）、短キュウリ（short cucuber）、ヨーロッパ温室キュウリ（European greenhouse cucumber）、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ（oriental trellis type cucumbers）、アジアキュウリのうちの１つである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物。
【請求項８】
前記植物が、単交配Ｆ１交配種または近交系である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物。
【請求項９】
前記植物が、一度の（once-over）機械収穫に適している、請求項１〜８のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１０】
前記植物が野生キュウリ植物および在来種ではないか、または前記植物がユーラシアキュウリ群、東アジアキュウリ群または西双版納キュウリ群の栽培キュウリである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１１】
前記植物が受粉しない無核果実を産生する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１２】
前記植物が、主としてまたは完全に雌性である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１３】
前記植物が、前記植物により産生される果実の形態学的特性に関して均一である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１４】
前記植物が、食用成熟時に、少なくとも１０ｃｍの平均果実長および／または２以上の果実直径に対する果実長比を有する果実を産生する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１５】
前記第２染色体上の遺伝子移入断片が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２で寄託された種子中の第２染色体上に見出される断片である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１６】
前記第２染色体上の遺伝子移入断片が、１０Ｍｂ以下のサイズ、好ましくは８Ｍｂ以下のサイズ、より好ましくは３Ｍｂ以下のサイズである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１７】
前記遺伝子移入断片が、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂのサイズである、請求項１６に記載の植物。
【請求項１８】
前記植物が無限成長（indeterminate）のキュウリである、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の植物を生育させる種子。
【請求項２０】
請求項１〜１９のいずれか一項に記載の植物から採取したキュウリ果実。
【請求項２１】
食用収穫時に果実に苦味がない、請求項２０に記載の果実。
【請求項２２】
前記果実が食用収穫時に薄い皮を有する、請求項２０または２１に記載の果実。
【請求項２３】
少なくとも１つの組換え第２染色体を含み、前記組換え第２染色体が野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片が果実収量の向上をもたらすＱＴＬを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の植物または種子の細胞、組織または植物部分。
【請求項２４】
果実収量が向上したキュウリ品種を栽培するための、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含む組換え第２染色体の使用であって、前記遺伝子移入断片が果実収量の向上をもたらす対立遺伝子を含み、前記組換え第２染色体が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に存在する組換え第２染色体である、使用。
【請求項２５】
受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代中に存在する第２染色体の、遺伝子移入断片を前記第２染色体上に含む栽培されたキュウリ植物を産生するための使用であって、前記遺伝子移入断片が、前記遺伝子移入断片を含まない遺伝的対照キュウリ植物と比較して果実収量の向上をもたらす、使用。
【請求項２６】
受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代から栽培された植物の、果実収量が向上した栽培されたキュウリ植物を産生するための使用であって、前記果実収量の向上が前記植物またはその後代の第２染色体から得られる遺伝子移入断片によりもたらされる、使用。
【請求項２７】
第２染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培されたC. sativus var. sativus植物を同定する方法であって、前記遺伝子移入断片が、ＮＣＩＭＢ４２２６２に存在するものであって、
ａ）栽培されたC. sativus var. sativus植物の個体群を準備し、
ｂ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１であって、それぞれ配列番号１〜配列番号１１の第７５ヌクレオチドであるＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の全てのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記個体群をスクリーニングし、
ｃ）ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するための、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の全てのＳＮＰマーカー
を含む植物を同定および／または選択する
ことを含み、
前記工程ｃ）のＳＮＰ遺伝子型は、
配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型
である、方法。
【請求項２８】
果実収量の向上をもたらす遺伝子移入断片を含むC. sativusＦ１交配植物の製造方法であって、
ａ）収量の向上をもたらす対立遺伝子を含む遺伝子移入断片を有する組換え第２染色体をホモ接合形態で含む第１近交系キュウリ植物であって、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２２６２に存在するものである、キュウリ植物を準備し、
ｂ）第２近交系キュウリ植物を準備し、
ｃ）前記ａ）のキュウリ植物と前記ｂ）のキュウリ植物とを交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種子を回収する
ことを含む、方法。
【請求項２９】
ＮＣＩＭＢ４２２６２の後代を製造するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物を栽培し、
ｂ）前記植物を１回または複数回同系交配させるか、または前記植物を１回または複数回他のキュウリ植物と交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）前記種子または前記種子もしく植物の一部から栽培された前記後代の種子または植物を、第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の全てのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングし、
ｄ）ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の全てのＳＮＰマーカー
を含む後代植物を同定および／または選択する
ことを含み、
前記工程ｄ）のＳＮＰ遺伝子型は、
配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型
である、前記方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法により産生された後代植物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、キュウリ育種の分野に関する。ピックルキュウリ（pickling cucubers）（例えば、アメリカピックル型、ヨーロッパピックル型）、スライスキュウリ（slicing cucubers）（例えば、アメリカスライス型）、長キュウリ（long cucubers）、短キュウリ（short cucubers）、ヨーロッパ温室キュウリ（European greenhous cucumbers）、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ（oriental trellis type cucumbers）（「バープレス（burpless）」としても市販されている）、アジアキュウリ（インドマダラキュウリ（Indian Mottled cucumber）型、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型等の異なる型にさらに細分化することができ、１つ目はインドキュウリグループに属し、後の３つは東アジアキュウリグループに属する）等の栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus）の収量を向上させるために使用することができる、キュウリゲノムの第２染色体および第６染色体上に位置する２つの量的遺伝子座（ＱＴＬ）が提供される。この２つのＱＴＬは、本明細書ではＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と称される。また、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む第２染色体および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含み、それにより、遺伝子移入断片により、遺伝子移入を含む栽培キュウリの果実収量が、遺伝子移入を含まない同一の栽培キュウリと比較して有意に増加した栽培キュウリ植物も提供する。遺伝子移入断片上に存在し、遺伝子移入断片の存在を示す１つ以上の分子マーカー（特に、単一ヌクレオチド多型またはＳＮＰ）、およびそのようなマーカーの使用方法が本明細書において提供される。同様に、ゲノム中にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含むか、または、ゲノム中に栽培キュウリのゲノムを含む、種子、植物部分、細胞および／または組織が提供される。一つの態様では、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織においてヘテロ接合形態で存在する。別の態様では、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織においてホモ接合形態で存在する。特定の態様では、栽培キュウリ植物はＦ１交配種であり、特に、２つの近交系親系統を交配することにより産生されるＦ１交配種であり、そのため、親系統の少なくとも１つは、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）をホモ接合形態で含む。
【背景技術】
【０００２】
栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus L.）は、世界的に重要な野菜作物である。栽培キュウリはウリ科に属する。栽培キュウリは東南アジアが原産であり、Cucumis sativus var. hardwickiiのような小さくて苦い果実を持つ野生原種に由来すると考えられている。
【０００３】
栽培キュウリのゲノムは、７対の染色体（ｎ＝７）を有し、約３６７Ｍｂ（メガ塩基対）の１倍体ゲノムサイズを有し、推定で合計約２６，６８２個の遺伝子を含む。キュウリゲノムは、配列が決定された最初の植物ゲノムである（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびhttp://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/）。
【０００４】
栽培キュウリの収量は、過去数十年間はあまり増加していない。Shetty and Wehner 2002 (CropSci. 42: 2174-2183)は、果実品質および果実収量について、ノースカロライナ（米国）の野外条件下でＵＳＤＡキュウリの遺伝資源コレクションをスクリーニングし、その研究において同定された高収量の栽培起源種を用いて高収量栽培品種を育種することができることを示唆した。
【０００５】
Yuan et al. 2008 (Euphytica 164: 473-491)は、北中国キュウリＳ９４と北西ヨーロッパキュウリＳ０６との交配における特定の果実形質を、遺伝的にマッピングした。それらの連鎖群３は、物理的第２染色体に対応すると見られ、それらの連鎖群２は、物理的第６染色体に対応すると見られている。彼らは、ｆｗ２．１（果実重量）と呼ばれる遺伝子座を、第６染色体（ＬＧ２）の端部にマッピングし、ｆｗ３．１（果実重量）と呼ばれる遺伝子座を、第２染色体（ＬＧ３）の最下部にマッピングした。しかしながら、彼らは総収量をマッピングしなかった。
【０００６】
Fazio et al. 2003 (Theor Appl Genet 107: 864-874)は、３回の収穫にわたる植物当たりの累積果実および小葉（‘ｌｌ’）のような形態学的形質を含む多くの形質を遺伝的にマッピングした。それらの連鎖群１は、物理的第６染色体に対応すると見られる。ｆｐｌ１．２（植物当たりの果実）と呼ばれる遺伝子座は、両方の環境において一貫しており、小葉の遺伝子座にマッピングされていた。小葉は、物理的第６染色体の７Ｍｂおよび８．５Ｍｂにわたる領域、すなわち第６染色体の端部に物理的に配置されている。
【０００７】
ＷＯ２００９/０８２２２２では、ＰＩ６９３８３の連鎖群３および／または４におおいて、収穫段階のキュウリの果実重量についてＱＴＬを同定するために、２００２年のShetty and Wehner（上記）によって同定された受託番号、トルコベイト−アルファ在来種ＰＩ１６９３８３が使用されている。
【０００８】
しかしながら、今日のキュウリ品種の果実収量を増加させることができるように、キュウリにおける果実収量に関するＱＴＬを同定する必要性が依然として存在する。
【０００９】
一般的定義
不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、１つであり唯一の要素しか存在しないことがその文脈において明確に要求されない限り、複数の要素が存在する可能性を排除しない。したがって、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、通常、「少なくとも１つ」を意味する。
【００１０】
本明細書中で使用される場合、用語「植物」は、植物全体またはその部分もしくは派生物、例えば、植物器官（例えば、収穫されたまたは収穫されていない貯蔵器官、塊茎、果実、葉、種子など）、植物細胞、植物原形質体、植物全体を再生することができる植物細胞もしくは植物培養物、植物カルス、植物細胞塊、および植物中の完全な植物細胞、または植物部分、例えば、胚、花粉、胚珠、子房、果実（例えば、収穫されたキュウリ果実またはその部分のような収穫された組織または器官）、花、葉、種子、塊茎、球根、クローン的に繁殖した植物、根、根茎、茎、根の先端などを含む。また、芽生え、未成熟および成熟などの任意の発達段階も含まれる。「植物の種子」に言及する場合、自家受粉または他家受粉させた後に、植物を生育させる種子または植物上で産生される種子を意味する。
【００１１】
「植物品種」とは、公知の最下位の同一の植物学的な分類群に属する植物の群であり、これは、（植物育種者の権利を認識するための条件が満たされているかどうかにかかわらず）特定の遺伝子型または遺伝子型の組み合わせに起因する特徴の発現に基づいて定義することができ、これらの特徴の少なくとも１つの発現により他のいかなる植物群とも区別することができ、かつ、変質することなく増殖できるため、１つのまとまりとみなすことができる。したがって、１つまたは２つの遺伝子座または遺伝子（またはこれらの特定の遺伝子に起因する表現型の特徴）の存在によって、植物品種のすべてが特徴付けられるが、他の遺伝子座または遺伝子については互いに大きく異なり得る場合には、例え同じ種類の植物であっても、植物群を示すために、「植物品種」の用語を用いることはできない。
【００１２】
「Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３など」とは、２つの親植物または親系統間の交配に続く連続した同族の世代を意味する。２つの植物または系統を交配して産生された種子から生育された植物は、Ｆ１世代と呼ばれる。Ｆ１植物を同系交配することによりＦ２世代などが得られる。
【００１３】
「Ｆ１交配種」植物（またはＦ１交配種種子）とは、２つの近交系親系統を交配して得られる世代である。したがって、Ｆ１交配種種子は、Ｆ１交配植物が生育する種子である。Ｆ１交配種は、雑種強勢に起因して、より丈夫であり、より高収量である。近交系統は、基本的にゲノム中のほとんどの遺伝子座においてホモ接合性である。
【００１４】
「植物系統」または「育種系統」とは、植物およびその後代を意味する。本明細書中で使用される場合、用語「近交系」とは、繰り返し同系交配し、ほぼホモ接合性である植物系統を意味する。したがって、「近交系」または「親系統」とは、複数の世代（例えば、少なくとも５、６、７またはそれ以上）にわたり同系交配し、その結果、高い均一性を有する植物系統を有する植物を意味する。
【００１５】
用語「対立遺伝子」は、特定の遺伝子座における遺伝子の１つ以上の代替形態のいずれかを意味し、その対立遺伝子のいずれも、特定の遺伝子座における１つの形質または特徴に関連する。生物の二倍体細胞において、特定の遺伝子の対立遺伝子は、染色体上の特定の位置、または遺伝子座に位置する。１つの対立遺伝子は、相同染色体対の各染色体上に存在する。二倍体植物種は、特定の遺伝子座に多数の異なる対立遺伝子を含み得る。これらは、遺伝子の同一の対立遺伝子（ホモ接合性）または２つの異なる対立遺伝子（ヘテロ接合性）であり得る。したがって、例えば、本明細書においては、収量遺伝子座ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１の「収量対立遺伝子」に言及する。
【００１６】
用語「遺伝子」は、細胞内でメッセンジャーＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）に転写される領域（転写領域）と、作動可能に連鎖した調節領域（例えば、プロモーター）とを含む（ゲノム）ＤＮＡ配列を意味する。したがって、遺伝子の異なる対立遺伝子は、遺伝子の異なる代替形態であり、これは、例えば、ゲノムＤＮＡ配列（例えば、プロモーター配列、エクソン配列、イントロン配列など）の１つ以上のヌクレオチドにおける相違、ｍＲＮＡおよび／またはコードされるタンパク質のアミノ酸配列における相違の形態であり得る。
【００１７】
用語「遺伝子座」は、例えばＱＴＬ、遺伝子または遺伝子マーカーが存在する、染色体上の特定の場所（place）もしくは複数の場所（places）または部位を意味する。したがって、収量遺伝子座（または収量増加遺伝子座）は、ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１が存在する、キュウリのゲノム中の位置である。栽培キュウリでは、ＱＴＬは第２染色体上および第６染色体上にそれぞれ存在する（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびhttp://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/の染色体の配置を使用）、すなわち、ＱＴＬは野生または原種のキュウリ受託物から栽培キュウリのゲノム（すなわち第２染色体および第６染色体）に移入される。
【００１８】
「量的形質遺伝子座」または「ＱＴＬ」とは、連続的に分布する（量的）表現型の表現度に影響を与える１つまたは複数の対立遺伝子をコードする染色体座である。量的形質遺伝子座（または「収量ＱＴＬ」）を与える収量は、本明細書中ではＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と命名される。
【００１９】
「キュウリゲノム」および「キュウリゲノム上の物理的位置」および「第２染色体」および／または「第６染色体」とは、栽培キュウリの物理的ゲノム、ワールド・ワイド・ウェブicugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/、ならびに物理的染色体および染色体上の物理的な位置を意味する。したがって、例えば、ＳＮＰ＿０１は、０〜２３．１７Ｍｂ（すなわち、２３，１７４，６２６塩基）の物理的サイズを有する第２染色体の第４３３，０８６番ヌクレオチドに物理的に位置するヌクレオチド（または「塩基」）に位置する。同様に、ＳＮＰ＿１２は、０〜２９．０７Ｍｂ（すなわち２９，０７６，２２８塩基）の物理的サイズを有する第６染色体の第２６，８３３，９０７番に位置するヌクレオチド（または「塩基」）に位置する。
【００２０】
同一の染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「物理的距離」とは、塩基または塩基対（ｂｐ）、キロ塩基またはキロ塩基対（ｋｂ）またはメガ塩基またはメガ塩基対（Ｍｂ）で表される実際の物理的距離である。
【００２１】
同一の染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「遺伝的距離」は、交差頻度または組換え頻度（ＲＦ）により測定され、センチモルガン（ｃＭ）で表される。１ｃＭは、１％の組換え頻度に相当する。組換え体が見つからない場合、ＲＦは０であり、遺伝子座は物理的に極めて接近しているか、または同一である。２つの遺伝子座が離れるほど、ＲＦは高くなる。
【００２２】
「遺伝子移入断片」または「遺伝子移入部分（introgression segment）」または「遺伝子移入領域」とは、交配または従来的な育種技術、例えば戻し交配によって同一または同族の種の別の植物に導入された染色体断片（または染色体部分または領域）を意味し、すなわち、遺伝子移入された断片は、動詞「移入する（to introgress）」（例えば戻し交配）によって言及される育種方法の結果である。キュウリにおいては、野生もしくは原種のキュウリ受託物（例えば在来種）、または栽培キュウリの近縁野生種は、栽培されたCucumis sativus var. sativus L.のゲノム中に野生型ゲノムの断片を遺伝子移入するために用いることができる。したがって、このような栽培キュウリは、“栽培されたCucumis sativus var. sativusのゲノム”を有するが、野生もしくは原種のキュウリ（例えば在来種）またはキュウリの近縁野生種のゲノム断片、例えば、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesisまたは他の野生キュウリもしくはキュウリの近縁野生種などの同族の野生Cucumis sativusゲノムをゲノム中に含む。したがって、栽培キュウリのゲノムを含み、当該ゲノム中に、遺伝子移入フラグメントを含まない（および遺伝子移入を有さない栽培キュウリの第２染色体および第６染色体を有する）栽培キュウリと比較して収量を向上させる、第２染色体および／または第６染色体上に１つまたは２つの遺伝子移入断片が含まれる栽培キュウリが本明細書において提供される。用語「遺伝子移入断片」は、染色体全体を含むことはなく、染色体の一部のみを含むことが理解される。遺伝子移入断片は大きくてもよく、例えば、染色体の４分の３または半分であるが、好ましくは、約１５Ｍｂ以下、約１０Ｍｂ以下、約９Ｍｂ以下、約８Ｍｂ以下、約７Ｍｂ以下、約６Ｍｂ以下、約５Ｍｂ以下、約４Ｍｂ以下、約３Ｍｂ以下、約２．５Ｍｂまたは２Ｍｂ以下、約１Ｍｂ（１，０００，０００塩基対に等しい）以下、または約０．５Ｍｂ（５００，０００塩基対に等しい）以下、約２００，０００ｂｐ（２００キロ塩基対に等しい）以下、約１００，０００ｂｐ（１００ｋｂ）以下、約５０，０００ｂｐ（５０ｋｂ）以下、約２５，０００ｂｐ（２５ｋｂ）以下のように、より小さいことが好ましい。
【００２３】
「栽培キュウリ」または「食用キュウリ（domesticated cucumber）」とは、人間により栽培され、良好な農業特性を有し、特に、大きさおよび品質および均一性が良好な食用で市場性の高い果実を産生するCucumis sativus var. sativus植物、すなわち品種、育種系統または栽培品種を意味し、これらの植物は、「野生キュウリ」または「原種キュウリ」植物、すなわち一般に栽培植物よりも収量が非常に低く、非常に低い農業特性を有し、遺伝的にも、生理学的および／または形態学的特性においても均一性が低い植物ではない。「野生植物」には、例えば、生態型（ecotype）、在来種または野生寄託物または近縁野生種が含まれる。Qi et al., Nature Genetics, December 2013, Vol 45, No. 12, pages 1510-1518の表１に記載されているように、栽培キュウリ植物（系統または品種）は、ゲノム中の有意に少ない量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）によって、および有意に低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下）によって、野生または原種キュウリ受託物と区別することもできる。ＳＮＰの数、ＩＮＤＥＬの数およびヌクレオチド多様性は、本明細書、特に「オンライン方法」の項に記載されるように決定することができる。
【００２４】
「インドキュウリ群」とは、ゲノム中に多数のＳＮＰ（３，０００，０００より多いＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；２００，０００より多いＩＮＤＥＬ）を有し、高いヌクレオチド多様性（３．０×１０−３πより高く、さらには４．０×１０−３πよりも高い）を有する、インドの野生キュウリまたは近縁野生種を意味する。
【００２５】
「ユーラシアキュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１，５００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満）を有する、中央または西アジア、ヨーロッパおよび米国の栽培キュウリを意味する。
【００２６】
「東アジアキュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１５０，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満、または１．５×１０−３π未満）を有する、中国、韓国および日本などの東アジアの栽培キュウリを意味する。
【００２７】
「シーサンパンナ（Xishuangbanna）キュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２００，０００未満のＳＮＰ、または１５０，０００未満のＳＮＰ、または１００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満、または１．５×１０−３π未満）を有する、中国のシーサンパンナ地域のキュウリを意味する。
【００２８】
「野生キュウリ」または「原種キュウリ」とは、一般に栽培植物よりも収量が非常に低く、非常に低い農業特性を有し、遺伝的にも、生理学的および／または形態学的特性においても均一性が低いC. sativus var. sativusを意味する。野生植物には、例えば、生態型（ecotype）、在来種または野生寄託物または近縁野生種が含まれる。
【００２９】
「キュウリの近縁野生種」とは、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesisを意味する。
【００３０】
「在来種」とは、局地的な地理的領域内で生育するCucumis sativus var. sativusの原始的栽培品種を意味し、しばしばゲノムにおいて高度の遺伝的変異を示し、在来種内での高度の形態学的および／または生理学的変異（例えば、果実の大きさの変化など）を示し、栽培キュウリと比較して極めて低い均一性を示す。したがって、本明細書において、在来種は「野生キュウリ」群に含まれ、「栽培キュウリ」とは区別される。
【００３１】
「均一性（uniformity）」または「均一（uniform）」は、植物系統または品種における遺伝的特性および表現型特性に関する。近交系は、数世代にわたる同系交配によって産生されるため、遺伝的に高度に均一である。同様に、そのような近交系から産生されるＦ１交配種は、遺伝子型および表現型の特性および能力の点で高度に均一である。
【００３２】
用語「収量対立遺伝子（yield-allele）」は、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種から栽培されたキュウリ中（栽培C. sativus var. sativusの第２および第６染色体上）に移入された収量遺伝子座ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１に存在する対立遺伝子を意味する。したがって、用語「収量対立遺伝子」は、他のキュウリ属受託物から得られる収量対立遺伝子をも含む。１つまたは２つの収量対立遺伝子がゲノム中の遺伝子座に存在する場合（すなわち、ヘテロ接合型またはホモ接合型の場合）、その植物系統または品種は、ＱＴＬを含まない遺伝的対照と比較して有意に高い果実収量をもたらす。遺伝子移入断片を含まない栽培キュウリ植物において、第２染色体および／または第６染色体上の同一遺伝子座に存在するC. sativus var. sativusの対立遺伝子は、本明細書において「野生型」対立遺伝子（ｗｔ．）と呼ばれる。収量ＱＴＬは優性であるため、ｗｔ／ｗｔ植物は正常収量を示すを示すのに対して、ＱＴＬ２．１／ｗｔ植物および／またはＱＴＬ６．１／ｗｔ植物、ならびにＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１植物および／またはＱＴＬ６．１／ＱＴＬ６．１植物は、収量対立遺伝子により収量表現型が増強された植物である。本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの遺伝子型はまた、野生型を示すか、またはホモ接合型もしくはヘテロ接合型のＱＴＬのいずれかを示す。例えば、野生型を示す遺伝子型が「ＡＡ」（ｗｔ／ｗｔ）であるのに対し、ＱＴＬ２．１を示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は「ＡＧ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）または「ＧＧ」（ＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１）である。
【００３３】
形質（例えば収量）をもたらす遺伝要素、遺伝子移入断片、または遺伝子もしくは対立遺伝子は、植物または種子または組織または細胞「から得ることができる（obtainable from）」もしくは「から得る（obtained from）」ことができる、または「から導かれ得る（derivable from）」もしくは「から由来し（derived from）」得ると言われるか、または、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子によりもたらされる形質の付加以外に受容植物（recipient plant）の表現型の変化をもたらすことなく、従来の育種技術を用いて、それが存在する植物または種子から、それが存在しない別の植物または種子（例えば、系統または品種）に移すことができる場合には、植物または種子または組織または細胞に「に存在する（as present in）」または「に見出される（as found in）」と言われる。これらの用語は互換的に使用され、したがって遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子は、その形質を含まない他の任意の遺伝的背景に移入することができる。遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を含む寄託された種子を使用することができるだけでなく、寄託された種子またはその子孫から開発された商業品種のような、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を保持するように選択された種子の後代／子孫も使用することができ、本明細書に包含される。植物（または植物のゲノムＤＮＡ、細胞または組織）が、寄託された種子から得ることができるものと同一の遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を含むかどうかは、当業者であれば、表現型アッセイ、全ゲノム配列決定、分子マーカー分析、形質マッピング、染色体ペインティング、対立性検定などの、本技術分野で公知の１つもしくは複数の技術、またはこれらの技術の組み合わせを用いて決定することができる。
【００３４】
「変異」もしくは「オーソロガス」配列または「変異ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１」とは、ＮＣＩＭＢ４２２６２に存在するＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１よりもむしろ、異なる野生キュウリまたはキュウリ植物の近縁野生種由来のＱＴＬ（ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１）またはこれらを含む遺伝子移入断片を産生するが、それらの変異が、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１に連鎖した１つまたは複数のＳＮＰを含み、変異ゲノム配列が、ＳＮＰ（配列番号１〜３０のいずれか１つ）を含む配列番号と実質的な配列同一性、すなわち少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有する。したがって、本明細書において、特定のゲノム配列（配列番号１〜配列番号３０から選択される）における特定のＳＮＰ遺伝子型に言及する場合、ゲノム配列が変異したＳＮＰ遺伝子型、すなわち、言及された配列（配列番号１〜配列番号３０から選択される）と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有するゲノム配列のＳＮＰ遺伝子型も包含する。したがって、本明細書において、一つの態様における配列番号１〜３０のいずれか１つについて言及する場合、配列番号１〜３０のいずれか１つの変異体を包含し、前記変異体は、それらの配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有する。
【００３５】
本明細書において、特定の位置、例えば、配列番号１の、「またはその配列番号と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する配列の」、ヌクレオチド７５位のＳＮＰ遺伝子型に言及する場合、ＳＮＰ遺伝子型が、変異配列中、すなわち、その配列番号と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する配列中の同じヌクレオチド（例えば、配列番号１のヌクレオチド７５に対応する）に対応するヌクレオチドにおいて、変異配列中に存在することを意味する。例えば、変異配列は１または数ヌクレオチド短くてもよいが、一つの対を上記配列番号の変異配列と並べた場合、変異配列のどのヌクレオチドが同じヌクレオチドに対応するかが理解される。変異配列において、例えば、上記配列のヌクレオチド７５に対応する変異配列のヌクレオチド番号７６または７４であり得る。
【００３６】
「収量」または「果実収量」または「平均収量」とは、植物当たりの（直径１．５ｃｍ以上の）平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または１回の収穫時における植物当たりの（直径１．５ｃｍ以上の果実の）平均果実重量（グラム）（ＧｒＰＰ）である。１回のの収穫時は栽培者の慣例に従い、１．５ｃｍ〜５．０ｃｍの直径を有する果実の数が最大となるように選択される。所望の果実の大きさに応じて、果実の約５％、約１０％、約１５％または約２０％が特大となる（すなわち、５．０ｃｍ以上の果実直径を有する）ときに、一般的に収穫時に達する。収穫は手作業または機械収穫のいずれかで行われる。したがって、一つの態様において、植物当たりの果実はすべて収穫され、少なくとも１．５ｃｍの直径を有するもののみが計数および／または計量される（すなわち、特大の果実を含め、少なくとも１．５ｃｍの直径を有するすべての果実が計数および／または計量される）。これは、同じ条件で生育させた各植物系統または品種について行われ、各系統または品種の平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰが計算される。
【００３７】
「増加した果実収量」または「有意に増加した果実収量」とは、ＱＴＬ２．１を含む第２染色体上の遺伝子移入断片および／またはＱＴＬ６を含む第６染色体上の遺伝子移入断片を含み、第２および第６染色体上の遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照キュウリと比較して、同じ環境条件下における収量試験で生育させた場合に、植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）が（ＱＴＬにより）統計的に有意に高い栽培キュウリ植物を意味する。好ましくは、遺伝子移入を有する十分な植物、および遺伝子移入を欠く（すなわち、遺伝的対照）十分な植物（例えば、系統当たり少なくとも１０、１５、２０、３０、４０またはそれ以上の植物）を用いて、いくつかの場所（２、３またはそれ以上）において、複数回（２、３またはそれ以上）野外試験が行われる。
【００３８】
「遺伝的対照」とは、第２および第６染色体上に遺伝子移入を有さない、すなわち第２および第６染色体が「野生型」である、すなわち栽培キュウリのゲノムであることを除いては、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入を含むキュウリ植物と同じまたは非常に類似する栽培品種ゲノムを有するキュウリ系統、品種または交配種である。例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子は、第２および第６染色体上のＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入系統と選抜育種系統（elite breeding line）との間で作製された試験交配種の種子であり、一方、ＮＣＩＭＢ４２２６１として寄託された遺伝的対照は、遺伝子移入系統（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を欠いている）および同じ選抜育種系統の反復親の種子である。
【００３９】
用語「マーカーアッセイ」は、栽培されたC. sativus var. sativusの第２および／または第６染色体上に、野生キュウリ由来、またはキュウリの近縁野生種由来の遺伝子移入であって、収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６）を含む遺伝子移入断片が存在するかどうか（または野生キュウリもしくはキュウリの近縁野生種がそのゲノム中にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含むかどうか）を、ＱＴＬ２．１に連鎖する任意の１つ以上のマーカーの遺伝子型、例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１から選択される１つ以上のＳＮＰマーカー、および／またはＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の間の野生キュウリゲノム特異的もしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的なマーカー、および／または７ｃＭもしくは５ｃＭ以内のこれらのマーカーのいずれか一つ、および／または５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の範囲内のこれらのマーカーのいずれか一つの遺伝子型、ならびに／またはＱＴＬ６．１に連鎖する任意の１つ以上のマーカーの遺伝子型、例えば、ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０から選択される１つ以上のＳＮＰマーカー、および／またはＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の間の野生キュウリゲノム特異的もしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的なマーカー、および／または７ｃＭもしくは５ｃＭ以内のこれらのマーカーのいずれか一つ、および／または５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の範囲内のこれらのマーカーのいずれか一つの遺伝子型を決定することにより試験するために使用され得る分子マーカーアッセイを意味する。２つのマーカーの「間の」マーカーは、染色体上のマーカーの間に物理的に位置している。
【００４０】
本明細書において、「平均値（average）」または「平均（mean）」とは、算術平均を意味し、いずれの用語も同じ意味で使用される。したがって、用語「平均値」または「平均」は、いくつかの測定結果の算術平均を意味する。当業者であれば、植物系統または品種の表現型は、生育条件にある程度依存するため、少なくとも１０、１５、２０、３０、４０、５０個またはそれ以上の植物（または植物部分）の算術平均を、好ましくは、同じ実験において同じ条件下で生育させたいくつかの複製物および適切な対照植物を使用した無作為化された実験計画で測定する。「統計学的に有意な」または「統計的に有意に」異なるまたは「有意に」異なるとは、適切な対照（例えば、本明細書における遺伝的対照）と比較した場合に、その特性（例えば、ｐ値は０．０５未満であり、ＡＮＯＶＡを用いる）において、対照（の平均）と統計的に有意な差異を示す植物系統または品種の特徴を意味する。
【００４１】
「組換え染色体」とは、相同染色体間の交差を介して生じる新しい遺伝子構成を有する染色体、例えば「組換え第２染色体」または「組換え第６染色体」を意味するものであり、すなわち、第２または第６染色体対の相同染色体間のまれな交差イベントによって生じる、いずれの親植物にも存在しない第２または第６染色体である。本明細書においては、例えば、キュウリの組換え第２および６染色体が提供され、それぞれが収量ＱＴＬを有する。
【００４２】
本明細書において用語「従来の育種技術」は、育種家に公知なように、交配、戻し交配、同系交配、選抜、倍加半数体産生、胚救出、マーカー利用選抜、突然変異育種等（すなわち、遺伝子改変／形質転換／遺伝子組み換え法以外の方法）を含み、これによって例えば、組換え第２または第６染色体を取得、同定および／または導入することができる。
【００４３】
「戻し交配」とは、収量ＱＴＬのような（単一の）形質を、劣性の遺伝的背景（例えば、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種；「ドナー」とも呼ばれる）から、優性の遺伝的背景（「反復親」とも呼ばれる）、例えば栽培キュウリに導入することができる育種方法を意味する。交配の産物（例えば、野生キュウリもしくはキュウリの近縁野生種と、栽培キュウリとを交配させて得たＦ１植物、またはＦ１植物を同系交配して得たＦ２植物またはＦ３植物）は、優性の遺伝的背景を有する親、たとえば栽培親に「戻し交配」される。戻し交配を繰り返した後、劣性の遺伝的背景の形質が優勢な遺伝的背景に組み込まれる。
【００４４】
「マーカー利用選抜」または「ＭＡＳ」は、特定の遺伝子座または領域（遺伝子移入断片）の有無により植物を選択するために、特定の遺伝子座または特定の染色体領域（例えば、遺伝子移入断片）に遺伝的に連鎖する分子マーカーの存在を利用する方法である。例えば、収量ＱＴＬに遺伝的に連鎖する分子マーカーは、第２および／または第６染色体上に収量ＱＴＬを有するキュウリ植物を検出および／または選択することができる。分子マーカーと遺伝子座の遺伝子連鎖が近接しているほど（例えば、約７ｃＭ、６ｃＭ、５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭ、０．５ｃＭまたはそれ未満）、減数分裂性組換えによりマーカーが遺伝子座から分離しにくくなる。同様に、２つのマーカーが互いに近接して連鎖しているほど（例えば、７ｃＭまたは５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭまたはそれ未満の範囲内）、それら２つのマーカーが互いに分離しにくくなる（かつ、それらが一つの単位として共分離しやすくなる）。
【００４５】
別のマーカーの「７ｃＭ以内または５ｃＭ以内」のマーカーとは、マーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側の）７ｃＭまたは５ｃＭの領域内に遺伝的に位置するマーカーを意味する。同様に、他のマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂまたはそれ未満の範囲内のマーカーとは、そのマーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側の）５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂまたはそれ未満の範囲内に物理的に位置するマーカーを意味する。
【００４６】
「ＬＯＤスコア」（対数（底数１０）オッズ）とは、動物および植物集団における連鎖解析にしばしば用いられる統計的試験を意味する。ＬＯＤスコアは、２つの遺伝子座（分子マーカー遺伝子座および／または表現型形質遺伝子座）が実際に連鎖している場合、試験データを得る可能性と、純粋に偶然によって同じデータを観察する可能性とを比較する。陽性のＬＯＤスコアは連鎖の存在を支持し、３．０を超えるＬＯＤスコアは連鎖の証拠と考えられる。３以上のＬＯＤスコアは、観察された連鎖が偶然に起こったものではないことを１０００対１の確率で示す。
【００４７】
本明細書において、「植物繁殖」、「栄養生殖」または「クローン増殖」は同様の意味で使用され、植物の一部を採取し、その植物部分から少なくとも根を形成させる方法を意味し、植物部分は、例えば、葉、花粉、胚、子葉、胚軸、細胞、プロトプラスト、分裂組織細胞、根、根端、雌しべ、葯、花、茎頂、芽、茎、果実、葉柄等であるか、または（例えば、切断することにより）それらに由来する。植物全体を栄養繁殖によって再生する場合、栄養繁殖ともいう。
【００４８】
「細胞培養物」または「組織培養物」とは、植物の細胞または組織のin vitro培養物を意味する。
【００４９】
「再生」とは、細胞培養物もしくは組織培養物または栄養繁殖からの植物の発生を意味する。
【００５０】
「導入遺伝子」または「キメラ遺伝子」とは、アグロバクテリウムによる形質転換等の形質転換によって植物のゲノムに導入された組換え遺伝子のようなＤＮＡ配列を含む遺伝子座を意味する。ゲノム中に安定的に組み込まれた導入遺伝子を含む植物は、「遺伝子組み換え植物」と呼ばれる。
【００５１】
「単離された核酸配列」または「単離されたＤＮＡ」とは、それが単離された天然の環境にもはや存在しない核酸配列、例えば、細菌宿主細胞または植物の核もしくは色素体のゲノムにおける核酸配列を意味する。
【００５２】
「宿主細胞」または「組換え宿主細胞」または「形質転換細胞」とは、細胞に導入された少なくとも１つの核酸分子の結果として生じる新たな個々の細胞（または生物）を意味する用語である。宿主細胞は、好ましくは植物細胞または細菌細胞である。宿主細胞は、染色体外（エピソーム）複製分子として核酸を含んでいてもよく、または宿主細胞の核もしくは色素体のゲノムに組み込まれた核酸を含んでいてもよく、または導入された染色体、例えばミニ染色体として含んでいてもよい。
【００５３】
「配列同一性」および「配列相同性」は、グローバルまたはローカルアラインメントアルゴリズムを用いて、２つのペプチドまたは２つのヌクレオチド配列のアラインメントによって決定することができる。配列は、例えば、ＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「ｎｅｅｄｌｅ」（初期パラメータを使用する、下記参照）によって最適にアラインメントした場合、「実質的に同一」または「本質的に相同」と称され得る。これらのプログラムは、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのグローバルアラインメントアルゴリズムを使用して、２つの配列を全長にわたってアラインメントし、一致の数を最大にし、ギャップの数を最小限にする。一般的に、（ヌクレオチドおよびタンパク質のアラインメントの両方について）ギャップ生成ペナルティー＝１０およびギャップ伸長ペナルティー＝０．５の初期パラメータが使用される。ヌクレオチドについては、使用される初期スコアマトリックスはＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質については、初期スコアマトリックスはＢｌｏｓｕｍ６２（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919）である。配列アライメントおよびパーセンテージ配列同一性のスコアは、例えば、ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/WORM)においてワールド・ワイド・ウェブ上で入手可能なＥＭＢＯＳＳ等のコンピュータープログラムを用いて決定することができる。あるいは、配列相同性または同一性は、ＦＡＳＴＡやＢＬＡＳＴ等のデータベースを検索することによって決定され得るが、配列同一性を比較するために一致を検索し対に整列すべきである。２つのタンパク質もしくは２つのタンパク質ドメイン、または２つの核酸配列は、配列同一性のパーセンテージが少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上（例えば、少なくとも９９．１，９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９またはそれ以上（初期パラメータ、すなわちギャップ生成ペナルティー＝１０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．５を使用して、核酸についてＤＮＡＦＵＬＬおよびタンパク質についてＢｌｏｓｕｍ６２のスコアマトリックスを使用して、Ｅｍｂｏｓｓ「ｎｅｅｄｌｅ」により決定され
る）である場合に、「実質的な配列同一性」を有する。
【００５４】
参照配列と「実質的な配列同一性」を有するか、または少なくとも８０％の配列同一性、例えば少なくとも、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．９％の核酸配列同一性を有する核酸配列（例えば、ＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）について言及する場合、一つの実施形態では、前記ヌクレオチド配列は、所定のヌクレオチド配列と実質的に同一であるとみなされ、かつストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。別の実施形態では、核酸配列は、所定のヌクレオチド配列と比較して１つ以上の突然変異を含むが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。
【００５５】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、所定のヌクレオチド配列と実質的に同一であるヌクレオチド配列を同定するために使用することができる。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況で異なる。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨでの特定の配列の熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全に適合したプローブにハイブリダイズする温度（規定されたイオン強度およびｐＨの下で）である。典型的には、塩濃度がｐＨ７で約０．０２モルであり、温度が少なくとも６０℃であるストリンジェントな条件が選択される。塩濃度を下げることおよび／または温度を上昇させるこによりストリンジェンシーが増加する。ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば、１００ｎｔのプローブを用いるノーザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、６３℃で２０分間、０．２×ＳＳＣ中で少なくとも１回の洗浄または同等の条件を含むものである。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば、１００ｎｔのプローブを用いるサザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、少なくとも５０℃、通常は約５５℃の温度で２０分間、０．２×ＳＳＣ中で少なくとも１回の洗浄（通常は２回）または同等の条件で行う。また、Sambrook et al. (1989)およびSambrook and Russell (2001)も参照されたい。
【００５６】
詳細な説明
本発明は、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種から移入された１つまたは２つの収量ＱＴＬを含む、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物に関する。特に、収量の増大は、栽培キュウリの第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片によって付与され、前記遺伝子移入断片は、Cucumis sativus var. sativus種の野生植物またはキュウリの近縁野生種に由来する。
【００５７】
本明細書において、収量ＱＴＬを有する第２または第６染色体上の遺伝子移入断片に言及する場合、様々な大きさの遺伝子移入断片、例えば、すべてのＳＮＰマーカー（第２染色体上の断片についてはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、またはこれらの間の任意のマーカー、第６染色体上の断片についてはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、またはこれらの間の任意のマーカー）を含むＮＣＩＭＢ４２２６２に見出される断片、また、より小さい（例えば、１、２、３または４このＳＮＰマーカーを含む）が、栽培キュウリゲノム中で遺伝子移入断片がヘテロ接合型またはホモ接合型である場合には有意に増強された収量を付与するのに十分な大きさを維持している遺伝子移入断片を含む。
【００５８】
本明細書において、遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片上に存在する収量ＱＴＬ）の存在を示すＳＮＰマーカーに言及する場合、遺伝子移入断片の指標であるＳＮＰ遺伝子型、すなわち、表５および表６および以下に提供されるようなＳＮＰ遺伝子型に言及していることが理解される。これらの表に示されるように、ＳＮＰマーカー遺伝子型は、ホモ接合型またはヘテロ接合型の遺伝子移入断片を区別することができることに留意されたい。ホモ接合型ではヌクレオチドは同一であるが、ヘテロ接合型ではヌクレオチドは同一ではない。遺伝子移入断片を欠いている「野生型」染色体のＳＮＰ遺伝子型は、表５および６（反復親の遺伝子型の下）にも列挙されている他の遺伝子型である。したがって、例えばＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片を示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は、「ＡＧ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）または「ＧＧ」（ＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１）であり、野生型／遺伝的対照（遺伝子移入断片を欠く）を示すＳＮＰ遺伝子型は、「ＡＡ」（ｗｔ／ｗｔ）である。したがって、ホモ接合型またはヘテロ接合型の遺伝子移入断片を含む植物または植物部分（例えば、細胞）に言及する場合、遺伝子移入断片に連鎖したＳＮＰマーカーは、対応するＳＮＰ遺伝子型を有することが理解される。
【００５９】
したがって、一つの態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で有する栽培されたCucumis sativus var. sativus植物が提供され、前記遺伝子移入断片がキュウリ果実収量の増加をもたらす。
【００６０】
第２染色体上のＱＴＬは、第２染色体のヌクレオチド４３３，０８６ｂｐから始まり、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域に位置する。したがって、一つの態様では、遺伝子移入断片は、ＱＴＬ２．１またはその変異型を有する野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来し、第２染色体のヌクレオチド４３３，０８６ｂｐから始まり、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域のすべての部分を含む。
【００６１】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片（ＱＴＬ２．１またはその変異型を含む）は、第２染色体の４３３，０８６ｂｐから始まり、２，９５８，６５８ｂｐで終わる領域のより小さい断片（一部）を含む断片であって、例えば、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の大きさであり、ＱＴＬまたはその変異型を含む。一つの態様では、その部分は少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれより大きい大きさである。
【００６２】
一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異型を含む野生キュウリまたはキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片を含み、遺伝子移入断片は、物理的第２染色体の０．４Ｍｂから始まり、３Ｍｂで終わる領域、別の態様では０．３Ｍｂから始まり、４Ｍｂで終わる領域のすべての部分を含む。
【００６３】
第６染色体上のＱＴＬは、第６染色体の端部に位置しており、第６染色体のヌクレオチド２６，８３３，９０７ｂｐから始まり、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域に位置する。したがって、一つの態様では、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片は、ＱＴＬ６．１またはその変異型を有し、第６染色体のヌクレオチド２６，８３３，９０７ｂｐから始まり、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域のすべての部分を含む。
【００６４】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片（ＱＴＬ６．１またはその変異型を含む）は、第６染色体の２６，８３３，９０７ｂｐから始まり、２８，７９９，８４４ｂｐで終わる領域のより小さい断片（一部）を含む断片であって、例えば、１．９Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の大きさであり、ＱＴＬまたはその変異型を含む。一つの態様では、その部分は少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれより大きい大きさである。
【００６５】
一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＱＴＬ６．１またはその変異型を含む野生キュウリまたはキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片を含み、遺伝子移入断片は、物理的第６染色体の２６Ｍｂから始まり、終端、すなわち２９．０７Ｍｂで終わる領域、別の態様では、第６染色体の２５Ｍｂから始まり、終端で終わる領域のすべての部分を含む。
【００６６】
キュウリの果実収量の増加は、同じ環境下で生育させた場合に、第２および第６染色体上の遺伝子移入断片を欠いている遺伝的対照系統または品種と比較した場合の、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で有する栽培キュウリ植物系統または品種における（統計的に）有意に高い植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）として、および／または、同じ環境下で生育させた場合に、遺伝子移入断片を欠いている遺伝的対照系統または品種と比較した場合の、遺伝子移入断片を有する植物系統または品種における有意に高い植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）として、表現型として発現する。
【００６７】
したがって、本明細書において、異なった栽培キュウリ植物が提供され、第２染色体上の遺伝子移入断片（ＱＴＬ２．１を含む）をホモ接合型もしくはヘテロ接合型で含むか、または第６染色体上の遺伝子移入断片（ＱＴＬ６．１を含む）をホモ接合型もしくはヘテロ接合型で含むか、または両方の遺伝子移入断片（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１）であって、いずれか一つがホモ接合型もしくはヘテロ接合型である遺伝子移入断片を含む。
【００６８】
したがって、本発明の植物は、１、２、３または４つの組換え染色体、すなわち１または２つの組換え第２染色体および／または１または２つの組換え第６染色体を有する栽培キュウリゲノムを含む。組換え染色体は、野生キュウリ（またはキュウリの近縁野生種）の断片を有し、分子マーカー解析、全ゲノム配列決定、染色体彩色および類似の技術によって、栽培キュウリゲノムと容易に区別される。
【００６９】
一つの態様では、植物または植物細胞または植物組織のゲノム中（またはそれらから抽出されたＤＮＡ中）第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片の存在は、遺伝子移入断片の１つまたは複数の分子マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。しかしながら、上述したように、他の技術を使用することも可能であり、例えば、マーカーのＳＮＰ遺伝子型は、配列決定によって、または本明細書において提供されるＳＮＰマーカーの間、または本明細書で提供されるマーカーの７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ以内、または本明細書で提供されるマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂもしくはそれ未満の範囲内に位置する他のマーカーを用いることによって決定され得る。
【００７０】
第２染色体上の遺伝子移入断片（収量ＱＴＬ２．１）を含むキュウリ植物
一つの態様において、第２染色体上の遺伝子移入断片は、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｌ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つもしくは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００７１】
上述したように、当業者は、他の分子マーカー、例えば、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１の間、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のいずれか１つの７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ以内、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のいずれか１つの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂもしくはそれ未満の範囲内の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーを開発することもできる。このようなマーカーは、連続したヌクレオチド、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に見いだされる遺伝子移入断片の配列を決定し、その配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することもできる。
【００７２】
別の態様において、第２染色体上の遺伝子移入断片は、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２もしくは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０もしくは１１個全部のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００７３】
別の態様において、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物は、ホモ接合型またはヘテロ接合型である第２染色体上の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片はキュウリ果実収量の増加をもたらし、前記遺伝子移入断片は、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
からなる群から選択される、少なくとも２、３または４つ（または少なくとも５、６、７、８、９、１０または１１個）の連続するマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００７４】
ＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１は、遺伝子移入断片上に所定の順序で位置する。連続するマーカーとは、同じ連続順序のマーカーを意味し、例えば、２つの連続するマーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２、ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３、ＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４等であり得、３つの連続するマーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３、ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４等であり得る。
【００７５】
したがって、断片はより小さく、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のマーカーを欠いていてもよいが、栽培キュウリ植物に依然として収量の増加を付与することができる、すなわち、依然として収量対立遺伝子を有する。このようなより小さい遺伝子移入断片も、本発明の一つの実施形態である。より小さな遺伝子移入断片を有する植物は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に存在する遺伝子移入断片を含む植物から出発し、そのような植物を別の栽培キュウリ植物と交配させ、前記交配の後代を同系交配させて、第２染色体上により小さい遺伝子移入断片を有する組換え体を含む植物集団を生み出すことによって産生される。より小さな遺伝子移入断片の大きさを決定するために、マーカーアッセイを使用することができる。ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の１つ以上のＳＮＰマーカーが欠けていてもよい（すなわち、植物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のＳＮＰマーカーのみを含み得る）。このようなより小さい遺伝子移入断片を有する植物の収量は、本明細書に記載の収量実験において、すなわち、遺伝子移入断片を欠く適切な対照植物とともに、野外実験において、より小さい遺伝子移入断片を有する複数の植物を生育させることにより比較することができる。対照植物は、好ましくは遺伝的対照である。平均収量が対照より有意に高い場合、より小さい遺伝子移入断片はＱＴＬ２．１を保持している。
【００７６】
あるいは、同じまたは変異型ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１または変異型ＱＴＬ２．１）が異なる野生株から移入されてもよく、それによって、任意に、本明細書に開示されるすべてのＳＮＰマーカーは存在しない。そのような代替的な野生株は、マーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の遺伝子型を検出するマーカーアッセイを用いて野生型遺伝資源をスクリーニングすることにより、本明細書で提供されるＳＮＰマーカーを使用して同定することができる。他の供給源に由来する同じまたは変異体ＱＴＬ２．１を有する植物も、本発明の実施形態である。少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上のＳＮＰ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の連続するＳＮＰマーカーが収量増加遺伝子型を有する範囲において、その植物はＱＴＬ２．１（またはその変異体）を含む。当業者は、本明細書に記載の果実収量を増強するために、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。
【００７７】
特定の実施形態において、本発明の植物は、
ａ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｃ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、および
ｅ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型
からなる群から選択される、少なくとも一部のＳＮＰマーカー、すなわち少なくとも１、２、３、４または５つすべてのマーカーを含む遺伝子移入断片を含む。
【００７８】
したがって、遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片を有する栽培キュウリ植物または植物部分、例えば細胞）は、上記マーカーの１つ以上またはすべての遺伝子移入断片（すなわち、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝資源）のＳＮＰ遺伝子型を検出することによって、マーカーアッセイによって検出することができる。
【００７９】
さらに別の態様において、本発明の植物は、少なくともＳＮＰ＿０６を含む遺伝子移入断片を有し、すなわち、その遺伝子移入断片は、配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型を検出するマーカーアッセイにおいて検出される。隣接するマーカーであるＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７もまた任意に検出され、すなわち、遺伝子移入断片は、少なくともＳＮＰ＿０６および任意に以下のマーカーの少なくとも１つを検出するマーカーアッセイにおいて検出される：
−配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、および／または
−配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、および任意に
−ＳＮＰ＿０５とＳＮＰ＿０７の間の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー。
【００８０】
第６染色体上の遺伝子移入断片（収量ＱＴＬ６．１）を含むキュウリ植物
一つの態様において、第６染色体上の遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物または植物部分）は、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｔ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００８１】
上述したように、当業者は、他の分子マーカー、例えば、マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間、および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のいずれか１つの７ｃＭ以内もしくは５Ｍｂ以内、および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のいずれか１つの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂもしくはそれ未満の範囲内の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーを開発することもできる。このようなマーカーは、連続したヌクレオチド、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に見いだされる遺伝子移入断片を配列決定し、その配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することもできる。
【００８２】
別の態様において、第６染色体上の遺伝子移入断片は、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型、
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２もしくは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９個全部のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００８３】
別の態様において、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物は、ホモ接合型またはヘテロ接合型である第６染色体上の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片はキュウリ果実収量の増加をもたらし、、前記遺伝子移入断片は、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、および
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型
からなる群から選択される、少なくとも２、３または４つ（または少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８もしくは１９個）の連続するマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【００８４】
ＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０は、遺伝子移入断片上に所定の順序で位置する。連続するマーカーとは、同じ連続順序のマーカーを意味し、例えば、２つの連続するマーカーは、ＳＮＰ＿１２およびＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１３およびＳＮＰ＿１４、ＳＮＰ＿１４およびＳＮＰ＿１５等であり得、３つの連続するマーカーは、ＳＮＰ＿１２およびＳＮＰ＿１３およびＳＮＰ＿１４、ＳＮＰ＿１３およびＳＮＰ＿１４およびＳＮＰ＿１５等であり得る。
【００８５】
したがって、断片はより小さく、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のマーカーを欠いていてもよいが、栽培キュウリ植物に依然として収量の増加を付与することができる。すなわち、依然として収量対立遺伝子を有する。このようなより小さい遺伝子移入断片も、本発明の一つの実施形態である。より小さな遺伝子移入断片を有する植物は、例えば、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に存在する遺伝子移入断片を含む植物から出発し、そのような植物を別の栽培キュウリ植物と交配させ、前記交配の後代を同系交配させて、第６染色体上により小さい遺伝子移入断片を有する組換え体を含む植物集団を生み出すことによって産生される。より小さな遺伝子移入断片の大きさを決定するために、マーカーアッセイを使用することができる。ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の１つ以上のＳＮＰマーカーが欠けていてもよい（すなわち、植物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のＳＮＰマーカーのみを含み得る）。このようなより小さい遺伝子移入断片を有する植物の収量は、本明細書に記載の収量実験において、すなわち、遺伝子移入断片を欠く適切な対照植物とともに、野外実験において、より小さい遺伝子移入断片を有する複数の植物を生育させることにより比較することができる。対照植物は、好ましくは遺伝的対照である。平均収量が対照より有意に高い場合、より小さい遺伝子移入断片はＱＴＬ６．１を保持している。
【００８６】
あるいは、同じまたは変異体ＱＴＬ（ＱＴＬ６．１または変異体ＱＴＬ６．１）が異なる野生株から移入されてもよく、それによって、任意に、本明細書に開示されるすべてのＳＮＰマーカーは存在しない。そのような代替的な野生株は、マーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の遺伝子型を検出するマーカーアッセイを用いて野生型遺伝資源をスクリーニングすることにより、本明細書で提供されるＳＮＰマーカーを使用して同定することができる。他の供給源に由来するＱＴＬ６．１または変異体ＱＴＬ６．１を有する植物も、本発明の実施形態である。少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８個またはそれ以上のＳＮＰ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８個またはそれ以上のＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の連続するＳＮＰマーカーが収量増加遺伝子型を有する範囲において、その植物はＱＴＬ６．１（またはその変異体）を含む。当業者は、本明細書に記載の果実収量を増強するために、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。
【００８７】
特定の実施形態において、本発明の植物は、
−配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
−配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
−配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型、
からなる群から選択される、少なくとも一部のＳＮＰマーカー、すなわち少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２または１３個すべてのマーカーを含む遺伝子移入断片を含む。
【００８８】
特に、一つの態様において、本発明の栽培キュウリ植物は、
−配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
−配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
−配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、および、任意に、
−マーカーＳＮＰ＿１３とＳＮＰ＿１８との間および／またはマーカーＳＮＰ＿１８とＳＮＰ＿２８との間の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的なマーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカーを含む。
【００８９】
したがって、遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片を有する栽培キュウリ植物または植物部分、例えば細胞）は、上記マーカーの１つ以上またはすべての遺伝子移入断片（すなわち、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝資源）のＳＮＰ遺伝子型を検出することによって、マーカーアッセイによって検出することができる。
【００９０】
したがって、一つの態様において、２つの量的形質遺伝子座（ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１）が野生キュウリの第２および第６染色体上に存在することが見出され、これは、栽培されたキュウリ品種または育種系統に個別または組み合わせてに導入（移入）され、ヘテロ接合型またはホモ接合型で存在する場合、栽培キュウリ植物の果実収量を有意に増加させる。したがって、ＱＴＬまたはＱＴＬ（収量対立遺伝子を含む）を含む遺伝子移入断片は優性遺伝子あり、すなわち、第２または第６染色体の１つの上に遺伝子移入断片を有すこと（１つの組換え第２または第６染色体）で十分であるが、対の第２または第６相同染色体は、遺伝子移入断片を欠いている、栽培されたC. sativus var. sativusの（組換えされていない）第２または第６染色体であり得る。
【００９１】
２つの収量ＱＴＬの現在の供給源は単一の特定の野生株であるが、第２および／または第６染色体上の同じ遺伝子座にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む他の野生のCucumis sativus群が存在する可能性が高い。このような遺伝子座は、わずかに異なるヌクレオチド配列を有する収量対立遺伝子、すなわち本明細書に記載されている対立遺伝子（ＱＴＬ）の変異型を含み得る。このような変異型ＱＴＬは、本明細書に記載されているように、同定され、栽培キュウリに遺伝子移入されて、栽培されたC. sativus var. sativusのゲノムおよび組換え第２および／または第６染色体を含む栽培キュウリ植物を産生することもでき、それによって、組換え第２および／または第６染色体は、ホモ接合型またはヘテロ接合型で存在する場合に、栽培キュウリ植物に増強された収量表現型を付与する野生のCucumis sativus種の遺伝子移入断片を含む。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含むそのような野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を同定するために、マーカーアッセイにより、または配列比較もしくは他の方法によって、本明細書により提供される１つ以上のＳＮＰマーカーの存在に関して、野生群をスクリーニングすることができる。推定収量ＱＴＬ（または変異型ＱＴＬ）は、次いで、例えば、ＭＡＳを用いることにより、すなわち、本明細書により提供される１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを使用して組換え第２および／または第６染色体を含む後代植物（例えば、戻し交配植物）を検出および／または選択することにより、栽培されたキュウリに移入され得る。選択された植物、すなわち組換え第２および／または第６染色体を有し、第２染色体上の遺伝子移入断片がＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１（本明細書の他の箇所に記載）の１つ以上によって検出可能であり、第６染色体上の遺伝子移入断片がＳＮＰマーカーであるＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０（本明細書の他の箇所に記載）の１つ以上で検出可能である植物は、有意な収量増加を実際に引き起こしているのかどうかを決定するために、適切な対照植物、好ましくは少なくとも遺伝的対照と組み合わせて収量実験を行うことにより、表現型解析することができる。
【００９２】
野生キュウリおよびキュウリの近縁野生種の群は、USDA National Plant Germplasm Systemコレクションまたは他の種子コレクションから得ることができ、したがって、例えば、本明細書に記載のマーカーアッセイを使用して、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１の存在についてスクリーニングすることができ、１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば、ＱＴＬ２．１を示す少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１すべてのＳＮＰマーカー、および／またはＱＴＬ６を示す少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９すべてのＳＮＰマーカー）を含む群は、通常の野生型非組換え第２および第６染色体を有する栽培キュウリ植物と交配することができる。Ｆ２世代（またはＦ３または戻し交配世代などのさらなる世代）について、本明細書に記載される分子マーカーアッセイを用いて、遺伝子移入断片またはその一部を有する組み換え植物スクリーニングすることができる。
【００９３】
特定の実施形態において、収量ＱＴＬ２．１および／または収量ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、種子から誘導可能であり（または種子に由来し）、または種子から入手可能であり（または種子から得られるか、もしくは種子中に存在する）、その代表的な試料は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されており、またはその後代から得られる。後代は、記載されているように、ＱＴＬを示す１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを保持する任意の後代であり得る。したがって、後代は、寄託物のＦ１またはＦ２後代に限定されず、同系交配および／または他のキュウリ植物との交配によって得られたものであっても、いずれの子孫であってもよい。
【００９４】
一つの実施形態において、遺伝子移入断片は、本明細書の他の箇所に記載されている１つ以上のマーカー、特に第２染色体上の遺伝子移入断片についてはマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および第６染色体上の遺伝子移入断片についてはマーカーＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０によって同定することができる。一つの態様において、本発明は、増加した果実収量を含む栽培（栽培化した）キュウリのゲノムを有する栽培キュウリ植物を提供し、増加した果実収量は、栽培キュウリの第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片によって付与され、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはこの植物の後代（ＱＴＬに連鎖した、本明細書に開示された１つ以上のマーカーを含む）から栽培された植物を栽培キュウリ植物と交配させることによって得られる。
【００９５】
別の実施形態において、本発明は、第２および／または第６染色体上に野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物であって、遺伝子移入断片は、一つの態様では、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子「のもの」であり、「と同一」であり、「のものと同一」であり、またはそのより短い断片であるが、依然として果実収量の増大を付与する。
【００９６】
さらに別の実施形態では、本発明は、第２および／または第６染色体上に野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物であって、遺伝子移入断片は、番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された遺伝子移入断片の変異型であり、すなわち、収量ＱＴＬを含むが、ゲノム配列は異なっていてもよい。野生群は遺伝子的に異なるので、他の野生キュウリ群または近縁野生種に由来するＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片のゲノム配列は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に移入されたゲノム配列と同一でない可能性が高く、収量付与遺伝子（プロモーター、イントロンおよびエキソンを含む）は、ヌクレオチド配列は相違し得るが、その機能は同じであり、すなわち、果物収量を増加させる。相違は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に連鎖した特定のＳＮＰマーカーが種々の群で共通して見出され、他のＳＮＰマーカーは特定の群でのみ見出され得ることに見られる。したがって、例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のすべてが、他の野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に見出されるわけではない。しかし、収量を増加させるＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１（例えば、収量対立遺伝子の変異体またはオーソログを含む）は、そのような野生群に依然として存在し得る。当業者は、他の野生キュウリ群または他のキュウリの近縁野生種に見出される領域を含むＱＴＬ２．１および６．１を同定し、栽培キュウリに移入することができる。
【００９７】
一つの実施形態では、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片、または第２染色体領域（または変異型もしくは第２相同染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の単一ヌクレオチド多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型。
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上（または１１個すべて）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である。
【００９８】
したがって、一つの実施形態では、本発明の植物は、配列番号１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０１と称する）、または配列番号１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧまたはＧＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０２と称する）、または配列番号２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧまたはＧＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０３と称する）、または配列番号３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧまたはＧＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０４と称する）、または配列番号４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧまたはＧＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０５と称する）、または配列番号５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＡＣ遺伝子型）を含み、および／または配列番号６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０６と称する）、または配列番号６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）（すなわちＴＴまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０７と称する）、または配列番号７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０８と称する）、または配列番号８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）（すなわちＴＴまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０９と称する）、または配列番号９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１０と称する）、または配列番号１０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（例えば、ＧＧまたはＧＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１１と称する）、または配列番号１１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（例えば、ＡＡまたはＡＧ遺伝子型）を含む。
【００９９】
さらなる一つの実施形態において、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（または変異型もしくは第６相同染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型、
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型、
からなる群から選択される、少なくとも１、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８個またはそれ以上（または１９個すべて）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１００】
したがって、一つの実施形態では、本発明の植物は、配列番号１２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１２と称する）、または配列番号１２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１３と称する）、または配列番号１３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１４と称する）、または配列番号１４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＡＧまたはＧＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１５と称する）、または配列番号１５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）（すなわちＴＴまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１６と称する）、または配列番号１６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１７と称する）、または配列番号１７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）（すなわちＴＴまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１８と称する）、または配列番号１８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号１９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１９と称する）、または配列番号１９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわちＡＡまたはＡＣ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２０と称する）、または配列番号２０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわちＡＡまたはＡＣ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２１と称する）、または配列番号２１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわちＧＧまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２２と称する）、または配列番号２２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２３と称する）、または配列番号２３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２４と称する）、または配列番号２４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）含み、および／または配列番号２５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２５と称する）、または配列番号２５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）（すなわち、ＧＧまたはＡＧ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２６と称する）、または配列番号２６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわち、ＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２７と称する）、または配列番号２７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）（すなわち、ＡＡまたはＡＧ遺伝子型）含み、および／または配列番号２８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２８と称する）、または配列番号２８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号２９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２９と称する）、または配列番号２９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）を含み、および／または配列番号３０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３０と称する）、または配列番号３０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）（すなわちＴＴまたはＧＴ遺伝子型）を含む。
【０１０１】
ＳＮＰ遺伝子型とは、２つのヌクレオチド、および第２染色体（ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１の場合）または第６染色体（ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０の場合）のいずれかにこれらの２つのヌクレオチドの１つを含むゲノム配列を意味する。したがって、ＳＮＰ＿３０にＴＴ遺伝子型を有する植物は、両方の染色体上に同一のヌクレオチド（Ｔ）を有するが、ＳＮＰ＿３０にＧＴ遺伝子型を有する植物は、配列番号３０の第７５ヌクレオチド（または配列番号３０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＧを有する１つの染色体と、配列番号３０の第７５ヌクレオチド（または配列番号３０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＴを有する１つの染色体とを含む。本明細書で提供されるＳＮＰマーカー周辺のゲノム配列は、他の野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種由来の遺伝子移入断片においてわずかに変化し得るので（すなわち、変異型またはオーソロガス第２または第６染色体領域）、ＳＮＰの前後のヌクレオチド配列は、本明細書で提供される配列と１００％同一ではない。したがって、本明細書で提供される配列と実質的な配列同一性を有するが、同じＳＮＰを含む配列は本明細書に包含される。
【０１０２】
一つの態様において、１つまたは複数の上記マーカーにより検出可能な、ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１または変異型および／またはＱＴＬ６．１または変異型）を含む遺伝子移入断片、または第２もしくは第６染色体領域（または変異型もしくはオーソロガス第２もしくは第６染色体領域）は、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種由来であり、一つの態様において、それは、種子の代表的なサンプルが受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されている植物またはその後代に由来するものであり、したがって、一つの態様において、それは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中の第２染色体および第６染色体上に見られるのと同じ遺伝子移入断片、またはより小さい断片である。一つの態様において、第２および／または第６染色体の遺伝子移入断片は、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、より好ましくは６、５、４、３またはある２．５Ｍｂの大きさであり、例えば２Ｍｂ以下である。一つの態様において、遺伝子移入断片は、少なくとも０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１．０Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１．９Ｍｂ、２．０Ｍｂ、２．５Ｍｂまたは３Ｍｂの大きさである。したがって、１０Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂを超え、５Ｍｂまたは３Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂ、０．５ＭＢまたは１Ｍｂを超える等の断片のような、様々な範囲の大きさの遺伝子移入が本明細書に包含される。大きさは、例えば、全ゲノム配列決定、または、例えば、Qi et al. 2013（上記）もしくはHuang et al. 2009（上記）に記載されているような、次世代配列決定により容易に決定することができる。特に、遺伝子移入領域は、遺伝子移入領域におけるより大きな遺伝子変異（ＳＮＰ、ＩＮＤＥＬなど）により、培養されたゲノム領域と容易に区別することができる。
【０１０３】
寄託された種子（ＮＣＩＭＢ４２２６２）の第２および／または第６染色体上に存在する遺伝子移入断片を得るため、すなわちＱＴＬを含む遺伝子移入断片の一方または両方を別の栽培キュウリ植物に移入するために、植物を種子から栽培し、該植物を栽培キュウリ植物と交配させＦ１交配種子を得る。Ｆ１交配種子およびそれから生育した植物は、ＮＣＩＭＢ４２２６２親に由来する１つの組換え第２染色体および１つの組換え第６染色体、ならびに他の栽培された親に由来する１つの非組換え第２染色体および６染色体を含む。相同染色体間で新たな組換えイベントを発生させるためには、減数分裂が起こることが必要であり、組換え第２および／または第６染色体を含む植物を同定する必要がある。例えば、Ｆ１は、Ｆ２またはＦ３植物（またはさらなる同系世代）を産生するために１回以上同系交配され得、かつ／またはＦ２植物またはＦ３植物等は、栽培された親に戻し交配され得る。組換え第２および／または第６染色体を含み、寄託された種子由来の遺伝子移入断片、またはより小さい遺伝子移入断片（依然としてＱＴＬを含む）を含む植物を同定するために、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む植物は、上記のＳＮＰマーカーの１つ以上の存在についてスクリーニングされ、選択され得る。
【０１０４】
同様に、ＱＴＬ２．１（またはその変異型）またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を含む栽培キュウリ植物は、異なる方法を用いて酸性および／または同定することができる。例えば、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種由来の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を得るために、まず、本明細書で開示するＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬＬ６．１に連鎖する１つ以上のＳＮＰマーカー、例えば、本明細書で記載する任意の１つ以上、またはすべてのマーカーを含む野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種が同定される。同定された植物を栽培キュウリ植物と交配してＦ１種子を得る。Ｆ１は、Ｆ２、Ｆ３等の植物を産生するために同系交配することができ、かつ／またはＦ２植物またはＦ３植物等は、栽培されたキュウリの親に戻し交配することができる。ＱＴＬ２．１（またはその変異型）またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を含む植物は、上記のＳＮＰマーカーの１つ以上の存在によってスクリーニングされ、および／もしくは選択され、かつ／または最初の栽培された親（遺伝子移入を欠いている）と比較して収量表現型の増加によってスクリーニングされ、および／もしくは選択される。あるいはまたはさらに、ＱＴＬ２．１（またはその変異型）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）に連鎖したさらなる分子マーカーを同定し、かつ／または有意な収量増加をもたらす第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を産生するために、ＱＴＬマッピングが行われる。
【０１０５】
一つの実施形態において、培養されたキュウリ植物において、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片、または第２染色体領域（またはオーソロガス第２染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型、
ｂ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー、
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１１の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖した任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１１の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ以内の範囲内に物理的に連鎖した任意の野生型キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも一つのマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１０６】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿１０のうちの１つ以上である。
【０１０７】
一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれ以上のマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれ以上のマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれ以上のマーカーが検出される。
【０１０８】
ａ）およびｂ）のマーカーの間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーとは、マーカーＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿１１の間の第２染色体領域に遺伝的に位置し、かつ／またはＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間に物理的に存在し、かつ野生キュウリの第２染色体領域またはキュウリの野生近縁種の第２染色体領域を示す任意のマーカーを意味する。これは、マーカーが、栽培キュウリゲノムと野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種のゲノムとの間の多型であることを意味する。一つの態様では、マーカーは一塩基多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＤＮＡ配列決定などの他の分子マーカーも同様に使用することができる。
【０１０９】
一つの実施形態において、培養されたキュウリ植物において、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（またはオーソロガス第６染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型、
ｃ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー、
ｄ）マーカーＳＮＰ＿１２またはＳＮＰ＿３０の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内に遺伝的に連鎖した任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿１２またはＳＮＰ＿３０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ以内の範囲内に物理的に連鎖した任意の野生型キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも一つのマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１１０】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿１３〜ＳＮＰ＿２９のうちの１つ以上である。
【０１１１】
一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれ以上のマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれ以上のマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれ以上のマーカーが検出される。
【０１１２】
ａ）およびｂ）のマーカーの間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーとは、マーカーＳＮＰ＿１２およびＳＮＰ＿３０の間の第６染色体領域に遺伝的に位置し、かつ／またはＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間に物理的に存在し、かつ野生キュウリの第６染色体領域またはキュウリの野生近縁種の第６染色体領域を示す任意のマーカーを意味する。これは、マーカーが、栽培キュウリゲノムと野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種のゲノムとの間の多型であることを意味する。一つの態様では、マーカーは一塩基多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＤＮＡ配列決定などの他の分子マーカーも同様に使用することができる。
【０１１３】
本発明の植物における遺伝子移入断片は、一つの態様において、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に存在する第２もしくは第６染色体の断片、またはＱＴＬを保持するその断片のより小さいもの（例えば、組換え中の遺伝子移入断片）である。
【０１１４】
遺伝子移入断片は、一つの態様では、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ、５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１Ｍｂ以下である。さらなる態様において、遺伝子移入断片は、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂのサイズである。
【０１１５】
また、本発明の植物が収穫することができる植物、本発明の植物から収穫され、ゲノム中に組換え第２および／または第６染色体を含むキュウリ果実も同様に提供される。同様に、植物の細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部分が提供され、前記組換え第２および／または組換え第６染色体は、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片は、果実収量の有意な増加を付与する対立遺伝子を含む。
【０１１６】
本明細書に記載の分子マーカーは、標準的な方法に従って検出することができる。例えば、ＳＮＰマーカーは、ＫＡＳＰアッセイ（www.kpbioscience.co.uk参照）または他のアッセイを用いて容易に検出することができる。ＫＡＳＰアッセイを行うために、例えばＳＮＰの７０塩基対上流および７０塩基対下流を選択し、２つの対立遺伝子特異的フォワードプライマーおよび１つの対立遺伝子特異的リバースプライマーを設計することができる。例えば、Allen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1086-1099、特にＫＡＳＰアッセイ法に関するp097-1098を参照。
【０１１７】
したがって、一つの態様において、ＳＮＰマーカーおよび収量ＱＴＬに関連するマーカーの存在／非存在は、ＫＡＳＰアッセイを用いて決定されるが、同様に他のアッセイも使用され得る。例えば、任意にＤＮＡ配列決定もまた使用され得る。
【０１１８】
遺伝子移入断片の物理的大きさは、物理的マッピング、配列決定のような様々な方法によって、または蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）画像（Verlaan et al., 2011, Plant Journal 68: 1093-1103）を用いた遺伝子移入の視覚化などによって決定することができる。
【０１１９】
第２および／または第６染色体上のより小さい遺伝子移入断片を有する植物は、栽培キュウリ植物（遺伝子移入を欠いている）と本発明の植物との間の交配に由来する植物集団から新たな組換え植物を産生し、より小さい遺伝子移入サイズを有する組換え後代を選択することによって作出される。
【０１２０】
トマトにおいては、例えば、Ｔｙ−３対立遺伝子を含む第６染色体（約２７ｃＭ）上の大きなS. chilense遺伝子移入断片が、Ｔｙ−３を含むはるかに小さい（約６ｃＭ）S. chilense遺伝子移入断片を含む組換え後代系統（ＬＡ１９３１−ＡＬ−Ｆ２）を選択することによって減少している（Ji et al. 2007, Mol. Breeding 20：271-284を参照）。
【０１２１】
本発明による栽培キュウリ植物は、近交系ＯＰ（開放受粉品種）またはＦ１交配種であり得る。一つの態様では、Ｆ１交配種は、ヘテロ接合型の遺伝子移入断片の一方または両方を含み、すなわち、一方が遺伝子移入断片を有する（好ましくはホモ接合型であるが必ずしも必要ない）２つの近交系親系統を交配させ、交配種からＦ１交配種子を回収することにより産生することができる。Ｆ１交配種は、ホモ接合型の遺伝子移入断片の一方または両方を含んでいてもよく、すなわち、ホモ接合型またはヘテロ接合型の遺伝子移入断片をそれぞれ含む２つの近交系親系統を交配させることによって産生される。
【０１２２】
栽培キュウリ植物は、いかなるタイプのものであってもよい。好ましくは、良好な農業的特性および良好な果物品質特性を有する。栽培キュウリ植物は、一つの態様において、遺伝的にも表現型的にも均一である。特に果実の特性、例えば、形状、果実の色、果皮の厚さ、果皮のリブ（skin ribs）、果皮の強度、とげ（とげの色、とげの密度等）、こぶの有無、食用成熟時の長さおよび径、風味等に関して均一である。同様に、種子の特性（すなわち、植物を生育させて得た種子の特性）も、例えば、種子の大きさ、種子の色等に関して均一である。したがって、ホモ接合型またはヘテロ接合型のＱＴＬを含む系統または品種の植物は、均一な果実を産生し、同じ環境条件下で生育し、果実が同じ生育段階にある場合には、植物の果実間で差異がほとんどない（例えば、質的な特性に関しては、すべての植物または植物部分、果実または種子の少なくとも９８％、９９％または好ましくは１００％が特性に関して同一であり、量的な特性に関しては、すべての植物または植物部分、果実または種子の少なくとも９０％、９５％、９８％が特性に関して同一である）。
【０１２３】
本発明によるＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのいずれかの変異型）を含む栽培キュウリ植物は、任意のタイプであってよく、例えば、以下のタイプのキュウリのうちのひとつであり得る：ピックルキュウリ、スライスキュウリ（例えば、アメリカスライス型）、長キュウリ、短キュウリ、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、アジアキュウリ（インドマダラキュウリ型、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型等）。一つの態様において、本発明による栽培キュウリは、ピックルキュウリ、スライスキュウリ、長キュウリ型、短キュウリ型、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型である。
【０１２４】
植物は、ホモ接合型またはヘテロ接合型の一方または両方のＱＴＬを含む単交雑Ｆ１交配種または近交系であってもよい。一つの態様では、ホモ接合型のＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのいずれかの変異型）を含む（近交系の）親植物を、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１をを欠いている（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む）（近交系の）親植物と交配させることによって産生されるＦ１交配種である。したがって、一つの態様において、Ｆ１交配種は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に関してヘテロ接合性である。
【０１２５】
別の態様では、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのいずれかの変異型）をホモ接合型で含む（近交系の）親植物を、ＱＴＬ２.１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらのいずれかの変異型）をホモ接合型で含む（近交系の）親植物と交配させることによって産生されるＦ１交配種である。したがって、一つの態様では、Ｆ１交配種はＱＴＬ２．１についてホモ接合性であり（ＱＴＬ６．１を欠いているか、またはＱＴＬ６．１についてヘテロ接合性である）、またはＱＴＬ６．１についてホモ接合性であり（ＱＴＬ２．１を欠いているか、またはＱＴＬ２．１についてホモ接合性である）またはＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方についてホモ接合性である。
【０１２６】
一つの態様において、Ｆ１交配種は、一度の機械収穫に適しているピックルキュウリ型である。一つの態様において、ピックルキュウリは、種子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された植物またはその後代であり、それにより、後代はＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持する（他の場所において記載された１つ以上のマーカーの存在によって検出可能である）。
【０１２７】
したがって、本発明による栽培キュウリ植物は、一度の機械収穫に適したキュウリ植物であってもよい。
【０１２８】
別の態様において、本発明による植物は、野生キュウリ植物または在来種ではない。
【０１２９】
さらに別の態様において、本発明による植物は、ユーラシアキュウリ群、東アジアキュウリ群またはシーサンパンナキュウリ群の栽培キュウリである。別の態様において、本発明の植物は、インドキュウリ群のキュウリではない。
【０１３０】
本発明の一つの実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、受粉しない無核果を産生する、すなわち単為結実性である。
【０１３１】
本発明のさらなる実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、主として雌性または完全に雌性である。
【０１３２】
本発明のさらなる実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、前記植物によって産生される果実の形態学的特性、例えば、果実の形状、果実の色、果皮の厚さ、こぶ等に関して均一で遺伝的に安定である。
【０１３３】
果実の平均長さ、果実の平均径、果皮の厚さ、こぶの有無、とげ、果皮の強度、果皮の色、果実の首の形、果実の先細り、中央部の断面の形、種子の有無（単為結果）等の果実の特性は、キュウリの型、すなわち、ＱＴＬが遺伝子移入される栽培された遺伝的背景（遺伝子プール）に依存する。したがって、キュウリの型に応じて、様々な果実の形状、大きさおよび果実の種類が本明細書に含まれる。一つの態様において、果実は種なしである。
【０１３４】
今日、米国で商業的に栽培されている２つの主要な型のキュウリ果実は、生食用（スラス）型と加工（ピックル）型である。品種および生産方法は、通常、最終用途に適合させる。スライスキュウリは長く、大きくことが多く、果皮が濃くて厚く、それに対し、ピックル／加工キュウリは果実が短く、果皮が薄く、ピクルスにより適した内部果肉を有する。種なし品種は、生食用およびピクルスのような加工用の両方に一般的に好ましく、大きな種は好ましくない。
【０１３５】
一つの態様において、本発明の植物は、ピックル型（加工型）であり、食用成熟時に、少なくとも１０ｃｍ、または少なくとも１１ｃｍ、または少なくとも１２ｃｍ、または少なくとも１３ｃｍの果実の平均長さおよび／または少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、またはそれ以上の果実の長さ／径の比を有する果実を産生する。
【０１３６】
異なる態様において、本発明の植物は生食用であり、例えば、長キュウリ型またはスライス型であり、食用成熟時にピックル型よりも大きい果実の長さ、例えば、少なくとも１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２５ｃｍ、３０ｃｍ、３２ｃｍ、４０ｃｍまたはそれ以上を有する果実を産生する。
【０１３７】
一つの態様において、植物は無限成長（indeterminate）のキュウリである。別の態様において、キュウリは有限花序である。
【０１３８】
また、本発明による植物を生育させることができる種子も、本発明による植物から収穫されるキュウリ果実と同様に提供される。これらはそれらのゲノム中のＱＴＬを含み、したがって本明細書で提供される１つまたは複数のＳＮＰマーカーの存在によって他の果実と区別することができる。
【０１３９】
一つの態様において、果実は食用収穫時に苦味がない（苦味があるおよび苦味がないの群から選択される）。
【０１４０】
さらなる態様において、果実は食用収穫時に薄い果皮を有する（厚いおよび薄いグループから選択される）。
【０１４１】
異なる実施形態において、ＱＴＬは、ＵＳ８７１０３０３Ｂ２に記載されているような「コンパクト（Compact）」と呼ばれるキュウリ型に移入される。したがって、本発明によるキュウリ植物は、、例えば、Ｈｉ−ＪａｃｋとＨｉ−Ｌｉｓａ（どちらもNunhems）の品種に存在するように、ＵＳ８７１０３０３Ｂ２に記載されるコンパクト遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む。
【０１４２】
本発明のさらなる実施形態は、少なくとも１つの組換え第２染色体および／または１つの組換え第６染色体を含み、前記組換え第２および／または第６染色体が、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種由来の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片が、果実収量の増加を付与するＱＴＬを含む、本発明の植物の細胞、組織または植物または種子の植物部分である。
【０１４３】
また、果実収量が増加したキュウリ品種を育種するための、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子乳断片を含む第２および／または第６組換え染色体（遺伝子移入断片は果実収量を増加させる対立遺伝子を含む）の使用も、本明細書に包含される。一つの態様において、前記組換え第２および／または第６染色体は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子に見出されるような組換え第２および／または第６染色体であるか、または組換え第２および／または第６染色体に由来する（例えば、前記種子中に見いだされる遺伝子移入断片のより小さいフラグメント）。
【０１４４】
同様に、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を産生するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代中に見出される第２および／または第６染色体の使用も、本明細書に包含され、前記遺伝子移入断片は、前記遺伝子移入断片を欠く遺伝的対照キュウリ植物と比較して果実収量の増加をもたらす。
【０１４５】
同様に、果実収量が増加した栽培キュウリ植物を産生するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代から生育した植物の使用も、本明細書に包含され、前記果実収量の増加は、前記植物またはその後代の第２および／第６染色体から得られた遺伝子移入断片によりもたらされる。
【０１４６】
また、第２染色体および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む、栽培されたC. sativus var. sativus植物の同定方法も提供され、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２２６２中に見出されるか、またはそれに由来するより小さな断片であって、
ａ）栽培されたC. sativus var. sativus植物の群を準備し、
ｂ）
ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および／または
ｉｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０
からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記群をスクリーニングし、
ｃ）
ｉｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のＳＮＰマーカーの少なくとも１つ、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のＳＮＰマーカーの少なくとも１つ、または
ｉｖ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１から選択される少なくとも２、３または４つの連続するマーカー、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０から選択される少なくとも２、３または４つの連続するマーカー、または
ｖ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２、ＳＮＰ＿５、ＳＮＰ＿７、ＳＮＰ＿９およびＳＮＰ１０からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２、ＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８〜ＳＮＰ＿２６、ＳＮＰ＿２８およびＳＮＰ＿３０からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー、または
ｖｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するための、少なくともマーカーＳＮＰ＿０６、任意にマーカーＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８およびＳＮＰ＿２８から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー
を含む植物を同定および／または選択する
ことを含む方法が提供される。
【０１４７】
さらに、果実収量の増加をもたらす遺伝子移入断片を含むC. sativusＦ１交配種植物を産生する方法であって、
ａ）収量の増加を付与する対立遺伝子を含む遺伝子移入断片を有する組換え第２染色体および／または組換え第６染色体をホモ接合型で含む第１近交系キュウリ植物であって、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２２６２中に存在するものであるかまたはそれより小さい断片である、植物を提供し、
ｂ）第２近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む方法が提供される。
【０１４８】
別の態様においては、ＮＣＩＭＢ４２２６２の後代を産生するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物を生育し、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配させるか、または前記植物を他のキュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）前記種子または前記種子もしくは植物の一部から生育した前記後代の種子または植物を、
ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１、および／または
ｉｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０
からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングし、
ｄ）
ｉｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１のＳＮＰマーカーの少なくとも１つ、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０のＳＮＰマーカーの少なくとも１つ、または
ｉｖ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１１から選択される少なくとも２、３または４つの連続するマーカー；および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０から選択される少なくとも２、３または４つの連続するマーカー、または
ｖ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２、ＳＮＰ＿５、ＳＮＰ＿７、ＳＮＰ＿９およびＳＮＰ１０からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１２、ＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８〜ＳＮＰ＿２６、ＳＮＰ＿２８およびＳＮＰ＿３０からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー、または
ｖｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するための、少なくともマーカーＳＮＰ＿０６、任意にマーカーＳＮＰ＿０５および／またはＳＮＰ＿０７、および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１３、ＳＮＰ＿１８およびＳＮＰ＿２８から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー
を含む後代植物を同定および／または選択する
ことを含む方法が提供される。
【０１４９】
上記の方法によって産生された後代植物も、本発明の一つの態様である。
【０１５０】
また、本発明の植物を生育させることができる種子を含有するまたは含む種子を含む容器およびパッケージも本明細書により提供される。これらは、増加したまたは高い果実収量をもたらす栽培キュウリ種子を含むものとして表示される。
【０１５１】
また、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入、またはより収量の増加を依然として付与するより小さい遺伝子移入が保持された、本発明の植物の後代種子および後代植物も提供される。後代は、本発明のキュウリ植物を同系交配し、および／または本発明のキュウリ植物を別のキュウリ植物と１回以上交配させることによって得られる任意の世代であり得る。したがって、後代は、第１の交配種（Ｆ１）または同系交配種（Ｓ１）から得られる世代（種子）であるか、または交配ならびに／または同系交配（Ｆ２、Ｆ３等）、ならびに／またはＦ１および／もしくはＳ１および／もしくはＢＣ１世代（または任意のさらなる世代の植物、例えばＦ２）の選択された植物の一つ以上を、他のキュウリ植物（および／またはキュウリの近縁野生種）と戻し交配（ＢＣ１、ＢＣ２等）することにより作出された任意の更なる世代のいずれかである。後代は、好ましくは、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種由来の遺伝子移入断片を含む組換え第２および／または第６染色体を保持するように選択される。したがって、後代も収量表現型の増加、好ましくは、初期交配または同系交配で使用される植物と同じ収量をもたらす。ＱＴＬを含む遺伝子移入断片の存在（またはその保持）は、表現型的におよび／または本明細書に記載の分子マーカーアッセイを用いて決定することができる。表現型評価に関しては、もちろん、ＱＴＬの優性性を考慮する必要がある。
【０１５２】
さらなる態様において、本発明のキュウリ植物の部分が提供される。部分には、例えば、細胞および細胞培養物、組織培養物、増殖性植物組織（葉、根等）、花、花粉、胚、果実、果実の一部等が含まれる。植物部分は、記載されているように、また記載されている１つ以上のマーカーを用いて検出されるように、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む。また、このようなキュウリ部分、このような細胞、細胞培養物または組織培養物から全植物を再生する場合、再生された植物は、組換え第２および／または第６染色体、ならびに収量表現型を含む。
【０１５３】
したがって、少なくとも１つの組換え第２および／または第６染色体を含む本発明の植物細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部分も提供され、該組換え第２および／または第６染色体は、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片は、果実収量の増加を付与する対立遺伝子を含む。
【０１５４】
記載された組換え第２および／または第６染色体を含む細胞または組織のin vitro細胞培養物およびin vitro組織培養物も本明細書に包含される。好ましくは、細胞または組織はキュウリ植物全体に再生することができ、すなわち、細胞は再生可能な細胞であり、組織は再生可能な細胞を含む。したがって、本発明による植物の栄養増殖も本明細書の一つの実施形態である。したがって、本明細書に記載されている組換え第２および／または第６染色体を含む、栄養増殖した栽培キュウリ植物が提供される。異なる態様において、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む非増殖細胞が、そのような細胞を含む組織と同様に本明細書に包含される。
【０１５５】
特定の態様において、本発明による植物から収穫されたキュウリ果実が提供される。市販のキュウリ果実は、特に生食用（スライス）については、一般的に、収穫後に果実の大きさおよび品質特性に従って等級分けされる。例えば、United States Standards for Grades of Cucumbers、米国農務省、１９８５年３月１日施行、１９９７年１月改定を参照。ここでは、異なる等級のキュウリが区別される。したがって、一つの態様において、収穫果実には、U.S. Fancy grade、U.S. Extra No. 1 grade、U.S. No. 1 grade、U.S. No. 1 Small grade、U.S. No. 1 Large grade、U.S. No. 2 gradeが付与される。収穫されたキュウリ果実を含む、またはそれからなる容器またはパッケージも提供される。さらに、果実の細胞は、組換え第２および/または第６染色体の存在（１つ以上の分子マーカーアッセイにより決定可能）によって、他のキュウリ果実と区別される。
【０１５６】
別の態様において、キュウリはピックル型であり、収穫され、任意にピクルスにされた果実が提供される。
【０１５７】
本発明はまた、本明細書に記載の植物部分、好ましくはキュウリ果実またはその一部および/または本明細書に記載の植物部分からの抽出物を含む、またはそれからなる食品または飼料製品も提供する。食品または飼料製品は、生食用でもよく、またはピクルスにされ、缶詰され、蒸し加熱され、ボイルされ、揚げられ、湯通しされ、かつ／または冷凍される等の加工をされてもよい。本明細書に記載されている果実または果実部分（生食用および／または加工用）のような植物部分を含む容器、例えば、缶、箱、木箱、カートン、調整気相包装、フィルム（例えば、生分解性フィルム）等も本明細書により提供される。
【０１５８】
本発明の方法および使用
さらなる実施形態において、本発明は、記載されているように、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む（収量の増加を付与する）新規の栽培キュウリ植物を生産する方法を提供する。この方法は、本発明の植物またはその後代植物を、オスまたはメスの親いずれかとして、第２のキュウリ植物（またはキュウリの近縁野生種）と１回以上交配すること、および／または本発明のキュウリ植物またはその後代植物を１回以上同系交配すること、および／または前記交配および／または同系交配から得られた後代を選択すること含む。
【０１５９】
したがって、１つの（栽培された）キュウリ植物から別の（栽培された）キュウリ植物、特に、果実収量を増加させるべきキュウリ品種または育種系統に収量ＱＴＬを含む組換え第２および／または第６染色体を移入するための方法が提供される。
【０１６０】
この方法は、
ａ）果実収量の増加を付与する対立遺伝子をホモ接合型で含む遺伝子移入断片を有する組換え第２および／または第６染色体を含む第１の栽培キュウリ植物を提供し、
ｂ）第２の栽培キュウリ植物、特に野生型（非組換え）第２および／または第６染色体を有する植物を提供する工程、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する工程、
ｅ）Ｆ１交配種種子から生育した植物と任意に同系交配してＦ２種子またはさらなる同系交配世代を産生し、組換え第２および／または第６染色体を有するＦ２種子または更なる同系交配世代種子を任意に選択する工程、および
ｆ）前記Ｆ１またはＦ２またはさらなる同系交配世代種子から生育した植物とさらに交配して、良好な農業特性を有し、遺伝子移入断片の一方または両方をホモ接合型またはヘテロ接合型で含むキュウリ植物を産生する工程
を含む。
【０１６１】
組換え第２および／または第６染色体、ならびに遺伝子移入断片の有無は、本明細書に記載の１つ以上の分子マーカーアッセイによって、および／またはｂ）の植物と比較して収量が有意に増加しているかを決定することによって決定される。工程ｆ）におけるさらなる交配は、同系交配、交配、二倍体生産、戻し交配、およびそれらの組み合わせ（例えば、戻し交配および同系交配）などを含み得る。上記の方法によって得ることができる植物および種子は、本明細書に包含される。一つの態様において、工程ａ）の植物は、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子もしくはその後代、またはＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子中に存在する第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片もしくはそのより短い断片を含む植物であり得る。
【０１６２】
第２および／または第６染色体上に収量ＱＴＬを含む栽培キュウリＦ１雑種植物を生産する方法であって、
ａ）ＱＴＬ２．１またはその変異型およびＱＴＬ６．１またはその変異型から選択される収量ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む、少なくとも１つの組換え第２染色体および／または少なくとも１つの組換え第６染色体を含む第１の近交系キュウリ植物を提供し、
ｂ）ＱＴＬ２．１またはその変異型およびＱＴＬ６．１またはその変異型から選択される収量ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む、少なくとも１つの組換え第２染色体および／または少なくとも１つの組換え第６染色体を含む第２の近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む方法も提供される。
【０１６３】
ａ）およびｂ）の近交系キュウリ植物は、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片についてホモ接合性および／またはヘテロ接合性であり得、かつ、異なる大きさおよび／または異なる由来、すなわち異なる野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含み得る。したがって、例えば、ａ）の遺伝子移入断片は、ｂ）と同じまたは異なる遺伝子移入断片であり得る。一つの態様において、ａ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異型をホモ接合型で含み、および／またはｂ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異型をホモ接合型で含む。一つの態様において、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見出される断片またはそのより小さな断片である。別の態様において、ａ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含み、および／またはｂ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含む。一つの態様において、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見出される断片またはそのより小さな断片である。さらに別の態様において、ａ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１または変異型およびＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含み、および／またはｂ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１または変異型およびＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含む。一つの態様において、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に見出される断片またはそのより小さな断片である。
【０１６４】
Ｆ１交配種種子は、好ましくは少なくとも１つの組換え第２および／または第６染色体を含み、その種子から生育したＦ１植物は、遺伝的対照と比較して果実収量が増強されている。
【０１６５】
上記の方法によって得られる植物および種子は、本明細書に包含される。
【０１６６】
別の態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産するための方法であって、前記遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む方法が提供され、前記方法は、
ａ）第１の栽培キュウリ植物を提供する工程、
ｂ）ＱＴＬ２．１（またはその変異型）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を、本明細書に記載されている１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によって決定可能なものとして含む、第２の野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種を提供する工程、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配させて戻し交配（ＢＣ１）群を産生するか、またはＦ１植物を１回以上同系交配させてＦ２またはＦ３またはそれ以上の世代の同系交配群を産生する工程、
ｅ）任意にｄ）の植物を１回以上ａ）のキュウリ植物に戻し交配させて、より高い世代の戻し交配群を産生する工程、および
ｆ）ＱＴＬ２．１（またはその変異型）および／またはＱＴＬ６（またはその変異型）を含む第２および／または第６染色体上の遺伝子移入を含む、Ｆ２、Ｆ３もしくはそれ以上の世代の同系交配植物、またはＢＣ１もしくそれ以上の世代の戻し交配植物を同定する工程
を含む。
【０１６７】
この方法における戻し交配群に言及する場合、戻し交配群もまた同系交配することができ、すなわちＢＣ１Ｓ１、ＢＣ１Ｓ２、ＢＣ２Ｓ１、ＢＣ２Ｓ２などである。
【０１６８】
工程ｂ）〜ｆ）の１つ以上において、ＱＴＬ（またはＱＴＬを含む遺伝子移入断片）の存在を、本明細書の他の箇所に記載されるような分子マーカーアッセイを実施することによって、例えば、植物が１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば１つ以上のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／または１つ以上のＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０、および／またはＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間、もしくはＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーもしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー）を含むかどうかを決定することによって、試験することができる（および植物を選択することができる）。
【０１６９】
この方法を使用して、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種等の野生株由来のＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む遺伝子移入を含む新規な栽培キュウリ植物を作出および／または選択することができる。
【０１７０】
一つの態様において、遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産する方法は、
ａ）第１の栽培キュウリ植物を提供する工程、
ｂ）本明細書で提供される１つ以上のＳＮＰマーカーを含む、第２の野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種を提供する工程、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配させて戻し交配（ＢＣ１）群を産生するか、またはＦ１植物を１回以上同系交配させてＦ２またはＦ３群を産生する工程、
ｅ）任意に戻し交配群を同系交配させて、例えば、ＢＣ１Ｓ１またはＢＣ１Ｓ２群を産生する工程、
ｆ）（１つ以上の）ＳＮＰマーカーおよび／またはＳＮＰマーカー間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーもしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーを含むＦ２、Ｆ３、ＢＣ１、ＢＣ１Ｓ１またはＢＣ１Ｓ２植物を同定する工程
を含む。
【０１７１】
第２および／または第６染色体上に収量ＱＴＬを含む野生キュウリ植物またはきゅりの近縁野生種を同定するための方法であって、
ａ）１つ以上の受託された野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種を提供し、
ｂ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／またはＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０からなる群から選択される少なくとも１つ（または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記受託物を同定および／または選択し、
ｃ）少なくとも１つ以上の下記マーカーを含むｂ）の受託物を同定および／または選択し、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＧＴまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＡＣまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＴまたはＴＴ遺伝子型および／または
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＣＴまたはＴＴ遺伝子型および／または
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＧＴまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｌ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカーおよび／または
ｄ）少なくとも１つ以上の下記マーカーを含むｂ）の受託物を同定および／または選択し、
ａ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｂ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｃ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｄ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＴまたはＴＴ遺伝子型および／または
ｅ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｆ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＣＴまたはＴＴ遺伝子型および／または
ｇ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｈ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＣまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｉ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＡＣまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｊ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｋ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｌ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｍ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｎ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＡＧまたはＧＧ遺伝子型および／または
ｏ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｐ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＡＧまたはＡＡ遺伝子型および／または
ｑ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｒ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＴまたはＣＣ遺伝子型および／または
ｓ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＧＴまたはＴＴ遺伝子型および／または
ｔ）マーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーまたはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
または任意に前記野生受託物由来のＱＴＬを栽培キュウリに（例えば戻し交配によって）遺伝子移入する
ことを含む。
【０１７２】
工程ｂ）、ｃ）およびｄ）において、本明細書の他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。したがって、この方法を用いて、野生キュウリの受託物またはキュウリの近縁野生種を、１つ以上のマーカーの存在について、したがってＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１（またはこれらの変異型）の存在についてスクリーニングすることができ、栽培キュウリ植物にＱＴＬを遺伝子移入することができる。この方法によって得られた植物および種子も本発明の一つの実施形態である。
【０１７３】
さらに別の態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を同定するための方法であって、前記遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む方法が提供され、前記方法は、本明細書の他の箇所に記載されているような、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を示す少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて、栽培キュウリ植物または栽培キュウリ植物もしくはそのようなキュウリ植物の部分（例えば、果実、細胞、ＤＮＡ）の群をスクリーニングすることを含む。
【０１７４】
この方法では、本明細書の他の箇所に記載された分子マーカー試験のいずれかを使用することができる。したがって、この方法を使用して、栽培キュウリ植物または植物部分において、第２および／または第６染色体上にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片の存在を検出することができる。
【０１７５】
さらに別の態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物であって、前記遺伝子移入断片がＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１である栽培キュウリ植物が提供されるかどうかを検出する方法であって、
ａ）栽培キュウリ植物または植物部分を提供し、
ｂ）
ｉ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１１および／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１１との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーもしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー、および／または
ｉｉ）ＳＮＰ＿１２〜ＳＮＰ＿３０および／またはマーカーＳＮＰ＿１２とＳＮＰ＿３０との間の任意の野生キュウリゲノム特異的マーカーもしくはキュウリの近縁野生種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１つ（好ましくは少なくとも２、３、４、５つまたはそれ以上）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記植物または前記植物部分（または前記植物または植物部分から得られたＤＮＡ）をスクリーニングする
ことを含む方法が提供される。
【０１７６】
分子マーカースクリーニングは、明らかに、植物材料を入手し、マーカー遺伝子型について材料のゲノムＤＮＡを分析することを含む。
【０１７７】
この方法では、本明細書の他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。
【０１７８】
第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産する方法であって、前記遺伝子移入断片がそれぞれＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含み、
ａ）ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を欠く第１の栽培キュウリ植物を提供し、
ｂ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代から生育された植物から選択される第２の栽培キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物を１回以上任意に同系交配させて、Ｆ２もしくはＦ３またはさらなる同系交配群を作出し、
ｅ）任意にＦ１植物またはＦ２もしくはＦ３もしくはさらなる同系交配植物をａ）の植物に戻し交配させて戻し交配群を産生し、
ｆ）戻し交配群を１回以上任意に同系交配させ、
ｇ）第２染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーおよび／または第６染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーの遺伝子型の１つ以上またはすべてを含む、Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３、さらなる同系交配植物または戻し交配植物を同定する
ことを含む方法もまた本明細書に包含される。
【０１７９】
さらなる態様において、Ｆ１交配種植物を産生する方法は、
ａ）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を有し、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２２６２に見出される断片であるか、またはその遺伝子移入断片のより短い断片である、少なくとも１つの組換え第２および／または第６染色体を含む第１の近交系キュウリ植物を提供し、
ｂ）組換え第２および／または第６染色体を有するかまたは有さない第２の近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む。
【０１８０】
別の態様において、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持するＮＣＩＭＢ４２２６２の後代を産生するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から植物を生育させ、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配させるか、または前記植物を他の栽培キュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）本明細書に開示される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて、前記種子または種子もしくは植物の部分から生育させた後代の種子または植物をスクリーニングし、
ｄ）（本明細書の他の箇所に記載されているように）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を示す少なくとも１、２、３またはそれ以上のＳＮＰマーカーを含む後代植物を同定および／または選択し、
ｅ）任意に前記後代植物の果実収量の増加を確認する
ことを含む方法が提供される
【０１８１】
一つの態様において、ｅ）における収量は、好ましくは、同じ条件下で増殖させた場合にＮＣＩＭＢ４２２６２から生育させた植物と少なくとも同じ収量である。
【０１８２】
ＱＴＬを含む遺伝子移入断片の大きさを減少させるために、すなわち、第２および／または第６染色体上により小さい遺伝子移入断片であるが、遺伝子移入断片の収量増加部分を保持する遺伝子移入断片を含む組換え体を作出および選択するために、本明細書に記載の方法およびマーカーを用いることもできる。
【０１８３】
一つの態様において、本発明は、果実収量が増加したキュウリ品種を育種するための、野生キュウリ植物またはキュウリの近縁野生種に由来する遺伝子移入断片を含む組換え第２および／または第６染色体の使用であって、前記ＱＴＬを含む遺伝子移入断片の使用を包含する。
【０１８４】
また、第２および／または第６染色体の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を作出するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代に見出される第２および／または第６染色体の使用も提供される。
【０１８５】
また、果実収量の増加が前記第２および／または第６染色体から得られた遺伝子移入断片により付与される、果実収量が増加した栽培キュウリ植物を作出するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子またはその後代から生育した植物の使用も提供される。
【０１８６】
本発明によるＤＮＡおよび染色体
一つの態様において、本明細書の全体を通して記載されるように、野生キュウリまたはキュウリの近縁野生種の遺伝子移入断片を含む、改変された（組換え）栽培キュウリの第２および／または第６染色体が本明細書において提供される。一つの態様において、組換え染色体は、その自然環境から単離される。別の態様において、組換え染色体は、植物細胞、特にキュウリ細胞、特に栽培キュウリ細胞中に存在する。また、ＱＴＬを含む組換え染色体の単離された部分も本明細書において提供される。
【０１８７】
さらなる態様において、本発明による収量対立遺伝子を含む組換え核酸分子、特に組換えＤＮＡ分子が提供される。一つの態様において、収量対立遺伝子は、本明細書に記載される１つ以上の分子マーカーアッセイによって検出可能である。また、組換えＤＮＡを含むＤＮＡベクターも提供される。組換えＤＮＡ分子またはＤＮＡベクターは、単離された核酸分子であってもよい。収量対立遺伝子を含むＤＮＡは、細菌（例えば、アグロバクテリウム）のような微生物に存在し得る。
【０１８８】
このような（単離または抽出された）核酸分子および／またはそのような組換え染色体またはその一部の、収量対立遺伝子を含む植物細胞および植物を作出するための使用は、本明細書に包含される。一つの態様において、遺伝子組み換え植物細胞および遺伝子組み換え植物、例えば、キュウリ細胞、収量対立遺伝子を含むキュウリ植物および部分（例えば果実）ならびに果実収量の表現型が強化された植物を作出するために使用され得る。
【０１８９】
従って、記載されているような組換え第２および／もしくは第６染色体、ならびに／または収量対立遺伝子を含む組換え核酸分子をゲノム中に含む遺伝子組み換え植物細胞、例えば、組換えキュウリ細胞も本発明の一つの実施形態である。一つの態様において、収量対立遺伝子を含むＤＮＡ分子は、キュウリゲノムに安定に組み込まれる。
【０１９０】
収量対立遺伝子もまたクローン化することができ、例えば、植物の発現可能なプロモーターを収量対立遺伝子に作動可能に連結して、キメラ遺伝子を作製することができる。そのようなキメラ遺伝子を植物細胞に導入し、植物細胞を植物全体に再生して遺伝子組み換え植物を産生することができる。一つの態様において、遺伝子組み換え植物は、キュウリ植物またはメロン植物である。
【０１９１】
したがって、収量対立遺伝子を含み、果物収量が増加した遺伝子組み換え植物、特に遺伝子組み換え栽培キュウリまたはメロン植物が本明細書において提供される。
【０１９２】
特に、本発明による組換え第２および／または第６染色体を含む細胞または細胞培養物は、一つの実施形態であり、組換え第２および／または第６染色体が、遺伝子組み換え方法または育種方法によって導入されるかどうかに依存しない実施形態である。細胞は、例えば、in vitroで、本発明の組換え第２および／または第６染色体を含む植物に再生可能である。
【０１９３】
また、本明細書中に開示される分子マーカー配列（および配列を含む単離された核酸分子）、ならびに収量ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に連鎖する、本明細書に記載の任意の上記分子マーカーの間の分子マーカー、ならびに、前記ＱＴＬを含むキュウリ植物を検出および／または作出するためのこれらの使用が本明細書に包含される。
【０１９４】
種子の寄託
ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１をヘテロ接合型で含む、ＣＵＸＹＬＤで指定されるピックル型の交配種Cucumis sativus var. sativusの種子の代表的なサンプル、および２つのＱＴＬを欠く、ＣＵＸＧＣで指定される遺伝的対照は、２０１４年７月２日にExpert Solution (ＥＰＣ２０００  規則３２（１）)に基づきブダペスト条約に従って、Nunhems B.V.によってNCIMB Ltd. （Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, 英国スコットランドAB21 9YA）に寄託された。種子には、以下の寄託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２（ＣＵＸＹＬＤ）およびＮＣＩＭＢ４２２６１（ＣＵＸＧＣ）が付与された。
【０１９５】
申請者は、ＥＰＣ規則３２（１）または同様の規則および法令を有する国または条約の関連法令に従って、特許の付与が認められるまで、または出願が拒絶、取下げもしくは取り下げられたと見なされた場合には出願日から２０年間、生物学的材料のサンプルおよびそれに由来する任意の材料を指定された専門家にのみ放出（release）することを要求する。
【０１９６】
寄託物へのアクセスは、本出願の係属中に、米国特許庁長官が要求に応じて権利を有すると決定した者に利用可能となる。Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．８０８（ｂ）において、寄託材料の公衆への利用可能性に寄託者が課したすべての制限は、特許付与時に取り消し不能に除かれる。寄託は、３０年間もしくは最新の請求後５年間、または特許の有効期間のいずれか長い方の期間維持され、その期間中に生存不能になった場合には差し替えられる。申請者は、この出願に基づく特許または植物品種保護法（７  ＵＳＣ  ２３２１以下参照）に基づき付与されたいかなる権利も放棄するものではない。
【０１９７】
以下の非限定的な実施例は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む、本発明による植物をどのように得ることができるかを記載する。実施例において他に述べられていない限り、すべての組換えＤＮＡ技術は、Sambrook et al. (1989） Molecular Cloning： A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, およびSambrook and Russell (2001) Molecular Cloning： A Laboratory Manual, Third Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NYおよびAusubel et al. (1994) Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols, USAの第１巻および第２巻に記載されているような標準的なプロトコルに従って行われる。植物分子作業の標準的な材料および方法は、BIOS Scientific Publications Ltd（英国）とBlackwell Scientific Publications, UKとが共同で発行したR.D.D. CroyによるPlant Molecular Biology Labfax (1993)に記載されている。標準的な育種方法は、Principles of Plant breeding, Second Edition, Robert W. Allard (ISBN 0-471-02309-4)に記載されている。
【実施例】
【０１９８】
実施例１−収量ＱＴＬの同定
集団の作製
米国から得られた野生キュウリ受託物を、特許ピックルキュウリ交配種系統ＨＭＯ１１２５と交配した。ＨＭＯ１１２５は、一度の機械収穫のためのピックルキュウリプログラムの選抜系統である。
【０１９９】
ＱＴＬ発見集団（QTL-discovery population）を、ＨＭＯ１１２５と野生種との間の交配から作製した。集団作製の間、収量測定を容易にするために雌の開花植物のみを維持した。
【０２００】
ＳＮＰマーカーは、ゲノム範囲およびホモ接合性を最適化するために、数世代にわたって使用した。ＢＣ２Ｓ２集団を用いて遺伝地図を構築した。
【０２０１】
２４５個のＢＣ２Ｓ２植物を自家受粉させてＢＣ２Ｓ３を産生した。ＢＣ２Ｓ２植物を、育種プログラムからの選抜系統と交配して、試験交配種を作出した。２４５個の試験交配種を収量試験に使用した。
【０２０２】
収量実験
収量実験の目的は、１回のピックルキュウリの収量を測定することであった。２４５個の試験交配種を泥炭鉢に手で播種した。１ポット当たり３つの種子を播種し、１種の交配種当たり８０ポットを播種した。泥炭鉢への播種は温室で行った。泥炭鉢を、少なくとも２４℃の温度で４８時間維持した。播種の４日後、泥炭鉢を野外に植えた。プランテーションの約３週間後、泥炭鉢ごとに２つの最もよく生育した植物を維持した。最終植物密度は１０植物／ｍ２であった。各土地から、１１０〜１２０の果実を収穫した。土地当たりの植物の正確な数を記録した。収量を２つの異なる方法で測定した。土地当たりの果実の総数を数え、その土地の植物の数で割った。この結果、植物当たりの果実の平均数（ＦｒＰＰ）で表される収量が得られる。第２の測定は、土地当たりの果実重量を計算し、これを植物の数で割って、植物当たりの平均収量（ＧｒＰＰ）を得ることであった。１．５ｃｍより大きい径を有する果実のみを測定した。
【０２０３】
２０１０年にオランダで２件の野外試験を実施した。ブルックス、オレゴン州（米国）で２つの別の野外試験を実施した。４つすべての試験において、２４５個の試験交配種を完全な無作為化デザインで植えた。
【０２０４】
収穫時は、１．５ｃｍから５．０ｃｍの間の径を有する果実の総数が最大になるように選択した。収穫時に、すべての果実を土地のすべての植物を収穫したが、１．５ｃｍより大きな径を有する果実のみを数え、重量を測定した。４つの試験の収量データをＱＴＬ分析に使用した。
【０２０５】
２つのＱＴＬが検出された。１つはＱＴＬ２．１と称される第２染色体上のＱＴＬ、および１つはＱＴＬ６．１と称される第６染色体上のＱＴＬである。
【０２０６】
表１は、第２染色体上の遺伝子移入を欠く試験交配種に対する、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入を有する試験交配種の性能を示す。すべての測定において、ＱＴＬ２．１遺伝子移入を含む植物において収量が増加した。
【０２０７】
表２は、遺伝子移入を持たない試験交配種と比較した、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入を有する試験交配種の性能を示す。すべての測定において、ＱＴＬ６．１遺伝子移入を含む植物において収量が増加した。
【０２０８】
表１
第２染色体上の遺伝子移入を欠く試験交配種に対する、第２染色体上の遺伝子移入（ＱＴＬ２．１）を含む試験交配種の果実収量。収量データは、オランダ（ＮＬ）の２件の試験と米国（ＵＳＡ）の２件の試験に基づいている。収量は、（上記のように）植物当たりの平均グラム数（ＧｒＰＰ）および植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）で表される。
【０２０９】
【表１】
0006728153.tif 000002
【０２１０】
表２
第６染色体上の遺伝子移入を欠く試験交配種に対する、第６染色体上の遺伝子移入（ＱＴＬ６．１）を含む試験交配種の果実収量。収量データは、オランダ（ＮＬ）の２件の試験と米国（ＵＳＡ）の２件の試験に基づいている。収量は、（上記のように）植物当たりの平均グラム数（ＧｒＰＰ）および植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）で表される。
【０２１１】
【表２】
0006728153.tif 000003
【０２１２】
実施例２
ＱＴＬ検出試験の結果に基づいて、１つの特定のＢＣ２Ｓ３系統を選択し、別の特許選抜系統（ＶＤＳ８２６）と交配し、新たな試験交配種である交配種ＣＵＸＹＬＤを作出した。ＣＵＸＹＬＤの種子はＮＣＩＭＢ４２２６２の番号で寄託された。ＣＵＸＹＬＤは、第２染色体（ＱＴＬ２．１を含む）および第６染色体（ＱＴＬ６．１を含む）に野生型ドナーからの遺伝子移入をヘテロ接合型で有する。
【０２１３】
反復親ＨＭＯ１１２５と選抜系統ＶＤＳ８２６との間の直接交配を行った。この交配種をＣＵＸＧＣと命名し、ＣＵＸＧＣの種子はＮＣＩＭＢ４２２６１の番号で寄託された。ＣＵＸＧＣは野生型ドナーの遺伝子移入を有さず、ＣＵＸＹＬＤに対する比較（遺伝的対照）として使用された。
【０２１４】
ＣＵＸＹＬＤおよびＣＵＸＧＣを用いた収量試験を、２０１２年および２０１３年に米国で実施した。両方の年において、３つの異なる播種日を用いて３つの試験が行われた。収量を、合計６回の試験（２年間×３回の試験）で測定した。
【０２１５】
２０１２年および２０１３年の試験結果は、それぞれ表３および表４にまとめられている。両方の年において、第２染色体および第６染色体の遺伝子移入を含む試験交配種は、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１遺伝子移入を欠く遺伝的対照より有意に高い収量を有していた。
【０２１６】
表３
遺伝的対照ＣＵＸＧＣおよびＣＵＸＹＬＤの試験当たり３回の試験および２回の反復についての２０１２年の収量測定。収量は、植物当たりの平均果実（ＦｒＰＰ）で表される。
【０２１７】
【表３】
0006728153.tif 000004
【０２１８】
表４
遺伝的対照ＣＵＸＧＣおよびＣＵＸＹＬＤの試験当たり３回の試験および２回の反復についての２０１３年の収量測定。収量は、植物当たりの平均果実（ＦｒＰＰ）で表される。
【０２１９】
【表４】
0006728153.tif 000005
【０２２０】
実施例３
一塩基多型マーカー（ＳＮＰ）を、野生遺伝子移入断片にわたって同定し、物理的なC. sativusマップ上のそれらの位置を決定した。
【０２２１】
表５−ＱＴＬ２．１遺伝子移入断片のＳＮＰマーカー
【表５】
0006728153.tif 000006
0006728153.tif 000007
0006728153.tif 000008
【０２２２】
表６−ＱＴＬ６．１遺伝子移入断片のＳＮＰマーカー
【表６】
0006728153.tif 000009
0006728153.tif 000010
0006728153.tif 000011
0006728153.tif 000012
0006728153.tif 000013
【配列表】
0006728153000001.app