【手続補正書】
【提出日】平成24年11月5日(2012.11.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
セルロースまたはセルロース源の存在下、培養培地において、セルロース系(cellulosic)細菌と酵母とを共に、
(i) 該細菌がセルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生し、かつ(ii) 該酵母が該細菌の少なくとも1つの代謝産物を炭素源として用いる条件下
で培養する段階を含む、共培養方法。
【請求項２】
細菌および酵母が、いずれの微生物も他方を圧倒しないように種集団の比較的一定の比率を維持しながら共に増殖する、請求項1記載の共培養方法。
【請求項３】
少なくとも1つの代謝産物が、酵母にとっての単独のまたは主要な炭素およびエネルギー源である、請求項1または2記載の共培養方法。
【請求項４】
酵母が、
a) セルロースを代謝的に分解することができない；
b) 異種タンパク質を発現するかもしくは内因性タンパク質を過剰発現するように組換えによって改変されている；および/または
c) 内因性タンパク質の発現をノックアウトするように組換えによって改変されている、
請求項1〜3のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項５】
酵母が、サッカロミセス(Saccharomyces)、ピチア(Pichia)、ハンゼヌラ(Hansenula)、クルイベロミセス(Kluyveromyces)、ヤロウイア(Yarrowia)、トリコデルマ(Trichoderma)、およびシゾサッカロミセス(Scizosacchromyces)からなる群より選択される属由来であり、かつ/または細菌が、アクチノタレア属(Actinotalea)もしくはセルロモナス属(Cellulomonas)の種である、請求項1〜4のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項６】
細菌が、アクチノタレア・ファーメンタンス(Actinotalea fermentans)である、請求項1〜5のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項７】
酵母が出芽酵母(S. cerevisiae)である、請求項1〜6のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項８】
炭素源が、炭素原子1〜6個を含む分子である、請求項1〜7のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項９】
炭素源が、エタノール、アセテート、ラクテート、スクシネート、ホルメート、シトレート、またはマレートである、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
酵母によって産生され、かつ組換え型タンパク質であるかまたは小分子である産物
を、培養培地から回収する段階をさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項１１】
産物がハロゲン化メチル、薬物、食品、アミノ酸、補助因子、ホルモン、タンパク質、ビタミン、脂質、アルカン、芳香族化合物、オレフィン、またはアルコールである、請求項10記載の共培養方法。
【請求項１２】
産物の合成が、酵母における異種タンパク質の発現を必要とする、請求項10または11記載の共培養方法。
【請求項１３】
培養が、酵母のただ1つの種と細菌のただ1つの種とを含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項１４】
酵母が、異種タンパク質を発現するように組換えによって改変されており、かつ該異種タンパク質が、酵素、任意でハロゲン化メチルトランスフェラーゼである、請求項1〜13のいずれか一項記載の共培養方法。
【請求項１５】
セルロースまたはセルロース源の存在下、培養培地において、セルロース系細菌と酵母とを共に、
(i) 該細菌がセルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生し、かつ(ii) 該酵母がセルロースを代謝せず、かつ該細菌の少なくとも1つの代謝産物を炭素源として用いる条件下
で培養する段階を含み、
該酵母が、異種ハロゲン化メチルトランスフェラーゼタンパク質を発現するように組換えによって改変されており、
該培養培地が、セルロース源とハロゲン化物とを含有し、かつ
ハロゲン化メチルが産生される、
請求項1記載の共培養方法。
【請求項１６】
異種ハロゲン化メチルトランスフェラーゼタンパク質が、MHT配列と、該MHT配列を酵母液胞に指向させるターゲティングペプチド配列とを含む融合タンパク質であり、任意で、該ターゲティングペプチド配列が、カルボキシペプチダーゼYからのN末端ペプチドドメインである、請求項15記載の共培養方法。
【請求項１７】
培養培地からハロゲン化メチルを回収する段階、およびハロゲン化メチルを非ハロゲン化有機分子または非ハロゲン化有機分子の混合物へと変換する段階をさらに含む、請求項15または16記載の共培養方法。
【請求項１８】
前記請求項のいずれか一項記載の方法によって得られる、共培養物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
いくつかの態様において、細菌は、アクチノタレア・ファーメンタンスであるか、または本明細書において以下に記述される別のセルロース系細菌である。いくつかの態様において、MHTはバチス・マリチマ由来であるか、または本明細書において以下に記述される別のMHTである。1つの態様において、酵母は、出芽酵母であり、細菌は、アクチノタレア・ファーメンタンスであり、かつMHTはバチス・マリチマ由来である。
[本発明1001]
(i) セルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生するアクチノタレア・ファーメンタンス(Actinotalea fermentans)細菌；および
(ii) 細菌によって産生された少なくとも1つの代謝産物を炭素源として用いる出芽酵母(S. cerevisiae)
を含む、細菌-酵母共培養物。
[本発明1002]
培養培地、ならびに
(i) セルロース系(cellulosic)細菌成分であって、該細菌がセルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生する、セルロース系細菌成分、および
(ii) 酵母成分であって、該酵母が細菌の少なくとも1つの代謝産物を炭素源として用いる、酵母成分
を含む、共培養システム。
[本発明1003]
セルロースを含む、本発明1001または1002の共培養物。
[本発明1004]
酵母がセルロースを代謝的に分解することができない、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1005]
少なくとも1つの代謝産物が、酵母にとっての単独のまたは主要な炭素およびエネルギー源である、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1006]
酵母が、異種タンパク質を発現するか、または内因性タンパク質を過剰発現するように組換えによって改変されている、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1007]
酵母が、内因性タンパク質の発現をノックアウトするように組換えによって改変されている、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1008]
細菌および酵母が、いずれの微生物も他方を圧倒しないように種集団の比較的一定の比率を維持しながら共に増殖する、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1009]
好気性条件下で維持される、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1010]
嫌気性条件下で維持される、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1011]
酵母が、サッカロミセス(Saccharomyces)、ピチア(Pichia)、ハンゼヌラ(Hansenula)、クルイベロミセス(Kluyveromyces)、ヤロウイア(Yarrowia)、トリコデルマ(Trichoderma)、およびシゾサッカロミセス(Scizosacchromyces)からなる群より選択される属由来である、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1012]
酵母が出芽酵母(S. cerevisiae)である、本発明1011の共培養システム。
[本発明1013]
細菌が、アクチノタレア属(Actinotalea)またはセルロモナス属(Cellulomonas)の種である、本発明1001〜1003のいずれかの共培養物。
[本発明1014]
酵母が出芽酵母であり、かつ細菌がアクチノタレア・ファーメンタンスである、本発明1013の共培養物。
[本発明1015]
炭素源が、炭素原子1〜6個を含む分子である、本発明1001〜1003のいずれかの共培養物。
[本発明1016]
炭素源が、エタノール、アセテート、ラクテート、スクシネート、シトレート、ホルメート、またはマレートである、本発明1015の共培養物。
[本発明1017]
酵母の1つの種と細菌の1つの種とを含む、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1018]
酵母および細菌が培養において共生関係を有する、本発明1017の共培養システム。
[本発明1019]
酵母が、哺乳動物タンパク質である異種タンパク質を発現する、本発明1006の共培養システム。
[本発明1020]
異種タンパク質が、患者の処置のために用いられるヒトタンパク質である、本発明1006の共培養システム。
[本発明1021]
異種タンパク質が酵素である、本発明1006の共培養システム。
[本発明1022]
異種タンパク質がハロゲン化メチルトランスフェラーゼである、本発明1021の共培養システム。
[本発明1023]
酵素が、商業的に価値のある小分子化合物を産生するように遺伝子操作されている、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1024]
酵母が、天然に存在する株であるか、または組換えによって改変されていない培養株である、本発明1001〜1003のいずれかの共培養システム。
[本発明1025]
セルロースまたはセルロース源の存在下、液体培養培地において、セルロース系細菌と酵母とを共に、
(i) 細菌がセルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生する条件下、および
(ii) 酵母成分が細菌の少なくとも1つの代謝産物を炭素源として用いる条件下
で培養する段階を含む、酵母培養方法。
[本発明1026]
セルロースが微結晶セルロースである、本発明1025の方法。
[本発明1027]
セルロース源がバイオマスである、本発明1025の方法。
[本発明1028]
バイオマスが、粉砕されたスイッチグラス、バガス、エレファントグラス、トウモロコシ茎葉(corn stover)、およびポプラから選択される粉砕された供給原料である、本発明1027の方法。
[本発明1029]
培養物が好気性条件下で維持される、本発明1025の方法。
[本発明1030]
培養物が嫌気性条件下で維持される、本発明1025の方法。
[本発明1031]
酵母が、セルロースを代謝的に分解することができない、本発明1025の方法。
[本発明1032]
酵母および細菌が培養において共生関係を有する、本発明1025の方法。
[本発明1033]
酵母が、サッカロミセス、ピチア、ハンゼヌラ、クルイベロミセス、ヤロウイア、トリコデルマ、およびシゾサッカロミセスからなる群より選択される属由来である、本発明1025の方法。
[本発明1034]
酵母が出芽酵母である、本発明1025の方法。
[本発明1035]
酵母が、異種タンパク質を発現するように組換えによって改変されている、本発明1025の方法。
[本発明1036]
異種タンパク質が哺乳動物タンパク質である、本発明1035の方法。
[本発明1037]
異種タンパク質が、患者の処置のために用いられるヒトタンパク質である、本発明1036の方法。
[本発明1038]
異種タンパク質が酵素である、本発明1035の方法。
[本発明1039]
異種タンパク質がハロゲン化メチルトランスフェラーゼである、本発明1038の方法。
[本発明1040]
酵母が、内因性タンパク質の発現をノックアウトするように組換えによって改変されている、本発明1025の方法。
[本発明1041]
酵母が、天然に存在する株であるか、または組換えによって改変されていない培養株である、本発明1025の方法。
[本発明1042]
酵母が出芽酵母であり、かつ細菌がアクチノタレア・ファーメンタンスである、本発明1025の方法。
[本発明1043]
炭素源が、炭素原子1〜6個を含む分子である、本発明1025の方法。
[本発明1044]
炭素源が、エタノール、アセテート、ラクテート、スクシネート、シトレート、ホルメート、またはマレートである、本発明1043の方法。
[本発明1045]
細菌が、アクチノタレア属またはセルロモナス属の種である、本発明1025〜1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
酵母が出芽酵母であり、かつ細菌がアクチノタレア・ファーメンタンスである、本発明1025〜1041および1043〜1044のいずれかの方法。
[本発明1047]
酵母によって産物が産生される培養培地から産物を回収する段階をさらに含む、本発明1025〜1044のいずれかの方法。
[本発明1048]
産物が、酵母によって発現される組換え型タンパク質である、本発明1047の方法。
[本発明1049]
産物が、酵母細胞によって合成される小分子である、本発明1047の方法。
[本発明1050]
合成が、酵母における異種タンパク質の発現を必要とする、本発明1047の方法。
[本発明1051]
合成が、酵母において過剰発現される内因性タンパク質の発現、または酵母の1つもしくは複数の内因性遺伝子の欠失を必要とする、本発明1047の方法。
[本発明1052]
産物がハロゲン化メチルである、本発明1050の方法。
[本発明1053]
産物が、薬物、食品、アミノ酸、補助因子、ホルモン、タンパク質、ビタミン、脂質、アルカン、芳香族化合物、オレフィン、アルコール、またはバイオ燃料中間体である、本発明1047の方法。
[本発明1054]
セルロースを代謝し、かつ1つまたは複数の代謝産物を産生するセルロース系細菌と、セルロースを代謝せず、かつ異種ハロゲン化メチルトランスフェラーゼタンパク質を発現するように組換えによって改変されている酵母とを共に、セルロース源とハロゲン化物とを含有する培地において、ハロゲン化メチルが産生される条件下で培養する段階を含む、ハロゲン化メチルを産生するための方法。
[本発明1055]
ハロゲン化物が、塩素、臭素、およびヨウ素からなる群より選択される、本発明1054の方法。
[本発明1056]
i)S-アデノシルメチオニン(SAM)依存性ハロゲン化メチルトランスフェラーゼ(MHT)をコードする異種遺伝子を含む組換え型酵母、
ii)塩素、臭素、およびヨウ素を含む群から選択されるハロゲン化物、ならびに
iii)セルロースの代謝によって炭素源を産生するセルロース分解細菌
を、ハロゲン化メチルが産生される条件下で培養培地において混合する段階を含む方法。
[本発明1057]
炭素源が、炭素原子1〜6個を含む分子である、本発明1056の方法。
[本発明1058]
セルロース分解微生物が細菌であり、かつ炭素源が、エタノール、アセテート、ラクテート、スクシネート、ホルメート、シトレート、またはマレートである、本発明1057の方法。
[本発明1059]
酵母が、サッカロミセス、ピチア、ハンゼヌラ、クルイベロミセス、ヤロウイア、トリコデルマ、およびシゾサッカロミセスからなる群より選択される属由来である、本発明1056の方法。
[本発明1060]
酵母が、出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)、ピチア・パストリス(Pichia pastoris)、ハンゼヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)、クルイベロミセス・ラクチス(Kluyveromyces lactis)、ヤロウイア・リポリチカ(Yarrowia lipolytica)、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesei)、および分裂酵母(Scizosacchromyces pombe)からなる群より選択される、本発明1059の方法。
[本発明1061]
酵母が出芽酵母である、本発明1060の方法。
[本発明1062]
細菌がアクチノタレア・ファーメンタンスである、本発明1056の方法。
[本発明1063]
MHTがバチス・マリチマ(Batis maritima)由来である、本発明1061の方法。
[本発明1064]
細菌が、アクチノタレア・ファーメンタンスである、本発明1054〜1063のいずれかの方法。
[本発明1065]
MHTがバチス・マリチマ由来である、本発明1054〜1063のいずれかの方法。
[本発明1066]
異種遺伝子が、MHT配列と、該MHT配列を酵母液胞に指向させるターゲティングペプチド配列とを含む融合タンパク質をコードする、本発明1054または1056の方法。
[本発明1067]
ターゲティングペプチド配列が、カルボキシペプチダーゼYからのN末端ペプチドドメインである、本発明1066の方法。
[本発明1068]
培養培地からハロゲン化メチルを回収する段階をさらに含む、本発明1054〜1063のいずれかの方法。
[本発明1069]
ハロゲン化メチルを非ハロゲン化有機分子または非ハロゲン化有機分子の混合物へと変換する段階をさらに含む、本発明1068の方法。