【手続補正書】
【提出日】平成25年10月11日(2013.10.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、サンプルをスコア化する方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
【請求項２】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項4または5記載の方法。
【請求項７】
前記臨床評価がDASである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項4〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項4〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項5〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
以下の段階をさらに含む、請求項1〜2または15のいずれか一項記載の方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
【請求項１７】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記示された変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項1または2記載の方法。
【請求項２２】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２４】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項1〜3または15〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項26または27記載の方法。
【請求項２９】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、請求項1〜28のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
以下の段階を含む、対象における関節リウマチの有無を判定する方法：
請求項1記載の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
【請求項３１】
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、請求項1〜30のいずれか一項記載の方法：
請求項1記載の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
【請求項３２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、請求項1〜31のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、請求項1〜32のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、請求項1〜33のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、請求項1〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項24〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項36記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも2つのマーカーが、以下(i)〜(xviii)のいずれかを含む、請求項1または2記載の方法：
(i)（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）
(ii)（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）；
(iii)図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカー;
(iv)図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカー;
(v)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカー;
(vi)図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカー;
(vii)図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカー; 
(viii)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカー;
(ix)図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカー;
(x)図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカー;
(xi)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカー;
(xii)図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカー;
(xiii)図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカー;
(xiv)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカー;
(xv)図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカー;
(xvi)図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカー;
(xvii)カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFA;
(xviii)IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1。
【請求項４０】
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４１】
コンピュータにより実行される、請求項 1〜40のいずれか一項記載の方法。
【請求項４２】
以下を含む、サンプルをスコア化するためのシステム：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを記録するための記録メモリであって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、記録メモリ；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定するための、該記録メモリに通信可能に接続されたプロセッサであって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、プロセッサ。
【請求項４３】
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、請求項42記載のシステム。
【請求項４４】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測するようにさらに構成されている、請求項42または43記載のシステム。
【請求項４５】
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、請求項42〜44のいずれか一項記載のシステム。
【請求項４６】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項45記載のシステム。
【請求項４７】
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、請求項45または46記載のシステム。
【請求項４８】
前記臨床評価がDASである、請求項45〜47のいずれか一項記載のシステム。
【請求項４９】
前記臨床評価がDAS28-CRPである、請求項45〜47のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５０】
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、請求項49記載のシステム。
【請求項５１】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項45〜50のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５２】
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項45〜50のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５３】
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項45〜50のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５４】
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、請求項45〜50のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５５】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項46〜54のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５６】
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、請求項42〜44のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５７】
前記記録メモリが、第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを記録するように構成されており、ここで第1のサンプルと第2のサンプルは、異なる時点で第1の対象から得られたものであり；かつ
前記コンピュータプロセッサが、
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定し、ここで該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す
ように構成されている、請求項42、43、または56のいずれか一項記載のシステム。
【請求項５８】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、請求項57記載のシステム。
【請求項５９】
前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアの変化の速度を決定するようにさらに構成されており、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、請求項57記載のシステム。
【請求項６０】
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、関節リウマチ疾患活動性の前記示された変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測するようにさらに構成されている、請求項57記載のシステム。
【請求項６１】
前記コンピュータプロセッサが、前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定するようにさらに構成されている、請求項60記載のシステム。
【請求項６２】
前記炎症性疾患が関節リウマチである、請求項42または43記載のシステム。
【請求項６３】
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、請求項42または43記載のシステム。
【請求項６４】
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、請求項42または43記載のシステム。
【請求項６５】
前記解釈関数が予測モデルに基づく、請求項42、43、または56〜64のいずれか一項記載のシステム。
【請求項６６】
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、請求項65記載のシステム。
【請求項６７】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項42記載のシステム。
【請求項６８】
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、請求項42記載のシステム。
【請求項６９】
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、請求項67または68記載のシステム。
【請求項７０】
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、請求項42〜69のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７１】
前記記録メモリが、複数のデータセットを記録するように構成されており、該複数のデータセットの各々が、集団内の複数の対象から得られた複数のサンプルと関連し、かつ、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含み；
前記コンピュータプロセッサが、
該集団内の、関節リウマチに関して陰性である該複数の対象の各々に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
該総計DAI値と第1のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第1の対象における関節リウマチの有無を判定する
ようにさらに構成されている、請求項42記載のシステム。
【請求項７２】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、請求項42〜71のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７３】
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、請求項42〜72のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７４】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、請求項42〜73のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７５】
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、請求項42〜74のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７６】
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項65〜75のいずれか一項記載のシステム。
【請求項７７】
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項76記載のシステム。
【請求項７８】
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、請求項76記載のシステム。
【請求項７９】
前記少なくとも2つのマーカーが、以下の(i)〜(xviii)のいずれかを含む、請求項42または43記載のシステム：
(i)（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）;
(ii)（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）;
(iii)図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカー;
(iv)図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカー;
(v)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカー;
(vi)図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカー;
(vii)図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカー;
(viii)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカー;
(ix)図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカー;
(x)図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカー;
(xi)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカー;
(xii)図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカー;
(xiii)図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカー;
(xiv)アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカー;
(xv)図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカー;
(xvi)図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカー;
(xvii)カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFA;
(xviii)IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1。
【請求項８０】
前記記録メモリが、前記DAIスコアを記録するように構成されている、請求項42または43記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
開示された方法を実施するための、コンピュータにより実行される方法、システム、および、プログラムコードを備えたコンピュータ読み取り可能な記録媒体もまた、提供される。
[本発明1001]
以下の段階を含む、サンプルをスコア化する方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
[本発明1002]
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1005]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、本発明1004または1005の方法。
[本発明1007]
前記臨床評価がDASである、本発明1004〜1006のいずれかの方法。
[本発明1008]
前記臨床評価がDAS28-CRPである、本発明1004〜1006のいずれかの方法。
[本発明1009]
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1004〜1009のいずれかの方法。
[本発明1011]
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1004〜1009のいずれかの方法。
[本発明1012]
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1004〜1009のいずれかの方法。
[本発明1013]
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1004〜1009のいずれかの方法。
[本発明1014]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1005〜1013のいずれかの方法。
[本発明1015]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1001〜1003のいずれかの方法。
[本発明1016]
以下の段階をさらに含む、本発明1001〜1002または1015のいずれかの方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
[本発明1017]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、本発明1016の方法。
[本発明1019]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、本発明1016の方法。
[本発明1020]
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記炎症性疾患が関節リウマチである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1022]
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1023]
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1024]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1001〜1003または1015〜1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1024の方法。
[本発明1026]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1001の方法。
[本発明1027]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1001の方法。
[本発明1028]
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、本発明1026または1027の方法。
[本発明1029]
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1030]
以下の段階を含む、対象における関節リウマチの有無を判定する方法：
本発明1000の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
[本発明1031]
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法：
本発明1001の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
[本発明1032]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1033]
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1024〜1035のいずれかの方法。
[本発明1037]
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1036の方法。
[本発明1038]
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1036の方法。
[本発明1039]
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1040]
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1041]
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1042]
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1043]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1044]
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1045]
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1046]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1047]
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1048]
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1049]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1050]
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1051]
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1052]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1053]
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1054]
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1055]
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1056]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1057]
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1058]
コンピュータにより実行される、サンプルをスコア化する方法であって、以下の段階を含む、方法：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取る段階であって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階；ならびに
コンピュータプロセッサにより、解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定する段階であって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、段階。
[本発明1059]
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測する段階をさらに含む、本発明1058の方法。
[本発明1061]
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1062]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1061の方法。
[本発明1063]
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、本発明1061または1062の方法。
[本発明1064]
前記臨床評価がDASである、本発明1061〜1063のいずれかの方法。
[本発明1065]
前記臨床評価がDAS28-CRPである、本発明1061〜1063のいずれかの方法。
[本発明1066]
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1061〜1066のいずれかの方法。
[本発明1068]
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1061〜1066のいずれかの方法。
[本発明1069]
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1061〜1066のいずれかの方法。
[本発明1070]
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1061〜1066のいずれかの方法。
[本発明1071]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1062〜1070のいずれかの方法。
[本発明1072]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1058〜1060のいずれかの方法。
[本発明1073]
以下の段階をさらに含む、本発明1058〜1059または1072のいずれかの方法：
第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを受け取る段階であって、第1のサンプルと第2のサンプルが、異なる時点で第1の対象から得られたものである、段階；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定する段階；および
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定する段階であって、該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す、段階。
[本発明1074]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、本発明1073の方法。
[本発明1075]
前記DAIスコアの変化の速度を決定する段階をさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、本発明1073の方法。
[本発明1076]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測する段階をさらに含む、本発明1073の方法。
[本発明1077]
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定する段階をさらに含む、本発明1076の方法。
[本発明1078]
前記炎症性疾患が関節リウマチである、本発明1058または1059の方法。
[本発明1079]
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、本発明1058または1059の方法。
[本発明1080]
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、本発明1058または1059の方法。
[本発明1081]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1058〜1060または1072〜1080のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1081の方法。
[本発明1083]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1058の方法。
[本発明1084]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1058の方法。
[本発明1085]
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、本発明1083または1084の方法。
[本発明1086]
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1087]
コンピュータにより実行される、対象における関節リウマチの有無を判定する方法であって、以下の段階を含む、方法：
本発明1058の方法に従い、集団内の対象に関するDAIスコアを決定する段階であって、該対象が、関節リウマチに関して陰性である、段階；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得る段階；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較する段階；および
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する段階。
[本発明1088]
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ以下の段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法：
本発明1058の方法に従い、第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定する段階であって、第2の対象が第1の対象と同じ種であり、かつ第2の対象が関節リウマチの治療を受けている、段階；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較する段階；および
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する段階。
[本発明1089]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1090]
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1091]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1092]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1093]
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1081〜1092のいずれかの方法。
[本発明1094]
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1093の方法。
[本発明1095]
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1093の方法。
[本発明1096]
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1097]
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1098]
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1099]
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1100]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1101]
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1102]
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1103]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1104]
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1105]
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1106]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1107]
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1108]
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1109]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1110]
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1111]
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1112]
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1113]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1114]
前記DAIスコアを第1の対象に報告する段階をさらに含む、本発明1058または1059の方法。
[本発明1115]
以下を含む、サンプルをスコア化するためのシステム：
第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを記録するための記録メモリであって、第1のデータセットが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、記録メモリ；ならびに
解釈関数を使用して第1のデータセットから第1のDAIスコアを決定するための、該記録メモリに通信可能に接続されたプロセッサであって、第1のDAIスコアが、第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する、プロセッサ。
[本発明1116]
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、本発明1115のシステム。
[本発明1117]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測するようにさらに構成されている、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1118]
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1119]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1118のシステム。
[本発明1120]
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、本発明1118または1119のシステム。
[本発明1121]
前記臨床評価がDASである、本発明1118〜1120のいずれかのシステム。
[本発明1122]
前記臨床評価がDAS28-CRPである、本発明1118〜1120のいずれかのシステム。
[本発明1123]
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、本発明1122のシステム。
[本発明1124]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1118〜1123のいずれかのシステム。
[本発明1125]
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1118〜1123のいずれかのシステム。
[本発明1126]
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1118〜1123のいずれかのシステム。
[本発明1127]
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1118〜1123のいずれかのシステム。
[本発明1128]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1119〜1127のいずれかのシステム。
[本発明1129]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1115〜1117のいずれかのシステム。
[本発明1130]
前記記録メモリが、第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する第2のデータセットを記録するように構成されており、ここで第1のサンプルと第2のサンプルは、異なる時点で第1の対象から得られたものであり；かつ
前記コンピュータプロセッサが、
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、DAIスコアの変化を判定し、ここで該変化が、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示す
ように構成されている、本発明1115、1116、または1129のいずれかのシステム。
[本発明1131]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、本発明1130のシステム。
[本発明1132]
前記コンピュータプロセッサが、前記DAIスコアの変化の速度を決定するようにさらに構成されており、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、本発明1130のシステム。
[本発明1133]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記コンピュータプロセッサが、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測するようにさらに構成されている、本発明1130のシステム。
[本発明1134]
前記コンピュータプロセッサが、前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定するようにさらに構成されている、本発明1133のシステム。
[本発明1135]
前記炎症性疾患が関節リウマチである、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1136]
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1137]
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1138]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1115、1116、または1129〜1137のいずれかのシステム。
[本発明1139]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1138のシステム。
[本発明1140]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1115のシステム。
[本発明1141]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1115のシステム。
[本発明1142]
スケール化されたDAIスコアを決定する段階をさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、本発明1140または1141のシステム。
[本発明1143]
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1144]
前記記録メモリが、複数のデータセットを記録するように構成されており、該複数のデータセットの各々が、集団内の複数の対象から得られた複数のサンプルと関連し、かつ、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含み；
前記コンピュータプロセッサが、
該集団内の、関節リウマチに関して陰性である該複数の対象の各々に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
該総計DAI値と第1のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第1の対象における関節リウマチの有無を判定する
ようにさらに構成されている、本発明1115のシステム。
[本発明1145]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1146]
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1147]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定する段階をさらに含む、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1148]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けする段階をさらに含む、前記本発明のいずれかのシステム。
[本発明1149]
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1138〜1148のいずれかのシステム。
[本発明1150]
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1149のシステム。
[本発明1151]
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1149のシステム。
[本発明1152]
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1153]
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、本発明1115のシステム。
[本発明1154]
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1155]
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1156]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1157]
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1158]
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1159]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1160]
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1161]
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1162]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1163]
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1164]
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1165]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1166]
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1167]
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1168]
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1169]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1170]
前記記録媒体が、前記DAIスコアを記録するように構成されている、本発明1115または1116のシステム。
[本発明1171]
コンピュータ実行可能なプログラムコードを記録する、非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、該プログラムコードが、
アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；ICTP；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；ピリジノリン（PYD）；レジスチン（RETN）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；腫瘍壊死因子（リガンド）スーパーファミリー、メンバー13b（TNFSF13B、またはBAFF）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；および血管内皮成長因子A（VEGFA）からなる群より選択される少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、第1の対象から得られた第1のサンプルと関連する第1のデータセットを受け取り；かつ
第1の対象における炎症性疾患活動性の定量的尺度を提供する第1のDAIスコアを、第1のデータセットから、解釈関数を使用して決定する
ためのプログラムコードを含む、記録媒体。
[本発明1172]
第1の対象から第1のサンプルを得る段階であって、第1のサンプルが複数の分析物を含む、段階；
第1のサンプルを試薬と接触させる段階；
該試薬と該複数の分析物との複数の複合体を生成する段階；および
該複数の複合体を検出して、第1のサンプルと関連する第1のデータセットを得る段階であって、第1のデータセットが、前記少なくとも2つのマーカーに関する定量的データを含む、段階
を含む方法により第1のデータセットが得られる、本発明1171の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1173]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、前記DAIスコアに基づき第1の対象のSharpスコアの変化を予測することをさらに含む、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1174]
第1のDAIスコアが、臨床評価の予測となる、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1175]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1174の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1176]
前記臨床評価が、DAS、DAS28、DAS28-CRP、Sharpスコア、圧痛関節数（TJC）、および腫脹関節数（SJC）からなる群より選択される、本発明1174または1175の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1177]
前記臨床評価がDASである、本発明1174〜1176のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1178]
前記臨床評価がDAS28-CRPである、本発明1174〜1176のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1179]
DAS28-CRPが、圧痛関節数（TJC）、腫脹関節数（SJC）、および患者の全般的健康評価からなる群より選択される項目を含む、本発明1178の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1180]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1174〜1179のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1181]
前記臨床評価がTJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、LEP、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1174〜1179のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1182]
前記臨床評価がSJCであり、第1のデータセットが、CHI3L1、EGF、IL6、SAA1、およびTNFRSF1Aからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1174〜1179のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1183]
前記臨床評価が、患者の全般的健康評価であり、第1のデータセットが、EGF、IL6、LEP、MMP1、MMP3、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAからなる群より選択される少なくとも1つのマーカーに関する定量的データを含む、本発明1174〜1179のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1184]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1175〜1183のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1185]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1からなる群より選択される、本発明1171〜1173のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1186]
第1のサンプルとは異なる時点で第1の対象から得られた第2のサンプルと関連する、第2のデータセットを受け取り；
前記解釈関数を使用して第2のデータセットから第2のDAIスコアを決定し；かつ
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較して、第1の対象における前記炎症性疾患活動性の変化を示すDAIスコアの変化を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、本発明1171〜1172または1185のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1187]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ活動性であり、関節リウマチ疾患活動性における示された変化が、治療レジメンに対する前記対象の応答の有無または程度を示す、本発明1186の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1188]
前記DAIスコアの変化の速度を決定することをさらに含み、該速度が、治療レジメンに対する第1の対象の応答の程度を示す、本発明1186の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1189]
前記炎症性疾患活動性が関節リウマチ疾患活動性であり、かつ、関節リウマチ疾患活動性の前記変化に基づき、第1の対象のSharpスコア変化速度を予測することをさらに含む、本発明1186の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1190]
前記予測されたSharpスコア変化速度に基づき、第1の対象における関節リウマチ進行に関する予後を判定することをさらに含む、本発明1189の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1191]
前記炎症性疾患が関節リウマチである、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1192]
前記炎症性疾患が未分類関節炎である、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1193]
前記少なくとも2つのマーカーの一方がCRPまたはSAA1である、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1194]
前記解釈関数が予測モデルに基づく、本発明1171〜1173または1185〜1193のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1195]
前記予測モデルが、前進線形段階的回帰アルゴリズム；線形回帰のLasso縮小選択法；または線形回帰の正則化および変数選択のためのElastic Netを含むアルゴリズムを用いて開発される、本発明1194の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1196]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP/106 + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC, 0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC, 0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、すべてのバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1171の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1197]
前記解釈関数が、DAIスコア = (0.56*sqrt(IPTJC)) + (0.28*sqrt(IPSJC)) + (0.14*(PPGA)) + (0.36*ln(CRP + 1)) + 0.96であり；ここで、IPTJC = 改善されたPTJC = max(0.1739*PTJC + 0.7865*PSJC,0)；IPSJC = 改善されたPSJC = max(0.1734*PTJC + 0.7839*PSJC,0)；PTJC = 圧痛関節数の予測 = -38.564 + 3.997*(SAA1)1/10 + 17.331*(IL6)1/10 + 4.665*(CHI3L1)1/10 - 15.236*(EGF)1/10 + 2.651*(TNFRSF1A)1/10 + 2.641*(LEP)1/10 + 4.026*(VEGFA)1/10 - 1.47*(VCAM1)1/10；PSJC = 腫脹関節数の予測 = -25.444 + 4.051*(SAA1)1/10 + 16.154*(IL6)1/10 - 11.847*(EGF)1/10 + 3.091*(CHI3L1)1/10 + 0.353*(TNFRSF1A)1/10；PPGA =患者の全般的評価の予測 = -13.489 + 5.474*(IL6)1/10 + 0.486*(SAA1)1/10 + 2.246*(MMP1)1/10 + 1.684*(レプチン)1/10 + 4.14*(TNFRSF1A)1/10 + 2.292*(VEGFA)1/10 - 1.898*(EGF)1/10 + 0.028*(MMP3)1/10 - 2.892*(VCAM1)1/10 -.506*(RETN) 1/10であり、ここで、CRPの単位はmg/Lであり、他のバイオマーカーの単位はpg/mLである、本発明1171の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1198]
スケール化されたDAIスコアを決定することをさらに含み、ここで、該スケール化されたDAIスコア = round(max(min((DAIスコア)*10.53 + 1, 100), 1))である、本発明1196または1197の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1199]
前記DAIスコアが、炎症性疾患代用エンドポイントとして使用される、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1200]
集団内の、関節リウマチに関して陰性である対象に関するDAIスコアを決定し；
該決定されたDAIスコアに基づき、該集団に関する総計DAI値を得；
第2の対象に関する第2のDAIスコアを決定し；
該総計DAI値と第2のDAIスコアを比較し；かつ
該比較に基づき、第2の対象における関節リウマチの有無を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、本発明1171の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1201]
第1の対象が関節リウマチの治療を受けており、かつ、
第1の対象と同じ種であり関節リウマチの治療を受けている第2の対象に関する、第2のDAIスコアを決定し；
第1のDAIスコアと第2のDAIスコアを比較し；かつ
該スコア比較に基づき、第1の対象に対する治療効果を判定する
ためのプログラムコードをさらに含む、本発明1171の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1202]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ療法に対する応答を判定することをさらに含む、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1203]
前記DIAスコアに基づき、関節リウマチ治療レジメンを選択することをさらに含む、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1204]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ治療経過を判定することをさらに含む、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1205]
前記DAIスコアに基づき、関節リウマチ疾患活動性を低または高に格付けすることをさらに含む、前記本発明のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1206]
前記予測モデルの性能が、0.60〜0.99の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1194〜1205のいずれかの非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1207]
前記予測モデルの性能が、0.70〜0.79の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1206の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1208]
前記予測モデルの性能が、0.80〜0.89の範囲のAUCによって特徴付けられる、本発明1206の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1209]
前記少なくとも2つのマーカーが、（APOA1およびIL8）、（カルプロテクチンおよびCRP）、（カルプロテクチンおよびEGF）、（カルプロテクチンおよびIL8）、（CRPおよびAPOA1）、（CRPおよびAPOC3）、（CRPおよびCCL22）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGF）、（EGFおよびAPOA1）、（EGFおよびCHI3L1）、（EGFおよびICAM1）、（EGFおよびIL8）、（EGFおよびLEP）、（EGFおよびMMP1）、（EGFおよびTNFRSF1A）、（EGFおよびVCAM1）、（ICAM1およびIL8）、（IL1RNおよびCRP）、（IL1RNおよびEGF）、（IL1RNおよびIL8）、（IL8およびAPOC3）、（IL8およびCCL22）、（IL8およびCHI3L1）、（IL8およびIL6）、（IL8およびIL6R）、（IL8およびTNFRSF1A）、（LEPおよびIL8）、（MMP3およびIL8）、（RETNおよびIL8）、（SAA1およびEGF）、（SAA1およびIL8）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびRETN）、または（VCAM1およびIL8）を含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1210]
前記少なくとも2つのマーカーが、（カルプロテクチンおよびCHI3L1）、（カルプロテクチンおよびインターロイキン）、（カルプロテクチンおよびLEP）、（カルプロテクチンおよびピリジノリン）、（カルプロテクチンおよびRETN）、（CCL22およびカルプロテクチン）、（CCL22およびCRP）、（CCL22およびIL6）、（CCL22およびSAA1）、（CRPおよびカルプロテクチン）、（CRPおよびCHI3L1）、（CRPおよびEGF）、（CRPおよびICAM1）、（CRPおよびIL1B）、（CRPおよびIL1RN）、（CRPおよびIL6）、（CRPおよびIL6R）、（CRPおよびIL8）、（CRPおよびLEP）、（CRPおよびMMP1）、（CRPおよびMMP3）、（CRPおよびピリジノリン）、（CRPおよびRETN）、（CRPおよびSAA1）、（CRPおよびTNFRSF1A）、（CRPおよびVCAM1）、（CRPおよびVEGFA）、（EGFおよびカルプロテクチン）、（EGFおよびIL6）、（EGFおよびSAA1）、（ICAM1およびカルプロテクチン）、（ICAM1およびIL6）、（ICAM1およびSAA1）、（IL1Bおよびカルプロテクチン）、（IL1BおよびIL6）、（IL1BおよびMMP3）、（IL1BおよびSAA1）、（IL6およびカルプロテクチン）、（IL6およびCHI3L1）、（IL6およびIL1RN）、（IL6およびIL8）、（IL6およびLEP）、（IL6およびMMP1）、（IL6およびMMP3）、（IL6およびピリジノリン）、（IL6およびRETN）、（IL6およびSAA1）、（IL6およびTNFRSF1A）、（IL6およびVCAM1）、（IL6およびVEGFA）、（IL6Rおよびカルプロテクチン）、（IL6RおよびIL6）、（IL6RおよびSAA1）、（IL8およびカルプロテクチン）、（IL8およびMMP3）、（IL8およびSAA1）、（MMP1およびカルプロテクチン）、（MMP1およびSAA1）、（MMP3およびカルプロテクチン）、（MMP3およびCHI3L1）、（MMP3およびSAA1）、（SAA1およびカルプロテクチン）、（SAA1およびCHI3L1）、（SAA1およびIL1RN）、（SAA1およびLEP）、（SAA1およびピリジノリン）、（SAA1およびRETN）、（SAA1およびTNFRSF1A）、（SAA1およびVCAM1）、（SAA1およびVEGFA）、（TNFRSF1Aおよびカルプロテクチン）、（VCAM1およびカルプロテクチン）；または（VEGFAおよびカルプロテクチン）を含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1211]
前記少なくとも2つのマーカーが、図1のTWOMRKセット番号1〜208からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1212]
前記少なくとも2つのマーカーが、図17のTWOMRKセット番号1〜157からなる群より選択される1セットのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1213]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも3つのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1214]
前記少なくとも2つのマーカーが、図2のTHREEMRKセット番号1〜378および図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1215]
前記少なくとも2つのマーカーが、図18のTHREEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの3マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1216]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも4つのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1217]
前記少なくとも2つのマーカーが、図3のFOURMRKセット番号1〜54からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1218]
前記少なくとも2つのマーカーが、図19のFOURMRKセット番号1〜266からなる群より選択される1セットの4マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1219]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも5つのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1220]
前記少なくとも2つのマーカーが、図4のFIVEMRKセット番号1〜44からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1221]
前記少なくとも2つのマーカーが、図20のFIVEMRKセット番号1〜236からなる群より選択される1セットの5マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1222]
前記少なくとも2つのマーカーが、アポリポタンパク質A-I（APOA1）；アポリポタンパク質C-III（APOC3）；ケモカイン（C-Cモチーフ）リガンド22（CCL22）；キチナーゼ3様1（軟骨糖タンパク質-39）（CHI3L1）；ICTP；C反応性タンパク質、ペントラキシン関連（CRP）；上皮成長因子（β-ウロガストロン）（EGF）；細胞間接着分子1（ICAM1）；インターロイキン18（インターフェロン-γ誘導因子）（IL18）；インターロイキン1,β（IL1B）；インターロイキン1受容体アンタゴニスト（IL1RN）；インターロイキン6（インターフェロン,β2）（IL6）；インターロイキン6受容体（IL6R）；インターロイキン8（IL8）；ケラタン硫酸；レプチン（LEP）；マトリクスメタロペプチダーゼ1（間質コラゲナーゼ）（MMP1）；マトリクスメタロペプチダーゼ3（ストロメライシン1、プロゼラチナーゼ）（MMP3）；レジスチン（RETN）；カルプロテクチン（タンパク質サブユニットS100A8およびS100A9のヘテロポリマー）；血清アミロイドA1（SAA1）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー1A（TNFRSF1A）；血管細胞接着分子1（VCAM1）；血管内皮成長因子A（VEGFA）；およびピリジノリン（PYD）からなる群より選択される少なくとも6つのマーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1223]
前記少なくとも2つのマーカーが、図5のSIXMRKセット番号1〜84からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1224]
前記少なくとも2つのマーカーが、図21のSIXMRKセット番号1〜192からなる群より選択される1セットの6マーカーを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1225]
前記少なくとも2つのマーカーが、カルプロテクチン、CCL22、CRP、EGF、ICAM1、CHI3L1、ICTP、IL1B、IL1RA、IL6、IL6R、IL8、LEP、MMP1、MMP3、ピリジノリン、RETN、SAA1、TNFRSF1A、VCAM1、およびVEGFAを含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1226]
前記少なくとも2つのマーカーが、IL6、EGF、VEGFA、LEP、SAA1、VCAM1、CRP、MMP1、MMP3、TNFRSF1A、RETN、およびCHI3L1を含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
[本発明1227]
前記DAIスコアを表示するためのプログラムコードをさらに含む、本発明1171または1172の非一時的な、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。