【手続補正書】
【提出日】平成21年9月24日(2009.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含むサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測するための方法：
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）反応物を複数の反応と関連づけるデータ構造であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該サッカロマイセス・セレビシエ反応は、関連した遺伝子を示すための注釈がついているデータ構造を提供する段階；
（b）該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約セットを提供する段階；
（c）目的関数を提供する段階；ならびに、
（d）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、該目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これにより該遺伝子に関連したサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する段階。
【請求項２】
複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項５】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、解糖、TCAサイクル、ペントースリン酸経路、呼吸、アミノ酸の生合成、アミノ酸の分解、プリンの生合成、ピリミジンの生合成、脂質の生合成、脂肪酸の代謝、補助因子の生合成、細胞壁成分の代謝、代謝産物の輸送、および炭素源、窒素源、酸素源、リン酸塩供与源、水素供与源、または硫黄源の代謝からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項６】
データ構造が、1組の線形代数方程式を含む、請求項１記載の方法。
【請求項７】
データ構造が、マトリックスを含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
フラックス分布が、線形プログラミングによって決定される、請求項１記載の方法。
【請求項９】
請求項１記載の方法であって：
（e）（a）部分のデータ構造と比較して少なくとも1つの付加された反応を含む、改変データ構造を提供する段階、
（f）制約セットが該改変データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これによりサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する段階、
をさらに含む方法。
【請求項１０】
少なくとも1つの添加された反応の少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも1つの関係物を同定することが、該少なくとも1つの反応とサッカロマイセス・セレビシエタンパク質を関連させる段階を含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
タンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定することにより、サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１４】
以下の段階を含む、請求項１記載の方法：
（e）（a）部分のデータ構造と比較して少なくとも1つを欠いている改変データ構造を提供する段階、および
（f）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これによりサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する段階。
【請求項１５】
少なくとも1つの反応における少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも1つの関係物を同定する段階が、該少なくとも1つの反応とサッカロマイセス・セレビシエタンパク質を関連させる段階を含む、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも1つの反応を行うタンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定し、これにより、サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項１５記載の方法。
【請求項１９】
以下の段階を含む、請求項１記載の方法：
（e）（a）部分のデータ構造の該少なくとも1つの反応のための制約と比較して、少なくとも1つの反応のための変更制約を含む該改変制約セットを提供する段階と、および
（f）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、該目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これによりサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する段階。
【請求項２０】
少なくとも1つの反応の少なくとも1つの関係物を同定する段階をさらに含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも1つの関係物を同定することが、少なくとも1つの反応とサッカロマイセス・セレビシエタンパク質を関連させる段階を含む、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
タンパク質をコードする少なくとも1つの遺伝子を同定する段階をさらに含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも1つの関係物の活性または量を変化させる少なくとも1つの化合物を同定し、これによりサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を変化させる候補薬物または候補物質を同定する段階をさらに含む、請求項２０記載の方法。
【請求項２４】
サッカロマイセス・セレビシエの1つまたは複数の遺伝子またはタンパク質と、データ構造の1つまたは複数の反応を関連づける遺伝子データベースを提供する段階をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項２５】
以下の段階を含む、サッカロマイセス・セレビシエ増殖を予測するための方法：
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関連づけるデータ構造であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、データ構造を提供する段階；
（b）該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約セットを提供する段階；
（c）目的関数を提供する段階；ならびに
（d）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定し、これによりサッカロマイセス・セレビシエ増殖を予測する段階。
【請求項２６】
以下の段階を含む、複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類の複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関連づけるデータ構造を作製するための方法：
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応並びに該サッカロマイセス・セレビシエ反応の基質および産物である複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を同定する段階；
（b）データ構造における該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応を、該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物に関連づけ、ここにおいて該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、段階；
（c）該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約セットを決定する段階；
（d）目的関数を提供する段階；
（e）該制約セットが該データ構造に適用されるときに、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する段階；ならびに
（f）該少なくとも1つのフラックス分布がサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測しない場合は、該データ構造に反応を追加するか、または該データ構造から反応を除去させて、段階（e）を繰り返し、該少なくとも1つのフラックス分布が、サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する場合は、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類に該データ構造を格納する段階。
【請求項２７】
データ構造の反応が、注釈がついているゲノムから同定される、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
遺伝子データベースの注釈がついているゲノムから同定される反応を格納する段階をさらに含む、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
データ構造の反応に注釈をつける段階をさらに含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３０】
注釈が、遺伝子の割当て、タンパク質の割当て、サブシステムの割当て、信頼格付けの割当て、ゲノム注釈情報の参考資料、および出版物の参考資料からなる群より選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
工程（b）が、不平衡反応を同定し、該データ構造に反応を付加する段階を含み、これにより該不平衡反応を平衡反応に変更する段階をさらに含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３２】
反応の付加が、系内の反応、交換反応、末梢の代謝経路に由来する反応、中枢代謝経路に由来する反応、遺伝子関連反応、および非遺伝子関連反応からなる群より選択される反応を付加する段階を含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３３】
末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、発生、細胞間のシグナル伝達、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項２６記載の方法。
【請求項３５】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項２６記載の方法。
【請求項３６】
データ構造が、1組の線形代数方程式を含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３７】
データ構造が、マトリックスを含む、請求項２６記載の方法。
【請求項３８】
フラックス分布が、線形プログラミングによって決定される、請求項２６記載の方法。
【請求項３９】
複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を、複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関連づけるデータ構造であって、以下の段階を含むプロセスによって産生されるデータ構造：
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応および該サッカロマイセス・セレビシエ反応の基質および産物である複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を同定する段階；
（b）データ構造における該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応を、該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物に関連づけ、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含む、段階；
（c）該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約セットを決定する段階；
（d）目的関数を提供する段階；
（e）該制約セットが該データ構造に適用されるとき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する段階；ならびに
（f）該少なくとも1つのフラックス分布がサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測しない場合は、該データ構造に反応を追加するか、または該データ構造から反応を除去させて、段階（e）を繰り返し、該少なくとも1つのフラックス分布が、サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する場合は、コンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類に該データ構造を格納する段階。
【請求項４０】
サッカロマイセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）生理機能を予測するためにコンピュータを、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該サッカロマイセス・セレビシエ反応は、関連した遺伝子を示すために注釈がついており、前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段；
（b）前記関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する遺伝子データ格納手段；
（c）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段；
(d) 前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段；ならびに
(e) サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段、
として機能させるためのサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測するためのコンピュータプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４１】
前記複数の反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４２】
前記末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項４１に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４３】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４４】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４５】
前記分布決定手段が、1組の線形代数方程式を用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４６】
前記分布決定手段が、マトリックスを用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４７】
前記分布決定手段が、フラックス分布の最適化を行うことを含む、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項４８】
前記分布決定手段が、線形最適化によりフラックス分布を最適化することを含む、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な媒体または媒体類。
【請求項４９】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第一の基質または産物は、第一のコンパートメントに割り当てられ、かつ該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第二の基質または産物は、第二のコンパートメントに割り当てられる、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項５０】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応が、複数の関連した遺伝子を示すための注釈がついており、かつ前記遺伝子データ格納手段が、複数の関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する、請求項４０に記載のコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項５１】
サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測するためにコンピュータを、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、ここで前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段；
（b）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段；
（c）前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段；ならびに
（d）サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段、
として機能させるためのサッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測するためのコンピュータプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項５２】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測するためにコンピュータを、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該サッカロマイセス・セレビシエ反応は、関連した遺伝子を示すために注釈がついており、前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段；
（b）前記関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する遺伝子データ格納手段；
（c）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段；
(d) 前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段；ならびに
(e) サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段、
として機能させるためのサッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測するためのプログラム。
【請求項５３】
前記複数の反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項５４】
前記末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項５３に記載のプログラム。
【請求項５５】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項５６】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項５７】
前記分布決定手段が、1組の線形代数方程式を用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項５８】
前記分布決定手段が、マトリックスを用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項５９】
前記分布決定手段が、フラックス分布の最適化を行うことを含む、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項６０】
前記分布決定手段が、線形最適化によりフラックス分布を最適化することを含む、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項６１】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第一の基質または産物は、第一のコンパートメントに割り当てられ、かつ該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第二の基質または産物は、第二のコンパートメントに割り当てられる、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項６２】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応が、複数の関連した遺伝子を示すための注釈がついており、かつ前記遺伝子データ格納手段が、複数の関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する、請求項５２に記載のプログラム。
【請求項６３】
サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測するためにコンピュータを、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、ここで前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段；
（b）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段；
（c）前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段；ならびに
（d）サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段、
として機能させるためのサッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測するためのプログラム。
【請求項６４】
サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測するためのシステムであって、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、少なくとも1つの該サッカロマイセス・セレビシエ反応は、関連した遺伝子を示すために注釈がついており、前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段と；
（b）前記関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する遺伝子データ格納手段と；
（c）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段と；
(d) 前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段と；
(e) サッカロマイセス・セレビシエ生理機能を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段と、
を有するシステム。
【請求項６５】
前記複数の反応が、末梢の代謝経路に由来する少なくとも1つの反応を含む、請求項６４に記載のシステム。
【請求項６６】
前記末梢の代謝経路が、アミノ酸生合成、アミノ酸分解、プリン生合成、ピリミジン生合成、脂質生合成、脂肪酸代謝、補助因子生合成、細胞壁代謝、および輸送プロセスからなる群より選択される、請求項６５に記載のシステム。
【請求項６７】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、増殖、エネルギー産生、レドックス当量産生、バイオマス産生、バイオマス前駆体の産生、タンパク質の産生、アミノ酸の産生、プリンの産生、ピリミジンの産生、脂質の産生、脂肪酸の産生、補助因子の産生、細胞壁成分の産生、代謝産物の輸送、および炭素、窒素、硫黄、リン酸塩、水素、または酸素の消費からなる群より選択される、請求項６４に記載のシステム。
【請求項６８】
前記サッカロマイセス・セレビシエ生理機能が、タンパク質の分解、アミノ酸の分解、プリンの分解、ピリミジンの分解、脂質の分解、脂肪酸の分解、補助因子の分解、および細胞壁成分の分解からなる群より選択される、請求項６４に記載のシステム。
【請求項６９】
前記分布決定手段が、1組の線形代数方程式を用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７０】
前記分布決定手段が、マトリックスを用いて少なくとも1つのフラックス分布を決定する、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７１】
前記分布決定手段が、フラックス分布の最適化を行うことを含む、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７２】
前記分布決定手段が、線形最適化によりフラックス分布を最適化することを含む、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７３】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第一の基質または産物は、第一のコンパートメントに割り当てられ、かつ該複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応における第二の基質または産物は、第二のコンパートメントに割り当てられる、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７４】
前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応が、複数の関連した遺伝子を示すための注釈がついており、かつ前記遺伝子データ格納手段が、複数の関連した遺伝子を特徴づける情報を格納する、請求項６４に記載のシステム。
【請求項７５】
サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測するためのシステムであって、
（a）複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応物を複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応と関係づける反応データを格納する反応データ格納手段であって、該サッカロマイセス・セレビシエ反応のそれぞれは、反応の基質として同定される反応物、反応の産物として同定される反応物、並びに該基質および該産物を関係づける化学量論係数を含み、ここで前記複数の反応における少なくとも１つの反応物はコンパートメントへ割り当てる注釈がついている、反応データ格納手段と；
（b）前記複数のサッカロマイセス・セレビシエ反応のための制約条件を格納する制約条件格納手段と；
（c）前記反応データおよび前記制約条件に基づき、目的関数を最小または最大にする少なくとも1つのフラックス分布を決定する分布決定手段と；
（d）サッカロマイセス・セレビシエの増殖を予測する前記少なくとも1つのフラックス分布を出力する出力手段と、
を有するシステム。