【手続補正書】
【提出日】平成25年10月11日(2013.10.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、抗EphA3抗体：
アミノ酸配列X1GX2YEX3FDX4 (SEQ ID NO:38)を含むCDR3を有するVH領域であり、ここで、X1はSまたはGであり、X2はYまたはVであり、X3はEまたはDであり、かつX4はS、V、またはIであるが、ただしアミノ酸配列がSGYYEDFDS (SEQ ID NO:39)である場合には、CDR1はSYWIN (SEQ ID NO:40)ではなく、かつアミノ酸配列がSGYYEEFDS (SEQ ID NO:41)である場合には、CDR1はTYWIS (SEQ ID NO:42)ではない、VH領域；
ヒト生殖系列Jセグメントアミノ酸配列に対して2アミノ酸以下の変化を有するJセグメント；および
ヒト生殖系列Vセグメントアミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含むVセグメント；ならびに
配列X1X2YX3X4YPYT (SEQ ID NO:56)を含むCDR3を有するVL領域であり、ここで、X1はG、V、またはAであり；X2はQ、R、またはGであり；X3はA、S、またはLであり；かつX4はNまたはKである、VL領域；
ヒト生殖系列Jセグメントアミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含むJセグメント；および
ヒト生殖系列Vセグメントアミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含むVセグメント。
【請求項２】
CDR3が
GGYYEDFDS (SEQ ID NO:43)、SGYYEEFDS (SEQ ID NO:41)、SGVYEDFDS (SEQ ID NO:44)、SGYYEDFDV (SEQ ID NO:45),またはSGYYEDFDI (SEQ ID NO:46)
を含む、請求項1記載の抗体。
【請求項３】
VL領域CDR3が
GQYANYPYT (SEQ ID NO:57)、VQYAKYPYT (SEQ ID NO:58)、AQYANYPYT (SEQ ID NO:59)、VQYSNYPYT (SEQ ID NO:60)、VQYANYPYT (SEQ ID NO:61)、VGYANYPYT (SEQ ID NO:62)、VRYANYPYT (SEQ ID NO:63),またはVQYLNYPYT (SEQ ID NO:64)
を含む、請求項1または2記載の抗体。
【請求項４】
VH領域VセグメントがヒトVH1 1-02アミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含む、請求項1、2、または3のいずれか一項記載の抗体。
【請求項５】
VL領域Vセグメントがヒト生殖系列JκI L15アミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含む、請求項1、2、3、または4のいずれか一項記載の抗体。
【請求項６】
VH領域CDR1が配列GYWMN (SEQ ID NO:48)、TYWIS (SEQ ID NO:42)、またはSYWIN (SEQ ID NO:40)を有し、かつVH領域CDR2が配列
DIYPGSGNTNYDEKFQG (SEQ ID NO:49)、DIYPGSGNTNYAQKFQG (SEQ ID NO:50)、DIYPGSGNTNYAQEFRG (SEQ ID NO:51)、DIYPGSGNTNYAQKFLG (SEQ ID NO:52)、DIYPGSGNTNYDEKFEG (SEQ ID NO:53),またはDIYPGSGNTNYDEKFKR (SEQ ID NO:54)
を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の抗体。
【請求項７】
VL領域CDR1が配列
RASQGIISYLA (SEQ ID NO:66)、QASQDISTYLN (SEQ ID NO:70)、RASQEISGYLG (SEQ ID NO:65),またはRASQSISSYLA (SEQ ID NO:71)
を有し；かつVL領域CDR2が配列
AASSLQS (SEQ ID NO:68)、GASSLQS (SEQ ID NO:72)、AASSLQR (SEQ ID NO:73),またはAASTLDS (SEQ ID NO:67)
を有する、請求項1〜3および6のいずれか一項記載の抗体。
【請求項８】
FR4がWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO:47)を含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の抗体。
【請求項９】
FR4がアミノ酸配列FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の抗体。
【請求項１０】
Vセグメント配列が図1に示されるVH Vセグメント配列を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の抗体。
【請求項１１】
VHが図1に記載されるVH領域の配列を有する、請求項10記載の抗体。
【請求項１２】
VL領域が図1に示されるVセグメント配列を有するVセグメントを含む、請求項1、2、3、10、または11のいずれか一項記載の抗体。
【請求項１３】
VL領域が図1に記載されるVL領域の配列を有する、請求項12記載の抗体。
【請求項１４】
VH領域とVL領域が以下を含む、請求項1記載の抗体：
a) SEQ ID NO:1およびSEQ ID NO:20、
b) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:11、
c) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:12、
d) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:19、
e) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:21、
f) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:22、
g) SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:23、
h) SEQ ID NO:3およびSEQ ID NO:11、
i) SEQ ID NO:3およびSEQ ID NO:12、
j) SEQ ID NO:3およびSEQ ID NO:21、
k) SEQ ID NO:3およびSEQ ID NO:22、
1) SEQ ID NO:4およびSEQ ID NO:11、
m) SEQ ID NO:4およびSEQ ID NO:13、
n) SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:11、
o) SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:13、
p) SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:21、
q) SEQ ID NO:6およびSEQ ID NO:14、
r) SEQ ID NO:6およびSEQ ID NO:15、
s) SEQ ID NO:7およびSEQ ID NO:14、
t) SEQ ID NO:7およびSEQ ID NO:15、
u) SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:14、
v) SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:15、
w) SEQ ID NO:9およびSEQ ID NO:16、
x) SEQ ID NO:9およびSEQ ID NO:17、
y) SEQ ID NO:9およびSEQ ID NO:19、
z) SEQ ID NO:10およびSEQ ID NO:17、
aa) SEQ ID NO:10およびSEQ ID NO:18、または
bb) SEQ ID NO:10およびSEQ ID NO:20。
【請求項１５】
IgGである、前記請求項のいずれか一項記載の抗体。
【請求項１６】
IgG1またはIgG3である、請求項15記載の抗体。
【請求項１７】
IgG2またはIgG4である、請求項15記載の抗体。
【請求項１８】
SEQ ID NO:24に記載されるアミノ酸配列を有する重鎖定常領域を含む、請求項15記載の抗体。
【請求項１９】
SEQ ID NO:25に記載されるアミノ酸配列を有するκ軽鎖定常領域を含む、前記請求項のいずれか一項記載の抗体。
【請求項２０】
SEQ ID NO:26およびSEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28およびSEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30およびSEQ ID NO:31、SEQ ID NO:32およびSEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34およびSEQ ID NO:35、またはSEQ ID NO:36およびSEQ ID NO:27を含む重鎖アミノ酸配列および軽鎖アミノ酸配列を有する、請求項1記載の抗体。
【請求項２１】
重鎖定常領域が低フコシル化または無フコシル化されている、請求項15〜20のいずれか一項記載の抗体を含む抗体調製物。
【請求項２２】
EphA3を活性化する、前記請求項のいずれか一項記載の抗体。
【請求項２３】
1 nMよりも優れた親和性を有する、前記請求項のいずれか一項記載の抗体。
【請求項２４】
EphA3への結合に関してエフリンA5と競合しない、前記請求項のいずれか一項記載の抗体。
【請求項２５】
EphA3依存性疾患を有する患者を治療する方法であって、前記請求項のいずれか一項記載の抗体を治療有効量で該患者に投与する段階を含む、方法。
【請求項２６】
疾患が癌である、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
患者が、血管内皮増殖因子(VEGF)アンタゴニストによる治療を受けたことがあるか、または治療を受けている最中である、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
VEGFアンタゴニストが抗VEGF抗体である、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
抗Bv8抗体アンタゴニストを患者に投与する段階をさらに含む、請求項27記載の方法。
【請求項３０】
患者が固形腫瘍を有する、請求項26〜29のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
患者が急性骨髄性白血病または慢性骨髄性白血病を有する、請求項26記載の方法。
【請求項３２】
EphA3依存性疾患が骨髄異形成症候群、真性赤血球増加症、本態性血小板血症、または特発性骨髄線維症である、請求項25記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
本発明はまた、配列X1X2YX3X4YPYT (SEQ ID NO:56)を有するCDR3結合特異性決定基を含むVL領域を有する抗体を提供し、ここで、X1はG、V、またはAであり；X2はQ、R、またはGであり；X3はA、S、またはLであり；かつX4はNまたはKである。いくつかの態様において、CDR3は、
GQYANYPYT (SEQ ID NO:57)、VQYAKYPYT (SEQ ID NO:58)、AQYANYPYT (SEQ ID NO:59)、VQYSNYPYT (SEQ ID NO:60)、VQYANYPYT (SEQ ID NO:61)、VGYANYPYT (SEQ ID NO:62)、VRYANYPYT (SEQ ID NO:63),またはVQYLNYPYT (SEQ ID NO:64)
を含む。いくつかの態様において、CDR3がVQYANYPYT (SEQ ID NO:61)である場合には、CDR1はRASQEISGYLG (SEQ ID NO:65)でもRASQGIISYLA (SEQ ID NO:66)でもなく、かつ/またはCDR2はAASTLDS (SEQ ID NO:67)でもAASSLQS (SEQ ID NO:68)でもない。いくつかの態様において、VL領域は、ヒト生殖系列Jセグメントアミノ酸配列と少なくとも80％の同一性、典型的には少なくとも85％もしくは90％の同一性を含むか、またはヒト生殖系列セグメントと2つ以下のアミノ酸が異なるJセグメント；およびヒト生殖系列Vセグメントアミノ酸配列と少なくとも80％の同一性、典型的には少なくとも90％の同一性、またはそれ以上を含むVセグメントを含む。いくつかの態様において、Jセグメントは、ヒト生殖系列Jκ2アミノ酸配列に由来する配列FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)に対して2つ以下のアミノ酸変化、多くの場合には1つ以下のアミノ酸変化を有し、かつVセグメントは、ヒト生殖系列JκI L15アミノ酸配列と少なくとも90％の同一性を含む。いくつかの態様において、抗体のFR4はアミノ酸配列FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)を有するか、または配列FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)に対して変化した1つ以下のアミノ酸残基を有する。いくつかの態様において、VL領域は、図1に示される配列VL領域のCDR1、またはCDR2、またはCDR1およびCDR2の両方を含む。例えば、CDR1は、配列
RASQGIISYLA (SEQ ID NO:66)、QASQDISTYLN (SEQ ID NO:70)、RASQEISGYLG (SEQ ID NO:65),もしくはRASQSISSYLA (SEQ ID NO:71)
を有し得；かつ/またはCDR2は、配列AASSLQS (SEQ ID NO:68)、GASSLQS (SEQ ID NO:72)、AASSLQR (SEQ ID NO:73)、もしくはAASTLDS (SEQ ID NO:67)を有し得る。いくつかの態様において、CDR1は配列RASQGIISYLA (SEQ ID NO:66)を有し、かつCDR2は配列GASSLQS (SEQ ID NO:72)を有する。いくつかの態様において、CDR1は配列QASQDISTYLN (SEQ ID NO:70)を有し、かつCDR2は配列AASSLQR (SEQ ID NO:73)またはAASSLQS (SEQ ID NO:68)を有する。いくつかの態様において、CDR1は配列RASQSISSYLA (SEQ ID NO:71)を有し、かつCDR2は配列AASSLQR (SEQ ID NO:73)を有する。いくつかの態様において、VL領域は、図1に記載されるVL領域の1つのCDR1、CDR2、およびCDR3を含む。いくつかの態様において、VL領域は、図1に示されるVセグメント配列を有するVセグメントを含む。いくつかの態様において、VL領域は、図1に記載されるVL領域の配列を有する。典型的な態様において、抗体のVH領域は、先行する段落に記載されるVH領域のいずれかを含む。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８８】
本発明の抗体のVL領域のFR4配列は、ヒト生殖系列Jセグメント、例えばまたはヒト生殖系列Jセグメントと高度のアミノ酸配列同一性を有する配列によって提供される。いくつかの態様において、Jセグメントはヒト生殖系列Jκ2配列であり、抗体のFR4は配列FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)を有する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９０】
特定の態様において、本発明の抗EphA3抗体は、図1に記載されるVL領域のVセグメントの1つに示される組み合わせのVL領域CDR1およびCDR2、ならびに
GQYANYPYT (SEQ ID NO:57)、VQYAKYPYT (SEQ ID NO:58)、AQYANYPYT (SEQ ID NO:59)、VQYSNYPYT (SEQ ID NO:60)、VQYANYPYT (SEQ ID NO:61)、VGYANYPYT (SEQ ID NO:62)、VRYANYPYT (SEQ ID NO:63),またはVQYLNYPYT (SEQ ID NO:64)
を含むVL領域CDR3配列を有し得る。いくつかの態様において、そのような抗EphA3抗体は、FGQGTKLEIK (SEQ ID NO:69)であるVL領域FR4領域を含み得る。したがって、本発明の抗EphA3抗体のVL領域は、例えば、CDR3 
GQYANYPYT (SEQ ID NO:57)、VQYAKYPYT (SEQ ID NO:58)、AQYANYPYT (SEQ ID NO:59)、VQYSNYPYT (SEQ ID NO:60)、VQYANYPYT (SEQ ID NO:61)、VGYANYPYT (SEQ ID NO:62)、VRYANYPYT (SEQ ID NO:63),またはVQYLNYPYT (SEQ ID NO:64)
；CDR1配列RASQGIISYLA (SEQ ID NO:66)、QASQDISTYLN (SEQ ID NO:70)、RASQEISGYLG (SEQ ID NO:65)、またはRASQSISSYLA (SEQ ID NO:71)；およびCDR2配列
AASSLQS (SEQ ID NO:68)、GASSLQS (SEQ ID NO:72)、AASSLQR (SEQ ID NO:73),またはAASTLDS (SEQ ID NO:67)
を含み得る。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４７】
参照FabとHumaneered Fabの配列アライメント
マウス参照Fabと2つの改変Fabのアミノ酸配列のアライメントしたVセグメントを、最も近い単一のヒト生殖系列V遺伝子、Vh1-02またはVkI L15と比較した。humaneered Fab Vh領域のFR4はヒト生殖系列JH6に由来し、配列WGQGTTVTVSSを有する。humaneered Fab Vk領域のFR4はヒト生殖系列Jk2に由来し、配列FGQGTKLEIKを有する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2013508292000001.app