【手続補正書】
【提出日】平成25年9月20日(2013.9.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の核酸全体の一部として存在する異常核酸の増幅を確実にするための方法であって、該方法は、
被験体からの試料を提供する工程であって、ここで該試料は核酸全体を含み、該全体の一部は異常核酸である、工程、
該核酸全体を該試料から抽出する工程、
該抽出された核酸を定量的に分析して、該試料中の増幅可能な核酸の量を決定する工程、および
増幅反応のために該増幅可能な核酸を、該試料中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的分析工程の結果に基づく、工程を含む、方法。
【請求項２】
定量的分析工程が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＱＰＣＲ）を実施する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
抽出工程が、
前記試料をアフィニティーカラムに導入し、前記核酸を該カラムに結合させる工程、および
該結合した核酸を該カラムから溶出させる工程
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記増幅反応を実施して、前記異常核酸を増幅する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記異常核酸を検出する工程をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
正常核酸および前記異常核酸が無細胞循環核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記無細胞循環核酸が部分的に分解した核酸である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記異常核酸が、前記試料中の前記核酸全体の約１％以下として存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記試料が組織または体液である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記異常核酸が疾患を示すものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記疾患ががんである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記がんが、脳、腎臓、肝臓、副腎、膀胱、頚部、乳房、胃、卵巣、食道、頸、頭部、皮膚、結腸、直腸、前立腺、膵臓、肝臓、肺、膣、甲状腺、がん腫、肉腫、グリア芽細胞腫、多発性骨髄腫、血液または胃腸からなる群より選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
体液中の無細胞循環核酸全体の一部として存在する無細胞循環異常核酸の増幅を確実にするための方法であって、該方法は、
被験体からの体液を提供する工程であって、ここで該体液は無細胞循環核酸全体を含み、該全体の一部は異常核酸である、工程、
該無細胞循環核酸全体を該体液から抽出する工程、
該抽出された核酸に対して定量的ポリメラーゼ連鎖反応を実施して、該体液中の増幅可能な核酸の量を決定する工程、および
ポリメラーゼ連鎖反応のために該増幅可能な核酸を、該体液中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的ポリメラーゼ連鎖反応の結果に基づく、工程
を含む、方法。
【請求項１６】
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実施して、前記異常核酸を増幅する工程をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ポリメラーゼ連鎖反応が、内部ＱＰＣＲ対照の存在下で実施される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記異常核酸を検出する工程をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記異常核酸が、前記体液中の前記核酸全体の分子の約１％以下として存在する、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項２１】
前記無細胞循環核酸全体が部分的に分解した核酸を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
異常核酸を検出するための方法であって、ここで異常核酸の検出は、疾患の存在を示し、該方法は、
被験体からの試料を提供する工程であって、ここで該試料は核酸全体を含み、該全体の一部は疾患を示す異常核酸である、工程、
該核酸全体を該試料から抽出する工程、
該抽出された核酸を定量的に分析して、該試料中の増幅可能な核酸の絶対量を決定する工程、
増幅反応のために該増幅可能な核酸を、該試料中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的分析工程の結果に基づく、工程、
該増幅反応を実施する工程、および
該増幅された核酸を検出する工程であって、ここで該異常核酸の検出は該疾患の存在を示す、工程
を含む、方法。
【請求項２３】
定量的分析工程が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＱＰＣＲ）を実施する工程を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
正常核酸および前記異常核酸が無細胞循環核酸である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記試料が組織または体液である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２７】
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２８】
前記疾患ががんである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２９】
前記がんが、脳、腎臓、肝臓、副腎、膀胱、頚部、乳房、胃、卵巣、食道、頸、頭部、皮膚、結腸、直腸、前立腺、膵臓、肝臓、肺、膣、甲状腺、がん腫、肉腫、グリア芽細胞腫、多発性骨髄腫、血液または胃腸からなる群より選択される、請求項２８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
本発明の別の一態様は、確率的なバイアスを伴わずに異常核酸の検出を可能にする量の核酸全体を含む試料の分析を含む、被験体における疾患を診断するための方法を提供する。この方法は、さらに、核酸全体を試料から抽出すること、抽出核酸を定量的に分析すること、およびそれによって疾患の徴候の存在の更なる分析に有用である試料中の増幅可能な核酸分子の量を決定することを含むことができる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
試料中の核酸全体の一部として存在する異常核酸の増幅を確実にするための方法であって、該方法は、
被験体からの試料を提供する工程であって、ここで該試料は核酸全体を含み、該全体の一部は異常核酸である、工程、
該核酸全体を該試料から抽出する工程、
該抽出された核酸を定量的に分析して、該試料中の増幅可能な核酸の量を決定する工程、および
増幅反応のために該増幅可能な核酸を、該試料中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的分析工程の結果に基づく、工程を含む、方法。
（項目２）
定量的分析工程が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＱＰＣＲ）を実施する工程を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応である、項目１に記載の方法。
（項目４）
抽出工程が、
前記試料をアフィニティーカラムに導入し、前記核酸を該カラムに結合させる工程、および
該結合した核酸を該カラムから溶出させる工程
を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記増幅反応を実施して、前記異常核酸を増幅する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記異常核酸を検出する工程をさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
正常核酸および前記異常核酸が無細胞循環核酸である、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記無細胞循環核酸が部分的に分解した核酸である、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記異常核酸が、前記試料中の前記核酸全体の約１％以下として存在する、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記試料が組織または体液である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記異常核酸が疾患を示すものである、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記疾患ががんである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記がんが、脳、腎臓、肝臓、副腎、膀胱、頚部、乳房、胃、卵巣、食道、頸、頭部、皮膚、結腸、直腸、前立腺、膵臓、肝臓、肺、膣、甲状腺、がん腫、肉腫、グリア芽細胞腫、多発性骨髄腫、血液または胃腸からなる群より選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
体液中の無細胞循環核酸全体の一部として存在する無細胞循環異常核酸の増幅を確実にするための方法であって、該方法は、
被験体からの体液を提供する工程であって、ここで該体液は無細胞循環核酸全体を含み、該全体の一部は異常核酸である、工程、
該無細胞循環核酸全体を該体液から抽出する工程、
該抽出された核酸に対して定量的ポリメラーゼ連鎖反応を実施して、該体液中の増幅可能な核酸の量を決定する工程、および
ポリメラーゼ連鎖反応のために該増幅可能な核酸を、該体液中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的ポリメラーゼ連鎖反応の結果に基づく、工程
を含む、方法。
（項目１６）
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実施して、前記異常核酸を増幅する工程をさらに含む、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記ポリメラーゼ連鎖反応が、内部ＱＰＣＲ対照の存在下で実施される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記異常核酸を検出する工程をさらに含む、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記異常核酸が、前記体液中の前記核酸全体の分子の約１％以下として存在する、項目１５に記載の方法。
（項目２０）
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、項目１５に記載の方法。
（項目２１）
前記無細胞循環核酸全体が部分的に分解した核酸を含む、項目１５に記載の方法。
（項目２２）
被験体における疾患を診断する方法であって、該方法は、
被験体からの試料を提供する工程であって、ここで該試料は核酸全体を含み、該全体の一部は疾患を示す異常核酸である、工程、
該核酸全体を該試料から抽出する工程、
該抽出された核酸を定量的に分析して、該試料中の増幅可能な核酸の絶対量を決定する工程、
増幅反応のために該増幅可能な核酸を、該試料中の該異常核酸の増幅を確実にする量で提供する工程であって、ここで該提供される量は該定量的分析工程の結果に基づく、工程、
該増幅反応を実施する工程、および
該増幅された核酸を検出する工程であって、ここで該異常核酸の検出は該疾患の存在を示す、工程
を含む、方法。
（項目２３）
定量的分析工程が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＱＰＣＲ）を実施する工程を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
正常核酸および前記異常核酸が無細胞循環核酸である、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
前記試料が組織または体液である、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
前記体液が、血液、血清、血漿、尿、脊髄液、リンパ液、精液、膣分泌物、腹水、唾液、粘膜分泌物および腹膜液からなる群より選択される、項目２２に記載の方法。
（項目２８）
前記疾患ががんである、項目２２に記載の方法。
（項目２９）
前記がんが、脳、腎臓、肝臓、副腎、膀胱、頚部、乳房、胃、卵巣、食道、頸、頭部、皮膚、結腸、直腸、前立腺、膵臓、肝臓、肺、膣、甲状腺、がん腫、肉腫、グリア芽細胞腫、多発性骨髄腫、血液または胃腸からなる群より選択される、項目２８に記載の方法。