【手続補正書】
【提出日】平成24年3月9日(2012.3.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
本発明は、ＶＴと関連する新規なＳＮＰ、そのようなＳＮＰの固有の組合せ、およびＳＮＰのハプロタイプの同定に関する。本明細書において開示される多型は、ＶＴの診断および処置における使用のための診断試薬の設計および治療剤の開発のための標的として直接有用である。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
ヒトにおいて静脈血栓症（ＶＴ）の危険性が変化しているかどうかを決定する方法であって、前記ヒト由来の核酸を、配列番号６０２〜１５８７のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無について試験する工程を包含し、前記多型が、ＶＴの危険性の変化を示す方法。
（項目２）
前記ＶＴが、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記多型が、表５〜９および１１〜３０の少なくとも１つに提供される多型からなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記危険性の変化が、危険性の増加である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記危険性の変化が、危険性の減少である、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記核酸が、前記ヒト由来の生物学的サンプルからの核酸抽出物である、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記生物学的サンプルが、血液、唾液または頬の細胞である、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記試験工程の前に、前記生物学的サンプルからの前記核酸抽出物を調製する工程をさらに包含する、項目６に記載の方法。
（項目９）
前記調製工程の前に、前記生物学的サンプルを前記ヒトから得る工程をさらに包含する、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記試験工程が、核酸増幅を含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記核酸増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記多型の有無をＶＴの危険性の変化と相関させる工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記相関工程が、コンピューターソフトウェアによって実施される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記試験が、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ解析、一本鎖高次構造多型分析、または変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して実施される、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記試験が、対立遺伝子に特異的な方法を使用して実施される、項目１のいずれか１つに記載の方法。
（項目１６）
前記対立遺伝子に特異的な方法が、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、または対立遺伝子特異的増幅である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
表３に提供される対立遺伝子特異的プライマーを使用して実施される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
自動化された方法である、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記ＶＴが、再発性ＶＴである、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記多型が、表２４に提供される多型からなる群から選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ＶＴが、肺塞栓症（ＰＥ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記多型が、表２５に提供される多型からなる群から選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記ヒトが、癌を有する、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記多型が、表２６に提供される多型からなる群から選択される、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
ヒトにおいて静脈血栓症（ＶＴ）の危険性を低下させるための方法であって、有効量の治療剤を前記ヒトに投与する工程を包含し、前記ヒトが、配列番号６０２〜１５８７のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無に起因して、ＶＴの危険性が増加していると同定されている方法。
（項目２６）
前記ヒト由来の核酸を、前記多型の有無について試験する工程を包含する、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記治療剤が、抗凝固剤を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
前記抗凝固剤が、ワルファリン（クマジン）、アセノクマロール、フェンプロクモン、およびフェニンジオンなどのクマリン（ビタミンＫアンタゴニスト）；ヘパリンおよび低分子量ヘパリンなどの誘導体物質；フォンダパリヌクス、イドラパリナックス、および第Ｘａ因子の他の合成五糖阻害剤などの第Ｘａ因子阻害剤；ならびにアルガトロバン、レピルジン、ビバリルジン、およびダビガトランなどのトロンビン阻害剤からなる群から選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記治療剤が、抗血小板薬を含む、項目２５に記載の方法。
（項目３０）
前記抗血小板薬が、アスピリンなどのシクロオキシゲナーゼ阻害剤ならびにクロピドグレル（Ｐｌａｖｉｘ）およびプラスグレル（Ｅｆｆｉｅｎｔ）などのＡＤＰレセプター阻害剤からなる群から選択される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
静脈血栓症（ＶＴ）の危険性が増加しているヒトを同定する方法であって、前記ヒト由来の核酸サンプルを、第二の多型との連鎖不均衡である第一の多型の有無について試験する工程を包含し、前記第二の多型が、配列番号６０２〜１５８７のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体であり、前記第一の多型が、前記ＶＴの危険性が増加しているヒトを同定する方法。
（項目３２）
前記連鎖不均衡が、ｒ２＝１である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記第一の多型が、表４に記載される多型からなる群から選択される、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
前記第一の多型の有無をＶＴの危険性の増加と相関させる工程をさらに包含する、項目３１に記載の方法。
（項目３５）
前記相関工程が、コンピューターソフトウェアによって実施される、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
ａ）治療剤の臨床試験への採用のために前記ヒトを選択する工程、および
ｂ）臨床試験内の群に前記ヒトを割り当てる工程
の少なくとも１つをさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目３７）
前記治療剤が、抗凝固剤または抗血小板薬である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
ヒトにおいて静脈血栓症（ＶＴ）の危険性が変化しているかどうかを決定するためのキットであって、少なくとも１つの容器および前記容器中に保管される少なくとも１つのポリヌクレオチド検出試薬を含み、前記ヌクレオチド検出試薬が、配列番号６０２〜１５８７のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つの１０１位によって表される多型からなる群から選択される多型またはその相補体の有無を検出することができるキット。
（項目３９）
前記ポリヌクレオチド検出試薬が、前記多型の存在下では前記核酸に選択的にハイブリダイズし、前記多型の非存在下では前記核酸にハイブリダイズしない、項目３８に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト由来の核酸の多型を、前記ヒトが静脈血栓症（ＶＴ）の危険性の変化を有しているかどうかの指標とする方法であって、前記多型は、配列番号７１０のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体である、方法。
【請求項２】
前記ＶＴが、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記危険性の変化が、危険性の増加である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記危険性の変化が、危険性の減少である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸が、前記ヒト由来の生物学的サンプルからの核酸抽出物である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記生物学的サンプルが、血液、唾液または頬の細胞である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
試験の前に、前記生物学的サンプルから前記核酸抽出物が調製される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記調製の前に、前記生物学的サンプルが前記ヒトから得られる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸が、核酸増幅によって試験される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記核酸増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応によって実施される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記多型の有無がＶＴの危険性の変化と相関付けられる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記相関付けが、コンピューターソフトウェアによって実施される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記核酸が、配列決定、５’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ解析、一本鎖高次構造多型分析、または変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用して試験される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸が、対立遺伝子に特異的な方法を用いて試験される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記対立遺伝子に特異的な方法が、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、または対立遺伝子特異的増幅である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
配列番号１６６６〜１６６７で示される対立遺伝子特異的プライマーを使用して実施される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
自動化された方法である、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＶＴが、再発性ＶＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＶＴが、肺塞栓症（ＰＥ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記ヒトが、癌を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
ヒトにおいて静脈血栓症（ＶＴ）の危険性を低下させるための組成物であって、前記組成物は、治療剤を含み、前記ヒトが、配列番号７１０のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体の有無に起因して、ＶＴの危険性が増加していると同定されている、組成物。
【請求項２２】
前記ヒト由来の核酸が、前記多型の有無について試験されている、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記治療剤が、抗凝固剤を含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２４】
前記抗凝固剤が、ワルファリン（クマジン）、アセノクマロール、フェンプロクモン、およびフェニンジオンなどのクマリン（ビタミンＫアンタゴニスト）；ヘパリン、および低分子量ヘパリンなどの誘導体物質；フォンダパリヌクス、イドラパリナックス、および第Ｘａ因子の他の合成五糖阻害剤などの第Ｘａ因子阻害剤；ならびにアルガトロバン、レピルジン、ビバリルジン、およびダビガトランなどのトロンビン阻害剤からなる群から選択される、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記治療剤が、抗血小板薬を含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２６】
前記抗血小板薬が、アスピリンなどのシクロオキシゲナーゼ阻害剤ならびにクロピドグレル（Ｐｌａｖｉｘ）およびプラスグレル（Ｅｆｆｉｅｎｔ）などのＡＤＰレセプター阻害剤からなる群から選択される、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
ヒト由来の核酸の多型を、前記ヒトが、静脈血栓症（ＶＴ）の危険性の増加を有しているかどうかの指標とする方法であって、第一の多型が、第二の多型と連鎖不均衡にあり、前記第二の多型が、配列番号７１０のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体である、方法。
【請求項２８】
前記連鎖不均衡が、ｒ２＝１である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記第一の多型が、表４に記載される多型からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記第一の多型の有無が、ＶＴの危険性の増加と相関付けられる、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記相関付けが、コンピューターソフトウェアによって実施される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ａ）前記ヒトが、治療剤の臨床試験に含まれるように選択されるか、そして／または
ｂ）前記ヒトが、臨床試験内の群に割り当てられる、
請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記治療剤が、抗凝固剤または抗血小板薬である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ヒトにおいて静脈血栓症（ＶＴ）の危険性が変化しているかどうかを決定するためのキットであって、少なくとも１つの容器および前記容器中に保管される少なくとも１つのポリヌクレオチド検出試薬を含み、前記ヌクレオチド検出試薬が、配列番号７１０のヌクレオチド配列の１０１位によって表される多型またはその相補体の有無を検出することができるキット。
【請求項３５】
前記ポリヌクレオチド検出試薬が、前記多型の存在下では前記核酸に選択的にハイブリダイズし、前記多型の非存在下では前記核酸にハイブリダイズしない、請求項３４に記載のキット。