【手続補正書】
【提出日】平成21年8月7日(2009.8.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（Ａ）配列番号１の核酸配列、または（Ｂ）ヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失により該配列から誘導され、かつ配列番号１の配列と核酸レベルで少なくとも９０％の同一性を有する配列、または（Ｃ）ストリンジェントな条件下で配列番号１の核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含み、プロモーター活性を有する核酸により、微生物での遺伝子の転写を調節することによって、該微生物での遺伝子の転写速度を、野生型と比較して変化させるかまたは生起させる方法であって、該遺伝子がプロモーター活性を有する該核酸との関係では異種起源である、上記方法。
【請求項２】
請求項１に記載のプロモーター活性を有する該核酸による、前記微生物での遺伝子の転写の調節が、
ｂ１）  変化したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する１以上の該核酸を該微生物のゲノムに導入することにより、プロモーター活性を有する導入された該核酸の制御下に、１以上の内在性遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂ２）  微生物のゲノムに１以上の遺伝子を導入することにより、変化したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する内在性核酸の制御下に、１以上の導入された該遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂ３）  変化したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸と、機能的に連結された１以上の転写対象の核酸とを含んでなる１以上の核酸構築物を該微生物に導入するステップ
により達成される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
微生物での遺伝子の転写速度を、野生型と比較して増大させるかまたは生起させるために、該微生物での遺伝子の転写が、請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸により調節されており、該遺伝子がプロモーター活性を有する該核酸との関係では異種起源である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸による、前記微生物での遺伝子の転写の調節が、
ｂｈ１）  増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する１以上の該核酸を該微生物のゲノムに導入することにより、プロモーター活性を有する導入された該核酸の制御下に、１以上の内在性遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂｈ２）  １以上の遺伝子を該微生物のゲノムに導入することにより、増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する内在性核酸の制御下に、１以上の導入された該遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂｈ３）  増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸と、機能的に連結された１以上の転写対象の核酸とを含んでなる１以上の核酸構築物を、該微生物に導入するステップ
により達成される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子が、タンパク質生成およびタンパク質非生成アミノ酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ヌクレオチドおよびヌクレオシドの生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、有機酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、脂質および脂肪酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ジオールの生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、炭水化物の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、芳香族化合物の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ビタミン類の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、補因子の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸および酵素の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸からなる群より選択され、ここで該遺伝子はさらなる調節エレメントを含んでいてもよい、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
アミノ酸の生合成経路中のタンパク質が、アスパラギン酸キナーゼ、アスパラギン酸−セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジヒドロジピコリン酸合成酵素、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、ピルビン酸カルボキシラーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、転写調節因子ＬｕｘＲ、転写調節因子ＬｙｓＲ１、転写調節因子ＬｙｓＲ２、リンゴ酸−キノンオキシドレダクターゼ、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、トランスケトラーゼ、トランスアルドラーゼ、ホモセリンＯ−アセチルトランスフェラーゼ、シスタチオニンγ−シンターゼ、シスタチオニンβ−リアーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、Ｏ−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ、ホスホセリンホスファターゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンキナーゼ、トレオニンシンターゼ、トレオニンエクスポーター・キャリア、トレオニンデヒドラターゼ、ピルビン酸オキシダーゼ、リジンエクスポーター、ビオチンリガーゼ、システインシンターゼＩ、システインシンターゼＩＩ、補酵素Ｂ１２依存性メチオニンシンターゼ、補酵素Ｂ１２非依存性メチオニンシンターゼ、硫酸アデニリルトランスフェラーゼサブユニット１および２、ホスホアデノシン−ホスホ硫酸レダクターゼ、フェレドキシン−亜硫酸レダクターゼ、フェレドキシンＮＡＤＰレダクターゼ、３−ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ＲＸＡ００６５５調節因子、ＲＸＮ２９１０調節因子、アルギニル−ｔＲＮＡ合成酵素、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、トレオニン排出タンパク質、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、フルクトース−１，６−ビスホスファターゼ、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ０７７、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ２４８、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ２４７、タンパク質ＯｐｃＡ、１−ホスホフルクトキナーゼおよび６−ホスホフルクトキナーゼからなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
遺伝的に改変された微生物であって、該遺伝的改変によって、少なくとも１種の遺伝子の転写速度が野生型と比較して変化しまたは生じ、かつ該遺伝的改変が、（Ａ）配列番号１の核酸配列、または（Ｂ）ヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失により該配列から誘導され、かつ配列番号１の配列と核酸レベルで少なくとも９０％の同一性を有する配列、または（Ｃ）ストリンジェントな条件下で配列番号１の核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含み、プロモーター活性を有する核酸により、該微生物での遺伝子の転写を調節することによるものであり、該遺伝子がプロモーター活性を有する該核酸との関係では異種起源である、上記微生物。
【請求項８】
請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸による、前記微生物での遺伝子の転写の調節が、
ｂ１）  変化したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項７に記載のプロモーター活性を有する１以上の核酸を該微生物のゲノムに導入することにより、プロモーター活性を有する導入された該核酸の制御下に、１以上の内在性遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂ２）  １以上の遺伝子を該微生物のゲノムに導入することにより、変化したプロモーター比活性を適宜伴う請求項７に記載のプロモーター活性を有する内在性核酸の制御下に、１以上の導入された該遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂ３）  変化したプロモーター比活性を適宜伴う請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸と、機能的に連結された１以上の転写対象の核酸とを含んでなる１以上の核酸構築物を、該微生物に導入するステップ
により達成される、請求項７に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項９】
少なくとも１種の遺伝子について野生型と比較して増大したかまたは生起された転写速度を有する、請求項７もしくは８に記載の遺伝的に改変された微生物であって、請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸により、または実施形態ａｈ）に従い増大したプロモーター比活性を有する核酸により、該微生物での遺伝子の転写が調節されており、該遺伝子がプロモーター活性を有する該核酸との関係では異種起源である、上記微生物。
【請求項１０】
プロモーター活性を有する核酸による該微生物での遺伝子の転写の調節が、
ｂｈ１）  増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項７に記載のプロモーター活性を有する１以上の核酸を該微生物のゲノムに導入することにより、プロモーター活性を有する導入された該核酸の制御下に、１以上の内在性遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂｈ２）  １以上の遺伝子を該微生物のゲノムに導入することにより、増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項７に記載のプロモーター活性を有する内在性核酸の制御下に、１以上の導入された該遺伝子の転写が行われるようになるステップ、または
ｂｈ３）  増大したプロモーター比活性を適宜伴う、請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸と、機能的に連結された１以上の転写対象の核酸とを含んでなる１以上の核酸構築物を、該微生物に導入するステップ
により達成される、請求項９に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項１１】
前記遺伝子が、タンパク質生成およびタンパク質非生成アミノ酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ヌクレオチドおよびヌクレオシドの生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、有機酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、脂質および脂肪酸の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ジオールの生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、炭水化物の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、芳香族化合物の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、ビタミン類の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸、補因子の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸および酵素の生合成経路中のタンパク質をコードする核酸からなる群より選択され、該遺伝子はさらなる調節エレメントを含んでいてもよい、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項１２】
アミノ酸の生合成経路中のタンパク質が、アスパラギン酸キナーゼ、アスパラギン酸−セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジヒドロジピコリン酸合成酵素、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、ピルビン酸カルボキシラーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、転写調節因子ＬｕｘＲ、転写調節因子ＬｙｓＲ１、転写調節因子ＬｙｓＲ２、リンゴ酸−キノンオキシドレダクターゼ、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ、６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、トランスケトラーゼ、トランスアルドラーゼ、ホモセリンＯ−アセチルトランスフェラーゼ、シスタチオニンγ−シンターゼ、シスタチオニンβ−リアーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、Ｏ−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ、ホスホセリンホスファターゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンキナーゼ、トレオニンシンターゼ、トレオニンエクスポーター・キャリア、トレオニンデヒドラターゼ、ピルビン酸オキシダーゼ、リジンエクスポーター、ビオチンリガーゼ、システインシンターゼＩ、システインシンターゼＩＩ、補酵素Ｂ１２依存性メチオニンシンターゼ、補酵素Ｂ１２非依存性メチオニンシンターゼ、硫酸アデニリルトランスフェラーゼサブユニット１および２、ホスホアデノシン−ホスホ硫酸レダクターゼ、フェレドキシン−亜硫酸レダクターゼ、フェレドキシンＮＡＤＰレダクターゼ、３−ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ＲＸＡ００６５５調節因子、ＲＸＮ２９１０調節因子、アルギニル−ｔＲＮＡ合成酵素、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、トレオニン排出タンパク質、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、フルクトース−１，６−ビスホスファターゼ、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ０７７、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ２４８、硫酸還元タンパク質ＲＸＡ２４７、タンパク質ＯｐｃＡ、１−ホスホフルクトキナーゼおよび６−ホスホフルクトキナーゼからなる群より選択される、請求項１１に記載の遺伝的に改変された微生物。