【手続補正書】
【提出日】平成24年12月5日(2012.12.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）第一のタンデム色素に結合体化した第一のリガンドであって、前記第一のタンデム色素は、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、第一の細菌種または第一の真核藻種から得られる第一のフィコビリタンパク質；および
（ｉｉ）前記第一のフィコビリタンパク質に結合体化した第一のパートナー色素
を含む、第一のタンデム色素に結合体化した第一のリガンドと、
（ｂ）サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる非結合体化第二のフィコビリタンパク質
を含む組成物であって、
前記第二のフィコビリタンパク質と前記第一のフィコビリタンパク質は同じであるか；または
前記第二のフィコビリタンパク質と前記第一のフィコビリタンパク質は異なり、および前記第二のフィコビリタンパク質は、前記第一のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、組成物。
【請求項２】
前記第二のフィコビリタンパク質が、前記サブユニット間の架橋を含有しないか、前記第二のフィコビリタンパク質が、前記サブユニット間の架橋を含有するか、あるいは前記第二のフィコビリタンパク質が、天然タンパク質であるか、または前記第二のフィコビリタンパク質が、修飾タンパク質である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記第一のフィコビリタンパク質における架橋の量が、前記第二のフィコビリタンパク質における架橋の量より多い、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記第二のフィコビリタンパク質が、蛍光を除去するかまたは減少させるように修飾され、必要に応じて、前記修飾が、前記第二のフィコビリタンパク質の架橋に影響を及ぼさないか、または前記第二のフィコビリタンパク質が、ブリーチされる、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記第二のフィコビリタンパク質対前記第一のフィコビリタンパク質の比が、約０．２５：１から約１０：１である、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記第一のフィコビリタンパク質および前記第二のフィコビリタンパク質が、アロフィコシアニン、フィコエリトリン、フィコシアニン、およびフィコエリスロシアニンからなる群より選択されるか、または前記第一のフィコビリタンパク質および前記第二のフィコビリタンパク質が、Ｒ−フィコエリトリン、Ｂ−フィコエリトリン、Ｙ−フィコエリトリン、フィコエリトリン５６６、フィコエリスロシアニン、Ｒ−フィコシアニン、およびアロフィコシアニンからなる群より選択される、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記第一の細菌種が、シアノバクテリウムであり、必要に応じて、前記シアノバクテリウムが、Ｓｐｉｒｕｌｉｎａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓ、Ａｎａｂａｅｎａ  ｖａｒｉａｂｉｌｉｓ、Ｇｌｏｅｏｂａｃｔｅｒ  ｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｔｏｌｙｐｏｔｈｒｉｘ  ｔｅｎｕｉｓ、およびＬｙｎｇｂｙａ  ｌａｇｅｒｈｅｉｍｉｉからなる群より選択される、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
（ｃ）第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンド
をさらに含む請求項１に記載の組成物であって、
前記第二のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第三のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二および第三のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質と異なり、ならびに前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含み、
前記組成物は、
（ｄ）第三のタンデム色素に結合体化した第三のリガンド
を必要に応じてさらに含み、
前記第三のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第四のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第四のフィコビリタンパク質に結合体化した第三のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二、第三および第四のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二もしくは第三のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二もしくは第三のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含み；
前記組成物は、
（ｅ）第四のタンデム色素に結合体化した第四のリガンド
を必要に応じてさらに含み、
前記第四のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第五のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第五のフィコビリタンパク質に結合体化した第四のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二、第三、第四および第五のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、組成物。
【請求項９】
（ｃ）第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のリガンド
をさらに含む請求項１に記載の組成物であって、
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られ；
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質もしくは前記第二のフィコビリタンパク質と同じであるか；または
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質もしく前記第二のフィコビリタンパク質と異なり、ならびに前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、組成物。
【請求項１０】
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質または前記第二のフィコビリタンパク質の非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含まないか、または前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質または前記第二のフィコビリタンパク質の非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含むか、あるいは前記第一のリガンドと前記第二のリガンドが同じであるか、または前記第一のリガンドと前記第二のリガンドが異なる、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
フィコビリタンパク質でない色素に結合体化した１つ以上の追加のリガンドをさらに含む、請求項１または請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
（ｃ）第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンドであって、前記第二のタンデム色素は、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、第二の細菌種または第二の真核藻種から得られる第三のフィコビリタンパク質；および
（ｉｉ）前記第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のパートナー色素
を含む、第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンドと、
（ｄ）サブユニットを含み、前記第二の細菌種または前記第二の真核藻種から得られる非結合体化第四のフィコビリタンパク質
をさらに含む請求項１に記載の組成物であって；
前記第四のフィコビリタンパク質と前記第三のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第四のフィコビリタンパク質と前記第三のフィコビリタンパク質が異なり、および前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第三のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含み、
前記組成物は、
（ｅ）第五のフィコビリタンパク質に結合体化した第三のリガンド
を必要に応じてさらに含み、
前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一の細菌種、前記第一の真核藻種、前記第二の細菌種、または前記第二の真核藻種から得られ；
前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質、前記第二のフィコビリタンパク質、前記第三のフィコビリタンパク質もしくは前記第四のフィコビリタンパク質と同じであるか；または
前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、組成物。
【請求項１３】
前記第一のリガンドが、核酸配列またはアミノ酸配列を含み、必要に応じて、前記アミノ酸配列が、抗体、酵素、組換えタンパク質、多分子集合体、またはそれらのフラグメントを含み、必要に応じて前記多分子集合体が、組換えタンパク質の四量体である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
検体中の細胞集団および非細胞集団を分析するための方法であって、
（ａ）前記検体と請求項１に記載の組成物を併せる工程であって、ここで、前記細胞集団および前記非細胞集団のうちの少なくとも１つは、前記第一のリガンドの受容体を含む、工程；および
（ｂ）蛍光を分析することにより前記検体中の前記集団を同定する工程
を含む、方法。
【請求項１５】
前記集団のそれぞれについて少なくとも１つの追加のパラメータを同定する工程をさらに含み、必要に応じて、前記追加のパラメータが、１つ以上の蛍光チャネル、１つ以上の光学パラメータ、１つ以上の電気的パラメータ、時間、散乱、およびそれらの組み合わせからなる群より独立して選択される、請求項１４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
さらなる態様において、検体における細胞および非細胞集団を分析するための方法を提供する。この方法は、前記検体と本明細書に記載する組成物とを併せる工程、および蛍光を分析することによって前記検体中の前記集団を同定する工程を含む。望ましくは、前記細胞および非細胞集団の少なくとも１つは、前記第一のリガンドの受容体を含む。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
（ａ）第一のタンデム色素に結合体化した第一のリガンドであって、前記第一のタンデム色素は、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、第一の細菌種または第一の真核藻種から得られる第一のフィコビリタンパク質；および
（ｉｉ）前記第一のフィコビリタンパク質に結合体化した第一のパートナー色素
を含む、第一のタンデム色素に結合体化した第一のリガンドと、
（ｂ）サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる非結合体化第二のフィコビリタンパク質
を含む組成物であって、
前記第二のフィコビリタンパク質と前記第一のフィコビリタンパク質は同じであるか；または
前記第二のフィコビリタンパク質と前記第一のフィコビリタンパク質は異なり、および前記第二のフィコビリタンパク質は、前記第一のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、組成物。
（項目２）
前記第二のフィコビリタンパク質が、前記サブユニット間の架橋を含有しない、項目１に記載の組成物。
（項目３）
前記第二のフィコビリタンパク質が、前記サブユニット間の架橋を含有する、項目１に記載の組成物。
（項目４）
前記第二のフィコビリタンパク質が、天然タンパク質である、項目１に記載の組成物。
（項目５）
前記第二のフィコビリタンパク質が、修飾タンパク質である、項目１に記載の組成物。
（項目６）
前記第一のフィコビリタンパク質における架橋の量が、前記第二のフィコビリタンパク質における架橋の量より多い、項目１に記載の組成物。
（項目７）
前記第二のフィコビリタンパク質が、蛍光を除去するかまたは減少させるように修飾される、項目１に記載の組成物。
（項目８）
前記修飾が、前記第二のフィコビリタンパク質の架橋に影響を及ぼさない、項目７に記載の組成物。
（項目９）
前記第二のフィコビリタンパク質が、ブリーチされる、項目７に記載の組成物。
（項目１０）
前記第二のフィコビリタンパク質対前記第一のフィコビリタンパク質の比が、約０．２５：１から約１０：１である、項目１に記載の組成物。
（項目１１）
前記第一のフィコビリタンパク質および前記第二のフィコビリタンパク質が、アロフィコシアニン、フィコエリトリン、フィコシアニン、およびフィコエリスロシアニンからなる群より選択される、項目１に記載の組成物。
（項目１２）
前記第一のフィコビリタンパク質および前記第二のフィコビリタンパク質が、Ｒ−フィコエリトリン、Ｂ−フィコエリトリン、Ｙ−フィコエリトリン、フィコエリトリン５６６、フィコエリスロシアニン、Ｒ−フィコシアニン、およびアロフィコシアニンからなる群より選択される、項目１１に記載の組成物。
（項目１３）
前記第一のフィコビリタンパク質および前記第二のフィコビリタンパク質が、アロフィコシアニンである、項目１１に記載の組成物。
（項目１４）
前記第一の細菌種が、シアノバクテリウムである、項目１に記載の組成物。
（項目１５）
前記シアノバクテリウムが、Ｓｐｉｒｕｌｉｎａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓ、Ａｎａｂａｅｎａ  ｖａｒｉａｂｉｌｉｓ、Ｇｌｏｅｏｂａｃｔｅｒ  ｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｔｏｌｙｐｏｔｈｒｉｘ  ｔｅｎｕｉｓ、およびＬｙｎｇｂｙａ  ｌａｇｅｒｈｅｉｍｉｉからなる群より選択される、項目１４に記載の組成物。
（項目１６）
（ｃ）第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンド
をさらに含む組成物であって、
前記第二のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第三のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二および第三のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質と異なり、ならびに前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目１に記載の組成物。
（項目１７）
（ｄ）第三のタンデム色素に結合体化した第三のリガンド
をさらに含む組成物であって、
前記第三のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第四のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第四のフィコビリタンパク質に結合体化した第三のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二、第三および第四のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二もしくは第三のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二もしくは第三のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目１６に記載の組成物。
（項目１８）
（ｅ）第四のタンデム色素に結合体化した第四のリガンド
をさらに含む組成物であって、
前記第四のタンデム色素が、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られる第五のフィコビリタンパク質と、
（ｉｉ）前記第五のフィコビリタンパク質に結合体化した第四のパートナー色素
を含み；
前記第一、第二、第三、第四および第五のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第五のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、第三もしくは第四のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目１７に記載の組成物。
（項目１９）
フィコビリタンパク質でない色素に結合体化した１つ以上の追加のリガンドをさらに含む、項目１に記載の組成物。
（項目２０）
（ｃ）第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のリガンド
をさらに含む組成物であって、
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一の細菌種または前記第一の真核藻種から得られ；
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質もしくは前記第二のフィコビリタンパク質と同じであるか；または
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質もしく前記第二のフィコビリタンパク質と異なり、ならびに前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一および第二のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目１に記載の組成物。
（項目２１）
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質または前記第二のフィコビリタンパク質の非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含まない、項目２０に記載の組成物。
（項目２２）
前記第三のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質または前記第二のフィコビリタンパク質の非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、項目２０に記載の組成物。
（項目２３）
前記第一のリガンドと前記第二のリガンドが同じである、項目２０に記載の組成物。
（項目２４）
前記第一のリガンドと前記第二のリガンドが異なる、項目２０に記載の組成物。
（項目２５）
フィコビリタンパク質でない色素に結合体化した１つ以上の追加のリガンドをさらに含む、項目２０に記載の組成物。
（項目２６）
（ｃ）第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンドであって、前記第二のタンデム色素は、
（ｉ）架橋および非架橋サブユニットを含み、第二の細菌種または第二の真核藻種から得られる第三のフィコビリタンパク質；および
（ｉｉ）前記第三のフィコビリタンパク質に結合体化した第二のパートナー色素
を含む、第二のタンデム色素に結合体化した第二のリガンドと、
（ｄ）サブユニットを含み、前記第二の細菌種または前記第二の真核藻種から得られる非結合体化第四のフィコビリタンパク質
をさらに含む組成物であって；
前記第四のフィコビリタンパク質と前記第三のフィコビリタンパク質が同じであるか；または
前記第四のフィコビリタンパク質と前記第三のフィコビリタンパク質が異なり、および前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第三のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目１に記載の組成物。
（項目２７）
（ｅ）第四のフィコビリタンパク質に結合体化した第三のリガンド
をさらに含む組成物であって、
前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一の細菌種、前記第一の真核藻種、前記第二の細菌種、または前記第二の真核藻種から得られ；
前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一のフィコビリタンパク質、前記第二のフィコビリタンパク質、もしくは前記第三のフィコビリタンパク質と同じであるか；または
前記第四のフィコビリタンパク質が、前記第一、第二、もしくは第三のフィコビリタンパク質と異なり、および前記第一、第二、もしくは第三のフィコビリタンパク質の前記非架橋サブユニットと交換する非架橋サブユニットを含む、
項目２６に記載の組成物。
（項目２８）
前記第一のリガンドが、アミノ酸配列または核酸配列を含む、項目１に記載の組成物。
（項目２９）
前記アミノ酸配列が、抗体、酵素、組換えタンパク質、多分子集合体、またはそれらのフラグメントを含む、項目２８に記載の組成物。
（項目３０）
前記多分子集合体が、組換えタンパク質の四量体である、項目２９に記載の組成物。
（項目３１）
検体中の細胞および非細胞集団を分析するための方法であって、
（ａ）前記検体と項目１に記載の組成物を併せる工程であって、ここで、前記細胞および非細胞集団の少なくとも１つは、前記第一のリガンドの受容体を含む、工程；および
（ｂ）蛍光を分析することにより前記検体中の前記集団を同定する工程
を含む、方法。
（項目３２）
前記集団のそれぞれについて少なくとも１つの追加のパラメータを同定する工程をさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記追加のパラメータが、１つ以上の蛍光チャネル、１つ以上の光学パラメータ、１つ以上の電気的パラメータ、時間、散乱、およびそれらの組み合わせからなる群より独立して選択される、項目３１に記載の方法。