【手続補正書】
【提出日】平成25年4月15日(2013.4.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍特性を同定するための方法であって、以下のステップ、
１）対象とする特性をそれぞれ予測する３つの異なるマーカーセットを得るステップと、
２）腫瘍細胞から試料遺伝子発現シグナルを得るステップと、
３）レポーターを加えて試料の変化に影響を及ぼし、腫瘍中の対象とする遺伝子発現シグナルの評価を可能にするステップと、
４）前記遺伝子発現シグナルを前記レポーターと組み合わせるステップと、
５）抽出された遺伝子発現シグナルを、前記３つの異なるマーカーセットのすべてと相関させるステップと、
６）以下の、
ａ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、腫瘍が関心対象の特性を有すると予測する場合、腫瘍は、悪性腫瘍と指定される、
ｂ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、腫瘍が関心対象の特性を欠いていると予測する場合、腫瘍は、良性腫瘍と指定される、
ｃ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、同じ臨床転帰の予測をもたらさない場合、腫瘍は、「中間」と指定される
というランク付けに従って、抽出された遺伝子発現シグナルに指定を割り当てるステップと、
７）前記指定を出力するステップと
を含む方法。
【請求項２】
関心対象の特性が、転移、炎症、細胞周期、免疫応答遺伝子、薬剤耐性遺伝子、及び多剤耐性遺伝子の１つ又は複数に関係する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
腫瘍特性が、術後の患者生存率不良をもたらす傾向である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ステップ４が、以下の、
ａ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、腫瘍を悪性腫瘍であると予測する場合、腫瘍は、悪性腫瘍と指定され、典型的な標準治療よりも積極的な治療が推奨される、
ｂ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、腫瘍を良性腫瘍であると予測する場合、標準治療の範囲を超える治療は推奨されず、術後の化学療法も放射線療法も推奨されない、
ｃ．３つすべての予測遺伝子発現シグナルセットの相関が、同じ予後をもたらさない場合、腫瘍は、「中間」と指定され、化学療法及び／又は放射線療法を含む、完全な典型的な標準治療処置が推奨される、
というランク付けに従って、抽出された遺伝子発現シグナルに値を割り当てるステップを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
ステップ１の前に、
ａ）検査される腫瘍サブタイプを同定するステップ、
ｂ）その腫瘍サブタイプに特異的なマーカーセットを選択するステップ
という予備ステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
請求項１において使用されるタイプの予測遺伝子発現シグナルセットを決定するための方法であって、以下のステップ、
１）対象とする癌について既知の腫瘍集団に関する対象とする特性についての、遺伝子発現シグナル情報及び患者の臨床情報を得るステップと、
２）遺伝子発現シグナルを、対象とする特性に関する臨床患者情報と相関させて、臨床転帰についての予測力を有する遺伝子を同定するステップと、
３）同定された遺伝子発現シグナルから少なくとも３０のランダムトレーニングデータセットを作るステップと、
４）ステップ１の同定された遺伝子発現シグナルを、癌において活性な既知の遺伝子のリストと比較するステップと、
５）既知の癌遺伝子のリスト上の遺伝子発現シグナルに対応する、同定された遺伝子発現シグナルを選択するステップと、
６）生物学的プロセスにおけるその役割によって、選択された、同定された遺伝子発現シグナルをグループ化するステップと、
７）ステップ６の選択された遺伝子発現シグナルグループから少なくとも２５遺伝子のランダム遺伝子発現シグナルセットを生成するステップと、
８）ランダム遺伝子発現シグナルセットを、ステップ３で得られたランダムトレーニングデータセットと相関させるステップと、
９）ステップ７の各遺伝子発現シグナルセットについての相関から、生存率スクリーニングについてのＰ値を得るステップと、
１０）遺伝子発現シグナルセットのＰ値が、ランダムトレーニングデータセットの９０％超について０．０５未満である場合、該遺伝子発現シグナルセットを確保するステップと、
１１）セット内の遺伝子出現の頻度に基づいて、ステップ１０において確保されたランダム遺伝子発現シグナルセットをランク付けするステップと、
１２）可能性のある候補マーカーとして、少なくとも上位２６遺伝子を選択するステップと、
１３）ステップ７〜１２を繰り返し、別の独立した、少なくとも２６遺伝子のランクセットを作製するステップと、
１４）ステップ１２及びステップ１３の上位遺伝子を比較するステップと、
１５）２５を超える遺伝子が同じである場合、上位遺伝子がマーカーセットとして確保されるステップと、
１６）ステップ７〜１５を２回繰り返して、３つの異なるマーカーセットを得るステップと
１７）前記３つの異なるマーカーセットを出力するステップと
を含む方法。
【請求項７】
生物学的プロセスにおけるその役割によって、選択された、同定された遺伝子発現シグナルをグループ化するステップが、遺伝子オントロジー分析を使用して行われる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ステップ３において、３０〜５０の間のランダムトレーニングセットが作られる、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
３０〜４０の間のトレーニングセットが作られる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ステップ４において、癌において活性であると知られている遺伝子が、転移、細胞増殖、腫瘍血管新生、及び薬物反応に関与する遺伝子のグループから選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
ステップ７において、７５０，０００〜１，２５０，０００の間のランダム遺伝子発現シグナルセットが生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
ステップ７において、９００，０００〜１，１００，０００の間のランダム遺伝子発現シグナルセットが生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
ステップ７において、１，０００，０００のランダム遺伝子発現シグナルセットが生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項１４】
ステップ７において、生成されるランダム遺伝子発現シグナルセットが、２５〜５０の間の遺伝子を含有する、請求項６に記載の方法。
【請求項１５】
ステップ７において、生成されるランダム遺伝子発現シグナルセットが、２８〜３２の間の遺伝子を含有する、請求項６に記載の方法。
【請求項１６】
ステップ１２において、上位２６〜５０遺伝子が選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項１７】
ステップ１２において、上位２８〜３２遺伝子が選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項１８】
腫瘍が哺乳動物の腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
腫瘍が、ヒト、類人猿、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウサギ、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、又はアレチネズミのうちの１つの腫瘍である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの癌バイオマーカーセットが、下記の表１から表１８に示す１８のバイオマーカーセットのうちの１つである、請求項４に記載の方法。
【表１】
2012525818.tif 000001
【表２】
2012525818.tif 000002
【表３】
2012525818.tif 000003
【表４】
2012525818.tif 000004
【表５】
2012525818.tif 000005
【表６】
2012525818.tif 000006
【表７】
2012525818.tif 000007
【表８】
2012525818.tif 000008
【表９】
2012525818.tif 000009
【表１０】
2012525818.tif 000010
【表１１】
2012525818.tif 000011
【表１２】
2012525818.tif 000012
【表１３】
2012525818.tif 000013
【表１４】
2012525818.tif 000014
【表１５】
2012525818.tif 000015
【表１６】
2012525818.tif 000016
【表１７】
2012525818.tif 000017
【表１８】
2012525818.tif 000018
【請求項２１】
請求項１に記載の方法を実施するための、少なくとも３つのマーカーセット及び使用説明書を含むキット。
【請求項２２】
請求項２０で定めたバイオマーカーセットのうちの少なくとも１０の遺伝子発現シグナルを含む、請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
請求項６に記載の方法によって同定された少なくとも３０の核酸バイオマーカーを含有する、請求項２１に記載のキット。
【請求項２４】
癌バイオマーカーが乳癌バイオマーカーであり、第１のサブタイプの試料が、ＥＲ＋試料である、請求項５に記載の方法。
【請求項２５】
ランダムトレーニングセットが、選ばれる方のセットと同じ「良性」腫瘍と「悪性」腫瘍の比を維持しながら、試料をランダムに選ぶことによって生成される、請求項５に記載の方法。
【請求項２６】
悪性腫瘍と指定されるすべての遺伝子発現値がグループ化され、以下のステップ、
１）同定された遺伝子発現シグナルから、少なくとも３０のランダムトレーニングデータセットを作るステップと、
２）新しいグループの同定された遺伝子発現シグナルを、癌において活性な既知の遺伝子のリストと比較するステップと、
３）既知の癌遺伝子のリスト上の遺伝子発現シグナルに対応する、同定された遺伝子発現シグナルを選択するステップと
４）生物学的プロセスにおけるその役割によって、選択された、同定された遺伝子発現シグナルをグループ化するステップと、
５）ステップ４の選択された遺伝子発現シグナルグループから少なくとも２５遺伝子のランダム遺伝子発現シグナルセットを生成するステップと、
６）ランダム遺伝子発現シグナルセットを、ステップ１で得られたランダムトレーニングデータセットと相関させるステップと、
７）ステップ６の各遺伝子発現シグナルセットについての相関から、生存率スクリーニングについてのＰ値を得るステップと、
８）遺伝子発現シグナルセットのＰ値が、ランダムトレーニングデータセットの９０％超について０．０５未満である場合、該遺伝子発現シグナルセットを確保するステップと、
９）セット内の遺伝子出現の頻度に基づいて、ステップ８において確保されたランダム遺伝子発現シグナルセットをランク付けするステップと
１０）可能性のある候補マーカーとして、少なくとも上位２６遺伝子を選択するステップと、
１１）ステップ５〜１０を繰り返し、別の独立した、少なくとも２６遺伝子のランクセットを作製するステップと、
１２）ステップ１０及びステップ１１の上位遺伝子を比較するステップと、
１３）２５を超える遺伝子が同じである場合、上位遺伝子がマーカーセットとして確保されるステップと
１４）ステップ５〜１３を２回繰り返して、３つの新しい異なるマーカーセットを得るステップと
１５）前記３つの異なる新しいマーカーセットを出力するステップと
が実施される、請求項１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
本発明の一実施形態では、典型的な標準治療よりも積極的、又は消極的な治療を必要とする患者を識別する方法であって、
「遺伝子発現シグナル」は、ｍＲＮＡなどの遺伝子の発現の有形の指標である。
１．腫瘍情報及び臨床患者情報を含む情報源が、個々に試験される。どの遺伝子が、その個々の情報源内で予後についての予測力を有するかを識別するために、細胞内のすべての報告された遺伝子発現シグナルが、患者の生存率（５年及び１０年）と相関される。患者の生存率と有意に相関すると見出された遺伝子発現シグナルが、さらなる検査のために同定される。
２．ステップ１において同定された遺伝子発現シグナルは、既知の癌遺伝子のリストと比較され、癌において役割を有することが知られている既知の遺伝子に対応する遺伝子発現シグナルが、さらなる分析のために選択される。（これは、一般には、数百〜数千の遺伝子発現シグナルのリストを生じさせることになる）
３．少なくとも３０（一般に３０〜４０の間）のランダムトレーニングデータセットが、ステップ１の情報源から作製される。同じ個々の遺伝子発現シグナルが、複数のランダムトレーニングデータセット中に出現する場合がある。
４．ステップ２において選択された遺伝子発現シグナルは、生物学的プロセスにおけるその役割に従ってグループ化される（例えば、細胞周期遺伝子、細胞死遺伝子、免疫応答遺伝子、炎症遺伝子などＧＯ解析）。
５．ランダム遺伝子発現シグナルセット（一般に、約百万）が生成され、それぞれは、ステップ３において作製された１つのグループからランダムに選択された約３０の遺伝子を含有する。
６．各ランダムトレーニングデータセットに対する、ステップ４の各ランダム遺伝子発現シグナルセットの生存率スクリーニングについてのＰ値が得られる。
７．Ｐ値が、ランダムデータセットの９０％超について０．０５未満である場合、このランダム遺伝子セットは確保される。
８．ステップ７からの確保されたランダム遺伝子発現シグナルセットは、これらにおいて出現する遺伝子の頻度に基づいてランク付けされる。
９．ステップ８において決定された、最高の予測値を有する上位３０遺伝子（ステップ８でランク付けされた）が、可能性のある候補として選択される。
１０．ステップ５〜９が繰り返され、ステップ３において形成された各グループからランダム遺伝子発現シグナルセットを生成することから開始して、可能性のある候補である上位３０遺伝子の別の、独立したランク付けされたセットを作製する。
１１．ステップ１０において生じた上位３０遺伝子が、ステップ９からの上位３０遺伝子と比較される。３０のうち２５以上が同じである場合、これは、「安定なサイン」と呼ばれ、患者試料のスクリーニングに有用である。２５／３０未満が同じである場合、データは破棄される（両セットの可能性のある候補から）。少なくとも２５が必要であり、したがって、潜在的な候補の第１又は第２のセットを使用することができる。
１２．ステップ５〜１１が、遺伝子発現シグナルの２つの他のグループ（ステップ３の）のために、さらに２回繰り返される。したがって、ステップ３からの異なるグループにそれぞれ関係する、３つのセットの安定なサインが存在することになる。
１３．患者からの癌細胞を検査して、その遺伝子発現活性、及び３つの安定なサイン中の遺伝子発現シグナルとのその活性の相関を評価する。典型的に、安定なサインは、転移の見込みの暗示となり、したがって、そのサインに整合する高い患者発現は、「悪性」腫瘍を示すことになる。しかし、安定なサインは、アポトーシス遺伝子などの発現されている保護遺伝子を示す場合があることもあり得、この場合、そのサインについて、こうした遺伝子発現サインの高い患者発現量は、「良性」腫瘍を示す。いずれの場合においても、各安定なサインは、患者試料と比較され、「良性」腫瘍又は「悪性」腫瘍の予測は、各安定なサインによって個々に行われる。
１４．患者試料に関する遺伝子発現シグナルの３つのセットのそれぞれの予測を合わせ、以下、
（ａ）３つすべての遺伝子発現シグナルセット（サイン）が、腫瘍を悪性腫瘍であると予測する場合、腫瘍は、悪性腫瘍と指定され、患者は、典型的な標準治療よりも積極的な治療が提供されるべきであり、
（ｂ）３つすべてのデータセットが、腫瘍を良性腫瘍であると予測する場合、患者は、標準治療以外の治療を受けるべきでなく、術後の化学療法も放射線療法も受けるべきでなく、
（ｃ）３つすべてのセットの遺伝子発現産物が、同じ予後をもたらさない場合、腫瘍は、「中間」と指定され、患者は、化学療法及び／又は放射線療法を含む、完全な典型的な標準治療処置を受けるべきであるように腫瘍に値を割り当てるステップ
を含む方法が提供される。