【手続補正書】
【提出日】平成24年11月13日(2012.11.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つの制御配列の制御下にある少なくとも１つのマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、少なくとも１つの生成物の発酵に有用なトランスジェニック生物であって、
前記トランスジェニック生物と（トランスジェニックか非トランスジェニックかにかかわらず）同一の生物が生成するマロン酸量と比較して低下した量のマロン酸を発酵副産物として生成するトランスジェニック生物であり、前記同一の生物は
ｃ）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含まない、または
ｄ）発現されないマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、トランスジェニック生物。
【請求項２】
ａ）適切な制御配列の制御下にある少なくとも１つのマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、少なくとも１つの生成物の発酵に有用なトランスジェニック生物を提供するステップと、
ｂ）前記トランスジェニック生物と（トランスジェニックか非トランスジェニックかにかかわらず）同一の生物が生成するマロン酸量と比較して低下した量のマロン酸を発酵副産物として生成するように、前記トランスジェニック生物を成長させてマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を発現させるステップ
を含んでなるが、ただし前記同一の生物は
（ｉ）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含まない、または
（ｉｉ）発現されないマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、
トランスジェニック生物中のマロン酸含量を操作する方法。
【請求項３】
ｄ）少なくとも１つの天然ペルオキシソーム形成因子タンパク質の欠損である少なくとも１つの遺伝的変異、および
ｅ）少なくとも１つの制御配列の制御下のマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、および
ｆ）機能性多価不飽和脂肪酸生合成経路をコードする遺伝子
を含んでなる、トランスジェニックヤロウィア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）種宿主細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９８】
表５に示すように、ｐＺＰ２−ＭＣＳ形質転換体（Ｙ４３０５Ｕ−ＭＣＳ−１、Ｙ４３０５Ｕ−ＭＣＳ−２、およびＹ４３０５Ｕ−ＭＣＳ−３と同定される）は全て、Ｙ４３０５株の複製培養物中のマロン酸レベルとの比較で著しく低レベルのマロン酸を培養物上清中に示した。脂肪酸プロフィールおよび総脂質収率は、対照Ｙ４３０５細胞と同様である。マロニル−ＣｏＡシンセターゼ、すなわち配列番号３の発現は、脂肪酸プロフィールまたは％ＤＣＷとしての総脂質収のどちらにも影響を及ぼすことなくマロン酸総量（ｇ／ｇ  ＤＣＷ）を約９４％低下させた。
以下に本発明の具体的実施態様を列挙する。
（１）少なくとも１つの制御配列の制御下にある少なくとも１つのマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、少なくとも１つの生成物の発酵に有用なトランスジェニック生物であって、
前記トランスジェニック生物と（トランスジェニックか非トランスジェニックかにかかわらず）同一の生物が生成するマロン酸量と比較して低下した量のマロン酸を発酵副産物として生成するトランスジェニック生物であり、前記同一の生物は
ｃ）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含まない、または
ｄ）発現されないマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、トランスジェニック生物。
（２）藻類、真菌、ユーグレナ属、酵母、細菌、およびストラメノパイルからなる群から選択される、（１）に記載のトランスジェニック生物。
（３）乾燥細胞重量の少なくとも約２５％の量の油を蓄積する、（２）に記載のトランスジェニック生物。
（４）ヤロウィア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ロドトルラ（Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ）、ロドスポリジウム（Ｒｈｏｄｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、クリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トリコスポロン（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、およびリポマイセス（Ｌｉｐｏｍｙｃｅｓ）からなる群から選択される油性酵母である、（３）に記載のトランスジェニック生物。
（５）少なくとも１つの制御配列が強力なプロモーターを含んでなる、（１）に記載のトランスジェニック生物。
（６）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの遺伝子がマルチコピーである、（１）または（５）に記載のトランスジェニック生物。
（７）マロニル−ＣｏＡシンセターゼポリペプチドをコードする少なくとも１つの配列が、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、（１）に記載のトランスジェニック生物。
（８）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの配列が、配列番号１および配列番号３からなる群から選択される、（７）に記載のトランスジェニック生物。
（９）少なくとも１つの生成物の力価が、（トランスジェニックか非トランスジェニックかにかかわらず）同一生物によって生成される少なくとも１つの生成物の力価と比較して低下していないトランスジェニック生物であり、前記同一生物は
ａ）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含まない、または
ｂ）発現されないマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、
（１）に記載のトランスジェニック生物。
（１０）少なくとも１つの遺伝的変異をさらに含んでなる、（１）に記載のトランスジェニック生物。
（１１）少なくとも１つの遺伝的変異が、少なくとも１つの天然ペルオキシソーム形成因子タンパク質の欠損である、（１０）に記載のトランスジェニック生物。
（１２）ａ）適切な制御配列の制御下にある少なくとも１つのマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、少なくとも１つの生成物の発酵に有用なトランスジェニック生物を提供するステップと、
ｂ）前記トランスジェニック生物と（トランスジェニックか非トランスジェニックかにかかわらず）同一の生物が生成するマロン酸量と比較して低下した量のマロン酸を発酵副産物として生成するように、前記トランスジェニック生物を成長させてマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を発現させるステップ
を含んでなるが、ただし前記同一の生物は
（ｉ）マロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含まない、または
（ｉｉ）発現されないマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子を含んでなる、
トランスジェニック生物中のマロン酸含量を操作する方法。
（１３）マロニル−ＣｏＡシンセターゼポリペプチドをコードする前記少なくとも１つの遺伝子が、配列番号２、配列番号４、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、および配列番号２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、（１２）に記載の方法。
（１４）少なくとも１つのマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする遺伝子が、配列番号１および配列番号３からなる群から選択される、（１３）に記載の方法。
（１５）トランスジェニック生物が、ヤロウィア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ロドトルラ（Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ）、ロドスポリジウム（Ｒｈｏｄｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、クリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トリコスポロン（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、およびリポマイセス（Ｌｉｐｏｍｙｃｅｓ）からなる群から選択される、（１３）に記載の方法。
（１６）ｄ）少なくとも１つの天然ペルオキシソーム形成因子タンパク質の欠損である少なくとも１つの遺伝的変異、および
ｅ）少なくとも１つの制御配列の制御下のマロニル−ＣｏＡシンセターゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、および
ｆ）機能性多価不飽和脂肪酸生合成経路をコードする遺伝子
を含んでなる、トランスジェニックヤロウィア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）種宿主細胞。