【手続補正書】
【提出日】平成25年6月13日(2013.6.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、対象から得られる第一の試料をスコア付けするコンピュータ具現化法：
項1、項2、項3、項4、項5、項6、および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも一つのマーカーセットの量的発現データを含む、該第一の試料に関連する第一のデータセットを得る段階であって、
項1は、マーカー1、マーカー2、およびマーカー3を含み、マーカー1はAF161365を含み、マーカー2はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー3はTFCP2またはDDX18を含み、
項2は、マーカー4、マーカー5、およびマーカー6を含み、マーカー4はAF289562またはCD248を含み、マーカー5はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー6はTFCP2またはDDX18を含み、
項3は、マーカー7、マーカー8、マーカー9、およびマーカー10を含み、マーカー7はCD79BまたはCD19を含み、マーカー8はSPIBまたはBLKを含み、マーカー9はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー10はTMC8またはCCT2を含み、
項4は、マーカー11、マーカー12、マーカー13、およびマーカー14を含み、マーカー11はS100A12またはMMP9を含み、マーカー12はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー13はS100A8またはNAMPTを含み、かつマーカー14はRPL28またはSSRP1を含み、
項5は、マーカー15、マーカー16、マーカー17、マーカー18、およびマーカー19を含み、マーカー15はS100A12またはMMP9を含み、マーカー16はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー17はS100A8またはNAMPTを含み、マーカー18はAQP9またはGLT1D1を含み、かつマーカー19はNCF4またはNCF2を含み、
項6は、マーカー20、マーカー21、マーカー22、マーカー23、マーカー24、マーカー25、およびマーカー26を含み、マーカー20はCASP5またはH3F3Bを含み、マーカー21はIL18RAPまたはTXNを含み、マーカー22はTNFAIP6またはPLAURを含み、マーカー23はIL8RBまたはBCL2A1を含み、マーカー24はTNFRSF10CまたはPTAFRを含み、マーカー25はKCNE3またはLAMP2を含み、かつマーカー26はTLR4またはTYROBPを含み、そして
項7は、マーカー27、マーカー28、マーカー29、およびマーカー30を含み、マーカー27はSLAMF7またはCX3CR1を含み、マーカー28はKLRC4またはCD8Aを含み、マーカー29はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー30はTMC8またはCCT2を含む、段階、ならびに
コンピュータプロセッサにより、解釈関数を使用して該第一のデータセットから第一のスコアを決定する段階、
ここで、該第一のスコアが、該対象におけるCADの予測となる。
【請求項２】
第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーセットの量的発現データを含む、ならびに／または、第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも三つのマーカーセットの量的発現データを含む、ならびに／または、第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも四つのマーカーセットの量的発現データを含む、ならびに／または、第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも五つのマーカーセットの量的発現データを含む、ならびに／または、第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも六つのマーカーセットの量的発現データを含む、ならびに／または、第一のデータセットが、項1、項2、項3、項4、項5、項6および項7におけるマーカーセットの量的発現データを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
解釈関数が予測モデルに基づく、ならびに／または、解釈関数が予測モデルに基づき、予測モデルが、部分的最小二乗モデル、ロジスティック回帰モデル、線形回帰モデル、線形判別分析モデル、リッジ回帰モデル、および樹形再帰分割モデルからなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
第一のデータセットが臨床因子をさらに含む、および／または、第一のデータセットが臨床因子をさらに含み、臨床因子が、年齢、性別、胸痛タイプ、好中球数、人種、疾病期間、拡張期血圧、収縮期血圧、家族歴パラメータ、病歴パラメータ、症候パラメータ、身長、体重、肥満度指数、安静時心拍数、および喫煙／非喫煙状態からなる群より選択される、請求項3記載の方法。
【請求項５】
第一の試料に関連する第一のデータセットを得る段階が、第一の試料を得ること、そして第一のデータセットを実験的に決定するために該第一の試料を処理することを含む、または、第一の試料に関連する第一のデータセットを得る段階が、第一の試料を処理して第一のデータセットを実験的に決定した第三者から第一のデータセットを受け取ることを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
第一のスコアにしたがって第一の試料を分類する段階をさらに含む、または、第一のスコアに基づいてCADリスクを格付けする段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
予測モデル性能が0.68〜0.70または0.70〜0.79または0.80〜0.89または0.90〜0.99の範囲の曲線下面積（AUC）を特徴とする、請求項1記載の方法。
【請求項８】
第一の試料が末梢血細胞を含む、または、第一の試料が末梢血細胞を含み、末梢血細胞が白血球を含む、または、第一の試料が、末梢血細胞から抽出されたRNAを含む、請求項1記載の方法。
【請求項９】
量的発現データがハイブリダイゼーションデータから導出される、および／または、量的発現データがポリメラーゼ連鎖反応データから導出される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
対象が糖尿病を有しない、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
対象から得られる第一の試料をスコア付けするコンピュータ具現化法であって、
臨床因子、ならびに、AF161365、HNRPF、ACBD5、TFCP2、DDX18、AF289562、CD248、CD79B、CD19、SPIB、BLK、CD3D、LCK、TMC8、CCT2、S100A12、MMP9、CLEC4E、ALOX5AP、S100A8、NAMPT、RPL28、SSRP1、AQP9、GLT1D1、NCF4、NCF2、CASP5、H3F3B、IL18RAP、TXN、TNFAIP6、PLAUR、IL8RB、BCL2A1、TNFRSF10C、PTAFR、KCNE3、LAMP2、TLR4、TYROBP、SLAMF7、CX3CR1、KLRC4、およびCD8Aからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーの量的発現データを含む、該第一の試料に関連する第一のデータセットを得る段階、ならびに
コンピュータプロセッサにより、解釈関数を使用して該第一のデータセットから第一のスコアを決定する段階
を含み、該第一のスコアが該対象におけるCADの予測となる、方法。
【請求項１２】
以下のものを含む、対象におけるCADを予測するためのシステム：
項1、項2、項3、項4、項5、項6、および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも一つのマーカーセットの量的発現データを含む、該対象から得られる試料に関連するデータセットを記憶するための記憶装置であって、ここで、項1は、マーカー1、マーカー2、およびマーカー3を含み、マーカー1はAF161365を含み、マーカー2はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー3はTFCP2またはDDX18を含み；項2は、マーカー4、マーカー5、およびマーカー6を含み、マーカー4はAF289562またはCD248を含み、マーカー5はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー6はTFCP2またはDDX18を含み；項3は、マーカー7、マーカー8、マーカー9、およびマーカー10を含み、マーカー7はCD79BまたはCD19を含み、マーカー8はSPIBまたはBLKを含み、マーカー9はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー10はTMC8またはCCT2を含み；項4は、マーカー11、マーカー12、マーカー13、およびマーカー14を含み、マーカー11はS100A12またはMMP9を含み、マーカー12はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー13はS100A8またはNAMPTを含み、かつマーカー14はRPL28またはSSRP1を含み；項5は、マーカー15、マーカー16、マーカー17、マーカー18、およびマーカー19を含み、マーカー15はS100A12またはMMP9を含み、マーカー16はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー17はS100A8またはNAMPTを含み、マーカー18はAQP9またはGLT1D1を含み、かつマーカー19はNCF4またはNCF2を含み；項6は、マーカー20、マーカー21、マーカー22、マーカー23、マーカー24、マーカー25、およびマーカー26を含み、マーカー20はCASP5またはH3F3Bを含み、マーカー21はIL18RAPまたはTXNを含み、マーカー22はTNFAIP6またはPLAURを含み、マーカー23はIL8RBまたはBCL2A1を含み、マーカー24はTNFRSF10CまたはPTAFRを含み、マーカー25はKCNE3またはLAMP2を含み、かつマーカー26はTLR4またはTYROBPを含み；項7は、マーカー27、マーカー28、マーカー29、およびマーカー30を含み、マーカー27はSLAMF7またはCX3CR1を含み、マーカー28はKLRC4またはCD8Aを含み、マーカー29はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー30はTMC8またはCCT2を含む、記憶装置、ならびに
解釈関数を用いてスコアを決定するための、該記憶装置に通信的に結合されたプロセッサ；
ここで、該スコアが該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１３】
以下のプログラムコードを含むコンピュータ実行可能なプログラムコードを記憶する、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体：
項1、項2、項3、項4、項5、項6、および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも一つのマーカーセットの量的発現データを含む、対象から得られる試料に関連するデータセットを記憶するためのプログラムコードであって、
ここで、項1は、マーカー1、マーカー2、およびマーカー3を含み、マーカー1はAF161365を含み、マーカー2はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー3はTFCP2またはDDX18を含み；項2は、マーカー4、マーカー5、およびマーカー6を含み、マーカー4はAF289562またはCD248を含み、マーカー5はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー6はTFCP2またはDDX18を含み；項3は、マーカー7、マーカー8、マーカー9、およびマーカー10を含み、マーカー7はCD79BまたはCD19を含み、マーカー8はSPIBまたはBLKを含み、マーカー9はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー10はTMC8またはCCT2を含み；項4は、マーカー11、マーカー12、マーカー13、およびマーカー14を含み、マーカー11はS100A12またはMMP9を含み、マーカー12はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー13はS100A8またはNAMPTを含み、かつマーカー14はRPL28またはSSRP1を含み；項5は、マーカー15、マーカー16、マーカー17、マーカー18、およびマーカー19を含み、マーカー15はS100A12またはMMP9を含み、マーカー16はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー17はS100A8またはNAMPTを含み、マーカー18はAQP9またはGLT1D1を含み、かつマーカー19はNCF4またはNCF2を含み；項6は、マーカー20、マーカー21、マーカー22、マーカー23、マーカー24、マーカー25、およびマーカー26を含み、マーカー20はCASP5またはH3F3Bを含み、マーカー21はIL18RAPまたはTXNを含み、マーカー22はTNFAIP6またはPLAURを含み、マーカー23はIL8RBまたはBCL2A1を含み、マーカー24はTNFRSF10CまたはPTAFRを含み、マーカー25はKCNE3またはLAMP2を含み、かつマーカー26はTLR4またはTYROBPを含み；項7は、マーカー27、マーカー28、マーカー29、およびマーカー30を含み、マーカー27はSLAMF7またはCX3CR1を含み、マーカー28はKLRC4またはCD8Aを含み、マーカー29はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー30はTMC8またはCCT2を含む、プログラムコード、ならびに、
解釈関数を用いてスコアを決定するためのプログラムコード
ここで、該スコアが該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１４】
以下の段階を含む、対象におけるCADを予測する方法：
複数の分析対象物を含む試料を該対象から得る段階、
該試料を試薬と接触させる段階、
該試薬と該複数の分析対象物との間で複数の複合体を生成する段階、
項1、項2、項3、項4、項5、項6、および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも一つのマーカーセットの量的発現データを含む、該試料に関連するデータセットを得るために該複数の複合体を検出する段階であって、
ここで、項1は、マーカー1、マーカー2、およびマーカー3を含み、マーカー1はAF161365を含み、マーカー2はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー3はTFCP2またはDDX18を含み；項2は、マーカー4、マーカー5、およびマーカー6を含み、マーカー4はAF289562またはCD248を含み、マーカー5はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー6はTFCP2またはDDX18を含み；項3は、マーカー7、マーカー8、マーカー9、およびマーカー10を含み、マーカー7はCD79BまたはCD19を含み、マーカー8はSPIBまたはBLKを含み、マーカー9はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー10はTMC8またはCCT2を含み；項4は、マーカー11、マーカー12、マーカー13、およびマーカー14を含み、マーカー11はS100A12またはMMP9を含み、マーカー12はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー13はS100A8またはNAMPTを含み、かつマーカー14はRPL28またはSSRP1を含み；項5は、マーカー15、マーカー16、マーカー17、マーカー18、およびマーカー19を含み、マーカー15はS100A12またはMMP9を含み、マーカー16はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー17はS100A8またはNAMPTを含み、マーカー18はAQP9またはGLT1D1を含み、かつマーカー19はNCF4またはNCF2を含み；項6は、マーカー20、マーカー21、マーカー22、マーカー23、マーカー24、マーカー25、およびマーカー26を含み、マーカー20はCASP5またはH3F3Bを含み、マーカー21はIL18RAPまたはTXNを含み、マーカー22はTNFAIP6またはPLAURを含み、マーカー23はIL8RBまたはBCL2A1を含み、マーカー24はTNFRSF10CまたはPTAFRを含み、マーカー25はKCNE3またはLAMP2を含み、かつマーカー26はTLR4またはTYROBPを含み；項7は、マーカー27、マーカー28、マーカー29、およびマーカー30を含み、マーカー27はSLAMF7またはCX3CR1を含み、マーカー28はKLRC4またはCD8Aを含み、マーカー29はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー30はTMC8またはCCT2を含む、段階、ならびに、
解釈関数を使用して該データセットからスコアを決定する段階
ここで、該スコアが該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１５】
以下のものを含む、対象におけるCADを予測するためのキット：
該対象から得られる試料から、項1、項2、項3、項4、項5、項6、および項7におけるマーカーセットからなる群より選択される少なくとも一つのマーカーセットの量的発現データを決定するための複数の試薬を含む、試薬のセットであって、
ここで、項1は、マーカー1、マーカー2、およびマーカー3を含み、マーカー1はAF161365を含み、マーカー2はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー3はTFCP2またはDDX18を含み；項2は、マーカー4、マーカー5、およびマーカー6を含み、マーカー4はAF289562またはCD248を含み、マーカー5はHNRPFまたはACBD5を含み、かつマーカー6はTFCP2またはDDX18を含み；項3は、マーカー7、マーカー8、マーカー9、およびマーカー10を含み、マーカー7はCD79BまたはCD19を含み、マーカー8はSPIBまたはBLKを含み、マーカー9はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー10はTMC8またはCCT2を含み；項4は、マーカー11、マーカー12、マーカー13、およびマーカー14を含み、マーカー11はS100A12またはMMP9を含み、マーカー12はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー13はS100A8またはNAMPTを含み、かつマーカー14はRPL28またはSSRP1を含み；項5は、マーカー15、マーカー16、マーカー17、マーカー18、およびマーカー19を含み、マーカー15はS100A12またはMMP9を含み、マーカー16はCLEC4EまたはALOX5APを含み、マーカー17はS100A8またはNAMPTを含み、マーカー18はAQP9またはGLT1D1を含み、かつマーカー19はNCF4またはNCF2を含み；項6は、マーカー20、マーカー21、マーカー22、マーカー23、マーカー24、マーカー25、およびマーカー26を含み、マーカー20はCASP5またはH3F3Bを含み、マーカー21はIL18RAPまたはTXNを含み、マーカー22はTNFAIP6またはPLAURを含み、マーカー23はIL8RBまたはBCL2A1を含み、マーカー24はTNFRSF10CまたはPTAFRを含み、マーカー25はKCNE3またはLAMP2を含み、かつマーカー26はTLR4またはTYROBPを含み；および項7は、マーカー27、マーカー28、マーカー29、およびマーカー30を含み、マーカー27はSLAMF7またはCX3CR1を含み、マーカー28はKLRC4またはCD8Aを含み、マーカー29はCD3DまたはLCKを含み、かつマーカー30はTMC8またはCCT2を含む、試薬のセット、ならびに
該試料から量的データを決定するために該複数の試薬を使用するための指示
ここで、該指示が、該データセットからスコアを決定するための指示を含み、該スコアが、該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１６】
以下のものを含む、対象におけるCADを予測するためのシステム：
臨床因子、ならびにAF161365、HNRPF、ACBD5、TFCP2、DDX18、AF289562、CD248、CD79B、CD19、SPIB、BLK、CD3D、LCK、TMC8、CCT2、S100A12、MMP9、CLEC4E、ALOX5AP、S100A8、NAMPT、RPL28、SSRP1、AQP9、GLT1D1、NCF4、NCF2、CASP5、H3F3B、IL18RAP、TXN、TNFAIP6、PLAUR、IL8RB、BCL2A1、TNFRSF10C、PTAFR、KCNE3、LAMP2、TLR4、TYROBP、SLAMF7、CX3CR1、KLRC4、およびCD8Aからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーの量的発現データを含む、該対象から得られる試料に関連するデータセットを記憶するための記憶装置、ならびに
解釈関数を用いてスコアを決定するための、該記憶装置に通信的に結合されたプロセッサ
ここで、該スコアが該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１７】
コンピュータ実行可能なプログラムコードを記憶する、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、該プログラムコードが、
臨床因子、ならびにAF161365、HNRPF、ACBD5、TFCP2、DDX18、AF289562、CD248、CD79B、CD19、SPIB、BLK、CD3D、LCK、TMC8、CCT2、S100A12、MMP9、CLEC4E、ALOX5AP、S100A8、NAMPT、RPL28、SSRP1、AQP9、GLT1D1、NCF4、NCF2、CASP5、H3F3B、IL18RAP、TXN、TNFAIP6、PLAUR、IL8RB、BCL2A1、TNFRSF10C、PTAFR、KCNE3、LAMP2、TLR4、TYROBP、SLAMF7、CX3CR1、KLRC4、およびCD8Aからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーの量的発現データを含む、該対象から得られる試料に関連するデータセットを記憶するためのプログラムコード、ならびに
解釈関数を用いてスコアを決定するためのプログラムコード
を含み、該スコアが該対象におけるCADの予測となる、前記コンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
【請求項１８】
以下の段階を含む、対象におけるCADを予測する方法：
複数の分析対象物を含む試料を該対象から得る段階、
該試料を試薬と接触させる段階、
該試薬と該複数の分析対象物との間で複数の複合体を生成する段階、
臨床因子、ならびにAF161365、HNRPF、ACBD5、TFCP2、DDX18、AF289562、CD248、CD79B、CD19、SPIB、BLK、CD3D、LCK、TMC8、CCT2、S100A12、MMP9、CLEC4E、ALOX5AP、S100A8、NAMPT、RPL28、SSRP1、AQP9、GLT1D1、NCF4、NCF2、CASP5、H3F3B、IL18RAP、TXN、TNFAIP6、PLAUR、IL8RB、BCL2A1、TNFRSF10C、PTAFR、KCNE3、LAMP2、TLR4、TYROBP、SLAMF7、CX3CR1、KLRC4、およびCD8Aからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーの量的発現データを含む、該試料に関連するデータセットを得るために、該複数の複合体を検出する段階、ならびに
解釈関数を使用して該データセットからスコアを決定する段階
ここで、該スコアが該対象におけるCADの予測となる。
【請求項１９】
以下のものを含む、対象におけるCADを予測するためのキット：
該対象から得られる試料から、AF161365、HNRPF、ACBD5、TFCP2、DDX18、AF289562、CD248、CD79B、CD19、SPIB、BLK、CD3D、LCK、TMC8、CCT2、S100A12、MMP9、CLEC4E、ALOX5AP、S100A8、NAMPT、RPL28、SSRP1、AQP9、GLT1D1、NCF4、NCF2、CASP5、H3F3B、IL18RAP、TXN、TNFAIP6、PLAUR、IL8RB、BCL2A1、TNFRSF10C、PTAFR、KCNE3、LAMP2、TLR4、TYROBP、SLAMF7、CX3CR1、KLRC4、およびCD8Aからなる群より選択される少なくとも二つのマーカーの量的発現データを決定するための複数の試薬を含む試薬のセット、ならびに
該試料から量的データを決定するために該複数の試薬を使用するための指示
ここで、該指示が、該データセットおよび臨床因子からスコアを決定するための指示を含み、該スコアが、該対象におけるCADの予測となる。