【手続補正書】
【提出日】平成25年10月24日(2013.10.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
デジタルコンピュータに、少なくとも、複数の既知試料と関連する、第１の遺伝子エレメントと関連する複数の第１の入力値、第２の遺伝子エレメントと関連する複数の第２の入力値、および第３の遺伝子エレメントと関連する複数の第３の入力値を入力するステップであって、ここで、各既知試料が、該複数の第１の入力値中の第１の入力値、該複数の第２の入力値中の第２の入力値、および該複数の第３の入力値中の第３の入力値を包含するステップと、
該第３の遺伝子エレメントと関連する閾値を決定するステップと、
該閾値を用いて、該既知試料を、既知試料の第１のセットおよび既知試料の第２のセットへと区分するステップと、
既知試料の該第１のセットを、該第１の遺伝子エレメントおよび該第２の遺伝子エレメントにより定義される特徴空間においてクラスタリングするステップと、
既知試料の該第１のセットを用いて第１の境界空間を定義するステップであって、ここで、該第１の境界空間が、ある生物学的持続状態を他の生物学的持続状態から区別するステップと、
既知試料の該第２のセットを用いて第２の境界空間を定義するステップであって、ここで、該第２の境界空間が、該ある生物学的持続状態を他の生物学的持続状態から区別するステップ
を含む方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記第１の遺伝子エレメントがｍｅｃＡを含み、前記第２の遺伝子エレメントがｆｅｍＡを含み、前記第３の遺伝子エレメントがＯｒｆＸを含み、前記ある生物学的持続状態がＭＲＳＡ持続状態を含み、該方法がメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）の存在を決定するためのものである、方法。
【請求項３】
前記第１の境界空間および前記第２の境界空間を、それぞれ、第１の楕円および第２の楕円により定義する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の値、第２の値、および第３の値が、Ｃｔ値である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
入力するステップの前に、
前記既知試料を、該既知試料中の核酸を露出させる条件下に置くステップと、
少なくとも、前記第１の遺伝子エレメント、前記第２の遺伝子エレメント、および前記第３の遺伝子エレメントを増幅し、該少なくとも、前記第１の遺伝子エレメント、前記第２の遺伝子エレメント、および前記第３の遺伝子エレメントの存在および量を検出するステップ
をさらに含む、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
コンピュータにより読み取り可能な媒体であって、
請求項１から５のいずれか１項に記載の方法を実装するための、プロセッサにより実行可能なコードを含む、媒体。
【請求項７】
請求項６に記載の、コンピュータにより読み取り可能な媒体と、該コンピュータにより読み取り可能な媒体に接続されたプロセッサを含む、デジタルコンピュータ。
【請求項８】
請求項７に記載のデジタルコンピュータに接続された測定モジュールを含むシステム。
【請求項９】
請求項１から５のいずれかに記載の方法により創出される解析モデルを用いる方法であって、
前記デジタルコンピュータまたは他のデジタルコンピュータに、未知試料と関連する第１の入力値、第２の入力値、および第３の入力値を入力するステップであって、ここで、該第１の入力値、該第２の入力値、および該第３の入力値が、該未知試料中の前記第１の遺伝子エレメント、前記第２の遺伝子エレメント、および前記第３の遺伝子エレメントと関連するステップと、
該デジタルコンピュータまたは他のデジタルコンピュータを用いて、前記第１の境界空間または前記第２の境界空間を用いて、該未知試料を、前記ある生物学的持続状態と関連するものとして分類するステップ
を含む方法。
【請求項１０】
前記ある生物学的持続状態が、ＭＲＳＡ持続状態を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ある生物学的持続状態を、他の生物学的持続状態から区別する、解析モデルを創出する方法であって、
デジタルコンピュータに、少なくとも、第１の遺伝子エレメントと関連する複数の第１の入力値、第２の遺伝子エレメントと関連する複数の第２の入力値、および第３の遺伝子エレメントと関連する複数の第３の入力値を入力するステップと、
該デジタルコンピュータを用いて、少なくとも該複数の第１の入力値、および第２の遺伝子エレメントと関連する少なくとも該第２の入力値を用いて、１つ以上の中間値を創出するステップと、
該デジタルコンピュータを用いて、該１つ以上の中間値、および該複数の第３の入力値を用いて、該ある生物学的持続状態についての境界空間を創出するステップであって、ここで、
該境界空間が、該ある生物学的持続状態を、他の生物学的持続状態から区別するステップを含む方法。
【請求項１２】
前記第１の遺伝子エレメントがｍｅｃＡを含み、前記第２の遺伝子エレメントがｆｅｍＡを含み、前記第３の遺伝子エレメントがＳＣＣｍｅｃを含み、前記ある生物学的持続状態がＭＲＳＡ持続状態を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記境界空間を、楕円により定義する、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
費用関数を用いて前記楕円を最適化する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記第１の値、第２の値、および第３の値が、Ｃｔ値である、請求項１１から１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
入力するステップの前に、
前記試料を、該試料中の核酸を露出させる条件下に置くステップと、
少なくとも、前記第１の遺伝子エレメント、前記第２の遺伝子エレメント、および前記第３の遺伝子エレメントを増幅し、その存在および量を検出するステップ
をさらに含む、請求項１１から１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
請求項１１から１６のいずれか１項に記載の方法を実装するための、プロセッサにより実行可能なコードを含む、コンピュータにより読み取り可能な媒体。
【請求項１８】
請求項１７に記載の、コンピュータにより読み取り可能な媒体と、該コンピュータにより読み取り可能な媒体に接続されたプロセッサを含む、デジタルコンピュータ。
【請求項１９】
請求項１８に記載のデジタルコンピュータに接続された測定モジュールを含むシステム。
【請求項２０】
請求項１１から１６のいずれかに記載の方法により創出される解析モデルを用いる方法であって、
前記デジタルコンピュータまたは他のデジタルコンピュータに、未知試料と関連する第１の入力値、第２の入力値、および第３の入力値を入力するステップであって、ここで、該第１の入力値、該第２の入力値、および該第３の入力値が、該未知試料中の前記第１の遺伝子エレメント、前記第２の遺伝子エレメント、および前記第３の遺伝子エレメントと関連するステップと、
該未知試料を、前記境界空間を用いて、前記ある生物学的持続状態と関連するものとして分類するステップ
を含む方法。
【請求項２１】
前記第１の境界空間および前記第２の境界空間がいずれも、楕円の境界空間である、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記第１の境界空間および前記第２の境界空間がいずれも、並進および原点周囲の角変位を経ている、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記第１の境界空間および前記第２の境界空間がいずれも、ｍｅｃＡおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列の測定量の関数として定義される、請求項２１から２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
費用関数を用いて前記第１の境界空間および前記第２の境界空間に最適なパラメータを見出す、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
各中間値が、ｍｅｃＡおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列（ＳＡ）についての関数として定義され、該中間値が、式：
中間値＝ｍｅｃＡ×ｓｉｎ（−０．３）＋ＳＡ×ｃｏｓ（−０．３）を用いて定義される、ｍｅｃＡおよびＳＡの重みづけ線形結合である、請求項１１から１６のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
試料中のメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）の存在を決定するための方法であって、
該試料を、該試料中に存在する任意の細菌の核酸を露出させる条件下に置くステップと、
該試料中の、少なくともｍｅｃＡ、ｏｒｆＸ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列を増幅し、該少なくともｍｅｃＡ、ｏｒｆＸ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列の存在および量を検出するステップと、
デジタルコンピュータ上で判定アルゴリズムを実行することにより、該試料中のＭＲＳＡの存在を決定するステップであって、ここで、該判定アルゴリズムが、少なくとも、ｍｅｃＡ、ｏｒｆＸ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列の該検出量および測定量を入力として用いて、該試料中にＭＲＳＡが存在するかどうかを決定し；ｏｒｆＸの該検出量が閾値を下回る場合は、該判定アルゴリズムが、第１の境界空間を用いてＭＲＳＡの存在を決定し；ｏｒｆＸの該検出量が該閾値を上回る場合は、該判定アルゴリズムが、第２の境界空間を用いてＭＲＳＡの存在を決定するステップ
を含む方法。
【請求項２７】
前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列が、ｆｅｍＡである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
試料中のメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）の存在を決定するための方法であって、
該試料を、該試料中に存在する任意の細菌の核酸を露出させる条件下に置くステップと、
該試料中の少なくともｍｅｃＡ、ＳＣＣｍｅｃ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列（ＳＡ）を増幅し、該少なくともｍｅｃＡ、ＳＣＣｍｅｃ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列（ＳＡ）の存在および量を検出するステップと、
デジタルコンピュータ上で判定アルゴリズムを実行することにより、該試料中のＭＲＳＡの存在を決定するステップであって、ここで、該判定アルゴリズムが、少なくとも、ｍｅｃＡ、ＳＣＣｍｅｃ、および該Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列の該検出量および測定量を入力として用いて、該試料中にＭＲＳＡが存在するかどうかを決定し；該判定アルゴリズムが、少なくとも該Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列およびｍｅｃＡからの中間値を創出し；該判定アルゴリズムが、該中間値およびＳＣＣｍｅｃを用いて定義される境界空間をさらに用いてＭＲＳＡの該存在を決定するステップ
を含む方法。
【請求項２９】
前記Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ特異的な標的遺伝子配列が、ｆｅｍＡである、請求項２８に記載の方法。