【手続補正書】
【提出日】平成25年10月3日(2013.10.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）標的生物の全ゲノム配列を得る工程；
（b）該生物よりゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合を得る工程；
（c）該生物よりRNAの転写を得る工程；
（d）該生物よりRNA分子の5'末端配列を得る工程；
（e）該生物より単離された総タンパク質からプロテオミクスデータを得る工程；
（f）該生物の一連の培養条件下で、（b）から（e）に記載のデータを得る工程；および
（g）該標的生物のためのメタ構造を組み立てるために、（a）のDNA配列上に（f）に記載のデータセットを反復的にマッピングする工程
を含む、標的生物のためのメタ構造を組み立てる方法。
【請求項２】
標的生物が細菌生物である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
標的生物が古細菌生物である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合が、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降により得られる、請求項1記載の方法。
【請求項５】
ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合が、免疫沈降されたDNAのディープシークエンシングにより得られる、請求項1記載の方法。
【請求項６】
RNAの転写が、タイル状発現アレイを用いて得られる、請求項1記載の方法。
【請求項７】
RNAの転写が、単離されたRNAのディープシークエンシングを用いて得られる、請求項1記載の方法。
【請求項８】
RNA分子の5'末端配列がRNAのディープシークエンシングにより得られる、請求項1記載の方法。
【請求項９】
総タンパク質からのプロテオミクスデータが質量分析により得られる、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
オープンリーディングフレームの一覧が前記プロテオミクスデータから得られる、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
培養条件が、酸素レベル、栄養レベル、温度、圧力、光、金属、その他の化学物質およびその他の環境刺激からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
（a）ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合およびRNAの転写から転写境界を得る工程；
（b）RNA分子の5'末端配列を各転写境界に対応付ける工程；ならびに
（c）オープンリーディングフレームを各転写境界に対応付ける工程
をさらに含み、それにより該標的生物についてゲノム規模でモジュール単位を同定する、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
（a）RNA発現レベルのDNAゲノム配列中の変化点を決定する工程；
（b）変化点に基づきモジュール単位を転写単位に結びつける工程；
（c）該結びつけたモジュール単位中のリードモジュール単位についてのTSSデータを用いて転写単位のスタート点を決定する工程；および
（d）該培養条件下の転写単位のスタート点および末端を定めるために、（a）〜（c）を用いる工程
をさらに含み、それにより、ある培養条件下の該標的生物についてゲノム規模で転写単位を決定する、請求項11記載の方法。
【請求項１４】
生物全体の環境下で培養条件特異的な様式でタンパク質を産生するように機能する、調整可能なプロモーターを設計する方法であって、
（a）同じ遺伝子を含むが異なるスタート部位を含む複数の転写単位を同定する工程；
（b）培養条件特異的な様式で使用されるスタート部位特徴に基づき該転写単位の1つを選択する工程；
（c）スタート部位自体およびUTR配列およびそれに伴う調節機能に基づき該スタート部位特徴を選択する工程
を含み、それにより、選択された培養条件下で特定のタンパク質を産生するために標的遺伝子を発現する、前記方法。
【請求項１５】
タンパク質が、選択された細胞培養条件下で産生されることが望まれる転写単位のモジュール単位中に導入された異種タンパク質である、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
特定の特徴のUTRが、所望のモジュール単位中の遺伝子の上流に、選択された細胞培養条件下でコードタンパク質が産生されるように導入される、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
（a）標的生物のメタ構造由来のTSSおよび5'UTR；および
（b）検出可能なタンパク質産物を産生するレポーター遺伝子
によって規定される複数の異なるプラスミドを含む、転写単位中のタンパク質の発現レベルを特定するためのレポーターベクターのライブラリー。
【請求項１８】
ライブラリー中の特定のプラスミドを有する株の単離およびクローニングを可能にするために、選択可能なマーカー遺伝子が導入される、請求項17記載のライブラリー。
【請求項１９】
プラスミド上に構成される各選択された転写単位中に異なるレポーター遺伝子が存在する、請求項17記載のライブラリー。
【請求項２０】
レポーター遺伝子がGFPである、請求項17記載のライブラリー。
【請求項２１】
大腸菌K-12派生物MG1655のためのライブラリー。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
別の態様では、本発明は、TU中のタンパク質の発現レベルを特定するためのレポーターベクターのライブラリーを提供する。ライブラリーは、当該標的生物のメタ構造由来のTSSおよび5'UTR、ならびに、検出可能なタンパク質産物を産生するレポーター遺伝子により規定される複数の異なるプラスミドを含む。一態様において、ライブラリー中の特定のプラスミドを抱える株の単離およびクローニングを可能にするために、選択可能なマーカー遺伝子が導入される。別の態様では、プラスミド上に構成される各選択された転写単位中に異なるレポーター遺伝子がある。
[本発明1001]
（a）標的生物の全ゲノム配列を得る工程；
（b）該生物よりゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合を得る工程；
（c）該生物よりRNAの転写を得る工程；
（d）該生物よりRNA分子の5'末端配列を得る工程；
（e）該生物より単離された総タンパク質からプロテオミクスデータを得る工程；
（f）該生物の一連の培養条件下で、（b）から（e）に記載のデータを得る工程；および
（g）該標的生物のためのメタ構造を組み立てるために、（a）のDNA配列上に（f）に記載のデータセットを反復的にマッピングする工程
を含む、標的生物のためのメタ構造を組み立てる方法。
[本発明1002]
標的生物が細菌生物である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
標的生物が古細菌生物である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合が、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降により得られる、本発明1001の方法。
[本発明1005]
ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合が、免疫沈降されたDNAのディープシークエンシングにより得られる、本発明1001の方法。
[本発明1006]
RNAの転写が、タイル状発現アレイを用いて得られる、本発明1001の方法。
[本発明1007]
RNAの転写が、単離されたRNAのディープシークエンシングを用いて得られる、本発明1001の方法。
[本発明1008]
RNA分子の5'末端配列がRNAのディープシークエンシングにより得られる、本発明1001の方法。
[本発明1009]
総タンパク質からのプロテオミクスデータが質量分析により得られる、本発明1001の方法。
[本発明1010]
オープンリーディングフレームの一覧が前記プロテオミクスデータから得られる、本発明1001の方法。
[本発明1011]
培養条件が、酸素レベル、栄養レベル、温度、圧力、光、金属、その他の化学物質およびその他の環境刺激からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
（a）ゲノム全域にわたるRNAポリメラーゼの結合およびRNAの転写から転写境界を得る工程；
（b）RNA分子の5'末端配列を各転写境界に対応付ける工程；ならびに
（c）オープンリーディングフレームを各転写境界に対応付ける工程
をさらに含み、それにより該標的生物についてゲノム規模でモジュール単位を同定する、本発明1001の方法。
[本発明1013]
（a）RNA発現レベルのDNAゲノム配列中の変化点を決定する工程；
（b）変化点に基づきモジュール単位を転写単位に結びつける工程；
（c）該結びつけたモジュール単位中のリードモジュール単位についてのTSSデータを用いて転写単位のスタート点を決定する工程；および
（d）該培養条件下の転写単位のスタート点および末端を定めるために、（a）〜（c）を用いる工程
をさらに含み、それにより、ある培養条件下の該標的生物についてゲノム規模で転写単位を決定する、本発明1011の方法。