【手続補正書】
【提出日】平成24年3月9日(2012.3.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
中型星状神経細胞、コリン作動性ニューロンまたは小脳細胞に由来するｍＲＮＡのプロファイルを特定する方法であって、
（ａ）前記中型星状神経細胞、前記コリン作動性ニューロンまたは前記小脳細胞で選択的に発現される遺伝子の調節領域により発現が制御されるタグ化リボソームタンパク質を非ヒト生物中で発現させる工程と、
（ｂ）ｍＲＮＡに付随している前記タグ化リボソームタンパク質を含む少なくとも１つの複合体を単離する工程と
（ｃ）前記少なくとも１つの複合体中の前記ｍＲＮＡを特定することにより、前記中型星状神経細胞、前記コリン作動性ニューロンまたは前記小脳細胞に由来するｍＲＮＡの前記プロファイルを特定する工程と、
を含む方法。
【請求項２】
前記ＲＮＡが、参照試料と比較して、前記中型星状神経細胞、前記コリン作動性ニューロンまたは前記小脳細胞において差次的に発現される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記調節領域が、線条体黒質ニューロン、線条体淡蒼球ニューロン、脳幹運動ニューロン、脊髄運動ニューロン、上位運動ニューロン、内側手綱のコリン作動性ニューロン、プルキンエ細胞、ベルクマングリア、介在ニューロン、星状細胞またはかご細胞で選択的に発現される遺伝子の調節領域である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記調節領域が、Ｄｒｄ１ａ遺伝子座、Ｄｒｄ２遺伝子座、コリンアセチルトランスフェラーゼ（Ｃｈａｔ）遺伝子座、Ｐｃｐ２遺伝子座、Ｌｙｐｄ６遺伝子座、プレプロノシセプチン（Ｐｎｏｃ）遺伝子座またはＳｅｐｔｉｎ４遺伝子座に由来する調節配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記発現が、細菌人工染色体を非ヒト生物に導入する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記中型星状神経細胞、前記コリン作動性ニューロンまたは前記小脳細胞が、パーキンソン病、依存症、注意欠陥過活動性障害、統合失調症、ハンチントン病又は運動失調症のいずれか１つから選択される疾患又は障害に関連している、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記リボソームタンパク質がＬ１０ａである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記リボソームタンパク質が検出可能なタグを含む、請求項１または７に記載の方法。
【請求項９】
前記検出可能なタグがｅＧＦＰである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ｍＲＮＡの前記プロファイルが、表１３、表１７、表１８、表１９または表２０に列挙されているいずれか１つ以上の遺伝子由来のｍＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ｍＲＮＡの前記プロファイルが、Ｇｐｒ６、Ｈｔｒ３ａ、Ｈｔｒａ３、Ｇｐｒ８８、Ｓｖ２Ｃ、Ａｄｒａ２ｃ、Ｈｒｈ２、Ｏｐｒｄ１、ＴｒｈｒまたはＵｔｓ２に由来するｍＲＮＡを含む、請求項１または１０に記載の方法。
【請求項１２】
リボソームタンパク質及び検出可能なタグを含む融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む組換えベクターを含むキットであって、該ヌクレオチド配列は、中型星状神経細胞、コリン作動性ニューロンまたは小脳細胞において選択的に発現される遺伝子の調節領域をコードするヌクレオチド配列に作用可能に連結されている、キット。
【請求項１３】
前記検出可能なタグがｅＧＦＰであるかまたは前記リボソームタンパク質がＬ１０ａである、請求項１２に記載のキット。
【請求項１４】
中型星状神経細胞、コリン作動性ニューロンまたは小脳細胞において選択的に発現される遺伝子の前記調節領域をコードする前記ヌクレオチド配列が、前記中型星状神経細胞、前記コリン作動性ニューロンまたは前記小脳細胞において選択的に発現される前記遺伝子の５’又は３’非翻訳配列を含む、請求項１２に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明は、内因性調節領域に作用可能に連結されたリボソームタンパク質及び検出可能なタグをコードする核酸配列を発現するように遺伝子操作された組換えベクターを含む、本明細書中に記載の方法を実施するのに有用なキットも提供する。
本発明の特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
同時制御された遺伝子セットを特定する方法であって、
（ａ）髄鞘形成に関連する遺伝子を発現する複数の細胞タイプの翻訳プロファイルを決定する工程、
（ｂ）前記翻訳プロファイルを比較して、どの追加的遺伝子が同様に制御されるかを決定し、それにより髄鞘形成に関与する同時制御された遺伝子セットを特定する工程を含む方法。
（項目２）
髄鞘形成と関連する前記遺伝子がＭｂｐである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記遺伝子セットが、Ｐｌｐ１、Ｃｎｐ、Ｍｏｇ、Ｍａｌ、及びＭｏｂｐからなる群から選択される少なくとも２つの遺伝子を含む、項目１にｓ記載の方法。
（項目４）
表９に列挙されている少なくとも２つの遺伝子を含む、髄鞘形成に関与する同時制御された遺伝子セット。
（項目５）
Ｐｌｐ１、Ｃｎｐ、Ｍｏｇ、Ｍａｌ、又はＭｏｂｐの少なくとも１つを含む、項目４に記載の遺伝子セット。
（項目６）
全組織マイクロアレイ技術では検出不能である、細胞タイプで富化された１つ又は複数の遺伝子を検出する方法であって、
（ａ）細胞タイプについての翻訳プロファイルを評価する工程と、
（ｂ）前記翻訳プロファイルを全組織マイクロアレイの結果と比較する工程と、
（ｃ）前記全組織マイクロアレイの前記結果に存在しない、前記翻訳プロファイル中の１つ又は複数の遺伝子の存在を決定する工程を含み、
それにより前記全組織マイクロアレイ技術では検出不能である、細胞タイプで富化された１つ又は複数の遺伝子を検出する方法。
（項目７）
前記細胞タイプにおいて富化された前記遺伝子の２０％、３０％、又は４０％超が、前記全組織マイクロアレイ技術で検出不能である、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記細胞タイプが、線条体細胞、小脳細胞、皮質細胞、視床下部細胞、海馬細胞、脳幹細胞、及び脊髄細胞からなる群から選択される、項目６に記載の方法。
（項目９）
前記翻訳プロファイルの評価がマイクロアレイの使用を伴う、項目６に記載の方法。
（項目１０）
中型星状神経細胞で富化されたｍＲＮＡを特定する方法であって、
（ａ）中型星状神経細胞で発現される遺伝子に特異的な調節領域により制御されるリボソームタンパク質を生物中で発現させる工程と、
（ｂ）ｍＲＮＡに付随している前記リボソームタンパク質を含む複合体を単離する工程と
（ｃ）前記複合体中のｍＲＮＡを特定する工程と、
（ｄ）前記ｍＲＮＡを、参照試料から特定されたｍＲＮＡと比較する工程とを含む方法。
（項目１１）
前記中型星状神経細胞で富化されたｍＲＮＡが差次的に発現される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記調節領域が、線条体黒質ニューロンで発現される遺伝子に特異的である、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記調節領域が、線条体淡蒼球ニューロンで発現される遺伝子に特異的である、項目１０に記載の方法。
（項目１４）
前記発現が、細菌人工染色体により媒介される、項目１０に記載の方法。
（項目１５）
前記調節領域が、Ｄｒｄ１ａ又はＤｒｄ２遺伝子座に由来する調節配列を含む、項目１０に記載の方法。
（項目１６）
前記発現が、細菌人工染色体を生物に導入する工程を含む、項目１０に記載の方法。
（項目１７）
前記中型星状神経細胞が、疾患又は障害に関連している、項目１０に記載の方法。
（項目１８）
前記疾患又は障害が、パーキンソン病、依存症、注意欠陥過活動性障害、又はハンチントン病のいずれか１つである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記方法が、前記疾患又は障害を治療するための候補となる標的選択の誘導に使用される、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
前記リボソームタンパク質がＬ１０ａである、項目１０に記載の方法。
（項目２１）
前記リボソームタンパク質がｍＲＮＡと直接的に結合しない、項目１０に記載のの方法。
（項目２２）
検出可能なタグを発現する工程をさらに含む項目１０に記載の方法。
（項目２３）
前記検出可能なタグがｅＧＦＰである、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記単離する工程が架橋試薬を用いずに実施される、項目１０に記載の方法。
（項目２５）
小分子、薬物、抗体、ハイブリッド抗体、抗体断片、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、アプタマー、タンパク質、又はペプチドを前記神経細胞に投与する工程をさらに含む項目１０に記載の方法。
（項目２６）
前記薬物がコカインである、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記ｍＲＮＡが、マイクロアレイにさらに配置されている、項目１０に記載の方法。
（項目２８）
前記調節領域が、Ｄｒｄ１ａ遺伝子座に由来する調節配列を含む、項目１０に記載の方法。
（項目２９）
翻訳プロファイルが、Ｔａｃ１、Ｐｄｙｎ、Ｓｌｃ３５ｄ３、Ｚｆｐ５２１、Ｅｂｆ１、Ｓｔｍｎ２、Ｇｎｂ４、Ｎｒｘｎ１、Ｅｙａ１、Ｉｓｌ１、Ｇｎｇ２、又はＣｒｙｍを含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
運動ニューロンで富化されたｍＲＮＡを特定する方法であって、
（ａ）運動ニューロンで発現される遺伝子に特異的な調節領域により制御されるリボソームタンパク質を生物中で発現させる工程と、
（ｂ）ｍＲＮＡに付随している前記リボソームタンパク質を含む複合体を単離する工程
と
（ｃ）前記複合体中の前記ｍＲＮＡを特定する工程と、
（ｄ）前記ｍＲＮＡを、参照試料から特定されたｍＲＮＡと比較する工程とを含む方法。
（項目３１）
調節領域が、コリンアセチルトランスフェラーゼ（Ｃｈａｔ）遺伝子座に由来する調節配列を含む、項目１６に記載の方法。
（項目３２）
運動ニューロンが脳幹運動ニューロンである、項目１６に記載の方法。
（項目３３）
運動ニューロンが脊髄運動ニューロンである、項目１６に記載の方法。
（項目３４）
運動ニューロンが上位運動ニューロンである、項目１６に記載の方法。
（項目３５）
富化されたｍＲＮＡが、表１９に列挙されているｍＲＮＡの１つ又は複数を含む、項目１６に記載の方法。
（項目３６）
小脳細胞の翻訳プロファイルを評価するための方法であって、
（ａ）小脳遺伝子に特異的な調節領域により制御されるリボソームタンパク質を前記細胞中で発現させる工程と、
（ｂ）ｍＲＮＡに付随している前記リボソームタンパク質を含む少なくとも１つの複合体を前記細胞から単離する工程と、
（ｃ）前記複合体に由来する前記ｍＲＮＡを特定し、それにより翻訳プロファイルを生成する工程を含む方法。
（項目３７）
前記発現させる工程が、細胞又は生物を細菌人工染色体で形質導入する工程を含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記小脳細胞が、疾患又は障害を伴っている、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
前記疾患又は障害が運動失調症である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記方法が、前記疾患又は障害を治療するための候補となる標的選択の誘導に使用される、項目３８に記載の方法。
（項目４１）
前記リボソームタンパク質がＬ１０ａである、項目３６に記載の方法。
（項目４２）
前記リボソームタンパク質がｍＲＮＡと直接的に結合しない、項目３６に記載の方法。
（項目４３）
検出可能なタグを発現する工程をさらに含む項目３６に記載の方法。
（項目４４）
前記検出可能なタグがｅＧＦＰである、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記単離する工程が架橋試薬を用いずに実施される、項目３６に記載の方法。
（項目４６）
前記小脳細胞がプルキンエ細胞である、項目３６に記載の方法。
（項目４７）
前記小脳細胞がベルクマングリアである、項目３６に記載の方法。
（項目４８）
小分子、薬物、抗体、ハイブリッド抗体、抗体断片、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、アプタマー、タンパク質、又はペプチドをニューロンに投与する工程をさらに含む項目３６に記載の方法。
（項目４９）
前記ｍＲＮＡが、マイクロアレイにさらに配置されている、項目３６に記載の方法。
（項目５０）
前記調節領域が、Ｐｃｐ２遺伝子座に由来する調節配列を含む、項目３６に記載の方法。
（項目５１）
翻訳プロファイルが、表２２に列挙されている任意の１つ又は複数の遺伝子を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記調節領域が、Ｓｅｐｔｉｎ４遺伝子座に由来する調節配列を含む、項目３６に記載の方法。
（項目５３）
翻訳プロファイルが、表２３に列挙されている任意の１つ又は複数の遺伝子を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
内因性調節領域に作用可能に連結されたリボソームタンパク質及び検出可能なタグをコードする核酸配列を発現するように遺伝子操作された組換えベクターを含むキット。
（項目５５）
前記検出可能なタグがｅＧＦＰである、項目５４に記載のキット。
（項目５６）
前記リボソームタンパク質がＬ１０ａである、項目５４に記載のキット。
（項目５７）
前記リボソームタンパク質が、前記検出可能なタグとインフレームで融合されている、項目５４に記載のキット。
（項目５８）
前記組換えベクターが細菌人工染色体である、項目５４に記載のキット。
（項目５９）
前記内因性調節領域が、目的遺伝子の５’及び／又は３’非翻訳配列を含む、項目５４に記載のキット。
（項目６０）
前記目的遺伝子が、線条体細胞、小脳細胞、皮質細胞、視床下部細胞、海馬細胞、脳幹細胞、及び脊髄細胞からなる群から選択される細胞で発現される、項目５９に記載のキット。