【手続補正書】
【提出日】平成25年5月17日(2013.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象において未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）に関連する癌を診断する方法であって、前記対象由来の組織サンプルにおいて、核酸増幅プロセスを行うこと、並びに前記組織サンプル中の野生型ＡＬＫ及びＡＬＫキナーゼドメインに関連する核酸の存在を検出するかまたはその量を測定することを含む、前記方法。
【請求項２】
前記核酸核酸増幅プロセスが、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）又はリアルタイムＰＣＲである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＲＴ−ＰＣＲ又はリアルタイムＰＣＲ反応が、野生型ＡＬＫに特異的にハイブリダイズする順方向及び逆方向プライマー対、並びに野生型ＡＬＫキナーゼドメイン配列に特異的にハイブリダイズする順方向及び逆方向プライマー対を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの逆方向プライマーは、配列番号７、配列番号３２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号５８又は配列番号６６である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１つの順方向プライマーは、配列番号２、配列番号６、配列番号３１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５４、配列番号５５、配列番号６５又は配列番号６７を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも１つの順方向プライマーは、野生型ＡＬＫの細胞外領域にハイブリダイズする、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記順方向プライマーが、配列番号２、配列番号３１、配列番号３３、配列番号５４、配列番号５５又は配列番号６５である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ＲＴ−ＰＣＲ又はリアルタイムＰＣＲ反応が、ＡＬＫキナーゼドメインに特異的にハイブリダイズすることができる順方向プライマーを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記順方向プライマーが、配列番号６、配列番号４５、配列番号４８又は配列番号６７である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記癌は、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、食道扁平上皮癌、未分化大細胞リンパ腫、神経芽細胞腫、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、悪性組織球増殖症、および神経膠芽腫からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記癌は、Ｖ４７６Ａ、Ｍ１１６６Ｒ、Ａ１１６８Ｐ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｆ１１７４Ｉ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｒ１１９２Ｐ、Ｆ１２４５Ｃ、Ｆ１２４５Ｖ、Ｆ１２４５Ｌ、Ｆ１２４５Ｉ、Ｉ１２５０Ｔ、およびＲ１２７５Ｑからなる群から選択される、１つ以上のＡＬＫに関連する点突然変異を有する神経芽細胞腫である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記癌は、Ｒ４０１Ｑ、Ａ１１６８Ｐ、およびＶ７５７Ｍからなる群から選択される、１つ以上のＡＬＫに関連する点突然変異を有する結腸直腸癌である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記癌は、ＡＬＫに関連する点突然変異を有し、前記点突然変異はＬ５６０Ｆである、乳癌である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌は、ＡＬＫに関連する点突然変異を有し、前記点突然変異はＡ８７７Ｓである、卵巣癌である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
対象由来の組織サンプル中のＡＬＫキナーゼの調節不全の存在を検出する方法であって、野生型ＡＬＫの有無を検出することと、ＡＬＫのキナーゼドメインの有無を検出することとを含む、前記方法。
【請求項１６】
前記癌は、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、食道扁平上皮癌、未分化大細胞リンパ腫、神経芽細胞腫、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、悪性組織球増殖症、および神経膠芽腫からなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記癌は、Ｖ４７６Ａ、Ｍ１１６６Ｒ、Ａ１１６８Ｐ、Ｉ１１７１Ｎ、Ｆ１１７４Ｉ、Ｆ１１７４Ｌ、Ｒ１１９２Ｐ、Ｆ１２４５Ｃ、Ｆ１２４５Ｖ、Ｆ１２４５Ｌ、Ｆ１２４５Ｉ、Ｉ１２５０Ｔ、およびＲ１２７５Ｑからなる群から選択される、１つ以上のＡＬＫに関連する点突然変異を有する神経芽細胞腫である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記癌は、Ｒ４０１Ｑ、Ａ１１６８Ｐ、およびＶ７５７Ｍからなる群から選択される、１つ以上のＡＬＫに関連する点突然変異を有する結腸直腸癌である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記癌は、ＡＬＫに関連する点突然変異を有し、前記点突然変異はＬ５６０Ｆである、乳癌である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌は、ＡＬＫに関連する点突然変異を有し、前記点突然変異はＡ８７７Ｓである、卵巣癌である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＡＬＫポリヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、ＲＴ−ＰＣＲまたはリアルタイムＰＣＲによって検出される、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＲＴ−ＰＣＲ反応またはリアルタイムＰＣＲは、１つ以上のＡＬＫ配列に特異的にハイブリダイズすることができる逆方向プライマー、および野生型ＡＬＫ配列に特異的にハイブリダイズすることができる少なくとも１つ以上の順方向プライマーを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記逆方向プライマーは、配列番号７、配列番号３２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５７、配列番号５８又は配列番号６６である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つ以上の順方向プライマーは、配列番号２、配列番号６、配列番号３１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５４、配列番号５５、配列番号６５又は配列番号６７を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＴ−ＰＣＲ反応またはリアルタイムＰＣＲは、野生型ＡＬＫの細胞外領域に特異的にハイブリダイズすることができる順方向および逆方向プライマーを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記順方向プライマーが、配列番号２、配列番号３１、配列番号３３、配列番号５４、配列番号５５又は配列番号６５である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＲＴ−ＰＣＲ反応またはリアルタイムＰＣＲ反応は、ＡＬＫキナーゼドメインに特異的にハイブリダイズすることができる順方向プライマーの使用を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２８】
前記順方向プライマーが、配列番号６、配列番号４５、配列番号４８又は配列番号６７である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
対象においてＡＬＫに関連する癌を阻害する薬剤をスクリーニングする方法であって、  ａ）ＡＬＫに関連する癌に罹患している対象から組織サンプルを得ることと、
ｂ）前記組織サンプルを薬剤に接触させることと、
ｃ）前記組織サンプルからｍＲＮＡを抽出することと、
ｄ）前記組織サンプルからの前記ｍＲＮＡに対してＲＴ−ＰＣＲ反応を行うことと、を含み、
前記ＲＴ−ＰＣＲ反応は、１つ以上のＡＬＫ配列に特異的にハイブリダイズすることができる逆方向プライマーと、少なくとも１つの順方向プライマーと、を含み、未処理の対照に対する増幅産物の量の減少は、薬剤がＡＬＫに関連する癌を阻害することができることを示唆する、方法。
【請求項３０】
ＡＬＫに関連する癌を診断するためのキットであって、（ａ）第１の検出試薬で標識された第１のプライマーであって、前記第１のプライマーは、逆方向プライマーであり、前記逆方向プライマーは、配列番号１またはその補体のアミノ酸配列をコードする第１のポリヌクレオチドにハイブリダイズする１つ以上のポリヌクレオチドである、第１のプライマーと、（ｂ）少なくとも１つの第２のプライマーであって、前記第２のプライマーは、順方向プライマーであり、前記順方向プライマーは、野生型ＡＬＫをコードする第２のポリヌクレオチドにハイブリダイズする１つ以上のポリヌクレオチドである、第２のプライマーと、を含む、キット。
【請求項３１】
前記逆方向プライマーは、配列番号７、配列番号３２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８又は配列番号６６である、請求項３０に記載のキット。
【請求項３２】
前記順方向プライマーは、配列番号２、配列番号６、配列番号３１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５４、配列番号５５、配列番号６５又は配列番号６７を含む、請求項３０に記載のキット。
【請求項３３】
前記順方向プライマーは、野生型ＡＬＫの細胞外領域に特異的にハイブリダイズする、請求項３２に記載のキット。
【請求項３４】
前記順方向プライマーが、配列番号２、配列番号３１、配列番号３３、配列番号５４、配列番号５５又は配列番号６５である、請求項３３に記載のキット。
【請求項３５】
前記順方向プライマーは、前記ＡＬＫキナーゼドメインに特異的にハイブリダイズする、請求項３２に記載のキット。
【請求項３６】
前記順方向プライマーが、配列番号６、配列番号４５、配列番号４８又は配列番号６７である、請求項３５に記載のキット。
【請求項３７】
第二番目の順方向及び逆方向プライマーを更に含む、請求項３０に記載のキット。
【請求項３８】
第一番目の順方向及び逆方向プライマーは、野生型ＡＬＫのキナーゼドメインに特異的にハイブリダイズし、前記第二番目の順方向及び逆方向プライマーは、野生型ＡＬＫに特異的にハイブリダイズする、請求項３７に記載のキット。
【請求項３９】
対照プライマー対をさらに含む、請求項３０に記載のキット。
【請求項４０】
前記対照プライマー対は、ＣＯＸ５Ｂに特異的にハイブリダイズする、請求項３９に記載のキット。
【請求項４１】
前記第１および第２のプライマーは、それぞれ、第１および第２の検出試薬で標識される、請求項３０に記載のキット。