【手続補正書】
【提出日】平成23年12月9日(2011.12.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式IIの構造を有する化合物であって，
【化１８４】
2011506673.tif 000001
Fは，下記式の構造を有する部位であり，
【化１８５】
2011506673.tif 000002
Z-は，正電荷又は負電荷の対イオンであり，
Yは，F及びΨ間で電子消失しうる架橋単位であり，
Ψは，下記構造の１つを有する部位であって，
【化１８６】
2011506673.tif 000003
X1及びX4は，独立に下記であり，
【化１８７】
2011506673.tif 000004
X2及びX3は，独立に下記であり，
【化１８８】
2011506673.tif 000005
a及びbは，独立に０，１，２又は３であり，
b'は，０，１又は２であり，
Ψが式1であり，前記化合物の最大吸収波長が660nmより小さい場合，R5及びR6は，各々独立に(R)p-(L)q-で，R5及びR6は，置換環を形成するように結合せず，
R1，R2，R3，R4，R5及びR6は，各々独立に(R)p-(L)q-であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，アリール基，アルキルアミノ基，ジアルキルアミノ基，アルコキシ基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，ホスホン酸基，スルホニル基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
各(R)p-(L)q-のpは，各々独立に約１〜約２０の範囲の整数であり，
R1又はR2の各(R)p-(L)q-のqは，各々独立に０〜約２０の範囲の整数であり，
R3，R4，R5，R6又はR7の各(R)p-(L)q-のqは，各々独立に１〜約２０の範囲の整数であり，
cは０又は１であり，
dは０又は１であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRの少なくとも１つは，反応性部位であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRの少なくとも１つは，水溶性高分子であり，前記水溶性高分子は，約800〜約3000の範囲の分子量を有するポリアルキレンオキシドである，化合物。
【請求項２】
前記化合物は，約660nm以上，好ましくは，約660〜約1250nm（端部を含む）の最大吸収を有する，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３】
Rの少なくとも１つは，スルホン酸基である，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項４】
Yは，少なくとも５つの炭素を含む，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項５】
前記水溶性高分子が，ポリエチレングリコールを含む，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項６】
前記少なくとも２つの水溶性高分子基，好ましくは，２つのポリエチレングリコール基，が存在する，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項７】
少なくとも二つの隣接するR1及び／又は二つの隣接するR2が存在する場合，前記二つの隣接するR1及び／又は二つの隣接するR2は，１以上の(R)p-(L)q-により置換されない又は置換された六員環を形成するように結合し，好ましくは前記環が芳香族である，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項８】
Yが下記であって，
【化１８９】
2011506673.tif 000006
Cが存在する場合，Cは，五員環基又は六員環基であり，
R7は，(R)p-(L)q-であり，
各(R)p-(L)q-のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，アリール基，アルキルアミノ基，ジアルキルアミノ基，アルコキシ基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
pは，各々独立に約１〜約２０の範囲の整数であり，
qは，各々独立に１〜約２０の範囲の整数である，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項９】
(i)R1及びR2のRの少なくとも１つは，荷電部位である；あるいは
(ii)R1及びR2のRの少なくとも１つが，スルホン酸基又はホスホン酸基を含む；あるいは
(iii)R1及びR2の各Rが，スルホン酸基又はホスホン酸基を含む；あるいは
(iv)X2及びX3が，独立に下記
【化１９０】
2011506673.tif 000007
又は
【化１９１】
2011506673.tif 000008
である，
前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１０】
二つの隣接する(R1)a及び結合している環A又は環B中の原子が，炭素環，好ましくは芳香族環を形成するように結合している，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１１】
前記化合物が，下記式を有する化合物である；
【化１９２】
2011506673.tif 000009
あるいは，
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９３】
2011506673.tif 000010
Cが１であり，dが１であり，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である；
あるいは，
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９４】
2011506673.tif 000011
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である；
あるいは，
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９５】
2011506673.tif 000012
Cが１であり，dが１であり，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である；
あるいは，
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９６】
2011506673.tif 000013
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である；
あるいは，
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９７】
2011506673.tif 000014
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である，
前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１２】
前記化合物が，下記である前記請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【化１９８】
2011506673.tif 000015
【化１９９】
2011506673.tif 000016
【請求項１３】
i)前記請求項のいずれか一項に記載の化合物，
ii)緩衝剤，
iii)接合生成物を精製する材料又は装置，
iv)前記化合物の使用を説明する使用説明書，
を含むキット。
【請求項１４】
前記請求項のいずれか一項に記載した式の構造を有する標識を含む生体分子，好ましくは，ポリヌクレオチド又はポリペプチドであって，前記式の前記少なくとも１つの反応性部位が，前記標識を前記生体分子に結合する反応を起こした生体分子。
【請求項１５】
前記請求項のいずれか一項に記載した式の構造を有する標識を含む免疫グロビンであって，前記式の前記少なくとも１つの反応性部位が，前記標識を前記免疫グロビンに結合する反応を起こし，前記免疫グロビンが，がん細胞上の抗原，好ましくはerb2と特異的に結合する抗体である免疫グロビン。
【請求項１６】
前記請求項のいずれか一項に記載の化合物と基質生体分子とを，前記化合物と前記基質生体分子間を架橋するのに十分な条件で，反応させる工程を備える標識生体分子，好ましくは，ポリペプチド，ポリヌクレオチド，炭化水素，脂質又はこれらの組合せ（前記ポリペプチドが抗体である場合を含む），の調製方法。
【請求項１７】
集団内で隣接細胞に関連した細胞を特異的に標識する，集団内の細胞を標識する方法であって，前記方法は，前記生体分子が細胞を表示する結合相手と結合する標的部位を含み，前記部位によって集団内の隣接細胞に関連した細胞を特異的に標識する，細胞を前記請求項のいずれか一項に記載の生体分子と接触させる工程を備え、任意に細胞をイメージングする工程をさらに供え，前記イメージング工程が，i)前記細胞へ励起波長を当てる工程と，ii)前記細胞から発光された蛍光を検出する工程と，を備える，方法。
【請求項１８】
蛍光性化合物によって標識されたポリペプチドであって，前記請求項のいずれか一項に記載の化合物である蛍光性化合物を欠く対応するポリペプチドの半減期よりも短くない血清半減期を示すポリペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０２】
【化２８】
2011506673.tif 000017
一部の実施形態において，各錯体が，635nm又は633nmで励起される。一部の実施形態において，各錯体が，同一のタンパク質濃度で存在する。
（参照による組み込み）
本明細書中で記載したすべての刊行物及び特許出願は，個々の刊行物及び特許出願それぞれを特に個別に指摘して参照することによって本明細書に組み込むのと同一の範囲まで参照することによって本明細書に組み込む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
式Ｉの化合物であって，
【化１７４】
2011506673.tif 000018
Fは，フルオロフォアであり，
Tは，１以上の化学結合で形成された結合部位であり，３以上の別個の部位と結合しており，前記結合部位が約１〜１００原子を含み，
m及びnは，独立に０〜２０の範囲の整数であり，
R1，R2及びR3は，各々独立に(R)p-(L)q-であって，
R1，R2及びR3のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
R1，R2及びR3のpは，各々１〜２０の範囲の整数であり，
R1，R2及びR3のqは，各々０〜２０の範囲の整数であり，
R1，R2及びR3のRは，各々独立に，
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基，ホスホン酸基又はスルホンアミド基，若しくは，
iv)-Hであって，少なくともR1，R2及びR3のR一つが反応基であり，少なくともR1，R2及びR3のR他の一つが水溶性高分子基である，式Ｉの化合物。
（項目２）
前記フルオロフォアが，キサンテン色素，クマリン色素，ピレン色素又はシアニン色素である項目１に記載の化合物。
（項目３）
前記フルオロフォアが，クマリン色素である項目１に記載の化合物。
（項目４）
前記フルオロフォアが，ピレン色素である項目１に記載の化合物。
（項目５）
前記フルオロフォアが，ローダミン色素である項目１に記載の化合物。
（項目６）
前記水溶性高分子が，ポリアルキレンオキシドである項目１に記載の化合物。
（項目７）
前記水溶性高分子が，ポリエチレンオキシドである項目１に記載の化合物。
（項目８）
前記水溶性高分子が，炭化水素である項目１に記載の化合物。
（項目９）
前記水溶性高分子が，ポリペプチドである項目１に記載の化合物。
（項目１０）
前記水溶性高分子が，約300Daより大きい分子量を有する項目１に記載の化合物。
（項目１１）
前記水溶性高分子が，約800Daより大きい分子量を有する項目１に記載の化合物。
（項目１２）
前記水溶性高分子が，約800Da〜約3000Daの範囲の分子量を有する項目１に記載の化合物。
（項目１３）
前記反応基が，アミノ，スルフヒドリル又はヒドロキシ求核剤と共有結合を形成する項目１に記載の化合物。
（項目１４）
前記反応基が，イソチオシアネート，イソシアネート，モノクロロトリアジン，ジクロロトリアジン，ハロゲン置換ピリジン，ハロゲン置換ジアジン，ホスホラミダイト，マレイミド，アジリジン，スルホニルハライド，酸ハロゲン化物，ヒドロキシスクシンイミジルエステル，ヒドロキシスルホスクシンイミジルエステル，テトラフルオロフェノールエステル，イミドエステル，ヒドラジン，アジドニトロフェニル，アジド，アルキン，3-(2-ピリジルジチオ)-プロピオンアミド，グリオキサール又はアルデヒドである項目１に
記載の化合物。
（項目１５）
前記化合物の最大蛍光励起波長が，約350〜約1200nmの範囲である項目１に記載の化合物。
（項目１６）
前記化合物の最大蛍光発光波長が，約360〜約1250nmの範囲である項目１に記載の化合物。
（項目１７）
前記フルオロフォアが，下記式のクマリンであって，
【化１７５】
2011506673.tif 000019
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfが，フルオロフォアと-(L)m-部位又は下記式の部位に結合している結合であって，
【化１７６】
2011506673.tif 000020
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfの残った部位が，各々独立に式(R)p-(L)q-であって，
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfのRが，各々独立に，
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基，ホスホン酸基又はスルホンアミド基，若しくは，
iv)-Hであり，
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfのLが各々１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfのpが各々独立に１〜２０の範囲の整数であり，
Ra，Rb，Rc，Rd，Re及びRfのqが各々独立に０〜２０の範囲の整数である，
項目１に記載の化合物。
（項目１８）
下記式が，
【化１７７】
2011506673.tif 000021
下記式を有する項目１７に記載の化合物。
【化１７８】
2011506673.tif 000022
（項目１９）
前記フルオロフォアが，１以上のスルホン酸基で置換されている項目１７に記載の化合物。
（項目２０）
前記フルオロフォアが下記式の化合物であって，
【化１７９】
2011506673.tif 000023
下記式がフルオロフォアと
【化１８０】
2011506673.tif 000024
-(L)m-部位又は下記式の部位に結合し，
【化１８１】
2011506673.tif 000025
R4，R5及びR6が，各々独立に(R)p-(L)q-であって，
R4，R5及びR6のRが，各々独立に，
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基，ホスホン酸基又はスルホンアミド基，若しくは，
iv)-Hであり，
R4，R5及びR6のLが，各々１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
R4，R5及びR6のpが，各々独立に１〜２０の範囲の整数であり，
R4，R5及びR6のqが，各々独立に０〜２０の範囲の整数であり，
a，b，及びcが，各々独立に０，１，２又は３である，項目１に記載の化合物。
（項目２１）
ｍが０であり，下記式が，
【化１８２】
2011506673.tif 000026
下記式を有する項目２０に記載の化合物。
【化１８３】
2011506673.tif 000027
（項目２２）
R1が，水溶性高分子基を含み，R2が，反応基を含む項目２１に記載の化合物。
（項目２３）
R1が，ポリエチレングリコールを含む項目２２に記載の化合物。
（項目２４）
R2が，N-ヒドロキシこはく酸イミド基を含む項目２２に記載の化合物。
（項目２５）
最大蛍光励起波長を有する化合物であって，前記化合物が，式IIの構造を有し，
【化１８４】
2011506673.tif 000028
Fは，下記式の構造を有する部位であり，
【化１８５】
2011506673.tif 000029
Z-は，対イオンであり，
Yは，F及びΨ間で電子消失しうる架橋単位であり，
Ψは，下記構造の１つを有する部位であって，
【化１８６】
2011506673.tif 000030
X1及びX4は，独立に下記であり，
【化１８７】
2011506673.tif 000031
X2及びX3は，独立に下記であり，
【化１８８】
2011506673.tif 000032
a及びbは，独立に０，１，２又は３であり，
b'は，０，１又は２であり，
Ψが式1であり，前記化合物の最大蛍光励起波長が660nmより小さい場合，R5及びR6は，各々独立に(R)p-(L)q-で，R5及びR6は，置換環を形成するように結合せず，
R1，R2，R3，R4，R5及びR6は，各々独立に(R)p-(L)q-であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，アリール基，アルキルアミノ基，ジアルキルアミノ基，アルコキシ基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
各(R)p-(L)q-のpは，各々独立に約１〜約２０の範囲の整数であり，
R1又はR2の各(R)p-(L)q-のqは，各々独立に０〜約２０の範囲の整数であり，
R3，R4，R5，R6又はR7の各(R)p-(L)q-のqは，各々独立に１〜約２０の範囲の整数であり，
cは０又は１であり，
dは０又は１であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRの少なくとも１つは，反応性部位であり，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のRの少なくとも１つは，水溶性高分子である，化合物。
（項目２６）
少なくとも二つの隣接するR1及び／又は二つの隣接するR2が存在する場合，前記二つの隣接するR1及び／又は二つの隣接するR2は，１以上の(R)p-(L)q-により置換されない又は置換された六員環を形成するように結合している項目２５に記載の化合物。
（項目２７）
前記二つの隣接するR1及び／又は二つの隣接するR2は，六員環を形成するように結合している場合、形成された環が芳香族である項目２６に記載の化合物。
（項目２８）
Ψが式1であり，前記化合物の最大蛍光励起波長が660nm以上である，又はΨが式1以外である場合，R5及びR6は，各々独立に(R)p-(L)q-，又はR5及びR6は，１以上の(R)p-(L)q-により置換されない又は置換された環状部位を形成するように結合している項目２５に記載の化合物。
（項目２９）
Yが下記であって，
【化１８９】
2011506673.tif 000033
Cが存在する場合，Cは，五員環基又は六員環基であり，
R7は，(R)p-(L)q-であり，
各(R)p-(L)q-のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，アリール基，アルキルアミノ基，ジアルキルアミノ基，アルコキシ基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホニル基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
前記化合物の各(R)p-(L)q-のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
pは，各々独立に約１〜約２０の範囲の整数であり，
qは，各々独立に１〜約２０の範囲の整数である，項目２５に記載の化合物。
（項目３０）
R1及びR2のRの少なくとも１つは，荷電部位である項目２５に記載の化合物。
（項目３１）
R1及びR2のRの少なくとも１つが，スルホン酸基又はホスホン酸基を含む項目２５に記載の化合物。
（項目３２）
R1及びR2の各Rが，スルホン酸基又はホスホン酸基を含む項目２５に記載の化合物。
（項目３３）
X2及びX3が，独立に下記である項目２５に記載の化合物。
【化１９０】
2011506673.tif 000034
（項目３４）
X2及びX3が，独立に下記である項目２５に記載の化合物。
【化１９１】
2011506673.tif 000035
（項目３５）
前記水溶性高分子が，ポリアルキレンオキシドである項目２５に記載の化合物。
（項目３６）
前記水溶性高分子が，ポリエチレンオキシドである項目２５に記載の化合物。
（項目３７）
前記水溶性高分子が，約300より大きい分子量を有する項目２５に記載の化合物。
（項目３８）
前記水溶性高分子が，約800より大きい分子量を有する項目２５に記載の化合物。
（項目３９）
前記水溶性高分子が，約800〜約3000の範囲の分子量を有する項目２５に記載の化合物。
（項目４０）
二つの隣接する(R1)a及び結合している環A中の原子が，炭素環を形成するように結合している項目２６に記載の化合物。
（項目４１）
前記炭素環が，芳香族である項目４０に記載の化合物。
（項目４２）
二つの隣接する(R2)b及び結合している環B中の原子が，炭素環を形成するように結合している項目２６に記載の化合物。
（項目４３）
前記炭素環が，芳香族である項目４２に記載の化合物。
（項目４４）
前記化合物が，下記式を有する項目２５に記載の化合物。
【化１９２】
2011506673.tif 000036
（項目４５）
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９３】
2011506673.tif 000037
Cが１であり，dが１であり，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である，項目２５に記載の化合物。
（項目４６）
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９４】
2011506673.tif 000038
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子である，項目２５に記載の化合物。
（項目４７）
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９５】
2011506673.tif 000039
Cが１であり，dが１であり，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3及びR4のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である，項目２５に記載の化合物。
（項目４８）
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９６】
2011506673.tif 000040
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子である，項目２５に記載の化合物。
（項目４９）
前記化合物が，下記式を有する化合物であって，
【化１９７】
2011506673.tif 000041
Cが１であり，dが１であり，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
R3，R4及びR5のRの少なくとも１つは，水溶性高分子である，項目２５に記載の化合物。
（項目５０）
前記化合物の最大蛍光励起波長が，約350〜約1200nmの範囲である項目２５に記載の化合物。
（項目５１）
前記化合物の最大蛍光発光波長が，約360〜約1250nmの範囲である項目２５に記載の化合物。
（項目５２）
前記水溶性高分子が，ポリアルキレンオキシドである項目２５に記載の化合物。
（項目５３）
前記水溶性高分子が，ポリエチレンオキシドである項目２５に記載の化合物。
（項目５４）
前記水溶性高分子が，炭化水素である項目２５に記載の化合物。
（項目５５）
前記水溶性高分子が，ポリペプチドである項目２５に記載の化合物。
（項目５６）
前記水溶性高分子が，約300より大きい分子量を有する項目２５に記載の化合物。
（項目５７）
前記水溶性高分子が，約800より大きい分子量を有する項目２５に記載の化合物。
（項目５８）
前記化合物が，下記である項目２５に記載の化合物。
【化１９８】
2011506673.tif 000042
【化１９９】
2011506673.tif 000043
（項目５９）
シアニン色素の最大蛍光励起波長が660nm以上である，反応基及び１以上の水溶性高分子基を含む置換シアニン色素。
（項目６０）
シアニン色素の最大吸収波長が660nm以上である，反応基及び１以上の水溶性高分子基を含む置換シアニン色素。
（項目６１）
前記色素が，非スピロ部位によって置換されている項目５９又は６０に記載の置換シアニン色素。
（項目６２）
結合剤が標的ポリペプチドに選択的に結合して錯体を形成し，該錯体の形成によって蛍光の信号雑音比が少なくとも100となる項目５９又は６０の置換シアニン色素で標識された結合剤。
（項目６３）
前記置換シアニン色素が，非スピロ置換基によって置換されている項目６２に記載の結合剤。
（項目６４）
前記結合剤が，ポリペプチドである項目６２に記載の結合剤。
（項目６５）
前記ポリペプチドが，抗体である項目６３に記載の結合剤。
（項目６６）
式IIIの化合物であって，
【化２００】
2011506673.tif 000044
Zが，-H，アルキル，-CF3，-CN又は下記式のラジカルであり，
【化２０１】
2011506673.tif 000045
X1が，=O，=NH2+又は=NR6R7+であり，
X2が，-OH，-NH2又は-NR8R9であり，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9は，各々独立に(R)p-(L)q-であり，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり，約１〜１００原子を含み，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のpは，各々独立に１〜２０の範囲の整数であり，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のqは，各々独立に０〜２０の範囲の整数であり，
a，b，c，d及びeは，各々独立に０，１，２，３又は４であり，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のRの少なくとも１つは，反応性部位であり
，
R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8及びR9のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である，化合物。
（項目６７）
R6，R7，R8及びR9の少なくとも１つが，１以上の(R)p-(L)q-により置換されない又は置換された5員環又は6員環を形成するように，隣接するR1又はR2及び隣接するR1又はR2が結合しているいずれかの環中の介在原子と結合可能である項目６６に記載の化合物。
（項目６８）
前記R6，R7，R8及びR9の少なくとも１つ及び隣接するR1又はR2が，5員環又は6員環を形成するように，結合可能である場合，前記環が不飽和である項目６７に記載の化合物。
（項目６９）
前記R6，R7，R8及びR9の少なくとも１つ及び隣接するR1又はR2が，5員環又は6員環を形成するように，結合可能である場合，前記環が飽和である項目６７に記載の化合物。
（項目７０）
X1が，=NH2+である項目６６に記載の化合物。
（項目７１）
X1が，=Oである項目６６に記載の化合物。
（項目７２）
X2が，-OHである項目６６に記載の化合物。
（項目７３）
X2が，-NH2である項目６６に記載の化合物。
（項目７４）
前記化合物の最大蛍光励起波長が，約450〜約750nmの範囲である項目６６に記載の化合物。
（項目７５）
前記化合物の最大蛍光発光波長が，約470〜約800nmの範囲である項目６６に記載の化合物。
（項目７６）
式Vの化合物であって，
【化２０２】
2011506673.tif 000046
R1，R2，R3及びR4は，各々独立に(R)p-(L)q-であり，
R1，R2，R3及びR4のRは，各々独立に
i)反応性基質と反応し共有結合を形成可能な反応基，
ii)水溶性高分子基，
iii)アルキル基，トリフルオロアルキル基，ハロゲン基，ホスホン酸基，スルホン酸基又はスルホンアミド基，
iv)-H，
R1，R2，R3及びR4のLは，各々独立に１以上の化学結合で形成された連結部位であり
，約１〜１００原子を含み，
R1，R2，R3及びR4のpは，各々独立に１〜２０の範囲の整数であり，
R1，R2，R3及びR4のqは，各々独立に０〜２０の範囲の整数であり，
a，b，c及びdは，各々独立に０，１，２又は３であり，
R1，R2，R3及びR4のRの少なくとも１つは，反応性部位であり，
R1，R2，R3及びR4のRの少なくとも１つは，水溶性高分子基である，化合物。
（項目７７）
i)項目１，２５，５９，６０，６６又は７６に記載の化合物，ii)緩衝剤，iii)接合生成物を精製する材料又は装置，iv)前記化合物の使用を説明する使用説明書，を含むキット。
（項目７８）
項目１，２５，５９，６０，６６又は７６に記載した式の構造を有する標識を含む生体分子であって，前記式の前記少なくとも１つの反応性部位が，前記標識を前記生体分子に結合する反応を起こした生体分子。
（項目７９）
前記生体分子が，ポリヌクレオチドを含む項目７８に記載した標識を含む生体分子。
（項目８０）
前記生体分子が，ポリペプチドを含む項目７８に記載した標識を含む生体分子。
（項目８１）
前記ポリペプチドが，更に抗原結合部位を含む項目８０に記載の生体分子。
（項目８２）
前記ポリペプチドが，完全免疫グロブリンである項目８０に記載の生体分子。
（項目８３）
前記ポリペプチドが，Fabフラグメントである項目８０に記載の生体分子。
（項目８４）
項目１，２５，５９，６０，６６又は７６に記載した式の構造を有する標識を含む免疫グロビンであって，前記式の前記少なくとも１つの反応性部位が，前記標識を前記免疫グロビンに結合する反応を起こし，前記免疫グロビンが，がん細胞上の抗原と特異的に結合する抗体である免疫グロビン。
（項目８５）
前記抗体が，erb2と結合する項目８４に記載の免疫グロビン。
（項目８６）
項目１，２５，５９，６０，６６又は７６に記載の化合物と基質生体分子とを，前記化合物と前記基質生体分子間を架橋するのに十分な条件で，反応させる工程を備える標識生体分子の調製方法。
（項目８７）
前記基質生体分子が，ポリペプチド，ポリヌクレオチド，炭化水素，脂質又はこれらの組合せである項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記基質生体分子が，ポリヌクレオチドである項目８７に記載の方法。
（項目８９）
集団内で隣接細胞に関連した細胞を特異的に標識する，集団内の細胞を標識する方法であって，前記方法は，前記生体分子が細胞を表示する結合相手と結合する標的部位を含み，前記部位によって集団内の隣接細胞に関連した細胞を特異的に標識する，細胞を項目７８に記載の生体分子と接触させる工程を備える方法。
（項目９０）
さらに細胞をイメージングする工程を供える方法であって，
前記イメージング工程が，
i)細胞へ励起波長を当てる工程と，
ii)細胞から発光された蛍光を検出する工程と，
を備える項目８９に記載の方法。
（項目９１）
インビトロで標識が起こる項目８９に記載の方法。
（項目９２）
インビボで標識が起こる項目８９に記載の方法。
（項目９３）
ポリアルキレンオキシド及び最大吸収波長が685nm以上であるフルオロフォアを含む蛍光性化合物によって標識された免疫グロブリン。
（項目９４）
ポリアルキレンオキシド及び最大吸収波長が750nm以上であるフルオロフォアを含む蛍光性化合物によって標識された免疫グロブリン。
（項目９５）
前記免疫グロビンが，前記蛍光性化合物との接合における標的への結合特異性を保持する項目９３又は９４に記載の免疫グロビン。
（項目９６）
前記免疫グロビンが，がん細胞上の抗原と特異的に結合する抗体である項目９５に記載の免疫グロビン。
（項目９７）
前記抗体が，erb2と結合する項目９６に記載の免疫グロビン。
（項目９８）
前記蛍光性化合物が，項目１，２５，５９，６０又は６６に記載の化合物である項目９３又は９４に記載の免疫グロビン。
（項目９９）
蛍光性化合物によって標識されたポリペプチドであって，項目１，２５，５９，６０，６６又７６に記載の化合物である蛍光性化合物を欠く対応するポリペプチドの半減期よりも短くない血清半減期を示すポリペプチド。
（項目１００）
前記ポリペプチド及び結合剤を含む錯体の形成工程を備えるポリペプチドの標識方法であって，前記結合剤が，項目１，２５，５９，６０，６６又は７６に記載した式の構造を有する蛍光標識を含み，前記式の前記少なくとも１つの反応性部位が，前記標識を前記結合剤に結合する反応を起こしたポリペプチドの標識方法。
（項目１０１）
前記結合剤が抗体である項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記錯体が，(a)  前記ポリペプチドと結合する一次抗体，及び，(b)二次抗体に対する結合能力を示して二次抗体として機能する結合剤を含む項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
標識が，固体基質上で起こる項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
ポリペプチドを細胞内で標識する項目１０２に記載の方法。
（項目１０５）
前記錯体が，約100より大きい信号雑音比を生成する方法であって，前記信号雑音比が，下記式によって算出される項目１０２に記載の方法。
(順次結合剤と結合する一次抗体によって結合したポリペプチドを含む錯体からの蛍光信号)/(ポリペプチド，アイソタイプ対照一次抗体及び結合剤の混合物からの蛍光信号)
（項目１０６）
前記錯体が，約250より大きい信号雑音比を生成する方法であって，前記信号雑音比が，下記式によって算出される項目１０２に記載の方法。
(順次結合剤と結合する一次抗体によって結合したポリペプチドを含む錯体からの蛍光信号)/(ポリペプチド，アイソタイプ対照一次抗体及び結合剤の混合物からの蛍光信号)
（項目１０７）
前記錯体が，約270より大きい信号雑音比を生成する方法であって，前記信号雑音比が，下記式によって算出される項目１０２に記載の方法。
(順次結合剤と結合する一次抗体によって結合したポリペプチドを含む錯体からの蛍光信号)/(ポリペプチド，アイソタイプ対照一次抗体及び結合剤の混合物からの蛍光信号)
（項目１０８）
前記錯体が，標識度がDyLight  680(登録商標)色素に匹敵する，同一の一次抗体及び同一の二次抗体により形成された錯体によって生成した全蛍光信号より少なくとも5%より大きい全蛍光信号を生成する項目１０２に記載の方法。
（項目１０９）
前記錯体が，標識度がCy5.5(登録商標)色素に匹敵する，同一の一次抗体及び同一の二次抗体により形成された錯体によって生成した全蛍光信号より少なくとも5%より大きい全蛍光信号を生成する項目１０２に記載の方法。
（項目１１０）
前記錯体が，標識度がAlexa  Fluor  680(登録商標)色素に匹敵する，同一の一次抗体及び同一の二次抗体により形成された錯体によって生成した全蛍光信号より少なくとも5%より大きい全蛍光信号を生成する項目１０２に記載の方法。
（項目１１１）
項目２５に記載した式の構造を有する前記標識が，下記構造を有する化合物である項目１０８，１０９，１１０のいずれか一項に記載の方法。
【化２０３】
2011506673.tif 000047
（項目１１２）
各錯体が，635nm又は633nmで励起される項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
各錯体が，同一タンパク質濃度で存在する項目１１１に記載の方法。