【手続補正書】
【提出日】平成25年5月16日(2013.5.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチド配列を含む単離した核酸であって、該ポリヌクレオチド配列は、配列番号２４３もしくは配列番号８９７またはその相補鎖と、少なくとも約７０％の配列同一性、または約８０％、または約８５％、または約９０％、または約９１％、または約９２％、または約９３％、または約９４％、または約９５％、または約９６％、または約９７％、または約９８％、または約９９％から約１００％の配列同一性を有する、核酸。
【請求項２】
前記核酸が、配列番号４のエキセンジン−４、配列番号６のｈＧＬＰ−１、配列番号８のヒトＧＬＰ−１、ならびに配列番号４、６、および８のいずれのアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそれらのアゴニストから選択されたグルコース調節ペプチド（ＧＰ）を含む融合タンパク質をコードし、ここで該ＧＰが、伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）に結合している、請求項１に記載の単離した核酸。
【請求項３】
前記融合タンパク質は、その必要がある対象に投与した場合に、該融合タンパク質が、前記ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと比較して低頻度で対象に投与された場合であっても、該ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと同等の治療効果を達成する、請求項２に記載の単離した核酸。
【請求項４】
前記ＧＰが、配列番号４のエキセンジン−４および配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそのアゴニストから選択される、請求項２に記載の単離した核酸。
【請求項５】
前記融合タンパク質が、配列番号８９６のポリペプチド配列を含む、請求項４に記載の単離した核酸。
【請求項６】
請求項１に記載のポリヌクレオチド配列を含む、発現ベクター。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチド配列が配列番号８９７を含む、請求項１に記載の核酸。
【請求項８】
対象におけるグルコース調節ペプチドに関連する状態を治療するための組成物であって、該組成物が、治療有効量の融合タンパク質を含み、該組成物が、該対象に投与されることを特徴とし、ここで、該投与が、対象への該投与後少なくとも約５０時間にわたって該対象の血漿中で検出可能なレベルの融合タンパク質をもたらし、ここで該融合タンパク質が、配列番号４のエキセンジン−４および配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそのアゴニストから選択されたグルコース調節ペプチド（ＧＰ）を含み、ここで該ＧＰが、少なくとも約２００アミノ酸残基の伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）に結合しており、ここで該ＸＴＥＮが、
（ａ）該ＸＴＥＮ配列が、表５から選択された同等の長さのアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を示す、少なくとも約２００の連続したアミノ酸を含み；
（ｂ）ＴＥＰＩＴＯＰＥアルゴリズムによって分析した場合に、該ＸＴＥＮ配列は予測されるＴ細胞エピトープを含まず、ここで、該ＸＴＥＮ配列中にあるエピトープについての該ＴＥＰＩＴＯＰＥアルゴリズムの予測は、−９又はそれを超えるスコアに基づいており；
（ｃ）１０未満の部分列スコアを有し；及び
（ｄ）グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グルタミン酸（Ｅ）及びプロリン（Ｐ）残基の総和が、該ＸＴＥＮの全アミノ酸残基の約９０％より多くを構成する、
ことを特徴とする、
組成物。
【請求項９】
前記投与が、前記対象への該投与の約１００時間、約１５０時間、約２００時間、約２５０時間または約３００時間後に該対象の血漿中に検出可能なレベルの融合タンパク質をもたらす、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記融合タンパク質が、前記対象への前記組成物の投与の少なくとも約１３９時間後の該対象における終末相半減期を有する、請求項８に記載の組成物。
【請求項１１】
前記融合タンパク質は、前記組成物が、前記ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと比較して低頻度で対象に投与された場合であっても、前記ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと同等の治療効果を達成する、請求項８に記載の組成物。
【請求項１２】
前記融合タンパク質は、前記組成物が、高血糖ｏｂ／ｏｂマウスに２日毎に１０ｍｇ／ｋｇで投与され、そして前記ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰが１０ｍｇ／ｋｇで一日２回投与された場合に、該ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと比較して同等のレベルの治療効果を示し、そして該治療効果が、該対象の体重の実質的増加がないことによって証明される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１３】
治療有効量の融合タンパク質を含む医薬組成物であって、該融合タンパク質は、配列番号４のエキセンジン−４および配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそのアゴニストから選択されたグルコース調節ペプチド（ＧＰ）および伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）を含み、ここで該医薬組成物は、該ＸＴＥＮを持たない対応するＧＰと比較して免疫原性がより低く、免疫原性は、対象へ同等の用量の投与の際に、生物学的に活性なタンパク質に選択的に結合するＩｇＧ抗体の産生を測定することにより確認される、医薬組成物。
【請求項１４】
前記融合タンパク質は、配列番号８９７と、少なくとも約７０％の配列同一性、または約８０％、または約８５％、または約９０％、または約９１％、または約９２％、または約９３％、または約９４％、または約９５％、または約９６％、または約９７％、または約９８％、または約９９％から約１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記治療有効量が、投与された融合タンパク質とＸＴＥＮをもたない対応するＧＰが同等の用量である場合に、該ＸＴＥＮをもたない対応するＧＰと比較して、少なくとも３倍長い融合タンパク質の治療ウィンドウをもたらす、請求項８〜１２および１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
前記グルコース調節ペプチドに関連する状態が、若年性糖尿病、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、肥満、急性低血糖、急性高血糖、夜間の低血糖、慢性高血糖、グルカゴン産生腫瘍、気道の分泌性疾患、関節炎、骨粗鬆症、中枢神経系疾患、再狭窄、神経変性疾患、腎不全、うっ血性心不全、ネフローゼ症候群、硬変、肺水腫、高血圧、脳卒中、過敏性腸症候群、心筋梗塞、急性冠症候群、術後の異化の変化、冬眠心筋、糖尿病性心筋症、尿のナトリウム排泄が不十分であること、尿のカリウム濃度の過剰、多嚢胞性卵巣症候群、呼吸促迫、腎症、左心室収縮不全、下痢、術後のダンピング症候群、重症疾患多発ニューロパチー（ＣＩＰＮ）、脂質代謝異常、虚血後の血流の再灌流から生じる器官組織損傷、及び冠動脈性心疾患危険因子（ＣＨＤＲＦ）症候群から選択される請求項８〜１２および１４〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
配列番号４のエキセンジン−４、配列番号６のｈＧＬＰ−１、配列番号８のヒトＧＬＰ−１、ならびに配列番号４、６、および８のいずれかのアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそれらのアゴニストから選択されたグルコース調節ペプチド（ＧＰ）を含む融合タンパク質の生産方法であって、ここで該ＧＰが、１つ以上の伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）に結合しており、該方法は、
（ａ）請求項１に記載の核酸を含む宿主細胞を準備すること；
（ｂ）該融合タンパク質が発現できる条件下において該宿主細胞を培養すること；及び
（ｃ）該融合タンパク質を回収することを含む、生産方法。
【請求項１８】
前記ＧＰが、配列番号４のエキセンジン−４および配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるそのアゴニストから選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記宿主細胞が原核細胞または真核細胞である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記宿主細胞の細胞質から、前記融合タンパク質を実質的に可溶性の形態で回収する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記融合タンパク質が、マウスに投与した場合に少なくとも約１３時間の、ラットに投与した場合に少なくとも約３１時間の、サルに投与した場合に少なくとも約６０時間の、またはイヌに投与した場合に少なくとも約７２時間の、終末相半減期を有する、請求項４に記載の単離した核酸。
【請求項２２】
請求項１〜５、７および２１のいずれか１項に記載の核酸を含む単離した宿主細胞であって、該宿主細胞が、原核宿主細胞または真核宿主細胞である、単離した宿主細胞。
【請求項２３】
前記宿主細胞が大腸菌またはピチア・パストリスである、請求項２２に記載の単離した宿主細胞。
【請求項２４】
前記ＧＰが、エキセンジン−４（配列番号４）である、請求項８に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４３】
（参照による組み入れ）
本明細書において言及した全ての出版物、特許、及び特許出願は、それぞれの個々の出版物、特許、又は特許出願を、参照により組み入れられることを特定的にかつ個別に示シたのと同様の程度で、参照することにより本明細書に組み入れられる。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
表１から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるグルコース調節ペプチド（ＧＰ）を含む単離した融合タンパク質であって、前記グルコース調節ペプチドは少なくとも約２００アミノ酸残基の伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）に結合しており、そして該ＸＴＥＮが、
（ａ）該ＸＴＥＮ配列が、表３から選択された同等の長さのアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を示す、少なくとも約２００の連続したアミノ酸を含み；
（ｂ）−９又はそれを超えるスコアに基づくＴＥＰＩＴＯＰＥアルゴリズムによってＸＴＥＮ配列中にあるエピトープの予測を行った場合に、該ＸＴＥＮ配列は予測されるＴ細胞エピトープを含まず；
（ｃ）１０未満の部分列スコアを有し；及び
（ｄ）グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グルタミン酸（Ｅ）及びプロリン（Ｐ）残基の総和が、ＸＴＥＮの全アミノ酸残基の約９０％より多くを構成することを特徴とする、
単離した融合タンパク質。
（項目２）
該グルコース調節ペプチドがヒトグルコース調節ペプチドである、項目１に記載の単離した融合タンパク質。
（項目３）
第二のＸＴＥＮ配列をさらに含む単離した融合タンパク質であって、かつ、該融合タンパク質が表７に示した多重ＸＴＥＮ配置をとる、項目１又は２に記載の単離した融合タンパク質。
（項目４）
該グルコース調節ペプチドペプチド及び該ＸＴＥＮがスペーサーを介して結合しており、ここで該スペーサー配列が１〜約５０までのアミノ酸残基を含み、そして該スペーサーが開裂配列を任意に含む、項目１〜３のいずれか１項に記載の単離した融合タンパク質。
（項目５）
該融合タンパク質が、ＸＴＥＮをもたない対応する天然のグルコース調節ペプチドと同じ標的受容体に結合し、かつ、前記融合タンパク質が、ＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドの結合親和性の少なくとも約０．１％〜約３０％またはそれを超える値を保持する、項目１〜４のいずれかに記載の単離した融合タンパク質。
（項目６）
表３６、表３７、及び表３８から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目１〜５のいずれかに記載の単離した融合タンパク質。
（項目７）
項目１〜６のいずれかに記載の単離した融合タンパク質及び薬学上許容可能な担体を含む医薬組成物。
（項目８）
式Ｉに従って配置される、項目１のいずれかに記載の単離したタンパク質であって、（ＸＴＥＮ）ｘ−ＧＰ−（ＸＴＥＮ）ｙ      （Ｉ）
式中、各出現について独立して：
（ａ）ｘは０又は１のいずれかであり；及び
（ｂ）ｙは０又は１のいずれかであり、
ここでｘ＋ｙ≧１である、
単離したタンパク質。
（項目９）
該ＸＴＥＮを、該グルコース調節ペプチドのＮ末端又はＣ末端を介してグルコース調節ペプチドに融合させた、項目１〜６のいずれかに記載の単離した融合タンパク質。
（項目１０）
ヒトグルコース調節ペプチド、並びに表５から選択され、それぞれ１つ以上のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性がある、第一の及び第二のＸＴＥＮを含む、項目１〜６及び８〜９のいずれかに記載の単離した融合タンパク質。
（項目１１）
項目１〜６及び８〜１０のいずれかに記載の単離した融合タンパク質であって、
（ｉ）対象に投与した場合のＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと比較して、同等のモル用量で対象に投与した場合に、該融合タンパク質がより長い終末相半減期を有する；
（ｉｉ）他の点では同等な投与計画で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、少ないモル量の該融合タンパク質を投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の濃度曲線下面積（ＡＵＣ）を達成する；
（ｉｉｉ）他の点では同等な投与計画で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、少ないモル量の該融合タンパク質を投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の治療効果を達成する；
（ｉｖ）他の点では同等なモル量で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、該融合タンパク質を低頻度で投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の濃度曲線下面積（ＡＵＣ）を達成する；
（ｖ）他の点では同等なモル量で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、該融合タンパク質を低頻度で投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の治療効果を達成する；（ｖｉ）他の点では同等な投与期間、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、より少ない累積モル量の該融合タンパク質を投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の濃度曲線下面積（ＡＵＣ）を達成する；又は
（ｖｉｉ）他の点では同等な投与期間、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも、より少ない累積モル量の該融合タンパク質を投与した場合に、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等の治療効果を達成する、ことを特徴とする、
単離した融合タンパク質。
（項目１２）
１つ以上の伸張組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）に融合させたグルコース調節ペプチドを含む融合タンパク質の生産方法であって、
（ａ）項目１又は６に記載の融合タンパク質をコードする組換えポリヌクレオチド分子を含む宿主細胞を準備すること；
（ｂ）該融合タンパク質が発現できる条件下において該宿主細胞を培養すること；及び
（ｃ）該融合タンパク質を回収することを含む、生産方法。
（項目１３）
該融合タンパク質の該グルコース調節ペプチドが、
（ａ）ヒトグルコース調節ペプチド；又は
（ｂ）表１から選択された配列
と、少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
発現した融合タンパク質中の１つ以上のＸＴＥＮが、表５から選択された配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目１２又は１３に記載の方法。
（項目１５）
該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド分子が、表３５、表３６、及び表３７から選択された核酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を示す核酸配列を含む、項目１２〜１４のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記融合タンパク質の該宿主細胞中での発現を高めるために、該ポリヌクレオチドのコドンを最適化する、項目１２〜１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
該宿主細胞が原核細胞である、項目１２〜１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
該宿主細胞の細胞質から、該単離した融合タンパク質を実質的に可溶性の形態で回収する、項目１２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
項目１の融合タンパク質またはその相補体をコードするヌクレオチド配列を含む、単離した核酸。
（項目２０）
項目１９に記載の核酸を含む、発現ベクター。
（項目２１）
項目１９に記載の核酸を含み、かつ、原核宿主細胞である、単離した宿主細胞。
（項目２２）
治療上有効量の、項目１の融合タンパク質を対象に投与する工程を含む、対象におけるグルコース調節ペプチド（ＧＰ）に関連した状態の治療方法。
（項目２３）
グルコース調節ぺプチドに関連する疾患が、若年性糖尿病、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、肥満、急性低血糖、急性高血糖、夜間の低血糖、慢性高血糖、グルカゴン産生腫瘍、気道の分泌性疾患、関節炎、骨粗鬆症、中枢神経系疾患、再狭窄、神経変性疾患、腎不全、うっ血性心不全、ネプローゼ症候群、硬変、肺水腫、高血圧、脳卒中、過敏性腸症候群、心筋梗塞、急性冠症候群、術後の異化の変化、冬眠心筋、糖尿病性心筋症、尿のナトリウム排泄が不十分であること、尿のカリウム濃度の過剰、多嚢胞性卵巣症候群、呼吸促迫、腎症、左心室収縮不全、下痢、術後のダンピング症候群、重症疾患多発ニューロパチー（ＣＩＰＮ）、脂質代謝異常、虚血による血流の再灌流から生じる器官組織障害、及び冠動脈性心疾患危険因子（ＣＨＤＲＦ）症候群から選択される項目２２に記載の方法。
（項目２４）
治療有効量が、同等の量で投与された自然のＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと比較して、少なくとも３倍の長さの融合タンパク質の治療ウィンドウ内で融合タンパク質の濃度を維持することをもたらす、項目２２又は２３に記載の方法。
（項目２５）
治療上効果的な用量計画に則って該融合タンパク質を対象に２回以上連続して投与すると、該融合タンパク質の血中レベルの連続したＣｍａｘのピーク及び／又はＣｍｉｎの谷の間の時間が、ＧＰの確立された治療上の投与計画に則って投与される該融合タンパク質に結合していない対応するグルコース調節ペプチドと比較して長くなる、項目２２〜２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
項目２２〜２５のいずれかに記載の方法であって、
（ｉ）他の点では同等の投与計画で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも少ないモル量の該融合タンパク質を対象に投与すると、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等な治療効果を達成する；
（ｉｉ）他の点では同等のモル量で、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドよりも該融合タンパク質を低頻度で投与すると、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等な治療効果を達成する；又は
（ｉｉｉ）他の点では同等の投与期間、対象に投与されるＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと比較して、より少ない累積モル量の該融合タンパク質を投与すると、該融合タンパク質がＸＴＥＮをもたない対応するグルコース調節ペプチドと同等な治療効果を達成する、方法。
（項目２７）
該治療効果が、ＨｂＡ１ｃ濃度、インスリン濃度、刺激Ｃペプチド、空腹時血糖値（ＦＰＧ）、血清サイトカインレベル、ＣＲＰレベル、インスリン分泌、及び経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）、体重、摂取量によに由来するインスリン感受性指標から選択される測定指標である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
項目７に記載の医薬組成物、該医薬組成物を特定するラベル、および該医薬組成物の保存、再構成、および／または対象への投与についての説明書を含むキット。