【手続補正書】
【提出日】平成25年3月13日(2013.3.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、６１、６２又は６３のうちのいずれかのヌクレオチド配列を含む、又は前記配列から本質的になる、又は前記配列からなる、遺伝子のメチル化状態の検出に有用なオリゴヌクレオチド、プライマー又はプローブ。
【請求項２】
配列番号９〜１２及び配列番号２１〜４０のうちのいずれかのヌクレオチド配列を含む、前記配列から本質的になる、又は前記配列からなる、遺伝子のメチル化状態の検出に有用な、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー又はプローブ。
【請求項３】
５’から３’の順に、以下の連続した配列：
（ａ）約６〜３０ヌクレオチドの間の第１のヌクレオチド配列であって、前記第１のヌクレオチド配列中のヌクレオチドが、分子エネルギー移動対のドナー部分及びアクセプター部分から選択される第１の部分で標識され、前記ドナー部分が、励起されると１種又は複数の特定の波長で蛍光を放出し、前記アクセプター部分が、前記ドナー部分によって放出される前記蛍光を吸収及び／又は消光する、第１のヌクレオチド配列、
（ｂ）約３〜２０の間のヌクレオチドを含む、前記ヌクレオチドから本質的になる、又は前記ヌクレオチドからなる第２の一本鎖ヌクレオチド配列、
（ｃ）約６〜３０の間のヌクレオチドを含む、前記ヌクレオチドから本質的になる、又は前記ヌクレオチドからなる第３のヌクレオチド配列であって、前記第３のヌクレオチド配列中のヌクレオチドが、前記ドナー部分及び前記アクセプター部分から選択される第２の部分で標識され、前記第２の部分が、前記群のうち前記第１のヌクレオチド配列を標識していない方であり、前記第３のヌクレオチド配列が前記第１のヌクレオチド配列と逆の順に相補的であることにより、前記第１のヌクレオチド配列と前記第３のヌクレオチド配列との二重鎖を形成することができ、それにより、前記第１の部分と前記第２の部分とが近接していることによって、前記ドナー部分が励起されて蛍光を放出すると、前記アクセプター部分が前記ドナー部分によって放出される前記蛍光を吸収して消光する、第３のヌクレオチド配列、及び
（ｄ）プライマーの３’末端に、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、６１又は６３のうちのいずれかの配列を３’末端に含む、前記配列から本質的になる、又は前記配列からなる（さらに、核酸ポリメラーゼによる、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化されていないＤＮＡの部分を含む核酸鎖と相補的なヌクレオチド配列の合成を開始することができる）、約８〜４０の間のヌクレオチドを含む、前記ヌクレオチドから本質的になる、又は前記ヌクレオチドからなる第４の一本鎖ヌクレオチド配列
を含む、又は前記配列から本質的になる、又は前記配列からなり、
前記二重鎖が形成されない場合、前記第１の部分と前記第２の部分とが、前記第１の部分と前記第２の部分との間の分子エネルギー移動を妨げる距離で分離される、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー又はプローブ。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のプライマーを含むプライマー対。
【請求項５】
請求項３に記載のプライマーを含む、請求項４に記載のプライマー対。
【請求項６】
配列番号９及び配列番号１０；配列番号１１及び配列番号１２；配列番号２１及び配列番号２２；配列番号２３及び配列番号２４；配列番号２５及び配列番号２６；配列番号２７及び配列番号２８；配列番号２９及び配列番号３０；配列番号３１及び配列番号３２；配列番号３３及び配列番号３４；配列番号３５及び配列番号３６；配列番号３７及び配列番号３８；配列番号３９及び配列番号４０；又は配列番号６１及び６２のヌクレオチド配列を含む、又は前記配列から本質的になる、又は前記配列からなるプライマー対。
【請求項７】
請求項１〜３のいずれか一項に記載の少なくとも１種のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、又は請求項４〜６のいずれか一項に記載のプライマー対を含む、遺伝子のメチル化状態を検出するためのキット。
【請求項８】
前記遺伝子がＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、又は請求項４〜６のいずれか一項に記載のプライマー対、又は請求項７に記載のキット。
【請求項９】
ＤＮＡ含有試料中のメチル化されていないＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子の存在及び／又は量を検出する方法であって、前記方法は、
（ａ）前記ＤＮＡ含有試料を、検出可能な修飾残基を生成するためにＤＮＡ中のメチル化されていないシトシン残基を選択的に修飾するが、メチル化されているシトシン残基は修飾しない試薬で接触／処理するステップと、
（ｂ）プライマー対のうち少なくとも１つのプライマーが、メチル化されていないＤＮＡの配列にのみ結合するように設計された、少なくとも１種のプライマー対を使用して、前記試薬での処理後にメチル化されていない目的遺伝子の少なくとも一部を増幅するステップと
を含む方法。
【請求項１０】
前記プライマー対のうちの少なくとも１つのプライマーが、配列番号１〜４０又は配列番号６１〜６３のうちのいずれかのヌクレオチド配列を含む、前記配列から本質的になる、又は前記配列からなる、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
癌又は癌素質を検出する方法であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、試料中のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のうち少なくとも１つのメチル化状態を検出するステップを含み、前記試料中のメチル化されていないＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥの存在が癌又は癌素質を示す方法。
【請求項１２】
ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ免疫治療薬を用いた治療に適する患者を特定及び／又は選出する方法であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、患者の試料中のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化状態を検出するステップを含み、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子がメチル化されていない場合は、対象が、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２  ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ免疫治療薬を用いた治療に特定及び／又は選出される方法。
【請求項１３】
癌の治療に成功する可能性を予測する方法であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、患者の試料中のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化状態を検出するステップを含み、前記遺伝子がメチル化されていない場合は、前記遺伝子がメチル化されている場合よりも、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ免疫治療薬を用いた治療に成功する可能性が高い方法。
【請求項１４】
癌の適切な治療計画を選択する方法であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、患者の試料中のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化状態を検出するステップを含み、前記遺伝子がメチル化されていない場合は、治療に免疫治療薬が選択される方法。
【請求項１５】
腫瘍を有する患者の治療用の医薬品の製造における、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥを含む又はコードする組成物の使用であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化状態を測定することに基づいて、前記患者が治療に選出されている使用。
【請求項１６】
ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥを発現する腫瘍を再発しやすい患者の治療用の医薬品の製造における、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥを含む又はコードする組成物の使用であって、請求項１〜３若しくは８のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド、プライマー若しくはプローブ、請求項４〜６若しくは８のいずれか一項に記載のプライマー対、請求項７若しくは８に記載のキット、又は請求項９若しくは１０に記載の方法を使用することによって、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ遺伝子のメチル化状態を測定することに基づいて、患者が治療に選出されている使用。
【請求項１７】
前記組成物が、全長のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ、ほぼ全長のＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥ、又は例えばＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥのペプチドなどのＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥの断片を含むＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＭａｇｅＡ３及び／又はＰＲＡＭＥを含む、請求項１５又は１６に記載の使用。
【請求項１８】
ＣＴＡＧ１Ｂが、ペプチド１５７〜１６７、１５７〜１６５及び１５５〜１６３から選択される、ＨＬＡ−Ａ２に対する結合モチーフを含む全長ＣＴＡＧ１Ｂの断片である、請求項１７に記載の使用。
【請求項１９】
ＣＴＡＧ１Ｂが、国際公開第２００８／０８９０７４号パンフレットに開示されているＡ３１、ＤＲ１、ＤＲ２、ＤＲ４、ＤＲ７、ＤＰ４、Ｂ３５、Ｂ５１、Ｃｗ３、Ｃｗ６及びＡ２から選択される１個又は複数のＭＨＣクラス１又はクラス２のエピトープを含む全長ＣＴＡＧ１Ｂの断片である、請求項１７に記載の使用。
【請求項２０】
前記ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２及び／又はＰＲＡＭＥのタンパク質、断片又はペプチドが、融合パートナータンパク質に連結されている、請求項１５〜１９のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２１】
前記融合パートナータンパク質が、グラム陰性菌ヘモフィルスインフルエンザ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）Ｂの表面タンパク質であるプロテインＤ又はその誘導体である、請求項２０に記載の使用。
【請求項２２】
前記融合パートナータンパク質が、ＬｙｔＡである、或いはＣ末端に見出される残基１７８から始まるＬｙｔＡ分子のリピート部分を含む若しくは前記部分からなる、又は残基１８８〜３０５を含む、ＬｙｔＡの誘導体である、請求項２０に記載の使用。
【請求項２３】
前記融合パートナータンパク質が、ＮＳ１（血球凝集素）、又はＮＳ１のＮ末端の８１アミノ酸を含むその誘導体である、請求項２０に記載の使用。
【請求項２４】
前記組成物が、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２及び／又はＰＲＡＭＥのタンパク質、断片若しくはペプチド、又はその融合タンパク質をコードする核酸分子を含む、請求項１５〜２３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２５】
前記核酸分子が発現ベクター中に備えられている、請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
前記ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２及び／又はＰＲＡＭＥのタンパク質、断片又はペプチドを含む組成物、又は核酸を含む組成物が、アジュバント、免疫賦活性サイトカイン及びケモカインのうちの１つ又は複数をさらに含む、請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２７】
前記アジュバントが、モノホスホリルリピドＡ又はその誘導体、サポニン又はその誘導体及びＴＬＲ９アンタゴニストのうちの１つ又は複数を含む、請求項２６に記載の使用。
【請求項２８】
前記ＴＬＲ９アゴニストがＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドである、請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
前記アジュバントが、水中油型乳剤又は油中水型乳剤中に製剤化されて任意選択でコレステロール及び／又はトコフェロールを含む、又はリポソーム組成物中に製剤化される、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項３０】
前記遺伝子がＭａｇｅＡ３遺伝子であり、前記試料又は腫瘍組織が細針生検によって採取される、請求項９〜１４のいずれか一項に記載の方法。