【手続補正書】
【提出日】平成25年4月2日(2013.4.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
伸長した組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）を含む単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチドであって、該ＸＴＥＮが少なくとも３６のアミノ酸残基を含み、この場合、該第ＶＩＩ因子ポリペプチドは、対象に投与される場合に約１２時間よりも長い終末半減期を呈する、該第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項２】
前記第ＶＩＩ因子ポリペプチドが、最適に整列した場合に、表１から選択される配列と比較して少なくとも９０％の配列同一性を呈する、請求項１に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項３】
前記第ＶＩＩ因子が、そのＣ末端で前記ＸＴＥＮに連結される、請求項１または２に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項４】
第ＸＩａ因子、第ＸＩＩａ因子、カリクレイン、第ＶＩＩａ因子、第ＩＸａ因子、第Ｘａ因子、第ＩＩａ因子（トロンビン）、エラスターゼ‐２、ＭＭＰ‐１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ‐１７、およびＭＭＰ‐２０からなる群から選択される哺乳類プロテアーゼによって開裂可能な開裂配列を介して前記ＸＴＥＮに連結される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項５】
前記哺乳類プロテアーゼによる前記開裂配列における開裂が、前記第ＶＩＩ因子ポリペプチドから前記ＸＴＥＮを放出する、請求項４に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項６】
前記ＸＴＥＮが、前記第ＶＩＩ因子において含まれる任意の２つの隣接したドメイン間に組み込まれ、この場合、該２つの隣接したドメインが、Ｇｌａ、ＥＧＦ１、ＥＧＦ２、活性化型ペプチド（ＡＰ）、およびペプチダーゼＳ１（Ｐｒｏ）からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項７】
前記ＸＴＥＮが以下を特徴とする、請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド：
（ａ）ＸＴＥＮアミノ酸残基の累積合計が、２００超〜約３０００アミノ酸残基であり：
（ｂ）アスパラギン残基およびグルタミン残基の合計が、該ＸＴＥＮの全アミノ酸配列の１０％未満であり；
（ｃ）メチオニン残基およびトリプトファン残基の合計が、該ＸＴＥＮの全アミノ酸配列の２％未満であり；
（ｄ）該ＸＴＥＮ配列が、１０未満のサブシーケンススコアを有し；
（ｅ）該ＸＴＥＮ配列が、ＧＯＲアルゴリズムによって決定される時、９０％超のランダムコイル形成を有し；かつ
（ｆ）該ＸＴＥＮ配列が、Ｃｈｏｕ‐Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定される時、２％未満のアルファヘリックスおよび２％のベータ‐シートを有する。
【請求項８】
少なくとも約４の見かけの分子量因子を呈する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項９】
前記ＸＴＥＮが、表４、表９、表１０、表１１、表１２、または表１３から選択されるアミノ酸配列の比較可能な長さと少なくとも９０％の配列同一性を呈する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１０】
式ＶＩＩに従って構成された、請求項１〜９のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド：
（Ｇｌａ）−（ＸＴＥＮ）ｕ−（ＥＧＦ１）−（ＸＴＥＮ）ｖ−（ＥＧＦ２）−（ＡＰ１）−（ＸＴＥＮ）ｗ−（ＡＰ２）−（ＸＴＥＮ）ｘ−（Ｐｒｏ）−（Ｓ）ｙ−（ＸＴＥＮ）ｚ  ＶＩＩ
この場合、各発生について独立して、
（ａ）Ｇｌａが、第ＶＩＩ因子のＧｌａドメインであり；
（ｂ）ＥＧＦ１が、第ＶＩＩ因子のＥＧＦ１ドメインであり；
（ｃ）ＥＧＦ２が、第ＶＩＩ因子のＥＧＦ２ドメインであり；
（ｄ）ＡＰ１が、第ＶＩＩ因子の活性化因子ペプチドドメインの一部であり；
（ｅ）ＡＰ２が、少なくとも第一の開裂配列を含む第ＩＸ因子の活性化因子ペプチドドメインの一部であり；
（ｆ）ＰＲＯが、第ＶＩＩ因子のプロテアーゼドメインであり；
（ｇ）Ｓが、開裂配列を任意に含むことのできる１〜約５０のアミノ酸残基を有するスペーサー配列であり；
（ｈ）ＸＴＥＮが、表４、表９、表１０、表１１、表１２、または表１３から選択されるアミノ酸配列の比較可能な長さと少なくとも９０％の配列同一性を呈する伸長した組換えポリペプチドであり、
（ｉ）ｕが、０または１のいずれかであり；
（ｊ）ｖが、０または１のいずれかであり；
（ｋ）ｘが、０または１のいずれかであり；
（ｌ）ｙが、０または１のいずれかであり；かつ
（ｍ）ｚが、０または１のいずれかであり、ただし、ｕ＋ｖ＋ｘ＋ｙ＋ｚ≧１という条件付きである。
【請求項１１】
２つ以上のＸＴＥＮを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１２】
異種性配列の開裂の際に活性化される、野生型第ＶＩＩ因子を活性化しない凝固前駆体プロテアーゼによって開裂可能な少なくとも１つの異種性配列を含む、単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１３】
組織因子の不在下で活性化可能な、請求項１２に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１４】
前記異種性配列が、活性化型第ＸＩ因子によって開裂可能である、請求項１２または１３に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１５】
少なくとも２つの異種性配列を含み、該異種性配列の各々が同じかまたは異なる凝固前駆体プロテアーゼによって開裂可能である、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１６】
伸長した組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）を含む、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの異種性配列の開裂の際に、前記ＸＴＥＮも開裂される、請求項１２〜１６のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１８】
前記異種性配列が、配列ＫＬＴＲＡＥＴＶＦＰＤＶＤＹＶＮＳＴＥＡＥＴＩＬＤＮＩＴＱＳＴＱＳＦＮＤＦＴＲＶと少なくとも９０％の配列同一性を呈する、請求項１２〜１７のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項１９】
前記異種性配列が、最適に整列した場合にＴＳＫＬＴＲＡＥＴＶＦＰおよびＦＮＤＦＴＲＶから選択される配列と少なくとも９０％の配列同一性を呈する、請求項１２〜１８のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項２０】
前記第ＶＩＩ因子ポリペプチドが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アルブミン、抗体、および抗体断片からなる群から選択される成分を含まない、請求項１２〜１９のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項２１】
少なくとも約４の見かけの分子量因子を呈する、請求項１２〜１０のいずれか一項に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項２２】
治療有効量の請求項１〜２１のいずれか一項に記載の第ＶＩＩ因子を含む、対象における凝固障害を治療するための組成物。
【請求項２３】
前記凝固障害が、血友病Ａまたは血友病Ｂである、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記治療有効量の第ＶＩＩ因子は、外来的に投与された第ＶＩＩＩ因子および／または第ＩＸ因子が、比較可能な治療効果を生じる必要性を回避するのに十分である、請求項２２または２３に記載の組成物。
【請求項２５】
治療有効量の請求項１〜２１のいずれか一項に記載の第ＶＩＩ因子を含む、対象における出血症状を治療するための組成物。
【請求項２６】
治療有効量の請求項１〜２１のいずれか一項に記載の第ＶＩＩ因子を含む、凝固タンパク質の欠乏した対象を治療するための組成物。
【請求項２７】
前記凝固タンパク質が、野生型の第ＶＩＩ因子、第ＩＸ因子、または第ＸＩ因子に置き換わる、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記ＸＴＥＮが、少なくとも１００のアミノ酸残基を含む、請求項１に記載の単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド。
【請求項２９】
ＸＴＥＮが以下を特徴とする、伸長した組換えポリペプチド（ＸＴＥＮ）を含む単離された第ＶＩＩ因子ポリペプチド：
（ａ）該ＸＴＥＮが、少なくとも３６のアミノ酸残基を含み；
（ｂ）前記ＵＲＰにおいて含まれるグリシン（Ｇ）、アスパラギン酸（Ｄ）、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グルタミン酸（Ｅ）、およびプロリン（Ｐ）の残基の合計が、該ＸＴＥＮの全アミノ酸の少なくとも８０％を構成し；
（ｃ）（ｉ）該ＸＴＥＮの配列が、３つの連続したアミノ酸がセリンでない限り、同一である該アミノ酸を含まないように、または（ｉｉ）該ＸＴＥＮ配列の少なくとも約８０％が、非重複配列モチーフからなり、該配列モチーフの各々が約９〜約１４のアミノ酸残基を含み、この場合、任意の２つの連続したアミノ酸残基が、該配列モチーフの各々の２倍以下しか生じないように、該ＸＴＥＮ配列が実質的に非反復性であり；
（ｄ）該ＸＴＥＮ配列が、ＴＥＰＩＴＯＰＥアルゴリズムによって分析される場合、推定Ｔ細胞エピトープを欠失し、この場合、該ＸＴＥＮ配列内のエピトープについての該ＴＥＰＩＴＯＰＥアルゴリズム推定が、−９のスコアに基づいており；
（ｅ）該ＸＴＥＮ配列が、ＧＯＲアルゴリズムによって決定される時、９０％超のランダムコイル形成を有し；かつ
（ｆ）該ＸＴＥＮ配列が、Ｃｈｏｕ‐Ｆａｓｍａｎアルゴリズムによって決定される時、２％未満のアルファヘリックスおよび２％のベータ‐シートを有する。