【手続補正書】
【提出日】平成24年12月19日(2012.12.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生型光合成微生物と比較して低下した量のグリコーゲンを蓄積する改変された光合成微生物であって、前記改変された光合成微生物は、
（ａ）野生型光合成微生物と比較して、グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現が低下している、および／あるいは
（ｂ）グリコーゲン分解経路のタンパク質、またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている、１つまたは複数の導入されたポリヌクレオチドを含む
、改変された光合成微生物。
【請求項２】
ラン藻である、請求項１に記載の改変された光合成微生物。
【請求項３】
野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する、請求項１または請求項２に記載の改変された光合成微生物。
【請求項４】
野生型光合成微生物と比較して、増加した量の脂質を蓄積する、請求項１から３のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項５】
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子からなる群から選択される、請求項１から４のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項６】
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、請求項１に記載の改変された光合成微生物。
【請求項７】
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、請求項２から６のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項８】
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、請求項７に記載の改変されたラン藻。
【請求項９】
Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、請求項８に記載の改変されたラン藻。
【請求項１０】
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、請求項２から６のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項１１】
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、請求項２から６のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項１２】
トリグリセリドまたは脂質の生合成に関連する１つまたは複数の酵素をコードしている１つまたは複数の導入されたポリヌクレオチドを含む、請求項１から１１のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
【請求項１３】
前記１つまたは複数の酵素がアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）を含む、請求項１２に記載の改変された光合成微生物。
【請求項１４】
前記１つまたは複数の酵素がアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）およびホスファチジン酸ホスファターゼを含む、請求項１２に記載の改変された光合成微生物。
【請求項１５】
野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する改変された光合成微生物を作製する方法であって、前記方法は：
（ａ）グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現レベルが、野生型光合成微生物における前記１つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較して低下しているように、光合成微生物を改変する工程、および／あるいは
（ｂ）光合成微生物内に、グリコーゲン分解経路の１つまたは複数のタンパク質またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている１つまたは複数のポリヌクレオチドを導入する工程
を含む、方法。
【請求項１６】
前記光合成微生物がラン藻である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子から選択される、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、請求項１５から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、請求項１５から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ
ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、請求項１５から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、請求項１５から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
グリコーゲン以外の炭素ベースの生成物を産生させる方法であって、前記方法は、改変された光合成微生物中で前記炭素ベースの生成物を産生させる工程を含み、前記改変された光合成微生物は：
（ａ）グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現が低下している、および／あるいは
（ｂ）グリコーゲン分解経路のタンパク質またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている、導入されたポリヌクレオチド
を有する、方法。
【請求項２５】
前記光合成微生物がラン藻である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記光合成微生物が、野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する、請求項２４または請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記光合成微生物が、野生型光合成微生物と比較して、増加した量の前記炭素ベースの生成物を蓄積する、請求項２４から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子から選択される、請求項２４から２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、請求項２４から２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、請求項２４から２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、請求項２４から２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、請求項２４から２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
前記炭素ベースの生成物が脂質を含む、請求項２４から３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
前記脂質が脂肪酸である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記炭素ベースの生成物がトリグリセリド、ワックスエステルまたはその両方である、請求項２４から３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記光合成微生物が、トリグリセリドまたは脂質の生合成に関連する１つまたは複数の酵素をコードしている１つまたは複数のポリヌクレオチドを含み、前記１つまたは複数のポリヌクレオチドが前記光合成微生物の天然のゲノムに対して外因性である、請求項２４から３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
前記１つまたは複数の酵素がジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記１つまたは複数の酵素がホスファチジン酸ホスファターゼを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記炭素ベースの生成物が、生物燃料または他の特殊化学製品の供給原料である、請求項２４から４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
前記炭素ベースの生成物が、生物燃料または他の特殊化学製品である、請求項２４から４０のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
本発明の特定の実施形態では、炭素ベースの生成物は、生物燃料または他の特殊化学製品の供給原料である。一実施形態では、炭素ベースの生成物は、生物燃料または他の特殊化学製品である。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
野生型光合成微生物と比較して低下した量のグリコーゲンを蓄積する改変された光合成微生物であって、前記光合成微生物は、
（ａ）野生型光合成微生物と比較して、グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現が低下している、および／あるいは
（ｂ）グリコーゲン分解経路のタンパク質、またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている、１つまたは複数の導入されたポリヌクレオチドを含む
、改変された光合成微生物。
（項目２）
ラン藻である、項目１に記載の改変された光合成微生物。
（項目３）
野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する、項目１または項目２に記載の改変された光合成微生物。
（項目４）
野生型光合成微生物と比較して、増加した量の脂質を蓄積する、項目１から３のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目５）
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子からなる群から選択される、項目１から４のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目６）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子を含む、項目５に記載の改変された光合成微生物。
（項目７）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目５に記載の改変された光合成微生物。
（項目８）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＡ遺伝子を含む、項目５に記載の改変された光合成微生物。
（項目９）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子および前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目５に記載の改変された光合成微生物。
（項目１０）
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、項目１に記載の改変された光合成微生物。
（項目１１）
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、項目２から１０のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目１２）
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、項目１１に記載の改変されたラン藻。
（項目１３）
Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、項目１２に記載の改変されたラン藻。
（項目１４）
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、項目２から１０のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目１５）
前記光合成微生物が、ラン藻であり、前記ラン藻がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、項目２から１０のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目１６）
グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現が低下している、項目１から１５のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目１７）
グリコーゲン分解経路の１つまたは複数のタンパク質、またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている１つまたは複数の導入されたポリヌクレオチドを含む、項目１から１５のいずれか一項に記載の改変された光合成微生物。
（項目１８）
トリグリセリドまたは脂質の生合成に関連する１つまたは複数の酵素をコードしている１つまたは複数の導入されたポリヌクレオチドを含む、項目１から１７のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目１９）
前記１つまたは複数の酵素がアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）を含む、項目１８に記載の改変された光合成微生物。
（項目２０）
前記１つまたは複数の酵素がホスファチジン酸ホスファターゼを含む、項目１８に記載の改変された光合成微生物。
（項目２１）
前記１つまたは複数の酵素がアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）およびホスファチジン酸ホスファターゼを含む、項目１８に記載の改変された光合成微生物。
（項目２２）
前記１つまたは複数のポリヌクレオチドが１つまたは複数の発現ベクター中に存在する、項目１８から２１のいずれかに記載の改変された光合成微生物。
（項目２３）
野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する改変された光合成微生物を作製する方法であって、前記方法は：
（ａ）グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現レベルが、野生型光合成微生物における前記１つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較して低下しているように、光合成微生物を改変する工程、および／あるいは
（ｂ）光合成微生物内に、グリコーゲン分解経路の１つまたは複数のタンパク質またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている１つまたは複数のポリヌクレオチドを導入する工程
を含む、方法。
（項目２４）
前記光合成微生物がラン藻である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子から選択される、項目２３または項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＡ遺伝子を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２９）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子および前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目２５に記載の方法。
（項目３０）
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、項目２３から２９のいずれかに記載の方法。
（項目３１）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、項目２３から３０のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ
ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、項目２３から３０のいずれかに記載の方法。
（項目３５）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、項目２３から３０のいずれかに記載の方法。
（項目３６）
グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現レベルが、野生型光合成微生物における前記１つまたは複数の遺伝子の発現レベルと比較して低下しているように、光合成微生物を改変する工程を含む、項目２３から３５のいずれかに記載の方法。
（項目３７）
前記光合成微生物内に、グリコーゲン分解経路の１つまたは複数のタンパク質またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている１つまたは複数のポリヌクレオチドを導入する工程を含む、項目２３から３５のいずれかに記載の方法。
（項目３８）
グリコーゲン以外の炭素ベースの生成物を産生させる方法であって、前記方法は、改変された光合成微生物中で前記炭素ベースの生成物を産生させる工程を含み、前記改変された光合成微生物は：
（ａ）グリコーゲンの生合成または貯蔵経路の１つまたは複数の遺伝子の発現が低下している、および／あるいは
（ｂ）グリコーゲン分解経路のタンパク質またはその機能的断片もしくは変異体をコードしている、導入されたポリヌクレオチド
を有する、方法。
（項目３９）
前記光合成微生物がラン藻である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記光合成微生物が、野生型光合成微生物と比較して、ストレス条件下で低下した量のグリコーゲンを蓄積する、項目３８または項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記光合成微生物が、野生型光合成微生物と比較して、増加した量の前記炭素ベースの生成物を蓄積する、項目３８から４０のいずれかに記載の方法。
（項目４２）
前記１つまたは複数の遺伝子が、グルコース−１−リン酸アデニルトランスフェラーゼ（ｇｌｇＣ）遺伝子、ホスホグルコムターゼ（ｐｇｍ）遺伝子、およびグリコーゲンシンターゼ（ｇｌｇＡ）遺伝子から選択される、項目３８から４１のいずれかに記載の方法。
（項目４３）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４５）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＡ遺伝子を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４６）
前記１つまたは複数の遺伝子が前記ｇｌｇＣ遺伝子および前記ｐｇｍ遺伝子を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４７）
前記１つまたは複数の遺伝子が完全または部分的な遺伝子欠失を含む、項目３８から４６のいずれかに記載の方法。
（項目４８）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓである、項目３８から４７のいずれかに記載の方法。
（項目４９）
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＰＣＣ  ７９４２株である、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓがＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ
ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＰＣＣ  ７９４２株の塩耐性変異体である、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ７００２である、項目３８から４７のいずれかに記載の方法。
（項目５２）
前記光合成微生物がＳｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ  ｓｐ．ＰＣＣ  ６８０３である、項目３８から４７のいずれかに記載の方法。
（項目５３）
前記炭素ベースの生成物が脂質を含む、項目３８から５２のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
前記脂質が脂肪酸である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記炭素ベースの生成物がトリグリセリドである、項目３８から５２のいずれかに記載の方法。
（項目５６）
前記光合成微生物が、トリグリセリドまたは脂質の生合成に関連する１つまたは複数の酵素をコードしている１つまたは複数のポリヌクレオチドを含み、前記１つまたは複数のポリヌクレオチドが前記光合成微生物の天然のゲノムに対して外因性である、項目３８から５５のいずれかに記載の方法。
（項目５７）
前記１つまたは複数の酵素がジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ（ＤＧＡＴ）を含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記１つまたは複数の酵素がホスファチジン酸ホスファターゼを含む、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
前記１つまたは複数のポリヌクレオチドが１つまたは複数の発現ベクター中に存在する、項目５６から５８のいずれかに記載の方法。
（項目６０）
前記炭素ベースの生成物が、生物燃料または他の特殊化学製品の供給原料である、項目３８から５９のいずれかに記載の方法。
（項目６１）
前記炭素ベースの生成物が、生物燃料または他の特殊化学製品である、項目３８から５９のいずれかに記載の方法。