【手続補正書】
【提出日】平成24年12月20日(2012.12.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）配列番号１を含む核酸配列、又はその断片若しくは変異体、又は前記核酸配列を含む核酸分子；又は
（ｉｉ）配列番号２を含むアミノ酸配列、又はその断片若しくは変異体、又は前記アミノ酸配列を含むアミノ酸分子
を含む膀胱癌特異的バイオマーカー。
【請求項２】
その断片又は変異体が、
（ｉ）配列番号１と少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約７５％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約８５％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％、又は少なくとも約９６％、又は少なくとも約９７％、又は少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の核酸配列同一性を有する核酸配列、ストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイズすることができる核酸配列、及び／又はそれに相補的な核酸配列；
（ｉｉ）配列番号２と少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約７５％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約８５％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％、又は少なくとも約９６％、又は少なくとも約９７％、又は少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列
を含む、請求項１に記載のバイオマーカー。
【請求項３】
その断片が、（ｉ）少なくとも４個の、好ましくは少なくとも５個の、好ましくは少なくとも６個の、好ましくは少なくとも７個の、好ましくは少なくとも８個の連続する、配列番号２由来のアミノ酸、又は（ｉｉ）少なくとも４個の、好ましくは少なくとも５個の、好ましくは少なくとも６個の、好ましくは少なくとも７個の、好ましくは少なくとも８個の連続する、配列番号２由来のアミノ酸をコードする配列番号１の核酸配列の断片を含む、請求項１又は２に記載のバイオマーカー。
【請求項４】
その断片又は変異体が、その機能的な断片又は変異体である、請求項１から３までのいずれか一項に記載のバイオマーカー。
【請求項５】
患者において膀胱癌を診断するための、又は膀胱癌を発症するリスクのある患者を特定するためのインビトロ検出方法であって、
（ａ）患者から得られた試料中の、請求項１から４までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの量を決定すること、
（ｂ）前記患者の試料中の決定された癌特異的バイオマーカーの量を、正常な対照中の癌特異的バイオマーカーの量と比較すること
を含む、上記方法。
【請求項６】
対照と前記患者から得られた試料との間の増加が早期の癌の指標となる、早期の癌を検出するための請求項５に記載の方法。
【請求項７】
対照と前記患者から得られた試料との間の増加が後期の癌の指標となる、後期の癌を検出するための請求項５に記載の方法。
【請求項８】
患者の膀胱癌の進行をモニタリングするためのインビトロ検出方法であって、
（ａ）患者から得られた試料中の請求項１から４までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの量を決定すること、
（ｂ）前記患者の試料中の決定された癌特異的バイオマーカーの量を、正常な対照中の癌特異的バイオマーカーの量と比較すること、及び
（ｃ）２以上の時間間隔でステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返すこと
を含む、上記方法。
【請求項９】
より早い段階の試料又は対照に対する増加が、疾患のより早期の段階からより後期の段階への癌の進行の指標となる、癌の病期の変化をモニタリングするための、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
膀胱癌の治療の有効性をモニタリングするためのインビトロ検出方法であって、患者から得られた試料中の請求項１から４までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの存在を検出及び／又は定量することを含む、上記方法。
【請求項１１】
試料が、患者から得られる体液又は組織を含む、請求項５から１０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
体液又は組織が尿を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに結合する抗体若しくはその断片を含む、組成物。
【請求項１４】
請求項１３に記載の組成物を含む医薬組成物。
【請求項１５】
請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカーを含む膀胱癌ワクチン。
【請求項１６】
膀胱癌のためのバイオマーカーとしての、体液中で検出可能である、請求項１から４までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの使用。
【請求項１７】
膀胱癌治療のための医薬の製造における、（ｉ）請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は（ｉｉ）請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体若しくはその断片の使用。
【請求項１８】
膀胱癌の治療において使用するための、（ｉ）請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は（ｉｉ）請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体若しくはその断片を含む組成物。
【請求項１９】
患者の膀胱癌を画像化する方法において使用するための、請求項１から４までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項２０】
抗体が細胞傷害剤にコンジュゲートされている、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２１】
抗体が検出可能なマーカーにコンジュゲートされている、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２２】
請求項５から１２までのいずれか一項に記載の方法における使用又は請求項１６に記載の使用のためのキットであって、体液中で検出可能である、請求項１から４までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーに結合し、又はそれを特異的に認識することができるリガンドと、レポーター手段とを含む、上記キット。
【請求項２３】
（ｉ）配列番号１を含む核酸配列、又はその断片若しくは変異体、又は前記核酸配列を含む核酸分子、又は
（ｉｉ）配列番号２を含むアミノ酸配列、又はその断片若しくは変異体、又は前記アミノ酸配列を含むアミノ酸分子
を含む肺癌特異的バイオマーカー。
【請求項２４】
その断片又は変異体が、
（ｉ）配列番号１と少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約７５％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約８５％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％、又は少なくとも約９６％、又は少なくとも約９７％、又は少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の核酸配列同一性を有する核酸配列、ストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイズすることができる核酸配列、及び／又はそれに相補的な核酸配列；
（ｉｉ）配列番号２と少なくとも約５０％、又は少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、又は少なくとも約７５％、又は少なくとも約８０％、又は少なくとも約８５％、又は少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％、又は少なくとも約９６％、又は少なくとも約９７％、又は少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列
を含む、請求項２３に記載のバイオマーカー。
【請求項２５】
その断片が、（ｉ）少なくとも４個の、好ましくは少なくとも５個の、好ましくは少なくとも６個の、好ましくは少なくとも７個の、好ましくは少なくとも８個の連続する、配列番号２由来のアミノ酸又は（ｉｉ）少なくとも４個の、好ましくは少なくとも５個の、好ましくは少なくとも６個の、好ましくは少なくとも７個の、好ましくは少なくとも８個の連続する、配列番号２由来のアミノ酸をコードする配列番号１の核酸配列の断片を含む、請求項２３又は２４に記載のバイオマーカー。
【請求項２６】
その断片又は変異体が、その機能的な断片又は変異体である、請求項２３から２５までのいずれか一項に記載のバイオマーカー。
【請求項２７】
患者の肺癌を診断するための、又は肺癌を発症するリスクのある患者を特定するためのインビトロ検出方法であって、
（ａ）患者から得られた試料中の請求項２３から２６までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの量を決定すること、
（ｂ）前記患者の試料中の決定された癌特異的バイオマーカーの量を、正常な対照中の癌特異的バイオマーカーの量と比較すること
を含む、上記方法。
【請求項２８】
対照と前記患者から得られた試料との間の増加が、早期の癌の指標となる、早期の癌を検出するための請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
対照と前記患者から得られた試料との間の増加が、後期の癌の指標となる、後期の癌を検出するための請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
患者の肺癌の進行をモニタリングするためのインビトロ検出方法であって、
（ａ）患者から得られた試料中の請求項２３から２６までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの量を決定すること、
（ｂ）前記患者の試料中の決定された癌特異的バイオマーカーの量を、正常な対照中の癌特異的バイオマーカーの量と比較すること、
及び
（ｃ）２以上の時間間隔でステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返すこと
を含む、上記方法。
【請求項３１】
より早い段階の試料又は対照に対する増加が、疾患のより早期の段階からより後期の段階への癌の進行の指標となる、癌の病期の変化をモニタリングするための、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
肺癌の治療の有効性をモニタリングするためのインビトロ検出方法であって、患者から得られた試料中の、請求項２３から２６までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの存在を検出及び／又は定量することを含む、上記方法。
【請求項３３】
試料が、患者から得られる体液又は組織を含む、請求項２７から３２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
体液又は組織が、唾液を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに結合する抗体若しくはその断片を含む、組成物。
【請求項３６】
請求項３５に記載の組成物を含む医薬組成物。
【請求項３７】
請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカーを含む肺癌ワクチン。
【請求項３８】
肺癌のためのバイオマーカーとしての、体液中で検出可能である、請求項２３から２６までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーの使用。
【請求項３９】
肺癌治療のための医薬の製造における、（ｉ）請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は（ｉｉ）請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体若しくはその断片の使用。
【請求項４０】
肺癌の治療において使用するための、（ｉ）請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカー、又は（ｉｉ）請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体若しくはその断片を含む組成物。
【請求項４１】
患者の肺癌を画像化する方法において使用するための、請求項２３から２６までのいずれか一項に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体又はその断片。
【請求項４２】
抗体が細胞傷害剤にコンジュゲートされている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４３】
抗体が検出可能なマーカーにコンジュゲートされている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４４】
請求項２７から３４までのいずれか一項に記載の方法における使用又は請求項３８に記載の使用のためのキットであって、体液中で検出可能である、請求項２３から２６までのいずれか一項に記載の癌特異的バイオマーカーに結合し、又はそれを特異的に認識することができるリガンドと、レポーター手段とを含む、上記キット。