【手続補正書】
【提出日】平成25年10月11日(2013.10.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中のチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）の少なくとも１つのアイソフォームの量を決定するための方法であって、質量分析法技術の使用を含み、チトクロームＰ４５０の前記少なくとも１つのアイソフォームはＣＹＰ１Ａ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ３Ａ４、およびＣＹＰ３Ａ５の少なくとも１つを含む、方法。
【請求項２】
前記質量分析法技術はタンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ）技術、または液体クロマトグラフィータンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）技術を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ１Ａ２に特異的な少なくとも１つの単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ１Ａ２の量を決定することを含む、請求項１または２のいずれかに記載の方法であって、前記方法は、前記配列のうちの少なくとも１つのプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含み、ここで、前記プレカーサー−プロダクトイオン対のｍ／ｚ値は以下である：
配列番号８について約４３２／６３６、約４３２／５３５もしくは約４３２／４７８、
配列番号９について約４８２／８００、約４８２／６２８もしくは約４８２／７４３、
配列番号１０について約４９１／７２１、約４９１／８３４もしくは約４９１／５３５、
配列番号１１について約５２８／５０１、約５２８／６１４もしくは約５２８／７２７、
配列番号１２について約５７１／７８３、約５７１／９７１、約５７１／１０２８、約３８１／５８７、約３８１／４７４もしくは約３８１／３７５、
配列番号１３について約６９５／６９５、約６９５／８３７もしくは約６９５／９５０、または
配列番号１４について約５３６／７９５、約５３６／５８４もしくは約５３６／６９８。
【請求項４】
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ２Ｂ６に特異的な少なくとも１つの単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ２Ｂ６の量を決定することを含む、請求項１または２のいずれかに記載の方法であって、前記方法は、前記配列のうちの少なくとも１つのプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含み、ここで、前記プレカーサー−プロダクトイオン対のｍ／ｚ値は以下である：
配列番号１について約５４８／９１１、約５４８／６８１もしくは約５４８／５６６、
配列番号２について約４９４／７７７、約４９４／４３７もしくは約４９４／８７４、
配列番号３について約４２１／５０８、約４２１／６０７もしくは約４２１／６９４、または
配列番号４について約４７９／４９９、約４７９／６１４もしくは約４７９／７２７。
【請求項５】
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号５、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ４に特異的な単離された少なくとも１つのペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ３Ａ４の量を決定することを含む、請求項１または２のいずれかに記載の方法であって、前記方法は、前記配列のうちの少なくとも１つのプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含み、ここで、前記プレカーサー−プロダクトイオン対のｍ／ｚ値は以下である：
配列番号５について約４４０／５４９、約４４０／６５０もしくは約４４０／５３２、
配列番号６について約７０４／７９４、約７０４／９２９、約５６４／６８９、約５６４／７４５もしくは約５６４／７９０、または
配列番号７について約７９８／８１９、約７９８／９３２もしくは約７９８／１００４。
【請求項６】
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号１５、配列番号１６または配列番号１７のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ５に特異的な単離された少なくとも１つのペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ３Ａ５の量を決定することを含む、請求項１または２のいずれかに記載の方法であって、前記方法は、前記配列のうちの少なくとも１つのプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含み、ここで、前記プレカーサー−プロダクトイオン対のｍ／ｚ値は以下である：
配列番号１５について約４６８／５８１、約４６８／６７９もしくは約４６８／７３６、
配列番号１６について約４７０／４９４、約４７０／６０８もしくは約４７０／７２２、または
配列番号１７について約５８９／７４７、約５８９／６９６もしくは約５８９／６４７。
【請求項７】
チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）誘導について薬物をスクリーニングするための方法であって、
前記薬物を、ミクロソームを含む生物学的サンプルとインキュベートすること、
液体クロマトグラフィータンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳＭＳ）を用いて１Ａ２アイソフォーム、２Ｂ６アイソフォーム、３Ａ４アイソフォームおよび３Ａ５アイソフォームの群から選択される少なくとも１つのチトクロームＰ４５０アイソフォームを定量すること、
定量された値を閾値と比較すること、および
前記定量された値が前記閾値を超えない場合、前記薬物が許容可能なＣＹＰ誘導能を有するものと決定すること
を含む、方法。
【請求項８】
前記ミクロソームを含む生物学的サンプルはヒトに由来する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
配列番号１〜１７のアミノ酸配列の１つまたは複数を含む、ＣＹＰアイソフォームＣＹＰ１Ａ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ３Ａ４またはＣＹＰ３Ａ５に特異的な１つまたは複数の単離されたペプチドを含む、キット。
【請求項１０】
配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１１】
配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１２】
配列番号５、配列番号６または配列番号７の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１３】
配列番号１５、配列番号１６または配列番号１７の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１４】
ホモジニアスアッセイを含む、請求項９から１３のいずれかに記載のキット。
【請求項１５】
前記キットを用いてアッセイを実施するための質量分析機器の設定として使用されるトランジション対に関する情報を含む、請求項９〜１４のいずれかに記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
種々の実施形態によれば、ペプチドおよび最適なＭＲＭトランジションのセットを、薬物とのインキュベーションにより濃度が影響されない「ハウスキーピング」ミクロソーム（ｍｉｃｒｏｓｏｍｏｌ）タンパク質として提供する。このセットは、定量解析のための補正タンパク質として使用してもよい。いくつかの実施形態では、アイソフォーム特異的ペプチドの重い形態、たとえば、Ｃ１３および／またはＮ１５で標識された形態をサンプルに添加することにより、定量化を行ってもよい。図１は、ヒトミクロソームのＣＹＰ１Ａ２、ＣＹＰ２Ｂ６およびＣＹＰ３Ａ３／３Ａ４の典型的なＭＲＭ解析を示し、図１ではアイソフォーム特異的ペプチドの一部を表示してある。以下の表１〜４に、本教示の種々の実施形態により観察された最も高感度のアイソフォーム特異的ペプチドのセットごとに最適化トランジションを示す。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４のアミノ酸配列を含む、チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ２Ｂ６に特異的な単離されたペプチド。
（項目２）
配列番号５、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列を含む、チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ４に特異的な単離されたペプチド。
（項目３）
配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４のアミノ酸配列を含む、チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ１Ａ２に特異的な単離されたペプチド。
（項目４）
配列番号１５、配列番号１６または配列番号１７のアミノ酸配列を含む、チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ５に特異的な単離されたペプチド。
（項目５）
サンプル中のチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）の少なくとも１つのアイソフォームの量を決定するための方法であって、質量分析法技術の使用を含み、チトクロームＰ４５０の前記少なくとも１つのアイソフォームはＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ１Ａ２およびＣＹＰ３Ａ５の少なくとも１つを含む、方法。
（項目６）
前記質量分析法技術はタンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ）技術を含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記質量分析法技術は液体クロマトグラフィー／タンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）技術を含む、項目５に記載の方法。
（項目８）
前記ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ技術は三連四重極型装置、および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）の使用を含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号１、配列番号２または配列番号３のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ２Ｂ６に特異的な単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ２Ｂ６の量を決定することを含む、項目５に記載の方法。
（項目１０）
前記単離されたペプチドは配列番号１のアミノ酸配列を含み、前記方法は約５４８／９１１、約５４８／６８１または約５４８／５６６のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記単離されたペプチドは配列番号２のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４９４／７７７、約４９４／４３７または約４９４／８７４のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記単離されたペプチドは配列番号３のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４２１／５０８、約４２１／６０７または約４２１／６９４のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目９に記載の方法。
（項目１３）
前記単離されたペプチドは配列番号４のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４７９／４９９、約４７９／６１４または約４７９／７２７のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目９に記載の方法。
（項目１４）
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号５、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ４に特異的な単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ３Ａ４の量を決定することを含む、項目５に記載の方法。
（項目１５）
前記単離されたペプチドは配列番号５のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４４０／５４９、約４４０／６５０または約４４０／５３２のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記単離されたペプチドは配列番号６のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約７０４／７９４、約７０４／９２９、約５６４／６８９、約５６４／７４５または約５６４／７９０のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記単離されたペプチドは配列番号７のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約７９８／８１９、約７９８／９３２または約７９８／１００４のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１８）
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ１Ａ２に特異的な単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ１Ａ２の量を決定することを含む、項目５に記載の方法。
（項目１９）
前記単離されたペプチドは配列番号８のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約４３２／６３６、約４３２／５３５または約４３２／４７８のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記単離されたペプチドは配列番号９のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約４８２／８００、約４８２／６２８または約４８２／７４３のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
前記単離されたペプチドは配列番号１０のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約４９１／７２１、約４９１／８３４または約４９１／５３５のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
前記単離されたペプチドは配列番号１１のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約５２８／５０１、約５２８／６１４または約５２８／７２７のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２３）
前記単離されたペプチドは配列番号１２のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約５７１／７８３、約５７１／９７１、約５７１／１０２８、約３８１／５８７、約３８１／４７４または約３８１／３７５のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２４）
前記単離されたペプチドは配列番号１３のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約６９５／６９５、約６９５／８３７または約６９５／９５０のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−
プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２５）
前記単離されたペプチドは配列番号１４のアミノ酸配列を含み、前記方法は、約５３６／７９５、約５３６／５８４または約５３６／６９８のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２６）
前記決定は、三連四重極型装置および多重反応モニタリング（ＭＲＭ）を用いて、配列番号１５、配列番号１６または配列番号１７のアミノ酸配列を含むチトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）アイソフォームＣＹＰ３Ａ５に特異的な単離されたペプチドを検出することにより、前記サンプル中のＣＹＰ３Ａ５の量を決定することを含む、項目５に記載の方法。
（項目２７）
前記単離されたペプチドは配列番号１５のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４６８／５８１、約４６８／６７９または約４６８／７３６のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記単離されたペプチドは配列番号１６のアミノ酸配列を含み、前記方法は約４７０／４９４、約４７０／６０８または約４７０／７２２のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記単離されたペプチドは配列番号１７のアミノ酸配列を含み、前記方法は約５８９／７４７、約５８９／６９６または約５８９／６４７のｍ／ｚ値を有するプレカーサー−プロダクトイオン対トランジションをモニターすることを含む、項目２６に記載の方法。
（項目３０）
チトクロームＰ４５０（ＣＹＰ）誘導について薬物をスクリーニングするための方法であって、
前記薬物を、ミクロソームを含む生物学的サンプルとインキュベートすること、
液体クロマトグラフィー／タンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳＭＳ）を用いて２Ｂ６アイソフォーム、３Ａ４アイソフォーム、１Ａ２アイソフォームおよび３Ａ５アイソフォームの群から選択される少なくとも１つのチトクロームＰ４５０アイソフォームを定量すること、
定量された値を閾値と比較すること、
前記定量された値が前記閾値を超えない場合、前記薬物が許容可能なＣＹＰ誘導能を有するものと決定すること
を含む、方法。
（項目３１）
前記ミクロソームを含む生物学的サンプルはヒトに由来する、項目２８に記載の方法。
（項目３２）
配列番号１〜１７のアミノ酸配列の１つまたは複数を含む、ＣＹＰアイソフォームＣＹＰ２Ｂ６、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ１Ａ２またはＣＹＰ３Ａ５に特異的な１つまたは複数の単離されたペプチドを含む、キット。
（項目３３）
配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、項目３２に記載のキット。
（項目３４）
配列番号５、配列番号６または配列番号７の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、項目３２に記載のキット。
（項目３５）
配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３または配列番号１４の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、項目３２に記載のキット。
（項目３６）
配列番号１５、配列番号１６または配列番号１７の１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、項目３２に記載のキット。
（項目３７）
ホモジニアスアッセイを含む、項目３２に記載のキット。
（項目３８）
前記キットを用いてアッセイを実施するための質量分析機器の設定として使用されるトランジション対に関する情報を含む、項目３２に記載のキット。