【手続補正書】
【提出日】平成24年11月19日(2012.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列を増幅するための組成物であって、共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物から該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能とするフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む組成物。
【請求項２】
前記目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列が単一対立遺伝子改変体である、請求項１の組成物。
【請求項３】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２からなる群より選択される、請求項１の組成物。
【請求項４】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列に対するフォワードプライマーおよびリバースプライマーが以下からなる群より選択される、請求項３の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂに対し、配列番号３０を含むフォワードプライマーおよび配列番号４５を含むリバースプライマー；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ２に対し、配列番号３１を含むフォワードプライマーおよび配列番号４６を含むリバースプライマー；
ｃ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対し、配列番号３２を含むフォワードプライマーおよび配列番号４７を含むリバースプライマー；
ｄ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対し、配列番号３３を含むフォワードプライマーおよび配列番号４８を含むリバースプライマー；
ｅ）ＩＦＮ−アルファ４ｂに対し、配列番号３４を含むフォワードプライマーおよび配列番号４９を含むリバースプライマー；
ｆ）ＩＦＮ−アルファ５に対し、配列番号３５を含むフォワードプライマーおよび配列番号５０を含むリバースプライマー；
ｇ）ＩＦＮ−アルファ６に対し、配列番号３６を含むフォワードプライマーおよび配列番号５１を含むリバースプライマー；
ｈ）ＩＦＮ−アルファ７に対し、配列番号３７を含むフォワードプライマーおよび配列番号５２を含むリバースプライマー；
ｉ）ＩＦＮ−アルファ８に対し、配列番号３８を含むフォワードプライマーおよび配列番号５３を含むリバースプライマー；
ｊ）ＩＦＮ−アルファ１０に対し、配列番号３９を含むフォワードプライマーおよび配列番号５４を含むリバースプライマー；
ｋ）ＩＦＮ−アルファ１４に対し、配列番号４０を含むフォワードプライマーおよび配列番号５５を含むリバースプライマー；
ｌ）ＩＦＮ−アルファ１６に対し、配列番号４１を含むフォワードプライマーおよび配列番号５６を含むリバースプライマー；
ｍ）ＩＦＮ−アルファ１７に対し、配列番号４２を含むフォワードプライマーおよび配列番号５７を含むリバースプライマー；ならびに
ｎ）ＩＦＮ−アルファ２１に対し、配列番号４３を含むフォワードプライマーおよび配列番号５８を含むリバースプライマー。
【請求項５】
各フォワードおよびリバースプライマーが５０℃〜６０℃の間のプライマー伸長温度を有する、請求項１〜４のいずれか１項の組成物。
【請求項６】
各ＩＦＮ−アルファサブタイプに対するフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む、請求項３の組成物。
【請求項７】
さらに阻害剤を含む、請求項１〜６のいずれか１項の組成物。
【請求項８】
さらにプローブを含む、請求項１〜７のいずれか１項の組成物。
【請求項９】
前記阻害剤、フォワードプライマー、リバースプライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つがロックド核酸を含む、請求項７〜８のいずれか１項の組成物。
【請求項１０】
前記フォワードプライマー、リバースプライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つが分子標識を含む、請求項８の組成物。
【請求項１１】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対する前記阻害剤が、以下からなる群より選択される請求項７〜１０のいずれか１項の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対して、配列番号４４および８９を含む阻害剤；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対して、配列番号８８を含む阻害剤；ならびに
ｃ）ＩＦｎ−アルファ４ｂに対して、配列番号８８を含む阻害剤。
【請求項１２】
前記プローブが単一ＩＦＮ−アルファサブタイプ対立遺伝子変異型をコードする配列を同定する、請求項８〜１１のいずれか１項の組成物。
【請求項１３】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対する前記プローブが以下からなる群より選択される、請求項８〜１２のいずれか１項の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂに対して、配列番号５９を含むプローブ；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ２に対して、配列番号６０を含むプローブ；
ｃ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対して、配列番号６１を含むプローブ；
ｄ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対して、配列番号６２を含むプローブ；
ｅ）ＩＦＮ−アルファ４ｂに対して、配列番号６３を含むプローブ；
ｆ）ＩＦＮ−アルファ５に対して、配列番号６４含むプローブ；
ｇ）ＩＦＮ−アルファ６に対して、配列番号６５を含むプローブ；
ｈ）ＩＦＮ−アルファ７に対して、配列番号６６を含むプローブ；
ｉ）ＩＦＮ−アルファ８に対して、配列番号６７を含むプローブ；
ｊ）ＩＦＮ−アルファ１０に対して、配列番号６８を含むプローブ；
ｋ）ＩＦＮ−アルファ１４に対して、配列番６９を含むプローブ；
ｌ）ＩＦＮ−アルファ１６に対して、配列番号７０を含むプローブ；
ｍ）ＩＦＮ−アルファ１７に対して、配列番号７１を含むプローブ；および
ｎ）ＩＦＮ−アルファ２１に対して、配列番号７２を含むプローブ。
【請求項１４】
ＤＳ剤をさらに含む、請求項１〜１３のいずれか１項の組成物。
【請求項１５】
前記ＤＳ剤が２本鎖核酸に結合する染料である、請求項１４の組成物。
【請求項１６】
前記染料がサイバーグリーンである、請求項１５の組成物。
【請求項１７】
前記プローブが捕捉領域をさらに含む、請求項８〜１３のいずれか１項の組成物。
【請求項１８】
前記プローブが検出可能な標識を含む、請求項８〜１４のいずれか１項の組成物。
【請求項１９】
前記検出可能な標識が、Ｔｅｘａｓ−Ｒｅｄ（登録商標）、フルオレセインイソチオシアネート、ＦＡＭ、ＴＡＭＲＡ、Ａｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ、シアニン染料、クエンチャーおよびビオチンからなる群より選択される、請求項１８の組成物。
【請求項２０】
コントロールをさらに含む、請求項１〜１９のいずれか１項の組成物。
【請求項２１】
少なくとも約１．９０の効率を有する、請求項１〜２０のいずれか１項の組成物。
【請求項２２】
少なくとも約１．９５の効率を有する、請求項１〜２１のいずれか１項の組成物。
【請求項２３】
１反応あたり、目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度を有する、請求項１〜２２のいずれか１項の組成物。
【請求項２４】
特異的増幅および非特異的増幅間において少なくとも約５サイクルの相違の特異性を有する、請求項１〜２３のいずれか１項の組成物。
【請求項２５】
効率、感度および特異性のうちの少なくとも１つが、以下を含むＰＣＲ反応条件により達成される、請求項２１〜２４のいずれか１項の組成物：
ａ）ステージ１：５０℃で２分間；
ｂ）ステージ２：９５℃で３分間；および
ｃ）ステージ３：９５℃で１５秒間を４０反復の後、５９℃で１分間。
【請求項２６】
請求項１〜２５のいずれか１項の組成物を含む、少なくとも１つの特異的ＩＦＮ−アルファサブタイプを検出するためのキット。
【請求項２７】
各ＩＦＮ−アルファサブタイプに対するコンテナーをさらに含む請求項２６のキットであって、各コンテナーが、共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物から単一のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能にするフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含むキット。
【請求項２８】
前記目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列が単一対立遺伝子変異型である、請求項２７のキット。
【請求項２９】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２１からなる群より選択される、請求項２７または請求項２８のキット。
【請求項３０】
各コンテナーが、単一ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に特異的にハイブリダイズするプローブをさらに含む、請求項２７〜２９のいずれか１項のキット。
【請求項３１】
各コンテナーが阻害剤をさらに含む、請求項２７〜３０のいずれか１項のキット。
【請求項３２】
コントロールを含むコンテナーをさらに含む、請求項２６〜３１のいずれか１項のキット。
【請求項３３】
前記コンテナーが、チューブ、マルチウェルプレートにおけるウェル、チャネルおよびチップ上のウェルからなる群より選択される、請求項２６〜３２のいずれか１項のキット。
【請求項３４】
前記各フォワードおよびリバースプライマーが５０℃〜６０℃の間のプライマー伸長温度を有する、請求項２６〜３３のいずれか１項のキット。
【請求項３５】
各増幅反応が以下を有する、請求項２６〜３４のいずれか１項のキット：
ａ）少なくとも約１．９０の効率；
ｂ）１反応あたり目的のＩＦＮサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度；および
ｃ）特異的増幅および非特異的増幅間における少なくとも約９サイクルの相違の特異性。
【請求項３６】
前記効率、感度および特異性の少なくとも１つが、以下を含むＰＣＲ反応条件により達成される、請求項３５のキット：
ａ）ステージ１：５０℃で２分間；
ｂ）ステージ２：９５℃で３分間；および
ｃ）ステージ３：９５℃で１５秒間を４０反復の後、５９℃で１分間。
【請求項３７】
試料中の少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの存在の検出のための請求項１〜２５のいずれか１項の組成物または請求項２６〜３６のいずれか１項のキットであって、該試料は、該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの核酸配列の増幅に好適な条件下で、該組成物または該キットと接触されることを特徴とし；そして
該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物が検出され、該増幅産物の存在は、該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプが該試料中に存在することを示す、組成物またはキット。
【請求項３８】
試料中で症状に対する処置の効果をモニターするための請求項１〜２５のいずれか１項の組成物または請求項２６〜３６のいずれか１項のキットであって、該試料は、少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの増幅に好適な条件下で、該組成物または該キットと接触されることを特徴とし；
該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物が検出され；そして
該少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルが作成される、組成物またはキット。
【請求項３９】
前記処置が免疫調節薬の投与を含む、請求項３８の組成物またはキット。
【請求項４０】
少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルが、前記症状を伴わない試料における少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現パターンと比較されることを特徴とする、請求項３８もしくは３９の組成物またはキット。
【請求項４１】
前記処置が、ワクチン、免疫調節薬、癌化学療法および自己免疫症状治療からなる群より選択される、請求項３８または４０の組成物またはキット。
【請求項４２】
試料中で症状または症状に対する易罹患性を検出するための請求項１〜２５のいずれか１項の組成物または請求項２６〜３６のいずれか１項のキットであって、該試料は、少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの核酸配列の増幅に好適な条件下で、該組成物または該キットと接触されることを特徴とし；
該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物が検出され；
該少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルが作成され；そして
該少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルが、該少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの１以上の公知の遺伝子発現プロファイルと比較され、該公知の遺伝子発現プロファイルは疾患と関連する、組成物またはキット。
【請求項４３】
複数の試料が前記組成物またはキットと接触され、各試料が細胞または組織の異なる領域を含む、請求項４２の組成物またはキット。
【請求項４４】
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２１からなる群から選択される、請求項３７〜４３のいずれか１項の組成物またはキット。
【請求項４５】
前記試料が、癌、ウイルス感染、微生物感染、病原体、炎症性疾患および自己免疫疾患からなる群より選択される症状を有する被験者由来である、請求項３８〜４４のいずれか１項の組成物またはキット。
【請求項４６】
前記試料が組織試料、細胞試料、体液、尿、血液、血清、血漿、白血球、単球、末梢白血球（ＰＢＬ）、リンパ液、唾液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、関節液、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）、心膜液、脊髄液、胸膜液、胸膜滲出液、粘液、母乳、羊水、膣液、精液、前立腺液、腹水（ａｓｃｉｔｅｓ）、腹水（ａｓｃｉｔｅｃ  ｆｌｕｉｄ）、腹腔液、眼房水、硝子体液、涙、カタル性分泌液、汗、嚢胞液、胃酸および腫瘍組織試料からなる群より選択される請求項３８〜４５の組成物またはキット。
【請求項４７】
ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対するプライマー対の設計方法であって：
ａ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の特異領域を同定する工程；
ｂ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の該特異領域にハイブリダイズする少なくとも一対のプライマーを作製する工程；
ｃ）該少なくとも一対のプライマーの感度を測定し、１反応あたりの該目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程；
ｄ）（ｃ）において選択された該少なくとも１つのプライマー対の特異性を測定し、特異的増幅および非特異的増幅の間の少なくとも約５サイクルの相違の特異性を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程；
ｅ）（ｄ）において選択された該少なくとも１つのプライマー対の効率を測定し、少なくとも約１．９０の効率を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程
を含む方法。
【請求項４８】
前記プライマー対が５０℃〜６０℃の範囲におけるプライマー伸長温度を有する、請求項４７の方法。
【請求項４９】
単一マルチプレックス反応容器中に複数のフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む請求項２６、２８〜２９または３１〜３６のいずれか１項のキットであって、ここで各フォワードプライマーおよびリバースプライマーのセットが共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物からの単一ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能とするキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
他の実施態様において、本発明は、ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対するプライマー対の設計方法であって：ａ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の特異領域を同定すること；ｂ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の特異領域にハイブリダイズする少なくとも一対のプライマーを作製すること；ｃ）少なくとも一対のプライマーの感度を測定し、１反応あたりの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度を有する少なくとも１つのプライマーを選択すること；ｄ）（ｃ）において選択された少なくとも１つの（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎ）プライマー対の特異性を測定し、特異的および非特異的増幅の間の少なくとも約５サイクルの相違の特異性を有する少なくとも１つのプライマー対を選択すること；ｅ）（ｄ）において選択された少なくとも１つの（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎ）プライマー対の効率を測定し、少なくとも約１．９０の効率を有する少なくとも１つのプライマー対を選択することを含む方法を提供する。前記プライマー対は、５０℃〜６０℃の範囲におけるプライマー伸長温度を有してもよい。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列を増幅するための組成物であって、共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物から目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能とするフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む組成物。
（項目２）
前記目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列が単一対立遺伝子改変体である、項目１の組成物。
（項目３）
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２からなる群より選択される、項目１の組成物。
（項目４）
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列に対するフォワードプライマーおよびリバースプライマーが以下からなる群より選択される、項目３の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂに対し、配列番号３０を含むフォワードプライマーおよび配列番号４５を含むリバースプライマー；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ２に対し、配列番号３１を含むフォワードプライマーおよび配列番号４６を含むリバースプライマー；
ｃ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対し、配列番号３２を含むフォワードプライマーおよび配列番号４７を含むリバースプライマー；
ｄ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対し、配列番号３３を含むフォワードプライマーおよび配列番号４８を含むリバースプライマー；
ｅ）ＩＦＮ−アルファ４ｂに対し、配列番号３４を含むフォワードプライマーおよび配列番号４９を含むリバースプライマー；
ｆ）ＩＦＮ−アルファ５に対し、配列番号３５を含むフォワードプライマーおよび配列番号５０を含むリバースプライマー；
ｇ）ＩＦＮ−アルファ６に対し、配列番号３６を含むフォワードプライマーおよび配列番号５１を含むリバースプライマー；
ｈ）ＩＦＮ−アルファ７に対し、配列番号３７を含むフォワードプライマーおよび配列番号５２を含むリバースプライマー；
ｉ）ＩＦＮ−アルファ８に対し、配列番号３８を含むフォワードプライマーおよび配列番号５３を含むリバースプライマー；
ｊ）ＩＦＮ−アルファ１０に対し、配列番号３９を含むフォワードプライマーおよび配列番号５４を含むリバースプライマー；
ｋ）ＩＦＮ−アルファ１４に対し、配列番号４０を含むフォワードプライマーおよび配列番号５５を含むリバースプライマー；
ｌ）ＩＦＮ−アルファ１６に対し、配列番号４１を含むフォワードプライマーおよび配列番号５６を含むリバースプライマー；
ｍ）ＩＦＮ−アルファ１７に対し、配列番号４２を含むフォワードプライマーおよび配列番号５７を含むリバースプライマー；ならびに
ｎ）ＩＦＮ−アルファ２１に対し、配列番号４３を含むフォワードプライマーおよび配列番号５８を含むリバースプライマー。
（項目５）
各フォワードおよびリバースプライマーが５０℃〜６０℃の間のプライマー伸長温度を有する、項目１〜４のいずれか１項の組成物。
（項目６）
各ＩＦＮ−アルファサブタイプに対するフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む、項目３の組成物。
（項目７）
さらに阻害剤を含む、項目１〜６のいずれか１項の組成物。
（項目８）
さらにプローブを含む、項目１〜７のいずれか１項の組成物。
（項目９）
阻害剤、フォワードプライマー、リバースプライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つがロックド核酸を含む、項目７〜８のいずれか１項の組成物。
（項目１０）
フォワードプライマー、リバースプライマーまたはプローブのうちの少なくとも１つが分子標識を含む、項目８の組成物。
（項目１１）
ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対する前記阻害剤が、以下からなる群より選択される項目７〜１０のいずれか１項の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対して、配列番号４４および８９を含む阻害剤；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対して、配列番号８８を含む阻害剤；ならびに
ｃ）ＩＦｎ−アルファ４ｂに対して、配列番号８８を含む阻害剤。
（項目１２）
前記プローブが単一ＩＦＮ−アルファサブタイプ対立遺伝子変異型をコードする配列を同定する、項目８〜１１のいずれか１項の組成物。
（項目１３）
ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対する前記プローブが以下からなる群より選択される、項目８〜１２のいずれか１項の組成物：
ａ）ＩＦＮ−アルファ１ａ／ｂに対して、配列番号５９を含むプローブ；
ｂ）ＩＦＮ−アルファ２に対して、配列番号６０を含むプローブ；
ｃ）ＩＦＮ−アルファ４ａ／ｂに対して、配列番号６１を含むプローブ；
ｄ）ＩＦＮ−アルファ４ａに対して、配列番号６２を含むプローブ；
ｅ）ＩＦＮ−アルファ４ｂに対して、配列番号６３を含むプローブ；
ｆ）ＩＦＮ−アルファ５に対して、配列番号６４含むプローブ；
ｇ）ＩＦＮ−アルファ６に対して、配列番号６５を含むプローブ；
ｈ）ＩＦＮ−アルファ７に対して、配列番号６６を含むプローブ；
ｉ）ＩＦＮ−アルファ８に対して、配列番号６７を含むプローブ；
ｊ）ＩＦＮ−アルファ１０に対して、配列番号６８を含むプローブ；
ｋ）ＩＦＮ−アルファ１４に対して、配列番６９を含むプローブ；
ｌ）ＩＦＮ−アルファ１６に対して、配列番号７０を含むプローブ；
ｍ）ＩＦＮ−アルファ１７に対して、配列番号７１を含むプローブ；および
ｎ）ＩＦＮ−アルファ２１に対して、配列番号７２を含むプローブ。
（項目１４）
ＤＳ剤をさらに含む、項目１〜１３のいずれか１項の組成物。
（項目１５）
前記ＤＳ剤が２本鎖核酸に結合する染料である、項目１４の組成物。
（項目１６）
前記染料がサイバーグリーンである、項目１５の組成物。
（項目１７）
前記プローブが捕捉領域をさらに含む、項目８〜１３のいずれか１項の組成物。
（項目１８）
前記プローブが検出可能な標識を含む、項目８〜１４のいずれか１項の組成物。
（項目１９）
前記検出可能な標識が、Ｔｅｘａｓ−Ｒｅｄ（登録商標）、フルオレセインイソチオシアネート、ＦＡＭ、ＴＡＭＲＡ、Ａｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ、シアニン染料、クエンチャーおよびビオチンからなる群より選択される、項目１８の組成物。
（項目２０）
コントロールをさらに含む、項目１〜１９のいずれか１項の組成物。
（項目２１）
少なくとも約１．９０の効率を有する、項目１〜２０のいずれか１項の組成物。
（項目２２）
少なくとも約１．９５の効率を有する、項目１〜２１のいずれか１項の組成物。
（項目２３）
１反応あたり、目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度を有する、項目１〜２２のいずれか１項の組成物。
（項目２４）
特異的および非特異的増幅間において少なくとも約５サイクルの相違の特異性を有する、項目１〜２３のいずれか１項の組成物。
（項目２５）
効率、感度および特異性のうちの少なくとも１つが、以下を含むＰＣＲ反応条件により達成される、項目２１〜２４のいずれか１項の組成物：
ａ）ステージ１：５０℃で２分間；
ｂ）ステージ２：９５℃で３分間；および
ｃ）ステージ３：９５℃で１５秒間を４０反復の後、５９℃で１分間。
（項目２６）
項目１〜２５のいずれか１項の組成物を含む、少なくとも１つの特異的ＩＦＮ−アルファサブタイプを検出するためのキット。
（項目２７）
各ＩＦＮ−アルファサブタイプに対するコンテナーをさらに含む項目２６のキットであって、各コンテナーが、共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物から単一のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能にするフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含むキット。
（項目２８）
目的の前記ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする少なくとも１つの配列が単一対立遺伝子変異型である、項目２７のキット。
（項目２９）
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２１からなる群より選択される、項目２７または項目２８のキット。
（項目３０）
各コンテナーが、単一ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に特異的にハイブリダイズするプローブをさらに含む、項目２７〜２９のいずれか１項のキット。
（項目３１）
各コンテナーが阻害剤をさらに含む、項目２７〜３０のいずれか１項のキット。
（項目３２）
コントロールを含むコンテナーをさらに含む、項目２６〜３１のいずれか１項のキット。
（項目３３）
前記コンテナーが、チューブ、マルチウェルプレートにおけるウェル、チャネルおよびチップ上のウェルからなる群より選択される、項目２６〜３２のいずれか１項のキット。
（項目３４）
各フォワードおよびリバースプライマーが５０℃〜６０℃の間のプライマー伸長温度を有する、項目２６〜３３のいずれか１項のキット。
（項目３５）
各増幅反応が以下を有する、項目２６〜３４のいずれか１項のキット：
ａ）少なくとも約１．９０の効率；
ｂ）１反応あたり目的のＩＦＮサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度；および
ｃ）特異的および非特異的増幅間における少なくとも約９サイクルの相違の特異性。
（項目３６）
効率、感度および特異性の少なくとも１つが、以下を含むＰＣＲ反応条件により達成される、項目３５のキット：
ａ）ステージ１：５０℃で２分間；
ｂ）ステージ２：９５℃で３分間；および
ｃ）ステージ３：９５℃で１５秒間を４０反復の後、５９℃で１分間。
（項目３７）
試料中の少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの存在の検出方法であって：
ａ）目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの核酸配列の増幅に好適な条件下で、該試料と項目１〜２５のいずれか１項の組成物または項目２６〜３６のいずれか１項のキットとを接触させる工程；および
ｂ）目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物を検出する工程であって、該増幅産物の存在は、目的のＩＦＮ−アルファサブタイプが試料中に存在することを示す、工程
を含む方法。
（項目３８）
症状に対する処置の効果をモニターする方法であって：
ａ）少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの増幅に好適な条件下で、試料と項目１〜２４のいずれか１項の組成物または項目２５〜３５のいずれか１項のキットとを接触させる工程；
ｂ）目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物を検出する工程；および
ｃ）少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルを作成する工程
を含む方法。
（項目３９）
前記処置が免疫調節薬を投与することを含む、項目３８の方法。
（項目４０）
少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルを、前記症状を伴わない試料における少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現パターンと比較する工程をさらに含む、項目３８または３９の方法。
（項目４１）
前記処置が、ワクチン、免疫調節薬、癌化学療法および自己免疫症状治療からなる群より選択される、項目３８または４０の方法。
（項目４２）
症状または症状に対する易罹患性を検出する方法であって：
ａ）少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの核酸配列の増幅に好適な条件下で、試料と項目１〜２４のいずれか１項の組成物または項目２５〜３５のいずれか１項のキットとを接触させる工程；
ｂ）目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する増幅産物を検出する工程；
ｃ）少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルを作成する工程；および
ｄ）少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプに対する発現プロファイルを、少なくとも１つの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプの１以上の公知の遺伝子発現プロファイルと比較する工程であって、該公知の遺伝子発現プロファイルは疾患と関連する、工程
を含む方法。
（項目４３）
複数の試料について前記方法を行う工程を含み、各試料が細胞または組織の異なる領域を含む、項目４２の方法。
（項目４４）
前記ＩＦＮ−アルファサブタイプが、ＩＦＮ−アルファ１ｂ、ＩＦＮ−アルファ１ａ、ＩＦＮ−アルファ２ａ、ＩＦＮ−アルファ２ｂ、ＩＦＮ−アルファ４ａ、ＩＦＮ−アルファ４ｂ、ＩＦＮ−アルファ５、ＩＦＮ−アルファ６、ＩＦＮ−アルファ７、ＩＦＮ−アルファ８、ＩＦＮ−アルファ１０、ＩＦＮ−アルファ１４、ＩＦＮ−アルファ１６、ＩＦＮ−アルファ１７、およびＩＦＮ−アルファ２１からなる群から選択される、項目３７〜４３のいずれか１項の方法。
（項目４５）
前記試料が、癌、ウイルス感染、微生物感染、病原体、炎症性疾患および自己免疫疾患からなる群より選択される症状を有する被験者由来である、項目３８〜４４のいずれか１項の方法。
（項目４６）
前記試料が組織試料、細胞試料、体液、尿、血液、血清、血漿、白血球、単球、末梢白血球（ＰＢＬ）、リンパ液、唾液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、関節液、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬ）、心膜液、脊髄液、胸膜液、胸膜滲出液、粘液、母乳、羊水、膣液、精液、前立腺液、腹水（ａｓｃｉｔｅｓ）、腹水（ａｓｃｉｔｅｃ  ｆｌｕｉｄ）、腹腔液、眼房水、硝子体液、涙、カタル性分泌液、汗、嚢胞液、胃酸および腫瘍組織試料からなる群より選択される項目３８〜４５の方法。
（項目４７）
ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列に対するプライマー対の設計方法であって：
ａ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の特異領域を同定する工程；
ｂ）ＩＦＮ−アルファサブタイプ配列の特異領域にハイブリダイズする少なくとも一対のプライマーを作製する工程；
ｃ）少なくとも一対のプライマーの感度を測定し、１反応あたりの目的のＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の少なくとも約１〜１０コピーを検出するために十分な感度を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程；
ｄ）（ｃ）において選択された少なくとも１つのプライマー対の特異性を測定し、特異的および非特異的増幅の間の少なくとも約５サイクルの相違の特異性を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程；
ｅ）（ｄ）において選択された少なくとも１つのプライマー対の効率を測定し、少なくとも約１．９０の効率を有する少なくとも１つのプライマー対を選択する工程
を含む方法。
（項目４８）
前記プライマー対が５０℃〜６０℃の範囲におけるプライマー伸長温度を有する、項目４７の方法。
（項目４９）
単一マルチプレックス反応容器中に複数のフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む項目２６、２８〜２９または３１〜３６のいずれか１項のキットであって、ここで各フォワードプライマーおよびリバースプライマーのセットが共に、複数のＩＦＮサブタイプテンプレートを含む組成物からの単一ＩＦＮ−アルファサブタイプをコードする配列の特異的な増幅を可能とするキット。