【誤訳訂正書】
【提出日】平成25年4月30日(2013.4.30)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
ある態様において、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体は、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％でさえも親アルファ‐アミラーゼに対して同一性を有するアミノ酸配列を有し、下記の少なくとも二つを含む。
（ａ）Ｃ末端の欠失、
（ｂ）アミノ酸２０１の置換、又は
（ｃ）Ｒ１８０及びＳ１８１残基の欠失
ここで、変異体はアルファ‐アミラーゼ活性を有する（番号を付するために配列番号１を用いる）。いくつかの実施態様においては、親アルファ‐アミラーゼは配列番号１である。いくつかの実施態様においては、親アルファ‐アミラーゼは配列番号１に対して特定の相同性を有する。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２０】
ある態様において、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体であって、前記変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸を有し、下記の少なくとも二つを含む。
（ａ）Ｃ末端の欠失、
（ｂ）２０１残基の置換、又は
（ｃ）Ｒ１８０及びＳ１８１残基の欠失
ここで、前記アミノ酸残基は配列番号１のアミノ酸配列をいう。幾つかの態様において、変異体がアルファ‐アミラーゼ活性を有する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２１】
幾つかの実施態様においては、変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも９０％の同一性を有する。幾つかの実施態様においては、変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも９５％の同一性を有する。ある実施態様においては、親アルファ‐アミラーゼは配列番号１のアミノ酸配列を有する。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
別の実施態様においては、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体であって、前記変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも８５％の同一性を有し、Ｃ末端の欠失を含む。幾つかの実施態様においては、変異体は配列番号２のアミノ酸配列を有する。変異体が親アミラーゼと比較して冷水中デンプン汚れに対して増加される洗浄活性を有する。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３０】
別の態様において、本発明は、織物からデンプンを除く方法であって、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体存在下に織物をインキュベーションすることを含み、ここで前記変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、下記の少なくとも二つを含む方法に関する。
（ａ）Ｃ末端の欠失、
（ｂ）２０１残基の置換、又は
（ｃ）Ｒ１８０及びＳ１８１残基の欠失、
ここで、前記アミノ酸残基は配列番号１のアミノ酸をいい、前記インキュベーションは織物からデンプンを除去することを特徴とする。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
関連する態様において、本発明は、デンプンを処理する方法であって、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体存在下に織物をインキュベーションすることを含み、ここで前記変異体が親アルファ‐アミラーゼに少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、下記の少なくとも二つを含む方法に関する。
（ａ）Ｃ末端の欠失、
（ｂ）２０１残基の置換、又は
（ｃ）Ｒ１８０及びＳ１８１残基の欠失、
ここで、前記アミノ酸残基は配列番号１のアミノ酸をいい、前記インキュベーションは前記デンプンを加水分解することを特徴とする。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５６】
「相同体」は、対象のアミノ酸配列及び対象のヌクレオチド配列とある度合いの同一性を有する物を意味する。周知の配列アライメントツール（例えば、Ｃｌｕｓｔａｌ、ＢＬＡＳＴ等）用いて、相同配列は対象配列に対して少なくとも約７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％でさえも同一なアミノ酸配列を含むと考えられる。一般的に、特に断りがない限り、相同性は対象アミノ酸配列の同様の活性部位残基を含む。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１１９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１１９】
１．５  相同性（同一性）
整列後に別の配列に対して特定のパーセント（例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％さえ）の配列同一性を有するポリヌクレオチド又はポリペプチドは塩基又はアミノ酸残基の割合が二つの配列を比較して同じである。このアライメント及びパーセント相同性又は同一性は周知の任意の適切なソフトウエアプログラムを用いて決定できる。例えばCURRENT  PROTOCOLS  IN  MOLECULAR  BIOLOGY  (F.  M.  Ausubel他、(eds)  1987,  Supplement  30,  section  7.7.18)に記載される。好ましいプログラムはthe  Vector  NTI  Advance（商標）  9.0  (Invitrogen  Corp.  Carlsbad,  CA)、GCG  Pileup  program,  FASTA  (Pearson  他  (1988)  Proc.  Natl,  Acad.  Sci  USA  85:2444-2448)、及びBLAST  (BLAST  Manual,  Altschul  他,  Natl  Cent.  Biotechnol.  Inf.,  Natl  Lib.  Med.  (NCIB  NLM  NIH),  Bethesda,  Md.及びAltschul他,  (1997)  Nuc．Acid  Res．  25:3389-3402)を含む。他の好ましいアライメントプログラムはALIGN  Plus  (Scientific  and  Educational  Software,  PA)であり、好ましくはデフォルトパラメータを用いる。使用に適した別の配列ソフトウエアプログラムはthe  Sequence  Software  Package  Version  6.0(Genetics  Computer  Group,  University  of  Wisconsin,  Madison,  WI)で入手できるTFASTA  Data  Searching  Programである。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２０】
相同性は第二から第一配列の導出を示す二つの配列間の同一性割合として決定されてよい。相同性はＧＣＧプログラムパッケージ（上述）が提供するＧＡＰのような周知のコンピュータープログラム手段により適切に決定されてよい。つまり、Gap  GCG  v8は同一性用デフォルトスコアリングマトリックス及び次のデフォルトパラメータを用いてよい。それは、核酸配列比較のためにそれぞれ５．０のＧＡＰクリエーションペナルティー及び０．３のエクステンションペナルティー及びタンパク質配列比較のためにそれぞれ３．０のＧＡＰクリエーションペナルティー及び０．１のエクステンションペナルティーである。アライメントを作り、同一性を計算するためにＧＡＰはNeedleman  and  Wunsch,  J.Mol.  Biol.  48:443-453  (1970)の方法を用いる。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２１】
ＡｍｙＴＳ２３（配列番号１）及び例えば、別のアルファ‐アミラーゼの間の構造アライメントはＡｍｙＴＳ２３と高い同一性、例えば、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９７％、９６％、９７％、９８％、又は９９％さえも有する他のアルファ‐アミラーゼにおける同等／相当の位置を同定するために用いてよい。前記構造アライメントを得る一つの方法はギャップペナルティーのデフォルト値、即ち、３．０のギャップクリエーションペナルティー及び０．１のギャップエクステンションペナルティーを用いるＧＣＧパッケージからのＰｉｌｅ  Ｕｐプログラムを用いることである。他の構造アライメント方法は疎水性クラスター分析(Gaboriaud他,  FEBS  Lｅｔｔ．  224,  pp.149-155  (1987))及びリバーススリーディング（reverse  threading）(Huber,  T;  Torda,  AE,  PROTEIN  SCIENCE  Vol.  7,  No.1  pp.  142-149  (1998))を含む。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１３０】
本発明の組成物及び方法の最初の実施態様においては、親バシルス種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）菌株アルファ‐アミラーゼの変異体を提供し、変異体は以下の改変を少なくとも二つ含む。
（ａ）Ｃ末端の欠失、
（ｂ）配列番号１のナンバリングを用いてアミノ酸２０１（即ち、Ｍ２０１）の置換、又は
（ｃ）Ｒ１８０、Ｓｌ８１、Ｔ１８２及びＧ１８３からなる群から選択される少なくとも二つの残基の欠失。ここでアミノ酸残基のナンバリングは配列番号１をいう。
いくつかの実施態様においては、改変は（ａ）及び（ｂ）を含む。他の実施態様においては、改変は（ａ）及び（ｃ）を含む。幾つかの実施態様においては、さらに、変異体は残基８７、残基２２５、残基２７２、及び残基２８２からなる群から選択される残基の一以上にて置換を含んでよい。好ましくは、変異体アミラーゼはアルファ‐アミラーゼ活性を有する。特定の改変が明確化されることを除いて、変異体の他の維持されるアミノ酸配列は配列番号１のアミノ酸配列に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有してよい。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１３１】
関連する態様において、親ＡｍｙＴＳ２３アルファ‐アミラーゼの変異体を提供し、ここで変異体は親アルファ‐アミラーゼに対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有し、Ｃ末端欠失を有する。変異体は配列番号２のアミノ酸配列でもよい。変異体は親アミラーゼに比較して冷水中デンプン基質に対して増加される洗浄活性を有してよい。