【誤訳訂正書】
【提出日】平成24年12月14日(2012.12.14)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
本発明は、セルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ酵素活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を生成する方法であって、（ａ）本発明の核酸を含む鋳型核酸を提供する工程；及び（ｂ）鋳型配列の１つ以上のヌクレオチドを改変、欠失、若しくは付加するか、又はこれらの組合せにより、鋳型核酸の変種を生成する工程を含む方法を提供する。一つの特徴において、この方法は、セルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ酵素ポリペプチドの変種を生成する核酸の変種を発現することを更に含むことができる。改変、付加又は欠失は、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリＰＣＲ、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（ＧＳＳＭ）、合成連結再アッセンブリ（ＳＬＲ）、染色体飽和変異導入（ＣＳＭ）又はそれらの組合せを含む方法によって導入することができる。別の特徴において、>改変、付加又は欠失は、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成びそれらの組合せを含む方法によって導入される。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５４】
本発明は、複数の改変セルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ酵素活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを産生する方法であって、前記改変活性部位又は基質結合部位が、第１の活性部位又は第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来し、（ａ）第１の活性部位又は第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列は本発明の核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸が、セルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ活性部位又はセルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程；（ｂ）前記第１の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする変異導入オリゴヌクレオチドのセットを提供する工程；及び（ｃ）前記変異導入オリゴヌクレオチドのセットを使用して、変異が導入されるそれぞれのアミノ酸コドンにおいて一連のアミノ酸の変種をコードする活性部位コード核酸変種又は基質結合部位コード核酸変種のセットを生成し、それによって複数の改変されたセルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼ酵素活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程を含む、前記方法を提供する。一つの特徴において、この方法は、最適化定方向進化系、遺伝子部位飽和変異導入（ＧＳＳＭ）、合成連結再アッセンブリ（ＳＬＲ）、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリＰＣＲ、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ及びこれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸に変異を導入することを含む。別の特徴において、この方法は、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾ＤＮＡ変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成及びそれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸又は変種に変異を導入することを含む。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７３】
また、提供されるものは、例えば、合成連結再アッセンブリ、最適化定方向進化系及び／又は遺伝子部位飽和変異導入（ＧＳＳＭ）のような飽和変異導入により、本発明の核酸の変種を作ることを含む、核酸を改変する方法である。用語「飽和変異導入」、遺伝子部位飽和変異導入又は「ＧＳＳＭ」には、下記で詳細に記載される、ポリヌクレオチドへ点変異を導入するために縮退オリゴヌクレオチドプライマーを使用する方法が含まれる。用語「最適化定方向進化系」又は「最適化定方向進化」には、関連する核酸配列、例えば関連する遺伝子のフラグメントを再集合する方法が含まれ、下記で詳細に説明される。用語「合成連結再アッセンブリ」又は「ＳＬＲ」には、オリゴヌクレオチドフラグメントを非確率論的様式で連結する方法が含まれ、下記で詳細に説明される。用語「変種」は、１つ以上の塩基対、コドン、イントロン、エキソン又はアミノ酸残基が（それぞれ）改変されているが、依然として本発明のセルラーゼ、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び／又はベータ−グルコシダーゼの生物学的活性を保持する本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドを意味する。変種は、例えば、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリＰＣＲ、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、ＧＳＳＭ及びこれらの任意の組合せのような方法を含む、幾つかの方法により産生できる。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１８４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１８４】
分子生物学の任意の技術、例えばランダムＰＣＲ変異導入（例えば、Rice (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:5467-5471を参照すること）又はコンビナトリアルマルチカセット変異導入（例えば、Crameri (1995) Biotechniques 18:194-196を参照すること）を使用することができる。あるいは、核酸、例えば遺伝子を、ランダム又は「確率論的」にフラグメント化した後で再集合させることができる（例えば、米国特許第６，２９１，２４２号、同第６，２８７，８６２号、同第６，２８７，８６１号、同第５，９５５，３５８号、同第５，８３０，７２１号、同第５，８２４，５１４号、同第５，８１１，２３８号、同第５，６０５，７９３号を参照すること）。別の特徴において、改変、付加又は欠失は、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリＰＣＲ、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（ＧＳＳＭ）、合成連結再アッセンブリ（ＳＬＲ）、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート改変ＤＮＡ変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成、染色体飽和変異導入（ＣＳＭ）及び／又はそれらの組合せ、並びに他の方法によって導入される。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２４６】
再帰的アンサンブル変異導入を使用して変種を生成することもできる。再帰的アンサンブル変異導入は、表現型的に関連する変種の多様な集団（そのメンバーはアミノ酸配列が異なる）を産生するために開発された、タンパク質工学（タンパク質変異導入）のためのアルゴリズムである。この方法は、フィードバック機構を使用して、連続する一連のコンビナトリアルカセット変異導入を制御する。再帰的アンサンブル変異導入は、例えば、Arkin (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7811-7815で記載されている。
幾つかの特徴において、変種は、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入を使用して作り出される。エクスポネンシャルアンサンブル変異導入は、独自で機能的な変種の割合の高いコンビナトリアルライブラリーを生成する方法であり、残基の小グループが並行してランダム化され、機能的タンパク質をもたらすアミノ酸がそれぞれの変更された位置で同定される。エクスポネンシャル変異導入は、例えばDelegrave (1993) Biotechnology Res. 11:1548-1552に記載されている。ランダム及び部位特異的変異導入は、例えば、Arnold (1993) Current Opinion in Biotechnology 4:450-455に記載されている。
幾つかの特徴において、変種は、シャッフリング手順を使用して作り出され、別個のポリペプチドをコードする複数の核酸の部分が一緒に融合されて、キメラポリペプチドをコードするキメラ核酸配列を作り出し、米国特許第５，９６５，４０８号（１９９６年７月９日出願、表題“Method of DNA Reassembly by Interrupting Synthesis”及び米国特許第５，９３９，２５０号（１９９６年５月２２日出願、表題“Production of Enzymes Having Desired Activities by Mutagenesis”）に記載されている。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくはそれ以上の、又は完全な配列同一性を有する核酸配列を含み、セルラーゼ活性を有する少なくとも１つのポリペプチドをコードする単離または組換え核酸。
【請求項２】
請求項１記載の配列を含む核酸を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項３】
請求項１記載の配列を含む核酸、又は請求項２記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞。
【請求項４】
請求項１記載の核酸を含むトランスジェニック植物またはトランスジェニック種子。
【請求項５】
配列番号２と、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％若しくはそれ以上、又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、セルラーゼ活性を有する単離または組換えポリペプチド。
【請求項６】
多糖を含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する方法であって、
（ａ）請求項５記載のセルラーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）多糖を含む組成物を提供する工程；及び
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを、セルラーゼが多糖を含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する条件下で、工程（ｂ）の組成物と接触させる工程を含む、
前記方法。
【請求項７】
バイオマスを請求項５記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、バイオマスを加工する方法。