【手続補正書】
【提出日】平成25年10月11日(2013.10.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、捕獲領域を含む、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、複数の異なる検出可能な標識を含むナノレポーターを含む、第２のタンパク質プローブ、および
（ｉｖ）マトリックスであって、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る成分が前記マトリックスに付着している、マトリックス
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、前記第２のタンパク質プローブ、および前記成分を含む少なくとも１つの複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合しており、前記成分が前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲プローブに結合している、工程；ならびに
（ｃ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントする工程を含む方法によって前記複合体または前記複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
【請求項２】
複数の複合体を形成することを含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、捕獲領域を含む、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、複数の異なる検出可能な標識を含むナノレポーターを含む、第２のタンパク質プローブ、ならびに
（ｉｖ）マトリックスに付着した成分であって、前記成分は、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る、成分
を含み、各第２のタンパク質プローブが異なるナノレポーター領域を含み、
好ましくは、前記複数の複合体における各ナノレポーターが、それを前記集団における他のナノレポーターから区別する検出可能なシグナルを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記マトリックスがビーズであり、前記複数の複合体の各複合体における各成分が異なるビーズに付着している、あるいは、
前記マトリックスが表面であり、前記複数の複合体の各複合体における各成分が前記表面の異なる位置に付着している、
請求項２に記載の方法。
【請求項４】
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、第１の捕獲領域または第１のマトリックスに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、シグナルオリゴを含む、第２のタンパク質プローブ、および
（ｉｖ）前記第１のプローブが第１捕獲領域に付着している場合：第２のマトリックスであって、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る成分が前記第２のマトリックスに付着している、第２のマトリックス
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、および前記第２のタンパク質プローブを含む少なくとも第１の複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合しており、前記第１のプローブが第１の捕獲領域に付着している場合、前記捕獲プローブが前記第２のマトリックスにおける前記成分に結合している、工程；
（ｃ）前記シグナルオリゴを前記第１複合体から遊離させる工程；
（ｄ）（１）少なくとも前記シグナルオリゴ、ならびに
（２）シグナルオリゴ特異的領域、およびナノレポーターを含む領域を含む少なくとも１つのオリゴプローブ
を含む第２の複合体を形成する工程であって、前記ナノレポーターが複数の異なる検出可能な標識を含む、工程；
（ｅ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントする工程を含む方法によって前記第２の複合体または前記第２の複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記第２の１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
【請求項５】
前記シグナルオリゴが第２の捕獲領域に付着しており、
好ましくは、前記シグナルオリゴの前記遊離工程が、前記シグナル分子を第３のマトリックスへと直接的または間接的に捕獲する工程をさらに含み、
好ましくは、前記ナノレポーターが定常領域をさらに含み、前記定常領域が複数の反復ヌクレオチド配列を含み、そして好ましくは、前記定常領域が前記第３マトリックスにおける第２の成分に結合し、前記第２成分が前記定常領域を結合し得る、
請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記マトリックス、または前記第１マトリックスもしくは前記第２のマトリックスがそれぞれ、ビーズおよびアレイからなる群から選択される、請求項１または４に記載の方法。
【請求項７】
複数の複合体を形成する工程を含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブが、捕獲領域または第１のマトリックスに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、シグナル分子を含む、第２のタンパク質プローブ
を含み、前記第１のプローブが第１捕獲領域に付着している場合、前記捕獲プローブが前記第２のマトリックスにおける前記成分に結合しており、それぞれの前記複数の複合体におけるそれぞれの第２のタンパク質プローブが異なるシグナルオリゴを含み、
好ましくは、前記第１マトリックスがビーズであり、前記ビーズが複数の同一の第１のタンパク質プローブを含む、
請求項４に記載の方法。
【請求項８】
最高２０００個まで、または最高９８０個までの異なる標的タンパク質の濃度が決定される、請求項２または７に記載の方法。
【請求項９】
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、第１のオリゴに付着している前記第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、第２のオリゴに付着している前記第２のタンパク質プローブ
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、および前記第２のタンパク質プローブを含む第１の複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合している、工程；
（ｃ）前記第１のオリゴおよび前記第２のオリゴをライゲーションして、シグナルオリゴを形成する工程；
（ｄ）（１）前記第１シグナルオリゴ、ならびに
（２）シグナルオリゴ特異的領域、およびナノレポーターを含む領域を含む少なくとも１つのオリゴプローブ
を含む第２の複合体を形成する工程であって、前記ナノレポーターが複数の異なる検出可能な標識を含む、工程；
（ｅ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントすることを含む方法によって前記第２の複合体または前記第２の複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
【請求項１０】
前記シグナルオリゴを前記第１複合体から遊離させる工程をさらに含み、
好ましくは、前記シグナルオリゴが捕獲領域を含み、
好ましくは、前記シグナルオリゴの前記遊離工程が、前記シグナル分子をマトリックスへと直接的または間接的に捕獲する工程をさらに含む、
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記個々に検出する工程が、デジタルシグナルを検出する工程をさらに含む、請求項１、４および９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
複数の複合体を形成する工程を含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブが、第１のオリゴに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブが、第２のオリゴに付着している、第２のタンパク質プローブ
を含み、前記第１のオリゴと前記第２のオリゴとのライゲーションがシグナルオリゴを形成し、前記複数の複合体における各複合体が異なるシグナルオリゴを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
２個以上の標的タンパク質の濃度が決定され、
好ましくは、２個、３個、４個、５個、１０個、２０個、３０個、５０個、１００個、２００個、３００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、または１０００個より多い異なる標的タンパク質の濃度が決定され、
好ましくは、請求項１１が請求項９に従属する場合、請求項１１にしたがって、少なくとも９７２個の異なる標的タンパク質の濃度が決定される、
請求項２、７および１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
固有的に標識されたタンパク質プローブの集団であって、各プローブが、
ｉ）標的特異的領域；および
ｉｉ）ナノレポーターを含む領域であって、前記ナノレポーターは、複数の異なる検出可能な分子を含む、領域；
を含み、各タンパク質プローブにおける前記ナノレポーターが、それを前記集団における他のナノレポーターから区別する検出可能なシグナルを有する、集団。
【請求項１５】
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブが、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から独立して選択される、あるいは、標的特異的領域が、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から選択される、請求項１、４および９のいずれか一項に記載の方法または請求項１４に記載の集団。
【請求項１６】
前記ナノレポーターが一本鎖核酸バックボーンを含み、前記バックボーンが、直線的に組み合わされて一緒に共有結合した複数の標識付着領域を含み、各標識付着領域が、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記相補的ポリヌクレオチド配列に、前記検出可能な標識が付着している、請求項１、４または９に記載の方法または請求項１４に記載の集団。
【請求項１７】
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブの解離定数または前記標的特異的領域の解離定数がそれぞれ、約１．００×１０−１５〜約１．００×１０−０８である、請求項２に記載の方法または請求項１４に記載の集団。
【請求項１８】
前記ナノレポーターが、リンカーオリゴへのハイブリダイゼーションを通して前記第２のプローブに付着している、あるいは前記ナノレポーターが、リンカーオリゴへのハイブリダイゼーションを通して前記タンパク質プローブに付着しており、
好ましくは、前記ナノレポーターが、リンカーオリゴに相補的である部分を含み、好ましくは、前記相補的領域が約１５個〜約２０個の塩基であり、
必要に応じて、前記ナノレポーターが、摂氏約３２度〜約４０度の温度で、好ましくは、摂氏約３７度〜約４５度の温度で、好ましくは、摂氏約３７度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、
請求項１に記載の方法または請求項１４に記載の集団。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
参照による組み入れ
本明細書に言及された全ての刊行物および特許出願は、あたかも各個々の刊行物または特許出願が具体的かつ個々に示されて参照により組み入れられるのと同じ程度で、参照により本明細書に組み入れられる。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、捕獲領域を含む、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、複数の異なる検出可能な標識を含むナノレポーターを含む、第２のタンパク質プローブ、および
（ｉｖ）マトリックスであって、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る成分が前記マトリックスに付着している、マトリックス
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、前記第２のタンパク質プローブ、および前記成分を含む少なくとも１つの複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合しており、前記成分が前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲プローブに結合している、工程；ならびに
（ｃ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントする工程を含む方法によって前記複合体または前記複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
（項目２）
前記個々に検出する工程が、デジタルシグナルを検出する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
複数の複合体を形成することを含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、捕獲領域を含む、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、複数の異なる検出可能な標識を含むナノレポーターを含む、第２のタンパク質プローブ、ならびに
（ｉｖ）マトリックスに付着した成分であって、前記成分は、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る、成分
を含み、各第２のタンパク質プローブが異なるナノレポーター領域を含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記複数の複合体における各ナノレポーターが、それを前記集団における他のナノレポーターから区別する検出可能なシグナルを有する、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブの解離定数が約１．００×１０−１５〜約１．００×１０−０８である、項目３に記載の方法。
（項目６）
２つ以上の標的タンパク質の濃度が決定される、項目３に記載の方法。
（項目７）
３個、４個、５個、１０個、２０個、３０個、５０個、１００個、２００個、３００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、または１０００個より多い異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目６に記載の方法。
（項目８）
最高２０００個までの異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目３に記載の方法。
（項目９）
最高９８０個までの異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目３に記載の方法。
（項目１０）
前記マトリックスがビーズおよびアレイからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記マトリックスがビーズであり、前記複数の複合体の各複合体における各成分が異なるビーズに付着している、項目３に記載の方法。
（項目１２）
前記マトリックスが表面であり、前記複数の複合体の各複合体における各成分が前記表面の異なる位置に付着している、項目３に記載の方法。
（項目１３）
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブが、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から独立して選択される、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記ナノレポーターが一本鎖核酸バックボーンを含み、前記バックボーンが、直線的に組み合わされて一緒に共有結合した複数の標識付着領域を含み、各標識付着領域が、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記相補的ポリヌクレオチド配列に、前記検出可能な標識が付着している、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記ナノレポーターが、リンカーオリゴへのハイブリダイゼーションを通して前記第２のプローブに付着している、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記ナノレポーターが、摂氏約３２度〜約４０度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記ナノレポーターが、摂氏約３７度〜約４５度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目１５に記載の方法。
（項目１８）
前記ナノレポーターが、摂氏約３７度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目１５に記載の方法。
（項目１９）
前記ナノレポーターが、前記リンカーオリゴに相補的である部分を含む、項目１５に記載の方法。
（項目２０）
前記相補的領域が約１５個〜約２０個の塩基である、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブは、第１の捕獲領域または第１のマトリックスに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、シグナルオリゴを含む、第２のタンパク質プローブ、および
（ｉｖ）前記第１のプローブが第１捕獲領域に付着している場合：第２のマトリックスであって、前記第１のタンパク質プローブにおける前記捕獲領域に結合し得る成分が前記第２のマトリックスに付着している、第２のマトリックス
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、および前記第２のタンパク質プローブを含む少なくとも第１の複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合しており、前記第１のプローブが第１の捕獲領域に付着している場合、前記捕獲プローブが前記第２のマトリックスにおける前記成分に結合している、工程；
（ｃ）前記シグナルオリゴを前記第１複合体から遊離させる工程；
（ｄ）（１）少なくとも前記シグナルオリゴ、ならびに
（２）シグナルオリゴ特異的領域、およびナノレポーターを含む領域を含む少なくとも１つのオリゴプローブ
を含む第２の複合体を形成する工程であって、前記ナノレポーターが複数の異なる検出可能な標識を含む、工程；
（ｅ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントする工程を含む方法によって前記第２の複合体または前記第２の複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記第２の１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
（項目２２）
前記シグナルオリゴが第２の捕獲領域に付着している、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記シグナルオリゴの前記遊離工程が、前記シグナル分子を第３のマトリックスへと直接的または間接的に捕獲する工程をさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記ナノレポーターが定常領域をさらに含み、該定常領域が複数の反復ヌクレオチド配列を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記定常領域を前記第３マトリックスにおける第２の成分に結合させる工程であって、前記第２成分が前記定常領域を結合し得る、工程をさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記個々に検出する工程が、デジタルシグナルを検出する工程をさらに含む、項目２１に記載の方法。
（項目２７）
前記第１マトリックスがビーズおよびアレイからなる群から選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２８）
前記第２のマトリックスがビーズおよびアレイからなる群から選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２９）
複数の複合体を形成する工程を含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブが、捕獲領域または第１のマトリックスに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブは、シグナル分子を含む、第２のタンパク質プローブ
を含み、前記第１のプローブが第１捕獲領域に付着している場合、前記捕獲プローブが前記第２のマトリックスにおける前記成分に結合しており、それぞれの前記複数の複合体におけるそれぞれの第２のタンパク質プローブが異なるシグナルオリゴを含む、項目２１に記載の方法。
（項目３０）
第１マトリックスがビーズであり、該ビーズが複数の同一の第１のタンパク質プローブを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
２個以上の標的タンパク質の濃度が決定される、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
２個、３個、４個、５個、１０個、２０個、３０個、５０個、１００個、２００個、３００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、または１０００個より多い異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目２９に記載の方法。
（項目３３）
最高２０００個までの異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目２９に記載の方法。
（項目３４）
最高９８０個までの異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目２９に記載の方法。
（項目３５）
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブが、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から独立して選択される、項目２１に記載の方法。
（項目３６）
前記ナノレポーターが一本鎖核酸バックボーンを含み、前記バックボーンが、直線的に組み合わされて一緒に共有結合した複数の標識付着領域を含み、各標識付着領域が、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記相補的ポリヌクレオチド配列に、前記検出可能な標識が付着している、項目２１に記載の方法。
（項目３７）
試料における少なくとも１つのタンパク質の濃度を決定するための方法であって、
（ａ）（ｉ）少なくとも１つのタンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、第１のオリゴに付着している前記第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、第２のオリゴに付着している前記第２のタンパク質プローブ
を供給する工程；
（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質、前記第１のタンパク質プローブ、および前記第２のタンパク質プローブを含む第１の複合体を形成する工程であって、前記少なくとも１つのタンパク質が前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブに結合している、工程；
（ｃ）前記第１のオリゴおよび前記第２のオリゴをライゲーションして、シグナルオリゴを形成する工程；
（ｄ）（１）前記第１シグナルオリゴ、ならびに
（２）シグナルオリゴ特異的領域、およびナノレポーターを含む領域を含む少なくとも１つのオリゴプローブ
を含む第２の複合体を形成する工程であって、前記ナノレポーターが複数の異なる検出可能な標識を含む、工程；
（ｅ）前記ナノレポーターの１つまたは複数の分子の存在を個々にカウントすることを含む方法によって前記第２の複合体または前記第２の複合体の少なくとも一部分を個々に検出する工程であって、前記１つまたは複数の分子の存在が前記試料における前記タンパク質の濃度を示している、工程
を含む、方法。
（項目３８）
前記シグナルオリゴを前記第１複合体から遊離させる工程をさらに含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記シグナルオリゴが捕獲領域を含む、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記シグナルオリゴの前記遊離工程が、前記シグナル分子をマトリックスへと直接的または間接的に捕獲する工程をさらに含む、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記個々に検出する工程が、デジタルシグナルを検出する工程をさらに含む、項目３７に記載の方法。
（項目４２）
複数の複合体を形成する工程を含む方法によって複数の標的タンパク質の濃度を決定する工程をさらに含み、各複合体が
（ｉ）少なくとも１つの標的タンパク質、
（ｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第１の領域に特異的な第１のタンパク質プローブであって、前記第１のタンパク質プローブが、第１のオリゴに付着している、第１のタンパク質プローブ、
（ｉｉｉ）前記少なくとも１つのタンパク質の第２の領域に特異的な第２のタンパク質プローブであって、前記第２のタンパク質プローブが、第２のオリゴに付着している、第２のタンパク質プローブ
を含み、前記第１のオリゴと前記第２のオリゴとのライゲーションがシグナルオリゴを形成し、前記複数の複合体における各複合体が異なるシグナルオリゴを含む、項目３７に記載の方法。
（項目４３）
２個以上の標的タンパク質の濃度が決定される、項目４２記載の方法。
（項目４４）
２個、３個、４個、５個、１０個、２０個、３０個、５０個、１００個、２００個、３００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００個、１０００個、または１０００個より多い異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
少なくとも９７２個の異なる標的タンパク質の濃度が決定される、項目４１に記載の方法。
（項目４６）
前記第１のタンパク質プローブおよび前記第２のタンパク質プローブが、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から独立して選択される、項目３７に記載の方法。
（項目４７）
前記ナノレポーターが一本鎖核酸バックボーンを含み、前記バックボーンが、直線的に組み合わされて一緒に共有結合した複数の標識付着領域を含み、各標識付着領域が、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記相補的ポリヌクレオチド配列に、前記検出可能な標識が付着している、項目３７に記載の方法。
（項目４８）
固有的に標識されたタンパク質プローブの集団であって、各プローブが、
ｉ）標的特異的領域；および
ｉｉ）ナノレポーターを含む領域であって、前記ナノレポーターは、複数の異なる検出可能な分子を含む、領域；
を含み、各タンパク質プローブにおける前記ナノレポーターが、それを前記集団における他のナノレポーターから区別する検出可能なシグナルを有する、集団。
（項目４９）
標的特異的領域が、抗体、ペプチド、アプタマー、およびペプトイドからなる群から選択される、項目４８に記載の集団。
（項目５０）
前記ナノレポーターが一本鎖核酸バックボーンを含み、前記バックボーンが、直線的に組み合わされて一緒に共有結合した複数の標識付着領域を含み、各標識付着領域が、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記相補的ポリヌクレオチド配列に、前記検出可能な標識が付着している、項目４８に記載の集団。
（項目５１）
前記標的特異的領域の解離定数が約１．００×１０−１５〜約１．００×１０−０８である、項目４８に記載の集団。
（項目５２）
前記ナノレポーターが、リンカーオリゴへのハイブリダイゼーションを通して前記タンパク質プローブに付着している、項目４８に記載の集団。
（項目５３）
前記ナノレポーターが、摂氏約３２度〜約４０度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目５２に記載の集団。
（項目５４）
前記ナノレポーターが、摂氏約３７度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目５３に記載の集団。
（項目５５）
前記ナノレポーターが、リンカーオリゴに相補的である部分を含む、項目５２に記載の集団。
（項目５６）
前記相補的領域が約１５個〜約２０個の塩基である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記ナノレポーターが、リンカーオリゴへのハイブリダイゼーションを通して前記抗体に付着しており、前記ナノレポーターが、摂氏約３７〜４５度の温度で前記リンカーオリゴにハイブリダイズしている、項目４９に記載の集団。