【誤訳訂正書】
【提出日】平成25年10月2日(2013.10.2)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つの修飾を構造ループ領域に有するＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを設計し、抗原のエピトープへの前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの結合を決定して、前記構造ループ領域に抗原結合部位が導入されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドをスクリーニングする方法であって、
前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドが、可変若しくは定常ドメインから選択されるＴ細胞受容体ドメインに由来し、
前記可変ドメインの前記修飾された構造ループ領域が、アミノ酸１１〜１９、アミノ酸４３〜５１、アミノ酸６７〜８０又はアミノ酸９０〜９９の範囲内で少なくとも１つの修飾を有し、これらのドメインのアミノ酸位の付番がＩＭＧＴに従い、
前記定常ドメインの前記修飾された構造ループ領域が、アミノ酸９〜２０、アミノ酸２７〜３６、アミノ酸４１〜７８、アミノ酸８２〜８５、アミノ酸９０〜１０２又はアミノ酸１０７〜１１６の範囲内で少なくとも１つの修飾を有し、それらのドメインのアミノ酸位の付番がＩＭＧＴに従い、
前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、
挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らず、
未修飾のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドが前記エピトープと有意に結合しない、前記方法であって、
−少なくとも１つの構造ループ領域からなるＴ細胞受容体ドメインポリペプチドをコードする核酸を準備するステップと、
−少なくとも１つの前記構造ループ領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基を修飾するステップと、
−発現システム中に前記修飾された核酸を移すステップと、
−前記修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを発現させるステップと、
−前記エピトープと、発現された修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドとを接触させるステップと、
−前記修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドが前記エピトープと結合するか否かを測定するステップと、
を有してなり、
前記核酸の少なくとも１つのヌクレオチドの修飾が、前記核酸によってコードされるＴ細胞受容体ドメインポリペプチドの１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入を生じさせる方法。
【請求項２】
前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドが、少なくとも２つのエピトープに対して特異的に結合する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドが、ヒト若しくはマウス由来である、請求項１及び２のいずれか１項記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの構造ループ領域の少なくとも１つのアミノ酸が、部位特異的ランダム変異導入により修飾される、請求項１から３のいずれか１項記載の方法。
【請求項５】
ランダムに修飾された核酸分子が、コード配列ＮＮＳ、ＮＮＮ、ＮＮＫ、ＴＭＴ、ＷＭＴ、ＲＭＣ、ＲＭＧ、ＭＲＴ、ＳＲＣ、ＫＭＴ、ＲＳＴ、ＹＭＴ、ＭＫＣ、ＲＳＡ、ＲＲＣを有する少なくとも１つのヌクレオチドの反復単位を有してなり、これらのコードがＩＵＰＡＣに従う、請求項１から４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６】
分子を特異的に結合及び／又は検出する方法であって、
（ａ）下記の（１）から（４）のいずれか１つに記載の修飾されたＴ細胞受容体のライブラリ、又は請求項１から５のいずれか１項記載の方法で得られる修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを、前記分子を含有する試験サンプルと接触させるステップと、任意に、
（ｂ）特異的なＴ細胞受容体−分子複合体の潜在的形成を検出するステップと、を有してなる方法。
（１）少なくとも１つの構造ループ領域中に修飾を有する、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（２）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つのアミノ酸位の突然変異を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（３）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも１つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（４）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
【請求項７】
分子に特異的に結合する修飾されたＴ細胞受容体を分離する方法であって、
（ａ）下記の（１）から（４）のいずれか１つに記載の修飾されたＴ細胞受容体のライブラリ、又は請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる修飾されたＴ細胞受容体を、前記分子を含有するサンプルと接触させるステップと、
（ｂ）形成された特異的な修飾されたＴ細胞受容体−分子複合体を分離するステップと、
（ｃ）任意に修飾されたＴ細胞受容体を前記複合体から分離するステップと、を有してなる方法。
（１）少なくとも１つの構造ループ領域中に修飾を有する、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（２）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つのアミノ酸位の突然変異を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（３）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも１つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（４）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
【請求項８】
結合パートナーのキットであって、
（ａ）下記の（１）から（４）のいずれか１つに記載の修飾されたＴ細胞受容体のライブラリ、又は請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドと、
（ｂ）抗原のエピトープを有する結合分子と、を含んでなるキット。
（１）少なくとも１つの構造ループ領域中に修飾を有する、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（２）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つのアミノ酸位の突然変異を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（３）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも１つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（４）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
【請求項９】
下記の（１）から（４）のいずれか１つに記載のライブラリから得られる、請求項１から５のいずれか１項記載の修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを選抜するための、請求項８記載のキットの結合分子の使用。
（１）少なくとも１つの構造ループ領域中に修飾を有する、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（２）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つのアミノ酸位の突然変異を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（３）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも１つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
（４）少なくとも１つの構造ループ領域中に少なくとも３つの修飾を有し、請求項１から５のいずれか１項記載の方法により得られる、少なくとも１０個のＴ細胞受容体を含んでなり、前記修飾が１つ以上のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入であり、挿入される前記アミノ酸の数が３０を上回らないライブラリ
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
本発明は好適には、前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの構造ループ領域に少なくとも１つの修飾を有し、抗原のエピトープへの前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの結合を決定する、Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドのエンジニアリング（ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ）方法を提供する。未修飾のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドは前記エピトープと有意に結合しない。上記方法は、以下のステップからなる、
−  少なくとも１つの構造ループ領域からなるＴ細胞受容体ドメインポリペプチドをコードする核酸を準備するステップと、
−  少なくとも１つの前記構造ループ領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基を修飾するステップと、
−  発現システム中に前記修飾された核酸を移すステップと、
−  前記修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを発現させるステップと、
−  前記エピトープと、発現された修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドとを接触させるステップと、
−  前記修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドが前記エピトープと結合するか否かを測定するステップ。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４５】
本発明で使用する「特異的に結合する」という用語は、異質な分子集団の中から、関心の同族リガンドのみと結合する反応のことを指す。すなわち、所定のＴ細胞受容体ドメインポリペプチドは、所定の条件（例えば免疫グロブリンの場合、イムノアッセイ条件）下で、その特異的な「標的」と結合し、一方サンプル中に存在する他の分子とは有意な量において結合しない。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５５】
本発明の好ましい実施形態では、修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドは、発現させた後、精製若しくは単離されうる。修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを、当業者に公知の様々な方法で分離又は精製できる。標準的な精製方法としては、クロマトグラフィ技術が挙げられ、例えば親和性クロマトグラフィ、イオン交換又は疎水性クロマトグラフィ、電気泳動、免疫学的、沈殿、透析、濾過、濃縮及びクロマトフォーカス技術が挙げられる。精製は通常、特異的な融合パートナーを用いて行われる。例えば、ＧＳＴ融合タンパクの場合、抗体はグルタチオン樹脂を使用して精製でき、Ｈｉｓ−タグの場合、Ｎｉ２＋親和性クロマトグラフィを使用し、ｆｌａｇ−タグの場合、固定した抗ｆｌａｇ抗体を使用する。適切な精製技術の一般的なガイダンスは、Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，３．ｓｕｐ．ｒｄ  Ｅｄ．，Ｓｃｏｐｅｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−  Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ，１９９４を参照。当然ながら、宿主の表面に本発明に係る修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを発現させることも可能であり、特に細菌、昆虫又は酵母細胞の表面、又は、ファージ又はウイルスの表面に発現させてもよい。修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドは、限定されないがｉｎ  ｖｉｔｒｏ分析、ｉｎ  ｖｉｖｏ及び細胞ベースの分析及び選抜技術などの、様々な方法を使用してスクリーニングできる。オートメーション及びハイスループットスクリーニング技術を、スクリーニング手順に利用してもよい。スクリーニングでは融合パートナー又はラベルを使用してもよく、例えば酵素、イムノラベル、アイソトープラベル又は小分子ラベル（例えば蛍光若しくは比色色素若しくは発光分子）を使用してもよい。好ましい実施形態では、Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの機能的及び／又は生物物理学的特性を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイにおいてスクリーニングされる。好ましい実施形態では、ＴＣＲは、機能（例えば反応を触媒する能力、結合特異性、交叉反応性又は標的に対する親和性）を基にスクリーニングされる。他の好ましい例として、好ましい修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを、例えば細胞又は生物体に導入することによって、ｉｎ  ｖｉｖｏで選抜できる。修飾されたドメインの必要な特性に応じて、特異的に結合する変異型物質を、血液又はリンパ液などの体液から、又は特定の器官から分離することもできる。アッセイでは、発色、蛍光、発光又はアイソトープラベルを含むがこれに限らない様々な検出方法を使用できる。周知のように、スクリーニング方法のサブセットは、ライブラリの好ましいメンバーを選抜するものである。上記方法は本願明細書では「選抜方法」と称し、これらの方法は、本発明において、修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドのスクリーニングのために使用できる。変異Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドライブラリが選抜方法を使用してスクリーニングされるとき、ライブラリ中の好適な（すなわち幾つかの選抜基準を満たす）メンバーのみが選抜され、分離され、及び／又は観察される。明らかなように、最も適当な変異型だけが観察されるため、かかる方法は、ライブラリメンバーの合理性を個々に検定する方法によってスクリーニングできるものより大きなライブラリのスクリーニングが可能となる。選抜は、いかなる方法、技術又は融合パートナー（共有結合又は非共有結合的）によっても行うことができる。Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの発現型はその遺伝子型と連結し、すなわち、抗体の機能は、それをコードする核酸と連結している。例えば、選抜方法としてのファージディスプレイの使用は、遺伝子ＩＩＩタンパク質へのライブラリメンバーの融合によって可能となる。繊維状のファージ遺伝子ＩＩＩタンパク質が最も頻繁に使われるが、タンパク質ＶＩＩＩのような他のコートタンパク質、タンパク質ＶＩＩ、タンパク質ＶＩ及びタンパク質ＩＸも同様に使用できる。このようにして、また、若干の基準（例えばＴ細胞受容体ドメインポリペプチドの標的に対する結合親和性）を満たす修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドの選抜又は単離においては、それをコードする核酸の選抜又は分離が行われる。一旦分離されると、修飾Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドをコードする遺伝子を更に増幅できる。この単離及び増幅のプロセスはパニングと呼ばれ、繰り返すことができ、それによりライブラリ中の良好なＴ細胞受容体ドメインポリペプチドの変異体を増加させることができる。結合する核酸の塩基配列決定により、最終的な遺伝子同定が可能となる。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７４】
修飾されたＴ細胞受容体ドメインポリペプチドを、好ましくは、宿主（より好ましくはバクテリア、イースト、植物細胞、昆虫細胞、動物細胞若しくは哺乳動物細胞、又は植物若しくは動物の器官、又は完全な植物体又は動物体）において発現させる。限定されないが、哺乳動物細胞（動物の細胞）、植物細胞、バクテリア（例えば枯草菌、大腸菌）、昆虫細胞及びイースト（例えばＰｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、酵母）などの多様な適当な宿主細胞を、本発明の修飾されたポリペプチドを発現させるために使用できる。例えば、本発明で使用できる様々な細胞系は、ＡＴＣＣ細胞カタログ（アメリカンタイプカルチャーコレクションから入手可能）に記載されている。更に、動植物を、本発明に係るＴ細胞受容体ドメインポリペプチドの発現のための宿主として使用できる。発現若しくはトランスフェク用のションベクター若しくはカセットは、使用する宿主に応じて適宜選択できる。当然ながら、非細胞若しくは無細胞タンパク質発現システムを使用できる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写／翻訳タンパク質発現プラットフォーム（充分な量のタンパク質を産生する）は無細胞タンパク質発現において多くの効果を発揮し、細胞ベースの発現システムにおいて典型的に存在する面倒な上流及び下流の工程（例えば宿主細胞の形質転換、培養又は溶解）の必要がない。本発明の別の態様は、前記Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドの構造ループ中に少なくとも１つの修飾を有し、抗原のエピトープに前記分子の結合を決定する、Ｔ細胞受容体ドメインポリペプチドを有してなる分子の調製方法、又はそれを含有する医薬品の提供に関する。未修飾の分子は前記エピトープと有意に結合しない。