【手続補正書】
【提出日】平成24年1月6日(2012.1.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明は、アセチルＣｏＡ経路ならびに合成ガスまたは合成ガスおよびメタノールを利用する能力を有する、天然に存在しない微生物の生物体を提供する。一実施形態では、本発明は、天然に存在しない微生物であって、ＣＯ、ＣＯ２および／またはＨ２をアセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）、メチルテトラヒドロ葉酸（メチルＴＨＦ）または他の所望の生成物に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下で、ＣＯまたはＣＯ２およびＨ２をアセチルＣｏＡまたはメチルＴＨＦに変換する能力を欠く微生物を提供する。例えば、微生物の生物体は、アセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする少なくとも１つの外因性の核酸を含むことができる。微生物の生物体は、ＣＯ、ＣＯ２および／またはＨ２を単独で、またはメタノールと一緒に含む合成ガスを利用して、アセチルＣｏＡを生成することができる。本発明は、例えば、アセチルＣｏＡ生成の微生物の生物体を培養することによってアセチルＣｏＡを生成する方法であって、前記微生物の生物体が、アセチルＣｏＡを生成する条件下および十分な期間、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で、アセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする少なくとも１つの外因性の核酸を発現する方法をさらに提供する。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２をアセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２をアセチルＣｏＡに変換する能力を欠く微生物。
（項目２）
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼから選択される、項目１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目３）
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、項目２に記載の天然に存在しない微生物。
（項目４）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２を含む合成ガスをアセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２をアセチルＣｏＡに変換する能力を欠く微生物。
（項目５）
前記合成ガスがＣＯ２をさらに含む、項目４に記載の天然に存在しない微生物。
（項目６）
１つまたは複数の外因性タンパク質が、コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼから選択される、項目５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目７）
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、項目６に記載の天然に存在しない微生物。
（項目８）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯ２およびＨ２をアセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯ２およびＨ２をアセチルＣｏＡに変換する能力を欠く微生物。
（項目９）
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼから選択される、項目８に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１０）
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、項目９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１１）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２をメチルテトラヒドロ葉酸（メチルＴＨＦ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２をメチルＴＨＦに変換する能力を欠く微生物。
（項目１２）
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼから選択される、項目１１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１３）
フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼがそれぞれ発現される、項目１２に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１４）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２を含む合成ガスをメチルテトラヒドロ葉酸（メチルＴＨＦ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２をメチルＴＨＦに変換する能力を欠く微生物。
（項目１５）
前記合成ガスがＣＯ２をさらに含む、項目１４に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１６）
１つまたは複数の外因性タンパク質が、フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼから選択される、項目１５に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１７）
フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼがそれぞれ発現される、項目１６に記載の天然に存在しない微生物。
（項目１８）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯ２およびＨ２をメチルテトラヒドロ葉酸（メチルＴＨＦ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯ２およびＨ２をメチルＴＨＦに変換する能力を欠く微生物。
（項目１９）
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼから選択される、項目１８に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２０）
フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼがそれぞれ発現される、項目１９に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２１）
天然に存在しない微生物であって、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する遺伝子改変がない前記微生物と比べて、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する効率の増加を前記微生物に付与する遺伝子改変を含み、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せをアセチルＣｏＡに変換する経路を含む微生物。
（項目２２）
前記遺伝子改変が１つまたは複数の外因性タンパク質をコードする１つまたは複数の核酸分子の発現を含み、それによって前記１つまたは複数の外因性タンパク質の発現がＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する効率を高める、項目２１に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２３）
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼから選択される、項目２２に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２４）
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、項目２３に記載の天然に存在しない微生物。
（項目２５）
天然に存在しない微生物の生物体であって、アセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）を生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路を有する微生物の生物体を含み、前記アセチルＣｏＡ経路が、メタノール−メチルトランスフェラーゼおよびアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼを含む微生物の生物体。
（項目２６）
前記アセチルＣｏＡ経路が、ＣＯ２、ＣＯもしくはＨ２、またはそれらの組合せ、およびメタノールをアセチルＣｏＡに変換する能力を付与する、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目２７）
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目２８）
前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目２９）
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含み、前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３０）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする２つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３１）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする３つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３２）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする４つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３３）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする５つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３４）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする６つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３５）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする７つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３６）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする８つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３７）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする９つの外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３８）
それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする１０個の外因性核酸を含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目３９）
前記１０個の外因性核酸が、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼを含むメタノールメチルトランスフェラーゼをコードし、ならびにメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質を含むアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼをコードする、項目３８に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４０）
前記少なくとも１つの外因性核酸が異種の核酸である、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４１）
実質的に嫌気性の培地中にある、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４２）
ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼをさらに含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４３）
ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが外因性核酸によってコードされる、項目４２に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４４）
ヒドロゲナーゼをさらに含む、項目２５に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４５）
前記ヒドロゲナーゼが内因性核酸によってコードされる、項目４４に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４６）
前記ヒドロゲナーゼが外因性核酸によってコードされる、項目４４に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
（項目４７）
アセチルＣｏＡを生成する方法であって、アセチルＣｏＡ経路を有する天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含み、前記経路が、アセチルＣｏＡを生成する条件下およびアセチルＣｏＡを生成するのに十分な期間、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記アセチルＣｏＡ経路が、メタノール−メチルトランスフェラーゼおよびアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼを含む方法。
（項目４８）
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含む、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５０）
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含み、前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５１）
前記天然に存在しない微生物の生物体が実質的に嫌気性の培地中に存在する、項目４７に記載の方法。
（項目５２）
前記天然に存在しない微生物の生物体が、ＣＯ２、ＣＯまたはＨ２、またはそれらの組合せ、およびメタノールの存在下で培養される、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする２つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５４）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする３つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５５）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする４つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５６）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする５つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５７）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする６つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５８）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする７つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目５９）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする８つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目６０）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする９つの外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目６１）
前記微生物の生物体が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする１０個の外因性核酸を含む、項目４７に記載の方法。
（項目６２）
前記１０個の外因性核酸が、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼを含むメタノールメチルトランスフェラーゼをコードし、ならびにメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質を含むアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼをコードする、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記少なくとも１つの外因性核酸が異種の核酸である、項目４７に記載の方法。
（項目６４）
前記天然に存在しない微生物の生物体がピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼをさらに含む、項目４７に記載の方法。
（項目６５）
ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが外因性核酸によってコードされる、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記天然に存在しない微生物の生物体がヒドロゲナーゼをさらに含む、項目４７に記載の方法。
（項目６７）
前記ヒドロゲナーゼが内因性核酸によってコードされる、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記ヒドロゲナーゼが外因性核酸によってコードされる、項目６６に記載の方法。
（項目６９）
前記天然に存在しない微生物の生物体が、ニトレートの存在下で培養される、項目５１に記載の方法。
（項目７０）
天然に存在しない微生物の生物体であって、４−ヒドロキシブチレート（４−ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｒｙａｔｅ）を生成するのに十分な量で発現される４−ヒドロキシブチレート（４−ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｒｙａｔｅ）経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む４−ヒドロキシブチレート（４−ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｒｙａｔｅ）経路を有する微生物の生物体を含み、前記４−ヒドロキシブチレート（４−ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｒｙａｔｅ）経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼ、ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼおよび４−ヒドロキシブチレートキナーゼを含む微生物の生物体。
（項目７１）
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７２）
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７３）
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７４）
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７５）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼが、ｃａｔ２、ａｂｆＴ−２、ａｂｆＴ−１およびａｂｆＴからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７６）
前記ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼが、ｐｔａおよびｐｔｂからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７７）
前記４−ヒドロキシブチレートキナーゼが、ａｃｋＡ、ｂｕｋ１、ｂｕｋ２およびｐｒｏＢからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７０に記載の生物体。
（項目７８）
コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目７０に記載の生物体。
（項目７９）
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８０）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８１）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８２）
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８３）
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８４）
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８５）
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８６）
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８７）
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８８）
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目７８に記載の生物体。
（項目８９）
遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチド（ｐｏｌｙｐｅｔｉｄｅ）ＡｃｓＥｐｓをさらに含む、項目７８に記載の生物体。
（項目９０）
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目７８に記載の生物体。
（項目９１）
メタノールメチルトランスフェラーゼをさらに含む、項目７８に記載の生物体。
（項目９２）
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９１に記載の生物体。
（項目９３）
１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目９１に記載の生物体。
（項目９４）
ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼをさらに含む、項目７８に記載の生物体。
（項目９５）
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９４に記載の生物体。
（項目９６）
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９４に記載の生物体。
（項目９７）
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９４に記載の生物体。
（項目９８）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９４に記載の生物体。
（項目９９）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目９４に記載の生物体。
（項目１００）
１）ＣＯ、２）ＣＯ２およびＨ２、３）ＣＯおよびＣＯ２、４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目９４に記載の生物体。
（項目１０１）
天然に存在しない微生物の生物体であって、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む１，４−ブタンジオール経路を有する微生物の生物体を含み、前記１，４−ブタンジオール経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）および１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体が、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼを含む天然に存在しない生物体。
（項目１０２）
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０３）
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０４）
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０５）
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０６）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）が、ａｄｈＥ、ａｄｈＥ２、ｍｃｒ、ｒｃａｓ＿２９２９、ｎａｐ１＿０２７２０およびｍｇｐ２０８０＿００５３５からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０７）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）が、ａｃｒ１、ｓｕｃＤ、ｂｐｈＧ、ｍｓｅｄ＿０７０９、ｍｃｒ、ａｓｄ−２およびｓａｃｉ＿２３７０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０８）
前記１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼが、ａｌｒＡ、ａｄｈ２、ｙｑｈＤ、ｂｄｈＩ、ｂｄｈＩＩおよび４ｈｂｄからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１０９）
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１０）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１１）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１２）
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１３）
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１４）
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１５）
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１６）
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１７）
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１８）
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１０１に記載の生物体。
（項目１１９）
遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチド（ｐｏｌｙｐｅｔｉｄｅ）ＡｃｓＥｐｓをさらに含む、項目１０１に記載の生物体。
（項目１２０）
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目１０１に記載の生物体。
（項目１２１）
メタノールメチルトランスフェラーゼをさらに含む、項目１０１に記載の生物体。
（項目１２２）
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２１に記載の生物体。
（項目１２３）
１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１２１に記載の生物体。
（項目１２４）
天然に存在しない微生物の生物体であって、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む１，４−ブタンジオール経路を有する微生物の生物体を含み、前記１，４−ブタンジオール経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）および１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体は、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、アセチルＣｏＡシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む天然に存在しない微生物の生物体。
（項目１２５）
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２４に記載の生物体。
（項目１２６）
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２４に記載の生物体。
（項目１２７）
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２４に記載の生物体。
（項目１２８）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２４に記載の生物体。
（項目１２９）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１２４に記載の生物体。
（項目１３０）
１）ＣＯ、２）ＣＯ２およびＨ２、３）ＣＯおよびＣＯ２、４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１２４に記載の生物体。
（項目１３１）
４−ヒドロキシブチレートを生成する方法であって、４−ヒドロキシブチレート経路を有する天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含み、前記経路が、４−ヒドロキシブチレートを生成する条件下および４−ヒドロキシブチレートを生成するのに十分な期間、４−ヒドロキシブチレートを生成するのに十分な量で発現される４−ヒドロキシブチレート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記４−ヒドロキシブチレート経路が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼ、ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼおよび４−ヒドロキシブチレートキナーゼを含む方法。
（項目１３２）
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３４）
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３５）
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３６）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼが、ｃａｔ２、ａｂｆＴ−２、ａｂｆＴ−１およびａｂｆＴからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３７）
前記ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼが、ｐｔａおよびｐｔｂからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３８）
前記４−ヒドロキシブチレートキナーゼが、ａｃｋＡ、ｂｕｋ１、ｂｕｋ２およびｐｒｏＢからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１３９）
前記生物体が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目１３１に記載の方法。
（項目１４０）
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３１に記載の方法。
（項目１４１）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４２）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４３）
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４４）
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４５）
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４６）
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４７）
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４８）
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１４９）
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１３９に記載の方法。
（項目１５０）
遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチド（ｐｏｌｙｐｅｔｉｄｅ）ＡｃｓＥｐｓをさらに含む、項目１３９に記載の方法。
（項目１５１）
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目１３９に記載の方法。
（項目１５２）
メタノールメチルトランスフェラーゼをさらに含む、項目１３９に記載の方法。
（項目１５３）
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記生物体が、１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１５２に記載の方法。
（項目１５５）
前記生物体が、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼをさらに含む、項目１３９に記載の方法。
（項目１５６）
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５５に記載の方法。
（項目１５８）
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５５に記載の方法。
（項目１５９）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５５に記載の方法。
（項目１６０）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１５５に記載の方法。
（項目１６１）
前記生物体が、１）ＣＯ、２）ＣＯ２およびＨ２、３）ＣＯおよびＣＯ２、４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１５５に記載の方法。
（項目１６２）
１，４−ブタンジオールを生成する方法であって、１，４−ブタンジオール経路を有する天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含み、前記経路が、１，４−ブタンジオールを生成する条件下および１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な期間、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記１，４−ブタンジオール経路が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）、１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体が、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼを含む方法。
（項目１６３）
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６４）
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６５）
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６６）
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６７）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）が、ａｄｈＥ、ａｄｈＥ２、ｍｃｒ、ｒｃａｓ＿２９２９、ｎａｐ１＿０２７２０およびｍｇｐ２０８０＿００５３５からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６８）
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）が、ａｃｒ１、ｓｕｃＤ、ｂｐｈＧ、ｍｓｅｄ＿０７０９、ｍｃｒ、ａｓｄ−２およびｓａｃｉ＿２３７０からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１６９）
前記１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼが、ａｌｒＡ、ａｄｈ２、ｙｑｈＤ、ｂｄｈＩ、ｂｄｈＩＩおよび４ｈｂｄからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７０）
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７１）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７２）
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７３）
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７４）
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７５）
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７６）
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７７）
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７８）
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１７９）
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１８０）
前記生物体が、遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチド（ｐｏｌｙｐｅｔｉｄｅ）ＡｃｓＥｐｓをさらに含む、項目１６２に記載の方法。
（項目１８１）
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、項目１６２に記載の方法。
（項目１８２）
メタノールメチルトランスフェラーゼをさらに含む、項目１６２に記載の方法。
（項目１８３）
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１６２に記載の方法。
（項目１８４）
前記生物体が、１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１６２に記載の方法。
（項目１８５）
１，４−ブタンジオールを生成する方法であって、１，４−ブタンジオール経路を有する天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含み、前記経路が、１，４−ブタンジオールを生成する条件下および１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な期間、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含み、前記１，４−ブタンジオール経路が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）、１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体が、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、アセチルＣｏＡシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む方法。
（項目１８６）
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１８５に記載の方法。
（項目１８７）
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１８５に記載の方法。
（項目１８８）
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１８５に記載の方法。
（項目１８９）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１８５に記載の方法。
（項目１９０）
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、項目１８５に記載の方法。
（項目１９１）
前記生物体が、１）ＣＯ、２）ＣＯ２およびＨ２、３）ＣＯおよびＣＯ２、４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガスからなる群から選択されるフィードストックを利用する、項目１８５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２またはＣＯ２およびＨ２をアセチル補酵素Ａ（アセチルＣｏＡ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２またはＣＯ２およびＨ２をアセチルＣｏＡに変換する能力を欠く微生物。
【請求項２】
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、
（Ａ）コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼ；ならびに
（Ｂ）メタノール−メチルトランスフェラーゼおよびアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼ
から選択される、請求項１に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項３】
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、請求項２に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項４】
天然に存在しない微生物であって、ＣＯおよびＨ２またはＣＯ２およびＨ２をメチルテトラヒドロ葉酸（メチルＴＨＦ）に変換する経路を前記微生物に付与する１つまたは複数の外因性タンパク質を含み、前記１つまたは複数の外因性タンパク質の不在下でＣＯおよびＨ２またはＣＯ２およびＨ２をメチルＴＨＦに変換する能力を欠く微生物。
【請求項５】
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼから選択される、請求項４に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項６】
フェレドキシンオキシドレダクターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロデヒドラターゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼがそれぞれ発現される、請求項５に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項７】
天然に存在しない微生物であって、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する効率の増加を前記微生物に付与する遺伝子改変がない前記微生物と比べて、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する効率の増加を前記微生物に付与する前記遺伝子改変を含み、ＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せをアセチルＣｏＡに変換する経路を含む微生物。
【請求項８】
前記遺伝子改変が１つまたは複数の外因性タンパク質をコードする１つまたは複数の核酸分子の発現を含み、それによって前記１つまたは複数の外因性タンパク質の発現がＣＯ２、ＣＯおよびＨ２、またはそれらの組合せからアセチルＣｏＡを生成する効率を高める、請求項７に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項９】
前記１つまたは複数の外因性タンパク質が、コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼから選択される、請求項８に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項１０】
コバラミドコリノイド／鉄−硫黄タンパク質、メチルトランスフェラーゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、アセチルＣｏＡシンターゼ、アセチルＣｏＡシンターゼジスルフィドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼがそれぞれ発現される、請求項９に記載の天然に存在しない微生物。
【請求項１１】
請求項２に記載の天然に存在しない微生物の生物体であって、
前記アセチルＣｏＡ経路が、ＣＯ２、ＣＯもしくはＨ２、またはそれらの組合せ、およびメタノールをアセチルＣｏＡに変換する能力を付与するか；
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含むか；
前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含むか；
前記メタノール−メチルトランスフェラーゼが、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼから選択される酵素またはタンパク質を含み、前記アセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質から選択される酵素またはタンパク質を含むか；
前記微生物が、それぞれアセチルＣｏＡ経路の酵素またはタンパク質をコードする２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の外因性核酸を含むか；
前記少なくとも１つの外因性核酸が異種の核酸であるか；あるいは
天然に存在しない微生物の生物体は、実質的に嫌気性の培地中にある、天然に存在しない微生物の生物体。
【請求項１２】
前記１０個の外因性核酸が、メタノールメチルトランスフェラーゼ、コリノイドタンパク質およびメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼを含むメタノールメチルトランスフェラーゼをコードし、ならびにメチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼおよびニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質を含むアセチルＣｏＡシンターゼ／一酸化炭素デヒドロゲナーゼをコードする、請求項１１に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
【請求項１３】
ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼまたはヒドロゲナーゼをさらに含む、請求項２に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
【請求項１４】
ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが外因性核酸によってコードされるか；前記ヒドロゲナーゼが内因性核酸によってコードされるか；または前記ヒドロゲナーゼが外因性核酸によってコードされる、請求項１３に記載の天然に存在しない微生物の生物体。
【請求項１５】
天然に存在しない微生物の生物体であって、４−ヒドロキシブチレートを生成するのに十分な量で発現される４−ヒドロキシブチレート経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む４−ヒドロキシブチレート経路を有する微生物の生物体を含み、前記４−ヒドロキシブチレート経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼ、ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼおよび４−ヒドロキシブチレートキナーゼを含む微生物の生物体。
【請求項１６】
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡトランスフェラーゼが、ｃａｔ２、ａｂｆＴ−２、ａｂｆＴ−１およびａｂｆＴからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記ホスホトランス−４−ヒドロキシブチリラーゼが、ｐｔａおよびｐｔｂからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；あるいは
前記４−ヒドロキシブチレートキナーゼが、ａｃｋＡ、ｂｕｋ１、ｂｕｋ２およびｐｒｏＢからなる群から選択される遺伝子によってコードされる、請求項１５に記載の生物体。
【請求項１７】
コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼからなる群から選択される少なくとも１つの酵素またはポリペプチドをさらに含む、請求項１５に記載の生物体。
【請求項１８】
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされるか；
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされるか；
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるか；
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされるか；
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるか；
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされるか；
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；あるいは
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、請求項１７に記載の生物体。
【請求項１９】
遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチドＡｃｓＥｐｓ；
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチド；
メタノールメチルトランスフェラーゼ；または
ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼをさらに含む、請求項１７に記載の生物体。
【請求項２０】
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；または
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、請求項１９に記載の生物体。
【請求項２１】
１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガス
からなる群から選択されるフィードストックを利用する、請求項１９に記載の生物体。
【請求項２２】
天然に存在しない微生物の生物体であって、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む１，４−ブタンジオール経路を有する微生物の生物体を含み、前記１，４−ブタンジオール経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）および１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体が、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、コリノイドタンパク質、メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ、コリノイド鉄−硫黄タンパク質、ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質、フェレドキシン、アセチルＣｏＡシンターゼ、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼおよびヒドロゲナーゼを含む天然に存在しない生物体。
【請求項２３】
前記アセトアセチルＣｏＡチオラーゼが、ａｔｏＢ、ｔｈｌＡ、ｔｈｌＢおよびｅｒｇ１０からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが、ｈｂｄ、ｍｓｅｄ＿１４２３、ｍｓｅｄ＿０３９９、ｍｓｅｄ＿０３８９およびｍｓｅｄ＿１９３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記クロトナーゼが、ｃｒｔ、ｐａａＡ、ｐａａＢ、ｐｈａＡ、ｐｈａＢ、ｍａｏＣ、ｐａａＦおよびｐａａＧからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記クロトニルＣｏＡヒドラターゼが、ａｂｆＤ、ｍｓｅｄ＿１３２１およびｍｓｅｄ＿１２２０からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）が、ａｄｈＥ、ａｄｈＥ２、ｍｃｒ、ｒｃａｓ＿２９２９、ｎａｐ１＿０２７２０およびｍｇｐ２０８０＿００５３５からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）が、ａｃｒ１、ｓｕｃＤ、ｂｐｈＧ、ｍｓｅｄ＿０７０９、ｍｃｒ、ａｓｄ−２およびｓａｃｉ＿２３７０からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼが、ａｌｒＡ、ａｄｈ２、ｙｑｈＤ、ｂｄｈＩ、ｂｄｈＩＩおよび４ｈｂｄからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記コリノイドタンパク質が、ｍｔａＣ、ｍｔａＣ１、ｍｔａＣ２およびｍｔａＣ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＡおよびｍｔａＡ１、ｍｔａＡ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチルテトラヒドロ葉酸：コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼが、遺伝子ａｃｓＥによってコードされるか；
前記コリノイド鉄−硫黄タンパク質が、遺伝子ａｃｓＤによってコードされるか；
前記ニッケル−タンパク質アセンブリータンパク質が、ａｃｓＦおよびｃｏｏＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるか；
前記フェレドキシンが、遺伝子ｏｒｆ７によってコードされるか；
前記アセチルＣｏＡシンターゼが、ａｃｓＢおよびａｃｓＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされるか；
前記一酸化炭素デヒドロゲナーゼが、遺伝子ａｃｓＡによってコードされるか；
前記ピルビン酸フェレドキシンオキシドレダクターゼが、ｐｏｒおよびｙｄｂＫからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；あるいは
前記ヒドロゲナーゼが、ｈｙｐＡ、ｈｙｐＢ、ｈｙｐＣ、ｈｙｐＤ、ｈｙｐＥ、ｈｙｐＦ、ｍｏｔｈ＿２１７５、ｍｏｔｈ＿２１７６、ｍｏｔｈ＿２１７７、ｍｏｔｈ＿２１７８、ｍｏｔｈ＿２１７９、ｍｏｔｈ＿２１８０、ｍｏｔｈ＿２１８１、ｈｙｃＡ、ｈｙｃＢ、ｈｙｃＣ、ｈｙｃＤ、ｈｙｃＥ、ｈｙｃＦ、ｈｙｃＧ、ｈｙｃＨ、ｈｙｃＩ、ｈｙｆＡ、ｈｙｆＢ、ｈｙｆＣ、ｈｙｆＤ、ｈｙｆＥ、ｈｙｆＦ、ｈｙｆＧ、ｈｙｆＨ、ｈｙｆＩ、ｈｙｆＪ、ｈｙｆＲ、ｍｏｔｈ＿２１８２、ｍｏｔｈ＿２１８３、ｍｏｔｈ＿２１８４、ｍｏｔｈ＿２１８５、ｍｏｔｈ＿２１８６、ｍｏｔｈ＿２１８７、ｍｏｔｈ＿２１８８、ｍｏｔｈ＿２１８９、ｍｏｔｈ＿２１９０、ｍｏｔｈ＿２１９１、ｍｏｔｈ＿２１９２、ｍｏｔｈ＿０４３９、ｍｏｔｈ＿０４４０、ｍｏｔｈ＿０４４１、ｍｏｔｈ＿０４４２、ｍｏｔｈ＿０８０９、ｍｏｔｈ＿０８１０、ｍｏｔｈ＿０８１１、ｍｏｔｈ＿０８１２、ｍｏｔｈ＿０８１３、ｍｏｔｈ＿０８１４、ｍｏｔｈ＿０８１５、ｍｏｔｈ＿０８１６、ｍｏｔｈ＿１１９３、ｍｏｔｈ＿１１９４、ｍｏｔｈ＿１１９５、ｍｏｔｈ＿１１９６、ｍｏｔｈ＿１７１７、ｍｏｔｈ＿１７１８、ｍｏｔｈ＿１７１９、ｍｏｔｈ＿１８８３、ｍｏｔｈ＿１８８４、ｍｏｔｈ＿１８８５、ｍｏｔｈ＿１８８６、ｍｏｔｈ＿１８８７、ｍｏｔｈ＿１８８８、ｍｏｔｈ＿１４５２、ｍｏｔｈ＿１４５３およびｍｏｔｈ＿１４５４からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子によってコードされる、請求項２２に記載の生物体。
【請求項２４】
遺伝子ａｃｓＥｐｓによってコードされるポリペプチドＡｃｓＥｐｓ；
ｃｏｄｈ、ｃｏｄｈ−Ｉ、ｃｏｏＦ、ｈｙｐＡ、ｃｏｏＨ、ｃｏｏＵ、ｃｏｏＸ、ｃｏｏＬ、ｃｏｏＫ、ｃｏｏＭ、ｃｏｏＴ、ｃｏｏＪおよびｃｏｄｈ−ＩＩからなる群から選択される遺伝子によってコードされる少なくとも１つの酵素またはポリペプチド；または
メタノールメチルトランスフェラーゼをさらに含む、請求項２２に記載の生物体。
【請求項２５】
前記メタノールメチルトランスフェラーゼが、ｍｔａＢ、ｍｔａＢ１、ｍｔａＢ２およびｍｔａＢ３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、請求項２４に記載の生物体。
【請求項２６】
１）メタノールおよびＣＯ、２）メタノール、ＣＯ２およびＨ２、３）メタノール、ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２、４）メタノール、ならびにＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）メタノール、ならびにＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガス
からなる群から選択されるフィードストックを利用する、請求項２４に記載の生物体。
【請求項２７】
天然に存在しない微生物の生物体であって、１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な量で発現される１，４−ブタンジオール経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含む１，４−ブタンジオール経路を有する微生物の生物体を含み、前記１，４−ブタンジオール経路の酵素が、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼ、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、クロトニルＣｏＡヒドラターゼ、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルコール形成性）、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡレダクターゼ（アルデヒド形成性）および１，４−ブタンジオールデヒドロゲナーゼを含み、前記生物体は、アセチルＣｏＡを生成するのに十分な量で発現されるアセチルＣｏＡ経路の酵素をコードする少なくとも１つの外因性核酸を含むアセチルＣｏＡ経路をさらに含み、前記アセチルＣｏＡ経路の酵素が、アセチルＣｏＡシンターゼ、ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼおよびメチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼを含む天然に存在しない微生物の生物体。
【請求項２８】
前記ギ酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿２３１２、ｍｏｔｈ＿２３１３、ｍｏｔｈ＿２３１４、ｓｆｕｍ＿２７０３、ｓｆｕｍ＿２７０４、ｓｆｕｍ＿２７０５、ｓｆｕｍ＿２７０６、ｃｈｙ＿０７３１、ｃｈｙ＿０７３２およびｃｈｙ＿０７３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記ホルミルテトラヒドロ葉酸シンテターゼが、ｍｏｔｈ＿０１０９、ｃｈｙ＿２３８５およびｆｈｓからなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；
前記メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼが、ｍｏｔｈ＿１５１６、ｆｏｌＤおよびｃｈｙ＿１８７８からなる群から選択される遺伝子によってコードされるか；または
前記メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼが、ｍｏｔｈ＿１１９１、ｍｅｔＦおよびｃｈｙ＿１２３３からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、請求項２７に記載の生物体。
【請求項２９】
１）ＣＯ、２）ＣＯ２およびＨ２、３）ＣＯおよびＣＯ２、４）ＣＯおよびＨ２を含む合成ガス、ならびに５）ＣＯ、ＣＯ２およびＨ２を含む合成ガス
からなる群から選択されるフィードストックを利用する、請求項２７に記載の生物体。
【請求項３０】
アセチルＣｏＡを生成するための方法であって、アセチルＣｏＡを生成する条件下およびアセチルＣｏＡを生成するのに十分な期間、請求項１〜３または７〜１４のいずれかに記載の天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含む、方法。
【請求項３１】
メチル−テトラヒドロ葉酸を生成するための方法であって、メチル−テトラヒドロ葉酸を生成する条件下およびメチル−テトラヒドロ葉酸を生成するのに十分な期間、請求項４〜６のいずれかに記載の天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含む、方法。
【請求項３２】
４−ヒドロキシブチレートを生成するための方法であって、４−ヒドロキシブチレートを生成する条件下および４−ヒドロキシブチレートを生成するのに十分な期間、請求項１５〜２１のいずれかに記載の天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含む、方法。
【請求項３３】
１，４−ブタンジオールを生成するための方法であって、１，４−ブタンジオールを生成する条件下および１，４−ブタンジオールを生成するのに十分な期間、請求項２２〜２９のいずれかに記載の天然に存在しない微生物の生物体を培養する工程を含む、方法。
【請求項３４】
前記天然に存在しない微生物の生物体が、ニトレートの存在下で培養される、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載の方法。