【手続補正書】
【提出日】平成21年8月7日(2009.8.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（A）配列番号1の核酸配列、または（B）配列番号1の配列からヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失により誘導され、かつ配列番号1の配列に対して核酸レベルで少なくとも90％の同一性を有する配列、または（C）配列番号1の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含み、
プロモーター活性を有する核酸により、微生物内での転写を調節することによって、該微生物における遺伝子の転写速度を、野生型と比較して改変させるまたは生起させる方法であって、該遺伝子がプロモーター活性を有する該核酸に対して異種である、上記方法。
【請求項２】
請求項１に記載のプロモーター活性を有する該核酸により、微生物内での遺伝子の転写を調節することが、
b1)  適宜に比プロモーター活性を改変させた、請求項１に記載のプロモーター活性を有する１以上の該核酸を微生物のゲノムに導入して、１以上の内因性遺伝子の転写が、該プロモーター活性を有する導入された核酸の制御下で起こるようにする、または
b2)  １以上の遺伝子を微生物のゲノムに導入して、導入された１以上の遺伝子の転写が、適宜に比プロモーター活性を改変させた請求項１に記載のプロモーター活性を有する内因性核酸の制御下で起こるようにする、または
b3)  適宜に比プロモーター活性を改変させた請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸および機能的に連結された１以上の転写すべき核酸を含んでなる１以上の核酸構築物を微生物中に導入する、
ことによって達成される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
微生物における遺伝子の転写速度を、野生型と比較して増加させるまたは生起させるために、請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸により、該プロモーター活性を有する核酸に対して異種である遺伝子の微生物内での転写を調節する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸により、微生物内での遺伝子の転写を調節することが、
bh1)  適宜に比プロモーター活性を増加させた、請求項１に記載のプロモーター活性を有する１以上の該核酸を微生物のゲノム中に導入して、１以上の内因性遺伝子の転写が、該プロモーター活性を有する導入された核酸の制御下で起こるようにする、または
bh2)  １以上の遺伝子を微生物のゲノム中に導入して、１以上の導入された遺伝子の転写が、適宜に比プロモーター活性を増加させた、請求項１に記載のプロモーター活性を有する内因性核酸の制御下で起こるようにする、または
bh3)  適宜に比プロモーター活性を増加させた、請求項１に記載のプロモーター活性を有する核酸、および機能的に連結された１以上の転写すべき核酸を含んでなる１以上の核酸構築物を微生物に導入する、
ことによって達成される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子が、タンパク原性および非タンパク原性アミノ酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ヌクレオチドおよびヌクレオシドの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、有機酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、脂質および脂肪酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ジオールの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、炭水化物の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、芳香族化合物の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ビタミンの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、補因子の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、および酵素の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸からなる群より選択され、その場合、該遺伝子はさらなる調節エレメントを含んでいてもよい、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
アミノ酸の生合成経路からのタンパク質が、アスパラギン酸キナーゼ、アスパラギン酸-セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジヒドロジピコリン酸シンテターゼ、ジヒドロジピコリン酸還元酵素、グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ、3-ホスホグリセリン酸キナーゼ、ピルビン酸カルボキシラーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、転写レギュレーターLuxR、転写レギュレーターLysR1、転写レギュレーターLysR2、リンゴ酸-キノン酸化還元酵素、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、トランスケトラーゼ、トランスアルドラーゼ、ホモセリンO-アセチルトランスフェラーゼ、シスタチオニンγ-シンターゼ、シスタチオニンβ-リアーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、O-アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸還元酵素、ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ、ホスホセリンホスファターゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンキナーゼ、トレオニンシンターゼ、トレオニンエクスポーターキャリアー、トレオニンデヒドラターゼ、ピルビン酸オキシダーゼ、リシンエクスポーター、ビオチンリガーゼ、システインシンターゼI、システインシンターゼII、補酵素B12依存性メチオニンシンターゼ、補酵素B12非依存性メチオニンシンターゼ、硫酸アデニリルトランスフェラーゼサブユニット1および2、ホスホアデノシン-ホスホ硫酸還元酵素、フェレドキシン-亜硫酸還元酵素、フェレドキシンNADP還元酵素、3-ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、RXA00655レギュレーター、RXN2910レギュレーター、アルギニル-tRNAシンテターゼ、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、トレオニン流出タンパク質、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ、硫酸還元のタンパク質RXA077、硫酸還元のタンパク質RXA248、硫酸還元のタンパク質RXA247、タンパク質OpcA、1-ホスホフルクトキナーゼ、および6-ホスホフルクトキナーゼからなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
遺伝的に改変された微生物であって、遺伝的改変が、少なくとも１つの遺伝子の転写速度を野生型と比較して改変させるかまたは生起させるものであり、かつ遺伝的改変が、（A）配列番号1の核酸配列、または（B）配列番号1の配列からヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失により誘導され、かつ配列番号1の配列に対して核酸レベルで少なくとも90％の同一性を有する配列、または（C）配列番号1の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含み、プロモーター活性を有する核酸により、該プロモーター活性を有する核酸に対して異種である遺伝子の微生物内での転写を調節することによるものである、上記遺伝的に改変された微生物。
【請求項８】
請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸により、遺伝子の微生物内での転写を調節することが、
b1)  適宜に比プロモーター活性を改変させた、請求項７に記載のプロモーター活性を有する１以上の核酸を微生物のゲノム中に導入して、１以上の内因性遺伝子の転写が、該プロモーター活性を有する導入された核酸の制御下で起こるようにする、または
b2)  １以上の遺伝子を微生物のゲノム中に導入して、１以上の導入された遺伝子の転写が、適宜に比プロモーター活性を改変させた請求項７に記載のプロモーター活性を有する内因性核酸の制御下で起こるようにする、または
b3)  適宜に比プロモーター活性を改変させた請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸および機能的に連結された１以上の転写すべき核酸を含んでなる１以上の核酸構築物を微生物中に導入する、
ことによって達成される、請求項７に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項９】
少なくとも１つの遺伝子の転写速度が、野生型と比較して増加しているかまたは生起されており、該プロモーター活性を有する核酸に対して異種である遺伝子の微生物内での転写が、請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸により、または実施形態ah)に記載の比プロモーター活性が増加している核酸により調節されている、請求項７または８に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項１０】
プロモーター活性を有する核酸により、微生物内での遺伝子の転写を調節することが、
bh1)  適宜に比プロモーター活性を増加させた、請求項７に記載のプロモーター活性を有する１以上の核酸を微生物のゲノム中に導入して、１以上の内因性遺伝子の転写が、該プロモーター活性を有する導入された核酸の制御下で起こるようにする、または
bh2)  １以上の遺伝子を微生物のゲノム中に導入して、１以上の導入された遺伝子の転写が、適宜に比プロモーター活性を増加させた請求項７に記載のプロモーター活性を有する内因性核酸の制御下で起こるようにする、または
bh3)  適宜に比プロモーター活性を増加させた請求項７に記載のプロモーター活性を有する核酸および機能的に連結された１以上の転写すべき核酸を含んでなる１以上の核酸構築物を微生物中に導入する、
ことによって達成される、請求項９に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項１１】
前記遺伝子が、タンパク原性および非タンパク原性アミノ酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ヌクレオチドおよびヌクレオシドの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、有機酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、脂質および脂肪酸の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ジオールの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、炭水化物の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、芳香族化合物の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、ビタミンの生合成経路からのタンパク質をコードする核酸、補因子の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸および酵素の生合成経路からのタンパク質をコードする核酸からなる群より選択され、その場合、該遺伝子はさらなる調節エレメントを含んでいてもよい、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の遺伝的に改変された微生物。
【請求項１２】
アミノ酸の生合成経路からのタンパク質が、アスパラギン酸キナーゼ、アスパラギン酸-セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジヒドロジピコリン酸シンテターゼ、ジヒドロジピコリン酸還元酵素、グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ、3-ホスホグリセリン酸キナーゼ、ピルビン酸カルボキシラーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、転写レギュレーターLuxR、転写レギュレーターLysR1、転写レギュレーターLysR2、リンゴ酸-キノン酸化還元酵素、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、6-ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ、トランスケトラーゼ、トランスアルドラーゼ、ホモセリンO-アセチルトランスフェラーゼ、シスタチオニンγ-シンターゼ、シスタチオニンβ-リアーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、O-アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸還元酵素、ホスホセリンアミノトランスフェラーゼ、ホスホセリンホスファターゼ、セリンアセチル-トランスフェラーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンキナーゼ、トレオニンシンターゼ、トレオニンエクスポーターキャリアー、トレオニンデヒドラターゼ、ピルビン酸オキシダーゼ、リシンエクスポーター、ビオチンリガーゼ、システインシンターゼI、システインシンターゼII、補酵素B12依存性メチオニンシンターゼ、補酵素B12非依存性メチオニンシンターゼ、硫酸アデニリルトランスフェラーゼサブユニット1および2、ホスホアデノシン-ホスホ硫酸還元酵素、フェレドキシン-亜硫酸還元酵素、フェレドキシンNADP還元酵素、3-ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、RXA00655レギュレーター、RXN2910レギュレーター、アルギニル-tRNAシンテターゼ、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、トレオニン流出タンパク質、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ、硫酸還元のタンパク質RXA077、硫酸還元のタンパク質RXA248、硫酸還元のタンパク質RXA247、タンパク質OpcA、1-ホスホフルクトキナーゼおよび6-ホスホフルクトキナーゼからなる群より選択される、請求項１１に記載の遺伝的に改変された微生物。