【手続補正書】
【提出日】平成25年3月13日(2013.3.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）誘導能を有する単離されたペプチドであって、
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４、３３、３５、４１、および４３；ならびに
（ｂ）１個、２個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、または付加された、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４、３３、３５、４１、および４３
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項２】
以下の特徴の一方または両方を有する、請求項１記載の単離されたペプチド：
（ａ）Ｎ末端から２番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニン、およびトリプトファンからなる群より選択される；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファン、およびメチオニンからなる群より選択される。
【請求項３】
細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）誘導能を有する単離されたペプチドであって、
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３、４、６、１１、１５、１７、２１、および２２；ならびに
（ｂ）１個、２個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、または付加された、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５、３、４、６、１１、１５、１７、２１、および２２
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたペプチド。
【請求項４】
以下の特徴の一方または両方を有する、請求項３記載の単離されたペプチド：
（ａ）Ｎ末端から２番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択される；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択される。
【請求項５】
ノナペプチドまたはデカペプチドである、請求項１〜４のいずれか一項記載の単離されたペプチド。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
ＣＴＬを誘導するための組成物であって、請求項１〜５のいずれか一項記載の１種もしくは複数種のペプチド、または請求項６記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項８】
がんの治療および／もしくは予防、ならびに／またはその術後再発の防止のための薬学的組成物であって、請求項１〜５のいずれか一項記載の１種もしくは複数種のペプチド、または請求項６記載の１種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、薬学的組成物。
【請求項９】
ＨＬＡ−Ａ２４またはＨＬＡ−Ａ２であるＨＬＡ抗原を有する対象への投与が意図される、請求項８記載の薬学的組成物。
【請求項１０】
がんを治療することが意図される、請求項８または９記載の薬学的組成物。
【請求項１１】
以下からなる群より選択される１つの段階を含む、ＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）をインビトロで誘導するための方法：
（ａ）ＡＰＣを請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドとインビトロで接触させる段階、および
（ｂ）請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階。
【請求項１２】
以下からなる群より選択される１つの段階を含む方法によって、ＣＴＬをインビトロで誘導するための方法：
（ａ）ＣＤ８陽性Ｔ細胞を、ＨＬＡ抗原と請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドとの複合体をその表面上に提示するＡＰＣと共培養する段階；
（ｂ）ＣＤ８陽性Ｔ細胞を、ＨＬＡ抗原と請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドとの複合体をその表面上に提示するエキソソームと共培養する段階；および
（ｃ）請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む遺伝子をＴ細胞に導入する段階。
【請求項１３】
ＨＬＡ抗原と請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドとの複合体をその表面上に提示する、単離されたＡＰＣ。
【請求項１４】
請求項１１記載の方法によって誘導される、請求項１３記載のＡＰＣ。
【請求項１５】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドのいずれかを標的とする、単離されたＣＴＬ。
【請求項１６】
請求項１２記載の方法によって誘導される、請求項１５記載のＣＴＬ。
【請求項１７】
対象においてがんに対する免疫応答を誘導するための剤であって、請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチド、その免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを含む剤。
【請求項１８】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドのいずれかおよびＨＬＡ抗原を含む複合体を提示する、エキソソーム。
【請求項１９】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドのいずれかに対する抗体またはその断片。
【請求項２０】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドのいずれかをコードするヌクレオチド配列を含むベクター。
【請求項２１】
請求項２０記載の発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
【請求項２２】
請求項１〜５のいずれか一項記載のペプチドのいずれか、請求項６記載のヌクレオチド、または請求項１９記載の抗体を含む診断キット。
【請求項２３】
以下の段階を含む、がん細胞を検出するための方法：
（ａ）（ｉ）ＮＥＩＬ３の配列を含むｍＲＮＡを検出すること、
（ｉｉ）ＮＥＩＬ３のアミノ酸配列を含むタンパク質を検出すること、および
（ｉｉｉ）ＮＥＩＬ３のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出すること
からなる群より選択される方法のいずれか１つにより、対象由来の生物学的試料中のＮＥＩＬ３遺伝子の発現レベルを測定する段階；ならびに
（ｂ）該遺伝子の正常対照レベルと比較した、段階（ａ）で測定された発現レベルの上昇を、がん細胞の存在と相関させる段階。
【請求項２４】
段階（ａ）で測定された発現レベルが正常対照レベルよりも少なくとも１０％高い、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
がんが、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、子宮内膜症、食道癌、肝癌、ＮＳＣＬＣ、骨肉腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、軟部組織腫瘍、ＡＭＬ、およびＣＭＬの群より選択される、請求項２３記載の方法。
【請求項２６】
段階（ａ）で測定される発現レベルを、前記遺伝子の遺伝子転写産物に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することにより測定する、請求項２３記載の方法。
【請求項２７】
段階（ａ）で測定される発現レベルを、ＮＥＩＬ３のタンパク質に対する抗体の結合を検出することにより測定する、請求項２３記載の方法。
【請求項２８】
対象由来の生物学的試料が生検標本、痰、血液、胸水、または尿を含む、請求項２３記載の方法。
【請求項２９】
ＮＥＩＬ３遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４５に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする、請求項２３記載の方法。
【請求項３０】
ＮＥＩＬ３のアミノ酸がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４５である、請求項２３記載の方法。
【請求項３１】
ＮＥＩＬ３の転写産物または翻訳産物と結合する検出試薬を含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
さらに本発明は、ＮＥＩＬ３ポリペプチドもしくはその免疫学的活性断片、ＮＥＩＬ３ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、またはＮＥＩＬ３ポリペプチドを提示するエキソソームもしくはＡＰＣを含む組成物または物質を投与する段階を含む、がんに対する免疫応答を誘導するための方法を提供する。
本発明はまた、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、子宮内膜症、食道癌、肝癌、ＮＳＣＬＣ、骨肉腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、軟部組織腫瘍、ＡＭＬ、およびＣＭＬなどの癌を含むがこれらに限定されないがんを診断する方法も提供する。
本発明は、癌などの、ＮＥＩＬ３過剰発現に関連する任意の疾患に適用することができ、例示的な癌には、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、子宮内膜症、食道癌、肝癌、ＮＳＣＬＣ、骨肉腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、軟部組織腫瘍、ＡＭＬ、およびＣＭＬが含まれる。
[本発明1001]
ＨＬＡ抗原に結合し、かつ細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）誘導能を有する、単離されたペプチドであって、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：45のアミノ酸配列またはその免疫学的活性断片からなる、単離されたペプチド。
[本発明1002]
ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ2である、本発明1001の単離されたペプチド。
[本発明1003]
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：3、4、5、6、11、15、17、21、および22からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1001または1002の単離されたペプチド。
[本発明1004]
1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、または付加された、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：3、4、5、6、11、15、17、21、および22からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、本発明1001、1002、および1003のいずれかの単離されたペプチド。
[本発明1005]
以下の特徴の一方または両方を有する、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：3、4、5、6、11、15、17、21、および22からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、本発明1004の単離されたペプチド：
（ａ）Ｎ末端から2番目のアミノ酸が、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選択される；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、バリンおよびロイシンからなる群より選択される。
[本発明1006]
ＨＬＡ抗原がＨＬＡ−Ａ24である、本発明1001の単離されたペプチド。
[本発明1007]
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：24、33、35、41、および43からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1001または1006の単離されたペプチド。
[本発明1008]
1個、2個、または数個のアミノ酸が置換、欠失、または付加された、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：24、33、35、41、および43からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、本発明1001、1006、および1007のいずれかの単離されたペプチド。
[本発明1009]
以下の特徴の一方または両方を有する、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：24、33、35、41、および43からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、本発明1008の単離されたペプチド：
（ａ）Ｎ末端から2番目のアミノ酸が、フェニルアラニン、チロシン、メチオニン、およびトリプトファンからなる群より選択される；ならびに
（ｂ）Ｃ末端のアミノ酸が、フェニルアラニン、ロイシン、イソロイシン、トリプトファン、およびメチオニンからなる群より選択される。
[本発明1010]
ノナペプチドまたはデカペプチドである、本発明1001〜1009のいずれかの単離されたペプチド。
[本発明1011]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
[本発明1012]
ＣＴＬを誘導するための組成物であって、本発明1001〜1010のいずれかの1種もしくは複数種のペプチド、または本発明1011の1種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、組成物。
[本発明1013]
がんの治療および／もしくは予防、ならびに／またはその術後再発の防止のための薬学的組成物であって、本発明1001〜1010のいずれかの1種もしくは複数種のペプチド、または本発明1011の1種もしくは複数種のポリヌクレオチドを含む、薬学的組成物。
[本発明1014]
ＨＬＡ−Ａ24またはＨＬＡ−Ａ2であるＨＬＡ抗原を有する対象への投与が意図される、本発明1013の薬学的組成物。
[本発明1015]
がんを治療することが意図される、本発明1013または1014の薬学的組成物。
[本発明1016]
以下からなる群より選択される1つの段階を含む、ＣＴＬ誘導能を有する抗原提示細胞（ＡＰＣ）を誘導するための方法：
（ａ）ＡＰＣを本発明1001〜1010のいずれかのペプチドとインビトロ、エクスビボ、またはインビボで接触させる段階、および
（ｂ）本発明1001〜1010のいずれかのペプチドをコードするポリヌクレオチドをＡＰＣに導入する段階。
[本発明1017]
以下からなる群より選択される1つの段階を含む方法によって、ＣＴＬを誘導するための方法：
（ａ）ＣＤ8陽性Ｔ細胞を、ＨＬＡ抗原と本発明1001〜1010のいずれかのペプチドとの複合体をその表面上に提示するＡＰＣと共培養する段階；
（ｂ）ＣＤ8陽性Ｔ細胞を、ＨＬＡ抗原と本発明1001〜1010のいずれかのペプチドとの複合体をその表面上に提示するエキソソームと共培養する段階；および
（ｃ）本発明1001〜1010のいずれかのペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）サブユニットポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む遺伝子をＴ細胞に導入する段階。
[本発明1018]
ＨＬＡ抗原と本発明1001〜1010のいずれかのペプチドとの複合体をその表面上に提示する、単離されたＡＰＣ。
[本発明1019]
本発明1016の方法によって誘導される、本発明1018のＡＰＣ。
[本発明1020]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドのいずれかを標的とする、単離されたＣＴＬ。
[本発明1021]
本発明1017の方法によって誘導される、本発明1020のＣＴＬ。
[本発明1022]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチド、その免疫学的活性断片、または該ペプチドもしくは該断片をコードするポリヌクレオチドを含む組成物を、対象に投与する段階を含む、対象においてがんに対する免疫応答を誘導する方法。
[本発明1023]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドのいずれかおよびＨＬＡ抗原を含む複合体を提示する、エキソソーム。
[本発明1024]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドのいずれかに対する抗体またはその断片。
[本発明1025]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドのいずれかをコードするヌクレオチド配列を含むベクター。
[本発明1026]
本発明1025の発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
[本発明1027]
本発明1001〜1010のいずれかのペプチドのいずれか、本発明1011のヌクレオチド、または本発明1024の抗体を含む診断キット。
[本発明1028]
以下の段階を含む、がんを診断するための方法：
（ａ）（ｉ）ＮＥＩＬ3の配列を含むｍＲＮＡを検出すること、
（ｉｉ）ＮＥＩＬ3のアミノ酸配列を含むタンパク質を検出すること、および
（ｉｉｉ）ＮＥＩＬ3のアミノ酸配列を含むタンパク質の生物活性を検出すること
からなる群より選択される方法のいずれか1つにより、対象由来の生物学的試料中のＮＥＩＬ3遺伝子の発現レベルを測定する段階；ならびに
（ｂ）該遺伝子の正常対照レベルと比較した、段階（ａ）で測定された発現レベルの上昇を、がんの存在と相関させる段階。
[本発明1029]
段階（ａ）で測定された発現レベルが正常対照レベルよりも少なくとも10％高い、本発明1028の方法。
[本発明1030]
がんが、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管細胞癌、結腸直腸癌、子宮内膜症、食道癌、肝癌、ＮＳＣＬＣ、骨肉腫、膵癌、前立腺癌、腎癌、ＳＣＬＣ、軟部組織腫瘍、ＡＭＬ、およびＣＭＬの群より選択される、本発明1028の方法。
[本発明1031]
段階（ａ）で測定される発現レベルを、前記遺伝子の遺伝子転写産物に対するプローブのハイブリダイゼーションを検出することにより測定する、本発明1028の方法。
[本発明1032]
段階（ａ）で測定される発現レベルを、ＮＥＩＬ3のタンパク質に対する抗体の結合を検出することにより測定する、本発明1028の方法。
[本発明1033]
対象由来の生物学的試料が生検標本、痰、血液、胸水、または尿を含む、本発明1028の方法。
[本発明1034]
ＮＥＩＬ3遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：45に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする、本発明1028の方法。
[本発明1035]
ＮＥＩＬ3のアミノ酸がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：45である、本発明1028の方法。
[本発明1036]
ＮＥＩＬ3の転写産物または翻訳産物と結合する検出試薬を含む、キット。