【手続補正書】
【提出日】平成24年11月13日(2012.11.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１またはそれ以上のエキソンの相対位置を分析する方法であって、
バイオポリマーサンプル上の第一及び第二の位置を、それぞれ、第一及び第二の標識が少なくとも一つの定常エキソンを含むバイオポリマーサンプルの第一の領域の側面に位置するように、前記第一及び第二の標識によって標識する工程と、
前記第一及び第二の標識の間の距離を、バイオポリマーの前記第一の領域における選択的エキソンの存在または相対位置と関連付ける工程と
を有する、方法。
【請求項２】
請求項１記載の方法において、前記バイオポリマーは、ｍＲＮＡと相補的相補的なＤＮＡを有するものである、方法。
【請求項３】
請求項１記載の方法において、前記第一及び第二の標識は、同じ又は異なる蛍光色素分子を有するものである、方法。
【請求項４】
請求項１記載の方法において、前記第一及び第二の標識の間の距離を、選択的エキソンの存在、または相対位置と関連付ける工程は、前記バイオポリマーサンプル上に存在する前記第一及び第二の標識の間の距離と、選択的エキソンを含まないことが知られているバイオポリマーの第一の領域の側面に位置する標識の間の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
【請求項５】
請求項１記載の方法において、前記関連付ける工程は、前記第一及び第二の標識の間の距離と、第一及び第二の位置の間の選択的エキソンが欠乏するバイオポリマー上の前記第一及び第二の位置の間の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
【請求項６】
請求項１記載の方法であって、この方法は、さらに、前記バイオポリマーサンプル上の少なくとも第三の位置を、前期第一の標識、前期第二の標識、またはその両方と同じ蛍光色素分子を有する第三の標識で標識する工程を有するものである、方法。
【請求項７】
請求項６記載の方法であって、この方法は、さらに、前記第三の標識と前記第一の標識との間、前記第三の標識と前記第二の標識との間、またはその両方の距離と、前記第三の標識と前記第一の標識との間、前記第三の標識と前記第二の標識との間、またはその両方に配置された選択的エキソンの存在、非存在、または相対位置とを関連付ける工程を有するものである、方法。
【請求項８】
請求項６記載の方法において、前記関連付ける工程は、前記第三及び第一の標識、前記第三及び第二の標識の間、またはその両方の距離と、前記第三及び第一の位置の間、前記第三及び第二の位置の間、またはその両方の選択的エキソンが欠乏するバイオポリマー上の前記第三及び第一の標識の間、前記第三及び第二の標識の間、またはその両方の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
【請求項９】
請求項１記載の方法であって、この方法は、さらに、前記バイオポリマーサンプルの少なくとも一部を線形化する工程を有し、当該線形化した部分は少なくとも二つの標識を有するものである、方法。
【請求項１０】
請求項１記載の方法であって、この方法は、さらに、２またはそれ以上のプローブの相対的順序を、前記バイオポリマーサンプルの１またはそれ以上の構造的特徴と関連付ける工程を有するものである、方法。
【請求項１１】
ＤＮＡサンプルについて構造的情報を得るための方法であって、
第一の二本鎖ＤＮＡサンプルを配列特異的切断エンドヌクレアーゼで切断する工程と、
前記切断エンドヌクレアーゼで生じた２またはそれ以上の切断部位に、１またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドを組み込む工程と、
少なくとも二つの色素標識されたヌクレオチドを含む前記第一の二本鎖ＤＮＡサンプルの一部を線形化する工程と、
２またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置を記録する工程と
を有するものである、方法。
【請求項１２】
請求項１１記載の方法であって、この方法は、さらに、２またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置と、前記第一の二本鎖ＤＮＡサンプルの１またはそれ以上の構造的特徴とを関連付ける工程を有するものである、方法。
【請求項１３】
請求項１１記載の方法であって、この方法は、さらに、第一の二本鎖ＤＮＡサンプルの由来する主要な二本鎖ＤＮＡサンプルにおける前記第一の二本鎖ＤＮＡサンプルの相対位置を測定する工程を有するものである、方法。
【請求項１４】
請求項１１記載の方法であって、この方法は、さらに、第二の二本鎖ＤＮＡサンプルを配列特異的切断エンドヌクレアーゼで切断する工程と、前記切断エンドヌクレアーゼで生じた２またはそれ以上の切断部位に１またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドを組み込む工程と、少なくとも二つの色素標識されたヌクレオチドを含む前記第二の二本鎖ＤＮＡサンプルの一部を線形化する工程と、２またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置を記録する工程とを有するものである、方法。
【請求項１５】
核酸バイオポリマーについて配列情報を得る方法であって、
第一の結合配列を有する蛍光標識された配列特異的プローブと一本鎖核酸バイオポリマーとを結合する工程と、
前記一本鎖核酸バイオポリマーを、蛍光標識Ａを有する第一のターミネーターヌクレオチド、蛍光標識Ｂを有する第二のターミネーターヌクレオチド、蛍光標識Ｃを有する第三のターミネーターヌクレオチド、及び蛍光標識Ｄを有する第四のターミネーターヌクレオチドと接触させる工程と、
前記核酸バイオポリマーを照射する工程であって、これにより前記第一の標識された配列特異的プローブと隣接する、前記第一のターミネーターヌクレオチド、前記第二のターミネーターヌクレオチド、前記第三のターミネーターヌクレオチド、前記第四のターミネーターヌクレオチド、またはそれらの任意の組み合わせの存在、相対位置、またはその両方を測定するものである、前記照射する工程と
を有するものである、方法。
【請求項１６】
請求項１５記載の方法において、前記第一の結合配列は４〜６ヌクレオチドを有するものである、方法。
【請求項１７】
請求項１５記載の方法において、蛍光標識Ａ、蛍光標識Ｂ、蛍光標識Ｃまたは蛍光標識Ｄの少なくとも二つは、異なる励起波長を有するものである、方法。
【請求項１８】
請求項１５記載の方法において、蛍光標識Ａ、蛍光標識Ｂ、蛍光標識Ｃまたは蛍光標識Ｄの少なくとも一つは、前記第一の蛍光標識された配列特異的プローブの励起波長とは異なる励起波長を有するものである、方法。
【請求項１９】
請求項１５記載の方法であって、この方法は、さらに、第二、第三、第四、及び第五の結合配列をそれぞれ有する少なくとも四つの蛍光標識されたプローブを、前記一本鎖核酸バイオポリマーに接触させる工程を有するものである、方法。
【請求項２０】
請求項１９記載の方法において、前記第二の結合配列は、前記第一の結合配列の５’末端における塩基を除去し、且つ、前記第一の結合配列の３’末端に第一の置換塩基を付加することによって構築されるものであり、上記工程は前記第三の結合配列から前記第五の結合配列まで繰り返されるものである、方法。
【請求項２１】
請求項１９記載の方法であって、この方法は、さらに、前記核酸バイオポリマーを照射する工程であって、これにより前記第二の標識された配列特異的プローブに隣接する、前記第一のターミネーターヌクレオチド、前記第二のターミネーターヌクレオチド、前記第三のターミネーターヌクレオチド、前記第四のターミネーターヌクレオチド、またはそれらの任意の組み合わせの存在または相対位置を測定するものである、前記照射する工程を有するものである、方法。
【請求項２２】
核酸バイオポリマーについて構造的情報を得るための方法であって、
（ａ）少なくとも二つの切断部位を生じさせるために、二本鎖バイオポリマーを、切断エンドヌクレアーゼと接触させる工程と、
（ｂ）前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Ａを有する第一のヌクレオチドと接触させる工程と、
（ｃ）余剰の第一のヌクレオチドを除去する工程と、
（ｄ）前記第一のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
（ｅ）前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Ｂを有する第二のヌクレオチドと接触させる工程と、
（ｆ）余剰の第二のヌクレオチドを除去する工程と、
（ｇ）前記第二のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
（ｈ）前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Ｃを有する第三のヌクレオチドと接触させる工程と、
（ｉ）余剰の第三のヌクレオチドを除去する工程と、
（ｊ）前記第三のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
（ｋ）前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Ｄを有する第四のヌクレオチドと接触させる工程と、
（ｌ）余剰の第四のヌクレオチドを除去する工程と、
（ｍ）前記第四のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と
を有するものである、方法。
【請求項２３】
請求項２２記載の方法であって、この方法は、さらに、工程（ｂ）〜工程（ｍ）を繰り返す工程を有するものである、方法。
【請求項２４】
請求項２２記載の方法であって、この方法は、さらに、少なくとも二つの標識されたヌクレオチドを含む二本鎖バイオポリマーの一部を線形化する工程を有するものである、方法。
【請求項２５】
請求項２４記載の方法であって、この方法は、さらに、前記二本鎖バイオポリマーの線形化部分に存在する２またはそれ以上の標識されたヌクレオチド間の距離を測定する工程を有するものである、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００２】
本発明は核酸配列決定及び分子イメージングの分野に関する。本発明はまた、ナノテク
ノロジーに関する。
【背景技術】
分子生物学技術の進歩に伴って、解像度及び精度の絶え間ない進歩により、微小分析及び微小サンプルへの関心が高まった。このうちのいくつかは、母集団の不均一性が、多くの場合、サンプルの顕著な特徴をあいまいにすることもあるという認識に駆られたものである。限られたサンプル量もまた、適用によっては考慮に入れる。
既存の技術は、理論的には、物理的に小さなサンプルから重要な情報を抽出することができるが、このような技術の有効性は、このような小さなサンプルの構造的特徴に対する分解能によって制限される。したがって、当技術分野においては、単一分子または他の物理的に小さなサンプルに基づいてゲノム情報を得ることができる方法及び関連するデバイスが必要とされる。このような方法は、最新の技術により１０００ｂｐ（１ｋｂ）精度が向上させることができると、その方法の価値が高められる。
この出願の発明に関連する先行技術文献情報としては、以下のものがある（国際出願日以降国際段階で引用された文献及び他国に国内移行した際に引用された文献を含む）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００３】
【特許文献０１】  国際公開第ＷＯ０３／１０６６２０号
【特許文献０２】  米国特許出願公開第２００３／２１９８０５号
【特許文献０３】  米国特許出願公開第２００４／１９７８４３号
【非特許文献】
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
【非特許文献０１】  ＸＩＡＯ  ＭＩＮＧ  ｅｔ  ａｌ："Ｒａｐｉｄ  ＤＮＡ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｂｙ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｓｉｎｇｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ"ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤＳ  ＲＥＳＥＡＲＣＨ，ＯＸＦＯＲＤ  ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ  ＰＲＥＳＳ，ＧＢ，ｖｏｌ．３５，ｎｏ．３，１  Ｊａｎｕａｒｙ  ２００７（２００７−０１−０１），ｐａｇｅｓ  Ｅ１６−１，
【非特許文献０２】  ＪＯ  ＫＹＵＢＯＮＧ  ｅｔ  ａｌ：  "Ａ  ｓｉｎｇｌｅ−ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｂａｒｃｏｄｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ  ｕｓｉｎｇ  ｎａｎｏｓｌｉｔｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  ａｎａｌｙｓｉｓ．"ＰＲＯＣＥＥＤＩＮＧＳ  ＯＦ  ＴＨＥ  ＮＡＴＩＯＮＡＬ  ＡＣＡＤＥＭＹ  ＯＦ  ＳＣＩＥＮＣＥＳ  ＯＦ  ＴＨＥ  ＵＮＩＴＥＤ  ＳＴＡＴＥＳ  ＯＦ  ＡＭＥＲＩＣＡ  ２０  ＦＥＢ  ２００７，  ｖｏｌ．１０４，  ｎｏ．  ８，  ２０  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２００７  （２００７−０２−２０），  ｐａｇｅｓ  ２６７３−２６７８
【非特許文献０３】  ＶＡＡＮＤＲＡＧＥＲ  Ｊ  Ｗ  ＥＴ  ＡＬ：  "ＤＮＡ  ｆｉｂｅｒ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｃｌａｓｓ  ｓｗｉｔｃｈｉｎｇ  ｉｎ  Ｂ−ｃｅｌｌ  ｎｅｏｐｌａｓｉａ：  ａｂｅｒｒａｎｔ  ＣＨ  ｇｅｎｅ  ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔｓ  ｉｎ  ｆｏｌｌｉｃｌｅ  ｃｅｎｔｅｒ−ｃｅｌｌ  ｌｙｍｐｈｏｍａ．"ＢＬＯＯＤ  １５  ＯＣＴ  １９９８，  ｖｏｌ．  ９２，  ｎｏ．  ８，  １５  Ｏｃｔｏｂｅｒ  １９９８  （１９９８−１０−１５），  ｐａｇｅｓ  ２８７１−２８７８
【非特許文献０４】  ＡＭＡＮＮ  Ｒ  ＥＴ  ＡＬ：  "ＩＮ  ＳＩＴＵ  ＶＩＳＵＡＬＩＺＡＴＩＯＮ  ＯＦ  ＨＩＧＨ  ＧＥＮＥＴＩＣ  ＤＩＶＥＲＳＩＴＹ  ＩＮ  Ａ  ＮＡＴＵＲＡＬ  ＭＩＣＲＯＢＩＡＬ  ＣＯＭＭＵＮＩＴＹ"ＪＯＵＲＮＡＬ  ＯＦ  ＢＡＣＴＥＲＩＯＬＯＧＹ，  ＡＭＥＲＩＣＡＮ  ＳＯＣＩＥＴＹ  ＦＯＲ  ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ，  ＷＡＳＨＩＮＧＴＯＮ，  ＤＣ；  ＵＳ，  ｖｏｌ．  １７８，  ｎｏ．  １２，  １  Ｊｕｎｅ  １９９６  （１９９６−０６−０１），  ｐａｇｅｓ  ３４９６−３５００，０１ＰＡ
【非特許文献０５】  ＲＥＩＬ  ＨＥＩＤＥ  ＥＴ  ＡＬ："Ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｅｗ  ｔｒｉｐｌｅｘ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｅｒｐｅｓ  ｓｉｍｐｌｅｘ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅｓ  １  ａｎｄ  ２．"ＴＨＥ  ＪＯＵＲＮＡＬ  ＯＦ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＤＩＡＧＮＯＳＴＩＣＳ  ＪＭＤ  ＪＵＬ  ２００８，  ｖｏｌ．  １０，  ｎｏ．  ４，  Ｊｕｌｙ  ２００８  （２００８−０７），  ｐａｇｅｓ  ３６１−３６７
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】