【手続補正書】
【提出日】平成25年2月15日(2013.2.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための方法であって、該方法は、以下：
データ点の複数セットを受信し、ここで、各セットは２つのヌクレオチド配列の二本鎖分子のコピーを含む異なる試料に対応し、セットの各データ点は試料についてシグナル値及び温度値を含み、この場合、温度は各連続データ点について上昇し、ここで、各セットは融解曲線を定義し、
少なくとも１つのプロセッサーは、
各融解曲線について、
二次導関数を採用し；
二次導関数の関数が境界閾値と交差する開始温度と終了温度を同定し；
融解曲線のそれぞれの開始温度に基づいて、融解領域開始を同定し；
融解曲線のそれぞれの終了温度に基づいて、融解領域終了を同定する
ことによって融解曲線について融解領域を決定し；
各融解曲線をそれぞれのクラスターに帰属し、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域において１以上の類似した特性を有し；そして
別のクラスターのヌクレオチド配列と比較して、配列変化を有するものとして少なくとも１つのクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことを含む方法。
【請求項２】
融解領域開始を同定することが、融解領域開始として他の開始温度の所定量よりも大きいそれぞれの開始温度を同定することを含み、そして融解領域終了を同定することが、融解領域終了として他の終了温度の所定量よりも小さいそれぞれの終了温度を同定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
他の開始温度の所定量が百分率である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
二本鎖分子が遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
各試料が異なる生物由来の同遺伝子を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
配列変化が突然変異である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
二次導関数の関数が、二次導関数の移動平均である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
融解曲線をクラスターに帰属させる前に、各融解曲線を以下：
終了領域内の点が第１の値の平均値を有するように各融解曲線のデータ点を相殺し、ここで、該終了領域が融解領域終了で開始する所定の温度範囲であり；そして
開始領域におけるデータ点が第２の値の平均値を有するように融解曲線にある数を掛け、ここで、該開始領域が融解領域開始で終了する所定の温度範囲である
によって標準化することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
第１の値が０であり、第２の値が１である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための方法であって、該方法は、以下：
データ点の複数セットを受信し、ここで、各セットは２つのヌクレオチド配列の二本鎖分子のコピーを含む異なる試料に対応し、セットの各データ点は試料についてシグナル値及び温度値を含み、この場合、温度は各連続データ点について上昇し、ここで、各セットは融解曲線を定義し、
融解領域開始及び融解領域終了を有する融解領域を決定し；
少なくとも１つのプロセッサーは以下：
融解曲線のデータ点を変更し、それにより終了領域内のデータ点は第１の数の平均値を有し、ここで、終了領域は融解領域終了で開始する温度範囲であり；及び
融解曲線のデータ点を変更し、それにより開始領域内のデータ点は第２の数の平均値を有し、ここで、開始領域は融解領域開始で終了する温度範囲である、
ことによって各融解曲線の第１の標準化を実行し；
各融解曲線について、融解曲線が閾値と交差する閾値温度を同定し；
それぞれの閾値温度から平均閾値温度を計算し；
融解曲線が平均閾値温度で閾値と交差するように各融解曲線をシフトさせ；
各融解曲線の第２の標準化を実行し、これは、
平均閾値温度よりも低い温度を有する融解曲線のデータ点を変更し、それにより開始領域におけるデータ点が第３の数の平均値を有する、ことを含み；
各融解曲線をそれぞれのクラスターに帰属し、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域において１以上の類似した特性を有し；そして
別のクラスターのヌクレオチド配列と比較して、配列変化を有するものとして少なくとも１つのクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことを含む方法。
【請求項１１】
各融解曲線の第２の標準化を実行することが、
平均閾値温度よりも高い温度を有する融解曲線のデータ点を変更し、それにより融解曲線のデータ点は平均閾値温度の閾値、及び終了領域における第４の数の平均値を有する
ことをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
第１の標準化を実行することが、
融解曲線のデータ点を相殺し、それにより終了領域内のデータ点が第１の数の平均値を有し；そして
融解曲線のデータ点にある数を掛け、それにより開始領域におけるデータ点は第２の数の平均値を有する
ことを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
第１の値が０である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
第２の標準化を実行することが
開始領域から平均閾値温度までの融解曲線の各データにある数を掛け、それにより開始領域のデータ点が第３の数の平均値を有する
ことを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
第２の数が第３の数と同じである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための方法であって、該方法は、以下：
データ点の複数セットを受信し、ここで、各セットは２つのヌクレオチド配列の二本鎖分子のコピーを含む異なる試料に対応し、セットの各データ点は試料についてシグナル値及び温度値を含み、この場合、温度は各連続データ点について上昇し、ここで、各セットは融解曲線を定義し；
融解領域開始及び融解領域終了を有する融解領域を決定し；
各融解曲線をそれぞれのクラスターに帰属し、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域において１以上の類似した特性を有し；
少なくとも１つのプロセッサーは融解曲線のクラスターを選択し；
該少なくとも１つのプロセッサーは、選択されたクラスターの各融解曲線の融解温度を決定し；
該少なくとも１つのプロセッサーは、それぞれの融解温度に基づいて、複数のサブクラスターに、選択されたクラスターの融解曲線を分類し；そして
別のサブクラスターのヌクレオチド配列と比較して、配列変化を有するものとして少なくとも１つのサブクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことを含む方法。
【請求項１７】
配列変化を有するものとして少なくとも１つのクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１つのサブクラスターのヌクレオチド配列がホモ接合突然変異を有するものとして同定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための方法であって、該方法は、以下：
データ点の複数セットを受信し、ここで、各セットは２つのヌクレオチド配列の二本鎖分子のコピーを含む異なる試料に対応し、セットの各データ点は試料についてシグナル値及び温度値を含み、この場合、温度は各連続データ点について上昇し、ここで、各セットは融解曲線を同定し；
融解領域開始及び融解領域終了を有する融解領域を決定し；
少なくとも１つのプロセッサーは、融解曲線の形状を分析することによって、各融解曲線をそれぞれのクラスターに帰属させ、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域において１以上の類似した形状特性を有し：
各融解曲線について
Ｎ平均値を計算し、各値は融解曲線の複数の連続セグメントの１つの平均であり；
Ｎ次元空間における点としてＮ平均値のセットを定義し；
Ｎ次元点をＫ個のＮ次元関数に適合させ；
Ｋ個のＮ次元関数の１つを用いて各Ｎ次元点を同定し；そして
同じＮ次元関数と関連した融解曲線を同じクラスターに分類し；並びに
別のクラスターのヌクレオチド配列と比較して、配列変化を有するものとして少なくとも１つのクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことを含む方法。
【請求項２０】
複数のＫ値について融解曲線をクラスター化させ；
Ｋ個のクラスターの各セットについて
該セットの各クラスター間の距離を決定し；
各距離が閾値ＣＤよりも大きい場合には、Ｋ個のクラスターのセットが良好として記され；
クラスターが良好として記されたＫについての最大値を決定し；そして
Ｋの最大値についてクラスター化に起因するクラスターを用いて、配列変化を同定する
ことをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
Ｎ次元関数がガウス関数である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
ガウス幅が所定範囲内にあるように拘束される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
Ｎ次元関数が、それぞれの関数に帰属されたデータ点の平均を計算する各関数である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための方法であって、該方法は、以下：
データ点の複数セットを受信し、ここで、各セットは２つのヌクレオチド配列の二本鎖分子のコピーを含む異なる試料に対応し、セットの各データ点は試料についてシグナル値及び温度値を含み、この場合、温度は各連続データ点について上昇し、ここで、各セットは融解曲線を定義し；
融解領域開始及び融解領域終了を有する融解領域を決定し；
少なくとも１つのプロセッサーは、各融解曲線の負の一次導関数を採用し、それぞれの融解ピーク曲線を決定し；
少なくとも１つのプロセッサーは各融解曲線をそれぞれのクラスターに帰属させ、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域における融解ピーク曲線について１以上の類似した特性を有し；そして
別のクラスターについてのヌクレオチド配列と比較して、配列変化を有するものとして少なくとも１つのクラスターに対応するヌクレオチド配列の少なくとも一部を同定する
ことを含む方法。
【請求項２５】
各々の負の一次導関数のベースラインを決定し、ここで、ベースラインは融解領域開始を融解領域終了に接続させ；そして
それぞれの融解ピーク曲線からベースラインを差し引いて、それぞれのベースライン化された融解ピーク曲線を提供し、ここで、同じクラスターに帰属された融解曲線は、他のクラスターにおける融解曲線と比較して、融解領域におけるそれぞれのベースライン化された融解ピーク曲線について１以上の類似した特性を有する
をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ベースライン化された融解ピーク曲線の負のデータ点が０に設定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
それぞれのベースライン化された融解ピーク曲線はクラスター化前に標準化され、ここで、標準化は、ベースライン化された融解ピーク曲線のデータ点を変更することを含み、それにより、開始領域と終了領域との間のそれらの最大値は１であり、最小値は０である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ヌクレオチド配列間の配列変化を同定するための操作を実行するためのプロセッサーを制御するための複数の指示を記憶する実際のコンピュータ読み込み可能媒体を含むコンピュータプログラム製造品であって、該指示は請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法を含む製造品。