【手続補正書】
【提出日】平成25年4月25日(2013.4.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、対象における甲状腺疾患を検出するための方法：
(a) 対象からDNA試料を提供する段階；
(b) 該対象からの該DNA試料を、IYD、PSD4、C1orf68、KPRP、LCE1EおよびPAX8ならびに表3〜6に記載される遺伝子から選択される1つもしくは複数の遺伝子、またはそれらの相補体の1つもしくは複数の多型の存在についてアッセイする段階；および
(c) 段階(b)の結果に基づいて、該対象が悪性または良性である甲状腺状態を有するかどうか、または有する可能性が高いかどうかを決定する段階。
【請求項２】
該1つもしくは複数の遺伝子が、IYD、PSD4、C1orf68、KPRP、LCE1EおよびPAX8から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
甲状腺状態が、濾胞癌、濾胞型乳頭癌、濾胞性腺腫、結節性過形成および甲状腺乳頭癌からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
DNA試料が、甲状腺組織を含む試料から採取される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
該1つもしくは複数の多型が、正常試料と比較した場合のコピー数の変化を含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
正常試料と比較した場合のコピー数の変化が欠失を含む、請求項5記載の方法。
【請求項７】
正常試料と比較した場合のコピー数の変化がコピー数の増加を含む、請求項5記載の方法。
【請求項８】
正常試料が同一対象からのDNAの試料を含む、請求項5記載の方法。
【請求項９】
正常試料が異なる対象からのDNAの試料を含む、請求項5記載の方法。
【請求項１０】
正常試料が、公知であるか、または一般に受け入れられている値を含む、請求項5記載の方法。
【請求項１１】
アッセイ段階(b)が：
(a) DNA試料を、表3〜6に記載される1つもしくは複数の遺伝子またはそれらの相補体に特異的に結合する1つまたは複数の結合剤と接触させる段階；および
(b) 該DNA試料が該1つまたは複数の結合剤に特異的に結合するかどうかを決定する段階
を含み、該DNA試料が該1つまたは複数の結合剤に結合することにより、該対象における多型の存在が示される、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
アッセイ段階(b)が、表3〜6に記載される1つもしくは複数のマーカー領域またはそれらの相補体を含む1つまたは複数の核酸領域の配列決定を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
アッセイ段階(b)が、表3〜6に記載される1つもしくは複数のマーカー領域またはそれらの相補体を含むDNAの量を定量する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
定量段階がPCRを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
PCRがリアルタイムPCRを含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
定量段階がハイブリダイゼーションを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１７】
濾胞性腺腫、濾胞癌、結節性過形成、濾胞型乳頭癌、または甲状腺乳頭癌と相関する1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを測定する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
IYD、PSD4、C1orf68、KPRP、LCE1EおよびPAX8ならびに表3〜6に記載される遺伝子からなる群より選択される1つもしくは複数の遺伝子またはそれらの相補体の1つもしくは複数の多型に特異的に結合し、悪性または良性である甲状腺状態を検出するために選択される、1つまたは複数の結合剤を含む組成物。
【請求項１９】
1つまたは複数の結合剤がオリゴヌクレオチドを含む、請求項18記載の組成物。
【請求項２０】
オリゴヌクレオチドがRNAまたはDNAを含む、請求項19記載の組成物。
【請求項２１】
1つまたは複数の結合剤がアプタマー、抗体、ペプチド核酸、またはピラノシルRNAを含む、請求項18記載の組成物。
【請求項２２】
1つまたは複数の多型が欠失または重複を含む、請求項18記載の組成物。
【請求項２３】
以下を含む、対象における甲状腺疾患を検出するためのキット：
(a) IYD、PSD4、C1orf68、KPRP、LCE1EおよびPAX8ならびに表3〜6に記載される遺伝子からなる群より選択される1つもしくは複数の遺伝子、またはそれらの相補体の1つもしくは複数の多型に特異的に結合し、悪性または良性である甲状腺状態を検出するために選択される、少なくとも1つの結合剤；および
(b) 対象からのDNA試料に対する該少なくとも1つの結合剤の結合を検出するための試薬。
【請求項２４】
少なくとも1つの結合剤が少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを含む、請求項23記載のキット。
【請求項２５】
少なくとも1つの結合剤が少なくとも1つのアプタマー、抗体、ペプチド核酸、またはピラノシルRNAを含む、請求項23記載のキット。
【請求項２６】
少なくとも1つの結合剤が検出可能な標識で標識されている、請求項23記載のキット。
【請求項２７】
少なくとも1つの結合剤が表面に固定化されている、請求項23記載のキット。
【請求項２８】
キットの使用説明書を含む、請求項23記載のキット。
【請求項２９】
以下の段階を含む、対象における甲状腺疾患を検出するための方法：
(a) 対象からDNA試料を提供する段階；
(b) リスト1〜44から選択される1つもしくは複数のバイオマーカー、またはそれらの相補体の該DNA試料における存在を検出する段階；および
(c) 段階(b)の結果に基づいて、該対象が悪性または良性の甲状腺状態を有するかどうか、または有する可能性が高いかどうかを決定する段階。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
別の態様において、本発明は、(a) 上記の方法を用いて、対象から甲状腺疾患を診断する段階；(b) 診断の結果を対象、医療提供者、または第三者に提供する段階；および(c) 該対象、医療提供者、または第三者に代金を請求する段階を含む、対象における甲状腺疾患を診断するためのビジネス方法を含む。
[本発明1001]
以下の段階を含む、対象における甲状腺疾患を診断するための方法：
(a) 対象からDNA試料を提供する段階；
(b) 表3〜6に記載される多型から選択される1つもしくは複数の多型、またはそれらの相補体の存在を検出する段階；および
(c) 段階(b)の結果に基づいて、該対象が悪性または良性の甲状腺状態を有するかどうか、または有する可能性が高いかどうかを判定する段階。
[本発明1002]
悪性状態が、濾胞癌、濾胞型乳頭癌、および甲状腺乳頭癌からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
良性甲状腺状態が、濾胞性腺腫および結節性過形成からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
対象から提供されるDNA試料が、甲状腺組織を含む試料から採取される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
多型が、正常試料と比較した場合のコピー数の変化を含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
正常試料と比較した場合のコピー数の変化が欠失を含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
正常試料と比較した場合のコピー数の変化がコピー数の増加を含む、本発明1005の方法。
[本発明1008]
正常試料が同一対象からのDNAの試料を含む、本発明1005の方法。
[本発明1009]
正常試料が異なる対象からのDNAの試料を含む、本発明1005の方法。
[本発明1010]
正常試料が、公知であるか、または一般に受け入れられている値を含む、本発明1005の方法。
[本発明1011]
段階(b)が：
(a) DNA試料を、表3〜6に記載される1つもしくは複数の多型またはそれらの相補体に特異的に結合する1つまたは複数の結合剤と接触させる段階；および
(b) 該DNA試料が該1つまたは複数の結合剤に特異的に結合するかどうかを判定する段階
を含み、該DNA試料が該1つまたは複数の結合剤に結合することにより、該対象における多型の存在が示される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
検出段階(b)が、表3〜6に記載される1つもしくは複数のマーカー領域またはそれらの相補体を含む1つまたは複数の核酸領域の配列決定を含む、本発明1001の方法。
[本発明1013]
検出段階(b)が、表3〜6に記載される1つもしくは複数のマーカー領域またはそれらの相補体を含むDNAの量を定量する段階を含む、本発明1001の方法。
[本発明1014]
定量段階がPCRを含む、本発明1013の方法。
[本発明1015]
PCRがリアルタイムPCRを含む、本発明1014の方法。
[本発明1016]
定量段階がハイブリダイゼーションを含む、本発明1013の方法。
[本発明1017]
濾胞性腺腫、濾胞癌、結節性過形成、濾胞型乳頭癌、または甲状腺乳頭癌と相関する1つまたは複数の遺伝子の発現レベルを測定する段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
表3〜6に記載される1つもしくは複数の多型またはそれらの相補体に特異的に結合する1つまたは複数の結合剤を含む組成物。
[本発明1019]
1つまたは複数の結合剤がオリゴヌクレオチドを含む、本発明1018の組成物。
[本発明1020]
オリゴヌクレオチドがRNAまたはDNAを含む、本発明1019の組成物。
[本発明1021]
1つまたは複数の結合剤がアプタマー、抗体、ペプチド核酸、またはピラノシルRNAを含む、本発明1018の組成物。
[本発明1022]
1つまたは複数の多型が欠失または重複を含む、本発明1018の組成物。
[本発明1023]
以下を含む、対象における甲状腺疾患を診断するためのキット：
(a) 表3〜6に記載される多型からなる群より選択される1つもしくは複数の多型、またはそれらの相補体に特異的に結合する少なくとも1つの結合剤；および
(b) 対象からのDNA試料に対する該少なくとも1つの結合剤の結合を検出するための試薬。
[本発明1024]
少なくとも1つの結合剤が少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを含む、本発明1023のキット。
[本発明1025]
少なくとも1つの結合剤が少なくとも1つのアプタマー、抗体、ペプチド核酸、またはピラノシルRNAを含む、本発明1023のキット。
[本発明1026]
少なくとも1つの結合剤が検出可能な標識で標識されている、本発明1023のキット。
[本発明1027]
少なくとも1つの結合剤が表面に固定化されている、本発明1023のキット。
[本発明1028]
キットの使用説明書を含む、本発明1023のキット。
[本発明1029]
以下の段階を含む、対象における甲状腺疾患を診断するためのビジネス方法：
(a) 対象から甲状腺疾患を診断する段階であって、該診断が本発明1001〜1017のいずれかの方法によって行われる段階；
(b) 診断の結果を対象、医療提供者、または第三者に提供する段階；および
(c) 該対象、医療提供者、または第三者に代金を請求する段階。
[本発明1030]
以下の段階を含む、対象における甲状腺疾患を診断するための方法：
(a) 対象からDNA試料を提供する段階；
(b) リスト1〜44から選択される1つもしくは複数のバイオマーカー、またはそれらの相補体の存在を検出する段階；および
(c) 段階(b)の結果に基づいて、該対象が悪性または良性の甲状腺状態を有するかどうか、または有する可能性が高いかどうかを判定する段階。