【手続補正書】
【提出日】平成25年4月24日(2013.4.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ＲＮＡの存在を検出する方法であって、
ａ）支持体に結合された少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブを提供するステップと、
ｂ）前記標的ＲＮＡを前記少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブとハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｃ）前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を単離するステップと、
ｄ）ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせを提供し、かつ前記ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせを前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体とハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を生成するステップと、
ｅ）抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供し、かつ前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を前記抗体とともにインキュベートし、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ：抗体複合体を生成するステップと、
ｆ）前記抗体を検出するステップと、検出結果をＤＮＡ増幅プローブの異なる組み合わせから得られる結果と比較するステップであって、比較により特定のＲＮＡスプライシング形態の存在が示されるステップ
を含む、方法。
【請求項２】
前記抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記検出するステップは、前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する二次抗体を提供するステップを含み、ここで前記二次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
支持体は、磁性ビーズを含む、請求項１〜３のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブは、ビオチン分子にコンジュゲートされ、かつここで前記支持体は、少なくとも１つのストレプトアビジン分子にコンジュゲートされている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
標的ＲＮＡを検出するためのキットであって、
ａ）磁性支持体に結合された少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブ、
ｂ）ＤＮＡ増幅プローブの少なくとも２つの異なる組み合わせ、
ｃ）抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体、および
ｄ）検出試薬
を含む、キット。
【請求項７】
前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出試薬は、前記検出可能なマーカーに対する基質を含む、請求項６に記載のキット。
【請求項８】
前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する二次抗体をさらに含み、ここで前記二次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出試薬は、前記検出可能なマーカーに対する基質を含む、請求項６または７に記載のキット。
【請求項９】
標的ＲＮＡの存在を検出する方法であって、
ａ）少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブを提供するステップと、
ｂ）支持体に結合された一次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供するステップと、
ｃ）前記標的ＲＮＡを前記少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブとハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｄ）前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体とともにインキュベートし、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｅ）ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせを提供し、かつ前記ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせを前記結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体とハイブリダイズさせ、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を生成するステップと、
ｆ）二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供し、かつ前記結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体とともにインキュベートし、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ：抗体複合体を生成するステップと、
ｇ）前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を検出するステップと、検出結果をＤＮＡ増幅プローブの異なる組み合わせから得られる結果と比較するステップであって、比較により特定のＲＮＡスプライシング形態の存在が示されるステップ
を含む、方法。
【請求項１０】
前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記検出するステップは、前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する三次抗体を提供するステップを含み、ここで前記三次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップをさらに含む、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
支持体は、磁性ビーズを含む、請求項９〜１１のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１３】
前記一次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、ビオチン分子にコンジュゲートされ、かつここで前記支持体は、少なくとも１つのストレプトアビジン分子にコンジュゲートされる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
検出可能なマーカーは、アルカリホスファターゼおよび西洋わさびペルオキシダーゼからなる群から選択される、請求項２または１０に記載の方法。
【請求項１５】
標的ＲＮＡは、ウイルス、細菌、抗酸菌または原虫に由来する、請求項１〜５および９〜１４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６】
標的ＲＮＡは、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、ヒト免疫不全ウイルス、クラミジア種（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｓｐｐ．）、ナイセリア種（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、抗酸菌、ＳＡＲＳコロナウイルス、オルソミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｉｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、またはパピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）に由来する、請求項１〜５および９〜１４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブおよび少なくとも１つのＤＮＡ増幅プローブは、約１５〜約２００塩基長である、請求項１〜５および９〜１６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１８】
標的ＲＮＡは、スプライス変異体であり、かつここで少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブおよび少なくとも１つのＤＮＡ増幅プローブは、前記スプライス変異体の存在を検出するように選択される、請求項１〜５および９〜１７のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのＤＮＡ捕捉プローブおよび少なくとも１つのＤＮＡ増幅プローブは、ＨＰＶ高リスク型１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９、６８、２６、６６、７３、および８２に由来するＲＮＡに相補的である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせおよびＤＮＡ増幅プローブの異なる組み合わせが、予測されるスプライシング形態配列をカバーする縮重シグナル増幅プローブを含む、請求項１〜５および９〜１９のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１】
ＤＮＡ増幅プローブの第一の組み合わせおよびＤＮＡ増幅プローブの異なる組み合わせが、標的ＲＮＡの異なる範囲を提供する、請求項１〜５および９〜１９のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２２】
標的ＲＮＡを提供する、請求項１〜５および９〜２１のいずれか1項に記載の方法であって、
ａ）標的ＲＮＡを含有する細胞を含む生物学的試料を、カルボキシルビーズとともに、細胞がカルボキシルビーズに結合するのに十分な条件下でインキュベートするステップと、
ｂ）ビーズを単離するステップと、
ｃ）単離されたビーズに結合された細胞を溶解するステップと、
ｄ）溶解された生物学的試料からビーズを単離するステップであって、得られた上清が検出のための標的ＲＮＡを含有する、ステップ
を含む、前記方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
本開示は、検出のための標的ＲＮＡを提供する方法であって、標的ＲＮＡを含有する生物学的試料をカルボキシルビーズとともにインキュベートするステップと、ビーズを単離するステップと、単離されたビーズに結合された生物学的試料を溶解するステップと、溶解された生物学的試料からビーズを単離するステップと、を含み、ここで得られた上清は検出のための標的ＲＮＡを含有する、方法を提供する。
[本発明1001]
標的ＲＮＡの存在を検出する方法であって、
ａ）支持体に結合された少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブを提供するステップと、
ｂ）前記標的ＲＮＡを前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブとハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｃ）前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を単離するステップと、
ｄ）少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブを提供し、かつ前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブを前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体とハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を生成するステップと、
ｅ）抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供し、かつ前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を前記抗体とともにインキュベートし、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ：抗体複合体を生成するステップと、
ｆ）前記標的ＲＮＡの存在を示す前記抗体を検出するステップと、
を含む、方法。
[本発明1002]
前記抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップを含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記検出可能なマーカーは、アルカリホスファターゼおよび西洋わさびペルオキシダーゼからなる群から選択される、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記検出するステップは、前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する二次抗体を提供するステップを含み、ここで前記二次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記支持体は、磁性ビーズを含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブは、ビオチン分子にコンジュゲートされ、かつここで前記支持体は、少なくとも1つのストレプトアビジン分子にコンジュゲートされている、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記標的ＲＮＡは、ウイルス、細菌、抗酸菌または原虫に由来する、本発明1001の方法。
[本発明1008]
前記標的ＲＮＡは、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、ヒト免疫不全ウイルス、クラミジア種（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｓｐｐ．）、ナイセリア種（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、抗酸菌、ＳＡＲＳコロナウイルス、オルソミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｉｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、またはパピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）に由来する、本発明1001の方法。
[本発明1009]
前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、約15〜約200塩基長である、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記標的ＲＮＡは、スプライス変異体であり、かつここで前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、前記スプライス変異体の存在を検出するように選択される、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、ＨＰＶ高リスク型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、66、73、および82に由来するＲＮＡに相補的である、本発明1011の方法。
[本発明1012]
標的ＲＮＡを検出するためのキットであって、
ａ）磁性支持体に結合された少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブ、
ｂ）少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブ、
ｃ）抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体、および
ｄ）検出試薬
を含む、キット。
[本発明1013]
前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出試薬は、前記検出可能なマーカーに対する基質を含む、本発明1012のキット。
[本発明1014]
前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する二次抗体をさらに含み、ここで前記二次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出試薬は、前記検出可能なマーカーに対する基質を含む、本発明1012のキット。
[本発明1015]
検出のための標的ＲＮＡを提供する方法であって、
ａ）前記標的ＲＮＡを含有する生物学的試料をカルボキシルビーズとともにインキュベートするステップと、
ｂ）前記ビーズを単離するステップと、
ｃ）前記単離されたビーズに結合された前記生物学的試料を溶解するステップと、
ｄ）前記溶解された生物学的試料から前記ビーズを単離するステップであって、得られた上清は、検出のための前記標的ＲＮＡを含有する、ステップ
を含む、方法。
[本発明1016]
標的ＲＮＡの存在を検出する方法であって、
ａ）少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブを提供するステップと、
ｂ）支持体に結合された一次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供するステップと、
ｃ）前記標的ＲＮＡを前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブとハイブリダイズさせ、標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｄ）前記標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を前記抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体とともにインキュベートし、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体を生成するステップと、
ｅ）少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブを提供し、かつ前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブを前記結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉プローブ複合体とハイブリダイズさせ、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を生成するステップと、
ｆ）二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を提供し、かつ前記結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ捕捉／増幅プローブ複合体を前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体とともにインキュベートし、結合された標的ＲＮＡ：ＤＮＡ：抗体複合体を生成するステップと、
ｇ）前記標的ＲＮＡの存在を示す、前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体を検出するステップと、
を含む、方法。
[本発明1017]
前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップを含む、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記検出可能なマーカーは、アルカリホスファターゼおよび西洋わさびペルオキシダーゼからなる群から選択される、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記検出するステップは、前記二次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体に結合する三次抗体を提供するステップを含み、ここで前記三次抗体は、検出可能なマーカーにコンジュゲートされ、かつここで前記検出するステップは、前記マーカーを検出するステップをさらに含む、本発明1016の方法。
[本発明1020]
前記支持体は、磁性ビーズを含む、本発明1016の方法。
[本発明1021]
前記一次抗−ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド抗体は、ビオチン分子にコンジュゲートされ、かつここで前記支持体は、少なくとも1つのストレプトアビジン分子にコンジュゲートされる、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記標的ＲＮＡは、ウイルス、細菌、抗酸菌または原虫に由来する、本発明1016の方法。
[本発明1023]
前記標的ＲＮＡは、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、ヒト免疫不全ウイルス、クラミジア種（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｓｐｐ．）、ナイセリア種（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、抗酸菌、ＳＡＲＳコロナウイルス、オルソミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｉｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、またはパピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）に由来する、本発明1016の方法。
[本発明1024]
前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、約15〜約200塩基長である、本発明1016の方法。
[本発明1025]
前記標的ＲＮＡは、スプライス変異体であり、かつここで前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、前記スプライス変異体の存在を検出するように選択される、本発明1016の方法。
[本発明1026]
前記少なくとも1つのＤＮＡ捕捉プローブおよび前記少なくとも1つのＤＮＡ増幅プローブは、ＨＰＶ高リスク型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、66、73、および82に由来するＲＮＡに相補的である、本発明1025の方法。