【手続補正書】
【提出日】平成24年12月3日(2012.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、生細胞のプロファイルを決定する方法：
ナノリットル以下の体積の液体を保持するよう寸法決めされた複数のマイクロウェルを含有する平板（slab）を提供する工程であって、複数のマイクロウェル中のマイクロウェルが被験体由来の細胞を含有し、かつ平均で1ウェル毎にわずか1つの単一細胞を含有する、工程；
第一の時点で第一の接触工程を実施して第一のプリントされたマイクロアレイを得る工程であって、第一の接触工程が平板と第一の基板を接触させることを含み、第一の基板が、該細胞のうち少なくとも1つによって産生される1種または複数種の第一の分泌産物に結合する1種または複数種の第一検出剤で前処理されている、工程；
第二の時点で第二の接触工程を実施して第二のプリントされたマイクロアレイを得る工程であって、第二の接触工程が平板と第二の基板を接触させることを含み、第二の基板が、該細胞のうち少なくとも1つによって産生される、任意で第一の分泌産物と同一の1種または複数種の第二の分泌産物に結合する1種または複数種の第二の検出剤で前処理されている、工程；
プリントされたアレイに結合した第一と第二の分泌産物レベルを定量化する工程であって、そのため分泌産物のタイミングが決定され、それによって単一細胞のプロファイルが決定される、工程。
【請求項２】
プロファイルが、Th1プロファイル、Th2プロファイル、Th9プロファイル、Th17プロファイル、Thプロファイル、または抗体アイソタイプレベルである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
1種または複数種の第一または第二の検出剤がT細胞分泌産物パネルを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項４】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、IL-17、IL-10、IL-4、およびIFN-γからなる群より選択される複数の種類のサイトカインを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項５】
1種または複数種の第一または第二の検出剤がTヘルパー2(Th2)分泌産物パネルを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項６】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、IL-4、IL-5、IL-13、およびIL-9からなる群より選択される複数の種類のサイトカインを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項７】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)細胞またはTh1の分泌産物パネルを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項８】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、IFNγ、MIP-1β、TNFα、パーフォリン、およびIL-2からなる群より選択される複数の種類のCTLまたはTh1パネル産物を検出する、請求項1記載の方法。
【請求項９】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、IgE、IgG1、IgG4、およびIgAからなる群より選択される抗体アイソタイプを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が、IgG3、IgG1、IgM、およびIgAからなる群より選択される抗体アイソタイプを検出する、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
細胞が免疫細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
細胞が、被験体由来の全血細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
細胞が末梢血単核球(PBMC)である、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
細胞を平板上に堆積させる前に刺激する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
疑いのあるアレルゲンまたは既知のアレルゲンで細胞を刺激する、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
アレルゲンが食品である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
食品が、乳、卵、ピーナッツ、ツリーナッツ(tree nut)、魚、貝・甲殻類、ダイズ、またはコムギ、卵製品、豆果、海産物、または貝・甲殻類である、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
アレルゲンが薬物である、請求項15記載の方法。
【請求項１９】
薬物が、アモキシシリン、ペニシリン、サルファ剤、バルビツレート、抗痙攣剤、インシュリン、またはヨウ素である、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
アレルゲンが、塵埃、花粉、ペットの鱗屑、ラテックス、もしくは塩素、または昆虫刺咬に関連する毒液である、請求項15記載の方法。
【請求項２１】
昆虫刺咬が、スズメバチ、ヒアリ(fire ant)、またはハチ刺されによるものである、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
細胞からの分泌産物の分泌速度を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
細胞の表現型または系列を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
表現型または系列を、分泌産物レベルと突き合わせる工程をさらに含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
前記プロファイルが免疫プロファイルである、請求項1記載の方法。
【請求項２６】
定量化する工程が、
プリントされたアレイを画像化して、データセットを得る工程；
該データセットをフィルタリングして、単一細胞からなる該アレイ上の位置を特定する工程；および
該位置を、該単一細胞の位置から検出された分泌産物のレベルと突き合わせる工程であって、それによって、単一細胞のプロファイルを決定する、工程
を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
1種または複数種の第一または第二の検出剤が抗体アイソタイプを特定する、請求項1記載の方法。
【請求項２８】
他の抗体アイソタイプと比較したIgEアイソタイプのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
IgG4アイソタイプのレベルと比較したIgEアイソタイプのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、請求項27記載の方法。
【請求項３０】
1種または複数種の第一または第二の検出剤がサイトカインを特定する、請求項1記載の方法。
【請求項３１】
Th1サイトカインのレベルと比較したTh2サイトカインのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
Th2サイトカインがIL-4を含む、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
Th1サイトカインがIFNγを含む、請求項31記載の方法。
【請求項３４】
自己免疫疾患または感染症を示すサイトカインプロファイルを定める工程をさらに含む、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
自己免疫疾患または感染症を示すサイトカインプロファイルが、IFNγまたはIL-2の正常レベルと比較したIFNγまたはIL-2のレベルの増加を含む、請求項34記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
本開示の有益性を考慮すれば、図面に示した例が必ずしも縮尺通りに描かれているとは限らないことが当業者により認識される。本明細書において開示された例示的な局面および例をより良く理解するために、特定の特徴または成分を拡大、縮小、または変形することができる。さらに、図面の中の陰影付け、パターン、ダッシュ記号などの使用は、特に文脈から明らかでない限り、特定の材料または方向を示唆または意味するとは意図されない。
[本発明1001]
以下の工程を含む、被験体における免疫プロファイルを決定する方法：
少なくとも1つのマイクロウェルをマイクロウェルアレイに備える成形可能な平板(moldable slab)の上に堆積された、被験体由来の細胞の懸濁液を提供する工程であって、該マイクロウェルアレイにおける少なくとも1つのマイクロウェルは、ナノリットル以下の体積中に単一細胞を含有する、工程；
該細胞の分泌産物に結合する少なくとも1種類の検出剤で前処理された基板と、マイクロウェルアレイとを接触させる工程；および
該基板上にある該検出剤のレベルを測定する工程であって、該レベルは該単一細胞の分泌産物の量に対応し、それによって、免疫プロファイルを決定する、工程。
[本発明1002]
プロファイルが、Th1プロファイル、Th2プロファイル、Th9プロファイル、Th17プロファイル、Thプロファイル、または抗体アイソタイプレベルである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
第2の検出剤をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
第3の検出剤をさらに含む、本発明1003の方法。
[本発明1005]
第4の検出剤をさらに含む、本発明1004の方法。
[本発明1006]
検出剤がT細胞分泌産物パネルを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1007]
検出剤が、IL-17、IL-10、IL-4、およびIFN-γからなる群より選択される複数の種類のサイトカインを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1008]
検出剤がTヘルパー2(Th2)分泌産物パネルを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1009]
検出剤が、IL-4、IL-5、IL-13、およびIL-9からなる群より選択される複数の種類のサイトカインを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1010]
検出剤が、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)細胞またはTh1の分泌産物パネルを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1011]
検出剤が、IFNγ、MIP-1β、TNFα、パーフォリン、およびIL-2からなる群より選択される複数の種類のCTLまたはTh1パネル産物を検出する、本発明1001の方法。
[本発明1012]
検出剤が、IgE、IgG1、IgG4、およびIgAからなる群より選択される抗体アイソタイプを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1013]
検出剤が、IgG3、IgG1、IgM、およびIgAからなる群より選択される抗体アイソタイプを検出する、本発明1001の方法。
[本発明1014]
細胞が、被験体由来の全血細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
細胞が末梢血単核球(PBMC)である、本発明1001の方法。
[本発明1016]
細胞を成形可能な平板上に堆積させる前に刺激する、本発明1001の方法。
[本発明1017]
疑いのあるアレルゲンまたは既知のアレルゲンで細胞を刺激する、本発明1001の方法。
[本発明1018]
細胞からの分泌産物の分泌速度を決定する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1019]
細胞の表現型を決定する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1020]
CD4またはCD8が細胞表面上に発現している、本発明1001の方法。
[本発明1021]
以下の工程を含む、個々の生細胞のプロファイルを決定する方法：
少なくとも1つのマイクロウェルをマイクロウェルアレイに備える成形可能な平板の上に堆積された、被験体由来の細胞の懸濁液を提供する工程であって、該マイクロウェルアレイにおける少なくとも1つのマイクロウェルは、ナノリットル以下の体積中に単一細胞を含有する、工程；
該細胞の分泌産物に結合する少なくとも1種類の検出剤で前処理された基板と、マイクロウェルアレイとを接触させて、プリントされたマイクロアレイを得る工程；
該プリントされたアレイを画像化して、データセットを得る工程；
該データセットをフィルタリングして、単一細胞からなる該アレイ上の位置を特定する工程；および
該位置を、該単一細胞の位置から検出された分泌産物のレベルと突き合わせる工程であって、それによって、個々の生細胞の免疫プロファイルを決定する、工程。
[本発明1022]
単一細胞の表現型または系列を特定する工程をさらに含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
表現型または系列を、分泌産物レベルと突き合わせる工程をさらに含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
以下の工程を含む、被験体におけるアレルゲンに対する感受性を評価する方法：
少なくとも1つのマイクロウェルをマイクロウェルアレイに備える成形可能な平板の上に堆積された、被験体由来の細胞の懸濁液を提供する工程であって、該マイクロウェルアレイにおける少なくとも1つのマイクロウェルは単一細胞を有し、該細胞は試験アレルゲンと接触したことがある、工程；
該アレルゲンに対する感受性を示す少なくとも1種類の検出剤で前処理された基板と、マイクロウェルアレイとを接触させる工程；および
該検出剤のレベルを測定する工程であって、それによって、アレルゲンの感受性を評価する、工程。
[本発明1025]
検出剤が抗体アイソタイプを特定する、本発明1024の方法。
[本発明1026]
他の抗体アイソタイプと比較したIgEアイソタイプのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、本発明1024の方法。
[本発明1027]
IgG4アイソタイプのレベルと比較したIgEアイソタイプのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、本発明1024の方法。
[本発明1028]
検出剤がサイトカインを特定する、本発明1024の方法。
[本発明1029]
Th1サイトカインのレベルと比較したTh2サイトカインのレベルの増加が、被験体がアレルゲンに対するアレルギーを有するか、または該アレルゲンに対するアレルギーを発症するリスクを有することを示す、本発明1028の方法。
[本発明1030]
Th2サイトカインがIL-4を含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
Th1サイトカインがIFNγを含む、本発明1029の方法。
[本発明1032]
アレルゲンが食品である、本発明1024の方法。
[本発明1033]
食品が、乳、卵、ピーナッツ、ツリーナッツ(tree nut)、魚、貝・甲殻類、ダイズ、またはコムギ、卵製品、豆果、海産物、または貝・甲殻類である、本発明1032の方法。
[本発明1034]
アレルゲンが薬物である、本発明1024の方法。
[本発明1035]
薬物が、アモキシシリン、ペニシリン、サルファ剤、バルビツレート、抗痙攣剤、インシュリン、またはヨウ素である、本発明1034の方法。
[本発明1036]
アレルゲンが、塵埃、花粉、ペットの鱗屑、ラテックス、もしくは塩素、または昆虫刺咬に関連する毒液である、本発明1024の方法。
[本発明1037]
昆虫刺咬が、スズメバチ、ヒアリ(fire ant)、またはハチ刺されによるものである、本発明1024の方法。
[本発明1038]
以下の工程を含む、自己免疫疾患または感染症を示す被験体におけるサイトカインプロファイルを決定する方法：
少なくとも1つのマイクロウェルをマイクロウェルアレイに備える成形可能な平板の上に堆積された、被験体由来の細胞の懸濁液を提供する工程であって、該マイクロウェルアレイにおける少なくとも1つのマイクロウェルは単一細胞を有する、工程；
少なくとも1種類のサイトカイン検出剤で前処理された基板と、マイクロウェルアレイとを接触させる工程；および
該サイトカイン検出剤を検出する工程；および
サイトカインプロファイルを形成する工程；および
自己免疫疾患または感染症を示すサイトカインプロファイルを定める工程。
[本発明1039]
自己免疫疾患または感染症を示すサイトカインプロファイルが、IFNγまたはIL-2の正常レベルと比較したIFNγまたはIL-2のレベルの増加を含む、本発明1038の方法。