【手続補正書】
【提出日】平成25年6月6日(2013.6.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫調節組成物による治療に応答する可能性を正確に判定するための方法であって、
対象に由来するか、対象から単離されているか、または対象から予め得られている試料中の１以上のマーカーを検出することを含み、
（ａ）少なくとも１つのマーカーが、ＩＦＮ−λ３遺伝子と連鎖するか、またはＩＦＮ−λ３遺伝子内に含まれ、かつ、
（１）その少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
配列番号：６、１１、６９、８６及び８９のいずれか１つに示す配列
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示すか、または、
（２）その少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、
配列番号：５、１０、６７、８５及び８８のいずれか１つに示す配列；及び
からなる群から選択される配列内に含まれ、
その少なくとも１つのマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の応答を示し、
（ｂ）その少なくとも１つのマーカーが、表５、４、３または１に示す単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）と連鎖するか、または表５、４、３または１に示すＳＮＰを含むか、または、表５、４、３または１に示すＳＮＰを含むか表１に示すＳＮＰと連鎖する核酸によってコードされ、かつ、その１以上のマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示すとする
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、配列番号：６７中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：６８の配列を含み、その少なくとも１つのマーカーの検出が前記組成物による治療に対する対象の応答を示す
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つのマーカーが、前記免疫調節組成物による治療に対する低い応答または無応答と関連するアレルを含み、そのアレルが、配列番号：６９中の多型ヌクレオチドを含む配列によってコードされるか、または配列番号：７０の配列を含み、その少なくとも１つのマーカーの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示す
請求項１に記載の方法。
【請求項４】
複数の前記マーカーを検出することを含む
請求項１ないし３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
複数の前記マーカーを含むハプロタイプを検出することを含む
請求項１ないし４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記ハプロタイプが、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含むか、または、
ｒｓ８０９９９１７においてＣまたはＧヌクレオチドを含み、そのアレルを含むハプロタイプの検出が、前記組成物による治療に対する対象の低い応答または無応答を示すか、または、
ｒｓ１２９８０２７５、ｒｓ８１０５７９０、ｒｓ８１０３１４２、ｒｓ１０８５３７２７、ｒｓ８１０９８８６及びｒｓ８０９９９１７の各々におけるアレルを含み、
そのアレルを含むハプロタイプの検出が前記組成物による治療に対する対象の治療の応答を示す
請求項５に記載の方法。
【請求項７】
対象から得られた試料中のＩＦＮ−λ３の改変された発現レベルを検出することを含み、その改変された発現が前記組成物による治療に対する対象の応答を示す
請求項１ないし６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
核酸に基づくアッセイまたは抗原に基づくアッセイによって、ＩＦＮ−λ３の少なくとも１つの発現産物の改変されたレベルを検出することを含む
請求項７に記載の方法。
【請求項９】
対象から得られた試料中のＩＦＮ−λ３のｍＲＮＡ転写物を検出するために増幅反応を行なうか、または、
対象から得られた生体試料を、ＩＦＮ−λ３遺伝子マーカーのその遺伝子によってコードされるタンパク質のアレル変異体に特異的に結合することができる抗体またはリガンドと、複合体の形成に十分な時間及び条件下で接触させ、その後、前記複合体を検出することを含む
請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記試料中の発現を対照試料中の発現と比較することを含む
請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記対照試料が、
（ｉ）前記免疫調節組成物で治療されていない１以上の対象由来の試料；及び
（ｉｉ）（ｉ）の前記試料について以前に決定された発現の測定値を含むデータセット
からなる群から選択される
請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
その１以上のマーカーの検出が、
（ｉ）ウイルス除去の増強またはウイルス力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答；
（ｉｉ）癌からの回復または寛解または腫瘍または前癌病変の増殖の低下を含む応答；
（ｉｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化；及び
（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せ
からなる群から選択される応答を示すか、または、
（ｖ）ウイルス／細菌の除去の失敗またはウイルス力価または細菌数の低下の失敗またはその失敗に関連する対象に特徴的な他の健康の変化；
（ｖｉ）癌からの回復または癌からの緩解の失敗または腫瘍または前癌病変の増殖の低下の失敗；
（ｖｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がないこと；及び
（ｖｉｉｉ）（ｖ）〜（ｖｉｉ）のうちの２つまたは全ての組合せ
からなる群から選択される低い応答または無応答を示す
請求項１ないし１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記免疫調節組成物が、
（ｉ）１以上のＩＦＮ及び／または１以上のＩＦＮの１以上の誘導体を含み、好ましくは、ＩＦＮが、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含み、及び／または、
（ｉｉ）１以上のグアノシン類似体及び／または１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含み、好ましくは、グアノシン類似体が、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドから選択される１以上のグアノシン類似体、並びに、それらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物を含む
請求項１ないし１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記免疫調節組成物が、ＩＦＮ−α及びリバビリンを含む
請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
対象が免疫調節組成物によるＴｈ１介在性疾患及び／またはＴｈ２介在性疾患の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスの変化またはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な他の健康の変化、治療に対する応答を示す；及び
（ｉｉ）Ｔｈ１細胞数、Ｔｈ２細胞数またはＴｈ１／Ｔｈ２細胞バランスまたはＴｈ１介在性またはＴｈ２介在性疾患からの回復を示す対象に特徴的な健康に顕著な変化がなく、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含み、好ましくは、
前記疾患が、多発性硬化症（ＭＳ）、関節リウマチ（ＲＡ）、Ｉ型糖尿病（ＩＤＤＭ）、強皮症、ＣｏｎＡ肝炎、アトピー性皮膚炎、喘息、アレルギー性鼻炎及びアレルギーからなる群から個別にまたはまとめて選択されるか、
または、
対象が免疫調節組成物による１以上の細菌またはウイルス感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉｉｉ）ウイルスまたは細菌除去の増強またはウイルス力価または細菌数の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答であり、その応答は治療に対する応答を示す；及び、
（ｉｖ）ウイルスまたは細菌の除去の失敗またはウイルス力価または細菌数の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含み、好ましくは、
前記細菌がグラム陰性細菌、または、前記ウイルスが一本鎖ＲＮＡウイルスであり、そのウイルスが、ヒトパピローマウイルス、ピコルナウイルス、アレナウイルス、トガウイルス、ブンヤウイルス、フィロウイルス、パラミクソウイルス、ラブドウイルス、オルトミクソウイルス、コロナウイルス、肝炎ウイルスを含むフラビウイルス、及びヘルペスウイルスを含むＤＮＡウイルスからなる群から選択されるか、
または、
対象が免疫調節組成物による１以上の新生物または前癌状態の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｖ）癌からの回復または寛解または腫瘍または前癌病変の増殖の低下を含む応答であり、その応答は治療に対する応答を示す；及び、
（ｖｉ）癌からの回復または癌からの緩解の失敗または腫瘍または前癌病変の増殖の低下の失敗、治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含み、好ましくは、
前記癌または前癌病変が、乳癌、肺癌、卵巣癌、ＨＰＶ関連癌（例えば、子宮頸部上皮内新生物及び／または子宮頸癌及び／または外陰部上皮内新生物及び／または陰茎上皮内新生物及び／または肛門上皮内新生物）、肝細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、光線角化症、黒色腫、有毛細胞白血病、カポジ肉腫、非ホジキンリンパ腫、星状細胞腫、膠芽細胞腫、胸腺腫、腺癌または線維肉腫からなる群から選択されるか、
または、
対象が免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｖｉｉ）ＨＣＶ除去の増強またはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化を含む応答、ここで、その応答は、治療に対する応答を示す；及び、
（ｖｉｉｉ）ＨＣＶ除去の失敗またはＨＣＶ力価の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含み、好ましくは、
前記免疫調節組成物が、１以上のＩＦＮ及び／または１以上のＩＦＮの１以上の誘導体を含み、好ましくは、前記ＩＦＮが、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含むか、または、前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮであるか、及び／または、
前記免疫調節組成物が、１以上のグアノシン類似体及び／または１以上のグアノシン類似体の１以上の誘導体を含み、好ましくは、前記グアノシン類似体が、リバビリン、ビラミジン、７−ベンジル−８−ブロモグアニン、９−ベンジル−８−ブロモグアニン、及びＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドから選択される１以上のグアノシン類似体、並びに、それらの誘導体、塩、溶媒和物及び水和物を含むか、
または、
対象がＩＦＮまたはその誘導体及びリバビリンまたはその誘導体を含む免疫調節組成物によるＨＣＶ感染の治療に応答する可能性を正確に判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、前記組成物による治療に対する対象の起こり得る応答を示す１以上のマーカーを検出すること、並びに、
（ｉｘ）ＨＣＶ除去の増強またはＨＣＶ力価の低下またはウイルス力価の低下または除去の増強に関連する対象に特徴的な他の健康の変化であり、治療に対する応答を示す；及び、
（ｘ）ＨＣＶ除去の失敗またはＨＣＶ力価の低下の失敗または失敗に関連する対象に特徴的な健康の変化であり、その応答は治療に対する低い応答または無応答を示す、
からなる群から選択される対象の応答を判定すること、を含み、好ましくは、
前記組成物が、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−ω、ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−λ１、ＩＦＮ−λ２及びＩＦＮ−λ３から選択される１以上のＩＦＮ及び／またはＩＦＮのいずれか１つまたは複数の１以上の誘導体を含むか、または、前記ＩＦＮがペグ化ＩＦＮであり、
（ｘｉ）好ましくは、前記リバビリンの誘導体が、ビラミジンまたはその誘導体、塩、溶媒和物または水和物である
ことを特徴とするプロセス。
【請求項１６】
対象の慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向を判定するためのプロセスであって、
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法を実施し、それによって、免疫調節組成物による治療に応答しない可能性が高いかまたは治療に対する低い応答を示す可能性が高い対象を特定すること、及び、
対象が慢性ＨＣＶ感染に罹りやすい傾向があると判定すること、を含む
ことを特徴とするプロセス。
【請求項１７】
請求項１ないし１４のいずれかに記載の方法または請求項１５または１６に記載のプロセスを実施するための診断キットまたは固体基板の製造における単離された核酸または抗体の使用。