【手続補正書】
【提出日】平成24年11月28日(2012.11.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を有する被験体から得た試料中の少なくとも２種類の癌関連タンパク質を癌の予後の指標とする方法であって：
ｉ）前記被験体由来の前記試料中の少なくとも２種類の癌関連タンパク質を同定する工程；
ｉｉ）前記試料中の前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質を定量化する工程；
ｉｉｉ）前記試料中の各癌関連タンパク質について正規化した値を得るために、前記試料中の前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質を正規化する工程；および
ｉｖ）生体マーカーの指標を得るために、第１の癌関連タンパク質の正規化した値を第２の癌関連タンパク質の正規化した値と比較する工程であって、前記生体マーカーの指標は、癌を有する前記被験体の予後を示す、工程
を含む、方法。
【請求項２】
前記被験体がヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記被験体がヒト以外の哺乳動物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が固形腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記癌が以下からなる群より選択される、請求項１に記載の方法：副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌、婦人科学的な癌、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、胃（消化器）癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍。
【請求項６】
前記固形腫瘍が癌腫である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記癌腫が、乳房、肺、前立腺、結腸、肝臓、甲状腺、腎臓、および胆管の癌腫からなる群より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記癌が、白血病、多発性骨髄腫、またはリンパ腫である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記癌腫が肝外胆管癌（ＥＨＣＣ）である、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、以下からなる群より選択される腫瘍抗原を含む、請求項１に記載の方法：ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；血液型Ｔｎ抗原、ＣＡ１５０；ＣＡ１９−９；ＣＡ５０；ＣＡＢ３９Ｌ；ＣＤ２２；ＣＤ２４；ＣＤ６３；ＣＤ６６ａ＋ＣＤ６６ｃ＋ＣＤ６６ｄ＋ＣＤ６６ｅ；ＣＴＡＧ１Ｂ；ＣＴＡＧ２；癌胎児性抗原（ＣＥＡ）；ＥＢＡＧ９；ＥＧＦＲ；ＦＬＪ１４８６８；ＦＭＮＬ１；ＧＡＧＥ１；ＧＰＡ３３；ガングリオシドＯＡｃＧＤ３；ヘパラナーゼ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＪＡＫＭＩＰ２；ＬＲＩＧ３；肺癌クラスター２；Ｍ２Ａ腫瘍胎児抗原、ＭＡＧＥ１；ＭＡＧＥＡ１０；ＭＡＧＥＡ１１；ＭＡＧＥＡ１２；ＭＡＧＥＡ２；ＭＡＧＥＡ４；ＭＡＧＥＢ１；ＭＡＧＥＢ２；ＭＡＧＥＢ３；ＭＡＧＥＢ４；ＭＡＧＥＢ６；ＭＡＧＥＣ１；ＭＡＧＥＥ１；ＭＡＧＥＨ１；ＭＡＧＥＬ２；ＭＧＥＡ５；ＭＯＫプロテインキナーゼ；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１６；ＭＵＣ４；黒色腫関連抗原；メソテリン；ムチン５ＡＣ；神経芽細胞腫；ＯＣＩＡＤ１；ＯＩＰ５；卵巣癌関連抗原；ＰＡＧＥ４；ＰＣＮＡ；ＰＲＡＭＥ；プラスチンＬ；前立腺ムチン抗原（ＰＭＡ）；前立腺特異抗原（ＰＳＡ）；ＰＴＥＮ；ＲＡＳＤ２；ＲＯＰＮ１；ＳＡＲＴ２；ＳＡＲＴ３；ＳＢＥＭ；ＳＤＣＣＡＧ１０；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＰＡＮＸ；ＳＰＡＮＸＢ１；ＳＳＸ５；ＳＴＥＡＰ４；ＳＴＫ３１；ＴＡＧ７２；ＴＥＭ１；ＸＡＧＥ２；ウィルムス腫瘍タンパク質、α１−フェトプロテイン；および上皮起源の腫瘍抗原。
【請求項１１】
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、以下からなる群より選択される腫瘍関連抗原を含む、請求項１に記載の方法：５Ｔ４；ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；ＡＣＲＢＰ；血液型Ｔｎ抗原；ＣＤ１６４；ＣＤ２０；ＣＴＨＲＣ１；ＥｒｂＢ２；ＦＡＴＥ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＧＰＮＭＢ；ガレクチン８；ＨＯＲＭＡＤ１；ＬＹＫ５；ＭＡＧＥＡ６；ＭＡＧＥＡ８；ＭＡＧＥＡ９；ＭＡＧＥＢ１８；ＭＡＧＥＤ２；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１；ＭＵＣ２；ＭｅｌａｎＡ；黒色腫ｇｐ１００；ＮＹＳ４８；ＰＡＲＰ９；ＰＡＴＥ；プロステイン；ＰＴＥＮ；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＥＰＴ１；ＳＬＣ４５Ａ２；ＴＢＣ１Ｄ２；ＴＲＰ１；ＸＡＧＥ１；および上皮由来の腫瘍関連抗原。
【請求項１２】
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも１種類の前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、４Ｅ−ＢＰ１、ｅＩＦ−４Ｅ、ＡＫＴ、Ｅｒｋ１／２、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ９０、Ｔｃｌ１、Ｇｒｂ１０、Ｆｔ１、Ｊｉｐ１、Ｐｏｓｈ、ｍＴＯＲ、ペリオスチン、およびＰＴＥＮからなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、ＥＧＦシグナル伝達経路のタンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも１種類の前記ＥＧＦシグナル伝達経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、請求項１４に記載の方法：ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、β−カテニン、グリコプロテイン１３０、ＰＬＣＧ１、Ｅｒｂｉｎ、ＭＵＣ１、Ｇｒｂ２、熱ショックタンパク質９０ｋＤａ  α（細胞質性）、メンバーＡ１、ＤＬＧ４、ＰＩＫ３Ｒ２、ＰＩＣＫ１、およびＳＨＣ１。
【請求項１６】
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１種類の前記リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、請求項１６に記載の方法：リン酸化された４ｅ−ＢＰ１（ｐ−４Ｅ−ＢＰ１）、リン酸化されたｅＩＦ−４Ｅ（ｐ−ｅＩＦ−４Ｅ）、リン酸化されたＡＫＴ（ｐＡＫＴ）、およびリン酸化されたｍＴＯＲ（ｐ−ｍＴＯＲ）。
【請求項１８】
定量化する工程が：
ａ）前記癌関連タンパク質を組織切片からメンブレンを積み重ねたものに移動させること；
ｂ）前記メンブレンを積み重ねたものを、前記メンブレン上の個々のエピトープの検出のための一次抗体でプローブすること；
ｃ）蛍光二次抗体を用いて、前記メンブレン上の個々のエピトープに結合した前記一次抗体を検出すること；および、
ｄ）前記蛍光二次抗体の強度を定量化すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
定量化する工程が、免疫組織化学、レーザー・キャプチャー・マイクロダイセクション、「一次元」電気泳動ゲル、「二次元」電気泳動ゲル、質量分析法、組織マイクロアレイ、マルチ組織免疫ブロッティング、またはこれらの２つ以上の組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記生体マーカーの指標が、前記第２の癌関連タンパク質の正規化した値で割った前記第１の癌関連タンパク質の正規化した値の比を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記試料が、血液、血清、尿、または他の流体である生物学的試料を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記試料が組織試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記組織試料が、保管組織試料、凍結保存された組織試料、新鮮な組織試料、ＬＣＭ組織試料、または組織マイクロアレイからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも２種類の癌関連タンパク質を含む生存に基づく癌の生体マーカーの指標であって、ここでは、前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質は、前記癌と関係がある細胞のシグナル伝達経路に由来する２種類のタンパク質であり、前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質が、前記生存に基づく癌の生体マーカーの指標を得るために、（ｉ）試料中の第１の癌関連タンパク質の含有量を計算すること；（ｉｉ）前記試料中の第２の癌関連タンパク質の含有量を計算すること；（ｉｉｉ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量により、前記第１の癌関連タンパク質の含有量を正規化すること；および（ｉｖ）前記生存に基づく癌の生体マーカーの指標を得るために、前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量により、前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化することにより、使用される、生存に基づく癌の生体マーカーの指標。
【請求項２５】
前記生体マーカーの指標が、癌の相対的生存率を得るために使用される、請求項２４に記載の生体マーカーの指標。
【請求項２６】
被験体由来の固形腫瘍試料から得た生体マーカーの指標を、固形腫瘍を有する前記被験体についての、相対的な癌の予後または相対的生存率の指標とする方法であって、：
生体マーカーの指標を得る工程であって、前記生体マーカーの指標は、以下の工程を含む方法により得られる、工程：
（ｉ）前記固形腫瘍試料から第１の癌関連タンパク質を抽出して、前記第１の癌関連タンパク質を含む画分を得る工程；
（ｉｉ）前記画分中の前記第１の癌関連タンパク質の含有量を計算する工程；
（ｉｉｉ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第１の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；
（ｉｖ）前記固形腫瘍試料から第２の癌関連タンパク質を抽出する工程；
（ｖ）前記画分中の前記第２の癌関連タンパク質の含有量を計算する工程；
（ｖｉ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；および
（ｖｉｉ）生体マーカーの指標を得るために、正規化した前記第１の癌関連タンパク質の含有量を、正規化した前記第２の癌関連タンパク質の含有量に対して相関させる工程を含み、ここで、前記生体マーカーの指標が、前記固形腫瘍を有する前記被験体について予後または癌の相対的生存率を示す、方法。
【請求項２７】
２種類の癌関連タンパク質を被験体における癌の指標とするための方法であって：
（ａ）前記被験体由来の生物学的試料から第１の癌関連タンパク質および第２の癌関連タンパク質のレベルを決定する工程；
（ｂ）前記生物学的試料由来の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；ならびに、
（ｃ）前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の正規化したレベルを、正常な対照試料中で測定した、細胞、組織、または体液中の前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質のレベルと比較する工程であって、ここでは、正常な対照被験体中で測定した前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質のレベルに対する、前記被験体中の前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の正規化したレベルの変化が、前記被験体における癌の存在を示す、工程
を含む、方法。
【請求項２８】
ｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲを、被験体における癌の存在の指標とするための方法であって：
（ａ）前記被験体由来の試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルを計算する工程；
（ｂ）前記試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルを、前記試料についての全細胞性タンパク質の含有量に対して正規化する工程；および
（ｃ）対照の非癌性試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現の正規化した発現のレベルを比較する工程であって、ここで、正常な非癌性試料と比較した、前記被験体の試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルにおける統計学的に有意な低下が、前記被験体における癌の存在の指標である、工程
を含む、方法。
【請求項２９】
被験体由来の腫瘍試料中の腫瘍抗原に特異的な抗体を、腫瘍を有する被験体についての、癌の相対的生存率の指標とするための方法であって：
前記腫瘍中の腫瘍抗原に特異的な抗体の存在を検出する工程であって、ここで、前記腫瘍抗原は、ｐ−ＡＫＴまたはｐｍ−ＴＯＲ、およびＰＴＥＮを含む、工程；
正常な非癌性試料と比較して、前記腫瘍中の前記腫瘍抗原に対する抗体の発現レベルを正規化する工程、
を含み、ここで、
前記非癌性試料と比較した前記腫瘍抗原に対する抗体の低下した発現レベルが、前記腫瘍を有する前記被験体におけるより低い相対的生存率を示す、方法。
【請求項３０】
癌関連タンパク質を、被験体における癌の存在の指標とするための方法であって：
前記被験体由来の生物学的試料中で第１の癌関連タンパク質を検出する工程であって、ここで、前記第１の癌関連タンパク質は、ＰＴＥＮ、ｐ−ＡＫＴ、ｐ−ｍＴＯＲ、ｐ−ＭＡＰＫ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、またはこれらの２種類以上の組み合わせを含む、工程；
前記第１の癌関連タンパク質についてタンパク質発現レベルを計算する工程；および、
前記生物学的試料中で検出した前記第１の癌関連タンパク質についてのタンパク質発現レベルを、所定の統計学的に有意なカットオフ値に対して比較する工程であって、ここでは、非癌性試料に対して比較した前記生物学的試料中の前記第１の癌関連タンパク質のタンパク質発現レベルの変化が、前記被験体における前記癌の存在を示す、工程
を含む、方法。
【請求項３１】
試料中の癌関連タンパク質を検出するためのメンブレンアレイであって、前記アレイは複数のメンブレンを含み、ここでは、前記複数のメンブレンの各々が１種類以上の癌関連タンパク質に対する親和性を有する、メンブレンアレイ；および
前記メンブレンのうちの少なくとも１つの上に捕捉された前記癌関連タンパク質を検出するための検出体分子の容器
を含有するキットであって、ここでは、前記癌関連タンパク質が、固形腫瘍、白血病、多発性骨髄腫、またはリンパ腫からなる癌と関係があるタンパク質の群より選択される、キット。
【請求項３２】
前記癌関連タンパク質が、副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌、婦人科学的な癌、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、胃（消化器）癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍からなる癌の群より選択される、請求項３１に記載のキット。
【請求項３３】
前記固形腫瘍が癌腫である、請求項３１に記載のキット。
【請求項３４】
前記癌腫がＥＨＣＣである、請求項３３に記載のキット。
【請求項３５】
前記癌腫が、乳房、肺、前立腺、結腸、肝臓、胃、甲状腺、腎臓および胆管の癌腫からなる群より選択される、請求項３３に記載のキット。
【請求項３６】
前記検出体分子が、前記癌関連タンパク質の検出に特異的な抗体またはプローブを含み、前記抗体またはプローブが、以下からなる群より選択される、請求項３１に記載のキット：ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；血液型Ｔｎ抗原、ＣＡ１５０；ＣＡ１９−９；ＣＡ５０；ＣＡＢ３９Ｌ；ＣＤ２２；ＣＤ２４；ＣＤ６３；ＣＤ６６ａ＋ＣＤ６６ｃ＋ＣＤ６６ｄ＋ＣＤ６６ｅ；ＣＴＡＧ１Ｂ；ＣＴＡＧ２；癌胎児性抗原（ＣＥＡ）；ＥＢＡＧ９；ＥＧＦＲ；ＦＬＪ１４８６８；ＦＭＮＬ１；ＧＡＧＥ１；ＧＰＡ３３；ガングリオシドＯＡｃＧＤ３；ヘパラナーゼ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＪＡＫＭＩＰ２；ＬＲＩＧ３；肺癌クラスター２；Ｍ２Ａ腫瘍胎児抗原、ＭＡＧＥ１；ＭＡＧＥＡ１０；ＭＡＧＥＡ１１；ＭＡＧＥＡ１２；ＭＡＧＥＡ２；ＭＡＧＥＡ４；ＭＡＧＥＢ１；ＭＡＧＥＢ２；ＭＡＧＥＢ３；ＭＡＧＥＢ４；ＭＡＧＥＢ６；ＭＡＧＥＣ１；ＭＡＧＥＥ１；ＭＡＧＥＨ１；ＭＡＧＥＬ２；ＭＧＥＡ５；ＭＯＫプロテインキナーゼ；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１６；ＭＵＣ４；黒色腫関連抗原；メソテリン；ムチン５ＡＣ；神経芽細胞腫；ＯＣＩＡＤ１；ＯＩＰ５；卵巣癌関連抗原；ＰＡＧＥ４；ＰＣＮＡ；ＰＲＡＭＥ；プラスチンＬ；前立腺ムチン抗原（ＰＭＡ）；前立腺特異抗原（ＰＳＡ）；ＰＴＥＮ；ＲＡＳＤ２；ＲＯＰＮ１；ＳＡＲＴ２；ＳＡＲＴ３；ＳＢＥＭ；ＳＤＣＣＡＧ１０；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＰＡＮＸ；ＳＰＡＮＸＢ１；ＳＳＸ５；ＳＴＥＡＰ４；ＳＴＫ３１；ＴＡＧ７２；ＴＥＭ１；ＸＡＧＥ２；ウィルムス腫瘍タンパク質、α１−フェトプロテイン、および上皮起源の腫瘍抗原。
【請求項３７】
前記検出体分子が、前記癌関連タンパク質の検出に特異的な抗体またはプローブを含み、前記抗体またはプローブが、以下からなる群より選択される、請求項３１に記載のキット：５Ｔ４；ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；ＡＣＲＢＰ；血液型Ｔｎ抗原；ＣＤ１６４；ＣＤ２０；ＣＴＨＲＣ１；ＥｒｂＢ２；ＦＡＴＥ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＧＰＮＭＢ；ガレクチン８；ＨＯＲＭＡＤ１；ＬＹＫ５；ＭＡＧＥＡ６；ＭＡＧＥＡ８；ＭＡＧＥＡ９；ＭＡＧＥＢ１８；ＭＡＧＥＤ２；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１；ＭＵＣ２；ＭｅｌａｎＡ；黒色腫ｇｐ１００；ＮＹＳ４８；ＰＡＲＰ９；ＰＡＴＥ；プロステイン；ＰＴＥＮ；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＥＰＴ１；ＳＬＣ４５Ａ２；ＴＢＣ１Ｄ２；ＴＲＰ１；ＸＡＧＥ１；および上皮由来の腫瘍関連抗原。
【請求項３８】
前記検出体分子が、ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質を含む癌関連タンパク質の検出のための抗体またはプローブを含む、請求項３１に記載のキット。
【請求項３９】
前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、４Ｅ−ＢＰ１、ｅＩＦ−４Ｅ、ＡＫＴ、Ｅｒｋ１／２、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ９０、Ｔｃｌ１、Ｇｒｂ１０、Ｆｔ１、Ｊｉｐ１、Ｐｏｓｈ、ｍＴＯＲ、ペリオスチン、およびＰＴＥＮからなる群より選択される、請求項３８に記載のキット。
【請求項４０】
前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質を含む、請求項３８に記載のキット。
【請求項４１】
前記リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、リン酸化された４Ｅ−ＢＰ１（ｐ−４Ｅ−ＢＰ１）、リン酸化されたｅＩＦ−４Ｅ（ｐ−ｅＩＦ−４Ｅ）、リン酸化されたＡＫＴ（ｐＡＫＴ）、およびリン酸化されたｍＴＯＲ（ｐ−ｍＴＯＲ）からなる群より選択される、請求項４０に記載のキット。
【請求項４２】
少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を、疾患を有する被験体についての、生存確率の指標とする方法であって：
ｉ）前記被験体由来の試料中で少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を同定する工程；
ｉｉ）前記試料中の前記少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を定量化する工程；
ｉｉｉ）前記試料中の各癌関連タンパク質について正規化した値を得るために、前記試料中の前記少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を正規化する工程；
ｉｖ）生体マーカーの指標を得るために、第１の疾患関連タンパク質の正規化した値を、第２の疾患関連タンパク質の正規化した値と比較する工程であって、前記生体マーカーの指標が、前記疾患を有する前記被験体の生存確率を示す工程
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本開示はまた、試料中のタンパク質発現プロファイルを特性決定し、そして上記タンパク質発現プロファイルを、癌の発症、癌の存在の確認、または癌に罹患した被験体の相対的生存率についての生存に基づく癌の生体マーカーの指標と相関させるための方法を同定する。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
癌を有する被験体について癌の予後を決定する方法であって：
ｉ）前記被験体由来の試料中の少なくとも２種類の癌関連タンパク質を同定する工程；
ｉｉ）前記試料中の前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質を定量化する工程；
ｉｉｉ）前記試料中の各癌関連タンパク質について正規化した値を得るために、前記試料中の前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質を正規化する工程；
ｉｖ）生体マーカーの指標を得るために、第１の癌関連タンパク質の正規化した値を第２の癌関連タンパク質の正規化した値と比較する工程；および、
ｖ）前記生体マーカーの指標を、癌を有する前記被験体の予後と相関させる工程
を含む、方法。
（項目２）
前記被験体がヒトである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記被験体がヒト以外の哺乳動物である、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記癌が固形腫瘍である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記癌が以下からなる群より選択される、項目１に記載の方法：副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌、婦人科学的な癌、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、胃（消化器）癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍。
（項目６）
前記固形腫瘍が癌腫である、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記癌腫が、乳房、肺、前立腺、結腸、肝臓、甲状腺、腎臓、および胆管の癌腫からなる群より選択される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記癌が、白血病、多発性骨髄腫、またはリンパ腫である、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記癌腫が肝外胆管癌（ＥＨＣＣ）である、項目６に記載の方法。
（項目１０）
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、以下からなる群より選択される腫瘍抗原を含む、項目１に記載の方法：ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；血液型Ｔｎ抗原、ＣＡ１５０；ＣＡ１９−９；ＣＡ５０；ＣＡＢ３９Ｌ；ＣＤ２２；ＣＤ２４；ＣＤ６３；ＣＤ６６ａ＋ＣＤ６６ｃ＋ＣＤ６６ｄ＋ＣＤ６６ｅ；ＣＴＡＧ１Ｂ；ＣＴＡＧ２；癌胎児性抗原（ＣＥＡ）；ＥＢＡＧ９；ＥＧＦＲ；ＦＬＪ１４８６８；ＦＭＮＬ１；ＧＡＧＥ１；ＧＰＡ３３；ガングリオシドＯＡｃＧＤ３；ヘパラナーゼ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＪＡＫＭＩＰ２；ＬＲＩＧ３；肺癌クラスター２；Ｍ２Ａ腫瘍胎児抗原、ＭＡＧＥ１；ＭＡＧＥＡ１０；ＭＡＧＥＡ１１；ＭＡＧＥＡ１２；ＭＡＧＥＡ２；ＭＡＧＥＡ４；ＭＡＧＥＢ１；ＭＡＧＥＢ２；ＭＡＧＥＢ３；ＭＡＧＥＢ４；ＭＡＧＥＢ６；ＭＡＧＥＣ１；ＭＡＧＥＥ１；ＭＡＧＥＨ１；ＭＡＧＥＬ２；ＭＧＥＡ５；ＭＯＫプロテインキナーゼ；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１６；ＭＵＣ４；黒色腫関連抗原；メソテリン；ムチン５ＡＣ；神経芽細胞腫；ＯＣＩＡＤ１；ＯＩＰ５；卵巣癌関連抗原；ＰＡＧＥ４；ＰＣＮＡ；ＰＲＡＭＥ；プラスチンＬ；前立腺ムチン抗原（ＰＭＡ）；前立腺特異抗原（ＰＳＡ）；ＰＴＥＮ；ＲＡＳＤ２；ＲＯＰＮ１；ＳＡＲＴ２；ＳＡＲＴ３；ＳＢＥＭ；ＳＤＣＣＡＧ１０；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＰＡＮＸ；ＳＰＡＮＸＢ１；ＳＳＸ５；ＳＴＥＡＰ４；ＳＴＫ３１；ＴＡＧ７２；ＴＥＭ１；ＸＡＧＥ２；ウィルムス腫瘍タンパク質、α１−フェトプロテイン；および上皮起源の腫瘍抗原。
（項目１１）
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、以下からなる群より選択される腫瘍関連抗原を含む、項目１に記載の方法：５Ｔ４；ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；ＡＣＲＢＰ；血液型Ｔｎ抗原；ＣＤ１６４；ＣＤ２０；ＣＴＨＲＣ１；ＥｒｂＢ２；ＦＡＴＥ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＧＰＮＭＢ；ガレクチン８；ＨＯＲＭＡＤ１；ＬＹＫ５；ＭＡＧＥＡ６；ＭＡＧＥＡ８；ＭＡＧＥＡ９；ＭＡＧＥＢ１８；ＭＡＧＥＤ２；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１；ＭＵＣ２；ＭｅｌａｎＡ；黒色腫ｇｐ１００；ＮＹＳ４８；ＰＡＲＰ９；ＰＡＴＥ；プロステイン；ＰＴＥＮ；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＥＰＴ１；ＳＬＣ４５Ａ２；ＴＢＣ１Ｄ２；ＴＲＰ１；ＸＡＧＥ１；および上皮由来の腫瘍関連抗原。
（項目１２）
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質である、項目１に記載の方法。
（項目１３）
少なくとも１種類の前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、４Ｅ−ＢＰ１、ｅＩＦ−４Ｅ、ＡＫＴ、Ｅｒｋ１／２、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ９０、Ｔｃｌ１、Ｇｒｂ１０、Ｆｔ１、Ｊｉｐ１、Ｐｏｓｈ、ｍＴＯＲ、ペリオスチン、およびＰＴＥＮからなる群より選択される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、ＥＧＦシグナル伝達経路のタンパク質である、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも１種類のＥＧＦシグナル伝達経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、項目１４に記載の方法：ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、β−カテニン、グリコプロテイン１３０、ＰＬＣＧ１、Ｅｒｂｉｎ、ＭＵＣ１、Ｇｒｂ２、熱ショックタンパク質９０ｋＤａ  α（細胞質性）、メンバーＡ１、ＤＬＧ４、ＰＩＫ３Ｒ２、ＰＩＣＫ１、およびＳＨＣ１。
（項目１６）
前記２種類の癌関連タンパク質のうちの少なくとも１種類が、リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質である、項目１２に記載の方法。
（項目１７）
少なくとも１種類の前記リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、以下からなる群より選択される、項目１６に記載の方法：リン酸化された４ｅ−ＢＰ１（ｐ−４Ｅ−ＢＰ１）、リン酸化されたｅＩＦ−４Ｅ（ｐ−ｅＩＦ−４Ｅ）、リン酸化されたＡＫＴ（ｐＡＫＴ）、およびリン酸化されたｍＴＯＲ（ｐ−ｍＴＯＲ）。
（項目１８）
定量化する工程が：
ａ）前記癌関連タンパク質を組織切片からメンブレンを積み重ねたものに移動させること；
ｂ）前記メンブレンを積み重ねたものを、前記メンブレン上の個々のエピトープの検出のための一次抗体でプローブすること；
ｃ）蛍光二次抗体を用いて、前記メンブレン上の個々のエピトープに結合した前記一次抗体を検出すること；および、
ｄ）前記蛍光二次抗体の強度を定量化すること
を含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
定量化する工程が、免疫組織化学、レーザー・キャプチャー・マイクロダイセクション、「一次元」電気泳動ゲル、「二次元」電気泳動ゲル、質量分析法、組織マイクロアレイ、マルチ組織免疫ブロッティング、またはこれらの２つ以上の組み合わせを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記生体マーカーの指標が、前記第２の癌関連タンパク質の正規化した値で割った前記第１の癌関連タンパク質の正規化した値の比を含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記試料が、血液、血清、尿、または他の流体である生物学的試料を含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記試料が組織試料である、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記組織試料が、保管組織試料、凍結保存された組織試料、新鮮な組織試料、ＬＣＭ組織試料、または組織マイクロアレイからなる群より選択される、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
少なくとも２種類の癌関連タンパク質を含む生存に基づく癌の生体マーカーの指標であって、ここでは、前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質は、前記癌と関係がある細胞のシグナル伝達経路に由来する２種類のタンパク質であり、前記少なくとも２種類の癌関連タンパク質が、前記生存に基づく癌の生体マーカーの指標を得るために、（ｉ）試料中の第１の癌関連タンパク質の含有量を計算すること；（ｉｉ）前記試料中の第２の癌関連タンパク質の含有量を計算すること；（ｉｉｉ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量により、前記第１の癌関連タンパク質の含有量を正規化すること；および（ｉｖ）前記生存に基づく癌の生体マーカーの指標を得るために、前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量により、前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化することにより、使用される、生存に基づく癌の生体マーカーの指標。
（項目２５）
前記生体マーカーの指標が、癌の相対的生存率を得るために使用される、項目２５に記載の生体マーカーの指標。
（項目２６）
固形腫瘍を有する被験体について、相対的な癌の予後または相対的生存率を決定する方法であって、：
（ａ）生体マーカーの指標を得る工程であって、前記生体マーカーの指標は、以下の工程を含む方法により得られる、工程：
（ｉ）前記被験体から前記固形腫瘍試料を得る工程；
（ｉｉ）前記固形腫瘍試料から第１の癌関連タンパク質を抽出して、前記第１の癌関連タンパク質を含む画分を得る工程；
（ｉｉｉ）前記画分中の前記第１の癌関連タンパク質の含有量を計算する工程；
（ｉｖ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第１の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；
（ｖ）前記固形腫瘍試料から第２の癌関連タンパク質を抽出する工程；
（ｖｉ）前記画分中の前記第２の癌関連タンパク質の含有量を計算する工程；
（ｖｉｉ）前記試料中の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；および
（ｖｉｉｉ）生体マーカーの指標を得るために、正規化した前記第１の癌関連タンパク質の含有量を、正規化した前記第２の癌関連タンパク質の含有量に対して相関させる工程；ならびに、
（ｂ）前記生体マーカーの指標を、予後または相対的生存率と比較し、それにより、前記固形腫瘍を有する前記被験体について予後または癌の相対的生存率を決定する工程、
を含む、方法。
（項目２７）
被験体において癌を検出するための方法であって：
（ａ）前記被験体由来の生物学的試料から第１の癌関連タンパク質および第２の癌関連タンパク質のレベルを決定する工程；
（ｂ）前記生物学的試料由来の全細胞性タンパク質の含有量に対して、前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の含有量を正規化する工程；ならびに、
（ｃ）前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の正規化したレベルを、正常な対照試料中で測定した、細胞、組織、または体液中の前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質のレベルと比較する工程であって、ここでは、正常な対照被験体中で測定した前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質のレベルに対する、前記被験体中の前記第１の癌関連タンパク質および前記第２の癌関連タンパク質の正規化したレベルの変化が、前記被験体における癌の存在と関係がある、工程
を含む、方法。
（項目２８）
被験体において癌の存在を検出するための方法であって：
（ａ）前記被験体由来の試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルを計算する工程；
（ｂ）前記試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルを、前記試料についての全細胞性タンパク質の含有量に対して正規化する工程；および
（ｃ）対照の非癌性試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現の正規化した発現のレベルを比較する工程であって、ここで、正常な非癌性試料と比較した、前記被験体の試料中のｐ−ＡＫＴまたはｐ−ｍＴＯＲの発現のレベルにおける統計学的に有意な低下が、前記被験体における癌の存在の指標である、工程
を含む、方法。
（項目２９）
腫瘍を有する被験体について、癌の相対的生存率を予測するための方法であって：
前記腫瘍中の腫瘍抗原に特異的な抗体の存在を検出する工程であって、ここで、前記腫瘍抗原は、ｐ−ＡＫＴまたはｐｍ−ＴＯＲ、およびＰＴＥＮを含む、工程；
正常な非癌性試料と比較して、前記腫瘍中の前記腫瘍抗原に対する抗体の発現レベルを正規化する工程、ならびに、
前記非癌性試料と比較した前記腫瘍抗原に対する抗体の低下した発現レベルを、前記腫瘍を有する前記被験体におけるより低い相対的生存率と相関させる工程
を含む、方法。
（項目３０）
被験体において癌の存在を検出するための方法であって：
前記被験体由来の生物学的試料中で第１の癌関連タンパク質を検出する工程であって、ここで、前記第１の癌関連タンパク質は、ＰＴＥＮ、ｐ−ＡＫＴ、ｐ−ｍＴＯＲ、ｐ−ＭＡＰＫ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、またはこれらの２種類以上の組み合わせを含む、工程；
前記第１の癌関連タンパク質についてタンパク質発現レベルを計算する工程；および、
前記生物学的試料中で検出した前記第１の癌関連タンパク質についてのタンパク質発現レベルを、所定の統計学的に有意なカットオフ値に対して比較する工程であって、ここでは、非癌性試料に対して比較した前記生物学的試料中の前記第１の癌関連タンパク質のタンパク質発現レベルの変化が、前記被験体における癌の存在を示す、工程
を含む、方法。
（項目３１）
試料中の癌関連タンパク質を検出するためのメンブレンアレイであって、前記アレイは複数のメンブレンを含み、ここでは、前記複数のメンブレンの各々が１種類以上の癌関連タンパク質に対する親和性を有する、メンブレンアレイ；および
前記メンブレンのうちの少なくとも１つの上に捕捉された前記癌関連タンパク質を検出するための検出体分子の容器
を含有するキットであって、ここでは、前記癌関連タンパク質が、固形腫瘍、白血病、多発性骨髄腫、またはリンパ腫からなる癌と関係があるタンパク質の群より選択される、キット。
（項目３２）
前記癌関連タンパク質が、副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌、婦人科学的な癌、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、胃（消化器）癌、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍からなる癌の群より選択される、項目３１に記載のキット。
（項目３３）
前記固形腫瘍が癌腫である、項目３１に記載のキット。
（項目３４）
前記癌腫がＥＨＣＣである、項目３３に記載のキット。
（項目３５）
前記癌腫が、乳房、肺、前立腺、結腸、肝臓、胃、甲状腺、腎臓および胆管の癌腫からなる群より選択される、項目３３に記載のキット。
（項目３６）
前記検出体分子が、前記癌関連タンパク質の検出に特異的な抗体またはプローブを含み、前記抗体またはプローブが、以下からなる群より選択される、項目３に記載のキット：ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；血液型Ｔｎ抗原、ＣＡ１５０；ＣＡ１９−９；ＣＡ５０；ＣＡＢ３９Ｌ；ＣＤ２２；ＣＤ２４；ＣＤ６３；ＣＤ６６ａ＋ＣＤ６６ｃ＋ＣＤ６６ｄ＋ＣＤ６６ｅ；ＣＴＡＧ１Ｂ；ＣＴＡＧ２；癌胎児性抗原（ＣＥＡ）；ＥＢＡＧ９；ＥＧＦＲ；ＦＬＪ１４８６８；ＦＭＮＬ１；ＧＡＧＥ１；ＧＰＡ３３；ガングリオシドＯＡｃＧＤ３；ヘパラナーゼ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＪＡＫＭＩＰ２；ＬＲＩＧ３；肺癌クラスター２；Ｍ２Ａ腫瘍胎児抗原、ＭＡＧＥ１；ＭＡＧＥＡ１０；ＭＡＧＥＡ１１；ＭＡＧＥＡ１２；ＭＡＧＥＡ２；ＭＡＧＥＡ４；ＭＡＧＥＢ１；ＭＡＧＥＢ２；ＭＡＧＥＢ３；ＭＡＧＥＢ４；ＭＡＧＥＢ６；ＭＡＧＥＣ１；ＭＡＧＥＥ１；ＭＡＧＥＨ１；ＭＡＧＥＬ２；ＭＧＥＡ５；ＭＯＫプロテインキナーゼ；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１６；ＭＵＣ４；黒色腫関連抗原；メソテリン；ムチン５ＡＣ；神経芽細胞腫；ＯＣＩＡＤ１；ＯＩＰ５；卵巣癌関連抗原；ＰＡＧＥ４；ＰＣＮＡ；ＰＲＡＭＥ；プラスチンＬ；前立腺ムチン抗原（ＰＭＡ）；前立腺特異抗原（ＰＳＡ）；ＰＴＥＮ；ＲＡＳＤ２；ＲＯＰＮ１；ＳＡＲＴ２；ＳＡＲＴ３；ＳＢＥＭ；ＳＤＣＣＡＧ１０；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＰＡＮＸ；ＳＰＡＮＸＢ１；ＳＳＸ５；ＳＴＥＡＰ４；ＳＴＫ３１；ＴＡＧ７２；ＴＥＭ１；ＸＡＧＥ２；ウィルムス腫瘍タンパク質、α１−フェトプロテイン、および上皮起源の腫瘍抗原。
（項目３７）
前記検出体分子が、前記癌関連タンパク質の検出に特異的な抗体またはプローブを含み、前記抗体またはプローブが、以下からなる群より選択される、項目３１に記載のキット：５Ｔ４；ＡＫＴ；ｐ−ＡＫＴ；ＡＣＲＢＰ；血液型Ｔｎ抗原；ＣＤ１６４；ＣＤ２０；ＣＴＨＲＣ１；ＥｒｂＢ２；ＦＡＴＥ１；ＨＥＲ２；ＨＥＲ３；ＧＰＮＭＢ；ガレクチン８；ＨＯＲＭＡＤ１；ＬＹＫ５；ＭＡＧＥＡ６；ＭＡＧＥＡ８；ＭＡＧＥＡ９；ＭＡＧＥＢ１８；ＭＡＧＥＤ２；ＭＡＰＫ；ｐ−ＭＡＰＫ；ｍＴＯＲ；ｐ−ｍＴＯＲ；ＭＵＣ１；ＭＵＣ２；ＭｅｌａｎＡ；黒色腫ｇｐ１００；ＮＹＳ４８；ＰＡＲＰ９；ＰＡＴＥ；プロステイン；ＰＴＥＮ；ＳＤＣＣＡＧ８；ＳＥＰＴ１；ＳＬＣ４５Ａ２；ＴＢＣ１Ｄ２；ＴＲＰ１；ＸＡＧＥ１；および上皮由来の腫瘍関連抗原。
（項目３８）
前記検出体分子が、ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質を含む癌関連タンパク質の検出のための抗体またはプローブを含む、項目３１に記載のキット。
（項目３９）
前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、４Ｅ−ＢＰ１、ｅＩＦ−４Ｅ、ＡＫＴ、Ｅｒｋ１／２、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ９０、Ｔｃｌ１、Ｇｒｂ１０、Ｆｔ１、Ｊｉｐ１、Ｐｏｓｈ、ｍＴＯＲ、ペリオスチン、およびＰＴＥＮからなる群より選択される、項目３８に記載のキット。
（項目４０）
前記ＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質を含む、項目３８に記載のキット。
（項目４１）
前記リン酸化されたＡＫＴシグナル伝達経路のタンパク質が、リン酸化された４Ｅ−ＢＰ１（ｐ−４Ｅ−ＢＰ１）、リン酸化されたｅＩＦ−４Ｅ（ｐ−ｅＩＦ−４Ｅ）、リン酸化されたＡＫＴ（ｐＡＫＴ）、およびリン酸化されたｍＴＯＲ（ｐ−ｍＴＯＲ）からなる群より選択される、項目４０に記載のキット。
（項目４２）
疾患を有する被験体について、生存確率を決定する方法であって：
ｉ）前記被験体由来の試料中で少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を同定する工程；
ｉｉ）前記試料中の前記少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を定量化する工程；
ｉｉｉ）前記試料中の各癌関連タンパク質について正規化した値を得るために、前記試料中の前記少なくとも２種類の疾患関連タンパク質を正規化する工程；
ｉｖ）生体マーカーの指標を得るために、第１の疾患関連タンパク質の正規化した値を、第２の疾患関連タンパク質の正規化した値と比較する工程；および
ｖ）前記生体マーカーの指標を、前記疾患を有する前記被験体の生存確率と相関させる工程
を含む、方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
本開示の一般的な実施形態においては、癌関連タンパク質には、腫瘍抗原または腫瘍関連抗原が含まれる。広範な実施形態において、癌関連タンパク質は固形腫瘍中に存在する。さらなる実施形態においては、癌関連タンパク質は、乳房、肺、前立腺、結腸、肝臓、甲状腺、腎臓、および胆管の癌腫からなる群より選択される癌腫の中に存在する。１つの実施形態においては、癌関連タンパク質は、以下からなるが、これらに限定されない癌の群において観察される：副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌（ｃｅｒｖｉｃａｌ  ｃａｎｃｅｒ）、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌（ｇｅｒｍ  ｃｅｌｌ  ｃａｎｃｅｒ）、婦人科学的な癌（ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌；リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、小腸癌、胃癌（胃（ｓｔｏｍａｃｈ）（消化器（ｇａｓｔｒｉｃ））癌）、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍。別の実施形態においては、癌関連タンパク質は、血液由来の癌（例えば、白血病、多発性骨髄腫、またはリンパ腫）の中に存在する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２５】
一般的な実施形態においては、プローブは、癌関連タンパク質の検出のための親和性を持つ抗体である。ここでは、上記癌関連タンパク質は、以下からなる癌の群より選択されるが、これらに限定されない：副腎腫瘍、胆管癌、膀胱癌、骨の癌、脳腫瘍、乳癌、心臓肉腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胚細胞癌、婦人科学的な癌、頭頸部癌、肝芽腫、腎臓癌、咽頭癌、白血病、肝臓癌、肺癌；リンパ腫、黒色腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、皮膚癌（非黒色腫）、小腸癌、胃癌（胃（ｓｔｏｍａｃｈ）（消化器（ｇａｓｔｒｉｃ））癌）、精巣癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、およびウィルムス腫瘍。