【手続補正書】
【提出日】平成25年2月18日(2013.2.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗炎症活性を有する単離組換えヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドは、長さが５０〜７０アミノ酸であり、かつ（ａ）配列番号６のうちの少なくとも５０の隣接アミノ酸、または（ｂ）配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、（ａ）のバリアント、を含み、ここで、該ポリペプチドが、ＷＨＥＰドメインを含み、機能的アミノアシル化ドメインを欠失している、単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドが配列番号６のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項３】
前記ポリペプチドは、長さが約６０アミノ酸である、請求項１または２に記載の単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項４】
前記ポリペプチドは、配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する、請求項３に記載の単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項５】
前記ＨＲＳポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含む、請求項３に記載の単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項６】
抗炎症活性を有する単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドは、長さが約１７５アミノ酸までであり、かつ（ａ）配列番号９のうちの少なくとも１５０の隣接アミノ酸、または（ｂ）配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、（ａ）のバリアント、を含み、ここで、該ポリペプチドが、ＷＨＥＰドメインを含み、機能的アミノアシル化ドメインを欠失している、単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項７】
前記ポリペプチドが配列番号９のアミノ酸配列を含む、請求項６に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項８】
前記ポリペプチドは、長さが約１７１アミノ酸である、請求項６または７に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項９】
前記ポリペプチドは、配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する、請求項８に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１０】
前記ポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸配列を含む、請求項８に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１１】
抗炎症活性を有する単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドが、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列、または（ｂ）配列番号１１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、（ａ）のバリアント、を含み、ここで、該ポリペプチドが、ＷＨＥＰドメインを含み、機能的アミノアシル化ドメインを欠失している、単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１２】
前記ポリペプチドが配列番号１１のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１３】
前記ポリペプチドは、長さが約２１２アミノ酸である、請求項１１または１２に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１４】
前記ポリペプチドは、配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する、請求項１３に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１５】
前記ポリペプチドは、配列番号１１のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１６】
抗炎症活性を有する単離組換えヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号６のアミノ酸配列から本質的になる、単離組換えＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１７】
抗炎症活性を有する単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号６のアミノ酸配列から本質的になり、該ポリペプチドが、１つ以上の構成アミノ酸における少なくとも１つの化学的または酵素的誘導体化を含む、単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１８】
抗炎症活性を有する単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号９または配列番号１１のアミノ酸配列から本質的になる、単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項１９】
異種融合パートナーをさらに含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２０】
前記異種融合パートナーが、ポリヒスチジンタグを含む、請求項１９に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２１】
前記異種融合パートナーが、Ｆｃフラグメントを含む、請求項１９に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２２】
前記ポリペプチドがペグ化によって修飾されている、請求項１〜１８のいずれかに記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２３】
前記ポリペプチドが、１つ以上の構成アミノ酸における少なくとも１つの化学的または酵素的誘導体化を含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの化学的または酵素的誘導体化が、アセチル化、ヒドロキシ化、メチル化、アミド化、グリコシル化および脂質化から選択される、請求項２３に記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチド。
【請求項２５】
生理学的に許容され得る担体、ならびに請求項１〜２４のいずれかに記載の単離ＨＲＳスプライスバリアントポリペプチドを含む、製薬組成物。
【請求項２６】
炎症性疾患を処置するための、請求項２５に記載の製薬組成物。
【請求項２７】
前記炎症性疾患が自己免疫疾患である、請求項２６に記載の製薬組成物。
【請求項２８】
前記炎症性疾患が、多発性筋炎、皮膚筋炎、炎症性ミオパシー、炎症性肺疾患、痛風性関節炎、または炎症性腸疾患である、請求項２６に記載の製薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
なお他の態様において、本発明のポリペプチド、抗体および／または他の組成物は、当分野で公知および利用可能な本質的にいずれの種類のスクリーニングアッセイでも使用され得る。たとえば本発明の組成物（たとえばポリペプチド、ポリヌクレオチドおよび／または抗体）は、本発明による処置に適する好適な細胞型および／または疾患状態を同定するために、本質的にいずれの公知のスクリーニング方法論とも併せて使用され得る。他の実施例において、本発明の組成物（たとえばポリペプチド、ポリヌクレオチドおよび／または抗体）は、本明細書の組成物の非カノニカル活性を直接もしくは間接的にのどちらかで媒介もしくは調節する結合パートナー、競合的阻害薬および／または他の細胞エフェクタを同定するために、公知のスクリーニング方法論と併せて使用され得る。たとえば特定の実施形態において、本発明の組成物と調節を受けるその結合パートナー、細胞エフェクタおよび／または細胞型の１つ以上との間の相互作用の阻害薬、または代わりに増強薬としての試験化合物を同定するスクリーニング方法が提供される。これはたとえば（ｉ）本発明の組成物、（ｉｉ）前記組成物により調節されることが公知である結合パートナー、細胞エフェクタおよび／または細胞型、ならびに（ｉｉｉ）試験化合物を含む反応混合物を形成するステップと；試験化合物と結合パートナー、細胞エフェクタおよび／または細胞型との相互作用を検出するステップとを包含し得る。試験化合物の非存在下での相互作用と比較して、試験化合物の存在下での活性または調節の統計的に有意な変化（増強または阻害）は、活性の潜在的なアゴニスト（ミメティックまたは増強薬）またはアンタゴニスト（阻害薬）を指摘している。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
非カノニカル生物学的活性を有する単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチド、またはその活性フラグメントもしくは活性変異体。
（項目２）
前記ポリペプチドが少なくともＨＲＳのＷＨＥＰドメインを含む、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目３）
前記ポリペプチドが少なくともＨＲＳのアンチコドン結合ドメインを含む、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目４）
前記ポリペプチドが機能性アミノアシル化ドメインを欠失している、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目５）
前記ポリペプチドが少なくともＨＲＳのＷＨＥＰドメインおよびＨＲＳのアンチコドン結合ドメインを含むが、機能性アミノアシル化ドメインを欠失している、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目６）
前記ポリペプチドが配列番号６または配列番号９または配列番号１１で示す配列を含む、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目７）
前記その活性変異体が配列番号６または配列番号９または配列番号１１で示す配列に少なくとも９０％の同一性を有するポリペプチドである、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目８）
前記その活性フラグメントが配列番号６または配列番号９または配列番号１１で示す配列の少なくとも２０隣接アミノ酸残基を含む、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目９）
前記非カノニカル生物学的活性が、ＲＮＡ結合、アミノ酸結合、細胞増殖の調節、細胞移動の調節、細胞分化の調節、アポトーシスまたは細胞死の調節、細胞シグナル伝達の調節、血管新生の調節、細胞結合の調節、細胞代謝の調節、サイトカイン産生または活性の調節、サイトカイン受容体活性の調節、炎症の調節からなる群より選択される、項目１に記載の単離ヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼポリペプチド。
（項目１０）
項目１〜９のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび異種融合パートナーを含む、融合ポリペプチド。
（項目１１）
項目１に記載の少なくとも１つの単離ポリペプチドを含む、ダイマー複合体またはマルチマー複合体。
（項目１２）
項目１〜１０のいずれか１項に記載のポリペプチドをエンコードする単離ポリヌクレオチド。
（項目１３）
前記ポリヌクレオチドが配列番号５、８もしくは１０で示す配列、またはその相補体を含む、項目１２に記載の単離ポリヌクレオチド。
（項目１４）
項目１３に記載の単離ポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
（項目１５）
項目１４に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
（項目１６）
配列番号５、８または１０のポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド。
（項目１７）
プライマー、プローブ、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択される、項目１６に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１８）
項目１に記載の単離ＨＲＳポリペプチド、該ＨＲＳポリペプチドの細胞結合パートナー、またはそれらの両方に結合特異性を示す結合剤。
（項目１９）
抗体、その抗原結合フラグメント、ペプチド、ペプチドミメティック、小型分子、およびアプタマーから選択される、項目１８に記載の結合剤。
（項目２０）
前記結合剤が前記ＨＲＳポリペプチドの非カノニカル活性と拮抗する、項目１８に記載の結合剤。
（項目２１）
前記結合剤が前記ＨＲＳポリペプチドの非カノニカル活性を作動させる、項目１８に記載の結合剤。
（項目２２）
試料中のヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する方法であって、該方法は、該試料と、配列番号５、８、または１０で示すＨＲＳスプライスバリアントに特異的にハイブリダイズする１つ以上のオリゴヌクレオチドとを接触させる工程と、該試料での該オリゴヌクレオチドの存在または非存在を検出する工程と、これにより該ＨＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する工程とを含む、方法。
（項目２３）
試料中のヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する方法であって、該方法は、該試料と、配列番号５、８、または１０で示すＨＲＳスプライスバリアントを特異的に増幅する少なくとも２つのオリゴヌクレオチドとを接触させる工程と、増幅反応を行う工程と、増幅された生成物の存在または非存在を検出する工程と、これにより該ＨＲＳスプライスバリアントのポリヌクレオチド配列の存在またはレベルを決定する工程とを含む、方法。
（項目２４）
前記オリゴヌクレオチド（複数可）が、前記ＨＲＳスプライスバリアントに固有であるスプライス部位に特異的にハイブリダイズする、または該スプライス部位を特異的に増幅する、項目２２または２３に記載の方法。
（項目２５）
前記ＨＲＳスプライスバリアントの存在またはレベルを対照試料または所定の値と比較する工程を含む、項目２２または２３に記載の方法。
（項目２６）
前記試料を対照と区別するために該試料の状態を特徴づけする工程を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記試料および対照が細胞または組織を含み、前記方法が異なる種の細胞もしくは組織、異なる組織もしくは臓器の細胞、異なる細胞発生状態にある細胞、異なる細胞分化状態にある細胞、または健常および罹患細胞の間で区別する工程を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
配列番号６、９、もしくは１１で示すヒスチジル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＨＲＳ）スプライスバリアントポリペプチド、またはその細胞結合パートナーの１つ以上に特異的に結合する化合物を同定する方法であって、該方法は、ａ）該ＨＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはそれらの両方を少なくとも１つの試験化合物と好適な条件下で組合せる工程と、ｂ）該ＨＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはそれらの両方の該試験化合物に対する結合を検出して、これにより該ＨＲＳポリペプチドもしくはその細胞結合パートナーまたはそれらの両方に特異的に結合する化合物を同定する工程とを含む、方法。
（項目２９）
前記試験化合物がポリペプチドもしくはペプチド、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、ペプチドミメティック、または小型分子である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記試験化合物が、前記ＨＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーの非カノニカル生物学的活性を作動させる、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記試験化合物が、前記ＨＲＳポリペプチドまたはその細胞結合パートナーの非カノニカル生物学的活性と拮抗する、項目２８に記載の方法。
（項目３２）
項目２８〜３１のいずれか１項に記載の方法によって同定される化合物。
（項目３３）
生理学的に許容され得る担体、ならびに（ｉ）項目１に記載の単離ポリペプチド；（ｉｉ）項目１０に記載の融合タンパク質；（ｉｉｉ）項目１１に記載のダイマー複合体またはマルチマー複合体；（ｉｖ）項目１２に記載の単離ポリヌクレオチド；（ｖ）項目１３に記載の発現ベクター；（ｖｉ）項目１６に記載のオリゴヌクレオチド；（ｖｉｉ）項目１８に記載の結合剤；および（ｖｉｉｉ）項目３２に記載の化合物；からなる群より選択される少なくとも１つの構成要素を含む、製薬組成物。
（項目３４）
細胞または組織と、項目３３に記載の組成物とを接触させる工程を含む、細胞活性を調節するための方法。
（項目３５）
前記細胞活性が細胞増殖、細胞移動、細胞分化、アポトーシスまたは細胞死、細胞シグナル伝達、血管新生、細胞結合、代謝、サイトカイン産生または活性、サイトカイン受容体活性、および炎症からなる群より選択される、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記細胞活性がサイトカイン産生または分泌である、項目３７に記載の方法。
（項目３７）
前記サイトカインがＩＬ−２、ＴＮＦ−α、またはＭＩＰ１−αのいずれか１つ以上である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記細胞活性がサイトカイン受容体活性である、項目３５に記載の方法。
（項目３９）
前記サイトカイン受容体はＣＣＲ１である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記細胞活性が細胞移動である、項目３５に記載の方法。
（項目４１）
単球の細胞移動を減少させる工程を含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記細胞活性がトル様受容体（ＴＬＲ）を通じた細胞シグナル伝達である、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記細胞が被験体内にある、項目３５に記載の方法。
（項目４４）
状態を処置するための方法であって、該方法は、処置を必要とする被験体に項目３３に記載の製薬組成物を投与することを含み、該状態は、炎症性疾患、自己免疫疾患、新生物性疾患、代謝病、神経疾患、感染、心血管疾患、異常な血管新生に関係する疾患、および異常な細胞生存に関係する疾患からなる群より選択される、状態を処置する方法。
（項目４５）
前記状態が神経疾患である、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記神経疾患が６−ヒドロキシドーパミン（６−ＯＨＤＡ）誘発ニューロン死に関係する、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記状態が炎症性疾患である、項目４４に記載の方法。
（項目４８）
前記炎症性疾患が痛風性関節炎または炎症性腸疾患である、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
細胞活性のモジュレータを同定するためのスクリーニング方法であって、該方法は：
（ａ）以下：
（ｉ）項目１〜９のいずれか１項に記載のポリペプチド；項目１０に記載の融合ポリペプチド；項目１２に記載のポリヌクレオチド；および項目１３に記載の発現ベクター；からなる群より選択される構成要素と；
（ｉｉ）該構成要素に結合および／または調節される、結合パートナー、細胞エフェクタおよび／または細胞型と；
（ｉｉｉ）試験化合物と；
を含む反応混合物を形成する工程と；
（ｂ）該構成要素と該結合パートナー、細胞エフェクタおよび／または細胞型との相互作用を検出する工程であって、試験化合物の非存在下での該相互作用に対する該試験化合物の存在下での該相互作用の変化によって、細胞シグナル伝達のモジュレータを同定する、工程と；
を含む、方法。