【手続補正書】
【提出日】平成24年12月17日(2012.12.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
治療用糖タンパク質産物の品質を特性決定するか、制御するかまたは比較する方法であって、
ａ）シアル酸の放出元となった治療用糖タンパク質産物の放出されたグリカンを含むかまたはそれからなるグリカン調製物を提供するステップであって、前記グリカン調製物が負に荷電した異常修飾グリカンを含む、ステップと、
ｂ）前記グリカン調製物に対して、電荷質量比に基づいてグリカンを分離する分離技法を適用することにより、負に荷電した複数の異常修飾グリカンを互いに分離するステップと、
ｃ）少なくとも１つの定量化標準を用いて、少なくとも１つの分離された異常修飾グリカンを定量化するステップと、を含む方法。
【請求項２】
前記提供するステップが、前記治療用糖タンパク質を発現するように操作された細胞を提供することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記提供するステップが、前記治療用糖タンパク質の調製物からグリカンを放出し、その結果、前記グリカン調製物が放出されたグリカンを含むことを含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記提供するステップが、産生された治療用糖タンパク質を前記細胞から単離して、第１の糖タンパク質調製物を産生することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記提供するステップが、前記第１の糖タンパク質調製物からシアル酸を放出させて、シアル酸が放出された第２の糖タンパク質調製物を産生することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記提供するステップが、前記グリカン調製物が産生されるように、前記第２の糖タンパク質調製物からグリカンを放出させることをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記提供するステップが、治療用糖タンパク質産物のグリカンを含む組成物を、シアル酸残基の切断を可能にする条件下で、シアル酸残基を切断する少なくとも１つの作用剤に曝露することを含む、請求項２または３に記載の方法。
【請求項８】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、硫酸化グリカン、リン酸化グリカン、多アセチル化シアリル化グリカン、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２または３に記載の方法。
【請求項９】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約５０％未満を占める、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約１０％未満を占める、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約５％未満を占める、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約１％未満を占める、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約０．１％未満を占める、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記負に荷電した異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約０．０５％未満を占める、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記定量化するステップが、約０．１ｆｍｏｌから約１ｍｍｏｌの間のレベルで存在する異常修飾グリカンを定量化することを含む、請求項２または３に記載の方法。
【請求項１６】
分離されたグリカンの構造的な特徴を分析することをさらに含む、請求項２または３に記載の方法。
【請求項１７】
分離されたグリカンの単糖組成を分析することをさらに含む、請求項２または３に記載の方法。
【請求項１８】
前記構造的な特徴を分析するステップが、核磁気共鳴（ＮＭＲ）、質量分析、液体クロマトグラフィ、二次元クロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される技術を実施することを含む、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記適用するステップの後に、分離されたグリカンと、分離されたグリカンを事前に同定したものとを比較するステップをさらに含む、請求項１、１６または１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記比較するステップが、ように、前記分離されたグリカンを、同じ治療用糖タンパク質からの参照グリカン調製物において観察された、分離されたグリカンを事前に同定したものと比較し、その結果、前記分離されたグリカンのうちの１以上のアイデンティティまたはレベルが決定されることを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記参照グリカン調製物が、前記グリカン調製物と同一の製造手順を用いて産生された、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記グリカン調製物と前記参照グリカン調製物とが同じ方法を用いて産生された、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記比較するステップにおいて、前記参照グリカン調製物が、異なる治療用糖タンパク質由来である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
前記比較するステップにおいて、前記参照グリカン調製物が、前記治療用糖タンパク質の異なるバッチからである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
前記比較するステップにおいて、前記参照グリカン調製物が、その産生の間の異なる時点で得られた前記治療用糖タンパク質のサンプルからである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
前記比較するステップが、以前に同定された分離されたグリカンの履歴記録を比較することを含むかまたはそれからなる、請求項１、１６または１７に記載の方法。
【請求項２７】
品質制御記録において前記比較するステップの結果を記録するステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２８】
前記提供するステップが、前記治療用糖タンパク質の第２のバッチからグリカン調製物を提供することを含み、前記比較するステップにおいて、前記分離されたグリカンの事前に同定したものは、前記治療用糖タンパク質の第１の、以前のバッチからのグリカンであり、前記方法は、前記第２のバッチを、治療用産物のさらなる産生のためかまたは販売のために放出させるステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２９】
前記比較するステップが、異常修飾グリカンの組成および／またはタイプ、グリコシル化部位の占有率、結合されたグリカンのアイデンティティ、結合されたグリカンの相対量、結合されたグリカンの完全もしくは部分的な組成、結合されたグリカンの相対量ならびにこれらの組み合わせからなる群から選択されるグリコシル化パターンの特徴によって決定された、糖タンパク質パターンにおける１以上の相違を評価することを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項３０】
前記分離されたグリカンを事前に同定したものの特徴をデータベースに格納する、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
分離されたグリカンと、分離されたグリカンを事前に同定したものとを比較することをさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３２】
前記分離されたグリカンを事前に同定したものの特徴をデータベースに格納する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
分離されたグリカンの構造的な特徴を分析する１回以上の別ラウンドをさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３４】
前記適用するステップが、荷電したカラム上の前記グリカン調製物を分離することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記荷電したカラムがアニオン交換カラムである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記グリカン調製物中のグリカンを標識するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記定量化標準が前記グリカンと同じ標識で標識される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
提供するステップが、複合糖質から放出されるグリカンの調製物を提供することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記複合糖質が糖タンパク質を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
グリコシダーゼポリペプチドを用いて複合糖質から前記グリカンを放出させる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
ヒドラジン分解によって複合糖質から前記グリカンを放出させる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記複合糖質が、治療用製剤、市販の生物製品、バイオリアクタ、および生物学的試料からなる群から選択される供給源から得られる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
前記複合糖質が、バイオリアクタから得られる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
前記複合糖質が、組織培養、ヒトまたは動物の組織、植物、果実、野菜、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される供給源から得られる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４５】
前記複合糖質が体液から得られる、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記複合糖質が、血清、血漿、血液、唾液、精液、尿、脳脊髄液、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される体液から得られる、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記分離されたグリカンを同定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４８】
大きさ、疎水性、電荷またはこれらの組み合わせに基づいて分子の分離を可能にする１種類以上の技術を実施することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４９】
治療用糖タンパク質産物の品質を特性決定するか、制御するかまたは比較する方法であって、
ａ）シアル酸の放出元となった治療用糖タンパク質産物の調製物の放出されたグリカンを含むかまたはそれからなるグリカン調製物を提供するステップであって、前記グリカン調製物が負に荷電した異常修飾グリカンを含む、ステップと、
ｂ）前記グリカン調製物に対して、電荷質量比に基づいてグリカンを分離する分離技法を適用することにより、負に荷電した複数の異常修飾グリカンを互いに分離し、その結果、前記糖タンパク質産物のグリコシル化パターンの１以上の特徴が決定されるステップと、
ｃ）前記決定された特徴を、前記治療用糖タンパク質の参照サンプルの決定された特徴と比較するステップと、を含む方法。
【請求項５０】
前記１以上の特徴が、グリカンのアイデンティティ、個々のグリカンまたは特定のタイプのグリカンの絶対量または相対量、グリコシル化部位の占有率、グリカンの修飾、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記修飾が、シアリル化、多アセチル化シアリル化、リン酸化、硫酸化およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記１以上の特徴が、グリカンのアイデンティティを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記１以上の特徴が、個々のグリカンまたは特定のタイプのグリカンの絶対量または相対量を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
前記参照サンプルの特徴が、履歴記録において実現される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５５】
前記治療用糖タンパク質調製物が、前記参照糖タンパク質サンプルを調製した方法と同じ方法によって調製された、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記治療用糖タンパク質調製物が、前記参照糖タンパク質サンプルを調製するために用いられた方法とは異なる方法により調製された、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記治療用糖タンパク質調製物が、前記参照糖タンパク質サンプルとは異なる時点で調製された、請求項５４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
特に、本開示は、異常修飾グリカンを富化、同定、検出および／または定量化する方法を提供するものである。多くの実施形態において、方法は、シアル酸の放出元となったグリカン調製物を提供することを含む（シアリダーゼ処理グリカン調製物など）。この調製物は、シアル酸を放出する処理によって切断されなかったグリカン（すなわち、シアリダーゼ耐性グリカン）を含む。提供される方法は一般に、提供されるグリカン調製物に対して、第１の電荷を有するグリカンを未荷電のグリカンおよび／または第２の電荷を有するグリカンから分離する、および／または電荷質量比に基づいてグリカンを分離する分離技法を適用し、任意選択により、分離されたグリカンを定量化すること含む。多くの実施形態では、定量化は、少なくとも１つの定量化標準を使用することを含む。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ａ）シアル酸の放出元となったグリカン調製物を提供するステップと、
ｂ）前記グリカン調製物に対して、電荷質量比に基づいてグリカンを分離する分離技法を適用するステップと、
ｃ）少なくとも１つの定量化標準を用いて、少なくとも１つの分離されたグリカンを定量化するステップと、を含む方法。
（項目２）
前記提供するステップが、グリカンを含む組成物を、シアル酸残基の切断を可能にする条件下で、シアル酸残基を切断する少なくとも１つの作用剤に曝露することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記グリカン調製物が、硫酸化グリカン、リン酸化グリカン、多アセチル化シアリル化グリカン、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される異常修飾グリカンを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約５０％未満を占める、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約１０％未満を占める、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約５％未満を占める、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約１％未満を占める、項目４に記載の方法。
（項目８）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約０．１％未満を占める、項目４に記載の方法。
（項目９）
前記異常修飾グリカンが、前記グリカン調製物中に存在する前記グリカンの約０．０５％未満を占める、項目４に記載の方法。
（項目１０）
分離されたグリカンの構造的な特徴を分析することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
分離されたグリカンの単糖組成を分析することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記構造的な特徴を分析するステップが、核磁気共鳴（ＮＭＲ）、質量分析、液体クロマトグラフィ、二次元クロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される技術を実施することを含む、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１３）
分離されたグリカンと、分離されたグリカンを事前に同定したものとを比較することをさらに含む、項目１、１０または１１に記載の方法。
（項目１４）
前記分離されたグリカンを事前に同定したものの特徴をデータベースに格納する、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
分離されたグリカンと、分離されたグリカンを事前に同定したものとを比較することをさらに含む、項目１２に記載の方法。
（項目１６）
前記分離されたグリカンを事前に同定したものの特徴をデータベースに格納する、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
分離されたグリカンの構造的な特徴を分析する１回以上の別ラウンドをさらに含む、項目１２に記載の方法。
（項目１８）
前記適用するステップが、荷電したカラム上の前記グリカン調製物を分離することを含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記荷電したカラムがアニオン交換カラムである、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記グリカン調製物中のグリカンを標識するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記定量化標準が前記グリカンと同じ標識で標識される、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
提供するステップが、複合糖質から放出されるグリカンの調製物を提供することを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記複合糖質が糖タンパク質を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
グリコシダーゼポリペプチドを用いて複合糖質から前記グリカンを放出させる、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
ヒドラジン分解によって複合糖質から前記グリカンを放出させる、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
前記複合糖質が、治療用製剤、市販の生物製品、バイオリアクタ、生物学的試料から得られる、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
前記複合糖質が、組織培養、ヒトまたは動物の組織、植物、果実、野菜、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される供給源から得られる、項目２２に記載の方法。
（項目２８）
前記複合糖質が体液から得られる、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記複合糖質が、血清、血漿、血液、唾液、精液、尿、脳脊髄液、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される体液から得られる、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記分離されたグリカンを同定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３１）
大きさ、疎水性、電荷またはこれらの組み合わせに基づいて分子の分離を可能にする１種類以上の技術を実施することをさらに含む、項目１に記載の方法。