【手続補正書】
【提出日】平成25年10月15日(2013.10.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する方法であって、前記方法は、以下の工程を含む：
（ａ）細胞抽出物中に存在する第１の全長タンパク質を、前記第１全長タンパク質と第１結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第１全長タンパク質の第１ドメインに特異的な前記第１結合成分と接触させる工程であって、前記の第１全長タンパク質の第１ドメインは、第２の異なる全長タンパク質の第１ドメインに融合する前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメインを含む対応する発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；
（ｂ）前記細胞抽出物から工程（ａ）からの前記複合体を除去し、前記第１全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程；
（ｃ）前記細胞抽出物中に存在する前記発癌性融合タンパク質を、前記発癌性融合タンパク質と第２、第３及び第４結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、工程（ｂ）からの前記細胞抽出物を、第２、第３及び第４結合成分と接触させる工程であって、
前期第２結合成分は前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインに特異的であり、前記第２結合成分がアドレス可能なアレイにおける固体支持体上に拘束されており、前記第３結合成分が、促進成分を用いて標識化されており、そして、下記の内の１つに特異的であり：
（ｉ）第２の異なる全長タンパク質の第１ドメイン；
（ｉｉ）前記第１全長タンパク質の第２の異なるドメイン；又は
（ｉｉｉ）前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインと前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインとの間の融合部位、
前記第４結合成分が、シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化されており、そして前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインに特異的であり、そして
前記促進成分が、前記シグナル増幅対の第１メンバーへチャネリングしかつ前記シグナル増幅対の第１メンバーと反応する酸化剤を生成する、前記工程；
（ｄ）工程（ｃ）からの前記複合体を、前記シグナル増幅対の第２メンバーとインキュベートして、増幅シグナルを生成する工程；及び
（ｅ）前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される増幅シグナルを検出し、それによって前記発癌性融合タンパク質のレベル又は活性化状態を決定する工程。
【請求項２】
前記細胞抽出物が、サンプルから単離される細胞の抽出物を含み、前記サンプルは、全血、血清、血漿、尿、痰、気管支洗浄液、涙液、乳頭吸引液、リンパ液、唾液、微細針吸引液（ＦＮＡ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記サンプルが癌を有する患者から得られ、前期癌が、前記癌細胞中の染色体転座による発癌性融合タンパク質の形成によって、引き起こされるものであってよく、前記癌が、血液悪性腫瘍、骨原性肉腫、又は軟部組織肉腫であってもよく、
前記血液悪性腫瘍が、白血病又はリンパ腫であってもよく、
前記白血病が、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）であってもよい、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記の単離された細胞が、循環腫瘍細胞、白血球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか、
前記の単離された細胞が、インビトロで、成長因子で刺激されるか、
前記の単離された細胞が、成長因子刺激の前に抗癌剤とインキュベートされるか、
前記の単離された細胞が成長因子刺激の後に溶解され、前記細胞抽出物を生成されるか、
前記の単離された細胞が溶解の前に洗浄されずに、前記細胞抽出物を生成させる、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記発癌性融合タンパク質が、ＢＣＲ−ＡＢＬ、ＤＥＫ−ＣＡＮ、Ｅ２Ａ−ＰＢＸ１、ＲＡＲα−ＰＭＬ、ＩＲＥＬ−ＵＲＧ、ＣＢＦβ−ＭＹＨ１１、ＡＭＬ１−ＭＴＧ８、ＥＷＳ−ＦＬＩ、ＬＹＴ−１０−Ｃα１、ＨＲＸ−ＥＮＬ、ＨＲＸ−ＡＦ４、ＮＰＭ−ＡＬＫ、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＲＵＮＸ１−ＥＴＯ、ＴＥＬ−ＴＲＫＣ、ＴＥＬ−ＡＭＬ１、ＭＬＬ−ＡＦ４、ＴＣＲ−ＲＢＴＮ２、ＣＯＬ１Ａ１−ＰＤＧＦ、Ｅ２Ａ−ＨＬＦ、ＰＡＸ３−ＦＫＨＲ、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、ＲＥＴ−ＰＴＣ、ＴＭＲＳＳ−ＥＲＧ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第１全長タンパク質がＢＣＲであるか、
前記第１全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＢＣＲのカルボキシル末端領域（ＢＣＲ−Ｃ）を含むか、
前記第１全長タンパク質の前記第２の異なるドメインが、ＢＣＲのアミノ末端領域（ＢＣＲ−Ｎ）を含むか、
前記第２の異なる全長タンパク質がＡＢＬであるか、
前記第２の異なる全長タンパク質の前記第１ドメインが、ＡＢＬのカルボキシル末端領域（ＡＢＬ−Ｃ）を含むか、
前記第１全長タンパク質がＡＢＬであるか、
前記第２の異なる全長タンパク質がＢＣＲである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記活性化状態が、リン酸化状態、ユビキチン化状態、複合体形成状態、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか、
１以上のシグナル伝達分子のレベル又は活性化状態を決定することを更に含み、
前記の１以上のシグナル伝達分子がＢＣＲ−ＡＢＬ基質であってもよく、前記ＢＣＲ−ＡＢＬ基質が、ＣＲＫＬ、ＪＡＫ２、ＳＴＡＴ５、ＶＡＶ、ＢＡＰ−１、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記第１結合成分が第１抗体を含み、
前記第１抗体が固体支持体に結合していてもよく、前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記第２の結合成分が第２抗体を含み、
前記第２抗体が固体支持体に結合していてもよく、前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｃ）〜（ｅ）が、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、フローサイトメトリー測定法、タグ選別測定法、又は近接二重検出アッセイを含み、前記ＥＬＩＳＡが、サンドイッチＥＬＩＳＡを含んでいてもよく、前記フローサイトメトリー測定法が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）測定法を含んでいてもよい、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）からの細胞抽出物を、第２結合成分の希釈系列と接触させ、前記発癌性融合タンパク質と前記第２結合成分とを含む複数の複合体を形成し、
前記第３及び第４結合成分が、第３及び第４抗体をそれぞれ含んでいてもよく、
第３及び第４抗体が、両方とも活性化状態非依存性抗体であってもよく前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、前記発癌性融合タンパク質の総量と相関的であってもよい、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記第３抗体が活性化状態非依存性抗体であり、そして前記第４抗体が活性化状態依存性抗体であり、
前記シグナル増幅対の第１及び第２メンバーから生成される前記増幅シグナルが、活性化した発癌性融合タンパク質の量と相関的であってもよい、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第３結合成分を、前記促進成分を用いて直接的に標識化するか、
前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて直接的に標識化するか、
前記第２検出抗体にコンジュゲートされる結合対の第１メンバーと、前記シグナル増幅対の第１メンバーにコンジュゲートされる前記結合対の第２メンバーとの間の結合を介して、前記第４結合成分を、前記シグナル増幅対の第１メンバーを用いて標識化する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
以下の工程を更に含む：
（ｆ）前記細胞抽出物中に存在する第２の異なる全長タンパク質を、前記第２の異なる全長タンパク質と第５結合成分とを含む複合体に変換するのに適した条件下で、前記細胞抽出物を、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインに特異的な前記第５結合成分と接触させる工程であって、前記第２の異なる全長タンパク質の第２ドメインが、前記発癌性融合タンパク質に存在しない、前記工程；及び
（ｇ）前記細胞抽出物から工程（ｆ）からの前記複合体を除去し、前記第２の異なる全長タンパク質を含まない細胞抽出物を形成する工程であって、
工程（ｆ）を、工程（ａ）の前、中、又は後に実施する、前記工程、
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第５結合成分が第５抗体を含んでいてもよく、前記第５抗体が固体支持体に結合していてもよく、前記固体支持体が、ガラス、プラスチック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ、紙、膜、繊維束、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
癌を有し、且つ癌治療のための治療過程を受ける被験者において療法を最適化するため及び／又は毒性を減少するための方法であって、前記方法が以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後に癌細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離された細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）測定した前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ）工程（ｄ）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項１８】
前記発癌性融合タンパク質がＢＣＲ−ＡＢＬであるか、前記被験者が、治療過程を受ける前に、前記発癌性融合タンパク質を発現する癌細胞を有することを決定され、
前記被験者がＢＣＲ−ＡＢＬについて陽性であってもよい、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
発癌性融合タンパク質についての発現のレベルと活性化のレベルとの両方を、前記細胞抽出物中で測定し、
工程（ｃ）が、トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比を計算することをさらに含んでいてもよく、
工程（ｄ）が、トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比を、初期に前記被験者のために計算されるトータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の比と比較することを含んでいてもよい、請求項１７又は１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、抗癌剤治療における前記活性化した発癌性融合タンパク質のパーセント阻害と相関するか、
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、対照タンパク質レベルに関連しているか、
トータル発癌性融合タンパク質レベルに対する活性化の前記計算比が、ホスホ／トータルＢＣＲ−ＡＢＬタンパク質レベルの比を含んでいる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
対照タンパク質が、前記発癌性融合タンパク質内で見つけられる配列又はドメインを含有する天然全長タンパク質を含むか、
前記対照タンパク質が、全長ＢＣＲ、全長ＡＢＬ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記発癌性融合タンパク質の活性化の約５０％より低い阻害が、治療過程の今後の用量を増加させることの必要性、又は異なる治療過程を施すことの必要性を示すか、
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約５０％未満の阻害が、治療過程への被験者によるコンプライアンスの不足、治療過程と関連した副作用若しくは毒性の可能性の存在、又はそれらの組み合わせを示すか、
前記発癌性融合タンパク質の活性化レベルの約８０％を超える阻害が、被験者が正しい用量で正しい治療にあることを示す、請求項１７〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）であるか、
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか、
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート、ニロチニブ、ダサチニブ、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１７〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記工程（ｃ）〜（ｅ）が以下の工程を代わりに含む、請求項１７〜２３のいずれか一項に記載の方法：
（ｃ’）前記細胞抽出物中の経路において、発癌性融合タンパク質及び１以上のシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；
（ｄ’）測定した前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルを、治療過程の間の初期に測定される前記発癌性融合タンパク質及びシグナル伝達分子についての発現及び／又は活性化のレベルと比較する工程；及び
（ｅ’）工程（ｄ’）からの比較に基づいて、被験者のための治療過程の今後の用量を決定するか、又は異なる治療過程を被験者に施すかどうかを決定する工程。
【請求項２５】
癌の治療のためか、抗癌剤を用いる治療に対する癌の応答を同定するためか、抗癌剤を用いる治療に対して、癌を有する被験者の応答を予測するためか、癌を有する被験者が、抗癌剤を用いる治療に対して耐性があるかどうかを決定するために、適した抗癌剤を選択する方法であって、前記方法が、以下の工程を含む：
（ａ）抗癌剤の投与後又は抗癌剤とのインキュベーションの前に、癌の細胞を単離する工程；
（ｂ）前記単離した細胞を溶解し、細胞抽出物を生成する工程；
（ｃ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法に従って、前記細胞抽出物中の発癌性融合タンパク質についての発現及び／又は活性化のレベルを測定する工程；及び、
（ｄ）前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤が、癌の治療のために適切であるか不適切であるかを決定するか、
前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、癌が応答性又は非応答性であると同定するか、
前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、被験者が、前記抗癌剤を用いる治療に対して応答することの可能性を予測するか、
前記発癌性融合タンパク質のために検出される発現及び／又は活性化のレベルを、初期に抗癌剤がある状態又は抗癌剤がない状態で作成した参照用の発現及び／又は活性化プロフィールと比較することによって、前記抗癌剤を用いる治療に対して、耐性があるか又は感受性があるかどうかを決定する工程。
【請求項２６】
前記癌が慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）であるか、
前記抗癌剤が、モノクローナル抗体、チロシンキナーゼ阻害剤、化学療法剤、ホルモン療法剤、放射線療法剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され、
前記モノクローナル抗体が、モノクローナル抗体、トラスツズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、ゲムツズマブ、パニツムマブ、リツキシマブ、及びトシツモマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよく、前記チロシンキナーゼ阻害剤が、イマチニブメシレート、ニロチニブ、ダサチニブ、ボスチニブ（ＳＫＩ−６０６）、ゲフィチニブ、スニチニブ、エルロチニブ、ラパチニブ、カネルチニブ（ＣＩ１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３−９００６）、レフルノミド（ＳＵ１０１）、バンデタニブ（ＺＤ６４７４）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよく、
前記化学療法剤が、ペメトレキセド、ゲムシタビン、シロリムス（ラパマイシン）、ラパマイシンアナログ、白金化合物、カルボプラチン、シスプラチン、サトラプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよく、
前記ホルモン療法剤が、アロマターゼ阻害剤、選択的エストロゲン受容体調節剤、ステロイド剤、フィナステリド、ゴナドトロピン放出性ホルモンアゴニスト、それらの薬学的に許容することのできる塩、それらの立体異性体、それらの誘導体、それらのアナログ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよく、
前記放射線療法剤が、４７Ｓｃ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、８９Ｓｒ、８６Ｙ、８７Ｙ、９０Ｙ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１１７ｍＳｎ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１６６Ｈｏ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔ、２１２Ｂｉ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されてもよい、請求項２５に記載の方法。