【手続補正書】
【提出日】平成25年5月10日(2013.5.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）β−キシロシダーゼ活性、Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性、又は、β−キシロシダーゼ活性とＬ−α−アラビノフラノシダーゼ活性との両方を有する第１のポリペプチド又はその変異体であって、Ｆｖ４３Ｄ、Ｆｖ３Ａ、Ｐｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｅ、Ｆｖ３９Ａ、Ｆｖ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｂ、Ｐａ５１Ａ、Ｆｏ４３Ａ、Ｇｚ４３Ａ、トリコデルマリーゼイＢｘｌ１、Ｆｖ５１Ａ、Ａｆ４３Ａ又はＰｆ５１Ａポリペプチドである前記第１のポリペプチド又は変異体と、
（ｂ）キシラナーゼ活性を有する第２のポリペプチド又はその変異体であって、トリコデルマのキシラナーゼ又はアスペルギルスのキシラナーゼである前記第２のポリペプチドと、を含み、
バイオマスから得たヘミセルロースキシランの６０％以上をキシロースに変換することができることを特徴とする非天然組成物。
【請求項２】
請求項１に記載の組成物であって、
前記第１のポリペプチド又は変異体が、Ｆｖ４３Ｄ、Ｆｖ３Ａ、Ｐｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｅ、Ｆｖ３９Ａ、Ｆｏ４３Ａ、Ｇｚ４３Ａ、トリコデルマリーゼイＢｘｌ１、又は、Ｆｖ４３Ａであり、
前記組成物が、Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有する第３のポリペプチド又はその変異体をさらに含み、前記第３のポリペプチド又は変異体が、Ｆｖ５１Ａ、Ａｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｂ、Ｐａ５１Ａ又はＰｆ５１Ａのポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項３】
請求項１に記載の組成物であって、β−キシロシダーゼ活性を有する第３のポリペプチドをさらにを含み、
前記第１のポリペプチドが、Ｆｖ３Ａポリペプチド又はＦｖ４３Ａポリペプチドであり、
前記第３のポリペプチドが、Ｆｖ４３Ｄ、Ｐａ５１Ａ、Ｇｚ４３Ａ、トリコデルマリーゼイＢｘｌ１、Ｐｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｅ、Ｆｖ３９Ａ、Ｆｏ４３Ａ又はＦｖ４３Ｂのポリペプチドであることを特徴とする組成物。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物であって、
(a)前記Ｆｖ４３Ｄポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２８に対して、又は、配列番号２８の（ｉ）２０−３４１、（ｉｉ）２１−３５０、（ｉｉｉ）１０７−３４１、若しくは、（ｉｖ）１０７−３５０の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(b)前記Ｆｖ３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２の（ｉ）２４−７６６、（ｉｉ）７３−３２１、（ｉｉｉ）７３−３９４、（ｉｖ）３９５−６２２、（ｖ）２４−６２２、若しくは、（ｖｉ）７３−６２２の残基に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(c)前記Ｐｆ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号４のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号４の（ｉ）２１−４４５、（ｉｉ）２１−３０１、（ｉｉｉ）２１−３２３、（ｉｖ）２１−４４４、（ｖ）３０２−４４４、（ｖｉ）３０２−４４５、（ｖｉｉ）３２４−４４４、若しくは、（ｖｉｉｉ）３２４−４４５の残基に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(d)前記Ｆｖ４３Ｅポリペプチドが、存在する場合には、配列番号６のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号６の（ｉ）１９−５３０、（ｉｉ）２９−５３０、（ｉｉｉ）１９−３００、若しくは、（ｉｖ）２９−３００の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性有し、
(e)前記Ｆｖ３９Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号８のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号８の（ｉ）２０−４３９、（ｉｉ）２０−２９１、（ｉｉｉ）１４５−２９１、若しくは、（ｉｖ）１４５−４３９の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(f)前記Ｆｖ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１０のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１０の（ｉ）２３−４４９、（ｉｉ）２３−３０２、（ｉｉｉ）２３−３２０、（ｉｖ）２３−４４８、（ｖ）３０３−４４８、若しくは、（ｖｉ）３２１−４４９の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(g)前記Ｆｖ４３Ｂポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１２の（ｉ）１７−５７４、（ｉｉ）２７−５７４、（ｉｉｉ）１７−３０３、若しくは、（ｉｖ）２７−３０３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(h)前記Ｐａ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１４のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１４の（ｉ）２１−６７６、（ｉｉ）２１−６５２、（ｉｉｉ）４６９−６５２、若しくは、（ｉｖ）４６９−６７６の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(i)前記Ｆｏ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１８のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１８の（ｉ）２１−３４１、（ｉｉ）１０７−３４１、（ｉｉｉ）２１−３４８、若しくは、（ｉｖ）１０７−３４８の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(j)前記Ｇｚ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１６のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１６の（ｉ）１９−３４０、（ｉｉ）５３−３４０、（ｉｉｉ）１９−３８３、若しくは、（ｉｖ）５３−３８３の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(k)前記トリコデルマリーゼイＢｘｌ１ポリペプチドが、存在する場合には、配列番号４４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(l)前記Ｆｖ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号３２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号３２の（ｉ）２１−６６０、（ｉｉ）２１−６４５、（ｉｉｉ）４５０−６４５、若しくは、（ｉｖ）４５０−６６０の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(m)前記Ａｆ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２０に対して、又は、配列番号２０の（ｉ）１５−５５８若しくは（ｉｉ）１５−２９５の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
(n)前記Ｐｆ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２２の（ｉ）２１−６３２、（ｉｉ）４６１−６３２、（ｉｉｉ）２１−６４２、若しくは、（ｉｖ）４６１−６４２の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項５】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の組成物であって、
(a)前記Ｆｖ４３Ｄポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号２７に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(b)前記Ｆｖ３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(c)前記Ｐｆ４３Ａポリペプチドが、配列番号３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号３に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(d)前記Ｆｖ４３Ｅポリペプチドが、存在する場合には、配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号５に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(e)前記Ｆｖ３９Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号７に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(f)前記Ｆｖ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号９に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(g)前記Ｆｖ４３Ｂポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１１に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(h)前記Ｐａ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１３に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(i)前記Ｆｏ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１７に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(j)前記Ｇｚ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１５に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(k)前記Ｆｖ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号３１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号３１に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(l)前記Ａｆ４３Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号１９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号１９に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
(m)前記Ｐｆ５１Ａポリペプチドが、存在する場合には、配列番号２１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって、又は、配列番号２１に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項６】
請求項１に記載の組成物であって、
前記トリコデルマのキシラナーゼが、トリコデルマリーゼイＸｙｎ３ポリペプチド又はトリコデルマリーゼイＸｙｎ２ポリペプチドであり、
前記トリコデルマリーゼイＸｙｎ３ポリペプチドが、配列番号４２に対して若しくは配列番号４２の１７−３４７の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか、又は、配列番号４１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって又は配列番号４１に対して若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
前記トリコデルマリーゼイＸｙｎ２ポリペプチドが、配列番号４３に対して又は配列番号４３の３３−２２２の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有することを特徴とする組成物。
【請求項７】
請求項１に記載の組成物であって、前記アスペルギルスのキシラナーゼが、ＡｆｕＸｙｎ２ポリペプチド又はＡｆｕＸｙｎ５ポリペプチドであり、
前記ＡｆｕＸｙｎ２ポリペプチドが、配列番号２４に対して若しくは配列番号２４の１９−２２８の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、又は、前記ＡｆｕＸｙｎ２ポリペプチドが、配列番号２３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって又は配列番号２３若しくはその断片に対して高厳格性条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされ、
前記ＡｆｕＸｙｎ５ポリペプチドが、配列番号２６に対して又は配列番号２６の２０−３１３の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、又は、前記ＡｆｕＸｙｎ５ポリペプチドが、配列番号２５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸によって又は配列番号２５の相補体に対して若しくはその断片に対して厳格性条件でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされることを特徴とする組成物。
【請求項８】
請求項１に記載の組成物であって、セルラーゼ活性を有する１つ又はそれ以上のポリペプチドをさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項９】
請求項８に記載の組成物であって、前記セルラーゼ活性を有する１つ又はそれ以上のポリペプチドが、独立して全セルラーゼの成分であることを特徴とする組成物。
【請求項１０】
請求項９に記載の組成物であって、前記全セルラーゼが、α−グルコシダーゼ・リッチであることを特徴とする組成物。
【請求項１１】
請求項１０に記載の組成物であって、前記全セルラーゼは、糸状菌の全セルラーゼあることを特徴とする組成物。
【請求項１２】
請求項１１に記載の組成物であって、前記糸状菌の全セルラーゼが、アクレモニウム(Acremonium)、アスペルギルス(Aspergillus)、エメリセラ(Emericella)、フザリウム(Fusarium)、フミコラ(Humicola)、ムコール(Mucor)、ミセリオフトラ(Myceliophthora)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、スキタリジウム(Scytalidium)、チエラビア(Thielavia)、クリソスポリウム(Chrysosporium)、ファネロカエテ(Phanerochaete)、トリポクラディウム(Tolypocladium)又はトリコデルマ(Trichoderma )の種から調製されたものであることを特徴とする組成物。
【請求項１３】
請求項９に記載の組成物であって、前記全セルラーゼが、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、トリコデル・マリーゼイ(Trichoderma reesei)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)又はペニシリウム・フニクロスム(Pencillium funiculosum)の全セルラーゼであることを特徴とする組成物。
【請求項１４】
請求項８に記載の組成物であって、前記１つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、β−グルコシダーゼ、エンドグルカナーゼ及びセロビオヒドロラーゼから選択されることを特徴とする組成物。
【請求項１５】
請求項１４に記載の組成物であって、前記β−グルコシダーゼが、トリコデルマリーゼイＢｇｌ１ポリペプチドであり、
前記トリコデルマリーゼイＢｇｌ１ポリペプチドが、配列番号４５に対して又は配列番号４５の３２−７４４の残基に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、
前記β−グルコシダーゼポリペプチドが、前記組成物中のセルラーゼ酵素の全重量の最大５０重量％を構成することを特徴とする組成物。
【請求項１６】
請求項１５に記載の組成物であって、前記β−グルコシダーゼポリペプチドが、前記組成物中のタンパクの全重量の２重量％から５０重量％を構成することを特徴とする組成物。
【請求項１７】
請求項９に記載の組成物であって、前記１つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、前記組成物中のタンパクの全重量の３０重量％から８０重量％を構成することを特徴とする組成物。
【請求項１８】
請求項１７に記載の組成物であって、前記１つ又はそれ以上のセルラーゼ活性を有するポリペプチドが、カルコフロール分析によって決定したときに、リン酸膨潤セルロース（ＰＡＳＣ）１ｇ当たり１ｍｇのタンパク量において、少なくとも０．００００５の生成率(fraction product)を達成することができることを特徴とする組成物。
【請求項１９】
請求項１に記載の組成物であって、１つ又はそれ以上のアクセサリタンパクをさらに含み、前記１つ又はそれ以上のアクセサリタンパクが、マンナナーゼ、ガラクタナーゼ、アラビナーゼ、リグニナーゼ、アミラーゼ、グルクロニダーゼ、プロテアーゼ、エステラーゼ、リパーゼ、キシログルカナーゼ、グリコシドヒドロラーゼ・ファミリー６１ポリペプチド、ＣＩＰ１、ＣＩＰ１様タンパク、ＣＩＰ２、ＣＩＰ２様タンパク、スオレニン、エクスパンシン、セロビオースデヒドロゲナーゼ、及び、マンガンペルオキシダーゼからなる群より選択されることを特徴とする組成物。
【請求項２０】
請求項１９に記載の組成物であって、前記１つ又はそれ以上のアクセサリタンパクが、前記組成物中のタンパクの全重量の１重量％から５０重量％を構成することを特徴とする組成物。
【請求項２１】
請求項１に記載の組成物であって、バイオマスから得たヘミセルロースキシランの７０％以上をキシロースに変換することができることを特徴とする組成物。
【請求項２２】
請求項２１に記載の組成物であって、バイオマスから得たヘミセルロースキシランの８０％以上をキシロースに変換することができることを特徴とする組成物。
【請求項２３】
請求項１に記載の組成物であって、前記バイオマスが、トウモロコシ穂軸、トウモロコシ茎葉、コーンファイバ、スイッチグラス、モロコシ、紙、パルプ、又は、サトウキビバガスであることを特徴とする組成物。
【請求項２４】
請求項１に記載の組成物であって、前記バイオマスがススキであることを特徴とする組成物。
【請求項２５】
請求項１に記載の組成物であって、バイオマスをさらに含むことを特徴とする組成物。
【請求項２６】
請求項２５に記載の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり１ｇ〜４０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項２７】
請求項２５に記載の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから４０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項２８】
請求項２７に記載の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから２０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項２９】
請求項２８に記載の組成物であって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり２ｇから２０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３０】
請求項２５に記載の組成物であって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり１ｇから５０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３１】
請求項３０に記載の組成物であって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから５０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３２】
請求項３１に記載の組成物であって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから４０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３３】
請求項３２に記載の組成物であって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり２ｇから４０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３４】
請求項２５に記載の組成物であって、前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから２０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３５】
請求項３４に記載の組成物であって、前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．２ｇから２０ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３６】
請求項２５に記載の組成物であって、前記セルラーゼ活性を有するポリペプチドの総重量が、存在する場合には、バイオマス中のセルロース１ｋｇ当たり１ｇから１００ｇであることを特徴とする組成物。
【請求項３７】
請求項１に記載の組成物を含むことを特徴とする培養液。
【請求項３８】
請求項３７に記載の培養液であって、糸状菌の培養液であることを特徴とする培養液。
【請求項３９】
請求項３８に記載の培養液であって、前記糸状菌が、トリコデルマ(Trichoderma)、フミコラ(Humicola)、フザリウム(Fusarium)、アスペルギルス(Aspergillus)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、セファロスポリウム(Cephalosporium)、アクリャ(Achlya)、ポドスポラ(Podospora)、エンドチア(Endothia)、ムコール(Mucor)、コクリオボルス(cochliobolus)、ピリキュラリア(Pyricularia)、ファネロカエテ(Phanerochaete)、又は、クリソスポリウム(Chrysosporium)であることを特徴とする培養液。
【請求項４０】
請求項３８に記載の培養液であって、前記糸状菌が、アスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)、アスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)、アスペルギルス・フォエティダス(Aspergillus foetidus)、アスペルギルス・ジャポニカス(Aspergillus japonicus)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、フザリウム・バクトリディオイデス(Fusarium bactridioides)、フザリウム・セレアリス(Fusarium cerealis)、フザリウム・クロックウェレンス(Fusarium crookwellense)、フザリウム・カルモラム(Fusarium culmorum)、フザリウム・グラミネアラム(Fusarium graminearum)、フザリウム・グラミヌム(Fusarium graminum)、フザリウム・ヘテロスポルム(Fusarium heterosporum)、フザリウム・ネグンジ(Fusarium negundi)、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)、フザリウム・レティキュラツム(Fusarium reticulatum)、フザリウム・ロゼウム(Fusarium roseum)、フザリウム・サンブシヌム(Fusarium sambucinum)、フザリウム・サルコクロウム(Fusarium sarcochroum)、フザリウム・スポロトリキオイデス(Fusarium sporotrichioides)、フザリウム・スルフレウム(Fusarium sulphureum)、フザリウム・トルロスム(Fusarium torulosum)、フザリウム・トリコセシオイデス(Fusarium trichothecioides)、フザリウム・ヴェネナツム(Fusarium venenatum)、ブジェルカンデラ・アダスタ(Bjerkandera adusta)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・カレギエア(Ceriporiopsis caregiea)、セリポリオプシス・ギルベセンス(Ceriporiopsis gilvescens)、セリポリオプシス・パノシンタ(Ceriporiopsis pannocinta)、セリポリオプシス・リブロサ(Ceriporiopsis rivulosa)、セリポリオプシス・スブルファ(Ceriporiopsis subrufa)、セリポリオプシス・サバーミスポラ(Ceriporiopsis subvermispora)、コプリヌス・シネレウス(Coprinus cinereus)、コリオラス・ヒルスタス(Coriolus hirsutus)、フミコラ・インソレンス(Humicola insolens)、フミコラ・ラヌギノサ(Humicola lanuginosa)、ムコール・ミエヘイ(Mucor miehei)、ミセリオフトラ・サーモフィリア(Myceliophthora thermophila)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)、ニューロスポラ・インターメディア(Neurospora intermedia)、ペニシリウム・パルロゼラム(Penicillium purpurogenum)、ペニシリウム・カネスセンス(Penicillium canescens)、ペニシリウム・ソリツム(Penicillium solitum)、ペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、フレビア・ラジアータ(Phlebia radiate)、プロレタス・エリンギ(Pleurotus eryngii)、タラロミセス・フラバス(Talaromyces flavus)、チエラビア・テレストリス(Thielavia terrestris)、トラメテス・ビローサ(Trametes villosa)、トラメテス・バーシカラー(Trametes versicolor)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)、又は、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)であることを特徴とする培養液。
【請求項４１】
請求項３７に記載の培養液であって、無細胞培養液であることを特徴とする培養液。
【請求項４２】
バイオマスを糖に変換する方法であって、
（ａ）β−キシロシダーゼ活性、Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性、又は、β−キシロシダーゼ活性とＬ−α−アラビノフラノシダーゼ活性との両方を有する第１のポリペプチド又はその変異体であって、Ｆｖ４３Ｄ、Ｆｖ３Ａ、Ｐｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｅ、Ｆｖ３９Ａ、Ｆｖ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｂ、Ｐａ５１Ａ、Ｆｏ４３Ａ、Ｇｚ４３Ａ、トリコデルマリーゼイＢｘｌ１、Ｆｖ５１Ａ、Ａｆ４３Ａ又はＰｆ５１Ａポリペプチドである前記第１のポリペプチド又は変異体と、
（ｂ）キシラナーゼ活性を有する第２のポリペプチド又はその変異体であって、トリコデルマのキシラナーゼ又はアスペルギルスのキシラナーゼである前記第２のポリペプチドとを含む非天然組成物にバイオマスを接触させるステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項４３】
（ａ）β−キシロシダーゼ活性、Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性、又は、β−キシロシダーゼ活性とＬ−α−アラビノフラノシダーゼ活性との両方を有する第１のポリペプチド又はその変異体であって、Ｆｖ４３Ｄ、Ｆｖ３Ａ、Ｐｆ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｅ、Ｆｖ３９Ａ、Ｆｖ４３Ａ、Ｆｖ４３Ｂ、Ｐａ５１Ａ、Ｆｏ４３Ａ、Ｇｚ４３Ａ、トリコデルマリーゼイＢｘｌ１、Ｆｖ５１Ａ、Ａｆ４３Ａ又はＰｆ５１Ａポリペプチドである前記第１のポリペプチド又は変異体と、
（ｂ）キシラナーゼ活性を有する第２のポリペプチド又はその変異体であって、トリコデルマのキシラナーゼ又はアスペルギルスのキシラナーゼである前記第２のポリペプチドとを含む非天然組成物又は培養液を用いてヘミセルロース含有材料を処理するステップを含むことを特徴とする糖化プロセス。
【請求項４４】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料が、トウモロコシ穂軸、トウモロコシ茎葉、コーンファイバ、スイッチグラス、モロコシ、紙、パルプ、ススキ又はサトウキビバガスであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項４５】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料のヘミセルロースキシランから少なくとも６０％のキシロースを生成することを特徴とする糖化プロセス。
【請求項４６】
請求項４３に記載のプロセスであって、モノマー糖を回収するステップをさらに含むことを特徴とするプロセス。
【請求項４７】
下記ポリペプチドのいずれかを発現するように組み換えた宿主細胞。
(a)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号２８のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２８の（ｉ）２０−３４１、（ｉｉ）２１−３５０、（ｉｉｉ）１０７−３４１、若しくは、（ｉｖ）１０７−３５０の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(b)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号４のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号４の（ｉ）２１−４４５、（ｉｉ）２１−３０１、（ｉｉｉ）２１−３２３、（ｉｖ）２１−４４４、（ｖ）３０２−４４４、（ｖｉ）３０２−４４５、（ｖｉｉ）３２４−４４４、若しくは、（ｖｉｉｉ）３２４−４４５の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(c)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号６のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号６の（ｉ）１９−５３０、（ｉｉ）２９−５３０、（ｉｉｉ）１９−３００、若しくは、（ｉｖ）２９−３００の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(d)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号８のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号８の（ｉ）２０−４３９、（ｉｉ）２０−２９１、（ｉｉｉ）１４５−２９１、若しくは、（ｉｖ）１４５−４３９の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(e)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号１０のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１０の（ｉ）２３−４４９、（ｉｉ）２３−３０２、（ｉｉｉ）２３−３２０、（ｉｖ）２３−４４８、（ｖ）３０３−４４８、（ｖｉ）３０３−４４９、（ｖｉｉ）３２１−４４８、若しくは、（ｖｉｉｉ）３２１−４４９の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(h)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２の（ｉ）２４−７６６、（ｉｉ）７３−３２１、（ｉｉｉ）７３−３９４、（ｉｖ）３９５−６２２、（ｖ）２４−６２２、若しくは、（ｉｖ）７３−６２２の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(g)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号１６のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１６の（ｉ）１９−３４０、（ｉｉ）５３−３４０、（ｉｉｉ）１９−３８３、若しくは、（ｉｖ）５３−３８３の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(h)β−キシロシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号１８のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１８の（ｉ）２１−３４１、（ｉｉ）１０７−３４１、（ｉｉｉ）２１−３４８、若しくは、（ｉｖ）１０７−３４８の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(i)β−キシロシダーゼ及び／又はＬ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号１２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１２の（ｉ）１７−５７４、（ｉｉ）２７−５７４、（ｉｉｉ）１７−３０３、若しくは、（ｉｖ）２７−３０３の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(j)β−キシロシダーゼ及び／又はＬ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号１４のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号１４の（ｉ）２１−６７６、（ｉｉ）２１−６５２、（ｉｉｉ）４６９−６５２、若しくは、（ｉｖ）４６９−６７６の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(k)Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号２０のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２０の（ｉ）１５−５５８若しくは（ｉｉ）１５−２９５の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、
(l)Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号２２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号２２の（ｉ）２１−６３２、（ｉｉ）４６１−６３２、（ｉｉｉ）２１−６４２、若しくは、（ｉｖ）４６１−６４２の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド、又は、
(m)Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有し、かつ、配列番号３２のアミノ酸配列に対して、又は、配列番号３２の（ｉ）２１−６６０、（ｉｉ）２１−６４５、（ｉｉｉ）４５０−６４５、若しくは、（ｉｖ）４５０−６６０の残基に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド。
【請求項４８】
糸状菌の細胞であることを特徴とする請求項４７に記載の宿主細胞。
【請求項４９】
請求項４８に記載の宿主細胞であって、トリコデルマ(Trichoderma)、フミコラ(Humicola)、フザリウム(Fusarium)、アスペルギルス(Aspergillus)、ニューロスポラ(Neurospora)、ペニシリウム(Penicillium)、セファロスポリウム(Cephalosporium)、アクリャ(Achlya)、ポドスポラ(Podospora)、エンドチア(Endothia)、ムコール(Mucor)、コクリオボルス(cochliobolus)、ピリキュラリア(Pyricularia)、ファネロカエテ(Phanerochaete)又はクリソスポリウム（Chrysosporium)の細胞であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項５０】
請求項４８に記載の宿主細胞であって、アスペルギルス・アワモリ(Aspergillus awamori)、アスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)、アスペルギルス・フォエティダス(Aspergillus foetidus)、アスペルギルス・ジャポニカス(Aspergillus japonicus)、アスペルギルス・ニデュランス(Aspergillus nidulans)、アスペルギルス・ニガー(Aspergillus niger)、アスペルギルス・オリゼー(Aspergillus oryzae)、クリソスポリウム・ルクノウェンス(Chrysosporium lucknowense)、フザリウム・バクトリディオイデス(Fusarium bactridioides)、フザリウム・セレアリス(Fusarium cerealis)、フザリウム・クロックウェレンス(Fusarium crookwellense)、フザリウム・カルモラム(Fusarium culmorum)、フザリウム・グラミネアラム(Fusarium graminearum)、フザリウム・グラミヌム(Fusarium graminum)、フザリウム・ヘテロスポルム(Fusarium heterosporum)、フザリウム・ネグンジ(Fusarium negundi)、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium oxysporum)、フザリウム・レティキュラツム(Fusarium reticulatum)、フザリウム・ロゼウム(Fusarium roseum)、フザリウム・サンブシヌム(Fusarium sambucinum)、フザリウム・サルコクロウム(Fusarium sarcochroum)、フザリウム・スポロトリキオイデス(Fusarium sporotrichioides)、フザリウム・スルフレウム(Fusarium sulphureum)、フザリウム・トルロスム(Fusarium torulosum)、フザリウム・トリコセシオイデス(Fusarium trichothecioides)、フザリウム・ヴェネナツム(Fusarium venenatum)、ブジェルカンデラ・アダスタ(Bjerkandera adusta)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・アネイリナ(Ceriporiopsis aneirina)、セリポリオプシス・カレギエア(Ceriporiopsis caregiea)、セリポリオプシス・ギルベセンス(Ceriporiopsis gilvescens)、セリポリオプシス・パノシンタ(Ceriporiopsis pannocinta)、セリポリオプシス・リブロサ(Ceriporiopsis rivulosa)、セリポリオプシス・スブルファ(Ceriporiopsis subrufa)、セリポリオプシス・サバーミスポラ(Ceriporiopsis subvermispora)、コプリヌス・シネレウス(Coprinus cinereus)、コリオラス・ヒルスタス(Coriolus hirsutus)、フミコラ・インソレンス(Humicola insolens)、フミコラ・ラヌギノサ(Humicola lanuginosa)、ムコール・ミエヘイ(Mucor miehei)、ミセリオフトラ・サーモフィリア(Myceliophthora thermophila)、ニューロスポラ・クラッサ(Neurospora crassa)、ニューロスポラ・インターメディア(Neurospora intermedia)、ペニシリウム・パルロゼラム(Penicillium purpurogenum)、ペニシリウム・カネスセンス(Penicillium canescens)、ペニシリウム・ソリツム(Penicillium solitum)、ペニシリウム・フニクロスム(Penicillium funiculosum)、ファネロキーテ・クリソスポリウム(Phanerochaete chrysosporium)、フレビア・ラジアータ(Phlebia radiate)、プロレタス・エリンギ(Pleurotus eryngii)、タラロミセス・フラバス(Talaromyces flavus)、チエラビア・テレストリス(Thielavia terrestris)、トラメテス・ビローサ(Trametes villosa)、トラメテス・バーシカラー(Trametes versicolor)、トリコデルマ・ハルジアナム(Trichoderma harzianum)、トリコデルマ・コニンギイ(Trichoderma koningii)、トリコデルマ・ロンジブラキアタム(Trichoderma longibrachiatum)、トリコデルマリーゼイ(Trichoderma reesei)、又は、トリコデルマ・ビリデ(Trichoderma viride)であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項５１】
請求項４７に記載の宿主細胞であって、細菌の細胞であることを特徴とする宿主細胞。
【請求項５２】
請求項５１に記載の宿主細胞であって、前記細菌が、ストレプトミセス(Streptomyces)、サーモモノスポラ(Thermomonospora)、バチルス(Bacillus)、又は、セルロモナス(Cellulomonas)である宿主細胞。
【請求項５３】
請求項１に記載の組成物を製造する方法。
【請求項５４】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記ヘミセルロース含有材料がセルロースをさらに含むことを特徴とする糖化プロセス。
【請求項５５】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり１ｇから４０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項５６】
請求項５５に記載のプロセスであって、前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの量が、前記材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから４０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項５７】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、前記材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり１ｇから５０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項５８】
請求項５７に記載のプロセスであって、前記β−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、前記材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから５０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項５９】
請求項４３に記載のプロセスであって、前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、バイオマス材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．５ｇから２０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項６０】
請求項５９に記載のプロセスであって、前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、前記材料中のヘミセルロース１ｋｇ当たり０．２ｇから２０ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項６１】
請求項５４に記載のプロセスであって、前記セルラーゼ活性を有するポリペプチドの量が、前記ヘミセルロース含有材料中のセルロース１ｋｇ当たり１ｇから１００ｇであることを特徴とする糖化プロセス。
【請求項６２】
請求項５４に記載のプロセスであって、前記β−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチドの量が、セルラーゼ活性を有するポリペプチドの全重量の５０％以下であることを特徴とする糖化プロセス。