【手続補正書】
【提出日】平成25年3月11日(2013.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有する、単離されたバクテリオファージ。
【請求項２】
請求項１に記載のバクテリオファージ及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項３】
配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウムに対して効果的な１又は２以上のさらなるバクテリオファージとを含む、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
配列番号１又は配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウム以外の細菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２又は３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、緑膿菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜４のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項６】
配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、緑膿菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜５のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項７】
配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、黄色ブドウ球菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜６のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項８】
配列番号４、配列番号５、配列番号６、又は配列番号７の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、黄色ブドウ球菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜７のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項９】
配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、アシネトバクター・バウマニに対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜８のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項１０】
配列番号７６０の核酸配列を含むゲノムを有するバクテリオファージと、アシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対して効果的な１又は２以上の追加のバクテリオファージとを含む、請求項２〜９のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項１１】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離されたリシンタンパク質、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１２】
配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、配列番号７１２、配列番号７９７のアミノ酸配列を有するタンパク質、又はエンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌、及びアシネトバクター・バウマニの１若しくは２以上に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体を含む、請求項１１に記載の抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１３】
断片が、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、又は配列番号７１２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインである、請求項１１又は１２に記載の抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１４】
断片が、配列番号７５５、配列番号７５６、配列番号７５７、配列番号７５８、又は配列番号７５９のアミノ酸配列を有する、請求項１１〜１３のいずれかに記載の抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１５】
配列番号７９７、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号４４６、配列番号４４７、配列番号４４８、配列番号５７５、配列番号６４１、配列番号７１２のアミノ酸配列又はその断片を有する同一のサイズの第２のタンパク質に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する、単離された第１のタンパク質を含む、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１６】
第２のタンパク質に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する、請求項１５に記載の抗菌活性又は抗微生物活性剤。
【請求項１７】
バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、若しくはＦ１２４５／０５から単離された尾部巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質、又はその断片、バリアント、若しくは誘導体を含む、前記単離されたバクテリオファージに関連する生物学的活性剤。
【請求項１８】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７９５のアミノ酸配列を有するタンパク質を含むか、或いは尾部巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質が単離されたか若しくは由来するバクテリオファージに関連する生物学的活性を有する、前記タンパク質の断片、バリアント、又は誘導体を含む、請求項１７に記載の生物学的活性剤。
【請求項１９】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号２０４、配列番号２１４、配列番号４３５、配列番号４３８、配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４、配列番号７９５のアミノ酸配列又はその断片を有する同一のサイズの第２のタンパク質に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する、単離された第１のタンパク質を含む、バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、又はＦ１２４５／０５に関連する生物学的活性剤。
【請求項２０】
第２のタンパク質に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する、請求項１９に記載の生物学的活性剤。
【請求項２１】
請求項１１〜１６のいずれかに記載の抗菌活性若しくは抗微生物活性剤、又は請求項１７〜２０のいずれかに記載の生物学的活性剤及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項２２】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、若しくは配列番号２１４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はエンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、エンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
配列番号６１、配列番号６３、配列番号６８、配列番号１８４、配列番号２０２、配列番号２０３、配列番号２０４、若しくは配列番号２１４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はエンテロコッカス・フェカリス若しくはエンテロコッカス・フェシウムに対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、その断片、バリアント、若しくは誘導体と、エンテロコッカス・フェカリス又はエンテロコッカス・フェシウム以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１又は２２に記載の医薬組成物。
【請求項２４】
配列番号４３５若しくは配列番号４３８のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は緑膿菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、緑膿菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるタンパク質とを含む、請求項２１〜２３のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項２５】
配列番号４３５若しくは配列番号４３８のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は緑膿菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、緑膿菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１〜２４のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項２６】
配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する、前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、黄色ブドウ球菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１〜２５のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項２７】
配列番号４４０、配列番号５２５、配列番号５２６、配列番号５２７、配列番号５２８、配列番号５２９、配列番号５３０、配列番号５３１、配列番号５３２、配列番号５３３、配列番号５３４、配列番号５３５、配列番号５３６、配列番号５３７、配列番号５３８、配列番号５３９、配列番号５６７、配列番号５６８、配列番号６３２、配列番号６３３、配列番号７００、配列番号７０１、配列番号７０２、配列番号７０３、配列番号７０４のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、黄色ブドウ球菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１〜２６のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項２８】
配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する、前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、アシネトバクター・バウマニに対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１〜２７のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項２９】
配列番号７６１〜８１６のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する前記タンパク質の断片、バリアント、若しくは誘導体と、アシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又は追加のタンパク質とを含む、請求項２１〜２８のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項３０】
バクテリオファージＦ１２４５／０５、Ｆ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、若しくはＦ９１ａ／０６から単離されたリシンタンパク質、又は、バクテリオファージＦ１６８／０８、Ｆ１７０／０８、Ｆ７７０／０５、Ｆ１９７／０８、Ｆ８６／０６、Ｆ８７ｓ／０６、Ｆ９１ａ／０６、若しくはＦ１２４５／０５から単離された尾部巻尺タンパク質若しくは尾部タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
【請求項３１】
治療的に有効な量の請求項２〜１０及び２１〜２９のいずれかに記載の医薬組成物の、それを必要とする対象への投与により前記対象の細菌感染を治療又は予防するための医薬品の製造における使用。
【請求項３２】
細菌感染が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上による感染である、請求項３１に記載の使用。
【請求項３３】
細菌感染が、アシネトバクター・バウマニ、エンテロコッカス・フェカリス、エンテロコッカス・フェシウム、緑膿菌、及び黄色ブドウ球菌以外の細菌による感染である、請求項３１に記載の使用。
【請求項３４】
感染が院内感染である、請求項３１〜３３のいずれかに記載の使用。
【請求項３５】
組成物が局所的に投与される、請求項３１〜３４のいずれかに記載の使用。
【請求項３６】
対象が哺乳動物である、請求項３１〜３５のいずれかに記載の使用。
【請求項３７】
哺乳動物がヒトである、請求項３６に記載の使用。
【請求項３８】
治療される感染が、皮膚の感染である、請求項３１〜３７のいずれかに記載の使用。
【請求項３９】
皮膚の感染が、糖尿病性の足潰瘍に付随する感染である、請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
細菌感染の原因物質を診断するためのデータを収集する方法であって、
（ｉ）患者の組織試料を培養するステップ、
（ii）ステップ（ｉ）の培養物を請求項１に記載のバクテリオファージ又は請求項３０に記載の核酸がコードするタンパク質若しくは断片と接触させるステップ、及び
（iii）前記培養物の増殖又は溶解の形跡をモニタリングするステップ
を含み、前記培養物の溶解の形跡が、ステップ（ii）において使用されるバクテリオファージ又はポリペプチドに感受性であることが知られている細菌種又は細菌株を前記培養物が含むことを示す方法。
【請求項４１】
組織試料が、患者から回収された血液、体液、組織の生検又はスワブである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
請求項１に記載のバクテリオファージ又は請求項３０に記載の核酸、若しくは前記核酸がコードするポリペプチドを含む、固体表面における細菌のコロニー形成又は増殖の低減又は阻害剤。
【請求項４３】
固体表面が、病院の装置又は病院設備の表面である、請求項４２に記載の低減又は阻害剤。
【請求項４４】
装置又は設備が、手術用装置又は手術用設備である、請求項４３に記載の低減又は阻害剤。
【請求項４５】
請求項１に記載のバクテリオファージ又は請求項３０に記載の核酸、若しくは前記核酸がコードするポリペプチド若しくはその断片の、細菌と接触した表面上の前記細菌のコロニー形成又は増殖を低減又は阻害するための医薬品の製造における使用であって、前記表面が哺乳動物の皮膚又は粘膜である使用。
【請求項４６】
哺乳動物がヒトである、請求項４５に記載の使用。