【手続補正書】
【提出日】平成25年1月25日(2013.1.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ａβタンパク質に対するペプチドプローブであって、該ペプチドプローブが、（ｉ）該Ａβタンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む１０〜５０個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができる、ペプチドまたはペプチド模倣体であり、
該バリアント配列が、該バリアント配列内に塩橋を導入する、該参照配列に対する１個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、ペプチドプローブ。
【請求項２】
前記ペプチドプローブが２つ以上の標識で標識されており、該ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合している場合の該ペプチドプローブ上の２つ以上の標識間の距離が、該ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合していない場合の距離とは異なる、請求項１に記載のペプチドプローブ。
【請求項３】
前記ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合している場合に検出可能な標識によって生成されるシグナルが、該ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合していない場合に生成されるシグナルとは異なる、請求項１または２に記載のペプチドプローブ。
【請求項４】
エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されており、
任意で、
(ａ)エキシマーペアで標識されている場合に、ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にエキシマーシグナルを発し、任意で、該検出可能な標識がピレン成分を含む、
(ｂ)ＦＲＥＴペアで標識されている場合に、ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合に蛍光共鳴移動（ＦＲＥＴ）シグナルを発し、任意で、該ＦＲＥＴペアが、ＤＡＣＩＡ−Ｉ／ＮＢＤ、マリーナブルー／ＮＢＤ、ダンシル／Ｔｒｐ、およびＥＤＡＮＳ／ＦＡＭからなる群より選択される、または、
(ｃ)フルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にフルオロフォアシグナルが消光され、任意で、該フルオロフォア／クエンチャーペアが、ピレン／ダブシル、ＥＤＡＮＳ／ダブシル、およびＦＡＭ／ダブシルからなる群より選択される、
請求項２に記載のペプチドプローブ。
【請求項５】
バリアント配列が、
(ａ)Ｃ末端におけるリジン残基の付加、および/または、
(ｂ)酸化に耐性をもつ残基によるメチオニン残基の置換
をさらに含み、任意で該メチオニン残基はアラニン残基で置換されている、請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項６】
前記バリアント配列が、前記参照配列の少なくとも３個の連続した残基のアラニン残基による置換または付加をさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項７】
前記バリアント配列が、グルタミン酸残基とヒスチジン残基の間、グルタミン酸残基とアルギニン残基の間、およびグルタミン酸残基とリジン残基の間からなる群より選択される残基間の塩橋を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項８】
前記バリアント配列が、Ｇ２９Ｈ、Ｇ２９Ｒ、Ｇ２９Ｋ、およびＧ３３Ｅからなる群より選択される１個以上の置換を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項９】
前記バリアント配列が、ペプチドプローブ内にＡβ結合モチーフを導入する、１個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失をさらに含み、任意で該Ａβ結合モチーフがＧＸＸＥＧを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項１０】
前記バリアント配列が、βシート立体構造を示すＡβタンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとり、
任意で、該バリアント配列のβシート構造が、前記参照配列のβシート構造よりも熱力学的に弱く、
任意で、該バリアント配列が、Ｉ３２Ｓ、Ｆ１９Ｓ、Ｓ２６Ｄ、Ｈ２９Ｄ、Ｉ３１Ｄ、Ｌ３４Ｄ、およびＬ３４Ｐからなる群より選択される１個以上の置換を含む、
請求項１〜９のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項１１】
前記バリアント配列が、前記参照配列よりも増大した親水性および／または水溶液中での溶解度を有し、任意で該バリアント配列が、
(ａ)グルタミン酸残基および／またはｄ−アルギニン残基を導入する、１個以上のアミノ酸の付加または置換をさらに含む、および/または、
(ｂ)親水性成分に結合しており、任意で該親水性成分が可溶性ポリエチレングリコール成分を含む、
請求項１〜１０のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項１２】
前記バリアント配列が、配列番号：２〜４、１４〜１７、１９〜２１、２３、２４、２６、２９〜３１、３３〜３５、３８〜４３、４９、５０および５２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のペプチドプローブ。
【請求項１３】
Ａβタンパク質に対するペプチドプローブであって、（ｉ）該Ａβタンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む１０〜５０個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）Ａβタンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとる、ペプチドまたはペプチド模倣体であり、
該バリアント配列が、該バリアント配列内に塩橋を導入する、該参照配列に対する１個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、ペプチドプローブ。
【請求項１４】
エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されており、
任意で、
(ａ)エキシマーペアで標識されている場合に、ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合していない場合には増大したエキシマーシグナルを発し、かつ、Ａβタンパク質に結合している場合には増大した自己シグナルを発し、任意で、該検出可能な標識が２つのピレン成分を含む、
(ｂ)ＦＲＥＴペアで標識されている場合に、ペプチドプローブがＡβタンパク質に結合していない場合には蛍光共鳴移動（ＦＲＥＴ）シグナルを発し、かつ、Ａβタンパク質に結合している場合には非ＦＲＥＴフルオロフォアシグナルを発し、任意で、該ＦＲＥＴペアが、ＤＡＣＩＡ−Ｉ／ＮＢＤ、マリーナブルー／ＮＢＤ、ダンシル／Ｔｒｐ、およびＥＤＡＮＳ／ＦＡＭからなる群より選択される、または
(ｃ)ペプチドプローブが、フルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、ならびにＡβタンパク質に結合していない場合には減少または消光したシグナルを発し、かつ、Ａβタンパク質に結合している場合にはフルオロフォアシグナルを発し、任意で、該フルオロフォア／クエンチャーペアが、ピレン／ダブシル、ＥＤＡＮＳ／ダブシル、およびＦＡＭ／ダブシルからなる群より選択される、請求項１３に記載のペプチドプローブ。
【請求項１５】
前記バリアント配列が、配列番号：２〜４、１４〜１７、１９〜２１、２３、２４、２６、２９〜３１、３３〜３５、３８〜４３、４９、５０および５２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１３または１４に記載のペプチドプローブ。
【請求項１６】
試験サンプル中のＡβタンパク質を検出するための方法であって、
（ｉ）該サンプルを請求項１〜１５のいずれか一項に記載のペプチドプローブと接触させて、試験混合物を形成する工程；および
（ｉｉ）該ペプチドプローブと該サンプル中に存在する任意のＡβタンパク質との間の任意の結合を検出する工程、
を含み、任意で、
(ａ)工程（ｉｉ）が、Ａβタンパク質に結合したら該ペプチドプローブによって生成される任意のシグナルを検出することを含む、および/または
（ｂ）工程（ｉｉ）の前に、遠心分離、サイズ排除クロマトグラフィー、およびアフィニティークロマトグラフィーから選択される処理によって該試験混合物から複合体を分離する、
方法。
【請求項１７】
前記ペプチドプローブが、Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、または、該ペプチドがＡβタンパク質に結合したらシグナルを生成する１つ以上の位置において、検出可能な標識で標識されており、かつ工程（ｉｉ）が、該ペプチドプローブおよびＡβタンパク質を含む複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することによって該複合体を検出することを含み、任意で、
（ａ）該複合体が不溶性複合体であり、かつ工程（ｉｉ）が、該不溶性複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することを含む、または
（ｂ）該複合体が可溶性複合体であり、かつ工程（ｉｉ）が、該可溶性複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することを含む、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
対象由来の生理学的サンプル中のＡβタンパク質を検出するための方法であって、
（Ａ）該サンプルを、（ｉ）該Ａβタンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む１０〜５０個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）Ａβタンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとる、ペプチドまたはペプチド模倣体であるペプチドプローブと、接触させる工程；ならびに
（Ｂ）該プローブと該サンプル中に存在する任意のＡβタンパク質との間の任意の会合を検出する工程、
を含み、該バリアント配列が、該バリアント配列内に塩橋を導入する、該参照配列に対する１個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、方法。
【請求項１９】
前記ペプチドプローブが、エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されており、
任意で、
（ａ）該ペプチドプローブがエキシマーペアで標識されており、かつ工程（Ｂ）が、任意の増大した自己シグナルまたは減少したエキシマーシグナルを検出することを含む、
（ｂ）該ペプチドプローブがＦＲＥＴペアで標識されており、かつ工程（Ｂ）が、任意の増大した非ＦＲＥＴフルオロフォアシグナルまたは減少したＦＲＥＴシグナルを検出することを含む、または
（ｃ）該ペプチドプローブがフルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつ工程（Ｂ）が、任意の増大したフルオロフォアシグナルを検出することを含む、
請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
対象においてインビボでＡβタンパク質を検出するための、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のペプチドプローブを含む薬学的組成物であって、該プローブがＡβタンパク質に結合した場合にシグナルを生成する検出可能な標識で標識されており、任意で該プローブがアルツハイマー病に対する追加の治療剤に結合している、薬学的組成物。
【請求項２１】
アルツハイマー病に罹患しているかその発症リスクを有する対象を処置するための、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のペプチドプローブを含む薬学的組成物であって、任意で該プローブがアルツハイマー病に対する追加の治療剤に結合している、薬学的組成物。
【請求項２２】
Ａβタンパク質に対するペプチドプローブであって、該ペプチドプローブが、（ｉ）該Ａβタンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む１０〜５０個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）βシート立体構造を示すＡβタンパク質に結合したらβシート立体構造をとり；
該バリアント配列が、該バリアント配列内に塩橋を導入する、該参照配列に対する１個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、ペプチドプローブ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
本明細書に記載される任意の実施形態によれば、標的タンパク質は、膵島アミロイドポリペプチド前駆体タンパク質、アミロイドβタンパク質、Ａβペプチド、血清アミロイドＡ、インスリン、アミリン、非アミロイドβ成分、プリオン、ヘモグロビン、免疫グロブリンまたはそのフラグメント、β２−ミクログロブリン、α−シヌクレイン、ロドプシン、α１−アンチキモトリプシン、クリスタリン、タウ、ｐ５３、プレセニリン、低密度リポタンパク質受容体、アポリポタンパク質、スーパーオキシドジスムターゼ、ニューロフィラメントタンパク質、トランスサイレチン、プロカルシトニンまたはカルシトニン、心房性ナトリウム利尿因子、ゲルゾリン、嚢胞性線維症膜貫通調節因子、ハンチントン病タンパク質、フィブリノゲンα鎖、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ、コラーゲン、β−ヘキソサミニダーゼ、およびシスタチンＣタンパク質からなる群より選択されてよい。具体的な実施形態によれば、標的タンパク質はＡβタンパク質であってよい。
[本発明1001]
アミロイド形成疾患に関連する立体構造変化を示し得る標的タンパク質に対するペプチドプローブであって、該ペプチドプローブが、（ｉ）該標的タンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む10〜50個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）標的タンパク質に結合したら検出可能なシグナルを生成する立体構造変化を受ける、ペプチドまたはペプチド模倣体であり、
該バリアント配列が、
（Ａ）該バリアント配列のランダムコイル／αヘリックス立体構造が、該参照アミノ酸配列からなるプローブよりも酸化環境においてより安定であるような、かつ／あるいは
（Ｂ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造における該バリアント配列のＮ末端とＣ末端の間の距離が、βシート立体構造における該バリアント配列のＮ末端とＣ末端の間の距離とは異なるような、かつ／あるいは
（Ｃ）該バリアント配列が、βシート立体構造を示す標的タンパク質に結合したら、該参照配列よりもより効率的にβシート立体構造をとるような、かつ／あるいは
（Ｄ）該バリアント配列が、βシート立体構造を示す標的タンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとるような、かつ／あるいは
（Ｅ）該バリアント配列のβシート構造が、該参照配列のものよりも熱力学的に弱いような、かつ／あるいは
（Ｆ）該バリアント配列が、該参照配列よりも増大した安定性および／または減少した反応性を有するような、かつ／あるいは
（Ｇ）該バリアント配列が、該参照配列よりも増大した親水性および／または水溶液中での溶解度を有するような、かつ／あるいは
（Ｈ）該バリアント配列が、該参照配列よりもさらなるＡβ結合モチーフを有するような、かつ／あるいは
（Ｉ）該バリアント配列が、増大した凝集体形成能を有するような、
該参照配列に対する1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、ペプチドプローブ。
[本発明1002]
Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、または、前記ペプチドが標的タンパク質に結合したら立体構造変化を受ける場合にシグナルを生成する1つ以上の位置において、検出可能な標識で標識されている、本発明1001のペプチドプローブ。
[本発明1003]
前記ペプチドプローブが2つ以上の標識で標識されており、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合している場合の該ペプチドプローブ上の2つ以上の標識間の距離が、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合していない場合の距離とは異なる、本発明1001または1002のペプチドプローブ。
[本発明1004]
前記ペプチドプローブが標的タンパク質に結合している場合に検出可能な標識によって生成される前記シグナルが、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合していない場合に生成されるシグナルとは異なる、本発明1001〜1003のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1005]
エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されている、本発明1003のペプチドプローブ。
[本発明1006]
エキシマーペアで標識されており、かつ、前記ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にエキシマーシグナルを発する、本発明1005のペプチドプローブ。
[本発明1007]
前記検出可能な標識がピレン成分を含む、本発明1002〜1006のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1008]
ＦＲＥＴペアで標識されており、かつ、前記ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合に蛍光共鳴移動（ＦＲＥＴ）シグナルを発する、本発明1005のペプチドプローブ。
[本発明1009]
前記ＦＲＥＴペアが、ＤＡＣＩＡ−Ｉ／ＮＢＤ、マリーナブルー／ＮＢＤ、ダンシル／Ｔｒｐ、およびＥＤＡＮＳ／ＦＡＭからなる群より選択される、本発明1008のペプチドプローブ。
[本発明1010]
前記ペプチドプローブがフルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつ、該ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にフルオロフォアシグナルが消光される、本発明1005のペプチドプローブ。
[本発明1011]
前記フルオロフォア／クエンチャーペアが、ピレン／ダブシル、ＥＤＡＮＳ／ダブシル、およびＦＡＭ／ダブシルからなる群より選択される、本発明1010のペプチドプローブ。
[本発明1012]
前記1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失が、前記参照配列の内部でなされる、本発明1001〜1011のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1013]
前記1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失が、前記参照配列のＮ末端またはＣ末端でなされる、本発明1001〜1012のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1014]
バリアント配列が、Ｃ末端におけるリジン残基の付加をさらに含む、本発明1001〜1013のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1015]
前記バリアント配列が、酸化に耐性をもつ残基によるメチオニン残基の置換を含む、本発明1001〜1014のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1016]
前記メチオニン残基がアラニン残基で置換されている、本発明1015のペプチドプローブ。
[本発明1017]
前記バリアント配列が、前記参照配列の少なくとも3個の連続した残基のアラニン残基による置換または付加を含む、本発明1001〜1016のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1018]
前記1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失により、前記バリアント配列内に塩橋が導入される、本発明1001〜1017のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1019]
前記バリアント配列が、グルタミン酸残基とヒスチジン残基の間、グルタミン酸残基とアルギニン残基の間、およびグルタミン酸残基とリジン残基の間からなる群より選択される残基間の塩橋を含む、本発明1018のペプチドプローブ。
[本発明1020]
前記1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失により、前記ペプチドプローブ内にＡβ結合モチーフが導入される、本発明1001〜1019のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1021]
前記Ａβ結合モチーフがＧＸＸＥＧを含む、本発明1020のペプチドプローブ。
[本発明1022]
前記バリアント配列が、βシート立体構造を示す標的タンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとる、本発明1001〜1021のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1023]
前記標的タンパク質がＡβタンパク質であり、かつ前記バリアント配列が、Ｇ29Ｈ、Ｇ29Ｒ、Ｇ29Ｋ、およびＧ33Ｅからなる群より選択される1個以上の置換を含む、本発明1022のペプチドプローブ。
[本発明1024]
前記バリアント配列のβシート構造が、前記参照配列のβシート構造よりも熱力学的に弱い、本発明1022または1023のペプチドプローブ。
[本発明1025]
前記標的タンパク質がＡβタンパク質であり、かつ前記バリアント配列が、Ｉ32Ｓ、Ｆ19Ｓ、Ｓ26Ｄ、Ｈ29Ｄ、Ｉ31Ｄ、Ｌ34Ｄ、およびＬ34Ｐからなる群より選択される1個以上の置換を含む、本発明1024のペプチドプローブ。
[本発明1026]
前記バリアント配列が、前記参照配列よりも増大した親水性および／または水溶液中での溶解度を有する、本発明1001〜1025のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1027]
前記バリアント配列が、グルタミン酸残基および／またはｄ−アルギニン残基を導入する、1個以上のアミノ酸の付加または置換を含む、本発明1026のペプチドプローブ。
[本発明1028]
前記バリアント配列が親水性成分に結合している、本発明1026のペプチドプローブ。
[本発明1029]
前記親水性成分が可溶性ポリエチレングリコール成分を含む、本発明1028のペプチドプローブ。
[本発明1030]
検出可能な標識が、前記ペプチドプローブの末端リジン残基の側鎖に結合している、本発明1001〜1029のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1031]
検出可能な標識が、前記ペプチドプローブの内部リジン残基の側鎖に結合している、本発明1001〜1030のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1032]
ビオチン成分に結合している、本発明1001〜1031のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1033]
ペプチドリンカーを介してビオチン成分に結合している、本発明1032のペプチドプローブ。
[本発明1034]
前記ペプチドリンカーが、可動性リンカー、らせん状リンカー、トロンビン部位リンカー、およびねじれリンカーからなる群より選択される、本発明1033のペプチドプローブ。
[本発明1035]
前記リンカーが、配列番号：56〜60からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1034のペプチドプローブ。
[本発明1036]
内部リジン残基の側鎖を介してビオチン成分に結合している、本発明1032のペプチドプローブ。
[本発明1037]
前記標的タンパク質がＡβタンパク質である、本発明1001〜1036のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1038]
前記バリアント配列が、配列番号：2〜55からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1037のペプチドプローブ。
[本発明1039]
前記バリアント配列が、配列番号：2（ペプチド22）のアミノ酸配列を含む、本発明1037のペプチドプローブ。
[本発明1040]
アミロイド形成疾患に関連する立体構造変化を示し得る標的タンパク質に対するペプチドプローブであって、（ｉ）該標的タンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む10〜50個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）標的タンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとる、ペプチドまたはペプチド模倣体である、ペプチドプローブ。
[本発明1041]
Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、または、前記ペプチドが標的タンパク質に結合したら立体構造変化を受ける場合にシグナルを生成する1つ以上の位置において、検出可能な標識で標識されている、本発明1040のペプチドプローブ。
[本発明1042]
エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されている、本発明1041のペプチドプローブ。
[本発明1043]
エキシマーペアで標識されており、かつ、標的タンパク質に結合していない場合には増大したエキシマーシグナルを発し、かつ、標的タンパク質に結合している場合には増大した自己シグナルを発する、本発明1042のペプチドプローブ。
[本発明1044]
前記エキシマーペアが2つのピレン成分を含む、本発明1043のペプチドプローブ。
[本発明1045]
ＦＲＥＴペアで標識されており、かつ、標的タンパク質に結合していない場合には増大した蛍光共鳴移動（ＦＲＥＴ）シグナルを発し、かつ、標的タンパク質に結合している場合には非ＦＲＥＴフルオロフォアシグナルを発する、本発明1042のペプチドプローブ。
[本発明1046]
フルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつ、標的タンパク質に結合していない場合には減少または消光したシグナルを発し、かつ、標的タンパク質に結合している場合にはフルオロフォアシグナルを発する、本発明1042のペプチドプローブ。
[本発明1047]
前記標的タンパク質がＡβタンパク質である、本発明1040〜1046のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1048]
前記バリアント配列が、配列番号：2〜4、14〜15、および28〜35からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1047のペプチドプローブ。
[本発明1049]
前記標的タンパク質が、膵島アミロイドポリペプチド前駆体タンパク質、アミロイドβタンパク質、Ａβペプチド、血清アミロイドＡ、インスリン、アミリン、非アミロイドβ成分、プリオン、ヘモグロビン、免疫グロブリンまたはそのフラグメント、β2−ミクログロブリン、α−シヌクレイン、ロドプシン、α1−アンチキモトリプシン、クリスタリン、タウ、ｐ53、プレセニリン、低密度リポタンパク質受容体、アポリポタンパク質、スーパーオキシドジスムターゼ、ニューロフィラメントタンパク質、トランスサイレチン、プロカルシトニンまたはカルシトニン、心房性ナトリウム利尿因子、ゲルゾリン、嚢胞性線維症膜貫通調節因子、ハンチントン病タンパク質、フィブリノゲンα鎖、フェニルアラニンヒドロキシラーゼ、コラーゲン、β−ヘキソサミニダーゼ、およびシスタチンＣタンパク質からなる群より選択される、本発明1001〜1036および1040〜1046のいずれかのペプチドプローブ。
[本発明1050]
以下の工程を含む、試験サンプル中の標的タンパク質を検出するための方法であって、該標的タンパク質が、アミロイド形成疾患に関連するβシート立体構造を示す、方法：
（ｉ）該サンプルを本発明1001〜1049のいずれかのペプチドプローブと接触させて、試験混合物を形成する工程；および
（ｉｉ）該ペプチドプローブと該サンプル中に存在する任意の標的タンパク質との間の任意の結合を検出する工程。
[本発明1051]
前記ペプチドプローブが、Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、または、該ペプチドが標的タンパク質に結合したら立体構造変化を受ける場合にシグナルを生成する1つ以上の位置において、検出可能な標識で標識されている、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記ペプチドプローブが2つ以上の標識で標識されており、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合している場合の該ペプチドプローブ上の2つ以上の標識間の距離が、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合していない場合の距離とは異なる、本発明1051の方法。
[本発明1053]
前記ペプチドプローブが標的タンパク質に結合している場合に検出可能な標識によって生成される前記シグナルが、該ペプチドプローブが標的タンパク質に結合していない場合に生成されるシグナルとは異なる、本発明1051または1052の方法。
[本発明1054]
前記ペプチドプローブが、エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されている、本発明1050〜1053のいずれかの方法。
[本発明1055]
前記ペプチドプローブが、エキシマーペアで標識されており、かつ、該ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にエキシマーシグナルを発する、本発明1054の方法。
[本発明1056]
前記検出可能な標識がピレン成分を含む、本発明1055の方法。
[本発明1057]
前記ペプチドプローブが、ＦＲＥＴペアで標識されており、かつ、該ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合に蛍光共鳴移動（ＦＲＥＴ）シグナルを発する、本発明1054の方法。
[本発明1058]
前記ペプチドプローブが、フルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつ、該ペプチドプローブがβシート立体構造を示す場合にフルオロフォアシグナルが消光される、本発明1054の方法。
[本発明1059]
工程（ｉｉ）が、標的タンパク質に結合したら立体構造変化を受ける前記ペプチドプローブによって生成される任意のシグナルを検出することを含む、本発明1050〜1058のいずれかの方法。
[本発明1060]
工程（ｉｉ）が、前記ペプチドプローブおよび標的タンパク質を含む複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することによって該複合体を検出することを含む、本発明1051〜1058のいずれかの方法。
[本発明1061]
前記複合体が不溶性複合体であり、かつ工程（ｉｉ）が、該不溶性複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することを含む、本発明1060の方法。
[本発明1062]
前記複合体が可溶性複合体であり、かつ工程（ｉｉ）が、該可溶性複合体中に存在する任意の検出可能な標識によって生成される任意のシグナルを検出することを含む、本発明1060の方法。
[本発明1063]
工程（ｉｉ）の前に、遠心分離、サイズ排除クロマトグラフィー、およびアフィニティークロマトグラフィーから選択される処理によって前記試験混合物から前記複合体を分離する工程をさらに含む、本発明1060の方法。
[本発明1064]
以下の工程を含む、アミロイド形成疾患に関連する標的タンパク質を検出するための方法であって、ペプチドプローブが対象由来の生理学的サンプル中にある、方法：
（Ａ）該サンプルを、（ｉ）該標的タンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む10〜50個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）標的タンパク質に結合したらより規則性の低い立体構造をとる、ペプチドまたはペプチド模倣体であるペプチドプローブと、接触させる工程；ならびに
（Ｂ）該プローブと該サンプル中に存在する任意の標的タンパク質との間の任意の会合を検出する工程。
[本発明1065]
前記ペプチドプローブが、Ｎ末端、Ｃ末端、両末端、または、該ペプチドが標的タンパク質に結合したら立体構造変化を受ける場合にシグナルを生成する1つ以上の位置において、検出可能な標識で標識されている、本発明1064の方法。
[本発明1066]
前記ペプチドプローブが、エキシマーペア、ＦＲＥＴペア、およびフルオロフォア／クエンチャーペアから選択される検出可能な標識ペアで標識されている、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記ペプチドプローブがエキシマーペアで標識されており、かつ工程（ｉｉ）が、任意の増大した自己シグナルまたは減少したエキシマーシグナルを検出することを含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記ペプチドプローブがＦＲＥＴペアで標識されており、かつ工程（ｉｉ）が、任意の増大した非ＦＲＥＴフルオロフォアシグナルまたは減少したＦＲＥＴシグナルを検出することを含む、本発明1066の方法。
[本発明1069]
前記ペプチドプローブがフルオロフォア／クエンチャーペアで標識されており、かつ工程（ｉｉ）が、任意の増大したフルオロフォアシグナルを検出することを含む、本発明1066の方法。
[本発明1070]
以下の工程を含む、対象においてアミロイド形成疾患に関連する標的タンパク質を検出するためのインビボ方法：
（Ａ）本発明1001〜1049のいずれかのペプチドプローブを該対象に投与する工程であって、該プローブが、該プローブが標的タンパク質に結合した場合にシグナルを生成する検出可能な標識で標識されている工程、および
（Ｂ）該シグナルを検出する工程。
[本発明1071]
前記シグナルがイメージング技術を用いることによって検出される、本発明1070の方法。
[本発明1072]
前記イメージング技術が、ポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射コンピュータ断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、Ｘ線撮影法、断層撮影法、蛍光透視法、核医学、光学的画像法、脳造影法、および超音波検査法からなる群より選択される、本発明1071の方法。
[本発明1073]
アミロイド形成疾患に罹患しているかその発症リスクを有する対象を処置する方法であって、本発明1001〜1049のいずれかのペプチドプローブを該対象に投与する工程を含む、方法。
[本発明1074]
前記プローブが、前記アミロイド形成疾患に対する追加の治療剤に結合している、本発明1070〜1073のいずれかの方法。
[本発明1075]
アミロイド形成疾患に関連するβシート立体構造を示し得る標的タンパク質に対するペプチドプローブであって、該ペプチドプローブが、（ｉ）該標的タンパク質のβシート形成領域のアミノ酸配列からなる参照配列のバリアントであるアミノ酸配列を含む10〜50個のアミノ酸残基からなり、（ｉｉ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造およびβシート立体構造の両方をとることができ、かつ（ｉｉｉ）βシート立体構造を示す標的タンパク質に結合したらβシート立体構造をとり；
該バリアント配列が、
（Ａ）該バリアント配列のランダムコイル／αヘリックス立体構造が、該参照アミノ酸配列からなるプローブよりも酸化環境においてより安定であるような、かつ／あるいは
（Ｂ）ランダムコイル／αヘリックス立体構造における該バリアント配列のＮ末端とＣ末端の間の距離が、βシート立体構造における該バリアント配列のＮ末端とＣ末端の間の距離とは異なるような、かつ／あるいは
（Ｃ）該バリアント配列が、βシート立体構造を示す標的タンパク質に結合したら、該参照配列よりもより効率的にβシート立体構造をとるような
該参照配列に対する1個以上のアミノ酸の付加、置換、または欠失を含む、ペプチドプローブ。
[本発明1076]
アミロイド形成疾患に関連する標的タンパク質を検出するためのインビボ方法における、本発明1001〜1049のいずれかのペプチドの使用。
[本発明1077]
アミロイド形成疾患に罹患しているかその発症リスクを有する対象を処置する方法における、本発明1001〜1049のいずれかのペプチドの使用。