【手続補正書】
【提出日】平成25年4月26日(2013.4.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
MEK活性を有する変異体MEKポリペプチドをコードする単離された核酸分子であって、該変異体MEKポリペプチドが、MEK1(SEQ ID NO: 2)およびMEK2(SEQ ID NO:4)からなる群より選択される野生型MEKポリペプチドと比較して少なくとも一つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、該少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のMEK阻害剤に対する耐性を変異体MEKタンパク質に付与する、単離された核酸分子。
【請求項２】
MEK活性を有する単離された変異体MEKポリペプチドであって、該変異体MEKポリペプチドが、MEK1(SEQ ID NO: 2)およびMEK2(SEQ ID NO:4)からなる群より選択される野生型MEKポリペプチドと比較して少なくとも一つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、該少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のMEK阻害剤に対する耐性を変異体MEKポリペプチドに付与する、単離された変異体MEKポリペプチド。
【請求項３】
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、115L、111I、 119H、67D、74L、103I、106A、107I、124P、128G、129F、167G、203E、211V、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、328G、および399H、56Q、99I、104K、113R、120E、128G、133F、215L、237G、326P、および368Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、あるいは、野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、115I、119L、128P、133F、71D、78L、107I、110A、111I、123H、132G、171G、207E、215V、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、336G、60Q、103I、108K、117R、124E、132G、137F、219L、241G、334P、および376Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、請求項1記載の核酸分子または請求項2記載の変異体MEKポリペプチド。
【請求項４】
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、67D>N、74L>Q、74L>R、103I>N、106A>T、107I>M、111I>N、115L>R、115L>P、119H>P、124P>L、124P>S、128G>D、129F>L、167G>R、203E>K、211V>D、247W>G、258V>G、260R>G、276G>E、286G>E、302M>R、303D>A、308M>L、328G>L、328G>R、379I>L、399H>D、56Q>P、99I>T、104K>N、113R>S、120E>D、128G>D、133F>L、215L>P、237G>V、326P>L、および368E>Kからなる群より選択される、あるいは、野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、71D>N、78L>Q、78L>R、107I>N、110A>T、111I>M、115I>N、119L>R、119L>P、123H>P、128P>L、128P>S、132G>D、133F>L、171G>R、207E>K、215V>D、251W>G、262V>G、264R>G、280G>E、310M>R、311D>A、316M>L、336G>L、336G>R、60Q>P、103I>T、108K>N、117R>S、124E>D、132G>D、137F>L、219L>P、241G>V、334P>L、および376E>Kからなる群より選択される、請求項1記載の核酸分子または請求項2記載の変異体MEKポリペプチド。
【請求項５】
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、請求項1〜4のいずれか一項記載の核酸分子または変異体MEKポリペプチド。
【請求項６】
少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のRAF阻害剤に対する耐性をさらに付与する、請求項1〜5のいずれか一項記載の核酸分子または変異体MEKポリペプチド。
【請求項７】
請求項1〜6のいずれか一項記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項８】
請求項7記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項９】
変異体MEKポリペプチドが細胞によって産生されるように、請求項8記載の宿主細胞を培養する段階を含む、変異体MEKポリペプチドを産生する方法。
【請求項１０】
がんを有する対象の処置を最適化する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階、または試料をPCRに供し、MEKポリペプチドをコードする核酸分子のヌクレオチド配列を同定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、MEK阻害剤およびRAF阻害剤で対象を処置する必要性が示される、方法。
【請求項１１】
がんを有する対象の処置における使用のためのMEK阻害剤およびRAF阻害剤であって、該使用は以下の段階を含む：
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) 試料をPCRに供し、MEKポリペプチドをコードする核酸分子のヌクレオチド配列を同定する段階、またはMEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階；および
(c) 対象を同定する段階であって、核酸分子が、SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含むか、または核酸分子が、SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含む場合に、MEK阻害剤およびRAF阻害剤が投与される、段階。
【請求項１２】
MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定する方法であって、
(a) SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つまたは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つまたは複数のアミノ酸残基の同一性を変更する、MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在について、がんから採取された核酸試料をアッセイする段階；または
(b) SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つまたは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つまたは複数のアミノ酸残基の同一性を変更する、MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在について、がんから採取された核酸試料をアッセイする段階;および
(c) MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在を、MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い対象と相関させる段階
を含む方法。
【請求項１３】
がんを有する対象を、第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高い、または第一世代MEK阻害剤による処置に反応しないと同定する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、対象を、第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高いと同定する、方法。
【請求項１４】
第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、対象を、第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高いと同定する、方法。
【請求項１５】
以下：
(i) がんを有する対象の処置を最適化すること；または
(ii) MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定すること；または
(iii) 第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高い、がんを有する対象を同定すること；または
(iv) 第一世代MEK阻害剤による処置に反応しない、がんを有する対象を同定すること；または
(v) 第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定すること；
のためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:2またはSEQ ID NO:4のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 請求項10記載の方法を説明する指示書、または請求項12記載の方法を説明する指示書、または請求項13記載の方法を説明する指示書、または請求項14記載の方法を説明する指示書
を含む、キット。
【請求項１６】
がんの処置における使用のためのMEK阻害剤およびRAF阻害剤。
【請求項１７】
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、ならびに／またはRAF阻害剤が、PLX4720、PLX4032、BAY 43-9006(ソラフェニブ)、ZM 336372、RAF 265、AAL-881、LBT-613、およびCJS352からなる群より選択される、請求項10,12,13または14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
がんが、白血病、リンパ腫、骨髄腫、がん腫、転移性がん腫、肉腫、腺腫、神経系がん、泌尿生殖器がん、および黒色腫からなる群より選択される、請求項10,12,13,14または17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
MEK阻害剤およびRAF阻害剤を含む薬学的組成物。
【請求項２０】
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、ならびに／またはRAF阻害剤が、PLX4720、PLX4032、BAY 43-9006(ソラフェニブ)、ZM 336372、RAF 265、AAL-881、LBT-613、およびCJS352からなる群より選択される、請求項19記載の薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
別の局面において、本発明は、対象においてMEKポリペプチドを阻害する方法であって、前述の方法の一つによって同定された化合物を、MEKポリペプチド中の一つまたは複数の突然変異の存在が検出された対象に投与する段階をさらに含む。
[本発明1001]
MEK活性を有する変異体MEKポリペプチドをコードする単離された核酸分子であって、該変異体MEKポリペプチドが、MEK1(SEQ ID NO: 2)およびMEK2(SEQ ID NO:4)からなる群より選択される野生型MEKポリペプチドと比較して少なくとも一つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、該少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のMEK阻害剤に対する耐性を変異体MEKタンパク質に付与する、単離された核酸分子。
[本発明1002]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、67D、74L、103I、106A、107I、111I、115L、119H、124P、128G、129F、167G、203E、211V、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、328G、および399Hからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1001の核酸分子。
[本発明1003]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、56Q、99I、104K、113R、120E、128G、133F、215L、237G、326P、および368Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1001の核酸分子。
[本発明1004]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、71D、78L、107I、110A、111I、115I、119L、123H、128P、132G、133F、171G、207E、215V、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、および336Gからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1001の核酸分子。
[本発明1005]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、6OQ、103I、108K、117R、124E、132G、137F、219L、241G、334P、および376Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1001の核酸分子。
[本発明1006]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、67D>N、74L>Q、74L>R、103I>N、106A>T、107I>M、111I>N、115L>R、115L>P、119H>P、124P>L、124P>S、128G>D、129F>L、167G>R、203E>K、211V>D、247W>G、258V>G、260R>G、276G>E、286G>E、302M>R、303D>A、308M>L、328G>L、328G>R、379I>L、および399H>Dからなる群より選択される、本発明1001の核酸分子。
[本発明1007]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、56Q>P、99I>T、104K>N、113R>S、120E>D、128G>D、133F>L、215L>P、237G>V、326P>L、および368E>Kからなる群より選択される、本発明1001の核酸分子。
[本発明1008]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、71D>N、78L>Q、78L>R、107I>N、110A>T、111I>M、115I>N、119L>R、119L>P、123H>P、128P>L、128P>S、132G>D、133F>L、171G>R、207E>K、215V>D、251W>G、262V>G、264R>G、280G>E、310M>R、311D>A、316M>L、336G>L、および336G>Rからなる群より選択される、本発明1001の核酸分子。
[本発明1009]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、60Q>P、103I>T、108K>N、117R>S、124E>D、132G>D、137F>L、219L>P、241G>V、334P>L、および376E>Kからなる群より選択される、本発明1001の核酸分子。
[本発明1010]
変異体MEKポリペプチドが、野生型MEKポリペプチドと比較して1〜5個のアミノ酸置換を有する、本発明1001の核酸分子。
[本発明1011]
変異体MEKポリペプチドが、野生型MEKポリペプチドと比較して1個のアミノ酸置換を有する、本発明1001の核酸分子。
[本発明1012]
変異体MEKポリペプチドが、111I>N置換または115L>R置換を含むMEK1ポリペプチドである、本発明1001の核酸分子。
[本発明1013]
変異体MEKポリペプチドが、124P>L置換または129F>L置換を含むMEK1ポリペプチドである、本発明1001の核酸分子。
[本発明1014]
変異体MEKポリペプチドが、115I>N置換または119L>R置換を含むMEK2ポリペプチドである、本発明1001の核酸分子。
[本発明1015]
変異体MEKポリペプチドが、128P>L置換または133F>L置換を含むMEK2ポリペプチドである、本発明1001の核酸分子。
[本発明1016]
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、本発明1001〜1015のいずれかの核酸分子。
[本発明1017]
少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のRAF阻害剤に対する耐性をさらに付与する、本発明1001〜1016のいずれかの核酸分子。
[本発明1018]
RAF阻害剤がPLX4720である、本発明1017の核酸分子。
[本発明1019]
本発明1001〜1018のいずれかの核酸を含む発現ベクター。
[本発明1020]
本発明1019の発現ベクターを含む宿主細胞。
[本発明1021]
変異体MEKポリペプチドが細胞によって産生されるように、本発明1020の宿主細胞を培養する段階を含む、変異体MEKポリペプチドを産生する方法。
[本発明1022]
MEK活性を有する単離された変異体MEKポリペプチドであって、該変異体MEKポリペプチドが、MEK1(SEQ ID NO: 2)およびMEK2(SEQ ID NO:4)からなる群より選択される野生型MEKポリペプチドと比較して少なくとも一つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、該少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のMEK阻害剤に対する耐性を変異体MEKポリペプチドに付与する、単離された変異体MEKポリペプチド。
[本発明1023]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、67D、74L、103I、106A、107I、111I、115L、119H、124P、128G、129F、167G、203E、211V、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、328G、および399Hからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1024]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、56Q、99I、104K、113R、120E、128G、133F、215L、237G、326P、および368Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1025]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、71D、78L、107I、110A、111I、115I、119L、123H、128P、132G、133F、171G、207E、215V、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、および336Gからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1026]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、6OQ、103I、108K、117R、124E、132G、137F、219L、241G、334P、および376Eからなる群より選択される一つまたは複数のアミノ酸位置において起こる、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1027]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、67D>N、74L>Q、74L>R、103I>N、106A>T、107I>M、111I>N、115L>R、115L>P、119H>P、124P>L、124P>S、128G>D、129F>L、167G>R、203E>K、211V>D、247W>G、258V>G、260R>G、276G>E、286G>E、302M>R、303D>A、308M>L、328G>L、328G>R、379I>L、および399H>Dからなる群より選択される、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1028]
野生型MEKポリペプチドがMEK1であり、少なくとも一つの置換が、56Q>P、99I>T、104K>N、113R>S、120E>D、128G>D、133F>L、215L>P、237G>V、326P>L、および368E>Kからなる群より選択される、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1029]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、71D>N、78L>Q、78L>R、107I>N、110A>T、111I>M、115I>N、119L>R、119L>P、123H>P、128P>L、128P>S、132G>D、133F>L、171G>R、207E>K、215V>D、251W>G、262V>G、264R>G、280G>E、310M>R、311D>A、316M>L、336G>L、および336G>Rからなる群より選択される、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1030]
野生型MEKポリペプチドがMEK2であり、少なくとも一つの置換が、60Q>P、103I>T、108K>N、117R>S、124E>D、132G>D、137F>L、219L>P、241G>V、334P>L、および376E>Kからなる群より選択される、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1031]
野生型MEKポリペプチドと比較して1〜5個のアミノ酸置換を有する、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1032]
野生型MEKポリペプチドと比較して1個のアミノ酸置換を有する、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1033]
変異体MEKポリペプチドが、111I>N置換または115L>R置換を含むMEK1ポリペプチドである、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1034]
変異体MEKポリペプチドが、124P>L置換または129F>L置換を含むMEK1ポリペプチドである、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1035]
変異体MEKポリペプチドが、115I>N置換または119L>R置換を含むMEK2ポリペプチドである、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1036]
変異体MEKポリペプチドが、128P>L置換または133F>L置換を含むMEK2ポリペプチドである、本発明1022の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1037]
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、本発明1022〜1036のいずれかの変異体MEKポリペプチド。
[本発明1038]
少なくとも一つのアミノ酸置換が、一つまたは複数のRAF阻害剤に対する耐性をさらに付与する、本発明1022〜1037のいずれかの変異体MEKポリペプチド。
[本発明1039]
RAF阻害剤がPLX4720である、本発明1038の変異体MEKポリペプチド。
[本発明1040]
がんを有する対象の処置を最適化する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、MEK阻害剤およびRAF阻害剤で対象を処置する必要性が示される、方法。
[本発明1041]
がんを有する対象の処置を最適化する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) 試料をPCRに供し、MEKポリペプチドをコードする核酸分子のヌクレオチド配列を同定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、MEK阻害剤およびRAF阻害剤で対象を処置する必要性が示される、方法。
[本発明1042]
がんを有する対象を処置する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階；ならびに
(c) 核酸分子が、SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含む場合、または核酸分子が、SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含む場合に、MEK阻害剤およびRAF阻害剤を対象に投与する段階
を含む方法。
[本発明1043]
がんを有する対象を処置する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；
(b) 試料をPCRに供し、MEKポリペプチドをコードする核酸分子のヌクレオチド配列を同定する段階；ならびに
(c) 核酸分子が、SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含む場合、または核酸分子が、SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドを含む場合に、MEK阻害剤およびRAF阻害剤を対象に投与する段階
を含む方法。
[本発明1044]
MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定する方法であって、
(a) SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つまたは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つまたは複数のアミノ酸残基の同一性を変更する、MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在について、がんから採取された核酸試料をアッセイする段階；ならびに
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在を、MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い対象と相関させる段階
を含む方法。
[本発明1045]
MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定する方法であって、
(a) SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つまたは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つまたは複数のアミノ酸残基の同一性を変更する、MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在について、がんから採取された核酸試料をアッセイする段階；ならびに
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子中の一つまたは複数の突然変異の存在を、MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い対象と相関させる段階
を含む方法。
[本発明1046]
がんを有する対象を、第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高いと同定する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、対象を、第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高いと同定する、方法。
[本発明1047]
がんを有する対象を、第一世代MEK阻害剤による処置に反応しないと同定する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、対象を、第一世代MEK阻害剤による処置に反応しないと同定する、方法。
[本発明1048]
第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定する方法であって、
(a) がんの細胞から核酸を抽出する段階；および
(b) MEKポリペプチドをコードする核酸分子を配列決定する段階
を含み、
SEQ ID NO:2の56Q、67D、74L、99I、103I、104K、106A、107I、111I、113R、115L、119H、120E、124P、128G、129F、133F、167G、203E、211V、215L、237G、247W、258V、260R、276G、286G、302M、303D、308M、326P、328G、368E、および399Hからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在、または
SEQ ID NO:4の6OQ、71D、78L、103I、107I、108K、110A、111I、115I、117R、119L、123H、124E、128P、132G、133F、137F、171G、207E、215V、219L、241G、251W、262V、264R、280G、310M、311D、316M、334P、336G、および376Eからなる群より選択される一つもしくは複数の位置におけるアミノ酸に対して、コードされたMEKポリペプチドの一つもしくは複数のアミノ酸におけるアミノ酸残基の同一性を変更するヌクレオチドの存在
により、対象を、第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高いと同定する、方法。
[本発明1049]
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、本発明1040〜1047のいずれかの方法。
[本発明1050]
RAF阻害剤が、PLX4720、PLX4032、BAY 43-9006(ソラフェニブ)、ZM 336372、RAF 265、AAL-881、LBT-613、およびCJS352からなる群より選択される、本発明1040〜1045のいずれかの方法。
[本発明1051]
がんが、白血病、リンパ腫、骨髄腫、がん腫、転移性がん腫、肉腫、腺腫、神経系がん、および泌尿生殖器がんからなる群より選択される、本発明1040〜1050のいずれかの方法。
[本発明1052]
がんが黒色腫である、本発明1040〜1050のいずれかの方法。
[本発明1053]
がんを有する対象の処置を最適化するためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 本発明1041の方法を説明する指示書
を含むキット。
[本発明1054]
MEK阻害剤およびRAF阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定するためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 本発明1044または1045の方法を説明する指示書
を含むキット。
[本発明1055]
第一世代MEK阻害剤による処置中に再発するリスクが高い、がんを有する対象を同定するためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 本発明1046の方法を説明する指示書
を含むキット。
[本発明1056]
第一世代MEK阻害剤による処置に反応しない、がんを有する対象を同定するためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 本発明1047の方法を説明する指示書
を含むキット。
[本発明1057]
第二世代MEK阻害剤による処置から恩恵を受ける可能性が高い、がんを有する対象を同定するためのキットであって、
(a) SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のMEKポリペプチドの増幅に有用な核酸プライマー；および
(b) 本発明1048の方法を説明する指示書
を含むキット。
[本発明1058]
MEK阻害剤とRAF阻害剤とを含む組成物を対象に投与する段階を含む、それを必要としている対象におけるがんを処置する方法。
[本発明1059]
MEK阻害剤を含む組成物とRAF阻害剤を含む組成物とを対象に投与する段階を含む、それを必要としている対象におけるがんを処置する方法。
[本発明1060]
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、本発明1058または1059の方法。
[本発明1061]
RAF阻害剤が、PLX4720、PLX4032、BAY 43-9006(ソラフェニブ)、ZM 336372、RAF 265、AAL-881、LBT-613、およびCJS352からなる群より選択される、本発明1058〜1060のいずれかの方法。
[本発明1062]
がんが、白血病、リンパ腫、骨髄腫、がん腫、転移性がん腫、肉腫、腺腫、神経系がん、および泌尿生殖器がんからなる群より選択される、本発明1058〜1061のいずれかの方法。
[本発明1063]
がんが黒色腫である、本発明1058〜1061のいずれかの方法。
[本発明1064]
MEK阻害剤およびRAF阻害剤を含む薬学的組成物。
[本発明1065]
MEK阻害剤が、CI-1040、AZD6244、PD318088、PD98059、PD334581、RDEA119、化合物A、および化合物Bからなる群より選択される、本発明1064の薬学的組成物。
[本発明1066]
RAF阻害剤が、PLX4720、PLX4032、BAY 43-9006(ソラフェニブ)、ZM 336372、RAF 265、AAL-881、LBT-613、およびCJS352からなる群より選択される、本発明1064または1065の薬学的組成物。