【手続補正書】
【提出日】平成25年3月15日(2013.3.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体と少なくとも７０％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、ウイルスインテグラーゼ阻害ペプチド。
【請求項２】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体と少なくとも９０％のアミノ酸配列相同性を有する、請求項１に記載のペプチド。
【請求項３】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体のアミノ酸配列を含む、請求項２に記載のペプチド。
【請求項４】
アミノ酸が、Ｄアミノ酸、およびＬアミノ酸から独立して選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載のペプチド。
【請求項５】
アミノ末端、カルボキシル末端、または該アミノ末端および該カルボキシル末端の両方が改変される、請求項１〜３のいずれか１項に記載のペプチド。
【請求項６】
改変が、アセチル化、またはアミド化である、請求項５に記載のペプチド。
【請求項７】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、または配列番号４と少なくとも７０％の配列相同性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、または配列番号４と少なくとも９０％の配列相同性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれか１項に記載のペプチドを含む、インテグラーゼ活性を阻害するための組成物であって、該組成物はインテグラーゼと接触されることを特徴とする、組成物。
【請求項１０】
被験体におけるＨＩＶを治療または予防するための組成物であって、請求項１〜６のいずれか１項に記載のペプチドを含む、組成物。
【請求項１１】
前記ペプチドが内部移行配列を含む、請求項９または１０に記載の組成物。
【請求項１２】
前記被験体がＨＩＶ感染のリスクのある、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１３】
前記被験体がＨＩＶを有する、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１４】
レトロウイルスインテグラーゼに結合する候補薬剤を同定する方法であって、該方法は、（ａ）レトロウイルスインテグラーゼの少なくとも１つのドメインを、請求項１〜６のいずれか１項に記載のペプチドと、該ペプチドの該インテグラーゼに対する結合を可能にする条件下で、接触させる工程；
（ｂ）該インテグラーゼを候補薬剤と接触させる工程；および
（ｃ）該候補薬剤が該ペプチドを置換したかどうかを決定する工程
を含み、
ここで、該ペプチドの置換は、該候補薬剤が該インテグラーゼに結合することを示し、該方法はヒトにおいて行われない、方法。
【請求項１５】
前記候補薬剤が、酵母ツーハイブリッドスクリーニングシステムを用いて同定される、請求項１４に記載の方法であって、ここで、酵母における転写活性化は、前記ペプチドが前記インテグラーゼに結合していることを示す、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記候補薬剤が、酵母ツーハイブリッドスクリーニングを用いて同定される、請求項１４に記載の方法であって、ここで、酵母におけるレポーター遺伝子の発現のバリエーションは、該候補薬剤が、前記ペプチドの前記インテグラーゼに対する結合を妨害していることを示す、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記インテグラーゼの前記少なくとも１つのドメインが薬剤耐性変異を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記ペプチドが、野生型インテグラーゼまたは薬剤耐性インテグラーゼへの結合についてスクリーニングするため変異させられる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記レトロウイルスインテグラーゼが、オルソレトロウイルス亜科、Ｓｕｐｕｍａｒｅｔｒｏｖｉｒｉｎａｅ、アルファレトロウイルス、ベータレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、デルタレトロウイルス、イプシロンレトロウイルス、レンチウイルス、およびスプマレトロウイルス亜科からなる群から選択される、請求項１４、および１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記レトロウイルスインテグラーゼが、トリ肉腫白血病ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、マウス乳癌ウイルス、マウス白血病ウイルス、アーベルソンマウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、異種向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２）、ウシ白血病ウイルス、ワーレイ表皮過形成ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、サル免疫不全ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ピューマレンチウイルス、ウマ伝染性貧血（ＥＩＡ）、ウシ免疫不全ウイルス、ヤギ関節炎脳炎ウイルス、ビスナ／マエディウイルス、サル泡沫状ウイルスおよびヒト泡沫状ウイルス（ＨＦＶ）からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記インテグラーゼがＨＩＶインテグラーゼである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記薬剤耐性変異が、Ｔ６６Ｉ、Ｔ６６Ａ、Ｔ６６Ｋ、Ｅ９２Ｑ、Ｆ１２１Ｙ、Ｅ１３８Ａ、Ｅ１３８Ｋ、Ｇ１４０Ａ、Ｇ１４０Ｓ、Ｙ１４３Ｒ、Ｙ１４３Ｃ、Ｙ１４３Ｈ、Ｓ１４７Ｇ、Ｑ１４８Ｈ、Ｑ１４８Ｒ、Ｑ１４８Ｋ、Ｓ１５３Ｙ、Ｎ１５５Ｈ、Ｎ１５５Ｓ、Ｒ２６３Ｋ、Ｌ７４Ｍ、Ｅ９２Ｑ、Ｔ９７Ａ、Ｖ１５１Ｉ、Ｅ１５７Ｑ、Ｇ１６３Ｒ、Ｉ２０３Ｍ、Ｓ２３０Ｒ、Ｓ２３０Ｎ、Ｈ５１Ｙ、Ｑ９５Ｋ、Ｈ１１４Ｙ、Ｐ１４５Ｓ、Ｑ１４６Ｐ、Ｔ１２５Ｋ、Ａ１２８Ｔ、Ｑ１４６Ｋ、Ｎ１５５Ｓ、Ｋ１６０Ｄ、Ｖ７２Ｉ、Ａ１５４Ｉ、Ｖ１６５Ｉ、Ｖ２０１Ｉ、およびそのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記レトロウイルスインテグラーゼが、オルソレトロウイルス亜科、Ｓｕｐｕｍａｒｅｔｒｏｖｉｒｉｎａｅ、アルファレトロウイルス、ベータレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、デルタレトロウイルス、イプシロンレトロウイルス、レンチウイルス、およびスプマレトロウイルス亜科からなる群から選択される、請求項９に記載の組成物。
【請求項２４】
前記レトロウイルスインテグラーゼが、トリ肉腫白血病ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、マウス乳癌ウイルス、マウス白血病ウイルス、アーベルソンマウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、異種向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２）、ウシ白血病ウイルス、ワーレイ表皮過形成ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、サル免疫不全ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ピューマレンチウイルス、ウマ伝染性貧血（ＥＩＡ）、ウシ免疫不全ウイルス、ヤギ関節炎脳炎ウイルス、ビスナ／マエディウイルス、サル泡沫状ウイルスおよびヒト泡沫状ウイルス（ＨＦＶ）からなる群から選択される、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記インテグラーゼがＨＩＶインテグラーゼである、請求項２４に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
本発明の目的によって、本明細書中で具体化および広く記載されるように、本発明は、ＨＩＶインテグラーゼ活性を阻害する組成物および方法に関連する。ＨＩＶの治療または予防において使用するためのＨＩＶインテグラーゼを阻害する薬剤を同定する方法も記載される。開示される組成物（複数可）および方法（複数可）のさらなる利点が、部分的には以下の記載において述べられ、そして部分的にはその記載から理解される、または開示された組成物（複数可）および方法（複数可）の実施によって学習され得る。開示された組成物（複数可）および方法（複数可）の利点は、添付の特許請求の範囲において特に指摘された要素および組み合わせによって理解および達成される。前述の一般的な記載および以下の詳細な記載はどちらも単に例示的および説明的なものであり、そして請求された本発明を制限するものではないことが理解される。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体と少なくとも６５％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、ウイルスインテグラーゼ阻害ペプチド。
（項目２）
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体と少なくとも９０％のアミノ酸配列相同性を有する、項目１に記載のペプチド。
（項目３）
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、およびそれらの変異体のアミノ酸配列を含む、項目２に記載のペプチド。
（項目４）
アミノ酸が、Ｄアミノ酸、およびＬアミノ酸から独立して選択される、項目１および３のいずれか１項に記載のペプチド。
（項目５）
アミノ末端、カルボキシル末端、または該アミノ末端および該カルボキシル末端の両方が改変される、項目１および３のいずれか１項に記載のペプチド。
（項目６）
改変が、アセチル化、またはアミド化である、項目５に記載のペプチド。
（項目７）
配列番号１、配列番号２、配列番号３、または配列番号４と少なくとも６５％の配列相同性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
（項目８）
配列番号１、配列番号２、配列番号３、または配列番号４と少なくとも９０％の配列相同性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
（項目９）
インテグラーゼを項目１および６のいずれか１項に記載のペプチドと接触させる工程を含む、インテグラーゼ活性を阻害する方法。
（項目１０）
被験体におけるＨＩＶを治療または予防する方法であって、項目１および６のいずれか１項に記載のペプチドを該被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目１１）
前記ペプチドが内部移行配列を含む、項目９または１０に記載の方法。
（項目１２）
前記被験体がＨＩＶ感染のリスクのある、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記被験体がＨＩＶを有する、項目１０に記載の方法。
（項目１４）
レトロウイルスインテグラーゼに結合する候補薬剤を同定する方法であって、該方法は、（ａ）レトロウイルスインテグラーゼの少なくとも１つのドメインを、項目１および６のいずれか１項に記載のペプチドと、該ペプチドの該インテグラーゼに対する結合を可能にする条件下で、接触させる工程；
（ｂ）該インテグラーゼを候補薬剤と接触させる工程；および
（ｃ）該候補薬剤が該ペプチドを置換したかどうかを決定する工程
を含み、
ここで、該ペプチドの置換は、該候補薬剤が該インテグラーゼに結合することを示す、方法。
（項目１５）
前記候補薬剤が、酵母ツーハイブリッドスクリーニングシステムを用いて同定される、項目１４に記載の方法であって、ここで、酵母における転写活性化は、前記ペプチドが前記インテグラーゼに結合していることを示す、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記候補薬剤が、酵母ツーハイブリッドスクリーニングを用いて同定される、項目１４に記載の方法であって、ここで、酵母におけるレポーター遺伝子の発現のバリエーションは、該候補薬剤が、前記ペプチドの前記インテグラーゼに対する結合を妨害していることを示す、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記インテグラーゼの前記少なくとも１つのドメインが薬剤耐性変異を含む、項目１４に記載の方法。
（項目１８）
前記ペプチドが、野生型インテグラーゼまたは薬剤耐性インテグラーゼへの結合についてスクリーニングするため変異させられる、項目１４に記載の方法。
（項目１９）
前記レトロウイルスインテグラーゼが、オルソレトロウイルス亜科、Ｓｕｐｕｍａｒｅｔｒｏｖｉｒｉｎａｅ、アルファレトロウイルス、ベータレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、デルタレトロウイルス、イプシロンレトロウイルス、レンチウイルス、およびスプマレトロウイルス亜科からなる群から選択される、項目９、１４、および１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記レトロウイルスインテグラーゼが、トリ肉腫白血病ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、マウス乳癌ウイルス、マウス白血病ウイルス、アーベルソンマウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、異種向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２）、ウシ白血病ウイルス、ワーレイ表皮過形成ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、サル免疫不全ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ピューマレンチウイルス、ウマ伝染性貧血（ＥＩＡ）、ウシ免疫不全ウイルス、ヤギ関節炎脳炎ウイルス、ビスナ／マエディウイルス、サル泡沫状ウイルスおよびヒト泡沫状ウイルス（ＨＦＶ）からなる群から選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記インテグラーゼがＨＩＶインテグラーゼである、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記薬剤耐性変異が、Ｔ６６Ｉ、Ｔ６６Ａ、Ｔ６６Ｋ、Ｅ９２Ｑ、Ｆ１２１Ｙ、Ｅ１３８Ａ、Ｅ１３８Ｋ、Ｇ１４０Ａ、Ｇ１４０Ｓ、Ｙ１４３Ｒ、Ｙ１４３Ｃ、Ｙ１４３Ｈ、Ｓ１４７Ｇ、Ｑ１４８Ｈ、Ｑ１４８Ｒ、Ｑ１４８Ｋ、Ｓ１５３Ｙ、Ｎ１５５Ｈ、Ｎ１５５Ｓ、Ｒ２６３Ｋ、Ｌ７４Ｍ、Ｅ９２Ｑ、Ｔ９７Ａ、Ｖ１５１Ｉ、Ｅ１５７Ｑ、Ｇ１６３Ｒ、Ｉ２０３Ｍ、Ｓ２３０Ｒ、Ｓ２３０Ｎ、Ｈ５１Ｙ、Ｑ９５Ｋ、Ｈ１１４Ｙ、Ｐ１４５Ｓ、Ｑ１４６Ｐ、Ｔ１２５Ｋ、Ａ１２８Ｔ、Ｑ１４６Ｋ、Ｎ１５５Ｓ、Ｋ１６０Ｄ、Ｖ７２Ｉ、Ａ１５４Ｉ、Ｖ１６５Ｉ、Ｖ２０１Ｉ、およびそのあらゆる組み合わせからなる群から選択される、項目１８に記載の方法。