【手続補正書】
【提出日】平成21年6月5日(2009.6.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）標的配列を探索するための、当該標的配列に相補的であるかまたは実質的に相補的であるプローブ用核酸塩基配列；
ｂ）当該プローブ用核酸塩基配列に結合している少なくとも１つのエネルギードナー残基；および
ｃ）当該プローブ用核塩基配列に結合している少なくとも１つのエネルギーアクセプター残基であって、当該少なくとも１つのドナー残基は当該少なくとも１つのアクセプター残基からプローブ用核酸塩基配列の少なくとも一部分により分離されている、
を含むポリマー。
【請求項２】
少なくとも１つのエネルギードナー残基が、プローブ用核酸塩基配列の第１および第２の末端のいずれか一方に結合され、かつ少なくとも１つのエネルギーアクセプター残基が、プローブ用核酸塩基配列の第１および第２の末端の残りの一方に結合されている、請求項１記載のポリマー。
【請求項３】
ポリマーはＰＮＡであり、かつ少なくとも１つのエネルギーアクセプター残基は、プローブ用核酸塩基配列のＣ末端に結合され、かつ少なくとも１つのエネルギードナー残基はプローブ用核酸塩基配列のＮ末端に結合されている、請求項２記載のポリマー。
【請求項４】
プローブ用核酸塩基配列のサブユニットは、式：
【化１】
2009082137.tif 000001
［式中、
各Ｊは、同一であるかまたは異なり、かつＨ、Ｒ1、ＯＲ1、ＳＲ1、ＮＨＲ1、ＮＲ12、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒおよびＩよりなる群から選択され；
各Ｋは、同一であるかまたは異なり、かつＯ、Ｓ、ＮＨおよびＮＲ1よりなる群から選択され；
各Ｒ1は、同一であるかまたは異なり、かつ場合によりヘテロ原子または置換もしくは非置換アリール基を含有してもよい、１〜５個の炭素原子を有するアルキル基であり；
各Ａは、単結合、式：−（ＣＪ2）s−の基、および式（ＣＪ2）sＣ（Ｏ）−の基（ここで、Ｊは、上記と同義であり、そして各ｓは、１〜５の整数である）よりなる群から選択され；
各ｔは、１または２であり；
各ｕは、１または２であり；そして
各Ｌは、同一であるかまたは異なり、かつＪ、アデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウリジン、５−メチルシトシン、２−アミノプリン、２−アミノ−６−クロロプリン、２，６−ジアミノプリン、ヒポキサンチン、シュードイソシトシン（pseudoisocytosine）、２−チオウラシル、２−チオチミジン、他の天然の核塩基類似体、他の非天然の核塩基、置換および非置換芳香族残基、ビオチンおよびフルオレセインよりなる群から独立に選択される］を有する、請求項１記載のポリマー。
【請求項５】
サブユニットは、メチレンカルボニル結合によりＮ−［２−（アミノエチル）］グリシン基本骨格のアザ窒素に結合している天然のまたは非天然の核塩基からなる、請求項４記載のポリマー。
【請求項６】
プローブ用核酸塩基配列は、長さが５〜３０サブユニットの範囲である、請求項１記載のポリマー。
【請求項７】
プローブ用核酸塩基配列は、長さが８〜１８サブユニットの範囲である、請求項１記載のポリマー。
【請求項８】
プローブ用核酸塩基配列は、長さが１１〜１７サブユニットの範囲である、請求項１記載のポリマー。
【請求項９】
少なくとも１つのエネルギードナー残基は、５（６）−カルボキシフルオレセイン、５−（２’−アミノエチル）−アミノナフタレン−１−スルホン酸（ＥＤＡＮＳ）、ボディピー（bodipy）、ローダミン、Ｃｙ２、Ｃｙ３，Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、およびテキサスレッドよりなる群から選択される蛍光物質である、請求項１記載のポリマー。
【請求項１０】
少なくとも１つのエネルギーアクセプター残基は、４−（（４−（ジメチルアミノ）フェニル）アゾ）安息香酸（ダブシル（dabcyl））である、請求項１記載のポリマー。
【請求項１１】
少なくとも１つのスペーサー残基が、結合しているプローブ用核塩基配列から、ドナーとアクセプター残基の一方または両方を分離する、請求項１記載のポリマー。
【請求項１２】
プローブ用核塩基配列は、標的配列に完全に相補的である、請求項１記載のポリマー。
【請求項１３】
ポリマーは、支持体に固定化されている、請求項１記載のポリマー。
【請求項１４】
ポリマーは、アレイの１成分である、請求項１記載のポリマー。
【請求項１５】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１〜１０及び１４のいずれか一項に記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含む、上記方法。
【請求項１６】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
ポリマーはポリアミドであり、かつ少なくとも１つのエネルギーアクセプター残基は、プローブ用核酸塩基配列のＣ末端に結合され、かつ少なくとも１つのエネルギードナー残基はプローブ用核酸塩基配列のＮ末端に結合されている、
上記方法。
【請求項１７】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列は、閉管（均一）試験で検出、同定または定量される、
上記方法。
【請求項１８】
検出、同定または定量された標的配列は、閉管（均一）試験において起こる反応で合成または増幅される、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
標的配列は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（Strand Displacement Amplification）（ＳＤＡ）、転写介在性増幅（Transcription-Mediated Amplification）（ＴＭＡ）、回転環増幅（Rolling Circle Amplification）（ＲＣＡ）およびＱ−ベータ（Q-beta）レプリカーゼよりなる群から選択されるプロセスを使用して合成または増幅される、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
合成または増幅された標的配列は、即時に測定される、請求項１８記載の方法。
【請求項２１】
ＰＣＲ反応は、非対称的ＰＣＲ反応である、請求項１９記載の方法。
【請求項２２】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列は、生存しているか否かにかかわらず細胞または組織中で検出、同定または定量される、
上記方法。
【請求項２３】
細胞または組織中の標的配列は、イン・サイツ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）ハイブリダイゼーションを使用して検出、同定または定量される、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
試料は、当該ポリマーおよび１つまたはそれ以上のブロッキングプローブと接触させられる、
上記方法。
【請求項２５】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列の検出、同定または定量が、試料中の生物またはウイルスの存在または量を決定する、
上記方法。
【請求項２６】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列の検出、同定または定量が、試料中の生物の１つまたはそれ以上の種の存在または量を決定する、
上記方法。
【請求項２７】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列の検出、同定または定量が、試料中の１つまたはそれ以上の微生物の増殖に及ぼす抗菌性物質の効果を決定する、
上記方法。
【請求項２８】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列の検出、同定または定量が、試料中のある分類の生物の存在または量を決定する、
上記方法。
【請求項２９】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列の検出、同定または定量が、患者の病状の診断を促進する、
上記方法。
【請求項３０】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
標的配列は、表面に固定化されている、
上記方法。
【請求項３１】
試料中の標的配列の検出、同定または定量のための方法であって、
ａ）当該試料を、請求項１記載のポリマーと接触させること、および
ｂ）適切なハイブリダイゼーション条件下で、標的配列へのポリマーのハイブリダイゼーションを検出、同定または定量し、ここで、試料中に存在する標的配列の存在、非存在または量は、ポリマーの少なくとも１つのドナーまたはアクセプター残基に関連する検出可能なシグナルの変化と相関しうること、
を含み、
ポリマーは、表面に固定化されている、
上記方法。
【請求項３２】
複数の支持体結合ポリマーを含むアレイであって、
アレイの少なくとも１つのポリマーが請求項１または２に記載のポリマーであり、
かつ当該ポリマーは、試料中に存在する標的配列を検出、同定または定量するのに適している、
上記アレイ。
【請求項３３】
複数の支持体結合ポリマーを含むアレイであって、
アレイの少なくとも１つのポリマーが請求項１記載のポリマーであり、
かつ当該ポリマーは、試料中に存在する標的配列を検出、同定または定量するのに適しており、
アレイは、加熱、ヌクレアーゼ酵素、化学変性物質、およびそれらの組合せよりなる群から選択される再生触媒を用いる処理による再生に適している、
上記アレイ。
【請求項３４】
試料中の標的配列の存在、非存在または量を検出する測定法を実施するのに適切なキットであって、
ａ）少なくとも１つの請求項１、２または８に記載のポリマー；および
ｂ）測定法を実施するのに必要な他の試薬または組成物、
を含む、
上記キット。
【請求項３５】
試料中の標的配列の存在、非存在または量を検出する測定法を実施するのに適切なキットであって、
ａ）少なくとも１つの請求項１記載のポリマー；および
ｂ）測定法を実施するのに必要な他の試薬または組成物、
を含み、
複数のポリマーは、独立に検出可能な残基で標識されている、
上記キット。
【請求項３６】
独立に検出可能な残基は、同一試料中に存在するかもしれない複数の異なる標的配列を、独立に検出、同定または定量するために使用される、請求項３５記載のキット。