(57)【要約】【課題】ＤＮＡ／ＲＮＡ／アミノ酸配列を扱う分子生物学などの研究分野において、複数のユーザ間における共同作業時の様々な要求に即した、配列情報へのアノテーション付与作業環境を提供する。【解決手段】ユーザが、配列情報の検索を実行した場合、ユーザＩＤに基づいて検索対象である配列情報データについてユーザにアクセス権限があるか否かについての確認が実行される。そして、ユーザにアクセス権限があると判断された場合、ユーザの使用している端末装置へ、検索対象である配列情報データが送信されるとともに、当該配列情報データが端末装置のディスプレイ等に表示される。一方、ユーザにアクセス権限がないと判断された場合、当該ユーザの使用している端末装置へ、その旨のメッセージデータが送信される。【選択図】図４
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
記憶手段を備えたデータベースサーバと、ユーザに使用される端末装置とがネットワークに通信可能に接続されているコンピュータシステムを用いた遺伝子情報管理システムであって、
前記記憶手段には遺伝子の配列に関する配列情報データが登録されている配列情報データベースが記憶されており、
前記配列情報データ毎にアクセス権限の有無が設定されているとともに、ユーザによって前記端末装置から前記配列情報データが検索された場合、前記データベースサーバは、前記アクセス権限に基づいて前記配列情報データを公開するか否か判断することを特徴とする遺伝子情報管理システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、コンピュータ端末上でのＤＮＡ／ＲＮＡ／アミノ酸配列・アノテーションデータの管理、表示の仕組みに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
ＤＮＡ、ＲＮＡのアミノ酸配列情報に関する種類は、塩基やアミノ酸の配列情報のみならず、遺伝子情報、マーカー情報、その配列に関する論文や研究者の情報など多岐にわたる。
遺伝子の配列情報は、GenBank（The National Center for Biotechnology Information）やDDBJ（DNA Data Bank of Japan）、EMBL（European Molecular Biology
Laboratory）等の公共データベースで提供される配列情報、公共データベース中の配列情報に対して研究者が解析結果などを独自に付加したもの、研究者自身が配列の決定を行って当該配列に対するコメント等をアノテーション（遺伝子配列の注釈付け）したものなどに分別される。
【０００３】
近年の研究施設においては、ＬＡＮ（Local Area Network）による相互通信が可能なコンピュータシステムが導入されている。そして、共同研究者同士のデータ共有は当該ＬＡＮ等のネットワーク上で共有されていることが多い。また、コンピュータ端末のＯＳ（Operating System）において設定されるアクセス権限によりデータへのアクセスを制限する方法が一般的である。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
このように、共同研究者間で配列情報を共有しつつ作業を進める場合、インターネットやイントラネットなどのネットワークに接続されたコンピュータ端末を利用して、データの共有を行うケースが多くなってきているが、共同研究作業の形態は様々である。したがって、これらの様々な作業形態に対して柔軟に対応できるような、配列情報へのアノテーション付与作業環境システムが求められている。
【０００５】
例えば、遺伝子情報管理システムを利用する研究者等のユーザは、ネットワーク上のコンピュータ端末における共有フォルダ内に格納された配列情報に関するデータファイルに対して編集作業を行うことができるが、どのユーザがどの時点で編集作業を行ったという情報までは記録されない。また、後々遺伝子情報データを公開する予定ではあるものの、それまでは当該遺伝子情報データを公開したくない場合など、ユーザ間で共同作業をする際に要求されるデータファイルへの細かなアクセス権限は提供されていない。更には、複数の研究者間では、期せずして、同じ配列情報に注目することがあり、研究対象が重複するといった可能性もある。
【０００６】
本発明の目的は、どの配列情報に対して、どのようなアノテーションを付与したり解析作業を行ったりしているかを明確にすることで、複数のユーザ間における共同作業時の様々な要求に即した配列情報へのアノテーション付与作業環境の提供を行うことにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
上記目的を達成するために、本発明の遺伝子情報管理システムは、記憶手段を備えたデータベースサーバと、ユーザに使用される端末装置とがネットワークに通信可能に接続されているコンピュータシステムを用いた遺伝子情報管理システムであって、前記記憶手段には遺伝子の配列に関する配列情報データが登録されている配列情報データベースが記憶されており、前記配列情報データ毎にアクセス権限の有無が設定されているとともに、ユーザによって前記端末装置から前記配列情報データが検索された場合、前記データベースサーバは、前記アクセス権限に基づいて前記配列情報データを公開するか否か判断することを特徴とする。
【発明の効果】
【０００８】
本発明の遺伝子情報管理システムによれば、ＤＮＡ／ＲＮＡ／アミノ酸配列を扱う分子生物学などの研究分野において、複数のユーザ間における共同作業時の様々な要求に即した、配列情報へのアノテーション付与作業環境の提供を行うことができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００９】
以下、本発明である遺伝子情報管理システムの一実施の形態について説明する。
図１に示すように、本実施形態における遺伝子情報管理システムは、データベースサーバ１１と、複数の端末装置１２とで構成されている。これらデータベースサーバ１１及び端末装置１２は、ネットワークとしてのインターネット１３に公衆電話回線を用いたＡＤＳＬ、光ファイバ等により接続されている。そして、データベースサーバ１１をサーバコンピュータとして、インターネット１３に接続された端末装置１２をクライアントコンピュータとして、クライアントサーバーシステムが構築されている。
【００１０】
データベースサーバ１１には、相互にバスにより接続された図示しないＣＰＵ（Central Processing Unit）、ＲＡＭ（Random Access Memory）、ＲＯＭ（Read Only Memory）等が備えられている。また、端末装置１２等とデータの入出力を行う図示しないインターフェイスも設けられている。更には、記憶手段としての内部記憶装置であるハードディスク１４が接続されている。
【００１１】
ハードディスク１４には、ユーザによって構築された遺伝子の配列情報に関するデータベースや、ＯＳ（Operating System）等が記憶されている。ＯＳは、例えば、ＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）といったネットワークＯＳである。当該ＯＳによって、データベースサーバ１１全体の制御とともに、インターネット１３に対する制御も実行される。
【００１２】
次に、遺伝子の配列に関する情報が記憶されている配列情報データベースに登録されている配列情報データについて説明する。
図２に示すように、配列情報データベースのテーブル要素としては、ＵｎｉｑｕｅＩＤ１５、アクセス権限１６、データ作成者１７、配列タイプ１８、配列定義１９、配列２０、アノテーション情報２１がある。これらの各テーブル要素で１つの配列情報データが構成されており、配列情報データベースは当該配列情報データが複数登録されているもので構成されている。
【００１３】
ＵｎｉｑｕｅＩＤ１５の欄には、ユーザによって配列情報データベースに追加された配列情報データの順に連続する番号が記述される。
また、アクセス権限１６の欄には、当該配列情報データを公開するか、非公開とするか、あるいは公開するための準備中であるかについての情報が記述される。たとえば、配列情報データを公開する場合には１が、非公開とする場合には２が、そして、公開するための準備中である場合には３が、それぞれアクセス権限１６の欄にユーザによって記述される。
【００１４】
アクセス権限１６の欄に１が記述されている場合（公開）には、当該配列情報データは、配列情報データベースを閲覧するすべてのユーザによって自由に閲覧可能である。一方、アクセス権限１６の欄に２が記述されている場合（非公開）には、当該配列情報データは、データ作成者以外のユーザが自由に閲覧することはできない。そして、アクセス権限１６の欄に３が記述されている場合（準備中）には、当該配列情報データのうち、データ作成者、配列タイプ、配列定義についてのみ、データ作成者以外のユーザが自由に閲覧することができる。
【００１５】
データ作成者１７の欄には、配列情報データを作成したユーザの氏名が記述される。また、配列タイプ１８の欄には、核酸の場合は、ｍＲＮＡ（messenger RNA）、ｃＤＮＡ（complementary DNA）、ｃＲＮＡ（complementary RNA）等、アミノ酸配列の場合は、アミノ酸配列と、配列情報のタイプが記述される。配列定義１９の欄には、Ｂｒｃａ１遺伝子、Ｂｒｃａ２遺伝子等の遺伝子の種類に関する情報が記述される。配列２０の欄には、遺伝子の具体的な配列が記述される。
【００１６】
そして、アノテーション情報２１の欄には、遺伝子配列の注釈が作成者等によって記述される。アノテーション情報２１の欄には、遺伝子の機能や関連画像に関する情報等、複数の情報が記述されるため、アノテーション情報については、配列情報データ毎に図３に示すようなアノテーションテーブル２２が作成される。
アノテーションテーブル２２のテーブル要素としては、ＩＤ２３、アノテーション内容２４、アノテーション付与者２５、作成日時２６、更新日時２７がある。
【００１７】
ＩＤ２３の欄には、アノテーション毎に異なる文字や数字からなる番号が記述される。アノテーション内容２４の欄には、具体的なアノテーションの内容に関する情報が記述される。アノテーション付与者２５の欄には、当該アノテーションを付与した者の氏名が記述される。作成日時２６の欄には、アノテーション情報が初めて作成された日時が記述される。そして、更新日時２７の欄には、作成された後に更新された最新の日時が記述される。
【００１８】
次に、配列情報データベースの編集方法及び配列情報データベースへのアクセス方法について説明する。
なお、以下の処理はデータベースサーバ１１のＲＯＭ等に記憶されているプログラムに基づいて、ＣＰＵ等の制御手段による制御のもとで実行される。
図４に示すように、まず端末装置１２からユーザによって配列情報データベースにログインするためのユーザＩＤ及びパスワードが入力される（ステップＳ１）。ログインに成功すれば、ユーザは配列情報データベースへのアクセス等が可能となる。
【００１９】
次に、ユーザに対して、配列情報データベースを編集するのか否かについての確認が求められる（ステップＳ２）。ユーザが、配列情報データベースの編集を希望した場合、データベースサーバ１１から端末装置１２に対して、配列情報データの作成・更新画面が送信される。ユーザは、当該画面に表示された内容に基づいて当該配列情報データの作成・更新を行う（ステップＳ３）。
【００２０】
配列情報データの作成・更新の際に、ユーザは、データベースサーバ１１から配列情報データベースのテーブル要素であるアクセス権限１６の設定を促される。ユーザは、作成・更新する配列情報データについて、他のユーザへの公開、非公開、公開準備中アクセス権限を設定する。ここで、配列情報データの更新が実行される場合であって、今までのアクセス権限が他のアクセス権限へ変更された場合、データベースサーバ１１から他のユーザに対してその旨がメール等で通知される。
ユーザによる配列情報データの作成・更新作業が終了すると、データベースサーバ１１によって、配列情報データベースの更新が実行される（ステップＳ４）。
【００２１】
一方、ステップＳ２において、ユーザが、配列情報データベースの編集を希望しなかった場合、データベースサーバ１１によって、端末装置１２に対して、配列情報データの検索であるか否かを確認するための確認画面が送信される（ステップＳ５）。ユーザが、配列情報の検索を希望して配列情報の検索を実行した場合、データベースサーバ１１によって、ユーザＩＤに基づいて検索対象である配列情報データについてユーザにアクセス権限があるか否かについての確認が実行される（ステップＳ６）。
【００２２】
ユーザにアクセス権限があると判断された場合、データベースサーバ１１によって、当該ユーザの使用している端末装置１２へ、検索対象である配列情報データが送信されるとともに（ステップＳ７)、当該配列情報データが端末装置１２のディスプレイ等に表示される（ステップＳ８)。ユーザにアクセス権限がないと判断された場合、データベースサーバ１１によって、当該ユーザの使用している端末装置１２へ、その旨のメッセージデータが送信されるとともに、当該メッセージデータが端末装置１２のディスプレイ等に表示される。
【００２３】
なお、上記実施の形態は、以下のように変更して実施してもよい。
・データベースサーバ１１及び端末装置１２は、ＬＡＮにより接続してもよい。
・配列情報データベースの構成は、図２に示すような形態に限られることはなく、適宜必要な情報項目を追加したり、不必要な情報項目を削除したりしてもよい。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】遺伝子情報管理システムの構成図。
【図２】データの一例を示す面。
【図３】アノテーションテーブル。
【図４】配列情報データベースの作成・更新等の流れを示すフローチャート。
【符号の説明】
【００２５】
１１…データベースサーバ、
１２…端末装置、
１３…ネットワークとしてのインターネット、
１４…記憶手段としてのハードディスク。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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