(57)【要約】【課題】２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出するのに適したオリゴヌクレオチドセットを提供する。【解決手段】アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスII型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子から選択される２種類以上の領域をそれぞれコードするポリヌクレオチド又はその一部とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドセットを用いることにより、２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
下痢症起因ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドセットであって、
アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスII型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子から選択される２種類以上の領域をそれぞれコードするポリヌクレオチド又はその一部とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドセット。
【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドセットは、５種以上の前記オリゴヌクレオチドを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドセットは、８種以上の前記オリゴヌクレオチドを含む、請求項１に記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドセットは、２種以上の前記下痢症起因ウイルスを同時に検出する、請求項１〜３のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドセットは、下記の（ａ）〜（ｊ）からなる群より選択される２種類以上のオリゴヌクレオチドを含む、請求項１〜３のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット。
（ａ）アデノウイルスのヘキソン遺伝子における配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列、配列番号：２４に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｂ）エンテロウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列、配列番号：２５に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｃ）単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子における配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列、配列番号：２７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｄ）単純ヘルペスウイルスII型の糖タンパク遺伝子における配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列、配列番号：２９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｅ）Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列、配列番号：３１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｆ）Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列、配列番号：３３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｇ）アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子における配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列、配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列、配列番号：３７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｈ）Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列、配列番号：３９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｉ）コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子における配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列、配列番号：４１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｊ）アイチウイルスのＶＰ１遺伝子における配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列、配列番号：４３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
【請求項６】
前記（ａ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列及び配列番号：２４に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｂ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列及び配列番号：２５に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｃ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列及び配列番号：２７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｄ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列及び配列番号：２９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｅ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列及び配列番号：３１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｆ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列及び配列番号：３３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｇ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列及び配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列、配列番号：３７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｈ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列、配列番号：３９に記載の塩基配列に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｉ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列、配列番号：４１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｊ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列、配列番号：４３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含む、
請求項５に記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項７】
前記オリゴヌクレオチドはプライマーである、請求項１〜６のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項８】
前記オリゴヌクレオチドはプローブである、請求項１〜６のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット。
【請求項９】
下記の（Ａ）〜（Ｊ）からなる群より選択される、下痢症起因ウイルス検出用オリゴヌクレオチド。
（Ａ）配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列及び配列番号：２４に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアデノウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｂ）配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列及び配列番号：２５に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するエンテロウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｃ）配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列、配列番号：２７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する単純ヘルペスウイルスＩ型を検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｄ）配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列及び配列番号：２９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する単純ヘルペスウイルスII型を検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｅ）配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列及び配列番号：３１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＡ群ロタウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｆ）配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列及び配列番号：３３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＣ群ロタウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｇ）配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列、配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列及び配列番号：３７に記載の塩基配列基から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアストロウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｈ）配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列及び配列番号：３９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＡ型肝炎ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｉ）配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列及び配列番号：４１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するコロナウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｊ）配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列及び配列番号：４３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアイチウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチドはプライマーである、請求項９に記載の下痢症起因ウイルス検出用オリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
前記オリゴヌクレオチドはプローブである、請求項９に記載の下痢症起因ウイルス検出用オリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１〜８のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセットに含まれるオリゴヌクレオチド又は請求項９〜１１のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドを固体支持体に固定化した、固相坦体。
【請求項１３】
請求項１〜８のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項９〜１１のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドを含む、下痢症起因ウイルスを検出するための検出キット。
【請求項１４】
下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備する準備工程と、
前記核酸を鋳型とし、請求項７に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１０に記載のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行うＰＣＲ工程と、
前記ＰＣＲ工程により得られたＰＣＲ産物を検出する検出工程と、
を備える、下痢症起因ウイルスの検出方法。
【請求項１５】
前記検出工程は、前記ＰＣＲ産物を検出する際、請求項８に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドをプローブとして用いる、請求項１４に記載の下痢症起因ウイルスの検出方法。
【請求項１６】
前記ＰＣＲは、ネステッドＰＣＲを含む、請求項１４又は１５に記載の下痢症起因ウイルスの検出方法。
【請求項１７】
下痢症の診断方法であって、
動物から採取される被験試料から下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備する準備工程と、
前記核酸を鋳型とし、請求項６に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行うＰＣＲ工程と、
前記ＰＣＲ工程により得られたＰＣＲ産物を検出する検出工程と、
前記検出工程の検出結果に基づいて前記動物の前記下痢症の発症リスク、前記下痢症に罹患しているかどうか及び前記下痢症の進行程度のいずれかを診断する診断工程と、
を備える、下痢症の診断方法。
【請求項１８】
前記検出工程は、前記ＰＣＲ産物を検出する際、請求項８に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドをプローブとして用いる、請求項１７に記載の下痢症の診断方法。
【請求項１９】
前記ＰＣＲは、ネステッドＰＣＲを含む、請求項１７又は１８に記載の下痢症起因ウイルスの診断方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、オリゴヌクレオチドセット及びその利用に関し、詳しくは、下痢症起因ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドセット及びその利用に関する。
【背景技術】
【０００２】
従来より、細菌やウイルスなどの微生物を検出するための方法として、例えば、電子顕微鏡による形態学的検査法や細胞培養法、血清学的方法、抗原検出法、ＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）法など種々の方法が知られている。このうち、ＰＣＲ法は、培養が困難又は不可能な微生物にも適用可能である、検出に要する時間が他の方法に比べて短時間で済む、検出感度が高いなどの利点を有している。また、数種類のプライマーを用いてＰＣＲを行うマルチプレックスＰＣＲ法を用いることにより、複数種類の微生物を検出することが可能になる。こうしたことから、本発明者らは、下痢症状を含む食中毒の原因菌となる複数種類の微生物を検出対象とした検出方法としてマルチプレックスＰＣＲに着目し、このような各微生物の遺伝子を共通の条件で増幅可能なプライマーセットを既に開発した（例えば、特許文献１）。この特許文献１のプライマーセットによれば、下痢症状を含む食中毒の原因菌となる複数種類の微生物を一度の遺伝子検出作業で網羅的に検出することができる。
【特許文献１】特開２００３−１６４２８２号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
しかしながら、上述した特許文献１には、下痢症状を含む食中毒の原因菌となる微生物として細菌や原生動物を対象としたプライマーについては開示されているものの、下痢症起因ウイルスを検出可能なプライマーセットについては具体的に記載されていない。また、下痢症起因ウイルスの検出方法としては、現在のところ単一のウイルスを検出することに重点が置かれており、その有用性には制限があった。更に、多種ウイルスの同時検出のためにマルチプレックスＰＣＲも利用されてはいるが、より多くの種類の下痢症起因ウイルスを検出しようとすると、使用するプライマーの種類が増えるために反応条件の設定が困難になる。このため、複数種類の下痢症起因ウイルスを一度の遺伝子検出作業で網羅的に検出することが可能なプライマーセットをデザインするのは難しく、２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出するのに真に優れたプライマーやプローブなどのヌクレオチドセットは未だ見出されていない。
【０００４】
そこで、本発明は、２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出するのに適したオリゴヌクレオチドセット、オリゴヌクレオチド、固相坦体、検出キット、検出方法及び下痢症の診断方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明者らは、アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳遺伝子、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子に着目し、各遺伝子に特異的な配列を検索したところ、これらの遺伝子を特異的に増幅することができる２種類以上の特異的なプライマー対を含有するオリゴヌクレオチドセットを有意に構築することができることを見出し、本発明を完成した。すなわち、本発明によれば以下の手段が提供される。
【０００６】
本発明の一つの形態によれば、下痢症起因ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドセットであって、
アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子から選択される２種類以上の領域をそれぞれコードするポリヌクレオチド又はその一部とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチドセットが提供される。
【０００７】
本発明のオリゴヌクレオチドセットにおいては、５種以上の前記オリゴヌクレオチドを含むものとしてもよいし、８種以上の前記オリゴヌクレオチドを含むものとしてもよい。更に、前記オリゴヌクレオチドセットは、２種以上の前記下痢症起因ウイルスを同時に検出するものとしてもよい。
【０００８】
本発明のオリゴヌクレオチドセットにおいては、下記の（ａ）〜（ｊ）：
（ａ）アデノウイルスのヘキソン遺伝子における配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列、配列番号：２４に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｂ）エンテロウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列、配列番号：２５に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｃ）単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子における配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列、配列番号：２７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｄ）単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子における配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列、配列番号：２９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｅ）Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列、配列番号：３１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｆ）Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列、配列番号：３３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｇ）アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子における配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列、配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列、配列番号：３７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｈ）Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列、配列番号：３９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｉ）コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子における配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列、配列番号：４１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
（ｊ）アイチウイルスのＶＰ１遺伝子における配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列、配列番号：４３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域をターゲットとする１種又は２種以上のオリゴヌクレオチド
からなる群より選択される２種類以上のオリゴヌクレオチドを含むものとしてもよい。
【０００９】
また、本発明のオリゴヌクレオチドセットにおいては、
前記（ａ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列及び配列番号：２４に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｂ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列及び配列番号：２５に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｃ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列及び配列番号：２７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｄ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列及び配列番号：２９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｅ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列及び配列番号：３１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｆ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列及び配列番号：３３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｇ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列及び配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列、配列番号：３７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｈ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列、配列番号：３９に記載の塩基配列に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｉ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列、配列番号：４１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含み、
前記（ｊ）の１種又は２種以上のオリゴヌクレオチドは、配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列、配列番号：４３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチドを含むことができる。
【００１０】
さらに、本発明のオリゴヌクレオチドセットにおいては、前記オリゴヌクレオチドはプライマーであってもよい。また、前記オリゴヌクレオチドはプローブであってもよい。
【００１１】
本発明によれば、下記の（Ａ）〜（Ｊ）：
（Ａ）配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列及び配列番号：２４に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアデノウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｂ）配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列及び配列番号：２５に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するエンテロウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｃ）配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列、配列番号：２７に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する単純ヘルペスウイルスＩ型を検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｄ）配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列及び配列番号：２９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する単純ヘルペスウイルスＩＩ型を検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｅ）配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列及び配列番号：３１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＡ群ロタウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｆ）配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列及び配列番号：３３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＣ群ロタウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｇ）配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列、配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列及び配列番号：３７に記載の塩基配列基から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアストロウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｈ）配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列及び配列番号：３９に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するＡ型肝炎ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｉ）配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列及び配列番号：４１に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するコロナウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
（Ｊ）配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列及び配列番号：４３に記載の塩基配列から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有するアイチウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチド
からなる群より選択される、下痢症起因ウイルス検出用オリゴヌクレオチドが提供される。
【００１２】
本発明のオリゴヌクレオチドにおいては、前記オリゴヌクレオチドはプライマーであってもよい。また、前記オリゴヌクレオチドはプローブであってもよい。
【００１３】
本発明によれば、上記いずれかに記載のオリゴヌクレオチドセットに含まれるオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドを固体支持体に固定化した固相坦体が提供される。
【００１４】
また、本発明によれば、上記いずれかに記載のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドを含む、下痢症起因ウイルスを検出するための検出キットも提供される。
【００１５】
本発明は、
下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備する準備工程と、
前記核酸を鋳型とし、請求項７に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行うＰＣＲ工程と、
前記ＰＣＲ工程により得られたＰＣＲ産物を検出する検出工程と、
を備える、下痢症起因ウイルスの検出方法に関する。
【００１６】
本発明の下痢症起因ウイルスの検出方法においては、前記検出工程は、前記ＰＣＲ産物を検出する際、本発明のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプローブとして用いるとしてもよい。また、前記ＰＣＲは、ネステッドＰＣＲを含むものとしてもよい。
【００１７】
本発明は、下痢症の診断方法であって、
動物から採取される被験試料から下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備する準備工程と、
前記核酸を鋳型とし、請求項７に記載のオリゴヌクレオチドセット又は請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行うＰＣＲ工程と、
前記ＰＣＲ工程により得られたＰＣＲ産物を検出する検出工程と、
前記検出工程の検出結果に基づいて前記動物の前記下痢症の発症リスク、前記下痢症に罹患しているかどうか及び前記下痢症の進行程度のいずれかを診断する診断工程と、
を備える、下痢症の診断方法に関する。
【００１８】
本発明の下痢症の診断方法においては、前記検出工程は、前記ＰＣＲ産物を検出する際、本発明のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプローブとして用いるとしてもよい。また、前記ＰＣＲは、ネステッドＰＣＲを含むものとしてもよい。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１９】
本発明の下痢症起因ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドセットは、アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子から選択される２種類以上の領域をそれぞれコードするポリヌクレオチド又はその一部とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含むことを特徴としている。
【００２０】
本発明によれば、こうした各ウイルスの特定部位をターゲットとすることで２種以上の下痢症起因ウイルスを検出することができる。特に、本発明のオリゴヌクレオチドセットをＰＣＲプライマーとして用いた場合には、そのプライマー対はそれぞれ特異的にターゲットとなる下痢症起因ウイルスのゲノムの特定領域を増幅するため、２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出することができる。
【００２１】
以下、本発明の実施形態である下痢症起因ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドセットについて説明するとともに、該オリゴヌクレオチドセットを構成するオリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドを含む固相坦体や下痢症起因ウイルス検出用の検出キット、下痢症起因ウイルスの検出方法、下痢症の診断方法について順次説明する。
【００２２】
（分析対象）
本発明のオリゴヌクレオチドセット及びオリゴヌクレオチドによる分析対象は、アデノウイルス、エンテロウイルス、単純ヘルペスウイルスＩ型、単純ヘルペスウイルスＩＩ型、Ａ群ロタウイルス、Ｃ群ロタウイルス、アストロウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、コロナウイルス及びアイチウイルスであり、より具体的にはこれらのウイルスのＤＮＡ又はＲＮＡである。また、分析対象は、これらの１０種のウイルスのうち１種類であってもよいし、複数種類であってもよいが、複数種類が検出されることが好ましい。具体的には、５種類以上のウイルスが検出されることが好ましく、８種類以上のウイルスが検出されることがより好ましい。また、複数種類のウイルスを検出する際には、これらが同時に検出されることが好ましい。
【００２３】
（アデノウイルスの分析対象）
分析対象であるウイルスＤＮＡ又はＲＮＡ（ターゲット）は、以下のものが挙げられる。すなわち、アデノウイルスについては、好ましくはヘキソン遺伝子であり、より好ましくはアデノウイルスのヘキソン遺伝子における配列番号：１に記載の塩基配列、配列番号：２に記載の塩基配列、配列番号：２３に記載の塩基配列、配列番号：２４に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：１，２，２３及び２４のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。こうした配列は、例えば公知のソフトウエアなどにより適宜検索することができる。
【００２４】
ここで、配列番号：１に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アデノウイルス７ａ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065066）における第２４７１番目から第２４８７番目の塩基配列やアデノウイルス７型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065065）における第２４８０番目から第２４９６番目の塩基配列、アデノウイルス４１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:D13781）における第２５２５番目から第２５４１番目の塩基配列、アデノウイルス９型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AJ854486）における第２０１５１番目から第２０１６７番目の塩基配列、アデノウイルス１１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AY163756）における第２０６３０番目から第２０６４６番目の塩基配列、アデノウイルスＦ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:L19443）における第１９９４４番目から第１９９６０番目の塩基配列が挙げられる。
【００２５】
また、配列番号：２に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アデノウイルス７ａ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065066）における第２８７３番目から第２８８９番目の塩基配列やアデノウイルス７型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065065）における第２８８２番目から第２８９８番目の塩基配列、アデノウイルス４１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:D13781）における第２９２７番目から第２９４３番目の塩基配列、アデノウイルス９型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AJ854486）における第２０５５３番目から第２０５６９番目の塩基配列、アデノウイルス１１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AY163756）における第２１０３２番目から第２１０４８番目の塩基配列、アデノウイルスＦ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:L19443）における第２０３６２番目から第２０３４６番目の塩基配列が挙げられる。
【００２６】
また、配列番号：２３に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アデノウイルス７ａ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065066）における第２６９０番目から第２７０９番目の塩基配列やアデノウイルス７型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065065）における第２６９９番目から第２７１８番目の塩基配列、アデノウイルス４１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:D13781）における第２７４４番目から第２７６３番目の塩基配列、アデノウイルス９型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AJ854486）における第２０３７０番目から第２０３８９番目の塩基配列、アデノウイルス１１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AY163756）における第２０８４９番目から第２０８６８番目の塩基配列、アデノウイルスＦ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:L19443）における第２０１６３番目から第２０１８２番目の塩基配列が挙げられる。
【００２７】
また、配列番号：２４に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アデノウイルス７ａ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065066）における第２８４０番目から第２８５９番目の塩基配列やアデノウイルス７型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AF065065）における第２８４９番目から第２８６８番目の塩基配列、アデノウイルス４１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:D13781）における第２８９４番目から第２９１３番目の塩基配列、アデノウイルス９型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AJ854486）における第２０５２０番目から第２０５３９番目の塩基配列、アデノウイルス１１型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:AY163756）における第２０９９９番目から第２１０１８番目の塩基配列、アデノウイルスＦ型のヘキソン遺伝子（GenBank Accession No:L19443）における第２０３１３番目から第２０３３２番目の塩基配列が挙げられる。
【００２８】
（エンテロウイルスの分析対象）
エンテロウイルスについては、好ましくはエンテロウイルスの５’非翻訳領域であり、より好ましくはエンテロウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：３に記載の塩基配列、配列番号：４に記載の塩基配列、配列番号：２５に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：３，４及び２５のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００２９】
ここで、配列番号：３に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、ポリオウイルス１型の非翻訳領域（GenBank Accession No:AY184219）における第１６２番目から第１８２番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：４に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、ポリオウイルス１型の非翻訳領域（GenBank Accession No:AY184219）における第５３１番目から第５５２番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２５に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、ポリオウイルス１型の非翻訳領域（GenBank Accession No:AY184219）における第３５７番目から第３７５番目の塩基配列やコクサッキーウイルスＢ５型の非翻訳領域（GenBank Accession No:AF114383）における第３６１番目から第３７９番目の塩基配列が挙げられる。
【００３０】
（単純ヘルペスウイルスのＩ型の分析対象）
単純ヘルペスウイルスＩ型については、好ましくはＤＮＡポリメラーゼ遺伝子であり、より好ましくは単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子における配列番号：５に記載の塩基配列、配列番号：６に記載の塩基配列、配列番号：２６に記載の塩基配列、配列番号：２７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：５，６，２６及び２７のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００３１】
ここで、配列番号：５に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子（GenBank Accession No:X14112）における第６４３６４番目から第６４３８３番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：６に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子（GenBank Accession No:X14112）における第６４８１２番目から第６４８２９番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号２６に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子（GenBank Accession No:X14112）における第６４４８２番目から第６４５０１番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２７に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子（GenBank Accession No:X14112）における第６４７１６番目から第６４７３５番目の塩基配列が挙げられる。
【００３２】
（単純ヘルペスウイルスＩＩ型の分析対象）
単純ヘルペスウイルスＩＩ型については、好ましくは糖タンパク遺伝子であり、より好ましくは単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子における配列番号：７に記載の塩基配列、配列番号：８に記載の塩基配列、配列番号：２８に記載の塩基配列、配列番号：２９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：７，８，２８及び２９のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００３３】
ここで、配列番号：６に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子（GenBank Accession No:Z86099）における第５４５６１番目から第５４５８０番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：７に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子（GenBank Accession No:Z86099）における第５４８７７番目から第５４８５８番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２８に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子（GenBank Accession No:Z86099）における第５４６８２番目から第５４７０１番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２９に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子（GenBank Accession No:Z86099）における第５４８５４番目から第５４８３５番目の塩基配列が挙げられる。
【００３４】
（Ａ群ロタウイルスの分析対象）
Ａ群ロタウイルスについては、好ましくはＶＰ４遺伝子であり、より好ましくはＡ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：９に記載の塩基配列、配列番号：１０に記載の塩基配列、配列番号：１１に記載の塩基配列、配列番号：１２に記載の塩基配列、配列番号：３０に記載の塩基配列、配列番号：３１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：９，１０，１１，１２，３０及び３１のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００３５】
ここで、配列番号：９に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルスＹＯのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AB008279）における第３３番目から第５６番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１０に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルスＹＯのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AB008279）における第４１８番目から第４４１番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１１に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルス６９ＭのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:M60600）における第３３番目から第５６番目の塩基配列やＡ群ロタウイルスＳＡ１１のＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:D16346）における第３３番目から第５６番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１２に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルス６９ＭのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:M60600）における第４２１番目から第４４４番目の塩基配列やＡ群ロタウイルス６９ＭＳＡ１１のＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:D16346）における第４２１番目から第４４４番目の塩基配列が挙げられる。
【００３６】
また、配列番号：３０に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルスＹＯのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AB008279）における第６７番目から第８９番目の塩基配列やＡ群ロタウイルスＫＯ−２のＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AF401755）における第６７番目から第８９番目の塩基配列、Ａ群ロタウイルスＳＴ３のＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:L33895）における第６７番目から第８９番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３１に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ群ロタウイルス６９ＭのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:M60600）における第６７番目から第８９番目の塩基配列やＡ群ロタウイルスＳＡ１１のＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:D16346）における第６７番目から第８９番目の塩基配列が挙げられる。
【００３７】
（Ｃ群ロタウイルスの分析対象）
Ｃ群ロタウイルスについては、好ましくはＶＰ４遺伝子であり、より好ましくはＣ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子における配列番号：１３に記載の塩基配列、配列番号：１４に記載の塩基配列、配列番号：３２に記載の塩基配列、配列番号：３３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：１３，１４，３２及び３３のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００３８】
ここで、配列番号：１３に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AF323981）における第１１番目から第３０番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１４に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AF323981）における第３１７番目から第３３７番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３２に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AF323981）における第３１番目から第５２番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３３に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子（GenBank Accession No:AF323981）における第２２９番目から第２５０番目の塩基配列が挙げられる。
【００３９】
（アストロウイルスの分析対象）
アストロウイルスについては、好ましくはプロテアーゼ遺伝子であり、より好ましくはアストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子における配列番号：１５に記載の塩基配列、配列番号：１６に記載の塩基配列、配列番号：３４に記載の塩基配列、配列番号：３５に記載の塩基配列、配列番号：３６に記載の塩基配列、配列番号：３７に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：１５，１６，３４，３５，３６及び３７のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００４０】
ここで、配列番号：１５に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス２型のプロテアーゼ遺伝子（GenBank Accession No:L13745）における第１３０番目から第１４９番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１６に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス２型のプロテアーゼ遺伝子（GenBank Accession No:L13745）における第４３６番目から第４５５番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３４に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス２型のプロテアーゼ遺伝子（GenBank Accession No:L13745）における第１７０番目から第１９１番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３５に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス２型のプロテアーゼ遺伝子（GenBank Accession No:L13745）における第４００番目から第４２１番目の塩基配列が該当する。また、配列番号：３６に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス６型のプロテアーゼ遺伝子における第４１番目から第６２番目の塩基配列やアストロウイルス７型のプロテアーゼ遺伝子における第４１番目から第６２番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３７に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アストロウイルス６型のプロテアーゼ遺伝子における第２８７番目から第３０９番目の塩基配列やアストロウイルス７型のプロテアーゼ遺伝子における第２８７番目から第３０９番目の塩基配列が挙げられる。
【００４１】
（Ａ型肝炎ウイルスの分析対象）
Ａ型肝炎ウイルスについては、好ましくは５’非翻訳領域であり、より好ましくはＡ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域における配列番号：１７に記載の塩基配列、配列番号：１８に記載の塩基配列、配列番号：３８に記載の塩基配列、配列番号：３９に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：１７，１８，３８及び３９のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００４２】
ここで、配列番号：１７に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ型肝炎ウイルスＦＨ３の５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AB020569）における第２２１番目から第２４０番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：１８に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ型肝炎ウイルスＦＨ３の５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AB020569）における第６０３番目から第６２２番目の塩基配列やＡ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AF314208）における第６０６番目から第６２５番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３８に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ型肝炎ウイルスＦＨ３の５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AB020569）における第３９１番目から第４１１番目の塩基配列やＡ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AF314208）における第３９４番目から第４１４番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：３９に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、Ａ型肝炎ウイルスＦＨ３の５’非翻訳領域（GenBank Accession No:AB020569）における第５７６番目から第５９５番目の塩基配列が挙げられる。
【００４３】
（コロナウイルスの分析対象）
コロナウイルスについては、好ましくはサーフェイスグリコプロテイン遺伝子であり、より好ましくはコロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子における配列番号：１９に記載の塩基配列、配列番号：２０に記載の塩基配列、配列番号：４０に記載の塩基配列、配列番号：４１に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：１９，２０，４０及び４１のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００４４】
ここで、配列番号：１９に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、コロナウイルスＯＣ４３のサーフェイスグリコプロテイン遺伝子（GenBank Accession No:S62886）における第２３５番目から第２５４番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２０に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、コロナウイルスＯＣ４３のサーフェイスグリコプロテイン遺伝子（GenBank Accession No:S62886）における第５７４番目から第５９３番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：４０に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、コロナウイルスＯＣ４３のサーフェイスグリコプロテイン遺伝子（GenBank Accession No:S62886）における第２６８番目から第２８９番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：４１に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、コロナウイルスＯＣ４３のサーフェイスグリコプロテイン遺伝子（GenBank Accession No:S62886）における第５０４番目から第５２５番目の塩基配列が挙げられる。
【００４５】
（アイチウイルスの分析対象）
アイチウイルスについては、好ましくはＶＰ１遺伝子であり、より好ましくはアイチウイルスのＶＰ１遺伝子における配列番号：２１に記載の塩基配列、配列番号：２２に記載の塩基配列、配列番号：４２に記載の塩基配列、配列番号：４３に記載の塩基配列及びそれらの相補配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域である。なお、同じウイルスが有するこれらの具体的塩基配列の類似配列もターゲットとすることができる。こうしたターゲット配列としては、例えば、配列番号：２１，２２，４２及び４３のいずれかに記載の塩基配列に１又は数個の塩基の置換、欠失、挿入及び付加のいずれかあるいは２種類以上修飾された塩基配列のうちいずれか２つの塩基配列により挟まれる領域などが挙げられる。
【００４６】
ここで、配列番号：２１に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子（GenBank Accession No:NC_001918）における第３３６２番目から第３３７９番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：２２に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子（GenBank Accession No:NC_001918）における第３７３９番目から第３７５６番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：４２に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子（GenBank Accession No:NC_001918）における第３５５１番目から第３５７３番目の塩基配列が挙げられる。また、配列番号：４３に記載の塩基配列、その相補配列又はその類似配列としては、具体的には、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子（GenBank Accession No:NC_001918）における第３７３６番目から第３７５６番目の塩基配列が挙げられる。
【００４７】
（オリゴヌクレオチドセット及びオリゴヌクレオチド）
本発明のオリゴヌクレオチドセットは、上記ターゲットを検出するためのオリゴヌクレオチドを含むものである。このようなオリゴヌクレオチドとしては、ＰＣＲ等に用いるプライマーや各種手法によるハイブリダイゼーションに用いられるプローブなどが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、分析対象の異なる複数種類のプライマー対が含まれていたとしても、それらのプライマー対はそれぞれ特異的にターゲットとなる下痢症起因ウイルスのゲノムの特定領域を増幅するため、２種以上の下痢症起因ウイルスを迅速に且つ網羅的に検出することができる。なお、こうしたターゲットを検出するためのオリゴヌクレオチドは、ターゲットを検出することができればよいため、ターゲットを含む広い範囲を増幅するＰＣＲプライマーであってもよいし、ターゲットの全部又は一部とハイブリダイズするプローブであってもよい。プライマーやプローブの設計は、それぞれインターネット回線を通じて入手可能なソフトウエアや開示されたソフトウエアによって行うこともできる。
【００４８】
また、本発明のオリゴヌクレオチドセットを例えば検出キットなどとして提供する場合、それぞれのオリゴヌクレオチドは個別の状態で提供されるものであってもよいし、２種以上のオリゴヌクレオチドが混合された状態で提供されるものであってもよい。
【００４９】
本発明のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプローブとして用いる場合、オリゴヌクレオチドは固体支持体に固定化されていることが好ましい。こうした固体支持体としては、用途などに応じて適宜選択すればよいが、例えば、スライドガラスやプラスチック板などが挙げられる。なお、プローブは、適宜標識されていてもよい。標識化に用いる物質としては、一般には蛍光物質やビオチンなどが挙げられる。
【００５０】
（アデノウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
このようなオリゴヌクレオチドとして、例えば、アデノウイルスのヘキソン遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：１，２，２３及び２４に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：１に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマー（５’末端側のプライマー）とし、配列番号：２に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマー（３’末端側のプライマー）としてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、アデノウイルスのヘキソン遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する４１９塩基を増幅することができる。また、配列番号：１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：２３に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：２４に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、アデノウイルス遺伝子のヘキソン遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する１７０塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２４に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：２に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２３に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：１，２，２３及び２４のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５１】
（エンテロウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
また、エンテロウイルスの５’非翻訳領域の上記ターゲットに対しては、配列番号：３，４及び２５に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：３に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：４に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、エンテロウイルスの非翻訳領域のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３８３塩基を増幅することができる。また、配列番号：３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：４に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：２５に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：４に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：３，４及び２５のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５２】
（単純ヘルペスウイルスＩ型検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：５，６，２６及び２７に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：５に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：６に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する４６８塩基を増幅することができる。また、配列番号：５に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：６に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあとそのＰＣＲ産物に対し、配列番号：２６に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：２７に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する２５２塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：５に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：６に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：５に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２７に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：６に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２６に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：５，６，２６及び２７のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５３】
（単純ヘルペスウイルスＩＩ型検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：７，８，２８及び２９に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：７に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：８に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３１７塩基を増幅することができる。また、配列番号：７に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：８に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：２８に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：２９に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する１７３塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：７に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：８に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：７に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２９に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：８に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２８に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：７，８，２８及び２９のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５４】
（Ａ群ロタウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：９〜１２，３０及び３１に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：９に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１０に記載のヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する４０９塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：１１に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１２に記載のヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する４１２塩基を増幅することができる。なお、これらのオリゴヌクレオチドを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行う際には、配列番号：９〜１２に記載のオリゴヌクレオチドを混合した混合プライマーを用いるとしてもよい。
【００５５】
また、配列番号：９及び１０に記載のオリゴヌクレオチドの組み合わせ又は配列番号：１１及び１２に記載のオリゴヌクレオチドの組み合わせを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：３０に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１０に記載のヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてセミネステッドＰＣＲを行うことにより、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３７５塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：３１に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１２に記載のヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてセミネステッドＰＣＲを行うことにより、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３７８塩基を増幅することができる。なお、これらのオリゴヌクレオチドを用いてセミネステッドＰＣＲを行う際には、配列番号：１０，１２，３０及び３１に記載のオリゴヌクレオチドを混合した混合プライマーを用いるとしてもよい。また、配列番号：９〜１２，３０及び３１のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５６】
（Ｃ群ロタウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：１３，１４，３２及び３３に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３２７塩基を増幅することができる。また、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：３２に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：３３に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する１５９塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３３に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３２に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：１３，１４，３２及び３３のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５７】
（アストロウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：１５，１６及び３４〜３７に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：１５に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１６に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３２６塩基を増幅することができる。また、配列番号：１５に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：１６に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：３４に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３５に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：３６に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３７に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子のうち前者の場合には両プライマーに挟まれた領域に相当する２５２塩基を増幅することができ、後者の場合には２６９残基を増幅することができる。また、配列番号：１５，１６及び３４〜３７のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５８】
（Ａ型肝炎ウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域の上記ターゲットに対しては、配列番号：１３，１４，３２及び３３に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する４０７塩基を増幅することができる。また、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：３２に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：３３に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する２０７塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：１３に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３３に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：１４に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：３２に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：１３，１４，３２及び３３のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００５９】
（コロナウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：１９，２０，４０及び４１に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：１９に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：２０に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３５７塩基を増幅することができる。また、配列番号：１９に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２０に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：４０に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：４１に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する２６３塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：１９に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２０に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：１９に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：４１に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：２０に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：４０に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：１９，２０，４０及び４１のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００６０】
（アイチウイルス検出用のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチド）
アイチウイルスのＶＰ１遺伝子の上記ターゲットに対しては、配列番号：２１，２２，４２及び４３に記載の塩基配列をそれぞれ有するプライマー及びプローブが挙げられる。これらのオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、配列番号：２１に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：２２に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行うことにより、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する３９５塩基を増幅することができる。また、配列番号：２１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２２に記載のオリゴヌクレオチドとを用いてＰＣＲ又はＲＴ−ＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、配列番号：４２に記載のオリゴヌクレオチドをセンスプライマーとし、配列番号：４３に記載のオリゴヌクレオチドをアンチセンスプライマーとしてネステッドＰＣＲを行うこともできる。これにより、アイチウイルスのＶＰ１遺伝子のうち両プライマーに挟まれた領域に相当する２０６塩基を増幅することができる。あるいは、配列番号：２１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：２２に記載のオリゴヌクレオチドとを組み合わせて行ったＰＣＲ産物に対し、配列番号：２１に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：４３に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせ又は配列番号：２２に記載のオリゴヌクレオチドと配列番号：４２に記載のオリゴヌクレオチドとの組み合わせによりセミネステッドＰＣＲを行うこともできる。また、配列番号：２１，２２，４２及び４３のいずれかに記載の塩基配列を有するオリゴヌクレオチドをマイクロアレイ、電気泳動などの各種ハイブリダイゼーションのプローブとして用いることもできる。
【００６１】
なお、配列番号：１〜４３のいずれかに記載の塩基配列又はその一部に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを使用することもできる。このとき、配列番号：１〜４３のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドとの相同性は、単離されたオリゴヌクレオチドにおいて８０％以上が好ましく、より好ましくは９０％以上であり、さらに好ましくは９８％以上である。
【００６２】
（下痢症起因ウイルスの検出方法）
本発明の検出方法は、ヒトや非ヒト動物から採取された採取物を検体として用いることができる。検体は、特に限定されないが、咽頭拭い液、血液、糞便等が挙げられ、中でも糞便を検体とすることが好ましい。
【００６３】
また、本発明の検出方法は、本発明のヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドを用いてＰＣＲ等を行うことにより、下痢症起因ウイルスを検出することができる。下痢症起因ウイルスを検出するにあたっては、下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備したのち、本発明のヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行い、ＰＣＲにより増幅された領域を確認する。このＰＣＲにおいては、検体試料を用いてＰＣＲを行った後そのＰＣＲ産物を鋳型としたネステッドＰＣＲを行うことが好ましい。本発明の検出方法は、本発明のヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲ又はネステッドＰＣＲを行うため、各ウイルスを検出するための複数種類のプライマー対が含まれていたとしても、それらのプライマー対はそれぞれ特異的にターゲットとなる下痢症起因ウイルスのゲノムの特定領域を増幅可能である。その結果、複数種類のウイルスを迅速に且つ網羅的に検出することができる。
【００６４】
また、ＰＣＲにより増幅された領域を確認するにあたっては、電気泳動法により確認してもよいし、ハイブリダイゼーション法により確認してもよい。電気泳動法では、電気泳動したのちエチジウムブロマイド等によって染色されたＰＣＲ産物の鎖長により、目的とする遺伝子が増幅されているかを確認することができる。また、ハイブリダイゼーション法では、本発明のオリゴヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプローブとして用いたマイクロアレイなどにより、目的とする領域が増幅されているかを確認することができる。
【００６５】
なお、抽出工程におけるＤＮＡ又はＲＮＡ抽出の具体的な方法や増幅工程におけるＰＣＲ，ＲＴ−ＰＣＲ、ネステッドＰＣＲ等についての具体的な方法、検出工程における電気泳動やマイクロアレイ等の具体的な方法は、従来公知の手法又は製造者のプロトコルに従って実施することができる。
【００６６】
（診断等への利用）
本発明にかかる１０種のウイルスは、下痢症の原因ウイルスである。したがって、こうした下痢症患者からの糞便などの検体を被験試料として下痢症起因ウイルス由来の核酸を含む可能性のある検体試料を準備したのち、本発明のヌクレオチドセット又はオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いてＰＣＲを行い、ＰＣＲにより増幅された領域を確認することにより、その患者が１０種の下痢症起因ウイルスのうちいずれかのウイルスに感染しているか否かを特定することができる。これにより、下痢症の診断が可能となる。すなわち、下痢症の診断方法も提供されることになる。
【実施例】
【００６７】
以下、本発明を具体化した実施例について説明するが、以下の実施例は本発明を限定するものではない。
【００６８】
（実施例１：ＤＮＡ又はＲＮＡの抽出及びＲＮＡの逆転写）
アデノウイルス、エンテロウイルス、単純ヘルペスウイルスＩ型、単純ヘルペスウイルスＩＩ型、Ａ群ロタウイルス、Ｃ群ロタウイルス、アストロウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、コロナウイルス及びアイチウイルスからＤＮＡ又はＲＮＡを抽出した。ＤＮＡ又はＲＮＡの抽出及びＲＮＡの逆転写は以下のようにして行った。なお、ウイルスは、ＡＴＣＣ（American Type Culture Collection）より購入したもの又は研究機関から分与されたものを使用した。
【００６９】
ＤＮＡウイルスのＤＮＡは、ウイルス培養液を遠心分離（13,000rpm，20分間）し、上清を除去し、沈殿をLysis buffer（0.1M Tris-HCl，pH7.4，0.01M EDTA，0.05M NaCl，0.6% SDS，0.2μg ProteinaseK）に懸濁し、５５℃で１時間反応させた後、フェノール／クロロホルム処理し、エタノール沈殿を行った。抽出ＤＮＡは滅菌蒸留水に溶解した。
【００７０】
ＲＮＡウイルスのＲＮＡはウイルス培養液を遠心分離（13,000rpm，20分間）し、上清を除去し、沈殿を滅菌蒸留水に懸濁し、ウイルスＲＮＡ抽出キットSepaGene RV-R（三光純薬）を使用した。
【００７１】
ＲＮＡの逆転写（ＲＴ）反応は、ＲＮＡ溶液3μLに17μLのマスターミックス（4μL 5×Buffer，4μL 2.5mM dNTPs，1μL 50μM ランダムプライマー（TaKaRa），1μL 0.5μg/μL オリゴｄｔプライマー（インビトロジェン），1.0μL 40u/μL RNase Inhibitor(TaKaRa)，1μL 100mM DTT，1μL 200u/μL Super Script ＩＩ RT（インビトロジェン），4.0μL    滅菌蒸留水）を加え、４２℃で１時間行った後、９９℃で５分間逆転写酵素を失活させた。
【００７２】
（実施例２：下痢症起因ウイルス用プライマーを用いたマルチプレックスＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
アデノウイルスのヘキソン遺伝子、エンテロウイルスの５’非翻訳領域、単純ヘルペスウイルスＩ型のＤＮＡポリメラーゼ遺伝子、単純ヘルペスウイルスＩＩ型の糖タンパク遺伝子、Ａ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、Ｃ群ロタウイルスのＶＰ４遺伝子、アストロウイルスのプロテアーゼ遺伝子、Ａ型肝炎ウイルスの５’非翻訳領域、コロナウイルスのサーフェイスグリコプロテイン遺伝子及びアイチウイルスのＶＰ１遺伝子にプライマーを設定した（表１）。プライマーの合成は株式会社テキサスジェノミクスジャパンに委託した。
【００７３】
【表１】
2008079576.tif 000002
【００７４】
ＰＣＲは、以下のようにして行った。すなわち、ＰＣＲ反応液は、抽出DNA又は作成したcDNA溶液１μＬとマスタープール（2.5μl BlendTaq plus Buffer，2.5 μl  2mM dNTP，0.2μl BlendTaq Plus(2.5U/μl，東洋紡社製)，1.0μl outer primer 又はinner primer (25μM) ，17.8μl DW）２４μＬとをＰＣＲチューブに加え混合し、最終容量を25μＬとした。なお、陰性対照（Negative Control）として、滅菌蒸留水をＤＮＡの代わりに使用した。また、ＰＣＲ（タッチダウンＰＣＲ）は、遺伝子増幅器（ＴａＫａＲａ）にて以下の条件で行った。９４℃  ３分に次いで、９４℃  ３０秒、６５℃  ３０秒、７２℃  ３０秒を２サイクル後、９４℃  ３０秒、６０℃  ３０秒、７２℃  ３０秒を２サイクル後、９４℃  ３０秒、５５℃  ３０秒、７２℃  ３０秒を２サイクル後、９４℃  ３０秒、５０℃  ３０秒、７２℃  ３０秒を３０サイクル後、７２℃  ７分。
【００７５】
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーを用いてマルチプレックスＰＣＲを行った。マルチプレックスＰＣＲは、まず、表１に記載の２２種類のouter primer（配列番号：１〜２２）を混合したもの（outer primer mix）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、そのＰＣＲ産物に対し、表１に記載の２４種類のinner primer（配列番号：４，１０、１２，２３〜４３）を混合したもの（inner primer mix）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表２に示す１０種類１７型とし、各ウイルスについてＤＮＡ又はＲＮＡを抽出したのち、ＲＮＡについてはｃＤＮＡを作製し、各ウイルスごとにそれぞれ別のＰＣＲチューブにてマルチプレックスＰＣＲを行った。
【００７６】
【表２】
2008079576.tif 000003
【００７７】
目的遺伝子の確認は、反応終了後、ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primer mixを用いたＰＣＲの結果を図１に、inner primer mixを用いたネステッドＰＣＲの結果を図２に示す。図１及び図２からわかるように、outer primer mix及びinner primer mixのいずれのプライマーを用いた場合でも１０種１７株すべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のすべてのouter primerとinner primerとをそれぞれ混合したprimer mixを用いてＰＣＲを行うことにより、それぞれ特異的にターゲットとなる下痢症起因ウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、それぞれのウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。また、ウイルスの検出にあたり、検出時間の短縮及び労働の減少も期待することができる。また、ネステッドＰＣＲを実施することにより、検出感度が高まることが示された。
【００７８】
（実施例３：アデノウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちアデノウイルス用プライマー（配列番号：１，２，２３，２４）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：１及び２）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：２３及び２４）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表３に示す２３株とし、各ウイルスについてＤＮＡ又はＲＮＡを抽出したのち、ＲＮＡについてはｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００７９】
【表３】
2008079576.tif 000004
【００８０】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果を図３（ａ）に、inner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図３（ｂ）に示す。図３からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でも２３株すべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のアデノウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にアデノウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、アデノウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【００８１】
（実施例４：エンテロウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちエンテロウイルス用プライマー（配列番号：３，４，２５）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：３及び４）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：４及び２５）をプライマーとしてセミネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表４に示す６９株とし、各ウイルスについてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００８２】
【表４】
2008079576.tif 000005
【００８３】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果を図４に、inner primerを用いたセミネステッドＰＣＲの結果を図５に示す。図４及び図５からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でも６９株すべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のエンテロウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にエンテロウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、エンテロウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【００８４】
（実施例５：単純ヘルペスウイルスＩ型用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうち単純ヘルペスウイルスＩ型用プライマー（配列番号：５，６，２６，２７）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：５及び６）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：２６及び２７）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表５に示す２株とし、各ウイルスについてＤＮＡ又はＲＮＡを抽出したのち、ＲＮＡについてはｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００８５】
【表５】
2008079576.tif 000006
【００８６】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図６（ａ）に示す。図６（ａ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもすべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載の単純ヘルペスウイルスＩ型用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的に単純ヘルペスウイルスＩ型のゲノムの特定領域を増幅することができ、単純ヘルペスウイルスＩ型を迅速に且つ特異的に検出することができると言える。なお、これらのウイルス遺伝子は、単純ヘルペスウイルスＩＩ型用プライマーによっては増幅されなかった（図６（ｂ）のｌａｎｅ１及びｌａｎｅ２参照）。
【００８７】
（実施例６：単純ヘルペスウイルスＩＩ型用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうち単純ヘルペスウイルスＩＩ型用プライマー（配列番号：７，８，２８，２９）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：７及び８）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：２８及び２９）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表６に示す２株とし、各ウイルスについてＤＮＡ又はＲＮＡを抽出したのち、ＲＮＡについてはｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００８８】
【表６】
2008079576.tif 000007
【００８９】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図６（ｂ）に示す。図６（ｂ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもすべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載の単純ヘルペスウイルスＩＩ型用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的に単純ヘルペスウイルスＩＩ型のゲノムの特定領域を増幅することができ、単純ヘルペスウイルスＩＩ型を迅速に且つ特異的に検出することができると言える。なお、これらのウイルス遺伝子は、ヘルペスウイルスＩ型用プライマーによっては増幅されなかった（図６（ａ）のｌａｎｅ３及びｌａｎｅ４参照）。
【００９０】
（実施例７：Ａ群ロタウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）  
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちＡ群ロタウイルス用プライマー（配列番号：９，１０，１１，１２，３０，３１）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、４種類のouter primer（配列番号：９，１０，１１，１２）を混合した混合プライマーを用いてＰＣＲを行ったあと、４種類のinner primer（配列番号：１０，１２，３０，３１）を混合した混合プライマーを用いてセミネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表７に示す７株とし、各ウイルスについてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００９１】
【表７】
2008079576.tif 000008
【００９２】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたセミネステッドＰＣＲの結果を図７に示す。なお、図７のうち（ａ）はouter primerを用いたものであり、（ｂ）はinner primerを用いたものである。図７からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でも７株すべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のＡ群ロタウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にＡ群ロタウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、Ａ群ロタウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【００９３】
（実施例８：Ｃ群ロタウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちＣ群ロタウイルス用プライマー（配列番号：１３，１４，３２，３３）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：１３，１４）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：３２，３３）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルス１株についてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、ＰＣＲを行った。
【００９４】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図７に示す。図７からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のＣ群ロタウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にＣ型ロタウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、Ｃ群ロタウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【００９５】
（実施例９：アストロウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちアストロウイルス用プライマー（配列番号：１５，１６，３４，３５，３６，３７）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：１５及び１６）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：３４，３５の組み合わせ又は配列番号３６，３７の組み合わせ）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表８に示す８株とし、各ウイルスについてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００９６】
【表８】
2008079576.tif 000009
【００９７】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果を図８（ａ）に示し、inner primerとして配列番号：３４，３５を用いたネステッドＰＣＲの結果を図８（ｂ）に示し、inner primerとして配列番号：３６，３７を用いたネステッドＰＣＲの結果を図８（ｃ）に示す。図８（ａ）〜（ｃ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもすべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のアストロウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にアストロウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、アストロウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【００９８】
（実施例１０：Ａ型肝炎ウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちＡ型肝炎ウイルス用プライマー（配列番号：１７，１８，３８，３９）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：１７，１８）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：３８，３９）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルスは、表９に示す２株とし、各ウイルスについてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、それぞれ別のＰＣＲチューブにてＰＣＲを行った。
【００９９】
【表９】
2008079576.tif 000010
【０１００】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図９（ａ）に示す。図９（ａ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもすべてのウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のＡ型肝炎ウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にＡ型肝炎ウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、Ａ型肝炎ウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【０１０１】
（実施例１１：コロナウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちコロナウイルス用プライマー（配列番号：１９，２０，４０，４１）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：１９，２０）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：４０，４１）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルス１株（コロナウイルスＯＣ４３）についてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、ＰＣＲを行った。
【０１０２】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図９（ｂ）に示す。図９（ｂ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のコロナウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にコロナウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、コロナウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【０１０３】
（実施例１２：アイチウイルス用プライマーを用いたＰＣＲによる遺伝子増幅及びその検討）
表１の下痢症起因ウイルス用プライマーのうちアイチウイルス用プライマー（配列番号：２１，２２，４２，４３）を用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲは、まず、outer primer（配列番号：２１，２２）をプライマーとしてＰＣＲを行ったあと、inner primer（配列番号：４２，４３）をプライマーとしてネステッドＰＣＲを行った。対象ウイルス１株についてＲＮＡを抽出したのちｃＤＮＡを作製し、ＰＣＲを行った。
【０１０４】
目的遺伝子の確認は、反応終了後ＰＣＲ産物をゲル電気泳動することにより行った。outer primerを用いたＰＣＲの結果及びinner primerを用いたネステッドＰＣＲの結果を図９（ｂ）に示す。図９（ｂ）からわかるように、outer primer及びinner primerのいずれのプライマーを用いた場合でもウイルス遺伝子を効率よく増幅した。すなわち、表１に記載のアイチウイルス用プライマーを用いてＰＣＲを行うことにより、特異的にアイチウイルスのゲノムの特定領域を増幅することができ、アイチウイルスを迅速に且つ特異的に検出することができると言える。
【配列表フリーテキスト】
【０１０５】
配列番号１〜４３：合成ＤＮＡ
【図面の簡単な説明】
【０１０６】
【図１】outer primer mixを用いたマルチプレックスＰＣＲのＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図２】inner primer mixを用いたマルチプレックスＰＣＲのＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図３】アデノウイルス用プライマーを用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図４】エンテロウイルス用プライマー（outer primer）を用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図５】エンテロウイルス用プライマー（inner primer）を用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図６】ヘルペスウイルス用プライマーを用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図７】Ａ群ロタウイルス用プライマー又はＣ群ロタウイルス用プライマーを用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図８】アストロウイルス用プライマーを用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図９】Ａ型肝炎ウイルス用プライマー、コロナウイルス用プライマー又はアイチウイルス用プライマーを用いた際のＰＣＲ産物をゲル電気泳動した結果を示す図。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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