(57)【要約】【課題】有用なマーカーであり、そして哺乳動物免疫系の発生、分化、および／または生理機能を制御することに機能し得る、リンパ球細胞（例えば、免疫系で機能する細胞）に見られる遺伝子に関連する、核酸、タンパク質、抗体、これらの使用方法等を提供すること。【解決手段】霊長類を含む哺乳動物からの種々のリンパ球細胞タンパク質をコードする核酸、特異的抗体を含むそれに関連する試薬、および精製されたタンパク質が、記載される。この試薬を使用する方法および関連の診断キットもまた提供される。タンパク質は、レクチンおよびアシアロ糖タンパク質レセプターとの類似性を有する樹状細胞膜タンパク質（DCMP）である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
実質的に純粋または組換えDCMP2ポリペプチドであって、以下：
ａ）以下：
１）Gly  Val  Ser  Glu  Leu  Gln  Glu  His  Thr  Thr  Gln  Lys  Ala  His  Leu  Gly  His  Cys  Pro  His  Cys  Pro  Ser  Val  Cys  Val  Pro（配列番号４の残基118〜144）；
２）Gln  Val  Ala  Thr  Leu  Asn  Asn  Asn  Ala  Ser  Thr  Glu  Gly  Thr  Cys  Cys（配列番号４の残基166〜181）；または
３）Trp  Lys  Pro  Gly  Gln  Pro  Asp  Asn  Trp  Gln  Gly  His  Gly  Leu  Gly（配列番号４の残基263〜277）；
から選択されるポリペプチド、あるいは、
ｂ）以下の両方：
１）配列番号10に記載のようなDCMP2vからの少なくとも17の連続するアミノ酸；および
２）FKNGPLPLQSLLQRLRWGPC  HLLLWLGLGL  LLLVIIC（配列番号４の残基20〜56）からの少なくとも１２の連続するアミノ酸のセグメントの欠損
を示す配列、
を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項３】
請求項１に記載のポリペプチドに特異的に結合する、結合化合物。
【請求項４】
抗体または抗体フラグメントである、請求項３に記載の結合化合物。
【請求項５】
請求項１に記載のポリペプチドをコードする、核酸。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸を含む、発現ベクター。
【請求項７】
請求項６に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項８】
ポリペプチドを組換え産生するためのプロセスであって、該プロセスが該ポリペプチドが発現される条件下で請求項７に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、プロセス。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、1997年7月9日に出願された米国特許仮出願USSN  60/053,080から優先権を主張し、これは参考として本明細書に援用される。
【０００２】
発明の分野
本発明は、リンパ球、例えば、免疫系で機能する細胞に見られる遺伝子に関連する組成物を包含する。これらの遺伝子は、有用なマーカーであり、そして哺乳動物免疫系の発生、分化、および／または生理機能を制御することに機能し得る。特に、本出願は、核酸、タンパク質、抗体、およびこれらを使用する方法を提供する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
哺乳動物循環系の循環成分は、赤血球系および骨髄性細胞系統の赤血球および白血球を含む種々の細胞タイプを含む。例えば、Rapaport（1987）Introduction  to  Hematology（第2版）Lippincott，Philadelphia，PA；Jandl（1987）Blood：Textbook  of  Hematology，Little，Brown  and  Co.，Boston，MA；およびPaul(編)(1993）Fundamental  Immunology（第3版）Raven  Press，N.Y.を参照のこと。
【０００４】
樹状細胞（DC）は、抗原プロセシングまたは提示細胞であり、そして体のすべての組織で見られる。Steinman（1991）Annual  Review  of  Immunology  9:271-296；ならびにBanchereauおよびSchmitt（1994年編）Dendritic  Cells  in  Fundamental  and  Clinical  Immunology  Plenum  Press，NYを参照のこと。これらのDCは、種々のカテゴリーに分類され得、これらには、以下を含む：心臓、腎臓、腸、および肺の間質樹状細胞；皮膚および粘膜のランゲルハンス細胞；胸腺髄質および二次リンパ組織における指状（interdigitating）突起樹状細胞；ならびに血液およびリンパ樹状細胞。これらのコンパートメントのそれぞれにおける樹状細胞は骨髄から明らかに生じるCD45+白血球であるが、これらは、成熟状態および微小環境に関連する差を示し得る。
【０００５】
これらの樹状細胞は、例えば、Ｔ細胞に対する抗原を効率的にプロセスしそして提示する。これらは、未処置および記憶Ｔ細胞からの応答を刺激する。
【０００６】
一次および二次Ｂ細胞濾胞は、長い期間にわたって免疫複合体としてインタクトの抗原を捕獲および保持する濾胞樹状細胞を含む。これらの樹状細胞は、Ｂ細胞に対する天然の抗原を提示し、そして抗体の親和性成熟、免疫記憶の生成、および体液性免疫応答の維持に関与するようである。
【０００７】
単球は、単核食細胞系に属しそして循環中に存在する食細胞である。Roitt（編）Encyclopedia  of  Immunology  Academic  Press，San  Diegoを参照のこと。これらの細胞は、骨髄に起源し、そして一旦これらが分化すると、骨髄コンパートメント中に短期間のみ残存する。次いで、これらは、循環中にはいり、そして比較的長期間、例えば、２、３日間そこに残存し得る。単球は、漏出と命名されたプロセスによって組織および体腔に入り得、そこで、これらは、マクロファージにおよびおそらく樹状細胞に分化する。炎症応答において、循環中の単球の数は倍化し得、そして増加した数の単球の多くは炎症の部位に対して漏出する。
【０００８】
抗原提示とは、タンパク質性抗原が取り込まれ、抗原提示細胞（APC）によってプロセスされ、次いで認識されて免疫応答を開始する細胞事象をいう。最も活性な抗原提示細胞は、マクロファージとして特徴づけられており、これは、単球；樹状細胞；およびある種のＢ細胞からの直接発生産物である。
【０００９】
マクロファージは、ほとんどの組織で見られ、そして種々のタンパク質抗原および微生物のインターナリゼーションに非常に活性である。これらは、非常に発生したエンドサイトーシス活性を有し、そして免疫応答の開始に重要な多くの産物を分泌する。この理由のために、単球によって発現されるかまたは単球活性化によって誘導される多くの遺伝子が、抗原取り込み、プロセシング、提示、または得られる免疫応答の調節に重要なようであると考えられる。
【００１０】
しかし、樹状細胞および単球は、これらが発現するタンパク質に関して、ならびに活性化状態を含む活性の機能およびメカニズムの多くに関して両方ともほとんど特徴づけられていない。特に、抗原プロセシングおよび提示を含む、免疫応答の開始に関連するプロセスおよびメカニズムは、不明のままである。これらの細胞の構造的、生物学的、および生理学的特性についての知見の不在は、その理解を制限する。したがって、抗原提示細胞の調節、発生、または生理機能が異常である医学的状態は、取り扱いにくいままである。
【非特許文献１】Rapaport（1987）Introduction  to  Hematology（第2版）Lippincott，Philadelphia，PA
【非特許文献２】Jandl（1987）Blood：Textbook  of  Hematology，Little，Brown  and  Co.，Boston，MA
【非特許文献３】Steinman（1991）Annual  Review  of  Immunology  9:271-296
【非特許文献４】BanchereauおよびSchmitt（1994年編）Dendritic  Cells  in  Fundamental  and  Clinical  Immunology，Plenum  Press，NY
【非特許文献５】Roitt（編）Encyclopedia  of  Immunology，Academic  Press，San  Diego
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１１】
発明の要旨
本発明は、一部は、種々の哺乳動物樹状細胞膜タンパク質（DCMP）遺伝子の発見に基づき、特定のDCMP1およびDCMP2の実施態様による例示に基づく。分布データは、より広い細胞分布を示し、そして構造データはいくつかの機能を示唆する。DCMP1は、レクチンおよびアシアロ糖タンパク質レセプターのクラスとの類似性を示す。記載されたDCMP2の実施態様は、マクロファージ細胞アシアロ糖タンパク質レセプターとの顕著な配列類似性を示す。本発明は、遺伝子産物のアゴニストおよびアンタゴニスト、例えば、天然配列の変異（ムテイン）、融合タンパク質、化学模倣物、抗体、および他の構造的または機能的アナログを包含する。また、本発明のタンパク質をコードする単離された遺伝子に関する。これらの異なるタンパク質または核酸組成物の種々の使用もまた提供される。
【００１２】
特定の実施態様では、本発明は、DCMP1タンパク質；または以下から選択されるポリペプチドに特異的に結合する抗体結合部位を含む結合化合物を提供する：Gly  Val  Ser  Glu  Leu  Gln  Glu  His  Thr  Thr  Gln  Lys  Ala  His  Leu  Gly  His  Cys  Pro  His  Cys  Pro  Ser  Val  Cys  Val  Pro(配列番号4の残基118~144);Gln  Val  Ala  Thr  Leu  Asn  Asn  Asn  Ala  Ser  Thr  Glu  Gly  Thr  Cys  Cys（配列番号４の残基166〜181）；またはTrp  Lys  Pro  Gly  Gln  Pro  Asp  Asn  Trp  Gln  Gly  His  Gly  Leu  Gly（配列番号４の残基263〜277）。好ましい実施態様では、結合化合物において、抗体結合部位は、配列番号２または８のタンパク質と特異的に免疫反応性であり；配列番号４の残基118〜144のタンパク質と特異的に免疫反応性であり；精製されたまたは組換え産生されたヒトDCMP1タンパク質に対して惹起され；配列番号４の残基118〜144の配列を含む精製したまたは組換え産生したヒトタンパク質に対して惹起され；モノクローナル抗体、Fab、またはF(ab)2であり；あるいは、結合化合物は、検出可能に標識され；滅菌的であり；または緩衝化組成物中にある。
【００１３】
本発明は、これらの結合化合物を使用する方法を包含し、結合化合物：抗原複合体を形成するために、この結合化合物と抗原を含む生物学的試料と接触させる工程を包含する。ある実施態様では、生物学的試料はヒトであり、そして結合化合物は抗体である。本発明はまた、このような結合化合物：および検出のためのこのような結合化合物の使用のためのインストラクション物質；または結合化合物の分離を提供するコンパートメントを含む検出キットを提供する。
【００１４】
本発明はまた、実質的に精製されたまたは単離されたポリペプチドを提供し、これはこのような結合化合物に特異的に結合する。種々の実施態様では、ポリペプチドは、霊長類DCMP1タンパク質からの少なくとも14アミノ酸残基の少なくとも１つのフラグメントを含み；配列番号４の残基118〜144の少なくとも14アミノ酸を含み；可溶性ポリペプチドであり；検出可能に標識され；滅菌組成物中にあり；緩衝化組成物中にあり、シアル酸残基に結合し；組換え産生され；または天然に存在するポリペプチド配列を有する。
【００１５】
精製された場合に上記のポリペプチドをコードする核酸を含む、核酸実施態様が提供される。しばしば、核酸は：配列番号１または７のコード部分の数なくとも30ヌクレオチドを含み；配列番号３のヌクレオチド608〜688からの少なくとも30ヌクレオチドを含み；または配列番号３のヌクレオチド752〜799からの少なくとも30ヌクレオチドを含み；あるいは上で定義されたポリペプチドをコードする核酸に選択的にハイブリダイズするインサートを含み得る。本発明はまた、このような核酸でトランスフェクトされた細胞を提供し、例えば、この核酸は、配列番号１、７のタンパク質コード部分、または配列番号３の適切な部分からなる。
【００１６】
本発明は、二重鎖核酸を形成するために核酸の少なくとも１本の鎖を使用する方法を提供し、特異的にハイブリダイズし得る相補鎖に対する試料にこのような鎖を接触させる工程を包含する。好ましい実施態様では、この方法は、二重鎖の検出を可能にし；または二重鎖を組織学的に局在化させる。
【００１７】
あるいは、本発明は、記載された結合組成物を使用する方法を提供し、結合組成物：抗原複合体を形成するために結合組成物を試料と接触させる工程を包含する。好ましい実施態様では、試料は、体液を含む生物学的試料であり；抗原は、細胞上にあり；または抗原は、さらに精製される。
【００１８】
本発明は、これらのポリペプチドを使用する方法をさらに包含し、結合組成物：ポリペプチド複合体を形成するためにポリペプチドを試料と接触させる工程を包含する。好ましい実施態様では、ポリペプチドはさらに精製される。
【００１９】
樹状細胞生理機能または機能を調節するための他の方法が提供され、細胞を、記載のような結合組成物と；記載のようなDCMP1タンパク質と；または記載のようなポリペプチドと接触させる工程を包含する。機能はまた、免疫応答の開始または進行を生じ得る。代表的には、接触させる工程は、細胞表面抗原、MHCクラスＩ抗原、またはMHCクラスII抗原を含む抗原との組み合わせになる。
【００２０】
本発明は、上記課題を解決するために、例えば、以下を提供する：
（項目１）配列番号２または８と少なくとも約85％配列同一性を示す、実質的に純粋または組換えDCMP1ポリペプチド。
（項目２）実質的に純粋または組換えDCMP2ポリペプチドであって、以下：
ａ）以下：
１）Gly  Val  Ser  Glu  Leu  Gln  Glu  His  Thr  Thr  Gln  Lys  Ala  His  Leu  Gly  His  Cys  Pro  His  Cys  Pro  Ser  Val  Cys  Val  Pro（配列番号４の残基118〜144）；
２）Gln  Val  Ala  Thr  Leu  Asn  Asn  Asn  Ala  Ser  Thr  Glu  Gly  Thr  Cys  Cys（配列番号４の残基166〜181）；または
３）Trp  Lys  Pro  Gly  Gln  Pro  Asp  Asn  Trp  Gln  Gly  His  Gly  Leu  Gly（配列番号４の残基263〜277）；
から選択されるポリペプチド、あるいは、
ｂ）以下の両方：
１）配列番号10に記載のようなDCMP2vからの少なくとも17の連続するアミノ酸；および
２）FKNGPLPLQSLLQRLRWGPC  HLLLWLGLGL  LLLVIIC（配列番号４の残基20〜56）からの少なくとも１２の連続するアミノ酸のセグメントの欠損
を示す配列、
を含む、ポリペプチド。
（項目３）項目１または２に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
（項目４）項目１または２に記載のポリペプチドに特異的に結合する、結合化合物。
（項目５）抗体または抗体フラグメントである、項目４に記載の結合化合物。
（項目６）項目１または２に記載のポリペプチドをコードする、核酸。
（項目７）項目６に記載の核酸を含む、発現ベクター。
（項目８）項目７に記載のベクターを含む、宿主細胞。
（項目９）ポリペプチドを組換え産生するためのプロセスであって、該プロセスが該ポリペプチドが発現される条件下で項目８に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、プロセス。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
詳細な説明
本明細書に引用されるすべての参考文献は、各個々の刊行物または特許出願が、すべての目的でその全体が参考として援用されることを特定におよび個々に示す場合と同じ程度まで、参考として本明細書に援用される。
【００２２】
Ｉ．総論
本発明は、樹状細胞（DC）上で発現される哺乳動物タンパク質をコードするDNA配列を提供する。樹状細胞の概論については、Steinman（1991）Annual  Review  of  Immunology  9:271-296；およびBanchereauおよびSchmitt（1994年編）Dendritic  Cells  in  Fundamental  and  Clinical  Immunology  Plenum  Press，NYを参照のこと。これらのタンパク質は、樹状細胞上で見られそしてその発現においていくつかの特異性を示すようであるので、樹状細胞タンパク質と命名される。
【００２３】
特定の霊長類、例えば、ヒトのこれらのタンパク質の実施態様を、以下に提供する。齧歯類、例えば、マウスの対応物も存在する。以下の説明は、例示の目的のために、ヒトDC遺伝子に関するが、構造的に、例えば、配列、他のソースまたは哺乳動物種からの関連実施態様（多型または個々の改変体を含む）に同様に適用可能である。これらは、配列の比較的少ない変化（例えば、約５％未満）、および、例えば、20残基より少ない置換、代表的には15未満、好ましくは10未満、およびより好ましくは５未満（４、３、２、または１を含む）の置換の数を示すタンパク質を含む。これらはまた、記載のような全長から短縮されるバージョン、およびこれらの配列の実質的なセグメントを含む融合タンパク質を含む。
【００２４】
II．定義
用語「結合組成物」とは、例えば、抗体−抗原相互作用において、これらのDCタンパク質に特異性をもって結合する分子をいう。他の化合物、例えば、タンパク質はまた、それぞれのタンパク質と特異的に会合し得る。代表的には、特異的会合は、天然の生理学的に関連のあるタンパク質−タンパク質相互作用において、共有または非共有のいずれかであり、そしてキャリア化合物または二量体化パートナーを含む、多タンパク質複合体のメンバーを含み得る。分子は、ポリマーまたは化学試薬であり得る。機能的アナログは、構造的改変を有するタンパク質であり得、または完全に関連のない分子であり得、例えば、これは、適切な相互作用する決定基と相互作用する分子形状を有する。改変体は、タンパク質のアゴニストまたはアンタゴニストとして作用し得、例えば、Goodmanら(編)（1990）Goodman  &  Gilman’s：The  Pharmacological  Bases  of  Therapeutics（第8版)Pergamon  Press，Tarrytown，N.Y.を参照のこと。
【００２５】
本明細書で使用する場合、用語「結合剤：DCタンパク質複合体」とは、結合剤およびDCタンパク質の複合体をいう。結合剤の特異的結合は、結合剤が、それぞれのDCタンパク質上の部位を認識する特異的結合部位を有することを意味する。例えば、DCタンパク質に対して惹起されそしてDCタンパク質上のエピトープを認識する抗体は、特異的結合によって抗体：DCタンパク質複合体を形成し得る。代表的には、結合剤：DCタンパク質複合体の形成は、他のタンパク質および生物製剤の混合物におけるそのDCタンパク質の測定を可能にする。用語「抗体：DCタンパク質複合体」とは、結合剤が抗体である結合剤：DCタンパク質複合体をいう。抗体は、モノクローナル、ポリクローナル、または抗体の抗原結合フラグメント（Fv、Fab、またはFab2フラグメントを含む）ですらあり得る。
【００２６】
「相同な」核酸配列は、比較した場合、顕著な類似性を示す。核酸における相同性についての標準は、配列比較および／または系統発生関連によって当業者に一般的に使用される相同性についての測定であるか、またはハイブリダイゼーション条件に基づいてのいずれかである。配列比較およびハイブリダイゼーション条件についての両方のアルゴリズムは、以下により詳細に説明される。
【００２７】
「単離された」核酸は、核酸、例えば、RNA、DNA、または混合されたポリマーであり、これは、天然にそれを付随する他の成分、例えば、タンパク質およびもとの種からのフランキングゲノム配列から実質的に分離される。この用語は、その天然に存在する環境から取り出されている核酸配列を包含し、そして組換えまたはクローニングされたDNA単離物、および化学合成されたアナログまたは異種系によって生物学的に合成されたアナログを含む。実質的に純粋な分子は、分子の単離された形態を含む。単離された核酸は、一般的に、分子の均一の組成物であるが、いくつかの実施態様では、少数の不均一性を含む。この不均一性は、代表的には、ポリマーの末端、あるいは所望の生物学的機能または活性に重要でない部分で見られる。
【００２８】
本明細書で使用する場合、用語「DCMP1タンパク質」は、タンパク質の文脈で使用される場合、配列番号２または８で示されるアミノ酸配列を有するタンパク質、あるいはこのようなタンパク質の重要なフラグメントを包含する。これは、それぞれのDCMP1タンパク質特異的結合成分と相互作用するポリペプチドをいう。これらの結合成分、例えば、抗体は、代表的には、高い親和性で、例えば、少なくとも約100nM、通常は約30nMより良好、好ましくは約10nMより良好、およびより好ましくは約３nMより良好に、DCMP1タンパク質に結合する。
【００２９】
用語「DCMP2形態」とは、配列番号４および10で提供される配列をいう。霊長類（例えば、ヒト）のヌクレオチドおよび対応するアミノ酸配列、レクチン／アシアロ糖タンパク質ファミリーメンバーに関連するタンパク質は、DCMP2と命名され、樹状細胞ライブラリーから単離され、これは配列番号３および４で提供される。長い形態は示されるとおりであるが、短い形態は、残基118〜144に対応する配列がない。短い形態はまた、ヌクレオチド1064で異なり得る。これは、残基173と174との間の挿入によっておよび残基270で異なる（表１を参照のこと）ASGPRの単球形態、およびヌクレオチド775〜776の間のGEEをコードする配列のインサートに関連する。他の改変体形態は、配列番号９および10に記載される。
【００３０】
本明細書で使用する場合、用語「ポリペプチド」または「タンパク質」は、そのタンパク質の重要なフラグメントまたはセグメントを含み、そして少なくとも約８アミノ酸のアミノ酸残基、一般的には少なくとも10アミノ酸、より一般的には少なくとも12アミノ酸、頻繁には少なくとも14アミノ酸、より頻繁には少なくとも16アミノ酸、代表的には少なくとも18アミノ酸、より代表的には少なくとも20アミノ酸、通常少なくとも22アミノ酸、より通常には少なくとも24アミノ酸、好ましくは少なくとも26アミノ酸、より好ましくは少なくとも28アミノ酸、および特に好ましい実施態様では少なくとも約30以上のアミノ酸、例えば、35、40、45、50、60、70などのストレッチを包含する。
【００３１】
好ましい実施態様は、特定の長さの複数の異なる（例えば、重複しない）セグメントを示す。代表的には、複数は、少なくとも２、より通常には少なくとも３、および好ましくは５、７、またはそれ以上である。長さの最小が提供されるが、種々のサイズのより長い長さ、例えば、１つの長さ７、および２つの長さ12が、適切であり得る。セグメントは、ペプチドまたはオリゴヌクレオチドのいずれかをいい得る。
【００３２】
「組換え」核酸は、代表的には、その構造によって定義される。これは、互いに天然には隣接しないが、天然の産物、例えば、天然に存在する変異体形態を排除することを意味する、２つのフラグメントの融合物を含む配列を生成することによって作成される核酸であり得る。
【００３３】
ある種の形態は、産生の方法によって定義される。このような、例えば、プロセスによって作成される産物に関して、このプロセスは、組換え核酸技法（例えば、ヌクレオチド配列におけるヒトの介入、代表的には選択または産生を含む）の使用である。
【００３４】
したがって、本発明は、例えば、合成オリゴヌクレオチドプロセスを使用して誘導される配列を含む核酸、およびこれらのタンパク質をコードする天然に存在しないベクターで細胞を形質転換することによって作成される産物を包含する。このようなものは、しばしば、あるコドンを同じまたは保存的アミノ酸をコードする重複コドンと置換するために行われるが、代表的には、例えば、制限酵素について配列認識部位を導入または除去する。あるいは、これは、普通に利用可能な天然形態で見られない機能の所望の組み合わせを含む単一遺伝的実体を生成するために、所望の機能の核酸セグメントを一緒に連結するために行われる。制限酵素認識部位は、しばしば、このような人工的操作の標的であるが、他の部位特異的標的（例えば、プロモーター、DNA複製部位、調節配列、制御配列）、または他の有用な特徴（例えば、プライマーセグメント）は、設計によって組み込まれ得る。類似の概念が、組換え（例えば、融合）ポリペプチドについて意図される。詳細には、遺伝コード重複によって、これらの抗原のフラグメントに類似のポリペプチドをコードする合成核酸、および種々の異なる種の改変体からの配列の融合物が含まれる。
【００３５】
「溶解度」は、スベドベリ単位で測定される沈降によって反映され、これは特定の条件下で分子の沈降速度の尺度である。沈降速度の決定を、分析用超遠心分離機で古典的に行ったが、代表的には、現在は標準的超遠心分離機で行われる。Freifelder（1982）Physical  Biochemistry（第2版）W.H．Freeman  &  Co.，San  Francisco，CA；ならびにCantorおよびSchimmel（1980）Biophysical  Chemistry  1-3部，W.H．Freeman  &  Co.，San  Francisco，CAを参照のこと。粗決定として、推定可溶性ポリペプチドを含む試料を、標準的フルサイズの超遠心分離機で約50K  rpmにて約10分間回転し、そして可溶性分子は上清に残る。可溶性粒子またはポリペプチドは、代表的には、約30S未満、より代表的には約15S未満、通常は約10S未満、より通常には約6S未満、ならびに特定の実施態様では好ましくは約4S未満、およびより好ましくは約3S未満である。ポリペプチドまたはフラグメントの溶解度は、環境およびポリペプチドに依存する。多くのパラメータは、ポリペプチド溶解度に影響を及ぼし、これには、温度、電解質環境、ポリペプチドのサイズおよび分子特徴、ならびに溶媒の性質を含む。代表的には、ポリペプチドが使用される温度は、約４℃〜約65℃の範囲にある。通常、使用時の温度は、約18℃以上、およびより通常には約22℃以上である。診断目的については、温度は、通常、ほぼ室温またはより温かであるが、アッセイにおける成分の変性温度未満である。治療目的では、温度は、通常体温、代表的にはヒトについては約37℃であるが、ある状況下では、温度は、インサイチュまたはインビトロで上昇または低下し得る。
【００３６】
ポリペプチドのサイズおよび構造は、一般的には、実質的に安定な生理学的活性状態にあるべきであり、そして通常、変性状態にはない。ポリペプチドは、例えば、溶解度を与えるために、４次構造で他のポリペプチドと会合し得るか、あるいは天然の脂質二重層相互作用に近い様式で脂質またはデタージェントと会合し得る。
【００３７】
溶媒は、通常、生物学的活性の保存に使用されるタイプの、生物学的適合可能な緩衝液であり、そして通常、生理学的溶媒に近い。通常、溶媒は、中性pH、代表的には約５〜10の間、および好ましくは約7.5を有する。時々、デタージェントが添加され、代表的には穏和な非変性デタージェント、例えば、CHS（コレステリルヘミスクシネート）またはCHAPS（3-([3-コラミドプロピル]ジメチル-アンモニオ)-1-プロパンスルホン酸）、またはタンパク質の構造的または生理学的特性の有意な破壊を避けるために十分に低いデタージェント濃度である。
【００３８】
「実質的に純粋」とは、代表的には、タンパク質が、他の夾雑タンパク質、核酸、またはもとのソース生物に由来する他の生物製剤から単離されることを意味する。純度、または「単離」は、代表的に重量によって標準的方法によってアッセイされ得、そして普通は、少なくとも約50％純粋、より普通には少なくとも約60％純粋、一般的には少なくとも約70％純粋、より一般的には少なくとも約80％純粋、頻繁には少なくとも約85％純粋、より頻繁には少なくとも約90％純粋、好ましくは少なくとも約95％純粋、より好ましくは少なくとも約98％純粋、および最も好ましい実施態様では少なくとも約99％純粋である。キャリアまたは賦形剤は、しばしば、添加され、または処方物は、滅菌であり得るかまたは緩衝液成分を含み得る。
【００３９】
核酸配列比較の文脈において「実質的に類似性」とは、比較した場合、セグメントまたはその相補鎖のいずれかが、最適にアラインした場合に、適切なヌクレオチド挿入または欠失をともない、少なくとも約50％のヌクレオチド、一般的には少なくとも56％、より一般的には少なくとも59％、普通は少なくとも62％、より普通には少なくとも65％、頻繁には少なくとも68％、より頻繁には少なくとも71％、代表的には少なくとも74％、より代表的には少なくとも77％、通常は少なくとも80％、より通常には少なくとも約85％、好ましくは少なくとも約90％、より好ましくは少なくとも約95〜98％以上、および特定の実施態様では約99％以上のヌクレオチドの高さで同一であることを意味する。あるいは、実質的な類似性は、セグメントが、代表的には、配列番号１または７に由来する配列または３および９の適切な部分を使用して、選択的ハイブリダイゼーション条件下で、鎖またはその相補物にハイブリダイズする場合に存在する。代表的には、少なくとも約30ヌクレオチドのストレッチにわたって少なくとも約55％類似性、好ましくは少なくとも約25ヌクレオチドのストレッチにわたって少なくとも約65％、より好ましくは少なくとも約75％、および最も好ましくは約20ヌクレオチドにわたって少なくとも約90％である場合に、選択的ハイブリダイゼーションは起こる。Kanehisa（1984）Nuc．Acids  Res．12:203-213を参照のこと。記載のように、類似性比較の長さは、より長いストレッチ以上であり得、そしてある実施態様では、少なくとも約17ヌクレオチド、通常は少なくとも約20ヌクレオチド、より通常には少なくとも約24ヌクレオチド、代表的には少なくとも約28ヌクレオチド、より代表的には少なくとも約40ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約50ヌクレオチド、およびより好ましくは少なくとも約75〜100以上のヌクレオチド以上にわたる。DCMP1についての比較の尺度は、DCMP2実施態様についての比較尺度に反映しない。
【００４０】
「ストリンジェント条件」は、ハイブリダイゼーションの文脈において相同性または実質的な類似性に関して、塩、温度、有機溶媒、および他のパラメータのストリンジェントな組み合わせた条件、代表的にはハイブリダイゼーション反応において制御される条件である。パラメータの組み合わせは、任意の単一のパラメータの尺度よりも重要である。例えば、WetmurおよびDavidson（1968）J．Mol．Biol．31:349-370を参照のこと。ストリンジェント条件下で標的核酸に結合する核酸プローブは、この標的核酸に特異的である。このようなプローブは、代表的には、11ヌクレオチド長以上であり、そしてストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で標的を結合するためにプローブの配列によって特定される領域にわたる標的核酸に十分に同一または相互的である。
【００４１】
他の哺乳動物種からの対応物DCMPタンパク質は、密接に関連する種の交差種ハイブリダイゼーションによってクローニングおよび単離され得る。例えば、以下を参照のこと。類似性は、遠い関係の種間では比較的低いものであり得、したがって比較的近い関係の種のハイブリダイゼーションが得策である。あるいは、より低い種特異性を示す抗体調製物の調製は、発現クローニングアプローチに有用であり得る。
【００４２】
用語「抗体に特異的に結合する」または「特異的に免疫反応性」とは、タンパク質またはペプチドに対していう場合、タンパク質および他の生物学的成分の不均一性集団の存在下でタンパク質の存在の決定要因である結合反応をいう。したがって、指定されたイムノアッセイ条件下で、特定化された抗体は特定のタンパク質に結合し、そして試料中に存在する他のタンパク質に有意に結合しない。このような条件下での抗体の特異的結合は、特異的のタンパク質に対するその特異性について選択される抗体を必要とし得る。例えば、配列番号２または８に示すアミノ酸配列を有するヒトDCMP1タンパク質免疫原に対して惹起された抗体は、そのDCMPタンパク質と特異的に免疫反応性であるが他のタンパク質とは反応性ではない抗体を得るために選択され得る。これらの抗体は、相同のヒトDCMP1タンパク質に非常に類似のタンパク質を認識する。
【００４３】
III．核酸
これらのDCMP遺伝子は、樹状細胞上で選択的に発現される。開示されるような好ましい実施態様は、他の種（例えば、鳥類および哺乳動物のような温血動物）から遺伝子を単離するための標準的手順に有用である。交差ハイブリダイゼーションは、個体、株、または種からの関連タンパク質の単離を可能にする。多くの異なるアプローチは、本明細書に提供される情報に基づいて適切な核酸クローンを首尾良く単離するために利用可能である。サザンブロットハイブリダイゼーション研究は、適切なハイブリダイゼーション条件下で他の種において相同な遺伝子を同定するべきである。
【００４４】
精製したタンパク質または定義されたペプチドは、以下に記載のような標準的方法によって抗体を産生するために有用である。合成ペプチドまたは精製タンパク質は、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を産生するために免疫系に提示され得る。例えば、Coligan（1991）Current  Protocols  in  Immunology  Wiley/Greene，NY；ならびにHarlowおよびLane（1989）Antibodies：A  Laboratory  Manual  Cold  Spring  Harbor  Press，NYを参照のこと、これらは参考として本明細書に援用される。あるいは、DCMP抗原結合組成物は、特異的結合試薬として有用であり得、そして例えば、DCMPタンパク質の精製のために、結合の特異性を利用し得る。
【００４５】
特異的結合組成物は、それぞれのDCMPタンパク質を発現する細胞株から作成される発現ライブラリーをスクリーニングするために使用され得る。スクリーニングのための多くの方法が利用可能であり、例えば、表面で発現したリガンドの標準的染色、またはパンニングによる。細胞内発現のスクリーニングはまた、種々の染色または免疫蛍光手順によって行われ得る。結合組成物は、抗原を発現する細胞をアフィニティー精製または分類するために使用され得る。
【００４６】
表１：霊長類（例えば、ヒト）のレクチン／ASGPRファミリーメンバーのアラインメント。ASGPRh1およびASGPRh2は、肝臓アシアロ糖タンパク質レセプターであり（配列番号５および６を参照のこと）；ASGPRmは、マクロファージ由来のASGPRであり；DCMP2は、短い形態、長い形態、および改変体形態、配列番号４および10を有し；DCMP1は、配列番号２および８に示される。
【００４７】
【表１】
2008264000.tif 000002
特徴：＊＊＊  インターナライゼーションドメイン（伸長したドメインEITYAEVは、NKレセプターNKAに見られる）；+++  膜貫通ドメイン；...  C-タイプレクチンドメイン；XXX  糖特異的ドメイン。DCMP1レセプターは、レクチンドメインにおけるマクロファージレクチンに対する相同性が最も近い。
【００４８】
配列分析は、これらのDCMPが、レセプターのレクチン／アシアロ糖タンパク質スーパーファミリーのメンバーであることを示唆する。ペプチドセグメントはまた、適切なオリゴヌクレオチドを設計および産生するために使用して、類似の遺伝子、例えば、同一または多型改変体の存在を決定するために、あるいはDCを同定するためにライブラリーをスクリーニングし得る。遺伝コードを、スクリーニングのためのプローブとして有用な適切なオリゴヌクレオチドを選択するために使用し得る。ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技術と組み合わせて、合成オリゴヌクレオチドは、ライブラリーから所望のクローンを選択することに有用である。
【００４９】
相補配列はまた、プローブまたはプライマーとして使用される。それらしいアミノ末端の同定に基づいて、例えば、係留したベクターまたはポリＡ相補的PCR技術とあるいは他のペプチドの相補的DNAとカップリングされる他のペプチドは、特に有用であるべきである。
【００５０】
これらのDCタンパク質をコードする遺伝子の核酸操作のための技術、例えば、発現ベクターにポリペプチドをコードする核酸配列をサブクローニングすること、プローブを標識すること、DNAハイブリダイゼーションなどは、Sambrookら（1989）Molecular  Cloning−A  Laboratory  Manual（第2版）Vol．1-3，Cold  Spring  Harbor  Laboratory，Cold  Spring  Harbor  Press，NYに一般的に記載され、これは参考として本明細書に援用され、そして以下で「Sambrookら」という。Coliganら（1987および定期的補遺）Current  Protocols  in  Molecualr  Biology  Greene/Wiley，New  York，NY（「Coliganら」という）も参照のこと。
【００５１】
これらのDCタンパク質をコードするDNA配列を単離する種々の方法がある。例えば、DNAを、本明細書に開示される配列と同一またはこれに相補的な配列を有する標識されたオリゴヌクレオチドプローブを使用して、ゲノムまたはcDNAライブラリーから単離する。全長プローブを使用し得、あるいはオリゴヌクレオチドプローブを、他のタンパク質と開示された配列との比較、および特異的プライマーを選択することによって生成し得る。このようなプローブを、DCタンパク質をコードするDNAを単離するためにハイブリダイゼーションアッセイで直接使用し得、あるいはプローブを、DCタンパク質をコードするDNAの単離について、PCRのような増幅技術における使用のために設計し得る。
【００５２】
cDNAライブラリーを調製するために、mRNAを、DCタンパク質を発現する細胞から単離する。cDNAを、mRNAから調製し、そして組換えベクターにライゲートする。ベクターを、増殖、スクリーニング、およびクローニングのための組換え宿主にトランスフェクトする。cDNAライブラリーを作成およびスクリーニングする方法は周知である。GublerおよびHoffman（1983）Gene  25:263-269；Sambrookら；またはColiganらを参照のこと。
【００５３】
ゲノムライブラリーについて、DNAを、組織から抽出し、そして機械的剪断または酵素的切断のいずれかにより、約12〜20kbのフラグメントを得ることができる。次いで、フラグメントを、グラジエント遠心分離によって分離し、そしてバクテリオファージλベクターにクローニングする。これらのベクターおよびファージを、例えば、SambrookらまたはColiganらに記載のように、インビトロでパッケージする。組換えファージを、BentonおよびDavis（1977）Science  196:180-182に記載のように、プラークハイブリダイゼーションによって分析する。コロニーハイブリダイゼーションを、例えば、Grunsteinら（1975）Proc．Natl．Acad．Sci．USA  72:3961-3965に一般的に記載されるように行う。
【００５４】
DCタンパク質をコードするDNAを、例えば、コロニーまたはプラークハイブリダイゼーション実験において、本明細書に記載の核酸プローブとハイブリダイズする能力によって、cDNAまたはゲノムライブラリーのいずれかで同定し得る。対応するDNA領域を、当業者に熟知の標準的方法によって単離する。Sambrookらを参照のこと。
【００５５】
標的配列を増幅する種々の方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応）はまた、DCタンパク質をコードするDNAを調製するために使用し得る。ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技術を、mRNA、cDNA、およびゲノムライブラリーまたはcDNAライブラリーから直接的にこのような核酸配列を増幅するために使用する。DCタンパク質をコードする単離された配列はまた、PCR増幅のためのテンプレートとして使用し得る。
【００５６】
PCR技術において、増幅されるべきDNA領域において２つの5’領域に相補的なオリゴヌクレオチドプライマーを合成する。次いで、ポリメラーゼ連鎖反応を、２つのプライマーを使用して行う。Innisら(編)（1990）PCR  Protocols：A  Guide  to  Methods  and  Applications  Academic  Press，San  Diego，CAを参照のこと。プライマーを、選択された全長DCタンパク質をコードする完全な領域を増幅するために、または所望により、より小さいDNAセグメントを増幅するために、選択し得る。一旦このような領域をPCR増幅すると、これらを配列決定し得、そしてオリゴヌクレオチドプローブを、標準的技術を使用して得られる配列から調製し得る。次いで、これらのプローブを使用して、DCタンパク質の他の形態をコードするDNAを単離し得る。
【００５７】
プローブとしての使用のためのオリゴヌクレオチドを、BeaucageおよびCarruthers（1983）Tetrahedron  Lett．22(20):1859-1862によって最初に記載された固相ホスホルアミダイトトリエステル方法に従って、またはNeedham-VanDevanterら（1984）Nucleic  Acids  Res．12:6159-6168に記載のように自動化合成機を使用して、化学合成する。オリゴヌクレオチドの精製を、例えば、天然アクリルアミドゲル電気泳動によって、またはPearsonおよびRegnier（1983）J．Chrom．255:137-149に記載のように陰イオン交換HPLCによって行う。合成オリゴヌクレオチドの配列を、MaxamおよびGilbert，GrossmanおよびMoldave(1980年編）Methods  in  Enzymology  65:499-560  Academic  Press，New  Yorkの化学分解方法を使用して確認し得る。
【００５８】
本発明は、記載のように、DCタンパク質をコードするための単離されたDNAまたはフラグメントを提供する。さらに、本発明は、適切な条件下、例えば、高いストリンジェンシーで、本明細書に記載のDNA配列とハイブリダイズし得る生物学的に活性なタンパク質またはポリペプチドをコードする、単離されたまたは組換えDNAを提供する。この生物学的に活性なタンパク質またはポリペプチドは、天然に存在する形態、または組換えタンパク質もしくはフラグメントであり得、そして配列番号２、４、８、または10に開示されるアミノ酸配列を有する。好ましい実施態様は、例えば、霊長類からの全長の天然単離物である。グリコシル化形態で、タンパク質はより大きなサイズを示すべきである。さらに、本発明は、単離されたまたは組換えDNA、あるいはそのフラグメントの使用を包含し、これは、各それぞれのDCタンパク質に相同であるタンパク質をコードする。単離されたDNAは、5’および3’フランクにそれぞれの調節配列、例えば、プロモーター、エンハンサー、ポリＡ付加シグナルなどを有し得る。
【００５９】
IV．DC遺伝子産物の作成
これらのDCタンパク質またはそのフラグメントをコードするDNAは、化学合成、cDNAライブラリーのスクリーニング、あるいは広範な種々の細胞株または組織試料から調製したゲノムライブラリーのスクリーニングによって得られ得る。
【００６０】
これらのDNAを、例えば、ポリクローナルまたはモノクローナル抗体を生成するために使用され得る全長タンパク質またはフラグメントの合成のために；結合研究のために；改変された分子の構築および発現のために；ならびに構造／機能研究のために、広範な種々の宿主細胞で発現し得る。これらのDCタンパク質またはそのフラグメントのそれぞれを、適切な発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされる宿主細胞で発現し得る。これらの分子を、組換え宿主に由来する以外の、タンパク質または細胞夾雑物を含まないように実質的に精製し得、したがって薬学的に受容可能なキャリアおよび／または希釈剤と組み合わせた場合、薬学的組成物に特に有用である。抗原、またはその一部は、他のタンパク質との融合物として発現され得る。
【００６１】
発現ベクターは、代表的には、所望のDC遺伝子またはそのフラグメントを含む自己複製DNAまたはRNA構築物であり、通常、適切な宿主細胞で認識される適切な遺伝子制御エレメントに作動可能に連結される。これらの制御エレメントは、適切な宿主内で発現をもたらし得る。発現をもたらすために必要な制御エレメントの特定のタイプは、使用される最終的な宿主細胞に依存する。一般的には、遺伝子制御エレメントは、原核生物プロモーター系または真核生物プロモーター発現制御系を含み得、そして代表的には、転写プロモーター、転写の開始を制御するための任意のオペレーター、mRNA発現のレベルを上昇させるための転写エンハンサー、適切なリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳を終結する配列を含む。発現ベクターはまた、通常は、ベクターを宿主細胞から独立して複製させる複製起点を含む。
【００６２】
本発明のベクターは、種々のDCタンパク質またはそのフラグメントをコードする、例えば、代表的には、生物学的に活性ナポリペプチドまたはタンパク質をコードする、DNAを含む。DNAは、ウイルスプロモーターの制御下であり得、そして選択マーカーをコードし得る。本発明は、さらに、原核生物または真核生物宿主中でDCタンパク質をコードする真核生物cDNAを発現し得るこのような発現ベクターの使用を包含し、ここで、ベクターは、宿主と適合可能であり、そしてタンパク質をコードする真核生物cDNAは、ベクターを含有する宿主の増殖が目的のcDNAを発現するベクター中に挿入される。通常は、発現ベクターは、宿主細胞における安定な複製のために、または細胞当たり所望の遺伝子の総コピー数を非常に増加させるための増幅のために設計される。発現ベクターが宿主細胞で複製することが必ずしも必要ではなく、例えば、宿主細胞によって認識される複製起点を含まないベクターを使用して、種々の宿主においてタンパク質またはそのフラグメントの一過性の発現をもたらすことが可能である。また、組換えによって宿主DNAにDC遺伝子またはそのフラグメントの組込みを引き起こすベクターを使用すること、または内因性遺伝子の発現を制御するプロモーターを組込むことが可能である。
【００６３】
本明細書で使用する場合、ベクターは、プラスミド、ウイルス、バクテリオファージ、組込み可能DNAフラグメント、および宿主のゲノムへのDNAフラグメントの組込みを可能にする他のベヒクルを含む。発現ベクターは、作動可能に連結された遺伝子の発現をもたらす遺伝子制御エレメントを含む特定化されたベクターである。プラスミドは、ベクターの最も普通に使用される形態であるが、等価の機能を作用するベクターのすべての他の形態は、本明細書の使用に適切である。例えば、Pouwelsら（1985年および補遺）Cloning  Vectors：A  Laboratory  Manual  Elsevier，N.Y.；およびRodriquezら(編)（1988）Vectors：A  Survey  of  Molecular  Cloning  Vectors  and  Their  Uses  Buttersworth，Boston，MAを参照のこと。
【００６４】
適切な宿主細胞には、真核生物、下等真核生物、および高等真核生物が挙げられる。原核生物には、グラム陰性およびグラム陽性の両方の生物、例えば、E．coliおよびB．subtilisが挙げられる。下等真核生物には、酵母、例えば、S．cerevisiaeおよびPichia、ならびにDictyostelium属の種が挙げられる。高等真核生物には、動物細胞からの樹立された組織培養細胞株、非哺乳動物起源（例えば、昆虫細胞、および鳥類）および哺乳動物起源（例えば、ヒト、霊長類、および齧歯類）の両方が挙げられる。
【００６５】
原核生物宿主−ベクター系には、多くの異なる種についての広範な種々のベクターが挙げられる。本明細書で使用する場合、E．coliおよびそのベクターは、他の原核生物で使用される等価のベクターを含むように一般に使用される。DNAを増幅するための代表的なベクターは、pBR322またはその誘導体である。DCタンパク質またはフラグメントを発現するために使用され得るベクターには、lacプロモーターを含むベクター（pUC-シリーズ）；trpプロモーターを含むベクター（pBR322-trp）；Ippプロモーターを含むベクター（pIN-シリーズ）；λpPまたはpRプロモーターを含むベクター（pOTS）；またはptacのようなハイブリッドプロモーターを含むベクター（pDR540）が挙げられるが、これらに限定されない。Brosiusら（1988)「Expression  Vectors  Employing  Lambda-，trp-，lac-，and  Ipp-derived  Promoters」RodriguezおよびDenhardt(編）Vectors：A  Survey  of  Molecular  Cloning  Vectors  and  Their  Uses  10:205-236，Buttersworth，Boston，MAを参照のこと。
【００６６】
下等真核生物、例えば、酵母およびDictyosteliumは、DC遺伝子配列含有ベクターで形質転換され得る。本発明の目的のために、最も普通の下等真核生物宿主は、パン酵母、Saccharomyces  cerevisiaeである。これは、下等真核生物を表すために一般的に使用されるが、多くの他の株および種も利用可能である。酵母ベクターは、代表的には、複製起点（組込みタイプでなければ）、選択遺伝子、プロモーター、所望のタンパク質またはそのフラグメントをコードするDNA、および翻訳終結、ポリアデニル化、および転写終結のための配列からなる。酵母に適切な発現ベクターには、3-ホスホグリセレートキナーゼおよび種々の他の解糖系酵素遺伝子プロモーターのような構成的プロモーター、またはアルコールデヒドロゲナーゼ２プロモーターまたはメタロチオネインプロモーターのような誘導性プロモーターが挙げられる。適切なベクターには、以下のタイプの誘導体が挙げられる：自己複製低コピー数（例えば、YRp-シリーズ）、自己複製高コピー数（例えば、YEp-シリーズ）；組込みタイプ（例えば、YIp-シリーズ）、またはミニ染色体（YCp-シリーズ）。
【００６７】
高等真核生物組織培養細胞は、DCタンパク質の発現に好ましい宿主細胞である。主として、ほとんどの任意の高等真核生物組織培養細胞株（例えば、昆虫バキュロウイルス発現系）は、無脊椎動物または脊椎動物供給源からであろうと使用し得る。しかし、哺乳動物細胞は、同時翻訳および翻訳後の両方で、適切なプロセシングを達成することが好ましい。このような細胞の形質転換またはトランスフェクションおよび増殖は、日常的である。有用な細胞株には、HeLa細胞、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞株、ベビーラット腎臓（BRK）細胞株、昆虫細胞株、鳥類細胞株、およびサル（COS）細胞株が挙げられる。このような細胞株のための発現ベクターには、通常、複製起点、プロモーター、翻訳開始部位、RNAスプライス部位（例えば、ゲノムDNAが使用される場合）、ポリアデニル化部位、および転写終結部位が挙げられる。これらのベクターはまた、選択遺伝子または増幅遺伝子を含み得る。適切な発現ベクターは、例えば、アデノウイルス、SV40、パルボウイルス、ワクシニアウイルス、またはサイトメガロウイルスのような供給源に由来するプロモーターを有するプラスミド、ウイルス、またはレトロウイルスであり得る。適切な発現ベクターの代表的な例には、pCDNA1；pCD（Okayamaら（1985）Mol．Cell  Biol．5:1136-1142を参照のこと）；pMC1neo  Poly-A（Thomasら（1987）Cell  51:503-512を参照のこと）；およびpAC373またはpAC610のようなバキュロウイルスベクターが挙げられる。
【００６８】
ある場合には、DCタンパク質は、あるアッセイにおいて生物学的応答を誘起するためにグリコシル化される必要がない。しかし、しばしば、特定のまたは所定のグリコシル化パターンを提供する系でDCポリペプチドを発現することが望ましい。この場合、通常のパターンは、発現系によって天然に提供されるものである。しかし、パターンは、異種発現系に導入される適切なグリコシル化タンパク質に、例えば、非グリコシル化形態で、ポリペプチドを曝露することによって改変可能である。例えば、DC遺伝子は、哺乳動物または他のグリコシル化酵素をコードする１つ以上の遺伝子で同時形質転換され得る。過剰グリコシル化が、DCタンパク質の生物学的活性に有害であり得、そして当業者が、最適な生物学的活性を与えるグリコシル化の程度を最適にするために日常的なテストを行い得ることがさらに理解される。
【００６９】
DCタンパク質、またはそのフラグメントは、細胞膜に連結されたホスファチジルイノシトール（PI）に操作され得るが、ホスファチジルイノシトール切断酵素、例えば、ホスファチジルイノシトールホスホリパーゼＣでの処理によって膜から取り出され得る。これは、生物学的に活性な形態で抗原を放出し、そしてタンパク質化学の標準的手順による精製を可能にする。例えば、Low（1989）Biochem．Biophys．Acta  988:427-454；Tseら（1985）Science  230:1003-1008；Brunnerら（1991）J．Cell  Biol．114:1275-1283；およびColiganら(編)（1996年および定期的補遺）Current  Protocols  in  Protein  Science，John  Wiley  &  Sons，New  York，NYを参照のこと。
【００７０】
これらのDCタンパク質が特徴づけられているので、そのフラグメントまたは誘導体は、ペプチドを合成するための従来のプロセスによって調製され得る。これらには、StewartおよびYoung（1984）Solid  Phase  Peptide  Synthesis  Pierce  Chemical  Co.，Rockford，IL；BodanszkyおよびBodanszky（1984）The  Practice  of  Peptide  Synthesis  Springer-Verlag，New  York，NY；およびBodanszky（1984）The  Principles  of  Peptide  Synthesis  Springer-Verlag，New  York，NYに記載されるようなプロセスが挙げられる。Merrified（1986）Science  232:341-347；およびDawsonら（1994）Science  266:776-779も参照のこと。例えば、アジドプロセス、酸塩化物プロセス、酸無水物プロセス、混合無水物プロセス、活性エステルプロセス（例えば、p-ニトロフェニルエステル、N-ヒドロキシスクシンイミドエステル、またはシアノメチルエステル）、カルボジイミダゾールプロセス、酸化還元プロセス、またはジクロロヘキシルカルボジイミド(DCCD)/付加プロセスが、使用され得る。固相および液相合成は、両方とも上記のプロセスに適用可能である。
【００７１】
調製されたタンパク質およびそのフラグメントは、ペプチド分離の手段によって、例えば、抽出、沈殿、電気泳動、および種々の形態のクロマトグラフィーなどによって、反応混合物から単離および精製され得る。本発明のDCタンパク質は、所望の使用に依存して種々の程度の純度で得られ得る。精製は、公知のタンパク質精製技術の使用によって、または例えば、免疫吸着アフィニティークロマトグラフィーにおいて本明細書に記載の抗体または結合パートナーの使用によって、達成され得る。この免疫吸着アフィニティークロマトグラフィーは、最初に抗体を固体支持体に連結する工程、および連結された抗体を、適切な供給源細胞の可溶化溶解物、タンパク質を発現する他の細胞の溶解物、またはDNA技術の結果としてタンパク質を産生する細胞の溶解物もしくは上清と接触させる工程によって行われ、以下を参照のこと。
【００７２】
多くの細胞株は、他の細胞と比較して高レベルでこのタンパク質を発現するものについてスクリーニングされ得る。種々の細胞株、例えば、マウス胸腺間質細胞株TA4は、その好ましい取り扱い特性についてスクリーニングおよび選択される。天然のDC細胞タンパク質は、天然の供給源から、または適切な発現ベクターを使用して形質転換された細胞からの発現によって単離され得る。発現されたタンパク質の精製は、標準的手順によって達成され、または細胞溶解物もしくは上清から高い効率で効果的な精製のための操作手順と組み合わせ得る。FLAGまたはHis６セグメントは、このような精製の特徴について使用され得る。
【００７３】
Ｖ．抗体
抗体は、種々のDCタンパク質に対して惹起され得、これには、天然に存在する（全長）形態および組み換え形態での両方で、個々の改変体、多型性改変体、対立遺伝子改変体、株改変体、または種改変体、およびそのフラグメントが挙げられる。さらに、抗体は、活性形態または不活性形態のいずれかでDCタンパク質に対して惹起され得る。高イディオタイプ抗体も使用され得る。
【００７４】
ａ．抗体産生
多くの免疫原は、これらのDCタンパク質と特異的に反応性の抗体を産生するために使用され得る。組換えタンパク質は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体の産生に好ましい免疫原である。天然に存在するタンパク質はまた、純粋または非純粋形態のいずれかで使用され得る。本明細書に記載のヒトDCタンパク質配列を使用して作成される合成ペプチドはまた、DCタンパク質に対する抗体の産生のための免疫原として使用し得る。組換えタンパク質を、本明細書に記載のように真核生物または原核生物細胞で発現させ、そして記載のように精製し得る。次いで、産物を、抗体を産生し得る動物に注射する。モノクローナルまたはポリクローナル抗体のいずれかを、タンパク質を測定するためのイムノアッセイにおけるその後の使用のために生成し得る。
【００７５】
ポリクローナル抗体を産生する方法は、当業者に公知である。簡単にいえば、免疫原、好ましくは精製されたタンパク質を、アジュバントと混合し、そして動物を混合物で免疫接種する。免疫原調製物に対する動物の免疫応答を、テスト採血すること、および目的のDCタンパク質に対する反応性の力価を決定することによってモニターする。免疫原に対する抗体の適切に高い力価を得る場合、血液を動物から採集し、そして抗血清を調製する。所望であれば、タンパク質に反応性の抗体を富化するための抗血清のさらなる分画を行い得る。例えば、HarlowおよびLaneを参照のこと。
【００７６】
モノクローナル抗体は、当業者に熟知の種々の技術によって得られ得る。簡単にいえば、所望の抗原で免疫した動物からの脾臓細胞を、一般には、ミエローマ細胞との融合によって不死化する。例えば、KohlerおよびMilstein（1976）Eur．J．Immunol．6:511-519（これは参考として本明細書に援用される）を参照のこと。不死化の代わりの方法は、エプスタイン・バーウイルス、ガン遺伝子、またはレトロウイルス、あるいは当該技術分野で公知の他の方法での形質転換を含む。単一の不死化細胞から生じるコロニーを、抗原に対して所望の特異性および親和性の抗体の産生についてスクリーニングし、そしてこのような細胞によって産生されるモノクローナル抗体の収量を、脊椎動物宿主の腹腔への注射を含む、種々の技術によって増強し得る。あるいは、Huseら（1989）Science  246:1275-1281に概説される一般的プロトコルに従って、ヒトＢ細胞からDNAライブラリーをスクリーニングすることによって、モノクローナル抗体またはその結合フラグメントをコードするDNA配列を単離し得る。
【００７７】
これらのDCタンパク質の所定のフラグメントに対する、結合フラグメントおよび一本鎖型を含む、抗体を、上記のようにキャリアタンパク質とのフラグメントの結合体での動物の免疫によって惹起し得る。モノクローナル抗体は、所望の抗体を分泌する細胞から調製される。これらの抗体は、正常または防御DCタンパク質への結合についてスクリーニングされるか、あるいはアゴニストまたはアンタゴニスト活性についてスクリーニングされ得る。これらのモノクローナル抗体は、通常は、少なくとも約１mM、より通常には少なくとも約300μM、代表的には少なくとも約10μM、より代表的には少なくとも約30μM、好ましくは少なくとも約10μM、およびより好ましくは少なくとも約3μMより良好のKＤで結合する。
【００７８】
いくつかの場合には、マウス、齧歯類、霊長類、ヒトなどのような種々の哺乳動物宿主からモノクローナル抗体を調製することが望ましい。このようなモノクローナル抗体を調製するための技術の説明は、例えば、Stitesら(編）Basic  and  Clinical  Immunology（第4版）Lange  Medical  Publications，Los  Altos，CAおよびそれに引用される参考文献；HarlowおよびLane（1988）Antibodies：A  Laboratory  Manual  CSH  Press；Goding（1986）Monoclonal  Antibodies：Principles  and  Practice（第2版）Academic  Press，New  York，NY；ならびに特にKohlerおよびMilstein（1975）Nature  256:495-497（これはモノクローナル抗体を生成する１つの方法を議論する）で見られ得る。簡単にまとめると、この方法は、体液性免疫応答を開始するために、動物に免疫原を注射する工程を包含する。次いで、動物を屠殺し、そして細胞をその脾臓から採取し、次いでミエローマ細胞と融合する。結果は、インビトロで再生し得るハイブリッド細胞または「ハイブリドーマ」である。次いで、ハイブリドーマの集団をスクリーニングして、個々のクローンを単離し、そのそれぞれは免疫原に対する単一抗体種を分泌する。このようにして、得られた個々の抗体種は、免疫原性物質で認識される特異的部位に応じて生成した免疫動物からの、不死化されかつクローニングされた単一のＢ細胞の産物である。
【００７９】
他の適切な技術には、ファージまたは類似のベクターにおいて抗体のライブラリーの選択を包含する。Huseら（1989)「Generation  of  a  Large  Combinatorial  Library  of  the  Immunoglobulin  Repertoire  in  Phage  Lambda」Science  246:1275-1281；およびWardら（1989）Nature  341:544-546を参照のこと。本発明のポリペプチドおよび抗体を、改変ありまたはなしで使用し得、これらには、キメラまたはヒト化抗体が含まれる。頻繁には、ポリペプチドおよび抗体を、検出可能なシグナルを提供する物質を、共有結合または非共有結合のいずれかによって標識する。広範な種々の標識および結合技術が公知であり、そして科学および特許文献の両方に広く報告される。適切な標識としては、放射性核種、酵素、基質、補因子、インヒビター、蛍光部分、化学発光部分、磁性粒子などが挙げられる。このような標識の使用を教示する特許には、米国特許第3,817,837号；第3,850,752号；第3,939,350号；第3,996,345号：第4,277,437号；第4,275,149号；および第4,366,241号が挙げられる。組換え免疫グロブリンもまた、産生され得る。Cabilly，米国特許第4,816,567号；およびQueenら（1989）Proc．Natl．Acad．Sci．USA  86:10029-10033を参照のこと。
【００８０】
本発明の抗体はまた、各DCタンパク質を単離することにおけるアフィニティークロマトグラフィーのために使用され得る。カラムが調製され得、ここで、抗体は、固体支持体、例えば、粒子（例えば、アガロース、SEPHADEXなど）に連結され、細胞溶解物がカラムを通過し得、カラムが洗浄され、次いで穏和な変性剤の濃度を上昇させ、それによって精製したDCタンパク質が放出される。
【００８１】
抗体はまた、特定の発現産物について発現ライブラリーをスクリーニングするために使用され得る。通常、このような手順で使用される抗体を、抗体結合によって抗原の存在の検出を容易にする部分で標識する。
【００８２】
DCタンパク質に対する抗体を、分析のために、あるいはそれぞれのタンパク質を発現する特異的細胞集団成分の同定のために使用し得る。DCタンパク質を発現する細胞の発現産物をアッセイすることによって、疾患、例えば、免疫が損なわれた状態、DC枯渇症状、またはDCの過剰産生を診断することが可能である。
【００８３】
各DCに対して惹起された抗体はまた、抗イディオタイプ抗体を惹起するために有用である。これらは、それぞれの抗原の発現に関連する種々の免疫学的状態を検出または診断することに有用である。
【００８４】
ｂ．イムノアッセイ
特定のタンパク質を、種々のイムノアッセイ方法によって測定し得る。一般的に、免疫学的およびイムノアッセイ手順の総説については、StitesおよびTerr（編）1991  Basic  and  Clinical  Immunology（第7版)を参照のこと。さらに、本発明のイムノアッセイを、任意のいくつかの立体配置で行い得、これは、Maggio（編)（1980）Enzyme  Immunoassay  CRC  Press，Boca  Raton，Florida；Tijan（1985)「Practice  and  Theory  of  Enzyme  Immunoassays」Laboratory  Techniques  in  Biochemistry  and  Molecular  Biology，Elsevier  Science  Publishers  B.V.，Amsterdam；ならびにHarlowおよびLane  Antibodies，A  Laboratory  Manual，前出に広く総説され、そのそれぞれは参考として本明細書に援用される。Chan（編)（1987）Immunoassay：A  Practical  Guide  Academic  Press，Orlando，FL；PriceおよびNewman（編)（1991）Principles  and  Practice  of  Immunoassays  Stockton  Press，NY；およびNgo（編)（1988）Non-isotopic  Immunoassays  Plenum  Press，NYも参照のこと。
【００８５】
これらのDCタンパク質の測定のためのイムノアッセイを、当業者に公知の種々の方法によって行い得る。簡単にいえば、タンパク質を測定するためのイムノアッセイは、競合または非競合の結合アッセイであり得る。競合結合アッセイでは、分析されるサンプルは、固体表面に結合した捕獲薬剤上の特異的結合部位について、標識された分析物と競合する。好ましくは、捕獲薬剤は、上記のように産生したDCタンパク質と特異的に反応する抗体である。捕獲薬剤に結合した標識された分析物の濃度は、サンプルに存在する遊離の分析物の量に反比例する。
【００８６】
競合結合イムノアッセイにおいて、サンプルに存在するDCタンパク質は、特異的結合剤（例えば、DCタンパク質と特異的に反応する抗体）への結合について標識されたタンパク質と競合する。結合剤は、結合していない標識されたタンパク質からの結合した標識されたタンパク質の分離をもたらすために、固体表面に結合され得る。あるいは、競合結合アッセイは、液相中で行われ得、そして当該技術分野で公知の種々の技術のいずれかを使用して、結合していない標識されたタンパク質から結合した標識されたタンパク質を分離し得る。分離後、結合した標識されたタンパク質の量を決定する。サンプル中に存在するタンパク質の量は、標識したタンパク質結合の量に反比例する。
【００８７】
あるいは、分離工程を必要としない均質なイムノアッセイが行われ得る。これらのイムノアッセイにおいて、タンパク質上の標識を、その特異的結合剤へのタンパク質の結合によって変化させる。標識されたタンパク質におけるこの変化によって、標識によって発されるシグナルの減少または増加を生じ、そのため、イムノアッセイの最後での標識の測定は、タンパク質の検出または定量を可能にする。
【００８８】
これらのDCタンパク質はまた、種々の非競合イムノアッセイ方法によって定量的に決定され得る。例えば、２部位固相サンドイッチイムノアッセイを使用し得る。このタイプのアッセイでは、タンパク質、例えば抗体についての結合剤は、固体支持体に付着される。第２のタンパク質結合剤(これはまた、抗体であり得、そして異なる部位でタンパク質と結合する)を標識する。タンパク質上の両方の部位で結合が生じた後、結合していない標識された結合剤を除去し、そして固相に結合した標識された結合剤の量を測定する。結合した標識された結合剤の量は、サンプル中のタンパク質の量に正比例する。
【００８９】
ウエスタンブロット分析を使用して、サンプル中のDCタンパク質の存在を決定し得る。電気泳動を、例えば、タンパク質を含む疑いのある組織サンプルで行う。タンパク質を分離するための電気泳動、およびニトロセルロースフィルターのような適切な固体支持体へのタンパク質の転写後、固体支持体を、変性したタンパク質と反応する抗体とインキュベートする。この抗体を標識し得、あるいは、一次抗体と結合する二次標識された抗体とその後のインキュベーションによって検出し得る。
【００９０】
上記のイムノアッセイ形式は、標識されたアッセイ成分を用いる。標識は、種々の形態であり得る。標識は、当該技術分野で周知の方法に従って、アッセイの所望の成分に直接または間接的にカップリングされ得る。広範な種々の標識を使用し得る。成分は、いくつかの方法のいずれか１つによって標識され得る。伝統的に、３H、１２５I、３５S、１４C、または３２Pを導入する放射性標識を使用する。非放射性標識には、標識された抗体に結合するリガンド、蛍光団、化学発光薬剤、酵素、および標識されたタンパク質に特異的な結合対メンバーとして作用し得る抗体が挙げられる。標識の選択は、必要とされる感度、化合物との結合の容易さ、安定性条件、および利用可能な器具に依存する。使用され得る種々の標識またはシグナル生成系の総説については、米国特許第4,391,904号を参照のこと（これは参考として本明細書に援用される）。
【００９１】
特定のタンパク質と反応する抗体もまた、種々のイムノアッセイ方法によって測定され得る。イムノアッセイ技術による抗体の測定に適用可能な免疫学的およびイムノアッセイ手順の総説については、例えば、StitesおよびTerr（編）Basic  and  Clinical  Immunology（第7版）前出；Maggio（編）Enzyme  Immunoassay，前出；ならびにHarlowおよびLane  Antibodies，A  Laboratory  Manual，前出を参照のこと。
【００９２】
種々の異なるイムノアッセイ形式、分離技術、および標識もまた、特異的タンパク質の測定のために、上記のものと同様に使用され得る。
【００９３】
VI．精製されたDCタンパク質
霊長類（例えば、ヒト）のDCMP1ヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、配列番号１および２に提供される。齧歯類（例えば、マウス）のDCMP1ヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、配列番号７および８に提供される。霊長類（例えば、ヒト）のDCMP2ヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、配列番号３および４に提供される。他の改変体は、配列番号９および10に記載される。類似の霊長類肝臓アシアロ糖タンパク質配列は、配列番号５および６に提供される。ペプチド配列は、このようなセグメントを認識するための抗体を生成するためのペプチドの調製を可能にし、そしてこのような配列をコードするオリゴヌクレオチドの調整を可能にする。
【００９４】
VII．物理的改変体
本発明はまた、配列番号２または８のアミノ酸配列と実質的なアミノ酸配列類似性を有するタンパク質またはペプチド、あるいは配列番号４または10の選択された部分を包含する。置換、例えば、20以下、好ましくは10以下、およびより好ましくは５以下の置換を示す改変体もまた可能である。置換が保存的置換である場合、改変体は、免疫原性または抗原性類似性、あるいは対応する天然の配列のタンパク質との交差反応性を共有する。天然の改変体には、個々の、対立遺伝子、多型性、株、または種の改変体が挙げられる。
【００９５】
アミノ酸配列類似性、または配列同一性を、必要であれば、必要とされるギャップを導入することによって、残基適合を最適にすることによって決定する。これは、保存的置換を適合とみなす場合に変化する。保存的置換は、代表的には、以下の群内の置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸；アスパラギン、グルタミン；セリン、トレオニン；リジン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシン。同種のアミノ酸配列には、天然の対立遺伝子および各それぞれのタンパク質配列における種間改変を含む。代表的な同種タンパク質またはペプチドは、関連のDCタンパク質のアミノ酸配列と、50〜100％類似性（ギャップが導入され得る場合）から75〜100％類似性（保存的置換が含まれる場合）までを有する。同一性の尺度は、少なくとも約50％、一般的には少なくとも60％、より一般的には少なくとも65％、通常少なくとも70％、より通常には少なくとも75％、好ましくは少なくとも80％、およびより好ましくは少なくとも80％、および特に好ましい実施態様では少なくとも85％以上である。Needlehamら（1970）J．Mol．Biol．48:443-453；Sankoffら（1983）Time  Warps，String  Edits，and  Macromolecules：The  Theory  and  Practice  of  Sequence  Comparison  第１章，Addison-Wesley，Reading，MA；ならびにIntelliGenetics，Mountain  View，CA；およびthe  University  of  Wisconsin  Genetics  Computer  Group（GCG)，Madison，WIからのソフトウエアパッケージも参照のこと。
【００９６】
配列比較については、代表的には、１つの配列は、試験配列が比較される参照配列として作用する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験および参照配列をコンピュータに入力し、必要ならばサブ配列の座標を指定し、そして配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列についてのパーセント配列同一性を算出する。
【００９７】
比較のための配列の光学的整列は、例えば、SmithおよびWaterman（1981）Adv．Appl．Math．2:482の局所相同性アルゴリズムによって、NeedlmanおよびWunsch（1970）J．Mol．Biol．48:443の相同性整列アルゴリズムによって、PearsonおよびLipman（1988）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  85:2444の類似性方法についての検索によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化実行（Wisconsin  Genetics  Software  Package，Genetics  Computer  Group，575  Science  Dr.，Madison，WIにおけるGAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA）によって、または可視検査（一般的に、Ausubelら，前出を参照のこと）によって行われ得る。
【００９８】
有用なアルゴリズムの１つの例は、PILEUPである。PILEUPは、関連性およびパーセント配列同一性を示すために、連続的な対方法(pairwise)の整列を使用して、関連配列の群から多数の配列整列を生成する。また、整列を生成するために使用されるクラスター関係を示すツリーまたは樹状図をプロットする。PILEUPは、FengおよびDoolittle（1987）J．Mol．Evol．35:351-360の連続的整列方法の簡易化を使用する。使用される方法は、HigginsおよびSharp（1989）CABIOS  5:151-153によって記載される方法に類似する。プログラムは、300配列、5,000ヌクレオチドまたはアミノ酸の最大長のそれぞれまで整列し得る。多数の整列手順は、２つの最も類似の配列の対方法整列で開始し、２つの整列した配列のクラスターを生じる。次いで、このクラスターを、整列した配列の次の最も関連した配列またはクラスターに対して整列させる。配列の２つのクラスターを、２つの個々の配列の対方法整列の単純伸長によって整列させる。最後の整列を、一連の連続的な対方法整列によって達成する。プログラムを、配列比較の領域に対して特異的配列およびそのアミノ酸またはヌクレオチド座標を指定することによって、およびプログラムパラメータを指定することによって実行する。例えば、参照配列を、以下のパラメータを使用してパーセント配列同一性関係を決定するために、他の試験配列と比較し得る：デフォルトギャップ重(3.00)、デフォルトギャップ長重(0.10)、および加重末端ギャップ。
【００９９】
パーセント配列同一性および配列類似性を決定するために適切であるアルゴリズムの他の例は、BLASTアルゴリズムであり、これは、Altschulら（1990）J．Mol．Biol．215:403-410に記載される。BLAST分析を行うためのソフトウエアは、the  National  Center  for  Biotechnology  Information（http:www.ncbi.nlm.nih.gov/)によって公衆に利用可能である。このアルゴリズムは、最初に問題の配列における長さＷの短い語を同定することによって高いスコアリング配列対（HSP）を同定することを包含し、これは、データベース配列において同じ長さの語と整列した場合、いくつかのポジティブな値の閾値スコアＴに適合するかまたはそれを満たすかのいずれかである。Ｔは、近傍語スコア閾値と呼ばれる（Altschulら，前出）。これらの最初の近傍語ヒットは、それらを含むより長いHSPを見いだすために検索を開始するためのシードとして作用する。次いで、語ヒットは、累加した整列スコアが増加し得る限り各配列に沿った両方向に伸長させる。各方向の語ヒットの伸長は、以下の場合停止される：累加した整列スコアがその最大達成値から量Ｘによって減少する場合；１つ以上のネガティブナスコアリング残基整列の蓄積に起因して、累加したスコアがゼロ以下になる場合；あるいは、いずれかの配列の末端に達した場合。BLASTアルゴリズムパラメータＷ、Ｔ、およびＸは、整列の感度およびスピードを決定する。BLASTプログラムは、デフォルトとして、11の語長（Ｗ）、50のBLOSUM62スコアリングマトリクス（HenikoffおよびHenikoff（1989）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  89:10915を参照のこと）整列（Ｂ）、10の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両方の鎖の比較を使用する。
【０１００】
パーセント配列同一性を算出することの他に、BLASTアルゴリズムもまた、２つの配列間の類似性の統計学的分析を行う（例えば、KarlinおよびAltschul（1993）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  90:5873-5787を参照のこと）。BLASTアルゴリズムによって提供される類似性の１つの尺度は、最小合計確率（P(N)）であり、これは、２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の適合が、偶然に生じる確率の指標を提供する。例えば、参照核酸に対する試験核酸の比較における最小合計確率が、約0.1未満、より好ましくは約0.01未満、および最も好ましくは約0.001未満である場合、核酸は、参照配列に類似するとみなされる。
【０１０１】
ポリペプチドの２つの核酸配列が、実質的に同一であることのさらなる指標は、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、以下に記載のように、第２の核酸によってコードされるポリペプチドと免疫学的に交差反応性であることである。したがって、ポリペプチドは、代表的には、例えば、２つのペプチドが保存的置換のみによって異なる場合、第２のポリペプチドと実質的に同一である。２つの核酸配列が実質的に同一であることの他の指標は、以下に記載のように、２つの分子が、ストリンジェント条件下で互いにハイブリダイズすることである。
【０１０２】
対応する哺乳動物DCタンパク質をコードする核酸は、代表的には、ストリンジェント条件下で、配列番号１もしくは７、または３の適切な部分にハイブリダイズする。例えば、それぞれのDCタンパク質をコードする核酸は、代表的には、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１、７、３、または９の核酸にハイブリダイズするが、誤ったポジティブハイブリダイゼーションシグナルをほとんど提供しない。一般的に、ストリンジェント条件は、所定のイオン強度およびpHでハイブリダイズされる配列について、熱融解点（Tm）よりも約10℃低く選択される。Tmは、標的配列の50％が、完全に適合したプローブに（所定のイオン強度およびpH下で）ハイブリダイズする温度である。代表的には、ストリンジェント条件は、洗浄における塩濃度がpH７で約0.02Mであり、そして温度は少なくとも約50℃である条件である。他の因子は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに著しく影響を及ぼし得、特に、相補鎖の塩基組成およびサイズ、ホルムアミドのような有機溶媒の存在、および塩基ミスマッチの程度が挙げられる。好ましい実施態様は、50％ホルムアミドおよび20〜50mM  NaCl中42℃にて、開示された配列に結合する核酸を包含する。ストリンジェント条件下でのハイブリダイゼーションは、バックグラウンドに対して少なくとも２倍、好ましくは少なくとも３〜５倍以上のバックグラウンドを与えるべきである。
【０１０３】
単離されたDC遺伝子DNAは、ヌクレオチド置換、ヌクレオチド欠失、ヌクレオチド挿入、およびヌクレオチドストレッチの介入によって、容易に改変され得る。これらの改変は、これらのDC抗原、その誘導体、または非常に類似する生理学的、免疫原性、もしくは抗原性活性を有するタンパク質をコードする新規DNA配列を生じる。
【０１０４】
改変された配列は、変異体抗原を産生するために、または発現を増強するために、使用され得る。増強された発現は、遺伝子増幅、増加した転写、増加した翻訳、および他のメカニズムを包含し得る。このような変異体DCタンパク質誘導体は、それぞれのタンパク質またはそのフラグメントの所定のまたは部位特異的変異を含む。「変異体DCタンパク質」は、上記のDCタンパク質の相同性定義内にはいるが、欠失、置換、または挿入によるいずれかで、天然で見られるDCタンパク質とは異なるアミノ酸配列を有する、その他のポリペプチドを包含する。特に、「部位特異的変異体DCタンパク質」は、一般的に、配列番号２または８の配列を有するタンパク質と有意な類似性を有するタンパク質を包含する。一般的に、改変体は、多くの物理化学的および生物学的活性、例えば、抗原性または免疫原性を、その配列とともに共有し、そして好ましい実施態様では、開示された配列のほとんどまたはすべてを含む。同様の概念を、特に、種々の温血動物、例えば、霊長類および哺乳動物で見られる、これらの種々のDCタンパク質に適用する。
【０１０５】
部位特異的変異部位は所定であるが、変異体は部位特異的である必要はない。DCタンパク質変異誘発は、アミノ酸挿入または欠失の作製によって行われ得る。置換、欠失、挿入、または任意の組み合わせは、最終構築物で到達するために生成され得る。挿入は、アミノまたはカルボキシル末端融合を包含する。ランダム変異誘発は、標的コドンで行われ得、次いで発現した変異体は、所望の活性についてスクリーニングされ得る。公知の配列を有するDNAにおいて所定の部位に置換変異を作成する方法は、例えば、M13プライマー変異誘発またはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技法によって、当該技術分野で周知である。Sambrookら（1989)およびAusubelら（1987年および補遺)も参照のこと。DNAの変異は、正常には、リーディングフレームの外のコード配列に配置すべきではなく、そして好ましくは、ループまたはヘアピンのような二次mRNA構造を産生するためにハイブリダイズし得る相補領域を生成しない。
【０１０６】
本発明はまた、これらのタンパク質からのセグメントを使用して、組換えタンパク質、例えば、異種融合タンパク質を提供する。異種融合タンパク質は、天然では同じ方法で正常には融合しないタンパク質または他のセグメントの融合物である。したがって、それぞれのDCポリペプチドとの免疫グロブリンの融合産物は、代表的なペプチド結合で融合され、代表的には単一の翻訳産物として作成され、そして各ソースペプチドに由来する特性を示す配列を有する、連続するタンパク質分子である。同様の概念は、異種核酸配列に適用する。
【０１０７】
さらに、新しい構築物は、他のタンパク質からの類似の機能的ドメインを合わせることから作成され得る。例えば、ドメインまたはセグメントは、異なる新しい融合ポリペプチドまたはフラグメント間で、代表的には関連のタンパク質と、例えば、レクチンまたはアシアロ糖タンパク質ファミリーと、「交換」され得る。好ましくは、インタクトな構造ドメイン、例えば、インタクトなIg部分を使用する。例えば、Cunninghamら（1989）Science  243:1330-1336；およびO’Dowdら（1988）J．Biol．Chem．263:15985-15992を参照のこと。したがって、特異性の新しい組み合わせを示す新しいキメラポリペプチドは、タンパク質結合特異性および他の機能的ドメインの機能的連結から生じる。また、アラニンスキャンニング変異誘発は、好ましくは構造的に二次構造の外にある残基であり、一般的に三次構造を破壊する重要な残基のほとんどを避ける残基に適用され得る。
【０１０８】
これらのDC抗原の「誘導体」は、アミノ酸配列変異体、グリコシル化改変体、および他の化学部分との共有結合体または凝集結合体を含む。共有誘導体は、当該技術分野で周知の手段によって、これらのDCタンパク質アミノ酸側鎖またはＮもしくはＣ末端で見られる基への機能性の連結によって調製され得る。これらの誘導体には、カルボキシル末端の、またはカルボキシル側鎖を含む残基の脂肪族エステルまたはアミド、ヒドロキシル基含有残基のO-アシル誘導体、およびアミノ末端アミノ酸またはアミノ基含有残基（例えば、リジンまたはアルギニン）のN-アシル誘導体が非限定的に含まれ得る。アシル基は、C3〜C18直鎖状アルキルを含むアルキル部分の群から選択され、それによってアルカノイルアロイル種を形成する。キャリアタンパク質への共有付加は、免疫原性部分がハプテンである場合、重要であり得る。
【０１０９】
特に、グリコシル化変化が含まれ、例えば、その合成およびプロセシング中に、または更なるプロセシング工程において、ポリペプチドのグリコシル化パターンを改変することによって作製される。これを達成するために特に好ましい手段は、このようなプロセシングを正常に提供する細胞に由来するグリコシル化酵素、例えば、哺乳動物グリコシル化酵素に、ポリペプチドを曝露することによる。脱グリコシル化酵素も意図される。また、他のマイナーな改変を有する同じ一次アミノ酸配列の型を含み、これには、リン酸化アミノ酸残基（例えば、ホスホチロシン、ホスホセリン、またはホスホトレオニン）、あるいはリボシル基または架橋試薬を含む他の部分を含む。また、置換を含むタンパク質を包含し、これは配列番号２、４、８、または10のタンパク質を認識する抗体を産生するために、実質的な免疫原性を保持するべきである。代表的に、これらのタンパク質は、開示された配列からの20残基未満の置換、より代表的には10残基未満の置換、好ましくは５未満、およびより好ましくは３未満を含む。あるいは、構造ドメインで始まりそして終わるタンパク質は、通常、抗原性および交差免疫原性を保持する。
【０１１０】
誘導体の主な群は、他のタンパク質またはポリペプチドとDCタンパク質またはそのフラグメントの共有結合体である。これらの誘導体は、N-またはC-末端融合体のような組換え培養物中で、あるいは反応性側基によってタンパク質を架橋するにおける有用性について当該技術分野で公知の薬剤の使用によって、合成され得る。架橋剤との好ましいタンパク質誘導体化部位は、遊離アミノ基、炭水化物部分、およびシステイン残基にある。
【０１１１】
これらのDCタンパク質と他の同種または異種タンパク質との間の融合ポリペプチドも提供される。異種ポリペプチドは、異なる表面マーカー間の融合物であり得、例えば、ハイブリッドタンパク質を生じる。同様に、誘導体タンパク質の特性または活性の組み合わせを示す異種融合物が、構築され得る。代表的な例は、リポーターポリペプチド（例えば、ルシフェラーゼ）のタンパク質のセグメントまたはドメイン（例えば、レセプター結合セグメント）との融合物であり、そのため融合したタンパク質の存在または位置が容易に決定され得る。例えば、Dullら，米国特許第4,859,609号を参照のこと。他の遺伝子融合パートナーには、細菌性β-ガラクトシダーゼ、trpE、プロテインＡ、β-ラクタマーゼ、αアミラーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、および酵母α接合因子が挙げられる。例えば、Godowskiら（1988）Science  241:812-816を参照のこと。
【０１１２】
このようなポリペプチドはまた、リン酸化、スルホン化、ビオチン化、または他の部分の付加もしくは除去によって化学的に改変されているアミン酸残基、特にリン酸基に類似の分子形状を有する残基を有し得る。いくつかの実施態様では、改変は、有用な標識試薬であり、または精製標的、例えば、アフィニティーリガンドとして用いる。
【０１１３】
本発明はまた、アミノ酸配列の変更またはグリコシル化以外のこれらのDCタンパク質の誘導体の使用を意図する。このような誘導体は、化学部分との共有結合的または凝集的会合を含む。これらの誘導体は、一般的に、これらのクラスにはいる：(1)塩、(2)側鎖および末端残基共有改変、および(3)例えば、細胞膜との吸着複合体。このような共有結合的または凝集誘導体は、免疫原として、イムノアッセイにおける試薬として、リガンドまたは他の結合リガンドのアフィニティー精製のためのような精製方法において、有用である。例えば、DCタンパク質抗原は、当該技術分野で周知の方法によって臭化シアン活性化Sepharoseのような固体支持体への共有結合によって固定され得、または抗DCタンパク質抗体のアッセイまたは精製における使用のために、グルタルアルデヒド架橋ありまたはなしで、ポリオレフィン表面上に吸着され得る。DCタンパク質はまた、検出可能な基で標識され得、例えば、クロラミンＴ手順によって放射性ヨウ素化され、希土類キレートに共有結合され、診断アッセイにおける使用について他の蛍光部分に結合される。これらのDCタンパク質の精製は、固定された抗体によってもたらされ得る。
【０１１４】
単離されたDCタンパク質遺伝子は、対応するDCタンパク質の発現のない細胞、例えば、対応するタンパク質がなくそしてネガティブバックグラウンド活性を示す種タイプまたは細胞のいずれか、の形質転換を可能にする。形質転換された遺伝子の発現により、所定のまたは単一の種改変体を有する、抗原的に純粋な細胞株の単離を可能にする。このアプローチによって、これらのDCタンパク質の生理学的効果をより高い感度で検出および識別することを可能にする。細胞下のフラグメント、例えば、細胞質体または膜フラグメントは、単離および使用され得る。
【０１１５】
VIII．結合剤：DCタンパク質複合体
配列番号２、４、８、または10のアミノ酸配列からなる免疫原のような、所定の免疫原に対して産生された抗体に特異的に結合するかまたは特異的に免疫反応性であるDCタンパク質は、イムノアッセイで決定される。イムノアッセイは、配列番号２、４、８、または10のタンパク質に対して惹起されたポリクローナル抗血清を使用する。この抗血清を、関連のファミリーの他のメンバーに対する低い交差反応性を有するように選択し、そして任意のこのような交差反応性を、イムノアッセイでの使用前に免疫吸着によって取り出す。
【０１１６】
イムノアッセイにおける使用のための抗血清を産生するために、配列番号２、４、８、または10のタンパク質を、本明細書に記載のように単離する。例えば、組換えタンパク質は、哺乳動物細胞株で産生され得る。balb/cのような近交系のマウスに、フロイントアジュバントのような標準的アジュバント、および標準的マウス免疫プロトコル（HarlowおよびLane、前出を参照のこと）を使用して、適切なタンパク質で免疫接種する。あるいは、本明細書に開示された配列に由来しそしてキャリアタンパク質に結合した合成ペプチドを、免疫原に使用し得る。ポリクローナル血清を採取し、そしてイムノアッセイ、例えば、固体支持体に固定した免疫原との固相イムノアッセイにおいて、免疫原タンパク質に対して滴定する。10４以上の力価のポリクローナル抗血清を選択し、HarlowおよびLane，前出の570〜573頁に記載のような競合結合イムノアッセイを使用して、他の関連タンパク質に対する交差反応性についてテストする。好ましくは、２つの異なる関連のタンパク質を、所定のDCタンパク質とともにこの決定方法に使用する。例えば、レクチンタンパク質とともに、少なくとも２つの他のファミリーメンバーを使用して、共有するエピトープから吸着する。DCMP1ファミリーメンバーとともに、ファミリーの２つの他のメンバーを使用する。これらの他のファミリーメンバーを、組換えタンパク質として産生し、そして本明細書に記載のように標準的分子生物学技法およびタンパク質化学技法を使用して単離し得る。
【０１１７】
競合結合形式におけるイムノアッセイを、交差反応性決定方法について使用し得る。例えば、配列番号２または８のタンパク質を、固体支持体に固定し得る。アッセイに添加されるタンパク質は、固定された抗原に対する抗血清の結合で競合する。固定されたタンパク質への抗血清の結合と競合する上記タンパク質の能力を、配列番号２または８のタンパク質と比較する。上記タンパク質のパーセント交差反応性を、標準的計算を使用して計算する。上記に列挙したタンパク質のそれぞれと10％未満の交差反応性を有する抗血清を選択しそしてプールする。次いで、交差反応する抗体を、上記のタンパク質との免疫吸着によってプールした抗血清から取り出す。
【０１１８】
次いで、免疫吸着しそしてプールした抗血清を、免疫原タンパク質（例えば、配列番号２または８のDCタンパク質）に対して第２のタンパク質を比較するために、上記のように競合結合イムノアッセイで使用する。この比較を作成するために、２つのタンパク質を、広範な濃度でそれぞれアッセイし、そして固定されたタンパク質への抗血清の結合の50％を阻害するために必要とされる各タンパク質の量を決定する。必要とされる第２のタンパク質の量が、必要とされる配列番号２または８のタンパク質の量の２倍未満である場合、第２のタンパク質を、免疫原に対して産生された抗体に特異的に結合するという。
【０１１９】
DCタンパク質が、おそらく２つ以上の遺伝子を含む同種タンパク質のファミリーであることが理解される。ヒトIgファミリーメンバータンパク質のような特定の遺伝子産物について、本発明は、本明細書に開示されたアミノ酸配列だけでなく、対立遺伝子、多型、非対立遺伝子、または種改変体である他のタンパク質もまた包含する。用語「ヒトDCタンパク質」には、単一部位変異のような従来の組換え技術を使用する意図的な変更によって、あるいは遺伝子からのこれらのタンパク質またはスプライス改変体をコードするDNAの短い切片を切り取ることによって、あるいは少数の新しいアミノ酸を置換または付加することによって導入される非天然変異を包含することも理解される。このようなマイナーな変化は、もとの分子および／またはその生物学的活性の免疫同一性を実質的に維持しなければならない。したがって、これらの変化には、指定された天然に存在するそれぞれのDCタンパク質、例えば、配列番号４を示すヒトDCタンパク質と特異的に免疫反応性であるタンパク質が挙げられる。マイナーと考えられる特定のタンパク質改変には、全体として各タンパク質ファミリーについて上記のように、類似の化学特性を有するアミノ酸の保存的置換が挙げられる。タンパク質を配列番号２または８のタンパク質と最適にアラインすることによって、そして免疫同一性を決定するために本明細書に記載の従来のイムノアッセイを使用することによって、本発明のタンパク質組成物を決定し得る。
【０１２０】
IX．用途
本発明は、本明細書の他の箇所に、例えば、発育異常についての一般的説明に、または以下の診断のためのキットの説明に記載のような診断適用において、用途を見いだす試薬を提供する。特に、遺伝子は、細胞のゲノム局面、ならびにmRNAおよびタンパク質発現パターンを含む、細胞タイプを区別するためのマーカーとして有用である。
【０１２１】
DC遺伝子、例えば、DNAまたはRNAは、法医学アッセイにおける成分として使用され得る。例えば、提供されるヌクレオチド配列は、例えば、３２Pまたはビオチンを使用して標識され、そして標準的制限フラグメント多型ブロットをプローブするために使用され得、個体間を区別することを補助するための測定可能な特徴を提供する。このようなプローブは、遺伝子フィンガープリンティングのような周知の法医学技法で使用され得る。さらに、DC配列から作成されるヌクレオチドプローブは、染色体異常を検出するためにインサイチュアッセイで使用され得る。
【０１２２】
DCタンパク質または核酸に対する抗体および他の結合剤は、対応するDCタンパク質分子を精製するために使用され得る。以下の実施例に記載のように、DCタンパク質の抗体精製は、可能および実施可能の両方である。抗体および他の結合剤はまた、DC成分が本明細書に記載の周知の技法を使用して、組織試料または細胞集団に存在するかどうかを決定するために、診断様式で使用され得る。DCタンパク質へ結合剤を付着させる能力は、発現の誤調節に関連する障害を診断するための手段を提供する。抗体および他のDCタンパク質結合剤はまた、組織学的または法医学的マーカーとして有用であり得る。以下の実施例に記載のように、これらのタンパク質のそれぞれの発現は、特異的組織タイプに限定される。それぞれのDCタンパク質に対する抗体または核酸のような、プローブを指示することによって、インサイチュまたはインビトロで組織および細胞タイプを区別するためにプローブを使用することが可能である。
【０１２３】
本発明はまた、顕著な治療値を示し得る試薬を提供する。DCタンパク質（天然に存在するまたは組換え）、そのフラグメント、およびそれに対する抗体は、DCタンパク質への結合親和性を有すると同定された化合物とともに、異常増殖、例えば、ガン様症状または変性性症状を含む、異常な生理機能または発育に関連する状態の処置に有用であり得る。異常増殖、再生、変性、および萎縮は、本明細書で提供される組成物を使用する適切な治療処置によって調節され得る。例えば、例えば抗原提示細胞として、DCによる異常発現または異常シグナリングに関連する疾患または障害は、タンパク質のアゴニストまたはアンタゴニストについての標的である。タンパク質は、おそらく、免疫学的応答（例えば、抗原提示および得られるエフェクター機能）に影響を及ぼす造血細胞（例えば、リンパ様細胞）の調節または発達における役割を果たす。
【０１２４】
他の異常な発達状態は、ノーザンブロット分析によってDCタンパク質mRNAを有することが示される細胞タイプで公知である。Berkow（編）The  Merck  Manual  of  Diagnosis  and  Therapy，Merck  &  Co.，Rahway，NJ；およびThornら  Harrison’s  Principles  of  Internal  Medicine，McGraw-Hill，NYを参照のこと。例えば、免疫系の、発達または機能異常は、本明細書で提供される組成物を使用する予防または処置を受け得る顕著な医学的異常および症状を引き起こす。
【０１２５】
組換えDCタンパク質または抗体は、精製され、次いで患者に投与され得る。これらの試薬を、生理学的に無害の安定化剤および賦形剤とともに、例えば、従来の薬学的に受容可能なキャリアまたは希釈剤（例えば、免疫アジュバント）中の追加の活性または不活性成分と治療用途のために組み合わせ得る。特に、これらは、ワクチン状況において有用であり得、ここで抗原はアゴニストまたはアンタゴニストのこれらの治療型の１つと合わせられる。これらの組み合わせ物を滅菌濾過し、そして投与バイアル中の凍結乾燥によるような投与形態中、または安定化した水性調製物中での貯蔵に置かれ得る。本発明はまた、相補結合ではない形態を含む、抗体またはその結合フラグメントの使用を意図する。
【０１２６】
抗体またはレセプターまたはそのフラグメントを使用する薬物スクリーニングは、会合した成分の単離を含む、これらのDCタンパク質への結合親和性を有する化合物を同定し得る。次いで、その後の生物学的アッセイは、化合物が本来の刺激活性を有するかどうかを決定するために利用され得、したがって、タンパク質の活性をブロックするブロッカーまたはアンタゴニストである。同様に、本来の刺激活性を有する化合物は、タンパク質によって細胞を活性化し得、したがって、細胞を刺激するアゴニストである。本発明は、さらに、アンタゴニストとしてのタンパク質に対する抗体の治療使用を意図する。
【０１２７】
効果的治療に必要な試薬の量は、投与手段、標的部位、患者の生理学的状態、および投与される他の製剤を含む、多くの異なる因子に依存する。したがって、処置投与量は、安全性および効率を最適にするために滴定されるべきである。代表的には、インビトロで使用される投与量は、これらの試薬のインサイチュ投与に有用な量で有用なガイダンスを提供し得る。特定の障害の処置に有効な用量の動物テストは、ヒト投与量の予測効能をさらに提供する。種々の考察が、例えば、Gilmanら（編)（1990）Goodman  and  Gilman’s：The  Pharmacological  Bases  of  Therapeutics（第8版）Pergamon  Press；および(1990）Remington’s  Pharmaceutical  Science（第17版）Mack  Publishing  Co.，Easton，PAに記載される。投与方法は、例えば、経口、静脈内、腹腔内、または筋肉内投与、経皮拡散などについて、本明細書中および以下に議論される。薬学的に受容可能なキャリアには、水、生理食塩水、緩衝液、および例えば、Merck  Index，Merck  &  Co.，Rahway，NJに記載の他の化合物が挙げられる。投与量範囲は、適切なキャリアとともに、通常は1mMより低い濃度、代表的には約10μMより低い濃度、通常は約100nMより低い濃度、好ましくは約10pMより低い濃度、および最も好ましくは約1fM（フェムトモル）より低い濃度の量であると予測される。徐放性処方物、または徐放性装置は、しばしば、持続投与に利用される。
【０１２８】
DCタンパク質、そのフラグメント、およびそれに対する抗体またはそのフラグメントに対する抗体、アンタゴニスト、およびアゴニストは、処置される宿主に直接投与され得、あるいは化合物のサイズに依存して、投与前にオボアルブミンまたは血清アルブミンのようなキャリアタンパク質にそれらを結合することが望ましくあり得る。治療処方物は、多くの従来の投与処方物中で投与され得る。活性成分を単独で投与することは可能であるが、薬学的処方物としてそれを提示することが好ましい。処方物は、代表的には、その１つ以上の受容可能なキャリアとともに、上記で定義したように、少なくとも１つの活性成分を含む。各キャリアは、他の成分と適合可能である点で薬学的および生理学的に受容可能であり、そして患者に有害でないことの両方であるべきである。処方物は、経口、直腸、鼻、または非経口（皮下、筋肉内、静脈内、および皮内をふくむ）投与に適切なものを含む。処方物は、便利に単位投与形態で存在され得、そして薬学の当該技術分野で周知の任意の方法によって調製され得る。例えば、Gilmanら（編)（1990）Goodman  and  Gilman’s：The  Pharmacological  Bases  of  Therapeutics（第8版）Pergamon  Press；および(1990）Remington’s  Pharmaceutical  Sciences（第17版）Mack  Publishing  Co.，Easton，PA；Avisら（編)（1993）Pharmaceutical  Dosage  Forms：Parenteral  Medications  Dekker，NY；Liebermanら（編)（1990）Pharmaceutical  Dosgae  Forms：Tablets  Dekker，NY；およびLiebermanら（編)（1990）Pharmaceutical  Dosage  Forms：Disperse  Systems  Dekker，NYを参照のこと。本発明の治療は、他の化学療法剤または化学予防剤と合わせ得あるいは関連して使用され得る。
【０１２９】
本発明のDCタンパク質の天然に存在するおよび組換えの両方の形態とも、タンパク質への結合活性について化合物をスクリーニングし得るキットおよびアッセイ方法に、特に有用である。自動化アッセイのいくつかの方法は、短期間で数万の化合物のスクリーニングを可能にするように、近年開発されている。例えば、Fodorら（1991）Science  251:767-773、および化学多様性ライブラリーの他の説明を参照のこと、これらは、複数の化合物による結合親和性のテストのための手段を記載する。適切なアッセイの開発は、本発明によって提供されるような大量の精製された（例えば、可溶性型の）DCタンパク質の利用可能性によって、非常に容易にされ得る。
【０１３０】
例えば、一旦タンパク質が構造的に定義されると、アンタゴニストが、しばしば見いだされ得る。可能性のあるタンパク質アナログのテストをすることは、現在、精製された表面タンパク質を使用する、高度に自動化されたアッセイの開発の可能性がある。特に、新しいアゴニストおよびアンタゴニストは、本明細書に記載のスクリーニング技法を使用することによって発見される。多数の関連細胞表面抗原に対して組み合わされた結合親和性を有することが見いだされた化合物、例えば、DCタンパク質の種改変体に対するアンタゴニストとして作用し得る化合物は、特に重要である。
【０１３１】
本発明は、種々の薬物スクリーニング技法において組換えDCタンパク質を使用することによって化合物をスクリーニングするために特に有用である。特異的リガンドについてのスクリーニングにおいて組換えタンパク質を使用する利点は、(a)特異的ソースからのタンパク質の改良された再生可能なソース；(b)アッセイにおいてより良好なシグナル／ノイズ比を与える潜在的により多数の細胞当たりの抗原；および(c)種改変体特異性（より大きな生物学的および疾患特異性を理論的に与える）を包含する。
【０１３２】
薬物スクリーニングの１つの方法は、DCタンパク質を発現する組換えDNA分子で安定に形質転換される真核生物または原核生物宿主細胞を利用する。任意の他の細胞からの単離において、そのタンパク質を発現する細胞を単離し得る。このような細胞は、生存可能なまたは固定された形態のいずれかで、標準的表面タンパク質結合アッセイに使用され得る。Parceら（1989）Science  246:243-247；およびOwickiら（1990）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  87:4007-4011も参照のこと、これらは、細胞性応答を検出するための感度の高い方法を記載する。細胞（DCタンパク質のソース）が、１２５I-抗体のような、抗原に対する公知の結合親和性を有する抗体、および結合組成物に対する結合親和性が測定されるテスト試料と接触およびインキュベートされる場合、競合アッセイは、特に有用である。次いで、結合および遊離の標識された結合組成物を分離して、タンパク質結合の程度を評価する。結合したテスト化合物の量は、公知のソースへの標識された抗体結合の量に反比例する。多くの技法を使用して、結合の程度を評価するために遊離の試薬から結合したものを分離し得る。この分離工程は、代表的には、フィルターへの接着その後の洗浄、プラスチックへの接着その後の洗浄、または細胞膜の遠心分離のような手順を包含し得る。生存可能細胞はまた、これらのDCタンパク質媒介機能（例えば、抗原提示またはヘルパー機能）における薬物の効果についてスクリーニングするために使用され得る。
【０１３３】
他の方法は、DCタンパク質のソースとして形質転換した真核生物または原核生物宿主細胞からの膜を利用する。これらの細胞は、適切な（sppropriate）タンパク質（例えば、操作された膜結合型）の発現を指示するDNAベクターで安定に形質転換される。本質的に、膜は、細胞から調製され、そして上記の競合アッセイのような結合アッセイで使用される。
【０１３４】
さらに他のアプローチは、形質転換された真核生物または原核生物宿主細胞からの可溶化した精製されていない、または可溶化した精製されたDCタンパク質を使用することである。これは、増加した特異性、自動化する能力、および高い薬物テスト処理能力比の有利点を有する「分子」結合アッセイを可能にする。
【０１３５】
薬物スクリーニングのための他の技法は、それぞれのDCタンパク質に対する適切な結合親和性を有する化合物についての高い処理能力比のスクリーニングを提供するアプローチを包含し、そしてGeysen，ヨーロッパ特許出願84/03564（1984年9月13日に公表）に詳細に記載される。最初に、多数の異なる小ペプチドテスト化合物を、固体基材、例えば、プラスチックピンまたはいくつかの他の適切な表面上で合成する。Fodorら，前出を参照のこと。次いで、すべてのピンを、可溶化した精製されていない、または可溶化した精製されたDCタンパク質と反応させ、そして洗浄する。次の工程は、結合した試薬、例えば、抗体を検出する工程を包含する。
【０１３６】
特異的な他のタンパク質と相互作用する部位を決定するための１つの手段は、物理的構造決定方法、例えば、x線結晶学または２次元NMR技法である。これらは、どのアミノ酸残基が分子接触領域を形成するかについてのガイダンスを提供する。タンパク質構造決定方法についての詳細な記載については、例えば、BlundellおよびJohnson（1976）Protein  Crystallography  Academic  Press，NYを参照のこと。
【０１３７】
Ｘ．キット
本発明はまた、DCタンパク質またはメッセージの存在を検出するための種々の診断キットおよび方法における、これらのDCタンパク質、そのフラグメント、ペプチド、およびそれらの融合産物の使用を意図する。代表的には、キットは、所定のDCペプチドまたは遺伝子セグメントまたは１つもしくは他を認識する試薬、（例えば、抗体）のいずれかを含むコンパートメントを有する。
【０１３８】
それぞれのDCタンパク質に対するテスト化合物の結合親和性を決定するためのキットは、代表的には、テスト化合物；標識された化合物、例えば、タンパク質に対する公知の結合親和性を有する抗体；DCタンパク質のソース（天然に存在するまたは組換え）；およびDCタンパク質を固定するための固相のような。遊離の標識された化合物から結合したものを分離するための手段を含む。一旦化合物がスクリーニングされると、タンパク質に対する適切な結合親和性を有する化合物は、DC機能を調節するようにアゴニストまたはアンタゴニストとして作用するかどうかを決定するために、当該技術分野で周知のように、適切な生物学的アッセイで評価され得る。組換えDCポリペプチドの利用可能性はまた、このようなアッセイを構成するための十分定義された標準を提供する。
【０１３９】
例えば、試料中のDCタンパク質の、濃度を決定するために好ましいキットは、代表的には、DCタンパク質に対する公知の結合親和性を有する標識された化合物（例えば、抗体）、DCタンパク質（天然に存在するまたは組換え）のソース、および遊離の標識された化合物から結合したものを分離するための手段（例えば、DCタンパク質を固定するための固相）を含む。試薬を含むコンパートメント、および器具は、正常に提供される。
【０１４０】
それぞれのDCまたはそのフラグメントに特異的な、抗原結合フラグメントを含む、抗体は、タンパク質および／またはそのフラグメントの上昇したレベルの存在を検出するための診断適用に有用である。このような診断アッセイは、ライセート、生存細胞、固定した細胞、免疫蛍光、細胞培養物、体液、を用い得、そしてさらに、血清中の抗原の検出などを包含し得る。診断アッセイは、均質（遊離の試薬と抗原−DCタンパク質複合体との間の分離工程なし）または不均質（分離工程あり）であり得る。種々の市販のアッセイが存在し、例えば、ラジオイムノアッセイ（RIA）、固相酵素免疫検定法（ELISA）、酵素免疫検定法（EIA）、多元酵素免疫検定法（EMIT）、基質標識蛍光イムノアッセイ（SLFIA）などである。例えば、非標識抗体を、標識され、そしてDCタンパク質またはその特定のフラグメントに対する抗体を認識する、二次抗体を使用することによって行い得る。類似のアッセイはまた、文献で広く議論されている。例えば、HarlowおよびLane（1988）Antibodies：A  Laboratory  Manual，CSH  Press，NY；Chan（編)（1987）Immunoassay：A  Practical  Guide  Academic  Press，Orlando，FL；PriceおよびNewman（編)（1991）Principles  and  Practice  of  Immunoassay  Stockton  Press，NY；およびNgo（編)（1988）Nonisotopic  Immunoassay  Plenum  Press，NYを参照のこと。特に試薬は、試料中の過剰または不足のDCのいずれかを検出するために、生物学的試料中でDC集団を診断するために有用であり得る。アッセイは、血液または組織試料において、バイオプシーの組織学的分析、またはDC数の上昇に関し得る。
【０１４１】
抗イディオタイプ抗体は、このようなものが種々の異常状態の診断であり得る場合、DCタンパク質に対する抗体の存在を診断するための類似の用途を有し得る。例えば、DCタンパク質の過剰産生は、特に、ガンまたは異常分化のような増殖性細胞症状において、異常な生理学的状態の診断であり得る種々の免疫学的反応を生じ得る。
【０１４２】
頻繁には、診断アッセイのための試薬は、アッセイの感度を最適にするように、キット中に供給される。本発明については、アッセイの性質に依存して、プロトコル、および標識、標識されたまたは標識されていない抗体またはレセプター、あるいは標識されたDCタンパク質が提供される。これは、通常、緩衝液、安定化剤、酵素に対する基質のようなシグナル産生に必要な物質などのような、他の添加物と一緒である。好ましくは、キットはまた、適切な使用および使用後の内容物の処理の仕方の指示書を含む。代表的には、キットは、各有用な試薬のためのコンパートメントを有する。望ましくは、試薬が、アッセイを行うための試薬の適切な濃度を提供する水性培地中で再構築され得る場合、試薬は、凍結乾燥した粉末として提供される。
【０１４３】
薬物スクリーニングおよび診断アッセイの上記の構成成分の多くは、改変なしで使用され得、あるいは種々の方法で改変され得る。例えば、標識することは、検出可能なシグナルを直接または間接的に提供する部分を共有または非共有結合によって達成され得る。これらのアッセイの多くでは、タンパク質、テスト化合物、DCタンパク質、またはそれに対する抗体は、直接または間接的に標識され得る。直接的に標識するための可能性は、以下の標識群を包含する：１２５Iのような放射性標識、ペルオキシダーゼおよびアルカリホスファターゼのような酵素（米国特許第3,645,090号）、および蛍光強度、波長シフト、または蛍光極性化の変化をモニタリングし得る蛍光標識（米国特許第3,940,475号）。間接的に標識するための可能性は、１つの構成成分のビオチン化、次いで上記の標識群の１つにカップリングしたアビジンに結合することを包含する。
【０１４４】
また、遊離のタンパク質から結合したものを、あるいは遊離のテスト化合物から結合したものを分離する多くの方法がある。DCタンパク質は、種々のマトリクス上に固定されて洗浄され得る。適切なマトリクスには、ELISAプレートのようなプラスチック、フィルター、およびビーズが挙げられる。マトリクスにDCタンパク質を固定する方法には、限定することなく、プラスチックへの直接付着、捕獲抗体の使用、化学的カップリング、およびビオチン−アビジンが挙げられる。このアプローチの最後の工程は、例えば、ポリエチレングリコールのような有機溶媒、または硫酸アンモニウムのような塩を利用する方法を含む、いくつかの方法の１つによって、タンパク質／抗体複合体の沈殿を包含する。他の適切な分離技法には、限定することなく、Rattleら（1984）Clin．Chem．30:1457-1461に記載のフルオレセイン抗体磁化可能粒子方法、および米国特許第4,659,678号に記載のような二重抗体磁性粒子分離方法が挙げられる。
【０１４５】
種々の標識へタンパク質またはそのフラグメントを連結する方法は、文献に広く報告されており、そして本明細書での詳細な議論の必要はない。技法の多くは、ペプチド結合を形成するためにカルボジイミドまたは活性エステルのいずれかの使用による活性化されたカルボキシル基の使用、連結のためのクロロアセチルのような活性化ハロゲンまたはマレイミドのような活性化オレフィンとメルカプト基の反応によるチオエーテルの形成などを包含する。融合タンパク質はまた、これらの適用における使用を見いだす。
【０１４６】
本発明の別の診断局面は、それぞれのDCタンパク質の配列から得たオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの使用を包含する。これらの配列は、異常症状、例えば、ガンまたは免疫問題を有する疑いのある患者からの試料においてメッセージのレベルを検出するためのプローブとして使用され得る。RNAおよびDNAの両方のヌクレオチド配列の調製、配列の標識化、および好ましいサイズの配列は、文献において広い説明および議論を受け入れている。正常には、オリゴヌクレオチドプローブは、少なくとも約14ヌクレオチド、通常は少なくとも約18ヌクレオチドを有するべきであり、そしてポリヌクレオチドプローブは、数キロ塩基までであり得る。種々の標識は、最も普通の放射性核種、特に３２Pを用い得る。しかし、他の技法はまた、例えば、ポリヌクレオチドへの導入のためのビオチン改変されたヌクレオチドを使用して、用いられ得る。次いで、ビオチンは、アビジンまたは抗体に結合するための部位として作用し、これは、放射性核種、蛍光団、酵素などのような種々の標識で標識され得る。あるいは、DNA二重鎖、RNA二重鎖、DNA-RNAハイブリッド二重鎖、またはDNA-タンパク質二重鎖を含む、特異的二重鎖を認識し得る抗体が用いられ得る。次に、抗体が標識され得、そして二重鎖が表面に結合される場合にアッセイを行い得、そのため表面上の二重鎖の形成の際に、二重鎖へ結合した抗体の存在が検出され得る。新規抗センスRNAに対するプローブの使用は、核酸ハイブリダイゼーション、プラスおよびマイナススクリーニング、リコンビナトリアルプロービング、ハイブリッド放出翻訳（HRT）、およびハイブリッド停止翻訳（HART）のような任意の従来の技法において行われ得る。これはまた、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）のような増幅技法を包含する。
【０１４７】
他のマーカーの定性的または定量的存在についてもテストする診断キットも意図される。診断または予後は、マーカーとして使用される多数の指標の組み合わせに依存し得る。したがって、キットは、マーカーの組み合わせについてテストし得る。例えば、Vialletら（1989）Progress  in  Growth  Factor  Res．1:89-97を参照のこと。
【０１４８】
XI．結合パートナー単離
特異的相互作用の結合パートナーの１つのメンバーを単離した場合、対応パートナーを単離するための方法が存在する。Gearingら（1989）EMBO  J．8:3667-3676を参照のこと。例えば、レセプターへの結合を妨害することなくDC表面タンパク質を標識する手段が、決定され得る。例えば、アフィニティー標識は、リガンドのアミノまたはカルボキシルのいずれかの末端に融合され得る。発現ライブラリーは、例えば、細胞ソーティング、またはこのような結合成分を発現するサブ集団を検出するための他のスクリーニングによって、DCタンパク質への特異的結合についてスクリーニングされ得る。例えば、Hoら（1993）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  90:11267-11271を参照のこと。あるいは、パンニング方法が使用され得る。例えば、SeedおよびAruffo（1987）Proc．Nat’l．Acad．Sci．USA  84:3365-3369を参照のこと。ツーハイブリッド選択システムも、利用可能なDCタンパク質配列を有する適切な構築物を作製することに適用され得る。例えば、FieldsおよびSong（1989）Nature  340:245-246を参照のこと。
【０１４９】
標識とのタンパク質架橋技法は、DCタンパク質の結合パートナーを単離するために適用され得る。これは、適切なDCタンパク質と特異的に相互作用するタンパク質の同定を可能にする。
【０１５０】
本発明の広い範囲は、以下の実施例を参考にして最良に理解され、この実施例は、本発明を特定の実施態様に限定することを意図しない。
【実施例】
【０１５１】
Ｉ．一般的方法
以下の標準的方法の多くは、例えば、Maniatisら（1982）Molecular  Cloning，A  Laboratory  Manual  Cold  Spring  Harbor  Laboratory，Cold  Spring  Harbor  Press，NY；Sambrookら（1989）Molecular  Cloning：A  Laboratory  Manual（第2版）Vol．1-3，CSH  Press，NY；Ausubelら  Biology  Greene  Publishing  Associates，Brooklyn，NY；またはAusubelら（1987年および補遺）Current  Protocols  in  Molecular  Biology  Wiley/Greene，NY；Innisら（編)（1990）PCR  Protocols：A  Guide  to  Methods  and  Applications  Academic  Press，NYに記載または参照される。
【０１５２】
タンパク質精製の方法には、硫酸アンモニウム沈殿法、カラムクロマトグラフィー、電気泳動、遠心分離、結晶化などのような方法が挙げられる。例えば、Ausubelら（1987年および定期的補遺)；Deutscher（1990)「Guide  to  Protein  Purification」Methods  in  Enzymology  vol．182およびこのシリーズの他の巻；Coliganら（1996年および定期的補遺）Current  Protocols  in  Protein  Science  Wiley/Greene，NY；およびタンパク質精製産物の使用における製造業者の文献（例えば、Pharmacia，Piscataway，NJ、またはBio-Rad，Richmond，CA）を参照のこと。組換え技法との組み合わせは、適切なセグメント（例えば、FLAG配列またはプロテアーゼ除去可能配列によって融合され得る等価物）への融合を可能にする。例えば、Hochuli（1989）Chemische  Industrie  12:69-70；Hochuli（1990)「Purification  of  Recombinant  Proteins  with  Metal  Chelate  Absorbent」Setlow（編）Genetic  Engineering，Principle  and  Methods  12:87-98，Plenum  Press，NY；およびCroweら（1992）QIAexpress：The  High  Level  Expression  &  Protein  Purification  Sysytem  QUIAGEN，Inc.，Chatsworth，CAを参照のこと。
【０１５３】
免疫学的機能を決定するための方法は、例えば、Coliganら（1992年および定期的補遺）Current  Protocols  in  Protein  Science  Wiley/Greene，NYに記載される。例えば、Paul（編)（1993）Fundamental  Immunology（第3版）Raven  Press，N.Y.も参照のこと。
【０１５４】
FACS分析は、Melamedら（1990）Flow  Cytometry  and  Sorting  Wiley-Liss，Inc.，New  York，NY；Shapiro（1988）Practical  Flow  Cytometory  Liss，New  York，NY；およびRobinsonら（1993）Handbook  of  Flow  Cytometry  Methods  Wiley-liss，New  York，NYに記載される。
【０１５５】
II．樹状細胞の生成
ヒトCD34+細胞を以下のように得た。例えば、Cauxら（1995）1-5頁  BanchereauおよびSchmitt  Dendritic  Cells  in  Fundamental  and  Clinical  Immunology  Plenum  Press，NYを参照のこと。末梢または脊髄血細胞、ときどきCD34+を選択し、これを、10％(v/v)熱不活性化ウシ胎児血清（FBS；Flow  Laboratories，Irvine，CA)、10mM  HEPES、2mM  L-グルタミン、5×10−５M  2-メルカプトエタノール、ペニシリン（100mg/ml）を補充したエンドトキシンを含まないRPMI  1640培地（GIBCO，Grand  Island，NY）中の幹細胞因子（SCF）、GM-CSF、およびTNF-aの存在下で培養した。これを、完全培地という。
【０１５６】
CD34+細胞を、25〜75cm２フラスコ（Corning，NY）中に2×10４細胞/mlで拡張のために播種した。最適条件を、新鮮なGM-CSFおよびTNF-aを含む５および10日目にこれらの培養物を分割させることによって維持した（細胞濃度：1〜3×10５細胞/ml）。ある場合には、細胞を、約６日目にCD1a発現についてFACSソーティングした。
【０１５７】
ある状況では、細胞を、12日の培養後にルーチンに採集し、最終的には、付着細胞を、5mM  EDTA溶液を使用して回収した。他の状況では、CD1a+細胞を、完全培地中の5×10６細胞/mlでの再懸濁によって活性化し、そして1mg/mlホルボール12-ミリステート13-アセテート（PMA，Sigma）および100ng/mlイオノマイシン（Calbiochem，La  Jolla，CA）で適切な時間（例えば、１または６時間）活性化した。これらの細胞を、さらに６日間拡張し、そしてcDNAライブラリー調製のためにRNAを単離した。
【０１５８】
III．RNA単離およびライブラリー構築
トータルRNAを、例えば、Chirgwinら（1978）Biochem．18:5294-5299に記載のようにグアニジンチオシアネート/CsClグラジエント手順を使用して単離する。
【０１５９】
あるいは、ポリ(A)+を、OLIGOTEX  mRNA単離キット（QIAGEN）を使用して単離する。二本鎖cDNAを、cDNA合成およびプラスミドクローニングのために、例えば、SUPERSCRIPTプラスミドシステム（Gibco  BRL，Gaithersburg，MD）を使用して生成する。得られる二本鎖cDNAを、例えば、pSport1に一方向にクローニングし、そしてELECTROMAX  DH10CTM細胞（Gibco  BRL，Gaithersburg，MD）へのエレクトロポレーションによってトランスフェクトする。
【０１６０】
IV．配列決定
ランダムに取り出したクローンから単離したDNA、または不活性化した細胞を使用する差し引きハイブリダイゼーション後のDNAを、標準的技法を使用してヌクレオチド配列分析にかけた。Taqジデオキシターミネーターサイクル配列決定キット（Applied  Biosystems，Foster  City，CA）を使用し得る。標識されたDNAフラグメントを、適切な自動化配列決定機のDNA配列決定ゲルを使用して分離する。あるいは、単離したクローンを、例えば、Maniatisら（1982）Molecular  Cloning，A  Laboratory  Manual，Cold  Spring  Harbor  Laboratory，Cold  Spring  Harbor  Press；Sambrookら（1989）Molecular  Cloning：A  Laboratory  Manual,（第2版)，第1-3巻，CSH  Press，NY；Ausubelら，Biology，Greene  Publishing  Associates，Brooklyn，NY；またはAusubelら（1987年および補遺）Current  Protocols  in  Molecular  Biology，Greene/Wiley，New  Yorkに記載のように配列決定する。化学的配列決定方法も、例えば、MaxamおよびGilbert配列決定技法を使用して利用可能である。
【０１６１】
Ｖ．組換えDC遺伝子構築物
ポリ(A)＋RNAを、例えば、FastTrack  mRNAキット（Invitrogen，San  Diego，CA）を使用して、適切な細胞集団から単離する。試料を、例えば、ホルムアルデヒドを含む１％アガロースゲルで電気泳動し、そしてGeneScreenメンブラン（NEN  Research  Products，Boston，MA）にトランスファーする。ハイブリダイゼーションを、例えば、10７cpm/mlで３２P-dCTP標識したDC遺伝子cDNAと、65℃にて0.5M  NaHPO４  pH  7.2、7％SDS、1mM  EDTA、および1％  BSA(フラクションV)中で行う。ハイブリダイゼーション後、フィルターを、0.2×SSC、0.1％SDS中で50℃にて３回洗浄し、そして24時間フィルムに曝露する。
【０１６２】
組換え遺伝子構築物を使用して、メッセージを検出するためのプローブを生成し得る。インサートを切り出し、そして上記の検出方法で使用し得る。
【０１６３】
VI．E．coliにおけるDC遺伝子タンパク質の発現
PCRを使用して、好ましくは、適切なプロモーター、選択、および調節配列と作動可能に会合して、オープンリーディングフレームを含む構築物を作成する。得られる発現プラスミドを、適切な、例えば、Topp5、E．coli株（Stratagene，La  Jolla，CA）に形質転換する。アンピシリン耐性（50μg/ml）形質転換体を、550nmでの光学密度が0.7であるまで、37℃にてLuria  Broth（Gibco)中で増殖する。組換えタンパク質を、0.4mMイソプロピル-bD-チオガラクトピラノシド（Sigma，St．Louis，MO）で誘導し、そして細胞のインキュベーションを、20℃にてさらに18時間続ける。１リットル培養物からの細胞を、遠心分離によって採取し、そして例えば、200mlの氷冷30％スクロース、50mM  Tris  HCl  pH  8.0、1mMエチレンジアミン四酢酸に再懸濁する。氷上で10分後、氷冷水を添加して２リットルの総容量にする。氷上で20分後、細胞を、遠心分離によって除去し、そして上清を、5μM  Millipak  60（Millipore  Corp.，Bedford，MA）による濾過によって澄明にする。
【０１６４】
組換えタンパク質を、標準的精製方法、例えば、種々のイオン交換クロマトグラフィー方法によって精製する。以下に記載の抗体を使用するイムノアフィニティー方法も使用し得る。エピトープタグを発現構築物中に操作する場合、アフィニティー方法を使用し得る。
【０１６５】
VII．ヒトDC遺伝子のマッピング
DNA単離、制限酵素切断、アガロースゲル電気泳動、サザンブロットトランスファー、およびハイブリダイゼーションを、標準的技法に従って行う。Jenkinsら（1982）J．Virol．43:26-36を参照のこと。ブロットを、Hybond-Nナイロンメンブラン（Amersham）で調製し得る。プローブを、３２P-dCTPで標識し；洗浄を例えば、0.1×SSC、0.1％SDS、65℃の最終ストリンジェンシーまで行う。
【０１６６】
あるいは、BIOS  Laboratories（New  Haven，CT)マウス体細胞ハイブリッドパネルを、PCR方法と組み合わせ得る。Fanら（1996）Immunogenetics  44:97-103を参照のこと。
【０１６７】
Stanford  G3パネルでの染色体局在は、7.7のロッドを有する最も近いマーカーSHGC-12041として得た。このマーカーは、M130抗原をコードする遺伝子であり、染色体12p13に局在する。この局在は、Ｃタイプのレクチンファミリー、明らかにはCD69、およびNKレセプターファミリーのレセプターをコードする多くの遺伝子のための宿主である。
【０１６８】
VIII．個々の変異の分析
分布データから、豊富な容易に利用可能な細胞タイプを、個体からのサンプリングについて選択する。PCR技法を使用して、個々の大きな集団を、この遺伝子について分析する。cDNAまたは他のPCR方法を使用して、種々の個体において対応する遺伝子を配列決定し、そしてその配列を比較する。これは、人種または他の集団の中の多様性の程度、およびどの残基が機能における劇的な効果なしに改変可能であるようであるかを決定することの両方を示す。
【０１６９】
IX．抗体の調製
組換えDCタンパク質を、上で示すようにE．coliでの発現によって生成し、そして生物学的活性についてテストする。あるいは、天然のタンパク質ソースを、利用可能になった精製方法で使用し得る。抗体試薬を、免疫精製で、または分離方法を探知するために使用し得る。活性または変性したタンパク質を、ポリクローナル血清産生またはモノクローナル抗体産生のいずれかに適切な哺乳動物の免疫接種に使用し得る。
【０１７０】
X．対応物霊長類または齧歯類DC遺伝子の単離
これらの遺伝子をコードするヒトcDNAクローンを、プローブとして、または種々の霊長類種、例えば、チンパンジーにおける対応物を見いだすためにPCRプライマーを設計するために使用する。
【０１７１】
DCMP1（tblastnアルゴリズム）の予測ポリペプチド配列を使用するESTデータベース（GenBank  dbEST）の生物情報(bioinformatics)検索は、霊長類DCMP1に相同なタンパク質をコードするマウスクローンを示した。この配列に対応する４つのクローンがわかった：AA387662  Koマウス胚11  5dpc；AA170532マウス脾臓；AA475012マウス乳腺；およびAA423158マウス乳腺。配列分析によって全長クローンであると見積もった、これらのうちの１つのAA170532を選択し、そしてDNA配列決定した。このクローンは、DCMP1に類似の特徴を含んでいた。全長クローンは、ポリＡ配列を除いて1418bpであり、そして278bpの5’UTRを含む。hDCMP1については、推定開始コドンはコンセンサスKozak領域内に含まれないが、このコドンは上流の停止コドンにより前にある。5’UTRは、３つのコンセンサスATTTA部位を含む、急速分解シグナルに類似の配列を含む。潜在的なポリアデニル化配列が見られる。予測ポリペプチドは、約238残基長であり、そしてITIMおよびC-タイプレクチンドメインを有するタイプII膜タンパク質をコードする。３つの潜在的なN-グリコシル化部位が見られる。これおよびヒトタンパク質のアラインメントは、全体の配列に対して約54％同一性、65％相同性を示す。顕著には、ITIMドメインは非常に保存される（15残基のうちの13が同一である）。目的は、保存された膜筋異のグルタミンモチーフ（FQKYSQLLE）であり、そしてシステイン残基は、潜在的にジスルフィド架橋形成に関与した。同様に、C-タイプレクチンドメインは、EPSモチーフを含む保存のブロックを示す。hDCMP1とヒト肝臓レクチンとの間で見られる差は、マウス配列、顕著には、119および163位でのトリプトファンの置換；177位でのグルタミン；および228位でのトリプトファンの代わりのセリンで保持される。したがって、このクローンがhDCMP1のマウスホモログであるようである。
【０１７２】
XI．細胞集団を分析するための試薬の使用
試料に存在する樹状細胞のレベルの検出は、異常な疾患症状の診断に重要である。例えば、組織またはリンパ系における樹状細胞の数の増加は、DC過形成の存在、または組織もしくは移植拒絶の指標であり得る。低いDC集団は、例えば、細菌またはウイルス感染への異常な反応を示し得、これはDC応答を正常にするための適切な処置を必要とし得る。
【０１７３】
細胞表面DCタンパク質に特異的な標識された結合剤を使用するFACS分析（例えば、Melamedら（1990）Flow  Cytometry  and  Sorting  Wiley-Liss，Inc.，New  York，NY；Shapiro（1988）Practical  Flow  Cytometory  Liss，New  York，NY；およびRobinsonら（1993）Handbook  of  Flow  Cytometry  Methods  Wiley-Liss，New  York，NYを参照のこと）は、細胞混合物、例えば、PBMC、接着細胞などに存在するDCの数を決定することに使用される。結合剤はまた、DCの浸潤を分析するために、新鮮または固定したいずれかの組織試料の組織学的分析に使用される。多様な細胞集団はまた、細胞破壊性アッセイで、または細胞が生存したままである特定のアッセイでのいずれかで、評価され得る。
【０１７４】
可溶性細胞内分子の存在の分析を、例えば、Openshawら（1995）J．Exp．Med．182:1357-1367に記載のように、DCに特異的な蛍光結合剤で行う。あるいは、組織または細胞固定方法を使用し得る。
【０１７５】
DC転写物のレベルを、例えば、Murphyら（1993）J．Immunol．Methods  162:211-223に記載のように半定量性PCRを使用して定量する。プライマーを、ゲノムDNAが検出されないように設計する。
【０１７６】
XII．発現分布
配列データベースにおける完全なDCMP1  cDNA配列の分析は、限定された数のライブラリーに制限された発現パターンを表した。最大数の配列（10）を、樹状細胞ライブラリーで検出し、破骨細胞腫細胞のライブラリーで４つの配列、および単球、LPS活性化好中球、軟骨肉腫、結腸ガン、Ｔ細胞リンパ腫、皮膚腫瘍、および慢性滑膜炎からインビトロで生成したマクロファージのライブラリーからシグナル配列を検出した。GenBank  dbESTにおいて、４つのクローンを検出した：AA418441、差し引きしたライブラリー；AA446401、総胎児；AA677149、胎児肝臓脾臓；C01555、ヒト遺伝子特徴；AA380065、皮膚腫瘍。
【０１７７】
多くの異なる細胞株および新鮮に単離した細胞に対するRT-PCRによるDCMP1発現の分析は、DCMP1の発現が、TF1（骨髄性前駆体）、Jurkat（Ｔ細胞株）、CHA（腎臓ガン腫）、MRC5（胎児肺線維芽腫）、JY（Ｂ細胞株）、U937（骨髄-単球性リンパ腫細胞株）で検出されないが、造血細胞に制限されることを示した。新鮮に単離した細胞では、発現は、不活化および活性化された両方のDC；活性化された顆粒球；不活化および活性化された両方のPBLで見られ；そして低レベルの発現が、活性化された単球；および活性化されたＢ細胞で見られる。すべての活性化試料は、PMA/イオノマイシンで１および６時間処理した細胞のプールであった。
【０１７８】
追加の分析は、  DCMP1の発現が細胞の活性化状態で変化することを示した。RT-PCRも、異なる活性化状態下でDCMP1の発現を検出するために使用した。扁桃組織から単離したＢ細胞を、PMA/イオノマイシンで１または６時間処理し、あるいはCD40L発現Ｌ細胞と３、12、および24時間同時培養することによって処理した。mRNAを、不活化細胞で検出した。この発現は、PMA/イオノマイシン処理については１時間以内に、およびCD40L処理の３時間後に失われ得た。逆に、抗CD3/抗CD28インキュベーション後でさえも、Ｔ細胞において発現を検出し得なかった。
【０１７９】
CD34+由来細胞では、DCMP1の発現は、M-CSFの存在下でCD34+前駆細胞に由来するマクロファージで強かった。この発現は、PMA/イオノマイシンに応じて変化しないようであった。GM-CSFおよびTNFの存在下でCD34+前駆細胞に由来するDCでは、mRNAのレベルは、培養の12日目で検出されたより大量のmRNAで、培養の時間経過にわたって変化することが見られた。CD40Lを有するＬ細胞との同時培養の48時間後、DCMP1の発現がなくなった。マーカーCD1a/CD14の存在について６日目にFACSソートし、そしてさらに６日間培養を続けたインビトロDCでは、CD1a亜集団よりもより多くのmRNAを、ＣＤ１４で検出した。この発現を、PMA/イオノマイシン処理によってダウンレギュレートした。
【０１８０】
血液から単離された単球では、不活化細胞でmRNAを検出しなかった。しかし、DCMP1の発現を、PMA/イオノマイシンでの処理の６時間後に検出した。GM-CSFおよびIL-4での処理による単球に由来するDCでは、DCMP1発現をアップレギュレートした。この発現は、PMA/イオノマイシンでの処理によって変化し得ないが、CD40L発現Ｌ細胞との同時培養によってダウンレギュレートされ得た。この場合、DCMP1  mRNA発現は、培養の24時間までにすっかりなくなった。ヒトタンパク質の発現を、抗体検出方法を使用して確認した。
【０１８１】
DCMP1を、エクスビボ単離したDCのサブセットで発現した。血液または扁桃組織から単離したDCサブセットを、インテグリンCD11cの存在または不在によって特徴づけた。LarsonおよびSpringer（1990）Immunol．Rev．114:181-217。血液から単離されたDCのCD11c+サブセット（GCDCとしても公知）はDCMP1を発現する。しかし、抗CD40LまたはPMA/イオノマイシン処理による活性化の後、mRNAは検出されない。逆に、扁桃組織から単離された細胞の同じサブセットは、もはやDCMP1を発現しない。CD11c-DCサブセットの場合では、低レベルの発現は、血液から単離された細胞で観察される。この発現は、扁桃組織から単離された細胞でより大きいが、また、抗CD40抗体によってまたはPMA/イオノマイシン処理での活性化でダウンレギュレートされる。皮膚から単離されたランゲルハンス細胞はDCMP1を発現するが、周囲の基底細胞は発現を示さない。
【０１８２】
XIII．霊長類DCMP1
配列分析は、これらのDCMPが、レセプターのレクチン／アシアロ糖タンパク質スーパーファミリーのメンバーであることを示唆する。特に、肝臓およびマクロファージレクチンは、タンパク質およびペプチドのインターナリゼーションに関連しており、これは、例えば、樹状細胞による抗原の取り込みおよび提示に重要であり得る。DCMP1は、インターナリゼーションモチーフ（YxxV）またはITIM様モチーフ（IxYxxV；配列番号２の残基5〜10；より伸長したモチーフは残基1〜24に広がる）を含む。これは、タンパク質が、阻害レセプター（KIR；LIRなど）のファミリーの樹状細胞型であり得、これが細胞機能を阻害するためにネガティブシグナルを送ることを示唆する。
【０１８３】
推定オープンリーディングフレームは、約ヌクレオチド242で始まる。この潜在的な開始コドンは、コンセンサスKozak配列にはないが、代わりのATGの前になくそして停止コドンが200位の上流に存在するので、これがコードされたタンパク質の開始であることを予測する。約237アミノ酸のポリペプチドを、この配列から予測した。シグナルペプチドを検出しなかったが、推定膜貫通配列は、約386〜443位に及ぶ。このクローンは、C-タイプレクチンドメインを有するタイプII膜タンパク質をコードする。3’UTRは、コンセンサス配列ATTTAの３つのリピートを含む、多くの潜在的な急速分解シグナルを含む。シグナルペプチドを検出しなかったが、推定膜貫通配列は、45〜62位、あるいは386〜443位に及ぶ。このクローンは、C-タイプレクチンドメインを有するタイプII膜タンパク質をコードする。
【０１８４】
配列分析から予測されるポリペプチドは、残基７に中心があるチロシンベースのモチーフを含む、49アミノ酸細胞内ドメインを有する。この性質のYXX(L/V)モチーフは、肝臓レクチンおよびCD23（Fce  RIIa）の場合においてインターナリゼーションモチーフとして作用することが示されている。このタイプのドメインは、Ly49、NKG2Aのような分子、および免疫グロブリン様分子のKIRファミリーにおいて、活性化（ITAM）または阻害（ITIM）モチーフとして作用することが示されている。阻害は、コンセンサスドメイン(I/V)XYXX(L/V)へのSHP2/SHIPホスファターゼの漸増によって媒介される。DCMP1の最初の15アミノ酸は、伸長したITIMドメインへの保存を示し、そしておそらく、細胞機能の阻害がDCMP1の特質の１つであるようである。単一の潜在的N-グリコシル化部位は、約185位に存在する。
【０１８５】
DCMP1のC-タイプレクチンドメインのアミノ酸配列の、C-タイプレクチンドメインを含む他のタンパク質との比較は、DCMP1が、肝臓レクチンおよびマクロファージレクチンに最大の相同性を有することを示した（表１を参照のこと）。C-タイプレクチンフォールドの保存されたシステイン残基は、このファミリーのメンバーにわたって明らかに保存されるが、多くの区別する特徴が見られ得る。肝臓レクチンのように、DCMP1は、レクチンドメインの開始で二重のシステインモチーフを有する。この残基とジスルフィド架橋を形成し得るレクチンドメインに明らかに他のシステインが存在しないので、この補充システインの機能は未知である。この残基が分子間ジスルフィド架橋形成に関連し得ることは可能であるが、おそらくこの機能を果たす91位でのDCMP1中のもう１つのシステインが存在する。DCMP1レクチンドメインのN-末端部分は、肝臓レクチンおよびマクロファージレクチンでの最大の保存を示す。カルシウム結合ドメインは、DCMP1に保存され、そしてCD23に最大の相同性を示し、EPSモチーフ（残基195〜197）、201位でのグルタミン酸(E)、および218〜219位でのアスパラギンアスパラギン酸（ND）を含む。これらのモチーフは、NKレセプター（本明細書ではNKGEと示される）およびCD94には明らかに不在である。
【０１８６】
DCMP1は、約残基45〜62からの予測された膜貫通セグメントを有するタイプII膜タンパク質である。これは、アシアロ糖タンパク質レセプター、肝臓レクチン、CD69、CD72、CD23、およびNKレセプターを含むタンパク質のファミリーに関連する。このタンパク質は、カルボキシ末端に細胞外Ca依存性C-タイプレクチンドメインを含み（約残基104〜237）、これは、糖残基特異性の特徴的なモチーフを示す。表１を参照のこと。これらのタンパク質は、代表的には、糖タンパク質上の糖残基に結合し、そして一次免疫応答に関連する。このファミリーのいくつかのメンバー、顕著にはCD69、NKレセプター、およびCD72は、特異的遺伝子の増殖および誘導を含む細胞活性化事象中にシグナルを伝達することが示されている。
【０１８７】
DCMP1は、マウスC-タイプレクチンKIRレセプター、Ly49と同様に、阻害レセプターの群に対して広がった相同性を有するインターナリゼーションモチーフを含む（ITIMドメイン、VivierおよびDaeron（1997）Immunology  Today  18:286-291；ならびにKatzおよびAusten（1997）J  Immunol．158:5065-5070による最近の総説を参照のこと）。これらのレセプターの、免疫グロブリンスーパーファミリー（IgSF）メンバーまたはC-タイプレクチンのいずれかは、ホスファターゼ、例えば、SHIP、SHP-1、およびSHP-2を含むSH2-ドメインによってネガティブシグナルを伝達する。証拠は、これらのレセプターが、活性化シグナルをブロックするために、他の活性化レセプターと会合することを示唆する。証拠はまた、このタイプの分子についてのリガンドがIgSF分子であることを示唆する。この例は、MHCクラスＩ分子（Cd94/NKレセプターおよびLy-49によって認識される）およびFcgR（CD23；IgGを認識する）である。
【０１８８】
システイン残基91は、もう１つのポリペプチド、おそらくホモまたはヘテロダイマーへのジスルフィド結合に関連するようである。
【０１８９】
PCR分析は、遺伝子が活性化樹状細胞および非活性化樹状細胞で発現されることを示す。検出可能なシグナルは、TF1（造血細胞株）、Jurkat（Ｔ細胞株）、MRC5（肺線維芽腫肉腫細胞株）、JY（Ｂ細胞株）、U937（前単球細胞株）、またはCHA（ガン腫細胞株）細胞のいずれでも見いだされなかった。ポジティブシグナルを、新鮮に単離した活性化したまたは不活化したPBL、および顆粒球で検出したが、新鮮に単離したＴ細胞、Ｂ細胞、NK細胞、または単球からはわずかに弱いシグナルを検出した。
【０１９０】
配列分析は、樹状細胞、活性化抗中球、マクロファージ（GM-CSFで活性化された）、破骨細胞腫、皮膚腫瘍、Ｔ細胞リンパ腫、結腸ガン、慢性滑膜炎、および軟骨肉腫として特徴づけられる試料中の遺伝子の発現を示す。
【０１９１】
XIV．齧歯類対応物DCMP1
表２は、齧歯類対応物配列の配列を示す。
【０１９２】
表２：配列は、DCMP1のマウス対応物（配列番号８を参照のこと）をコードするマウスの２つのEST、W33446（配列番号11を参照のこと）およびAA170532（配列番号８を参照のこと）に対する相同性を示す。
【０１９３】
【表２】
2008264000.tif 000003
XV．霊長類DCMP2
DCMP2、推定アシアロ糖タンパク質レセプターは、タイプII膜貫通タンパク質である。その細胞外領域では、DCMP2は、レクチンのC-タイプ（Ca++依存性）ファミリーに特徴的な、単一の炭水化物認識ドメイン（CRD）の特徴がある（DrickamerおよびTylor（1993）Ann．Rev．Cell  Biol．9:237-264を参照のこと）。DCMP2は、ヒト肝臓アシアロ糖タンパク質レセプターのサブユニットをコードする２つの遺伝子（H1およびH2）とかなりの相同性を示す。Stockert（1995）Physiol．Revs．75:591-609。これらの肝臓レセプターは、タイプII  C-タイプレクチンファミリーメンバーのプロトタイプを示す。肝臓ASGPRは、末端ガラクトシル残基を提示する脱アシアロ化糖タンパク質に対する結合特異性を有し、そしてクラスリン被覆小孔経路によって肝細胞へのエンドサイトーシスを媒介する。顕著には、これらの両方の機能に関連する特徴は、肝臓ASGPRとDCMP2との間で保存される。従って、DCMP2は、５位にチロシン残基を含む細胞内モチーフを含み、そしてこれはリガンドエンドサイトーシス能力に関連する。Fuhrerら（1991）J．Cell  Biol．114:423-431を参照のこと。さらに、DCMP2は、その糖認識ドメインにQPD（Gln-Pro-Asp）ガラクトース認識タイプ配列（Drickamer（1992）Nature  360:183-186）を提示する。
【０１９４】
DCMP2をコードするいくつかの改変体cDNAクローンは、ほとんど代替スプライシングの結果として単離されている。３つの改変体が以下に記載される：短形態、長形態、およびDCMP2vと命名された第３の形態。配列番号４および10；表１を参照のこと。短および長形態は、短形態クローンの細胞外領域に挿入された独特の27アミノ酸インサートの存在によって異なる。DCMP2の短形態は、ヒトマクロファージから得られた最近クローニングしたASGPR（M-ASGPR）に対して細胞外領域で４残基の差を示す。Suzukiら（1996）J．Immunol．156:128-135。
【０１９５】
DCMP2lに関連して、ASGPRmは、GVSELQEHTTQKAHLGHCPHCPSVCVP（配列番号４の残基118〜144）に対応するセグメントがなく、そしてASGPRmは、GEEのインサートを含む（配列番号４の残基173と174との間）。DCMP2sは、GVSELQEHTTQKAHLGHCPHCPSVCVP（配列番号４の残基118〜144）の不在、およびヌクレオチド1064でのGからAへ、それによってaspよりもasnをコードする配列の差を除いて、DCMP2lと同一である。DCMPvは、DCMPsと類似するが、膜貫通セグメントの重要の部分に対応するLLQRLRSGPCHLLLSLGLG（配列番号４の残基30〜48）がなく；そしてASGPRmに見られるようなGEEのインサート（配列番号４の残基173と174との間）を含む。例えば、エピトープ長の範囲内、例えば、12〜17アミノ酸のこれらの差のまわりの領域は、重要である。
【０１９６】
組換えDCMP2長形態タンパク質が利用可能であり、そしてmABが生成されている。さらに、マウス細胞株は、長および短形態の両方の安定な発現のためにトランスフェクトされている。
【０１９７】
遺伝子を、最初は、GM-CSFおよびTNFaで培養したCD34＋造血前駆細胞に由来する70％純粋CD1a＋  DCから単離した（Cauxら（1992）Nature  360:258-261）。クローンは、pSport1ベクターに挿入されている（NotI/SalI制限部位）。
【０１９８】
PCR分析は、樹状細胞におけるDCMP2遺伝子の発現、およびTF1（造血細胞株）細胞でのおそらく非常に弱い発現を示唆する。Jurkat（Ｔ細胞株）、CHA（ガン腫細胞株）、MRC5（肺線維芽腫肉腫細胞株）、またはJY（Ｂ細胞株）からは検出可能なシグナルはなかった。シグナルは、新鮮に単離した不活化したまたは活性化した（PMAおよびイオノマイシン）樹状細胞、顆粒球、および不活化したまたは活性化したPBLで検出された。シグナルは、単球、不活化したまたは活性化したＴ細胞、あるいは不活化したまたは活性化したＢ細胞では検出されなかった。
【０１９９】
DC-ASPGRは、ヒト単球ASGPRのマウス対応物（M-ASGPR）とのかなりの相同性を示す。相同性は、ガラクトースおよびN-アセチルガラクトサミン（GalNAc）についてマウス単球ASGPRへの特異性を与える炭水化物認識ドメイン内で著しい（約60％）。Satoら（1992）J．Biochem．111:331-336。これは、肝臓ASGPRのH1およびH2サブユニットでも見いだされる、QPDモチーフを含む。さらに、マウス単球ASGPRは、その細胞質ドメインにおいてYENLインターナリゼーションシグナルを有する。
【０２００】
マウスM-ASGPRは、ガラクトシル化糖タンパク質のエンドサイトーシスのためのレセプターとして機能し（Ozakiら（1992）J．Biol．Chem．267:9229-9235）、そして腫瘍破壊性マクロファージによる悪性細胞の認識を可能にする（Kawakamiら（1994）Jpn．J．Cancer  Res．85:744-749）。これに関して、マウスM-ASGPRが、OV2944-HM-1転移性卵巣腫瘍細胞（Imaiら（1995）Immunol．86:591-598）を有するマウスの肺転移性小節内で発現することを見いだした。興味深いことに、ヒトM-ASGPRは、Tn抗原（Suzukiら（1996）J．Immunol．156:128-135）に対する著しい特異性を示し、これはセリンまたはトレオニン結合した末端GalNAcのクラスターを有し、そしてヒトガン腫に関連する（Springer（1989）Mol．Immunol．26:1-5；およびOrntoftら（1990）Int．J．Cancer  45:666-672）。
【０２０１】
配列相同性に基づいて、DCMPがまた、ガラクトシル化糖タンパク質についてのエンドサイトーシスレセプターとして機能することが予測され得る。さらに、もう１つのC-タイプ膜貫通エンドサイトーシスレクチンである、マンノースレセプターによるリガンドインターナリゼーションは、MHCクラスII経路を介してDCによって非常に効率的な抗原提示を生じる。Cellaら（1997）Current  Opinion  Immunol．9:10-16。類推によって、DCMPが、抗原提示経路にインターナライズしたリガンドを送ることに類似の役割を果たすことが可能である。
【０２０２】
従って、DCMP2は、免疫ベースのアジュバント治療においてＴ細胞に対する提示を増強するために、DCに抗原をロードするための潜在的な高い効率の標的であり得る。これを、抗原のガラクトシル化形態で、または抗原にカップリングした抗DCMP2  mAbでのいずれかで、インビトロでDCをパルスすることによって、アプローチし得る。提示のインビトロ効率を、抗原特異的Ｔ細胞の活性化によってアッセイし得る。これは、このようなアプローチの本来の治療展望のため、腫瘍関連抗原（TAA）の提示に焦点を集める。悪性黒色腫と関連するTAAが、特に重要である。
【０２０３】
さらに、Tn抗原に対するヒトM-ASGPRの特異性は、このガン腫TAAを、DCMP2を標的するための選択の候補にする。
【０２０４】
外因性抗原がプロセシングされ、そしてMHCクラスＩ経路で提示され得ることが、最近示されている。PorgadorおよびGilboa（1995）J．Exp．Med．182:255-260；Pagliaら（1996）J．Exp．Med．183:317-322を参照のこと。特定化されたレセプターは、DCにおいてこのような機能を行うようである。
【０２０５】
CTLが腫瘍拒絶の誘導に関連するようであるので、DCにおけるこれらのレセプターは、著しい治療可能性を有する、TAA特異的細胞傷害性Ｔ細胞（CTL）を産生することを助けることが引き起こされ得る。
【０２０６】
XVI．DCMPインターナリゼーション
GM-CSFおよびTNFa中で培養したCD34+前駆細胞から得られたDCを、抗DCMP2  mAbで、またはコントロールとして抗CD13で、４℃にて染色した。その後の37℃にて約20分までの期間インキュベーション後、細胞表面結合したmAbを分析した。インターナリゼーションを、細胞表面蛍光の減少によって観察した。
【０２０７】
DCMP2lは、37℃で迅速にインターナライズするが、４℃ではしない。約60％の表面標識は、約15分以内に消失した。これは、DCMP2が、細胞質内ドメインにおいてインターナライゼーションモチーフ（YENF）の存在に一致する、エンドサイトーシスレセプターとして機能し得ることを証明する。
【０２０８】
XVII．結合対応物の単離
DCタンパク質は、結合の特異性を利用することによって、特異的結合試薬として使用され得、同様に抗体が使用される。結合試薬は、例えば、蛍光などで上記のように標識されるか、またはパンニング方法のための基材に固定されるかのいずれかである。
【０２０９】
DCタンパク質を使用して、結合を示す細胞株についてスクリーニングする。標準的染色技術を使用して、細胞内または表面発現したリガンドを検出またはソートし、あるいは表面発現する形質転換した細胞を、パンニングによってスクリーニングする。細胞内発現のスクリーニングを、種々の染色または免疫蛍光手順によって行う。McMahanら（1991）EMBO  J．10:2821-2832も参照のこと。
【０２１０】
例えば、０日目に、2-チャンバーpermanoxスライドを、チャンバー当たり1mlのフィブロネクチン、PBS中10ng/mlで、室温にて30分間プレコーティングする。PBSで１回リンスする。次いで、1.5mlの増殖培地中チャンバー当たり2〜3×10５細胞でCOS細胞をプレーティングする。37℃にて一晩インキュベートする。
【０２１１】
各試料について１日目に、無血清DME中、66mg/ml  DEAE-デキストラン、66mMクロロキン、および4mg  DNAの0.5mlの溶液を調製する。各セットについて、例えば、1および1/200希釈でヒトレセプター-FLAG  cDNAのポジティブコントロール、およびネガティブモックを調製する。無血清DMEで細胞をリンスする。DNA溶液を添加し、そして37℃にて５時間インキュベートする。培地を取り出し、そしてDME中の0.5ml  10％  DMSOを2.5分間で添加する。培地を取り出しそしてDMEで１回洗浄する。1.5ml増殖培地を添加し、そして一晩インキュベートする。
【０２１２】
２日目に、培地を交換する。3または4日目に、細胞を固定し染色する。ハンクス緩衝化生理食塩溶液（HBSS）で細胞を２回リンスし、そして4％パラホルムアルデヒド(PFA)/グルコース中で５分間固定する。HBSSで３回洗浄する。すべての液体を除去した後、スライドを−80℃にて貯蔵し得る。各チャンバーについて、0.5mlインキュベーションを以下のように行う。HBSS/サポニン(0.1％)を32ml/mlの1M  NaN３とともに20分間で添加する。次いで、細胞をHBSS/サポニンで１回洗浄する。タンパク質またはタンパク質/抗体複合体を細胞に添加し、そして30分間インキュベートする。細胞をHBSS/サポニンで２回洗浄する。適切ならば、最初に抗体を30分間で添加する。二次抗体、例えば、ベクター抗マウス抗体を、1/200希釈で添加し、そして30分間インキュベートする。ELISA溶液、例えば、Vector  Elite  ABC西洋ワサビペルオキシダーゼ溶液を調製し、そして30分間プレインキュベートする。例えば、2.5ml  HBSS/サポニン当たり、１滴の溶液Ａ（アビジン）および１滴の溶液Ｂ（ビオチン）を使用する。HBSS/サポニンで細胞を２回洗浄する。ABC  HRP溶液を添加し、そして30分間インキュベートする。HBSSで細胞を２回洗浄し、２分間第２の洗浄をし、細胞の間をつめる。次いで、ベクタージアミノ安息香酸（DAB）を5〜10分間添加する。5mlのガラス蒸留した水当たり２滴の緩衝液＋４滴のDAB＋２滴のH２O２を使用する。チャンバーを注意深く取り出し、そして水でスライドをリンスする。2〜3分間空気乾燥し、次いで１滴のCrystal  Mountおよびカバースリップを添加する。85〜90℃で５分間焼成する。
【０２１３】
あるいは、他の単球タンパク質特異的結合試薬を使用して、レセプターを発現する細胞をアフィニティー精製またはソーティングする。例えば、SambrookらまたはAusubelらを参照のこと。
【０２１４】
他のストラテジーは、パンニングによって膜結合レセプターについてスクリーニングすることである。レセプターcDNAを、上記のように構築する。リガンドを固定し、そして発現する細胞を固定するために使用し得る。固定は、例えば、単球タンパク質融合構築物のFLAG配列を認識する適切な抗体の使用によって、または第１の抗体に対して惹起した抗体の使用によって、達成され得る。選択および増幅の繰り返しサイクルは、適切なクローンの富化およびリガンド発現クローンの最終的単離を導く。
【０２１５】
ファージ発現ライブラリーを、単球タンパク質によってスクリーニングし得る。適切な標識技術、例えば、抗FLAG抗体は、適切なクローンの特異的標識付けを可能にする。
【０２１６】
本発明の多くの改変および変更は、当業者には明らかであるので、本発明の意図および範囲から逸脱せずに行われ得る。本明細書に記載の特定の実施例は、例示の目的でのみ提供され、そして本発明は、このような請求の範囲が権利を与えられるものと等価の完全な範囲とともに、添付の請求の範囲によってのみ限定されるものである。
【０２１７】
【表３−１】
2008264000.tif 000004
【０２１８】
【表３−２】
2008264000.tif 000005
【０２１９】
【表３−３】
2008264000.tif 000006
【０２２０】
【表３−４】
2008264000.tif 000007
【０２２１】
【表３−５】
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【０２２２】
【表３−６】
2008264000.tif 000009
【０２２３】
【表３−７】
2008264000.tif 000010
【０２２４】
【表３−８】
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【０２２５】
【表３−９】
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【０２２６】
【表３−１０】
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【０２２７】
【表３−１１】
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【０２２８】
【表３−１２】
2008264000.tif 000015
【０２２９】
【表３−１３】
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【０２３０】
【表３−１４】
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【０２３１】
【表３−１５】
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【０２３２】
【表３−１６】
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