(57)【要約】  本開示は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌することが可能な１つまたは複数の（好適には２つ以上または３つ）偏性溶菌性バクテリオファージを含むバクテリオファージ組成物、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ細菌感染症の処置のためのその使用に関する。【選択図】図１
2021508740.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌感染症を有するヒトを処置する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する１つまたは複数の異なるバクテリオファージであって、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含むゲノムを有する１つまたは複数の異なるバクテリオファージを含む組成物を前記ヒトに投与するステップを含む方法。
【請求項２】
確定された肺以外のＳ．ａｕｒｅｓ感染症を有するヒトを処置する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する少なくとも２つの異なるバクテリオファージであって、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれかと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むゲノムを含む少なくとも２つの異なるバクテリオファージを含む組成物を前記ヒトに投与するステップを含み、感染症は肺のＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症ではない方法。
【請求項３】
組成物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列のポリヌクレオチド配列を有するバクテリオファージから選択される少なくとも３つの異なるバクテリオファージを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
細菌感染症が、副鼻腔炎、尿路感染症、腹腔内感染症、皮膚感染症、皮膚構造感染症、菌血症、敗血症、心内膜炎またはインプラント感染症である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
インプラント感染症が、心臓インプラント感染症（例えば、補助人工心臓感染症、ペースメーカー感染症）、人工関節感染症または人工弁心内膜炎である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
細菌感染症が抗生物質に耐性である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
組成物がバクテリオファージＳａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３の組合せを含み、前記バクテリオファージが配列番号１、配列番号２および配列番号３のヌクレオチド配列をそれぞれ含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
組成物がエンドトキシンを実質的に含有しない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
組成物が細菌宿主細胞タンパク質を実質的に含有しない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
組成物が薬学的に許容される賦形剤、担体またはその組合せをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
薬学的に許容される賦形剤、担体またはその組合せはカルシウム塩またはマグネシウム塩を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
組成物が、液体、半液体、固体、冷凍または凍結乾燥された製剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
組成物が３×１０５から３×１０１１プラーク形成単位（ＰＦＵ）の全バクテリオファージを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
組成物が１×１０５から１×１０１１ＰＦＵの各バクテリオファージを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
組成物が、３×１０９ＰＦＵの全バクテリオファージを含む１ミリリットルの投薬量で投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ヒトにおいて微生物フローラを改変する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ細菌に対して溶菌活性を有する少なくとも２つの異なるバクテリオファージであって、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むゲノムを有するバクテリオファージから選択される、少なくとも２つの異なるバクテリオファージを含む組成物を前記ヒトに投与するステップを含む方法。
【請求項１７】
組成物が抗生物質をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
抗生物質が、フルオロキノロン、カルバペネム、アミノグリコシド、アンサマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、ベータラクタム、ベータラクタマーゼ阻害剤、葉酸経路阻害剤、フシダン、グリコペプチド、グリシルサイクリン、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、オキサゾリジノン、フェニコールホスホン酸、ストレプトグラミンおよびテトラサイクリンからなる群から選択される抗生物質のクラスからのものである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
対象に抗生物質を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
抗生物質がフルオロキノロン、カルバペネム、アミノグリコシド、セファロスポリン、ペニシリン、ベータラクタムまたはベータラクタマーゼ阻害剤である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
細菌感染症が、細菌バイオフィルムの存在によって特徴付けられる感染症である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
組成物が静脈内投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
組成物が関節内投与される、請求項１〜２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
組成物が少なくとも６時間おきに投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
組成物が少なくとも１２時間おきに投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
組成物が少なくとも２４時間おきに投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
組成物が少なくとも７日おきに投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージおよび凍結保護物質を含む、細菌構成成分を実質的に含有しないバクテリオファージ組成物であって、バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するヌクレオチド配列を含むゲノムを有し、各個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくく、抗生物質耐性遺伝子を有さない、バクテリオファージ組成物。
【請求項２９】
相補性が可能である１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージであって、配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するヌクレオチド配列を含むゲノムを有するバクテリオファージ、および凍結保護物質を含む、細菌構成成分を実質的に含有しないバクテリオファージ組成物であって、組成物の標的細菌範囲は、組成物中のいかなる個々のバクテリオファージの範囲より広い、バクテリオファージ組成物。
【請求項３０】
凍結保護物質がグリセロールを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３１】
グリセロールが約１０％から約３０％（ｖ／ｖ）の濃度である、請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
細菌構成成分が細菌内毒素である、請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３３】
細菌構成成分が細菌宿主タンパク質である、請求項２８〜３１のいずれかに記載の組成物。
【請求項３４】
組成物が薬学的に許容される賦形剤または担体をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３５】
薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤またはその組合せはカルシウム塩またはマグネシウム塩を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３６】
組成物が液体、半液体、固体、冷凍または凍結乾燥された製剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
組成物のバクテリオファージがメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３８】
組成物が１×１０５から１×１０１１ＰＦＵの各バクテリオファージを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３９】
組成物が１ミリリットル当たり３×１０９ＰＦＵの全バクテリオファージの投薬量で投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４０】
組成物が２〜８℃で保存される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４１】
少なくとも１つのバクテリオファージの配列が天然に存在しない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４２】
少なくとも１つの偏性溶菌性バクテリオファージおよび８℃以下の温度での保存のための保存媒体を含む、細菌構成成分を実質的に含有しないバクテリオファージ組成物であって、バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するヌクレオチド配列を含むゲノムを有し、各個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくく、抗生物質耐性遺伝子を有さない、バクテリオファージ組成物。
【請求項４３】
ヒトにおけるＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症の処置における請求項２８〜４２のいずれかに記載の組成物の使用であって、感染症は実質的または完全に肺以外の感染症であり、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を患っているヒトに組成物を投与することを含む使用。
【請求項４４】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ細菌感染症を有するヒトの処置におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する１つまたは複数の異なるバクテリオファージを含む組成物の使用であって、１つまたは複数の異なるバクテリオファージの組成物を前記ヒトに投与することを含み、前記１つまたは複数のバクテリオファージの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含むゲノムを含む、使用。
【請求項４５】
ヒトにおける確定された肺以外のＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症の処置におけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する少なくとも２つの異なるバクテリオファージを含む組成物の使用であって、処置は、前記ヒトへの前記組成物の投与を含み、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３および配列番号１、配列番号２または配列番号３のいずれかと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むゲノムを含む少なくとも２つのバクテリオファージを含み、感染症は肺のＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症ではない、使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照出願
[0001]本出願は、２０１８年１月２日に出願の米国特許仮出願第６２／６１３，０５０号、２０１８年５月３１日に出願の米国特許仮出願第６２／６７８，６１１号および２０１８年９月１４日に出願の米国特許仮出願第６２／７３１，７７５号への優先権を主張し、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
[0002]本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、ここに参照により完全に組み込まれる配列表を含む。２０１９年１月２日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、０５４２４９−５０２００１ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５という名前であり、１．７７メガバイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
[0003]バクテリオファージ、バクテリオファージの組成物、ならびに医学的および非医学的な適用のためのその使用が、本明細書に記載される。
[0004]抗生物質耐性であるますます多くのヒト病原体は、重大な細菌感染症のための新しい治療法の切迫した必要性をもたらした。抗生物質耐性の従来の機構を回避し、バイオフィルムに対して有効であることができ、生来の腸フローラの破壊を回避することができる新規アプローチが、特に望ましい。この臨床上の課題は、バクテリオファージ（ファージ）療法への新たな関心を引き起こした。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
[0005]天然に存在しないバクテリオファージを含むバクテリオファージ、バクテリオファージ組成物が本明細書で提供される。組成物は、細菌構成成分、例えば細菌内毒素および宿主細胞構成成分（例えば、タンパク質）を実質的に含有しなくてよい。組成物は、１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージ、および場合により凍結保護物質または他の賦形剤を含むことができる。一部の態様では、バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むことができる核酸配列を含むかまたはゲノムを有する。一部の実施形態では、配列は、１つまたは複数の配列番号１〜１０と１００％の配列同一性を有さない。一部の場合には、各個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくく、および／または抗生物質耐性遺伝子を有さない。一部の実施形態では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
[0006]一態様では、細菌構成成分、例えば細菌内毒素、細菌宿主タンパク質などを実質的に含有しないバクテリオファージ組成物が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、相補性が可能である１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージを含むバクテリオファージ組成物が本明細書で提供される。バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸またはゲノム、および場合により凍結保護物質を含むことができる。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０の少なくとも１つと１００％同一ではない。一部の実施形態では、組成物の標的細菌範囲は、組成物中のいかなる個々のバクテリオファージの範囲または組成物中の個々のバクテリオファージの合計より広い。一部の実施形態では、組成物中のバクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。
【０００６】
[0007]一態様では、バクテリオファージ組成物が本明細書で提供される。組成物は、細菌構成成分、例えば細菌内毒素、細菌宿主タンパク質などを実質的に含有しなくてよい。組成物は、少なくとも１つの偏性溶菌性バクテリオファージを含むことができる。一部の実施形態では、組成物は、８℃以下で選択される温度での保存のための保存媒体を含む。組成物中のいかなるバクテリオファージも、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０の１つまたは複数と少なくとも９３％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を含むか、またはゲノムを有することができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのバクテリオファージ核酸またはゲノムは、配列番号１〜１０のいずれか１つと１００％の同一性を有さない。個々のバクテリオファージの少なくとも１つは、普遍形質導入を起こしにくく、および／または抗生物質耐性遺伝子を有さない。一部の実施形態では、組成物のバクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。
【０００７】
[0008]別の態様では、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに関連した細菌病の処置における医薬として使用するための、またはそこで使用するためのバクテリオファージ組成物が提供される。本明細書で提供される組成物のいずれも、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症などの疾患または病気の処置で使用することが企図される。一部の実施形態では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。対象へのバクテリオファージ組成物の投与を含む、疾患を処置する対応する方法も提供される。
【０００８】
[0009]一態様では、細菌感染症を有するヒトを処置する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ細菌に感染しそれを溶菌する１つまたは複数の異なるバクテリオファージを含む組成物をヒトに投与するステップを含む方法が本明細書で提供される。バクテリオファージの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、または配列番号１〜１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列の１つまたは複数から選択されるポリヌクレオチド配列を含む核酸またはゲノムを有することができる。一部の態様では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。本方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有する患者を選択することを含むことができる。一部の態様では、感染症は肺以外の感染症である。
【０００９】
[0010]一態様では、確定された肺以外のＳ．ａｕｒｅｓ感染症を有するヒトを処置する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する１つまたは複数の異なるバクテリオファージを含む組成物をヒトに投与するステップを含む方法が本明細書で提供される。バクテリオファージの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、または配列番号１〜１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列の１つまたは複数から選択されるヌクレオチド配列を含む核酸またはゲノムを含む。一部の態様では、感染症は肺のＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症ではない。一部の態様では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。本方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有する患者を選択することを含むことができる。一部の態様では、感染症は、肺以外の感染症である。
【００１０】
[0011]一態様では、ヒトにおいて微生物フローラを改変する方法であって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに対する溶菌活性を有する１つまたは複数の異なるバクテリオファージを含む組成物を前記ヒトに投与することを含む方法が本明細書で提供される。１つまたは複数の異なるバクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つのヌクレオチド配列、または配列番号１〜１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列を含む核酸またはゲノムを有するバクテリオファージから選択される。一部の態様では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。本方法は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有する患者を選択することを含むことができる。一部の態様では、感染症は、肺以外の感染症である。
【００１１】
[0012]さらなる態様は、例えば、対象において細菌感染症の処置で使用するためのバクテリオファージ組成物であって、バクテリオファージ組成物は対象に投与され、細菌感染症はＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）感染症を含む、バクテリオファージ組成物に関する。
【００１２】
[0013]一部の態様は、例えば、対象において細菌感染症の処置で使用するための医薬の製造におけるバクテリオファージ組成物の使用であって、バクテリオファージ組成物は対象に投与され、細菌感染症はＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）を含む、使用に関する。
【００１３】
[0014]一部の態様は、バクテリオファージに関する。例えば、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６およびＳａ８１と本明細書で呼ばれるバクテリオファージ。さらに、それらのいずれかと、および／または配列番号１〜１０の１つまたは複数と９０〜１００％の核酸配列同一性を有するバクテリオファージ。
【００１４】
[0015]一部の態様は、ヒトにおけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症の処置における本明細書に記載される任意のバクテリオファージまたは組成物の使用であって、感染症は、実質的にまたは完全に肺以外の感染症である、使用に関する。使用は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を患っているヒトに組成物を投与することを含むことができる。
【００１５】
[0016]一部の態様は、ヒトにおけるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症の処置における本明細書に記載される任意のバクテリオファージまたは組成物の使用に関する。使用は、例えば、１つまたは複数の異なるバクテリオファージの組成物を前記ヒトに投与することを含むことができ、ここで、前記１つまたは複数のバクテリオファージの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、および配列番号１〜１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有する配列からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含むゲノムを含む。一部の実施形態では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。
【００１６】
[0017]一部の態様は、ヒトにおける確定された肺以外のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症の処置における本明細書に記載される任意のバクテリオファージまたは組成物の使用に関する。使用は、前記ヒトへの組成物の投与を含む処置を含むことができ、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０からなる群から選択されるヌクレオチド配列、および配列番号１〜１０のいずれかと少なくとも９３％の同一性を有する配列を含む核酸またはゲノムを含む少なくとも２つのバクテリオファージを含み、ここで、感染症は肺のＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症でない。一部の使用では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。
【００１７】
[0018]次に、例にすぎないが、添付の図面を参照して実施形態が記載される。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】[0019]図１Ａ、１Ｂおよび１Ｃは、３つの構成成分バクテリオファージＳａ８３（図１Ａ）、Ｓａ８７（図１Ｂ）およびＪ−Ｓａ３６（図１Ｃ）の例の透過型電子顕微鏡検査（ＴＥＭ）像を示す。像は、カウドウイルス目ミオウイルス科に属するファージの特徴である、直線状の収縮テールおよび細いネックを示す。
【図２】[0020]図２は、（上から下へ）Ｓａ８３、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびファージＫ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｋ７６６１１４）のＰｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  Ｍａｕｖｅアラインメントを示し、各々は、注釈付きの遺伝子（白色ボックス）および末端反復配列（赤色ボックス）を示す。各注釈付きのゲノムの上の赤色ブロックにおける中断は、ヌクレオチド配列における差を示す。
【図３】[0021]図３Ａおよび３Ｂは、本明細書に記載される１つまたは複数の態様によるファージの組成物（ＡＢ−ＳＡ０１）が、好中球減少性ＣＤ−１マウス（２Ａ）および免疫適格ＢＡＬＢ／ｃマウス（２Ｂ）において肺細菌負荷を低減することを示すグラフである。ファージ用量は、１用量当たりの全ＰＦＵとして与えられる。
【図４】[0022]図４は、ファージ候補の単一コピー核酸の類似性が（ヌクレオチド同一性％）で示されることを示している概要図である。各細胞の中で、値はアラインメント全体を通した同一性パーセントである。ギャップによって占められるアラインメントのパーセントは、これらのギャップが全体の同一性パーセントに含まれるので括弧の中に別に報告される。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
[0023]本開示は記載される特定の実施形態に限定されず、したがって、当然ながら、異なり得ることを理解すべきである。本開示の範囲は添付の請求項だけによって限定されるので、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載することだけのためであり、限定するものではないことも理解すべきである。
【００２０】
[0024]本開示の詳細な記載は読者の便宜のためだけに様々なセクションに分割されており、任意のセクションに見出される開示は別のセクションにおけるものと合わせることができる。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての専門用語および科学用語は、本開示が属する分野の当業技術者が通常理解するのと同じ意味を有する。
【００２１】
定義
[0025]本明細書および添付の請求項で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」には、文脈が明らかに別に指示しない限り、複数形が含まれることに留意する必要がある。したがって、例えば、「バクテリオファージ組成物」への言及は複数のそのような候補薬剤を含み、「バクテリオファージ」への言及は１つまたは複数のバクテリオファージおよび当業者に公知であるその同等物への言及を含む、などである。
【００２２】
[0026]本明細書で使用されるように、範囲を含む数値指定、例えば、温度、時間、量、濃度およびそのようなものの前に使用される場合、用語「約」は、（＋）または（−）１０％、５％または１％変動することができる近似値を示す。
【００２３】
[0027]本明細書で範囲（例えば、投薬量範囲）が掲載される場合、その値は、終端点を含む列挙される範囲（複数可）の中の任意の個々の値または範囲を含むことができることを理解すべきである。
【００２４】
[0028]本明細書で使用される用語「突然変異体」は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３と遺伝子的に異なっているが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ標的細菌に感染しそれを溶菌する能力をなお保持するバクテリオファージを指す。突然変異体は、例えば、サイレント突然変異、保存的突然変異、軽微な欠失および／または遺伝物質の軽微な複製を一般的に含み、参照バクテリオファージの表現型の特徴を保持する。一実施形態では、突然変異体は、本明細書に記載されるバクテリオファージのゲノムに依存する任意の観察可能な特徴または特性、すなわち、前記バクテリオファージの表現型の特徴および／またはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種に対する溶菌活性を保持する。好ましい突然変異体は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ標的細菌に感染しそれを溶菌する能力を保持し、参照バクテリオファージのゲノムと比較して１０％未満、さらに好ましくは７％未満、より好ましくは１％未満の核酸変異を有する。あるいは、または組合せで、突然変異体は、参照バクテリオファージのポリペプチドと比較して、コード化ポリペプチド配列に好ましくは７％未満のアミノ酸変異を有する。Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３のいずれか１つと比較した場合、ゲノム全体にわたって１０％未満の核酸変異を有し、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ標的細菌に対する溶菌活性を有したファージの例には、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６およびＳａ８１が含まれる（図４）。
【００２５】
[0029]核酸またはアミノ酸配列に関する用語「同一性％」または「配列同一性％」は、前記配列の間の同一性または相同性のレベルを指定し、当技術分野で公知の技術によって判定することができる。同一性パーセントを判定するために、包括的な方法、局所的な方法およびハイブリッド方法、例えばセグメントアプローチ法を限定されずに含む、様々な配列アラインメント方法のいずれも使用することができる。同一性パーセントを判定するプロトコールは、当業者の範囲内のルーチンの手順である。包括的な方法は、分子の最初から末端まで配列を整列させ、個々のヌクレオチド対のスコアを合算し、ギャップペナルティを課すことによって最良のアラインメントを判定する。非限定的な方法には、例えば、ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ、例えば以下を参照、Ｊｕｌｉｅ  Ｄ．Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ：Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｔｈｒｏｕｇｈ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ、Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｇａｐ  Ｐｅｎａｌｔｉｅｓ  ａｎｄ  Ｗｅｉｇｈｔ  Ｍａｔｒｉｘ  Ｃｈｏｉｃｅ、２２（２２）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４６７３〜４６８０頁（１９９４）；および、反復的な精密化が含まれる。非限定的な方法には以下のものが含まれる、例えば、ＢＬＡＳＴ、Ｍａｔｃｈ−ｂｏｘ、例えば以下を参照、Ａｌｉｇｎ−Ｍ、例えば、Ｉｖｏ  Ｖａｎ  Ｗａｌｌｅら、Ａｌｉｇｎ−Ｍ−Ａ  Ｎｅｗ  Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ  ｆｏｒ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｉｇｈｌｙ  Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２０（９）：１４２８〜１４３５頁（２００４）。この定義は、試験配列の相補体も指すか、またはそれに適用することもできる。この定義には、欠失および／または付加を有する配列、ならびに置換を有するものも含まれる。下記のように、好ましいアルゴリズムは、ギャップなどを説明することができる。好ましくは、長さが少なくとも約１００ヌクレオチドの領域にわたって、より好ましくは長さが１００〜１０００またはそれ以上のヌクレオチドの領域にわたって同一性が存在する。
【００２６】
[0030]本明細書で使用される用語「相補性」は、特定のゲノムを有するバクテリオファージの、別のゲノムを有する別の異なるバクテリオファージを補償する能力を指す。より具体的には、バクテリオファージ非感受性突然変異体コロニー（標的細菌の）は特定のバクテリオファージに対して生じ得るが、別のバクテリオファージになお感受性であり得る。言い換えると、１つのファージに対して生じるバクテリオファージ抵抗性変異株細菌は、別のファージになお感受性である。
【００２７】
[0031]本明細書で使用される用語「普遍形質導入」は、バクテリオファージを通して任意の細菌ＤＮＡを別の細菌に移すことができるプロセスを指す。それは、稀な事象であり、１０，０００中およそ１つのファージの非常に低い百分率のファージ粒子が、偶然ドナー細菌のＤＮＡを有することがある。本質的には、これはウイルスエンベロープの中への細菌ＤＮＡのパッケージングである。
【００２８】
[0032]本明細書で使用される用語「処置する」または「処置すること」は、予防的処置ならびに矯正処置（疾患を既に患っている対象の処置）を包含するものである。
[0033]用語「溶菌性」または「溶菌活性」は、細菌細胞の溶解を引き起こすバクテリオファージの特性を指す。バクテリオファージの溶菌活性は、当技術分野で公知の技術により、細菌（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株）で試験することができる。溶菌サイクルは、ファージが細胞に感染し、新しいファージ粒子を複製し、宿主細胞膜を突破するときに起こるプロセスのために命名される。一部のファージは、バクテリオファージＤＮＡがバクテリオファージプロセスの活性抑制のために事実上休眠状態である、溶原サイクルを示す。細菌が分裂するときはいつでも、ファージのＤＮＡも同様にコピーされる。この方法で、ウイルスは、宿主を溶菌することなくその宿主の中で複製を続けることができる。ある特定の時点で、状態が変化することができ、ファージは溶菌サイクルに入る。「偏性溶菌性」は、溶原サイクルを経ることができないファージを指す。
【００２９】
[0034]使用または方法は、本明細書に記載されるバクテリオファージまたはバクテリオファージ組成物を対象に投与することを一般的に含む。本明細書で使用されるように、「対象」は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは他の動物である。好ましくは、対象はヒトである。
【００３０】
[0035]本明細書で使用される用語「単離された」は、バクテリオファージが、それが天然に存在する元の環境から取り出されることを示す。詳細には、単離されるバクテリオファージは、例えば、それが天然に位置する環境から別々に育成され、培養される。
【００３１】
[0036]本明細書で使用される用語「精製された」は、バクテリオファージが、製造する宿主細菌から取り出されることを示す。詳細には、精製されたバクテリオファージは、細菌構成成分などの生産不純物がその製造または生産環境から除去されている。細菌構成成分には、限定されずに、細菌宿主タンパク質、脂質および／または細菌内毒素が含まれる。用語「精製された」は、バクテリオファージの株が遺伝子的に均一である遺伝子精製を指すこともできる。
【００３２】
[0037]本明細書で使用されるように、用語「実質的に精製された」は、宿主細菌タンパク質またはエンドトキシンなどの混入物を１％未満、０．１％未満、０．００１％未満含有するかまたは検出可能な量を含有しない組成物を指す。さらに、本明細書で使用されるように、バクテリオファージ株を記載するために使用される場合、用語「実質的に純粋な」は、その株が１つの特定のゲノム配列の９９％を超える、９９．９％を超える、９９．９９９％を超える、または１００％であるような、組成物の遺伝子的純度を指す。
【００３３】
[0038]一般的に、試料中の全材料の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％（体積により、湿重量もしくは乾燥重量により、またはモルパーセントもしくはモル割合により）が、不純物も遺伝子変異体も含有しない場合、組成物は実質的に純粋である。
【００３４】
[0039]用語「対象」または「患者」は、ヒトまたは非ヒト動物を指す。好ましくは、対象または患者は、本明細書に記載される組成物による処置を必要とする、例えば、組成物による処置に感受性である細菌感染症を有する。
【００３５】
[0040]本明細書で使用される「相乗量」は、相乗効果（すなわち、相加効果より大きな効果）をもたらす、第１の量（例えば、バクテリオファージ）と第２の量（例えば、異なるバクテリオファージ）の合計を指す。したがって、本明細書で互換的に使用される用語「共力作用」、「相乗作用」、「相乗的」、「合わせた相乗量」および「相乗的治療効果」は、組合せで投与される化合物の測定された効果を指し、ここで、測定された効果は、単一の薬剤として単独で投与される本明細書で提供される化合物の各々の個々の効果の合計より大きい。
【００３６】
[0041]本明細書で使用される用語「実質的に含有しない」は、それが含有するべきでない物質を１０％未満有するある物を指すことができる。例えば、その中の任意のサブ値およびサブ範囲を含めて０．０１％〜１０％しか含有しない。例えば、０．０１、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０％。
【００３７】
[0042]追加の用語および表現は、下で定義される。
バクテリオファージ組成物
[0043]細菌構成成分、例えば細菌内毒素、細菌宿主タンパク質などを実質的に含有しない組成物を含む、バクテリオファージ組成物が本明細書で提供される。組成物は、１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージ、および場合により凍結保護物質を含むことができる。バクテリオファージは、本明細書に記載される任意のファージであってよく、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸配列またはゲノムを有する少なくとも１つのファージを含むことができる。一部の態様では、バクテリオファージの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０の１つまたは複数と１００％の同一性を有さない。一部の態様では、バクテリオファージの１つまたは複数は、天然に存在しない。一部の態様では、個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくく、および／または抗生物質耐性遺伝子を有さない、
[0044]実施形態では、バクテリオファージは、Ｓａ８７（配列番号１）、Ｊ−Ｓａ３６（配列番号２）および／またはＳａ８３（配列番号３）のゲノム配列と比較して、ヌクレオチドまたはゲノム配列が、最高約１０％、最高約９％、最高約８％、最高約７％、最高約６％、最高約５％、最高約４％、最高約３％、最高約２％または最高約１％異なる。Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３のいずれか１つと比較した場合、ゲノム全体にわたって１０％未満の核酸変異を有し、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ標的細菌に対する溶菌活性を有したファージの例には、Ｓａ３８（配列番号４）、Ｓａ４１（配列番号５）、Ｓａ４２（配列番号６）、Ｓａ４４（配列番号７）、Ｓａ５１（配列番号８）、Ｓａ７６（配列番号９）およびＳａ８１（配列番号１０）が含まれる（図４）。一部の態様では、バクテリオファージ、バクテリオファージの組成物および使用の方法の１つまたは複数は、配列番号１〜１０の１つまたは複数と、またはＳａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６およびＳａ８１の核酸配列と９０％〜９９．９９％の同一性、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％または１００％の同一性を有する配列を有する核酸を有する１つまたは複数のバクテリオファージを含む。一部の態様では、バクテリオファージの１つまたは複数は天然に存在せず、他では、１つまたは複数のファージは天然に存在する。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数の追加のバクテリオファージを含む。本明細書で開示されるバクテリオファージおよびその突然変異体は、細菌感染症、特にＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症を処置するのに有益である。
【００３８】
[0045]バクテリオファージＳａ８７（ＥＣＡＣＣ参照番号１７０２０９０１の下で寄託される）、Ｊ−Ｓａ３６（ＥＣＡＣＣ参照番号１７０２０９０３の下で寄託される）およびＳａ８３（ＥＣＡＣＣ参照番号１７０２０９０２の下で寄託される）は、２０１７年２月９日に、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＥＣＡＣＣ）、Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｓ、Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｅｎｇｌａｎｄ、Ｐｏｒｔｏｎ  Ｄｏｗｎ、Ｓａｌｉｓｂｕｒｙ、Ｗｉｌｔｓｈｉｒｅ、ＳＰ４０ＪＧ、Ｕｎｉｔｅｄ  Ｋｉｎｇｄｏｍに寄託された。寄託物の全ては、Ｂｕｄａｐｅｓｔ  Ｔｒｅａｔｙ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｄｅｐｏｓｉｔ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｕｒｐｏｓｅｓ  ｏｆ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅの条項の下で実行された。
【００３９】
[0046]一態様では、細菌内毒素および細菌宿主タンパク質を含む細菌構成成分を実質的に含有しないバクテリオファージ組成物が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、組成物は、相補性が可能な１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージを含むことができる。バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸配列またはゲノム、および凍結保護物質を有することができる。組成物の標的細菌範囲は、組成物中のいかなる個々のバクテリオファージもしくはファージ全体の範囲より広くてもよいか、または、個々のバクテリオファージの効果の合計より大きい効果を有することができる。組成物は、天然に存在しない少なくとも１つのバクテリオファージを有することができる。組成物は、少なくとも１つの天然に存在するファージを含むことができるまたは天然に存在するファージを排除することができる。
【００４０】
[0047]一態様では、細菌構成成分、例えば細菌内毒素、細菌宿主タンパク質などを実質的に含有しないバクテリオファージ組成物が、本明細書で提供される。バクテリオファージ組成物は、少なくとも１つの偏性溶菌性バクテリオファージ、および８℃以下で選択される温度での保存のための保存媒体を場合により含むことができる。バクテリオファージは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸またはゲノムを含むことができる。１つまたは複数の個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくい可能性があり、抗生物質耐性遺伝子を有さない。組成物は、天然に存在しない少なくとも１つのバクテリオファージを有することができる。組成物は、少なくとも１つの天然に存在するファージを含むことができるまたは天然に存在するファージを排除することができる。
【００４１】
[0048]実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する核酸またはゲノム核酸配列を有する、少なくとも１つのバクテリオファージを含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する核酸またはゲノム核酸配列を有する、少なくとも２つのバクテリオファージを含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する核酸またはゲノム核酸配列を有する、少なくとも３つのバクテリオファージを含む。別の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するバクテリオファージを含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する核酸またはゲノム核酸配列を有するバクテリオファージから本質的になる。２つ以上のバクテリオファージを含むバクテリオファージ組成物は、本明細書において「一団」のバクテリオファージと呼ぶことができる。組成物が配列番号１〜１０の１つまたは複数と１００％の同一性を有さない１つまたは複数のバクテリオファージを含む一部の実施形態では、組成物は、１００％の同一性を有する少なくとも１つのバクテリオファージを含むことができる。組成物は、天然に存在しない少なくとも１つのバクテリオファージを有することができる。組成物は、少なくとも１つの天然に存在するファージを含むことができるまたは天然に存在するファージを排除することができる。
【００４２】
[0049]実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する核酸またはゲノム核酸配列を有する、１つまたは複数のバクテリオファージを含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有するゲノム核酸配列を有する、２つ以上のバクテリオファージを含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０のいずれか１つと少なくとも９３％であるが１００％ではない同一性を有する３つ以上のバクテリオファージを含む。組成物は、天然に存在しない少なくとも１つのバクテリオファージを有することができる。組成物は、少なくとも１つの天然に存在するファージを含むことができるまたは天然に存在するファージを排除することができる。
【００４３】
[0050]実施形態では、バクテリオファージ組成物は従来の抗菌剤／治療薬の代替物であってよく、それに関連した１つまたは複数の問題を克服する。一部の態様では、バクテリオファージ組成物は、従来の抗菌剤／治療薬との同時療法として、またはそれと併用して利用することができる。一部の態様では、本明細書において、本方法は、感染症のために抗生物質療法などの別の療法によって既に処置されている患者を処置するための、本明細書に記載されるバクテリオファージおよび組成物の使用を含むことができる。感染症が完全に排除されなかったかまたは感染症が持続する前の処置を含む、そのような前の処置を受けたことに基づいて、患者を本方法のために同定することおよび／または選択することができる。他の態様では、患者は、別の前の処置を受けていない患者であることにより、選択することができる。
【００４４】
[0051]実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数の追加のバクテリオファージを含むことができる。好ましい実施形態では、１つまたは複数の追加のバクテリオファージは、細菌感染症、特にＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症を処置するのに好適である。追加の１つまたは複数のファージは、天然に存在するまたは天然に存在しなくてもよい。１つまたは複数の追加のファージは、配列番号１〜１０に関連したファージを含む、本明細書に記載されるファージのいずれかと９０％〜１００％の核酸配列同一性を有するファージであってよい。
【００４５】
[0052]本明細書で使用される用語「から本質的になる」は、明示的に示されるバクテリオファージ（複数可）だけがバクテリオファージ組成物中に存在するが、前記組成物は、適当な担体、希釈剤、抗生物質（例えば、化学的抗生物質）等などの、さらなる非バクテリオファージ構成成分を含有することもできることを意味する。
【００４６】
[0053]一態様では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約６０％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。例えば、バクテリオファージ組成物は、所与の一団の中のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ株の少なくとも６０％に対して有効である（例えば、死滅または溶菌させる）。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７０％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７５％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７６％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７７％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７８％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約７９％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８０％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８１％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８２％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８３％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８４％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約８５％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が標的細菌株の少なくとも約９０％に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少���くとも３つのバクテリオファージを含む。別の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物が細菌感染症を有する対象からの１つまたは複数の細菌株（または、分離株）に対して有効であるように、少なくとも１つ、少なくとも２つまたは少なくとも３つのバクテリオファージを含む。
【００４７】
[0054]実施形態では、組成物の標的細菌の範囲は、組成物の中に含まれるいかなる単一のバクテリオファージの標的細菌の範囲よりも広い。組成物の効果（標的死滅範囲）は各構成成分バクテリオファージの個々の効果（標的死滅範囲）の合計より大きいので、そのような活性は相乗的であると考えることができる。
【００４８】
[0055]一実施形態では、（あるいは、またはさらに）、「突然変異体」バクテリオファージは、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６および／またはＳａ８１の１つまたは複数と同じ標的細菌株の一部または全てを溶菌することが可能であり、および／または、１つまたは複数の追加の細菌株を溶菌することがさらに可能である。一実施形態では、突然変異体は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６およびＳａ８１の１つまたは複数の核酸配列と、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有することができる。一部の実施形態では、突然変異体または変異体は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３、Ｓａ３８、Ｓａ４１、Ｓａ４２、Ｓａ４４、Ｓａ５１、Ｓａ７６およびＳａ８１の１つまたは複数と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有することができる。一実施形態では、突然変異体は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９または配列番号１０と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有することができる。
【００４９】
[0056]実施形態では、「突然変異体」は、バクテリオファージの後代であってよい。バクテリオファージの後代は、本明細書に記載されるバクテリオファージ（すなわち、「親バクテリオファージ」）を使用して、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）標的細菌を溶菌させた後に得られるバクテリオファージであってよい。言い換えると、バクテリオファージの後代は、第２の（または、より先の）世代のバクテリオファージであってよい。
【００５０】
[0057]実施形態では、バクテリオファージの後代は、例えばＳａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３から選択されるものを含む、本明細書に記載される１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ標的細菌と接触させ、それにより１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を標的細菌に感染させて溶菌させること；ならびに標的細菌の溶菌の後に放出されるバクテリオファージを得ることによって入手できる。関連する親バクテリオファージと比較した場合、バクテリオファージの後代は、１つまたは複数のヌクレオチド突然変異（複数可）を一般的に含む。
【００５１】
[0058]本明細書で使用される用語「入手できる」は、用語「得られる」も包含する。一実施形態では、用語「入手できる」は、得られるを意味する。
[0059]バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種または株を標的にする（好ましくは死滅させる）。実施形態では、組成物は、例えばＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓの１つまたは複数の株を含む、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓを標的にする。一実施形態では、バクテリオファージが標的にするＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株は、化学的抗生物質に耐性のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株、例えば多剤耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株である。一実施形態では、バクテリオファージが標的にするＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株は、化学的抗生物質に耐性のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ株、例えば多剤耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓである。
【００５２】
[0060]実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物は、化学的抗生物質に耐性のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株による感染症、例えば多剤耐性のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株を処置するのに特に有効であることが示されている。実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物は、化学的抗生物質に耐性のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓによる感染症、例えば多剤耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ株を処置するのに特に有効であることが示されている。
【００５３】
[0061]バクテリオファージは、単一の治療組成物（好ましい）の形で、または、組成物の１つまたは複数のメンバーを各々含んでいるいくつかの別個の組成物として提供することができる。バクテリオファージがいくつかの別個の組成物で提供される実施形態では、前記バクテリオファージは、逐次的または同時に対象に投与することができる（好適には同時に）。
【００５４】
[0062]複数のバクテリオファージがバクテリオファージ組成物に存在する実施形態では、組成物は、各バクテリオファージが、組成物中のいかなる他のバクテリオファージの量（例えば、濃度）と比較して１：１０〜１０：１の間（または、その間の任意のサブ値または終端点を含むサブ範囲）の比で存在することができるように製剤化される。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：１の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：２の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：３の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：４の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：５の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：６の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：７の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：８の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：９の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１：１０の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１０：１の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約５：１の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１０：３の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約５：２の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約２：１の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約５：３の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約１０：７の比で存在する。実施形態では、各バクテリオファージは、組成物中の１つまたは複数の他のバクテリオファージと比較して約５：４の比で存在する。
【００５５】
[0063]組成物に包含させるためのバクテリオファージは、当技術分野で公知の任意の好適な方法によって増殖させることができる。例えば、バクテリオファージの増殖を支援することが可能な宿主細菌株の中で、１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を別々に増殖させることができる。一般的に、バクテリオファージは前記宿主細菌株の中で高い濃度まで増殖させられ、滴定され、組み合わされて組成物を形成する。用いられる（例えば、バクテリオファージ組成物、方法または使用において）各バクテリオファージの量は、標的細菌種に対するその病原性に依存する。
【００５６】
[0064]用いられる（例えば、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物、方法または使用において）各バクテリオファージの量は、標的細菌分離株に対するその病原性に依存することができる。
【００５７】
[0065]組成物の開発において、カウント細菌株、すなわち、組成物の個々の予定されるメンバー（例えば一団）の指標である細菌株を使用することができる。カウント株は、別のものよりも、バクテリオファージ組成物の予定される１メンバーによる少なくとも１０００倍多くのプラーク形成を可能にすることができる。このように、広範囲の細菌分離株に対して一貫して有効である組成物（例えば一団）を達成することができる。
【００５８】
[0066]一般的に、１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を組み合わせて、組成物１ｍｌにつき各ファージの少なくとも約１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９または１×１０１０または１×１０１１のプラーク形成単位（ＰＦＵ）を含む組成物を形成することができる。組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５〜１×１０６ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０７ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０９ＰＦＵまたは１×１０５〜１×１０１０ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０６〜１×１０７ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０６〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０７〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０７〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０７〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０７〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０８〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０８〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０８〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０９〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０９〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０１０〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を組み合わせて、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９または１×１０１０または１×１０１１ＰＦＵを含む組成物を形成することができる。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に含まれる各バクテリオファージの等しい（または、実質的に等しい）濃度を含む。好適な濃度には、終端点を含む示された範囲内の任意の値またはサブ範囲が含まれる。
【００５９】
[0067]一部の態様では、組成物中のバクテリオファージ（複数可）は、精製されるかまたは実質的に精製される。
[0068]組成物における包含のためにバクテリオファージを選択するとき、方法は、（ａ）２つ以上の異なるバクテリオファージを提供するステップであって、前記２つ以上の異なるバクテリオファージの各々は規定の増殖条件下でＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株の増殖を独立して遅延させるステップ；（ｂ）前記２つ以上の異なるバクテリオファージの少なくとも２つを組み合わせるステップ；および（ｃ）２つ以上の異なるバクテリオファージの前記組合せの存在下でＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株の増殖を判定するステップであって、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株の増殖条件はステップ（ａ）および（ｃ）において同じであるまたは同等であり；ここで、前記組合せが、前記２つ以上の異なるバクテリオファージのいずれか１つによって独立して達成される最大の増殖遅延に少なくとも同等にＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株の増殖を遅延させる場合、組合せはバクテリオファージの組成物として認められるステップを含む。実施形態では、前記組合せが、前記２つ以上の異なるバクテリオファージのいずれか１つによって独立して達成される最大の増殖遅延未満で標的細菌の種または株の増殖を遅延させる場合、組合せはバクテリオファージの組成物として当初拒絶される。
【００６０】
[0069]バクテリオファージＳａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３（ならびに、場合によりその突然変異体および同一性変異体）の１つまたは複数を含むバクテリオファージ組成物が、本明細書で提供される。バクテリオファージ組成物は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３を含むかまたはそれから本質的になる。バクテリオファージ組成物は、本明細書に記載されるファージまたはファージ配列と９０％〜１００％同一であるヌクレオチドゲノム配列を有するバクテリオファージ（複数可）を含むかまたはそれから本質的になる。例えば、一態様では、バクテリオファージ組成物は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３のゲノム配列（または、本明細書に記載される任意の他の配列）と少なくとも９３％であるが１００％でない同一性を有するファージを含むかまたはそれから本質的になることができる。実施形態では、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３のゲノム配列に少なくとも９３％同一であるヌクレオチドゲノム配列を有するバクテリオファージだけが、組成物に存在する。一部の実施形態では、組成物中のバクテリオファージは、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３の少なくとも１つのゲノム配列に少なくとも９３％同一であるヌクレオチドゲノム配列を有するバクテリオファージからなり、他のいかなる（検出可能な）バクテリオファージも組成物中に存在しない。実施形態では、Ｓ．ａｕｒｅｕｓを標的にする組成物中に存在する唯一のバクテリオファージは、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３のゲノム配列に少なくとも９３％同一であるヌクレオチドゲノム配列を有するバクテリオファージである。実施形態では、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３のゲノム配列に少なくとも９３％同一であるヌクレオチドゲノム配列を有するバクテリオファージは、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６および／またはＳａ８３のゲノム配列と１００％の同一性を有さない。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載される少なくとも１つの、または少なくとも２つ、少なくとも３つもしくはそれ以上のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、組成物は、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３の１つまたは複数のバクテリオファージ、ならびに、それの少なくとも１つと少なくとも９０〜９９％の配列同一性を有する１つまたは複数の他のバクテリオファージ、またはＳ．ａｕｒｅｕｓに対して有効な少なくとも１つの他のバクテリオファージを含む。
【００６１】
[0070]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数の追加のバクテリオファージをさらに含むことができる。前記１つまたは複数の追加のバクテリオファージは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓの種もしくは株、または、例えば、以下の属Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（例えばＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａまたはその組合せの１つまたは複数から選択される異なる細菌標的を標的にすることができる。
【００６２】
[0071]１つまたは複数の追加のバクテリオファージは、国際出願第２００９／０４４１６３号（そのバクテリオファージ、組成物、組成物構成成分／賦形剤、および使用方法の全部に関して参照により本明細書に完全に組み込まれる）に教示されるもの、その中に記載されるバクテリオファージＫおよび／またはバクテリオファージＰ６８であってよい。
【００６３】
[0072]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）および保管のための保存剤を含む。保存には、冷凍、冷蔵および室温保存が含まれる。一実施形態では、保存剤は、グリセロールである。一実施形態では、保存剤は、例えば、（例えば、約０℃〜約−８０℃、より好ましくは約−２０℃〜約−８０℃、最も好ましくは約−８０℃の温度の）フリーザーまたはウルトラフリーザーの中での、または液体窒素の中での保存の間、組成物を保存するのに十分な量で組成物中に存在する。別の実施形態では、保存剤は、例えば、フリーザー、ウルトラフリーザーまたは液体窒素の中での長期保存の間、組成物を保存するのに十分な量で組成物中に存在する。一実施形態では、保存剤は、約５％〜約５０％のグリセロール；より好ましくは約１０％〜約３０％のグリセロール；最も好ましくは約２０％のグリセロールである。好適な濃度は、終端点を含む挙げられた範囲内の任意の値またはサブ値であってよい。
【００６４】
製剤
[0073]本明細書に記載されるバクテリオファージの１つまたは複数を含むかまたはそれから本質的になるバクテリオファージ組成物が、本明細書で提供される。一部の態様では、組成物は、細菌構成成分、例えば細菌内毒素、細菌宿主細胞構成成分および材料（例えば、タンパク質）などを実質的に含有しなくてよい。一部の実施形態では、組成物は、１つまたは複数の偏性溶菌性バクテリオファージを含むことができる。１つまたは複数のバクテリオファージは、核酸、例えば、配列番号１〜１０の１つまたは複数と９０％〜１００％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むゲノムを含むことができる。一部の実施態様では、少なくとも１つまたは複数のファージは、配列番号１〜１０のいずれか１つ、好ましくは配列番号１、配列番号２または配列番号３と、少なくとも９３％であるが１００％でない核酸配列同一性を有する。各個々のバクテリオファージは、普遍形質導入を起こしにくく、および／または抗生物質耐性遺伝子を有さないものであってよい。ファージは、天然に存在するもの、または天然に存在しないものであってもよい。例えば一部の実施形態では、複数のバクテリオファージを有する組成物において、少なくとも１つは天然に存在するものであってよく、少なくとも１つは天然に存在しないものであってよく、またはいずれも天然に存在するものでなくてもよい。組成物は、凍結保護物質または賦形剤を場合により含むことができる。賦形剤は、例えば、ファージ効力を安定化させるまたは経時的な効力喪失を低減することができる。
【００６５】
[0074]一部の実施形態では、本明細書で提供されるバクテリオファージ組成物は、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤またはその組合せをさらに含む。好適な担体、希釈剤および／または賦形剤は、リン酸緩衝食塩水などの等張性の食塩水を含むことができる。「薬学的に許容される賦形剤」および「薬学的に許容される担体」は、対象への活性剤の投与および／または対象による吸収を助ける物質を指し、患者に対するかなりの有害な毒性作用を引き起こすこと無しに、本開示の組成物に含めることができる。薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例には、水、ＮａＣｌ、規定の食塩水、乳酸加リンガー液、規定のスクロース、規定のグルコース、結合剤、充填剤、崩壊剤、滑沢剤、コーティング、甘味料、フレーバー、塩溶液（リンガー液など）、アルコール、油、ゼラチン、炭水化物、例えばラクトース、アミロースまたはデンプン、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリジンおよび着色剤などが含まれる。そのような調製物は滅菌することができ、所望の場合、滑沢剤、保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、例えば浸透圧に影響を及ぼす塩、緩衝液、着色剤および／または芳香物質など、本開示の化合物と有害反応を起こさない補助剤と混合されてもよい。当業者は、他の医薬賦形剤が本開示において有益であることを認める。
【００６６】
[0075]本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物は、消毒組成物として製剤化することができる。消毒組成物は、表面のための噴霧剤または洗浄液の形であってよい。組成物は、ハンドウオッシュであってよい。好適には、組成物が局所適用のための製剤である場合、それは、ローション、クリーム、軟膏、ペースト、ゲル、フォームの形態、または局所投与のために公知である担体としての任意の他の物理的形態をとることができる。そのような増粘された局所製剤は、その物質が置かれる皮膚の領域に接着し、したがって、局所の高い濃度のバクテリオファージが消毒すべき特定の領域に導入されることを可能にするので、特に有利である。例えば、鼻腔への製品の塗布のために特に有益であるパラフィンおよびラノリンベースのクリームが、当技術分野で公知である。しかし、重合体増粘剤などの他の増粘剤を使用することができる。製剤は、以下の１つまたは複数を含むこともできる：水、保存剤、界面活性剤、乳化剤、抗酸化剤または溶媒。
【００６７】
[0076]本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物は、経鼻、経口、非経口、筋肉内、関節内、静脈内、皮下、経皮、眼または耳投与のために製剤化することができる。そのようなバクテリオファージ調製物は、直接的に使用すること、冷蔵すること、凍結乾燥すること、場合により適当な凍結保護物質（例えば、２０％グリセロール）と一緒に水溶液もしくは他の溶液の中で凍結保存すること、フリーズドライして使用前に再水和させること、または、錠剤、乳濁液、軟膏もしくは含浸創傷被覆材もしくは他のアイテムを（限定されずに）含む一部の他の製剤に入れて安定させることができる。実施形態では、凍結保護物質は、１０〜３０％グリセロールである。実施形態では、凍結保護物質は、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％または３０％グリセロールである。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、食塩水（例えば、マグネシウムを有するまたは有さないリン酸緩衝食塩水）を含む。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、緩衝剤を含む。実施形態では、緩衝剤は、カルシウム塩またはマグネシウム塩を含む。一実施形態では、緩衝剤は、リン酸緩衝食塩水およびＭｇＳＯ４を含む。緩衝剤は、１ｍＭ〜２０ｍＭのＭｇＳＯ４、２ｍＭ〜１９ｍＭのＭｇＳＯ４、３ｍＭ〜１７ｍＭのＭｇＳＯ４、４ｍＭ〜１６ｍＭのＭｇＳＯ４、５ｍＭ〜１５ｍＭのＭｇＳＯ４、６ｍＭ〜１４ｍＭのＭｇＳＯ４、７ｍＭ〜１３ｍＭのＭｇＳＯ４、８ｍＭ〜１２ｍＭのＭｇＳＯ４、９ｍＭ〜１１ｍＭのＭｇＳＯ４または約１０ｍＭのＭｇＳＯ４を含むことができる。濃度は、終端点を含む挙げられた範囲内の任意の値またはサブ範囲であってよい。例えば、緩衝液は、約１ｍＭのＭｇＳＯ４、約２ｍＭのＭｇＳＯ４、約３ｍＭのＭｇＳＯ４、約４ｍＭのＭｇＳＯ４、約５ｍＭのＭｇＳＯ４、約６ｍＭのＭｇＳＯ４、約７ｍＭのＭｇＳＯ４、約８ｍＭのＭｇＳＯ４、約９ｍＭのＭｇＳＯ４、約１０ｍＭのＭｇＳＯ４、約１１ｍＭのＭｇＳＯ４、約１２ｍＭのＭｇＳＯ４、約１３ｍＭのＭｇＳＯ４、約１４ｍＭのＭｇＳＯ４、約１５ｍＭのＭｇＳＯ４、約１６ｍＭのＭｇＳＯ４、約１７ｍＭのＭｇＳＯ４、約１８ｍＭのＭｇＳＯ４、約１９ｍＭのＭｇＳＯ４または約２０ｍＭのＭｇＳＯ４を含むことができる。
【００６８】
[0077]バクテリオファージ組成物は、経鼻、経口、非経口、関節内、筋肉内、静脈内、皮下、経皮、眼または耳投与のために製剤化することができる。そのようなバクテリオファージ調製物は、直接的に使用すること、場合により適当な凍結保護物質（例えば、１０％スクロースまたはグリセロール）と一緒に水もしくは他の溶液中に冷凍保存すること、冷蔵温度で保存すること、フリーズドライして使用時に再水和すること、または、錠剤、乳濁液、軟膏または含浸創傷ドレッシングもしくは他のアイテムを（限定されずに）含む一部の他の製剤の中で安定化させることができる。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、静脈内送達手段の中に含まれてもよい。
【００６９】
[0078]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は無菌である。そのような無菌生成物は、対象における非経口投与のために好適である可能性がある。
[0079]一部の実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージを含むエアゾール製剤および／またはバクテリオファージ組成物／製剤が、本明細書で提供される。一部の実施形態は、そのようなエアゾール製剤の方法および使用に関する。
【００７０】
[0080]実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物は、静脈内（ＩＶ）投与のために製剤化される。静脈内投与は、静脈内プッシュまたはＩＶバッグの使用によることができる。
【００７１】
使用／使用方法
[0081]医薬（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症を処置するための）としての１つまたは複数のバクテリオファージまたはバクテリオファージ組成物の使用が、本明細書で提供される。１つまたは複数のバクテリオファージまたはバクテリオファージ組成物（複数可）を対象に投与するステップを含む、疾患を処置する対応する方法も提供される。一部の実施形態では、米国特許出願公開第２０１７−００６５６４９号および国際出願第２０１８／１４６４３７号（そのバクテリオファージ、組成物、構成成分、賦形剤および方法の全てに関して参照により本明細書に完全に組み込まれる）に示す病気／疾患の処置は、本明細書に記載される方法から特異的に排除される。例えば、一部の実施形態では、肺感染症を処置する方法は、特異的に排除することができる。
【００７２】
[0082]一態様では、細菌感染症の処置で使用するためのバクテリオファージ組成物が提供される。関連する態様では、細菌感染症を処置するための医薬の製造におけるバクテリオファージ組成物の使用、ならびに、対象へのバクテリオファージ組成物の投与を含む、細菌感染症を処置する方法が提供される。
【００７３】
[0083]一態様では、細菌感染症を処置する方法であって、確定されたＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症を有する対象を選択して、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物を投与することを含む方法が本明細書で提供される。一実施形態では、本方法は、１つまたは複数の抗生物質による処置に応答しなかったＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症を有する対象を選択することを含む。
【００７４】
[0084]バクテリオファージ組成物は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）細菌感染症の処置において有益である。一実施形態では、細菌感染症は、洞、鼻または呼吸器の感染症である。一実施形態では、細菌感染症は副鼻腔炎である。一実施形態では、細菌感染症は、尿路感染症（または、合併した尿路感染症）、腹腔内感染症（または、合併した腹腔内感染症）、敗血症（例えば、熱傷、無制御の菌血症による敗血症）または菌血症（例えば、肺炎、尿路感染症、心内膜炎等による）である。一実施形態では、細菌感染症はインプラント感染症、例えば、心臓インプラント感染症（例えば、補助人工心臓感染症；ペースメーカー感染症）、または人工関節感染症である。一実施形態では、細菌感染症は、心内膜炎または人工弁心内膜炎である。一実施形態では、細菌感染症は、皮膚感染症または皮膚構造感染症である。好ましい実施形態では、細菌感染症は肺感染症ではない。一実施形態では、細菌感染症は、病院または院内感染である。
【００７５】
[0085]一部の実施形態では、感染症は、細菌バイオフィルムの存在によって特徴付けられる。
[0086]一部の実施形態では、対象は、１つまたは複数の抗生物質に応答しない細菌感染症を有する。一部の実施形態では、対象は、医療標準抗生物質に応答しない細菌感染症を有する。
【００７６】
[0087]実施形態では、投与の前に、対象からの１つまたは複数の細菌分離株が細菌組成物への感受性について試験される。
[0088]本明細書に記載される使用または方法は、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物を対象に投与することを一般的に含む。本明細書で使用されるように、「対象」は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは他の動物である。好ましくは、用語「対象」は、ヒト対象を指す。一実施形態では、対象は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｏｕｓ感染症（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症）を有するヒト対象である。
【００７７】
[0089]バクテリオファージ組成物は、治療的有効量または予防的有効量で対象に投与することができる。
[0090]本明細書で使用されるように、「治療的有効量」は、細菌感染症（または、その症状）を処置するために対象に単独でまたは組み合わせて投与されるとき、感染症またはその症状のそのような処置を実行するのに十分である組成物の任意の量である。
【００７８】
[0091]本明細書で使用されるように、「予防的有効量」は、対象に単独でまたは組み合わせて投与されるとき、細菌感染症（またはその症状）の発症または再発を阻止するかまたは遅延させる組成物の任意の量である。一部の実施形態では、予防的有効量は、細菌感染症の発症または再発を完全に予防する。発症を「阻止する」ことは、細菌感染症の発症（または、その症状）の可能性を少なくするか、または発症を完全に予防することを意味する。
【００７９】
[0092]適当な投薬量範囲は、所望の治療効果をもたらすものである（例えば、組成物は、治療的または予防的有効量で投与される）。
[0093]一実施形態では、対象は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症）を有するヒト対象である。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５〜１×１０１１ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５〜１×１０６ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０７ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０５〜１×１０９ＰＦＵまたは１×１０５〜１×１０１０ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０６〜１×１０７ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０６〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０６〜１×１０１１ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０７〜１×１０８ＰＦＵ、１×１０７〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０７〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０７〜１×１０１１ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０８〜１×１０９ＰＦＵ、１×１０８〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０８〜１×１０１１ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０９〜１×１０１０ＰＦＵまたは１×１０９〜１×１０１１ＰＦＵを含む。実施形態では、組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０１０〜１×１０１１ＰＦＵを含むことができる。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき各ファージの少なくとも約１×１０５ＰＦＵ、各ファージの少なくとも約１×１０６ＰＦＵ、各ファージの少なくとも約１×１０７ＰＦＵ、各ファージの少なくとも約１×１０８ＰＦＵ、各ファージの少なくとも約１×１０９ＰＦＵ、各ファージの少なくとも約１×１０１０ＰＦＵまたは各ファージの少なくとも約１×１０１１ＰＦＵの投薬量で対象に投与される。実施形態では、１つまたは複数のバクテリオファージ（複数可）を組み合わせて、組成物１ｍｌにつき各ファージの１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９または１×１０１０または１×１０１１のＰＦＵを含む組成物を形成することができる。投薬量には、終端点を含む示された範囲内の任意の値または範囲が含まれる。
【００８０】
[0094]一部の実施形態では、本明細書で提供されるバクテリオファージ組成物は、少なくとも約１×１０５ＰＦＵの全ファージ、少なくとも約１×１０６ＰＦＵの全ファージ、少なくとも約１×１０７ＰＦＵの全ファージ、少なくとも約１×１０８ＰＦＵの全ファージ、少なくとも約１×１０９ＰＦＵの全ファージ、少なくとも約１×１０１０ＰＦＵの全ファージまたは少なくとも約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で対象に投与される。バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０５〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０５〜約１×１０６ＰＦＵ、約１×１０５〜約１×１０７ＰＦＵ、約１×１０５〜約１×１０８ＰＦＵ、約１×１０５〜約１×１０９ＰＦＵまたは約１×１０５〜約１×１０１０ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０６〜約１×１０７ＰＦＵ、約１×１０６〜約１×１０８ＰＦＵ、約１×１０６〜約１×１０９ＰＦＵ、約１×１０６〜約１×１０１０ＰＦＵ、または約１×１０６〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０７〜約１×１０８ＰＦＵ、約１×１０７〜約１×１０９ＰＦＵ、約１×１０７〜約１×１０１０ＰＦＵ、または約１×１０７〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０８〜約１×１０９ＰＦＵ、約１×１０８〜約１×１０１０ＰＦＵ、または約１×１０８〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０９〜約１×１０１０ＰＦＵ、または約１×１０９〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。実施形態では、バクテリオファージ組成物は、組成物１ｍｌにつき約１×１０１０〜約１×１０１１ＰＦＵの全ファージの投薬量で投与される。投薬量は、組成物１ミリリットル当たり３×１０９ＰＦＵであってよい。投薬量には、終端点を含む示された範囲内の任意の値または範囲が含まれる。
【００８１】
[0095]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。好適には、バクテリオファージ組成物は、１日に２回投与することができる。したがって、一実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０５ＰＦＵの投薬量が、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。したがって、一実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０６ＰＦＵの投薬量が、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。別の実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０７ＰＦＵが、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。さらなる実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０８ＰＦＵが、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。別の実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０９ＰＦＵが、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。別の実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０１０ＰＦＵが、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。別の実施形態では、各ファージの少なくとも約１×１０１１ＰＦＵが、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与される。各ファージの約１×１０５ＰＦＵから各ファージの約１×１０１１ＰＦＵの間の投薬量範囲を、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与することができる。好ましくは、各ファージの約１×１０７ＰＦＵから各ファージの約１×１０９ＰＦＵの間の投薬量範囲を、１日に少なくとも１回、２回、３回または４回投与することができる。
【００８２】
[0096]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、２時間おきに、４時間おきに、６時間おきに、８時間おきに、１２時間おきに、２４時間おきに、４８時間おきにまたは７２時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、２時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、４時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、６時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、８時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１２時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、２４時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、４８時間おきに投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、７２時間おきに投与される。投与の頻度には、終端点を含む挙げられた範囲内の任意の値または範囲が含まれる。
【００８３】
[0097]一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも１日間、少なくとも２日間、少なくとも３日間、少なくとも４日間、少なくとも５日間、少なくとも６日間、１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間または１０週を超える間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも１日間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも１週間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも２週間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも３週間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも４週間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも５週間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも６日間投与される。一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、約３日間〜約１００日間投与される。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、約７日間〜約６０日間投与される。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、約１４日間〜約３０日間投与される。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、約３日間〜約２８日間投与される。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、少なくとも１４日間投与される。一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１４日間を超えて投与される。投与の期間には、終端点を含む挙げられた範囲内の任意の値または範囲が含まれる。
【００８４】
[0098]医薬用のバクテリオファージ組成物は、処置する状態に基づいて選択される任意の経路によって投与することができる。一実施形態では、投与経路は、経鼻、経口、肺、非経口、筋肉内、関節内、静脈内、皮下、経皮、眼、耳またはその組合せである。肺細菌感染症の処置で使用する場合、バクテリオファージ組成物は、例えば、吸入器、ネブライザーまたは人工呼吸器などの適当な肺送達手段を使用したエアゾール投与または噴霧療法を通して、経鼻的または経口的に投与することができる。組成物は、患者に対して複数の経路を通して、例えば静脈内および吸入によって、または静脈内および関節内に投与することができる。
【００８５】
[0099]一実施形態では、抗生物質（好適には化学的抗生物質）をバクテリオファージ組成物と併用して投与することができる。抗生物質およびバクテリオファージの組合せ投与は、国際出願第２００８／１１０８４０号および国際出願第２００５／００９４５１号に教示され、その教示は、その組成物、バクテリオファージ、構成成分／賦形剤および方法の全てに関して参照により本明細書に完全に組み込まれる。抗生物質は、バクテリオファージ組成物と同時に、または逐次的に投与することができる。好適には、バクテリオファージの複製が抗生物質の処置が始まる前に確立されているように、１つまたは複数の抗生物質を組成物の後に投与することができる。この場合、抗生物質処置は、１つまたは複数のバクテリオファージの適用から１時間もしくは複数時間、または１日もしくは複数日、例えば、１日から２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０日遅延させることができる。複数のバクテリオファージを含むバクテリオファージ組成物が用いられ、組成物の各メンバーが異なる株特異性を示す場合、組成物の少なくとも一部（例えば、１つまたは複数のバクテリオファージ）が細菌感染症を標的にすることが可能であることで十分である。
【００８６】
[0100]したがって、一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１つまたは複数の抗生物質、例えば、１つまたは複数の化学的抗生物質を含む。抗生物質は、前記抗生物質へのＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種または株の感受性に基づいて選択することができる。抗生物質（複数可）には、フルオロキノロン、カルバペネム、アミノグリコシド、アンサマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、ベータラクタム、ベータラクタマーゼ阻害剤、葉酸経路阻害剤、フシダン、グリコペプチド、グリシルサイクリン、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、オキサゾリジノン、フェニコールホスホン酸、ストレプトグラミンまたはテトラサイクリンを含む抗生物質のクラスから選択される抗生物質が含まれる。一部の実施形態では、上記の抗生物質の１つまたは複数は、本明細書の組成物および方法から特異的に排除されてもよい。一部の実施形態では、抗生物質は、同じ組成物の一部でない同時療法として使用することができる。好適には、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株は、処置対象に存在するのと同じ種または株であってよい。一実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種または株は、処置対象からとられ、抗生物質感受性について試験される。感受性は、当技術分野で公知のｉｎ  ｖｉｔｒｏ感受性アッセイによって判定することができる。
【００８７】
[0101]あるいは、またはさらに、処置されるＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症と一緒に存在する（例えば、細菌性バイオフィルムの一部として）ことが知られている（または、おそらく存在すると考えられている）細菌に対して活性であるとの理由で、抗生物質を選択することができる。
【００８８】
[0102]一実施形態では、抗生物質は、以下から選択される１つまたは複数である：バンコマイシン、テイコプラニン、ペニシリン、メチシリン、フルクロキサシリン、ジクロキサシリン、セファロスポリン（例えば、セファゾリン、セファロチン、セファレキシン）、クリンダマイシン、リンコマイシン、エリスロマイシンまたはその組合せ。好適には、抗生物質は、バンコマイシンおよび／またはテイコプラニンであってよい。一部の実施形態では、上記の抗生物質の１つまたは複数は、本明細書の組成物および方法から特異的に排除されてもよい。
【００８９】
[0103]対象へのバクテリオファージ組成物のｉｎ  ｖｉｖｏ投与；感染症（例えば、対象に存在する）からの、または同じ株による別の感染症からの細菌細胞の試料の１つまたは複数の抗生物質（複数可）への感受性のｉｎ  ｖｉｔｒｏモニタリング；および、前記１つまたは複数の抗生物質（複数可）への前記感受性が誘導されていることが確立されたときの前記１つまたは複数の抗生物質（複数可）の投与、を含む使用または方法が本明細書で提供される。
【００９０】
[0104]一実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによって抗生物質（複数可）への感受性を回復する方法が、本明細書で提供される。実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによってバイオフィルムを粉砕する方法が提供される。一実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによってバイオフィルムを破壊する方法が提供される。
【００９１】
[0105]一実施形態では、抗生物質（例えば化学的抗生物質）は、抗生物質への採取された細菌の感受性が組成物によって誘導される時間に投与される。一部の実施形態では、時間は、６時間、１２時間、２４時間または４８時間であってよい。他の実施形態では、バクテリオファージ組成物および抗生物質は、１日〜２カ月間隔で、好ましくは１〜４週間隔で、好適には２週間隔で投与することができる。
【００９２】
[0106]一実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによって抗生物質（複数可）への感受性を回復する方法が提供される。一実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによってバイオフィルムを崩壊させる方法が提供される。一実施形態では、本明細書に記載される組成物を投与することによってバイオフィルムを破壊する方法が提供される。
【００９３】
[0107]一実施形態では、バクテリオファージ組成物は、表面のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）細菌を死滅させる方法であって、バクテリオファージ組成物（例えば、消毒剤組成物として製剤化される）を表面に塗布することを含む方法において使用することができる。好適には、表面は、汚染部位または汚染が予想される部位である。
【００９４】
[0108]一実施形態では、表面は、哺乳動物（例えばヒト）の皮膚である。あるいは、またはさらに、表面は、装置（好適には医療器具）、ベディング、家具、壁または床（例えば、臨床環境の中の）であってよい。
【００９５】
[0109]例えば、一部の態様は、以下を含むキットに関する：バクテリオファージ組成物；およびそれの使用（例えば、医療における）のための説明書。キットは、バクテリオファージ組成物と組み合わせた抗生物質（例えば、化学的抗生物質）および場合によりその使用のための説明書をさらに含むことができる。
【００９６】
[0110]一実施形態では、説明書は、本明細書に記載されるバクテリオファージ組成物を投与することに関する詳細を提供する。一実施形態では、キットに含まれる説明書は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症の処置における使用のためである。
【００９７】
[0111]一部の態様は、例えば、非医療適用のためのバクテリオファージ組成物またはキットの使用に関する。例えば、バクテリオファージ組成物またはキットは、食品衛生、農業または作物保護、および／または環境衛生適用において使用することができる。したがって、一実施形態では、キットは、非医療適用におけるバクテリオファージ組成物の使用説明書を含む。
【００９８】
[0112]バクテリオファージ組成物は、包帯または創傷ドレッシングに含まれてもよい。創傷ドレッシングは、パッドまたは絆創膏タイプのドレッシングであってよい。バクテリオファージは、創傷ドレッシングまたは包帯に適用する前に、消毒製剤または局所クリームとして創傷ドレッシングまたは包帯に適用することができる。あるいは、創傷ドレッシングまたは包帯は、バクテリオファージを含有する担体に浸して乾燥させ、ドレッシングまたは包帯の中に前記バクテリオファージを含浸させることができる。バクテリオファージは、当技術分野で公知である技術を使用して、包帯または創傷ドレッシングの表面に吸着させることもできる。このアプローチの利点は、包帯または創傷ドレッシングによって、バクテリオファージが、細菌を含有している可能性がある創傷と接触することが可能になるということである。一態様は、例えば、包帯または創傷ドレッシングを対象に適用することによって細菌を抑制または処置する方法に関する。
【００９９】
[0113]バクテリオファージ組成物は医療で使用するために特に有利であり、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ感染症の処置において臨床効能を示す。
[0114]さらに、バクテリオファージ組成物は、広範囲のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの種および株に対して有効である。
【０１００】
[0115]バクテリオファージ組成物と抗生物質（例えば化学的抗生物質）の組合せは、抗生物質療法単独に対して強化された（例えば、相乗的）治療薬を提供することができる。
[0116]別途規定されない限り、本明細書で使用される全ての専門用語および科学用語は、この開示が属する分野の当業技術者が通常理解するのと同じ意味を有する。
【０１０１】
[0117]この開示は、本明細書に開示される方法および材料の例によって限定されず、本明細書に記載されるそれらに類似するかまたは同等である任意の方法および材料を、この開示の実施形態の実施または試験で使用することができる。数値範囲は、範囲を規定する数を含む。本明細書で提供される見出しは、明細書全体を参照して有することができるこの開示の様々な態様または実施形態を限定するものでない。したがって、これ以降に定義される用語は、明細書全体を参照することによってより完全に定義される。
【０１０２】
[0118]用語の他の定義は、明細書全体で出現することがある。実施形態の例をより詳細に記載する前に、この開示は記載される特定の実施形態に限定されず、したがって、当然ながら、異なり得ることを理解すべきである。本開示の範囲は添付の請求項だけによって限定されるので、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載することだけのためであり、限定するものではないことも理解すべきである。
【０１０３】
[0119]値の範囲が提供される場合、文脈が明らかに別途指示しない限り、その範囲の上限と下限の間の下限の単位の１０分の１までの各介在値も具体的に開示されることが理解される。明記された範囲の中の任意の明記された値または介在値と、その明記された範囲の中の任意の他の明記されたまたは介在する値の間のより小さい範囲の各々は、この開示の中に包含される。これらのより小さな範囲の上限および下限は、その範囲の中に独立して含まれてもまたは除外されてもよく、上下限のいずれかまたは両方がそのより小さな範囲に含まれるかまたはいずれも含まれない場合も、各範囲は、明記される範囲内の任意の具体的に排除される制限に従って、この開示の中に同様に含まれる。明記される範囲が限界の片方または両方とも含む場合、それらの含まれる限界のいずれかまたは両方とも除外した範囲もこの開示に含まれる。
【０１０４】
[0120]本明細書で議論される刊行物は、本出願の出願日より前のそれらの開示のためだけに提供される。本明細書の中のいずれも、そのような刊行物が本明細書に添付される請求項の先行技術を構成することの承認と解釈されるべきでない。本明細書で参照される全ての刊行物は、全てのバクテリオファージ、組成物、構成成分、賦形剤および方法を限定されずに含む、それらの教示の全てに関して参照により本明細書に完全に組み込まれる。
【実施例】
【０１０５】
[0121]実施例１：３ファージバクテリオファージ組成物のアセンブリー
[0122]以下の判定基準を満たしたバクテリオファージ療法を形成するために実験を実行した：１）細菌遺伝子の特殊形質導入を回避するために偏性溶菌性である；２）実験的試験および／またはゲノム研究からの推測によって普遍形質導入を起こしやすいことが知られていない、および３）抗生物質耐性を有することが知られている遺伝子または細菌性病原性遺伝子を有するファージを回避するために、および他のライフスタイル形質の調査を助けるために、完全に配列決定をされている。
【０１０６】
[0123]集団で、患者を処置するために一緒に使用されるファージは、１）潜在的有用性を最大にし、標的外作用を最小にするために、標的病原体に対する広い活性を有するべきであるが、他の種に活性を有するべきでなく、および２）１つのファージに対して生じる耐性突然変異体が別のファージに感受性である、相補性が可能であるべきである。
【０１０７】
[0124]ファージ自体の特徴に加えて、臨床使用のための材料は、最終生成物がこれらの特徴を保持し（すなわち、なお同じファージである）、エンドトキシンまたは宿主細胞タンパク質などの潜在的に有害な（または、有害な量の）不純物を含有しないことの信頼性をもたらすような方法で生成されるべきである。
【０１０８】
[0125]選択されたファージの各々は環境中の供給源から単離し、その後、その製造宿主の役目をする特徴の明らかなＳ．ａｕｒｅｕｓ株と対にした。継代および反復選択の後、候補ファージを選択した。これらのゲノム配列は、元の天然に存在する配列と同じでない。結果として生じるマスター保存株が各ファージの遺伝子的および表現型的に一貫したバッチを生成することを確実にするために、宿主と対のファージを精製した。特記しない限り、全てのデータは、宿主と対のプラーク精製ファージに由来する。植物性ペプトン培地を使用した液体培養において、ファージを増殖させた（ＶＰ０１０１、Ｏｘｏｉｄ、ＵＫ）。大きな細胞デブリを除去するために溶解物を０．２μｍフィルターに通し、以降の試験の必要に応じて、宿主細胞タンパク質および他の細菌デブリをさらに除去し、増殖培地を１０ｍＭ硫酸マグネシウムを含有するリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）（ＰＢＳ＋Ｍｇ）に交換するために、カラムベースの精製工程の専用プロセスに付した。各バクテリオファージの等濃度を組み合わせて、バクテリオファージカクテル（ＡＢ−ＳＡ０１として知られる）を形成した。バクテリオファージは、保存および生産工程全体を通して遺伝子的に一貫している。
【０１０９】
[0126]細菌：ＡＢ−ＳＡ０１製造宿主は、本来ヒトから分離されたＳ．ａｕｒｅｕｓ株である。Ｓ．ａｕｒｅｕｓの多様性の一団および種固有性の一団は、アメリカ基準株保存機構（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＵＳＡ）、Ｗａｌｔｅｒ  Ｒｅｅｄ  Ａｒｍｙ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｏｒｇａｎｉｓｍ  Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ  ａｎｄ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（「ＭＲＳＮ」、Ｓｉｌｖｅｒ  Ｓｐｒｉｎｇ、ＵＳＡ）ならびにオーストラリアおよびＵＫの臨床現場から供給された。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株の包括監視の一団は、ＪＭＩ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｎｏｒｔｈ  Ｌｉｂｅｒｔｙ、ＵＳＡ）から得られた。標的化された目的の一団には、ベルギーからの慢性副鼻腔炎（ＣＲＳ）株、ならびにＣｅｎｔｅｒｓ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ（ＣＤＣ）およびＦｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  Ｉｓｏｌａｔｅ  Ｂａｎｋ（Ａｔｌａｎｔａ、ＵＳＡ）からのバンコマイシン中間（ＶＩＳＡ）株が含まれる。多剤耐性（ＭＤＲ）および広範囲薬剤耐性（ＸＤＲ）株の定義は、Ｍａｇｉｏｒａｋｏｓら（Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｉｎｆｅｃｔ  １８（３）：２６８〜２８１頁、２０１２年）による。
【０１１０】
[0127]ファージ感受性アッセイ：Ｓ．ａｕｒｅｕｓ団での試験では、プレートの場合１．５％寒天で、またはオーバレイの場合０．７％寒天で修正したハートインフュージョンブロスを使用した。ファージ活性は、スモールドロップ寒天重層方法の改変型（Ｍａｚｚｏｃｃｏら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．５０１：８１〜５頁、２００９）を使用して調査した。簡潔には、１６〜１８時間浮遊細菌培養の１００μＬを融解０．７％上層寒天と混合し、寒天プレートの上に均一に注いだ。上の寒天層が固化したとき、標準化ファージ溶液の段階希釈をオーバレイの上へスポットし、プレートを３７℃で一晩インキュベートした。ファージ活性は、ファージ適用部位の細菌菌叢の消失によって、およびファージ試料の希釈に従った個々のプラークの発達によって示された。試料が希釈されるに従って個別のプラークを観察することができ、ファージ複製を示す場合だけ、株は感受性であると考えられた。均一な菌叢を生成するのに好適な特異的細菌種および細菌培養体積のために推奨される培地を使用して、種固有性の一団での試験を同様に実行した。
【０１１１】
[0128]耐性および相補性の頻度：生成物選択の間に実行した相補性研究は、個々の候補ファージによって感受性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株を感染させた後に単離された、見かけ上のバクテリオファージ非感受性突然変異体（ＢＩＭ）コロニーを使用した。寒天プレートの上で、コロニーを画線精製した。ファージ感受性についてスクリーニングするために、ＰＢＳまたはファージの１０μＬのスポット（約１×１０９ＰＦＵ／ｍＬ；ＰＦＵ：プラーク形成単位）を栄養寒天プレートの上にスポットした。１０分後、各ＢＩＭまたは親株からの一晩の栄養培地培養の５μＬを、各ファージスポットに適用した。３７℃で２４時間のインキュベーションの後、ファージ＋細菌スポットをＰＢＳ＋細菌対照と比較し、Ｒ（耐性；対照スポットと差はない）、Ｉ（中間、細菌スポットの中にファージ活性が見られる）またはＳ（感受性、スポットの中に＜１０個の細菌コロニー）で評価した。最終ＡＢ−ＳＡ０１組成物に関して、同じＳ．ａｕｒｅｕｓ株の３反復の集団における自発的なファージ耐性の頻度について、Ｏ’Ｆｌｙｎｎら（２００４年  Ａｐｐｌ  Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏ．７０（６）：３４１７〜３４２４頁）の変法を使用して調査した。２００μＬの中で、６〜８×１０８ＣＦＵ（コロニー形成単位）を、精製されたファージ（ＡＢ−ＳＡ０１または個々の構成成分）の２〜３×１０９ＰＦＵと混合し、３７℃で１０分間インキュベートし、次に３ｍＬの融解０．４％栄養寒天と混合して、１０ｍｍの円形１．５％栄養寒天プレートの上に注いだ。３７℃で２４時間および４８時間のインキュベーションの後に、細菌コロニーを数えた。ＢＩＭの見かけ上の頻度は、その反復における細菌の投入数によって割った各試験プレート上のコロニー数で計算した。反復測定ＡＮＯＶＡを使用して結果を比較し、対応のあるｔ検定を使用してＡＢ−ＳＡ０１と３つの構成成分ファージの間の事前計画比較を実行した。各ファージ＋宿主組合せ（＜１０の場合全てのＢＩＭ）からの最高１０個のＢＩＭを寒天プレートの上で画線精製し、ファージ感受性試験のスポット希釈方法を使用して、遺伝性の耐性の存在について試験した。
【０１１２】
[0129]ゲノムシークエンシングおよび分析：フィルター処理した溶解物または精製された調製物からファージゲノムＤＮＡを精製し、ＰＣＲ非含有ライブラリーを使用してＩｌｌｕｍｉｎａ  ｐａｉｒｅｄ−ｅｎｄ（ＡＣＧＴ）またはＰａｃＢｉｏテクノロジー（発現分析）によって配列決定をした。アノテーションは、ｍｙＲＡＳＴを使用して実行した。配列の５０％にわたる少なくとも３０％の同一性およびＥ≦０．０５を必要とするｂｌａｓｔ検索を使用して、インテグラーゼへの注釈されたタンパク質の類似性および細菌の病原性または抗生物質耐性遺伝子への注釈された遺伝子の類似性を調査し；ヒットの元のアノテーションの可能な精度およびＨＨＰｒｅｄ（Ｓｏｄｉｎｇら、２００５年、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２１（７）：９５１〜９６０頁；Ｓｏｄｉｎｇら、２００５年、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．３３（増補２）：Ｗ２４４〜Ｗ２４８、２００５年）によって予測された二次構造からの証拠などの因子に基づいて、いかなるヒットも正当性について手動で検査した。デフォルトパラメータでＰｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  Ｍａｕｖｅ（Ｄａｒｌｉｎｇら、２００４年、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ  １４（７）：１３９４〜１４０３頁）を使用して、ゲノムアラインメントを構築した。
【０１１３】
[0130]動物研究：全ての動物研究のために、精製されたファージ材料を使用した。ＡＢ−ＳＡ０１：５匹の雌ＢＡＬＢ／ｃマウスの３群に麻酔をかけ、メチシリン感受性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株Ｘｅｎ２９（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）の３．０×１０８ＣＦＵの接種原を、３５μＬの体積で鼻腔内（ＩＮ）に送達した。感染の２および６時間後（ｈｐｉ）、未処置対照は５０μＬのＰＢＳ−Ｍｇ  ＩＮを受け、ファージ処置群は５０μＬのＩＮ用量で１ファージにつき５×１０８ＰＦＵを受けた。２、６および１２ｈｐｉに、抗生物質対照は、ＳＣ注射として１１０ｍｇ／ｋｇバンコマイシンを受けた。２４ｈｐｉに、ＣＯ２吸入によってマウスを安楽死させ、肺を細菌力価のために処理した。細菌数をミュラーヒントン寒天の上で数え、対照へのダネットの検定多重比較によるｌｏｇ１０変換値でのＡＮＯＶＡを使用して、処置群を対照と比較した。両方のマウス研究の後、マウス肺組織から回収された細菌を、前述の通りにファージ感受性について試験した。
【０１１４】
[0131]ＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージの物理化学的特徴：全ての３つのＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージは、それらと対になったＳ．ａｕｒｅｕｓ宿主の上で平板培養したとき、小さい透明なプラークを生成する。３つのＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージの透過型電子顕微鏡検査（ＴＥＭ）像は、カウドウイルス目ミオウイルス科に属するファージの特徴である、直線状の収縮テールおよび細いネックを示す（図１）。
【０１１５】
[0132]全てのＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージは、ゲノム領域の相対頻度を明らかにすることが可能な増幅非含有ライブラリーから配列決定をされた。読み取りマッピングデータは、ゲノム末端および概ね８から１０ｋｂの関連した固定直接末端反復配列を同定する、概ね二倍のカバレージの領域を示した。このゲノム構造は、普遍形質導入に関連していない配列特異的パッケージング機構を示す。同一直線上の単一コピー構成成分ファージゲノムのペアワイズ相関性は、９３から９７％のヌクレオチド同一性であり（図２）、全ては良く研究されたＳ．ａｕｒｅｕｓミオウイルスファージＫに関連している。ＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージゲノムの中で識別可能なインテグラーゼは見出されず、３つのファージの各々の中の約２００個の予測されたファージ遺伝子のいずれも、公知の細菌病原性および抗生物質耐性遺伝子に類似していなかった。
【０１１６】
[0133]ＡＢ−ＳＡ０１のｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性
[0134]ＡＢ−ＳＡ０１の標的種は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓである。全体的に、ＭＤＲであることが公知である２０５個の分離株の９５％を含め、４０１個の臨床Ｓ．ａｕｒｅｕｓ分離株の９４％はＡＢ−ＳＡ０１に感受性であって（表１）、遺伝子の系統、単離の年または感染症のタイプによる見かけ上の変異はほとんどなかった。正常なヒト微生物相および関連したブドウ球菌の代表種で試験したとき、ＡＢ−ＳＡ０１およびその構成成分ファージは、５つの試験したＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株のうち２つに対して多少の活性を示したが、属の間の交差活性を示さなかった（表２）。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株で試験したとき、構成成分ファージの間の干渉の証拠は観察されなかった。ＡＢ−ＳＡ０１で観察された力価は、構成成分ファージ活性とほとんど一貫し、構成成分ファージのいずれも生成しなかったけれども、ＡＢ−ＳＡ０１がプラークを生成した可能性がある相乗作用の２、３の例があった。さらに、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３のいずれか１つと比較した場合、ゲノム全体にわたって１０％未満の核酸変異を有するバクテリオファージを、７つのＳ．ａｕｒｅｕｓ分離株に対して試験した。２つのファージの代表的データを、表３に示す。
【０１１７】
[0135]ＡＢ−ＳＡ０１構成成分ファージは、全ての主要な地域感染型（ＣＡ−）および院内感染性（ＨＡ−）ＭＲＳＡ系統の代表種を含む６８メンバーの多様性団に一部基づいて選択された（Ｓｔｅｆａｎｉら  ２０１２年、Ｉｎｔ  Ｊ  Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ  Ａｇｅｎｔｓ  ３９（４）：２７３〜２８２頁；Ｏｔｔｅｒら  ２０１０年、Ｌａｎｃｅｔ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  １０（４）：２２７〜２３９頁。）。各構成成分ファージは、異なる宿主範囲を有し、ほとんどの細菌株はＡＢ−ＳＡ０１ファージの複数に感受性であった。後年の血液、創傷、肺、尿および他の感染症からの世界的に多発しているＳ．ａｕｒｅｕｓを代表する分離株の団にわたって、ＡＢ−ＳＡ０１活性は同様に高かった。標的化された目的の一団を使用して、ＡＢ−ＳＡ０１は、比較的稀であるがＶＩＳＡ表現型に関する株、排他的ＣＲＳ分離株の団、および様々な臨床的に重要なＵＳＡ３００系統に活性を有することも示された。
【０１１８】
[0136]
[0137]
【０１１９】
【表１−１】
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【０１２０】
【表１−２】
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【０１２１】
【表２−１】
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【０１２２】
【表２−２】
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【０１２３】
[0138]
[0139]
【０１２４】
【表３】
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【０１２５】
[0140]耐性および相補性の頻度。
[0141]細菌耐性が生じる場合にお互いに補うファージの可能性は、ＡＢ−ＳＡ０１開発の一環と考えられた。広いかまたは異なる宿主範囲を有する６つの候補ファージを、感受性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株で調査した。１つのファージを使用して生成されたＢＩＭは、それらが画線精製の後に低減されたファージ感受性を真に示すかどうか確認するために先ず試験し、次に他のファージへの交差耐性を同じ方法によって試験した（表４）。Ｓａ８３、Ｓａ８１およびＳａ７６は、Ｓａ８７によって誘導された耐性を補うことが同様にでき、非常に類似した宿主範囲を以前に示しており、したがって、Ｓａ８３だけをＡＢ−ＳＡ０１の一部として保持した。Ｊ−Ｓａ３７は、相補性より交差耐性をよりしばしば示したので、ＡＢ−ＳＡ０１に含まれなかった。Ｊ−Ｓａ３６は、Ｓａ８７またはＳａ８３のいずれとも異なる相補性挙動を示した。
【０１２６】
[0142]
【０１２７】
【表４−１】
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【０１２８】
【表４−２】
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【０１２９】
[0143]ＡＢ−ＳＡ０１組成物が確定された後、ＡＢ−ＳＡ０１への耐性の平均の見かけの頻度は、２４時間後および４８時間後の両方で個々のファージで観察された値より低かった（表５）。しかし、おそらくこの研究で観察された値が検出限界の近くにあったので、この傾向は統計的に有意でなかった（Ｐ＞０．０５）。これは、感受性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ集団の間のＡＢ−ＳＡ０１耐性の自発的な頻度が、約３×１０−９以下であることを示唆する。この数は、観察された細菌コロニーの数を最初に存在した細菌細胞の総数によって割ることによって生成される。この研究で観察されたＢＩＭコロニーのいずれも、寒天プレートの上での再線条接種によって単離することができず、試験プレートの上でのそれらの増殖が安定した遺伝性の耐性によるものでなく、代わりに、一時的な表現型、または平板培養の前のファージ−細菌混合物のインキュベーションの間のファージとの接触を細胞が逃避する空間現象によるものであったことを暗示する。
【０１３０】
[0144]
【０１３１】
【表５】
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【０１３２】
[0145]実施例２：ヒト患者へのバクテリオファージ投与
[0146]単独の抗生物質処置に応答しなかったＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ感染症を有するヒト患者に、バクテリオファージカクテルを投与した。患者は、菌血症、心内膜炎（生来の弁）、人工弁心内膜炎または補助人工心臓感染症を患っていた。
【０１３３】
[0147]概ね等しい比の３つのバクテリオファージ、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３を含有するバクテリオファージカクテル（参照により本明細書に完全に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１７／００６５６４９号を参照）を、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有する患者の４人に投与した。ファージカクテルは、多剤耐性分離株を含む、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株の概ね９６％をカバーしていた。患者からのＳ．ａｕｒｅｕｓ分離株の感受性は、処置の前に軟寒天重層スモールドロップアッセイによって判定した。患者は、３×１０９ＰＦＵのファージカクテルで、静脈内投与により１２時間おきに処置した。適応症により、療法は３〜１４日間実施した。主治医による決定に従い、患者には最良の利用可能な抗生物質療法も実施した。
【０１３４】
[0148]結果は、療法の最後までにＡＢ−ＳＡ０１で処置した改変治療企図集団（ｍＩＴＴ、臨床診断の判定基準を満たし、その細菌分離株がＡＢ−ＳＡ０１に感受性であり、ＡＢ−ＳＡ０１の少なくとも１回の投与を受けた全ての患者と規定される）の患者の７５％（３人）において、処置奏効を示した（ベースライン徴候および症状の完全解消またはかなりの改善として、治療にあたる医師によって判定された）。処置は十分に寛容され、処置関連の重大な有害事象はなかった。処置患者の一人を除く全員は、ベースライン徴候および症状の完全解消またはかなりの改善を示した。
【０１３５】
[0149]ＡＢ−ＳＡ０１の９０用量を投与した。処置期間全体で、患者からの細菌分離株は、カクテルに感受性のままだった。
[0150]実施例３：ヒト患者におけるバクテリオファージ投与
[0151]単独の抗生物質処置に応答しなかったＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有するヒト患者に、バクテリオファージカクテルを投与した。患者は、菌血症および敗血症、心内膜炎（生来の弁）、人工弁心内膜炎、骨髄炎、補助人工心臓（ＶＡＤ）感染症、人工関節感染症または慢性副鼻腔炎を含むＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症を患っていた。
【０１３６】
[0152]概ね等しい比の３つのバクテリオファージ、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３を含有するバクテリオファージ組成物「カクテル」（参照により本明細書に完全に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１７／００６５６４９号を参照）を、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ感染症を有する１５人の患者に投与した。ファージカクテルは、多剤耐性分離株を含む、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株の概ね９６％をカバーしていた。患者からのＳ．ａｕｒｅｕｓ分離株の感受性は、処置の前に軟寒天重層スモールドロップアッセイによって判定した。患者は、３×１０９ＰＦＵのファージカクテルで、静脈内、関節内または副鼻腔内投与により１２時間おきに、または一度処置した。適応症により、療法は３〜２８日間実施した。主治医による決定に従い、患者には最良の利用可能な抗生物質療法も投与した。
【０１３７】
[0153]結果は、療法の最後までにＡＢ−ＳＡ０１で処置した改変治療企図集団（ｍＩＴＴ、臨床診断の判定基準を満たし、その細菌分離株がＡＢ−ＳＡ０１に感受性であり、ＡＢ−ＳＡ０１の少なくとも１回の投与を受けた全ての患者と規定される）の患者の８５％（１１人）において、処置奏効を示した（ベースライン徴候および症状の完全解消またはかなりの改善として、治療にあたる医師によって判定された）。一人の患者は改善（７．５％）を示した（「改善」は、治療にあたる医師によってベースライン徴候および症状の臨床的に意味のある改善として判定された）。一人の患者は、ＡＢ−ＳＡ０１による処置の後に改善を示さなかった（「改善なし」は、治療にあたる医師によってベースライン徴候および症状の解消が無いかまたは死亡として判定された）。
【０１３８】
[0154]静脈内３００＋用量、関節内２および副鼻腔内５０＋を含む、ＡＢ−ＳＡ０１の４００＋を超える用量を投与した。全ての患者で、処置は十分に寛容された。処置関連のＳＡＥはなかった。
【０１３９】
[0155]上の明細書で指摘される全ての刊行物は、参照により本明細書に組み込まれる。本発明の記載される方法およびシステムの様々な修正および変更は、本発明の範囲および趣旨を逸脱しない範囲で当業者にとって明らかになる。本発明は特定の好ましい実施形態に関連して記載されたが、請求される発明はそのような特定の実施形態に不当に限定されるべきでないことを理解すべきである。実際、生化学およびバイオテクノロジーまたは関連分野の熟練者にとって明らかである、本発明を実行するための記載モードの様々な修正は、特許請求の範囲内にあるものである。
【０１４０】
[0156]実施形態
[0157]実施形態１−１。対象で細菌感染症を処置する方法であって、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３およびその突然変異体から選択される１つまたは複数のバクテリオファージを含むバクテリオファージ組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、細菌感染症はＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓを含む方法。
【０１４１】
[0158]実施形態１−２。前記組成物が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３またはその突然変異体から選択される少なくとも２つのバクテリオファージを含む、実施形態１−１の方法。
【０１４２】
[0159]実施形態１−３。前記組成物が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３またはその突然変異体から選択される少なくとも３つのバクテリオファージを含む、実施形態１−１の方法。
【０１４３】
[0160]実施形態１−４。前記組成物が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３、またはその突然変異体を含む、実施形態１−１の方法。
[0161]実施形態１−５。前記組成物が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６およびＳａ８３、またはその突然変異体から本質的になる、実施形態１−１の方法。
【０１４４】
[0162]実施形態１−６。突然変異体が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも７５％の配列同一性を有する、前記実施形態のいずれか１つの方法。
【０１４５】
[0163]実施形態１−７。突然変異体が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも８０％の配列同一性を有する、前記実施形態のいずれか１つに記載の方法。
【０１４６】
[0164]実施形態１−８。突然変異体が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９０％の配列同一性を有する、前記実施形態のいずれか１つに記載の方法。
【０１４７】
[0165]実施形態１−９。突然変異体が、Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６またはＳａ８３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９５％の配列同一性を有する、前記実施形態のいずれか１つに記載の方法。
【０１４８】
[0166]実施形態１−１０。配列番号１、配列番号２、配列番号３およびその突然変異体から選択されるゲノム配列を有する１つまたは複数のバクテリオファージを含む、前記実施形態のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１４９】
[0167]実施形態１−１１。配列番号１、配列番号２、配列番号３、およびそれらの突然変異体から選択されるゲノム配列を有する少なくとも２つのバクテリオファージを含む、実施形態１−１０に記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５０】
[0168]実施形態１−１２。配列番号１、配列番号２、配列番号３およびその突然変異体から選択されるゲノム配列を有する３つのバクテリオファージを含む、実施形態１−１０に記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５１】
[0169]実施形態１−１３。配列番号１、配列番号２および配列番号３またはその突然変異体のゲノム配列を有するバクテリオファージから本質的になる、実施形態１−１０から１−１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５２】
[0170]実施形態１−１４。突然変異体が、配列番号１、配列番号２および／または配列番号３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも７５％の配列同一性を有する、実施形態１−１０から１−１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５３】
[0171]実施形態１−１５。突然変異体が、配列番号１、配列番号２、および／または配列番号３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも８０％の配列同一性を有する、実施形態１−１０から１−１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５４】
[0172]実施形態１−１６。突然変異体が、配列番号１、配列番号２、および／または配列番号３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９０％の配列同一性を有する、実施形態１−１０から１−１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５５】
[0173]実施形態１−１７。突然変異体が、配列番号１、配列番号２、および／または配列番号３と比較した場合、そのゲノム全体にわたって少なくとも９５％の配列同一性を有する、実施形態１−１０から１−１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ組成物。
【０１５６】
[0174]実施形態１−１８。組成物が、抗生物質（例えば、化学的抗生物質）をさらに含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
[0175]実施形態１−１９。抗生物質が、フルオロキノロン、カルベペネム、アミノグリコシド、セファロスポリン、ペニシリン、ベータラクタムまたはベータラクタマーゼ阻害剤である、実施形態３−２８の方法。
【０１５７】
[0176]実施形態１−２０。組成物が、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤またはその組合せをさらに含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
[0177]実施形態１−２１。薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤またはその組合せはＭｇＳＯ４を含む、実施形態３−２０に記載の方法。
【０１５８】
[0178]実施形態１−２２。細菌感染症が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓを含む、前記実施形態のいずれか１つの方法。
[0179]実施形態１−２３。抗生物質（例えば、化学的抗生物質）を対象に投与することをさらに含む、前記実施形態のいずれか１つに記載の方法。
【０１５９】
[0180]実施形態１−２４。抗生物質が、フルオロキノロン、カルベペネム、アミノグリコシド、セファロスポリン、ペニシリン、ベータラクタムまたはベータラクタマーゼ阻害剤である、実施形態１−２３に記載の方法。
【０１６０】
[0181]実施形態１−２５。細菌感染症が、細菌バイオフィルムの存在によって特徴付けられる感染症である、前記実施形態のいずれか１つの方法。
[0182]実施形態１−２６。細菌感染症が肺感染症ではない、前記実施形態のいずれか１つの方法。
【０１６１】
[0183]実施形態１−２７。細菌感染症が、副鼻腔炎、尿路感染症、腹腔内感染症、皮膚感染症、皮膚構造感染症、菌血症、心内膜炎またはインプラント感染症である、前記実施形態のいずれか１つの方法。
【０１６２】
[0184]実施形態１−２８。インプラント感染症が、心臓インプラント感染症（例えば、補助人工心臓感染症、ペースメーカー感染症）、人工関節感染症または人工弁心内膜炎である、実施形態１−２７の方法。
【０１６３】
[0185]実施形態１−２９。細菌感染症が抗生物質耐性である、前記実施形態のいずれか１つの方法。
[0186]実施形態１−３０。組成物が、組成物のエアゾール化製剤を通して投与される、前記実施形態のいずれか１つの方法。
【０１６４】
[0187]実施形態１−３１。組成物が静脈内投与される、実施形態１−２２から１−３０のいずれか１つの方法。
[0188]実施形態１−３２。Ｓａ８７、Ｊ−Ｓａ３６、Ｓａ８３およびその突然変異体から選択される１つまたは複数のバクテリオファージ、ならびに凍結保護物質を含むバクテリオファージ組成物。
【０１６５】
[0189]実施形態１−３３。配列番号１、配列番号２、配列番号３およびその突然変異体から選択されるゲノム配列を有するバクテリオファージから選択される１つまたは複数のバクテリオファージ、ならびに凍結保護物質を含むバクテリオファージ組成物。
【０１６６】
[0190]実施形態１−３４。凍結保護物質がグリセロールを含む、実施形態１−３２または１−３３のバクテリオファージ組成物。
[0191]実施形態１−３５。組成物のバクテリオファージがＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓに感染しそれを溶菌する、前記実施形態のいずれか１つの組成物または方法。
【０１６７】
[0192]実施形態１−３６。組成物のバクテリオファージがＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する、前記実施形態のいずれか１つの組成物または方法。
【０１６８】
[0193]実施形態１−３７。組成物のバクテリオファージはメチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓに感染しそれを溶菌する、前の実施形態のいずれか１つの組成物または方法。
【図１】
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【図２】
2021508740.tif 000012
【図３】
2021508740.tif 000013
【図４】
2021508740.tif 000014
【配列表】
2021508740000001.app
【国際調査報告】
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