(57)【要約】抗原コード核酸配列を含み、かつ免疫調節物質を共発現するベクターが、本明細書において開示される。ワクチンとしてのそれらの使用を含む、該ベクターに関連するヌクレオチド、細胞、及び方法もまた開示される。【選択図】図１
2021524247.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原カセットを含むベクターシステムであって、
前記抗原カセットが、
（１）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
ａ．コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を任意で含む、エピトープコード核酸配列と、
ｂ．任意で５’リンカー配列と、
ｃ．任意で３’リンカー配列と、
をそれぞれが含む、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を任意で含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
を含む、対象内に存在する腫瘍に関連した少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
（３）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（４）任意で、少なくとも１つのＧＰＧＰＧリンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）と、
（５）任意で、少なくとも１つのポリアデニル化配列と、
を含み、
前記ベクターが、任意で前記カセット内に、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列をさらに含み、
任意で、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記核酸配列が、
（１）前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と異なる転写産物であって、少なくとも１つの第２のプロモーター配列が、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記ベクターシステム。
【請求項２】
チンパンジーアデノウイルスベクターであって、
ａ．Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
ｂ．ＣＭＶプロモーター配列と、
ｃ．ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
ｄ．免疫チェックポイント阻害剤をコードする核酸配列と、
ｅ．抗原カセットであって、以下：
（１）対象内に存在する腫瘍に由来する少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、
互いに直鎖状に連結された、少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有し、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、
を含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードし、最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除いて、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（２）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８）と、
（Ｂ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）と、
（Ｃ）前記ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、
（Ｄ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端と、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的かつ対象特異的なＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、
（Ｅ）任意で、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と、
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
を含む、前記抗原カセットと、
を含み、
前記抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーター配列が前記抗原カセットに機能的に連結され、
前記チェックポイント阻害剤をコードする前記核酸配列が、
（１）前記チェックポイント阻害剤をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とは異なる転写産物であって、任意で第２のＣＭＶプロモーター配列が前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されているか、もしくは任意で前記少なくとも１つの免疫調節物質が前記Ｅ３欠失内に挿入されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
【請求項３】
前記ベクターの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’にかけて、下式：
Ｐａ−（Ｌ５ｂ−Ｎｃ−Ｌ３ｄ）Ｘ−（Ｇ５ｅ−Ｕｆ）Ｙ−Ｇ３ｇ−Ａｈ
で表され、
式中、
Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここでａ＝１であり、
Ｎは、前記コードされたペプチド配列を、前記野生型核酸配列によってコードされる前記対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する前記エピトープコード核酸配列の１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ａは、前記少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ここでｈ＝０または１であり、
Ｘ＝２〜４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、任意で、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０〜２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、任意で、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、
請求項１に記載のベクター。
【請求項４】
ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
Ｐが、ＣＭＶプロモーター配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクターが、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記新生抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入されており、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている、
請求項３に記載のベクター。
【請求項５】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードしている、請求項１〜４のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６】
各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項７】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項８】
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩ配列をＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、請求項７に記載のベクター。
【請求項９】
前記リンカーが、
（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、
（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、
（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、
（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、
（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び
（６）同族の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２〜２０個の長さの１つ以上の天然配列
からなる群から選択される、請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩI配列または１個のＭＨＣクラスＩI配列をＭＨＣクラスＩ配列に連結する、請求項７に記載のベクター。
【請求項１１】
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、請求項１０に記載のベクター。
【請求項１２】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／または免疫原性を高める分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１３】
前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）−１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１５】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１６】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示尤度を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの変化が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１８】
前記腫瘍が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１９】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１、１２、１３、４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または最大４００個の核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、前記腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらす、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原のうちの少なくとも１つが、抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、任意で、前記少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２５】
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８〜３５個の長さ、任意で、アミノ酸９〜１７個、９〜２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２６】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２７】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ、前記コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２８】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２〜２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０〜４０個の長さである、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２９】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、
任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３０】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、誘導性である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３１】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、非誘導性である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３２】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ−１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、またはＥＢＶプロモーター配列である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３３】
前記抗原カセットが、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された少なくとも１つのポリアデニル化（ポリＡ）配列をさらに含み、任意で、前記ポリＡ配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の３’側に位置する、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３４】
前記ポリＡ配列が、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０のポリＡ配列を含む、請求項３３に記載のベクター。
【請求項３５】
前記抗原カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核外輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３６】
前記抗原カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、またはルシフェラーゼ変異体を含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの免疫調節物質が、免疫チェックポイント分子を阻害する、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３８】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項３７に記載のベクター。
【請求項３９】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性のもしくは互いに連結された多重特異性としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、請求項３８に記載のベクター。
【請求項４０】
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、任意で自己切断配列の５’側にフーリン切断部位配列を有する、２Ａなどの自己切断配列によって、もしくはＩＲＥＳ配列によって隔てられた連続的配列であるか、または
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などの柔軟なリンカーによって連結されている、
請求項３８または３９に記載のベクター。
【請求項４１】
前記免疫調節物質がサイトカインである、請求項３７に記載のベクター。
【請求項４２】
前記サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、もしくはＩＬ−２１の少なくとも１つ、またはそれぞれのその変異体である、請求項４１に記載のベクター。
【請求項４３】
前記ベクターがチンパンジーアデノウイルスベクターであり、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターであるか、または
前記ベクターがｓｒＲＮＡベクターであり、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスｓｒＲＮＡベクターである、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４４】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４５】
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列におけるチンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている点を除いてＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列を含み、
任意で、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３、または（３）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ３、及びＥ４が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４６】
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子または調節配列を含み、
任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４７】
前記抗原カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記抗原カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域において、ベクターに挿入されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４８】
第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターの１つから生成される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４９】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号５７７〜３４０３、または塩基対４５６〜３０１４に１つ以上の欠失を含み、任意で、塩基対２７，１２５〜３１，８２５、または塩基対２７，８１６〜３１，３３３に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５０】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号３９５７〜１０３４６、塩基対番号２１７８７〜２３３７０、及び塩基対番号３３４８６〜３６１９３に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５１】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５２】
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも２つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、請求項２に記載のベクター。
【請求項５３】
前記選択された抗原のセットの数が、２〜２０である、請求項５１に記載のベクター。
【請求項５４】
前記提示モデルが、
前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記腫瘍細胞表面上での提示尤度と
の間の依存性を表す、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５５】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５６】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５７】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５８】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害される尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５９】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６０】
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６１】
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６２】
前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６３】
少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、請求項６２に記載のベクター。
【請求項６４】
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、請求項６２または６３に記載のベクター。
【請求項６５】
前記抗原カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６６】
前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、請求項６５に記載のベクター。
【請求項６７】
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、請求項６２または６６に記載のベクター。
【請求項６８】
前記抗原カセット内における前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の順序が、以下を含む一連の工程：
１．前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の様々な順序に対応した候補抗原カセット配列のセットを生成する工程；
２．前記各候補抗原カセット配列について、前記候補抗原カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程；及び
３．所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用の抗原カセット配列として選択する工程
によって決定される、請求項６２〜６７のいずれか１項に記載のベクター。
【請求項６９】
先行請求項のいずれか一項に記載の前記ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
【請求項７０】
アジュバントをさらに含む、請求項６９に記載の医薬組成物。
【請求項７１】
免疫調節物質をさらに含む、請求項６９または７０に記載の医薬組成物。
【請求項７２】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項７１に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載の抗原カセットと、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子とを含む、単離ヌクレオチド配列であって、任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスＩＴＲ、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択され、任意で、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列。
【請求項７４】
請求項７３に記載のヌクレオチド配列を含む単離細胞であって、任意で前記細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１−２ａ細胞である、前記単離細胞。
【請求項７５】
請求項７３に記載のヌクレオチド配列を含む、ベクター。
【請求項７６】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクターと、使用説明書とを含む、キット。
【請求項７７】
がんを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクター、または請求項６９〜７０のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項７８】
前記ベクターまたは組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記対象に免疫調節物質を投与することをさらに含み、任意で、前記免疫調節物質が前記ベクターまたは医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される、請求項７７または７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
前記皮下投与が、前記ベクターまたは組成物の投与部位の近くに、または１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物の投与の前に投与される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物の投与の後に投与される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８６】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物と同じである、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物と異なる、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８８】
前記第２のワクチン組成物がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターであるか、または
前記第２のワクチン組成物がｓｒＲＮＡベクターを含み、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであり、
任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列を含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載の前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じであり、任意で、前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列が、先行する請求項のいずれか一項に記載の前記少なくとも１つの免疫調節物質と同じである、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクターの製造方法であって、
前記少なくとも１つのプロモーター配列と前記抗原カセットとを含むプラスミド配列を得ることと、
前記プラスミド配列を１つ以上の宿主細胞にトランスフェクトすることと、
前記１つ以上の宿主細胞から前記ベクターを単離することと、
を含む、前記製造方法。
【請求項９１】
前記単離することが、
前記ベクターを含む細胞ライセートを得るために、前記１つ以上の宿主細胞を溶解することと、
前記細胞ライセートから、及び任意で、前記１つ以上の宿主細胞を培養するために用いた培地からも、前記ベクターを精製することと、
を含む、請求項に記載の製造方法。
【請求項９２】
前記プラスミド配列が、以下のうちの１つ、すなわち、ＤＮＡ組換え、または細菌組換え、または全ゲノムＤＮＡ合成、または細菌細胞内での合成ＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成、を用いて生成される、請求項９０または９１に記載の製造方法。
【請求項９３】
前記１つ以上の宿主細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３またはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、及びＡＥ１−２ａ細胞のうちの少なくとも１つである、請求項９０〜９２のいずれか一項に記載の製造方法。
【請求項９４】
前記細胞ライセートから前記ベクターを精製することが、クロマトグラフィー分離、遠心分離、ウイルス沈殿、及び濾過のうちの１つ以上を含む、請求項９１〜９３のいずれか一項に記載の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、あらゆる目的でその全容を参照により本明細書に援用するところの２０１８年５月２３日出願の米国特許仮出願第６２／６７５，６２４号の恩典を主張する。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全容を参照によって本明細書に援用する配列表を含む。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０１９年５月２２日に作成され、ＧＳＯ＿０１８＿ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔの名前が付けられており、そのサイズは４２２，１８５バイトである。
【背景技術】
【０００３】
背景
腫瘍特異的な抗原に基づいた治療用ワクチンは、次世代の個別化がん免疫療法として極めて有望である１〜３。例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）及びメラノーマなどの高い遺伝子変異量を有するがんは、新生抗原を生じる可能性が比較的高いことから、かかる治療法の特に有望な標的である４，５。初期の証拠により、新生抗原に基づいたワクチン接種がＴ細胞応答を誘発し６、新生抗原を標的とした細胞療法が、選択された患者において腫瘍退縮を引き起こし得る７ことが示されている。
【０００４】
現行の新生抗原予測法の課題に加えて、その多くがヒト由来のものである新生抗原のヒトへの送達に使用することができる既存のベクター系にもやはり特定の課題が存在する。例えば、多くのヒトは、過去の自然の曝露の結果としてヒトウイルスに対する既存の免疫を有しており、この免疫が、がん治療のために新生抗原を送達するための組換えヒトウイルスの使用にとって、大きな障害となり得る。
【０００５】
免疫チェックポイント阻害剤の使用は、がんの治療における多大な有望性を示してきた。しかしながら、特にＤＮＡまたはＲＮＡベースのがんワクチンの場合では、改善された送達方法が依然として求められている。
【発明の概要】
【０００６】
概要
本明細書では、抗原カセットを含むベクターシステムであって、抗原カセットが、（１）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、ａ．コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を任意で含む、エピトープコード核酸配列と、ｂ．任意で５’リンカー配列と、ｃ．任意で３’リンカー配列と、をそれぞれが含む、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を任意で含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含む、対象内に存在する腫瘍に関連した少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（２）少なくとも１つの抗原コード核酸に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、（３）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、（４）任意で、少なくとも１つのＧＰＧＰＧリンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）と、（５）任意で、少なくとも１つのポリアデニル化配列と、を含み、前記ベクターが、任意で前記カセット内に、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列をさらに含み、任意で、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記核酸配列が、（１）前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と異なる転写産物であって、少なくとも１つの第２のプロモーター配列が、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されている、前記異なる転写産物上に転写される、ベクターシステムを開示する。
【０００７】
さらに、本明細書では、チンパンジーアデノウイルスベクターであって、ａ．Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、ｂ．ＣＭＶプロモーター配列と、ｃ．ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、ｄ．免疫チェックポイント阻害剤をコードする核酸配列と、ｅ．抗原カセットであって、以下：（１）対象内に存在する腫瘍に由来する少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、互いに直鎖状に連結された、少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、（Ａ）コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応する核酸配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有し、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣ  Ｉエピトープコード核酸配列と、（Ｂ）前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、（Ｃ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のC末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、を含み、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードし、抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除いて、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原抗原コード核酸配列の５’末端に連結された、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（２）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、（Ａ）ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８）と、（Ｂ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）と、（Ｃ）前記ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第１の核酸配列と、（Ｄ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端と、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的かつ対象特異的なＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第２の核酸配列と、（Ｅ）任意で、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第３の核酸配列と、を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、を含む、前記抗原カセットと、を含み、前記抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーター配列が前記抗原カセットに機能的に連結され、前記チェックポイント阻害剤をコードする前記核酸配列が、（１）前記チェックポイント阻害剤をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とは異なる転写産物であって、第２のＣＭＶプロモーター配列が前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されているか、または任意で前記少なくとも１つの免疫調節物質が前記Ｅ３欠失内に挿入されている、前記異なる転写産物上に転写される、チンパンジーアデノウイルスベクターも開示する。
【０００８】
いくつかの態様において、ベクターの各要素の順序付けられた配列は、５’から３’にかけて、下式：
Ｐａ−（Ｌ５ｂ−Ｎｃ−Ｌ３ｄ）Ｘ−（Ｇ５ｅ−Ｕｆ）Ｙ−Ｇ３ｇ−Ａｈ
［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここでａ＝１であり、Ｎは、前記コードされたペプチド配列を、前記野生型核酸配列によってコードされる前記対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する前記エピトープコード核酸配列の１つを含み、ここでｃ＝１であり、Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、Ａは、前記少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ここでｈ＝０または１であり、Ｘ＝２〜４００であり、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、任意で、各Ｘについて、対応するＮｃは異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０〜２であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、任意で、各Ｙについて、対応するＵｆは異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード配列である］で記述される。特定の態様において、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、Ｐは、ＣＭＶプロモーター配列であり、各Ｎは、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｌ３は、前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、前記ベクターは、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記新生抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入されており、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている。
【０００９】
いくつかの態様において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。いくつかの態様において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つ、２つ、または任意で３つが、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。
【００１０】
いくつかの態様において、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩ配列をＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同族の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２〜２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩ配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧを含む。
【００１１】
いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、及び／または免疫原性を高める、分離したまたは連続した配列に機能的または直接的に連結される。いくつかの態様において、分離したまたは連続した配列は、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を有するユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）−１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意でプロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である。
【００１２】
いくつかの態様において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする。いくつかの態様において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする。いくつかの態様において、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、翻訳後の対応する野生型の親核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示尤度を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする。
【００１３】
いくつかの態様において、少なくとも１つの変化は、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む。
【００１４】
いくつかの態様において、腫瘍は、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される。
【００１５】
いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現は、少なくとも１つのプロモーターによって駆動される。
【００１６】
いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の核酸配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、少なくとも１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または最大４００個の核酸配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、腫瘍細胞表面上のＭＨＣ  Ｉによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、対象に投与されて翻訳された場合、抗原のうちの少なくとも１つは抗原提示細胞上に提示され、腫瘍細胞表面上の抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらす。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、対象に投与されて翻訳された場合、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ抗原のうちの少なくとも１つが、抗原提示細胞上に提示され、腫瘍細胞表面上の抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、任意で、少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のそれぞれの発現は、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される。
【００１７】
いくつかの態様において、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列は、アミノ酸８〜３５個の長さ、任意で、アミノ酸９〜１７個、９〜２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする。
【００１８】
いくつかの態様において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在する。いくつかの態様において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ新生抗原コード核酸配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列は、アミノ酸１２〜２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０，または２０〜４０個の長さである。いくつかの態様において、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列は、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む。
【００１９】
いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーター配列は、誘導性である。いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーター配列は、非誘導性である。いくつかの態様において、前記少なくとも１つのプロモーター配列は、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ−１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、またはＥＢＶプロモーター配列である。
【００２０】
いくつかの態様において、抗原カセットは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された少なくとも１つのポリアデニル化（ポリＡ）配列をさらに含み、任意で、前記ポリＡ配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の３’側に位置する。いくつかの態様において、ポリＡ配列は、ＳＶ４０またはウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ポリＡ配列を含む。いくつかの態様において、抗原カセットは、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核外輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む。いくつかの態様において、抗原カセットは、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、またはルシフェラーゼ変異体を含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む。
【００２１】
いくつかの態様において、前記少なくとも１つの免疫調節物質は、免疫チェックポイント分子を阻害する。
【００２２】
いくつかの態様において、免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである。いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性抗体もしくは互いに連結された多重特異性抗体としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である。いくつかの態様において、抗体の重鎖配列と軽鎖配列とは、任意で自己切断配列の５’側にフーリン切断部位配列を有する２Ａなどの自己切断配列、またはＩＲＥＳ配列によって隔てられた連続的配列であるか、または前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などの柔軟なリンカーによって連結されている。いくつかの態様において、抗ＣＴＬＡ４抗体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７６〜７８をそれぞれ有するＶＬ  ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列と、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７９〜８１をそれぞれ有するＶＨ  ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列とを含む。いくつかの態様において、抗ＣＴＬＡ４抗体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１〜２３をそれぞれ有するＶＬ  ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列と、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８〜２０をそれぞれ有するＶＨ  ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列とを含む。
【００２３】
いくつかの態様において、免疫調節物質はサイトカインである。いくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、もしくはＩＬ−２１の少なくとも１つ、またはそのそれぞれの変異体である。
【００２４】
いくつかの態様において、ベクターは、チンパンジーアデノウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列を含む。いくつかの態様において、配列が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている点を除いて、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列をベクターが含み、任意で、配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３、または（３）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ３、及びＥ４が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている。
【００２５】
いくつかの態様において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子または調節配列をベクターが含み、任意で、前記遺伝子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスの末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される。
【００２６】
いくつかの態様において、抗原カセットは、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、抗原カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域においてベクターに挿入される。
【００２７】
いくつかの態様において、ベクターは、第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターの１つから生成される。
【００２８】
いくつかの態様において、アデノウイルスベクターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号５７７〜３４０３、または塩基対４５６〜３０１４に１つ以上の欠失を有し、任意で、塩基対２７，１２５〜３１，８２５、または塩基対２７，８１６〜３１，３３３に１つ以上の欠失をさらに有する。いくつかの態様において、アデノウイルスベクターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号３９５７〜１０３４６、塩基対番号２１７８７〜２３３７０、及び塩基対番号３３４８６〜３６１９３に１つ以上の欠失をさらに有する。
【００２９】
いくつかの態様において、ベクターは、＋鎖ＲＮＡベクターである。いくつかの態様において、＋鎖ＲＮＡベクターは、５’７−メチルグアノシン（ｍ７ｇ）キャップを有する。いくつかの態様において、＋鎖ＲＮＡベクターは、インビトロ転写によって生成される。いくつかの態様において、ベクターは、哺乳動物細胞内で自己複製する。
【００３０】
いくつかの態様において、ベクターはベクター骨格を含み、前記骨格は、（ｉ）少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列と、（ｉｉ）少なくとも１つのポリアデニル化（ポリ（Ａ））配列とを含む。いくつかの態様において、骨格は、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、骨格は、ベネズエラウマ脳炎ウイルスの少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、ポリ（Ａ）配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、及びｎｓＰ４遺伝子を含む。いくつかの態様において、骨格は、少なくとも、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列によってコードされた、非構造タンパク質媒介増幅のための配列、２６Ｓプロモーター配列、及びポリ（Ａ）配列を含む。いくつかの態様において、非構造タンパク質媒介増幅のための配列は、アルファウイルス５’ ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、２４ｎｔのＣＳＥ、２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９ｎｔのＣＳＥ、アルファウイルス３’ ＵＴＲ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００３１】
いくつかの態様において、骨格は、構造ビリオンタンパク質カプシドＥ２及びＥ１をコードしていない。いくつかの態様において、新生抗原カセットは、アウラウイルス、フォートモルガンウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ロスリバーウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはマヤロウイルスのヌクレオチド配列内の構造ビリオンタンパク質の代わりに挿入される。
【００３２】
いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）は、ＴＣ−８３株を含む。いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に記載の配列を含む。いくつかの態様において、ベネズエラウマ脳炎ウイルスは、さらに塩基対７５４４〜１１１７５に欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の配列を含む。いくつかの態様において、骨格は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に記載の配列である。いくつかの態様において、新生抗原カセットは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の配列に記載される塩基対７５４４〜１１１７５の前記欠失を置換するように挿入される。
【００３３】
いくつかの態様において、新生抗原の挿入は、ｎｓＰ１〜４遺伝子及び少なくとも１つの抗原コード核酸配列を含むポリシストロニックＲＮＡの転写をもたらし、ｎｓＰ１〜４遺伝子及び少なくとも１つの抗原コード核酸配列は別々のオープンリーディングフレーム内にある。
【００３４】
いくつかの態様において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、骨格によってコードされた天然の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、少なくとも１つのプロモーターヌクレオチド配列は、外因性のＲＮＡプロモーターである。いくつかの態様において、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、第２のプロモーターヌクレオチド配列は、複数の２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列を含み、各２６Ｓプロモーターヌクレオチド配列が、別々のオープンリーディングフレームのうちの１つ以上の転写をもたらす。
【００３５】
いくつかの態様において、ベクターは、ｓｒＲＮＡベクターである。いくつかの態様において、ｓｒＲＮＡベクターは、ベネズエラウマ脳炎ウイルスｓｒＲＮＡベクターである。
【００３６】
いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力することにより、抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。
【００３７】
いくつかの態様において、エピトープコード核酸配列のそれぞれは、腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力することにより、抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成する工程と、を行うことによって選択される。
【００３８】
いくつかの態様において、選択された抗原のセットの数は、２〜２０である。
【００３９】
いくつかの態様において、提示モデルは、ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、該ペアのＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、特定の位置に特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の腫瘍細胞表面上の提示尤度との間の依存性を表す。
【００４０】
いくつかの態様において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含む。いくつかの態様において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む。いくつかの態様において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示される尤度が増大している抗原を選択することを含み、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。いくつかの態様において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害される尤度が減少している抗原を選択することを含む。いくつかの態様において、選択された抗原のセットを選択することは、提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、対象の正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む。いくつかの態様において、エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータは、腫瘍組織でシークエンシングを行うことによって取得される。いくつかの態様において、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチである。
【００４１】
いくつかの態様において、抗原カセットは、抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列は、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する。いくつかの態様において、各ジャンクションエピトープ配列は、非自己である。いくつかの態様において、抗原カセットは、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、非治療的エピトープが対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される。いくつかの態様において、非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列は、抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である。いくつかの態様において、予測は、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである。いくつかの態様において、抗原カセット内の少なくとも１つの抗原コード核酸配列の順序は、１．前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の様々な順序に対応した候補抗原カセット配列のセットを生成する工程と、２．前記各候補抗原カセット配列について、候補抗原カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程と、３．所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用の抗原カセット配列として選択する工程と、を含む一連の工程によって決定される。
【００４２】
本明細書では、本明細書に開示されるベクター（本明細書に開示されるＣｈＡｄに基づいたベクターなど）と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物も開示される。いくつかの態様において、組成物は、アジュバントをさらに含む。いくつかの態様において、組成物は、免疫調節物質をさらに含む。いくつかの態様において、免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである。
【００４３】
本明細書では、本明細書に開示される抗原カセットと、本明細書に開示される少なくとも１つのプロモーターとを含む単離ヌクレオチド配列も開示される。いくつかの態様において、単離ヌクレオチド配列は、ＣｈＡｄに基づく遺伝子をさらに含む。いくつかの態様において、ＣｈＡｄに基づく遺伝子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られ、任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスのＩＴＲ、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択され、任意で、前記ヌクレオチド配列はｃＤＮＡである。
【００４４】
本明細書ではまた、本明細書に開示される単離ヌクレオチド配列を含む単離細胞であって、任意で前記細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１−２ａ細胞である、単離細胞も提供される。
【００４５】
本明細書ではまた、本明細書に開示される単離ヌクレオチド配列を含むベクターも開示される。
【００４６】
本明細書ではまた、本明細書に開示されるベクターと、使用説明書と、を含むキットも開示される。
【００４７】
本明細書ではまた、がんを有する対象を治療するための方法であって、対象に、本明細書に開示されるベクター、または本明細書に開示される医薬組成物を投与することを含む方法も開示される。いくつかの態様において、ベクターまたは組成物は、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される。いくつかの態様において、方法は、対象に免疫調節物質を投与することをさらに含み、任意で、免疫調節物質はベクターまたは医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される。いくつかの態様において、免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである。いくつかの態様において、免疫調節物質は、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される。いくつかの態様において、皮下投与は、ベクターまたは組成物の投与部位の近くに、または１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる。
【００４８】
いくつかの態様において、方法は、対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、上記のベクターまたは組成物のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の前に投与される。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、上記のベクターまたは組成物のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の後に投与される。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、上記のベクターまたは組成物のいずれかのベクターまたは医薬組成物と同じものである。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、上記のベクターまたは組成物のいずれかのベクターまたは医薬組成物と異なるものである。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、チンパンジーアデノウイルスベクターを含む。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスベクターは、ＣｈＡｄＶ６８ベクターである。いくつかの態様において、第２のワクチン組成物は、ｓｒＲＮＡベクターを含む。いくつかの態様において、ｓｒＲＮＡベクターは、ベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターである。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスベクターまたはｓｒＲＮＡベクターは、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列を含む。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスウイルスベクターまたはｓｒＲＮＡベクターによってコードされる少なくとも１つの抗原コード核酸配列は、上記のベクターのいずれかの少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じである。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスウイルスベクターまたはｓｒＲＮＡベクターによってコードされる少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列は、上記のベクターのいずれかの少なくとも１つの免疫調節物質と同じである。
【００４９】
いくつかの態様において、上記の組成物のいずれかは、ナノ粒子状の送達ビヒクルをさらに含む。いくつかの態様において、ナノ粒子状の送達ビヒクルは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であってよい。いくつかの態様において、ＬＮＰは、イオン化可能なアミノ脂質を含む。いくつかの態様において、イオン化可能なアミノ脂質は、ＭＣ３様（ジリノレイルメチル−４−ジメチルアミノブチレート）分子を含む。いくつかの態様において、ナノ粒子送達ビヒクルは新生抗原発現系を封入する。
【００５０】
いくつかの態様において、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、ＬＮＰは、新生抗原発現系、カチオン性脂質、非カチオン性脂質、及び、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質とを含み、前記複数のＬＮＰのうち、少なくとも約９５％のＬＮＰは、非層状の形態を有するか、または高電子密度である。
【００５１】
いくつかの態様において、非カチオン性脂質は、（１）リン脂質、及び（２）コレステロールまたはコレステロール誘導体の混合物である。
【００５２】
いくつかの態様において、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質複合体である。いくつかの態様において、ＰＥＧ−脂質複合体は、ＰＥＧ−ジアシルグリセロール（ＰＥＧ−ＤＡＧ）複合体、ＰＥＧ−ジアルキルオキシプロピル（ＰＥＧ−ＤＡＡ）複合体、ＰＥＧ−リン脂質複合体、ＰＥＧ−セラミド（ＰＥＧ−Ｃｅｒ）複合体、及びこれらの混合物からなる群から選択される。いくつかの態様において、ＰＥＧ−ＤＡＡ複合体は、ＰＥＧ−ジデシルオキシプロピル（Ｃ１０）複合体、ＰＥＧ−ジラウリルオキシプロピル（Ｃ１２）複合体、ＰＥＧ−ジミリスチルオキシプロピル（Ｃ１４）複合体、ＰＥＧ−ジパルミチルオキシプロピル（Ｃ１６）複合体、ＰＥＧ−ジステアリルオキシプロピル（Ｃ１８）複合体、及びこれらの混合物からなる群から選択される構成員である。
【００５３】
いくつかの態様において、新生抗原発現系は、ＬＮＰ中に完全に封入される。
【００５４】
いくつかの態様において、ＬＮＰの非層状の形態は、逆六方晶（ＨＩＩ）または立方晶相構造を含む。
【００５５】
いくつかの態様において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１０ｍｏｌ％〜約５０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％〜約５０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％〜約４０ｍｏｌ％を構成する。
【００５６】
いくつかの態様において、非カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１０ｍｏｌ％〜約６０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％〜約５５ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２５ｍｏｌ％〜約５０ｍｏｌ％を構成する。
【００５７】
いくつかの態様において、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約０．５ｍｏｌ％〜約２０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約２ｍｏｌ％〜約２０ｍｏｌ％を構成する。いくつかの態様において、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の約１．５ｍｏｌ％〜約１８ｍｏｌ％を構成する。
【００５８】
いくつかの態様において、ＬＮＰの９５％超は、非層状の形態を有する。いくつかの態様において、ＬＮＰの９５％超は、高電子密度である。
【００５９】
いくつかの態様において、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、前記ＬＮＰは、ＬＮＰ中に存在する全脂質の５０ｍｏｌ％〜６５ｍｏｌ％を構成するカチオン性脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の０．５ｍｏｌ％〜２ｍｏｌ％を構成する、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質と、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物であって、リン脂質が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の４ｍｏｌ％〜１０ｍｏｌ％を構成し、コレステロールまたはその誘導体がＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％を構成する、混合物、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物であって、前記リン脂質が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の３ｍｏｌ％〜１５ｍｏｌ％を構成し、前記コレステロールまたはその誘導体が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％を構成する、前記混合物、または、前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の４９．５ｍｏｌ％以下であり、リン脂質とコレステロールまたはその誘導体との混合物を含み、前記コレステロールまたはその誘導体が前記ＬＮＰ中に存在する全脂質の３０ｍｏｌ％から４０ｍｏｌ％を構成する前記混合物、のいずれかを含む、前記非カチオン性脂質と、を含む。
【００６０】
いくつかの態様において、上記の組成物のいずれかは、複数のＬＮＰをさらに含み、ＬＮＰは、ＬＮＰ中に存在する全脂質の５０ｍｏｌ％〜８５ｍｏｌ％を構成するカチオン性脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の０．５ｍｏｌ％〜２ｍｏｌ％を構成する、ＬＮＰの凝集を阻害する複合脂質と、ＬＮＰ中に存在する全脂質の１３ｍｏｌ％〜４９．５ｍｏｌ％を構成する非カチオン性脂質と、を含む。
【００６１】
いくつかの態様において、リン脂質は、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、またはこれらの混合物を含む。
【００６２】
いくつかの態様において、複合脂質は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質複合体を含む。いくつかの態様において、ＰＥＧ−脂質複合体は、ＰＥＧ−ジアシルグリセロール（ＰＥＧ−ＤＡＧ）複合体、ＰＥＧ−ジアルキルオキシプロピル（ＰＥＧ−ＤＡＡ）複合体、またはこれらの混合物を含む。いくつかの態様において、ＰＥＧ−ＤＡＡ複合体は、ＰＥＧ−ジミリスチルオキシプロピル（ＰＥＧ−ＤＭＡ）複合体、ＰＥＧ−ジステアロイルオキシプロピル（ＰＥＧ−ＤＳＡ）複合体、またはこれらの混合物を含む。いくつかの態様において、複合体のＰＥＧ部分は、約２，０００ダルトンの平均分子量を有する。
【００６３】
いくつかの態様において、複合脂質は、ＬＮＰ中に存在する全脂質の１ｍｏｌ％〜２ｍｏｌ％を構成する。
【００６４】
いくつかの態様において、ＬＮＰは、式Ｉの構造：
2021524247.tif 000003
［式中、Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して、−０（Ｃ＝０）−、−（Ｃ＝０）０−、−Ｃ（＝０）−、−０−、−Ｓ（０）ｘ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｃ（＝０）Ｓ−、−ＳＣ（＝０）−、− ＲａＣ（＝０）−、−Ｃ（＝０） Ｒａ−、− ＲａＣ（＝０） Ｒａ−、−ＯＣ（＝０） Ｒａ−、−ＲａＣ（＝０）０−、または直接的結合であり、Ｇ１は、Ｃｉ〜Ｃ２アルキレン、−（Ｃ＝０）−、−０（Ｃ＝０）−、−ＳＣ（＝０）−、− ＲａＣ（＝０）−、または直接的結合であり、−Ｃ（＝０）−、−（Ｃ＝０）０−、−Ｃ（＝０）Ｓ−、−Ｃ（＝０）Ｒａ−、または直接的結合であり、Ｇは、Ｃｉ〜Ｃ６アルキレンであり、Ｒａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ１ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ１ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ２ａ及びＲ２ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ２ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ２ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ２ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ３ａ及びＲ３ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ３ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ３ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ４ａ及びＲ４ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ４ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ４ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ４ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ５及びＲ６は、それぞれ独立してＨまたはメチルであり、Ｒ７は、Ｃ４〜Ｃ２０アルキルであり、Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立してＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、またはＲ８とＲ９とは、それらが結合した窒素原子と共に、５、６、または７員の複素環を形成し、ａ、ｂ、ｃ、及びｄは、それぞれ独立して１〜２４の整数であり、ｘは０、１、または２である］を有する化合物、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、プロドラッグもしくは立体異性体を含む。
【００６５】
いくつかの態様において、ＬＮＰは、式ＩＩの構造：
2021524247.tif 000004
［式中、Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して−０（Ｃ＝０）−、−（Ｃ＝０）０−、または炭素−炭素二重結合であり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、それぞれの場合で、独立して（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ１ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ１ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ１ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ２ａ及びＲ２ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ２ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ２ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ２ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ３ａ及びＲ３ｂは、それぞれの場合で、独立して、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ３ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ３ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ３ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ４ａ及びＲ４ｂは、それぞれの場合で、（ａ）ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、または（ｂ）Ｒ４ａは、ＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ４ｂはそれが結合する炭素原子と共に、隣り合ったＲ４ｂ及びそれが結合する炭素原子と共に炭素−炭素二重結合を形成し、Ｒ５及びＲ６は、それぞれ独立してメチルまたはシクロアルキルであり、Ｒ７は、それぞれの場合で、独立してＨまたはＣ１〜Ｃ１２アルキルであり、Ｒ８及びＲ９は、それぞれ独立して、非置換のＣ１〜Ｃ１２アルキルであるか、またはＲ８とＲ９とは、それらが結合した窒素原子と共に、１個の窒素原子を含む５、６、または７員の複素環を形成し、ａ及びｄは、それぞれ独立して０〜２４の整数であり、ｂ及びｃはそれぞれ独立して１〜２４の整数であり、ｅは１または２であり、ただし、Ｒ１ａ、Ｒ２ａ、Ｒ３ａ、またはＲ４ａのうちの少なくとも１つが、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルであるか、またはＬ１またはＬ２の少なくとも一方が、−０（Ｃ＝０）−または−（Ｃ＝０）０−であり、Ｒ１ａ及びＲ１ｂは、ａが６である場合にはイソプロピルでなく、ａが８である場合にはｎ−ブチルでない］を有する化合物、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、プロドラッグもしくは立体異性体を含む。
【００６６】
いくつかの態様において、上記の組成物のいずれかは、中性脂質、ステロイド、及びポリマー結合脂質を含む１つ以上の賦形剤をさらに含む。いくつかの態様において、中性脂質は、１，２−ジステアロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＳＰＣ）、１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＰＰＣ）、１，２−ジミリストイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＭＰＣ）、１−パルミトイル−２−オレイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＰＯＰＣ）、１，２−ジオレイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＯＰＣ）、及び １，２−ジオレイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの態様において、中性脂質はＤＳＰＣである。
【００６７】
いくつかの態様において、化合物と中性脂質とのモル比は、約２：１〜約８：１の範囲である。
【００６８】
いくつかの態様において、ステロイドはコレステロールである。いくつかの態様において、化合物とコレステロールとのモル比は、約２：１〜1：１の範囲である。
【００６９】
いくつかの態様において、ポリマー結合脂質はＰＥＧ化脂質である。いくつかの態様において、化合物とＰＥＧ化脂質とのモル比は、約１００：１〜約２５：１の範囲である。いくつかの態様において、ＰＥＧ化脂質は、ＰＥＧ−ＤＡＧ、ＰＥＧポリエチレン（ＰＥＧ−ＰＥ）、ＰＥＧ−スクシノイル−ジアシルグリセロール（ＰＥＧ−Ｓ−ＤＡＧ）、ＰＥＧ−ｃｅｒ、またはＰＥＧジアルキルオキシプロピルカルバメートである。いくつかの態様において、ＰＥＧ化脂質は、下記構造ＩＩＩ：
2021524247.tif 000005
［式中、Ｒ１０及びＲ１１は、それぞれ独立して、１０〜３０個の炭素原子を有する、直鎖または分枝鎖、飽和または不飽和のアルキル鎖であり、前記アルキル鎖は任意で１つ以上のエステル結合によって中断され、ｚは、３０〜６０の範囲の平均値を有する］を有するか、または、その薬学的に許容される塩、互変異性体、もしくは立体異性体である。いくつかの態様において、Ｒ１０及びＲ１１は、それぞれ独立して、１２〜１６個の炭素原子を有する直鎖の飽和アルキル鎖である。いくつかの態様において、ｚの平均は、約４５である。
ここから開始
【００７０】
いくつかの態様において、ＬＮＰは、ポリアニオン性の核酸と混合される際に非二重層構造に自己組織化する。いくつかの態様において、非二重層構造は、６０ｎｍ〜１２０ｎｍの直径を有する。いくつかの態様において、非二重層構造は、約７０ｎｍ、約８０ｎｍ、約９０ｎｍ、または約１００ｎｍの直径を有する。いくつかの態様において、ナノ粒子状の送達ビヒクルは、約１００ｎｍの直径を有する。
【００７１】
本明細書ではまた、本明細書に開示されるベクターを製造する方法であって、前記少なくとも１つのプロモーター配列と前記抗原カセットとを含むプラスミド配列を得ることと、前記プラスミド配列を１つ以上の宿主細胞にトランスフェクトすることと、前記１つ以上の宿主細胞から前記ベクターを単離することと、を含む方法も提供する。
【００７２】
いくつかの態様において、単離することは、前記宿主細胞を溶解して前記ベクターを含む細胞ライセートを得ることと、細胞ライセートから、また、任意で宿主細胞を培養するために用いた培地からもベクターを精製することと、を含む。
【００７３】
いくつかの態様において、プラスミド配列は、以下のもの、すなわち、ＤＮＡ組換え、または細菌組換え、または全ゲノムＤＮＡ合成、または細菌細胞内での合成ＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成、のうちの１つを用いて生成される。いくつかの態様において、前記１つ以上の宿主細胞は、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、及びＡＥ１−２ａ細胞のうちの少なくとも１つである。いくつかの態様において、細胞ライセートから前記ベクターを精製することは、クロマトグラフィー分離、遠心分離、ウイルス沈殿、及び濾過のうちの１つ以上を行う。
【００７４】
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００７５】
【図１】インビトロＴ細胞活性化合物アッセイの開発を説明する。抗原提示細胞へのワクチンカセットの送達が、異なるペプチド抗原の発現、プロセシング、及びＭＨＣ制限提示につながるアッセイの概略。特異的なペプチド−ＭＨＣの組み合わせに一致するＴ細胞受容体を有するように操作されたレポーターＴ細胞が活性化され、ルシフェラーゼが発現される。
【図２】（Ａ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、互いに対して同じ位置で連結された５個のクラスＩ  ＭＨＣクラス制限エピトープ（エピトープ１〜５）に２個のユニバーサルクラスＩＩ  ＭＨＣエピトープ（ＭＨＣ−ＩＩ）が繋げられたものを示す。異なるリンカーを用いて種々の繰り返しが生成された。場合によっては、Ｔ細胞エピトープは互いに直接連結される。他の場合では、Ｔ細胞エピトープの片側または両側にその天然配列が隣接する。他の繰り返しでは、Ｔ細胞エピトープは、非天然配列ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰにより連結される。（Ｂ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、短いカセット内に埋め込まれたＴ細胞エピトープの配列情報を示す。
【図３】モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価を説明する。ターゲティングカセットは、短いカセット設計を、ユビキチン（Ｕｂ）、シグナルペプチド（ＳＰ）及び膜貫通（ＴＭ）ドメインによって延長し、５個のマーカーヒトＴ細胞エピトープ（エピトープ１〜５）の隣に２個のマウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＩＩ）及びＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（Ａ５）をさらに有し、Ｔ細胞エピトープの両側に隣接する非天然リンカーＡＡＹ−または天然リンカー配列を用いている（２５ｍｅｒ）。
【図４】短いカセット内のリンカー配列のインビボ評価を説明する。Ａ）ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスを使用したワクチンカセットのインビボ評価の実験計画。
【図５Ａ】長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、長いカセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる５個のマーカークラスＩエピトープ（エピトープ１〜５）であって、それらの２５ｍｅｒ天然配列に含まれるさらなる周知のＴ細胞クラスＩエピトープ（エピトープ６〜２１）によって隔てられたマーカークラスＩエピトープと、２個のユニバーサルクラスＩＩエピトープ（ＭＨＣ−ＩＩ０）とを含み、各クラスＩエピトープの相対位置のみが異なることを示す。
【図５Ｂ】長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報を示す。
【図６Ａ】前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、最終カセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる２０個のＭＨＣＩエピトープを含み、６個の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）エピトープ、５個のヒトエピトープ、９個のマウスエピトープ、及び２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープで構成されることを示す。
【図６Ｂ】前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、非ヒト霊長類、マウス、及びヒト由来のクラスＩ  ＭＨＣ上に提示される、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報、ならびに２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープＰＡＤＲＥ及び破傷風トキソイドの配列を示す。
【図７】（Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡を使用して倍率１００倍で可視化した。
【図８】（Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率４０倍で使用して３日後に撮影した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率１００倍で使用して３日後に撮影した。
【図９】ウイルス粒子の生成スキームを説明する。
【図１０】アルファウイルス由来ＶＥＥ自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターを説明する。
【図１１】Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを接種した後のインビボのレポーター発現を説明する。異なる時点でＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスを免疫した（ＭＣ３に封入したものを１０ｕｇ／マウスで両側性に筋肉内注射）後のルシフェラーゼシグナルの代表的イメージを示す。
【図１２Ａ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３  ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ  ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）、またはＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ−１  ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより評価し、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）として報告する。各線は中央値を示す。
【図１２Ｂ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３  ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ  ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）、またはＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的Ｔ細胞応答をＭＨＣＩペンタマー染色により評価し、ペンタマー陽性細胞としてＣＤ８陽性細胞の割合（％）として報告する。各線は中央値を示す。
【図１３Ａ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１  ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｂ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｃ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｄ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１４Ａ】ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５−ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５−ＧＦＰ／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１ｍＡｂ（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１４Ｂ】ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５−ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５−ＧＦＰ／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１ｍＡｂ（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの６日後（プライムの２１日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１５】マウスにおけるマウス腫瘍抗原に対するＣｈＡｄＶ６８誘発Ｔ細胞応答を説明する。マウスをＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫し、ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＯＶＡ）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された脾細胞１０６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）を示した。エラーバーは、標準偏差を示す。
【図１６】ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ−１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１、または抗ＰＤ−１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける細胞性免疫応答を説明する。抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、ＥＬＩＳｐｏｔを用い、各グループから６匹のマウスの脾細胞で測定した。結果を、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）で示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１７】ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ−１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１、または抗ＰＤ−１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣＤ８  Ｔ細胞免疫応答を説明する。ＣＤ８  Ｔ細胞の抗原特異的ＩＦＮ−γ産生をＩＣＳを用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８  Ｔ細胞として全ＣＤ８  Ｔ細胞の割合（％）として示す。各グループの中間値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１８】ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ−１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。腫瘍体積を週２回測定し、平均腫瘍体積を実験の最初の２１日間について示す。実験開始時に各グループは２２〜２８匹のマウスで構成された。エラーバーは平均の標準誤差（ＳＥＭ）を示す。Ｐ値は、ダネット検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１９】ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける生存率を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ−１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。Ｐ値は、ログランク検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０１。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図２０Ａ】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、最初のブースト免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（３０μｇ）（図２０Ａ）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（１００μｇ） （図２０Ｂ）、またはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２（１００μｇ）（図２０Ｃ）による同種プライム／ブースト、またはＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群（図２０Ｄ）について、ＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。
【図２０Ｂ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２０Ｃ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２０Ｄ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２１】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２２】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ  ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２３】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ  ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２４Ａ】Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。
【図２４Ｂ】Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。
【図２５】標的化ＭＳによるＥＤＧＥスコアと候補共有新生抗原ペプチドの検出確率との間の相関を示す。
【図２６】チェックポイント阻害剤を共発現する発現カセットが、欠失されたＥ１領域に導入されたＥ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターを示す。
【図２７】２９３Ａ細胞の感染後のインビトロマウス抗ＣＴＬＡ４クローン９Ｄ９抗体の発現を示す。
【図２８Ａ】ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ（ＩＰＩ−ＭＡＧ）及びｃｈＡｄ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ （ＩＰＩ−ＧＦＰ）感染細胞におけるヒト抗ＣＴＬＡ−４  ＩｇＧ１抗体（イピリムマブ）抗体発現を示すウェスタンブロットを示す。ＨＥＫ２９３Ａ細胞をＭＯＩ＝１で感染させ、細胞ペレット及び上清を感染の４８時間後に回収した。抗ＣＴＬＡ４抗体をタンパク質Ｇビーズ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）による免疫沈降により上清から精製した。ペレット及び免疫沈降させた上清をＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動及びＨＲＰロバ抗ヒトＩｇＧ抗体を用いたウェスタンブロッティングにより分析し、ＥＣＬ化学発光基質（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により検出した。
【図２８Ｂ】（１）ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＴＲＥＭＥ及び対照ウイルスであるｃｈＡｄ６８−Ｍ２．２感染細胞におけるヒト抗ＣＴＬＡ−４抗体  ＩｇＧ２抗体（トレメリムマブ）発現を示すウェスタンブロットを示す。ＨＥＫ２９３Ａ細胞をＭＯＩ＝１で感染させ、細胞ペレット及び上清を感染の４８時間後に回収した。抗ＣＴＬＡ４抗体をタンパク質Ｇビーズ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）による免疫沈降により上清から精製した。ペレット及び免疫沈降させた上清をＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動及びＨＲＰロバ抗ヒトＩｇＧ抗体を用いたウェスタンブロッティングにより分析し、ＥＣＬ化学発光基質（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により検出した。
【図２９】３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）または５０（ＸＸＬ）個のエピトープを有する大きな抗原カセットにおける異なる腫瘍由来のモデルエピトープの一般的な編成を示す。
【図３０】ＣｈＡｄベクターが、すべてのカセットに共通の配列を認識する抗クラスＩＩ（ＰＡＤＲＥ）抗体を使用した上記のウェスタンブロットによって示されるように長いカセットを発現することを示す。ＨＥＫ２９３細胞に異なるサイズの大きなカセット（ｃｈＡｄ６８−５０ＸＸＬ、ｃｈＡｄ６８−４０ＸＬ及びｃｈＡｄ６８−３０Ｌ）を発現するｃｈＡｄ６８ベクターを感染させた。感染はＭＯＩ＝０．２に設定した。感染２４時間後にプロテアソーム阻害剤であるＭＧ１３２を、感染させたウェルのセットに加えた（＋符合で示す）。ウイルス処理したウェルの別のセットはＭＧ１３２で処理しなかった（−符合で示す）。非感染ＨＥＫ２９３細胞（２９３Ｆ）を陰性対照として用いた。感染４８時間後に細胞ペレットを回収し、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ電気泳動で分析し、ウサギ抗クラスＩＩ ＰＡＤＲＥ抗体を用いてイムノブロッティングした。ＨＲＰ抗ラビット抗体及びＥＣＬ化学発光基質を検出に用いた。
【図３１】ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（下図）に対して検出された、ｃｈＡｄ６８の大きなカセットで免疫したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞における％として、モデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。
【図３２】ｃｈＡｄ６８の大きなカセットによるワクチン接種後のＬＤ−ＡＨ１＋ （上図）及びＫｂ−ＳＩＩＮＦＥＫＬ＋（下図）テトラマーに対するＣＤ８＋応答を示す。データは、モデルテトラマーペプチド複合体に対する反応性を有する全ＣＤ８細胞における％として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
【図３３】ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（下図）に対して検出された、アルファウイルスの大きなカセットで処置したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞における％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊ｐ＜０．００１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
【図３４】アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するためのワクチン接種手法を示す。三角は、０及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を表す。四角は、抗ＣＴＬＡ−４抗体の投与を表す。
【図３５】ｃｈＡｄ−ＭＡＧを投与したアカゲザル単独（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３６】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＩＶ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３７】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３８】ＥＬＩＳｐｏｔにより測定したｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生じた抗原特異的メモリー応答を示す。結果は各ドットが１匹の動物を表す個別のドットプロットとして示す。免疫前のベースライン（左パネル）及びプライム１８ヶ月後のメモリー反応（右パネル）を示す。
【図３９】コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー細胞表現型判定を示す。
【図４０】実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ−Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７−＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７−＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。
【図４１】低（ＩＵ＝１．５ｅ６，左）及び高（ＩＵ＝１．５ｅ７，右）ベクター用量におけるｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ単独、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与の組み合わせによる免疫に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。応答は、ＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔにより測定し、各マウス（各群ｎ＝８）について脾細胞１ｅ６個当たりのスポット形成細胞として示す。棒は中央値を示す。
【図４２】低（ＩＵ＝１．５ｅ６，左）及び高（ＩＵ＝１．５ｅ７，右）ベクター用量におけるｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ単独、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与の組み合わせによる免疫に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。応答は、細胞内染色（ＩＣＳ）により測定し、各マウス（各群ｎ＝８）についてＩＦＮγ＋細胞として全ＣＤ８＋細胞の割合（％）として示す棒は中央値を示す。
【図４３】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４またはｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４  ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与により免疫したマウスの血清中の抗ＣＴＬＡ４抗体レベルを示す。それぞれの時点及びグループ（各群ｎ＝８匹のマウス）の電気化学発光（ＥＣＬ）、平均、及び標準偏差。黒い矢印は、グループ３及び４における抗ＣＴＬＡ４投与の各時点を示す。マウスは、０日目にＣｈＡｄ−ＭＡＧ及びＣｈＡｄ−ＭＡＧ−ａＣＴＬＡ４で免疫した。破線はアッセイの最大限界を示す。抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂを全身性（ＩＰ）投与した２つのグループはいずれも、免疫後に測定したすべての時点でアッセイの最大限界にある。
【図４４】ＣＴ２６腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６腫瘍抗原ＡＨ１を認識するＣＤ８＋Ｔ細胞の出現率を示す。テューキーの多重比較検定による１元配置ＡＮＯＶＡを用いてＰ値を求めた（＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５）。ＣｈＡｄＶ＝ ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ；ａＣＴＬＡ４＝抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｄ９。
【発明を実施するための形態】
【００７６】
詳細な説明
Ｉ．定義
概して、特許請求の範囲及び明細書において使用される用語は、当業者により理解される通常の意味を有するものとして解釈されるものとする。特定の用語を、さらなる明確性を与えるために下記に定義する。通常の意味と与えられる定義との間に矛盾が存在する場合、与えられる定義が用いられるものとする。
【００７７】
本明細書で使用するところの「抗原」という用語は、免疫反応を誘導する物質のことである。抗原は新生抗原であってよい。抗原は、特定の集団、例えば、がん患者の特定の集団間にみられる抗原である「共有抗原」であってよい。
【００７８】
本明細書で使用するところの「新生抗原」という用語は、例えば、腫瘍細胞の変異、または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾によって、抗原を対応する野生型抗原とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する抗原のことである。新生抗原は、ポリペプチド配列またはヌクレオチド配列を含んでよい。変異は、フレームシフトもしくは非フレームシフト挿入欠失（ｉｎｄｅｌ）、ミスセンスもしくはナンセンス置換、スプライス部位変化、ゲノム再編成もしくは遺伝子融合、または、新生ＯＲＦを生じる任意のゲノム変化もしくは発現変化を含むことができる。変異はまた、スプライス変異体も含むことができる。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾は、異常リン酸化を含むことができる。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾はまた、プロテアソームによって生成されるスプライス抗原も含むことができる。Ｌｉｅｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  ｌａｒｇｅ  ｆｒａｃｔｉｏｎ  ｏｆＨＬＡｃｌａｓｓ  Ｉ  ｌｉｇａｎｄｓａｒｅ  ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ−  ｇｅｎｅｒａｔｅｄ  ｓｐｌｉｃｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ；Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１６  Ｏｃｔ  ２１；３５４（６３１０）：３５４−３５８を参照されたい。そのような共有新生抗原は、投与によって対象に免疫応答を誘導するうえで有用である。対象は、例えば下記にさらに述べる患者選択方法のような様々な診断法によって投与を行うために特定することができる。
【００７９】
本明細書で使用するところの「腫瘍抗原」という用語は、対象の腫瘍細胞もしくは組織中に存在するが、対象の対応する正常細胞もしくは組織中には存在しない抗原、または正常細胞もしくは組織と比較して腫瘍細胞もしくはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されているポリペプチドに由来する抗原である。
【００８０】
本明細書において使用するところの「抗原ベースワクチン」という用語は、１つ以上の抗原、例えば複数の抗原に基づいたワクチン組成物のことである。ワクチンは、ヌクレオチドベース（例えば、ウイルスベース、ＲＮＡベース、またはＤＮＡベース）、タンパク質ベース（例えば、ペプチドベース）、またはこれらの組み合わせであってよい。
【００８１】
本明細書において使用される場合、「候補抗原」という用語は、抗原を表し得る配列を生じる変異、または他の異常のことである。
【００８２】
本明細書において使用される場合、「コード領域」という用語は、タンパク質をコードする遺伝子の部分のことである。
【００８３】
本明細書において使用される場合、「コード変異」という用語は、コード領域で生じる変異のことである。
【００８４】
本明細書において使用される場合、「ＯＲＦ」という用語は、オープンリーディングフレームを意味する。
【００８５】
本明細書において使用される場合、「新生ＯＲＦ」という用語は、変異またはスプライシングなどの他の異常により生じる腫瘍特異的なＯＲＦのことである。
【００８６】
本明細書において使用される場合、「ミスセンス変異」という用語は、１つのアミノ酸から別のアミノ酸への置換を引き起こす変異である。
【００８７】
本明細書において使用される場合、「ナンセンス変異」という用語は、アミノ酸から終止コドンへの置換を引き起こすか、または基準開始コドンの除去を引き起こす変異である。
【００８８】
本明細書において使用される場合、「フレームシフト変異」という用語は、タンパク質のフレームに変更を引き起こす変異である。
【００８９】
本明細書において使用される場合、「挿入欠失」という用語は、１つ以上の核酸の挿入または欠失である。
【００９０】
本明細書において使用される場合、２つ以上の核酸またはポリペプチドの配列との関連での「同一率」（％）という用語は、下記の配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮ、または当業者が利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを用いて、または目視検査により測定される、最大の一致について比較し、整列させた場合に、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基の特定の比率（％）が同じである２つ以上の配列または部分配列のことを指す。用途に応じて、「同一率」（％）は、比較される配列の領域にわたって、例えば、機能ドメインにわたって存在するか、あるいは、比較される２つの配列の完全長にわたって存在することができる。
【００９１】
配列比較では、一般的に、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを用いる場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要な場合には部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムのパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列の配列同一率（％）を算出する。あるいは、配列の類似性または相違性は、選択された配列位置（例えば、配列モチーフ）における特定のヌクレオチドの、または翻訳後の配列ではアミノ酸の有無の組み合わせによって確立することもできる。
【００９２】
比較を行うための配列の最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ  ＆  Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ＆  Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ  ＆  Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：２４４４（１９８８）の類似性の探索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ処理による実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）によって、または目視検査によって実施することができる（一般的には、下記のＡｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．を参照）。
【００９３】
配列同一率（％）及び配列類似率（％）を決定するのに適したアルゴリズムの１つの例として、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（１９９０）に記載されるＢＬＡＳＴアルゴリズムがある。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通して公に入手可能である。
【００９４】
本明細書において使用される場合、「ノンストップまたはリードスルー」という用語は、天然の終止コドンの除去を引き起こす変異のことである。
【００９５】
本明細書において使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗体またはＴ細胞受容体が一般的に結合する、抗原の特異的な部分のことである。
【００９６】
本明細書において使用される場合、「免疫原性」という用語は、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはその両方を介して免疫応答を誘発する能力のことである。
【００９７】
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ結合親和性」、「ＭＨＣ結合親和性」という用語は、特異的な抗原と特異的なＭＨＣアレルとの結合の親和性を意味する。
【００９８】
本明細書において使用される場合、「ベイト」という用語は、ＤＮＡまたはＲＮＡの特異的な配列を試料から濃縮するために使用される核酸プローブのことである。
【００９９】
本明細書において使用される場合、「変異」という用語は、対象の核酸と、対照として使用される参照ヒトゲノムとの差である。
【０１００】
本明細書において使用される場合、「変異コール」という用語は、典型的にはシークエンシングからの、変異の存在のアルゴリズム的決定である。
【０１０１】
本明細書において使用される場合、「多型」という用語は、生殖細胞系列変異、すなわち、個体のすべてのＤＮＡ保有細胞において見出される変異である。
【０１０２】
本明細書において使用される場合、「体細胞変異」という用語は、個体の非生殖系列細胞において生じる変異である。
【０１０３】
本明細書において使用される場合、「アレル」という用語は、遺伝子の１つのバージョンまたは遺伝子配列の１つのバージョンまたはタンパク質の１つのバージョンのことである。
【０１０４】
本明細書において使用される場合、「ＨＬＡ型」という用語は、ＨＬＡ遺伝子アレルの相補体のことである。
【０１０５】
本明細書において使用される場合、「ナンセンス変異依存分解機構」または「ＮＭＤ」という用語は、未成熟な終止コドンに起因する細胞によるｍＲＮＡの分解のことである。
【０１０６】
本明細書において使用される場合、「トランカル変異（ｔｒｕｎｃａｌ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）」という用語は、腫瘍の発生の初期に生じ、腫瘍の細胞の大部分に存在する変異である。
【０１０７】
本明細書において使用される場合、「サブクローナル変異」という用語は、腫瘍の発生において後期に生じ、腫瘍の細胞の一部のみに存在する変異である。
【０１０８】
本明細書において使用される場合、「エクソーム」という用語は、タンパク質をコードするゲノムのサブセットである。エクソームは、ゲノムの集合的なエクソンであり得る。
【０１０９】
本明細書において使用される場合、「ロジスティック回帰」という用語は、従属変数が１に等しい確率のロジットが従属変数の線形関数としてモデル化される、統計からのバイナリデータ用の回帰モデルである。
【０１１０】
本明細書において使用される場合、「ニューラルネットワーク」という用語は、多層の線形変換に続いて一般的に確率的勾配降下法及び逆伝搬により訓練された要素ごとの非線形変換を行うことからなる分類または回帰のための機械学習モデルである。
【０１１１】
本明細書において使用される場合、「プロテオーム」という用語は、細胞、細胞の群、または個体によって発現される、及び／または翻訳されるすべてのタンパク質のセットのことである。
【０１１２】
本明細書において使用される場合、「ペプチドーム」という用語は、細胞表面上のＭＨＣ−ＩまたはＭＨＣ−ＩＩによって提示されるすべてのペプチドのセットのことである。ペプチドームは、細胞または細胞の集合の性質を指す場合もある（例えば、腫瘍ペプチドームは、腫瘍を含むすべての細胞のペプチドームの和集合を意味する）。
【０１１３】
本明細書において使用される場合、「ＥＬＩＳＰＯＴ」という用語は、ヒト及び動物において免疫応答を観察するための一般的な方法である、酵素結合免疫吸着スポットアッセイを意味する。
【０１１４】
本明細書において使用される場合、「デキサトラマー」という用語は、フローサイトメトリーにおいて抗原特異的Ｔ細胞染色に使用される、デキストランベースのペプチド−ＭＨＣマルチマーである。
【０１１５】
本明細書において使用される場合、「寛容または免疫寛容」という用語は、１つ以上の抗原、例えば、自己抗原に対する免疫不応答の状態のことである。
【０１１６】
本明細書において使用される場合、「中枢性寛容」という用語は、自己反応性Ｔ細胞クローンを欠失させること、または自己反応性Ｔ細胞クローンの免疫抑制性制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）への分化を促進することのいずれかにより、胸腺において与えられる寛容である。
【０１１７】
本明細書において使用される場合、「末梢性寛容」という用語は、中枢性寛容を生き延びた自己反応性Ｔ細胞を下方制御もしくはアネルギー化すること、またはこれらのＴ細胞のＴｒｅｇへの分化を促進することにより、末梢系において与えられる寛容である。
【０１１８】
「試料」という用語は、静脈穿刺、排泄、射精、マッサージ、生検、針吸引、洗浄試料、擦過、外科的切開、もしくは介入、または当技術分野において公知の他の手段を含む手段によって対象から採取された、単一細胞、または複数の細胞、または細胞の断片、または体液のアリコートを含むことができる。
【０１１９】
「対象」という用語は、インビボ、エクスビボ、またはインビトロ、雄または雌のいずれかの、細胞、組織、または生物体、ヒトまたは非ヒトを包含する。対象という用語は、ヒトを含む哺乳動物を含める。
【０１２０】
「哺乳動物」という用語は、ヒト及び非ヒトの両方を包含し、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、マウス、ウシ、ウマ、及びブタを含むが、それらに限定されない。
【０１２１】
「臨床的因子」という用語は、対象の状態、例えば、疾患の活性または重症度の測定を指す。「臨床的因子」は、非試料マーカーを含む、対象の健康状態のすべてのマーカー、ならびに／または、非限定的に年齢及び性別などの、対象の他の特徴を包含する。臨床的因子は、対象または所定の条件下の対象由来の試料（または試料の集団）の評定から取得され得るスコア、値、または値のセットであることができる。臨床的因子はまた、マーカー、及び／または遺伝子発現代替物などの他のパラメータによっても予測することができる。臨床的因子は、腫瘍タイプ、腫瘍サブタイプ、及び喫煙歴を含むことができる。
【０１２２】
「腫瘍由来の抗原コード核酸配列」とは、例えばＲＴ−ＰＣＲによって腫瘍から直接抽出された核酸配列、または、腫瘍をシークエンシングした後、例えば当該技術分野では周知の様々な合成法もしくはＰＣＲに基づく方法によりシークエンシングデータを利用して核酸配列を合成することによって得られた配列データのことを指す。
【０１２３】
「アルファウイルス」という用語は、トガウイルス科のメンバーのことを指し、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。アルファウイルスは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ−８３などの新世界型に分類される。アルファウイルスは一般的には自己複製ＲＮＡウイルスである。
【０１２４】
「アルファウイルス骨格」という用語は、ウイルスゲノムの自己複製を可能とするアルファウイルスの最小配列（複数可）のことを指す。最小配列としては、非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列、非構造タンパク質１（ｎｓＰ１）遺伝子、ｎｓＰ２遺伝子、ｎｓＰ３遺伝子、ｎｓＰ４遺伝子、及びポリＡ配列、ならびに、２６Ｓプロモーター因子をはじめとするサブゲノミックウイルスＲＮＡの発現用の配列を挙げることができる。
【０１２５】
「非構造タンパク質媒介増幅用の保存配列」という用語には、当該技術分野では周知のアルファウイルス保存配列因子（ＣＳＥ）が含まれる。ＣＳＥとしては、これらに限定されるものではないが、アルファウイルス５’ＵＴＲ、５１−ｎｔ  ＣＳＥ、２４−ｎｔ  ＣＳＥ、または他の２６Ｓサブゲノミックプロモーター配列、１９−ｎｔ  ＣＳＥ、及びアルファウイルス３’ＵＴＲが挙げられる。
【０１２６】
「ＲＮＡポリメラーゼ」という用語には、ＤＮＡ鋳型からのＲＮＡポリヌクレオチドの生成を触媒するポリメラーゼが含まれる。ＲＮＡポリメラーゼとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、及びＳＰ６を含むバクテリオファージ由来ポリメラーゼが挙げられる。
【０１２７】
「脂質」という用語には、疎水性及び／または両親媒性分子が含まれる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。脂質は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、脂肪、及び脂溶性ビタミンを含み得る。脂質には、ジリノレイルメチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）及びＭＣ３様分子も含まれ得る。
【０１２８】
「脂質ナノ粒子」または「ＬＮＰ」という用語には、リポソームとも呼ばれる、水性の内部を包囲する脂質含有膜を用いて形成された小胞様構造が含まれる。脂質ナノ粒子は、界面活性剤により安定化された固体脂質コアを有する脂質ベースの組成物を含む。コア脂質は、脂肪酸、アシルグリセロール、ワックス、及びこれらの界面活性剤の混合物であってよい。リン脂質、スフィンゴミエリン、胆汁酸（タウロコール酸）、及びステロール類（コレステロール）のような生体膜脂質を安定化剤として用いることができる。脂質ナノ粒子は、１種類以上のカチオン性、アニオン性、または中性脂質の規定の比率を含む（ただし、これに限定されない）、規定の比率の異なる脂質分子を用いて形成することができる。脂質ナノ粒子は、外膜シェル内に分子を封入することができ、その後、標的細胞と接触させて封入分子を宿主細胞のサイトゾルに送達することができる。脂質ナノ粒子は、それらの表面などを非脂質分子で修飾または官能化することができる。脂質ナノ粒子は、単一層（単層）または多層（複層）とすることができる。脂質ナノ粒子は、核酸と複合体化することができる。単層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となる。複層脂質ナノ粒子を核酸と複合体化することができ、その場合、核酸は水性の内部となるか、またはその間を形成するかまたはその間に挟まれる。
【０１２９】
略語：ＭＨＣ：主要組織適合性複合体；ＨＬＡ：ヒト白血球抗原、またはヒトＭＨＣ遺伝子座；ＮＧＳ：次世代シークエンシング；ＰＰＶ：陽性適中率；ＴＳＮＡ：腫瘍特異的新生抗原；ＦＦＰＥ：ホルマリン固定パラフィン包埋；ＮＭＤ：ナンセンス変異依存分解機構；ＮＳＣＬＣ：非小細胞肺がん；ＤＣ：樹状細胞。
【０１３０】
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、文脈によってそうでない旨が明示されない限り、複数の指示物を含む点に留意されたい。
【０１３１】
特に断らない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書において使用される「約」という用語は、例えば、平均から標準偏差２つ分以内など、当該技術分野における公称公差の範囲内にあるものとして理解される。「約」は、記載される値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、または０．０１％以内として理解することができる。文脈から明らかでない限り、本明細書に示されるすべての数値は「約」という語によって修飾されている。
【０１３２】
本明細書において直接定義されていない用語は、本発明の技術分野の範囲内で理解されるような、一般的にそれらに付随する意味を有するものとして理解されるべきである。本発明の態様の組成物、装置、方法など、ならびにそれらの製造または使用法を説明するうえで実施者にさらなる手引きを与える目的で特定の用語が本明細書で検討される。同じものについて複数の言い方がなされ得る点は認識されるであろう。したがって、代替的な語及び同義語が、本明細書で検討される用語の任意の１つ以上について用いられる場合がある。本明細書においてある用語が詳述または検討されているか否かに重きが置かれるべきではない。いくつかの同義語または代用可能な方法、材料などが提供される。１つまたは数個の同義語または均等物の記載は、明確に述べられない限り、他の同義語または均等物の使用を除外しない。用語の例を含む例の使用は、あくまで説明を目的としたものにすぎず、本明細書における発明の態様の範囲及び意味を限定しない。
【０１３３】
本明細書の本文において引用されるすべての参照文献、発行特許、及び特許出願は、あらゆる目的でそれらの全容を参照により本明細書に援用するものである。
【０１３４】
ＩＩ．抗原を特定する方法
共有抗原（例えば、新生抗原）を特定するための方法は、対象の腫瘍から、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞を含む腫瘍または免疫細胞の細胞表面上に提示される可能性が高く、かつ／または免疫原性である可能性が高い抗原を特定することを含む。例として、かかる１つの方法は、対象の腫瘍細胞からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データが、抗原のセット（例えば、新生抗原の場合では、各新生抗原のペプチド配列がペプチド配列を対応する野生型の親ペプチド配列とは異なるものにする少なくとも１つの変化を含み、または変異のない共有抗原の場合では、ペプチドは正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）のそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、工程と、各抗原のペプチド配列を、１つ以上の提示モデルに入力することにより、対象の腫瘍細胞の腫瘍細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって、または腫瘍内に存在する細胞によって抗原の各々が提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取った質量分析データに少なくとも基づいて特定されている、工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、を含むことができる。
【０１３５】
提示モデルは、対応するラベルのセットを含む参照データのセット（訓練データセットとも呼ばれる）で訓練された、統計学的回帰または機械学習（例えば、ディープラーニング）モデルを含むことができ、前記参照データのセットは、任意で一部の対象が腫瘍を有し得る複数の別個の対象の各々から取得され、また、前記参照データのセットは、腫瘍組織由来のエクソームヌクレオチド配列を表すデータ、正常組織由来のエクソームヌクレオチド配列を表すデータ、腫瘍組織由来のトランスクリプトームヌクレオチド配列を表すデータ、腫瘍組織由来のプロテオーム配列を表すデータ、及び腫瘍組織由来のＭＨＣペプチドーム配列を表すデータ、及び正常組織由来のＭＨＣペプチドーム配列を表すデータのうちの少なくとも１つを含む。参照データは、合成タンパク質、正常及び腫瘍ヒト細胞株、ならびに新鮮な及び凍結された初代試料に対してその後曝露される所定のＭＨＣアレルを発現するように操作された単一アレル細胞株の質量分析データ、シークエンシングデータ、ＲＮＡシークエンシングデータ、発現プロファイリングデータ、及びプロテオミクスデータ、ならびにＴ細胞アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＰＯＴ）をさらに含むことができる。特定の態様では、参照データのセットは、参照データの各形態を含む。
【０１３６】
提示モデルは、参照データのセットに少なくとも一部由来する特性のセットを含むことができ、前記特性のセットは、アレル依存的特性及びアレル非依存的特性のうちの少なくとも１つを含む。特定の態様では、各特性が含まれる。
【０１３７】
共有抗原を特定するための方法はまた、腫瘍細胞の表面上に提示される可能性の高い、対象の１つ以上の腫瘍細胞に由来する１つ以上の抗原を特定することによって個別化がんワクチンを構築するための出力を生成することも含む。例として、かかる１つの方法は、対象の腫瘍細胞及び正常細胞から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データが、腫瘍細胞からのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データと正常細胞からのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データ、対象の正常細胞から特定されたペプチド配列とを比較することによって特定された抗原のセット（例えば、新生抗原の場合では各新生抗原のペプチド配列がペプチド配列を対応する野生型の親ペプチド配列とは異なるものにする少なくとも１つの変化を含み、または変異のない共有抗原の場合では、ペプチドは正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）のそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、前記抗原のそれぞれの前記ペプチド配列を対応する数値ベクトルにコード化する工程であって、各数値ベクトルが、前記ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸及び前記ペプチド配列内における前記アミノ酸の位置のセットに関する情報を含む、工程と、コンピュータのプロセッサを使用して、前記数値ベクトルをディープラーニング提示モデルに入力して前記抗原のセットについて提示尤度のセットを生成する工程であって、前記セット内の各提示尤度が、対応する抗原が１つ以上のクラスＩＩ  ＭＨＣアレルによって前記対象の前記腫瘍細胞の表面上に提示される尤度を表し、前記ディープラーニング提示モデルが、前記抗原のセットのサブセットを、前記提示尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットに基づいて前記個別化されたがんワクチンを構築するための前記出力を生成する工程と、を含むことができる。
【０１３８】
新生抗原を含む抗原を同定するための具体的な方法は当業者には周知のものであり、こうした方法は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０１３９】
本明細書では、本明細書に記載される抗原の特定方法のいずれかの工程を行うことを含み、選択された抗原のセットを含む腫瘍ワクチンを得る工程と、腫瘍ワクチンを対象に投与する工程と、をさらに含む、腫瘍を有する対象を治療する方法が開示される。
【０１４０】
本明細書に開示される方法はまた、サブセットの中の抗原のうちの少なくとも１つに対して抗原特異的な１つ以上のＴ細胞を同定することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、同定は、１つ以上の抗原特異的Ｔ細胞を増殖させる条件下で１つ以上のＴ細胞をサブセットの中の抗原のうちの１つ以上と共培養することを含む。さらなる実施形態では、同定は、１つ以上のＴ細胞を、サブセットの中の抗原のうちの１つ以上を含むテトラマーと、Ｔ細胞とテトラマーとの結合が可能な条件下で接触させることを含む。いっそうさらなる実施形態では、本明細書に開示される方法はまた、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の１つ以上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を同定することをさらに含むことができる。特定の実施形態では、１つ以上のＴ細胞受容体を同定することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞のＴ細胞受容体配列をシークエンシングすることを含む。本明細書に開示される方法は、前記１つ以上の同定されたＴ細胞受容体のうちの少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することと、前記複数のＴ細胞を増殖させる条件下で前記複数のＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、１つ以上の同定されたＴ細胞受容体の少なくとも１つを発現するように複数のＴ細胞を遺伝子操作することは、前記１つ以上の同定されたＴ細胞の前記Ｔ細胞受容体配列を発現ベクターにクローニングすることと、前記複数のＴ細胞のそれぞれに発現ベクターをトランスフェクトすることと、を含む。特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、さらに、前記１つ以上のＴ細胞を増殖させる条件下で前記１つ以上の同定されたＴ細胞を培養することと、増殖させたＴ細胞を対象に注入することと、をさらに含む。
【０１４１】
本明細書ではまた、前記サブセットの中の少なくとも１つの選択された抗原に対して抗原特異的である単離Ｔ細胞も開示される。
【０１４２】
本明細書ではまた、腫瘍ワクチンを製造するための方法であって、対象の腫瘍細胞から、エクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データが、抗原のセット（例えば、新生抗原の場合では各新生抗原のペプチド配列がペプチド配列を対応する野生型の親ペプチド配列とは異なるものにする少なくとも１つの変化を含み、または変異のない共有抗原の場合では、ペプチドは正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）のそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力することにより、前記抗原のそれぞれが前記対象の前記腫瘍細胞の前記腫瘍細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットを含む腫瘍ワクチンを生産するか、またはこれまでに生産している工程と、を含む方法も開示される。
【０１４３】
本明細書ではまた、対象の腫瘍細胞からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、腫瘍ヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられ、各抗原のペプチド配列（例えば、新生抗原の場合では、各新生抗原のペプチド配列がペプチド配列を対応する野生型の親ペプチド配列とは異なるものにする少なくとも１つの変化を含み、または変異のない共有抗原の場合では、ペプチドは正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する）、工程と、各抗原のペプチド配列を１つ以上の提示モデルに入力することにより、前記抗原のそれぞれが前記対象の前記腫瘍細胞の前記腫瘍細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される数値的尤度のセットを生成する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記工程と、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択することにより、選択された抗原のセットを生成する工程と、前記選択された抗原のセットを含む腫瘍ワクチンを生産するか、またはこれまでに生産している工程と、を含む方法を実行することによって選択される、選択された抗原のセットを含む腫瘍ワクチンも開示される。
【０１４４】
腫瘍ワクチンは、ヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ＲＮＡ、ＤＮＡ、細胞、プラスミド、またはベクターのうちの１つ以上を含んでもよい。
【０１４５】
腫瘍ワクチンは、腫瘍細胞表面上に提示された１つ以上の抗原を含んでもよい。
【０１４６】
腫瘍ワクチンは、対象において免疫原性を示す１つ以上の抗原を含んでもよい。
【０１４７】
腫瘍ワクチンは、対象において正常組織に対する自己免疫応答を誘導する、１つ以上の抗原を含まなくともよい。
【０１４８】
腫瘍ワクチンは、アジュバントを含んでもよい。
【０１４９】
腫瘍ワクチンは、賦形剤を含んでもよい。
【０１５０】
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
【０１５１】
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよい。
【０１５２】
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対してプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含んでもよく、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
【０１５３】
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害される尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
【０１５４】
本明細書に開示される方法はまた、提示モデルに基づいて選択されない抗原に対して対象に正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含んでもよい。
【０１５５】
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシング及び／または発現データは、腫瘍組織でシークエンシングを行うことによって取得することができる。
【０１５６】
シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシングアプローチであってもよい。
【０１５７】
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル相互作用特性によってさらに特定することができる。すなわち、ＭＨＣアレルと抗原コード化ペプチドとが結合する予測親和性；抗原コード化ペプチド−ＭＨＣ複合体の予測安定性；抗原コード化ペプチドの配列及び長さ；質量分析プロテオミクスまたは他の手段によって評価される、特定のＭＨＣアレルを発現する他の個体由来の細胞の類似した配列を有する抗原コード化ペプチドの提示の確率；対象とされる対象の特定のＭＨＣアレルの発現レベル（例えば、ＲＮＡ−ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；特定のＭＨＣアレルを発現する他の別個の個体における、特定のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な新生抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率；他の別個の対象における、同じ分子のファミリー（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＰ）のＭＨＣアレルによる提示の、全体的な新生抗原コード化ペプチド配列とは独立した確率。
【０１５８】
数値的尤度のセットは、以下のうちの少なくとも１つを含む少なくともＭＨＣアレル非相互作用特性によってさらに特定される。すなわち、その由来源タンパク質配列内の、新生抗原コード化ペプチドに隣接するＣ末端及びＮ末端配列；任意で、腫瘍細胞内の対応するプロテアーゼの発現（ＲＮＡ−ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）にしたがって重み付けされる、新生抗原コード化ペプチド内のプロテアーゼ切断モチーフの存在；適切な細胞タイプにおいて測定される由来源タンパク質の代謝回転速度；ＲＮＡ−ｓｅｑもしくはプロテオーム質量分析によって測定される、または、ＤＮＡもしくはＲＮＡ配列データにおいて検出される生殖細胞系列もしくは体細胞系列スプライシング変異のアノテーションから予測される、腫瘍細胞に最も高発現している特定のスプライス変異体（「アイソフォーム」）を任意で考慮した、由来源タンパク質の長さ；腫瘍細胞におけるプロテアソーム、イムノプロテアソーム、胸腺プロテアソーム、または他のプロテアーゼの発現のレベル（ＲＮＡ−ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、または免疫組織化学によって測定することができる）；新生抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子の発現（例えば、ＲＮＡ−ｓｅｑまたは質量分析によって測定される）；細胞周期の異なる段階における新生抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子の典型的な組織特異的発現；例えば、ｕｎｉＰｒｏｔまたはＰＤＢ  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／ｈｏｍｅ／ｈｏｍｅ．ｄｏにみることができるような、由来源タンパク質及び／またはそのドメインの特性の包括的なカタログ；ペプチドを含む由来源タンパク質のドメインの性質を説明する特性、例えば、二次構造または三次構造（例えば、βシートに対するαヘリックス）；選択的スプライシング；他の別個の対象における、対象とされる新生抗原コード化ペプチドの由来源タンパク質に由来するペプチドの提示の確率；ペプチドが、技術的バイアスのために質量分析によって検出されないか、または過剰に表現される確率；腫瘍細胞、間質、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の状態について情報を与える、ＲＮＡＳｅｑによって測定される、種々の遺伝子モジュール／経路の発現（ペプチドの由来源タンパク質を含む必要はない）；腫瘍細胞内の新生抗原コード化ペプチドの由来源遺伝子のコピー数；ペプチドがＴＡＰに結合する確率、またはＴＡＰに対するペプチドの測定または予測される結合親和性；腫瘍細胞におけるＴＡＰの発現レベル（ＲＮＡ−ｓｅｑ、プロテオーム質量分析、免疫組織化学によって測定することができる）；以下を含むがただしこれらに限定されない、腫瘍変異の有無：ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＡＬＫ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、ＴＰ５３、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３などの公知のがんドライバー遺伝子におけるドライバー変異、及び抗原提示マシナリーに関与するタンパク質をコードする遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＴＡＰ−１、ＴＡＰ−２、ＴＡＰＢＰ、ＣＡＬＲ、ＣＮＸ、ＥＲＰ５７、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、または、プロテアソームもしくはイムノプロテアソームの構成要素をコードする遺伝子のいずれか）における変異。その提示が、腫瘍において機能喪失変異を生ずる抗原提示マシナリーの構成要素に依存するペプチドは、提示の確率が低い；以下を含むがただしこれらに限定されない、機能的生殖細胞系列多型の有無：抗原提示マシナリーに関与するタンパク質をコードする遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＴＡＰ−１、ＴＡＰ−２、ＴＡＰＢＰ、ＣＡＬＲ、ＣＮＸ、ＥＲＰ５７、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、または、プロテアソームもしくはイムノプロテアソームの構成要素をコードする遺伝子のいずれか）における多型；腫瘍タイプ（例えば、ＮＳＣＬＣ、メラノーマ）；臨床的腫瘍サブタイプ（例えば、扁平上皮肺がん対非扁平上皮）；喫煙歴；任意でドライバー変異によって層別化される、関連する腫瘍タイプまたは臨床的サブタイプにおけるペプチドの由来源遺伝子の典型的な発現。
【０１５９】
少なくとも１つの変異は、フレームシフトもしくは非フレームシフト挿入欠失、ミスセンスもしくはナンセンス置換、スプライス部位変化、ゲノム再編成もしくは遺伝子融合、または、新生ＯＲＦを生じる任意のゲノム変化もしくは発現変化であってよい。
【０１６０】
腫瘍細胞は、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、及びＴ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択することができる。
【０１６１】
本明細書に開示される方法はまた、選択された新生抗原のセットまたはそのサブセットを含む腫瘍ワクチンを得ることを含んでもよく、任意で腫瘍ワクチンを対象に投与することをさらに含む。
【０１６２】
選択された新生抗原のセット内の新生抗原の少なくとも１つは、ポリペプチド形態である場合、以下のうちの少なくとも１つを含んでもよい：ＩＣ５０値が１０００ｎＭ未満のＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩのポリペプチドではアミノ酸８〜１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドではアミノ酸６〜３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、プロテアソーム切断を促進する、親タンパク質配列中のポリペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩでは、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ−ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
【０１６３】
本明細書では、腫瘍細胞の腫瘍細胞表面上に提示される可能性が高い１つ以上の新生抗原を特定するための方法であって、複数の新鮮なまたは凍結得様試料に由来する主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）から溶出された複数の単離ペプチドに関連するデータを含む質量分析データを受け取る工程と、腫瘍試料中に存在し、各訓練ペプチド配列に関連する１つ以上のＭＨＣアレル上に提示される訓練ペプチド配列のセットを少なくとも特定することにより、訓練データセットを取得する工程と、前記訓練ペプチド配列に基づいて、訓練タンパク質配列のセットを取得する工程と、前記訓練タンパク質配列及び前記訓練ペプチド配列を用いて、提示モデルの数値的パラメータのセットを訓練する工程であって、前記提示モデルが、腫瘍細胞表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって腫瘍細胞由来のペプチド配列が提示される複数の数値的尤度を与える、工程と、を含む方法が開示される。
【０１６４】
提示モデルは、ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の腫瘍細胞表面上での提示尤度と、の間の依存性を表すことができる。
【０１６５】
本明細書に開示される方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の腫瘍新生抗原に対して、腫瘍の細胞表面上に提示される尤度が増大していることから選択される。
【０１６６】
本明細書に開示される方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の腫瘍新生抗原に対して、対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大していることから選択される。
【０１６７】
本明細書に開示される方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の腫瘍新生抗原に対して、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大していることから選択され、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
【０１６８】
本明細書に開示される方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の腫瘍新生抗原に対して、中枢性寛容または末梢性寛容により阻害される尤度が減少していることから選択される。
【０１６９】
本明細書に開示する方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれが１つ以上の別個の腫瘍新生抗原に対して、対象に正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少していることから選択される。
【０１７０】
本明細書に開示する方法はまた、新生抗原のサブセットを選択することを含んでもよく、新生抗原のサブセットは、それぞれがＡＰＣに対して腫瘍細胞において差次的に翻訳後修飾される尤度が減少していることから選択され、任意で、ＡＰＣは樹状細胞（ＤＣ）である。
【０１７１】
本明細書における方法の実施においては、特に断らない限り、当該技術分野における技能の範囲内のタンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術及び薬理学の従来の方法を使用する。かかる技術は文献に充分な説明がなされている。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ  ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ  ａｎｄ  Ｎ．Ｋａｐｌａｎ  ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ  ａｎｄ  Ｓｕｎｄｂｅｒｇ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３ｒｄ  Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ  Ａ  ａｎｄ  Ｂ（１９９２）を参照されたい。
【０１７２】
ＩＩＩ．新生抗原における腫瘍特異的変異の特定
また、ある特定の変異（例えば、がん細胞中に存在する変異またはアレル）の特定のための方法も、本明細書に開示する。特に、これらの変異は、がんを有する対象のがん細胞のゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、またはエクソーム中に存在し得るが、対象由来の正常組織には存在し得ない。腫瘍に特異的な、共有新生抗原を含む抗原を同定するための具体的な方法は当業者には周知のものであり、こうした方法は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０１７３】
腫瘍における遺伝子変異は、それらが腫瘍において排他的にタンパク質のアミノ酸配列における変更をもたらす場合、腫瘍の免疫学的ターゲティングに有用と考えることができる。有用な変異は、以下を含む：（１）タンパク質において異なるアミノ酸をもたらす非同義変異；（２）Ｃ末端に新規の腫瘍特異的配列を有する、より長いタンパク質の翻訳をもたらす、終止コドンが修飾されているかまたは欠失しているリードスルー変異；（３）成熟ｍＲＮＡにおけるイントロンの包含、したがって固有の腫瘍特異的タンパク質配列をもたらす、スプライス部位変異；（４）２種類のタンパク質の接合部に腫瘍特異的配列を有するキメラタンパク質を生じる、染色体再編成（すなわち、遺伝子融合）；（５）新規の腫瘍特異的タンパク質配列を有する新たなオープンリーディングフレームをもたらす、フレームシフト変異または欠失。変異はまた、非フレームシフト挿入欠失、ミスセンスもしくはナンセンス置換、スプライス部位変化、ゲノム再編成もしくは遺伝子融合、または、新生ＯＲＦを生じる任意のゲノム変化もしくは発現変化のうちの１つ以上も含むことができる。
【０１７４】
例えば、腫瘍細胞におけるスプライス部位、フレームシフト、リードスルー、または遺伝子融合の変異から生じた、変異を有するペプチドまたは変異したポリペプチドは、腫瘍対正常細胞において、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質をシークエンシングすることによって特定することができる。
【０１７５】
また、変異は、以前に特定された腫瘍特異的変異を含むことができる。公知の腫瘍変異は、Ｃａｔａｌｏｇｕｅ  ｏｆ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＣＯＳＭＩＣ）データベースで見出すことができる。
【０１７６】
様々な方法を、個体のＤＮＡまたはＲＮＡにおいて特定の変異またはアレルの存在を検出するために利用可能である。この分野における進歩は、正確で、容易な、かつ安価な大規模ＳＮＰ遺伝子型判定を提供している。例えば、動的アレル特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）、マイクロプレートアレイ対角線ゲル電気泳動（ＭＡＤＧＥ）、パイロシークエンシング、オリゴヌクレオチド特異的ライゲーション、ＴａｑＭａｎシステム、及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰチップなどの種々のＤＮＡ「チップ」技術を含むいくつかの技法が、記載されている。これらの方法は、典型的にはＰＣＲによる、標的遺伝子領域の増幅を利用する。さらに他の方法は、侵襲性切断による小さなシグナル分子の生成及びその後の質量分析、または、固定化されたパッドロックプローブ及びローリングサークル増幅に基づく。特異的な変異を検出するための、当技術分野において公知の方法のいくつかを、下記に要約する。
【０１７７】
ＰＣＲベースの検出手段は、多数のマーカーの多重増幅を同時に含むことができる。例えば、サイズがオーバーラップせず、同時に解析することができるＰＣＲ産物を生成するようにＰＣＲプライマーを選択することが、当技術分野において周知である。あるいは、差次的にラベル化され、したがって、各々を差次的に検出することができるプライマーで異なるマーカーを増幅することが可能である。当然、ハイブリダイゼーションベースの検出手段により、試料における複数のＰＣＲ産物の差次的な検出が可能になる。複数のマーカーの多重解析を可能にする他の技法が、当技術分野において公知である。
【０１７８】
いくつかの方法が、ゲノムＤＮＡまたは細胞ＲＮＡにおける単一ヌクレオチド多型の解析を容易にするために開発されている。例えば、一塩基多型は、例えば、Ｍｕｎｄｙ，Ｃ．Ｒ．（米国特許第４，６５６，１２７号）において開示されているような、特化されたエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチドを用いることによって検出することができる。この方法にしたがって、多型部位のすぐ３’のアレル配列に対して相補的なプライマーを、特定の動物またはヒトから取得された標的分子に対してハイブリダイズさせる。標的分子上の多型部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチド誘導体に対して相補的であるヌクレオチドを含有する場合、その誘導体は、ハイブリダイズされたプライマーの末端上に組み込まれる。そのような組み込みのために、プライマーはエキソヌクレアーゼに対して抵抗性になり、それによりその検出が可能になる。試料のエキソヌクレアーゼ抵抗性誘導体の同一性は既知であるため、プライマーがエキソヌクレアーゼに対して抵抗性になったという知見により、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドが、反応において使用されたヌクレオチド誘導体のものに対して相補的であることが明らかになる。この方法は、多量の外来性配列データの決定を必要としないという利点を有する。
【０１７９】
多型部位のヌクレオチドの同一性を決定するために、溶液ベースの方法を使用することができる（Ｃｏｈｅｎ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（フランス国特許第２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）。米国特許第４，６５６，１２７号のＭｕｎｄｙの方法におけるように、多型部位のすぐ３’のアレル配列に対して相補的であるプライマーを使用する。この方法は、多型部位のヌクレオチドに対して相補的である場合は、プライマーの末端上に組み込まれるようになる、ラベル化ジデオキシヌクレオチド誘導体を用いて、その部位のヌクレオチドの同一性を決定する。
【０１８０】
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂｉｔ  ＡｎａｌｙｓｉｓまたはＧＢＡとして公知である代替的な方法が、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．（ＰＣＴ出願第９２／１５７１２号）により記載されている。Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．の方法は、ラベル化ターミネーターと、多型部位の３’の配列に対して相補的であるプライマーとの混合物を使用する。組み込まれたラベル化ターミネーターは、評価される標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドによって決定され、かつそれに相補的である。Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（フランス国特許第２，６５０，８４０号；ＰＣＴ出願第ＷＯ９１／０２０８７号）の方法とは対照的に、Ｇｏｅｌｅｔ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．の方法は、プライマーまたは標的分子が固相に固定化される、不均一相アッセイであることができる。
【０１８１】
ＤＮＡにおいて多型部位をアッセイするための、いくつかのプライマーガイドヌクレオチド組み込み手順が、記載されている（Ｋｏｍｈｅｒ，Ｊ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１７：７７７９−７７８４（１９８９）；Ｓｏｋｏｌｏｖ，Ｂ．Ｐ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：３６７１（１９９０）；Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８：６８４−６９２（１９９０）；Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ，Ｍ．Ｎ．ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．）８８：１１４３−１１４７（１９９１）；Ｐｒｅｚａｎｔ，Ｔ．Ｒ．ｅｔ  ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１：１５９−１６４（１９９２）；Ｕｇｏｚｚｏｌｉ，Ｌ．ｅｔ  ａｌ．，ＧＡＴＡ  ９：１０７−１１２（１９９２）；Ｎｙｒｅｎ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０８：１７１−１７５（１９９３））。これらの方法は、それらが、多型部位で塩基間を識別するためにラベル化デオキシヌクレオチドの組み込みを利用する点で、ＧＢＡとは異なる。そのような形式において、シグナルは、組み込まれたデオキシヌクレオチドの数に比例するため、同じヌクレオチドのランにおいて起こる多型は、ランの長さに比例するシグナルを結果としてもたらすことができる（Ｓｙｖａｎｅｎ，Ａ．−Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．，Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５２：４６−５９（１９９３））。
【０１８２】
数多くのイニシアティブは、ＤＮＡまたはＲＮＡの何百万もの個々の分子から並行して直接、配列情報を取得する。リアルタイムの単一分子の合成によるシークエンシング技術は、シークエンシングされる鋳型に対して相補的であるＤＮＡの新生鎖の中に組み込まれる際の、蛍光ヌクレオチドの検出に依拠する。１つの方法において、長さが３０〜５０塩基のオリゴヌクレオチドを、ガラスのカバーガラスに、５’端で共有結合性に固着させる。これらの固着した鎖は、２つの機能を果たす。第１に、それらは、鋳型が、表面結合オリゴヌクレオチドに対して相補的な捕捉尾部を有して構成されている場合に、標的鋳型鎖の捕捉部位として作用する。それらはまた、配列読み取りの基礎を形成する、鋳型指向性プライマー伸長のためのプライマーとしても作用する。捕捉プライマーは、複数サイクルの合成、検出、及び、色素を除去するための色素−リンカーの化学的切断を用いた、配列決定のための、固定された位置部位として機能する。各サイクルは、ポリメラーゼ／ラベル化ヌクレオチド混合物の添加、リンス、画像化、及び色素の切断からなる。代替的な方法において、ポリメラーゼは、蛍光ドナー分子で修飾されてスライドガラス上に固定化され、他方、各ヌクレオチドは、γ−ホスファートに付着したアクセプター蛍光部分で色分けされている。ヌクレオチドが、新規の鎖の中に組み込まれるようになる際に、システムが、蛍光タグ付加されたポリメラーゼと蛍光修飾されたヌクレオチドとの間の相互作用を検出する。他の合成によるシークエンシング技術もまた、存在する。
【０１８３】
任意の適している合成によるシークエンシングプラットフォームを、変異を特定するために使用することができる。上記のように、４種類の主要な合成によるシークエンシングプラットフォームを、現在利用可能である：Ｒｏｃｈｅ／４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓより販売されるＧｅｎｏｍｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａより販売される１Ｇ  Ａｎａｌｙｚｅｒ、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓより販売されるＳＯＬｉＤシステム、及びＨｅｌｉｃｏｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓより販売されるＨｅｌｉｓｃｏｐｅシステム。合成によるシークエンシングプラットフォームはまた、Ｐａｃｉｆｉｃ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ及びＶｉｓｉＧｅｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによっても記載されている。いくつかの実施形態において、シークエンシングされる多数の核酸分子は、支持体（例えば、固体支持体）に結合している。核酸を支持体上に固定化するために、捕捉配列／万能プライミング部位を、鋳型の３’端及び／または５’端に付加することができる。核酸は、支持体に共有結合性に付着した相補的配列に対して捕捉配列をハイブリダイズすることによって、支持体に結合させることができる。捕捉配列（万能捕捉配列とも呼ばれる）は、万能プライマーとして二重に働き得る、支持体に付着した配列に対して相補的な核酸配列である。
【０１８４】
捕捉配列に対する代替物として、カップリングペア（例えば、抗体／抗原、受容体／リガンド、または、例えば米国特許出願第２００６／０２５２０７７号に記載されているようなアビジン−ビオチンペアなど）のメンバーを、各断片に連結させて、そのカップリングペアのそれぞれの第２のメンバーでコーティングされた表面上に捕捉させることができる。
【０１８５】
捕捉に続いて、配列を、例えば、鋳型依存性の合成によるシークエンシングを含む、例えば、実施例及び米国特許第７，２８３，３３７号に記載されているような、単一分子検出／シークエンシングによって解析することができる。合成によるシークエンシングにおいて、表面に結合した分子は、ポリメラーゼの存在下で、多数のラベル化ヌクレオチド三リン酸に曝露される。鋳型の配列は、成長する鎖の３’端の中に組み込まれるラベル化ヌクレオチドの順序によって決定される。これは、リアルタイムで行うことができ、ステップ・アンド・リピートモードで行うことができる。リアルタイム解析のために、各ヌクレオチドに対して異なる光ラベルを組み込むことができ、複数のレーザーを、組み込まれたヌクレオチドの刺激のために利用することができる。
【０１８６】
シークエンシングはまた、他の大規模並列処理シークエンシング、または次世代シークエンシング（ＮＧＳ）技法及びプラットフォームも含むことができる。大規模並列処理シークエンシング技法及びプラットフォームの追加的な例は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑまたはＭｉＳｅｑ、ＴｈｅｒｍｏＰＧＭまたはＰｒｏｔｏｎ、Ｐａｃ  Ｂｉｏ  ＲＳ  ＩＩまたはＳｅｑｕｅｌ、ＱｉａｇｅｎのＧｅｎｅ  Ｒｅａｄｅｒ、及びＯｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ  ＭｉｎＩＯＮである。追加的な類似した現在の大規模並列処理シークエンシング技術、及びこれらの技術の将来世代を、使用することができる。
【０１８７】
任意の細胞タイプまたは組織を利用して、本明細書に記載した方法における使用のための核酸試料を取得することができる。例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ試料を、腫瘍または体液、例えば、公知の技法（例えば、静脈穿刺）によって取得された血液、もしくは唾液から取得することができる。あるいは、核酸試験を、乾燥試料（例えば、髪または皮膚）に対して行うことができる。加えて、試料を、シークエンシングのために腫瘍から取得することができ、別の試料を、正常組織が腫瘍と同じ組織タイプのものである場合に、シークエンシングのために正常組織から取得することができる。試料を、シークエンシングのために腫瘍から取得することができ、別の試料を、正常試料が腫瘍とは別個の組織タイプのものである場合に、シークエンシングのために正常組織から取得することができる。
【０１８８】
腫瘍は、肺がん、黒色腫、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、及びＴ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんのうちの１つ以上を含むことができる。
【０１８９】
あるいは、タンパク質質量分析を使用して、腫瘍細胞上のＭＨＣタンパク質に結合した変異したペプチドの存在を特定または実証することができる。ペプチドは、腫瘍細胞から、または腫瘍から免疫沈降させたＨＬＡ分子から酸溶出することができ、次いで、質量分析を用いて特定することができる。
【０１９０】
ＩＶ．抗原
抗原は、ヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを含むことができる。例えば、抗原は、ポリペプチド配列をコードするＲＮＡ配列であることができる。ワクチンにおいて有用な抗原は、したがって、ヌクレオチド配列またはポリペプチド配列を含むことができる。
【０１９１】
本明細書に開示する方法によって特定された腫瘍特異的変異を含む単離されたペプチド、公知の腫瘍特異的変異を含むペプチド、及び、本明細書に開示する方法によって特定された変異ポリペプチドまたはその断片を、本明細書に開示する。新生抗原ペプチドは、新生抗原が関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む場合に、それらのコード配列の文脈において記載することができる。
【０１９２】
本明細書はまた、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチド、例えば、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来するペプチドも開示する。抗原性ペプチドが由来し得る適当なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースに見出すことができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報をキュレートしたものである。ペプチドは、腫瘍特異的変異を含む。
【０１９３】
抗原ヌクレオチド配列によってコードされる１つ以上のポリペプチドは、以下のうちの少なくとも１つを含むことができる：１０００ｎＭ未満のＩＣ５０値でのＭＨＣとの結合親和性、ＭＨＣクラスＩペプチドについてはアミノ酸８〜１５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の長さ、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及び、ＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在、ＭＨＣクラスＩＩのポリペプチドについてはアミノ酸６〜３０個、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８，１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０個の長さ、細胞外もしくはリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシン）によるペプチド促進切断部位またはＨＬＡ−ＤＭにより触媒されるＨＬＡ結合部位内またはその近くの配列モチーフの存在。
【０１９４】
１つ以上の抗原は、腫瘍の表面上に存在することができる。
【０１９５】
１つ以上の抗原は、腫瘍を有する対象において免疫原性であることができ、例えば、対象においてＴ細胞応答またはＢ細胞応答を惹起することができ得る。
【０１９６】
対象において自己免疫応答を誘導する１つ以上の抗原は、腫瘍を有する対象のためのワクチン生成の文脈において、考察から排除することができる。
【０１９７】
少なくとも１つの抗原性ペプチド分子のサイズは、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約３１個、約３２個、約３３個、約３４個、約３５個、約３６個、約３７個、約３８個、約３９個、約４０個、約４１個、約４２個、約４３個、約４４個、約４５個、約４６個、約４７個、約４８個、約４９個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１１０個、約１２０個、またはそれよりも多いアミノ分子残基、及びこれらの範囲から導出される任意の範囲を含むことができるが、それらに限定されない。具体的な実施形態において、抗原性ペプチド分子は、アミノ酸５０個以下である。
【０１９８】
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩについては長さが１５残基以下で、通常約８〜約１１残基からなり、特に９または１０残基であることができ；ＭＨＣクラスＩＩについては、６〜３０残基であることができる。
【０１９９】
望ましい場合、より長いペプチドを、いくつかのやり方において設計することができる。１つの例において、ＨＬＡアレル上のペプチドの提示尤度が予測されるかまたは公知である場合、より長いペプチドは、（１）各々の対応する遺伝子産物のＮ末端及びＣ末端に向かって２〜５アミノ酸の伸長を有する個々の提示されるペプチド；（２）各々について伸長した配列を有する、提示されるペプチドのいくつかまたはすべての連鎖のいずれかからなることができる。別の例において、シークエンシングにより、腫瘍中に存在する長い（１０残基より長い）新生エピトープ配列（例えば、新規のペプチド配列をもたらすフレームシフト、リードスルー、またはイントロンの包含による）が明らかになる場合、より長いペプチドは、（３）新規の腫瘍特異的アミノ酸のストレッチ全体からなることになり、したがって、最強のＨＬＡに提示されるより短いペプチドの計算的なまたはインビトロ試験ベースの選択の必要を回避する。いずれの例においても、より長いペプチドの使用によって、患者細胞による内因性のプロセシングが可能になり、より有効な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導がもたらされ得る。
【０２００】
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質上に提示されることができる。いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、野生型ペプチドよりも強い親和性でＨＬＡタンパク質上に提示される。いくつかの態様において、新生抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも１０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも２５０ｎＭ未満、少なくとも２００ｎＭ未満、少なくとも１５０ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満、またはそれよりも小さいＩＣ５０を有することができる。
【０２０１】
いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された場合に、自己免疫応答を誘導せず、及び／または免疫寛容を引き起こさない。
【０２０２】
また、少なくとも２種類以上の抗原性ペプチドを含む組成物も提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも２種類の異なるペプチドを含有する。少なくとも２種類の異なるペプチドは、同じポリペプチドに由来することができる。異なるポリペプチドとは、ペプチドが、長さ、アミノ酸配列、またはその両方において異なることを意味する。ペプチドは、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で発現が変化していることが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチド、例えば、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織中で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する腫瘍特異的変異またはペプチドを含むことが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドに由来する。抗原性ペプチドが由来し得る適当なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースまたはＡＡＣＲ  ＧＥＮＩＥ（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  Ｎｅｏｐｌａｓｉａ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｅｘｃｈａｎｇｅ）データベースに見出すことができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報をキュレートしたものである。ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥは、数万人のがん患者からの臨床成績を用いた臨床グレードのがんゲノムデータを集約及びリンクしたものである。ペプチドは、腫瘍特異的変異を含有する。いくつかの態様において、腫瘍特異的変異は、特定のがんタイプについてのドライバー変異である。
【０２０３】
望ましい活性または性質を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドは、望ましいＭＨＣ分子に結合して適切なＴ細胞を活性化する非改変ペプチドの生物学的活性を増大させるかまたは実質的にそのすべてを少なくとも保持しつつ、特定の望ましい属性、例えば、改善された薬理学的特徴を与えるように改変することができる。例として、抗原性ペプチド及びポリペプチドを、保存的または非保存的のいずれかの置換などの、種々の改変にさらに供することができ、そのような改変は、改善されたＭＨＣ結合、安定性、または提示などの、それらの使用におけるある特定の利点を提供し得る。保存的置換とは、アミノ酸残基を、生物学的及び／または化学的に類似している別のもので、例えば、１つの疎水性残基を別の疎水性残基、または１つの極性残基を別の極性残基で置き換えることを意味する。置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒなどの組み合わせを含む。単一アミノ酸置換の効果はまた、Ｄ−アミノ酸を用いて探査してもよい。そのような改変は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３２：３４１−３４７（１９８６），Ｂａｒａｎｙ  ＆  Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ｇｒｏｓｓ  ＆  Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，ｅｄｓ．（Ｎ．Ｙ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ），ｐｐ．１−２８４（１９７９）；及びＳｔｅｗａｒｔ  ＆  Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．，Ｐｉｅｒｃｅ），２ｄ  Ｅｄ．（１９８４）に記載されているように、周知のペプチド合成手順を用いて行うことができる。
【０２０４】
種々のアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸でのペプチド及びポリペプチドの改変は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性の増大に特に有用である場合がある。安定性は多くの方法でアッセイすることができる。例として、ペプチダーゼ、ならびに、ヒト血漿及び血清などの種々の生物学的媒質が、安定性を試験するために使用されている。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ．１１：２９１−３０２（１９８６）を参照されたい。ペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを用いて好都合に決定することができる。プロトコールは、概して以下のようなものである。プールしたヒト血清（タイプＡＢ、非熱不活性化）を、使用前に遠心分離によって脱脂する。次いで、血清を、ＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチド安定性を試験するために使用する。あらかじめ決定された時間間隔で、少量の反応溶液を取り出して、６％水性トリクロロ酢酸またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）し、次いで、スピンして沈降血清タンパク質を沈殿させる。次いで、ペプチドの存在を、安定性特異的クロマトグラフィー条件を用いた逆相ＨＰＬＣによって決定する。
【０２０５】
ペプチド及びポリペプチドを、改善された血清半減期以外の望ましい属性を提供するために修飾することができる。例として、ＣＴＬ活性を誘導するペプチドの能力を、Ｔヘルパー細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列への連結によって増強することができる。免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結することができる。スペーサーは、典型的には、生理学的条件下で実質的に無電荷である、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの相対的に小さな中性分子から構成される。スペーサーは、典型的には、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または、非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意で存在するスペーサーは、同じ残基から構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが、理解されるであろう。存在する場合、スペーサーは、通常、少なくとも１または２残基、より通常は、３〜６残基であろう。あるいは、ペプチドを、スペーサーなしでＴヘルパーペプチドに連結することができる。
【０２０６】
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで、直接またはスペーサーを介してのいずれかでＴヘルパーペプチドに連結することができる。抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端を、アシル化することができる。例示的なＴヘルパーペプチドは、破傷風トキソイドの８３０〜８４３、インフルエンザの３０７〜３１９、マラリアスポロゾイトの周囲３８２〜３９８及び３７８〜３８９を含む。
【０２０７】
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技法を通したタンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドの発現、天然由来源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技法によって作製することができる。種々の遺伝子に対応する、ヌクレオチドならびにタンパク質、ポリペプチド及びペプチドの配列は、以前に開示されており、当業者に公知のコンピュータ処理されたデータベースで見出すことができる。１つのそのようなデータベースは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈのウェブサイトに位置する、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＧｅｎｂａｎｋ及びＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示する技法を用いて、または当業者に公知であるように、増幅及び／または発現させることができる。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの種々の商業的調製物が、当業者に公知である。
【０２０８】
さらなる態様において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を含む。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、例えば、ホスホロチオアートバックボーンを有するポリヌクレオチドなどの、ポリヌクレオチドの一本鎖及び／もしくは二本鎖、または天然形態もしくは安定化形態のいずれか、または、それらの組み合わせであることができ、イントロンを含有してもよく、または含有しなくてもよい。またさらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現することができる発現ベクターを提供する。様々な細胞タイプ用の発現ベクターが、当技術分野において周知であり、過度の実験なしで選択することができる。概して、ＤＮＡを、プラスミドなどの発現ベクター中に、発現のための適正な方向及び正確なリーディングフレームで挿入する。必要な場合は、ＤＮＡを、望ましい宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節性制御ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような制御は、概して発現ベクターにおいて利用可能である。次いで、ベクターを、標準的な技法を通して宿主中に導入する。手引きは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．において見出すことができる。
【０２０９】
Ｖ．ワクチン組成物
また、特異的な免疫応答、例えば、腫瘍特異的な免疫応答を生じることができる免疫原性組成物、例えば、ワクチン組成物も、本明細書に開示する。ワクチン組成物は、典型的に、例えば、本明細書に記載される方法を用いて選択された１つまたは多数の抗原を含む。ワクチン組成物はまた、ワクチンと呼ぶこともできる。
【０２１０】
ワクチンは、１〜３０種類のペプチド、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０種類の異なるペプチド、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、もしくは１４種類の異なるペプチド、または１２、１３、もしくは１４種類の異なるペプチドを含有することができる。ペプチドは、翻訳後修飾を含むことができる。ワクチンは、１〜１００種類もしくはそれよりも多いヌクレオチド配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００種類もしくはそれよりも多い異なるヌクレオチド配列、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、もしくは１４種類の異なるヌクレオチド配列、または１２、１３、もしくは１４種類の異なるヌクレオチド配列を含有することができる。ワクチンは、１〜３０種類の抗原配列、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００種類もしくはそれよりも多い異なる抗原配列、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、もしくは１４種類の異なる抗原配列、または１２、１３、もしくは１４種類の異なる抗原配列を含有することができる。
【０２１１】
一実施形態では、異なるペプチド及び／もしくはポリペプチド、またはそれらをコードするヌクレオチド配列は、ペプチド及び／またはポリペプチドが、異なるＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子などの異なるＭＨＣ分子と結合することができるように選択される。いくつかの態様において、１つのワクチン組成物は、最も頻繁に存在するＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができるペプチド及び／またはポリペプチドのコード配列を含む。したがって、ワクチン組成物は、少なくとも２種類の好ましい、少なくとも３種類の好ましい、または少なくとも４種類の好ましいＭＨＣクラスＩ分子及び／または異なるＭＨＣクラスＩＩ分子と結合することができる異なる断片を含むことができる。
【０２１２】
ワクチン組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、及び／または特異的なヘルパーＴ細胞応答を生じることができる。
【０２１３】
ワクチン組成物は、アジュバント及び／または担体をさらに含むことができる。有用なアジュバント及び担体の例を、本明細書の下記に示す。組成物は、例えば、タンパク質などの担体、または、例えば、Ｔ細胞に対してペプチドを提示することができる樹状細胞（ＤＣ）などの抗原提示細胞と結合することができる。
【０２１４】
アジュバントは、ワクチン組成物中へのその混合が、抗原に対する免疫応答を増大させるか、または別の方法で修飾する任意の物質である。担体は、抗原がそれに結合することができる足場構造、例えば、ポリペプチドまたは多糖であることができる。任意で、アジュバントは、共有結合性または非共有結合性にコンジュゲートされる。
【０２１５】
抗原に対する免疫応答を増大させるアジュバントの能力は、典型的に、免疫媒介性反応の有意なもしくは実質的な増大、または疾患症候の低減によって明示される。例えば、体液性免疫の増大は、典型的に、抗原に対して生じた抗体の力価の有意な増大によって明示され、Ｔ細胞活性の増大は、典型的に、細胞増殖、または細胞性細胞傷害、またはサイトカイン分泌の増大において明示される。アジュバントはまた、例えば、主として体液性またはＴｈ応答を、主として細胞性またはＴｈ応答へと変更することによって、免疫応答を変化させ得る。
【０２１６】
適しているアジュバントは、１０１８  ＩＳＳ、アラム、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、ＭｏｎｔａｎｉｄｅＩＳＡ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧマイクロ粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β−グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンに由来するＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ（Ａｑｕｉｌａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、マイコバクテリア抽出物及び合成細菌細胞壁模倣物、及びＲｉｂｉ’ｓ  Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどの他の専売アジュバントを含むが、それらに限定されない。不完全フロインドまたはＧＭ−ＣＳＦなどのアジュバントが、有用である。樹状細胞に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）及びそれらの調製物が、以前に記載されている（Ｄｕｐｕｉｓ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８；１８６（１）：１８−２７；Ａｌｌｉｓｏｎ  Ａ  Ｃ；Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３−１１）。また、サイトカインを使用することもできる。いくつかのサイトカインは、リンパ組織に対する樹状細胞の遊走への影響（例えば、ＴＮＦ−α）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟の加速化（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１、及びＩＬ−４）（具体的にその全体が参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第５，８４９，５８９号）、及び免疫アジュバントとしての作用（例えば、ＩＬ−１２）に直接結び付けられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ  Ｄ  Ｉ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  ＩｍｍｕｎｏｔｈｅｒＥｍｐｈａｓｉｓ  Ｔｕｍｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９６（６）：４１４−４１８）。
【０２１７】
ＣｐＧ免疫刺激性オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン設定においてアジュバントの効果を増強することが報告されている。ＴＬＲ  ７、ＴＬＲ  ８、及び／またはＴＬＲ  ９に結合するＲＮＡなどの他のＴＬＲ結合分子がまた、使用されてもよい。
【０２１８】
有用なアジュバントの他の例は、化学的に修飾されたＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、Ｐｏｌｙ（Ｉ：Ｃ）（例えば、ｐｏｌｙｉ：ＣＩ２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに、治療的に及び／またはアジュバントとして作用し得る、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、ＮＣＸ−４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフィニブ、ＸＬ−９９９、ＣＰ−５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びＳＣ５８１７５などの免疫活性小分子及び抗体を含むが、それらに限定されない。アジュバント及び添加物の量及び濃度は、当業者が過度の実験なしで容易に決定することができる。追加的なアジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）などのコロニー刺激因子を含む。
【０２１９】
ワクチン組成物は、１種類よりも多い異なるアジュバントを含むことができる。さらに、治療用組成物は、上記の任意またはそれらの組み合わせを含む、任意のアジュバント物質を含むことができる。ワクチン及びアジュバントを、任意の適切な配列において、一緒にまたは別々に投与できることもまた、企図される。
【０２２０】
担体（または賦形剤）は、アジュバントから独立して存在することができる。担体の機能は、例えば、活性または免疫原性を増大させるため、安定性を与えるため、生物学的活性を増大させるため、または血清半減期を増大させるために、特に変異体の分子量を増大させることであり得る。さらに、担体は、Ｔ細胞に対してペプチドを提示するのを助けることができる。担体は、当業者に公知の任意の適している担体、例えば、タンパク質または抗原提示細胞であることができる。担体タンパク質は、キーホールリンペットヘモシアニン、トランスフェリンなどの血清タンパク質、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、サイログロブリンもしくはオボアルブミン、免疫グロブリン、またはインスリンなどのホルモン、またはパルミチン酸であることができるが、それらに限定されない。ヒトの免疫化のためには、担体は概して、ヒトに許容されかつ安全な、生理学的に許容される担体である。しかし、破傷風トキソイド及び／またはジフテリアトキソイドは、適している担体である。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであることができる。
【０２２１】
細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は、無傷の外来抗原自体よりも、ＭＨＣ分子に結合したペプチドの形態において抗原を認識する。ＭＨＣ分子自体は、抗原提示細胞の細胞表面に位置する。したがって、ＣＴＬの活性化は、ペプチド抗原、ＭＨＣ分子、及びＡＰＣのトリマー複合体が存在する場合に可能である。対応して、ペプチドがＣＴＬの活性化のために使用される場合だけではなく、追加的にそれぞれのＭＨＣ分子を有するＡＰＣが添加される場合に、それは免疫応答を増強し得る。したがって、いくつかの実施形態において、ワクチン組成物は、追加的に、少なくとも１つの抗原提示細胞を含有する。
【０２２２】
抗原はまた、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１０，６１６−６２９を参照されたい）、または、第２、第３、もしくはハイブリッド第２／第３世代のレンチウイルス、及び特異的な細胞タイプもしくは受容体を標的とするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルスを含むがそれらに限定されないレンチウイルス（例えば、Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ  ｂｙ  Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ．（２０１１）２３９（１）：４５−６１、Ｓａｋｕｍａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃｔｏ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ．（２０１２）４４３（３）：６０３−１８、Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｓｃｕｅ  ｏｆ  ｓｐｌｉｃｉｎｇ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｎｔｒｏｎ  ｌｏｓｓ  ｍａｘｉｍｉｚｅｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  Ｃ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１５）４３（１）：６８２−６９０、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｌｆ−Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ  Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ  Ｖｅｃｔｏｒ  ｆｏｒ  Ｓａｆｅ  ａｎｄ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｉｎ  Ｖｉｖｏ  Ｇｅｎｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）７２（１２）：９８７３−９８８０を参照されたい）などの、ウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームに含めることもできる。上述のウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング能力に依存して、このアプローチは、１つ以上の新生抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、非変異配列が隣接していてもよく、リンカーによって隔てられていてもよく、または、細胞内区画を標的とする１つもしくは複数の配列が先行していてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｏｆ  ｍｅｌａｎｏｍａ  ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ  Ｍｅｄ．（２０１６）２２（４）：４３３−８、Ｓｔｒｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ  ｗｉｔｈ  ｄｏｎｏｒ−ｄｅｒｉｖｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）３５２（６２９１）：１３３７−４１、Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｕｔａｔｅｄ  ｃａｎｃｅｒ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ  ｂｙ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｄｕｒａｂｌｅ  ｔｕｍｏｒ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．（２０１４）２０（  １３）：３４０１−１０を参照されたい）。宿主中への導入時に、感染した細胞は、抗原を発現し、それにより、ペプチドに対する宿主免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を惹起する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ  ３５１：４５６−４６０（１９９１））に記載されている。抗原の治療的投与または免疫化に有用な、多種多様の他のワクチンベクター、例えば、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）ベクターなどが、本明細書における記載から当業者に明らかであろう。
【０２２３】
Ｖ．Ａ．抗原カセット
１つ以上の抗原の選択に用いられる方法、「カセット」のクローニング及び構築、ならびにウイルスベクターへのその挿入は本明細書に与えられる教示を考慮すれば当該技術分野の範囲内である。「抗原カセット」とは、選択された抗原または複数の抗原と、抗原（複数可）を転写し、転写産物を発現するために必要とされる他の調節エレメントとの組み合わせを意味する。抗原または複数の抗原は、転写を可能とするような形で調節要素と機能的に連結することができる。かかる要素としては、ウイルスベクターをトランスフェクトした細胞内で抗原（複数可）の発現を推進することができる従来の調節エレメントが挙げられる。したがって、抗原カセットは、抗原（複数可）に連結され、組換えベクターの選択されたウイルス配列内に他の任意選択的な調節エレメントと共に配置された選択されたプロモーターも含むことができる。
【０２２４】
有用なプロモーターは、構成性プロモーター、または発現させる抗原（複数可）の量を制御することが可能な調節された（誘導性）プロモーターであってよい。例えば、望ましいプロモーターとして、サイトメガロウイルス最初期プロモーター／エンハンサーのものがある［例えば、Ｂｏｓｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ，Ｃｅｌｌ，４１：５２１−５３０（１９８５）を参照］。別の望ましいプロモーターとしては、ラウス肉腫ウイルスＬＴＲプロモーター／エンハンサーが挙げられる。さらに別のプロモーター／エンハンサー配列は、ニワトリβアクチンプロモーターである［Ｔ．Ａ．Ｋｏｓｔ  ｅｔ  ａｌ，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１１（２３）：８２８７（１９８３）］。当業者であれば、他の適当な、または望ましいプロモーターも選択することができる。
【０２２５】
抗原カセットは、転写産物の効率的なポリアデニル化（ポリ（Ａ）、ポリＡまたはｐＡ）のためのシグナルを与える配列ならびに機能的スプライスドナー及びアクセプター部位を含むイントロンを含む、ウイルスベクター配列に対して異種の核酸配列も含み得る。本明細書の例示的なベクターに用いられる一般的なポリＡ配列は、パポバウイルスＳＶ−４０由来のものである。ポリＡ配列は、抗原ベースの配列の後で、ウイルスベクター配列の前にカセットに挿入することができる。一般的なイントロン配列もまたＳＶ−４０由来のものでよく、ＳＶ−４０Ｔイントロン配列と呼ばれる。抗原カセットは、プロモーター／エンハンサー配列と抗原（複数可）との間に位置するイントロンを含んでもよい。これら及び他の一般的なベクターエレメントの選択は従来のものであり［例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．”，２ｄ  ｅｄｉｔ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８９）及び本明細書に引用される参照文献を参照］、多くのかかる配列が商業的及び産業的供給元、ならびにＧｅｎｂａｎｋより入手可能である。
【０２２６】
抗原カセットは１つ以上の抗原を有することができる。例えば個、特定のカセットは、１〜１０個、１〜２０個、１〜３０個、１０〜２０個、１５〜２５個、１５〜２０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、またはそれよりも多くの抗原を含むことができる。抗原は互いに直接連結されてもよい。抗原はリンカーによって互いに連結されてもよい。抗原は、Ｎ〜ＣまたはＣ〜Ｎを含む、互いに対して任意の方向とすることができる。
【０２２７】
上記に述べたように、抗原カセットは、選択することができるものの中でもとりわけ、例えばＥ１遺伝子領域の欠失、またはＥ３遺伝子領域の欠失などのウイルスベクター内の任意の選択された欠失部位内に配置することができる。
【０２２８】
抗原カセットは、５’から３’にかけて各要素の順序付けられた配列を記述する下式を用いて記述することができる。
（Ｐａ−（Ｌ５ｂ−Ｎｃ−Ｌ３ｄ）Ｘ）Ｚ−（Ｐ２ｈ−（Ｇ５ｅ−Ｕｆ）Ｙ）Ｗ−Ｇ３ｇ
[式中、Ｐ及びＰ２は、プロモーターヌクレオチド配列を含み、Ｎは、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列を含み、Ｌ５は、５’リンカー配列を含み、Ｌ３は、３’リンカー配列を含み、Ｇ５は、アミノ酸リンカーをコードする核酸配列を含み、Ｇ３は、アミノ酸リンカーをコードする少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、Ｕは、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、ただし、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列である］。組成物及び順序付けられた配列は、存在する要素の数を選択することによってさらに定義することができ、例えば、ａ＝０または１である場合、ｂ＝０または１である場合、ｃ＝１である場合、ｄ＝０または１である場合、ｅ＝０または１である場合、ｆ＝１である場合、ｇ＝０または１である場合、ｈ＝０または１である場合、Ｘ＝１〜４００であり、Ｙ＝０、１、２、３、４または５であり、Ｚ＝１〜４００であり、かつＷ＝０、１、２、３、４または５である。
【０２２９】
１つの例では、存在する要素は、ａ＝０、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝０、Ｘ＝１０、Ｙ＝２、Ｚ＝１、かつＷ＝１であり、さらなるプロモーターが存在しない場合が記述される場合（すなわち、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列のみが存在する）、２０個のＭＨＣクラスＩエピトープが存在し、各Ｎについて５’リンカーが存在し、各Ｎについて３’リンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープを連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの５’末端を最後のＭＨＣクラスＩエピトープの３’リンカーに連結するリンカーが存在し、２個のＭＨＣクラスＩＩエピトープの３’末端をベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）に連結するリンカーが存在する。抗原カセットの３’末端の、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）との連結の例としては、３’の１９ｎｔのＣＳＥのような、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられる３’ＵＴＲ要素に直接連結することが挙げられる。抗原カセットの５’末端の、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）との連結の例としては、２６Ｓプロモーター配列、アルファウイルスの５’ＵＴＲ、５１ｎｔのＣＳＥ、または２４ｎｔのＣＳＥに直接連結することが挙げられる。
【０２３０】
他の例としては、ａ＝１であり、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外のプロモーターが存在する場合が記述される場合；ａ＝１かつＺが１よりも大きく、それぞれが１つ以上の異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列の発現をもたらす、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列以外の複数のプロモーターが存在する場合；ｈ＝１であり、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の発現をもたらす別のプロモーターが存在することが記述される場合；及び、ｇ＝０であり、ＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列（存在する場合）がベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）に直接連結される場合などが挙げられる。
【０２３１】
他の例としては、存在する各ＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーを有する、３’リンカーを有する、どちらも有さない、または両方を有する場合が挙げられる。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが、５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
【０２３２】
複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在する例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカー及び３’リンカーの両方を有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。複数のＭＨＣクラスＩＩエピトープが同じ抗原カセット内に存在するその他の例では、一部のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーのどちらかを有してよく、他のＭＨＣクラスＩＩエピトープが５’リンカーまたは３’リンカーを有するか、またはどちらも有さなくてもよい。
【０２３３】
プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と同じであってよい。例えば、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーター配列であるＰｎ及びＰ２が、それぞれ２６Ｓのサブゲノミックプロモーターを含むことができる。プロモーターヌクレオチド配列Ｐ及び／またはＰ２は、ベクター骨格（例えば、アルファウイルス骨格などのウイルス骨格）によって与えられるプロモーターヌクレオチド配列と異なっていてもよく、また、互いと異なっていてもよい。
【０２３４】
５’リンカーＬ５は、天然配列または非天然配列であってよい。非天然配列としては、これらに限定されるものではないが、ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰが挙げられる。３’リンカーＬ３もまた、天然配列または非天然配列であってよい。さらに、Ｌ５及びＬ３は、いずれも天然配列であってよく、いずれも非天然配列であってよく、または一方が天然で他方が非天然であってもよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーは、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｘについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
【０２３５】
各Ｙについて、アミノ酸リンカーＧ５は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。各Ｙについて、アミノ酸リンカーはまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
【０２３６】
アミノ酸リンカーＧ３は、アミノ酸２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、またはそれ以上の長さであってよい。Ｇ３はまた、アミノ酸が少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さであってもよい。
【０２３７】
各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードすることができる。各Ｘについて、各Ｎは、アミノ酸５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、または３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。各Ｘについて、各Ｎはまた、アミノ酸が、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、または少なくとも３０個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードしてもよい。
【０２３８】
Ｖ．Ｂ．免疫チェックポイント
本明細書に記載されるベクター、例えば本明細書に記載されるＣ６８ベクター、または本明細書に記載されるアルファウイルスベクターは少なくとも１つの抗原をコードする核酸を含むことができ、また、同じまたは別のベクターが、免疫チェックポイント分子に結合してその活性を遮断する少なくとも１つの免疫調節因子（例えばｓｃＦｖなどの抗体）をコードする核酸を含むことができる。ベクターは、抗原カセットと、チェックポイント阻害剤をコードする１つ以上の核酸分子とを含むことができる。
【０２３９】
遮断または阻害するための標的となり得る例示的な免疫チェックポイント分子としては、これらに限定されるものではないが、ＣＴＬＡ−４、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４−１ＢＢＬ（ＣＤ１３７Ｌ）、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４（ＣＤ２ファミリーの分子に属し、すべてのＮＫ、γδ、及びメモリーＣＤ８＋（αβ）Ｔ細胞で発現する）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５とも呼ばれる）、及びＣＧＥＮ−１５０４９が挙げられる。免疫チェックポイント阻害剤には、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、及びＣＧＥＮ−１５０４９の１つ以上に結合してその活性を遮断または阻害する抗体、またはその抗原結合フラグメント、または他の結合タンパク質が挙げられる。例示的な免疫チェックポイント阻害剤としては、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ−４遮断抗体）、抗ＯＸ４０、ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体（抗Ｂ７−Ｈ１；ＭＥＤＩ４７３６）、イピリムマブ、ＭＫ−３４７５（ＰＤ−１ｂｌｏｃｋｅｒ）、ニボルマブ（抗ＰＤ１抗体）、ＣＴ−０１１（抗ＰＤ１抗体）、ＢＹ５５モノクローナル抗体、ＡＭＰ２２４（抗ＰＤＬ１抗体）、ＢＭＳ−９３６５５９（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＰＬＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（抗ＰＤＬ１抗体）、及びヤーボイ／イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ−４チェックポイント阻害剤）が挙げられる。抗体をコードする配列は、当該技術分野における通常の技能を用いて、Ｃ６８などのベクターに、操作により組み込むことができる。例示的な方法の１つが、あらゆる目的で参照により本明細書に援用する、Ｆａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｔａｂｌｅ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｌｅｖｅｌｓ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ２Ａ  ｐｅｐｔｉｄｅ．Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００５  Ｍａｙ；２３（５）：５８４−９０．Ｅｐｕｂ  ２００５  Ａｐｒ  １７；に記載されている。
【０２４０】
抗原コードカセットと同じベクターシステムにコードされる免疫調節物質（例えば、抗ＣＴＬＡ４抗体または抗ＰＤ１抗体などのチェックポイント阻害剤抗体）は、免疫調節物質をコードする核酸配列が抗原コード核酸配列（複数可）と同じ転写産物の一部として転写されるようにコードされてもよい。さらなる要素を、抗原及び免疫調節物質の両方の翻訳を可能とする核酸配列カセットに組み込むことができる。例えば、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）を用いて、抗原及び免疫調節物質（複数可）をコードする配列を隔てることができ、それにより抗原と免疫調節物質（複数可）とを別々に翻訳させることができる。別の例では、自己切断２Ａペプチドをコードする配列を抗原と免疫調節物質（複数可）との間に組み込むことができ、それにより抗原及び免疫調節物質（複数可）を同じタンパク質の一部として翻訳させた後、２Ａペプチドを切断することで抗原と免疫調節物質（複数可）の別々のタンパク質を得ることができる。これらの例は限定を意味するものではなく、ＩＲＥＳ配列と２Ａペプチドコード配列の両方を用いるなど、複数の要素を組み合わせて抗原と免疫調節物質（複数可）の共発現を促進することができる点も理解されよう。さらに、フーリン切断部位コード配列を２Ａペプチドコード配列の５’側に組み込むことができる。フーリン切断部位により、自己切断後の２Ａペプチドを除去することができる。
【０２４１】
抗原と免疫調節物質（複数可）が同じ転写産物にコードされる例では、抗原と免疫調節物質の順序は任意の順序とすることができる。例えば、抗原と免疫調節物質とを隔てるためにＩＲＥＳ配列を用いる場合では、５’から３’にかけての順序は、抗原−ＩＲＥＳ−免疫調節物質の方向、または免疫調節物質−ＩＲＥＳ−抗原の方向のいずれであってもよい。
【０２４２】
さらに、抗原コードカセットと同じベクターシステムにコードされる免疫調節物質は、免疫調節物質をコードする核酸配列が、抗原コード核酸配列（複数可）と異なる転写産物上に転写されるようにコードすることもできる。例えば、免疫調節物質と抗原コード核酸配列（複数可）の転写を独立して駆動するために別々のプロモーターを組み込むことができる。別々のプロモーターは同じであっても異なるプロモーターであってもよく、それぞれ、誘導性または構成性のプロモーターとすることができる。例示的なプロモーター配列としては、これらに限定されるものではないが、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ−１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＭＣＫ、ＨＳＡ、及びＥＢＶプロモーター配列が挙げられる。別の例では、抗原コード核酸カセットと、免疫調節物質をコードする核酸配列とは、それぞれ独立して転写されるように、同じウイルスベクターの、欠失領域を含む異なる領域に挿入することができる。別の例では、Ｅ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターの欠失させたＥ１領域に発現カセットを導入したベクターを設計し、欠失させたＥ３領域に免疫チェックポイント阻害剤を導入する。
【０２４３】
Ｖ．Ｃ．ワクチン設計及び製造のさらなる考慮事項
Ｖ．Ｃ．１．すべての腫瘍サブクローンをカバーするペプチドのセットの決定
すべてのまたは大部分の腫瘍サブクローンによって提示されるものを意味するトランカルペプチド（ｔｒｕｎｃａｌ  ｐｅｐｔｉｄｅ）が、ワクチン中への包含について優先される５３。任意で、高い確率で提示されかつ免疫原性であることが予測されるトランカルペプチドがない場合、または、高い確率で提示されかつ免疫原性であることが予測されるトランカルペプチドの数が、追加的な非トランカルペプチドをワクチンに含めることができるほど少ない場合には、腫瘍サブクローンの数及び同一性を推定すること、及びワクチンによってカバーされる腫瘍サブクローンの数を最大化するようにペプチドを選ぶことによって、さらなるペプチドを優先順位付けすることができる５４。
【０２４４】
Ｖ．Ｃ．２．抗原の優先順位決定
上記の抗原フィルターのすべてを適用した後、ワクチン技術が対応できるよりも多くの候補抗原が、依然としてワクチン包含に利用可能である可能性がある。追加的に、抗原解析の種々の態様についての不確定度が残っている可能性があり、候補ワクチン抗原の様々な性状の間にトレードオフが存在する可能性がある。したがって、選択プロセスの各段階でのあらかじめ決定されたフィルターの代わりに、少なくとも以下の軸を有する空間に候補抗原を置き、積分アプローチを用いて選択を最適化する、積分多次元モデルを考えることができる。
１．  自己免疫または寛容のリスク（生殖細胞系列のリスク）（より低い自己免疫のリスクが、典型的に好ましい）
２．  シークエンシングアーチファクトの確率（より低いアーチファクトの確率が、典型的に好ましい）
３．  免疫原性の確率（より高い免疫原性の確率が、典型的に好ましい）
４．  提示の確率（より高い提示の確率が、典型的に好ましい）
５．  遺伝子発現（より高い発現が、典型的に好ましい）
６．  ＨＬＡ遺伝子のカバレッジ（抗原のセットの提示に関与する、より多い数のＨＬＡ分子は、腫瘍が、ＨＬＡ分子の下方制御または変異を介して免疫攻撃を回避するであろう確率を低くする可能性がある）
７．ＨＬＡクラスのカバレッジ（ＨＬＡ−Ｉ及びＨＬＡ−ＩＩの両方をカバーすることで、治療応答の確率が高まり、腫瘍の免疫回避の確率が低くなる可能性がある）
【０２４５】
さらに、場合によっては、抗原が患者の腫瘍のすべてまたは一部において喪失するかまたは不活性化されたＨＬＡアレルによって提示されることが予想される場合には、これらの新生抗原のワクチン接種における優先順位を下げる（例えば除外）することができる。ＨＬＡアレルの喪失は、体細胞変異、ヘテロ接合性の喪失、または遺伝子座のホモ接合欠失のいずれかによって生じ得る。ＨＬＡアレルの体細胞変異の検出方法は当該技術分野では周知のものである（例えば、Ｓｈｕｋｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。体細胞ＬＯＨ及びホモ接合欠失（ＨＬＡ遺伝子座を含む）の検出方法についても同様に述べられている（Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；ＭｃＧｒａｎａｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１７；Ｖａｎ  Ｌｏｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。抗原は、質量分析データが、予測された抗原が予測されたＨＬＡアレルによって提示されないことを示す場合には優先順位付けを外してもよい。
【０２４６】
Ｖ．Ｄ．アルファウイルス
Ｖ．Ｄ．１．アルファウイルスの生物学
アルファウイルスは、トガウイルス科のメンバーであり、一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスである。メンバーは、一般的に、シンドビス、ロスリバー、マヤロ、チクングニア、及びセムリキ森林ウイルスなどの旧世界型、または、東部ウマ脳炎ウイルス、アウラ、フォートモルガン、もしくはベネズエラウマ脳炎ウイルス及びその誘導株ＴＣ−８３などの新世界型に分類される（Ｓｔｒａｕｓｓ Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  １９９４）。天然のアルファウイルスゲノムは、通常、長さ約１２ｋｂであり、その最初の２／３は、ウイルスゲノムを自己複製するためのＲＮＡ複製複合体を形成する非構造タンパク質（ｎｓＰ）をコードする遺伝子を含んでおり、最後の１／３は、ビリオンを産生するための構造タンパク質をコードするサブゲノム発現カセットを含んでいる（Ｆｒｏｌｏｖ  ＲＮＡ  ２００１）。
【０２４７】
アルファウイルスのモデル生活環は、複数の異なるステップを含む（Ｓｔｒａｕｓｓ  Ｍｉｃｒｏｂｒｉａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  １９９４，Ｊｏｓｅ  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ２００９）。宿主細胞にウイルスが吸着した後、ビリオンが細胞内区画内の膜と融合し、最終的にゲノムＲＮＡをサイトゾル中に放出する。プラス鎖の向きを有し、５’末端のメチルグアニル酸キャップ及び３’末端のポリＡテールを有するゲノムＲＮＡは、翻訳されて非構造タンパク質ｎｓＰ１−４を生成し、これが複製複合体を形成する。感染初期には、プラス鎖はこの複合体によってマイナス鎖の鋳型に複製される。現在のモデルでは、複製複合体は感染が進行するにつれてさらにプロセシングされ、生じたプロセス後の複合体はマイナス鎖の完全長プラス鎖ゲノムＲＮＡ及び構造遺伝子を含む２６Ｓのサブゲノムプラス鎖ＲＮＡへの転写に切り替わる。アルファウイルスのいくつかの保存配列エレメント（ＣＳＥ）が、マイナス鎖鋳型からのプラス鎖ＲＮＡの複製における５’ＵＴＲの相補体、ゲノム鋳型からのマイナス鎖合成の複製における５１ｎｔのＣＳＥ、マイナス鎖からのサブゲノムＲＮＡの転写におけるｎｓＰと２６Ｓ  ＲＮＡとのジャンクション領域内の２４ｎｔのＣＳＥ、及び、プラス鎖鋳型からのマイナス鎖合成における３’末端の１９ｎｔのＣＳＥを含む様々なＲＮＡ複製ステップにおいて潜在的に一定の役割を担っているものとして同定されている。
【０２４８】
ウイルスの自然の生活環では、異なるＲＮＡ種の複製後、ウイルス粒子が通常、アセンブルされる。２６Ｓ  ＲＮＡは翻訳され、生じたタンパク質はさらにプロセシングされて、カプシドタンパク質、糖タンパク質Ｅ１及びＥ２、ならびに２種類の小ポリペプチドＥ３及び６Ｋを含む構造タンパク質を生成する（Ｓｔｒａｕｓｓ  １９９４）。ウイルスＲＮＡのカプシド形成が生じ、通常はゲノムＲＮＡのみに特異的なカプシドタンパク質がパッケージングされた後、ビリオンがアセンブルされ、膜表面に出芽する。
【０２４９】
Ｖ．Ｄ．２．送達ベクターとしてのアルファウイルス
アルファウイルス（アルファウイルス配列、特徴、及び、他の要素）を使用してアルファウイルスベースの送達ベクター（アルファウイルスベクター、アルファウイルスウイルスベクター、アルファウイルスワクチンベクター、自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクター、または自己増幅ＲＮＡ（ｓａｍＲＮＡ）ベクターとも称される）を作製することができる。アルファウイルスは、発現ベクター系として使用するために従来、遺伝子操作がなされている（Ｐｕｓｈｋｏ  １９９７，Ｒｈｅｍｅ  ２００４）。アルファウイルスは、異種抗原の発現が望ましい場合があるワクチン設定においていくつかの長所を有する。アルファウイルスは、宿主のサイトゾル中で自己複製するその能力のため、細胞内の発現カセットの高いコピー数を一般的に得ることができることから、高いレベルの異種抗原の産生を実現することができる。さらに、ベクターは一般的に一過性であるため、バイオセーフティーが高く、ベクターに対する免疫寛容の誘導は低い。また、一般公衆は、一般的にヒトアデノウイルスのような他の標準的ウイルスベクターと比較してアルファウイルスに対する既存の免疫を有していない。アルファウイルスに基づくベクターはまた、感染細胞に対する細胞毒性反応を一般的に生じる。細胞毒性は、発現された異種抗原に対して免疫応答を適性に誘発するためにワクチン設定においてある程度の重要性を有し得る。しかしながら、所望の細胞毒性の程度はバランスの問題であり、そのため、ＶＥＥのＴＣ−８３株をはじめとするいくつかの弱毒化されたアルファウイルスが開発されている。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、高いレベルの抗原発現を可能とし、抗原に対する強い免疫応答を誘発し、ベクター自体に対する免疫応答は誘発せず、安全に使用することができるアルファウイルス骨格を用いることができる。さらに、抗原発現カセットは、ベクターが、ＶＥＥまたはその弱毒化誘導株ＴＣ−８３に由来する配列を含む（ただしこれらに限定されない）どのアルファウイルス配列を用いるかを最適化することを通じて異なるレベルの免疫応答を誘発するように設計することができる。
【０２５０】
アルファウイルス配列を用いたいくつかの発現ベクターの設計戦略が開発されている（Ｐｕｓｈｋｏ  １９９７）。１つの戦略では、アルファウイルスベクターの設計は、構造タンパク質遺伝子の下流に２６Ｓプロモーター配列因子の第２のコピーを挿入した後、異種遺伝子を挿入することを含む（Ｆｒｏｌｏｖ  １９９３）。これにより、天然の非構造及び構造タンパク質以外に、さらなる異種タンパク質を発現するサブゲノムＲＮＡが産生される。このシステムでは、感染性ビリオンを産生するためのすべての因子が存在し、したがって、非感染細胞において発現ベクターの繰り返しの感染のラウンドが行われ得る。
【０２５１】
別の発現ベクターの設計では、ヘルパーウイルスシステムを利用する（Ｐｕｓｈｋｏ  １９９７）。この戦略では、構造タンパク質は異種遺伝子によって置換される。したがって、依然としてインタクトな非構造遺伝子によって媒介されるウイルスＲＮＡの自己複製の後、２６ＳサブゲノムＲＮＡが異種タンパク質の発現をもたらす。従来、構造タンパク質を発現するさらなるベクターが、例えば、細胞株の同時トランスフェクションなどによってイン・トランスで与えられることで感染性ウイルスを生じる。１つのシステムが米国特許第８，０９３，０２１号に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。ヘルパーベクターシステムは、感染性粒子を形成する可能性を制限するという長所をもたらし、したがってバイオセーフティーを改善する。さらに、ヘルパーベクターシステムは、全ベクター長を短縮し、複製及び発現の効率を改善する可能性がある。したがって、本明細書に記載される抗原発現ベクターの一例では、構造タンパク質が抗原カセットで置換されたアルファウイルス骨格を用いることができ、得られるベクターはバイオセーフティーの問題が低減されるのと同時に全体的な発現ベクターのサイズの減少により、効率的な発現を促進する。
【０２５２】
Ｖ．Ｄ．３．インビトロでのアルファウイルスの生成
アルファウイルス送達ベクターは、一般的に、プラス鎖のＲＮＡポリヌクレオチドである。ＲＮＡ生成のための当該技術分野では周知の従来の方法として、インビトロ翻訳ＩＶＴがある。この方法では、所望のベクターのＤＮＡ鋳型が、クローニング、制限消化、ライゲーション、遺伝子合成、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの標準的な分子生物学的方法を含む当該技術分野では周知の方法によって最初に生成される。このＤＮＡ鋳型は、ＲＮＡに転写されることが望ましい配列の５’末端にＲＮＡポリメラーゼのプロモーターを有している。プロモーターとしては、これらに限定されるものではないが、Ｔ３、Ｔ７、またはＳＰ６などのバクテリオファージポリメラーゼのプロモーターが挙げられる。次に、ＤＮＡ鋳型は、適当なＲＮＡポリメラーゼ酵素、バッファー剤、及びヌクレオチド（ＮＴＰ）とインキュベートされる。得られたＲＮＡポリヌクレオチドは、７−メチルグアノシンまたは関連する構造などの５’キャップ構造の付加、及び任意でポリアデニル化（ポリＡ）テールを有するように３’末端を改変することを含む（ただしこれらに限定されない）方法によって、任意でさらに改変することができる。次に、ＲＮＡをフェノールクロロホルム抽出などの当該技術分野では周知の方法を用いて精製することができる。
【０２５３】
Ｖ．Ｄ．４．脂質ナノ粒子による送達
ワクチンベクターの設計において考慮すべき重要な側面の１つとして、ベクター自体に対する免疫がある（Ｒｉｌｅｙ  ２０１７）。これは、例えば特定のヒトアデノウイルス系などのベクター自体に対する既存の免疫の形である場合もあり、またはワクチンの投与後に生じるベクターに対する免疫の形である場合もある。後者は、例えば別々のプライミング及びブースター投与のように同じワクチンの複数回の投与が行われる場合、または異なる抗原カセットを送達するために同じワクチンベクターシステムが用いられるような場合に重要な考慮事項となる。
【０２５４】
アルファウイルスベクターの場合では、標準的な送達方法は、カプシド、Ｅ１、及びＥ２タンパク質をイン・トランスで与えることによって感染性のウイルス粒子を生じる上記に述べたヘルパーウイルスシステムである。しかしながら、Ｅ１及びＥ２タンパク質は、しばしば中和抗体の主要な標的である点に留意することが重要である（Ｓｔｒａｕｓｓ  １９９４）。したがって、対象とする抗原を標的細胞に送達するためにアルファウイルスベクターを使用することの有効性は、感染性粒子が中和抗体の標的とされる場合に低下する可能性がある。
【０２５５】
ウイルス粒子を媒介とする遺伝子送達に代わる代替的手法として、ナノ粒子を用いた発現ベクターの送達がある（Ｒｉｌｅｙ  ２０１７）。重要な点として、ナノ材料担体は、非免疫原性材料で形成することができ、送達ベクター自体に対する免疫の誘発を一般的に回避することができる。これらの材料としては、これらに限定されるものではないが、脂質、無機ナノ材料、及び他のポリマー材料を挙げることができる。脂質は、カチオン性、アニオン性、または中性であってよい。かかる材料は、合成または天然由来のものであってよく、特定の例では生分解性であってよい。脂質は、脂肪、コレステロール、リン脂質、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）複合体（ＰＥＧ化脂質）を含む（ただしこれに限定されない）脂質複合体、ワックス、油類、グリセリド、及び脂溶性ビタミンを含み得る。
【０２５６】
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）は、膜及び小胞状構造の形成を可能とする脂質の両親媒性の性質のために魅力的な送達システムである（Ｒｉｌｅｙ  ２０１７）。一般的にこれらの小胞は、標的細胞の膜内に吸収され、サイトゾル中に核酸を放出することによって発現ベクターを送達する。さらに、ＬＮＰは特定の細胞種のターゲティングを促すようにさらに改変または官能化することができる。ＬＮＰの設計における別の考慮事項は、ターゲティングの効率と細胞毒性との間のバランスである。脂質の組成は一般的に、カチオン性、中性、アニオン性、及び両親媒性脂質の規定の混合物を含む。いくつかの例では、ＬＮＰの凝集を防止するか、脂質の酸化を防止するか、またはさらなる部分の付着を促す化学官能基を与えるために特定の脂質が含まれる。脂質の組成は、全体のＬＮＰのサイズ及び安定性に影響し得る。１つの例では、脂質の組成は、ジリノレイルメチル−４−ジメチルアミノブチレート（ＭＣ３）またはＭＣ３様分子を含む。ＭＣ３及びＭＣ３様脂質の組成物は、例えばＰＥＧまたはＰＥＧ複合化脂質、ステロール、または中性脂質などの１種類以上の他の脂質を含むように製剤化することができる。
【０２５７】
血清に直接曝露された発現ベクターなどの核酸ベクターは、血清中のヌクレアーゼによる核酸の分解、または遊離核酸による免疫系のオフターゲットの刺激を含むいくつかの望ましくない影響を有し得る。したがって、アルファウイルスベクターの封入を利用して分解を防止する一方で、潜在的なオフターゲット効果も防止することができる。特定の例では、アルファウイルスベクターは、ＬＮＰの水性の内部など、送達担体内に完全に封入される。ＬＮＰ内へのアルファウイルスベクターの封入は、微小流体液滴生成装置で行われる微小流体混合及び液滴生成などの当該技術分野では周知の方法によって実施することができる。かかる装置としては、これらに限定されるものではないが、標準的なＴジャンクション装置またはフローフォーカシング装置が挙げられる。１つの例では、ＭＣ３またはＭＣ３様分子含有組成物などの所望の脂質製剤を、アルファウイルス送達ベクター及び他の所望の物質と並行して液滴生成装置に供給することで、送達ベクター及び所望の物質がＭＣ３またはＭＣ３様分子ベースのＬＮＰの内部に完全に封入される。１つの例では、液滴生成装置は、生成されたＬＮＰの粒径範囲及び粒度分布を制御することができる。例えば、ＬＮＰは、直径１〜１０００ｎｍの範囲の粒径、例えば、１、１０、５０、１００、５００、または１０００ｎｍの粒径を有することができる。液滴生成の後、発現ベクターを封入した送達ベクターを、投与に備えてさらに処理または改変することができる。
【０２５８】
Ｖ．Ｅ．チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）
Ｖ．Ｅ．１．チンパンジーアデノウイルスによるウイルス送達
１つ以上の抗原を送達するためのワクチン組成物（例えば、抗原カセットを介し、１つ以上の新生抗原を含む）は、チンパンジー由来のアデノウイルスヌクレオチド配列、各種の新規ベクター、及びチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を与えることにより作出することができる。チンパンジーＣ６８アデノウイルス（本明細書ではＣｈＡｄＶ６８とも呼ぶ）のヌクレオチド配列を、抗原を送達するためのワクチン組成物中に使用することができる（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１を参照）。Ｃ６８アデノウイルス由来ベクターの使用については米国特許第６，０８３，７１６号にさらに詳細に記載されており、当該特許の全容をあらゆる目的で参照によって本明細書に援用する。
【０２５９】
さらなる態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列と、発現を誘導する調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む組換えアデノウイルスが提供される。この組換えウイルスは、哺乳動物、好ましくはヒトの細胞に感染させることが可能であり、細胞内で新生抗原カセットの産物を発現することが可能である。このベクターでは、天然のチンパンジーＥ１遺伝子、及び／またはＥ３遺伝子、及び／またはＥ４遺伝子を欠失させることができる。抗原カセットを、これらの遺伝子欠失部位のいずれに挿入することもできる。抗原カセットは、それに対するプライミングされた免疫応答が望ましい抗原を含むことができる。
【０２６０】
別の態様において、本明細書では、Ｃ６８などのチンパンジーアデノウイルスを感染させた哺乳動物細胞が提供される。
【０２６１】
さらなる別の態様では、チンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＣ６８由来の）またはその機能的フラグメントを発現する新規な哺乳動物細胞株が提供される。
【０２６２】
いっそうさらなる態様において、本明細書では、哺乳動物細胞内に抗原カセットを送達するための方法であって、細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された、有効量のＣ６８などのチンパンジーアデノウイルスを導入する工程を含む方法が提供される。
【０２６３】
さらなる別の態様は、哺乳動物宿主に免疫応答を誘発してがんを治療するための方法を提供する。この方法は、免疫応答が標的とする腫瘍に由来する１種類以上の抗原をコードする抗原カセットを含む、有効量のＣ６８などの組換えチンパンジーアデノウイルスを宿主に投与する工程を含むことができる。
【０２６４】
さらに、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られるチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する非サル哺乳動物細胞も開示される。この遺伝子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５からなる群から選択することができる。
【０２６５】
さらに、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子を含むチンパンジーアデノウイルスのＤＮＡ配列を含む核酸分子も開示される。この遺伝子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の前記チンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択することができる。いくつかの態様において、核酸分子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１を含む。いくつかの態様において、核酸分子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が欠失した、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む。
【０２６６】
さらに、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１から得られるチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、異種宿主細胞内でカセットの発現を誘導する１つ以上の調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含むベクターであって、任意で、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列が、複製及びカプシド形成に必要とされる少なくともシスエレメントを含み、シスエレメントが抗原カセット及び調節配列に隣接している、ベクターも開示される。いくつかの態様において、チンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４及びＬ５遺伝子配列から選択される遺伝子を含む。いくつかの態様において、ベクターは、Ｅ１Ａ及び／またはＥ１Ｂ遺伝子を欠失していてもよい。
【０２６７】
さらに、抗原カセットを発現するように操作されたＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターをトランスフェクトした宿主細胞も開示される。さらに、細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することによって細胞内に導入された選択された遺伝子を発現するヒト細胞も開示される。
【０２６８】
さらに、哺乳動物細胞に抗原カセットを送達するための方法であって、前記細胞内に、抗原カセットを発現するように操作された有効量のＣ６８ベクターなどの本明細書に開示されるベクターを導入することを含む方法も提供される。
【０２６９】
さらに、哺乳動物細胞内に本明細書に開示されるベクターを導入することと、適当な条件下で細胞を培養することと、抗原を産生することと、を含む、抗原を産生するための方法も開示される。
【０２７０】
Ｖ．Ｅ．２．Ｅ１を発現する相補性細胞株
本明細書に記載される遺伝子のいずれかにおいて欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルス（Ａｄ）を作製するため、欠失させた遺伝子領域の機能（ウイルスの複製及び感染性に不可欠である場合）をヘルパーウイルスまたは細胞株（すなわち、相補性またはパッケージング細胞株）によって組換えウイルスに供給することができる。例えば、複製欠損チンパンジーアデノウイルスベクターを作製するには、ヒトまたはチンパンジーアデノウイルスのＥ１遺伝子産物を発現する細胞株を使用することができ、そのような細胞株にはＨＥＫ２９３またはその変異体が含まれ得る。チンパンジーＥ１遺伝子を発現する細胞株の作製のプロトコール（米国特許第６，０８３，７１６号の実施例３及び４）にしたがって任意の選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子を発現する細胞株を作製することができる。
【０２７１】
ＡＡＶ強化アッセイを用いてチンパンジーアデノウイルスＥ１発現細胞株を同定することができる。このアッセイは、他の特性評価されていないアデノウイルス（例えば他の種由来）のＥ１遺伝子を使用して作製された細胞株においてＥ１の機能を同定するうえで有用である。このアッセイは米国特許第６，０８３，７１６号の実施例４Ｂに記載されている。
【０２７２】
選択されたチンパンジーアデノウイルス遺伝子（例えばＥ１）は、選択された親細胞株で発現するためのプロモーターの転写制御下にある可能性がある。この目的で誘導性または構成性プロモーターを用いることができる。誘導性プロモーターには、亜鉛によって誘導されるヒツジメタロチオニンプロモーター、または糖質コルチコイド、特にデキサメタゾンによって誘導されるマウス哺乳動物腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）がある。本明細書に参照により援用するところの国際出願第ＷＯ９５／１３３９２号において特定されるものなどの他の誘導性プロモーターもパッケージング細胞株の作製に使用することができる。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の発現を制御する構成性プロモーターも用いることができる。
【０２７３】
任意の所望のＣ６８遺伝子を発現する新規な細胞株を作製するために親細胞を選択することができる。限定されることなく、かかる親細胞株は、ＨｅＬａ［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ２］、Ａ５４９［ＡＴＣＣ寄託番号ＣＣＬ１８５］、ＫＢ［ＣＣＬ１７］、Ｄｅｔｒｏｉｔ［例えばＤｅｔｒｏｉｔ５１０、ＣＣＬ７２］、及びＷＩ−３８［ＣＣＬ７５］細胞であってよい。他の適当な親細胞株を他の供給元から入手することができる。親細胞株としては、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３またはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１−２ａを挙げることができる。
【０２７４】
Ｅ１発現細胞株は、組換えチンパンジーアデノウイルスＥ１欠失ベクターの作製において有用となり得る。１つ以上の他のチンパンジーアデノウイルス遺伝子産物を発現する基本的に同じ手順を用いて構築された細胞株は、これらの産物をコードする遺伝子に欠失を有する組換えチンパンジーアデノウイルスベクターの作製において有用である。さらに、他のヒトＡｄＥ１遺伝子産物を発現する細胞株も、チンパンジー組換えＡｄを作製するうえで有用である。
【０２７５】
Ｖ．Ｅ．３．ベクターとしての組換えウイルス粒子
本明細書に開示される組成物は、少なくとも１種類の抗原を細胞に送達するウイルスベクターを含むことができる。かかるベクターは、Ｃ６８のようなチンパンジーアデノウイルスＤＮＡ配列と、カセットを直接発現するための調節配列に機能的に連結された抗原カセットとを含む。Ｃ６８ベクターは、感染した哺乳動物細胞内でカセットを発現することが可能である。Ｃ６８ベクターは１つ以上のウイルス遺伝子に機能的欠失を有することができる。抗原カセットは、プロモーターなどの１つ以上の調節配列の制御下にある少なくとも１つの抗原を含む。任意選択的なヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株によって、チンパンジーウイルスベクターに、欠失させたアデノウイルス遺伝子の任意の必要な産物を供給することができる。
【０２７６】
「機能的に欠失された」という用語は、その遺伝子領域の充分な量が除去または例えば変異もしくは改変により他の形で変化させられていることにより、その遺伝子領域が遺伝子発現の１つ以上の機能的産物を産生できなくなっていることを意味する。機能的欠失につながり得る変異または改変としては、これらに限定されるものではないが、未成熟終止コドンの導入及び基準及び非基準開始コドンの除去のようなナンセンス変異、ｍＲＮＡスプライシングまたは他の転写プロセシングを変化させる変異、またはこれらの組み合わせが挙げられる。必要な場合、遺伝子領域全体を除去することができる。
【０２７７】
配列の欠失、挿入、及び他の変異を含む、本明細書に開示されるベクターを形成する核酸配列の改変は、標準的な分子生物学的手法を用いて生成することができるものであり、本明細書の範囲内である。
【０２７８】
Ｖ．Ｅ．４．ウイルスプラスミドベクターの構築
本発明において有用なチンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターには、組換え欠損アデノウイルス、すなわち、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ遺伝子に機能的欠失を有し、任意で例えば温度感受性変異または他の遺伝子における欠失などの他の変異を有するチンパンジーアデノウイルス配列が含まれる。これらのチンパンジー配列は、他のアデノウイルス及び／またはアデノ随伴ウイルス配列からハイブリッドベクターを形成するうえでも有用であると予想される。ヒトアデノウイルスから調製された同種アデノウイルスベクターについては、刊行文献に記載されている［例えば、上記に引用のＫｏｚａｒｓｋｙ  Ｉ及びＩＩ、ならびに同文献に引用された参照文献、米国特許第５，２４０，８４６号を参照］。
【０２７９】
抗原カセットをヒト（または他の哺乳動物）細胞に送達するための有用なチンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターの構築において、広範囲のアデノウイルス核酸配列をベクターに用いることができる。最小のチンパンジーＣ６８アデノウイルス配列を含むベクターをヘルパーウイルスと共に使用して感染性の組換えウイルス粒子を作製することができる。ヘルパーウイルスは、最小のチンパンジーアデノウイルスベクターのウイルス感染性及び増殖に必要な基本的な遺伝子産物を提供する。チンパンジーアデノウイルス遺伝子の１つ以上の選択された欠失のみが、欠失がなければ機能性のウイルスベクターに導入される場合、欠失された遺伝子産物は、欠失された遺伝子機能をイン・トランスで与えるウイルスを選択されたパッケージング細胞株内で増殖させることによるウイルスベクター作製プロセスで供給することができる。
【０２８０】
Ｖ．Ｅ．５．組換え最小アデノウイルス
最小チンパンジーＡｄ  Ｃ６８ウイルスとしては、複製及びビリオンのカプシド形成に必要なアデノウイルスのシスエレメントのみを含むウイルス粒子がある。すなわち、このベクターは、アデノウイルスのシス作用性の５’及び３’の末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）（複製起点として機能する）と、天然の５’パッケージング／エンハンサードメイン（直鎖状のＡｄのゲノム及びＥ１プロモーターのエンハンサーエレメントをパッケージングするために必要な配列を含む）とを含む。例えば、国際出願第ＷＯ９６／１３５９７号において「最小」ヒトＡｄベクターの調製について述べられ、本明細書に参照によって援用する方法を参照されたい。
【０２８１】
Ｖ．Ｅ．６．他の欠損アデノウイルス
組換え複製不全アデノウイルスは、最小チンパンジーアデノウイルス配列以上のものを含んでもよい。これらの他のＡｄベクターは、ウイルスの遺伝子領域の異なる部分の欠失、ならびに、必要に応じたヘルパーウイルス及び／またはパッケージング細胞株の使用によって形成される感染性ウイルス粒子によって特徴づけることができる。
【０２８２】
１つの例として、適当なベクターは、Ｃ６８アデノウイルスの最初期遺伝子Ｅ１ａ及び後初期遺伝子Ｅ１ｂの全体または充分な部分を欠失させることにより、それらの正常な生物学的機能を失わせることによって形成することができる。複製不全Ｅ１欠失ウイルスは、対応する遺伝子産物をイン・トランスで与える機能的アデノウイルスＥ１ａ及びＥ１ｂ遺伝子を含むチンパンジーのアデノウイルス形質転換相補性細胞株で増殖させた場合に感染性のウイルスを複製及び生成することが可能である。既知のアデノウイルス配列に対する相同性に基づけば、得られる組換えチンパンジーアデノウイルスは、当該技術分野のヒト組換えＥ１欠失アデノウイルスでそうであるように多くの細胞種に感染することが可能であり、抗原（複数可）を発現することができるが、チンパンジーＥ１領域ＤＮＡを有していない多くの細胞では、細胞が極めて高い感染多重度で感染していない限りは複製できないものと予想される。
【０２８３】
別の例として、Ｃ６８アデノウイルス後初期遺伝子Ｅ３の全体または一部を、組換えウイルスの一部を形成するチンパンジーアデノウイルス配列から除去することができる。
【０２８４】
チンパンジーアデノウイルスＣ６８ベクターは、Ｅ４遺伝子の欠失を有するように構築することもできる。さらに別のベクターは、後初期遺伝子Ｅ２ａに欠失を有することができる。
【０２８５】
欠失は、チンパンジーＣ６８アデノウイルスゲノムの後期遺伝子Ｌ１〜Ｌ５のいずれに導入することもできる。同様に、中期遺伝子ＩＸ及びＩＶａ２内の欠失も特定の目的では有用となり得る。他の欠失を他の構造または非構造アデノウイルス遺伝子に導入することもできる。
【０２８６】
上記に述べた欠失は、個々に用いることもできる。すなわち、アデノウイルス配列はＥ１のみの欠失を有してもよい。また、それらの生物学的活性を破壊または低減するうえで効果的な遺伝子全体またはその一部を任意の組み合わせで用いることもできる。例えば、１つの例示的なベクターでは、アデノウイルスＣ６８配列は、Ｅ１遺伝子及びＥ４遺伝子、またはＥ１、Ｅ２ａ、及びＥ３遺伝子、またはＥ１及びＥ３遺伝子、または、Ｅ３の欠失を伴うかまたは伴わない、Ｅ１、Ｅ２ａ、及びＥ４遺伝子の欠失を有することができる。上記に述べたように、かかる欠失は、所望の結果を得るために温度感受性変異などの他の変異と組み合わせて用いることができる。
【０２８７】
抗原（複数可）を含むカセットを任意でチンパンジーＣ６８Ａｄウイルスの任意の欠失領域に挿入することができる。また、必要に応じて既存の遺伝子領域内にカセットを挿入することでその領域の機能を破壊することもできる。
【０２８８】
Ｖ．Ｅ．７．ヘルパーウイルス
抗原カセットを送達するために用いられるウイルスベクターのチンパンジーアデノウイルス遺伝子の含量に応じて、ヘルパーアデノウイルスまたは非複製ウイルスフラグメントを用いて、カセットを含む感染性の組換えウイルス粒子を生成するのに充分なチンパンジーアデノウイルス遺伝子配列を与えることができる。
【０２８９】
有用なヘルパーウイルスは、アデノウイルスベクターコンストラクト中に存在しない、及び／またはベクターをトランスフェクトしたパッケージング細胞株によって発現されない選択されたアデノウイルス遺伝子配列を含む。ヘルパーウイルスは複製不全であってよく、上記に述べた配列以外の様々なアデノウイルス遺伝子を含むことができる。ヘルパーウイルスは、本明細書に記載されるＥ１発現細胞株と組み合わせて用いることができる。
【０２９０】
Ｃ６８では、「ヘルパー」ウイルスは、Ｃ６８ゲノムのＣ末端を、ウイルスの左端から約１３００ｂｐを除去するＳｓｐＩによって短縮することによって形成されるフラグメントとすることができる。次に、この短縮されたウイルスをプラスミドＤＮＡと共にＥ１発現細胞株内に同時トランスフェクトすることにより、プラスミド内のＣ６８配列との相同組換えによって組換えウイルスを形成する。
【０２９１】
ヘルパーウイルスは、Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６４：１６９８５−１６９８７  （１９８９）；Ｋ．Ｊ．Ｆｉｓｈｅｒ  ａｎｄ  Ｊ．Ｍ．Ｗｉｌｓｏｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，２９９：４９（Ａｐｒ．１，１９９４）に記載されるようなポリカチオン複合体として形成することもできる。ヘルパーウイルスは、任意でレポーター遺伝子を含んでもよい。多くのかかるレポーター遺伝子が当該技術分野で知られている。アデノウイルスベクター上の抗原カセットとは異なるヘルパーウイルス上のレポーター遺伝子の存在によって、Ａｄベクターとヘルパーウイルスを独立して観察することが可能となる。この第２のレポーター遺伝子を用いることで、精製時に得られた組換えウイルスとヘルパーウイルスとを分離することが可能である。
【０２９２】
Ｖ．Ｅ．８．ウイルス粒子のアセンブリと細胞株の感染
アデノウイルス、抗原カセット、及び他のベクター因子の選択されたＤＮＡ配列の様々な中間プラスミド及びシャトルベクターへのアセンブリ、ならびに組換えウイルス粒子を作製するためのプラスミド及びシャトルベクターの使用は、従来の手法を用いてすべて実現することができる。かかる手法としては、従来のｃＤＮＡのクローニング法、インビトロ組換え法（例えば、ギブソンアセンブリ）、アデノウイルスゲノムの重複するオリゴヌクレオチド配列の使用、ポリメラーゼ連鎖反応、及び所望のヌクレオチド配列を与える任意の適当な方法が挙げられる。標準的なトランスフェクション及び同時トランスフェクションの手法、例えば、ＣａＰＯ４沈殿法またはリポフェクタミンなどのリポソーム媒介トランスフェクション法が用いられる。用いられる他の従来の方法としては、ウイルスゲノムの相同組換え、アガーオーバーレイ中でのウイルスのプラーク形成、シグナル発生測定の方法などが挙げられる。
【０２９３】
例えば、所望の抗原カセットを含むウイルスベクターの構築及びアセンブリの後、ベクターをインビトロでヘルパーウイルスの存在下でパッケージング細胞株にトランスフェクトすることができる。ヘルパーとベクター配列との間で相同組換えが起こり、これによりベクター内のアデノウイルス−抗原配列が複製されてビリオンカプシド内にパッケージングされ、組換えウイルスベクター粒子が得られる。
【０２９４】
得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルスは、抗原カセットを選択された細胞に導入するうえで有用である。パッケージング細胞株内で増殖させた組換えウイルスを用いたインビボ実験において、Ｅ１欠失組換えチンパンジーアデノウイルスが、カセットを非チンパンジー細胞、好ましくはヒト細胞に導入するうえで実用性を有することが実証されている。
【０２９５】
Ｖ．Ｅ．９．組換えウイルスベクターの使用
したがって、抗原カセットを含む得られた組換えチンパンジーＣ６８アデノウイルス（上記に述べたように、アデノウイルスベクターとヘルパーウイルスとの協同、またはアデノウイルスベクターとパッケージング細胞株との協同により作製される）は、抗原（複数可）をインビボまたはエクスビボで対象に送達することができる効率的な遺伝子導入担体を与えるものである。
【０２９６】
上記に述べた組換えベクターは、遺伝子治療について公開されている方法にしたがってヒトに投与される。抗原カセットを有するチンパンジーウイルスベクターは、好ましくは生体適合性溶液または薬学的に許容される送達溶媒中に懸濁させて患者に投与することができる。適当な溶媒としては滅菌生理食塩水が挙げられる。薬学的に許容される担体として知られ、当業者には周知のものである他の水性及び非水性等張滅菌注射溶液、ならびに水性及び非水性滅菌懸濁液をこの目的で使用することもできる。
【０２９７】
チンパンジーアデノウイルスベクターは、ヒト細胞を形質転換し、医療分野の当業者によって判定することが可能な有害作用を供わずに、または医学的に許容される生理学的作用を伴って、治療効果を与えるうえで充分なレベルの抗原の導入及び発現をもたらすのに充分な量で投与される。従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、肝臓、鼻腔内、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせることができる。
【０２９８】
ウイルスベクターの用量は、治療される状態、患者の年齢、体重、及び健康状態などの因子に主として依存し、したがって患者間で異なり得る。用量は、あらゆる副作用に対して治療効果のバランスが取れるように調節され、かかる用量は、組換えベクターが用いられる治療用途に応じて異なり得る。抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、投与頻度を決定することができる。
【０２９９】
組換え複製不全アデノウイルスは、「薬学的有効量」、すなわち、所望の細胞をトランスフェクトし、ワクチン効果、すなわち一定の測定可能なレベルの防御免疫をもたらすような選択された遺伝子の充分な発現レベルを与えるのにある投与経路で有効な組換えアデノウイルスの量で投与することができる。抗原を含むＣ６８ベクターは、アジュバントと同時投与することができる。アジュバントは、ベクターとは別のモノマーの出会ってもよく（例えばミョウバン）または特にアジュバントがタンパク質である場合にはベクター内にコードされてもよい。アジュバントは当該技術分野では周知のものである。
【０３００】
従来の薬学的に許容される投与経路としては、これらに限定されるものではないが、鼻腔内、筋肉内、気管内、皮下、皮内、直腸内、経口、及び他の非経口の投与経路が挙げられる。投与経路は必要に応じて組み合わせるか、または免疫原もしくは疾患に応じて調節することができる。例えば、狂犬病の予防では、皮下、気管内、及び鼻腔内経路が好ましい。投与経路は、主として治療される疾患の性質によって決められる。
【０３０１】
抗原（複数可）の発現レベルを観察することにより、ブースターの必要性（ある場合）を決定することができる。例えば、血清中の抗体力価の評価の後、必要に応じてブースター免疫が望ましい場合がある。
【０３０２】
ＶＩ．治療及び製造方法
本明細書に開示する方法を用いて特定された複数の抗原などの１つ以上の抗原を対象に投与することにより、対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導し、腫瘍に対するワクチン接種を行い、対象のがんの症状を治療及び／または緩和する方法も提供される。
【０３０３】
いくつかの態様において、対象は、がんと診断されているか、またはがんを発症するリスクにある。対象は、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、または、腫瘍特異的な免疫応答が望ましい任意の動物であることができる。腫瘍は、乳、卵巣、前立腺、肺、腎臓、胃、結腸、精巣、頭頸部、膵臓、脳、黒色腫、及び他の組織器官の腫瘍などの、任意の固形腫瘍、ならびに、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、及びＢ細胞リンパ腫を含むリンパ腫及び白血病などの、血液腫瘍であることができる。
【０３０４】
抗原は、ＣＴＬ応答を誘導するのに充分な量で投与することができる。
【０３０５】
抗原は、単独で、または他の治療用物質との組み合わせで投与することができる。治療用物質は、例えば、化学療法剤、放射線、または免疫療法である。特定のがんのための任意の適している治療的処置を、施すことができる。
【０３０６】
加えて、対象に、チェックポイント阻害因子などの抗免疫抑制性／免疫刺激性物質をさらに投与することができる。例えば、対象に、抗ＣＴＬＡ抗体または抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１をさらに投与することができる。抗体によるＣＴＬＡ−４またはＰＤ−Ｌ１の遮断は、患者においてがん性細胞に対する免疫応答を増強することができる。特に、ＣＴＬＡ−４遮断は、ワクチン接種プロトコールを採用した場合に有効であることが示されている。
【０３０７】
ワクチン組成物に含まれるべき各抗原の最適量、及び最適投薬レジメンを、決定することができる。例えば、抗原またはその変異体は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射のために調製することができる。注射の方法は、ｓ．ｃ．、ｉ．ｄ．、ｉ．ｐ．、ｉ．ｍ．、及びｉ．ｖ．を含む。ＤＮＡまたはＲＮＡ注射の方法は、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、及びｉ．ｖ．を含む。ワクチン組成物の投与の他の方法は、当業者に公知である。
【０３０８】
ワクチンは、組成物中に存在する抗原の選択、数、及び／または量が、組織、がん、及び／または患者に特異的であるように編集することができる。例として、ペプチドの厳密な選択は、所定の組織における親タンパク質の発現パターンによって手引きされるか、または患者の変異状態によって手引きされ得る。選択は、がんの特異的なタイプ、疾患の状態、より早期の処置レジメン、患者の免疫状態、及び当然、患者のＨＬＡハロタイプに依存し得る。さらに、ワクチンは、特定の患者の個人的な必要にしたがって、個別化された構成要素を含有することができる。例は、特定の患者における抗原の発現にしたがって抗原の選択を変えること、または、処置の第１のラウンドまたはスキームの後の二次的処置についての調整を含む。
【０３０９】
抗原ワクチンの投与を行うための患者は、様々な診断方法、例えば、下記でさらに述べる患者選択方法の使用により特定することができる。患者選択では、１つ以上の遺伝子の変異または発現パターンを特定することを含むことができる。任意で、患者選択では、患者のハプロタイプを特定することを含む。様々な患者選択方法を並行して行うことができ、例えば、シークエンシング診断によって患者の変異及びハプロタイプの両方を特定することができる。様々な患者選択方法を順次行うこともでき、例えば、１つの診断検査で変異を特定し、別の診断検査で患者のハプロタイプを特定し、その場合、各検査は、同じ（例えば、両方ともハイスループットシークエンシング）か、または異なる（例えば、一方がハイスループットシークエンシングで他方がサンガーシークエンシング）診断方法であってよい。
【０３１０】
がんのためのワクチンとして使用されるべき組成物について、正常組織において多量に発現している類似した正常な自己ペプチドを有する抗原は、本明細書に記載した組成物において、避けられるか、または少量で存在することができる。他方で、患者の腫瘍が、多量のある特定の抗原を発現することが公知である場合、このがんの処置のためのそれぞれの薬学的組成物は、多量に存在することができ、及び／または、この特定の抗原もしくはこの抗原の経路に特異的な１種類よりも多い抗原を含めることができる。
【０３１１】
抗原を含む組成物を、既にがんを患っている個体に投与することができる。治療的適用において、組成物は、腫瘍抗原に対する有効なＣＴＬ応答を惹起し、かつ、症候及び／または合併症を治癒するかまたは少なくとも部分的に停止するのに充分な量で、患者に投与される。これを達成するのに妥当な量を、「治療的有効用量」として定義する。この用途のために有効な量は、例えば、組成物、投与の様式、処置される疾患の病期及び重症度、患者の体重及び健康の全身状態、ならびに処方医の判断に依存するであろう。組成物は、概して、重篤な疾患状態、すなわち、命に関わるか、または潜在的に命に関わる状況、特にがんが転移している場合に使用できることを、心に留めるべきである。そのような例において、外来性物質の最小化、及び抗原の相対的な非毒性の性質を考慮して、実質的過剰量のこれらの組成物を投与することが、可能であり、かつ処置する医師が望ましいと感じることができる。
【０３１２】
治療的用途のために、投与は、腫瘍の検出または外科的除去時に始めることができる。これに、少なくとも症候が実質的に減ずるまで、及びその後ある期間にわたって、ブースト用量が続く。
【０３１３】
治療的処置のための薬学的組成物（例えば、ワクチン組成物）は、非経口、局部、経鼻、経口、または局所投与について意図される。薬学的組成物は、非経口的に、例えば、静脈内、皮下、皮内、または筋肉内に投与することができる。組成物は、腫瘍に対する局所免疫応答を誘導するために、外科的切除の部位に投与することができる。抗原の溶液を含む非経口投与用の組成物を、本明細書に開示し、ワクチン組成物は、許容される担体、例えば、水性担体に溶解または懸濁される。様々な水性担体、例えば、水、緩衝水、０．９％食塩水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などを使用することができる。これらの組成物は、従来の周知の滅菌技法によって滅菌することができ、または滅菌濾過することができる。結果として生じた水溶液を、そのままで使用のためにパッケージングするか、または凍結乾燥することができ、凍結乾燥調製物は、投与前に滅菌溶液と組み合わされる。組成物は、ｐＨ調整剤及び緩衝剤、等張化剤、湿潤剤など、例えば、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタンモノラウラート、トリエタノールアミンオレアートなどのような、生理学的条件に近づけるために必要とされる、薬学的に許容される補助物質を含有してもよい。
【０３１４】
抗原はまた、それらをリンパ組織などの特定の細胞組織にターゲティングする、リポソームを介して投与することもできる。リポソームはまた、半減期を増大させるのにも有用である。リポソームは、エマルジョン、フォーム、ミセル、不溶性単層、液晶、リン脂質分散物、ラメラ層などを含む。これらの調製物において、送達されるべき抗原は、単独で、または、ＣＤ４５抗原に結合するモノクローナル抗体などの、例えば、リンパ系細胞の間で優性な受容体に結合する分子、または他の治療用組成物もしくは免疫原性組成物と共に、リポソームの一部として組み込まれる。したがって、所望の抗原で満たされたリポソームは、リンパ系細胞の部位へ方向付けられることができ、そこで、リポソームは次いで、選択された治療用／免疫原性組成物を送達する。リポソームは、概して、中性及び負電荷を有するリン脂質、及びコレステロールなどのステロールを含む、標準的な小胞形成脂質から形成され得る。脂質の選択は、概して、例えば、リポソームサイズ、酸不安定性、及び血流におけるリポソームの安定性の考慮により手引きされる。例えば、Ｓｚｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９；４６７  （１９８０）、米国特許第４，２３５，８７１号、第４，５０１，７２８号、第４，５０１，７２８号、第４，８３７，０２８号、及び第５，０１９，３６９号に記載されているように、様々な方法を、リポソームを調製するために利用可能である。
【０３１５】
免疫細胞へのターゲティングのために、リポソーム中に組み込まれるべきリガンドは、例えば、所望の免疫系細胞の細胞表面決定基に特異的な抗体またはその断片を含むことができる。リポソーム懸濁液は、とりわけ、投与の様式、送達されるペプチド、及び処置される疾患の病期にしたがって変動する用量で、静脈内、局所、局部などに投与することができる。
【０３１６】
治療目的または免疫化目的で、本明細書に記載したペプチド、及び任意でペプチドの１つ以上をコードする核酸をまた、患者に投与することもできる。数多くの方法が、核酸を患者に送達するために好都合に使用される。例として、核酸を、「裸のＤＮＡ」として直接送達することができる。このアプローチは、例として、Ｗｏｌｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４７：１４６５−１４６８  （１９９０）、ならびに米国特許第５，５８０，８５９号及び第５，５８９，４６６号に記載されている。核酸はまた、例として、米国特許第５，２０４，２５３号に記載されているような弾道送達を用いて投与することもできる。単にＤＮＡからなる粒子を、投与することができる。あるいは、ＤＮＡを、金粒子などの粒子に接着させることができる。核酸配列を送達するためのアプローチは、エレクトロポレーションを伴うかまたは伴わない、ウイルスベクター、ｍＲＮＡベクター、及びＤＮＡベクターを含むことができる。
【０３１７】
核酸はまた、カチオン性脂質などのカチオン性化合物に複合体化させて送達することもできる。脂質媒介性遺伝子送達法は、例として、９６１８３７２ＷＯＡＷＯ  ９６／１８３７２；９３２４６４０ＷＯＡＷＯ  ９３／２４６４０；Ｍａｎｎｉｎｏ  ＆  Ｇｏｕｌｄ−Ｆｏｇｅｒｉｔｅ，  ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６（７）：  ６８２−６９１  （１９８８）；米国特許第５，２７９，８３３号  Ｒｏｓｅ、米国特許第５，２７９，８３３号；９１０６３０９ＷＯＡＷＯ  ９１／０６３０９；及びＦｅｌｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：  ７４１３−７４１４  （１９８７）に記載されている。
【０３１８】
抗原はまた、ワクシニア、鶏痘、自己複製アルファウイルス、マラバウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｔａｔｓｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓｅｓ，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  （２００４）  １０，  ６１６−６２９を参照されたい）、または、第２、第３、もしくはハイブリッド第２／第３世代のレンチウイルス、及び特異的な細胞タイプもしくは受容体を標的とするように設計された任意の世代の組換えレンチウイルスを含むがそれらに限定されないレンチウイルス（例えば、Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ  ｂｙ  Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ，  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ．（２０１１）  ２３９（１）：  ４５−６１、Ｓａｋｕｍａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  ｖｅｃｔｏｒｓ：ｂａｓｉｃｔｏ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ，  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ．（２０１２）  ４４３（３）：６０３−１８、Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｅｓｃｕｅ  ｏｆ  ｓｐｌｉｃｉｎｇ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｎｔｒｏｎ  ｌｏｓｓ  ｍａｘｉｍｉｚｅｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  Ｃ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ，  Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１５）  ４３  （１）：  ６８２−６９０、Ｚｕｆｆｅｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｅｌｆ−Ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ  Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ  Ｖｅｃｔｏｒ  ｆｏｒ  Ｓａｆｅ  ａｎｄ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｉｎ  Ｖｉｖｏ  Ｇｅｎｅ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９８）  ７２  （１２）：  ９８７３−９８８０を参照されたい）などの、ウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームに含めることもできる。上述のウイルスベクターベースのワクチンプラットフォームのパッケージング能力に依存して、このアプローチは、１つ以上の抗原ペプチドをコードする１つ以上のヌクレオチド配列を送達することができる。配列は、非変異配列が隣接していてもよく、リンカーによって隔てられていてもよく、または、細胞内区画を標的とする１つもしくは複数の配列が先行していてもよい（例えば、Ｇｒｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｏｆ  ｍｅｌａｎｏｍａ  ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｎａｔ  Ｍｅｄ．（２０１６）  ２２  （４）：４３３−８、Ｓｔｒｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ  ｗｉｔｈ  ｄｏｎｏｒ−ｄｅｒｉｖｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２０１６）  ３５２  （６２９１）：１３３７−４１、Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｕｔａｔｅｄ  ｃａｎｃｅｒ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ  ｂｙ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｄｕｒａｂｌｅ  ｔｕｍｏｒ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎｓ，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．（２０１４）  ２０（  １��）：３４０１−１０を参照されたい）。宿主中への導入時に、感染した細胞は、抗原を発現し、それにより、ペプチドに対する宿主免疫（例えば、ＣＴＬ）応答を惹起する。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Ｓｔｏｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ  ３５１：４５６−４６０  （１９９１））に記載されている。抗原の治療的投与または免疫化に有用な、多種多様の他のワクチンベクター、例えば、チフス菌ベクターなどが、本明細書における記載から当業者に明らかであろう。
【０３１９】
核酸を投与する手段は、１つまたは複数のエピトープをコードするミニ遺伝子構築物を使用する。ヒト細胞における発現のための、選択されたＣＴＬエピトープをコードするＤＮＡ配列（ミニ遺伝子）を作製するために、エピトープのアミノ酸配列を逆翻訳する。各アミノ酸に対するコドン選択を手引きするために、ヒトコドン使用頻度表を使用する。これらのエピトープをコードするＤＮＡ配列を、直接隣り合わせて、連続的なポリペプチド配列を作製する。発現及び／または免疫原性を最適化するために、追加の要素を、ミニ遺伝子設計中に組み入れることができる。逆翻訳して、ミニ遺伝子配列に含めることができるアミノ酸配列の例は、ヘルパーＴリンパ球エピトープ、リーダー（シグナル）配列、及び小胞体保持シグナルを含む。加えて、ＣＴＬエピトープのＭＨＣ提示は、ＣＴＬエピトープに近接した合成の（例えば、ポリアラニン）または天然に存在する隣接配列を含むことによって、改善することができる。ミニ遺伝子配列は、ミニ遺伝子のプラス鎖及びマイナス鎖をコードするオリゴヌクレオチドをアセンブルすることによって、ＤＮＡに変換される。オーバーラップするオリゴヌクレオチド（３０〜１００塩基長）を、周知の技法を用いて適切な条件下で、合成し、リン酸化し、精製し、アニーリングする。オリゴヌクレオチドの端は、Ｔ４ＤＮＡリガーゼを用いて連結する。ＣＴＬエピトープポリペプチドをコードするこの合成ミニ遺伝子を、次いで、望ましい発現ベクター中にクローニングすることができる。
【０３２０】
精製プラスミドＤＮＡは、様々な製剤を用いて、注射のために調製することができる。これらのうちで最も単純なものは、滅菌リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）における凍結乾燥ＤＮＡの再構成である。様々な方法が記載されており、新たな技法が利用可能になり得る。上記で言及したように、核酸は、カチオン性脂質で好都合に製剤化される。加えて、糖脂質、融合性リポソーム、ペプチド、及び保護的、相互作用的、非縮合性（ＰＩＮＣ）と集合的に呼ばれる化合物もまた、精製プラスミドＤＮＡと複合体化させて、安定性、筋肉内分散、または特異的な器官もしくは細胞タイプへの輸送などの変数に影響を及ぼすことができる。
【０３２１】
また、本明細書に開示する方法の工程を行うこと；及び、多数の抗原または多数の抗原のサブセットを含む腫瘍ワクチンを生産する工程を含む、腫瘍ワクチンを製造する方法も、本明細書に開示する。
【０３２２】
本明細書に開示する抗原は、当技術分野において公知の方法を用いて製造することができる。例えば、本明細書に開示する抗原またはベクター（例えば、１つ以上の抗原をコードする少なくとも１つの配列を含むベクター）を生産する方法は、抗原またはベクターを発現するのに適している条件下で宿主細胞を培養する工程であって、宿主細胞が、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む工程、及び、抗原またはベクターを精製する工程を含むことができる。標準的な精製法は、クロマトグラフィー技法、電気泳動技法、免疫学的技法、沈降技法、透析技法、濾過技法、濃縮技法、及びクロマトフォーカシング技法を含む。
【０３２３】
宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０細胞、酵母、またはＨＥＫ２９３細胞を含むことができる。宿主細胞は、本明細書に開示する抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列を含む、１つ以上のポリヌクレオチドで形質転換することができ、任意で、単離されたポリヌクレオチドは、抗原またはベクターをコードする少なくとも１つの核酸配列に機能的に連結されたプロモーター配列をさらに含む。ある特定の実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡであることができる。
【０３２４】
ＶＩＩ．抗原の使用及び投与
ワクチン接種プロトコールを用いて対象に１つ以上の抗原を投与することができる。プライミングワクチン及びブースターワクチンを用いて対象への投与を行うことができる。プライミングワクチンは、Ｃ６８（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３または４に示される配列）に基づいたものとすることができ、ブースターワクチンは、Ｃ６８（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１または２に示される配列）またはｓｒＲＮＡ（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３または４に示される配列）に基づいたものとすることができる。各ベクターは、通常、抗原を含むカセットを含んでいる。カセットは、各抗原を通常取り囲む天然の配列、またはＡＡＹなどの他の非天然のスペーサー配列などのスペーサーによって隔てられた約２０個の抗原を含むことができる。カセットは、破傷風トキソイド抗原などのＭＨＣＩＩ抗原、及びユニバーサルクラスＩＩ抗原とみなされるＰＡＤＲＥ抗原を含んでもよい。カセットは、ユビキチンターゲティング配列などのターゲティング配列を含んでもよい。さらに、各ワクチン用量は、チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）と組み合わせて（例えば、同時、その前、またはその後で）対象に投与することができる。ＣＰＩは、抗体またはその抗原結合部分など、ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、及び／またはＰＤＬ１を阻害するものを含むことができる。かかる抗体としては、トレメリムマブまたはデュルバルマブを挙げることができる。
【０３２５】
プライミングワクチンは、対象に注射（例えば筋肉内に）することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ(例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１〜１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１〜１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
【０３２６】
プライムワクチン接種後に、ワクチンブースト（ブースターワクチン）を注射（例えば筋肉内に）することができる。ブースターワクチンは、プライム後の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間ごと、例えば、４週間ごと、及び／または８週間ごとに投与することができる。用量ごとに両側性注射を用いることができる。例えば、ＣｈＡｄＶ６８（Ｃ６８）の１回以上の注射を用いることができ(例えば、総用量１×１０１２個のウイルス粒子）、０．００１〜１ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される低ワクチン用量、詳細には０．１もしくは１ｕｇの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）の１回以上の注射を用いることができ、または、１〜１００ｕｇのＲＮＡの範囲から選択される高ワクチン用量、詳細には１０もしくは１００ｕｇのｓｒＲＮＡの１回以上の注射を用いることができる。
【０３２７】
抗ＣＴＬＡ−４（例えばトレメリムマブ）を対象に投与することもできる。例えば、抗ＣＴＬＡ４を筋肉内ワクチン注射（ＣｈＡｄＶ６８プライムまたはｓｒＲＮＡ低用量）の部位の近くに皮下投与することで同じリンパ節内に確実に送り込むことができる。トレメリムマブは、ＣＴＬＡ−４の選択的ヒトＩｇＧ２ｍＡｂ阻害剤である。標的抗ＣＴＬＡ−４（トレメリムマブ）皮下用量は、通常、７０〜７５ｍｇ（詳細には７５ｍｇ）であり、例えば、１〜１００ｍｇまたは５〜４２０ｍｇの用量範囲である。
【０３２８】
特定の場合では、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）などの抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用することができる。デュルバルマブは、ＰＤ−１及びＣＤ８０へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する選択的な高親和性のヒトＩｇＧ１  ｍＡｂである。デュルバルマブは一般的に４週間ごとに２０ｍｇ／ｋｇが静脈内投与される。
【０３２９】
免疫モニタリングを、ワクチン投与の前、その間、及び／またはその後に行うことができる。かかるモニタリングは、他のパラメータの中でもとりわけ、安全性及び有効性についての情報を与えることができる。
【０３３０】
免疫モニタリングを行うには、ＰＢＭＣが一般的に用いられる。ＰＢＭＣは、プライムワクチン接種の前、及びプライムワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に単離することができる。ＰＢＭＣは、ブーストワクチン接種の直前、及び各ブーストワクチン接種の後（例えば、４週間及び８週間）に採取することができる。
【０３３１】
Ｔ細胞応答を、免疫モニタリングプロトコールの一環として評価することができる。Ｔ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔ、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌、及び細胞表面捕捉、Ｔ細胞増殖、ＭＨＣマルチマー染色、または細胞毒性アッセイなどの当業者には周知の１つ以上の方法を用いて測定することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対するＴ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを用いて、ＩＦＮ−γなどのサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８  Ｔ細胞応答は、フローサイトメトリーを用いて、ＩＦＮ−γなどの細胞内または細胞外で捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８  Ｔ細胞応答は、ＭＨＣマルチマー染色を用い、エピトープ／ＭＨＣクラスＩ複合体に対して特異的なＴ細胞受容体を発現するＴ細胞集団を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに対する特異的なＣＤ４またはＣＤ８  Ｔ細胞応答は、３Ｈチミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオロセインジアセテートスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）の取り込み後に、Ｔ細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによりＰＢＭＣから監視することができる。ワクチンにコードされたエピトープに特異的なＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の抗原認識能及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替的な比色細胞毒性アッセイにより機能的に評価することができる。
【０３３２】
ＶＩＩＩ．抗原の特定
ＶＩＩＩ．Ａ．抗原候補の特定
腫瘍及び正常のエクソーム及びトランスクリプトームのＮＧＳ解析のための研究法を、抗原の特定のスペースに記載し、適用している６，１４，１５。臨床設定における抗原の特定において、より大きな感度及び特異性のためのある特定の最適化を考慮することができる。これらの最適化は、実験室プロセスに関連するもの及びＮＧＳデータ解析に関連するものの、２つの区域にグループ化することができる。最適化の例は当業者には周知のものであり、例えば、そのような方法が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０３３３】
ＶＩＩＩ．Ｂ．ＨＬＡペプチドの単離及び検出
ＨＬＡペプチド分子の単離は、組織試料の溶解及び可溶化後に、古典的な免疫沈降（ＩＰ）法を用いて行った（５５〜５８）。清澄化した溶解物を、ＨＬＡ特異的ＩＰに使用した。
【０３３４】
免疫沈降は、抗体がＨＬＡ分子に特異的である、ビーズにカップリングした抗体を用いて行った。汎クラスＩ  ＨＬＡ免疫沈降のためには、汎クラスＩ  ＣＲ抗体を使用し、クラスＩＩ  ＨＬＡ−ＤＲのためには、ＨＬＡ−ＤＲ抗体を使用する。抗体を、一晩インキュベーション中に、ＮＨＳ−セファロースビーズに共有結合で付着させる。共有結合性の付着後、ビーズを洗浄して、ＩＰのために等分した（５９、６０）。免疫沈降は、ビーズに共有結合されていない抗体を用いて行うこともできる。一般的に、これは、抗体をカラムに保持するためにＰｒｏｔｅｉｎＡ及び／またはＰｒｏｔｅｉｎＧでコーティングしたセファロースまたは磁気ビーズを使用して行われる。ＭＨＣ／ペプチド複合体を選択的に濃縮するために使用することができるいくつかの抗体を下記に示す。
2021524247.tif 000006
【０３３５】
清澄化した組織溶解物を、免疫沈降のために抗体ビーズに添加する。免疫沈降後、ビーズを溶解物から除去し、追加的なＩＰを含む追加的な実験のために、溶解物を保存する。標準的な技法を用いて、ＩＰビーズを洗浄して非特異的結合を除去し、ＨＬＡ／ペプチド複合体をビーズから溶出する。分子量スピンカラムまたはＣ１８分画を用いて、タンパク質構成要素をペプチドから除去する。結果として生じたペプチドを、ＳｐｅｅｄＶａｃ蒸発によって乾燥させ、いくつかの場合には、ＭＳ解析の前に−２０℃で保存する。
【０３３６】
乾燥したペプチドを、逆相クロマトグラフィーに適しているＨＰＬＣ緩衝液において再構成し、Ｆｕｓｉｏｎ  Ｌｕｍｏｓ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）における勾配溶出のために、Ｃ−１８マイクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上にロードする。ペプチド質量／電荷（ｍ／ｚ）のＭＳ１スペクトルを、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度で収集し、その後、ＭＳ２低解像度スキャンを、選択イオンのＨＣＤフラグメンテーション後にイオントラップ検出器において収集した。追加的に、ＭＳ２スペクトルは、ＣＩＤもしくはＥＴＤフラグメンテーション法、または、ペプチドのより大きなアミノ酸カバレッジを獲得するための３つの技法の任意の組み合わせのいずれかを用いて、取得することができる。ＭＳ２スペクトルはまた、Ｏｒｂｉｔｒａｐ検出器において高解像度質量精度で測定することもできる。
【０３３７】
各解析由来のＭＳ２スペクトルを、Ｃｏｍｅｔ（６１、６２）を用いてタンパク質データベースに対して検索し、ペプチド特定を、Ｐｅｒｃｏｌａｔｏｒ（６３〜６５）を用いてスコア化する。ＰＥＡＫＳ  ｓｔｕｄｉｏ（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．）及び他のサーチエンジンを用いてさらなるシークエンシングを行うか、またはスペクトルマッチング及びデノボシークエンシング（９７）を含むシークエンシング法を用いることができる。
【０３３８】
ＶＩＩＩ．Ｂ．１．総合的ＨＬＡペプチドシークエンシングのためのＭＳ検出限界の研究
ペプチドＹＶＹＶＡＤＶＡＡＫを用いて、何が検出の限界かを、ＬＣカラム上にロードした様々な量のペプチドを用いて決定した。試験したペプチドの量は、１ｐｍｏｌ、１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、及び１００ａｍｏｌであった。（表１）結果を図２４Ａ及び２４Ｂに示す。これらの結果は、検出の最低限界（ＬｏＤ）がアトモルの範囲（１０−１８）にあること、ダイナミックレンジが５桁に及ぶこと、及び、シグナル対ノイズが、低いフェムトモル範囲（１０−１５）でシークエンシングに充分であるように見えることを示す。質量分析を本明細書に記載される予測アルゴリズムと組み合わせて用いてＨＬＡの提示を検証することができる。例えば、質量分析を用いてＥＤＧＥ提示モデルによって生成されたエピトープ候補を検証することができる（国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号に記載される、ＭＳ／ＭＳによりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチド上で訓練されたディープラーニングモデル）。標的化ＭＳによるＥＤＧＥスコアと候補共有新生抗原ペプチドの検出確率との間の相関の例を図２５に示す。
【０３３９】
（表１）
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【０３４０】
ＩＸ．提示モデル
提示モデルを用いて、患者におけるペプチド提示尤度を特定することができる。異なる提示モデルは当業者には周知のものであり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号、及び同第ＷＯ２０１６１８７５０８号、ならびに米国特許出願第ＵＳ２０１１０２９３６３７号により詳細に記載されている。
【０３４１】
Ｘ．訓練モジュール
訓練モジュールを用いて、ペプチド配列がそのペプチド配列に関連したＭＨＣアレルによって提示される尤度を生成する１つ以上の提示モデルを訓練データセットに基づいて構築することができる。様々な訓練モジュールが当業者には周知であり、例えば、そのような提示モデルは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。訓練モジュールは、アレル毎ベースでペプチドの提示尤度を予測するための予測モデルを構築することができる。訓練モジュールは、２つ以上のＭＨＣアレルが存在する複数アレル場面においてペプチドの提示尤度を予測するための提示モデルも構築することができる。
【０３４２】
ＸＩ．予測モジュール
予測モジュールを用いて、配列データを受け取って、提示モデルを用いて配列データ中の候補抗原を選択することができる。具体的には、配列データは、患者の腫瘍組織細胞から抽出されたＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、及び／またはタンパク質配列であってよい。予測モジュールは、患者の正常組織細胞から抽出された配列データをその患者の腫瘍組織細胞から抽出された配列データと比較して１つ以上の変異を有する部分を特定することによって、変異したペプチド配列である候補新生抗原を特定することができる。予測モジュールは、患者の正常組織細胞から抽出された配列データをその患者の腫瘍組織細胞から抽出された配列データと比較して不適切に発現している候補抗原を特定することにより、正常細胞または組織と比較して腫瘍細胞またはがん性組織で発現が変化している候補抗原を特定することができる。
【０３４３】
提示モジュールは、１つ以上の提示モデルを処理されたペプチド配列に適用してペプチド配列の提示尤度を推定することができる。具体的には、予測モジュールは、提示モデルを候補抗原に適用することによって、腫瘍ＨＬＡ分子上に提示される可能性が高い１つ以上の候補抗原ペプチド配列を選択することができる。一実現形態では、提示モジュールは、あらかじめ決定された閾値を上回る推定提示尤度を有する候補抗原配列を選択する。別の実現形態では、提示モデルは、最も高い推定提示尤度を有するＮ個の候補抗原配列を選択する（Ｎは、一般的に、ワクチン中で送達することができるエピトープの最大数である）。所定の患者について選択された候補抗原を含むワクチンを患者に注射して免疫応答を誘導することができる。
【０３４４】
ＸＩ．Ｂ．  カセット設計モジュール
ＸＩ．Ｂ．１  概要
カセット設計モジュールを用いて、患者に注射するために選択された候補ペプチドに基づいてワクチンカセット配列を生成することができる。様々なカセット設計モジュールが当業者に周知であり、例えば、そのようなカセット設計モジュールは、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０３４５】
治療エピトープのセットは、所定の閾値を上回る提示尤度（提示尤度は、提示モデルにより決定される）に関連付けられた予測モジュールによって決定された選択されたペプチドに基づいて生成することができる。しかしながら、他の実施形態では、治療エピトープのセットは、多くの方法の任意の１つ以上（単独または組み合わせ）に基づいて、例えば、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合親和性もしくは予測される結合親和性、患者のＨＬＡクラスＩまたはクラスＩＩアレルに対する結合安定性もしくは予測される結合安定性、ランダムサンプリングなどに基づいて、生成することができる。
【０３４６】
治療エピトープはそれ自体が選択されたペプチドに相当してもよい。治療エピトープは、選択されたペプチド以外にＣ及び／またはＮ末端フランキング配列を含むこともできる。Ｎ及びＣ末端フランキング配列は、その由来源タンパク質との関連において治療ワクチンエピトープの天然のＮ及びＣ末端フランキング配列であってよい。治療エピトープは固定長のエピトープを表してもよい。治療エピトープは、可変長のエピトープを表してもよく、エピトープの長さは例えばＣまたはＮ末端フランキング配列の長さによって異なり得る。例えば、Ｃ末端フランキング配列及びＮ末端フランキング配列は、それぞれ２〜５残基の異なる長さを有してよく、これによりエピトープの１６種類の可能な選択肢が与えられる。
【０３４７】
カセット設計モジュールは、カセット内の２個の治療エピトープ間の連結部にまたがるジャンクションエピトープの提示を考慮することによってカセット配列を生成することもできる。ジャンクションエピトープは、カセット内で治療エピトープ及びリンカー配列を連結するプロセスによってカセット内に生じる新規な非自己であるが無関係なエピトープ配列である。ジャンクションエピトープの新規な配列は、カセットの治療エピトープ自体とは異なる。
【０３４８】
カセット設計モジュールは、ジャンクションエピトープがその患者において提示される尤度を低下させるカセット配列を生成することができる。具体的には、カセットが患者に注射される際、ジャンクションエピトープは、患者のＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩアレルによって提示される可能性を有し、それぞれＣＤ８またはＣＤ４  Ｔ細胞応答を刺激する。かかる応答は、ジャンクションエピトープに対する反応性を有するＴ細胞は治療効果を有さないことから往々にして望ましくなく、抗原競合によりカセット内の選択された治療エピトープに対する免疫応答を消失させる可能性がある７６。
【０３４９】
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセットについて繰り返し処理を行って、そのカセット配列に関連付けられたジャンクションエピトープの提示スコアが数値閾値を下回るカセット配列を決定することができる。ジャンクションエピトープ提示スコアは、カセット内のジャンクションエピトープの提示尤度に関連付けられた量であり、ジャンクションエピトープ提示スコアの値が高いほど、カセットのジャンクションエピトープがＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩまたはその両方によって提示されやすいことを示す。
【０３５０】
一実施形態では、カセット設計モジュールは、候補カセット配列間で最も低いジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられたカセット配列を決定することができる。
【０３５１】
カセット設計モジュールは、１つ以上の候補カセット配列について繰り返し処理を行い、各候補カセットのジャンクションエピトープ提示スコアを決定し、閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた最適なカセット配列を特定することができる。
【０３５２】
カセット設計モジュールは、候補カセット配列内のジャンクションエピトープのいずれかが、ワクチンを設計しようとする特定の患者の自己エピトープであるかどうかを識別するために１つ以上の候補カセット配列をさらに確認することができる。これを行うには、カセット設計モジュールは、ＢＬＡＳＴなどの既知のデータベースに対してジャンクションエピトープを確認する。一実施形態では、カセット設計モジュールは、ジャンクション自己エピトープを防止するカセットを設計するように構成することができる。
【０３５３】
カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチを実行して、すべての、または大部分の可能な候補カセット配列について繰り返し処理を行うことで最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する配列を選択することができる。しかしながら、かかる候補カセットの数は、ワクチンの容量が大きくなるにしたがって途方もなく大きくなり得る。例えば、２０個のエピトープのワクチン容量では、カセット設計モジュールは、最小のエピトープ提示スコアを有するカセットを決定するために約１０１８個の可能な候補カセットについて繰り返し処理を行わなければならない。この決定は、カセット設計モジュールが妥当な長さの時間内で患者に対するワクチンを生成するには計算の負荷（必要とされる計算処理リソースの点で）が大きくなり、時として処理不能となり得る。さらに、各候補カセットについて可能なジャンクションエピトープを処理することはよりいっそうの負荷となり得る。したがって、カセット設計モジュールは、ブルートフォースアプローチにおける候補カセット配列の数よりも大幅に小さい候補カセット配列の数について繰り返し処理を行う方法に基づいてカセット配列を選択することができる。
【０３５４】
カセット設計モジュールは、ランダムに、または少なくとも疑似ランダムに生成された候補カセットを生成し、所定の閾値を下回るジャンクションエピトープ提示スコアに関連付けられた候補カセットをカセット配列として選択することができる。さらに、カセット設計モジュールは、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有するサブセットからの候補カセットをカセット配列として選択することができる。例えば、カセット設計モジュールは、２０個の選択されたエピトープのセットについて約１００万の候補カセットのサブセットを生成し、最小のジャンクションエピトープ提示スコアを有する候補カセットを選択することができる。ランダムカセット配列のサブセットを生成し、このサブセットからジャンクションエピトープ提示スコアの低いカセット配列を選択することはブルートフォースアプローチと比べて最適とはいえないが、これは、必要な計算リソースが大幅に少なく、そのため、その実施が技術的に可能である。さらに、このより効率的な手法に対してブルートフォース法を行うことは、ジャンクションエピトープ提示スコアのわずかな、またはさらには無視される程度の改善しかもたらされない可能性があるため、リソースの配分の観点からはあまり価値がない。カセット設計モジュールは、カセットのエピトープ配列を非対称巡回セールスマン問題（ＴＳＰ）として定式化することにより、改善されたカセット構成を決定することができる。ノードのリスト、及び各ノードのペア間の距離が与えられた場合、ＴＳＰは、各ノードをちょうど１回ずつ訪問して元のノードに戻るための最小の総距離に関連付けられたノードの配列を決定する。例えば、互いの間の距離が既知である都市Ａ、Ｂ、及びＣが与えられた場合、ＴＳＰの解は、可能な巡回路のうちで各都市をちょうど１回ずつ訪問するのに移動する総距離が最小となるような都市の閉じた配列を生成する。ＴＳＰの非対称バージョンは、ノードのペア間の距離が非対象である場合の最適なノードの配列を決定する。例えば、ノードＡからノードＢに移動するための「距離」は、ノードＢからノードＡに移動するための「距離」と異なる場合がある。非対称ＴＳＰを用いて改善された最適カセットについて解くことにより、カセット設計モジュールは、カセットの各エピトープ間のジャンクションにわたって低い提示スコアを与えるカセット配列を見つけることができる。非対称ＴＳＰの解は、カセットの各ジャンクションにわたったジャンクションエピトープ提示スコアを最小とするために各エピトープが連結されなければならない順序に対応した治療エピトープの配列を示す。このアプローチによって決定されたカセット配列は、ジャンクションエピトープの提示が大幅に低い配列を与える一方で、特に生成される候補カセット配列の数が大きい場合に、必要とされる計算リソースがランダムサンプリングアプローチよりも大幅に少なくなる可能性がある。異なる計算手法及び最適化カセット設計の比較の例示的な例が、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０３５５】
ＸＩＩＩ．例示的なコンピュータ
本明細書に記載される計算方法のいずれにおいてもコンピュータを使用することができる。当業者には、コンピュータは異なるアーキテクチャを有し得る点が認識されよう。当業者には周知のコンピュータの例は、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容をそれぞれ援用する国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号により詳細に記載されている。
【０３５６】
ＸＩＶ．抗原送達ベクターの例
以下は、本明細書を実施するための具体的な実施形態の例である。これらの例はあくまで例示の目的で示されるものにすぎず、本発明の範囲をいかなる意味においても限定しようとするものではない。用いられる数値（例えば、量、温度など）に関して精度を確実とするべく努力に努めてはいるが、ある程度の実験的誤差及び偏差は無論のこと許容されなければならない。
【０３５７】
本発明の実施では、特に断らない限りは、当該技術分野の技術の範囲内で、タンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を用いている。かかる技術は文献に完全に説明されている（例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ  ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ  ａｎｄ  Ｎ．Ｋａｐｌａｎ  ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ  ａｎｄ  Ｓｕｎｄｂｅｒｇ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３ｒｄ  Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ）  Ｖｏｌｓ  Ａ  ａｎｄ  Ｂ（１９９２）を参照されたい）。
【０３５８】
ＸＩＶ．Ａ．新生抗原カセットの設計
ワクチン接種によって、対応する細胞免疫応答（複数可）を刺激するクラスＩ  ＭＨＣに制限された複数の腫瘍特異的新生抗原（ＴＳＮＡ）を送達することができる。１つの例では、複数のエピトープを単一の遺伝子産物をしてコードするようにワクチンカセットを操作しているが、ここで各エピトープはそれらの天然の包囲ペプチド配列内に埋め込まれるか、または非天然リンカー配列によって隔てられている。抗原のプロセシング及び提示、ひいてはＴＳＮＡ特異的ＣＤ８  Ｔ細胞応答の程度及び幅に潜在的に影響を及ぼし得るいくつかの設計パラメータが特定されている。本例では、いくつかのモデルカセットを設計及び構築して以下を評価した。すなわち、（１）１個の発現カセットに組み込まれた複数のエピトープに対する強いＴ細胞応答を生じることができるかどうか、（２）どのような条件が、すべてのエピトープの最適なプロセシング及び提示につながる、発現カセット内のＴＳＮＡ間に配置される最適リンカーを作るか、（３）カセット内の各エピトープの相対位置がＴ細胞応答に影響するか、（４）カセット内のエピトープの数が個々のエピトープに対するＴ細胞応答の程度または質に影響するかどうか、（５）細胞ターゲティング配列の付加がＴ細胞応答を向上させるか。
【０３５９】
抗原提示及びモデルカセット内のマーカーエピトープに特異的なＴ細胞応答を評価するために以下の２つの指標が開発された。すなわち、（１）特殊な操作を行ったレポーターＴ細胞の活性化によって測定される抗原提示の評価を可能としたインビトロ細胞ベーススクリーン（Ａａｒｎｏｕｄｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｎａｇａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、及び（２）対応するエピトープ特異的Ｔ細胞応答によるヒト由来のカセットから誘導されたエピトープのワクチン接種後の免疫原性を評価するためにＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウス（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）を使用したインビボアッセイ（Ｃｏｒｎｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｄｅｐｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｉｓｈｉｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。
【０３６０】
ＸＩＶ．Ｂ．抗原カセット設計の評価
ＸＩＶ．Ｂ．１．方法及び材料
ＴＣＲ及びカセット設計及びクローニング
選択されたＴＣＲは、Ａ＊０２０１により提示される場合にペプチドＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（ＰＤＢ番号５Ｄ２Ｎ）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（ＰＤＢ番号３ＲＥＶ）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（ＰＤＢ番号１ＯＧＡ）ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（ＰＤＢ番号１ＡＯ７）を認識する。２Ａペプチド連結ＴＣＲサブユニット（βに続きα）、ＥＭＣＶＩＲＥＳ、及び２Ａ連結ＣＤ８サブユニット（βに続きα及びプロマイシン耐性遺伝子）を含むトランスファーベクターを構築した。オープンリーディングフレーム配列は、コドン最適化され、ＧｅｎｅＡｒｔ社により合成されたものである。
【０３６１】
インビトロエピトーププロセシング及び提示実験用の細胞株の作製
ペプチドは、ＰｒｏＩｍｍｕｎｅ社またはＧｅｎｓｃｒｉｐｔ社より購入し、水／ＤＭＳＯ（２：８，ｖ／ｖ）に加えた１０ｍＭ  ｔｒｉｓ（２−カルボキシルエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）で１０ｍｇ／ｍＬに希釈した。細胞培地及び補助添加物質は特に断らない限りはＧｉｂｃｏ社より入手した。熱不活化ウシ胎児血清（ＦＢＳｈｉ）はＳｅｒａｄｉｇｍ社より入手した。ＱＵＡＮＴＩ−Ｌｕｃ基質、ゼオシン、及びプロマイシンはＩｎｖｉｖｏＧｅｎ社より入手した。Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＮＦＡＴ細胞（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ社）を１０％ ＦＢＳｈｉ、ピルビン酸ナトリウム、及び１００μｇ／ｍＬのゼオシンを添加したＲＰＭＩ１６４０中で維持した。形質導入した後、これらの細胞にさらに０．３μｇ／ｍＬのプロマイシンを加えた。Ｔ２細胞（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−１９９２）をＩｓｃｏｖｅ培地（ＩＭＤＭ）＋２０％ＦＢＳｈｉ中で培養した。Ｕ−８７  ＭＧ（ＡＴＣＣ  ＨＴＢ−１４）細胞を、１０％ＦＢＳｈｉを添加したＭＥＭ  Ｅａｇｌｅｓ培地中で維持した。
【０３６２】
Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＮＦＡＴ細胞は、ＮＦＡＴ誘導性Ｌｕｃｉａレポーターコンストラクトを含んでいる。Ｌｕｃｉａ遺伝子は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の結合によって活性化されると、セレンテラジンを利用するルシフェラーゼを培地中に分泌させる。このルシフェラーゼは、ＱＵＡＮＴＩ−Ｌｕｃルシフェラーゼ検出試薬を用いて測定することができる。Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ細胞をレンチウイルスで形質導入して抗原特異的ＴＣＲを発現させた。ＨＩＶ由来レンチウイルストランスファーベクターをＧｅｎｅＣｏｐｏｅｉａ社より入手し、ＶＳＶ−Ｇ（ｐＣＭＶ−ＶｓｖＧ）、Ｒｅｖ（ｐＲＳＶ−Ｒｅｖ）及びＧａｇ−ｐｏｌ（ｐＣｇｐＶ）を発現するレンチウイルス支持プラスミドをＣｅｌｌ  Ｄｅｓｉｇｎ  Ｌａｂｓ社より入手した。
【０３６３】
レンチウイルスを、４０μｌのリポフェクタミン及び２０μｇのＤＮＡミクスチャー（重量比４：２：１：１のトランスファープラスミド：ｐＣｇｐＶ：ｐＲＳＶ−Ｒｅｖ：ｐＣＭＶ−ＶｓｖＧ）を使用し、ＨＥＫ２９３細胞の５０〜８０％コンフルエンスにあるＴ７５フラスコをリポフェクタミン２０００（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でトランスフェクトすることにより調製した。８〜１０ｍＬのウイルス含有培地をＬｅｎｔｉ−Ｘシステム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ社）を用いて濃縮し、ウイルスを１００〜２００μｌの新鮮培地中に再懸濁した。この体積を用いて等しい体積のＪｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ細胞（５×１０Ｅ４〜１×１０Ｅ６個の細胞を異なる実験で使用した）にオーバーレイした。０．３μｇ／ｍｌのプロマイシン含有培地中での培養後、細胞をソートしてクロナリティーを得た。これらのＪｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＴＣＲクローンを、ペプチドを取り込ませたＴ２細胞を用いて活性及び選択性について試験した。
【０３６４】
インビトロエピトーププロセシング及び提示アッセイ
Ｔ２細胞はＴＣＲによる抗原認識を調べる目的で日常的に使用されている。Ｔ２細胞は、抗原プロセシング用のペプチドトランスポーターを欠失しており（ＴＡＰ欠損）、内因性のペプチドをＭＨＣ上に提示するために小胞体に取り込むことができない。しかしながら、Ｔ２細胞には外因性のペプチドを容易に取り込ませることができる。５種類のマーカーペプチド（ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ、ＧＬＣＴＬＶＡＭＬ、ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ）及び２種類の無関係のペプチド（ＷＬＳＬＬＶＰＦＶ、ＦＬＬＴＲＩＣＴ）をＴ２細胞に取り込ませた。簡単に述べると、Ｔ２細胞をカウントし、ＩＭＤＭ＋１％ＦＢＳｈｉで１×１０６細胞／ｍＬに希釈した。各ペプチドは１０μｇペプチド／１×１０６細胞となるように加えた。次いで細胞を３７℃で９０分間インキュベートした。細胞をＩＭＤＭ＋２０％ＦＢＳｈｉで２回洗浄し、５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬを９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレートにプレーティングした。Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬをＴ２細胞に加えた。プレートを３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートした。次いでプレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ−Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ  ｉＥ３ｘで読み取った。
【０３６５】
アデノウイルスカセットによるマーカーエピトープ提示を試験するため、Ｕ−８７  ＭＧ細胞を代理抗原提示細胞（ＡＰＣ）として用い、アデノウイルスベクターで形質導入した。Ｕ−８７  ＭＧ細胞を収集し、９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレート中で培地中に５×１０Ｅ５細胞／１００μｌでプレーティングした。プレートを３７℃で約２時間インキュベートした。アデノウイルスカセットをＭＥＭ＋１０％ＦＢＳｈｉでＭＯＩ１００、５０、１０、５、１及び０に希釈し、Ｕ−８７  ＭＧ細胞に５μｌ／ウェルで加えた。プレートを再び３７℃で約２時間インキュベートした。Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、Ｕ−８７  ＭＧ細胞に１００μＬ／ウェルで加えた。次いでプレートを３７℃、５％ＣＯ２で約２４時間インキュベートした。プレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ−Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ  ｉＥ３ｘで読み取った。
【０３６６】
免疫原性実験用のマウス系統
トランスジェニックＨＬＡ−Ａ２．１（ＨＬＡ−Ａ２ Ｔｇ）マウスをＴａｃｏｎｉｃ  Ｌａｂｓ，Ｉｎｃ社より入手した。これらのマウスは、ヒトＨＬＡ−Ａ２．１リーダードメイン、α１ドメイン、及びα２ドメインと、マウスＨ２−Ｋｂ  α３ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインで構成されるキメラクラスＩ分子からなる導入遺伝子を有するものである（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１）。これらの実験で使用したマウスは、Ｃ５７Ｂｌ／６バックグラウンドの野生型ＢＡＬＢ／ｃＡｎＮＴａｃの雌及びホモ接合型ＨＬＡ−Ａ２．１Ｔｇの雌の第１世代子孫（Ｆ１）である。
【０３６７】
アデノウイルスベクター（Ａｄ５ｖ）による免疫化
ＨＬＡ−Ａ２ Ｔｇマウスを、前脛骨筋の両側性の筋肉内注射により１×１０１０〜１×１０６個のアデノウイルスベクターのウイルス粒子で免疫化した。免疫応答を免疫化の１２日後に測定した。
【０３６８】
リンパ球の単離
免疫化したマウスの新しく収集した脾臓及びリンパ節からリンパ球を単離した。ＧｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置を製造者の指示にしたがって使用して、１０％ウシ胎児血清をペニシリン及びストレプトマイシンと共に含むＲＰＭＩ（完全ＲＰＭＩ）中で組織を解離させた。
【０３６９】
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン（Ｊａｎｅｔｚｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。１×１０５個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
【０３７０】
エクスビボ細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）及びフローサイトメトリー分析
新しく単離したリンパ球を２〜５×１０６細胞／ｍＬの密度で１０ｕＭの示したペプチドと２時間インキュベートした。２時間後、ブレフェルジンＡを５ｕｇ／ｍｌの濃度にまで加え、細胞を刺激物質とさらに４時間インキュベートした。刺激後、生細胞を製造者のプロトコールにしたがって固定可能な生存率解析用色素ｅＦｌｕｏｒ７８０で標識し、抗ＣＤ８  ＡＰＣ（クローン５３−６．７，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）により１：４００の希釈率で染色した。細胞内染色には抗ＩＦＮｇ  ＰＥ（クローンＸＭＧ１．２，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ社）を１：１００で使用した。試料をＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴ Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）で収集した。ＦｌｏｗＪｏを使用してフローサイトメトリーデータをプロットし、分析を行った。抗原特異的応答の程度を評価するため、ＣＤ８＋細胞のＩＦＮｇ＋の割合（％）及び全ＩＦＮｇ＋細胞数／１×１０６個の生細胞の両方を、各ペプチド刺激物質に対して計算した。
【０３７１】
ＸＩＶ．Ｂ．２．抗原カセット設計のインビトロ評価
抗原カセットの設計の評価の一例として、インビトロの細胞ベースのアッセイを開発し、モデルワクチンカセット内の選択されたヒトエピトープが抗原提示細胞によって発現、プロセシング、及び提示されるかどうかを評価した（図１）。認識後、特性がよく知られているペプチド−ＨＬＡの組み合わせに特異的な５種類のＴＣＲのうちの１つを発現するように操作されたＪｕｒｋａｔ−ＬｕｃｉａレポーターＴ細胞が活性化され、活性化Ｔ細胞の核因子（ＮＦＡＴ）を核内に移行させると、ルシフェラーゼレポーター遺伝子の転写が活性化される。個々のレポーターＣＤ８  Ｔ細胞株の抗原刺激をバイオルミネッセンスによって定量した。
【０３７２】
個々のＪｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａレポーター株は、等モル量の翻訳産物が得られるようにＰ２Ａリボソームスキップ配列によって隔てられた抗原特異的ＴＣＲβ鎖とＴＣＲα鎖を含む発現コンストラクトによるレンチウイルス形質導入によって改変されたものである（Ｂａｎｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。細胞表面上のＣＤ８は標的ｐＭＨＣ分子に対する結合親和性にとって重要であり、その細胞質テールの結合を介してシグナル伝達を促進する（Ｌｙｏｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｙａｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）ことから、レンチウイルスコンストラクトへの第２のＣＤ８β−Ｐ２Ａ−ＣＤ８α因子の付加によって、親レポーター細胞株に欠損しているＣＤ８共受容体の発現がもたらされる。
【０３７３】
レンチウイルスによる形質導入の後、Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａレポーターをプロマイシン選択下で増殖させ、ＦＡＣＳ（ｓｉｎｇｌｅ  ｃｅｌｌ   ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｓｓｉｓｔｅｄ  ｃｅｌｌ  ｓｏｒｔｉｎｇ）（単一細胞蛍光支援細胞選別）に供し、モノクローナル集団をルシフェラーゼ発現について試験した。これにより、機能的細胞応答を有する特異的ペプチド抗原１、２、４、及び５について安定的に形質導入されたレポーター細胞株が得られた（表２）。
【０３７４】
（表２）インビトロＴ細胞活性化アッセイの開発ルシフェラーゼの誘導によって測定されるペプチド特異的Ｔ細胞認識は、ワクチンカセット抗原の効果的なプロセシング及び提示を示す。
2021524247.tif 000008
＊エピトープ３のレポーターＴ細胞はまだ生成されていない。
【０３７５】
別の例では、一連の短いカセットにおいて、すべてのマーカーエピトープを同じ位置に組み込み（図２Ａ）、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１制限エピトープ（図２Ｂ）を隔てるリンカーのみを変えた。レポーターＴ細胞を、これらの短いカセットを発現するアデノウイルスコンストラクトを感染させたＵ−８７抗原提示細胞（ＡＰＣ）と個々に混合し、ルシフェラーゼ発現を非感染対照に対して測定した。モデルカセット内の４つすべての抗原が、一致するレポーターＴ細胞により認識され、複数の抗原が効率的にプロセシング及び提示されていることが示された。Ｔ細胞応答の程度は、天然及びＡＡＹリンカーについて概ね同様の傾向にしたがった。ＲＲリンカーベースのカセットから放出された抗原は、低いルシフェラーゼの誘導を示す（表３）。抗原プロセシングを阻害するように設計されたＤＰＰリンカーは、エピトープ提示が低いワクチンカセットを生じた（表３）。
【０３７６】
（表３）短いカセット内のリンカー配列の評価。インビトロＴ細胞活性化アッセイにおけるルシフェラーゼ誘導は、ＤＰＰベースのカセットと異なり、すべてのリンカーがカセット抗原の効率的な放出を促進したことを示した。Ｔ細胞エピトープのみ（リンカーなし）＝９ＡＡ、片側に天然リンカー＝１７ＡＡ、両側に天然リンカー＝２５ＡＡ、非天然リンカー＝ＡＡＹ，ＲＲ，ＤＰＰ
2021524247.tif 000009
＊エピトープ３のレポーターＴ細胞はまだ生成されていない。
【０３７７】
別の例では、ヒト及びマウスのエピトープ以外に、カセットのＮ末端またはＣ末端のいずれかに配置された、ユビキチン（Ｕｂ）、ＭＨＣ及びＩｇ−κシグナルペプチド（ＳＰ）、及び／またはＭＨＣ膜貫通（ＴＭ）モチーフなどのターゲティング配列を含むさらなる一連の短いカセットを構築した（図３）。アデノウイルスベクターによってＵ−８７  ＡＰＣに送達されると、レポーターＴ細胞は、複数のカセット由来の抗原の効率的なプロセシング及び提示を示した。しかしながら、Ｔ細胞応答の程度は、異なるターゲティング機構によって大きく影響されなかった（表４）。
【０３７８】
（表４）モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価インビトロＴ細胞活性化アッセイを用いることにより、４つのＨＬＡ−Ａ＊０２０１制限マーカーエピトープがモデルカセットから効率的に放出され、ターゲティング配列がＴ細胞の認識及び活性化を大幅に向上させないことが示された。
2021524247.tif 000010
＊エピトープ３のレポーターＴ細胞はまだ生成されていない。
【０３７９】
ＸＩＶ．Ｂ．３．抗原カセット設計のインビボ評価
抗原カセット設計の評価の別の例として、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１に制限された形でＣＤ８  Ｔ細胞を刺激することが知られている、特性がよく知られた５つのヒトクラスＩ  ＭＨＣエピトープを含むようにワクチンカセットを設計した（図２Ａ、３、５Ａ）。それらのインビボ免疫原性の評価を行うため、これらのマーカーエピトープを含むワクチンカセットをアデノウイルスベクターに組み込み、ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスに感染させるのに使用した（図４）。このマウスモデルは、ヒトＨＬＡ−Ａ＊０２０１及びマウスＨ２−Ｋｂから一部が構成された導入遺伝子を保有しており、したがって、ヒトＨＬＡ−Ａ２．１のリーダー、マウスα３に連結されたα１及びα２ドメイン、膜貫通及び細胞質Ｈ２−Ｋｂドメインで構成されたキメラクラスＩ  ＭＨＣ分子をコードしている（Ｖｉｔｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，１９９１）。このキメラ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１に制限された抗原提示を可能とする一方で、ＣＤ８共受容体とＭＨＣ上のα３ドメインとの種の一致した相互作用を維持する。
【０３８０】
短いカセットでは、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴで測定した場合に、すべてのマーカーエピトープが、一般的に報告されているもの（Ｃｏｒｎｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｄｅｐｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｉｓｈｉｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）よりも約１０〜５０倍強い、Ｔ細胞応答を生じた。評価を行ったすべてのリンカーのうち、それぞれにその天然のアミノ酸配列が隣接した最小エピトープを含む２５ｍｅｒ配列のコンカテマーが、最大かつ最も広いＴ細胞応答を生じた（表５）。細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）及びフローサイトメトリーにより、抗原特異的Ｔ細胞応答がＣＤ８  Ｔ細胞から誘導されることが示された。
【０３８１】
（表５）短いカセット内のリンカー配列のインビボ評価。ＥＬＩＳＰＯＴデータは、ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスが１ｅ１１個のアデノウイルス粒子による感染１７日後にカセット内のすべてのクラスＩ  ＭＨＣ制限エピトープに対してＴ細胞応答を生じたことを示した。
2021524247.tif 000011
【０３８２】
別の例では、元の５つのマーカーエピトープの隣に、既知のＣＤ８  Ｔ細胞反応性を有するさらに１６個のＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、Ａ＊０３：０１及びＢ＊４４：０５エピトープを含む一連の長いワクチンカセットを構築し、アデノウイルスベクターに組み込んだ（図５Ａ、Ｂ）。これらの長いカセットのサイズは、最終的な臨床用のカセット設計によく似たものとし、各エピトープの互いに対する位置のみを変えた。ＣＤ８  Ｔ細胞応答は、長いワクチンカセット及び短いワクチンカセットの両方でその程度及び幅において同等であり、（ａ）さらなるエピトープの追加が元のエピトープのセットに対する免疫応答の程度に大きく影響せず、また、（ｂ）カセット内のエピトープの位置はそれに続くＴ細胞応答に大きく影響しないことを示すものである（表６）。
【０３８３】
（表６）長いカセット内のエピトープの位置の影響のインビボ評価。ＥＬＩＳＰＯＴデータは、ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスが５ｅ１０アデノウイルス粒子による感染１７日後に長いワクチンカセット及び短いワクチンカセットの両方で同等の大きさのＴ細胞応答を生じたことを示した。
2021524247.tif 000012
＊技術的なエラーによりＴ細胞応答がみられなかったと疑われる。
【０３８４】
ＸＩＶ．Ｂ．４．免疫原性及び毒性試験用の抗原カセットの設計
要約すると、モデルカセット評価による知見（図２〜５、表２〜６）によって、モデルワクチンカセットでは、アデノウイルスベースのベクターとの関連で約２０個のエピトープをコードする「数珠つなぎ」アプローチを用いた場合に強い免疫原性が得られることが実証された。エピトープは、両側にその天然の周辺ペプチド配列（例えば、両側に８個のアミノ酸残基）が隣接した最小のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープ（例えば、９個のアミノ酸残基）をそれぞれが埋め込んだ２５ｍｅｒ配列を連結することによって最も効果的にアセンブルされる。本明細書において使用される場合、「天然」または「自然」のフランキング配列とは、その由来源タンパク質内のそのエピトープの天然に存在するという文脈で特定のエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端側のフランキング配列のことを指す。例えば、ＨＣＭＶ  ｐｐ６５  ＭＨＣ  ＩのエピトープＮＬＶＰＭＶＡＴＶは、その５’末端側に天然の５’配列ＷＱＡＧＩＬＡＲが、その３’末端側に天然の３’配列ＱＧＱＮＬＫＹＱが隣接し、それによりＨＣＭＶ  ｐｐ６５由来源タンパク質内にみられる
2021524247.tif 000013
という２５ｍｅｒペプチドを生成する。天然または自然の配列は、天然のフランキング配列（複数可）が隣接したエピトープをコードするヌクレオチド配列のことを指す場合もある。各２５ｍｅｒ配列は、それに続く２５ｍｅｒ配列に直接連結される。最小のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープがアミノ酸９個よりも大きいかまたは小さい場合、フランキングペプチドの長さは、全体の長さが依然２５ｍｅｒのペプチド配列となるように調節することができる。例えば、アミノ酸１０個のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープには、アミノ酸８個とアミノ酸７個の配列を隣接させることができる。このコンカテマーの後には、ＣＤ４  Ｔヘルパー細胞を刺激し、ワクチンカセット抗原の全体のインビボ免疫原性を改善するため（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｐａｎｉｎａ−Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）に含ませた２個のユニバーサルクラスＩＩ  ＭＨＣエピトープを繋げた。これらのクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）によって最後のクラスＩエピトープに連結した。２個のクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーによって互いに対しても連結し、さらにＣ末端側にＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーを隣接させた。エピトープの位置もその数もＴ細胞の認識または応答に大きく影響しないようであった。ターゲティング配列も、カセットに由来する抗原の免疫原性に大きく影響しないようであった。
【０３８５】
さらなる例として、モデルカセットにより得られたインビトロ及びインビボデータ（図２〜５、表２〜６）に基づき、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）、マウス及びヒトで免疫原性を示すことが知られている、特性のよく知られたＴ細胞エピトープを交互に配したカセット設計を生成した。いずれもそれらの天然の２５ｍｅｒ配列に埋め込まれた２０個のエピトープの後に、評価を行ったすべてのモデルカセットに存在する２個のユニバーサルクラスＩＩ  ＭＨＣエピトープを繋げた（図６）。このカセット設計を用いて、複数種における免疫原性を調べ、ならびに薬理学的及び毒物学的研究を行った。
【０３８６】
ＸＩＶ．Ｂ．５． 抗原カセットの設計ならびに３０個、４０個、及び５０個の抗原の評価
それぞれがアミノ酸２５個の長さである３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを有する大きな抗原カセットを設計した。これらのエピトープは、腫瘍抗原を含む疾患抗原をモデル化するためのヒト、ＮＨＰ、及びマウスのエピトープの混合である。図２９に、異なる種からのエピトープの一般的な編成を示す。使用したモデル抗原は、ヒト、霊長類、及びマウスモデルについて表３７、３８、及び３９にそれぞれ記載されている。表３７、３８、及び３９のそれぞれは、エピトープの位置、名前、最小エピトープの記述、及びＭＨＣクラスを記載している。
【０３８７】
これらのカセットを記載したようにｃｈＡｄ６８及びｓｒＲＮＡにクローニングし、より長い複数エピトープのカセットの有効性の評価を行った。図３０は、ウェスタンブロットによる、予想されたサイズの少なくとも１つの大きなバンドによって示されるように、大きな抗原カセットのそれぞれがＣｈＡｄＶベクターから発現されたことを示している。
【０３８８】
マウスを記載したように免疫して大きなカセットの有効性の評価を行った。Ｔ細胞応答を、エピトープＡＨ１（上のパネル）及びＳＩＮＮＦＥＫＬ（下のパネル）について、ｃｈＡｄ６８ベクターによる免疫後にＩＣＳ及びテトラマー染色することにより（それぞれ図３１／表４０及び図３２／表４１）、また、ｓｒＲＮＡベクターによる免疫後にＩＣＳ染色することにより（図３３／表４２）分析した。３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを発現するｃｈＡｄ６８及びｓｒＲＮＡワクチンベクターを用いた免疫により、モデル疾患エピトープに対するＣＤ８＋免疫応答が誘導された。
【０３８９】
（表３７）大きなカセット内のヒトエピトープ
2021524247.tif 000014
【０３９０】
（表３８）大きなカセット内のＮＨＰエピトープ
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【０３９１】
（表３９）大きなカセット内のマウスエピトープ
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【０３９２】
（表４０）ＣｈＡｄの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬペプチドに応答した平均のＩＦＮｇ＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
2021524247.tif 000017
【０３９３】
（表４１）ＣｈＡｄの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ抗原に対する平均のテトラマー＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
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【０３９４】
（表４２）ＳＡＭの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬペプチドに応答した平均のＩＦＮｇ＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
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【０３９５】
ＸＶ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクター
ＸＶ．Ａ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクターの構築
１つの例では、チンパンジーアデノウイルス（ＣｈＡｄ）を操作して抗原カセットの送達ベクターとした。さらなる例では、完全長ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１（米国特許第６０８３７１６号に記載のＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）に基づいて合成し、Ｅ１（ｎｔ４５７〜３０１４）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６〜３１，３３２）配列を欠失させた。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるレポーター遺伝子を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。このクローンをＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクトしたところ、感染性のウイルスは生成されなかった。野生型Ｃ６８ウイルスの配列を確認するため、単離ＶＲ−５９４をＡＴＣＣより入手して継代した後、個々に配列決定した（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０）。ＡＣ＿００００１１．１配列を野生型ＣｈＡｄＶ６８ウイルスのＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０）と比較したところ、６個のヌクレオチドの相違が特定された。１つの例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、対応するＡＴＣＣ ＶＲ−５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）。
【０３９６】
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，８１６〜３１，３３２）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１）またはモデル新生抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ；ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）を、欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
【０３９７】
別の例では、改変ＣｈＡｄＶ６８ベクターを、ＡＣ＿００００１１．１に基づいて作製し、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）配列を欠失させ、対応するＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換した。ＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にあるＧＦＰレポーター（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ；ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３）またはモデル新生抗原カセット（ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ；ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）を欠失させたＥ１配列の代わりに挿入した。
【０３９８】
関連するベクターを下記に示す。
−完全長ＣｈＡｄＶＣ６８配列「ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ」（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）；対応するＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換したＡＣ＿００００１１．１配列。
−ＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ Ｃ６８ （ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０）；独立してシークエンシングしたもの；完全長Ｃ６８。
−ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ （ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１（ｎｔ ５７７〜３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，８１６〜３１，３３２）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換；ＧＦＰレポーターは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
−ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ （ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１ （ｎｔ ５７７〜３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，８１６〜３１，３３２）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ ＶＲ−５９４ヌクレオチドを４つの位置で置換；モデル新生抗原カセットは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
−ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ （ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３）；ＡＣ＿００００１１．１のＥ１（ｎｔ ５７７〜３４０３）及びＥ３ （ｎｔ ２７，１２５〜３１，８２５）配列を欠失させたもの；対応するＡＴＣＣ  ＶＲ−５９４ヌクレオチドを５つの位置で置換；ＧＦＰレポーターは、欠失させたＥ１の代わりに挿入されたＣＭＶプロモーター／エンハンサーの制御下にある。
【０３９９】
ＸＶ．Ｂ．ＣｈＡｄ抗原カセット送達ベクターの試験
ＸＶ．Ｂ．１．ＣｈＡｄベクターの評価方法及び材料
リポフェクタミンを用いたＨＥＫ２９３Ａ細胞のトランスフェクション
ＣｈＡｄＶ６８コンストラクト（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ）のＤＮＡを調製し、以下のプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトした。
【０４００】
１０ｕｇのプラスミドＤＮＡをＰａｃＩで消化してウイルスゲノムを遊離させた。次いでＧｅｎｅＪｅｔ  ＤＮＡ  ｃｌｅａｎｕｐ Ｍｉｃｒｏカラム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ社）を製造者の指示にしたがって使用してＤＮＡを長いＤＮＡフラグメントについて精製し、２０ｕｌのあらかじめ加熱した水中に溶出した。溶出工程の前にカラムを３７℃で０．５〜１時間放置した。
【０４０１】
トランスフェクションの１４〜１８時間前にＨＥＫ２９３Ａ細胞を１０６細胞／ウェルの細胞密度で６ウェルプレートに導入した。各ウェルごとに細胞に新鮮な培地（ペニシリン／ストレプトマイシン及びグルタミン酸を含む１ｍｌのＤＭＥＭ−１０％ｈｉＦＢＳ）を被せた。トランスフェクションでは、各ウェル当たり１〜２ｕｇの精製したＤＮＡを製造者のプロトコールにしたがってｕｌ体積の２倍（２〜４ｕｌ）のリポフェクタミン２０００と共に用いた。トランスフェクションミックスを含む０．５ｍｌのＯＰＴＩ−ＭＥＭ培地を、各ウェル内で１ｍｌの通常の培地に加え、細胞上で一晩放置した。
【０４０２】
トランスフェクトした細胞培養物を３７℃で少なくとも５〜７日間インキュベートした。ウイルスプラークがトランスフェクションの７日後に視認されなかった場合、細胞を１：４または１：６に分割し、３７℃でインキュベートしてプラーク生成について監視した。あるいは、トランスフェクトした細胞を収集し、３サイクルの凍結と解凍に供し、細胞ライセートを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞に感染させ、ウイルスプラークが観察されるまで細胞をインキュベートしてもよい。
【０４０３】
リン酸カルシウムを用いたＨＥＫ２９３Ａ細胞へのＣｈＡｄＶ６８ベクターのトランスフェクション及び三次ウイルスストックの生成
ＣｈＡｄＶ６８コンストラクト（ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ）のＤＮＡを調製し、以下のプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトした。
【０４０４】
トランスフェクションの１日前にＨＥＫ２９３Ａ細胞を５％ＢＳ／ＤＭＥＭ／１ＸＰ／Ｓ，１×Ｇｌｕｔａｍａｘ中で、６ウェルプレートの各ウェル当たり１０６細胞で播種した。トランスフェクション当たり２個のウェルが必要とされる。トランスフェクションの２〜４時間前に培地を新鮮な培地に交換した。ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰプラスミドをＰａｃＩで直鎖状とした。次いで、直鎖状とされたＤＮＡをフェノールクロロホルム抽出し、１／１０体積の３Ｍ酢酸ナトリウム、ｐＨ５．３、及び２体積の１００％エタノールを用いて沈殿させた。沈殿したＤＮＡを１２，０００×ｇで５分間遠心することによってペレット化した後、７０％エタノールで１回洗浄した。ペレットを風乾し、５０μＬの滅菌水に再懸濁した。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ社）を使用してＤＮＡ濃度を決定し、体積を５μｇのＤＮＡ／５０μＬに調整した。
【０４０５】
１６９μＬの滅菌水をマイクロチューブに加えた。次いで５μＬの２Ｍ  ＣａＣｌ２をこの水に加え、ピペッティングして静かに混合した。５０μＬのＤＮＡをＣａＣｌ２溶液に滴下した。次いで２６μＬの２Ｍ  ＣａＣｌ２を加えてマイクロピペッターで２回ピペッティングして静かに混合した。この最終溶液は、２５０μＬの０．２５Ｍ  ＣａＣｌ２中の５μｇのＤＮＡからなるはずである。次いで２５０μＬの２×ＨＢＳ（Ｈｅｐｅｓ緩衝液）の入った第２のチューブを用意した。ピペットエイドに取り付けた２ｍＬ滅菌ピペットを使用して２×ＨＢＳ溶液に空気を徐々にバブリングした。同時に、０．２５Ｍ  ＣａＣｌ２溶液中のＤＮＡ溶液を滴下した。最後のＤＮＡの液滴の滴下後、約５秒間、バブリングを継続した。次いで溶液を室温で最大２０分間インキュベートした後、２９３Ａ細胞に加えた。６ウェルプレートの各ウェル当たり１０６細胞で１日前に播種した２９３Ａ細胞の単層に２５０μＬのＤＮＡ／リン酸カルシウム溶液を滴下した。細胞をインキュベーターに戻して一晩インキュベートした。２４時間後に培地を交換した。７２時間後に細胞を６ウェルプレート内に１：６に分割した。単層を細胞変性効果（ＣＰＥ）の証拠について光学顕微鏡によって毎日監視した。トランスフェクションの７〜１０日後にウイルスプラークを観察し、ウェル内の培地をピペッティングして細胞を浮かせることにより単層を収集した。収集した細胞及び培地を５０ｍＬの遠心チューブに移した後、凍結解凍を３ラウンド行った（−８０℃及び３７℃）。その後得られた、一次ウイルスストックと呼ばれるライセートを、ベンチトップ遠心分離器上で最大速度（４３００×ｇ）で遠心することにより清澄化させ、ライセートの一定の割合（１０〜５０％）を使用してＴ２５フラスコ中で２９３Ａ細胞に感染させた。感染細胞を４８時間インキュベートした後、細胞及び培地を完全なＣＰＥで収集した。細胞を再び収集し、凍結解凍して清澄化した後、この二次ウイルスストックを使用して、フラスコ当たり１．５×１０７細胞で播種されたＴ１５０フラスコに感染させた。７２時間後に完全ＣＰＥが得られた時点で培地及び細胞を収集し、上記のウイルスストックと同様に処理して三次ストックを生成した。
【０４０６】
２９３Ｆ細胞内での生成
８％ＣＯ２のインキュベーター内の２９３ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ社）培地中で増殖させた２９３Ｆ細胞内でＣｈＡｄＶ６８ウイルス生成を行った。感染の当日、細胞を生存率９８％で１ｍＬ当たり１０６細胞に希釈し、１ＬのＳｈａｋｅフラスコ（Ｃｏｒｎｉｎｇ社）中、１回の生成操作当たり４００ｍＬを使用した。１回の感染当たり目標ＭＯＩが３．３よりも高い４ｍＬの三次ウイルスストックを使用した。トリパンブルーによって測定される生存率が７０％を下回るまで４８〜７２時間にわたって細胞をインキュベートした。次いで感染細胞をベンチトップ遠心分離器で最大速度で遠心して収集し、１×ＰＢＳ中で洗浄し、再び遠心してから２０ｍＬの１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．４に再懸濁した。細胞ペレットを、凍結解凍を３回行って溶解し、４，３００×ｇで５分間遠心して清澄化した。
【０４０７】
ＣｓＣｌ遠心分離による精製
ウイルスＤＮＡをＣｓＣｌ遠心分離により精製した。２つの不連続な勾配の操作を行った。第１は、細胞成分からウイルスを精製するためのもので、第２は、細胞成分からの分離物をさらに精製し、感染性粒子から機能不全粒子を分離するためのものである。
【０４０８】
１０ｍＬの１．２（２６．８ｇのＣｓＣｌを９２ｍＬの１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０に溶かしたもの）ＣｓＣｌをポリアロマー製チューブに加えた。次いで、８ｍＬの１．４ＣｓＣｌ（５３ｇのＣｓＣｌを８７ｍＬの１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０に溶かしたもの）をピペットを用いてチューブの底に届けるように慎重に加えた。清澄化したウイルスをこの１．２の層の上に層をなすように慎重に加えた。必要な場合、さらに１０ｍＭ  Ｔｒｉｓを加えてチューブのバランスを取った。次いでチューブをＳＷ−３２Ｔｉローターに入れて、１０℃で２時間３０分遠心した。次いでチューブを層流キャビネットに取り出して、１８ゲージの針と１０ｍＬの注射器を使用してウイルスバンドを引き抜いた。夾雑した宿主細胞ＤＮＡ及びタンパク質を除去しないように注意を払った。次いでバンドを１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０で少なくとも２回希釈し、上記に述べた不連続勾配で上記と同様に層をなすように加えた。今回は操作を一晩行った以外は上記と同様にして遠心操作を行った。翌日、機能不全の粒子バンドを引き抜かないように注意しながらバンドを引き抜いた。次いでＳｌｉｄｅ−ａ−Ｌｙｚｅｒ（商標）カセット（Ｐｉｅｒｃｅ社）を使用してＡＲＭバッファー（２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０，２５ｍＭ  ＮａＣｌ，２．５％グリセロール）に対してウイルスを透析した。これをバッファーを１回交換するごとに３回、１時間行った。次いでウイルスを一定分量に分けて−８０℃で保存した。
【０４０９】
ウイルスアッセイ
１．１×１０１２個のウイルス粒子（ＶＰ）の消光係数はＯＤ２６０ｎｍの吸光度の値＝１に相当することに基づき、ＯＤ２６０アッセイを用いてＶＰ濃縮を行った。アデノウイルスの２つの希釈度（１：５と１：１０）をウイルス溶解バッファー（０．１％ＳＤＳ，１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．４，１ｍＭ ＥＤＴＡ）中で作った。両方の希釈度でＯＤを２重に測定し、ＯＤ２６０値×希釈係数×１．１×１０１２ＶＰを掛けることによりＶＰ濃度／ｍＬを測定した。
【０４１０】
感染単位（ＩＵ）力価を、ウイルスストックの限界希釈アッセイによって計算した。ウイルスを最初にＤＭＥＭ／５％ＮＳ／１×ＰＳ中で１００倍に希釈した後、１０倍希釈率を用いて１×１０−７にまで希釈した。次いで１００μＬのこれらの希釈液を、２４ウェルプレートのウェル当たり３ｅ５細胞で少なくとも１時間前に播種した２９３Ａ細胞に加えた。これを２重に行った。プレートを４８時間、３７℃のＣＯ２（５％）インキュベーター内でインキュベートした。次いで細胞を、１×ＰＢＳで洗浄した後、１００％の冷却メタノール（−２０℃）で固定した。次いでプレートは最小で２０分間にわたって−２０℃でインキュベートした。各ウェルを１×ＰＢＳで洗浄した後、１×ＰＢＳ／０．１％ＢＳＡ中で１時間、室温でブロッキングした。ウサギ抗Ａｄ抗体（Ａｂｃａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）をブロッキングバッファー（ウェル当たり０．２５ｍＬ）中に１：８，０００の希釈率で加え、室温で１時間インキュベートした。各ウェルをウェル当たり０．５ｍＬのＰＢＳで４回洗浄した。１０００倍に希釈したＨＲＰ結合ヤギ抗ウサギ抗体（Ｂｅｔｈｙｌ  Ｌａｂｓ，Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ  Ｔｅｘａｓ）を各ウェルに加え、最終回の洗浄の１時間前にインキュベートした。ＰＢＳでの洗浄を５回行い、０．０１％Ｈ２Ｏ２を含むＴｒｉｓ緩衝生理食塩水中、ＤＡＢ（ジアミノベンジジンテトラヒドロクロリド）基質を使用して現像した（５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．５，１５０ｍＭ  ＮａＣｌ中、０．６７ｍｇ／ｍＬ  ＤＡＢ）。各ウェルをカウントの５分前に現像した。視野当たり４〜４０個の染色された細胞を与えるような希釈率を用いて１０倍の対物レンズ下で細胞をカウントした。使用した視野は０．３２ｍｍ２の格子とし、２４ウェルプレート上の視野当たり６２５個に相当した。１ｍＬ当たりの感染性ウイルスの数は、格子１個当たりの染色細胞の数×視野当たりの格子の数×希釈係数１０によって求めることができる。同様に、ＧＦＰ発現細胞を扱う場合には、カプシド染色の代わりに蛍光を用いて１ｍＬ当たりのＧＦＰ発現ビリオンの数を決定することができる。
【０４１１】
免疫化
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系の雌性マウス及びＢａｌｂ／ｃ系の雌性マウスに、１×１０８個のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒのウイルス粒子（ＶＰ）を、１００ｕＬ体積中で両側性の筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。
【０４１２】
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールした。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行った。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ  ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ  Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解した。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。
【０４１３】
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ： １０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
【０４１４】
ＸＶ．Ｂ．２．ＤＮＡトランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の生成
１つの例において、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ（図７）及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ（図８）のＤＮＡを、ＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトし、ウイルス複製（ウイルスプラーク）をトランスフェクションの７〜１０日後に観察した。ＣｈＡｄＶ６８ウイルスプラークを光学（図７Ａ及び８Ａ）及び蛍光顕微鏡法（図７Ｂ〜Ｃ、及び図８Ｂ〜Ｃ）を使用して可視化した。ＧＦＰは、増殖性ＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の生成を示す。
【０４１５】
ＸＶ．Ｂ．３．ＣｈＡｄＶ６８ウイルス送達粒子の増殖
１つの例において、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ、及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒウイルスをＨＥＫ２９３Ｆ細胞内で増殖させ、精製ウイルスストックをトランスフェクションの１８日後に生成した（図９）。精製ＣｈＡｄＶ６８ウイルスストック中のウイルス粒子を定量し、同じプロトコールを使用して生成されたアデノウイルス５型（Ａｄ５）及びＣｈＡｄＶＹ２５（近縁のＣｈＡｄＶ；Ｄｉｃｋｓ，２０１２，ＰｌｏＳ  ＯＮＥ７，ｅ４０３８５）ウイルスストックと比較した。ＣｈＡｄＶ６８ウイルス力価は、Ａｄ５及びＣｈＡｄＶＹ２５と同等であった（表７）。
【０４１６】
（表７）２９３Ｆ懸濁細胞内でのアデノウイルスベクターの生成
2021524247.tif 000020
＊ＳＤは、複数回の生成工程が行われた場合にのみ報告している。
【０４１７】
ＸＶ．Ｂ．４．腫瘍モデルにおける免疫原性の評価
マウス腫瘍抗原を発現するＣ６８ベクターを、マウス免疫原性実験で評価して、Ｃ６８ベクターがＴ細胞応答を誘発することを実証する。ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬに対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：５２９−５３８）に対するＴ細胞応答をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。図１５に示されるように、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによるマウスの免疫後に対照に対して強いＴ細胞応答が測定された。脾細胞１０６個当たり、８９５７個及び４０１９個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の平均の細胞性免疫応答が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系またはＢａｌｂ／ｃ系マウスをそれぞれＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫した場合に免疫の１０日後に観察された。
【０４１８】
腫瘍浸潤リンパ球についても、ＣｈＡｄＶ及び抗ＣＴＬＡ４抗体の共投与を評価するＣＴ２６腫瘍モデルにおいて評価した。マウスにＣＴ２６腫瘍細胞を移植し、移植７日後にＣｈＡｄＶワクチンで免疫し、抗ＣＴＬＡ４抗体（クローン９Ｄ９）または対照としてＩｇＧで処置した。免疫１２日後に腫瘍浸潤リンパ球を分析した。各マウスからの腫瘍をｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ  Ｄｉｓｓｏｃｉａｔｏｒ （Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）及びマウス腫瘍解離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を用いて解離させた。解離した細胞を３０ミクロンのフィルターに通して濾過し、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。抗原特異的細胞をＭＨＣ−テトラマー複合体によって同定し、抗ＣＤ８及び生細胞マーカーで共染色した。プライム免疫の１２日後に腫瘍を回収した。
【０４１９】
腫瘍内の抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、それぞれ、ＣｈＡｄＶ、抗ＣＴＬＡ４、及びＣｈＡｄＶ＋抗ＣＴＬＡ４処置群において、全生細胞集団の中央値で３．３％、２．２％、または８．１％を構成していた（図４４及び表３６）。活性ＣｈＡｄＶ免疫と組み合わせた抗ＣＴＬＡによる処置により、ＣｈＡｄＶ単独及び抗ＣＴＬＡ４単独のいずれよりも抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の出現率が統計的に有意に増大し、抗ＣＴＬＡ４はｃｈＡｄ６８ワクチンと共投与される場合に腫瘍内の浸潤Ｔ細胞の数を増大させることが示された。
【０４２０】
（表３６）ＣＴ２６腫瘍中のテトラマー＋浸潤ＣＤ８Ｔ細胞の出現率
2021524247.tif 000021
【０４２１】
ＸＶＩ．アルファウイルス抗原送達ベクター
ＸＶＩ．Ａ．アルファウイルス送達ベクター評価の材料及び方法
ＲＮＡを生成するためのインビトロ転写
インビトロ試験を行うため、プラスミドＤＮＡをＰｍｅＩによる制限消化によって直鎖状とし、カラムを製造者の指示にしたがって洗浄し（ＧｅｎｅＪｅｔ  ＤＮＡ  ｃｌｅａｎｕｐ  ｋｉｔ，Ｔｈｅｒｍｏ社）、テンプレートとして使用した。ＲｉｂｏＭＡＸ  Ｌａｒｇｅ  Ｓｃａｌｅ  ＲＮＡ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）をｍ７Ｇキャップアナログ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）と共に製造者の指示にしがって使用してインビトロ転写を行った。ＲＮｅａｓｙ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を製造者の指示にしがって使用してｍＲＮＡを精製した。
【０４２２】
インビボ実験を行うには、ＴｒｉＬＩｎｋ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社によって生成され、精製されたＲＮＡをＥｎｚｙｍａｔｉｃ  Ｃａｐ１でキャップした。
【０４２３】
ＲＮＡのトランスフェクション
ＨＥＫ２９３Ａ細胞を、９６ウェルのウェル当たり６ｅ４細胞で、２４ウェルのウェル当たり２ｅ５細胞で、トランスフェクションの約１６時間前に播種した。細胞にＭｅｓｓｅｎｇｅｒＭＡＸリポフェクタミン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を製造者のプロトコールにしたがって使用してｍＲＮＡをトランスフェクションした。９６ウェルでは、ウェル当たり０．１５ｕＬのリポフェクタミン及び１０ ｎｇ のｍＲＮＡを使用し、２４ウェルでは、ウェル当たり０．７５ｕＬのリポフェクタミン及び１５０ｎｇのｍＲＮＡを使用した。ＧＦＰを発現するｍＲＮＡ（ＴｒｉＬｉｎｋ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）をトランスフェクションの対照として使用した。
【０４２４】
ルシフェラーゼアッセイ
ルシフェラーゼレポーターアッセイを、白い壁の９６ウェルプレートで、ＯＮＥ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）を製造者のプロトコールにしたがって使用して各条件を三重にして行った。発光度をＳｐｅｃｔｒａＭａｘを使用して測定した。
【０４２５】
ｑＲＴ−ＰＣＲ
トランスフェクトした細胞をトランスフェクションの２時間後に新鮮な培地で洗い、新鮮な培地に交換してトランスフェクトしなかったｍＲＮＡをすべて除去した。次いで細胞を異なる時点でＲＬＴ  ｐｌｕｓ  ｌｙｓｉｓ  ｂｕｆｆｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）中に収集し、いずれも製造者のプロトコールにしたがってＱｉａＳｈｒｅｄｄｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用してホモジナイズし、ＲＮｅａｓｙ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用してＲＮＡを抽出した。Ｎａｎｏｄｒｏｐ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）を使用して全ＲＮＡを定量した。製造者のプロトコールにしたがってｑＴｏｗｅｒ３  （Ａｎａｌｙｔｉｋ  Ｊｅｎａ）でＱｕａｎｔｉｔｅｃｔ  Ｐｒｏｂｅ  Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）を使用し、反応当たり２０ｎｇの全ＲＮＡを使用してｑＲＴ−ＰＣＲを行った。各試料を各プローブについて三重に試験した。ＡｃｔｉｎまたはＧｕｓＢを参照遺伝子として用いた。カスタムプライマー／プローブはＩＤＴ社により生成されたものである（表８）。
【０４２６】
（表８）ｑＰＣＲプライマー／プローブ
2021524247.tif 000022
【０４２７】
Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍モデル
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスの左下脇腹に１０５個のＢ１６−ＯＶＡ細胞／動物を注射した。腫瘍を免疫化の前、３日間にわたって増殖させた。
【０４２８】
ＣＴ２６腫瘍モデル
Ｂａｌｂ／ｃ系マウスの左下脇腹に１０６個／動物のＣＴ２６細胞を注射した。腫瘍を免疫化の前、７日間にわたって増殖させた。
【０４２９】
免疫化
ｓｒＲＮＡワクチンについては、マウスに１００ｕＬ体積中、１０ｕｇのＲＮＡを、両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。Ａｄ５ワクチンについては、マウスに５×１０１０個のウイルス粒子（ＶＰ）を、１００ｕＬ体積中で両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。各動物に、抗ＣＴＬＡ−４（クローン９Ｄ９，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）、抗ＰＤ−１（クローンＲＭＰ１−１４，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）、または抗ＩｇＧ（クローンＭＰＣ−１１，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）を、用量２５０ｕｇで、週２回、腹腔内注射により注射した。
【０４３０】
インビボ生物発光イメージング
各時点においてマウスに腹腔内注射により１５０ｍｇ／ｋｇのルシフェリン基質を注射し、注射の１０〜１５分後にＩＶＩＳインビボイメージングシステム（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ社）を使用して生物発光を測定した。
【０４３１】
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールした。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行った。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ  ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ  Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解した。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。
【０４３２】
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ：１０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
【０４３３】
ＸＶＩ．Ｂ．アルファウイルスベクター
ＸＶＩ．Ｂ．１．アルファウイルスベクターのインビトロ評価
本明細書の一実現形態では、抗原発現システム用のＲＮＡアルファウイルス骨格を、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥ）（Ｖｅｎｅｚｕｅｌａｎ  Ｅｑｕｉｎｅ  Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ（ＶＥＥ）（Ｋｉｎｎｅｙ，１９８６，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １５２：４００−４１３）ベースの自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターから生成した。１つの例では、２６Ｓサブゲノムプロモーターの３’側に位置するＶＥＥの構造タンパク質をコードする配列を欠失させ（ＶＥＥ配列の７５４４〜１１，１７５を欠失させた。番号付けはＫｉｎｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ  １９８６に基づく。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６）、抗原配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４及びＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）またはルシフェラーゼレポーター（例えばＶＥＥ−ルシフェラーゼ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５）に置き換えた（図１０）。ＲＮＡをインビトロでｓｒＲＮＡ  ＤＮＡベクターから転写させ、ＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトしてルシフェラーゼレポーターの発現を測定した。さらに、ルシフェラーゼをコードする（非複製）ｍＲＮＡを比較のためにトランスフェクトした。ＶＥＥ−ルシフェラーゼのｓｒＲＮＡでは、２時間の測定値を２３時間の測定値と比較した場合にｓｒＲＮＡレポーターシグナルの約３０，０００倍の増大が観察された（表９）。これに対して、同じ時間でのｍＲＮＡレポーターのシグナルの増大は１０倍未満であった（表９）。
【０４３４】
（表９）ＶＥＥ自己複製ベクターからのルシフェラーゼの発現は経時的に増大する。９６ウェル中、ウェル当たり１０ｎｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡまたは１０ｎｇの非複製ルシフェラーゼｍＲＮＡ（ＴｒｉＬｉｎｋ  Ｌ−６３０７）をＨＥＫ２９３Ａ細胞にトランスフェクトした。トランスフェクト後の異なる時点で発光を測定した。ルシフェラーゼ発現を相対発光単位（ＲＬＵ）として報告する。各データポイントは、３つのトランスフェクトしたウェルの平均±ＳＤである。
2021524247.tif 000023
【０４３５】
別の例では、ｓｒＲＮＡの複製を、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を使用して、ルシフェラーゼをコードしたｓｒＲＮＡ（ＶＥＥ−ルシフェラーゼ）または複数のエピトープカセット（ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ）をコードしたｓｒＲＮＡのいずれかのトランスフェクション後のＲＮＡレベルを測定することにより確認した。ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでは約１５０倍のＲＮＡの増大が観察された（表１０）のに対して、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡでは３０〜５０倍のＲＮＡの増大が観察された（表１１）。これらのデータは、ＶＥＥ  ｓｒＲＮＡベクターが細胞にトランスフェクトされると複製されることを示すものである。
【０４３６】
（表１０）ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡをトランスフェクトした細胞におけるＲＮＡ複製の直接測定。ＨＥＫ２９３Ａ細胞にＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡをトランスフェクトし（２４ウェルのウェル当たり１５０ｎｇ）、トランスフェクション後の異なる時間にｑＲＴ−ＰＣＲによりＲＮＡレベルを定量した。各測定値はアクチン参照遺伝子に対して正規化し、２時間の時点に対する倍率変化を示す。
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【０４３７】
（表１１）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡをトランスフェクトした細胞におけるＲＮＡ複製の直接測定。ＨＥＫ２９３細胞にＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡをトランスフェクトし（２４ウェルのウェル当たり１５０ｎｇ）、トランスフェクション後の異なる時間にｑＲＴ−ＰＣＲによりＲＮＡレベルを定量した。各測定値はＧｕｓＢ参照遺伝子に対して正規化し、２時間の時点に対する倍率変化を示す。グラフ上の異なる線は、いずれもｓｒＲＮＡのエピトープカセット領域を検出する２つの異なるｑＰＣＲプライマー／プローブのセットを表す。
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【０４３８】
ＸＶＩ．Ｂ．２．アルファウイルスベクターのインビボ評価
別の例において、ＶＥＥ−ルシフェラーゼレポーターの発現をインビボで評価した。マウスに、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された１０ｕｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを注射し、注射の２４及び４８時間後、ならびに７及び１４日後に撮影して生物発光シグナルを測定した。ルシフェラーゼシグナルが注射の２４時間後に検出され、時間と共に増大し、ｓｒＲＮＡ注射の７日後にピークとなった（図１１）。
【０４３９】
ＸＶＩ．Ｂ．３．アルファウイルスベクター腫瘍モデルの評価
１つの実現形態において、ＶＥＥ  ｓｒＲＮＡベクターがインビボで抗原特異的免疫応答を誘導するかを調べるため、２つの異なるＭＨＣクラスＩマウス腫瘍エピトープであるＳＩＩＮＦＥＫＬ及びＡＨ１−Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １３：５２９−５３８）を発現するＶＥＥ  ｓｒＲＮＡベクターを作製した（ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４）。ＳＦＬ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ）エピトープは、Ｂ１６−ＯＶＡメラノーマ細胞株によって発現され、ＡＨ１−Ａ５（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ；Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ）エピトープは、ＣＴ２６結腸がん細胞株によって発現される関連エピトープを標的とするＴ細胞を誘導する（ＡＨ１／ＳＰＳＹＶＹＨＱＦ；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９３：９７３０−９７３５）。１つの例では、インビボ実験において、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ が、Ｔ７ポリメラーゼ（ＴｒｉＬｉｎｋ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用したインビトロ転写によって生成され、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された。
【０４４０】
ＳＦＬを標的とした、対照に対して強い抗原特異的Ｔ細胞応答が、ＭＣ３で製剤化したＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡによる、Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍を有するマウスの免疫化の２週間後に観察された。１つの例では、脾細胞１０６個当たり中央値で３８３５個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいてＳＦＬペプチドによる刺激後に測定され（図１２Ａ、表１２）、ペンタマー染色により測定した場合に、ＣＤ８  Ｔ細胞の１．８％（中央値）がＳＦＬ抗原特異的であった（図１２Ｂ、表１２）。別の例では、抗ＣＴＬＡ−４モノクローナル抗体（ｍＡｂ）とＶＥＥ  ｓｒＲＮＡワクチンとの同時投与によって、全体のＴ細胞応答の中度の増大が認められ、脾細胞１０６個当たり中央値で４７９４．５個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された（図１２Ａ、表１２）。
【０４４１】
（表１２）Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍を有するＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにおけるＶＥＥ  ｓｒＲＮＡ免疫化の１４日後のＥＬＩＳＰＯＴ及びＭＨＣＩペンタマー染色アッセイの結果。
2021524247.tif 000026
*Ｖａｘ群のマウス＃６からの結果は、三重のウェル間のばらつきが大きいことから分析から除外した。
【０４４２】
別の実現形態では、臨床アプローチを反映するため、Ｂ１６−ＯＶＡ及びＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおいて異種プライム／ブーストを行い、腫瘍を有するマウスを、同じ抗原カセット（Ａｄ５−ＵｂＡＡＹ）を発現するアデノウイルスベクターで最初に免疫した後、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライムの１４日後にＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡワクチンでブースト免疫を行った。１つの例では、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹワクチンによって抗原特異的免疫応答が誘導され、脾細胞１０６個当たり７３３０個（中央値）のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１３Ａ、表１３）、ペンタマー染色により測定した場合にＣＤ８  Ｔ細胞の２．９％（中央値）がＳＦＬ抗原を標的化していた（図１３Ｃ、表１３）。別の例では、Ｔ細胞応答は、Ｂ１６−ＯＶＡモデルにおいてＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡによるブーストの２週間後に維持され、脾細胞１０６個当たり３９６０個（中央値）のＳＦＬ特異的ＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１３Ｂ、表１３）、ペンタマー染色により測定した場合にＣＤ８  Ｔ細胞の３．１％（中央値）がＳＦＬを標的化していた（図１３Ｄ、表１３）。
【０４４３】
（表１３）Ａｄ５ワクチンプライム及びｓｒＲＮＡブーストによる異種プライム／ブースト後のＢ１６−ＯＶＡマウスの免疫モニタリング。
2021524247.tif 000027
【０４４４】
別の実現形態では、同様の結果が、ＣＴ２６マウスモデルにおけるＡｄ５−ＵｂＡＡＹによるプライム及びＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡによるブースト後に観察された。１つの例では、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹによるプライム後（１４日目）にＡＨ１抗原特異的応答が観察され、脾細胞１０６個当たり平均で５１８７個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定され（図１４Ａ、表１４）、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡによるブースト後（２８日目）には脾細胞１０６個当たり３７９９個のＳＦＣがＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された（図１４Ｂ、表１４）。
【０４４５】
（表１４）ＣＴ２６腫瘍マウスモデルにおける異種プライム／ブースト後の免疫モニタリング。
2021524247.tif 000028
【０４４６】
ＸＶＩＩ．ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡの組み合わせの腫瘍モデル評価
ＣｈＡｄＶ６８及び自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）を用いた異なる投与プロトコールを、マウスＣＴ２６腫瘍モデルで評価した。
【０４４７】
ＸＶＩＩ．Ａ ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡの組み合わせの腫瘍モデル評価の方法及び材料
腫瘍の注入
Ｂａｌｂ／ｃ系マウスにＣＴ２６細胞株を注射した。腫瘍細胞注射の７日後にマウスを異なる実験アーム（各群当たりマウス２８〜４０匹）をランダムカセット配列し、処置を開始した。Ｂａｌｂ／ｃ系マウスの左下脇腹に１０６個／動物のＣＴ２６細胞を注射した。腫瘍を免疫化の前、７日間にわたって増殖させた。各実験アームは表１５に詳細に記載したとおりである。
【０４４８】
（表１５）ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡの組み合わせの腫瘍モデル評価の実験アーム
2021524247.tif 000029
【０４４９】
免疫化
ｓｒＲＮＡワクチンについては、マウスに１００ｕＬ体積中、１０ｕｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡを、両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。Ｃ６８ワクチンについては、マウスに１×１０１１個のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒのウイルス粒子（ＶＰ）を、１００ｕＬ体積中で両側性に筋肉内注射（各脚５０ｕＬ）により注射した。各動物に、抗ＰＤ−１（クローンＲＭＰ１−１４，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）、または抗ＩｇＧ（クローンＭＰＣ−１１，ＢｉｏＸｃｅｌｌ社）を、用量２５０ｕｇで、週２回、腹腔内注射により注射した。
【０４５０】
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールした。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行った。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ  ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ  Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解した。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。
【０４５１】
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ： １０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行った。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
【０４５２】
ＸＶＩＩ．Ｂ ＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡの組み合わせの評価
ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの異種プライム／ブースト、またはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの同種プライム／ブーストワクチンの免疫原性及び有効性をＣＴ２６マウス腫瘍モデルで評価した。Ｂａｌｂ／ｃ系マウスにＣＴ２６細胞株を注射した。腫瘍細胞注射の７日後にマウスを異なる実験アームをランダムカセット配列し、処置を開始した。各実験アームは表１５に詳細に、また表１６により一般的に記載したとおりである。
【０４５３】
（表１６）プライム／ブースト実験アーム
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【０４５４】
脾臓をプライムワクチン接種の１４日後に収集して免疫モニタリングを行った。腫瘍及び体重測定値を週２回測定し、生存率を監視した。すべての活性ワクチン群で対照に対する強い免疫応答が観察された。
【０４５５】
それぞれ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ（ＣｈＡｄＶ／グループ３）、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ＋抗ＰＤ−１（ＣｈＡｄＶ＋ＰＤ−１／グループ４）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ／グループ５と７を合わせた中央値）、またはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１（ｓｒＲＮＡ＋ＰＤ−１／グループ６と８を合わせた中央値）で免疫したマウスのＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、最初の免疫の１４日後に、脾細胞１０６個当たり、中央値で１０，６３０個、１２，９７６個、３３１９個、または３７４５個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の細胞性免疫応答が観察された（図１６及び表１７）。これに対して、ワクチン対照（グループ１）または抗ＰＤ−１を伴うワクチン対照（グループ２）は、それぞれ、脾細胞１０６個当たり中央値で２９６個または２８５個のＳＦＣの細胞性免疫応答を示した。
【０４５６】
（表１７）ＣＴ２６腫瘍モデルにおける細胞性免疫応答
2021524247.tif 000031
【０４５７】
ＥＬＩＳｐｏｔのデータと一致して、それぞれ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ（ＣｈＡｄＶ／グループ３）、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ＋抗ＰＤ−１（ＣｈＡｄＶ＋ＰＤ−１／グループ４）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ／グループ５と７を合わせた中央値）、またはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１（ｓｒＲＮＡ＋ＰＤ−１／グループ６と８を合わせた中央値）で免疫したマウスの細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）分析において、最初の免疫の１４日後にＣＤ８  Ｔ細胞の５．６、７．８、１．８、または１．９％（中央値）が抗原特異的応答を示した（図１７及び表１８）。ワクチン対照、またはワクチン対照と抗ＰＤ−１との組み合わせで免疫したマウスは、それぞれ、０．２及び０．１％の抗原特異的ＣＤ８応答を示した。
【０４５８】
（表１８）ＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣＤ８  Ｔ細胞応答
2021524247.tif 000032
【０４５９】
ＣＴ２６結腸腫瘍モデルのすべてのグループで腫瘍増殖が測定され、腫瘍増殖は処置開始の２１日後（ＣＴ２６腫瘍細胞の注射の２８日後）までみられる。大きな腫瘍サイズ（＞２５００ｍｍ３）に基づいて処置開始の２１日後にマウスを屠殺したため、分析のバイアスを避けるために最初の２１日間のみを示している。２１日目における平均腫瘍体積は、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブースト（グループ３）、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブースト＋抗ＰＤ−１（グループ４）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒブースト（グループ５）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒブースト＋抗ＰＤ−１（グループ６）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブースト（グループ７）、及びＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブースト＋抗ＰＤ−１（グループ８）でそれぞれ、１１２９、８４８、２１４２、１４１８、２１９８及び１６０６ ｍｍ３であった（図１８及び表１９）。ワクチン対照、またはワクチン対照と抗ＰＤ−１との組み合わせにおける平均腫瘍体積は、それぞれ、２３６１または２０６７ｍｍ３であった。これらのデータに基づけば、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ（グループ３）、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１（グループ４）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ＋抗ＰＤ−１（グループ６）、及びＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１（グループ８）は、対照（グループ１）と有意に異なる腫瘍増殖の低下を２１日目にもたらした。
【０４６０】
（表１９）ＣＴ２６モデルで測定された２１日目の腫瘍サイズ
2021524247.tif 000033
【０４６１】
ＣＴ２６腫瘍モデルにおいて処置開始後３５日間（ＣＴ２６腫瘍細胞の注射後４２日間）にわたって生存率を監視した。改善された生存率が、試験した組み合わせのうちの４つでマウスをワクチン接種した後に観察された。ワクチン接種後、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブーストと抗ＰＤ−１との組み合わせ（グループ４；対照グループ１に対してＰ＜０．０００１）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブーストと抗ＰＤ−１との組み合わせ（グループ８；対照グループ１に対してＰ＝０．０００６）、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブースト（グループ３；対照グループ１に対してＰ＝０．０００３）、及び、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒブーストと抗ＰＤ−１との組み合わせ（グループ６；対照グループ１に対してＰ＝０．００１６）を用いたマウスの、それぞれ、６４％，４６％，４１％及び３６％が生存した（図１９及び表２０）。生存率は、残りの処置群［ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒブースト（グループ５）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ（グループ７）、及び抗ＰＤ−１単独（グループ２）］では対照グループ１（≦１４％）と有意差は認められなかった。
【０４６２】
（表２０）ＣＴ２６モデルにおける生存率
2021524247.tif 000034
【０４６３】
結論として、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ及びＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡは、対照に対して、各ワクチンによりコードされたマウス腫瘍抗原に対する強いＴ細胞応答を誘発した。腫瘍を有するマウスへの、抗ＰＤ−１の同時投与を伴う、もしくは伴わないＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒプライム及びＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡブーストの投与、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡプライム及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒと抗ＰＤ−１との組み合わせの投与、または、同種プライムブースト免疫としてのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡと抗ＰＤ−１との組み合わせの投与は、高い生存率につながった。
【０４６４】
ＸＶＩＩＩ．非ヒト霊長類実験
ＣｈＡｄＶ６８及び自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）を用いた異なる投与プロトコールを、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）において評価した。
【０４６５】
材料及び方法
プライミングワクチンを各ＮＨＰで筋肉内（ＩＭ）注射して実験を開始した（ワクチンプライム）。１回以上のブースターワクチン（ワクチンブースト）も各ＮＨＰに筋肉内注射した。下記表に概略を示し、下記に要約した各グループにしたがって、投与ごとに両側性注射で投与した。
【０４６６】
免疫化
Ｍａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＬＮＰ−１またはＬＮＰ−２中で製剤化した１×１０１２個のウイルス粒子（注射１回当たり５×１０１１個のウイルス粒子）のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、３０ｕｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ、１００ｕｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ、または３００ｕｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡで両側性に免疫した。３０ｕｇ、１００ｕｇまたは３００ｕｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡのワクチンブーストをプライムワクチン接種後の示した時間に筋肉内投与した。
【０４６７】
免疫モニタリング
ＰＢＭＣを、プライムワクチン接種後の示した時間にＬｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ｍｅｄｉｕｍ（ＬＳＭ，ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ社）及びＬｅｕｃｏＳｅｐ分離チューブ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ−Ｏｎｅ社）を使用して単離し、１０％ＦＢＳ及びペニシリン／ストレプトマイシンを含んだＲＰＭＩに再懸濁した。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントした。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整した。実験に用いたそれぞれのサルについて、ＥＬＩＳｐｏｔまたはフローサイトメトリー法を用いてＴ細胞応答を測定した。ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ−Ａ＊０１クラスＩエピトープに対するＴ細胞応答を、ＥＬＩＳｐｏｔ（ｅｘ  ｖｉｖｏ  ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｐｏｔ）（エクスビボ酵素結合免疫スポット）分析を用いてＩＦＮ−γなどのサイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。サルＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ： １０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳｐｏｔ分析を行った。２００，０００個のＰＢＭＣを、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートした。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像した。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させた。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントした。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外した。次に、スポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正した。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正した。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入した。
【０４６８】
ワクチンにコードされた６種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ−Ａ＊０１クラスＩエピトープに対する特異的ＣＤ４及びＣＤ８  Ｔ細胞応答を、フローサイトメトリーを用いてＩＦＮ−γなどの細胞内サイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣから観測した。いずれの方法の結果も、サイトカインが、エピトープに対して抗原特異的な形で誘導したことを示している。
【０４６９】
アカゲザルにおける免疫原性
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの３０μｇ及び１００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒとの組み合わせの免疫原性及び予備的安全性を評価し、（ｂ）ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
【０４７０】
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕ−Ａ＊０１  ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各群６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒまたはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡベクターのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
【０４７１】
（表２１）インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ免疫原性の実験 
2021524247.tif 000035
【０４７２】
免疫化の前及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った。
【０４７３】
結果
６種類の異なるＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、及び１０週後に測定した。表２１に示すように、各動物に、４及び８週目に、ＬＮＰ１またはＬＮＰ２のいずれかと製剤化した用量３０μｇまたは１００μｇのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによるブースト免疫を行った。６種類のエピトープすべてに対する複合的な免疫応答を、それぞれの免疫モニタリング時点についてプロットした（図２０Ａ〜Ｄ及び表２２〜２５）。
【０４７４】
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（３０μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７０、１４、１５、１１、７、８、１４、１７、１２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図２０Ａ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１０８、−３、１４、１、３７、４、１０５、１７、２５ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図２０Ｂ）。複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２（１００μｇ）によるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり−１７、３８、１４、−２、８７、２１、１０４、１２９、８９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図２０Ｃ）。負の値は、各エピトープ／動物のプレブリード値に対して正規化した結果である。
【０４７５】
複合的な抗原特異的免疫応答が、最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによるプライム免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１２１８、１７８４、１８６６、９７３、１８１３、７４７、７９７、１２４９、及び５４７ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図２０Ｄ）。免疫応答は、予想されたプロファイルを示し、ピーク免疫応答がプライム免疫化の約２〜３週後に測定され、４週後に免疫応答が退縮した。ＰＢＭＣ１０６個当たり１８１３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによる最初の免疫化の５週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後）。ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる最初のブーストの１週後（５週目）に測定された免疫応答は、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによるプライム免疫化（３週目）について測定されたピーク免疫応答と同等であった（図２０Ｄ）。ＰＢＭＣ１０６個当たり１２４９ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答がそれぞれ、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによる最初の免疫化の９週後に測定された（すなわち、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後）。ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる２度目のブーストの１週後（９週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前に測定された免疫応答よりも約２倍高かった（図２０Ｄ）。
【０４７６】
（表２２）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（３０μｇ）（グループ１）についての各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000036
【０４７７】
（表２３）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（１００μｇ）（グループ２）についての各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000037
【０４７８】
（表２４）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２（１００μｇ）（グループ３）についての各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000038
【０４７９】
（表２５）ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ  プライムについての各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000039
【０４８０】
インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ  ＲＮＡ用量範囲実験（より高い用量）
この実験は、（ａ）同種のプライム／ブーストまたは異種のプライム／ブーストとしてのＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの３００μｇの用量とＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒとの組み合わせの免疫原性を評価し、（ｂ）用量３００μｇで、ＬＮＰ２に対してＬＮＰ１を使用した脂質ナノ粒子中のＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡの免疫応答を比較し、（ｃ）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ及びＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによる免疫化に対するＴ細胞応答の速度論を評価するように設計した。
【０４８１】
この実験アームを、免疫原性を実証するためにＭａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルで行った。アカゲザルなどの非ヒト霊長類におけるワクチン免疫原性は、ヒトにおけるワクチン効力の最良の予測因子である。さらに、この実験で使用される選択抗原は、アカゲザル、具体的にはＭａｍｕ−Ａ＊０１  ＭＨＣクラスＩハプロタイプを有するものにおいてのみ認識される。Ｍａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルを異なる実験アーム（各グループ６匹のアカゲザル）にランダム化し、複数のＭａｍｕ−Ａ＊０１制限抗原を含むモデル抗原をコードしたＣｈＡｄＶ６８．５−ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒまたはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡのいずれかを筋肉内注射により両側性に投与した。各実験アームは下記に記載したとおりである。
【０４８２】
グループ１については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（異種のプライム／ブースト）。グループ２及び３については、免疫化の前及び初期免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行った（同種のプライム／ブースト）。
【０４８３】
（表２６）インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ免疫原性の実験
2021524247.tif 000040
【０４８４】
結果
Ｍａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルを、ＣｈＡｄＶ６８．５−ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３及び２４週後に測定した（図２１及び表２７）。動物に、４、１２、及び２０週目にＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。最初のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによる初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１７５０、４２２５、１１００、２５２９、３２１８、１９１５、１７０８、１５６１、５０７７、４５４３、４９２０、５８２０、３３９５、２７２８、１９９６、１４６５、４７３０、２９８４、２８２８、または３０４３ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図２１）。ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる２度目のブースト免疫化の１週後（１３週目）に測定された免疫応答は、ブースト免疫化の直前（１２週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる３度目のブースト免疫化の１週後（２１週目）に測定された免疫応答は、２度目のブーストで観察された応答と同様、ブースト免疫化の直前（２０週目）に測定された免疫応答よりも約３倍高かった。
【０４８５】
Ｍａｍｕ−Ａ＊０１インドアカゲザルを、さらに、２種類の異なるＬＮＰ製剤（ＬＮＰ１及びＬＮＰ２）を用いてＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡで免疫化した。６種類の異なるＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープに対する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）中の抗原特異的細胞性免疫応答を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後に測定した（図２２及び２３、表２８及び２９）。動物に、４及び１２週目にＬＮＰ１またはＬＮＰ２製剤を用いてＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる免疫化を行った。複合的な抗原特異的免疫応答が、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１３、１４、１５週後にそれぞれ、ＰＢＭＣ１０６個当たり１６８、２０４、１０３、１２６、１４０、１４５、３３０、２０３、及び１６２ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）ですべての測定において観察された（図２２）。ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１による免疫化の４、５、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５週後に、ＰＢＭＣ１０６個当たり１８９、１８５、３４９、４３７、４９２、５７０、２３３、８８６、３６９、及び３８１ＳＦＣ（６つのエピトープの合計）の複合的な抗原特異的免疫応答が観察された（図２３）。
【０４８６】
（表２７）ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ（グループ１）によるプライミングワクチン接種における各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000041
【０４８７】
（表２８）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２（３００μｇ）（グループ２）によるプライミングワクチン接種における各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000042
【０４８８】
（表２９）ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（３００μｇ）（グループ３）によるプライミングワクチン接種における各エピトープに対するＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）±ＳＥＭ
2021524247.tif 000043
【０４８９】
ｓｒＲＮＡの用量範囲実験
本発明の一実現形態では、ｓｒＲＮＡの用量範囲実験を、ｍａｍｕＡ０１インドアカゲザルで実施することによって、どのｓｒＲＮＡ用量をＮＨＰ免疫原性実験に進めるべきかを特定することができる。１つの例では、ＭａｍｕＡ０１インドアカゲザルに、複数のｍａｍｕＡ０１制限エピトープを含むモデル抗原をコードしたｓｒＲＮＡベクターを筋肉内注射により投与することができる。別の例では、抗ＣＴＬＡ−４モノクローナル抗体を、筋肉内ワクチン注射の部位の近位に皮下投与することで１つの動物群でワクチン流入領域のリンパ節をターゲティングすることができる。最初の免疫化後、２週間ごとにＰＢＭＣを採取して免疫モニタリングを行うことができる。各実験アームを下記に記載する（表３０）。
【０４９０】
（表３０）インドアカゲザルにおける非ＧＬＰ  ＲＮＡ用量範囲実験
2021524247.tif 000044
＊ｓｒＲＮＡの用量範囲は３００μｇ以下の高用量で決定される。
【０４９１】
インドアカゲザルにおける免疫原性の実験
抗原ベクターを用いて免疫原性を実証するため、ｍａｍｕＡ０１のインドアカゲザル（ＮＨＰ）でワクチン実験を行った。図３４は、ワクチン接種の手法を示す。ＮＨＰの３つのグループを、チェックポイント阻害剤として抗ＣＴＬＡ−４抗体であるイピリムマブ（グループ５及び６）と共に、またはチェックポイント阻害剤なし（グループ４）で、ＣｈＡｄＶ６８．５−ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫した。抗体は、静脈内（グループ５）または皮下（グループ６）投与した。三角は、０週目及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を示す。
【０４９２】
免疫したＮＨＰにおけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的経過を、ｃｈＡｄ−ＭＡＧによる免疫単独（図３５及び表３１Ａ）、ｃｈＡｄ−ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の静脈内（ＩＶ）投与（図３６及び表３１Ｂ）、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧによる免疫とチェックポイント阻害剤の皮下（ＳＣ）投与（図３７及び表３１Ｃ）について示す。これらの結果は、ｃｈＡｄ６８ベクターが霊長類においてＣＤ８＋応答を効率的にプライミングし、アルファウイルスベクターがｃｈＡｄ６８ワクチンのプライミング応答を効率的にブーストし、チェックポイント阻害剤は静脈内または皮下投与のいずれでもプライミング及びブースト応答の両方を増幅し、ワクチン接種後のｃｈＡｄベクターの再投与が免疫応答を効果的にブーストしたことを示している。
【０４９３】
（表３１Ａ）ｃｈＡｄ−ＭＡＧを投与したアカゲザル（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞＋／−標準誤差を示す。
2021524247.tif 000045
【０４９４】
（表３１Ｂ）ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＩＶ投与による抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞＋／−標準誤差を示す。
2021524247.tif 000046
【０４９５】
（表３１Ｃ）ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答。平均ＳＦＣ／１ｅ６脾細胞＋／−標準誤差を示す。
2021524247.tif 000047
【０４９６】
インドアカゲザルにおけるメモリー表現型の判定
アカゲザルを、抗ＣＴＬＡ４と、または抗ＣＴＬＡ４なしで、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒのｓｒＲＮＡ異種プライミング／ブーストレジメンで免疫してから、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで再びブーストした。各グループを、最後のＣｈＡｄＶ６８の投与の１１ヶ月後（実験１８ヶ月目）に、記載されるようにＥＬＩＳｐｏｔを行って評価した。図３８及び表４３は、免疫前（左パネル）及び１８ヶ月後（右パネル）にＥＬＩＳｐｏｔにより測定した６種類の異なるＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープに対する細胞応答を示す。制限エピトープに対する応答の検出は、ＣｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって抗原特異的メモリー応答が生じたことを示す。
【０４９７】
メモリーを評価するため、ワクチンにコードされた４種類の異なるアカゲザルＭａｍｕ−Ａ＊０１クラスＩエピトープを認識するＣＤ８＋Ｔ細胞を、各抗原が固有のダブルポジティブの組み合わせによって示されることで、単一の試料中の４つの抗原特異的集団のすべてを特定することができる、２色Ｍａｍｕ−Ａ＊０１テトラマー標識を用いて観測した。メモリー細胞の表現型判定を、細胞表面マーカーＣＤ４５ＲＡ及びＣＣＲ７で共染色することにより行った。図３９及び表４４は、４種類の異なるＭａｍｕ−Ａ＊０１制限エピトープを認識するメモリーＴ細胞についてコンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色の結果を示す。Ｔ細胞表現型をフローサイトメトリーによっても評価した。図４０は、実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ−Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７−＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７−＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。まとめると、これらの結果は、最後のブーストの少なくとも１年後にメモリー応答が検出されたことを示し、エフェクター、セントラルメモリー、及びエフェクターメモリーを含む、長期的に持続する免疫を示すものである。
【０４９８】
（表４３）プライミング前及びメモリー評価の時点（１８ヶ月）における各動物のＰＢＭＣ１０６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）。
2021524247.tif 000048
ND＝技術的排除により測定されず。
【０４９９】
（表４４）生ＣＤ８＋細胞に占めるＭａｍｕ−Ａ＊０１テトラマー陽性の割合（％）
2021524247.tif 000049
【０５００】
ＸＩＸ．抗ＣＴＬＡ４免疫チェックポイント阻害剤の共発現
抗原と免疫チェックポイント阻害剤を共発現するベクター（複数可）を遺伝子操作により作製する。
【０５０１】
材料及び方法
１つの例では、チンパンジーアデノウイルスベクターを、モデル抗原と、免疫チェックポイント阻害剤として抗ＣＴＬＡ４とを発現するように設計する。
【０５０２】
ベクターの設計
以下の５’から３’にかけての方向で以下のフォーマット（図２６を参照）：［ＣＭＶ−モデル抗原／ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−抗ＣＴＬＡ４−ＳＶ４０］の発現カセットを、欠失させたＥ１領域に導入したＥ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターを設計した。カセット発現は、モデル抗原カセット（またはＧＦＰレポーター）の５’側に配置されたサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター及び抗ＣＴＬＡ４抗体の３’側のＳＶ−４０ポリアデニル化シグナルによって誘導した。モデル抗原カセットは、セクションＸＩＶ．Ｂ．４（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４）で上記に述べたＭＡＧ２５ｍｅｒカセットとした。抗原カセット（またはＧＦＰレポーター）と抗ＣＴＬＡ４抗体とは、同じ転写産物からモデル抗原と抗ＣＴＬＡ４抗体との別々の翻訳を可能とするＩＲＥＳ配列によって分離した。抗ＣＴＬＡ４抗体ヌクレオチドは、Ｇｅｎｂａｎｋ（ＮＣＢＩ番号ＬＱ２２２６６０．１及びＬＱ２２２６５８．１）より入手され、その教示のすべてを参照により本明細書に援用するところのＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６０２５６４２号にさらに記載される抗ＣＴＬＡ４クローン９Ｄ９配列に基づいたものとした。抗ＣＴＬＡ４抗体の発現カセットは以下のフォーマットで設計した。［完全長の重鎖−フーリン切断部位−Ｔ２Ａ部位−完全長の軽鎖］（（Ｆａｎｇ  Ｊ，Ｑｉａｎ  ＪＪ，Ｙｉ  Ｓ，Ｈａｒｄｉｎｇ  ＴＣ，Ｔｕ  ＧＨ，Ｖａｎ  Ｒｏｅｙ  Ｍ，Ｊｏｏｓｓ  Ｋ．（２００５）．Ｓｔａｂｌｅ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｌｅｖｅｌｓ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ２Ａ  ｐｅｐｔｉｄｅ．Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３（５）：５８４−９０）に記載されるもの）。ここで、Ｔ２Ａ部位はＴｈｏｓｅａ  ａｓｉｇｎａウイルスの２Ａペプチドである。可変領域は、９Ｄ９の元のアイソタイプに対応したマウスＩｇＧ２ｂの定常領域に付加した。これらのヌクレオチド配列はまた、Ｇｅｎｂａｎｋ配列に対して発現についてコドン最適化した。
【０５０３】
ＮＣＢＩ配列を用いた抗体リーダー配列を有するもの（ｇ９Ｄ９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０）と、ＩｇＢＬＡＳＴツールによって元のマウス９Ｄ９ハイブリドーマに存在することが予測された配列に基づいたリーダー配列を有するもの（ｏ９Ｄ９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１）という２つのバージョンのＧＦＰレポーター発現コンストラクトを作製した。
【０５０４】
モデル抗原発現コンストラクトを、上記に述べた「ｏ９Ｄ９」抗体リーダー配列を含むように作製した。モデル抗原及び抗ＣＴＬＡ４を発現するチンパンジーＣ６８アデノウイルスコンストラクト（「ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４」）の完全長配列を下記に示す（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５７）。
【０５０５】
さらなるチェックポイント免疫チェックポイント阻害剤共発現ベクターを作製した。すなわち、ＧＦＰレポーターまたはモデル抗原カセットと、抗ＣＴＬＡ４抗体としてイピリムマブとを発現するチンパンジーＣ６８アデノウイルスコンストラクト（ｃｈＡｄ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ（ＩＰＩ−ＧＦＰ）及びｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ（ＩＰＩ−ＭＡＧ）；それぞれ、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７０及び７１）；モデル抗原カセットと抗ＣＴＬＡ４抗体としてトレメリムマブをコードする配列とを発現するチンパンジーＣ６８アデノウイルスコンストラクト（ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＴＲＥＭＥ；ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７２）。
【０５０６】
ベクターの産生
抗ＣＴＬＡ４発現ウイルスベクターを、ＰａｃＩ消化したｐＡ６８−ＭＡＧ−ｏ９Ｄ９（モデル抗原カセット及び抗ＣＴＬＡ４のｏ９Ｄ９バージョンを発現するＣｈＡｄＶ６８ベクターを含むプラスミド）、ｐＡ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９（ＧＦＰレポーター及び抗ＣＴＬＡ４のｏ９Ｄ９バージョンを発現するＣｈＡｄＶ６８ベクターを含むプラスミド）、及びｐＡ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ｇ９Ｄ９（ＧＦＰレポーター及び抗ＣＴＬＡ４のｇ９Ｄ９バージョンを発現するＣｈＡｄＶ６８ベクターを含むプラスミド）を、Ｆｕｇｅｎｅ６（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用して２９３Ａ細胞にトランスフェクトすることにより作製した。ウイルスベクターを２９３細胞内で増殖させた後、２９３Ｆ浮遊細胞中で大規模に生産した（４００ｍＬスケール）。感染４８時間後に細胞を回収し、溶解し、２ラウンドのＣｓＣｌ勾配によってウイルスを精製した。ウイルスを２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０、２５ｍＭ  ＮａＣｌ、及び２．５％グリセロール中に透析した。精製したウイルスベクターをアリコートに分けて−８０℃で保存した。精製したウイルスベクターの感染単位力価を抗カプシドアッセイにより決定した。インビトロ及びインビボ実験では、用量はＩＵ単位に基づくものとした。
【０５０７】
インビトロ発現
２９３Ｆ細胞に後述するウイルスベクターをＭＯＩ＝１で感染させた。感染後、上清を回収し、プロテインＡビーズを用いて抗体を回収した。抗体をビーズから溶出し、４〜２０％のＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で分離した。このゲルを、ＴＢＳＴ−５％乾燥ミルク中、希釈率１：２，５００でヤギ抗マウスＨＲＰ結合抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＡＰ１２４Ｐ）を用い、次いで化学発光検出試薬（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ，ＥＣＬ  Ｐｌｕｓ）を用いてウェスタンブロット分析にかけた。
【０５０８】
インビボ評価
Ｃ５６Ｆ１マウスに、後述するウイルスベクターを前脛骨筋に両側性に筋肉内（ＩＭ）注射で投与することでＩＵ＝１．５ｅ７または１．５ｅ６で投与した。抗ＣＴＬＡ４を同時投与したマウスに、週２回、２５０μｇで腹腔内（ＩＰ）投与により抗体を投与した。投与グループ、用量、経路、及び注射のタイミングを下記に示す。抗原特異的Ｔ細胞を、ＥＬＩＳｐｏｔ及び細胞内サイトカインの染色により測定した。異なる時点で血清を得て、抗ＣＴＬＡ４濃度をＥＬＩＳＡにより測定した。
【０５０９】
結果
上記に述べたようにしてウイルスを産生し、定量した。インビボ実験で用いたｃｈＡｄ６８−ｏ９Ｄ９ロット番号ＣＳ１１０６１７Ｅを下記に示す。
【０５１０】
（表３２）抗ＣＴＬＡ４臨床用カセットウイルス（ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ｏ９Ｄ９）の力価データ
2021524247.tif 000050
【０５１１】
抗ＣＴＬＡ４のインビトロ発現
２９３Ｆ細胞に以下のウイルスベクター、ＣｈＡｄＶＣ６８−ＭＡＧ２５ｍｅｒ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９（「５ＷＴ−ＭＡＧ−ｏ９Ｄ９」）、ＣｈＡｄＶＣ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９、及びＣｈＡｄＶＣ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ｇ９Ｄ９を感染させた。上清を感染の７、２０、３０及び４８時間後に回収し、プロテインＡビーズを用いて抗体を回収した後、ウェスタンによって分析した。市販の９Ｄ９抗体を陽性対照（「（＋）ｃｔｒｌ」）として用いた。ＧＦＰのみをコードし、抗ＣＴＬＡ  ９Ｄ９抗体はコードしていないウイルスベクターからの上清を陰性対照（「（−）ｃｔｒｌ」）として用いた。図２７に示されるように、９Ｄ９抗ＣＴＬＡ４陽性対照の重鎖及び軽鎖に関連するバンドが、感染２０時間後から試験した３つのベクターの上清中に存在したのに対して、陰性対照のレーンにはタンパク質のバンドは存在せず、各ベクターが所望の抗ＣＴＬＡ４抗体を発現したことを示している。タンパク質は細胞のライセートのみのレーン（すなわち、タンパク質Ａビーズを用いた抗体回収を行わなかった試料）（レーン２）でも認められず、発現された抗体の検出には抗体回収が必要であることを示している。
【０５１２】
次に、ｃｈＡｄ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ及びｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩについてインビトロ発現を評価した。図２８Ａは、イピリムマブの重鎖及び軽鎖の発現を示す。次に、ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＴＲＥＭＥについてインビトロ発現を評価した。図２８Ｂは、トレメリムマブの重鎖及び軽鎖の発現を示す。
【０５１３】
抗ＣＴＬＡ４を共発現するベクターのインビボ評価
モデル抗原カセット（ＭＡＧ）と抗ＣＴＬＡ４抗体（ｏ９Ｄ９）を共発現するＣｈＡｄＶＣ６８−ＭＡＧ２５ｍｅｒ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９ （「ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４」）を、マウスにおける細胞抗原特異的免疫応答及び血清中の抗ＣＴＬＡ４の発現について評価した。この共発現ベクターによる処置を、同じモデル抗原カセットを発現するが抗ＣＴＬＡ４抗体を発現しないベクター（「ｃｈＡｄ−ＭＡＧ」）を投与したマウス、または同じモデル抗原カセットを発現するが抗ＣＴＬＡ４抗体を発現しないベクターを、９Ｄ９抗ＣＴＬＡ４抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌから購入）と同時投与したマウスと比較した。ｃｈＡｄウイルスは、筋肉内（ＩＭ）経路で１．５ｅ７または１．５ｅ６のＩＵで投与した。同時投与される抗ＣＴＬＡ４抗体は用量２５０μｇで腹腔内（ＩＰ）注射した。異なるグループを下記表に詳細に記載する。
【０５１４】
（表３３）ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４の免疫原性及び発現のインビボ評価の設計
2021524247.tif 000051
【０５１５】
ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５に対する抗原特異的Ｔ細胞を、ワクチン投与の１２日後にＥＬＩＳｐｏｔ及び細胞内サイトカイン染色により測定した。図４１に示されるように、免疫１２日後にＥＬＩＳｐｏｔにより測定された抗原特異的免疫応答は、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ単独、及び腹腔内（ＩＰ）投与される抗ＣＴＬＡ４抗体と同時投与したｃｈＡｄ−ＭＡＧと同等であった。ＩＦＮγ−ＥＬＩＳｐｏｔにより測定した抗原特異的Ｔ細胞の数は、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ＋抗ＣＴＬＡ４、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧで同様であり、中央値は、ＩＵ＝１．５ｅ６の低用量でそれぞれ、１１５７８個、１２１９４個、及び１２９４５個のＳＦＣ／１ｅ６の脾臓細胞であり（図４１、左側のパネル）、ＩＵ＝１．５ｅ７の高用量で１８９３３個、１７９９２個、及び１８７６６個のＳＦＣ／１ｅ６の脾臓細胞であった（図４１、右側のパネル）。
【０５１６】
図４２に示されるように、３つの処置は、ＩＣＳにより測定した場合にＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５に対して同等の数のＣＤ８＋ＩＦＮγ＋の抗原特異的Ｔ細胞も生じ、ＩＵ＝１．５ｅ６で中央値３．７、３．５、及び３．９のＩＦＮγ＋（ＣＤ８＋の％）（図４２の左側のパネル）、及びＩＵ＝１．５ｅ７で８．４、７．３、及び８．２であった（図４２の右側のパネル）。
【０５１７】
ＥＬＩＳｐｏｔまたはＩＣＳについてＡＮＯＶＡにより決定した場合に各グループ間で統計的に有意な差は認められなかった。これらの結果は、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ａＣＴＬＡ４ワクチンが機能し、少なくともこれらのアッセイによれば、マウスに抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導するうえで同等であることを示すものである。
【０５１８】
マウスの血清中の抗ＣＴＬＡ４抗体の量を、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４（グループ１及び２）、または腹腔内（ＩＰ）投与により抗ＣＴＬＡ４抗体を同時投与したｃｈＡｄ−ＭＡＧによる免疫の１、２、３、６、及び１２日後にメソスケールディスカバリー（ＭＳＤ）ＥＬＩＳＡにより評価した。グループ３及び４では、抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂ（２５０μｇ、ＩＰ）を０、３、６、及び９日目に投与した。
【０５１９】
図４３及び表３４に示されるように、抗ＣＴＬＡ４の発現が、低（ＩＵ＝１．５ｅ６）及び高（ＩＵ＝１．５ｅ７）用量の両方のｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４で免疫したマウスの血清中で検出された。発現は、免疫後２日目にピークとなり、さらなる免疫を行うことなく１２日目の最後の測定までベースライン値（０日目）よりも高く維持された。発現には用量反応が認められ、高用量のｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４による免疫のすべての時点で高いレベルの発現が検出された。抗ＣＴＬＡ４の血清レベルは、抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂの腹腔内（ＩＰ）投与では有意に低く、これは、投与後のすべての時点でアッセイの最大範囲よりも高いレベルであった。これらの結果は、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４ワクチンは、抗ＣＴＬＡ４抗体を、繰り返しの腹腔内（ＩＰ）投与と比較して低いが持続的なレベルで用量依存的に発現することを示すものである。
【０５２０】
（表３４）マウスの血清中の抗ＣＴＬＡ４抗体レベル
2021524247.tif 000052
各グループ及び時点における平均のＥＣＬ値
【０５２１】
配列
2021524247.tif 000053
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【０５２２】
ＸＸ．抗ＣＴＬＡ４免疫チェックポイント阻害剤の共発現の腫瘍モデル評価
抗ＣＴＬＡ４の共発現を伴うかまたは伴わない、任意で自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）と組み合わせたＣｈＡｄＶ６８を用いて異なる投与プロトコールを、マウスＣＴ２６またはＢ１６−ＯＶＡ腫瘍モデルにおいて評価する。
【０５２３】
方法及び材料
腫瘍の注入
Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍モデルでは、Ｂａｌｂ／ｃ系マウスの左下脇腹に１０５個／動物のＢ１６−ＯＶＡ細胞を注射する。腫瘍を免疫前の３日間にわたって増殖させる。
【０５２４】
ＣＴ２６腫瘍モデルでは、Ｂａｌｂ／ｃ系マウスの左下脇腹に１０６個／動物のＣＴ２６細胞を注射する。腫瘍を免疫前の７日間にわたって増殖させる。
【０５２５】
免疫化
モデル抗原カセット（ＭＡＧ）と抗ＣＴＬＡ４抗体（ｏ９Ｄ９）を共発現するＣｈＡｄＶＣ６８−ＭＡＧ２５ｍｅｒ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９、同じモデル抗原カセットを発現するが抗ＣＴＬＡ４抗体は発現しないベクター、及び／または、９Ｄ９抗ＣＴＬＡ４抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌより購入したもの）を同時投与した、同じモデル抗原カセットを発現するが抗ＣＴＬＡ４抗体を発現しないベクターでマウスを免疫する。異なる実験群において、マウスに、同じモデル抗原を発現するアルファウイルスワクチンベクターによるブースト免疫を投与する。
【０５２６】
脾細胞の解離
各マウスの脾臓及びリンパ節を、３ｍＬの完全ＲＰＭＩ（ＲＰＭＩ、１０％ＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン）中にプールする。ｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳ組織解離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ社）を製造者の指示にしたがって使用して、機械的解離を行う。解離した細胞を４０ミクロンのフィルターに通して濾過し、赤血球をＡＣＫ溶解バッファー（１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ，１０ｍＭ  ＫＨＣＯ３，０．１ｍＭ  Ｎａ２ＥＤＴＡ）で溶解する。細胞を３０ミクロンのフィルターに通して再び濾過した後、完全ＲＰＭＩ中に再懸濁する。細胞を、死細胞及びアポトーシス細胞を除外するためのヨウ化プロピジウム染色を使用してＡｔｔｕｎｅ  ＮｘＴフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ社）でカウントする。次に、その後の分析用に細胞を適当な生細胞の濃度に調整する。
【０５２７】
エクスビボ酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析
マウスＩＦＮｇ  ＥＬＩＳｐｏｔＰＬＵＳキット（ＭＡＢＴＥＣＨ社）を使用し、ＥＬＩＳＰＯＴハーモナイゼーションガイドライン｛ＤＯＩ： １０．１０３８／ｎｐｒｏｔ．２０１５．０６８｝にしたがってＥＬＩＳＰＯＴ分析を行う。５×１０４個の脾細胞を、９６ウェルＩＦＮｇ抗体コーティングプレート中で、１０ｕＭの示したペプチドと１６時間インキュベートする。スポットをアルカリホスファターゼを用いて現像する。反応時間を１０分間計り、プレートに水道水を流して反応を停止させる。スポットをＡＩＤ  ｖＳｐｏｔ  Ｒｅａｄｅｒ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍを用いてカウントする。ＥＬＩＳＰＯＴ分析を行うため、飽和度が５０％よりも高いウェルを「多すぎてカウント不能」として記録した。複製ウェルの偏差が１０％よりも大きい試料は分析から除外する。次いでスポットのカウントを、式：スポットカウント＋２×（スポットカウント×コンフルエンス（％）／［１００％−コンフルエンス（％）］）を用いてウェルのコンフルエンシーについて補正する。陰性ペプチド刺激ウェル中のスポットカウントを抗原刺激したウェルから引くことによって陰性バックグラウンドを補正する。最後に、多すぎてカウント不能として示したウェルを、最も高い観察された補正値に設定し、１００の位までの概数に四捨五入する。
【０５２８】
結果
異なる実験群のマウスを、ＥＬＩＳｐｏｔ及びＩＣＳによる細胞抗原特異的免疫応答、血清中の抗ＣＴＬＡ４抗体レベル、腫瘍増殖、及び生存率について評価する。ＣｈＡｄＶＣ６８−ＭＡＧ２５ｍｅｒ−ＩＲＥＳ−ｏ９Ｄ９による免疫は、改善された免疫応答を示す。
【０５２９】
ＸＸＩ．免疫チェックポイント阻害剤の共発現
１つの例では、ウイルスベクターを、モデル抗原及び免疫チェックポイント阻害剤の両方を発現するように設計する。免疫チェックポイント阻害剤を共発現するウイルスベクターを、同じモデル抗原を発現するが免疫チェックポイント阻害剤は発現しないベクター、及び／または、免疫チェックポイント阻害剤を同時投与した、同じモデル抗原を発現するが免疫チェックポイント阻害剤は発現しないベクターと比較する。他の免疫調節物質も同じ要領で試験する。
【０５３０】
ベクターの設計
１つの例では、以下の５’から３’にかけての方向で以下のフォーマット：［ＣＭＶ−モデル抗原／ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−免疫チェックポイント阻害剤−ＳＶ４０］の発現カセットを、欠失させたＥ１領域に導入したＥ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターを設計する。カセット発現は、モデル抗原カセット（またはＧＦＰレポーター）の５’側に配置されたサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター及び免疫チェックポイント阻害剤の３’側のＳＶ−４０ポリアデニル化シグナルによって誘導する。モデル抗原カセットは、セクションＸＩＶ．Ｂ．４（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４）で上記に述べたＭＡＧ２５ｍｅｒカセットとする。抗原カセット（またはＧＦＰレポーター）と免疫チェックポイント阻害剤とは、同じ転写産物からモデル抗原と免疫チェックポイント阻害剤との別々の翻訳を可能とするＩＲＥＳ配列によって隔てられた。免疫チェックポイント阻害剤または免疫調節物質は、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントについて、利用可能な配列、利用可能な抗体のペプチドシークエンシングにより得られる配列及びそれに続く発現用のヌクレオチド配列の設計、またはハイブリドーマのＢＣＲシークエンシングにより得られる配列に基づいたものである。利用可能な免疫チェックポイント阻害剤及び免疫調節物質を下記表３５に記載する。配列もまた、発現用に改変され、例えば、クローニングベクターに導入するためにコドン最適化または遺伝子操作される。ヌクレオチドをコードする抗体は、（Ｆａｎｇ  Ｊ，Ｑｉａｎ  ＪＪ，Ｙｉ  Ｓ，Ｈａｒｄｉｎｇ  ＴＣ，Ｔｕ  ＧＨ，Ｖａｎ  Ｒｏｅｙ  Ｍ，Ｊｏｏｓｓ  Ｋ．（２００５）． Ｓｔａｂｌｅ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｌｅｖｅｌｓ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ２Ａ  ｐｅｐｔｉｄｅ．Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３（５）：５８４−９０）に記載される以下のフォーマット：［重鎖−フーリン切断部位−Ｔ２Ａ部位−軽鎖］で設計される。ここで、Ｔ２Ａ部位はＴｈｏｓｅａ  ａｓｉｇｎａウイルスの２Ａペプチドである。可変領域は、マウスＩｇアイソタイプの定常領域に付加される。
【０５３１】
（表３５）利用可能な免疫チェックポイント阻害剤
2021524247.tif 000085
【０５３２】
別の例では、上記に述べたように、欠失させたＥ１領域に発現カセットを導入したＥ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターを設計し、欠失させたＥ３領域に免疫チェックポイント阻害剤を導入する。
【０５３３】
別の例では、ウイルス構造タンパク質を欠失させたアルファウイルスベクターであって、以下の５’から３’にかけての方向で以下のフォーマット：［モデル抗原／ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−免疫チェックポイント阻害剤］の発現カセットを、欠失させた領域に導入したアルファウイルスベクターを設計する。アルファウイルスベクターで試験されるこれらの異なる免疫チェックポイント阻害剤は、上記に述べたアデノウイルスベクターで試験したものと同じである。
【０５３４】
ベクターの産生
免疫チェックポイント阻害剤発現ウイルスベクターを、Ｆｕｇｅｎｅ６（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて線状ベクターを２９３Ａ細胞にトランスフェクトすることにより生成する。ウイルスベクターを２９３細胞内で増殖させた後、２９３Ｆ浮遊細胞中で大規模に生産する（４００ｍＬスケール）。感染４８時間後に細胞を回収し、溶解し、２ラウンドのＣｓＣｌ勾配によってウイルスを精製する。ウイルスを２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０、２５ｍＭ  ＮａＣｌ、及び２．５％グリセロール中に透析する。精製したウイルスベクターをアリコートに分けて−８０℃で保存する。精製したウイルスベクターの感染単位力価を抗カプシドアッセイにより決定する。インビトロ及びインビボ実験では、用量はＩＵ単位に基づくものとした。
【０５３５】
インビトロ発現
２９３Ｆ細胞に様々なウイルスベクターをＭＯＩ＝１で感染させる。感染後、上清を回収し、プロテインＡビーズを用いて抗体を回収する。抗体をビーズから溶出し、４〜２０％のＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で分離する。このゲルを、ＴＢＳＴ−５％乾燥ミルク中、希釈率１：２，５００でヤギ抗マウスＨＲＰ結合抗体（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，ＡＰ１２４Ｐ）を用い、次いで化学発光検出試薬（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ，ＥＣＬ  Ｐｌｕｓ）を用いてウェスタンブロット分析にかける。
【０５３６】
インビボ評価
マウスを、異なるウイルスベクターを前脛骨筋の両側性の筋肉内（ＩＭ）注射により投与して免疫する。免疫チェックポイント阻害剤を発現しないウイルスベクターを投与した選択されたグループのマウスに免疫チェックポイント阻害剤を同時投与した。抗原特異的Ｔ細胞を、ＥＬＩＳｐｏｔ及び細胞内サイトカインの染色により測定する。異なる時点で血清を得て、免疫チェックポイント阻害剤濃度をＥＬＩＳＡにより測定する。
【０５３７】
結果
免疫チェックポイント阻害剤を共発現するものを含む様々なウイルスベクターを作製し、定量する。免疫チェックポイント阻害剤をコードするウイルスベクターは、免疫チェックポイント阻害剤をインビトロ及び血清中で検出可能なレベルで発現する。
【０５３８】
免疫チェックポイント阻害剤を共発現する様々なウイルスベクターによって、チェックポイント阻害剤を伴わないベクターによって得られるものと同等またはそれよりも高い免疫活性化が生じる。
【０５３９】
特定の配列
本明細書で言及するベクター、カセット、及び抗体を以下に記載し、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：で呼ぶ。
2021524247.tif 000086
2021524247.tif 000087
【０５４０】
参考文献
2021524247.tif 000088
2021524247.tif 000089
2021524247.tif 000090
2021524247.tif 000091
2021524247.tif 000092
2021524247.tif 000093
【図１】
2021524247.tif 000094
【図２】
2021524247.tif 000095
【図３】
2021524247.tif 000096
【図４】
2021524247.tif 000097
【図５Ａ】
2021524247.tif 000098
【図５Ｂ】
2021524247.tif 000099
【図６Ａ】
2021524247.tif 000100
【図６Ｂ】
2021524247.tif 000101
【図７】
2021524247.tif 000102
【図８】
2021524247.tif 000103
【図９】
2021524247.tif 000104
【図１０】
2021524247.tif 000105
【図１１】
2021524247.tif 000106
【図１２Ａ】
2021524247.tif 000107
【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｃ】
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【図１３Ｄ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
2021524247.tif 000119
【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２０Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４Ａ】
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【図２４Ｂ】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８Ａ】
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【図２８Ｂ】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
2021524247.tif 000141
【図３７】
2021524247.tif 000142
【図３８】
2021524247.tif 000143
【図３９】
2021524247.tif 000144
【図４０】
2021524247.tif 000145
【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和3年1月21日(2021.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原カセットを含むベクターシステムであって、
前記抗原カセットが、
（１）少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、
ａ．コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を任意で含む、エピトープコード核酸配列と、
ｂ．任意で５’リンカー配列と、
ｃ．任意で３’リンカー配列と、
をそれぞれが含む、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を任意で含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列
を含む、対象内に存在する腫瘍に関連した少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された少なくとも１つのプロモーター配列と、
（３）任意で、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（４）任意で、少なくとも１つのＧＰＧＰＧリンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）と、
（５）任意で、少なくとも１つのポリアデニル化配列と、
を含み、
前記ベクターが、任意で前記カセット内に、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列をさらに含み、
任意で、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記核酸配列が、
（１）前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と異なる転写産物であって、少なくとも１つの第２のプロモーター配列が、前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記ベクターシステム。
【請求項２】
チンパンジーアデノウイルスベクターであって、
ａ．Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、
ｂ．ＣＭＶプロモーター配列と、
ｃ．ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
ｄ．免疫チェックポイント阻害剤をコードする核酸配列と、
ｅ．抗原カセットであって、以下：
（１）対象内に存在する腫瘍に由来する少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、
互いに直鎖状に連結された、少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有し、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、
を含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードし、最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除いて、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の５’末端に連結されている、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、
（２）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８）と、
（Ｂ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）と、
（Ｃ）前記ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第１の核酸配列と、
（Ｄ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端と、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的かつ対象特異的なＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第２の核酸配列と、
（Ｅ）任意で、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第３の核酸配列と、
を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
を含む、前記抗原カセットと、
を含み、
前記抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーター配列が前記抗原カセットに機能的に連結され、
前記チェックポイント阻害剤をコードする前記核酸配列が、
（１）前記チェックポイント阻害剤をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とは異なる転写産物であって、任意で第２のＣＭＶプロモーター配列が前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されているか、もしくは任意で前記少なくとも１つの免疫調節物質が前記Ｅ３欠失内に挿入されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
【請求項３】
前記ベクターの各要素の順序付けられた配列が、５’から３’にかけて、下式：
Ｐａ−（Ｌ５ｂ−Ｎｃ−Ｌ３ｄ）Ｘ−（Ｇ５ｅ−Ｕｆ）Ｙ−Ｇ３ｇ−Ａｈ
で表され、
式中、
Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここでａ＝１であり、
Ｎは、前記コードされたペプチド配列を、前記野生型核酸配列によってコードされる前記対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する前記エピトープコード核酸配列の１つを含み、ここでｃ＝１であり、
Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、
Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、
Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、
Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、
Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、
Ａは、前記少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ここでｈ＝０または１であり、
Ｘ＝２〜４００であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、任意で、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝０〜２であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、任意で、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、
請求項１に記載のベクター。
【請求項４】
ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、
Ｐが、ＣＭＶプロモーター配列であり、
各Ｎが、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ５が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ３が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクターが、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記新生抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入されており、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている、
請求項３に記載のベクター。
【請求項５】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードしている、請求項１〜４のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６】
各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項７】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項８】
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩ配列をＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、請求項７に記載のベクター。
【請求項９】
前記リンカーが、
（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３）、
（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４）、
（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、
（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、
（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び
（６）同族の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２〜２０個の長さの１つ以上の天然配列
からなる群から選択される、請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
前記リンカーが、２個のＭＨＣクラスＩI配列または１個のＭＨＣクラスＩI配列をＭＨＣクラスＩ配列に連結する、請求項７に記載のベクター。
【請求項１１】
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）を含む、請求項１０に記載のベクター。
【請求項１２】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／または免疫原性を高める分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１３】
前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、７６位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）−１、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも１つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ７６である、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１５】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１６】
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示尤度を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの変化が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１８】
前記腫瘍が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１９】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、少なくとも１１、１２、１３、４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または最大４００個の核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも２個が、前記腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個の核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも１つが抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらす、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原のうちの少なくとも１つが、抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも１つを標的とする免疫応答をもたらし、任意で、前記少なくとも２〜４００個のＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも１つのプロモーターによって駆動される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２５】
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸８〜３５個の長さ、任意で、アミノ酸９〜１７個、９〜２５個、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４または３５個の長さのポリペプチド配列をコードする、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２６】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２７】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ、前記コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を含む少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２８】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸１２〜２０個、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０〜４０個の長さである、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２９】
前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ少なくとも１つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、
任意で、前記少なくとも１つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３０】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、誘導性である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３１】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、非誘導性である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３２】
前記少なくとも１つのプロモーター配列が、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ−１、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、またはＥＢＶプロモーター配列である、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３３】
前記抗原カセットが、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された少なくとも１つのポリアデニル化（ポリＡ）配列をさらに含み、任意で、前記ポリＡ配列が、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の３’側に位置する、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３４】
前記ポリＡ配列が、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ４０のポリＡ配列を含む、請求項３３に記載のベクター。
【請求項３５】
前記抗原カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、２Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核外輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている５’または３’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも１つをさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３６】
前記抗原カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、またはルシフェラーゼ変異体を含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの免疫調節物質が、免疫チェックポイント分子を阻害する、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３８】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項３７に記載のベクター。
【請求項３９】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性のもしくは互いに連結された多重特異性としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、請求項３８に記載のベクター。
【請求項４０】
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、任意で自己切断配列の５’側にフーリン切断部位配列を有する、２Ａなどの自己切断配列によって、もしくはＩＲＥＳ配列によって隔てられた連続的配列であるか、または
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などの柔軟なリンカーによって連結されている、
請求項３８または３９に記載のベクター。
【請求項４１】
前記免疫調節物質がサイトカインである、請求項３７に記載のベクター。
【請求項４２】
前記サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、もしくはＩＬ−２１の少なくとも１つ、またはそれぞれのその変異体である、請求項４１に記載のベクター。
【請求項４３】
前記ベクターがチンパンジーアデノウイルスベクターであり、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターであるか、または
前記ベクターがｓｒＲＮＡベクターであり、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスｓｒＲＮＡベクターである、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４４】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列を含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４５】
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列におけるチンパンジーアデノウイルスＥ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている点を除いてＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列を含み、
任意で、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の（１）Ｅ１Ａ及びＥ１Ｂ、（２）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、及びＥ３、または（３）Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ３、及びＥ４が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４６】
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子または調節配列を含み、
任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択される、
請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４７】
前記抗原カセットが、Ｅ１領域、Ｅ３領域、及び／または、前記抗原カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域において、ベクターに挿入されている、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４８】
第１世代、第２世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターの１つから生成される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４９】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号５７７〜３４０３、または塩基対４５６〜３０１４に１つ以上の欠失を含み、任意で、塩基対２７，１２５〜３１，８２５、または塩基対２７，８１６〜３１，３３３に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５０】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列の塩基対番号３９５７〜１０３４６、塩基対番号２１７８７〜２３３７０、及び塩基対番号３３４８６〜３６１９３に１つ以上の欠失をさらに含む、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５１】
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、請求項２または４を除く、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５２】
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの１つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも２つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、請求項２に記載のベクター。
【請求項５３】
前記選択された抗原のセットの数が、２〜２０である、請求項５１に記載のベクター。
【請求項５４】
前記提示モデルが、
前記ＭＨＣアレルのうちの特定の１つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の１つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記腫瘍細胞表面上での提示尤度と
の間の依存性を表す、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５５】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５６】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５７】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５８】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害される尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項５９】
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６０】
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６１】
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、請求項５１または５２に記載のベクター。
【請求項６２】
前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６３】
少なくとも１つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して５００ｎＭよりも高い親和性を有する、請求項６２に記載のベクター。
【請求項６４】
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、請求項６２または６３に記載のベクター。
【請求項６５】
前記抗原カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行請求項のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６６】
前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、請求項６５に記載のベクター。
【請求項６７】
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、請求項６２または６６に記載のベクター。
【請求項６８】
前記抗原カセット内における前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の順序が、以下を含む一連の工程：
１．前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列の様々な順序に対応した候補抗原カセット配列のセットを生成する工程；
２．前記各候補抗原カセット配列について、前記候補抗原カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程；及び
３．所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用の抗原カセット配列として選択する工程
によって決定される、請求項６２〜６７のいずれか１項に記載のベクター。
【請求項６９】
先行請求項のいずれか一項に記載の前記ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
【請求項７０】
アジュバントをさらに含む、請求項６９に記載の医薬組成物。
【請求項７１】
免疫調節物質をさらに含む、請求項６９または７０に記載の医薬組成物。
【請求項７２】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項７１に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載の抗原カセットと、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列から得られる遺伝子とを含む、単離ヌクレオチド配列であって、任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスＩＴＲ、Ｅ１Ａ、Ｅ１Ｂ、Ｅ２Ａ、Ｅ２Ｂ、Ｅ３、Ｅ４、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及びＬ５遺伝子からなる群から選択され、任意で、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列。
【請求項７４】
請求項７３に記載のヌクレオチド配列を含む単離細胞であって、任意で前記細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３もしくはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、またはＡＥ１−２ａ細胞である、前記単離細胞。
【請求項７５】
請求項７３に記載のヌクレオチド配列を含む、ベクター。
【請求項７６】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクターと、使用説明書とを含む、キット。
【請求項７７】
がんを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクター、または請求項６９〜７０のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項７８】
前記ベクターまたは組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記対象に免疫調節物質を投与することをさらに含み、任意で、前記免疫調節物質が前記ベクターまたは医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される、請求項７７または７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ４抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ１抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗４−１ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−４０抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
前記皮下投与が、前記ベクターまたは組成物の投与部位の近くに、または１つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記対象に第２のワクチン組成物を投与することをさらに含む、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物の投与の前に投与される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物の投与の後に投与される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８６】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物と同じである、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記第２のワクチン組成物が、請求項７７〜８２のいずれか１項に記載のベクターまたは医薬組成物と異なる、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８８】
前記第２のワクチン組成物がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ６８ベクターであるか、または
前記第２のワクチン組成物がｓｒＲＮＡベクターを含み、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであり、
任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターが、少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列を含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載の前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じであり、任意で、前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする核酸配列が、先行する請求項のいずれか一項に記載の前記少なくとも１つの免疫調節物質と同じである、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
先行するベクターの請求項のいずれか一項に記載のベクターの製造方法であって、
前記少なくとも１つのプロモーター配列と前記抗原カセットとを含むプラスミド配列を得ることと、
前記プラスミド配列を１つ以上の宿主細胞にトランスフェクトすることと、
前記１つ以上の宿主細胞から前記ベクターを単離することと、
を含む、前記製造方法。
【請求項９１】
前記単離することが、
前記ベクターを含む細胞ライセートを得るために、前記１つ以上の宿主細胞を溶解することと、
前記細胞ライセートから、及び任意で、前記１つ以上の宿主細胞を培養するために用いた培地からも、前記ベクターを精製することと、
を含む、請求項に記載の製造方法。
【請求項９２】
前記プラスミド配列が、以下のうちの１つ、すなわち、ＤＮＡ組換え、または細菌組換え、または全ゲノムＤＮＡ合成、または細菌細胞内での合成ＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成、を用いて生成される、請求項９０または９１に記載の製造方法。
【請求項９３】
前記１つ以上の宿主細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３またはその変異体、９１１、ＨｅＬａ、Ａ５４９、ＬＰ−２９３、ＰＥＲ．Ｃ６、及びＡＥ１−２ａ細胞のうちの少なくとも１つである、請求項９０〜９２のいずれか一項に記載の製造方法。
【請求項９４】
前記細胞ライセートから前記ベクターを精製することが、クロマトグラフィー分離、遠心分離、ウイルス沈殿、及び濾過のうちの１つ以上を含む、請求項９１〜９３のいずれか一項に記載の製造方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
さらに、本明細書では、チンパンジーアデノウイルスベクターであって、ａ．Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列と、ｂ．ＣＭＶプロモーター配列と、ｃ．ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、ｄ．免疫チェックポイント阻害剤をコードする核酸配列と、ｅ．抗原カセットであって、以下：（１）対象内に存在する腫瘍に由来する少なくとも１つの抗原コード核酸配列であって、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列が、互いに直鎖状に連結された、少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、（Ａ）コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応する核酸配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有し、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣ  Ｉエピトープコード核酸配列と、（Ｂ）前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、５’リンカー配列と、（Ｃ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のC末端アミノ酸配列をコードし、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードする、３’リンカー配列と、を含み、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードし、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各３’末端が、前記抗原カセット内の最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除いて、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原抗原コード核酸配列の５’末端に連結された、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を含む、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と、（２）少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、（Ａ）ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８）と、（Ｂ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）と、（Ｃ）前記ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第１の核酸配列と、（Ｄ）前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の５’末端と、前記少なくとも１０個の腫瘍特異的かつ対象特異的なＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第２の核酸配列と、（Ｅ）任意で、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の３’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする第３の核酸配列と、を含む、前記少なくとも２個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、を含む、前記抗原カセットと、を含み、前記抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーター配列が前記抗原カセットに機能的に連結され、前記チェックポイント阻害剤をコードする前記核酸配列が、（１）前記チェックポイント阻害剤をコードする前記配列と、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とを分離する内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）を有する、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または（２）前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列とは異なる転写産物であって、第２のＣＭＶプロモーター配列が前記少なくとも１つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されているか、または任意で前記少なくとも１つの免疫調節物質が前記Ｅ３欠失内に挿入されている、前記異なる転写産物上に転写される、チンパンジーアデノウイルスベクターも開示する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
いくつかの態様において、ベクターの各要素の順序付けられた配列は、５’から３’にかけて、下式：
Ｐａ−（Ｌ５ｂ−Ｎｃ−Ｌ３ｄ）Ｘ−（Ｇ５ｅ−Ｕｆ）Ｙ−Ｇ３ｇ−Ａｈ
［式中、Ｐは、前記少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つに機能的に連結された前記少なくとも１つのプロモーター配列を含み、ここでａ＝１であり、Ｎは、前記コードされたペプチド配列を、前記野生型核酸配列によってコードされる前記対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの変化を有する前記エピトープコード核酸配列の１つを含み、ここでｃ＝１であり、Ｌ５は、前記５’リンカー配列を含み、ここでｂ＝０または１であり、Ｌ３は、前記３’リンカー配列を含み、ここでｄ＝０または１であり、Ｇ５は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｅ＝０または１であり、Ｇ３は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）をコードする前記少なくとも１つの核酸配列のうちの１つを含み、ここでｇ＝０または１であり、Ｕは、前記少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの１つを含み、ここでｆ＝１であり、Ａは、前記少なくとも１つのポリアデニル化配列を含み、ここでｈ＝０または１であり、Ｘ＝２〜４００であり、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、任意で、各Ｘについて、対応するＮｃは異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、Ｙ＝０〜２であり、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、任意で、各Ｙについて、対応するＵｆは異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード配列である］で記述される。特定の態様において、ｂ＝１、ｄ＝１、ｅ＝１、ｇ＝１、ｈ＝１、Ｘ＝１０、Ｙ＝２であり、Ｐは、ＣＭＶプロモーター配列であり、各Ｎは、アミノ酸７〜１５個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、Ｌ５は、前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記５’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｌ３は、前記ＭＨＣＩエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記３’リンカー配列が、少なくともアミノ酸３個の長さであるペプチドをコードし、Ｕは、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、前記ベクターは、Ｅ１（ｎｔ５７７〜３４０３）欠失及びＥ３（ｎｔ２７，１２５〜３１，８２５）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ６８配列を含み、前記新生抗原カセットが前記Ｅ１欠失内に挿入されており、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸２５個の長さのポリペプチドをコードしている。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
いくつかの態様において、各抗原コード核酸配列内の各抗原コード核酸配列は互いに直接連結される。いくつかの態様において、少なくとも１つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも１つは、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている。いくつかの態様において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩ配列をＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する。いくつかの態様において、リンカーは、（１）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したグリシン残基（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３）、（２）少なくとも残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さの連続したアラニン残基（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１４）、（３）２個のアルギニン残基（ＲＲ）、（４）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、（５）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の長さのコンセンサス配列、及び（６）同族の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２〜２０個の長さの１つ以上の天然配列からなる群から選択される。いくつかの態様において、リンカーは、２個のＭＨＣクラスＩＩ配列または１個のＭＨＣクラスＩＩ配列を１個のＭＨＣクラスＩ配列と連結する。いくつかの態様において、リンカーは、配列ＧＰＧＰＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）を含む。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
[本発明1001]
抗原カセットを含むベクターシステムであって、
前記抗原カセットが、
（1）少なくとも1つの抗原コード核酸配列であって、
ａ．コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも1つの変化を任意で含む、エピトープコード核酸配列と、
ｂ．任意で5’リンカー配列と、
ｃ．任意で3’リンカー配列と、
をそれぞれが含む、ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を任意で含む、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列
を含む、対象内に存在する腫瘍に関連した少なくとも1つの抗原コード核酸配列と、
（2）前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列に機能的に連結された少なくとも1つのプロモーター配列と、
（3）任意で、少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
（4）任意で、少なくとも1つのＧＰＧＰＧリンカー配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：56）と、
（5）任意で、少なくとも1つのポリアデニル化配列と、
を含み、
前記ベクターが、任意で前記カセット内に、少なくとも1つの免疫調節物質をコードする核酸配列をさらに含み、
任意で、前記少なくとも1つの免疫調節物質をコードする前記核酸配列が、
（1）前記少なくとも1つの免疫調節物質をコードする前記配列と、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（2）前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列と異なる転写産物であって、少なくとも1つの第2のプロモーター配列が、前記少なくとも1つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記ベクターシステム。
[本発明1002]
チンパンジーアデノウイルスベクターであって、
ａ．Ｅ1（ｎｔ577〜3403）欠失及びＥ3（ｎｔ27，125〜31，825）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ68配列と、
ｂ．ＣＭＶプロモーター配列と、
ｃ．ＳＶ40ポリアデニル化シグナルヌクレオチド配列と、
ｄ．免疫チェックポイント阻害剤をコードする核酸配列と、
ｅ．抗原カセットであって、以下：
（1）対象内に存在する腫瘍に由来する少なくとも1つの抗原コード核酸配列であって、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、
互いに直鎖状に連結された、少なくとも10個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列であって、それぞれが、
（Ａ）コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも1つの変化を有し、アミノ酸7〜15個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードする、ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列と、
（Ｂ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードする、5’リンカー配列と、
（Ｃ）前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端核酸配列をコードし、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードする、3’リンカー配列と、
を含み、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸25個の長さのポリペプチドをコードし、最後のＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を除いて、各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の各3’末端が、それに続くＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列の5’末端に連結されている、前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも10個の腫瘍特異的及び対象特異的ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列
を含む、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列と、
（2）少なくとも2個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列であって、
（Ａ）ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：48）と、
（Ｂ）破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：46）と、
（Ｃ）前記ＰＡＤＲＥ  ＭＨＣクラスＩＩ配列と前記破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第1の核酸配列と、
（Ｄ）前記少なくとも2個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の5’末端と、前記少なくとも10個の腫瘍特異的かつ対象特異的なＭＨＣクラスＩ新生抗原コード核酸配列とを連結するＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第2の核酸配列と、
（Ｅ）任意で、前記少なくとも2個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列の3’末端のＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー配列をコードする第3の核酸配列と、
を含む、前記少なくとも2個のＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列と、
を含む、前記抗原カセットと、
を含み、
前記抗原カセットが前記Ｅ1欠失内に挿入され、前記ＣＭＶプロモーター配列が前記抗原カセットに機能的に連結され、
前記チェックポイント阻害剤をコードする前記核酸配列が、
（1）前記チェックポイント阻害剤をコードする前記配列と、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列とを隔てる内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列を有する、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列と同じ転写産物上、または
（2）前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列とは異なる転写産物であって、任意で第2のＣＭＶプロモーター配列が前記少なくとも1つの免疫調節物質をコードする前記配列に機能的に連結されているか、もしくは任意で前記少なくとも1つの免疫調節物質が前記Ｅ3欠失内に挿入されている、前記異なる転写産物上
に転写される、
前記チンパンジーアデノウイルスベクター。
[本発明1003]
前記ベクターの各要素の順序付けられた配列が、5’から3’にかけて、下式：
Ｐａ−（Ｌ5ｂ−Ｎｃ−Ｌ3ｄ）Ｘ−（Ｇ5ｅ−Ｕｆ）Ｙ−Ｇ3ｇ−Ａｈ
で表され、
式中、
Ｐは、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つに機能的に連結された前記少なくとも1つのプロモーター配列を含み、ここでａ＝1であり、
Ｎは、前記コードされたペプチド配列を、前記野生型核酸配列によってコードされる前記対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも1つの変化を有する前記エピトープコード核酸配列の1つを含み、ここでｃ＝1であり、
Ｌ5は、前記5’リンカー配列を含み、ここでｂ＝0または1であり、
Ｌ3は、前記3’リンカー配列を含み、ここでｄ＝0または1であり、
Ｇ5は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも1つの核酸配列のうちの1つを含み、ここでｅ＝0または1であり、
Ｇ3は、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーをコードする前記少なくとも1つの核酸配列のうちの1つを含み、ここでｇ＝0または1であり、
Ｕは、前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列のうちの1つを含み、ここでｆ＝1であり、
Ａは、前記少なくとも1つのポリアデニル化配列を含み、ここでｈ＝0または1であり、
Ｘ＝2〜400であり、ここで、各Ｘについて、対応するＮｃは、エピトープコード核酸配列であり、任意で、各Ｘについて、対応するＮｃは、異なるＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列であり、
Ｙ＝0〜2であり、ここで、各Ｙについて、対応するＵｆは、抗原コード核酸配列であり、任意で、各Ｙについて、対応するＵｆは、異なるＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列である、
本発明1001のベクター。
[本発明1004]
ｂ＝1、ｄ＝1、ｅ＝1、ｇ＝1、ｈ＝1、Ｘ＝10、Ｙ＝2であり、
Ｐが、ＣＭＶプロモーター配列であり、
各Ｎが、アミノ酸7〜15個の長さのＭＨＣクラスＩエピトープをコードし、
Ｌ5が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＮ末端アミノ酸配列をコードし、前記5’リンカー配列が、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードし、
Ｌ3が、前記ＭＨＣ  Ｉエピトープの天然のＣ末端アミノ酸配列をコードし、前記3’リンカー配列が、少なくともアミノ酸3個の長さであるペプチドをコードし、
Ｕが、ＰＡＤＲＥクラスＩＩ配列及び破傷風トキソイドＭＨＣクラスＩＩ配列のそれぞれであり、
前記ベクターが、Ｅ1（ｎｔ577〜3403）欠失及びＥ3（ｎｔ27，125〜31，825）欠失を有するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1の配列を含む改変ＣｈＡｄＶ68配列を含み、前記新生抗原カセットが前記Ｅ1欠失内に挿入されており、
前記ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列のそれぞれが、アミノ酸25個の長さのポリペプチドをコードしている、
本発明1003のベクター。
[本発明1005]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードしている、本発明1001〜1004のいずれかのベクター。
[本発明1006]
各抗原コード核酸配列が互いに直接連結されている、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1007]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、リンカーをコードする核酸配列によって、異なる抗原コード核酸配列と連結されている、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1008]
前記リンカーが、2個のＭＨＣクラスＩ配列または1個のＭＨＣクラスＩ配列をＭＨＣクラスＩＩ配列に連結する、本発明1007のベクター。
[本発明1009]
前記リンカーが、
（1）少なくとも残基2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の長さの連続したグリシン残基、
（2）少なくとも残基2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の長さの連続したアラニン残基、
（3）2個のアルギニン残基（ＲＲ）、
（4）アラニン、アラニン、チロシン（ＡＡＹ）、
（5）哺乳動物プロテアソームによって効率的にプロセシングされる、少なくともアミノ酸残基2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の長さのコンセンサス配列、及び
（6）同族の起源タンパク質に由来する抗原に隣接し、少なくともアミノ酸残基2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、または2〜20個の長さの1つ以上の天然配列
からなる群から選択される、本発明1008のベクター。
[本発明1010]
前記リンカーが、2個のＭＨＣクラスＩI配列または1個のＭＨＣクラスＩI配列をＭＨＣクラスＩ配列に連結する、本発明1007のベクター。
[本発明1011]
前記リンカーが、配列ＧＰＧＰＧを含む、本発明1010のベクター。
[本発明1012]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列の発現、安定性、細胞トラフィッキング、プロセシング及び提示、ならびに／または免疫原性を高める分離したまたは連続した配列に、機能的または直接的に連結されている、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1013]
前記分離したまたは連続した配列が、ユビキチン配列、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変されたユビキチン配列（例えば、76位にＧｌｙからＡｌａへの置換を含むユビキチン配列）、免疫グロブリンシグナル配列（例えばＩｇＫ）、主要組織適合性クラスＩ配列、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ）−1、ヒト樹状細胞リソソーム関連膜タンパク質、及び主要組織適合性クラスＩＩ配列のうちの少なくとも1つを含み、任意で、プロテアソームターゲティング性を高めるように改変された前記ユビキチン配列がＡ76である、本発明1012のベクター。
[本発明1014]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合親和性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1015]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレルに対する増大した結合安定性を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1016]
前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つが、翻訳後の対応する野生型核酸配列と比べて、その対応するＭＨＣアレル上への増大した提示尤度を有するポリペプチド配列またはその一部をコードする、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1017]
前記少なくとも1つの変化が、点変異、フレームシフト変異、非フレームシフト変異、欠失変異、挿入変異、スプライスバリアント、ゲノム再編成、またはプロテアソームにより生成されたスプライス抗原を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1018]
前記腫瘍が、肺がん、メラノーマ、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、結腸がん、精巣がん、頭頸部がん、膵臓がん、脳がん、Ｂ細胞リンパ腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、Ｔ細胞リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、及び小細胞肺がんからなる群から選択される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1019]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも1つのプロモーターによって駆動される、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1020]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の核酸配列を含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1021]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、少なくとも11、12、13、4、15、16、17、18、19、20、または最大400個の核酸配列を含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1022]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が少なくとも2〜400個の核酸配列を含み、前記抗原コード核酸配列のうちの少なくとも2個が、前記腫瘍細胞表面上のＭＨＣクラスＩによって提示されるポリペプチド配列またはその一部をコードする、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1023]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が少なくとも2〜400個の核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記抗原のうちの少なくとも1つが抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも1つを標的とする免疫応答をもたらす、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1024]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が少なくとも2〜400個のＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、前記対象に投与されて翻訳された場合、前記ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原のうちの少なくとも1つが、抗原提示細胞上に提示され、その結果、前記腫瘍細胞表面上の前記抗原のうちの少なくとも1つを標的とする免疫応答をもたらし、任意で、前記少なくとも2〜400個のＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ抗原コード核酸配列のそれぞれの発現が、前記少なくとも1つのプロモーターによって駆動される、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1025]
各ＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸8〜35個の長さ、任意で、アミノ酸9〜17個、9〜25個、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35個の長さのポリペプチド配列をコードする、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1026]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在している、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1027]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ、前記コードされたペプチド配列を、野生型核酸配列によってコードされる対応するペプチド配列とは異なるものとする少なくとも1つの変化を含む少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1028]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が、アミノ酸12〜20個、12、13、14、15、16、17、18、19、20、または20〜40個の長さである、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1029]
前記少なくとも1つのＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列が存在し、かつ少なくとも1つのユニバーサルＭＨＣクラスＩＩ抗原コード核酸配列を含み、
任意で、前記少なくとも1つのユニバーサル配列が、破傷風トキソイド及びＰＡＤＲＥの少なくとも一方を含む、
本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1030]
前記少なくとも1つのプロモーター配列が、誘導性である、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1031]
前記少なくとも1つのプロモーター配列が、非誘導性である、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1032]
前記少なくとも1つのプロモーター配列が、ＣＭＶ、ＳＶ40、ＥＦ−1、ＲＳＶ、ＰＧＫ、ＨＳＡ、ＭＣＫ、またはＥＢＶプロモーター配列である、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1033]
前記抗原カセットが、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つに機能的に連結された少なくとも1つのポリアデニル化（ポリＡ）配列をさらに含み、任意で、前記ポリＡ配列が、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列の3’側に位置する、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1034]
前記ポリＡ配列が、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ＳＶ40のポリＡ配列を含む、本発明1033のベクター。
[本発明1035]
前記抗原カセットが、イントロン配列、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ＷＰＲＥ）配列、内部リボソーム進入配列（ＩＲＥＳ）配列、2Ａ自己切断ペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、フーリン切断部位をコードするヌクレオチド配列、または、前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列のうちの少なくとも1つに機能的に連結された、ｍＲＮＡの核外輸送、安定性、または翻訳効率を向上させることが知られている5’または3’末端の非コード領域内の配列のうちの少なくとも1つをさらに含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1036]
前記抗原カセットが、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、ＧＦＰ変異体、分泌型アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、またはルシフェラーゼ変異体を含むがこれらに限定されないレポーター遺伝子をさらに含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1037]
前記少なくとも1つの免疫調節物質が、免疫チェックポイント分子を阻害する、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1038]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ4抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗4−1ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−40抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明1037のベクター。
[本発明1039]
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単一特異性のもしくは互いに連結された多重特異性としての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物の抗体ドメイン）、または完全長の一本鎖抗体（例えば、柔軟なリンカーによって重鎖と軽鎖が連結された完全長ＩｇＧ）である、本発明1038のベクター。
[本発明1040]
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、任意で自己切断配列の5’側にフーリン切断部位配列を有する、2Ａなどの自己切断配列によって、もしくはＩＲＥＳ配列によって隔てられた連続的配列であるか、または
前記抗体の前記重鎖配列と前記軽鎖配列とが、連続したグリシン残基などの柔軟なリンカーによって連結されている、
本発明1038または1039のベクター。
[本発明1041]
前記免疫調節物質がサイトカインである、本発明1037のベクター。
[本発明1042]
前記サイトカインが、ＩＬ−2、ＩＬ−7、ＩＬ−12、ＩＬ−15、もしくはＩＬ−21の少なくとも1つ、またはそれぞれのその変異体である、本発明1041のベクター。
[本発明1043]
前記ベクターがチンパンジーアデノウイルスベクターであり、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ68ベクターであるか、または
前記ベクターがｓｒＲＮＡベクターであり、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスｓｒＲＮＡベクターである、
本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1044]
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列を含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1045]
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列におけるチンパンジーアデノウイルスＥ1Ａ、Ｅ1Ｂ、Ｅ2Ａ、Ｅ2Ｂ、Ｅ3、Ｅ4、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、及びＬ5遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている点を除いてＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列を含み、
任意で、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列の（1）Ｅ1Ａ及びＥ1Ｂ、（2）Ｅ1Ａ、Ｅ1Ｂ、及びＥ3、または（3）Ｅ1Ａ、Ｅ1Ｂ、Ｅ3、及びＥ4が完全に欠失されているかまたは機能的に欠失されている、
本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1046]
前記ベクターが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1の配列から得られる遺伝子または調節配列を含み、
任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列のチンパンジーアデノウイルス末端逆位繰り返し配列（ＩＴＲ）、Ｅ1Ａ、Ｅ1Ｂ、Ｅ2Ａ、Ｅ2Ｂ、Ｅ3、Ｅ4、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、及びＬ5遺伝子からなる群から選択される、
本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1047]
前記抗原カセットが、Ｅ1領域、Ｅ3領域、及び／または、前記抗原カセットの組み込みが可能な任意の欠失されたＡｄＶ領域において、ベクターに挿入されている、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1048]
第1世代、第2世代、またはヘルパー依存型のアデノウイルスベクターの1つから生成される、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1049]
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列の塩基対番号577〜3403、または塩基対456〜3014に1つ以上の欠失を含み、任意で、塩基対27，125〜31，825、または塩基対27，816〜31，333に1つ以上の欠失をさらに含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1050]
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列の塩基対番号3957〜10346、塩基対番号21787〜23370、及び塩基対番号33486〜36193に1つ以上の欠失をさらに含む、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1051]
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも1つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの1つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、本発明1002または1004を除く、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1052]
前記ＭＨＣクラスＩエピトープコード核酸配列のそれぞれが、以下の工程：
腫瘍からエクソーム、トランスクリプトーム、及び全ゲノム腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも1つを取得する工程であって、前記腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータが、抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために用いられる、前記取得する工程；
抗原のそれぞれが腫瘍の腫瘍細胞表面上のＭＨＣアレルのうちの1つ以上によって提示される数値的尤度のセットを生成するために、各抗原のペプチド配列を提示モデルに入力する工程であって、前記数値的尤度のセットが、受け取られた質量分析データに少なくとも基づいて特定されたものである、前記入力する工程；ならびに
前記少なくとも2つのＭＨＣクラスＩ抗原コード核酸配列を生成するために用いられる選択された抗原のセットを生成するために、前記抗原のセットのサブセットを、前記数値的尤度のセットに基づいて選択する工程
を行うことによって選択される、本発明1002のベクター。
[本発明1053]
前記選択された抗原のセットの数が、2〜20である、本発明1051のベクター。
[本発明1054]
前記提示モデルが、
前記ＭＨＣアレルのうちの特定の1つとペプチド配列の特定の位置の特定のアミノ酸とのペアの存在と、
前記ペアの前記ＭＨＣアレルのうちの前記特定の1つによる、前記特定の位置に前記特定のアミノ酸を含むそのようなペプチド配列の前記腫瘍細胞表面上での提示尤度と
の間の依存性を表す、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1055]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記腫瘍細胞表面上に提示される尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1056]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象に腫瘍特異的な免疫応答を誘導することができる尤度が増大している抗原を選択することを含む、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1057]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってナイーブＴ細胞に対して提示されることができる尤度が増大している抗原を選択することを含み、任意で、前記ＡＰＣが樹状細胞（ＤＣ）である、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1058]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、中枢性寛容または末梢性寛容によって阻害される尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1059]
前記選択された抗原のセットを選択することが、前記提示モデルに基づいて選択されない抗原と比べて、前記対象の正常組織に対する自己免疫応答を誘導することができる尤度が減少している抗原を選択することを含む、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1060]
エクソームまたはトランスクリプトームのヌクレオチドシークエンシングデータが、腫瘍組織においてシークエンシングを行うことによって取得される、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1061]
前記シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）または任意の大規模並列処理シークエンシング手法である、本発明1051または1052のベクター。
[本発明1062]
前記抗原カセットが、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列を含む、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1063]
少なくとも1つの、または各ジャンクションエピトープ配列が、ＭＨＣに対して500ｎＭよりも高い親和性を有する、本発明1062のベクター。
[本発明1064]
各ジャンクションエピトープ配列が、非自己である、本発明1062または1063のベクター。
[本発明1065]
前記抗原カセットが、翻訳後の野生型核酸配列を含む非治療的ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ核酸配列をコードしておらず、前記非治療的エピトープが前記対象のＭＨＣアレル上に提示されると予測される、先行本発明のいずれかのベクター。
[本発明1066]
前記非治療的な予測されたＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩエピトープ配列が、前記抗原カセット内の隣接配列によって形成されたジャンクションエピトープ配列である、本発明1065のベクター。
[本発明1067]
前記予測が、前記非治療的エピトープの配列を提示モデルに入力することによって生成される提示尤度に基づいたものである、本発明1062または1066のベクター。
[本発明1068]
前記抗原カセット内における前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列の順序が、以下を含む一連の工程：
1．前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列の様々な順序に対応した候補抗原カセット配列のセットを生成する工程；
2．前記各候補抗原カセット配列について、前記候補抗原カセット配列内の非治療的エピトープの提示に基づいた提示スコアを決定する工程；及び
3．所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を、抗原ワクチン用の抗原カセット配列として選択する工程
によって決定される、本発明1062〜1067のいずれかのベクター。
[本発明1069]
先行本発明のいずれかの前記ベクターと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
[本発明1070]
アジュバントをさらに含む、本発明1069の医薬組成物。
[本発明1071]
免疫調節物質をさらに含む、本発明1069または1070の医薬組成物。
[本発明1072]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ4抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗4−1ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−40抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明1071の医薬組成物。
[本発明1073]
先行するベクターの発明のいずれかの抗原カセットと、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1の配列から得られる遺伝子とを含む、単離ヌクレオチド配列であって、任意で、前記遺伝子が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1に記載の配列のチンパンジーアデノウイルスＩＴＲ、Ｅ1Ａ、Ｅ1Ｂ、Ｅ2Ａ、Ｅ2Ｂ、Ｅ3、Ｅ4、Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、Ｌ4、及びＬ5遺伝子からなる群から選択され、任意で、前記ヌクレオチド配列がｃＤＮＡである、前記単離ヌクレオチド配列。
[本発明1074]
本発明1073のヌクレオチド配列を含む単離細胞であって、任意で前記細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ293もしくはその変異体、911、ＨｅＬａ、Ａ549、ＬＰ−293、ＰＥＲ．Ｃ6、またはＡＥ1−2ａ細胞である、前記単離細胞。
[本発明1075]
本発明1073のヌクレオチド配列を含む、ベクター。
[本発明1076]
先行するベクターの発明のいずれかのベクターと、使用説明書とを含む、キット。
[本発明1077]
がんを有する対象を治療するための方法であって、前記対象に、先行するベクターの発明のいずれかのベクター、または本発明1069〜1070のいずれかの医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明1078]
前記ベクターまたは組成物が、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明1077の方法。
[本発明1079]
前記対象に免疫調節物質を投与することをさらに含み、任意で、前記免疫調節物質が前記ベクターまたは医薬組成物の投与前、投与と同時、または投与後に投与される、本発明1077または1078の方法。
[本発明1080]
前記免疫調節物質が、抗ＣＴＬＡ4抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗ＰＤ−Ｌ1抗体もしくはその抗原結合フラグメント、抗4−1ＢＢ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、または抗ＯＸ−40抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、本発明1079の方法。
[本発明1081]
前記免疫調節物質が、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、皮内（ＩＤ）、または皮下（ＳＣ）に投与される、本発明1079の方法。
[本発明1082]
前記皮下投与が、前記ベクターまたは組成物の投与部位の近くに、または1つ以上のベクターもしくは組成物の流入領域リンパ節に近接して行われる、本発明1081の方法。
[本発明1083]
前記対象に第2のワクチン組成物を投与することをさらに含む、本発明1077〜1082のいずれかの方法。
[本発明1084]
前記第2のワクチン組成物が、本発明1077〜1082のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の前に投与される、本発明1083の方法。
[本発明1085]
前記第2のワクチン組成物が、本発明1077〜1082のいずれかのベクターまたは医薬組成物の投与の後に投与される、本発明1083の方法。
[本発明1086]
前記第2のワクチン組成物が、本発明1077〜1082のいずれかのベクターまたは医薬組成物と同じである、本発明1084または1085の方法。
[本発明1087]
前記第2のワクチン組成物が、本発明1077〜1082のいずれかのベクターまたは医薬組成物と異なる、本発明1084または1085の方法。
[本発明1088]
前記第2のワクチン組成物がチンパンジーアデノウイルスベクターを含み、任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターがＣｈＡｄＶ68ベクターであるか、または
前記第2のワクチン組成物がｓｒＲＮＡベクターを含み、任意で前記ｓｒＲＮＡベクターがベネズエラウマ脳炎ウイルスベクターであり、
任意で前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターが、少なくとも1つの免疫調節物質をコードする核酸配列を含む、本発明1087の方法。
[本発明1089]
前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列が、先行するベクターの発明のいずれかの前記少なくとも1つの抗原コード核酸配列と同じであり、任意で、前記チンパンジーアデノウイルスベクターまたは前記ｓｒＲＮＡベクターによってコードされる前記少なくとも1つの免疫調節物質をコードする核酸配列が、先行する本発明のいずれかの前記少なくとも1つの免疫調節物質と同じである、本発明1088の方法。
[本発明1090]
先行するベクターの発明のいずれかのベクターの製造方法であって、
前記少なくとも1つのプロモーター配列と前記抗原カセットとを含むプラスミド配列を得ることと、
前記プラスミド配列を1つ以上の宿主細胞にトランスフェクトすることと、
前記1つ以上の宿主細胞から前記ベクターを単離することと、
を含む、前記製造方法。
[本発明1091]
前記単離することが、
前記ベクターを含む細胞ライセートを得るために、前記1つ以上の宿主細胞を溶解することと、
前記細胞ライセートから、及び任意で、前記1つ以上の宿主細胞を培養するために用いた培地からも、前記ベクターを精製することと、
を含む、本発明の製造方法。
[本発明1092]
前記プラスミド配列が、以下のうちの1つ、すなわち、ＤＮＡ組換え、または細菌組換え、または全ゲノムＤＮＡ合成、または細菌細胞内での合成ＤＮＡの増幅を伴う全ゲノムＤＮＡ合成、を用いて生成される、本発明1090または1091の製造方法。
[本発明1093]
前記1つ以上の宿主細胞が、ＣＨＯ、ＨＥＫ293またはその変異体、911、ＨｅＬａ、Ａ549、ＬＰ−293、ＰＥＲ．Ｃ6、及びＡＥ1−2ａ細胞のうちの少なくとも1つである、本発明1090〜1092のいずれかの製造方法。
[本発明1094]
前記細胞ライセートから前記ベクターを精製することが、クロマトグラフィー分離、遠心分離、ウイルス沈殿、及び濾過のうちの1つ以上を含む、本発明1091〜1093のいずれかの製造方法。
本発明のこれらの、ならびに他の特徴、態様、及び利点は、以下の説明文、及び添付図面を参照することでより深い理解がなされるであろう。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７５】
【図１】インビトロＴ細胞活性化合物アッセイの開発を説明する。抗原提示細胞へのワクチンカセットの送達が、異なるペプチド抗原の発現、プロセシング、及びＭＨＣ制限提示につながるアッセイの概略。特異的なペプチド−ＭＨＣの組み合わせに一致するＴ細胞受容体を有するように操作されたレポーターＴ細胞が活性化され、ルシフェラーゼが発現される。
【図２】（Ａ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、互いに対して同じ位置で連結された５個のクラスＩ  ＭＨＣクラス制限エピトープ（エピトープ１〜５）に２個のユニバーサルクラスＩＩ  ＭＨＣエピトープ（ＭＨＣ−ＩＩ）が繋げられたものを示す。異なるリンカーを用いて種々の繰り返しが生成された。場合によっては、Ｔ細胞エピトープは互いに直接連結される。他の場合では、Ｔ細胞エピトープの片側または両側にその天然配列が隣接する。他の繰り返しでは、Ｔ細胞エピトープは、非天然配列ＡＡＹ、ＲＲ、及びＤＰＰにより連結される。（Ｂ）短いカセット内のリンカー配列の評価を説明し、短いカセット内に埋め込まれたＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図は、出現順に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６〜８７、９０、８９、８８、及び２０７〜２０８をそれぞれ開示する。
【図３】モデルワクチンカセットに付加された細胞ターゲティング配列の評価を説明する。ターゲティングカセットは、短いカセット設計を、ユビキチン（Ｕｂ）、シグナルペプチド（ＳＰ）及び膜貫通（ＴＭ）ドメインによって延長し、５個のマーカーヒトＴ細胞エピトープ（エピトープ１〜５）の隣に２個のマウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）（ＳＩＩ）及びＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８４）（Ａ５）をさらに有し、Ｔ細胞エピトープの両側に隣接する非天然リンカーＡＡＹ−または天然リンカー配列を用いている（２５ｍｅｒ）。
【図４】短いカセット内のリンカー配列のインビボ評価を説明する。Ａ）ＨＬＡ−Ａ２トランスジェニックマウスを使用したワクチンカセットのインビボ評価の実験計画。
【図５Ａ】長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、長いカセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる５個のマーカークラスＩエピトープ（エピトープ１〜５）であって、それらの２５ｍｅｒ天然配列に含まれるさらなる周知のＴ細胞クラスＩエピトープ（エピトープ６〜２１）によって隔てられたマーカークラスＩエピトープと、２個のユニバーサルクラスＩＩエピトープ（ＭＨＣ−ＩＩ０）とを含み、各クラスＩエピトープの相対位置のみが異なることを示す。
【図５Ｂ】長い２１ｍｅｒカセット内のエピトープ位置の影響のインビボ評価を説明し、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報を示す。図は、出現順に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６〜８７、９０、８９、８８、２０９〜２１１、９１、及び２１２〜２２３をそれぞれ開示する。
【図６Ａ】前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、最終カセットの設計が、それらの２５ｍｅｒ天然配列（リンカー＝天然フランキング配列）に含まれる２０個のＭＨＣＩエピトープを含み、６個の非ヒト霊長類（ＮＨＰ）エピトープ、５個のヒトエピトープ、９個のマウスエピトープ、及び２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープで構成されることを示す。
【図６Ｂ】前臨床的ＩＮＤ申請実験用の最終カセット設計を説明し、非ヒト霊長類、マウス、及びヒト由来のクラスＩ  ＭＨＣ上に提示される、使用されるＴ細胞エピトープの配列情報、ならびに２個のユニバーサルＭＨＣクラスＩＩエピトープＰＡＤＲＥ及び破傷風トキソイドの配列を示す。図は、出現順に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３９〜１４４、８３〜８４、１６９、２２４、１７３〜１７５、１７１〜１７２、８８〜９０、８６〜８７、２０７、及び２２５をそれぞれ開示する。
【図７】（Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡（倍率４０倍）を使用して可視化した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リン酸カルシウムプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰ ＤＮＡをトランスフェクトする。ウイルス複製がトランスフェクションの１０日後に観察され、ＣｈＡｄＶ６８．４ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを蛍光顕微鏡を使用して倍率１００倍で可視化した。
【図８】（Ａ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、光学顕微鏡（倍率４０倍）を使用して３日後に撮影した。（Ｂ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率４０倍で使用して３日後に撮影した。（Ｃ）トランスフェクション後のＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスの生成を説明する。リポフェクタミンプロトコールを用いてＨＥＫ２９３Ａ細胞にＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰ  ＤＮＡをトランスフェクトした。ウイルス複製（プラーク）がトランスフェクションの１０日後に観察された。ライセートを調製し、Ｔ２５フラスコの２９３Ａ細胞に再感染させるのに用いた。ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＧＦＰウイルスプラークを可視化し、蛍光顕微鏡を倍率１００倍で使用して３日後に撮影した。
【図９】ウイルス粒子の生成スキームを説明する。
【図１０】アルファウイルス由来ＶＥＥ自己複製ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）ベクターを説明する。
【図１１】Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスにＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡを接種した後のインビボのレポーター発現を説明する。異なる時点でＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでＣ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスを免疫した（ＭＣ３に封入したものを１０ｕｇ／マウスで両側性に筋肉内注射）後のルシフェラーゼシグナルの代表的イメージを示す。
【図１２Ａ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３  ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ  ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）、またはＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ−１  ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）特異的Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより評価し、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）として報告する。各線は中央値を示す。
【図１２Ｂ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける、ＭＣ３  ＬＮＰにより製剤化したＶＥＥ  ｓｒＲＮＡで免疫した１４日後に測定されたＴ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、１０ｕｇのＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡ（対照）、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ（Ｖａｘ）、ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）、またはＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ ｓｒＲＮＡと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）を注射した。さらに、すべてのマウスを７日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。各グループは８匹のマウスで構成した。免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。ＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）特異的Ｔ細胞応答をＭＨＣＩペンタマー染色により評価し、ペンタマー陽性細胞としてＣＤ８陽性細胞の割合（％）として報告する。各線は中央値を示す。
【図１３Ａ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１  ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｂ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴにより測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｃ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１３Ｄ】Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍保有Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系マウスに、アデノウイルス発現ＧＦＰ（Ａｄ５−ＧＦＰ）を注射し、ＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹを注射し、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。第３のグループは、Ａｄ５−ＧＦＰプライム／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡブーストと抗ＣＴＬＡ−４（ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置し、第４のグループは、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹプライム／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹブーストと抗ＣＴＬＡ−４（Ｖａｘ＋ａＣＴＬＡ−４）との組み合わせで処置した。さらに、すべてのマウスを２１日目に開始して抗ＰＤ−１ｍＡｂで処置した。Ｔ細胞応答をＭＨＣクラスＩペンタマー染色により測定した。アデノウイルスによる免疫の１４日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの１４日後（プライムの２８日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１４Ａ】ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５−ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５−ＧＦＰ／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１ｍＡｂ（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１４Ｂ】ＣＴ２６（Ｂａｌｂ／ｃ系）腫瘍保有マウスにおける異種プライム／ブースト後の抗原特異的Ｔ細胞応答を説明する。マウスを、Ａｄ５−ＧＦＰで免疫し、アデノウイルスプライムの１５日後にＭＣ３  ＬＮＰで製剤化したＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡでブーストする（対照）か、またはＡｄ５−ＵｂＡＡＹでプライムし、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡでブーストした（Ｖａｘ）。対照及びＶａｘのグループの両方を、ＩｇＧ対照ｍＡｂでも処置した。別のグループに、Ａｄ５−ＧＦＰ／ＶＥＥ−ルシフェラーゼｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１（ａＰＤ１）との組み合わせを投与し、第４のグループに、Ａｄ５−ＵｂＡＡＹ／ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹｓｒＲＮＡプライム／ブーストと抗ＰＤ−１ｍＡｂ（Ｖａｘ＋ａＰＤ１）との組み合わせを投与した。ＡＨ１ペプチドに対するＴ細胞応答をＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴを用いて測定した。アデノウイルスによる免疫の１２日後及びｓｒＲＮＡによるブーストの６日後（プライムの２１日後）にマウスを屠殺し、脾臓及びリンパ節を採取した。
【図１５】マウスにおけるマウス腫瘍抗原に対するＣｈＡｄＶ６８誘発Ｔ細胞応答を説明する。マウスをＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫し、ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）（ＯＶＡ）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。ＥＬＩＳｐｏｔアッセイで測定された脾細胞１０６個当たりの平均のスポット形成細胞（ＳＦＣ）を示した。エラーバーは、標準偏差を示す。
【図１６】ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ−１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１、または抗ＰＤ−１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける細胞性免疫応答を説明する。抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、ＥＬＩＳｐｏｔを用い、各グループから６匹のマウスの脾細胞で測定した。結果を、脾細胞１０６個当たりのスポット形成細胞（ＳＦＣ）で示す。各グループの中央値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１７】ＣｈＡｄＶ６、ＣｈＡｄＶ＋抗ＰＤ−１、ｓｒＲＮＡ、ｓｒＲＮＡ＋抗ＰＤ−１、または抗ＰＤ−１単独のいずれかによる１回の免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおけるＣＤ８  Ｔ細胞免疫応答を説明する。ＣＤ８  Ｔ細胞の抗原特異的ＩＦＮ−γ産生をＩＣＳを用いて測定し、結果を、抗原特異的ＣＤ８  Ｔ細胞として全ＣＤ８  Ｔ細胞の割合（％）として示す。各グループの中間値を横線で示す。Ｐ値は、ダネット多重比較検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１８】ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ−１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。腫瘍体積を週２回測定し、平均腫瘍体積を実験の最初の２１日間について示す。実験開始時に各グループは２２〜２８匹のマウスで構成された。エラーバーは平均の標準誤差（ＳＥＭ）を示す。Ｐ値は、ダネット検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図１９】ＣｈＡｄＶ／ｓｒＲＮＡ異種プライム／ブースト、ｓｒＲＮＡ／ＣｈＡｄＶ異種プライム／ブースト、またはｓｒＲＮＡ／ｓｒＲＮＡ同種プライマー／ブーストによる免疫後のＣＴ２６腫瘍モデルにおける生存率を説明する。プライム及びブーストにおいて抗ＰＤ−１の投与を行った、または行わない場合のプライム／ブースト免疫も比較として示す。Ｐ値は、ログランク検定を用いて求めた。すなわち、＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０１。ＣｈＡｄＶ＝ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ、ｓｒＲＮＡ＝ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ。
【図２０Ａ】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、最初のブースト免疫化の１、２、３、４、５、６、８、９、または１０週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（３０μｇ）（図２０Ａ）、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ１（１００μｇ） （図２０Ｂ）、またはＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ−ＬＮＰ２（１００μｇ）（図２０Ｃ）による同種プライム／ブースト、またはＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブースト群（図２０Ｄ）について、ＰＢＭＣ中で測定した（各群６匹のアカゲザル）。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープについて、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。各動物の値は、プレブリード（０週目）のレベルに対して正規化した。
【図２０Ｂ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２０Ｃ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２０Ｄ】図２０Ａの説明を参照のこと。
【図２１】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ／ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡによる異種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２２】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ  ＬＮＰ２による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２３】ＥＬＩＳｐｏｔを用いて測定した抗原特異的細胞性免疫応答を示す。６種類の異なるｍａｍｕＡ０１制限エピトープに対する抗原特異的ＩＦＮ−γ産生を、免疫化の前、及び初期免疫化の４、５、６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、または１５週後にＥＬＩＳｐｏｔを用いて、ＶＥＥ−ＭＡＧ２５ｍｅｒ  ｓｒＲＮＡ  ＬＮＰ１による同種プライム／ブーストレジメンによる免疫化後にＰＢＭＣ中で測定した。結果を、積み上げバーグラフフォーマットで、各エピトープ（各群６匹のアカゲザル）について、ＰＢＭＣ１０６個当たりの平均スポット形成細胞（ＳＦＣ）として示す。
【図２４Ａ】Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８５を開示する。
【図２４Ｂ】Ｐｒｏｍｅｇａ社のダイナミックレンジ標準から生成された、例示的なペプチドスペクトルを示す。図は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８５を開示する。
【図２５】標的化ＭＳによるＥＤＧＥスコアと候補共有新生抗原ペプチドの検出確率との間の相関を示す。
【図２６】チェックポイント阻害剤を共発現する発現カセットが、欠失されたＥ１領域に導入されたＥ１／Ｅ３欠失ＣｈＡｄＶ６８ウイルスベクターを示す。
【図２７】２９３Ａ細胞の感染後のインビトロマウス抗ＣＴＬＡ４クローン９Ｄ９抗体の発現を示す。
【図２８Ａ】ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ（ＩＰＩ−ＭＡＧ）及びｃｈＡｄ６８−ＧＦＰ−ＩＲＥＳ−ＩＰＩ （ＩＰＩ−ＧＦＰ）感染細胞におけるヒト抗ＣＴＬＡ−４  ＩｇＧ１抗体（イピリムマブ）抗体発現を示すウェスタンブロットを示す。ＨＥＫ２９３Ａ細胞をＭＯＩ＝１で感染させ、細胞ペレット及び上清を感染の４８時間後に回収した。抗ＣＴＬＡ４抗体をタンパク質Ｇビーズ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）による免疫沈降により上清から精製した。ペレット及び免疫沈降させた上清をＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動及びＨＲＰロバ抗ヒトＩｇＧ抗体を用いたウェスタンブロッティングにより分析し、ＥＣＬ化学発光基質（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により検出した。
【図２８Ｂ】（１）ｃｈＡｄ６８−ＭＡＧ−ＩＲＥＳ−ＴＲＥＭＥ及び対照ウイルスであるｃｈＡｄ６８−Ｍ２．２感染細胞におけるヒト抗ＣＴＬＡ−４抗体  ＩｇＧ２抗体（トレメリムマブ）発現を示すウェスタンブロットを示す。ＨＥＫ２９３Ａ細胞をＭＯＩ＝１で感染させ、細胞ペレット及び上清を感染の４８時間後に回収した。抗ＣＴＬＡ４抗体をタンパク質Ｇビーズ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）による免疫沈降により上清から精製した。ペレット及び免疫沈降させた上清をＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動及びＨＲＰロバ抗ヒトＩｇＧ抗体を用いたウェスタンブロッティングにより分析し、ＥＣＬ化学発光基質（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）により検出した。
【図２９】３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）または５０（ＸＸＬ）個のエピトープを有する大きな抗原カセットにおける異なる腫瘍由来のモデルエピトープの一般的な編成を示す。
【図３０】ＣｈＡｄベクターが、すべてのカセットに共通の配列を認識する抗クラスＩＩ（ＰＡＤＲＥ）抗体を使用した上記のウェスタンブロットによって示されるように長いカセットを発現することを示す。ＨＥＫ２９３細胞に異なるサイズの大きなカセット（ｃｈＡｄ６８−５０ＸＸＬ、ｃｈＡｄ６８−４０ＸＬ及びｃｈＡｄ６８−３０Ｌ）を発現するｃｈＡｄ６８ベクターを感染させた。感染はＭＯＩ＝０．２に設定した。感染２４時間後にプロテアソーム阻害剤であるＭＧ１３２を、感染させたウェルのセットに加えた（＋符合で示す）。ウイルス処理したウェルの別のセットはＭＧ１３２で処理しなかった（−符合で示す）。非感染ＨＥＫ２９３細胞（２９３Ｆ）を陰性対照として用いた。感染４８時間後に細胞ペレットを回収し、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ電気泳動で分析し、ウサギ抗クラスＩＩ ＰＡＤＲＥ抗体を用いてイムノブロッティングした。ＨＲＰ抗ラビット抗体及びＥＣＬ化学発光基質を検出に用いた。
【図３１】ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）（下図）に対して検出された、ｃｈＡｄ６８の大きなカセットで免疫したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞における％として、モデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。
【図３２】ｃｈＡｄ６８の大きなカセットによるワクチン接種後のＬＤ−ＡＨ１＋ （上図）及びＫｂ−ＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）＋（下図）テトラマーに対するＣＤ８＋応答を示す。データは、モデルテトラマーペプチド複合体に対する反応性を有する全ＣＤ８細胞における％として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
【図３３】ＩＣＳによりＡＨ１（上図）及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）（下図）に対して検出された、アルファウイルスの大きなカセットで処置したマウスにおけるＣＤ８＋免疫反応を示す。データは、全ＣＤ８細胞における％としてモデルエピトープに対するＩＦＮｇ＋細胞として示す。テューキー検定を用いたＡＮＯＶＡによる＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊ｐ＜０．００１。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
【図３４】アカゲザルにおける抗原カセット含有ベクターの免疫原性を評価するためのワクチン接種手法を示す。三角は、０及び３２週目におけるｃｈＡｄ６８によるワクチン接種（１ｅ１２ｖｐ／動物）を示す。丸は、０、４、１２、２０、２８、及び３２週目におけるアルファウイルスワクチン接種を表す。四角は、抗ＣＴＬＡ−４抗体の投与を表す。
【図３５】ｃｈＡｄ−ＭＡＧを投与したアカゲザル単独（グループ４）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３６】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＩＶ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ５）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３７】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ及びＳＣ投与により抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ）を投与したアカゲザル（グループ６）におけるＣＤ８＋抗エピトープ応答の時間的推移を示す。平均のＳＦＣ／１ｅ６脾細胞を示す。
【図３８】ＥＬＩＳｐｏｔにより測定したｃｈＡｄＶ６８／ｓａｍＲＮＡワクチンプロトコールによって生じた抗原特異的メモリー応答を示す。結果は各ドットが１匹の動物を表す個別のドットプロットとして示す。免疫前のベースライン（左パネル）及びプライム１８ヶ月後のメモリー反応（右パネル）を示す。
【図３９】コンビナトリアルテトラマー染色及びＣＤ４５ＲＡ／ＣＣＲ７共染色を用いたフローサイトメトリーによる抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞のメモリー細胞表現型判定を示す。
【図４０】実験１８ヶ月目における４種類のＭａｍｕ−Ａ＊０１テトラマー＋ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の総和中のメモリー細胞タイプの分布を示す。メモリー細胞は以下のようにキャラクタライズした。ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７＋＝ナイーブ、ＣＤ４５ＲＡ＋ＣＣＲ７−＝エフェクター（Ｔｅｆｆ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７＋＝セントラルメモリー（Ｔｃｍ）、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７−＝エフェクターメモリー（Ｔｅｍ）。
【図４１】低（ＩＵ＝１．５ｅ６，左）及び高（ＩＵ＝１．５ｅ７，右）ベクター用量におけるｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ単独、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与の組み合わせによる免疫に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。応答は、ＩＦＮγＥＬＩＳｐｏｔにより測定し、各マウス（各群ｎ＝８）について脾細胞１ｅ６個当たりのスポット形成細胞として示す。棒は中央値を示す。
【図４２】低（ＩＵ＝１．５ｅ６，左）及び高（ＩＵ＝１．５ｅ７，右）ベクター用量におけるｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４、ｃｈＡｄ−ＭＡＧ単独、及びｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与の組み合わせによる免疫に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。応答は、細胞内染色（ＩＣＳ）により測定し、各マウス（各群ｎ＝８）についてＩＦＮγ＋細胞として全ＣＤ８＋細胞の割合（％）として示す棒は中央値を示す。
【図４３】ｃｈＡｄ−ＭＡＧ−ＣＴＬＡ４またはｃｈＡｄ−ＭＡＧと抗ＣＴＬＡ４  ｏ９Ｄ９の腹腔内（ＩＰ）投与により免疫したマウスの血清中の抗ＣＴＬＡ４抗体レベルを示す。それぞれの時点及びグループ（各群ｎ＝８匹のマウス）の電気化学発光（ＥＣＬ）、平均、及び標準偏差。黒い矢印は、グループ３及び４における抗ＣＴＬＡ４投与の各時点を示す。マウスは、０日目にＣｈＡｄ−ＭＡＧ及びＣｈＡｄ−ＭＡＧ−ａＣＴＬＡ４で免疫した。破線はアッセイの最大限界を示す。抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂを全身性（ＩＰ）投与した２つのグループはいずれも、免疫後に測定したすべての時点でアッセイの最大限界にある。
【図４４】ＣＴ２６腫瘍保有マウスにおけるＣＴ２６腫瘍抗原ＡＨ１を認識するＣＤ８＋Ｔ細胞の出現率を示す。テューキーの多重比較検定による１元配置ＡＮＯＶＡを用いてＰ値を求めた（＊＊Ｐ＜０．００１、＊Ｐ＜０．０５）。ＣｈＡｄＶ＝ ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒ；ａＣＴＬＡ４＝抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｄ９。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３３８】
ＶＩＩＩ．Ｂ．１．総合的ＨＬＡペプチドシークエンシングのためのＭＳ検出限界の研究
ペプチドＹＶＹＶＡＤＶＡＡＫ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８５）を用いて、何が検出の限界かを、ＬＣカラム上にロードした様々な量のペプチドを用いて決定した。試験したペプチドの量は、１ｐｍｏｌ、１００ｆｍｏｌ、１０ｆｍｏｌ、１ｆｍｏｌ、及び１００ａｍｏｌであった。（表１）結果を図２４Ａ及び２４Ｂに示す。これらの結果は、検出の最低限界（ＬｏＤ）がアトモルの範囲（１０−１８）にあること、ダイナミックレンジが５桁に及ぶこと、及び、シグナル対ノイズが、低いフェムトモル範囲（１０−１５）でシークエンシングに充分であるように見えることを示す。質量分析を本明細書に記載される予測アルゴリズムと組み合わせて用いてＨＬＡの提示を検証することができる。例えば、質量分析を用いてＥＤＧＥ提示モデルによって生成されたエピトープ候補を検証することができる（国際特許出願公開第ＷＯ／２０１７／１０６６３８号、同第ＷＯ／２０１８／１９５３５７号、及び同第ＷＯ／２０１８／２０８８５６号に記載される、ＭＳ／ＭＳによりシークエンシングされたＨＬＡ提示ペプチド上で訓練されたディープラーニングモデル）。標的化ＭＳによるＥＤＧＥスコアと候補共有新生抗原ペプチドの検出確率との間の相関の例を図２５に示す。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３６０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３６０】
ＸＩＶ．Ｂ．抗原カセット設計の評価
ＸＩＶ．Ｂ．１．方法及び材料
ＴＣＲ及びカセット設計及びクローニング
選択されたＴＣＲは、Ａ＊０２０１により提示される場合にペプチドＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６）（ＰＤＢ番号５Ｄ２Ｎ）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８７）（ＰＤＢ番号３ＲＥＶ）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８８）（ＰＤＢ番号１ＯＧＡ）ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８９）（ＰＤＢ番号１ＡＯ７）を認識する。２Ａペプチド連結ＴＣＲサブユニット（βに続きα）、ＥＭＣＶＩＲＥＳ、及び２Ａ連結ＣＤ８サブユニット（βに続きα及びプロマイシン耐性遺伝子）を含むトランスファーベクターを構築した。オープンリーディングフレーム配列は、コドン最適化され、ＧｅｎｅＡｒｔ社により合成されたものである。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３６４】
インビトロエピトーププロセシング及び提示アッセイ
Ｔ２細胞はＴＣＲによる抗原認識を調べる目的で日常的に使用されている。Ｔ２細胞は、抗原プロセシング用のペプチドトランスポーターを欠失しており（ＴＡＰ欠損）、内因性のペプチドをＭＨＣ上に提示するために小胞体に取り込むことができない。しかしながら、Ｔ２細胞には外因性のペプチドを容易に取り込ませることができる。５種類のマーカーペプチド（ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６）、ＣＬＧＧＬＬＴＭＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８７）、ＧＬＣＴＬＶＡＭＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９０）、ＬＬＦＧＹＰＶＹＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８９）、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８８））及び２種類の無関係のペプチド（ＷＬＳＬＬＶＰＦＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９１）、ＦＬＬＴＲＩＣＴ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９２））をＴ２細胞に取り込ませた。簡単に述べると、Ｔ２細胞をカウントし、ＩＭＤＭ＋１％ＦＢＳｈｉで１×１０６細胞／ｍＬに希釈した。各ペプチドは１０μｇペプチド／１×１０６細胞となるように加えた。次いで細胞を３７℃で９０分間インキュベートした。細胞をＩＭＤＭ＋２０％ＦＢＳｈｉで２回洗浄し、５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬを９６ウェルＣｏｓｔａｒ組織培養プレートにプレーティングした。Ｊｕｒｋａｔ−Ｌｕｃｉａ  ＴＣＲクローンをカウントし、ＲＰＭＩ１６４０＋１０％ＦＢＳｈｉ中で５×１０Ｅ５細胞／ｍＬに希釈し、１００μＬをＴ２細胞に加えた。プレートを３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートした。次いでプレートを４００ｇで３分間遠心し、２０μＬの上清を白色平底Ｇｒｅｉｎｅｒプレートに取った。指示にしたがってＱＵＡＮＴＩ−Ｌｕｃ基質を調製し、５０μＬ／ウェルで加えた。ルシフェラーゼ発現をＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ  ｉＥ３ｘで読み取った。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３８４】
ＸＩＶ．Ｂ．４．免疫原性及び毒性試験用の抗原カセットの設計
要約すると、モデルカセット評価による知見（図２〜５、表２〜６）によって、モデルワクチンカセットでは、アデノウイルスベースのベクターとの関連で約２０個のエピトープをコードする「数珠つなぎ」アプローチを用いた場合に強い免疫原性が得られることが実証された。エピトープは、両側にその天然の周辺ペプチド配列（例えば、両側に８個のアミノ酸残基）が隣接した最小のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープ（例えば、９個のアミノ酸残基）をそれぞれが埋め込んだ２５ｍｅｒ配列を連結することによって最も効果的にアセンブルされる。本明細書において使用される場合、「天然」または「自然」のフランキング配列とは、その由来源タンパク質内のそのエピトープの天然に存在するという文脈で特定のエピトープのＮ末端及び／またはＣ末端側のフランキング配列のことを指す。例えば、ＨＣＭＶ  ｐｐ６５  ＭＨＣ  ＩのエピトープＮＬＶＰＭＶＡＴＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８６）は、その５’末端側に天然の５’配列ＷＱＡＧＩＬＡＲ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９３）が、その３’末端側に天然の３’配列ＱＧＱＮＬＫＹＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９４）が隣接し、それによりＨＣＭＶ  ｐｐ６５由来源タンパク質内にみられる
2021524247.tif 000150
（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９５）という２５ｍｅｒペプチドを生成する。天然または自然の配列は、天然のフランキング配列（複数可）が隣接したエピトープをコードするヌクレオチド配列のことを指す場合もある。各２５ｍｅｒ配列は、それに続く２５ｍｅｒ配列に直接連結される。最小のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープがアミノ酸９個よりも大きいかまたは小さい場合、フランキングペプチドの長さは、全体の長さが依然２５ｍｅｒのペプチド配列となるように調節することができる。例えば、アミノ酸１０個のＣＤ８  Ｔ細胞エピトープには、アミノ酸８個とアミノ酸７個の配列を隣接させることができる。このコンカテマーの後には、ＣＤ４  Ｔヘルパー細胞を刺激し、ワクチンカセット抗原の全体のインビボ免疫原性を改善するため（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｐａｎｉｎａ−Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）に含ませた２個のユニバーサルクラスＩＩ  ＭＨＣエピトープを繋げた。これらのクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）によって最後のクラスＩエピトープに連結した。２個のクラスＩＩエピトープは、ＧＰＧＰＧアミノ酸リンカー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５６）によって互いに対しても連結し、さらにＣ末端側にＧＰＧＰＧアミノ酸リンカーを隣接させた。エピトープの位置もその数もＴ細胞の認識または応答に大きく影響しないようであった。ターゲティング配列も、カセットに由来する抗原の免疫原性に大きく影響しないようであった。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３８８】
マウスを記載したように免疫して大きなカセットの有効性の評価を行った。Ｔ細胞応答を、エピトープＡＨ１（上のパネル）及びＳＩＮＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９６）（下のパネル）について、ｃｈＡｄ６８ベクターによる免疫後にＩＣＳ及びテトラマー染色することにより（それぞれ図３１／表４０及び図３２／表４１）、また、ｓｒＲＮＡベクターによる免疫後にＩＣＳ染色することにより（図３３／表４２）分析した。３０個（Ｌ）、４０個（ＸＬ）、または５０個（ＸＸＬ）のエピトープを発現するｃｈＡｄ６８及びｓｒＲＮＡワクチンベクターを用いた免疫により、モデル疾患エピトープに対するＣＤ８＋免疫応答が誘導された。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３８９】
（表３７）大きなカセット内のヒトエピトープ（列の順に、それぞれＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８８〜９０、８６〜８７、１１５〜１２７、９５、及び１２８〜１３８）
2021524247.tif 000151
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９０】
（表３８）大きなカセット内のＮＨＰエピトープ（列の順に、それぞれＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３９〜１６８）
2021524247.tif 000152
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９１】
（表３９）大きなカセット内のマウスエピトープ（列の順に、それぞれＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３、１６９〜１７１、８４、及び１７２〜２０６）
2021524247.tif 000153
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９２】
（表４０）ＣｈＡｄの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）ペプチドに応答した平均のＩＦＮｇ＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
2021524247.tif 000154
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９３】
（表４１）ＣｈＡｄの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）抗原に対する平均のテトラマー＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
2021524247.tif 000155
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９４】
（表４２）ＳＡＭの大きなカセットで処置したマウスにおけるＡＨ１及びＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）ペプチドに応答した平均のＩＦＮｇ＋細胞データは、全ＣＤ８細胞における％として示す。各グループ当たりの平均及び標準偏差、ならびにテューキーの検定を用いたＡＮＯＶＡによるｐ値を示す。すべてのｐ値をＭＡＧ２０抗原カセットと比較した。
2021524247.tif 000156
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４１７】
ＸＶ．Ｂ．４．腫瘍モデルにおける免疫原性の評価
マウス腫瘍抗原を発現するＣ６８ベクターを、マウス免疫原性実験で評価して、Ｃ６８ベクターがＴ細胞応答を誘発することを実証する。ＭＨＣクラスＩエピトープＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）に対するＴ細胞応答をＣ５７ＢＬ／６Ｊ系雌性マウスで測定し、ＭＨＣクラスＩエピトープＡＨ１−Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：５２９−５３８）に対するＴ細胞応答をＢａｌｂ／ｃ系マウスで測定した。図１５に示されるように、ＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒによるマウスの免疫後に対照に対して強いＴ細胞応答が測定された。脾細胞１０６個当たり、８９５７個及び４０１９個のスポット形成細胞（ＳＦＣ）の平均の細胞性免疫応答が、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにおいて、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ系またはＢａｌｂ／ｃ系マウスをそれぞれＣｈＡｄＶ６８．５ＷＴｎｔ．ＭＡＧ２５ｍｅｒで免疫した場合に免疫の１０日後に観察された。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４２６】
（表８）ｑＰＣＲプライマー／プローブ
2021524247.tif 000157
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４３９】
ＸＶＩ．Ｂ．３．アルファウイルスベクター腫瘍モデルの評価
１つの実現形態において、ＶＥＥ  ｓｒＲＮＡベクターがインビボで抗原特異的免疫応答を誘導するかを調べるため、２つの異なるＭＨＣクラスＩマウス腫瘍エピトープであるＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３）及びＡＨ１−Ａ５（Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １３：５２９−５３８）を発現するＶＥＥ  ｓｒＲＮＡベクターを作製した（ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４）。ＳＦＬ（ＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８３））エピトープは、Ｂ１６−ＯＶＡメラノーマ細胞株によって発現され、ＡＨ１−Ａ５（ＳＰＳＹＡＹＨＱＦ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８４）；Ｓｌａｎｓｋｙ  ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ）エピトープは、ＣＴ２６結腸がん細胞株によって発現される関連エピトープを標的とするＴ細胞を誘導する（ＡＨ１／ＳＰＳＹＶＹＨＱＦ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１２）；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９３：９７３０−９７３５）。１つの例では、インビボ実験において、ＶＥＥ−ＵｂＡＡＹ  ｓｒＲＮＡ が、Ｔ７ポリメラーゼ（ＴｒｉＬｉｎｋ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用したインビトロ転写によって生成され、脂質ナノ粒子（ＭＣ３）に封入された。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５２１】
配列
2021524247.tif 000158
2021524247.tif 000159
2021524247.tif 000160
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2021524247.tif 000165
2021524247.tif 000166
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2021524247.tif 000168
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2021524247.tif 000188
2021524247.tif 000189
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５３９】
特定の配列
本明細書で言及するベクター、カセット、及び抗体を以下に記載し、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：で呼ぶ。
2021524247.tif 000190
2021524247.tif 000191
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2021524247000001.app
【国際調査報告】
2021524247.tif 000192
2021524247.tif 000193
2021524247.tif 000194