(57)【要約】変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する、単離又は精製されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）が開示される。関連するポリペプチド及びタンパク質、並びに関連する核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、細胞の集団、及び医薬組成物も提供される。また、哺乳類におけるがんの存在を検出する方法及び哺乳類におけるがんを治療又は予防する方法も開示される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する、単離又は精製されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【請求項２】
配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、又は２４８位に変異を有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する、請求項１に記載のＴＣＲ。
【請求項３】
以下のヒトｐ５３変異：Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｑ、又はＲ２４８Ｗのうちの１つを有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する、請求項１に記載のＴＣＲ。
【請求項４】
（１）配列番号２７〜３２の全て；
（２）配列番号３７〜４２の全て；
（３）配列番号４７〜５２の全て；
（４）配列番号５７〜６２の全て；
（５）配列番号６７〜７２の全て；
（６）配列番号７７〜８２の全て；
（７）配列番号８７〜９２の全て；
（８）配列番号９７〜１０２の全て；
（９）配列番号１０７〜１１２の全て；
（１０）配列番号１１７〜１２２の全て；
（１１）配列番号１２７〜１３２の全て；
（１２）配列番号１３７〜１４２の全て；
（１３）配列番号１４７〜１５２の全て；
（１４）配列番号１５７〜１６２の全て；
（１５）配列番号１６７〜１７２の全て；
（１６）配列番号１７７〜１８２の全て；
（１７）配列番号１８７〜１９２の全て；
（１８）配列番号１９７〜２０２の全て；
（１９）配列番号２０７〜２１２の全て；
（２０）配列番号２１７〜２２２の全て；
（２１）配列番号２２７〜２３２の全て；
（２２）配列番号２３７〜２４２の全て；
（２３）配列番号２４７〜２５２の全て；
（２４）配列番号２５７〜２６２の全て；
（２５）配列番号２６７〜２７２の全て；
（２６）配列番号２７７〜２８２の全て；
（２７）配列番号２８７〜２９２の全て；
（２８）配列番号２９７〜３０２の全て；
（２９）配列番号３０７〜３１２の全て；
（３０）配列番号３１７〜３２２の全て；
（３１）配列番号３２７〜３３２の全て；
（３２）配列番号３３７〜３４２の全て；
（３３）配列番号３４７〜３５２の全て；
（３４）配列番号３５７〜３６２の全て；
（３５）配列番号３６７〜３７２の全て；
（３６）配列番号３７７〜３８２の全て；
（３７）配列番号３８７〜３９２の全て；
（３８）配列番号３９７〜４０２の全て；
（３９）配列番号４０７〜４１２の全て；
（４０）配列番号４１７〜４２２の全て；
（４１）配列番号４２７〜４３２の全て；
（４２）配列番号４３７〜４４２の全て；
（４３）配列番号４４７〜４５２の全て；
（４４）配列番号４５７〜４６２の全て；
（４５）配列番号４６７〜４７２の全て；
（４６）配列番号４７７〜４８２の全て；又は
（４７）配列番号４８７〜４９２の全て
のアミノ酸配列を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
【請求項５】
（１）配列番号３３〜３４の両方；
（２）配列番号４３〜４４の両方；
（３）配列番号５３〜５４の両方；
（４）配列番号６３〜６４の両方；
（５）配列番号７３〜７４の両方；
（６）配列番号８３〜８４の両方；
（７）配列番号９３〜９４の両方；
（８）配列番号１０３〜１０４の両方；
（９）配列番号１１３〜１１４の両方；
（１０）配列番号１２３〜１２４の両方；
（１１）配列番号１３３〜１３４の両方；
（１２）配列番号１４３〜１４４の両方；
（１３）配列番号１５３〜１５４の両方；
（１４）配列番号１６３〜１６４の両方；
（１５）配列番号１７３〜１７４の両方；
（１６）配列番号１８３〜１８４の両方；
（１７）配列番号１９３〜１９４の両方；
（１８）配列番号２０３〜２０４の両方；
（１９）配列番号２１３〜２１４の両方；
（２０）配列番号２２３〜２２４の両方；
（２１）配列番号２３３〜２３４の両方；
（２２）配列番号２４３〜２４４の両方；
（２３）配列番号２５３〜２５４の両方；
（２４）配列番号２６３〜２６４の両方；
（２５）配列番号２７３〜２７４の両方；
（２６）配列番号２８３〜２８４の両方；
（２７）配列番号２９３〜２９４の両方；
（２８）配列番号３０３〜３０４の両方；
（２９）配列番号３１３〜３１４の両方；
（３０）配列番号３２３〜３２４の両方；
（３１）配列番号３３３〜３３４の両方；
（３２）配列番号３４３〜３４４の両方；
（３３）配列番号３５３〜３５４の両方；
（３４）配列番号３６３〜３６４の両方；
（３５）配列番号３７３〜３７４の両方；
（３６）配列番号３８３〜３８４の両方；
（３７）配列番号３９３〜３９４の両方；
（３８）配列番号４０３〜４０４の両方；
（３９）配列番号４１３〜４１４の両方；
（４０）配列番号４２３〜４２４の両方；
（４１）配列番号４３３〜４３４の両方；
（４２）配列番号４４３〜４４４の両方；
（４３）配列番号４５３〜４５４の両方；
（４４）配列番号４６３〜４６４の両方；
（４５）配列番号４７３〜４７４の両方；
（４６）配列番号４８３〜４８４の両方；又は
（４７）配列番号４９３〜４９４の両方
のアミノ酸配列を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
【請求項６】
（１）配列番号３５〜３６の両方；
（２）配列番号４５〜４６の両方；
（３）配列番号５５〜５６の両方；
（４）配列番号６５〜６６の両方；
（５）配列番号７５〜７６の両方；
（６）配列番号８５〜８６の両方；
（７）配列番号９５〜９６の両方；
（８）配列番号１０５〜１０６の両方；
（９）配列番号１１５〜１１６の両方；
（１０）配列番号１２５〜１２６の両方；
（１１）配列番号１３５〜１３６の両方；
（１２）配列番号１４５〜１４６の両方；
（１３）配列番号１５５〜１５６の両方；
（１４）配列番号１６５〜１６６の両方；
（１５）配列番号１７５〜１７６の両方；
（１６）配列番号１８５〜１８６の両方；
（１７）配列番号１９５〜１９６の両方；
（１８）配列番号２０５〜２０６の両方；
（１９）配列番号２１５〜２１６の両方；
（２０）配列番号２２５〜２２６の両方；
（２１）配列番号２３５〜２３６の両方；
（２２）配列番号２４５〜２４６の両方；
（２３）配列番号２５５〜２５６の両方；
（２４）配列番号２６５〜２６６の両方；
（２５）配列番号２７５〜２７６の両方；
（２６）配列番号２８５〜２８６の両方；
（２７）配列番号２９５〜２９６の両方；
（２８）配列番号３０５〜３０６の両方；
（２９）配列番号３１５〜３１６の両方；
（３０）配列番号３２５〜３２６の両方；
（３１）配列番号３３５〜３３６の両方；
（３２）配列番号３４５〜３４６の両方；
（３３）配列番号３５５〜３５６の両方；
（３４）配列番号３６５〜３６６の両方；
（３５）配列番号３７５〜３７６の両方；
（３６）配列番号３８５〜３８６の両方；
（３７）配列番号３９５〜３９６の両方；
（３８）配列番号４０５〜４０６の両方；
（３９）配列番号４１５〜４１６の両方；
（４０）配列番号４２５〜４２６の両方；
（４１）配列番号４３５〜４３６の両方；
（４２）配列番号４４５〜４４６の両方；
（４３）配列番号４５５〜４５６の両方；
（４４）配列番号４６５〜４６６の両方；
（４５）配列番号４７５〜４７６の両方；
（４６）配列番号４８５〜４８６の両方；又は
（４７）配列番号４９５〜４９６の両方
のアミノ酸配列を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のＴＣＲの機能的部分を含む、単離又は精製されたポリペプチドであって、
（１）配列番号２７〜３２の全て；
（２）配列番号３７〜４２の全て；
（３）配列番号４７〜５２の全て；
（４）配列番号５７〜６２の全て；
（５）配列番号６７〜７２の全て；
（６）配列番号７７〜８２の全て；
（７）配列番号８７〜９２の全て；
（８）配列番号９７〜１０２の全て；
（９）配列番号１０７〜１１２の全て；
（１０）配列番号１１７〜１２２の全て；
（１１）配列番号１２７〜１３２の全て；
（１２）配列番号１３７〜１４２の全て；
（１３）配列番号１４７〜１５２の全て；
（１４）配列番号１５７〜１６２の全て；
（１５）配列番号１６７〜１７２の全て；
（１６）配列番号１７７〜１８２の全て；
（１７）配列番号１８７〜１９２の全て；
（１８）配列番号１９７〜２０２の全て；
（１９）配列番号２０７〜２１２の全て；
（２０）配列番号２１７〜２２２の全て；
（２１）配列番号２２７〜２３２の全て；
（２２）配列番号２３７〜２４２の全て；
（２３）配列番号２４７〜２５２の全て；
（２４）配列番号２５７〜２６２の全て；
（２５）配列番号２６７〜２７２の全て；
（２６）配列番号２７７〜２８２の全て；
（２７）配列番号２８７〜２９２の全て；
（２８）配列番号２９７〜３０２の全て；
（２９）配列番号３０７〜３１２の全て；
（３０）配列番号３１７〜３２２の全て；
（３１）配列番号３２７〜３３２の全て；
（３２）配列番号３３７〜３４２の全て；
（３３）配列番号３４７〜３５２の全て；
（３４）配列番号３５７〜３６２の全て；
（３５）配列番号３６７〜３７２の全て；
（３６）配列番号３７７〜３８２の全て；
（３７）配列番号３８７〜３９２の全て；
（３８）配列番号３９７〜４０２の全て；
（３９）配列番号４０７〜４１２の全て；
（４０）配列番号４１７〜４２２の全て；
（４１）配列番号４２７〜４３２の全て；
（４２）配列番号４３７〜４４２の全て；
（４３）配列番号４４７〜４５２の全て；
（４４）配列番号４５７〜４６２の全て；
（４５）配列番号４６７〜４７２の全て；
（４６）配列番号４７７〜４８２の全て；又は
（４７）配列番号４８７〜４９２の全て
のアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項８】
（１）配列番号３３〜３４の両方；
（２）配列番号４３〜４４の両方；
（３）配列番号５３〜５４の両方；
（４）配列番号６３〜６４の両方；
（５）配列番号７３〜７４の両方；
（６）配列番号８３〜８４の両方；
（７）配列番号９３〜９４の両方；
（８）配列番号１０３〜１０４の両方；
（９）配列番号１１３〜１１４の両方；
（１０）配列番号１２３〜１２４の両方；
（１１）配列番号１３３〜１３４の両方；
（１２）配列番号１４３〜１４４の両方；
（１３）配列番号１５３〜１５４の両方；
（１４）配列番号１６３〜１６４の両方；
（１５）配列番号１７３〜１７４の両方；
（１６）配列番号１８３〜１８４の両方；
（１７）配列番号１９３〜１９４の両方；
（１８）配列番号２０３〜２０４の両方；
（１９）配列番号２１３〜２１４の両方；
（２０）配列番号２２３〜２２４の両方；
（２１）配列番号２３３〜２３４の両方；
（２２）配列番号２４３〜２４４の両方；
（２３）配列番号２５３〜２５４の両方；
（２４）配列番号２６３〜２６４の両方；
（２５）配列番号２７３〜２７４の両方；
（２６）配列番号２８３〜２８４の両方；
（２７）配列番号２９３〜２９４の両方；
（２８）配列番号３０３〜３０４の両方；
（２９）配列番号３１３〜３１４の両方；
（３０）配列番号３２３〜３２４の両方；
（３１）配列番号３３３〜３３４の両方；
（３２）配列番号３４３〜３４４の両方；
（３３）配列番号３５３〜３５４の両方；
（３４）配列番号３６３〜３６４の両方；
（３５）配列番号３７３〜３７４の両方；
（３６）配列番号３８３〜３８４の両方；
（３７）配列番号３９３〜３９４の両方；
（３８）配列番号４０３〜４０４の両方；
（３９）配列番号４１３〜４１４の両方；
（４０）配列番号４２３〜４２４の両方；
（４１）配列番号４３３〜４３４の両方；
（４２）配列番号４４３〜４４４の両方；
（４３）配列番号４５３〜４５４の両方；
（４４）配列番号４６３〜４６４の両方；
（４５）配列番号４７３〜４７４の両方；
（４６）配列番号４８３〜４８４の両方；又は
（４７）配列番号４９３〜４９４の両方
のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
（１）配列番号３５〜３６の両方；
（２）配列番号４５〜４６の両方；
（３）配列番号５５〜５６の両方；
（４）配列番号６５〜６６の両方；
（５）配列番号７５〜７６の両方；
（６）配列番号８５〜８６の両方；
（７）配列番号９５〜９６の両方；
（８）配列番号１０５〜１０６の両方；
（９）配列番号１１５〜１１６の両方；
（１０）配列番号１２５〜１２６の両方；
（１１）配列番号１３５〜１３６の両方；
（１２）配列番号１４５〜１４６の両方；
（１３）配列番号１５５〜１５６の両方；
（１４）配列番号１６５〜１６６の両方；
（１５）配列番号１７５〜１７６の両方；
（１６）配列番号１８５〜１８６の両方；
（１７）配列番号１９５〜１９６の両方；
（１８）配列番号２０５〜２０６の両方；
（１９）配列番号２１５〜２１６の両方；
（２０）配列番号２２５〜２２６の両方；
（２１）配列番号２３５〜２３６の両方；
（２２）配列番号２４５〜２４６の両方；
（２３）配列番号２５５〜２５６の両方；
（２４）配列番号２６５〜２６６の両方；
（２５）配列番号２７５〜２７６の両方；
（２６）配列番号２８５〜２８６の両方；
（２７）配列番号２９５〜２９６の両方；
（２８）配列番号３０５〜３０６の両方；
（２９）配列番号３１５〜３１６の両方；
（３０）配列番号３２５〜３２６の両方；
（３１）配列番号３３５〜３３６の両方；
（３２）配列番号３４５〜３４６の両方；
（３３）配列番号３５５〜３５６の両方；
（３４）配列番号３６５〜３６６の両方；
（３５）配列番号３７５〜３７６の両方；
（３６）配列番号３８５〜３８６の両方；
（３７）配列番号３９５〜３９６の両方；
（３８）配列番号４０５〜４０６の両方；
（３９）配列番号４１５〜４１６の両方；
（４０）配列番号４２５〜４２６の両方；
（４１）配列番号４３５〜４３６の両方；
（４２）配列番号４４５〜４４６の両方；
（４３）配列番号４５５〜４５６の両方；
（４４）配列番号４６５〜４６６の両方；
（４５）配列番号４７５〜４７６の両方；
（４６）配列番号４８５〜４８６の両方；又は
（４７）配列番号４９５〜４９６の両方；
のアミノ酸配列を含む、請求項７又は８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
（１）配列番号２７〜２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０〜３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２）配列番号３７〜３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０〜４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３）配列番号４７〜４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５０〜５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４）配列番号５７〜５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６０〜６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（５）配列番号６７〜６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７０〜７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（６）配列番号７７〜７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８０〜８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（７）配列番号８７〜８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９０〜９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（８）配列番号９７〜９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１００〜１０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（９）配列番号１０７〜１０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１０〜１１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１０）配列番号１１７〜１１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２０〜１２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１１）配列番号１２７〜１２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３０〜１３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１２）配列番号１３７〜１３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４０〜１４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１３）配列番号１４７〜１４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５０〜１５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１４）配列番号１５７〜１５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６０〜１６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１５）配列番号１６７〜１６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７０〜１７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１６）配列番号１７７〜１７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８０〜１８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１７）配列番号１８７〜１８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９０〜１９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１８）配列番号１９７〜１９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２００〜２０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１９）配列番号２０７〜２０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１０〜２１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２０）配列番号２１７〜２１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２０〜２２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２１）配列番号２２７〜２２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３０〜２３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２２）配列番号２３７〜２３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４０〜２４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２３）配列番号２４７〜２４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５０〜２５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２４）配列番号２５７〜２５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６０〜２６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２５）配列番号２６７〜２６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７０〜２７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２６）配列番号２７７〜２７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８０〜２８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２７）配列番号２８７〜２８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９０〜２９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２８）配列番号２９７〜２９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３００〜３０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２９）配列番号３０７〜３０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１０〜３１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３０）配列番号３１７〜３１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２０〜３２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３１）配列番号３２７〜３２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３０〜３３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３２）配列番号３３７〜３３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４０〜３４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３３）配列番号３４７〜３４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５０〜３５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３４）配列番号３５７〜３５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６０〜３６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３５）配列番号３６７〜３６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７０〜３７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３６）配列番号３７７〜３７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８０〜３８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３７）配列番号３８７〜３８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９０〜３９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３８）配列番号３９７〜３９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４００〜４０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３９）配列番号４０７〜４０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１０〜４１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４０）配列番号４１７〜４１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２０〜４２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４１）配列番号４２７〜４２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３０〜４３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４２）配列番号４３７〜４３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４０〜４４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４３）配列番号４４７〜４４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５０〜４５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４４）配列番号４５７〜４５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６０〜４６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４５）配列番号４６７〜４６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７０〜４７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４６）配列番号４７７〜４７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８０〜４８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は
（４７）配列番号４８７〜４８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９０〜４９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖
を含む、単離又は精製されたタンパク質。
【請求項１１】
（１）配列番号３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２）配列番号４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３）配列番号５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４）配列番号６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（５）配列番号７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（６）配列番号８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（７）配列番号９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（８）配列番号１０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（９）配列番号１１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１０）配列番号１２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１１）配列番号１３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１２）配列番号１４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１３）配列番号１５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１４）配列番号１６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１５）配列番号１７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１６）配列番号１８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１７）配列番号１９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１８）配列番号２０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１９）配列番号２１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２０）配列番号２２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２１）配列番号２３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２２）配列番号２４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２３）配列番号２５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２４）配列番号２６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２５）配列番号２７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２６）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２７）配列番号２９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２８）配列番号３０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２９）配列番号３１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３０）配列番号３２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３１）配列番号３３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３２）配列番号３４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３３）配列番号３５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３４）配列番号３６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３５）配列番号３７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３６）配列番号３８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３７）配列番号３９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３８）配列番号４０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３９）配列番号４１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４０）配列番号４２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４１）配列番号４３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４２）配列番号４４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４３）配列番号４５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４４）配列番号４６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４５）配列番号４７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４６）配列番号４８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は
（４７）配列番号４９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖
を含む、請求項１０に記載のタンパク質。
【請求項１２】
（１）配列番号３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２）配列番号４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３）配列番号５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４）配列番号６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（５）配列番号７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（６）配列番号８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（７）配列番号９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（８）配列番号１０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（９）配列番号１１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１０）配列番号１２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１１）配列番号１３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１２）配列番号１４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１３）配列番号１５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１４）配列番号１６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１５）配列番号１７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１６）配列番号１８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１７）配列番号１９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１８）配列番号２０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（１９）配列番号２１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２０）配列番号２２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２１）配列番号２３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２２）配列番号２４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２３）配列番号２５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２４）配列番号２６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２５）配列番号２７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２６）配列番号２８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２７）配列番号２９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２８）配列番号３０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（２９）配列番号３１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３０）配列番号３２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３１）配列番号３３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３２）配列番号３４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３３）配列番号３５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３４）配列番号３６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３５）配列番号３７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３６）配列番号３８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３７）配列番号３９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３８）配列番号４０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（３９）配列番号４１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４０）配列番号４２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４１）配列番号４３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４２）配列番号４４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４３）配列番号４５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４４）配列番号４６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４５）配列番号４７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；
（４６）配列番号４８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は
（４７）配列番号４９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖
を含む、請求項１０又は１１に記載のタンパク質。
【請求項１３】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のＴＣＲ、請求項７〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、又は請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のタンパク質をコードしているヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項１４】
請求項１３に記載の核酸を含む、組み換え発現ベクター。
【請求項１５】
請求項１４に記載の組み換え発現ベクターを含む、単離又は精製された宿主細胞。
【請求項１６】
請求項１５に記載の宿主細胞を含む、単離又は精製された細胞の集団。
【請求項１７】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のＴＣＲ、請求項７〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載の組み換え発現ベクター、請求項１５に記載の宿主細胞、又は請求項１６に記載の細胞の集団と、（ｂ）薬学的に許容し得る担体と、を含む医薬組成物。
【請求項１８】
哺乳類におけるがんの存在を検出する方法であって、
（ａ）前記がんの細胞を含むサンプルを、請求項１〜６のいずれか一項に記載のＴＣＲ、請求項７〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載の組み換え発現ベクター、請求項１５に記載の宿主細胞、請求項１６に記載の細胞の集団、又は請求項１７に記載の医薬組成物と接触させ、それによって、複合体を形成させることと；
（ｂ）前記複合体を検出することと、
を含み、
前記複合体の検出が、前記哺乳類におけるがんの存在を示す方法。
【請求項１９】
哺乳類におけるがんの治療又は予防において使用するための、請求項１〜６のいずれか一項に記載のＴＣＲ、請求項７〜９のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載のタンパク質、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載の組み換え発現ベクター、請求項１５に記載の宿主細胞、請求項１６に記載の細胞の集団、又は請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
前記哺乳類にとって自己である、請求項１９に従って使用するための細胞の集団。
【請求項２１】
前記哺乳類にとって同種である、請求項１９に従って使用するための細胞の集団。
【請求項２２】
前記がんが、上皮がんである、請求項１８に記載の方法、又は請求項１９〜２１のいずれか一項に従って使用するためのＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、細胞の集団、若しくは医薬組成物。
【請求項２３】
前記がんが、胆管がん、黒色腫、結腸がん、直腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、神経膠芽腫、子宮頸がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、又は膀胱がんである、請求項１８に記載の方法、又は請求項１９〜２１のいずれか一項に従って使用するためのＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、細胞の集団、若しくは医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
この特許出願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、２０１７年９月２９日出願の米国仮出願第６２／５６５，３８３号の利益を主張する。
【０００２】
連邦支援の研究又は開発に関する記述
本発明は、米国国立衛生研究所、国立がん研究所によって、プロジェクト番号ＢＣ０１０９８５の下、政府の支援を受けて成された。政府は、本発明において一定の権利を有する。
【０００３】
電子的に提出された文献の参照による援用
本明細書と同時に提出され、以下の通り特定されるコンピュータ可読ヌクレオチド／アミノ酸配列表は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる：２０１８年９月７日付の「７３９９８０＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という名称の６８７，５５５バイトのＡＳＣＩＩ（テキスト）ファイル。
【背景技術】
【０００４】
幾つかのがんは、特に該がんが転移性かつ切除不能になったとき、非常に限られた治療法の選択肢しか有しない場合がある。例えば、外科手術、化学療法、及び放射線療法等の治療法の進歩にもかかわらず、多くのがん、例えば、膵臓、結腸直腸、肺、子宮内膜、卵巣、及び前立腺のがんの予後は不良である場合がある。従って、がんの更なる治療法に対するアンメットニーズが存在する。
【発明の概要】
【０００５】
本発明の実施形態は、変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する単離又は精製されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。
【０００６】
本発明の更なる実施形態は、関連するポリペプチド及びタンパク質、並びに本発明のＴＣＲに関連する核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、細胞の集団、及び医薬組成物を提供する。
【０００７】
本発明の更なる実施形態は、哺乳類におけるがんの存在を検出する方法及び哺乳類におけるがんを治療又は予防する方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】指定の漸減ペプチド濃度（μｇ／ｍＬ）のＷＴｐ５３−Ｇ２４５ペプチド（ｗｔ）（網掛け無しの棒）又は変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓペプチド（ｍｕｔ）（網掛け棒）のいずれかをパルスした自己樹状細胞（ＤＣ）と共培養した後、患者４１２７由来の指定のＴＣＲのうちの１つを形質導入した自己ＰＢＬの共培養後に測定された、ＩＦＮ−γの濃度（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
【図２】指定の漸減ペプチド濃度（μｇ／ｍＬ）のＷＴｐ５３−Ｇ２４５ペプチド（ｗｔ）（網掛け無しの棒）又は変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓペプチド（ｍｕｔ）（網掛け棒）のいずれかをパルスした自己ＤＣと、患者４１２７由来の指定のＴＣＲのうちの１つを形質導入した自己ＰＢＬとを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ＣＤ４＋ｍＴＣＲβ＋の％）を示すグラフである。
【図３】表Ａに示すペプチドのうちの１つをパルスした自己ＤＣと、患者４１２７由来の指定のＴＣＲのうちの１つを形質導入した自己ＰＢＬとを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ＣＤ４＋ｍＴＣＲβ＋の％）を示すグラフである。
【図４】指定のＨＬＡアリルのうちの１つを形質導入し、ＤＭＳＯ又は指定のペプチドのうちの１つをパルスしたＣＯＳ７細胞と、患者４１２７由来のＴＩＬ又は指定のＴＣＲのうちの１つを形質導入したＴ細胞とを共培養した後に測定された、ＩＦＮ−γの濃度（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
【図５】指定のＨＬＡアリルのうちの１つを形質導入し、ＤＭＳＯ又は指定のペプチドのうちの１つをパルスしたＣＯＳ７細胞と、患者４１２７由来のＴＩＬ又は指定のＴＣＲのうちの１つを形質導入したＴ細胞とを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ＣＤ４＋ｍＴＣＲβ＋の％）を示すグラフである。
【図６】（１）無関係（ＩＲＲ；左の斜線付きの白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；左の斜線付きの灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；灰色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；右の斜線付きの白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｇ２４５配列（ＬＰ−ｐ５３−ｗｔ−Ｇ２４５；右の斜線付きの灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓ（ＬＰ−ｐ５３−ｍｕｔ−Ｇ２４５Ｓ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした、同種（ＤＲＢ３＊０１：０１：０１又はＤＲＢ３＊０２：０２：０１）ＡＰＣと、患者４１２７由来のＴＩＬとを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのスポット数を示すグラフである。
【図７】（１）無関係（ＩＲＲ；左の斜線付きの白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；左の斜線付きの灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；灰色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；右の斜線付きの白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｇ２４５配列（ＬＰ−ｐ５３−ｗｔ−Ｇ２４５；右の斜線付きの灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓ（ＬＰ−ｐ５３−ｍｕｔ−Ｇ２４５Ｓ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした、同種（ＤＲＢ３＊０１：０１：０１又はＤＲＢ３＊０２：０２：０１）ＡＰＣと、４１２７−ＴＣＲ１を発現しているＴ細胞とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのスポット数を示すグラフである。
【図８】図８ＡはＴＭＧ１及び指定のＨＬＡアリルのプラスミドをトランスフェクトしたＣｏｓ７細胞と、患者４１９６を治療するために使用した輸液バッグからのＴＩＬとを共培養した後に測定されたＩＦＮ−γ分泌（スポット／２×１０４個の細胞）を示すグラフである。  図８Ｂは候補最小エピトープ（ＨＭＴＥＶＶＲＨＣ（配列番号５３０）又は（ＳＱＨＭＴＥＶＶＲＨ（配列番号５３１））をパルスした自己ＤＣと、患者４１９６を治療するために使用した輸液バッグからのＴＩＬとを共培養した後に測定されたＩＦＮ−γ分泌（スポット／２×１０４個の細胞）を示すグラフである。単独で培養したＴ細胞が対照の役割を果たした。
【図９】図９Ａ〜９Ｄは以下のＴＣＲ：ＡＶ１２／ＢＶ６−１（Ａ）、ＡＶ２／ＢＶ６−１（Ｂ）、ＡＶ６／ＢＶ１１（Ｃ）、又はＡＶ３８／ＢＶ１０−３（Ｄ）のうちの１つを形質導入した細胞と、指定の濃度（μｇ／ｍＬ）の最小ＷＴ（丸）又は変異型（ｍｕｔ）（四角）のエピトープをパルスしたＤＣとを共培養した後に検出されたｍＴＣＲβ＋ＣＤ８＋４１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。パルスされたＤＣと形質導入されていない（ＵＴ）細胞との共培養（三角）が対照の役割を果たした。示す結果は、２回の実験の代表例である。
【図１０】図１０Ａ〜１０Ｂは以下のＴＣＲ：ＡＶ１２／ＢＶ６−１（黒色の三角）、ＡＶ６／ＢＶ１１（丸）、又はＡＶ３８／ＢＶ１０−３（四角）のうちの１つを形質導入した細胞と、指定の濃度の最小変異型エピトープをパルスしたＴ２細胞とを共培養した後に測定された、ＩＦＮ−γ分泌（ｐｇ／ｍＬ）（Ａ）及び４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（％、ｍＴＣＲβ＋）（Ｂ）を示すグラフである。パルスされたＴ２細胞と形質導入されていない（ＵＴ）細胞との共培養（白色の三角）が対照の役割を果たした。
【図１１】ＴＣＲ形質導入細胞と指定の標的細胞株との共培養後に検出された２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。エフェクタ細胞に、ＡＶ１２／ＢＶ６−１（黒色の棒）、ＡＶ６／ＢＶ１１（縞模様の棒）、又はＡＶ３８／ＢＶ１０−３（灰色の棒）を形質導入した。ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１が形質導入された標的細胞を、ＬＳ１２３−Ａ２、ＣＣＲＦ−ＣＥＭ−Ａ２、及びＡＵ−５６５−Ａ２によって示す。ペプチドをパルスした標的細胞を（＋）によって示す。ペプチドをパルスしていない標的細胞を（−）によって示す。標的細胞株と共培養した形質導入されていないエフェクタ細胞（網掛け無しの棒）を対照として使用した。
【図１２】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２３８のＴＩＬ断片Ｆ１〜Ｆ２４（ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図１３】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２３８のＴＩＬ断片Ｆ１〜Ｆ２４（ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図１４】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２３８のＴＩＬ断片Ｆ１〜Ｆ２４（ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図１５】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２３８のＴＩＬ断片Ｆ１〜Ｆ２４（ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図１６】（１）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）をパルスした、（２）変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした、（３）無関係のＴＭＧ（ＴＭＧ−ＩＲＲ；灰色の斜線付き棒）をエレクトロポレーションした、又は（４）変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列を含有するｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２５３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４；ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図１７】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧ（ＴＭＧ）をエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図１８】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２７３のＴＩＬ断片Ｆ１〜Ｆ２４（ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図１９】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図２０】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図２１】（１）無関係（ＩＲＲ；右の斜線付きの黒色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ｗｔ−ＴＭＧ；左の斜線付きの黒色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧ；灰色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｙ２２０配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０−ＷＴ；横線付きの黒色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４１４９由来の自己ＰＢＬ（４１４９−ＴＣＲａ２ｂ１又は４１４９−ＴＣＲａ２ｂ２を転移）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。ホルボール１２−ミリスタート１３−アセタート（ＰＭＡ）及びイオノマイシン（Ｉｏｎｏ）がポジティブコントロールであった（灰色の棒）。
【図２２】（１）無関係（ＩＲＲ；右の斜線付きの黒色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ｗｔ−ＴＭＧ；左の斜線付きの黒色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧ；灰色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｙ２２０配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０−ＷＴ；横線付きの黒色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、ＴＣＲ（４１４９−ＴＣＲａ２ｂ１又は４１４９−ＴＣＲａ２ｂ２）を転移させた患者４１４９由来の自己ＰＢＬとを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。ＰＭＡ及びＩｏｎｏがポジティブコントロールであった（灰色の棒）。
【図２３】表Ｆのペプチドのうちの１つをパルスした自己ＤＣと、患者４１４９由来のＴＩＬとを共培養した後に検出された４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ４＋Ｔ細胞の％）を示すグラフである。
【図２４】個々のＨＬＡアリル＋／−ＴＭＧをコトランスフェクトしたＣｏｓ７細胞と、４１４９−ＴＣＲａ２ｂ２転移Ｔ細胞とを共培養した後のＩＦＮ−γ分泌（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。ＴＭＧをトランスフェクトしていない細胞に、ｐ５３Ｙ２２０Ｃ  １５ｍｅｒペプチドをパルスした。パルスした標的細胞を網掛け棒によって示す。ＴＭＧをトランスフェクトした標的細胞を、網掛け無しの棒によって示す。
【図２５】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２１３由来のＴＩＬ断片（Ｆ２及びＦ２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図２６】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２１３由来のＣＤ４＋Ｔ細胞とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。ＩＦＮ−γの分泌を白色の棒によって示す。４−１ＢＢの発現を黒色の棒によって示す。
【図２７】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図２８】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図２９】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図３０】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図３１】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図３２】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図３３】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図３４】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）とを共培養した後に検出された、ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図３５】９種のｐ５３スプライスバリアントのアミノ酸配列のアラインメントを示す。ＳＰ｜Ｐ０４６３７｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−２｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５３５）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−３｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５３６）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−４｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５３７）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−５｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５３８）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−６｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５３９）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−７｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５４０）；ＳＰ｜Ｐ０４６３７−８｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５４１）；及びＳＰ｜Ｐ０４６３７−９｜Ｐ５３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号５４２）。
【図３６】漸減濃度の、ＷＴ（白色の丸）又は変異型（黒色の四角）ｐ５３−Ｇ２４５Ｓの配列に対応する２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、４１２７−Ｏ３７−ＴＣＲを形質導入したＴ細胞とを共培養した後に検出された４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ｍＴＣＲβ＋の％）を示すグラフである。
【図３７】図３７Ａ〜３７Ｃは指定のＨＬＡアリルのうちの１つをコトランスフェクトし、２５アミノ酸のｐ５３−Ｇ２４５ＳペプチドをパルスしたＣＯＳ７細胞と、４１２７−Ｏ３７−ＴＣＲ（Ａ）、４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ１（Ｂ）、又は４１２７−Ｏ１０２−ＴＣＲ（Ｃ）を形質導入したＴ細胞とを共培養した後に測定された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ｍＴＣＲβ＋の％）（左のｙ軸；斜線付きの棒）及びＩＦＮ−γ（ｐｇ／ｍＬ）（右のｙ軸；黒色の棒）を示すグラフである。
【図３８】無関係の変異（ＴＭＧ−ＩＲＲ）、ＷＴｐ５３配列（ＴＰ５３−ｗｔ−ＴＭＧ）、又はＲ１７５Ｈを含む変異型ｐ５３配列（ＴＰ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧ）をコードしているＴＭＧをトランスフェクトした自己ＡＰＣと、患者４１４１由来のＴＩＬ（断片培養物１２）とを共培養した後に測定された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ＣＤ８＋の％）（右のｙ軸；黒色の棒）及びＩＦＮ−γ（２×１０４個の細胞あたりのスポット）（左のｙ軸；斜線付きの棒）を示すグラフである。培地のみ、並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。
【図３９】指定のＨＬＡアリル及び追加の遺伝子無し（ＨＬＡのみ；白色の棒）、ＷＴ  ＴＰ５３  ＴＭＧ（灰色の斜線付きの棒）、又はｐ５３−Ｒ１７５Ｈ配列を含有する変異型（黒色の棒）ＴＰ５３  ＴＭＧをコトランスフェクトしたＣｏｓ７細胞と、患者４１４１由来のＴＩＬ（断片培養物１２）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図４０】モック（ＴＣＲ無し）又は４１４１−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞をＴ２腫瘍細胞（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１を発現）と共培養した後に測定された、ＩＦＮ−γの濃度（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；灰色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ１７５ペプチド（斜線付きの灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈペプチド（黒色の棒）から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）されたペプチドを、Ｔ２細胞にパルスした。培地のみ（白色の棒）並びにＰＭＡ及びイオノマイシン（格子模様の棒）が、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。データは、平均±ＳＥＭ（ｎ＝３）である。
【図４１】操作されていない（網掛け無しの棒）又は完全長ｐ５３−Ｒ１７５Ｈタンパク質を過剰発現するようにされた（網掛け棒）Ｓａｏｓ２細胞（ｐ５３−ＮＵＬＬ及びＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＋）と、４１４１−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞とを共培養した後の、指定のマーカーのうちの１つの発現について陽性である細胞の百分率を示すグラフである。データは、平均±ＳＥＭ（ｎ＝３）である。統計解析のために２つの細胞株間で各サイトカインについてスチューデントの両側ｔ検定を実施した（＊＊＊ｐ＜０．００１）。
【図４２】（１）無関係（ＴＭＧ−ＩＲＲ）、ＷＴｐ５３（ＴＭＧ−ｐ５３−ＷＴ）、又は変異型ｐ５３（ＴＭＧ−ｐ５３−ＭＵＴ）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）又はＷＴｐ５３−Ｙ２２０配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０−ＷＴ）若しくは変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ（ＬＰ−ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ−ＭＵＴ）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、ＴＩＬ（患者４２５９由来の断片培養物６）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ陽性細胞の百分率を示すグラフである。
【図４３】漸減濃度の、ＷＴｐ５３配列（白色の丸）又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ（黒色の四角）に対応する２５アミノ酸ペプチドを３７℃で２時間パルスした自己ＡＰＣと、患者４２５９由来のＴＩＬ断片培養物（６番）とを共培養した後に検出されたＣＤ４＋４−１ＢＢ陽性細胞の百分率を示すグラフである。
【図４４】ＤＭＳＯ、ＷＴｐ５３−Ｙ２２０ペプチド、又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２５９由来のＴＩＬとを共培養した後に検出されたＣＤ４＋４−１ＢＢ陽性細胞の百分率を示すグラフである。
【図４５】患者４２５９由来の指定のＨＬＡアリルをコトランスフェクトし、ＤＭＳＯ（白色の棒）又はｐ５３−Ｙ２２０Ｃペプチド（黒色の棒）をパルスしたＣｏｓ７細胞と、患者４２５９由来のＴＩＬ断片培養物６番とを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ陽性細胞の百分率（ＣＤ４＋の％）を示すグラフである。
【図４６】モック（ＴＣＲ無し；白色の棒）又はｐ５３−Ｙ２２０Ｃ特異的ＴＣＲ（４２５９−Ｆ６−ＴＣＲ；黒色の棒）を発現しているエフェクタＴ細胞（１０５個）と、ＴＣ＃４２５９標的細胞（ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ及びＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４：０１：０１を内因的に発現している）とを共培養した後に検出された４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。ＴＣ＃４２５９細胞を、何も無しで、Ｗ６／３２汎ＨＬＡクラスＩ特異的遮断抗体、ＩＶＡ１２汎ＨＬＡクラスＩＩ特異的遮断抗体、又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃペプチドと共にインキュベートした。培地のみ（ＴＣ無し）並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。データは、平均±ＳＥＭ（ｎ＝３）である。統計解析のために指定の通りの群間でスチューデントの両側ｔ検定を実施した（＊＊ｐ＜０．０１及び＊＊＊ｐ＜０．００１）。
【図４７】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２８５由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図４８】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ１７５配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ１７５−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２８５のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）とを共培養した後に測定された、２×１０４個のエフェクタ細胞あたりのＩＦＮ−γ陽性スポット数を示すグラフである。
【図４９】無関係（ＩＲＲ；白色の棒）、ＷＴ型ｐ５３（ｐ５３−ＷＴ；灰色の棒）、又は変異型ｐ５３（ｐ５３−ＭＵＴ；黒色の棒）の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと、患者４２８５由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図５０】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；白色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ１７５配列（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ１７５−ＷＴ；灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ（ＬＰ−ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ−ＭＵＴ；黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２８５由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）とを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。
【図５１】指定のＨＬＡアリルをトランスフェクトし、ＤＭＳＯ（ペプチドビヒクル；灰色及び黒色の斜線付きの棒）又は変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈペプチド（灰色、格子模様付き、及び黒色の棒）をパルスしたＣｏｓ７細胞と、ＴＩＬ断片培養物４２８５−Ｆ６、４２８５−Ｆ９、及び４２８５−Ｆ１０とを共培養した後に検出された４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ４＋の％）を示すグラフである。
【図５２】漸減濃度の、ＷＴ（白色の丸及び四角）又は変異型（黒色の丸及び四角）ｐ５３−Ｒ１７５Ｈの配列に対応する２５又は１５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、４２８５−ＴＣＲ１を転移させたＴ細胞とを共培養した後に検出された４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ４＋の％）を示すグラフである。
【図５３】患者４２６６由来の個々のＨＬＡアリルをコトランスフェクトし、ペプチド無し（白色の棒）、ＤＭＳＯ（ペプチドビヒクル；灰色の棒）、野生型ｐ５３−Ｒ２４８ペプチド（灰色の斜線付きの棒）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗペプチド（黒色の棒）をパルスしたＣｏｓ７細胞と、患者４２６６由来のＴＩＬとを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ８＋の％）を示すグラフである。データは、平均±ＳＥＭ（ｎ＝３）である。
【図５４】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；灰色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（斜線付きの灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、モック（ＴＣＲ無し）、４２６６−ＴＣＲ１、４２６６−ＴＣＲ２、４２６６−ＴＣＲ３、又は４２６６−ＴＣＲ４を発現しているＴ細胞とを共培養した後に検出された、４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ８＋の％）を示すグラフである。培地のみ（白色の棒）並びにＰＭＡ及びイオノマイシン（格子模様の棒）が、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。
【図５５】患者４２６６から摘出され、次いで、免疫無防備状態のマウスで連続継代された異種移植腫瘍断片から樹立された腫瘍細胞（ＴＣ）株（ＴＣ＃４２６６）と、モック（ＴＣＲ無し）又はｐ５３−Ｒ２４８Ｗ特異的ＴＣＲ（４２６６−ＴＣＲ２、４２６６−ＴＣＲ３、又は４２６６−ＴＣＲ４）を発現しているＴ細胞とを共培養した後に検出された４−１ＢＢ＋細胞の百分率（ＣＤ８＋の％）を示すグラフである。ＴＣ＃４２６６細胞を、何も無しで（黒色の棒）、Ｗ６／３２汎ＨＬＡクラスＩ特異的遮断抗体（右の灰色の斜線付き棒）、ＩＶＡ１２汎ＨＬＡクラスＩＩ特異的遮断抗体（灰色の棒）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗペプチド（左の灰色の斜線付き棒）のいずれかと共にインキュベートした。培地のみ（ＴＣ無し；白色の棒）並びにＰＭＡ及びイオノマイシン（灰色の格子模様の棒）が、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。
【図５６】無関係の変異（灰色の棒）、野生型ｐ５３配列（灰色の斜線付きの棒）、又はｐ５３−Ｒ２４８Ｗを含む変異型ｐ５３配列（黒色の棒）をコードしているＴＭＧをトランスフェクトした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬとを共培養した後に検出された、ＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。培地のみ（白色の棒）、並びにＰＭＡ及びイオノマイシン（格子模様の棒）が、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。
【図５７】野生型（白色の丸）又はｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオエピトープ由来の変異型（黒色の四角）に対応する２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬとを共培養した後に検出されたＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。ＤＭＳＯがペプチドビヒクルであった。
【図５８】１４アミノ酸が重複しているｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオエピトープ由来の１５アミノ酸ペプチド（太線部がアミノ酸置換）をパルスした自己ＡＰＣと、患者４２７３由来のＴＩＬとを共培養した後に検出されたＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率を示すグラフである。ＤＭＳＯがペプチドビヒクルであり、培地のみ（Ｔ細胞のみ）並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが対照であった。２５アミノ酸ペプチド（ｗｔ  ｐ５３−Ｒ２４８及び変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ）が、１５アミノ酸ペプチドに対する更なる対照であった。ペプチドは、ＹＭＣＮＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰ（配列番号５９２）；ＭＣＮＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩ（配列番号５９３）；ＣＮＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬ（配列番号５９４）；ＮＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴ（配列番号５９５）；ＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩ（配列番号５９６）；ＳＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩ（配列番号５９７）；ＣＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩＴ（配列番号５９８）；ＭＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩＴＬ（配列番号５９９）；ＧＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩＴＬＥ（配列番号６００）；ＧＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩＴＬＥＤ（配列番号６０１）；及びＭＮＷＲＰＩＬＴＩＩＴＬＥＤＳ（配列番号６０２）である。
【図５９】それぞれｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオ抗原の有り無しで、患者４２７３由来の個々のＨＬＡアリルとＷＴ（白色の棒）又は変異型（黒色の棒）ＴＰ５３  ＴＭＧのいずれかとをコトランスフェクトしたＣｏｓ７細胞を、患者４２７３由来のＴＩＬと共培養した後に分泌されたＩＦＮ−γの濃度（ｐｇ／ｍＬ）を示すグラフである。
【図６０】ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ；灰色の棒）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列（斜線付きの灰色の棒）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ（黒色の棒）配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと、モック（ＴＣＲ無し）又は４２７３−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞とを共培養した後に測定された、２×１０４個の細胞あたりのＩＦＮ−γスポット数を示すグラフである。培地のみ（白色の棒）並びにＰＭＡ及びイオノマイシン（格子模様の棒）が、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
腫瘍タンパク質Ｐ５３（「ＴＰ５３」又は「ｐ５３」とも称される）は、例えば、細胞分裂を制御することによって腫瘍抑制因子として作用する。ｐ５３タンパク質は、細胞の核内に位置し、そこでＤＮＡに直接結合する。ＤＮＡが損傷を受けると、ｐ５３タンパク質は、ＤＮＡを修復するか又は損傷を受けた細胞をアポトーシスさせるかの決定に関与する。ＤＮＡを修復することができる場合、ｐ５３は他の遺伝子を活性化させて損傷を修復する。ＤＮＡを修復することができない場合、ｐ５３タンパク質は、細胞が分裂するのを阻止し、該細胞にシグナルを伝達してアポトーシスさせる。変異型の又は損傷を受けたＤＮＡを有する細胞の分裂を停止させることによって、ｐ５３は腫瘍の発達を阻止するのに役立つ。野生型（ＷＴ）（正常）完全長ｐ５３は、配列番号１のアミノ酸配列を含む。
【００１０】
ｐ５３タンパク質における変異によって、ｐ５３タンパク質の腫瘍抑制因子機能が低下するか又は失われることがある。あるいは又は更に、ｐ５３変異は、ドミナントネガティブ方式でＷＴｐ５３に干渉することによる機能獲得型変異であり得る。変異型ｐ５３タンパク質は、様々なヒトがん、例えば、胆管がん、黒色腫、結腸がん、直腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、神経膠芽腫、子宮頸がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、又は膀胱がんのいずれかで発現し得る。
【００１１】
本発明の実施形態は、変異型ヒトｐ５３（以後、「変異型ｐ５３」）に対して抗原特異性を有する単離又は精製されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。以後、「ＴＣＲ」に対する言及は、特に規定のない限り、ＴＣＲの機能的部分及び機能的バリアントも指す。ｐ５３の変異は、本明細書では、完全長ＷＴｐ５３（配列番号１）のアミノ酸配列を参照することによって定義される。従って、ｐ５３の変異は、本明細書では、特定の位置に存在するアミノ酸残基、続いて、位置番号、続いて、検討中の特定の変異において該残基に置き換わったアミノ酸を参照することによって記載される。例えば、位置が配列番号１によって定義される場合、用語「Ｒ１７５」とは、配列番号１の１７５位に存在するアルギニンを指し、「Ｒ１７５Ｈ」は、配列番号１の１７５位に存在するアルギニンがヒスチジンに置き換わっていることを示し、一方、「Ｇ２４５Ｓ」は、配列番号１の２４５位に存在するグリシンがセリンに置き換わっていることを示す。Ｐ５３は、９種の公知のスプライスバリアントを有する。本明細書に記載のｐ５３変異は、９種のｐ５３スプライスバリアントの全てにわたって保存されている。９種のｐ５３スプライスバリアントのアラインメントを図３５に示す。従って、本発明の方法によって単離されたＴ細胞は、９種のｐ５３スプライスバリアントのいずれかによってコードされている本明細書に記載の任意の変異型ｐ５３アミノ酸配列に対して抗原特異性を有し得る。位置が配列番号１によって定義される場合、ｐ５３の特定のスプライスバリアントのアミノ酸配列の実際の位置は、配列番号１の対応する位置に対して定義され、配列番号１によって定義される位置は、特定のスプライスバリアントにおける実際の位置とは異なる場合がある。従って、例えば、スプライスバリアントにおける実際の位置が異なる場合もあるという理解の下、変異とは、配列番号１の３９３アミノ酸の配列の指定の位置に対応するｐ５３の特定のスプライスバリアントのアミノ酸配列におけるアミノ酸残基の置換を指す。
【００１２】
本発明の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、２４８位、２４９位、２７３位、又は２８２位に変異を有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する。ＴＣＲは、配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、又は２４８位に変異を有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有し得る。ｐ５３変異は、任意のミスセンス変異であってよい。従って、配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、２４８位、２４９位、２７３位、又は２８２位における変異は、配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、２４８位、２４９位、２７３位、又は２８２位に存在するネイティブ（ＷＴ）アミノ酸残基の、検討中の特定の位置に存在するネイティブ（ＷＴ）アミノ酸残基以外の任意のアミノ酸残基による置換であってよい。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、以下のヒトｐ５３変異のうちの１つを有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する：Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｄ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｌ、Ｒ２４８Ｑ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９Ｓ、Ｒ２７３Ｈ、Ｒ２７３Ｃ、Ｒ２７３Ｌ、又はＲ２８２Ｗ。ＴＣＲは、以下のヒトｐ５３変異のうちの１つを有するヒトｐ５３に対して抗原特異性を有し得る：Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｑ、又はＲ２４８Ｗ。例えば、本発明のＴＣＲは、配列番号２〜１３からなる群から選択される変異型ｐ５３アミノ酸配列に対して抗原特異性を有し得る。
【００１３】
本発明の実施形態では、本発明のＴＣＲは、ＨＬＡ（ヒト白血球抗原）分子依存的に変異型ｐ５３を認識することができ得る。「ＨＬＡ分子依存的に」とは、本明細書で使用するとき、ＴＣＲが、該ＴＣＲを単離した患者で発現するＨＬＡ分子の枠の中で、変異型ｐ５３に結合したときに免疫応答を惹起することを意味する。本発明のＴＣＲは、適用可能なＨＬＡ分子によって提示された変異型ｐ５３を認識することができ得、変異型ｐ５３に加えてＨＬＡ分子にも結合し得る。
【００１４】
養子細胞移入に使用される細胞で発現した場合を含む、本発明のＴＣＲは、多くの利点を提供し得る。変異型ｐ５３は、がん細胞で発現し、正常非がん細胞では発現しない。特定の理論又は機序に縛られるものではないが、本発明のＴＣＲは、有利には、例えば毒性を最小化又は排除することによって、正常非がん細胞の破壊を最小化又は排除すると同時に、がん細胞の破壊を標的とし、それによって、低減すると考えられる。更に、本発明のＴＣＲは、有利には、例えば化学療法、外科手術、又は放射線照射等の他の種類の治療には応答しない変異型ｐ５３陽性がんを成功裏に治療又は予防することができる。更に、本発明のＴＣＲは、変異型ｐ５３を高い結合活性で（ｈｉｇｈｌｙ  ａｖｉｄ）認識することができ、これによって、操作されていない腫瘍細胞（例えば、インターフェロン（ＩＦＮ）−γで処理されていない、変異型ｐ５３及び適用可能なＨＬＡ分子の一方又は両方をコードしているベクターをトランスフェクトしていない、ｐ５３変異を有するｐ５３ペプチドをパルスしていない、又はこれらの組み合わせの腫瘍細胞）を認識する能力が付与され得る。全ての腫瘍のおよそ半分はｐ５３に変異を有し、そのうちの約半分はミスセンス変異であり、該ミスセンス変異のうちの約３０％は、以下の「ホットスポット」残基に生じる：Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｄ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｌ、Ｒ２４８Ｑ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９Ｓ、Ｒ２７３Ｃ、Ｒ２７３Ｌ、Ｒ２７３Ｈ、及びＲ２８２Ｗ。更に、血縁関係のないヒトの腫瘍において、ｐ５３で同じ「ホットスポット」変異（例えば、Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｄ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｌ、Ｒ２４８Ｑ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９Ｓ、Ｒ２７３Ｈ、Ｒ２７３Ｃ、Ｒ２７３Ｌ、又はＲ２８２Ｗ）が頻繁に生じる（累積的に、ｐ５３ミスセンス変異の約３０％）。従って、本発明のＴＣＲは、免疫療法による治療の適格性を有する可能性のある患者の数を増加させることができる。
【００１５】
語句「抗原特異性」とは、本明細書で使用するとき、ＴＣＲが、高い結合活性で変異型ｐ５３に特異的に結合し、免疫学的に認識できることを意味する。例えば、（ａ）低濃度の変異型ｐ５３ペプチド（例えば、約０．０５ｎｇ／ｍＬ〜約５ｎｇ／ｍＬ、０．０５ｎｇ／ｍＬ、０．１ｎｇ／ｍＬ、０．５ｎｇ／ｍＬ、１ｎｇ／ｍＬ、５ｎｇ／ｍＬ、又は上記値のうちのいずれか２つによって規定される範囲）をパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞又は（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際に、ＴＣＲを発現している約１×１０４〜約１×１０５個のＴ細胞が少なくとも約２００ｐｇ／ｍＬ以上（例えば、２００ｐｇ／ｍＬ以上、３００ｐｇ／ｍＬ以上、４００ｐｇ／ｍＬ以上、５００ｐｇ／ｍＬ以上、６００ｐｇ／ｍＬ以上、７００ｐｇ／ｍＬ以上、１０００ｐｇ／ｍＬ以上、５，０００ｐｇ／ｍＬ以上、７，０００ｐｇ／ｍＬ以上、１０，０００ｐｇ／ｍＬ以上、２０，０００ｐｇ／ｍＬ以上、又は上記値のうちのいずれか２つによって規定される範囲）のＩＦＮ−γを分泌した場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。本発明のＴＣＲを発現している細胞は、より高濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際にもＩＦＮ−γを分泌することができる。
【００１６】
あるいは又は更に、ネガティブコントロールで発現するＩＦＮ−γの量と比較して、（ａ）低濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞又は（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際に、ＴＣＲを発現しているＴ細胞が少なくとも２倍のＩＦＮ−γを分泌した場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。ネガティブコントロールは、例えば、（ｉ）（ａ）同濃度の無関係のペプチド（例えば、変異型ｐ５３ペプチドとは異なる配列を有する幾つかの他のペプチド）をパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞若しくは（ｂ）標的細胞が無関係のペプチドを発現するように該無関係のペプチドをコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した、該ＴＣＲを発現しているＴ細胞、又は（ｉｉ）（ａ）同濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞若しくは（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した、形質導入されていないＴ細胞（例えば、該ＴＣＲを発現しないＰＢＭＣ由来）であってよい。ＩＦＮ−γ分泌は、当技術分野において公知の方法、例えば、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）によって測定することができる。
【００１７】
あるいは又は更に、ＩＦＮ−γを分泌するネガティブコントロールＴ細胞の数と比較して、（ａ）低濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞又は（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際に、ＩＦＮ−γを分泌するＴＣＲを発現しているＴ細胞の数が少なくとも２倍であった場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。ペプチドの濃度及びネガティブコントロールは、本発明の他の態様に関して本明細書に記載の通りであってよい。ＩＦＮ−γを分泌する細胞の数は、当技術分野において公知の方法、例えば、酵素免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイによって測定することができる。
【００１８】
あるいは又は更に、同じ標的細胞と共培養したネガティブコントロールＴ細胞についてＥＬＩＳＰＯＴによって検出されたスポット数と比較して、（ａ）低濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞又は（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際に、ＴＣＲを発現しているＴ細胞についてのＥＬＩＳＰＯＴによって少なくとも２倍のスポットが検出された場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。ペプチドの濃度及びネガティブコントロールは、本発明の他の態様に関して本明細書に記載の通りであってよい。
【００１９】
あるいは又は更に、（ａ）低濃度の変異型ｐ５３ペプチドをパルスした抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞又は（ｂ）標的細胞が変異型ｐ５３を発現するように変異型ｐ５３をコードしているヌクレオチド配列を導入した抗原陰性適用可能なＨＬＡ分子陽性の標的細胞と共培養した際に、ＴＣＲを発現しているＴ細胞についてのＥＬＩＳＰＯＴによって約５０個を超えるスポットが検出された場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。ペプチドの濃度は、本発明の他の態様に関して本明細書に記載の通りであってよい。
【００２０】
あるいは又は更に、変異型ｐ５３を発現している標的細胞で刺激した後に例えばフローサイトメトリーによって測定したとき、ＴＣＲを発現しているＴ細胞が４−１ＢＢ及びＯＸ４０の一方又は両方の発現をアップレギュレートした場合、該ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して「抗原特異性」を有するとみなしてよい。
【００２１】
本発明は、例えば、ＴＣＲのアルファ（α）鎖、ＴＣＲのベータ（β）鎖、ＴＣＲのガンマ（γ）鎖、ＴＣＲのデルタ（δ）鎖、又はこれらの組み合わせ等の２本のポリペプチド（すなわち、ポリペプチド鎖）を含むＴＣＲを提供する。本発明のＴＣＲのポリペプチドは、ＴＣＲが変異型ｐ５３に対して抗原特異性を有する限り、任意のアミノ酸配列を含んでいてよい。
【００２２】
本発明の実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲの相補性決定領域（ＣＤＲ）１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む可変領域をそれぞれ含む、２本のポリペプチド鎖を含む。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、α鎖のＣＤＲ１（ＣＤＲ１α）、α鎖のＣＤＲ２（ＣＤＲ２α）、及びα鎖のＣＤＲ３（ＣＤＲ３α）を含む第１のポリペプチド鎖と、β鎖のＣＤＲ１（ＣＤＲ１β）、β鎖のＣＤＲ２（ＣＤＲ２β）、及びβ鎖のＣＤＲ３（ＣＤＲ３β）を含む第２のポリペプチド鎖とを含む。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、（１）配列番号２７〜３２の全て；（２）配列番号３７〜４２の全て；（３）配列番号４７〜５２の全て；（４）配列番号５７〜６２の全て；（５）配列番号６７〜７２の全て；（６）配列番号７７〜８２の全て；（７）配列番号８７〜９２の全て；（８）配列番号９７〜１０２の全て；（９）配列番号１０７〜１１２の全て；（１０）配列番号１１７〜１２２の全て；（１１）配列番号１２７〜１３２の全て；（１２）配列番号１３７〜１４２の全て；（１３）配列番号１４７〜１５２の全て；（１４）配列番号１５７〜１６２の全て；（１５）配列番号１６７〜１７２の全て；（１６）配列番号１７７〜１８２の全て；（１７）配列番号１８７〜１９２の全て；（１８）配列番号１９７〜２０２の全て；（１９）配列番号２０７〜２１２の全て；（２０）配列番号２１７〜２２２の全て；（２１）配列番号２２７〜２３２の全て；（２２）配列番号２３７〜２４２の全て；（２３）配列番号２４７〜２５２の全て；（２４）配列番号２５７〜２６２の全て；（２５）配列番号２６７〜２７２の全て；（２６）配列番号２７７〜２８２の全て；（２７）配列番号２８７〜２９２の全て；（２８）配列番号２９７〜３０２の全て；（２９）配列番号３０７〜３１２の全て；（３０）配列番号３１７〜３２２の全て；（３１）配列番号３２７〜３３２の全て；（３２）配列番号３３７〜３４２の全て；（３３）配列番号３４７〜３５２の全て；（３４）配列番号３５７〜３６２の全て；（３５）配列番号３６７〜３７２の全て；（３６）配列番号３７７〜３８２の全て；（３７）配列番号３８７〜３９２の全て；（３８）配列番号３９７〜４０２の全て；（３９）配列番号４０７〜４１２の全て；（４０）配列番号４１７〜４２２の全て；（４１）配列番号４２７〜４３２の全て；（４２）配列番号４３７〜４４２の全て；（４３）配列番号４４７〜４５２の全て；（４４）配列番号４５７〜４６２の全て；（４５）配列番号４６７〜４７２の全て；（４６）配列番号４７７〜４８２の全て；又は（４７）配列番号４８７〜４９２の全てのアミノ酸配列を含む。この段落における上述の４７のアミノ酸配列のコレクションのそれぞれ１つは、変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する４７の異なるＴＣＲのそれぞれの６つのＣＤＲ領域を示す。各コレクションにおける６つのアミノ酸配列は、それぞれ、ＣＤＲ１α、ＣＤＲ２α、ＣＤＲ３α、ＣＤＲ１β、ＣＤＲ２β、及びＣＤＲ３βに対応する。
【００２３】
本発明の実施形態では、ＴＣＲは、合わせて上記ＣＤＲのコレクションのうちの１つを含む、α鎖可変領域のアミノ酸配列及びβ鎖可変領域のアミノ酸配列を含む。これに関して、該ＴＣＲは、（１）配列番号３３〜３４の両方；（２）配列番号４３〜４４の両方；（３）配列番号５３〜５４の両方；（４）配列番号６３〜６４の両方；（５）配列番号７３〜７４の両方；（６）配列番号８３〜８４の両方；（７）配列番号９３〜９４の両方；（８）配列番号１０３〜１０４の両方；（９）配列番号１１３〜１１４の両方；（１０）配列番号１２３〜１２４の両方；（１１）配列番号１３３〜１３４の両方；（１２）配列番号１４３〜１４４の両方；（１３）配列番号１５３〜１５４の両方；（１４）配列番号１６３〜１６４の両方；（１５）配列番号１７３〜１７４の両方；（１６）配列番号１８３〜１８４の両方；（１７）配列番号１９３〜１９４の両方；（１８）配列番号２０３〜２０４の両方；（１９）配列番号２１３〜２１４の両方；（２０）配列番号２２３〜２２４の両方；（２１）配列番号２３３〜２３４の両方；（２２）配列番号２４３〜２４４の両方；（２３）配列番号２５３〜２５４の両方；（２４）配列番号２６３〜２６４の両方；（２５）配列番号２７３〜２７４の両方；（２６）配列番号２８３〜２８４の両方；（２７）配列番号２９３〜２９４の両方；（２８）配列番号３０３〜３０４の両方；（２９）配列番号３１３〜３１４の両方；（３０）配列番号３２３〜３２４の両方；（３１）配列番号３３３〜３３４の両方；（３２）配列番号３４３〜３４４の両方；（３３）配列番号３５３〜３５４の両方；（３４）配列番号３６３〜３６４の両方；（３５）配列番号３７３〜３７４の両方；（３６）配列番号３８３〜３８４の両方；（３７）配列番号３９３〜３９４の両方；（３８）配列番号４０３〜４０４の両方；（３９）配列番号４１３〜４１４の両方；（４０）配列番号４２３〜４２４の両方；（４１）配列番号４３３〜４３４の両方；（４２）配列番号４４３〜４４４の両方；（４３）配列番号４５３〜４５４の両方；（４４）配列番号４６３〜４６４の両方；（４５）配列番号４７３〜４７４の両方；（４６）配列番号４８３〜４８４の両方；又は（４７）配列番号４９３〜４９４の両方のアミノ酸配列を含み得る。この段落における上述の４７のアミノ酸配列のコレクションのそれぞれ１つは、変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する４７の異なるＴＣＲのそれぞれの２つの可変領域を示す。各コレクションにおける２つのアミノ酸配列は、それぞれ、ＴＣＲのα鎖の可変領域及びβ鎖の可変領域に対応する。
【００２４】
本発明のＴＣＲは、定常領域を更に含み得る。定常領域は、例えばヒト又はマウス等の任意の好適な種に由来していてよい。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、マウスの定常領域を更に含む。本明細書で使用するとき、用語「マウス」又は「ヒト」は、本明細書に記載のＴＣＲ又はＴＣＲの任意の構成要素（例えば、相補性決定領域（ＣＤＲ）、可変領域、定常領域、アルファ鎖、及び／又はベータ鎖）に言及するとき、それぞれマウス又はヒト由来のＴＣＲ（又はその構成要素）、すなわち、それぞれマウスＴ細胞又はヒトＴ細胞を起源とするか又は該細胞によってかつて発現されたＴＣＲ（又はその構成要素）を意味する。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、マウスα鎖定常領域及びマウスβ鎖定常領域を含み得る。マウスα鎖定常領域は、修飾されていてもよく、修飾されていなくてもよい。修飾マウスα鎖定常領域は、例えば米国特許出願公開第２０１７／０１４５０７０号に記載の通り、例えば、システイン置換されていてもよく、ＬＶＬ修飾されていてもよく、又はシステイン置換及びＬＶＬ修飾の両方が行われていてもよい。マウスβ鎖定常領域は、修飾されていてもよく、修飾されていなくてもよい。修飾マウスβ鎖定常領域は、例えば米国特許出願公開第２０１７／０１４５０７０号に記載の通り、例えば、システイン置換されていてよい。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２３又は２４のアミノ酸配列を含むシステイン置換ＬＶＬ修飾マウスα鎖定常領域を含む。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２５のアミノ酸配列を含むシステイン置換マウスβ鎖定常領域を含む。
【００２５】
本発明の実施形態では、本発明のＴＣＲは、ＴＣＲのα鎖及びＴＣＲのβ鎖を含み得る。ＴＣＲのα鎖は、α鎖の可変領域及びα鎖の定常領域を含み得る。この種のα鎖は、ＴＣＲの任意のβ鎖と対合し得る。β鎖は、β鎖の可変領域及びβ鎖の定常領域を含み得る。本発明の実施形態では、ＴＣＲは、（１）配列番号３５〜３６の両方；（２）配列番号４５〜４６の両方；（３）配列番号５５〜５６の両方；（４）配列番号６５〜６６の両方；（５）配列番号７５〜７６の両方；（６）配列番号８５〜８６の両方；（７）配列番号９５〜９６の両方；（８）配列番号１０５〜１０６の両方；（９）配列番号１１５〜１１６の両方；（１０）配列番号１２５〜１２６の両方；（１１）配列番号１３５〜１３６の両方；（１２）配列番号１４５〜１４６の両方；（１３）配列番号１５５〜１５６の両方；（１４）配列番号１６５〜１６６の両方；（１５）配列番号１７５〜１７６の両方；（１６）配列番号１８５〜１８６の両方；（１７）配列番号１９５〜１９６の両方；（１８）配列番号２０５〜２０６の両方；（１９）配列番号２１５〜２１６の両方；（２０）配列番号２２５〜２２６の両方；（２１）配列番号２３５〜２３６の両方；（２２）配列番号２４５〜２４６の両方；（２３）配列番号２５５〜２５６の両方；（２４）配列番号２６５〜２６６の両方；（２５）配列番号２７５〜２７６の両方；（２６）配列番号２８５〜２８６の両方；（２７）配列番号２９５〜２９６の両方；（２８）配列番号３０５〜３０６の両方；（２９）配列番号３１５〜３１６の両方；（３０）配列番号３２５〜３２６の両方；（３１）配列番号３３５〜３３６の両方；（３２）配列番号３４５〜３４６の両方；（３３）配列番号３５５〜３５６の両方；（３４）配列番号３６５〜３６６の両方；（３５）配列番号３７５〜３７６の両方；（３６）配列番号３８５〜３８６の両方；（３７）配列番号３９５〜３９６の両方；（３８）配列番号４０５〜４０６の両方；（３９）配列番号４１５〜４１６の両方；（４０）配列番号４２５〜４２６の両方；（４１）配列番号４３５〜４３６の両方；（４２）配列番号４４５〜４４６の両方；（４３）配列番号４５５〜４５６の両方；（４４）配列番号４６５〜４６６の両方；（４５）配列番号４７５〜４７６の両方；（４６）配列番号４８５〜４８６の両方；又は（４７）配列番号４９５〜４９６の両方のアミノ酸配列を含む。この段落における上述の４７のアミノ酸配列のコレクションのそれぞれ１つは、変異型ヒトｐ５３に対して抗原特異性を有する４７の異なるＴＣＲのそれぞれのα鎖及びβ鎖を示す。各コレクションにおける２つのアミノ酸配列は、それぞれ、ＴＣＲのα鎖及びβ鎖に対応する。
【００２６】
本明細書に記載の本発明のＴＣＲの機能的バリアントは、本発明の範囲に含まれる。用語「機能的バリアント」とは、本明細書で使用するとき、親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質に対して実質的な又は著しい配列の同一性又は類似性を有するＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質を指し、該機能的バリアントは、該バリアントがそのバリアントであるＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質の生物活性を保持している。機能的バリアントは、例えば、親のＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質と同様の程度、同一程度、又はより高程度、親ＴＣＲが抗原特異性を有するか又は親のポリペプチド若しくはタンパク質が特異的に結合する変異型ｐ５３に特異的に結合する能力を保持している、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質（親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質）のバリアントを包含する。親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質に関連して、機能的バリアントは、例えば、それぞれ親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質に対してアミノ酸配列が少なくとも約３０％、少なくとも約５０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又はそれ以上同一であってよい。
【００２７】
機能的バリアントは、例えば、少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有する親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質のアミノ酸配列を含み得る。保存的アミノ酸置換は、当技術分野において公知であり、特定の物理的及び／又は化学的特性を有するあるアミノ酸が、同じ化学的又は物理的特性を有する別のアミノ酸に交換されるアミノ酸置換を含む。例えば、保存的アミノ酸置換は、酸性アミノ酸の別の酸性アミノ酸（例えば、Ａｓｐ又はＧｌｕ）による置換、非極性側鎖を有するアミノ酸の、別の非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｐｒｏ、Ｔｒｐ、Ｖａｌ等）による置換、塩基性アミノ酸の別の塩基性アミノ酸（Ｌｙｓ、Ａｒｇ等）による置換、極性側鎖を有するアミノ酸の、別の極性側鎖を有するアミノ酸（Ａｓｎ、Ｃｙｓ、Ｇｌｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｔｙｒ等）による置換等であってよい。
【００２８】
あるいは又は更に、機能的バリアントは、少なくとも１つの非保存的アミノ酸置換を有する親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質のアミノ酸配列を含み得る。この場合、非保存的アミノ酸置換が、機能的バリアントの生物活性に干渉もせず、阻害もしないことが好ましい。好ましくは、非保存的アミノ酸置換は機能的バリアントの生物活性を増強し、その結果、機能的バリアントの生物活性が、親のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質と比べて増大する。
【００２９】
ＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質は、本明細書に記載の指定のアミノ酸配列（複数可）から本質的になっていてよく、その結果、該ＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質の他の構成要素、例えば、他のアミノ酸が、該ＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質の生物活性を実質的に変化させることはない。
【００３０】
また、本明細書に記載のＴＣＲのいずれかの機能的部分を含むポリペプチドが本発明によって提供される。用語「ポリペプチド」は、本明細書で使用するとき、オリゴペプチドを含み、そして、１つ以上のペプチド結合によって連結された一本鎖のアミノ酸を指す。
【００３１】
本発明のポリペプチドに関して、機能的部分は、変異型ｐ５３に特異的に結合する限り、該機能的部分がその一部であるＴＣＲの連続アミノ酸を含む任意の部分であってよい。用語「機能的部分」は、ＴＣＲに関連して使用されるとき、本発明のＴＣＲの任意の部分又は断片であって、該部分又は断片がその一部であるＴＣＲ（親ＴＣＲ）の生物活性を保持している部分又は断片を指す。機能的部分は、例えば、親ＴＣＲと同様の程度、同一程度、又はより高程度、（例えば、適用可能なＨＬＡ分子依存的に）変異型ｐ５３に特異的に結合するか又はがんを検出、治療、若しくは予防する能力を保持しているＴＣＲの部分を包含する。親ＴＣＲに関連して、機能的部分は、例えば、親ＴＣＲの約１０％、約２５％、約３０％、約５０％、約６８％、約８０％、約９０％、約９５％、又はそれ以上を構成し得る。
【００３２】
機能的部分は、該部分のアミノ若しくはカルボキシ末端又は両末端に、親ＴＣＲのアミノ酸配列にはみられない追加のアミノ酸を含んでいてもよい。望ましくは、追加のアミノ酸は、例えば、変異型ｐ５３に特異的に結合する、及び／又はがんを検出する、がんを治療若しくは予防する能力を有する等の機能的部分の生物学的機能に干渉しない。より望ましくは、追加のアミノ酸は、親ＴＣＲの生物活性と比較して生物活性を増強する。
【００３３】
ポリペプチドは、本発明のＴＣＲのα鎖及びβ鎖のいずれか又は両方の機能的部分、例えば、本発明のＴＣＲのα鎖及び／又はβ鎖の可変領域（複数可）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３のうちの１つ以上を含む機能的部分を含み得る。本発明の実施形態では、該ポリペプチドは、（１）配列番号２７〜３２の全て；（２）配列番号３７〜４２の全て；（３）配列番号４７〜５２の全て；（４）配列番号５７〜６２の全て；（５）配列番号６７〜７２の全て；（６）配列番号７７〜８２の全て；（７）配列番号８７〜９２の全て；（８）配列番号９７〜１０２の全て；（９）配列番号１０７〜１１２の全て；（１０）配列番号１１７〜１２２の全て；（１１）配列番号１２７〜１３２の全て；（１２）配列番号１３７〜１４２の全て；（１３）配列番号１４７〜１５２の全て；（１４）配列番号１５７〜１６２の全て；（１５）配列番号１６７〜１７２の全て；（１６）配列番号１７７〜１８２の全て；（１７）配列番号１８７〜１９２の全て；（１８）配列番号１９７〜２０２の全て；（１９）配列番号２０７〜２１２の全て；（２０）配列番号２１７〜２２２の全て；（２１）配列番号２２７〜２３２の全て；（２２）配列番号２３７〜２４２の全て；（２３）配列番号２４７〜２５２の全て；（２４）配列番号２５７〜２６２の全て；（２５）配列番号２６７〜２７２の全て；（２６）配列番号２７７〜２８２の全て；（２７）配列番号２８７〜２９２の全て；（２８）配列番号２９７〜３０２の全て；（２９）配列番号３０７〜３１２の全て；（３０）配列番号３１７〜３２２の全て；（３１）配列番号３２７〜３３２の全て；（３２）配列番号３３７〜３４２の全て；（３３）配列番号３４７〜３５２の全て；（３４）配列番号３５７〜３６２の全て；（３５）配列番号３６７〜３７２の全て；（３６）配列番号３７７〜３８２の全て；（３７）配列番号３８７〜３９２の全て；（３８）配列番号３９７〜４０２の全て；（３９）配列番号４０７〜４１２の全て；（４０）配列番号４１７〜４２２の全て；（４１）配列番号４２７〜４３２の全て；（４２）配列番号４３７〜４４２の全て；（４３）配列番号４４７〜４５２の全て；（４４）配列番号４５７〜４６２の全て；（４５）配列番号４６７〜４７２の全て；（４６）配列番号４７７〜４８２の全て；又は（４７）配列番号４８７〜４９２の全てのアミノ酸配列を含む機能的部分を含み得る。
【００３４】
本発明の実施形態では、本発明のポリペプチドは、例えば、上記ＣＤＲ領域の組み合わせを含む本発明のＴＣＲの可変領域を含み得る。これに関して、該ポリペプチドは、（１）配列番号３３〜３４の両方；（２）配列番号４３〜４４の両方；（３）配列番号５３〜５４の両方；（４）配列番号６３〜６４の両方；（５）配列番号７３〜７４の両方；（６）配列番号８３〜８４の両方；（７）配列番号９３〜９４の両方；（８）配列番号１０３〜１０４の両方；（９）配列番号１１３〜１１４の両方；（１０）配列番号１２３〜１２４の両方；（１１）配列番号１３３〜１３４の両方；（１２）配列番号１４３〜１４４の両方；（１３）配列番号１５３〜１５４の両方；（１４）配列番号１６３〜１６４の両方；（１５）配列番号１７３〜１７４の両方；（１６）配列番号１８３〜１８４の両方；（１７）配列番号１９３〜１９４の両方；（１８）配列番号２０３〜２０４の両方；（１９）配列番号２１３〜２１４の両方；（２０）配列番号２２３〜２２４の両方；（２１）配列番号２３３〜２３４の両方；（２２）配列番号２４３〜２４４の両方；（２３）配列番号２５３〜２５４の両方；（２４）配列番号２６３〜２６４の両方；（２５）配列番号２７３〜２７４の両方；（２６）配列番号２８３〜２８４の両方；（２７）配列番号２９３〜２９４の両方；（２８）配列番号３０３〜３０４の両方；（２９）配列番号３１３〜３１４の両方；（３０）配列番号３２３〜３２４の両方；（３１）配列番号３３３〜３３４の両方；（３２）配列番号３４３〜３４４の両方；（３３）配列番号３５３〜３５４の両方；（３４）配列番号３６３〜３６４の両方；（３５）配列番号３７３〜３７４の両方；（３６）配列番号３８３〜３８４の両方；（３７）配列番号３９３〜３９４の両方；（３８）配列番号４０３〜４０４の両方；（３９）配列番号４１３〜４１４の両方；（４０）配列番号４２３〜４２４の両方；（４１）配列番号４３３〜４３４の両方；（４２）配列番号４４３〜４４４の両方；（４３）配列番号４５３〜４５４の両方；（４４）配列番号４６３〜４６４の両方；（４５）配列番号４７３〜４７４の両方；（４６）配列番号４８３〜４８４の両方；又は（４７）配列番号４９３〜４９４の両方のアミノ酸配列を含み得る。
【００３５】
本発明の実施形態では、本発明のポリペプチドは、上記本発明のＴＣＲの定常領域を更に含み得る。これに関して、該ポリペプチドは、（ｉ）配列番号２３〜２５のうちの１つ又は（ｉｉ）配列番号２５及び配列番号２３〜２４のうちの１つのアミノ酸配列を含み得る。
【００３６】
本発明の実施形態では、本発明のポリペプチドは、本発明のＴＣＲのα鎖及びβ鎖を含み得る。これに関して、該ポリペプチドは、（１）配列番号３５〜３６の両方；（２）配列番号４５〜４６の両方；（３）配列番号５５〜５６の両方；（４）配列番号６５〜６６の両方；（５）配列番号７５〜７６の両方；（６）配列番号８５〜８６の両方；（７）配列番号９５〜９６の両方；（８）配列番号１０５〜１０６の両方；（９）配列番号１１５〜１１６の両方；（１０）配列番号１２５〜１２６の両方；（１１）配列番号１３５〜１３６の両方；（１２）配列番号１４５〜１４６の両方；（１３）配列番号１５５〜１５６の両方；（１４）配列番号１６５〜１６６の両方；（１５）配列番号１７５〜１７６の両方；（１６）配列番号１８５〜１８６の両方；（１７）配列番号１９５〜１９６の両方；（１８）配列番号２０５〜２０６の両方；（１９）配列番号２１５〜２１６の両方；（２０）配列番号２２５〜２２６の両方；（２１）配列番号２３５〜２３６の両方；（２２）配列番号２４５〜２４６の両方；（２３）配列番号２５５〜２５６の両方；（２４）配列番号２６５〜２６６の両方；（２５）配列番号２７５〜２７６の両方；（２６）配列番号２８５〜２８６の両方；（２７）配列番号２９５〜２９６の両方；（２８）配列番号３０５〜３０６の両方；（２９）配列番号３１５〜３１６の両方；（３０）配列番号３２５〜３２６の両方；（３１）配列番号３３５〜３３６の両方；（３２）配列番号３４５〜３４６の両方；（３３）配列番号３５５〜３５６の両方；（３４）配列番号３６５〜３６６の両方；（３５）配列番号３７５〜３７６の両方；（３６）配列番号３８５〜３８６の両方；（３７）配列番号３９５〜３９６の両方；（３８）配列番号４０５〜４０６の両方；（３９）配列番号４１５〜４１６の両方；（４０）配列番号４２５〜４２６の両方；（４１）配列番号４３５〜４３６の両方；（４２）配列番号４４５〜４４６の両方；（４３）配列番号４５５〜４５６の両方；（４４）配列番号４６５〜４６６の両方；（４５）配列番号４７５〜４７６の両方；（４６）配列番号４８５〜４８６の両方；又は（４７）配列番号４９５〜４９６の両方のアミノ酸配列を含み得る。
【００３７】
本発明は、更に、本明細書に記載のポリペプチドのうちの少なくとも１つを含むタンパク質を提供する。「タンパク質」とは、１本以上のポリペプチド鎖を含む分子を意味する。実施形態では、本発明のタンパク質は、（１）配列番号２７〜２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０〜３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２）配列番号３７〜３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０〜４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３）配列番号４７〜４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５０〜５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４）配列番号５７〜５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６０〜６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（５）配列番号６７〜６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７０〜７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（６）配列番号７７〜７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８０〜８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（７）配列番号８７〜８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９０〜９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（８）配列番号９７〜９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１００〜１０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（９）配列番号１０７〜１０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１０〜１１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１０）配列番号１１７〜１１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２０〜１２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１１）配列番号１２７〜１２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３０〜１３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１２）配列番号１３７〜１３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４０〜１４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１３）配列番号１４７〜１４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５０〜１５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１４）配列番号１５７〜１５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６０〜１６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１５）配列番号１６７〜１６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７０〜１７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１６）配列番号１７７〜１７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８０〜１８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１７）配列番号１８７〜１８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９０〜１９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１８）配列番号１９７〜１９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２００〜２０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１９）配列番号２０７〜２０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１０〜２１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２０）配列番号２１７〜２１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２０〜２２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２１）配列番号２２７〜２２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３０〜２３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２２）配列番号２３７〜２３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４０〜２４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２３）配列番号２４７〜２４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５０〜２５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２４）配列番号２５７〜２５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６０〜２６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２５）配列番号２６７〜２６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７０〜２７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２６）配列番号２７７〜２７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８０〜２８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２７）配列番号２８７〜２８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９０〜２９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２８）配列番号２９７〜２９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３００〜３０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２９）配列番号３０７〜３０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１０〜３１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３０）配列番号３１７〜３１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２０〜３２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３１）配列番号３２７〜３２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３０〜３３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３２）配列番号３３７〜３３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４０〜３４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３３）配列番号３４７〜３４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５０〜３５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３４）配列番号３５７〜３５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６０〜３６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３５）配列番号３６７〜３６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７０〜３７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３６）配列番号３７７〜３７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８０〜３８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３７）配列番号３８７〜３８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９０〜３９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３８）配列番号３９７〜３９９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４００〜４０２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３９）配列番号４０７〜４０９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１０〜４１２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４０）配列番号４１７〜４１９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２０〜４２２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４１）配列番号４２７〜４２９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３０〜４３２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４２）配列番号４３７〜４３９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４０〜４４２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４３）配列番号４４７〜４４９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５０〜４５２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４４）配列番号４５７〜４５９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６０〜４６２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４５）配列番号４６７〜４６９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７０〜４７２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４６）配列番号４７７〜４７９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８０〜４８２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は（４７）配列番号４８７〜４８９の全てのアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９０〜４９２の全てのアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖を含み得る。
【００３８】
本発明の実施形態では、該タンパク質は、（１）配列番号３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２）配列番号４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３）配列番号５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４）配列番号６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（５）配列番号７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（６）配列番号８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（７）配列番号９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（８）配列番号１０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（９）配列番号１１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１０）配列番号１２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１１）配列番号１３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１２）配列番号１４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１３）配列番号１５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１４）配列番号１６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１５）配列番号１７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１６）配列番号１８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１７）配列番号１９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１８）配列番号２０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１９）配列番号２１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２０）配列番号２２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２１）配列番号２３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２２）配列番号２４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２３）配列番号２５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２４）配列番号２６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２５）配列番号２７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２６）配列番号２８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２７）配列番号２９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２８）配列番号３０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２９）配列番号３１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３０）配列番号３２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３１）配列番号３３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３２）配列番号３４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３３）配列番号３５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３４）配列番号３６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３５）配列番号３７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３６）配列番号３８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３７）配列番号３９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３８）配列番号４０３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３９）配列番号４１３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４０）配列番号４２３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４１）配列番号４３３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４２）配列番号４４３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４３）配列番号４５３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４４）配列番号４６３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４５）配列番号４７３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４６）配列番号４８３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は（４７）配列番号４９３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９４のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖を含む。
【００３９】
本発明の実施形態では、該タンパク質は、（１）配列番号３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２）配列番号４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３）配列番号５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４）配列番号６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（５）配列番号７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（６）配列番号８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（７）配列番号９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（８）配列番号１０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（９）配列番号１１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１０）配列番号１２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１１）配列番号１３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１２）配列番号１４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１３）配列番号１５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１４）配列番号１６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１５）配列番号１７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１６）配列番号１８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１７）配列番号１９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号１９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１８）配列番号２０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（１９）配列番号２１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２０）配列番号２２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２１）配列番号２３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２２）配列番号２４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２３）配列番号２５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２４）配列番号２６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２５）配列番号２７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２６）配列番号２８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２７）配列番号２９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号２９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２８）配列番号３０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（２９）配列番号３１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３０）配列番号３２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３１）配列番号３３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３２）配列番号３４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３３）配列番号３５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３４）配列番号３６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３５）配列番号３７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３６）配列番号３８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３７）配列番号３９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号３９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３８）配列番号４０５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４０６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（３９）配列番号４１５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４１６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４０）配列番号４２５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４２６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４１）配列番号４３５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４３６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４２）配列番号４４５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４４６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４３）配列番号４５５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４５６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４４）配列番号４６５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４６６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４５）配列番号４７５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４７６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；（４６）配列番号４８５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４８６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖；又は（４７）配列番号４９５のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖及び配列番号４９６のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖を含む。
【００４０】
本発明のタンパク質は、ＴＣＲであってよい。あるいは、該タンパク質の第１の及び／又は第２のポリペプチド鎖（複数可）が、他のアミノ酸配列、例えば免疫グロブリン又はその一部をコードしているアミノ酸配列を更に含む場合、本発明のタンパク質は、融合タンパク質であってもよい。これに関して、本発明は、また、少なくとも１つの他のポリペプチドと共に、本明細書に記載の本発明のポリペプチドのうちの少なくとも１つを含む融合タンパク質を提供する。他のポリペプチドは、融合タンパク質の別々のタンパク質として存在してもよく、又は本明細書に記載の本発明のポリペプチドのうちの１つとインフレームで（タンデムに）発現するポリペプチドとして存在してもよい。他のポリペプチドは、免疫グロブリン、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＭＨＣ分子、ＣＤ１分子、例えば、ＣＤ１ａ、ＣＤ１ｂ、ＣＤ１ｃ、ＣＤ１ｄ等が挙げられるがこれらに限定されない、任意のペプチド性若しくはタンパク質性の分子、又はこれらの一部をコードしていてよい。
【００４１】
融合タンパク質は、１コピー以上の本発明のポリペプチド及び／又は１コピー以上の他のポリペプチドを含み得る。例えば、融合タンパク質は、１、２、３、４、５、又はそれ以上のコピーの本発明のポリペプチド及び／又は他のポリペプチドを含み得る。融合タンパク質を作製する好適な方法は、当技術分野において公知であり、例えば、組み換え法が挙げられる。
【００４２】
本発明の幾つかの実施形態では、本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質は、α鎖及びβ鎖を連結するリンカーペプチドを含む単一のタンパク質として発現し得る。これに関して、本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質は、リンカーペプチドを更に含み得る。リンカーペプチドは、有利には、宿主細胞における組み換え体のＴＣＲ、ポリペプチド、及び／又はタンパク質の発現を促進し得る。リンカーペプチドは、任意の好適なアミノ酸配列を含み得る。例えば、リンカーペプチドは、配列番号２６のアミノ酸配列を含み得る。リンカーペプチドを含むコンストラクトが宿主細胞によって発現されたら、リンカーペプチドを切断してもよく、その結果、分離されたα鎖及びβ鎖が得られる。本発明の実施形態では、ＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質は、完全長α鎖、完全長β鎖、及びα鎖とβ鎖との間に位置するリンカーペプチドを含むアミノ酸配列を含み得る。
【００４３】
本発明のタンパク質は、本明細書に記載の本発明のポリペプチドのうちの少なくとも１つを含む、組み換え抗体又はその抗原結合部分であってよい。本明細書で使用するとき、「組み換え抗体」とは、本発明のポリペプチドのうちの少なくとも１つ、及び抗体のポリペプチド鎖又はその抗原結合部分を含む組み換え（例えば、遺伝的に操作された）タンパク質を指す。抗体のポリペプチド又はその抗原結合部分は、抗体の重鎖、軽鎖、重鎖若しくは軽鎖の可変領域若しくは定常領域、単鎖可変領域（ｓｃＦｖ）、又はＦｃ、Ｆａｂ、若しくはＦ（ａｂ）２’の断片であってよい。抗体のポリペプチド鎖又はその抗原結合部分は、組み換え抗体の別々のポリペプチドとして存在してよい。あるいは、抗体のポリペプチド鎖又はその抗原結合部分は、本発明のポリペプチドとインフレームで（タンデムに）発現するポリペプチドとして存在してもよい。抗体のポリペプチド又はその抗原結合部分は、本明細書に記載の抗体及び抗体断片のいずれかを含む、任意の抗体又は任意の抗体断片のポリペプチドであってよい。
【００４４】
本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質は、その生物活性、例えば、変異型ｐ５３に特異的に結合する能力、哺乳類におけるがんを検出する能力、又は哺乳類におけるがんを治療若しくは予防する能力等を保持している限り、任意の長さであってよい、すなわち、任意の数のアミノ酸を含み得る。例えば、ポリペプチドは、約５０〜約５０００アミノ酸長の範囲、例えば、５０、７０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００又はそれ以上のアミノ酸長であってよい。これに関して、本発明のポリペプチドは、オリゴペプチドも含む。
【００４５】
本発明の本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質は、１つ以上の天然に存在するアミノ酸の代わりに合成アミノ酸を含んでいてもよい。このような合成アミノ酸は、当技術分野において公知であり、例えば、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、α−アミノｎ−デカン酸、ホモセリン、Ｓ−アセチルアミノメチル−システイン、トランス−３−及びトランス−４−ヒドロキシプロリン、４−アミノフェニルアラニン、４−ニトロフェニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、４−カルボキシフェニルアラニン、β−フェニルセリンβ−ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α−ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン−２−カルボン酸、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’−ベンジル−Ｎ’−メチル−リジン、Ｎ’，Ｎ’−ジベンジル−リジン、６−ヒドロキシリジン、オルニチン、α−アミノシクロペンタンカルボン酸、α−アミノシクロヘキサンカルボン酸、α−アミノシクロヘプタンカルボン酸、α−（２−アミノ−２−ノルボルナン）−カルボン酸、α，γ−ジアミノ酪酸、α，β−ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びα−ｔｅｒｔ−ブチルグリシンが挙げられる。
【００４６】
本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質を、グリコシル化、アミド化、カルボキシル化、リン酸化、エステル化、Ｎ−アシル化、例えばジスルフィド架橋を介して環化、又は酸付加塩に変換、及び／又は任意で二量体化若しくは多量体化、又はコンジュゲートしてもよい。
【００４７】
本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及び／又はタンパク質は、当技術分野において公知の方法、例えば、デノボ合成によって得ることができる。また、ポリペプチド及びタンパク質は、標準的な組み換え法を使用し、本明細書に記載の核酸を使用して組み換え的に生成することができる。例えば、Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ  ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（２０１２）を参照。あるいは、例えば、Ｓｙｎｐｅｐ（Ｄｕｂｌｉｎ，ＣＡ）、Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐ．（Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）、及びＭｕｌｔｉｐｌｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）等の企業が、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、及び／又はタンパク質を商業的に合成することもできる。これに関して、本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、及びタンパク質は、合成であってもよく、組み換え体であってもよく、単離されていてもよく、及び／又は精製されていてもよい。
【００４８】
本発明の実施形態は、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質のいずれかをコードしているヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。「核酸」は、本明細書で使用するとき、「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、及び「核酸分子」を含み、一般的に、ＤＮＡ又はＲＮＡのポリマーを意味し、これらは、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、天然の、非天然の、又は改変されたヌクレオチドを含有していてもよく、そして、改変されていないオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間にみられるホスホジエステルの代わりに、天然の、非天然の、又は改変されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロアミデート結合又はホスホロチオエート結合を含有していてもよい。実施形態では、核酸は、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を含む。核酸は、任意の挿入、欠失、逆位、及び／又は置換を含まないことが一般に好ましい。しかし、幾つかの例では、本明細書で論じた通り、核酸が１つ以上の挿入、欠失、逆位、及び／又は置換を含むことが好適である場合もある。
【００４９】
好ましくは、本発明の核酸は、組み換え体である。本明細書で使用するとき、用語「組み換え体」とは、（ｉ）天然若しくは合成の核酸セグメントを生細胞で複製可能な核酸分子に連結させることによって生細胞の外部で構築される分子、又は（ｉｉ）上記（ｉ）に記載されているものの複製によって得られる分子を指す。本明細書における目的のために、複製は、インビトロ複製であってもインビボ複製であってもよい。
【００５０】
核酸は、当技術分野において公知の手順を使用して、化学合成及び／又は酵素ライゲーション反応に基づいて構築され得る。例えば、Ｇｒｅｅｎ及びＳａｍｂｒｏｏｋら、前記を参照。例えば、核酸は、天然に存在するヌクレオチド、又は分子の生物学的安定性を増大させるか若しくはハイブリダイゼーションの際に形成される二本鎖の物理的安定性を増大させるために設計された様々に修飾されたヌクレオチド（例えば、ホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチド）を使用して、化学的に合成することができる。核酸を作製するために使用することができる修飾ヌクレオチドの例としては、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−Ｄ−ガラクトシルキュェオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−置換アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、ベータ−Ｄ−マンノシルキュェオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、キュェオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、及び２，６−ジアミノプリンが挙げられるが、これらに限定されない。あるいは、本発明の核酸のうちの１つ以上は、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ（Ｆｏｒｔ  Ｃｏｌｌｉｎｓ，ＣＯ）及びＳｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ）等の企業から購入することができる。
【００５１】
本発明の実施形態では、核酸は、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質のいずれかをコードしている、コドン最適化されたヌクレオチド配列を含む。特定の理論又は機序に縛られるものではないが、ヌクレオチド配列のコドン最適化は、ｍＲＮＡ転写物の翻訳効率を増大させると考えられる。ヌクレオチド配列のコドン最適化は、ネイティブなコドンを、同じアミノ酸をコードしているが細胞内でより容易に利用可能なｔＲＮＡによって翻訳され得る別のコドンで置換し、それによって、翻訳効率を増大させることを伴い得る。また、ヌクレオチド配列の最適化は、翻訳に干渉するｍＲＮＡの二次構造を低減し、それによって、翻訳効率を増大させることもできる。
【００５２】
また、本発明は、本明細書に記載の核酸のいずれかのヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列、又は本明細書に記載の核酸のいずれかのヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。
【００５３】
ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列は、好ましくは、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする。「高ストリンジェンシー条件」とは、ヌクレオチド配列が、非特異的ハイブリダイゼーションよりも検出可能に多い量で、標的配列（本明細書に記載の核酸のいずれかのヌクレオチド配列）に特異的にハイブリダイズすることを意味する。高ストリンジェンシー条件は、正確な相補的配列を有するポリヌクレオチド又は幾つかの散在している不一致しか含有していないものを、該ヌクレオチド配列に一致している幾つかの小さな領域（例えば、３〜１０塩基）を偶然有するランダム配列と識別する条件を含む。このような相補的な小さな領域は、１４〜１７又はそれ以上の塩基の完全長相補体よりも容易に融解するので、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションによって容易に識別可能になる。比較的高ストリンジェンシー条件は、例えば、約０．０２〜０．１Ｍ  ＮａＣｌ又は等価物、約５０〜７０℃の温度によって提供されるもの等の低塩及び／又は高温条件を含む。このような高ストリンジェンシー条件は、ヌクレオチド配列とテンプレート又は標的鎖との間の（もし存在するとしても）わずかな不一致しか許容せず、本発明のＴＣＲのいずれかの発現を検出するのに特に好適である。一般的に、漸増量のホルムアミドを添加することによって、条件をよりストリンジェントにすることができると理解される。
【００５４】
また、本発明は、本明細書に記載の核酸のいずれかと少なくとも約７０％以上、例えば、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。これに関して、核酸は、本明細書に記載のヌクレオチド配列のいずれかから本質的になっていてよい。
【００５５】
本発明の核酸は、組み換え発現ベクターに組み込むことができる。これに関して、本発明は、本発明の核酸のいずれかを含む組み換え発現ベクターを提供する。本発明の実施形態では、組み換え発現ベクターは、α鎖、β鎖、及びリンカーペプチドをコードしているヌクレオチド配列を含む。
【００５６】
本明細書における目的のために、用語「組み換え発現ベクター」は、コンストラクトがｍＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、又はペプチドをコードしているヌクレオチド配列を含み、宿主細胞内で該ｍＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、又はペプチドを発現させるのに十分な条件下でベクターを該細胞と接触させたときに、該細胞に該ｍＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、又はペプチドを発現させる、遺伝的に改変されたオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドのコンストラクトを意味する。本発明のベクターは、全体としては天然に存在しない。しかし、ベクターの一部が天然に存在していてもよい。本発明の組み換え発現ベクターは、ＤＮＡ及びＲＮＡが挙げられるがこれらに限定されない任意の種類のヌクレオチドを含んでいてよく、該ＤＮＡ及びＲＮＡは、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、合成されても天然源から部分的に入手されてもよく、天然の、非天然の、又は改変されたヌクレオチドを含有していてもよい。組み換え発現ベクターは、天然に存在するヌクレオチド間結合、天然には存在しないヌクレオチド間結合、又は両方の種類の結合を含んでいてよい。好ましくは、天然には存在しないか又は改変されたヌクレオチド又はヌクレオチド間結合は、ベクターの転写も複製も妨げない。
【００５７】
本発明の組み換え発現ベクターは、任意の好適な組み換え発現ベクターであってよく、任意の好適な宿主細胞を形質転換又はトランスフェクトするために使用することができる。好適なベクターとしては、プラスミド及びウイルス等、伝播及び増殖用、若しくは発現用、又は両方のために設計されたものが挙げられる。ベクターは、トランスポゾン／トランスポゼースシリーズ、ｐＵＣシリーズ（Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔシリーズ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）、ｐＥＴシリーズ（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、ｐＧＥＸシリーズ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）、及びｐＥＸシリーズ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）からなる群から選択され得る。λＧＴ１０、λＧＴ１１、λＺａｐＩＩ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、λＥＭＢＬ４、及びλＮＭ１１４９等のバクテリオファージベクターを使用してもよい。植物発現ベクターの例としては、ｐＢＩ０１、ｐＢＩ１０１．２、ｐＢＩ１０１．３、ｐＢＩ１２１、及びｐＢＩＮ１９（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）が挙げられる。動物発現ベクターの例としては、ｐＥＵＫ−Ｃｌ、ｐＭＡＭ、及びｐＭＡＭｎｅｏ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）が挙げられる。好ましくは、組み換え発現ベクターは、トランスポゾンベクター又はウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクターである。
【００５８】
本発明の組み換え発現ベクターは、例えば、Ｇｒｅｅｎ及びＳａｍｂｒｏｏｋら、前記に記載されている標準的な組み換えＤＮＡ技術を使用して調製することができる。円形又は線形である発現ベクターのコンストラクトは、原核又は真核の宿主細胞において機能する複製系を含有するように調製することができる。複製系は、例えば、ＣｏｌＥｌ、２μプラスミド、λ、ＳＶ４０、ウシパピローマウイルス等に由来していてよい。
【００５９】
望ましくは、組み換え発現ベクターは、制御配列、例えば、必要に応じて、そして、ベクターがＤＮＡベースであるかＲＮＡベースであるかを考慮して、ベクターが導入される宿主細胞の種類（例えば、細菌、真菌、植物、又は動物）に特異的な転写及び翻訳の開始及び終止のコドンを含む。
【００６０】
組み換え発現ベクターは、形質転換又はトランスフェクトされた宿主細胞の選別を可能にする１つ以上のマーカー遺伝子を含んでいてよい。マーカー遺伝子は、殺生物剤耐性、例えば、抗生物質、重金属等に対する耐性、原栄養性を与えるための栄養要求性宿主における補完等を含む。本発明の発現ベクターに好適なマーカー遺伝子は、例えば、ネオマイシン／Ｇ４１８耐性遺伝子、ハイグロマイシン耐性遺伝子、ヒスチジノール耐性遺伝子、テトラサイクリン耐性遺伝子、及びアンピシリン耐性遺伝子を含む。
【００６１】
組み換え発現ベクターは、ＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質をコードしているヌクレオチド配列に、又はＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質をコードしているヌクレオチド配列に相補的であるか若しくはハイブリダイズするヌクレオチド配列に動作可能に連結しているネイティブ又は非ネイティブのプロモータを含んでいてよい。例えば、強い、弱い、誘導性、組織特異的、及び発生段階特異的なプロモータの選択は、当業者の技能の範囲内である。同様に、ヌクレオチド配列とプロモータとの組み合わせも当業者の技能の範囲内である。プロモータは、非ウイルスプロモータ、例えば、ヒト伸長因子−１αプロモータであってもよく、ウイルスプロモータ、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモータ、ＳＶ４０プロモータ、ＲＳＶプロモータ、及びマウス幹細胞ウイルスの末端反復配列にみられるプロモータであってもよい。
【００６２】
本発明の組み換え発現ベクターは、一過的発現用、安定的発現用、又は両方のために設計することができる。また、組み換え発現ベクターは、構成的発現用又は誘導性発現用に作製することができる。
【００６３】
更に、組み換え発現ベクターは、自殺遺伝子を含むように作製してもよい。本明細書で使用するとき、用語「自殺遺伝子」とは、自殺遺伝子を発現している細胞を死に至らしめる遺伝子を指す。自殺遺伝子は、該遺伝子が発現する細胞に対して剤、例えば薬物に対する感受性を付与し、そして、該細胞が該剤と接触したとき又は該剤に曝露されたときに該細胞を死に至らしめる遺伝子であってよい。自殺遺伝子は、当技術分野において公知であり、例えば、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）チミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子、シトシンデアミナーゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、及びニトロレダクターゼを含む。
【００６４】
本発明の別の実施形態は、更に、本明細書に記載の組み換え発現ベクターのいずれかを含む宿主細胞を提供する。本明細書で使用するとき、用語「宿主細胞」とは、本発明の組み換え発現ベクターを含有し得る任意の種類の細胞を指す。宿主細胞は、真核細胞、例えば、植物、動物、真菌、又は藻類であってもよく、原核細胞、例えば、細菌又は原生動物であってもよい。宿主細胞は、培養細胞又は初代細胞、すなわち、生物、例えばヒトから直接単離された細胞であってよい。宿主細胞は、接着細胞又は懸濁細胞、すなわち、懸濁液中で成長する細胞であってよい。好適な宿主細胞は、当技術分野において公知であり、例えば、ＤＨ５α大腸菌細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞、サルＶＥＲＯ細胞、ＣＯＳ細胞、ＨＥＫ２９３細胞等が挙げられる。組み換え発現ベクターを増幅又は複製する目的の場合、宿主細胞は、好ましくは、原核細胞、例えばＤＨ５α細胞である。組み換え体のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質を生成する目的の場合、宿主細胞は、好ましくは、哺乳類細胞である。最も好ましくは、宿主細胞は、ヒト細胞である。宿主細胞は、任意の細胞型であってよく、任意の種類の組織に由来していてよく、任意の発生段階であってよいが、宿主細胞は、好ましくは、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）又は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。より好ましくは、宿主細胞は、Ｔ細胞である。
【００６５】
本明細書における目的のために、Ｔ細胞は、任意のＴ細胞、例えば、培養Ｔ細胞、例えば初代Ｔ細胞、又は培養Ｔ細胞株由来のＴ細胞、例えばＪｕｒｋａｔ、ＳｕｐＴ１等、又は哺乳類から得られたＴ細胞であってよい。哺乳類から得られる場合、Ｔ細胞は、血液、骨髄、リンパ節、胸腺、又は他の組織若しくは流体を含むがこれらに限定されない多数の供給源から得ることができる。また、Ｔ細胞は、濃縮又は精製されていてもよい。好ましくは、Ｔ細胞は、ヒトＴ細胞である。Ｔ細胞は、任意の種類のＴ細胞であってよく、任意の発生段階であってよく、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋二重陽性Ｔ細胞、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、例えば、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、メモリＴ細胞（例えば、セントラルメモリＴ細胞及びエフェクタメモリＴ細胞）、ナイーブＴ細胞等が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６６】
また、本明細書に記載の少なくとも１つの宿主細胞を含む細胞の集団が本発明によって提供される。細胞の集団は、組み換え発現ベクターのいずれも含まない少なくとも１つの他の細胞、例えば宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）、又はＴ細胞以外の細胞、例えばＢ細胞、マクロファージ、好中球、赤血球、肝細胞、内皮細胞、上皮細胞、筋肉細胞、脳細胞等に加えて、記載される組み換え発現ベクターのいずれかを含む宿主細胞を含む不均質な集団であってよい。あるいは、細胞の集団は、組み換え発現ベクターを含む（例えば、から本質的になる）宿主細胞を主に含む、実質的に均質な集団であってもよい。また、集団は、該集団の全ての細胞が、組み換え発現ベクターを含む１つの宿主細胞のクローンであり、その結果、該集団の全ての細胞が組み換え発現ベクターを含む、細胞のクローン集団であってもよい。本発明の一実施形態では、細胞の集団は、本明細書に記載の組み換え発現ベクターを含む宿主細胞を含むクローン集団である。
【００６７】
本発明の実施形態では、集団内の細胞数を、急速に拡大させることができる。Ｔ細胞数の拡大は、例えば、米国特許第８，０３４，３３４号、同第８，３８３，０９９号、米国特許出願公開第２０１２／０２４４１３３号、Ｄｕｄｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．，２６：３３２−４２（２００３）、及びＲｉｄｄｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１２８：１８９−２０１（１９９０）に記載されている通り、当技術分野において公知の多数の方法のいずれかによって実現することができる。実施態様では、Ｔ細胞数の拡大は、該Ｔ細胞をＯＫＴ３抗体、ＩＬ−２、及びフィーダーＰＢＭＣ（例えば、放射線照射された同種ＰＢＭＣ）と共に培養することによって実行される。
【００６８】
本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、及び宿主細胞（その集団を含む）は、単離及び／又は精製されてもよい。用語「単離された」は、本明細書で使用するとき、その天然環境から取り出されていることを意味する。用語「精製された」は、本明細書で使用するとき、純度が増大したことを意味し、「純度」は相対的な用語であり、必ずしも絶対純度と解釈される訳ではない。例えば、純度は、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％であってもよく、約１００％であってもよい。
【００６９】
本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、及び宿主細胞（その集団を含む）（以後、これらの全てをまとめて「本発明のＴＣＲ材料」と称する）は、医薬組成物等の組成物に製剤化してもよい。これに関して、本発明は、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、発現ベクター、及び宿主細胞（その集団を含む）のいずれかと、薬学的に許容し得る担体とを含む医薬組成物を提供する。本発明のＴＣＲ材料のいずれかを含有する本発明の医薬組成物は、１つを超える本発明のＴＣＲ材料、例えばポリペプチド及び核酸、又は２つ以上の異なるＴＣＲを含んでいてもよい。あるいは、医薬組成物は、別の薬学的活性剤（複数可）又は薬物（複数可）、例えば、アスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、ビンクリスチン等の化学療法剤と組み合わせて、本発明のＴＣＲ材料を含んでいてもよい。
【００７０】
好ましくは、担体は、薬学的に許容し得る担体である。医薬組成物に関して、担体は、検討中の具体的な本発明のＴＣＲ材料に従来使用されているもののいずれかであってよい。投与可能な組成物を調製する方法は、当業者に公知であるか又は明らかであり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ（２０１２）により詳細に記載されている。薬学的に許容し得る担体は、使用条件下で有害な副作用も毒性も有しないものであることが好ましい。
【００７１】
担体の選択は、具体的な本発明のＴＣＲ材料によって、並びに本発明のＴＣＲ材料を投与するために使用される具体的な方法によって部分的に決定される。従って、本発明の医薬組成物の様々な好適な製剤が存在する。好適な製剤は、非経口、皮下、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、腫瘍内、又は腹腔内に投与するためのもののいずれかを含み得る。１つを超える経路を使用して本発明のＴＣＲ材料を投与してよく、特定の例では、特定の経路が別の経路よりも即時かつより有効な応答を提供し得る。
【００７２】
好ましくは、本発明のＴＣＲ材料は、例えば静脈内に注射することによって投与される。本発明のＴＣＲ材料が、本発明のＴＣＲを発現している宿主細胞であるとき、注射用の細胞のための薬学的に許容し得る担体としては、任意の等張担体、例えば、通常生理食塩水（水中約０．９０％ｗ／ｖ  ＮａＣｌ、水中約３００ｍＯｓｍ／Ｌ  ＮａＣｌ、又は水１リットルあたり約９．０ｇ  ＮａＣｌ）、ＮＯＲＭＯＳＯＬ  Ｒ電解質溶液（Ａｂｂｏｔｔ，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）、ＰＬＡＳＭＡ−ＬＹＴＥ  Ａ（Ｂａｘｔｅｒ，Ｄｅｅｒｆｉｅｌｄ，ＩＬ）、水中約５％デキストロース、又は乳酸リンゲル液を挙げることができる。実施形態では、薬学的に許容し得る担体にヒト血清アルブメン（ａｌｂｕｍｅｎ）を補給する。
【００７３】
本発明の目的のために、投与される本発明のＴＣＲ材料の量又は用量（例えば、本発明のＴＣＲ材料が１つ以上の細胞である場合は細胞数）は、適切な時間枠にわたって被験体又は動物において効果、例えば治療的又は予防的応答をもたらすのに十分でなければならない。例えば、本発明のＴＣＲ材料の用量は、投与時点から約２時間以上、例えば、１２〜２４時間又はそれ以上の期間、がん抗原（例えば、変異型ｐ５３）に結合するか又はがんを検出、治療、若しくは予防するのに十分でなければならない。特定の実施形態では、期間は更に長くてもよい。用量は、具体的な本発明のＴＣＲ材料の有効性及び動物（例えば、ヒト）の状態、並びに治療される動物（例えば、ヒト）の体重によって決定される。
【００７４】
投与される用量を決定するための多くのアッセイが、当技術分野において公知である。本発明の目的のために、それぞれ異なる用量のＴ細胞を与えた哺乳類のセット間で、所与の用量の本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、又はタンパク質を発現しているＴ細胞を哺乳類に投与した際に標的細胞が溶解するか又はこのようなＴ細胞によってＩＦＮ−γが分泌される程度を比較することを含むアッセイを使用して、哺乳類に投与する開始用量を決定することができる。特定の用量を投与した際に標的細胞が溶解する又はＩＦＮ−γが分泌される程度は、当技術分野において公知の方法によってアッセイすることができる。
【００７５】
本発明のＴＣＲ材料の用量は、具体的な本発明のＴＣＲ材料の投与に付随する可能性のある任意の有害な副作用の存在、性質、及び程度によっても決定される。典型的には、主治医が、様々な要因、例えば、年齢、体重、全体的な健康状態、食生活、性別、投与される本発明のＴＣＲ材料、投与経路、及び治療されるがんの重篤度を考慮して、各個々の患者を治療するための本発明のＴＣＲ材料の投与量を決定する。本発明のＴＣＲ材料が細胞の集団である実施形態では、注入１回あたりに投与される細胞数は、例えば、約１×１０６〜約１×１０１２細胞又はそれ以上で変動し得る。特定の実施形態では、１×１０６細胞未満を投与してもよい。
【００７６】
当業者は、本発明のＴＣＲ材料を任意の数の方法で修飾してよく、その結果、該修飾を通して本発明のＴＣＲ材料の治療又は予防の有効性が増大することを容易に理解するであろう。例えば、本発明のＴＣＲ材料を、直接又は架橋を介して間接的に化学療法剤にコンジュゲートしてもよい。化合物の化学療法剤へのコンジュゲートの実施は、当技術分野において公知である。当業者は、架橋及び／又は化学療法剤が本発明のＴＣＲ材料に結合した時点で本発明のＴＣＲ材料の機能、すなわち、変異型ｐ５３に結合するか又はがんを検出、治療、若しくは予防する能力には干渉しない限り、本発明のＴＣＲ材料の機能に必須ではない本発明のＴＣＲ材料の部位が、架橋及び／又は化学療法剤を結合させるのに理想的な部位であることを認識する。
【００７７】
本発明の医薬組成物、ＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、又は細胞の集団は、がんを治療又は予防する方法において使用できることが企図される。特定の理論に縛られるものではないが、本発明のＴＣＲは変異型ｐ５３に特異的に結合し、その結果、ＴＣＲ（又は関連する本発明のポリペプチド若しくはタンパク質）は、細胞によって発現されたとき、変異型ｐ５３を発現している標的細胞に対する免疫応答を媒介することができると考えられる。これに関して、本発明の実施形態は、哺乳類におけるがんを治療又は予防する方法であって、本明細書に記載の医薬組成物、ＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質のいずれか、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質のいずれかをコードしているヌクレオチド配列を含む任意の核酸若しくは組み換え発現ベクター、又は本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質のいずれかをコードしている組み換えベクターを含む任意の宿主細胞若しくは細胞の集団を、哺乳類におけるがんを治療又は予防するのに有効な量、該哺乳類に投与することを含む方法を提供する。
【００７８】
本発明の実施形態は、哺乳類におけるがんの治療又は予防において使用するための、本明細書に記載の医薬組成物、ＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質のいずれか、本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質のいずれかをコードしているヌクレオチド配列を含む任意の核酸若しくは組み換え発現ベクター、又は本明細書に記載のＴＣＲ、ポリペプチド、若しくはタンパク質のいずれかをコードしている組み換えベクターを含む任意の宿主細胞若しくは細胞の集団を提供する。
【００７９】
用語「治療する」及び「予防する」、並びにそれから派生する語は、本明細書で使用するとき、必ずしも１００％、すなわち、完全な治療又は予防を意味するものではない。どちらかといえば、当業者が潜在的な利点又は治療効果を有すると認識する、様々な程度の治療又は予防が存在する。これに関して、本発明の方法は、哺乳類における任意の量の任意のレベルのがんの治療又は予防を提供することができる。更に、本発明の方法によって提供される治療又は予防は、治療又は予防されるがんの１つ以上の病態又は症状の治療又は予防を含み得る。例えば、治療又は予防は、腫瘍の退縮を促進することを含み得る。また、本明細書における目的のために、「予防」は、がん又はその症状若しくは病態の発生を遅らせることを包含し得る。あるいは又は更に、「予防」は、がん又はその症状若しくは病態の再発を防ぐ又は遅らせることを包含し得る。
【００８０】
また、哺乳類におけるがんの存在を検出する方法も本発明の実施形態によって提供される。該方法は、（ｉ）本明細書に記載の本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、細胞の集団、又は医薬組成物のいずれかを、哺乳類由来の１つ以上の細胞を含むサンプルと接触させ、それによって、複合体を形成させることと、該複合体を検出することとを含み、該複合体の検出が、該哺乳類におけるがんの存在を示す。
【００８１】
哺乳類におけるがんを検出する本発明の方法に関して、細胞のサンプルは、全細胞、その溶解物、又は全細胞溶解物の画分、例えば、核若しくは細胞質の画分、全タンパク質画分、又は核酸画分を含むサンプルであってよい。
【００８２】
本発明の検出方法の目的のために、接触は、哺乳類に対してインビトロ又はインビボで行ってよい。好ましくは、インビトロで接触させる。
【００８３】
また、複合体の検出は、当技術分野において公知の任意の数の方法を通して行うことができる。例えば、本明細書に記載の本発明のＴＣＲ、ポリペプチド、タンパク質、核酸、組み換え発現ベクター、宿主細胞、又は細胞の集団を、検出可能な標識、例えば、放射性同位体、フルオロフォア（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリトリン（ＰＥ））、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ）、及び元素粒子（例えば、金粒子）等で標識してよい。
【００８４】
宿主細胞又は細胞の集団が投与される本発明の方法の目的のために、細胞は、哺乳類にとって同種又は自己である細胞であってよい。好ましくは、細胞は、哺乳類にとって自己である。
【００８５】
本発明の方法に関して、がんは、急性リンパ球性がん、急性骨髄性白血病、胞巣状横紋筋肉腫、骨がん、脳がん、乳がん、肛門、肛門管、又は肛門直腸のがん、眼のがん、肝内胆管のがん、関節のがん、頸部、胆嚢、又は胸膜のがん、鼻、鼻腔、又は中耳のがん、口腔のがん、膣のがん、外陰部のがん、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、食道がん、子宮頸がん、消化管カルチノイド腫瘍、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、腎臓がん、喉頭がん、肝臓がん、肺がん、悪性中皮腫、黒色腫、多発性骨髄腫、上咽頭がん、非ホジキンリンパ腫、中咽頭のがん、卵巣がん、陰茎のがん、膵臓がん、腹膜、網、及び腸間膜のがん、咽頭がん、前立腺がん、直腸がん、腎がん、皮膚がん、小腸がん、軟組織がん、胃がん、精巣がん、甲状腺がん、子宮のがん、尿管がん、並びに膀胱がんのいずれかを含む任意のがんであってよい。好ましい実施形態では、がんは、変異型ｐ５３を発現するがんである。がんは、配列番号１の１７５位、２２０位、２４５位、２４８位、２４９位、２７３位、及び２８２位のうちのいずれか１つ以上に変異を有するｐ５３を発現し得る。がんは、以下のヒトｐ５３変異のうちのいずれか１つ以上を有するｐ５３を発現し得る：Ｒ１７５Ｈ、Ｙ２２０Ｃ、Ｇ２４５Ｄ、Ｇ２４５Ｓ、Ｒ２４８Ｌ、Ｒ２４８Ｑ、Ｒ２４８Ｗ、Ｒ２４９Ｓ、Ｒ２７３Ｈ、Ｒ２７３Ｃ、Ｒ２７３Ｌ、及びＲ２８２Ｗ。好ましくは、該がんは、上皮がん、又は胆管がん、黒色腫、結腸がん、直腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、神経膠芽腫、子宮頸がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、又は膀胱がんである。
【００８６】
本発明の方法において言及される哺乳類は、任意の哺乳類であってよい。本明細書で使用するとき、用語「哺乳類」とは、げっ歯目の哺乳類、例えばマウス及びハムスター、並びにウサギ目の哺乳類、例えばウサギを含むがこれらに限定されない任意の哺乳類を指す。哺乳類は、ネコ及びイヌを含む食肉目の哺乳類であることが好ましい。哺乳類は、ウシ及びブタを含む偶蹄目、又はウマを含む奇蹄目の哺乳類であることがより好ましい。哺乳類は、霊長目、サル目（Ｃｅｂｏｉｄｓ又はＳｉｍｏｉｄｓ）（サル）、又は真猿亜目（ヒト及び類人猿）の哺乳類であることが最も好ましい。特に好ましい哺乳類は、ヒトである。
【実施例】
【００８７】
以下の実施例は、本発明を更に説明するが、無論、いかなる方法でもその範囲を限定すると解釈されるべきではない。
【００８８】
表１〜３に記載のアミノ酸配列を、以下の実施例に記載する実験で使用した。表１〜２中、「ＬＰ」は「ロングペプチド」を意味する。表３中、「ＴＭＧ」は「タンデムミニ遺伝子」を意味する。
【００８９】
【表１】
2021500010.tif 000003
【００９０】
表１のペプチドのＷＴバージョンを表２に記載する。
【００９１】
【表２】
2021500010.tif 000004
【００９２】
【表３】
2021500010.tif 000005
【００９３】
実施例１
この実施例は、患者４１２７からの４つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【００９４】
患者４１２７について、図１〜７、３６、及び３７Ａ〜３７Ｃに記載の通り実験を実施した。米国特許出願公開第２０１７／０２２４８００号に記載の方法（「Ｔｒａｎ法」）によって、この患者の変異型ｐ５３反応性Ｔ細胞を同定した。個々のＴＣＲを単離する方法を以下に記載する。
【００９５】
自己ＰＢＬに、図１に示すＴＣＲのうちの１つを形質導入し、２週間後に試験した。自己ＤＣ細胞を３×１０４細胞／ウェルでプレーティングし、漸減ペプチド濃度のＷＴｐ５３−Ｇ２４５ペプチド（ｗｔ）又は変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓペプチド（ｍｕｔ）のいずれかを一晩パルスした。１ウェルあたり３×１０４個の形質導入Ｔ細胞を添加し、３７℃で一晩共培養した。ＩＦＮ−γＥＬＩＳＡのために上清を収集した。ＩＦＮ−γＥＬＩＳＡ結果を図１に示す。ＦＡＣＳゲート：リンパ球＼ＰＩ（陰性）ＣＤ３＋＼ＣＤ３＋ｍＴＣＲ＋＼ＣＤ８（陰性）ＣＤ４＋によって４−１ＢＢ発現を測定した。ＦＡＣＳ結果を図２に示す。
【００９６】
自己ＰＢＬに、図３に示すＴＣＲのうちの１つを形質導入し、ＤＭＳＯ（ペプチドビヒクル）又は表Ａに示す１４アミノ酸が重複している１５ｍｅｒのｐ５３−Ｇ２４５Ｓペプチドのうちの１つをＤＣにパルスしたことを除いて図２の実験について記載の通り共培養した。図２に記載の通り４−１ＢＢ発現を実行した。結果を図３に示す。
【００９７】
【表４】
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【００９８】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。２０時間後、細胞に個々のＨＬＡアリルをコトランスフェクトした。２０時間後、細胞に１０μｇ／ｍＬのｐ５３Ｇ２４５Ｓ−１５ｍｅｒペプチドを３７℃で３時間パルスした。洗浄後、Ｔ細胞（１０５個）をウェルに添加し、３７℃で一晩（２０時間）共培養した。ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γの分泌を測定した；ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ：ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ／によって予測。ＦＡＣＳによって４−１ＢＢ発現を測定した。ＦＡＣＳゲート：リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４＋（４１２７−ＴＩＬ）又はＣＤ４＋ｍＴＣＲ＋（ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞）。結果を図４〜５及び表Ｂに示す。
【００９９】
【表５】
2021500010.tif 000007
【０１００】
ＤＲＢ３＊０２は、ＮＣＩ  ＨＬＡデータベースにおいてＤＲＢ型患者３７１９人のうちの１３６７人（３７％）、そして、ＮＣＩ−ＳＢ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｓｕｒｇｅｒｙ  Ｂｒａｎｃｈ）において子宮内膜及び卵巣のがん患者９人のうちの５人（５６％）で発現している。報告されているＤＲＢ３＊０２アリルの頻度は、ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔウェブサイトによれば非常に高い。例えば、このウェブサイトでは、ＤＲＢ３＊０２アリルの頻度が、ＵＳＡ  ＮＭＤＰ  Ｍｉｄｄｌｅ  Ｅａｓｔｅｒｎ  ｏｒ  Ｎｏｒｔｈ  Ｃｏａｓｔ  ｏｆ  Ａｆｒｉｃａ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎの０．３４４７であると報告されている。
【０１０１】
患者４１２７由来のＴＩＬを、（１）無関係、ＷＴｐ５３、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたタンデムミニ遺伝子（ＴＭＧ）をエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｇ２４５配列若しくは変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓ配列から構成された精製（高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした、同種（ＤＲＢ３＊０１：０１：０１又はＤＲＢ３＊０２：０２：０１）抗原提示細胞（ＡＰＣ）と共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図６に示す。
【０１０２】
図６の実験について記載の通り、ｐ５３−Ｇ２４５Ｓに特異的な４１２７−ＴＣＲ１を発現しているＴ細胞を同種ＡＰＣと共培養した。結果を図７に示す。
【０１０３】
漸減濃度の、ＷＴｐ５３−Ｇ２４５又は変異型ｐ５３−Ｇ２４５Ｓの配列に対応する２５アミノ酸ペプチドを自己ＡＰＣにパルスした。患者４１２７由来の４１２７−Ｏ３７−ＴＣＲを形質導入したＴ細胞を、３７℃で一晩、ペプチドをパルスしたＡＰＣと共培養した。リンパ球→単一細胞→生細胞→ＣＤ３＋ｍＴＣＲ＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図３６に示す。
【０１０４】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、患者４１２７由来の個々のＨＬＡアリルを細胞にコトランスフェクトした。次の日、２５アミノ酸ｐ５３−Ｇ２４５Ｓペプチドを、トランスフェクトされたＣｏｓ７細胞にパルスした。過剰のペプチドを洗い流した。患者４１２７由来のＴＣＲのうちの１つをＴ細胞に形質導入した。形質導入されたＴ細胞を、Ｃｏｓ７細胞との共培養物に添加した（２×１０４細胞／ウェル）。共培養物を３７℃で一晩インキュベートした。ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。リンパ球→単一細胞→生細胞→ＣＤ３＋ｍＴＣＲ＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図３７Ａ〜３７Ｃに示す。
【０１０５】
患者４１２７から単離されたＴＣＲ４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）である。ベータ鎖可変領域（配列番号３４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号３３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１０６】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｇ２４５Ｓ
方法：Ｔｒａｎ法
ＴＣＲを同定するための共培養：４１２７−Ｆ１０  ＴＩＬ断片とＧ２４５Ｓロングペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート（単一細胞ＲＴ−ＰＣＲのみ）
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ（以下）、Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｐａｉｒｓｅｑ（４１２７−Ｆ１０断片）、ＴＩＬクローンＯ７１からの５’ＲＡＣＥ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３１．３％（１６対のうち５回観察）
ＴＣＲの配向：ベータ−アルファ
発現ベクター：ガンマ−レトロウイルス
【０１０７】
【化１】
2021500010.tif 000008
【０１０８】
患者４１２７のＴＣＲ４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表４に記載する。
【０１０９】
【表６】
2021500010.tif 000009
【０１１０】
患者４１２７から単離されたＴＣＲ４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）である。ベータ鎖可変領域（配列番号４４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号４３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１１１】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ４
ｐ５３変異の認識：Ｇ２４５Ｓ
方法：Ｔｒａｎ法
ＴＣＲを同定するための共培養：４１２７−Ｆ１０  ＴＩＬ断片とＧ２４５Ｓロングペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート（単一細胞ＲＴ−ＰＣＲのみ）
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ（以下）及びＡｄａｐｔｉｖｅ  Ｐａｉｒｓｅｑ（４１２７−Ｆ１０断片）
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１２．５％（１６対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：ベータ−アルファ
発現ベクター：ガンマ−レトロウイルス
【０１１２】
【化２】
2021500010.tif 000010
【０１１３】
患者４１２７のＴＣＲ４１２７−ＴＰ５３−Ｇ２４５Ｓ−ＴＣＲ４についての統計値を以下の表５に記載する。
【０１１４】
【表７】
2021500010.tif 000011
【０１１５】
患者４１２７から単離されたＴＣＲ４１２７＿Ｏ１０２＿ＴＣＲの配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号５０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号５１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号５２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）である。ベータ鎖可変領域（配列番号５４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号５３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号５６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号５５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１１６】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４１２７＿Ｏ１０２＿ＴＣＲ
ｐ５３変異の認識：Ｇ２４５Ｓ
方法：Ｔｒａｎ法
ＴＣＲを同定するための共培養：実施せず。５’ＲＡＣＥを使用してＴ細胞クローン（０１０２）のＲＮＡからＴＣＲを直接同定した。ＯＸ４０＋Ｔ細胞についてソートし、限界希釈によってＴ細胞クローンを樹立することによって、クローンを開発した。Ｔｒａｎ法を使用してＴ細胞クローンをスクリーニングした。
ＴＣＲを同定するための方法：ＴＩＬクローンＯ１０２からの５’ＲＡＣＥ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１００％のＴ細胞クローン（該当なし）
ＴＣＲの配向：ベータ−アルファ
発現ベクター：ガンマ−レトロウイルス
【０１１７】
【化３】
2021500010.tif 000012
【０１１８】
患者４１２７から単離されたＴＣＲ４１２７−Ｏ３７−ＴＣＲの配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４６０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４６１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４６２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４５７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４５８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４５９）である。
【０１１９】
太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）である。ベータ鎖可変領域（配列番号４６４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号４６３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４６６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４６５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１２０】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４１２７−Ｏ３７−ＴＣＲ
ｐ５３変異の認識：Ｇ２４５Ｓ
方法：Ｔｒａｎ法
ＴＣＲを同定するための共培養：実施せず。Ａｄａｐｔｉｖｅ  ＴＣＲＡＤ及びＴＣＲＢサーベイ（次世代シーケンシング（ＮＧＳ）プラットフォーム）を使用してＴ細胞クローン（０３７）のゲノムＤＮＡからＴＣＲを直接同定した。ＯＸ４０＋Ｔ細胞についてソートし、限界希釈によってＴ細胞クローンを樹立することによって、Ｏ３７クローンを開発した。Ｔｒａｎ法を使用してＴ細胞クローンをスクリーニングした。
ＴＣＲを同定するための方法：ＴＩＬクローンＯ３７のＡｄａｐｔｉｖｅ  ＴＣＲシーケンシング（ＮＧＳ）
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１００％のＴ細胞クローン（ｎ／ａ）
ＴＣＲの配向：ベータ−アルファ
発現ベクター：ガンマ−レトロウイルス
【０１２１】
【化４】
2021500010.tif 000013
【０１２２】
実施例２
この実施例は、患者４１９６からの３つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【０１２３】
患者４１９６について、図８〜１１に記載の通り実験を実施した。米国特許出願公開第２０１７／０２２４８００号に記載のＴｒａｎ方法によって、この患者のｐ５３反応性Ｔ細胞を同定した。個々のＴＣＲを単離するためにＦｌｕｉｄｉｇｍ法を使用した。患者４１９６についての統計値を表Ｄに示す。
【０１２４】
ｐ５３反応性細胞の特性評価：最小エピトープを同定する試み：変異型アミノ酸ｐ５３  Ｒ１７５Ｈを有する最初に予測されたペプチドを表Ｃに示す。
【０１２５】
【表８】
2021500010.tif 000014
【０１２６】
ＴＭＧ１対４１９６−Ｒｘ１  ＴＩＬ：ＴＭＧ１及びＨＬＡアリルについてのプラスミドをＣｏｓ７細胞に形質導入した。細胞を４１９６  Ｒｘ１  ＴＩＬ輸液バッグと２０時間（ｈ）共培養した。結果を図８Ａに示す。
【０１２７】
Ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ最小ペプチド対４１９６−Ｒｘ１  ＴＩＬ：４日目に、候補最小エピトープ（ＨＭＴＥＶＶＲＨＣ（配列番号５３０）又は（ＳＱＨＭＴＥＶＶＲＨ（配列番号５３１））のいずれかを自己ＤＣに２時間パルスした。細胞を洗浄し、４１９６  Ｒｘ１  ＴＩＬ輸液バッグと２０時間共培養した。結果を図８Ｂに示す。
【０１２８】
Ａ＊０２：０１拘束性ＴＰ５３テトラマーを使用して、ＴＩＬ輸液バッグからＴＰ５３反応性細胞を単離することができる：ＴＰ５３ペプチドと共培養した後に４−１ＢＢ＋ソートを使用するＴＰ５３反応性細胞の単離は、技術的に制限されていた。ＴＰ５３反応性細胞を単離するために、Ａ＊０２：０１−ＴＰ５３テトラマーを生成した。無関係のテトラマー（Ａ＊０２：０１−ｇｐ１００）を対照として生成した。生細胞、ＣＤ３＋細胞、ＣＤ８＋細胞にゲートをかけて、ＦＡＣＳ分析を実行した。Ａ＊０２：０１−ＴＰ５３テトラマーについては、１４．９％のｐ５３テトラマー＋細胞が検出された。Ａ＊０２：０１−ｇｐ１００テトラマーについては、０．７％のｐ５３テトラマー＋細胞が検出された。
【０１２９】
ＴＰ５３反応性細胞の単離及び特性評価：ＴＰ５３反応性細胞を単離及び特性評価するためのストラテジは、以下の通りであった：（１）上記の通りＦＡＣＳを使用してテトラマー陽性細胞をソートする。（２）単一細胞ＰＣＲを実行する。（３）Ｖβシープシーケンシング（Ｖβ  ｓｅｅｐ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を実行する。
【０１３０】
表Ｄに示す通り、単一細胞ＰＣＲを使用してＴＰ５３  ＴＣＲについて幾つかの候補クローンを同定した。ＴＣＲ−１ａ及びＴＣＲ−１ｂは別の候補クローンであった。
【０１３１】
【表９】
2021500010.tif 000015
【０１３２】
候補ＴＣＲをコードしているプラスミドにＭＳＧＶ１ベクターをクローニングした。レトロウイルス形質導入を使用して、ＴＣＲをドナーリンパ球に導入した。
【０１３３】
４日目に、Ａ＊０２：０１  ＤＣをＨＰＬＣ等級の最小エピトープに２時間パルスした。ＤＣをＴＣＲ形質導入細胞と２０時間共培養した。結果を図９Ａ〜９Ｄに示す。３つの異なるＡ＊０２：０１拘束性ＴＰ５３受容体が同定された。
【０１３４】
Ｔ２細胞を解凍し、２４時間静置し、次いで、漸減濃度のＨＰＬＣ最小エピトープを２時間パルスした。次いで、細胞を洗浄し、ＴＰ５３  ＴＣＲ形質導入細胞と１７時間共培養した。結果を図１０Ａ〜１０Ｂに示す。
【０１３５】
以下の親腫瘍細胞株にＨＬＡ−Ａ＊０２：０１を形質導入した：結腸株−Ｒ１７５Ｈを有するが、ＨＬＡ−Ａ２状態は未知であるＬＳ１２３（ＡＴＣＣ  ＣＣＬ−２５５）。白血病株：Ｒ１７５Ｈを有するが、ＨＬＡ−Ａ２状態は未知であるＣＣＲＦ−ＣＥＭ（ＡＴＣＣ  ＣＲＭ−ＣＣＬ−１１９、白血病）。乳株：Ｒ１７５Ｈを有するが、ＨＬＡ−Ａ２状態は未知であるＡＵ−５６５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−２３５１、乳腺がん）。黒色腫細胞株：ＭＥＬ６２４；ＨＬＡ−Ａ２の内因性発現及びｗｔ  Ｒ１７５。
【０１３６】
標的形質導入腫瘍細胞を収集し、共培養の朝にプレーティングした（１×１０５細胞／ウェル）。Ｒ１７５Ｈ最小エピトープを標的細胞（ＨＰＬＣ、５μｇ／ｍＬ）に２時間パルスした。細胞を２回洗浄し、２×１０４個のＴＰ５３  ＴＣＲ形質導入細胞と２０時間共培養した（患者４１９６）。応答を読み取るためにＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＰＯＴを使用した。結果を図１１に示す。標的細胞のＨＬＡ−Ａ２及びＴＰ５３の発現、並びにこの実施例のＴＣＲの反応性に関する更なる実験データを実施例１５に提供する。
【０１３７】
患者４１９６から単離されたＴＣＲ４１９６＿ＡＶ１２−１＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ６−１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号７０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号７１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号７２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号６７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号６８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号６９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２４）である。ベータ鎖可変領域（配列番号７４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号７３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号７６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号７５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１３８】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。
ＴＣＲの名称：４１９６＿ＡＶ１２−１＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ６−１
ｐ５３変異の認識：Ｒ１７５Ｈ
方法：Ｔｒａｎ法
【０１３９】
【化５】
2021500010.tif 000016
【０１４０】
患者４１９６から単離されたＴＣＲ４１９６＿ＡＶ３８−１＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ１０−３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号８０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号８１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号８２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号７７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号７８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号７９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２４）である。ベータ鎖可変領域（配列番号８４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号８３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号８６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号８５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１４１】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。
ＴＣＲの名称：４１９６＿ＡＶ３８−１＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ１０−３
ｐ５３変異の認識：Ｒ１７５Ｈ
方法：Ｔｒａｎ法
【０１４２】
【化６】
2021500010.tif 000017
【０１４３】
患者４１９６から単離されたＴＣＲ４１９６＿ＡＶ６＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ１１−２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号９０）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号９１）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号９２）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号８７）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号８８）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号８９）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）であり、２番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２４）である。ベータ鎖可変領域（配列番号９４）は、アミノ末端から始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。アルファ鎖可変領域（配列番号９３）は、リンカーの直後に始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号９６）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号９５）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１４４】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。
ＴＣＲの名称：４１９６＿ＡＶ６＿ｗｉｔｈ＿ＢＶ１１−２
ｐ５３変異の認識：Ｒ１７５Ｈ
方法：Ｔｒａｎ法
【０１４５】
【化７】
2021500010.tif 000018
【０１４６】
実施例３
この実施例は、患者４２３８からの１１の抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離を示す。
【０１４７】
患者４２３８について、図１２〜１５に記載の通り実験を実施した。
【０１４８】
患者４２３８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、無関係又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図１２に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図１４に示す。
【０１４９】
患者４２３８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図１３に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図１５に示す。
【０１５０】
ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞のソート後のＴＣＲの源は、ＴＩＬ断片Ｆ１０、Ｆ１１、及びＦ１７であった。
【０１５１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２０７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２０８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２０９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２１０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２１１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２１２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２１３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２１４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２１５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２１６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１５２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１０とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：２５．０％（１２対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１５３】
【化８】
2021500010.tif 000019
【０１５４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表６に記載する。
【０１５５】
【表１０】
2021500010.tif 000020
【０１５６】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２１７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２１８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２１９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２２０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２２１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２２２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２２３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２２４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２２５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２２６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１５７】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１０とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：２５．０％（１２対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１５８】
【化９】
2021500010.tif 000021
【０１５９】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表７に記載する。
【０１６０】
【表１１】
2021500010.tif 000022
【０１６１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２２７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２２８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２２９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２３０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２３１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２３２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２３３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２３４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２３５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２３６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１６２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１０とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：５８．３％（１２対のうち７回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１６３】
【化１０】
2021500010.tif 000023
【０１６４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表８に記載する。
【０１６５】
【表１２】
2021500010.tif 000024
【０１６６】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２３７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２３８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２３９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２４０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２４１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２４２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２４３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２４４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２４５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２４６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１６７】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ４
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１０とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：５８．３％（１２対のうち７回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１６８】
【化１１】
2021500010.tif 000025
【０１６９】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１０−ＴＣＲ４についての統計値を以下の表９に記載する。
【０１７０】
【表１３】
2021500010.tif 000026
【０１７１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２４７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２４８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２４９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２５０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２５１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２５２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２５３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２５４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２５５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２５６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１７２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１１とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：２５．０％（１２対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１７３】
【化１２】
2021500010.tif 000027
【０１７４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表１０に記載する。
【０１７５】
【表１４】
2021500010.tif 000028
【０１７６】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２５７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２５８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２５９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２６０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２６１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２６２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６２）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２６３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２６４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２６５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２６６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１７７】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１１とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：２５．０％（１２対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１７８】
【化１３】
2021500010.tif 000029
【０１７９】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表１１に記載する。
【０１８０】
【表１５】
2021500010.tif 000030
【０１８１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２６７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２６８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２６９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２７０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２７１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２７２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２７３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２７４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２７５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２７６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１８２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１１とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１６．７％（１２対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１８３】
【化１４】
2021500010.tif 000031
【０１８４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表１２に記載する。
【０１８５】
【表１６】
2021500010.tif 000032
【０１８６】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２７７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２７８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２７９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２８０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２８１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２８２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２８３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２８４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２８５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２８６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１８７】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ４
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１１とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１６．７％（１２対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１８８】
【化１５】
2021500010.tif 000033
【０１８９】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１１−ＴＣＲ４についての統計値を以下の表１３に記載する。
【０１９０】
【表１７】
2021500010.tif 000034
【０１９１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２８７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２８８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２８９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２９０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２９１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２９２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２９３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２９４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２９５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２９６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１９２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１７とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３３．３％（６対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１９３】
【化１６】
2021500010.tif 000035
【０１９４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表１４に記載する。
【０１９５】
【表１８】
2021500010.tif 000036
【０１９６】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号２９７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号２９８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号２９９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３００）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３０１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３０２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３０３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３０４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３０５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３０６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０１９７】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１７とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３３．３％（６対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０１９８】
【化１７】
2021500010.tif 000037
【０１９９】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表１５に記載する。
【０２００】
【表１９】
2021500010.tif 000038
【０２０１】
患者４２３８から単離されたＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３０７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３０８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３０９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３１０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３１１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３１２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３１３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３１４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３１５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３１６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２０２】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２３８−Ｆ１７とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３３．３％（６対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２０３】
【化１８】
2021500010.tif 000039
【０２０４】
患者４２３８のＴＣＲ４２３８−Ｆ１７−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表１６に記載する。
【０２０５】
【表２０】
2021500010.tif 000040
【０２０６】
実施例４
この実施例は、患者４２５３からの２つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離を示す。
【０２０７】
患者４２５３について、図１６に記載の通り実験を実施した。
【０２０８】
患者４２５３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４；ｎ＝２４）を、（１）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）をパルスした、（２）変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした、（３）無関係のＴＭＧをエレクトロポレーションした、又は（４）変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列を含有するｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図１６に示す。ＴＣＲをソートするためにＦ１５を選択したが、その理由は、ｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧ及びｐ５３−Ｒ２４８Ｗロングペプチドの両方に対して反応性であったからである。
【０２０９】
患者４２５３から単離されたＴＣＲ４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１８７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１８８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１８９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１９０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１９１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１９２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１９３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１９４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１９５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１９６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２１０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
方法：簡易型ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング（変異型ＴＭＧ及びＲ２４８Ｗロングペプチドのみを評価）
ＴＣＲを同定するための共培養：４２５３−Ｆ１５とｐ５３−Ｒ２４８Ｗロングペプチドとを共培養、ＣＤ３＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：５．６％（３６対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２１１】
【化１９】
2021500010.tif 000041
【０２１２】
患者４２５３のＴＣＲ４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表１７に記載する。
【０２１３】
【表２１】
2021500010.tif 000042
【０２１４】
患者４２５３から単離されたＴＣＲ４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１９７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１９８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１９９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号２００）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号２０１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号２０２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号２０３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号２０４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号２０５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号２０６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２１５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
方法：簡易型ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング（変異型ＴＭＧ及びＲ２４８Ｗロングペプチドのみを評価）
ＴＣＲを同定するための共培養：４２５３−Ｆ１５とｐ５３−Ｒ２４８Ｗロングペプチドとを共培養、ＣＤ３＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：９１．７％（３６対のうち３３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２１６】
【化２０】
2021500010.tif 000043
【０２１７】
患者４２５３のＴＣＲ４２５３−ＴＩＬ−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表１８に記載する。
【０２１８】
【表２２】
2021500010.tif 000044
【０２１９】
実施例５
この実施例は、自己Ｔ細胞内で変異型ｐ５３を発現するように誘導された自己ＡＰＣを共培養することによる患者４２７３における抗変異型ｐ５３Ｔ細胞の同定を示す（「ｐ５３ホットスポット変異ユニバーサルスクリーニング」）。また、この実施例は、患者４２７３からの２つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離を示す。
【０２２０】
患者４２７３について、図１７〜２０及び５６〜６０に記載の通り実験を実施した。
【０２２１】
患者４２７３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、無関係、ＷＴｐ５３、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図１７に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図１８に示す。
【０２２２】
患者４２７３由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図１９に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図２０に示す。
【０２２３】
患者４２７３については、Ｆ１５が最も反応性の高い断片であり、ＬＰ及びＴＭＧに対するＦ１５による応答は同等であり、主にＣＤ４  Ｔ細胞によるものであった。従って、４２７３−Ｆ１５を、Ｒ２４８Ｗ  ＬＰをパルスしたＡＰＣと共培養し、次の日、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞を、９６ウェルＰＣＲプレートのウェルに１細胞／ウェルで単一細胞としてソートした。ＰＣＲプレートは、各ウェルにＲＴ−ＰＣＲ溶液を有し、これは、同じ溶液中でＴＣＲのアルファ及びベータＣＤＲ３領域を増幅するものである。次いで、プレートのウェルを２枚の９６ウェルＰＣＲプレートに分け、２回目のＰＣＲラウンドを実施して、別個の反応としてＣＤＲ３アルファ又はＣＤＲ３ベータのいずれかを増幅させる。各ウェルからのＰＣＲ産物（各ウェルにマッピングされた合計１９２のＰＣＲ産物−アルファ又はベータ）をＳａｎｇｅｒシーケンシングによってシーケンスする。ヌクレオチド配列をＩＭＧＴ／Ｖ−ＱＵＥＳＴ（ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴ＿ｖｑｕｅｓｔ／ｖｑｕｅｓｔ？ｌｉｖｒｅｔ＝０＆Ｏｐｔｉｏｎ＝ｈｕｍａｎＴｃＲ）、ＩｇＢｌａｓｔ（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／ｉｇｂｌａｓｔ．ｃｇｉ？ＣＭＤ＝Ｗｅｂ＆ＳＥＡＲＣＨ＿ＴＹＰＥ＝ＴＣＲ＆ＬＩＮＫ＿ＬＯＣ＝ｉｇｔａｂ）に入力し、Ｅｘｐａｓｙ（ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｔｒａｎｓｌａｔｅ／）によって翻訳する。可変ファミリーを決定し、ＣＤＲ３及び翻訳された配列からの接合点（Ｊ又はＤＪ）に融合させる。可変配列をマウス定常配列に融合させ、再構成されたＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータをフリン−柔軟性−Ｐ２Ａ（ＲＡＫＲ−ＳＧＳＧ−ＡＴＮＦＳＬＬＫＱＡＧＤＶＥＥＮＰＧＰ）（配列番号２６）によって連結させる。次いで、配列からＤＮＡをデノボ合成し、発現ベクター（ガンマ−レトロウイルス又はＳＬＥＥＰＩＮＧ  ＢＥＡＵＴＹ（ＳＢ）トランスポゾン（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ））にクローニングする。次いで、標準的なウイルス形質導入又は非ウイルス転移のプロトコルを使用してＴ細胞にＴＣＲを発現させ、マウス化ＴＣＲを発現しているＴ細胞（マウスＴＣＲベータ定常鎖によって検出）を推定ペプチドに対して試験する。
【０２２４】
無関係の変異、ＷＴｐ５３配列、又はｐ５３−Ｒ２４８Ｗを含む変異型ｐ５３配列をコードしているＴＭＧを自己ＡＰＣにトランスフェクトした。培地のみ並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。患者４２７３由来のＴＩＬ（断片培養物８及び１５）を、ＴＭＧをトランスフェクトしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５６に示す。
【０２２５】
ＷＴ又は変異型のｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオエピトープに対応する２５アミノ酸ペプチドを自己ＡＰＣに３７℃で２時間パルスした。ｐ５３−Ｒ２４８Ｗに対して特異性を有する患者４２７３由来のＴＩＬ（断片培養物１５）を、ペプチドをパルストしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。ＤＭＳＯがペプチドビヒクルであった。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５７に示す。
【０２２６】
１４アミノ酸が重複しているｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオエピトープ由来の１５アミノ酸ペプチドを自己ＡＰＣにパルスした。ｐ５３−Ｒ２４８Ｗに対して特異性を有する患者４２７３由来のＴＩＬ（断片培養物１５）を、ペプチドをパルスしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。ＤＭＳＯがペプチドビヒクルであり、培地のみ（Ｔ細胞のみ）並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが対照であった。２５アミノ酸ペプチド（ｗｔ  ｐ５３−Ｒ２４８及び変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ）が、１５アミノ酸ペプチドに対する更なる対照であった。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４＋ＣＤ８−にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５８に示す。
【０２２７】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、それぞれｐ５３−Ｒ２４８Ｗネオ抗原の有り無しで、患者４２７３由来の個々のＨＬＡアリルと野生型又は変異型のいずれかのＴＰ５３  ＴＭＧとを細胞にコトランスフェクトした。次の日、患者４２７３由来のｐ５３−Ｒ２４８Ｗに対して特異性を有するＴＩＬ（断片培養物１５）を、トランスフェクトされたＣｏｓ７細胞と３７℃で一晩共培養した。ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図５９に示す。
【０２２８】
モック（ＴＣＲ無し）又は４２７３−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又は野生型ｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。培地のみ、並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図６０に示す。
【０２２９】
患者４２７３から単離されたＴＣＲ４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４３７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４３８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４３９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４４０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４４１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４４２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４４３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４４４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４４５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４４６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
ＴＣＲの名称：４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
【０２３０】
【化２１】
2021500010.tif 000045
【０２３１】
患者４２７３から単離されたＴＣＲ４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４４７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４４８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４４９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４５０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４５１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４５２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４５３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４５４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４５５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４５６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
ＴＣＲの名称：４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
【０２３２】
【化２２】
2021500010.tif 000046
【０２３３】
患者４２７３のＴＣＲについての統計値を以下の表１９に記載する。表１９中、変異型ｐ５３タンパク質（ＴＭＧ又はペプチド）と共培養した後、全９６ウェルを４１ＢＢ＋Ｔ細胞でソートした。８０．２％の対合頻度で、７７ウェルが増殖性対（ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ  ｐａｉｒｓ）を有していた（すなわち、（１）配列を有し、（２）該配列中に終止コドンを有していなかった）。これら対のうち４３が、４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ１を作製するためのＣＤＲ３Ａ／ＣＤＲ３Ｂの組み合わせであった（増殖性対の５５．８％）。これら対のうち３０が、４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ２を作製するためのＣＤＲ３Ａ／ＣＤＲ３Ｂの組み合わせであった（増殖性対の３９％）。まとめると、４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ１のＣＤＲ３Ａ及びＣＤＲ３Ｂは、９６ウェルのうち、それぞれ５０回及び８３回みられた。まとめると、４２７３−ＴＰ５３−Ｒ２４８Ｗ−ＴＣＲ１ａ２のＣＤＲ３Ａ及びＣＤＲ３Ｂは、９６ウェルのうち、それぞれ３３回及び８３回みられた。
【０２３４】
【表２３】
2021500010.tif 000047
【０２３５】
実施例６
この実施例は、患者４１４９における抗変異型ｐ５３Ｔ細胞の同定を示す。また、この実施例は、患者４１４９からの１つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【０２３６】
患者４１４９について、図２１〜２４に記載の通り実験を実施した。Ｔｒａｎ法を使用してＴＣＲを見出した。次いで、ＴＣＲを使用して、「ｐ５３ホットスポット変異ユニバーサルスクリーニング」法を検証した。
【０２３７】
ＴＣＲ（４１４９−ＴＣＲａ２ｂ１又は４１４９−ＴＣＲａ２ｂ２）を患者４１４９由来の自己ＰＢＬに転移させ、（１）無関係、ＷＴｐ５３、若しくは変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｙ２２０配列若しくは変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。ＰＭＡ及びイオノマイシンの組み合わせがポジティブコントロールであった。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図２１に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４＋ｍＴＣＲ＋（ＴＣＲ転移Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図２２に示す。
【０２３８】
ＴＣＲＡＤディープシーケンシング及びＴＣＲＢディープシーケンシングによってＣＤ４＋４−１ＢＢ＋細胞の百分率も求めた。結果を表Ｅに示す。
【０２３９】
【表２４】
2021500010.tif 000048
【０２４０】
４１４９−Ｆ１１によって認識される推定ｐ５３Ｙ２２０Ｃ最小エピトープのマッピング：自己ＤＣにペプチドをパルスし（１０μｇ／ｍＬ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）及びＩＬ−４中で一晩静置した。５００ＣＵ／ｍＬ  ＩＬ−２中で２〜３日間ＴＩＬを静置した。２×１０４個のＴＩＬ及び１０５個の標的細胞を３７℃で一晩共培養した。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γを測定した。結果を表Ｆに示す。リンパ球＼ＰＩ（陰性）ＣＤ３＋＼ＣＤ３＋ＣＤ４＋にゲートをかけたＦＡＣＳによって４−１ＢＢ発現を測定した。結果を図２３に示す。
【０２４１】
【表２５】
2021500010.tif 000049
【０２４２】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。２０時間後、ＴＭＧの有り無しで、細胞に個々のＨＬＡアリルをコトランスフェクトした。２０時間後、並行して自己ＤＣ細胞にＴＭＧをトランスフェクトした。全てのＨＬＡクラスＩＩアリルを、ＴＭＧの有り無しで１セットのウェルにコトランスフェクトした。ＴＭＧをトランスフェクトしていない細胞に、１０μｇ／ｍＬのｐ５３−Ｙ２２０Ｃ  １５−ｍｅｒペプチドを３７℃で２〜３時間パルスした。洗浄後、２回目のＲＥＰの１４日目の４１４９−ＴＣＲａ２ｂ２が転移したＴ細胞（１０５個）をウェルに添加し、３７℃で一晩共培養した。ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γ分泌を測定した。結果を図２４に示す。ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ：ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ／による予測（表Ｇ）。
【０２４３】
【表２６】
2021500010.tif 000050
【０２４４】
ＮＣＩ  ＨＬＡデータベースではＤＲＢ型患者３７１９人のうちの１３６７人（３７％）、そして、ＮＣＩ−ＳＢでは子宮内膜及び卵巣のがん患者９人のうちの５人（５６％）でＤＲＢ３＊０２発現が検出された。報告されているＤＲＢ３＊０２アリルの頻度は、実施例１に記載の通り非常に高い。
【０２４５】
患者４１４９から単離されたＴＣＲ４１４９ＴＣＲａ２ｂ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号５７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号５８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号５９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号６０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号６１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号６２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号６３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号６４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号６５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号６６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２４６】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。米国特許出願公開第２０１７／０２２４８００号に記載のＴｒａｎスクリーニング法によって、この患者のｐ５３反応性細胞を同定した。
ＴＣＲの名称：４１４９ＴＣＲａ２ｂ２
ｐ５３変異の認識：Ｙ２２０Ｃ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニングを検証するために使用
ＴＣＲを同定するための共培養：４１４９−Ｆ１１ＴＩＬ断片とｐ５３−Ｙ２２０Ｃロングペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：対合頻度。ＣＤ４＋４１ＢＢ＋でソートしたＴ細胞をＲＥＰ（迅速拡大プロトコル）で拡大し、得られたＴ細胞培養物を、Ａｄａｐｔｉｖｅ  ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによるＴＣＲＡＤ（アルファ）及びＴＣＲＢ（ベータ）ディープシーケンシングに供した。合計４つのＴＣＲのマトリクスにおいて上２つのＴＣＲアルファが上２つのＴＣＲベータと対合した。２番目のＴＣＲアルファ及び２番目のＴＣＲベータは、反応性ＴＣＲであり、従って、ＴＣＲａ２ｂ２と命名された。
全てのＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：以下の通り
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２４７】
【化２３】
2021500010.tif 000051
【０２４８】
患者４１４９のＴＣＲ４１４９ＴＣＲａ２ｂ２についての統計値を以下の表２０に記載する。
【０２４９】
【表２７】
2021500010.tif 000052
【０２５０】
実施例７
この実施例は、自己Ｔ細胞内で変異型ｐ５３を発現するように誘導された自己ＡＰＣを共培養することによって、患者４２１３における抗変異型ｐ５３Ｔ細胞の同定を示す（「ｐ５３ホットスポット変異ユニバーサルスクリーニング」）。また、この実施例は、患者４２１３からの１２の抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離を示す。
【０２５１】
患者４２１３について、図２５〜２６に記載の通り実験を実施した。
【０２５２】
患者４２１３由来のＴＩＬ断片（Ｆ２及びＦ２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図２５に示す。ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋Ｔ細胞を９６ウェルプレートのウェルにソートした。単一細胞ＲＴ−ＰＣＲを使用してＴＣＲを同定した。
【０２５３】
ＣＤ４＋Ｔ細胞は、患者４２１３の末梢血リンパ球に由来していた。ＣＤ４＋Ｔ細胞培養物を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図２６に示す。ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞を９６ウェルプレートのウェルにソートした。単一細胞ＲＴ−ＰＣＲを使用してＴＣＲを同定した。
【０２５４】
患者４２１３から単離された４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３１７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３１８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３１９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３２０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３２１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３２２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３２３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３２４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３２５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３２６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２５５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２１３−Ｆ２とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：８．３％（２４対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２５６】
【化２４】
2021500010.tif 000053
【０２５７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表２１に記載する。
【０２５８】
【表２８】
2021500010.tif 000054
【０２５９】
患者４２１３から単離された４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３２７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３２８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３２９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３３０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３３１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３３２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３３３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３３４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３３５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３３６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２６０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２１３−Ｆ２とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１２．５％（２４対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２６１】
【化２５】
2021500010.tif 000055
【０２６２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表２２に記載する。
【０２６３】
【表２９】
2021500010.tif 000056
【０２６４】
患者４２１３から単離された４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３３７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３３８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３３９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３４０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３４１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３４２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３４３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３４４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３４５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３４６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２６５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２１３−Ｆ２とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：７０．８％（２４対のうち１７回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２６６】
【化２６】
2021500010.tif 000057
【０２６７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−Ｆ２−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表２３に記載する。
【０２６８】
【表３０】
2021500010.tif 000058
【０２６９】
患者４２１３から単離された４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３４７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３４８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３４９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３５０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３５１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３５２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３５３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３５４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３５５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３５６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２７０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２１３−Ｆ２４とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１５．９％（４４対のうち７回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２７１】
【化２７】
2021500010.tif 000059
【０２７２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ１についての統計値を以下の表２４に記載する。
【０２７３】
【表３１】
2021500010.tif 000060
【０２７４】
患者４２１３から単離された４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３５７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３５８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３５９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３６０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３６１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３６２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３６３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３６４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３６５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３６６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２７５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２１３−Ｆ２４とＲ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：８４．１％（４４対のうち３７回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２７６】
【化２８】
2021500010.tif 000061
【０２７７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−Ｆ２４−ＴＣＲａ２についての統計値を以下の表２５に記載する。
【０２７８】
【表３２】
2021500010.tif 000062
【０２７９】
患者４２１３から単離された４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３６７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３６８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３６９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３７０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３７１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３７２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３７３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３７４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３７５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３７６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２８０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：９．５％（６３対のうち６回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）
【０２８１】
【化２９】
2021500010.tif 000063
【０２８２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表２６に記載する。
【０２８３】
【表３３】
2021500010.tif 000064
【０２８４】
患者４２１３から単離された４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３７７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３７８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３７９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３８０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３８１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３８２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３８３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３８４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３８５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３８６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２８５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：７．９％（６３対のうち５回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２８６】
【化３０】
2021500010.tif 000065
【０２８７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表２７に記載する。
【０２８８】
【表３４】
2021500010.tif 000066
【０２８９】
患者４２１３から単離された４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３８７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３８８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３８９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号３９０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号３９１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号３９２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号３９３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号３９４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号３９５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号３９６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２９０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：６．３％（６３対のうち４回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２９１】
【化３１】
2021500010.tif 000067
【０２９２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表２８に記載する。
【０２９３】
【表３５】
2021500010.tif 000068
【０２９４】
患者４２１３から単離した４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号３９７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号３９８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号３９９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４００）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４０１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４０２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４０３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４０４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４０５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４０６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０２９５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３．２％（６３対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０２９６】
【化３２】
2021500010.tif 000069
【０２９７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ１についての統計値を以下の表２９に記載する。
【０２９８】
【表３６】
2021500010.tif 000070
【０２９９】
患者４２１３から単離した４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４０７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４０８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４０９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４１０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４１１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４１２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４１３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４１４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４１５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４１６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３００】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３．２％（６３対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３０１】
【化３３】
2021500010.tif 000071
【０３０２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ２についての統計値を以下の表３０に記載する。
【０３０３】
【表３７】
2021500010.tif 000072
【０３０４】
患者４２１３から単離した４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４１７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４１８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４１９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４２０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４２１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４２２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４２３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４２４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４２５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４２６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３０５】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：４．８％（６３対のうち３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３０６】
【化３４】
2021500010.tif 000073
【０３０７】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ３についての統計値を以下の表３１に記載する。
【０３０８】
【表３８】
2021500010.tif 000074
【０３０９】
患者４２１３から単離した４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４２７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４２８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４２９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４３０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４３１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４３２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４３３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４３４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４３５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４３６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３１０】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ４
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：Ｒ２４８Ｑロングペプチドによるインビトロ感作後のＣＤ４＋メモリＴ細胞を、Ｒ２４８Ｑロングペプチドと共培養し、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした。
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３．２％（６３対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３１１】
【化３５】
2021500010.tif 000075
【０３１２】
患者４２１３のＴＣＲ４２１３−ＰＢＬ−ＴＣＲ４ａ４についての統計値を以下の表３２に記載する。
【０３１３】
【表３９】
2021500010.tif 000076
【０３１４】
実施例８
この実施例は、自己Ｔ細胞内で変異型ｐ５３を発現するように誘導された自己ＡＰＣを共培養することによる、患者４２６８における抗変異型ｐ５３Ｔ細胞の同定を示す（「ｐ５３ホットスポット変異ユニバーサルスクリーニング」）。また、この実施例は、患者４２６８からの５つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離も示す。
【０３１５】
患者４２６８について、図２７〜３０に記載の通り実験を実施した。
【０３１６】
患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、無関係、ＷＴｐ５３、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図２７に示す。
【０３１７】
患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図２８に示す。
【０３１８】
患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はｗｔ  ｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図２９に示す。ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした後のＴＣＲの源は、ＴＩＬ断片Ｆ１８及びＦ１９であった。
【０３１９】
患者４２６８由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｑ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図３０に示す。ＣＤ８＋４−１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした後のＴＣＲの源は、ＴＩＬ断片Ｆ７、Ｆ８、及びＦ１５であった。
【０３２０】
患者４２６８から単離された４２６８−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１３７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１３８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１３９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１４０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１４１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１４２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１４３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１４４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１４５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１４６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３２１】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６８−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６８−Ｆ７及び４２６８−Ｆ８とｐ５３−Ｒ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：７８．７％（６１対のうち４８回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３２２】
【化３６】
2021500010.tif 000077
【０３２３】
患者４２６８のＴＣＲ４２６８−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表３３に記載する。
【０３２４】
【表４０】
2021500010.tif 000078
【０３２５】
患者４２６８から単離された４２６８−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１４７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１４８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１４９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１５０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１５１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１５２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１５３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１５４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１５５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１５６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３２６】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６８−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６８−Ｆ７及び４２６８−Ｆ８とｐ５３−Ｒ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：６．６％（６１対のうち４回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３２７】
【化３７】
2021500010.tif 000079
【０３２８】
患者４２６８のＴＣＲ４２６８−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表３４に記載する。
【０３２９】
【表４１】
2021500010.tif 000080
【０３３０】
患者４２６８から単離された４２６８−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１５７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１５８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１５９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１６０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１６１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１６２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１６３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１６４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１６５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１６６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３３１】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６８−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６８−Ｆ１５とｐ５３−Ｒ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：８８．６％（３５対のうち３１回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３３２】
【化３８】
2021500010.tif 000081
【０３３３】
患者４２６８のＴＣＲ４２６８−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表３５に記載する。
【０３３４】
【表４２】
2021500010.tif 000082
【０３３５】
患者４２６８から単離された４２６８−ＴＣＲ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１６７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１６８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１６９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１７０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１７１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１７２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１７３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１７４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１７５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１７６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３３６】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６８−ＴＣＲ４
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６８−Ｆ１８とｐ５３−Ｒ２４８Ｑロングペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：９５．２％（４２対のうち４０回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３３７】
【化３９】
2021500010.tif 000083
【０３３８】
患者４２６８のＴＣＲ４２６８−ＴＣＲ４についての統計値を以下の表３６に記載する。
【０３３９】
【表４３】
2021500010.tif 000084
【０３４０】
患者４２６８から単離された４２６８−ＴＣＲ５の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１７７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１７８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１７９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１８０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１８１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１８２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１８３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１８４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１８５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１８６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３４１】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６８−ＴＣＲ５
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｑ
方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６８−Ｆ１９とｐ５３−ｍｕｔ−ＴＭＧとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１１．８％（１７対のうち２回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３４２】
【化４０】
2021500010.tif 000085
【０３４３】
患者４２６８のＴＣＲ４２６８−ＴＣＲ５についての統計値を以下の表３７に記載する。
【０３４４】
【表４４】
2021500010.tif 000086
【０３４５】
実施例９
この実施例は、自己Ｔ細胞内で変異型ｐ５３を発現するように誘導された自己ＡＰＣを共培養することによる、患者４２６６における抗変異型ｐ５３Ｔ細胞の同定を示す（「ｐ５３ホットスポット変異ユニバーサルスクリーニング」）。また、この実施例は、患者４２６６からの４つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの単離を示す。
【０３４６】
患者４２６６について、図３１〜３４及び５３〜５５に記載の通り実験を実施した。
【０３４７】
患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、無関係、ＷＴｐ５３、、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図３１に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図３２に示す。
【０３４８】
患者４２６６由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２４、ｎ＝２４）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図３３に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図３４に示す。
【０３４９】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、患者４２６６由来の個々のＨＬＡアリルを細胞にコトランスフェクトした。次の日、ペプチド無し、ＤＭＳＯ、野生型ｐ５３−Ｒ２４８ペプチドＳＳＣＭＧＧＭＮＲＲ（配列番号５９０）又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８ＷペプチドＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲ（配列番号５９１）を１μｇ／ｍＬで、細胞に３７℃で２時間パルスした。患者４２６６由来のＴＩＬ培養物（１０５個）をウェルに添加し、３７℃で一晩共培養した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４−ＣＤ８＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５３に示す。
【０３５０】
モック（ＴＣＲ無し）、４２６６−ＴＩＬから同定されたｐ５３−Ｒ２４８Ｗに対して推定特異性を有する４２６６−ＴＣＲ１、４２６６−ＴＣＲ２、４２６６−ＴＣＲ３、又は４２６６−ＴＣＲ４を発現しているＴ細胞を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ２４８配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ２４８Ｗ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。培地のみ並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。共培養は３７℃で一晩実施した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４−ＣＤ８＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５４に示す。
【０３５１】
患者４２６６から摘出した異種移植腫瘍断片から腫瘍細胞（ＴＣ）株を樹立し、次いで、免疫無防備状態のマウスで連続継代した（ＴＣ＃４２６６）。モック（ＴＣＲ無し）又はｐ５３−Ｒ２４８Ｗ特異的ＴＣＲ（４２６６−ＴＣＲ２、４２６６−ＴＣＲ３、又は４２６６−ＴＣＲ４）を発現しているＴ細胞（１０５個）とＴＣ＃４２６６を３７℃で一晩共培養した。ＴＣ＃４２６６細胞を、何も無しで、Ｗ６／３２汎ＨＬＡクラスＩ特異的遮断抗体、ＩＶＡ１２汎ＨＬＡクラスＩＩ特異的遮断抗体、又は変異型ｐ５３−Ｒ２４８ＷペプチドＳＳＣＭＧＧＭＮＷＲ（配列番号５９１）と共に３７℃で２時間インキュベートした。抗体を、最終濃度５μｇ／ｍＬで共培養物中において維持した。ペプチドを１μｇ／ｍＬでインキュベートし、インキュベート後に過剰のペプチドを洗浄した。培地のみ（ＴＣ無し）並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４−ＣＤ８＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５５に示す。
【０３５２】
患者４２６６から単離された４２６６−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号９７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号９８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号９９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１００）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１０１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１０２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１０３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１０４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１０５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１０６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３５３】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６６−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６６−Ｆ１、４２６６−Ｆ３、４２６６−Ｆ５、及び４２６６−Ｆ６とｐ５３ｍｕｔＴＭＧ又はＲ２４８Ｗロングペプチドとの共培養（両共培養物は同じＴＣＲを検出）、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：１７．０％（５３対のうち９回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３５４】
【化４１】
2021500010.tif 000087
【０３５５】
患者４２６６のＴＣＲ４２６６−ＴＣＲ１についての統計値を以下の表３８に記載する。
【０３５６】
【表４５】
2021500010.tif 000088
【０３５７】
患者４２６６から単離された４２６６−ＴＣＲ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１０７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１０８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１０９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１１０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１１１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１１２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１１３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１１４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１１５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１１６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３５８】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６６−ＴＣＲ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６６−Ｆ１、４２６６−Ｆ３、４２６６−Ｆ５、及び４２６６−Ｆ６とｐ５３ｍｕｔＴＭＧ又はＲ２４８Ｗロングペプチドとの共培養（両共培養物は同じＴＣＲを検出）、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：２４．５％（５３対のうち１３回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３５９】
【化４２】
2021500010.tif 000089
【０３６０】
患者４２６６のＴＣＲ４２６６−ＴＣＲ２についての統計値を以下の表３９に記載する。
【０３６１】
【表４６】
2021500010.tif 000090
【０３６２】
患者４２６６から単離された４２６６−ＴＣＲ３の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１１７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１１８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１１９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１２０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１２１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１２２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１２３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１２４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１２５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１２６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３６３】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６６−ＴＣＲ３
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６６−Ｆ１、４２６６−Ｆ３、４２６６−Ｆ５、及び４２６６−Ｆ６とｐ５３ｍｕｔＴＭＧ又はＲ２４８Ｗロングペプチドとの共培養（両共培養物は同じＴＣＲを検出）、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：３４．０％（５３対のうち１８回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３６４】
【化４３】
2021500010.tif 000091
【０３６５】
患者４２６６のＴＣＲ４２６６−ＴＣＲ３についての統計値を以下の表４０に記載する。
【０３６６】
【表４７】
2021500010.tif 000092
【０３６７】
患者４２６６から単離された４２６６−ＴＣＲ４の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号１２７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号１２８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号１２９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号１３０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号１３１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号１３２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号１３３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号１３４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号１３５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号１３６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３６８】
以下に記載するスクリーニング方法を使用して、がん反応性Ｔ細胞を同定した。ＴＣＲを単離するために使用した方法を以下に記載する。
ＴＣＲの名称：４２６６−ＴＣＲ４
ｐ５３変異の認識：Ｒ２４８Ｗ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２６６−Ｆ１、４２６６−Ｆ３、４２６６−Ｆ５、及び４２６６−Ｆ６とｐ５３ｍｕｔＴＭＧ又はＲ２４８Ｗロングペプチドとの共培養（両共培養物は同じＴＣＲを検出）、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：９．４％（５３対のうち５回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３６９】
【化４４】
2021500010.tif 000093
【０３７０】
患者４２６６のＴＣＲ４２６６−ＴＣＲ４についての統計値を以下の表４１に記載する。
【０３７１】
【表４８】
2021500010.tif 000094
【０３７２】
実施例１０
この実施例は、Ｔ細胞によるｐ５３「ホットスポット」変異に対する応答の概要を示す。
【０３７３】
Ｔ細胞によるｐ５３「ホットスポット」変異に対する応答の概要を表４２に提供する。表４２の１〜１５番は、後ろ向き研究であった。表４２の１６〜３３番は、前向き研究であった。
【０３７４】
【表４９】
2021500010.tif 000095
【０３７５】
実施例１１
この実施例は、ｐ５３変異反応性ＴＩＬによる患者の治療を示す。
【０３７６】
ｐ５３変異反応性ＴＩＬによる患者の治療の概要を表４３に提供する。
【０３７７】
【表５０】
2021500010.tif 000096
【０３７８】
実施例１２
この実施例は、患者４１４１からのＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【０３７９】
無関係の変異、ＷＴｐ５３配列、又はＲ１７５Ｈを含む変異型ｐ５３配列をコードしているＴＭＧを自己ＡＰＣにトランスフェクトした。培地のみ並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。次の日、患者４１４１由来のＴＩＬ（断片培養物１２）を、ＴＭＧをトランスフェクトしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ４−ＣＤ８＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図３８に示す。
【０３８０】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、患者４１４１由来の個々のＨＬＡアリル、及び追加の遺伝子無し、ＷＴ  ＴＰ５３  ＴＭＧ、又はｐ５３−Ｒ１７５Ｈ配列を含有する変異型ＴＰ５３  ＴＭＧのいずれかを細胞にコトランスフェクトした。次の日、患者４１４１由来のｐ５３−Ｒ１７５Ｈに対して特異性を有するＴＩＬ（断片培養物１２）を、トランスフェクトされたＣｏｓ７細胞と共培養し、３７℃で一晩インキュベートした。ＥＬＩＳＰＯＴによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図３９に示す。
【０３８１】
モック（ＴＣＲ無し）又は４１４１−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞を、Ｔ２腫瘍細胞（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１を発現している）と共培養した。ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ１７５ペプチドＨＭＴＥＶＶＲＲＣ（配列番号５３２）若しくは変異型ｐ５３−Ｒ１７５ＨペプチドＨＭＴＥＶＶＲＨＣ（配列番号５３０）から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）されたペプチドを３７℃で２時間Ｔ２細胞にパルスした。培地のみ並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図４０に示す。
【０３８２】
４１４１−ＴＣＲ１ａ２を発現しているＴ細胞を、３７℃で一晩、Ｓａｏｓ２細胞（ｐ５３−ＮＵＬＬ及びＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＋）と共培養したが、この細胞は、操作されていないか又は完全長ｐ５３−Ｒ１７５Ｈタンパク質を過剰発現するようにされていた。Ｔ細胞内のサイトカインを捕捉するために、分泌の阻害因子（モネンシン及びブレフェルジンＡ）を共培養物に添加した。６時間共培養した後、細胞を固定し、透過処理し、次いで、ＩＬ−２、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮ−γ、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）を染色した。フローサイトメトリーを使用して、リンパ球ゲートに基づいて共培養物を分析した。結果を図４１に示す。
【０３８３】
患者４１４１から単離されたＴＣＲ４１４１−ＴＣＲ１ａ２の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４６７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４６８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４６９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４７０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４７１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４７２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４７３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４７４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４７５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４７６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３８４】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４１４１−ＴＣＲ１ａ２
ｐ５３変異の認識：Ｒ１７５Ｈ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４１４１輸液バッグＴＩＬとｐ５３ｍｕｔＴＭＧとを共培養、ＣＤ８＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ、次いで、アルファ鎖のためのＴＡ  ＴＯＰＯクローニングキット（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３８５】
【化４５】
2021500010.tif 000097
【０３８６】
患者４１４１由来の４１４１−ＴＣＲ１ａ２についての統計値を以下の表４４に記載する。
【０３８７】
【表５１】
2021500010.tif 000098
【０３８８】
実施例１３
この実施例は、患者４２５９から単離されたＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【０３８９】
患者４２５９由来のＴＩＬ断片培養物（６番）を、（１）無関係、ＷＴｐ５３、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした、あるいは（２）ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｙ２２０配列若しくは変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図４２に示す。
【０３９０】
漸減濃度の、ＷＴｐ５３−Ｙ２２０又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃの配列に対応する２５アミノ酸ペプチドを、３７℃で２時間自己ＡＰＣにパルスした。患者４２５９由来のＴＩＬ断片培養物（６番）を、ペプチドをパルスしたＡＰＣと共培養した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図４３に示す。
【０３９１】
自己抗原提示細胞に、ＤＭＳＯ、ＷＴｐ５３−Ｙ２２０ペプチドＲＮＴＦＲＨＳＶＶＶＰＹＥ（配列番号５３３）、又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０ＣペプチドＲＮＴＦＲＨＳＶＶＶＰＣＥ（配列番号５３４）を３７℃で２時間パルスした。過剰のペプチドを洗い流した。ｐ５３−Ｙ２２０Ｃに対して特異性を有する患者４２５９由来のＴＩＬ（断片培養物６）を、ペプチドをパルストしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図４４に示す。
【０３９２】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、患者４２５９由来の個々のＨＬＡアリルを細胞にコトランスフェクトした。次の日、ＤＭＳＯ又はｐ５３−Ｙ２２０ＣペプチドＲＮＴＦＲＨＳＶＶＶＰＣＥ（配列番号５３４）を、トランスフェクトしたＣｏｓ７細胞に２時間パルスした。過剰のペプチドを洗い流した。患者４２５９由来のＴＩＬ断片培養物６番を添加した（１０５細胞／ウェル）。共培養物を３７℃で一晩インキュベートした。リンパ球→生細胞→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ８−ＣＤ４＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図４５に示す。
【０３９３】
ＷＴｐ５３−Ｙ２２０又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０Ｃの配列に対応する２５アミノ酸ペプチドを、３７℃で２時間、患者４２５９にとって自己のＡＰＣにパルスした。過剰のペプチドを洗い流した。４２５９−Ｆ６−ＴＣＲを発現しているＴ細胞を、ペプチドをパルスしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。導入されたＴＣＲをマウスＴＣＲベータ（ｍＴＣＲ）によって測定した。結果を表４５に示す。
【０３９４】
【表５２】
2021500010.tif 000099
【０３９５】
患者４２５９から摘出した異種移植腫瘍断片から腫瘍細胞（ＴＣ）株を樹立し、次いで、免疫無防備状態のマウスで連続継代した（ＴＣ＃４２５９）。ＴＣ＃４２５９を、モック（ＴＣＲ無し）又はｐ５３−Ｙ２２０Ｃ特異的ＴＣＲ（４２５９−Ｆ６−ＴＣＲ）を発現しているＴ細胞（１０５個）と３７℃で一晩共培養した。ＴＣ＃４２５９細胞を、何も無しで、Ｗ６／３２汎ＨＬＡクラスＩ特異的遮断抗体、ＩＶＡ１２汎ＨＬＡクラスＩＩ特異的遮断抗体、又は変異型ｐ５３−Ｙ２２０ＣペプチドＲＮＴＦＲＨＳＶＶＶＰＣＥ（配列番号５３４）と共に３７℃で２時間インキュベートした。抗体を、最終濃度５μｇ／ｍＬで共培養物中において維持した。ペプチドを１０μｇ／ｍＬでインキュベートし、インキュベート後に過剰のペプチドを洗浄した。培地のみ（ＴＣ無し）並びにＰＭＡ及びイオノマイシンが、それぞれ、ネガティブコントロール及びポジティブコントロールであった。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図４６に示す。
【０３９６】
患者４２５９から単離されたＴＣＲ４２５９−Ｆ６−ＴＣＲの配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４７７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４７８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４７９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４８０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４８１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４８２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４８３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４８４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４８５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４８６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０３９７】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４２５９−Ｆ６−ＴＣＲ
ｐ５３変異の認識：Ｙ２２０Ｃ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２５９−Ｆ６とｐ５３−Ｙ２２０Ｃペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：８１．１％（４４対のうち３６回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０３９８】
【化４６】
2021500010.tif 000100
【０３９９】
患者４２５９由来の４２５９−Ｆ６−ＴＣＲについての統計値を以下の表４６に記載する。
【０４００】
【表５３】
2021500010.tif 000101
【０４０１】
実施例１４
この実施例は、患者４２８５からのＴＣＲの単離及び特異的反応性を示す。
【０４０２】
患者４２８５由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）を、無関係、ＷＴｐ５３、又は変異型ｐ５３の配列から構成されたＴＭＧをエレクトロポレーションした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図４７に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図４９に示す。
【０４０３】
患者４２８５由来のＴＩＬ断片（Ｆ１〜Ｆ２２及びＦ２４、ｎ＝２３）を、ペプチドビヒクル（ＤＭＳＯ）、又はＷＴｐ５３−Ｒ１７５配列若しくは変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈ配列から構成された精製（ＨＰＬＣによって＞９５％）された２５アミノ酸ペプチドをパルスした自己ＡＰＣと共培養した。共培養は３７℃で一晩実施した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を図４８に示す。リンパ球→生細胞（ＰＩ陰性）→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現を評価した。結果を図５０に示す。ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソートした後の４２８５−ＴＣＲ１の源は、ＴＩＬ断片Ｆ６であった。
【０４０４】
１４アミノ酸が重複しているｐ５３−Ｒ１７５Ｈ配列由来の１５−アミノ酸ペプチド（表４５における下線付きアミノ酸置換）を自己ＡＰＣにパルスした。ｐ５３−Ｒ１７５Ｈに対して特異性を有する患者４２８５由来のＴＩＬ（断片培養物１０、６、及び９）を、ペプチドをパルストしたＡＰＣと３７℃で一晩共培養した。ＤＭＳＯがペプチドビヒクルであった。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してＩＦＮ−γの分泌を評価した。結果を表４７に示す。
【０４０５】
【表５４】
2021500010.tif 000102
【０４０６】
Ｃｏｓ７細胞（２．５×１０４個／ウェル）を、平底９６ウェルプレートのウェルにプレーティングした。次の日、患者４２８５由来の個々のＨＬＡアリルを細胞にコトランスフェクトした。次の日、ＤＭＳＯ又は変異型ｐ５３−Ｒ１７５ＨペプチドＹＫＱＳＱＨＭＴＥＶＶＲＨＣＰＨＨＥＲＣＳＤＳＤＧ（配列番号２）を１０μｇ／ｍＬで、細胞に３７℃で２時間パルスした。患者４２８５由来のｐ５３−Ｒ１７５Ｈに対して特異性を有する、選択されたＴＩＬ断片培養物（４２８５−Ｆ６、４２８５−Ｆ９、及び４２８５−Ｆ１０）を、トランスフェクトされたＣｏｓ７細胞と３７℃で一晩共培養した。リンパ球→生細胞→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ８−ＣＤ４＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図５１に示す。
【０４０７】
漸減濃度の、ＷＴ又は変異型ｐ５３−Ｒ１７５Ｈの配列に対応する２５又は１５アミノ酸ペプチドを、自己ＡＰＣに３７℃で２時間パルスした。患者４２８５由来４２８５−ＴＣＲ１を転移させたＴ細胞を、３７℃で一晩、ペプチドをパルスしたＡＰＣと共培養した。リンパ球→生細胞→ＣＤ３＋（Ｔ細胞）→ＣＤ８−ＣＤ４＋にゲートをかけた後、フローサイトメトリーによって４−１ＢＢの発現をアッセイした。結果を図５２に示す。
【０４０８】
患者４２８５から単離された４２８５−ＴＣＲ１の配列を以下に記載する。アミノ末端から始めて、１番目の下線領域はＣＤＲ１アルファ（配列番号４８７）であり、２番目の下線領域はＣＤＲ２アルファ（配列番号４８８）であり、３番目の下線領域はＣＤＲ３アルファ（配列番号４８９）であり、４番目の下線領域はＣＤＲ１ベータ（配列番号４９０）であり、５番目の下線領域はＣＤＲ２ベータ（配列番号４９１）であり、６番目の下線領域はＣＤＲ３ベータ（配列番号４９２）である。太字領域は、リンカー（配列番号２６）である。アミノ末端から始めて、１番目のイタリック体領域はアルファ鎖定常領域（配列番号２３）であり、２番目のイタリック体領域はベータ鎖定常領域（配列番号２５）である。アルファ鎖可変領域（配列番号４９３）は、アミノ末端から始まり、アルファ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。ベータ鎖可変領域（配列番号４９４）は、リンカーの直後に始まり、ベータ鎖定常領域の始まる直前に終わる配列を含む。完全長アルファ鎖（配列番号４９５）は、アミノ末端から始まり、リンカーの始まる直前に終わる配列を含む。完全長ベータ鎖（配列番号４９６）は、リンカーの直後に始まり、カルボキシル末端で終わる配列を含む。
【０４０９】
がん反応性Ｔ細胞を下記の通り同定した。ＴＣＲを下記の通り単離した。
ＴＣＲの名称：４２８５−ＴＣＲ１
ｐ５３変異の認識：Ｒ１７５Ｈ
スクリーニング方法：ｐ５３「ホットスポット」変異ユニバーサルスクリーニング
ＴＣＲを同定するための共培養：４２８５−Ｆ６とｐ５３−Ｒ１７５Ｈペプチドとを共培養、ＣＤ４＋４１ＢＢ＋Ｔ細胞をソート
ＴＣＲを同定するための方法：単一細胞ＲＴ−ＰＣＲ
全ての対合ＴＣＲのうちのＴＣＲの存在量：８１．８％（４４対のうち３６回観察）
ＴＣＲの配向：アルファ−ベータ
発現ベクター：ＳＢトランスポゾン
【０４１０】
【化４７】
2021500010.tif 000103
【０４１１】
患者４１８５由来の４２８５−ＴＣＲ１についての統計値を表４８に記載する。
【０４１２】
【表５５】
2021500010.tif 000104
【０４１３】
実施例１５
この実施例は、実施例２の患者４１９６由来の３つの抗変異型ｐ５３ＴＣＲの特異的反応性を示す。
【０４１４】
様々な標的細胞株によるＨＬＡ−Ａ＊０２０１及びｐ５３  Ｒ１７５Ｈの発現を表４９に提示する。
【０４１５】
【表５６】
2021500010.tif 000105
【０４１６】
表４９の標的細胞を、実施例２のＴＣＲのうちの１つを形質導入した細胞と共培養した。モックを形質導入した細胞（ＴＣＲ無し）を対照エフェクタ細胞として使用した。ＩＦＮ−γ分泌（ｐｇ／ｍＬ）（表５０）及び４−１ＢＢ発現（（ｍＴＣＲβ＋の）４−１ＢＢの％）（表５１）を測定した。
【０４１７】
【表５７】
2021500010.tif 000106
【０４１８】
【表５８】
2021500010.tif 000107
【０４１９】
実施例１６
この実施例は、実施例１〜１５のＴＣＲの反応性の概要を示す。
【０４２０】
表５２のＴＣＲを単離し、Ｔ細胞で発現させ、関連する抗原に対して試験した。結果の概要を表５２に示す。
【０４２１】
【表５９】
2021500010.tif 000108
【０４２２】
本明細書に引用した刊行物、特許出願、及び特許を含む全ての参照文献は、各参照文献が個々にかつ具体的に参照によって組み入れられると示されており、その全体が本明細書に記載されているかのように、参照によって本明細書に組み入れられる。
【０４２３】
本発明の説明に関連して（特に以下の特許請求の範囲に関連して）用語「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」及び「少なくとも１つ」、並びに類似の参照対象の使用は、本明細書において他の指定がない限り又は文脈から明らかに矛盾していない限り、単数形及び複数形の両方を網羅すると解釈されるべきである。１つ以上の項目のリストの後の用語「少なくとも１つ」の使用（例えば、「Ａ及びＢのうちの少なくとも１つ」）は、本明細書において他の指定がない限り又は文脈から明らかに矛盾していない限り、列挙される項目から選択される１つの項目（Ａ又はＢ）又は列挙される項目のうちの２つ以上の任意の組み合わせ（Ａ及びＢ）を意味すると解釈されるべきである。用語「含む（comprising）」、「有する（having）」、「含む（including）」、及び「含有する（containing）」は、特に断らない限り、オープンエンドな用語である（すなわち、「含むがこれらに限定されない」を意味する）と解釈されるべきである。本明細書における値の範囲の列挙は、本明細書において他の指定がない限り、単に、範囲内の各別個の値を個々に参照する省略法として機能することを意図し、各別個の値が、本明細書に個々に列挙されているかのように明細書に組み込まれる。本明細書に記載される全ての方法は、本明細書において他の指定がない限り又は文脈から明らかに矛盾していない限り、任意の好適な順序で実施することができる。本明細書に提供される任意の及び全ての例又は例示的な表現（例えば、「など」）の使用は、特に主張しない限り、単に本発明をより深く解明することを意図し、本発明の範囲の限定を提起するものではない。明細書中の表現はいずれも、任意の請求されていない要素が本発明の実施に必須であることを示すと解釈されるべきではない。
【０４２４】
本発明の好ましい実施形態は、本発明を実施するための本発明者らに公知の最良の形態を含む、本明細書に記載される。好ましい実施形態の変形は、前述の記載を読んだときに当業者に明らかになり得る。本発明者らは、当業者がこのような変形を適宜使用すると予想し、そして、本発明者らは、本明細書に具体的に記載されているのとは別の方法で本発明が実施されることを意図している。したがって、本発明は、準拠法によって認められている通り、本明細書に添付される特許請求の範囲に列挙される発明主題の全ての変形及び等価物を含む。更に、その全ての可能な変形における上記要素の任意の組み合わせは、本明細書において他の指定がない限り又は文脈から明らかに矛盾していない限り、本発明によって包含される。
【図１】
2021500010.tif 000109
【図２】
2021500010.tif 000110
【図３】
2021500010.tif 000111
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５２】
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【図５３】
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【図５４】
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【図５５】
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【図５６】
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【図５７】
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【図５８】
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【図５９】
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【図６０】
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【配列表】
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【国際調査報告】
2021500010.tif 000169
2021500010.tif 000170
2021500010.tif 000171
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