(57)【要約】本発明は、胎児の在胎週数を推定する方法に関する。本発明はまた、早産のリスクにある女性を同定する方法に関する。いくつかの側面において、該方法は、女性からの生物学的試料中の1またはそれ以上の胎盤または胎児組織特異的な遺伝子を定量することを含む。
2021500061.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
母体試料を分析して1またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、胎児の在胎週数を推定する方法。
【請求項２】
発現プロファイルが、3またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルからのものである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
発現プロファイルが、胎盤遺伝子のみを含むパネルからのものである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
妊娠の経過中に各胎盤遺伝子の発現レベルが変化する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期に高い、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期に低い、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
すべての胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期に低い、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
胎盤遺伝子が表1の遺伝子から選択される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
胎盤遺伝子が、CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
3から9の胎盤遺伝子について発現プロファイルを決定する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
母体試料が母体の血液、血漿、血清または尿である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
母体試料が妊娠の第三期に母体から得られる、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
母体試料が妊娠の第二期に母体から得られる、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
以下の工程を含む、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法：
発現プロファイルを複数の参照プロファイルと比較し、その際、各参照プロファイルは定められた在胎週数の特徴であり、
該比較に基づいて複数の参照プロファイルのどれが発現プロファイルに対応するかを決定し、ついで
該対応する参照プロファイルの定められた在胎週数に基づいて、母体試料を得た時点での胎児の推定在胎週数を推定する。
【請求項１７】
以下の工程を含む、胎児の在胎週数を推定する方法：
（a）請求項１〜１１のいずれかに記載の遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料の母体発現プロファイルを取得し、ついで
（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは満期分娩集団から得られたものである。
【請求項１８】
機械学習技術を使用して満期分娩集団の1またはそれ以上の参照発現レベルが確立される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
さらに以下を含む、請求項１８に記載の方法：
それぞれ早産または満期分娩としてラベル付けされた複数のトレーニング試料を得、
複数のトレーニング試料のそれぞれについて遺伝子のパネルの1またはそれ以上の測定された発現レベルを得、
機械学習技術を使用して1またはそれ以上の参照発現レベルを繰り返し調整して、1またはそれ以上の測定された発現レベルを1またはそれ以上の参照発現レベルと比較した結果として正しく分類されるトレーニング試料の数を増やす。
【請求項２０】
さらに、以下を含む、請求項１６〜１８に記載の方法：
発現レベルを遺伝子のパネルの他の参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の他の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、他の参照発現レベルは早産集団から得られたものである。
【請求項２１】
以下の工程を含む、胎児の在胎週数を推定する方法：
（i）少なくとも1の胎盤RNAを含むパネルの母体発現プロファイルを決定し、ついで
（ii）母体発現プロファイルを参照プロファイルと比較し、その際、母体発現プロファイルと参照プロファイルとの比較が在胎週数の推定を可能にする。
【請求項２２】
在胎週数が参照プロファイルについて知られている、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
母体発現プロファイルの参照プロファイルとの比較が、母体発現プロファイルを、1またはそれ以上の発現レベルの入力に基づいて在胎週数を提供する妊娠関数と比較することによって行われ、その際、妊娠関数は、測定された発現レベルを有し、在胎週数が既知である複数の較正試料にモデルをフィッティングすることによって決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
モデルが回帰モデルである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
プロファイルパネルが請求項１〜１５のいずれかに記載のものである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
コンピュータによって行われる、請求項１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
第1の母体試料を使用して請求項１６、１７、１７または１８に記載の方法に従って第1の在胎週数を決定し、ついで妊娠中の後で得られる第2の母体試料を使用して請求項１６、１７または１８に記載の方法に従って第2の在胎週数を決定することを含む方法。
【請求項２８】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルをqPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定する、請求項１１に記載の方法。
【請求項２９】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルを質量分析によってまたは抗体アレイを使用して決定する、請求項１２に記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも1の追加の遺伝子の発現を決定し、該追加の遺伝子が胎盤遺伝子ではない、請求項１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
表1に記載の遺伝子から選択される少なくとも3から50未満の胎盤遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物。
【請求項３２】
表1に記載の遺伝子から選択される少なくとも3から50未満の胎盤遺伝子の多重増幅に適したプライマーを含むキット。
【請求項３３】
母体の血液または尿から分離された少なくとも3から100未満の胎盤タンパク質を検出するための抗体アレイ。
【請求項３４】
母体試料を分析して、表2から選択される1またはそれ以上の遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、妊娠中の女性による早産のリスクを評価する方法。
【請求項３５】
パネルが表2からの3またはそれ以上の遺伝子を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
遺伝子が、満期分娩集団におけるよりも早産集団において高い発現レベルを有する、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
遺伝子が、CLCN3、DAPP1、POLE2、PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18、およびTBC1D15から、および任意選択でCLCN3、DAPP1、PPBP、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、およびRGS18から選択される、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３８】
パネルが、CLCN3、DAPP1、POLE2、PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18、およびTBC1D15からの3の任意の組み合わせから選択される3の遺伝子を含み、任意選択で、パネルが、（1）RGS18；DAPP1；PPBP；（2）RGS18；RAB27B；PPBP；（3）RGS1；MOB1B；PPBP；（4）RGS18；PPBP；MAP3K7CL；（5）RGS18；PPBP；CLCN3；（6）DAPP1；RAB27B；PPBP；（7）DAPP1；MOB1B；PPBP；（8）DAPP1；PPBP；CLCN3；（9）RAB27B；MOB1B；PPBP；（10）RAB27B；PPBP；MAP3K7CL；（11）RAB27B；PPBP；CLCN3；（12）MOB1B；PPBP；MAP3K7CL；（13）MOB1B；PPBP；CLCN3から選択される3の遺伝子を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
3から10の遺伝子のパネルの発現プロファイルを決定する、請求項３４〜３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
発現プロファイルが、正確に3の遺伝子を含むパネルのものである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
正確に3の遺伝子のパネルの発現プロファイルを決定する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項３４〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
母体試料中のタンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項３４〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
母体試料が母体の血液、血漿、血清または尿である、請求項３４〜４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
母体試料が早産の28日前より前に得られたものである、請求項３４〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
母体試料が早産の45日前より前に得られたものである、請求項３４〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
母体試料が妊娠の第2月後かつ第8月の前に得られたものである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
母体試料が妊娠の第二期に得られたものである、請求項３４〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
母体試料が妊娠の第三期に得られたものである、請求項３４〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
母体試料が妊娠の指定された週に得られたものであり、以下の工程を含む、請求項３４〜４９のいずれかに記載の方法：
発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは妊娠の指定された週での通常の期間の妊娠の特徴であり、ついで
発現プロファイルが閾値内で時間整合参照プロファイルと有意に異なる場合、妊娠中の女性を早産のリスクの上昇として同定する。
【請求項５１】
母体試料が妊娠の指定された週に得られたものであり、以下の工程を含む、請求項３４〜４９のいずれかに記載の方法：
発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは早産の特徴であり、ついで
発現プロファイルが閾値内で時間整合参照プロファイルと有意に類似している場合、妊娠中の女性を早産のリスクの上昇として同定する。
【請求項５２】
以下の工程を含む、妊娠中の女性による早産のリスクを評価する方法：
（a）請求項３７または３８に記載の遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料についての母体発現プロファイルを得、ついで
（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは早産集団、満期分娩集団、または両集団から得られたものである。
【請求項５３】
1またはそれ以上の参照レベルが機械学習技術を使用して確立される、請求項５１または５２に記載の方法。
【請求項５４】
コンピュータによって行われる、請求項５１〜５３に記載の方法。
【請求項５５】
妊娠の過程の異なる時点で得られた2またはそれ以上の母体試料を用いて、請求項５０〜５２に記載の工程を行うことを含む方法。
【請求項５６】
個々の遺伝子の発現レベルがqPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定される、請求項４２に記載の方法。
【請求項５７】
個々の遺伝子の発現レベルを質量分析によってまたは抗体アレイを使用して決定する、請求項４３に記載の方法。
【請求項５８】
表2に記載の遺伝子から選択される少なくとも3および100未満の遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物。
【請求項５９】
以下を含む組成物：
（1）表2の少なくとも2つの遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または前記cfRNA配列のアンプリコンまたは前記cfRNA配列からのcDNA、および
（2）前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマー、または前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを検出するためのプローブ；
ただし、ヒトゲノムから200を超える異なる遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または該200を超える異なる遺伝子からのアンプリコンまたはcDNAを含まず、該200を超える異なる遺伝子、アンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマーを含まず、200を超える異なるcfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを検出するためのプローブを含まない。
【請求項６０】
プローブが核酸プローブである、請求項５９に記載の組成物。
【請求項６１】
cfRNA配列が表2の少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9または10の遺伝子に対応するものである、請求項５９または６０に記載の組成物。
【請求項６２】
ヒトゲノムから100を超える（任意選択で75を超えるまたは50を超える）異なる遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または該200を超える異なる遺伝子からのアンプリコンまたはcDNAを含まない、請求項５９〜６１に記載の組成物。
【請求項６３】
表2の遺伝子から選択される少なくとも3および100未満の遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含むキット。
【請求項６４】
母体試料を分析して1またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、出産までの時間を推定する方法。
【請求項６５】
発現プロファイルが3またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルからのものである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
発現プロファイルが胎盤遺伝子のみを含むパネルからのものである、請求項６４または６５に記載の方法。
【請求項６７】
妊娠の過程での各胎盤遺伝子の発現レベルが変化する、請求項６４〜６６のいずれかに記載の方法。
【請求項６８】
少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期において高い、請求項６４〜６７のいずれかに記載の方法。
【請求項６９】
少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期において低い、請求項６４〜６７のいずれかに記載の方法。
【請求項７０】
すべての胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期において低い、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
胎盤遺伝子が表1の遺伝子から選択される、請求項１〜７０のいずれかに記載の方法。
【請求項７２】
胎盤遺伝子が、CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
胎盤遺伝子のセットが、CGAおよびCGB以外の少なくとも1の遺伝子を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項７４】
3から9の胎盤遺伝子の発現プロファイルを決定する、請求項１〜７３のいずれかに記載の方法。
【請求項７５】
母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項６４〜７４のいずれかに記載の方法。
【請求項７６】
母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項６４〜７４のいずれかに記載の方法。
【請求項７７】
母体試料が母体の血液、血漿、血清または尿である、請求項７５または７６に記載の方法。
【請求項７８】
母体試料が妊娠の第三期に得られたものである、請求項６４〜６７または７１〜７７のいずれかに記載の方法。
【請求項７９】
母体試料が妊娠の第二期に得られたものである、請求項６４〜６７または７１〜７７のいずれかに記載の方法。
【請求項８０】
以下の工程を含む、請求項６４〜７９のいずれかに記載の方法：
発現プロファイルを複数の参照プロファイルと比較し、その際、各参照プロファイルは出産までの時間の特徴であり、
複数の参照プロファイルのどれが発現プロファイルに対応するかを決定し、ついで
該対応する参照プロファイルの出産までの時間に基づいて、母体試料を得た時点での出産までの推定時間を推定する。
【請求項８１】
以下の工程を含む、出産までの時間を推定する方法：
（a）請求項５６に記載の遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料の母体発現プロファイルを取得し、
（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは満期分娩集団から得られたものである。
【請求項８２】
1またはそれ以上の参照レベルが機械学習技術を使用して確立される、請求項８０または８１に記載の方法。
【請求項８３】
コンピュータによって行われる、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
第1の母体試料を使用して請求項８０または請求項８１に記載の方法に従って出産までの第1の時間を決定し、ついで後に妊娠中に得られた第2の母体試料を使用して請求項８０または請求項８１に記載の方法に従って出産までの第2の時間を決定することを含む方法。
【請求項８５】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルがqPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定される、請求項７５に記載の方法。
【請求項８６】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルを質量分析によってまたは抗体アレイを使用して決定する、請求項７６に記載の方法。
【請求項８７】
少なくとも1の追加の遺伝子の発現を決定し、該追加の遺伝子が胎盤遺伝子ではない、請求項６４〜８６のいずれかに記載の方法。
【請求項８８】
表1に記載の遺伝子から選択される少なくとも3の遺伝子および100未満の胎盤遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物。
【請求項８９】
表1に記載の遺伝子から選択される少なくとも3の遺伝子および100未満の胎盤遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含むキット。
【請求項９０】
表1からの少なくとも3の胎盤タンパク質および母体の血液または尿から分離された100個未満の胎盤タンパク質を検出するための抗体アレイ。
【請求項９１】
以下の工程を含む、妊娠中の女性による早産のリスクを低減する方法：
（i）請求項３４〜５７のいずれかにより早産のリスクの評価し、ついで
（ii）早産の開始を遅らせまたは防ぐために治療薬を投与する。
【請求項９２】
以下の工程を含む、妊娠中の女性による早産のリスクを低減する方法：
（i）請求項３４〜５７のいずれかにより早産のリスクの評価し、ついで
（ii）超音波を使用して少なくとも4週間に1回胎児を画像化する。
【請求項９３】
胎児の在胎週数を推定するためにコンピュータを使用して実行され、以下を含む方法：
（a）胎児を有する妊娠中の女性の母体試料から1またはそれ以上の発現プロファイルを取得し、その際、該発現プロファイルは遺伝子の第1のパネルからのcfRNA転写物の発現に対応し；
（b）コンピュータシステムを使用して、該発現プロファイルを定められた在胎週数に特徴的な1またはそれ以上の参照プロファイルと比較して胎児の在胎週数を推定し、その際、定められた在胎週数に特徴的な参照プロファイルは、定められた在胎週数でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルである第1のトレーニング試料を分析する機械学習モデルを使用して決定され；
（c）コンピュータシステムを使用して、以下により参照プロファイルを更新する：
（1）第2のトレーニング試料を受け取り、その際、第2のトレーニング試料は、定められた在胎週数でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルであり、ついで
（2）機械学習モデルを介して参照プロファイルを繰り返し調整して、正しく分類される第1および第2のトレーニング試料の数を増やす。
【請求項９４】
参照プロファイルが、直線または曲線を形成するか、離散値にすることができる、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
遺伝子の第1のパネルが、胎盤遺伝子、表1に列挙された胎盤遺伝子、およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子を含む、本明細書に開示される遺伝子の任意の組み合わせを含む、請求項９３〜９４のいずれかに記載の方法。
【請求項９６】
以下を含むコンピュータシステム：
（a）参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、遺伝子の第1のパネルに対応し、定められた在胎週数に対応するcfRNA転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルを含むもの；
（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、胎児を有する妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および
（c）参照プロファイルおよび発現プロファイルを比較して胎児の在胎週数を決定することを含む、参照プロファイルおよび発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサ；および
（d）胎児の在胎週数をクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース。
【請求項９７】
参照プロファイルおよび発現プロファイルが、胎盤遺伝子；表1に列挙された胎盤遺伝子；およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子からの転写物を含む、本明細書に開示される任意の組み合わせのcfRNAのパネルの発現レベルを含む、請求項９６に記載のシステム。
【請求項９８】
妊娠中の女性による早産のリスクを評価するためにコンピュータを使用して実行され、以下を含む方法：
（a）妊娠中の女性の母体試料から1またはそれ以上の発現プロファイルを取得し、その際、該発現プロファイルは遺伝子の第1のパネルからのcfRNA転写物の発現に対応し；
（b）コンピュータシステムを使用して、該発現プロファイルを（a）早産のリスクが高い女性または（b）早産のリスクが低い女性に特徴的な、または定められた妊娠期間の女性に特徴的な1またはそれ以上の参照プロファイルと比較し、その際、参照プロファイルは、cfRNA発現プロファイルの早産または満期分娩であるかまたは定められた妊娠期間でラベル付けされた第1のトレーニング試料を分析する機械学習モデルを使用して決定され；
（c）コンピュータシステムを使用して、以下により参照プロファイルを更新する：
（1）第2のトレーニング試料を受け取り、その際、第2のトレーニング試料は、早産または満期分娩としてラベル付けされたまたは所定の妊娠期間でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルであり、ついで
（2）機械学習モデルを介して参照プロファイルを繰り返し調整して、正しく分類される第1および第2のトレーニング試料の数を増やす。
【請求項９９】
参照プロファイルが、直線または曲線を形成するか、離散値にすることができる、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
遺伝子の第1のパネルが、表1に列挙された遺伝子、およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子またはCLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、PPBP[配列番号13]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、およびRGS18[配列番号18]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または7の遺伝子を含む、本明細書に開示される遺伝子の任意の組み合わせを含む、請求項９８〜９９のいずれかに記載の方法。
【請求項１０１】
遺伝子の第１のパネルが、（1）RGS18；DAPP1；PPBP；（2）RGS18；RAB27B；PPBP；（3）RGS1；MOB1B；PPBP；（4）RGS18；PPBP；MAP3K7CL；（5）RGS18；PPBP；CLCN3；（6）DAPP1；RAB27B；PPBP；（7）DAPP1；MOB1B；PPBP；（8）DAPP1；PPBP；CLCN3；（9）RAB27B；MOB1B；PPBP；（10）RAB27B；PPBP；MAP3K7CL；（11）RAB27B；PPBP；CLCN3；（12）MOB1B；PPBP；MAP3K7CL；および（13）MOB1B；PPBP；CLCN3から選択される少なくとも1の組み合わせを含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
以下を含むコンピュータシステム：
（a）参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、遺伝子の第1のパネルおよび早産のリスクに対応するcfRNA転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルを含むもの；
（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および
（c）参照プロファイルおよび発現プロファイルを比較して早産のリスクを決定することを含む、参照プロファイルおよび発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサ；および
（d）早産のリスクをクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース。
【請求項１０３】
参照プロファイルおよび発現プロファイルが、表1に列挙された遺伝子およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子またはCLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、PPBP[配列番号13]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、およびRGS18[配列番号18]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または7の遺伝子などの、本明細書に開示されるcfRNAのパネルの発現プロファイルを含む、請求項１０２に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は医学の分野にある。
【０００２】
この出願は、米国仮出願第62/576,033号（2017年10月23日出願）および第62/578,360号（2017年10月27日出願）の利益を主張し、それぞれの全体を参照により本明細書に組み込む。
【０００３】
本出願は、ASCII形式で電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。該ASCIIコピーは2018年10月17日に作成され、名前は103182-1107145_（000300PC）_SL.txtであり、サイズは159,304バイトである。
【背景技術】
【０００４】
ヒトの発達のタイミングとプログラムを理解することは、何千年もの間関心のあるトピックであった。古代には、古代ギリシャ人は胎児の発達段階の様々な詳細について驚くほど詳細な知識を持っており、赤ん坊の出産を含む発達中の重要なランドマークのタイミングを説明しようとする数学的理論を開発した（Hanson 1995; Hanson 1987; Parker 1999）。現代では、生物学者は胎児と胎盤の両方の発達の詳細な細胞像と分子像をまとめた。しかしながら、これらの結果は一般に妊娠に関するものであり、所定の親のセットについて発達のモニタリングおよび出産の予測を可能にする分子テストに至っていない。発達で最も広く使用されている分子測定基準は、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（HCG）およびアルファフェトプロテイン（AFP）のレベルを決定することであり、これらはそれぞれ、受胎および胎児の合併症を検出するために使用できる；しかしながら、どちらの分子も、個別に、または組み合わせて、在胎週数（gestational age）を正確に確立することはできなかった（Dugoffら、2005; Yefetら、2017）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
有用な分子テストがないため、ほとんどの臨床医は在胎週数と出産日のおおよその推定を確立するため、超音波画像または最終月経期間（LMP）の患者の推定のいずれかを使用している。しかしながら、これらの方法は、出産前医療における死亡率とコストの実質的な原因である早産の予測には特に正確でも有用でもない。さらに、不正確な日付診（dating）は、たとえ通常の期間の妊娠であっても胎児の発育の評価を誤解する可能性があり、最終的には、分娩および帝王切開の不必要な誘導、出産後のケアの延長、および消耗医療費の増加につながることが示されている（Bennettら、2004；Whitworthら、2015）。
【０００６】
妊娠の様々な時点での胎児の在胎週数を測定するためのより正確なアプローチを開発すること、およびより一般的に異常または早産の兆候について胎児および胎盤の発達をモニターすることの両方が有用である。世界中で毎年約1500万人の新生児が早産で生まれている（Blencoweら、2013）。新生児死亡の第1の原因および5歳未満の小児死亡の第2の原因として（Liuら、2012）、早産は米国に年間262億ドル以上の費用がかかると推定されている（Institute of Medicine (US) Committee on Understanding Premature Birth and Assuring Healthy Outcomes 2007）。早産は生涯にわたって不健康、身体障害、または早期死亡にさらされる主な原因であるため、合併症は後年も続く（Murrayら、2012）。早産の3分の2は自然発生的に発生し、唯一の予測因子は早産の前歴、複数の妊娠、および膣出血である（Institute of Medicine (US) Committee on Understanding Premature Birth and Assuring Healthy Outcomes 2007）。遺伝的原因を見つける努力は限られた成功しか収めておらず（Wardら、2005；Yorkら、2009）、それゆえ、ほとんどの努力は表現型および環境の原因に集中している（MugliaおよびKatz 2010）。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
在胎週数または出産までの時間は、（a）母体試料からのcfRNAまたはタンパク質を使用して発現プロファイルを生成し、ついで（b）該発現プロファイルを、定められた在胎週数の特徴的な発現プロファイルを反映する1またはそれ以上の参照プロファイルと比較することによって決定できる。
【０００８】
早産のリスクは、（a）母体試料からのcfRNA（またはタンパク質）を使用して発現プロファイルを生成し、ついで（b）該発現プロファイルが早産歴のある集団の特徴であるかどうかおよび／または該発現プロファイルが満期分娩歴のある集団の特徴であるかどうかを決定することによって決定できる。
【０００９】
第1の側面では、本開示は、母体試料を分析して1またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、胎児の在胎週数を推定する方法を提供する。
【００１０】
いくつかの実施形態では、該方法は、3またはそれ以上の胎盤遺伝子を含む発現プロファイルを含む。いくつかの実施態様において、該方法は、胎盤遺伝子のみを含むパネルからの発現プロファイルを含む。
【００１１】
いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の経過中に変化する各胎盤遺伝子の発現レベルをさらに含む。いくつかの実施態様では、該方法は、第三期（the third trimester）に比べて第一期（the first trimester）に高い少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルを含む。いくつかのバージョンでは、すべての胎盤遺伝子の発現レベルが、第三期に比べて第一期に低くなる。いくつかの実施形態では、該方法は、第三期に比べて第一期に低い少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルを含む。
【００１２】
いくつかの実施形態では、該方法は、表1の遺伝子から選択される胎盤遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される胎盤遺伝子を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、該方法は、3から9の胎盤遺伝子の発現プロファイルを決定することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。
【００１４】
いくつかの実施形態では、該方法は、血液、血漿、血清、または尿からの母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第三期に母体から得られた母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第二期に母体から得られた母体試料を含む。
【００１５】
いくつかの実施形態では、該方法は以下の工程を含む：発現プロファイルを複数の参照プロファイルと比較し、その際、各参照プロファイルは定められた在胎週数の特徴であり、該比較に基づいて複数の参照プロファイルのどれが発現プロファイルに対応するかを決定し、ついで該対応する参照プロファイルの定められた在胎週数に基づいて、母体試料を得た時点での胎児の推定在胎週数を推定する。
【００１６】
第2の側面では、本開示は、以下の工程を含む、胎児の在胎週数を推定する方法を提供する：（a）第1の側面のいずれかの実施形態による遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料の母体発現プロファイルを取得し、ついで（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは満期分娩集団から得られたものである。
【００１７】
いくつかの実施形態では、該方法は、機械学習技術を使用して確立される満期分娩集団の1またはそれ以上の参照発現レベルを含む。いくつかのバージョンでは、該方法はさらに、それぞれ早産または満期分娩としてラベル付けされた複数のトレーニング試料（training samples）を得ること、複数のトレーニング試料のそれぞれについて遺伝子のパネルの1またはそれ以上の測定された発現レベルを得ること、および機械学習技術を使用して1またはそれ以上の参照発現レベルを繰り返し調整して、1またはそれ以上の測定された発現レベルを1またはそれ以上の参照発現レベルと比較した結果として正しく分類されるトレーニング試料の数を増やすことを含む
【００１８】
いくつかの実施形態では、該方法はさらに以下の工程を含む：発現レベルを遺伝子のパネルの他の参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の他の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、他の参照発現レベルは早産集団から得られたものである。
【００１９】
第3の側面では、本開示は、以下の工程を含む、胎児の在胎週数を推定する方法を提供する：（i）少なくとも1の胎盤RNAを含むパネルの母体発現プロファイルを決定し、ついで（ii）母体発現プロファイルを参照プロファイルと比較し、その際、母体発現プロファイルと参照プロファイルとの比較が在胎週数の推定を可能にする。いくつかの実施形態では、在胎週数は、参照プロファイルについて知られている。いくつかの実施形態では、母体発現プロファイルの参照プロファイルとの比較は、母体発現プロファイルを、1またはそれ以上の発現レベルの入力に基づいて在胎週数を提供する妊娠関数（gestational function）と比較することによって行われ、その際、妊娠関数は、測定された発現レベルを有し、在胎週数が既知である複数の較正試料にモデルをフィッティングすることによって決定される。いくつかのバージョンでは、該方法は回帰モデルを使用する。
【００２０】
いくつかの実施形態では、該方法は、第1の側面のいずれかの実施形態に記載されたプロファイルパネルを含む。いくつかの実施形態では、該方法はコンピュータによって行われる。
【００２１】
いくつかの実施形態では、該方法は、第1の母体試料を使用して第1または第2の側面の方法に従って第1の在胎週数を決定し、妊娠中の後で得られる第2の母体試料を使用して第1または第2の側面の方法に従って第2の在胎週数を決定することを含む。
【００２２】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルをqPCRまたは大規模並列シーケンシング（massively parallel sequencing）により決定する、第1の側面の方法。
【００２３】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルを質量分析によってまたは抗体アレイを使用して決定する、第1の側面の方法。
【００２４】
少なくとも1の追加の遺伝子の発現を決定し、該追加の遺伝子が胎盤遺伝子ではない、第1、第2、または第3の側面の方法。
【００２５】
第4の側面では、本開示は、表1から選択される少なくとも3から50未満の胎盤遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物を提供する。
【００２６】
第5の側面では、本開示は、表1から選択される少なくとも3から50未満の胎盤遺伝子の多重増幅に適したプライマーを含むキットを提供する。
【００２７】
第6の側面では、本開示は、母体の血液または尿から分離された少なくとも3から100未満の胎盤タンパク質を検出するための抗体アレイを提供する。
【００２８】
第7の側面では、本開示は、母体試料を分析して、表2から選択される1またはそれ以上の遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、妊娠中の女性による早産のリスクを評価する方法を提供する。
【００２９】
いくつかの実施形態では、該方法は、表2からの3またはそれ以上の遺伝子を含むパネルを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、満期分娩集団におけるよりも早産集団において高い発現レベルを有する遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、CLCN3、DAPP1、POLE2、PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18、およびTBC1D15から、またはCLCN3、DAPP1、PPBP、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、およびRGS18から選択される遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、CLCN3、DAPP1、POLE2、PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18、およびTBC1D15（10転写物パネル）から、またはCLCN3、DAPP1、PPBP、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、およびRGS18（7転写物パネル）からの3の任意の組み合わせから選択される3の遺伝子を含むパネルを含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、該方法は、3から10の遺伝子のパネルが決定される発現プロファイルを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、正確に3の遺伝子を含むパネルが決定される発現プロファイルを含む。
【００３１】
いくつかのバージョンでは、該方法は、母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、母体試料中のタンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、該方法は、血液、血漿、血清、または尿からの母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、早産の28日前より前に得られた母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、早産の45日以上前に得られた母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第2月後かつ第8月の前に得られた母体試料を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第二期に得られた母体試料を含む。
【００３３】
いくつかのバージョンでは、母体試料は妊娠の第三期に得られる。
【００３４】
いくつかの実施形態では、第7の側面の方法は、妊娠の指定された週に得られた母体試料を含み、以下の工程を含む：発現プロファイルを時間整合参照プロファイル（time matched reference profile）と比較し、その際、時間整合参照プロファイルは妊娠の指定された週での通常の期間の妊娠の特徴であり、ついで発現プロファイルが閾値内で時間整合参照プロファイルと有意に異なる場合、妊娠中の女性を早産のリスクの上昇として同定する。
【００３５】
いくつかの実施形態では、第7の側面の方法は、妊娠の指定された週に得られた母体試料を含み、以下の工程を含む：発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは早産の特徴であり、ついで発現プロファイルが閾値内で時間整合参照プロファイルと有意に類似している場合、妊娠中の女性を早産のリスクの上昇として同定する。
【００３６】
第8の側面では、本開示は、以下の工程を含む、妊娠中の女性の早産のリスクを評価する方法を提供する：（a）本開示の第7の側面による遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料についての母体発現プロファイルを得、ついで（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは早産集団、満期分娩集団、または両集団から得られたものである。
【００３７】
いくつかの実施形態では、該方法の1またはそれ以上の参照レベルは、機械学習技術を使用して確立される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、第7または第8の側面の方法は、コンピュータによって行われる。
【００３９】
第9の側面では、本開示は、妊娠の過程の異なる時点で得られた2またはそれ以上の母体試料を用いて、第7または第8の側面で提供される請求項の工程を行うことを含む方法を提供する。
【００４０】
個々の遺伝子の発現レベルがqPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定される、第7の側面の方法。
【００４１】
個々の遺伝子の発現レベルを質量分析または抗体アレイによって決定する、第7の態様の方法。
【００４２】
第10の側面では、本開示は、表2から選択される少なくとも3の遺伝子および100未満の異なる遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物を提供する。
【００４３】
第11の側面では、本開示は、表2から選択される少なくとも3の遺伝子および100未満の異なる遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含むキットを提供する。
【００４４】
第12の態様では、本開示は、母体試料を分析して1またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、出産までの時間を推定する方法を提供する。
【００４５】
いくつかの実施形態では、該方法は、3またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルからの発現プロファイルを含む。
【００４６】
いくつかの実施形態では、該方法は、胎盤遺伝子のみを含むパネルからの発現プロファイルを含む。
【００４７】
いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の過程での各胎盤遺伝子変化の発現レベルを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、第三期に比べて第一期において高い少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、第三期に比べて第一期において低い少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルを含む。いくつかのバージョンでは、すべての胎盤遺伝子の発現レベルが第三期に比べて第一期において低い。
【００４８】
いくつかの実施形態では、該方法は、母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定することを含む。
【００４９】
いくつかの実施形態では、該方法は、血液、血漿、血清、または尿からの母体試料を含む。
【００５０】
いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第三期に母体から得られた母体試料を含む。
【００５１】
いくつかの実施形態では、該方法は、妊娠の第二期に母体から得られた母体試料を含む。
【００５２】
いくつかの実施形態では、該方法は以下の工程を含む：発現プロファイルを複数の参照プロファイルと比較し、その際、各参照プロファイルは出産までの時間の特徴であり、複数の参照プロファイルのどれが発現プロファイルに対応するかを決定し、ついで該対応する参照プロファイルの出産までの時間に基づいて、母体試料を得た時点での出産までの推定時間を推定する。
【００５３】
第13の側面では、本開示は、以下の工程を含む、出産までの時間を推定する方法を提供する：（a）第9および第7の側面のいずれか1による遺伝子のパネルの発現レベルを含む、試料の母体発現プロファイルを取得し、ついで（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは満期分娩集団から得られたものである。
【００５４】
いくつかの実施形態では、該方法は、機械学習技術を使用して確立される満期分娩集団の1またはそれ以上の参照レベルを含む。いくつかの実施形態では、該方法はコンピュータによって行われる。
【００５５】
いくつかの実施形態では、該方法は、第1の母体試料を使用して第12または第13の側面の方法に従って出産までの第1の時間を決定し、ついで後に妊娠中に得られた第2の母体試料を使用して第12または第13の側面の方法に従って出産までの第2の時間を決定することを含む。
【００５６】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルがqPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定される、第12の態様の方法。
【００５７】
個々の胎盤遺伝子の発現レベルを質量分析または抗体アレイによって決定する、第12の側面の方法。
【００５８】
少なくとも1の追加の遺伝子の発現を決定し、該追加の遺伝子が胎盤遺伝子ではない、第12または第13の側面の方法。
【００５９】
第14の側面では、本開示は、表1から選択される少なくとも3の胎盤遺伝子および100未満の異なる遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含む組成物を提供する。
【００６０】
第15の側面では、本開示は、表1から選択される少なくとも3の遺伝子および100未満の胎盤遺伝子の多重増幅のためのプライマーを含むキットを提供する。
【００６１】
第16の側面では、本開示は、母体の血液または尿から分離された少なくとも3から100未満の胎盤タンパク質を検出するための抗体アレイを提供する。
【図面の簡単な説明】
【００６２】
【図１】図１Ａ〜１Ｂは、3の異なるコホート：デンマーク（図１Ａ）、ペンシルベニアおよびアラバマ（図１Ｂ）における妊娠中の女性からの収集時系列（collection timelines）を示す経時グラフである。正方形、逆三角形、および線は、それぞれ試料の収集、出産日、および個々の患者を示す。
【００６３】
【図２】図２Ａは、胎盤遺伝子、免疫遺伝子または臓器特異的遺伝子（最後の行）の代表的な遺伝子発現アレイからのデータを示す。在胎週数中にプロットされた遺伝子特異的な患者間月間平均±平均の標準誤差（SEM）（灰色の網掛け）。†は、21人の患者しかデータを利用できなかった遺伝子を表す。図２Ｂは、遺伝子特異的推定転写物数の間の相関を示すヒートマップである。遺伝子は図２Ａと同じ順序でリストしてあるが、21人の患者しかデータを利用できなかった遺伝子は省略してある。胎盤遺伝子（行/列1〜20）、免疫遺伝子（行/列21〜29）および臓器特異的遺伝子（行/列30〜36）を示す。図２Ｃ〜２Ｄは、それぞれ線形適合および95％信頼区間を示す実線および陰影を示す。図２Ｃは、トレーニングデータの出産までの時間の例示的なランダムフォレストモデル予測を示す（n=21、R=0.91、P<2.2×10-16、クロス確認）。図２Ｄは、検証データの出産までの時間の例示的なランダムフォレストモデル予測を示す（n=10、R=0.89、P<2.2×10-16）。図２Ｅは、超音波または本発明のセルフリーRNA法による、第二期、第三期、または第二期と第三期との両方の間の予想出産日予測の比較を示すグラフである。
【００６４】
【図３】図３Ａは、早産と正常な出産との間で異なって発現される40の遺伝子（p<0.001）のヒートマップを示す。RNA-Seqをペンシルベニアからの試料で実施した。図３Ｂは、アラバマからの独立したコホートで同定および検証された10の遺伝子の個々のプロットを示しており、これはこのセットの3の遺伝子の固有の組み合わせを使用して早産を正確に予測した。報告されたすべてのp値は、フィッシャーの直接確率検定（FDR<5％）を使用して計算される。*、**、および***は、それぞれ0.05、0.005、および0.0005未満の有意水準を示す。図３Ｃは、図３Ｂからの3の遺伝子の固有の組み合わせにおける10の検証された早産バイオマーカーの予測性能を示すグラフである。曲線下面積（AUC）の値は、発見（ペンシルベニアおよびデンマーク）と検証（アラバマ）の両方のコホートで強調表示されている。
【００６５】
【図４】図４は、胎盤遺伝子または免疫遺伝子の代表的な遺伝子発現アレイからのデータを示す。在胎週数中にプロットされた遺伝子特異的な患者間月間平均±平均の標準誤差（SEM）（灰色の網掛け）。†は、21人の患者しかデータを利用できなかった遺伝子を表す。
【００６６】
【図５】図５は、胎盤、免疫および組織特異的な臓器起源の51の遺伝子を使用して構築されたランダムフォレストモデルよりも優れた性能の、9の胎盤遺伝子を使用して構築されたランダムフォレストモデルを示し、二乗平均平方根誤差（RMSE）によって在胎週数を予測する。
【００６７】
【図６】図６Ａおよび６Ｂは、それぞれ線形適合および95％信頼区間を示す実線および陰影を示す。図６Ａは、トレーニングデータの在胎週数の例示的なランダムフォレストモデル予測を示し（n=21、R=0.91、P<2.2×10-16、クロス確認）、図６Ｂは、検証データの在胎週数の例示的なランダムフォレストモデル予測を示す（n=10、R=0.89、P<2.2×10-16）。
【００６８】
【図７】図７Ａおよび７Ｂは、それぞれ線形適合および95％信頼区間を示す実線および陰影を示す。トレーニングデータおよび検証データは、各グラフの上に報告してある。正常な出産および早産試料の在胎週数および出産までの時間のランダムフォレストモデル予測は、該モデルが正常な出産（RMSE=4.5）および早産（RMSE=4.7）の在胎週数の予測には適しているが（図７Ａ）、早産の場合（RMSE=10.5週）の出産までの時間を正確に予測することができない（図７Ｂ）ことを明らかにしている；正常な出産の出産までの時間は正確に予測されている（図７Ｂ）。
【００６９】
【図８】図８は、RT-qPCR測定が以前に決定されたRNA-Seq値と一致することを示す。
【００７０】
【図９】図９は、評価中の各遺伝子のCtカウントが、External RNA Controls Consortium（ERCC）によって開発された外部RNA対照の共通セットを使用して生成された標準曲線を使用したCt値から逆算されることを示している。対照は、試料の分離後、問い合わせの前にRNA分析実験に追加するように設計された、ラベル付けされていないポリアデニル化転写物のセットで構成されている。ERCC Spike-In Control Mixesは、天然の真核生物のmRNAを模倣する、長さが250から2,000ヌクレオチドになるように設計された92の転写物の事前に配合された市販のブレンドである（例：ERCC RNA Spike-In Mix、Invitrogen、CA、カタログ番号4456740）。
【００７１】
【図１０】図１０Ａ〜１０Ｄは、3の統計分析を使用して、自然発生早産試料と正常な出産試料との間で有意に異なることが見出された遺伝子の例示的なリストを提供する。
【発明を実施するための形態】
【００７２】
１．はじめに
本発明者らは、妊娠中の女性の在胎週数または胎児の出産までの時間を非侵襲的に予測するための遺伝子バイオマーカーのパネルを見出した。本発明者らはまた、女性が胎児の早産のリスクがあるかどうかを非侵襲的に予測するための遺伝子バイオマーカーの直交（orthogonal）セットも見出した。在胎週数または胎児の出産までの時間を予測するための一連の遺伝子マーカーの知見は、一部は、在胎週数を予測するためのゴールドスタンダードとしての超音波を置き換えることの潜在的な利点のため、および超音波と超音波検査技師に関連する実質的な医療費を回避するために重要である。さらに、女性が早産のリスクにあるかどうかを予測するための一連の遺伝子マーカーの知見もまた、一部は、早産のリスクがある女性を予防的に治療することの潜在的な利点のため、および新生児集中治療室（NICU）に関連する実質的な医療費を削減できるために重要である。
【００７３】
本発明者らは、妊娠の各週の間に妊娠中の女性からの血液中のcfRNAを長期にわたって（longitudinally）測定することにより、正常なヒトの発達の高時間分解研究を行った。これらの試料の組織特異的転写物の分析は、胎児と胎盤の発達を高解像度と感度で追跡することを可能にし、また、妊娠に対する母体免疫系の遺伝子特異的反応を検出することを可能にした。この研究のデータは、通常のヒトの発達の「時計（clock）」を確立し、直接分子アプローチにより、わずかなコストで超音波に匹敵する精度で予想される出産を確立できるようにする。本発明者らはまた、分娩の2か月前までに早産のリスクがある女性を正確に識別し、早産のリスクのスクリーニングまたは診断テストの基礎を形成する直交遺伝子セットを特定した。
【００７４】
２．定義
本明細書で使用する場合、「セルフリーRNA」または「cfRNA」という用語は、母体、胎児および／または胎盤の細胞によって発現され、母体血液の非細胞画分から回収可能なRNA、特にmRNAを指し、全長RNA転写物の断片を含む。いくつかの実施形態では、「cfRNA」は、rRNAを含まない。いくつかの実施形態では、「cfRNA」はmiRNAを含まない。いくつかの実施形態では、「cfRNA」は、mRNAを指す。cfRNAは母体の尿からも回収できる。
【００７５】
本明細書で使用する場合、「胎盤遺伝子」、「胎盤遺伝子産物」、「胎盤cfRNA」、または「胎盤タンパク質」という用語は、胎盤では発現されるが母体または胎児の組織によっては発現されない（または有意により低い発現レベルで発現される）遺伝子または対応する遺伝子産物を指す。377 RefSeq（NCBI Reference Sequence Database）遺伝子が胎盤で優先的に発現していると特定する組織特異的遺伝子発現および規制（Tissue-Specific Gene Expression and Regulation; TiGER）などのデータベースを含む胎盤遺伝子を同定するための公開リソースが存在する（http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/tiger）。Expression Atlas（https://www.ebi.ac.uk/gxa/home）などの他のデータベースも、胎盤遺伝子の同定に使用できる。胎盤遺伝子産物には、mRNAおよびタンパク質が含まれる。
【００７６】
本明細書で使用する場合、「発現プロファイル」という用語は、母体試料から得られた1または複数の遺伝子産物の発現レベルを指す。遺伝子産物はcfRNAまたはタンパク質であり得る。母体血漿から回収された遺伝子産物の場合、発現レベルは、母体血漿1mLあたりの特定のRNAの転写物の数、母体血漿1mLあたりの特定のポリペプチドの質量、RNA-Seqから計算された転写物数、またはその他の適切な単位として表すことができる。尿などの他の母体試料から得られた遺伝子産物に類似の単位を使用できる。遺伝子産物の発現は、任意の適切な方法（例えば、以下に記載されるような）を使用して決定され得る。測定値は通常、試料の量と質、逆転写効率などの変動を考慮して正規化される。発現プロファイルが複数の異なる遺伝子産物（例えば、異なるcfRNA転写物）からの発現を反映する場合、発現プロファイルまたは参照プロファイルを生成または比較するときに、遺伝子産物に異なる重みを与えることができる。例えば、妊娠中の女性からの試料中のcfRNA 1およびcfRNA 2を含む発現プロファイルを参照プロファイル（以下で説明）と比較する場合、発現プロファイルと参照プロファイルとの間の類似性または差異の程度を決定する際にcfRNA 2の値における2倍の違いよりもcfRNA 1の値における2倍の違いに重みを与えることができる。母体（例えば、患者）試料からの発現プロファイルは「母体発現プロファイル」と呼ばれることがあり、特定の時間に回収された試料からの母体発現プロファイルは「[時間]母体発現プロファイル」、例えば、「24週間母体発現プロファイル」と呼ばれることがある。
【００７７】
本明細書で使用する場合、「参照プロファイル」は、参照集団に由来する発現プロファイルである。説明のために、参照集団の例は、妊娠中の女性、満期分娩した妊娠中の女性、または早産した妊娠中の女性である。いくつかの実施形態では、参照集団は、母体の年齢（例えば、満期分娩した20〜25歳の女性）、人種または民族（例えば、満期分娩したアフリカ系アメリカ人の女性）などを特徴とする妊娠中の女性の亜集団である。参照プロファイルは、集団中の統計的に有意な数の女性の発現プロファイルを組み合わせることによって生成され、特定の遺伝子産物について、集団中の平均転写レベル、集団中の中央転写レベルを反映するか、または疫学および医学の分野で知られているいくつかの方法のいずれかを用いて決定できる。参照集団は、典型的には、少なくとも10人の対象（例えば、10〜200人の対象）、時には50人以上の対象、そして時には1000人以上の対象を含む。
【００７８】
本明細書で使用する場合、「プロファイルパネル」という用語は、特定のアッセイで測定された遺伝子産物のセットを指す。例えば、6の異なるcfRNA（「RNA A-F」）のアッセイでは、これらの6のcfRNAがプロファイルパネルになる。同様に、母体の血漿または尿からの6の異なるタンパク質のアッセイでは、これらの6のタンパク質がプロファイルパネルになる。別の例として、多数の遺伝子の転写物（例：トランスクリプトーム全体、または多数の胎盤遺伝子転写物）の発現データが収集されるアッセイでは、在胎週数または出産までの時間を推定するためにまたは早産のリスクを評価するために使用されるサブセットがプロファイルパネルと呼ばれる。パネルに含まれないRNAまたはタンパク質の測定値を対照として使用して試料内または試料間での測定値を正規化したり同様の用途に使用できることは認識されるであろう。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、cfRNAおよびタンパク質の両方を含む遺伝子産物のセットを含み得る。プロファイルパネルは「パネル」と呼ばれることもある。
【００７９】
本明細書で使用される場合、「早産（preterm pregnancy）」、「早産（preterm delivery）」、「満期妊娠（full-term pregnancy）」、「満期分娩（full-term delivery）」、および「通常の期間の妊娠（normal term pregnancy）」という用語は、通常の意味を有する。満期分娩は胎児が37週の在胎週数に達した後の出産を指し、早産は胎児が37週の在胎週数に達する前の出産を指す。いくつかの文脈において、早産とは、在胎週数16週から35週、または在胎週数24週から30週の期間の出産を指す。以下で検討する研究で使用した早産集団（実施例を参照）は、1例（ペンシルバニアコホート）では妊娠29週前に胎児を出産し、別のケース（アラバマコホート）では妊娠33週齢を出産した。図１を参照。
【００８０】
本明細書で使用する場合、「母体試料」は、妊娠中の女性から得られた体液の試料を指す。体液は典型的に血清、血漿、または尿であり、通常は血清である。いくつかの実施形態では、唾液、脳脊髄液、胸水などの異なる体液の試料を使用することができる。母体試料は、妊娠中の複数の異なる時点で取得され、アッセイされるまで保存（例えば、凍結）される。母体試料の収集日は試料の不可欠な特性であることが理解されよう。
【００８１】
本明細書で使用する場合、「出産までの時間」は、指定された時間（現在時刻、母体試料収集の日付）から出産日または出産予定日までの週数を指す。出産までの時間は、（出産時の在胎週数）マイナス（試料採取時の在胎週数）として計算される。
【００８２】
本明細書で使用する場合、「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は互換的に使用される。母体の試料から得られたタンパク質への言及は、そのタンパク質が完全長の遺伝子発現産物であることを必ずしも意味しない。部分、断片、および切断産物を本発明に従って検出および同定することができる。
【００８３】
３．セルフリーRNA発現プロファイルを使用する例示的な方法および実施形態
本発明は、胎児発達のための高解像度分子時計の発見、および出産までの時間、胎児の在胎週数、および早産のリスクを確立する方法の発明に関する。一つの側面では、胎盤遺伝子の発現プロファイルを使用して在胎週数または胎児の出産までの時間を推定するための方法および材料を記載する。別の側面では、早産のリスクを評価するための方法および材料を記載する。。
【００８４】
限定ではなく例として、在胎週数または出産までの時間は、（a）母体試料からcfRNA（またはタンパク質）を使用して発現プロファイルを生成し、ついで（b）発現プロファイルを、定められた在胎週数に特徴的な発現プロファイルを反映する1またはそれ以上の参照プロファイルと比較することによって決定できる。例として、母体発現プロファイルを37の参照プロファイル（1〜37週の在胎週数に特徴的な）と比較し、37の参照プロファイルの1つに対する母体発現プロファイルの関連性に基づいて、在胎週数または出産までの時間を推定する。限定ではなく例として、早産のリスクは、（a）母体試料からcfRNA（またはタンパク質）を使用して発現プロファイルを生成し、ついで（b）発現プロファイルが、早産の履歴のある集団の特徴であるかどうかおよび/または満期分娩の履歴のある集団の特徴であるかどうかを決定ことによって決定できる。別のアプローチでは、機械学習（ランダムフォレスト回帰、サポートベクターマシン、エラスティックネット、投げ縄（lasso）など）を使用して、母体試料から生成された母体発現プロファイルに基づいて、在胎週数、出産までの時間、早産のリスクを予測する。
【００８５】
３．１：母体試料の入手
母体試料（例えば、血漿または尿）を採取し、該試料からcfRNAを直ちにまたは保管後に分離し得る。下記の実施例1を参照。RNA画分を分解から保護するため、例えば、RNA画分を安定化する特別な収集チューブ（例えば、PreanalytixのPAXgene RNAチューブ、Applied BiosystemsのTempus Blood RNAチューブ）または添加剤（AmbionのRNAlater、PromegaのRNAsin）を含む既知の方法を使用することができる。
【００８６】
複数の母体試料を収集できる。例えば、各期に、または妊娠の経過中に毎月（例えば第3〜8月）収集することができる。必要に応じて、母体試料をより頻繁に収集してよい。例えば、在胎週数または出産までの時間は、胎児の健康をモニターする方法として頻繁に（例えば隔週で）モニターしてよい。
【００８７】
別の例として、24週で早産のリスクがあると特定された女性は、リスクをモニターするために隔週のアッセイを選択することができる。早産を回避するための介入（例えば、プロゲステロン補充など）が使用されている場合、介入の開始後に母体試料を入手して、介入が母体の発現プロファイルを変化させたかどうかを評価することができる。注目すべきことに、本発明の方法は、分娩の2ヶ月前までに早産の危険がある女性を正確に識別するために使用され得る。実施例6を参照。本発明のいくつかの実施形態では、早産の28日前より前に母体試料を得る。本発明のいくつかの実施形態では、早産の45日前より前に母体試料を得る。いくつかの実施形態では、妊娠の2カ月後かつ8カ月前に母体試料を得る。いくつかの実施形態では、妊娠の第二期の間に母体試料を得る。いくつかの実施形態では、妊娠の第三期の間に母体試料を得る。上記で考察したように、多くの場合、妊娠の経過中に2回以上、母体試料が取得され、アッセイされる。
【００８８】
３．２：cfRNAの分離
セルフリーRNAは、当技術分野で周知の技術を使用して母体試料から分離することができる。下記の実施例1を参照。血液または血液画分からのcfRNAの分離は、Qinら、BMC Res.Notes.,26;6:380(2013)およびMersyら、Clin.Chem.,61(12)1515-23(2015)に記載されている（これら両方は、参照により本明細書に組み込まれる）。cfRNAを血液から分離するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、PaxGene Blood RNAキット（Qiagen、カタログ番号762164）。cfRNAを血漿/血清から分離するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、カナダのNorgen Biotek Corporationからの血漿/血清RNA精製キット、カタログ番号：56900およびZymo ResearchからのQuick-cfRNATM血清＆血漿、カタログ番号：R1059；NextPrep Magnazol cfRNA分離キット（Bioo Scientific）；Quick-cfRNATM血清＆血漿キット（Zymo Research）、およびQIAampR循環核酸キット（Qiagen））。
【００８９】
尿からのcfRNAの分離が記載されている（例えば、Zhaoら、2015, Int. J. Cancer, 1;136(11):2610-5（参照により本明細書に組み込まれる；バイオマーカーの同定のためのcfRNAの使用および病状のモニタリングを記載）。cfRNAを尿から分離するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、カナダのNorgen Biotek Corporationからの尿セルフリー循環RNA精製キット、カタログ番号：56900）。
【００９０】
３．３：cfRNA転写物の定量
セルフリーRNA試料からの特定の転写物の定量は、アレイベースの方法、増幅ベースの方法（例えば、RT-qPCR）、およびハイスループットシーケンシング（RNA-Seq）を含むがこれらに限られない様々な方法で行うことができる。本発明の方法は、特定の定量方法に限定されない。
【００９１】
３．３．１：RT-qPCRアッセイ
RT-qPCRアッセイは、以下の実施例1に記載されている。簡単に説明すると、全RNAまたはメッセンジャーRNA（mRNA）から逆転写酵素によってRNAを相補的なDNA（cDNA）に転写する。あるいは、cDNAは、選択されたRNA転写物に特異的な鋳型特異的プライマー（例えば、配列番号1〜19のうちの1またはそれ以上）を使用して生成される。次に、cDNAをqPCR反応の鋳型として使用する。
【００９２】
RT-qPCRは、1工程または2工程のアッセイで行うことができる。1工程アッセイは、逆転写酵素とDNAポリメラーゼを使用して、逆転写とPCRを単一のチューブと緩衝液で組み合わせる。1工程RT-qPCRは、配列特異的プライマーのみを使用する。2工程アッセイでは、逆転写工程とPCR工程が、異なる最適化緩衝液、反応条件、およびプライミング戦略（ランダムプライマー、オリゴ（dT）、逆転写での配列特異的プライマーについでqPCR工程での配列特異的プライマーなど）を用いて別々のチューブで行われる。上記のように、本明細書におけるRT-qPCRへの言及は、1工程または2工程RT-qPCRアッセイのいずれかを含むことは明らかであろう。
【００９３】
RT-qPCRは、様々な緩衝液と最適化を使用して実行できる。下記の実施例1を参照。血液からのcfRNAの分離およびRT-qPCRによるその後の分析は当技術分野で公知である（例えば、米国特許公開第20140199681号（参照により本明細書に組み入れられる）を参照）。1工程RT-qPCRを実行するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、TaqPathTM 1-step RT-qPCR Master Mix、CG（Thermo Fisher Scientific、カタログ番号A15299）。2工程RT-qPCRを実行するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、Maxima First Strand cDNA Synthesis Kit for RT-qPCR（Thermo Fisher Scientific、カタログ番号K1641））。
【００９４】
３．３．２：RNA-Seqアッセイ
全トランスクリプトームショットガンシーケンシングとしても知られるRNA-Seq（RNA-sequencing）アッセイは、次世代シーケンシング（NGS）を使用して、特定の時点における試料内のRNAの存在と量を明らかにする（Zhongら、Nat.Rev.Gen.10（1）：57-63（2009）（参照により本明細書に組み込まれる））。RNA-Seqアッセイは、以下の実施例1に記載されている。RNA-Seqは、経時的な遺伝子発現の変化や、異なるグループまたは処理における遺伝子発現の違いを確認する機能を促進する（Maherら、Nature. 458(7234):97-101(2009)（参照により本明細書に組み込まれる）を参照）。
【００９５】
以下は、母体液体試料から分離されたcfRNAを分析するための例示的な方法を示している。簡単に説明すると、cfRNAは、例えば、配列特異的プライマー、オリゴ（dT）またはランダムプライマーを使用してcDNA分子を生成することにより、母体試料から分離される。1つのアプローチでは、選択されたRNA転写物に特異的な鋳型特異的プライマー（例えば、表1および表2に列挙される遺伝子に対応する；配列番号１〜１９の1またはそれ以上）を使用して、cDNAが生成される。cDNA分子を断片化および最適化して、cDNA分子の3'および5'末端にシーケンシングリンカーを追加して、シーケンシングライブラリーを作成できる。通常、cfRNAでは断片化は必要ない。次に、最適化されたcDNAはNGSシーケンシングプラットフォームを使用して配列決定される。本発明の方法に従ってcDNAを増幅し、シーケンシング産物を分析するための適切なキットには、例えば、OvationTM RNA-Seq System（NuGen）が含まれる。シーケンシングプラットフォームで使用するためのRNA-Seqライブラリーを準備する他の方法は知られている：例えば、Podnarら、2014,"Next-Generation Sequencing RNA-Seq Library Construction" Curr Protoc Mol Biol. 2014 Apr 14;106:4.21.1-19.doi:10.1002/0471142727.mb0421s106；Schuiererら、2017,"A comprehensive assessment of RNA-Seq protocols for degraded and low-quantity samples. BMC Genomics.2017 Jun 5;18(1):442.doi:10.1186/s12864-017-3827-y；Hrdlickova R, 2017, RNA-Seq methods for transcriptome analysis, Wiley Interdiscip Rev RNA. 2017 Jan;8(1).doi:10.1002/wrna.1364)（これらはすべて参照により本明細書に組み込まれる）。
【００９６】
RNA-Seqアッセイでの使用に適したシーケンシングライブラリーには、母体試料から分離されたcfRNAに由来するcDNAを含めることができる。また、シーケンシングライブラリーには、cfRNAの分離手順ではなく、全RNAの分離中に収集された他のRNA種（miRNAなど）に由来するcDNAが含まれていてよい。したがって、母体試料から得られたRNA内容物に対し、部分的かまたは完全なトランスクリプトーム解析を実行できる。一実施形態では、RNA-Seqに適したcDNAを調製するための入力材料として、母体試料から得られたcfRNAのみを使用することが好ましい。
【００９７】
３．４：プロファイルパネル
本発明者らは、遺伝子産物の特定の組み合わせが本発明の実施において特に有用であることを見出した。すなわち、遺伝子産物の特定の組み合わせは、在胎週数、出産までの時間、または早産の可能性を予測するための正確な推定を提供するのに十分または好ましいものとして識別されている。例えば、実施例4に記載されているように、9の胎盤遺伝子のサブセットは、より大きな遺伝子パネルよりも在胎週数または出産までの時間を推定するためのより多くの予測力を提供した。
【００９８】
パネルの特定の特徴がこのセクションで説明されるが、本発明はこれらの特定の記載された実施形態に限定されないことが理解されるであろう。また、このセクションではcfRNA転写物の発現を参照してパネルを記載するが、これらの遺伝子サブセットによってコードされた循環タンパク質の発現レベルに基づくパネルを、在胎週数または出産までの時間を決定し、早産のリスクのある女性を同定するためにも使用できることも理解されるであろう。以下のセクション４を参照。
【００９９】
いくつかのアプローチでは、女性の妊娠中に複数の異なるプロファイルパネルが使用される。例えば、第1のプロファイルパネルを第二期に使用し、異なるプロファイルパネルを第三期に使用できる。
【０１００】
３．４．１：在胎週数または出産までの時間を決定するためのプロファイルパネル
一実施形態では、本発明は、母体試料を分析して胎盤遺伝子（例えば、胎盤遺伝子によってコードされるcfRNAまたはタンパク質）の発現プロファイルを決定することにより、在胎週数または胎児の出産までの時間を推定する方法を提供する。適切なパネルは、この開示で提供される情報に基づいて選択することができる。一実施形態では、パネルは、1、少なくとも2、または少なくとも3の胎盤遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の胎盤遺伝子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の胎盤遺伝子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、100未満の遺伝子、例えば、100未満の胎盤遺伝子、時には50未満の胎盤遺伝子、時には20未満の胎盤遺伝子、時には15未満の胎盤遺伝子、時には10未満の胎盤遺伝子、および時には5未満の胎盤遺伝子を含む。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、プロファイルパネル中の各胎盤遺伝子の発現レベルは、妊娠の経過中に変化する。以下の実施例を参照。したがって、一実施形態では、パネル内の少なくとも1の胎盤遺伝子の発現レベルは、第三期に比べて第一期に高い。いくつかの実施形態では、パネル内のほとんどまたはすべての胎盤遺伝子の発現レベルは、第三期に比べて第一期に高い。いくつかの実施形態では、1つの胎盤遺伝子の発現レベルは、第三期に比べて第一期に低い。いくつかの実施形態では、パネル内のほとんどまたはすべての胎盤遺伝子の発現レベルは、第三期に比べて第一期に低い。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、少なくとも1の胎盤遺伝子が、表1の遺伝子から選択される。いくつかの実施形態では、プロファイルパネル内のすべての胎盤遺伝子は、表1に列挙された遺伝子である。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、発現プロファイルは、CGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、発現プロファイルは、CGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される1、2、3、4、5、6、7、8、または9の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、胎盤遺伝子のセットは、CGAおよびCGB以外の少なくとも1の遺伝子を含む。1つのアプローチにおいて、プロファイルパネルは、配列番号1〜9から選択される3〜9のcfRNAを含む。
【０１０４】
一実施形態では、在胎週数は、9の遺伝子：CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14のプロファイルパネルプロファイルを使用して決定される。本発明者らは、特定されたトランスクリプトーム署名を構成する9の遺伝子の重要性を判断するため、女性の亜集団（すなわち、未経産または多産の女性、男または女の胎児を有する女性）についていくつかの異なるモデルをトレーニングした（trained）。男または女の胎児を有する女性と未経産または多産女性の4の異なるモデルをトレーニングすると、本文で特定された9の遺伝子のうち2で（CGA、CSHL1）または女性（CGA、CAPN6）の胎児および多産（CGA、CSHL1）女性に十分であることが明らかになった。しかしながら、未経産女性の出産までの時間を最適に予測するためには9のすべての遺伝子が必要であり、同定されたトランスクリプトーム署名の重要性が強調された。本発明のいくつかの実施形態では、パネルは、CGAとCSHL1またはCGAとCAPN6を含む。
【０１０５】
在胎週数を予測するために使用される9の転写物は、モデルによって次の重要度の順序で（最も重要度の高いものから低いものへ）重み付けされた：CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14。したがって、いくつかの実施形態では、個々の遺伝子について決定された発現レベルには、参照プロファイルでの発現と比較したときに異なる重み（または係数）が与えられる。例えば、すべての9の遺伝子、またはこのグループの9未満の遺伝子を含むサブセット（例えば、2、3、4、5、6、7、または8）の場合、各遺伝子の発現値はCGA>CAPN6>CGB>ALPP>CSHL1>PLAC4>PSG7>PAPPA>LGALS14にランク付けされる。
【０１０６】
一実施形態では、パネルは、表1からの1、少なくとも2、または少なくとも3の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、表1からの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の遺伝子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、表1からの正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の遺伝子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは100未満の遺伝子、時には50未満の遺伝子、時には20未満の遺伝子、時には15未満の遺伝子、時には10未満の遺伝子、時には5未満の遺伝子を含む。特定のアプローチでは、プロファイルパネルは、1〜100遺伝子、1〜50遺伝子、1〜25遺伝子、3〜100遺伝子、3〜50遺伝子、3〜25遺伝子、または3〜10遺伝子の範囲の多数の遺伝子を含む。
【０１０７】
いくつかのバージョンでは、胎盤遺伝子は表1の遺伝子から選択される。いくつかの実施形態では、胎盤遺伝子は、CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される。いくつかの実施形態では、該遺伝子は、CGA以外の少なくとも1の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該遺伝子は、CGA以外の少なくとも2、3、4、5、6、7または8の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該遺伝子は、CGB以外の少なくとも1の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該遺伝子は、CGB以外の少なくとも2、3、4、5、6、7または8の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該遺伝子は、CGAおよびCGB以外の少なくとも1の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、3〜9の胎盤遺伝子の発現プロファイルを決定することを含む。
【０１０８】
３．４．２：早産のリスクを決定するためのプロファイルパネル
1つの側面では、本発明は、母体試料を分析して発現プロファイルを決定することにより、早産のリスクを推定する方法を提供する。一実施形態では、そのような決定に使用されるプロファイルパネルは、満期分娩集団におけるよりも早産集団において高い発現レベルを有する1またはそれ以上のcfRNA転写物を含む。一実施形態では、早産集団は、37週の在胎週数より前に胎児を出産した女性のセットを指す。別の実施形態では、早産集団は、33週の在胎週数より前に胎児を出産した女性を指す。別の実施形態では、早産集団は、29週の在胎週数より前に胎児を出産した女性を指す。さらに別の実施形態では、早産集団は、12〜33週の在胎週数に胎児を出産した女性を指す。別の実施形態では、早産集団は、16〜29週の在胎週数に胎児を出産した女性のセットを指す。一実施形態では、早産集団は、16〜33週の在胎週数に胎児を出産した女性のセットを指す。上記のように、実施例で使用される早産の1つの集団は、29週の在胎週数より前に胎児を出産した女性からなり、この集団（またはその亜集団）が、早産の高いリスクに特徴的な参照プロファイルを作成するために好ましい。実施例はまた、29週より前に胎児を出産した女性の集団で見出されたバイオマーカーが、33週の在胎週数より前に胎児を出産した女性の集団に適用できることも示す。
【０１０９】
1つのアプローチにおいて、プロファイルパネルは、表2に列挙された1またはそれ以上、好ましくは3またはそれ以上の遺伝子を含む。
【０１１０】
1つのアプローチでは、プロファイルパネルには10の転写物パネル：CLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、POLE2[配列番号12]、PPBP[配列番号13]、LYPLAL1[配列番号14]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、RGS18[配列番号18]、およびTBC1D15[配列番号19]から選択される3またはそれ以上の遺伝子が含まれる。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは3またはそれ以上の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは、配列番号10〜19から選択される3またはそれ以上の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは、配列番号10〜19から選択される正確に3の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、パネルは、配列番号10〜19から選択される遺伝子のみを含む。例えば、様々な実施形態では、プロファイルパネルは以下の組み合わせを含む：（i）CLCN3、DAPP1、POLE2；（ii）DAPP1、POLE2、PPBP；（iii）POLE2、PPBP、LYPLAL1；（iv）PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL；（v）LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B；（vi）MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B；（vii）MOB1B、RAB27B、RGS18；および（viii）RAB27B、RGS18、TBC1D15。配列番号10〜19から選択される3の遺伝子の組み合わせの完全なリストは容易に生成され、この段落は3の遺伝子の前記の各組み合わせの所有を伝えることを意図していることが理解されるであろう。
【０１１１】
1つのアプローチでは、プロファイルパネルには7の転写物パネル：CLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、PPBP[配列番号13]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、およびRGS18[配列番号18]から選択される3の遺伝子が含まれる。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは3またはそれ以上の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは、配列番号10、11、13、および15〜18から選択される3またはそれ以上の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは、配列番号10、11、13、および15〜18から選択される正確に3の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、パネルは、配列番号10、11、13、および15〜18から選択される遺伝子のみを含む。
【０１１２】
1つのアプローチでは、プロファイルパネルは表2から選択される正確に3の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは配列番号10〜19から選択される正確に3の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルは、配列番号10、11、13、15、および16〜18から選択される正確に3の遺伝子を含む。
【０１１３】
早産のリスクが高い女性を同定するために使用される7の転写物は、モデルによって次の重要度の順（最も重要度の高いものから低いものへ）で重み付けされ：RAB27B>PPBP>DAPP1>RGS18>（MOB1B、MAP3K7CL、およびCLCN3）、その際、MOB1B、MAP3K7CL、およびCLCN3は同じランクである。したがって、いくつかの実施形態では、個々の遺伝子について決定された発現レベルには、参照プロファイルでの発現と比較したときに異なる重み（または係数）が与えられる。例えば、すべての7の遺伝子、またはこのグループの7未満の遺伝子を含むサブセット（例えば、2、3、4、5、6）の場合、各遺伝子の発現値はRAB27B>PPBP>DAPP1>RGS18>（MOB1B、MAP3K7CL、およびCLCN3）にランク付けされる。
【０１１４】
1つの側面では、本発明は、母体試料を分析して配列番号10、11、13、15、および16-18などの表2に列挙された遺伝子（例えば、cfRNAまたはタンパク質）のセットの発現プロファイルを決定することによって早産のリスクを決定する方法を提供する。一実施形態では、パネルは、表2からの1、少なくとも2、または少なくとも3の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは、表2からの少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の遺伝子を含むことができる。いくつかのの実施形態では、プロファイルパネルは、表2からの正確に1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20の遺伝子を含むことができる。いくつかの実施形態では、プロファイルパネルは100未満の遺伝子、時には50未満の遺伝子、時には20未満の遺伝子、時には15未満の遺伝子、時には10未満の遺伝子、時には5未満の遺伝子を含む。特定のアプローチでは、プロファイルパネルは、1〜100遺伝子、1〜50遺伝子、1〜25遺伝子、3〜100遺伝子、3〜50遺伝子、3〜25遺伝子、または3〜10遺伝子の範囲の多数の遺伝子を含む。1つのアプローチでは、プロファイルパネルの少なくとも1の遺伝子は、米国特許公開第2013/0252835号の図３Ａおよび/または図３Ｂおよび／または図４に列挙されていない。
【０１１５】
1つのアプローチでは、妊娠の指定された週に母体試料を得、母体発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは妊娠の指定された週での満期妊娠プロファイルの特徴である。1つのアプローチでは、妊娠の指定された期（例えば、第一期、第二期、第三期）に母体試料を得、母体発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは妊娠の指定された週での満期妊娠の特徴である。参照プロファイルからの母体プロファイルの有意な逸脱は、女性が早産のリスクが高いことを示す。別のアプローチでは、妊娠の指定された週に母体試料を得、母体発現プロファイルを時間整合参照プロファイルと比較し、その際、時間整合参照プロファイルは妊娠の指定された週での早産プロファイルの特徴である。母体プロファイルと参照プロファイルの有意な類似性は、女性が早産のリスクが高いことを示す。1つのアプローチでは、機械学習モデルを使用して母体プロファイルと参照プロファイルを比較する。
【０１１６】
４．循環タンパク質発現を使用する例示的な方法および実施形態
４．１：母体の血液または尿からのタンパク質の分離
タンパク質は、当技術分野で周知の方法を使用して母体試料から分離することができる。1つのアプローチでは、総タンパク質は母体の血液画分または尿からのものであり、特定のタンパク質の存在および/または量についてアッセイされる。1つのアプローチでは、タンパク質画分（例えば、目的のタンパク質が濃縮された画分）を使用してアッセイが実行される。1つのアプローチでは、アッセイは1またはそれ以上の精製タンパク質を使用して行われる。タンパク質の分離および分画は、とりわけ、分子量、タンパク質電荷、溶解度/疎水性、タンパク質等電点（pI）、アフィニティー精製（例えば、抗体やアプタマーなど、タンパク質に特異的な抗リガンドを使用）による分画を用いて行うことができる。血液からタンパク質を分離するためのキットは既知であり市販されている（例えば、ITSIBiosciencesからのTotal Protein Assay Kit、カタログ番号：K-0014-20）。血漿/血清からタンパク質を分離するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、AbcamからのAntibody Serum Purification Kit（Protein A）、カタログ番号：ab109209）。試料からタンパク質とRNAを分離するためのキットも知られている（例えば、Thermo Fisher ScientificからのProtein and RNA Isolation System (PARIS)、カタログ番号AM1921）。
【０１１７】
４．２：母体試料からのタンパク質の検出
母体試料からの特定のタンパク質は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）；ラジオイムノアッセイ（RA）（例えば、同等のELISA条件を使用して検出できない低レベルのタンパク質の検出を記載するAnthonyら、Ann. Clin. Biochem.,34:276-280(1997)（参照により本明細書に組み入れられる）を参照）；近接ライゲーションおよび近接伸長アッセイ（例えば、米国特許公開第20170211133、20160376642、20160369321、20160289750、20140194311、20140170654、20130323729、および20020064779（参照により本明細書に組み入れられる）を参照）、タンパク質結合アレイ（例えば、抗体またはアプタマーアレイ）、質量分析（例えば、Han, X.ら(2008), Mass Spectrometry for Proteomics. Current Opinion in Chemical Biology, 12(5), 483-490（参照により本明細書に組み入れられる）、http://doi.org/10.1016/j.cbpa.2008.07.024；Serang, Oら(2012). A review of statistical methods for protein identification using tandem mass spectrometry. Statistics and Its Interface, 5(1), 3-20（参照により本明細書に組み入れられる））を含むよく知られた方法を使用して同定および/または定量できる。任意の適切な方法を使用することができる。
【０１１８】
タンパク質結合アレイは、抗体ベースのアレイおよびアプタマーベースのアレイ（例えば、Gold Lら、(2010) Aptamer-Based Multiplexed Proteomic Technology for Biomarker Discovery. PLoS ONE5(12):e15004.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015004（参照により本明細書に組み入れられる））を含むがこれらに限定されず、タンパク質を検出および定量するために使用できる。抗体アレイ（抗体マイクロアレイとも呼ばれる）は、タンパク質アレイの特別の形態である。この技術では、一群の捕獲抗体がガラス、プラスチック、メンブレン、シリコンチップなどの固体表面に固定され、抗体とその標的抗原間の相互作用が検出される（例えば、米国特許第4,591,570号、4,829,010号および5,100,777号（これらはすべて参照により本明細書に組み込まれる）を参照）。抗体アレイは、血清、血漿、尿および細胞または組織ライセートを含む様々な体液からのタンパク質発現を検出するために使用できる（Knickerbocker T., MacBeath G. Detecting and Quantifying Multiple Proteins in Clinical Samples in High-Throughput Using Antibody Microarrays. In: Wu C.(編)Protein Microarray for Disease Analysis. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols), vol 723. Humana Press (2011) （参照により本明細書に組み入れられる）を参照）。
【０１１９】
抗体アレイを実施するためのキットは既知であり、市販されている（例えば、RayBiotech、Norcross、GAからのカスタム設計された抗体アレイまたは所定の抗体アレイ）。
【０１２０】
５．統計分析
母体の発現プロファイルは、様々な方法で参照プロファイルと比較できる。1つのアプローチでは、2つのデータセット間の比較が行われて、1つのデータセットが別のデータセットと異なるか、または類似しているかどうか、例えば、統計的有意性の範囲内で決定される。一実施形態では、第1のデータセットは母体発現プロファイルを含むことができ、第2のデータセットは参照プロファイルを含み、第1および第2のデータセットは、妊娠中の1またはそれ以上の時点（例えば、妊娠の過程で週に1回または期に1回）で収集された1つまたは複数の遺伝子についての遺伝子発現データの1またはそれ以上のデータポイント（例えば、中央値）を含む。いくつかの実施形態では、第2のデータセットは、早産母体試料または既知の在胎週数を有する母体試料からの複数のデータポイントを含む。
【０１２１】
したがって、母体データセットは、1またはそれ以上の遺伝子の発現レベルの測定値であることができ、発現レベルは、各遺伝子の個々の発現値から、例えば、個々の発現レベルの平均、加重平均、または中央値として決定することができる。他の実施形態では、個々の発現レベルは、例えば、クラスタリングで使用するために、多次元データポイントの異なる次元として扱うことができる。在胎週数または出産までの時間を決定するために、比較は、母体試料の測定された発現レベルと、異なる既知の在胎週数を有する複数の参照のそれぞれの参照発現レベルとの間で行うことができ、それにより、最も近い（例えば、測定された発現レベルと参照発現レベルの間の距離の差が最も小さい）グループまたは代表的なデータポイントを同定できる。最も近い参照試料（またはすべて同じ在胎週数を有する参照試料のグループの代表的なデータポイント）の既知の在胎週数は、母体試料の在胎週数または出産までの時間として使用できる。そのような比較は、測定された発現レベルを、参照試料から決定された妊娠関数、例えば、発現レベル間の関数関係を定義する線形関数（例えば、複数の個々の発現レベルが異なる次元に対応する場合の多次元空間、または個々の発現レベルを組み合わせて単一のメトリックを提供する場合の2Dプロットにおいて）に含ませることによって行うことができる。
【０１２２】
満期分娩試料と早産試料とを区別する実施形態では、比較は、測定された発現レベルが早産参照レベルまたは満期分娩参照レベルにより類似しているかどうかを決定することを含むことができる。そのような比較は、参照レベルのどのクラスターが測定された発現レベルに最も近いかを決定することを含み得る。測定された発現レベルが、（例えば、ある次元に沿った差異が異なるように重み付けされる距離または重み距離によって測定されるように）満期分娩試料または早産試料のいずれかのクラスターの一部と見なされるように十分に近いかどうかを決定するため、1またはそれ以上の値が使用され得る。発現レベルが十分に近くない場合、不確定な分類が生じ得る。閾値を使用して、測定された発現レベルが満期分娩集団または早産集団の参照発現レベルに十分に近いかどうかを決定できる。当業者には明らかなように、閾値は、所望の感度および特異性に基づいて選択することができる。
【０１２３】
参照レベルを決定するため、一連のトレーニング試料に、さまざまな分類（例えば、満期分娩または早産）でラベルを付けることができる。次に、参照レベルは、分類を表すものとして、または異なる分類を分離する値として、例えば、異なる分類を新しい試料に割り当てるためのカットオフとして選択できる。機械学習技術は、様々な遺伝子の様々な発現レベルを分析して、最適化された参照レベルのセットに発現レベル（特性）のどのセットが最適な識別を提供するかを決定できる。特異性と感度のトレードオフは、例えば、ROC（受信者動作特性）曲線によって最適化できる。いくつかの実施形態では、それぞれ早産または満期分娩としてラベル付けされた複数のトレーニング試料を取得することができる。いくつかの実施形態では、トレーニング試料は、未経産または多産の女性、男または女の胎児を有する女性などとしてラベル付けされる。遺伝子のパネルについて測定された1またはそれ以上の発現レベルは、複数のトレーニング試料のそれぞれについて得ることができる。機械学習手法を使用して（例えば、モデルで定められたコスト関数を最適化することにより）、1またはそれ以上の参照発現レベルを繰り返し調整して、1またはそれ以上の測定された発現レベルを1またはそれ以上の参照発現レベルと比較した結果として正しく分類されるトレーニング試料の数を増やすことができる。
【０１２４】
いくつかの側面では、第1および第2のデータセットを分析して、データセット（例えば、データセットの発現レベル）間の相対的な差異または類似性（例えば、倍数増加または倍数減少）を確立することができる。そのような手順は、遺伝子のパネルについて単一の発現レベルが決定されるときに行うことができる。別の側面では、在胎週数中の各遺伝子の各時点での発現レベルのペアワイズ比較を使用して、どの参照レベルが最も類似しているかを特定でき、その際、各参照レベルのセットは、異なる在胎週数に対応する。いくつかの実施形態において、ペアワイズ比較（例えば、異なる遺伝子の発現レベル間および／または異なる時間における参照レベル間のペアワイズ）は、フィッシャーの正確検定、Wilcox順位検定、順列検定、線形回帰、一般化線形モデル、および適切な複数の仮説の修正（例：Benjamini Hochberg）と組み合わせた準尤度検定を含むがこれに限定されない一連の統計的方法論による統計分析を含み得る。
【０１２５】
一実施形態では、妊娠全体にわたる遺伝子活性の区別（例えば、早産と満期分娩の母体試料間、実施例1および図１１Ａ〜１１Ｄを参照）は、分位数調整された条件付き最尤法、一般化線形モデル（GLM）尤度比検定、および/またはedgeRソフトウェア（Bioductor、https：//bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.htmlで入手可能）を使用してRに実装された準尤度F検定を使用することを含み得る。
【０１２６】
別の側面では、試料データセットは、第2のデータセットを使用して生成されたランダムフォレストモデル（例えば、ChenおよびIshwaran、Genomics、99：323-329（2012）（参照により本明細書に組み込まれる）を参照）を使用して分析できる。実施例を参照。ランダムフォレストは機械学習の一種であり、複数のモデル（例えば、決定木または回帰モデル）を構築するためにランダムにトレーニングセットを選択し、このモデルのアンサンブルの出力を使用して最終的な出力を決定する（例えば、在胎週数または出産までの時間を決定する際の満期分娩/早産分類の多数決による投票または平均により）。各モデルは同じまたは異なる特性（例えば、遺伝子の発現レベル）を持つことができるが、ランダムに選択された異なるトレーニングセットから決定されるように、異なる参照レベルを有する。2つのデータセットを比較するため、サポートベクターマシン、エラスティックネット、投げ縄またはニューラルネットワークを含むがこれらに限定されない他の機械学習手法を使用できることが認識されるであろう。また、民族性などの集団の特定の属性を考慮するために機械学習モデル（例えば、監視付き機械学習；例えば、Mohriら、（2012）Foundations of Machine Learning、The MIT Press（参照により本明細書に組み込まれる）を参照）を開発できること、および様々なニーズに基づいて複数のモデル（例えば、東ヨーロッパモデルvs北アフリカモデル）を準備できることも明らかであろう。
【０１２７】
1つの側面では、機械学習モデル（例えば、在胎週数または出産までの時間を予測するため）は、以下のように準備することができる：
（1）ラベル付けされたトレーニングセットをキュレートする（例えば、各試料の在胎週数がわかっている場合）;
（2）目的の特性の選択（例えば、再帰的な特性選択）を繰り返す；
（3）選択した特性に基づいて回帰モデル（例えば、ランダムフォレスト）を構築する；および
（4）相互検証データを使用して回帰モデルと特性サブセットを選択する（例えば、トレーニングセットの一部を差し控え、回帰モデルが差し押さえられたデータをどの程度正確に評価したかを判断することにより）。
【０１２８】
一実施形態では、回帰モデルが準備されたら、それを保存して、将来のデータ解釈のために使用することができる。他の実施形態では、例えば、既知の在胎週数で測定された発現レベルのセットに線または曲線をフィッティングすることにより、単一の回帰モデルを決定することができる。回帰モデルは、例えば、モデル（例えば、線形関数または非線形関数）が、測定された発現レベルを持ち、在胎週数がわかっている複数の検量試料の発現レベルに適合している場合に、妊娠関数と見なすことができる。したがって、母体発現プロファイルと参照プロファイルとの比較は、母体発現プロファイルを、1またはそれ以上の発現レベルの入力に基づいて在胎週数を提供する妊娠関数と比較することによって実行できる。
【０１２９】
別の態様では、第1および第2のデータセットは、http：//statweb.stanford.edu/~tibs/SAM/（Tusserら、PNAS、98:5116-5121（2001）（参照により本明細書に組み込まれる）を参照）で入手可能なSAMS（Scoring Algorithm of Molecular Subphenotypes）を使用して分析できる。SAMSは、2つのスコア（例えば、アップスコアとダウンスコア）の計算から生成された遺伝子発現データの分類アルゴリズムである。一実施形態では、本発明の母体発現プロファイルデータセット（例えば、cfRNA）は、参照発現プロファイルデータセットと比較することができ、中央値を超えるアップスコア（参照発現プロファイルと比較して）を有し、中央値を超えるダウンスコア（参照発現プロファイルと比較して）を有する母体試料は、統計的に有意であると分類できる（例えば、Herazo-Maya, Lancet Respir Med, September 20,(2017)doi:org/10.1016/S2213-2600(17)30349-1およびDinuら、BMC Bioinformatics, 8:242 (2007)（ともに参照により本明細書に組み込まれる）を参照）。SAMSを使用した第1および第2のデータセットの他の評価は、SAMSの使用者マニュアル（http://www-stat.stanford. edu/~tibs/SAM/sam.pdfから入手可能）に従って実行できる。
【０１３０】
遺伝子発現データに向けられた第1および第2のデータセット（例えば、早産データセットvs母体試料）の比較のために、例えば、EfronおよびTibshirani（On Testing the Significance of Sets of Genes.Ann Appl. Stat., 1.107-129(2007）およびZhaoら（Gene expression profiling predicts survival in conventional renal cell carcinoma, PLOS Medicine, 3.E13.13.10.1371/journal.pmed.0030013.(2006)）によって示された方法を含む（ともに参照により本明細書に組み込まれる）、さまざまな追加の統計分析が存在する。
【０１３１】
上記で検討したように、母体発現プロファイルを参照プロファイルと比較して、類似性または差異の測定を行うことができる。1つのアプローチにおいて、母体発現プロファイルを参照プロファイルと比較することは、遺伝子発現データ（例えば、コンピュータ可読媒体上の特定のcfRNA配列の転写物の数または相対数）をコンパイルすること、および前記プロファイル間の類似性および差異の程度を同定するために前記コンピュータで前記データを処理することを含む。
【０１３２】
６．早産のリスクのある女性のための医療介入
早産のリスクがあると特定された女性は、早産の可能性をモニターおよび低減するため、あるいは妊娠を可能な限り延長するために、医学的介入（例えば、プロゲステロン補充、子宮頸管縫縮術）、行動変化（禁煙）、または超音波画像を選択することができる。Newnhamら、“Strategies to Prevent Preterm Birth.” Frontiers in Immunology 5 (2014)：584（参照により本明細書に組み込まれる）を参照。プロゲステロンは、早産のリスクがあると同定された女性の早産の発症を治療および/または予防するために使用できる。いくつかの実施形態では、妊娠中の女性に、例えば膣ゲルとして、子宮頸部の短縮または脱皮を遅らせることによって妊娠を延長するのに十分な量のプロゲステロンを投与することができる。投与は、週に1回のように少ない頻度で、または1日4回のようにしばしば行うことができる。抗生物質治療（アモキシシリン、アンピシリン、エリスロマイシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリン）は、早産の前兆である前記破水（premature rupture of the membranes；PROM）を伴う女性に適応が示され、早産のリスクがあると特定された女性に投与される。女性が早産のリスクがあると特定された場合、医療提供者は少なくとも4週間に1回、隔週、または毎週、超音波検査を勧めてよい。
【０１３３】
７．早産のリスクがある女性のための本発明のセラノスティクス（THERANOSTIC）および予後的使用
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、セラノスティクス（theranosis）に使用される。1つのアプローチでは、第1の時点で早産のリスクがある女性から第1の母体発現プロファイルを取得し、医学的に適切な手順（例えば、医療介入）を開始または実行し、次に第2の時点での女性から第2の母体発現プロファイルを取得する。各母体発現プロファイルは、適切な参照プロファイル（例えば、時間整合、集団整合（population matched）など）と比較される。第2の母体発現プロファイルと適切な対応する参照プロファイルとの間の差が第1の母体発現プロファイルとその適切な対応する参照プロファイルとの間の差よりも小さい場合、これは実施される工程が有益な治療効果を有することの指標である。場合によっては、第1の母体発現プロファイルと第2の母体発現プロファイルとが同じ参照プロファイルと比較される。1つのアプローチでは、このプロセスは医学的介入なしに実行され、その場合、自然回復が観察される。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は予後診断に使用される。特定の母性発現プロファイルは特定の予後を示すと考えられる。例えば、特定の母体発現プロファイルを使用して、早産（介入なし）までの時間を推定することができる。この目的のための参照プロファイルは、特定の妊娠結果（早産の日付）、遺伝的リスク、または年齢や以前の妊娠歴などの表現型の要因によってグループ化された亜集団から生成できる。本明細書に開示される方法はまた、先天性欠損を有する胎児を識別およびモニターするためにも使用され得る。場合によっては、子宮内治療に関する決定を通知するためにこの方法が使用されてよい。母体発現プロファイルは、胎児の出産までの時間および在胎週数を推定するために使用でき、その結果は、母体または胎児のいずれかにアドバイスまたは治療を提供するために使用される。同様に、適切に選択された遺伝子を使用して、そのようなプロファイルは早産などの有害事象のリスクを推定するのに使用できる。
【０１３５】
８．コンピュータに実装された方法および参照値のデータベース
本発明の方法は、コンピュータベースのシステムを使用して実施され得る。本明細書で使用される場合、「コンピュータベースのシステム」は、本発明の情報を分析するために使用されるハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ記憶手段を指す。本発明のコンピュータベースのシステムの最小ハードウェアは、中央処理装置（CPU）、入力手段、出力手段、およびデータ記憶手段を含む。当業者は、現在利用可能なコンピュータベースのシステムのいずれも本発明での使用に適していることを容易に理解することができる。データ記憶手段は、上記の本発明の情報の記録を含む任意の製造物、またはそのような製造物にアクセスすることができるメモリアクセス手段を含むことができる。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、参照プロファイルを含むデータベースが本発明の方法で使用される。いくつかの実施形態では、複数の女性、および任意選択で異なる女性の亜集団からの発現データを含むデータベースが提供される。したがって、本発明の側面は、データベースの使用および開発のためのシステムおよび方法を提供する。いくつかのアプローチでは、データベースは、個々の女性の特性に基づいて選択された新しい参照プロファイルの生成を可能にするアルゴリズムと組み合わせて使用される。
【０１３７】
本明細書に記載のコンピュータシステムはいずれも、適切な数のサブシステムを利用することができる。いくつかの実施形態では、コンピュータシステムは、単一のコンピュータ装置を含み、サブシステムは、コンピュータ装置の構成要素であり得る。他の実施形態では、コンピュータシステムは、内部コンポーネントを備えた、それぞれがサブシステムである複数のコンピュータ装置を含むことができる。コンピュータシステムには、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、タブレット、携帯電話、その他のモバイルデバイスが含まれる。
【０１３８】
コンピュータシステムは、複数の同じコンポーネントまたはサブシステムを含むことができ、例えば、外部インターフェースによって、内部インターフェースによって、または1つのコンポーネントから別のコンポーネントに接続および除去できる取り外し可能な記憶装置を介して一緒に接続される。いくつかの実施形態では、コンピュータシステム、サブシステム、または装置は、ネットワークを介して通信することができる。そのような場合、1台のコンピュータをクライアントと見なし、別のコンピュータをサーバーと見なすことができ、それぞれを同じコンピュータシステムの一部にすることができる。クライアントおよびサーバーはそれぞれ、複数のシステム、サブシステム、またはコンポーネントを含むことができる。
【０１３９】
実施形態の側面は、ハードウェア回路（例えば、特定用途向け集積回路またはフィールドプログラマブルゲートアレイ）を使用して、および／またはモジュール式または統合方式で一般的にプログラム可能なプロセッサを有するコンピュータソフトウェアを使用して、制御ロジックの形で実装できる。本明細書で使用する場合、プロセッサは、シングルコアプロセッサ、同じ統合チップ上のマルチコアプロセッサ、または単一の回路基板またはネットワーク上の複数の処理ユニット、ならびに専用ハードウェアを含むことができる。本明細書で提供される開示および教示に基づいて、当業者は、ハードウェアおよびハードウェアとソフトウェアの組み合わせを使用して本発明の実施形態を実装する他の仕方および／または方法を知っており、理解するであろう。
【０１４０】
本出願に記載されているソフトウェアコンポーネントまたは機能は、例えば、従来の技法やオブジェクト指向の技法を使用し、Java、C、C++、C＃、Objective-C、Swift、スクリプト言語（PerlやPythonなど）などの適切なコンピュータ言語を使用してプロセッサによって実行されるソフトウェアコードとして実装できる。ソフトウェアコードは、一連の命令またはコマンドとして、記憶および／または伝送のためにコンピュータ可読媒体に記録され得る。適切な持続性（non-transitory）コンピュータ可読媒体には、ランダムアクセスメモリ（RAM）、読み取り専用メモリ（ROM）、ハードドライブやフロッピーディスクなどの磁気媒体、またはコンパクトディスク（CD）やDVD（デジタルバーサタイルディスク）などの光学媒体、フラッシュメモリなどが含まれる。コンピュータ可読媒体は、そのような記憶装置または伝送装置の任意の組み合わせであり得る。
【０１４１】
データベースは、その使用を容易にするために、さまざまな形式または媒体で提供される。「媒体」は、本発明の発現情報を含む製造物を指す。本発明のデータベースは、コンピュータ可読媒体、例えば、コンピュータが直接読み取り、アクセスできる任意の媒体（例えば、インターネットデータベース）に記録することができる。そのような媒体には、以下が含まれるが、これらに限定されない：フロッピーディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープなどの磁気記憶媒体；CD-ROMなどの光学記憶媒体；RAMやROMなどの電気記憶媒体；および磁気光学記憶媒体などのこれらのカテゴリのハイブリッド。当業者は、現在知られている任意のコンピュータ可読媒体を使用して、本発明のデータベース情報の記録を含む製造物を作成する方法を容易に理解することができる。「記録された」とは、当技術分野で知られている任意のそのような方法を使用して、コンピュータ可読媒体に情報を格納するプロセスを指す。格納された情報にアクセスするために使用される手段に基づいて、任意の便利なデータ格納構造を選択することができる。さまざまなデータプロセッサプログラムとフォーマット、例えば、ワードプロセッシングテキストファイル、データベースフォーマットを記憶に使用できる。
【０１４２】
そのようなプログラムはまた、インターネットを含む様々なプロトコルに準拠する有線、光、および／または無線ネットワークを介して送信するように適合されたキャリア信号を使用して符号化および送信され得る。したがって、そのようなプログラムで符号化されたデータ信号を使用して、コンピュータ可読媒体を作成することができる。プログラムコードで符号化されたコンピュータ可読媒体は、互換性のあるデバイスと共にパッケージ化されるか、または（例えば、インターネットダウンロードを介して）他のデバイスとは別に提供され得る。そのようなコンピュータ可読媒体は、単一のコンピュータ製品（例えば、ハードドライブ、CD、またはコンピュータシステム全体）上または内部に存在することができ、システムまたはネットワーク内の異なるコンピュータ製品上または内部に存在することができる。コンピュータシステムは、本明細書に記載の結果のいずれかをユーザーに提供するためのモニター、プリンター、または他の適切なディスプレイを含み得る。
【０１４３】
本明細書に記載の方法のいずれも、工程を実行するように構成することができる1またはそれ以上のプロセッサを含むコンピュータシステムで全体的または部分的に実行することができる。したがって、実施形態は、潜在的に、異なるコンポーネントがそれぞれの工程またはそれぞれの工程群を実行する、本明細書に記載の方法のいずれかの工程を実行するように構成されたコンピュータシステムに向けられ得る。番号を付した工程として提示されているが、本明細書に記載の方法の工程は、同時に、または異なる時間に、または異なる順序で実行することができる。さらに、これらの工程の一部は、他の方法からの他の工程の一部と共に使用されてもよい。また、工程のすべてまたは一部は任意のものであってよい。さらに、いずれの方法のいずれの工程も、これらの工程を実行するためのシステムのモジュール、ユニット、回路、または他の手段で実行することができる。
【０１４４】
９．プライマー、プローブ、および組成物
胎盤遺伝子（表1の遺伝子を含む）および他の有益な遺伝子（表1および表2の遺伝子を含む）からのcfRNAに特異的にハイブリダイズまたは増幅するプライマーおよびプローブは、本発明の側面の実施において使用され得る。特に、有用なプライマーおよびプローブには、配列番号1〜19に特異的にハイブリダイズまたは増幅するものが含まれる。これらのプライマーおよびプローブは、増幅（多重PCR、多重RT-qPCR、またはその他の増幅方法を含む）、逆転写、シーケンシングライブラリー（例えば、RNA-seqライブラリー）の構築、アダプター配列の追加、目的のRNAのハイブリッド捕捉、核酸アレイの構築、プライマー伸長、および当技術分野の知識を持つ専門家に知られている他の用途に使用される。増幅の方法（例えば、アダプターまたはユニバーサルプライマーの追加）、標的配列組成、塩基組成、プライマー二量体の形成などのアーチファクトの回避、およびcfRNAの断片化された性質を考慮して、意図された用途のためのプローブおよびプライマーを設計することは、当業者の能力の範囲内である。
【０１４５】
例えば、配列番号１〜１９を使用して、各遺伝子に特異的であり、それらの意図された目的（例えば、多重反応での使用）のために機能するプライマー、プライマー対、およびプローブを設計することは、当業者の能力の範囲内である。各RNA転写物について、転写物の少なくとも一部を増幅することができる多くの異なるプライマーおよびプライマーの組み合わせが存在することが理解されるであろう。したがって、当業者は、配列番号１〜１９のいずれかまたはそれらの任意の組み合わせの有益な配列、ならびに表1および2で同定された他の遺伝子配列を増幅するためのプライマーの組み合わせを設計することができる。例示的なプライマーおよびプローブは、表3〜5に記載されている。プローブは、RNAまたはDNAプローブなどの核酸プローブであり得る。プライマーまたはプローブは、（例えば、捕捉に基づく濃縮のために）固定化され得るか、または（例えば、蛍光、酵素、または化学発光部分などで）検出可能に標識され得る。
【０１４６】
９．１：在胎週数または出産までの時間組成物
1つの側面では、本発明は、表1の遺伝子から選択される、少なくとも3で50未満、任意選択で25未満、任意選択で10未満の遺伝子の多重増幅用のプライマーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、表1で提供される少なくとも3のmRNA転写物の多重増幅用のプライマーを提供する。別の実施形態において、本発明は、配列番号1〜9から選択される少なくとも3のmRNA転写物の任意の組み合わせの多重増幅のためのプライマーを提供する。一実施形態では、プライマーは多重増幅用であり、少なくとも1対、および任意選択で3またはそれ以上のプライマー対を含む。例示的なプライマー対を表3に示す。別の実施形態では、多重増幅用のプライマーは、表3に示すプライマー対のいずれかから選択される、少なくとも3で100未満、任意選択で50未満、任意選択で25未満、任意選択で10未満のプライマー対を含む。
【０１４７】
関連する側面では、本発明は、上記のプライマーまたはプライマー対を含む組成物を提供する。組成物は混合物であってもよい。組成物は溶液であってもよい。組成物はさらに、（a）母体cfRNA、（b）緩衝液、（c）酵素（例えば、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAまたはDNAリガーゼの1つまたは組み合わせ）、（d）dNTPの1またはそれ以上を含んでいてもよい。
【０１４８】
1つの側面では、（1）表1の少なくとも2の遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または前記cfRNA配列のアンプリコンまたは前記cfRNA配列からのcDNA、および（2）前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマー、または前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを検出するためのプローブを含むが、ただし、閾値数を超える異なる遺伝子、アンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマーを含まず、閾値数を超える異なるcfRNA配列、アンプリコン、cDNAを検出するためのプローブを含まない組成物が提供される。一実施形態では、該組成物は、ヒトゲノムからの閾値数を超える異なる遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または閾値数を超える異なる遺伝子からのアンプリコンまたはcDNAを含まない。いくつかの実施形態では、閾値数は200である。いくつかの実施形態では、閾値数は150である。いくつかの実施形態では、閾値数は100である。いくつかの実施形態では、閾値数は50である。いくつかの実施形態では、閾値数は25である。
【０１４９】
関連する局面において、本発明は、上記のプライマー、プライマー対、またはプローブを含む核酸アレイを提供する。
【０１５０】
９．２：早産リスク組成物
1つの側面では、本発明は、表2の遺伝子から選択される、少なくとも3で100未満、任意選択で50未満、任意選択で25未満、任意選択で10未満の遺伝子の多重増幅用のプライマーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、表2で提供される少なくとも3のmRNA転写物の多重増幅用のプライマーを提供する（すなわち、RefSeqの識別子）。別の実施形態において、本発明は、配列番号1〜9から選択される少なくとも3のmRNA転写物の任意の組み合わせ、または配列番号10、11、13、および15〜18から選択される少なくとも3のmRNA転写物の多重増幅のためのプライマーを提供する。一実施形態では、プライマーは多重増幅用であり、少なくとも1対、および任意選択で3またはそれ以上のプライマー対を含む。例示的なプライマー対を表3に示す。別の実施形態では、多重増幅用のプライマーは、表3に示すプライマー対のいずれかから選択される、少なくとも3で100未満、任意選択で50未満、任意選択で25未満、任意選択で10未満のプライマー対を含む。
【０１５１】
関連する側面では、本発明は、上記のプライマーまたはプライマー対を含む組成物を提供する。組成物は混合物であってもよい。組成物は溶液であってもよい。組成物はさらに、（a）母体cfRNA、（b）緩衝液、（c）酵素（例えば、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAまたはDNAリガーゼ）、（d）dNTPの1またはそれ以上を含んでいてもよい。
【０１５２】
関連する側面では、本発明は、一緒にパッケージ化された上記のプライマーまたはプライマー対を含むキットを提供する。1つのアプローチでは、異なるプライマーの混合物が単一の混合物に組み合わされる。別のアプローチでは、個々のcfRNAに特異的なプライマーが別々のバイアルに一緒にパッケージされる。キットはさらに、（a）母体cfRNA、（b）緩衝液、（c）酵素（例えば、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAまたはDNAリガーゼ）、（d）dNTPの1またはそれ以上を含んでいてもよい。
【０１５３】
1つの側面では、（1）表2の少なくとも2の遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または前記cfRNA配列のアンプリコンまたは前記cfRNA配列からのcDNA、および（2）前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマー、または前記cfRNA配列またはアンプリコンまたはcDNAを検出するためのプローブを含むが、ただし、閾値数を超える異なる遺伝子、アンプリコンまたはcDNAを増幅するためのプライマーを含まず、閾値数を超える異なるcfRNA配列、アンプリコン、cDNAを検出するためのプローブを含まない組成物が提供される。一実施形態では、該組成物は、ヒトゲノムからの閾値数を超える異なる遺伝子に対応するcfRNA配列を有するcfRNA、または閾値数を超える異なる遺伝子からのアンプリコンまたはcDNAを含まない。いくつかの実施形態では、閾値数は200である。いくつかの実施形態では、閾値数は150である。いくつかの実施形態では、閾値数は100である。いくつかの実施形態では、閾値数は50である。いくつかの実施形態では、閾値数は25である。
【０１５４】
関連する局面において、本発明は、上記のプライマーまたはプライマー対を含む核酸アレイを提供する。
【０１５５】
１０．方法
このセクションでは、在胎週数および早産のリスクを決定する方法の実行について説明する。このセクションの例は、説明を意図したものであり、決して制限するものではない。
【０１５６】
1つのアプローチでは、母体試料が収集され、冷凍され、分析のために中央研究所に輸送される。1つのアプローチにおいて、本発明の方法は、任意で、cfRNAの分離、cDNAの生成、qPCRおよび／または配列決定のためのキットを使用して、地域の医療施設（例えば、病院の実験室）で実行される。1つのアプローチでは、キットはcfRNA分離用の試薬を含む。標準化されたキットの使用は、試料収集の均一性、cfRNAの分離、qPCRまたはトランスクリプトームシーケンシングによる分析を確実に行うことができるので有利である。キットは、cfRNA、cDNAの生成、qPCRおよび/または配列決定のための試薬、ならびに本明細書に記載のcfRNA転写物または転写物の組み合わせの発現レベルを決定するための本明細書に記載のプライマーまたはプローブを含み得る。1つのアプローチでは、cfRNA、cDNA、またはライブラリーが作製され、分析のために中央研究所に輸送される。
【０１５７】
1つのアプローチでは、母体試料が収集され、コンピュータシステムサーバークライアントを介して通信するクライアントシステムとサーバーシステムを含む分散システムを使用して発現プロファイルが決定され、冷凍され、分析のために中央研究所に輸送される。サーバーシステムは、参照プロファイルのデータベースを含むことができ、クライアントシステムからデータ（例えば、発現プロファイル情報）を受け取ることができる。患者からの発現プロファイル情報は、例えば、本発明の方法を実施するためにコンピュータシステムを制御するための複数の命令を格納するコンピュータ可読媒体を含むコンピュータ製品を使用して、参照プロファイルと比較される。前記請求項のいずれか１項に記載の方法。参照プロファイルのデータベースは、本明細書に記載する機械学習アプローチを使用して作成できる。有利には、個々の患者からの発現プロファイルが収集されるので、その情報はトレーニングデータとして使用され得る。このことは、人口統計学的に異なる患者集団（例えば、年齢、人種、民族、地理的位置、またはその他の基準によって識別される集団）からトレーニングデータおよび検証データが収集される場合に特に有用である。
【０１５８】
患者の発現プロファイルは、特定の結果（例えば、満期分娩または早産）または出生時の在胎週数に関連している場合に最も有用である。したがって、1つの側面では、本発明は、（1）妊娠中に1回または複数回、妊娠中の女性からcfRNAを収集し、cfRNAを使用して発現プロファイルを決定し（すなわち、本明細書で同定された遺伝子のセットに対応する発現プロファイル、例えば、表1、表2、または表6からの遺伝子、または本明細書に記載の組み合わせまたはサブセット）;および、例えば、適切な非一時的なコンピュータ可読媒体に発現プロファイルを記録し、次に、（2）女性の出産日を決定し、出産を満期分娩または早産（早産の場合は何日早産か）に分類するか、または妊娠の結果を特徴付け、ついで（3）例えば、（2）における情報を（1）における発現プロファイルとコンピュータ可読媒体中で連結することにより該情報を該発現プロファイルと関連付ける。
【０１５９】
在胎週数の決定：
1つのアプローチにおいて、胎児の在胎週数を推定するためにコンピュータを使用して実行され、以下を含む方法が提供される：（a）胎児を有する妊娠中の女性の母体試料から1またはそれ以上の発現プロファイルを取得し、その際、該発現プロファイルは遺伝子の第1のパネルからのcfRNA転写物の発現に対応し；（b）コンピュータシステムを使用して、該発現プロファイルを定められた在胎週数に特徴的な1またはそれ以上の参照プロファイルと比較して胎児の在胎週数を推定し、その際、定められた在胎週数に特徴的な参照プロファイルは、定められた在胎週数でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルである第1のトレーニング試料を分析する機械学習モデルを使用して決定され；（c）コンピュータシステムを使用して、以下により参照プロファイルを更新する：（1）第2のトレーニング試料を受け取り、その際、第2のトレーニング試料は、定められた在胎週数でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルであり、ついで（2）機械学習モデルを介して参照プロファイルを繰り返し調整して、正しく分類される第1および第2のトレーニング試料の数を増やす。参照プロファイルは、直線または曲線を形成するか、離散値にすることができる。いくつかの実施形態において、遺伝子の第1のパネルは、胎盤遺伝子、表1に列挙された胎盤遺伝子、およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子を含む、在胎週数の予測として本明細書に開示される遺伝子の任意の組み合わせを含む。
【０１６０】
また、以下を含むコンピュータシステムが提供される：（a）参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、遺伝子の第1のパネルに対応し、定められた在胎週数に対応するcfRNA転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルを含むもの；（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、胎児を有する妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および（c）参照プロファイルおよび発現プロファイルを比較して胎児の在胎週数を決定することを含む、参照プロファイルおよび発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサ；および（d）胎児の在胎週数をクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース。一実施形態では、参照プロファイルおよび発現プロファイルは、胎盤遺伝子；表1に列挙された胎盤遺伝子；およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子からの転写物を含む、本明細書に開示される任意の組み合わせのcfRNAのパネルの発現レベルを含む。
【０１６１】
早産のリスク：
1つのアプローチにおいて、妊娠中の女性による早産のリスクを評価するためにコンピュータを使用して実行され、以下を含む方法が提供される：（a）妊娠中の女性の母体試料から1またはそれ以上の発現プロファイルを取得し、その際、該発現プロファイルは遺伝子の第1のパネルからのcfRNA転写物の発現に対応し；（b）コンピュータシステムを使用して、該発現プロファイルを（a）早産のリスクが高い女性または（b）早産のリスクが低い女性に特徴的な、または定められた妊娠期間の女性に特徴的な1またはそれ以上の参照プロファイルと比較し、その際、参照プロファイルは、cfRNA発現プロファイルの早産または満期分娩であるかまたは定められた妊娠期間（a defined length of pregnancy）でラベル付けされた第1のトレーニング試料を分析する機械学習モデルを使用して決定され；（c）コンピュータシステムを使用して、以下により参照プロファイルを更新する：（1）第2のトレーニング試料を受け取り、その際、第2のトレーニング試料は、早産または満期分娩としてラベル付けされたまたは所定の妊娠期間（a length of pregnancy）でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルであり、ついで（2）機械学習モデルを介して参照プロファイルを繰り返し調整して、正しく分類される第1および第2のトレーニング試料の数を増やす。参照プロファイルは、直線または曲線を形成するか、離散値にすることができる。いくつかの実施形態において、遺伝子の第1のパネルは、表1に列挙された遺伝子、およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子またはCLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、PPBP[配列番号13]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、およびRGS18[配列番号18]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または7の遺伝子を含む、早産のリスクの予測として本明細書に開示される遺伝子の任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子の第１のパネルは、（1）RGS18；DAPP1；PPBP；（2）RGS18；RAB27B；PPBP；（3）RGS1；MOB1B；PPBP；（4）RGS18；PPBP；MAP3K7CL；（5）RGS18；PPBP；CLCN3；（6）DAPP1；RAB27B；PPBP；（7）DAPP1；MOB1B；PPBP；（8）DAPP1；PPBP；CLCN3；（9）RAB27B；MOB1B；PPBP；（10）RAB27B；PPBP；MAP3K7CL；（11）RAB27B；PPBP；CLCN3；（12）MOB1B；PPBP；MAP3K7CL；および（13）MOB1B；PPBP；CLCN3から選択される少なくとも1の組み合わせを含む。
【０１６２】
早産のリスクを決定するため、母体試料に「早産」および「満期分娩」のラベルを付けることができ、または子供の出産時の在胎週数で；または妊娠期間（例えば、出産週）、これらの組み合わせ、または満期出産を早産から量的または質的に区別するのに適したラベルでラベル付けることができる。
【０１６３】
また、以下を含むコンピュータシステムが提供される：（a）参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、遺伝子の第1のパネルおよび早産のリスクに対応するcfRNA転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルを含むもの；（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および（c）参照プロファイルおよび発現プロファイルを比較して早産のリスクを決定することを含む、参照プロファイルおよび発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサ；および（d）早産のリスクをクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース。一実施形態では、参照プロファイルおよび発現プロファイルは、表1に列挙された遺伝子およびCGA[配列番号1]、CAPN6[配列番号2]、CGB[配列番号3]、ALPP[配列番号4]、CSHL1[配列番号5]、PLAC4[配列番号6]、PSG7[配列番号7]、PAPPA[配列番号8]、およびLGALS14[配列番号9]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、または9の遺伝子またはCLCN3[配列番号10]、DAPP1[配列番号11]、PPBP[配列番号13]、MAP3K7CL[配列番号15]、MOB1B[配列番号16]、RAB27B[配列番号17]、およびRGS18[配列番号18]から選択される少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または7の遺伝子を含む、本明細書に開示される任意の組み合わせのcfRNAのパネルの発現プロファイルを含む。
【実施例】
【０１６４】
１１．実施例
１２．１：実施例１−材料および実験方法
試料の収集：
妊娠中のデンマーク女性からの血液試料を、ペンシルベニア大学（早産発見コホート）およびバーミンガムのアラバマ大学（早産確認コホート）から毎週（高解像度コホート）および第二期または第三期の一時点で、治験審査委員会が承認したプロトコル下、収集した。ペンシルベニアおよびアラバマでの研究に参加した女性は、自然発生早産のリスクが高かった。ペンシルベニアからの1人の患者（子癇前症）を除いて早産したすべての女性は、自然発生早産を経験した。標準治療に従って、早産歴のあるすべての女性は毎週プロゲステロン注射を受けた。血液試料は、EDTAでコーティングされたVacutainerチューブ（Becton Dickinson、NJ）に収集した。標準的な臨床血液遠心プロトコルを使用して、血漿を血液から分離した。
【０１６５】
セルフリーRNA（cfRNA）の分離：
血漿/血清RNA精製キット（Norgen Biotek Corporation、カナダ、カタログ番号42800）を使用して、0.75〜2mLの血漿からセルフリーRNAを抽出した。DNAの残留物をBaseline-ZERO DNase（Epicentre、WI）を使用して消化し、ついでRNA Clean and ConcentratorTM-5キット（Zymo Research、CA）で洗浄した。得られたRNAを溶出緩衝液で12μlまで溶出した。
【０１６６】
RT-qPCRアッセイ：
RT-qPCRアッセイは、2つの主要な反応：抽出されたcfRNAの逆転写/前増幅および前増幅されたcDNAのqPCRで構成されている。本発明者らの遺伝子パネルのプライマーは、Fluidigm Corporation（CA）が設計および合成した（表3）。CellsDirectTM One-Step RT-qPCR Kit（Invitrogen、CA、カタログ番号11753-100）および表3の96プライマー対のプールを使用した逆転写/前増幅反応には、12μlの全精製RNAのうち1-2μlまたは10μlを使用した。前増幅は20サイクル行い、反応の残りのプライマーはエキソヌクレアーゼI処理を使用して消化した。96プライマー対の96試料の多重qPCR反応を、BioMarkシステム上の96x96Dynamic Array Chip（Fluidigm Corp.、CA）を使用して行った。BioMark Dynamic Array Chipは、個別の試料（cDNA）と個別の試薬（プライマー対）を別々にDynamic Arrayチップのウエルにロードする。統合された流体回路コントローラーは、試料と試薬をチャネル全体に押し込む；ついで、流体値のリリースおよびクローズ（releasing and closing）を調整して、試料と試薬をチップ内の個々のコンパートメントに混合できる。96x96Dynamic Array Chipは、最大9,216の反応を同時に分析できる。qPCR反応の閾値サイクル（Ct値）は、FluidigmリアルタイムPCR分析ソフトウェアを使用して抽出した。
【０１６７】
cfRNA-Seqライブラリーの調製：
製造業者のマニュアルに従って、6μlの溶出cfRNAからSMARTer Stranded Total RNAseq-Pico Input Mammalianキット（Clontech、CA、カタログ番号634413）によってセルフリーRNAシーケンシングライブラリーを作製した。Illumina NextSeqTM（2x75bp）プラットフォーム（Illumina、CA）で試料あたり1,000万回を超える読み取りまで、短い読み取りシーケンシングを行った。
【０１６８】
cfRNA-Seq発現差異解析：
早産発見コホートの28試料（14の満期分娩および14の早産）のcfRNA試料を配列決定した。シーケンシングの読み取りは、STARアライナーを使用してヒト参照ゲノム（hg38）にマッピングした。重複はPicardによって削除し、固有の読み取りをhtseq-countを使用して定量化した。前処理後、3000以上の遺伝子にマッピングされたシーケンシングの読み取りを含む16試料を、その後の統計分析に使用した。満期分娩試料と早産の試料間の遺伝子の識別は、分位数調整条件付き最尤法、一般化線形モデル（GLM）尤度比検定、およびedgeRパッケージを使用してRで実装された準尤度F検定を使用して同定した。
【０１６９】
RT-qPCR試料分析：
生のCt値は絶対値で定量化した。絶対定量により、既知量のERCCのサイクル閾値に基づいて、各試料に含まれる転写物数を推定した（図9）。次に、推定転写物数を希釈、試料量について調整し、処理された血漿の量で正規化した。
【０１７０】
多変量ランダムフォレストモデリング：
再帰的な機能の選択とモデルの構築は、キャレットパッケージ（caret package）を使用してRで行った。時系列データは、3週間の中心移動平均を使用して平滑化し、21人の患者のトレーニングセットと10人の患者の検証セットに分割した。モデルの選択は、10回の交差検証を10回繰り返して行った。
【０１７１】
出産予定日の推定：
出産予定日は、ランダムフォレストモデルの予測から導き出された。このアプリケーションの時系列データは、中心移動平均を使用して平滑化しなかった。所定のサンプリング期間（第二期（T2）、第三期（T3）、またはその両方（T2＆T3））について、出産までの時間の推定は、指定された基準時点にシフトされ、ついで中央値を使用して平均化して予定出産日を確立した。
【０１７２】
早産バイオマーカー候補の選択および検証：
時間および疫学的に不変であるRoseおよびMennuti（Fetal Medicine, West J Med., 1993; 159:312-317、参照により本明細書に組み込まれる）で適用された修正multiple of the medianアプローチを使用して絶対RT-qPCR値を正規化し、異なる民族のコホート間での一貫した比較を可能にした。満期分娩時の（At-term）患者の中央値は、各遺伝子のコホートレベルでの期によって定量化した。バイオマーカーの発見は、Sweeneyら（J. Pediatric Infect. Dis. Soc., 2017, doi: 10.1093/jpids/pix021、参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、ヘッジのgとフィッシャーの正確検定をそれぞれ使用して計算された、効果サイズと有意性の閾値の複合基準を使用して行った。遺伝子は、0.8の効果サイズ閾値と5％の偽発見率（FDR）を使用してコホート間で有意に異なるとみなされた。ついで、候補遺伝子バイオマーカーを3の固有の組み合わせで試験して、真陽性と偽陽性の両方を検出する能力を評価した。独立コホートを使用してさらに検証するため、0.75より大きい真陽性率と0.05未満の偽陽性率の組み合わせを選択した。ROC曲線は、バイオマーカーの組み合わせの割合に基づいており、すべての遺伝子は、発現の中央値を超えて少なくとも2.5倍の増加を示した。
【０１７３】
１１．２：実施例２−3つの異なる集団からの期日の時系列データ
本発明者らは、妊娠の各週の間に妊娠中の女性からの血液中のcfRNAを時系列で測定することにより、正常なヒトの発達の高時間分解研究を行った。cfRNAは、胎児、胎盤および母体の組織における遺伝子発現に関する情報を提供することにより、妊娠の表現型の状態への窓を提供する。Kohらは、組織の健康および生理機能の直接測定のために組織特異的遺伝子を使用すること、およびこれらの測定が低時間分解能での妊娠および胎児発達の既知の生理機能と一致することを記載した（Kohら、PNAS, Vol. 111, 20:7361-7366, (2014)、参照により本明細書に組み込まれる）。本実施例での試料の組織特異的な転写物の分析により、胎児および胎盤の発達を高解像度と感度で追跡することができ、また、妊娠に対する母体の免疫系の遺伝子特異的な応答を検出することもできた。本研究のデータは、正常なヒトの発達の「時計」を確立し、9の胎盤遺伝子を使用して出産までの時間と在胎週数を確立するための直接的な分子アプローチを可能にする。本発明者らは、妊娠の第二期および第三期からの両方のcfRNA試料が、超音波と同等の精度で予想される出産予定日を予測できることを実証し、ポータブルで安価な日付診の方法の基礎を構築する。
【０１７４】
本発明者らは、デンマーク国立バイオバンクから31人の妊娠中のデンマーク人女性を募集し、それぞれが毎週採血することに同意し、合計521の血漿試料を分析した（図１Ａ）。出産時の在胎週数として定められた37週以上の満期分娩ですべての女性が正常に出産し、その医療記録は妊娠中に異常な健康上の変化を示さなかった（表8）。各試料を、胎盤、胎児組織、または免疫系に特異的として選択された遺伝子のパネルを使用して、高度に多重化されたリアルタイムPCRによって分析した。
【０１７５】
表８
2021500061.tif 000003
【０１７６】
１１．３：実施例３−正常期日分娩からの母体血漿試料における母体、胎盤および胎児組織に特異的な遺伝子の遺伝子発現
セルフリーRNAを、実施例1に示されるように、デンマークのコホート個体血液試料のそれぞれから分離した。RT-qPCRアッセイを、本質的に実施例1に示されるようにして、分離cfRNAで行った。図９に示す各遺伝子のプライマー対をcfRNA試料のアリコートに加え、適切な対照を使用してCt値を計算した。
【０１７７】
遺伝子特異的な患者間月間平均±平均の標準誤差（SEM）を、妊娠の経過にわたってプロットした（図２Ａ）。遺伝子発現の平均時間経過は、遺伝子機能によって異なる興味深い挙動を強調した（図２Ａおよび図４）。胎盤および胎児の遺伝子（青色および黄色）は、妊娠の経過を通じて明確な増加を示し、遺伝子に応じてわずかに異なる軌跡を示す。これらの遺伝子のいくつかは、出産前にプラトーになり、そのうちの1つ（CGB）は、第一期でのピークから減少する。母体の免疫系が優勢であるが胎児の寄与も含む免疫遺伝子は、より複雑な解釈をするが、一般に、妊娠初期と出産後の測定可能なベースラインで経時変化を示す。ついで、本発明者らは、すべての遺伝子とすべての妊娠にわたって遺伝子値間の相関を計算し（図２Ｂ）、各セット（すなわち、胎盤、免疫、胎児）内の遺伝子が互いに高度に相関していることを見出した。さらに、本発明者らは、胎盤と胎児の遺伝子も中程度の相互相関を示したことを見出し、胎盤のcfRNAが妊娠中の胎児の発達および在胎週数の正確な推定値を提供することが示唆された。
【０１７８】
１１．４：実施例４−出産までの時間の予測およびゴールドスタンダードとの比較のためのモデル
遺伝子発現アッセイの結果は、cfRNA測定値から在胎週数または出産までの時間を予測するモデルを構築するために、機械学習アプローチを適用することを本発明者らに動機付けた。本発明者らは、ランダムフォレストモデルを使用し、9の胎盤遺伝子のサブセットが、測定された遺伝子の完全なパネルを使用するよりも高い予測力を提供することを示すことができた（図５）。これらの9の遺伝子（CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14）を使用して、本発明者らは、試料の収集から出産までの時間を正確に予測したが（ピアソン相関r=0.91、P<2.2x10-16）、これは、超音波推定した在胎週数とは独立した客観的基準である（図２Ｃ）。本発明者らのモデルのパフォーマンスは、妊娠期間中に大幅に改善した（二乗平均平方根誤差（RMSE）=6.0(T1)、3.9(T2)、3.3(T3)、3.7(PP)週）。注目すべきことに、本発明者らのモデルは検証段階中に10人の女性の保留コホートで同等に良好に機能した（r=0.89、P<2.2x10-16）（RMSE=5.4(T1)、4.2(T2)、3.8(T3)、2.7(PP)週）（図２Ｄ）。
【０１７９】
本発明者らはまた、在胎週数を予測する別のモデルを作成し（超音波で推定されるように）、同じ9つの胎盤遺伝子を使用して、トレーニングデータ（r=0.91、P<2.2x10-16）および検証データ（r=0.90、P<2.2x10-16）の両方で比較的よく機能した（図６Ａおよび６Ｂ）。
【０１８０】
ランダムフォレストモデルは、試料の収集から出産までの時間および在胎週数を最も予測するものとして胎盤遺伝子を選択する。これらの遺伝子のいくつかは同様の時間の軌跡を示すが、妊娠初期の検出率はさまざまであり、胎盤と胎児のcfRNAの両方が低く、ドロップアウト効果につながる初期の時点で冗長性が精度を向上させることが示唆された。妊娠中にcfRNAが増加すると、モデルの精度が向上する。これは、一定の胎児成長率（時間とともに悪化するという仮定（Savitzら、2002；Papageorghiouら、2016））に依存する超音波日付診の有効性とは対照的である。
【０１８１】
モデルのドライバーをさらに調査すると、妊娠中の役割が知られているマーカーが明らかになる。2つの主要なモデルドライバーであるCGAおよびCGBは、CAPN6とともにモデル内の他の遺伝子とは異なる挙動をする。CGAおよびCGBは、妊娠の開始と進行に主要な役割を果たすことが知られており栄養膜分化に関与しているHCGの2つのサブユニットである（Jaffeら、1969）。これら2つの遺伝子で観察される傾向は、妊娠中のタンパク質レベルから知られているものと互換性がある（Cocquebertら、2012）。遊離のCGBおよびPAPPAは、第一期でのダウン症候群のリスクの生化学マーカーとしても使用されており（WaldおよびHackshaw1997）、モデルによって選択された他の遺伝子は、栄養膜の発生に関連している（例えば、LGALS14、PAPPA）。
【０１８２】
ついで、本発明者らは、モデルを使用して、第二期、第三期、または第二期および第三期の両方の間に採取した試料から予想される出産日を推定した（図２Ｅ）。本発明者らは、患者の32％(T2)、23％(T3)、45％(T2＆T3)、および48％(T1超音波)が予想される出産日から1週間以内に出産したことを見出した（表9）。
【０１８３】
表９
2021500061.tif 000004
【０１８４】
以前の研究では、通常の状況では、超音波を使用して57.8％の精度、LMPを使用して48.1％の精度で女性が出産する週を決定することが可能であると報告されている（Savitzら、2002）。本発明者らの結果は、わずかなコストで超音波測定に匹敵するだけでなく、リソースが必要な設定に簡単に移植できる方法（a method that is more easily ported to resource challenged settings）を使用する。
【０１８５】
在胎週数予測のため、本発明者らは、女性の亜集団（すなわち、未経産または多産の女性、男または女の胎児を有する女性）についていくつかの異なるモデルをトレーニングして、同定されたトランスクリプトームの署名を構成する9の遺伝子の重要性を決定した。男または女の胎児を有する女性および未経産または多産の女性について4つの異なるモデルをトレーニングすると、男の胎児（CGA、CSHL1）を有する女性（第二期および第三期での二乗平均平方根誤差（RMSE）がそれぞれ5.43および4.80）または女の胎児（CGA、CAPN6）を有する女性（第二期および第三期でのRMSEがそれぞれ5.58および4.60）および多産（CGA、CSHL1）の女性（第二期および第三期でのRMSEがそれぞれ5.22および4.56）について、出産までの時間を予測するのに本文で同定された9の遺伝子のうち2で十分であることがわかった。しかしながら、未経産女性の出産までの時間を予測するには9つの遺伝子がすべて必要であり（第二期および第三期でのRMSEがそれぞれ5.09および4.50）、同定されたトランスクリプトーム署名の重要性が強調された。在胎週数を予測するために使用される9のトランスクリプトは、モデルによって次の重要度の順序で（最も重要度の高いものから低いものへ）重み付けされた：CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14。表10を参照。
【０１８６】
表１０
2021500061.tif 000005
【０１８７】
要約すると、本発明者らは、胎盤および胎児における発生遺伝子発現のロードマップを反映し、超音波と同等の精度で出産までの時間、在胎週数、および出産予定日の予測を可能にする、胎児発達の分子時計を見出した。本発明者らの方法は、超音波に対しいくつかの利点、すなわち、コストおよび妊娠中遅くでの適用性がある。超音波の何分の1かのコストで、cfRNAの測定は、リソースが必要な設定に簡単に移植できる。たとえ超音波を定期的に使用している国であっても、cfRNAは、特に、超音波予測が15日（T2）または27日（T3）の出産推定日に低下する（AltmanおよびChitty 1997）第二期および第三期において、超音波の魅力的で正確な代替手段を提示する。本発明者らは、この時計が子宮内で治療できる（これは、母体胎児医学の急速に成長している部分である）先天性欠損症のある胎児の発見とモニタリングにも役立つと期待する。
【０１８８】
１１．５：実施例５−正常な出産と早産の間で異なって発現する遺伝子の同定
第1世代の「時計」モデルは、正常な妊娠の在胎週数および出産までの時間を予測することができるが、本発明者らは、同時計の早産でのパフォーマンスを試験することにも関心があった。したがって、本発明者らは、ペンシルベニア大学とバーミンガムのアラバマ大学で採用された早産のリスクが高いコミュニティから別々に採用された2つのコホートを使用して、早産におけるパフォーマンスを試験した（図1および表1を参照）。本発明者らは、該モデルは正常な妊娠（RMSE=4.3週間）ではパフォーマンスを検証したが、早産試料（RMSE=10.5週間）での出産までの時間は一般に予測できないことを見出した（図7）。これは、該モデルのコンテンツが通常の発達プログラムを反映しており、早産につながる可能性があるさまざまな異常な生理事象を考慮していないことを示唆している。言い換えれば、分子の観点からは、早産胎児は完全な妊娠に達していないようであり、したがって、早産は、胎児または胎盤からの過成熟信号（overmaturation signals）（満期に達したような錯覚を与える）によって引き起こされるものではないと思われる。この結論は、子宮収縮を停止または遅らせるように設計された薬剤が少数の早産を防止するという観察によって裏付けられている（Romeroら、2014; Conde-Agudelo and Romero 2016）。
【０１８９】
この課題をさらに調査し、早産を予測できる第2世代の「時計」モデルを開発するため、本発明者らは、早産と通常の出産を区別する遺伝子について、早産に富んだコホート（ペンシルベニア）の1つから収集し満期分娩（n=7）および早産（n=9）女性の血漿試料から得られたcfRNAに対して、本質的に実施例1に示すようにして、RNAseqを行った（図1および表1を参照）。
【０１９０】
このRNAseqデータの分析は、40近くの遺伝子が統計的有意性（p<0.001）で早産から満期分娩を分離できることを示唆した（図3Aおよび図10A〜10Dを参照）。子癇前症の（preeclamptic）女性1人を除外するために再計算すると（実施例を参照）、37の遺伝子が統計的有意性で早産から満期分娩を分離できることが判明した。
【０１９１】
次に、本発明者らは、スコアの最も高い候補の早産バイオマーカーおよび他の免疫および胎盤遺伝子を備えたPCRパネルを作成した。本発明者らは、RNAseqで観察された発現差異がこのqPCRパネルでも観察されることを確認した（図8）。
【０１９２】
１１．６：実施例６−早産の予測のためのモデル
このパネルの上位10の遺伝子（CLCN3、DAPP1、POLE2、PPBP、LYPLAL1、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18、TBC1D15）（FDR<5％、ヘッジのg>0.8）（図3B）が、0.87の平均AUCで、ペンシルベニアおよびデンマークの両方からの9の早産試料のうち7つ（78％）を正確に分類し、26の満期分娩試料のうち1つだけ（4％）を誤分類した（図3C）。
【０１９３】
これらの10の遺伝子は、組み合わせて使用したときに、アラバマからの独立した早産に富んだコホートでも検証に成功し、6の早産試料のうち4（66％）を正確に分類し、18の満期分娩試料のうち3（17％）を誤分類した（図1参照）。
【０１９４】
さらに、この独立した検証コホートは、0.74のAUCで、出産の2ヶ月前まで早産を満期分娩から区別することが可能であることを示す（図3C）。応答署名におけるいくつかの遺伝子は、早産をした女性で個別に有意に高く発現し（FDR<5％、ヘッジのg>0.8）、その効果のロバスト性を示した（図3B）。本発明者らのデータは、自然発生早産に関連する遺伝子が、在胎週数と出産までの通常の時間を最も予測できることがわかっている遺伝子とは異なることを示唆している。
【０１９５】
その後の精査において、本発明者らは、コホートの1人の女性が自然発生早産によるのではなく子癇前症により誘発した早産を経験したと決定した。本発明者らは、彼女の血漿試料に関連するデータ点を削除した。この試料を削除して分析を再実行すると、10ではなく7の転写物（CLCN3、DAPP1、PPBP、MAP3K7CL、MOB1B、RAB27B、RGS18）が得られ、3の組み合わせで使用すると75％を超える真陽性率が得られ、誤分類が5％より少なくなった。
【０１９６】
以下の実施例7に記載するように、本発明者らは、女性の早産の可能性またはリスクを決定するのに使用できる7の転写物のいくつかのサブコンビネーションを同定した。したがって、いくつかのアプローチでは、以下のパネルの1またはそれ以上を使用して満期分娩または早産の可能性を評価する：（1）RGS18;DAPP1;PPBP;（2）RGS18;RAB27B;PPBP;（3）RGS18;MOB1B;PPBP;（4）RGS18;PPBP;MAP3K7CL;（5）RGS18;PPBP;CLCN3;（6）DAPP1;RAB27B;PPBP;（7）DAPP1;MOB1B;PPBP;（8）DAPP1;PPBP;CLCN3;（9）RAB27B;MOB1B;PPBP;（10）RAB27B;PPBP;MAP3K7CL;（11）RAB27B;PPBP;CLCN3;（12）MOB1B;PPBP;MAP3K7CL;および（13）MOB1B;PPBP;CLCN3。
【０１９７】
本発明者らは、PPBP、DAPP1、およびRAB27Bはすべて、ペンシルベニアとアラバマの両方のコホートで早産した女性で個別に上昇しており（FDR<5％、ヘッジのg>0.8）、その効果のロバスト性を示した。重みの順のランク付け（最も重要度の高いものから低いものへ）は、RAB27B>PPBP>DAPP1>RGS18>（MOB1B、MAP3K7CL、およびCLCN3）である。
【０１９８】
要約すると、本発明者らは、早産のリスクがある患者の出産までの時間を予測できる一連のバイオマーカーを発見し検証した。さらに、本発明者らの早産モデルは、早産の生理機能が通常の発達とは異なることを示唆しており、早産のリスクに関する最初のスクリーニングまたは診断テストの基礎を形成する。
【０１９９】
１１．７：実施例７−７５％の真陽性率と５％未満の偽陽性率の基準を満たす遺伝子の組み合わせ
目的の7の転写物：RAB27B、PPBP、DAPP1、RGS18、MOB1B、MAP3K7CL、CLCN37は、遺伝子の35の独自の組み合わせにグループ化できる。本発明者らは、75％の真陽性率と5％未満の偽陽性率という基準を使用して、これらの組み合わせをフィルター処理した。これにより、表11に示す13の組み合わせが得られた。本発明者らは、どの組み合わせが早産のリスクを予測するかを決定するために、ROC曲線を生成した。
【０２００】
表１１
2021500061.tif 000006
【０２０１】
これら3の遺伝子の13の組み合わせのそれぞれは、早産のリスクを評価するためのパネルとして使用できる。したがって、いくつかの実施形態では、以下の遺伝子の組み合わせの1またはそれ以上を含むパネルを使用して、以下のパネルを決定する。したがって、いくつかのアプローチでは、以下の遺伝子の組み合わせの1またはそれ以上を含むパネルを使用して、満期分娩または早産の可能性を評価する：（1）RGS18;DAPP1;PPBP;（2）RGS18;RAB27B;PPBP;（3）RGS18;MOB1B;PPBP;（4）RGS18;PPBP;MAP3K7CL;（5）RGS18;PPBP;CLCN3;（6）DAPP1;RAB27B;PPBP;（7）DAPP1;MOB1B;PPBP;（8）DAPP1;PPBP;CLCN3;（9）RAB27B;MOB1B;PPBP;（10）RAB27B;PPBP;MAP3K7CL;（11）RAB27B;PPBP;CLCN3;（12）MOB1B;PPBP;MAP3K7CL;および（13）MOB1B;PPBP;CLCN3。
【０２０２】
１１．８：実施例８−ボディー・マス・インデックス（BMI）はセルフリーRNA（cfRNA）レベルに影響しない
本発明者らは、血漿1ミリリットルあたりのGAPDHの推定転写物数を使用して、循環cfRNAレベルに対するBMIの影響を試験したところ、ウィルコクソンの順位和検定を使用したボンフェローニ補正の前後の両方において、低体重（BMI<18.5）、正常体重（18.5<BMI<25）、過体重（25<BMI<30）、および肥満（BMI>30）個体の間に有意差は見出せなかった。
【０２０３】
ボンフェローニ補正の前後のGAPDHレベルの個別の試験のP値は、それぞれ以下の通りであった：（1）低体重vs正常体重（P=0.58、1）、低体重vs過体重（P=0.12、0.80）、低体重vs肥満（P=0.26、1）、正常体重vs過体重（P=0.06、0.35）、正常体重vs肥満（P=0.16、0.95）、および過体重vs肥満（P=0.72、1）。CAPN6、CGA、およびCGBなどの胎盤特異的cfRNAでも同様の結果が得られた。
【０２０４】
コホート間のBMI分布の違いが混乱を来さないように、すべての比較はコホート内で行われた。
【０２０５】
１２．選択された参考文献
Altman, D. G., & Chitty, L. S. (1997). New charts for ultrasound dating of pregnancy. Ultrasound in Obstetrics & Gynecology, 10(3), 174-191. doi:10.1046/j.1469-0705.1997. 10030174.x
Barr, W. B., & Pecci, C. C. (2004). Last menstrual period versus ultrasound for pregnancy dating. International Journal of Gynaecology and Obstetrics, 87(1), 38-39. doi:10.1016 /j.ijgo.2004.06.008
Bennett, K. A., Crane, J. M. G., O’shea, P., Lacelle, J., Hutchens, D., & Copel, J. A. (2004). First trimester ultrasound screening is effective in reducing postterm labor induction rates: a randomized controlled trial. American Journal of Obstetrics and Gynecology, 190(4), 1077-1081. doi:10.1016/j.ajog.2003.09.065
Blencowe, H., Cousens, S., Chou, D., Oestergaard, M., Say, L., Moller, A.-B., … Born Too Soon Preterm Birth Action Group. (2013). Born too soon: the global epidemiology of 15 million preterm births. Reproductive Health, 10 Suppl 1, S2. doi:10.1186/1742-4755-10-S1-S2
Cocquebert, M., Berndt, S., Segond, N., Guibourdenche, J., Murthi, P., Aldaz-Carroll, L., … Fournier, T. (2012). Comparative expression of hCG β-genes in human trophoblast from early and late first-trimester placentas. American Journal of Physiology. Endocrinology and Metabolism, 303(8), E950-8. doi:10.1152/ajpendo.00087.2012
Conde-Agudelo, A., & Romero, R. (2016). Vaginal progesterone to prevent preterm birth in pregnant women with a sonographic short cervix: clinical and public health implications. American Journal of Obstetrics and Gynecology, 214(2), 235-242. doi:10.1016/ j.ajog.2015.09.102
Dugoff, L., Hobbins, J. C., Malone, F. D., Vidaver, J., Sullivan, L., Canick, J. A., … FASTER Trial Research Consortium. (2005). Quad screen as a predictor of adverse pregnancy outcome. Obstetrics and Gynecology, 106(2), 260-267. doi:10.1097/01.AOG.0000172419.37410.eb
Hanson, A. E. (1987). The Eight Months’ Child and the Etiquette of Birth: Obsit Omen! Bulletin of the History of Medicine.
Hanson, A. E. (1995). Paidopoiia: Metaphors for conception, abortion, and gestation in the Hippocratic Corpus. Clio Medica (Amsterdam, Netherlands).
Institute of Medicine (US) Committee on Understanding Premature Birth and Assuring Healthy Outcomes. (2007). Preterm Birth: Causes, Consequences, and Prevention. (R. E. Behrman & A. S.  Butler編). Washington (DC): National Academies Press (US).
Jaffe, R. B., Lee, P. A., & Midgley, A. R. (1969). Serum gonadotropins before, at the inception of, and following human pregnancy. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 29(9), 1281-1283. doi:10.1210/jcem-29-9-1281
Koh, W., Pan, W., Gawad, C., Fan, H. C., Kerchner, G. A., Wyss-Coray, T., … Quake, S. R. (2014). Noninvasive in vivo monitoring of tissue-specific global gene expression in humans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111(20), 7361-7366. doi:10.1073/pnas.1405528111
Liu, L., Johnson, H. L., Cousens, S., Perin, J., Scott, S., Lawn, J. E., … Child Health Epidemiology Reference Group of WHO and UNICEF. (2012). Global, regional, and national causes of child mortality: an updated systematic analysis for 2010 with time trends since 2000. The Lancet, 379(9832), 2151-2161. doi:10.1016/S0140-6736(12)60560-1
Lund, S. P., Nettleton, D., McCarthy, D. J., & Smyth, G. K. (2012). Detecting differential expression in RNA-sequence data using quasi-likelihood with shrunken dispersion estimates. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 11(5). doi:10.1515/1544-6115.1826
McCarthy, D. J., Chen, Y., & Smyth, G. K. (2012). Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation. Nucleic Acids Research, 40(10), 4288-4297. doi:10.1093/nar/gks042
Muglia, L. J., & Katz, M. (2010). The enigma of spontaneous preterm birth. The New England Journal of Medicine, 362(6), 529-535. doi:10.1056/NEJMra0904308
Murray, C. J. L., Vos, T., Lozano, R., Naghavi, M., Flaxman, A. D., Michaud, C., … ら(2012). Disability-adjusted life years (DALYs) for 291 diseases and injuries in 21 regions, 1990-2010: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2010. The Lancet, 380(9859), 2197-2223. doi:10.1016/S0140-6736(12)61689-4
Papageorghiou, A. T., Kemp, B., Stones, W., Ohuma, E. O., Kennedy, S. H., Purwar, M., … International Fetal and Newborn Growth Consortium for the 21st Century (INTERGROWTH-21st). (2016). Ultrasound-based gestational-age estimation in late pregnancy. Ultrasound in Obstetrics & Gynecology, 48(6), 719-726. doi:10.1002/uog.15894
Parker, H. (1999). Greek Embryological Calendars and a Fragment from the Lost Work of Damastes, on the Care of Pregnant Women and of Infants. The Classical Quarterly.
Robinson, M. D., McCarthy, D. J., & Smyth, G. K. (2010). edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics, 26(1), 139-140. doi:10.1093/bioinformatics/btp616
Robinson, M. D., & Smyth, G. K. (2008). Small-sample estimation of negative binomial dispersion, with applications to SAGE data. Biostatistics, 9(2), 321-332. doi:10.1093/biostatistics/kxm030
Romero, R., Dey, S. K., & Fisher, S. J. (2014). Preterm labor: one syndrome, many causes. Science, 345(6198), 760-765. doi:10.1126/science.1251816
Rose, N. C., & Mennuti, M. T. (1993). Maternal serum screening for neural tube defects and fetal chromosome abnormalities. The Western Journal of Medicine, 159(3), 312-317.
Savitz, D. A., Terry, J. W., Dole, N., Thorp, J. M., Siega-Riz, A. M., & Herring, A. H. (2002). Comparison of pregnancy dating by last menstrual period, ultrasound scanning, and their combination. American Journal of Obstetrics and Gynecology, 187(6), 1660-1666. doi:10.1067/mob.2002.127601
Sweeney, T. E., Haynes, W. A., Vallania, F., Ioannidis, J. P., & Khatri, P. (2017). Methods to increase reproducibility in differential gene expression via meta-analysis. Nucleic Acids Research, 45(1), e1. doi:10.1093/nar/gkw797
Wald, N. J., & Hackshaw, A. K. (1997). Combining ultrasound and biochemistry in first-trimester screening for Down’s syndrome. Prenatal Diagnosis, 17(9), 821-829. doi:10.1002/(SICI)1097-0223(199709)17:9<821::AID-PD154>3.0.CO;2-5
Ward, K., Argyle, V., Meade, M., & Nelson, L. (2005). The heritability of preterm delivery. Obstetrics and Gynecology, 106(6), 1235-1239. doi:10.1097/01.AOG.0000189091.35982.85
Whitworth, M., Bricker, L., & Mullan, C. (2015). Ultrasound for fetal assessment in early pregnancy. Cochrane Database of Systematic Reviews, (7), CD007058. doi:10.1002/ 14651858.CD007058.pub3
Yefet, E., Kuzmin, O., Schwartz, N., Basson, F., & Nachum, Z. (2017). Predictive Value of Second-Trimester Biomarkers and Maternal Features for Adverse Pregnancy Outcomes. Fetal Diagnosis and Therapy. doi:10.1159/000458409
York, T. P., Strauss, J. F., Neale, M. C., & Eaves, L. J. (2009). Estimating fetal and maternal genetic contributions to premature birth from multiparous pregnancy histories of twins using MCMC and maximum-likelihood approaches. Twin Research and Human Genetics, 12(4), 333-342. doi:10.1375/twin.12.4.333
Zhang, G.ら(2017). Genetic Associations with Gestational Duration and Spontaneous Preterm Birth. The New England Journal of Medicine, 377(12), 1156-1167. doi:10.1056/ NEJMoa1612665
RoseおよびMennuti (Fetal Medicine, West J Med., 1993; 159:312-317)
Sweeneyら(J. Pediatric Infect. Dis. Soc., 2017, doi: 10.1093/jpids/pix021.)
【０２０６】
１３．表１〜５
表１：出産までの時間の予測
【表１−１】
2021500061.tif 000007
【０２０７】
【表１−２】
2021500061.tif 000008
【０２０８】
表２：早産の予測
【表２−１】
2021500061.tif 000009
【０２０９】
【表２−２】
2021500061.tif 000010
【０２１０】
【表２−３】
2021500061.tif 000011
【０２１１】
表３：プライマー対の例示
【表３−１】
2021500061.tif 000012
【０２１２】
【表３−２】
2021500061.tif 000013
【０２１３】
【表３−３】
2021500061.tif 000014
【０２１４】
【表３−４】
2021500061.tif 000015
【０２１５】
表４：
キー：「FORWARD」フォワードプライマーは、配列番号Xの塩基a-bに対応する配列を含む。例えば、フォワードプライマーは、配列番号1の塩基30-45を含む。「REVERSE」リバースプライマーは、配列番号Xの塩基c-dに対応する配列の逆相補配列を含む。例えば、リバースプライマーは、配列番号1の塩基500-520の逆相補配列を含む。
【表４−１】
2021500061.tif 000016
【０２１６】
【表４−２】
2021500061.tif 000017
【０２１７】
表５：
キー：プローブは、配列番号Xの塩基a-bに対応する配列またはその相補配列を含む。
【表５】
2021500061.tif 000018
【０２１８】
表６：代表的なmRNA転写物のリスト
【表６】
2021500061.tif 000019
【０２１９】
表７：例示的なmRNA転写物の配列
配列番号1：CGA mRNA転写物861bp
1 acactctgct ggtataaaag caggtgagga cttcattaac tgcagttact gagaactcat
61 aagacgaagc taaaatccct cttcggatcc acagtcaacc gccctgaaca catcctgcaa
121 aaagcccaga gaaaggagcg ccatggatta ctacagaaaa tatgcagcta tctttctggt
181 cacattgtcg gtgtttctgc atgttctcca ttccgctcct gatgtgcagg agacagggtt
241 tcaccatgtt gcccaggctg ctctcaaact cctgagctca agcaatccac ccactaaggc
301 ctcccaaagt gctaggatta cagattgccc agaatgcacg ctacaggaaa acccattctt
361 ctcccagccg ggtgccccaa tacttcagtg catgggctgc tgcttctcta gagcatatcc
421 cactccacta aggtccaaga agacgatgtt ggtccaaaag aacgtcacct cagagtccac
481 ttgctgtgta gctaaatcat ataacagggt cacagtaatg gggggtttca aagtggagaa
541 ccacacggcg tgccactgca gtacttgtta ttatcacaaa tcttaaatgt tttaccaagt
601 gctgtcttga tgactgctga ttttctggaa tggaaaatta agttgtttag tgtttatggc
661 tttgtgagat aaaactctcc ttttccttac cataccactt tgacacgctt caaggatata
721 ctgcagcttt actgccttcc tccttatcct acagtacaat cagcagtcta gttcttttca
781 tttggaatga atacagcatt tagcttgttc cactgcaaat aaagcctttt aaatcatcat
841 tcaaaaaaaa aaaaaaaaaa a
【０２２０】
配列番号2：CAPN6 mRNA転写物3604bp
1 gagcagagct tggtacagcc caaatagttt tcaggttaag aaagccagaa tctttgttca
61 gccacactga ctgaacagac ttttagtggg gttacctggc taacagcagc agcggcaacg
121 gcagcagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagggc tcctgggata actcaggcat
181 agttcaacac tatgggtcct cctctgaagc tcttcaaaaa ccagaaatac caggaactga
241 agcaggaatg catcaaagac agcagacttt tctgtgatcc aacatttctg cctgagaatg
301 attctctttt ctacaaccga ctgcttcctg gaaaggtggt gtggaaacgt ccccaggaca
361 tctgtgatga cccccatctg attgtgggca acattagcaa ccaccagctg acccaaggga
421 gactggggca caagccaatg gtttctgcat tttcctgttt ggctgttcag gagtctcatt
481 ggacaaagac aattcccaac cataaggaac aggaatggga ccctcaaaaa acagaaaaat
541 acgctgggat atttcacttt cgtttctggc attttggaga atggactgaa gtggtgattg
601 atgacttgtt gcccaccatt aacggagatc tggtcttctc tttctccact tccatgaatg
661 agttttggaa tgctctgctg gaaaaagctt atgcaaagct gctaggctgt tatgaggccc
721 tggatggttt gaccatcact gatattattg tggacttcac gggcacattg gctgaaactg
781 ttgacatgca gaaaggaaga tacactgagc ttgttgagga gaagtacaag ctattcggag
841 aactgtacaa aacatttacc aaaggtggtc tgatctgctg ttccattgag tctcccaatc
901 aggaggagca agaagttgaa actgattggg gtctgctgaa gggccatacc tataccatga
961 ctgatattcg caaaattcgt cttggagaga gacttgtgga agtcttcagt gctgagaagg
1021 tgtatatggt tcgcctgaga aaccccttgg gaagacagga atggagtggc ccctggagtg
1081 aaatttctga agagtggcag caactgactg catcagatcg caagaacctg gggcttgtta
1141 tgtctgatga tggagagttt tggatgagct tggaggactt ttgccgcaac tttcacaaac
1201 tgaatgtctg ccgcaatgtg aacaacccta tttttggccg aaaggagctg gaatcggtgt
1261 tgggatgctg gactgtggat gatgatcccc tgatgaaccg ctcaggaggc tgctataaca
1321 accgtgatac cttcctgcag aatccccagt acatcttcac tgtgcctgag gatgggcaca
1381 aggtcattat gtcactgcag cagaaggacc tgcgcactta ccgccgaatg ggaagacctg
1441 acaattacat cattggcttt gagctcttca aggtggagat gaaccgcaaa ttccgcctcc
1501 accacctcta catccaggag cgtgctggga cttccaccta tattgacacc cgcacagtgt
1561 ttctgagcaa gtacctgaag aagggcaact atgtgcttgt cccaaccatg ttccagcatg
1621 gtcgcaccag cgagtttctc ctgagaatct tctctgaagt gcctgtccag ctcagggaac
1681 tgactctgga catgcccaaa atgtcctgct ggaacctggc tcgtggctac ccgaaagtag
1741 ttactcagat cactgttcac agtgctgagg acctggagaa gaagtatgcc aatgaaactg
1801 taaacccata tttggtcatc aaatgtggaa aggaggaagt ccgttctcct gtccagaaga
1861 atacagttca tgccattttt gacacccagg ccattttcta cagaaggacc actgacattc
1921 ctattatagt acaggtctgg aacagccgaa aattctgtga tcagttcttg gggcaggtta
1981 ctctggatgc tgaccccagc gactgccgtg atctgaagtc tctgtacctg cgtaagaagg
2041 gtggtccaac tgccaaagtc aagcaaggcc acatcagctt caaggttatt tccagcgatg
2101 atctcactga gctctaaatc tgcaatccca gagaatcctg acaaagcgtg ccaccctttt
2161 attttccgtc aggtgccagg tcttagttaa gattcacaat ctttagaaag aatgagattc
2221 acaataatta actcttcctc tcttctgata aattccccat acctcccaat ccaagtagca
2281 tctgtagcta cataacctat atacctccag cagctggaca tggggaggcg acagtcctat
2341 ctagacatca tacacatttg ccaagaaagg atctctgggg cttccggggg tgagattcaa
2401 gcaggacaat aacaagaggc tggacaccct acagatgtct ttgatgtttt cagttgtttg
2461 atatatctcc cctgtagggc atgttgagga aggaggaggg ctgatcaagg ccaagctggt
2521 ctagcctgac atcctagctc ctgactgaac actatagact tcccagcagc atttcaccca
2581 gcagccagag ccggctttaa gtccccaacc cttacagaca ccactgccac caccaccaac
2641 cacgaccacc accaccacca ccactcacca ccatcatcac ctccggaaag tgtagtcctg
2701 ccctaaccca agtcaccccc gacagtaaat tttaccttca tgttgagaaa gcttcctggt
2761 gcttaatcaa gagctggagt tcaatgagtc ctagacagtg agaggggcct gagcttcagc
2821 tcaatggaag cctgctgtgt gccacaagac ggaaaagtgg aagaagctgc agtgggagac
2881 aaagcctcgg tcccccaccc atccacacac acctacactc acacacgcgc acatgggcgc
2941 gcacgaacta ccattcaggc agtcagtggg caagaggaaa gataagtaag taccatacac
3001 acctaaaaga tgagagaatt catccagaca tattacagcc agtttggggc ccctgactgc
3061 aatgtgaaac ctctcgctgc tgctaggttt acaaacaagc ccattgtcct gtgcctccta
3121 atatcatttg tactgaagac cccatctggg gacttgagac tttggtccca gcccagactc
3181 ctcagacttt tctctcagtt gggatgcttc actcgctggg ggtgtttgtt tgccctctca
3241 tttttcagta cttctacaga attttctcta gagtcagtca ttatgaaatg tacttccctc
3301 catcttaacc tatcaacttt ctgcccctcc ttcaaggccc agtataaatg ccacctcctc
3361 catgaagcct tccctaattc caccccaaac ccccaccttc aacaatattt caacgcttct
3421 gcaatgatga aaaagaaaca tagttgtagt acttagccta cctagaccag caagcattca
3481 tttttagctc gctcattttt taccatgttt tccagtctgt ttaacttctg cagtgccttc
3541 actacactgc cttacataaa ccaaatcaca ataaagttca tattcagtac attgaaaaaa
3601 aaaa
【０２２１】
配列番号3：CGB mRNA転写物933bp
1 tgcaggaaag cctcaagtag aggagggttg aggcttcagt ccagcacctt tctcgggtca
61 cggcctcctc ctggctccca ggaccccacc ataggcagag gcaggccttc ctacacccta
121 ctccctgtgc ctccagcctc gactagtccc tagcactcga cgactgagtc tctgaggtca
181 cttcaccgtg gtctccgcct cacccttggc gctggaccag tgagaggaga gggctggggc
241 gctccgctga gccactcctg cgcccccctg gccttgtcta cctcttgccc cccgaggggt
301 tagtgtcgag ctcaccccag catcctatca cctcctggtg gccttgccgc ccccacaacc
361 ccgaggtata aagccaggta cacgaggcag gggacgcacc aaggatggag atgttccagg
421 ggctgctgct gttgctgctg ctgagcatgg gcgggacatg ggcatccaag gagccgcttc
481 ggccacggtg ccgccccatc aatgccaccc tggctgtgga gaaggagggc tgccccgtgt
541 gcatcaccgt caacaccacc atctgtgccg gctactgccc caccatgacc cgcgtgctgc
601 agggggtcct gccggccctg cctcaggtgg tgtgcaacta ccgcgatgtg cgcttcgagt
661 ccatccggct ccctggctgc ccgcgcggcg tgaaccccgt ggtctcctac gccgtggctc
721 tcagctgtca atgtgcactc tgccgccgca gcaccactga ctgcgggggt cccaaggacc
781 accccttgac ctgtgatgac ccccgcttcc aggactcctc ttcctcaaag gcccctcccc
841 ccagccttcc aagcccatcc cgactcccgg ggccctcgga caccccgatc ctcccacaat
901 aaaggcttct caatccgcaa aaaaaaaaaa aaa
【０２２２】
配列番号4：ALPP mRNA転写物2883bp
1 tcagccagtg tggcttcagg tcaagaggct gggcagggtc aaggtggcaa cgaggggaga
61 agccgggaca cagttctccc tgatttaaac ccgggcagcc tggagtgcag ctcatactcc
121 atgcccagaa ttcctgcctc gccactgtcc tgctgccctc cagacatgct ggggccctgc
181 atgctgctgc tgctgctgct gctgggcctg aggctacagc tctccctggg catcatccca
241 gttgaggagg agaacccgga cttctggaac cgcgaggcag ccgaggccct gggtgccgcc
301 aagaagctgc agcctgcaca gacagccgcc aagaacctca tcatcttcct gggcgatggg
361 atgggggtgt ctacggtgac agctgccagg atcctaaaag ggcagaagaa ggacaaactg
421 gggcctgaga tacccctggc catggaccgc ttcccatatg tggctctgtc caagacatac
481 aatgtagaca aacatgtgcc agacagtgga gccacagcca cggcctacct gtgcggggtc
541 aagggcaact tccagaccat tggcttgagt gcagccgccc gctttaacca gtgcaacacg
601 acacgcggca acgaggtcat ctccgtgatg aatcgggcca agaaagcagg gaagtcagtg
661 ggagtggtaa ccaccacacg agtgcagcac gcctcgccag ccggcaccta cgcccacacg
721 gtgaaccgca actggtactc ggacgccgac gtgcctgcct ccgcccgcca ggaggggtgc
781 caggacatcg ctacgcagct catctccaac atggacattg acgtgatcct aggtggaggc
841 cgaaagtaca tgtttcgcat gggaacccca gaccctgagt acccagatga ctacagccaa
901 ggtgggacca ggctggacgg gaagaatctg gtgcaggaat ggctggcgaa gcgccagggt
961 gcccggtatg tgtggaaccg cactgagctc atgcaggctt ccctggaccc gtctgtgacc
1021 catctcatgg gtctctttga gcctggagac atgaaatacg agatccaccg agactccaca
1081 ctggacccct ccctgatgga gatgacagag gctgccctgc gcctgctgag caggaacccc
1141 cgcggcttct tcctcttcgt ggagggtggt cgcatcgacc atggtcatca tgaaagcagg
1201 gcttaccggg cactgactga gacgatcatg ttcgacgacg ccattgagag ggcgggccag
1261 ctcaccagcg aggaggacac gctgagcctc gtcactgccg accactccca cgtcttctcc
1321 ttcggaggct accccctgcg agggagctcc atcttcgggc tggcccctgg caaggcccgg
1381 gacaggaagg cctacacggt cctcctatac ggaaacggtc caggctatgt gctcaaggac
1441 ggcgcccggc cggatgttac cgagagcgag agcgggagcc ccgagtatcg gcagcagtca
1501 gcagtgcccc tggacgaaga gacccacgca ggcgaggacg tggcggtgtt cgcgcgcggc
1561 ccgcaggcgc acctggttca cggcgtgcag gagcagacct tcatagcgca cgtcatggcc
1621 ttcgccgcct gcctggagcc ctacaccgcc tgcgacctgg cgccccccgc cggcaccacc
1681 gacgccgcgc acccggggcg gtccgtggtc cccgcgttgc ttcctctgct ggccgggacc
1741 ctgctgctgc tggagacggc cactgctccc tgagtgtccc gtccctgggg ctcctgcttc
1801 cccatcccgg agttctcctg ctccccacct cctgtcgtcc tgcctggcct ccagcccgag
1861 tcgtcatccc cggagtccct atacagaggt cctgccatgg aaccttcccc tccccgtgcg
1921 ctctggggac tgagcccatg acaccaaacc tgccccttgg ctgctctcgg actccctacc
1981 ccaaccccag ggactgcagg ttgtgccctg tggctgcctg caccccagga aaggaggggg
2041 ctcaggccat ccagccacca cctacagccc agtgggtacc aggcaggctc ccttcctggg
2101 gaaaagaagc acccagaccc cgcgccccgc tgatctttgc ttcagtcctt gaatcacctg
2161 tgggacttga ggactcggga tcttcaggac gcctggagaa gggtggtttc ctgccaccct
2221 gctggccaag gaggctcctg gggtggggat caccaggggg attttgacac agccttcggc
2281 tgccccccac taagctaatt ccacacccct gtaccccccc agggggccct ctgcctcatg
2341 gcaaaggctt gccccaaatc tcaacttctc agacgttcca tacccccaca tgccaatttc
2401 agcacccaac tgagatccga ggagctcctg ggaagccctg ggtgcaggac actggtcgag
2461 agccaaaggt ccctccccag acatctggac actgggcata gatttctcaa gaaggaagac
2521 tcccctgcct ccccagggcc tctgctctcc tgggagacaa agcaataata aaaggaagtg
2581 tttgtaatcc cagcactttg ggaggccgag gtgggcggat cacgaggtca ggagatggag
2641 accatcctgg ctaacacggt gaaacccctt atctatgcgc ctgtagtccc agctacccag
2701 gaggctgaag caggataatc gcttgaaccc gggcggcgga gattgcagtg agccgaggtc
2761 atgccactgc actgcagcct gggcgacaga gcgagattct gcctcaaaaa taaacaaata
2821 aattttaaaa ataaataaat aataaaagga agtgttagac aatgtaaaaa aaaaaaaaaa
2881 aaa
【０２２３】
配列番号5：CSHL1 mRNA転写物661bp
1 agcatcccaa ggcccgactc cccgcaccac tcagggtcct gtggacagct cacctagcgg
61 caatggctgc aggaagaagc ctatatcaca aaggaacaga agtattcatt cctgcatgac
121 tcccagacct ccttctgctt ctcagactct attccgacat cctccaacat ggaggaaacg
181 cagcagaaat ccaacttaga gctgctccac atctccctgc tgctcatcga gtcgcggctg
241 gagcccgtgc ggttcctcag gagtaccttc accaacaacc tggtgtatga cacctcggac
301 agcgatgact atcacctcct aaaggaccta gaggaaggca tccaaatgct gatggggagg
361 ctggaagacg gcagccacct gactgggcag accctcaagc agacctacag caagtttgac
421 acaaactcgc acaaccatga cgcactgctc aagaactacg ggctgctcca ctgcttcagg
481 aaggacatgg acaaggtcga gacattcctg cgcatggtgc agtgccgctc tgtggagggc
541 agctgtggct tctaggggcc cgcgtggcat cctgtgaccc ctccccagtg cctctcctgg
601 ccctgaaggt gccactccag tgcccaccag ccttgtctta ataaaattaa gttgtattgt
661 t
【０２２４】
配列番号6：PLAC4 mRNA転写物10009bp
1 cgtagctcat aatccatttt tataacacct tgctatctat atttacacct ttaaagaaca
61 cgggaattta agagggaaga gtaactaggc ttttgctaaa cttgggctaa taaaaccctc
121 tgtagagaga tccttaatat aggcatgggg acaacaagga gtatcccaag ggactcgccg
181 ctagggtgtc ttttaagcta ttggagcaaa ttcaaatttg gcttaaagaa aaagaaactc
241 attttgtatt gcaacaccat ttgggttaaa tacaagttag atgacgaata tatctggcct
301 aaacatggtt ctatatacta tagtgatatt ttacgattag gcttattttg taaaagagaa
361 ggaaaatggg aagagatccc ttatgtacag gcttttatgg ctctatactg gatcacgtta
421 cttccaggca ttagaatgcc atgcataagg gatccccacc tagctgctcc ccatagaaag
481 ttcataagcc tccccagagt ctcttcagtc ccccagtcct gagtgggggt tctcgccaat
541 tccctaatga gattccaccc caatatcatc aggcaccttt cccccttatc caactagccc
601 tagcctatac cctctgctgc ccaagaaaat gagcccaacc agtacaccag gagtggggct
661 ccatatcagc ccctaaggtc aagcctgtgt ccactgtgga aagtagttga tggaaatgag
721 ggaacactca aagagtacat atgccacttt ccatgtctaa ttagacctta taaaaggaaa
781 gaattggcca gttttcagat aaaccagaaa agcttataca agagtttgtt acgttgacta
841 tgttcttcaa attgccacga tttacaaata ttgtcatccg cttgctgtgc tgtggggaaa
901 aaaaagtaga ggaaaaagtg tgtggttaag ccagtcaatt atgacaaggt taaagaagta
961 actcggggaa aagatgaaaa tcccgctctg tttcagggtc ttttagttga agcactcagg
1021 aaatatacta atgcaggccc agacacccca gaagggcaag ctctcctggg tatacatttt
1081 ctcattcaat cttctcctga cattaggagg aatctacaaa aagcagcaat gggaccttca
1141 agtcctatga aacgacgctt aaacatagcc tttaaagttt acaacaacag ggacagggca
1201 aaagagggga gtaaaaagaa atagccaaaa agtacaattg ttaacagtga ctttaagcct
1261 ccttgcccct caggattact catcttgaga aaatgttaca aaattagcat ctgggatgcc
1321 tagacaagac ttgatgcctg acttgctgac ccctgggcca gaatcactgc gcctactata
1381 cgcaaaaggg cccctggcaa tgcaaatgtc ctaactgctc tggtgagaga gaacaataac
1441 aacaaaaagc ttccatcaat actagagcta accttctcct actagcccca gtgagctgct
1501 tagctcaagt aagtttactg tcccagagga cagctttcca cagtggcaga taagcagccg
1561 cctgaacatt tttctttggt atttccacca ctgagtgtgc tctccagtgg cgtggggact
1621 ccagaatctc cttttgagca atgcagtttg cttcctcccc tttttagttg atgctatggg
1681 attccctgtc ctgccttttc ctgttttcca tacctatcgg ggcaaacaaa atttggccag
1741 gtagatgggt cccagttctg taaataactt gaatccagtt gtcttgtata ggtcatttta
1801 tttaatatgt ttttgggtat atgtacatgt attgtgatgt gtgttacatc tagcgtgctg
1861 tcaaactggc ttatagataa aagaacactc atacattcaa caaataagac tactgaaagc
1921 ttattagttt gaagagaatc ttgtatcttc taaaatttaa ctttaggatt tttacctagg
1981 taagtcactg atgttcatag gctttaaaat ggttaaaatg gctttaaatg gtgaccagct
2041 ttgcatggta ccttggttct cggtgatcta gataaagtta aaagtgaaat aattaaatac
2101 acgtaaatgg gatatgctta atgtgtggtt taaaatcata aaatggtaga atggttctca
2161 gttatagaat gacaatgtct agtgtgaagt tcatgacttc ttccttccta ggtttccata
2221 aaatgtgcta aagaaatgta ttctttattg agaaaaaatt ttttgtctaa tccggaagtt
2281 actaaatggg aggttcaaaa catgagtgaa ccagtgagta gaaaagagag atgtaaagaa
2341 tattatgaat agaaaatgta ttttttgttt gttttgcaag gaaggatata aagaaagagt
2401 aattttatat gtggaggaat cctgtatagt aaattcccta tcctagagta aaataacttt
2461 aagaaagagg tagtatagaa catgtcagga aattcagcta tgttgtagat ggtctgtgta
2521 agtcatctgc acagtgcatg agtgtggagg tgggcgggca ctcattggcc cttgaactcc
2581 ttttgagcag tatggaagcc aagaactaga agccaggaaa tggggttgta aaactgattt
2641 gtctatggat tttatgtgtt gagctgctgt ggtcttggct tgtagtaatt acctatatga
2701 accttccccc ctccccttta gaatttagga caggttcaaa aggccctcca atataaaaat
2761 aaaatactgt ccttccccac aaaggaaaaa atagctcccc ggttcaacca ggagacttag
2821 tcttgctaaa accttaaaga cagggtaaag acagggatac cccaagaatc aattacaatg
2881 aaatggaagg ggccttatca ggtattgtta agtaccccca ctgctgttaa acttcaggga
2941 acacctactt gggcacacag atccaggact aaacctgttt cttatgagtc acaggcacaa
3001 aggaagggca ctacaaccac aaccaatatc agtaaagctt tggaagacct ctgctaccta
3061 tttaaaataa tcaacactca gccagaagag gtaatgtaat gctgtagatg ggaataggag
3121 cattgatctt gctcttcttc ctgactgtag tacttccttt ctatggcttt aaccagccac
3181 ctcctcctgg gaaacatctc ctgtgggctt gttgggtata gaagctactc taagacccaa
3241 ccagatacca tgatgccact gttaattctg tttgctcttc taattaacct aagctagtgt
3301 gtatgtggac agggagggtg gacaaaattc tacagtaaat atttcaaaaa ttatagcatc
3361 atagaatcat ctttatggct gccagatttg tcatcaacac ccccaggata gacagtttca
3421 tcttccgacc tatctggaaa atctcaggac catgtcccca gacctcctaa ctaaccatag
3481 caccccaaaa tacccaaacc cctattgtga agtggaactc ttccccactt agtggatccc
3541 ccctggaccc tgctgtcccc ctgccctgac cactattatc ggaatctggg aagttgggca
3601 tctatatctc cagtgcactc ataactctaa catttgcatc cactcttgca ttaatgacac
3661 aaaagtggaa gcttccctgc gatgctctgg tccaactcta gttgccaagt ttccaagacc
3721 acggggaggt aaatgagatt ccatttgtga gtgaaaagac catatatggt accttctccc
3781 ggatgggaac atacaaagga aaaacaactg cctgatctgg gaaggtgaca gtactacctt
3841 cttctagaaa acaaagattg ttcaaccacc accatgagaa caggtggaaa atatctctat
3901 agacccaacc tggcaatgaa gtataaacat cgcaccccgc agggcttctc ttggtgccct
3961 agttgggttc atttttgttt gtgactatga atgggaagaa gtcacaccct gtaaccactc
4021 caactcccta aggagtcacc tcttctttaa ggaatagctt tcccttgtat ctaaaaaact
4081 tggaactgac atgaatgaac gttggccact cttacccctc caggggtcac aatctataac
4141 gcctaggacc caagaatatc agaaataagt aagcaataaa actaattctg gcaggaatca
4201 gggtggcaat aggactagca gcaccctggg gtggctttgc ctaccatgag ttaacgctaa
4261 agaacttggc tcaaatccta gaatccttag ccaccaacgg agatcaggca ttaaagagaa
4321 ttcaagagtt ccccagactc tggaaaatgt agttgttgat aacagactag cattggatta
4381 tttactagct gaacaaggtg gggtcttgtg cagttattaa taaaacctgc tgcacatata
4441 ttaactctgg acaggttgag gttaacattc aaaagatcta tgagcaagct acctagttac
4501 atagatataa ccagggcact gcccccaact atatctggtc aaccatcaaa agtgccttcc
4561 caagtctcac ctgtttttca cctcttctag gacctttgac aactgtcttg ttacaaatgt
4621 ttggtccttg cttctttaac ctcttagtaa agtttgtgta ttctagatta ccacagttcc
4681 agagacaatg ctggcacaag gcttccagcc catcctgtcc actgacacgg agaatgaaat
4741 cgtcctgcct ctgggctcct tagatcaggt atccagagat ttttactcct ccagtgccag
4801 gcagggccta cgtccataaa ctcagcagga agtagttacg gaaaacagat ctccgccctt
4861 ctgcagcccc cttaagatta aggaggagta tctaatctct gaagggggaa tgaggtagga
4921 ggtgggactc aactctggaa gtggggctca ggcactcaga ccaaactgag cactagctaa
4981 aataggtcca gggcagatgc tagtttccat aggacacacc gacctgtgtc aagtcagttc
5041 accatggctc tggcagcacc cagaagttac caccctcacc ctggaaatgt ctgcataaac
5101 tgccccttca tttgcatata attaaaagtg gatacaaata ccactgcaga actgcctctg
5161 agctgctact gtgggcgcac agcctgtagg gcagccctgc tttgcaagga gcagcgcctc
5221 tgctgctgct gtgcacagcc ggccgcttca ataaaagttg ctaacaccac tggcttgccc
5281 ttgagttcct tcctgggcaa agctaagaac cctcccgggc tatgcttcaa tcttagggct
5341 cgcctgtcct gcatcactgg gatcatctcc cagtaaacta gccacactta catccatgtg
5401 tcagggacat ttctggagaa agcagcccag gacactgttg aataaaacac acaatagtct
5461 ctgtggtctt ctccacccca ccccacacca ggcaccctca gcttgattct cctttttaat
5521 tgcctgtaag cagggaagca caatgttttc acattctttg taaggccttt gttctactaa
5581 aatctaacct cagagcacaa ttttaaacta gatgaaagag ttgctgcgcc tgaagcactg
5641 caaacacctc ctcaccacac atgtgcactc accctggaca ccctcactca ccctgacacc
5701 ctcactcctc accctggaca ccctcactca ccccagacac cgtcactcct caccctggac
5761 acctcactct gcaccctgga caccctcact caccctggac acgttcactc accctgacac
5821 cctcactcac cctggacacc ctcactcacc ctggataccc tcactcctca ccctggacac
5881 cctcactcac cctggatacc ctcactcctc accctggaca ctctcactca ccctgacacc
5941 ctcaatcctc accctggact ccctcactcc tcaccctgga ctccctcact cctcaccctg
6001 gacaccctca ctcctcatcc tggacaccct cactcaacct ggacaccctc actcctcacc
6061 ctgacaccct cactcctcac cctggacacc ctcactcctc accctgacac cctcactcct
6121 caccctggca ccctcagtca ccctgacacc ctcactcctc accctgacac cctcaagtct
6181 tcacctccct ggctgcagcc tgggacacgc tttccctaac ttctgaaggc tcagtcctcc
6241 tcaagccaat ctcatctcaa attgcacctc ctcagagagg tcttccataa ccgcccttat
6301 aaagcaggat tctttcacca ataccccttc ccacatggca ctgtctcaca gcactcctct
6361 aaaagtctgt ttacttcctt gacaatctgt cttccttata aggggaggtt ctgtaaaagc
6421 caagactctc tctgtctagt tgactgttgc ataccagggc ttagaccaag gccctgacat
6481 gcagtaggtg cttaatatgt tttgaggcaa ggtcttgctc tgttgcacat gctggagtgc
6541 agtggcacaa tcgtaattca ttgcagcctt gaactcctga gctcaagtga tcctcctgcc
6601 tcagcctcct gagtagctgg gactacaggc atgcaccacc aagcttggct aatttaaaaa
6661 aaaaattata tagataggga cttgctatgt tgcctaggct gatcttgaac tcctaacctc
6721 aagcaatcct cccacctcgg ccttccaaag tgctgggata ataggcatgg agccgccaca
6781 cccagccaat gtgccgaaga aagaaagaaa aacatgctca tcctttgagt caggttcaaa
6841 ttttttctcc tctttaaccc ccagtcactc cagttataag tgatttttaa ctcttctcac
6901 actttaatgc atctggcaag aagatccacg tggtgttagg aacaatacag gaccttaagg
6961 atgggggaat cagcaggtgt cagcgtgccc tgtatgctca gggcagctgt ttccactgga
7021 cattctccct ttgcctctct gggcagcaac tcctaggcca gccgacctgc tgtgtcgagt
7081 aaccaggatt tctcaatctt ggcatggttg ccattttgga ccagatcgtt ctttgttgtg
7141 ggggctgccc tgtacggcaa agaatgccga gcagcacttc cagtctccac ccacaggacg
7201 ccagtagcac cctctaagtt gtgagaactc aaaatgtccc cagaggatgc cagatgtccc
7261 ctggggtggg gacacaatca ccccaggttg agatccatgg agccaggtct gtttgccacc
7321 aaggggtaaa gctccattcc caccttagga gggctaggag gcagcatcgt ggggccacag
7381 aaggcctggg tttgcagtca gaggacagga tgcacattcc ttcaagatac agacccagat
7441 tgttgggcat ctagttcttg ggttttctgt tgttgctgtt ccgttttgtc tgtcttccct
7501 cctttgttta ctagcagcct ggaatttgcc actttttcta aacgaagatt tatggaacac
7561 ttaccacacg gctgacgctg cgcgaggcta aggttctaat acaccgcagc tcacttaact
7621 ctcgcaatac cataaacgca cactgtttca tcttgaccct ttcttgggaa ggtgacagag
7681 aggtaggagg gcaaacatct tgtgtgcccc gtcccaaggg tattactggt ggaataatat
7741 ccgcccccca ccccagtttc taatttgctg taggctgtga cgctgtgggg caagactagg
7801 agtcctgttg aaattaggaa taagtgtgct gtgagggaag ggctgcctta ttttagagca
7861 cagattttct gaatatctat tttgacaggt tcgatcctct ccccttcctg ccttccttct
7921 gtcgattttc aatgtcttga tggtgtccca cctgagtggc ctttagagat gtgagttgtg
7981 aggcactggg gaggcaggca cacgtcctcc agcccaagac tgcctaattt aacagggatt
8041 tctgcattct ggaacaagcc tccattttcc ccaagcagga ttactccaga gggcaaaaca
8101 cagcccaata gtatcacatt tcctttctgc tttagcaaaa ataaccactg tctcattcat
8161 gggaaaaggc cgccaaacaa atttgttact ggaaccattt gtaacaactt ctagtttgca
8221 ctgccttgga gcaagcacac tttgtagagg agggatttgc agttacttgg gcaacaaggt
8281 aaccactgat cattacagga agcttcagaa accgtgggac cagtgtagaa gaatggacta
8341 tctgtccaaa ctaagaataa aaagaatgac acttgtattt tgtatgtctt tttcactttg
8401 cctttctagt aattcatttt tcttgatatt tacaccttgt ggccctgtga tagactggaa
8461 atctcaaaaa cacacgttca gcaccaagat tttcagcagc accgcctcag aatgagaccc
8521 ctagaaaaaa ctgcgtgttt tccacttgcc caacacgagg agtttttgga acacgacctg
8581 cttgaggtgg agattttcta gatgggcaaa gagaaggaaa cacttaacct aggaagagta
8641 tttaggaaga agaaagaaca cagcctttct gcacaggaaa ccgccgagca gaggggcatc
8701 tggcctctgc agtggcctcc aaatagagtc caatggctgg ggccagcgtg gctgcttaaa
8761 ggggactcaa gggatataat aaaatgcaga ttctcaggtc ctagtgcaga caggctcacc
8821 caataagtct ggactgcata tgggaatctc tatttctagg cccttctgca aggtattcct
8881 gctctttcca ggaaccatcg gcagctggtt tggggaaaga agcaacgact ccaagtgtga
8941 cctgtgagct ggcagcagcc accctcagct ctgctctcgg tcactgaatc cgattctgca
9001 ttttaacagg accccaggtg ttgcacccac acaaagctga agcagattgg tctgggggca
9061 aaaaattaga gctatggaga ttctctcaaa tgaaatagat gatatcattg actgttagag
9121 cttctagaag gaatctgagg tcacttgttc aaattccctg atttacagat gaggaaacag
9181 aggctcagac agctcaaatg acttctctcc aatacccaac attcgacaag tagcagctct
9241 gggactagta cccaaagcac ctagctctcc aatcactgcg caagccacac aattctgtct
9301 gcttgtcagt ggcttttctg attcaaaaaa agcttaggaa tttccccagg aggcagcacg
9361 atgtagtggg aagggctctg gatgtctctc caaggcttct ggaattcatg cccacctcca
9421 ccaagaagcc actttcctgc cagctacagg tgctcacctg aaaagcaagc cagaccatat
9481 taaccctggc attgctggta cctggaagac tttctgattc aatgctttcc acctcctcct
9541 acccctcacc acccccgtgg catgaaatcc tgggggctgc tttagaaatt gttttctttg
9601 gctgctggtg ggggtgctgc tggtgggggt ttgcacagct ggcacactgc accagtctgg
9661 tgggggtttg cacagctggc acactgcacc agtctcctgc ctgctgccaa caaggccatt
9721 tcccaagcac tggctttgga gaagttgggg ctctgaagtg ggaacacaag gctgcctttt
9781 gcaggccagg tgtaaattct ccccctgcca ctttcagcct agcgtgaaac agatggagtg
9841 tgcattccca cttcccttta tggtaccctg gaatgatgga gctgcccagg gcatcgccac
9901 gttactctct agacagtctc tttgtcttcc tgcaatggca gcgccgaggt tgtatatttc
9961 taggtgcagg tatatgattg ccatataata aaaatctgaa aacatccca
【０２２５】
配列番号7：PSG7 mRNA転写物2046bp
1 agtgcagaag gaggaaggac agcacagctg acagccgtgc tcaggaagat tctggatcct
61 aggctcatct ccacagagga gaacacgcag ggagcagaga ccatggggcc cctctcagcc
121 cctccctgca cacagcatat aacctggaaa gggctcctgc tcacagcatc acttttaaac
181 ttctggaacc cgcccaccac agcccaagtc acgattgaag cccagccacc aaaagtttcc
241 gaggggaagg atgttcttct acttgtccac aatttgcccc agaatcttac tggctacatc
301 tggtacaaag gacaaatcag ggacctctac cattatgtta catcatatat agtagacggt
361 caaataatta aatatgggcc tgcatacagt ggacgagaaa cagtatattc caatgcatcc
421 ctgctgatcc agaatgtcac ccaggaagac acaggatcct acactttaca catcataaag
481 cgaggtgatg ggactggagg agtaactgga cgtttcacct tcaccttata cctggagact
541 cccaaaccct ccatctccag cagcaatttc aaccccaggg aggccacgga ggctgtgatt
601 ttaacctgtg atcctgagac tccagatgca agctacctgt ggtggatgaa tggtcagagc
661 ctccctatga ctcacagctt gcagctgtct gaaaccaaca ggaccctcta cctatttggt
721 gtcacaaact atactgcagg accctatgaa tgtgaaatac ggaacccagt gagtgccagc
781 cgcagtgacc cagtcaccct gaatctcctc ccgaagctgc ccaagcccta catcaccatc
841 aataacttaa accccaggga gaataaggat gtctcaacct tcacctgtga acctaagagt
901 gagaactaca cctacatttg gtggctaaat ggtcagagcc tcccggtcag tcccagggta
961 aagcgacgca ttgaaaacag gatcctcatt ctacccagtg tcacgagaaa tgaaacagga
1021 ccctatcaat gtgaaatacg ggaccgatat ggtggcatcc gcagtgaccc agtcaccctg
1081 aatgtcctct atggtccaga cctccccaga atttaccctt cattcaccta ttaccattca
1141 ggacaaaacc tctacttgtc ctgctttgcg gactctaacc caccggcaca gtattcttgg
1201 acaattaatg ggaagtttca gctatcagga caaaagcttt ctatccccca gattactaca
1261 aagcatagcg ggctctatgc ttgctctgtt cgtaactcag ccactggcaa ggaaagctcc
1321 aaatccgtga cagtcagagt ctctgactgg acattaccct gaattctact agttcctcca
1381 attccatctt ctcccatgga acctcaaaga gcaagaccca ctctgttcca gaagccctat
1441 aagtcagagt tggacaactc aatgtaaatt tcatgggaaa atccttgtac ctgatgtctg
1501 agccactcag aactcaccaa aatgttcaac accataacaa cagctgctca aactgtaaac
1561 aaggaaaaca agttgatgac ttcacactgt ggacagcttt tcccaagatg tcagaataag
1621 actccccatc atgatgaggc tctcacccct cttagctgtc cttgcttgtg cctgcctctt
1681 tcacttggca ggataatgca gtcattagaa tttcacatgt agtataggag cttctgaggg
1741 taacaacaga gtgtcagata tgtcatctca acctcagact tttacataac atctcaggag
1801 gaaatgtggc tctctccatc ttgcatacag ggctcccaat agaaatgaac acagagatat
1861 tgcctgtgtg tttgcagaga agatggtttc tataaagagt aggaaagctg aaattatagt
1921 agactcccct ttaaatgcac attgtgtgga tggctctcac catttcctaa gagatacatt
1981 gtaaaacgtg acagtaagac tgattctagc agaataaaac atgtactaca tttgctaaaa
2041 aaaaaa
【０２２６】
配列番号8：PAPPA mRNA転写物11025 bp
1 gagcatcttt tggggggagg gaattcagcg gatcagtctt aagaggagct tttttttgga
61 gcgagaaatc atataaaata aaatgaaata aaacaaggag gaaggcaacc agctgttagg
121 ggaaaaataa ggcagataaa ggagcgggga gagaaattaa ttgccaacca ggaggagttg
181 ggctgtattt ttcaaaggtg gggagagtgg agcacacacc ttgaggagga aagcgagaaa
241 gaaaagaaaa aagcaagtgg aaaggggggc tcgcccaaga agggtgaaga agcgaagaaa
301 gtcgaggcgc cgaggctccc aaagctggca gctccgggtg gcggtgcagg ggcgaagggg
361 gggcgggggg aaccgtcgga catgcggctc tggagttggg tgctgcacct ggggctgctg
421 agcgccgcgc tgggctgcgg gctggccgag cgtccccgcc gggcccggag agacccgcgg
481 gccggccgac ccccgcgccc cgccgccggc ccggccacct gcgccacccg ggcggcccgc
541 ggccgccgcg cctcgccgcc gccgccgccg ccgccgggcg gtgcctggga agccgtgcgc
601 gtcccccggc ggcggcagca gcgggaggcg aggggcgcca ccgaggagcc gagcccgccg
661 agccgggcgc tctatttcag cgggcgaggc gagcagctgc gcctccgggc cgacctcgag
721 ctgccccggg acgcgttcac gctgcaagtg tggctgcgag cggagggggg ccagaggtct
781 ccggcagtga tcacagggct gtatgacaaa tgttcttata tctcacgtga ccgaggatgg
841 gtcgtgggca ttcacaccat cagtgaccaa gacaacaaag acccacgcta ctttttctcc
901 ttgaagacag accgagcccg gcaagtgacc accatcaatg cccaccgcag ctacctccca
961 ggccagtggg tatacctagc tgccacctat gatgggcagt tcatgaagct ctatgtgaat
1021 ggtgcccagg tggccacctc tggggaacaa gtgggtggca tattcagccc actgacccag
1081 aagtgcaaag tgctcatgtt agggggcagt gccctgaatc acaactaccg gggctacatc
1141 gagcacttca gtctgtggaa ggtggccagg actcagcggg agatactgtc tgacatggaa
1201 acccatggcg cccacactgc tctacctcag ctcctcctcc aggagaactg ggacaatgtg
1261 aagcatgcct ggtcccccat gaaggatggc agcagcccca aagtggaatt cagcaatgcc
1321 cacggctttc tgctggacac gagtctggag cctcctctgt gcggacagac attgtgtgac
1381 aacacagagg tcattgccag ctacaatcag ctctcaagtt tccgccagcc caaggtggtg
1441 cgctaccgcg tggtcaacct ctatgaagat gatcataaga acccgacggt gacgcgcgag
1501 caggtggact tccagcacca tcagctggct gaggccttca agcaatacaa catctcctgg
1561 gagctggacg tgctggaggt gagcaactcc tcccttcgcc gccgcctcat cctggccaac
1621 tgtgacatca gcaagattgg ggatgagaac tgtgaccccg agtgcaacca cacgctgacg
1681 ggccacgacg gcggggattg ccgccacctg cgccaccctg ccttcgtgaa gaagcagcac
1741 aacggggtgt gtgacatgga ctgcaactat gaacggttca actttgatgg tggagagtgc
1801 tgtgaccctg aaatcaccaa tgtcactcag acttgctttg accccgactc tccacacaga
1861 gcctacttgg atgttaatga gctgaagaac attcttaaat tggatggatc aacacatctc
1921 aatattttct ttgcaaaatc ctcagaggag gagttggcag gagtagcaac ttggccatgg
1981 gacaaggagg ccctgatgca cttaggtggc attgtcttga acccatcttt ctatggcatg
2041 cctgggcaca cccacaccat gatccatgag attggtcaca gcctgggcct ctatcacgtc
2101 ttccgaggca tctcagaaat ccagtcctgc agtgacccct gcatggagac agagccctcc
2161 ttcgagactg gagacctctg caatgatacc aacccagccc ctaaacacaa gtcctgtggt
2221 gacccagggc caggaaatga cacctgtggc tttcatagct tcttcaacac tccttacaac
2281 aacttcatga gctatgcaga tgacgactgt acggactcct tcacgcccaa tcaagtcgcc
2341 agaatgcact gttacctgga cctggtctac cagggctggc agccctccag gaaaccagcg
2401 cctgttgccc tcgcccccca agttctgggc cacacaacgg actctgtgac actggagtgg
2461 ttcccaccta tagatggcca tttctttgaa agagaattgg gatcagcatg tcatctttgc
2521 ctggaaggga gaatcctggt gcagtatgct tccaacgctt cctccccaat gccctgcagc
2581 ccatcaggac actggagccc tcgtgaagca gaaggtcatc ctgatgttga acagccctgt
2641 aagtccagtg tccgcacctg gagcccaaat tcagctgtca acccacacac ggttcctcca
2701 gcctgccctg agcctcaagg ctgctacctc gagctggagt tcctctaccc cttggtccct
2761 gagtctctga ccatttgggt gacctttgtc tccactgact gggactctag tggagctgtc
2821 aatgacatca aactgttggc tgtcagtggg aagaacatct ccctgggtcc tcagaatgtc
2881 ttctgtgatg tcccactgac catcagactc tgggacgtgg gcgaggaggt gtatggcatc
2941 caaatctaca cgctggatga gcacctggag atcgatgctg ccatgttgac ctccactgca
3001 gacaccccac tctgtctaca gtgtaagccc ctgaagtata aggtggtccg ggaccctcct
3061 ctccagatgg atgtggcctc catcctacat ctcaatagga aattcgtaga catggatcta
3121 aatcttggca gtgtgtacca gtattgggtc ataactattt caggaactga agagagtgag
3181 ccatcacctg ctgtcacata catccatgga agtgggtact gtggcgatgg cattatacaa
3241 aaagaccaag gtgaacaatg cgacgacatg aataagatca atggtgatgg ctgctccctt
3301 ttctgccgac aagaagtctc cttcaattgt attgatgaac ccagccggtg ctatttccat
3361 gatggtgatg gggtatgtga ggagtttgaa caaaaaacca gcattaagga ctgtggtgtc
3421 tacacgcccc agggattcct ggatcagtgg gcatccaatg cttcagtatc tcatcaagac
3481 cagcaatgcc caggctgggt catcatcgga cagccagcag catcccaggt gtgtcgaacc
3541 aaggtgatag atctcagtga aggcatttcc cagcatgcct ggtacccttg caccatcagc
3601 tacccatatt cccagctggc tcagaccact ttttggctcc gggcgtattt ttctcaacca
3661 atggttgccg cagctgtcat tgtccacctg gtgacggatg ggacatatta tggggaccaa
3721 aagcaggaga ccatcagcgt gcagctgctt gataccaaag atcagagcca cgatctaggc
3781 ctccatgtcc tgagctgcag gaacaatccc ctgattatcc ctgtggtcca tgacctcagc
3841 cagcccttct accacagcca ggcggtacgt gtgagcttca gttcgcccct ggtcgccatc
3901 tcgggggtgg ccctccgttc cttcgacaac tttgaccccg tcaccctgag cagctgccag
3961 agaggggaga cctacagccc tgccgagcag agctgcgtgc acttcgcatg tgagaaaact
4021 gactgtccag agctggctgt ggagaatgct tctctcaatt gctccagcag cgaccgctac
4081 cacggtgccc agtgtactgt gagctgccgg acaggctacg tgctccagat acggcgggat
4141 gatgagctga tcaagagcca gacgggaccc agcgtcacag tgacctgtac agagggcaag
4201 tggaataagc aggtggcctg tgagccagtc gactgcagca tcccagatca ccatcaagtc
4261 tatgctgcct ccttctcctg ccctgagggc accacctttg gcagtcaatg ttccttccag
4321 tgccgtcacc ctgcacaatt gaaaggcaac aacagcctcc tgacctgcat ggaggatggg
4381 ctgtggtcct tcccagaggc cctgtgtgag ctcatgtgcc tcgctccacc ccctgtgccc
4441 aatgcagacc tccagaccgc ccggtgccga gagaataagc acaaggtggg ctccttctgc
4501 aaatacaaat gcaagcctgg ataccatgtg cctggatcct ctcggaagtc aaagaaacgg
4561 gccttcaaga ctcagtgtac ccaggatggc agctggcagg agggagcttg tgttcctgtg
4621 acctgtgacc cacctccacc aaaattccat gggctctacc agtgtactaa tggcttccag
4681 ttcaacagtg agtgtaggat caagtgtgaa gacagtgatg cctcccaggg acttgggagc
4741 aatgtcattc attgccggaa agatggcacc tggaacggct ccttccatgt ctgccaggag
4801 atgcaaggcc agtgctcggt tccaaacgag ctcaacagca acctcaaact gcagtgccct
4861 gatggctatg ccatagggtc ggagtgtgcc acctcgtgcc tggaccacaa cagcgagtcc
4921 atcatcctgc caatgaacgt gaccgtgcgt gacatccccc actggctgaa ccccacacgg
4981 gtagagagag ttgtctgcac tgctggtctc aagtggtatc ctcaccctgc tctgattcac
5041 tgtgtcaaag gctgtgagcc cttcatggga gacaattatt gtgatgccat caacaaccga
5101 gccttttgca actatgacgg tggggattgc tgcacctcca cagtgaagac caaaaaggtc
5161 accccattcc ctatgtcctg tgatctacaa ggtgactgtg cttgtcggga cccccaggcc
5221 caagaacaca gccggaaaga cctccgggga tacagccatg gctaaggaag gacaagaagt
5281 tgtcaaagaa ttcccaacgc caggacccac atccctttgg tattgatttc acagtcagct
5341 gctcaacgga atggcctctc cacaccaggg atccttagca cccaaccggt ctgcctttaa
5401 ttttacccag gaaggactca cattggggcg aatgaaccaa gtttcgccat gctggatgat
5461 gaaatggatt cccatcccaa agtctgagat ggattgcata tacagtgtgc agtcccagag
5521 cctcctaaaa ttctagccat ttgtcacaca accacagcaa gaaacgtgtt ctatatctag
5581 agtgtgccca tctgtgttta gtacacatgc atgcatacac acccatacaa acatctgtgt
5641 gagggcagtt ctggagatga gcagagagag accggaataa actcaatctt ttctttccca
5701 agctcctagc caacactatc cttgggagaa agaaatttgc agaaactgct aagaccaagt
5761 gtggagatgt caagctagtt cacactctga ggctcagaat atgtaggaca tgcacaattg
5821 tgcagtcctt tgggattgga agtgaaacag tctgtgatcc cctaccttct agggaactag
5881 gacctaggaa gaggtaaaga ttatcaggta tgcaaagcgc cccaattctt ctgctgccat
5941 gggggatttt accccaactc cagggttcga ggccaatctg agaatggctt aggattgcaa
6001 tgtcaaggta ttatatcagc cccttgcttg aggcttgagg tcataatatc cctctaggac
6061 ttacctgttc ccccagatct tgccttggga ccacatttgc tgctactttt cctgctgctc
6121 tatcctatac attgaataat ccaagatggt agaactaggt taggaaaaat tccacacaac
6181 caaacagtct gccttaaaag tgacccacat ttttccatag ctcctcactt tttagccctt
6241 ctgcaagaga aaaaccctca tgggtccaca tggtgagaag ttaagtttcc tgtaagtggg
6301 cctctcaccc tggaaaggag ttgagggaca tcagatgctg gaaccctcac tgaaagtcca
6361 gaatgtctaa gccagtgtta gattttgtaa acaagtggaa cagtgttaaa tttctatgat
6421 gttggagcca tccagagact actggaattg tcgagacttt tggattatta tccttatcct
6481 tatcctaatc ttcctagccc ttcaggctag agtaggcttc gatcctgaga accttgctgt
6541 tgctctgagg agatataatt ctgggagaaa gaatctttta taagaacagt acagattgtt
6601 ctcaagaggg ccatcagaag gaagccaaag agttcacagc ctcagcacca acaactcaac
6661 atggtcatca tgttttctat atggtttttc cagctagcag tactcccttc catacctgtg
6721 actgggcagt gcttttctct ctcccatgtc tagcctccaa aagttaagtg aaaattagtc
6781 aactgcacgt ggaagccccc accactttgg ggatctcttt atttcttttc agccagggac
6841 ctgtccactc cctttgaatt aatatgggaa gaaattaata caggatgaac tggagagaag
6901 ggttgagtgt ggcatacttt ctgaaacctg gagctgggaa ttgcggagaa gggaaggtct
6961 agactagtta catcacatag ggattactgt aaatcaagtc atctcaagtc tagtgaagac
7021 agccaacaga aacaaaacct agcataggga tagaaaatac catgcacgtg tgcagcccca
7081 cctaattcct gcatccaagg caggtgttgt taatctatca tagcacttaa aaaaaaaaaa
7141 aaaaagagac caaaaataac tttaggaacc accatattat atcactccca atagcactga
7201 cctggtgatc aaaaacactt gagaagacat ctattggcca tctctggcca attacactaa
7261 gaaacatatc aaggtgcttt tggcacaggt gcccacaaat acggatgcag tgctgagata
7321 gtttatgaga cttgtaccat ttcacaaact ctgaaattgg gttccatatt ggcaaggctg
7381 ccacagttgt taagaataat cctctatgtt tcttcctcac aaaaccatat ctcatttata
7441 tccagaccat tacttcacta taattacaag gacaaattat tagcaagaaa taagaatagt
7501 attagaagaa ttgatcctat tttgaacccc tctccagtat cttcacactc ttgtcaactc
7561 tccaggcctc tctcttgccc tgagttatca gcctgtgtgg tgttaactac cttagaaggt
7621 acaagctaag aaatgtaaca gtatcaaccc tcccagttgc ttaattatac ccataggtaa
7681 tacaaaaagc tctgaagacc caaagatgac attactaatg atgtgatttc aggagccaca
7741 gaagaacctt accagcttcc ctcaaatcag tccttatcct ctttctatct tcactcccat
7801 catcatctat tttcacacta tccagctaag caaagattcc tggaggctga cttgtatctt
7861 cagactcaca gagtgaattc agctcttctg aatcaagacc cacccagtct ctttcattca
7921 gacctgttgc taacaaattt atatttgcca aggatattag gcaaaagagg ctacttgatt
7981 ggtggccaac ctcgtgccca catggaaggt atctttaata gggtcttttc aaaccttagt
8041 ggaggagggt cagctcaatt tgggcaatgc atttgttccc agtttcattt tcttcctggg
8101 aattaactcg tcatttcatt ccttcagtca tcttctgtgt aggtgaccgg agcactgaga
8161 ggcagctctg atgcactatt gtgtgtcagc agctcaaagg ccctaaaaca ctgaaggttc
8221 tgcatctgaa gtattagatt gttagcagca aaatatgaaa gatgaggtgg acagtcctct
8281 aagccctatt tagggaagct tttccaagcc acaatcttaa ctacctaccc aaaggatttg
8341 cattaccccc agattctgtg ccaacaacct tttaaggaaa tacagtcctt gggaaatgag
8401 ttttgatggt gaattggggt gttaaggaag ggaaagattg tcatagatgg tagggctttg
8461 aaaatgcagg gtatcagctg ccactcctgg cttcaacaca ttgagtcact gcctagacgg
8521 ttctcttggt cttattccca tcctggccaa tgcttaaata ctatttgttg aaaataattc
8581 tttgagacag atttcagcta cctcccttcc aggttcgatt taacttggtt gtaattgtca
8641 atttgttgtt ataggtctta cctgtgtgaa agaaagaaaa agaaagaaag aaagaaagag
8701 aaaggaaatt ataaggtcaa gttaacagtt ttgaggtttt gtgttttttt ctggaactac
8761 ttcaagtgag aaaataaaaa aaaatggtga caaagctgta cagatagaga taatagaaga
8821 caaagagatt aaaaggaaat aaaaatgcat gattaaaaac taagaataaa aaacctattt
8881 ttatgtttcc taaaggaaat tgtttattct acagcctcag taggtagaca caaacataaa
8941 gatttcccta gaagacatag agtgggattt gataacactg tctgttattt tctgtacatt
9001 gtggtaggtc caggaaatat gacattttcc cccttgatgt gttattgttg ttgttgggtg
9061 gggtgggcat tttgtttatt tgtttggtgg caatcagtgg tagtagggag tgggagggct
9121 tatattggtt tttccagcta ttaaggggac atattgtgtc gttgtgcttt tcacgttata
9181 aaatgtttat atttaccagt acagcactgg gctttataaa gactgcactc agaaccacac
9241 tgcacagtcc agttttttaa aaagctgcta catgacagac aggtaatccc actgagtgag
9301 ttttgagaaa caaatcaaac gaagtaaaca agaaacataa aaaccaaata gcaaatgaat
9361 aaaagcctgt tcttgtaact tattcaactt ttgccaaatt cctaccaatc acttgctttt
9421 taaaagaaat gtataatagc caaaagagaa attatgtccc tgttgtacag aagttagaat
9481 ttttgactcc aggcagcagt ttgctcagtg atcttgaaca agttatccaa ttgcctctac
9541 atttgcatca gtttctctag ctgcaaaatg gggataatac tatataccta cctcacagtg
9601 ggagggcagg agattttgag gccctgaggt tttaggtggg ctgtgagggc caacgcttga
9661 cacaaagtcc atgggttatt attcaagaat gcacaggccc atcggccttt tagaaagaca
9721 agacagggag tgcttgtttg atatttcaag gaataaagcc ggagctcctg aattgtagtc
9781 caccttaaaa gagagacctg tattggagaa tattttattt ttttggcaaa tttgatctta
9841 ccctttacca gttctataat ttggttaaaa gctgattatg tcctacaatg tcaaagtcag
9901 ctaactgtcg tctacttaag acttctggtc atttccaact tatagaggaa gggagtctct
9961 aaaatctctt cttcagaagg cacctcactt ctcagactta aaattccaca tcaagtgttc
10021 cattaaaaga agataaggca ttctgagtgc aaacaaatgg gggcttctta aactacacac
10081 cagcagtcag tgaggaaaac tttgaacaat tattgagttg ctttcttggg tctctataat
10141 caataacctg tctgcagata tctatctata taaagatatt atatataaat ataaatttac
10201 atatatatgc acatgtatat atagttgtac atatatgtgt gtatatatat acttaaatgt
10261 aatatttaca aaataaaact gtgatctcgt ctagagaaaa tgtattcata ttacaaactg
10321 ctcttccata tttatgtacc atattatacc tttttattat tgttataatt attatgggta
10381 tttctaatta atatgatgtt gaaacctgtt tggcaccttc tggaagctac caaaaaaatg
10441 acactccatt gaagtgctta aaagctgttc tcataagaat tctactggcc tattgtaaaa
10501 aagaaaaaaa aaaagaaaaa gaagaaagac acaaagaaaa taatctaaac accaaaaact
10561 aaacacaatt ccaatccttt ttctgtacct cacgcgcata aatttgctgc tcctattttt
10621 ttttctgttt atgtgttttt atggatctaa gttaaatctt ttggcaatat ataaaaatgt
10681 aaatagtaaa ctttatttat taagaatgtc atctttttta atttatattt acacaattgt
10741 tcatctaatt tattttttct atacagtttt aaatactcag acatattttg ctgttcatga
10801 tatttttatc ctgttctcat ggatttgttt tcccatactg ttttctctga tctcaattac
10861 aggttggatc tcacaaataa taatgtcaga gacagaaata ttttgccact gttgattact
10921 atactttaaa gttctatatt atgaaaatat ataatagctt gtacgcttca aaaaaaaaaa
10981 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa
【０２２７】
配列番号9：LGALS14 mRNA転写物794bp
1 gctgcattac agacacagac ctgcaaacat ctatggttgt gacagagttt ctttctgaca
61 cctgagtctt tctcctgctg cacggaaagc ttgctgggag gggcttggaa tctggcatga
121 agccaaaggg catctctgag ttgcagcatt taaatgatcc cactcagaga ttcacacaga
181 agactggaca caattccgaa gagctgccca gaaggagaga acaatgtcat cactacccgt
241 accatacaca ctgcctgttt ccttgcctgt tggttcgtgc gtgataatca cagggacacc
301 gatcctcact tttgtcaagg acccacagct ggaggtgaat ttctacactg ggatggatga
361 ggactcagat attgctttcc aattccgact gcactttggt catcctgcaa tcatgaacag
421 ttgtgtgttt ggcatatgga gatatgagga gaaatgctac tatttaccct ttgaagatgg
481 caaaccattt gagctgtgca tctatgtgcg tcacaaggaa tacaaggtaa tggtaaatgg
541 ccaacgcatt tacaactttg cccatcgatt cccgccagca tctgtgaaga tgctgcaagt
601 cttcagagat atctccctga ccagagtgct tatcagcgat tgagggagat gatcagactc
661 ctcattgttg aggaatccct ctttctacct gaccatggga ttcccagagc ctactaacag
721 aataatccct cctcacccct tcccctacac ttgatcatta aaacagcacc aaacttcaaa
781 aaaaaaaaaa aaaa
【０２２８】
配列番号10：CLCN3 mRNA転写物6299bp
1 gtgacgtcac gcgtcgacgc tggggcgtac ctttcgggct cctgactcct gccgcttctc
61 ttccccttcc gtgggtcagg gccggtccgg tccggaacct gcagcccctt tcccagtgtt
121 ctagttcgcc cgtgacccgg aataatgagc aaggagggtg tggtgggttg aaagccatcc
181 tactttactc ccgagttaga gcatggattc agttttagtc ttaaggggga agtgagattg
241 gagattttta tttttaattt tgggcagaag caggttgact ctagggatct ccagagcgag
301 aggatttaac ttcatgttgc tcccgtgttt gaaggaggac aataaaagtc ccaccgggca
361 aaattttcgt aacctctgcg gtagaaaacg tcaggtatct tttaaatcgc gatagttttc
421 gctgtgtcag gctttcttcg gtggagctcc gagggtagct aggttctagg tttgaaacag
481 atgcagaatc caaaggcagc gcaaaaaaca gccaccgatt ttgctatgtc tctgagctgc
541 gagataatca gacagctaaa tggagtctga gcagctgttc catagaggct actatagaaa
601 cagctacaac agtataacaa gtgcaagtag tgatgaggaa cttttagatg gagcaggtgt
661 tattatggac tttcaaacat ctgaagatga caatttatta gatggtgaca ctgcagttgg
721 aactcattat acaatgacaa atggaggcag cattaacagt tctacacatt tactggatct
781 tttggatgaa ccaattccag gtgttggtac atatgatgat ttccatacta ttgattgggt
841 gcgagaaaaa tgtaaagaca gagaaaggca tagacggatc aacagcaaaa agaaagaatc
901 agcatgggaa atgacaaaaa gtttgtatga tgcgtggtca ggatggctag tagtaacact
961 aacaggattg gcatcagggg cactggccgg attaatagac attgctgccg attggatgac
1021 tgacctaaag gagggcattt gccttagtgc gttgtggtac aaccacgaac agtgctgttg
1081 gggatctaat gaaacaacat ttgaagagag ggataaatgt ccacagtgga aaacatgggc
1141 agaattaatc ataggtcaag cagagggtcc tggttcttat atcatgaact acataatgta
1201 catcttctgg gccttgagtt ttgcctttct tgcagtttcc ctggtaaagg tatttgctcc
1261 atatgcctgt ggctctggaa ttccagagat taaaactatt ttaagtggat tcatcatcag
1321 aggttacttg ggaaaatgga ctttaatgat taaaaccatc acattagtcc tggctgtggc
1381 atcaggtttg agtttaggaa aagaaggtcc cctggtacat gttgcctgtt gctgcggaaa
1441 tatcttttcc tacctctttc caaagtatag cacaaacgaa gctaaaaaaa gggaggtgct
1501 atcagctgcc tcagctgcag gggtttctgt agcttttggt gcaccaattg gaggagttct
1561 ttttagcctg gaagaggtta gctattattt tcctctcaaa actttatgga gatcattttt
1621 tgctgcttta gtggctgcat ttgttttgag gtccatcaat ccatttggta acagccgtct
1681 ggtccttttt tatgtggagt atcatacacc atggtacctt tttgaactgt ttccttttat
1741 tcttctaggg gtatttggag ggctttgggg agcctttttc attagggcaa atattgcctg
1801 gtgtcgtcga cgcaagtcca cgaaatttgg aaagtatccc gttctggaag tcattattgt
1861 tgcagccatt actgctgtga tagccttccc taatccatac actaggctaa acaccagtga
1921 actgatcaaa gagcttttta cagactgtgg tcccctggaa tcctcttctc tttgtgacta
1981 cagaaatgac atgaatgcca gtaaaattgt cgatgacatt cctgatcgtc cagcaggcat
2041 tggagtatat tcagctatat ggcagttatg cctggcactc atatttaaaa tcataatgac
2101 agtattcact tttggcatca aggttccatc aggcttgttc atccccagca tggccattgg
2161 agcgatcgca ggaaggattg tggggattgc ggtggagcag cttgcctact atcaccacga
2221 ctggtttatc tttaaggagt ggtgtgaggt cggggctgat tgcattacac ctggccttta
2281 tgccatggtt ggtgctgctg catgcttagg tggtgtgaca agaatgactg tctccctggt
2341 ggttattgtt tttgagctta ctggaggctt ggaatatatt gttcccctta tggctgcagt
2401 catgaccagt aaatgggttg gagatgcctt tggcagggaa ggcatttatg aagcacacat
2461 ccgattaaat ggataccctt tcttggatgc aaaagaagaa ttcactcata ccaccctggc
2521 tgctgacgtt atgagacctc gaaggaatga tcctccctta gctgtcctga cacaggacaa
2581 tatgacagtg gatgatatag aaaacatgat taatgaaacc agctacaatg gatttcctgt
2641 cataatgtca aaagaatctc agagattagt gggatttgcc ctcagaagag acctgacaat
2701 tgcaatagaa agtgccagga aaaaacaaga aggtatcgtt ggcagttctc gggtgtgttt
2761 tgcacagcac accccatctc ttccagcaga aagtcctcgg ccattgaagc ttcgaagcat
2821 tcttgacatg agccctttta cagtgacaga ccacacccca atggagatcg tggtggatat
2881 tttccgaaag ctgggactga ggcagtgcct tgtaactcac aatgggattg tcttggggat
2941 catcacaaag aagaacatat tagagcatct cgagcaacta aagcagcacg tcgaaccctt
3001 ggcgcctcct tggcattata acaaaaaaag atatcctccg gcatatggcc cagacggcaa
3061 accaagaccc cgcttcaata atgttcaact gaatctcaca gatgaggaga gagaagaaac
3121 ggaagaggaa gtttatttgt tgaatagcac aactctttaa cctgagggag tcatctactt
3181 ttttttcctc ctttacaaaa aaagaaagga aatataaaag ccgggttttt gcaacatggt
3241 ttgcaaataa tgctggtgga atggaggagt tgtttgggga gggaaaggag agagaaggaa
3301 aggagtgagg tatttcccgt ctaacagaaa gcagcgtatc aactcctatt gttctgcact
3361 ggatgcattc agctgaggat gtgcctgata gtgcaggctt gcgcctcaac agagatgaca
3421 gcagagtcct cgagcacctg gcctgttgct ccaacattgc aaagacacat tatcagtccc
3481 tatttctaga gggattactt tgaattgagc catctataaa actgcaaggt cttgcccttt
3541 tttttaatca aaactgttct gtttaattca tgaattgtat agttaagcat tacctttcta
3601 cattccagaa gagcctttat ttctctctct ctctctctct ctctctctct ctctactgag
3661 ctgtaacaaa gcctctttaa atcggtgtat ccttttgaag cagtcctttc tcatattgag
3721 atgtactgtg attttactga ggtttcatca caagaaggga gtgtttcttg tgccattaac
3781 catgtagttt gtaccatcac taaatgcttg gaacagtaca catgcaccac aacaaaggct
3841 catcaaacag gtaaagtctc gaaggaagcg agaacgaaat ctctcattgt gtgccgtgtg
3901 gctcaaaacc gaaaacaatg aagcttggtt ttaaaggata aagttttctt ttttgttttc
3961 ctctcagact ttatggataa tgtgaccggg tcttatgcaa attttctatt tctaaaacta
4021 ctactatgat atacaagtgc tgttgagcat aattaaataa aatgctgctg ctttgacagt
4081 aaagagaagg aagtattctg attagctgta tctggtatta attgcatgtt aaaacactgg
4141 aatttttaaa attgaaatta gatcagtcat tcttttcttt tctcaagata tctcatggct
4201 gacactgaag aagaaatgta attcataact tgcactaaat gtatattttt tttcttaaaa
4261 atttaccatt cttatttata tttttatgga ttaaaattta taaaatacag atcagttaat
4321 attgcactta agtaatttta cctttttaat gtgattttta tagaataatt cagacttaca
4381 aatacagaga tatgaacaaa gtttacagtg ggaacaaagg tttaaaaaaa ggttgtggtt
4441 ctctctctgt gatccagtgt gcacataaac ctttctctga tctttcactg ccatcctctg
4501 gattatgtct tctgacctgt ccattttgac ccattaactg gaaagttgaa aaactacatt
4561 aactggaaag ttgaaaaact acattacttt ggagaataaa accgaaagtt cgtgtatacc
4621 ttcttaaaaa aaaaatcaaa ccaaaaatgt gaaaacaata gaattgcaaa gatagcagtt
4681 aaaattttaa tctgaaaata acctttgaat ctcgggctag gttacgtcca tatttgaagt
4741 ggtcagtgat ggtttgaaca ttttttgcag gatgagtgaa aatgcactgg attatatttg
4801 ggatttttgt ttttggaatt gtctgtttta atcacagcct taattcacaa ttggcaaagg
4861 cagtttactc aaaggactgg gctaaatatt ctgtaattat gcatttttga taggaaaatg
4921 aaatttttgc aaacagacat tttctttttt tttggctgga gtgcagtggg gcatggtctt
4981 ggctcactgc agcgttgacc acctgggctc aagtgatact cccgcctcag ccacccaagt
5041 agctggcact acgggcacac gccaccatgc ccagctaatt tttttgtatt tttagtagag
5101 atggggtttt gccatgctgc ccaggctggt ctcaactcct cagctcaagc aatctgcctg
5161 cgtgagcctc ccaaagtggt ggaattacag gcgtgggcca ctgcgcctgg cccagacaga
5221 cattttctga aacacaactg gcaatgagct gtttttacat tttgaaagtg attcttcact
5281 tcctagttct taattatagt atacctatta agatctgtaa gatcctgaag acataagatc
5341 atgaagccat ataagaatga ggattgaaag ttgagcaaaa ttttcgggat tttgggaaac
5401 attcttagct gtgctatctg cctaaaatta ttccttatta cttctctcct ttgacagact
5461 tcaagttttc ttcatagccc tttcaaagtt ttttgagcca tccagagtaa aatcatttct
5521 aaatgatagt tctgtatatc tccaactcgt cttaagtgta tttgcctgtg tgcaacgtat
5581 tgctagacta tgaactcctc agcatggctg ctggataact taattgtcct gagttaatag
5641 ccttcaaagg acaaatcggt ttctttgcag atagcttcgt aaaacttcac atggagttta
5701 ttttatcata tttccctttt ttatttctgc tcctccttta attgcccatc ttgcttcaga
5761 gactgacatt tcagggtgga tattaattaa agcattaatt ttgttttttg gtatatttct
5821 atccctagta tttctatctt actgctaaaa tacaggaaaa gtgccgtatt tttaatgcat
5881 ttagtggttt tctttggtgt tatctgttcc atttttcttt ttcatacatt gaagtgtgtc
5941 tccttttcaa ccaaaataat gaaatagtgg agaccatgaa attgttgtgc ctggctaatt
6001 ggcaaattaa tttaccaata taataagtgt agcgccttgt ttgaataccc tttttgagaa
6061 ggtatgatga gaatgggcaa gggtgtcagc atctcttctt cttaataatt aattgttttc
6121 agttttggtt cacgaagaat gcttagttaa tctgtaatgt tgcctagagc tgtatttatc
6181 tgtttttatt tatactagtg tagtaaagct gcatatcatt acagtaaaaa cgactactgt
6241 gatgagttaa tcagaaaatc tattaaaatc tatatgacaa tgaaaaaaaa aaaaaaaaa
【０２２９】
配列番号11：DAPP1 mRNA転写物3006bp
1 gcaggctgct gtctcacaga gcgagaaggt gtcaggagca gcccagttgt gtctctctct
61 ctacctctgt gaagggcgcg aatgggcaga gcagaacttc tagaagggaa gatgagcacc
121 caggatccct cagatctgtg gagcagatcc gatggagagg ctgagctgct ccaggacttg
181 gggtggtatc acggcaacct cacacgccat gctgctgaag ctcttctcct ctcaaatgga
241 tgtgacggca gctaccttct gagggacagc aatgagacca ccgggctgta ctctctctct
301 gtgagggcca aagattctgt taaacacttt catgttgaat atactggata ttcatttaaa
361 tttggcttta atgaattctc atctttgaag gattttgtca agcattttgc aaatcagcct
421 ttgattggaa gcgagacagg cactctgatg gttctaaaac atccctaccc aagaaaagtg
481 gaagaaccct ccatttatga atctgtccgg gttcacacag caatgcagac aggaagaaca
541 gaagatgacc ttgtgcccac agcaccttct ctgggcacca aagaaggtta cctcaccaaa
601 cagggaggcc tggtcaagac ctggaaaaca agatggttta ctctgcacag gaatgaactg
661 aaatacttca aagaccagat gtcaccagaa ccaattcgga tcctagacct aacagaatgt
721 tcagctgtac aattcgatta ttcacaagaa agggtaaact gtttttgttt ggtatttcca
781 ttcaggacat tttatctctg tgcaaagacc ggagtagaag ctgatgagtg gatcaagata
841 ttacgctgga aattggtcaa ggacaaaagc tgatttattt tgtctgctct ctgtatatct
901 cccgaggaga agactgatca caaataagaa aacagctcaa ccaaggggaa ggcacgatcc
961 gatctcggtc gttcatcttt aaatagatct ttcttgccaa ggaatgctct ggcccaggag
1021 caaggtggaa tgtttccctg acgctgtgat ctgcagcagg cttcaaatga aaaccgacta
1081 aggattttct ttcaaaaaca aatcagaagc agatgctgat tgggacccat ataccacgtt
1141 gctgactcac gttgctgccc ttccatgatg ttgccatctc cttgagaaca ctgaagcaat
1201 caccattctg atagaaagtg cttaaaccac cactcttagg tctgctcact cttagaacac
1261 acaatggaag aggaagggtt tttgttttca ctcattgtgg tccccaagcc tattgacact
1321 agttgcctag agtcccactg tgagtcatgg tcagcctgtc tgacatccag gttgtgctat
1381 taaccaagaa ggaaacagat acttggaggc ttagatgact tctgcaggat ttatattcag
1441 atagaaaaca tcaaatattt tcaggggaga ggtttttttt tttaattttt ccccctttat
1501 acaaaaaaaa aagaacattt ccaaaactaa aatagaaaat gcttgtggca tttattttct
1561 ctttttaaaa ggttcagaaa tttggcaggt cctttgcttc taatgacaaa actgtgagag
1621 ctagatgtcc tatgggcaat taggtagtat aataaaggta aatgaaggta caatttttaa
1681 accattattt tcaccctgtt ggggtaaatg ttttaaagag tgagaaaaca taaattgaga
1741 aagggtgata aagtaataga taacttttag tttaataata attattgtta ttatactact
1801 aataatagag cacttgtaag cactaagtta tctttatcca acatttctcc aaatggactg
1861 aaagaaactt ttcaaggaca gtgtattata acaatccctt tcccagaatt agttgtatag
1921 ggttggccca agagatgtaa gaaaaatctc gcattgctcc ctaagcaccc tgggccttat
1981 taaagagcaa cttctatttc cagtcggggg agtaacacta aagctacaag aaatatgtaa
2041 taatgatagg taataatgtg ttccaaagct ttttcaaact agaataagga ggcaaataga
2101 agaatgagat actgatgtcc acagttcatt ggcagaatct aaccccttct gttatctttt
2161 ttaatactat ttttgtttag atagaagttt caaagaagat aaaaatgctt gaagagcctg
2221 agagtaaaaa gattatgctg caaagctatg atataaactg ctcttgcagt ccaaagggat
2281 acctgattaa agaagtttct tatttaaaca tctcagacgc aaaaattaca ttaaattttt
2341 gtatatttca acaacatttt aaatgtattt tgttatgttt gtattatata ggataaagca
2401 aatgtcaagt taaaatgtat tgtgttgttt gtaaagtaag aagttactgg ccaggagcgg
2461 cggctcatgc ctgtaatccc aggactttgg taggccaaga caagcagatc acttgaggtc
2521 aggagttcaa catcagcctg gccaacatga tgaaaccttg tctttactaa aaatacaaaa
2581 attagctggg catggtggca ggcgcctgta atcccagcta ctcaggaggc tgaggcagga
2641 gaattgcttg aacccgggag gtggaggttg cagtgaacca agatcgcggc gctgcactct
2701 agcctgggtg acagagtcag actccgtccc aaaaaaacaa acaaacaaaa caaaacaaaa
2761 aaaaacagaa gttacaaatg aatactcacg gatatgtata gttttatgtt tgttttctta
2821 gaaacaaatg tgtttctttg ggtgggtaat attgtgtttt actatgttta ccttttataa
2881 aacataacct gtttatttat attctttggc tttgtttatt aaaaagcatg attttgctgt
2941 gcatgtacca ttttgctatt aaaatttatt tttaatattt gtaacttgaa aaaaaaaaaa
3001 aaaaaa
【０２３０】
配列番号12：POLE2 mRNA転写物1861bp
1 agcctactcg gtccggggtt gcgaactgta aggtctgagt tgctgcggcg caggcagcgg
61 agaccaagca gggatcttaa cagggtttag cgccacgcgg gccagggccg aggccggagc
121 tgggaggggc gcgcccggga aggggcggag ctgcggcggt ggcgccaaat cgcaaatatg
181 gcgccggagc ggctgcggag ccgggcgctc tccgccttca agttgcgggg cttgctgctc
241 cgtggtgaag ctattaagta cctcacagaa gctcttcagt ctatcagtga attagagctt
301 gaagataaac tggaaaagat aattaatgca gttgagaagc aacccttgtc atcaaacatg
361 attgaacgat ctgtggtgga agcagcagtc caggaatgca gtcagtctgt tgatgaaact
421 atagagcacg ttttcaatat cataggagca tttgatattc cacgctttgt gtacaattca
481 gaaagaaaaa aatttcttcc tctgttaatg accaaccacc ctgcaccaaa tttatttgga
541 acaccaagag ataaagcaga gatgtttcgt gagcgatata ccattttgca ccagaggacc
601 cacaggcatg aattatttac tcctccggtg ataggttctc accctgatga aagcggaagc
661 aaattccagc ttaaaacaat agaaacctta ttgggtagta caaccaaaat cggagatgcg
721 attgttcttg gaatgataac gcagttaaaa gagggaaaat tttttctgga agatcctact
781 ggaacagtcc aactagacct tagtaaagct cagttccata gtggtttata cacagaggca
841 tgctttgtct tagcagaagg ttggtttgaa gatcaagtgt ttcatgtcaa tgcctttgga
901 tttccaccca ctgagccctc tagtactact agggcatact atggaaatat taattttttt
961 ggaggtcctt ctaatacatc tgtgaagact tctgcaaaac taaaacagct agaagaggag
1021 aataaagatg ctatgtttgt gtttttatct gatgtttggt tggaccaggt ggaagtattg
1081 gaaaaacttc gcataatgtt tgctggttat tcaccagcac ctccaacctg ctttattctg
1141 tgtggtaatt tttcatctgc accatatgga aaaaatcaag ttcaagcttt gaaagattcc
1201 ctaaaaactt tggcagatat aatatgtgaa tacccagata ttcaccaaag tagtcgtttt
1261 gtgtttgtac ctggtccaga ggatcctgga tttggttcca tcttaccaag gccaccactt
1321 gctgaaagca tcactaatga attcagacaa agggtaccat tttcagtttt tactactaat
1381 ccttgcagaa ttcagtactg tacacaggaa attactgtct tccgtgaaga cttagtaaat
1441 aaaatgtgca gaaactgcgt ccgttttcct agcagcaatt tggctattcc taatcacttt
1501 gtaaagacta tcttatccca aggacatctg actcccctac ctctttatgt ctgcccagtg
1561 tattgggcat atgactatgc tttgagagtg tatcctgtgc ccgatctact tgtcattgca
1621 gacaaatatg atcctttcac tacgacaaat accgaatgcc tctgcataaa ccctggctct
1681 tttccaagaa gtggattttc attcaaagtt ttttatcctt ctaataagac agtagaagat
1741 agcaaacttc aaggcttttg agattcttaa agatcatctg aagaaaattc atcagttttc
1801 tgcttaactc tatatcttat gtgattctga tattacaata aaattatggt aaactttagg
1861 a
【０２３１】
配列番号13：PPBP mRNA転写物1307bp
1 acttatctgc agacttgtag gcagcaactc accctcactc agaggtcttc tggttctgga
61 aacaactcta gctcagcctt ctccaccatg agcctcagac ttgataccac cccttcctgt
121 aacagtgcga gaccacttca tgccttgcag gtgctgctgc ttctgtcatt gctgctgact
181 gctctggctt cctccaccaa aggacaaact aagagaaact tggcgaaagg caaagaggaa
241 agtctagaca gtgacttgta tgctgaactc cgctgcatgt gtataaagac aacctctgga
301 attcatccca aaaacatcca aagtttggaa gtgatcggga aaggaaccca ttgcaaccaa
361 gtcgaagtga tagccacact gaaggatggg aggaaaatct gcctggaccc agatgctccc
421 agaatcaaga aaattgtaca gaaaaaattg gcaggtgatg aatctgctga ttaatttgtt
481 ctgtttctgc caaacttctt taactcccag gaagggtaga attttgaaac cttgattttc
541 tagagttctc atttattcag gatacctatt cttactgtat taaaatttgg atatgtgttt
601 cattctgtct caaaaatcac attttattct gagaaggttg gttaaaagat ggcagaaaga
661 agatgaaaat aaataagcct ggtttcaacc ctctaattct tgcctaaaca ttggactgta
721 ctttgcattt ttttctttaa aaatttctat tctaacacaa cttggttgat ttttcctggt
781 ctactttatg gttattagac atactcatgg gtattattag atttcataat ggtcaatgat
841 aataggaatt acatggagcc caacagagaa tatttgctca atacattttt gttaatatat
901 ttaggaactt aatggagtct ctcagtgtct tagtcctagg atgtcttatt taaaatactc
961 cctgaaagtt tattctgatg tttattttag ccatcaaaca ctaaaataat aaattggtga
1021 atatgaatct tataaactgt ggttagctgg tttaaagtga atatatttgc cactagtaga
1081 acaaaaatag atgatgaaaa tgaattaaca tatctacata gttataattc tatcattaga
1141 atgagcctta taaataagta caatatagga cttcaacctt actagactcc taattctaaa
1201 ttctactttt ttcatcaaca gaactttcat tcatttttta aaccctaaaa cttataccca
1261 cactattctt acaaaaatat tcacatgaaa taaaaatttg ctattga
【０２３２】
配列番号14：LYPLAL1 mRNA転写物1922bp
1 gtgcgcggcc ccgcgcggca acgcaggggc ggaaccgcat gactggcagt ggcatcagcg
61 atggcggctg cgtcggggtc ggttctgcag cgctgtatcg tgtcgccggc agggaggcat
121 agcgcctctc tgatcttcct gcatggctca ggtgattctg gacaaggatt aagaatgtgg
181 atcaagcagg ttttaaatca agatttaaca ttccaacaca taaaaattat ttatccaaca
241 gctcctccca gatcatatac tcctatgaaa ggaggaatct ccaatgtatg gtttgacaga
301 tttaaaataa ccaatgactg cccagaacac cttgaatcaa ttgatgtcat gtgtcaagtg
361 cttactgatt tgattgatga agaagtaaaa agtggcatca agaagaacag gatattaata
421 ggaggattct ctatgggagg atgcatggca atacatttag catatagaaa tcatcaagat
481 gtggcaggag tatttgctct ttctagtttt ctgaataaag catctgctgt ttaccaggct
541 cttcagaaga gtaatggtgt acttcctgaa ttatttcagt gtcatggtac tgcagatgag
601 ttagttcttc attcttgggc agaagagaca aactcaatgt taaaatctct aggagtgacc
661 acgaagtttc atagttttcc aaatgtttac catgagctaa gcaaaactga gttagacata
721 ttgaagttat ggattcttac aaagctgcca ggagaaatgg aaaaacaaaa atgaatgaat
781 caagagtgat ttgttaatgt aagtgtaatg tctttgtgaa aagtgatttt tactgccaaa
841 ttataatgat aattaaaata ttaagaaata acactttcct gactttttta ttattaaaat
901 gcttatcact gtagacagta gctaatctta ttaatgaaaa acaatagaca aacatctgtg
961 cataattttt cagacacaat tctgtaaata tttggaaacc ttttaagtat ttaaactttt
1021 aaatttttga aataaagtat tctaaactaa tataaataag gacaatgaaa aaacatgaaa
1081 ggacttagca taatgttatt ttatcttttc tacaactttg tttaaattac ctttccaaag
1141 atatttgtgt ttatgtaatt ttccacggaa taacattaat actctaggtt tataaaccgg
1201 tttcacatta tttcatttga tcatcacaag agctttgtga agtaagccga gaagttgtta
1261 ctggtattta ataatagcaa tagaggagtt aaagactttc ccacagcttg caggtcaaga
1321 caagaaattc aggtctccta attctcagtg gagctctatt tctgttaacc caaattgctg
1381 ctctgtttta ggtctcaatt tcatctgtaa aatgatacta atagtactta tcccattgga
1441 tttttgttga gatttaaata aatagccaaa agccaataca taataaacac tcaataaaga
1501 ttaaccataa ggagagtcat gatctggttc caggaataca ttgttagatg actgaaaaat
1561 tgtattactt caatgaaaat actataaata ataacatttt catatattag ttggttctca
1621 tgcatacata atctaatttt atttgatcct cacaactgtt taagttttat taaatataca
1681 ttatccctat ttgtataaat agaatcatac aatacctgcc tgctttcatt caacaaaatt
1741 atcatgagat ttttccatgt tgtgtacatc aatagttcat ctattttatt gctcagtaat
1801 attccattgt gtggatgtat cactatttgt ttacacattc accactgata tataagttgc
1861 ttccagtgtg aggctgtttt aaataaagct gctatgaata ttcatgtaag aaaaaaaaaa
1921 aa
【０２３３】
配列番号15：MAP3K7CL mRNA転写物2269bp
1 cgcagccccg gttcctgccc gcacctctcc ctccacacct ccccgcaagc tgagggagcc
61 ggctccggcc tcggccagcc caggaaggcg ctcccacagc gcagtggtgg gctgaagggc
121 tcctcaagtg ccgccaaagt gggagcccag gcagaggagg cgccgagagc gagggagggc
181 tgtgaggact gccagcacgc tgtcacctct caatagcagc ccaaacagat taagacatgg
241 gaggtgaaag acaacttgag tggttaaatt actgtcatgc aaagcgacta gatggttcag
301 ctgattgcac ctttagaagt tatgtggaac gaggcagcag atcttaagcc ccttgctctg
361 tcacgcaggc tggaatgcag tggtggaatc atggctcact acagccctga cctcctgggc
421 ccagagatgg agtctcgcta ttttgcccag gttggtcttg aacacctggc ttcaagcagt
481 cctcctgctt ttggcttctt gaagtgcttg gattacagta tttcagtttt atgctctgca
541 acaagtttgg ccatgttgga ggacaatcca aaggtcagca agttggctac tggcgattgg
601 atgctcactc tgaagccaaa gtctattact gtgcccgtgg aaatccccag ctcccctctg
661 gattgtcagt ggctgctatg cagcaggtgc agcctggtct ctcactgagt ctctactcca
721 caaaggcaac gactggccaa ggcagtggct ggctctgggt tacacaagtg cagacactca
781 actaagtgag ctggaagacc caggagaagg cggaggctca ggtgcccaca tgatcagcac
841 agccagggta cctgctgaca agcctgtacg catcgccttt agcctcaatg acgcctcaga
901 tgatacaccc cctgaagact ccattccttt ggtctttcca gaattagacc agcagctaca
961 gcccctgccg ccttgtcatg actccgagga atccatggag gtgttcaaac agcactgcca
1021 aatagcagaa gaataccatg aggtcaaaaa ggaaatcacc ctgcttgagc aaaggaagaa
1081 ggagctcatt gccaagttag atcaggcaga aaaggagaag gtggatgctg ctgagctggt
1141 tcgggaattc gaggctctga cggaggagaa tcggacgttg aggttggccc agtctcaatg
1201 tgtggaacaa ctggagaaac ttcgaataca gtatcagaag aggcagggct cgtcctaact
1261 ttaaattttt cagtgtgagc atacgaggct gatgactgcc ctgtgctggc caaaagattt
1321 ttattttaaa tgaatagtga gtcagatcta ttgcttctct gtattaccca catgacaact
1381 gtctataatg agtttactgc ttgccagctt ctagcttgag agaagggata ttttaaatga
1441 gatcattaac gtgaaactat tactagtata tgtttttgga gatcagaatt cttttccaaa
1501 gatatatgtt tttttctttt ttaggaagat atgatcatgc tgtacaacag ggtagaaaat
1561 gataaaaata gactattgac tgacccagct aagaatcgtg ggctgagcag agttaaacca
1621 tgggacaaac ccataacatg ttcaccatag tttcacgtat gtgtattttt aaatttcatg
1681 cctttaatat ttcaaatatg ctcaaattta aactgtcaga aacttctgtg catgtattta
1741 tatttgccag agtataaact tttatactct gatttttatc cttcaatgat tgattatact
1801 aagaataaat ggtcacatat cctaaaagct tcttcatgaa attattagca gaaaccatgt
1861 ttgtaaccaa agcacatttg ccaatgctaa ctggctgttg taataataaa cagataaggc
1921 tgcatttgct tcatgccatg tgacctcaca gtaaacatct ctgcctttgc ctgtgtgtgt
1981 tctgggggag gggggacatg gaaaaatatt gtttggacat tacttgggtg agtgcccatg
2041 aaaacatcag tgaacttgta actattgttt tgttttggat ttaaggagat gttttagatc
2101 agtaacagct aataggaata tgcgagtaaa ttcagaattg aaacaatttc tccttgttct
2161 acctatcacc acattttctc aaattgaact ctttgttata tgtccatttc tattcatgta
2221 acttcttttt cattaaacat ggatcaaaac tgacaaaaaa aaaaaaaaa
【０２３４】
配列番号16：MOB1B mRNA転写物7091bp
1 gctacccact tccgccccct ccccctgcca ttggaactag ctgagccgaa ctagttgcgg
61 ccaccgagca gccggctctc ggcacctcct cctccgcctc cctgtctcct gttccattcg
121 cctttcctct tctttcctgg cccacgccgc tccgaggcct cgcgaccgcc gagcctgcag
181 cctgccccgc ggccaacatg agcttcttgt tgagttctca gcctgaagtt gactggaact
241 ttcagttaac aagtatttat cgaatacctg atctgtagtg ttggacttag acctatggaa
301 ggagctactg atgtgaatga aagtggtagt cgctcttcta aaacttttaa accaaagaag
361 aacattccag agggttctca ccagtatgag ctcttaaaac acgcagaagc cacacttggc
421 agtggcaacc ttcggatggc tgtcatgctt cctgaagggg aagatctcaa tgaatgggtt
481 gcagttaaca ctgtggattt cttcaatcag atcaacatgc tttatggaac tatcacagac
541 ttctgtacag aagagagttg tccagtgatg tcagctggcc caaaatatga gtatcattgg
601 gcagatggaa cgaacataaa gaaacctatt aagtgctctg caccaaagta tattgattac
661 ttgatgactt gggttcagga ccagttggat gatgagacgt tatttccatc aaaaattggt
721 gtcccgttcc caaagaattt catgtctgtg gcaaaaacta tactcaaacg cctctttagg
781 gtttatgctc acatttatca tcagcatttt gaccctgtga tccagcttca ggaggaagca
841 catctaaata catctttcaa gcactttatt ttttttgtcc aggaattcaa ccttattgat
901 agaagagaac ttgcaccact ccaagaactg attgaaaaac tcacctcaaa agacagataa
961 aaggatgcag agctgtgcaa attgttcctc aaatgaagca gtgtggagtg tattggggat
1021 tttgttatat tttgttttta tctggattgt ttttgtccta ggtttggggg cgggggcttg
1081 tttgggttcc tttttcttta ttctgattat gtgaaaccat attctattgc taggggaagc
1141 caagaaccat tctctataca cttgataagg gtaaatttat cttagtgttt ttaaacttgg
1201 ttttggttac ttgaggagtt ttttaataat attgtgtgct gcaagaaagt gcttgttgat
1261 tgaactgccg atggattggt ttctgtgtgg tataaattgt ggcccattta tgaagtcccc
1321 aaaagagtta tgtttttaag tgccttggca ggctcacttc tgaggtgcaa aacatagata
1381 tagaactgaa cagggcttga aacaatatta ggattactac ccagggcact tactggtgca
1441 tgttgtaaca tatctatgat aaaagccata gtttacctaa aatggtgatt tccagccttt
1501 actgctttga agaaacagaa tttgtaaagg tatgcatgta gaacataaaa aatatttctt
1561 aattattttt tatattgatg gtaatatatt acgttcaaca atgcttaaag ctctacaagc
1621 aggtcttttc ccacctcttg atatctgtga tactgaaact tgaggatgtt gaaatgtatt
1681 acattttggc ttctttctac atgttaactg cactgtagat gtaaaaattc aggttatata
1741 taggattgcc atcttcagag gtgatgctga actgtgaggt ttcctagtaa ttgccaaatg
1801 agccgtaagt ctgcagaatt cccttctact ttgaagagaa ggggatagga atgtatattt
1861 ggctgggggc atggagatgt tcgtatgtat gaggagttag ggatggggag tcaagttcta
1921 gaaagttttg tctgaaaacc tttgaataga atggcatgaa gattttaatc aattacttat
1981 aaacaaagtc ttagagactt ccttttagga atcaacttcc atgagaagtt aaaaataaat
2041 tattaatttt aggtacagac attaaacatg gaatttaagg actgttgggg gaaattgatc
2101 acttcttagc atttccattc agtgaatgga gctgatgttt gcctgtcatt ttaagatgat
2161 accatacctt ctttggttat tataggtcca gtttgaagca ttctgacttc tggtttttcc
2221 accctgaaag gaaatgtttt tctttgcagc agtattagat aatgaaaaat gctaattcag
2281 tagttattaa cttctaaatt ttattcgcca tgactttcta gtgaattatt accataaata
2341 acaatttcag aaacttagtt tttagaataa atattaattt ttccacttca gttttattct
2401 agaaaatacc ctttttagaa atccagtttt agttttgtca ttttcgataa atctttcttc
2461 agttagaaat atatatcctt ccttcagttg aaacatatac ctttttcaca tctaggaaga
2521 aatgcttgct ctgaaatagt atagattaaa aacactcagt agaaaagaat ctaaaattaa
2581 atgaatttgt tttgccatta aagtagagca gtgatacaat ttaatgccat tacaattatg
2641 ttgactagaa actgcctttt tctccacttc atttctagca attatttacc aagtaccaac
2701 agtagaagta acaggaaagc ctggcagagt taaatatctt ggacatttat tggtaaagct
2761 tatttataaa ctgcagtcag agctagttaa tttccttaaa tctttttgta ttcagataga
2821 taatatgaat cattatgggt tgattcagaa ataaaatttg tgaggtgatt ttgaatcttg
2881 tccatatagg aaaatgaagc acagaattac tcagtcttcc atattgtatt tgacttcata
2941 tcaatctagt aaaaaaggag ttgcaatagc caagtataga gagaatagtg aaaaattaat
3001 cttgcccttt caagccttat acagtagtac actgtacttg tttttagtag taagacctac
3061 tttcccacta tatgtagata gtttgttttc actgtgccag aatctcaggt gcctgcttag
3121 agtatttctt taatcacagt cactgggaag taaggagatg tatatatgtg tatatatggt
3181 aacaaagcat agcagttctc taggggagag gcctggcatt gcacatggtg ttacatggct
3241 acaagtaagg aaaaaatcag aaagtgaaag aactgatgta ataaaaggtt gatttggttg
3301 gttcccatga aagttagtaa gatgcccttt taaatataag gatcagtgct ttgttctgca
3361 gcagagtttg ctgataaatg tctgttggat tctttttgga tttctttaat taatttgtaa
3421 gtaaccaaga taattatttt cccccttgct ctctatatta atacgtagct ataaagcaac
3481 agttggtttt cttatccttt gataaaagca tcccataaaa tataaagtag taagttaaca
3541 tagtattatt gtcacacaca atgctttttt tggttaaatg ttgatacgaa gcaatgtttt
3601 ggaattactt taattgatgg agtagtggtg gtagagagaa attaataaca aaaagagtga
3661 aaatatttta attagcagta gatggtgcta ctggctttca tttgctgact tgattattcc
3721 ctttctctta aaaaccatgg cattagactg cactaaatta acaagcatgt tagttgctgg
3781 tagaggtttt ggaggttaat ttaccttaaa ttggaagact tttaattgca gtctctttct
3841 accttccctc tgttagtcat ttgtaaattc taaatggtca ccataaaatg tattaggtag
3901 gagaagatac gttttatgta taatatatct cagactgagt tactgcctgt cttatcagga
3961 tggataaaac actacagtct cttatcagga aatagagatg atgtggatat ttatatatta
4021 catatataac caccagactc cattttatat attagcattt tccttgctta tgggaaaata
4081 gcaaaacaac atttcattta tacttttgtt tacccctctc tgagacaggt tttgataacc
4141 actgaaatgg tagaatatgt gagatacaaa tattgagttg tagaactttc tttttaaggt
4201 gaataagtca tgccttaaca tccaaataag agttcatctt cagagtggtt cttttgggag
4261 cactgtttat tccagctata ctgcaaaagt ataatgtttt tggaactgtt ctagagcata
4321 ccatgaaaag cagtttgtta ttatgcagga aaatcagttt catcatttta gttacactaa
4381 acacttttgg cagcttaata tgaccttttt aaattttttt tatttttttt atttttattt
4441 ctttaagatg gagtcttgct ctgttgcccg ggctggagta caatggcatg atctcagctc
4501 actgcaacct ccacctcctg ggttcaagca tttctcctgc ctcagcctcc caagtagctg
4561 ggattacagg cagcaccaca cctggctaat tttcatattt ttagtagaga tggggtttca
4621 acatattggc caggctggtc tcaaactcct gacctcaagt gatccgccct ccccagcctc
4681 ccaaagtgct gggattacag gtgtgagcca ccacagccag ccagtatgac ctatcttaat
4741 catcagctca actgtaattt aaatttggct gttctctgga gctaaaccat tagggaagtt
4801 caaaggaatg tgccatgatt tccgaatttg cacaagagaa tgttttaagc attggtagca
4861 taattgaata aaagaatagt ttcctgatgt cactattttg aagtggaaat tatcacttgg
4921 atgtggaggt tttacttttt aaaaacattc agcttaatta ccttacctta attaccttag
4981 ttagatatac taatggaaaa aaaccaagtc ctttctctag aacttgtttt ctatttttgt
5041 tccttttcat gaaaacttct caatttaatt ttaactactg taggatagta ttgattgaat
5101 ggatactatg gaaaagtgga tccaatattt aagatagaag tagtttaagg agacaacagc
5161 ctttactgcc attttttttt aaatgttttc actcagatga acaatttgac tttaataaaa
5221 gactggagat ttttgtacaa agaaatagga ataagtttca tatactaatt atgctgagtt
5281 ttaagcctac atatcacaaa atatttagaa ttgtataacc ttttcatata tttataactt
5341 ttaatgtctt tttaaaagat gtgggaccaa aaatatattt ataatttgga aatgtgactg
5401 cataccaata agaaaactta ccttattttg aaatttatct gggatattaa agaatctacc
5461 aattcttaaa aacacagatt tatactttaa gcttatttta aaattaaaga atatatacca
5521 attcttagaa acactttaag gactactctt aaataactta aatatcagag ttttgttgta
5581 atattaaaat ttaccgtgga aatcactgtt gttcagctat caccttaatt gtgtatgata
5641 tgataaatgt ttagcagtaa agctatctta agatttaatg gaaaagttta atttgaagat
5701 gtaacaaaaa ttctgaccac agttgattct gaatttttaa ggctttccta ataggctgat
5761 cacagagaat aatccatttt gaaggtataa aactgcactg tatgtctgtc acttgtagct
5821 gaactgattc acattttgac aaaagagaga aaatacaaaa atgagttttg caaatgtaat
5881 aactttttct gcatatagaa ctaaataatt gaaaaatatg ggctatagtt ctcaaaggta
5941 gatagtaaaa tcactggctt tttccagctg tatgtttttc cactgtgcgt gtacacacac
6001 actggaaaat aattaggctg attttgcagg tcttcattgt tagagattct gaagtattta
6061 ctgtcaattc ataggtttca gtttatttag gaaattagtg tttgacagct ttttttaaat
6121 tatttcactg aagctgagat tattagtgat acaaagttaa aatttcaata tttaatttct
6181 ctatatatta ttaatattaa attgtttttt acttataaat tcatgttctc atctgattta
6241 atattaaatt tgtataggtg ggcgtttctt accattttgc acaagttttt gtttttctga
6301 aatacttaat tgtgcaggtt gtaaaaaaga ttagtgcatt ttcattttaa ggatgctttg
6361 ctccttaaat tgttcgacag aaatgacttt ttagggaaag tagttttttt ggagctacta
6421 acttgtattt attattgtac atgcataacc agggtggtga gggcactaat cttgtaggaa
6481 acacttactt gatgttttat ttgaactttt cctataggtt taacttttac tgcatagaat
6541 taacactagg aacagtgtca tgaaatctgg gttgaaggag aatacagtat atatgagaac
6601 acttaaagtt caaatagaaa tcatttctga agacaaaagc agaggaatat tgtcagtgcc
6661 aagtaatgga agaataaggg cggcatttac actgtgcaag tattgagaag agtgcataaa
6721 gacagggaac tactctcatg gagacagttt ctctcttata atcaagtaac tagaagggga
6781 aaaatcatct aagttatgaa atccaacata ggcgctatat tacaaactgt gccggattat
6841 gcaaattgta gttgttactg atcaaagttt aattgcttca tttttgttta aaaagggata
6901 ctgatgtcag aaaatctgta atatgtttta ttcaaaagat gtaaataatg tatacagact
6961 tgtatgtgat gggatgggaa atatttaaat tctaggtgtt tttttttttt taaagaagaa
7021 actcaatgtt tataagaaaa aaatgaataa atagttacgt ttggccatga atcctgaaaa
7081 aaaaaaaaaa a
【０２３５】
配列番号17：RAB27B mRNA転写物7003bp
1 actcgcagtc ctgacgggca ggggctgcgg accgcccggc cttggaccca tccggagcca
61 caggttggag gagataagta gctgtccccg tgctcatcgc cctgtggagc agatcctgtc
121 tccttgctga cggtggagcc cgggagttcc agggcttggg aaggggaagg aaacctctct
181 gaaatctgac acctgctctc ccggcaagga aacttcgcag gctgaccgac caagaccatc
241 actatgaccg atggagacta tgattatctg atcaaactcc tggccctcgg ggattcaggg
301 gtggggaaga caacatttct ttatagatac acagataata aattcaatcc caaattcatc
361 actacagtag gaatagactt tcgggaaaaa cgtgtggttt ataatgcaca aggaccgaat
421 ggatcttcag ggaaagcatt taaagtgcat cttcagcttt gggacactgc gggacaagag
481 cggttccgga gtctcaccac tgcatttttc agagacgcca tgggcttctt attaatgttt
541 gacctcacca gtcaacagag cttcttaaat gtcagaaact ggatgagcca actgcaagca
601 aatgcttatt gtgaaaatcc agatatagta ttaattggca acaaggcaga cctaccagat
661 cagagggaag tcaatgaacg gcaagctcgg gaactggctg acaaatatgg cataccatat
721 tttgaaacaa gtgcagcaac tggacagaat gtggagaaag ctgtagaaac ccttttggac
781 ttaatcatga agcgaatgga acagtgtgtg gagaagacac aaatccctga tactgtcaat
841 ggtggaaatt ctggaaactt ggatggggaa aagccaccag agaagaaatg tatctgctag
901 actctacata gaaactgaac atcaagaacc ccaccaaaat attactttta aaaacaatga
961 caaaccacac aattgttgtt gagtaaacca cgcacaatgg catgtctttc tttttctgcc
1021 agaaaatcta ttttaagaaa ccagaatagt caacagtgtt caaaagaatt gactagttat
1081 ccctgaggcc ctttcaaaca tgatcaaaga tttcccaatg tgatctcatc atcatggata
1141 ctcaatttgt tttttcttat agagaaaatg agtatataag acaatataca agaagaaata
1201 tcagtgagtt ttaaatcaga acaagttacc tgtcacattg aagaaaaggg taggcactaa
1261 agggagaaca cagaaagaag aatttctaaa atattggatt tacttcttat attgagtcag
1321 atgcatactt ttagatttgc attggggaaa atgtactagc taaaaatgga tacacaatga
1381 agaattctat ttggctaatt aagaatgata tactatgtac acccaataag ctgtactaga
1441 atgaataaat tactgataag gttacaaata ggtaaatgtc acacttctgt taaaatgcag
1501 gaggtagtgt cataatgccg tctttatatt cttaataaat agcactttga caagaacagg
1561 actgtaaatg atgaagtaca agacaaatac cctgggaaaa aaaatgaaag tatgagaaat
1621 tggcatttct acagctgaaa ttcaatgtat ctgttagaga tgtctggaag ggttacttag
1681 ccaaatttta ctcaagccaa ttaggagctg atattatcag ttggaattaa gagaactcca
1741 gaggtttcca tttcaaacaa aattttagaa attggtttgg tgttcagctt cacatttcat
1801 tttttcttag cacatgttga taaaatagtc acaaggagaa attaccagtt acggtttatt
1861 aaatctcttt taaaatgcag tcaaggaaaa ctagccttga atttttttta gataaaataa
1921 gatggtgata tgaaacaaaa agtggcaatt attgcaggtt tccttttagt ttacaaaagt
1981 actggaaact aaatcatatt tcttccctcc aaatttcacc cattcctgac tttgaatcaa
2041 ttgcagaaat gcaggtgtgt tactttgttg atcaataact ttggaacaat tatggatcaa
2101 ttctatggtc actctgaatt ttcatgtcat taatcacata aaaattgata atacctcatt
2161 ctgtattaca atatgatttt attttgccaa aggcaagaca cctatagttg agctgtattt
2221 tgggggattg ggtgaggaag gacttctgat cttatctcaa caaaaaactg gccagtattt
2281 ttgttaatgt aaagcttcct tttctttcta aaaaatagta acaaaattat ttttcattgg
2341 cctattctgt tcttgtgtct aaactaacat tacattaatt tttaatctta gtttctgata
2401 aacacaagcc attcctatca aaatattatt tatttcagtc aattttacca aataacaaag
2461 acaatatatt ttcgtttttt tttattatga gcatatgatt ttttgacagg ctgtttcctc
2521 gtcgtataga ttttttccaa tcaaacctac tttttccata ctctgtgcat attttttgtg
2581 aagttataca cattgaagac cctaaaaatc ccagtccatc attcagctta cctctgcgaa
2641 cttctatctg gtattgaatc agtttcagaa acacagacag atccaaggaa atgtctcttt
2701 ataatgttct taggatggac tagacccata aatgtgccat gaatcaaaat attaataatt
2761 tgaaagcttt catgctgtta gcccctgatg aaattctcag cattaactgg ccagctcctc
2821 tgatttctgc agcatcgcaa caggttcgaa gatgggttgt ggctgggtat tccctcccat
2881 ggtgtttcct ctgggatgct cttcattatc tcaatgcctg tgccatgaag atagaaaact
2941 gtaagctaac atttaagatg tttcttctgg aaggaaagtg agcaggaaca agttatattg
3001 ccactgctgt ggcaaatttt ggtgaacttt tggggtcatt atatcaattt tttctttgga
3061 ttcaaattgt aatgtcccct gcatttcctt aatagggaat gtgaaacctt tataaaactc
3121 taaaagtatt ctgttttgat atgtcttttt gtttctattc attttcagtt atatgattga
3181 tttacttatg ccaagattct gtcactgtca gttatttaat gagtgttttt tcagggtctg
3241 ttttaagatc attatttgat agctgtagca tgaagcagag gttgatgatg cccataattg
3301 caagactatt cctgtaaaaa taacaattat tgggtaataa cttcaagagg aatgagaagt
3361 gacaaaattg atttaaaata ttgttctact tataaataaa tgcttgatat aaaaaatttt
3421 ctccataaag tttgacatct gaccccagat tctatgtaat cattattaga aattccttct
3481 ctcattattt caggattagt agttctgtgt aattcatttt acaatttcaa attgttctgg
3541 tgccataaag tatacagact actttaaaga tttccaaatc ccctaattta ccccacaaca
3601 gcatgtaatt ttagccaaga tatgtcctgt tactaagtat ctcccaatgc tttagtaaaa
3661 cgtatttagg agaaatgttg aaaatgtaca tgaagctcct ttctgatata gaaaccattt
3721 ctggagtatt tacactggtt tgatgtttac attgctctaa ctcggtgcct cagatacctc
3781 tgtgaccaaa tttgtctcca accacatagc tcatttccta taatgttata tcataggaag
3841 ccctcacaga gacactaaca cagctaaaga tcttctgata ttatcagcaa gggatgcaag
3901 gactttattg gaatctggag agtttaactg ccttctcttg gtctcctcac ttacttctta
3961 tgaagttggc attacctgag actcttagct gtgattaggt acaagcttac cttttagggt
4021 agaaaaagaa agatcatttg aaaaatgtat ctaaaataat ccagagaaca taatgtttgt
4081 cttggtctga taatgataag aagtcaagga ttggcagaga aaatactaaa cgccaagagt
4141 tgagcctgtg ggtctctcca taagagtttt aaaactcttg ccagttacca ctttatccaa
4201 tttgctatca ttttcgtatt atcagctatc gccctgtaaa atattcaaaa ctagctattt
4261 ctaaagtaaa cattttatct gttactttta accagatagg tgtctttgtc atccttctac
4321 tataaattgt tctttgccaa cctgtacagg tagatgaacc aggcgagagt tttaatcagc
4381 cttttcttgt cccctttgta agaaagagat gcttgccata gagaaggaca tgagtacatt
4441 aaaaataatt taatagccac aatatgatgt tctttaagct gcaaattgag tacactggga
4501 atcaacaaat ttgatgaagc ctgtctgtct cttcaccagt ggagtgagtg cagcagttag
4561 aaagagaagc aatattgtgc aactggtgca gtggtgagtt aatcatagtg tataaccttg
4621 tgttcatgaa acaggttgtt cattgttctg catctctctt catttaaaaa ggatacacaa
4681 ttctttcctc attgcatatt acaccaaacg tttgagggaa aaatcctcat tcgtaaagga
4741 ttttggatgt ataatctaaa actcaacaat aaagaaataa tattccaagt ctctggtttc
4801 ctaagataca taataactgt ttataaagaa ggtctaagag ctgatatttg ccaaagtgat
4861 agaagagttg ttttttcctc tctactacca agctttaaga cattaaaaga agtctagtgt
4921 atttgaatat tttagagaaa gctttatcat tttttaagat gccaagatgc tgcctacgtt
4981 tgcaaaagtt gtctaagaat tcaccatgag ctatattttc ttctggatct ttgaccaagg
5041 tgatgtcagc ttatttctgg ggaaggtgtt gagctcttat acatgaaaat ggatataggc
5101 tattctctgg gatgagtgtc atttcaatgc tttataaatc catgaagctg cttgtctcat
5161 aaagtagaac tgatacaaat tttggttgga tatatagaga attttataaa tgtattgcct
5221 tagaatttct gggtggagac ccaactacaa tgacattgtc atgccagaac tataaagata
5281 attagagtta aaagttgttt aaattgtgcc cttaaataca gcagaacctg gagaaggtca
5341 tacttcaaag gtcgattttg agtccgaata aagaaagacc tagtaacaga tagttttttt
5401 ttgttcattt tcttctacca agtagaggtt tatgccctca gaactaaact agtaaaaata
5461 tctgaacaaa aaacctttcg ttgttggcat aaaaatgtga tacacttaga gacattttgt
5521 ttattgcata taaatctaat ttttccataa attagattta tgatattttc ataaagcact
5581 tgattagttt ttcaaggcgt accatcacaa agatgctttc ctgcagagtt ctttgtatca
5641 acagcctatg gttgagatgt tttctcattt cctgtagaga gagaatacca ctaacaaaca
5701 aacaaaaact ttagtgccaa aatagtggaa ctattttgtc atcttttgag aaaaaaatat
5761 acaaagaagt catcttttca ttaagtggat tccctggttc ctttccagct ggttgtggaa
5821 gtaatggcta acatccttca gctgactttg tctacaagga ttattagcaa attctgtagg
5881 agcaagcatg tctgacctta acttaatgga tcccttattc aatcagtggc ttctgtcttt
5941 atgtctgttg gcatatcaaa atggtttctg ttcctagaaa agtaataaca tatgcttatc
6001 tttattcttt ttccaggtga ttttgttttc aaatgctcct tgtgaaaaca cctagtgttg
6061 tagaaaggaa agtggccaga aagaacaact tgggaccatg agtaggtcat taaatagctt
6121 agtgatttat cctcatatag ggcttataaa ccctgtatgt gtttatatgt gcttcacaga
6181 gttcgtgtca ggctcaaagg agatatgtat aagaaagtgg tttgtaaatt atgttccatt
6241 tcataaatag acactattca caaactaaaa tctaataaaa aaccacagtt gtaatttaaa
6301 ctgcttgata taaaaagagg tatcatagca gggaaaacac actaattttc atacagtaga
6361 ggtattgaaa actgaaaatg ggaaggcaac ttgaagtcat tgtatttgat tgaaaatgtt
6421 taatacatct cattattgac aaaatatgtc atcttgtatt tatttcaagg aaaccaatga
6481 attctaggta gtatattaca agttggtcaa aatattccat gtacaaatag ggcttctgtg
6541 tccatagcct tgtaagagat actgattgta tctgaaatta ttttttaaaa aaataaatta
6601 tcctgcttta gttagtgtgt taaaagtaga cgatgttcta atataacact gaagtgcttc
6661 attgtatccc aacagtttac cttcaagtaa tattatcttt atttttaggc taagcacgtt
6721 tgattatttt gtctgtctcc tatatagatc tgttttgtct agtgctatga atgtaactta
6781 aaactataaa cttgaagttt ttattctata tgccccttaa tagactgtgg ttcctgacgc
6841 acactgttag gtcattattt tgttgtacca aagttctagt ggcttcagaa atcatagcat
6901 ccaatgattt tttggtgtct ggctatgaat actatggttg agaattgtat tcagtgattg
6961 tttctgcaca cttttcaaat aaaaaatgaa tttttatcaa tta
【０２３６】
配列番号18：RGS18 mRNA転写物2158bp
1 agttctgcat ttctgcagag acagaaagaa acgcagctct tgacttcttt tttgtaaaca
61 ttactgtaag agttgtgata actttttatt ctactatgta tatgtatgga atagtattaa
121 taaatgaact agggaaggat gtaataaatt agacatctct tcattttaga gagaagatgg
181 aaacaacatt gcttttcttt tctcaaataa atatgtgtga atcaaaagaa aaaacttttt
241 tcaagttaat acatggttca ggaaaagaag aaacaagcaa agaagccaaa atcagagcta
301 aggaaaaaag aaatagacta agtcttcttg tgcagaaacc tgagtttcat gaagacaccc
361 gctccagtag atctgggcac ttggccaaag aaacaagagt ctcccctgaa gaggcagtga
421 aatggggtga atcatttgac aaactgcttt cccatagaga tggactagag gcttttacca
481 gatttcttaa aactgaattc agtgaagaaa atattgaatt ttggatagcc tgtgaagatt
541 tcaagaaaag caagggacct caacaaattc accttaaagc aaaagcaata tatgagaaat
601 ttatacagac tgatgcccca aaagaggtta accttgattt tcacacaaaa gaagtcatta
661 caaacagcat cactcaacct accctccaca gttttgatgc tgcacaaagc agagtgtatc
721 agctcatgga acaagacagt tatacacgtt ttctgaaatc tgacatctat ttagacttga
781 tggaaggaag acctcagaga ccaacaaatc ttaggagacg atcacgctca tttacctgca
841 atgaattcca agatgtacaa tcagatgttg ccatttggtt ataaagaaaa ttgattttgc
901 tcatttttat gacaaactta tacatctgct tctaacatat cgcatgttta tgttaagatt
961 tggtcccatc ctttaaactg aaatatgtca tgtgaaatta ttttaaaaat gtaaaaacaa
1021 aactttctgc taacaaaata catacagtat ctgccagtat attctgtaaa accttctatt
1081 tgatgtcatt ccatttataa tcagaaaaaa aacttatttc ttaatcaaaa ggcagtacaa
1141 aaaaagtaat aatgttttat aagattgtag agttaagtaa aagttaagct tttgcaaagt
1201 tgtcaaaagt tcaaacaaaa gtctagttgg gattttttac caaagcagca taatatgtgt
1261 tatataaaca taataatact cagatatcca aatgttcaga tagcattttt cataatgaat
1321 gttctctttt ttttggtaat agtgtagaag tgatctggtt cttacaatgg gagatgaaga
1381 acatttatta ttgggttact actaaccctg tcccaagaat agtaatatca cctctagtta
1441 taagccagca acaggaactt ttgtgaagac acattcatct ctacagaact tcagattaaa
1501 tataatctag attaatgact gagaataaga tccacatttg aactcattcc taagtgaaca
1561 tggacgtacc cagttataca aagtacttct gttggtcaca gaaacatgac cagattttgc
1621 atatctccag gtagggaact aagtagacta ccttatcacc ggctaagaaa acttgctact
1681 aaactattag gccatcaatg gcttgaataa aaaccagaga aggtttttcc caggacgtct
1741 catgtttggc cctttagaat tggggtagaa atcagaaatg agatgagggg aagaagcaag
1801 gagtctaagg ccctagcgat ttgggcatct gccacattgg ttcatattca gaaagtgtta
1861 tctcattgat tatattcttg ttaagcaaat ctccttaagt aattattatt caaataagat
1921 tatactcata catctatatg tcactgtttt aaagagatat ttaattttta atgtgtgtta
1981 catggtctgt aaatatttgt atttaaaaat gccatgcatt aggctttgga aatttaatgt
2041 tagttgaaat gtaaaatgtg aaaactttag atcatttgta gtaataaata tttttaactt
2101 cattcataca gttaagttta tctgacaata aaagctctga ctgaaaaaaa aaaaaaaa
【０２３７】
配列番号19：TBC1D15 mRNA転写物5852bp
1 ttttgccgga tgttgttgta tgtccgagag acacgtgagg ttctgctacg tcattaccag
61 gcacgcgcag gaaacatggc ggcggcgggt gttgtgagcg ggaaggtttt tggtttcttc
121 ttgattcaat cttgataagt agtatgtgtc caggacttta tccatactcc agtttgttgg
181 agtatggtag gagtatgatt atatatgaac aagaaggagt atatattcac tcatcttgtg
241 gaaagaccaa tgaccaagac ggcttgattt caggaatatt acgtgtttta gaaaaggatg
301 ccgaagtaat agtggactgg agaccattgg atgatgcatt agattcctct agtattctct
361 atgctagaaa ggactccagt tcagttgtag aatggactca ggccccaaaa gaaagaggtc
421 atcgaggatc agaacatctg aacagttacg aagcagaatg ggacatggtt aatacagttt
481 catttaaaag gaaaccacat accaatggag atgctccaag tcatagaaat gggaaaagca
541 aatggtcatt cctgttcagt ttgacagacc tgaaatcaat caagcaaaac aaagagggta
601 tgggctggtc ctatttggta ttctgtctaa aggatgacgt cgttctccct gctctacact
661 ttcatcaagg agatagcaaa ctactgattg aatctcttga aaaatatgtg gtattgtgtg
721 aatctccaca ggataaaaga acacttcttg tgaattgtca gaataagagt ctttcacagt
781 cttttgaaaa tcttcttgat gagccagcat atggtttaat acaaaaaatt aaaaaggacc
841 cttatacggc aactatgata ggattttcca aagtcacaaa ctacattttt gacagtttga
901 gaggcagcga tccctctaca catcaacgac caccttcaga aatggcagat tttcttagtg
961 atgctattcc aggtctaaag ataaatcaac aagaagaacc aggatttgaa gtcatcacaa
1021 gaattgattt gggggaacgc cctgttgttc aaaggagaga accggtatca ctggaagaat
1081 ggactaagaa cattgattct gaaggaagaa ttttaaatgt agataatatg aagcagatga
1141 tatttagagg gggacttagt catgcattga gaaagcaagc atggaaattt cttctgggtt
1201 attttccctg ggacagtacc aaggaggaaa gaacccaatt acaaaagcaa aaaactgatg
1261 aatacttcag aatgaaactg cagtggaaat ccatcagcca ggaacaagag aaaagaaatt
1321 cgaggttaag agattataga agtcttatcg aaaaagatgt taacagaaca gatcgaacaa
1381 acaagtttta tgaaggccaa gataatccag ggttgatttt acttcatgac attttgatga
1441 cctactgtat gtatgatttt gatttaggat atgttcaagg aatgagtgat ttactttccc
1501 ctcttttata tgtgatggaa aatgaagtgg atgccttttg gtgctttgcc tcttacatgg
1561 accaaatgca tcagaatttt gaagaacaaa tgcaaggcat gaagacccag ctaattcagc
1621 tgagtacctt acttcgattg ttagacagtg gattttgcag ttacttagaa tctcaggact
1681 ctggatacct ttatttttgc ttcaggtggc ttttaatcag attcaaaagg gaatttagtt
1741 ttctagatat tcttcgatta tgggaggtaa tgtggaccga actaccatgt acaaatttcc
1801 atcttcttct ctgttgtgct attctggaat cagaaaagca gcaaataatg gaaaagcatt
1861 atggcttcaa tgaaatactt aagcatatca atgaattgtc catgaaaatt gatgtggaag
1921 atatactctg caaggcagaa gcaatttctc tacagatggt aaaatgcaag gaattgccac
1981 aagcagtctg tgagatcctt gggcttcaag gcagtgaagt tacaacacca gattcagacg
2041 ttggtgaaga cgaaaatgtt gtcatgactc cttgtcctac atctgcattt caaagtaatg
2101 ccttgcctac actctctgcc agtggagcca gaaatgacag cccaacacag ataccagtgt
2161 cctcagatgt ctgcagatta acacctgcat gatcactgtt cttgcttttt tgggaagaga
2221 cactttgttg caaccctttt tcaagtactt gaaagttgaa aatttgaaat cttggtattg
2281 atcatgcttt aaggtttatg taaagaaagt gtactgatgt tcttacatta aagctttaca
2341 aagatttaaa ctaattattt ttgtagttac ttctaccaaa tagcctttcc ttttcgataa
2401 cattcctcag tatttttata gccaagtaca ttttattttc ttgctgatga actggaattg
2461 gataaatatt gcaagtggat gagttggaaa ttatgcactt tgaaaaacat tcactttgtt
2521 taagcttatt gggtttcaga tttgattaaa ttaaatgtgg aggctttcta tagcattcta
2581 agctgagaag tagattgtta cccagtaatg aaataaaaaa taaaaataaa aggatttttt
2641 tctctattgt ttacgacagt actcagctta aatatttatg ctggtcaaat gtgatttaaa
2701 ttggacattt tcatcaatgc agtctaatgt gtagataaat atttcaacca taataagtgg
2761 attggcagta tattttttac attgaacttt tcttcacttg tatataaaga ttatatataa
2821 gtacttattt atgagtataa gaaaggttag gcatattttc attaactgaa taaacgactt
2881 gatttatata acctggttta tcaaaattta acatggcttc agtatgagat ctttttcaaa
2941 actattttct taaacattta tttcatgaga ttatgttcaa ccctgtacct ggtgtaattt
3001 taaaattaat tgcttgtaac ctcactttac taataatgtt tattatcttt cctaataatg
3061 cattaactga ttaatcaggt gtttaaattt ttataaaata ctcttgcaaa aagtttattt
3121 gaaaaatttc tagatggtct catgagtttc aaaataataa tttttgtgta tgaacaaagc
3181 tgttgttttt accatgcagt attgcatgat tttaagttat gtggaattaa cataactgat
3241 tttgttttaa ttgtaagttg ttaactcctg tatatatcat taaaataaat ctgaagttga
3301 agtagtgttt ttagttaaat tatacttaga aatagtctgc ttttttaaaa ttttttttct
3361 tgagaaagag tcttgctctg ttgcccaggc tggagtgcag tggcgcagtc ctggctcact
3421 gcagcctccg ccttctgggt tcaagcgatt ctcctgtctc agcctcccga gcagctggga
3481 ctacaggctt gtgccatcgc gcctgactaa tttttgtatt ttgagtagag atggggtttc
3541 accatgttgg ccaggctggt ctcgaactct tgacctcaag tgatccactc gcttcagcct
3601 cccaaagtgc tgagattaca ggtgtgagcc actgtgcccg gctaattctt taatagaaga
3661 aaaaacatcc aagatggacc tcaattcatc tcttattttt atatgattaa aatgataatc
3721 tggccgggcg cggtggctca cgcctgtaat cccagcactt tgggaggccg aggcgggcgg
3781 atcacgaggt caggagatcg agaccatccc ggctaaaacg gtgaaacccc gtctctacta
3841 aaaatacaaa aaattagccg ggcgtagtgg cgggcgcctg tagtcccagc tacttgggag
3901 gctgaggcag gagaatggcg tgaacccggg aggcggagct tgcagtgagc cgagatcccg
3961 ccactgcact ccagcctggg cgacagagcg agactccgtc tcaaaaaaaa aaaaaaaaaa
4021 atgataatct gaataagtta tggaaatgaa aaccatcctt tttataactg aaaaaaaatt
4081 ttcattagca tggaaatggg cacagtgttg ccttgaaaga tacagttatt tgactcagta
4141 aagcagctta ttacaactga tgctaatagt atagagaaaa aagttgtgca gttctaaaat
4201 ggtcctagag attgactttt ttcccccaag aaagttaggg aacaaaacga acttttttcc
4261 tggttgagca ttaactgaca atcacgacag tagaaccgtt agagtttagt ttttaatatt
4321 atgtgtgtta tctttcatca gttaataatg agtaagccta ttcagaaaaa gaacataaac
4381 tgatcaaaaa ctcagcatct ccagcctttc atttcctgct attcaggaaa ttgcttagaa
4441 catcttgatg tcctccttgt tcttcctgga cagtgacttt ttgggagttt gttcctgctg
4501 cgtaatgtga tacccacttc agattttttt tttatcaata catttagtaa gttgaacttc
4561 tgtcaagttt tattacaaaa ttacttgtta aaacaatttt tactaaactg catttctatc
4621 tagcatattt ttgatatgga agtgatagta tagtatagtt ccaggagaag tcttaaatca
4681 gtccacagag tccagttagc aaatactctg tgccattaag attgctaaaa tacacagttc
4741 aggtaaattt actagtgttt tttaaaggtt tatttgtttt cacaagatgc tctgtccaca
4801 cccttataac atgtaaaata ttgtgtgctg tattatgtgg taaagttgtt aaaattcagt
4861 ttctaacatt aacttaaaag tacagacaat ctaacatgat gatttgactt acaaactttc
4921 aactaaattt atgatggctt taaagcagtg cactgaatag aaaccatact ttgagtaccc
4981 atacagccat ttttcacttt tactacaata ttctataaat cacatgagat atttaacact
5041 ttattataaa ataggctttg tgttagatga ttttgcccaa atgtaaacta atgtagtgtt
5101 ctgagcatgt ttaagttagg gtaggctaaa ctatgtttgg taggttagat gtattaaaag
5161 catttttgat taatgatgtc ttcaatttat gatgtgttta ttggaacata acctcaatat
5221 aagttgaaaa gcatatgtat tttcaattct ggcatgaacc tatgggaatc ttttgcattt
5281 aagaacctcc ccattttaat aatttcatgg gtctaagatt cttcatctgt ttataaggaa
5341 ctttagtctt agtgattaga gactaaattt ttttttgagc agtaagaaaa cagccttttg
5401 ggacagatag tgagtgattc ttaggaactt gacattgcca agaaatttta tagatgccga
5461 agaattctta tgtgaaattc acataagcat gcccattact aaagacagtt tgtataaagt
5521 aaccctaaat gtttattgag gaacctacag cttcaactga cttacgtgca gatatgtacc
5581 aggagaacat cattttagct tgggcgtctt tacttggggt tttcagagga tccaggaacc
5641 tcactgtatg caaagtcttg tggatgtacc tgaatgtttt tggaggcagg tcacatagtt
5701 tctgaaagtg ttctcttatt ttcctcaaat gtaggtaacc attgttacaa gttatttaac
5761 aggagaatag taacaatgtc taacttatgc taatgatttt gtgtgctgag ctcccattaa
5821 ttaaaatgtc ttcagaaaaa aaaaaaaaaa aa
【０２３８】
Ngoら、Science 360, 1133-1136 (2018)は、参照により本明細書に組み込まれる。
前記発明は、明確化および理解の目的である程度詳細に記載したが、当業者は、この開示に精通すると、添付の特許請求の範囲における本発明の真の範囲から逸脱することなく、形式および詳細の様々な変更を加えることができることを理解するであろう。したがって、本発明は、上記の方法論または構成の正確な要素または詳細に限定されるものではない。プロセス自体に必要なまたは固有の範囲を除いて、図を含む本開示に記載される方法またはプロセスの工程または段階に対する特定の順序は、意図または暗示されない。多くの場合、プロセスの工程の順序は、記載されている方法の目的、効果、または取込みを変更することなく変えてよい。
【０２３９】
本明細書に引用されるすべての刊行物および特許文献は、そのような各刊行物または文献が具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれることが示されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。刊行物および特許文献（特許、公開された特許出願、および未公開の特許出願）の引用は、そのような文献が関連する先行技術であることの承認として意図されておらず、その内容または日付に関する承認を構成するものでもない。
【図１−１】
2021500061.tif 000020
【図１−２】
2021500061.tif 000021
【図２−１】
2021500061.tif 000022
【図２−２】
2021500061.tif 000023
【図２−３】
2021500061.tif 000024
【図２−４】
2021500061.tif 000025
【図２−５】
2021500061.tif 000026
【図３−１】
2021500061.tif 000027
【図３−２】
2021500061.tif 000028
【図３−３】
2021500061.tif 000029
【図４】
2021500061.tif 000030
【図５】
2021500061.tif 000031
【図６−１】
2021500061.tif 000032
【図６−２】
2021500061.tif 000033
【図７−１】
2021500061.tif 000034
【図７−２】
2021500061.tif 000035
【図８】
2021500061.tif 000036
【図９】
2021500061.tif 000037
【図１０−１】
2021500061.tif 000038
【図１０−２】
2021500061.tif 000039
【図１０−３】
2021500061.tif 000040
【図１０−４】
2021500061.tif 000041
【配列表】
2021500061000001.app
【国際調査報告】
2021500061.tif 000042
2021500061.tif 000043
2021500061.tif 000044
2021500061.tif 000045
2021500061.tif 000046
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