(57)【要約】  本開示は、概して、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）と診断された患者を処置するための方法であって、抗ＴＧＦβ剤による標的ＴＧＦ−β阻害を介した処置が奏功する可能性が高い患者を特定することと、対象を抗ＴＧＦβ剤で処置することとを伴う方法に関する。
2021534195.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより前記患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法。
【請求項２】
トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより前記患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法。
【請求項３】
患者であって、抗ＴＧＦβ剤で前記患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、前記患者の高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する前記患者におけるＨＭＧＡ２発現の増加したレベルは、前記患者を、前記抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法。
【請求項４】
前記患者の前記ＨＭＧＡ２レベルは、前記患者からの組織サンプルを分析することによって決定される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記組織サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ＨＭＧＡ２のレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
前記抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、前記第１のポリペプチドの前記重鎖及び前記第２のポリペプチドの前記軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記第１のポリペプチドは、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含む、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
前記患者は、少なくとも１２００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者は、少なくとも１８００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記患者は、１８００ｍｇ〜３０００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記患者は、１８００ｍｇ〜２１００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者は、１２００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記患者は、１２００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を２週間に１回投与される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記患者は、２４００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記患者は、２４００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者は、２１００ｍｇ又は３０００ｍｇの前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の前記定量化は、ＰＣＲを介したものである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも２．２７倍多い、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも５倍多い、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者における前記増加したＨＭＧＡ２発現は、前記抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない患者における前記ＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜３５倍多い、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルによって決定されている、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルは、免疫組織化学によって決定されている、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、前記増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより前記患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項２９】
トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより前記患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３０】
患者であって、抗ＴＧＦβ剤で前記患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、前記患者の高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する前記患者におけるＨＭＧＡ２発現の増加したレベルは、前記患者を、前記抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３１】
前記患者の前記ＨＭＧＡ２レベルは、前記患者からの組織サンプルを分析することによって決定される、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３２】
前記組織サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、請求項３１に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３３】
前記ＨＭＧＡ２のレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、請求項３１又は３２に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３４】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、請求項２８〜３３のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３５】
ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の前記定量化は、ＰＣＲを介したものである、請求項３４に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３６】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも２．２７倍多い、請求項２８〜３５のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３７】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも５倍多い、請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３８】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、請求項２８〜３５のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項３９】
前記患者における前記増加したＨＭＧＡ２発現は、前記抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない患者における前記ＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜３５倍多い、請求項２８〜３５のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４０】
前記増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルによって決定されている、請求項２８〜３３のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４１】
前記増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルは、免疫組織化学を介して決定されている、請求項４０に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４２】
前記ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、前記増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した、請求項４１に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４３】
前記抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、前記第１のポリペプチドの前記重鎖及び前記第２のポリペプチドの前記軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、請求項２８〜４２のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４４】
前記第１のポリペプチドは、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む、請求項４３に記載の使用のための抗ＴＧＦβトラップ剤。
【請求項４５】
前記第１のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含む、請求項４３又は４４に記載の使用のための抗ＴＧＦβトラップ剤。
【請求項４６】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の用量は、１２００ｍｇ〜３０００ｍｇである、請求項４３〜４５のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４７】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、１２００ｍｇである、請求項４６に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４８】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、１２００ｍｇであり、２週間に１回投与される、請求項４７に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項４９】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、２１００ｍｇ〜２４００ｍｇである、請求項４３〜４６のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５０】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質は、３週間に１回投与される、請求項４９に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５１】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、２１００ｍｇであり、３週間に１回投与される、請求項５０に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５２】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、２４００ｍｇであり、３週間に１回投与される、請求項５０に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５３】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質の前記用量は、３０００ｍｇであり、３週間に１回投与される、請求項４３〜４６のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５４】
前記抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質は、静脈内投与によって投与される、請求項４３〜５３のいずれか一項に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５５】
前記静脈内投与は、前記タンパク質を含む製剤を含む事前に充填されたバッグ、事前に充填されたペン又は事前に充填された注射器を用いて実施される、請求項５４に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【請求項５６】
前記バッグは、チューブ及び／又は針を含む導管に接続される、請求項５５に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
[0001]  本出願は、２０１８年８月２２日に出願された米国仮特許出願第６２／７２１，２４９号の利益及びそれに対する優先権を主張し、その開示全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
[0002]  本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１９年６月２７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＥＭＤ−００９ＷＯ＿ＳＬ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称であり、サイズが９９，０９８バイトである。
【０００３】
開示の分野
[0003]  本開示は、概して、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）と診断された対象を処置するための方法であって、抗ＴＧＦβ剤による標的ＴＧＦ−β阻害を介した処置が奏功する可能性が高い対象を特定することと、対象を抗ＴＧＦβ剤で処置することとを伴う方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
背景
[0004]  ＴＮＢＣは、エストロゲン受容体（ＥＲ）及びプロゲステロン受容体（ＰＲ）をまったく発現せず、ホルモン上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ−２）を過剰発現しない腫瘍について、免疫組織化学によって通常診断される不均一な乳がん腫瘍の群である。ＴＮＢＣは、予後不良に関連する侵攻型のがんである。腫瘍細胞は、必要な受容体を欠くため、ホルモン療法及びエストロゲン、プロゲステロン、ＨＥＲ−２を標的とする薬剤などの一般的な処置法は、効果的でない。ドキソルビシンは、局所進行性及び再発性又は転移性のＴＮＢＣを含む多数の悪性腫瘍の処置に使用される標準処置のＤＮＡ損傷剤であり、ドキソルビシンに対する奏功は、他の種類の乳がんと比較して不良である。
【０００５】
[0005]  ＴＮＢＣの療法を改善するための最近の取り組みは、ＴＮＢＣ腫瘍の種類を、遺伝子発現プロファイルに基づき、４（Lehmann, J. Clin.Invest.(2011) 121:2750-2767）又は６（Burstein, Clin.Canc.Res.(2014) 21:1688-1698）サブタイプ：ＢＬ１（基底様１）、ＢＬ２（基底様２）、ＬＡＲ（管腔アンドロゲン受容体）、Ｍ（間葉系）、ＩＭ（免疫調節）及びＭＳＬ（間葉系幹細胞様）によって分類することに焦点を当てている。有望なアプローチの１つは、ＴＮＢＣ患者の１０〜２０％を構成する患者群であるＢＲＣＡ１／２変異を有する患者にＰＡＲＰ阻害剤を使用することである。この患者のサブグループは、ＣＤＫ阻害剤及びタキサンなどの他の療法も提案されているＢＬ１サブタイプに分類される。ＢＬ２サブタイプ（ＴＮＢＣの２２％）には、成長因子シグナル伝達が豊富な遺伝子が含まれ、これは、成長因子阻害剤（キナーゼ阻害剤を含む）がこの群の可能な療法であることを示唆している。ＬＡＲサブタイプは、その名称が示すように、アンドロゲン受容体遺伝子を含有するため、抗アンドロゲンは、群内の潜在的な療法である。Ｍサブタイプに関する可能な療法として、ｃ−Ｍｅｔ阻害剤、ＴＧＦβ阻害剤及びＷｎｔ阻害剤などの間葉系経路を標的とする薬剤が提案されている。最後に、チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）は、免疫プロセスに関与する遺伝子が豊富なＩＭ群にとって良好な選択であり得る。多くの標的治療剤は、ほとんどの場合に選択されていないＴＮＢＣ患者において臨床試験中である。
【０００６】
[0006]  しかし、ＴＮＢＣへの精密医療の適用は、これまでペアのバイオマーカー及び関連する標的療法の欠如によって制限されてきた。ＴＮＢＣサブタイプは、文献に記載されているが、この疾患では、バイオマーカー主導の前向き臨床試験は、依然として一般的でない。特定の処置に対して感受性を示す患者サブグループの特定は、バイオマーカー陰性患者に対する不必要な処置（及びそれらの潜在的な副作用）を回避しながら、バイオマーカー陽性患者に対してより効果的な処置をもたらし得る。このような標的療法は、ＴＮＢＣ患者の治療法の選択を改善し得る。本開示は、ＴＧＦβ遮断剤及び／又はＣＰＩへの奏功に関連するバイオマーカーを特定する。バイオマーカー陽性の患者は、バイオマーカー陰性の患者よりも治療が奏功する可能性が高いと予測される。
【０００７】
[0007]  参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１５０２２５４８３Ａ１号は、抗プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）抗体をＴＧＦβ中和「トラップ」としての腫瘍増殖因子ベータ受容体ＩＩ型（ＴＧＦβＲＩＩ）の可溶性細胞外ドメインと組み合わせて単一の分子にした二機能融合タンパク質を記載している。詳細には、タンパク質は、可動性のグリシン−セリンリンカーを介してヒトＴＧＦβＲＩＩの細胞外ドメインに遺伝的に融合された抗ＰＤ−Ｌ１の２つの免疫グロブリン軽鎖及び抗ＰＤ−Ｌ１の重鎖を含む２つの重鎖からなるヘテロ四量体である（図１を参照されたい）。この抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子は、腫瘍微小環境において免疫抑制の２つの重大なメカニズムを標的にするように設計されている。米国特許出願公開第２０１５０２２５４８３Ａ１号は、患者の体重に基づいた用量でのトラップ分子の投与を記載している。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
[0008]  本開示は、ＴＮＢＣと診断された対象を処置するための方法を提供し、ここで、最初に、対象は、既知の対照発現レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）及び／又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座タンパク質ＥＶＩ１（ＭＥＣＯＭ）の増加した発現レベルを有すると決定され、次に抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質が対象に投与される。
【０００９】
開示の概要
[0009]  ＴＮＢＣと診断された患者の効果的な処置のために、本開示は、既知の発現レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加した発現レベルを有すると決定された患者のＴＮＢＣを処置し、ＴＮＢＣ患者の疾患予後及び全生存期間を改善する治療レジメンを提供する。
【００１０】
[0010]  一態様において、本発明は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより対象のＴＮＢＣを処置することとにより、対象のＴＮＢＣを処置又は管理する方法を提供する。
【００１１】
[0011]  別の態様において、本発明は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）の増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それによりトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成することとにより、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法を提供する。
【００１２】
[0012]  別の態様において、本発明は、対象であって、抗ＴＧＦβ剤で対象のＴＮＢＣを処置又は管理するのに適した対象を特定する方法であって、対象の高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する対象におけるＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルは、対象を、抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法を提供する。
【００１３】
[0013]  特定の実施形態において、本開示は、対象におけるＴＮＢＣを処置又は管理する２ステップの方法であって、第１のステップは、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有する対象を特定することを含み、第２のステップは、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与し、それにより対象のＴＮＢＣを処置することを含む、２ステップの方法を提供する。
【００１４】
[0014]  特定の実施形態において、本開示は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する２ステップの方法であって、第１のステップは、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有する対象を特定することを含み、第２のステップは、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与し、それによりトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成することを含む、２ステップの方法を提供する。
【００１５】
[0015]  特定の実施形態において、本開示は、対象であって、抗ＴＧＦβ剤による対象のＴＮＢＣの処置が奏功する対象を特定する方法であって、対象のＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭのレベルが決定され、既知の対照レベルに対する対象におけるＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルは、対象を、抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法を提供する。
【００１６】
[0016]  本発明の各方法において、対象のＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭレベルは、患者からの組織サンプルを分析することによって決定される。特定の実施形態において、組織サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである。
【００１７】
[0017]  本発明の各方法において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭのレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される。
【００１８】
[0018]  いくつかの実施形態において、抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む、ＴＮＢＣ患者の処置において使用される抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質は、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質は、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む。
【００１９】
[0019]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、少なくとも１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、少なくとも１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１８００ｍｇ〜３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇ〜２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。
【００２０】
[0020]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を２週間に１回投与される。
【００２１】
[0021]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。
【００２２】
[0022]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２１００ｍｇ又は３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。
【００２３】
[0023]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも２．０倍、例えば２．２７倍多い。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２発現の既知の集団平均レベルより少なくとも２〜５倍多い。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える。特定の実施形態において、本発明の方法では、対象における増加したＨＭＧＡ２発現は、抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない対象におけるＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜３５倍多い。いくつかの実施形態において、ＨＭＧＡ２遺伝子の発現レベルは、１つ又は複数のハウスキーピング遺伝子に対して正規化されたＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ転写物を定量化することによって測定される。ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ転写物及び１つ又は複数のハウスキーピング遺伝子は、定量的逆転写ＰＣＲなどのＲＮＡ定量的方法によって定量化される。１つ又は複数のハウスキーピング遺伝子は、標的集団の間で比較的一定の発現を示す遺伝子である。
【００２４】
[0024]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも１．５倍多い。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも１．５〜４倍多い。
【００２５】
[0025]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＭＥＣＯＭ発現は、通常レベルのＭＥＣＯＭ発現より少なくとも１００％、少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える。
【００２６】
[0026]  ｍＲＮＡの決定は、腫瘍組織若しくは循環腫瘍細胞又は循環腫瘍ｍＲＮＡからのものであり得る。ｍＲＮＡは、高発現のＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ遺伝子を検出するために使用される。高発現は、ＰＣＲ又はｍＲＮＡ発現を定量化する他の技術により、特定の参照レベルを超えるレベルを発現している腫瘍細胞と見なすことができる。
【００２７】
[0027]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現は、それぞれＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡの定量化を介して決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ又はＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡレベルは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ｑＰＣＲ）アッセイを介して決定される。特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ又はＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡレベルは、デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を介して決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現は、それぞれＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭタンパク質の定量化を介して決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２タンパク質又はＭＥＣＯＭタンパク質レベルは、免疫組織化学を介して決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、ＴＮＢＣ対象から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超（例えば、５％超、１０％超、１５％超又は２０％超）の腫瘍細胞は、増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した。特定の実施形態において、本発明の方法では、ＴＮＢＣ対象から得られた組織サンプルにおいてＭＥＣＯＭタンパク質を発現する１％超（例えば、５％超、１０％超、１５％超又は２０％超）の腫瘍細胞は、増加したＭＥＣＯＭタンパク質発現レベルを決定した。
【００２８】
[0028]  他の実施形態及び本開示の詳細は、本明細書において以下に提供される。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
図面の簡単な説明
【図１】[0029]（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４Ｇｌｙ（配列番号１１）リンカーを介してＴＧＦβ受容体ＩＩの２つの細胞外ドメイン（ＥＣＤ）に融合された１つの抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子の概略図である。
【図２Ａ】[0030]実施例１に記載される研究からのＨＭＧＡ２の結果を示す箱ひげ図である。ＨＭＧＡ２発現レベルは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質に対する奏功に対してプロットされる。ＴＰＭ＝百万あたりの転写物；ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功。高いＨＭＧＡ２発現とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＨＭＧＡ２発現と少なくとも同程度に高い発現レベルであると見なされる。
【図２Ｂ】[0031]ＴＣＧＡデータベースにおける乳がんでのＨＭＧＡ２発現の分布のヒストグラムである。ＴＰＭ＝百万あたりの転写物；ＮＥ＝評価不能。ＮＥデータは、仮説検定から除外された。
【図３Ａ】[0032]ＴＣＧＡデータベースにおける乳がんでのＭＥＣＯＭ発現の分布のヒストグラムである。ＴＰＭ＝百万あたりの転写物；ＮＥ＝評価不能。高いＭＥＣＯＭ発現とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＭＥＣＯＭ発現と少なくとも同程度に高い発現レベルと見なされる。
【図３Ｂ】[0033]実施例１に記載される研究からのＭＥＣＯＭの結果を示す箱ひげ図である。ＭＥＣＯＭ発現レベルは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質に対する奏功に対してプロットされる。ＴＰＭ＝百万あたりの転写物；ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功。高いＭＥＣＯＭ発現とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＭＥＣＯＭ発現と少なくとも同程度に高い発現レベルと見なされる。
【図４Ａ】[0034]抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたいくつかの可能性のある予測バイオマーカーのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＨＭＧＡ２のｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。（図面で使用される略語：ＮＥ（評価不能）、ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）。
【図４Ｂ】[0034]抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたいくつかの可能性のある予測バイオマーカーのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＭＥＣＯＭのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。（図面で使用される略語：ＮＥ（評価不能）、ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）。
【図４Ｃ】[0034]抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたいくつかの可能性のある予測バイオマーカーのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＣＬＥＣ３Ａのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。（図面で使用される略語：ＮＥ（評価不能）、ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）。
【図４Ｄ】[0034]抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたいくつかの可能性のある予測バイオマーカーのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＣＣＮＤＢＰ１のｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。（図面で使用される略語：ＮＥ（評価不能）、ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）。
【図５Ａ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂｒ１発現との間の関連を示す散布図である。
【図５Ｂ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂｒ２発現との間の関連を示す散布図である。
【図５Ｃ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＳｍａｄ３発現との間の関連を示す散布図である。
【図５Ｄ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ１発現との間の関連を示す散布図である。
【図５Ｅ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ２発現との間の関連を示す散布図である。
【図５Ｆ】[0035]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ３発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ａ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＣｏｌ１ａ１発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ｂ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＣｏｌ１ａ２発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ｃ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＦｎ１発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ｄ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＶｉｍ発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ｅ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＶｅｇｆａ発現との間の関連を示す散布図である。
【図６Ｆ】[0036]ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。ＨＭＧＡ２発現及びＺｅｂ１発現との間の関連を示す散布図である。
【図７Ａ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂｒ１の発現を示すプロットである。
【図７Ｂ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂｒ２の発現を示すプロットである。
【図７Ｃ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＳｍａｄ３の発現を示すプロットである。
【図７Ｄ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ１の発現を示すプロットである。
【図７Ｅ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ２の発現を示すプロットである。
【図７Ｆ】[0037]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ３の発現を示すプロットである。
【図８Ａ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＨＭＧＡ２の発現を示すプロットである。
【図８Ｂ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＣｏｌ１ａ１の発現を示すプロットである。
【図８Ｃ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＣｏｌ１ａ２の発現を示すプロットである。
【図８Ｄ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＦｎ１の発現を示すプロットである。
【図８Ｅ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＶｉｍの発現を示すプロットである。
【図８Ｆ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＶｅｇｆａの発現を示すプロットである。
【図８Ｇ】[0038]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＺｅｂ１の発現を示すプロットである。
【図９Ａ】[0039]ＨＭＧＡ２発現及びＩｆｎｇ発現との間の関連を示す散布図である。
【図９Ｂ】[0039]ＨＭＧＡ２発現及びＧｚｍｂ発現との間の関連を示す散布図である。
【図９Ｃ】[0039]ＨＭＧＡ２発現及びＧｚｍｋ発現との間の関連を示す散布図である。
【図９Ｄ】[0039]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＩｆｎｇの発現を示すプロットである。
【図９Ｅ】[0039]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＧｚｍｂの発現を示すプロットである。
【図９Ｆ】[0039]対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＧｚｍｋの発現を示すプロットである。
【図１０】[0040]対象のＨＭＧＡ２（ｌｏｇ−ＴＰＭ（百万あたりの転写物））及びＴＮＢＣの状態の発現を示す箱ひげ図である。
【図１１】[0041]非ＴＮＢＣ対象（左）及びＴＮＢＣ対象（右）について、別々のパネルにおけるＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭで）に対する奏功を示す。［図面で使用される略語：ＮＥ：評価不能；ＰＤ：進行性疾患；ＳＤ：安定した疾患；ＰＲ：部分奏功；ＣＲ：完全奏功；ＭＥＴＢＲＣ：転移性乳がん；ＴＰＭ：ＨＭＧＡ２遺伝子の百万あたりの転写物］。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
詳細な説明
[0042]  「ＴＧＦβＲＩＩ」又は「ＴＧＦβ受容体ＩＩ」は、野生型ヒトＴＧＦβ受容体２型アイソフォームＡ配列を有するポリペプチド（例えば、ＮＣＢＩ参照配列（ＲｅｆＳｅｑ）受入番号ＮＰ＿００１０２００１８（配列番号８）のアミノ酸配列）若しくは野生型ヒトＴＧＦβ受容体２型アイソフォームＢ配列を有するポリペプチド（例えば、ＮＣＢＩＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿００３２３３（配列番号９）のアミノ酸配列）又は配列番号８若しくは配列番号９のアミノ酸配列と実質的に同一な配列を有するポリペプチドを意味する。ＴＧＦβＲＩＩは、野生型配列のＴＧＦβ結合活性の少なくとも０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、２５％、３５％、５０％、７５％、９０％、９５％又は９９％を保持し得る。発現されたＴＧＦβＲＩＩのポリペプチドは、シグナル配列を欠く。
【００３１】
[0043]  「ＴＧＦβに結合することができるＴＧＦβＲＩＩの断片」は、少なくとも２０（例えば、少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７５又は２００）アミノ酸長であり、野生型受容体又は対応する野生型断片の少なくともいくらかのＴＧＦβ結合活性（例えば、少なくとも０．１％、０．５％、１％、５％、１０％、２５％、３５％、５０％、７５％、９０％、９５％又は９９％）を保持する、ＮＣＢＩＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿００１０２００１８（配列番号８）若しくはＮＣＢＩＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿００３２３３（配列番号９）の任意の部分又は配列番号８若しくは配列番号９と実質的に同一な配列を意味する。典型的に、そのような断片は、可溶性の断片である。例示的なそのような断片は、配列番号１０の配列を有するＴＧＦβＲＩＩの細胞外ドメインである。
【００３２】
[0044]  「ＰＤ−Ｌ１高」又は「高ＰＤ−Ｌ１」とは、PD-L1 IHC 73-10アッセイ（Dako）により決定されたＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞が８０％以上又はDako IHC 22C3 PharmDxアッセイにより決定された腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）が５０％以上であることを指す（ＴＰＳは、IHC 22C3 PharmDxアッセイに関する技術用語であり、部分的又は完全な膜染色（例えば、ＰＤ−Ｌ１の染色）を伴う生存腫瘍細胞のパーセンテージを表す）。ＩＨＣ７３−１０及びＩＨＣ２２Ｃ３アッセイの両方は、それぞれのカットオフで同様の患者集団を選択する。特定の実施形態において、22C3 PharmDxアッセイ（Sughayer et al., Appl. Immunohistochem. Mol. Morphol., (2018)を参照されたい）と高い一致を有するVENTANA PD-L1（SP263）アッセイも、ＰＤ−Ｌ１高発現レベルを決定するために使用することができる。
【００３３】
[0045]  「ＰＤ−Ｌ１陽性」又は「ＰＤ−Ｌ１＋」は、例えば、Dako PD-L1 IHC 22C3 pharmDxアッセイによって決定されたＴＰＳ≧１％ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞を示す。
【００３４】
[0046]  「実質的に同一な」は、参照アミノ酸配列に対して少なくとも５０％、望ましくは６０％、７０％、７５％又は８０％、より望ましくは８５％、９０％又は９５％、最も望ましくは９９％のアミノ酸配列同一性を示すポリペプチドを意味する。比較配列の長さは、一般に、少なくとも１０アミノ酸、望ましくは少なくとも１５の連続アミノ酸、より望ましくは少なくとも２０、２５、５０、７５、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００又は３５０の連続アミノ酸、最も望ましくは完全長アミノ酸配列であろう。
【００３５】
[0047]  「患者」は、ヒト又は非ヒト動物（例えば、哺乳動物）を意味する。「患者」、「対象」、「それを必要とする患者」及び「それを必要とする対象」は、本開示において区別なく使用され、本開示において提供される方法及び組成物を使用する投与によって処置することができる疾患又は状態に罹患しているか又はそれを起こしやすい生物を指す。
【００３６】
[0048]  用語「処置する」、「処置すること」又は「処置」及び本開示において使用される他の文法上の均等物は、疾患、状態若しくは症状を軽減するか、緩和するか、回復させるか若しくは予防すること、さらなる症状を予防すること、症状の根底にある代謝的な原因を回復させるか若しくは予防すること、疾患若しくは状態を阻害すること、例えば疾患若しくは状態の発症を阻止すること、疾患若しくは状態を和らげること、疾患若しくは状態の後退を引き起こすこと、疾患若しくは状態によって引き起こされる状態を和らげること又は疾患若しくは状態の症状を停止させることを含み、予防処置を含むことが意図される。この用語は、治療上の利益及び／又は予防的な利益を実現することをさらに含む。治療上の利益は、処置されている根底にある障害の根絶又は回復を意味する。さらに、治療上の利益は、根底にある障害に関連する１つ以上の生理学的症状の根絶又は回復により実現され、改善が患者において観察され、それにもかかわらず、患者が、依然として根底にある障害を患っていることがあり得る。
【００３７】
[0049]  本開示の治療レジメンに関連して、「地固め」という用語は、当技術分野で一般的に理解されているように使用される。例えば、国立がん研究所（National Cancer Institute）によると、「地固め療法」という用語は、「最初の治療後にがんが消失した後に行われる処置である。地固め療法は、体内に残存し得るがん細胞を死滅させるために使用される。これには、放射線療法、幹細胞移植又はがん細胞を死滅させる薬による処置が含まれ得る。強化療法及び寛解後療法とも呼ばれる。」https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/consolidation-therapy、最終訪問日２０１８年６月９日。
【００３８】
[0050]  「無増悪生存期間」又はＰＦＳという用語は、無作為化（処置開始後６週間以上で発生し得る）から、疾患の進行がない場合の腫瘍の進行又は死亡の最初の記録された事象の日付までの時間として定義される。「全生存期間」という用語は、無作為化から、何らかの原因による死亡までの期間と定義される。無増悪生存期間は、ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１に従い、事前定義された感度分析として研究者によって評価される。
【００３９】
[0051]  「がん」とは、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を意味し、これに関して、乳がんは、エストロゲン受容体（ＥＲ）及びプロゲステロン受容体（ＰＲ）をまったく発現せず、ＨＥＲ２も過剰発現しないことが免疫組織化学により確認されている。
【００４０】
[0052]  「進行性トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）」は、転移性疾患、処置抵抗性疾患又は以前に局所的に進行し、現在進行しているがんを意味する。
【００４１】
[0053]  「奏功性」対象又は「奏功者」とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質による処置を受けているＴＮＢＣを有する対象が、ＲＥＣＩＳＴ１．１によって決定される少なくとも部分奏功（ＰＲ）又は完全奏功（ＣＲ）の最良の全体奏功を経験することを意味する。
【００４２】
[0054]  「非奏功性」対象又は「非奏功者」とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質による処置を受けているＴＮＢＣを有する対象が、ＲＥＣＩＳＴ１．１によって決定された進行性疾患（ＰＤ）の最良の全奏功を経験することを意味する。
【００４３】
[0055]  「危険」、「危険がある」及び「危険因子」という用語は、本明細書において、当技術分野で従来理解されているように使用される。例えば、危険因子は、疾患又は傷害を発症する可能性を高める個人の任意の属性、特性又は曝露である。特定の実施形態において、疾患、障害又は状態を発症する危険のある人は、その人が、その疾患、障害又は状態の発生の可能性に寄与するか又はそれを増強する危険因子にさらされていることを意味する。
【００４４】
[0056]  本開示の説明及び請求項の全体にわたり、「含む（comprise）」という語並びに「含むこと」及び「含む（comprises）」などのこの語の他の形態は、含むが、限定されないという意味であり、例えば他の構成成分を除外するように意図されない。
【００４５】
[0057]  「同時投与する」により、本明細書において記載される組成物がさらなる療法の投与と同時に、その直前に又はその直後に投与されることを意味する。本開示のタンパク質及び組成物は、患者に単独で投与することができるか、又は第２、第３若しくは第４の治療剤と同時投与することができる。同時投与は、個々の又は組み合わせた（２つ以上の治療剤）タンパク質又は組成物の同時又は順次の投与を含むことを意味する。
【００４６】
[0058]  用語「１つの（a）」は、単数に限られることを意味するものではない。特定の実施形態において、用語「１つの（a）」は、複数形を指し得る。本開示の全体にわたって使用されるように、単数形「１つの（a）」、「１つの（an）」及び「その」は、文脈上明らかに他の意味を示す場合を除き、複数形の指示内容を含む。したがって、例えば、「組成物」への言及は、単一の組成物だけでなく、複数のそのような組成物を含む。
【００４７】
[0059]  「還元」製剤は、二機能性分子が還元製剤中に溶解するように、水性担体中に凍結乾燥製剤を溶解することによって調製された製剤である。還元製剤は、それを必要とする患者への静脈内投与（ＩＶ）に適している。
【００４８】
[0060]  用語「約」は、製剤の調製及び疾患又は障害の処置において薬剤の効能を変化させない、薬剤の濃度又は量における任意の最小限の変化を指す。実施形態において、用語「約」は、特定の数値又はデータポイントの±１５％を含み得る。
【００４９】
[0061]  範囲は、「約」ある特定の値から及び／又は「約」別の特定の値までとして本開示において表現することができる。そのような範囲が表現される場合、別の態様には、ある特定の値から及び／又は他の特定の値までが含まれる。同様に、値が先の例の「約」の使用によって近似値として表現される場合、特定の値が別の態様を形成することが理解される。範囲のそれぞれの終点は、他の終点に関連して及び他の終点と無関係に有効であることがさらに理解される。本開示において開示される多くの値があり、それぞれの値は、その値自体に加えて、「約」その特定の値としても開示されることも理解される。本出願の全体にわたり、データは、多くの異なる形式で提供され、データは、データポイントの任意の組み合わせについて終点及び起点並びに範囲を示すことも理解される。例えば、特定のデータポイント「１０」及び特定のデータポイント「１５」が開示される場合、１０及び１５を超える、それ以上、それ未満、それ以下及びそれに等しいことが１０〜１５と同様に開示されていると見なされることが理解される。２つの特定の単位量間のそれぞれの単位量も開示されることも理解される。例えば、１０及び１５が開示される場合、１１、１２、１３及び１４も開示される。
【００５０】
[0062]  「等張」製剤は、ヒト血液と本質的に同じ浸透圧を有する製剤である。等張製剤は、一般に、約２５０〜３５０ｍＯｓｍｏｌ／ｋｇＨ２Ｏの浸透圧を有するであろう。用語「高張」は、ヒト血液の浸透圧を上回る浸透圧を有する製剤を記載するために使用される。等張性は、例えば、蒸気圧又は氷結型浸透圧計を使用して測定することができる。
【００５１】
[0063]  用語「緩衝剤」は、水溶液に追加された場合、酸若しくはアルカリを追加した場合又は溶媒による希釈に際してｐＨの変動から溶液を保護することができる１つ以上の構成成分を指す。リン酸緩衝剤に加えて、グリシン酸、炭酸、クエン酸緩衝剤及び他の同種のものを使用することができ、この場合、ナトリウム、カリウム又はアンモニウムイオンは、対イオンとしての機能を果たすことができる。
【００５２】
[0064]  「酸」は、水溶液中で水素イオンを産出する物質である。「薬学的に許容され得る酸」は、それらが製剤される濃度及び手法で無毒な無機酸及び有機酸を含む。
【００５３】
[0065]  「塩基」は、水溶液中でヒドロキシルイオンを産出する物質である。「薬学的に許容され得る塩基」は、それらが製剤される濃度及び手法で無毒性の無機塩基及び有機塩基を含む。
【００５４】
[0066]  「凍結乾燥保護剤」は、関心のあるタンパク質と組み合わされた場合、凍結乾燥及び続く保存に際してタンパク質の化学的及び／又は物理的不安定性を予防するか又は低下させる分子である。
【００５５】
[0067]  「保存剤」は、細菌作用を低下させ、任意選択で本明細書における製剤に追加され得る薬剤である。保存剤の追加は、例えば、多重使用（複数回投与）製剤の産生を容易にし得る。可能性として考えられる保存剤の例は、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム（アルキル基が長鎖化合物である塩化アルキルベンジルジメチルアンモニウムの混合物）及び塩化ベンゼトニウムを含む。他のタイプの保存剤は、フェノール、ブチル及びベンジルアルコールなどの芳香族アルコール、メチル又はプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３ペンタノール並びにｍ−クレゾールを含む。
【００５６】
[0068]  「界面活性剤」は、疎水性部分（例えば、アルキル鎖）並びに親水性部分（例えば、カルボキシル基及びカルボキシレート基）の両方を含有する表面活性分子である。界面活性剤は、本発明の製剤に追加され得る。本発明の製剤における使用に適した界面活性剤は、ポリソルベート（例えば、ポリソルベート２０又は８０）；ポロキサマー（例えば、ポロキサマー１８８）；ソルビタンエステル及び誘導体；Triton；ラウリル硫酸ナトリウム；オクチルグリコシドナトリウム；ラウリル−、ミリスチル−、リノレイル−又はステアリル−スルホベタイン；ラウリル−、ミリスチル−、リノレイル−又はステアリル−サルコシン；リノレイル−、ミリスチル−又はセチル−ベタイン；ラウラミドプロピル−ココアミドプロピル−、リノールアミドプロピル−、ミリスタミドプロピル−、パルミドプロピル−又はイソステアラミドプロピルベタイン（例えば、ラウロアミドプロピル）；ミリスタミドプロピル−、パルミドプロピル−又はイソステアラミドプロピル−ジメチルアミン；ココイルメチルタウリン酸ナトリウム又はメチルオレイルタウリン酸二ナトリウム；並びにMONAQUAT（商標）シリーズ（Mona Industries, Inc.、Paterson、N.J.）、ポリエチレングリコール、ポリプロピルグリコール及びエチレン及びプロピレングリコールのコポリマー（例えば、プルロニック（登録商標）、ＰＦ６８など）を含むが、これらに限定されない。
【００５７】
[0069]  トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）と診断された患者の効果的な処置のために、本開示は、既知の発現レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加した発現レベルを有すると決定された患者のＴＮＢＣを処置し、ＴＮＢＣ患者の疾患予後及び全生存期間を改善する治療レジメンを提供する。既知の発現レベルは、対照集団又は組織サンプルにおけるＨＭＧＡ２発現レベルである。特定の実施形態において、患者は、進行性ＴＮＢＣと診断される。特定の実施形態において、患者は、以前の処置ラインに対して抵抗性の転移性ＴＮＢＣと診断される。
【００５８】
[0070]  本開示の抗ＴＧＦβ剤には、ＴＧＦβトラップ、抗体、小分子阻害剤及びＴＧＦβ発現を標的とするオリゴヌクレオチドが含まれる。例えば、抗ＴＧＦβ剤には、ＴＧＦβ中和抗体ＩＤ１１、２Ｇ７、フレソリムマブ（GC1008；Sanofi, Genzyme）、メテリムマブ（CAT-192；Astra Zeneca, Cambridge Antibody Technology）、LY3022859（Eli Lilly & Co）などのＴＧＦβ受容体遮断抗体及び小分子ＴＧＦβ受容体キナーゼ阻害剤ガルニセルチブ（LY2157299；Eli Lilly & Co）、SD-208（Scios Inc）並びにLY2109761（Eli Lilly & Co.）が含まれる。
【００５９】
[0071]  本開示の二機能性タンパク質（抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子）は、第１及び第２のポリペプチドを含む。第１のポリペプチドは、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片（例えば、可溶性の断片）とを含む。第２のポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含み、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する（例えば、本明細書において記載される抗体又は抗体断片のいずれか）。本開示の二機能性タンパク質が２つの標的（１）大部分が膜に結合しているＰＤ−Ｌ１、及び（２）血液及び間質において可溶性であるＴＧＦβに結合するため、ＢＷに無関係な投与レジメンは、腫瘍部位でＰＤ−Ｌ１を阻害するのに有効であるだけでなく、ＴＧＦβを阻害するのにも十分な用量を必要とする。
【００６０】
がんを処置するか又は腫瘍増殖を阻害する方法
[0072]  一態様において、本発明は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより対象のＴＮＢＣを処置することとにより、対象のＴＮＢＣを処置又は管理する方法を提供する。
【００６１】
[0073]  別の態様において、本発明は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）の増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それによりトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成することとにより、ＴＮＢＣ患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法を提供する。
【００６２】
[0074]  特定の実施形態において、本開示は、対象におけるＴＮＢＣを処置又は管理する２ステップの方法であって、第１のステップは、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有する対象を特定することを含み、第２のステップは、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＴＧＦβ剤を投与し、それにより対象のＴＮＢＣを処置することを含む、２ステップの方法を提供する。
【００６３】
[0075]  特定の実施形態において、本開示は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する２ステップの方法であって、第１のステップは、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有する対象を特定することを含み、第２のステップは、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの増加したレベルを有すると判断された対象に抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与し、それによりトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成することを含む、２ステップの方法を提供する。
【００６４】
[0076]  本発明の各方法において、対象のＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭレベルは、患者からの組織サンプルを分析することによって決定される。特定の実施形態において、組織サンプルは、血液、血清又は血漿サンプルである。特定の実施形態において、対象からの組織サンプルは、生検によって得られた乳房組織（例えば、処置の開始前に患者から収集された針生検サンプル）である。本発明の各方法において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭのレベルは、生検サンプルの免疫化学或いは処置開始前に患者から収集された生検サンプル又は血液、血清若しくは血漿サンプルのＲＮＡ発現分析によって決定される。
【００６５】
[0077]  特定の実施形態において、対象からの組織サンプルは、生検によって得られた乳がん組織（例えば、処置の開始前に患者から収集された針生検サンプル）である。本発明の各方法において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭのレベルは、生検サンプルの免疫化学或いは処置開始前に患者から収集された生検サンプル又は血液、血清若しくは血漿サンプルのＲＮＡ発現分析によって決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ及びＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡレベルは、周知のｍＲＮＡ定量化法を介して決定される。例示的な実施形態において、本発明の方法では、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ及びＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡレベルは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ｑＰＣＲ）アッセイを介して決定される。例示的な実施形態において、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ及びＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡレベルは、デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を介して決定される。
【００６６】
[0078]  特定の実施形態において、本開示は、トリプルネガティブ乳がんと診断された患者の抗ＴＧＦβ剤に対する奏功を予測するための方法及び抗ＴＧＦβ剤を投与することによって患者を処置する方法を提供する。例示的な実施形態において、ＨＭＧＡ２のレベルは、新鮮なパラフィン包埋腫瘍サンプルからＲＮＡを抽出することによって決定される。例示的な実施形態において、ＨＭＧＡ２のレベルは、凍結パラフィン包埋腫瘍サンプルからＲＮＡを抽出することによって決定される。別の実施形態において、ＨＭＧＡ２のレベルは、固定パラフィン包埋腫瘍サンプルからＲＮＡを抽出することによって決定される。特定の実施形態において、抽出されたＲＮＡは、ｃＤＮＡを産生するために逆転写される。特定の実施形態において、逆転写されたｃＤＮＡは、ＰＣＲベースの方法（例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタル液滴ＰＣＲ）を使用して増幅される。例示的な実施形態において、ＨＭＧＡ２発現のＲＮＡ転写物レベルを定量的にアッセイするために、ＰＣＲベースの方法（例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタル液滴ＰＣＲ）が利用される。特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２  ＲＮＡ転写物レベルは、正規化されたＨＭＧＡ２転写物レベルを提供するために、少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子のＲＮＡ転写物のレベルに対して正規化される。周知のハウスキーピング遺伝子（ＧＡＰＤＨ、アクチン、ユビキチンなど）を使用して遺伝子発現データを正規化する方法は、周知である（Dheda K. et. al., Validation of housekeeping genes for normalizing RNA expression in real-time PCR.Biotechniques 2004; 37:112-119を参照されたい）。
【００６７】
[0079]  特定の実施形態において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を、集団内の全ての腫瘍にわたるＨＭＧＡ２  ＲＮＡ転写物レベルの分布と比較して増加したレベルのＨＭＧＡ２  ＲＮＡ転写物レベルを有すると決定された対象に投与することと、それによりトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成することとを含む。
【００６８】
[0080]  特定の実施形態において、高いＨＭＧＡ２発現カットオフは、対象におけるＨＭＧＡ２発現を定量化するために使用される定量化方法に基づいて設定される。例示的な実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者集団を選択するためのＨＭＧＡ２高発現カットオフは、ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたデータ並びにｑＰＣＲ及び／又はｄｄＰＣＲから得られたデータの取り込みによって推定される。ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたＴＰＭ値は、絶対定量法（例えば、ｑＰＣＲ又はｄｄＰＣＲ）から得ることができる定量値に変換され得る。ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたＴＰＭ値からＣｔ値（ｑＰＣＲの場合）又はｄｄＰＣＲ比の値（ｄｄＰＣＲの場合）にマッピングする伝達関数が生成される。この伝達関数は、高いＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ又はｄｄＰＣＲ比のレベルを見出すために使用される。例示的な実施形態において、高いＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１−ｌｏｇ２（ＴＰＭ最低／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝Ｃｔ値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたΔＣｔ値（ＨＭＧＡ２の相対ｑＰＣＲ発現の中央値）；
ＴＰＭ最低＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【００６９】
[0081]  例示的な実施形態において、高いＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１−ｌｏｇ２（ＴＰＭ２番目に低い／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝Ｃｔ値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたΔＣｔ値（ＨＭＧＡ２の相対ｑＰＣＲ発現の中央値）；
ＴＰＭ２番目に低い＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【００７０】
[0082]  特定の実施形態において、高いＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するｄｄＰＣＲ比の値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１×（ＴＰＭ最低／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝ｄｄＰＣＲ比の値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたｄｄＰＣＲ比の値（ＨＭＧＡ２のｄｄＰＣＲ比の値の中央値）；
ＴＰＭ最低＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【００７１】
[0083]  特定の実施形態において、高いＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するｄｄＰＣＲ比の値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１×（ＴＰＭ２番目に低い／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝ｄｄＰＣＲ比の値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたｄｄＰＣＲ比の値（ＨＭＧＡ２のｄｄＰＣＲ比の値の中央値）；
ＴＰＭ２番目に低い＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた２番目に低いＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【００７２】
[0084]  例示的な実施形態において、患者は、その対象の腫瘍におけるＨＭＧＡ２の発現がＴＮＢＣ集団における全ての腫瘍にわたるＨＭＧＡ２発現の分布に関して高い場合、高ＨＭＧＡ２であると見なされる。例示的な実施形態において、ＨＭＧＡ２発現の参照レベルは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置が奏功した患者のコホート及び奏功しなかった患者のコホート（それぞれ奏功者及び非奏功者）の腫瘍サンプルを収集することと；サンプル内のＨＭＧＡ２発現を測定することと；これらの分布を分離するカットオフ値に反映される、奏功者と非奏功者の発現の分布を特徴付けることと；レスポンダーとノンレスポンダーとの間で選択されたカットオフに対応する閾値を参照発現レベルとして設定することとによって決定される。
【００７３】
[0085]  一態様において、本発明は、標的ＴＧＦβ阻害による処置が奏功する可能性が高いＴＮＢＣ患者（例えば、部分奏功（ＰＲ）、生存期間の改善）を特定するための方法を提供する。抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功する可能性が高いＴＮＢＣ患者を特定するために、それぞれ対応する既知の対照発現レベルに対するＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭの発現レベルが分析される。特定の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子による標的ＴＧＦβ阻害による処置前に、７〜３０日間（例えば、７日間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、１４日間、１５日間、１６日間、１７日間、１８日間、１９日間、２０日間、２１日間、２２日間、２３日間、２４日間、２５日間、２６日間、２７日間、２８日間、２９日間、３０日間）又はそれを超えて、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現レベルの分析が実施される。ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭのレベルを決定するために、本明細書に記載の方法を使用するＴＮＢＣ患者において、サンプルを患者から取得し得る。したがって、本発明のいくつかの実施形態において、ＴＮＢＣ患者におけるＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭのレベルは、ＴＮＢＣ患者から得られたサンプルにおいて決定される。特定の実施形態において、抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功する可能性が高いＴＮＢＣ患者を特定するために、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭの発現レベルは、対象から収集された組織サンプルにおいて分析される。特定の実施形態において、対象からの組織サンプルは、血液、血清又は血漿サンプルである。特定の実施形態において、対象からの組織サンプルは、生検によって得られた乳房組織（例えば、処置の開始前に患者から収集された針生検サンプル）である。
【００７４】
[0086]  特定の実施形態において、本発明は、ＴＧＦβを標的とする薬剤を用いて、一般的なＴＮＢＣ集団の既知の対照発現レベルに対して高いＨＭＧＡ２発現を有するＴＮＢＣ患者を処置する方法を提供する。特定の実施形態において、ＴＧＦβを標的とする薬剤は、小分子、モノクローナル抗体、ＴＧＦβ受容体の融合タンパク質及び／又はアンチセンスＲＮＡ誘導体であり得る。特定の実施形態において、これらの薬剤は、ＴＧＦβ経路を標的とすることが知られている。例えば、ガルニセルチブ（LY-2157299；Eli Lilly & Co.）、バクトセルチブ（TEW-7197、NOV-1301；MedPacto, Inc., National OncoVenture）、LY3200882（Eli Lilly & Co.）、NIS-793（XOMA-089；Novartis、XOMA corporation）、SAR-439459（Sanofi）、ABBV-151（AGRX-115、AbbVie、Argenx）、AVID-200（Forbius）、PF-06952229（Pfizer）及びYL-13027（Shanghai YingLi Pharmaceutical Co., Ltd.）である。
【００７５】
[0087]  いくつかの実施形態において、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭのレベルは、患者からのサンプルを分析することによって決定される。特定の実施形態において、対象からの組織サンプルは、生検によって得られた乳房組織（例えば、処置の開始前に患者から収集された針生検サンプル）である。本発明の各方法において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭのレベルは、生検サンプルの免疫化学或いは処置開始前に患者から収集された生検サンプル又は血液、血清若しくは血漿サンプルのＲＮＡ発現分析によって決定される。例えば、本発明の方法において、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭのレベルは、免疫化学、例えば酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）又はヌクレオチド分析によって決定され得る。
【００７６】
[0088]  特定の実施形態において、本発明の方法は、ＴＮＢＣ患者から得られたサンプルにおけるＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭのｍＲＮＡ発現の測定されたレベルを、多数の患者のデータベースであるＴＣＧＡデータベース（The Cancer Genome Atlas - National Institutes of Health）で利用可能な既知の値のｍＲＮＡ発現のレベルと比較することを含む。
【００７７】
[0089]  ＲＮＡ−ｓｅｑデータセットの比較は、技術プラットフォーム及びサンプル調製における差異により、一般にバッチ効果と呼ばれるものにつながるため、自明なものではない。ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭ発現の観察されたレベルをＴＣＧＡによるレベルから分離してバッチ効果を補正するために、ComBatアルゴリズムがsva Bioconductorパッケージに実装された（sva version 3.28.0, Leek JT, Johnson WE, Parker HS, Fertig EJ, Jaffe AE, Storey JD, Zhang Y, Torres LC (2018). sva: Surrogate Variable Analysis.）。この方法により、トリプルネガティブ（以下ではＴＣＧＡ＿ＢＲＣＡ＿ＴＮＢＣ）であったＴＣＧＡ乳がんデータセット（以下ではＴＣＧＡ−ＢＲＣＡ）の患者の臨床データを、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭの観察されたレベルと比較できるようになった。
【００７８】
[0090]  特定の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子による処置が奏功する可能性が高いＴＮＢＣ患者を特定するために、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの発現レベルは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプルから抽出されたＲＮＡの配列決定によって分析される。例えば、ＲＮＡは、RNeasy FFPEキット（Qiagen, Hilden, Germany）によって１〜２個の５〜１０μｍＦＦＰＥカールから総ＲＮＡを分離することにより、ＦＦＰＥサンプルから抽出され、ＲＮＡ濃度は、Qubit 2.0蛍光光度計でQubit HS  ＲＮＡアッセイ（ThermoFisher Scientific, USA）を使用して決定される。次いで、抽出されたＲＮＡは、当技術分野で公知の方法を使用して配列決定される。例えば、特定の実施形態において、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＰＣＲ）は、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現レベルを分析するために使用される。特定の実施形態において、ｑＰＣＲは、TaqMan Gene Expression Master Mixを使用して重複して実施され、製造業者が推奨するサイクリングプロトコルを使用して、Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System（９６ウェルフォーマット）で実行される。標的遺伝子（配列番号６３及び／又は配列番号６４）及びハウスキーピング遺伝子のためのプライマー／プローブセットは、「既製の」遺伝子発現アッセイが利用できない場合、PrimerExpress（登録商標）を使用して設計できる。比較Ｃｔ法は、遺伝子発現の相対的な定量化に使用され得る。
【００７９】
[0091]  別の実施形態において、デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）は、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現レベルを分析するために使用される。特定の実施形態において、ｄｄＰＣＲは、BioRadのｄｄＰＣＲプロトコルに従い、標的遺伝子（配列番号６３及び／又は配列番号６４）及びハウスキーピング遺伝子を標的とするプライマー及びプローブを含有するアッセイを使用して実施される。各実験のサンプル分析は、QuantaSoftソフトウェアを使用して実行される。全てのサンプルの陽性液滴濃度は、対応するテンプレートなし対照（ＮＴＣ）で検出されたように、陰性クラスターに基づいて、手動で配置された蛍光閾値を使用して決定される。単一サンプル内の標的ＤＮＡ濃度（コピー／Ｌ）及び絶対液滴数を定量的結果測定として使用する。
【００８０】
[0092]  別の実施形態において、HTG EdgeSeqシステムを使用して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現レベルを分析する。ＦＦＰＥ標本をチューブにかき出し、ＨＴＧの溶解緩衝剤で溶解した後、遺伝子特異的ＤＮＡヌクレアーゼプロテクションプローブ（ＮＰＰ）を導入する。ＮＰＰを、生体マトリックスに可溶性であるか又は架橋することの両方の可能性がある標的ＲＮＡにハイブリダイズさせた後、Ｓ１ヌクレアーゼを追加し、ハイブリダイズしていない過剰なＮＰＰ及びＲＮＡを除去し、標的ＲＮＡにハイブリダイズしたＮＰＰのみを残す。
【００８１】
[0093]  したがって、標的ＲＮＡのＮＰＰへの化学量論的変換が達成され、ＲＮＡに対するＮＰＰの実質的な１：１の比率を生成する。ｑＮＰＡステップは、HTG EdgeSeqプロセッサーで自動化され、その後、配列決定アダプター及びタグが追加されるＰＣＲが行われる。標識されたサンプルをプールし、洗浄し、標準プロトコルを使用して、次世代配列決定（ＮＧＳ）プラットフォームで配列決定する。ＮＧＳ機器からのデータをHTG EdgeSeq parserソフトウェアによって処理し、報告する。
【００８２】
[0094]  図２Ａ（ＨＭＧＡ２）及び図３Ｂ（ＭＥＣＯＭ）に示すように、ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭの両方は、非奏功者と比較して奏功者において２０倍超だけ過剰発現している。図２Ａにおいて、ＨＭＧＡ２発現レベル（百万あたりの転写物（ＴＰＭ）の対数）を抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質（ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）に対する奏功に対してプロットする。転写物の存在量の広く使用されている測定基準であるＴＰＭは、ＲＳＥＭによって計算された。Li & Dewey, (2011), BMC Bioinformatics, 12:323を参照されたい。ＨＭＧＡ２の高発現レベル及び低発現レベルが図２Ｂに示され、ＭＥＣＯＭの高発現レベル及び低発現レベルが図３Ａに示される。高発現レベルと低発現レベルとの比率は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する可能性が高いと考えられるＴＮＢＣ患者を特定し得る、独立した値（因子）を提供する。
【００８３】
[0095]  高いＨＭＧＡ２発現は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＨＭＧＡ２発現と少なくとも同程度に高い発現レベルである。図２Ａに示すように、ＨＭＧＡ２の発現は、非奏功者間の発現レベルと比較して顕著に高い（少なくとも３５倍）。
【００８４】
[0096]  図３Ｂにおいて、ＭＥＣＯＭ発現レベル（百万あたりの転写物（ＴＰＭ）の対数）を抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質（ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）による処置に対する奏功に対してプロットする。高いＭＥＣＯＭ発現は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＭＥＣＯＭ発現と少なくとも同程度に高い発現レベルである。図３Ｂに示すように、ＭＥＣＯＭの発現は、非奏功者間の発現レベルと比較して顕著に高い（少なくとも２０倍）。
【００８５】
[0097]  特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの発現レベルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）によって分析される。例えば、特定の実施形態において、自動化ＩＨＣ法は、ＦＦＰＥ組織標本における腫瘍細胞核におけるＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの発現をアッセイするために開発することができる。本開示は、試験組織サンプル中のヒトＨＭＧＡ２若しくはＭＥＣＯＭ抗原の存在を検出するための方法又はヒトＨＭＧＡ２若しくはＭＥＣＯＭ抗原のレベル若しくは抗原を発現するサンプル中の細胞の割合を定量化するための方法を提供し、この方法は、Ａｂ又はその一部とヒトＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭとの間の複合体の形成を可能にする条件下において、ヒトＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭに特異的に結合するｍＡｂと、試験サンプル及び陰性対照サンプルとを接触させることを含む。好ましくは、試験及び対照組織サンプルは、ＦＦＰＥサンプルである。次に、複合体の形成が検出され、ここで、試験サンプルと陰性対照サンプルとの間の複合体形成の違いは、サンプル中のヒトＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ抗原の存在を示している。ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現を定量化するために様々な方法が使用される。
【００８６】
[0098]  特定の実施形態において、自動化ＩＨＣ法は、（ａ）オートステイナーに乗せた組織切片を脱パラフィン化及び再水和すること、（ｂ）前処置モジュールを使用して、適切なｐＨで標的回収溶液中の抗原を回収すること、（ｃ）組織標本中の内因性ペルオキシダーゼを中和するステップ、スライド上の非特異的タンパク質結合部位をブロッキングするステップ、スライドを一次抗体又は陰性対照試薬と共にインキュベートするステップ、ポスト一次ブロッキング剤と共にインキュベートするステップ、発色基質を添加し、展開するステップ及びヘマトキシリンにより対比染色するステップを含むようにオートステイナーを作動させること、（ｄ）一連の段階的エタノール中で脱水し、永久培地に乗せる前に清澄化することを含む。
【００８７】
[0099]  腫瘍組織サンプルにおけるＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現を評価するために、病理医は、顕微鏡下で各フィールドのＨＭＧＡ２＋又はＭＥＣＯＭ＋腫瘍細胞の数を調べ、陽性である細胞のパーセンテージを思考的に推定し、それらを平均して最終パーセンテージを得る。異なる染色強度は、０／陰性、１＋／弱、２＋／中及び３＋／強と定義される。典型的には、パーセンテージ値は、最初に０及び３＋バケットに割り当てられ、次に中間の１＋及び２＋の強度が考慮される。高度に不均一な組織の場合、標本は、ゾーンに分けられ、各ゾーンは、別々にスコアリングされ、次いで単一セットのパーセンテージ値にまとめられる。異なる染色強度に対する陰性細胞及び陽性細胞のパーセンテージは、各領域から決定され、中央値が各ゾーンに与えられる。最終的なパーセンテージ値が各染色強度カテゴリ：陰性、１＋、２＋及び３＋について組織に与えられる。全ての染色強度の合計は、１００％である必要がある。
【００８８】
[0100]  これらのスコアリング方法の特定の実施形態において、サンプルは、独立して作業する２人の病理担当者によってスコアリングされ、その後、スコアが統合される。特定の他の実施形態において、陽性及び陰性細胞の同定は、適当なソフトウェアを使用してスコアリングされる。
【００８９】
[0101]  ヒストスコアは、ＩＨＣデータのより定量的尺度として使用される。ヒストスコアは、以下のように計算される。ヒストスコア＝［（％腫瘍×１（低強度））＋（％腫瘍×２（中強度））＋（％腫瘍×３（高強度）］
ヒストスコアを決定するために、標本内の各強度カテゴリにおける染色細胞のパーセンテージが推定される。最終的なヒストスコア範囲は、０（発現なし）〜３００（最大発現）であり得る。
【００９０】
[0102]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも２．０倍、例えば２．２７倍多い。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２発現の既知の集団平均レベル（例えば、ＴＮＢＣ患者の集団平均）より少なくとも２〜７倍（例えば、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、３．０倍、３．１倍、３．２倍、３．３倍、３．４倍、３．５倍、３．６倍、３．７倍、３．８倍、３．９倍、４．０倍、４．１倍、４．２倍、４．３倍、４．４倍、４．５倍、４．６倍、４．７倍、４．８倍、４．９倍、５．０倍、５．１倍、５．２倍、５．３倍、５．４倍、５．５倍、５．６倍、５．７倍、５．８倍、５．９倍、６．０倍、６．１倍、６．２倍、６．３倍、６．４倍、６．５倍、６．６倍、６．７倍、６．８倍、６．９倍又は７．０倍）多い。
【００９１】
[0103]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも１．５倍多い。特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均より少なくとも１．５〜４倍（例えば、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、３．０倍、３．１倍、３．２倍、３．３倍、３．４倍、３．５倍、３．６倍、３．７倍、３．８倍、３．９倍又は４．０倍）多い。
【００９２】
[0104]  特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの発現レベルは、一般的なＴＮＢＣ集団の既知の発現レベルと比較される。特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２  ＲＮＡ発現レベルが、一般的なＴＮＢＣ集団のＨＭＧＡ２  ＲＮＡ発現レベルよりも２．６０倍を超えて大きいと決定される場合、ＨＭＧＡ２発現レベルは、高いと決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、ＴＮＢＣ対象から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超（例えば、５％超、１０％超、１５％超又は２０％超）の腫瘍細胞は、増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した。特定の実施形態において、ＭＥＣＯＭ  ＲＮＡ発現レベルが、一般的なＴＮＢＣ集団のＭＥＣＯＭ  ＲＮＡ発現レベルよりも１．７倍を超えて大きい場合、ＭＥＣＯＭ発現レベルは、高いと決定される。特定の実施形態において、本発明の方法では、ＴＮＢＣ対象から得られた組織サンプルにおいてＭＥＣＯＭタンパク質を発現する１％超（例えば、５％超、１０％超、１５％超又は２０％超）の腫瘍細胞は、増加したＭＥＣＯＭタンパク質発現レベルを決定した。
【００９３】
[0105]  特定の実施形態において、本発明の方法では、対象における増加したＨＭＧＡ２発現は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質による処置が奏功しない対象におけるＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜４０倍（例えば、１９倍、２０倍、２１倍、２２倍、２３倍、２４倍、２５倍、２６倍、２７倍、２８倍、２９倍、３０倍、３１倍、３２倍、３３倍、３４倍、３５倍、３６倍、３７倍、３８倍、３９倍又は４０倍）多い。
【００９４】
[0106]  特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭの発現レベルは、ＴＮＢＣ集団内の奏功者と非奏功者との間で比較される。特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２  ＲＮＡ発現レベルが、非奏功性ＴＮＢＣ集団のＨＭＧＡ２  ＲＮＡ発現レベルより少なくとも１９〜３５倍大きいと決定される場合、ＨＭＧＡ２発現レベルは、高いと決定される。特定の実施形態において、ＭＥＣＯＭ  ＲＮＡ発現レベルが、非奏功性ＴＮＢＣ集団のＭＥＣＯＭ  ＲＮＡ発現レベルより少なくとも１８〜３５倍を超えて大きい場合、ＭＥＣＯＭ発現レベルは、高いと決定される。
【００９５】
[0107]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える。
【００９６】
[0108]  特定の実施形態において、本発明の方法では、増加したＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭ発現は、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭ発現の通常の集団レベルよりも１００％〜１０００％高い（２００％〜１０００％高いか、３００％〜１０００％高いか、４００％〜１０００％高いか、５００％〜１０００％高いか、６００％〜１０００％高いか、７００％〜１０００％高いか、８００％〜１０００％高いか、９００％〜１０００％高いか、１００％〜９００％高いか、１００％〜８００％高いか、１００％〜７００％高いか、１００％〜６００％高いか、１００％〜５００％高いか、１００％〜４００％高いか、１００％〜３００％高いか又は１００％〜２００％高い）転写物発現である。特定の実施形態において、標的ＴＧＦβ阻害による処置が奏功すると特定された対象は、増加したＨＭＧＡ２転写物発現を有すると決定され、ここで、増加したＨＭＧＡ２転写物発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２転写物発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える。特定の実施形態において、標的ＴＧＦβ阻害による処置が奏功すると特定された対象は、増加したＭＥＣＯＭ発現を有すると決定され、ここで、増加したＭＥＣＯＭ転写物発現は、通常レベルのＭＥＣＯＭ転写物発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える。
【００９７】
[0109]  本発明の実施形態において、ＨＭＧＡ２及び／又はＭＥＣＯＭの増加したレベルは、抗ＰＤＬ１／ＴＧＦβトラップ分子の初回用量の投与前の約１週間、約２週間、約３週間、約４週間、約５週間、約６週間、約７週間、約８週間、約９週間、約１０週間、約１１、週間、約１２週間、約１３週間、約１４週間、約１５週間、約１６週間、約１７週間、約１８週間、約１９週間、約２０週間、約２１週間、約２２週間、約２３週間、約２４週間、約２５週間、約２６週間、約２７週間、約２８週間、約２９週間、約３０週間、約３１週間、約３２週間、約３３週間、約３４週間、約３５週間、約３６週間、約３７週間、約３８週間、約３９週間、約４０週間、約４１週間、約４２週間、約４３週間、約４４週間、約４５週間、約４６週間、約４７週間、約４８週間、約４９週間、約５０週間、約５１週間、約５２週間、約１週間〜約２週間、約２週間〜約３週間、３週間〜４週間、４週間〜５週間、５週間〜６週間、６週間〜７週間、７週間〜８週間、８週間〜９週間、９週間〜１０週間、１０週間〜１１週間、１１週間〜１２週間、１２週間〜１６週間、１６週間〜２０週間、２０週間〜２４週間、２４週間〜２８週間、２８週間〜３２週間、３２週間〜３６週間、３６週間〜４０週間、４０週間〜４４週間、４４週間〜４８週間、４８週間〜５２週間及び／又は５２週間超で決定される。
【００９８】
[0110]  本発明の方法において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されたＴＮＢＣ患者は、少なくとも１２００ｍｇの用量の、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。第１のポリペプチドは、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む。第２のポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含み、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する。
【００９９】
[0111]  特定の実施形態において、本開示のＴＮＢＣを処置するか又は腫瘍増殖を阻害する方法は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断された対象に、２つのペプチドを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であって、第１のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含む、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与することを含む。
【０１００】
[0112]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置するか又は腫瘍増殖を阻害するための本開示の方法は、タンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチドを有するタンパク質産物並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物を含む））を、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ、約２５００ｍｇ、約２６００ｍｇ、約２７００ｍｇ、約２８００ｍｇ、約２９００ｍｇ又は約３０００ｍｇ）の用量において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断された対象に投与することを含む。特定の実施形態において、約１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子は、ＴＮＢＣ患者に２週間に１回投与される。特定の実施形態において、約１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子は、ＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。特定の実施形態において、約２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子は、ＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。特定の実施形態において、約１２００ｍｇの、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物は、対象に２週間に１回投与される。特定の実施形態において、約１８００ｍｇの、配列番号３のアミノ酸��列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されたＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。特定の実施形態において、約１８００ｍｇの、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物は、ＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。特定の実施形態において、約２４００ｍｇの、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物は、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されたＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。特定の実施形態において、約２４００ｍｇの、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物は、ＴＮＢＣ患者に３週間に１回投与される。
【０１０１】
[0113]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣ患者に投与される用量は、約１２００ｍｇ、約１２２５ｍｇ、約１２５０ｍｇ、約１２７５ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１３２５ｍｇ、約１３５０ｍｇ、約１３７５ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１４２５ｍｇ、約１４５０ｍｇ、約１４７５ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１５２５ｍｇ、約１５５０ｍｇ、約１５７５ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１６２５ｍｇ、約１６５０ｍｇ、約１６７５ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１７２５ｍｇ、約１７５０ｍｇ、約１７７５ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１８２５ｍｇ、約１８５０ｍｇ、１８７５ｍｇ、約１９００ｍｇ、約１９２５ｍｇ、約１９５０ｍｇ、約１９７５ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２０２５ｍｇ、約２０５０ｍｇ、約２０７５ｍｇ、２１００ｍｇ、約２１２５ｍｇ、約２１５０ｍｇ、約２１７５ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２２２５ｍｇ、約２２５０ｍｇ、約２２７５ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２３２５ｍｇ、約２３５０ｍｇ、約２３７５ｍｇ又は約２４００ｍｇであり得る。
【０１０２】
[0114]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、少なくとも１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、少なくとも１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇ〜３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇ〜２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１８００ｍｇ〜２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。
【０１０３】
[0115]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を２週間に１回投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。
【０１０４】
[0116]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２１００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２１００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、ＨＭＧＡ２又はＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると決定された対象は、２４００ｍｇ又は３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される。
【０１０５】
[0117]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣ患者に投与される用量は、２週間に１回投与され得る。特定の実施形態において、ＴＮＢＣ患者に投与される用量は、３週間に１回投与され得る。特定の実施形態において、タンパク質は、例えば、事前に充填されたバッグ、事前に充填されたペン又は事前に充填された注射器により、静脈内投与によって投与され得る。特定の実施形態において、タンパク質は、２５０ｍｌの生理的食塩水バッグから静脈内に投与され、静脈内注入は、約１時間（例えば、５０〜８０分間）であり得る。特定の実施形態において、バッグは、チューブ及び／又は針を含む導管に接続される。
【０１０６】
[0118]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されている、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、少なくとも１２００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ又はそれを超える）の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。特定の実施形態において、ＴＮＢＣ（を有する対象又は患者は、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、少なくとも１２００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ又はそれを超える）の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。特定の実施形態において、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。特定の実施形態において、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。
【０１０７】
[0119]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されている、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ又は約２３００ｍｇ〜約２４００ｍｇ）の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。
【０１０８】
[0120]  特定の実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されている、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ又は約２３００ｍｇ〜約２４００ｍｇ）の、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを静脈内投与することによって処置される。
【０１０９】
[0121]  いくつかの実施形態において、対応する既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）又はＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）発現の増加したレベルを有すると判断されている、ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１２００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを２週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、進行性ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、１２００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを２週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、進行性ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１８００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、進行性ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約２４００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、進行性ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、２４００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。
【０１１０】
[0122]  特定の実施形態において、処置されるＴＮＢＣは、ＰＤ−Ｌ１陽性である。例えば、特定の実施形態において、処置されるＴＮＢＣは、ＰＤ−Ｌ１＋発現（例えば、高ＰＤ−Ｌ１発現）を示す。例えば、いくつかの実施形態において、高ＰＤ−Ｌ１は、７３−１０アッセイによって決定されるように、８０％以上のＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞（腫瘍比率スコア［ＴＰＳ］）として定義され得る。いくつかの実施形態において、高ＰＤ−Ｌ１は、PD-L1 IHC 22C3 pharmDxアッセイによって決定されるように、腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）５０％以上として定義され得る。いくつかの実施形態において、高ＰＤ−Ｌ１は、PD-L1 IHC SP263アッセイによって決定されるように、腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）２５％以上として定義され得る。例えば、がん又は腫瘍上のＰＤ−Ｌ１などのバイオマーカーを検出する方法は、当技術分野においてよくあるものであり、本明細書で企図されている。非限定的な例には、免疫組織化学、免疫蛍光抗体法及び蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）が含まれる。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１高ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１２００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを２週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１高ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約１８００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１高ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約２１００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１高ＴＮＢＣを有する対象又は患者は、約２４００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回静脈内投与することによって処置される。
【０１１１】
[0123]  いくつかの実施形態において、本明細書に開示される処置の方法は、対象又は患者の疾患応答又は生存期間の改善をもたらす。いくつかの実施形態において、例えば、疾患応答は、完全奏功、部分奏功又は安定した疾患であり得る。例えば、いくつかの実施形態において、生存期間の改善は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）又は全生存期間であり得る。いくつかの実施形態において、改善（例えば、ＰＦＳにおける）は、本開示の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置の開始前の期間と比較して決定される。がん又は腫瘍治療について疾患応答（例えば、完全奏功、部分奏功又は安定した疾患）及び患者の生存期間（例えば、ＰＦＳ、全生存期間）を決定する方法は、当技術分野でよくあるものであり、本明細書で企図される。いくつかの実施形態において、疾患応答は、処置された患者を患部の造影コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）に供した後、ＲＥＣＩＳＴ１．１に従って評価される。
【０１１２】
がん標的としてのＴＧＦβ
[0124]  本開示は、ある腫瘍細胞又は免疫細胞の外部表面に見出される細胞免疫チェックポイント受容体を標的にする抗体成分につながれた可溶性サイトカイン受容体（ＴＧＦβＲＩＩ）を使用してＴＧＦβを捕捉することにより、腫瘍微小環境におけるＴＧＦβの局所的な低下を可能にする。免疫チェックポイントタンパク質に対する本開示の抗体成分の例は、抗ＰＤ−Ｌ１である。本開示の二機能性分子は、ときに本明細書において「抗体−サイトカイントラップ」と呼ばれ、まさに抗受容体抗体及びサイトカイントラップが物理的に連結されているという理由で有効である。（例えば、別々の分子としての抗体及び受容体の投与を上回る）結果として生じる利点は、部分的には、サイトカインがオートクリン及びパラクリン機能によって主に局所的な環境において機能するからである。抗体成分は、サイトカイントラップを、サイトカイントラップが局所的な免疫抑制性のオートクリン又はパラクリン効果を中和することによって非常に有効になり得る腫瘍微小環境に向ける。さらに、抗体の標的が抗体結合に際して内部移行される場合、サイトカイン／サイトカイン受容体複合体のクリアランスにとって有効なメカニズムが提供される。抗体媒介性の標的内部移行は、ＰＤ−Ｌ１について示され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、抗ＰＤ−Ｌ１と同様の内部移行率を有することが示された。第１に、抗ＴＧＦβ抗体が完全には中和していないことがあり得、第２に、抗体が、サイトカインの半減期を延ばす担体として作用し得るため、これは、抗ＴＧＦβ抗体の使用を上回る明確な利点である。
【０１１３】
[0125]  実際に、下記に記載されるように、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置は、腫瘍細胞上のＰＤ−Ｌ１及び免疫細胞上のＰＤ−１間の相互作用の同時の遮断並びに腫瘍微小環境におけるＴＧＦβの中和により、相乗的な抗腫瘍効果を誘起する。理論によって拘束されないが、これは、おそらく、２つの重大な免疫逃避メカニズムの同時の遮断並びにさらに単一の分子実体による腫瘍微小環境におけるＴＧＦβの枯渇から得られる相乗効果によるものである。この枯渇は、（１）腫瘍細胞の抗ＰＤ−Ｌ１ターゲティング；（２）ＴＧＦβトラップによる腫瘍微小環境におけるオートクリン／パラクリンＴＧＦβの結合；及び（３）ＰＤ−Ｌ１受容体媒介性のエンドサイトーシスによる結合ＴＧＦβの破壊によって実現される。さらに、Ｆｃ（ＩｇＧの結晶化可能断片）のＣ−末端に融合されたＴＧＦβＲＩＩは、ＦｃのＮ−末端にＴＧＦβＲＩＩを置くＴＧＦβＲＩＩ−Ｆｃよりも数倍強力であった。
【０１１４】
[0126]  ＴＧＦβは、がんの分子二重人格者としてのその逆説的な役割のため、がん免疫療法において多少疑問の余地のある標的であった（Bierie et al., Nat.Rev.Cancer, 2006; 6:506-20）。他のいくつかのサイトカインのように、ＴＧＦβ活性は、発生段階及び状況に依存性である。実際に、ＴＧＦβは、発がんプロモーター又は腫瘍抑制因子として作用することができ、腫瘍イニシエーション、進行及び転移に影響を与える。ＴＧＦβのこの二重の役割の根底にあるメカニズムは、不明なままである（Yang et al., Trends Immunol.2010; 31:220-227）。Ｓｍａｄ依存性のシグナル伝達がＴＧＦβシグナル伝達の増殖阻害を媒介する一方、Ｓｍａｄ非依存性の経路がその腫瘍促進効果に寄与することが想定されたが、Ｓｍａｄ依存性の経路が腫瘍進行に関係することを示すデータもある（Yang et al., Cancer Res.2008; 68:9107-11）。
【０１１５】
[0127]  ＴＧＦβリガンド及び受容体の両方は、治療標的として徹底的に研究されてきた。３つのリガンドアイソフォーム、ＴＧＦβ１、２及び３があり、これらは、全てホモ二量体として存在する。ＴＧＦβ受容体（ＴＧＦβＲ）も３つあり、これらは、ＴＧＦβＲＩ、ＩＩ及びＩＩＩ型と呼ばれる（Lopez-Casillas et al., J. Cell Biol.1994; 124:557-68）。ＴＧＦβＲＩは、シグナル伝達鎖であり、リガンドに結合することができない。ＴＧＦβＲＩＩは、高い親和性でリガンドＴＧＦβ１及び３に結合するが、ＴＧＦβ２に結合しない。ＴＧＦβＲＩＩ／ＴＧＦβ複合体は、シグナル伝達複合体を形成するためにＴＧＦβＲＩを動員する（Won et al., Cancer Res.1999; 59:1273-7）。ＴＧＦβＲＩＩＩは、ＴＧＦβのそのシグナル伝達受容体への結合の正の調節因子であり、３つのＴＧＦβアイソフォームの全てに高い親和性で結合する。細胞表面上において、ＴＧＦβ／ＴＧＦβＲＩＩＩ複合体は、ＴＧＦβＲＩＩに結合し、次いでＴＧＦβＲＩを動員し、ＴＧＦβＲＩは、シグナル伝達複合体を形成するためにＴＧＦβＲＩＩＩにとって代わる。
【０１１６】
[0128]  ３つの異なるＴＧＦβアイソフォームは、全て同じ受容体によってシグナル伝達するが、それらは、インビボにおいて異なる発現パターン及び重複しない機能を有することが知られている。３つの異なるＴＧＦ−βアイソフォームノックアウトマウスは、異なる表現型を有し、多数の非代償性の機能であることを示す（Bujak et al., Cardiovasc. Res.2007; 74:184-95）。ＴＧＦβ１ヌルマウスは、造血及び脈管形成の欠損を有し、ＴＧＦβ３ヌルマウスは、肺疾患の発症及び口蓋発生の欠損を表すが、ＴＧＦβ２ヌルマウスは、様々な発生異常を示し、複数の心奇形が最も顕著である（Bartram et al., Circulation 2001; 103:2745-52; Yamagishi et al., Anat. Rec.2012; 295:257-67）。さらに、ＴＧＦβは、虚血及び再灌流傷害後の心筋の損傷の修復において重大な役割を果たすことが示されている。成人の心臓では、心筋細胞は、ＴＧＦβを分泌し、これは、自発的な拍動数を維持するためにオートクリンとして作用する。重要なことに、心筋細胞によって分泌されるＴＧＦβの７０〜８５％は、ＴＧＦβ２である（Roberts et al., J. Clin. Invest.1992; 90:2056-62）。ＴＧＦβＲＩキナーゼ阻害剤による処置によって持ち上がった心毒性の問題にもかかわらず、本出願人は、サルにおいて、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップについて心毒性を含む毒性がないことを観察した。
【０１１７】
[0129]  ＴＧＦβを中和するための治療上のアプローチは、可溶性の受容体トラップ及び中和抗体としてＴＧＦβ受容体の細胞外ドメインを使用することを含む。受容体トラップアプローチのうち、可溶性のＴＧＦβＲＩＩＩが３つのＴＧＦβリガンドの全てに結合するため、可溶性のＴＧＦβＲＩＩＩが当然の選択肢のように思われ得る。しかしながら、７６２アミノ酸残基の細胞外ドメインを有する２８０〜３３０ｋＤグルコサミノグリカン（ＧＡＧ）−糖タンパク質として天然に存在するＴＧＦβＲＩＩＩは、生物療法の開発にとって非常に複雑なタンパク質である。ＧＡＧを欠く可溶性のＴＧＦβＲＩＩＩは、昆虫細胞において産生することができ、強力なＴＧＦβ中和剤であることが示されている（Vilchis-Landeros et al., Biochem. J., (2001), 355:215）。ＴＧＦβＲＩＩＩの２つの別々の結合ドメイン（エンドグリン及びウロモジュリンに関係する）は、独立して発現させることができたが、それらは、可溶性のＴＧＦβＲＩＩＩよりも２０〜１００倍低い親和性及びはるかに小さい中和活性を有することが示された（Mendoza et al., Biochemistry 2009; 48:11755-65）。他方では、ＴＧＦβＲＩＩの細胞外ドメインは、長さがわずか１３６のアミノ酸残基であり、２５〜３５ｋＤのグリコシル化タンパク質として産生することができる。組換え可溶性ＴＧＦβＲＩＩは、２００ｐＭのＫＤでＴＧＦβ１に結合することがさらに示され、これは、細胞上の完全長ＴＧＦβＲＩＩに対する５０ｐＭのＫＤにかなり類似している（Lin et al., J. Biol. Chem.1995; 270:2747-54）。可溶性のＴＧＦβＲＩＩ−Ｆｃは、抗がん剤として試験され、腫瘍モデルにおいて確立されたマウス悪性中皮腫増殖を阻害することが示された（Suzuki et al., Clin.Cancer Res., 2004; 10:5907-18）。ＴＧＦβＲＩＩは、ＴＧＦβ２に結合せず、ＴＧＦβＲＩＩＩは、ＴＧＦβＲＩＩよりも低い親和性でＴＧＦβ１及び３に結合するため、ＴＧＦβＲＩＩＩのエンドグリンドメイン及びＴＧＦβＲＩＩの細胞外ドメインの融合タンパク質が細菌において産生され、細胞ベースのアッセイにおいて、ＴＧＦβＲＩＩ又はＲＩＩＩのいずれかよりも有効にＴＧＦβ１及び２のシグナル伝達を阻害することが示された（Verona et al., Protein Eng’g.Des.Sel.2008; 21:463-73）。
【０１１８】
[0130]  ＴＧＦβリガンドの３つのアイソフォームを全て中和するさらに別のアプローチは、全部を中和する抗ＴＧＦβ抗体又はＴＧＦβ１、２及び３への結合から受容体を遮断する抗受容体抗体についてスクリーニングすることである。ＴＧＦβの全てのアイソフォームに対して特異的なヒト抗体であるＧＣ１００８は、進行性悪性黒色腫又は腎細胞がんを有する患者においてフェーズＩ／ＩＩの研究中であった（Morris et al., J. Clin. Oncol. 2008; 26:9028 (Meeting abstract））。処置は、安全であり、十分に耐容性を示すことがわかったが、限られた臨床上の効能のみが観察され、したがって免疫学的効果のさらなる特徴付けなしで抗ＴＧＦβ療法の重要性を説明することは、困難であった（Flavell et al., Nat. Rev. Immunol. 2010; 10:554-67）。さらに、ＴＧＦβアイソフォーム特異的抗体が臨床において試験された。ＴＧＦβ１に対して特異的な抗体であるメテリムマブは、緑内障手術に対して過度の術後の瘢痕を予防する処置としてフェーズ２臨床試験において試験され、またＴＧＦβ２に対して特異的な抗体であるレルデリムマブは、フェーズ３研究において眼の手術後の瘢痕の改善について安全であるが、効果がないことがわかった（Khaw et al., Ophthalmology 2007; 114:1822-1830）。抗ヒトＴＧＦβＲＩＩ抗体ＴＲ１及び抗マウスＴＧＦβＲＩＩ抗体ＭＴ１など、３つ全てのＴＧＦβアイソフォームへの結合から受容体を遮断する抗ＴＧＦβＲＩＩ抗体もマウスモデルにおいて原発性腫瘍増殖及び転移に対するいくらかの治療上の効能を示した（Zhong et al., Clin. Cancer Res.2010; 16:1191-205）。しかしながら、抗体ＴＲ１（ＬＹ３０２２８５９）の最近のフェーズＩの研究において、２５ｍｇ（均一の用量）を超える用量漸増は、予防的な処置にもかかわらず、サイトカイン放出のコントロール不良により、安全でないと見なされた（Tolcher et al., Cancer Chemother. Pharmacol. 2017; 79:673-680）。現在まで、かなり毒性であることが多い、ＴＧＦβシグナル伝達の小分子阻害剤を含むＴＧＦβ標的抗がん処置に関する研究の大部分は、主に前臨床ステージにあり、得られた抗腫瘍効能は、限られている（Calone et al., Exp Oncol.2012; 34:9-16; Connolly et al., Int. J. Biol. Sci.2012; 8:964-78）。
【０１１９】
[0131]  本開示の抗体−ＴＧＦβトラップは、ＴＧＦβに結合することができるヒトＴＧＦβ受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）の少なくとも一部分を含有する二機能性タンパク質である。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、ＴＧＦβに結合することができるヒトＴＧＦβ受容体２型アイソフォームＡ（配列番号８）の可溶性の部分である。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号８の少なくともアミノ酸７３〜１８４を含有する。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号８のアミノ酸２４〜１８４を含有する。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、ＴＧＦβに結合することができるヒトＴＧＦβ受容体２型アイソフォームＢ（配列番号９）の可溶性の部分である。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号９の少なくともアミノ酸４８〜１５９を含有する。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸２４〜１５９を含有する。特定の実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸２４〜１０５を含有する。特定の例示的な実施形態において、ＴＧＦβトラップポリペプチドは、配列番号１０、５０、５１、５２、５３又は５４の配列を含有する。
【０１２０】
[0132]  別の実施形態において、本開示の抗体−ＴＧＦβトラップは、国際公開第２０１８／２０５９８５号に開示されている融合タンパク質の１つである。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、その構築物９又は１５など、この刊行物の表２に列挙された構築物の１つである。他の実施形態において、この刊行物の配列番号１１の重鎖配列及び配列番号１２の軽鎖配列を有する抗体［本開示のそれぞれ配列番号６１及び６２に対応する］は、連結配列（Ｇ４Ｓ）ｘＧ（ここで、ｘは、４〜５である）を介して前記刊行物の配列番号１４又は配列番号１５のＴＧＦβＲＩＩ細胞外ドメイン配列に融合されている［本開示のそれぞれ配列番号５０及び５１に対応する］。
【０１２１】
作用メカニズム
[0133]  治療抗体による脱阻害のためにＴ細胞阻害チェックポイントを標的にするアプローチは、精力的に調査されている領域である（概説については、Pardoll, Nat. Rev. Cancer 2012, 12:253-264を参照されたい）。あるアプローチでは、抗体成分又はその抗原結合断片は、例えば、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＢＴＬＡ、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３又はＬＡＩＲ１など、Ｔ細胞上のＴ細胞阻害チェックポイント受容体タンパク質を標的にする。別のアプローチでは、抗体成分は、例えば、ＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１）、Ｂ７−ＤＣ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ−４、Ｂ７−Ｈ３又はＢ７−Ｈ４など、抗原提示細胞及び腫瘍細胞（それら自体の免疫回避のためにこれらのカウンター受容体のいくつかを選択する）上のカウンター受容体を標的にする。
【０１２２】
[0134]  本開示は、抗体成分又はその抗原結合断片により、脱阻害のためにＴ細胞阻害チェックポイントを標的にする抗体ＴＧＦβトラップを企図する。その目的のために、出願人らは、ＴＧＦβトラップを、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＴＩＭ−３及び抗ＬＡＧ３などの様々なＴ細胞阻害チェックポイント受容体タンパク質を標的にする抗体と組み合わせることについて抗腫瘍効能を試験した。
【０１２３】
[0135]  プログラム死１（ＰＤ−１）／ＰＤ−Ｌ１軸は、腫瘍免疫回避にとって重要なメカニズムである。長期にわたって抗原を検知し続けているエフェクターＴ細胞は、ＰＤ−１発現によって特徴付けられる、疲弊した表現型を有するようになり、このような状況下において、腫瘍細胞は、ＰＤ−Ｌ１をアップレギュレートすることによって関与してくる。さらに、腫瘍微小環境では、骨髄系細胞、マクロファージ、実質細胞及びＴ細胞は、ＰＤ−Ｌ１をアップレギュレートする。軸の遮断は、これらのＴ細胞におけるエフェクター機能を回復させる。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、ＴＧＦβ（１、２及び３アイソフォーム）にも結合し、これは、アポトーシス性好中球、骨髄由来抑制細胞、Ｔ細胞及び腫瘍を含む細胞によって腫瘍微小環境において産生される阻害性サイトカインである。可溶性のＴＧＦβＲＩＩによるＴＧＦβの阻害は、ＣＤ８＋Ｔ細胞抗腫瘍効果の増加に関連する方法で悪性中皮腫を低下させた。活性化ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＴｒｅｇ細胞によって産生されるＴＧＦβ１の欠如は、腫瘍増殖を阻害し、自然発生がんからマウスを保護することが示された。したがって、ＴＧＦβは、腫瘍免疫回避にとって重要と思われる。
【０１２４】
[0136]  ＴＧＦβは、正常な上皮細胞に対して増殖阻害効果を有し、上皮細胞ホメオスタシスの調節因子として機能し、またＴＧＦβは、初期の発がん現象中に腫瘍抑制因子として作用する。腫瘍が悪性疾患の方へ進行すると、腫瘍に対するＴＧＦβの増殖阻害効果は、１つ以上のＴＧＦβ経路シグナル伝達構成成分における突然変異を介して又は腫瘍形成性の再プログラムによって失われる。ＴＧＦβ阻害に対する感受性の損失と同時に、腫瘍は、高レベルのＴＧＦβを産生し続け、次いで、これは、腫瘍増殖を促進する役割を果たす。ＴＧＦβサイトカインは、様々ながんのタイプで過剰発現され、腫瘍ステージと相関性がある。腫瘍細胞自体、未成熟骨髄系細胞、調節性Ｔ細胞及び間質性線維芽細胞を含む腫瘍微小環境における多くのタイプの細胞がＴＧＦβを産生し、これらの細胞は、細胞外マトリックス中にＴＧＦβの大きい貯蔵所を集団的に生成する。ＴＧＦβシグナル伝達は、転移を促進し、血管新生を刺激し、自然免疫及び適応抗腫瘍免疫を抑制することによって腫瘍進行に寄与する。広く免疫抑制性の因子として、ＴＧＦβは、活性化された細胞障害性Ｔ細胞及びＮＫ細胞のエフェクター機能を直接ダウンレギュレートし、ナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞の免疫抑制性調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）表現型への分化を強力に誘発する。さらに、ＴＧＦβは、マクロファージ及び好中球を、免疫抑制性のサイトカインの産生に関連する創傷治癒表現型に極性化する。治療上の戦略として、ＴＧＦβ活性の中和は、有効な抗腫瘍免疫を回復させ、転移を遮断し、血管新生を阻害することにより、腫瘍増殖を制御する可能性を有する。
【０１２５】
[0137]  本開示は、ＴＮＢＣと診断された対象を処置する方法における使用のための、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子による標的ＴＧＦ−β阻害のための投与レジメンを提供する。
【０１２６】
[0138]  同時に起こるＰＤ−１及びＴＧＦβの遮断は、炎症促進性のサイトカインを回復させることができる。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、例えば、完全ヒトＩｇＧ１抗ＰＤ−Ｌ１抗体のそれぞれの重鎖のＣ末端にグリシン／セリンリンカーを介して共有結合されたヒトＴＧＦβ受容体ＴＧＦβＲＩＩの細胞外ドメインを含む。奏功が明らかであるが、効果量を増加させる余地がある抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１クラスについての明らかになりつつある状況を考慮すれば、補足的な免疫調整ステップを共標的にすることは、腫瘍応答を改善するであろうことが仮定される。類似するＴＧＦ標的作用物質であるフレソリムマブは、ＴＧＦβ１、２及び３を標的にするモノクローナル抗体であり、黒色腫を有する対象におけるフェーズＩ治験において腫瘍応答の最初のエビデンスを示した。
【０１２７】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体
[0139]  本開示の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子は、当技術分野において記載される任意の抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片を含むことができる。抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば２９Ｅ２Ａ３抗体（Biolegend、カタログ番号３２９７０１）は、市販で入手可能である。抗体は、モノクローナル、キメラ、ヒト化又はヒト抗体であり得る。抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ及びＦｖ断片を含み、これらは、下記にさらに詳細に記載される。
【０１２８】
[0140]  例示的な抗体は、ＰＣＴ公開国際公開第２０１３／０７９１７４号に記載されている。これらの抗体は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖可変領域ポリペプチドを含むことができ、
（ａ）ＨＶＲ−Ｈ１配列は、Ｘ１ＹＸ２ＭＸ３（配列番号２１）であり、
（ｂ）ＨＶＲ−Ｈ２配列は、ＳＩＹＰＳＧＧＸ４ＴＦＹＡＤＸ５ＶＫＧ（配列番号２２）であり、
（ｃ）ＨＶＲ−Ｈ３配列は、ＩＫＬＧＴＶＴＴＶＸ６Ｙ（配列番号２３）であり、
さらに、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、Ｔ、Ｑ、Ｇ、Ａ、Ｗ、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｖ、Ｒ、Ｋ、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｈ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ａ、Ｖ、Ｙ、Ｗ、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｆ又はＩであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｅ又はＤである。
【０１２９】
[0141]  一実施形態において、Ｘ１は、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｒ、Ｋ、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｆ又はＩであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｅ又はＤである。
【０１３０】
[0142]  別の実施形態において、Ｘ１は、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｉであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｄである。
【０１３１】
[0143]  さらに別の実施形態においてＸ１は、Ｓであり、Ｘ２は、Ｉであり、Ｘ３は、Ｍであり、Ｘ４は、Ｉであり、Ｘ５は、Ｔであり、Ｘ６は、Ｄである。
【０１３２】
[0144]  別の態様において、ポリペプチドは、式：（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）によるＨＶＲ間に並べられた可変領域重鎖フレームワーク配列をさらに含む。
【０１３３】
[0145]  さらに別の態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列又はヒト生殖細胞系列フレームワーク配列に由来する。
【０１３４】
[0146]  さらなる態様において、フレームワーク配列の少なくとも１つは、以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１は、ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳ（配列番号２４）であり、
ＨＣ−ＦＲ２は、ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳ（配列番号２５）であり、
ＨＣ−ＦＲ３は、ＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号２６）であり、
ＨＣ−ＦＲ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２７）である。
【０１３５】
[0147]  さらなる態様において、重鎖ポリペプチドは、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む可変領域軽鎖とさらに組み合わされ、
（ａ）ＨＶＲ−Ｌ１配列は、ＴＧＴＸ７Ｘ８ＤＶＧＸ９ＹＮＹＶＳ（配列番号２８）であり、
（ｂ）ＨＶＲ−Ｌ２配列は、Ｘ１０ＶＸ１１Ｘ１２ＲＰＳ（配列番号２９）であり、
（ｃ）ＨＶＲ−Ｌ３配列は、ＳＳＸ１３ＴＸ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７ＲＶ（配列番号３０）であり、
さらに、Ｘ７は、Ｎ又はＳであり、Ｘ８は、Ｔ、Ｒ又はＳであり、Ｘ９は、Ａ又はＧであり、Ｘ１０は、Ｅ又はＤであり、Ｘ１１は、Ｉ、Ｎ又はＳであり、Ｘ１２は、Ｄ、Ｈ又はＮであり、Ｘ１３は、Ｆ又はＹであり、Ｘ１４は、Ｎ又はＳであり、Ｘ１５は、Ｒ、Ｔ又はＳであり、Ｘ１６は、Ｇ又はＳであり、Ｘ１７は、Ｉ又はＴである。
【０１３６】
[0148]  他の実施形態において、Ｘ７は、Ｎ又はＳであり、Ｘ８は、Ｔ、Ｒ又はＳであり、Ｘ９は、Ａ又はＧであり、Ｘ１０は、Ｅ又はＤであり、Ｘ１１は、Ｎ又はＳであり、Ｘ１２は、Ｎであり、Ｘ１３は、Ｆ又はＹであり、Ｘ１４は、Ｓであり、Ｘ１５は、Ｓであり、Ｘ１６は、Ｇ又はＳであり、Ｘ１７は、Ｔである。
【０１３７】
[0149]  さらに別の実施形態において、Ｘ７は、Ｓであり、Ｘ８は、Ｓであり、Ｘ９は、Ｇであり、Ｘ１０は、Ｄであり、Ｘ１１は、Ｓであり、Ｘ１２は、Ｎであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｓであり、Ｘ１５は、Ｓであり、Ｘ１６は、Ｓであり、Ｘ１７は、Ｔである。
【０１３８】
[0150]  さらなる態様において、軽鎖は、式：（ＬＣ−ＦＲ１ＭＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）によるＨＶＲ間に並べられた可変領域軽鎖フレームワーク配列をさらに含む。
【０１３９】
[0151]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列又はヒト生殖細胞系列フレームワーク配列に由来する。
【０１４０】
[0152]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ラムダ軽鎖配列である。
【０１４１】
[0153]  さらなる態様において、フレームワーク配列の少なくとも１つは、以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１は、ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣ（配列番号３１）であり、
ＬＣ−ＦＲ２は、ＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹ（配列番号３２）であり、
ＬＣ−ＦＲ３は、ＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣ（配列番号３３）であり、
ＬＣ−ＦＲ４は、ＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬ（配列番号３４）である。
【０１４２】
[0154]  別の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体又は抗原結合断片を提供し、
（ａ）重鎖は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、さらに（ｉ）ＨＶＲ−Ｈ１配列は、Ｘ１ＹＸ２ＭＸ３（配列番号２１）であり、（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｈ２配列は、ＳＩＹＰＳＧＧＸ４ＴＦＹＡＤＸ５ＶＫＧ（配列番号２２）であり、（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｈ３配列は、ＩＫＬＧＴＶＴＴＶＸ６Ｙ（配列番号２３）であり、
（ｂ）軽鎖は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、さらに（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｌ１配列は、ＴＧＴＸ７Ｘ８ＤＶＧＸ９ＹＮＹＶＳ（配列番号２８）であり、（ｖ）ＨＶＲ−Ｌ２配列は、Ｘ１０ＶＸ１１Ｘ１２ＲＰＳ（配列番号２９）であり、（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｌ３配列は、ＳＳＸ１３ＴＸ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７ＲＶ（配列番号３０）であり、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、Ｔ、Ｑ、Ｇ、Ａ、Ｗ、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｖ、Ｒ、Ｋ、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｈ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ａ、Ｖ、Ｙ、Ｗ、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｆ又はＩであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｅ又はＤであり、Ｘ７は、Ｎ又はＳであり、Ｘ８は、Ｔ、Ｒ又はＳであり、Ｘ９は、Ａ又はＧであり、Ｘ１０は、Ｅ又はＤであり、Ｘ１１は、Ｉ、Ｎ又はＳであり、Ｘ１２は、Ｄ、Ｈ又はＮであり、Ｘ１３は、Ｆ又はＹであり、Ｘ１４は、Ｎ又はＳであり、Ｘ１５は、Ｒ、Ｔ又はＳであり、Ｘ１６は、Ｇ又はＳであり、Ｘ１７は、Ｉ又はＴである。
【０１４３】
[0155]  一実施形態において、Ｘ１は、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｒ、Ｋ、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｆ又はＩであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｅ又はＤであり、Ｘ７は、Ｎ又はＳであり、Ｘ８は、Ｔ、Ｒ又はＳであり、Ｘ９は、Ａ又はＧであり、Ｘ１０は、Ｅ又はＤであり、Ｘ１１は、Ｎ又はＳであり、Ｘ１２は、Ｎであり、Ｘ１３は、Ｆ又はＹであり、Ｘ１４は、Ｓであり、Ｘ１５は、Ｓであり、Ｘ１６は、Ｇ又はＳであり、Ｘ１７は、Ｔである。
【０１４４】
[0156]  他の実施形態において、Ｘ１は、Ｍ、Ｉ又はＳであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｍ又はＩであり、Ｘ３は、Ｆ又はＭであり、Ｘ４は、Ｉであり、Ｘ５は、Ｓ又はＴであり、Ｘ６は、Ｄであり、Ｘ７は、Ｎ又はＳであり、Ｘ８は、Ｔ、Ｒ又はＳであり、Ｘ９は、Ａ又はＧであり、Ｘ１０は、Ｅ又はＤであり、Ｘ１１は、Ｎ又はＳであり、Ｘ１２は、Ｎであり、Ｘ１３は、Ｆ又はＹであり、Ｘ１４は、Ｓであり、Ｘ１５は、Ｓであり、Ｘ１６は、Ｇ又はＳであり、Ｘ１７は、Ｔである。
【０１４５】
[0157]  さらに別の実施形態において、Ｘ１は、Ｓであり、Ｘ２は、Ｉであり、Ｘ３は、Ｍであり、Ｘ４は、Ｉであり、Ｘ５は、Ｔであり、Ｘ６は、Ｄであり、Ｘ７は、Ｓであり、Ｘ８は、Ｓであり、Ｘ９は、Ｇであり、Ｘ１０は、Ｄであり、Ｘ１１は、Ｓであり、Ｘ１２は、Ｎであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｓであり、Ｘ１５は、Ｓであり、Ｘ１６は、Ｓであり、Ｘ１７は、Ｔである。
【０１４６】
[0158]  さらなる態様において、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並べられた１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１ＭＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並べられた１つ以上のフレームワーク配列を含む。
【０１４７】
[0159]  さらなる態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列又はヒト生殖細胞系列配列に由来する。
【０１４８】
[0160]  さらなる態様において、重鎖フレームワーク配列の１つ以上は、以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１は、ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳ（配列番号２４）であり、
ＨＣ−ＦＲ２は、ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳ（配列番号２５）であり、
ＨＣ−ＦＲ３は、ＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号２６）であり、
ＨＣ−ＦＲ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２７）である。
【０１４９】
[0161]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ラムダ軽鎖配列である。
【０１５０】
[0162]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列の１つ以上は、以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１は、ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣ（配列番号３１）であり、
ＬＣ−ＦＲ２は、ＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹ（配列番号３２）であり、
ＬＣ−ＦＲ３は、ＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣ（配列番号３３）であり、
ＬＣ−ＦＲ４は、ＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬ（配列番号３４）である。
【０１５１】
[0163]  さらなる態様において、重鎖可変領域ポリペプチド、抗体又は抗体断片は、少なくとも１つのＣＨ１ドメインをさらに含む。
【０１５２】
[0164]  より特定の態様において、重鎖可変領域ポリペプチド、抗体又は抗体断片は、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインをさらに含む。
【０１５３】
[0165]  さらなる態様において、可変領域軽鎖、抗体又は抗体断片は、ＣＬドメインをさらに含む。
【０１５４】
[0166]  さらなる態様において、抗体は、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３及びＣＬドメインをさらに含む。
【０１５５】
[0167]  さらに特定の態様において、抗体は、ヒト又はマウス定常領域をさらに含む。
【０１５６】
[0168]  さらなる態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。
【０１５７】
[0169]  さらに特定の態様において、ヒト又はマウス定常領域は、ｌｇＧ１である。
【０１５８】
[0170]  さらに別の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体を特徴付け、
（ａ）重鎖は、それぞれＳＹＩＭＭ（配列番号３５）、ＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧ（配列番号３６）及びＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹ（配列番号３７）に対して少なくとも８０％の全体的な配列同一性を有するＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、
（ｂ）軽鎖は、それぞれＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳ（配列番号３８）、ＤＶＳＮＲＰＳ（配列番号３９）及びＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶ（配列番号４０）に対して少なくとも８０％の全体的な配列同一性を有するＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【０１５９】
[0171]  特定の態様において、配列同一性は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。
【０１６０】
[0172]  さらに別の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体を特徴付け、
（ａ）重鎖は、それぞれＭＹＭＭＭ（配列番号４１）、ＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号４２）及びＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹ（配列番号３７）に対して少なくとも８０％の全体的な配列同一性を有するＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、
（ｂ）軽鎖は、それぞれＴＧＴＳＳＤＶＧＡＹＮＹＶＳ（配列番号４３）、ＤＶＳＮＲＰＳ（配列番号３９）及びＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶ（配列番号４０）に対して少なくとも８０％の全体的な配列同一性を有するＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【０１６１】
[0173]  特定の態様において、配列同一性は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。
【０１６２】
[0174]  さらなる態様において、本開示による抗体又は抗体断片において、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３の配列と比較して、少なくとも以下の通り下線を引くことによって強調されるアミノ酸は、不変のままであり：
（ａ）ＨＶＲ−Ｈ１
【化１】
2021534195.tif 000003
、
（ｂ）ＨＶＲ−Ｈ２
【化２】
2021534195.tif 000004
、
（ｃ）ＨＶＲ−Ｈ３
【化３】
2021534195.tif 000005
；
さらに、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３の配列と比較して、少なくとも以下の通り下線を引くことによって強調されるアミノ酸は、不変のままである。
（ａ）ＨＶＲ−Ｌ１  ＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳ（配列番号３８）
（ｂ）ＨＶＲ−Ｌ２
【化４】
2021534195.tif 000006
（ｃ）ＨＶＲ−Ｌ３
【化５】
2021534195.tif 000007
【０１６３】
[0175]  別の態様において、重鎖可変領域は、（ＨＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＨＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＨＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＨＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並べられた１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＬＣ−ＦＲ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＬＣ−ＦＲ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＬＣ−ＦＲ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＬＣ−ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並べられた１つ以上のフレームワーク配列を含む。
【０１６４】
[0176]  さらに別の態様において、フレームワーク配列は、ヒト生殖細胞系列配列に由来する。
【０１６５】
[0177]  さらなる態様において、重鎖フレームワーク配列の１つ以上は、以下の通りである：
ＨＣ−ＦＲ１は、ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳ（配列番号２４）であり、
ＨＣ−ＦＲ２は、ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳ（配列番号２５）であり、
ＨＣ−ＦＲ３は、ＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号２６）であり、
ＨＣ−ＦＲ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２７）である。
【０１６６】
[0178]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ラムダ軽鎖配列に由来する。
【０１６７】
[0179]  さらなる態様において、軽鎖フレームワーク配列の１つ以上は、以下の通りである：
ＬＣ−ＦＲ１は、ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣ（配列番号３１）であり、
ＬＣ−ＦＲ２は、ＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹ（配列番号３２）であり、
ＬＣ−ＦＲ３は、ＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣ（配列番号３３）であり、
ＬＣ−ＦＲ４は、ＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬ（配列番号３４）である。
【０１６８】
[0180]  さらに特定の態様において、抗体は、ヒト又はマウス定常領域をさらに含む。
【０１６９】
[0181]  さらなる態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。
【０１７０】
[0182]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化６】
2021534195.tif 000008
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化７】
2021534195.tif 000009
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１７１】
[0183]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４４に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４５に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号４４を含み、軽鎖配列は、配列番号４５を含む。
【０１７２】
[0184]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体を提供し、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化８】
2021534195.tif 000010
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化９】
2021534195.tif 000011
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１７３】
[0185]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号４６に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号４７に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号４６を含み、軽鎖配列は、配列番号４７を含む。
【０１７４】
[0186]  別の実施形態において、抗体は、ヒト、マウス又はカニクイザルＰＤ−Ｌ１に結合する。特定の態様において、抗体は、ヒト、マウス又はカニクイザルＰＤ−Ｌ１及びそれぞれのヒト、マウス又はカニクイザルＰＤ−１受容体間の相互作用を遮断することができる。
【０１７５】
[0187]  別の実施形態において、抗体は、５×１０−９Ｍ以下のＫＤ、好ましくは２×１０−９Ｍ以下のＫＤ、さらにより好ましくは１×１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＰＤ−Ｌ１に結合する。
【０１７６】
[0188]  さらに別の実施形態において、本開示は、ヒトＰＤ−Ｌ１の残基Ｙ５６及びＤ６１を含む機能的なエピトープに結合する抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片に関する。
【０１７７】
[0189]  特定の態様において、機能的なエピトープは、ヒトＰＤ−Ｌ１のＥ５８、Ｅ６０、Ｑ６６、Ｒ１１３及びＭ１１５をさらに含む。
【０１７８】
[0190]  より特定の態様において、抗体は、ヒトＰＤ−Ｌ１の残基５４〜６６及び１１２〜１２２を含む立体エピトープに結合する。
【０１７９】
[0191]  特定の実施形態において、本開示は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合断片に関し、これは、本明細書において記載される本開示による抗体と、ＰＤ−Ｌ１への結合について交差競合する。
【０１８０】
[0192]  特定の実施形態において、本開示は、少なくとも１つの薬学的に許容され得る担体と組み合わせて、上記に記載される抗ＰＤ−Ｌ１抗体のいずれかを含むタンパク質及びポリペプチドを特徴付ける。
【０１８１】
[0193]  特定の実施形態において、本開示は、本明細書において記載されるように、ポリペプチド又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖若しくは重鎖可変領域配列又はその抗原結合断片をコードする単離核酸を特徴付ける。特定の実施形態において、本開示は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖又は重鎖可変領域配列をコードする単離核酸であって、
（ａ）重鎖は、それぞれＳＹＩＭＭ（配列番号３５）、ＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧ（配列番号３６）及びＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹ（配列番号３７）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３配列を含むか、又は
（ｂ）軽鎖は、それぞれＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳ（配列番号３８）、ＤＶＳＮＲＰＳ（配列番号３９）及びＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶ（配列番号４０）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有するＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３配列を含む、単離核酸を提供する。
【０１８２】
[0194]  特定の態様において、配列同一性は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。
【０１８３】
[0195]  さらなる態様において、重鎖の核酸配列は、
【化１０】
2021534195.tif 000012
であり、軽鎖の核酸配列は、
【化１１】
2021534195.tif 000013
である。
【０１８４】
[0196]  抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップにおいて使用することができるさらなる例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、米国特許出願公開第２０１０／０２０３０５６号に記載されている。本開示の一実施形態において、抗体成分は、ＹＷ２４３．５５Ｓ７０である。本開示の別の実施形態において、抗体成分は、ＭＰＤＬ３２８９Ａである。
【０１８５】
[0197]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化１２】
2021534195.tif 000014
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化１３】
2021534195.tif 000015
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１８６】
[0198]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１２に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号１２を含み、軽鎖配列は、配列番号１３を含む。
【０１８７】
[0199]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化１４】
2021534195.tif 000016
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化１５】
2021534195.tif 000017
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１８８】
[0200]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号１４に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号１３に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号１４を含み、軽鎖配列は、配列番号１３を含む。
【０１８９】
[0201]  抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップにおいて使用することができるさらなる例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、米国特許出願公開第２０１８／０３３４５０４号に記載されている。
【０１９０】
[0202]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化１６】
2021534195.tif 000018
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化１７】
2021534195.tif 000019
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１９１】
[0204]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５５に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５６に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号５５を含み、軽鎖配列は、配列番号５６を含む。
【０１９２】
[0205]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化１８】
2021534195.tif 000020
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化１９】
2021534195.tif 000021
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１９３】
[0207]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５７に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号５８に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号５７を含み、軽鎖配列は、配列番号５８を含む。
【０１９４】
[0208]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化２０】
2021534195.tif 000022
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化２１】
2021534195.tif 000023
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１９５】
[0210]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号５９に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６０に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号５９を含み、軽鎖配列は、配列番号６０を含む。
【０１９６】
[0211]  特定の実施形態において、本開示は、重鎖及び軽鎖配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体成分を特徴付け、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
【化２２】
2021534195.tif 000024
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
【化２３】
2021534195.tif 000025
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１９７】
[0213]  様々な実施形態において、重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも８６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも８６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも８７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも８７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも８８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも８８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも８９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも８９％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９１％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９１％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９２％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９２％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９３％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９３％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９４％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９４％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９５％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９６％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９６％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９７％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９７％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９８％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９８％の配列同一性を有するか；重鎖配列は、配列番号６１に対して少なくとも９９％の配列同一性を有し、軽鎖配列は、配列番号６２に対して少なくとも９９％の配列同一性を有するか；又は重鎖配列は、配列番号６１を含み、軽鎖配列は、配列番号６２を含む。
【０１９８】
[0214]  抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップにおいて使用することができるさらなる例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、米国特許第７，９４３，７４３号に記載されている。
【０１９９】
[0215]  本開示の一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＤＸ−１１０５である。
【０２００】
[0216]  特定の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＥＤＩ−４７３６である。
【０２０１】
定常領域
[0217]  本開示のタンパク質及びペプチドは、免疫グロブリンの定常領域又は定常領域の断片、アナログ、変異体、突然変異体若しくは誘導体を含むことができる。特定の実施形態において、定常領域は、ヒト免疫グロブリン重鎖、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４又は他のクラスに由来する。特定の実施形態において、定常領域は、ＣＨ２ドメインを含む。特定の実施形態において、定常領域は、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含む又はヒンジ−ＣＨ２−ＣＨ３を含む。代わりに、定常領域は、ヒンジ領域、ＣＨ２ドメイン及び／又はＣＨ３ドメインの全て又は一部分を含むことができる。
【０２０２】
[0218]  一実施形態において、定常領域は、Ｆｃ受容体に対する親和性を低下させるか又はＦｃエフェクター機能を低下させる突然変異を含有する。例えば、定常領域は、ＩｇＧ重鎖の定常領域内のグリコシル化部位を省く突然変異を含有することができる。いくつかの実施形態において、定常領域は、ＩｇＧ１のＬｅｕ２３４、Ｌｅｕ２３５、Ｇｌｙ２３６、Ｇｌｙ２３７、Ａｓｎ２９７又はＰｒｏ３３１に対応するアミノ酸の位置に突然変異、欠失又は挿入を含有する（アミノ酸は、ＥＵ命名法に従って番号付けされる）。特定の実施形態において、定常領域は、ＩｇＧ１のＡｓｎ２９７に対応するアミノ酸の位置に突然変異を含有する。代替の実施形態において、定常領域は、ＩｇＧ１のＬｅｕ２８１、Ｌｅｕ２８２、Ｇｌｙ２８３、Ｇｌｙ２８４、Ａｓｎ３４４又はＰｒｏ３７８に対応するアミノ酸の位置に突然変異、欠失又は挿入を含有する。
【０２０３】
[0219]  いくつかの実施形態において、定常領域は、ヒトＩｇＧ２又はＩｇＧ４重鎖に由来するＣＨ２ドメインを含有する。好ましくは、ＣＨ２ドメインは、ＣＨ２ドメイン内のグリコシル化部位を省く突然変異を含有する。一実施形態において、突然変異は、ＩｇＧ２又はＩｇＧ４重鎖のＣＨ２ドメイン内のＧｌｎ−Ｐｈｅ−Ａｓｎ−Ｓｅｒ（配列番号１５）アミノ酸配列内のアスパラギンを改変する。好ましくは、突然変異は、アスパラギンをグルタミンに変化させる。代わりに、突然変異は、Ｇｌｎ−Ｐｈｅ−Ａｓｎ−Ｓｅｒ（配列番号１５）アミノ酸配列内のフェニルアラニン及びアスパラギンの両方を改変する。一実施形態において、Ｇｌｎ−Ｐｈｅ−Ａｓｎ−Ｓｅｒ（配列番号１５）アミノ酸配列は、Ｇｌｎ−Ａｌａ−Ｇｌｎ−Ｓｅｒ（配列番号１６）アミノ酸配列と交換される。Ｇｌｎ−Ｐｈｅ−Ａｓｎ−Ｓｅｒ（配列番号１５）アミノ酸配列内のアスパラギンは、ＩｇＧ１のＡｓｎ２９７に対応する。
【０２０４】
[0220]  別の実施形態において、定常領域は、ＣＨ２ドメイン及びヒンジ領域の少なくとも一部分を含む。ヒンジ領域は、免疫グロブリン重鎖、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４又は他のクラスに由来することができる。好ましくは、ヒンジ領域は、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４又は他の適したクラスに由来する。より好ましくは、ヒンジ領域は、ヒトＩｇＧ１重鎖に由来する。一実施形態において、ＩｇＧ１ヒンジ領域のＰｒｏ−Ｌｙｓ−Ｓｅｒ−Ｃｙｓ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ（配列番号１７）アミノ酸配列におけるシステインは、改変される。特定の実施形態において、Ｐｒｏ−Ｌｙｓ−Ｓｅｒ−Ｃｙｓ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ（配列番号１７）アミノ酸配列は、Ｐｒｏ−Ｌｙｓ−Ｓｅｒ−Ｓｅｒ−Ａｓｐ−Ｌｙｓ（配列番号１８）アミノ酸配列と交換される。特定の実施形態において、定常領域は、第１の抗体アイソタイプに由来するＣＨ２ドメイン及び第２の抗体アイソタイプに由来するヒンジ領域を含む。特定の実施形態において、ＣＨ２ドメインは、ヒトＩｇＧ２又はＩｇＧ４重鎖に由来し、ヒンジ領域は、改変ヒトＩｇＧ１重鎖に由来する。
【０２０５】
[0221]  Ｆｃ部分及び非Ｆｃ部分の接合部の近くのアミノ酸の改変は、Ｆｃ融合タンパク質の血清半減期を劇的に増加させることができる（ＰＣＴ公開国際公開第０１５８９５７号、この開示は、参照により本明細書に組み込まれる）。したがって、本開示のタンパク質又はポリペプチドの接合部領域は、免疫グロブリン重鎖及びエリスロポイエチンの天然に存在する配列に比べて、好ましくは接合点の約１０アミノ酸内にある改変を含有することができる。これらのアミノ酸変化は、疎水性の増加を引き起こすことができる。一実施形態において、定常領域は、Ｃ−末端リシン残基が交換されたＩｇＧ配列に由来する。好ましくは、ＩｇＧ配列のＣ−末端リシンは、血清半減期をさらに増加させるために、アラニン又はロイシンなどの非リシンアミノ酸と交換される。別の実施形態において、定常領域は、定常領域のＣ−末端の近くのＬｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ（配列番号１９）アミノ酸配列が、可能性として考えられる接合部Ｔ細胞エピトープを省くために改変されたＩｇＧ配列に由来する。例えば、一実施形態において、Ｌｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ（配列番号１９）アミノ酸配列は、Ａｌａ−Ｔｈｒ−Ａｌａ−Ｔｈｒ（配列番号２０）アミノ酸配列と交換される。他の実施形態において、Ｌｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ（配列番号１９）セグメント内のアミノ酸は、グリシン又はプロリンなどの他のアミノ酸と交換される。ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４又は他の免疫グロブリンクラス分子のＣ−末端の近くのＬｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ（配列番号１９）セグメントのアミノ酸置換を生成する詳細な方法は、米国特許出願公開第２００３０１６６８７７号に記載されており、この開示は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０６】
[0222]  本開示に適したヒンジ領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４及び他の免疫グロブリンクラスに由来することができる。ＩｇＧ１ヒンジ領域は、３つのシステインを有し、このうちの２つは、免疫グロブリンの２つの重鎖間のジスルフィド結合に関係する。これらの同じシステインは、Ｆｃ部分間で効率的で確実なジスルフィド結合形成を可能にする。そのため、本開示のヒンジ領域は、ＩｇＧ１、例えばヒトＩｇＧ１に由来する。いくつかの実施形態において、ヒトＩｇＧ１ヒンジ領域内の第１のシステインは、別のアミノ酸、好ましくはセリンに突然変異される。ＩｇＧ２アイソタイプヒンジ領域は、組換え系における分泌中にオリゴマー化及び場合により不正確なジスルフィド結合を促進する傾向がある４つのジスルフィド結合を有する。適したヒンジ領域は、ＩｇＧ２ヒンジに由来することができ、最初の２つのシステインは、好ましくは、それぞれ別のアミノ酸に突然変異される。ＩｇＧ４のヒンジ領域は、鎖間ジスルフィド結合を非効率的に形成することが知られている。しかしながら、本開示に適したヒンジ領域は、重鎖由来成分間のジスルフィド結合の正確な形成を高める突然変異を好ましくは含有するＩｇＧ４ヒンジ領域に由来することができる（Angal S., et al.(1993) Mol.Immunol., 30:105-8）。
【０２０７】
[0223]  本開示に従い、定常領域は、異なる抗体アイソタイプに由来するＣＨ２及び／又はＣＨ３ドメイン並びにヒンジ領域を含有することができ、例えばハイブリッド定常領域であり得る。例えば、一実施形態において、定常領域は、ＩｇＧ２又はＩｇＧ４に由来するＣＨ２及び／又はＣＨ３ドメイン並びにＩｇＧ１に由来する突然変異ヒンジ領域を含有する。代わりに、別のＩｇＧサブクラスからの突然変異ヒンジ領域がハイブリッド定常領域において使用される。例えば、２つの重鎖間で効率的なジスルフィド結合を可能にするＩｇＧ４ヒンジの突然変異形態を使用することができる。突然変異ヒンジは、最初の２つのシステインが別のアミノ酸にそれぞれ突然変異されるＩｇＧ２ヒンジに由来することもできる。そのようなハイブリッド定常領域のアセンブリーは、米国特許出願公開第２００３００４４４２３号に記載されており、この開示は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０８】
[0224]  本開示に従い、定常領域は、本明細書において記載される１つ以上の突然変異を含有することができる。Ｆｃ部分における突然変異の組み合わせは、二機能性分子の血清半減期の延長及びインビボにおける効力の増加に対して相加的又は相乗的効果を有することができる。したがって、例示的な一実施形態において、定常領域は、（ｉ）Ｌｅｕ−Ｓｅｒ−Ｌｅｕ−Ｓｅｒ（配列番号１９）アミノ酸配列が、Ａｌａ−Ｔｈｒ−Ａｌａ−Ｔｈｒ（配列番号２０）アミノ酸配列と交換されるＩｇＧ配列に由来する領域；（ｉｉ）リシンの代わりとなるＣ−末端アラニン残基；（ｉｉｉ）異なる抗体アイソタイプに由来するＣＨ２ドメイン及びヒンジ領域、例えばＩｇＧ２  ＣＨ２ドメイン及び改変ＩｇＧ１ヒンジ領域；並びに（ｉｖ）ＩｇＧ２由来ＣＨ２ドメイン内のグリコシル化部位を省く突然変異、例えばＩｇＧ２由来ＣＨ２ドメイン内のＧｌｎ−Ｐｈｅ−Ａｓｎ−Ｓｅｒ（配列番号１５）アミノ酸配列の代わりとなるＧｌｎ−Ａｌａ−Ｇｌｎ−Ｓｅｒ（配列番号１６）アミノ酸配列を含有することができる。
【０２０９】
抗体断片
[0225]  本開示のタンパク質及びポリペプチドは、抗体の抗原結合性断片を含むこともできる。例示的な抗体断片は、ラクダ科の動物起源のものなどのｓｃＦｖ、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２及び単一ドメインＶＨＨ断片を含む。
【０２１０】
[0226]  単鎖抗体（ｓｃＦｖ）としても知られている単鎖抗体断片は、典型的に抗原又は受容体に結合する組換えポリペプチドであり、これらの断片は、１つ以上の相互連結リンカーあり又はなしで抗体可変軽鎖配列（ＶＬ）の少なくとも１つの断片につながれた抗体可変重鎖アミノ酸配列（ＶＨ）の少なくとも１つの断片を含有する。そのようなリンカーは、単鎖抗体断片が由来する抗体全体の標的分子結合特異性を維持するために、ＶＬドメイン及びＶＨドメインが連結すると、ＶＬドメイン及びＶＨドメインの適切な三次元フォールディングが生じることを確実にするように選択された短く可動性のペプチドであり得る。一般に、ＶＬ又はＶＨ配列のカルボキシル末端は、そのようなペプチドリンカーによって相補的なＶＬ及びＶＨ配列のアミノ酸末端に共有結合で連結される。単鎖抗体断片は、分子クローニング、抗体ファージディスプレーライブラリー又は同様の技術によって生成することができる。これらのタンパク質は、真核細胞又は細菌を含む原核細胞のいずれかにおいて産生することができる。
【０２１１】
[0227]  単鎖抗体断片は、本明細書に記載される抗体全体の可変領域又はＣＤＲの少なくとも１つを有するアミノ酸配列を含有するが、それらの抗体の定常ドメインのいくつか又は全てを欠いている。これらの定常ドメインは、抗原結合に必要ではないが、抗体全体の構造の大部分を構成する。そのため、単鎖抗体断片は、定常ドメインの一部又は全てを含有する抗体の使用に関連する問題のいくつかを改善し得る。例えば、単鎖抗体断片は、生体分子及び重鎖定常領域間の望まれない相互作用又は他の不要な生物学的活性がない傾向がある。さらに、単鎖抗体断片は、抗体全体よりもかなり小さく、そのため、抗体全体よりも高い毛細血管透過性を有し、単鎖抗体断片がより効率的に局在化し、標的抗原結合性部位に結合することを可能にし得る。さらに、抗体断片は、原核細胞において比較的大規模に産生され、したがってそれらの産生を容易にすることができる。さらに、比較的小さいサイズの単鎖抗体断片は、抗体全体よりもレシピエントにおいて免疫応答を引き起こす可能性を低くする。
【０２１２】
[0228]  抗体全体の特徴と同じ又は同等の結合性の特徴を有する抗体の断片も存在し得る。そのような断片は、一方若しくは両方のＦａｂ断片又はＦ（ａｂ’）２断片を含有し得る。抗体断片は、抗体全体の６つのＣＤＲを全て含有し得るが、３、４又は５つのＣＤＲなどのように全てよりも少数のそのような領域を含有する断片も機能的である。
【０２１３】
医薬組成物
[0229]  本開示は、治療有効量の本明細書において記載されるタンパク質を含有する医薬組成物も特徴付ける。組成物は、様々な薬剤送達系における使用のために製剤することができる。１つ以上の生理学的に許容され得る賦形剤又は担体も適切な製剤のために組成物に含めることができる。本開示における使用に適した製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Philadelphia, Pa., 17th ed., 1985に見出すことができる。薬剤送達のための方法の簡単な概説については、例えば、Langer (Science 249:1527-1533, 1990）を参照されたい。
【０２１４】
[0230]  一態様において、本開示は、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドを含む、５００ｍｇ〜２４００ｍｇのタンパク質を含む、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための静脈注射用薬剤送達製剤であって、第１のポリペプチドは、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含み、第２のポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含み、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、静脈注射用薬剤送達製剤を提供する。
【０２１５】
[0231]  特定の実施形態において、本開示のタンパク質産物は、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む。特定の実施形態において、本開示のタンパク質産物は、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む。
【０２１６】
[0232]  本開示の特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための静脈注射用薬剤送達製剤は、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ用量（例えば、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜２４００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜２４００ｍｇ又は約２３００ｍｇ〜２４００ｍｇ）の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約２１００〜約２０００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約２１００ｍｇの用量の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有する本開示のタンパク質産物を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、２１００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約１２００ｍｇの用量の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有する本開示のタンパク質産物を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、１２００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約１８００ｍｇの用量の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有する本開示のタンパク質産物を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、１８００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。
【０２１７】
[0233]  特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約２４００ｍｇの用量の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有する本開示のタンパク質産物を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、約２４００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、２４００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。
【０２１８】
[0234]  特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、１８００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、２１００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。特定の実施形態において、静脈注射用薬剤送達製剤は、２４００ｍｇの用量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））を含み得る。
【０２１９】
[0235]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための静脈注射用薬剤送達製剤は、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ、約２５００ｍｇ、約２６００ｍｇ、約２７００ｍｇ、約２８００ｍｇ、約２９００ｍｇ又は約３０００ｍｇ）の本開示のタンパク質産物（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ）を含み得る。特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための静脈注射用薬剤送達製剤は、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２４００ｍｇ〜約３０００ｍ��、約２５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ、約２５００ｍｇ、約２６００ｍｇ、約２７００ｍｇ、約２８００ｍｇ、約２９００ｍｇ又は約３０００ｍｇ）の、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物を含み得る。
【０２２０】
[0236]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための静脈注射用薬剤送達製剤は、約１２００ｍｇ、約１２２５ｍｇ、約１２５０ｍｇ、約１２７５ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１３２５ｍｇ、約１３５０ｍｇ、約１３７５ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１４２５ｍｇ、約１４５０ｍｇ、約１４７５ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１５２５ｍｇ、約１５５０ｍｇ、約１５７５ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１６２５ｍｇ、約１６５０ｍｇ、約１６７５ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１７２５ｍｇ、約１７５０ｍｇ、約１７７５ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１８２５ｍｇ、約１８５０ｍｇ、約１８７５ｍｇ、約１９００ｍｇ、約１９２５ｍｇ、約１９５０ｍｇ、約１９７５ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２０２５ｍｇ、約２０５０ｍｇ、約２０７５ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２１２５ｍｇ、約２１５０ｍｇ、約２１７５ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２２２５ｍｇ、約２２５０ｍｇ、約２２７５ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２３２５ｍｇ、約２３５０ｍｇ、約２３７５ｍｇ又は約２４００ｍｇの本開示のタンパク質（例えば、配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ）を含み得る。
【０２２１】
[0237]  ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための本開示の静脈注射用薬剤送達製剤は、バッグ、ペン又は注射器中に含有され得る。特定の実施形態において、バッグは、チューブ及び／又は針を含む導管に接続され得る。特定の実施形態において、製剤は、凍結乾燥製剤又は液体製剤であり得る。特定の実施形態において、製剤は、冷凍乾燥（凍結乾燥）され得、約１２〜６０本のバイアル中に含有され得る。特定の実施形態において、製剤は、冷凍乾燥され得、約４５ｍｇの冷凍乾燥製剤は、１本のバイアル中に含有され得る。特定の実施形態において、約４０ｍｇ〜約１００ｍｇの冷凍乾燥製剤は、１本のバイアル中に含有され得る。特定の実施形態において、１２、２７又は４５本のバイアルからの冷凍乾燥された製剤は、静脈注射用薬剤製剤における治療用量のタンパク質を得るために組み合わされる。特定の実施形態において、製剤は、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物の液体製剤であり得、約２５０ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル（例えば、約２５０ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１９００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１８００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１７００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１６００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１５００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１４００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１３００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１２００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１１００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約１０００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約９００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約８００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約７００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約６００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約５００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約４００ｍｇ／バイアル、約２５０ｍｇ／バイアル〜約３００ｍｇ／バイアル、約３００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約４００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約５００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約６００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約７００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約８００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約９００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１０００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１１００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１２００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１３００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１４００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１５００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１６００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約���７００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル、約１８００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル又は約１９００ｍｇ／バイアル〜約２０００ｍｇ／バイアル）として保存され得る。特定の実施形態において、製剤は、液体製剤であり得、約６００ｍｇ／バイアルとして保存され得る。特定の実施形態において、製剤は、液体製剤であり得、約１２００ｍｇ／バイアルとして保存され得る。特定の実施形態において、製剤は、液体製剤であり得、約１８００ｍｇ／バイアルとして保存され得る。特定の実施形態において、製剤は、液体製剤であり得、約２４００ｍｇ／バイアルとして保存され得る。特定の実施形態において、製剤は、液体製剤であり得、約２５０ｍｇ／バイアルとして保存され得る。
【０２２２】
[0238]  本開示は、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための製剤を形成する緩衝液中において、治療有効量の本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ）を含む液体水性医薬製剤を提供する。
【０２２３】
[0239]  ＴＮＢＣを処置する方法における使用のためのこれらの組成物は、従来の滅菌技術によって滅菌又は滅菌ろ過され得る。結果として生じる水溶液は、そのまま使用するためにパッケージされるか又は凍結乾燥され得、凍結乾燥された調製物は、投与前に滅菌水性担体と組み合わされる。調製物のｐＨは、典型的に、３〜１１、より好ましくは５〜９又は６〜８、最も好ましくは７〜７．５などのように７〜８であろう。固体形態をした結果として生じる組成物は、複数の単回投与単位でパッケージされ得、それぞれが固定量の前述の薬剤を含有する。固体形態をした組成物は、柔軟な数量のためにコンテナーにパッケージすることもできる。
【０２２４】
[0240]  特定の実施形態において、本開示は、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のために、本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ）、例えば配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））をマンニトール、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物、リン酸二水素ナトリウム二水和物、塩化ナトリウム、ポリソルベート８０、水及び水酸化ナトリウムと組み合わせて含む、長期間にわたる有効期間を有する製剤を提供する。
【０２２５】
[0241]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための水性製剤は、ｐＨ緩衝液中、本開示のタンパク質（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物を含む）を含んで調製される。本発明の緩衝剤は、約４〜約８、例えば約４〜約８、約４．５〜約８、約５〜約８、約５．５〜約８、約６〜約８、約６．５〜約８、約７〜約８、約７．５〜約８、約４〜約７．５、約４．５〜約７．５、約５〜約７．５、約５．５〜約７．５、約６〜約７．５、約６．５〜約７．５、約４〜約７、約４．５〜約７、約５〜約７、約５．５〜約７、約６〜約７、約４〜約６．５、約４．５〜約６．５、約５〜約６．５、約５．５〜約６．５、約４〜約６．０、約４．５〜約６．０、約５〜約６若しくは約４．８〜約５．５の範囲にわたるｐＨを有し得るか又は約５．０〜約５．２のｐＨを有し得る。上記に詳述されるｐＨの中間にある範囲も本開示の一部であることが意図される。例えば、上限値及び／又は下限値として上記に詳述される値のいずれかの組み合わせを使用する値の範囲が含まれることが意図される。この範囲内のｐＨを制御する緩衝剤の例は、酢酸（例えば、酢酸ナトリウム）、コハク酸（コハク酸ナトリウムなど）、グルコン酸、ヒスチジン、クエン酸及び他の有機酸緩衝剤を含む。
【０２２６】
[0242]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための製剤は、約４〜約８の範囲にｐＨを維持するためにクエン酸及びリン酸を含有する緩衝剤系を含む。特定の実施形態において、ｐＨ範囲は、約４．５〜約６．０若しくは約ｐＨ４．８〜約５．５であり得るか又は約５．０〜約５．２のｐＨ範囲であり得る。特定の実施形態において、緩衝剤系は、クエン酸一水和物、クエン酸ナトリウム、リン酸二ナトリウム二水和物及び／又はリン酸二水素ナトリウム二水和物を含む。特定の実施形態において、緩衝剤系は、約１．３ｍｇ／ｍｌのクエン酸（例えば、１．３０５ｍｇ／ｍｌ）、約０．３ｍｇ／ｍｌのクエン酸ナトリウム（例えば、０．３０５ｍｇ／ｍｌ）、約１．５ｍｇ／ｍｌのリン酸二ナトリウム二水和物（例えば、１．５３ｍｇ／ｍｌ）、約０．９ｍｇ／ｍｌのリン酸二水素ナトリウム二水和物（例えば、０．８６）及び約６．２ｍｇ／ｍｌの塩化ナトリウム（例えば、６．１６５ｍｇ／ｍｌ）を含む。特定の実施形態において、緩衝剤系は、約１〜１．５ｍｇ／ｍｌのクエン酸、約０．２５〜約０．５ｍｇ／ｍｌのクエン酸ナトリウム、約１．２５〜約１．７５ｍｇ／ｍｌのリン酸二ナトリウム二水和物、約０．７〜約１．１ｍｇ／ｍｌのリン酸二水素ナトリウム二水和物及び６．０〜６．４ｍｇ／ｍｌの塩化ナトリウムを含む。特定の実施形態において、製剤のｐＨは、水酸化ナトリウムにより調整される。
【０２２７】
[0243]  等張化剤として作用し、抗体を安定させ得るポリオールも製剤に含まれ得る。ポリオールは、製剤の所望の等張性を基準にして変動し得る量で製剤に追加される。特定の実施形態において、水性製剤は、等張であり得る。追加されるポリオールの量もポリオールの分子量を基準にして変化させ得る。例えば、二糖（トレハロースなど）と比較してより少ない量の単糖（例えば、マンニトール）が追加され得る。特定の実施形態において、等張化剤として製剤中に使用され得るポリオールは、マンニトールである。特定の実施形態において、マンニトール濃度は、約５〜約２０ｍｇ／ｍｌであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約７．５〜約１５ｍｇ／ｍｌであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約１０〜約１４ｍｇ／ｍｌであり得る。特定の実施形態において、マンニトールの濃度は、約１２ｍｇ／ｍｌであり得る。特定の実施形態において、ポリオールであるソルビトールが製剤中に含まれ得る。
【０２２８】
[0244]  洗浄剤又は界面活性剤も製剤に追加され得る。例示的な洗浄剤は、ポリソルベート（例えば、ポリソルベート２０、８０など）又はポロキサマー（例えば、ポロキサマー１８８）などの非イオン性洗浄剤を含む。追加される洗浄剤の量は、製剤された抗体の凝集を低下させ、及び／又は製剤における粒子の形成を最小限にし、及び／又は吸着を低下させるような量である。特定の実施形態において、製剤は、ポリソルベートである界面活性剤を含み得る。特定の実施形態において、製剤は、洗浄剤であるポリソルベート８０又はＴｗｅｅｎ８０を含有し得る。Ｔｗｅｅｎ８０は、ポリオキシエチレン（２０）ソルビタンモノオレアートを記載するために使用される用語である（Fiedler, Lexikon der Hilfsstoffe, Editio Cantor Verlag Aulendorf, 4th edi., 1996を参照されたい）。特定の実施形態において、製剤は、約０．１ｍｇ／ｍＬ〜約１０ｍｇ／ｍＬ又は約０．５ｍｇ／ｍＬ〜約５ｍｇ／ｍＬのポリソルベート８０を含有し得る。特定の実施形態において、約０．１％のポリソルベート８０は、製剤中に添加され得る。
【０２２９】
凍結乾燥製剤
[0245]  ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための本開示の凍結乾燥製剤は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ分子及び凍結乾燥保護剤を含む。凍結乾燥保護剤は、糖、例えば二糖であり得る。特定の実施形態において、凍結乾燥保護剤は、スクロース又はマルトースであり得る。凍結乾燥製剤は、緩衝剤、界面活性剤、増量剤及び／又は保存剤の１つ以上も含み得る。
【０２３０】
[0246]  凍結乾燥薬剤製品の安定化に有用なスクロース又はマルトースの量は、少なくとも１：２のタンパク質対スクロース又はマルトースの重量比であり得る。特定の実施形態において、タンパク質対スクロース又はマルトースの重量比は、１：２〜１：５であり得る。
【０２３１】
[0247]  特定の実施形態において、製剤のｐＨは、冷凍乾燥前に、薬学的に許容され得る酸及び／又は塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態において、薬学的に許容され得る酸は、塩酸であり得る。特定の実施形態において、薬学的に許容され得る塩基は、水酸化ナトリウムであり得る。
【０２３２】
[0248]  凍結乾燥前に、本開示のタンパク質を含有する溶液のｐＨは、約６〜約８に調整され得る。特定の実施形態において、凍結乾燥薬剤製品についてのｐＨ範囲は、約７〜約８であり得る。
【０２３３】
[0249]  特定の実施形態において、塩又は緩衝剤構成成分は、約１０ｍＭ〜約２００ｍＭの量で添加され得る。塩及び／又は緩衝剤は、薬学的に許容され得るものであり、「塩基形成」金属又はアミンと様々な既知の酸（無機及び有機）に由来する。特定の実施形態において、緩衝剤は、リン酸緩衝剤であり得る。特定の実施形態において、緩衝剤は、グリシン酸、炭酸、クエン酸緩衝剤であり得、この場合、ナトリウム、カリウム又はアンモニウムイオンは、対イオンとしての機能を果たすことができる。
【０２３４】
[0250]  特定の実施形態において、「増量剤」が添加され得る。「増量剤」は、凍結乾燥混合物に対して嵩を増し、凍結乾燥ケークの物理的構造に寄与する（例えば、開気孔構造を維持する本質的に均一な凍結乾燥ケークの産生を容易にする）化合物である。例示の増量剤は、マンニトール、グリシン、ポリエチレングリコール及びソルビトールを含む。本発明の凍結乾燥製剤は、そのような増量剤を含有し得る。
【０２３５】
[0251]  保存剤は、細菌作用を低下させるために本明細書における製剤に任意選択で追加され得る。保存剤の追加は、例えば、多重使用（複数回投与）製剤の産生を容易にし得る。
【０２３６】
[0252]  特定の実施形態において、ＴＮＢＣを処置する方法又はがん患者の腫瘍増殖を阻害する方法における使用のための凍結乾燥薬剤製品は、水性担体と共に構成され得る。本明細書において関心のある水性担体は、薬学的に許容され得るものであり（例えば、ヒトへの投与に安全であり、無毒性である）、冷凍乾燥後の液体製剤の調製に有用である担体である。例示の希釈剤は、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えば、リン酸緩衝食塩水）、滅菌生理食塩水、リンゲル液又はデキストロース溶液を含む。
【０２３７】
[0253]  特定の実施形態において、本開示の凍結乾燥薬剤製品は、注射用滅菌水、ＵＳＰ（ＳＷＦＩ）又は０．９％塩化ナトリウム注射液、ＵＳＰにより還元される。還元中、凍結乾燥粉剤は、溶解して溶液になる。
【０２３８】
[0254]  特定の実施形態において、本開示の凍結乾燥タンパク質産物は、約４．５ｍＬ注射用水に構成され、０．９％生理食塩水（塩化ナトリウム溶液）により希釈される。
【０２３９】
液体製剤
[0255]  実施形態において、本開示のタンパク質産物は、ＴＮＢＣを処置する方法における使用のための液体製剤として製剤される。液体製剤は、ゴム栓により密封され、アルミニウムクリンプシールクロージャにより密閉されたＵＳＰ／ＰｈＥｕｒのいずれかのＩ型５０Ｒバイアル中１０ｍｇ／ｍＬ濃度で提供され得る。栓は、ＵＳＰ及びＰｈＥｕｒに従うエラストマーから作製され得る。特定の実施形態において、バイアルは、６０ｍＬの抽出可能な容積を可能にするように約６１．２ｍＬのタンパク質産物溶液により充填され得る。特定の実施形態において、液体製剤は、０．９％生理食塩水により希釈され得る。特定の実施形態において、バイアルは、約２０ｍｇ／ｍＬ〜約５０ｍｇ／ｍＬ（例えば、約２０ｍｇ／ｍＬ、約２５ｍｇ／ｍＬ、約３０ｍｇ／ｍＬ、約３５ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬ、約４５ｍｇ／ｍＬ又は約５０ｍｇ／ｍＬ）の約６１．２ｍＬのタンパク質産物（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含む））溶液を、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ、約２５００ｍｇ、約２６００ｍｇ、約２７００ｍｇ、約２８００ｍｇ、約２９００ｍｇ又は約３０００ｍｇ）のタンパク質産物（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ（例えば、配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを含むタンパク質産物を含む））を対象に送達するために６０ｍＬの抽出可能な容積を可能にするように含有し得る。
【０２４０】
[0256]  特定の実施形態において、バイアルは、約２０ｍｇ／ｍＬ〜約５０ｍｇ／ｍＬ（例えば、約２０ｍｇ／ｍＬ、約２５ｍｇ／ｍＬ、約３０ｍｇ／ｍＬ、約３５ｍｇ／ｍＬ、約４０ｍｇ／ｍＬ、約４５ｍｇ／ｍＬ又は約５０ｍｇ／ｍＬ）の約６１．２ｍＬのタンパク質産物溶液（配列番号３のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド及び配列番号１のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物；又は配列番号３５、３６及び３７のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド並びに配列番号３８、３９及び４０のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチドを有するタンパク質産物）を、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ（例えば、約１２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２３００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２２００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２１００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約２０００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１９００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１８００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１７００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１６００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１５００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１４００ｍｇ、約１２００ｍｇ〜約１３００ｍｇ、約１３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２０００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２１００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２２００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２３００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２４００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２５００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２６００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２７００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２８００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約２９００ｍｇ〜約３０００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１９００ｍｇ、約２０００ｍｇ、約２１００ｍｇ、約２２００ｍｇ、約２３００ｍｇ、約２４００ｍｇ、約２５００ｍｇ、約２６００ｍｇ、約２７００ｍｇ、約２８００ｍｇ、約２９００ｍｇ又は約３０００ｍｇ）のタンパク質産物を対象に送達するために６０ｍＬの抽出可能な容積を可能にするように含有し得る。
【０２４１】
[0257]  特定の実施形態において、本開示のＴＮＢＣを処置する方法又はがん患者の腫瘍増殖を阻害する方法における使用のための液体製剤は、安定レベルの糖と組み合わせて１０ｍｇ／ｍＬ濃度溶液として調製され得る。特定の実施形態において、液体製剤は、水性担体中で調製され得る。特定の実施形態において、安定剤は、静脈内投与にとって望ましくない又は適さない粘性をもたらし得る量以下の量で添加され得る。特定の実施形態において、糖は、二糖、例えばスクロースであり得る。特定の実施形態において、液体製剤は、緩衝剤、界面活性剤及び保存剤の１つ以上も含み得る。
【０２４２】
[0258]  特定の実施形態において、液体製剤のｐＨは、薬学的に許容され得る酸及び／又は塩基の添加によって設定され得る。特定の実施形態において、薬学的に許容され得る酸は、塩酸であり得る。特定の実施形態において、塩基は、水酸化ナトリウムであり得る。
【０２４３】
[0259]  凝集に加えて、脱アミドは、発酵、回収／細胞清澄化、精製、原薬／薬剤製品保存中及びサンプル分析中に生じ得る、ペプチド及びタンパク質の一般的な産物変異体である。脱アミドは、加水分解を受けることができるスクシンイミド中間体を形成する、タンパク質からのＮＨ３の損失である。スクシンイミド中間体は、親ペプチドの１７単位質量の減少をもたらす。続く加水分解は、１８単位質量の増加をもたらす。スクシンイミド中間体の単離は、水性条件下での不安定性により困難である。そのため、脱アミドは、１単位質量の増加として典型的に検出可能である。アスパラギンの脱アミドは、アスパラギン酸又はイソアスパラギン酸をもたらす。脱アミド率に影響を与えるパラメーターは、ｐＨ、温度、溶媒誘電率、イオン強度、一次配列、局所的なポリペプチドコンホメーション及び三次構造を含む。ペプチド鎖においてＡｓｎに隣接するアミノ酸残基は、脱アミド率に影響を与える。タンパク質配列におけるＡｓｎの後のＧｌｙ及びＳｅｒは、脱アミドに対してより高い感受性をもたらす。
【０２４４】
[0260]  特定の実施形態において、本開示のＴＮＢＣを処置する方法又はがん患者の腫瘍増殖を阻害する方法における使用のための液体製剤は、タンパク質産物の脱アミド化を予防するためのｐＨ及び湿度の条件下で保たれ得る。
【０２４５】
[0261]  本明細書において関心のある水性担体は、薬学的に許容され得るものであり（ヒトへの投与に安全であり、無毒性である）、液体製剤の調製に有用である担体である。例示の担体は、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えば、リン酸緩衝食塩水）、滅菌生理食塩水、リンゲル液又はデキストロース溶液を含む。
【０２４６】
[0262]  保存剤は、細菌作用を低下させるために本明細書における製剤に任意選択で追加され得る。保存剤の追加は、例えば、多重使用（複数回投与）製剤の産生を容易にし得る。
【０２４７】
[0263]  静脈内（ＩＶ）製剤は、患者が移植後に入院しており、ＩＶルートを介して全ての薬剤を受けている場合などの特定の場合に好ましい投与ルートであり得る。特定の実施形態において、液体製剤は、投与前に０．９％塩化ナトリウム溶液により希釈される。特定の実施形態において、注射のための希釈薬剤製品は、等張であり、静脈内注入による投与に適している。
【０２４８】
[0264]  特定の実施形態において、塩又は緩衝剤構成成分は、１０ｍＭ〜２００ｍＭの量で添加され得る。塩及び／又は緩衝剤は、薬学的に許容され得るものであり、「塩基形成」金属又はアミンと様々な既知の酸（無機及び有機）に由来する。特定の実施形態において、緩衝剤は、リン酸緩衝剤であり得る。特定の実施形態において、緩衝剤は、グリシン酸、炭酸、クエン酸緩衝剤であり得、この場合、ナトリウム、カリウム又はアンモニウムイオンは、対イオンとしての機能を果たすことができる。
【０２４９】
[0265]  保存剤は、細菌作用を低下させるために本明細書における製剤に任意選択で追加され得る。保存剤の追加は、例えば、多重使用（複数回投与）製剤の産生を容易にし得る。
【０２５０】
[0266]  本明細書において関心のある水性担体は、薬学的に許容され得るものであり（ヒトへの投与に安全であり、無毒性である）、液体製剤の調製に有用である担体である。例示の担体は、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、ｐＨ緩衝液（例えば、リン酸緩衝食塩水）、滅菌生理食塩水、リンゲル液又はデキストロース溶液を含む。
【０２５１】
[0267]  保存剤は、細菌作用を低下させるために本明細書における製剤に任意選択で追加され得る。保存剤の追加は、例えば、多重使用（複数回投与）製剤の産生を容易にし得る。
【０２５２】
[0268]  上記の説明は、本発明の複数の態様及び実施形態を説明している。本特許出願は、態様及び実施形態の全ての組み合わせ及び並べ替えを具体的に企図している。
【実施例】
【０２５３】
実施例
[0269]  ここで、全般的に記載されている本開示は、単に本開示の特定の態様及び実施形態の説明の目的のために含まれる以下の実施例の参照により、より容易に理解され、決して本開示の範囲を限定することを意図したものではない。
【０２５４】
実施例１：ＴＮＢＣ患者における抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質療法に対する奏功の予測因子としてのＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭの特定
[0270]  この実施例は、ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭをＴＮＢＣ患者の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβタンパク質療法に対する奏功の２つの予測因子として特定した方法に関連している。３３人のＴＮＢＣ患者を抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ二官能性タンパク質で処置し、これらの患者からの腫瘍サンプルを分析して、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質による処置に対する奏功者と非奏功者を区別した。
【０２５５】
[0271]  ３０の各腫瘍サンプルは、理事会認定の病理医によってアノテーションされた。ＲＮＡを、ホルマリン固定、パラフィン包埋サンプルのためのRecoverall Total Nucleic Acid Isolation Kit（ThermoFisher Scientific）を使用して、腫瘍含有量＞５０％の４〜５μｍ厚の切片の３つの全スライドスクレイプから抽出した。RiboGreen（登録商標）ＲＮＡ試薬（Life Technologies）を使用して定量した２００ｎｇのトータルＲＮＡから、Ribo-Zero Gold rRNA Removal Kit（Illumina）を使用してリボソームＲＮＡを除去した。鎖特異的ライブラリは、NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit（NEB）を使用して調製し、HiSeq2500（Illumina）で２×５０塩基対ペアエンド配列決定を使用して配列決定した。１サンプルあたり約１億回の読み取りが得られた。
【０２５６】
[0272]  抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置に対する患者の反応は、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準を使用してコード化された。奏功者（安定した疾患、部分奏功又は完全奏功の全体的な応答が最も良い対象の群）間の遺伝子発現レベルを非奏功者（進行性疾患の全奏功が最も良い対象）間のレベルと比較した。
【０２５７】
[0273]  配列決定の読み取りは、Bowtie2バージョン２．２．３を使用して、Ensemb７５ヒトゲノム（ＧＲＣｈ３７  ２０１４年２月）に対してアラインメントされた（Langmead, Nat Methods, 9:357-359 (2012)）。遺伝子発現は、Ensembl遺伝子アノテーション付きのＲＳＥＭバージョン１．２．３１を使用して決定された（Li, BMC Bioinformatics 12:323 (2011)）。検出可能な遺伝子が異常に少ない外れ値サンプルの１つは、以降の分析から除外された。仮説検定は、ＲＳＥＭ計算予想数を比較することによって実行された。百万あたりの転写物（ＴＰＭ）値は、上位四分位数で正規化され、さらに分析するために対数変換された。
【０２５８】
[0274]  記述統計分析は、Ｒバージョン３．３．１を使用して実行された（Hornik K, The R FAQ, https://CRAN.R-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.htmlで入手可能）。相関係数は、ピアソン法を使用して計算された。差次的発現の有意性は、個々の遺伝子の「Ｒ」パッケージ「ＤＥＳｅｑ２」を使用して確立された。ＦＤＲ補正ｐ値＜０．０５は、統計的に有意であると見なされた。プロットは、「Ｒ」パッケージ「ｇｇｐｌｏｔ２」を使用して生成された。
【０２５９】
[0275]  テストされた６０，２３４のアノテーションされた転写物のうち、バイオマーカー候補のセットは、次の要件に従ってフィルタリングすることによって識別された。（１）差次的発現が必要である；（２）タンパク質をコードする遺伝子が必要である；（３）最小限の発現が必要である；（４）群の分離が必要である。
【０２６０】
[0276]  必要とされる差次的発現：全てのアノテーションされた遺伝子は、最初に上記のようにＤＥＳｅｑ２を使用してテストされた。差次的発現の有意性を示すｑ値が得られた。ｑ値が０．０５を超える全ての遺伝子は、棄却された。
【０２６１】
[0277]  必要とされるタンパク質コーディング遺伝子：BiomaRtを使用して、マッピングした各転写物のEnsembl遺伝子識別子がタンパク質コーディング遺伝子モデルに対応しているかどうかを確認した。biomaRtから各遺伝子ＩＤに対する「遺伝子＿生物型」を得て、コーディング又は非コーディングのいずれかに分類した。以下の生物型は、非コーディングとして分類された：3prime＿重複＿ｎｃｒｎａ、アンチセンス、ＩＧ＿Ｃ＿偽遺伝子、ＩＧ＿Ｊ＿偽遺伝子、ＩＧ＿Ｖ＿偽遺伝子、ｌｉｎｃＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍｉｓｃ＿ＲＮＡ、Ｍｔ＿ｒＲＮＡ、Ｍｔ＿ｔＲＮＡ、偽遺伝子、ｒＲＮＡ、センス＿ｉｎｔｒｏｎｉｃ、センス＿重複、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ＴＲ＿Ｊ＿偽遺伝子及びＴＲ＿Ｖ＿偽遺伝子。以下の生物型は、コーディングとして分類された：ＴＲ＿Ｄ＿遺伝子、ＴＲ＿Ｃ＿遺伝子、ＩＧ＿Ｃ＿遺伝子、ＩＧ＿Ｊ＿遺伝子、ＩＧ＿Ｄ＿遺伝子、多型偽遺伝子、ＴＲ＿Ｊ＿遺伝子、ＴＲ＿Ｖ＿遺伝子、ＩＧ＿Ｖ＿遺伝子、処理転写物、タンパク質コーディング。非コーディング生物型の遺伝子は、解釈可能性が低いため、バイオマーカー候補として除外した。
【０２６２】
[0278]  必要とされる最小限の発現：各遺伝子について、奏功者間及び非奏功者間のＴＰＭの中央値が特定された。特定の遺伝子のＴＰＭの中央値が奏功者及び非奏功者で０．５未満である場合、その遺伝子は、バイオマーカー候補として除外された。
【０２６３】
[0279]  必要な群の分離：理想的な予測バイオマーカーは、奏功者と非奏功者とを正確に分離する。ＤＥＳｅｑ２は、群間の平均発現の差を評価するが、各群の発現レベルに顕著な重複があっても、平均の差は、有意と言われることがある（図４Ａ〜Ｄを参照されたい）。さらに、ＤＥＳｅｑ２は、大きい外れ値に敏感になる可能性がある。両方の問題を補正するために、マンホイットニーＵ検定を適用して群分離を検定した。名目上のｐ値が０．０５を超えた全ての遺伝子は、棄却された。
【０２６４】
[0280]  ２８の遺伝子が全ての要件を満たしていると確認された。これらの２８の遺伝子のうち、ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭの２つの遺伝子はが、分析された全ての遺伝子の中で最大の統計的有意性を有していると特定された。図４Ａ〜Ｄは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたいくつかの可能性のある予測バイオマーカーのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。図４Ａは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＨＭＧＡ２のｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。図４Ｂは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＭＥＣＯＭのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。図４Ｃは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＣＬＥＣ３Ａのｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。図４Ｄは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置された患者の奏功状態に対してプロットされたＣＣＮＤＢＰ１のｌｏｇ−ＴＰＭの箱ひげ図を示す。
【０２６５】
[0281]  群の分離要件の効果を実証するために、ＣＬＥＣ３Ａ及びＣＣＮＤＢＰ１の発現レベルも分析された。これらの２つの遺伝子は、差次的発現、タンパク質コーディング及び最小発現要件に合格する全ての遺伝子の中で最も低いＤＥＳｅｑ２計算ｑ値を有していたが、群の分離要件に不合格であった（図４Ｃ〜Ｄを参照されたい（ＮＥデータは、仮説検定から除外された））。これらの遺伝子の大きい倍率変化は、非奏功者からの両方の奏功者で観察された。ＣＬＥＣ３Ａについて計算された大きい倍率変化は、単一の大きい外れ値によって引き起こされるようであり、残りの奏功者間の遺伝子発現は、わずかに増加したのみであった（図４Ｃを参照されたい（ＮＥデータは、仮説検定から除外された））。ＣＣＮＤＢＰ１発現は、奏功者間で９．６倍増加したが、奏功者間のＣＣＮＤＢＰ１発現レベルは、非奏功者間の発現のほぼ全範囲に及んだ（図４Ｄを参照されたい（ＮＥデータは、仮説検定から除外された））。これらの遺伝子のマンホイットニーＵ検定から得られた大きいｐ値は、これらの欠点を正確に反映している。
【０２６６】
[0282]  ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭ遺伝子の発現増加は、乳がんの予後不良と関連していることが示された（Wu et al., Cancer Letters 2016；Wang et al., Cancer Research 2017）。この関連性は、奏功との正の関連性の観察が奏功者間の疾患重症度の低下と交絡していないことを示唆した。さらに、両方の遺伝子は、ＴＧＦβの生態との周知の関連性を有しており（Thualt et al., Cell Biology 2006；Liu et al., Oncogene 2006）、本発明の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦｂトラップを用いたＴＮＢＣ患者の処置において、それらの予測力についての機械論的説明を支持する。
【０２６７】
[0283]  図２Ａ（ＨＭＧＡ２）及び３Ｂ（ＭＥＣＯＭ）に示すように、ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭの両方は、非奏功者と比較して奏功者において２０倍以上の過剰発現が認められた。図２Ａにおいて、ＨＭＧＡ２発現レベル（百万あたりの転写物（ＴＰＭ）の対数）を抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質（ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）に対する奏功に対してプロットする。高ＨＭＧＡ２発現とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＨＭＧＡ２発現と少なくとも同程度に高い発現レベルであると見なされる。図２Ａに示すように、ＨＭＧＡ２の発現は、非奏功者間の発現レベルと比較して顕著に高い（少なくとも３５倍）ことが判明した。ＮＥデータは、仮説検定から除外された。
【０２６８】
[0284]  図３Ｂにおいて、ＭＥＣＯＭ発現レベル（百万あたりの転写物（ＴＰＭ）の対数）を抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質（ＰＤ＝進行性疾患；ＳＤ＝安定した疾患；ＰＲ＝部分奏功）に対する奏功に対してプロットする。高ＭＥＣＯＭ発現とは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者間のうち、最低ＭＥＣＯＭ発現と少なくとも同程度に高い発現レベルと見なされる。図３Ｂに示すように、ＭＥＣＯＭの発現は、非奏功者間の発現レベルと比較して顕著に高い（少なくとも２０倍）ことが判明した。ＮＥデータは、仮説検定から除外された。
【０２６９】
[0285]  抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置されたＴＮＢＣ患者で臨床反応を予測できるかどうかを試験するために、転移性乳がんコホート（ＭＥＴＢＲＣ）の転移性乳がん対象からデータを抽出した。この研究は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体による処置に対する奏功者と非奏功者とを区別するために実行された。この研究では、転移性乳がん患者を抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置した。３つの異なるカテゴリが検討された。（１）ヒト上皮細胞増殖因子受容体２陽性、「ＨＥＲ２＋」、（２）ヒト上皮細胞増殖因子受容体２陰性、（エストロゲン受容体陽性又はプロゲステロン受容体陽性）、「ＨＥＲ２−、（ＥＲ＋又はＰＲ＋）」、及び（３）ヒト上皮細胞増殖因子受容体２陰性、（エストロゲン受容体陰性及びプロゲステロン受容体陰性）、「ＨＥＲ２−、（ＥＲ−及びＰＲ−）」。後者の群は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）に対応し、最初の２つの群は、非ＴＮＢＣと見なされた。
【０２７０】
[0286]  ＲＮＡｓｅｑデータは、ＴＮＢＣ対象１６人及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置した非ＴＮＢＣ２１人について入手可能であった。図１０は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置された対象のＨＭＧＡ２（百万あたりの転写物、ＴＰＭ）及びＴＮＢＣの状態の発現を示す箱ひげ図である。図１０は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置された非ＴＮＢＣを有する対象に対してＴＮＢＣを有する対象間でＨＭＧＡ２遺伝子の発現に明らかな差がなかったことを示す。
【０２７１】
[0287]  ＨＭＧＡ２の発現及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対する臨床反応との関連も評価された。図１１は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置した非ＴＮＢＣ対象（左）及びＴＮＢＣ対象（右）について、別々のパネルにおけるＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭで）に対する奏功を示す。図１１に示すように、ＨＭＧＡ２遺伝子の低発現レベルは、完全奏功（ＣＲ）を伴う非ＴＮＢＣの１人の対象に存在し、他の全ての対象では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体への奏功にかかわらず、ＨＭＧＡ２発現の重複レベルが認められた。ＨＭＧＡ２遺伝子遺伝子の低発現レベルは、部分奏功（ＰＲ）を示したＴＮＢＣの１名の対象に見られたが、他の対象は、全てＨＭＧＡ２の発現レベルが重複していた。いずれの場合（非ＴＮＢＣ及びＴＮＢＣ）にも、奏功者（ＣＲ／ＰＲ）と非奏功者（安定性疾患、ＳＤ／進行性疾患、ＰＤ）との間に明確な違いはないと考えられる。
【０２７２】
[0288]  この実施例に提示されたデータは、本発明の抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップで処置されたＴＮＢＣ患者において臨床反応を予測できることを示している。ＴＮＢＣ患者が抗ＰＤ−Ｌ１抗体のみで処置される場合、臨床反応の予測は、明確ではない。
【０２７３】
実施例２：ＨＭＧＡ２発現及びＴＧＦ−βシグナル伝達との関連性評価
[0289]  ＨＭＧＡ２発現及びＴＧＦ−βシグナル伝達との関連性を評価するために動物実験を実施した。簡単に言えば、同所腫瘍注射は、０．１ｍＬの１×ＰＢＳに懸濁された０．２×１０６の生存可能な４Ｔ１細胞を８〜１０週齢のＢａｌｂ／Ｃマウスの乳腺脂肪パッドに注射することによって実行された。腫瘍体積が１００〜１５０ｍｍ３に達した時点でマウスを無作為化し、以下の処置群；対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップのいずれかに割り当てた。対照群のマウスには、アイソタイプ対照（ｈＩｇＧ１）−抗ＰＤ−Ｌ１（ｍｕｔ）を４００μｇ投与し、トラップ対照のマウスには、抗ＰＤ−Ｌ１（ｍｕｔ）／ＴＧＦβトラップ（抗ＰＤ−Ｌ１（ｍｕｔ）／ＴＧＦβトラップ融合タンパク質は、類似の重鎖融合ポリペプチド（配列番号７）及びＰＤ−Ｌ１との結合を阻害する、変異領域における変異Ａ３１Ｇ、Ｄ５２Ｅ、Ｒ９９Ｙを有する軽鎖（配列番号６）を含有する）を４９２μｇ投与し；抗ＰＤ−Ｌ１群のマウスには、４００μｇの抗ＰＤ−Ｌ１を投与し；抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ群のマウスには、４９２μｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを３週間に１回（ＱＤ×３）静脈注射で投与した。実験動物は、６日目に安楽死させ、腫瘍サンプルを採取した。
【０２７４】
[0290]  ＲＮＡｓｅｑは、４つの処置群から採取された腫瘍組織サンプルに対して実行された。生の配列データは、配列読み取りをEnsembl  ７５マウスゲノム（ＧＲＣｍ３８  ２０１４年２月）に対してマッピングしたことを除いて、実施例１に記載したような標準的品質管理（ＱＣ）及びアライメントパイプラインで処理した。正規化された発現データが生成され、ＨＭＧＡ２及びＴＧＦ−β関連の遺伝子発現分析に使用された。
【０２７５】
[0291]  ＨＭＧＡ２発現及びＴＧＦ−βシグナル伝達との関連性を評価するために、ＨＭＧＡ２及びＴＧＦ−β遺伝子シグネチャ（Korkut et al., Cell Syst. 2018, 7, 422-437.e7を参照されたい）についてスピアマン相関解析を実行した。対照動物（Ｎ＝１２）及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物（Ｎ＝１５）で別々の分析を行った。対照群では、ＨＭＧＡ２／ＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子ペアの３０％（２７／８９）が統計的に有意なＲを示した。換言すれば、２７個のＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子の発現は、対照処置マウスから抽出されたＲＮＡにおけるＨＭＧＡ２の発現と相関していた。表１に、対照処置動物の遺伝子ペア（ＨＭＧＡ２及びＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子）に関連するスピアマン相関Ｒ及びｐ値を列挙する。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置群では、ＨＭＧＡ２／ＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子ペアの５５％（４８／８９）が統計的に有意なＲを示した。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置は、ＴＧＦ−β特異的なトランスクリプトーム変化を誘発し、４８個のＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子の発現とＨＭＧＡ２の発現との相関をもたらした。表２に、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置群の遺伝子ペアに関連するスピアマン相関Ｒ及びｐ値を列挙する。図５Ａ〜Ｆは、ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達コア遺伝子Ｔｇｆｂｒ１、Ｔｇｆｂｒ２、Ｓｍａｄ３、Ｔｇｆｂ１、Ｔｇｆｂ２及びＴｇｆｂ３との間の関連をそれぞれ示す散布図である。図５Ａは、ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂｒ１発現との間の関連を示す散布図である。図５Ｂは、ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂｒ２発現との間の関連を示す散布図である。図５Ｃは、ＨＭＧＡ２発現及びＳｍａｄ３発現との間の関連を示す散布図である。図５Ｄは、ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ１発現との間の関連を示す散布図である。図５Ｅは、ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ２発現との間の関連を示す散布図である。図５Ｆは、ＨＭＧＡ２発現及びＴｇｆｂ３発現との間の関連を示す散布図である。図６Ａ〜Ｆは、ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ１ａ２、Ｆｎ１、Ｖｉｍ、Ｖｅｇｆａ及びＺｅｂ１との間の関連をそれぞれ示す散布図である。図６Ａ〜Ｆは、ＨＭＧＡ２及び選択されたＴＧＦ−βシグナル伝達標的遺伝子との間の関連を示す散布図である。図６Ａは、ＨＭＧＡ２発現及びＣｏｌ１ａ１発現との間の関連を示す散布図である。図６Ｂは、ＨＭＧＡ２発現及びＣｏｌ１ａ２発現との間の関連を示す散布図である。図６Ｃは、ＨＭＧＡ２発現及びＦｎ１発現との間の関連を示す散布図である。図６Ｄは、ＨＭＧＡ２発現及びＶｉｍ発現との間の関連を示す散布図である。図６Ｅは、ＨＭＧＡ２発現及びＶｅｇｆａ発現との間の関連を示す散布図である。図６Ｆは、ＨＭＧＡ２発現及びＺｅｂ１発現との間の関連を示す散布図である。これらのプロットは、ＨＭＧＡ２の発現がＴＧＦ−βシグナル伝達経路遺伝子の発現と関連していることを示す。
【０２７６】
【表１】
2021534195.tif 000026
【０２７７】
【表２】
2021534195.tif 000027
【０２７８】
【表３】
2021534195.tif 000028
【０２７９】
【表４】
2021534195.tif 000029
【０２８０】
【表５】
2021534195.tif 000030
【０２８１】
【表６】
2021534195.tif 000031
【０２８２】
【表７】
2021534195.tif 000032
【０２８３】
【表８】
2021534195.tif 000033
【０２８４】
[0294]  関連試験に加えて、ＨＭＧＡ２及び主要なＴＧＦ−βシグナル伝達コア並びに標的遺伝子発現の有意なダウンレギュレーションが対照マウスと比較して抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置マウスで観察された。図７Ａ〜Ｆは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子の発現を示すプロットである。図７Ａは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂｒ１の発現を示すプロットである。図７Ｂは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂｒ２の発現を示すプロットである。図７Ｃは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＳｍａｄ３の発現を示すプロットである。図７Ｄは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ１の発現を示すプロットである。図７Ｅは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ２の発現を示すプロットである。図７Ｆは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴｇｆｂ３の発現を示すプロットである。これらのプロットは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群がＴｇｆｂｒ１、Ｔｇｆｂｒ２、Ｓｍａｄ３、Ｔｇｆｂ１、Ｔｇｆｂ２及びＴｇｆｂ３の発現のダウンレギュレーションを示したことを示す。図８Ａ〜Ｇは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群における主要なＴＧＦ−β標的遺伝子の発現を示すプロットである。図８Ａは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＨＭＧＡ２の発現を示すプロットである。図８Ｂは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＣｏｌ１ａ１の発現を示すプロットである。図８Ｃは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＣｏｌ１ａ２の発現を示すプロットである。図８Ｄは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＦｎ１の発現を示すプロットである。図８Ｅは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＶｉｍの発現を示すプロットである。図８Ｆは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＶｅｇｆａの発現を示すプロットである。図８Ｇは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＺｅｂ１の発現を示すプロットである。図８Ａ〜Ｇは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群がＨＭＧＡ２及びＴＧＦ−β標的遺伝子Ｃｏｌ１ａ１、Ｃｏｌ１ａ２、Ｆｎ１、Ｖｉｍ、Ｖｅｇｆａ及びＺｅｂ１の発現においてそれぞれダウンレギュレーションを示したことを示す。
【０２８５】
[0295]  ＨＭＧＡ２及びＰＤ−１／ＩＦＮγ（インターフェロンガンマ）シグナルシグネチャー（M.Ayers et al., J. Clin. Invest. 127, 2930-2940 (2017)を参照されたい）についても、スピアマン相関分析を実行し、ＰＤ−１／ＩＦＮγシグナル遺伝子ペアのうち、対照群及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置群において、それぞれ１１％（２／１８）及び１７％（３／１８）のみの統計的に有意なＲを有することが示された。表３に、対照動物群の遺伝子ペアに関連するスピアマン相関Ｒ及びｐ値を列挙する。表４に、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置群の遺伝子ペアに関連するスピアマン相関Ｒ及びｐ値を列挙する。図９Ａ〜Ｃは、ＨＭＧＡ２及び選択されたＰＤ−１／ＩＦＮγ関連遺伝子Ｉｆｎｇ、Ｇｚｍｂ及びＧｚｍｋとの間の関連をそれぞれ示す散布図である。図９Ｄ〜Ｆは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物における、選択したＰＤ−１／ＩＦＮγ関連遺伝子Ｉｆｎｇ、Ｇｚｍｂ及びＧｚｍｋの発現レベルをそれぞれ示す。図９Ａは、ＨＭＧＡ２発現及びＩｆｎｇ発現との間の関連を示す散布図である。図９Ｂは、ＨＭＧＡ２発現及びＧｚｍｂ発現との間の関連を示す散布図である。図９Ｃは、ＨＭＧＡ２発現及びＧｚｍｋ発現との間の関連を示す散布図である。図９Ｄは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＩｆｎｇの発現を示すプロットである。図９Ｅは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＧｚｍｂの発現を示すプロットである。図９Ｆは、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＧｚｍｋの発現を示すプロットである。
【０２８６】
【表９】
2021534195.tif 000034
【０２８７】
【表１０】
2021534195.tif 000035
【０２８８】
[0298]  表５は、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＴＧＦ−βシグナル伝達遺伝子についての遺伝子発現データの概要を提供する。表６は、対照、トラップ対照、抗ＰＤ−Ｌ１及び抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置動物群におけるＰＤ−１／ＩＦＮγシグナル伝達遺伝子についての遺伝子発現データの概要を提供する。
【０２８９】
【表１１】
2021534195.tif 000036
【０２９０】
【表１２】
2021534195.tif 000037
【０２９１】
【表１３】
2021534195.tif 000038
【０２９２】
[0301]  全体として、ＨＭＧＡ２の発現は、スピアマンＲの大きさ及び統計的に有意なＰ値を有する遺伝子ペアの数に基づいて、対照処置群と比較した場合、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置群において、ＴＧＦ−βシグナル伝達との強い関連性を有し、ＨＭＧＡ２の発現は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置によって誘発されるＴＧＦ−β特異的なトランスクリプトームの変化に応答していることが示された。ＨＭＧＡ２及びＰＤ−１遮断応答シグネチャ間の統計的に有意な関連の割合が低いことは、ＨＭＧＡ２の発現が免疫関連遺伝子の変化をあまり示さないことを示す。データは、ＨＭＧＡ２の発現がＴＧＦ−βシグナル伝達活性を示しており、したがって層別化及び／又は処置反応バイオマーカーとして使用できることを示す。
【０２９３】
実施例３：抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質療法が奏功する可能性が高いＴＮＢＣ患者を特定する方法
[0302]  ＲＴ−ｑＰＣＲは、標的の遺伝子発現を分析するための半定量的方法であり、ＨＭＧＡ２遺伝子発現レベルを決定するために使用される１つの方法である。代わりに、特定のサンプル中の標的のコピーにおいて、絶対的な定量化を可能にするデジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を使用して、ＨＭＧＡ２遺伝子の発現レベルを決定する。ＨＭＧＡ２遺伝子発現レベルを決定するための別の代替アッセイは、HTG EdgeSeq  ＮＧＳ技術であり、これは、ＦＦＰＥ組織及び種々の他のサンプルタイプからのｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡの抽出フリー定量を可能にする定量的ヌクレアーゼ保護化学に基づく標的ＲＮＡ配列決定であり、ＨＭＧＡ  ２及び上流／下流マーカーの広範な経路カバレッジを提供することができる。アッセイの許容基準には、特異性、堅牢性、感度（ＬＯＤ及びＬＯＱ）、効率及び直線性、精度（再現性）並びにアッセイ内及びアッセイ間の変動性が含まれる。アッセイのセットアップ後、分析バリデーション、臨床バリデーションをＣＬＩＡ／ＣＡＰ認定研究所で実行する。
【０２９４】
ＲＴ−ｑＰＣＲ
[0303]  ＲＴ−ｑＰＣＲは、ハウスキーピング遺伝子発現レベルに関連した標的の遺伝子発現を分析するための半定量的方法である。ＨＭＧＡ２のためのTaqmanqPCRアッセイ及びＨＭＧＡ２のためのBio-RadPrimePCRアッセイが多く市販されている。各アッセイにおいてカバーされる全ての領域にまたがる合成構築物（配列番号６５）を使用して、アッセイの直線性及び効率性を確保したプライマー／プローブセットを使用し、ＴＮＢＣ患者から得られたサンプルにおけるＨＭＧＡ２ＲＮＡの発現レベルを測定する。生物学的サンプルは、ＨＭＧＡ２の高発現を伴う細胞株（例えば、ＨＭＧＡ２でトランスフェクトされた乳がん細胞株、例えばＳＷ４８０又はＭＣＦ７）から抽出されたＲＮＡから変換されたｃＤＮＡ及びＴＮＢＣ患者からのＦＦＰＥサンプルについて抽出されたＲＮＡから変換されたｃＤＮＡを使用して試験する。
【０２９５】
合成構築物は、配列番号６５で提供される。
【化２４】
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【０２９６】
デジタル液滴ＰＣＲ
[0304]  デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）は、特定のサンプルの標的のコピーにおける絶対的な定量化を可能にする。これは、ｑＰＣＲに比べて明らかな利点であるが、臨床現場において実施することは、困難である場合がある。ただし、ＨＭＧＡ２組織の存在量が少ない組織サンプルの場合、ＨＭＧＡ２の発現レベルを決定するためにｄｄＰＣＲが考慮される。各アッセイは、ｃＤＮＡ構築物、患者由来のｃＤＮＡ及びＨＭＧＡ２に対して陽性又は陰性の細胞株からのｃＤＮＡの希釈を使用して比較される。
【０２９７】
HTG EdgeSeq
[0305]  HTG EdgeSeq  ＮＧＳ技術は、標的ＲＮＡ配列であり、ＦＦＰＥ組織及び他の様々なサンプルタイプからのｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡの抽出なしで定量を可能にする定量的ヌクレアーゼ保護化学に基づいている。この化学は、標準的なＲＮＡ配列と比較してサンプル投与量を顕著に減少させる。少ないサンプル投与量及び簡素化されたワークフローの組み合わせにより、HTG EdgeSeq  ＮＧＳは臨床応用にとって魅力的な技術となっている。このパネルは、既製品で入手可能であり、ＨＭＧＡ２及び上流／下流マーカーの経路範囲を広げるために使用される。
【０２９８】
ＲＮＡ−ｓｅｑの分析
[0306]  ＲＮＡ−ｓｅｑは、相対的なＲＮＡ存在量のみを提供するため、母集団平均に対するカットオフは次のように決定された。最初に、大規模なＲＮＡ−ｓｅｑデータセット（ＴＣＧＡ）を調べ、ＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭについての母集団についての発現の中央値がデータベースから取得された。このデータベースのこの母集団の中央値を、今回の試験の奏功者の中で最も低い発現から分離する分離係数は、ＨＭＧＡ２では２．２７、ＭＥＣＯＭでは１．５４であることが確認された。
【０２９９】
[0307]  ＲＮＡ−ｓｅｑを使用して、これらの因子を決定した後、絶対的なカットオフ値を決定するために、最初に、相対的ではなく、絶対的発現を定量化できる遺伝子発現アッセイを選択し、このアッセイを使用して、ＴＮＢＣ患者の間でＨＭＧＡ２及びＭＥＣＯＭのそれぞれの発現量の中央値を測定し、その中央値にそれぞれの分離因子を乗じた。
【０３００】
[0308]  ComBatによるバッチ補正の結果、奏功者の中で最も低いＨＭＧＡ２の発現量は、０．７００  ｌｏｇ−ＴＰＭであることがわかった。ＴＣＧＡ−ＢＲＣＡ−ＴＮＢＣにおけるＨＭＧＡ２の発現中央値は、−０．４８３であった。ｌｏｇ−２スケールでの１．１８の差は、２．２７の分離係数に相当する。換言すれば、ＨＭＧＡ２の発現がＴＮＢＣ患者の母集団平均値より少なくとも２．２７倍高い患者は、抗ＰＤ−Ｌ１−ＴＧＦβ処置が奏功する可能性が高かった。ＭＥＣＯＭについて、奏功者の中で最も低い発現量が２．３５ｌｏｇ−ＴＰＭであったのに対し、ＴＣＧＡ−ＢＲＣＡ−ＴＮＢＣにおける発現量の中央値は、１．７３ｌｏｇ−ＴＰＭであり、分離係数は、１．５４であったことから、ＭＥＣＯＭの発現量がＴＮＢＣ患者の母集団平均値より少なくとも１．５４倍以上高い患者は、抗ＰＤ−Ｌ１−ＴＧＦβ処置が奏功する可能性が高いと示唆した。
【０３０１】
実施例４：抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置されたＴＮＢＣ患者から得られたサンプル中のＨＭＧＡ２レベルを決定する方法
[0309]  この実施例は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβタンパク質療法に対する奏功を確認するために、ＴＮＢＣ患者から得られたサンプル中のＨＭＧＡ２レベルを決定する方法に関するものである。定量的リアルタイムＰＣＲ、デジタル液滴ＰＣＲ及びHTG EdgeSeqシステムは、ヒトＦＦＰＥサンプルを使用した高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）の検出をために使用された。
【０３０２】
[0310]  ＲＮＡ抽出：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルを様々な市販供給源から調達した（腫瘍割合の範囲は２５〜１００％）。ＦＦＰＥブロックは、５μＭに切断し、チューブ内に個々に収集した。Qiagen RNesay FFPE kit（製品番号７３５０４）を使用して、各サンプルの２つのＦＦＰＥカールからＲＮＡを抽出した。各サンプルの２つのアリコートを、サンプルがメンブレンスピンカラムに追加されるまで別々のまま保管した。これにより、パラフィンのより完全な融解を可能にしたが、サンプルの濃縮も可能になった。サンプルは、３０μＬの水でスピンカラムから溶出された。
【０３０３】
ＲＮＡの定量化
[0311]  抽出後、Qubit RNA Broad Range Assay Kit（製品番号Ｑ１０２１１）を使用してＲＮＡを定量した。抽出したＲＮＡを１：６６．６７に希釈した（３μＬ  ＲＮＡ＋１９７μＬ  Ｑｕｂｉｔ希釈標準溶液）。サンプルが、Qubitアッセイの対照として見なされる許容範囲外である場合、サンプルをさらに希釈するか、必要に応じてより低い希釈を使用して信頼性の高い濃度測定を行った。
【０３０４】
ＲＮＡ品質評価
[0312]  ＲＮＡサンプルは、AgilentBioanalyzerプラットフォームでも実行され、Agilent RNA 6000 Nano kit（製品番号５０６７−１５１２）を使用して、抽出されたＲＮＡの品質を評価した。
逆転写
【０３０５】
[0313]  Invitrogen/ThermoFisher Superscript IV VILO Master Mix（製品番号１１７６６０５０）を使用して、テンプレートＲＮＡからｃＤＮＡを転写した。各反応に１００ｎｇのＲＮＡを使用した。製造元のプロトコルに従い、４μＬのSuperscript IV VILO Master mixを、総量を２０μＬにするのに十分なヌクレアーゼ遊離水と共に各反応に添加した。各サンプルの複数の反応を組み合わせて、１回の反応で可能な限り多くのＲＮＡをｃＤＮＡに変換することができる。ＲＮＡの濃度が低すぎる場合、転写反応は、可能な限り高い濃度で行われた。次に、全ての反応混合物を２５℃で１５分間、次に５０℃で１５分間、最後に８５℃で１０分間インキュベートした。次に、ｃＤＮＡを使用のための準備ができるまで−２０℃で保存した。
【０３０６】
[0314]  ｑＰＣＲを、Applied Biosystems 7500Dx機器を使用して実行した。簡単に説明すると、ｑＰＣＲ混合物は、Thermo Fisherの１０μＬのTaqman 2X Gene expression master mix（製品番号４３６９０１６）、１μＬのTaqman HMGA2 Primer Probe Set Hs0017569_m1（配列番号６３及び／又は配列番号６４）又はTaqman ACTB Primer Probe Set Hs01060665_g1、サンプルからの４μＬのｃＤＮＡ及び５μＬのＨ２Ｏからなり、合計反応体積は、２０μＬであった。標的遺伝子（配列番号６３及び／又は配列番号６４）及びハウスキーピング遺伝子のためのプライマー／プローブセットは、「既製の」遺伝子発現アッセイが利用できない場合、PrimerExpress（登録商標）を使用して設計できる。次に、ｑＰＣＲを以下のプロトコルで実施した。５０℃で２分間保持し、９５℃で１０分間、４０サイクルの９５℃で１５秒間、その後、６０℃で１分間保持する。閾値設定は、ソフトウェアの自動分析機能を使用して実行した。
【０３０７】
ｑＰＣＲ分析：
[0315]  比較デルタＣｔ（ΔＣｔ）法を遺伝子発現の相対的な定量化に使用した。ｑＰＣＲサンプル分析を、生のＨＭＧＡ２サイクル閾値（Ｃｔ）値及びハウスキーピング遺伝子のＣｔ値並びに（ＨＭＧＡ２のＣｔ値−ハウスキーイング遺伝子のＣｔ値）として計算されたデルタＣｔ値の両方を考慮して実行した。例示的な実施形態において、ＡＣＴＢ（ベータアクチン）は、ハウスキーピング遺伝子として使用され得る。例示的な実施形態において、デルタＣｔ値は、（ＨＭＧＡ２のＣｔ値−ＡＣＴＢのＣｔ値）として計算され得る。特定の実施形態において、２つ以上のハウスキーピング遺伝子を使用することができ、ハウスキーピング遺伝子から得られたＣｔ値を平均することができる。特定の実施形態において、デルタＣｔ値は、（ＨＭＧＡ２のＣｔ値−２つ以上のハウスキーピング遺伝子の平均Ｃｔ値）として計算され得る。低いΔＣｔ値又は生Ｃｔ値が低いほど、ＨＭＧＡ２のより高い発現を意味する。
【０３０８】
デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）
[0316]  最初のｑＰＣＲの結果を確認するために、直交法としてのｄｄＰＣＲを同じサンプルで実行したが、ｄｄＰＣＲ適用により適した異なるプライマー／プローブセットを使用した。以下からなる２２μＬのｄｄＰＣＲ反応混合物を作成した。１１μＬのBio-Rad ddPCR Supermix for Probes（製品番号１８６−３０２６）、１μＬのHMGA2Bio-Rad ddPCRアッセイＩＤ：ｄＨＳａＣＰＥ５０２９０８６  ＦＡＭプローブ、１μＬのACTB Bio-Rad ddPCRアッセイＩＤ：ｄＨｓａＣＰＥ５１９０２００  ＨＥＸプローブ、サンプルからの４μＬのｃＤＮＡ及び５μＬのＨ２Ｏ。液滴は、Bio-RadAutoDG機器で生成され、その後、VeritiDx Thermal Cyclerにおいて次の条件で増幅された。９５℃で１０分間保持し、４０サイクルの９４℃で３０秒間、その後、６０℃で１分間、９８℃で１０分間、４℃で少なくとも３０分間保持する。増幅後、ＰＣＲ反応をBio-Rad QX200プレートリーダーに移し、液滴を分析した。閾値を、各サンプルの正の液滴と負の液滴とを区別するために、各サンプルに対して手動で設定した。
【０３０９】
ｄｄＰＣＲ分析：
[0317]  各実験のサンプル分析は、QuantaSoftソフトウェアを使用して実行される。全てのサンプルの陽性液滴濃度は、対応するテンプレートなし対照（ＮＴＣ）で検出されたように、陰性クラスターに基づいて、手動で配置された蛍光閾値を使用して決定された。単一サンプル内の標的ＤＮＡ濃度（コピー／μＬ）及び絶対液滴数を定量的結果測定として使用した。ｄｄＰＣＲは、コピー／ウェル（反応）として絶対定量を提供するため、ｄｄＰＣＲ比の値が高いほど高ＨＭＧＡ２発現に対応する。ｄｄＰＣＲサンプル分析を、生のＨＭＧＡ２コピー数値及び１つ以上のハウスキーピング遺伝子から得られたコピー数値に正規化されたＨＭＧＡ２コピー数値の両方を考慮して実行した。正規化されたコピー数値は、（ＨＭＧＡ２のコピー数値／単一（又は平均）のハウスキーピング遺伝子のコピー数値）として計算される。例示的な実施形態において、ＡＣＴＢ（ベータアクチン）は、ハウスキーピング遺伝子として使用され得る。
【０３１０】
HTG EdgeSeq：
[0318]  ＦＦＰＥ標本をチューブにかき出し、ＨＴＧの溶解緩衝剤で溶解した後、遺伝子特異的ＤＮＡヌクレアーゼプロテクションプローブ（ＮＰＰ）を導入した。ＮＰＰを、生体マトリックスに可溶性であるか又は架橋することの両方の可能性がある標的ＲＮＡにハイブリダイズさせた後、Ｓ１ヌクレアーゼを追加し、ハイブリダイズしていない過剰なＮＰＰ及びＲＮＡを除去し、標的ＲＮＡにハイブリダイズしたＮＰＰのみを残す。したがって、標的ＲＮＡのＮＰＰへの化学量論的変換が達成され、ＲＮＡに対するＮＰＰの実質的な１：１の比率を生成する。ｑＮＰＡステップは、HTG EdgeSeqプロセッサーで自動化され、その後、配列決定アダプター及びタグが追加されるＰＣＲが行われる。標識されたサンプルをプールし、洗浄し、標準プロトコルを使用して、次世代配列決定（ＮＧＳ）プラットフォームで配列決定する。ＮＧＳ機器からのデータをHTG EdgeSeq parserソフトウェアによって処理し、報告する。
【０３１１】
ＨＭＧＡ２発現に基づく抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置のための患者集団の選択
[0319]  実施例１において、提示されたデータは、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質に応答しなかったＴＮＢＣ患者（非奏功者）と比較して、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置に反応したＴＮＢＣ患者（奏功者）においてＨＭＧＡ２の顕著な過剰発現があることを示した。このセクションでは、高ＨＭＧＡ２発現を示すカットオフ（例えば、Ｃｔ値又はカウントレベル）を使用して、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβによる処置のための患者を選択する方法を説明する。特定の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者集団を選択するためのＨＭＧＡ２高発現カットオフは、ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたデータ及びｑＰＣＲ及び／又はｄｄＰＣＲから得られたデータの取り込みによって推定される。ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたＴＰＭ値は、絶対定量法（例えば、ｑＰＣＲ又はｄｄＰＣＲ）から得ることができる定量値に変換され得る。ＲＮＡ−ｓｅｑから得られたＴＰＭ値からＣｔ値（ｑＰＣＲの場合）又はｄｄＰＣＲ比の値（ｄｄＰＣＲの場合）にマッピングする伝達関数が生成される。この伝達関数は、高ＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ又はｄｄＰＣＲ比のレベルを見出すために使用される。特定の実施形態において、高ＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１−ｌｏｇ２（ＴＰＭ最低／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝Ｃｔ値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたΔＣｔ値（ＨＭＧＡ２の相対ｑＰＣＲ発現の中央値）；
ＴＰＭ最低＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【０３１２】
[0320]  特定の実施形態において、高ＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するＣｔ値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１−ｌｏｇ２（ＴＰＭ２番目に低い／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝Ｃｔ値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたΔＣｔ値（ＨＭＧＡ２の相対ｑＰＣＲ発現の中央値）；
ＴＰＭ２番目に低い＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【０３１３】
[0321]  特定の実施形態において、高ＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するｄｄＰＣＲ比の値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１（ＴＰＭ最低／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝ｄｄＰＣＲ比の値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたｄｄＰＣＲ比の値（ＨＭＧＡ２のｄｄＰＣＲ比の値の中央値）；
ＴＰＭ最低＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた最低ＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【０３１４】
[0322]  特定の実施形態において、高ＨＭＧＡ２発現に関してカットオフを提供することができる、対応するｄｄＰＣＲ比の値を見出すために使用される伝達関数は、以下の通りである：
Ｙ１＝Ｘ１×（ＴＰＭ２番目に低い／ＴＰＭベースライン）；
ここで、Ｙ１＝ｄｄＰＣＲ比の値カットオフ；
Ｘ１＝正規化されたｄｄＰＣＲ比の値（ＨＭＧＡ２のｄｄＰＣＲ比の値の中央値）；
ＴＰＭ２番目に低い＝抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質処置が奏功する患者のＲＮＡ−ｓｅｑから得られた２番目に低いＨＭＧＡ２発現（ＴＰＭ値）；
ＴＰＭベースライン＝臨床反応にかかわらず、全ての患者のＨＭＧＡ２発現の中央値。
【０３１５】
[0323]  特定の実施形態において、十分なサイズの一連の腫瘍サンプル（例えば、５０、１００、１５０、２００又は２５０の腫瘍サンプル）が得られ、ＲＮＡ−ｓｅｑ及びｑＰＣＲ（又はｄｄＰＣＲ）は、ＲＮＡ−ｓｅｑ及びｑＰＣＲによるＨＭＧＡ２発現定量の直接比較を可能にする一致したデータセットを生成するために各サンプルに対して実行される。ｑＰＣＲ  Ｃｔ値（又はｄｄＰＣＲ比の値）からのモデル伝達関数は、ＴＰＭの関数としてスプライン回帰モデル発現レベルを実行することによって得ることができる（Friedman, Jerome H.“Multivariate adaptive regression splines.”Annals of Statistics 19.1(1991): 1-67を参照されたく；Kuhn, Max, and Kjell Johnson. Applied Predictive Modeling.Vol. 26. New York: Springer, 2013も参照されたい）。新しいデータセットにおけるＨＭＧＡ２の分布を、実施例１で説明したデータセットから得られた分布と比較することにより、任意のバッチ効果全体の伝達関数及び大きさの妥当性を試験する。バッチ効果がこのモデル伝達関数の有用性を損なわないことが確認されると、この伝達関数を利用して、高ＨＭＧＡ２発現カットオフが得られる。
【０３１６】
[0324]  ＲＮＡ−ｓｅｑからのＨＭＧＡ２発現データ（倍率変化導出法）：抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を用いて処置されたＴＮＢＣ患者の例示的な集団コホートでは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍サンプル（ｎ＝１１８）を使用して、実施例４においてＲＮＡを抽出し、ＲＮＡの品質を評価する。品質管理（ｎ＝１０３）に合格したサンプルで実行されたＲＮＡ−ｓｅｑの分析（実施例１に記載）は、奏功者と非奏功者におけるＨＭＧＡ２発現の平均差が３２倍であることを示す。同じ例示的な母集団コホートは、臨床反応に関係なく、全ての患者でＨＭＧＡ２の発現中央値が９．８２転写物／百万（ＴＰＭ）、奏功者間で最低ＨＭＧＡ２発現が１８．８６ＴＰＭ及び奏功者間で２番目に低いＨＭＧＡ２発現が１７７．７５ＴＰＭであることを示す。
【０３１７】
[0325]  Ｃｔ値を使用したＨＭＧＡ２発現カットオフ（倍率変化導出法）：並行して、品質管理に合格した全サンプル（ｎ＝１０３）について、実施例４に記載の方法でｑＰＣＲ実験を行い、ＨＭＧＡ２及びハウスキーピング遺伝子であるベータアクチンについて発現Ｃｔ値を取得する。実施例４に記載したｑＰＣＲ実験の分析方法（比較ΔＣｔ法）を使用して、１２．１のΔＣｔ（ＨＭＧＡ２について相対ｑＰＣＲ発現の中央値）を得た。次に、次の式を使用して、寛容なカットオフＣｔ値を取得する。
寛容なカットオフＣｔ値＝ＨＭＧＡ２について正規化されたΔＣｔ値−ｌｏｇ２（１８．８６／９．８２）
【０３１８】
[0326]  例示的な実施形態において、１１．６の寛容なカットオフＣｔ値は、１２．１のΔＣｔ値を使用して得られ、１１．１６以下のＣｔ値を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。
【０３１９】
[0327]  同様に、控えめなカットオフＣｔ値は、次の式を使用して取得され得る。
控えめなカットオフＣｔ値＝ＨＭＧＡ２について正規化されたΔＣｔ値−ｌｏｇ２（１７７．７５／９．８２）
【０３２０】
[0328]  例示的な実施形態において、７．９２の控えめなカットオフＣｔ値は、１２．１のΔＣｔ値を使用して得られ、７．９２以下のＣｔ値を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。
【０３２１】
[0329]  ｄｄＰＣＲ比率値を使用したＨＭＧＡ２発現カットオフ（倍率変化導出法）：並行して、１０３個の腫瘍サンプルのうちの５８個について、実施例４に記載の方法でｄｄＰＣＲ実験を行い、ＨＭＧＡ２及びハウスキーピング遺伝子であるベータアクチンの発現値を取得する。特定の実施形態において、ｄｄＰＣＲによるベータアクチンと比較したＨＭＧＡ２発現の定量化は、高及び低ＨＭＧＡ２発現間のカットオフを確立するために実行される。例示的な実施形態において、下記の式を使用して、ｄｄＰＣＲ比の中央値０．０５４が得られる。
ｄｄＰＣＲ比＝（ＨＭＧＡ２コピー数／ベータアクチンコピー数）×１００００
【０３２２】
[0330]  ｄｄＰＣＲ比の中央値を使用して、次の式を使用して寛容なカットオフ値が得られる。
寛容なカットオフ値＝ＨＭＧＡ２についてｄｄＰＣＲ比の中央値×（１８．８６／９．８２）
【０３２３】
[0331]  例示的な実施形態において、０．１０４の寛容なカットオフ値がｄｄＰＣＲ比の中央値０．０５４を使用して得られ、０．１０４以上のｄｄＰＣＲ比を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。同様に、控えめなカットオフ値は、次の式を使用して取得され得る。
控えめなカットオフ値＝ＨＭＧＡ２についてｄｄＰＣＲの中央値×（１７７．７５／９．８２）
【０３２４】
[0332]  例示的な実施形態において、０．９７６の控えめなカットオフ値がｄｄＰＣＲ値の中央値０．０５４を使用して得られ、０．９７６以上のｄｄＰＣＲ比を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。
【０３２５】
[0333]  ＲＮＡ−ｓｅｑからのＨＭＧＡ２発現データ（パーセンタイル導出法）：抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を用いて処置されたＴＮＢＣ患者の例示的な集団コホートでは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍サンプル（ｎ＝１１８）を使用して、実施例４においてＲＮＡを抽出し、ＲＮＡの品質を評価する。品質管理（ｎ＝１０３）に合格したサンプルで実行されたＲＮＡ−ｓｅｑの分析（実施例１に記載）は、７８．６パーセンタイルに対応する２８サンプル中２２位にランク付けされた奏功者の中で最低ＨＭＧＡ２発現を示す。ＨＭＧＡ２発現は、奏功者の中で２番目に低く、２８サンプル中２６位であり、９２．９パーセンタイルに相当した。
【０３２６】
[0334]  Ｃｔ値を使用したＨＭＧＡ２発現カットオフ（パーセンタイル導出法）：特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２発現の相対的定量を得るためにｑＰＣＲ実験を実行し、高及び低ＨＭＧＡ２発現間のカットオフを確立する。例示的な実施形態において、７８．６パーセンタイルにおける相対ｑＰＣＲ発現は、８．７のΔＣｔ値（寛容なカットオフ）であり、８．７以下のΔＣｔ値を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。別の例示的な実施形態において、９２．９パーセンタイルにおける相対ｑＰＣＲ発現は、６．９のΔＣｔ値（控えめなカットオフ）であり、６．９以下のΔＣｔ値を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。
【０３２７】
[0335]  ｄｄＰＣＲ比率値を使用したＨＭＧＡ２発現カットオフ（パーセンタイル導出法）：特定の実施形態において、ＨＭＧＡ２発現は、高及び低ＨＭＧＡ２発現間のカットオフを確立するために、ｄｄＰＣＲによって定量化することができる。例示的な実施形態において、７８．６パーセンタイルにおける相対ｄｄＰＣＲ発現は、０．４６７のｄｄＰＣＲ比率値（寛容なカットオフ）であり、０．４６７以上のＨＭＧＡ２相対発現を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。別の例示的な実施形態において、９２．９パーセンタイルにおける相対ｄｄＰＣＲ発現は、１．３７５（控えめなカットオフ）であり、１．３７５以上のＨＭＧＡ２相対発現を有する患者は、ＨＭＧＡ２高値として分類され、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に適していることを示唆する。表７に、ｑＰＣＲ及びｄｄＰＣＲによって取得され、倍数変化導出法及びパーセンタイル導出法によって分析された発現カットオフ値の例を列挙する。カットオフ値は、分析法の検出力（例えば、集団コホートサイズ）に依存し、サンプルサイズ及び集団特性間の差（例えば、年齢、性別、人種、喫煙習慣、食習慣、ボディーマスインデックス（ＢＭＩ）、レクリエーショナルドラッグ使用、医薬品使用及び／又は運動習慣）に依存して変化する可能性がある。
【０３２８】
【表１４】
2021534195.tif 000040
【０３２９】
実施例５：以前の処置に難治性又は抵抗性のＴＮＢＣ患者の処置
[0337]  目的：転移性及び難治性（３Ｌ＋）のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）の患者が１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ療法による処置のために選択され、安全性及び有効性を評価した。
【０３３０】
[0338]  研究設計及び結果：進行性疾患、許容できない毒性又は治験中止が確認されるまで、合計３３人の患者を２週間ごとに１２００ｍｇの用量で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップにより処置した。トリプルネガティブ乳がん患者におけるＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ拡大コホートの安全性の概要は、以下に列挙した通りである。このコホートの患者は、２週間ごとに１，２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップを投与された。
【０３３１】
[0339]  このコホートに登録された３３人の患者の追跡期間中央値は、１８．０週間（範囲：４．０〜３１．７週間）で平均３．８回の投与（範囲：１．０〜１２．０回）を受けた。２人の患者（６．１％）が進行中であった。３１人の患者は、進行性疾患（ｎ＝２６、７８．８％）、死亡（ｎ＝１、３．０％、疾患の進行による）、有害事象（ｎ＝２、６．１％、高トランスアミナーゼ血症、溶血）、プロトコルの不遵守（ｎ＝１、３．０％、予約を遵守できない患者）及び同意の撤回（ｎ＝１、３．０％、臨床的に進行し、ホスピスに入院）のため、試験を中止した。
【０３３２】
[0340]  表８に、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップに関係なく、３名以上の患者に生じた処置上の緊急有害事象（ＴＥＡＥ）及びグレード３以上の全てのＡＥを列挙する。最も一般的なＴＥＡＥは、呼吸困難（ｎ＝１０、３０．３％）、貧血（ｎ＝９、２７．３％）、下痢（ｎ＝８、２４．２％）、無力症（ｎ＝８、２４．２％）、発熱（ｎ＝８、２４．２％）、食欲減退（８、２４．２％）及び頭痛（ｎ＝８、２４．２％）を含む。調査者によって抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップに関連するとして評価された７つのグレード３＋事象を有する５人の患者（１５．２％）がいた。これらには、溶血（グレード５）、血小板減少症（グレード５）、呼吸困難（グレード５）、貧血（グレード３、３事象）及びトランスアミナーゼの増加（グレード３）が含まれる。治験調査者により、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップとの関連があると評価された３件のＧ５事象は、試験登録時に広範な病変を有する１人の患者に発生し、同時に３回の投与後に多発性肺塞栓症、進行性疾患及び拡張性胸水が認められた。溶血又は血小板減少症を介する自己抗体は、精密検査で確認されなかった。角化棘細胞腫及び皮膚扁平上皮細胞がん（他のＴＧＦ−β阻害薬で同定されたものと類似）を含有する皮膚病変は、試験で投与された全患者の約３〜５％に発生し、外科的切除により良好に管理された。ただし、これらの皮膚病変は、いずれもこのコホートで発生しなかった。要約すると、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、忍容性が良好であり、安全性プロファイルは、この高度に前処置された進行性トリプルネガティブ乳がんコホートの期待と一致していた。
【０３３３】
【表１５】
2021534195.tif 000041
【０３３４】
【表１６】
2021534195.tif 000042
【０３３５】
【表１７】
2021534195.tif 000043
【０３３６】
[0342]  ナラティブに記載されている通り、治験調査者により抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップとの関連があると評価された３件のＧ５  ＴＥＡＥ（呼吸困難、溶血、血小板減少）を１人の患者が有していた。Ｇ５事象を伴う追加の７人の患者は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップに関連していると考えられなかった。プロトコルごとに、ＴＥＡＥの「進行性疾患」は、患者が直近の薬剤投与から２８日以内に進行性疾患のために死亡した場合又は疾患の進行が予想よりも早く発生したと調査者によって評価された場合に文書化された。
【０３３７】
[0343]  例示的な一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、ＴＮＢＣを有するがん患者に１８００ｍｇのＢＷ非依存性用量として３週間に１回投与される。投与は、約一時間かけて静脈内で実行される（−１０分／＋２０分、例えば５０分〜８０分）。例示的な一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、ＴＮＢＣを有するがん患者に２１００ｍｇのＢＷ非依存性用量として３週間に１回投与される。投与は、約一時間かけて静脈内で実行される（−１０分／＋２０分、例えば５０分〜８０分）。例示的な一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、ＴＮＢＣを有するがん患者に２４００ｍｇのＢＷ非依存性用量として３週間に１回投与される。投与は、約１時間かけて静脈内で実行される（−１０分／＋２０分、例えば５０分〜８０分）。例示的な一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップは、ＴＮＢＣを有するがん患者に対して２６００ｍｇ、２８００ｍｇ又は３０００ｍｇのＢＷ非依存用量として３週間に１回投与される。投与は、約１時間かけて静脈内で実行される（−１０分／＋２０分、例えば５０分〜８０分）。１つ以上の例示的な実施形態において、可能性として考えられる、注入に関係する反応を静めるために、抗ヒスタミン薬及びパラセタモール（アセトアミノフェン）（例えば、２５〜５０ｍｇジフェンヒドラミン及び５００〜６５０ｍｇパラセタモール［アセトアミノフェン］ＩＶ又は経口均等物）による前投薬を、各抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ投与のおよそ３０〜６０分前に最初の２回の注入について投与した。グレード２以上の注入反応が最初の２回の注入間に観察される場合、前投薬を停止しない。前投薬としてのステロイドは、許可されない。
【０３３８】
[0344]  以下では、この実施例で使用される患者の選択基準について説明する。患者：
−  インフォームドコンセントの時点で１８歳以上
−  ＴＮＢＣの診断が組織学的に確認されている
−  ＲＥＣＩＳＴ１．１に基づいて測定可能な疾患を有する（Eisenhauer et al., EJC. 2009; 45:228-247を参照されたい）
−  以前に全身療法処置又は抗ＰＤＬ１抗体若しくは抗ＣＴＬＡ−４抗体等のＴ細胞共調節タンパク質（免疫チェックポイント）を標的とした抗体若しくは薬剤の投与を受けたことがなく、転移性又は難治性の（３Ｌ＋）ＴＮＢＣ（ネオアジュバント／アジュバント療法の一環として、細胞障害性化学療法、生物学的療法及び／又は放射線療法による処置の完了は、転移性疾患の診断の少なくとも６カ月前に完了している限り許容される）と診断されている
−  少なくとも１２週間の平均余命がある（診断後の患者の予後に関する医師の評価に基づく）
−  バイオマーカー分析について適した利用可能な腫瘍材料（生後６ヶ月未満）がある
−  ０〜１の米国東海岸がん臨床試験群のパフォーマンスステータス（ＥＣＯＧ  ＰＳ）がある
−  絶対好中球数（ＡＮＣ）≧１．５×１０９／Ｌ、血小板数≧１００×１０９／Ｌ及びＨｇｂ≧９ｇ／ｄＬと考えられる十分な血液学的機能を有する
−  総ビリルビンレベル≦１．５×正常上限（ＵＬＮ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）レベル≦３．０×ＵＬＮ、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）レベル≦３．０×ＵＬＮ及びアルカリホスファターゼ≦２．５ＵＬＮと考えられる十分な肝機能を有する腫瘍が肝臓に関与している参加者の場合、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）≦５．０×ＵＬＮ、アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）≦５．０×ＵＬＮ及びビリルビン≦３．０×ＵＬＮが許容される
−  クレアチニン≦１．５×ＵＬＮ又は計算されたクレアチニンクリアランス＞３０ｍＬ／分と考えられる十分な腎機能を有する；及び
−  参加者が抗凝固療法を受けている場合を除いて、国際標準化比（ＩＮＲ）又はプロトロンビン時間（ＰＴ）が≦１．５×ＵＬＮ、参加者が抗凝固療法を受けている場合を除いて、活性化部分トロンボプラスチン時間（ａＰＴＴ）が≦１．５×ＵＬＮと考えられる十分な凝固機能を有する。
【０３３９】
実施例６：高ＨＭＧＡ２発現を有するＴＮＢＣ患者の処置
[0345]  目的：本研究の目的は、第一選択全身化学療法時又は後、高ＨＭＧＡ２発現及び疾患進行を伴う腫瘍を有する進行性トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者で抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置の最良奏効率（ｂｅｓｔ  ｏｖｅｒａｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ：ＢＯＲ）を決定することである。
【０３４０】
[0346]  研究設計：本試験は、ＨＭＧＡ２の高発現を有する進行性トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者を対象として、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップの臨床効果を評価する第ＩＩ相シングルアームバイオマーカー主導型試験である。
【０３４１】
[0347]  例示的な一実施形態において、ＴＮＢＣ患者からの腫瘍は、ＴＮＢＣ患者の母集団平均より少なくとも２．２７倍高いＨＭＧＡ２発現レベルと見なされる高ＨＭＧＡ２発現についてスクリーニングされる。腫瘍材料は、全ての参加者が集中型ＲＴ−ＰＣＲによってＨＭＧＡ２状態を確認するために必要であり、新鮮な生検又はアーカイブ材料が含まれ得る。
【０３４２】
[0348]  高ＨＭＧＡ２発現についてあらかじめ設定したカットオフを満たす約２９人の患者がこの研究に登録されている。患者は、１４日（＋／−３日）ごとに１回の注入あたり１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質で処置される。処置は、疾患の進行、許容できない毒性、持続的に確認された完全奏功が確認されるまで又は試験が中止されるまで、最長２年間の処置が継続される。任意選択により、研究医学監視者と協議の上、患者が処置を継続することで利益を得ることができると判断された場合、処置期間の延長又は疾患の進行が確認された後の処置が可能である。
【０３４３】
[0349]  可能性のある注入関連の反応を軽減するために、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップの最初の２回の投与前に、任意選択により、抗ヒスタミン剤及びアセトアミノフェンの前投薬を行うことができる。ステロイドの前投薬を受けた患者は、研究から除外されない。
【０３４４】
[0350]  効能評価：抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置への奏功は、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準に従い、６〜８週間＋／−７日ごとにＣＴ影像によって評価される。ベースラインで実行したスキャンをその後の訪問時に繰り返す。一般に、ベースライン時に検出された病変は、続く腫瘍判定訪問時に同じ画像手法、好ましくは同じ画像機器を使用して経過観察される。全体奏効率（ＯＲＲ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び奏効期間（ＤＯＲ）が計算され、過去の対照と比較される。
【０３４５】
[0351]  処置は、固形がんの治療効果判定のためのガイドラインバージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ１．１）に従い、進行性疾患（ＰＤ）若しくは許容できない毒性が確認されるまで又は最大２４ヶ月間継続される。安定した疾患（ＳＤ）、部分奏功（ＰＲ）又は完全奏功（ＣＲ）を経験した患者は、追加の処置が可能であるが、２４ヶ月の終わりまで処置を継続する。研究医学監視者と協議の上、患者が処置を継続することで利益を得ることができると判断された場合、疾患の進行が確認された後の処置が可能である。
【０３４６】
[0352]  処置期間を通して、抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップ処置の安全性は、ベースラインの医学的状態、有害事象（ＡＥ）、バイタルサインを含む身体検査所見、ＥＣＯＧパフォーマンスステータス及び臨床検査の記録、報告及び分析を介し、高ＨＭＧＡ２を有する進行性で処置経験のあるトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者で評価される。
【０３４７】
[0353]  結果：客観的な腫瘍反応は、完全奏功（ＣＲ）又は部分奏功（ＰＲ）の最良奏功率（ＢＯＲ）に達した参加者数を解析集団の参加者数で割った値と定義される全奏功率（ＯＲＲ）によって評価される。無増悪生存期間とは、無作為化後、ＲＥＣＩＳＴ１．１に従って評価された客観的な疾患進行（ＰＤ）の最初の記録日又は何らかの原因による死亡のいずれかが最初に生じた日までの期間と定義される。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置は、高ＨＭＧＡ２発現するＴＮＢＣ患者について臨床反応を改善すると考えられる。処置を受けた患者は、疾患応答（例えば、部分奏功、完全奏功、安定した疾患）及び／又は生存期間の改善（例えば、無増悪生存期間及び／又は全生存期間）を示す。抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置は、全身化学療法と比較して、高ＨＭＧＡ２発現するＴＮＢＣ患者の優れた生存期間をもたらすと考えられる。
【０３４８】
[0354]  別の例示的な実施形態において、ＴＮＢＣ患者は、ＴＮＢＣ患者の母集団平均よりも１．７３倍高いＭＥＣＯＭ発現レベルと見なされる、高ＭＥＣＯＭ発現についてスクリーニングされる。次に、同様の研究は、高ＭＥＣＯＭ発現についてあらかじめ設定したカットオフを満たす３０人の患者で実施する。
【０３４９】
[0355]  要約すると、ＨＭＧＡ２は、ＴＮＢＣ患者における抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップによる処置に対する奏功の改善を判断するための信頼できる新しいバイオマーカーであることが確認された。
【０３５０】
番号付けされた実施形態
[0356]  本明細書に開示される実施形態は、本開示の番号付けされた実施形態に提供されるような実施形態Ｐ１〜Ｐ９２を含む。
【０３５１】
[0357]  実施形態Ｐ１：患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法。
【０３５２】
[0358]  実施形態Ｐ２：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法。
【０３５３】
[0359]  実施形態Ｐ３：患者であって、抗ＴＧＦβ剤で患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、患者の高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する患者におけるＨＭＧＡ２発現の増加したレベルは、患者を、前記抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法。
【０３５４】
[0360]  実施形態Ｐ４：患者のＨＭＧＡ２レベルは、患者からの組織サンプルを分析することによって決定される、実施形態Ｐ１〜Ｐ３のいずれか１つに記載の方法。
【０３５５】
[0361]  実施形態Ｐ５：組織サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、実施形態Ｐ４に記載の方法。
【０３５６】
[0362]  実施形態Ｐ６：ＨＭＧＡ２のレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、実施形態Ｐ４又はＰ５に記載の方法。
【０３５７】
[0363]  実施形態Ｐ７：抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、実施形態Ｐ１〜Ｐ６のいずれか１つに記載の方法。
【０３５８】
[0364]  実施形態Ｐ８：患者は、少なくとも１２００ｍｇの抗ＴＧＦβ剤を投与される、実施形態Ｐ７に記載の方法。
【０３５９】
[0365]  実施形態Ｐ９：患者は、少なくとも１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ７に記載の方法。
【０３６０】
[0366]  実施形態Ｐ１０：患者は、１８００ｍｇ〜３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ７に記載の方法。
【０３６１】
[0367]  実施形態Ｐ１１：患者は、１８００ｍｇ〜２１００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ７に記載の方法。
【０３６２】
[0368]  実施形態Ｐ１２：患者は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ７に記載の方法。
【０３６３】
[0369]  実施形態Ｐ１３：患者は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、実施形態Ｐ１２に記載の方法。
【０３６４】
[0370]  実施形態Ｐ１４：患者は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ１０に記載の方法。
【０３６５】
[0371]  実施形態Ｐ１５：患者は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、実施形態Ｐ１４に記載の方法。
【０３６６】
[0372]  実施形態Ｐ１６：患者は、２１００ｍｇ又は３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、実施形態Ｐ１０に記載の方法。
【０３６７】
[0373]  実施形態Ｐ１７：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、実施形態Ｐ１〜Ｐ１６のいずれか１つに記載の方法。
【０３６８】
[0374]  実施形態Ｐ１８：ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化は、ＰＣＲを介したものである、実施形態Ｐ１７に記載の方法。
【０３６９】
[0375]  実施形態Ｐ１９：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも２．２７倍多い、実施形態Ｐ１〜Ｐ１８のいずれか１つに記載の方法。
【０３７０】
[0376]  実施形態Ｐ２０：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも５倍多い、実施形態Ｐ１〜Ｐ１９のいずれか１つに記載の方法。
【０３７１】
[0377]  実施形態Ｐ２１：増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、実施形態Ｐ１〜Ｐ１８のいずれか１つに記載の方法。
【０３７２】
[0378]  実施形態Ｐ２２：患者における増加したＨＭＧＡ２発現は、抗ＴＧＦβ剤による処置に奏功しない患者におけるＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜３５倍多い、実施形態Ｐ１〜Ｐ１８のいずれか１つに記載の方法。
【０３７３】
[0379]  実施形態Ｐ２３：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルによって決定されている、実施形態Ｐ１〜Ｐ１６のいずれか１つに記載の方法。
【０３７４】
[0380]  実施形態Ｐ２４：増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルは、免疫組織化学によって決定されている、実施形態Ｐ２３に記載の方法。
【０３７５】
[0381]  実施形態Ｐ２５：ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した、実施形態Ｐ２４に記載の方法。
【０３７６】
[0382]  実施形態Ｐ２６：患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、ＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法。
【０３７７】
[0383]  実施形態Ｐ２７：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、ＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法。
【０３７８】
[0384]  実施形態Ｐ２８：患者であって、抗ＴＧＦβ剤で患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、患者のＭＥＣＯＭのレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する患者におけるＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルは、患者を、抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法。
【０３７９】
[0385]  実施形態Ｐ２９：患者のＭＥＣＯＭレベルは、患者からのサンプルを分析することによって決定される、実施形態Ｐ２６〜Ｐ２８のいずれか１つに記載の方法。
【０３８０】
[0386]  実施形態Ｐ３０：サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、実施形態Ｐ２９に記載の方法。
【０３８１】
[0387]  実施形態Ｐ３１：ＭＥＣＯＭのレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、実施形態Ｐ２９又はＰ３０に記載の方法。
【０３８２】
[0388]  実施形態Ｐ３２：抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、実施形態Ｐ２６〜Ｐ３１のいずれか１つに記載の方法。
【０３８３】
[0389]  実施形態Ｐ３３：患者は、少なくとも１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３２に記載の方法。
【０３８４】
[0390]  実施形態Ｐ３４：患者は、少なくとも１８００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３２又はＰ３３に記載の方法。
【０３８５】
[0391]  実施形態Ｐ３５：患者は、１８００ｍｇ〜３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３４に記載の方法。
【０３８６】
[0392]  実施形態Ｐ３６：患者は、１８００ｍｇ〜２１００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３５に記載の方法。
【０３８７】
[0393]  実施形態Ｐ３７：患者は、１２００ｍｇのタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３６に記載の方法。
【０３８８】
[0394]  実施形態Ｐ３８：患者は、１２００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を２週間に１回投与される、実施形態Ｐ３７に記載の方法。
【０３８９】
[0395]  実施形態Ｐ３９：患者は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を投与される、実施形態Ｐ３５に記載の方法。
【０３９０】
[0396]  実施形態Ｐ４０：患者は、２４００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、実施形態Ｐ３９に記載の方法。
【０３９１】
[0397]  実施形態Ｐ４１：患者は、３０００ｍｇの抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質を３週間に１回投与される、実施形態Ｐ３５に記載の方法。
【０３９２】
[0398]  実施形態Ｐ４２：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４１のいずれか１つに記載の方法。
【０３９３】
[0399]  実施形態Ｐ４３：ＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡ発現の定量化は、ＰＣＲを介したものである、実施形態Ｐ４２に記載の方法。
【０３９４】
[0400]  実施形態Ｐ４４：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間のＭＥＣＯＭ発現の既知の集団平均レベルより少なくとも１．５倍多い、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４３のいずれか１つに記載の方法。
【０３９５】
[0401]  実施形態Ｐ４５：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間のＭＥＣＯＭ発現の既知の集団平均レベルより少なくとも２．５倍多い、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４３のいずれか１つに記載の方法。
【０３９６】
[0402]  実施形態Ｐ４６：増加したＭＥＣＯＭ発現は、通常レベルのＭＥＣＯＭ発現より少なくとも１００％、少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４３のいずれか１つに記載の方法。
【０３９７】
[0403]  実施形態Ｐ４７：患者における増加したＭＥＣＯＭ発現は、抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない患者におけるＭＥＣＯＭ発現より少なくとも１９倍多い、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４３のいずれか１つに記載の方法。
【０３９８】
[0404]  実施形態Ｐ４８：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＭＥＣＯＭタンパク質の定量化によって決定されている、実施形態Ｐ２６〜Ｐ４１のいずれか１つに記載の方法。
【０３９９】
[0405]  実施形態Ｐ４９：増加したＭＥＣＯＭタンパク質レベルは、免疫組織化学によって決定されている、実施形態Ｐ４８に記載の方法。
【０４００】
[0406]  実施形態Ｐ５０：ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＭＥＣＯＭタンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、増加したＭＥＣＯＭタンパク質発現レベルを決定した、実施形態Ｐ４９に記載の方法。
【０４０１】
[0407]  実施形態Ｐ５１：患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０２】
[0408]  実施形態Ｐ５２：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０３】
[0409]  実施形態Ｐ５３：患者であって、抗ＴＧＦβ剤で患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、患者の高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する患者におけるＨＭＧＡ２発現の増加したレベルは、患者を、前記抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０４】
[0410]  実施形態Ｐ５４：患者のＨＭＧＡ２レベルは、患者からの組織サンプルを分析することによって決定される、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５３のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０５】
[0411]  実施形態Ｐ５５：組織サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、実施形態Ｐ５４に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０６】
[0412]  実施形態Ｐ５６：ＨＭＧＡ２のレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、実施形態Ｐ５４又はＰ５５に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０７】
[0413]  実施形態Ｐ５７：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５６のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０８】
[0414]  実施形態Ｐ５８：ＨＭＧＡ２  ｍＲＮＡ発現の定量化は、ＰＣＲを介したものである、実施形態Ｐ５７に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４０９】
[0415]  実施形態Ｐ５９：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも２．２７倍多い、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５８のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１０】
[0416]  実施形態Ｐ６０：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＴＮＢＣ患者の間の既知の集団平均ＨＭＧＡ２発現より少なくとも５倍多い、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５９のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１１】
[0417]  実施形態Ｐ６１：増加したＨＭＧＡ２発現は、通常レベルのＨＭＧＡ２発現より少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５８のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１２】
[0418]  実施形態Ｐ６２：患者における増加したＨＭＧＡ２発現は、抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない患者におけるＨＭＧＡ２発現より少なくとも１９〜３５倍多い、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５８のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１３】
[0419]  実施形態Ｐ６３：増加したＨＭＧＡ２発現は、ＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルによって決定されている、実施形態Ｐ５１〜Ｐ５６のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１４】
[0420]  実施形態Ｐ６４：増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルは、免疫組織化学によって決定されている、実施形態Ｐ６３に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１５】
[0421]  実施形態Ｐ６５：ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＨＭＧＡ２タンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、増加したＨＭＧＡ２タンパク質発現レベルを決定した、実施形態Ｐ６４に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１６】
[0422]  実施形態Ｐ６６：患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理する方法であって、既知の対照レベルに対して、ＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣを処置することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１７】
[0423]  実施形態Ｐ６７：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）患者の処置又は生存期間の増加において少なくとも部分奏功を達成する方法であって、既知の対照レベルに対して、ＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルを有すると判断された患者に抗ＴＧＦβ剤を投与することと、それにより患者のＴＮＢＣの処置において少なくとも部分奏功を達成することとを含む方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１８】
[0424]  実施形態Ｐ６８：患者であって、抗ＴＧＦβ剤で患者のトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を処置又は管理するのに適した患者を特定する方法であって、患者のＭＥＣＯＭのレベルを決定することを含み、既知の対照レベルに対する患者におけるＭＥＣＯＭ発現の増加したレベルは、患者を、抗ＴＧＦβ剤でＴＮＢＣを処置するのに適していると特定する、方法における使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４１９】
[0425]  実施形態Ｐ６９：患者のＭＥＣＯＭレベルは、患者からのサンプルを分析することによって決定される、実施形態Ｐ６６〜Ｐ６８のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２０】
[0426]  実施形態Ｐ７０：サンプルは、生検サンプル、血液、血清又は血漿サンプルである、実施形態Ｐ６９に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２１】
[0427]  実施形態Ｐ７１：ＭＥＣＯＭのレベルは、免疫化学又はＲＮＡ発現分析によって決定される、実施形態Ｐ６９又はＰ７０に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２２】
[0428]  実施形態Ｐ７２：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡ発現の定量化を介して決定されている、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７１のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２３】
[0429]  実施形態Ｐ７３：ＭＥＣＯＭ  ｍＲＮＡ発現の定量化は、ＰＣＲを介したものである、実施形態７２に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２４】
[0430]  実施形態Ｐ７４：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間のＭＥＣＯＭ発現の既知の集団平均レベルより少なくとも１．５倍多い、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７３のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２５】
[0431]  実施形態Ｐ７５：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＴＮＢＣ患者の間のＭＥＣＯＭ発現の既知の集団平均レベルより少なくとも２．５倍多い、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７３のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２６】
[0432]  実施形態Ｐ７６：増加したＭＥＣＯＭ発現は、通常レベルのＭＥＣＯＭ発現より少なくとも１００％、少なくとも２００％高いか、少なくとも３００％高いか、少なくとも４００％高いか、少なくとも５００％高いか、少なくとも６００％高いか、少なくとも７００％高いか、少なくとも８００％高いか、少なくとも９００％高いか、少なくとも１０００％高いか又はそれを超える、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７３のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２７】
[0433]  実施形態Ｐ７７：患者における増加したＭＥＣＯＭ発現は、抗ＴＧＦβ剤による処置が奏功しない患者におけるＭＥＣＯＭ発現より少なくとも１９倍多い、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７３のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２８】
[0434]  実施形態Ｐ７８：増加したＭＥＣＯＭ発現は、ＭＥＣＯＭタンパク質の定量化によって決定されている、実施形態Ｐ６６〜Ｐ７１のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４２９】
[0435]  実施形態Ｐ７９：増加したＭＥＣＯＭタンパク質レベルは、免疫組織化学によって決定されている、実施形態Ｐ７８に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３０】
[0436]  実施形態Ｐ８０：ＴＮＢＣ患者から得られた組織サンプルにおいてＭＥＣＯＭタンパク質を発現する１％超の腫瘍細胞は、増加したＭＥＣＯＭタンパク質発現レベルを決定した、実施形態Ｐ７９に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３１】
[0437]  実施形態Ｐ８１：抗ＴＧＦβ剤は、（ａ）ヒトタンパク質プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に結合する抗体の重鎖の少なくとも可変領域と；（ｂ）ヒト形質転換増殖因子β受容体ＩＩ（ＴＧＦβＲＩＩ）又は形質転換増殖因子β（ＴＧＦβ）に結合することができるその断片とを含む第１のポリペプチドと、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体の軽鎖の少なくとも可変領域を含む第２のポリペプチドとを含む抗ＰＤ−Ｌ１／ＴＧＦβトラップタンパク質であり、第１のポリペプチドの重鎖及び第２のポリペプチドの軽鎖は、組み合わされると、ＰＤ−Ｌ１に結合する抗原結合部位を形成する、実施形態Ｐ５１〜Ｐ８０のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３２】
[0438]  実施形態Ｐ８２：用量は、１２００ｍｇ〜３０００ｍｇである、実施形態Ｐ５１〜Ｐ８１のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３３】
[0439]  実施形態Ｐ８３：用量は、１２００ｍｇである、実施形態Ｐ８２に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３４】
[0440]  実施形態Ｐ８４：用量は、１２００ｍｇであり、２週間に１回投与される、実施形態Ｐ８３に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３５】
[0441]  実施形態Ｐ８５：用量は、２１００ｍｇ〜２４００ｍｇである、実施形態Ｐ５１〜Ｐ８２のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３６】
[0442]  実施形態Ｐ８６：タンパク質は、３週間に１回投与される、実施形態Ｐ８５に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３７】
[0443]  実施形態Ｐ８７：用量は、２１００ｍｇであり、３週間に１回投与される、実施形態Ｐ８６に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３８】
[0444]  実施形態Ｐ８８：用量は、２４００ｍｇであり、３週間に１回投与される、実施形態Ｐ８６に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４３９】
[0445]  実施形態Ｐ８９：用量は、３０００ｍｇであり、３週間に１回投与される、実施形態Ｐ５１〜Ｐ８２のいずれか１つに記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４４０】
[0446]  実施形態Ｐ９０：タンパク質は、静脈内投与によって投与される、実施形態Ｐ５１〜Ｐ８９のいずれか１つに記載の抗ＴＧＦβ剤。
【０４４１】
[0447]  実施形態Ｐ９１：静脈内投与は、タンパク質を含む製剤を含む事前に充填されたバッグ、事前に充填されたペン又は事前に充填された注射器を用いて実施される、実施形態Ｐ９０に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４４２】
[0448]  実施形態Ｐ９２：バッグは、チューブ及び／又は針を含む導管に接続される、実施形態Ｐ９１に記載の使用のための抗ＴＧＦβ剤。
【０４４３】
配列
配列番号１
分泌型抗ＰＤ−Ｌ１ラムダ軽鎖のペプチド配列
【化２５】
2021534195.tif 000044
配列番号２
抗ＰＤＬ１の分泌型Ｈ鎖のペプチド配列
【化２６】
2021534195.tif 000045
配列番号３
抗ＰＤＬ１／ＴＧＦβトラップの分泌型Ｈ鎖のペプチド配列
【化２７】
2021534195.tif 000046
配列番号４
抗ＰＤ−Ｌ１ラムダ軽鎖の翻訳開始コドンから翻訳終止コドンまでのＤＮＡ配列（ＶＬに先行するリーダー配列は、ウロキナーゼプラスミノーゲン活性化因子由来のシグナルペプチドである）
【化２８】
2021534195.tif 000047
配列番号５
翻訳開始コドンから翻訳終止コドンまでのＤＮＡ配列（ｍＶＫＳＰリーダー：下線を引いた小文字；ＶＨ：大文字；ＫからＡへの突然変異を有するＩｇＧ１ｍ３：小文字；（Ｇ４Ｓ）×４−Ｇ（配列番号１１）リンカー：太字の大文字；ＴＧＦβＲＩＩ：太字の下線を引いた小文字；２つの終止コドン：太字の下線を引いた大文字）
【化２９】
2021534195.tif 000048
配列番号６
突然変異Ａ３１Ｇ、Ｄ５２Ｅ、Ｒ９９Ｙを有する抗ＰＤ−Ｌ１（ｍｕｔ）／ＴＧＦβトラップの分泌型ラムダ軽鎖のポリペプチド配列
【化３０】
2021534195.tif 000049
配列番号７
抗ＰＤ−Ｌ１（ｍｕｔ）／ＴＧＦβトラップの分泌型重鎖のポリペプチド配列
【化３１】
2021534195.tif 000050
配列番号８
ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＡ前駆体ポリペプチド（ＮＣＢＩＲｅｆＳｅｑ受入番号：ＮＰ＿００１０２００１８）
【化３２】
2021534195.tif 000051
配列番号９
ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ前駆体ポリペプチド（ＮＣＢＩＲｅｆＳｅｑ受入番号：ＮＰ＿００３２３３）
【化３３】
2021534195.tif 000052
配列番号１０
ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化３４】
2021534195.tif 000053
配列番号１１
（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４Ｇｌｙリンカー
ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧ
配列番号１２
抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＭＰＤＬ３２８９Ａの分泌型重鎖可変領域のポリペプチド配列
【化３５】
2021534195.tif 000054
配列番号１３
抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＭＰＤＬ３２８９Ａの分泌型軽鎖可変領域のポリペプチド配列
【化３６】
2021534195.tif 000055
配列番号１４
抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＹＷ２４３．５５Ｓ７０の分泌型重鎖可変領域のポリペプチド配列
【化３７】
2021534195.tif 000056
配列番号５０
切断型ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化３８】
2021534195.tif 000057
配列番号５１
切断型ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化３９】
2021534195.tif 000058
配列番号５２
切断型ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化４０】
2021534195.tif 000059
配列番号５３
切断型ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化４１】
2021534195.tif 000060
配列番号５４
変異型ヒトＴＧＦβＲＩＩアイソフォームＢ細胞外ドメインポリペプチド
【化４２】
2021534195.tif 000061
配列番号５５
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の重鎖可変領域のポリペプチド配列
【化４３】
2021534195.tif 000062
配列番号５６
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖可変領域のポリペプチド配列
【化４４】
2021534195.tif 000063
配列番号５７
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の重鎖可変領域のポリペプチド配列
【化４５】
2021534195.tif 000064
配列番号５８
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖可変領域のポリペプチド配列
【化４６】
2021534195.tif 000065
配列番号５９
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の重鎖のポリペプチド配列
【化４７】
2021534195.tif 000066
配列番号６０
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖のポリペプチド配列
【化４８】
2021534195.tif 000067
配列番号６１
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の重鎖のポリペプチド配列
【化４９】
2021534195.tif 000068
配列番号６２
抗ＰＤ−Ｌ１抗体の軽鎖のポリペプチド配列
【化５０】
2021534195.tif 000069
配列番号６３
ＨＭＧＡ２変異体１ＲｅｆＳｅｑ  ＮＭ＿００３４８３．４
＞ＮＭ＿００３４８３．４ホモ・サピエンス（Homo sapiens）高移動度群ＡＴフック２（ＨＭＧＡ２）、転写変異体１、ｍＲＮＡ
【化５１】
2021534195.tif 000070
【化５２】
2021534195.tif 000071
【化５３】
2021534195.tif 000072
配列番号６４
ＭＥＣＯＭ  ＲｅｆＳｅｑ  ＮＭ＿００１１０５０７７．３
＞ＮＭ＿００１１０５０７７．３ホモ・サピエンス（Homo sapiens）ＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座（ＭＥＣＯＭ）、転写変異体１、ｍＲＮＡ
【化５４】
2021534195.tif 000073
【化５５】
2021534195.tif 000074
【化５６】
2021534195.tif 000075
【化５７】
2021534195.tif 000076
配列番号６５
合成構築物
【化５８】
2021534195.tif 000077
配列番号６６
＞ＮＰ＿００３４７４．１高移動度群タンパク質ＨＭＧＩ−Ｃアイソフォーム［ホモ・サピエンス（Homo sapiens）］
【化５９】
2021534195.tif 000078
配列番号６７
＞ＮＰ＿００１０９８５４７．３ＭＤＳ１及びＥＶＩ１複合遺伝子座タンパク質アイソフォーム［ホモ・サピエンス（Homo sapiens）］
【化６０】
2021534195.tif 000079
【０４４４】
参照による組み込み
[0449]  本明細書において参照される特許文献及び科学論文のそれぞれの開示の全体は、あらゆる目的のために参照により組み込まれる。
【０４４５】
均等物
[0450]  本開示は、その趣旨又は本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。そのため、前述の実施形態は、本明細書において記載される本開示を限定するものではなく、あらゆる点において例示と見なされるべきである。様々な実施形態の様々な構造的要素及び様々な開示される方法のステップは、様々に組み合わせて及び並べ換えて利用され得、そのような変形形態は、全て本開示の形態と見なされるべきである。本開示の範囲は、したがって、前述の説明ではなく、添付の請求項によって示され、請求項の均等物の意味及び範囲内にある変化形態は、全て請求項に包含されることが意図される。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
2021534195.tif 000096
【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
2021534195.tif 000098
【図６Ｅ】
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【図６Ｆ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図７Ｆ】
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【図８Ａ】
2021534195.tif 000107
【図８Ｂ】
2021534195.tif 000108
【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図８Ｅ】
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【図８Ｆ】
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【図８Ｇ】
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【図９Ａ】
2021534195.tif 000114
【図９Ｂ】
2021534195.tif 000115
【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図９Ｅ】
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【図９Ｆ】
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【図１０】
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【図１１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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