(57)【要約】約１０〜約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが開示される。このオリゴヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有さず、かつここで少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。
2021500016.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含む約１０〜約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記標的配列は、前記ターゲティング配列の前記領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、前記少なくとも１個の追加の核酸塩基は前記ターゲティング配列の前記領域に相補的な核酸塩基を有さず、かつ前記少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な前記ターゲティング領域は前記ターゲティング配列の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項２】
前記ターゲティング配列が少なくとも１つの一続きの３個の核酸塩基を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
前記ターゲティング配列が少なくとも１つの一続きの４個の核酸塩基を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
前記少なくとも１つの一続きの３個以上の核酸塩基が、少なくとも１つの一続きの３個以上のグアニン塩基を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
前記修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドがペプチドにコンジュゲートされている、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
前記標的配列が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
前記標的配列が、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む、請求項６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記ターゲティング配列が配列番号２〜７のいずれか１つを含む、請求項６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
前記標的配列が、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４５、５１、又は５３を含む、請求項６に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ターゲティング配列が配列番号７２〜１２０のいずれか１つを含む、請求項９に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
前記標的配列が、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記標的配列が、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む、請求項１１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
前記ターゲティング配列が配列番号９〜２５のいずれか１つを含む、請求項１１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
前記標的配列が、糖原病ＩＩ型に関連するエクソン標的を含む、請求項１に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
前記標的配列が、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む、請求項１４に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
前記ターゲティング配列が配列番号２６〜６８のいずれか１つを含む、請求項１４に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１７】
欠失配列を含む約１０〜約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記欠失配列が、配列番号１〜１２８に係る少なくとも１つの塩基配列を含み、前記塩基配列からの少なくとも１個の核酸塩基が欠失しており、かつ前記欠失している少なくとも１個の核酸塩基が前記塩基配列の内部にある、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項１８】
前記塩基配列が、配列番号６９、配列番号７０、又は配列番号７１である、請求項１７に記載の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１７年１０月１８日に出願された「ＡＮＴＩＳＥＮＳＥ  ＯＬＩＧＯＭＥＲ  ＣＯＭＰＯＵＮＤＳ」と題される米国仮特許出願第６２／５７３，９８５号明細書に対する優先権を主張するものであり、この開示は参照により本明細書に援用される。
【０００２】
本開示は、オリゴマー化合物に存在する一続きの核酸塩基が少なくとも１個の核酸塩基の欠失によって破綻しているアンチセンスオリゴマー化合物、及びかかる化合物の使用方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
アンチセンスオリゴマーは、現在臨床開発中のアンチセンス薬の数からも明らかで、且つアンチセンスオリゴマーの幾つもの潜在的限界に対する取り組みがここ数年で成功を収めているという事実によって支持されるとおり、医薬として多大な可能性をもたらしている（例えば、Ｄｅｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．を参照のこと；また、例えば、Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．も参照のこと）。細胞への取り込みを改善するため、及びヌクレアーゼ分解に対する耐性を高めるため、新規非荷電オリゴマー骨格が開発された（例えば、Ｉｖｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙを参照のこと）。一部のオリゴマー構造、例えばモルホリノベースの構造については、修飾された骨格がその標的核酸に対する結合親和性の亢進をもたらすことが分かっている（例えば、Ｉｖｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙを参照のこと；また、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．も参照のこと）。
一部のアンチセンス適用では、アンチセンスオリゴマーが指向する最適なターゲティング配列は、生物学的パリンドローム配列、又はそれに代えて、一続きの３又は４個又はそれ以上の核酸塩基を含み得る。意外にも、一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基、又はそれに代えて生物学的パリンドローム配列を有する標的配列を指向するアンチセンスオリゴマー化合物は、その化合物のアンチセンス活性を損ない得るとともに、製造過程で難題を呈し得ることが分かっている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ｄｅｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．
【非特許文献２】Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．も
【非特許文献３】Ｉｖｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
【非特許文献４】Ｉｖｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
【非特許文献５】Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
様々な態様において、一続きの３又は４個又はそれ以上の核酸塩基、又はそれに代えて、生物学的パリンドローム配列を有するアンチセンスオリゴマー化合物に対する修飾が提供される。様々な実施形態において、この修飾は、化合物のアンチセンス活性及び／又は限定はされないが、ある種の製造方法の間に起こり得る凝集を含め、その製造方法を向上させる。
【０００６】
更なる態様において、約１０〜約４０個の核酸塩基の修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが提供される。主題のオリゴヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、この少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有さず、ここで少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。実施形態において、ターゲティング配列は少なくとも１つの一続きの３個の核酸塩基を含む。実施形態において、ターゲティング配列は少なくとも１つの一続きの４個の核酸塩基を含む。実施形態において、少なくとも１つの一続きの３個以上の核酸塩基は、少なくとも１つの一続きの３個以上のグアニン塩基を含む。実施形態において、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドはペプチドにコンジュゲートされる。実施形態において、標的配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２〜７のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン４５、５１又は５３を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号７２〜１２０のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号９〜２５のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、糖原病ＩＩ型（ＧＳＤ−ＩＩ）に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２６〜６８のいずれか１つを含む。
【０００７】
更なる態様において、主題のヌクレオチドは、標的配列中の少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的な領域を有するターゲティング配列を含み、ここで標的配列は、ターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有しない少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、ここで少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にある。実施形態において、少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列は少なくとも５個、少なくとも６個、又は少なくとも７個又はそれ以上の核酸塩基を含む。実施形態において、修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドはペプチドにコンジュゲートされる。実施形態において、標的配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２〜７のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン４５、５１又は５３を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号７２〜１２０のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号９〜２５のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、糖原病ＩＩ型に関連するエクソン標的を含む。実施形態において、標的配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２６〜６８のいずれか１つを含む。
【０００８】
様々な態様及び実施形態において、主題のオリゴヌクレオチドは欠失配列と称される。欠失配列は配列番号１〜１２８のいずれか１つを含み、ここで配列番号１〜１２８のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号１〜１２８のいずれか１つの配列の内部にある。様々な実施形態において、欠失配列は、ＣＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＧＣＡＴＴＴＣＴＡＧ（配列番号６９；エテプリルセン）；ＧＴＴＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＴＣ（配列番号７０；ゴロジルセン）；又はＣＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＣＴＧ（配列番号７１；カシメルセン）を含む。様々な実施形態において、欠失配列は配列番号６９〜７１のいずれか１つを含み、ここで配列番号６９〜７１のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号６９〜７１のいずれか１つの配列の内部にある。
【０００９】
以下の詳細な説明を添付の図面と併せて読めば、本開示のこれら及び他の目的及び特徴がより十分に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、エクソン４４を指向する欠失配列のエクソンスキッピングパーセンテージを詳述する。
【図２】図２は、特定の欠失配列を詳述する。
【図３】図３は、エクソン７及び８に隣接する領域に対する図２に詳述する欠失配列のエクソンスキッピングパーセンテージを詳述する。
【図４】図４は、高活性の１塩基欠失配列のサブセットを同定する全用量反応実験を詳述する。
【図５】図５は、高活性の１塩基欠失配列のサブセットを同定する全用量反応実験を詳述する。
【図６】図６Ａ及び図６Ｂは、配列番号１２５のＳＣＸ  ＨＰＬＣクロマトグラム（ＰＭＯ及びＰＰＭＯ）を詳述する。（Ａ）配列番号１２５  ＰＭＯのクロマトグラムを詳述する。（Ｂ）ＰＰＭＯとしての配列番号１２５のクロマトグラムを詳述し、コンジュゲートされていないＰＭＯ、コンジュゲートされたＰＰＭＯの予想主ピーク、及び配列番号１２５  ＰＰＭＯでの高分子量凝集体を示す。
【図７】図７Ａ及び図７Ｂは、配列番号１２６のＳＣＸ  ＨＰＬＣクロマトグラム（ＰＭＯ及びＰＰＭＯ）を詳述する。（Ａ）配列番号１２６  ＰＭＯのクロマトグラムを詳述する。（Ｂ）ＰＰＭＯとしての配列番号１２６のクロマトグラムを詳述し、コンジュゲートされていないＰＭＯ、コンジュゲートされたＰＰＭＯの予想主ピークを示し、及び配列番号１２６  ＰＰＭＯでの高分子量凝集体を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
Ｉ．定義及び解釈
特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本開示の主題の実施又は試験には、本明細書に記載されるものと同様の又は等価な任意の方法及び材料を使用し得るが、好ましい方法及び材料について記載する。本開示の目的上、下記の用語を以下に定義する。
【００１２】
本明細書で使用されるとき、冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書では、その冠詞の文法上の指示対象の１つ又は２つ以上（即ち、少なくとも１つ）を指して使用される。例として、「要素（ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ）」は１つの要素又は２つ以上の要素を意味する。
【００１３】
本明細書で使用されるとき、「約」とは、基準の分量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重さ又は長さに対して３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２又は１％程度だけ変動する分量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重さ又は長さを意味する。
【００１４】
本明細書で使用されるとき、文脈上特に必須でない限り、語句「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、及び「〜を含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、明記されるステップ又は要素又は一群のステップ若しくは要素の包含を含意するが、任意の他のステップ又は要素又は一群のステップ若しくは要素の排除は含意しないものと理解される。
【００１５】
本明細書で使用されるとき、「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」は、語句「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）：」の後に続くものは何でも、それを包含し、且つそれに限定されることを意味する。従って、語句「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」は、挙げられる要素が要求される又は必須であること、及び他の要素は存在しなくてよいことを示す。「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」とは、この語句の後に挙げられる任意の要素を包含し、且つ挙げられる要素に関して本開示中に指定される活性又は作用を妨げもそれに寄与もしない他の要素に限定されることを意味する。従って、語句「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」は、挙げられる要素が要求される又は必須であるが、他の要素は必要に応じたものであり、挙げられる要素の活性又は作用に実質的に影響を及ぼすか否かに依存して存在してもよいし、存在しなくてもよいことを指示する。
【００１６】
本明細書で使用されるとき、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」又は「オリゴヌクレオチド」は、その核酸塩基がワトソン・クリック塩基対形成によってＲＮＡにおける標的配列にハイブリダイズして標的配列内でオリゴマーＲＮＡヘテロ二重鎖を形成することを可能にする線状配列のヌクレオチド、又はヌクレオチド類似体を指す。用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」及び「化合物」は、オリゴマーを指して同義的に使用され得る。環状サブユニットはリボース又は別のペントース糖をベースするか、又は特定の実施形態では、モルホリノ基をベースとし得る（本明細書におけるモルホリノオリゴマーの説明を参照のこと）。また、当該技術分野において公知の数ある他のアンチセンス薬剤の中でも特に、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、トリシクロＤＮＡオリゴマー、トリシクロホスホロチオエートオリゴマー、及び２’−Ｏ−メチルオリゴマーが企図される。（ｉ）修飾骨格構造、例えば、天然に存在するオリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドに見られる標準的なホスホジエステル結合以外の骨格、及び／又は（ｉｉ）修飾糖部分、例えば、リボース又はデオキシリボース部分よりむしろモルホリノ部分を有するオリゴマーを含め、天然に存在しないオリゴマー、又は「オリゴヌクレオチド類似体」が含まれる。オリゴマー類似体は、標準ポリヌクレオチド塩基とのワトソン・クリック塩基対形成による水素結合能を有する塩基を支持し、ここで類似体骨格は、オリゴマー類似体分子と標準ポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ＲＮＡ又は一本鎖ＤＮＡ）中の塩基との間の配列特異的な形でのかかる水素結合を許容するような塩基を呈する。好ましい類似体は、実質的に非荷電のリン含有骨格を有するものである。
【００１７】
本明細書で使用されるとき、「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマーは、ハイブリダイズしていない形態又はハイブリダイズした形態で、体内の一般的な細胞外及び細胞内ヌクレアーゼによる（例えば、３’−エキソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、ＲＮアーゼＨなどのエキソヌクレアーゼによる）ヌクレアーゼ切断に対してその骨格が実質的に耐性を示すものを指す；即ち、このオリゴマーは、このオリゴマーが曝露される体内の通常のヌクレアーゼ条件下でヌクレアーゼ切断をほとんど又は全く示さない。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」は、アンチセンスオリゴマーがその相補的な標的に結合することによって形成されるヘテロ二重鎖であって、そうすることで、このヘテロ二重鎖が、二本鎖ＲＮＡ／ＲＮＡ又はＲＮＡ／ＤＮＡ複合体の切断能を有する細胞内及び細胞外ヌクレアーゼによるインビボ分解に対して実質的に耐性を有することになるヘテロ二重鎖を指す。「ヘテロ二重鎖」は、アンチセンスオリゴマーと標的ＲＮＡの相補的な部分との間の二重鎖を指す。
【００１８】
本明細書で使用されるとき、「コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与する任意の核酸配列を意味する。対照的に、用語「非コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに直接寄与しない任意の核酸配列を指す。
【００１９】
本明細書で使用されるとき、用語「細胞に接触させる」、「導入する」又は「送達する」には、当該技術分野において慣用的な方法、例えば、トランスフェクション（例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン）、電気穿孔（例えば、ヌクレオフェクション）、マイクロインジェクションによる細胞への本開示のオリゴマーの送達が含まれる。
【００２０】
本明細書で使用されるとき、用語「アルキル」には、必要に応じて１つ以上の官能基によって置換されている直鎖状（即ち、非分枝状又は非環状）、分枝状、環状、又は多環状の非芳香族炭化水素基が含まれることが意図される。特記しない限り、「アルキル」基は、１〜８個、及び好ましくは１〜６個の炭素原子を含有する。Ｃ１〜Ｃ６アルキルには、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、及びＣ６アルキル基が含まれることが意図される。低級アルキルは、１〜６個の炭素原子を含有するアルキル基を指す。アルキルの例としては、限定はされないが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、シクロブチル、ペンチル、イソペンチル  ｔｅｒｔ−ペンチル、シクロペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、シクロヘキシル等が挙げられる。アルキルは置換又は非置換であり得る。例示的な置換アルキル基としては、限定はされないが、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２−フルオロエチル、３−フルオロプロピル、ヒドロキシメチル、２−ヒドロキシエチル、３−ヒドロキシプロピル、ベンジル、置換ベンジル、フェネチル、置換フェネチル等が挙げられる。
【００２１】
本明細書で使用されるとき、「アルケニル」は、分枝状、直鎖状、又は環状であってよい、炭素及び水素を含有する不飽和一価基を指す。アルケニル基は一価不飽和又は多価不飽和であり得る。概して、「低級アルケニル」と称される１〜６個の炭素原子を有するアルケニル基が好ましい。
【００２２】
本明細書で使用されるとき、用語「アルコキシ」は、指示される数の炭素を有する上記に定義するとおりのアルキル基が酸素架橋を介して結合した、一部のアルキルを意味する。例えば、「アルコキシ」は基−Ｏ−アルキルを指し、ここでアルキル基は、直鎖状、分枝状、環状配置の１〜８個の炭素原子を含有する。「アルコキシ」の例としては、限定はされないが、メトキシ、エトキシ、ｎ−プロポキシ、ｉ−プロポキシ、ｔ−ブトキシ、ｎ−ブトキシ、ｓ−ペントキシなどが挙げられる。
【００２３】
本明細書で使用されるとき、単独で、又は「アラルキル」、「アラルコキシ」、又は「アリールオキシ−アルキル」におけるようなより大きい部分の一部として使用される用語「アリール」は、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル及び２−アントラシルなど、６〜１４個の環原子を有する芳香環基を指す。「アリール」環は１つ以上の置換基を含有し得る。用語「アリール」は用語「アリール環」と同義的に使用されてもよい。「アリール」にはまた、芳香環が１つ以上の環に縮合した縮合多環式芳香環系も含まれる。有用なアリール環基の非限定的な例としては、フェニル、ヒドロキシフェニル、ハロフェニル、アルコキシフェニル、ジアルコキシフェニル、トリアルコキシフェニル、アルキレンジオキシフェニル、ナフチル、フェナントリル、アントリル、フェナントロなど、並びに１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル及び２−アントラシルが挙げられる。また、用語「アリール」の範囲内には、それが本明細書において使用されるとき、インダニル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチルなどにおけるような、芳香環が１つ以上の非芳香環に縮合している基も含まれ、ここで結合基又は結合点は芳香環上にある。「アラルキル」は、アリール基で更に置換されている、アルキル、好ましくは低級（Ｃ１〜Ｃ４、より好ましくはＣ１〜Ｃ２）アルキル置換基を指し；例は、ベンジル（−ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）及びフェネチル（−ＣＨ２ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）である。
【００２４】
本明細書で使用されるとき、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、又はアルカリール基に関して用語「置換されている」は、例えば、ハロゲン、ヒドロキシ、アルコキシ、チオール、アルキルチオ、アミノ、アルキルアミノ、イミノ、オキソ（ケト）、ニトロ、シアノ、又は様々な酸若しくはエステル、例えばカルボン酸、スルホン酸、若しくはホスホン酸又はエステルなど、ヘテロ原子を含有する置換基による水素原子の置き換えを指す。
【００２５】
本明細書で使用されるとき、用語「アシル」は、Ｃ（Ｏ）Ｒ基（式中、Ｒは、Ｈ、上記に定義するとおりのアルキル又はアリールを表す）を意味する。アシル基の例としては、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、フェニルアセチル及び同様の基が挙げられる。
【００２６】
本明細書で使用されるとき、用語「ホモログ」は、同じ化学基の連続付加によって規則的に異なる化合物を意味する。例えば、ある化合物のホモログは、１つ以上の−ＣＨ２−基、アミノ酸残基、ヌクレオチド、又はヌクレオチド類似体の付加によって異なり得る。
【００２７】
本明細書で使用されるとき、用語「細胞透過性ペプチド」（ＣＰＰ）又は「細胞取り込みを亢進させるペプチド部分」は同義的に使用され、「輸送ペプチド」、「キャリアペプチド」、又は「ペプチド導入ドメイン」とも称されるカチオン性細胞透過性ペプチドを指す。これらのペプチドは、本明細書に示されるとおり、所与の細胞培養集団の細胞の約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％以内で、あるいは少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％で細胞透過を誘導する能力を有し、全身投与時にインビボで複数の組織内での巨大分子の移行を可能にする。一部の実施形態において、ＣＰＰは式−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ”のものである（式中、Ｒ’は天然に存在するアミノ酸の側鎖又はその１炭素若しくは２炭素ホモログであり、Ｒ”は水素又はアシルから選択され、及びｍは５０以下の整数である）。ＣＰＰはまた、式−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒａを有してもよい（式中、Ｒ’は天然に存在するアミノ酸の側鎖又はその１炭素若しくは２炭素ホモログであり、及びＲａは、水素、アシル、ベンゾイル、又はステアロイルから選択される）。「リンカー」、例えば、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−、又は−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−などを介することにより、任意の構造のＣＰＰをアンチセンスオリゴマーの３’末端又は５’末端に連結し得る。更なるＣＰＰが当該技術分野において周知であり、例えば、米国特許出願公開第２０１０／００１６２１５号明細書（その全体が参照により援用される）に開示されている。他の実施形態において、ｍは１〜５０から選択される整数であり、ｍが１のとき、この部分は単一のアミノ酸又はその誘導体である。
【００２８】
本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」は、第一級アミノ基、カルボン酸基、側鎖、及び水素原子が結合する炭素原子からなる化合物を指す。例えば、用語「アミノ酸」には、限定はされないが、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アスパラギン、グルタミン、リジン及びアルギニンが含まれる。加えて、本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」にはまた、エステル類、及びアミド類、及び塩、並びに代謝時に活性型となる薬物特性を有する誘導体を含めた他の誘導体など、アミノ酸の誘導体も含まれる。従って、用語「アミノ酸」には、天然に存在するアミノ酸及び天然に存在しないアミノ酸が含まれるものと理解される。
【００２９】
本明細書で使用されるとき、「電子対」は、他の原子に結合していない又はそれと共有されていない電子の原子価対を指す。
【００３０】
本明細書で使用されるとき、「相同性」は、同一である又は保存的置換を成すアミノ酸のパーセンテージ数を指す。相同性は、ＧＡＰなどの配列比較プログラムを用いて決定されてもよい（Ｄｅｖｅｒａｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９８４，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １２，３８７−３９５を参照のこと）。この方法において、本明細書に記載されるものと類似した、又は実質的に異なる長さの配列は、アラインメントにギャップを挿入することにより比較することができ、かかるギャップは、例えば、ＧＡＰに用いられている比較アルゴリズムにより決定される。
【００３１】
本明細書で使用されるとき、「単離された」は、通常その天然状態でそれに付随する成分を実質的に又は本質的に含まない材料を意味する。例えば、「単離されたポリヌクレオチド」、「単離されたオリゴヌクレオチド」、又は「単離されたオリゴマー」は、本明細書で使用されるとき、天然に存在する状態でそれに隣接する配列から精製された又は取り出されたポリヌクレオチド、例えば、ゲノム中でその断片の隣にある配列から取り出されているＤＮＡ断片を指し得る。用語「単離する」は、それが細胞に関するとき、供給源対象（例えば、ポリヌクレオチドリピート疾患を有する対象）からの細胞（例えば、線維芽細胞、リンパ芽球）の精製を指す。ｍＲＮＡ又はタンパク質の文脈では、「単離する」は、供給源、例えば細胞からのｍＲＮＡ又はタンパク質の回収を指す。
【００３２】
本明細書で使用されるとき、用語「調節する」は、１つ以上の定量化可能なパラメータを必要に応じて規定された且つ／又は統計的に有意な量だけ、「増加させる」又は「減少させる」ことを含む。「増加させる」若しくは「増加させること」、「亢進させる」若しくは「亢進させうこと」、又は「刺激する」若しくは「刺激すること」とは、概して、１つ以上のアンチセンス化合物又は組成物が、アンチセンス化合物なし又は対照化合物のいずれかによって引き起こされる反応と比べて細胞又は対象においてより大きい生理学的応答（即ち下流効果）を生じさせる又は引き起こす能力を指す。関連性のある生理学的応答又は細胞応答（インビボ又はインビトロ）は、当業者には明らかである。「増加した」又は「亢進した」量は、典型的には「統計的に有意な」量であり、アンチセンス化合物なし（薬剤が存在しない）又は対照化合物によって生じる量の１．１、１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０倍又はそれ以上（例えば、５００、１０００倍）（間にある且つ１を超える全ての整数及び小数（例えば、１．５、１．６、１．７、１．８）を含む）の増加が含まれ得る。用語「低減する」又は「阻害する」は、概して、１つ以上のアンチセンス化合物又は組成物が、診断技術分野における慣用的な技法により測定したとき、本明細書に記載される疾患又は病態の症状など、関連性のある生理学的応答又は細胞応答を「低下させる」能力に関し得る。関連性のある生理学的応答又は細胞応答（インビボ又はインビトロ）は、当業者には明らかであり、ポンペ病などの糖原病の症状又は病変の低減、例えば１つ以上の組織におけるグリコーゲン蓄積の低下が含まれ得る。応答の「低下」は、アンチセンス化合物なし又は対照組成物によって生じる応答と比較したとき「統計的に有意」であってもよく、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％（間にある全ての整数を含む）の低下が含まれ得る。
【００３３】
本明細書で使用されるとき、「核酸塩基」（Ｎｕ）、「塩基対形成部分」又は「塩基」は、天然ＤＮＡ又はＲＮＡに見られるプリン又はピリミジン塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、及びグアニン）、並びに結合親和性など、特性の向上をオリゴマーに付与する天然に存在するプリン及びピリミジンの類似体を指して同義的に使用される。例示的類似体としては、ヒポキサンチン（ヌクレオシドイノシンの塩基成分）；２，６−ジアミノプリン；５−メチルシトシン；Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン；９−（アミノエトキシ）フェノキサジン（Ｇ−クランプ）などが挙げられる。塩基対形成部分の更なる例としては、限定はされないが、そのそれぞれのアミノ基がアシル保護基によって保護されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、グアニン及びヒポキサンチン、２−フルオロウラシル、２−フルオロシトシン、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、２，６−ジアミノプリン、アザシトシン、プソイドイソシトシン及びプソイドウラシルなどのピリミジン類似体並びに他の修飾核酸塩基、例えば、８置換プリン、キサンチン、又はヒポキサンチン（後者２つは天然分解産物である）が挙げられる。Ｃｈｉｕ  ａｎｄ  Ｒａｎａ，ＲＮＡ，２００３，９，１０３４−１０４８、Ｌｉｍｂａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９４，２２，２１８３−２１９６及びＲｅｖａｎｋａｒ  ａｎｄ  Ｒａｏ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｖｏｌ．７，３１３に開示される修飾核酸塩基もまた企図される。塩基対形成部分の更なる例としては、限定はされないが、１つ以上のベンゼン環が付加されている拡大サイズの核酸塩基が挙げられる。Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈカタログ（ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ）；Ｋｒｕｅｇｅｒ  ＡＴ  ｅｔ  ａｌ，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００７，４０，１４１−１５０；Ｋｏｏｌ，ＥＴ，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００２，３５，９３６−９４３；Ｂｅｎｎｅｒ  Ｓ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．，２００５，６，５５３−５４３；Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ，Ｆ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００３，７，７２３−７３３；Ｈｉｒａｏ，Ｉ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００６，１０，６２２−６２７に記載される核酸塩基の置き換えが、本明細書に記載されるオリゴマーの合成に有用なものとして企図される。拡大サイズの核酸塩基の例を以下に示す：
【化１】
2021500016.tif 000003
【００３４】
リボース、糖類似体又はモルホリノに共有結合的に連結した核酸塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、ヌクレオシドが１つのリン酸基と一緒になって構成される。リン酸基が隣接ヌクレオチドと互いに共有結合的に連結して、オリゴマーが形成される。
【００３５】
本明細書で使用されるとき、用語「欠失配列」、「ギャップマー（ｇａｐｍｅｒ）」、又は「ブレブマー（ｂｌｅｂｍｅｒ）」のいずれも、概して、その標的配列と比較して少なくとも１個の核酸塩基が少ない核酸塩基のオリゴマー配列を指す。様々な態様及び実施形態において、用語「欠失配列」、「ギャップマー」、又は「ブレブマー」のいずれも、具体的には、標的配列中の少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的な領域を有するターゲティング配列であって、ここで標的配列は、ターゲティング配列のこの領域と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、この少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列の領域に相補的な核酸塩基を有さず、ここで少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にあるターゲティング配列を指す。上記に代えて又は加えて、更なる態様及び実施形態では、用語「欠失配列」、「ギャップマー」、又は「ブレブマー」のいずれもまた、具体的には、標的配列中の少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的な領域を有するターゲティング配列であって、ここで標的配列は、ターゲティング配列のこの領域に相補的な核酸塩基を有しない少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、ここで少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列と相補的なターゲティング領域はターゲティング配列の内部にあるターゲティング配列を指し得る。
【００３６】
本明細書で使用されるとき、用語「生物学的パリンドローム配列」は、オリゴヌクレオチド配列の一部分が、逆に読んだとき、そのオリゴヌクレオチド配列の別の部分に対してアンチセンスとなるオリゴヌクレオチド配列を指す。
【００３７】
本明細書で使用されるとき、オリゴマーは、そのオリゴマーが生理的条件下において実質的に４０℃又は４５℃超、好ましくは少なくとも５０℃、及び典型的には６０℃〜８０℃又はそれ以上のＴｍで標的にハイブリダイズする場合、標的ポリヌクレオチドに「特異的にハイブリダイズする」。かかるハイブリダイゼーションは、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応する。所与のイオン強度及びｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的なポリヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。かかるハイブリダイゼーションは、標的配列に対するアンチセンスオリゴマーの「ほぼ」又は「実質的な」相補性、並びに正確な相補性で起こり得る。
【００３８】
本明細書で使用されるとき、「十分な長さ」は、例えばＧＡＡイントロン１、エクソン２、又はイントロン２の領域中、又は前述のいずれかにわたる領域中の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、又は少なくとも３０個又はそれ以上、例えば８〜４０個、及び例えば１５〜４０個の連続核酸塩基と相補的なアンチセンスオリゴマー又はそのターゲティング配列を指す。十分な長さのアンチセンスオリゴマーは、例えば変異体ＲＮＡにおけるＧＡＡプレｍＲＮＡリピートの領域への特異的ハイブリダイズ能を有するための最小限の数のヌクレオチドを少なくとも有する。好ましくは十分な長さのオリゴマーは８〜３０ヌクレオチド長である。より好ましくは、十分な長さのオリゴマーは９〜２７ヌクレオチド長である。更により好ましくは、十分な長さのオリゴマーは１５〜４０ヌクレオチド長である。
【００３９】
本明細書で使用されるとき、用語「配列同一性」又は、例えば、「〜と５０％同一の配列」を含むとは、比較ウィンドウにわたって配列がヌクレオチド毎又はアミノ酸毎に同一である程度を指す。従って、「配列同一性パーセンテージ」は、２つの最適にアラインメントした配列を比較ウィンドウにわたって比較し、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）又は同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ及びＭｅｔ）が出現する位置の数を決定してマッチ位置数を求め、そのマッチ位置数を比較ウィンドウ中の位置の総数（即ちウィンドウサイズ）で除し、その結果に１００を乗じて配列同一性のパーセンテージを求めることにより計算し得る。比較ウィンドウのアラインメントのための最適な配列アラインメントは、アルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  リリース７．０のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ  Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．，ＵＳＡ）のコンピューターによる実装によるか、又は目視検査によって実行してもよく、最良のアラインメント（即ち、比較ウィンドウにわたって最も高いパーセンテージ相同性をもたらすもの）は、選択された様々な方法のいずれによって生成されてもよい。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９，１９９７によって開示されるとおりのＢＬＡＳＴプログラムファミリーもまた参照し得る。
【００４０】
本明細書で使用されるとき、「対象」又は「それを必要としている対象」には、限定はされないが、ヒト対象などの哺乳類対象が含まれる。例示的哺乳類対象は、ＧＳＤ−ＩＩ（又はポンペ病）、又はＳＭＡ、又はＤＭＤを有するか、又はそれを有するリスクがある。
【００４１】
本明細書で使用されるとき、用語「標的」は、ＲＮＡ領域、及び非限定的な例として、ＧＡＡ遺伝子によって同定される領域を指す。非限定的な実施形態において、標的は、ＧＡＡコードプレｍＲＮＡのイントロン１内にある領域であり、これはエクソン２の取り込みを促進するシグナルの抑制に関与する。別の実施形態において、標的領域は、ＧＡＡエクソン２のｍＲＮＡの領域である。更なる実施形態において、標的は、ＧＡＡコードプレｍＲＮＡのイントロン１の１つ以上の個別的なサブ領域を含む。
【００４２】
本明細書で使用されるとき、用語「標的配列」は、オリゴマー類似体が指向する標的ＲＮＡの部分、即ち、オリゴマー類似体が相補的配列のワトソン・クリック塩基対形成によってハイブリダイズすることになる配列を指す。
【００４３】
本明細書で使用されるとき、用語「ターゲティング配列」は、ＲＮＡゲノム中の「標的配列」と相補的な（これは、それに加えて実質的に相補的であることも意味する）オリゴマー又はオリゴマー類似体中の配列である。標的配列と相補的であるのはアンチセンスオリゴマーの配列全体、又は一部分のみであり得る。例えば、２０〜３０塩基を有するオリゴマーでは、約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、又は２９が、標的領域と相補的なターゲティング配列であり得る。典型的には、ターゲティング配列はオリゴマー中の連続塩基で形成されるが、代替的に、一緒に（例えばオリゴマーの逆末端から）置かれた場合に、標的配列にわたる配列を成す非連続配列で形成されてもよい。
【００４４】
本明細書で使用されるとき、「ターゲティング配列」は、標的配列と「ほぼ」又は「実質的な」相補性を有し、それでもなお本開示の目的のために機能し、即ち、それでもなお「相補的」であってもよい。実施形態において、本開示に用いられるオリゴマー類似体化合物は、１０ヌクレオチド中に標的配列とのミスマッチを最大で１つ有し、好ましくは２０中にミスマッチを最大で１つ有する。実施形態において、本開示に用いられるオリゴマー類似体化合物は、１０ヌクレオチド中に標的配列とのミスマッチを少なくとも１つ有し、好ましくは２０中にミスマッチを少なくとも１つ有する。或いは、用いられるアンチセンスオリゴマーは、本明細書に指定されるとおりの例示的ターゲティング配列と少なくとも９０％の配列相同性、及び好ましくは少なくとも９５％の配列相同性を有する。
【００４５】
本明細書で使用されるとき、用語「ＴＥＧ」又は「トリエチレングリコールテール」は、オリゴヌクレオチドに例えばその３’末端又は５’末端でコンジュゲートしたトリエチレングリコール部分を指す。例えば、一部の実施形態において、「ＴＥＧ」は含み、ここで、例えば式（Ｉ）、（ＶＩ）、又は（ＶＩＩ）の化合物のＴは、
【化２】
2021500016.tif 000004
の式のものである。
【００４６】
本明細書で使用されるとき、用語「定量化する」、「定量化」又は他の関連する語句は、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴマー、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質の分量、質量、又は単位体積中の濃度を決定することを指す。
【００４７】
本明細書で使用されるとき、対象（例えば、ヒトなどの哺乳類）又は細胞の「治療」は、個体又は細胞の自然の経過を変えるために用いられる任意の種類の介入である。治療には、限定はされないが、医薬組成物の投与が含まれ、予防的にも、又は病的事象が始まった後若しくは病原体との接触後にも実施され得る。また、治療下の疾患又は病態の進行速度を低下させ、当該疾患又は病態の発生を遅延させ、又はその発生の重症度を低下させることを指向し得る「予防的」治療も含まれる。「治療」又は「予防」は、必ずしも疾患又は病態、又はその関連症状の完全な根絶、治癒、又は防御を指すわけではない。
【００４８】
本明細書で使用されるとき、「ヘテロ環」は、その環原子が、炭素、窒素、酸素及び硫黄からなる群から選択される非芳香環、好ましくは５〜７員環を指す。好ましくは、環原子は３〜６個の炭素原子を含む。かかるヘテロ環としては、例えば、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、及びモルホリンが挙げられる。
【００４９】
本明細書で使用されるとき、「モルホリノオリゴマー」は、モルホリノサブユニット構造で構成されるオリゴヌクレオチド類似体であり、ここで（ｉ）この構造は、１〜３原子長、好ましくは２原子長であり、好ましくは非荷電であり、一つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接サブユニットの５’環外炭素につなぎ合わせるリン含有連結によって一体に連結され、（ｉｉ）Ｐｉ及びＰｊは、塩基特異的水素結合によってポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン又はピリミジン塩基対形成部分である。プリン又はピリミジン塩基対形成部分は、典型的にはアデニン、シトシン、グアニン、ウラシル又はチミンである。モルホリノオリゴマーの合成、構造、及び結合特性は、米国特許第５，６９８，６８５号明細書；同第５，２１７，８６６号明細書；同第５，１４２，０４７号明細書；同第５，０３４，５０６号明細書；同第５，１６６，３１５号明細書；同第５，５２１，０６３号明細書；及び同第５，５０６，３３７号明細書（これらは全て、参照により本明細書に援用される）に詳述される。モルホリノベースのオリゴマーの望ましい化学的特性としては、８〜１４塩基ほどの短いオリゴマーであっても、標的ＲＮＡを含めた相補的塩基の標的核酸と高いＴｍで選択的にハイブリダイズする能力、哺乳類細胞中に能動的に輸送される能力、及びオリゴマーＲＮＡヘテロ二重鎖がＲＮアーゼ分解に抵抗する能力が挙げられる。
【００５０】
本明細書で使用されるとき、「実質的に非荷電の」モルホリノオリゴマーは、４個、好ましくは１０個、及びより好ましくは２０個の非荷電サブユニット間結合につき最大でも１個の荷電サブユニット間結合しか含まない。任意の荷電結合は、好ましくは荷電ホスホロアミデート（又はチオホスホロアミデート）結合である。好ましくは、モルホリノオリゴマーは完全に非荷電である。
【００５１】
本明細書で使用されるとき、「アミノ酸サブユニット」は、好ましくはα−アミノ酸残基（即ち−ＣＯ−ＣＨＲ−ＮＨ−）である；これはまた、β−又は他のアミノ酸残基（例えば−ＣＯ−ＣＨ２ＣＨＲ−ＮＨ−）であってもよい（式中、Ｒは側鎖である）。
【００５２】
本明細書で使用されるとき、「Ｇ四重体」は、グアニンリッチな核酸にＧ四重体の存在によって安定化する分子間及び分子内四重鎖構造をとらせることができる積み重なった平面状の水素結合グアニン四量体を含む。
【００５３】
本明細書で使用されるとき、用語「非天然アミノ酸」は、β−アラニン（β−Ａｌａ）又は６−アミノヘキサン酸（Ａｈｘ）など、天然に見られるタンパク質には存在しないアミノ酸を指す。
【００５４】
本明細書で使用されるとき、略称「ＤＭＤ」はデュシェンヌ型筋ジストロフィーを指す。
【００５５】
本明細書で使用されるとき、略称「ＳＭＡ」は脊髄性筋萎縮症を指す。
【００５６】
ＩＩ．本開示の説明
Ａ．アンチセンスオリゴマー化合物
ある態様において、アンチセンスオリゴマー化合物は、ポリヌクレオチドの標的配列への塩基特異的結合能を有する合成オリゴマー、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド類似体である。天然ポリヌクレオチドの骨格構造、環状構造、又は頻度は低いが塩基構造が修飾されているかかる類似体は周知であり、ホスホロチオエート結合オリゴヌクレオチドなどの荷電類似体、並びにメチルホスホネート及びペプチド核酸などの非荷電類似体が含まれる。Ｎ３’→Ｐ５’ホスホロアミデートなどの一部の類似体は、結合部分の置換（ｓｕｂｓｔａｔｉｏｎ）に応じて荷電又は非荷電であり得る。
【００５７】
実施形態において、アンチセンスオリゴマー化合物は、上記に定義するとおりのモルホリノオリゴマーであり、これは約８〜４０サブユニット長である。より典型的には、オリゴマーは約１０〜３０、又は約１２〜２５サブユニット長である。抗細菌性の短いオリゴマーなど、一部の適用については、例えば約８〜１２サブユニット長が、特に本明細書に開示されるとおりのペプチド輸送体に取り付けられるとき、とりわけ有利であり得る。好ましくは、オリゴマーは、同様に上記に定義される非荷電ホスホロジアミデート結合モルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＰＭＯは任意の配列であってよく、ここで支持されている塩基対形成基は標準又は修飾Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ及びＵ塩基を含む。
【００５８】
ある態様において、オリゴマー化合物が指向する標的核酸配列は、一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基を有する領域を含む。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は３個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は４個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は５個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は６個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は７個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は８個の連続する同一の核酸塩基である。実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は９個以上の連続する同一の核酸塩基である。
【００５９】
実施形態において、３個以上の連続する同一の核酸塩基は２個の連続する同一の核酸塩基に減らされる。実施形態において、３個の連続する同一の核酸塩基は２個の連続する同一の核酸塩基に減らされる（即ち、１個の核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、４個の連続する同一の核酸塩基は２個の連続する同一の核酸塩基に減らされる（即ち、２個の核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、５個の連続する同一の核酸塩基は２個の連続する同一の核酸塩基に減らされる（即ち、３個の核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、６個の連続する同一の核酸塩基は２個の連続する同一の核酸塩基に減らされる（即ち、４個の核酸塩基が取り除かれる）。同じ核酸塩基を取り除く手法が、６個より多い連続する同一の核酸塩基に対しても行われ得る。
【００６０】
更なる実施形態において、一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基は、一続きの３個以上の連続するＧ核酸塩基である。実施形態において、一続きの３個以上の連続するＧ核酸塩基は３個の連続するＧ核酸塩基である。実施形態において、一続きの３個以上の連続するＧ核酸塩基は４、５、６、７、８、９個、又はそれ以上の連続するＧ核酸塩基である。
【００６１】
実施形態において、３個以上の連続するＧ核酸塩基は２個の連続するＧ核酸塩基に減らされる。実施形態において、３個の連続するＧ核酸塩基は２個の連続するＧ核酸塩基に減らされる（即ち、１個のＧ核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、４個の連続するＧ核酸塩基は２個の連続するＧ核酸塩基に減らされる（即ち、２個のＧ核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、５個の連続するＧ核酸塩基は２個の連続するＧ核酸塩基に減らされる（即ち、３個のＧ核酸塩基が取り除かれる）。実施形態において、６個の連続するＧ核酸塩基は２個の連続するＧ核酸塩基に減らされる（即ち、４個のＧ核酸塩基が取り除かれる）。同じ核酸塩基を取り除く手法が、６個より多い同一の連続するＧ核酸塩基に対しても行われ得る。
【００６２】
ある態様によれば、オリゴマー化合物が指向する標的核酸配列は、生物学的パリンドローム配列を有する領域を含む。或いは、標的領域は、プレプロセシングされたｍＲＮＡのドナー又はアクセプタースプライス部位を含んでもよく、又はそれに隣接してもよく、ここでは、スプライス変異ポリペプチド、又は不完全若しくは不活性なペプチドのいずれかを作り出す目的上、当該部位での正しいスプライシングを阻止することが望ましい。なおも別の実施形態において、標的はウイルスゲノムのシス作用エレメントであってもよく、ここではオリゴマー（これは＋又は−ウイルスゲノム鎖のいずれかに対して標的化され得る）の結合が、ウイルス感染細胞におけるウイルス複製の阻止に有効である。
【００６３】
これらの標的タイプの各々における一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含有する例示的標的配列については、当業者に公知の公的な配列データベースを参照することができる。しかしながら、本開示全体を通じて記載されるターゲティング配列中の様々な欠失は、本発明の利点を実現するためにオリゴマー化合物をどのように修飾し得るかについての例示であることが理解されるべきである。
【００６４】
当業者に利用可能な種々の方法によって送達される化合物に輸送体を連結することができる。一例において、輸送体は、単一のシステイン残基を含有して、その側鎖チオールが連結に使用されるペプチドである。連結点は、輸送体に沿った様々な位置にあってもよい。選択される実施形態において、それは輸送体の末端にある。典型的には、それは輸送体の疎水性残基に隣接している。必要に応じて単一の化合物に複数の輸送体を取り付けることができる。
【００６５】
リンカーはまた、ＰＭＯの５’末端及びペプチド輸送体のＣ末端に取り付けられた２つのβ−Ａｌａ及び／又はＡｈｘ残基の任意の組み合わせであってもよい。好ましい実施形態は、Ａｈｘ残基をペプチド輸送体のＣ末端に取り付け、β−Ａｌａ残基をＰＭＯの５’末端に取り付けることである。
【００６６】
化合物がＰＭＯであるとき、輸送体は例えば５’−ヒドロキシル基を介するか、又はアミンキャッピング部分を介してＰＭＯの５’末端に取り付けることができる。或いは、輸送体は、例えばモルホリノ環窒素を介するか、又は末端若しくは内部結合のいずれかにあるサブユニット間結合の側鎖を介して３’末端に取り付けられてもよい。リンカーはまた、輸送体ペプチドのカルボキシ末端とＰＭＯのアミン基又はヒドロキシ基との間に、例えばカルボジイミドによって促進される縮合により形成される直接結合を含んでもよい。
【００６７】
リンカーは、通常の使用条件下で切断不可能な、例えばチオエーテル結合又はカルバメート結合を含有するものから選択することができる。一部の実施形態において、輸送体部分と化合物との間にインビボで切断可能な結合を含むことが望ましい場合もある。インビボで切断可能な結合は当該技術分野において公知であり、例えば、酵素的に加水分解されるカルボン酸エステル、及びグルタチオンの存在下で切断されるジスルフィドが挙げられる。また、オルトニトロフェニルエーテルなど、光分解により切断可能な結合をインビボで適切な波長の放射線を加えることによって切断することも実現可能であり得る。
【００６８】
例えば、試薬Ｎ−スクシンイミジル３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）又はスクシンイミジルオキシカルボニルα−メチル−α−（２−ピリジルジチオ）トルエン（ＳＭＰＴ）を使用した、ジスルフィドリンカーを有するコンジュゲートの調製。切断可能なジスルフィド基を更に含む例示的ヘテロ二官能性連結剤としては、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル３−［（４−アジドフェニル）ジチオ］プロピオネート及び（Ｖａｎｉｎ  ａｎｄ  Ｊｉ，１９８１を参照のこと）に記載される他のものが挙げられる。
【００６９】
実施形態において、アンチセンスターゲティング配列は、標的配列のうちの１つ以上における領域にハイブリダイズするように設計される。選択されるアンチセンスターゲティング配列は、短くされても（例えば約１２塩基）、又は長くされてもよく（例えば約４０塩基）、その配列が標的配列へのハイブリダイゼーション時にスプライス調節を生じさせるのに十分に相補的である限り少数のミスマッチを含んでもよく、必要に応じて４５℃以上のＴｍを有するヘテロ二重鎖をＲＮＡと共に形成する。
【００７０】
実施形態において、標的配列とアンチセンスターゲティング配列との間の相補性の程度は、安定した二重鎖を形成するのに十分である。アンチセンスオリゴマーにおける標的ＲＮＡ配列との相補性領域は８〜１１塩基ほどの短いものであってもよく、しかし１２〜１５塩基以上、例えば、１０〜４０塩基、１２〜３０塩基、１２〜２５塩基、１５〜２５塩基、１２〜２０塩基、又は１５〜２０塩基（これらの範囲の間にある全ての整数を含む）であることもできる。約１４〜１５塩基のアンチセンスオリゴマーは、概して、ユニークな相補的配列を有するのに十分に長い。特定の実施形態において、本明細書で考察するとおり、要件となる結合Ｔｍを実現するため、最小限の長さの相補的塩基が必要であり得る。
【００７１】
実施形態において、４０塩基もの長いオリゴマーが好適であり得、ここでは少なくとも最小限の数の塩基、例えば１０〜１２塩基が標的配列と相補的である。一部の実施形態において、細胞における取り込みの促進又は能動的な取り込みは、約３０塩基未満のオリゴマー長さで最適化される。本明細書に更に記載されるＰＭＯオリゴマーについて、結合安定性と取り込みとの最適な均衡は、概して１８〜２５塩基の長さで起こる。本開示には、約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０塩基からなるアンチセンスオリゴマー（例えば、ＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ、ＰＮＡ、ＬＮＡ、２’−ＯＭｅ）が含まれ、ここでは少なくとも約６、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０個の連続又は非連続塩基が標的配列と相補的である。
【００７２】
実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、典型的には、ヒトＧＡＡ遺伝子のプレｍＲＮＡ配列のイントロン１、エクソン２、又はイントロン２内にある又はそれに隣接する配列又は領域と十分に相補的な塩基配列を含む。理想的には、アンチセンスオリゴマーは、ＧＡＡプレｍＲＮＡの異常なスプライシングを有効に調節し、それによって活性なＧＡＡタンパク質の発現を増加させることが可能である。この要件は、必要に応じて、オリゴマー化合物が哺乳類細胞によって能動的に取り込まれ、且つ取り込まれた後、標的ｍＲＮＡと、必要に応じて約４０℃又は４５℃より高いＴｍで、安定二重鎖（又はヘテロ二重鎖）を形成する能力を有する場合に満たされる。
【００７３】
実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、典型的には、ＤＭＤ、ＳＭＡ、又はポンペ病に関連するエクソン内にある又はそれに隣接する配列又は領域と十分に相補的な塩基配列を含む。
【００７４】
実施形態において、アンチセンスオリゴマーは標的配列と１００％相補的であってもよく、又はオリゴマーと標的配列との間に形成されるヘテロ二重鎖が細胞ヌクレアーゼ及びインビボで起こり得る他の分解様式の作用に耐えるのに十分に安定している限り、（例えばバリアントを受け入れるように）ミスマッチを含んでもよい。従って、ある種のオリゴマーは、オリゴマーと標的配列との間に実質的な相補性を有してもよく、つまり、約又は少なくとも約７０％の配列相補性、例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列相補性を有してもよい。ヌクレアーゼによる切断を受けにくいオリゴマー骨格が本明細書で考察される。ミスマッチは、存在する場合、典型的には、中央にあるよりもハイブリッド二重鎖の末端領域にある方が不安定さが小さくなる。許容されるミスマッチの数は、二重鎖の安定性についての十分に理解されている原理によれば、オリゴマーの長さ、二重鎖中のＧ：Ｃ塩基対のパーセンテージ、及び二重鎖中の１つ又は複数のミスマッチの位置に依存する。かかるアンチセンスオリゴマーは、必ずしもｖ標的配列と１００％相補的とは限らないが、標的プレＲＮＡのスプライシングが調節されるように標的配列に安定且つ特異的に結合するのに有効である。
【００７５】
オリゴマーと標的配列との間に形成される二重鎖の安定性は、結合Ｔｍ及び二重鎖の細胞性酵素切断の受け易さに応じて変わる。相補的配列のＲＮＡに関してオリゴマーのＴｍは、Ｈａｍｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８５，ｐｐ．１０７−１０８によって記載されるものなど、従来の方法によるか、又はＭｉｙａｄａ  Ｃ．Ｇ．ａｎｄ  Ｗａｌｌａｃｅ  Ｒ．Ｂ．，１９８７，Ｏｌｉｇｏｍｅｒ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．Ｖｏｌ．１５４  ｐｐ．９４−１０７に記載されるとおり測定し得る。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、相補的配列のＲＮＡに関して、体温より高い、及び好ましくは約４５℃又は５０℃より高い結合Ｔｍを有し得る。範囲６０〜８０℃又はそれ以上のＴｍもまた含まれる。周知の原理によれば、相補性に基づくＲＮＡハイブリッドに関してオリゴマーのＴｍは、二重鎖中のＣ：Ｇ対形成塩基比の増加によって、及び／又はヘテロ二重鎖の長さ（塩基対単位）の増加によって増加させることができる。同時に、細胞取り込みを最適化する目的上、オリゴマーのサイズを制限することが有利であり得る。このため、高いＴｍ値に２５塩基超を必要とする化合物と比べると、２５塩基以下の長さで高いＴｍ（４５〜５０℃又はそれ以上）を示す化合物が概して好ましい。
【００７６】
アンチセンスオリゴマー及びそのバリアントの活性は、当該技術分野の慣用的な技法に従いアッセイすることができる。例えば、調査されるＲＮＡ及びタンパク質のスプライス形態及び発現レベルは、転写された核酸又はタンパク質のスプライス形態及び／又は発現を検出するための多種多様な周知の方法の任意のものによりアッセイし得る。かかる方法の非限定的な例としては、スプライシングされた形態のＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲと、続くＰＣＲ産物のサイズ分離、核酸ハイブリダイゼーション方法、例えば、ノーザンブロット及び／又は核酸アレイの使用；核酸増幅法；免疫学的タンパク質検出方法；タンパク質精製方法；及びタンパク質機能又は活性アッセイが挙げられる。
【００７７】
ＲＮＡ発現レベルは、細胞、組織又は生物からｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（即ち、転写されたポリヌクレオチド）を調製することにより、及びそのｍＲＮＡ／ｃＤＮＡと、アッセイする核酸の相補体、又はその断片である参照ポリヌクレオチドとをハイブリダイズすることにより評価してもよい。ｃＤＮＡは、必要に応じて、種々のポリメラーゼ連鎖反応又はインビトロ転写方法の任意のものを用いて相補的ポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーション前に増幅してもよい；好ましくは、これは増幅されない。１つ以上の転写物の発現はまた、定量的ＰＣＲを用いて検出して、１つ又は複数の転写物の発現レベルを評価することもできる。
【００７８】
Ｂ．アンチセンスオリゴマー化学
ｉ．一般的特徴
本開示の特定のアンチセンスオリゴマーは、イントロンスプライスサイレンサーエレメント又はエクソンスプライスサイレンサーエレメントに特異的にハイブリダイズする。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロアミデート又はホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオエートオリゴマー、トリシクロＤＮＡオリゴマー、トリシクロホスホロチオエートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、又は前述の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格と、ヒト酸性αグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１、イントロン２、又はエクソン２内の領域に相補的なターゲティング配列とを含む。
【００７９】
本開示のアンチセンスオリゴマーは、概して、ターゲティング配列を一緒になって形成する、又はこれを含む核酸塩基を各々担持する複数のヌクレオチドサブユニットを含む。従って、一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、約１０〜約４０サブユニット、より好ましくは約１０〜３０サブユニット、典型的には１５〜２５サブユニットの長さの範囲である。例えば、本開示のアンチセンス化合物は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０サブユニット長、又は１０サブユニット〜４０サブユニット、１０サブユニット〜３０サブユニット、１４サブユニット〜２５サブユニット、１５サブユニット〜３０サブユニット、１７サブユニット〜３０サブユニット、１７サブユニット〜２７サブユニット、１０サブユニット〜２７サブユニット、１０サブユニット〜２５サブユニット、及び１０サブユニット〜２０サブユニットの範囲であってもよい。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは約１０〜約４０又は約５〜約３０ヌクレオチド長である。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは約１４〜約２５又は約１７〜約２７ヌクレオチド長である。
【００８０】
様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーは完全に修飾された骨格を含み、例えば、骨格の１００％が修飾されている（例えば、ある２５ｍｅｒアンチセンスオリゴマーは、その骨格全体が本明細書に記載されるとおりの骨格修飾の任意の組み合わせで修飾されたものを含む）。様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、その骨格の約１００％〜２．５％が修飾されたものを含み得る。様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、その骨格の約９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、又は２．５％が修飾されたもの、及び間にある反復を含み得る。他の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載されるとおりの骨格修飾の任意の組み合わせを含み得る。
【００８１】
様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロアミデートモルホリノオリゴマー及びホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ホスホロチオエート修飾オリゴマー、２’Ｏ−メチル修飾オリゴマー、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオエートオリゴマー、２’Ｏ−ＭＯＥ修飾オリゴマー、２’−フルオロ修飾オリゴマー、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、トリシクロＤＮＡ、トリシクロＤＮＡホスホロチオエートヌクレオチド、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］修飾オリゴマー、モルホリノオリゴマー、ペプチドコンジュゲート化ホスホロアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＰＭＯ）、（ｉ）モルホリノ環の窒素原子との共有結合、及び（ｉｉ）（１，４−ピペラジン）−１−イル置換基又は置換（１，４−ピペラジン）−１−イルとの第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ＋）、及び（ｉ）モルホリノ環の窒素原子との共有結合及び（ｉｉ）４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（即ち、ＡＰＮ）又は４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イルの誘導体の環窒素との第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ−Ｘ）化学を、前述のいずれかの組み合わせを含め、含むか、それからなるか、又はそれから本質的になる。
【００８２】
ある態様において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマーはアンチセンスＰＰＭＯオリゴマーを含む。実施形態において、アンチセンスＰＰＭＯオリゴマーは、３、４、５、６、７、８、９個又はそれ以上の連続する内部核酸塩基を含む。実施形態において、連続する核酸塩基のうちの１個以上を取り除くことが行われ、それにより２個の連続する核酸塩基しか存在しなくなり、結果として凝集構造が取り除かれる。
【００８３】
実施形態において、アンチセンスＰＰＭＯオリゴマーは、３、４、５、６、７、８、９個又はそれ以上の連続する内部Ｇ核酸塩基を含む。実施形態において、連続するＧ核酸塩基のうちの１個以上を取り除くことが行われ、それにより２個の連続するＧ核酸塩基しか存在しなくなり、結果として凝集構造が取り除かれる。
【００８４】
様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーの骨格は実質的に非荷電であり、必要に応じて細胞膜を越える能動的な輸送又は輸送促進のための基質と認識される。一部の実施形態において、全てのヌクレオシド間結合が非荷電である。オリゴマーが標的ＲＮＡと安定二重鎖を形成する能力はまた、標的に対するアンチセンスオリゴマーの長さ及び相補性の程度、Ｇ：Ｃ対Ａ：Ｔ塩基マッチ比、及び任意のミスマッチ塩基の位置を含め、骨格の他の特徴にも関係し得る。アンチセンスオリゴマーの細胞ヌクレアーゼ耐性能力は、生存及び細胞質への薬剤の最終的な送達を促進し得る。
【００８５】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、生理的ｐＨで正電荷又はカチオン性の少なくとも１つのヌクレオシド間結合を有する。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、約５．５〜約１２のｐＫａを呈する少なくとも１つのヌクレオシド間結合を有する。更なる実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、約４．５〜約１２のｐＫａを呈するヌクレオシド間結合を、約、少なくとも約、又は最大でも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個含有する。一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、約４．５〜約１２のｐＫａを呈するヌクレオシド間結合を約又は少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％含有する。必要に応じて、アンチセンスオリゴマーは、塩基性窒素及びアルキル、アリール、又はアラルキル基の両方を含むヌクレオシド間結合を少なくとも１個有する。詳細な実施形態において、１つ又は複数のカチオン性ヌクレオシド間結合は、４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（ＡＰＮ）基、又はその誘導体を含む。いかなる１つの理論によっても拘束されないが、オリゴマー中に１つ又は複数のカチオン性結合（例えば、ＡＰＮ基又はＡＰＮ誘導体）が存在すると、標的ヌクレオチド中の負電荷リン酸との結合が促進されると考えられる。従って、変異体ＲＮＡとカチオン性結合を含有するオリゴマーとの間のヘテロ二重鎖の形成は、イオン性引力及びワトソン・クリック塩基対形成の両方によって一体に保持され得る。
【００８６】
一部の実施形態において、カチオン性結合の数は、少なくとも２つ且つヌクレオシド間結合総数の約半分以下、例えば、約又は最大でも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個のカチオン性結合である。しかしながら、一部の実施形態において、最大で全ヌクレオシド間結合がカチオン性結合であり、例えば、ヌクレオシド間結合総数のうちの約又は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０個がカチオン性結合である。具体的な実施形態において、約１９〜２０サブユニットのオリゴマーは、２〜１０、例えば４〜８個のカチオン性結合を有し、残りは非荷電結合であってもよい。他の具体的な実施形態において、１４〜１５サブユニットのオリゴマーは、２〜７、例えば、２、３、４、５、６、又は７個のカチオン性結合を有し、残りは非荷電結合であってもよい。このようにオリゴマー中のカチオン性結合の総数は、約１〜１０〜１５〜２０〜３０又はそれ以上（間にある全ての整数を含む）まで変動してもよく、オリゴマー全体にわたって散在することができる。
【００８７】
様々な実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、１０個の非荷電結合につき約４〜５又は４又は５個など、２〜５又は２、３、４、又は５個の非荷電結合につき約又は最大約１個のカチオン性結合を有し得る。
【００８８】
特定の実施形態は、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％のカチオン性結合を含有するアンチセンスオリゴマーを含む。特定の実施形態において、骨格結合の約２５％がカチオン性である場合にアンチセンス活性の最適な改良が見られ得る。特定の実施形態において、少数、例えば１０〜２０％のカチオン性結合で、又はカチオン性結合の数が、約６０％など、５０〜８０％の範囲である場合に、亢進が見られ得る。
【００８９】
様々な実施形態において、カチオン性結合は骨格に沿って散在する。かかるオリゴマーは、必要に応じて、少なくとも２個の連続する非荷電結合を含有する；即ち、オリゴマーは、必要に応じて、その全長に沿って厳密に交互のパターンを有するわけではない。具体的な例では、１個又は２個のカチオン性結合がそれぞれ骨格に沿って少なくとも１、２、３、４、又は５個の非荷電結合によって隔てられている。
【００９０】
また、カチオン性結合のブロックと非荷電結合のブロックとを有するオリゴマーも含まれる。例えば、非荷電結合の中央ブロックにカチオン性結合のブロックが隣接してもよいし、又は逆であってもよい。一部の実施形態において、オリゴマーはほぼ等しい長さの５’、３’及び中央領域を有し、中央領域にあるカチオン性結合のパーセンテージは、カチオン性結合の総数の約５０％、６０％、７０％、又は８０％超である。
【００９１】
特定のアンチセンスオリゴマーでは、カチオン性結合の大部分（例えば、カチオン性結合の７０、７５％、８０％、９０％）が、「中央領域」骨格結合、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５個の最も中央にある結合の近くに分布する。例えば、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、又は２４ｍｅｒオリゴマーは、カチオン性結合総数の少なくとも５０％、６０％、７０％、又は８０が８、９、１０、１１、又は１２個の最も中央にある結合に局在し得る。
【００９２】
ｉｉ．骨格化学特徴
アンチセンスオリゴマーは、種々のアンチセンス化学を利用することができる。オリゴマー化学の例としては、限定なしに、ホスホロアミデートモルホリノオリゴマー及びホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ホスホロチオエート修飾オリゴマー、２’Ｏ−メチル修飾オリゴマー、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオエートオリゴマー、２’Ｏ−ＭＯＥ修飾オリゴマー、２’−フルオロ修飾オリゴマー、２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、トリシクロＤＮＡ、トリシクロＤＮＡホスホロチオエートヌクレオチド、２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］修飾オリゴマー、モルホリノオリゴマー、ペプチドコンジュゲート化ホスホロアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＰＭＯ）、（ｉ）モルホリノ環の窒素原子との共有結合、及び（ｉｉ）（１，４−ピペラジン）−１−イル置換基又は置換（１，４−ピペラジン）−１−イルとの第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ＋）、及び（ｉ）モルホリノ環の窒素原子との共有結合及び（ｉｉ）４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（即ち、ＡＰＮ）又は４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イルの誘導体の環窒素との第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ−Ｘ）化学が、前述のいずれかの組み合わせを含め、挙げられる。一般に、ＰＮＡ及びＬＮＡ化学は、ＰＭＯ及び２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマーと比べて標的結合強度が比較的高いため、より短いターゲティング配列を利用することができる。ホスホロチオエート及び２’Ｏ−Ｍｅ修飾化学を組み合わせて２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオエート骨格を作製することができる。例えば、国際公開第２０１３／１１２０５３号パンフレット及び同第２００９／００８７２５号パンフレット（本明細書によって全体として参照により援用される）を参照のこと。
【００９３】
一部の例では、ＰＭＯなどのアンチセンスオリゴマーを細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートして細胞内送達を促進することができる。ペプチドコンジュゲート化ＰＭＯはＰＰＭＯと呼ばれ、特定の実施形態としては、国際公開第２０１２／１５０９６０号パンフレット（全体として参照により本明細書に援用される）に記載されるものが挙げられる。一部の実施形態において、例えば本明細書に記載されるとおりのアンチセンスオリゴマーの３’端側末端にコンジュゲート又は連結されたアルギニンリッチペプチド配列が使用されてもよい。特定の実施形態において、例えば本明細書に記載されるとおりのアンチセンスオリゴマーの５’端側末端にコンジュゲート又は連結されたアルギニンリッチペプチド配列が使用されてもよい。
【００９４】
１．ペプチド核酸（ＰＮＡ）
ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、骨格が、デオキシリボース骨格と構造的に同形であり、Ｎ−（２−アミノエチル）グリシン単位からなり、そこにピリミジン又はプリン塩基が結合した、ＤＮＡの類似体である。天然ピリミジン及びプリン塩基を含有するＰＮＡは、ワトソン・クリック塩基対形成則に従い相補的オリゴマーにハイブリダイズし、塩基対認識の点でＤＮＡを模倣する（Ｅｇｈｏｌｍ，Ｂｕｃｈａｒｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３を参照のこと）。ＰＮＡの骨格は、ホスホジエステル結合でなく、むしろペプチド結合によって形成されるため、ＰＮＡはアンチセンス適用に良く適している（以下の構造を参照のこと）。この骨格は非荷電であり、そのため通常より高い熱安定性を呈するＰＮＡ／ＤＮＡ又はＰＮＡ／ＲＮＡ二重鎖が生じる。ＰＮＡはヌクレアーゼ又はプロテアーゼによっては認識されない。ＰＮＡの非限定的な例を以下に示す：
【化３】
2021500016.tif 000005
【００９５】
天然構造に対する極端な構造変化にも関わらず、ＰＮＡは、ＤＮＡ又はＲＮＡとのヘリックス形態での配列特異的結合能を有する。ＰＮＡの特徴には、相補ＤＮＡ又はＲＮＡに対する高い結合親和性、単一塩基ミスマッチによって引き起こされる不安定化効果、ヌクレアーゼ及びプロテアーゼに対する耐性、塩濃度に依存しないＤＮＡ又はＲＮＡとのハイブリダイゼーション及びホモプリンＤＮＡとの三重鎖形成が含まれる。ＰＡＮＡＧＥＮＥ（商標）は、その専売Ｂｔｓ  ＰＮＡ単量体（Ｂｔｓ；ベンゾチアゾール−２−スルホニル基）及び専売オリゴマー形成方法を開発した。Ｂｔｓ  ＰＮＡ単量体を使用したＰＮＡオリゴマー形成は、脱保護、カップリング及びキャッピングのサイクルの繰り返しで構成される。ＰＮＡは、当該技術分野において公知の任意の技法を用いて合成的に作製することができる。例えば、米国特許第６，９６９，７６６号明細書、同第７，２１１，６６８号明細書、同第７，０２２，８５１号明細書、同第７，１２５，９９４号明細書、同第７，１４５，００６号明細書及び同第７，１７９，８９６号明細書を参照のこと。ＰＮＡの調製についてはまた、米国特許第５，５３９，０８２号明細書；同第５，７１４，３３１号明細書；及び同第５，７１９，２６２号明細書も参照のこと。ＰＮＡ化合物の更なる教示については、Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１４９７−１５００，１９９１を参照することができる。前述の各々は、全体として参照により援用される。
【００９６】
２．ロックド核酸（ＬＮＡ）
アンチセンスオリゴマー化合物はまた、「ロックド核酸」サブユニット（ＬＮＡ）も含有し得る。「ＬＮＡ」は、架橋核酸（ＢＮＡ）と呼ばれる修飾クラスのメンバーである。ＢＮＡは、リボース環のコンホメーションをＣ３０エンド型（ノーザン）糖パッカーに固定する共有結合によって特徴付けられる。ＬＮＡについては、架橋は、２’−Ｏ位置と４’−Ｃ位置との間のメチレンで構成される。ＬＮＡは、骨格の事前組織化及び塩基の積み重なりを亢進させて、ハイブリダイゼーション及び熱安定性を増加させる。
【００９７】
ＬＮＡの構造については、例えば、Ｗｅｎｇｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（１９９８）４５５；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８）５４：３６０７、及びＡｃｃｏｕｎｔｓ  ｏｆ  Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９９）３２：３０１）；Ｏｂｉｋａ，ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ（１９９７）３８：８７３５；（１９９８）３９：５４０１、及びＢｉｏｏｒｇａｎｉｃ  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００８）１６：９２３０（これらは本明細書によって全体として参照により援用される）を参照することができる。ＬＮＡの非限定的な例を以下に示す：
【化４】
2021500016.tif 000006
【００９８】
本開示の化合物は１つ以上のＬＮＡを組み込み得る；ある場合には、化合物は全体がＬＮＡで構成されてもよい。個々のＬＮＡヌクレオシドサブユニットの合成方法及びオリゴマーへのその組み込みについては、例えば、米国特許第７，５７２，５８２号明細書、同第７，５６９，５７５号明細書、同第７，０８４，１２５号明細書、同第７，０６０，８０９号明細書、同第７，０５３，２０７号明細書、同第７，０３４，１３３号明細書、同第６，７９４，４９９号明細書、及び同第６，６７０，４６１号明細書（これらの各々は全体として参照により援用される）に記載されている。典型的なサブユニット間リンカーにはホスホジエステル及びホスホロチオエート部分が含まれる；或いは、非リン含有リンカーが用いられてもよい。更なる実施形態には、各ＬＮＡサブユニットがＤＮＡサブユニットによって隔てられているＬＮＡ含有化合物が含まれる。ある種の化合物は、サブユニット間リンカーがホスホロチオエートである交互のＬＮＡ及びＤＮＡサブユニットで構成される。
【００９９】
２’Ｏ，４’Ｃ−エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）は、ＢＮＡクラスの別のメンバーである。非限定的な例を以下に示す：
【化５】
2021500016.tif 000007
【０１００】
ＥＮＡオリゴマー及びその調製については、Ｏｂｉｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｔｔ  ３８（５０）：８７３５（本明細書によって全体として参照により援用される）に記載される。本開示の化合物は１つ以上のＥＮＡサブユニットを組み込み得る。
【０１０１】
３．ホスホロチオエート
「ホスホロチオエート」（又はＳ−オリゴ）は、非架橋酸素のうちの１つが硫黄に置き換えられた、通常ＤＮＡのバリアントである。ホスホロチオエートの非限定的な例を以下に示す：
【化６】
2021500016.tif 000008
【０１０２】
ヌクレオチド間結合の硫化は、５’→３’及び３’→５’ＤＮＡ  ＰＯＬ  １エキソヌクレアーゼ、ヌクレアーゼＳ１及びＰ１、ＲＮアーゼ、血清ヌクレアーゼ及びヘビ毒ホスホジエステラーゼを含めたエンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼの作用を低減する。ホスホロチオエートは２つの主要な経路：ホスホン酸水素に対する二硫化炭素中の元素状硫黄の溶液の作用によるか、又はテトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）若しくは３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール（ｂｅｎｓｏｄｉｔｈｉｏｌ）−３−オン１，１−ジオキシド（ＢＤＴＤ）のいずれかで亜リン酸トリエステルを硫化する方法によって作られる（例えば、Ｉｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５５，４６９３−４６９９，１９９０（本明細書によって全体として参照により援用される）を参照のこと）。後者の方法では、元素状硫黄がほとんどの有機溶媒に対して不溶性である問題及び二硫化炭素の毒性が回避される。ＴＥＴＤ法及びＢＤＴＤ法はまた、より高純度のホスホロチオエートも生じる。
【０１０３】
４．トリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｌｙｃｌｏ−ＤＮＡ）及びトリシクロホスホロチオエートヌクレオチド
トリシクロＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）は拘束ＤＮＡ類似体の一クラスであり、各ヌクレオチドがシクロプロパン環の導入によって修飾されることにより骨格のコンホメーション上の柔軟性が制限され、ねじれ角γの骨格幾何学が最適化されている。ホモ塩基性アデニン含有及びチミン含有ｔｃ−ＤＮＡは、相補ＲＮＡと非常に安定したＡ−Ｔ塩基対を形成する。トリシクロＤＮＡ及びその合成については、国際公開第２０１０／１１５９９３号パンフレット（本明細書によって全体として参照により援用される）に記載されている。本開示の化合物は１つ以上のトリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ＤＮＡ）ヌクレオチドを組み込み得る；ある場合には、化合物は全体がトリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ＤＮＡ）ヌクレオチドで構成されてもよい。
【０１０４】
トリシクロホスホロチオエートヌクレオチドは、ホスホロチオエートサブユニット間結合を含むトリシクロＤＮＡヌクレオチドである。トリシクロホスホロチオエートヌクレオチド及びその合成については、国際公開第２０１３／０５３９２８号パンフレット（本明細書によって全体として参照により援用される）に記載されている。本開示の化合物は１つ以上のトリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ＤＮＡ）ヌクレオチドを組み込み得る；ある場合には、化合物は全体がトリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ＤＮＡ）ヌクレオチドで構成されてもよい。トリシクロＤＮＡ（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ＤＮＡ）／トリシクロホスホロチオエート（ｔｒｉｃｙｃｌｅ−ｐｈｏｐｈｏｔｈｉｏａｔｅ）ヌクレオチドの非限定的な例を以下に示す：
【化７】
2021500016.tif 000009
【０１０５】
５．２’Ｏ−メチル、２’Ｏ−ＭＯＥ、及び２’−Ｆオリゴマー
「２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー」分子はリボース分子の２’−ＯＨ残基にメチル基を担持している。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡはＤＮＡと同じ（又は類似した）挙動を示すが、ヌクレアーゼ分解から保護されている。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡはまた、更なる安定化のためホスホロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｔｈｉｏａｔｅ）オリゴマー（ＰＴＯ）と組み合わせることもできる。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー（ホスホジエステル又はホスホロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｔｈｉｏａｔｅ））は、当該技術分野における慣用的な技法に従い合成することができる（例えば、Ｙｏｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．３２：２００８−１６，２００４（本明細書によって全体として参照により援用される）を参照のこと）。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーの非限定的な例を以下に示す：
【化８】
2021500016.tif 000010
【０１０６】
２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーはまたホスホロチオエート結合も含み得る（２’Ｏ−Ｍｅホスホロチオエートオリゴマー）。２’Ｏ−メトキシエチルオリゴマー（２’−Ｏ  ＭＯＥ）は、２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーと同様に、リボース分子の２’−ＯＨ残基にメトキシエチル基を担持しており、Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，７８，４８６−５０４，１９９５（本明細書によって全体として参照により援用される）に考察されている。２’Ｏ−ＭＯＥヌクレオチドの非限定的な例を以下に示す：
【化９】
2021500016.tif 000011
【０１０７】
上記のアルキル化された２’ＯＨリボース誘導体と対照的に、２’−フルオロオリゴマーは２’位に２’ＯＨの代わりにフルオロ基を含む。２’−Ｆオリゴマーの非限定的な例を以下に示す：
【化１０】
2021500016.tif 000012
２’−フルオロオリゴマーについては、国際公開第２００４／０４３９７７号パンフレット（本明細書によって全体として参照により援用される）に更に記載される。本開示の化合物は１つ以上の２’Ｏ−メチル、２’Ｏ−ＭＯＥ、及び２’−Ｆサブユニットを組み込んでもよく、本明細書に記載される任意のサブユニット間結合を利用し得る。一部の例では、本開示の化合物は、全体が２’Ｏ−メチル、２’Ｏ−ＭＯＥ、又は２’−Ｆサブユニットで構成されてもよい。本開示の化合物の一実施形態は、全体が２’Ｏ−メチルサブユニットで構成される。
【０１０８】
６．２’−Ｏ−［２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル］オリゴヌクレオチド（ＭＣＥ）
ＭＣＥは、本開示の化合物に有用な２’Ｏ修飾リボヌクレオシドの別の例である。ここでは、ヌクレアーゼ耐性を増加させるため、２’ＯＨが２−（Ｎ−メチルカルバモイル）エチル部分に誘導体化される。ＭＣＥオリゴマーの非限定的な例を以下に示す：
【化１１】
2021500016.tif 000013
ＭＣＥ及びその合成については、Ｙａｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，７６（９）：３０４２−５３（本明細書によって全体として参照により援用される）に記載されている。本開示の化合物は１つ以上のＭＣＥサブユニットを組み込み得る。
【０１０９】
７．立体特異的オリゴマー
立体特異的オリゴマーは、実質的に純粋な単一のオリゴマーが作り出されるような合成方法により、各リン含有結合の立体化学が決まっているものである。立体特異的オリゴマーの非限定的な例を以下に示す：
【化１２】
2021500016.tif 000014
【０１１０】
上記の例において、オリゴマーの各リンは同じ立体化学を有する。更なる例としては、上記に記載されるオリゴマーが挙げられる。例えば、立体特異的リン含有ヌクレオシド間結合、例えば、ホスホロチオエート、ホスホジエステル、ホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、又は他のリン含有ヌクレオシド間結合などを含むＬＮＡ、ＥＮＡ、トリシクロＤＮＡ、ＭＣＥ、２’Ｏ−メチル、２’Ｏ−ＭＯＥ、２’−Ｆ、及びモルホリノベースのオリゴマーを調製することができる。立体特異的オリゴマー、調製方法、キラル制御された（ｃｈｉｒｏｌ  ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ）合成、キラル設計、及びかかるオリゴマーの調製に使用されるキラル補助剤については、例えば、国際公開第２０１５１０７４２５号パンフレット、国際公開第２０１５１０８０４８号パンフレット、国際公開第２０１５１０８０４６号パンフレット、国際公開第２０１５１０８０４７号パンフレット、国際公開第２０１２０３９４４８号パンフレット、国際公開第２０１００６４１４６号パンフレット、国際公開第２０１１０３４０７２号パンフレット、国際公開第２０１４０１０２５０号パンフレット、国際公開第２０１４０１２０８１号パンフレット、国際公開第２０１３０１２７８５８号パンフレット、及び国際公開第２０１１００５７６１号パンフレット（これらの各々は本明細書によって全体として参照により援用される）に詳説される。
【０１１１】
８．モルホリノベースのオリゴマー
モルホリノベースのオリゴマーとは、核酸塩基を支持するモルホリノサブユニットを含む、且つリボースの代わりにモルホリン環を含有するオリゴマーを指す。例示的ヌクレオシド間結合としては、例えば、一つのモルホリノサブユニットのモルホリン環窒素を隣接するモルホリノサブユニットの４’環外炭素につなぐホスホロアミデート又はホスホロジアミデートヌクレオシド間結合が挙げられる。各モルホリノサブユニットは、塩基特異的水素結合によるオリゴヌクレオチド中の塩基への結合に有効なプリン又はピリミジン核酸塩基を含む。
【０１１２】
モルホリノベースのオリゴマー（アンチセンスオリゴマーを含む）については、例えば、米国特許第５，６９８，６８５号明細書；同第５，２１７，８６６号明細書；同第５，１４２，０４７号明細書；同第５，０３４，５０６号明細書；同第５，１６６，３１５号明細書；同第５，１８５，４４４号明細書；同第５，５２１，０６３号明細書；同第５，５０６，３３７号明細書及び係属中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号明細書；同第１２／２７１，０４０号明細書；及び国際公開第２００９／０６４４７１号パンフレット及び同第２０１２／０４３７３０号パンフレット並びにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．１９９７，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，７，１８７−１９５（これらは本明細書によって全体として参照により援用される）に詳説される。オリゴマー構造内では、リン酸基は一般に、オリゴマーの「ヌクレオシド間結合」を形成すると称される。ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’→５’ホスホジエステル結合である。「ホスホロアミデート」基は、３個の結合した酸素原子と１個の結合した窒素原子とを有するリンを含み、一方、「ホスホロジアミデート」基は、２個の結合した酸素原子と２個の結合した窒素原子とを有するリンを含む。本明細書に記載されるモルホリノベースのオリゴマーの非荷電又はカチオン性サブユニット間結合では、常に骨格鎖に１個の窒素がペンダントしている。ホスホロジアミデート結合中の第２の窒素は、典型的にはモルホリン環構造の環窒素である。
【０１１３】
「ＰＭＯ−Ｘ」は、（ｉ）モルホリン環の窒素原子との共有結合及び（ｉｉ）４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（即ち、ＡＰＮ）又は４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イルの誘導体の環窒素との第２の共有結合を伴うリン原子を有するホスホロジアミデートモルホリノベースのオリゴマーを指す。例示的且つ非限定的なＰＭＯ−Ｘオリゴマーについては、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／３８４５９号明細書及び国際公開第２０１３／０７４８３４号パンフレット（これらは本明細書によって全体として参照により援用される）に記載されている。ＰＭＯ−Ｘには「ＰＭＯ−ａｐｎ」又は「ＡＰＮ」が含まれ、これは少なくとも１つのヌクレオシド間結合を含むＰＭＯ−Ｘオリゴマーを指し、ここではリン原子がモルホリノ基及び４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（即ち、ＡＰＮ）の環窒素に連結している。具体的な実施形態において、ターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つのＡＰＮ含有結合又はＡＰＮ誘導体含有結合を含む。様々な実施形態には、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％のＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体含有結合を有するモルホリノベースのオリゴマーが含まれ、ここで残りの結合（１００％未満の場合）は非荷電結合であり、例えば、全ヌクレオシド間結合のうちの約又は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０個がＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体含有結合である。
【０１１４】
一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）の化合物：
【化１３】
2021500016.tif 000015
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏ及び−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及びＧから独立に選択され、式中、Ｒ５はＨ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨ及び式：
【化１４】
2021500016.tif 000016
の部分から選択され、
式中：
Ａは、−ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）２、及びＲ１から選択され、式中、各Ｒ７はＨ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、及び式：
【化１５】
2021500016.tif 000017
の部分から選択され、
式中：
Ｒ９は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中：
ｍは１〜５の整数であり、
Ｒ１１は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々はＣ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例は、
−Ｎ（Ｒ１３）２（式中、各Ｒ１３は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択される）；
式（ＩＩ）：
【化１６】
2021500016.tif 000018
の部分
［式中：
Ｒ１５は、Ｈ、Ｇ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中：
Ｒ１８は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｑは１〜５の整数であり、
各Ｒ１７は、Ｈ及びメチルから独立に選択される］；及び
式（ＩＩＩ）：
【化１７】
2021500016.tif 000019
の部分
［式中：
Ｒ１９は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｒＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）４ＮＨ２及びＧから選択され、式中：
Ｒ２２は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｒは１〜５の整数であり、
Ｒ２０は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択されるか；又は
Ｒ１９及びＲ２０は、それらが結合する窒素原子と一緒になって、５〜７個の環原子を有する、且つ必要に応じて酸素、窒素、及び硫黄から選択される追加のヘテロ原子を含有するヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成する］
から独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｓＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び式：
【化１８】
2021500016.tif 000020
の部分
［式中、
Ｒ２３は式−（Ｏ−アルキル）ｖ−ＯＨのものであり、式中、ｖは３〜１０の整数であり、ｖ個のアルキル基の各々はＣ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ２４は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｓは１〜５の整数であり；
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され；
各Ｒ２５は式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものである］
から選択され、
式中、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化１９】
2021500016.tif 000021
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合し、
式中、Ｇは１回の出現で存在してもよく、又は存在しない。
【０１１５】
一部の実施形態において、Ｒ２は式：
【化２０】
2021500016.tif 000022
の部分であり、式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−又は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ２５は式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものである。かかる部分については、米国特許第７，９３５，８１６号明細書（全体として参照により本明細書に援用される）に更に記載される。
【０１１６】
特定の実施形態において、Ｒ２は、以下に示すいずれかの部分を含んでもよい：
【化２１】
2021500016.tif 000023
【０１１７】
特定の実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１基の約５０〜９０％はジメチルアミノ（即ち−Ｎ（ＣＨ３）２）である。特定の実施形態において、Ｒ１基の約６６％はジメチルアミノである。
【０１１８】
一部の非限定的な実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｘは、ウラシル（Ｕ）又はチミン（Ｔ）から選択される。
【０１１９】
本開示の一部の実施形態において、Ｒ１は、
【化２２】
2021500016.tif 000024
【化２３】
2021500016.tif 000025
から選択されてもよい。
【０１２０】
一部の実施形態において、少なくとも１つのＲ１は
【化２４】
2021500016.tif 000026
である。
特定の実施形態において、Ｔは
【化２５】
2021500016.tif 000027
から選択される。
Ｙは出現毎にＯである。一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１２１】
様々な実施形態において、Ｔは、
【化２６】
2021500016.tif 000028
から選択され、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。
【０１２２】
一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化２７】
2021500016.tif 000029
のものであり、
Ｒ６は、式：
【化２８】
2021500016.tif 000030
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。
【０１２３】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化２９】
2021500016.tif 000031
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化３０】
2021500016.tif 000032
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はＧである。
【０１２４】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化３１】
2021500016.tif 000033
のものであり、
Ｙは出現毎にＯである。一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化３２】
2021500016.tif 000034
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はアセチルである。
【０１２５】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化３３】
2021500016.tif 000035
のものであり、Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はＨである。
【０１２６】
一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１２７】
様々な実施形態において、Ｒ２は、Ｈ又はＧから選択される。詳細な実施形態において、Ｒ２はＧである。一部の実施形態において、Ｒ２はＨ又はアシルである。一部の実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１２８】
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化３４】
2021500016.tif 000036
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１２９】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化３５】
2021500016.tif 000037
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１３０】
別の態様において、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｉａ）の化合物：
【化３６】
2021500016.tif 000038
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは約１３〜約３８の整数であり；
各Ｙは、Ｏ及び−ＮＲ４から独立に選択され、式中、各Ｒ４は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ５Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及びＧから独立に選択され、式中、Ｒ５はＨ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され、ｎは１〜５の整数であり；
Ｔは、ＯＨ及び式：
【化３７】
2021500016.tif 000039
の部分から選択され、
式中：
Ａは、−ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）２、及びＲ１から選択され、式中：
各Ｒ７は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、及び式：
【化３８】
2021500016.tif 000040
の部分から選択され、
式中：
Ｒ９は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中：
ｍは１〜５の整数であり、
Ｒ１１は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々はＣ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例は、
−Ｎ（Ｒ１３）２（式中、各Ｒ１３は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択される）；
式（ＩＩ）：
【化３９】
2021500016.tif 000041
の部分
［式中：
Ｒ１５は、Ｈ、Ｇ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１８Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中：
Ｒ１８は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｑは１〜５の整数であり；
各Ｒ１７は、Ｈ及びメチルから独立に選択される］；及び
式（ＩＩＩ）：
【化４０】
2021500016.tif 000042
の部分
［式中：
Ｒ１９は、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｒＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）４ＮＨ２及びＧから選択され、式中：
Ｒ２２は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｒは１〜５の整数であり、
Ｒ２０は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択されるか；又は
Ｒ１９及びＲ２０は、それらが結合する窒素原子と一緒になって、５〜７個の環原子を有する、且つ必要に応じて酸素、窒素、及び硫黄から選択される追加のヘテロ原子を含有するヘテロ環式環又はヘテロアリール環を形成する］
から独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ２３、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｓＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ２４Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）（ＣＨ２）３ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び式：
【化４１】
2021500016.tif 000043
の部分
［式中、
Ｒ２３は式−（Ｏ−アルキル）ｖ−ＯＨのものであり、式中、ｖは３〜１０の整数であり、ｖ個のアルキル基の各々はＣ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ２４は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
ｓは１〜５の整数であり；
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され；
各Ｒ２５は式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は式−（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものである］
から選択され、
式中、Ｇは、式−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰを含む細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、式中、ＣＰＰは、式：
【化４２】
2021500016.tif 000044
のものであり、
式中、ＲａはＨ又はアシルであり、
式中、Ｇは１回の出現で存在してもよく、又は存在しない。
【０１３１】
特定の実施形態において、Ｔは、
【化４３】
2021500016.tif 000045
から選択され、
Ｙは出現毎にＯである。一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１３２】
様々な実施形態において、Ｔは、
【化４４】
2021500016.tif 000046
から選択され、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。
【０１３３】
一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化４５】
2021500016.tif 000047
のものであり、Ｒ６は、式：
【化４６】
2021500016.tif 000048
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。
【０１３４】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化４７】
2021500016.tif 000049
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、Ｒ２はＧである。一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化４８】
2021500016.tif 000050
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はＧである。
【０１３５】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化４９】
2021500016.tif 000051
のものであり、
Ｙは出現毎にＯである。一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化５０】
2021500016.tif 000052
のものであり、
Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はアセチルである。
【０１３６】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化５１】
2021500016.tif 000053
のものであり、Ｙは出現毎にＯであり、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２はＨである。
【０１３７】
一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１３８】
様々な実施形態において、Ｒ２は、Ｈ又はＧから選択される。詳細な実施形態において、Ｒ２はＧである。一部の実施形態において、Ｒ２はＨ又はアシルである。一部の実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１３９】
一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１４０】
例えば、式（Ｉ）及び（Ｉａ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１内にある標的領域と相補的である。例えば、式（Ｉ）及び（Ｉａ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１内にある標的領域と相補的であり、ここで標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列に相補的な核酸塩基を有さず、少なくとも１個の追加の核酸塩基は標的領域の内部にある。
【０１４１】
実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内である。
【０１４２】
特定の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶａ）の化合物：
【化５２】
2021500016.tif 000054
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｔは、ＯＨ及び式：
【化５３】
2021500016.tif 000055
の部分から選択され、
式中：
Ａは、−ＯＨ、−Ｎ（Ｒ７）２Ｒ８、及びＲ１から選択され、式中：
各Ｒ７は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、
Ｒ８は、電子対及びＨから選択され、
Ｒ６は、ＯＨ、−Ｎ（Ｒ９）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、及び式：
【化５４】
2021500016.tif 000056
の部分から選択され、
式中：
Ｒ９は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１０は、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ１１ＯＨ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、及び−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＲ１２Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２から選択され、式中：
ｍは１〜５の整数であり、
Ｒ１１は式−（Ｏ−アルキル）ｙ−のものであり、式中、ｙは３〜１０の整数であり、
ｙ個のアルキル基の各々はＣ２〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ１２は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例は独立に−Ｎ（Ｒ１３）２Ｒ１４であり、式中、各Ｒ１３は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され、Ｒ１４は、電子対及びＨから選択され；
Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択される。
【０１４３】
特定の実施形態において、Ｔは、
【化５５】
2021500016.tif 000057
から選択され、
Ｙは出現毎にＯである。一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１４４】
様々な実施形態において、Ｔは、
【化５６】
2021500016.tif 000058
から選択される。
【０１４５】
一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化５７】
2021500016.tif 000059
のものであり、
Ｒ６は、式：
【化５８】
2021500016.tif 000060
のものである。
【０１４６】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化５９】
2021500016.tif 000061
のものである。
【０１４７】
一部の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、トリチル、又はアシルである。一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１４８】
特定の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶｂ）の化合物：
【化６０】
2021500016.tif 000062
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｔは、式：
【化６１】
2021500016.tif 000063
の部分から選択され、
式中、Ｒ３は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択され；
Ｒ１の各例は独立に−Ｎ（Ｒ４）２であり、式中、各Ｒ４は、Ｈ及びＣ１〜Ｃ６アルキルから独立に選択され；
Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、ステアロイル、及びＣ１〜Ｃ６アルキルから選択される。
様々な実施形態において、Ｒ２は、Ｈ又はアシルから選択される。一部の実施形態において、Ｒ２はＨである。
【０１４９】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化６２】
2021500016.tif 000064
のものであり；
Ｒ２は水素である。
【０１５０】
特定の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶｃ）の化合物：
【化６３】
2021500016.tif 000065
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
各ＹはＯであり；
各Ｒ１は独立に、
【化６４】
2021500016.tif 000066
からなる群から選択され、
式中、少なくとも１つのＲ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１５１】
一部の実施形態において、Ｘは、ウラシル（Ｕ）又はチミン（Ｔ）から選択される。一部の実施形態において、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１５２】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｖ）の化合物：
【化６５】
2021500016.tif 000067
又はその薬学的に許容可能な塩であり、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数である。
【０１５３】
例えば、式（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）及び（Ｖ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む一部の実施形態において、ターゲティング配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む標的領域と相補的である。特定の実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む標的配列と相補的である。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１５４】
例えば、式（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）及び（Ｖ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む一部の実施形態において、ターゲティング配列は、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む標的領域と相補的である。特定の実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む標的配列と相補的である。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１５５】
例えば、式（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）及び（Ｖ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む一部の実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１内にある標的領域と相補的である。例えば、式（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）及び（Ｖ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む様々な実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのエクソン２に関連する標的領域と相補的であり、ここで標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列に相補的な核酸塩基を有さず、少なくとも１個の追加の核酸塩基は標的領域の内部にある。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１５６】
様々な態様において、アンチセンスオリゴマーは、配列番号１〜１２８のいずれか１つの欠失配列を含み、ここで配列番号１〜１２８のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＣＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＧＣＡＴＴＴＣＴＡＧ（配列番号６９；エテプリルセン）；ＧＴＴＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＴＣ（配列番号７０；ゴロジルセン）；又はＣＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＣＴＧ（配列番号７１；カシメルセン）を含む。様々な実施形態において、欠失配列は配列番号６９〜７１のいずれか１つを含み、ここで配列番号７２〜７４のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号６９〜７１のいずれか１つの配列の内部にある。
【０１５７】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩ）の化合物：
【化６６】
2021500016.tif 000068
又はその薬学的に許容可能な塩であり、
式中、各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｔは、
【化６７】
2021500016.tif 000069
から選択され；
各Ｒ１は、
【化６８】
2021500016.tif 000070
からなる群から独立に選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択され、
式中、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び
【化６９】
2021500016.tif 000071
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合し、
式中、Ｔは、
【化７０】
2021500016.tif 000072
であり、又はＲ２はＧである。
【０１５８】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化７１】
2021500016.tif 000073
のものであり、
Ｒ２はＧである。特定の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１回の出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１の各出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化７２】
2021500016.tif 000074
のものである。
【０１５９】
特定の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１回の出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１の各出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１６０】
一部の実施形態において、Ｔは、式：
【化７３】
2021500016.tif 000075
のものであり、
Ｒ２はＧであり、Ｒ１の各出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１６１】
特定の実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、アセチル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択され、Ｔは、式：
【化７４】
2021500016.tif 000076
のものである。様々な実施形態において、Ｒ２はアセチルである。特定の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１回の出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。一部の実施形態において、Ｒ１の各出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１６２】
様々な実施形態において、Ｒ２は、Ｈ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。
【０１６３】
特定の実施形態において、Ｒ２はアセチルであり、Ｔは、式：
【化７５】
2021500016.tif 000077
のものであり、Ｒ１の各出現は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１６４】
一部の実施形態において、式中、Ｇは、式：
【化７６】
2021500016.tif 000078
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１６５】
一部の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化７７】
2021500016.tif 000079
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１６６】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩ）の化合物：
【化７８】
2021500016.tif 000080
又はその薬学的に許容可能な塩であり、
式中、各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｔは、
【化７９】
2021500016.tif 000081
から選択され；
各Ｒ１は−Ｎ（Ｒ４）２であり、式中、各Ｒ４は独立にＣ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択され、
式中、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化８０】
2021500016.tif 000082
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合し、
式中、Ｔは、
【化８１】
2021500016.tif 000083
であり、又はＲ２はＧである。
【０１６７】
一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１６８】
特定の実施形態において、Ｔは、式：
【化８２】
2021500016.tif 000084
のものであり、Ｒ２はＧである。一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
様々な実施形態において、Ｇは、式：
【化８３】
2021500016.tif 000085
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１６９】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化８４】
2021500016.tif 000086
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アセチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１７０】
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩａ）の化合物：
【化８５】
2021500016.tif 000087
又はその薬学的に許容可能な塩であり、
式中、各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｔは、
【化８６】
2021500016.tif 000088
から選択され：
Ｒ１の各例は−Ｎ（Ｒ４）２であり、式中、各Ｒ４は独立にＣ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化８７】
2021500016.tif 000089
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合する。
【０１７１】
一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１７２】
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化８８】
2021500016.tif 000090
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１７３】
様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｇは、式：
【化８９】
2021500016.tif 000091
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１７４】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化９０】
2021500016.tif 000092
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、ＣＰＰは、式：
【化９１】
2021500016.tif 000093
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１７５】
様々な態様において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式（ＶＩＩｂ）の化合物：
【化９２】
2021500016.tif 000094
又はその薬学的に許容可能な塩を含み、式中：
ここで各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｒ１の各例は−Ｎ（Ｒ４）２であり、式中、各Ｒ４は独立にＣ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化９３】
2021500016.tif 000095
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合する。
【０１７６】
一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化９４】
2021500016.tif 000096
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１７７】
様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｇは、式：
【化９５】
2021500016.tif 000097
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１７８】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化９６】
2021500016.tif 000098
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、ＣＰＰは、式：
【化９７】
2021500016.tif 000099
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１７９】
様々な態様において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式（ＶＩＩｃ）の化合物：
【化９８】
2021500016.tif 000100
又はその薬学的に許容可能な塩を含み、式中：
ここで各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化９９】
2021500016.tif 000101
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合する。
【０１８０】
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化１００】
2021500016.tif 000102
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１８１】
様々な実施形態において、Ｇは、式：
【化１０１】
2021500016.tif 000103
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１８２】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化１０２】
2021500016.tif 000104
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。様々な実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化１０３】
2021500016.tif 000105
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１８３】
様々な態様において、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩｄ）の化合物：
【化１０４】
2021500016.tif 000106
であり、
式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｒ１の各例は−Ｎ（Ｒ４）２であり、式中、各Ｒ４は独立にＣ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ、トリチル、４−メトキシトリチル、アセチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択され；
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、
−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化１０５】
2021500016.tif 000107
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合する。
【０１８４】
一部の実施形態において、Ｒ１の少なくとも１つの例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。特定の実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【０１８５】
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化１０６】
2021500016.tif 000108
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１８６】
様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｇは、式：
【化１０７】
2021500016.tif 000109
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１８７】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化１０８】
2021500016.tif 000110
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。様々な実施形態において、Ｒ１の各例は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、ＣＰＰは、式：
【化１０９】
2021500016.tif 000111
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１８８】
様々な態様において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、式（ＶＩＩｅ）の化合物：
【化１１０】
2021500016.tif 000112
又はその薬学的に許容可能な塩を含み、式中：
各Ｎｕは、一緒になってターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
Ｚは８〜３８の整数であり；
Ｒ２は、Ｈ、トリチル、４−メトキシトリチル、アセチル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択され；
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、及び：
【化１１１】
2021500016.tif 000113
から選択される細胞透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）及びリンカー部分であり、
式中、ＣＰＰはＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合する。
【０１８９】
一部の実施形態において、Ｇは、式：
【化１１２】
2021500016.tif 000114
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。
【０１９０】
様々な実施形態において、Ｇは、式：
【化１１３】
2021500016.tif 000115
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１９１】
特定の実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化１１４】
2021500016.tif 000116
のものであり、
式中、Ｒａは、Ｈ、アシル、ベンゾイル、及びステアロイルから選択される。一部の実施形態において、Ｒａはアセチルである。様々な実施形態において、ＣＰＰは、式：
【化１１５】
2021500016.tif 000117
のものであり、
Ｒａはアセチルである。
【０１９２】
例えば、式（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む様々な実施形態において、ターゲティング配列は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに関連するエクソン標的を含む標的領域と相補的である。特定の実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む標的配列と相補的である。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１９３】
例えば、式（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む様々な実施形態において、ターゲティング配列は、脊髄性筋萎縮症に関連するエクソン標的を含む標的領域と相補的である。特定の実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む標的配列と相補的である。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１９４】
例えば、式（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む様々な実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１内にある標的領域と相補的である。例えば、式（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）のアンチセンスオリゴマーの実施形態を含む様々な実施形態において、ターゲティング配列は、ヒトαグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのエクソン２に関連する標的領域と相補的であり、ここで標的領域は、ターゲティング配列と比較して少なくとも１個の追加の核酸塩基を含み、少なくとも１個の追加の核酸塩基はターゲティング配列に相補的な核酸塩基を有さず、少なくとも１個の追加の核酸塩基は標的領域の内部にある。更に、特定の実施形態において、１００％の相補性を有する配列が選択され、且つ１個以上の核酸塩基が取り除かれ（又はそれに代えて１個以上の欠損した核酸塩基を伴い合成され）、従って得られる配列は、標的領域中のその天然の相補体と比べて１個以上の欠損した核酸塩基を有することになる。１個以上の核酸塩基が取り除かれた部分は別として、残りの部分は１００％相補的であることが企図される。しかしながら、相補性レベルの低下が存在する可能性があることは、本発明の範囲内にある。実施形態において、ターゲティング配列がそうしなければ一続きの３若しくは４個若しくはそれ以上の連続する同一の核酸塩基又は生物学的パリンドローム配列を含むことになるとき、少なくとも１個の核酸塩基が取り除かれる。
【０１９５】
様々な態様において、アンチセンスオリゴマーは、配列番号１〜１２８のいずれか１つの欠失配列を含み、ここで配列番号１〜１２８のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。様々な実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＣＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＧＣＡＴＴＴＣＴＡＧ（配列番号６９；エテプリルセン）；ＧＴＴＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＴＣ（配列番号７０；ゴロジルセン）；又はＣＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＣＴＧ（配列番号７１；カシメルセン）を含む。
【０１９６】
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、又は組成物のいずれかの一部の実施形態において、Ｚは、８〜２８、１５〜３８、１５〜２８、８〜２５、１５〜２５、１０〜３８、１０〜２５、１２〜３８、１２〜２５、１４〜３８、又は１４〜２５の整数である。本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、又は組成物のいずれかの一部の実施形態において、Ｚは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、又は３８である。本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、又は組成物のいずれかの一部の実施形態において、Ｚは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、又は２８である。本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー、方法、又は組成物のいずれかの一部の実施形態において、Ｚは、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５である。
【０１９７】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、８〜２８の整数である。
【０１９８】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１５〜３８の整数である。
【０１９９】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１５〜２８の整数である。
【０２００】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、８〜２５の整数である。
【０２０１】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１５〜２５の整数である。
【０２０２】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１０〜３８の整数である。
【０２０３】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１０〜２５の整数である。
【０２０４】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１２〜３８の整数である。
【０２０５】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１２〜２５の整数である。
【０２０６】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１４〜３８の整数である。
【０２０７】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１４〜２５の整数である。
【０２０８】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、又は３８である。
【０２０９】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、又は２８である。
【０２１０】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示の修飾アンチセンスオリゴマーの各Ｚは、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５である。
【０２１１】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーの各Ｎｕは、独立に、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、及び９−（アミノエトキシ）フェノキサジンからなる群から選択される。
【０２１２】
一部の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレｍＲＮＡのイントロン１、イントロン２、又はエクソン２内にある標的領域の１０個以上の連続ヌクレオチドと相補的である。特定の実施形態において、式（Ｉ）、（Ｉａ）、（ＩＶａ）、（ＩＶｂ）、（ＩＶｃ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩａ）、（ＶＩＩｂ）、（ＶＩＩｃ）、（ＶＩＩｄ）、（ＶＩＩｅ）、及び（ＶＩＩＩ）の化合物を含めた本開示のアンチセンスオリゴマーのターゲティング配列は、少なくとも１２個の連続ヌクレオチドの断片であるか、又は配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するバリアントである（式中、Ｘは、ウラシル（Ｕ）又はチミン（Ｔ）から選択することができる。
【０２１３】
本開示において用いることのできる追加的なアンチセンスオリゴマー／化学としては、以下の特許及び特許公報（これらの内容は参照により本明細書に援用される）：国際公開第２００７／００２３９０号パンフレット；同第２０１０／１２０８２０号パンフレット；及び同第２０１０／１４８２４９号パンフレット；米国特許第７，８３８，６５７号明細書；及び米国特許出願公開第２０１１／０２６９８２０号明細書に記載されるものが挙げられる。
【０２１４】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該技術分野において公知の並びに本明細書及び本明細書に引用される参考文献に記載される方法を用いて、段階的固相合成により調製することができる。
【０２１５】
ｉｉｉ．塩基性窒素ヌクレオシド間リンカーを有するＰＭＯ−Ｘの調製
モルホリノサブユニット、修飾サブユニット間結合、及びそれを含むオリゴマーは、例えば、米国特許第５，１８５，４４４号明細書、及び同第７，９４３，７６２号明細書（これらは全体として参照により援用される）に記載されるとおり調製することができる。モルホリノサブユニットは、以下の一般的反応スキームＩに従い調製することができる。
【０２１６】
反応スキーム１．モルホリノサブユニットの調製
【化１１６】
2021500016.tif 000118
反応スキーム１（式中、Ｂは塩基対形成部分を表し、及びＰＧは保護基を表す）を参照すると、モルホリノサブユニットは、図示されるとおり対応するリボヌクレオシド（１）から調製され得る。モルホリノサブユニット（２）は、必要に応じて、好適な保護基前駆体、例えば塩化トリチルとの反応によって保護されてもよい。３’保護基は、以下に更に詳細に記載するとおり、固体状態オリゴマー合成の間に概して取り除かれる。塩基対形成部分は、固相オリゴマー合成用に好適に保護されてもよい。好適な保護基としては、アデニン及びシトシンに対するベンゾイル、グアニンに対するフェニルアセチル、及びヒポキサンチン（Ｉ）に対するピバロイルオキシメチルが挙げられる。ピバロイルオキシメチル基は、ヒポキサンチンヘテロ環塩基のＮ１位に導入することができる。保護されていないヒポキサンチンサブユニットが用いられてもよいが、塩基が保護されているとき、活性化反応における収率がはるかに優れている。他の好適な保護基としては、同時係属中の米国特許出願第１２／２７１，０４０号明細書（本明細書によって全体として参照により援用される）に開示されるものが挙げられる。
【０２１７】
３が活性化リン化合物４と反応すると、所望の結合部分を有するモルホリノサブユニット５が生じる。構造４の化合物は、当業者に公知の幾つもの方法を用いて調製することができる。例えば、かかる化合物は、対応するアミンとオキシ塩化リンとの反応によって調製されてもよい。この点で、アミン出発物質は、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば、本実施例及び米国特許第７，９４３，７６２号明細書に記載される方法を用いて調製することができる。
【０２１８】
構造５の化合物は、サブユニット間結合を含むオリゴマーを調製するための固相自動オリゴマー合成において使用することができる。かかる方法は当該技術分野において周知である。簡潔に言えば、構造５の化合物は、固体支持体とのリンカーを含有するように５’末端が修飾されてもよい。例えば、化合物５は、Ｌ１１及びＬ１５を含むリンカーによって固体支持体に連結されてもよい。
【０２１９】
任意の数の修飾された結合を含有するモルホリノオリゴマーが、本明細書に記載される方法、当該技術分野において公知の及び／又は本明細書に参照により記載される方法を用いて調製され得る。また、実施例には、以前に記載されたとおりに調製されたモルホリノオリゴマー（例えば、国際公開第２００８０３６１２７号パンフレットを参照のこと）の大域的修飾も記載される。
【０２２０】
用語「保護基」は、化合物の一部又は全ての反応性部分をブロックして、保護基が取り除かれるまでかかる部分が化学反応に関与するのを防ぐ化学的部分、例えば、Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ，Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，３ｒｄ  ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（１９９９）に列挙及び説明される部分を指す。異なる保護基が用いられる場合、各々の（異なる）保護基が異なる手段によって取り除き可能であることが有利であり得る。全く異種の反応条件下で切断される保護基によれば、かかる保護基を区別して取り除くことが可能になる。例えば、保護基は、酸、塩基、及び水素化分解によって取り除くことができる。トリチル、ジメトキシトリチル、アセタール及びｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルなどの基は酸に不安定であり、水素化分解によって取り除くことが可能なＣｂｚ基、及び塩基に不安定なＦｍｏｃ基によって保護されたアミノ基の存在下でカルボキシ及びヒドロキシ反応性部分の保護に使用され得る。ｔｅｒｔ−ブチルカルバメートなどの酸に不安定な基、又は酸及び塩基の両方に対して安定しているが、加水分解的に取り除き可能なカルバメートでブロックされたアミンの存在下では、カルボン酸部分が、限定なしに、メチル、又はエチルなどの塩基に不安定な基でブロックされてもよく、ヒドロキシ反応性部分が、アセチルなどの塩基に不安定な基でブロックされてもよい。
【０２２１】
カルボン酸及びヒドロキシル反応性部分はまた、ベンジル基など、加水分解的に取り除き可能な保護基でブロックされてもよく、一方、アミン基は、Ｆｍｏｃなど、塩基に不安定な基でブロックされてもよい。式（Ｉ）の化合物の合成に特に有用なアミン保護基は、トリフルオロアセタミドである。カルボン酸反応性部分は、２，４−ジメトキシベンジルなど、酸化的に取り除き可能な保護基でブロックされてもよく、一方、共存するアミノ基は、フッ化物に不安定なシリルカルバメートでブロックされてもよい。
【０２２２】
アリルブロック基は酸及び塩基保護基の存在下で有用である。なぜなら、前者は安定であり、後で金属又はπ酸触媒によって取り除くことができるためである。例えば、アリルブロック化カルボン酸は、酸に不安定なｔ−ブチルカルバメート又は塩基に不安定な酢酸アミン保護基の存在下でパラジウム（０）触媒反応によって脱保護することができる。更に別の形態の保護基は、化合物又は中間体が結合し得る樹脂である。残基がその樹脂に結合している限り、当該の官能基はブロックされており、反応することができない。樹脂から遊離すると、その官能基は反応に利用可能になる。
【０２２３】
典型的なブロック基／保護基は当該技術分野において公知であり、限定はされないが、以下の部分が挙げられる：
【化１１７】
2021500016.tif 000119
【０２２４】
特に注記しない限り、化学物質は全て、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ−Ｆｌｕｋａから入手した。ベンゾイルアデノシン、ベンゾイルシチジン、及びフェニルアセチルグアノシンは、Ｃａｒｂｏｓｙｎｔｈ  Ｌｉｍｉｔｅｄ，ＵＫから入手した。
【０２２５】
本明細書に記載されるとおりの更なる結合修飾を含むＰＭＯ、ＰＭＯ＋、ＰＰＭＯ、及びＰＭＯ−Ｘの合成は、当該技術分野において公知の、及び係属中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号明細書及び同第１２／２７１，０４０号明細書並びに国際公開第２００９／０６４４７１号パンフレット（これらは本明細書によって全体として参照により援用される）に記載される方法を用いて行った。
【０２２６】
３’トリチル修飾を有するＰＭＯは、本質的に国際公開第２００９／０６４４７１号パンフレットに記載されるとおり合成し、但し脱トリチル化ステップは省略する。
【０２２７】
ＩＩＩ．製剤
本開示の化合物はまた、取り込み、分布及び／又は吸収を補助するため、例えば、リポソーム、受容体に標的化される分子、経口、直腸、局所又は他の製剤のように、他の分子、分子構造又は化合物の混合物と混合され、封入され、コンジュゲートされ、又は他の方法で合わされてもよい。かかる取り込み、分布及び／又は吸収補助製剤の調製を教示する代表的な米国特許としては、限定はされないが、米国特許第５，１０８，９２１号明細書；同第５，３５４，８４４号明細書；同第５，４１６，０１６号明細書；同第５，４５９，１２７号明細書；同第５，５２１，２９１号明細書；同第５，５４３，１５８号明細書；同第５，５４７，９３２号明細書；同第５，５８３，０２０号明細書；同第５，５９１，７２１号明細書；同第４，４２６，３３０号明細書；同第４，５３４，８９９号明細書；同第５，０１３，５５６号明細書；同第５，１０８，９２１号明細書；同第５，２１３，８０４号明細書；同第５，２２７，１７０号明細書；同第５，２６４，２２１号明細書；同第５，３５６，６３３号明細書；同第５，３９５，６１９号明細書；同第５，４１６，０１６号明細書；同第５，４１７，９７８号明細書；同第５，４６２，８５４号明細書；同第５，４６９，８５４号明細書；同第５，５１２，２９５号明細書；同第５，５２７，５２８号明細書；同第５，５３４，２５９号明細書；同第５，５４３，１５２号明細書；同第５，５５６，９４８号明細書；同第５，５８０，５７５号明細書；及び同第５，５９５，７５６号明細書（これらの各々は、本明細書において参照により援用される）が挙げられる。
【０２２８】
本開示のアンチセンス化合物は、任意の薬学的に許容可能な塩、エステル、又はかかるエステルの塩、又はヒトを含めた動物への投与時に、生物学的に活性な代謝産物又はその残留物を（直接又は間接的に）提供する能力を有する任意の他の化合物を包含する。従って、例えば、本開示はまた、プロドラッグ及び本開示の化合物の薬学的に許容可能な塩、かかるプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、及び他の生物学的同等物にも関する。
【０２２９】
本明細書で使用されるとき、用語「プロドラッグ」は、不活性形態で調製され、それが体内又はその細胞内で内因性酵素又は他の化学物質及び／又は条件の作用によって活性形態（即ち薬物）に変換される治療剤を指す。特に、本開示のオリゴマーのプロドラッグバージョンは、１９９３年１２月９日に公開されたＧｏｓｓｅｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．に対する国際公開第９３／２４５１０号パンフレット、又はＩｍｂａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．に対する国際公開第９４／２６７６４号パンフレット及び米国特許第５，７７０，７１３号明細書に記載される方法に従いＳＡＴＥ［（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）リン酸］誘導体として調製される。
【０２３０】
本明細書で使用されるとき、用語「薬学的に許容可能な塩」は、本開示の化合物の生理学的及び薬学的に許容可能な塩：即ち、親化合物の所望の生物学的活性を保持している、且つそれに対して望ましくない毒性効果を付与しない塩を指す。オリゴマーについて、薬学的に許容可能な塩及びその使用の例は、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。
【０２３１】
本開示はまた、本開示のアンチセンス化合物を含む医薬組成物及び製剤も含み得る。本開示の医薬組成物は、所望されるのが局所的治療か、それとも全身的治療か、及び治療される範囲に応じて幾つもの方法で投与され得る。投与は、局所（点眼並びに腟及び直腸送達を含む粘膜に対するものを含む）、肺（例えば、ネブライザーによるものを含めた、粉末又はエアロゾルの吸入又はインサフレーションによるもの）；気管内、鼻腔内、表皮及び経皮）、経口又は非経口であり得る。非経口投与には、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内又は筋肉内注射又は注入；又は頭蓋内、例えば、髄腔内又は脳室内投与が含まれる。少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有するオリゴマーは、経口投与に特に有用であると考えられる。局所投与用の医薬組成物及び製剤には、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、滴剤、坐薬、スプレー、液体及び散剤が含まれ得る。従来の医薬担体、水溶液、粉末又は油性基剤、増粘剤などが必要であってもよいし、又は所望されてもよい。コーティングされたコンドーム、手袋などもまた有用であり得る。
【０２３２】
好都合には単位剤形で提供されてもよい本開示の医薬製剤は、製薬産業で周知の従来技法に従い調製されてもよい。かかる技法は、活性成分を医薬担体又は賦形剤と合わせるステップを含む。一般に、製剤は、活性成分を液体担体又は微粉化された固体担体又は両方と均一且つ均質に合わせ、次に必要であればその生成物を成形することにより調製される。
【０２３３】
本開示の組成物は、限定はされないが、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、ソフトゲル、坐薬、及び浣腸など、多くの可能な剤形のいずれに製剤化されてもよい。本開示の組成物はまた、水性、非水性又は混合媒体中の懸濁液として製剤化されてもよい。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール及び／又はデキストランを含め、懸濁液の粘度を増加させる物質を更に含有し得る。懸濁液はまた、安定剤も含有し得る。
【０２３４】
本開示の医薬組成物としては、限定はされないが、溶液、エマルション、フォーム及びリポソーム含有製剤が挙げられる。本開示の医薬組成物及び製剤は、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤又は他の活性若しくは不活性成分を含み得る。
【０２３５】
エマルションは、典型的には、１つの液体が別の液体中に通常直径０．１μｍ超の液滴の形態で分散した不均一系である。エマルションは、分散相に加えて追加的な成分と、水相中、油性相中、又はそれ自体別個の相のいずれかの溶液として存在し得る活性薬物とを含有し得る。マイクロエマルションが本開示の実施形態として含まれる。エマルション及びその使用は当該技術分野において周知であり、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。
【０２３６】
本開示の製剤にはリポソーム製剤が含まれる。本明細書で使用されるとき、用語「リポソーム」は、１層又は複数層の球状の二重層に配置された両親媒性脂質で構成される小胞を意味する。リポソームは、親油性材料で形成される膜と、送達しようとする組成物を含有する水性の内部とを有する単層状又は多層状の小胞である。カチオン性リポソームは、負電荷ＤＮＡ分子と相互作用して安定複合体を形成すると考えられる正電荷リポソームである。ｐＨ感受性又は負電荷のリポソームは、ＤＮＡと複合体化するよりむしろＤＮＡを捕捉すると考えられる。カチオン性及び非カチオン性の両方のリポソームとも、細胞へのＤＮＡの送達に用いられている。
【０２３７】
リポソームにはまた、「立体的に安定化した」リポソームも含まれ、これは、本明細書で使用されるとき、リポソームに組み込まれると、特殊化した脂質を含まないリポソームと比べて循環寿命の向上をもたらす１つ以上の特殊化した脂質を含むリポソームを指す用語である。立体的に安定化したリポソームの例は、リポソームの小胞形成脂質部分の部分が１つ以上の糖脂質を含むか、又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親水性ポリマーで誘導体化されているものである。リポソーム及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。
【０２３８】
本開示の医薬製剤及び組成物はまた、界面活性剤も含み得る。薬物製品、製剤及びエマルションにおける界面活性剤の使用は当該技術分野において周知である。界面活性剤及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。
【０２３９】
一部の実施形態において、本開示は、核酸、特にオリゴマーの効率的な送達に影響を与えるため様々な透過促進剤を利用する。非親油性薬物が細胞膜にわたって拡散する助けとなることに加えて、透過促進剤はまた、親油性薬物の透過性も向上させる。透過促進剤は、５つの広義のカテゴリ、即ち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、及び非キレート非界面活性剤のうちの１つに属するものとして分類されてもよい。透過促進剤及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。
【０２４０】
当業者は、製剤がその意図される使用、即ち投与経路に従い慣用的に設計されることを認識する。
【０２４１】
局所投与用の製剤には、本開示のオリゴマーが脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート剤及び界面活性剤などの局所送達剤と混合されたものが含まれる。脂質及びリポソームには、中性のもの（例えば、ジオレオイルホスファチジルＤＯＰＥエタノールアミン、ジミリストイルホスファチジルコリンＤＭＰＣ、ジステアロイルホスファチジルコリン（ｄｉｓｔｅａｒｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌ  ｃｈｏｌｉｎｅ））、負のもの（例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールＤＭＰＧ）及びカチオン性のもの（例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルＤＯＴＡＰ及びジオレオイルホスファチジルエタノールアミンＤＯＴＭＡ）が含まれる。
【０２４２】
局所投与又は他の投与のために、本開示のオリゴマーはリポソーム内に封入されてもよく、又はそれとの、特にカチオン性リポソームとの複合体を形成してもよい。或いは、オリゴマーは脂質と、特にカチオン性脂質と複合体化されてもよい。脂肪酸及びエステル、その薬学的に許容可能な塩、及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。局所製剤については、１９９９年５月２０日に出願された米国特許出願第０９／３１５，２９８号明細書（全体として参照により本明細書に援用される）に詳細に記載される。
【０２４３】
経口投与用の組成物及び製剤には、散剤又は顆粒、微粒子、ナノ粒子、水中又は非水性媒体中の懸濁液又は溶液、カプセル、ゲルカプセル、サシェ、錠剤又はミニ錠剤が含まれる。増粘剤、香味剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤又は結合剤が望ましいものであり得る。経口製剤は、本開示のオリゴマーが１つ以上の透過促進剤、界面活性剤及びキレーターと併せて投与されるものである。界面活性剤には、脂肪酸及び／又はそのエステル若しくは塩、胆汁酸及び／又はその塩が含まれる。胆汁酸／塩及び脂肪酸及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。一部の実施形態において、本開示は、胆汁酸／塩と組み合わせた透過促進剤、例えば脂肪酸／塩の組み合わせを提供する。例示的組み合わせは、ラウリン酸、カプリン酸及びＵＤＣＡのナトリウム塩である。更なる透過促進剤には、ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−２０−セチルエーテルが含まれる。本開示のオリゴマーは、噴霧乾燥粒子を含めた顆粒形態で経口的に送達されてもよいし、又は複合体化されてマイクロ粒子又はナノ粒子を形成してもよい。オリゴマー複合体化剤及びその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号明細書（全体として本明細書に援用される）に更に記載される。オリゴマー用の経口製剤及びその調製については、米国特許出願第０９／１０８，６７３号明細書（１９９８年７月１日出願）、同第０９／３１５，２９８号明細書（１９９９年５月２０日出願）及び同第１０／０７１，８２２号明細書、２００２年２月８日出願（この各々が全体として参照により本明細書に援用される）に詳細に記載される。
【０２４４】
非経口、髄腔内又は脳室内投与用の組成物及び製剤には、緩衝剤、希釈剤及び他の好適な添加剤、限定はされないが、透過促進剤、担体化合物及び他の薬学的に許容可能な担体又は賦形剤なども含有し得る滅菌水溶液が含まれ得る。
【０２４５】
本開示の特定の実施形態は、１つ以上のオリゴマー化合物と、非アンチセンス機構によって機能する１つ以上の他の化学療法剤とを含有する医薬組成物を提供する。かかる化学療法剤の例としては、限定はされないが、ダウノルビシン、ダウノマイシン、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、エソルビシン、ブレオマイシン、マホスファミド、イホスファミド、シトシンアラビノシド、ビスクロロエチルニトロソウレア（ｂｉｓ−ｃｈｌｏｒｏｅｔｈｙｌｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、ブスルファン、マイトマイシンＣ、アクチノマイシンＤ、ミトラマイシン、プレドニゾン、ヒドロキシプロゲステロン、テストステロン、タモキシフェン、ダカルバジン、プロカルバジン、ヘキサメチルメラミン、ペンタメチルメラミン、ミトキサントロン、アムサクリン、クロラムブシル、メチルシクロヘキシルニトロソウレア（ｍｅｔｈｙｌｃｙｃｌｏｈｅｘｙｌｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、ナイトロジェンマスタード、メルファラン、シクロホスファミド、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−アザシチジン、ヒドロキシウレア、デオキシコホルマイシン、４−ヒドロキシペルオキシシクロホスホラミド、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、５−フルオロデオキシウリジン（５−ＦＵｄＲ）、メトトレキサート（ＭＴＸ）、コルヒチン、タキソール、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド（ＶＰ−１６）、トリメトレキサート、イリノテカン、トポテカン、ゲムシタビン、テニポシド、シスプラチン及びジエチルスチルベストロール（ＤＥＳ）などの癌化学療法薬が挙げられる。本開示の化合物と共に使用されるとき、かかる化学療法剤は、個別に使用されてもよいし（例えば、５−ＦＵ及びオリゴマー）、逐次的に使用されてもよいし（例えば、ある期間５−ＦＵ及びオリゴマー、続いてＭＴＸ及びオリゴマー）、又は１つ以上の他のかかる化学療法剤と併用して使用されてもよい（例えば、５−ＦＵ、ＭＴＸ及びオリゴマー、又は５−ＦＵ、放射線療法及びオリゴマー）。限定はされないが、非ステロイド系抗炎症薬及びコルチコステロイドを含めた抗炎症薬、並びに限定はされないが、リバビリン（ｒｉｂｉｖｉｒｉｎ）、ビダラビン、アシクロビル及びガンシクロビルを含めた抗ウイルス薬もまた、本開示の組成物と併用されてもよい。アンチセンス化合物と他の非アンチセンス薬との併用もまた本開示の範囲内にある。２つ以上の併用化合物は一緒に又は逐次的に使用されてもよい。
【０２４６】
別の関連する実施形態において、本開示の組成物は、第１の核酸に標的化される１つ以上のアンチセンス化合物、特にオリゴマーと、第２の核酸標的に標的化される１つ以上の追加的なアンチセンス化合物とを含有し得る。或いは、本開示の組成物は、同じ核酸標的の異なる領域に標的化される２つ以上のアンチセンス化合物を含有し得る。アンチセンス化合物の数多くの例が当該技術分野において公知である。２つ以上の併用化合物は一緒に又は逐次的に使用されてもよい。
【０２４７】
ＩＶ．使用方法
更なる態様において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は疾患の治療に使用される。実施形態において、疾患は特定のエクソン位置又は部位に関連し、ここでアンチセンスオリゴマー化合物によってそのエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。
【０２４８】
更なる態様において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は、特定のエクソン位置又は部位に関連する疾患の治療に使用され、ここで特定のエクソン位置又は部位は標的配列において少なくとも１つの一続きの３個以上の連続する同一の核酸塩基を含有し、ここでアンチセンスオリゴマー化合物によってそのエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。
【０２４９】
更なる態様において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は、特定のエクソン位置又は部位に関連する疾患の治療に使用され、ここで特定のエクソン位置又は部位は標的配列において少なくとも１つの生物学的パリンドローム配列を含有し、ここでアンチセンスオリゴマー化合物によってそのエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。
【０２５０】
実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は、国際公開第２００６／００００５７号パンフレットに概して記載されるとおりのデュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）に関連するエクソン標的の治療に使用される。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン４４を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２〜７のいずれか１つを含む。実施形態において、標的配列は、ヒトジストロフィンのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン４５、５１又は５３を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号７５〜１２３のいずれか１つを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴマー化合物によって記載されるエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。
【０２５１】
実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は、国際公開第２０１７／０４０２７１号パンフレット（その内容は全体として本明細書に援用される）に概して記載されるとおりの脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）に関連するエクソン標的の治療に使用される。実施形態において、標的配列は、ヒトＳＭＮ２のプレプロセシングされたｍＲＮＡのプロセシングにおいてエクソン７に隣接する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号９〜２５のいずれか１つを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴマー化合物によって記載されるエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。
【０２５２】
実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は、ＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ１７／２８００２号明細書］に概して記載されるとおりのＩＩ型糖原病（ＧＳＤ−ＩＩ）に関連するエクソン標的の治療に使用される。実施形態において、標的配列は、ヒト酸性αグルコシダーゼのプレプロセシングされたｍＲＮＡのエクソン２に関連する領域を含む。実施形態において、ターゲティング配列は配列番号２６〜７１のいずれか１つを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴマー化合物によって記載されるエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％である。
【０２５３】
様々な態様及び実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー化合物は欠失配列を含み、疾患の治療に使用される。実施形態において、疾患は特定のエクソン位置又は部位に関連し、ここでアンチセンスオリゴマー化合物によってそのエクソン位置又は部位を標的とすると、そのエクソン位置又は部位から転写又は翻訳されるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加又は減少が生じる。実施形態において、増加は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。実施形態において、減少は、対照、例えば対照細胞／対象と比べて５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は１００％である。欠失配列は配列番号１〜１２８のいずれか１つを含み、ここで配列番号１〜１２８のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。様々な実施形態において、欠失配列は、ＣＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＧＧＣＡＴＴＴＣＴＡＧ（配列番号６９；エテプリルセン）；ＧＴＴＧＣＣＴＣＣＧＧＴＴＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＴＣ（配列番号７０；ゴロジルセン）；又はＣＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＣＴＧ（配列番号７１；カシメルセン）を含む。様々な実施形態において、欠失配列は配列番号６９〜７１のいずれか１つを含み、ここで配列番号６９〜７１のいずれか１つにおける少なくとも１個の核酸塩基は欠失している。実施形態において、欠失している少なくとも１個の核酸塩基は、配列番号６９〜７１のいずれか１つの配列の内部にある。
【０２５４】
従って、医師又は臨床医は、治療剤を投与するかどうかの決定、並びに治療剤による治療の投薬量及び／又は治療レジメンの調整において、関連性のあるファーマコゲノミクス研究で得られた知識を応用することを検討し得る。
【０２５５】
標的核酸へのアンチセンスオリゴマーの有効な送達は、治療の一側面である。アンチセンスオリゴマー送達経路としては、限定はされないが、経口及び非経口経路を含めた様々な全身的経路、例えば、静脈内、皮下、腹腔内、及び筋肉内、並びに吸入、経皮及び局所送達が挙げられる。適切な経路は、当業者が治療下の対象の状態に応じて適宜決定し得る。血管又は血管外循環、血液又はリンパ系、及び脳脊髄液は、ＲＮＡを導入し得る一部の非限定的な部位である。直接的なＣＮＳ送達が用いられてもよく、例えば、脳室内（ｉｎｔｒａｃｅｒｅｂｒａｌ  ｖｅｎｔｒｉｂｕｌａｒ）又は髄腔内投与が投与経路として使用されてもよい。
【０２５６】
詳細な実施形態において、１つ又は複数のアンチセンスオリゴマーは対象に筋肉内注射（ＩＭ）によって投与され、即ちアンチセンスオリゴマーは筋肉内に投与又は送達される。筋肉内注射部位の非限定的な例としては、腕の三角筋、脚の外側広筋、及び股関節部の腹側殿筋、及び殿部の背側殿筋が挙げられる。具体的な実施形態において、ＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ、又はＰＰＭＯはＩＭによって投与される。
【０２５７】
特定の実施形態において、それを必要としている対象は中枢神経系組織にグリコーゲン蓄積を有する。例としては、中枢神経系病変がＧＳＤ−ＩＩにおける呼吸不全に寄与している場合が挙げられる（例えば、ＤｅＲｕｉｓｓｅａｕ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ．１０６：９４１９−２４，２００９を参照のこと）。従って、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマーは、例えば対象がＣＮＳの障害を伴うＧＳＤ−ＩＩを有する場合に、任意の当該技術分野で認められている方法により対象の神経系に送達することができる。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーの末梢血注射を用いることにより、前記試薬を拡散的及び／又は能動的手段によって末梢ニューロンに送達することができる。或いは、アンチセンスオリゴマーを修飾して血液脳関門（ＢＢＢ）の通過を促進することにより、中枢神経系（ＣＮＳ）の神経細胞への前記試薬の送達を実現してもよい。特に最近、アンチセンスオリゴマー技術及び送達戦略が進歩し、ニューロン障害に対するアンチセンスオリゴマーの使用範囲が広がっている（例えば、Ｆｏｒｔｅ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ．２００５．Ｃｕｒｒ．Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  ６：２１−２９；Ｊａｅｇｅｒ，Ｌ．Ｂ．，ａｎｄ  Ｗ．Ａ．Ｂａｎｋｓ．２００５．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１０６：２３７−２５１；Ｖｉｎｏｇｒａｄｏｖ，Ｓ．Ｖ．，ｅｔ  ａｌ．２００４．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．５：５０−６０を参照のこと；上記は全体として参照により本明細書に援用される）。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）化合物として作製することができる。ＰＮＡ試薬は各々がＢＢＢを通過することが同定されている（Ｊａｅｇｅｒ，Ｌ．Ｂ．，ａｎｄ  Ｗ．Ａ．Ｂａｎｋｓ．２００５．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１０６：２３７−２５１）。例えば血管作用剤による対象の治療もまた、ＢＢＢを越える輸送を促進することが記載されている（同上）。ＢＢＢを越えて能動的に輸送される薬剤に本開示のアンチセンスオリゴマーをテザー繋留することもまた、送達機構として用い得る。アンチセンス薬剤をイオヘキソールなどの造影剤と共に（例えば、別個に、同時に、同じ製剤で）投与することもまた、国際公開第２０１３／０８６２０７号パンフレット（全体として参照により援用される）に記載されるとおり、ＢＢＢを越える送達を促進し得る。
【０２５８】
特定の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴマーは、経皮的方法（例えば、アンチセンスオリゴマーを例えばエマルション中に取り入れることによるもの、かかるアンチセンスオリゴマーは必要に応じてリポソーム中にパッケージングされる）によって送達することができる。かかる経皮的な及びエマルション／リポソームの媒介による送達方法は、当該技術分野において、例えば米国特許第６，９６５，０２５号明細書（この内容は全体として参照により本明細書に援用される）にアンチセンスオリゴマーの送達に関して記載されている。
【０２５９】
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマーはまた、インプラント可能デバイスによって送達されてもよい。かかるデバイスの設計は、例えば、米国特許第６，９６９，４００号明細書（この内容は全体として参照により本明細書に援用される）に例えば記載される合成インプラント設計で当該技術分野において認められている方法である。
【０２６０】
アンチセンスオリゴマーは、当該技術分野で認められている技法（例えば、トランスフェクション、電気穿孔、融合、リポソーム、コロイドポリマー粒子及びウイルス性及び非ウイルス性ベクター並びに当該技術分野において公知の他の手段）を用いて細胞に導入することができる。選択の送達方法は、少なくとも、オリゴマー化学、治療しようとする細胞及び細胞の部位に依存し、当業者には明らかである。例えば、表面上にリポソームを導く特異的マーカーを有するリポソーム、標的細胞を含有する組織への直接的な注射、特異的受容体媒介性取り込みなどによって局在化を実現することができる。
【０２６１】
当該技術分野において公知のとおり、アンチセンスオリゴマーは、例えば、リポソーム媒介性取り込み、脂質コンジュゲート、ポリリジン媒介性取り込み、ナノ粒子媒介性取り込み、及び受容体媒介性エンドサイトーシス、並びに追加的な非エンドサイトーシス送達様式、例えば、マイクロインジェクション、透過処理（例えば、ストレプトリジンＯ透過処理、アニオン性ペプチド透過処理）、電気穿孔、及び当該技術分野において公知の様々な非侵襲的非エンドサイトーシス送達方法を伴う方法を用いて送達されてもよい（Ｄｏｋｋａ  ａｎｄ  Ｒｏｊａｎａｓａｋｕｌ，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ４４，３５−４９（全体として参照により援用される）を参照のこと）。
【０２６２】
アンチセンスオリゴマーは、生理学的及び／又は薬学的に許容可能な任意の好都合な媒体又は担体で投与されてもよい。かかる組成物には、当業者によって利用されている種々の標準的な薬学的に許容可能な担体の任意のものが含まれ得る。例としては、限定はされないが、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、水、水性エタノール、油／水エマルション又はトリグリセリドエマルションなどのエマルション、錠剤及びカプセルが挙げられる。好適な生理学的に許容可能な担体の選択は、選択の投与様式に応じて変わる。「薬学的に許容可能な担体」には、医薬品投与に適合性のあるあらゆる溶媒、分散媒、コーティング、抗細菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤などが含まれることが意図される。薬学的に活性な物質へのかかる媒体及び薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。任意の従来の媒体又は薬剤が活性化合物と不適合である場合を除き、組成物中におけるその使用が企図される。補足的活性化合物もまた組成物中に取り入れることができる。
【０２６３】
本開示の化合物（例えば、アンチセンスオリゴマー）は、概して遊離酸又は遊離塩基として利用されてもよい。或いは、本開示の化合物は酸又は塩基付加塩の形態で使用されてもよい。本開示の遊離アミノ化合物の酸付加塩は、当該技術分野において周知の方法によって調製され得、有機酸及び無機酸とともに形成され得る。好適な有機酸としては、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、桂皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、及びベンゼンスルホン酸が挙げられる。
【０２６４】
好適な無機酸としては、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、及び硝酸が挙げられる。塩基付加塩には、カルボン酸アニオンとともに形成される塩が含まれ、アルカリ及びアルカリ土類金属（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム及びカルシウム）、並びにアンモニウムイオン及びその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、２−ヒドロキシエチルアンモニウムなど）から選択されるものなど、有機及び無機カチオンと形成される塩が含まれる。従って、用語「薬学的に許容可能な塩」は、あらゆる許容可能な塩形態を包含することが意図される。
【０２６５】
加えて、プロドラッグもまた、本開示の文脈内に含まれる。プロドラッグは、かかるプロドラッグが患者に投与されたときインビボで化合物を放出する任意の共有結合的に結合した担体である。プロドラッグは、概して、修飾が慣用的な操作によって切断されるか、又はインビボで切断されるかのいずれかで親化合物が生じるような方法で官能基を修飾することにより調製される。プロドラッグには、例えば、ヒドロキシ、アミン又はスルフヒドリル基が、患者への投与時に切断されてヒドロキシ、アミン又はスルフヒドリル基を形成するような任意の基に結合している本開示の化合物が含まれる。従って、プロドラッグの代表例には、（限定はされないが）本開示のアンチセンスオリゴマーのアルコール及びアミン官能基のアセチレートテル、ホルメート及びベンゾエート誘導体が含まれる。更に、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）の場合、メチルエステル、エチルエステルなどのエステルが用いられてもよい。
【０２６６】
一部の例では、リポソームを利用して細胞へのアンチセンスオリゴマーの取り込みを促進してもよい（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｓ．Ａ．，Ｌｅｕｋｅｍｉａ  １０（１２）：１９８０−１９８９，１９９６；Ｌａｐｐａｌａｉｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｒｅｓ．２３：１１９，１９９４；Ｕｈｌｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ｏｌｉｇｏｍｅｒｓ：ａ  ｎｅｗ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，Ｖｏｌｕｍｅ  ９０，Ｎｏ．４，２５  ｐａｇｅｓ  ５４４−５８４，１９９０；Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ，Ｇ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １４，Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ，Ｄｒｕｇ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｐｐ．２８７−３４１，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９７９を参照のこと）。ヒドロゲルもまた、例えば国際公開第９３／０１２８６号パンフレットに記載されるとおり、アンチセンスオリゴマー投与の媒体として使用し得る。或いは、オリゴマーは、マイクロスフェア又はマイクロパーティクルで投与されてもよい（例えば、Ｗｕ，Ｇ．Ｙ．ａｎｄ  Ｗｕ，Ｃ．Ｈ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９−４４３２，３０  １９８７を参照のこと）。或いは、米国特許第６，２４５，７４７号明細書に記載されるとおり、アンチセンスオリゴマーと複合体化したガス充填マイクロバブルを使用して標的組織への送達を向上させることができる。徐放性組成物もまた使用し得る。これには、フィルム又はマイクロカプセルなどの成形品の形態の半透性ポリマーマトリックスが含まれ得る。
【０２６７】
一実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、リソソーム蓄積障害の症状を呈する哺乳類対象、例えばヒト又は家畜に、好適な医薬担体中で投与される。本方法の一態様において、対象はヒト対象、例えば、ＧＳＤ−ＩＩ（ポンペ病）を有すると診断された患者である。好ましい一実施形態において、アンチセンスオリゴマーは薬学的に許容可能な担体中に含まれ、経口送達される。別の好ましい実施形態において、オリゴマーは薬学的に許容可能な担体中に含まれ、静脈内（ｉ．ｖ．）送達される。
【０２６８】
一実施形態において、アンチセンス化合物は、少なくとも２００〜４００ｎＭのアンチセンスオリゴマーのピーク血中濃度を生じさせるのに有効な量及び方法で投与される。典型的には、１用量以上のアンチセンスオリゴマーが、概して一定の間隔で、約１〜２週間の期間にわたって投与される。経口投与に好ましい用量は７０ｋｇ当たり約１〜１０００ｍｇオリゴマーである。ある場合には、１０００ｍｇオリゴマー／患者より高い用量が必要となり得る。ｉ．ｖ．投与には、好ましい用量は７０ｋｇ当たり約０．５ｍｇ〜１０００ｍｇオリゴマーである。アンチセンスオリゴマーは、短期間に一定の間隔で、例えば２週間以下にわたって毎日投与されてもよい。しかしながら、ある場合にはオリゴマーはより長期間にわたって間欠投与される。投与は、抗生物質又は他の治療処置の投与の前か、又はそれと同時であり得る。治療レジメンは、治療下の対象のイムノアッセイ、他の生化学的試験及び生理学的検査の結果に基づき、適応に応じて（用量、頻度、経路等が）調整されてもよい。
【０２６９】
本開示のアンチセンスオリゴマーを用いた有効なインビボ治療レジメンは、投与の期間、用量、頻度及び経路、並びに治療下の対象の状態（即ち、予防的投与か、限局性又は全身性感染に応答した投与か）に応じて異なり得る。従って、かかるインビボ療法は、多くの場合に、最適な治療結果を実現するため治療下の特定のタイプの障害に適切な検査によるモニタリング、及び対応する用量又は治療レジメンの調整が必要となり得る。
【０２７０】
治療は、例えば、当該技術分野において公知の一般的な疾患指標によってモニタされてもよい。インビボ投与される本開示のアンチセンスオリゴマーの有効性は、アンチセンスオリゴマーの投与前、投与中及び投与後に対象から採取した生体試料（組織、血液、尿等）から決定し得る。かかる試料のアッセイには、（１）当業者に公知の手順、例えば電気泳動ゲル移動度アッセイを用いた、標的及び非標的配列とのヘテロ二重鎖形成の存在又は非存在のモニタリング；（２）ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、ＥＬＩＳＡ又はウエスタンブロッティングなどの標準技法によって決定したときの参照正常ｍＲＮＡ又はタンパク質と比べた変異体ｍＲＮＡの量のモニタリングが含まれる。
【０２７１】
一部の実施形態において、アンチセンスオリゴマーは哺乳類細胞によって能動的に取り込まれる。更なる実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載されるとおりの輸送部分（例えば、輸送ペプチド又はＣＰＰ）にコンジュゲートされて、かかる取り込みが促進されてもよい。
【０２７２】
Ｖ．投薬
治療組成物の製剤化及び続くその投与（投薬）は、当業者の技能の範囲内にあると考えられる。投薬は、治療しようとする疾患状態の重症度及び応答性に依存し、治療コースは数日〜数ヵ月、又は治癒が影響を受けるまで又は疾患状態の減退が実現するまで続く。最適な投薬スケジュールは、患者の体内における薬物蓄積の測定値から計算することができる。当業者は、最適な投薬量、投薬方法及び反復速度を容易に決定することができる。最適な投薬量は、個々のオリゴマーの相対効力に応じて異なってもよく、概してインビトロ及びインビボ動物モデルで有効と見られたＥＣ５０に基づき推定することができる。一般に、投薬量は体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１００ｇであり、１日、１週間、１ヵ月又は１年に１回以上、又は更には２〜２０年毎に１回与えられてもよい。当業者は、体液又は組織中における薬物の測定された滞留時間及び濃度に基づき投薬の反復速度を容易に推定することができる。治療の成功後、疾患状態の再発を防ぐため患者に維持療法を受けさせることが望ましい場合もあり、ここではオリゴマーが、体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１００ｇの範囲の維持量で、１日１回以上〜２０年毎に１回投与される。
【０２７３】
本開示がその実施形態の幾つかに従い具体性をもって記載されたが、以下の例は本開示を例示するために提供されるに過ぎず、それを限定することは意図されない。本願に記載される参考文献、特許、特許出願、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号などの各々は、全体として参照により本明細書に援用される。
【０２７４】
以下の実施例は、本発明の様々な実施形態を限定なしに例示する。
【実施例】
【０２７５】
実施例１：一連の複数の核酸塩基を有する配列を標的とするオリゴマーは凝集を形成する
本実施例は、複数の同種核酸塩基を有する配列がＰＭＯ製造時に問題を呈することを詳説する。
【０２７６】
具体的には、ＧＡＡ  ＰＭＯなどのＧリッチＰＭＯの合成においては、分子内Ｇ四重体が形成されることにより凝集が生じ得る。更に、一連の３個以上の同種核酸塩基、例えばアデニン、チミン、又はシトシンなどを含有する配列は、同様の凝集問題又は他の製造上の課題及び効率の悪さを呈する。
【０２７７】
ＧＡＡ  ＰＭＯ、又はその他の、分析的強陽イオン交換（ＳＣＸ）ＨＰＬＣによって分析したとき同種の一続きの核酸塩基を有するＰＭＯは、保持時間が全く異なる幾つかの異なるピークを生じる。複数のピークは、異なる凝集形態のコンジュゲートに対応するはずである。
【０２７８】
凝集のエビデンスは、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｐｒｏｐａｃ  ＳＣＸ−２０カラムを用いて実施されるＨＰＬＣによってもたらされる。緩衝液系及びＨＰＬＣ作業条件を表１に示す。以下の手順を用いて１バイアル当たり１００ｍｇの凍結乾燥薬物製品用の薬物製品試験サンプルを調製する。サンプルを室温に温めた後、３ｍＬシリンジ及び針を使用して２．１ｍＬ  ＷＦＩをバイアルに分注する。このサンプルを、それが完全に溶解するようにボルテックスする。使用前に、サンプルは室温でインキュベートする。３ｍＬシリンジ及び針を使用してバイアルに２．０ｍＬの空気を吸引する。バイアルを逆さにし、２．０ｍＬの溶液をバイアルからガラス容器に移す。メスピペットを使用して、１ｍＬのサンプル溶液を分注し、５０ｍＬメスフラスコに移す。このフラスコの容積をＰＢＳで満たし、混合する。
【０２７９】
【表１】
2021500016.tif 000120
【０２８０】
予想されるクロマトグラフィの結果は、３個以上の連続するＧを有する配列が、非凝集種と比べてはるかに遅く溶出する凝集ピークを生じるというものである。遅く溶出するピークは、多量体凝集形態のコンジュゲートに対応する。
【０２８１】
更に、連続する同種核酸塩基の一続きがＰＭＯ製造時に問題を呈する可能性がある。同種核酸塩基の数が増えると、望ましくないＮ−１欠失が起こる可能性が高くなる。例えば、一続きの４個のチミンを含有する配列は、望ましくないＮ−１欠失を生じ、最終的な化合物が３個のチミンしか有しないことになる可能性がある。このような状況下では、３個のチミンの化合物は、次には不純物と見なされるであろう。質量分析法などの方法を用いると、Ｎ−１欠失不純物を読み解くことができる。
【０２８２】
実施例２：一連の複数の核酸塩基を有する配列を標的とする欠失を含むオリゴマーは凝集を防ぐ
ＰＭＯ製造に影響を与える一続きの同種核酸塩基が呈する問題をとりなすために、一続きの同種核酸塩基から単一塩基又は複数塩基を取り除くことで、凝集又は他の製造上の問題が是正されるはずである。表２は、実施例１において提示された課題を解決するであろう試験する完全に相補的な配列及び対応する欠失配列を示す。ＰＭＯの凝集を破壊し、又は製造上の問題をとりなすため、グアニン及びチミンについて欠失を有するＰＭＯを合成する。
【０２８３】
【表２】
2021500016.tif 000121
【０２８４】
分析は高度凝集ＳＣＸ  ＨＰＬＣ条件下で行われるか、又は実施例１に指示されるとおりの質量分析法が行われる。
【０２８５】
表２の配列に基づくグアニン又はチミンの欠失は、凝集体相対量又はＰＭＯ製造効率に効果を及ぼすはずである。僅か１個又は２個の核酸塩基の欠失により、凝集形態のコンジュゲート率は、完全に相補的な形態のものと比べて低下するはずであり、又は所望の構造の産物のパーセンテージは、完全に相補的な構造と比較して増加するはずである。
【０２８６】
核酸塩基の内部欠失によるＰＭＯ活性（エクソンスキッピング又は取り込み）の有意な低下はないことを実証する本明細書に記載される他の実施例からの予想外の結果に基づけば、表２にある同種核酸塩基の数を減らすための１個又は２個の核酸塩基の欠失がその機能的活性に影響を与えないであろうことが合理的に予想される。
【０２８７】
実施例３：エクソン４４を標的とする特定の欠失配列化合物のエクソンスキッピングパーセンテージ
表３に示される配列を有する欠失配列オリゴマーを調製した。
【０２８８】
【表３】
2021500016.tif 000122
【０２８９】
様々な濃度（２０μＭ、１０μＭ、５μＭ、２．５μＭ、１．２５μＭ、及び０．６２５μＭ）の化合物を試験し、エクソンスキッピング％の値を国際公開第２０１４／１５３２２０号パンフレット（その内容は全体として本明細書に援用される）に従い決定した。結果は図１に示す。加えて、図１に示されるとおり、表３に特定される化合物について対照に対する効力の増加倍数を表４に示されるとおり決定した。
【０２９０】
【表４】
2021500016.tif 000123
【０２９１】
実施例４：エクソン７を標的とする特定の欠失配列化合物のエクソン取り込みパーセンテージ
表５及び図２に示される配列を有する欠失配列オリゴマーを調製した。
【０２９２】
【表５】
2021500016.tif 000124
【０２９３】
様々な濃度（１μＭ及び０．１μＭ）の化合物を試験し、エクソン７取り込み％の値を国際公開第２０１７／０４０２７１号パンフレット（その内容は全体として本明細書に援用される）に従い決定した。結果は図３に示す。ギャップマー／ブレブマー配列１、２、３、５、８、９、１１、及び１４が最良の活性を示した。
【０２９４】
実施例５：エクソン７を標的とする特定の欠失配列化合物のエクソン取り込みパーセンテージ
本明細書の表５に示される配列を有するオリゴマーを調製した。様々な濃度（１μＭ、０．３μＭ、０．１μＭ、０．０３μＭ、及び０．０１μＭ）の化合物サブセットを試験し、エクソン７取り込み％の値を国際公開第２０１７／０４０２７１号パンフレット（その内容は全体として本明細書に援用される）に従い決定した。結果は図４に示す。
【０２９５】
更に、別の実験セットにおいて、様々な濃度（１μＭ、０．３μＭ、０．１μＭ、０．０３μＭ、及び０．０１μＭ）の化合物サブセットを試験し、エクソン７取り込み％の値を決定した。結果は図５に示す。図４及び図５に示されるデータでは、ギャップマー／ブレブマー配列２、７、及び１１が最良の活性を示した。
【０２９６】
実施例６：エクソン２を標的とする特定の欠失配列化合物のＧＡＡ酵素活性の調節
ポンペ病（本明細書では糖原病ＩＩ型とも称される）を治療するように欠失配列を設計した。表６に、ポンペ病の治療用に設計した代表的なオリゴマーを詳説する。
【０２９７】
【表６】
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【０２９８】
【表７】
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【０２９９】
本明細書の表６に示される配列を有するオリゴマーを調製する。様々な濃度の化合物サブセットを試験し、ＧＡＡ酵素活性の変化をＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ１７／２８００２号明細書（この内容は全体として本明細書に援用される）に従い測定する。
【０３００】
実施例７：エクソン５１、５３、及び４５を標的とする特定の欠失配列化合物のエクソンスキッピングパーセンテージ
ジストロフィン遺伝子のエクソン５１、５３、及び４５を標的とするように欠失配列を設計した。表７に、エクソン５１、５３、及び４５を標的とするように設計した代表的なオリゴマーを詳説する。
【０３０１】
【表８】
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【０３０２】
本明細書の表７に示される配列を有するオリゴマーを調製する。様々な濃度の化合物を試験し、エクソンスキッピング％の値を国際公開第２０１４／１５３２２０号パンフレット（その内容は全体として本明細書に援用される）に従い決定する。
【０３０３】
実施例８：ターゲティング配列における１つ又は複数の内部Ｇ欠失後の凝集低下
１つ又は複数の内部Ｇヌクレオチドをターゲティング配列から取り除くと、凝集の低下が生じる。配列番号１２５及び配列番号１２６に関してＨＰＬＣを実施した。これらの配列は、配列番号１２６が配列番号１２５と比べて内部Ｇ欠失を有することを除いて同一である。両配列とも、ＰＭＯ及びＰＰＭＯ骨格構造の一部として試験した。ＨＰＬＣは、実施例１に記載される手順に従い、表１に記載される緩衝液系及びＨＰＬＣ作業条件を用いて実施した。
【０３０４】
図６Ｂに示すとおり、配列番号１２５  ＰＭＯピーク（８．９６１ｍＡＵ）と配列番号１２５  ＰＰＭＯピーク（１２．６８３ｍＡＵ）との間には隔たりがある；しかしながら、高分子量凝集体が存在する（１４．０５８、１４．８６７、１６．５７９、及び１７．６７４ｍＡＵにおけるピークを参照のこと）。これは、高分子量凝集体が解消した配列番号１２６  ＰＰＭＯと対照的である（図７Ｂ）。配列番号１２５  ＰＭＯ又は配列番号１２６  ＰＭＯのいずれにも、高分子量凝集体は存在しない（図６Ａ及び図７Ａ）。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2021500016.tif 000136
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