(57)【要約】対象のサンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネララ・ヴァギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒａｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数を検出するためのアッセイを行うことを含む、対象の細菌性膣炎を診断するための方法が開示されている。また、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネララ・ヴァギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒａｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸を検出するための組成物および方法も開示されている。【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するためのマルチプレックス法であって、前記方法が、
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの少なくとも１種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること
を含む、方法。
【請求項２】
サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するための組成物またはキットであって、前記組成物またはキットが以下を含む、
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む、組成物またはキット。
【請求項３】
対象における細菌性膣炎（ＢＶ）の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
（ａ）ＢＶを有することが疑われる対象からのサンプルを提供すること、
（ｂ）サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのアッセイを行うこと、
（ｃ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の  各々について、検出アッセイに基づいて定量値を割り当てること、
（ｄ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の定量値およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の定量値の大きい方から、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の定量値を差し引くこと、
（ｅ）ステップ（ｄ）に基づいて単一のＢＶスコアを割り当てること、および
（ｆ）ＢＶスコアとカットオフ値との比較に基づいて、対象のＢＶの有無を決定すること
を含む、方法。
【請求項４】
サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４の標的ハイブリダイズ配列を含む、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定すること
を含む、方法。
【請求項５】
サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
（１）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含む、
（２）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定すること
を含む、方法。
【請求項６】
サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定するための方法であって、前記方法が、
（１）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含む、
（２）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること、を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
この出願は、２０１８年８月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／７２２，６２７号の優先権の利益を主張し、これは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
米国国民健康栄養調査によると、１４歳から４９歳までの女性のほぼ３分の１が細菌性膣炎（ＢＶ）に罹患している。（ＡｌｌｓｗｏｒｔｈおよびＰｅｉｐｅｒｔ、オブステトリクス・アンド・ギネコロジー（Ｏｂｓｔｅｔｒｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｙ）１０９：１１４−１２０、２００７年参照）。ＢＶは、膣分泌物の最も一般的な原因であり、多くの女性が医師の診察を求める理由である。また、早産、低出生体重、骨盤内炎症性疾患、ＨＩＶを含むＳＴＤ感染症の増加、およびセックスパートナーにＨＩＶを感染させるリスクの増大にも関連している。ＳｒｉｎｉｖａｓａｎおよびＦｒｅｄｒｉｃｋｓ、インターディシプリナリー・パースペクティヴ・オン・インフェクシャス・ディジーズ（Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐｌｉｎａｒｙ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ  ｏｎ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ）、２００８巻、記事ＩＤ  ７５０４７９、２２ページ、２００８年参照）。細菌性膣炎の女性は、悪臭のある膣分泌物や炎症を含む症状を示すことがあるが、診断可能なＢＶの女性の半数には明確な症状がない（上記のＳｒｉｖｉｎｖａｓａｎおよびＦｒｅｄｒｉｃｋｓ参照）。
【０００３】
ＢＶの原因となる単一の病原体は知られていない。ほとんどの研究者およびＣＤＣは、細菌性膣炎は、膣の正常な細菌叢の混乱の結果であると考えている。一般的な感染症とは異なり、このディスバイオシスは個々の細菌種の結果ではない。ＣＤＣファクトシート、２０１４年参照（ＢＶ−Ｆａｃｔ−Ｓｈｅｅｔ−Ｍａｒｃｈ−２０１４．ｐｄｆ、ＣＤＣのウェブサイトから）ディスバイオシスは、膣などの身体環境内の正常な微生物叢の混乱である。Ｎｉｂａｌｉら、ジャーナル・オブ・オーラル・マイクロバイオロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｏｒａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）、６：２２９６２、２０１４年参照。
【０００４】
ＢＶは、クリニックではＡｍｓｅｌ  Ｃｒｉｔｅｒｉａを使用して診断され、検査室ではＮｕｇｅｎｔ  Ｓｃｏｒｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍを使用して診断される。後者は、グラム染色の助けを借りて細菌の形態型をカウントすることに依存している。このように、Ｎｕｇｅｎｔスコアはディスバイオシスの視覚的評価であり、善玉菌に対して悪玉菌をスコアリングする。Ｎｕｇｅｎｔら、ジャーナル・オブ・クリニカル・マイクロバイオロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）２９：２９７−３０１、１９９１年参照。Ａｍｓｅｌ  Ｃｒｉｔｅｒｉａは、ＢＶに関連する主要な症状である糸玉状細胞の存在、ｐＨ、色、および臭いについてサンプルを評価する。Ａｍｓｅｌら、アメリカン・ジャーナル・オブ・メディシン（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．）７４：１４−２２、１９８３年参照。サンプルのウェットマウントを顕微鏡で調べて、主にガードネレラ・バギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）からなると考えられている細菌で覆われたヒト上皮細胞である糸玉状細胞を検出する。
【０００５】
分子検査は、一般に、細菌性膣炎と強い相関関係がある複数の生物を対象としている。どの生物が対象となるかは、試験ごとに異なる。ほぼすべての場合には、多量の嫌気性細菌は、アトポビウム種（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ガードネレラ種（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、及びメガスフェラ種（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）として標的とされている。
【０００６】
ＦＤＡが承認したＢＶの試験は、「ＢＤ  ＡｆｆｉｒｍＴＭ  ＶＰＩＩＩ微生物同定試験」（２０１０年）および「ＢＤ  ＭＡＸＴＭ腟パネル」（２０１６年）のみである。ＡｆｆｉｒｍおよびＭＡＸ製品の両方が、ＢＶの唯一の指標としてガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出する。Ｃａｒｔｗｒｉｇｈｔらによる研究では、ＢＤ  Ａｆｆｉｒｍ  ＶＰＩＩＩ検査の感度は６７．６％、特異度は７６．４％であることが判明した（ジャーナル・オブ・クリニカル・マイクロバイオロジー（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）５１：３６９４−３６９９、２０１３年）。ＢＤ  Ａｆｆｉｒｍ  ＶＩＩＩの添付文書は、スコアリンググラム染色法と比較した場合、Ａｆｆｉｒｍ製品の感度が９５．１％、特異性が８３．３％であることを示しており、ＢＤ  ＭＡＸの添付文書は、ＭＡＸ製品の感度が９０．５％、特異性が８５．８％であることを示している。
【０００７】
上記のＣａｒｔｗｒｉｇｈｔらは、ＢＶの診断のために、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）ＢＶＡＢ−２およびメガスフェラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）−１の検出にマルチプレックスアッセイを使用した。３２３人の女性（９３％がアフリカ系アメリカ人、７％が白人非ヒスパニック）を対象に、ＮｕｇｅｎｔとＡｍｓｅｌの結果の組み合わせに対するこのアッセイの性能を測定した。ＮｕｇｅｎｔスコアとＡｍｓｅｌスコアの組み合わせと比較した場合、この試験の感度は９６．９％、特異性は９２．６％であると報告した。Ｎｕｇｅｎｔスコアのみと比較したこのアッセイの結果を報告しなかった。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
一態様では、本発明は、対象における細菌性膣炎（ＢＶ）の有無を決定するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、この方法は、一般に、以下のステップ、（ａ）ＢＶを有することが疑われる対象からのサンプルを提供すること、（ｂ）サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのアッセイを行うこと、（ｃ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々について、検出アッセイに基づいて定量値を割り当てること、（ｄ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の定量値およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の定量値の大きい方から、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の定量値を差し引くこと、（ｅ）ステップ（ｄ）に基づいて単一のＢＶスコアを割り当てること、および（ｆ）ＢＶスコアとカットオフ値との比較に基づいて、対象のＢＶの有無を決定することを含む。いくつかの実施形態では、ステップ（ｃ）で、最小の定量値は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、および／またはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）に対して課される。通常、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値は、標準化および／または重み付けされている。標準化された定量値を含むいくつかの変形例では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値は、ログコピーの単位であり、標準化は検出アッセイから決定された値から母集団値の中央値を差し引くことを含む。ステップ（ｄ）は、調整定数の追加をさらに含んでもよい。特定の実施形態では、ステップ（ｄ）は、検出アッセイのサンプル阻害を補償する内部標準（ＩＣ）調整係数を追加することをさらに含み、ＩＣ調整係数は、（ｉ）検出アッセイから生成された観察されたＩＣ値と（ｉｉ）検出アッセイの予想されるＩＣ値との比に基づいている。特定の変形例では、ＢＶスコアは次の式を使用して割り当てられ、
ＢＶスコア＝Ｃ０＋ＷＬＭａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）＋ＷＧＡＭａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）＋ＷＩＣＬｏｇ２（ＩＣ比）、
式中、Ｃ０は、調整定数であり、ＷＬは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の加重定数であり、Ｍａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）は、ＬＳおよびＦＬＳの大きい方であり、式中、ＬＳは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種についての観察された標準化定量値であり、ＦＬＳは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種についての課せられた最小の標準化定量値であり、ＷＧＡは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての重み付け定数であり、Ｍａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）は、ＡＳ、ＧＳ、およびＦＧＡＳの大きい方であり、式中、ＡＳは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）についての観察された標準化定量値であり、ＧＳは、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての観察された標準化定量値であり、ＦＧＡＳは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての化された最小の標準化定量値であり（例えば、０）、ＷＩＣは、内部標準（ＩＣ）の重み付け定数であり、ＩＣ比は、（ｉ）検出アッセイから生成された観察された内部標準（ＩＣ）値と、（ｉｉ）検出アッセイの予想ＩＣ値の比率である。
【０００９】
上記のようなＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのアッセイは、核酸ベースの検出アッセイである。特に適切な核酸ベースの検出アッセイは、例えば、リアルタイムで行うことができる、等温増幅反応（例えば、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応）を含むアッセイなどの増幅ベースのアッセイを含む。特定の実施形態では、核酸ベースの検出アッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡを標的とする。特定の変形例では、核酸ベースの検出アッセイは、（ｉ）ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応するラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｉ）ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応するラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｉｉ）ヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応するラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｖ）ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応するアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または（ｖ）ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応するガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域を標的とする。
【００１０】
核酸ベースの検出アッセイを含む上記のようなＢＶを診断するための方法の特定の実施形態では、アッセイは、以下のステップを含む増幅ベースのアッセイである。
（１）サンプルと以下とを接触させること、
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出すること。
【００１１】
上記のような増幅ベースの検出アッセイを含むＢＶを診断するための方法のいくつかの変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【００１２】
上記のような増幅ベースの検出アッセイを含むＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１０の残基１〜２７（または、例えば、配列番号１８の残基１〜２７または配列番号１５の残基９〜３５として示される）のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【００１３】
上記のような増幅ベースの検出アッセイを含むＢＶを診断するための方法の特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含む。例えば、サンプルは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の捕捉プローブオリゴマーならびにアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列と接触させることができ、第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合し、いくつかのそのような実施形態では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。上記のような第１および第２の標的捕捉プローブを含む特定の変形例では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。いくつかの実施形態では、第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００１４】
上記のような増幅ベースの検出アッセイを含むＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、（ｉ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させること、および（ｉｉ）標的ハイブリダイズしたラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチドを含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含み、いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【００１５】
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの使用を含むＢＶを診断するための方法の特定の実施形態では、プローブの各々は、標識を含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブの使用をさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識が挙げられる。
【００１６】
上記のような標識された検出プローブの使用を含むＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に起こる。いくつかのそのような変形例では、各々の検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００１７】
上記のような検出プローブの使用を含むＢＶを診断するための方法の特定の実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブの使用をさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々（または第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００１８】
上記のようなＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、方法は、ＢＶに関連する１０以下の細菌属の検出を含む。例えば、特定の変形例では、方法は、ＢＶに関連する５以下の細菌属の検出を含む。特定の変形例では、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、およびガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。
【００１９】
上記のようなＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、ＢＶの存在が対象において示される場合、方法は、ＢＶの治療計画を対象に投与することをさらに含む。
【００２０】
上記のようなＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、方法は、対象のＢＶを監視するための方法であり、対象は、ステップ（ａ）の前にＢＶの治療計画を受けている。いくつかのそのような変形例では、ＢＶの存在が対象において示される場合、方法は、（ｉ）ＢＶの治療計画を対象に投与すること、または（ｉｉ）ＢＶの異なる治療計画を対象に投与することのいずれかをさらに含む。
【００２１】
一態様では、本発明は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するためのマルチプレックス法を提供する。この方法には通常、以下の手順を含む。
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの少なくとも１種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること。
【００２２】
上記のようなマルチプレックス法のいくつかの変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【００２３】
上記のようなマルチプレックス法のいくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１０の残基１〜２７（または、例えば、配列番号１８の残基１〜２７または配列番号１５の残基９〜３５として示される）のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【００２４】
上記のようなマルチプレックス法の特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含む。例えば、サンプルは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の捕捉プローブオリゴマーならびにアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列と接触させることができ、第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合し、いくつかのそのような実施形態では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。上記のような第１および第２の標的捕捉プローブを含む特定の変形例では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。いくつかの実施形態では、第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００２５】
上記のようなマルチプレックス法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、（ｉ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させること、および（ｉｉ）標的ハイブリダイズしたラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチドを含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含み、いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【００２６】
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの使用を含むマルチプレックス法の特定の実施形態では、プローブの各々は、標識を含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブの使用をさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識が挙げられる。
【００２７】
上記のような標識された検出プローブの使用を含むマルチプレックス法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に起こる。いくつかのそのような変形例では、各々の検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００２８】
上記のような検出プローブの使用を含むマルチプレックス法の特定の実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブの使用をさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々（または第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００２９】
上記のようなマルチプレックス法のいくつかの実施形態では、ステップ（２）の増幅反応は、等温増幅反応である。特定の変形例では、等温増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。特定の実施形態では、等温増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【００３０】
別の態様では、本発明は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するための組成物またはキットを提供する。組成物またはキットは一般に、以下のオリゴマーを含む。
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む。
【００３１】
上記のような組成物またはキットのいくつかの変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【００３２】
上記の組成物またはキットのいくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１０の残基１〜２７（または、例えば、配列番号１８の残基１〜２７または配列番号１５の残基９〜３５として示される）のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【００３３】
上記のような組成物またはキットの特定の実施形態では、組成物またはキットは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含む。例えば、組成物またはキットは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の捕捉プローブオリゴマーならびにアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列を含むことができ、第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合し、いくつかのそのような実施形態では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。上記のような第１および第２の標的捕捉プローブを含む特定の変形例では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。いくつかの実施形態では、第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００３４】
上記のような組成物またはキットのいくつかの実施形態では、組成物またはキットは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブをさらに含む。いくつかの実施形態では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチドを含み、および／または第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、組成物またはキットは、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブをさらに含み、いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【００３５】
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブを含む組成物またはキットの特定の実施形態では、プローブの各々は、標識を含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブをさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識が挙げられる。いくつかの変形例では、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含み、蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００３６】
上記のような検出プローブを含む組成物またはキットの特定の実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブをさらに含むいくつかの実施形態では、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々（または第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００３７】
さらに別の態様では、本発明は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定するための方法を提供する。この方法には通常、以下の手順を含む。
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定すること。
【００３８】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための方法のいくつかの変形例では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、および／または第４の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、第３の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、および／または第４の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなる。
【００３９】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための方法のいくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含む。
【００４０】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列標的配列に特異的にハイブリダイズし、いくつかのそのような変形例では、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な実施形態では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含む。
【００４１】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するためのいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、（ｉ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態では、第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含み、いくつかのそのような実施形態では、第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または第２の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応し、より具体的な変形例では、第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【００４２】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、第１の検出プローブの使用を含み、第１の検出プローブは、標識を含む。第２のプローブと、１つまたは複数の増幅オリゴマーとを接触させることをさらに含むいくつかの実施形態では、第２のプローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識が挙げられる。
【００４３】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための、標識された検出プローブの使用を含む方法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に起こる。いくつかのそのような変形例では、各々の検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００４４】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を検出するための、標識された検出プローブの使用を含む方法の特定の実施形態では、第１の検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。第２の検出プローブの使用をさらに含むいくつかの実施形態では、第２の検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、第１の検出プローブ（または第１および第２の検出プローブの各々）は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００４５】
さらに別の態様では、本発明は、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定するための方法を提供する。この方法には通常、以下の手順を含む。
（１）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定すること。
【００４６】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための方法のいくつかの変形例では、第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなる。
【００４７】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための方法のいくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１８の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含む。
【００４８】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に、存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。より具体的な変形例では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００４９】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するためのいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態では、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する。より具体的な変形例では、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列を含む。
【００５０】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、検出プローブの使用を含み、検出プローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識および化学発光標識が挙げられる。
【００５１】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための、標識された検出プローブの使用を含む方法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に起こる。いくつかのそのような変形例では、検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００５２】
上記のようなアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を検出するための、検出プローブの使用を含む方法の特定の実施形態では、検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００５３】
さらに別の態様では、本発明は、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定するための方法を提供する。この方法には通常、以下の手順を含む。
（１）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること。
【００５４】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための方法のいくつかの変形例では、第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。いくつかのそのような実施形態では、第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【００５５】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための方法のいくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。特に適切なプロモーター配列は、例えば、配列番号１５の残基９〜３６のヌクレオチド配列を有するプロモーター配列などのＴ７プロモーター配列である。特定の変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５の９〜５２のヌクレオチド配列を含み、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【００５６】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、ステップ（２）の前に、存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。より具体的な変形例では、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００５７】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。いくつかの実施形態では、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応する。より具体的な変形例では、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。
【００５８】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための方法の特定の実施形態では、方法は、検出プローブの使用を含み、検出プローブは、標識を含む。特に適切な標識としては、化学発光および蛍光標識および化学発光標識が挙げられる。
【００５９】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための、標識された検出プローブの使用を含む方法のいくつかの実施形態では、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に起こる。いくつかのそのような変形例では、検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。蛍光標識および消光剤を含む特に適切な検出プローブとしては、分子トーチ、分子ビーコン、およびＴａｑＭａｎ検出プローブが挙げられる。
【００６０】
上記のようなガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための、検出プローブの使用を含む方法の特定の実施形態では、検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。いくつかのそのような変形例では、検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００６１】
上記のようなラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための方法のいくつかの実施形態では、ステップ（２）の増幅反応は、等温増幅反応である。特定の変形例では、等温増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。特定の実施形態では、等温増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【００６２】
本発明のこれらの態様および他の態様は、本発明の以下の詳細な説明を参照すると明らかになるであろう。追加の開示された実施形態は、以下の通りである。
【００６３】
実施形態１は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するためのマルチプレックス法であり、方法は、以下を含む。
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの少なくとも１種を含む疑いがあるサンプルと以下とを接触させること、
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること。
【００６４】
実施形態２は、実施形態１の方法であり、
（１）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
（２）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、
（３）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、
（４）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、
（５）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
（６）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、
（７）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または
（８）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。
【００６５】
実施形態３は、実施形態１または２の方法であり、
（１）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
（２）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、
（３）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、
（４）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、
（５）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
（６）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、
（７）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または
（８）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【００６６】
実施形態４は、実施形態１から３のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【００６７】
実施形態５は、実施形態４の方法であり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【００６８】
実施形態６は、実施形態５の方法であり、プロモーター配列は、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する。
【００６９】
実施形態７は、実施形態４の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。
【００７０】
実施形態８は、実施形態７の方法であり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【００７１】
実施形態９は、実施形態１から８のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。
【００７２】
実施形態１０は、実施形態９の方法であり、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含む。
【００７３】
実施形態１１は、実施形態１０の方法であり、サンプルは、第１および第２の捕捉プローブオリゴマーと接触され、
第１の捕捉プローブオリゴマーは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の捕捉プローブハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、
第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している。
【００７４】
実施形態１２は、実施形態１１の方法であり、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【００７５】
実施形態１３は、実施形態１２の方法であり、
第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【００７６】
実施形態１４は、実施形態１２または１３の方法であり、第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【００７７】
実施形態１５は、実施形態１４の方法であり、
第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【００７８】
実施形態１６は、実施形態１から１５のいずれか一項の方法であり、検出ステップ（３）は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させること、および
標的ハイブリダイズしたラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの有無を検出することを含む。
【００７９】
実施形態１７は、実施形態１６の方法であり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【００８０】
実施形態１８は、実施形態１７の方法であり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。
【００８１】
実施形態１９は、実施形態１６から１８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、
方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
【００８２】
実施形態２０は、実施形態１９の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【００８３】
実施形態２１は、実施形態２０の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【００８４】
実施形態２２は、実施形態１６から１８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【００８５】
実施形態２３は、実施形態１９から２１のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【００８６】
実施形態２４は、実施形態２２または２３の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【００８７】
実施形態２５は、実施形態２２または２３の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【００８８】
実施形態２６は、実施形態２５の方法であり、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【００８９】
実施形態２７は、実施形態２６の方法であり、各検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【００９０】
実施形態２８は、実施形態１６から１８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【００９１】
実施形態２９は、実施形態２８の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００９２】
実施形態３０は、実施形態１９から２１のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【００９３】
実施形態３１は、実施形態３０の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【００９４】
実施形態３２は、実施形態１から３１のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。
【００９５】
実施形態３３は、実施形態３２の方法であり、増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。
【００９６】
実施形態３４は、実施形態３２または３３の方法であり、増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【００９７】
実施形態３５は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の有無を決定するための組成物またはキットであり、組成物またはキットは、以下を含む。
（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含む。
【００９８】
実施形態３６は、実施形態３５の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、
第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、
第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。
【００９９】
実施形態３７は、実施形態３５または３６の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、
第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、
第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または
第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【０１００】
実施形態３８は、実施形態３５から３７のいずれか一項の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【０１０１】
実施形態３９は、実施形態３８の組成物またはキットであり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【０１０２】
実施形態４０は、実施形態３９の組成物またはキットであり、プロモーター配列は、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する。
【０１０３】
実施形態４１は、実施形態３８の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。
【０１０４】
実施形態４２は、実施形態４１の組成物またはキットであり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【０１０５】
実施形態４３は、実施形態３５から４２のいずれか一項の組成物またはキットであり、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーをさらに含む。
【０１０６】
実施形態４４は、実施形態４３の組成物またはキットであり、組成物またはキットは、第１および第２の捕捉プローブオリゴマーを含み、
【０１０７】
第１の捕捉プローブオリゴマーは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の捕捉プローブハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、
第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している。
【０１０８】
実施形態４５は、実施形態４４の組成物またはキットであり、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０１０９】
実施形態４６は、実施形態４５の組成物またはキットであり、
第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１１０】
実施形態４７は、実施形態４５または４６の組成物またはキットであり、第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１１１】
実施形態４８は、実施形態４７の組成物またはキットであり、
第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【０１１２】
実施形態４９は、実施形態３５から４８のいずれか一項の組成物またはキットであり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブをさらに含む。
【０１１３】
実施形態５０は、実施形態４９の組成物またはキットであり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１１４】
実施形態５１は、実施形態５０の組成物またはキットであり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。
【０１１５】
実施形態５２は、実施形態４９から５１のいずれか一項の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、
【０１１６】
組成物またはキットは、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブをさらに含む。
【０１１７】
実施形態５３は、実施形態５２の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１１８】
実施形態５４は、実施形態５３の組成物またはキットであり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【０１１９】
実施形態５５は、実施形態４９から５１のいずれか一項の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【０１２０】
実施形態５６は、実施形態５２から５４のいずれか一項の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【０１２１】
実施形態５７は、実施形態５５または５６の組成物またはキットであり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０１２２】
実施形態５８は、実施形態５５または５６の組成物またはキットであり、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０１２３】
実施形態５９は、実施形態５８の組成物またはキットであり、各検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０１２４】
実施形態６０は、実施形態４９から５１のいずれか一項の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０１２５】
実施形態６１は、実施形態６０の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０１２６】
実施形態６２は、実施形態５２から５４のいずれか一項の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０１２７】
実施形態６３は、実施形態６２の組成物またはキットであり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０１２８】
実施形態６４は、対象における細菌性膣炎（ＢＶ）の有無を決定するための方法であり、方法は、以下を含む。
（ａ）ＢＶを有することが疑われる対象からのサンプルを提供すること、
（ｂ）サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのアッセイを行うこと、
（ｃ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々について、検出アッセイに基づいて定量値を割り当てること、
（ｄ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の定量値およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の定量値の大きい方から、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の定量値を差し引くこと、
（ｅ）ステップ（ｄ）に基づいて単一のＢＶスコアを割り当てること、および
（ｆ）ＢＶスコアとカットオフ値との比較に基づいて、対象のＢＶの有無を決定すること。
【０１２９】
実施形態６５は、実施形態６４の方法であり、最小の定量値は、ステップ（ｃ）で、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種に対して課される。
【０１３０】
実施形態６６は、実施形態６４または６５の方法であり、最小の定量値は、ステップ（ｃ）で、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）に対して課される。
【０１３１】
実施形態６７は、実施形態６４から６６のいずれか一項の方法であり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値は、標準化されている。
【０１３２】
実施形態６８は、実施形態６７の方法であり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値は、ログコピーの単位であり、標準化は検出アッセイから決定された値から母集団値の中央値を差し引くことを含む。
【０１３３】
実施形態６９は、実施形態６４から６８のいずれか一項の方法であり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値は、重み付けされている。
【０１３４】
実施形態７０は、実施形態６４から６９のいずれか一項の方法であり、ステップ（ｄ）は、調整定数を追加することをさらに含む。
【０１３５】
実施形態７１は、実施形態６４から６９のいずれか一項の方法であり、ステップ（ｄ）は、検出アッセイのサンプル阻害を補償する内部標準（ＩＣ）調整係数を追加することをさらに含み、ＩＣ調整係数は、（ｉ）検出アッセイから生成された観察されたＩＣ値と（ｉｉ）検出アッセイの予想されるＩＣ値との比に基づいている。
【０１３６】
実施形態７２は、実施形態６４の方法であり、ＢＶスコアは、以下の式を使用して割り当てられ、
ＢＶスコア＝Ｃ０＋ＷＬＭａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）＋ＷＧＡＭａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）＋ＷＩＣＬｏｇ２（ＩＣ比）、
Ｃ０は調整定数であり、
ＷＬは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種についての重み付け定数であり、
Ｍａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）は、ＬＳおよびＦＬＳの大きい方であり、式中、ＬＳは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種についての観察された標準化定量値であり、ＦＬＳは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種についての課せられた最小の標準化定量値であり、
ＷＧＡは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての重み付け定数であり、
Ｍａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）は、ＡＳ、ＧＳ、およびＦＧＡＳの大きい方であり、式中、ＡＳは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）についての観察された標準化定量値であり、ＧＳは、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての観察された標準化定量値であり、ＦＧＡＳは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）についての化された最小の標準化定量値であり、
ＷＩＣは、内部標準（ＩＣ）の重み付け定数であり、
ＩＣ比は、（ｉ）検出アッセイから生成された観察された内部標準（ＩＣ）値と、（ｉｉ）検出アッセイの予想ＩＣ値の比率である。
【０１３７】
実施形態７３は、実施形態７２の方法であり、ＦＧＡＳは、０である。
【０１３８】
実施形態７４は、実施形態６４から７３のいずれか一項の方法であり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するためのアッセイは、核酸ベースの検出アッセイである。
【０１３９】
実施形態７５は、実施形態７４の方法であり、核酸ベースの検出アッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡを標的とする。
【０１４０】
実施形態７６は、実施形態７５の方法であり、核酸ベースの検出アッセイは、以下を標的とする
（ａ）ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応するラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、
（ｂ）ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応するラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域
（ｃ）ヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応するラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、
（ｄ）ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応するアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｅ）ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応するガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域。
【０１４１】
実施形態７７は、実施形態７４から７６のいずれか一項の方法であり、核酸ベースの検出アッセイは、増幅ベースのアッセイである。
【０１４２】
実施形態７８は、実施形態７７の方法であり、増幅ベースのアッセイは、等温増幅反応を含む。
【０１４３】
実施形態７９は、実施形態７８の方法であり、増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。
【０１４４】
実施形態８０は、実施形態７８または７９の方法であり、増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【０１４５】
実施形態８１は、実施形態７９の方法であり、核酸ベースの検出アッセイは、以下を含む増幅ベースのアッセイである。
（１）サンプルと以下とを接触させること、
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマー、ここで、（ｉ）第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出すること。
【０１４６】
実施形態８２は、実施形態８１の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、
第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、
第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含み、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含み、
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。
【０１４７】
実施形態８３は、実施形態８１または８２の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、
第３のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、
第４のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
第２のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または
第２のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【０１４８】
実施形態８４は、実施形態８１から８３のいずれか一項の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマー、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマー、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーのうちの少なくとも１つは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【０１４９】
実施形態８５は、実施形態８４の方法であり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【０１５０】
実施形態８６は、実施形態８５の方法であり、プロモーター配列は、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する。
【０１５１】
実施形態８７は、実施形態８４の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含み、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。
【０１５２】
実施形態８８は、実施形態８７の方法であり、第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【０１５３】
実施形態８９は、実施形態８１から８８のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。
【０１５４】
実施形態９０は、実施形態８９の方法であり、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含む。
【０１５５】
実施形態９１は、実施形態９０の方法であり、サンプルは、第１および第２の捕捉プローブオリゴマーと接触され、
第１の捕捉プローブオリゴマーは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の捕捉プローブハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、
【０１５６】
第１および第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列の各々は、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合している。
【０１５７】
実施形態９２は、実施形態９１の方法であり、第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０１５８】
実施形態９３は、実施形態９２の方法であり、
第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１５９】
実施形態９４は、実施形態９２または９３の方法であり、第２の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１６０】
実施形態９５は、実施形態９４の方法であり、
第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【０１６１】
実施形態９６は、実施形態８１から９５のいずれか一項の方法であり、検出ステップ（３）は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させること、および
標的ハイブリダイズしたラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの有無を検出することを含む。
【０１６２】
実施形態９７は、実施形態９６の方法であり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１６３】
実施形態９８は、実施形態９７の方法であり、
第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列を含み、および／または
第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。
【０１６４】
実施形態９９は、実施形態９６から９８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、
方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
【０１６５】
実施形態１００は、実施形態９９の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１６６】
実施形態１０１は、実施形態１００の方法であり、
第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【０１６７】
実施形態１０２は、実施形態９６から９８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【０１６８】
実施形態１０３は、実施形態９９から１０１のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【０１６９】
実施形態１０４は、実施形態１０２または１０３の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０１７０】
実施形態１０５は、実施形態１０２または１０３の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【０１７１】
実施形態１０６は、実施形態１０５の方法であり、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０１７２】
実施形態１０７は、実施形態１０６の方法であり、各検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０１７３】
実施形態１０８は、実施形態９６から９８のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０１７４】
実施形態１０９は、実施形態１０８の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０１７５】
実施形態１１０は、実施形態９９から１０１のいずれか一項の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブのうちの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０１７６】
実施形態１１１は、実施形態１１０の方法であり、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブ、第１のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブ、および第１のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０１７７】
実施形態１１２は、実施形態８１から１１１のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。
【０１７８】
実施形態１１３は、実施形態１１２の方法であり、増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。
【０１７９】
実施形態１１４は、実施形態１１２または１１３の方法であり、増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【０１８０】
実施形態１１５は、実施形態６４から１１４のいずれか一項の方法であり、方法は、ＢＶに関連する１０個以下の細菌属の検出を含む。
【０１８１】
実施形態１１６は、実施形態６４から１１４のいずれか一項の方法であり、方法は、ＢＶに関連する５個以下の細菌属の検出を含む。
【０１８２】
実施形態１１７は、実施形態６４から１１４のいずれか一項の方法であり、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、およびガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。
【０１８３】
実施形態１１８は、実施形態６４から１１７のいずれか一項の方法であり、ＢＶの存在が対象において示される場合、方法は、ＢＶの治療計画を対象に投与することをさらに含む。
【０１８４】
実施形態１１９は、実施形態６４から１１７のいずれか一項の方法であり、方法は、対象のＢＶを監視するための方法であり、対象は、ステップ（ａ）の前にＢＶの治療計画を受けている。
【０１８５】
実施形態１２０は、実施形態１１９の方法であり、ＢＶの存在が対象において示される場合、方法は、（ｉ）ＢＶの治療計画を対象に投与すること、または（ｉｉ）ＢＶの異なる治療計画を対象に投与することのいずれかをさらに含む。
【０１８６】
実施形態１２１は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定するための方法であり、方法は、以下を含む。
（１）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種を含む疑いがあるサンプルと、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１、第２、第３、および第４の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉｉ）第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する第３の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｖ）第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する第４の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の有無を決定すること。
【０１８７】
実施形態１２２は、実施形態１２１の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列を含み、
第３の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列を含み、および／または
第４の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列を含む。
【０１８８】
実施形態１２３は、実施形態１２２の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、
第３の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、および／または
第４の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号９のヌクレオチド配列からなる。
【０１８９】
実施形態１２４は、実施形態１２１から１２３のいずれか一項の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【０１９０】
実施形態１２５は、実施形態１２４の方法であり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【０１９１】
実施形態１２６は、実施形態１２５の方法であり、プロモーター配列は、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する。
【０１９２】
実施形態１２７は、実施形態１２４の方法であり、
【０１９３】
第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列を含む。
【０１９４】
実施形態１２８は、実施形態１２１から１２７のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）の前に、存在する場合、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。
【０１９５】
実施形態１２９は、実施形態１２８の方法であり、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０１９６】
実施形態１３０は、実施形態１２９の方法であり、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０１９７】
実施形態１３１は、実施形態１３０の方法であり、
第１の捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０１９８】
実施形態１３２は、実施形態１３１の方法であり、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含む。
【０１９９】
実施形態１３３は、実施形態１２１から１３２のいずれか一項の方法であり、検出ステップ（３）は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
【０２００】
実施形態１３４は、実施形態１３３の方法であり、第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズし、
方法は、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させることをさらに含む。
【０２０１】
実施形態１３５は、実施形態１３４の方法であり、
第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列に実質的に対応し、および／または
第２の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０２０２】
実施形態１３６は、実施形態１３５の方法であり、
第１の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１１の残基１〜１７のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１２の残基７〜２３のヌクレオチド配列を含む。
【０２０３】
実施形態１３７は、実施形態１３３の方法であり、第１の検出プローブは、標識を含む。
【０２０４】
実施形態１３８は、実施形態１３７の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０２０５】
実施形態１３９は、実施形態１３７の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【０２０６】
実施形態１４０は、実施形態１３９の方法であり、検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０２０７】
実施形態１４１は、実施形態１４０の方法であり、検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０２０８】
実施形態１４２は、実施形態１３４から１３６のいずれか一項の方法であり、第１および第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブの各々は、標識を含む。
【０２０９】
実施形態１４３は、実施形態１４２の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０２１０】
実施形態１４４は、実施形態１４２の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【０２１１】
実施形態１４５は、実施形態１４４の方法であり、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０２１２】
実施形態１４６は、実施形態１４５の方法であり、各検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０２１３】
実施形態１４７は、実施形態１３３の方法であり、第１の検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０２１４】
実施形態１４８は、実施形態１４７の方法であり、第１の検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０２１５】
実施形態１４９は、実施形態１３４から１３６のいずれか一項の方法であり、第１および第２の検出プローブの少なくとも１つは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０２１６】
実施形態１５０は、実施形態１４９の方法であり、第１および第２の検出プローブの各々は、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０２１７】
実施形態１５１は、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定するための方法であり、方法は、以下を含む。
（１）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）を含む疑いがあるサンプルと、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の有無を決定すること。
実施形態１５２は、実施形態１５１の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列を含む。
【０２１８】
実施形態１５３は、実施形態１５１または１５２の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列からなり、および／または
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１７のヌクレオチド配列からなる。
【０２１９】
実施形態１５４は、実施形態１５１から１５３のいずれか一項の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【０２２０】
実施形態１５５は、実施形態１５４の方法であり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【０２２１】
実施形態１５６は、実施形態１５５の方法であり、プロモーター配列は、配列番号１８の残基１〜２７のヌクレオチド配列を有する。
【０２２２】
実施形態１５７は、実施形態１５４の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列を含む。
【０２２３】
実施形態１５８は、実施形態１５１から１５７のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）の前に、存在する場合、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。
【０２２４】
実施形態１５９は、実施形態１５８の方法であり、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０２２５】
実施形態１６０は、実施形態１５９の方法であり、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０２２６】
実施形態１６１は、実施形態１６０の方法であり、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【０２２７】
実施形態１６２は、実施形態１５１から１６１のいずれか一項の方法であり、検出ステップ（３）は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
【０２２８】
実施形態１６３は、実施形態１６２の方法であり、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０２２９】
実施形態１６４は、実施形態１６３の方法であり、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１９の残基６〜２１のヌクレオチド配列を含む。
【０２３０】
実施形態１６５は、実施形態１６２から１６４のいずれか一項の方法であり、検出プローブは、標識を含む。
【０２３１】
実施形態１６６は、実施形態１６５の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０２３２】
実施形態１６７は、実施形態１６５の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【０２３３】
実施形態１６８は、実施形態１６７の方法であり、検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０２３４】
実施形態１６９は、実施形態１６８の方法であり、検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０２３５】
実施形態１７０は、実施形態１６２から１６４のいずれか一項の方法であり、検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０２３６】
実施形態１７１は、実施形態１７０の方法であり、検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０２３７】
実施形態１７２は、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定するための方法であり、方法は、以下を含む。
（１）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を含む疑いがあるサンプルと、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の標的領域を増幅するための、第１および第２の増幅オリゴマーとを接触させること、ここで、（ｉ）第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する第１の標的ハイブリダイズ配列を含み、（ｉｉ）第２の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する第２の標的ハイブリダイズ配列を含み、
（２）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が、サンプル中に存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に対応する１つまたは複数の増幅産物を産生するためのテンプレートとして使用される、インビトロ核酸増幅反応を行うこと、
（３）１つまたは複数の増幅産物の有無を検出し、それにより、サンプル中のガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定すること。
実施形態１７３は、実施形態１７２の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含み、および／または
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。
【０２３８】
実施形態１７４は、実施形態１７２または１７３の方法であり、
第１の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列からなり、および／または
第２の標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列からなる。
【０２３９】
実施形態１７５は、実施形態１７２から１７４のいずれか一項の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列に対して５’に位置するプロモーター配列をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。
【０２４０】
実施形態１７６は、実施形態１７５の方法であり、プロモーター配列は、Ｔ７プロモーター配列である。
【０２４１】
実施形態１７７は、実施形態１７６の方法であり、プロモーター配列は、配列番号１５の残基９〜３６のヌクレオチド配列を有する。
【０２４２】
実施形態１７８は、実施形態１７５の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む。
【０２４３】
実施形態１７９は、実施形態１７８の方法であり、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列を含む。
【０２４４】
実施形態１８０は、実施形態１７２から１７９のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）の前に、存在する場合、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。
【０２４５】
実施形態１８１は、実施形態１８０の方法であり、精製ステップは、固定化プローブに結合する配列または部分に共有結合した標的ハイブリダイズ配列を含む少なくとも１つの捕捉プローブオリゴマーとサンプルとを接触させることを含み、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０２４６】
実施形態１８２は、実施形態１８１の方法であり、捕捉プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０２４７】
実施形態１８３は、実施形態１８２の方法であり、捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
【０２４８】
実施形態１８４は、実施形態１７２から１８３のいずれか一項の方法であり、検出ステップ（３）は、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む検出プローブと、１つまたは複数の増幅産物とを接触させ、
標的ハイブリダイズ検出プローブの有無を検出することを含む。
【０２４９】
実施形態１８５は、実施形態１８４の方法であり、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列に実質的に対応する。
【０２５０】
実施形態１８６は、実施形態１８５の方法であり、検出プローブ標的ハイブリダイズ配列は、配列番号１６の残基１〜１８のヌクレオチド配列を含む。
【０２５１】
実施形態１８７は、実施形態１８４から１８６のいずれか一項の方法であり、検出プローブは、標識を含む。
【０２５２】
実施形態１８８は、実施形態１８７の方法であり、標識は、化学発光標識または蛍光標識である。
【０２５３】
実施形態１８９は、実施形態１８７の方法であり、検出ステップ（３）は、増幅ステップ（２）の間に発生する。
【０２５４】
実施形態１９０は、実施形態１８９の方法であり、各検出プローブは、蛍光標識および消光剤を含む。
【０２５５】
実施形態１９１は、実施形態１９０の方法であり、各検出プローブは、分子トーチ、分子ビーコン、またはＴａｑＭａｎ検出プローブである。
【０２５６】
実施形態１９２は、実施形態１８４から１８６のいずれか一項の方法であり、検出プローブは、非標的ハイブリダイズ配列をさらに含む。
【０２５７】
実施形態１９３は、実施形態１９２の方法であり、検出プローブは、分子トーチまたは分子ビーコンである。
【０２５８】
実施形態１９４は、実施形態１２１から１９３のいずれか一項の方法であり、ステップ（２）での増幅反応は、等温増幅反応である。
【０２５９】
実施形態１９５は、実施形態１９４の方法であり、増幅反応は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）反応である。
【０２６０】
実施形態１９６は、実施形態１９４または１９５の方法であり、増幅反応は、リアルタイム増幅反応である。
【０２６１】
定義
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、記載される方法および組成物に関連する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で使用される場合、以下の用語および語句は、特に明記しない限り、それらに帰する意味を有する。
【０２６２】
「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」という用語は、文脈上明確に別段の指示がない限り、複数の指示対象を含む。
【０２６３】
接続詞「または」は、包括的な意味が文脈において不当でない限り、包括的な意味で、すなわち、「および／または」と同等であると解釈されるべきである。
【０２６４】
「約」という用語は、組成物の活性または安定性にいかなる有意な影響も及ぼさない組成物の成分の量におけるごくわずかな変動を示す。いくつかの実施形態では、「約」は、記載された値の１０％、５％、２％、１％、または０．５％以内の変動を包含する。
【０２６５】
すべての範囲は、「端点を含まない」などの明示的な除外がない場合には、端点を包含すると解釈されるべきであり、したがって、「１０〜１５の範囲内」は、値１０および１５、ならびに端点間のすべての整数値および（可能な場合は）非整数値、例えば、１１、１１．５、１２および１／３、４πなどが含まれる。
【０２６６】
また、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」、「含有すること（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、非限定的であり、限定を意図するものではない。
【０２６７】
「サンプル」は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、あるいは核酸または核酸のフラグメントなどのそれらの成分を含みうる任意の検体を含む。サンプルは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）あるいはそれらの成分（例えば、それらに由来する標的核酸）を含み得る生きているヒトまたは死亡したヒトに由来する任意の組織または材料を含む「生物学的サンプル」を含み、例えば、膣スワブサンプル、頸部ブラシサンプル、気管支鏡検査、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）または肺生検などの呼吸器組織または滲出物、痰、唾液、末梢血、血漿、血清、リンパ節、胃腸組織、糞便、尿、精液または他の体液または材料などを含む。生物学的サンプルは、組織または細胞構造を物理的または機械的に破壊するように処理されてもよく、したがって、標準的な方法を使用して分析用の生物学的サンプルを調製するために使用される酵素、緩衝液、塩、洗剤などをさらに含み得る溶液中に細胞内成分を放出する。また、サンプルは、サンプルを濾過装置の上を通過させたり、濾過装置を通過させたりして得られたもの、または遠心分離に続いて得られたもの、あるいは媒体、マトリックス、または支持体に付着させて得られたものなどの加工済みサンプルを含み得る。
【０２６８】
「核酸」は、窒素ヘテロ環塩基または塩基類似体を有する２つ以上の共有結合したヌクレオシドまたはヌクレオシド類似体を含む多量体化合物を指し、ヌクレオシドは、ホスホジエステル結合または他の結合によって互いに結合されて、ポリヌクレオチドを形成する。核酸には、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはキメラＤＮＡ−ＲＮＡポリマーあるいはオリゴヌクレオチド、およびそれらの類似体が含まれる。核酸「骨格」は、糖−ホスホジエステル結合、ペプチド−核酸結合（「ペプチド核酸」またはＰＮＡ中、ＰＣＴ第ＷＯ９５／３２３０５号を参照）、ホスホロチオアート結合、メチルホスホナート結合、またはそれらの組み合わせのうちの１つまたは複数を含む様々な結合から構成され得る。核酸の糖部分は、リボースまたはデオキシリボースのいずれか、あるいは既知の置換、例えば、２’メトキシ置換および２’ハライド置換（例えば、２’−Ｆ）を有する同様の化合物であってもよい。窒素塩基は、従来の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、その類似体（例えば、イノシン、５−メチルイソシトシン，イソグアニン、ザ・バイオケミストリー・オブ・ザ・ヌークレイック・アシッド（Ｔｈｅ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ）５−３６、Ａｄａｍｓら編、第１１版、１９９２年、Ａｂｒａｈａｍら、２００７年、バイオテクノロジーズ（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）４３：６１７−２４）であってもよく、これは、プリンまたはピリミジン塩基の誘導体（例えば、Ｎ４−メチルデオキシグアノシン、デアザ−またはアザ−プリン、デアザ−またはアザ−ピリミジン、５位または６位に置換基を有するピリミジン塩基、２位、６位、および／または８位に改変または置き換え置換基を有するプリン塩基、例えば、２−アミノ−６−メチルアミノプリン、Ｏ６−メチルグアニン、４−チオ−ピリミジン、４−アミノ−ピリミジン、４−ジメチルヒドラジン−ピリミジン、およびＯ４−アルキル−ピリミジン、ならびにピラゾロ−化合物、例えば、非置換または３−置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジン、米国特許第５，３７８，８２５号、米国特許第６，９４９，３６７号、およびＰＣＴ第ＷＯ９３／１３１２１号）を含む。核酸は、骨格が１つまたは複数の残基に対して窒素塩基を含まない「脱塩基」残基を含み得る（米国特許第５，５８５，４８１号）。核酸は、ＲＮＡおよびＤＮＡに見られるような従来の糖、塩基、および結合のみを含んでもよく、または従来の成分および置換（例えば、２’メトキシ骨格によって結合される従来の塩基、または従来の塩基および１つまたは複数の塩基類似体の混合物を含む核酸）を含んでもよい。核酸は、「ロックド核酸」（ＬＮＡ）を含んでもよく、ここで、１つまたは複数のヌクレオチドモノマーは、ＲＮＡ模倣糖立体配座にロックされた二環式フラノース単位を有し、これは、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）、または二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）中の相補的配列に対するハイブリダイゼーション親和性を増強する（Ｖｅｓｔｅｒら、バイオケミストリー（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）４３：１３２３３−４１、２００４年）。核酸は、核酸の機能または挙動を変化させるための修飾塩基、例えば、さらなるヌクレ��チドが核酸に付加されるのをブロックするための３’−末端ジデオキシヌクレオチドの付加を含み得る。インビトロで核酸を作成するための合成方法は、当該技術分野において周知であるが、核酸は、通例の技術を用いて天然源から精製され得る。
【０２６９】
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、核酸鎖を意味する。本出願全体を通じて、核酸は、５’末端から３’末端で示される。標準的な核酸、例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡは、典型的には、「５’から３’に」、すなわち、伸長している核酸の３’末端へのヌクレオチド付加によって合成される。
【０２７０】
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド」は、リン酸基、５炭素糖および窒素塩基からなる核酸のサブユニットである。ＲＮＡに見られる５炭素糖は、リボースである。ＤＮＡでは、５炭素糖は、２’−デオキシリボースである。この用語はまた、リボースの２’位にあるメトキシ基（２’−Ｏ−Ｍｅ）などのそのようなサブユニットの類似体も含む。
【０２７１】
本明細書で使用される場合、「核酸ベースの検出アッセイ」は、標的核酸内の標的配列の検出のためのアッセイであり、標的配列に特異的にハイブリダイズするもう１つのオリゴヌクレオチドを利用する。
【０２７２】
本発明による特定の実施形態では、核酸ベースの検出アッセイは、「増幅ベースのアッセイ」、すなわち、核酸標的配列を増幅するための１つまたは複数のステップを利用するアッセイである。検出アッセイで使用するための様々な増幅方法が当該技術分野において周知であり、そのうちのいくつかを本明細書でさらに要約する。明確にするために、増幅ベースのアッセイは、例えば、非増幅ベースのアッセイ方法（例えば、ハイブリダイゼーションアッセイまたは切断ベースのアッセイ）で使用されるステップなど、標的配列を増幅しない１つまたは複数のステップを含み得る。
【０２７３】
他の実施形態では、核酸ベースの検出アッセイは、「非増幅ベースのアッセイ」、すなわち、核酸標的配列を増幅するためのいずれのステップにも依存しないアッセイである。明確にするために、対応する下流の増幅オリゴマーの非存在下でのプライマーの伸長反応を含む核酸ベースの検出アッセイ（例えば、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を産生する逆転写酵素によるプライマーの伸長、続いて、ＲＮＡ標的に相補的な一本鎖ｃＤＮＡが得られるが、ｃＤＮＡのコピーは産生されないＲＮＡのＲＮａｓｅ消化）は、非増幅ベースのアッセイであると理解されている。
【０２７４】
例示的な非増幅ベースのアッセイは、「切断ベースのアッセイ」であり、これは、標的核酸への重複オリゴヌクレオチドの特異的ハイブリダイゼーションによって形成される直鎖二本鎖切断構造の、フラップエンドヌクレアーゼによる特異的切断に依存するアッセイである。これらのアッセイでは、非標的ハイブリダイズフラップ領域を含むプローブオリゴヌクレオチドは、フラップエンドヌクレアーゼによって重複依存的様式で切断され、その後検出される切断産物を放出する。切断に基づくアッセイの原理は当該技術分野で周知であり、例示的なアッセイは、例えば、Ｌｙａｍｉｃｈｅｖら（ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）１７：２９２−２９６、１９９９年）、Ｒｙａｎら（モレキュラー・ダイアグノスティック（Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．）、４：１３５−１４４、１９９９年）、Ａｌｌａｗｉら（ジャーナル・オブ・クリニカル・マイクロバイオロジー（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．）４４：３４４３−３４４７、２００６年）、Ｂｒｏｗらに対す米国特許第５，８４６，７１７号および米国特許第６，７０６，４７１号ならびにＤａｈｌｂｅｒｇらに対する米国特許第５，６１４，４０２号に記載されている。切断に基づくアッセイは、例えば、市販のＩｎｖａｄｅｒ（登録商標）アッセイ（Ｈｏｌｏｇｉｃ社、マディソン、ウィスコンシン州）を含む。
【０２７５】
本明細書で使用される場合、「標的核酸」は、検出されるべき標的配列を含む核酸である。標的核酸は、本明細書に記載されるようなＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、一本鎖または二本鎖のいずれかであってもよい。標的核酸は、標的配列以外の他の配列を含んでもよい。
【０２７６】
「単離された」とは、標的核酸を含むサンプルがその自然環境から採取されることを意味するが、この用語は精製のいかなる程度も意味するものではない。
【０２７７】
本明細書で使用される場合、「標的配列」という用語は、検出されるべき標的核酸の特定のヌクレオチド配列を指す。「標的配列」には、検出プロセス（例えば、ＴＭＡまたはＰＣＲなどの増幅ベースの検出アッセイ、あるいは、例えば、切断ベースのアッセイなどの非増幅ベースの検出アッセイ）中に、オリゴヌクレオチド（例えば、プローブオリゴヌクレオチド、プライミングオリゴヌクレオチドおよび／またはプロモーターオリゴヌクレオチド）が複合体形成する複合体配列が含まれる。標的核酸が元々一本鎖である場合、「標的配列」という用語はまた、標的核酸中に存在する「標的配列」に相補的な配列を指す。標的核酸が元々二本鎖である場合、「標的配列」という用語は、センス鎖（＋）およびアンチセンス（−）鎖の両方を指す。標的配列を選択する際、当業者は、無関係な標的核酸と、密接に関連する標的核酸とを区別するために「固有の」配列を選択すべきであることを理解するであろう。
【０２７８】
「標的ハイブリダイズ配列」は、標的核酸配列とハイブリダイズするように構成されたオリゴマー部分を指すために本明細書において使用される。好ましくは、標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸配列と特異的にハイブリダイズするように構成される。標的ハイブリダイズ配列は、それらがハイブリダイズするように構成された標的配列の部分に１００％相補的であってもよいが、必ずしもそうでなくてよい。標的ハイブリダイズ配列はまた、標的配列に対して挿入、欠失、および／または置換されたヌクレオチド残基を含んでもよい。標的配列に対する標的ハイブリダイズ配列の１００％未満の相補性は、例えば、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の様々な株にハイブリダイズするように構成されたオリゴマーの場合のように、標的核酸が種内の複数の株である場合に生じ得る。標的核酸に対して１００％未満の相補性を有するように標的ハイブリダイズ配列を構成する他の理由が存在することが理解される。
【０２７９】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸の領域に関して本明細書で使用される「配列を標的にする」という用語は、オリゴヌクレオチドが本明細書に記載の検出を可能にする様式で標的配列にハイブリダイズするプロセスを指す。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的化ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸配列と相補的であり、ミスマッチを含まない。別の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、相補的であるが、標的化ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸配列と１、２、３、４、または５つのミスマッチを含む。好ましくは、標的核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、標的配列に相補的な少なくとも１０個〜最大５０個のヌクレオチドを含む。少なくとも１０個および最大５０個は包括的範囲であるため、１０、５０、およびそれらの間の各整数が含まれることが理解される。好ましくは、オリゴマーは、標的配列に特異的にハイブリダイズする。
【０２８０】
「〜するように構成される」という用語は、参照されるオリゴヌクレオチド標的ハイブリダイズ配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。例えば、標的配列に特異的にハイブリダイズするように構成されたオリゴヌクレオチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、参照された配列に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を有する。
【０２８１】
本明細書で使用される場合、「特異的にハイブリダイズするように構成された」という用語は、オリゴヌクレオチドの標的ハイブリダイズ領域が、参照されたラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的領域の配列を標的とすることができるポリヌクレオチド配列を有するように設計されることを意味する。そのようなオリゴヌクレオチドは、その配列のみを標的とすることに限定されず、むしろ組成物として、キット内で、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を標的とするための方法において有用である。オリゴヌクレオチドは、サンプルからのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の検出のためのアッセイの構成要素として機能するように設計されており、したがって試験サンプル中に通常見られる他の核酸の存在下でラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を標的とするように設計されている。「特異的にハイブリダイズする」とは、当該技術分野において理解されるように、非標的核酸へのある程度の小さいレベルのハイブリダイゼーションが起こり得るため、排他的にハイブリダイズすることを意味しない。むしろ、「特異的にハイブリダイズする」とは、サンプル中の標的核酸の正確な検出を決定することができるように、オリゴヌクレオチドが標的を主にハイブリダイズするアッセイにおいて機能するように構成されていることを意味する。「〜するように構成される」という用語は、オリゴヌクレオチド標的ハイブリダイズ配列のポリヌクレオチド配列構成の実際の配置を示す。
【０２８２】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的化核酸に関して本明細書で使用される場合、「フラグメント」という用語は、１つの隣接核酸を指す。特定の実施形態では、フラグメントは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６ＳリボソームＲＮＡからの隣接ヌクレオチドを含み、フラグメント中の１６Ｓ隣接ヌクレオチドの数は、１６Ｓ全体の数よりも少ない。
【０２８３】
本明細書で使用される場合、「領域」という用語は、核酸の一部分を指し、当該一部分は、全核酸よりも小さい。例えば、参照される核酸がオリゴヌクレオチドプロモータープライマーである場合、「領域」という用語は、全オリゴヌクレオチドのより小さいプロモーター部分を指すために使用され得る。同様に、また例示的にのみ、核酸が１６ＳリボソームＲＮＡである場合、「領域」という用語は、核酸のより小さい領域を指すために使用され得、より小さい領域は、本発明の１つまたは複数のオリゴヌクレオチドによって標的化される。別の非限定的な例として、参照される核酸がアンプリコンである場合、領域という用語は、プローブの標的ハイブリダイズ配列によるハイブリダイゼーションのために同定された、より小さいヌクレオチド配列を指すために使用され得る。
【０２８４】
「オリゴマー」、「オリゴ」、および「オリゴヌクレオチド」という互換性のある用語は、一般に１，０００未満のヌクレオチド（ｎｔ）残基を有する核酸を指し、約５ｎｔの残基の下限および約５００〜９００ｎｔの残基の上限を有する範囲内のポリマーを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約１２〜１５ｎｔの下限および約５０〜６００ｎｔの上限を有するサイズ範囲にあり、他の実施形態は、約１５〜２０ｎｔの下限および約２２〜１００ｎｔの上限を有する範囲にある。オリゴヌクレオチドは、自然発生源から精製されてもよく、または様々な周知の酵素的または化学的方法のいずれかを使用して合成されてもよい。オリゴヌクレオチドという用語は、試薬に対する任意の特定の機能を示すものではなく、むしろ、本明細書に記載されているそのような試薬のすべてをカバーするために一般的に使用される。オリゴヌクレオチドは、様々な異なる機能を果たし得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、相補鎖に特異的かつハイブリダイズすることができ、核酸ポリメラーゼの存在下でさらに伸長することができる場合には、プライマーとして機能することができ、オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡポリメラーゼにより認識される配列を含み、転写を可能にする（例えば、Ｔ７プライマー）場合には、プライマーとして機能し、プロモーターを提供することができ、オリゴヌクレオチドは、標的核酸、またはそのアンプリコンにハイブリダイズすることが可能で、検出可能な部分（例えば、アクリジニウムエステル化合物）をさらに提供する場合には、標的核酸を検出するように機能することができる。
【０２８５】
本明細書で使用される場合、特定の参照核酸配列に「実質的に対応する」オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドが参照核酸配列と十分に類似し、これにより、オリゴヌクレオチドが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で同じ標的核酸配列とハイブリダイズするという点で、参照核酸配列と同様のハイブリダイゼーション特性を有することを意味する。当業者は、「実質的に対応するオリゴヌクレオチド」が参照配列とは異なり、それでも、同じ標的核酸配列にハイブリダイズすることができることを理解するであろう。また、第２の核酸に対応する第１の核酸は、文脈上他の明確な指示がない限り、そのＲＮＡおよびＤＮＡを含み、かつその相補物を含むことが理解される。核酸からのこの変形例は、配列内の同一の塩基の割合あるいはプローブまたはプライマーとその標的配列との間の完全に相補的な塩基の割合で記述され得る。したがって、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、塩基同一性または相補性のこれらの割合が１００％〜約８０％である場合、参照核酸配列に「実質的に対応する」。好ましい実施形態では、割合は、１００％〜約８５％である。より好ましい実施形態では、割合は、１００％〜約９０％であり、他の好ましい実施形態では、割合は、１００％〜約９５％である。同様に、核酸または増幅された核酸の領域は、参照核酸配列に対応するものとして本明細書でみなすことができる。当業者は、許容できないレベルの非特異的ハイブリダイゼーションを引き起こすことなく、特異的標的配列へのハイブリダイゼーションを可能にするために、様々な割合の相補性で必要とされ得るハイブリダイゼーション条件への様々な修正を理解するであろう。
【０２８６】
「増幅オリゴマー」は、少なくともその３’末端が標的核酸に相補的であり、標的核酸またはその相補体にハイブリダイズし、核酸増幅反応に関与するオリゴマー、またはその相補体である。増幅オリゴマーの例は、標的核酸にハイブリダイズし、増幅プロセスにおいてポリメラーゼによって伸長される３’ＯＨ末端を含有する「プライマー」である。増幅オリゴマーの別の例は、ポリメラーゼによって伸長されない（例えば、それが３’ブロック化末端を有するため）が、増幅に関与するかまたは増幅を促進するオリゴマーである。例えば、増幅オリゴヌクレオチドの５’領域は、標的核酸に非相補的であるプロモーター配列（これは、「プロモータープライマー」または「プロモータープロバイダー」と称され得る）を含み得る。当業者は、プライマーとして機能する増幅オリゴマーが、５’プロモーター配列を含むように修飾され得、したがってプロモータープライマーとして機能することを理解するであろう。３’ブロック化末端を組み込むことは、プロモータープライマーをさらに修飾し、このプライマーは、標的核酸とハイブリダイズすることが可能になり、転写を開始するのに役立つ上流のプロモーター配列を提供するが、オリゴ伸長のためのプライマーを提供しない。そのような修飾オリゴは、本明細書において「プロモータープロバイダー」オリゴマーと称される。増幅オリゴヌクレオチドのサイズ範囲は、約１０ｎｔ〜約７０ｎｔの長さ（いかなるプロモーター配列またはポリＡテールも含まない）であり、少なくとも約１０個の連続した塩基、または標的核酸配列（またはその相補鎖）の領域に相補的である少なくとも１２個の連続した塩基を含有するものを含む。連続した塩基は、増幅オリゴマーが結合する標的配列に少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または完全に相補的である。増幅オリゴマーは、修飾されたヌクレオチドまたは類似体、あるいは増幅反応に関与するが、標的核酸またはテンプレート配列に相補的でも含有されてもいない、さらなるヌクレオチドを含んでもよい。例えば、増幅オリゴマーは、プライミング効率を調節するためのヘアピンを形成する目的で、その３’末端に相補的なその５’末端にさらなるヌクレオチドを含み得る（例えば、プロモータープライマーは、この目的のためにプロモーター配列の上流にさらなるヌクレオチドを含み得る）。オリゴヌクレオチド、アンプリコン、または他の核酸の長さの範囲に言及する場合、範囲がすべての整数を含む（例えば、１９〜２５個の連続したヌクレオチド長には、１９、２０、２１、２２、２３、２４、および２５が含まれる）ことが理解される。
【０２８７】
本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、核酸に結合し、特異的部位でＲＮＡの転写を開始するシグナルとして、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（「転写酵素」）によって認識される特異的核酸配列である。
【０２８８】
本明細書で使用される場合、「プロモータープロバイダー」または「プロバイダー」は、第１および第２の領域を含み、その３’末端からのＤＮＡ合成の開始を防止するように修飾されているオリゴヌクレオチドを指す。プロモータープロバイダーオリゴヌクレオチドの「第１の領域」は、ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズする塩基配列を含み、ハイブリダイズ配列は、プロモーター領域の３’に位置するが、必ずしもプロモーター領域に隣接しない。プロモーターオリゴヌクレオチドのハイブリダイズ部分は、典型的には、少なくとも１０ヌクレオチド長であり、最大５０ヌクレオチド以上の長さまで伸長してもよい。「第２の領域」は、ＲＮＡポリメラーゼのためのプロモーター配列を含む。プロモーターオリゴヌクレオチドは、それがＲＮＡまたはＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、例えば、逆転写酵素によって伸長することができないように操作され、上記のようにその３’末端にブロッキング部分を含むことが好ましい。本明細書で言及されるように、「Ｔ７プロバイダー」は、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼによって認識されるオリゴヌクレオチド配列を提供するブロック化プロモータープロバイダーオリゴヌクレオチドである。
【０２８９】
「増幅」とは、標的核酸配列、またはその相補体、またはそのフラグメントの複数のコピーを得るための任意の既知の手順を指す。複数のコピーは、アンプリコンまたは増幅産物と称され得る。既知の増幅方法としては、熱サイクル増幅法および等温増幅法の両方が挙げられる。いくつかの実施形態では、等温増幅法が好ましい。レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介または転写関連増幅が、核酸増幅法の非限定的な例である。レプリカーゼ媒介増幅は、自己複製ＲＮＡ分子、およびＱＢレプリカーゼなどのレプリカーゼを使用する（例えば、米国特許第４，７８６，６００号）。ＰＣＲ増幅は、ＤＮＡポリメラーゼ、プライマー対、および熱サイクルを使用して、ｄｓＤＮＡの２本の相補鎖の複数のコピーを合成するか、またはｃＤＮＡからの複数のコピーを合成する（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、米国特許第４，６８３，２０２号、および米国特許第４，８００，１５９号）。ＬＣＲ増幅は、４つ以上の異なるオリゴヌクレオチドを使用して、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、および変性の複数サイクルを使用することによって標的およびその相補鎖を増幅する（例えば、米国特許第５，４２７，９３０号および米国特許第５，５１６，６６３号）。ＳＤＡは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を含むプライマー、および標的配列を含む半修飾ＤＮＡ二本鎖の一方の鎖に切れ目を入れるエンドヌクレアーゼを使用して、それにより、一連のプライマー伸長および鎖置換ステップで増幅が生じる（例えば、米国特許第５，４２２，２５２号、米国特許第５，５４７，８６１号、および米国特許第５，６４８，２１１号）。好ましい実施形態は、転写媒介増幅（ＴＭＡ）またはＮＡＳＢＡなどのＲＮＡ標的核酸の増幅に適した増幅方法を使用するが、当業者には、本明細書に開示されるオリゴマーが、他の増幅方法においてプライマーとして容易に使用され得ることが明らかであろう。
【０２９０】
本明細書では「転写媒介増幅」（ＴＭＡ）とも呼ばれる「転写関連増幅」は、ＲＮＡポリメラーゼを使用して、核酸テンプレートから複数のＲＮＡ転写物を産生する核酸増幅を指す。これらの方法は、一般に、ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、リボヌクレオシド三リン酸、およびプロモーター配列を含むテンプレート相補オリゴヌクレオチドを用い、場合により１つまたは複数の他のオリゴヌクレオチドを含んでもよい。ＴＭＡ法は、本明細書に記載される標的配列を増幅および検出するために使用される増幅方法の実施形態である。転写に関連する増幅の変形例は、以前に詳細に開示されているように、当該技術分野において周知である（例えば、米国特許第４，８６８，１０５号、米国特許第５，１２４，２４６号、米国特許第５，１３０，２３８号、米国特許第５，３９９，４９１号、米国特許第５，４３７，９９０号、米国特許第５，５５４，５１６、および米国特許第７，３７４，８８５号、ならびにＰＣＴ第ＷＯ８８／０１３０２号、ＷＯ８８／１０３１５号、およびＷＯ９５／０３４３０号）。当業者は、開示された組成物が、ポリメラーゼによるオリゴマー配列の伸長に基づく増幅方法で使用され得ることを理解するであろう。
【０２９１】
本明細書で使用される場合、「リアルタイムＴＭＡ」という用語は、リアルタイム検出手段によってモニタリングされる標的核酸の転写媒介増幅（「ＴＭＡ」）を指す。
【０２９２】
「増幅産物」と互換的に使用される「アンプリコン」という用語は、標的配列内に含有される配列に相補的または相同である、増幅手順の間に産生される核酸分子を指す。これらの用語は、一本鎖増幅産物、二本鎖増幅産物、または二本鎖増幅産物の鎖のうちの一方を指すために使用することができる。
【０２９３】
「プローブ」、「検出プローブ」、「検出オリゴヌクレオチド」、および「検出プローブオリゴマー」は、標的配列または増幅された核酸の検出を可能にするために、ハイブリダイゼーションを促進する条件下で、核酸中または増幅された核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズする核酸オリゴマーを指すために互換的に使用される。検出は、直接的であってもよく（例えば、その標的配列に直接ハイブリダイズしたプローブ）、または間接的であってもよい（例えば、中間分子構造を介してその標的に連結されたプローブ）。プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらの類似体、またはそれらの組み合わせであってもよく、標識されていても、または標識されていなくてもよい。プローブの「標的配列」は、一般に、標準的な塩基対合によってプローブオリゴマーの少なくとも一部に特異的にハイブリダイズする、より大きい核酸配列内のより小さい核酸配列を指す。プローブは、標的特異的配列、およびプローブの三次元立体配座に寄与する他の配列を含み得る（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、米国特許第５，３１２，７２８号、米国特許第６，８４９，４１２号、米国特許第６，８３５，５４２号、米国特許第６，５３４，２７４号、および米国特許第６，３６１，９４５号、ならびに米国特許出願公開第２００６００６８４１７号）。好ましい実施形態では、検出プローブは、より高い信号が得られる結果となり得る２’メトキシ骨格を含む。
【０２９４】
「ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ」という用語は、典型的には５’塩基に蛍光色素、典型的には３’塩基に非蛍光消光色素（消光剤）を含有する検出オリゴヌクレオチドを指す。照射されると、励起された蛍光色素は、蛍光ではなく近くの消光色素分子にエネルギーを移動し、非蛍光基質をもたらす。増幅中、ポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性によりＴａｑＭａｎプローブが切断されて、フルオロフォアが消光剤から分離され、それにより、増幅の指標としてフルオロフォアから非消光シグナルが放出される。
【０２９５】
本明細書で使用される場合、「標識」は、検出される、または検出可能なシグナルをもたらすプローブに直接的または間接的に結合された部分または化合物を指す。直接的標識化は、共有結合または非共有相互作用、例えば、水素結合、疎水性およびイオン性相互作用、あるいはキレートまたは配位錯体の形成を含む、標識をプローブに連結する結合または相互作用を通して起こり得る。間接的標識化は、直接的または間接的のいずれかで標識され、かつ検出可能なシグナルを増幅し得る、結合対メンバー、抗体またはさらなるオリゴマーなどの架橋部分または「リンカー」の使用により起こり得る。標識としては、放射性核種、リガンド（例えば、ビオチン、アビジン）、酵素または酵素基質、反応基、または発色団（例えば、検出可能な色を付与する色素、粒子、またはビーズ）、発光化合物（例えば、生物発光、リン光、または化学発光標識）、またはフルオロフォアが挙げられる。標識は、混合物中の結合標識プローブが非結合標識プローブとは異なる検出可能な変化、例えば、不安定性または異なる分解特性を示す均質アッセイにおいて検出可能であり得る。「均質な検出可能な標識」は、非結合形態の標識または標識プローブから結合したものを物理的に除去することなく検出され得る（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号、米国特許第５，６５６，２０７号、および米国特許第５，６５８，７３７号）。標識としては、化学発光化合物、例えば、標準的アクリジニウムエステル（「ＡＥ」）および誘導体を含むＡＥ化合物が挙げられる（例えば、米国特許第５，６５６，２０７号、米国特許第５，６５８，７３７号、および米国特許第５，６３９，６０４号）。合成、ならびに標識を核酸に結合する方法、および標識を検出する方法は周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、モレキュラー・クローニング・ア・ラボラトリー・マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）第２版、（コールド・スプリング・ハーバー研究所出版、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク州、１９８９年）第１０章、ならびに米国特許第５，６５８，７３７号、米国特許第５，６５６，２０７号、米国特許第５，５４７，８４２号、米国特許第５，２８３，１７４号、および米国特許第４，５８１，３３３号）。複数の標識および複数のタイプの標識が特定のプローブ上に存在してもよく、または検出は、各プローブが検出可能なシグナルを生成する化合物で標識されるプローブの混合物を使用してもよい（例えば、米国特許第６，１８０，３４０号および米国特許第６，３５０，５７９号を参照）。
【０２９６】
本明細書で使用される場合、「分子トーチ」と称される構造は、結合領域（「標的結合ドメイン」）によって接続され、かつ所定のハイブリダイゼーションアッセイ条件下で互いにハイブリダイズする、自己相補性の異なる領域（「閉鎖ドメイン」）を含むように設計されている。標的閉鎖ドメインを含むヌクレオチド配列の全部または一部はまた、標的結合ドメインとして機能し得る。したがって、標的閉鎖配列は、標的結合配列、非標的結合配列、およびこれらの組み合わせを含むことができる。
【０２９７】
「捕捉プローブ」、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「標的捕捉オリゴヌクレオチド」、および「捕捉プローブオリゴマー」は、標準的な塩基対合によって標的核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズし、固定化プローブ上の結合パートナーに結合して、標的核酸を支持体に捕捉する核酸オリゴマーを指すために本明細書で互換的に使用される。捕捉オリゴマーの一例としては、標的ハイブリダイズ配列および固定化プローブ結合領域という２つの結合領域を含むオリゴヌクレオチドが挙げられる。この例の変形例として、２つの領域は、１つまたは複数のリンカーによって互いに結合した２つの異なるオリゴマー上に存在してもよい。捕捉オリゴマーの別の実施形態の標的ハイブリダイズ配列は、標的核酸に非特異的に結合し、それを支持体上の固定化プローブに結合するためのランダムまたは非ランダムのポリＧＵ、ポリＧＴ、またはポリＵ配列を含む配列である（例えば、ＰＣＴ第ＷＯ２００８／０１６９８８号を参照）。固定化プローブ結合領域は、テールと呼ばれる核酸配列であり得る。テールは、支持体粒子または支持体マトリクスに付着した相補的固定化配列に結合する、約１０〜４０個のヌクレオチド（例えば、Ａ１０〜Ａ４０）または約１４〜３３個のｎｔ（例えば、Ｔ３Ａ１４〜Ｔ３Ａ３０）の実質的にホモポリマーのテールを含む。したがって、好ましい核酸テールの非限定的な例には、いくつかの実施形態では、Ｔ０〜４Ａ１０〜４０配列が含まれ得る。捕捉オリゴマーの別の例は、２つの領域、標的ハイブリダイズ配列、および核酸配列ではない結合対メンバーを含む。
【０２９８】
本明細書で使用される場合、「固定化オリゴヌクレオチド」、「固定化プローブ」、または「固定化核酸」とは、捕捉オリゴマーを支持体に直接または間接的に結合する核酸結合パートナーを指す。支持体に結合した固定化プローブは、サンプル中の非結合材料からの捕捉プローブ結合標的の分離を容易にする。固定化プローブの一実施形態は、サンプル中の非結合材料からの結合標的配列の分離を容易にする、支持体に結合したオリゴマーである。支持体としては、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、ポリアクリラート、混合ポリマー、ポリスチレン、シラン、ポリプロピレン、金属、または他の組成物で作成される溶液中で遊離したマトリックスおよび粒子などの既知の材料を挙げることができ、そのうちの一実施形態は、磁気誘引性粒子である。支持体は、固定化プローブが直接的に（共有結合、キレート化、またはイオン相互作用を介して）、または間接的に（１つまたは複数のリンカーを介して）結合している単分散磁性球体（例えば、均一サイズ±５％）であってもよく、プローブと支持体との間の結合または相互作用は、ハイブリダイゼーション条件下で安定である。
【発明を実施するための形態】
【０２９９】
本発明は、一般に、サンプル中の選択された細菌生物の有無を決定するための方法および組成物に関する。いくつかの実施形態にでは、本発明は、対象における細菌性膣炎（ＢＶ）を診断するための方法および組成物を提供する。他の、相互に排他的でない実施形態では、本発明は、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数を検出するための方法を提供し、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数からの１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的核酸の増幅ベースの検出を行うことを含む。本発明はさらに、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数を検出するためのオリゴマーの組み合わせを含む組成物（反応混合物を含む）およびキットを提供する。オリゴマーの組み合わせは、一般に、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数を検出するための少なくとも２つの増幅オリゴマーを含み、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の増幅ベースの検出を行うための、例えば捕捉プローブおよび／または検出プローブなどの本明細書に記載の１つまたは複数のさらなるオリゴマーをさらに含み得る。
【０３００】
ＢＶを診断するための方法は、一般に、ＢＶを有することが疑われる対象からのサンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のうちの１つまたは複数の有無を検出することを含む。具体的には、アッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々のサンプルにおける特異的検出のために行われる。検出アッセイの結果に基づいて、定量値は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々に対して割り当てられ、これらの定量値を使用して単一のＢＶスコアを決定する。次いで、ＢＶの有無は、ＢＶスコアとカットオフ値との比較に基づいて決定され、これは通常、事前に決定されている。一般に、カットオフ値を超えるＢＶスコアがＢＶ陽性状態を示し、定量値がログコピーの単位である場合、ＢＶスコアの決定は、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の値の大きい方からラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の定量値を差し引くことを含む。カットオフ値の決定は、臨床検体のコホートからの結果を使用した予測モデリングに基づくことができる。カットオフ値は、一致を最大化するため、または臨床参照法によって確立されたＢＶ患者の感染状態に対する臨床感度または特異度の割合を目標とするために、選択することができる（例えば、Ａｍｓｅｌ  Ｃｒｉｔｅｒｉａにより解決された中級を含むＮｕｇｅｎｔスコア）。いくつかの実施形態では、最小の定量値は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種および／またはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）に課せられ、検出アッセイにより測定された定性値が、それぞれの課せられた最小値よりも小さい場合、最小値は、ＢＶスコアを決定するための定量値として使用される。
【０３０１】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の定量値はまた、標準化および／または重み付けされてもよい。例えば、ＢＶスコアの決定は、これら２つの値の最大値のみを利用して、観察されたガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の濃度は、臨床検体の集団においてアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の濃度よりも高い傾向にあるため、標準化を使用して、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の各々の定量値がＢＶスコアの計算に加わる可能性のバランスをとることができる。いくつかの変形例では、標準化は、例えば、母集団中央値などの母集団統計による検出アッセイによって測定された定量値を調整することを含む（例えば、コピーの単位での濃度を母集団中央値で割る、または、定量的データがログコピーの単位の場合には、ログコピーの中央値を差し引く）。重み付けを使用して、項の値（例えば、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の定量値、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の定量値、あるいは予測式中の別の項の定量値）の変化が、スコアの値に与える効果に影響を与えることができる。重みが高いほど、項の値の変更によるスコアへの効果が大きくなる可能性があり、比率が低いほど、この効果が小さくなる可能性がある。
【０３０２】
ＢＶスコアの計算式には、追加の項がさらに含まれ得る。いくつかの変形例では、ＢＶスコアの計算は、所望のカットオフ値（例えば、ゼロのカットオフ値）を調整するために調整定数を加算または減算することをさらに含む。いくつかの変形例では、ＢＶスコアの計算は、検出アッセイにおけるサンプル阻害を補償するために使用され得る内部標準（ＩＣ）調整係数の加算をさらに含む。特に適切なＩＣ調整係数は、検出アッセイから生成された観察されたＩＣ値と、検出アッセイの予想されるＩＣ値との比に基づく。
【０３０３】
ＢＶを診断するための方法の特定の変形例では、ＢＶスコアは、以下の式を使用して割り当てられ、
ＢＶスコア＝Ｃ０＋ＷＬＭａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）＋ＷＧＡＭａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）＋ＷＩＣＬｏｇ２（ＩＣ比）、
式中、式の要素は表１に説明されているとおりである。
【表１】
2021534764.tif 000002
【０３０４】
ＢＶスコアが上記の式によって決定されるＢＶを診断するための方法のいくつかの特定の実施形態では、アトポビウム・ヴァギナリス（Ａ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）／ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の項（ＦＧＡ）に課される最小値は、標準化の前にゼロ（０）に設定される。
【０３０５】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）は、任意の適切な方法を使用して検出することができるが、現在、これらの細菌は、核酸ベースの検出アッセイを使用して検出することが好ましい。本発明による核酸ベースの検出アッセイは、一般に、サンプル中に存在する疑いがある他の核酸との交差反応性を最小限にして、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを利用する。したがって、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の選択された種の核酸ベースの検出のためのオリゴヌクレオチドは、例えば、トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）菌種、トリコモナス・ヴァギナリス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、カンジダ菌種（Ｃａｎｄｉｄａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目からの細菌、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）様菌種、エガセラ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）菌種、腸内細菌、ペプトストレプトコッカス・マイクロス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ）、アエロコッカス・クリステンセニ（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、レプトトリキア・アムニオニイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ａｍｎｉｏｎｉｉ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）菌種、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）菌種、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、スネシア・サンギネジェンス（Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、アナエロコッカス・テトラジウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｔｒａｄｉｕｓ）、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）菌種、モビルンカス・ホミニス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、メガスファエラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）菌種、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）菌種、レプトトリキア・サンギネジェンス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、およびフィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）を含む細菌属内の種に対する交差反応性が最小である。一態様では、本発明による核酸ベースの検出アッセイは、これらの生物のうちの１つまたは複数、またはＢＶに関連する他の細菌属を検出するための構成要素をさらに含む。
【０３０６】
特定の実施形態では、核酸ベースの検出アッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、または１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を標的とする。１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはコードする遺伝子の特に適切な標的領域は、（ｉ）ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応するラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｉ）ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応するラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｉｉ）ヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応するラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、（ｉｖ）ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応するアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および（ｖ）ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応するガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域である。上記のように１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域を標的とする核酸ベースの検出アッセイの特定の変形例では、（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号７の配列に実質的に対応する配列、配列番号８の配列に実質的に対応する配列、配列番号９の配列に実質的に対応する配列、配列番号１０の残基２８〜４５の配列に実質的に対応する配列、配列番号１１の残基１〜１７の配列に実質的に対応する配列、または配列番号１２の残基７〜２３の配列に実質的に対応する配列を含む標的ハイブリダイズ領域を含み、（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１７の配列に実質的に対応する配列、配列番号１８の残基２８〜４５の配列に実質的に対応する配列、または配列番号１９の残基６〜２１の配列に実質的に対応する配列を含む標的ハイブリダイズ領域を含み、および／または（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１４の配列に実質的に対応する配列、配列番号１５の残基３６〜５２の配列に実質的に対応する配列、または配列番号１６の残基１〜１８の配列に実質的に対応する配列を含む標的ハイブリダイズ領域を含む。いくつかのそのような実施形態では、（ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号７の配列、配列番号８の配列、配列番号９の配列、配列番号１０の残基２８〜４５の配列、配列番号１１の残基１〜１７の配列、または配列番号１２の残基７〜２３の配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ領域を含み、（ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１７の配列、配列番号１８の残基２８〜４５の配列、または配列番号１９の残基６〜２１の配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ領域を含み、および／または（ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチドは、配列番号１４の配列、配列番号１５の残基３６〜５２の配列、または配列番号１６の残基１〜１８の配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ領域を含む。特定の実施形態では、核酸ベースの検出アッセイは、少なくとも２つまたは３つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチド、少なくとも２つまたは３つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチド、および／または少なくとも２つまたは３つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチを利用し、これらは、上記で指定されたものから選択されるオリゴヌクレオチドであってもよい。
【０３０７】
核酸ベースの検出アッセイの使用を含む方法のいくつかの実施形態では、増幅ベースのアッセイを使用して、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出する。このような変形例は、一般に、インビトロ核酸増幅反応を利用する細菌標的核酸内の標的配列を増幅すること、例えば、サンプル中の細菌標的の存在を示すシグナルを提供する核酸検出プローブと増幅産物とを特異的にハイブリダイズすることによって、増幅産物を検出することを含む。増幅ステップは、標的核酸がサンプル中に存在する場合、標的核酸中の標的配列（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ中の標的配列）に特異的な２つ以上の増幅オリゴマーとサンプルとを接触させて、増幅産物を産生することを含む。増幅は、例えば、少なくとも１つの核酸ポリメラーゼを使用し、テンプレート鎖を使用して、増幅オリゴマー（プライマー）から配列を伸長することによって、標的配列またはその相補体の追加のコピーを合成する。増幅産物を検出するための一実施形態は、選択された増幅オリゴマーにより増幅された配列、例えば、選択された増幅オリゴマーの対に隣接する標的配列に含まれる配列に特異的な少なくとも１つのプローブと増幅産物とを接触させることを含むハイブリダイズステップを使用する。適切な増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および転写媒介または転写関連増幅（ＴＭＡ）が挙げられる。このような増幅方法は、当該技術分野において周知であり（例えば、上記の定義セクションの増幅方法の説明を参照）、本発明の方法により容易に使用される。
【０３０８】
例えば、ＴＭＡ増幅を使用するいくつかの増幅方法は、以下のステップを含む。簡潔に述べると、増幅される配列を含む標的核酸は、一本鎖核酸（例えば、ｓｓＲＮＡまたはｓｓＤＮＡ）として提供される。当業者は、二本鎖核酸（例えば、ｄｓＤＮＡ）の従来の融解が、一本鎖標的核酸を提供するために使用され得ることを理解するであろう。プロモータープライマーは、その標的配列で標的核酸へ特異的に結合し、逆転写酵素（ＲＴ）は、標的鎖をテンプレートとして用いてプロモータープライマーの３’末端を伸長して、標的配列鎖のｃＤＮＡコピーを産生し、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を生じる。ＲＮａｓｅは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を消化し、第２のプライマーは、プロモータープライマー末端から下流のｃＤＮＡ鎖上に位置するその標的配列に特異的に結合する。ＲＴは、第１のｃＤＮＡテンプレートを使用して、第２のプライマーの３’末端を伸長することによって、新たなＤＮＡ鎖を合成して、機能的プロモーター配列を含有するｄｓＤＮＡを生成する。次いで、プロモーター配列に特異的なＲＮＡポリメラーゼは、転写を開始して、反応中の初期標的鎖の約１００〜１０００個の増幅コピー（「アンプリコン」）であるＲＮＡ転写物を産生する。第２のプライマーがアンプリコンの各々のその標的配列に特異的に結合する際に、増幅は継続し、ＲＴがアンプリコンＲＮＡテンプレートからＤＮＡコピーを生成して、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を産生する。反応混合物中のＲＮａｓｅは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖からアンプリコンＲＮＡを消化し、プロモータープライマーは、新たに合成されたＤＮＡ中のその相補的配列に特異的に結合する。ＲＴは、プロモータープライマーの３’末端を伸長して、ＲＮＡポリメラーゼが結合して標的鎖に相補的であるさらなるアンプリコンを転写する機能的プロモーターを含有するｄｓＤＮＡを生成する。より多くのアンプリコンコピーを生成する自己触媒サイクルは、反応中に繰り返され、サンプル中に存在する標的核酸の約１０億倍の増幅を生じる。増幅産物は、増幅産物に含まれる標的配列に特異的に結合するプローブを使用することによって、増幅中にリアルタイムで、または増幅反応の終わりに検出され得る。結合プローブから生じるシグナルの検出は、サンプル中の標的核酸の存在を示す。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、方法は、「逆」ＴＭＡ反応を利用する。そのような変形形態では、開始または「順方向」増幅オリゴマーは、標的領域の３’末端の付近で標的核酸にハイブリダイズするプライミングオリゴヌクレオチドである。逆転写酵素（ＲＴ）は、標的核酸をテンプレートとして使用してプライマーの３’末端を伸長することによって、ｃＤＮＡ鎖を合成する。第２のまたは「逆」増幅オリゴマーは、合成されたｃＤＮＡ鎖内に含まれる標的配列にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイズ配列を有するプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。第２の増幅オリゴマーがプロモータープライマーである場合、ＲＴは、ｃＤＮＡ鎖をテンプレートとして使用してプロモータープライマーの３’末端を伸長して、標的配列鎖の第２のｃＤＮＡコピーを生成し、それにより、機能的プロモーター配列を含むｄｓＤＮＡを生成する。次いで、増幅は、ＲＮＡポリメラーゼを利用したプロモーター配列からの転写の開始について、上記のように本質的に継続する。あるいは、第２の増幅オリゴマーがプロモータープロバイダーである場合、標的領域の５’末端の付近にある標的配列にハイブリダイズする終結オリゴヌクレオチドは、典型的には、終結オリゴヌクレオチドの３’末端でプライミングオリゴマーの伸長を終結するように利用され、それにより、プライミングオリゴマーからの伸長によって合成した初期ｃＤＮＡ鎖について定義された３’末端を提供する。次いで、プロモータープロバイダーの標的ハイブリダイズ配列は、初期ｃＤＮＡ鎖の定義された３’末端にハイブリダイズし、ｃＤＮＡ鎖の３’末端は伸長されて、プロモータープロバイダーのプロモーター配列に相補的な配列を付加し、二本鎖プロモーター配列の形成を生じる。次いで、初期ｃＤＮＡ鎖はテンプレートとして使用されて、二本鎖プロモーターを認識し、それから転写を開始するＲＮＡポリメラーゼを使用して、プロモーター部分を含まない初期ｃＤＮＡ鎖に相補的な複数のＲＮＡ転写物を転写する。次いで、これらのＲＮＡ転写物の各々は、第１のプライミング増幅オリゴマーからのさらなる増幅のためのテンプレートとして機能するために利用可能である。
【０３１０】
したがって、増幅ベースの検出アッセイを含む特定の実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組み合わせは、ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応するラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応するラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／またはヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応するラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ領域を増幅するための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のヌクレオチドに実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、いくつかのそのような変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせは、第３および第４の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含み、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、オリゴマーの組み合わせは、第３および第４の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含み、第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含む。上記のようないくつかの実施形態では、少なくとも１つの増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の５’に位置するプロモーター配列（例えば、配列番号１０の残基１〜２７のヌクレオチド配列などの、例えば、Ｔ７プロモーター配列）をさらに含むプロモータ��プライマーまたはプロモータープロバイダーであり、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列からなり、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のヌクレオチド配列からなり、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１０のヌクレオチド配列からなり、第２の増幅オリゴマーは、配列番号７のヌクレオチド配列からなり、オリゴマーの組み合わせは、第３および第４の増幅オリゴマーをさらに含み、第３の増幅オリゴマーは、配列番号８のヌクレオチド配列からなり、第４の増幅オリゴマーは、配列番号９のヌクレオチド配列からなる。
【０３１１】
増幅ベースの検出アッセイを含むいくつかの実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組み合わせは、ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応するアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の核酸標的領域を増幅するための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１８の残基２８〜４５のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含む。上記のようないくつかの実施形態では、少なくとも１つの増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の５’に位置するプロモーター配列（例えば、配列番号１８の残基１〜２７のヌクレオチド配列などの、例えば、Ｔ７プロモーター配列）をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１７のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１８のヌクレオチド配列からなる。
【０３１２】
増幅ベースの検出アッセイを含むいくつかの実施形態では、少なくとも２つの増幅オリゴマーの組み合わせは、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。オリゴマーの組み合わせは、ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応するガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸標的領域を増幅するための第１および第２の増幅オリゴマーを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基３６〜５２のヌクレオチド配列を含むか、またはそれらからなる標的ハイブリダイズ配列を含む。上記のようないくつかの実施形態では、少なくとも１つの増幅オリゴマーは、それぞれの標的ハイブリダイズ配列の５’に位置するプロモーター配列（例えば、配列番号１５の残基９〜３５のヌクレオチド配列などの、例えば、Ｔ７プロモーター配列）をさらに含むプロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーであり、いくつかのそのような実施形態では、第１の増幅オリゴマーは、プロモータープライマーまたはプロモータープロバイダーである。より具体的な変形例では、第１の増幅オリゴマーは、配列番号１４のヌクレオチド配列からなり、および／または第２の増幅オリゴマーは、配列番号１５の残基９〜５２のヌクレオチド配列を含む（例えば、第２の増幅オリゴマーは、配列番号１５のヌクレオチド配列からなる）。
【０３１３】
増幅産物の検出は、増幅標的配列に特異的に関連するシグナルを検出するための様々な方法によって達成され得る。核酸は、検出可能な電気的変化などの物理的変化を生じる表面と会合されてもよい。増幅された核酸は、それらをマトリックス中またはマトリックス上に濃縮し、核酸または核酸と会合した色素（例えば、臭化エチジウムまたはサイバーグリーンなどの挿入剤）を検出することにより、または溶液相中の核酸と会合した色素の増加を検出することにより検出することができる。他の検出方法は、増幅産物中の配列に特異的にハイブリダイズし、プローブ：産物複合体の存在を検出するように構成された核酸検出プローブを使用してもよく、または増幅産物と会合する検出可能なシグナルを増幅させ得るプローブの複合体を使用してもよい（例えば、米国特許第５，４２４，４１３号、米国特許第５，４５１，５０３号、および米国特許第５，８４９，４８１号）。増幅産物と特異的に会合する直接的または間接的に標識されたプローブは、サンプル中の標的核酸の存在を示す検出可能なシグナルを提供する。例えば、標的核酸が、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡである場合、増幅産物は、１６Ｓ  ｒＲＮＡ内の標的配列または１６Ｓ  ｒＲＮＡ内の配列に相補的な配列を含み、プローブは、増幅産物に含まれる配列に直接または間接的に結合して、試験サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡの存在を示す。
【０３１４】
相補的な増幅配列にハイブリダイズする検出プローブは、ＤＮＡまたはＲＮＡオリゴマー、またはＤＮＡおよびＲＮＡヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴマー、または修飾骨格で合成されたオリゴマー、例えば、１つまたは複数の２’−メトキシ置換リボヌクレオチドを含むオリゴマーであってもよい。増幅配列の検出に使用されるプローブは、非標識で間接的に（例えば、プローブ上の部分への別の結合パートナーの結合によって）検出されてもよく、または様々な検出可能な標識で標識されてもよい。転写媒介増幅（ＴＭＡ）を使用した特定の実施形態など、ＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、検出プローブは、例えば、直鎖アクリジニウムエステル（ＡＥ）標識プローブなどの直鎖化学発光標識プローブである。
【０３１５】
検出ステップはまた、例えば、その核酸塩基配列の全部または一部など、増幅された配列に関するさらなる情報を提供し得る。検出は、増幅反応が完了した後に実施され得るか、または標的領域を、例えばリアルタイムで増幅させることと同時に実施され得る。一実施形態では、検出ステップは、均質な検出、例えば、ハイブリダイズされていないプローブを混合物から除去することのない、ハイブリダイズプローブの検出を可能にする。（例えば、米国特許第５，６３９，６０４号および米国特許第５，２８３，１７４号を参照）。
【０３１６】
増幅ステップの終了時近くまたは終了時に増幅産物を検出する実施形態では、直鎖検出プローブを使用して、シグナルを提供し、プローブの増幅産物へのハイブリダイゼーションを示すことができる。そのような検出の一例は、標的核酸にハイブリダイズする発光標識されたプローブを使用する。次いで、発光標識を、非ハイブリダイズプローブから加水分解する。検出は、ルミノメータを用いた化学発光によって行われる。（例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際特許出願公開第ＷＯ８９／００２４７６号を参照）。リアルタイム検出を使用する他の実施形態では、検出プローブは、例えば、例えば、分子ビーコン、分子トーチ、またはハイブリダイゼーションスイッチプローブなどのヘアピンプローブであってもよく、このプローブは、増幅された産物に結合した際に検出されるレポーター部分で標識されている。このようなプローブは、標的ハイブリダイズ配列および非標的ハイブリダイズ配列を含んでもよい。このようなプローブの種々の形態は、以前に記載されている（例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，１１８，８０１号、米国特許第５，３１２，７２８号、米国特許第５，９２５，５１７号、米国特許第６，１５０，０９７号、米国特許第６，８４９，４１２号、米国特許第６，８３５，５４２号、米国特許第６，５３４，２７４号、および米国特許第６，３６１，９４５号、米国特許出願公開第２００６００６８４１７Ａ１号および米国特許出願公開第２００６０１９４２４０Ａ１号を参照）。
【０３１７】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を標的とする増幅ベースの検出アッセイを含む特定の実施形態では、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ増幅産物に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数の検出プローブを利用する。特定の変形例では、（Ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、（１）ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応する核酸標的領域、（２）ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応する核酸標的領域、および／または（３）ヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、（Ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的検出プローブは、ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、および／または（Ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的検出プローブは、ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズする。例えば、いくつかの変形例では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の増幅産物を検出するための第１のプローブは、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の標的核酸の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の増幅産物を検出するための第２のプローブは、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、配列番号１１の残基１〜１７の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、配列番号１２の残基７〜２３の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１１の残基１〜１７の標的ハイブリダイズ配列を含む第１のプローブ、および／または配列番号１２の残基７〜２３の標的ハイブリダイズ配列を含む第２のプローブ）。いくつかの変形例では、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の増幅産物を検出するためのプローブは、配列番号１９の残基６〜２１の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１９の残基６〜２１の標的ハイブリダイズ配列を含むプローブ）。いくつかの変形例では、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の増幅産物を検出するためのプローブは、配列番号１６の残基１〜１８の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１６の残基１〜１８の標的ハイブリダイズ配列を含むプローブ）。特定の実施形態では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の増幅産物を検出するための第１のプローブは、配列番号１１の配列を含むか、またはそれからなり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の増幅産物を検出するための第２のプローブは、配列番号１２の配列を含むか、またはそれからなり、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の増幅産物を検出するためのプローブは、配列番号１９の配列を含むか、またはそれからなり、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の増幅産物を検出するためのプローブは、配列番号１６の配列を含むか、またはそれからなる。
【０３１８】
核酸ベースの検出アッセイの使用を含む方法のいくつかの実施形態では、非増幅ベースのアッセイを使用して、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出する。いくつかのそのような実施形態では、非増幅ベースのアッセイは、特定の検出プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションを含むハイブリダイゼーションアッセイである。ポリヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイを実施する方法は、当該技術分野において十分に開発されてきた。ハイブリダイゼーションアッセイの手順および条件は、用途に応じて異なり、例えば、Ｍａｎｉａｔｉｓら、モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリー・マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）（第３版、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク州、２００２年）、およびＢｅｒｇｅｒおよびＫｉｍｍｅｌ、メソッド・イン・エンザイモロジー（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ）、第１５２巻、ガイド・トゥ・モレキュラー・クローニング・テクニックス（Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）（アカデミックプレス社、サンディエゴ、カリフォルニア州、１９８７年）を参照するものを含む、既知の一般的結合方法に従って選択される。一般的に、プローブおよびサンプルは、特定の核酸ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で混合され、その後、それぞれの標的へのプローブの特定のハイブリダイゼーションが検出される。核酸ハイブリダイゼーションは、様々なアッセイ形式に適応可能である。適切な形式の１つは、非変性条件下でのハイブリダイゼーションに特に適応可能なサンドイッチアッセイ形式である。サンドイッチ型アッセイの主要な構成要素は、非標識でＤＮＡ配列の一部に相補的な固定化核酸プローブに吸着または共有結合した固体支持体である。標的核酸は、固定化プローブにハイブリダイズし、固定化非標識核酸プローブがハイブリダイズする同じＤＮＡ鎖の第２の異なる領域に相補的な第２の標識検出プローブは、［標的核酸］：［固定化プローブ］二本鎖にハイブリダイズし、標的核酸を検出する。別の例示的な形式は、シグナルトランスデューサとして、適切な電極表面に固定化された非標識検出プローブにハイブリダイズした標的核酸の電気化学的検出を利用する。例えば、Ｄｒｕｍｍｏｎｄら、ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）２１：１１９２、２００３年、Ｇｏｏｄｉｎｇ、エレクトロアナリシス（Ｅｌｅｃｔｒｏａｎａｌｙｓｉｓ）１４：１１４９、２００２年、Ｗａｎｇ、アナリティカ・キミカ・アクタ（Ａｎａｌ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ）４６９：６３、２００２年、Ｃａｇｎｉｎら、センサー（Ｓｅｎｓｏｒｓ）９：３１２２、２００９年、ＫａｔｚおよびＷｉｌｌｎｅｒ、エレクトロアナリシス（Ｅｌｅｃｔｒｏａｎａｌｙｓｉｓ）１５：９１３、２００３年、ＤａｎｉｅｌｓおよびＰｏｕｒｍａｎｄ、エレクトロアナリシス（Ｅｌｅｃｔｒｏａｎａｌｙｓｉｓ）１９：１２３９、２００７年を参照。
【０３１９】
ハイブリダイゼーションアッセイを含む特定の実施形態では、検出プローブは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子の検出に利用される。いくつかのそのような実施形態では、（Ａ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、（１）ヌクレオチド位置約４０からヌクレオチド位置約２６５までの配列番号１の領域に対応する核酸標的領域、（２）ヌクレオチド位置約４３からヌクレオチド位置約２４７までの配列番号２の領域に対応する核酸標的領域、および／または（３）ヌクレオチド位置約９３からヌクレオチド位置約２９８までの配列番号３の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、（Ｂ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、ヌクレオチド位置約５４０からヌクレオチド位置約６２５までの配列番号４の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズし、および／または（Ｃ）ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、ヌクレオチド位置約１７２からヌクレオチド位置約２２７までの配列番号５の領域に対応する核酸標的領域に特異的にハイブリダイズする。例えば、いくつかの変形例では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するための第１のプローブは、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）およびラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）の各々の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するための第２のプローブは、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の標的領域に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含み、いくつかのそのような実施形態では、第１のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、配列番号１１の残基１〜１７の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み、および／または第２のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的検出プローブは、配列番号１２の残基７〜２３の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１１の残基１〜１７の標的ハイブリダイズ配列を含む第１のプローブ、および／または配列番号１２の残基７〜２３の標的ハイブリダイズ配列を含む第２のプローブ）。いくつかの変形例では、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１９の残基６〜２１の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１９の残基６〜２１の標的ハイブリダイズ配列を含むプローブ）。いくつかの変形例では、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１６の残基１〜１８の配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１６の残基１〜１８の標的ハイブリダイズ配列を含むプローブ）。特定の実施形態では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するための第１のプローブは、配列番号１１の配列を含むか、またはそれからなり、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するための第２のプローブは、配列番号１２の配列を含むか、またはそれからなり、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１９の配列を含むか、またはそれからなり、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子を検出するためのプローブは、配列番号１６の配列を含むか、またはそれからなる。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）を検出するための非増幅ベースのアッセイは、切断ベースのアッセイであり、非標的ハイブリダイズフラップ領域を含むプローブオリゴヌクレオチドは、フラップエンドヌクレアーゼによって重複依存的様式で切断され、その後検出される切断産物を放出する。例示的な切断ベースのアッセイ試薬は、例えば、Ｌｙａｍｉｃｈｅｖら、（ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）１７：２９２−２９６、１９９９年）、Ｒｙａｎら（モレキュラー・ダイアグノスティック（Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．）４：１３５−１４４、１９９９年）、およびＡｌｌａｗｉら（ジャーナル・オブ・クリニカル・マイクロバイオロジー（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．）４４：３４４３−３４４７、２００６年）に記載されている。フラップエンドヌクレアーゼ反応の適切な条件は既知であるか、または当該技術分野において周知の方法を使用して容易に決定することができる（例えば、Ｋａｉｓｅｒら、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）２７４：２１３８−７２１３９４、１９９９年を参照）。方法で使用できる例示的なフラップエンドヌクレアーゼとしては、テルムス・アクウァーティクス（Ｔｈｅｒｍｕｓ  ａｑｕａｔｉｃｕｓ）ＤＮＡポリメラーゼＩ、サーマス・サーモフィルス（Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）ＤＮＡポリメラーゼＩ、哺乳動物ＦＥＮ−１、アルカエオグロブス・フルギダス（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｆｕｌｇｉｄｕｓ）ＦＥＮ−１、メタノカルドコックス・ヤンナスキイ（Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ）ＦＥＮ−１、パイロコッカス・フリオスス（Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｒｉｏｓｕｓ）ＦＥＮ−１、メタノバクテリウム・サーモアウトトロピカム（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ）ＦＥＮ−１、サーマス・サーモフィルス（Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）ＦＥＮ−１、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）（Ｈｏｌｏｇｉｃ社、マディソン、ウィスコンシン州）、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＲＴＨ１、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）ＲＡＤ２７、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ）ｒａｄ２、バクテリオファージＴ５  ５’−３’エキソヌクレアーゼ、パイロコッカス・ホリコシイ（Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｒｉｋｏｓｈｉｉ）ＦＥＮ−１、ヒトエンドヌクレアーゼ１、子ウシ胸腺５’−３’エキソヌクレアーゼ、真正細菌、真核生物、および古細菌におけるそれらの同族体、例えば構造特異的酵素のクラスＩＩファミリーのメンバー、ならびにその酵素的に活性な変異体または改変体を含めるものが挙げられる。フラップエンドヌクレアーゼの説明は、例えば、Ｌｙａｍｉｃｈｅｖら、サイエンス（Ｓｃｉｅｎｃｅ）２６０：７７８−７８３、１９９３年、Ｅｉｓら、ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎ���ｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．）１９：６７３−６７６、２００１年、Ｓｈｅｎら、トレンズ・イン・バイオケミカル・サイエンス（Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏ．Ｓｃｉ．）２３：１７１−１７３、１９９８年、Ｋａｉｓｅｒら、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）２７４：２１３８７−２１３９４、１９９９年、Ｍａら、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）２７５：２４６９３−２４７００、２０００年、Ａｌｌａｗｉら、ジャーナル・オブ・モレキュラー・バイオロジー（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．）３２８：５３７−５５４、２００３年、Ｓｈａｒｍａら、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．）２７８：２３４８７−２３４９６、２００３年、およびＦｅｎｇら、ネイチャー・ストラクチュラル・アンド・モレキュラー・バイオロジー（Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．）１１：４５０−４５６、２００４年に見出すことができる。
【０３２１】
特定の変形例では、切断ベースのアッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のＲＮＡ標的核酸を検出し、切断ベースのアッセイは、ＲＮＡ：ＤＮＡ直鎖二本鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する。いくつかの代替実施形態では、切断ベースのアッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のＤＮＡ標的核酸を検出し、切断ベースのアッセイは、ＤＮＡ：ＤＮＡ直鎖二本鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する。ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を切断することができる例示的なフラップエンドヌクレアーゼとしては、テルムス（Ｔｈｅｒｍｕｓ）属のポリメラーゼ欠損５’ヌクレアーゼ、ならびに例えばＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＢＮ（ＴａｑポリメラーゼのＢｓｔＸ−ＮｏｔＩ欠失、米国特許第５，６１４，４０２号を参照）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＩＩ（完全長Ｔａｑポリメラーゼの「ＡＧ」変異体、米国特許第５，６１４，４０２号を参照）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＶＩＩ（完全長サーマス・サーモフィルス（Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）ポリメラーゼの合成欠損突然変異）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＩＸ（ＴｔｈＤＮＡポリメラーゼのポリメラーゼ欠損変異体）、およびＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）ＸＩＩ（ｔａｑＤＮＡポリメラーゼおよびＴｔｈＤＮＡポリメラーゼのフラグメントから構築されたポリメラーゼ欠損キメラポリメラーゼ）などの特定のＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）酵素（Ｈｏｌｏｇｉｃ社、マディソン、ウィスコンシン州）が挙げられる。ＤＮＡ：ＤＮＡ二本鎖を切断することができる例示的なフラップエンドヌクレアーゼとしては、上記のフラップエンドヌクレアーゼ、ならびにＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）２．０（アルカエオグロブス・フルギダス（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｆｕｌｇｉｄｕｓ）ＦＥＮ−１）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）２．１（Ｃ末端に６つのヒスチジンを含むアルカエオグロブス・フルギダス（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｆｕｌｇｉｄｕｓ）ＦＥＮ−１）、ＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）３．０（アルカエオグロブス・ヴェネフィクス（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｖｅｎｅｆｉｃｕｓ）ＦＥＮ−１）、およびＣＬＥＡＶＡＳＥ（登録商標）３．１（Ｃ末端に６つのヒスチジンを含むアルカエオグロブス・ヴェネフィクス（Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｖｅｎｅｆｉｃｕｓ）ＦＥＮ−１）が挙げられる。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、切断ベースのアッセイは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のＲＮＡ標的核酸を検出し、アッセイは、ＲＮＡ標的領域のＤＮＡ相補体を合成するためのステップを含み、このｃＤＮＡ鎖は、重複する第１および第２のプローブにハイブリダイズして、フラップエンドヌクレアーゼによる切断のための直鎖二本鎖切断構造を形成する。ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ（逆転写酵素）を使用して、ＲＮＡテンプレートからｃＤＮＡを合成するための反応条件は、当該技術分野において周知である。
【０３２３】
核酸ベースの検出アッセイを利用する特定の実施形態では、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を、サンプル中の他の成分から精製することをさらに含む。そのような精製は、サンプル中に含まれる生物を、他のサンプル成分から分離および／または濃縮する方法を含み得る。特定の実施形態では、標的核酸を精製することは、標的核酸を捕捉して、標的核酸を、他のサンプル成分から特異的または非特異的に分離することを含む。非特異的な標的捕捉法は、実質的に水性の混合物からの核酸の選択的沈殿、他のサンプル成分を除去するために洗浄される支持体への核酸の付着、またはラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸および他のサンプル成分を含有する混合物から核酸を物理的に分離する他の手段を伴ってもよい。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的核酸または１６Ｓ  ｒＲＮＡをコードする遺伝子）は、標的核酸を捕捉プローブオリゴマーにハイブリダイズすることによって、他のサンプル成分から分離される。捕獲プローブオリゴマーは、標的核酸に特異的または非特異的にハイブリダイズして、他のサンプル成分から分離された［標的核酸］：［捕獲プローブ］複合体を形成するように構成された標的ハイブリダイズ配列を含む。標的核酸の非特異的捕捉に適した標的ハイブリダイズ配列を含む捕捉プローブは、例えば、参照により本明細書に組み込まれる国際ＰＣＴ公開第ＷＯ２００８／０１６９８８号に記載されている。いくつかの変形例では、標的核酸を他のサンプル成分から分離するためのステップは、サンプルを、（ｉ）ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列（例えば、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列）を含む第１の捕捉プローブオリゴマー、ならびに（ｉｉ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕捉プローブオリゴマーと接触させることを含む。上記（ｉ）および（ｉｉ）の第１および第２の捕捉プローブオリゴマーを含むいくつかの特定の変形例では、第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６の残基１〜１９のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含み（例えば、配列番号６の残基１〜１９の標的ハイブリダイズ配列を含む捕捉プローブ）、および／または第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３の残基１〜２０のヌクレオチド配列に実質的に対応する標的ハイブリダイズ配列を含む（例えば、配列番号１３の残基１〜２０の標的ハイブリダイズ配列を含む捕捉プローブ）。好ましい変形形態では、捕捉プローブは、［標的核酸］：［捕捉プローブ］複合体を固定化プローブに結合させて、［標的核酸］：［捕捉プローブ］：［固定化プローブ］複合体を形成し、これが、サンプルから分離され、場合により、洗浄し、非標的サンプル成分を除去する（例えば、米国特許第６，１１０，６７８号、米国特許第６，２８０，９５２号、および米国特許第６，５３４，２７３号を参照）。このような変形例では、捕捉プローブオリゴマーは、捕捉プローブを、その結合した標的配列と共に、固体支持体に結合した固定化プローブに結合させ、それにより、ハイブリダイズされた標的核酸が他のサンプル成分から分離されることを可能にする配列または部分をさらに含む。
【０３２５】
より具体的な実施形態では、捕捉プローブオリゴマーは、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，１１０，６７８号で以前に記載されているように、標的核酸に相補的ではないが、固定化プローブ上の配列に特異的にハイブリダイズし、それにより、標的核酸が他のサンプル成分から分離されることを可能にする部分として機能するテール部分（例えば、３’テール）を含む。任意の配列は、一般に約５ｎｔ〜５０ｎｔの長さであるテール領域で使用することができ、好ましい実施形態では、約１０ｎｔ〜約４０ｎｔ（例えば、Ａ１０〜Ａ４０）、より好ましくは約１４ｎｔ〜約３３ｎｔ（例えば、Ａ１４〜Ａ３０またはＴ３Ａ１４〜Ｔ３Ａ３０）の実質的にホモポリマー性のテールを含み、これは、固体支持体、例えば、マトリックスまたは粒子に結合した相補的な固定化配列（例えば、ポリ−Ｔ）に結合する。（ｉ）ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第１の捕捉プローブオリゴマー、および／または（ｉｉ）アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的核酸の各々内の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的ハイブリダイズ配列を含む第２の捕捉プローブオリゴマーを含むいくつかのそのような実施形態では、第１の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号６のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなり、および／または第２の捕捉プローブオリゴマーは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる。
【０３２６】
標的捕捉は、典型的には、ハイブリダイズ条件下で、通常、［テール配列］：［固定化プローブ配列］二本鎖のＴｍよりも高い温度で、標的核酸にハイブリダイズする１つまたは複数の捕捉プローブオリゴマーを含む液相混合物中で生じる。捕捉プローブテールを含む実施形態では、捕捉プローブテールが固定化プローブにハイブリダイズし、次いで、固体支持体上の複合体全体が他のサンプル成分から分離されるように、ハイブリダイゼーション条件を調節することによって、［標的核酸］：［捕捉プローブ］複合体が捕捉される。結合した［固定化プローブ］：［捕捉プローブ］：［標的核酸］を有する支持体は、１回または複数回洗浄し、サンプル成分をさらに除去してもよい。好ましい実施形態は、常磁性ビーズなどの粒子状固体支持体を使用し、これにより、結合した［標的核酸］：［捕捉プローブ］：［固定化プローブ］複合体を有する粒子は、洗浄溶液中に懸濁し、洗浄溶液から、好ましくは磁気引力を使用することによって回収され得る。増幅ベースの検出アッセイの使用を含む方法の実施形態では、取り扱いステップの数を制限するために、支持体上の複合体中の標的核酸を増幅オリゴマーと単に混合して、増幅ステップを進めることによって、標的核酸を増幅することができる。
【０３２７】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の検出が対象におけるＢＶを示す、ＢＶを診断するための方法のいくつかの実施形態では、方法は、対象におけるＢＶを治療することをさらに含む。ＢＶの治療計画は、当技術分野で一般的に周知であり、例えば、メトロニダゾール（例えば、フラジール、ＭＥＴＲＯＧＥＬ−ＶＡＧＩＮＡＬ）、クリンダマイシン（例えば、クレオシン、ＣＬＩＮＤＥＳＳＥ）、およびチニダゾール（例えば、ＴＩＮＤＡＭＡＸ）などの抗生物質の投与を含む。特定の変形例では、対象は、以前にＢＶと診断されていない。他の実施形態では、対象は、以前にＢＶと診断されており、本開示の診断方法が実施される時点でＢＶの治療を受けている。このような変形例は、対象のＢＶの治療を監視するのに特に有用である。例えば、対象にバベシア症がまだ存在することを方法が示している場合、対象は治療を継続することができる。いくつかの実施形態では、同じ治療計画（すなわち、対象が本診断方法の実施時に受けている同じ治療）が対象に再投与される。あるいは、治療を受けている対象におけるＢＶの継続的な存在は、進行中の治療の変更が必要であることを示してもよく、異なる治療計画（例えば、異なる薬物療法、または薬物の用量および／または頻度の増加）が対象に投与される。
【０３２８】
本発明によれば、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無の検出は、各標的について別々に（例えば、別々の反応容器内で、順次または並行して）行うことができ、またはマルチプレックス反応システムとして一緒に行うことができる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法（例えば、ＢＶを診断する方法）はマルチプレックス反応を利用し、反応混合物は、複数（例えば、少なくとも２、３、４つ、またはそれ以上）の異なる標的配列を並行してアッセイするための試薬を含む。これらの場合、反応混合物は、検出アッセイを行うための複数の異なる標的特異的オリゴヌクレオチドを含んでもよい。例えば、増幅ベースの検出アッセイを利用する方法では、マルチプレックス反応は、増幅オリゴマーの複数のセット（例えば、複数のペア）を含んでもよい（例えば、ＰＣＲプライマーの複数のペアまたはＴＭＡ増幅オリゴマーの複数のペア（例えば、ＴＭＡのための、プロモータープライマーと非プロモータープライマーとの複数のペア、またはプロモータープロバイダーと非プロモータープライマーとの複数のペア））。切断ベースの検出アッセイを利用する他の実施形態では、マルチプレックス反応は、異なるフラップを有する複数のプローブオリゴヌクレオチド、複数の異なる重複プローブオリゴヌクレオチド、および異なるフラップが切断されると、異なるフラップを検出するための複数の異なるＦＲＥＴカセットを含んでもよい。
【０３２９】
ＢＶに関係する複数の微生物の存在および／または相対量を決定するために、さらなる微生物検出アッセイを同様に行うことができる。ほんの一例として、そのような複数の微生物としては、１種または複数の嫌気性グラム陽性球菌、エガセラ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）菌種、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）目からの細菌、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）様菌種、腸内細菌、ペプトストレプトコッカス・マイクロス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ）、アエロコッカス・クリステンセニ（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、レプトトリキア・アムニオニイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ａｍｎｉｏｎｉｉ）、ペプトニフィラス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）菌種、ディアリスター（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）菌種、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、スネシア・サンギネジェンス（Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、アナエロコッカス・テトラジウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｔｒａｄｉｕｓ）、モビルンカス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ）菌種、モビルンカス・ホミニス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、エガセラ・ホンコンジェンシス（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）菌種、メガスファエラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）菌種、レプトトリキア・サンギネジェンス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）、およびフィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）を挙げることができる。アッセイは、個別に行ってもよく、多重化して行ってもよい。したがって、ＢＶの診断は、複数の微生物を同定すること、および場合によりサンプル中のそれらの相対的な存在量を決定することを含み得る。
【０３３０】
特定の実施形態では、ＢＶを診断するための方法は、ＢＶに関連する１０以下の細菌属の検出を含む。他の実施形態では、方法は、ＢＶに関連する９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、または４以下の細菌属の検出を含む。いくつかの変形例では、方法は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、およびガードネレラ（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）以外のＢＶに関連する細菌属の検出を含まない。
【０３３１】
また、本発明によって提供されるのは、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、およびガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）のいずれか１つまたは複数の有無を決定するためのオリゴマーまたはそれらの組み合わせである。様々な実施形態では、オリゴマーまたはそれらの組み合わせは、サンプル中のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の有無を決定するための方法について本明細書に記載されるようなオリゴマーを含む。いくつかの変形例では、オリゴマーの組み合わせは、少なくとも１つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも２つまたは３つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチド）、少なくとも１つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも２つまたは３つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチド）、および／または少なくとも１つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも２つまたは３つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチド）を含む。いくつかの変形例では、オリゴマーの組み合わせは、少なくとも２つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも３つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的オリゴヌクレオチド）、少なくとも２つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも３つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的オリゴヌクレオチド）、および／または少なくとも２つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチド（例えば、各々が異なる標的配列に結合する少なくとも３つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的オリゴヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴマーの組み合わせは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の核酸標的領域を増幅するための少なくとも２つのラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）特異的増幅オリゴヌクレオチド、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の核酸標的領域を増幅するための少なくとも２つのアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）特異的増幅オリゴヌクレオチド、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の核酸標的領域を増幅するための少なくとも２つのガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）特異的増幅オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本発明の組成物は、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種の標的核酸、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）の標的核酸、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸を検出するための１つまたは複数の検出プローブオリゴマーを含む。オリゴマーまたはそれらの組み合わせは、オリゴマーを含む反応混合物またはキットの形態であってもよい。反応混合物またはキットは、例えば、捕捉プローブ核酸または捕捉プローブ核酸のアレイなどの多くの任意の成分をさらに含んでもよい。増幅反応混合物については、反応混合物は、典型的には、例えば、緩衝液、塩溶液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、およびＵＴＰ）、および／または酵素（例えば、逆転写酵素および／またはＲＮＡポリメラーゼ）などのインビトロ増幅を行うのに適した他の試薬を含み、典型的には、試験サンプル成分を含み、その中に、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の標的核酸が存在しても存在しなくてもよい。ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種、アトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）、および／またはガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の１つまたは複数の標的核酸領域を増幅するためのオリゴマー組み合わせを含むキットはまた、例えば、緩衝液、塩溶液、適切な三リン酸ヌクレオチド（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰおよびＵＴＰ）、および／または酵素（例えば、逆転写酵素および／またはＲＮＡポリメラーゼ）などのインビトロ増幅を行うのに適した他の試薬を含んでもよい。検出プローブと共に共通の標的核酸を標的とする増幅オリゴマーの組み合わせを含むオリゴマーの組み合わせ（例えば、反応混合物またはキット）については、増幅オリゴマーおよび検出プローブオリゴマーの選択は、共通の標的領域によって関連付けられている（すなわち、組み合わせは、増幅オリゴマーの組み合わせによって増幅可能な配列に結合するプローブを含む）。
【０３３２】
本発明は、以下の非限定的な例によってさらに説明される。
例１：ＢＶ多変量アルゴリズム
１．結果解釈の概要
【０３３３】
ＢＶ陽性またはＢＶ陰性の状態を決定するには、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）菌種（「Ｌ．ｓｐｐ」、ＢＶと負の相関）ならびにガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）およびアトポビウム・ヴェギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）（それぞれ「Ｇｖａｇ」および「Ａｖａｇ」、ＢＶと正の相関）の定量情報を多変量線形予測アルゴリズムを使用して単一の数値ＢＶスコアに組み合わせる。このスコアは、単一のカットオフ値と比較され、カットオフより下の陰性の呼び出しと、カットオフ以上の陽性の呼び出しがある。
【０３３４】
このアルゴリズムの簡略化されたバージョンでは、Ｌ．ｓｐｐの定量値（ログコピーの単位）がＧｖａｇまたはＡｖａｇの値（どちらか大きい方）から差し引かれる。
簡略化されたスコア＝最大（Ｇｖａｇ，Ａｖａｇ）・Ｌ．ｓｐｐ
【０３３５】
ＡＰＴＩＭＡ  ＢＶの結果の解釈に実際に適用されるように、式はさらに複雑になる。負の定数が追加され（臨床決定ポイントでのスコアをゼロにするため）、追加の係数（ＩＣ項）が追加され（観察された阻害を補償するため）、Ｌ．ｓｐｐに最小値が課され（再現性を向上させるため）、３つの分析物の濃度が標準化され（アルゴリズムのＧｖａｇおよびＡｖａｇの関与のバランスをとるため）、各項が重み付けされる。
【０３３６】
適用される式：
スコア＝Ｃ０＋ＷＬ＊Ｍａｘ（Ｌ−ＭＬ，ＦＬ−ＭＬ）＋ＷＡＧ＊Ｍａｘ（Ｇ−ＭＧ，Ａ−ＭＡ，ＦＧＡ−ＭＧ）＋ＷＩＣ＊ｌｏｇ２（ＩＣ／ｃａｌＩＣ）
【０３３７】
２．結果の解釈の詳細
検体の解釈は、妥当性基準の評価、ＢＶスコアの計算、およびスコアの解釈からなる。この例の説明は、内部標準（ＩＣ）シグナルのＴＴｉｍｅ値と、評価する各検体のＬ．ｓｐｐ、Ｇｖａｇ、およびＡｖａｇ（Ｌ、Ｇ、Ａ）のログコピー／ｍＬ定量値から始まる。
【０３３８】
２．１  ＢＶスコアの計算
妥当性基準（ここでは説明されていない）を満たす検体の場合、ＢＶスコアを計算する。ＢＶスコアの計算は、１）分析物の標準化、２）ＩＣ比の計算、および３）一般方程式の適用の３つのステップからなる。
２．１．１  分析物の標準化
【０３３９】
臨床検体の母集団では、観察されたＧｖａｇ濃度はＡｖａｇ濃度よりも高い傾向にある。線形予測式は最大値（Ｇｖａｇ  ＬｏｇＣまたはＡｖａｇ  ＬｏｇＣ）のみを使用するため、アルゴリズムに参加する各分析物の尤度のバランスをとるために、項が平準化される。平準化の堅牢な方法は、母集団統計（中央値）によって項を調整することである。濃度がコピーの単位であった場合、それらは中央値で除算され、相対濃度は標準化された値として与えられる。ここで使用される定量的データはログコピーの単位であるため、同等の操作は、中央ＬｏｇＣ値を差し引くことである。
【０３４０】
標準化は２つの主要な機能を果たす。
１）（上記のように）濃度数を平準化し、
２）トレーニングされた定数の信頼区間を改善する。
【０３４１】
この形式の標準化は、ログコピーの単位で存在するすべての項に適用される。これには、３つの検体分析物値（Ｌ、Ｇ、Ａ）ならびに基礎値ＦＬおよびＦＧＡが含まれる。これらの各々は、線形予測式で使用する前に（母集団の中央値（ＭＬ、ＭＧ、ＭＡ）を差し引くことによって）標準化される。標準化された値は、一般方程式で「Ｓ」の下付き文字で示される。
【表２】
2021534764.tif 000003
【０３４２】
２．１．２  ＩＣ比の計算
ＩＣ比は、偽陰性の呼び出しの可能性を減らすために、検体の阻害を補償する項の一部として一般方程式で使用される。ＩＣ比は、内部標準（ＩＣ）ＴＴｉｍｅの観測値をＩＣ  ＴＴｉｍｅの期待値で除算したものである。反応が阻害される（反応が予想よりも遅い）場合、ＩＣ比は１を超えている。予想されるＩＣ  ＴＴｉｍｅは、有効なＫｉｔＣａｌｉｂｒａｔｏｒレプリケートの平均観測ＩＣ  ＴＴｉｍｅとして計算される。
【０３４３】
ＩＣ  ＴＴｉｍｅを生成しない検体の場合、ＩＣ比は定数ＩＣｄとして定義される。デフォルトのＩＣ  ＴＴｉｍｅは、有効なＫｉｔＣａｌｉｂｒａｔｏｒレプリケートの平均観測ＩＣ  ＴＴｉｍｅをＩＣｄ倍したものとして計算することができる。デフォルトのＩＣ  ＴＴｉｍｅを下回らないＩＣ  ＴＴｉｍｅは、ＩＣ比としてＩＣｄを使用する。
ＩＣ比＝観測されたＩＣ  ＴＴｉｍｅ        最大ＩＣ比＝ＩＣｄ
予想されるＩＣ  ＴＴｉｍｅ
【０３４４】
２．１．３  一般方程式
ＡＰＴＩＭＡ（登録商標）  ＢＶの結果を解釈するためにＰＡＮＴＨＥＲ（登録商標）ソフトウェアにコード化された式は、一般方程式と呼ばれる。この式で、下付き文字「Ｓ」は、関連する分析物の母集団中央値を差し引くことによって標準化された値を指す。
ＢＶスコア＝Ｃ０＋ＷＬＭａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）＋ＷＡＭａｘ（ＡＳ，ＦＡＳ）＋ＷＧＭａｘ（ＧＳ，ＦＧＳ）＋ＷＧＡＭａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）＋ＷＩＣＬｏｇ２（ＩＣ比）
【０３４５】
この一般方程式は、アルゴリズムを完成させる前に実装された。続いて、ＷＡおよびＷＧの両方をゼロに設定した。したがって、（適用される）方程式は次のように簡略化することができる。
ＢＶスコア＝Ｃ０＋ＷＬＭａｘ（ＬＳ，ＦＬＳ）＋ＷＧＡＭａｘ（ＡＳ，ＧＳ，ＦＧＡＳ）＋ＷＩＣＬｏｇ２（ＩＣ比）
【０３４６】
この式では、４つの項を加算してスコアを作成する。
【表３】
2021534764.tif 000004
【０３４７】
２．２  ＢＶスコアの解釈
ＢＶ陽性またはＢＶ陰性の状態（報告された呼び出し）を決定するために、数値のＢＶスコアを、単一のカットオフ値（現在はゼロに設定されている）と比較する。検体のＢＶスコアがカットオフ値よりも小さい場合、検体はＢＶ陰性として報告される。スコアがカットオフ値以上の場合、検体はＢＶ陽性と報告される。
【０３４８】
３．臨床検体の結果の解釈への多変量アルゴリズムの適用
表４に示すように、ＢＶの臨床転帰を解釈するために、「真の結果」は、Ａｍｓｅｌ  Ｃｒｉｔｅｒｉａで決定された中級を使用したＮｕｇｅｎｔスコアによって決定した。
【表４】
2021534764.tif 000005
【０３４９】
アルゴリズムで使用される定数を表５に示し、この分析に使用された数値と共に示す。
【表５】
2021534764.tif 000006
【０３５０】
開発中のＡＰＴＩＭＡ製品のＢＶ  ＲＴ−ＴＭＡ  ＰＡＮＴＨＥＲ試験結果から２セットのデータを収集した。トレーニングセットは、対象ごとに１つの試験で、１２０４の試験結果からなる。このデータセットを使用して、表５に示す定数の値を導き出した。検証セットは、対象ごとに１つの試験で、１０７６の試験結果からなる。対象の母集団は同一であるが、トレーニングと検証セットの間で共通の試験結果はなかった。（本明細書の「トレーニングセット」および「検証セット」は、臨床呼び出し（陽性または陰性）を行うためのアルゴリズムを最適化するために、同じアッセイ設計で試験された臨床検体セットを指す。トレーニングセットは、暫定アルゴリズムを設計するために使用される検体群であり、検証セットは、アルゴリズムの性能の精度を試験するための別個の検体セットである。）
【０３５１】
表５の定数を一般方程式で使用すると、表６に示すトレーニングセットと検証セットの臨床成績（感度／特異度）の推定値が得られる。
【表６】
2021534764.tif 000007
【０３５２】
ＢＶは、異なる人種や民族によって、異なる形で現れる可能性がある。したがって、トレーニングセットおよび検証セットは、以下のカテゴリ、民族に関係なく黒人またはアフリカ系アメリカ人（Ｂｌａｃｋ）、非ヒスパニック系白人（Ｗｈｉｔｅ−ＮＨ）、ヒスパニック系白人（Ｗｈｉｔｅ−Ｈｉｓｐ）、民族に関係なくアジア人（Ａｓｉａｎ）、その他を使用して人種／民族別に解析されて表示される。その他のカテゴリは、島民、インド人、中東、ネイティブアメリカン、およびその他の、未知の、または混血の人々からなる。
【表７】
2021534764.tif 000008
【表８】
2021534764.tif 000009
【０３５３】
例２：増幅干渉
増幅オリゴは、好ましい検体タイプに高力価で存在する可能性のある他の生物からの干渉を最小限に抑えて、標的種の１６Ｓ  ｒＲＮＡを特異的に検出することが望ましい。Ｇ．ｖａｇと他の膣内生物との１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列のアラインメントは、Ｇ．ｖａｇとビフィドバクテリア（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）の配列の間に類似性を示し、ビフィドバクテリア（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）または他の関連生物による干渉が、一部の検体でＧ．ｖａｇの検出に影響を与える可能性があることを示唆している。さらなるＧ．ｖａｇ増幅オリゴは、干渉の可能性を減らすために設計した。
【０３５４】
初期設計は、約９６４から１０３３（領域１）までの配列番号５の増幅を標的とした。潜在的により高い特異度を有する部位（配列番号５、塩基約１６０から２７７（領域２））を標的として、さらなるオリゴをスクリーニングした。
【０３５５】
干渉を試験するために、プライマーセットを、１Ｅ４  ＣＦＵ／ｍＬのＧ．ｖａｇを含むサンプル上で、サンプル中に存在するより高い濃度のビフィドバクテリウム・ブレベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）の有無にかかわらず、手動ＲＴ−ＴＭＡフォーマットで試験した。各セットを５回のレプリケートで試験し、ビフィドバクテリウム・ブレベ（Ｂ．ｂｒｅｖｅ）の非存在下での１Ｅ４  ＣＦＵ／ｍＬ  Ｇｖａｇ条件に対する各条件の平均値（ＲＦＵ範囲、非正規化Ｔｔｉｍｅ、および非正規化Ｔｓｌｏｐｅ）を示した。
【表９】
2021534764.tif 000010
【０３５６】
Ｇ．ｖａｇ増幅干渉の試験結果。領域２の両方のセットは、高力価のビフィドバクテリウム・ブレベ（Ｂ．ｂｒｅｖｅ）の存在下で、比較的安定したＧ．ｖａｇの検出を示した。対照的に、セット１（領域１）では、濃度が増加したビフィドバクテリウム・ブレベ（Ｂ．ｂｒｅｖｅ）の存在下で、ＲＦＵ範囲の減少、Ｔｓｌｏｐｅの減少、およびＴｔｉｍｅの増加を示し、Ｇ．ｖａｇ増幅干渉が示された。
【０３５７】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種（ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ））を検出するための初期オリゴの組み合わせは、高濃度のいくつかの他の生物の存在下で、低濃度のラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）の検出の低下を示した。干渉を減少させ、特異度を向上させるために、３種の標的ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種の各々に対して別々のフォワードプライマーを設計した。元のオリゴセットと修飾オリゴセットは、単独で、あるいは１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬの淋菌（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬのクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬのアシネトバクター・ルオフィイ（Ａ．ｌｗｏｆｆｉｉ）、５Ｅ９コピー／ｍＬのマイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ）、または１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬのラクトバシラス・イネルス（Ｌ．ｉｎｅｒｓ）の存在下で、１Ｅ４  ＣＦＵ／ｍＬのラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）を検出するための手動ＲＴ−ＴＭＡ形式で使用した。２つの条件は、同じプロモータープライマーおよびトーチの組み合わせ（配列番号１０、配列番号２５９、および配列番号１１）を使用した。各条件で使用したフォワードプライマーを下表に示す。干渉を評価するために、各サンプルの平均ＴＴｉｍｅを、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）１Ｅ４  ＣＦＵ／ｍＬの平均ＴＴｉｍｅで除算した。１００％を超えるＴｔｉｍｅ比は、Ｔｔｉｍｅ遅延（増幅干渉）を示している。
【表１０】
2021534764.tif 000011
【０３５８】
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種の増幅干渉の試験結果。初期条件（ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、およびラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）のための単一のフォワードプライマーを使用）では、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、アシネトバクター・ルオフィイ（Ａ．ｌｗｏｆｆｉ）およびマイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ）による増幅干渉を示したが、修飾条件（各対象種に別々のフォワードプライマーを使用）では、増幅干渉は認められなかった。
【０３５９】
例３：ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）標的捕捉オリゴスクリーニング
ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種の標的捕捉オリゴの初期設計（配列番号２５７）を改善するために、１Ｅ４  ＣＦＵ／ｍＬのラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、またはラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）を含むサンプルについて、既存の設計と並行してさらなる設計を行い、スクリーニングした。増幅および検出オリゴ（すべての条件に共通）は、配列番号２５８、配列番号１０、配列番号２５９、および配列番号１１であった。スクリーニングは、手動ＲＴ−ＴＭＡ形式で、条件ごとに３反復で行い、平均正規化Ｔｔｉｍｅ値が示されている。
【表１１】
2021534764.tif 000012
【０３６０】
条件は、標的捕捉オリゴによってのみ変化するため、増幅が遅い（Ｔｔｉｍｅが高い）のは、標的捕捉効率の低下が原因である可能性がある。条件１では、標的捕捉オリゴは使用されず、Ｔｔｉｍｅが遅延するか、または存在しなかった。標的捕捉オリゴの使用は、捕捉効率を高めることによって、これを改善することが期待される。他の各条件では、３種のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種の捕捉に単一のＴＣＯを利用した。条件４から８では、ＴＣＯは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡを特異的に捕捉するように設計されており、他の属の配列よりもこれらの配列を優先する。条件２および３では、ＴＣＯは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）だけでなく、他の細菌からもｒＲＮＡを捕捉するように設計されている。
【０３６１】
結果条件５、６、および７は、以前のラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）のＴＣＯ設計（条件４）および特異性の低いＴＣＯ（条件２および３）の両方よりも、３種の標的ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種すべてのＴｔｉｍｅが高速（より効率的な捕捉）である。３つの好ましいラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）のＴＣＯ設計のうち、条件７（ＴＣＯ配列番号６）は、この実験で最高の効率（最低のＴｔｉｍｅ）を示した。
【０３６２】
例４：初期マルチプレックス化における交差反応性
Ｇ．ｖａｇ、Ａ．ｖａｇ、およびラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）種を検出するためのＲＴ−ＴＭＡ試薬のマルチプレックス構成は、表１２のオリゴを利用して構築した。
【表１２】
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【０３６３】
試薬は、ＰＡＮＴＨＥＲ機器で、高力価（ほとんどの場合、１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬ）で１〜５種の非標的生物を含むプールに対して、検体ごとに５反復で試験した。ＦＡＭチャネルの予期しないシグナルがプール＃７で観察され、これは、以下の４種の生物、モビルンカス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）（５Ｅ９コピーｒＲＮＡ／ｍＬ）、マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）（１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）（５Ｅ９  ｒＲＮＡコピー／ｍＬ）、および淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）（１Ｅ６  ＣＦＵ／ｍＬ）からなる。プール＃７の個々の生物を含むサンプルに対して追跡試験を行った。試薬は、ＰＡＮＴＨＥＲ機器で、対照条件ごとに２回、試験条件ごとに４回試験した。平均正規化Ｔｔｉｍｅを以下の表１３に示す。
【表１３】
2021534764.tif 000014
【０３６４】
マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）についてのみ、予想外のＦＡＭシグナルが観察された。どのオリゴマーが予期しないシグナル生成の原因であるかを決定するために、各条件のマルチプレックス混合物から個々のオリゴマーを省略した実験を行った。マルチプレックスは、配列番号２３を省略して、表１２のオリゴマーを利用した。８つの試薬セット（すべてのオリゴマーを含む対照条件と、単一のオリゴマーが省略された７つの条件）の各々を、条件ごとに３反復で、特異度プール＃７に対して手動ＲＴ−ＴＭＡ形式で試験した。正規化ＦＡＭ  Ｔｔｉｍｅを以下の表１４に示す。
【表１４】
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【０３６５】
この実験は、配列番号２５９、配列番号１０、および配列番号４５が、予期しないＦＡＭシグナル生成に必要であることを示した。ＦＡＭ上のマイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）を検出するためのこれらのオリゴの十分性を試験するために、これら３つのオリゴマー（配列番号２５９、配列番号１０、および配列番号４５）が唯一のトーチ、プロモータープライマー、およびプライマーを表すＲＴ−ＴＭＡ試薬を構築した。マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）は、試験した４つすべての反復でＦＡＭ上で検出され、Ａ．ｖａｇ、Ｇ．ｖａｇ、Ｌ．ｇａｓ、および陰性対照は、このオリゴマーの組み合わせでは検出されなかった（表１５参照）。したがって、このオリゴマーのセットで十分である。
【表１５】
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【０３６６】
表１２に記載されているマルチプレックスのマイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）の交差反応性リスクは、最初のバイオインフォマティクス評価ではフラグが立てられていなかった。配列番号１０および配列番号２５９は、マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）への予測されるハイブリダイゼーションの初期基準を満たさなかった。したがって、観察された交差反応性は予想外であった。
【０３６７】
例５
Ａ．ｖａｇの感度を高めるために、マルチプレックス試験は、２つのＡ．ｖａｇシステム、（１）長いアンプリコンを備えた二相性Ａ．ｖａｇシステムを使用したＬａｃｔｏ−Ａ．ｖａｇ−Ｇ．ｖａｇマルチプレックス（「ＬＡＧ−５」）、および（２）短いアンプリコンを備えた非二相性Ａ．ｖａｇシステムを使用したＬａｃｔｏ−Ａ．ｖａｇ−Ｇ．ｖａｇマルチプレックス（「ＬＡＧ−６」）と並行して行った。これらのＡ．ｖａｇシステムは、表１６に示すオリゴから開始された。
【表１６】
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【０３６８】
Ａ．ｖａｇ二相性システムは速すぎて、ＩＶＴと同等の臨床的に関連する高濃度のＡ．ｖａｇ（≧１Ｅ１１  ｃｐ／ｍＬ）からＴＴｉｍｅを提供できなかった。以前に設計したＡ．ｖａｇＴ７オリゴを再スクリーニングした。二次構造が予測された１つのＴ７は、Ｔｔｉｍｅを遅くした。
【０３６９】
Ａ．ｖａｇ非二相性システムの改善は、Ａ．ｖａｇ曲線の傾きの改善に焦点を合わせた。複数のＡ．ｖａｇトーチの反復を同じ領域内で設計し、シングルプレックスでスクリーニングした。マルチプレックス状況での感度を改善するために、配列番号１９のヌクレオチド配列を有するＡ．ｖａｇトーチを選択した。
【０３７０】
分析特異度の結果は、２つのＡ．ｖａｇシステム（ＬＡＧ５およびＬＡＧ６）間で類似していた。
【０３７１】
改善されたＡ．ｖａｇオリゴセットを以下の表１７に示す。
【表１７】
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【０３７２】
ＬＡＧ５およびＬＡＧ６マルチプレックスオリゴの組み合わせ（上記の表１７に示すようにＡ．ｖａｇの設計のオリゴが異なる）の臨床成績を、２つの小さな膣臨床スワブサンプルセットで比較した。データは、２種類のアルゴリズム、例６で説明したＬ．ｃｒｉｓｐ、Ｇ．ｖａｇ、およびＡ．ｖａｇの標準曲線からの定量に基づく決定ツリーアルゴリズム、および未校正のＴｔｉｍｅ比アルゴリズムで解釈した。未校正のＴｔｉｍｅ比アルゴリズムでは、１）Ｇ．ｖａｇＴｔｉｍｅまたはＡ．ｖａｇＴｔｉｍｅのいずれかに対する内部標準Ｔｔｉｍｅの比率がカットオフ値を超え、２）Ｇ．ｖａｇＴｔｉｍｅまたはＡ．ｖａｇＴｔｉｍｅのいずれかに対するＬ．ｓｐｐＴｔｉｍｅの比率が異なるカットオフ値を超える、２つの基準の両方が満たされた場合（そうでない場合は陰性）、検体は陽性と呼ばれた。非存在のＴｔｉｍｅには固定値が割り当てられた。ＬＡＧ５およびＬＡＧ６の両方の臨床成績が類似しているが、ＬＡＧ６は、事前に設定されたｌｏｇ  ｃ／ｍＬカットオフ値（Ｌａｃｔｏ８．３、Ｇ．ｖａｇ１０．５、およびＡ．ｖａｇ７．４）でわずかに良好に機能した。プロジェクトは、ＬＡＧ６マルチプレックス設計を使用して進められ、すべてのシステムは非二相性で、Ａ．ｖａｇアンプリコンは短くなっている。
【０３７３】
例６
表１８に示すヌクレオチド配列を有するオリゴマーを、ラクトバシラス・クリスパタス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバシラス・ジェンセニ（Ｌ．ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバシラス・ガセリ（Ｌ．ｇａｓｓｅｒｉ）、ガードネレラ・ヴァギナリス（Ｇ．ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、およびアトポビウム・ヴェギナエ（Ａ．ｖａｇｉｎａｅ）ならびに一般的な内部標準（ＧＩＣ）の増幅および検出について、マルチプレックスＡＰＴＩＭＡ（登録商標）細菌性膣炎（ＡＢＶ）アッセイで評価した。
【表１８】
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【０３７４】
細菌性膣炎アッセイ用に設計およびスクリーニングしたオリゴマーを表３４に示す。このスクリーニングに基づいて、表１６に示すオリゴマーを、直線性、交差反応性、臨床成績、および株の包括性について、ＰＡＮＴＨＥＲ（登録商標）システムでさらに評価するために選択した。
【０３７５】
次のバルク液体試薬を構築した。
１）ＴＣＲ：ＨＥＰＥＳ遊離酸二水和物（２５０ｍＭ）、水酸化リチウム一水和物（３１０ｍＭ）、塩化リチウム（１．８８３Ｍ）、ＥＤＴＡ遊離酸（１００ｍＭ）、ポリｄＴ１４  Ｍａｇ粒子（０．０３％ｗ／ｖ）、水酸化リチウムおよびｐＨ用の塩酸、ならびに体積用の水、
２）酵素：ＨＥＰＥＳ遊離酸（５７．４６ｍＭ）、ＥＤＴＡ遊離酸（０．９８ｍＭ）、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（０．１０ｖ／ｖ）、塩化カリウム（４９．６１ｍＭ）、無水グリセロール（０．２ｖ／ｖ）、ＥＤＴＡ二ナトリウム二水和物（０．３９ｍＭ）、Ｎ−アセチル−Ｌ−システイン（４９．５８ｍＭ）、無水Ｄ（＋）トレハロース（０．０３ｗ／ｖ）、クローン化ＭＭＬＶ酵素（２２４ＭＲ／Ｌ）、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼ酵素（１４０ＭＵ／Ｌ）、体積用の水、
３）増幅およびプロモーター試薬：塩化カリウム（２３．３ｍＭ）、無水グリセロール（３．３３％）、酢酸亜鉛二水和物（０．０５ｍＭ）、Ｐｒｏ  ｃｌｉｎ  ３００保存剤（０．０２％）、Ｔｗｅｅｎ−２０（１％）、トリズマ塩基（１１．６１ｍＭ）、塩酸トリズマ（１４．９４ｍＭ）、塩化マグネシウム（３１ｍＭ）、ｄＡＴＰ（０．８３ｍＭ）、ｄＣＴＰ（０．８３ｍＭ）、ｄＧＴＰ（０．８３ｍＭ）、ｄＴＴＰ（０．８３ｍＭ）、ＡＴＰ（７ｍＭ）、ＣＴＰ（７ｍＭ）、ＧＴＰ（７ｍＭ）、ＵＴＰ（８ｍＭ）、水（体積用）。
【０３７６】
表１９の増幅およびプロモーター試薬は、オリゴヌクレオチドを増幅およびプロモーターバルク試薬のアリコートに添加することによって作成した。表１９のＴＣＲ試薬は、オリゴヌクレオチドおよび内部標準のインビトロ転写産物をＴＣＲバルク試薬に添加することによって作成した。オリゴは酵素試薬に添加しなかった。
【０３７７】
界面活性剤Ｔｗｅｅｎ−２０を増幅／プロモーター緩衝液に最終濃度１％になるように添加し、凝集を減らしてトーチの安定性を向上させた。
【０３７８】
ＰＡＮＴＨＥＲシステムで試験を行い、社内開発ソフトウェアで結果を分析して、リアルタイムの曲線特性を解釈した。
【表１９】
2021534764.tif 000020
【０３７９】
直線性／ダイナミックレンジ試験／分析感度
５つのアッセイ標的（Ａ．ｖａｇ、Ｇ．ｖａｇ、Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ｌ．ｇａｓ、およびＬ．ｊｅｎ）の各々について直線性試験を行った。各分析物について、２セットのパネルを調製した。１つのパネルは、培養溶解物を検体輸送培地、ＳＴＭ（リン酸ナトリウム一塩基一水和物（２．０７ｇ／Ｌ）、ラウリル硫酸リチウム（３０ｇ／Ｌ）、ＥＤＴＡ二ナトリウム二水和物（０．３７２ｇ／Ｌ）、ＥＧＴＡ遊離酸（０．３８ｇ／Ｌ）、リン酸水素二ナトリウム（２．１３ｇ／Ｌ））に添加することにより調製した。２つ目のパネルは、インビトロ転写産物（ＩＶＴ）をＳＴＭに添加することにより調製した。各パネルは、ＰＡＮＴＨＥＲシステムで５反復で試験した。パネル濃度を表２０に示す。
【表２０】
2021534764.tif 000021
【０３８０】
表２１は、５つの分析物すべての陽性率の概要を示している。Ａ．ｖａｇおよび３種すべてのＬａｃｔｏ種は、１Ｅ＋０７ｃ／ｍＬまで１００％ＩＶＴ陽性である。Ｇ．ｖａｇは、１Ｅ＋０８ｃ／ｍＬで１００％ＩＶＴ陽性である。すべての溶解物は、１Ｅ＋０３ＣＦＵ／ｍＬで１００％陽性である。
【０３８１】
すべての分析物の詳細な直線性の結果を表２２〜２６に示す。示されている結果には、陽性、平均ＲＦＵ範囲、平均Ｔｔｉｍｅ、平均Ｔｓｌｏｐｅ、および標準偏差が含まれる。一般的な内部標準によって示されるように、すべての反応は有効であった。
【表２１】
2021534764.tif 000022
【表２２】
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【表２３】
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【表２４】
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【表２５】
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【表２６】
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【０３８２】
微生物に対する交差反応性−純粋（分析特異度）および添加（阻害）試験
交差反応性試験をサポートするために、泌尿生殖器の正常細菌叢またはＡＰＴＩＭＡ  ＢＶ標的と密接に関連する生物を表す細菌または酵母材料からなる１７のプールを構築した（表２７参照）。各生物の濃度は、１．００Ｅ＋０６ＣＦＵ／ｍＬまたは細胞当量／ｍＬを目標としており、これは予想濃度の上限以上である。
【０３８３】
分析の特異度を確認するために、プールを純粋に試験した（アッセイ標的を添加していない）。プールは、他の微生物によるアッセイの阻害を試験するために、アッセイ標的（Ａ．ｖａｇ、Ｇ．ｖａｇおよび３つすべてのＬａｃｔｏ溶解物）の各々を表す溶解物を添加して試験した。各条件は、５反復で試験した。
【表２７−１】
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【表２７−２】
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【０３８４】
純粋な交差反応性の結果
ＦＡＭチャネル（Ｌａｃｔｏ種）は、プール＃１６（ラクト・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ））に陽性シグナルを示した。この陽性の結果は、Ｌ．ｃｒｉｓｐに対する試験生物の実質的な配列同一性のために予想された。ラクトバシラス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）は、上部消化管に見られ、膣内細菌叢には存在しない可能性が高いため、この交差反応性は許容範囲内である。
【０３８５】
ＨＥＸチャネル（Ｇ．ｖａｇ）は、１７のパネルすべてに対して陰性の結果をもたらした。
【０３８６】
ＲＯＸチャネル（Ａ．ｖａｇ）は、プール＃１３（アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）種）に陽性シグナルを示した。プール＃１３を構成する３種のアトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）種（アトポビウム・リマエ（Ａ．ｒｉｍａｅ）、アトポビウム・ミニマム（Ａ．ｍｉｎｉｍｕｍ）、アトポビウム・パルブルム（Ａ．ｐａｒｖｕｌｕｍ））を分離し、再試験した。成分試験では、３種のアトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）種すべてがＲＯＸチャネルで陽性シグナルを発することが示された。
【０３８７】
Ｃｙ５．５チャネル（ＧＩＣ）は、１７のプールすべてに対して陽性の結果を示した。
【０３８８】
添加した交差反応性の結果
標的アッセイ分析物（Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ｌ．ｊｅｎ、Ｌ．ｇａｓ、Ａ．ｖａｇ、またはＧ．ｖａｇ）を表２７の１７のプールの各々に添加した。陽性分析物は、約３ｘＬＯＤ濃度で添加され、プールごとにパネルごとに５反復で試験した。分析物の添加濃度を表２８に示す。添加されたＳＴＭ（プール０）は、比較のための対照として試験した。
【表２８】
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【０３８９】
添加された交差反応性試験用に１セットのバルク試薬を作成した。バルク試薬は、試験用に３つの１００試験試薬キットに分注した。酵素の個々のボトルは、３つのキットの各々について別々に再構成した。Ｔｔｉｍｅの結果をプロットすると、試薬キット＃２は、試薬キット＃１および＃３と比較して、４つのチャネルすべてでＴｔｉｍｅが遅いことが見出された。これは、酵素からのレコンのばらつきが原因で発生した可能性があり、したがって、キット間のばらつきが原因で発生する可能性のある分散を表している。分析物のＴｔｉｍｅをＧＩＣ  Ｔｔｉｍｅで除算し、キット間のばらつきを考慮してデータを正規化する。Ｔｔｉｍｅの結果を表２９に示す。
【０３９０】
ＦＡＭチャネル（Ｌａｃｔｏ種）は、対照（プール＃０）と比較した場合、プール＃１６（ラクトバシラス・アシドフィルス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）の存在下でＬ．ｃｒｉｓｐ、Ｌ．ｊｅｎ、およびＬ．ｇａｓからのＴｔｉｍｅ結果がより速く、プール＃０６（レプトトリキア・ブッカリス（Ｌ．ｂｕｃａｌｉｓ）、モビルンカス・クルティシイ（Ｍ．ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ））のＴｔｉｍｅがわずかに遅いことを示した。プール＃１６はまた、純粋な試験中に交差反応性を示し、１６Ｓ設計領域のＬ．ｃｒｉｓｐに試験生物が密接に関連していることから予想された。プール＃０６をサブコンポーネントに分割し、再試験した。再試験では、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ）の存在下で、Ｌ．ｇａｓに１．６分の遅延が見られた。
【０３９１】
ＨＥＸチャネル（Ｇ．ｖａｇ）は、プール＃１２（カンジダ・トロピカリス（Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）、カンジダ・クルセイ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｒｕｓｅｉ）、およびカンジダ・ルシタニアエ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ））の存在下で試験した場合、５反復のうち４回で感度の低下を示した。プール＃１２を構成する３種のカンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）種を分離し、再試験した。成分試験では、カンジダ・クルセイ（Ｃ．ｋｒｕｓｅｉ）が感度の低下を引き起こしたことが示された。カンジダ・クルセイ（Ｃ．ｋｒｕｓｅｉ）は膣内細菌叢に見られるが、一般的ではないため、この潜在的な干渉に注意する必要がある。（ＢＤ  ＭａｘＴＭ膣パネルの米国臨床試験では、カンジダ・クルセイ（Ｃ．ｋｒｕｓｅｉ）率は４／１６４７、つまり０．２％であり、ＢＤ  ＰＩ  ４４３７１０参照）。
【０３９２】
ＲＯＸチャネル（Ａ．ｖａｇ）は、対照（プール０）と比較した場合、プール＃１３（アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）種）のＴｔｉｍｅがわずかに速いことを示した。これは、純粋な試験で交差反応性を引き起こしたのと同じプールであり、ＡＰＴＩＭＡ  ＢＶの標的であるＡ．ｖａｇと試験生物の性質が密接に関連していることから予想された。
【０３９３】
Ｃｙ５．５チャネル（ＧＩＣ）は、プール＃６（レプトトリキア・ブッカリス（Ｌ．ｂｕｃａｌｉｓ）、モビルンカス・クルティシイ（Ｍ．ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、マイコプラズマ・ジェニタリウム（Ｍ．ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ））でわずかに遅延したＴｔｉｍｅを示した。これら４つの微生物の成分試験は、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ）がＧＩＣ  Ｔｔｉｍｅを１分強遅らせ、ＧＩＣ出現曲線の形状をわずかに変化させることを示している。マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）は、ＢＶの対象によく見られる。例１で説明したＢＶ多変量アルゴリズムを使用すると、ＧＩＣのＴｔｉｍｅ遅延により、ＩＣ比率の項を介してＢＶスコアが上昇するため、ＢＶ陽性読み出しの確率が高くなる。これにより、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍ．ｈｏｍｉｎｉｓ）を含むＢＶに関連する生物の存在によって引き起こされる反応阻害の影響を軽減することができる。
【表２９】
2021534764.tif 000031
【０３９４】
臨床サンプルの評価
臨床検体試験は、ＳＴＭで収集した１００の臨床膣スワブ検体のセットを使用して行った。１０の臨床現場からの症候性女性からのサンプルは、ＰＡＮＴＨＥＲ機器のＡＰＴＩＭＡ  ＢＶアッセイで試験した。サンプルごとに１反復を試験した。
【０３９５】
臨床サンプルは、２０個の標準物質（Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ａ．ｖａｇ、およびＧ．ｖａｇの５つの単一分析物の標準物質レベルと、３つの分析物すべてを含む５つの混合分析物の標準物質レベル）と共に実行した。各単一分析物の標準物質は、４反復して試験し、各混合分析物の標準物質は、５反復して試験した。
【０３９６】
試験した１００の臨床検体の反復のうち、９３反復が有効であった。残りの７反復は、サンプル量が不十分なため無効であった。
【０３９７】
臨床サンプルの定量化は、Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ｇ．ｖａｇ、およびＡ．ｖａｇの標準曲線に基づいて計算した。
【０３９８】
ＢＶ状態の診断は、定量化および決定ツリーアルゴリズムに基づいた。決定ツリーアルゴリズムは、以下のように要約することができ、（Ｌ、Ａ、およびＧは、それぞれ、Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ａ．ｖａｇ、およびＧ．ｖａｇの測定されたログコピー値であり、Ｘ、Ｙ、およびＺは、それぞれ、Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ａ．ｖａｇ、およびＧ．ｖａｇのカットオフ値であり）、Ｌ＞Ｘの場合、ＢＶは陰性であり、そうでない場合、Ａ＞ＹまたはＧ＞Ｚの場合、ＢＶは陽性であり、それ以外の場合はＢＶは陰性である。この分析では、Ｌ．ｃｒｉｓｐ、Ｇ．ｖａｇ、およびＡ．ｖａｇのそれぞれについて、以下のカットオフ値、８．３、１０．４および７．４ｌｏｇ  ｃ／ｍＬを使用した。
【０３９９】
この例で使用される臨床参照標準は、４つのＡｍｓｅｌ  Ｃｒｉｔｅｒｉａのうちの３つによって決定される中級を含むＮｕｇｅｎｔスコアである。
【０４００】
単一分析物および混合分析物標準物質は、同じ感度結果（９０．２％）および同様の特異度結果（それぞれ８８．５％および８６．５％）を示し、１つのサンプルは定量の違いにより呼び出しを変更した（表３０を参照）。
【表３０】
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【０４０１】
包括性試験
包括性試験は、５つのアッセイ標的の各々について、１つの対照株および利用可能なすべての多型ＩＶＴ株を使用して行った。試験は、各菌株の低濃度および中濃度で行った。低パネルの結果を使用して、分析物の感度に対する多型の影響を決定し、中間パネルの結果を分析して、分析物のＴｔｉｍｅに対する多型の影響を決定した。
【０４０２】
表３１に、試験した菌株の数、ならびに各分析物を対象とした低濃度および高濃度の詳細を示す。結果を表３２に示す。
【０４０３】
Ａ．ｖａｇは、試験した４つの多型株のうち３つについて、低コピーレベルで感度の低下を示した。中間コピーレベルは、４つの株のうちの２つで２〜３．５分のＴｔｉｍｅ遅延を示した。Ｔｔｉｍｅ遅延を示した２つの株は、Ａ．ｖａｇＴ７オリゴに対して２つのミスマッチがある。Ｔｔｉｍｅの遅延を示した２つの菌株の有病率は、２１．９５％および４．８７％未満である。
【０４０４】
Ｇ．ｖａｇは、試験した多型株の感度の低下を示さなかった。中間コピーレベルでは、多型株は、２分をわずかに超えるＴｔｉｍｅ遅延を示した。この多型には、ＴＣＯに１つのミスマッチがあり、Ｔ７に１つのミスマッチがある。このＧ．ｖａｇ株の有病率は非常に低い（２．０４％）。
【０４０５】
Ｌ．ｃｒｉｓｐは、試験した２つの多型株のうちの１つについて、低コピーレベルで感度のわずかな低下を示した。両方の多型株は、Ｔｔｉｍｅの違いを示した。対照と比較した場合、一方の菌株は３．５分速いＴｔｉｍｅをもたらし、もう一方の菌株は２分遅いＴｔｉｍｅをもたらした。これらの菌株は両方とも、Ｔ７に対して２つのミスマッチがあり、両方とも有病率が２％未満である。
【０４０６】
Ｌ．ｇａｓは、試験したすべての菌株に対して１００％の感度を示した。中間コピーレベルは、対照と比較して、多型株のＴｔｉｍｅの最小の変化を示した。
【０４０７】
Ｌ．ｊｅｎは、試験したすべての菌株に対して１００％の感度を示した。中間コピーレベルは、対照と比較して、多型株のＴｔｉｍｅの最小の変化を示した。
【表３１】
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【表３２】
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配列
【表３３−１】
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【表３３−２】
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【表３３−３】
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【表３４−１】
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【表３４−２】
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【表３４−３】
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【表３４−４】
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【０４０８】
上記から、本発明の特定の実施形態が例示目的で本明細書に記載されているが、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく様々な修正が行われ得ることが理解されるであろう。したがって、本発明は、添付の特許請求の範囲によるものを除いて限定されない。本明細書で引用された全ての出版物、特許、および特許出願は、あらゆる目的で参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれるいかなる資料の範囲も本開示の明示的内容と矛盾する限りにおいて、明示的内容が優先する。
【０４０９】
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１９年８月２０日に作成された上記のＡＳＣＩＩコピーは、２０１９−０８−２０＿０１１５９−００３９−６０ＰＣＴ＿Ｓｅｑ  Ｌｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前で、サイズは６６．８キロバイトである。
【配列表】
2021534764000001.app
【国際調査報告】
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