(57)【要約】本発明は、がん腫または組織異常を識別しかつがん腫または組織異常を鑑別するための質量分析アプローチに指向している。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、扁平上皮病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をがん腫または組織異常として識別すること。
【請求項２】
以下を含む、がん腫または組織異常を識別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、病変をがん腫または組織異常として識別すること。
【請求項３】
前記試料が、皮膚病変試料、胃腸管病変試料、筋肉病変試料、または骨病変試料である、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料が、メラニン形成細胞成分、間質成分、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項６】
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項７】
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項８】
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記試料質量分析プロファイルからの１個以上のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての１個以上のピークと比較される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１０】
前記試料質量分析プロファイルからの最大２０個のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての最大２０個のピークと比較される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１２】
前記分子が、少なくとも１つのタンパク質、少なくとも１つのペプチド、少なくとも１つの脂質、少なくとも１つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
質量分析が、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１４】
前記対象から前記試料を取得するかまたは取得済みであること
をさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１５】
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１６】
前記組織学的分析から１つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記質量分析プロファイルが、１つ以上の関心領域から取得される、
請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記識別に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１８】
有効な抗がん剤を選択することをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１９】
前記対象に有効量の抗がん剤を投与するかまたは投与済みであることをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項２０】
前記抗がん剤が、化学療法、免疫療法、毒素療法、標的療法、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
免疫療法が、インターフェロン、インターロイキン−２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
標的療法が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
化学療法が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
以下を含む、病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、ｔ細胞リンパ腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、ｔ細胞リンパ腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をｔ細胞リンパ腫または組織異常として識別すること。
【請求項２５】
前記組織異常が乾癬または湿疹を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ｔ細胞リンパ腫が、菌状息肉症、セザリー症候群、原発性皮膚未分化大細胞リンパ腫、リンパ腫様丘疹症、肉芽腫性弛緩性皮膚病、パジェット様網状赤血球症、皮下脂肪織炎様Ｔ細胞リンパ腫、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
以下を含む、がん腫のリスクがある対象におけるがん腫分子シグネチャーの存在についてスクリーニングする方法：
前記対象から組織試料の試料質量分析プロファイルを取得するかまたは取得済みであること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常分子シグネチャー、組織異常分子シグネチャー、がん腫分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせと比較するかまたは比較済みであること、および
前記試料質量分析プロファイルが、前記正常分子シグネチャー、前記組織異常分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせよりも前記がん腫分子シグネチャーに類似している分子シグネチャーを含む場合、前記試料質量分析プロファイルにおける前記がん腫分子シグネチャーの存在を同定するかまたは同定済みであること。
【請求項２８】
前記がん腫分子シグネチャーが、ｍ／ｚ  １１６７．７付近、１６２８．９付近、１８７８．７付近、または２２０７．１付近のピークのうちの１つまたはそれらの組み合わせを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記対象に有効量の抗がん剤を投与することをさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記抗がん剤が、化学療法、免疫療法、毒素療法、標的療法、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
免疫療法が、インターフェロン、インターロイキン−２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
標的療法が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
化学療法が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３５】
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３６】
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３７】
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３９】
前記分子が、少なくとも１つのタンパク質、少なくとも１つのペプチド、少なくとも１つの脂質、少なくとも１つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記試料質量分析プロファイルが、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法によって取得される、請求項２７に記載の方法。
【請求項４１】
前記対象から前記試料を取得するかまたは取得済みであること
をさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項４２】
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項４３】
前記組織学的分析から１つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記試料質量分析プロファイルが、１つ以上の関心領域から取得される、
請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記同定に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、請求項２７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本明細書に引用されるすべての特許、特許出願、および刊行物は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。これらの刊行物の開示は、本明細書に記載され特許請求される本発明の日付の当業者に既知の最新技術をより完全に記載するために、参照により本出願に組み込まれる。
【０００２】
この特許開示は、著作権保護の対象となる、材料を含む。著作権所有者は、米国特許商標局の特許ファイルまたは記録に表れているように、特許文書または特許開示のいずれかによってファクシミリ複製に異議はないが、それ以外では、何であれすべての著作権を留保する。
【０００３】
発明の分野
本発明は、ＭＡＬＤＩイメージング質量分析方法を使用して、扁平上皮がん、基底細胞がん、疣贅、および脂漏性角化症を識別および区別するための方法に指向している。本発明はさらに、ＭＡＬＤＩイメージング質量分析方法の使用によって、自己免疫異常（乾癬、関節リウマチなど）の症状を識別し、かつそのような自己免疫異常が発生する組織に関連するがんと区別するための方法に指向している。
【背景技術】
【０００４】
発明の背景
がん腫は、皮膚または肝臓もしくは腎臓などの臓器を覆う組織を構成する、細胞由来のがんの一種である。いくつかの一般的な種類のがん腫は、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、および腺がんを含むが、これらに限定されない。
【０００５】
自己免疫異常は、対象自身の細胞に対する免疫応答が高まり、対象の免疫系がそれ自身の組織を攻撃する結果となる状態である。自己免疫異常の非限定的な例は、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチを含む。
【発明の概要】
【０００６】
本発明の態様は、扁平上皮病変を鑑別する方法に指向している。一実施形態では、方法は、対象由来の試料を質量分析に供すること、試料から質量分析プロファイルを取得すること、試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、および／またはがん腫試料から取得されたプロファイルと比較すること、ならびに、質量分析プロファイルと既知のプロファイルとの比較に基づいて、病変をがん腫または組織異常として識別することを含む。一実施形態では、試料は、皮膚病変試料または胃腸管病変試料である。別の実施形態では、組織異常は、脂漏性角化症または尋常性疣贅である。さらなる実施形態では、がん腫は、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである。
【０００７】
本発明の態様は、がん腫または組織異常を識別する方法に指向している。一実施形態では、方法は、対象由来の試料を質量分析に供すること、試料から質量分析プロファイルを取得すること、試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、および／またはがん腫試料から取得されたプロファイルと比較すること、ならびに、質量分析プロファイルと既知のプロファイルとの比較に基づいて、病変をがん腫または組織異常として識別することを含む。一実施形態では、試料は、皮膚病変試料または胃腸管病変試料である。別の実施形態では、組織異常は、脂漏性角化症または尋常性疣贅である。さらなる実施形態では、がん腫は、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである。
【０００８】
本発明の別の態様は、対象由来の組織試料中のがん腫、Ｔ細胞リンパ腫、組織異常、またはそれらの組み合わせを識別するための少なくとも１つのバイオマーカーに指向している。実施形態では、バイオマーカーは、質量分析によって取得された分子シグネチャーを含む。分子シグネチャーは、がん腫組織中に選択的に存在する、１個以上のｍ／ｚピークを含むことができる。分子シグネチャーは、脂漏性角化症、尋常性疣贅、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含むが、これらに限定されない、さまざまな組織異常のいずれかに選択的に存在する、１個以上のピークを含むことができる。
【０００９】
本発明のさらなる態様は、正常、がん腫、Ｔ細胞リンパ腫、組織異常、またはそれらの組み合わせとして組織を識別するための診断キットに指向している。実施形態では、キットは、本明細書に列挙されているか、または別様に参照されているバイオマーカーと、組織試料中の分子プロファイルの１つまたは組織試料中の分子プロファイルの組み合わせを測定するための手段とを含む。一実施形態では、分子プロファイルの１つまたは分子プロファイルの組み合わせを測定するための手段は、質量分析を含む。
【００１０】
本発明の他の目的および利点は、以下の記載から容易に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】ヘマトキシリン・エオジン（ＨＥ）染色された皮膚扁平上皮病変の写真を示す。
【図２】イメージング質量分析を示す。イメージング質量分析を中心に構築された診断プラットフォームは、１）制御する、新しいコラボレーションウエブインターフェース、２）質量分析器、および３）組織学指向質量スペクトルデータを分類するためのデータ分析パイプラインの３つのコンポーネントで構成される。
【図３】胃腸管障害に対してイメージング質量分析プラットフォームを使用できる、アプリケーションを示す。
【図４】骨／筋肉障害に対してイメージング質量分析プラットフォームが使用できる、アプリケーションを示す。
【図５】皮膚障害／疾患および創傷治癒に対してイメージング質量分析プラットフォームが使用できる、アプリケーションを示す。
【図６】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスの図である。
【図７】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスの概略図である。
【図８】質量分析のための病理インターフェース（ＰＩＭＳ）を示す。ウエブベースのインターフェースは、病理医が、質量分析ベースのアッセイをガイドして、リモートで共同作業を行うことをできるようにする。
【図９】質量分析のための病理インターフェース（ＰＩＭＳ）を示す。
【図１０】質量分析のための病理インターフェース（ＰＩＭＳ）を示す。
【図１１】質量分析のための病理インターフェース（ＰＩＭＳ）を示す。
【図１２】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスの図である。
【図１３】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスの概略図である。
【図１４】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスの概略図である。
【図１５】組織学指向ＭＡＬＤＩ質量分析プロセスのための一般的データ分析ワークフローの図である。空間的に標的が絞られたＭＡＬＤＩ−ＭＳデータを獲得した後、機械学習アルゴリズムは、適用されて、クラスごとの重要な変動を数学的にモデル化する。これらのモデルが十分に特徴付けられたトレーニングデータから構築されると、それらは、以前は未知であったデータに適用されることができ、それを元のクラスの１つに分類することができる。重要なことに、モデルの構築は、非常に大きなデータセット（数時間から数日）の場合、時間がかかる場合があり得るが、分類は、概して１秒未満で実行さえることができ、データ獲得後の結果が非常に迅速になる。
【図１６】１３０人の患者試料から取得されたデータを用いた研究デザインを示す。ＢＣＣ：基底細胞がん；ＳＣＣ：扁平上皮がん；ＳＫ：脂漏性角化症；ＶＶ：尋常性疣贅。
【図１７】１３０人の患者試料から取得されたデータを用いた研究デザインを示す。ＢＣＣ：基底細胞がん；ＳＣＣ：扁平上皮がん；ＳＫ：脂漏性角化症；ＶＶ：尋常性疣贅。
【図１８】患者ごとの大部分としてのテストセット結果を示す。
【図１９】質量スペクトル分類としてのテストセット結果を示す。
【図２０】尋常性疣贅（左パネル）、脂漏性角化症（中央パネル）、扁平上皮がん（右パネル）のＨＥ切片を示す。基底細胞がんは、青色で示され、一方扁平上皮がんは、黄色で示されている。各スポットは、３００μｍである。
【図２１】基底細胞がんとして分類された脂漏性角化症のＨＥ切片を示す。各スポットは、３００μｍである。
【図２２】光学顕微鏡および蛍光顕微鏡の画像を示す。
【図２３】タンパク質同定計画を示す。
【図２４】教師なし分析：分子空間中の病変のグラフを示す。点＝１つの質量スペクトル。データの構造は、クラスの分離を示す。この分子空間をさらに徹底調査して、新しいデータをソートできる分類子が構築されることができる。
【図２５】分子診断の追跡を可能にする、教師付き分析の結果を示す。
【図２６】尋常性疣贅（左パネル）、扁平上皮がん（中パネル）、脂漏性角化症（右パネル）のＨＥ切片を示す。基底細胞がんは、青色で示され、一方扁平上皮がんは、黄色で示されている。各スポットは、３００μｍである。
【図２７】尋常性疣贅（左上パネル）、扁平上皮がん（左下パネル）、基底細胞がん（右上パネル）、脂漏性角化症（右下パネル）のＨＥ切片を示す。各スポットは、３００μｍである。
【図２８】尋常性疣贅（左上パネル）、扁平上皮がん（左下パネル）、基底細胞がん（右上パネル）、脂漏性角化症（右下パネル）のＨＥ切片を示す。各スポットは、３００μｍである。
【図２９】基底細胞がんとして分類された脂漏性角化症のＨＥ切片を示す。各スポットは、３００μｍである。
【図３０】基底細胞がんとして分類された脂漏性角化症のＨＥ切片を示す。各スポットは、３００μｍである。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
発明の詳細な説明
略語と定義
１つ以上の好ましい実施形態の詳細な説明は、本明細書に提供されている。しかしながら、本発明が、さまざまな形式で具現化され得ることが、理解される。したがって、本明細書に開示された特定の詳細は、限定として解釈されるべきではなく、特許請求の範囲の根拠として、および当業者に本発明を任意の適切な方法で用いるように教示するための代表的な根拠として解釈されるべきである。
【００１３】
単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が明確に他のことを指示しない限り、複数の言及を含む。特許請求の範囲および／または明細書において「含む」という用語とともに使用されるときの「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」という単語の使用は、「１つ」を意味し得るが、「１つ以上」、「少なくとも１つ」および「１つ以上」の意味とも一致する。
【００１４】
句「例えば」、「など」、「含む」などが本明細書で使用される場合は常に、他に明確に明記されない限り、句「限定することなく」が付随することが理解される。同様に、「一例」、「例示的」などは、非限定的であると理解される。
【００１５】
用語「実質的に」は、意図した目的に悪影響を与えない記述語からの逸脱を可能にする。記述用語は、単語「実質的に」が明確に列挙されていなくても、用語「実質的に」によって修正されることが理解される。したがって、例えば、句「ここで、レバーは垂直に延在する」は、レバーがその機能を実行するのに正確な垂直配置が必要でない限り、「ここで、レバーは実質的に垂直に延在する」を意味する。
【００１６】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、ならびに「有する（ｈａｖｉｎｇ）」および「伴う（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」（および同様に「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「有する（ｈａｓ）」、および「伴う（ｉｎｖｏｌｖｅｓ）」）などは、交換可能に使用され、同じ意味を有している。具体的には、用語それぞれは、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」の一般的な米国特許法の定義と一致して定義され、それ故、非限定用語（ｏｐｅｎ  ｔｅｒｍ）の意味「少なくとも以下の（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｔｈｅ  ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ）」であると解釈され、追加の特徴、限定、態様などを除外しないとも解釈される。したがって、例えば、「工程ａ、ｂ、およびｃを伴うプロセス」は、プロセスが少なくとも工程ａ、ｂ、およびｃを含むことを意味している。用語「１つ（ａ）」、「１つ（ａｎ）」が使用される場合は常に、そのような解釈が文脈において無意味でない限り、「１以上」と理解される。
【００１７】
本明細書で使用される「約」という用語は、本明細書では、おおよそ、大まかに、およそ、またはその領域内を意味するために使用される。「約」という用語が数値範囲とともに使用される場合、それは、記載された数値の上および下の境界を拡張することによってその範囲を変更する。一般に、用語「約」は、本明細書では、数値を、記載された値の上下に２０パーセントの変動（上下）で変更するために使用される。
【００１８】
がん腫
がん腫は、皮膚または肝臓もしくは腎臓などの臓器を覆う組織を構成する、細胞由来のがんの一種である。いくつかの一般的な種類のがん腫は、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、および腺がんを含むが、これらに限定されない。
【００１９】
自己免疫異常
自己免疫異常は、対象自身の細胞に対する免疫応答が高まり、対象の免疫系がそれ自身の組織を攻撃する結果となる状態である。自己免疫異常の非限定的な例は、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチを含む。
【００２０】
タンパク質ベースの検出−質量分析
質量と電荷の固有の特性を利用することにより、質量分析（ＭＳ）は、解決されて、タンパク質を含む、さまざまな錯化合物が確信をもって同定されることができる。従来の定量的ＭＳは、エレクトロスプレーイオン化法（ＥＳＩ）に続いてタンデムＭＳ（ＭＳ／ＭＳ）が使用され（Ｃｈｅｎら，２００１；Ｚｈｏｎｇら，２００１；Ｗｕら，２０００）、一方新しい定量的方法は、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）法に続いて飛行時間型（ＴＯＦ）ＭＳを使用して開発されている（Ｂｕｃｋｎａｌｌら，２００２；Ｍｉｒｇｏｒｏｄｓｋａｙａら，２０００；Ｇｏｂｏｍら，２０００）。本発明によれば、特定のタンパク質の同一性に関係なく、がん腫の等級付けおよびがん腫患者の生存の予測に有用な質量分析プロファイルを生成することができる。
【００２１】
エレクトロスプレーイオン化法
ＥＳＩは、脂質を含む、高極性で、ほとんどが不揮発性の生体分子から気体イオンを生成するために使用された、Ｆｅｎｎと同僚が開発した便利なイオン化技術（Ｆｅｎｎら，１９８９）である。試料は、強い電場が適用されている毛細管を通じて、低流量（１〜１０μＬ／ｍｉｎ）で液体として注入される。場は、毛細管の端で液体に追加の電荷を生成し、質量分析器の入口に静電的に引き付けられた、高度に帯電した液滴の微細スプレーを生成する。液滴が脱溶媒室を通じて移動するので、液滴の表面からの溶媒の蒸発は、その電荷密度を大幅に増加させる。この増加がレイリー安定限界を超えるときに、イオンは排出され、ＭＳ分析のための準備が整う。
【００２２】
典型的な従来のＥＳＩソースは、Ｋａｂａｒｌｅらによって記載された（１９９３）ように、先端がサンプリングオリフィスを中心に持つ電気的に接地された円形インターフェースから約０．５〜５ｃｍ（ただし、通常は１〜３ｃｍ）離れて保持された、直径が通常０．１〜０．３ｍｍの金属毛細管で構成される。１〜５ｋＶ（ただし、より一般的には２〜３ｋＶ）の電位差は、電源によって毛細管に印加され、毛細管の先端に高静電場（１０６〜１０７Ｖ／ｍ）を生成する。質量分析器によって分析される分析物を運ぶ試料液体は、適切なソースから（クロマトグラフから、または液体フローコントローラーを介して試料溶液から直接、など）内部通路を通じて先端に送られる。毛細管内の試料に圧力を加えると、液体は、毛細管の先端を小さな高電荷の液滴として残し、さらに脱溶媒和と分解を受けて、イオンビームの形で単一または多価の気相イオンを形成する。その後、イオンは、接地された（または負に帯電した）インターフェースプレートによって収集され、オリフィスを通じて質量分析器の分析装置に導かれる。この動作中、毛細管に印加された電圧は、一定に保たれる。ＥＳＩソースの構築の態様は、例えば、米国特許第５，８３８，００２号、同第５，７８８，１６６号、同第５，７５７，９９４号、米国再発行特許第３５，４１３号、および同第５，９８６，２５８号に記載され、これらは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００２３】
エレクトロスプレーイオン化タンデム質量分析（ＥＳＩ／ＭＳ／ＭＳ）
ＥＳＩタンデム質量分析（ＥＳＩ／ＭＳ／ＭＳ）では、前駆イオンと生成イオンの両方を同時に分析できるため、単一の前駆生成反応を監視し、所望の前駆イオンが存在する場合にのみ信号を生成する（選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）を通じて）。内部標準が分析物の安定同位体標識バージョンである場合、これは安定同位体希釈法による定量化として知られている。このアプローチは、医薬（Ｚｗｅｉｇｅｎｂａｕｍら，２０００；Ｚｗｅｉｇｅｎｂａｕｍら，１９９９）および生理活性ペプチド（Ｄｅｓｉｄｅｒｉｏら，１９９６；Ｌｏｖｅｌａｃｅら，１９９１）を正確に測定するために使用されている。新しい方法は、より広い質量範囲を分析でき、かつ代謝物、ペプチド、およびタンパク質の定量に使用されている、広く利用可能なＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ機器上で実行された。ペプチドなどの大きな分子は、その化学的性質が分析対象ペプチドと類似している限り、非標識の相同ペプチドを使用して定量できる（Ｄｕｎｃａｎら，１９９３；Ｂｕｃｋｎａｌｌら，２００２）タンパク質の定量は、トリプシン分解ペプチドを定量化することによって達成された（Ｍｉｒｇｏｒｏｄｓｋａｙａら，２０００）。粗抽出物などの複雑な混合物は、分析されることができるが、場合によっては、試料のクリーンアップは、要求される（Ｎｅｌｓｏｎら，１９９４；Ｇｏｂｏｍら，２０００）。
【００２４】
二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）
二次イオン質量分析、またはＳＩＭＳは、数億分の１の検出感度で、質量分析のための表面から放出されたイオン化粒子を使用して、分析方法である。試料表面は、電子、イオン（例えば、Ｏ、Ｃｓ）、中性粒子、または、さらには光子などの一次エネルギー粒子によって衝突され、原子および分子粒子が表面から強制的に排出され、これは、スパッタリングと呼ばれるプロセスである。これらのスパッタ粒子の一部は、電荷を帯びているため、質量分析器は、使用されて、それらの質量および電荷を測定する。継続的なスパッタリングにより、材料が除去されたときに露出された要素の測定が許される。その後これは、要素の深さプロファイルを構築することが許される。二次イオン化粒子の大部分は電子であるが、この方法で質量分析器によって検出および分析されるのは、二次イオンである。
【００２５】
ＬＤ−ＭＳおよびＬＤＬＰＭＳ
レーザ脱離質量分析（ＬＤ−ＭＳ）は、パルスレーザの使用に関与し、これは、効果的に試料サイトから試料材料の脱離を含み、これは、試料基板からの試料の蒸発を意味する。この方法は通常、質量分析器と組み合わせてのみ使用され、適切なレーザ放射波長を使用すれば、イオン化と同時に実行されることができる。
【００２６】
飛行時間（ＴＯＦ）測定と組み合わせると、ＬＤ−ＭＳは、ＬＤＬＰＭＳ（レーザ脱離レーザ光イオン化質量分析）と呼ばれる。分析のＬＤＬＰＭＳ方法は、試料の瞬間的な揮発を可能にし、試料の断片化のこのフォームは、湿式抽出化学を使用せずに迅速な分析を可能にする。ＬＤＬＰＭＳ装置は、保持時間が短く、試料サイズが小さい間に存在する種のプロファイルを提供する。ＬＤＬＰＭＳでは、インパクターストリップは、真空チャンバーにロードされる。パルスレーザは、試料サイトの特定のスポットに発射され、存在する種は、レーザ放射によって脱離、およびイオン化される。このイオン化は、分子がより小さなフラグメントイオンに分解することを引き起こす。その後、作成された正または負のイオンは、フライトチューブの中に加速され、最後にマイクロチャネルプレート検出器によって検出される。信号強度、またはピークの高さは、移動時間の関数として測定される。特定のイオンの印加電圧および電荷は、運動エネルギーを決定し、フラグメントの分離は、サイズが異なるために異なる速度を引き起こしている。したがって、各イオン質量は、検出器までの飛行時間が異なる。
【００２７】
分析のために正イオンまたは負イオンを形成することができる。正イオンは、通常の直接光イオン化法から作られるが、負イオンの形成は、高出力レーザおよび電子を得るための二次プロセスを要求する。試料サイトから出て来るほとんどの分子は、中性であり、電子親和力に基づいて、電子を引き付けることができる。負イオン形成プロセスは、正イオンだけを形成する場合よりも効率的ではない。試料の構成要素は、負イオンスペクトルの見通しにも影響する。
【００２８】
ＬＤＬＰＭＳ方法のその他の利点は、システムを構築してスペクトルのベースラインを静かにする可能性が含まれ、これは、機器を線形モードで操作することによって、共進化ニュートラルがフライトチューブに入らないようにすることができるためである。また、環境分析では、空気中の塩および堆積物は、レーザの脱離およびイオン化を妨げることはない。この機器も非常に感度が高く、事前の抽出前処理なしで天然試料の微量レベルを検出することが知られている。
【００２９】
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳ
その誕生以来および商業的利用可能性のゆえに、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳの多用途性は、定性分析のための広範な使用によって説得力を持って実証されてきた。例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳは、合成ポリマーの特性評価、（Ｍａｒｉｅら，２０００；Ｗｕら，１９９８）。ペプチドおよびタンパク質分析（Ｒｏｅｐｓｔｏｒｆｆら，２０００；Ｎｇｕｙｅｎら，１９９５）、ＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドの配列決定（Ｍｉｋｅｔｏｖａら，１９９７；Ｆａｕｌｓｔｉｃｈら，１９９７；Ｂｅｎｔｚｌｅｙら，１９９６）、および組換えタンパク質の特性評価（Ｋａｎａｚａｗａら，１９９９；Ｖｉｌｌａｎｕｅｖａら，１９９９）に用いられている。最近、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳのアプリケーションは、内因性のペプチドおよびタンパク質成分を特徴付けるために、生体組織および単細胞生物の直接分析を含むように拡張された（Ｌｉら，２０００；Ｌｙｎｎら，１９９９；Ｓｔｏｅｃｋｌｉら，２００１；Ｃａｐｒｉｏｌｉら，１９９７；Ｃｈａｕｒａｎｄら，１９９９；Ｊｅｓｐｅｒｓｅｎら，１９９９）。
【００３０】
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳを人気のある定性的なツールとする特性により、広範囲の質量範囲、高感度、最小限の試料前処理、および迅速な分析時間で分子を分析する能力も、有用な定量ツールにもなる。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳを使用すると、不揮発性で熱に不安定な分子も比較的簡単に分析できる。理論に拘束されることなく、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳは、臨床現場での定量分析、毒物学的スクリーニング、および環境分析に役立つことができる。追加的に、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳをペプチドおよびタンパク質の定量に適用することも、有用である。生体組織および体液中の無傷のタンパク質を定量化する能力は、プロテオミクスの拡大する領域で特定の課題を提示し、研究者は、タンパク質の絶対量を正確に測定するための方法を緊急に必要とする。定量的なＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳアプリケーションの報告はあるが、ＭＡＬＤＩイオン化プロセスに固有の多くの問題があり、その広範な使用が制限されている（Ｋａｚｍａｉｅｒら，１９９８；Ｈｏｒａｋら，２００１；Ｇｏｂｏｍら，２０００；Ｗａｎｇら，２０００；Ｄｅｓｉｄｅｒｉｏら，２０００）。これらの制限は、主に試料／マトリックスの不均一性などの要因に起因し、これは、分析のための観測信号強度の大きな変動、検出器の飽和による制限されたダイナミックレンジ、およびＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳを液体クロマトグラフィーなどのライン分離技術に連結することに伴う問題の原因となる。これらの要因を組み合わせると、定量的測定を行うことができる正確性、精度、および有用性が損なわれると考えられている。
【００３１】
これらの困難のため、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳの定量アプリケーションの実用的な例は、限られている。これまでのほとんどの研究は、農産物または食品中の低質量分析物、特に、アルカロイドまたは有効成分の定量に焦点を当てており（Ｗａｎｇら，１９９９；Ｊｉａｎｇら，２０００；Ｗａｎｇら，２０００；Ｙａｎｇら，２０００；Ｗｉｔｔｍａｎｎら，２００１）、反して、他の研究は、神経ペプチド、タンパク質、抗生物質、または生体組織や体液中のさまざまな代謝産物などの生物学的に関連する分析物の定量化のためのＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳの可能性を実証している（Ｍｕｄｄｉｍａｎら，１９９６；Ｎｅｌｓｏｎら，１９９４；Ｄｕｎｃａｎら，１９９３；Ｇｏｂｏｍら，２０００；Ｗｕら，１９９７；Ｍｉｒｇｏｒｏｄｓｋａｙａら，２０００）。以前の研究では、適切な内部標準が用いられれば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ−ＭＳによって線形検量線を作成できることが示されていた（Ｄｕｎｃａｎら，１９９３）。この標準は、試料間の変動およびショット間の変動の両方を「修正」できる。安定同位体標識された内部標準（アイソトポマー）が最良の結果をもたらす。
【００３２】
抽出の遅延が主な理由で（Ｂａｈｒら，１９９７；Ｔａｋａｃｈら，１９９７）、現代の商用機器で利用できる解像度が著しく改善されたため、低質量分析物だけでなく、生体高分子についても、定量的な作業を他の例に拡張する機会が可能になる。特に興味深いのは、生物学的試料（例えば、プロテオミクスアプリケーション）における絶対的な多成分定量化の見通しである。
【００３３】
ＭＡＬＤＩ方法で使用されたマトリックス材料の特性は、重大である。タンパク質およびポリペプチドの選択的脱離には、特定の化合物グループのみが有用である。ペプチドおよびタンパク質に利用可能なすべてのマトリックス材料を確認すると、分析に役立つために化合物が共有しなければならない特定の特性があるということがわかる。その重要性にもかかわらず、マトリックス材料がＭＡＬＤＩにとって「成功」する理由についてはほとんどわかっていない。うまく機能するいくつかの材料は、すべてのＭＡＬＤＩ実施者によって頻繁に使用されており、新しい分子は、潜在的なマトリックス候補として常に評価されている。いくつかの例外はあるが、使用されるほとんどのマトリックス材料は、固体有機酸である。液体マトリックスも研究されているが、日常的には使用されていない。
【００３４】
免疫組織化学
抗体は、免疫組織化学（ＩＨＣ）による研究のために調製された新鮮凍結および／またはホルマリン固定のパラフィン包埋組織ブロックと組み合わせて使用できる。これらの標本から組織ブロックを調製する方法は、さまざまな予後因子の以前のＩＨＣ研究で成功裏に使用されており、および／または当業者において周知である（Ｂｒｏｗｎら，１９９０；Ａｂｂｏｎｄａｎｚｏら，１９９９；Ａｌｌｒｅｄら，１９９０）。
【００３５】
本発明はまた、免疫組織化学を用いることができる。このアプローチでは、抗体を使用して無傷の組織試料中の抗原を検出および定量化する。組織標本の薄切片は、顕微鏡のスライドに集められる。ホルマリン固定およびパラフィン包埋された試料は、目的の標的タンパク質に対する抗体とのインキュベーションの前に、脱パラフィンおよび抗原回収プロトコールに供する必要がある。脱パラフィンは、スライドをキシレンでインキュベートしてパラフィンを除去した後、段階的にエタノールおよび水を加えて切片を再水和する。抗原の回収は、圧力鍋またはマイクロ波を介して導入し得る熱とともに、トリスまたはクエン酸塩などの緩衝液中で、切片をインキュベートすることを通じて実行される。切片は、直接法または間接法を使用して抗体で染色されることができる。
【００３６】
直接法は、ワンステップ染色法であり、組織切片の抗原と直接反応する標識抗体（例えば、ＦＩＴＣ結合抗血清）に関与する。この手法は１つの抗体のみを使用するため、簡単で迅速であるが、間接法などの、信号増幅が少ないため、感度は低く、間接法よりも一般的に使用されている。
【００３７】
間接法は、組織内の標的抗原に結合する非標識一次抗体（第１の層）と、一次抗体と反応する標識二次抗体（第２の層）に関与する。上述したように、二次抗体は、一次抗体が産生された動物種のＩｇＧに対して産生されなければならない。この方法は、二次抗体が蛍光レポーターまたは酵素レポーターに結合している場合、各一次抗体へのいくつかの二次抗体の結合による信号増幅のため、直接検出戦略よりも感度が高くなる。
【００３８】
質量分析標的タンパク質
本発明は、がん腫のタンパク質ベースの分類を提供する。この分類は、少なくとも２つのペプチドについてのピークの同定に基づいており、その発現はさまざまな病状と相関している。
【００３９】
質量分析プロファイル
一実施形態では、本発明は、皮膚試料のさまざまな領域由来のタンパク質の質量分析プロファイルの検査を提供する。試料は、メラノサイトと間質の両方の成分が含まれており、これらの領域のいずれかまたは両方を検査することができる。
【００４０】
本明細書に記載された分類モデルは、複数のピークを含むペプチドシグネチャーに基づいている。
【００４１】
分類モデル
スペクトル分類は、当業者に既知のさまざまなソフトウェアまたはプロセスのいずれかを使用して達成される。１つの例示的な実施形態では、スペクトル分類は、ＧＮＵプロジェクト（フリーソフトウェア財団、マサチューセッツ州ボストンから入手可能）によって供給されたＲ言語を使用することによって達成される。別の実施形態では、スペクトル分類は、Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｃｓ  Ｉｎｃ．（米国マサチューセッツ州ビレリカ）によって供給されたＣｌｉｎＰｒｏＴｏｏｌｓ統計パッケージを使用することによって達成される。実施形態では、スペクトルは、患者試料から生じ、患者試料に従って編成およびグループ化される。同じ診断に属するすべてのスペクトルは、１つの分析のために読み込まれる２つ以上のクラスを持つクラスとして、ソフトウェアに読み込まれる。すべてのスペクトルは、ベースラインの減算、ノイズレベルの推定、総イオン電流への正規化などの前処理に供された。積分および分析のためのピーク境界は、モノアイソトピックピークの選択によって手動で、または信号−雑音比が３より大きい信号を選択することにより、決定される。その後、ピークデータは、使用されて、分類モデルを作成できる。実施形態では、ピークデータは、基礎となるモデルアルゴリズムが性能に基づいて経験的に選択される、反復相互検証アプローチを使用して分類モデルを作成するために使用される。一実施形態の下でのモデルトレーニングの前に、データは、７０／３０のトレーニング／テスト分割を受ける。データの７０％は、交差検証アプローチを使用するトレーニングのために送信される。残りの３０％は、相互検証後に最終モデルをテストするように予約されている。相互検証アプローチは、トレーニングデータ全体（データ全体の７０％）を７０％のトレーニングと３０％の相互検証にさらに分割する。データの７０％の部分は、トレーニングされ、残りの３０％でテストされる。このプロセスは、データの異なるランダムサブセットで繰り返される。最終モデルは、精度のパフォーマンスに基づいて、選択される。
【００４２】
一実施形態では、分類モデルは、遺伝的アルゴリズムを使用して作成される。一実施形態では、ピークのセットが選択され、スペクトルをそれらの正しい診断に分類するそれらの能力について評価される。その後、その後、このピークのセットは、遺伝的繁殖と同様に、別のピークのセットと交差させることができ、子孫の分類能力を評価できる。親よりもパフォーマンスが高いセットをさらに他のセットと交差させて、最適なピークのセットを決定し、パフォーマンスが低いセットは破棄することができる。この交差および評価は、５０世代以上実行して、診断分類に最適なピークのセットを決定できる。特定の実施形態では、使用されるピークの最大数は、１５個に設定されるが、いくつかの実施形態では、ソフトウェアは、モデルに含める最適数を決定することができる。ピークの最大数は、例えば、最大５０個である。他の実施形態では、最大２０個のピークは、使用される。使用されるピークの数は、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個とすることができる。
【００４３】
モデルが最適化されると、交差検証を通じて評価されることができる。一実施形態は、２０％リーブのままの相互検証アプローチを使用する。この実施形態では、データの２０％のサブセットは、ランダムに選択されて除外することができ、残りの８０％は、使用されて、分類モデルを構築することができる。その後、モデルは、元々除外されていた、２０％に適用でき、分類の精度は、判定されることができる。これは、毎回異なるランダム２０％を省略して、１０回以上の繰り返しで実行できる。
【００４４】
交差検証を通じてモデルが最適化されると、保留されたテストセットを使用してモデルを評価されることができる。例示的なモデル構築フェーズでは、テストセットデータは、各試料グループ由来のデータポイント数の不均衡を回避するように、制約付きの注釈付きデータからランダムに選択される。その後、モデルは、テストセットを分類し、モデルの精度は、真陽性および陰性の数、ならびに偽陽性および陰性の数を見つけることによって判定される。
【００４５】
最適化された分類モデルが確立されると、検証モード、分類モード、またはそれらの組み合わせで新しいデータに適用されることができる。検証モードでは、データは、編成され、それらが属するグループに関して識別される。その後、ソフトウェアは、データを分類し、正しく分類されたスペクトルの割合を報告する分類の精度を評価する。
【００４６】
最終的な分類モデルは、ブラインド方式で新しい、未知のデータに適用されることができる。この分類モードでは、研究者およびソフトウェアは、データの元となった試料の診断に関してブラインド化されている。ソフトウェアは、データを最も一致するグループに分類し、各スペクトルの分類結果のリストを報告する。試料の臨床診断の知識を持つ人は、その後、既知の診断と比較して、分類結果を評価する必要がある。
【００４７】
がん腫治療
がんのステージおよびその他の要因に基づいて、治療の選択肢は、手術、免疫療法、標的療法、化学療法、または放射線療法を含む。
【００４８】
概して、初期のがんは、手術のみで治療できるが、より進行したがんは、補助療法などの複数の治療を含む、しばしば他の治療が必要になる。
【００４９】
免疫療法の非限定的な実施例は、インターフェロン、インターロイキン−２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む。
【００５０】
標的療法の非限定的な実施例は、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む。
【００５１】
化学療法の非限定的な示氏例は、ダカルバジンおよびテモゾロミドを含む。
【００５２】
医薬製剤と投与経路
臨床適用が企図される場合、意図される適用に適切な形態で医薬組成物を調製することが必要であろう。概して、これは、発熱物質もヒトまたは動物に有害であり得る他の不純物も本質的に含まない組成物を調製することを伴う。
【００５３】
「薬学的または薬理学的に許容される」という句は、動物またはヒトに投与された場合に、有害反応、アレルギー反応、または他の望ましくない反応を引き起こさない分子実体および組成物を指すことができる。本明細書で使用されるように、「薬学的に許容される担体」には、例えば、すべての任意の溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などが含まれる。薬学的活性物質のためのそのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野において周知である。補足的な活性成分も、組成物に組み込むことができる。
【００５４】
本発明による必要のある対象の治療のためのこれらの組成物の投与は、標的組織がその経路を介して利用可能である限り、任意の一般的な経路を介する。これは、皮内、皮下、筋肉内、腹腔内、または静脈内注射を含む。特に、腫瘍内経路ならびに腫瘍への局部的および局所的部位は、意図されている。そのような組成物は、通常、上述の、薬学的に許容される組成物として投与されるであろう。
【００５５】
活性化合物は、非経口的または腹腔内に投与され得る。遊離塩基または薬理学的に許容される塩としての活性化合物の溶液は、ヒドロキシプロピルセルロースなどの界面活性剤と適切に混合された水中で調製され得る。分散液はまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、およびそれらの混合物中ならびに油中で調製され得る。保管および使用の通常条件の下で、これらの調製物は、微生物の増殖を防止するための保存剤を含有する。
【００５６】
注射用途に適した医薬形態は、滅菌注射用液剤または分散液の即時調製のための、無菌水溶液または分散液、および滅菌粉末剤を含む。すべての場合において、形態は無菌でなければならず、シリンジによって容易に投与可能な程度に流体でなければならない。それは、製造および保管の条件下で安定でなければならず、細菌および真菌などの微生物の汚染作用から保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、それらの適切な混合物、および植物油を含む溶媒または分散媒であることができる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散液の場合には必要な粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持することができる。微生物の作用の防止は、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなどの、さまざまな抗菌剤および抗真菌剤によってもたらすことができる。多くの場合では、等張剤、例えば、糖または塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射可能な組成物の持続的吸収は、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの吸収を遅延させる薬剤の組成物における使用によって達成することができる。
【００５７】
滅菌注射用液剤は、必要な量の活性化合物を、上記で列挙されたさまざまな他の成分を含む適切な溶媒に組み込み、それに続き、必要に応じて濾過滅菌することによって調製される。概して、分散液は、さまざまな滅菌活性成分を、基本的な分散媒および上に列挙したものからの必要な他の成分を含有する、滅菌ビヒクルの中に組み込むことによって調製される。滅菌注射用液剤の調製のための無菌粉末の場合、好ましい調製方法は、活性成分の粉末と、その前に無菌濾過した溶液からの任意の追加の所望の成分の粉末を生じる真空乾燥および凍結乾燥技術である。
【００５８】
経口投与の場合、本発明のポリペプチドは、水、結合剤、研磨剤、香味剤、発泡剤、および保湿剤を含み得る、賦形剤とともに組み込み得る。
【００５９】
本明細書で使用されるように、「薬学的に許容される担体」には、すべての任意の溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などが含まれる。薬学的活性物質のためのそのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野において周知である。いずれかの従来の媒体または薬剤が活性成分と不適合性である場合を除いて、治療生成物におけるその使用が企図される。補助的な活性成分も、組成物中に組み込まれることができる。
【００６０】
本発明の組成物は、中性または塩の形態で製剤化され得る。薬学的に許容される塩は、例えば、塩酸またはリン酸などの無機酸、もしくは酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などの有機酸によって形成された、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基で形成された）を含む。遊離カルボキシル基で形成される塩はまた、例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、または水酸化第二鉄などの無機塩基、およびイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカインなどの有機塩基から誘導されることができる。
【実施例】
【００６１】
実施例は、本発明のより完全な理解を促進するために以下に提供される。以下の実施例は、本発明を作製および実施する例示的な様式を例示する。しかしながら、本発明の範囲は、これらの実施例に開示されている特定の実施形態に限定されず、代わりの方法を使用して同様の結果を得ることができるため、例示のみを目的としている。
【００６２】
実施例１
ＭＡＬＤＩイメージング質量分析は扁平上皮がん、基底細胞がん、疣贅、および脂漏性角化症を区別する
皮膚扁平上皮病変は、扁平上皮がん、炎症を起こした疣贅、炎症を起こした脂漏性角化症、または炎症を起こして扁平上皮化した基底細胞がんと鑑別するのが難しい場合がある。反応性異型またはサンプリングの争点も、問題を引き起こす可能性がある。
【００６３】
ＭＡＬＤＩ  ＩＭＳは、扁平上皮がん、基底細胞がん、疣贅、脂漏性角化症を区別するための強力な新技術である。
【００６４】
本発明者らの技術は、これら４つの病変タイプを９６％の精度で無作為に区別した。
【００６５】
本明細書で開発されたおよび用いられたアルゴリズムは、既知の臨床転帰をさらに組み込んで、境界病変または曖昧な病変の鑑別を支援することができる。本発明者らは、病変タイプ分類において実質的な意味を持つペプチドを特徴付ける。
【００６６】
ＭＳの前処理：ＭＡＬＤＩ−ＭＳデータの大部分は、数学モデルの品質に影響を与える可能性のある不特定のノイズである（すなわち、モデルは、ノイズに適合し、重要な分子データには適合しない）。この現実に対処するために、特定の実施形態では、ピークのみは、データから選択される。これらの実施形態では、データの次元数は、機械学習とはるかに互換性のある数百の特徴に（数万の特徴（ｍ／ｚｓ）から）削減させる。特徴（分子ピーク）の抽出後、クラス対ピークの表は、構築されることができる。各クラスには複数の観測値があり、各観測値には、数百の特徴がある。
【００６７】
機械学習：実施例１の研究では、データの全体が獲得されたら、本発明者らは、ランダムにトレーニングとテストセットに分割する。トレーニングセットは、試料の７５％で構成され、テストセットは、試料の２５％で構成されている。トレーニング中、テストセットは、トレーニングセットから完全に取り除かれ、テストするデータに分類子が偏ることを防ぐ。トレーニングのために、データの１／１０をランダムにサブセット化し、モデルをトレーニングして、このプロセスを１０回繰り返す（１０×ｋ倍の相互検証）ことによって、トレーニングセットを相互検証する。この手順から、数百のモデルを生成し、テストセットに適用する自己認識の精度が最も高いモデルを選択する。すべての分類が既知であるため、限られたスケールではあるが、テストセット上でモデルの精度を判定し、一般化の度合い（すなわち、実際の設定でのパフォーマンス）の測定値を得ることができる。結果は、未知のデータと、モデルを使用したその分類の表である。
【００６８】
実施例２
菌状息肉症と乾癬の区別：ＭＡＬＤＩイメージング質量分析アプローチ
菌状息肉腫は、皮膚Ｔ細胞リンパ腫の一般的な形態である。従来、診断は困難であったが、乾癬などの他の疾患との区別を支援する診断が強く必要である。イメージング質量分析（ＩＭＳ）は、ＦＦＰＥ組織内の空間的に画定された領域から分子情報を提供する、分析ツールである。皮膚病理では、黒色腫とメラノサイトの母斑を区別するために使用され、成功している。ここでは、菌状息肉腫と乾癬を区別するために、この新しい技術を適用する。この研究では、菌状息肉腫（１０個）または乾癬（１０個）の２０個の患者試料が比較された。５５個のスペクトルは、乾癬から、および５９個のスペクトルは、菌状息肉症試料から収集された。この方法は、乾癬の判定が９４．６％、菌状息肉症の判定が８９．８％の精度を持つ、９２．２％の全体的な分類精度を有する。
【００６９】
同等物
当業者であれば、ルーチンの実験以上のものを使用せずに、本明細書に具体的に記載された特定の物質および手順に対する多数の同等物を認識するであろう、または確認できるであろう。そのような同等物は、本発明の範囲内であると考えられ、以下の請求項によってカバーされる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【国際調査報告】
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