(57)【要約】本発明は、特に、CD117+細胞を減少させること、並びに種々の造血疾患、代謝性障害、がん及び自己免疫疾患を治療すること、に有用な組成物及び方法を提供する。抗体、抗原結合フラグメント、及びそれらのコンジュゲートを適用して、例えば、ヒトのような患者においてCD117+細胞の集団を減少させることによって、これらの症状を治療する効果を発揮することがある、ことが本明細書中に記載される。本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、例えば、CD117+がん細胞又は自己免疫細胞の集団を減少させることによって、障害を直接的に治療することがある。本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、移植処置の前に内因性の造血幹細胞を選択的に減少させることによって、造血幹細胞移植療法のために患者に対して準備をする、及び造血幹細胞移植の移植物が生着することを改善させることができる。【選択図】図１
2021500391.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む単離された抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント：
(a)配列番号(SEQ ID NO):31に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):32に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):33に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):34に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):35に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):36に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(b)配列番号(SEQ ID NO):21に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):22に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):23に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):24に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):25に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):26に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(c)配列番号(SEQ ID NO):41に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):42に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):43に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):44に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):45に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):46に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(d)配列番号(SEQ ID NO):51に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):52に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):53に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):54に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):55に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):56に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(e)配列番号(SEQ ID NO):61に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):62に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):63に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):64に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):65に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):66に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(f)配列番号(SEQ ID NO):71に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):72に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):73に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):74に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):75に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):76に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(g)配列番号(SEQ ID NO):81に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):82に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):83に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):84に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):85に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):86に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(h)配列番号(SEQ ID NO):11に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):12に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):13に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):14に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):15に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):16に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(i)配列番号(SEQ ID NO):91に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):92に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):93に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):94に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):95に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):96に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；又は、
(j)配列番号(SEQ ID NO):101に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):102に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):103に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):104に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):105に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):106に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域。
【請求項２】
以下を含む単離された抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント：
配列番号(SEQ ID NO):127に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):128に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):129に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):130に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):131に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):132に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域、ここで、前記抗体、又はその抗原フラグメントは、アンタゴニスト抗体である。
【請求項３】
以下の何れかを含む単離された抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント：
a)配列番号(SEQ ID NO):133に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):134に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):135に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):136に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):137に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):138に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；又は
b)配列番号(SEQ ID NO):139に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):140に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):141に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):142に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):143に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):144に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域、
ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、中性抗体(neutral antibody)である。
【請求項４】
以下を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント：
(a)配列番号(SEQ ID NO):29に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):30に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(b)配列番号(SEQ ID NO):19に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):20に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(c)配列番号(SEQ ID NO):39に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):40に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(d)配列番号(SEQ ID NO):49に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):50に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(e)配列番号(SEQ ID NO):59に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):60に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(f)配列番号(SEQ ID NO):69に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):70に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(g)配列番号(SEQ ID NO):79に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):80に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(h)配列番号(SEQ ID NO):9に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):10に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(i)配列番号(SEQ ID NO):89に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):90に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；又は
(j)配列番号(SEQ ID NO):99に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):100に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域。
【請求項５】
請求項１〜４の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体、又は抗原結合フラグメントが、バイオレイヤー干渉法(bio-layer interferometry)(BLI)によって測定した場合、1×10-2〜1×10-3、1×10-3〜1×10-4、1×10-5〜1×10-6、1×10-6〜1×10-7、又は1×10-7〜1×10-8の解離速度(KOFF)を有する。
【請求項６】
請求項１〜４の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体、又は抗原結合フラグメントが、バイオレイヤー干渉法(bio-layer interferometry)(BLI)によって測定した場合、約100 nM以下、約90nM以下、約80 nM以下、約70 nM以下、約60 nM以下、約50 nM以下、約40 nM以下、約30 nM以下、約20 nM以下、約10 nM以下、約8 nM以下、約6 nM以下、約4 nM以下、約2 nM以下、約1 nM以下のKDでCD117に結合する。
【請求項７】
請求項１〜６の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントが、ヒトである。
【請求項８】
請求項１〜７の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体がインタクトな抗体である。
【請求項９】
請求項１〜８の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体がIgGである。
【請求項１０】
請求項９に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記IgGがIgG1又はIgG4である。
【請求項１１】
請求項１〜１０の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である。
【請求項１２】
配列番号(SEQ ID NO):122に記載のアミノ酸配列を有する重鎖定常領域；及び／又は配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域を含む、請求項１〜１１の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１３】
D265C、H435A、L234AA、及びL235A(EUインデックスによる番号付け)からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸置換を含むFc領域を含む、請求項１〜１１の何れか一項に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１４】
請求項１３に記載の、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント、ここで、前記Fc領域が、アミノ酸置換D265C、L234A、及びL235A(EUインデックスによる番号付け)を含む。
【請求項１５】
配列番号(SEQ ID NO):109に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖、並びに配列番号(SEQ ID NO):110、配列番号(SEQ ID NO):111、配列番号(SEQ ID NO):112、配列番号(SEQ ID NO):113、及び配列番号(SEQ ID NO):114からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む重鎖、を含むインタクトな抗CD117ヒト抗体。
【請求項１６】
配列番号(SEQ ID NO):115に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖、並びに配列番号(SEQ ID NO):116、配列番号(SEQ ID NO):117、配列番号(SEQ ID NO):118、配列番号(SEQ ID NO):119、及び配列番号(SEQ ID NO):120からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む重鎖、を含むインタクトな抗CD117ヒト抗体。
【請求項１７】
請求項１〜１６の何れか一項に記載の抗体をヒト患者に投与することを含む、ヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法。
【請求項１８】
前記ヒト患者が造血幹細胞移植を必要とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１〜１６の何れか一項に記載の抗CD117又はその抗原結合フラグメントを、血液がんを有するヒト対象に投与することを含む、血液がんを有するヒト対象を治療する方法。
【請求項２０】
前記血液がんが白血病である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１〜１６の何れか一項に記載の抗体又はその抗原結合部分、及び薬学的に許容可能な担体を含む、医薬組成物。
【請求項２２】
リンカーを介して細胞毒素にコンジュゲートした抗CD117抗体を含むコンジュゲート、ここで、前記抗体が、請求項１〜１６の何れか一項に記載の抗体又はその抗原結合部分を含む。
【請求項２３】
前記細胞毒素が、アマトキシン、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体からなる群より選択される、請求項２２に記載のコンジュゲート。
【請求項２４】
前記アマトキシンが、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、及びプロアマヌリンからなる群より選択される、請求項２３に記載のコンジュゲート。
【請求項２５】
式Ab-Z-L-Amによって表されるコンジュゲート、ここで、AbはCD117に特異的に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントである、Lはリンカーである、Zは化学的な部分構造である、及びAmはアマトキシンである、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントはCD117発現細胞に結合した場合に細胞内部に取り込まれる中性抗体(neutral antibody)である、並びにバイオレイヤー干渉法(bio-layer interferometry)(BLI)によって測定した場合、1×10-3〜1×10-6 s-1のヒトCD117との解離速度(KOFF)を有する。
【請求項２６】
請求項２５に記載のコンジュゲート、ここで、前記中性抗体(neutral antibody)は、以下の何れかを含む、
a)配列番号(SEQ ID NO):133に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):134に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):135に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):136に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):137に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):138に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；又は、
b)配列番号(SEQ ID NO):139に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):140に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):141に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):142に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):143に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):144に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域。
【請求項２７】
式Ab-Z-L-Amによって表されるコンジュゲート、ここで、AbはCD117に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントである、Lはリンカーである、Zは化学的な部分構造である、及びAmはアマトキシンである、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、以下を含む： 
(a)配列番号(SEQ ID NO):31に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):32に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):33に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):34に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):35に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):36に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(b)配列番号(SEQ ID NO):21に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):22に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):23に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):24に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):25に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):26に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(c)配列番号(SEQ ID NO):41に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):42に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):43に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):44に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):45に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):46に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(d)配列番号(SEQ ID NO):51に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):52に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):53に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):54に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):55に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):56に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(e)配列番号(SEQ ID NO):61に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):62に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):63に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):64に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):65に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):66に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(f)配列番号(SEQ ID NO):71に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):72に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):73に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):74に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):75に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):76に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(g)配列番号(SEQ ID NO):81に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):82に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):83に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):84に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):85に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):86に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(h)配列番号(SEQ ID NO):11に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):12に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):13に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):14に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):15に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):16に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；
(i)配列番号(SEQ ID NO):91に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):92に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):93に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):94に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):95に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):96に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域；又は、
(j)配列番号(SEQ ID NO):101に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):102に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):103に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域；並びに、配列番号(SEQ ID NO):104に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):105に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):106に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域。
【請求項２８】
式Ab-Z-L-Amによって表されるコンジュゲート、ここで、AbはCD117に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントである、Lはリンカーである、Zは化学的な部分構造である、及びAmはアマトキシンである、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、以下を含む： 
(a)配列番号(SEQ ID NO):29に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):30に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(b)配列番号(SEQ ID NO):19に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):20に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(c)配列番号(SEQ ID NO):39に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):40に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(d)配列番号(SEQ ID NO):49に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):50に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(e)配列番号(SEQ ID NO):59に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):60に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(f)配列番号(SEQ ID NO):69に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):70に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(g)配列番号(SEQ ID NO):79に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):80に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(h)配列番号(SEQ ID NO):9に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):10に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；
(i)配列番号(SEQ ID NO):89に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):90に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；又は
(j)配列番号(SEQ ID NO):99に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):100に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域。
【請求項２９】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記アマトキシン-リンカー・コンジュゲートは、式(I)で表される
【化１】
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ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せである；
並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、前記抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【請求項３０】
請求項２９に記載のコンジュゲート、ここで、L-Zは、
【化２】
2021500391.tif 000126
又は
【化３】
2021500391.tif 000127
である。
【請求項３１】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、Am-L-Zは、式(IA)によって表される、
【化４】
2021500391.tif 000128
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又は NRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せである；
並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、前記抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【請求項３２】
請求項３１に記載のコンジュゲート、ここで、L-Zは、
【化５】
2021500391.tif 000129
である。
【請求項３３】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、Am-L-Zは、式(IB)で表される、
【化６】
2021500391.tif 000130
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せである；
並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、前記抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【請求項３４】
請求項３３に記載のコンジュゲート、ここで、L-Zは、
【化７】
2021500391.tif 000131
である。
【請求項３５】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、コンジュゲートは、以下のうちの一つである：
【化８】
2021500391.tif 000132
ここで、Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である。
【請求項３６】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記コンジュゲートは、
【化９】
2021500391.tif 000133
である。
【請求項３７】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記コンジュゲートは、
【化１０】
2021500391.tif 000134
である。
【請求項３８】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記コンジュゲートは、
【化１１】
2021500391.tif 000135
である。
【請求項３９】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、Am-L-Zは、式(II)、式(IIA)、又は式(IIB)で表される、
【化１２】
2021500391.tif 000136
ここで、Xは、S、SO、又はSO2である；
R1は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーであり、Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される；並びに
R2は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーであり、Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される；
ここで、R1がHの場合、R2がリンカーで、R2がHの場合、R1がリンカーである。
【請求項４０】
XがSOである、R1がリンカーである、及びR2がHである、請求項３９に記載のコンジュゲート。
【請求項４１】
請求項４０に記載のコンジュゲート、ここで、L-Zは、
【化１３】
2021500391.tif 000137
である。
【請求項４２】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントのFcドメイン中のシステイン残基を介して、アマトキシンにコンジュゲートしている。
【請求項４３】
請求項４２に記載のコンジュゲート、ここで、前記システイン残基が、Cys118、Cys239、及びCys265(EUインデックスの番号付けによる)からなる群より選択される。
【請求項４４】
請求項２９、３１又は３３の何れか一項に記載のコンジュゲート、
ここで、R1は、H、OH又はORAである；
R2は、H、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、以下を形成する；
【化１４】
2021500391.tif 000138
R3、R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、ORCである；
R8は、OH又はNH2である；並びに、
R9は、H又はOHである。
【請求項４５】
請求項２９、３１又は３３の何れか一項に記載のコンジュゲート、
ここで、R1及びR2は、それぞれ独立してH、又はOHである；
R3は、RCである；
R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；並びに、
R9は、H又はOHである。
【請求項４６】
請求項２９、３１又は３３の何れか一項に記載のコンジュゲート、
ここで、R1及びR2は、それぞれ独立してH、又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4は、ORC又はRCである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；並びに、
R9は、H又はOHである。
【請求項４７】
請求項２９、３１又は３３の何れか一項に記載のコンジュゲート、
ここで、R1及びR2は、それぞれ独立してH、又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH又はOHである；
R8は、ORC又はNHRCである；並びに、
R9は、H又はOHである。
【請求項４８】
請求項２５〜２８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで前記コンジュゲートは
【化１５】
2021500391.tif 000139
又は
【化１６】
2021500391.tif 000140
の何れかである。
【請求項４９】
請求項２９〜４８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117+細胞によって細胞内部に取り込まれる。
【請求項５０】
請求項２９〜４８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、BLIによって測定した場合、約0.1 pM〜約1 μMのKdでCD117に結合する。
【請求項５１】
請求項２９〜４８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、バイオレイヤー干渉法(bio-layer interferometry)(BLI)アッセイによって測定した場合、約100 nM以下、約90 nM以下、約80 nM以下、約70 nM以下、約60 nM以下、約50 nM以下、約40 nM以下、約30 nM以下、約20 nM以下、約10 nM以下、約8 nM以下、約6 nM以下、約4 nM以下、約2 nM以下、約1 nM以下のKDでCD117に結合する。
【請求項５２】
請求項２９〜４８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、BLIによって測定した場合、約1×10-3s-1〜約1×106s-1のkOFFでCD117に結合する。
【請求項５３】
請求項２９〜４８の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、バイオレイヤー干渉法(bio-layer interferometry)(BLI)によって測定した場合、1×10-2〜1×10-3、1×10-3〜1×10-4、1×10-5〜1×10-6、1×10-6〜1×10-7又は1×10-7〜1×10-8のkOFFでCD117に結合する。
【請求項５４】
請求項２５〜５０の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントはヒトである。
【請求項５５】
請求項２５〜５１の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体はインタクトな抗体である。
【請求項５６】
請求項２５〜５２の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体はIgGである。
【請求項５７】
請求項５３に記載のコンジュゲート、ここで、前記IgGは、IgG1又はIgG4である。
【請求項５８】
請求項２５〜５４の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントはモノクローナル抗体である。
【請求項５９】
請求項２５〜５５の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、配列番号(SEQ ID NO):122に記載のアミノ酸配列を有する重鎖定常領域、及び／又は配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、を含む。
【請求項６０】
請求項２５〜５５の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、D265C、H435A、L234AA、及びL235A(EUインデックスによる番号付け)からなる群より選択される少なくとも1つのアミノ酸置換を含むFc領域を含む。
【請求項６１】
請求項５７に記載のコンジュゲート、ここで、前記Fc領域は、D265C、L234A、及びL235A(EUインデックスによる番号付け)を含む。
【請求項６２】
請求項２５〜５０の何れか一項に記載のコンジュゲート、ここで、前記抗体は、配列番号(SEQ ID NO):109に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖、並びに配列番号(SEQ ID NO):110、配列番号(SEQ ID NO):111、配列番号(SEQ ID NO):112、配列番号(SEQ ID NO):113、及び配列番号(SEQ ID NO):114からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む重鎖、を含むインタクトな抗体である。
【請求項６３】
ヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法であって、前記方法は、前記患者に、有効量の請求項２５〜６２の何れか一項に記載のコンジュゲートを投与することを含む、方法。
【請求項６４】
造血幹細胞移植を必要とするヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法であって、前記方法は、前記患者が造血幹細胞を含む移植物を受ける前に、前記患者に、有効量の請求項２５〜６２の何れか一項に記載のコンジュゲートを投与することを含む、方法。
【請求項６５】
以下を含む方法：
ａ．請求項２５〜６２の何れか一項に記載のコンジュゲートを、ヒト患者に、前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で、投与すること；及び、
ｂ．続いて、造血幹細胞を含む移植物を前記患者に投与すること。
【請求項６６】
前記CD117がGNNK+ CD117である、請求項６３〜６５の何れか一項に記載の方法。
【請求項６７】
請求項６３〜６６の何れか一項に記載の方法、ここで、前記コンジュゲートは、前記患者に投与した後に、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞によって細胞内部に取り込まれる。
【請求項６８】
請求項６３〜６７の何れか一項に記載の方法、ここで、造血幹細胞を含む移植物は、前記コンジュゲートの濃度が前記患者の血中から実質的にクリアランスされた後に、前記患者に投与される。
【請求項６９】
請求項６３〜６７の何れか一項に記載の方法、ここで、前記造血幹細胞を前記患者に移植して2日以上経過した後に、前記造血幹細胞又はその子孫は、造血幹細胞の機能的な可能性を維持している。
【請求項７０】
請求項６３〜６９の何れか一項に記載の方法、ここで、前記造血幹細胞又はその子孫は、造血組織に局在化することができる、及び／又は前記造血幹細胞を前記患者に移植した後に造血を再確立させることができる。
【請求項７１】
請求項６３〜７０の何れか一項に記載の方法、ここで、前記造血幹細胞は、前記患者に移植した時に、巨核球、血小板(thrombocyte)、血小板(platelet)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、Tリンパ球、及びBリンパ球からなる群より選択される細胞の集団を回復させる。
【請求項７２】
請求項６３〜７１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記患者は、幹細胞障害に罹患している。
【請求項７３】
請求項６３〜７１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記患者は、異常ヘモグロビン症障害、骨髄異形成障害、免疫不全障害、又は代謝性障害に罹患している。
【請求項７４】
請求項７３に記載の方法、ここで、前記異常ヘモグロビン症障害は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、及びウィスコット‐アルドリッチ症候群からなる群より選択される。
【請求項７５】
請求項７３に記載の方法、ここで、前記免疫不全障害は、先天性免疫不全症又は後天性免疫不全症である。
【請求項７６】
請求項７５に記載の方法、ここで、前記後天性免疫不全症は、ヒト免疫不全ウイルス又は後天性免疫不全症候群である。
【請求項７７】
請求項７３に記載の方法、ここで、前記代謝性障害は、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、及び異染性白質ジストロフィーからなる群より選択される。
【請求項７８】
請求項６３〜７１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記患者は、がんに罹患している。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法、ここで、前記がんは、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、及び神経芽細胞腫からなる群より選択される。
【請求項８０】
請求項７８に記載の方法、ここで、前記がんは、血液がんである。
【請求項８１】
請求項８０に記載の方法、ここで、前記血液がんは、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、又は多発性骨髄腫である。
【請求項８２】
請求項７８に記載の方法、ここで、前記がんは、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)である。
【請求項８３】
請求項６３〜７１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記患者は、アデノシン・デアミナーゼ欠損症及び重度複合免疫不全症、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus)、多発性硬化症、及び若年性関節リウマチからなる群より選択される障害に罹患している。
【請求項８４】
請求項６３〜７１の何れか一項に記載の方法、ここで、前記患者は、自己免疫障害に罹患している。
【請求項８５】
請求項８４に記載の方法、ここで前記自己免疫障害は、多発性硬化症、ヒト全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、炎症性腸疾患、乾癬の治療、1型糖尿病、急性散在性脳脊髄炎、アジソン病、汎発性脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群、自己免疫性卵巣炎、バロー病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、シャーガス病、慢性疲労免疫不全症候群、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、クローン病、瘢痕性類天疱瘡、セリアック・スプルー疱疹状皮膚炎(coeliac sprue-dermatitis herpetiformis)、寒冷凝集素症、CREST症候群、デゴス病、円板状エリテマトーデス、自律神経障害、子宮内膜症、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症−線維筋炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン‐バレー症候群、橋本甲状腺炎、化膿性汗腺炎、特発性及び／又は急性血小板減少性紫斑病、特発性肺線維症、IgAニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性関節炎、川崎病、扁平苔癬、ライム病、メニエール病、混合性結合組織病、重症筋無力症、ニューロミオトニア、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、視神経炎、オルド甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発軟骨炎、多発性筋炎及び皮膚筋炎、原発性胆汁性肝硬変、結節性多発動脈炎、多内分泌腺症候群、リウマチ性多発筋痛症、原発性無ガンマグロブリン血症(primary agammaglobulinemia)、レイノー現象、ライター症候群、リウマチ熱、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティッフ・パーソン症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎、潰瘍性大腸炎、ぶどう膜炎、血管炎、白斑、外陰部痛、及びヴェーゲナー肉芽腫症、からなる群より選択される。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［関連出願の相互参照］
本出願は、2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576571号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576593号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576625号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576628号；2018年3月2日に出願された米国仮出願第62/638049号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576629号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576626号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576588号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576590号；2018年3月2日に出願された米国仮出願第62/638051号；2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576597号；及び2017年10月24日に出願された米国仮出願第62/576605号の優先権を主張する。各優先出願の内容は、参照により本明細書に取り込まれる。
【０００２】
［シーケンス一覧］
本出願はASCIIフォーマットで電子的に提出された配列リストを含み、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。前記ASCIIコピーは、2018年10月19日に作成し、M103034_1280WO_Sequence Listing.txtと名付け、サイズは136,387 バイトである。
【０００３】
本発明は抗CD117抗体及びその抗体-薬物コンジュゲート(antibody drug conjugates (ADC))、並びに、造血幹細胞等の造血細胞が発現するCD117に結合することができる抗体又はADCを投与することによる、とりわけ、血液疾患、代謝性障害、がん、及び自己免疫疾患等の様々な病態に罹患している患者の治療に関する。
【背景技術】
【０００４】
医療技術の進歩にもかかわらず、特に、特定の血液細胞の疾患等の造血系の病態、代謝性障害、がん、及び自己免疫症状を治療するための需要が依然として存在する。造血幹細胞は有意な治療可能性を有する一方で、臨床でのそれらの使用を妨げている限界は、造血幹細胞移植が確実に宿主において生着することが難しいことに関連している。
【０００５】
内因性の幹細胞を特異的にターゲットし、外因性の造血幹細胞グラフトの生着を促進するためのコンディショニング剤として使用することができて、その結果、これらの細胞の多能性及び造血機能性が、移植後に患者において保存される、組成物が現在必要とされている。
【０００６】
CD117(c-kit又は幹細胞因子レセプター(Stem Cell Factor Receptor (SCFR))とも呼ばれる)は、リガンドである幹細胞因子(SCF)と結合する単一の膜貫通型レセプター・チロシン・キナーゼである。SCFは、cKITのホモ二量体化を誘導してそのチロシン・キナーゼ活性を活性化し、PI3-AKT及びMAPK経路の両方を介してシグナルを伝達する(Kindblomら、Am JPath.1998 152(5):1259)。
【０００７】
CD117は、元々がん遺伝子として発見され、腫瘍学の分野で研究されてきている(例えば、Stankovら(2014) Curr Pharm Des. 20(17):2849-80を参照のこと)。CD117をターゲットとした抗体-薬物コンジュゲート(KTN0158)が、難治性の消化管間質腫瘍(refractory gastrointestinal stromal tumors (GIST))を治療するために現在研究されている(例えば、“KTN0158, a humanized anti-KIT monoclonal antibody, demonstrates biologic activity against both normal and malignant canine mast cells” London et al. (2016) Clin Cancer Res DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-16-2152)。
【０００８】
CD117は造血幹細胞(HSC)に高発現している。この発現パターンによって、CD117は、広範囲の疾患にわたって、コンディショニングをするためのターゲットになる可能性がある。しかしながら、骨髄移植のような移植のために、患者をコンディショニングするのに有効な抗CD117をベースとした治療法が依然として必要である。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
ヒトCD117(c-kitとしても知られる)に特異的に結合する抗体及びその抗原結合部分、並びに前記抗体を使用する組成物及び方法を本明細書に記載する。特に、本明細書中に記載される抗体及びフラグメントは、抗CD117抗体-薬物コンジュゲート(ADC)において使用され得る。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):10に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):9に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、を含む。
【００１１】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):14に記載のCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):15に記載のCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):16に記載のCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含み、並びに、配列番号(SEQ ID NO):11に記載のCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):12に記載のCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):13に記載のCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含む。
【００１２】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):31に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):32に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):33に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):34に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):35に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):36に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１３】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):21に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):22に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):23に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):24に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):25に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):26に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１４】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):41に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):42に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):43に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):44に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):45に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):46に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１５】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):51に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):52に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):53に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):54に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):55に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):56に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１６】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):61に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):62に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):63に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):64に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):65に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):66に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１７】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):71に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):72に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):73に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):74に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):75に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):76に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１８】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):81に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):82に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):83に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):84に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):85に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):86に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００１９】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):11に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):12に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):13に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):14に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):15に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):16に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２０】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):91に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):92に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):93に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):94に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):95に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):96に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２１】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):101に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):102に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):103に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):104に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):105に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):106に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２２】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):127に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):128に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):129に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):130に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):131に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):132に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２３】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):133に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):134に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):135に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):136に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):137に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):138に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２４】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):139に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):140に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):141に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む重鎖可変領域を含み；並びに、配列番号(SEQ ID NO):142に記載のアミノ酸配列を含むCDR1ドメイン、配列番号(SEQ ID NO):143に記載のアミノ酸配列を含むCDR2ドメイン、及び配列番号(SEQ ID NO):144に記載のアミノ酸配列を含むCDR3ドメイン、を含む軽鎖可変領域を含む。
【００２５】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):29に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):30に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００２６】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):19に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):20に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００２７】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):39に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):40に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００２８】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):49に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):50に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００２９】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):59に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):60に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３０】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):69に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):70に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３１】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):79に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):80に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３２】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):9に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):10に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３３】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):89に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):90に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３４】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):99に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号(SEQ ID NO):100に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、アミノ酸置換D265C(EUインデックスによる番号付け)を含むFc領域を含む。
【００３６】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、アミノ酸置換D265C、L234A、及びL2345A(EUインデックスによる番号付け)を含むFc領域を含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、アミノ酸置換D265C及びH435A(EUインデックスによる番号付け)を含むFc領域を含む。
【００３８】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、アミノ酸置換D265C、L234A、L2345A、及びH435A(EUインデックスによる番号付け)を含むFc領域を含む。
【００３９】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、(i)配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、及び(ii)配列番号(SEQ ID NO):122に記載のアミノ酸配列を含む重鎖定常領域、を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、(i)配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、及び(ii)配列番号(SEQ ID NO):123に記載のアミノ酸配列を含む重鎖定常領域、を含む。
【００４１】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、(i)配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、及び(ii)配列番号(SEQ ID NO):124に記載のアミノ酸配列を含む重鎖定常領域、を含む。
【００４２】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、(i)配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、及び(ii)配列番号(SEQ ID NO):125に記載のアミノ酸配列を含む重鎖定常領域、を含む。
【００４３】
いくつかの実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、(i)配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、及び(ii)配列番号(SEQ ID NO):126に記載のアミノ酸配列を含む重鎖定常領域、を含む。
【００４４】
ある実施形態では、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、CD117+細胞によって細胞内部に取り込まれる。
【００４５】
別の実施形態において、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントは、BLIによって測定した場合、約0.1 pM〜約1 μMのKdでCD117に結合する。ある実施形態では、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、バイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)アッセイによって測定した場合、約100 nM以下、約90 nM以下、約80 nM以下、約70 nM以下、約60 nM以下、約50 nM以下、約40 nM以下、約30 nM以下、約20 nM以下、約10 nM以下、約8 nM以下、約6 nM以下、約4 nM以下、約2 nM以下、約1 nM以下のKDでCD117に結合する。更に別の実施形態において、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、BLIによって測定した場合、約1×10-3 s-1〜約1×106 s-1のkOFFでCD117に結合する。更に別の実施形態において、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、バイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)によって測定した場合、1×10-2〜1×10-3、1×10-3〜1×10-4、1×10-5〜1×10-6、1×10-6〜1×10-7又は1×10-7〜1×10-8のkOFFでCD117に結合する。
【００４６】
ある特定の実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、ヒトである。
【００４７】
ある特定の実施形態では、前記抗CD117抗体は、インタクトな抗体である。
【００４８】
ある特定の実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、IgG(例えば、IgG1又はIgG4)である。
【００４９】
ある特定の実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、前記抗体又はその抗原結合フラグメントがモノクローナル抗体である。
【００５０】
ある特定の実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、配列番号(SEQ ID NO):122に記載のアミノ酸配列を有する重鎖定常領域、及び／又は配列番号(SEQ ID NO):121に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域、を含む。
【００５１】
ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、配列番号(SEQ ID NO):109に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖、並びに、配列番号(SEQ ID NO):110、配列番号(SEQ ID NO):111、配列番号(SEQ ID NO):112、配列番号(SEQ ID NO):113、及び配列番号(SEQ ID NO):114からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む重鎖、を含む。
【００５２】
抗体54(Ab54)、抗体55(Ab55)、抗体56(Ab56)、抗体57(Ab57)、抗体58(Ab58)、抗体61(Ab61)、抗体66(Ab66)、抗体67(Ab67)、抗体68(Ab68)、又は抗体69(Ab69)等を含む、本明細書中に記載される抗体、フラグメント、及びADCは、とりわけ、造血系の種々の障害、代謝性障害、がん、及び自己免疫疾患を治療するための組成物及び方法において使用されることがある。更に、本発明は、造血幹細胞移植グラフトの生着を促進するために、造血幹細胞移植療法を受ける前に、ヒト患者のような患者をコンディショニングするための方法を特徴とする。前記患者は、異常ヘモグロビン症又は他の造血病態のような1種以上の血液障害に罹患している患者であり、従って造血幹細胞移植を必要としている。本明細書中に記載されるように、造血幹細胞は、造血系列の多数の細胞型に分化することが可能であり、そして前記患者において、欠損している細胞型を定植させる又は再定植させるために患者に投与されることがある。
【００５３】
本発明は、(i) CD117を発現する細胞の集団(例えば、異常な血液細胞、がん細胞、若しくは自己免疫細胞)を選択的に減少させることによって、特に、本明細書中に記載される血液障害、代謝疾患、がん、若しくは自己免疫疾患のような疾患を直接的に治療し、及び／又は、(ii)前記患者内の内因性の造血幹細胞の集団を減少させる、CD117等(例えば、GNNK+ CD117を含む)、造血細胞が発現するタンパク質を結合し得る抗体及びADCを用いて患者を治療する方法を特徴とする。とりわけ、白血病細胞のようながん性細胞、自己抗原と交差反応するT-細胞レセプターを発現するT-細胞のような自己免疫性リンパ球がCD117を発現することがあるので、前者の活性によって、造血系列の細胞に関連する広範囲の障害を直接的に治療することが可能になる。後者の活性（造血幹細胞を選択的に減少させること）によって空きが作られ、この空きは、次いで、外因性の(例えば、自家、同種、又は同系)造血幹細胞移植グラフトの移植によって埋められることがある。従って、本発明は、とりわけ、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ウィスコット‐アルドリッチ症候群(Wiskott-Aldrich syndrome)、アデノシン・デアミナーゼ欠損症‐重度複合免疫不全症、異染性白質ジストロフィー、ダイアモンド‐ブラックファン貧血(Diamond-Blackfan anemia)及びシュワックマン‐ダイアモンド症候群、ヒト免疫不全(Schwachman-Diamond syndrome)ウイルス感染、及び後天性免疫不全症候群のような種々の造血症状、並びにがん及び自己免疫疾患、を治療する方法を提供する。
【００５４】
第1の態様において、本発明は、CD117に結合し得る抗体又はその抗原結合フラグメントの有効量を投与することによって、ヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法を提供し、ここで、前記抗体又は抗原結合フラグメントは、細胞毒素にコンジュゲートしている。
【００５５】
別の態様において、本発明は、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者において、造血幹細胞を含む移植物を受ける前に、前記患者に、CD117に結合し得る抗体又はその抗原結合フラグメントの有効量を投与することによって、CD117+細胞の集団を減少させる方法を提供し、ここで、前記抗体又は抗原結合フラグメントは、細胞毒素にコンジュゲートしている。
【００５６】
別の態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞を含む移植物をヒト患者に投与すること等を含む、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とする、ここで、前記患者はCD117に結合し得る抗体又はその抗原結合フラグメントを予め投与される、ここで、前記抗体又は抗原結合フラグメントは、細胞毒素にコンジュゲートしている、及び前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で投与される。
【００５７】
更なる態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とし、以下を含む：CD117に結合し得る抗体又はその抗原結合フラグメントをヒト患者に投与すること(ここで、前記抗体又は抗原結合フラグメントは、細胞毒素にコンジュゲートしている、及び前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で投与される)、並びに続いて造血幹細胞を含む移植物を前記患者に投与すること。
【００５８】
本発明の前記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、細胞毒素にコンジュゲートしている。
【００５９】
ある実施形態では、抗CD117コンジュゲートは式Ab-Z-L-Amによって表される、ここで、AbはCD117に特異的に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントであり、Lはリンカーであり、Zは化学的な部分構造であり、及びAmはアマトキシンであり、ここで、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117発現細胞に結合した場合に細胞内部に取り込まれる中性抗体(neutral antibody)であり、そしてバイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)によって測定した場合、1×10-3〜1×10-6s-1のヒトCD117解離速度(KOFF)を有する。
【００６０】
上記の態様の何れにおいても、前記細胞毒素は、例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、α-アマニチン等のアマトキシン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそれらのバリアントであることがある。
【００６１】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記CD117はGNNK+ CD117である。
【００６２】
別の態様において、本発明は造血幹細胞を含む移植物を受ける前に、CD117に結合し得る抗体又はそのフラグメントの有効量を前記患者に投与することによって、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法を提供する。
【００６３】
別の態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞を含む移植物をヒト患者に投与すること等を含む、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とする、ここで、前記患者は、前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で、CD117に結合し得る抗体又はそのフラグメントを予め投与されている。
【００６４】
更なる態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とし、以下を含む：CD117に結合し得る抗体又はそのフラグメントをヒト患者に、前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で、投与すること、及び続いて、造血幹細胞を含む移植物を前記患者に投与すること。
【００６５】
前述の態様の何れかのいくつかの実施形態において、CD117(例えば、GNNK+CD117)に結合する抗体又はそのフラグメントは、ヒト抗体から単離された(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4アイソタイプのヒト抗体から単離された)二量体Fcドメイン等のFcドメインに共有結合している。いくつかの実施形態では、前記Fcドメインは、単一のポリペプチド鎖を含む単量体Fcドメインである。いくつかの実施形態では、前記抗体又はそのフラグメントのN末端は、前記Fcドメインに結合している。いくつかの実施形態では、前記抗体又はそのフラグメントのC末端は、前記Fcドメインに結合している。前記Fcドメインは、前記抗体又はそのフラグメントの1つ以上のコピーにコンジュゲートしていることがある。例えば、本明細書中に記載される方法と共に使用されることがあるコンジュゲートは、Fcドメインの各々のポリペプチド鎖が前記抗体又はそのフラグメントにコンジュゲートしている二量体Fcドメインを含む。前記Fcドメインは、次に、本明細書に記載の細胞毒素等の細胞毒素(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、α-アマニチン等のアマトキシン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそれらのバリアント)にコンジュゲートしていることがある。
【００６６】
前述の態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントは、本明細書中に記載される細胞毒素(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、α-アマニチン等のアマトキシン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそれらのバリアント)のような細胞毒素に共有結合している(ADCを形成する)。いくつかの実施形態では、前記抗体又はそのフラグメントのN末端は、前記細胞毒素にコンジュゲートしている。いくつかの実施形態では、前記抗体又はそのフラグメントのC末端は、前記細胞毒素にコンジュゲートしている。前記細胞毒素は、次に、抗CD117抗体のFcドメインに結合することがある。
【００６７】
いくつかの実施形態では、前記抗体又はそのフラグメントは、前記抗体又はそのフラグメント上のある部位(例えば、前記抗体又はそのフラグメントのN-又はC末端)で細胞毒素に共有結合し、前記抗体又はそのフラグメント上の別の部位(例えば、前記抗体又はそのフラグメントの反対側末端)でFcドメインに共有結合する。
【００６８】
いくつかの実施形態では、前記FcドメインはヒトIgG1アイソタイプFcドメインである。いくつかの実施形態では、前記FcドメインはヒトIgG2アイソタイプFcドメインである。いくつかの実施形態では、前記FcドメインはヒトIgG3アイソタイプFcドメインである。いくつかの実施形態では、前記FcドメインはヒトIgG4アイソタイプFcドメインである。
【００６９】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記細胞毒素は、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、及びプロアマヌリン等のアマトキシン又はその誘導体である。上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記細胞毒素はアマトキシンであり、そして前記細胞毒素にコンジュゲートしている抗体、又はその抗原結合フラグメントは式Ab-Z-L-Amによって表される、ここで、Abは抗体、又はその抗原結合フラグメントであり、Lはリンカーであり、Zは化学的な部分構造であり、及びAmはアマトキシンである。いくつかの実施形態では、前記アマトキシンはリンカーにコンジュゲートしている。いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(I)によって表される、
【化１】
2021500391.tif 000003
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである；並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である。
【００７０】
いくつかの実施形態では、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【００７１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び前記化学的な部分構造Zは、一緒にL-Zとみなされ、
【化２】
2021500391.tif 000004
である、ここで、Sは、CD117に結合する、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基を表す硫黄原子である(例えば、システイン残基の-SH基に由来する)。
【００７２】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３】
2021500391.tif 000005
である。
【００７３】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化４】
2021500391.tif 000006
である。
【００７４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化５】
2021500391.tif 000007
である。
【００７５】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化６】
2021500391.tif 000008
である。
【００７６】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化７】
2021500391.tif 000009
である。
【００７７】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IA)で表され、
【化８】
2021500391.tif 000010
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるであるようなリンカーである； 
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である；並びに、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【００７８】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化９】
2021500391.tif 000011
である。
【００７９】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化１０】
2021500391.tif 000012
【００８０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IB)で表され、
【化１１】
2021500391.tif 000013
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである； 
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である；並びに、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【００８１】
いくつかの実施形態では、RA及びRBは、それらが結合している酸素原子と一緒になって、次式の5員ヘテロシクロアルキル基を形成する：
【化１２】
2021500391.tif 000014
ここで、Yは-(C=O)-、-(C=S)-、-(C=NRE)-、又は-(CRERE')-である；並びに、
RE及びRE'は、それぞれ独立して任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン-RC、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン-RC、任意選択的に置換されたシクロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたアリーレン-RC、又は任意選択的に置換されたヘテロアリーレン-RC、である。
【００８２】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、以下を形成する：
【化１３】
2021500391.tif 000015
R3は、H、又はRCである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H、又はOHである；並びに、
ここで、RC及びRDは、それぞれ上記に規定した通りである。
【００８３】
いくつかの実施形態では、Amは式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1はH、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、以下を形成する：
【化１４】
2021500391.tif 000016
R3は、H、又はRCである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH、OH、ORC、RC、又はORDである；
R6及びR7は、それぞれHである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H、又はOHである；並びに、
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【００８４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1はH、OH、又はORAである；
R2は、H、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、以下を形成する：
【化１５】
2021500391.tif 000017
R3、R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、ORCである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【００８５】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3は、RCである；
R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【００８６】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4とR5は、それぞれ独立してH、OH、ORC、又はRCである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【００８７】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH又はOHである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H又はOHである；並びに、
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【００８８】
いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び前記化学的な部分構造Zは、一緒にL-Zとみなされ、
【化１６】
2021500391.tif 000018
である。
【００８９】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化１７】
2021500391.tif 000019
である。
【００９０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(II)、式(IIA)、又は式(IIB)で表される、
【化１８】
2021500391.tif 000020
ここで、XはS、SO、又はSO2である；R1は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；並びにR2は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；ここで、R1がHである場合、R2はリンカーであり、R2がHである場合、R1はリンカーである。
【００９１】
いくつかの実施形態では、XはSO、R1はリンカー、及びR2はHである。
【００９２】
いくつかの実施形態では、R1はリンカー及びR2はHであり、並びに前記リンカー及び化学的な部分構造は、L-Zとして一緒になって、
【化１９】
2021500391.tif 000021
である。
【００９３】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化２０】
2021500391.tif 000022
である。
【００９４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化２１】
2021500391.tif 000023
である。
【００９５】
いくつかの実施形態では、前記コンジュゲートは式(IV)で表される。いくつかの実施形態では、前記コンジュゲートは式(IVA)で表される。いくつかの実施形態では、前記コンジュゲートは式(IVB)で表される。
【００９６】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z前駆体は、
【化２２】
2021500391.tif 000024
である。
ここで、そのマレミドは、前記抗体中のシステインに見出されるチオール基と反応する。
【００９７】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z前駆体は、
【化２３】
2021500391.tif 000025
である。
ここで、そのマレミドは、前記抗体中のシステインに見出されるチオール基と反応する。
【００９８】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記細胞毒素は、DM1及びDM4からなる群より選択されるメイタンシノイドである。いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はモノメチル・アウリスタチンE及びモノメチル・アウリスタチンFからなる群より選択されるアウリスタチンである。いくつかの実施形態では、前記細胞毒素は、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、及びイダルビシンからなる群より選択されるアントラサイクリンである。
【００９９】
別の態様において、本発明は、GNNK+CD117に結合し得る抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCの有効量を投与することによって、ヒト患者においてCD117+細胞の集団を減少させる方法を特徴とする。
【０１００】
更に、本発明は、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者において、造血幹細胞を含む移植物を受ける前に、前記患者に、GNNK+CD117に結合し得る抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCの有効量を投与することによって、CD117+細胞の集団を減少させる方法を特徴とする。
【０１０１】
別の態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞を含む移植物をヒト患者に投与すること等を含む、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とする、ここで、前記患者は、前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で、GNNK+CD117に結合し得る抗体、又はその抗原結合フラグメント、又はADCを予め投与されている。
【０１０２】
更なる態様において、本発明は、例えば、造血幹細胞移植を必要とするヒト患者を治療する方法を特徴とし、以下を含む：前記患者においてCD117+細胞の集団を減少させるのに充分な量で、GNNK+CD117に結合し得る抗体、又はその抗原結合フラグメント、又はADCを前記ヒト患者に投与すること、及び、続いて、造血幹細胞を含む移植物を前記患者に投与すること。
【０１０３】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ポリクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ヒト化抗体又はその抗原結合フラグメント、バイスペシフィック抗体(bispecific antibody)又はその抗原結合フラグメント、二重可変免疫グロブリン・ドメイン(dual-variable immunoglobulin domain)、一本鎖Fv分子(scFv)、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャッフォルド、Fvフラグメント、Fabフラグメント、F(ab')2分子、及びタンデムdi-scFvからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、前記抗体は、IgG、IgA、IgM、IgD、及びIgEからなる群より選択されるアイソタイプを有する。
【０１０４】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCは、造血幹細胞のような造血細胞、がん細胞、又は自己免疫細胞によって、前記患者への投与後に細胞内部に取り込まれる。例えば、前記抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCは、(例えば、GNNK+ CD117のような細胞表面CD117への結合時に)レセプター媒介エンドサイトーシスによって、造血幹細胞、がん細胞、又は自己免疫細胞によって細胞内部に取り込まれることがある。いくつかの実施形態では、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合した細胞毒素は、化学的切断(例えば、本明細書中に記載されるリンカーの酵素的又は非特異的切断)によって細胞内に放出されることがある。次いで、前記細胞毒素は、その細胞内ターゲット(特に、有糸分裂紡錘体装置、核DNA、リボソームRNA、又はトポイソメラーゼなど)に接近して、とりわけ、内因性造血細胞（例えば、移植療法前の内因性造血幹細胞）、内因性がん細胞、又は内因性自己免疫細胞の死を促進することがある。
【０１０５】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCは、とりわけ、造血幹細胞のような造血細胞、がん細胞、又は自己免疫細胞等のネクローシスを促進することができる。いくつかの実施形態では、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、前記患者に投与した時に、1種以上の補体タンパク質、ナチュラル・キラー細胞、マクロファージ、好中球、及び／又は好酸球を造血幹細胞等の細胞を動員することによって、移植療法前の造血幹細胞、内因性がん細胞、又は内因性自己免疫細胞の死を促進することがある。
【０１０６】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、造血幹細胞を含む移植物を、前記抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCの濃度が、前記患者の血中から実質的にクリアランスされた後に、前記患者に投与する。
【０１０７】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記造血幹細胞又はその子孫細胞は、前記造血幹細胞を前記患者に移植した後の2日以上(例えば、約2〜約5日、約2〜約7日、約2〜約20日、約2〜約30日、例えば、2日、3日、4日、5日、6日、7日、8日、9日、10日、11日、12日、13日、14日、15日、16日、17日、18日、19日、20日、21日、22日、23日、24日、25日、26日、27日、28日、29日、30日又はそれ以上)後に、造血幹細胞の機能的な可能性を維持している。
【０１０８】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記造血幹細胞又はその子孫細胞は、造血組織(例えば、骨髄)に局在し得、及び／又は前記造血幹細胞を前記患者に移植した後に造血を再確立し得る。
【０１０９】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、前記造血幹細胞は、前記患者に移植をした時に、巨核球、血小板(thrombocytes)、血小板(platelets)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア、顆粒球、単球、破骨細胞,抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、Tリンパ球、及びBリンパ球からなる群より選択される細胞の集団を回復させる。
【０１１０】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、本方法を使用して、例えば、移植した造血幹細胞がホーミングし得るニッチを提供するために、造血幹細胞移植療法の前に、患者において造血幹細胞の集団を減少させることによる等、1種以上の障害を治療する。移植後、前記造血幹細胞は生産的な造血を確立し、その結果、患者において欠損している細胞型、又は、例えば、化学療法的な方法によって、能動的に殺される、又は殺された細胞型を補充することがある。例えば、前記患者は、幹細胞障害を患っている患者であってもよい。いくつかの実施形態では、前記患者は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、及びウィスコット‐アルドリッチ症候群等の異常ヘモグロビン症障害に罹患している。前記患者は、先天性免疫不全症障害又は後天性免疫不全症障害(例えば、ヒト免疫不全ウイルス又は後天性免疫不全症候群)のような免疫不全疾患に罹患していることがある。いくつかの実施形態では、前記患者は、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、及び異染性白質ジストロフィー等の代謝性障害に罹患している。いくつかの実施形態では、前記患者は、アデノシン・デアミナーゼ欠損症と重度複合免疫不全症、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus)、及び若年性関節リウマチからなる群より選択された障害に罹患している。いくつかの実施形態では、前記患者は、強皮症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、クローン病、及びI型糖尿病等の自己免疫疾患に罹患している。いくつかの実施形態では、前記患者は、血液がん等のがん又は骨髄増殖性疾患に罹患している。いくつかの実施形態では、前記患者は、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)に罹患している。いくつかの実施形態では、前記患者は、骨髄異形成症候群のような骨髄異形成疾患に罹患している。
【０１１１】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、本方法を使用して、患者においてCD117+がん細胞の集団を減少させる、抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与することによって、及び／又は造血幹細胞移植の前に内因性造血幹細胞の集団を減少させるために、抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与することによって、CD117+細胞を特徴とするがん(例えば、CD117+細胞を特徴とする白血病)等のがんを、直接的に治療する。後者のケースでは、例えば、がん細胞を根絶するプロセスの間に減少した細胞の集団を、前記移植により、今度は再構成することができる。前記がんは、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)等の血液がんである。
【０１１２】
上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、本方法を使用して、CD117+自己免疫細胞の集団を減少させるように抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADCを投与することによって、及び／又は造血幹細胞移植の前に内因性造血幹細胞の集団を減少させるために、抗体、又はその抗原結合フラグメントの投与によって、自己免疫疾患を治療する。後者のケースでは、例えば、自己免疫細胞を根絶するプロセスの間に減少した細胞の集団を、前記移植により、今度は再構成することができる。前記自己免疫疾患は、例えば、強皮症、多発性硬化症(MS)、ヒト全身性エリテマトーデス(SLE)、関節リウマチ(RA)、炎症性腸疾患(IBD)、乾癬の治療、1型糖尿病(1型糖尿病)、急性播種性脳脊髄炎（ADEM）、アジソン病、汎発性脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群(APS)、再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患(AIED)、自己免疫性リンパ増殖症候群（ALPS）、自己免疫性卵巣炎、バロー病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、シャーガス病、慢性疲労性免疫不全症候群(CFIDS)、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、クローン病、瘢痕性類天疱瘡、セリアック・スプルー疱疹状皮膚炎(coeliac sprue-dermatitis herpetiformis)、寒冷凝集素症、CREST症候群、デゴス病、円板状エリテマトーデス、自律神経障害、子宮内膜症、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症‐線維筋炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギランバレー症候群(GBS)、橋本甲状腺炎、化膿性汗腺炎、特発性及び／又は急性血小板減少性紫斑病、特発性肺線維症、IgAニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性関節炎、川崎病、扁平苔癬、ライム病、メニエール病、混合性結合組織病(MCTD)、重症筋無力症、ニューロミオトニア、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群(OMS)、視神経炎、オルド甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発軟骨炎、多発性筋炎及び皮膚筋炎、原発性胆汁性肝硬変、結節性多発動脈炎、多内分泌腺症候群、リウマチ性多発筋痛症、原発性無ガンマグロブリン血症(primary agammaglobulinemia)、レイノー現象、ライター症候群、リウマチ熱、サルコイドーシス、強皮症、シューグレン症候群、スティッフ・パーソン症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎(「巨細胞性動脈炎」としても知られる)、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、血管炎、白斑、外陰部痛(「外陰部前庭炎」)、及びヴェーゲナー肉芽腫症であることがある。
【０１１３】
従って、上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、本発明は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、ウィスコット‐アルドリッチ症候群等の異常ヘモグロビン症障害を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、先天性免疫不全症障害又は後天性免疫不全症障害(例えば、ヒト免疫不全ウイルス又は後天性免疫不全症候群)のような免疫不全障害を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、及び異染性白質ジストロフィー等の代謝性障害を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、アデノシン・デアミナーゼ欠損症と重度複合免疫不全症、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus)、及び若年性関節リウマチからなる群より選択された障害を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、強皮症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、クローン病、又はI型糖尿病等の自己免疫疾患を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、血液がん等のがん又は骨髄増殖性疾患を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明は、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma) を治療する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、前記患者は、骨髄異形成症候群のような骨髄異形成疾患に罹患している。これらの実施形態では、前記方法は、CD117(例えば、GNNK+CD117)に結合する抗体、若しくはその抗原結合フラグメント、又はADC、及び／又は造血幹細胞移植物を、本発明の上記の態様及び実施形態の何れかの方法に従って、投与する工程を含むことがある。
【０１１４】
同様に、上記の態様の何れかのいくつかの実施形態において、本発明は、CD117+細胞を特徴とするがん(例えば、CD117+細胞を特徴とする白血病)のようながんを直接的に治療する方法を提供する。これらの実施形態において、前記方法はCD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与することを包含する。前記がんは、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)等の血液がんであることがある。
【０１１５】
更に、上記の態様の何れかの実施形態において、本発明は、例えば、多発性硬化症(MS)、ヒト全身性エリテマトーデス(RA)、関節リウマチ(IBD)、炎症性腸疾患(IBD)、乾癬の治療、1型糖尿病(1型糖尿病)、急性播種性脳脊髄炎（ADEM）、アジソン病、汎発性脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群(APS)、再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患(AIED)、自己免疫性リンパ増殖症候群（ALPS）、自己免疫性卵巣炎、バロー病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、シャーガス病、慢性疲労性免疫不全症候群(CFIDS)、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、クローン病、瘢痕性類天疱瘡、セリアック・スプルー疱疹状皮膚炎(coeliac sprue-dermatitis herpetiformis)、寒冷凝集素症、CREST症候群、デゴス病、円板状エリテマトーデス、自律神経障害、子宮内膜症、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症‐線維筋炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギランバレー症候群(GBS)、橋本甲状腺炎、化膿性汗腺炎、特発性及び／又は急性血小板減少性紫斑病、特発性肺線維症、IgAニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性関節炎、川崎病、扁平苔癬、ライム病、メニエール病、混合性結合組織病(MCTD)、重症筋無力症、ニューロミオトニア、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群(OMS)、視神経炎、オルド甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発軟骨炎、多発性筋炎及び皮膚筋炎、原発性胆汁性肝硬変、結節性多発動脈炎、多内分泌腺症候群、リウマチ性多発筋痛症、原発性無ガンマグロブリン血症(primary agammaglobulinemia)、レイノー現象、ライター症候群、リウマチ熱、サルコイドーシス、強皮症、シューグレン症候群、スティッフ・パーソン症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎(「巨細胞性動脈炎」としても知られる)、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、血管炎、白斑、外陰部痛(「外陰部前庭炎」)、及びヴェーゲナー肉芽腫症等の自己免疫疾患を治療する方法を提供する。これらの実施形態において、前記方法は、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与することを包含する。
【０１１６】
別の態様において、本発明は、CD117+(例えば、GNNK+CD117+)細胞の集団を、式Ab-Z-L-Amによって表される有効量のコンジュゲート(又はADC)と前記集団を接触させることにより、減少させる方法を特徴とする、ここで、AbはCD117に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントであり、Zは化学的な部分構造であり、Lはリンカーであり、Amはアマトキシンである。Am-L-Zは、式(IA)によって表されることがある、
【化２４】
2021500391.tif 000026
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるであるようなリンカーである；並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び前記化学的な部分構造Zは、一緒にL-Zとみなされ、
【化２５】
2021500391.tif 000027
である。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化２６】
2021500391.tif 000028
である。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化２７】
2021500391.tif 000029
である。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IB)で表され、
【化２８】
2021500391.tif 000030
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである； 
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である；並びに、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び前記化学的な部分構造Zは、一緒にL-Zとみなされ、
【化２９】
2021500391.tif 000031
である。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３０】
2021500391.tif 000032
である。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは次の何れかである
【化３１】
2021500391.tif 000033
、
ここで、XはS、SO又はSO2である。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、Ab-Z-L-Amは
【化３２】
2021500391.tif 000034
である。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、Ab-Z-L-Amは
【化３３】
2021500391.tif 000035
である。
【０１２６】
別の態様では、本発明は、式Ab-Z-L-Amによって表されるコンジュゲートを特徴とする、ここで、AbはCD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントであり、Amはアマトキシンである。いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、上記式(I)、(IA)、(IB)、(II)、(IIA)又は(IIB)で表される。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、 前記コンジュゲートのリンカー-化学的な部分構造-アマトキシン部分(Am-L-Z)は、式(IA)によって表される
【化３４】
2021500391.tif 000036
、
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ジペプチド、-(C=O)-、ペプチド、又はそれらの組合せである；並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３５】
2021500391.tif 000037
である
【０１２９】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３６】
2021500391.tif 000038
である。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IB)で表される
【化３７】
2021500391.tif 000039
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4、R5、R6、及びR7は、それぞれ独立してH、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ジペプチド、-(C=O)-、ペプチド、又はそれらの組合せである；並びに、
Zは、L上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３８】
2021500391.tif 000040
である。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化３９】
2021500391.tif 000041
である。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(II)、式(IIA)又は式(IIB)で表される、
【化４０】
2021500391.tif 000042
ここで、XはS、SO、又はSO2である；
R1は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；並びに、
R2は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；
ここで、R1がHである場合、R2はリンカーであり、R2がHである場合、R1はリンカーである。
【０１３４】
ある実施形態では、XはSO、R1はリンカー、及びR2はHである。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、L-Zは
【化４１】
2021500391.tif 000043
である。
【０１３６】
前述の2つの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントのFcドメイン内のシステイン残基を介して、アマトキシンにコンジュゲートしている。いくつかの実施形態では、前記システイン残基は、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントのFcドメイン内に、変異によって導入されている。例えば、前記システイン残基は、Cys118、Cys239、及びCys265(例えば、D265C)からなる群より選択されることがある。
【０１３７】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記システイン残基は、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントのFcドメイン内に、天然なものとして存在する。例えば、前記Fcドメインは、ヒトIgG1 Fcドメイン等のIgG Fcドメインであることがあり、前記システイン残基はCys261、Csy321、Cys367、及びCys425からなる群より選択されることがある。
【０１３８】
これらの態様のいくつかの実施形態において、R1は、H、OH、又はORAである；
R2は、H、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、以下を形成する：
【化４２】
2021500391.tif 000044
R3、R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、ORCである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
Xは-S-、-S(O)-、又は-SO2-である。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、R1とR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3は、RCである；
R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
Xは-S-、-S(O)-、又は-SO2-である。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、R1とR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4は、ORC又はRCである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；並びに、
Xは-S-、-S(O)-、又は-SO2-である。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、R1とR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH又はOHである；
R8は、ORC 又はNHRCである；
R9は、H又はOHである；並びに、
Xは-S-、-S(O)-、又は-SO2-である。
【０１４２】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117+細胞によって細胞内部に取り込まれる。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化４３】
2021500391.tif 000045
である。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化４４】
2021500391.tif 000046
である。
【０１４５】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117に、1 μM未満、750 nM未満、500 nM未満、250 nM未満、200 nM未満、150 nM未満、100 nM未満、75 nM未満、50 nM未満、10 nM未満、1 nM未満、0.1 nM未満、10 pM未満、1 pM未満、又は0.1 pM未満のKdで結合する。いくつかの実施形態では、前記Kdは約0.1 pMから約1 μMである。
【０１４６】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、約9×10-2 M-1s-1〜約1×102M-1s-1のkonでCD117に結合する。
【０１４７】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117が第2の抗体、又はその抗原結合フラグメントに結合することを競合的に阻害するか、又は第2の抗体と同じエピトープに結合する、ここで、前記第2の抗体、又はその抗原結合フラグメントは、以下の相補性決定領域(CDR)を有する：アミノ酸配列SYWIG(配列番号(SEQ ID NO):1)を有するCDR-H1；アミノ酸配列IIYPGDSDTRYSPSFQG (配列番号(SEQ ID NO):2)を有するCDR-H2；アミノ酸配列HGRGYNGYEGAFDI (配列番号(SEQ ID NO):3)を有するCDR-H3；アミノ酸配列RASQGISSALA(配列番号(SEQ ID NO):4)を有するCDR-L1；アミノ酸配列DASSLES(配列番号(SEQ ID NO):5)を有するCDR-L2；及びアミノ酸配列CQQFNSYPLT(配列番号(SEQ ID NO):6)を有するCDR-L3。
【０１４８】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、CD117が第2の抗体、又はその抗原結合フラグメントに結合することを競合的に阻害するか、又は第2の抗体と同じエピトープに結合する、ここで、前記第2の抗体、又はその抗原結合フラグメントは、以下の相補性決定領域(CDR)を有する：配列番号(SEQ ID NO):11に示されるアミノ酸配列を有するCDR-H1；配列番号(SEQ ID NO):12に示されるアミノ酸配列を有するCDR-H2；配列番号(SEQ ID NO):13に示されるアミノ酸配列を有するCDR-H3；配列番号(SEQ ID NO):14に示されるアミノ酸配列を有するCDR-L1；配列番号(SEQ ID NO):15に示されるアミノ酸配列を有するCDR-L2；及び配列番号(SEQ ID NO):16に示されるアミノ酸配列を有するCDR-L3。
【０１４９】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物及び方法は、抗CD117抗体Ab67を含む。
【０１５０】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物及び方法は、配列番号(SEQ ID NO):9に記載される可変重鎖アミノ酸配列、及び配列番号(SEQ ID NO):10に記載される軽鎖アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗CD117抗体、を含む。
【０１５１】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ポリクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ヒト化抗体又はその抗原結合フラグメント、バイスペシフィック抗体(bispecific antibody)又はその抗原結合フラグメント、二重可変免疫グロブリン・ドメイン(dual-variable immunoglobulin domain)、一本鎖Fv分子(scFv)、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャッフォルド、Fvフラグメント、Fabフラグメント、F(ab')2分子、及びタンデムdi-scFVからなる群より選択される。
【０１５２】
別の態様において、本発明は、式Ab-Cyによって表されるコンジュゲートを特徴とする、ここで、Abは、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメントであり、及びCyは細胞毒素である。この態様のいくつかの実施形態では、前記細胞毒素は、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、又はインドリノベンゾジアゼピン二量体、又は前記細胞毒素の何れかのバリアントである。
【０１５３】
この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ポリクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント、ヒト化抗体又はその抗原結合フラグメント、バイスペシフィック抗体(bispecific antibody)又はその抗原結合フラグメント、二重可変免疫グロブリン・ドメイン(dual-variable immunoglobulin domain)、一本鎖Fv分子(scFv)、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャッフォルド、Fvフラグメント、Fabフラグメント、F(ab')2分子、及びタンデムdi-scFVからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、前記抗体は、IgG、IgA、IgM、IgD、及びIgEからなる群より選択されるアイソタイプを有する。
【０１５４】
別の態様では、本発明は、ヒト抗体から単離された(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4アイソタイプのヒト抗体から単離された)二量体Fcドメイン等のFcドメインに共有結合した、CD117(例えば、GNNK+CD117)に結合する抗体又はそのフラグメントを特徴とする。この態様のいくつかの実施形態において、前記Fcドメインは、単一のポリペプチド鎖を含む単量体Fcドメインである。この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントのN末端は、前記Fcドメインに結合している。この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントのC末端は、前記Fcドメインに結合している。前記Fcドメインは、前記抗体又はそのフラグメントの1つ以上のコピーにコンジュゲートすることがある。例えば、本明細書中に記載されるコンジュゲートは、Fcドメインの各々のポリペプチド鎖が前記抗体又はそのフラグメントにコンジュゲートしている二量体Fcドメインを含む。次に、前記Fcドメインは、本明細書に記載される細胞毒素等(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、α-アマニチン等のアマトキシン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそれらのバリアント)の細胞毒素にコンジュゲートすることがある。
【０１５５】
この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントは、本明細書中に記載される細胞毒素等(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、α-アマニチン等のアマトキシン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそれらのバリアント)の細胞毒素に共有結合している。この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントのN末端は、前記細胞毒素に結合している。この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントのC末端は、前記細胞毒素に結合している。次に、前記細胞毒素は、Fcドメインにコンジュゲートすることがある。
【０１５６】
この態様のいくつかの実施形態において、前記抗体又はそのフラグメントは、前記抗体又はそのフラグメント上の1つの部位(例えば、前記抗体又はそのフラグメントのN-又はC末端)で、前記細胞毒素に共有結合し、及び前記抗体又はそのフラグメント上の別の部位(例えば、前記抗体又はそのフラグメントの反対側末端)でFcドメインに共有結合する。
【０１５７】
この態様のいくつかの実施形態において、前記Fcドメインは、ヒトIgG1アイソタイプFcドメインである。この態様のいくつかの実施形態において、前記Fcドメインは、ヒトIgG2アイソタイプFcドメインである。この態様のいくつかの実施形態において、前記Fcドメインは、ヒトIgG3アイソタイプFcドメインである。この態様のいくつかの実施形態において、前記Fcドメインは、ヒトIgG4アイソタイプFcドメインである。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、前述の方法及び組成物は、Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、又はAb69の何れか1つについて、表１０に記載の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列に記載のCDRを含む、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントを、含む。ある特定の実施形態では、前述の方法及び組成物は、Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、又はAb69の何れか1つについて、表１０に記載の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列に記載の可変領域を含む、抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントを、含む。ある特定の実施形態では、前述の方法及び組成物は、Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、又はAb69の何れか1つについて、表１０に記載の重鎖及び軽鎖アミノ酸配列に記載の可変領域を含む、IgG1抗CD117抗体又はその抗原結合フラグメントを、含む。
【図面の簡単な説明】
【０１５９】
【図１】図１は、33.3 nM及び11 nMの濃度の精製ヒトCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)への、記した精製IgG(センサー関連)の結合を、経時的に、バイオレイヤー干渉法(BLI)によって、計測したことを示す。
【図２】図２Ａ及び２Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子(SCF)依存的な増殖に対する、記した各抗体の用量依存性の効果を示す、in vitro細胞増殖アッセイの結果を、グラフで示す。3100 mAb、HC-67/LC-67(即ち、Ab67)IgG、又はコントロールが存在する下で、3100 mAb、HC-67/LC-67(即ち、Ab67)IgG、又はコントロールの濃度を変えた場合の(x軸)、フロー・サイトメトリーによって測定される、全生細胞数(図２Ａ)又は生存CD34+ CD90+細胞数(図２Ｂ)(y軸)を示す。
【図３】図３Ａ及び３Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の生存性に対する、記した各ADCの用量依存性の効果を示すin vitro細胞傷害アッセイの結果を、グラフで示す。HC-67/LC-67 ADC (即ち、Ab67 ADC)又はコントロールが存在する下で、HC-67/LC-67 ADC(即ち、Ab67 ADC)又はコントロールの濃度を変えた場合の(x軸)、全生細胞数(図３Ａ)又は生存CD34+CD90+細胞数(図３Ｂ)(y軸)を示す。
【図４】図４は、33.3 nM及び11 nMの濃度の精製ヒトCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)への、記した精製IgG(センサー関連)の結合を、経時的に、バイオレイヤー干渉法(BLI)によって、計測したことを示す。
【図５】図５Ａ及び５Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子(SCF)依存的な増殖に対する、記した各抗体の用量依存性の効果を示す、in vitro細胞増殖アッセイの結果を、グラフで示す。3100 mAb、HC-55/LC-55 IgG(Ab55 IgG)、又はコントロールが存在する下で、3100 mAb、HC-55/LC-55 IgG(Ab55 IgG)、又はコントロールの濃度を変えた場合の(x軸)、フロー・サイトメトリーによって測定される、全生細胞数(図５Ａ)又は生存CD34+ CD90+細胞数(図５Ｂ)(y軸)を示す。
【図６】図６Ａ及び６Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の生存性に対する、記した各ADCの用量依存性の効果を示す、in vitro細胞傷害アッセイの結果を、グラフで示す。HC-55/LC-55 ADC (Ab55 ADC)又はコントロールが存在する下で、HC-55/LC-55 ADC (Ab55 ADC)又はコントロールの濃度を変えた場合の(x軸)、全生細胞数(図６Ａ)又は生存CD34+CD90+細胞数(図６Ｂ)(y軸)を示す。
【図７】図７Ａ及び７Ｂは、33.3 nM及び11 nMの濃度の精製ヒトCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)への、記した精製IgG(センサー関連)の結合を、経時的に、バイオレイヤー干渉法(BLI)によって、計測したことを示す。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab68、及びAb61の結果を図７Ａに示す。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の結果を図７Ｂに示す。
【図８】図８Ａ及び８Ｂは、記した抗CD117 ADC又はコントロールの濃度を変えた場合、Celltiter Gloによるルミネセンス(RLU)で測定された、Kasumi-1細胞の生存率を示す、in vitro細胞傷害アッセイの結果を、グラフで示す。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、及びAb61の結果を図８Ａに示す。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の結果を図８Ｂに示す。
【図９】図９は、図８Ａ及び８Ｂに示したin vitro細胞傷害アッセイにおける、傷害曲線の下面積を定量化したグラフを示す。
【図１０】図１０Ａ及び１０Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子(SCF)依存的な増殖に対する、記した各抗体の効果を示す、in vitro細胞増殖アッセイの結果を、グラフで示す。記した抗体又はコントロール(CK6)が存在する下で、抗体濃度を変えた場合の(x軸)、フロー・サイトメトリーによって測定される、全生細胞数(y軸)を示す。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、及びAb61の結果を図１０Aに示す。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の結果を図１０Ｂに示す。
【図１１】図１１Ａ及び１１Ｂは、ヒトCD34+骨髄細胞の幹細胞因子(SCF)依存的な増殖に対する、記した各抗体の効果を示すin vitro細胞増殖アッセイの結果を、グラフで示す。記した抗体又はコントロール(CK6)の存在下で、抗体濃度を変えた場合の(x軸)、フロー・サイトメトリーによって測定される、生存CD34+ CD90+細胞数(y軸)を示す。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、及びAb61の結果を図１１Ａに示す。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の結果を図１１Ｂに示す。
【図１２】図１２は、時間を変えた場合の(x軸)、Ab55又はAb67結合-CD117へのCK6又はヒトSCFの結合(y軸)を評価したin vitroクロス‐ブロッキング・アッセイの結果を、グラフで示す。
【図１３】図１３Ａは、時間を変えた場合の(x軸)、BLIによって測定される、ヒトCD117エクトドメインへの、ヒト又はマウスSCFの結合(y軸)を示す。続いて、図１３Ｂに示すように、in vitroクロス‐ブロッキング・アッセイは、時間を変えた場合(x軸)、ヒト又はマウスSCFはAb67結合-CD117に結合すること(y軸)を、示す。
【図１４】図１４Ａ及び１４Ｂは、in vitro内在化アッセイの結果をグラフで示す。表面CD117の割合を、hIgG1、アンタゴニスト抗体、中性抗体(neutral antibody)、又はSCFと共に24時間インキュベートした後で、ヒト骨髄CD34+細胞で評価した(図１４Ａ)。時間を変えた場合の、表面IgGの対応するパーセントも評価した(図１４Ｂ)。
【図１５】図１５Ａ〜１５Ｃは、Ab67及びAb55 ADCについての、Kasumi-1細胞(図１５Ａ)又は初代ヒト幹細胞(図１５Ｂ及び１５Ｃ)の両方におけるin vitro細胞傷害アッセイの結果をグラフで示す。図１５Ａは、HC-55/LC-55 ADC(Ab55 ADC)、HC-67/LC-67 ADC(Ab67 ADC)、又はコントロールの濃度を変えた場合、Celltiter Gloによるルミネセンス(RLU)で測定される、Kasumi-1細胞の生存率を示す、in vitro細胞傷害アッセイの結果を、グラフで示す。図１５Ｂ及び１５Ｃは、HC-55/LC-55 ADC(Ab55 ADC)、HC-67/LC-67 ADC(Ab67 ADC)、又はコントロールが存在する下で、抗体濃度を変えた場合(x軸)、全生細胞数(図１５Ｂ)又は生存CD34+CD90+細胞数(図１５Ｃ)(y軸)に基づいた、ヒトCD34+骨髄細胞の生存性に対する、記した各ADCの用量依存的な効果を示すin vitro細胞傷害アッセイの結果を、グラフで示す。
【図１６】図１６Ａ〜１６Ｆは、記載したインキュベーション条件下における、7日後（CK6コントロール、(図１６Ａ)、HC-55/LC-55(Ab55;図１６Ｂ)、若しくはHC-67/LC-67(Ab67;図１６Ｃ)）、又は15日後（CK6コントロール(図１６Ｄ)、HC-55/LC-55(Ab55;図１６Ｅ)、若しくはHC-67/LC-67(Ab67;図１６Ｆ)）の記した抗体の、疎水性相互作用クロマトグラフィーによる解析後の、溶離プロファイルを示す、クロマトグラムを示す。
【図１７】図１７Ａ及び１７Ｂは、Ab67(WT)-ADC(即ち、WT半減期)又はAb67(H435A)-ADC(即ち、速い半減期)を変えた場合における、生存CD34+ CD90+細胞数を示すin vitro細胞傷害アッセイの結果をグラフで示す。
【図１８】図１８は、記載したインキュベーション条件下における、記載した抗体中に存在する酸性バリアント(acidic variants)の電荷不均一性プロファイル(charge heterogeneity profile)を示す(x軸)、キャピラリー電気泳動によって測定された、電気泳動図をグラフで示す。
【図１９】図１９Ａ及び１９Ｂは、0.1 mg/kg用量のAb67(H435A)-ADC(即ち、速い半減期)又はAb67(WT)-ADC(即ち、WT半減期)が、ヒト化NSGマウスにおいてヒトHSCを選択的に減少させることを示す、in vivo細胞減少アッセイの結果をグラフで示す。Ab67(H435A)-ADC、Ab67(WT)-ADC、又はコントロールで処置したマウスの、前記ADCの0.03 mg/kg、0.1 mg/kg、又は0.3 mg/kgを単回投与した後21日における、骨髄中のCD34+細胞の絶対数を図１９Ａに示す。各条件について、Ab67(H435A)-ADC、Ab67(WT)-ADC、又はコントロールで処置したマウスの末梢血中に存在するヒト骨髄性細胞のパーセントを、処理前のその細胞集団のパーセントで表して(ベースラインに標準化)も、示す(図１９Ｂ)。
【図２０】図２０は、Ab67(H435A)-ADC(即ち、速い半減期)の0.3mg/kg単回投与又は0.2mg/kg Q3Dx2の分割投与によって、カニクイザルにおいて、カニクイザルHSCが選択的に減少することを示すin vivo細胞減少アッセイの結果をグラフで示す。記載した投与スキーマで投与した雄カニクイザルの骨髄から単離したCD34+ CD90+ CD45RA-(表現型HSC)の絶対数を示す (平均+/-SEM)。
【図２１】図２１Ａ及び２１Ｂは、アンタゴニスト抗体Ab54、Ab55、Ab66、及びAb67の重鎖可変領域(VH;図２１Ａ)及び軽鎖可変領域(LH;図２１Ｂ)のマルチプル配列アラインメントを示す。それぞれの可変領域のCDRが示されている。
【図２２】図２２Ａ及び２２Ｂは、中性抗体(neutral antibody)Ab58及びAb61の重鎖可変領域(VH;図２２Ａ)及び軽鎖可変領域(LH;図２２Ｂ)のマルチプル配列アラインメントを示す。それぞれの可変領域のCDRが示されている。
【図２３】図２３Ａ及び２３Ｂは、中性抗体(neutral antibody)Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の重鎖可変領域(VH;図２３Ａ)及び軽鎖可変領域(LH;図２３Ｂ)のマルチプル配列アラインメントを示す。それぞれの可変領域のCDRが示されている。
【発明を実施するための形態】
【０１６０】
詳細な説明
ヒトCD117に結合する単離された抗CD117ヒト抗体を本明細書に記載する。本明細書で提供される抗体は、幹細胞移植のためにヒト患者をコンディショニングする方法等を含む、治療に対して有利な多くの特徴を有する。例えば、本明細書中に開示される抗体は、アカゲザルのCD117と交差反応し、そして細胞内部に取り込まれ得る。これらの特徴は、両方とも、細胞毒素をCD117発現細胞に送達するために、コンジュゲートを使用する際に有利である。
【０１６１】
本明細書に記載される抗体は、アンタゴニスト抗体及び中性抗体(neutral antibody)の両方を含む。具体的には、ヒトCD117のエクトドメインに特異的に結合するそれぞれヒト抗CD117抗体である、抗CD117抗体の抗体54(Ab54)、抗体55(Ab55)、抗体56(Ab56)、抗体57(Ab57)、抗体58(Ab58)、抗体61(Ab61)、抗体66(Ab66)、抗体67(Ab67)、抗体68(Ab68)、及び抗体69(Ab69)が本明細書に提供される。Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69の結合領域を、表１０に含めて以下に記載する。本明細書中に開示される抗CD117抗体は、抗CD117抗体-薬物コンジュゲート(ADC；本明細書中ではコンジュゲートとも呼ばれる)に含まれることがある。
【０１６２】
本明細書中に記載される抗CD117抗体及びコンジュゲートは、とりわけ、造血系列における細胞型の疾患、がん、自己免疫疾患、代謝性障害、及び幹細胞障害等の種々の障害を治療するための方法で使用されることがある。本明細書に記載される組成物及び方法によって、(i)がん細胞(例えば、白血病細胞)及び自己免疫細胞(例えば、自己反応性T-細胞)の集団等の、病態を引き起こす細胞の集団を直接的に減少させることができる、及び／又は(ii)移植した細胞がホーミングすることができるニッチを提供することによって、移植した造血幹細胞の生着を促進するように、内因性の造血幹細胞の集団を減少させることができる。上記の活性は、疾患を引き起こす内因性の細胞又は造血幹細胞が発現する抗原(CD117)に結合し得るADC、抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与することによって得られる。疾患を直接治療する場合、この投与によって、注目する病態を生じさせる細胞の量を減少させることがある。造血幹細胞移植療法のために、患者に対して準備をする症例において、この投与によって、内因性の造血幹細胞の集団は選択的に減少し、それによって、骨髄のような造血組織における空きが作り出され、その空きは、次いで、移植した外因性の造血幹細胞で埋められることがある。この選択的な減少は、コンディショニングとも呼ばれる。本発明は、CD117(例えば、GNNK+ D117)に結合し得るADC、抗体、又はその抗原結合フラグメントを患者に投与し、上記の活性の両方の、又はコンディショニング剤としての、効果を得ることができる、という知見に部分的に基づいている。CD117に結合するADC、抗体、又は抗原結合フラグメントを、がん性細胞又は自己免疫細胞の集団を直接的に減少させるために、がん（例えば白血病）、又は自己免疫疾患に罹患している患者に投与することがあり、並びに、移植した造血幹細胞の生存及び生着能を促進するために、造血幹細胞移植療法を必要とする患者に投与することもある。
【０１６３】
抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントの投与により造血幹細胞移植物が生着することは、種々の経験的な測定において現れることがある。例えば、移植した造血幹細胞が生着することは、CD117と結合することができる抗体、又はその抗原結合フラグメントを投与し、及び続いて造血幹細胞移植物を投与した後に、患者の骨髄内に存在する競合的再定植ユニット（competitive repopulating unit (CRU)）の量を評価することによって評価することができる。更に、ドナーの造血幹細胞をトランスフェクトするベクターに、蛍光産物、発色産物、又はルミネセンス産物を生じさせる化学反応を触媒する酵素等のレポーター遺伝子を組み込み、続いて、これに対応するシグナルを、骨髄等の前記造血幹細胞がホーミングした組織中でモニターすることによって、造血幹細胞移植物が生着することを観察することができる。また、例えば、当該技術分野で知られている蛍光活性化細胞選別(fluorescence activated cell sorting(FACS))解析方法によって測定するように、造血幹細胞及び造血前駆細胞の量及び生存率を評価することによって、造血幹細胞が生着することを観察することもできる。また、生着は、移植後の期間中に、末梢血中の白血球細胞数を測定することによって、及び／又は骨髄吸引サンプル中のドナー細胞による骨髄細胞の回収率を測定することによって、測定することもできる。
【０１６４】
以下のセクションでは、がん又は自己免疫疾患を患う患者に、又は造血幹細胞グラフトの生着を促進するために造血幹細胞移植療法を必要とする患者等の患者に、投与することができる、コンジュゲート、抗体、又はその抗原結合フラグメントについて記載し、並びにそのような治療剤を患者に投与する方法(例えば、造血幹細胞移植の前)について記載する。
【０１６５】
定義
本明細書中で使用される場合、用語「約」は、記載される値より10%の範囲内で高い又は低い値をいう。例えば、用語「約5 nM」は、4.5nM〜5.5 nMの範囲を示す。
【０１６６】
本明細書中で使用される場合、用語「アマトキシン」は、Amanita phalloides mushroomsによって産生されるペプチドのアマトキシン・ファミリーのメンバー、又はそのバリアント若しくは誘導体（例えば、RNAポリメラーゼII活性を阻害し得るそのバリアント若しくは誘導体）のことをいう。本明細書に記載される組成物及び方法と併用して有用なアマトキシンには、限定されるものではないが、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、又はプロアマヌリン等を含む式(III)による化合物が含まれる。本明細書中に記載されるように、アマトキシンを、例えば、リンカー部分(L)を介して、抗体、又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートさせることがある（これにより、コンジュゲート(即ち、ADC)を形成する)。このようなプロセスに有用な、例示的なアマトキシンをコンジュゲートさせる方法及びリンカーを以下に記載する。前記組成物及び方法による、抗体、又は抗原結合フラグメントへのコンジュゲートに有用な、例示的なリンカー含有アマトキシンもまた、本明細書に記載する。
【０１６７】
式(III)は以下の通りである：
【化４５】
2021500391.tif 000047
ここで、R1はH、OH、又はORAである；
R2はH、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、又はRDである；
R4は、H、OH、ORD、又はRDである；
R5は、H、OH、ORD、又はRDである；
R6は、H、OH、ORD、又はRDである；
R7は、H、OH、ORD、又はRDである；
R8は、OH、NH2、又はORDである；
R9は、H、OH、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに、
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである。
【０１６８】
例えば、本明細書に記載の組成物及び方法と併用して有用なアマトキシンには、以下の式(IIIA)による化合物が含まれる：
【化４６】
2021500391.tif 000048
ここで、R1はH、OH、又はORAである；
R2はH、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、又はRDである；
R4は、H、OH、ORD、又はRDである；
R5は、H、OH、ORD、又はRDである；
R6は、H、OH、ORD、又はRDである；
R7は、H、OH、ORD、又はRDである；
R8は、OH、NH2、又はORDである；
R9は、H、OH、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに、
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである。
【０１６９】
本明細書中に記載される組成物及び方法と併用して有用なアマトキシンにはまた、以下の式(IIIB)による化合物も含まれる：
【化４７】
2021500391.tif 000049
ここで、R1はH、OH、又はORAである；
R2はH、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、又はRDである；
R4は、H、OH、ORD、又はRDである；
R5は、H、OH、ORD、又はRDである；
R6は、H、OH、ORD、又はRDである；
R7は、H、OH、ORD、又はRDである；
R8は、OH、NH2、又はORDである；
R9は、H、OH、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに、
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである。
【０１７０】
本明細書中に記載されるように、アマトキシンを、例えば、リンカー部分を介して、抗体、又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートさせることがある(これによって、コンジュゲートを形成する)。このようなプロセスに有用な、例示的なアマトキシンをコンジュゲートさせる方法及びリンカーは、「化学的にコンジュゲートさせるためのリンカー」と題するセクション、並びに以下の表１に記載する。本明細書中に記載される組成物及び方法による、抗体、又は抗原結合フラグメントへのコンジュゲートに有用な、例示的なリンカー含有アマトキシンを、本明細書中に列挙する構造式(I)、(IA)、(IB)、(II)、(IIA)、及び(IIB)に示す。
【０１７１】
本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、特定の抗原に特異的に結合するか、又は特定の抗原と免疫学的に反応性である免疫グロブリン分子をいい、モノクローナル、遺伝子工学的に操作した、及びその他の改変した形態の抗体を含み、これには、限定されるものではないが、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヘテロコンジュゲート抗体(例えば、バイ-、トリ-及びクアッド-スペシフィック抗体、ダイアボディ、トリアボディ、及びテトラボディ)、並びに抗体の抗原結合フラグメント(例えば、Fab'、F(ab')2、Fab、Fv、rlgG、及びscFvフラグメント等を含む)が含まれる。特に断らない限り、用語「モノクローナル抗体」(mAb)は、ターゲット・タンパク質に特異的に結合することができる、インタクトな分子及び抗体フラグメント（例えば、Fab及びF(ab')2フラグメント等を含む）の両方を含むことを意味する。本明細書中で使用される場合、Fab及びF(ab')2フラグメントは、インタクトな抗体のFcフラグメントを欠く抗体フラグメントをいう。これらの抗体フラグメントの例を、本明細書に記載する。
【０１７２】
本発明の抗体は、一般に、単離されているか、又は組換えである。「単離された」とは、本明細書中で使用される場合、それを発現する細胞又は細胞培養物から同定及び分離並びに／又は回収されたポリペプチド(例えば、抗体)をいう。通常、単離された抗体は、少なくとも1つの精製工程によって調製される。従って、「単離された抗体」は、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体をいう。例えば、CD117に特異的に結合する単離された抗体は、CD117以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない。
【０１７３】
本明細書中で使用される場合、用語「抗原結合フラグメント」は、ターゲット抗原に特異的に結合する作用能を保持する抗体の1つ以上のフラグメントをいう。抗体の抗原結合機能は、全長抗体のフラグメントによって果たされ得る。前記抗体フラグメントは、例えば、Fab、F(ab')2、scFv、ダイアボディ、トリアボディ、アフィボディ、ナノボディ、アプタマー、又はドメイン抗体であることがある。抗体の「抗原結合フラグメント」という用語に包含される結合フラグメントの例には、限定されるものではないが、以下が含まれる：(i)Fabフラグメント、VL、VH、CL及びCH1ドメインからなる一価フラグメント；(ii)F(ab')2フラグメント、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結した、2つのFabフラグメントを含む二価フラグメント；(iii)VH及びCH1ドメインからなるFdフラグメント；(iv)抗体の単一アームのVL及びVHドメインからなるFvフラグメント；(v) VH及びVLドメインを含むdAb；(vi) VHドメインからなるdAbフラグメント(例えば、Wardら、Nature 341:544-546、1989を参照のこと)；(vii) VH又はVLドメインからなるdAb；(viii)単離した相補性決定領域(CDR)；並びに(ix)合成リンカーによって任意選択的に連結することがある2つ以上(例えば、2つ、3つ、4つ、5つ、又は6つ)の単離したCDRの組み合わせ。更に、Fvフラグメントの2つのドメイン（VL及びVH）は、別々の遺伝子によってコードされているが、それらを、組換え方法を使用することで、リンカーによって連結して、単一タンパク質鎖（VL及びVH領域が対になって一価分子を形成する）とすることができる(単鎖Fv(scFv)として公知である；例えば、Bird et al., Science 242:423-426, 1988 及び Huston et al.,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883, 1988を参照のこと)。これらの抗体フラグメントを、当業者に公知の従来の技術を使用して入手することができ、及び前記フラグメントを、インタクトな抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングすることができる。抗原結合フラグメントを、組換えDNA技術、インタクトな免疫グロブリンの酵素的な又は化学的な切断によって、又は、ある場合には、当該技術分野で公知の化学的ペプチド合成手順によって、産生することができる。
【０１７４】
本明細書中で使用される場合、「抗CD117抗体」又は「CD117に結合する抗体」という用語は、その抗体がCD117をターゲティングする診断薬剤及び／又は治療薬剤として有用であるように、充分な親和性でCD117に結合することができる抗体のことをいう。ヒトCD117の2つの主なアイソフォームのアミノ酸配列は、配列番号(SEQ ID NO):145(アイソフォーム1)及び配列番号(SEQ ID NO):146(アイソフォーム2)として提供される。
【０１７５】
本明細書で使用される場合、用語「バイスペシフィック抗体(bispecific antibody)」は、例えば、少なくとも2種の異なる抗原に結合することができるモノクローナルの、しばしばヒト抗体又はヒト化抗体を指す。例えば、結合特異性のうちの1つを、造血幹細胞表面抗原、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に向けることができ、他方を、特に細胞増殖を増強するシグナル伝達経路に関与するレセプター又はレセプター・サブユニットのような、異なる造血幹細胞表面抗原又は別の細胞表面タンパク質に特異的に結合させることができる。
【０１７６】
本明細書中で使用される場合、用語「相補性決定領域」(CDR)は、抗体の軽鎖及び重鎖可変ドメインの両方に見出される超可変領域のことをいう。可変ドメインのより高度に保存された部分は、骨格領域(FR)と呼ばれる。抗体の超可変領域を表すアミノ酸の位置は、文脈及び当該技術分野で公知の種々の定義に依存して、変化することがある。可変ドメイン内のいくつかの位置は、ハイブリッド超可変位置と見なされれことがあり、これらの位置は、ある組の基準の下では超可変領域内にあると見なされることがあり、一方、別の組の基準の下では超可変領域外にあると見なされることがある。これらの位置の1つ以上はまた、拡張超可変領域において見出されることもある。本明細書中に記載される抗体は、これらのハイブリッド超可変位置に、修飾を含むことがある。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、それぞれ、主にβ-シート構造をとり、3つのCDRによって連結した（CDRは、β-シート構造を連結し、場合によってはその一部を形成する）、4つの骨格領域を含む。各々の鎖中のCDRは、FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4の順序で、骨格領域によって近接して一緒にまとまり、そして他の抗体鎖由来のCDRと共に、抗体のターゲット結合部位の形成に寄与する(Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest、National Institute of Health、Bethesda、MD、1987を参照のこと)。ある特定の実施形態では、免疫グロブリンのアミノ酸残基の番号付けは、特に断らない限り、Kabatらの免疫グロブリンのアミノ酸残基の番号付けシステムに従って行う(しかし、限定されるものではないが、IMGT及びChothia等を含む、任意の抗体の番号付けスキームを利用することがある)。
【０１７７】
本明細書中で使用される場合、用語「コンディショニングをする」及び「コンディショニング」は、造血幹細胞を含む移植物を受けるために、患者に対して準備をするプロセスのことをいう。このような処置によって、造血幹細胞移植物の生着は促進される(例えば、コンディショニング処置及び続いて行った造血幹細胞移植の後に、患者から単離した血液サンプル内の生存可能な造血幹細胞の量が持続的に増大していることから推測される)。本明細書に記載される方法に従って、造血幹細胞が発現する抗原(CD117(例えば、GNNK+CD117)等)に結合し得るADC、抗体、又はその抗原結合フラグメントを患者に投与することによって、造血幹細胞移植療法のために、前記患者をコンディショニングすることがある。本明細書中に記載されるように、前記抗体を、薬物-抗体コンジュゲートを形成するように、細胞毒素に共有結合的にコンジュゲートさせることがある。上記の抗原の1つ以上に結合し得る、ADC、抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、造血幹細胞移植療法を必要とする患者に投与することは、例えば、内因性の造血幹細胞を選択的に減少させて、それによって、外因性の造血幹細胞移植物によって埋められる空きを生成することによって、造血幹細胞グラフトの生着を促進することがある。
【０１７８】
本明細書中で使用される場合、用語「コンジュゲート」は、抗体、又はその抗原結合フラグメントのようなある分子の反応性官能基と、本明細書中に記載される細胞毒素のような別の分子の適切な反応性官能基との化学結合によって形成される化合物のことをいう。コンジュゲートは、互いに結合した2つの分子間に、リンカーを含むことがある。コンジュゲートの形成に用いることができるリンカーの例には、ペプチド含有リンカー（例えば、天然に存在する又は天然に存在しないアミノ酸、例えば、D-アミノ酸を含有するリンカー）が含まれる。リンカーを、本明細書中に記載し、そして当該技術分野で公知の種々のストラテジーを使用して調製することがある。その中の反応性成分に依存して、リンカーを、例えば、酵素的加水分解、光分解、酸性条件下での加水分解、塩基性条件下での加水分解、酸化、ジスルフィド還元、求核切断、又は有機金属切断によって、切断することがある(例えば、Lericheら、Bioorg.Med.Chem.,20:571-582,2012を参照のこと)。特に、用語「コンジュゲート」は(化合物に言及する場合)、本明細書では、「薬物コンジュゲート」、「抗体-薬物コンジュゲート」又は「ADC」とも互換的に呼ばれる。
【０１７９】
本明細書で使用される場合、用語「カップリング反応」は、互いに反応するのに適した2つ以上の置換基が反応して、それぞれの置換基に結合した分子フラグメントが(例えば、共有結合的に)結合した化学的な部分構造を形成する化学反応を指す。カップリング反応には、細胞毒素（例えば、当該技術分野で公知の又は本明細書中に記載される細胞毒素）であるフラグメントに結合した反応性置換基が、抗体、又はその抗原結合フラグメント（例えば、当該技術分野で公知の若しくは本明細書中に記載される、抗体、その抗原結合フラグメント、又はCD117(GNNK+ CD117等)に結合する特異的な抗CD117抗体）であるフラグメントに結合した適切な反応性置換基と反応する反応が含まれる。適切な反応性置換基の例としては、求核／求電子対(例えば、特に、チオール／ハロアルキル対、アミン／カルボニル対、又はチオール／α, β-不飽和カルボニル対)、ジエン／ジエノフィル対(例えば、とりわけ、アジド／アルキン対)等が挙げられる。カップリング反応には、限定されるものではないが、チオール・アルキル化、ヒドロキシル・アルキル化、アミン・アルキル化、アミン縮合、アミド化、エステル化、ジスルフィド形成、環化付加(例えば、中でも特に、[4+2]Diels-Alder環化付加、[3+2]Huisgen環化付加)、芳香族求核置換、芳香族求電子置換、及び当該技術分野で公知又は本明細書において記載される他の反応性モダリティが含まれる。
【０１８０】
本明細書中で使用される場合、「CRU(競合的再定植ユニット(competitive repopulating unit))」は、in vivo移植後に検出され得る、長期生着する幹細胞に関する測定の単位のことをいう。
【０１８１】
本明細書中で使用される場合、用語「ドナー」は、レシピエントに細胞又はその子孫を投与する前に、1つ以上の細胞を単離したヒト又は動物を指す。1つ以上の細胞は、例えば、造血幹細胞の集団であることがある。
【０１８２】
本明細書中で使用される場合、用語「ダイアボディ」は、2つのポリペプチド鎖を含む二価抗体をいい、ここで、各々のポリペプチド鎖は、同じペプチド鎖上のVH及びVLドメインの分子内会合が不可能であるくらい短いリンカー(例えば、5つのアミノ酸から構成されるリンカー)によって連結されたVH及びVLドメインを含む。この構成によって、それぞれのドメインは、別のポリペプチド鎖上の相補的ドメインと対になって、ホモ二量体構造を形成する。従って、用語「トリアボディ」は、3つのペプチド鎖を含む三価抗体をいい、その各々は、同一のペプチド鎖内のVH及びVLドメインの分子内会合を可能にするには非常に短すぎるリンカー(例えば、1〜2アミノ酸から構成されるリンカー)によって連結された1つのVHドメイン及び1つのVLドメインを含む。このようにして構成されたペプチドは、その生来の構造に折りたたまれるために、通常は、隣接するペプチド鎖のVHドメイン及びVLドメインが空間的に互いに近接するように、三量体化する(例えば、Holligerら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-48、1993を参照)。
【０１８３】
本明細書中で使用される場合、「薬物対抗体比(drug-to-antibody ratio)」又は「DAR」は、コンジュゲートの抗体に結合した薬物(例えば、アマトキシン)の数をいう。抗体上の連結部位の個数に応じて、より高い搭載数も考えられるが、ADCのDARは1〜8の範囲であることがある。ある特定の実施形態では、前記コンジュゲートは、1、2、3、4、5、6、7、又は8のDARを有する。
【０１８４】
本明細書中で使用される場合、「二重可変ドメイン免疫グロブリン」(「DVD-Ig」)とは、リンカーを介して2つのモノクローナル抗体のターゲット結合可変ドメインを組み合わせ、四価で、二重ターゲティングをする単剤となる抗体をいう(例えば、Guら、Meth.Enzymol、502:25-41、2012を参照のこと)。
【０１８５】
本明細書中で使用される場合、用語「内因性」は、ヒト患者のような特定の生物に天然に見出される分子、細胞、組織、又は臓器(例えば、造血幹細胞、又は巨核球、血小板(thrombocyte)、血小板(platelet)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球，好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、T-リンパ球、又はB-リンパ球のような造血系列の細胞)のような物質を記載する。
【０１８６】
本明細書中で使用される場合、用語「生着能力(engraftment potential)」は、造血幹細胞及び造血前駆細胞が組織に再定殖する能力を指すために使用され、そのような細胞が自然に循環しているか、又は移植によって提供されるかに関わらない。前記用語は、細胞の組織ホーミング及び注目する組織内への細胞のコロニー形成のような、生着を取り巻くか、又は生着に至るすべての事象を包含する。生着の効率又は生着の割合は、当業者に公知の任意の臨床的に許容されるパラメータを用いて評価又は定量することができ、例えば、競合的再定植ユニット(competitive repopulating unit)(CRU)を評価すること；幹細胞がホーミングした、コロニー形成をした、又は生着した組織において、マーカーが取り込まれること若しくは発現すること；又は、疾患の進行、造血幹細胞及び造血前駆細胞の生存、若しくはレシピエントの生存により、対象の進行を評価すること、が含まれることがある。生着は、移植後の末梢血中の白血球細胞数を測定することによっても判定することができる。生着は、骨髄吸引サンプルにおけるドナー細胞による骨髄細胞の回収率を測定することによって評価することもできる。
【０１８７】
本明細書中で使用される場合、用語「外因性」は、ヒト患者のような特定の生物に天然に見出されない分子、細胞、組織、又は臓器(例えば、造血幹細胞、又は巨核球、血小板(thrombocyte)、血小板(platelet)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球，好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、T-リンパ球、又はB-リンパ球のような造血系列の細胞)のような物質を記載する。外因性物質には、外部供給源から生物に又はそこから抽出した培養物に提供されるものが含まれる。
【０１８８】
用語「Fc」、「Fc領域」、及び「Fcドメイン」は、本明細書中で使用される場合、IgG分子のパパイン消化によって得られる結晶性フラグメントに関するIgG抗体の一部をいう。前記Fc領域は、ジスルフィド結合によって連結した、IgG分子の2本の重鎖のC末端側の半分を含む。これは、抗原結合活性を有さないが、糖部分、並びに補体及びFcRnレセプター等を含むFcレセプターのための結合部位を含む。Fc領域は第2の定常ドメインCH2(例えば、IgG1のEU位置231〜340の残基)及び第3の定常ドメインCH3(例えば、ヒトIgG1のEU位置341〜447の残基)を含む。本明細書中で使用される場合、前記Fc領域は、「ロワー・ヒンジ領域(lower hinge region)」(例えば、IgG1のEU位置233-239の残基)を含む。Fcは、単離されたこの領域、又は抗体、抗体フラグメント、若しくはFc融合タンパク質の文脈におけるこの領域、を指すことがある。ポリモルフィズムは、限定されるものではないが、EU位置270、272、312、315、356、及び358等を含む、Fcドメイン内の多くの位置で観察されてきており、従って、本出願で提示される配列と当該技術分野で知られている配列との間にわずかな差異が存在することがある。従って、「野生型IgG Fcドメイン」又は「WT IgG Fcドメイン」は、自然に発生するIgG Fc領域(即ち、任意のアレル)を指す。ヒトIgG1、IgG2、IgG3及びIgG4の重鎖の配列は、多くの配列データベース中に見つけることができ、例えば、Uniprotデータベース(www.uniprot.org)では、それぞれ、アクセション番号P01857(IGHG1_human)、P01859(IGHG2_human)、P01860(IGHG3_human)及びP01861(IGHG1_human)である。"WT" Fc領域の例を、配列番号(SEQ ID NO):122(Fc領域を含む重鎖定常領域を提供する)に示す。
【０１８９】
本明細書中で使用される場合、用語「修飾したFc領域」又は「バリアントFc領域」は、Fc領域内の任意の位置に導入された、1つ以上のアミノ酸置換、欠失、挿入又は修飾を含むIgG Fcドメインをいう。
【０１９０】
用語「全長抗体」及び「インタクトな抗体(intact antibody)」は、本明細書では実質的にインタクトな形態の抗体を指すために互換的に使用され、本明細書で定義される抗体フラグメントを指さない。従って、IgG抗体について、インタクトな抗体は、2本の重鎖（各々が可変領域、定常領域及びFc領域を含む）、並びに2本の軽鎖（各々が可変領域及び定常領域を含む）を含む。より具体的には、インタクトなIgGは、2本の軽鎖（各々が軽鎖可変領域(VL)及び軽鎖定常領域(CL)を含む）を含み、並びに2本の重鎖（各々が重鎖可変領域(VH)並びに3つの重鎖定常領域(CH1、CH2、及びCH3)を含む）を含む。CH2及びCH3は、重鎖のFc領域を表す。
【０１９１】
本明細書中で使用される場合、用語「骨格領域」又は「FW領域」は、抗体、又はその抗原結合フラグメントのCDRに近接するアミノ酸残基を含む。FW領域の残基は、例えば、とりわけヒト抗体、ヒト化抗体、モノクローナル抗体、抗体フラグメント、Fabフラグメント、一本鎖抗体フラグメント、scFvフラグメント、抗体ドメイン、及びバイスペシフィック抗体(bispecific antibody)の中に存在することがある。
【０１９２】
本明細書中で使用される場合、用語「造血幹細胞」(「HSC」)とは、自己複製する能力、及び顆粒球(例えば、前骨髄球、好中球，好酸球、好塩基球)、赤血球(例えば、網状赤血球、赤血球)、血小板(例えば、巨核芽球、血小板(platelet)産生巨核球、血小板(platelets))、単球(例えば、単球、マクロファージ)、樹状細胞、ミクログリア、破骨細胞、及びリンパ球(例えば、NK細胞、B-細胞及びT-細胞)を含むがこれらに限定されない多様な系列を含む成熟血液細胞に分化する能力、を有する未成熟血液細胞をいう。そのような細胞は、CD34+細胞を含むことがある。CD34+細胞は、CD34細胞表面マーカーを発現する未成熟細胞である。ヒトでは、CD34+細胞は、上記に定義された幹細胞の特性を有する細胞の亜集団を含むと考えられているが、一方マウスでは、HSCはCD34-である。更に、HSCはまた、長期再定殖HSC(LT-HSC)及び短期再定殖HSC(ST-HSC)も指す。LT-HSC及びST-HSCは、機能的な可能性及び細胞表面マーカーの発現に基づいて区別される。例えば、ヒトHSCは、CD34+、CD38-、CD45RA-、CD90+、CD49F+、及びlin-(CD2、CD3、CD4、CD7、CD8、CD10、CD11B、CD19、CD20、CD56、CD235A等を含む成熟系列マーカーについてネガティブ)である。マウスでは、骨髄LT-HSCは、CD34-、SCA-1+、C-kit+、CD135-、Slamfl/CD150+、CD48-、lin-(Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7ra等を含む成熟系列マーカーについてネガティブ)であるが、一方、ST-HSCは、CD34+、SCA-1+、C-kit+、CD135-、Slamfl/CD150+、lin-(Ter119、CD11b、Gr1、CD3、CD4、CD8、B220、IL7ra等を含む成熟系列マーカーについてネガティブ)である。加えて、ST-HSCは、ホメオスタシス条件下で、LT-HSCよりも静止性が低く、増殖性が高い。しかし、LT-HSCは、自己複製能が高い(即ち、LT-HSCは、成人期を通して生存し、歴代のレシピエントを介して連続的に移植することができる)のに対し、ST-HSCは、自己複製能が限られている(即ち、ST-HSCは、限られた期間のみ生存し、連続して移植することはできない)。これらのHSCの何れも、本明細書中に記載される方法において使用され得る。ST-HSCは、それらが高度に増殖性であり、それ故、分化した子孫をより迅速に生じ得るので、特に有用である。
【０１９３】
本明細書中で使用される場合、用語「造血幹細胞の機能的な可能性」は、1)多能性（これは、限定されるものではないが、顆粒球（例えば、前骨髄球、好中球，好酸球、好塩基球)、赤血球(例えば、網状赤血球、赤血球)、血小板(例えば、巨核芽球、血小板(platelet)産生巨核球、血小板(platelets))、単球(例えば、単球、マクロファージ)、樹状細胞、ミクログリア、破骨細胞、及びリンパ球(例えば、NK細胞、B細胞及びT細胞)等を含む、複数の様々な血液系列に分化する能力を指す）、2)自己複製（これは、母細胞と同等の潜在能力を有する娘細胞を生じさせる造血幹細胞の能力を指す、更に、この能力は消耗することなく個々の生涯を通して繰り返し起こりうる）、並びに3)造血幹細胞又はその子孫が、移植レシピエントに再導入され、造血幹細胞ニッチにホーミングし、生産的で持続的な造血を再確立する作用能、を含む、造血幹細胞の機能的な特性を指す。
【０１９４】
本明細書中で使用される場合、用語「ヒト抗体」は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域及び定常領域を有する抗体を含むことが意図される。ヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされていないアミノ酸残基(例えば、in vitroでのランダムな若しくは部位特異的な変異誘発によって導入される変異、又はin vivoでの遺伝子再構成若しくは体細胞変異によって導入される変異)を含むことがある。しかし、本明細書中で使用される場合、用語「ヒト抗体」に、マウス等の別の哺乳動物種の生殖系列に由来するCDR配列をヒトの骨格配列上に移植した抗体が含まれることを、意図していない。ヒト抗体を、ヒト細胞において(例えば、組換え発現によって)、又は機能的に再構成したヒト免疫グロブリン(例えば、重鎖及び／又は軽鎖)遺伝子を発現し得る非ヒト動物又は原核若しくは真核細胞によって、産生することがある。ヒト抗体が一本鎖抗体である場合、それは天然のヒト抗体には見出されないリンカー・ペプチドを含むことがある。例えば、Fvは、2個〜約8個のグリシン又は他のアミノ酸残基のようなリンカー・ペプチドを含むことがあり、リンカーは前記重鎖の可変領域及び前記軽鎖の可変領域を連結する。このようなリンカー・ペプチドは、ヒト起源であると見なされる。ヒト抗体を、ヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリを使用するファージ・ディスプレイ法を含む、当該技術分野で公知の種々の方法によって作製することがある。ヒト抗体はまた、機能的な内因性の免疫グロブリンを発現することができないが、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現することができるトランスジェニック・マウスを使用して産生することもある(例えば、PCT公開番号WO 1998/24893; WO 1992/01047; WO 1996/34096; WO 1996/33735;米国特許第5,413,923号;第5,625,126号;第5,633,425号;第5,569,825号;第5,661,016号;第5,545,806号;第5,814,318号;第5,885,793号;第5,916,771号;及び第5,939,598号を参照のこと)。
【０１９５】
「ヒト化」抗体とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する配列を最小限に含む抗体をいう。従って、「ヒト化」形態の非ヒト(例えば、マウス)抗体は、非ヒト抗体に由来する配列を最小限に含むキメラ抗体である。FW領域の全て又は実質的に全ては、ヒト免疫グロブリン配列のFW領域であることもある。前記ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域(Fc)の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリン・コンセンサス配列の少なくとも一部、を含むことがある。抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で公知であり、及び、例えば、Riechmannら、Nature 332:323-7,1988；米国特許第5,530,101号;第5,585,089号;第5,693,761号;第5,693,762号;及び第6,180,370号に記載されている。
【０１９６】
本明細書中で使用される場合、造血幹細胞移植を「必要とする」患者は、1種以上の血液細胞の型に欠陥又は欠損を示す患者、並びに本明細書中に記載される、幹細胞障害、自己免疫疾患、がん、又は他の病態を有する患者を含む。造血幹細胞は、一般に、1)多能性、従って、限定されるものではないが、顆粒球（例えば、前骨髄球、好中球，好酸球、好塩基球)、赤血球(例えば、網状赤血球、赤血球)、血小板(例えば、巨核芽球、血小板(platelet)産生巨核球、血小板(platelets))、単球(例えば、単球、マクロファージ)、樹状細胞、ミクログリア、破骨細胞、及びリンパ球(例えば、NK細胞、B細胞及びT細胞)等を含む、複数の様々な血液系列に分化することができる、2)自己複製、従って、母細胞と同等の潜在能力を有する娘細胞を生じさせることができる、並びに3)移植レシピエントに再導入され、造血幹細胞ニッチにホーミングし、生産的で持続的な造血を再確立する作用能、を示す。従って、造血幹細胞を、in vivoで、欠陥のある又は欠損した細胞の集団を再構成するために、造血系列の1種以上の細胞型において欠陥のある又は欠損した患者に投与することがある。例えば、前記患者は、がんに罹患していることがあり、前記欠損は、がん性細胞集団を選択的に又は非特異的に減少させる化学療法剤又は他の薬剤を投与することによって引き起こされることがある。更に、又はその代替として、前記患者は鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、及びウィスコット‐アルドリッチ症候群等の異常ヘモグロビン症(例えば、非悪性異常ヘモグロビン症)に罹患していることがある。前記対象は、アデノシン・デアミナーゼ重度複合免疫不全症(ADA SCID)、HIV/AIDS、異染性白質ジストロフィー、ダイアモンド‐ブラックファン貧血、及びシュワックマン‐ダイアモンド症候群に罹患している対象であることがある。前記対象は遺伝性の血液障害(例えば、鎌状赤血球貧血)又は自己免疫疾患を有するか、又はその影響を受けていることがある。更に、又はその代替として、前記対象は、神経芽細胞腫又は血液がん等の悪性腫瘍を有するか、又はその影響を受けていることがある。例えば、前記対象は、白血病、リンパ腫又は骨髄腫を有していることがある。いくつかの実施形態では、前記対象は、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)を有する。いくつかの実施形態では、前記対象は骨髄異形成症候群を有する。いくつかの実施形態では、前記対象は、強皮症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、クローン病、I型糖尿病等の自己免疫疾患、又は本明細書に記載の別の自己免疫性の病態を有する。いくつかの実施形態では、前記対象は、キメラ抗原レセプターT-細胞(CART)療法を必要とする。いくつかの実施形態では、前記対象は、代謝性貯蔵障害を有するか、又は影響を受けている。前記対象は、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、異染性白質ジストロフィー、から選択される代謝性障害、又は本明細書に開示される治療及び療法から恩恵を得ることができる任意の他の疾患又は障害（限定されるものではないが、重度複合免疫不全症、ウィスコ���ト‐アルドリッチ症候群、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、鎌状赤血球症、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、若年性関節リウマチ）、並びに"Bone Marrow Transplantation for Non-Malignant disease"、ASH Education Book、1:319-338(2000)（本開示は、造血幹細胞移植療物を投与する療法によって治療される可能性のある病態に関するものであり、その全体が参照により本明細書に取り込まれる）に記載されている疾患又は障害、に罹患している、又は影響を受けていることがある。更に又は代わりに、造血幹細胞移植を「必要とする」患者は、前述の病態のうちの1種に罹患している又は罹患していない患者（それにもかかわらず、巨核球、血小板(thrombocyte)、血小板(platelet)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、Tリンパ球、及びBリンパ球等の造血系列内の1種以上の内因性の細胞型のレベルの低下(例えば、他の健康な対象のレベルと比較して)を示す）であることがある。当業者のある者は、例えば、当該技術分野で公知の他の手順の中でも特に、フロー・サイトメトリー及び蛍光活性化細胞選別(FACS)方法によって、前記の細胞型又は他の血液細胞の型のうちの1種以上のもののレベルが、他の健康な対象に対して低下しているかどうかを容易に決定することができる。
【０１９７】
本明細書中で使用される場合、用語「モノクローナル抗体」は、任意の真核生物、原核生物、又はファージ・クローン等を含む単一のクローンに由来する抗体を指し、それが産生される方法には由来しない。
【０１９８】
本明細書中で使用される場合、「中性抗体(neutral antibody)」は、レセプターのリガンドへの結合又は酵素の基質との相互作用等を含む、個別のターゲット又は特定のターゲット(例えば、CD117)の活性を有意に中和、遮断、阻害、無効、減少又は妨害することができない抗体、又はその抗原結合フラグメントをいう。ある実施形態では、中性抗CD117抗体、又はそのフラグメントは、SCF依存性の細胞増殖を実質的に阻害せず、SCFがCD117に結合することをクロス・ブロックしない抗CD117抗体である。中性抗体(neutral antibody)の例は、Ab67(又はAb67の結合領域を有する抗体)である。対照的に、「アンタゴニスト」抗CD117抗体は、SCF依存性の増殖を阻害し、SCFがCD117に結合することをクロス・ブロックすることができる。アンタゴニスト抗体の例は、Ab55(又はAb55の結合領域を有する抗体)である。
【０１９９】
本明細書で使用される場合、用語「レシピエント」は、造血幹細胞の集団を含む移植物等の移植物を受ける患者を指す。レシピエントに投与される移植細胞は、例えば、自家、同系、又は同種細胞であることがある。
【０２００】
本明細書中で使用される場合、用語「サンプル」は、対象から採取された検体(例えば、血液、血液成分(例えば、血清又は血漿)、尿、唾液、羊水、脳脊髄液、組織(例えば、胎盤又は真皮)、膵液、絨毛膜絨毛サンプル、及び細胞)を指す。
【０２０１】
本明細書中で使用される場合、用語「scFv」は、抗体由来の重鎖の可変ドメインと軽鎖の可変ドメインとが結合して1本の鎖を形成している、単鎖Fv抗体を指す。scFv断片は、リンカーによって分離された、抗体軽鎖の可変領域(VL) (例えば、CDR-L1、CDR-L2、及び／又はCDR-L3)及び抗体重鎖の可変領域(VH) (例えば、CDR-H1、CDR-H2、及び／又はCDR-H3)を含む単一のポリペプチド鎖を含む。scFvフラグメントのVL領域及びVH領域を連結するリンカーは、タンパク質を構成するアミノ酸から構成されるペプチド・リンカーであることがある。代替のリンカーを、タンパク質分解に対するscFvフラグメントの耐性を増大させるために(例えば、D-アミノ酸を含有するリンカー)、scFvフラグメントの溶解性を増大させるために(例えば、ポリエチレングリコール含有リンカー又は繰り返しのグリシン及びセリン残基を含有するポリペプチド等の親水性リンカー)、前記分子の生物物理学的安定性を改善するために(例えば、分子内又は分子間ジスルフィド結合を形成するシステイン残基を含有するリンカー)、又は前記scFvフラグメントの免疫原性を弱めるために(例えば、グリコシル化部位を含有するリンカー)、使用することがある。本明細書中に記載されるscFv分子の可変領域を、それらが由来する抗体分子からアミノ酸配列が変化するように、改変することができることもまた、当業者は理解する。例えば、scFvの作用能（対応する抗体が認識する抗原に結合する作用能）を保存又は増強するために、アミノ酸残基での保存的置換又は変化をもたらすヌクレオチド又はアミノ酸置換を(例えば、CDR及び／又は骨格残基において)行うことがある。
【０２０２】
「特異的な結合」又は「特異的に結合する」という用語は、本明細書中で使用される場合、抗体が、タンパク質を広く認識し及び結合するというよりも、寧ろ特異的なタンパク質構造(エピトープ)を認識し及び結合する作用能のことをいう。抗体がエピトープ「A」に特異的である場合、標識した「A」と前記抗体とを含有する反応物中に、エピトープA(又は遊離の非標識A)を含有する分子が存在すると、前記抗体に結合する標識Aの量が減少する。例えば、抗体は、もし前記抗体が、標識されている場合、対応する非標識抗体によって、そのターゲットから競合的に解離することがあるならば、ターゲットに特異的に結合する。ある実施形態では、抗体はターゲット（例えば。CD117）に特異的に結合する（もし前記抗体が前記ターゲットに対して、少なくとも約10-4 M、10-5 M、10-6 M、10-7 M、10-8 M、10-9 M、10-10 M、10-11 M、10-12 M又は未満（未満は10-12未満である数字を意味する、例えば、10-13）のKDを有する場合である）。ある実施形態では、本明細書で使用される場合、用語「CD117への特異的結合」又は「CD117に特異的に結合する」は、抗体又はCD117に結合し、表面プラズモン共鳴によって測定した場合、1.0×10-7 M以下の解離定数(KD)を有する抗体を指す。ある実施形態では、KD(M)を、標準的なバイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry) (BLI)に従って測定する。ある実施形態では、Koff(1/s)を、標準的なバイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry) (BLI)に従って測定する。しかし、前記抗体は、配列が関連している2種以上の抗原に特異的に結合することができることを理解されたい。例えば、ある実施形態では、抗体は、CD117のヒト及び非ヒト(例えば、マウス又は非ヒト霊長類)オルソログの両方に特異的に結合することがある。
【０２０３】
本明細書中で使用される場合、用語「対象」及び「患者」は、本明細書中に記載されるような特定の疾患又は症状に対して治療を受ける、ヒトのような生物をいう。例えば、ヒト患者のような患者は、外因性の造血幹細胞の生着を促進するために、造血幹細胞移植療法の前に治療を受けることがある。
【０２０４】
本明細書中で使用される場合、語句「血液から実質的にクリアランスされる」は、治療薬剤（例えば、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント）を患者に投与した後の時点であって、前記患者から単離された血液サンプル中の前記治療薬剤の濃度が、前記治療薬剤を従来の方法によって検出できないようなものである場合(例えば、前記治療薬剤が、前記治療薬剤を検出するために使用されるデバイス又はアッセイのノイズ閾値を超えて検出できないような場合)のことをいう。当該技術分野で知られている、様々な技法（当該技術分野で知られている又は本明細書に記載されているELISAベースの検出アッセイなど）を使用して、抗体、又は抗体フラグメントを検出することがある。抗体、又は抗体フラグメントを検出するために使用され得る更なるアッセイには、とりわけ当該技術分野で公知の、免疫沈降法及びイムノブロット・アッセイが含まれる。
【０２０５】
本明細書中で使用される場合、語句「幹細胞障害」は、対象のターゲット組織をコンディショニングすることによって、及び／又はターゲット組織中の内因性の幹細胞集団を除去することによって(例えば、対象の骨髄組織から内因性の造血幹細胞集団又は造血前駆細胞集団を除去することによって)、及び／又は対象のターゲット組織中に幹細胞を生着させる又は移植することによって、治療又は治癒され得る任意の疾患、障害、又は症状を広く指す。例えば、I型糖尿病は、造血幹細胞移植によって治癒されることが示されており、本明細書に記載の組成物及び方法に従ってコンディショニングすることから恩恵を得ることができる。本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して治療され得る更なる障害には、限定されるものではないが、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、ウィスコット‐アルドリッチ症候群、ADA SCID、HIV/AIDS、異染性白質ジストロフィー、ダイアモンド‐ブラックファン貧血、及びシュワックマン‐ダイアモンド症候群が挙げられる。本明細書に記載される患者コンディショニング及び／又は造血幹細胞移植の方法を用いて治療することができる更なる疾患には、遺伝性血液疾患(例えば、鎌状赤血球貧血)及び強皮症、多発性硬化症、潰瘍性大腸炎、及びクローン病等の自己免疫疾患が含まれる。本明細書中に記載されるコンディショニング及び／又は移植方法を使用して治療され得る更なる疾患には、悪性腫瘍(例えば、神経芽細胞腫)、又は血液がん(例えば、白血病、リンパ腫、及び骨髄腫)が含まれる。例えば、前記がんは、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、又は非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)であることがある。本明細書に記載のコンディショニング及び／又は移植方法を用いて治療可能な更なる疾患には、骨髄異形成症候群が含まれる。いくつかの実施形態では、前記対象は、代謝性貯蔵障害を有するか、又はそれによって影響を受けている。例えば、前記対象は、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、異染性白質ジストロフィー、から選択される代謝性障害、又は本明細書に開示される治療及び療法から恩恵を受けることができる任意の他の疾患又は障害（限定されるものではないが、重度複合免疫不全症、ウィスコット‐アルドリッチ症候群、高免疫グロブリンM(IgM)症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、鎌状赤血球症、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus)、多発性硬化症、若年性関節リウマチ）、並びに"Bone Marrow Transplantation for Non-Malignant disease"、ASH Education Book、1:319-338(2000)（本開示は、造血幹細胞移植療物を投与する療法によって治療される可能性のある病態に関するものであり、その全体が参照により本明細書に取り込まれる）に記載されている疾患又は障害、に罹患している、又は影響を受けていることがある。
【０２０６】
本明細書中で使用される場合、用語「トランスフェクション」は、エレクトロポレーション、リポフェクション、リン酸カルシウム沈殿、DEAE-デキストラン・トランスフェクション等のような、原核宿主細胞又は真核宿主細胞に外因性のDNAを導入するために一般的に使用される、任意の多種多様な技術のことをいう。
【０２０７】
本明細書中で使用される場合、用語「治療する」又は「治療」は、疾患症状の重篤度及び／又は頻度を減少させること、疾患症状及び／又は前記症状の根本的な原因を取り除くこと、疾患症状及び／又はその根本的な原因の頻度又は可能性を減少させること、並びに疾患によって直接的又は間接的に引き起こされる損傷を改善又は修復することをいう。有益な又は所望の臨床的な結果としては、限定されるものではないが、本明細書に記載されるような抗体コンディショニング療法及び続いて行う造血幹細胞移植療法後の、患者において外因性の造血細胞の生着が促進されることが含まれる。更なる有益な結果には、造血幹細胞移植を必要としている患者において、コンディショニング療法及び続いて外因性の造血幹細胞グラフトを前記患者に投与した後、造血幹細胞の細胞数が増加すること又は相対濃度が増加すること、が含まれる。本明細書に記載される療法の有益な結果にはまた、コンディショニング療法及び続いて行う造血幹細胞移植療法の後、造血系列の1種以上の細胞（巨核球、血小板(thrombocyte)、血小板(platelet)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア細胞、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、Tリンパ球、又はBリンパ球等）の細胞数が増加すること又は相対濃度が増加すること、が含まれることもある。更なる有益な結果には、がん細胞 (例えば、CD117+白血病細胞)又は自己免疫細胞(例えば、自己抗原と交差反応するT-細胞レセプターを発現するCD117+ T-細胞等のCD117+自己免疫リンパ球) の集団等の、疾患を引き起こす細胞集団の量が減少することが含まれることがある。本発明の方法が障害を予防することを対象とする限り、用語「予防する」は、疾患の状態が完全に阻止されることを必要としないことが理解される。むしろ、本明細書中で使用される場合、予防するという用語は、疾患に感受性がある集団を同定し、疾患の発症前に本発明の化合物を投与すること等を、当業者ができることをいう。前記用語は、疾患の状態が完全に回避されることを意味するものではない。
【０２０８】
本明細書中で使用される場合、用語「バリアント」及び「誘導体」は、互換的に使用され、そして本明細書中に記載される化合物、ペプチド、タンパク質、又は他の基質の天然に存在する、合成の、及び半合成の類似体のことをいう。本明細書に記載の化合物、ペプチド、タンパク質、又は他の物質のバリアント又は誘導体は、元の物質の生物学的活性を保持又は改善することがある。
【０２０９】
本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」は、プラスミド、DNAベクター、プラスミド、RNAベクター、ウイルス、又は他の好適なレプリコン等の、核酸ベクターを含む。本明細書中に記載される発現ベクターは、ポリヌクレオチド配列、並びに、例えば、タンパク質を発現させる及び／又は哺乳動物細胞のゲノムの中にこれらのポリヌクレオチド配列を組み込ませるために使用する更なる配列エレメントを含むことがある。本発明の抗体及び抗体フラグメントを発現させるのに用いることができる特定のベクターには、遺伝子転写を指示するプロモータ領域及びエンハンサー等の、調節配列を含むプラスミドが含まれる。抗体及び抗体フラグメントを発現させるための他の有用なベクターは、これらの遺伝子の翻訳速度を増強するか、又は遺伝子転写から生じるmRNAの安定性又は核外への移行を改善するポリヌクレオチド配列を含む。これらの配列要素は、例えば、発現ベクター上にある遺伝子を効率的に転写するようにする、5'及び3'非翻訳領域及びポリアデニル化シグナル部位を含むことがある。本明細書中に記載される発現ベクターはまた、このようなベクターを含む細胞を選択するためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含むこともある。適切なマーカーの例には、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、及びノウルセオスリシン(nourseothricin)等の抗生物質に対する耐性をコードする遺伝子が含まれる。
【０２１０】
本明細書中で使用される場合、用語「アシル」は、-C(=O)Rを指し、ここで、Rは、本明細書で定義される、水素(「アルデヒド」)、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、又はヘテロシクリルである。非限定的な例としては、ホルミル、アセチル、プロパノイル、ベンゾイル、及びアクリロイルが含まれる。
【０２１１】
本明細書中で使用される場合、用語「アルキル」は、例えば、鎖中に1〜20個の炭素原子を有する直鎖又は分枝鎖アルキル基をいう。アルキル基の例としては、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、ペンチル、イソペンチル、tert-ペンチル、ヘキシル、イソヘキシル等が含まれる。
【０２１２】
本明細書中で使用される場合、用語「アルキレン」は、直鎖又は分枝鎖の二価アルキル基をいう。二価の位置は、アルキル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。アルキレンの例としては、メチレン、エチレン、プロピレン、イソプロピレン等が含まれる。
【０２１３】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルキル」は、例えば、鎖中に1〜20個の炭素原子を有し、更に鎖中に1個以上のヘテロ原子(例えば、とりわけ、酸素、窒素、又は硫黄)を含有する直鎖又は分枝鎖アルキル基をいう。
【０２１４】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルキレン」は、直鎖又は分岐鎖の二価ヘテロアルキル基をいう。二価の位置は、ヘテロアルキル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。二価の位置は、1個以上のヘテロ原子であることがある。
【０２１５】
本明細書中で使用される場合、用語「アルケニル」は、例えば、鎖中に2〜20個の炭素原子を有する直鎖又は分枝鎖のアルケニル基を指す。アルケニル基の例としては、ビニル、プロペニル、イソプロペニル、ブテニル、tert-ブチレニル、ヘキセニル等が含まれる。
【０２１６】
本明細書中で使用される場合、用語「アルケニレン」は、直鎖又は分岐鎖の二価アルケニル基を指す。二価の位置は、アルケニル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。アルケニレンの例としては、エテニレン、プロペニレン、イソプロペニレン、ブテニレン等が含まれる。
【０２１７】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルケニル」は、例えば、鎖中に2〜20個の炭素原子を有し、更に鎖中に1個以上のヘテロ原子(例えば、とりわけ、酸素、窒素、又は硫黄)を含む直鎖又は分岐鎖アルケニル基を指す。
【０２１８】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルケニレン」は、直鎖又は分岐鎖の二価ヘテロアルケニル基をいう。二価の位置は、ヘテロアルケニル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。二価の位置は、1個以上のヘテロ原子であることがある。
【０２１９】
本明細書中で使用される場合、用語「アルキニル」は、例えば、鎖中に2〜20個の炭素原子を有する直鎖又は分枝鎖のアルキニル基を指す。アルキニル基の例としては、プロパルギル、ブチニル、ペンチニル、ヘキシニル等が含まれる。
【０２２０】
本明細書中で使用される場合、用語「アルキニレン」は、直鎖又は分枝鎖の二価アルキニル基を指す。二価の位置は、アルキニル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。
【０２２１】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルキニル」は、例えば、鎖中に2〜20個の炭素原子を有し、更に鎖中に1個以上のヘテロ原子(例えば、とりわけ、酸素、窒素、又は硫黄)を含む直鎖又は分岐鎖アルキニル基を指す。
【０２２２】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアルキニレン」は、直鎖又は分岐鎖の二価ヘテロアルキニル基をいう。二価の位置は、ヘテロアルキニル鎖内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。二価の位置は、1個以上のヘテロ原子であることがある。
【０２２３】
本明細書中で使用される場合、用語「シクロアルキル」は、飽和していて、及び、例えば、3〜12個の炭素環原子を有する、単環、若しくは縮合、架橋、又はスピロ多環式環構造をいう。シクロアルキル基の例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、ビシクロ[3.1.0]ヘキサン等が含まれる。
【０２２４】
本明細書中で使用される場合、用語「シクロアルキレン」は、二価のシクロアルキル基をいう。二価の位置は、環構造内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。シクロアルキレンの例としては、シクロプロピレン、シクロブチレン、シクロペンチレン、シクロヘキシレン等が含まれる。
【０２２５】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロシロアルキル(heterocyloalkyl)」は、飽和していて、及び、例えば、炭素原子から及び、例えば、とりわけ、窒素、酸素、及び硫黄から選択されるヘテロ原子から選択される、環構造当たり3〜12個の環原子を有する、単環、若しくは縮合、架橋、又はスピロ多環式環構造をいう。前記環構造は、例えば、炭素、窒素、又は硫黄の環メンバー上に、1個以上のオキソ基を含むことがある。ヘテロシクロアルキルの例としては、ジヒドロピリジル、テトラヒドロピリジル(ピペリジル)、テトラヒドロチオフェニル、ピペリジニル、4-ピペリドニル、ピロリジニル、2-ピロリドニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、ビス-テトラヒドロピラニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オクタヒドロイソキノリニル、ピペラジニル、キヌクリジニル、及びモルホリニルが例として含まれるが、これらに限定されない。
【０２２６】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロシクロアルキレン」は、二価のヘテロシクロアルキル基をいう。二価の位置は、環構造内の同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。
【０２２７】
本明細書中で使用される場合、用語「アリール」は、例えば、6〜19個の炭素原子を含む単環式又は多環式芳香族環系をいう。アリール基としては、フェニル、フルオレニル、ナフチル等が含まれるが、これらに限定されない。二価の位置は、1個以上のヘテロ原子であることがある。
【０２２８】
本明細書中で使用される場合、用語「アリーレン」は、二価のアリール基を指す。二価の位置は、同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。
【０２２９】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアリール」は、単環式複素芳香族、又は二環式若しくは三環式縮合環ヘテロ芳香族基をいい、ここで、1個以上の環原子はヘテロ原子(例えば、窒素、酸素、又は硫黄)である。ヘテロアリール基には、ピリジル、ピロリル、フリル、チエニル、イミダゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾリル、1,2,3-トリアゾリル、1,2,4-トリアゾリル、1,2,3-オキサジアゾリル、1,2,4-オキサジアゾリル、1,2,5-オキサジアゾリル、1,3,4-オキサジアゾリル、1,3,4-トリアジニル、1,2,3-トリアジニル、ベンゾフリル、[2,3-ジヒドロ]ベンゾフリル、イソベンゾフリル、ベンゾチエニル、ベンゾトリアゾリル、イソベンゾチエニル、インドリル、イソインドリル、3H-インドリル、ベンゾイミダゾリル、イミダゾ[1,2-a]ピリジル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノリジニル、キナゾリニル、フタラジニル、キノキサリニル、シンノリニル、ナプチリジニル、ピリド[3,4-b]ピリジル、ピリド[3,2-b]ピリジル、ピリド[4,3-b]ピリジル、キノリル、イソキノリル、テトラゾリル、5,6,7,8-テトラヒドロキノリル、5,6,7,8-テトラヒドロイソキノリル、プリニル、プテリジニル、カルバゾリル、キサンテニル、ベンゾキノリル等が挙げられる。
【０２３０】
本明細書中で使用される場合、用語「ヘテロアリーレン」は、二価ヘテロアリール基をいう。二価の位置は、同じ原子上にあっても、異なる原子上にあってもよい。二価の位置は、1個以上のヘテロ原子であることがある。
【０２３１】
個々の置換基の定義によって別段の制約を受けない限り、前記の化学的な部分構造、例えば、「アルキル」、「アルキレン」、「ヘテロアルキル」、「ヘテロアルキレン」、「アルケニル」、「アルケニレン」、「ヘテロアルケニル」、「ヘテロアルケニレン」、「アルキニル」、「アルキニレン」、「ヘテロアルキニル」、「ヘテロアルキニレン」、 「シクロアルキル」、「シクロアルキレン」、「ヘテロシクロアルキル」、「ヘテロシクロアルキレン」、「アリール」、「アリーレン」、「ヘテロアリール」、及び「ヘテロアリーレン」基等、は、任意選択的に、例えば、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アルキル・アリール、アルキル・ヘテロアリール、アルキル・シクロアルキル、アルキル・ヘテロシクロアルキル、アミノ、アンモニウム、アシル、アシルオキシ、アシルアミノ、アミノカルボニル、アルコキシカルボニル、ウレイド、カルバメート、アリール、ヘテロアリール、スルフィニル、スルホニル、アルコキシ、スルファニル、ハロゲン、カルボキシ、トリハロメチル、シアノ、ヒドロキシ、メルカプト、ニトロ等からなる基から選択される1〜5個の置換基で置換されることがある。典型的な置換基には、限定されるものではないが、-X, -R, -OH, -OR, -SH, -SR, NH2, -NHR, -N(R)2, -N+(R)3, -CX3, -CN, -OCN, -SCN, -NCO, -NCS, -NO, -NO2, -N3, -NC(=O)H, -NC(=O)R,  -C(=O)H, -C(=O)R, -C(=O)NH2,  -C(=O)N(R)2, -SO3-, -SO3H, -S(=O)2R, -OS(=O)2OR, -S(=O)2NH2, -S(=O)2N(R)2, -S(=O)R, -OP(=O)(OH)2, -OP(=O)(OR)2, -P(=O)(OR)2, -PO3, -PO3H2, -C(=O)X, -C(=S)R, -CO2H, -CO2R, -CO2-, -C(=S)OR, -C(=O)SR, -C(=S)SR, -C(=O)NH2, -C(=O)N(R)2, -C(=S)NH2, -C(=S)N(R)2, -C(=NH)NH2, 及び -C(=NR)N(R)2、が含まれる；ここで、各Xは、F、Cl、Br、及びIから、それぞれの場合について独立に選択される；及び、各Rは、アルキル、アリール、ヘテロシクロアルキル、又はヘテロアリール、保護基及びプロドラック部分から、それぞれの場合について独立に選択される。基が「任意選択的に置換される」と記載されている場合はどんな場合でも、その基は、それぞれの場合について独立に、1個以上の上記の置換基で置換されることがある。
【０２３２】
基が「任意選択的に置換されている」と記載されている場合はどれでも、その基は、それぞれの場合について独立に、1個以上の上記の置換基で置換されることがある。前記置換は、隣接する置換基で閉環(例えば、隣接する官能性置換基の閉環)し、例えば、ラクタム、ラクトン、環状無水物、アセタール、ヘミアセタール、チオアセタール、アミナール、及びヘミアミナール（これらは、閉環によって形成され、例えば、保護基を提供する）を形成する状況を含むことがある。
【０２３３】
あるラジカルの命名規則には、状況に応じて、モノ-ラジカル又はジ-ラジカルの何れかが含まれうることを理解しておく必要がある。例えば、置換基が分子の残りの部分への2つの結合点を必要とする場合、前記置換基はジ-ラジカルであると理解される。例えば、2点の結合点を必要とするアルキルとして識別される置換基には、-CH2-、-CH2CH2 -、-CH2CH(CH3)CH2-、等のジ-ラジカルが含まれる。他のラジカル命名規則は、前記ラジカルが「アルキレン」、「アルケニレン」、「アリーレン」、「ヘテロシクロアルキレン」等のようなジ-ラジカルであることを明確に示す。
【０２３４】
置換基がジ-ラジカルとして示される(即ち、分子の残りの部分への2つの結合点を有する)場合はどれでも、前記置換基は、別段の指示がない限り、任意の方向性配置で結合することができることを理解されたい。
【０２３５】
抗CD117抗体
本発明は、GNNK+ CD117のようなCD117に結合することができる抗体、又はその抗原結合フラグメントを、単独の治療薬剤として又はコンジュゲート(ADC)として、例えば、以下の目的のために使用することができるという発見に、部分的に基づく、(i)CD117+細胞を特徴とするがん及び自己免疫疾患を治療するため、及び(ii)移植療法を必要とする患者において、移植された造血幹細胞の生着を促進するため。これらの治療活性は、例えば、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞のような細胞の表面に発現しているCD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する、単離された抗CD117抗体、その抗原結合フラグメントが結合すること、及び続いて細胞死を誘導すること、に起因する。内因性の造血幹細胞を減少させることにより、移植した造血幹細胞がホーミングすることができるニッチが提供され、その後、生産的な造血が確立される。このようにして、移植した造血幹細胞は、本明細書に記載の幹細胞障害に罹患しているヒト患者等の患者に、うまく生着することができる。
【０２３６】
ヒトCD117(c-Kitとも呼ばれる、mRNA NCBI参照配列: NM_000222.2、タンパク質NCBI参照配列: NP_000213.1)に結合することができる抗体及び抗原結合フラグメント(GNNK+CD117に結合することができる抗体及び抗原結合フラグメントを含む)を、造血幹細胞移植療法に向けて患者をコンディショニングするために、本明細書中に記載される組成物及び方法と組み合わせて使用することがある。集団のかなりの割合で存在する、CD117のコーディング領域又は細胞外ドメインに影響を及ぼす多型は、現在のところ、腫瘍以外の適応症ではよく知られていない。CD117には少なくとも4種類のアイソフォームが同定されており、腫瘍細胞では、更なるアイソフォームが発現している可能性がある。CD117アイソフォームのうち2つは、タンパク質の細胞内ドメインに局在し、2つは外側の膜近傍領域に存在する。2つの細胞外アイソフォーム、GNNK+とGNNK-は、4アミノ酸配列が存在する(GNNK+)又は存在しない(GNNK-)点で異なる。これらのアイソフォームはリガンド(SCF)に対して同じ親和性を有することが報告されているが、GNNK-アイソフォームへのリガンド結合は、細胞内部への取り込み及び分解を増大させることが報告されている。GNNK+アイソフォームは、このアイソフォームに対して生成される抗体がGNNK+及びGNNK-タンパク質を含むので、CD117に結合し得る抗体を生成するための免疫原として使用することがある。ヒトCD117アイソフォーム1及び2のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号(SEQ ID Nos): 145及び146として記載されている。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される抗ヒトCD117(hCD117)抗体は、ヒトCD117のアイソフォーム1及びアイソフォーム2の両方に結合することができる。
【０２３７】
以下に記載するように、ヒト抗体の酵母ライブラリをスクリーニングして、診断的に及び治療的に使用する新規な抗CD117抗体、及びそのフラグメントを同定した。抗体54(Ab54)、抗体55(Ab55)、抗体56(Ab56)、抗体57(Ab57)、抗体58(Ab58)、抗体61(Ab61)、抗体66(Ab66)、抗体67(Ab67)、抗体68(Ab68)、及び抗体69(Ab69)は、このスクリーニングで同定されたヒト抗体であった。これらの抗体はヒトCD117及びアカゲザルCD117と交差反応する。更に、本明細書中に開示されるこれらの抗体は、ヒトCD117の両方のアイソフォーム(即ち、アイソフォーム1(配列番号(SEQ ID NO):145)及びアイソフォーム2(配列番号(SEQ ID NO):146))に結合し得る。
【０２３８】
抗CD117抗体Ab54、Ab55、Ab56、Ab57、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68及びAb69の種々の結合領域のアミノ酸配列を表１０に記載する。表１０に記載したCDRを含むヒト抗CD117抗体、並びに表１０に記載した可変領域を含むヒト抗CD117抗体は、本発明に含まれる。
【０２３９】
ある実施形態では、本発明は、抗体55の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体55(即ち、Ab55)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):19に示す(表１０参照)。抗体55のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):21(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):22(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):23(VH CDR3)に示す。抗体55の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):20に記載する(表１０参照)。抗体55のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):24(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):25(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):26(VL CDR3)に示す。抗体55の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体55の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 21、22、及び23に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 24、25、及び26に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):20に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):19に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４０】
ある実施形態では、本発明は、抗体54の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体54(即ち、Ab54)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):29に示す(表１０参照)。抗体54のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):31(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):32(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):33(VH CDR3)に示す。抗体54の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):30に記載する(表１０参照)。抗体54のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):34(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):35(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):36(VL CDR3)に示す。抗体54の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体54の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 31、32、及び33に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 34、35、及び36に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):30に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):29に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４１】
ある実施形態では、本発明は、抗体56の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体56(即ち、Ab56)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):39に示す(表１０参照)。抗体56のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):41(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):42(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):43(VH CDR3)に示す。抗体56の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):40に記載する(表１０参照)。抗体56のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):44(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):45(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):46(VL CDR3)に示す。抗体56の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体56の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 41、42、及び43に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 44、45、及び46に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):40に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):39に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４２】
ある実施形態では、本発明は、抗体57の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体57(即ち、Ab57)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):49に示す(表１０参照)。抗体57のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):51(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):52(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):53(VH CDR3)に示す。抗体57の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):50に記載する(表１０参照)。抗体57のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):54(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):55(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):56(VL CDR3)に示す。抗体57の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体57の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 51、52、及び53に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 54、55、及び56に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):50に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):49に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４３】
ある実施形態では、本発明は、抗体58の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体58(即ち、Ab58)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):59に示す(表１０参照)。抗体58のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):61(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):62(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):63(VH CDR3)に示す。抗体58の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):60に記載する(表１０参照)。抗体58のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号(SEQ ID NO):64(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):65(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):66(VL CDR3)に示す。抗体58の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体58の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 61、62、及び63に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 64、65、及び66に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):60に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):59に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４４】
ある実施形態では、本発明は、抗体61の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体61(即ち、Ab61)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):69に示す(表１０参照)。抗体61のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):71(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):72(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):73(VH CDR3)に示す。抗体61の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):70に記載する(表１０参照)。抗体61のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号(SEQ ID NO):74(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):75(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):76(VL CDR3)に示す。抗体61の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体61の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 71、72、及び73に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 74、75、及び76に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):70に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):69に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４５】
ある実施形態では、本発明は、抗体66の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体66(即ち、Ab66)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):79に示す(表１０参照)。抗体66のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):81(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):82(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):83(VH CDR3)に示す。抗体66の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):80に記載する(表１０参照)。抗体66のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):84(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):85(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):86(VL CDR3)に示す。抗体66の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体66の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 81、82、及び83に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 84、85、及び86に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):80に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):79に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４６】
ある実施形態では、本発明は、抗体67の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体67の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):9に示す(表２参照)。抗体67のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号11(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):12(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):13(VH CDR3)に示す。抗体67の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):10に記載する(表２参照)。抗体67のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号14(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):15(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):16(VL CDR3)に示す。抗体67の全長重鎖(HC)を配列番号(SEQ ID NO):110に示し、抗体67の全長重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体67の軽鎖を配列番号(SEQ ID NO):109に示す。抗体67の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 11、12、及び13に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 14、15、及び16に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):9に記載のアミノ酸残基を含む可変重鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):10に記載の重鎖可変領域を含む。更なる実施形態では、抗CD117抗体は、配列番号(SEQ ID NO):110を含む重鎖及び配列番号(SEQ ID NO):109を含む軽鎖を含む。
【０２４７】
ある実施形態では、本発明は、抗体68の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体68(即ち、Ab68)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):89に示す(表１０参照)。抗体68のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):91(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):92(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):93(VH CDR3)に示す。抗体68の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):90に記載する(表１０参照)。抗体68のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号(SEQ ID NO):94(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):95(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):96(VL CDR3)に示す。抗体68の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体68の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 91、92、及び93に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 94、95、及び96に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):90に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):89に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４８】
ある実施形態では、本発明は、抗体69の結合領域に対応する結合領域（例えばCDR、可変領域）を含む抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントを、提供する。抗体69(即ち、Ab69)の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):99に示す(表１０参照)。抗体69のVH CDRドメイン・アミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):101(VH CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):102(VH CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):103(VH CDR3)に示す。抗体69の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):100に記載する(表１０参照)。抗体69のVL CDRドメイン・アミノ酸配列を、配列番号(SEQ ID NO):104(VL CDR1)；配列番号(SEQ ID NO):105(VL CDR2)及び配列番号(SEQ ID NO):106(VL CDR3)に示す。抗体69の重鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):122に示す。抗体69の軽鎖定常領域を配列番号(SEQ ID NO):121に示す。従って、ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID Nos): 101、102、及び103に記載の可変重鎖CDRセット(CDR1、CDR2、及びCDR3)、並びに配列番号(SEQ ID Nos): 104、105、及び106に記載の軽鎖可変領域CDRを含む。他の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合部分は、配列番号(SEQ ID NO):100に記載のアミノ酸残基を含む可変軽鎖、及び配列番号(SEQ ID NO):99に記載の重鎖可変領域を含む。
【０２４９】
本明細書に記載される抗CD117抗体のあるものは、前記抗体がCD117発現細胞上のCD117活性を実質的に阻害しないという点で、中性抗体(neutral antibody)である。中性抗体(neutral antibody)は、例えば、in vitro幹細胞因子(SCF)依存性細胞増殖アッセイを使用して同定することができる(例えば、本明細書中に記載される実施例１１を参照のこと)。SCF依存性細胞増殖アッセイでは、中性CD117抗体は、中性抗体(neutral antibody)がSCFのCD117への結合を遮断しCD117活性を阻害することはないので、SCFに依存して分裂するCD34+細胞を死滅させることはないであろう。
【０２５０】
中性抗体(neutral antibody)は、それらがヒトCD117に特異的に結合することができることを考えると、診断目的に使用することができるが、本明細書に記載される細胞毒素等の細胞毒素にコンジュゲートした場合に、CD117発現細胞を死滅させることにも効果的である。典型的には、コンジュゲートに使用される抗体は、前記抗体に特有のアゴニスト活性又はアンタゴニスト活性を有する。しかしながら、本明細書に記載されているのは、コンジュゲートに対するユニークな手法であり、とりわけ、前記コンジュゲートを、幹細胞移植の前に、コンディショニング剤として使用する状況における手法である。アンタゴニスト抗体単独又はコンジュゲートとしての細胞毒素との組合せは、細胞毒素に加えて抗体単独の殺傷能があるならば、効果的であり得る。その一方で、中性抗CD117抗体を含むコンジュゲートを使用したコンディショニングは、前記抗体の活性が細胞毒素の効果に対して二次的ではあるが、前記抗体の細胞内部への取り込み及び親和性特性（例えば、解離速度）が前記細胞毒素を効果的に送達することに重要である場合に、別の代替ストラテジーを提示する。
【０２５１】
中性抗CD117抗体の例には、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69が含まれる。中性抗CD117抗体CDRのアミノ酸配列を比較すると、同定された中性抗体(neutral antibody)の2つの群の間のコンセンサス配列が明らかになる。Ab58とAb61の重鎖可変領域と軽鎖可変領域の対比を、それぞれ図２２ａと２２ｂに示す。Ab58及びAb61は、同じ軽鎖CDR及びHC CDR3を共有し、HC CDR1及びHC CDR2に僅かな違いがある。HC CDR1及びCDR2のコンセンサス配列を、配列番号(SEQ ID Nos): 133及び134に記載する。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69も中性抗体(neutral antibody)である。これらの抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域は、それぞれ図２３Ａ及び図２３Ｂに記載されている。Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69は、同じ軽鎖CDR及び同じHC CDR3を共有するが、これらの抗体には、それらのHC CDR1及びHC CDR2領域内で違いがある。HC CDR1及びHC CDR2領域におけるこれらの抗体のコンセンサス配列を、それぞれ、配列番号(SEQ ID Nos): 139及び140に記載する。
【０２５２】
Ab54、Ab55、Ab56、及びAb57等を含む、アンタゴニスト抗体もまた、本明細書中に記載される。これらの抗体の可変重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列の対比を、それぞれ図２１Ａ及び２２Ｂに示す。Ab54、Ab55、Ab56、及びAb57は、同じ軽鎖CDR及び同じHC CDR3を共有するが、これらの抗体には、それらのHC CDR1及びHC CDR2領域内で違いがある。HC CDR1及びHC CDR2領域におけるこれらの抗体のコンセンサス配列を、それぞれ、配列番号(SEQ ID Nos): 127及び128に記載する。
【０２５３】
本明細書中に記載される抗CD117抗体は、全長抗体、バイスペシフィック抗体(bispecific antibody)、二重可変ドメイン抗体、多重鎖又は一本鎖抗体、及び／又はヒトCD117に特異的に結合する結合フラグメントの形態であることがあり、これにはFab、Fab'、(Fab')2、Fv、scFv(一本鎖Fv)、サロボディ(surrobodies)(代理軽鎖構築物を含む)、単一ドメイン抗体、ラクダ化抗体等が挙げられるが、これらに限定されない。それらはまた、例えば、IgA(例えば、IgA1又はIgA2)、IgD、IgE、IgG(例えば、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4)、又はIgM等を含む、任意のアイソタイプであることもある。いくつかの実施形態では、前記抗CD117抗体は、IgG(例えば、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4)である。
【０２５４】
本明細書に記載される方法と併せて使用するための抗体には、Fcドメインを含有する又は欠損する抗体フラグメント、並びに本明細書に記載される非ヒト抗体のヒト化バリアント、並びに本明細書に記載される抗体、又は抗体フラグメントのCDR又はその相当領域の1つ以上、又は全てを含有する抗体様タンパク質スキャッフォルド(例えば、10Fn3ドメイン)等の、上記の抗体のバリアントが含まれる。前記の抗体の例示的な抗原結合フラグメントには、とりわけ、二重可変免疫グロブリン・ドメイン(dual-variable immunoglobulin domain)、一本鎖Fv分子(scFv)、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質スキャッフォルド、Fvフラグメント、Fabフラグメント、F(ab')2分子、及びタンデムdi-scFvが含まれる。
【０２５５】
ある実施形態では、1つ以上の放射性標識アミノ酸を含む抗CD117抗体が提供される。放射性標識された抗CD117抗体は、診断及び治療の両方の目的のために使用され得る(放射性標識された分子にコンジュゲートすることは、可能性がある別の特徴である)。ポリペプチドの標識に関する限定されない例としては、3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc及び125I、131I及び186Reが挙げられるが、これらに限定されない。放射性標識アミノ酸及び関連ペプチド誘導体を調製するための方法は当該技術分野で公知である(例えば、Junghansら、Cancer Chemotherapy and Biotherapy 655-686、2d版、Chafner及びLongo編、Lippincott Raven(1996)及び米国特許第4,681,581号、米国特許第4,735,210号、米国特許第5,101,827号、米国特許第5,102,990(U.S. RE35,500号、米国特許第5,648,471号、米国特許第5,697,902号を参照のこと)。例えば、放射性同位体を、クロラミンTの方法によって結合することがある。
【０２５６】
本明細書中に記載される抗CD117抗体又は結合フラグメントはまた、当該技術分野で公知のように、抗体及び／又はフラグメントの特性を改変する修飾及び／又は変異(例えば、半減期を増大させる、ADCCを増大させる又は低下させる修飾及び／又は変異等)を含むこともある。
【０２５７】
ある実施形態では、抗CD117抗体、又はその結合フラグメントは、バリアントFc領域を含み、ここで、前記バリアントFc領域は、野生型Fc領域に対して少なくとも1つのアミノ酸修飾を含み、その結果、前記分子は、FcγRに対する親和性が変わる。前記Fc領域内の特定のアミノ酸位置は、FcγRと直接接触させた結晶学的研究によって知られている。具体的には、アミノ酸234〜239(ヒンジ領域)、アミノ酸265〜269(B/Cループ)、アミノ酸297〜299(C'/Eループ)、及びアミノ酸327〜332(F/G)ループである。(Sondermann et al、2000 Nature、406: 267-273参照)。従って、本明細書に記載の抗CD117抗体は、構造的な及び結晶学的な解析に基づいてFcγ Rと直接接触する、少なくとも1つの残基が修飾されたバリアントFc領域を含むことがある。ある実施形態では、前記抗CD117抗体(又はそのフラグメント)のFc領域は、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, NH1, MD (1991) (参照により本明細書に明確に取り込まれている)のEUインデックスに依るところのアミノ酸265で、アミノ酸置換を含む。「Kabatに依るところのEUインデックス」は、ヒトIgG1 EU抗体の番号付けを指す。EUインデックス又はKabatに依るところのEUインデックス又はEU番号体系は、EU抗体の番号付けを指す(Edelmanら、1969、Proc Natl Acad Sci USA 63:78-85、参照により全体が本明細書に取り込まれる)。ある実施形態では、前記Fc領域は、D265A変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域はD265C変異を含む。いくつかの実施形態では、前記抗CD117抗体(又はそのフラグメント)のFc領域は、Kabatに依るところのEUインデックスによるアミノ酸234でのアミノ酸置換を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、L234A変異を含む。いくつかの実施形態では、前記抗CD117抗体(又はそのフラグメント)のFc領域は、Kabatに依るところのEUインデックスによるアミノ酸235でのアミノ酸置換を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、L235A変異を含む。更に別の実施形態では、前記Fc領域は、L234A及びL235A変異を含む。更なる実施形態では、前記Fc領域は、D265C、L234A、及びL235A変異を含む。
【０２５８】
特定の態様において、バリアントIgG Fcドメインは、1つ以上のアミノ酸置換を含まない野生型Fcドメインと比較して、FcγR及び／又はC1qに対する結合親和性が減少する又は無くなるという結果になる、1つ以上のアミノ酸置換を含む。Fc結合相互作用は、様々なエフェクター機能及び下流シグナル伝達イベント（抗体依存性細胞介在性細胞毒性(antibody dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC))及び補体依存性細胞毒性(complement dependent cytotoxicity (CDC))等を含むが、これらに限定されない）に必須である。従って、特定の態様において、修飾されたFc領域を含む抗体(例えば、L234A、L235A、及びD265C変異を含む)では、エフェクター機能が実質的に減少する又は消失する。
【０２５９】
Fc領域に対する親和性は、当該技術分野で公知の様々な技術（例えば、限定されるものではないが、平衡方法（例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ(enzyme-linked immunoabsorbent assay (ELISA))；KinExA、Rathanaswami et al. Analytical Biochemistry, Vol. 373:52-60, 2008；ラジオイムノアッセイ(radioimmunoassay (RIA))）、又は表面プラズモン共鳴アッセイ若しくは他のメカニズムのキネティクスに基づくアッセイ(例えば、BIACORETM解析又はOctet TM解析(forteBIO))、並びに他の方法（間接結合アッセイ、競合的結合アッセイ、蛍光共鳴エネルギ移動(fluorescence resonance energy transfer (FRET))、ゲル電気泳動及びクロマトグラフィ(例えば、ゲルろ過)））を使用して、測定することができる。これら及び他の方法は、検査対象の1つ以上の成分にある標識を利用することがあり、及び／又は種々の検出方法（発色標識、蛍光標識、ルミネセンス標識、又は同位体標識等を含むがこれらに限定されない）を利用することがある。結合親和性及びキネティクスに関する詳細な記載は、Paul, W. E., ed., Fundamental Immunology, 4th Ed., Lippincott-Raven, Philadelphia (1999)（これは抗体-免疫原相互作用に焦点を当てている）に見出すことができる。競合的結合アッセイの一例はラジオイムノアッセイであり、ラジオイムノアッセイは、標識した抗原と注目する抗体とを、非標識抗原の存在量を増加させながら、インキュベートすること、及び標識した抗原に結合した抗体を検出することを含む。特定の抗原に対する注目する抗体の親和性及び結合解離速度を、スキャッチャード・プロット解析によるデータから決定することがある。第2の抗体との競合を、ラジオイムノアッセイを使用して測定することもある。この場合では、非標識の第2の抗体の存在量を増加させながら、前記抗原を、標識した化合物にコンジュゲートした注目する抗体とインキュベートする。
【０２６０】
本発明の抗体は、更に手を加えて、例えば(Dall'Acqua et al.(2006)J Biol Chem 281: 23514-24)、(Zalevsky et al.(2010)Nat Biotechnol 28: 157-9)、(Hinton et al.(2004)J Biol Chem 279: 6213-6)、(Hinton et al.(2006)J Immunol 176: 346-56)、(Shields et al.(2001)J Biol Chem 276: 6591-604)、(Petkova et al.(2006)Int Immunol 18: 1759-69)、(Datta-Mannan et al.(2007)Drug Metab Dispos 35: 86-94)、(Vaccaro et al.(2005)Nat Biotechnol 23: 1283-8)、(Yeung et al. (2010)Cancer Res 70: 3269-77)及び(Kim et al. (1999)Eur J Immunol 29: 2819-25)に記載のFc変異のようなFc変異を更に導入することによって、抗体の半減期を更に調節することがあり、並びに位置250、252、253、254、256、257、307、376、380、428、434及び435を含むことがある。単独で又は組み合わせて作製され得る例示的な変異は、T250Q、M252Y、1253A、S254T、T256E、P2571、T307A、D376V、E380A、M428L、H433K、N434S、N434A、N434H、N434F、H435A及びH435R変異である。
【０２６１】
従って、ある実施形態では、前記Fc領域は、半減期の低下をもたらす変異を含む。短い半減期を有する抗体は、抗体が短命の治療薬として機能することが期待される一定の例、例えば、抗体が投与され、続いてHSCが投与される本明細書に記載されるコンディショニング工程において、有益であり得る。理想的には、内因性の幹細胞とは異なり、一般にCD117を発現してもいるが抗CD117抗体のターゲットではないHSCを投与する前に、前記抗体は実質的にクリアランスされるべきである。ある実施形態では、前記Fc領域は、位置435（KabatによるEUインデックス）に変異を含む。ある実施形態では、前記変異はH435A変異である。
【０２６２】
ある実施形態では、本明細書に記載の抗CD117抗体は、24時間以下の半減期、22時間以下の半減期、20時間以下の半減期、18時間以下の半減期、16時間以下の半減期、14時間以下、13時間以下、12時間以下、又は11時間以下の半減期を有する。ある実施形態では、前記抗体の半減期は、11時間〜24時間；12時間〜22時間；10時間〜20時間；8時間〜18時間；又は14時間〜24時間である。
【０２６３】
いくつかの態様において、前記Fc領域は、半減期の減少を付与し、そして抗体のエフェクター機能を大幅に減少させるか、又は完全に無くす、2つ以上の変異を含む。いくつかの実施形態では、前記Fc領域は、半減期の減少をもたらす変異、及び(例えば、構造的な及び結晶学的な解析に基づいて)FcγRと直接接触することができる少なくとも1つの残基の変異を、含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、H435A突然変異、L234A突然変異、及びL235A突然変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、H435A突然変異及びD265C突然変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、H435A突然変異、L234A突然変異、L235A突然変異、及びD265C突然変異を含む。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、本抗体又はその抗原結合フラグメントのFcドメインにおけるシステイン残基を介して、細胞毒素(例えば、アマトキシン)に結合している。いくつかの実施形態では、前記システイン残基は、前記抗体又はその抗原結合フラグメントのFcドメインにおける変異によって導入される。例えば、前記システイン残基は、Cys118、Cys239、及びCys265からなる群より選択されることがある。ある実施形態では、前記抗CD117抗体(又はそのフラグメント)のFc領域は、Kabatに依るところのEUインデックスによるアミノ酸265でアミノ酸置換を含む。ある実施形態では、前記Fc領域はD265C変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、D265C及びH435A変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、D265C、L234A、及びL235A変異を含む。ある実施形態では、前記Fc領域は、D265C、L234A、L235A、及びH435A変異を含む。
【０２６５】
これらの態様のいくつかの実施形態において、前記システイン残基は、本抗体又はその抗原結合フラグメントのFcドメイン中に天然に存在する。例えば、前記Fcドメインは、ヒトIgG1 Fcドメイン等のIgG Fcドメインであってもよく、前記システイン残基はCys261、Csy321、Cys367、及びCys425からなる群より選択されてもよい。
【０２６６】
例えば、ある実施形態において、抗体67のFc領域は、D265C変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):111)。別の実施形態において、抗体67のFc領域は、D265C、L234A、及びL235A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):112)。更に別の実施形態において、抗体67のFc領域は、D265C及びH435A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):113)。更なる実施形態において、抗体67のFc領域は、D265C、L234A、L235A、及びH435A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):114)。
【０２６７】
抗体55に関して、ある実施形態では、抗体55のFc領域は、D265C変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):117)。別の実施形態において、抗体55のFc領域は、D265C、L234A、及びL235A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):118)。更に別の実施形態において、抗体55のFc領域は、D265C及びH435A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):119)。更なる実施形態において、抗体55のFc領域は、D265C、L234A、L235A、及びH435A変異を含むように改変される(例えば、配列番号(SEQ ID NO):120)。
【０２６８】
抗体54、抗体55、抗体56、抗体57、抗体58、抗体61、抗体66、抗体67、抗体68、又は抗体69の何れか1つのFc領域は、D265C変異(例えば、配列番号(SEQ ID NO):123におけるよう)；D265C、L234A、及びL235A変異(例えば、配列番号(SEQ ID NO):124におけるよう)；D265C及びH435A変異(例えば、配列番号(SEQ ID NO):125におけるよう)；又はD265C、L234A、L235A、及びH435A変異(例えば、配列番号(SEQ ID NO):126におけるよう)を含むように改変され得る。
【０２６９】
本明細書に記載されるバリアントFcドメインは、それらを構成するアミノ酸修飾に従って定義される。Fc領域に関して本明細書中で議論される全てのアミノ酸置換について、番号付けは、常にEUインデックスに従う。従って、例えば、D265Cは、親Fcドメインに対して、EU位置265のアスパラギン酸(D)がシステイン(C)で置換されたFcバリアントである。同様に、例えば、D265C/L234A/L235Aは、親Fcドメインに対して、EU位置265(DからCへ)、234(LからAへ)、及び235(LからAへ)に置換を有するFcバリアントを定義する。バリアントはまた、変異EUアミノ酸位置における、その最終的なアミノ酸組成に従って指定されることもある。例えば、L234A/L235A変異は、LALAと呼ぶことがある。置換する順序は任意であることに留意されたい。
【０２７０】
ある実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)と少なくとも95%、96%、97%又は99%同一であるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。或いは、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)と少なくとも95%、96%、97%又は99%同一であるアミノ酸配列を有する、本明細書中に記載される可変領域の骨格領域を有する、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)を含むCDRを含む。
【０２７１】
ある特定の実施形態では、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、コンジュゲートの一部として使用される場合に、特に有利である特定の解離速度を有する。例えば、抗CD117抗体は、ある特定の実施形態では、ヒトCD117及び／又はアカゲザルCD117に対して、バイオレイヤー干渉法(BLI)によって測定した場合、1×10-2〜1×10-3、1×10-3〜1×10-4、1×10-5〜1×10-6、1×10-6〜1×10-7又は1×10-7〜1×10-8の解離速度定数(Koff)を有する。いくつかの実施形態では、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、バイオレイヤー干渉法(Bio-Layer Interferometry)(BLI)アッセイによって測定した場合、約100 nM以下、約90 nM以下、約80 nM以下、約70 nM以下、約60 nM以下、約50 nM以下、約40 nM以下、約30 nM以下、約20 nM以下、約10 nM以下、約8 nM以下、約6 nM以下、約4 nM以下、約2 nM以下、約1 nM以下のKDで、CD117(例えば、ヒトCD117及び／又はアカゲザルCD117)に結合する。
【０２７２】
本明細書中に開示される抗体、及びその結合フラグメントは、以下で詳細に記載するように、コンジュゲートにおいて使用され得る。
【０２７３】
抗体を、例えば、米国特許第4,816,567号に記載されるように、組換え方法及び組成物を使用して産生することがある。ある実施形態では、本明細書に記載の抗CD117抗体をコードする単離された核酸が提供される。このような核酸は、本抗体のVLを含むアミノ酸配列及び／又は本抗体のVHを含むアミノ酸配列(例えば、本抗体の軽鎖及び／又は重鎖)をコードすることがある。更なる実施形態において、このような核酸を含む1種以上のベクター(例えば、発現ベクター)が提供される。更なる実施形態において、このような核酸を含む宿主細胞が提供される。あるこのような実施形態において、宿主細胞は以下を含む(例えば、以下で形質転換されている)：(1)本抗体のVLを含むアミノ酸配列及び本抗体のVHを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は(2)本抗体のVLを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第1のベクター及び本抗体のVHを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第2のベクター。ある実施形態では、前記宿主細胞は、真核生物、例えばチャイニーズ・ハムスター卵巣(CHO)細胞又はリンパ系細胞(例えばY0、NS0、Sp20細胞)である。ある実施形態では、抗CLL-1抗体を作製する方法が提供され、ここで、前記方法は、上記に提供されるような抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、前記抗体の発現に適した条件下で、培養することを、及び任意選択的に、前記宿主細胞(又は宿主細胞培養培地)から前記抗体を回収することを、含む。
【０２７４】
抗CD117抗体を組換え的に産生するために、抗体をコードする核酸(例えば、上記のような核酸)を、単離し、そして宿主細胞中で更にクローニングする及び／又は発現させるために、1種以上のベクターに挿入する。このような核酸は、従来の手順を使用して(例えば、本抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチド・プローブを使用することによって)容易に単離することができ、及び配列決定をすることができる。
【０２７５】
抗体をコードするベクターをクローニングする又は発現させるのに適した宿主細胞には、本明細書に記載の原核生物又は真核生物細胞が含まれる。例えば、抗体は、特にグリコシル化及びFcエフェクター機能が必要とされない場合に、バクテリア中で産生しても良い。バクテリア中で抗体フラグメント及びポリペプチドを発現させることについては、例えば、米国特許第5,648,237、5,789,199、5,840,523号を参照のこと（Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J., 2003), pp. 245-254も参照のこと、これには、大腸菌中で抗体フラグメントを発現させることが記載されている）。発現させた後、前記抗体を、可溶性画分中のバクテリア細胞ペーストから単離し、更に精製しても良い。
【０２７６】
宿主として、脊椎動物細胞を使用することもできる。例えば、懸濁液中で増殖するように適合した哺乳動物細胞株が有益であることがある。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、SV40で形質転換したサル腎臓CV1株(COS-7)；ヒト胚性腎臓細胞株(例えば、Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載されるような293又は293細胞)；ベビー・ハムスター腎臓細胞(BHK)；マウス・セルトリ細胞(例えば、Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるようなTM4細胞)；サル腎臓細胞(CV1)；アフリカミドリザル腎臓細胞(VERO-76)；ヒト子宮頸がん細胞(HELA)；イヌ腎臓細胞(MDCK)；バッファローラット肝臓細胞(BRL 3A)；ヒト肺細胞(W138)；ヒト肝臓細胞(Hep G2)；マウス乳がん(MMT 060562)；TRI細胞(例えば、Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載される)；MRC 5細胞；及びFS4細胞、である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株には、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞（DHFR-CHO細胞(Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))等を含む)；及び骨髄腫細胞株(例えば、Y0、NS0及びSp2/0等)が含まれる。抗体産生に適したある特定の哺乳動物宿主細胞株に関するレビューについては、例えば、Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B. K. C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J.), pp. 255-268 (2003)を参照のこと。
【０２７７】
ある実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)と少なくとも95%、96%、97%又は99%同一であるアミノ酸配列を有する可変領域を含む。或いは、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)と少なくとも95%、96%、97%又は99%同一であるアミノ酸配列を有する、本明細書中に記載される可変領域の骨格領域を有する、本明細書中に開示される配列番号(SEQ ID Nos)を含むCDRを含む。
【０２７８】
ある実施形態では、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域及び重鎖定常領域を含む。別の実施形態において、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域を含む。更に別の実施形態において、前記抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域、軽鎖可変領域、重鎖定常領域及び軽鎖定常領域を含む。
【０２７９】
抗CD117抗体を同定する方法
本明細書中に提供されるのは、例えば、幹細胞移植のためのコンディショニング方法において使用され得る新規な抗CD117抗体である。本明細書の記載に鑑みれば、他の抗CD117抗体、例えば中性抗体(neutral antibody)、を同定することができる。
【０２８０】
CD117(例えば、GNNK+CD117)に結合し得る分子についての抗体、又は抗体フラグメント・ライブラリをハイ・スループット・スクリーニングするための方法を使用して、本明細書中に記載されるように、がん、自己免疫疾患を治療する、及び造血幹細胞治療を必要とする患者(例えば、ヒト患者)をコンディショニングするために有用な抗体を、同定する、及び親和性成熟することができる。このような方法には、とりわけ、ファージ・ディスプレイ、バクテリア・ディスプレイ、酵母ディスプレイ、哺乳動物細胞ディスプレイ、リボソーム・ディスプレイ、mRNAディスプレイ、及びcDNAディスプレイ等の、当該技術分野で公知のin vitroディスプレイ技術が含まれる。ファージ・ディスプレイを使用して、生物学的に関連する分子に結合するリガンドを単離することは、例えば、Felici et al., Biotechnol. Annual Rev. 1:149-183, 1995; Katz, Annual Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26:27-45, 1997; 及び Hoogenboom et al., Immunotechnology 4:1-20, 1998（これらの各々の開示は、in vitroディスプレイ技術に関連するので、参照により本明細書に取り込まれる）にレビューされている。Kay, Perspect. Drug Discovery Des. 2:251-268, 1995 及び Kay et al., Mol. Divers. 1:139-140, 1996（これらの各々の開示は、抗原結合分子を発見すること関連するので、参照により本明細書に取り込まれる）に記載されるように、ランダム化コンビナトリアル・ペプチド・ライブラリを構築して細胞表面抗原に結合するポリペプチドを選択することが行われてきている。タンパク質(例えば、多量体タンパク質)を、機能的分子として、ファージ・ディスプレイすることは成功している(例えば、EP 0349578；EP 4527839；及びEP 0589877、並びにChiswell and McCafferty, Trends Biotechnol. 10:80-84 1992を参照のこと、これらの各々の開示は、抗原結合分子を発見するためのin vitroディスプレイ技術の使用に関連するため、参照により本明細書中に取り込まれる)。更に、機能的抗体フラグメント(例えば、Fabフラグメント及びscFvフラグメント)を、in vitroディスプレイ・フォーマットで発現させた(例えば、McCafferty et al., Nature 348:552- 554, 1990; Barbas et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7978-7982, 1991; 及び Clackson et al., Nature 352:624-628, 1991を参照のこと、これらの各々の開示は、抗原結合分子を発見するためのin vitroディスプレイ・プラットフォームに関連するため、本明細書中に参照により取り込まれる)。とりわけ、これらの技術を使用して、造血幹細胞移植療法を必要とする患者(例えば、ヒト患者)において、今度は内因性の造血幹細胞を減少させるために使用することがあるCD117(例えば、GNNK+CD117)に結合する抗体を同定する及び抗体の親和性を改善することがある
【０２８１】
in vitroディスプレイ技術に加えて、計算によるモデル化技術を使用して、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体及び抗体フラグメントを、in silicoでデザイン及び同定することがある。例えば、計算によるモデル化技術を使用して、当業者のある者は、特異的エピトープ(例えば、この抗原の細胞外エピトープ)に結合し得る分子を探すために、in silicoで、抗体、及び抗体フラグメントのライブラリをスクリーニングすることがある。これらの計算技術によって同定された抗体、及びその抗原結合フラグメントを、本明細書中に記載される治療方法(例えば、本明細書中に記載されるがん及び自己免疾患を治療する方法、並びに本明細書中に記載される患者をコンディショニングする処置等)と組み合わせて使用することがある。
【０２８２】
更なる技術を使用して、細胞(例えば、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞)の表面上にあるCD117(例えば、GNNK+CD117)に結合し、例えば、レセプター媒介エンドサイトーシスによって、細胞によって内部に取り込まれる、抗体、及びその抗原結合フラグメントを同定することがある。例えば、上記のin vitroディスプレイ技術を、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞の表面上にあるCD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合し、続いて細胞内部に取り込まれる、抗体、及びその抗原結合フラグメントを求めてスクリーニングするのに適合化させることがある。ファージ・ディスプレイは、このスクリーニング・パラダイムと組み合わせて使用され得る1つの技術の代表である。CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合し、その後、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞によって内部に取り込まれる抗体、及びそのフラグメントを同定するために、当業者のある者は、例えば、Williams et al., Leukemia 19:1432-1438, 2005（その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる）に記載されるファージ・ディスプレイ技術を適合させることがある。例えば、当該技術分野で公知の変異誘発方法を使用して、(例えば、CDR若しくはその等価領域、又は抗体若しくは抗体フラグメント、の1つ以上、又はすべての中に)ランダム化したアミノ酸カセットを含有する、とりわけ、scFvフラグメント、Fabフラグメント、ダイアボディ、トリアボディ等の抗体、抗体フラグメント、及び10Fn3ドメイン、又はリガンド、をコードする組換えファージ・ライブラリを作製することがある。前記抗体又は抗体フラグメントの骨格領域、ヒンジ、Fcドメイン、及び他の領域を、例えば、ヒト生殖系列抗体の配列を有する又はヒト生殖系列抗体に対してマイナーな変異のみを示す配列を有する、ようにすることによって、ヒトにおいて非免疫原性であるように設計することがある。
【０２８３】
本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知のファージ・ディスプレイ技術を使用して、ファージ粒子に共有結合した、ランダム化された抗体又は抗体フラグメントを含むファージ・ライブラリを、CD117(例えば、GNNK+ CD117)抗原とともにインキュベートすることがある。これは、例えば、最初に、非特異的タンパク質結合を示す抗体又はそのフラグメントをコードするファージ、及びFcドメインに結合する抗体又はそのフラグメントをコードするファージを除去するために、前記ファージ・ライブラリをブロッキング剤(例えば、乳タンパク質、ウシ血清アルブミン、及び／又はIgG)とインキュベートし、次いで、前記ファージ・ライブラリを造血幹細胞の集団とインキュベートすることによって、行う。前記ファージ・ライブラリを、ターゲット細胞(例えば、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞)とインキュベートすることがあるが、このインキュベートを、CD117特異的抗体、又はその抗原結合フラグメント(例えば、GNNK+ CD117特異的抗体、又はその抗原結合フラグメント)が細胞表面CD117(例えば、細胞表面GNNK+CD117)抗原に結合し、その後、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞によって内部に取り込まれるのに十分な時間をかけて、行うことがある(例えば、4℃で30分〜6時間、4℃で1時間等)。1つ以上のこれらの抗原に結合するのに十分な親和性を示さず、及びがん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞によって細胞内部に取り込まれることを示さない抗体又はそのフラグメントを含むファージを、その後、前記細胞を（例えば、冷(4℃)0.1Mグリシンバッファー、pH 2.8で）洗浄することにより、除去することができる。がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞によって内部に取り込まれた抗体又はそのフラグメントに結合したファージは、例えば、前記細胞を溶解し、細胞培養培地から内部に取り込まれたファージを回収することによって、同定することができる。次いで、このファージを、例えば、当該技術分野で公知の方法を使用して、回収されたファージと共にバクテリア細胞を2×YT培地中でインキュベートすることによって、バクテリア細胞中で増幅することができる。次いで、この培地から回収されたファージを、例えば、そのファージのゲノム内に挿入された、抗体又はそのフラグメントをコードする遺伝子(単数又は複数)の核酸配列を決定することによって、同定することがある。コードされた抗体又はそのフラグメントは、続いて、(例えば、scFvフラグメント等の抗体フラグメントの)化学合成又は(例えば、全長抗体の)組換え発現によって、新たに調製することができる。
【０２８４】
本明細書中に記載される組成物及び方法と共に使用するための抗CD117(例えば、抗GNNK+CD117)抗体を、in vitroで進化させる例示的な方法は、ファージ・ディスプレイである。ファージ・ディスプレイ・ライブラリは、抗体のCDR又は抗体様スキャッフォルドの類似領域(例えば、10Fn3ドメインのBC、CD、及びDEループ)のコーディング配列内に、一連の変異（mutation）又は多様性（variation）を設計することによって作製され得る。これらの変異を導入するテンプレート抗体をコードする配列は、例えば、ナイーブ・ヒト生殖系列の配列であることがある。これらの変異を、当該技術分野で知られている標準的な変異誘発技術を使用して、引き起こすことができる。従って、各々の変異配列は、1つ以上のアミノ酸変異を有する、鋳型に対応する抗体をコードする。レトロウイルス及びファージ・ディスプレイ・ベクターを、当該技術分野で公知の標準的なベクター構築技術を使用して、操作することがある。P3ファージ・ディスプレイ・ベクターを互換性のあるタンパク質発現ベクターと共に使用することで、抗体を多様化させるためのファージ・ディスプレイ・ベクターを生成することができる。
【０２８５】
変異DNAによって配列は多様化し、各形質転換ファージは、DNAがコードする最初のテンプレート・アミノ酸配列のうちの1つのバリアントをディスプレイし、膨大な数の、異なるけれども構造的に関連したアミノ酸配列をディスプレイするファージ集団(ライブラリ)がもたらされる。抗体超可変領域は明確に規定された構造であるために、ファージ・ディスプレイ・スクリーニングに導入されるアミノ酸の多様性は、その全体的な分子構造を有意に変化させることなく、結合ペプチド又はドメインの結合特性を変化させるものと予想される。
【０２８６】
典型的なスクリーニングでは、ファージ・ライブラリを、前記の抗原又はそのエピトープの1つと接触させ、結合させることができる。バインダー及び非バインダーの分離を容易にするために、固体支持体上に前記ターゲットを固定化すると便利である。CD117結合部分を有するファージは、固体支持体上のターゲットと複合体を形成することができるが、一方、非結合ファージは溶液中に残り、過剰なバッファーで洗い流すことができる。次いで、結合したファージを、バッファーを極値pH(pH 2又はpH 10)に変化させること、バッファーのイオン強度を変化させること、変性剤を添加すること、又は他の既知手段によって、ターゲットから遊離させることができる。
【０２８７】
次いで、回収されたファージを、バクテリア細胞に感染させて増幅し、そして前記スクリーニング・プロセスを、この時点で非結合抗体が減少し、そしてCD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する抗体が濃縮された新たなプールを用いて、繰り返すことがある。少数の結合ファージしか回収されない場合でも、前記ファージを増幅し、スクリーニングを続けて繰り返すのに十分である。数ラウンドの選択の後、前記結合プール中の選択されたファージ・クローンに由来する抗体、又はその抗原結合フラグメントをコードする遺伝子配列を、従来の方法によって決定し、これにより、ファージの前記ターゲットに対する結合親和性を付与するペプチド配列が明らかになる。パニング・プロセスの間、前記集団の配列多様性は、各選択ラウンドを経るにつれて減少し、そして最後に所望のペプチド結合抗体が残る。前記配列は、少数の関連抗体、又はその抗原結合フラグメントに収束し得る。各選択ラウンドで回収されたファージの数が増大することは、スクリーニングにおいてライブラリが収束したことを示している。
【０２８８】
抗CD117抗体を同定するための別の方法は、例えば、以下の手法に従って、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する非ヒト抗体をヒト化することを利用することを、含む。コンセンサス・ヒト抗体重鎖及び軽鎖配列は当該技術分野で公知である(例えば、「VBASE」ヒト生殖系列配列データベース；Kabat et al. Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91 -3242, 1991; Tomlinson et al., J. Mol. Biol. 227:776-798, 1992; 及び Cox et al.. Eur. J. Immunol. 24:827- 836, 1994を参照のこと、これらの各々の開示は、コンセンサス・ヒト抗体重鎖及び軽鎖配列に関するので、本明細書中に参照により取り込まれる）。確立された手順を使用して、当業者のある者は、コンセンサス抗体配列の可変ドメインの骨格残基及びCDRを(例えば、配列アラインメントによって)同定し得る。ヒト化抗体を産生するために、本明細書中に記載されるように、コンセンサス・ヒト抗体の重鎖及び／又は軽鎖可変ドメインの1つ以上のCDRを、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する非ヒト抗体の1つ以上の対応するCDRで置換することがある。このCDRの交換は、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知の遺伝子編集技術を使用して、実施することがある。
【０２８９】
ヒト化抗体の調製において使用され得るコンセンサス・ヒト抗体の1つの例は、配列番号(SEQ ID No): 7に記載される重鎖可変ドメイン：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYAMSWVRQAPGKGLEWVAVISENGSDTYYADSVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDRGGAVSYFDVWGQGTLVTVSS (配列番号(SEQ ID No): 7)
及び配列番号(SEQ ID No): 8に記載される軽鎖可変ドメイン：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSLPYTFGQGTKVEIKRT (配列番号(SEQ ID No): 8)を含み、米国特許第6,054,297(ジェネンテック)の中に記載されている（この開示は、ヒト抗体コンセンサス配列に関するものとして、参照により本明細書に取り込まれる）。上記配列中のCDRを太字（訳文では下線）で示す。
【０２９０】
ヒト化抗体を産生するために、1つ以上の可変領域CDRを、CD117(例えば、GNNK+ CD117)に結合する非ヒト抗体の1つ以上の可変領域CDR配列で置換した、上記のコンセンサス配列をコードするポリヌクレオチドを組換え的に発現させることがある。造血幹細胞抗原に対する抗体の親和性は主にCDR配列によって決定されるので、得られるヒト化抗体は、造血幹細胞抗原に対して、前記ヒト化抗体が由来する非ヒト抗体の親和性とほぼ同じ親和性を示すと予想される。ターゲット抗原に対する抗体の親和性を測定する方法には、例えば、本明細書に記載され、当該技術分野で公知のELISAベースの技術、並びにとりわけ、表面プラズモン共鳴、蛍光異方性、及び等温滴定カロリメトリーが含まれる。
【０２９１】
前記抗CD117抗体又はそのフラグメントが細胞内部に取り込まれる作用能を、例えば、当該技術分野で公知の放射性核種内部取り込みアッセイを使用して評価することがある。例えば、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知のin vitroディスプレイ技術を使用して同定される抗体又はそのフラグメントに、放射性同位体(例えば、18F, 75Br, 77Br, 122I, 123I, 124I, 125I, 129I, 131I, 211At, 67Ga, 111In, 99Tc, 169Yb, 186Re, 64Cu, 67Cu, 177Lu, 77As, 72As, 86Y, 90Y, 89Zr, 212Bi, 213Bi, 又は 225Ac)を組み込ませることによって、機能化させることがある。例えば、18F, 75Br, 77Br, 122I, 123I, 124I, 125I, 129I, 131I, 211At,のような放射性ハロゲンを、親電子性ハロゲン試薬を含むポリスチレンビーズ等のビーズ(例えば、Iodination Beads, Thermo Fisher Scientific, Inc., Cambridge, MA)を使用して、抗体又はその断片に組み込ませることがある。放射標識した抗体又はそのフラグメントを、細胞内部に取り込まれるのに充分な時間(例えば、4℃で30分〜6時間、4℃で1時間等)、がん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞とともにインキュベートすることがある。次いで、細胞を洗浄して(例えば、冷(4℃)0.1Mグリシンバッファー(pH 2.8)を使用して)、細胞内部に取り込まれなかった抗体又はそのフラグメントを除去することができる。細胞内部に取り込まれた抗体、又はそのフラグメントを、得られたがん細胞、自己免疫細胞、又は造血幹細胞から出る放射線(例えば、γ線)を、回収した洗浄バッファーから出る放射線(例えば、γ線)と比較しながら、検出することによって、同定することがある。
【０２９２】
抗体-薬物コンジュゲート(ADC)
細胞毒素
本明細書中に記載される抗体及びその抗原結合フラグメントは、リンカーを介して細胞毒素にコンジュゲート(連結)させることがある。いくつかの実施形態では、その細胞毒性分子は、本明細書中に開示されるような細胞内部に取り込まれる抗体、又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートして、前記抗体、又はそのフラグメントが細胞内部に取り込まれた後に、前記細胞毒素がその細胞内ターゲットに接近し、造血細胞の死を媒介することがある。任意の数の細胞毒素、例えば、1、2、3、4、5、6、7、又は8個、を抗CD117抗体にコンジュゲートさせることができる。
【０２９３】
本明細書に記載の組成物及び方法と共に使用するのに適した細胞毒素には、当該技術分野において公知の、とりわけ、DNA-インターカレーティング剤(例えば、アントラサイクリン)、紡錘体装置を破壊することができる薬剤(例えば、ビンカ・アルカロイド、メイタンシン、メイタンシノイド、及びその誘導体)、RNAポリメラーゼ阻害剤(例えば、α-アマニチン等のアマトキシン、及びその誘導体)、並びにタンパク質生合成を破壊することができる薬剤(例えば、サポリン及びリシンA鎖等のrRNA N-グリコシダーゼ活性を示す薬剤)が含まれる。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素は、微小管結合剤(例えば、メイタンシン又はメイタンシノイド)、アマトキシン、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、サポリン、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、インドリノベンゾジアゼピン二量体、又はそのバリアント、又は本明細書に記載される若しくは当該技術分野で公知の他の細胞毒性化合物である。
【０２９５】
本明細書中に記載される抗体、又はその抗原結合フラグメント(例えば、CD117(例えば、GNNK+CD117)を認識し、結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント)は、例えば、本明細書中に記載されるがん又は自己免疫疾患を治療するために、又は造血幹細胞移植療法を必要とする患者(例えば、ヒト患者)に投与して内因性の造血幹細胞が減少するのを促進するために、細胞毒素(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、アマトキシン、例えば、α-アマニチン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、若しくはそのバリアント、又は本明細書に記載若しくは当該技術分野で公知の別の細胞毒性化合物)にコンジュゲートすることがある。いくつかの実施形態では、前記細胞毒性分子は、細胞内部に取り込まれる抗体、又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートして、前記抗体又は抗原結合フラグメントが細胞内部に取り込まれた後に、前記細胞毒素がその細胞内ターゲットに接近し、内因性の造血細胞の死を媒介することがある。本明細書に記載の組成物及び方法と共に使用するのに適した細胞毒素には、とりわけ、DNA-インターカレーティング剤(例えば、アントラサイクリン)、紡錘体装置を破壊することができる薬剤(例えば、ビンカ・アルカロイド、メイタンシン、メイタンシノイド、及びその誘導体)、RNAポリメラーゼ阻害剤(例えば、α-アマニチン等のアマトキシン、及びその誘導体)、タンパク質生合成を破壊することができる薬剤(例えば、サポリン及びリシンA鎖等のrRNA N-グリコシダーゼ活性を示す薬剤)が含まれる。
【０２９６】
本明細書に記載される組成物及び方法と共に使用するのに適した追加の細胞毒素としては、限定されるものではないが、5-エチニルウラシル、アビラテロン(abiraterone)、アシルフルベン(acylfulvene)、アデシペノール(adecypenol)、アドゼレシン(adozelesin)、アルデスロイキン(aldesleukin)、アルトレタミン(altretamine)、アンバムスチン(ambamustine)、アミドックス(amidox)、アミフォスチン(amifostine)、アミノレブリン酸(aminolevulinic acid)、アムルビシン(amrubicin)、アムサクリン(amsacrine)、アナグレリド(anagrelide)、アナストロゾール(anastrozole)、アンドログラフォリド(andrographolide)、血管新生阻害剤、アンタレリクス(antarelix)、抗背側形成タンパク質-1（anti-dorsalizing  morphogenetic protein-1）、抗アンドロゲン、前立腺がん、抗エストロゲン、抗新生物薬(antineoplaston)、アンチセンス・オリゴヌクレオチド、アフィジコリン・グリシネート(aphidicolin glycinate)、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシス・レギュレーター、アプリン酸(apurinic acid)、アスラクリン(asulacrine)、アタメスタン(atamestane)、アトリムスチン(atrimustine)、アキシナスタチン1(axinastatin 1)、アキシナスタチン2、アキシナスタチン3、アザセトロン(azasetron)、アザトキシン(azatoxin)、アザチロシン(azatyrosine)、バッカチンＩＩＩ(baccatin III.)誘導体、バラノール(balanol)、バチマスタット(batimastat)、BCR/ABL拮抗薬、ベンゾクロリン、ベンゾイルスタウロスポリン(benzoylstaurosporine)、βラクタム誘導体、βアレチン(beta-alethine)、βクラマイシン(betaclamycin)B、ベツリン酸、bFGF阻害剤、ビカルタミド(bicalutamide)、ビサントレン(bisantrene)、ビスアジリジニルスペルミン(bisaziridinylspermine)、ビスナフィド(bisnafide)、ビストラテン(bistratene)A、ビゼレシン(bizelesin)、ブレフラート(breflate)、ブレオマイシンA2、ブレオマイシンB2、ブロピリミン(bropirimine)、ブドチタン(budotitane)、ブチオニン・スルホキシイミン(buthionine sulfoximine)、カルシポトリオール(calcipotriol)、カルホスチン(calphostin)C、カンプトテシン(camptothecin)誘導体（例えば、10-ヒドロキシ-カンプトテシン）、カペシタビン(capecitabine)、カルボキサミド-アミノ-トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、カルゼレシン(carzelesin)、カゼイン・キナーゼ阻害剤、カスタノスペルミン(castanospermine)、セクロピン(cecropin)B、セトロレリクス(cetrorelix)、クロリン(chlorins)、クロロキノキサリン・スルホンアミド(chloroquinoxaline sulfonamide)、シカプロスト(cicaprost)、シス-ポルフィリン、クラドリビン(cladribine)、クロミフェン(clomifene)及びその類似体、クロトリマゾール(clotrimazole)、コリスマイシン(collismycin)A、コリスマイシンB、コンブレタスタチン(combretastatin)A4、コンブレタスタチン類似体、コナゲニン(conagenin)、クラムベシジン(crambescidin)816、クリスナトール(crisnatol)、クリプトフィシン(cryptophycin)8、クリプトフィシンA誘導体、キュラシン(curacin)A、シクロペンタアントラキノン(cyclopentanthraquinones)、シクロプラタム(cycloplatam)、シペマイシン(cypemycin)、シタラビン・オクホスファート(cytarabine ocfosfate)、細胞溶解因子、シトスタチン(cytostatin)、ダクリキシマブ(dacliximab)、デシタビン(decitabine)、デヒドロジデムニン(dehydrodidemnin)B、2'デオキシコホルマイシン(DCF)、デスロレリン(deslorelin)、デキシホスファミド(dexifosfamide)、デクスラゾキサン(dexrazoxane)、デクスベラパミル(dexverapamil)、ジアジクオン(diaziquone)、��デムニン(didemnin)B、ジドクス(didox)、ジエチルノルスペルミン(diethylnorspermine)、ジヒドロ-5-アザシチジン、ジヒドロタキソール、ジオキサマイシン(dioxamycin)、ジフェニル・スピロムスチン(diphenyl spiromustine)、ディスコデルモライド(discodermolide)、ドコサノール(docosanol)、ドラセトロン(dolasetron)、ドキシフルリジン(doxifluridine)、ドロロキシフェン(droloxifene)、ドロナビノール(dronabinol)、デュオカルマイシン(duocarmycin)SA、エブセレン(ebselen)、エコムスチン(ecomustine)、エデルフォシン(edelfosine)、エドレコロマブ(edrecolomab)、エフロルニチン(eflornithine)、エレメン(elemene)、エミテフール(emitefur)、エポチロン（epothilones）、エピチロン（epithilones）、エプリステリド(epristeride)、エストラムスチン(estramustine)及びその類似体、エトポシド（etoposide）、エトポシド4’-リン酸（etoposide 4’-phosphate）（エトポフォスとも呼ばれる）、エキセメスタン(exemestane)、ファドロゾール(fadrozole)、ファザラビン(fazarabine)、フェンレチニド(fenretinide)、フィルグラスチム(filgrastim)、フィナステリド(finasteride)、フラボピリドール(flavopiridol)、フレゼラスチン(flezelastine)、フルアステロン(fluasterone)、フルダラビン(fludarabine)、塩酸フルロダウノルニシン(fluorodaunorunicin hydrochloride)、フォルフェニメクス(forfenimex)、フォルメスタン(formestane)、フォストリエシン(fostriecin)、フォテムスチン(fotemustine)、ガドリニウム・テキサフィリン(gadolinium texaphyrin)、硝酸ガリウム、ガロシタビン(galocitabine)、ガニレリクス(ganirelix)、ゲラチナーゼ阻害剤、ゲムシタビン(gemcitabine)、グルタチオン阻害剤、ヘプスルファム(hepsulfam)、ホモハリングトニン（homoharringtonine(HHT)）、ハイペリシン(hypericin)、イバンドロン酸（Ibandronic acid）、イドキシフェン(idoxifene)、イドラマントン(idramantone)、イルモフォシン(ilmofosine)、イロマスタット(ilomastat)、イミダゾアクリドン、イミキモド(imiquimod)、免疫刺激ペプチド、イオベングアン(iobenguane)、ヨードドキソルビシン(iododoxorubicin)、イポメアノール(ipomeanol)、イリノテカン、イロプラクト(iroplact)、イルソグラジン(irsogladine)、イソベンガゾール(isobengazole)、ジャスプラキノリド(jasplakinolide)、カハラリド(kahalalide)F、三酢酸ラメラリン-N(lamellarin-N triacetate)、ランレオチド(lanreotide)、レイナマイシン(leinamycin)、レノグラスチム(lenograstim)、硫酸レンチナン(lentinan sulfate)、レプトルスタチン(leptolstatin)、レトロゾール(letrozole)、親油性白金化合物、リソクリナミド(lissoclinamide)7、ロバプラチン(lobaplatin)、ロメトレキソール(lometrexol)、ロニダミン(lonidamine)、ロソキサントロン(losoxantrone)、ロキソリビン(loxoribine)、ルルトテカン(lurtotecan)、ルテチウム・テキサフィリン(lutetium texaphyrin)、リソフィリン(lysofylline)、マソプロコール(masoprocol)、マスピン(maspin)、マトリックス・メタロプロテイナーゼ阻害剤、メノガリル(menogaril)、メルバロン(merbarone)、メテレリン(meterelin)、メチオニナーゼ、メトクロプラミド(metoclopramide)、MIF阻害剤、ミフェプリストン(mifepristone)、ミルテホシン(miltefosine)、ミリモスチム(mirimostim)、ミトラシン(mithracin)、ミトグアゾン(mitoguazone)、ミトラクトール(mitolactol)、マイトマイシン及びその類似体、ミトナフィド(mitonafide)、ミトキサントロン(mitoxantrone)、モファロテン(mofarotene)、モルグラモスチム(molgramostim)、マイカペルオキシドB、ミリアポロン(myriaporone)、N-アセチルジナリン(acetyldinaline)、N-置換ベンズアミド、ナファレリン(nafarelin)、ナグレスチップ(nagrestip)、ナパビン(napavin)、ナフテルピン(naphterpin)、ナルトグラスチム(nartograstim)、ネダプラチン(nedaplatin)、ネモルビシン(nemorubicin)、ネリドロン酸、ニルタミド(nilutamide)、ニサマイシン(nisamycin)、ニトルリン(nitrullyn)、オクトレオチド(octreotide)、オキセノン(okicenone)、オナプリストン(onapristone)、オンダンセトロン(ondansetron)、オラシン(oracin)、オルマプラチン(ormaplatin)、オキサリプラチン(oxaliplatin)、オキサウノマイシン(oxaunomycin)、パクリタキセル(paclitaxel)及びその類似体、パラウアミン(palauamine)、パルミトイルリゾキシン(palmitoylrhizoxin)、パミドロン酸、パナキシトリオール(panaxytriol)、パノミフェン(panomifene)、パラバクチン(parabactin)、パゼリプチン(pazelliptine)、ぺグアスパルガーゼ(pegaspargase)、ペルデシン(peldesine)、ポリ硫酸ペントサンナトリウム、ペントスタチン(pentostatin)、ペントロゾール(pentrozole)、パーフルブロン(perflubron)、パーホスファミド(perfosfamide)、フェナジノマイシン(phenazinomycin)、ピシバニル(picibanil)、ピラルビシン(pirarubicin)、ピリトレキシム(piritrexim)、ポドフィロトキシン（podophyllotoxin）、ポルフィロマイシン(porfiromycin)、プリン・ヌクレオシド・ホスホリラーゼ阻害剤、ラルチトレキセド(raltitrexed)、リゾキシン(rhizoxin)、ログレチミド(rogletimide)、ロヒツキン(rohitukine)、ルビギノン(rubiginone)B1、ルボキシル(ruboxyl)、サフィンゴル(safingol)、サイントピン(saintopin)、サルコフィトール(sarcophytol)A、サルグラモスチム(sargramostim)、ソブゾキサン(sobuzoxane)、ソネルミン(sonermin)、スパルホジン酸(sparfosic acid)、スピカマイシン(spicamycin)D、スピロムスチン(spiromustine)、スチピアミド(stipiamide)、スルフィノシン(sulfinosine)、タリムスチン(tallimustine)、テガフール(tegafur)、テモゾロミド(temozolomide)、テニポシド(teniposide)、タリブラスチン(thaliblastine)、チオコラリン(thiocoraline)、チラパザミン(tirapazamine)、トポテカン、トプセンチン(topsentin)、トリシリビン(triciribine)、トリメトレキサート(trimetrexate)、ベラミン(veramine)、ビノレルビン(vinorelbine)、ビンキサルチン(vinxaltine)、ボロゾール(vorozole)、ゼニプラチン(zeniplatin)、並びにジラスコルブ(zilascorb)、が含まれる。
【０２９７】
本明細書中に記載される抗CD117抗体及びその抗原結合フラグメントは、微小管結合剤である細胞毒素にコンジュゲートしていることがある。本明細書中で使用される場合、「微小管結合剤」という語は、細胞における有糸分裂及び間期細胞機能に必須である微小管ネットワークを破壊することによって作用する化合物をいう。微小管結合剤の例としてはメイタシン、メイタンシノイド、及びそれらの誘導体(本明細書に記載されるか、又は当該技術分野で公知のものなど)、ビンブラスチン、ビンブラスチン硫酸、ビンクリスチン、ビンクリスチン硫酸、ビンデシン、及びビノレルビン等のビンカ・アルカロイド、ドセタキセル及びパクリタキセル等のタキサン、ディスコデルモリド、コルヒチン(cochicine)及びエポチロン等のマクロライド、並びにそれらの誘導体(エポチロンB又はそれらの誘導体など)が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２９８】
メイタンシノイド
いくつかの実施形態では、前記微小管結合剤は、メイタンシン、メイタンシノイド又はメイタンシノイド類似体である。メイタンシノイドは微小管と結合し、チューブリン重合を阻害することによって作用する有糸分裂阻害剤である。メイタンシンは最初に、東アフリカ低木Maytenus serrataから単離された(米国特許第3,896,111号)。続いて、特定の微生物もまた、メイタンシノイド(例えば、メイタンシノール及びC-3メイタンシノール・エステル)を産生することが発見された(米国特許第4,151,042号)。合成メイタンシノール、並びにその誘導体及びその類似体は例えば、米国特許4,137,230; 4,248,870; 4,256,746; 4,260,608; 4,265,814; 4,294,757; 4,307,016; 4,308,268; 4,308,269; 4,309,428; 4,313,946; 4,315,929; 4,317,821; 4,322,348; 4,331,598; 4,361,650; 4,364,866; 4,424,219; 4,450,254; 4,362,663; 及び4,371,533 号において開示されている。メイタンシノイドの薬物部分は、抗体薬物コンジュゲートにおいて魅力的な薬物部分である。なぜならば、メイタンシノイドの薬物部分は：(i)発酵又は、発酵産物の化学修飾、誘導体化によって調製することに、比較的アクセス可能である、(ii)非ジスルフィド・リンカーを介した抗体へのコンジュゲートに適した官能基による誘導体化がやり易い、(iii)血漿中で安定である、及び(iv)種々の腫瘍細胞株に対して効果的である、からである。
【０２９９】
好適なメイタンシノイドの例には、メイタンシノール、合成メイタンシノール、並びにメイタンシノール類似体及び誘導体、のエステルが含まれる。メイタンシノイド、メイタンシノール、並びにメイタンシノール類似体、及び誘導体のように、微小管形成を阻害し、哺乳動物細胞に対して非常に毒性である、任意の細胞毒素が本明細書に含まれる。
【０３００】
好適なメイタンシノール・エステルの例としては、修飾された芳香環を有するもの、及び他の位置に修飾を有するものが含まれる。そのような好適なメイタンシノイドは、米国特許第4,137,230; 4,151,042; 4,248,870; 4,256,746; 4,260,608; 4,265,814;  4,294,757; 4,307,016; 4,308,268; 4,308,269; 4,309,428; 4,313,946; 4,315,929; 4,317,821; 4,322,348; 4,331,598; 4,361,650; 4,362,663; 4,364,866; 4,424,219 ;4,450,254; 4,322,348; 4,362,663; 4,371,533; 5,208,020; 5,416,064; 5,475,092; 5,585,499; 5,846,545; 6,333,410; 7,276,497; 及び 7,473,796号に開示されており、これらの各々は、メイタンシノイド及びその誘導体に関連するので、参照により本明細書中に取り込まれる。
【０３０１】
いくつかの実施形態では、本発明のイミュノコンジュゲートは、細胞毒性薬剤として、チオール含有メイタンシノイド(DM1)を利用し、正式にはN2'-デアセチル-N2'-(3-メルカプト-1-オキソプロピル)-メイタンシンと呼ばれる。DM1は、構造式(VII)で表される：
【化４８】
2021500391.tif 000050
【０３０２】
別の実施形態において、本発明のコンジュゲートは、チオール含有メイタンシノイドN2'-デアセチル-N2'(4-メチル-4-メルカプト-1-オキソペンチル)-メイタンシン(例えば、DM4)を細胞毒性薬剤として利用する。DM4は、構造式(V)で表される：
【化４９】
2021500391.tif 000051
【０３０３】
立体障害チオール結合を含む側鎖を含む別のメイタンシノイドは、N2'-デアセチル-N-2'(4-メルカプト-1-オキソペンチル)-メイタンシン(DM3と呼ばれる)であり、構造式(VI)で表される：
【化５０】
2021500391.tif 000052
【０３０４】
米国特許第5,208,020 及び 7,276,497が教示する各メイタンシノイドを、本発明のコンジュゲートにおいて使用することもある。この点に関して、5,208,020及び7,276,697の開示全体は、参照により本明細書に取り込まれる。
【０３０５】
メイタンシノイド上の多くの位置は、連結部分を化学的に連結する位置として働くことができる。例えば、ヒドロキシル基を有するC-3位、ヒドロキシメチルで修飾されたC-14位、ヒドロキシで修飾されたC-15位、及びヒドロキシ基を有するC-20位は、全て有用であると予想される。いくつかの実施形態では、前記C-3位は、連結部分を化学的に連結する位置として働き、いくつかの特定の実施形態では、メイタンシノールのC-3位が、連結部分を化学的に連結する位置として働く。抗体-メイタンシノイド・コンジュゲートを作製するために、当該技術分野で知られている多くの連結基が存在し、例えば、それらは、米国特許第5,208,020、6,441,163、及び欧州特許第0425235 B1; Chari et al., Cancer Research 52:127-131 (1992); 並びに U.S. 2005/0169933 A1に開示されているもの等を含む（その開示内容は、参照により本明細書に明確に取り込まれる）。更なる結合基は、本明細書に記載され、例示される。
【０３０６】
本発明はまた、種々の異性体、並びにメイタンシノイド及びコンジュゲートの混合物を含む。本発明の特定の化合物及びコンジュゲートは、種々の立体異性体、鏡像異性体、及びジアステレオマーの形態で存在することがある。このような抗体-メイタンシノイド・コンジュゲートを生成することは、米国特許5,208,020、5,416,064、6,333,410、6,441,163、6,716,821、及び7,368,565に記載されている(これらの各々は、その全体が本明細書に取り込まれる)。
【０３０７】
抗体分子当たりに結合したメイタンシノイド分子の治療的に有効な数は、252nm及び280nmにおける吸光度の比率を分光光度的に測定することによって決定することができる。毒素／抗体の1つの分子は抗体単独よりも細胞毒性を増強することができるが、抗体分子あたり平均3〜4個のメイタンシノイド分子がコンジュゲートすると、抗体の機能又は溶解性に悪影響を及ぼすことなく、ターゲット細胞への細胞毒性を増強することができる。メイタンシノイド分子／抗体、又はその抗原結合フラグメントの平均個数は、例えば、1〜10個又は2〜5個であることがある。
【０３０８】
アントラサイクリン
他の実施形態において、本明細書に記載される抗体及びその抗原結合フラグメントは、アントラサイクリン分子である細胞毒素にコンジュゲートしていることがある。アントラサイクリンは、細胞傷害活性を示す抗生物質化合物である。研究によれば、アントラサイクリンは、以下を含む多数の種々のメカニズムによって、細胞を死滅させることがあることが示されてきている： 1)前記薬物分子が細胞のDNAにインターカレートすることによって、DNA依存性の核酸合成が阻害されること；2) 薬物によるフリーラジカルの産生、フリーラジカルは、次いで細胞性高分子と反応して細胞に損傷を引き起こす、又は3)薬物分子と細胞膜との相互作用[例えば、C. Peterson et al.," Transport And Storage Of Anthracycline In Experimental Systems And Human Leukemia" in Anthracycline Antibiotics In Cancer Therapy;N.R. Bachur, "Free Radical Damage" id. at pp.97-102を参照のこと]。細胞毒性の可能性があるため、白血病、乳がん、肺がん、卵巣腺がん及び肉腫のような多数のがんの治療にアントラサイクリンが用いられている[例えば、P.H- Wiernik, in Anthracycline: Current Status And New Developments p 11を参照]。一般的に使用されるアントラサイクリンには、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン及びダウノマイシンが含まれる。
【０３０９】
アントラサイクリン類似体であるドキソルビシン(ADRIAMYCINO)は、インターカレーションによってDNAと相互作用し、及び転写のためにDNAをほどく酵素トポイソメラーゼIIが進むことを阻害する、と考えられている。ドキソルビシンは、トポイソメラーゼII複合体を、複製のためにDNA鎖を切断した後に安定化させ、DNA二重らせんが再び結合するのを防ぎ、それによって複製のプロセスを止める。ドキソルビシン及びダウノルビシン(DAUNOMYCIN)は、プロトタイプの細胞毒性天然物アントラサイクリン化学療法剤である（Sessa et al., (2007) Cardiovasc. Toxicol. 7:75-79）。
【０３１０】
ピロロベンゾジアゼピン(PBDs)
他の実施形態では、本明細書に記載の抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメントは、ピロロベンゾジアゼピン(PBD)である細胞毒素、又はPBDを含む細胞毒素にコンジュゲートしていることがある。PBDはある特定の放線菌によって産生される天然物であり、配列選択的なDNAアルキル化化合物であることが示されてきている。PBD細胞毒素としては、限定されるものではないが、アントラマイシン、二量体PBD、及び、例えば、Hartley, J.A. (2011). “The development of pyrrolobenzodiazepines as antitumour agents.”  Expert Opin. Inv. Drug, 20(6), 733-744; 及び Antonow, D.; Thurston, D.E. (2011) “Synthesis of DNA-interactive pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepines (PBDs).” Chem. Rev. 111: 2815-2864の中で開示されているものが含まれる。
【０３１１】
カリケアマイシン
他の実施形態において、本明細書に記載される抗体及びその抗原結合フラグメントは、カリケアマイシン分子である細胞毒素にコンジュゲートしていることがある。カリケアマイシン・ファミリーの抗生物質は、ピコモル未満の濃度で、二本鎖DNAを切断することができる。カリケアマイシン・ファミリーのコンジュゲートの調製については、米国特許第5,712,374; 5,714,586; 5,739,116; 5,767,285; 5,770,701; 5,770,710; 5,773,001; and 5,877,296号を参照のこと（全てAmerican Cyanamid Companyに関する）。使用され得るカリケアマイシンの構造類似体としては、例えば、Hinman et al., Cancer Research 53:3336-3342 (1993), Lode et al., Cancer Research 58:2925-2928 (1998), 及びAmerican Cyanamidに関する上記の米国特許、に開示されているものが含まれる。
【０３１２】
アウリスタチン
本明細書中に記載される抗CD117抗体及びその抗原結合フラグメントは、アウリスタチンである細胞毒素にコンジュゲートしていることがある(米国特許第5,635,483号;第5,780,588号)。アウリスタチンは、微小管動態、GTP加水分解、核分裂及び細胞分裂を妨げる抗有糸分裂剤であり(Woyke et al (2001) Antimicrob. Agents and Chemother. 45(12):3580-3584)、並びに抗がん(米国特許第5,663,149号)及び抗真菌活性(Pettit et al (1998) Antimicrob. Agents Chemother. 42:2961-2965). (米国特許第. 5,635,483; 5,780,588号)を有する。アウリスタチン薬物部分は、ペプチド薬物部分のN-(アミノ)末端又はC-(カルボキシル)末端を介して、抗体に結合することがある(WO02/088172)。
【０３１３】
例示的なアウリスタチンの実施形態は、N末端結合モノメチルアウリスタチン薬物部分DE及びDFを含み、これらは、Senter et al, Proceedings of the American Association for Cancer Research, Volume 45, Abstract Number 623, presented Mar. 28, 2004に開示されている（その開示はその全体が参照により明確に取り込まれる）。
【０３１４】
アウリスタチンの実施形態の例はMMAEであり、ここで、その波線は、抗体-リンカー・コンジュゲート(本明細書で記載されるように-L-Z-Ab)のリンカーへの共有結合の場所を示す。
【化５１】
2021500391.tif 000053
【０３１５】
アウリスタチンの実施形態のもう一つの例はMMAFであり、ここで、その波線は、US 2005/0238649で開示されているように、抗体-リンカー・コンジュゲート(本明細書で記載されるように-L-Z-Ab)のリンカーへの共有結合の場所を示す。
【化５２】
2021500391.tif 000054
【０３１６】
アウリスタチンは以下の方法に従って調製することができる：米国特許第5,635,483号；米国特許第5,780,588；Pettit et al (1989) J. Am. Chem. Soc. 111:5463-5465; Pettit et al (1998) Anti-Cancer Drug Design 13:243-277; Pettit, G. R., et al. Synthesis, 1996, 719-725; Pettit et al (1996) J. Chem. Soc. Perkin Trans. 15:859-863; 及び Doronina (2003) Nat. Biotechnol. 21(7):778-784。
【０３１７】
アマトキシン
いくつかの実施形態では、抗体-薬物コンジュゲートの細胞毒素は、RNAポリメラーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態では、前記RNAポリメラーゼ阻害剤は、アマトキシン又はその誘導体である。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素は、α-アマニチン、β-アマニチン、γ-アマニチン、ε-アマニチン、アマニン、アマニンアミド、アマヌリン、アマヌリン酸、及びプロアマヌリン等の、アマトキシン又はその誘導体である。種々の天然に存在するアマトキシンの構造は、式II及び付属する表１によって表され、例えば、Zanotti et al., Int. J. Peptide Protein Res. 30, 1987, 450-459に開示されている。
【０３１９】
例えば、本明細書中に記載される抗体及び抗原結合フラグメントを、式Ab-Z-L-Amによって表されるコンジュゲートを形成するように、アマトキシンに結合することがある、ここで、Abは抗体、又はその抗原結合フラグメントであり、Lはリンカーであり、Zは化学的な部分構造であり、及びAmはアマトキシンである。アマトキシン又はその誘導体上の多くの位置は、連結部分L及び、その先の、前記抗体又はその抗原結合フラグメントを共有結合させる位置として働くことが可能である。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(I)によって表される、
【化５３】
2021500391.tif 000055
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである；並びに
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である。
【０３２１】
いくつかの実施形態では、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化５４】
2021500391.tif 000056
である、
ここで、Sは、CD117に結合する、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基を表す硫黄原子である(例えば、システイン残基の-SH基に由来する)。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、前記コンジュゲートは、式IV、IVA、又はIVBのうちの1つによって表される：
【化５５】
2021500391.tif 000057
ここで、XはS、SO、又はSO2であり、及びAbは、Abの結合点を示すように示されている。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、
【化５６】
2021500391.tif 000058
である、
ここで、Abは、Abの結合点を示すように示されている。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化５７】
2021500391.tif 000059
である、
ここで、Abは、Abの結合点を示すように示されている。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化５８】
2021500391.tif 000060
である、
ここで、Abは、Abの結合点を示すように示されている。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z前駆体は、
【化５９】
2021500391.tif 000061
である、
ここで、そのマレイミドは、抗体中のシステインに見出されるチオール基と反応する。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、Am-L-Z前駆体は、
【化６０】
2021500391.tif 000062
である、
ここで、そのマレイミドは、抗体中のシステインに見出されるチオール基と反応する。
【０３２９】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IA)で表される
【化６１】
2021500391.tif 000063
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである； 
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である；並びに、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化６２】
2021500391.tif 000064
である。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは式(IB)で表される
【化６３】
2021500391.tif 000065
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、任意選択的に置換された5員ヘテロシクロアルキル基を形成する；
R3は、H、RC、又はRDである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである； 
R8は、OH、NH2、ORC、ORD、NHRC、又はNRCRDである；
R9は、H、OH、ORC、又はORDである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；
RCは、-L-Zである；
RDは、任意選択的に置換されたアルキル（例えば、C1-C6アルキル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキル（例えば、C1-C6ヘテロアルキル）、任意選択的に置換されたアルケニル（例えば、C2-C6アルケニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニル（例えば、C2-C6ヘテロアルケニル）、任意選択的に置換されたアルキニル（例えば、C2-C6アルキニル）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニル（例えば、C2-C6ヘテロアルキニル）、任意選択的に置換されたシクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、又は任意選択的に置換されたヘテロアリールである；
Lは、任意選択的に置換されたアルキレン（例えば、C1-C6アルキレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキレン（例えば、C1-C6ヘテロアルキレン）、任意選択的に置換されたアルケニレン（例えば、C2-C6アルケニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルケニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルケニレン）、任意選択的に置換されたアルキニレン（例えば、C2-C6アルキニレン）、任意選択的に置換されたヘテロアルキニレン（例えば、C2-C6ヘテロアルキニレン）、任意選択的に置換されたシクロアルキレン、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン、任意選択的に置換されたアリーレン、任意選択的に置換されたヘテロアリーレン、ペプチド、ジペプチド、-(C=O)-、又はそれらの組合せであるようなリンカーである； 
Zは、L上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+CD117など)に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造である；並びに、
ここで、Amは、丁度1つのRC置換基を含む。
【０３３２】
いくつかの実施形態では、L-Zは
【化６４】
2021500391.tif 000066
である。
【０３３３】
いくつかの実施形態では、RA及びRBは、存在する場合、それらが結合する酸素原子と一緒になって、次式の5員ヘテロシクロアルキル基を形成する：
【化６５】
2021500391.tif 000067
ここで、Yは-(C=O)-、-(C=S)-、-(C=NRE)-、又は-(CRERE')-である；並びに
RE及びRE'は、それぞれ独立して任意選択的に置換されたC1-C6アルキレン-RC、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニレン-RC、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニレン-RC、任意選択的に置換されたシクロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキレン-RC、任意選択的に置換されたアリーレン-RC、又は任意選択的に置換されたヘテロアリーレン-RC、である。
【０３３４】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1は、H、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、
【化６６】
2021500391.tif 000068
を形成する；
R3は、H、又はRCである；
R4は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R5は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R6は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R7は、H、OH、ORC、ORD、RC、又はRDである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H、又はOHである； 
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RC及びRDは、それぞれ上記に規定した通りである。
【０３３５】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1はH、OH、ORA、又はORCである；
R2は、H、OH、ORB、又はORCである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、
【化６７】
2021500391.tif 000069
を形成する；
R3は、H、又はRCである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH、OH、ORC、RC、又はORDである；
R6及びR7は、それぞれHである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H、又はOHである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RCは、上記に規定した通りである。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここで、R1はH、OH、又はORAである；
R2は、H、OH、又はORBである；
RA及びRBは、存在する場合、それらが結合している酸素原子と一緒になって、
【化６８】
2021500391.tif 000070
を形成する；
R3、R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、ORCである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである； 
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RCは、上記に規定した通りである。このようなアマトキシン・コンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2016/0002298号に記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3は、RCである；
R4、R6、及びR7は、それぞれHである；
R5は、H、OH、又はOC1-C6アルキルである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RCは、上記に規定した通りである。このようなアマトキシン・コンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2014/0294865号に記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4とR5は、それぞれ独立してH、OH、ORC、又はRCである；
R8は、OH又はNH2である；
R9は、H又はOHである； 
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RCは、上記に規定した通りである。このようなアマトキシン・コンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３３９】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(IA)又は式(IB)によって表される、
ここでR1及びR2は、それぞれ独立してH又はOHである；
R3、R6、及びR7は、それぞれHである；
R4及びR5は、それぞれ独立してH又はOHである；
R8は、OH、NH2、ORC、又はNHRCである；
R9は、H又はOHである；
Xは、-S-、-S(O)-、又は-SO2-である；並びに
ここで、RCは、上記に規定した通りである。このようなアマトキシン・コンジュゲートは、例えば、米国特許第9,233,173及び9,399,681号、並びにUS 2016/0089450号に記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３４０】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、
【化６９】
2021500391.tif 000071
である。
【０３４１】
本明細書中に記載される組成物及び方法に従って、抗体、又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートさせるために使用し得る更なるアマトキシンは、例えば、WO 2016/142049; WO 2016/071856; WO 2017/149077; WO 2018/115466;及びWO 2017/046658に記載され、これらの各々の開示は、それらの全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３４２】
いくつかの実施形態では、Am-L-Zは、式(II)、式(IIA)、又は式(IIB)で表される
【化７０】
2021500391.tif 000072
ここで、XはS、SO、又はSO2である；R1は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；並びにR2は、H又は化学的な部分構造Zを介して前記抗体、又はその抗原結合フラグメントに共有結合したリンカーである（Zは、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される）；ここで、R1がHである場合、R2はリンカーであり、R2がHである場合、R1はリンカーである。
【０３４３】
いくつかの実施形態では、R1はリンカー及びR2はHであり、並びに前記リンカー及び化学的な部分構造は、L-Zとして一緒になって、
【化７１】
2021500391.tif 000073
である。
【０３４４】
ある実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化７２】
2021500391.tif 000074
である。
【０３４５】
ある実施形態では、Am-L-Z-Abは、
【化７３】
2021500391.tif 000075
である。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はα-アマニチンである。いくつかの実施形態では、前記α-アマニチンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのα-アマニチンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのα-アマニチンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのα-アマニチン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７４】
2021500391.tif 000076
である。
【０３４８】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はβ-アマニチンである。いくつかの実施形態では、前記α-アマニチンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのβ-アマニチンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのβ-アマニチンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのβ-アマニチン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３４９】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７５】
2021500391.tif 000077
である。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はγ-アマニチンである。いくつかの実施形態では、前記γ-アマニチンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのγ-アマニチンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのγ-アマニチンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのγ-アマニチン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７６】
2021500391.tif 000078
である。
【０３５２】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はε-アマニチンである。いくつかの実施形態では、前記ε-アマニチンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのε-アマニチンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのε-アマニチンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのε-アマニチン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３５３】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７７】
2021500391.tif 000079
である。
【０３５４】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はアマニンである。いくつかの実施形態では、前記アマニンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのアマニンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのアマニンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのアマニン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３５５】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７８】
2021500391.tif 000080
である。
【０３５６】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はアマニンアミドである。いくつかの実施形態では、前記アマニンアミドは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのアマニンアミドは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのアマニンアミドのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのアマニンアミド-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３５７】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化７９】
2021500391.tif 000081
である。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はアマヌリンである。いくつかの実施形態では、前記アマヌリンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのアマヌリンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのアマヌリンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのアマヌリン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化８０】
2021500391.tif 000082
である。
【０３６０】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はアマヌリン酸である。いくつかの実施形態では、前記アマヌリン酸は、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのアマヌリン酸は、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのアマヌリン酸のいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのアマヌリン酸-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化８１】
2021500391.tif 000083
である。
【０３６２】
いくつかの実施形態では、前記細胞毒素はプロアマヌリンである。いくつかの実施形態では、前記プロアマヌリンは、式IIIの化合物である。いくつかの実施形態では、式IIIのプロアマヌリンは、リンカーLを介して抗CD117抗体に結合している。前記リンカーLは、式IIIのプロアマヌリンのいくつかの考えられる位置の何れか1つ(例えば、R1-R9の何れか)に結合して、式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBのプロアマヌリン-リンカー・コンジュゲートを提供することがある。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R1で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R2で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R3で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R4で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R5で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R6で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R7で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R8で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは位置R9で結合している。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル又はジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、パラ-アミノベンジル基(PAB)を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Cit-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、部分PAB-Ala-Valを含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-((C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３６３】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(CH2)n- ユニットを含む。ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化８２】
2021500391.tif 000084
である。
【０３６４】
アマトキシンの合成方法については、米国特許第9,676,702号に記載されていて、これは参照により本明細書に取り込まれる。
【０３６５】
本明細書に記載の組成物及び方法と共に使用するための抗体及び抗原結合フラグメントは、当該技術分野で公知の又は本明細書に記載のコンジュゲートする技術を使用して、α-アマニチン又はそのバリアント等のアマトキシンにコンジュゲートさせることができる。例えば、CD117(GNNK+ CD117等)を認識し、結合する抗体、及びその抗原結合フラグメントは、US 2015/0218220に記載されるように、α-アマニチン又はそのバリアント等のアマトキシンにコンジュゲートさせることができ、その開示内容は、例えば、α-アマニチン又はそのバリアント等のアマトキシン、並びに共有結合的にコンジュゲートさせることに使用することができる共有結合リンカーに関連するため、参照により本明細書に取り込まれる。
【０３６６】
本明細書中に記載される方法と併せることで有用な例示的な抗体-薬物コンジュゲートを、抗体又はその抗原結合フラグメントと、前記抗体又はその抗原結合フラグメント上にある反応性残基との反応に適した置換基を含むリンカーにコンジュゲートしているアマトキシンとの反応によって、形成することがある。本明細書中に記載される、抗体、又はその抗原結合フラグメント上の反応性残基との反応に適切な置換基を含むリンカーにコンジュゲートしているアマトキシンは、限定されるものではないが、以下を含む、7'C-(4-(6-(マレイミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボニル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(3-カルボキシプロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(3-(ピリジン-2-イルジスルファニル)プロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-(マレイミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(マレイミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(3-(マレイミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-(マレイミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(3-((6-((4-(マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(マレイミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；(R)-7'C-((3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；(S)-7'C-((3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)-S-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)-S-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(3-カルボキシプロパンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(マレイミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(3-(マレイミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(4-(マレイミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-(マレイミド)アセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-(マレイミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(マレイミド)ヘキサンアミド)メチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)メチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)エチル)アゼチジン-1イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)アゼチジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(((2-(6-(マレイミド)-N-メチルヘキサンアミド)エチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-(((4-(6-(マレイミド)-N-メチルヘキサンア��ド)ブチル(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-((2-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)アジリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((2-(2-(6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)エチル)アジリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(6-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサンアミド)ヘキサノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(1-(アミノオキシ)-2-オクソ-6,9,12,15-テトラオキサ-3-アザヘプタデカン-17-オイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)アセチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(3-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)プロパノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタノイル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)アセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(4-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)ブタンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(20-(アミノオキシ)-4,19-ジオクソ-6,9,12,15-テトラオキサ-3,18-ジアザイコシル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-(((2-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)-N-メチルヘキサンアミド)エチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-(((4-(6-(2-(アミノオキシ)アセトアミド)-N-メチルヘキサンアミド)ブチル)(メチル)アミノ)メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)メチル)ピロリジン-1-イル)-S-メチル)-アマトキシン；7'C-((3-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキサンアミド)-R-メチル)ピロリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(2-ブロモアセトアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；7'C-((4-(2-(3-(ピリジン-2-イルジスルファニル)プロパンアミド)エチル)ピペリジン-1-イル)メチル)-アマトキシン；6'O-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(5-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ペンチル)-アマトキシン；6'O-(2-((6-(マレイミド)ヘキシル)オキシ)-2-オキソエチル)-アマトキシン；6'O-((6-(マレイミド)ヘキシル)カルバモイル)-アマトキシン；6'O-((6-(4-((マレイミド)メチル)シクロヘキサンカルボキサミド)ヘキシル)カルバモイル)-アマトキシン；6'O-(6-(2-ブロモアセトアミド)ヘキシル)-アマトキシン；7'C-(4-(6-(アジド)ヘキサンアミド)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(へクス-5-イノイルアミノ)ピペリジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；7'C-(4-(2-(6-(6-(マレイミド)ヘキサンアミド)ヘキサンアミド)エチル)ピペラジン-1-イル)-アマトキシン；6'O-(6-(6-(11,12-ジデヒドロ-5,6-ジヒドロ-ジベンズ[b,f]アゾシン-5-イル)-6-オクソヘキサンアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(6-(へクス-5-イノイルアミノ)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-(6-(2-(アミノオキシ)アセチルアミド)ヘキシル)-アマトキシン；6'O-((6-アミノオキシ)ヘキシル)-アマトキシン；及び 6'O-(6-(2-イオ���アセトアミド)ヘキシル)-アマトキシン。前記のリンカーは、特に、本明細書に記載された組成物及び方法と併せることで有用であり、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載されており、その開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３６７】
がん、自己免疫症状を直接的に治療する際に使用するため、又は造血幹細胞移植療法を必要とする患者（例えば、ヒト患者）をコンディショニングするために、CD117（GNNK+ CD117等）を認識し、結合する抗体又はその抗原結合フラグメントにコンジュゲートすることができる追加の細胞毒素には、限定されるものではないが、5-エチニルウラシル、アビラテロン(abiraterone)、アシルフルベン(acylfulvene)、アデシペノール(adecypenol)、アドゼレシン(adozelesin)、アルデスロイキン(aldesleukin)、アルトレタミン(altretamine)、アンバムスチン(ambamustine)、アミドックス(amidox)、アミフォスチン(amifostine)、アミノレブリン酸(aminolevulinic acid)、アムルビシン(amrubicin)、アムサクリン(amsacrine)、アナグレリド(anagrelide)、アナストロゾール(anastrozole)、アンドログラフォリド(andrographolide)、血管新生阻害剤、アンタレリクス(antarelix)、抗背側形成タンパク質-1（anti-dorsalizing  morphogenetic protein-1）、抗アンドロゲン、前立腺がん、抗エストロゲン、抗新生物薬(antineoplaston)、アンチセンス・オリゴヌクレオチド、アフィジコリン・グリシネート(aphidicolin glycinate)、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシス・レギュレーター、アプリン酸(apurinic acid)、アスラクリン(asulacrine)、アタメスタン(atamestane)、アトリムスチン(atrimustine)、アキシナスタチン1(axinastatin 1)、アキシナスタチン2、アキシナスタチン3、アザセトロン(azasetron)、アザトキシン(azatoxin)、アザチロシン(azatyrosine)、バッカチンＩＩＩ(baccatinIII.)誘導体、バラノール(balanol)、バチマスタット(batimastat)、BCR/ABL拮抗薬、ベンゾクロリン、ベンゾイルスタウロスポリン(benzoylstaurosporine)、βラクタム誘導体、βアレチン(beta-alethine)、βクラマイシン(betaclamycin)B、ベツリン酸、bFGF阻害剤、ビカルタミド(bicalutamide)、ビサントレン(bisantrene)、ビスアジリジニルスペルミン(bisaziridinylspermine)、ビスナフィド(bisnafide)、ビストラテン(bistratene)A、ビゼレシン(bizelesin)、ブレフラート(breflate)、ブレオマイシンA2、ブレオマイシンB2、ブロピリミン(bropirimine)、ブドチタン(budotitane)、ブチオニン・スルホキシイミン(buthionine sulfoximine)、カルシポトリオール(calcipotriol)、カルホスチン(calphostin)C、カンプトテシン(camptothecin)誘導体（例えば、10-ヒドロキシ-カンプトテシン）、カペシタビン(capecitabine)、カルボキサミド-アミノ-トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、カルゼレシン(carzelesin)、カゼイン・キナーゼ阻害剤、カスタノスペルミン(castanospermine)、セクロピン(cecropin)B、セトロレリクス(cetrorelix)、クロリン(chlorins)、クロロキノキサリン・スルホンアミド(chloroquinoxaline sulfonamide)、シカプロスト(cicaprost)、シス-ポルフィリン、クラドリビン(cladribine)、クロミフェン(clomifene)及びその類似体、クロトリマゾール(clotrimazole)、コリスマイシン(collismycin)A、コリスマイシンB、コンブレタスタチン(combretastatin)A4、コンブレタスタチン類似体、コナゲニン(conagenin)、クラムベシジン(crambescidin)816、クリスナトール(crisnatol)、クリプトフィシン(cryptophycin)8、クリプトフィシンA誘導体、キュラシン(curacin)A、シクロペンタアントラキノン(cyclopentanthraquinones)、シクロプラタム(cycloplatam)、シペマイシン(cypemycin)、シタラビン・オクホスファート(cytarabine ocfosfate)、細胞溶解因子、シトスタチン(cytostatin)、ダクリキシマブ(dacliximab)、デシタビン(decitabine)、デヒドロジデムニン(dehydrodidemnin)B、2'デオキシコホルマイシン(DCF)、デスロレリン(deslorelin)、デキシホスファミド(dexifosfamide)、デクスラゾキサン(dexrazoxane)、デクスベラパミル(dexverapamil)、ジアジクオン(diaziquone)、ジデムニン(didemnin)B、ジドクス(didox)、ジエチルノルスペルミン(diethylnorspermine)、ジヒドロ-5-アザシチジン、ジヒドロタキソール、ジオキサマイシン(dioxamycin)、ジフェニル・スピロムスチン(diphenyl spiromustine)、ディスコデルモライド(discodermolide)、ドコサノール(docosanol)、ドラセトロン(dolasetron)、ドキシフルリジン(doxifluridine)、ドロロキシフェン(droloxifene)、ドロナビノール(dronabinol)、デュオカルマイシン(duocarmycin)SA、エブセレン(ebselen)、エコムスチン(ecomustine)、エデルフォシン(edelfosine)、エドレコロマブ(edrecolomab)、エフロルニチン(eflornithine)、エレメン(elemene)、エミテフール(emitefur)、エポチロン（epothilones）、エピチロン（epithilones）、エプリステリド(epristeride)、エストラムスチン(estramustine)及びその類似体、エトポシド（etoposide）、エトポシド4’-リン酸（etoposide 4’-phosphate）（エトポフォスとも呼ばれる）、エキセメスタン(exemestane)、ファドロゾール(fadrozole)、ファザラビン(fazarabine)、フェンレチニド(fenretinide)、フィルグラスチム(filgrastim)、フィナステリド(finasteride)、フラボピリドール(flavopiridol)、フレゼラスチン(flezelastine)、フルアステロン(fluasterone)、フルダラビン(fludarabine)、塩酸フルロダウノルニシン(fluorodaunorunicin hydrochloride)、フォルフェニメクス(forfenimex)、フォルメスタン(formestane)、フォストリエシン(fostriecin)、フォテムスチン(fotemustine)、ガドリニウム・テキサフィリン(gadolinium texaphyrin)、硝酸ガリウム、ガロシタビン(galocitabine)、ガニレリクス(ganirelix)、ゲラチナーゼ阻害剤、ゲムシタビン(gemcitabine)、グルタチオン阻害剤、ヘプスルファム(hepsulfam)、ホモハリングトニン（homoharringtonine(HHT)）、ハイペリシン(hypericin)、イバンドロン酸（Ibandronic acid）、イドキシフェン(idoxifene)、イドラマントン(idramantone)、イルモフォシン(ilmofosine)、イロマスタット(ilomastat)、イミダゾアクリドン、イミキモド(imiquimod)、免疫刺激ペプチド、イオベングアン(iobenguane)、ヨードドキソルビシン(iododoxorubicin)、イポメアノール(ipomeanol)、イリノテカン、イロプラクト(iroplact)、イルソグラジン(irsogladine)、イソベンガゾール(isobengazole)、ジャスプラキノリド(jasplakinolide)、カハラリド(kahalalide)F、三酢酸ラメラリン-N(lamellarin-N triacetate)、ランレオチド(lanreotide)、レイナマイシン(leinamycin)、レノグラスチム(lenograstim)、硫酸レンチナン(lentinan sulfate)、レプトルスタチン(leptolstatin)、レトロゾール(letrozole)、親油性白金化合物、リソクリナミド(lissoclinamide)7、ロバプラチン(lobaplatin)、ロメトレキソール(lometrexol)、ロニダミン(lonidamine)、ロソキサントロン(losoxantrone)、ロキソリビン(loxoribine)、ルルトテカン(lurtotecan)、ルテチウム・テキサフィリン(lutetium texaphyrin)、リソフィリン(lysofylline)、マソプロコール(masoprocol)、マスピン(maspin)、マトリックス・メタロプロテイナーゼ阻害剤、メノガリル(menogaril)、メルバロン(merbarone)、メテレリン(meterelin)、メチオニナーゼ、メトクロプラミド(metoclopramide)、MIF阻害剤、ミフェプリストン(mifepristone)、ミルテホシン(miltefosine)、ミリモスチム(mirimostim)、ミトラシン(mithracin)、ミトグアゾン(mitoguazone)、ミトラクトール(mitolactol)、マイトマイシン��びその類似体、ミトナフィド(mitonafide)、ミトキサントロン(mitoxantrone)、モファロテン(mofarotene)、モルグラモスチム(molgramostim)、マイカペルオキシドB、ミリアポロン(myriaporone)、N-アセチルジナリン(acetyldinaline)、N-置換ベンズアミド、ナファレリン(nafarelin)、ナグレスチップ(nagrestip)、ナパビン(napavin)、ナフテルピン(naphterpin)、ナルトグラスチム(nartograstim)、ネダプラチン(nedaplatin)、ネモルビシン(nemorubicin)、ネリドロン酸、ニルタミド(nilutamide)、ニサマイシン(nisamycin)、ニトルリン(nitrullyn)、オクトレオチド(octreotide)、オキセノン(okicenone)、オナプリストン(onapristone)、オンダンセトロン(ondansetron)、オラシン(oracin)、オルマプラチン(ormaplatin)、オキサリプラチン(oxaliplatin)、オキサウノマイシン(oxaunomycin)、パクリタキセル(paclitaxel)及びその類似体、パラウアミン(palauamine)、パルミトイルリゾキシン(palmitoylrhizoxin)、パミドロン酸、パナキシトリオール(panaxytriol)、パノミフェン(panomifene)、パラバクチン(parabactin)、パゼリプチン(pazelliptine)、ぺグアスパルガーゼ(pegaspargase)、ペルデシン(peldesine)、ポリ硫酸ペントサンナトリウム、ペントスタチン(pentostatin)、ペントロゾール(pentrozole)、パーフルブロン(perflubron)、パーホスファミド(perfosfamide)、フェナジノマイシン(phenazinomycin)、ピシバニル(picibanil)、ピラルビシン(pirarubicin)、ピリトレキシム(piritrexim)、ポドフィロトキシン（podophyllotoxin）、ポルフィロマイシン(porfiromycin)、プリン・ヌクレオシド・ホスホリラーゼ阻害剤、ラルチトレキセド(raltitrexed)、リゾキシン(rhizoxin)、ログレチミド(rogletimide)、ロヒツキン(rohitukine)、ルビギノン(rubiginone)B1、ルボキシル(ruboxyl)、サフィンゴル(safingol)、サイントピン(saintopin)、サルコフィトール(sarcophytol)A、サルグラモスチム(sargramostim)、ソブゾキサン(sobuzoxane)、ソネルミン(sonermin)、スパルホジン酸(sparfosic acid)、スピカマイシン(spicamycin)D、スピロムスチン(spiromustine)、スチピアミド(stipiamide)、スルフィノシン(sulfinosine)、タリムスチン(tallimustine)、テガフール(tegafur)、テモゾロミド(temozolomide)、テニポシド(teniposide)、タリブラスチン(thaliblastine)、チオコラリン(thiocoraline)、チラパザミン(tirapazamine)、トポテカン、トプセンチン(topsentin)、トリシリビン(triciribine)、トリメトレキサート(trimetrexate)、ベラミン(veramine)、ビノレルビン(vinorelbine)、ビンキサルチン(vinxaltine)、ボロゾール(vorozole)、ゼニプラチン(zeniplatin)、並びにジラスコルブ(zilascorb)、が含まれる。
【０３６８】
化学的にコンジュゲートさせるためのリンカー
様々なリンカーを用いて、CD117(GNNK+ CD117等)を認識し、結合する本明細書に記載の抗体又は抗原結合フラグメント(例えば、抗体、又はその抗原結合フラグメント)を、細胞毒性分子とコンジュゲートさせることができる。
【０３６９】
本明細書で使用される用語「リンカー」は、抗体又はそのフラグメント(Ab)を薬物部分(D)に共有結合させて本発明の抗体-薬物コンジュゲート(ADC;Ab-Z-L-細胞毒素)を形成する、原子の共有結合又は鎖を含む、二価の化学的な部分構造を意味する。好適なリンカーは2つの反応性末端を有し、一方は抗体にコンジュゲートさせるためであり、他方は細胞毒素にコンジュゲートさせるためである。前記リンカーの抗体とコンジュゲートする反応性末端(反応性部分、Z')は、典型的には、前記抗体上のシステイン・チオール又はリジン・アミン基を介して、前記抗体にコンジュゲートさせることができる部位であり、従って、典型的には二重結合のようなチオールとの反応性がある基(マレイミドの場合)、又はクロロ、ブロモ、ヨード等の脱離基、若しくはR-スルファニル基、又はカルボキシル基のようなアミンとの反応性がある基である；一方、前記リンカーの抗体とコンジュゲートする反応性末端は、典型的には、細胞毒素上の塩基性アミン基又はカルボキシル基とのアミド結合の形成を介して細胞毒素にコンジュゲートすることができる部位であり、従って、典型的にはカルボキシル基又は塩基性アミン基である。前記用語「リンカー」を、コンジュゲートした形態のリンカーを説明する際に使用する場合、反応性末端の一方又は両方は、前記リンカー及び／又は前記細胞毒素間の、並びに前記リンカー及び／又は前記抗体若しくはその抗原結合フラグメント間の、結合が形成されているので、存在しない(例えば、反応性部分Z、化学的な部分構造Zに変換されている)か、又は反応途中にある(例えば、カルボン酸のカルボニルだけになっている等)。このようなコンジュゲートさせる反応を、本明細書中以下に更に記載する。
【０３７０】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、細胞内の条件下で切断可能であり、その結果、前記リンカーの切断によって、細胞内環境において、抗体から薬物ユニットが放出される。更に他の実施形態では、そのリンカー・ユニットは切断可能ではなく、薬剤は、例えば、抗体の分解によって放出される。本発明のADCに有用なリンカーは、好ましくは細胞外で安定であり、ADC分子が凝集することを防止し、ADCが水溶性の媒体中で及び単量体状で溶け易いままにする。細胞内に輸送される又は送達される前には、前記ADCは、好ましくは安定であり、及びインタクトなままであり、即ち、前記抗体は、前記薬物部分に連結されたままである。前記リンカーはターゲット細胞の外部では安定であり、細胞内部ではある有効な速度で切断されることがある。効果的なリンカーは：(i)前記抗体の特異的な結合特性を維持する；(ii)前記コンジュゲート又は薬物部分が細胞内に送達されることを可能にする；(iii)前記コンジュゲートがそのターゲット部位に送達又は輸送されるまで、安定かつインタクトなままであり、即ち切断されない；及び(iv)前記細胞毒性部分の、細胞毒性、細胞傷害効果又は細胞増殖抑制効果を維持する。前記ADCの安定性を、質量分析、HPLC、及び分離／解析技術のLC/MS等の標準的な分析技術によって測定することができる。前記抗体及び前記薬物部分の共有結合は、前記リンカーが2つの反応性官能基を有することを要求する（即ち反応性の意味での二価である）。ペプチド、核酸、薬物、毒素、抗体、ハプテン、及びレポーター基等の2つ以上の機能的又は生物学的に活性な部分を結合させるのに役立つ二価のリンカー試薬が知られており、それらのコンジュゲートを得る方法については記載されている(Hermanson、GT(1996)Bioconjugate Techniques; Academic Press: New York、p.234-242)。
【０３７１】
リンカーとしては、例えば、酵素的加水分解、光分解、酸性条件下での加水分解、塩基性条件下での加水分解、酸化、ジスルフィド還元、求核切断、又は有機金属切断によって切断され得るものが挙げられる(例えば、Lericheら、Bioorg.Med.Chem、20:571-582、2012を参照のこと、その開示は共有結合的にコンジュゲートさせることに適したリンカーに関連するので、参照により本明細書に取り込まれる)。
【０３７２】
酸性条件下で加水分解可能なリンカーとしては、例えば、ヒドラゾン、セミカルバゾン、チオセミカルバゾン、シスアコニットアミド、オルトエステル、アセタール、ケタール等が挙げられる(例えば、米国特許第 5,122,368; 5,824,805; 5,622,929号； Dubowchik and Walker, 1999, Pharm. Therapeutics 83:67-123; Neville et al., 1989, Biol. Chem. 264:14653-14661、これらの各開示は、共有結合的にコンジュゲートさせることに適したリンカーに関するので、その全体が参照により本明細書に取りこまれる)。このようなリンカーは。血中の条件のような中性pHの条件下では比較的安定であるが、リソソームのおよそのpHであるpH 5.5又は5.0未満では不安定である。
【０３７３】
還元条件下で切断可能なリンカーとしては、例えば、ジスルフィドが挙げられる。例えば、SATA(N-スクシンイミジル-S-アセチルチオアセテート)、SPDP(N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオ)プロピオネート)、SPDB(N-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオ)ブチレート)及びSMPT(N-スクシンイミジル-オキシカルボニル-α-メチル-α-(2-ピリジル-ジチオ)トルエン)、SPDB及びSMPT、を使用して形成することができるジスルフィド・リンカーを含む、様々なジスルフィド・リンカーが当該技術分野で知られている(例えば、Thorpe et al., 1987, Cancer Res. 47:5924-5931; Wawrzynczak et al., In Immunoconjugates: Antibody Conjugates in Radioimagery and Therapy of Cancer (C. W. Vogel ed., Oxford U. Press, 1987を参照のこと。米国特許第4,880,935も参照のこと。これらの各開示は、共有結合的にコンジュゲートさせることに適したリンカーに関するので、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３７４】
本明細書に記載される薬物-抗体コンジュゲートの合成に適した更なるリンカーには、p-アミノベンジル・アルコール(PABC)、p-アミノベンジル(PAB)、6-マレイミドヘキサン酸、pH感受性炭酸塩、及びJain et al., Pharm. Res. 32:3526-3540, 2015（この開示は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる）に記載される他の試薬等の、1,6-脱離過程(「自壊」基)によって、細胞毒素を放出することができるリンカーが含まれる。
【０３７５】
いくつかの実施形態では、前記リンカーには、前述のPAB又はPABC(パラ-アミノベンジルオキシカルボニル)等の自壊基が含まれ、これらは、例えば、Carl et al., J. Med. Chem. (1981) 24:479-480; Chakravarty et al (1983) J. Med. Chem. 26:638-644; US 6214345; US20030130189; US20030096743; US6759509; US20040052793; US6218519; US6835807; US6268488; US20040018194; W098/13059; US20040052793; US6677435; US5621002; US20040121940; W02004/032828に開示されている。 このプロセスが可能な他のこのような化学的な部分構造(「自壊リンカー」)には、メチレン・カルバメート及びヘテロアリール基、例えばアミノチアゾール、アミノイミダゾール、アミノピリミジンなどが含まれる。このような複素環の自壊基を含むリンカーは、例えば、米国特許出願公開20160303254 及び 20150079114、並びに米国特許第7,754,681; Hay et al. (1999) Bioorg. Med. Chem. Lett. 9:2237; US 2005/0256030; de Groot et al (2001) J. Org. Chem. 66:8815-8830; and US 7223837に開示されている。
【０３７６】
酵素的な加水分解に感受性があるリンカーは、例えば、細胞内ペプチダーゼ又はプロテアーゼ酵素(リソソーム・プロテアーゼ又はエンドソーム・プロテアーゼを含むが、これらに限定されない)によって切断されるペプチド含有リンカーであることがある。治療薬剤が細胞内タンパク質分解によって放出されることを使用することの1つの利点は、前記治療薬剤は、コンジュゲートされている場合、一般に減弱していて、及び前記コンジュゲートの血清安定性は一般的に高い、ということである。いくつかの実施形態では、前記ペプチジル・リンカーは、少なくとも2アミノ酸長又は少なくとも3アミノ酸長である。例示的なアミノ酸リンカーには、ジペプチド、トリペプチド、テトラペプチド又はペンタペプチドが含まれる。好適なペプチドの例としては、バリン、アラニン、シトルリン(Cit)、フェニルアラニン、リジン、ロイシン、及びグリシン等のアミノ酸を含有するペプチドが挙げられる。アミノ酸リンカー成分を含むアミノ酸残基としては、天然に存在するもの、並びにマイナーなアミノ酸及び非天然に存在するアミノ酸類似体(例えば、シトルリン)が挙げられる。例示的なジペプチドには、バリン-シトルリン(vc又はval-cit)及びアラニン-フェニルアラニン(af又はala-phe)が含まれる。例示的なトリペプチドには、グリシン-バリン-シトルリン(gly-val-cit)及びグリシン-グリシン-グリシン(gly-gly-gly)が含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、Val-Cit、Ala-Val、又はPhe-Lys、Val-Lys、Ala-Lys、Phe-Cit、Leu-Cit、Ile-Cit、Phe-Arg、又はTrp-Citのようなジペプチドが含まれる。Val-Cit又はPhe-Lys等のジペプチドを含むリンカーは、例えば、米国特許第6,214,345号に開示されている（この開示は、共有結合的にコンジュゲートさせることに適したリンカーに関するので、その全体が参照により本明細書に取り込まれる）。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドが含まれる。いくつかの実施形態では、ジペプチドは、自壊性のリンカーと組合せて使用される。
【０３７７】
本明細書での使用に適したリンカーは、C1-C6アルキレン、C1-C6ヘテロアルキレン、C2-C6アルケニレン、C2-C6ヘテロアルケニレン、C2-C6アルキニレン、C2-C6ヘテロアルキンニレン、C3-C6シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、及びそれらの組合せから選択される1つ以上の基を更に含むことがあり、これらの各々は任意選択的に置換されていることがある。このような基の非限定的な実施例には、(CH2)n、(CH2CH2O)n、及び-(C=O)(CH2)n-ユニットが含まれ、ここで、nは1〜6の整数であり、各々の場合に対して独立に選択される。
【０３７８】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル、ジペプチド、p-アミノベンジル(PAB)基、複素環自壊基、任意選択的に置換されたC1-C6アルキル、任意選択的に置換されたC1-C6ヘテロアルキル、任意選択的に置換されたC2-C6アルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルケニル、任意選択的に置換されたC2-C6アルキニル、任意選択的に置換されたC2-C6ヘテロアルキニル、任意選択的に置換されたC3-C6シクロアルキル、任意選択的に置換されたヘテロシクロアルキル、任意選択的に置換されたアリール、任意選択的に置換されたヘテロアリール、溶解増強基、アシル、-(C=O)-、又は-(CH2CH2O)n-基のうちの1つ以上を含むことがある、ここで、nは1〜6の整数である。当業者のある者は、列挙された基の1つ以上が、二価(ジラジカル)種(例えば、C1-C6アルキレン等)の形態で存在し得ることを認識する。
【０３７９】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、p-アミノベンジル基(PAB)を含む。ある実施形態では、前記p-アミノベンジル基は、細胞毒性薬物とリンカー中のプロテアーゼ切断部位との間に配置される。ある実施形態では、前記p-アミノベンジル基は、p-アミノベンジルオキシカルボニル・ユニットの一部である。ある実施形態では、p-アミノベンジル基は、p-アミノベンジルアミド・ユニットの一部である。
【０３８０】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、PAB, Val-Cit-PAB, Val-Ala-PAB, Val-Lys(Ac)-PAB, Phe-Lys-PAB, Phe-Lys(Ac)-PAB, D-Val-Leu-Lys, Gly-Gly-Arg, Ala-Ala-Asn-PAB, 又は Ala-PAB を含む。
【０３８１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、ペプチド、オリゴ糖、-(CH2)n-, -(CH2CH2O)n-, PAB, Val-Cit-PAB, Val-Ala-PAB, Val-Lys(Ac)-PAB, Phe-Lys-PAB, Phe-Lys(Ac)-PAB, D-Val-Leu-Lys, Gly-Gly-Arg, Ala-Ala-Asn-PAB, 又は Ala-PAB.
のうちの1つ以上の組合せを含む。
【０３８２】
いくつかの実施形態では、前記リンカーは、-(C=O)(CH2)n-ユニットを含み、ここで、nは1〜6の整数である。
【０３８３】
抗体、又はその抗原結合フラグメントを細胞毒性薬剤にコンジュゲートさせるために使用することができるリンカーには、前記リンカーの一方の末端で前記細胞毒性薬剤に共有結合し、及び前記リンカーの他方の末端で、前記リンカー上に存在する反応性置換基と、CD117(GNNK+ CD117等)に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基との間のカップリング反応から形成される化学的な部分構造を含む、リンカーが含まれる。CD117(GNNK+ CD117等)に結合する、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在し得る反応性置換基としては、セリン、スレオニン、及びチロシン残基のヒドロキシル部分；リジン残基のアミノ部分；アスパラギン酸及びグルタミン酸残基のカルボキシル部分；並びにシステイン残基のチオール部分、並びに、非天然アミノ酸のプロパルギル、アジド、ハロアリール(例えば、フルオロアリール)、ハロヘテロアリール(例えば、フルオロヘテロアリール)、ハロアルキル、及びハロヘテロアルキル部分が含まれるが、これらに限定されない。
【０３８４】
薬物-抗体コンジュゲートの合成に有用なリンカーの例としては、抗体又は抗原結合フラグメント内に存在する求核置換基(例えば、アミン及びチオール部分)との反応に適した、求電子剤（とりわけ、マイケル・アクセプター(例えば、マレイミド)、活性化エステル、電子欠損カルボニル化合物、及びアルデヒド等）を含むリンカーが挙げられる。例えば、薬物-抗体コンジュゲートの合成に適したリンカーには、特に、スクシンイミジル4-(N-マレイミドメチル)-シクロヘキサン-L-カルボキシレート(SMCC)、N-スクシンイミジル・ヨードアセテート(SIA)、スルホ-SMCC、m-マレイミドベンゾイル-N-ヒドロキシスクシンイミジル・エステル(MBS)、スルホ-MBS、及びスクシンイミジル・ヨードアセテートが含まれるが、これらに限定されるものではなく、例えば、Liu et al., 18:690-697, 1979に記載されており、その開示内容は化学的にコンジュゲートさせるためのリンカーに関するので、参照により本明細書に取り込まれる。更なるリンカーとしては、非切断性マレイミドカプロイル・リンカーが挙げられ、これは微小管破壊剤(例えば、アウリスタチン)をコンジュゲートさせることに特に有用であり、Doronina et al., Bioconjugate Chem. 17:14-24, 2006に記載されており、その開示内容は化学的にコンジュゲートさせるためのリンカーに関するので、参照により本明細書に取り込まれる。
【０３８５】
本明細書中に開示される化学基、部分及び特徴の何れか1つ以上を、多様な方法で組み合わせて、本明細書中に開示されるような抗体と細胞毒素とをコンジュゲートさせることに対して有用なリンカーを形成し得ることは、当業者のある者によって認識されるだろう。本明細書中に記載される組成物及び方法と併せることにおいて有用な更なるリンカーは、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号に記載されており、その開示内容は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０３８６】
本明細書中に記載される抗体-薬物と併せることにおいて有用なリンカーには、限定されるものではないが、以下の表１に示されるようなカップリング反応によって形成される化学的な部分構造を含むリンカーが含まれる。波線は、それぞれ、抗体、又は抗原結合フラグメント、及び細胞毒性分子への結合点を示す。
【０３８７】
【表１−１】
2021500391.tif 000085
【表１−２】
2021500391.tif 000086
【表１−３】
2021500391.tif 000087
【表１−４】
2021500391.tif 000088
【０３８８】
当業者のある者は、前記リンカー及び前記抗体又はその抗原結合断片上の反応性置換基に結合した反応性置換基Zが、化学的な部分構造Zを生成する共有結合カップリング反応に関与するものであることを認識し、前記反応性置換基Zを認識する。従って、本明細書に記載の方法と併せることにおいて有用な抗体-薬物コンジュゲートは、リンカー又は細胞毒素-リンカー・コンジュゲート(本明細書に記載されるように、前記リンカー又は細胞毒素-リンカー・コンジュゲートは、抗体又はその抗原結合断片上の反応性置換基との反応に適した反応性置換基Zを含む)と、抗体又はその抗原結合断片との反応によって形成され、化学的な部分構造Zを形成することがある。
【０３８９】
表１に示されるように、前記リンカー及び抗体、又はその抗原結合フラグメント上の適切に反応する置換基の例には、求核／求電子対(例えば、チオール／ハロアルキル対、アミン／カルボニル対、又はチオール／α, β-不飽和カルボニル対等)、ジエン／ジエノフィル対(例えば、とりわけ、アジド／アルキン対、又はジエン／α,β-不飽和カルボニル対)等が含まれる。化学的な部分構造Zを形成するための反応性置換基間のカップリング反応には、チオール・アルキル化、ヒドロキシル・アルキル化、アミン・アルキル化、アミン又はヒドロキシルアミン縮合、ヒドラジン形成、アミド化、エステル化、ジスルフィド形成、環化付加(例えば、とりわけ、[4+2]Diels-Alder環化付加、[3+2]Huisgen環化付加)、芳香族求核置換、芳香族求電子置換、及び当該技術分野で知られているか又は本明細書に記載されている他の反応様式が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、前記リンカーは、前記抗体又はその抗原結合フラグメント上の求核性官能基との反応のための求電子性官能基を含む。
【０３９０】
本明細書中に開示されるように、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在し得る反応性置換基は、限定されるものではないが、(i)N末端アミン基、(ii)側鎖アミン基(例えば、リジン)、(iii)側鎖チオール基(例えば、システイン)、及び(iv)糖水酸基又はアミノ基(ここで、前記抗体はグリコシル化されている)、のような求核基を含む。本明細書中に開示されるように、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在し得る反応性置換基は、限定されるものではないが、セリン、スレオニン、及びチロシン残基のヒドロキシル部分；リジン残基のアミノ部分；アスパラギン酸及びグルタミン酸残基のカルボキシル部分；並びにシステイン残基のチオール部分、並びに、非天然アミノ酸のプロパルギル、アジド、ハロアリール(例えば、フルオロアリール)、ハロヘテロアリール(例えば、フルオロヘテロアリール)、ハロアルキル、及びハロヘテロアルキル部分を含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるように、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基は、アミン又はチオール部分を含む。ある特定の抗体は、還元可能な鎖間ジスルフィド（即ち、システイン架橋）を有する。抗体は、DTT(ジチオトレイトール)等の還元剤で処理することによって、リンカー試薬とコンジュゲートさせるために、反応性にすることができる。従って、各システイン架橋は、理論的には、2つの反応性チオール求核基を形成する。リジンと2-イミノチオラン(トラウト試薬)との反応によって、更なる求核基を抗体中に導入して、アミンをチオールに転化させることができる。1個、2個、3個、4個、又はそれ以上のシステイン残基を導入することによって(例えば、1個以上の非天然システイン・アミノ酸残基を含む変異抗体を調製することによって)、反応性チオール基を、抗体(又はそのフラグメント)に導入することがある。米国特許第7,521,541号は、反応性システイン・アミノ酸を導入することによる工学的に操作した抗体を教示している。
【０３９１】
いくつかの実施形態では、前記リンカーに結合した反応性の部分構造Zは、抗体上に存在する求電子基と反応性である求核基である。抗体上の有用な求電子基としてはアルデヒド及びケトン・カルボニル基が挙げられるが、これらに限定されない。求核基のヘテロ原子は、抗体上の求電子基と反応し、前記抗体と共有結合を形成することがある。有用な求核基としては、ヒドラジド、オキシム、アミノ、ヒドロキシル、ヒドラジン、チオセミカルバゾン、ヒドラジン・カルボキシレート、及びアリールヒドラジドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０３９２】
いくつかの実施形態では、Zは、抗体又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性求核置換基(例えば、アミン及びチオール部分)、及び反応性求電子置換基Zとの間の反応の生成物である。例えば、Zは、特に、マイケル・アクセプター(例えば、マレイミド)、活性化エステル、電子欠損カルボニル化合物、又はアルデヒドであることがある。
【０３９３】
いくつかの実施形態では、前記ADCは、本明細書に開示される式I、IA、IB、II、IIA、又はIIBの何れかのアマトキシンに、リンカー及び化学的な部分構造Zを介してコンジュゲートした、抗CD117抗体を含む。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、ヒドラジン、ジスルフィド、チオエーテル、又はジペプチドが含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、Val-Ala及びVal-Citから選択されるジペプチドが含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、パラ-アミノベンジル基(PAB)が含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、部分PAB-Cit-Valが含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、部分PAB-Ala-Valが含まれる。いくつかの実施形態では、前記リンカーには、-((C=O)(CH2)n-ユニットが含まれ、ここで、nは1〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)nである。
【０３９４】
いくつかの実施形態では、前記リンカーには、-(CH2)n- ユニットが含まれる、ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Cit-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-PAB-Ala-Val-((C=O)(CH2)n-である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-(CH2)n-である、ここで、nは2〜6の整数である。いくつかの実施形態では、前記リンカーは-(CH2)n-である、ここで、nは6である。
【０３９５】
いくつかの実施形態では、前記化学的な部分構造Zは、表１から選択される。いくつかの実施形態では、前記化学的な部分構造Zは
【化８３】
2021500391.tif 000089
である。
ここで、Sは、CD117に結合する、抗体、又はその抗原結合フラグメント内に存在する反応性置換基を表す硫黄原子である(例えば、システイン残基の-SH基に由来する)。
【０３９６】
いくつかの実施形態では、前記リンカーL及び化学的な部分構造Zは、L-Zとして一緒になり、
【化８４】
2021500391.tif 000090
である。
【０３９７】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化８５】
2021500391.tif 000091
である。
【０３９８】
いくつかの実施形態では、L-Zは、
【化８６】
2021500391.tif 000092
である。
【０３９９】
当業者のある者は、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントとコンジュゲートさせる前に、Z基としてマレイミドを含むものとして、リンカー‐反応性置換基の構造を認識する。本明細書中に記載される組成物及び方法と併せることにおいて、とりわけ有用な、上記のリンカーの部分構造及びアマトキシン-リンカー・コンジュゲートは、例えば、米国特許出願公開第2015/0218220号及び特許出願公開第WO2017/149077号に記載され、これらの各々の開示内容は、その全体が参照により本明細書に取り込まれる。
【０４００】
抗体-薬物コンジュゲートの調製
本明細書中に開示される式IのADCにおいて、抗体、又はその抗原結合フラグメントは、本明細書中に開示されるリンカーL及び化学的な部分構造Zを介して、1個以上の細胞毒性薬物部分(D)(例えば、1抗体あたり約1〜約20個の薬物部分)にコンジュゲートしている。本発明のADCは、以下を含む、当業者に公知の有機化学反応、条件、及び試薬を使用するいくつかの経路によって調製され得る：(1)抗体、又はその抗原結合フラグメントの反応性置換基を、2価リンカー試薬と反応させて、本明細書中上記のようなAb-Z-Lを形成させる、続いて、薬物部分Dと反応させる；2)薬物部分の反応性置換基を、2価リンカー試薬と反応させて、D-L-Zを形成させる、続いて、本明細書中上記のような抗体、又はその抗原結合フラグメントの反応性置換基と反応させて、Am-Z-L-Abのような式D-L-Z-AbのADCを形成する。ADCを調製するための更なる方法は、本明細書中に記載される。
【０４０１】
別の態様において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、1つ以上のスルフヒドリル基を導入するために化学的に修飾され得る1つ以上のリジン残基を有する。次いで、前記ADCは、本明細書中上記に記載されるように、スルフヒドリル基の硫黄原子を介してコンジュゲートすることによって形成される。リジンを修飾するために使用することができる試薬には、N-スクシンイミジルS-アセチルチオアセテート(SATA)及び2-イミノチオラン塩酸塩(Traut’s試薬)が含まれるが、これらに限定されない。
【０４０２】
別の態様において、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントは、1つ以上のスルフヒドリル基を有するように化学的に修飾され得る1つ以上の炭水化物基を有することがある。次いで、前記ADCは、本明細書中上記に記載されるように、スルフヒドリル基の硫黄原子を介してコンジュゲートすることによって形成される。
【０４０３】
更に別の態様において、前記抗体は、酸化されてアルデヒド(-CHO)基を提供し得る1つ以上の炭水化物基を有することがある(例えば、Laguzza, et al., J. Med. Chem. 1989, 32(3), 548-55を参照のこと)。次いで、前記ADCは、本明細書中上記に記載されるように、対応するアルデヒドを介してコンジュゲートすることによって形成される。細胞毒素を結合させる又は会合させるためのタンパク質を修飾する他のプロトコールは、Coligan et al., Current Protocols in Protein Science, vol. 2, John Wiley & Sons (2002)に記載されている（参照により本明細書に取り込まれる）。
【０４０４】
抗体、免疫グロブリン又はその断片等の細胞にターゲットするタンパク質に、リンカー-薬物部分をコンジュゲートさせるための方法は、例えば、米国特許第5,208,020号; 米国特許第6,441,163号; WO2005037992; WO2005081711; 及びWO2006/034488に記載されている（これらの全ては、その全体が参照により本明細書に明確に取り込まれている）。
【０４０５】
或いは、前記抗体及び細胞毒性薬剤を含む融合タンパク質を、例えば、組換え技術又はペプチド合成によって、作製することがある。DNAの長さは、互いに隣接するか、又は前記コンジュゲートの所望の特性を破壊しないリンカー・ペプチドをコードする領域によって分離された、前記コンジュゲートの2つの部分をコードするそれぞれの領域を含むことがある。
【０４０６】
治療方法
前述した抗CD117抗体又はそのコンジュゲートを、治療のための以下の方法において使用することがある。
【０４０７】
本明細書中に記載される場合、造血幹細胞移植療法は、1種以上の血液細胞型を定植させる又は再定植させるために、治療を必要とする対象に投与され得る。造血幹細胞は、一般に多能性を示し、従って、限定されるものではないが、顆粒球（例えば、前骨髄球、好中球，好酸球、好塩基球)、赤血球(例えば、網状赤血球、赤血球)、血小板(例えば、巨核芽球、血小板(platelet)産生巨核球、血小板(platelets))、単球(例えば、単球、マクロファージ)、樹状細胞、ミクログリア、破骨細胞、及びリンパ球(例えば、NK細胞、B細胞及びT細胞)等を含む、複数の様々な血液系列に分化することができる。造血幹細胞は、更に自己複製能を有し、従って、母細胞と同等の潜在能力を有する娘細胞を生じさせることができ、また、移植レシピエントに再導入され、造血幹細胞ニッチにホーミングし、生産的で持続的な造血を再確立する作用能、を特徴とする。
【０４０８】
従って、in vivoで欠陥のある又は欠損した細胞集団を再構成するために、造血系列の1種以上の細胞型に欠陥のある又は欠損した患者に、造血幹細胞を投与することがあり、それによって、内因性の血液細胞集団における欠陥又は欠損に関連する病態を治療することができる。従って、本明細書に記載の組成物及び方法を、非悪性異常ヘモグロビン症(例えば、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、再生不良性貧血、及びウィスコット‐アルドリッチ症候群からなる群より選択される異常ヘモグロビン症)を治療するために、使用することがある。更に、又は代わりに、本明細書に記載の組成物及び方法を、先天性免疫不全症等の免疫不全を治療するために使用することがある。更に、又は代わりに、本明細書に記載の組成物及び方法を、後天性免疫不全症(例えば、HIV及びAIDSからなる群より選択される後天性免疫不全症)を治療するために使用することがある。本明細書中に記載される組成物及び方法を、代謝性障害(例えば、グリコーゲン蓄積症、ムコ多糖症、ゴーシェ病、ハーラー病、スフィンゴ脂質症、及び異染性白質ジストロフィー、から選択される代謝性障害)を治療するために使用することがある。
【０４０９】
更に、又は代わりに、本明細書に記載される組成物及び方法を、特に本明細書に記載されるコンジュゲートを、使用して、悪性腫瘍又は増殖性障害、例えば血液がん、骨髄増殖性疾患、を治療することができる。がん治療の場合、本明細書に記載される組成物及び方法は、造血幹細胞移植療法の前に内因性の造血幹細胞の集団を減少させるように患者に投与されてもよく、その場合、移植した細胞は、内因性の細胞を減少させる工程によって作り出されたニッチにホーミングし、生産的な造血を確立することができる。これによって、全身性の化学療法の間のようながん細胞を根絶させる間に減少した細胞の集団を、今度は再構成することができる。本明細書に記載される組成物及び方法を用いて治療することができる例示的な血液がんには、限定されるものではないが、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、及び非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)、並びに神経芽細胞腫を含む他のがん症状が含まれる。
【０４１０】
本明細書に記載される組成物及び方法で治療することができる更なる疾患としてはアデノシン・デアミナーゼ欠損症及び重度複合免疫不全症、高免疫グロブリンM症候群、チェディアック‐東病、遺伝性リンパ組織球症、大理石骨病、骨形成不全症、貯蔵疾患、サラセミア・メジャー、全身性硬化症、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus)、多発性硬化症、並びに若年性関節リウマチが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０４１１】
本明細書中に記載される抗体、又はその抗原結合フラグメント、及びコンジュゲートを使用して、固形臓器移植トレランスを誘導することがある。例えば、本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、ターゲット組織から細胞の集団を減少させるか又は欠損させることがある(例えば、骨髄幹細胞ニッチから造血幹細胞を減少させる)。前記ターゲット組織から細胞をこのように減少させた後、臓器ドナーから幹細胞又は前駆細胞の集団(例えば、臓器ドナーからの造血幹細胞)を移植レシピエントに投与することがある。そしてこのような幹細胞又は前駆細胞が生着した後では、一時的な又は安定な混合キメラとなり、これにより、更なる免疫抑制剤を必要とすることなく、長期の移植臓器トレランスが可能になる。例えば、本明細書に記載の組成物及び方法を使用して、固形臓器移植レシピエントにおいて移植トレランスを誘導することがある(例えば、とりわけ、腎臓移植、肺移植、肝臓移植、及び心臓移植)。本明細書に記載される組成物及び方法は、例えば、一時的な又は安定なドナーの生着が低割合でも移植された臓器の長期トレランスを充分に誘導するため、固形臓器移植トレランスを誘導することに関連して使用するのに充分に適している。
【０４１２】
更に、本明細書に記載の組成物及び方法を使用して、CD117+である細胞を特徴とするがん等のがんを直接的に治療することがある。例えば、本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、特に、CD117+白血病細胞を示す患者において、白血病を治療することがある。CD117+がん性細胞(例えば、白血病性細胞)を減少させることによって、本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、種々のがんを直接的に治療することがある。この様式で治療することがある例示的ながんには、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、多発性骨髄腫,びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、及び非ホジキン・リンパ腫(non-Hodgkin’s lymphoma)のような血液がんが含まれる。
【０４１３】
更に、本明細書中に記載される組成物及び方法を使用して、自己免疫障害を治療することがある。例えば、抗体、又はその抗原結合フラグメントを、CD117+免疫細胞を死滅させるために、自己免疫障害に罹患しているヒト患者のような対象に投与することがある。前記CD117+免疫細胞は、自己抗原に特異的に結合し、自己抗原に対して免疫反応を開始するT-細胞レセプターを発現するT-細胞のような自己反応性リンパ球であることがある。自己反応性CD117+細胞を減少させることによって、本明細書に記載される組成物及び方法を使用して、以下に記載されるような自己免疫性の病態を治療することがある。更に、又は代わりに、本明細書に記載される組成物及び方法を使用して、造血幹細胞移植療法の前に、内因性の造血幹細胞の集団を減少させることによって、自己免疫疾患を治療することがあり、その場合、移植した細胞は、内因性の細胞を減少させる工程によって作り出されたニッチにホーミングし、生産的な造血を確立することがある。これにより、自己免疫細胞を根絶させる間に減少した細胞の集団を、今度は再構成させることができる。
【０４１４】
本明細書に記載される組成物及び方法を用いて治療することができる自己免疫疾患には、限定されるものではないが、乾癬、乾癬性関節炎、1型糖尿病(1型糖尿病)、関節リウマチ(RA)、ヒト全身性エリテマトーデス(SLE)、多発性硬化症(MS)、炎症性腸疾患(IBD)、リンパ球性大腸炎、急性散在性脳脊髄炎(ADEM)、アジソン病、汎発性脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群(APS)、再生不良性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患(AIED)、自己免疫性リンパ増殖症候群(ALPS)、自己免疫性卵巣炎、バロー病、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、シャーガス病、慢性疲労免疫不全症候群(CFIDS)、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、クローン病、瘢痕性類天疱瘡、セリアック・スプルー疱疹状皮膚炎、寒冷凝集素症、CREST症候群、デゴス病、円板状エリテマトーデス、自律神経障害、子宮内膜症、本態性混合型クリオグロブリン血症、線維筋痛症−線維筋炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン‐バレー症候群(GBS)、橋本甲状腺炎、化膿性汗腺炎、特発性及び／又は急性血小板減少性紫斑病、特発性肺線維症、IgAニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性関節炎、川崎病、扁平苔癬、ライム病、メニエール病、混合性結合組織病(MCTD)、重症筋無力症、ニューロミオトニア、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群(OMS)、視神経炎、オルド甲状腺炎（Ord's thyroiditis）、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発軟骨炎、多発性筋炎及び皮膚筋炎、原発性胆汁性肝硬変、結節性多発動脈炎、多内分泌腺症候群、リウマチ性多発筋痛症、原発性無ガンマグロブリン血症(primary agammaglobulinemia)、レイノー現象、ライター症候群、リウマチ熱、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、スティッフ・パーソン症候群、高安動脈炎、側頭動脈炎(巨細胞性動脈炎としても知られる)、潰瘍性大腸炎、膠原線維性大腸炎、ぶどう膜炎、血管炎、白斑、外陰部痛（外陰部前庭炎）、及びヴェーゲナー肉芽腫症、が含まれる。
【０４１５】
投与経路及び投与方法
本明細書中に記載される抗体、又はその抗原結合フラグメントは、種々の投薬形態で患者(例えば、がん、自己免疫疾患に罹患しているか、又は造血幹細胞移植療法を必要とするヒト患者)に投与されることがある。例えば、本明細書中に記載される抗体、又はその抗原結合フラグメントを、がん、自己免疫疾患に罹患しているか、又は造血幹細胞移植療法を必要とする患者に、1種以上の薬学的に許容可能な賦形剤を含む水溶液のような水溶液の形態で投与することがある。本明細書に記載の組成物及び方法と共に使用するための薬学的に許容される賦形剤には、粘度調整剤が含まれる。前記水溶液を、当該技術分野で公知の技術を使用して滅菌することがある。
【０４１６】
本明細書中に記載されるような抗CD117抗体及びADCを含む医薬製剤は、このような抗体又はADCを、1種以上の任意選択的な薬学的に許容可能な担体と混合することによって(Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition、Osol、AEd.(1980))、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で、調製される。薬学的に許容可能な担体は、一般に、使用する用量及び濃度で、レシピエントに対して無毒性であり、これには、限定されるものではないが、以下が含まれる：リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸等のバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；保存剤（塩化オクタデシルジメチルベンジル・アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル若しくはベンジル・アルコール；メチル若しくはプロピルパラベン等のアルキル・パラベン；レゾルシノール；シクロヘキサノール；3-ペンタノール；及びm-クレゾール等）；低分子量(約10残基未満)ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、若しくは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、若しくはリジンなどのアミノ酸；単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、若しくはデキストリンなどの他の炭水化物；EDTAなどのキレート剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース、若しくはソルビトールなどの糖類；ナトリウムなどの塩形成性対イオン；金属複合体（例えば、Zn-タンパク質複合体）；並びに／又はポリエチレン・グリコール（PEG）などの非イオン性界面活性剤。 
【０４１７】
本明細書に記載の抗体及び抗原結合フラグメントを、経口、経皮、皮下、鼻腔内、静脈内、筋肉内、眼内、又は非経口等の様々な経路によって投与することがある。任意の所与のケースにおいて、投与に最も適した経路は、投与される特定の抗体、又は抗原結合フラグメント、患者、医薬製剤方法、投与方法(例えば、投与時刻及び投与経路)、患者の年齢、体重、性別、治療する疾患の重症度、患者の食事、及び患者の排泄速度に依存する。
【０４１８】
本明細書中に記載される抗CD117コンジュゲート、抗体、又はその抗原結合フラグメントの有効用量は、例えば、単回(例えば、ボーラス)投与、複数回投与、又は持続投与あたりで、体重に関して約0.001〜約100mg/kgの範囲にして、抗体、又はその抗原結合フラグメントの最適血中濃度(例えば、0.0001〜5000 μg/mLの血中濃度)になることがある。前記投与量を、がん、自己免疫疾患に罹患している対象、又は造血幹細胞移植を受けることに備えてコンディショニング療法を受けている対象(例えば、ヒト)に、1日、1週間、又は1ヶ月あたり1回以上(例えば、2〜10回)、投与することがある。造血幹細胞移植前におけるコンディショニング処置の場合では、前記抗体、又はその抗原結合フラグメントを、外因性の造血幹細胞の生着が最適に促進される時に、例えば、外因性の造血幹細胞移植物を投与する1時間〜1週間(例えば、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、又は7日)又はそれ以上前に、前記患者に投与することがある。
【０４１９】
本明細書中に開示される方法を使用して、当業者である医師は、造血幹細胞移植療法を必要とするヒト患者に、造血幹細胞が発現する抗原に結合する抗CD117 ADC、抗体、又はその抗原結合フラグメント(例えば、CD117に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント(例えば、GNNK+CD117に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント))を投与することがある。この様式では、外因性の造血幹細胞グラフトを投与する前に、前記造血幹細胞グラフトの生着が促進されるように、内因性の造血幹細胞の集団を、減少させることがある。
【０４２０】
上記のように、前記抗体を、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知の細胞毒性分子のような毒素に、共有結合的にコンジュゲートさせることがある。例えば、抗CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント(例えば、抗GNNK+CD117抗体、又はその抗原結合フラグメント)を、細胞毒素(例えば、シュードモナス外毒素A、deブーガニン、ジフテリア毒素、アマトキシン、例えばγ-アマニチン、α-アマニチン、サポリン、メイタンシン、メイタンシノイド、アウリスタチン、アントラサイクリン、カリケアマイシン、イリノテカン、SN-38、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、ピロロベンゾジアゼピン二量体、インドリノベンゾジアゼピン、及びインドリノベンゾジアゼピン二量体、若しくはそのバリアント)に、共有結合的にコンジュゲートさせることがある。このコンジュゲートを、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知の共有結合形成技術を使用して実施することがある。その後、前記抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、外因性の造血幹細胞(自己、同系、又は同種造血幹細胞等)を前記患者に移植する前に、例えば、静脈内投与によって前記患者に投与することがある。
【０４２１】
前記抗CD117(例えば、抗GNNK+CD117)抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、造血幹細胞移植療法の前に、内因性の造血幹細胞の量を、例えば、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又はそれ以上減少させるのに充分な量で、投与することがある。コンディショニング療法中に、様々な間隔で、前記患者から採取した血液サンプル中の、特徴的な造血幹細胞表面抗原を発現する細胞をFACS解析する等の、当該技術分野で公知の従来の技術を用いて、造血幹細胞数の減少を、モニターすることがある。例えば、当業者である医師は、コンディショニング療法中の様々な時点で患者から血液サンプルを採取し、造血幹細胞マーカー抗原に結合する抗体を使用するFACS解析を実施することで前記サンプル中の造血幹細胞の相対濃度を解明することによって、内因性の造血幹細胞が減少した程度を測定することがある。いくつかの実施形態によれば、抗CD117(例えば、抗GNNK+CD117)抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを用いたコンディショニング療法に応答して、造血幹細胞の濃度が最低値に達した場合、前記医師は、前記コンディショニング療法を終了することがあり、造血幹細胞移植療法のために、前記患者に対して、準備を開始することがある。
【０４２２】
抗CD117(例えば、抗GNNK+CD117)抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、1種以上の薬学的に許容可能な賦形剤(例えば、粘度調整剤)を含む水溶液として、前記患者に投与することがある。前記水溶液を、本明細書中に記載されるか、又は当該技術分野で公知の技術を使用して、滅菌することがある。前記抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、前記患者に造血幹細胞グラフトの投与の前に、例えば、0.001mg/kg〜100mg/kgの投薬量で、前記患者に投与することがある。前記抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを、外因性の造血幹細胞の生着が最適に促進される時に、例えば、外因性の造血幹細胞移植物を投与する1時間〜1週間(例えば、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、又は7日)又はそれ以上前に、前記患者に投与することがある。
【０４２３】
コンディショニング療法の終了後、前記コンディショニング療法を実施した同一の医師又は別の医師等から、前記患者は、外因性の造血幹細胞を注射されることがある(例えば、静脈内注射)。前記医師は、前記患者に、例えば、1×103〜1×109個/kgの造血幹細胞の投薬量で、自己、同系、又は同種造血幹細胞の注射をすることがある。前記医師は、例えば、前記移植物を投与した後に、患者から血液サンプルを採取し、造血幹細胞の濃度又は造血系列の細胞(例えば、巨核球、血小板(thrombocytes)、血小板(platelets)、赤血球、マスト細胞、骨髄芽球、好塩基球、好中球、好酸球、ミクログリア、顆粒球、単球、破骨細胞、抗原提示細胞、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラル・キラー細胞、Tリンパ球、及びBリンパ球等)の濃度が上昇することを測定することによって、前記造血幹細胞移植物が生着することをモニタリングすることがある。この解析を、例えば、造血幹細胞移植療法後、1時間から6ヶ月間、又はそれ以上の期間で行ってもよい(例えば、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、2日、3日、4日、5日、6日、7日、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、10週間、11週間、12週間、13週間、14週間、15週間、16週間、17週間、18週間、19週間、20週間、21週間、22週間、23週間、24週間又はそれ以上の期間)。移植療法前の対応する細胞型の濃度と比較して、移植療法後に、造血幹細胞又は造血系列の細胞の濃度が増加した(例えば、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、500%、又はそれ以上)ことが見出されれば、抗CD117（例えば、抗GNNK+CD117）抗体、その抗原結合フラグメント、又は薬物-抗体コンジュゲートを使用する治療によって、移植した造血幹細胞グラフトの生着がうまく促進されたことの一つの指標となる。
【実施例】
【０４２４】
以下の実施例は、本明細書中に記載される組成物及び方法を、どのように使用し、作製し、そして評価することができるかの説明を当業者に提供するために提示され、そして本発明に関する純粋な例示であることが意図され、そして本発明者らが自分たちの発明とみなす範囲を限定することは意図されない。
【０４２５】
実施例１．アンタゴニスト抗CD117抗体及び中性抗CD117抗体の同定
酵母ディスプレイ
抗体(天然又は合成の何れか)をディスプレイする酵母ディスプレイ・ライブラリを、ヒトCD117のエクトドメインへの結合についてスクリーニングした。ヒトCD117に結合する抗体をコードする酵母細胞を選択した。選択した酵母細胞に由来する抗体を表す核酸配列を、当該技術分野で公知の技術に従って単離した。
【０４２６】
特に、前記スクリーニングを行って、アンタゴニスト抗CD117抗体又は中性抗体(neutral antibody)を同定した。中性抗体(neutral antibody)は、ターゲットに対して不活性であるという利点を提供する。アンタゴニスト抗体（例えばアンタゴニスト抗CD117抗体）は、CD117とSCF(幹細胞因子)との相互作用を妨げる。移植において、例えば、アンタゴニスト活性は、ドナーのCD117保有細胞との係合を介した生着を遅延させることによって、グラフトに負の影響を与え得るので、中性抗体(neutral antibody)は、治療的により安全であり得る。中性抗体(neutral antibody)(又は中性ADC)は、この問題を回避する。以下に記載する酵母ディスプレイ技術を利用して、アンタゴニスト抗体に加えて、このような中性抗体(neutral antibody)を同定した。中性抗体(neutral antibody)を特異的に同定するために、組換えCD117エクトドメインを、天然リガンドの幹細胞因子(SCF)と予め複合体化し、この複合体中のCD117エクトドメインと結合可能な抗体のみを選択した。この選択方法に基づいて、単離された抗体が、CD117へのSCFの結合を妨げなければ、それらを中性として分類する。CD117中性又はCD117アンタゴニスト抗体の何れかに加えて、CD117発現細胞（例えば、抗体-薬物コンジュゲート(ADC)として使用する抗体が結合する造血幹細胞(HSC)等）の内部に取り込まれるという抗体の作用能に関しても、抗体を選択した。
【０４２７】
約69個の抗体が、組換え完全ヒトIgGを発現する酵母ライブラリのスクリーニングにおいて最初に得られた。その69個の抗体から、6個のヒトIgG抗体を選択し、重鎖中のCDR1及びCDR2中の配列を多様化し、当該技術分野で公知の方法に従って親和性を改善するために選択することによる更なる改善の親和性成熟を行った。親和性成熟の後、親和性が改善されて、且つバリアント配列を有する22個のヒトIgG抗体を同定した。スクリーニング・プロセスの全体から、10個のヒトIgG抗体を、所望の結合特性に基づいて選択し、それらには、親和性成熟後の7個及び親和性成熟前に同定した3個の抗体が含まれていた。
【０４２８】
このようにした、複数ラウンドのスクリーニングを通して、選択した抗CD117抗体を発現させ、得られた抗体を更にスクリーニングして、所望の構造及び／又は機能的活性を有する抗CD117抗体を同定した(例えば、細胞内部に取り込まれる特性を有するアンタゴニスト(リガンド・ブロッキング)抗体について、又は細胞内部に取り込まれる特性を有する中性抗体(neutral antibody)について選択したスクリーニング)。抗体ディスプレイ・ライブラリを作製し、及びスクリーニングする際の使用に特に適した方法及び試薬の例は、例えば、Boder E.T. and Wittrup K.D., Yeast surface display for directed evolution of protein expression, affinity, and stability, Methods Enzymol, 328:430-44 (2000) 及び Boder E.T. and Wittrup K.D., Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries, Nat Biotechnol. 15(6):553-7 (June 1997)に記載されている。
【０４２９】
前記10個の選択された抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域及びCDRのアミノ酸配列を表１０に示す。前記10個の抗体には、以下が含まれる：抗体54(重鎖(HC)-54及び軽鎖(LC)-54を有するAb54)、抗体55(HC-55及びLC-55を有するAb55)、抗体56(HC-56及びLC-56を有するAb56)、抗体57(HC-57及びLC-57を有するAb57)、抗体58(HC-58及びLC-58を有するAb58)、抗体61(HC-61及びLC-61を有するAb61)、抗体66(HC-66及びLC-66を有するAb66)、抗体67(HC-67及びLC-67を有するAb67)、抗体68(HC-68及びLC-68を有するAb68)、並びに抗体69(HC-69及びLC-69を有するAb69)。
【０４３０】
実施例２．抗CD117抗体のin vitro結合解析
実施例１に記載の抗体を試験して、ヒトのCD117に対する前記抗体の結合特性及び前記抗体のアカゲザルのCD117との交差反応能を測定した。
【０４３１】
バイオレイヤー干渉法(BLI)を用いて、0.1% w/vウシ血清アルブミンを添加、Pall ForteBio Octet Red96を添加した1×PBS中、25℃で、抗体の結合試験を行った。示した精製ヒト抗体を、抗ヒトFcバイオセンサ(AHC; Pall ForteBio 18-5063)上に固定化し、33.3 nM及び11 nMの精製ヒトCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)又はアカゲザルCD117エクトドメインとインキュベートした。その結果得られた、結合及び解離曲線を表す、ヒトCD117エクトドメインに対するバインディング・インターバル（binding intervals）を図７Ａ及び７Ｂに示す。
【０４３２】
精製されたヒトCD117エクトドメイン(R&Dシステム#332-SR)又はアカゲザルCD117エクトドメインに対する各IgGの、見かけの一価親和性(KD)、見かけの結合速度(KON)及び見かけの解離速度(KOFF)を、ForteBioデータ解析ソフトウエア・バージョン10によって計算する1:1結合モデルによる局所完全適合によって決定し、表１に示す。特に、選択した抗体の各々は、アカゲザルCD117及びヒトCD117、特にCD117エクトドメインと交差反応した。選択した抗体はまた、ヒトCD117の両方のアイソフォーム(1及び2)に結合した。
【０４３３】
【表２】
2021500391.tif 000093
【０４３４】
本抗体の更なる特性評価を、実施例２〜１８で提供する。
【０４３５】
実施例３．抗CD117抗体67(Ab67)の特性評価
抗体67(Ab67)は、特に中性抗体であるとして、実施例１で説明した上記スクリーニングで同定された。Ab67の重鎖及び軽鎖可変領域(CDRドメインを含む)を以下の表２に記載する。
【０４３６】
【表３−１】
2021500391.tif 000094
【表３−２】
2021500391.tif 000095
【０４３７】
Ab67の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):9に記載する。
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDADMDWVRQAPGKGLEWVGRTRNKAGSYTTEYAASVKGRFTISRDDSKNSLYLQMNSLKTEDTAVYYCAREPKYWIDFDLWGRGTLVTVSS (配列番号(SEQ ID NO):9; CDRドメインは太字（訳文では下線）)
【０４３８】
Ab67のVH CDRアミノ酸配列は以下の通りである：FTFSDADMD (VH CDR1; 配列番号(SEQ ID NO): 11); RTRNKAGSYTTEYAASVKG (VH CDR2；配列番号(SEQ ID NO):12)；及びAREPKYWIDFDL (VH CDR3；配列番号(SEQ ID NO):13)。
【０４３９】
Ab67の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を、配列番号(SEQ ID NO):10として以下に記載する。
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYIAPYTFGGGTKVEIK(配列番号(SEQ ID NO):10; CDRドメインは太字（訳文では下線）)
【０４４０】
HC-67/LC-67のVL CDRのアミノ酸配列を下線で示し、以下の通りである：RASQSISSYLN (VL CDR1；配列番号(SEQ ID NO):14); AASSLQS (VL CDR2；配列番号(SEQ ID NO):15);及びQQSYIAPYT(VL CDR3；配列番号(SEQ ID NO):16)。
【０４４１】
ヒトCD117に結合するAb67の結合特性を、標準的なバイオレイヤー干渉結合アッセイを用いて試験した。抗体67(IgG1)結合試験を、バイオレイヤー干渉法(BLI)を用いて、0.1% w/vウシ血清アルブミンを添加、Pall ForteBio Octet Red96を添加した1×PBS中、25℃で、行った。示した精製ヒト抗体を、抗ヒトFcバイオセンサ(AHC; Pall ForteBio 18-5063)上に固定化し、33.3 nM及び11 nMの精製ヒトCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)とインキュベートした。その結果得られた、結合及び解離曲線を表す、バインディング・インターバル（binding intervals）を図１に示す。精製されたヒトCD117エクトドメイン(R&Dシステム#332-SR)に対する示した精製IgG(即ち、HC-67/LC-67)の、見かけの一価親和性(KD)、見かけの結合速度(KON)及び見かけの解離速度(KOFF)を、ForteBioデータ解析ソフトウエア・バージョン10によって計算する1:1結合モデルによる局所完全適合によって決定し、表３に示す。その結果によれば、精製されたIgG Ab 67(即ち、HC-67/LC-67(Ab67)IgG)は、精製されたヒトCD117エクトドメインに対して、BLIによって測定した場合、高い親和性(即ち、1 x 10-9 Mより大きいKD)で結合し、そしてまた、遅いオフ速度(KOFF(1/s))によっても特徴付けられることが示される。
【０４４２】
【表４】
2021500391.tif 000096
【０４４３】
実施例４．抗CD117 Ab67のin vitro解析
ヒトCD34+骨髄細胞を用いたin vitro細胞増殖アッセイについて、ヒトCD34+骨髄細胞を、幹細胞因子及びコントロール抗体3100 mAb(3100は抗CD117抗体CK6に相当する；既知の抗CD117アンタゴニスト抗体)、HC-67/LC-67(Ab67)IgG(IgG1)又はそのアイソタイプ・コントロール(即ち、hIgG1)の存在下で5日間培養した。全長IgG抗体を試験した。フロー・サイトメトリーにより、全ての細胞又はCD34+ CD90+ゲート化細胞について、生細胞数を測定した。
【０４４４】
本結果を図２Ａ及び２Ｂに示す。本結果は、フロー・サイトメトリーにより測定される、ヒトCD34+細胞のSCF依存性増殖における、3100 mAb及びHC-67/LC-67(Ab67)IgGの用量依存性効果を示す。特に、図２Ａ及び２Ｂ(図８Ａ及び８Ｂにも示される)の結果は、HC-67/LC-67が、培養している初代ヒトCD34+骨髄細胞のSCF依存性増殖を阻害しない、中性の非アンタゴニスト抗体であることを、実証する。なぜならば、Ab67の活性は、アイソタイプが一致するネガティブ・コントロールの活性と類似していたからである。なお、本実施例で用いたSCF細胞増殖アッセイのプロトコールは、実施例１１に記載する。
【０４４５】
実施例５．抗CD117-ADC(Ab67 ADC)のin vitro解析
ヒトCD34+骨髄細胞を用いたin vitro細胞傷害アッセイのために、ヒトCD34+骨髄細胞を、HC-67/LC-67 ADC(即ち、Ab67 ADC)又はそのアイソタイプ・コントロール(即ち、Ig-ADC)の存在下で5日間培養した。Ab67(IgG1)を、切断可能なペプチド・リンカーを介してアマトキシンにコンジュゲートさせた。細胞生存率は、フロー・サイトメトリーを用いて測定した。
【０４４６】
図３Ａ及び３Ｂの結果は、HC-67/LC-67 ADCは、in vitroで初代ヒトCD34+ CD90+骨髄細胞を死滅させるのに非常に効果的であることを示す。従って、HC-67/LC-67 ADCは、CD117発現細胞株及び初代ヒトCD34+CD90+細胞を死滅させるのに非常に効果的であった。更に、図３Ｂに記載されるように、Ab67 ADCは、骨髄細胞を死滅させるのに特に効果的であった。
【０４４７】
実施例６．抗CD117抗体55(Ab55)の特性評価
抗体55
抗体55(Ab55)は、治療的ヒト抗CD117抗体に対応する特性、特にアンタゴニスト特性、細胞内部への取り込み、及びアカゲザルCD117との交差反応能を有することについて、上記酵母スクリーニングにおいて同定された。Ab55の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域(CDRドメインを含む)を、以下の表４に記載する。
【０４４８】
【表５】
2021500391.tif 000097
【０４４９】
Ab55の重鎖可変領域(VH)のアミノ酸配列を配列番号(SEQ ID NO):19に記載する。
QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFRIYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPDFGVANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARGGLDTDEFDLWGRGTLVTVSS (配列番号(SEQ ID NO):19; CDRドメインは太字（訳文では下線）)
【０４５０】
Ab55のVH CDRアミノ酸配列は、以下の通りである：  GTFRIYAIS(VH CDR1；配列番号(SEQ ID NO):21); GIIPDFGVANYAQKFQG(VH CDR2；配列番号(SEQ ID NO):22);及びARGGLDTDEFDL(VH CDR3；配列番号(SEQ ID NO):23)。
【０４５１】
Ab55の軽鎖可変領域(VL)のアミノ酸配列を、配列番号20として以下に記載する。
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSINSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGVSDITFGGGTKVEIK (配列番号(SEQ ID NO):20; CDRドメインを太字で示す（訳文では下線）)
【０４５２】
HC-55/LC-55のVL CDRのアミノ酸配列を下線で示し、以下の通りである： RASQSINSYLN(VL CDR1；配列番号(SEQ ID NO):24); AASSLQS(VL CDR2；配列番号(SEQ ID NO):25);及びQQGVSDIT(VL CDR3；配列番号(SEQ ID NO):26)。
【０４５３】
実施例７．Ab55のin vitro結合試験
抗体結合試験を、バイオレイヤー干渉法(BLI)を用いて、0.1% w/vウシ血清アルブミンを添加、Pall ForteBio Octet Red96を添加した1×PBS中、25℃で、行った。示した精製ヒト抗体を、抗ヒトFcバイオセンサ(AHC; Pall ForteBio 18-5063)上に固定化し、33.3 nM及び11 nMのCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)とインキュベートした。その結果得られた、結合及び解離曲線を表す、バインディング・インターバル（binding intervals）を図４に示した。精製されたヒトCD117エクトドメイン(R&Dシステム#332-SR)に対する示した精製IgG(即ち、HC-55/LC-55)の、見かけの一価親和性(KD)、見かけの結合速度(KON)及び見かけの解離速度(KOFF)を、ForteBioデータ解析ソフトウエア・バージョン10によって計算する1:1結合モデルによる局所完全適合によって決定し、表５に示す。その結果によれば、Ab55 IgG(即ち、HC-55/LC-55 IgG)は、精製されたヒトCD117エクトドメインに対して、標準的なBLIによって測定した場合、高い親和性で結合し、そしてまた、遅いKOFF(1/s)を有していると特徴付けられることが示される。
【０４５４】
【表６】
2021500391.tif 000098
【０４５５】
実施例８．抗CD117 Ab55のin vitro解析
ヒトCD34+骨髄細胞を用いるin vitro細胞増殖アッセイについて、ヒトCD34+骨髄細胞を、幹細胞因子、3100 mAb、HC-55/LC-55 IgG(Ab55 IgG1)又はコントロール(即ち、hIgG1)の存在下で、5日間培養した。フロー・サイトメトリーにより、全ての細胞又はCD34+ CD90+ゲート化細胞について、生細胞数を測定した。
【０４５６】
図５Ａ及び５Ｂの結果は、フロー・サイトメトリーにより測定される、ヒトCD34+細胞のSCF依存性増殖における3100 mAb(アンタゴニストCD117抗体CK6)及びHC-55/LC-55 IgGの用量依存性効果を示す。この結果は、HC-55/LC-55が、3100 mAbと同様に、培養している初代ヒトCD34+骨髄細胞のSCF依存性増殖を阻害するアンタゴニスト抗体であることを、実証する。
【０４５７】
実施例９．抗CD117-ADC(Ab55 ADC)のin vitro解析
Ab55を毒素に結合させた場合に、細胞を、特にCD34+細胞を、減少させるAb55の作用能を試験した。Ab55(IgG1)を、切断可能なペプチド・リンカーを介してアマトキシンにコンジュゲートさせた。ヒトCD34+骨髄細胞を用いたin vitro細胞傷害アッセイのために、ヒトCD34+骨髄細胞を、HC-55/LC-55 ADC(Ab55 ADC)又はコントロール(即ち、Ig-ADC)の存在下で5日間培養した。細胞生存率は、フロー・サイトメトリーを用いて測定した。
【０４５８】
図６Ａ及び６Ｂの結果は、HC-55/LC-55 ADCが、in vitroで初代ヒトCD34+骨髄細胞を死滅させるのに非常に効果的であることを示す。従って、HC-55/LC-55 ADCは、CD117発現細胞株及び初代ヒトCD34+CD90+細胞を死滅させるのに非常に効果的であった。
【０４５９】
実施例１０．in vitro細胞傷害アッセイを用いた抗CD117抗体コンジュゲートの解析
実施例１で選択した全IgGのうちの10個の抗CD117ヒトIgG1抗体を、毒素(saporin)にコンジュゲートさせた抗ヒトFabと共にプレインキュベートし、in vitroでKasumi-1細胞(ATCC No.CRL-2724)を死滅させる様々な抗体の作用能を試験した。この細胞傷害アッセイに続いて、細胞毒性のレベルを定量した。
【０４６０】
Kasumi-1細胞を用いたin vitro傷害アッセイのために、Kasumi-1細胞をATCCガイドラインに従って増殖させた。より具体的には、Kasumi-1細胞を、CD117-ADC又はそのポジティブ・コントロール抗体(CK6；既知のアンタゴニスト抗体)の存在下で3日間培養した。細胞生存率を、Celltiter Gloによって測定した。
【０４６１】
図８Ａ及び８Ｂに記載する結果は、種々のIgG:Fab-サポリン複合体の各々が、in vitroでCD117発現細胞(即ち、Kasumi-1細胞)を死滅させるのに効果的であることを示し、前記複合体が細胞内部に取り込まれたことを示す。図９は、Kasumi-1細胞傷害アッセイの定量を示す。以下の表６は、Kasumi-1細胞傷害アッセイのこの定量化に関する追加のデーターを提供する。前記Kasumi-1細胞傷害アッセイは、SCFの非存在下で行った(Kasumi-1細胞はSCF依存性ではないため)。このように、試験した抗体のアンタゴニスト／中性の特性は、SCF依存性の細胞傷害アッセイ(実施例１１に記載)のように、はっきりとしたものではなかった。注目すべきことに、SCF依存性の細胞傷害アッセイでアンタゴニストとして同定された抗体は、Kasumi-1アッセイで、より高いレベルの死滅させる効果を示した（例えば、Ab55(アンタゴニスト)のAUC値をAb67(中性) のAUC値と比較した）。
【０４６２】
【表７】
2021500391.tif 000099
【０４６３】
実施例１１．in vitroのSCF依存性細胞増殖アッセイを用いた抗CD117抗体の解析
抗体のアンタゴニスト作用能の程度を測定するために、ヒトCD34+骨髄細胞を用いたin vitroの幹細胞因子(SCF)依存性増殖アッセイにおいて、多数の同定された抗体を評価した。抗CD117抗体(IgG1)を添加した時の、SCFの存在下での細胞の死は、前記抗体が、SCFの結合を破壊し、従ってSCFアンタゴニストであると考えられることを示す。抗CD117.抗体CK6は、アンタゴニスト活性を有することが知られているので(米国特許第8,552,157号を参照のこと)、これをポジティブ・コントロールとして使用し、同じアイソタイプの非CD117結合抗体を、ネガティブ・コントロールとして使用した。このin vitro細胞増殖アッセイのために、ヒトCD34+骨髄細胞をSCF及び示した抗体の存在下で5日間培養した。フロー・サイトメトリーにより、全ての細胞又はCD34+ CD90+ゲート化細胞について、生細胞数を測定した。
【０４６４】
図１０Ａ及び１０Ｂ(生細胞)並びに１１Ａ及び１１Ｂ(CD34+ CD90+細胞)に記載する結果は、試験した抗体がSCF結合の阻害を介して細胞増殖を制限するかどうかを実証し、従って、もし制限するならばアンタゴニストと考えられる。図１０Ａ、１０Ｂ、１１Ａ、及び１１Ｂに記載されているように、抗体Ab54、Ab55、Ab56、及びAb57は、SCF依存性細胞増殖アッセイにおいて生存細胞及びCD34+ CD90細胞の両方を死滅させ、並びにSCF依存性増殖を妨げることができたので、CD117アンタゴニストである。対照的に、Ab58、Ab61、Ab66、Ab67、Ab68、及びAb69は、培養しているヒトCD34+骨髄細胞のSCF依存性増殖を阻害しない中性抗体(neutral antibody)であると決定された。
【０４６５】
実施例１２．クロス‐ブロッキング・アッセイを用いた抗CD117抗体の解析
Ab67及びAb55を、CK6(抗CD117アンタゴニスト抗体)又はヒトSCF(CD117に対するリガンド)存在下のクロス‐ブロッキング・アッセイで更に評価した。前記クロス‐ブロッキング・アッセイを、バイオレイヤー干渉法(BLI)を用いて、0.1% w/vウシ血清アルブミンを添加、Pall ForteBio Octet Red96を添加した1×PBS中、25℃で、行った。示した精製ヒト抗体を、抗ヒトFcバイオセンサ(AHC; Pall ForteBio 18-5063)上に固定化し、100 nM CD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)とインキュベートした。これに続いて、CD117エクトドメインとの複合体を形成している、示した一次抗体を、CK6(公知のアンタゴニスト)又は組換えヒト幹細胞因子の何れかとインキュベートした。第2の結合イベント(印を付けた垂直線に続くトレース)におけるポジティブ・シグナルは、非競合的な結合であること又はクロス‐ブロッキングが無いこと、を示唆する。第2の結合イベントにおけるシグナルの増加が無いことは、競合的な結合であること又はクロス‐ブロッキングがあることを示唆する。
【０４６６】
図１２に示すように、Ab55は、CK6又はSCFの両方の結合をクロス‐ブロックすることができ、Ab55がアンタゴニスト抗体であることを示す。対照的に、中性Ab67は、CK6又はSCFに対してクロス‐ブロックしなかった。この実験はまた、CK6及びAb67が同じエピトープを有さないことも示唆する(これは、CK6とAb67が異なる特性を有することによっても示唆される)。
【０４６７】
図１３Ａ及び１３Ｂは、ヒト又はマウスどちらかのSCFがhuCD117に結合することを、Ab67がクロス‐ブロックし得るかどうかを試験する第2のクロス‐ブロッキング・アッセイによるデータを提供する。最初に、25 nMのビオチン化組換えCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)をストレプトアビジン・バイオセンサ(SA; Pall ForteBio 18-5019)上に固定化し、ヒト(ThermoFisher Scientific PHC2113)又はマウス(R&D Systems #455-MC)幹細胞因子と共にインキュベートした。図１３に記載されているように、ヒト及びマウスの両方の幹細胞因子は、ヒト組換えCD117エクトドメインに結合することができる。ヒト及びマウスのSCFがCD117に結合することに関して、Ab67が中性の特性を有するかどうかを決定するために、クロス‐ブロッキング実験を行った。簡単に述べると、25 nMのビオチン化組換えCD117エクトドメイン(R&D Systems #332-SR)をストレプトアビジン・バイオセンサ(SA; Pall ForteBio 18-5019)上に固定化し、100 nMのAb67と共にインキュベートした。これに続いて、Ab67と複合体を形成しているCD117エクトドメインを、ヒト(ThermoFisher Scientific PHC2113)又はマウス(R&D Systems #455-MC)幹細胞因子と共にインキュベートした。図１３Ｂに記載されるように、Ab67は、huSCF又はmSCFのどちらのhuCD117への結合も阻害することができず、従って、Ab67の中性特性に関する更なる証拠が得られた。
【０４６８】
実施例１３．抗CD117抗体が細胞内部に取り込まれることに関する解析
Ab67が細胞内部に取り込まれる作用能を、抗CD117アンタゴニスト抗体と比較して、in vitro抗体取り込みアッセイで評価した。このアッセイは、ヒト骨髄CD34+細胞を、中性、アンタゴニスト、又はコントロールhIgG1抗体の何れかの飽和濃度で24時間にわたってインキュベートすることによって行った。時間経過における最後の時点で、蛍光色素分子で標識をした抗IgG分子を使用して、フロー・サイトメトリーによって、表面に残っているhIgG1を評価した。表面のIgGのパーセントを経時的に調べた(図１４Ｂ)。標準化したCD117の表面での発現(図１４Ａ)を、細胞内部への取り込みが無いものと予想される4℃でインキュベートしたコントロール条件で、計算した(図示せず)。
【０４６９】
図１４Ａに記載されるように、細胞の表面上にあるCD117のパーセントは、中性抗体(neutral antibody)Ab67(IgG1)の存在下では、アンタゴニスト抗CD117抗体又は同じアイソタイプにマッチしたhIgG1での処理後に観察されたものと比較して、低かった。実際、CD117の細胞内部への取り込みのレベルは、SCFの取り込みのレベルと類似していた。更に、図１４Ｂに記載されるように、細胞の表面上にある中性抗体(neutral antibody)Ab67のパーセントは、コントロール・アンタゴニスト又はhIgG1抗体と比較して、経時的に減少した。このことはまた、この中性抗CD117抗体（Ab67）が、アンタゴニスト抗体よりも速やかに細胞内部に取り込まれたことを示唆している。
【０４７０】
実施例１４．in vitro細胞傷害アッセイを用いた抗CD117 Ab67及びAb55 ADCの解析
Ab67及びAb55をそれぞれ、切断可能なリンカーを用いてアマトキシンにコンジュゲートさせて、Ab67-ADC及びAb55-ADCを形成させたが、それぞれ、平均の薬物対抗体比(drug-to-antibody ratio (DAR))の凡その値は約3.7であった。このAb67及びAb55ADCを、Kasumi-1細胞(図１５Ａ)又は初代ヒト幹細胞(図１５Ｂ及び１５Ｃ)の両方での細胞傷害アッセイにおいて評価した。
【０４７１】
Kasumi-1細胞を用いたin vitro傷害アッセイのために、Kasumi-1細胞をATCCガイドラインに従って増殖させた。より具体的には、Kasumi-1細胞をCD117-ADC又はコントロールの存在下で3日間培養した。細胞の生存率を、CellTiter-Gloによって測定した。ヒトHSC(即ち、単離した初代ヒトのCD34+で選択した骨髄細胞(BMC))を用いたin vitro傷害アッセイのために、ヒトCD34+ BMCをCD117-ADC又はコントロールと共に5日間培養した。フロー・サイトメトリーにより、全ての細胞又はCD34+ CD90+ゲート化細胞について、生細胞数を測定した。
【０４７２】
図１５Ａ-１５Ｃの結果は、Ab55-ADC及びAb67-ADCが、CD117発現細胞株(例えば、Kasumi-1細胞)又は初代ヒトCD34+細胞をin vitroで死滅させるのに非常に効果的であることを示し、白血病細胞株Kasumi-1を強力に死滅させることができること(図１５Ａ；表７； IC50= 2.1 pM)、及びin vitro培養中の初代ヒトCD34+骨髄細胞を同じくらい効果的に死滅させること(図１５Ｂ及び１５Ｃ；表７； IC50= 8.9 pM)、を実証する。従って、Ab55-ADC及びAb67-ADCは、CD117発現細胞株及び初代ヒトCD34+細胞を死滅させるのに非常に効果的である。
【０４７３】
【表８】
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【０４７４】
実施例１５．抗CD117抗体の疎水性の特性評価
疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC)を用いて、Ab55及びAB67のそれぞれの疎水性を測定した。コントロールとして抗CD117抗体CK6を用いた。抗体Ab55及びAb67を、25℃又は50℃で、7日間又は15日間インキュベーションした後に、疎水性相互作用クロマトグラフィー(HIC;図１６Ａ〜１６Ｆ)によって、評価した。簡単に述べると、50マイクログラムの示した抗体を、Waters ARC HPLC/UPLCシステム上のTosoh TSKgel Phenyl-5PW 7.5 mm ID×7.5 cm 10ミクロンのカラム(カタログ番号07573)にインジェクションした。CK6については(図１６Ａ及び１６Ｄ)、25℃及び50℃でのインキュベーションの15日後にピークの広がりが観察された。Ab55については(図１６Ｂ及び１６Ｅ)、7日後に、穏やかな(25℃)及び厳しい(50℃)条件の両方について、クロマトグラムにおいて有意なピークの広がりが明らかであった。Ab67(図１６Ｃ及び１６Ｆ)は、25℃又は50℃でインキュベートした後、15日後に、CK6又はAb55の何れと比較して、最小のピークの広がり(分解)を示し、試験した親和性を改善した抗CD117抗体の中で、及びCK6と比較して、疎水性は最も低い変化を示した (図１６Ｄ〜１６Ｆ)。
【０４７５】
実施例１６．in vitro細胞傷害アッセイを用いた速い半減期の抗CD117抗体の解析
操作したFc領域を有するAb67バリアント(即ち、H435A Fc変異(EUインデックスFc番号付け))を、in vitro細胞傷害アッセイにおいて評価した。前記H435A変異があると、野生型Ab67(即ち、H435(EUインデックス番号付け)を有するWT Ab67)と比較して、抗体の半減期は減少した。
【０４７６】
Ab67(WT)及びAb67(H435A)をそれぞれアマトキシンにコンジュゲートさせて、抗体-薬物コンジュゲート(Ab67(WT)-ADC及びAb67(H435A)-ADC)を形成させた。これらのADCを、初代ヒト幹細胞を用いた細胞傷害アッセイで更に評価した。ヒトHSC(即ち、単離した初代ヒトのCD34+で選択した骨髄細胞(BMC))を用いたin vitro傷害アッセイのために、ヒトCD34+ BMCをCD117-ADC又はコントロールと共に5日間培養した。フロー・サイトメトリーにより、全ての細胞又はCD34+ CD90+ゲート化細胞について、生細胞数を測定した。
【０４７７】
本結果を図１７Ａ及び１７Ｂに記載する。本結果は、Ab67(WT)-ADC及びAb67(H435A)-ADC(即ち、速い半減期)が、in vitroで培養している初代ヒトCD34+骨髄細胞を死滅させることにおいて、同じ位効果的であったことを示す(IC50 Ab67(WT)=41 pM；IC50 Ab67(H435A)=39.9 pM)(表８及び９)。
【０４７８】
【表９】
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【０４７９】
【表１０】
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【０４８０】
実施例１７．抗CD117抗体の電荷バリアントの特性評価
キャピラリー等電点電気泳動をAb55抗体及びAb67抗体に関して行い、配列に違いが生じることが抗体の生物物理学的特性に影響を及ぼすかどうかを測定した。簡単に述べると、10〜40マイクログラムの抗体を、25℃又は50℃で、7日間及び15日間インキュベーションし、Protein Simple社によって製造されたモーリス装置を用いるキャピラリー電気泳動方法によって、標準的な製造業者の指示に従って、解析した。抗体サンプルは、それが電気的に中性となるpHの方に移動する。酸性バリアントを、全部のインジェクションしたサンプルに対して、等電点未満で検出される吸光度ピークに基づいて、同定することができる。図１８の電気泳動図は、Ab55が、より少ないバリアントを有するAb67と比較して、複雑な電荷不均一性プロフィールを示したことを、実証する。従って、Ab67では、ストレス条件後に酸性種が集積することはより少なく、全体としてAb55よりも安定であった。
【０４８１】
実施例１８．抗CD117 ADCを用いたIn Vivo HSC減少アッセイ
半減期の低下がCD117発現細胞を死滅させる抗CD117 Ab67 ADCの作用能に影響を及ぼすかどうかを調べるために、in vivo試験を実施し、操作したFc(即ち、H435A Fc変異)を有するAb67を評価した。in vivo HSC減少アッセイを、ヒト化NSGマウス(Jackson Laboratories)を用いて行った。Ab67抗体及びAb67(H435A)抗体(即ち、H435A Fc変異(EUインデックス)を特徴とする)を、それぞれアマトキシンに結合させてADCを形成し、ヒト化マウスモデルに0.3mg/kg、0.1mg/kg、又は0.3mg/kgの単回注射として投与した。21日目に骨髄を採取し、フロー・サイトメトリーによりCD34+細胞の絶対数を測定した(図１９Ａ)。また、21日目に採血し、フロー・サイトメトリーによって検査した。治療又はコントロール治療マウスのヒトCD33+細胞のベースラインに対する割合を示す(図１９Ｂ)。
【０４８２】
本結果は、Ab67(H435A)-ADCで処置したヒト化NSGマウスでは、治療レジメンの単回投与後に、ベースラインに比べてヒトCD33+骨髄性細胞が有意に減少したことを示し、並びに、Ab67(H435A)-ADC及びAb(WT)-ADCが、初期前駆細胞の減少の結果として骨髄性細胞を減少させたことを示す。更に、Ab67-ADCで処置したヒト化NSGマウスでは、コントロールと比較した場合、ADCを単回投与した21日後に、骨髄におけるヒトHSCが有意に減少していた。このように、H435A変異は、Ab67を含むADCのCD117発現細胞を死滅させる作用能に実質的な影響を及ぼさなかった。
【０４８３】
実施例１９：CD117-アマニチン抗体-薬物コンジュゲートは、ヒト及び非ヒト霊長類のHSCを有効に減少させる
NHP HSCの減少を、雄カニクイザルを用いて、単回の漸増又は分割(Q3D x 2)投与(3匹/群)で評価した。骨髄中のHSC含有量をフロー・サイトメトリーでモニターした。本試験期間を通して、血液学的検査及び臨床化学的検査を評価した。
【０４８４】
オン‐ターゲットでは、アマニチンに結合した速い半減期の抗CD117 (Ab67; HC-67、LC-67)を投与した後7日目の骨髄において、表現型HSC及びCFUの用量依存的な低下が観察され、0.3 mg/kgの単回投与では95%を超えるHSCの減少が観察された(図２０)。コンジュゲートしていない抗体及びアイソタイプ‐アマニチンは効果を及ぼさなかったため、抗CD117-アマニチンが誘導する減少は、オン‐ターゲットであり、アマニチン依存性であった。特に、白血球細胞数及びリンパ球数は、本試験期間を通して安定しており、この戦略が適応免疫系を免れることを実証している。血小板(Platelet)の最低値は、点滴静注後4〜8日目に発現し、用量依存性の一過性かつ可逆性であった。これは前記アイソタイプ‐アマニチンでも生じ、その効果がオフ‐ターゲットであることを示唆した。分割投与(0.2/0.2 mg/kg Q3D×2)は、0.3mg/kgでの全ての細胞パラメータに対して同様の効力を示し、有効な用量で良好な忍容性を示した(図２０)。予想されたように、速い半減期の抗CD117-アマニチンは、15〜18時間の半減期で急速にクリアランスされた。結論として、アマニチンに結合した速い半減期のAb67(H435A)は、in vivoでNHP HSC及び前駆細胞を強力に排除する。
【０４８５】
【表１１−１】
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【表１１−２】
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【表１１−３】
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【表１１−４】
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【表１１−５】
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【表１１−６】
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【表１１−７】
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【表１１−８】
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【表１１−９】
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【表１１−１０】
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【表１１−１１】
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【表１１−１２】
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【表１１−１３】
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【表１１−１４】
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【表１１−１５】
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【表１１−１６】
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【表１１−１７】
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【表１１−１８】
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【表１１−１９】
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【表１１−２０】
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【表１１−２１】
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【表１１−２２】
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【０４８６】
他の実施形態
本明細書において言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかも各独立した刊行物又は特許出願が具体的かつ個別に示され参照により取り込まれるように、同じ程度まで、参照により本明細書に取り込まれる。
【０４８７】
本発明を、その特定の実施形態と併せて説明してきたが、本発明は更なる修正が可能であることが理解されるであろう。本出願は広く、本発明の原理に従い、並びに本発明が関係する技術内の既知の又は慣例的な実務の範囲内に入り、及び本明細書で前述された本質的な特徴に適用され得るような本発明からの逸脱を含む、本発明の任意の改変、使用、又は適応を包含することが意図され、特許請求の範囲に従うことが理解されるのであろう。
【０４８８】
他の実施形態は、請求項の範囲内である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
2021500391.tif 000148
【図８Ａ】
2021500391.tif 000149
【図８Ｂ】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５−１】
2021500391.tif 000159
【図１５−２】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１６Ｃ】
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【図１６Ｄ】
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【図１６Ｅ】
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【図１６Ｆ】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2021500391.tif 000175
2021500391.tif 000176
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