(57)【要約】本発明は、少なくとも１つの以前の生物療法に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法に関し、これは１組のバイオマーカーの発現について前記患者の生体試料を分析することから構成され、この結果は前記調節物質が前記患者に有益な応答をもたらす処置であるか否かを決定することを可能にする。本発明はまた、前記バイオマーカーの発現レベルに関するデータを測定または受信する手段、および前記患者における前記処置の前記有効性を評価するように構成されたこれらのデータを処理する手段を含む、前記患者における前記処置の有効性を評価するためのシステムに関する。バイオマーカーは、Ｃ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーを含む。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適切な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ）前記群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【請求項２】
以下を含む、請求項１に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ１）工程ａ）で測定された発現レベルと、処置の有効性が公知であるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置を受けた関節リウマチ患者の複数の試料において測定された発現レベルとの比較；前記比較は、工程ａ）で測定された少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルを入力データとして用いる統計学習モデルによって実施される、
ｂ２）工程ｂ１）において規定されたモデルによって決定された結果の関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【請求項３】
工程ａ）で測定された各バイオマーカーの発現レベルが前記患者における処置の有効性の評価に関連付けられるスコアを取得するために使用され、前記スコアが予後を複数のクラスに分類するために少なくとも１つの所定の閾値と比較されることを特徴とする、請求項１または２に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項４】
前記複数のクラスが少なくとも２つのクラスを含み、そのうちの１つのクラスが前記Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置に非応答であることを特徴とする、請求項３に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項５】
前記患者における処置の前記有効性の評価が、前記スコアと不十分な有効性が予測されるスコアよりも低い所定の閾値および良好な有効性が予測されるスコアよりも高い所定の閾値との比較を含むことを特徴とする、請求項３または４に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項６】
学習モデルが、処置に対して良好な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者および処置に対して不十分な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者を含むコホートの試料の事前分析に基づく、請求項２〜５のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項７】
前記事前分析が、学習方法および変数を選択する方法の適用を含む、請求項６に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項８】
前記学習方法および変数を選択する方法がロジスティック回帰である、請求項７に記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項９】
前記発現レベルが前記コホートの事前分析の関数として重み付けされ、前記スコアを生じる、請求項６〜８のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１０】
前記学習方法が決定木を含み、各ノードが工程ａ）で測定された発現レベルと参照値との比較に対応する、請求項７〜９のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１１】
前記物質が、受容体ＣＤ２８の不活性化によってＴリンパ球細胞の共刺激経路を直接的または間接的に遮断または阻害できることを特徴とし、好ましくは前記物質がアバタセプトである、請求項１〜１０のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１２】
前記患者が、エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、トシリズマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される少なくとも１つの以前の処置に対して不適当な応答を示したことを特徴とする、請求項１〜１１のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１３】
生体試料が生体液（好ましくは血清）の試料から構成されることを特徴とする、請求項１〜１２のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１４】
工程ａ）で発現レベルが測定されるバイオマーカーが、タンパク質バイオマーカーであることを特徴とする、請求項１〜１３のいずれかに記載のＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法。
【請求項１５】
以下を含む、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価するためのシステム：
前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルの測定データを測定または受信する手段、
この群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数として、前記患者における処置の前記有効性を評価するように構成された測定データを処理する手段。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、関節リウマチの処置に関する。より具体的には、１以上の以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ（ＲＡ）患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質（特にアバタセプト（ＡＢＡ））による処置の有効性を評価する方法に関し、これは１組のバイオマーカーの発現について前記患者の生体試料を分析することから構成され、この１組のバイオマーカーについて得られた結果の相関は（特に参照値との比較によって）Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質が前記患者に有益な応答をもたらすことを可能にする有望な処置であるか否かを決定することを可能にする。
【０００２】
本発明はまた、前記バイオマーカーの発現レベルのデータを測定または受信する手段、および前記患者における前記処置の前記有効性を評価するように構成されたこれらのデータを処理する手段を含む、前記患者における前記処置の有効性を評価するためのシステムに関する。
【背景技術】
【０００３】
関節リウマチ（ＲＡ）は、滑膜炎、関節損傷、機能障害および死亡率の著しい増加を特徴とする慢性炎症性疾患である。
【０００４】
ｓＤＭＡＲＤ（合成による疾患修飾性抗リウマチ薬）を用いた早期介入は、構造的な関節損傷および進行性の機能喪失の予防に重要であると現在認識されている（Smolen et al., 2017）。ｓＤＭＡＲＤによる処置に応答しない患者、またはこれらの薬剤に対して時間の経過とともに不適当な応答を生じる患者について、ｂＤＭＡＲＤ（生物学的ＤＭＡＲＤ）は１つの有効な追加の処置の選択肢である（Smolen et al., 2017）。臨床診療において、生物療法の最初の選択肢は通常、ＴＮＦ−ａ（腫瘍壊死因子アルファ）阻害剤である。処置に対する応答は患者によって非常に大きく異なり得る。ＴＮＦ−ａ阻害剤による処置を開始した患者の約３０％〜４０％はその後、これらの薬剤による処置の無効性のための不十分な応答またはこれらの薬剤による望ましくない事象のいずれかを生じる（Souto et al., 2016）。ＴＮＦ−ａが不十分な患者における処置の継続のための選択肢には、第２の生物学的物質の使用が含まれる。臨床医が利用できるｂＤＭＡＲＤ処置の選択肢の数およびＲＡの処置におけるそれらの有効性を考慮すると、異なるｂＤＭＡＲＤの間の移行は一般的な慣行である（Zhang et al., 2011）。そのため、開業医は現在、ほとんどの疾患について一次処置を推奨し、その後不十分または不適当な応答の場合には二次処置などを推奨する。しかしながら、この全体的な戦略において、ＴＮＦ−ａ（サイクル）に対する代替の阻害剤の使用または異なる作用機序を有する生物学的物質（スイッチング）の使用の相対的な有効性が議論されている。さらに、抗ＴＮＦを既に受けている患者が別の生物学的処置に応答する確率は、以前の処置の失敗の増加に応じて次第に低下する（Rendas-Baum et al., 2011）。したがって、文献のデータは、任意の早期介入が疾患の進行をより抑制できることを示している。
【０００５】
残念なことに、現在、開業医には、患者のための適切な処置を標的とし、事前に同定できるようにその治療選択を助けることができる客観的な要素が不足している。処置に対する応答または非応答の確率のスコアを臨床医に提供できる手段は、非常に有益な要素となるであろう。
【０００６】
実際、潜在的な治療上の失敗を明らかにするために費やされた時間は、治療作用の有効性および患者の健康に不利益をもたらし、特定の場合には全身状態に関して新たな症状または有害で不可逆的な結果をもたらし得る。さらに、これらは導入するのが困難であり得る高価な処置であり得、治療の失敗が認められた場合、これらは完全に不満足なものである。
【０００７】
慢性炎症性疾患の患者の診断、治療、処置および経過観察に関して、近年大きな進歩がなされている。
【０００８】
慢性炎症性疾患および特に慢性炎症性リウマチの処置に関して、治療作用を有する生体分子（タンパク質、抗体など）からなる生物療法が特に存在する。この生物療法のいくつかは既に使用されており、他の生物療法は開発中である。
【０００９】
慢性炎症性疾患のうち、関節リウマチは滑膜細胞の増殖および炎症細胞の関節への浸潤を特徴とする滑膜の自己免疫疾患である。様々なサイトカインが炎症性疾患の制御に重要な役割を果たしている。
【００１０】
例えば、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）またはＴリンパ球細胞の共刺激を標的とするｂＤＭＡＲＤは、ＲＡの処置の大きな進歩を可能にした。現在、９つのｂＤＭＡＲＤ（Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質アバタセプト（ＡＢＡ）、抗ＩＬ−６トシリズマブ（ＴＣＺ）、抗ＣＤ２０リツキシマブ（ＲＴＸ）、抗インターロイキン１（ＩＬ−１）アナキンラ（ＡＮＫ）、ならびに抗ＴＮＦ−ａアダリムマブ（ＡＤＡ）、エタネルセプト（ＥＴＮ）、インフリキシマブ（ＩＦＸ）、ゴリムマブ（ＧＯＬ）およびセルトリズマブペゴル（ＣＴＰ）を含む）が、関節リウマチの処置のために承認されている。しかしながら、各生物学的物質に対する応答は各個体によって様々である。結果として、治療機会において１以上のｂＤＭＡＲＤを最適に選択することは処置の有効性を得るために重要であり、これは非常に価値が高いことがわかる。実際、生物学的処置の成功確率は、生物療法による治療失敗の増加に応じて減少する（Rendas-Baum et al., 2011）。
【００１１】
しかしながら、開業医には、その治療選択を助けるのに利用可能な要素が不足している。処置に対する応答または非応答の確率のスコアを臨床医に提供できる手段が確実に必要とされている。
【００１２】
特に、現在、生物学的または従来のバックグラウンド処置に対して起こりうる応答または非応答に関する指針を提供し得る非常に初期のバイオマーカーが不足している。
【００１３】
これらのバイオマーカーは、分子生物学および生化学を必要とする。仮説演繹的な手法は個別化医療をいくつかのバイオマーカーに減少させ、目的のバイオマーカーは事前に固定され、早期診断またはセラノスティックな手法の問題を解消できなかった。したがって、慢性炎症性疾患（したがってＲＡ）において生物学的処置に対するＴＨＥの応答を予測できるＴＨＥバイオマーカーの探索は幻想である。生物学的処置に対する良好な臨床応答または非応答に関連する遺伝的または生化学的バイオマーカーの多様性が課題を困難にしている。
【００１４】
ゲノミクス、トランスクリプトミクス、エピジェネティクスおよびプロテオミクスはこの点において補完的であり、非重複の支柱である。
【００１５】
ゲノムに関して（Prajapati et al., 2011）、異なるコホートにおける結果の複製は脆弱である。影響が小さいいくつかの関連遺伝子の仮説は、重要な効果を有する少数の遺伝子が関与してい得るという仮説と比較して支持されている。その日常的な使用は複雑なままである。
【００１６】
エピジェネティクスはまた、現時点では非常に予備的なデータを提供している（Krintel et al., 2016）。
【００１７】
トランスクリプトームの研究は、その多様性により日常的な使用が困難である特定の数の遺伝子を同定することを可能とする（Smith et al., 2013）。
【００１８】
血清メタボロームの研究は複雑なままである（Tatar et al., 2016）。
【００１９】
最後に、約１０年間、プロテオミクスの手法がセラノスティックな評価のためにリウマチ学において存在している（Trocme et al., 2009）。
【００２０】
個別化または層別化された種類の医療におけるこの予測的な手法は、慢性炎症性リウマチの分野において非常に革新的であり、適切な患者に適切な時期に適切な処置を処方し、患者が応答する可能性が最も高い処置に可能な限り迅速に患者を導くことによって障害の進行を制限し、逆に応答の確率が低いことに関連する処置の処方を回避することを可能にし得る。
【００２１】
アバタセプトは、タンパク質ＣＴＬＡ−４（細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４、ＣＤ１５２とも呼ばれる）の細胞外ドメインに融合したヒト免疫グロブリン（ＩｇＧ１）の改変Ｆｃ領域から構成される融合タンパク質である。アバタセプトは、受容体ＣＤ２８（表面抗原分類２８）を発現するＴリンパ球の完全な活性化に必要な重要な共刺激シグナルを選択的に調節する。Ｔ細胞を活性化し、免疫応答を誘導するために、抗原提示細胞はＴ細胞に２つのシグナルを提示しなければならない。第１のシグナルはＴ細胞受容体による特定の抗原の認識であり、第２のシグナルは分子ＣＤ８０またはＣＤ８６（Ｂ７−１およびＢ７−２としても知られている）のＴ細胞上の受容体ＣＤ２８への結合による共刺激である。アバタセプトは、ＣＤ８０およびＣＤ８６に特異的に結合することによってこの共刺激経路を選択的に阻害し、これにより第２のシグナルが生じるのを妨げる。したがって、アバタセプトはＴ細胞の完全な活性化を阻害する。
【００２２】
いくつかの研究は、ＲＡ患者のＡＢＡ処置に対する応答の予測を可能にするバイオマーカーを強調することに着目している。これらの研究は、主にＤＮＡおよびＲＮＡのバイオマーカー（Derambure et al., 2017; Nakamura et al., 2016）または特定の循環細胞（Scarsi et al., 2011）の特徴付けに関する。しかしながら、ＤＮＡおよびＲＮＡは、最終的なエフェクターであるタンパク質に翻訳される前に、その環境に関連付けられる潜在的な改変（エピジェネティック、遺伝子の発現制御、スプライシング）を受ける。したがって、プロテオミクスの手法は、バイオマーカーの発現レベルと観察される臨床結果との間に起こり得る変動を最小限にすることを可能にする。
【００２３】
研究により、基礎レベルにおけるシトルリン化抗ペプチド抗体の存在とＡＢＡ処置に対するより良い応答との間の関連が示されている（Gottenberg et al., 2012）。しかしながら、これらの研究は、特異度または感度を改善し、あらゆる生物療法を未実施のＲＡ患者に焦点を当てるために、バイオマーカーの組合せの戦略を使用していなかった。回転状態(rotation situation)の（少なくとも１つの生物療法に対して応答が不十分または不適当な）患者に関連したＡＢＡの研究は、他のｂＤＭＡＲＤと比較したＡＢＡの有効性およびその治療関連性に主に集中している（Harrold et al., 2015）。ある研究は、Ｂ細胞およびＴ細胞の表現型が、未処置の患者の混合集団または回転状態におけるｂＤＭＡＲＤ（特にＡＢＡ）に対する応答を評価するのに考慮される要素であることを報告している（Salomon et al., 2017）。本発明者らの知る限りにおいて、生物療法による１以上の処置に対して不適当な応答を有する患者においてＡＢＡに対する応答を予測するバイオマーカーの特徴付けに関する文献のデータはない。
【００２４】
したがって、慢性炎症性疾患を有する所定の患者（特に関節リウマチ患者、とりわけ生物療法による最初の処置に対する応答が不適当な状況にある患者）に対する有効性に関して最も有望な処置に開業医を個別化された様式で導くことを可能にする新規な方法および／またはバイオマーカーを同定する必要がある。
【００２５】
本発明は、１以上の以前の生物療法による処置に対して十分な治療応答を示さなかった関節リウマチ患者についてのＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置に対する応答に関するこの技術的課題に対処する；本発明者らは１組の生物学的バイオマーカーを同定し、そのような患者から採取された生体試料において検出されるその発現レベルは前記患者における前記処置に対する有効な応答の可能性を評価することを可能にする。
【発明の概要】
【００２６】
本発明は、１以上の以前の生物療法による処置に対して適当な治療応答を示さなかった関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法に関し、前記方法は以下を含む：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ）前記群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【００２７】
特に、本発明におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法は以下を含む：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ１）工程ａ）で測定された発現レベルと、処置の有効性が公知であるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置を受けた関節リウマチ患者の複数の試料において測定された発現レベルとの比較；前記比較は、工程ａ）で測定された少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルを入力データとして用いる統計学習モデルによって実施される、
ｂ２）工程ｂ１）において規定されたモデルによって決定された結果の関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【００２８】
したがって、本発明者らによって同定された１組のバイオマーカーは、関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価するのに特に適している。
【００２９】
本発明はさらに、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価するためのシステムに関し、前記システムは以下を含む：
前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルの測定データを測定または受信する手段、
この群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数として、前記患者における処置の前記有効性を評価するように構成された測定データを処理する手段。
【００３０】
好ましくは、本発明における評価方法および評価システムは、特に分子ＣＤ８０またはＣＤ８６の受容体ＣＤ２８への固定化を妨げることによって、特に受容体ＣＤ２８の活性化を直接的または間接的に遮断することによってＴリンパ球細胞共刺激調節物質に対する応答を評価することを可能にする。有利なことに、本発明における評価方法および評価システムは、分子ＣＤ８０／ＣＤ８６に固定される物質に対する応答を評価すること（特に、アバタセプトに対する応答を評価すること）を可能にする。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】図１は、３つの変数ＣＯＭＰ、ＬＢＰおよびＦＮを用いたモデルの性能の評価中に得られたＲＯＣ（受信者動作特性）曲線を表す。これは、試験の特異度の相補性（１−特異度（Ｘ軸））の関数としての試験の感度（Ｙ軸）の例を表す。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
まとめると、本発明の分野において頑強な予測試験を開発するために直面する最初の課題は、高い特異度および高い感度の両方を伴う関連する予測を取得できるバイオマーカーを同定することにある。
【００３３】
したがって、第１の態様において、本発明は、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法に関し、前記方法は以下を含むか、または以下から構成される：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ）前記群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【００３４】
実際、本発明者らは、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価するための関連するバイオマーカーのセットまたは組合せ（すなわち、Ｃ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカー）を同定した。
【００３５】
特に、本発明におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法は以下を含む：
ａ）前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定、
ｂ１）工程ａ）で測定された発現レベルと、処置の有効性が公知であるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置を受けた関節リウマチ患者の複数の試料において測定された発現レベルとの比較；前記比較は、工程ａ）で測定された少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルを入力データとして用いる統計学習モデルによって実施される、
ｂ２）工程ｂ１）において規定されたモデルによって決定された結果の関数としての、前記患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の前記有効性の評価。
【００３６】
これらの特定のバイオマーカーの特定の組合せの発現レベルの測定および（特に統計学習モデルによる）それらの分析により、関節リウマチ患者のＴリンパ球細胞共刺激調節物質に対する応答の予測の関連する評価が取得できる。
【００３７】
本発明における方法の工程ａ）に関して、本発明者らによって同定された関連するバイオマーカーは以下に規定される。
【００３８】
補体Ｃ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）は、補体系に関与し、阻害剤として作用するタンパク質である。Ｃ４ＢＰは従来の経路およびレクチン（特にＣ４）の作用を阻害する。Ｃ４ＢＰはまた、Ｃ３ｂに結合する能力も有する。補体の過剰または不十分な活性化は、炎症性疾患（関節リウマチなど）の病因に寄与する（Swaak et al., 1987）。２つのマウスＲＡモデルにおける組換えタンパク質Ｃ４ＢＰの使用は、疾患の重症度を減少させる（Blom et al., 2009）。
【００３９】
ＣＲＰ（Ｃ反応性タンパク質）、アルファ１アンチトリプシンおよび補体Ｃ４は炎症状態のマーカーであり、それらの臨床的使用は非常に広範であり、特に慢性炎症性リウマチのモニタリングに使用されている（Buisseret et al., 1977; Vogt et al., 2017）。これらのタンパク質は、発現が急性期に著しく増加するタンパク質のカテゴリーに属する。これらのサイトカインは次に、間質細胞に二次的炎症性メディエーター（インターロイキン６（ＩＬ−６）、インターロイキン８（ＩＬ−８）または代替の単球性化学誘引タンパク質など）の合成のためのシグナルを伝達する。ＣＲＰは、ＲＡの活性のスコアを評価するために伝統的に使用されている（Wells et al., 2009）。１２ヶ月においてリツキシマブに応答するＲＡ患者における補体Ｃ４の発現レベルは低いようである（Conigliaro et al., 2016）。
【００４０】
タンパク質ＣＯＭＰ（軟骨オリゴマー基質タンパク質）はトロンボスポンジン５（ＴＳＰ５）とも呼ばれ、トロンボスポンジンの細胞外タンパク質ファミリーのメンバーである糖タンパク質である。ＣＯＭＰは、主に関節、鼻および気管の軟骨に存在するカルシウム結合タンパク質である。しかし、その発現は他の組織型（滑膜および腱を含む）により広がってい得る。未変化のＣＯＭＰはホモ五量体であり、Ｉ型、ＩＩ型およびＩＸ型コラーゲンに結合する。これは、軟骨内骨化において、ならびにコラーゲン線維および基質成分（アグリカンなど）との相互作用による細胞外マトリックスの構築および安定化において構造的役割を有するようである。さらに、ＣＯＭＰは、疎水性細胞シグナル伝達分子（例えばビタミンＤなど）の貯蔵および分配の機能を有し得る。ＣＯＭＰ遺伝子の変異は、偽性軟骨無形成症および特定の形態の多発性骨端異形成症をもたらす。ＣＯＭＰは、関節疾患（特に関節リウマチ）における血清レベルでの軟骨の分解のマーカーとみなされている（Momohara et al., 2004）。ＣＯＭＰの発現レベルは、重症度の低いＲＡ患者と比較して、高悪性度のＲＡ患者においてより高い（El Defrawy et al., 2016）。ＣＯＭＰは、疾患（例えばＣＲＰなど）の活性を評価するために通常使用される標準的なバイオマーカーに相当するバイオマーカーとして提案されている（Sakthiswary et al., 2017）。Crnkicおよびその同僚の場合には、ＣＯＭＰの血清濃度は、インフリキシマブまたはエタネルセプトによる３ヶ月の処置で低下し、応答者および非応答者において６ヶ月低いままである（Crnkic et al., 2003）。逆に、Kawashiriのチームの場合には、ＣＯＭＰの低下はエタネルセプトによる６ヶ月の処置における応答者の特徴である（Kawashiri et al., 2010）。ｂＤＭＡＲＤに対する応答の予測の側面に関して、ある研究は、ＲＡ患者のＣＯＭＰの基礎レベルがＴＮＦ−α阻害剤であるアダリムマブによる処置の有効性の予測を可能にすることを示している（Morozzi et al., 2007）。
【００４１】
フィブロネクチン（ＦＮ）は、体液中に可溶型で存在し、細胞外マトリックスにおいて不溶型で存在する遍在する細胞外糖タンパク質である（Maurer et al., 2015）。一般に、フィブロネクチンは合成され、線維芽細胞、内皮細胞、軟骨細胞、グリア細胞および筋細胞の周囲に存在する。血漿中には非常に高レベルの糖タンパク質が見出される。フィブロネクチンは、多数の分子（フィブリン、ヘパリン、コンドロイチン硫酸、コラーゲン／ゼラチン、様々なインテグリンおよび増殖因子、ミオシリン、ならびにアポリポタンパク質Ａを含む）のリガンドである。ＦＮは、複数の細胞プロセス（細胞接着／遊走、血液凝固、形態形成、組織修復、胚形成および細胞シグナル伝達など）に関与している。関節リウマチにおけるフィブロネクチンの関与はほとんど記述されていない。フィブロネクチンの分子状態は、ＲＡ患者を健常な患者（Cheng et al., 2014）または他の病状（エリテマトーデスなど）を有する患者（Przybysz et al., 2013）から区別することを可能にする。シトルリン化フィブロネクチンおよびシトルリン化抗フィブロネクチン抗体の特定の存在がＲＡ患者の滑膜において記述されている（Kimura et al., 2014）。本発明者らの知る限りにおいて、ｂＤＭＡＲＤを用いたＲＡの処置におけるバイオマーカーとしてのフィブロネクチンの予測的態様は文献に報告されていない。
【００４２】
リポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）は、様々なＬＰＳ分子およびリピドＡに結合する急性期タンパク質である（Schumann et al., 1990）。ＬＢＰは、肝臓の肝細胞によって構成的に産生される。ＬＢＰはＬＰＳ（リポ多糖）に結合し、ＬＰＳを単球細胞上に存在する受容体ＣＤ１４に提示する。ＬＢＰの存在下では、サイトカインがＬＢＰの非存在下において産生されるものと比較して低いＬＰＳ濃度において単球によって放出される。したがって、ＬＢＰの主な機能は、感染の開始時に宿主がＬＰＳを検出する能力を改善することである。ＬＢＰの機能の１つはＬＰＳの中和をもたらす。さらに、ＬＢＰはグラム陰性菌の脂質部分Ａと結合し、そのオプソニン化をもたらす。正常な血清において、ＬＢＰは構成的に存在し、その濃度は急性期応答において１０倍に増加し得る（Prucha et al., 2003）。ＬＢＰと関節リウマチとの間の関係を詳しく記述した研究はほとんどない。しかしながら、２つの研究は、ＬＢＰがＲＡ患者における炎症のマーカーであり（Heumann et al., 1995）、ＲＡにおける疾患の活性の新たなマーカーであり得る(Wen et al., 2017）ことを示唆している。
【００４３】
好ましくは、本発明における処置の有効性を評価する方法は、上述の５つのバイオマーカーのうち少なくとも３つ、または上述の群（すなわち、Ｃ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ））のうち少なくとも４つもしくは５つのバイオマーカーの発現レベルのインビトロでの測定に基づく。
【００４４】
本発明における処置の有効性を評価する方法の好ましい実施態様は、上述の５つのバイオマーカーのリストのうち以下のバイオマーカーの特定の組合せの発現レベルのインビトロでの測定を含む：
少なくともＣＯＭＰおよびＦＮ、または少なくともＣＯＭＰおよびＣＲＰ、より好ましくは少なくともＣＯＭＰおよびＦＮ；
少なくともＣＯＭＰ、ＬＢＰおよびＣＲＰ、もしくは少なくともＣＯＭＰ、ＣＲＰおよびＣ４ＢＰ、またはより好ましくは少なくともＣＯＭＰ、ＬＢＰおよびＦＮ、もしくは少なくともＣＯＭＰ、ＬＢＰおよびＣ４ＢＰ。
これらのセットにより、処置の有効性の評価に関して最も関連した結果を取得できる。
【００４５】
本発明における方法は、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価することを可能にする。
【００４６】
「不適当な応答を示した関節リウマチ患者」は、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不十分な応答を示した関節リウマチ患者だけでなく、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して良好な応答を示したが、以前の処置中において処置の中止を必要とする中程度から重度の少なくとも１つの有害事象を示した関節リウマチ患者を意味すると解釈される。
【００４７】
「少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対する不十分な応答」は、１以上の以前のｂＤＭＡＲＤ（生物学的疾患修飾性抗リウマチ薬）による処置に対して有益な治療応答を示さなかった患者を指定することを意味すると解釈される。慢性炎症性疾患の処置の文脈において、現在の治療戦略はリウマチの活性を減少させるために実施され、処置に対する応答は一般に６ヶ月で評価される。関節リウマチに関して、処置に対する応答は、ＥＵＬＡＲ（欧州リウマチ学会）応答に従ってリウマチの活性の発展によって決定される。ＥＵＬＡＲ応答は、ＤＡＳ２８（疾患活性スコア２８）によって評価されるリウマチの活性およびその変動を考慮する。ＤＡＳは、２８の関節のうちの有痛関節の数、ＶＡＳ（視覚的アナログスケール）および生物学的炎症パラメーター（例えばWells et al., 2009ならびにFransenおよびvan Riel, 2005に記載されるＳＲ（沈降速度）またはＣＲＰ）に基づいて計算される複合スコアである。ＥＵＬＡＲ応答は、時間ＴにおけるＤＡＳ２８スコア、および時間ＴにおけるＤＡＳ２８と初期の（すなわち処置前の）ＤＡＳ２８との間の差の関数として規定される。本発明の文脈において、「処置に対する不十分な応答」は、６ヶ月での３．２よりも大きいＤＡＳ２８、または６ヶ月でのＤＡＳ２８と処置前のＤＡＳ２８における１．２以下の変動を伴うＥＵＬＡＲ応答を特に意味すると解釈される。
【００４８】
言い換えると、「不十分な応答」は、６ヶ月でのＤＡＳ２８と処置前のＤＡＳ２８における０．６以下の変動によっても定義され得る。逆に、本発明における「十分な応答」は、６ヶ月でのＤＡＳ２８と処置前のＤＡＳ２８における１．２よりも大きな変動を伴う６ヶ月での３．２以下のＤＡＳ２８によって定義される。結果として、本発明において、ＥＵＬＡＲ応答におけるいわゆる中程度の応答は、不十分な応答とみなされる。
【００４９】
生物療法は、ｂＤＭＡＲＤの使用に頼る療法を意味すると解釈される。ＤＭＡＲＤは、疾患の進行を遅らせるために関節リウマチにおいて使用されることによって定義される薬物のカテゴリーである。ＤＭＡＲＤにはいくつかの種類が存在し、以下の様式で分類されている：
従来の合成物（ｃｓＤＭＡＲＤ）および標的合成物（ｔｓＤＭＡＲＤ）を含む合成ＤＭＡＲＤ（ｓＤＭＡＲＤ）。ｃｓＤＭＡＲＤは、メトトレキサート、スルファサラジン、レフルノミド、ヒドロキシクロロキン、金塩などの従来の薬物である。ｔｓＤＭＡＲＤは、特定の分子構造を標的とするように開発されている薬物である。
元の生物学的ＤＭＡＲＤ（ｂｏＤＭＡＲＤ）およびバイオシミラーＤＭＡＲＤ（ｂｓＤＭＡＲＤ）を含む生物学的ＤＭＡＲＤ（ｂＤＭＡＲＤ）。ｂｓＤＭＡＲＤは、元の生物学的処置（ｂｏＤＭＡＲＤ）と同一の一次構造、二次構造および三次構造を有し、元のタンパク質に類似した有効性および安全性を有するものである。
【００５０】
「処置に対する十分な応答」は、１以上の以前のｂＤＭＡＲＤ（生物学的疾患修飾性抗リウマチ薬）による処置に対して十分な治療応答を示した患者を指定することを意味すると解釈される。本発明の文脈において、「処置に対する十分な応答」は、６ヶ月でのＤＡＳ２８と処置前のＤＡＳ２８における１．２よりも大きな変動を伴う６ヶ月での３．２以下のＤＡＳ２８を有するＥＵＬＡＲ応答を特に意味すると解釈される。
【００５１】
「有害事象」またはＡＥは、患者におけるあらゆる有害な事象を意味すると解釈され、この事象が生物療法による処置に関連しているか否かは関係しない。この有害事象が、手法、方法、行為または処置と科学的に合理的な因果関係を有すると医師によってみなされた場合、これは有害作用であると認められる。「科学的に合理的な因果関係」という表現は、観察された望ましくない有害な反応と手法、方法、行為または処置との間の因果関係を科学的観点から示唆できる証拠または根拠が存在することを示す。
【００５２】
有害事象の強度は、当分野で周知の以下の分類を用いて医師によって評価される：
グレード１軽度：有害事象は一般に一時的であり、日常の活動を妨げない。
グレード２中程度：有害事象は日常の活動を妨げるのに十分な不快感を与える。
グレード３重度：有害事象は対象の正常な活動過程を大きく変化させるか、無効にするか、または対象の生命に対する脅威となる。
【００５３】
病理学に関するあらゆる公知の有害事象のグレードが国立がん研究所によって記述されており、国立衛生研究所のウェブサイト（有害事象共通用語規準（Common Terminology Criteria for Adverse Events、ＣＴＣＡＥ）；https://safetyprofiler-ctep.nci.nih.gov/CTC/CTC.aspx）上でアクセスできる。
【００５４】
生物療法による処置に関連する種々の有害事象は、製品概要（Summary of Product Characteristics、ＳｍＰＣ）において特に分類されている。
【００５５】
好ましくは、本発明における方法は、少なくとも１つの以前の抗ＴＮＦα生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価することを可能にする。さらにより好ましくは、本発明における方法は、エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、トシリズマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される少なくとも１つの以前の処置（好ましくは、これらの処置のうち１つのみ）に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価することを可能にする。
【００５６】
本発明において、本方法は、Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価することを可能にする。そのような物質は、特に受容体ＣＤ２８の不活性化によって（とりわけ、分子ＣＤ８０またはＣＤ８６の受容体ＣＤ２８への固定化を妨げることによって）これらの細胞の共刺激経路を直接的または間接的に遮断または阻害することによって、Ｔリンパ球細胞の共刺激を直接的または間接的に遮断または阻害できる物質であると定義され得る。これらの物質のうちｂＤＭＡＲＤのアバタセプトが特に挙げられ得る。
【００５７】
特に有利な様式において、本発明における方法は、Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質であるアバタセプトによる処置の有効性を評価することを可能にする。
【００５８】
生体液で構成されるあらゆる生体試料が、上記のバイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せの発現レベルをインビトロで測定するために本発明の文脈において使用され得、このうち滑液、血清、血漿、唾液、尿など（好ましくは血清）が特に挙げられ得る。
【００５９】
好ましい実施態様において、上記のバイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せの発現レベルは、Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価することが求められている患者由来の血清試料に対してインビトロで測定される。
【００６０】
有利なことに、本発明における処置の有効性を評価する方法は、タンパク質バイオマーカーまたはタンパク質バイオマーカーの組合せの発現レベルのインビトロでの測定を工程ａ）において含む。
【００６１】
本発明における方法の特に好ましい実施態様は以下であり、それぞれは以下に規定されたバイオマーカーの組合せ（すなわち、Ｃ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカー）に適用される：
関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価；
タンパク質の発現レベルの測定を含む、関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価。
エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、トシリズマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される生物療法による少なくとも１つの以前の処置（好ましくは、これらの処置のうち１つのみ）に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価；
タンパク質の発現レベルの測定を含む、エタネルセプト、アダリムマブ、トシリズマブ、インフリキシマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される生物療法による少なくとも１つの以前の処置（好ましくは、これらの処置のうち１つのみ）に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価；
エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、トシリズマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される生物療法による少なくとも１つの以前の処置（好ましくは、これらの処置のうち１つのみ）に対して不十分な応答を示した関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価；
タンパク質の発現レベルの測定を含む、エタネルセプト、アダリムマブ、トシリズマブ、インフリキシマブ、リツキシマブ、セルトリズマブおよびゴリムマブから選択される生物療法による少なくとも１つの以前の処置（好ましくは、これらの処置のうち１つのみ）に対して不十分な応答を示した関節リウマチ患者におけるアバタセプトによる処置の有効性の評価；
【００６２】
本発明における評価方法の工程ｂ１）において、上述の工程ａ）で測定されたバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの発現レベルが、処置の有効性が公知であるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置を受けた関節リウマチ患者の複数の試料において測定された発現レベルと比較される。
【００６３】
この比較は、工程ａ）で測定された少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルを入力データとして用いる統計学習モデルによって実施される。このためにあらゆる統計学習モデル（特にロジスティック回帰法、判別分析、ニューラルネットワーク、決定木学習、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）によって得られたモデルまたはモデルの集合）が使用され得る。
【００６４】
好ましくは、本発明におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法において、工程ａ）で測定された各バイオマーカーの発現レベルは、前記患者における処置の有効性の評価に関連付けられるスコアを取得するために使用され、前記スコアは予後を複数のクラスに分類するために少なくとも１つの所定の閾値と比較される。この実施態様において、少なくとも２つのクラスを含む複数のクラスが特に使用でき、そのうちの１つのクラスは前記Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置に非応答であり、好ましくは２つのクラスを含むか、２つのクラスから構成され、そのうちの１つのクラスは前記Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置に対して非応答である。例えば、２つのクラスは、Ｔリンパ球細胞共刺激調節物質による処置が非効果的である「非応答者」と指定された患者、およびＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置が有効である「応答者」と指定された患者に由来し得る。分析を洗練させるために他のクラス（特に、いわゆる「非応答者」の患者のクラスに加えて、例えば処置に対して「中程度の応答者」および「良好な応答者」など）が想定され得、中程度または良好の認定は関節リウマチの処置を専門とする開業医の通常の評価に対応する。さらにこの実施態様において、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者における処置の有効性の評価は、不十分な有効性が予測されるスコアよりも低い所定の閾値および良好な有効性が予測されるスコアよりも高い所定の閾値と前記スコアとの比較を含む。
【００６５】
好ましくは、本発明におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価する方法は、処置に対して良好な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者および処置に対して不十分な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者を含むコホートの試料の事前分析に基づく学習モデルを工程ｂ１）において用いる。この実施態様において、学習モデルは、好ましくは学習方法および変数を選択する方法の適用を含む事前分析に基づく。有利なことに、ロジスティック回帰が学習方法および変数を選択する方法として使用される。
【００６６】
さらに、学習方法および変数を選択する方法の適用を含む事前分析に基づくこの実施態様において、工程ａ）で測定されたバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの発現レベルは、処置に対して良好な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者および処置に対して不十分な応答を示すＴリンパ球細胞共刺激調節物質によって処置された患者を含むコホートの事前分析の関数として重み付けされ、処置の有効性の評価に関連付けられるスコアを生じる。
【００６７】
さらに、学習方法および変数を選択する方法の適用を含む事前分析に基づくこの実施態様において、本発明における処置の有効性を評価する方法は、決定木による学習方法を使用し得る。この実施態様において、工程ａ）で測定されたバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの発現レベルは、木の各ノードにおける参照値と比較される。
【００６８】
参照値は、各患者の各生体試料に関連するバイオマーカーの発現レベルの一組のデータを利用できるように、処置前の一組の関節リウマチ患者の生体試料におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの発現レベルの分析によって取得され得る。
【００６９】
これらの参照値は、閾値を規定するのに役立つ結果の数を生じ、達成する他の患者により取得された結果に応じて時間とともに変化し得る。
【００７０】
第２の態様において、本発明はまた、少なくとも１つの以前の生物療法による処置に対して不適当な応答を示した関節リウマチ患者におけるＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置の有効性を評価するためのシステムに関し、前記システムは以下を含む：
前記患者由来の生体試料中におけるＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ＢＰ）、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）、軟骨オリゴマー基質タンパク質（ＣＯＭＰ）、フィブロネクチン（ＦＮ）およびリポ多糖結合タンパク質（ＬＢＰ）からなる群から選択される少なくとも２つのバイオマーカーの発現レベルの測定データを測定または受信する手段、
この群から選択されたバイオマーカーについて測定された各発現レベルの関数として、前記患者における処置の前記有効性を評価するように構成された測定データを処理する手段。
【００７１】
選択されたバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せの発現レベルを測定する手段のうち、特に比濁法、化学発光、免疫比濁法、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡなどの方法において使用され得る酵素、基質または抗体などの各バイオマーカーの具体的な試薬を特に挙げることができるが、例えば質量分析法などの物理的手段も挙げることができる。
【００７２】
さらに、本発明におけるシステムは測定データを受信するための手段を含み得、したがって、（例えば、前述のように測定された生物学的バイオマーカーの発現レベルを有する開業医によって）供給されたデータからＴリンパ球細胞共刺激調節物質による処置に対する応答の有効性を前記患者について評価できる。
【００７３】
受信手段は、通信ネットワーク（イントラネットネットワークまたは安全なインターネットネットワークなど）を介したリモートサーバーを用いた交換のための送信／受信手段を特に含み得る。装置はキーボードなどの入力手段を含み得る。
【００７４】
データ処理手段は、データベース管理、コード命令、アルゴリズムのブリック(algorithmic brick)を含むソフトウェアの開発、利用者が結果を参照できるようにするインターフェースなどを特に必要とし得る。これらの種々の要素は、記憶装置（ハードディスク、ＣＤ ＲＯＭ、ＵＳＢキーまたは当業者に公知のあらゆる他の記憶装置など）に記録され得る。
【００７５】
これらは固定式または可動式であり得る装置によって実装され得る。例えば、装置は、パーソナルコンピュータ、携帯電話、電子タブレット、または当業者に公知のあらゆる他の種類の端末である。
【００７６】
あるいは、システムはまた、関心のある患者における処置の有効性の評価の結果を（例えばイントラネットまたはインターネットを介して）送信するための送信手段を含み得る。
【００７７】
別の有利な代替として、本発明におけるシステムは、選択されたバイオマーカーの発現レベルに関して得られた処置の結果を考慮して参照値を完成および改善するために、得られた有効性のデータを受信する手段を含む。
【実施例】
【００７８】
材料および方法
予測モデルの開発：
生物療法に対する応答と各変数との間の関連を、一組のデータに対するロジスティック回帰モデルにより分析する。説明される変数は、６ヶ月での良好な応答である。
【００７９】
最初に、多変数モデルに含まれる変数の事前選択を行う。そのために、説明的な各変数の予測能を個別に分析する。バイオマーカーを定量的および定性的な様式で分析する。変数を選択する方法は、次に多変数モデルに導入される関連する変数を一意的に保存するように導入される。バイオマーカーは以下の場合に事前選択される：
定量的な形式において、ｐ値＜０．２５またはＡＵＣ＞０．６０
定性的な形式において、ｐ値＜０．０５およびＡＵＣ＞０．６５
【００８０】
選択された基準は、重要な変数だけでなく、多変数モデルの傾向を示す変数も含むように自発的に広範である。
【００８１】
事前選択されたバイオマーカーは分析するために関連する傾向を示す。これらのバイオマーカーの種々の可能な組合せを有する多変数モデルを構築し、ＡＵＣを計算する。ＡＵＣ＞０．７５を有するモデルは関連があるとみなされ、保存される。
【００８２】
これにより構築されたモデルは、応答の確率を得るために特定の各バイオマーカーの投与結果を重み付けすることができる。各モデルの係数は、応答の関連する確率を各患者の投与量の値から計算することを可能にする。各モデルの性能特性（ＡＵＣ（曲線下面積）、感度および特異度、ＰＰＶ（陽性的中率）およびＮＰＶ（陰性的中率））を計算し、その関連性を規定する。
【００８３】
ＡＵＣ＞０．７０は許容され得る識別とみなされ、ＡＵＣ＞０．８０は非常に優れた識別能を示す。確率閾値のレベルを固定し、特異度および感度を計算する。この最適な閾値は、Ｙｏｕｄｅｎインデックスに基づいて決定される。この閾値において、患者は以下の表１に従って分類され得る：
【表１】
2021500584.tif 000002
・ＴＰ（真陽性）は、陽性試験による応答者の数を表す、
・ＦＰ（偽陽性）は、陽性試験による非応答者の数を表す、
・ＦＮ（偽陰性）は、陰性試験による応答者の数を表す、
・ＴＮ（真陰性）は、陰性試験による非応答者の数を表す。
【００８４】
感度、または患者が応答者である場合に試験が陽性である確率は、疾患を有する患者のみにおいて測定される。これは以下によって与えられる：
【数１】
2021500584.tif 000003
【００８５】
特異度は疾患を有しない患者のみにおいて測定される。特異度、または非応答者において陰性試験を得る確率は以下によって与えられる：
【数２】
2021500584.tif 000004
【００８６】
試験の感度は、患者が応答者である場合に陽性結果を得る能力を測定する。特異度は、患者が非応答者である場合に陰性結果を与える試験の能力を測定する。
【００８７】
陽性的中率（ＰＰＶ）は、試験が陽性である場合に患者が応答者である確率である。
【数３】
2021500584.tif 000005
陰性的中率（ＮＰＶ）は、試験が陰性である場合に患者が応答者でない確率である。
【数４】
2021500584.tif 000006
【００８８】
結果：
本発明者らの学習コホート（３０体のＲＡ患者）から構築されたモデルは、ＡＵＣ＞０．７５との組合せを示す以下の表２に示される特徴を有する。Ｃ４ＢＰ、ＣＲＰ、ＣＯＭＰ、ＦＮおよびＬＢＰの５つのバイオマーカーのうち少なくとも２つを含むあらゆる組合せが関連する結果を与える。
【表２】
2021500584.tif 000007
【００８９】
例えば、ＣＯＭＰ、ＬＢＰおよびＦＮの３つの変数を有するモデルについて得られた特徴を以下の表３に示す：
【表３】
2021500584.tif 000008
対応するＲＯＣ曲線を図１に表す。
【００９０】
参考文献
Blom, A.M., Nandakumar, K.S., and Holmdahl, R. (2009). C4b-binding protein (C4BP) inhibits development of experimental arthritis in mice. Ann. Rheum. Dis. 68, 136-142.
Briggs, M.D., Wright, M.J., and Mortier, G.R. (1993). Multiple Epiphyseal Dysplasia, Autosomal Dominant. In GeneReviews(登録商標), M.P. Adam, H.H. Ardinger, R.A. Pagon, S.E. Wallace, L.J. Bean, H.C. Mefford, K. Stephens, A. Amemiya, and N. Ledbetter, eds. (Seattle (WA): University of Washington, Seattle), p.
Buisseret, P.D., Pembrey, M.E., and Lessof, M.H. (1977). alpha 1-antitrypsin phenotypes in rheumatoid arthritis and ankylosing spondylitis. Lancet Lond. Engl. 2, 1358-1359.
Chen, F.H., Herndon, M.E., Patel, N., Hecht, J.T., Tuan, R.S., and Lawler, J. (2007). Interaction of cartilage oligomeric matrix protein/thrombospondin 5 with aggrecan. J. Biol. Chem. 282, 24591-24598.
Cheng, Y., Chen, Y., Sun, X., Li, Y., Huang, C., Deng, H., and Li, Z. (2014). Identification of potential serum biomarkers for rheumatoid arthritis by high-resolution quantitative proteomic analysis. Inflammation 37, 1459-1467.
Conigliaro, P., Triggianese, P., Chimenti, M.S., Lucchetti, R., Kroegler, B., and Perricone, R. (2016). Serological markers associated with disease activity in patients with rheumatoid arthritis treated with rituximab. J. Int. Med. Res. 44, 53-57.
Crnkic, M., Mansson, B., Larsson, L., Geborek, P., Heinegard, D., and Saxne, T. (2003). Serum cartilage oligomeric matrix protein (COMP) decreases in rheumatoid arthritis patients treated with infliximab or etanercept. Arthritis Res. Ther. 5, R181-185.
Derambure, C., Dzangue-Tchoupou, G., Berard, C., Vergne, N., Hiron, M., D'Agostino, M.A., Musette, P., Vittecoq, O., and Lequerre, T. (2017). Pre-silencing of genes involved in the electron transport chain (ETC) pathway is associated with responsiveness to abatacept in rheumatoid arthritis. Arthritis Res. Ther. 19, 109.
El Defrawy, A.O., Gheita, T.A., Raslan, H.M., El Ansary, M.M., and El Awar, A.H. (2016). Serum and synovial cartilage oligomeric matrix protein levels in early and established rheumatoid arthritis. Z. Rheumatol. 75, 917-923.
Fransen, J., and van Riel, P.L.C.M. (2005). The Disease Activity Score and the EULAR response criteria. Clin. Exp. Rheumatol. 23, S93-99.
Gottenberg, J.E., Ravaud, P., Cantagrel, A., Combe, B., Flipo, R.M., Schaeverbeke, T., Houvenagel, E., Gaudin, P., Loeuille, D., Rist, S., et al. (2012). Positivity for anti-cyclic citrullinated peptide is associated with a better response to abatacept: data from the "Orencia and Rheumatoid Arthritis" registry. Ann. Rheum. Dis. 71, 1815-1819.
Harrold, L.R., Reed, G.W., Kremer, J.M., Curtis, J.R., Solomon, D.H., Hochberg, M.C., and Greenberg, J.D. (2015). The comparative effectiveness of abatacept versus anti-tumour necrosis factor switching for rheumatoid arthritis patients previously treated with an anti-tumour necrosis factor. Ann. Rheum. Dis. 74, 430-436.
Heumann, D., Bas, S., Gallay, P., Le Roy, D., Barras, C., Mensi, N., Glauser, M.P., and Vischer, T. (1995). Lipopolysaccharide binding protein as a marker of inflammation in synovial fluid of patients with arthritis: correlation with interleukin 6 and C-reactive protein. J. Rheumatol. 22, 1224-1229.
Kawashiri, S.-Y., Kawakami, A., Ueki, Y., Imazato, T., Iwamoto, N., Fujikawa, K., Aramaki, T., Tamai, M., Nakamura, H., Origuchi, T., et al. (2010). Decrement of serum cartilage oligomeric matrix protein (COMP) in rheumatoid arthritis (RA) patients achieving remission after 6 months of etanercept treatment: comparison with CRP, IgM-RF, MMP-3 and anti-CCP Ab. Jt. Bone Spine Rev. Rhum. 77, 418-420.
Kimura, E., Kanzaki, T., Tahara, K., Hayashi, H., Hashimoto, S., Suzuki, A., Yamada, R., Yamamoto, K., and Sawada, T. (2014). Identification of citrullinated cellular fibronectin in synovial fluid from patients with rheumatoid arthritis. Mod. Rheumatol. 24, 766-769.
Krintel, S.B., Dehlendorff, C., Hetland, M.L., Horslev-Petersen, K., Andersen, K.K., Junker, P., Podenphant, J., Ellingsen, T., Ahlquist, P., Lindegaard, H.M., et al. (2016). Prediction of treatment response to adalimumab: a double-blind placebo-controlled study of circulating microRNA in patients with early rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J. 16, 141-146.
Luo, H., Yu, S., Lin, Y., Guo, Q., Ma, R., Ye, Z., Di, Y., Li, N., Miao, Y., Zhou, Y., et al. (2016). A novel deleterious mutation in the COMP gene that causes pseudoachondroplasia. Hum. Genome Var. 3, 16009.
Maurer, L.M., Ma, W., and Mosher, D.F. (2015). Dynamic structure of plasma fibronectin. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 51, 213-227.
Momohara, S., Yamanaka, H., Holledge, M.M., Mizumura, T., Ikari, K., Okada, N., Kamatani, N., and Tomatsu, T. (2004). Cartilage oligomeric matrix protein in serum and synovial fluid of rheumatoid arthritis: potential use as a marker for joint cartilage damage. Mod. Rheumatol. 14, 356-360.
Morozzi, G., Fabbroni, M., Bellisai, F., Cucini, S., Simpatico, A., and Galeazzi, M. (2007). Low serum level of COMP, a cartilage turnover marker, predicts rapid and high ACR70 response to adalimumab therapy in rheumatoid arthritis. Clin. Rheumatol. 26, 1335-1338.
Nakamura, S., Suzuki, K., Iijima, H., Hata, Y., Lim, C.R., Ishizawa, Y., Kameda, H., Amano, K., Matsubara, K., Matoba, R., et al. (2016). Identification of baseline gene expression signatures predicting therapeutic responses to three biologic agents in rheumatoid arthritis: a retrospective observational study. Arthritis Res. Ther. 18, 159.
Prajapati, R., Plant, D., and Barton, A. (2011). Genetic and genomic predictors of anti-TNF response. Pharmacogenomics 12, 1571-1585.
Prucha, M., Herold, I., Zazula, R., Dubska, L., Dostal, M., Hildebrand, T., and Hyanek, J. (2003). Significance of lipopolysaccharide-binding protein (an acute phase protein) in monitoring critically ill patients. Crit. Care Lond. Engl. 7, R154-159.
Przybysz, M., Borysewicz, K., and Katnik-Prastowska, I. (2013). Fibronectin molecular status determination useful to differentiate between rheumatoid arthritis and systemic lupus erythematosus patients. Rheumatol. Int. 33, 37-43.
Rendas-Baum, R., Wallenstein, G.V., Koncz, T., Kosinski, M., Yang, M., Bradley, J., and Zwillich, S.H. (2011). Evaluating the efficacy of sequential biologic therapies for rheumatoid arthritis patients with an inadequate response to tumor necrosis factor-α inhibitors. Arthritis Res. Ther. 13, R25.
Sakthiswary, R., Rajalingam, S., Hussein, H., Sridharan, R., and Asrul, A.W. (2017). Cartilage oligomeric matrix protein (COMP) in rheumatoid arthritis and its correlation with sonographic knee cartilage thickness and disease activity. Clin. Rheumatol.
Salomon, S., Guignant, C., Morel, P., Flahaut, G., Brault, C., Gourguechon, C., Fardellone, P., Marolleau, J.-P., Gubler, B., and Goeb, V. (2017). Th17 and CD24(hi)CD27(+) regulatory B lymphocytes are biomarkers of response to biologics in rheumatoid arthritis. Arthritis Res. Ther. 19, 33.
Scarsi, M., Ziglioli, T., and Airo’, P. (2011). Baseline numbers of circulating CD28-negative T cells may predict clinical response to abatacept in patients with rheumatoid arthritis. J. Rheumatol. 38, 2105-2111.
Schumann, R.R., Leong, S.R., Flaggs, G.W., Gray, P.W., Wright, S.D., Mathison, J.C., Tobias, P.S., and Ulevitch, R.J. (1990). Structure and function of lipopolysaccharide binding protein. Science 249, 1429-1431.
Smith, S.L., Plant, D., Eyre, S., and Barton, A. (2013). The potential use of expression profiling: implications for predicting treatment response in rheumatoid arthritis. Ann. Rheum. Dis. 72, 1118-1124.
Smolen, J.S., Landewe, R., Bijlsma, J., Burmester, G., Chatzidionysiou, K., Dougados, M., Nam, J., Ramiro, S., Voshaar, M., van Vollenhoven, R., et al. (2017). EULAR recommendations for the management of rheumatoid arthritis with synthetic and biological disease-modifying antirheumatic drugs: 2016 update. Ann. Rheum. Dis. 76, 960-977.
Souto, A., Maneiro, J.R., and Gomez-Reino, J.J. (2016). Rate of discontinuation and drug survival of biologic therapies in rheumatoid arthritis: a systematic review and meta-analysis of drug registries and health care databases. Rheumatol. Oxf. Engl. 55, 523-534.
Swaak, A.J., Van Rooyen, A., Planten, O., Han, H., Hattink, O., and Hack, E. (1987). An analysis of the levels of complement components in the synovial fluid in rheumatic diseases. Clin. Rheumatol. 6, 350-357.
Tatar, Z., Migne, C., Petera, M., Gaudin, P., Lequerre, T., Marotte, H., Tebib, J., Pujos Guillot, E., and Soubrier, M. (2016). Variations in the metabolome in response to disease activity of rheumatoid arthritis. BMC Musculoskelet. Disord. 17, 353.
Trocme, C., Marotte, H., Baillet, A., Pallot-Prades, B., Garin, J., Grange, L., Miossec, P., Tebib, J., Berger, F., Nissen, M.J., et al. (2009). Apolipoprotein A-I and platelet factor 4 are biomarkers for infliximab response in rheumatoid arthritis. Ann. Rheum. Dis. 68, 1328-1333.
Vogt, L.M., Talens, S., Kwasniewicz, E., Scavenius, C., Struglics, A., Enghild, J.J., Saxne, T., and Blom, A.M. (2017). Activation of Complement by Pigment Epithelium-Derived Factor in Rheumatoid Arthritis. J. Immunol. Baltim. Md 1950 199, 1113-1121.
Wells, G., Becker, J.-C., Teng, J., Dougados, M., Schiff, M., Smolen, J., Aletaha, D., and van Riel, P.L.C.M. (2009). Validation of the 28-joint Disease Activity Score (DAS28) and European League Against Rheumatism response criteria based on C-reactive protein against disease progression in patients with rheumatoid arthritis, and comparison with the DAS28 based on erythrocyte sedimentation rate. Ann. Rheum. Dis. 68, 954-960.
Wen, W., Li, Y., Cheng, Y., He, J., Jia, R., Li, C., Guo, J., Sun, X., and Li, Z. (2017). Lipopolysaccharide-binding protein is a sensitive disease activity biomarker for rheumatoid arthritis. Clin. Exp. Rheumatol.
Zhang, J., Shan, Y., Reed, G., Kremer, J., Greenberg, J.D., Baumgartner, S., and Curtis, J.R. (2011). Thresholds in disease activity for switching biologics in rheumatoid arthritis patients: experience from a large U.S. cohort. Arthritis Care Res. 63, 1672-1679.
【図１】
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【国際調査報告】
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