(57)【要約】共選択された微生物叢を含む無水組成物、及びそれを使用して腸内毒素症（対象に生息する、又は対象の特定の組織に生息する微生物群集の不均衡）に関連する障害を治療する方法が本明細書に記載される。特に、共選択された微生物叢を含む無水組成物、及び腸内毒素症に関連する胃腸障害を治療するための方法が想定される。腸内毒素症に関連する障害（例えば、腸内毒素症に関連する胃腸障害）を治療するための、共選択された微生物叢を含むそのような無水組成物の使用、及び腸内毒素症に関連する障害（例えば、腸内毒素症に関連する胃腸障害）を治療するための薬剤の調製における、共選択された微生物叢を含むそのような無水組成物の使用も、本明細書で具体化される。
2021509904.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項２】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項３】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、複数の細菌種を含み、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項４】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ａ細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表３に記載されたＭＥＴ−２Ａ細菌種、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ａ細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項５】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表３に記載されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項６】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する表３に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する表３に列挙された細菌種の総数、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項７】
共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵ、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表１に記載された細菌種ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵは粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項８】
前記共選択された微生物叢が少なくとも２５％のグラム陰性菌種を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項９】
前記共選択された微生物叢が少なくとも５０％のグラム陽性菌種を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１０】
前記共選択された微生物叢がファーミキューテス門内に少なくとも６５％の細菌種を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１１】
前記共選択された微生物叢がバクテロイデス門内に少なくとも５％の細菌種を含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１２】
共選択された微生物叢が、カテゴリー及び／又は機能的特性に関して表３、４、又は５のいずれか１つに示されるようなサブグループを含む。先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１３】
前記細菌種が仮死状態にある、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１４】
薬学的に許容される担体をさらに含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１５】
前記薬学的に許容される担体がセルロースである、請求項１４に記載の無水組成物。
【請求項１６】
前記無水組成物がカプセルに封入される、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１７】
前記無水組成物が二重カプセルに封入される、請求項１６に記載の無水組成物。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの追加の細菌種がアシダミノコッカス属の種である、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項１９】
前記アシダミノコッカス属の種がアシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンスである、請求項１８に記載の無水組成物。
【請求項２０】
プレバイオティクスをさらに含む、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項２１】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害に苦しむ哺乳動物対象を治療する方法であって、この方法は、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物の治療有効量を哺乳動物対象に投与することを含み、ここで、治療有効量は、哺乳動物対象における微生物の相対比を改善し、それによって哺乳動物対象を治療する。
【請求項２２】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するための、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物であって、ここで、無水組成物の有効量は、微生物の相対比を改善し、それにより、腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療する。
【請求項２４】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用するための、先行する請求項のいずれか一項に記載の無水組成物であって、ここで、薬剤の有効量は、微生物の相対比を改善し、それにより、腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療する。
【請求項２６】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
複数の細菌種を含む無水組成物であって、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙された細菌種は、
（ａ）粉末形態であり、ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、ケモスタットモデル試験によって試験されたときの無水組成物は：
（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、ここで、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び
（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、ここで、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、及び
複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後の複数の細菌種の第１相対的存在量の維持によって示される。
【請求項２８】
複数の細菌種を含む無水組成物であって、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙された細菌種は、
（ａ）粉末形態であり、ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、生態系アウトプットアッセイによって試験されたときの無水組成物は：
（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、ここで、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び  
（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、ここで、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、
複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後に複数の細菌種によって生成された選択された小分子のタイプ及び量の機能的出力の維持によって示される。
【請求項２９】
複数の細菌種を含む無水組成物であって、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種は、
（ａ）粉末形態であり、ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、ケモスタットモデル試験によって試験されたときの無水組成物は：
（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、ここで、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び
（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、ここで、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、及び
複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後の複数の細菌種の第１相対的存在量の維持によって示される。
【請求項３０】
複数の細菌種を含む無水組成物であって、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種は、
（ａ）粉末形態であり、ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、生態系アウトプットアッセイによって試験されたときの無水組成物は：
（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、ここで、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び
（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後に複数の細菌種によって生成された選択された小分子のタイプ及び量の機能的出力の維持によって示される。
【請求項３１】
前記細菌種が仮死状態にある、請求項２７−３０のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３２】
薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項２７−３１のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３３】
前記薬学的に許容される担体がセルロースである、請求項３２に記載の無水組成物。
【請求項３４】
前記無水組成物がカプセルに封入される、請求項２７−３３のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３５】
前記無水組成物が二重カプセルに封入される、請求項２７−３４のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３６】
前記少なくとも１つの追加の細菌種がアシダミノコッカス属の種である、請求項２７−３６のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３７】
前記アシダミノコッカス属の種がアシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンスである、請求項３６に記載の無水組成物。
【請求項３８】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項２７−３７のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項３９】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害に苦しむ哺乳動物対象を治療する方法であって、この方法は、請求項２７−３８のいずれか一項に記載の無水組成物の治療有効量を哺乳動物対象に投与することを含み、ここで、治療有効量は、哺乳動物対象における微生物の相対比を改善し、それによって哺乳動物対象を治療する。
【請求項４０】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項４２】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項４３】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項４１又は４２のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４４】
前記細菌種が仮死状態にある、請求項４１−４３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４５】
前記無水組成物が薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項４１−４４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４６】
前記薬学的に許容される担体がセルロースである、請求項３６−４０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４７】
前記無水組成物がカプセルに封入される、請求項４１−４６のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４８】
前記無水組成物が二重カプセルに封入される、請求項４１−４７のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４９】
前記少なくとも１つの追加の細菌種がアシダミノコッカス属の種である、請求項４１−４８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項５０】
前記アシダミノコッカス属の種がアシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンスである、請求項４９に記載の使用。
【請求項５１】
前記無水組成物がプレバイオティクスをさらに含む、請求項４１−５０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項５２】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項５３】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物であって、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種、
及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、
ここで、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、
ここで、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、及び
ここで、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【請求項５４】
前記細菌種が仮死状態にある、請求項５２又は５３のいずれか一項に記載の無水組成物。
【請求項５５】
前記無水組成物が薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項５２−５４のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項５６】
前記薬学的に許容される担体がセルロースである、請求項５２−５５のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項５７】
前記無水組成物がカプセルに封入される、請求項５２−５６のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項５８】
前記無水組成物が二重カプセルに封入される、請求項５２−５７のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項５９】
前記少なくとも１つの追加の細菌種がアシダミノコッカス属の種である、請求項５２−５８のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項６０】
前記アシダミノコッカス属の種がアシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンスである、請求項５９に記載の薬剤。
【請求項６１】
前記無水組成物がプレバイオティクスをさらに含む、請求項５２−６０のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項６２】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害が、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である、請求項５２−６１のいずれか一項に記載の薬剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１８年１月５日に提出された米国仮出願第６２／６１４，１５１号及び２０１８年６月１２日に提出された米国仮出願第６２／６８３，８５０号の優先権を主張し、その全体があらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願には、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表が含まれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００３】
発明の分野
本発明の分野は、腸内毒素症に関連する障害（対象に生息する、又は対象の特定の組織に生息する微生物群集の不均衡）を治療するための組成物及び方法に関する。特に、腸内毒素症に関連する胃腸障害を治療するための組成物及び方法が想定される。
【背景技術】
【０００４】
発明の背景
腸内毒素症は、様々な疾患や障害に関連している。従って、健康なマイクロバイオームを構成する微生物の健康的なバランスを回復するためにそれを使用するための試薬及び方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
概要
微生物生態系治療薬（ＭＥＴ−２と指定）が本明細書に記載されている。ＭＥＴ−２の例示的なサブグループ（例えば、ＭＥＴ−２Ａ及びＭＥＴ−２Ｂ）も本明細書に記載されている。ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂの追加の例示的なサブグループは、例えば、本明細書に提示される表３−５に示されている。ＭＥＴ−２のさらなる例示的なサブグループには、次のものがある：表１のＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１４−ＦＭＵ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ｂ−１６−ＴＳＡＢ、ＮＢ２Ｂ−１１−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−１３−ＤＣＭ、ＮＢ２Ａ−２−ＦＡＡ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ｂ−ＢＨＩ−１、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−ＡＥＲ−ＭＲＳ−０２、及びＮＢ２Ａ−１０−ＭＲＳ、さらに表１のＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵ。本明細書に記載されるように、ＭＥＴ−２の少なくとも１つの種及びその例示的なサブグループ、並びにＭＥＴ−２の少なくとも１つの種及びその例示的なサブグループを含む組成物が包含され、ここで、ＭＥＴ−２又はそのサブグループの種の総数は、ＭＥＴ−２又は示された特定のサブグループに含まれる種の総数で構成される。特定の実施形態において、表１に列挙される細菌種のサブセットは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は４０種からなる。特定の実施形態において、無水組成物は、表１に列挙される細菌種のうちの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、又は少なくとも４０を含む。従って、ＭＥＴ−２の少なくとも１つの種及びＭＥＴ−２の例示的なサブグループの少なくとも１つの種、並びにＭＥＴ−２の少なくとも１つの種及び例示的なサブグループＭＥＴ−２の少なくとも１つの種を含む組成物は、様々な胃腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎）の治療に使用する。ＭＥＴ−２の少なくとも１つの細菌種及び／又はＭＥＴ−２の例示的なサブグループの少なくとも１つの細菌種、又はＭＥＴ−２の少なくとも１つの細菌種及び／又はＭＥＴ−２の例示的なサブグループの少なくとも１つの細菌種を���む組成物を、それを必要とする対象に投与することにより、様々な胃腸疾患を治療する方法も本明細書に記載されている。様々な胃腸疾患を治療するためのＭＥＴ−２の少なくとも１つの細菌種及び／又はＭＥＴ−２の例示的なサブグループの少なくとも１つの細菌種の使用、並びに様々な胃腸疾患を治療するための薬剤の調製におけるＭＥＴ−２の少なくとも１つの細菌種及び／又はＭＥＴ−２の例示的なサブグループの少なくとも１つの細菌種の使用も含まれる。そのような胃腸疾患は、例えば、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、及び／又はＡＩＤＳ腸症などの腸内毒素症に関連する疾患又は障害が含まれる。
【０００６】
一態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【０００７】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【０００８】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、複数の細菌種を含み、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙される細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【０００９】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ａ細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表３に記載されたＭＥＴ−２Ａ細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ａ細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００１０】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表３に記載されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表３に列挙されたＭＥＴ−２Ｂ細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００１１】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する表３に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及び  ＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する表３に列挙された細菌種の総数、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂのそれぞれに存在する細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００１２】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵ、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に記載された細菌種ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵは粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００１３】
前述の態様のいずれか１つの実施形態では、共選択された微生物叢は、少なくとも２５％のグラム陰性菌種を含む。前述の態様のいずれか１つの実施形態では、共選択された微生物叢は、少なくとも５０％のグラム陽性菌種を含む。前述の態様のいずれか１つの実施形態では、共選択された微生物叢は、ファーミキューテス門内に少なくとも６５％の細菌種を含む。前述の態様のいずれか１つの実施形態では、共選択された微生物叢は、バクテロイデス門内に少なくとも５％の細菌種を含む。
【００１４】
別の態様では、共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、共選択された微生物叢は、本明細書に記載される以下のサブグループのいずれか１つの細菌種の少なくとも１つを含み：ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１４−ＦＭＵ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ｂ−１６−ＴＳＡＢ、ＮＢ２Ｂ−１１−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−１３−ＤＣＭ、ＮＢ２Ａ−２−ＦＡＡ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ｂ−ＢＨＩ−１、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−ＡＥＲ−ＭＲＳ−０２。表３に記載されているサブグループ。表４に記載されているサブグループ。又は表４に記載されているサブグループ、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種。ここで、細菌種のサブグループは粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００１５】
上記の態様又は実施形態のいずれか１つのさらなる実施形態では、細菌種は、仮死状態にある。上記の態様又は実施形態のいずれか１つのさらなる実施形態では、細菌種は、ケモスタットモデル試験又は生態系アウトプットアッセイにおいて摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示す。
【００１６】
上記の態様又は実施形態のいずれか１つのさらなる実施形態では、無水組成物は、薬学的に許容される担体をさらに含む。より具体的には、薬学的に許容される担体はセルロースである。さらにより具体的には、無水組成物はカプセルに封入される（例えば、無水組成物は二重カプセルに封入されてもよい）。
【００１７】
上記の態様又は実施形態のいずれか１つのさらなる実施形態では、少なくとも１つの追加の細菌種は、アシダミノコッカス属の種である。より具体的には、アシダミノコッカス属はアシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンスである。
【００１８】
上記の態様又は実施形態のいずれか１つのさらなる実施形態では、無水組成物はプレバイオティクスをさらに含む。
【００１９】
また、本明細書に包含されるのは、腸内毒素症に関連する疾患又は障害に苦しむ哺乳動物対象を治療する方法であり、この方法は、上記の態様又は実施形態のいずれか１つの無水組成物の治療有効量を哺乳動物対象に投与することを含み、ここで、治療有効量は、哺乳動物対象における微生物の相対比を改善し、それによって哺乳動物対象を治療する。その特定の実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。
【００２０】
また、本明細書に包含されるのは、腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するための上記の態様又は実施形態のいずれか１つの無水組成物であり、無水組成物は微生物の相対比を改善する。その特定の実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。
【００２１】
また、本明細書に包含されるのは、腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用する上記の態様又は実施形態のいずれか１つの無水組成物であり、無水組成物は微生物の相対比を改善する。その特定の実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。
【００２２】
別の態様では、複数の細菌種を含む無水組成物が提示され、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌種のそれぞれ、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に列挙された細菌種は、（ａ）粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、そしてケモスタットモデル試験によって試験されたときの無水組成物は：（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後の複数の細菌種の第１相対的存在量の維持によって示される。
【００２３】
別の態様では、複数の細菌種を含む無水組成物が提示され、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌種のそれぞれ、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に列挙された細菌種は、（ａ）粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、そして生態系アウトプットアッセイによって試験されたときの無水組成物は：（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後に複数の細菌種によって生成された選択された小分子のタイプ及び量の機能的出力の維持によって示される。
【００２４】
別の態様では、複数の細菌種を含む無水組成物が提示され、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に記載された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種は、（ａ）粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、そしてケモスタットモデル試験によって試験されたときの無水組成物は：（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後の複数の細菌種の第１相対的存在量の維持によって示される。
【００２５】
別の態様では、複数の細菌種を含む無水組成物が提示され、複数の細菌種は、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、ここで、表１に列挙された細菌の各門からの少なくとも１つの細菌種は、（ａ）粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、そして生態系アウトプットアッセイによって試験されたときの無水組成物は：（ｂ）第１成長培地に懸濁し、培養して、第１成長培地で複数の細菌種の定常状態成長を達成し、第１成長培地での定常状態成長における複数の細菌種の相対的存在量は、第１相対的存在量として確立され、及び（ｃ）第１成長培地で定常状態で成長する複数の細菌種は摂動ストレスに挑戦され、摂動ストレスは、基質のタイプ、基質の利用可能性、又は生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化であり、複数の細菌種は、摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示し、ここで、頑健性は、摂動ストレスによるチャレンジ後に複数の細菌種によって生成された選択された小分子のタイプ及び量の機能的出力の維持によって示される。
【００２６】
上記の各実施形態において、細菌種は、仮死状態にある。更なる実施形態では、無水組成物は、薬学的に許容される担体（例えば、セルロース）をさらに含む。更なる実施形態では、無水組成物は、カプセル（例えば、二重カプセル）に封入される。別の実施形態では、少なくとも１つの追加の細菌種は、アシダミノコッカス属の種（例えば、アシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンス  ）である。更なる実施形態では、無水組成物はプレバイオティクスをさらに含む。
【００２７】
また、本明細書に包含されるのは、腸内毒素症に関連する疾患又は障害に苦しむ哺乳動物対象を治療する方法であり、この方法は、前述の特性（ケモスタットモデル試験又は生態系アウトプットアッセイにおいて摂動ストレスに挑戦されたときに頑健性を示すことを含む）を有する無水組成物の治療有効量を哺乳動物対象に投与することを含み、ここで、治療有効量は、哺乳動物対象における微生物の相対比を改善し、それによって哺乳動物対象を治療する。更なる実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。
【００２８】
本明細書には、腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物も含まれ、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。別の態様では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害の治療に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物が記載され、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。特定の実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。より具体的には、細菌種は、仮死状態にある。より特定の実施形態では、無水組成物は、薬学的に許容される担体（例えば、セルロース）をさらに含む。より特定の実施形態では、無水組成物は、カプセル（例えば、二重カプセル）に封入される。別の実施形態では、少なくとも１つの追加の細菌種は、アシダミノコッカス属の種（例えば、アシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンス  ）である。別の実施形態では、無水組成物はプレバイオティクスをさらに含む。
【００２９】
本明細書には、腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物も含まれ、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種のそれぞれからなる複数の細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種を含み、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。別の態様では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害を治療するための薬剤の調製に使用するために共選択された微生物叢を含む無水組成物が提示され、ここで、共選択された微生物叢は、表１に列挙された細菌種の少なくとも１つを含み、共選択された微生物叢は、表１に記載された細菌種、及び任意選択で少なくとも１つの追加の細菌種からなり、表１に列挙された細菌種は粉末形態であり、粉末形態は、無水組成物において５％  ｗｔ／ｗｔ未満の含水率を有し、共選択された微生物叢は摂動ストレスに対する耐性を示す。
【００３０】
より具体的には、細菌種は、仮死状態にある。より特定の実施形態では、薬剤／無水組成物は、薬学的に許容される担体（例えば、セルロース）をさらに含む。より特定の実施形態では、薬剤は、カプセル（例えば、二重カプセル）に封入される。別の実施形態では、少なくとも１つの追加の細菌種は、アシダミノコッカス属の種（例えば、アシダミノコッカス・インテスティニ又はアシダミノコッカス・フェルメンタンス）である。別の実施形態では、薬剤はプレバイオティクスをさらに含む。特定の実施形態では、腸内毒素症に関連する疾患又は障害は、クロストリジウム・ディフィシル（クロストリディオイデス・ディフィシル）感染症、クローン病、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、又はＡＩＤＳ腸症である。
【００３１】
本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の説明及び実施例から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３２】
図面の簡単な説明
本発明のいくつかの実施形態は、添付の図面を参照して、例としてのみ本明細書で説明される。ここで図面を詳細に具体的に参照すると、示されている詳細は、例としてのものであり、本発明の実施形態の例示的な説明の目的のためのものであることが強調されている。この点に関して、図面と共に行われる説明は、本発明の実施形態がどのように実施され得るかを当業者に明らかにする。
【図１Ａ】図１Ａ及び１Ｂは、本発明のいくつかの実施形態による方法で使用される単段ケモスタット容器（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔａｇｅ  ｃｈｅｍｏｓｔａｔ  ｖｅｓｓｅｌ）を示す。
【図１Ｂ】図１Ａ及び１Ｂは、本発明のいくつかの実施形態による方法で使用される単段ケモスタット容器（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔａｇｅ  ｃｈｅｍｏｓｔａｔ  ｖｅｓｓｅｌ）を示す。
【図２】図２は、本発明の一実施形態によるケモスタットモデル試験を示す。
【図３】図３は、本発明の一実施形態による、示された門のそれぞれに含まれる細菌種の相対パーセント組成のヒストグラムを示す。
【図４】図４Ａ及び４Ｂはそれぞれ、本発明の一実施形態による、示されたファミリーのそれぞれに含まれる細菌種の相対的なパーセント組成の棒グラフを示す。
【図５−１】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図５−２】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図５−３】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図５−４】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図５−５】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図５−６】図５（表２）は、表２に出現する順序で、本明細書で配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）４１−８０と称される、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を列挙する。
【図６−１】図６（表４）は、ＭＥＴ−２の細菌株の特性を列挙する。
【図６−２】図６（表４）は、ＭＥＴ−２の細菌株の特性を列挙する。
【図６−３】図６（表４）は、ＭＥＴ−２の細菌株の特性を列挙する。
【図６−４】図６（表４）は、ＭＥＴ−２の細菌株の特性を列挙する。
【図７−１】図７（表５）は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂの細菌株の特性を列挙する。
【図７−２】図７（表５）は、ＭＥＴ−２、ＭＥＴ−２Ａ、及びＭＥＴ−２Ｂの細菌株の特性を列挙する。
【発明を実施するための形態】
【００３３】
発明の詳細な説明
開示されたこれらの利点及び改善のうち、本発明の他の目的及び利点は、添付の図面と併せて以下の説明から明らかになるであろう。本発明の詳細な実施形態が本明細書に開示されている。しかしながら、開示された実施形態は、種々の形態で具現化され得る本発明の単なる例示であることを理解すべきである。さらに、本発明の種々の実施形態に関連して与えられた例のそれぞれは、例示的であり限定的ではないことが意図されている。
【００３４】
本明細書及び特許請求の範囲を通して、以下の用語は、文脈が明らかに他の意味を指示しない限り、本明細書に明示的に関連付けられた意味をとる。本明細書で使用される「一実施形態では」及び「いくつかの実施形態では」という語句は、同じ実施形態を指す場合もあるが、必ずしもそうであるとは限らない。さらに、本明細書で使用される「別の実施形態では」及び「いくつかの他の実施形態では」という語句は、異なる実施形態を指す場合もあるが、必ずしもそうであるとは限らない。従って、以下に説明するように、本発明の範囲又は精神から逸脱することなく、本発明の種々の実施形態を容易に組み合わせることができる。
【００３５】
さらに、本明細書で使用される場合、用語「又は」は、包括的な「又は」演算子であり、文脈が明らかに他の意味を指示しない限り、用語「及び／又は」と同等である。「に基づく」という用語は排他的なものではなく、文脈が明らかに他の意味を指示しない限り、説明されていない追加の要因に基づくことができる。さらに、本明細書全体を通じて、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、複数形への言及も含む。「中（ｉｎ）」の意味には、「中（ｉｎ）」と「上（ｏｎ）」が含まれる。
【００３６】
本明細書で使用される場合、「ＯＴＵ」という用語は、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を含むがこれに限定されない核酸配列における類似性を介して種又は種のグループを定義するための操作上の分類単位を指す。
【００３７】
本明細書で使用される「腸内毒素症」という用語は、対象に生息するか又は対象の特定の組織に生息する微生物群集の不均衡を指す。この用語は通常、有害な微生物と比較して有益な微生物の減少、又は微生物の比率の変化を指し、通常は少数でのみ存在する微生物が増殖して、それらが高い数で存在する程度まで増殖する。
【００３８】
本明細書で使用される場合、細菌の集団に関して本明細書で使用する「仮死状態」という用語は、代謝的に休止しているが、正常な代謝活動を再開し、適切な成長促進条件に応答して増殖することができる細菌の集団を指す。
【００３９】
本明細書で使用される「プレバイオティクス」という用語は、「宿主の幸福と健康に利益をもたらす、胃腸内細菌叢の組成及び／又は活性の両方で特定の変化を可能にする選択的に発酵した成分」を指す。Ｒｏｂｅｒｆｒｏｉｄ（２００７，  Ｊ  Ｎｕｔｒｉ  １３７：８３０５−８３７５を参照のこと。特定のプレバイオティクスは、対象への投与方法及び治療を必要とする標的組織に基づいて、本明細書に記載の組成物と組み合わせて使用した場合に最適な結果が得られるように選択することができる。本明細書に記載の組成物と組み合わせて使用される特定のプレバイオティクスは、食品グレードであり得る。本明細書に記載の組成物との組み合わせでの使用が想定される特定のプレバイオティクスには、イヌリン、フラクトオリゴ糖、又はグルコオリゴ糖及びそれらの混合物が含まれる。
【００４０】
細菌種の溶液をフリーズドライ／凍結乾燥して、２５％、２０％、１５％、１０％  ９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満の含水率を持つ複数の細菌種を含む無水組成物を生成する。特定の実施形態では、本明細書に記載されている無水組成物は、５％未満の含水量まで凍結乾燥される。
【００４１】
本明細書で使用される「フリーズドライ／凍結乾燥」という用語は、水性懸濁液中の生きた微生物を＜５０℃に急速に凍結し、その後、凍結水分含有量の大部分を真空条件下で昇華させて、この水は気相で効率的に除去される。
【００４２】
本明細書で使用される場合、「複数の細菌種を含む無水組成物」という用語は、２５％、２０％、１５％、１０％  ９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、又は１％未満の含水率を有する人工のフリーズドライ／凍結乾燥された細菌種の集団を指す。一実施形態では、複数の細菌種が単一の健康な個体の糞便から単離され、複数の細菌種が相互作用集団として共選択及び共適応されている。
【００４３】
水分測定に通常使用される技術には、熱重量分析（オーブン乾燥、ハロゲン／  ＩＲ乾燥、マイクロ波乾燥など）、化学分析（カールフィッシャー滴定、炭化カルシウム試験）、分光分析（ＩＲ分光法、マイクロ波分光法、陽子核磁気共鳴分光法）、及びその他の分析（例：ガスクロマトグラフィー、密度測定、屈折率測定など）が含まれるが、これらに限定されるものではない。例えば、熱重量分析（ＴＧＡ）に関しては、含水率は、重量の変化が観察されなくなるまで制御された速度で加熱しながらサンプルの質量の変化を測定することにより、乾燥中の製品重量の損失から導き出される。
【００４４】
本明細書で使用される場合、「共選択された微生物叢」という用語は、単一の対象（例えば、健康な対象）において共選択及び共適応を受けた複数の細菌種を指す。特定の実施形態では、共選択された微生物叢は、単一の健康な対象の腸内で共選択及び共適応を受けた。対照的に、異なる供給源（例えば、異なる対象及び／又は細胞保管所）から単離又は誘導され、互いに組み合わされた細菌種は、単一の対象（例えば、健康な対象）において共選択及び共適応を受けていない。従って、インビトロで組み合わせた場合でさえ、異なる供給源から単離された複数の細菌種は、共選択された微生物叢を構成することができない。
【００４５】
本明細書で使用される場合、「対象」又は「患者」という用語は、好ましくは、マウス、ラット、ウシ、ブタ、ウマ、ニワトリ、ネコ、イヌなどの動物を含むがこれらに限定されない動物であり、好ましくは哺乳動物、より好ましくは霊長類、最も好ましくはヒトである。
【００４６】
本明細書で使用される場合、任意の疾患又は障害の「治療する」又は「治療」という用語は、一実施形態では、疾患又は障害を改善すること（すなわち、疾患を阻止すること、又はその臨床症状の少なくとも１つの症状、程度又は重症度を軽減すること）を指す。別の実施形態では、「治療する」又は「治療」は、対象によって認識できない場合がある少なくとも１つの物理的パラメータを改善することを指す。さらに別の実施形態では、「治療する」又は「治療」は、物理的（例えば、識別可能な症状の安定化）、生理学的（例えば、物理的パラメータの安定化）、又はその両方のいずれかで疾患又は障害を調節することを指す。さらなる実施形態では、「治療する」又は「治療」は、疾患の進行を遅らせることに関する。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「予防する」又は「予防」という用語は、疾患又は障害を獲得又は発症するリスクの低減（すなわち、疾患の臨床症状の少なくとも１つを、疾患の原因となる薬剤に曝されるか、又は疾患の発症に先立って疾患にかかりやすくする可能性がある対象で発症させないこと）を指す。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「防止」という用語は「予防」に関連し、その目的が疾患を治療又は治癒することではなく、予防することである測定又は手順を指す。予防策の非限定的な例には、ワクチンの投与が含まれる場合がある。例えば、不動化による血栓症のリスクがある入院患者への低分子量ヘパリンの投与。マラリアが流行している地域やマラリアに感染するリスクが高い地域を訪問する前に、クロロキンなどの抗マラリア薬を投与する。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」という語句は、生理学的に許容可能であり、通常、ヒトに投与したときに胃の不調、めまいなどのアレルギー又は類似の有害な反応を引き起こさない分子実体及び組成物を指す。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「治療有効量」という語句は、疾患又は状態の病理学的特徴を少なくとも約３０パーセント、少なくとも５０パーセント、又は少なくとも９０パーセント減少させるのに十分な薬剤（例えば、治療薬）の量を指すために使用される。薬剤の「治療有効量」は、疾患又は状態の少なくとも１つの病理学的特徴（例えば、臨床症状）の臨床的に有意な減少をもたらす。
【００５１】
本明細書で使用される場合、「相補的」という用語は、実質的な正常な塩基対形成特性を示す２つのＤＮＡ鎖を指す。ただし、相補的ＤＮＡには１つ又は複数のミスマッチが含まれる場合がある。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」という用語は、２つの相補的ＤＮＡ鎖の間に生じる水素結合を指す。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「核酸」又は「核酸分子」という用語は、一本鎖又は二本鎖のいずれかのＤＮＡ又はＲＮＡ分子、及び一本鎖の場合、直鎖又は環状形態のその相補配列の分子を指す。核酸分子の議論において、特定の核酸分子の配列又は構造は、５’から３’方向に配列を提供する通常の慣例に従って、本明細書に記載され得る。本発明の核酸に関して、「単離された核酸」という用語が時々使用される。この用語は、ＤＮＡに適用される場合、それが発生した生物の自然発生のゲノム内ですぐ隣接している配列から分離されたＤＮＡ分子を指す。例えば、「単離された核酸」は、プラスミド又はウイルスベクターなどのベクターに挿入された、又は原核生物又は真核生物の細胞又は宿主生物のゲノムＤＮＡに組み込まれたＤＮＡ分子を含み得る。
【００５４】
ＲＮＡに適用される場合、「単離された核酸」という用語は、主に、上記で定義された単離されたＤＮＡ分子によってコードされるＲＮＡ分子を指す。あるいは、この用語は、それがその天然の状態（すなわち、細胞又は組織において）で一般に関連している他の核酸から十分に分離されているＲＮＡ分子を指し得る。単離された核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）はさらに、生物学的手段又は合成手段によって直接生成され、その生成中に存在する他の成分から分離された分子を表し得る。
【００５５】
本明細書で使用される場合、核酸の特定の配列の「天然対立遺伝子変異体」、「変異体」、及び「誘導体」という用語は、特定の配列と密接に関連しているが、自然に又は設計により、配列又は構造の変化を有する可能性がある核酸配列を指す。密接に関連しているとは、配列のヌクレオチドの少なくとも約６０％、多くの場合８５％以上が、特定の配列番号を使用して言及される核酸配列の定義された長さにわたって一致することを意味する。密接に関連する核酸配列間のヌクレオチド配列の変化又は差異は、特定の核酸配列の性質における通常の複製又は複製の過程で生じる配列のヌクレオチド変化を表す場合がある。核酸の調節領域内のアミノ酸コドン又は配列を変更するなどの特定の目的のために、他の変更を具体的に設計して配列に導入することができる。そのような特定の変更は、種々の突然変異誘発技術を使用してインビトロで行われるか、又は変更を誘導又は選択する特定の選択条件下に置かれた宿主生物で生成されてもよい。具体的に生成されたそのような配列変異体は、元の配列の「変異体」又は「誘導体」と呼ばれる場合がある。
【００５６】
本明細書で使用される場合、特定の配列に言及するときの「パーセント類似性」、「パーセント同一性」及び「パーセント相同性」という用語は、ウィスコンシン大学のＧＣＧソフトウェアプログラムに記載されているように使用され、当該技術分野において知られている。
【００５７】
本明細書で使用されるように、特定のヌクレオチド又はアミノ酸に言及する場合、「本質的に・・・からなる」という語句は、所定の配列番号の特性を有する配列を意味する。例えば、アミノ酸配列に関して使用される場合、この語句には、配列自体、及び配列の基本的で新規な特性に影響を及ぼさない分子修飾が含まれる。
【００５８】
「レプリコン」は、主にそれ自体の制御下で複製することができる任意の遺伝的要素、例えば、プラスミド、コスミド、バクミド、ファージ又はウイルスである。レプリコンは、ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれかであり得、そして一本鎖又は二本鎖であり得る。
【００５９】
「ベクター」は、別の遺伝子の配列又は要素（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）を結合させて、結合させた配列又は要素の複製をもたらすことができるレプリコン、例えばプラスミド、コスミド、バクミド、ファージ又はウイルスである。
【００６０】
「発現ベクター」又は「発現オペロン」は、転写及び翻訳制御配列、例えばプロモーター、エンハンサー、翻訳開始シグナル（例えばＡＴＧ又はＡＵＧコドン）、ポリアデニル化シグナル、ターミネーターなどを有し得る核酸セグメントであり、これは宿主細胞又は生物内のポリペプチドコーディング配列の発現を促進する。
【００６１】
本明細書で使用される場合、「作動可能に連結される」という用語は、コーディング配列の発現を媒介することができ、コーディング配列の発現に影響を与えるようにコーディング配列に対して適切な位置でＤＮＡ分子（例えば、発現ベクター）に配置される調節配列を指す。これと同じ定義が、発現ベクター内のコーディング配列と転写制御要素（プロモーター、エンハンサー、ターミネーション要素など）の配置に適用される場合がある。この定義は、ハイブリッド核酸分子が生成される第１及び第２の核酸分子の核酸配列の配置にも適用されることがある。
【００６２】
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、２つ以上、好ましくは３つ以上のリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドから構成される核酸分子として定義される、本明細書に記載のプライマー及びプローブを指す。オリゴヌクレオチドの正確なサイズは、種々の要因、及びオリゴヌクレオチドの特定の用途と使用法に依存し得る。
【００６３】
本明細書で使用される場合、「プローブ」という用語は、プローブに対して相補的な配列を有する核酸にアニーリング又は特異的にハイブリダイズすることができる、純粋な制限酵素消化で天然に生じた又は人工的に生成されたオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド又は核酸、ＲＮＡもしくはＤＮＡのいずれかを意味する。プローブは一本鎖又は二本鎖のいずれであってもよい。プローブの正確な長さは、多くの因子、例えば温度、プローブの供給源及び方法の使用に依存し得る。例えば、診断適用に関しては、目標配列の複雑さに応じて、オリゴヌクレオチドプローブは、典型的には、１５−２５又はそれ以上のヌクレオチドを含むが、より短いヌクレオチドを含んでいてもよい。本明細書中のプローブは、特定の標的核酸配列の異なる鎖に「実質的に」相補的となるように選択される。これは、プローブが所定の条件セット下で各々の標的鎖と「特異的にハイブリダイズする」又はアニールすることができるように、十分に相補的でなければならないことを意味する。従って、プローブ配列は標的の正確な相補的配列を反映する必要はない。例えば、プローブ配列の残りの部分が標的鎖と相補的であれば、相補的でないヌクレオチド断片がそのプローブの５’又は３’端に付着されてもよい。あるいは、プローブ配列が標的核酸配列と十分に相補的であり、標的核酸と特異的にアニールするのであれば、相補的でない塩基又は長い配列がそのプローブ中に挿入されていてもよい。
【００６４】
本明細書で使用される場合、「特異的にハイブリダイズする」という用語は、当該技術分野で一般に用いられる所定の条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするのに十分に相補的な配列からなる２つの一本鎖核酸分子間の会合を意味する（場合により、「実質的に相補的」と称される）。特に、前記用語は、本発明の一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ分子内に含有される実質的に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを意味し、一本鎖核酸の相補的でない配列を有するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを実質的に排除することを意味する。
【００６５】
本明細書で使用される場合、「プライマー」という用語は、ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれかの、一本鎖又は二本鎖のいずれかの、生物系に由来するか、制限酵素消化により生成するか若しくは合成的に製造される、オリゴヌクレオチドであって、適当な環境に置いた場合に、テンプレート依存的な核酸合成の開始物質として機能的に作用することができるオリゴヌクレオチドを意味する。適当な核酸テンプレート、核酸の適切なヌクレオシド三リン酸前駆体、ポリメラーゼ酵素、適当な補因子及び適当な温度やｐＨなどの条件にプライマーを置いた場合に、ポリメラーゼ又は同様の活性の作用によるヌクレオチドの付加によりその３’末端で伸長し、プライマー伸長産物を得ることができる。プライマーは、特定の条件及びアプリケーションの要求に応じて長さを変更することができる。例えば、診断適用では、オリゴヌクレオチドプライマーは典型的に約１５−２５以上のヌクレオチド長である。プライマーは、所望の伸長産物の合成を開始するために、即ち、ポリメラーゼもしくは類似の酵素による合成の開始に使用する適当に並置されたプライマーの３’ヒドロキシル部分を提供するのに十分な様式で所望のテンプレート鎖とアニールを可能とするために、該所望のテンプレートと十分に相補的でなければならない。プライマー配列が所望のテンプレートの正確な相補鎖である必要はない。例えば、相補的でないヌクレオチド配列が、それ以外は相補的なプライマーの５’末端に付着されてよい。あるいは、そのプライマー配列が所望のテンプレート鎖の配列と十分に相補的であり、伸長産物の合成のためのテンプレート−プライマー複合体を機能的に提供できる場合、相補的でない塩基がオリゴヌクレオチドプライマー配列内に挿入されていてもよい。
【００６６】
プライマー及び／又はプローブは、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）で蛍光標識することができる。あるいは、プライマーは、４、７、２’、７’−テトラクロロ−６−カルボキシフルオレセイン（ＴＥＴ）で標識することもできる。他の代替のＤＮＡ標識方法は当該技術分野で知られており、本発明の範囲内であると考えられる。
【００６７】
特定の実施形態では、本明細書に記載される細菌種及び／又は株の１つに特異的であると同定された核酸配列にハイブリダイズする本発明によるオリゴヌクレオチドは、少なくとも約１０ヌクレオチド長、より具体的には少なくとも１５ヌクレオチド長、より具体的には少なくとも約２０ヌクレオチド長である。上記に加えて、本明細書に記載される細菌種及び／又は株の１つに特異的であると同定された核酸配列の断片は、本発明の態様を表す。そのような断片及びオリゴヌクレオチドに特異的なオリゴヌクレオチドは、インビトロで生成された細菌サンプル中又は対象から得られた生物学的サンプル中の特定の細菌種及び／又は株の量を決定するためのプライマー又はプローブとして使用でき、特定の種又は菌株は、配列番号１〜４０のいずれか１つの存在によって同定され得る。さらに、本明細書に記載されているようなプライマー（例えば、配列番号：８１及び８２）は、インビトロで生成された細菌サンプル中又は対象から得られた生物学的サンプル中の特定の細菌種及び／又は株の量を決定する方法のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイで使用することができ、ここで、特定の細菌種及び／又は株は、例えば、配列番号１−４０のいずれか１つを含む。
【００６８】
上記に加えて、特定の株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列は種特異的であり、多くの場合、種によっては株特異的でもある。この点に加えて、いくつかの細菌種は高度に保存されており、従って、異なる株は非常に類似した、又は同一の配列さえ持つ可能性がある。ただし、ほとんどの種には、配列の違いが検出された株が含まれる。
【００６９】
細菌サンプルの調製（１６Ｓ  ｒＲＮＡサンガーシーケンス用）
マスターミックスの容量（反応又はサンプルごと）：
ＨＰＬＣグレードｄｄＨ２Ｏ（Ｃａｌｅｄｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ）-  ３８．５  μＬ
ｄＮＴＰｓ、ワーキングストック（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）-  ３  μＬ
１０Ｘ  ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ反応バッファー（ＮＥＢ）-  ５  μＬ
Ｖ３ｋｌ／Ｖ６ｒプライマー（ＩＤＴ）-各１μＬ
Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ高純度（ＢｉｏＢａｓｉｃ）-  ０．５  μＬ
ＤＮＡテンプレート-  １μＬ又は１コロニー
ＰＣＲ、産物のシーケンス、及びＰＣＲ産物の分析
１）それぞれにサンプル数を掛けて、各マスターミックスコンポーネントの必要量を決定する。ピペッティングエラーを考慮して、３つの追加の反応を追加する。
【００７０】
２）必要な量のｄｄＨ２Ｏ、ｄＮＴＰｓ（−２０°Ｃで保存）、バッファー（−２０°Ｃで保存）、プライマー（−２０°Ｃで保存）、２  ｍＬフリップキャップチューブ（無菌、Ａｘｙｇｅｎから）、及びＶ底の９６ウェルプレート（無菌、Ｆｉｓｈｅｒから）をＬａｂｃｏｎｃｏ  Ｐｕｒｉｆｉｅｒ生物学的安全キャビネット（Ｌａｂｃｏｎｃｏ、０８０１８４９６Ａ）に入れる。フードと消耗品にＵＶを１５分間照射する。
【００７１】
３）ＵＶライトをオフにする。Ｔａｑ（−２０°Ｃで保存）とＤＮＡテンプレートサンプル（液体の場合）を安全キャビネットに入れる。
【００７２】
４）２  ｍＬのフリップキャップチューブでマスターミックスを準備し、必要な試薬をすべて同じチューブに分注する。チューブを数回静かに転倒混和する。
【００７３】
５）９６ウェルプレートにマスターミックスを分注し、１反応（又はサンプル）あたり４８μＬ。
【００７４】
６）ＤＮＡが液体又は培養液の場合は、ステップ９）及び１０）をスキップする。ＤＮＡが培地プレートのコロニーから直接採取される場合は、ステップ７）をスキップする。
【００７５】
７）等分反応ごとにＤＮＡテンプレート１μＬを追加する（つまり、ＤＮＡテンプレートサンプルごとに１つのＰＣＲ反応）。例えば、２７のＤＮＡテンプレートサンプル（又はテストする２７の株）＝  ２７のＰＣＲ反応。
【００７６】
８）生物学的安全キャビネットから９６ウェルプレート内の分注マスターミックスを取り出す。
【００７７】
９）９６ウェルプレートに分注したマスターミックスをＷｈｉｔｌｅｙ嫌気性チャンバーワークステーションに移す。
【００７８】
１０）無菌の木製アプリケーター（Ｐｕｒｉｔａｎ）を使用して目的のコロニーに触れ、ねじる動作を使用して、マスターミックスのアリコートを含む９６ウェルプレートの１つのウェルにコロニーを置く。目的のすべての細菌株について繰り返す。
【００７９】
１１）Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  Ｍａｓｔｅｒｃｙｃｌｅｒ  ｅｐｇｒａｄｉｅｎｔ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ、５３４０  ０１４８０５）の９６ウェルプレートでＰＣＲ反応を実行する：
１２）例えば、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  Ｍａｓｔｅｒｃｙｃｌｅｒ（別名ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｅｒ）を使用して、以下を実行する：
−サイクルパラメータは、９４°Ｃ（初期）１０分間、（９４°Ｃ  ３０秒間、６０°Ｃ  ３０秒間、７２°Ｃ  ３０秒間）、３０サイクル、その後７２°Ｃ  ５分間、４°Ｃが無期限である。
【００８０】
１３）シーケンスは、サンガーシーケンスメソッドを介して実行される、これは、研究ベースのラボで日常的に行われている問題である。
【００８１】
１４）生成された配列（各細菌株に関連付けられている１６Ｓ  ｒＲＮＡ完全長ｒＲＮＡ配列）は、既知の配列のデータベースと比較され、例えば、既知のプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ）を使用して、Ｗｅｂ（例えば：ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉ）経由でアクセスできる米国政府機関によって維持されているものなどである。
【００８２】
１５）例えば、ＢＬＡＳＴプログラム及びそのアラインメントアプリケーションを使用する場合、９９％以上の値は、テンプレート配列とクエリ配列が同一であることを示す。テンプレート配列とクエリ配列が同一である場合、これはクエリ配列（目的の細菌株から取得されたもの）がテンプレート配列に関連付けられているものと同じ同一性であることを示す。
【００８３】
表１は、ＭＥＴ  ２株のリストを示し、これは、細菌種が共選択された微生物叢に由来する場合、本明細書に記載のケモスタットモデル試験アッセイで頑健性を示す細菌種の例示的なリストである。特定の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株の少なくとも１つを含むが、表１の例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてを含むことを超えない。そのより特定の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される株のそれぞれからなる。
【００８４】
【表１−１】
2021509904.tif 000003
【００８５】
【表１−２】
2021509904.tif 000004
【００８６】
特定の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株：ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１４−ＦＭＵ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ｂ−１６−ＴＳＡＢ、ＮＢ２Ｂ−１１−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−１３−ＤＣＭ、ＮＢ２Ａ−２−ＦＡＡ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ｂ−ＢＨＩ−１、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−ＡＥＲ−ＭＲＳ−０２、又はＮＢ２Ａ−１０−ＭＲＳの少なくとも１つを含むが、この例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてを含むことを超えない。その特定の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株：ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１４−ＦＭＵ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ｂ−１６−ＴＳＡＢ、ＮＢ２Ｂ−１１−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−１３−ＤＣＭ、ＮＢ２Ａ−２−ＦＡＡ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ｂ−ＢＨＩ−１、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−ＡＥＲ−ＭＲＳ−０２、及びＮＢ２Ａ−１０−ＭＲＳを含むが、表１の例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。そのより特定の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株：ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１４−ＦＭＵ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ｂ−１６−ＴＳＡＢ、ＮＢ２Ｂ−１１−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−１３−ＤＣＭ、ＮＢ２Ａ−２−ＦＡＡ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ｂ−ＢＨＩ−１、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−ＡＥＲ−ＭＲＳ−０２、及びＮＢ２Ａ−１０−ＭＲＳからなる。
【００８７】
更なる実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株：ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵの少なくとも１つを含むが、この例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてを含むことを超えない。別の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表１に列挙される以下の株：ＮＢ２Ｂ−２０−ＧＡＭ、ＮＢ２Ｂ−６−ＣＮＡ、ＮＢ２Ａ−９−ＮＡ、１４  ＬＧ、ＮＢ２Ａ−８−ＷＣ、ＮＢ２Ａ−１２−ＢＢＥ、ＮＢ２Ａ−３−ＮＡ、ＮＢ２Ａ−１７−ＦＭＵ、ＮＢ２Ｂ−１９−ＤＣＭ、ＮＢ２Ｂ−１０−ＦＡＡ、ＮＢ２Ｂ−２６−ＦＭＵの少なくとも１つを含む、表１の例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。
表３は、示された細菌株を含むさらなる例示的な微生物群集を示す。これらの例示的な微生物群集は、本明細書ではＭＥＴ−２Ａ及びＭＥＴ−２Ｂと呼ばれる。
【００８８】
【表２−１】
2021509904.tif 000005
【００８９】
【表２−２】
2021509904.tif 000006
【００９０】
更なる実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ａ株の少なくとも１つを含むが、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ａ種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。別の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙される以下のＭＥＴ−２Ａ株の少なくとも１つを含むが、表１の例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。別の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ａ株からなる。
【００９１】
更なる実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ｂ株の少なくとも１つを含むが、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ｂ種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。別の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙される以下のＭＥＴ−２Ｂ株の少なくとも１つを含むが、表１の例示的なリストに列挙される種のそれぞれすべてをさらに含むことを超えない。別の実施形態では、本明細書に記載されるケモスタットモデル試験アッセイにおいて頑健性を示す細菌種の例示的なリストは、表３に列挙されるＭＥＴ−２Ｂ株からなる。
【００９２】
本明細書で使用される場合、「生態系アウトプットアッセイ」という用語は、微生物生態系の組成が、選択された小分子代謝産物のタイプ及び量に関してその機能的なアウトプットから決定され得る方法を指す。小分子代謝産物は当該技術分野において知られており、有機酸（例えば、カルボン酸及びその誘導体）、アミノ酸、アルコール（例えば、ポリオール）、フェノール、並びに脂肪酸とそれらのコンジュゲートが含まれるが、これらに限定されない。代謝産物は通常、ミリモル濃度の範囲で測定される。例えば、ＭＥＴ−２群集は、さまざまなドナーから分離された細菌群集の代謝プロファイルと比較すると、酒石酸塩と尿素、及びグルタミン酸、ピログルタミン酸、アスパラギン、グリコール酸、コリン、チミン、及びギ酸のレベルが大幅に高い代謝プロファイルを示す。Ｙｅｎらの（２０１５，  Ｊ  Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  Ｒｅｓ  １４：１４７２−１４８２）を参照のこと。
【００９３】
本明細書で使用される場合、「微生物生態系」という用語は、インビトロアッセイ又は例えば対象の腸などの生物学的環境のいずれかで一緒に成長した複数の異なる細菌種を指す。特定の実施形態では、対象はヒトであってよい。
【００９４】
本明細書で使用される場合、「ケモスタットモデルアッセイ」という用語は、複数の細菌種が細菌増殖に適合する容器に播種されるアッセイを指し、ここで、容器は成長促進条件下で維持され、複数の細菌種の増殖を促進するのに適した成長因子を含む培地を含む。その実施形態において、血管に播種された細菌種のそれぞれの増殖は、ケモスタットモデルアッセイにおける規定されたインキュベーション期間後に決定され得る。そのような決定は、自動又は手動手段による細胞計数などの当該技術分野において知られている技法を使用して行うことができ、細胞によって取り込まれる種々の色素を使用する細胞染色によって促進することができる。そのような色素は、生細胞と死細胞によって区別して取り込まれる可能性があり、従って、生存細胞を死細胞又は死にかけている細胞から区別することができる。容器に播種された細菌種のそれぞれの相対的増殖もまた決定され得、そしてケモスタットモデルアッセイにおけるインキュベーションの規定された期間の後に、各細菌種の総数が決定され得る。従って、ケモスタットモデルアッセイは、容器に播種された複数の細菌種における異なる細菌種の増殖及び／又は増殖速度を決定するために使用され得、従って、種々の成長促進条件下で血管に播種された異なる細菌種の間で増殖及び／又は増殖速度を比較するためのアッセイを提供し得る。
【００９５】
特定の実施形態では、細菌細胞の数は、製造業者のプロトコルに従って、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤＴＭ  ＢａｃＬｉｇｈｔＴＭ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｋｉｔを使用して決定され得る。ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤＴＭ  ＢａｃＬｉｇｈｔＴＭ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｋｉｔを使用して、生細胞と死細胞を区別し、このキットは、膜が損傷している死細胞と死にかけている細胞を赤で染色し、無傷の膜を有する生細胞を緑で染色する。示差染色は、所定のサンプル中の生存細胞の正確な評価を容易にする。
【００９６】
より特定の実施形態では、細胞数は、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤＴＭ  ＢａｃＬｉｇｈｔＴＭ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｋｉｔと組み合わせて使用されるフローサイトメトリーを介して決定され、この組み合わせは、プレートリーダーでの蛍光検出を介して示差的に染色された細胞の異なる色の測定を容易にする。このようなアプローチは、サンプル内の生細胞と死細胞の相対値に関する情報を明らかにし、一般に細胞カウントの精度を向上させる。
【００９７】
従って、ケモスタットモデルアッセイは、最初に容器（細菌種子集団）に播種された複数の細菌種の増殖が、ケモスタットモデルアッセイにおける異なる定義されたインキュベーション期間で決定され得るアッセイを提供する。ケモスタットモデルアッセイを使用して、複数の容器に異なる細菌種子集団を播種し、異なる細菌種子集団の成長と、異なる細菌種子集団内の特定の種を、異なる定義されたインキュベーション時間で決定できる。ケモスタットモデルアッセイで実行された複数の容器から決定された結果は、次に、異なる細菌種子集団が異なる成長条件及び摂動ストレスに異なって応答するかどうかを決定するために比較できる。
【００９８】
本明細書で使用される場合、微生物群集に関する「頑健性」という用語は、微生物群集が存在しないか、又は外部摂動に曝される前の状態と比較した、外部摂動に対する群集の耐性及び回復力を指す。頑健性は、例えば、微生物群集が異なる種又は門のそれぞれの表現（数）の相対的比率を維持する能力に反映され得、ここで、種は摂動前と比較して摂動後に分類される。頑健性はまた、例えば、摂動前と比較して摂動後の代謝出力を維持する微生物群集の能力に反映され得る。
【００９９】
本明細書で使用される場合、「摂動ストレス」という用語は、細菌細胞の集団が成長する培養条件における、基質のタイプ、基質の利用可能性、及び生体異物チャレンジの少なくとも１つの変化を指す。
【０１００】
本明細書で使用される場合、「基質」という用語は、細菌細胞によって代謝的に利用される、細菌細胞の集団が成長する培地中に存在する物質又は化合物を指す。
【０１０１】
本明細書で使用される場合、「生体異物チャレンジ」という用語は、化学物質の生態系への導入を指し、ここで、化学物質は自然に生成されていないか、生態系内に存在するとは予想されていないか、自然の状況よりもはるかに高い濃度で存在している。
【０１０２】
本明細書に記載の組成物は、カプセル剤、散剤、錠剤、顆粒剤、チュアブル食品、液体、及び飲料として経口投与用に処方され得る。特定の実施形態では、組成物は、カプセル（例えば、腸溶コーティングのマイクロカプセル）に処方される。別の特定の実施形態では、組成物は錠剤に処方される。更に別の特定の実施形態では、組成物は、顆粒又は水溶性粉末に処方される。更なる特定の組成物は、局所投与のために、液体、クリーム、ローション、ゲル分散液又は軟膏に処方され得る。
【０１０３】
特定の実施形態では、本明細書に記載の組成物は粉末である。粉末は、それ自体で投与されてもよく、又は例えば経口摂取（例えばカプセル又は二重カプセルによる）又は浣腸による直腸投与のために流体に溶解されてもよい。経口摂取に関して、粉末組成物は、飲み物としての再構成のため、又は食品添加物としての再構成のために、口当たりのよい形態で提供され得る。粉末組成物はまた、浣腸（結腸内視鏡検査注入）による直腸投与のために流体に溶解され得る。粉末はまた、経鼻十二指腸注入を介して注入されるように再構成されてもよい。そのような目的のための例示的な流体には、生理食塩水が含まれる。
【０１０４】
本明細書に記載の方法は、一般に動物（例えば、哺乳動物）に適用可能であり、より具体的にはヒト、及び経済的に重要な家畜、例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、マウス、ラット、及びサルに適用可能である。
【０１０５】
処方される場合、組成物は、健康、風味、配合、又は錠剤化に関連する特性を付与する成分を含む、さらなる成分を含み得る。本明細書に記載の組成物に組み込むことができる追加の成分の非限定的な例には、プレバイオティクス、ビタミン、ミネラル、栄養補助食品（例えば、繊維）、甘味料、流動助剤、及び充填剤が含まれる。経口投与用に処方される場合、組成物は、本明細書に記載される複数の細菌種を含む無水組成物の組成物の少なくとも  ０．１、１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５又はそれ以上のｗ／ｗ  ％を構成する。
【０１０６】
本発明の組成物は、腸内毒素症を特徴とする種々の疾患及び障害を治療する方法において有用である。本明細書に記載の組成物は、経口又は直腸投与された場合、消化の健康、代謝（栄養状態）、及び体重管理を促進するために使用され得る。本明細書に記載の組成物は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、クローン病、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、ＡＩＤＳ腸症を含む、消化器疾患の陽性指標又は症状を治療又は緩和するために使用され得る。
【０１０７】
本明細書に記載の組成物はまた、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）又は痙性結腸、特発性潰瘍性大腸炎、粘液性大腸炎、膠原性大腸炎、クローン病、炎症性腸疾患（広義）、顕微鏡的大腸炎、抗生物質関連大腸炎、特発性又は単純性便秘、憩室疾患、ＡＩＤＳ腸症を含む、消化器疾患の陽性指標又は症状の治療又は緩和における使用が想定される。
【０１０８】
治療計画は、本明細書に記載の組成物を、それを必要とする対象に、毎日（典型的には１日１回又は２回）、週に２回又は３回、２週間に１回又は月に１回投与することを含み得る。治療計画は、対象の状態の変化に応じて変更されることもあり、さらに断続的な場合もある。適切な治療計画は、開業医によって決定されてもよく、及び／又は開業医及び／又は治療されている対象によって評価された経験的結果に基づいて確立されてもよい。
【０１０９】
特に明記しない限り、本明細書で言及されるすべてのパーセンテージは、組成物の総重量に基づく重量による。
【０１１０】
糞便由来の細菌集団及びその無水組成物
特定の実施形態では、糞便由来の細菌集団は、健康な対象から単離又は誘導される。
【０１１１】
特定の実施形態では、糞便由来の細菌集団は、以下を含む方法によって対象（例えば、健康な対象）から得られる：
新たに排泄された便のサンプルを取得し、サンプルを嫌気性チャンバーに入れる（９０％  Ｎ２、５％  ＣＯ２  及び５％  Ｈ２の雰囲気中）。
【０１１２】
緩衝液中で便サンプルを浸軟させることにより糞便スラリーを生成する。及び
遠心分離により食物粒子を除去し、糞便から分離された細菌と食物粒子を含む上清を保持する。従って、上清は、糞便及び食物粒子を含まない、腸内細菌の精製された集団を含む。それを考えると、腸内細菌の精製された集団は、糞便や食品の粒子を含まない人工製品である。
【０１１３】
更なる実施形態では、糞便サンプル（新鮮又は冷凍）を生理食塩水で希釈し、それぞれが特定の種類の種の単離に合わせて調整された一連の１３−２０種類の異なる培地にプレーティングする。糞便サンプルを接種原として希釈せずに使用して、ケモスタットに播種し、定常状態まで成長させてから、定常状態の培養液のアリコートを生理食塩水で希釈し、その後、それぞれが特定の種類の種の単離に合わせて調整された一連の１３−２０種類の異なる培地にプレーティングする。細菌の希釈サンプルは、例えば、エタノールで処理して、胞子形成細菌を選択することができる。別の実施形態では、特定の種類の細菌細胞を除外する抗生物質が添加される。別の実施形態では、フィルター滅菌済みの使用済みケモスタット培地を添加して、増殖を促進する成長基質を提供するか、又は特定の種類の細菌細胞に選択的利点を提供する。１３−２０種類の培地に移した後、細菌細胞培養物を３−１０日間インキュベートし、個々のコロニーを採取し、再度画線培養して純度を上げ、その後凍結する。サンダーケミストリーを使用して１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子シーケンシングリードを実行し、ＲＤＰデータベースと比較して得られたトレースを実行することにより、菌株をキュレート／特徴付けるために凍結ストックを培養する。
【０１１４】
菌株がキュレート／特徴付けされたら、表１に列挙されている各細菌種又はそのサブセットを個別に培養して、各細菌種の個体数を拡大し、各細菌種のバイオマスの閾値に到達させる。表１に列挙されている他の種と比較して成長が不十分な細菌種の場合、より多くの量の細菌培養物が成長し、より速く成長する種と同等のバイオマスを達成する。菌株はすべて３７°Ｃ気性条件下でウィルキンス・チャルグレンブロスで個別に増殖させる。次に、各種の培養細菌集団を遠心分離で濃縮し、必要に応じて凍結防止剤／凍結乾燥保護剤（イヌリンとリボフラビン）を含む培地に再懸濁し、−８０°Ｃで急速に凍結する。凍結した材料を凍結乾燥機に入れ、サイクルを実行して水分を昇華させて除去し、保存された細菌細胞のマトリックスを表す微粉末と、必要に応じて凍結乾燥保護剤（ｃｒｙｏ−ｌｙｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）を残す。個々の分離株からの各粉末は、純度について試験され、純粋である場合、完全な混合を介して粉末として所望の組み合わせに組み合わせて、所望の複数の細菌種を含む無水組成物を生成することができる。
【０１１５】
特定の実施形態では、細菌種の集団を含む無水組成物は、米国特許第８，９０６，６６８号及び第９，５１１，０９９号、並びに米国特許出願公開第２０１４０３４２４３８号に開示されている方法に従って糞便から得ることができ、そのそれぞれの全内容は参照により本明細書に組み込まれる。
【０１１６】
特定の実施形態による培養方法
特定の実施形態では、複数の細菌種を含む無水組成物をケモスタット容器で培養する。特定の実施形態では、ケモスタット容器は、米国特許出願公開第２０１４０３４２４３８号に開示されている容器である。いくつかの実施形態では、ケモスタット容器は、図１Ａ及び１Ｂに記載されている容器である。
【０１１７】
特定の実施形態では、ケモスタット容器は、コンデンサーを遮断し、培養物を通して窒素ガスをバブリングすることによって、発酵システムからケモスタットに変換される。特定の実施形態では、圧力は、廃棄物を設定された高さで金属管（以前はサンプリング管）から押し出し、ケモスタット培養の所与の作業容量の維持を可能にする。
【０１１８】
特定の実施形態では、ケモスタット容器は、ケモスタット容器を通してろ過された窒素ガスをバブリングすることによって嫌気性に維持される。特定の実施形態では、温度及び圧力は自動的に制御及び維持される
特定の実施形態では、ケモスタット培養物の培養ｐＨは、５％（ｖ／ｖ）ＨＣｌ（シグマ）及び５％（ｗ／ｖ）ＮａＯＨ（シグマ）を使用して維持される。
【０１１９】
特定の実施形態では、ケモスタット容器の培養培地は継続的に交換される。特定の実施形態では、交換は、遠位腸の保持時間に等しい期間にわたって行われる。その結果、特定の実施形態では、培養培地は、４００  ｍＬ／日（１６．７  ｍＬ／時間）の速度でケモスタット容器に連続的に供給されて、２４時間の保持時間を与え、この値は、遠位腸の保持時間を模倣するように設定される。代替の保持時間は６５時間である（約１４８  ｍＬ／日、６．２  ｍＬ／時間）。特定の実施形態では、保持時間は１２時間という短さであり得る。
【０１２０】
特定の実施形態では、培地は、米国特許出願公開第２０１４０３４２４３８号に開示されている培地である。
【０１２１】
本発明のいくつかの実施形態を説明してきたが、これらの実施形態は単なる例示であり、限定的ではなく、多くの修正が当業者に明らかになる可能性があることが理解される。さらに、種々の工程を任意の所望の順序で実行することができる（及び任意の所望の工程を追加することができ、及び／又は任意の所望の工程を省略することができる）。
【０１２２】
ここで、以下の実施例を参照し、これは、上記の記載と共に本発明のいくつかの実施形態を非限定的な形で例示する。
【０１２３】
実施例
実施例１：単一のドナーに由来する微生物生態系と複数のドナーに由来する微生物生態系の比較
本発明者らは、単一の個体に由来する微生物が宿主に共適応しているかどうかを調査し、「凝集性」又は一緒に効率的に働く能力を実証した。本発明者らは、そのような凝集性は、一般的に遭遇する環境の摂動に最もよく応答する生態系の能力にとって重要である可能性があると仮定した。
【０１２４】
これを試験するために、本発明者らは、ヒトの腸で一般的に見られる６つの細菌門を表す、それぞれ２７の細菌種の２つの定義された微生物群集を作成した。最初の群集（ＣＣ）は、単一のドナーから分離された細菌分離株のグループを表し、それぞれが異なる種を表している。従って、ＣＣは共選択された微生物叢である。第２の群集（ＦＣ）は、種の同一性（全長１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列全体で≧９７％の同一性）でＣＣ群集と一致する分離株のグループを表しているが、各群集のメンバーは異なる個体から供給された（つまり、合計２７の異なる個体）。群集は、イルミナのＭｉｓｅｑプラットフォームで１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の個別のディープシーケンスによって純度が検証された。
【０１２５】
各群集は、高繊維食を与えられたバイオリアクター容器に個別に播種され、定常状態（１４日間）に達した後、分析のためにサンプルが取り出された。図２を参照する。
【０１２６】
定常状態でサンプルを取り出した後、摂動ストレスをシミュレートするために、バイオリアクターを突然高タンパク質食に切り替えた。定常状態がさらに１４日間にわたって発達することが許可され、生態系が再サンプリングされた。図２を参照する。イルミナのＭｉＳｅｑプラットフォームを使用して、サンプルに対して１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列プロファイリングを実行した。
【０１２７】
１６Ｓ  ｒＲＮＡプライマーを使用して、図５（表２）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片及び表１に示す各菌株に対応する全長１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列（付録Ａ）を生成した。Ｔ３及びＴ７テールをそれぞれ備えた例示的な１６Ｓ  ｒＲＮＡプライマーは以下のとおりである：ＡＴＴＡＡＣＣＣＴＣＡＣＴＡＡＡＧＴＡＣＧＧ［ＡＧ］ＡＧＧＣＡＧＣＡＧ（配列番号：８１）Ｖ３ｋｌ  プライマーＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＣ［ＡＧ］ＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＡＣＧＡＣ（配列番号：８２）Ｖ６ｒ  プライマー。
【０１２８】
各ＭＥＴ−２株の全長１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列は、付録Ａ（添付）に記載されており、配列番号：１−４０と指定されている。
【０１２９】
図５（表２）は、ＭＥＴ−２株とそれに付随する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片を示している。１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列断片は、表２に記載されている順に、配列番号：４１〜８０と指定されている。
【０１３０】
本発明によれば、当該技術分野の範囲内の従来の分子生物学、微生物学、及び組換えＤＮＡ技術を使用することができる。そのような技術は文献で完全に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋらの”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”（１９８９）；  ”Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”  Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  ［Ａｕｓｕｂｅｌ，  Ｒ．  Ｍ．，  ｅｄ．（１９９４）］；  ”Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ”  Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  ［Ｊ．  Ｅ．  Ｃｅｌｉｓ，  ｅｄ．（１９９４））］；  ”Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”  Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  ［Ｃｏｌｉｇａｎ，  Ｊ．  Ｅ．，  ｅｄ．（１９９４）］；  ”Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．  Ｊ．  Ｇａｉｔ  ｅｄ．  １９８４）；  ”Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ”  ［Ｂ．  Ｄ．  Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．  Ｊ．  Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｄｓ．（１９８５）］；  ”Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ”  ［Ｂ．  Ｄ．  Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．  Ｊ．  Ｈｉｇｇｉｎｓ，  ｅｄｓ．（１９８４）］；  ”Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”  ［Ｒ．  Ｉ．  Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，  ｅｄ．（１９８６）］；  ”Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  Ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ”  ［ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）］；  Ｂ．  Ｐｅｒｂａｌ，  ”Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ”（１９８４）を参照のこと。
【０１３１】
結果
高繊維食から高タンパク質食への切り替えは、ＣＣ群集の相対存在量プロファイルにほとんど変化がなく、群集が摂動に効率的に適応できることを示唆している。逆に、ＦＣ群集は、プロテオバクテリアの顕著な増加（腸内毒素症の一般的な兆候）に伴って、相対存在量の劇的な変化を示した。プロテオバクテリアには、代謝的に用途が広く、日和見的食者となる傾向がある多くの微生物種が含まれる。図３及び４を参照する。
【０１３２】
本明細書に提示される結果に基づいて、本発明者らは、宿主内で共選択及び共適応された微生物群集（共選択された微生物叢）は、摂動ストレス中に頑健性を示すと結論付けた。これは、多くのドナーの合併ではなく、単一の選択されたドナーから派生したＭＥＴ製品を作成するための正当とする理由を提供する。
【０１３３】
腸内毒素症に関連する疾患又は障害に苦しむ人間を治療するためのプロトコル  
本明細書に記載されるように、ＭＥＴ−２及びその例示的なサブグループ（例えば、ＭＥＴ−２Ａ及びＭＥＴ−２Ｂ）は、潰瘍性大腸炎を含むそのような疾患に苦しむ対象の胃腸疾患を治療するための治療薬として記載されている。ＭＥＴ−２に含まれる細菌分離株は、健康な２５歳の男性ドナーの便サンプルから分離された腸内細菌の純粋な生菌培養物である。微生物生態系治療製品は、４０種類の凍結乾燥された純粋な細菌培養物が所定の比率で混合されて構成されている。製品は、カプセルの形で患者に経口投与される。
【０１３４】
ＭＥＴ−２は、元々は健康な２５歳の大便ドナーから精製され、さらに好ましい安全性プロファイルに基づいて選択された、４０株の凍結乾燥細菌で構成されている。ＭＥＴ−２の導出に使用されたドナーは、クロストリジウム・ディフィシルの複数の患者の治療におけるＦＭＴのドナーとしても成功裏に使用された。ｒＣＤＩ患者を対象としたＭＥＴ−２による第１ａ相臨床試験が現在進行中である。予備的証拠は、ＭＥＴ−２が現在までこの治療薬による治療に関連する重大な有害事象を伴わず、忍容性が良好であることを示唆している。さらに、これまでにＭＥＴ−２治療を受けているｒＣＤＩ患者における菌血症、敗血症又は侵襲性感染症の症例は報告されていない。
【０１３５】
ＭＥＴ−２には、潰瘍性大腸炎のコンテキストで腸内微生物叢研究の急速に発展している分野から出現した新しい情報を反映し、組み込む変更がある。
【０１３６】
ＭＥＴ−２の由来となったドナーは、ウイルス性、細菌性及び医学的疾患について広範囲にわたってスクリーニングされた。簡単に言うと、ＭＥＴ−２は、拡張スペクトルβ−ラクタマーゼ（  ＥＳＢＬ）、バンコマイシン耐性腸球菌  （ＶＲＥ）、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌  （ＭＲＳＡ）、及びクロストリジウムディフィシル  （Ｃ．ディフィシル）を含む病原性微生物を除外する。さらに、血液媒介性病原体の高リスク行動のリスク評価、徹底した詳細な病歴、及びドナーの全体的な健康を確認するための身体検査が完了した。ＭＥＴ−２受信者に関する特別な考慮事項はない。経験的で標的を絞った抗生物質療法は、感染症や微生物医学の専門家などの適切な専門家と綿密に相談しながら、日常的なケア基準に基づいて行う必要がある。次に、分離された株を継代培養を繰り返して精製し、最初に同定のために配列決定し、耐性株の転移がないことを確認するために細菌耐性についてスクリーニングした。製造プロセスには複数の継代工程があり、その後プレート培養で純度を調べる。最後に、ＭＥＴ−２製品のリリースは、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のサンガーシーケンス（細菌に特異的）によって決定されたように、各細菌培養が不純物又は任意の細菌汚染（例えば、病原菌）について陰性である場合にのみ発生する。
【０１３７】
ＭＥＴ−２は、４０種類の凍結乾燥された純粋な細菌培養物が所定の比率で混合されており、表６に詳細が示されている。
【０１３８】
【表３】
2021509904.tif 000007
【０１３９】
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は、結腸直腸の慢性の再発性特発性炎症性疾患である。過去１０年間で、ＵＣの発生率と有病率は増加しており、ＵＣは重要な新興の世界的疾患となっている。ＵＣの主な症状には、血性下痢、腹痛、切迫感、しぶり、失禁などがあり、患者の生活の質を低下させる。ＵＣの症状の重症度は、軽度の疾患（血液の有無にかかわらず１日あたり４便未満）から重症の疾患（激しいけいれんや持続的な出血がある１日あたり１０便超）までさまざまである。腸疾患の臨床的重症度に応じて、患者は全身症状及び他の生命を脅かす合併症を発症することもある。
【０１４０】
ＵＣの管理は、疾患の臨床的重症度によって決定され、現在の治療戦略は、抗炎症剤及び免疫抑制剤による免疫系の調節に重点が置かれている。軽度から中等度の疾患の場合、抗炎症剤、例えば  ５−アミノサリチル酸（５−ＡＳＡ）は、免疫調節剤をステロイド節約剤として使用する場合の主な治療選択肢である。これらの治療法は多くの場合寛解を維持することができるが、現在の医学的治療は不完全であり、局所５−ＡＳＡ単独又は副腎皮質ステロイドとの併用療法に反応しない患者のサブセットがある。さらに、ＵＣ患者の２０−３０％は、急性合併症と医学的に難病を管理するために結腸切除術を必要とする。従って、ＵＣの治療のためのより好ましい安全性プロファイルを有するより有効な薬物が必要である。
【０１４１】
ＵＣの病因は複雑、多因子性であり、完全には理解されていないが、異常な宿主免疫応答、及び腸バリア機能不全がこの状態に関連付けられている。
【０１４２】
人体は１０兆を超える微生物細胞の宿主であり、これらの大部分は腸内にある。微生物のコレクション、それらの遺伝子産物、及びヒトの胃腸（ＧＩ）管における対応する代謝機能は、腸内微生物叢と呼ばれる。分子微生物学の最近の進歩により、ビタミン／栄養素の生産、代謝と宿主のエネルギー需要の調節、腸管上皮細胞の恒常性、病原体からの保護、正常な免疫機能の発達と維持を含む、さまざまな重要なプロセスにおける腸内微生物叢の重要な役割が明らかになった。
【０１４３】
腸内細菌症は、微生物の構成、多様性、又は機能の変化を特徴とする微生物群集の病的不均衡として定義でき、これにより疾患が発生する可能性がある。抗生物質、有毒化合物、食事、医学的介入、及び疾患はすべて、腸内微生物叢に影響を与える可能性がある。ただし、腸内細菌叢の異常の定義は、健康状態と疾患状態の両方での個人間での細菌組成のばらつきのために困難である。腸内微生物叢は、Ｃ．  ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）など、さまざまな疾患の兆候と関連しているが、これらに限定されない。
【０１４４】
ＭＥＴ−２無水組成物（医薬品）は、健康なドナー１人の便サンプルに由来する、４０の異なる腸内細菌の純粋な培養物の所定の比率の凍結乾燥混合物を含む。各カプセルには０．５  ｇのＭＥＴ−２が含まれ、カプセルあたりの強度はカプセルあたり３．５９  ×  １０７  〜  ３．５９  ×  １０１１  コロニー形成単位（ＣＦＵ）である。製剤は出荷され、室温で維持される。カプセルは嫌気性パッケージに密封され、被験者／患者がカプセルを飲み込む直前にのみ開封される。
【０１４５】
上記のように、４０の純粋な細菌培養分離株が、単一のドナーの便サンプルからＭＥＴ−２組成物として選択されている。細菌分離株の同一性は微生物学的に、また１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）シーケンスを使用して確認されている。
【０１４６】
ＭＥＴ−２に含まれるすべての分離株は、イミペネム、セフトリアキソン、及びピペラシリンに感受性がある。抗菌剤への感受性は、電子ストリップ（ｅ−ｓｔｒｉｐｓ）及び／又はカービーバウアーディスク（Ｋｉｒｂｙ  Ｂａｕｅｒ  ｄｉｓｋｓ）で感受性を直接測定することにより決定された。
【０１４７】
原薬のために選択された培養分離株のリストを以下の表７に提供する。
【０１４８】
【表４−１】
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【０１４９】
【表４−２】
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【０１５０】
上記に加えて、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列同一性によってその最も近い隣接物と９７％超の同一性を有する潜在的株は、当該技術分野では同じ種であると考えられている。この認められた理解は、ここで説明するすべてのパーセント同一性に適用される。
【０１５１】
微結晶セルロースは、流動助剤として凍結乾燥原薬の混合物に添加される。ヒプロメロース／ヒプロメロースＡＳと二酸化チタンで構成される２ピースのハードＶｃａｐｓ(R)腸溶性カプセル（Ｃａｐｓｕｇｅｌ）は、ＭＥＴ−２原薬混合物（微結晶セルロースを含む）のカプセル化に使用される。ＭＥＴ−２製品は二重カプセル化されている。ＭＥＴ−２凍結乾燥材料をサイズ０の腸溶性カプセルに充填し、密封してから、サイズ００の腸溶性カプセルに入れ、再度密封する。
【０１５２】
ＭＥＴ−２カプセルは、生菌を大腸に送達するために、腸溶性カプセルで経口投与される。ＭＥＴ−２カプセルは室温で保管し、パッケージ内の窒素雰囲気を維持するために、患者への投与の直前にのみパッケージを開封する必要がある。
【０１５３】
前臨床試験  
デキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）は、特定の病原体が関与していないバリア機能の化学的破壊を含む大腸炎の一般的に採用されているマウスモデルである。
【０１５４】
ＭＥＴ−２のバリア機能と炎症への影響を調べるために、抗生物質の経口投与後にＭＥＴ−２を強制経口投与し、３％のＤＳＳを投与して大腸炎を誘発する。ＭＥＴ−２を投与されたマウスを評価して、炎症性サイトカインの血清レベルを測定し、コントロールと比較して組織学的損傷を軽減することができる。更に、経口抗生物質投与後のＭＥＴ−２投与の効果を測定して、ＭＥＴ−２投与が、ムチンタンパク質であり、及び結腸にある保護粘膜バリアの主要構成成分であるムチン−２のＤＳＳを介した損失を軽減させるかどうかを評価できる。腸バリア機能の障害は、腸内バリアの完全性と宿主の自然免疫及び適応免疫反応に影響を与える腸内毒素症を引き起こす。異常な腸内細菌叢に対する不適切な免疫応答がＵＣの病因に寄与していると仮定されているため、腸内バリアの完全性の維持は、腸の恒常性の状況において重要である。
【０１５５】
インビトロ試験は、ＭＥＴ−２製剤ですでに実施されている。これらの試験は、ＭＥＴ−２がＣ．ディフィシル毒素Ｃ．ディフィシル毒素Ａ  （ＴｃｄＡ）及びＣ．ディフィシル毒素Ｂ  （ＴｃｄＢ）によって引き起こされる細胞骨格及び細胞バリア損傷からヒト腸細胞株を保護したことを示している。ＭＥＴ−２はまた、アポトーシスから細胞を保護した。
【０１５６】
ＭＥＴ−２による臨床試験の結果
予備的証拠は、ＭＥＴ−２が現在までこの治療薬による治療に関連する重大な有害事象を伴わず、忍容性が良好であることを示唆している。更に、これまでにＭＥＴ−２治療を受けているｒＣＤＩ患者における菌血症、敗血症又は侵襲性感染症の症例は報告されていない。
【０１５７】
ＭＥＴ−２の臨床開発には、厳格なドナースクリーニングが含まれる。要約すると、糞便材料は、インフォームド及び書面による同意を得て、健康な糞便ドナーから入手したものである。ドナーはさまざまな血液媒介疾患のスクリーニングを受けた、例えば、ＨＩＶ−１やＨＩＶ−２、Ａ型、Ｂ型及びＣ型肝炎、梅毒だけでなく、さまざまな腸内細菌（サルモネラ種、赤痢菌種、カンピロバクター種、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７及びエルシニア）及びＣ．ディフィシル毒素の存在。便はまた、卵子及び寄生虫の存在について顕微鏡検査も行った。ドナーはさらに、便中のヘリコバクター・ピロリ、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌、及びバンコマイシン耐性腸球菌種のコロニー形成についてスクリーニングされた。ハイリスク行動や身体診察を含む詳細な病歴も完了した。
【０１５８】
細菌株を精製し、人間の遠位腸の状態をモデル化するバイオリアクターで成長させた。抗菌剤に対する感受性が決定された。一連の抗菌剤に敏感な共生種を表す分離株を最終的な便代用製剤として選択した。全長１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列は、ＤＮＡ最尤スコアの報告に使用される最も具体的な名前を使用して、基本的なローカルアライメント検索ツール（ＢＬＡＳＴ）を使用して分類された。ＭＥＴ−２構成株は、純粋培養で個別に成長させ、急速冷凍し、凍結乾燥した。各菌株がＣＦＵ／ｇ仕様を満たした後、すべての菌株の凍結乾燥細菌製品を所定の比率で組み合わせて、医薬品有効成分（ＡＰＩ）を作成した。
【０１５９】
ＭＥＴの組成と投与経路は適応症によって異なる。例えば、ＭＥＴ−２は、ＵＣのカプセル化された形で経口投与される凍結乾燥細菌製品である。ｒＣＤＩのＭＥＴ−２は２つの剤形で提供される：１）経口摂取用のカプセル入り凍結乾燥粉末及び２）大腸内視鏡検査による直腸投与用の凍結乾燥粉末（粉末は０．９％生理食塩水に再懸濁）。ＭＥＴ−１も、大腸内視鏡検査によって投与された生菌製品（０．９％生理食塩水に再懸濁）である。最近の非劣性試験では、経口カプセルは、ｒＣＤＩの大腸内視鏡検査で提供されるＦＭＴと比較して同等に効果的であることが示された。特に、上記の試験では、大腸内視鏡検査を介してＦＭＴを受けた患者と比較して、ＦＭＴカプセルを受けた患者では軽度の有害事象が少なかった。さらに、いくつかのＦＭＴ試験では、凍結した糞便材料がｒＣＤＩの治療において新鮮な糞便材料と同じくらい効果的であることが示されている。最近では、ＦＭＴはカプセル配送によって凍結乾燥された形で提供されており、成功率は８８％である。従って、ＭＥＴ−２臨床プロトコルは、これらの最近の文献の進歩に関して、投与経路の変更を実現した。カプセル化された凍結乾燥ＦＭＴ材料は、ＵＣ患者での使用については研究されていないが、凍結乾燥細菌製剤はプロバイオティクス業界では一般的である。
【０１６０】
本明細書に記載されるように、ＭＥＴ−２は、健康な糞便ドナーの便に由来する４０の細菌株の定義された微生物群集で構成される治療用組成物である。細菌は、純粋な凍結乾燥腸内細菌の所定の比率の混合物として調製される。次に、細菌は腸溶性カプセルに二重カプセル化される。ＭＥＴ−２カプセルには、０．５  ｇのＭＥＴ−２（３．５９  ×  １０７  〜  ３．５９  ×  １０１２  ＣＦＵに相当）が含まれており、経口経路で患者に投与される。
【０１６１】
ＭＥＴ−２株の由来となったドナーは、感染性物質と血液由来病原体について厳密にスクリーニングされている。このドナーの便は、ｒＣＤＩの治療を成功させるためのＦＭＴドナーとしても以前から使用されている。ＭＥＴ−２細菌群集の安全性プロファイルにより、予想される毒性の上限はない。
【０１６２】
本明細書に記載されているような多種派生群集は、プロバイオティクス又はそのようなプロバイオティクス種の混合培養よりも一般的に有用であろう。ＭＥＴ−２の微生物は群集に由来し、結腸環境にコロニーを形成できる程度に群集構造を保持することが期待されている。単一の健康なドナーから分離された定義された微生物群集は、摂動に対する増強された頑健性応答を示す本明細書に提示される結果によって示されるように、抗生物質によるさらなる摂動に耐えるのに十分頑健である可能性がある。例えば、図３と４を参照する。
【０１６３】
本明細書において言及されるすべての出版物、特許、及び特許出願は、個々の出版物、特許、又は特許出願が具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同じ程度に、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。更に、本出願における参考文献の引用又は特定は、そのような参考文献が本発明の先行技術として利用可能であることの承認として解釈されるべきではない。セクションの見出しが使用されている限りにおいて、それらは必ずしも限定的であると解釈されるべきではない。
【０１６４】
上記の特定の実施形態の説明は、本発明の一般的な性質を十分に明らかにするものであるため、他者は、現在の知識を適用することにより、過度の実験なしに、及び包括的な概念から逸脱することなく種々の用途のためにこの特定の実施形態を容易に改変し及び／又は適合させることができ、従って、このような適合及び改変は、開示された実施形態の均等物の意味及び範囲内にあるものと理解されるべきであり、かつそのように意図されている。本明細書において用いられている用語又は術語は、説明を目的とするものであり、限定を目的とするものではないことを理解されたい。種々の開示された機能を実行するための手段、材料、及び工程は、本発明から逸脱することなく、種々の代替形態をとることができる。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図５−４】
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【図５−５】
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【図５−６】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図６−４】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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