(57)【要約】本明細書で提供されるのは、パーキンソン病（ＰＤ）又はパーキンソン病の症状を有する患者の予後を予測する及び治療するための方法である。予後及び適切な治療は、ＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２の遺伝子発現レベルとパーキンソン病評価尺度とを相関させて、それにより症状又は疾患の早い進行又は遅い進行の予後を予測することによって決定できる。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び
前記遺伝子発現レベルとパーキンソン病評価尺度とを相関させて、
それにより患者の予後が症状又は疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程
を含む、早期のパーキンソン病（ＰＤ）の症状を呈する患者の予後を予測するための方法。
【請求項２】
前記症状が、安静時振戦、ブラジキネジア、認知機能の低下、硬直、非対称性安静時振戦及び非対称性ブラジキネジアからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記パーキンソン病評価尺度が、ホーエン・ヤール尺度（Ｈ＆Ｙ）、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（修正版シュワブ・イングランド）及び統一パーキンソン病評価尺度（ＵＰＤＲＳ）からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
低い修正版シュワブ・イングランド尺度及び／又は増加したＨ＆Ｙスコアは、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ及びＵＢＥ２Ｋからなる群から選択される遺伝子の発現のベースラインの減少と相関し、患者の予後が症状又は疾患の早い進行を有すると予測する、請求項１又は３に記載の方法。
【請求項５】
前記相関が、疾患の早い予後又は遅い予後を示す（１．５４７９＊ΔΔＣＴ  ＡＬＤＨ１ａ）＋（−０．９１８６１＊ΔΔＣＴ  ＬＡＭＢ２）＋（−０．２１６５１＊ΔΔＣＴ  ＵＢＥ２Ｋ）＋（１．１５００２＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（０．１１５１８＊年齢）−１２．４４３５＝予測確率（ＰＰ）値を含むＣＬ−予測アルゴリズムによって決定される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
正のＰＰ値が疾患の早い進行を示し、及び負のＰＰ値が疾患の遅い進行を示す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
疾患の進行が認知機能の低下によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
認知機能の低下の程度が、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）、ミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）及びペンシルバニア大学嗅覚識別テスト（ＵＰＳＩＴ）からなる群から選択される少なくとも１つの認知評価尺度によって測定される、請求項１又は７に記載の方法。
【請求項９】
前記認知機能の低下が、ＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される遺伝子の発現の増加と相関する、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
前記相関が、早い又は遅い認知機能の低下を示す（−２．３９３６１＊ΔΔＣＴ  ＨＳＰＡ８）＋（−１．２７１８６＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（０．１５８２８＊年齢）＋（−０．１１８８４＊ＵＰＳＩＴ）＋１．５４７４４＝ＰＰ値を含むアルゴリズムによって決定される、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記相関が、早い又は遅い認知機能の低下を示す（−２．３６４８２＊ΔΔＣＴ  ＨＳＰＡ８）＋（−１．３９９８１＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（−０．１８０７１＊年齢）−１．８５５６＝ＰＰ値を含むアルゴリズムによって決定される、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
正のＰＰ値が早い認知機能の低下を示し、及び負のＰＰ値が遅い又は最小限の認知機能の低下を示す、請求項１０又は１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記疾患の進行が、運動障害学会統一パーキンソン病評価尺度（ＭＤＳ  ＵＰＤＲＳ）によって測定されるジスキネジアの発症を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
ＭＤＳ  ＵＰＤＲＳスコアが、ＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される遺伝子の発現の低下と相関する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
患者由来の生物学的試料中のＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ及びＵＢＥ２Ｋからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び
前記遺伝子発現レベルと、ホーエン・ヤール尺度（Ｈ＆Ｙ）、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（修正版シュワブ・イングランド）及び統一パーキンソン病評価尺度（ＵＰＤＲＳ）からなる群から選択される１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、
それにより患者の予後が疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程
を含む、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者の予後を予測するための方法。
【請求項１６】
患者由来の生物学的試料中のＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び
前記遺伝子発現レベルと、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）、ミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）及びペンシルバニア大学嗅覚識別テスト（ＵＰＳＩＴ）からなる群から選択される１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、
それによりＰＤ関連の認知機能の低下を有する患者の予後を予測する工程
を含む、パーキンソン病関連の認知機能の低下を呈する患者の予後を予測するための方法。
【請求項１７】
患者由来の生物学的試料中のＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び
前記患者の遺伝子発現レベルとＭＤＳ  ＵＰＤＲＳの好ましくない結果とを相関させて、
それによりＰＤ関連ジスキネジアの進行が早い患者の予後を予測する工程
含む、パーキンソン病関連の症状を呈する患者の予後を予測するための方法。
【請求項１８】
患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、
前記少なくとも１つの遺伝子の発現レベルから、患者の疾患又は症状が、早く進行すると予測されるか、又は遅く進行すると予測されるかを決定する工程、及び
患者に、症状の遅い又は早い進行に適切な症状軽減薬の治療有効量を投与して、
それにより、症状又は疾患の進行が遅い又は早い患者におけるパーキンソン病の症状を軽減する工程
を含む、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者におけるパーキンソン病の症状を軽減する方法。
【請求項１９】
パーキンソン病の症状の早い進行がレボドパで治療される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
早い進行がジスキネジアと関連すると決定する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
ジスキネジアの早い進行が、低用量レボドパ、徐放性レボドパ、持続的放出性レボドパ及びアマンタジンからなる群から選択される症状軽減薬で治療される、請求項２０の方法。
【請求項２２】
早い進行が認知機能の低下に関連すると決定する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
認知機能の症状軽減薬が、非定型抗精神病薬、コリンエステラーゼ阻害剤又はグルタミン阻害剤を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
疾患の遅い進行が、レボドパ又はカルビドパ−レボドパからなる群から選択される症状軽減薬で治療されない、請求項１８に記載の方法。
【請求項２５】
疾患の遅い進行が、ドーパミンアゴニスト及び／又はＭＡＯ−Ｂ阻害剤を含む症状軽減薬で治療される、請求項１８又は２４に記載の方法。
【請求項２６】
脳深部刺激又は病変の意図的な形成を含む外科的治療をさらに含む、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１７年１１月８日に出願された米国仮特許出願第６２／５８３，１３２号の利益を主張するものであり、その内容は参照により全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本明細書で提供される方法は、パーキンソン病（ＰＤ）又はパーキンソン病の症状を有する患者を治療する及び患者の予後を予測するための方法である。
【背景技術】
【０００３】
パーキンソン病（ＰＤ）は、６０歳以上の成人において比較的有病率が高い中枢神経系の障害である。ＰＤ症状には、振戦や硬直などの運動障害が含まれる。ＰＤの病因は、異種、遺伝的及び多因子的であり、その結果、遅く進行する良性の経過から早く進行する障害性疾患に至るまで、非常に可変的な臨床経過をたどる（ロートン、２０１５）。
【０００４】
ＰＤは正確な診断が難しい疾患であり、多くの疾患と混同されることがある。通常、早期ではＰＤの診断が最も困難であるが、臨床症状が進行するにつれて診断精度が向上する（マサノ、２０１２）。
【０００５】
ＰＤ患者には様々な治療の選択肢がある。ＰＤの治療に利用可能な薬物のうち、カルビドパ／レボドパ、ドーパミンアゴニスト、抗コリン剤、ＭＡＯ−Ｂ阻害剤、ＣＯＭＴ阻害剤及びその他の薬物を含む、疾患の症状を緩和することが示されているいくつかのクラスがある（非特許文献１）。ＰＤ患者は、複数のクラス及び／又は複数の薬剤を、一日の様々な時間帯又は疾患の様々な段階で、同時に又は併用して治療されることがある。薬物療法に加えて、脳深部刺激などのＰＤ患者に対する外科的介入も可能である。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ  Ｏｖｅｒｖｉｅｗ，２０１５
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
対症療法は、数年間は有効であるが、ＰＤは進行性の障害であり、最終的には重大な罹患率をもたらす。進行速度を予測する特徴を知ることにより、臨床医は、予後、治療及び余命に関して患者により良いカウンセリングを行うことができるようになるかもしれない。予後の精度の向上及び進行速度を予測する能力は、不必要な副作用が最も少ない最も有益な治療法を選択する能力に影響を与えるであろう。したがって、ＰＤの進行速度の早期予後並びにそれに伴う適切な治療法の決定及び実施について継続的な必要性が存在する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
早期のパーキンソン病（ＰＤ）の症状を呈する患者の予後の予測及び治療のための方法を本明細書に記載する。開示する早期のパーキンソン病（ＰＤ）の症状を呈する患者の予後を予測するための方法は、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び遺伝子発現レベルとパーキンソン病評価尺度とを相関させて、それにより患者の予後が症状又は疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程。
【０００９】
本明細書で提供するさらなる方法は、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者におけるパーキンソン病の症状を軽減する方法に関するものであり、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；少なくとも１つの遺伝子の発現レベルから、患者の疾患又は症状が早く進行すると予測されるか又は遅く進行すると予測されるかを決定する工程；及び前記患者に、前記症状の遅い又は早い進行に適切な症状軽減薬の治療有効量を投与して、それにより前記症状又は疾患の進行が遅い又は早い患者におけるパーキンソン病の症状を軽減させる工程。
【００１０】
さらに、本明細書で提供される方法は、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者の予後を予測するための方法に関するものであり、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ及びＵＢＥ２Ｋからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び遺伝子発現レベルと、ホーエン・ヤール尺度（Ｈｏｅｈｎ  ａｎｄ  Ｙａｈｒ  ｓｃａｌｅ）（Ｈ＆Ｙ）、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｓｃｈｗａｂ  ａｎｄ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ  ｏｆ  Ｄａｉｌｙ  Ｌｉｖｉｎｇ）（修正版シュワブ・イングランド）及び統一パーキンソン病評価尺度（Ｕｎｉｆｉｅｄ  Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒａｔｉｎｇ  Ｓｃａｌｅ）（ＵＰＤＲＳ）からなる群から選択される１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、それにより患者の予後が疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程。
【００１１】
本明細書で提供するさらなる方法は、パーキンソン病関連の認知機能の低下を呈する患者の予後を予測するための方法に関するものであり、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び遺伝子発現レベルと、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）、ミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）及びペンシルバニア大学嗅覚識別テスト（ＵＰＳＩＴ）からなる群から選択される１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、それによりＰＤ関連の認知機能の低下を有する患者の予後を予測する工程。
【００１２】
本明細書に記載のさらなる方法は、パーキンソン病関連の症状を呈する患者の予後を予測するための方法に関するものであり、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び患者の遺伝子発現レベルとＭＤＳ  ＵＰＤＲＳの好ましくない結果とを相関させて、それによりＰＤ関連ジスキネジアの進行が早い患者の予後を予測する工程。
【００１３】
前記及び他の物体、特徴、及び利点は、添付の図を参照して進む以下の詳細な説明から、より明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】図１は、早期のパーキンソン病を有する患者のための予後の方法を示すフロー図である。
【図２】図２は、遺伝子ＡＬＤＨ１ａ及びＰＳＭＣ４についての患者の血液分析を表す散布図である。分析は、図２Ａにおいては、ベースラインから３年後の修正版シュワブ・イングランドスコアとＡＬＤＨ１ａのベースライン値（デルタデルタＣＴ、ｄｄＣＴで表される）との有意な相関（Ｐ値＝０．００１２、ｒｈｏ＝−０．２０８、９５％ＣＩ  −０．３２６〜−０．０８３９）を示し；及び図２Ｂにおいては、ベースラインから３年後の修正版シュワブ・イングランドスコアとＰＳＭＣ４のベースラインとの有意な相関（Ｐ＝０．００６、ｒｈｏ＝−０．１７８、９５％ＣＩ  −０．２９８〜−０．０５２２）を示す散布図を示している。
【図３】図３Ａは、ベースラインから３年後に修正版シュワブ・イングランドが７０％以下に達したＰＤ患者を検出するためのＣＬ−予測ベースライン値及び年齢の受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示す。カットオフは、ユーデン指数（特異度＝８１．７、感度＝８０．０）と高特異度（特異度＝９３．３、感度＝４６．７）で決定した。ＣＬ−予測についての曲線下面積（ＡＵＣ）は０．８５２（９５％ＣＩ  ０．８００〜０．８９４、Ｐ値＜０．０００１）、年齢についての曲線下面積は０．７３１（９５％ＣＩ  ０．６７０〜０．７８６、Ｐ値＝０．０００５）であった。図３Ｂ〜３Ｄは、より速い時間を有するＰＤ患者を予測するためのＣＬ−予測のカプラン−マイヤー曲線を、修正版シュワブ・イングランドが７０％以下となる日数で描いたものである。図３Ｂに示すように、ユーデン指数カットオフを用いた場合、エンドポイントに到達するハザード比（ＨＲ＋）は１３．５７（９５％ＣＩ、４．０６−４５．３８）、負のハザード比（ＨＲ−）は０．０７４（９５％ＣＩ、０．０２２−０．２５）であった。図３Ｃは、高特異度カットオフを用いた場合、エンドポイント到達時のＨＲ＋は７．４２（９５％ＣＩ、１．４３−３８．５）、ＨＲ−は０．１３（９５％ＣＩ、０．０２６−０．７０）であったことを示している。図３Ｄは、ユーデン指数（中間−Ｐｏｓ）と高特異度（高−Ｐｏｓ）の両方のカットオフを使用して、高−ＰｏｓカットオフでのＨＲ＋は１７．０８（９５％ＣＩ、３．２４−８９．８９）、中間−ＰｏｓカットオフでのＨＲ＋は１０．５５（９５％ＣＩ、２．２２−５０．１２）、ＨＲ−は０．０５９（９５％ＣＩ、０．１１−０．３１）であったことを示している。
【図４】図４は、統一パーキンソン病評価尺度（ＵＰＤＲＳ）スコアが１７ポイントまで上昇する時間によって表した、疾患進行の早いＰＤ患者を予測するためのＣＬ−予測のカプラン−マイヤー曲線を描いたものである。
【図５】図５は、ＨＳＰＡ８、ＰＳＭＣ４及びＳＫＰ１ａについての遺伝子解析のｑＰＣＲ結果である。ボックスプロットは、ＰＤ患者の受診４（ベースラインから１年後）における、ＭｏＣＡ２４以上に対するＭｏＣＡ２４未満によるｄｄＣＴレベルを表したものである。
【図６】図６は、個々の遺伝子発現レベルのみ、患者の年齢及びＵＰＳＩＴスコアに関する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線と比較した、ベースラインから３年後までに診断から３年以内にＭｏＣＡが２４未満に進行した患者に関連する認知予測分類器に関する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示している。
【図７】図７は、認知予測分類器について正又は負の患者におけるエンドポイント（ＭｏＣＡスコアが２４未満）までの日数の差を描いた認知予測分類器のカプラン−マイヤー曲線を表している。
【図８】図８Ａ〜８Ｄは、特定の遺伝子の発現レベルとジスキネジアの発生との相関を示す、遺伝子ＬＡＭＢ２（図８Ａ）及びＳＫＰ１ａ（図８Ｃ）についてのｑＰＣＲ結果の解析；及びＬＡＭＢ２（図８Ｂ）及びＳＫＰ１ａ（図８Ｄ）についてのベースライン時の発現レベルに基づくジスキネジアの予測に関するＲＯＣ曲線を示している。
【図９】図９Ａ〜９Ｂは、Ｈ＆Ｙステージが３以上に達したＰＤ患者のＣＬ−予測ＰＰベースライン値を示す。図９Ａは、３年後のＨ＆Ｙステージと比較したボックスプロットでのＰＤ予測ベースライン値を示しており、ベースラインから３年後にＨ＆Ｙステージ３以上に達したＰＤ患者のベースライン血液中のＣＬ−予測ＰＰベースライン値は、ベースラインから３年後にＨ＆Ｙステージ３未満であったＰＤ患者よりも有意に高かったことを示している。図９Ｂは、ユーデン指数カットオフを用いたＨ＆Ｙステージが３以上となる期間を予測するためのカプラン−マイヤー曲線を示している。ＣＬ−予測では、ＨＲ＋が４、ＨＲ−が０．２４のカットオフ−１を用いて、Ｈ＆Ｙステージ３以上までの期間が早い患者を有意に区別した。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
Ｉ．用語
特に断りのない限り、専門用語は従来の用法に従って使用され、例えば、ベンジャミン  ルウィン，遺伝子Ｖ，オックスフォード大学出版局による出版，１９９４（ＩＳＢＮ  ０−１９−８５４２８７−９）；ケンドリューら（編集）に記載されている用法である。単数形の用語「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明確にそれ以外の場合であることを示さない限り、複数の参照語を含む。同様に、「又は（ｏｒ）」という語は、文脈が明確に明確にそれ以外の場合であることを示さない限り、「及び（ａｎｄ）」を含むことが意図されている。核酸又はポリペプチドについて与えられたすべての塩基サイズ又はアミノ酸サイズ及びすべての分子量又は分子質量値は近似値であり、記載のために提供されていることをさらに理解されたい。本開示の実施又は試験において、本明細書に記載されたものと類似又は同等の方法及び材料を使用することができるが、好適な方法及び材料を以下に記載する。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」を意味する。略語である「ｅ．ｇ．」は、ラテン語のｅｘｅｍｐｌｉ  ｇｒａｔｉａに由来し、本明細書では、非限定的な例を示すために使用される。したがって、略語「ｅ．ｇ．」は、用語「例えば（ｆｏｒ  ｅｘａｍｐｌｅ）」と同義である。矛盾が生じた場合は、用語の説明を含む本明細書が制御する。さらに、すべての材料、方法及び例は、例示的なものであり、限定することを意図するものではない。
【００１６】
投与：選択された経路による組成物の被験体への導入。活性化合物又は組成物の投与は、当業者に知られている任意の経路によって行うことができる。投与は、局所的又は全身的であり得る。局所投与の例としては、局所投与（ｔｏｐｉｃａｌ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）、皮下投与、筋肉内投与、髄腔内投与、心腔内投与、眼内投与、局所眼投与、又は吸入投与による鼻粘膜又は肺への投与が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、局所投与は、例えば、特定の器官の動脈供給に血管内投与を指示することによって、全身投与に典型的に使用される投与経路を含む。したがって、特定の実施形態では、局所投与は、そのような投与が特定の器官に供給する血管系を対象している場合には、動脈内投与及び静脈内投与を含む。また、局所投与は、持続的な治療効果のために長期間にわたって活性剤又は化合物を放出する、血管ステント又は他のリザーバーのような植え込み可能な装置又は構築物へ活性化合物及び薬剤を組み込むことを含む。
【００１７】
全身投与は、循環系を介して全身に活性化合物又は組成物を広く分布させるように設計された任意の投与経路を含む。したがって、全身投与には、動脈内投与及び静脈内投与を含むが、これらに限定されない。また、全身投与は、投与が循環系による全身への吸収及び分布に向けられる場合、局所投与、皮下投与、筋肉内投与又は吸入による投与を含むが、これらに限定されない。
【００１８】
生物学的試料：生物から直接又は間接的に得ることができる任意の試料であり、全血、血漿、血清、涙、粘液、唾液、尿、胸水、髄液、胃液、汗、精液、膣分泌物、喀痰、潰瘍及び／若しくは他の表面の噴出物からの液体、水疱、膿瘍、組織、細胞（例えば、線維芽細胞、末梢血単核細胞又は筋肉細胞）、臓器、並びに／又は組織、細胞（例えば、線維芽細胞、末梢血単核細胞又は筋肉細胞）、骨髄、若しくは臓器の抽出物。試料は、当技術分野の当業者によく知られた方法を用いて収集されるか、又は得られる。
【００１９】
認知機能の低下：認知機能の低下は、パーキンソン病と関連している可能性がある。認知機能の低下は、短期記憶及び作業記憶、視覚空間能力、実行機能、注意力、集中力、言語及び志向性又はそれらの組み合わせの低下で明らかになる。
【００２０】
対照：基準となる基準値。対照は、記載されている遺伝子などの診断分子の基底発現を示す既知の値とすることができ、「所定の値」と呼ぶこともある。特定の例では、対照試料は、疾患又は状態を有しないことが知られている被験者から採取される。他の例では、対照試料は、診断された被験者から採取されるが、より早い時点、すなわち、疾患発症前又は疾患治療の前又は疾患治療のより早い時点で採取される。検査試料と対照との間の差は、増加であってもよく、逆に減少であってもよい。差は、質的な差でも又は量的な差でもよく、例えば、統計的に有意な差であってもよい。いくつかの例では、差は、対照と比較して、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１５０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２５０％、少なくとも約３００％、少なくとも約３５０％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、又は少なくとも約５００％以上の増加又は減少である。
【００２１】
診断：疾患又は疾患若しくは状態を発症する素因を特定する過程、例えば、本明細書に開示された方法。その過程を経て得られる結論は、「診断（ａ  ｄｉａｇｎｏｓｉｓ）」とも呼ばれる。疾患や病気と診断された対象者は、その疾患や病気に「罹患」していると理解される。
【００２２】
病気の進行：パーキンソン病は時間とともに悪化する進行性疾患である。進行は早い又は遅いと定義することができる。疾患の進行は、ある時点での患者のＰＤの症状（又は症状の組み合わせ）を比較し、後の時点での症状の重症度を比較することで明らかにすることができる。ＰＤの病因は、異種、遺伝的及び多因子的であり、その結果、遅く進行する良性の経過から、早く進行する障害性疾患に至るまで、非常に可変的な臨床経過をたどる。
【００２３】
ジスキネジア：異常な、制御されていない又は不随意の動き。腕、脚、又は頭部などの身体の一部分に影響を及ぼす場合があれば、身体全体に広がる場合もある。ジスキネジアは、そわそわ、身もだえる、うごめく、頭が揺れる又は体が揺れるといったことが現れることがある。様々な程度の重症度で発生する可能性がある。
【００２４】
早期のパーキンソン病：患者の病気の診断から３年以内のパーキンソン病。
【００２５】
マーカー：患者の生体試料に存在する分子。生物学的試料中のマーカーの量を分析し、閾値レベル又は既知のレベルと比較してもよい。既知のレベルと比較して、生物学的試料中のマーカーのレベルの増加又は減少は、疾患の存在又は疾患を発症する傾向を示す可能性がある。
【００２６】
患者：疾患又は状態を発症する可能性がある、発症しやすい又は発症する素因がある患者。すでに病気や状態の症状を持っている又は示している患者は、すでに病気や状態を発症しているため、「感受性」と考えられることが理解される。
【００２７】
予後：疾患の予想される転帰若しくは経過、又は疾患の予想される転帰若しくは経過を決定するための過程。特定の実施形態では、予後は、治療が行われていない場合の所定の疾患の転帰又は経過であり、他の実施形態では、特定の治療後の疾患の転帰経過である。
【００２８】
治療有効量：治療されている対象において所望の効果を達成するのに十分な化合物の量。化合物の有効量は、単回投与で、又は治療の過程中複数回、例えば毎日の投与でもよい。しかしながら、有効量は、適用される化合物、治療されている対象、苦痛の重症度及びタイプ並びに化合物の投与方法に依存する。例えば、有効成分の治療有効量は、血中（インビボ）又は緩衝液（インビトロ）中において、有効成分（低分子、ペプチド、タンパク質又は抗体など）が効果をもたらす濃度（リットル当たりのモル数又はモーラー−Ｍ）として、測定することができる。
【００２９】
ＩＩ．いくつかの実施形態の概要
本明細書に記載される方法は、早期のパーキンソン病（ＰＤ）の症状を呈する患者の予後を予測するための方法であって、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２などの少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程、及び遺伝子発現レベルとパーキンソン病評価尺度と相関させて、それにより患者の予後が症状又は疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程。
【００３０】
いくつかの実施形態では、症状は、安静時振戦、ブラジキネジア、認知機能の低下、硬直、非対称性安静時振戦及び非対称性ブラジキネジアであり得る。
【００３１】
いくつかの実施形態では、パーキンソン病評価尺度は、ホーエン・ヤール尺度（Ｈ＆Ｙ）、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（修正版シュワブ・イングランド）及び統一パーキンソン病評価尺度（ＵＰＤＲＳ）であり得る。
【００３２】
特定の実施形態では、早い進行は、低い修正版シュワブ・イングランド尺度及び／又は増加したＨ＆Ｙスコアと相関し、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ及びＵＢＥ２Ｋからなる群から選択される遺伝子発現のベースラインの減少と相関し、症状又は疾患の早い進行を有するとして患者の予後を予測する。
【００３３】
いくつかの実施形態では、相関は、疾患の早い予後又は遅い予後を示す（１．５４７９＊ΔΔＣＴ  ＡＬＤＨ１ａ）＋（−０．９１８６１＊ΔΔＣＴ  ＬＡＭＢ２）＋（−０．２１６５１＊ΔΔＣＴ  ＵＢＥ２Ｋ）＋（１．１５００２＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（０．１１５１８＊年齢）−１２．４４３５＝予測確率（ＰＰ）値を含むＣＬ−予測アルゴリズムによって決定される。
【００３４】
いくつかの実施形態では、正のＰＰ値は疾患の早い進行を示し、及び負のＰＰ値は疾患の遅い進行を示す。
【００３５】
特定の実施形態では、疾患の進行は、認知機能の低下の測定によって決定される。さらなる実施形態では、認知機能の低下の程度は、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）、ミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）及びペンシルバニア大学嗅覚識別テスト（ＵＰＳＩＴ）によって測定することができる。
【００３６】
いくつかの実施形態では、認知機能の低下は、ＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａのような遺伝子の発現の増加と相関する。
【００３７】
特定の実施形態では、認知機能の低下の相関は、早い又は遅い認知機能の低下を示す（−２．３９３６１＊ΔΔＣＴ  ＨＳＰＡ８）＋（−１．２７１８６＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（０．１５８２８＊年齢）＋（−０．１１８８４＊ＵＰＳＩＴ）＋１．５４７４４＝ＰＰ値を含むアルゴリズムによって決定される。さらなる実施形態では、認知機能の低下の相関は、早い又は遅い認知機能の低下を示す（−２．３６４８２＊ΔΔＣＴ  ＨＳＰＡ８）＋（−１．３９９８１＊ΔΔＣＴ  ＳＫＰ１ａ）＋（−０．１８０７１＊年齢）−１．８５５６＝ＰＰ値を含むアルゴリズムによって決定される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、正のＰＰ値は早い認知機能の低下を示し、及び負のＰＰ値は遅い又は最小限の認知機能の低下を示す。
【００３９】
いくつかの実施形態では、疾患の進行は、運動障害学会統一パーキンソン病評価尺度（Ｍｏｖｅｍｅｎｔ  Ｄｉｓｏｒｄｅｒ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｕｎｉｆｉｅｄ  Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒａｔｉｎｇ  Ｓｃａｌｅ）（ＭＤＳ  ＵＰＤＲＳ）によって測定されるジスキネジアの発症を含む。特定の実施形態では、ＭＤＳ  ＵＰＤＲＳは、遺伝子ＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａの発現の低下と相関する。
【００４０】
本明細書にさらに記載されている方法は、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者におけるパーキンソン病の症状を軽減する方法であって、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２などの少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；遺伝子発現レベルを使用して、患者の疾患又は症状が早く進行すると予測されるか、又は遅く進行すると予測されるかを決定する工程；及び症状の遅い進行又は早い進行に適切な症状軽減薬の治療有効量を患者に投与し、それにより症状又は疾患の進行が遅い又は早い患者において、疾患の予後に最も適切な方法でパーキンソン病の症状を軽減する工程。
【００４１】
特定の実施形態では、パーキンソン病の症状の早い進行は、レボドパで治療される。
【００４２】
いくつかの実施形態では、早い進行は、ジスキネジアと関連しており、低用量レボドパ、徐放性レボドパ、持続的放出性レボドパ及びアマンタジンといった症状軽減薬で治療される。
【００４３】
いくつかの実施形態では、早い進行は、認知機能の低下と関連しており、非定型抗精神病薬、コリンエステラーゼ阻害薬又はグルタミン阻害薬で治療される。
【００４４】
いくつかの実施形態では、疾患の遅い進行は、レボドパ又はカルビドパ−レボドパといった症状軽減薬では治療されない。特定の実施形態では、疾患の遅い進行は、ドーパミンアゴニスト及び／又はＭＡＯ−Ｂ阻害剤を含む症状軽減薬で治療される。
【００４５】
特定の実施形態では、治療はまた、脳深部刺激又は意図的な病変の形成といった外科的治療を含む。
【００４６】
本明細書にさらに記載されている方法は、早期のパーキンソン病の症状を呈する患者の予後を予測するための方法であって、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ及びＵＢＥ２Ｋといった少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び遺伝子発現レベルと、ホーエン・ヤール尺度（Ｈ＆Ｙ）、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（修正版シュワブ・イングランド）及び統一パーキンソン病評価尺度（ＵＰＤＲＳ）のような１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、それにより患者の予後が疾患の進行が遅い又は早いと予測する工程。
【００４７】
本明細書にさらに記載された方法は、パーキンソン病関連の認知機能の低下を呈する患者の予後を予測する方法であって、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａといった少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び遺伝子発現レベルと、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）、ミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）及びペンシルバニア大学嗅覚識別テスト（ＵＰＳＩＴ）といった１つの評価尺度からのスコアとを相関させて、それによりＰＤ関連の認知機能の低下を呈する患者の予後を予測する工程。
【００４８】
本明細書にさらに記載された方法は、パーキンソン病関連の症状を呈する患者を予後するための方法であって、以下を含む：患者由来の生物学的試料中のＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａといった少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程；及び患者の遺伝子発現レベルとＭＤＳ  ＵＰＤＲＳの好ましくない結果とを相関させて、それによりＰＤ関連ジスキネジアの進行が早い患者の予後を予測する工程。
【００４９】
ＩＩＩ．パーキンソン病の予後及び治療のための方法
図１を参照すると、早期のＰＤに罹患している患者の治療の経過を順番に指示する、対象者の予後を決定するための方法１０を示すフロー図が示されている。フロー図はまた、治療を最適化するための方法及び／又は最適な治療を決定するための方法を示す。
【００５０】
方法１０は、早期のＰＤを有する患者を識別することを含むブロック２０を含む。早期のＰＤ患者は、ＰＤと診断されてから３年を超えない患者であってもよい。任意に、早期のＰＤ患者は、ＰＤと診断されてから２年を超えない患者であってもよい。
【００５１】
早期のＰＤ患者は、ホーエン・ヤール尺度によって、ステージ２以下のＰＤを有すると同定された患者であってもよい。ホーエン・ヤール尺度のステージ２とは、バランス障害を伴わない両側性又は正中線部の関与と定義されている。ホーエン・ヤール尺度のステージを以下の表１に示す。
【００５２】
【表１】
2021502127.tif 000003
【００５３】
早期のＰＤ患者は、パーキンソン病の治療を受けていない患者（ｎａｉｖｅ  ｐａｔｉｅｎｔｓ）であってもよい。
【００５４】
早期のＰＤ患者は、修正版シュワブ・イングランド日常生活活動（ＭＳＥＡＤＬ）尺度が７０％以上の患者であってもよい。ＭＳＥＡＤＬ尺度のステージは、以下の表２に示されている：
【００５５】
【表２】
2021502127.tif 000004
【００５６】
早期のＰＤ患者は、モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）のスコアが２６〜２９、平均２７の患者であってもよい。２６以上のスコアはあれば正常と考えられる。診断後２年以内に２４未満にまで進行することは、病気の進行が早いことを示している。
【００５７】
初期のパーキンソン病では、認知障害が出現した場合、その認知障害は些細で軽度であり、患者は通常、広く使用されているミニ精神状態検査（ＭＭＳＥ）上では正常範囲内で行動する。モントリオール認知評価（ＭｏＣＡ）はＭＭＳＥと同様の迅速なスクリーニング検査であるが、軽度の認知障害を呈する患者により敏感になるように開発された。短期記憶及び作業記憶、視覚空間能力、実行機能、注意力、集中力、言語並びに志向性を評価する。合計スコアは０〜３０の範囲である。
【００５８】
早期のＰＤ患者は、ホプキンス言語学習テスト（ＨＶＬＴ）のスコアが３９〜５４、平均４６である患者であってもよい。診断後２年以内に３０点以下まで低下することは、疾患の進行が早いことを示している。
【００５９】
ＨＶＬＴは記憶障害に関するスクリーニング検査である。
【００６０】
方法１０は、患者から生物学的試料を得ることを含むブロック３０を含む。生物学的試料は、血液を含んでもよい。
【００６１】
方法１０は、ブロック４０を含み、生物学的試料中の１つ以上のマーカーの存在を決定することを含む。マーカーは、１つ以上のＲＮＡ分子であってもよい。
【００６２】
生物学的試料が血液である場合、血液は、患者から容器に引き出され、その後、ＲＮＡを安定化させてもよい。全ＲＮＡ（Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ）は、当該技術分野で知られている方法を用いて血液試料から抽出してもよい。試料中のＲＮＡの濃度及び分解のレベルを評価する。
【００６３】
一定量のＲＮＡを、逆転写酵素及び緩衝液及び試薬を用いて試料ＲＮＡに相補的なＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を合成するための鋳型として使用することができる。
【００６４】
マーカーとして使用される遺伝子は、以下の表３Ａに詳述されている遺伝子のいずれか１つ又は組み合わせであってもよい。マーカー遺伝子の発現レベルは、参照遺伝子の発現レベルと比較してもよい。参照遺伝子として使用される遺伝子は、疾患の進行によって比較的変化しない発現レベルを有する任意の遺伝子を含むことができる。任意に、参照遺伝子は、下記の表３Ｂに詳述されている遺伝子であってもよい。
【００６５】
【表３Ａ】
2021502127.tif 000005
【表３Ｂ】
2021502127.tif 000006
【００６６】
任意に、少なくとも１つの参照遺伝子の量に対する試料中のマーカー遺伝子の相対量を決定する。相対量は、例えば、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）又はＤＮＡマイクロアレイを用いて決定することができる。
【００６７】
方法１０はブロック５０を含み、マーカーの量が、予測される疾患の進行が遅いことを示しているか、早いことを示しているかを決定すること、及びそれによって疾患の予後を提供することを含む。記載されている遺伝子は、バイオマーカーとみなすことができ、バイオマーカーの発現レベルによって疾患のより早い進行速度を予測し、疾患の予後を効果的に決定する。
【００６８】
疾患の進行は、疾患の身体的症状の進行であってもよい。疾患の進行は、疾患の認知症状の進行であってもよい。
【００６９】
パーキンソン病の早い疾患の進行は、以下のような日常生活の活動の困難さの増加に関連してもよい：より激しい振戦、立ち上がることの困難さ、食事や道具を拾うことの困難さ、短い歩幅及び突然の停止（立ちすくむ発作（ｆｒｅｅｚｉｎｇ  ｓｐｅｌｌｓ））を伴う自立歩行能力の低下、及び停止（ｏｆｆｓ）（数分から数時間続く歩行中の停止）。一般に、医師に提示された場合、疾患の早い進行には患者の投薬量の増加が伴う。疾患の早い進行に伴う他の症状には、以下を含む：頻繁な転倒につながる歩行中の平衡感覚の低下。疾患の早い進行に伴う他の症状は、唾液分泌過多（唾液の垂れ流し）及び声の力が弱くなり、声の高さが低くなることを含む。このような声の変化は、患者の言葉を理解することが困難になることがある。
【００７０】
ＰＤにおける病状の早い進行には心理的な影響がある。患者は無気力になり、家族や友人との交流を嫌がるようになるかもしれない。患者はうつ状態になることがある。認知制限（錯乱発作）及び幻覚が観測されることがある。さらに、患者は被害妄想的な内容の妄想を発症することがある。患者は、衝動制御機能で自分自身を抑制することが困難で、時に攻撃的になることがある。
【００７１】
時間の経過とともに、病気が進行すると、患者は杖や歩行器を使用する必要があり、頻繁な転倒により徐々に椅子に座るようになる。ＰＤ患者における最も一般的な死因は、嚥下事象による気管支肺炎；骨折の出来事を伴う転倒傷害による敗血症；及び尿路敗血症である。疾患の早い進行の経過は、ＰＤの最初の診断から約７〜１０年で進行することがある。
【００７２】
病気の進行が遅い場合は、振戦などの症状が残ることがあるが、一般的に自立したままである。病気の経過は、症状が悪化するまでに約１０〜１５年続くことがある。
【００７３】
ジスキネジアの正確な原因は不明だが、ほとんどは、それがレボドパを含む特定の薬の長期的な使用に関連していることに一致する。レボドパの結果として脳内のドーパミンへの感度が上昇し、パーキンソン病の自然な進行と組み合わされて、ジスキネジアを生じさせると考えられている。
【００７４】
任意に、疾患の進行は、疾患の身体的進行に基づいてもよく、任意にＭＳＥＡＤＬによって決定されてもよい。疾患の進行は、任意にＭｏＣＡによって決定される疾患の認知的進行に基づいてもよい。
【００７５】
予後は、バイオマーカー遺伝子発現量のみに基づいてもよい。あるいは、マーカー量が疾患の進行が遅いことを示すか早いことを示すかを決定するために、追加の因子を考慮してもよい。マーカー量に関連して考慮される追加の因子としては、患者の年齢、患者の性別、患者の嗅覚の鋭さが含まれる。
【００７６】
予後は、マーカー遺伝子ＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＵＢＥ２Ｋ及びＳＫＰ１ａの量に基づいて決定されてもよい。予後は、前記マーカー遺伝子と患者の年齢との組み合わせを用いて、さらに決定してもい。
【００７７】
予後は、マーカー遺伝子ＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａの量に基づいて決定されてもよい。予後は、さらに、前記マーカー遺伝子と、ペンシルバニア大学嗅覚識別試験（ＵＰＳＩＴ）により決定される患者の嗅覚の鋭さ及び／又は患者の年齢との組み合わせを用いて決定されてもよい。
【００７８】
マーカー遺伝子の量又はレベルは、ｑＰＣＲ又は類似の方法を用いて決定（すなわち検出）してもよい。ｑＰＣＲを用いて、蛍光シグナルが、ある閾値を越えるのに必要なサイクル数（「サイクル閾値」又は「ＣＴ」値とも知られる）を、マーカー遺伝子及び参照遺伝子について得てもよい。次いで、標的遺伝子のＣＴから参照遺伝子のＣＴを減算することにより、デルタＣＴ（ΔＣＴ）値を得ることができる。また、標的試料及び参照試料についてΔＣＴ値が得られた場合には、標的試料のΔＣＴから参照試料のΔＣＴを減算して、デルタデルタＣＴ（ΔΔＣＴ値又はｄｄＣＴ値）を得ることができる。得られたΔΔＣＴ値は、参照試料に対する標的試料の標的遺伝子発現の倍変化を反映したものであり、参照遺伝子に対して正規化されたものである。参照試料としては、合成ｍＲＮＡセグメントの混合物であってもよいし、抽出されたヒトＲＮＡの混合物であってもよい。ΔΔＣＴ値は、試料中の遺伝子発現レベルに反比例する。
【００７９】
マーカー遺伝子についてΔΔＣＴが得られると、マーカー遺伝子は、適切な係数を用いて重み付けされてもよい。マーカー遺伝子の重み付けされた値の合計は分類器として知られていてもよい。次に、分類器は、式＝１／（１＋ＥＸＰ（−１＊分類器））を用いて予測確率に変換されてもよい。
【００８０】
受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線は、早期のマーカー量について分析された患者、及び時間経過とともに遅い疾患の進行又は早い疾患の進行のいずれかを示すように進行した患者から得られた過去のデータに基づいて形成されてもよい。
【００８１】
ＲＯＣ曲線が取得されたら、患者の予測された予後をＲＯＣ曲線に沿った値と比較して、疾患の早い進行の尤度を評価することができる。任意に、疾患が早く進行する患者の尤度が６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％を超える場合、その患者は早く疾患が進行する尤度が高いと考えられる。
【００８２】
方法１０はブロック７０を含み、患者が、好ましくない予後が関連し、疾患の早い進行の尤度が高いこと示した場合に、疾患の早い進行のためのパーキンソン病の治療で患者を治療することを含む。
【００８３】
疾患の治療は、レボドパ治療、カルビドパ−レボドパ；及び脳深部刺激治療からなる群から選択してもよい。
【００８４】
疾患の早い進行が行動症状などの認知機能の低下と関連することを予後が示す患者においては、治療は非定型抗精神病薬であってもよい。非定型抗精神病薬は、クロザピンであってもよい。疾患の早い進行が認知症などの認知機能の低下に関連している患者においては、治療はコリンエステラーゼ阻害剤又はグルタミン阻害剤であってもよい。例示的なコリンエステラーゼ阻害剤としては、ドネペジル、リバスチグミン又はガランタミンであり得る。例示的なグルタミン阻害剤としては、メマンチンであり得る。
【００８５】
ジスキネジアを伴う疾患の早い進行を予後が示す患者において、治療は、レボドパの用量を下げる、徐放性レボドパを投与する、又は持続的注入性レボドパであってもよい。治療はアマンタジンであってもよい。治療は脳深部刺激であってもよい。
【００８６】
方法１０はブロック８０を含み、患者が疾患の早い進行の尤度が高いことを示さない場合、疾患の早い進行のためのパーキンソン病の治療で患者を治療しないことを含む。ブロック８０は、レボドパ治療、カルビドパ−レボドパ及び脳深部刺激治療で患者を治療しないことを含んでもよい。ブロック８０は、ＭＡＯ−Ｂ阻害剤及び／又はドーパミンアゴニストで患者を治療することを含んでもよい。
【００８７】
以下の実施例は、ある特定の特徴及び／又は実施形態を例示するために提供される。これらの例は、本開示を記載された特定の特徴又は実施形態に限定するために解釈されるべきではない。
【実施例】
【００８８】
実施例１−早期ＰＤ患者の解析
「パーキンソン進行マーカーイニシアチブ」（ＰＰＭＩ）研究からのＰＤ患者のコホートにおいて、ベースライン血液試料中のＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＰＳＭＣ４、ＨＳＰＡ８及びＬＡＭＢ２の相対的な遺伝子発現レベルを、リアルタイム定量ＰＣＲにより測定した。ＰＤ患者は診断から２年以内、ホーエン・ヤール（Ｈ＆Ｙ）ステージＩ又はＩＩ及びＰＤ治療を受けていない患者であった。血液試料は３年間、３ヶ月ごとに採取した。
【００８９】
遺伝子発現レベルは、３０〜８３歳の範囲の女性９６名及び男性１８３名の平均年齢５９．４歳のＰＤ患者（ｎ＝２７９）由来の利用可能なベースライン血液試料を用いて、スクリーニングした。統計解析は、３年目の試験受診から修正版シュワブ・イングランド日常生活活動のスコアが記録されているＰＤ患者（ｎ＝２７９中２４１）を対象に行われ、ＰＤ患者の平均年齢は５３．９歳（範囲は３１〜７３歳、女性９６人、男性１８３人）であった。患者は、ベースライン採血時にＰＤ薬を処方されておらず、かつベースラインから少なくとも６カ月以内にＰＤ薬を必要とすることが予想されていなかった。患者は、次のうちの少なくとも２つを有している場合、本試験に登録された：安静時振戦、ブラジキネジア、硬直（安静時振戦又はブラジキネジアのいずれかを有していなければならない）；又は非対称性安静時振戦若しくは非対称性ブラジキネジア。
【００９０】
患者は、ＰＤと診断されてから２年以内であり、かつベースライン時のホーエン・ヤール（Ｈ＆Ｙ）スコアがＩ期又はＩＩ期の場合に登録された。ドーパミン（ＤＡ）トランスポーター欠損は、ＤａＴｓｃａｎ（登録商標）を用いて確認し、ＤａＴｓｃａｎ（登録商標）はイオフルパンヨード１２３注射を使用して、単一光子放出コンピューター断層撮影法によって可視化される技術である。ＤａＴｓｃａｎ（登録商標）が使用できない部位では、陽電子放射断層撮影（ＰＥＴ）スキャンを用いて、患者のＶＭＡＴ−２欠損についての解析を行った。この研究は各施設の審査委員会によって承認され、参加者は書面によるインフォームドコンセントを提供した。
【００９１】
製造業者の推奨に従って、血液ＲＮＡチューブ（ＰＡＸｇｅｎｅチューブ  ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ、スイス）に患者から採血し、ＰＰＭＩ研究チームによってｍＲＮＡを抽出した。濃度が２０ｎｇ／μｌ以上で、ＲＮＡ完全性数（ＲＩＮ）＞５．０のＲＮＡ試料を試験に選択した。ＲＮＡ試料（１μｇ  ＲＮＡ、可変容量及び濃度）は、冷凍（７０℃）で出荷した。研究者は、ＲＮＡ試料の臨床的同一性及び採取時期を盲検化された。Ｓ相キナーゼ関連タンパク質１Ａ（ＳＫＰ１ａ）、ハンチンチン相互作用タンパク質−２／ユビキチン結合酵素Ｅ２Ｋ（ＨＩＰ２／ＵＢＥ２Ｋ）、アルデヒド脱水素酵素ファミリー１サブファミリーＡ１（ＡＬＤＨ１Ａ１）、プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）２６Ｓサブユニット，ＡＴＰアーゼ４（ＰＳＭＣ４）、ヒートショック７０−ｋＤａプロテイン８（ＨＳＰＡ８）及びラミニンベータ２（ＬＡＭＢ２）の相対的発現を測定した。簡単に言えば、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した。ｃＤＮＡを試験濃度に希釈した。リアルタイム定量ＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）を、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ蛍光を有するＲＴ−ｑＰＣＲマスターミックスを用いて、９６ウェル形式、総反応量２５μｌで行った。各ウェルで単一のＰＣＲ反応を行った。操作者の偏りや不正確さを避けるため、試薬（プライマー、マスターミックス、ｃＤＮＡ試料、陽性対照、キャリブレーター、水）の混合とＰＣＲプレートへの分注については、専用の自動分注装置（ＡＲＩＳ  Ｂｉｏｔｅｃｈ社製  ＥＺｍａｔｅ（商標登録）４００）を使用した。各プレートでは、６つの標的遺伝子と２つの参照遺伝子の発現について４つのｃＤＮＡ試料を試験した。試料とキャリブレーターの測定は重複して行った。各プレートは、陰性対照（テンプレートなし）、（所定濃度の合成アンプリコンからなる）各遺伝子の特異的陽性対象、プレート対プレートのばらつきを正規化するための合成アンプリコンの混合物からなるキャリブレーター／参照試料及び４人の患者のｃＤＮＡ試料を含んでいた。
【００９２】
プレート調製後、ＳｔｅｐＯｎｅ（登録商標）ＰＣＲ装置（サーモフィッシャー、米国）を使用して測定を行った。各実行には、増幅サイクル及び品質管理のためのメルトカーブ分析を含んでいた。各試料中の各標的遺伝子の相対発現は、ＳｔｅｐＯｎｅ（登録商標）専用ソフトウェアを用いてｄｄＣＴ法により算出した。すべての実行のパラメータは、研究のデータベースに抽出された。品質保証パラメータは、重複したｄＣｔ  ＳＤ間の精度（＜０．５）、対照（陽性、陰性、キャリブレーター）の絶対Ｃｔ値が定義された範囲内にあること、メルトカーブに複数のピークがないことについて計算し、評価した。結果がＱＣ基準と一致しない場合は、試料を再実行した。デルタデルタＣＴ値は、試料中の遺伝子発現レベルに反比例する。
【００９３】
ＭｅｄＣａｌｃ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌソフトウエア  バージョン１６．２．１（ＭｅｄＣａｌｃ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｂｖｂａ、オステンド、ベルギー；ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｍｅｄｃａｌｃ．ｏｒｇ；２０１６）を使用して統計解析を行った。予測分類器アルゴリズム（ＣＬ−予後）の構成を決定するために、多変量ロジスティック回帰分析を実施した；Ｐ値が０．１５未満であり、変数がモデル性能を改善した場合に、その変数をモデル内に保持した。ＣＬ−予測の識別性能とカットオフ値は、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線によって決定した。ＣＬ−予測分類器の予測能力の評価については、カプランマイヤー及びハザード比を用いた。カイ二乗検定を使用して、比例差を検定した。結果の不確かさは９５％信頼区間で表され、０．０５未満のＰ値は統計的に有意であると考えられた。ＣＬ−予後分類器は、ＰＤの進行の予後を予測することを可能にする。
【００９４】
実施例２-遺伝子発現解析からのＰＤ予後の決定
患者の血液試料を実施例１と同様に分析した。血液試料中のベースラインの遺伝子発現レベルと、ベースラインから３年後の修正版シュワブ・イングランド日常生活活動尺度（修正版シュワブ・イングランド）との関連性を、スピアマンのｒｈｏ順位相関によって検定した。遺伝子ＡＬＤＨ１Ａ１（Ｐ値＝０．００１、ｒｈｏ＝−０．２０８、９５％ＣＩ  −０．３２６〜−０．０８３９）及びＰＳＭＣ４（Ｐ値＝０．００６、ｒｈｏ＝−０．１７８、９５％ＣＩ  −０．２９８〜−０．０５２２）のベースラインのｄｄＣＴレベルは有意に低下したが、血液試料採取の３年後の修正版シュワブ・イングランド尺度は上昇した（図２）。ＬＡＭＢ２についても同様の非有意な傾向が観察された（Ｐ値＝０．０７５、ｒｈｏ＝−０．１１５、９５％ＣＩ  −０．２３８〜０．０１１６）。このことから、好ましくない予後は、ベースラインでの遺伝子発現の低下と修正版シュワブ・イングランド尺度の低下との相関があることが示された。
【００９５】
ベースラインから３年後までに、ＰＤ患者が完全に自立していない場合の初期スコアである修正版シュワブ・イングランド７０％以下によって示されるような、疾患の早い進行を示したＰＤ患者を同定するための遺伝子発現ベースライン値で構成される分類器を構築するために、ロジスティック回帰分析を行った。すべての変数がＰ値が０．１５未満を有するモデルに到達するまで、Ｐ値が０．１５未満を有する変数がその後のモデルに含まれた。モデルにはＡＬＤＨ１Ａ１、ＬＡＭＢ２、ＳＫＰ１ａ、ＵＢＥ２Ｋ及び年齢が含まれた（表４）。モデル（モデル３）の係数を使用して、疾患の迅速な予後を示す予測確率（ＰＰ）値を計算するため分類器のアルゴリズム（ＣＬ−予測）を構築した。
【００９６】
【表４】
2021502127.tif 000007
【００９７】
表４の定数と係数に基づく予測分類器アルゴリズムは、次のとおりである：（１．５４７９＊ＡＬＤＨ１ａ）＋（−０．９１８６１＊ＬＡＭＢ２）＋（−０．２１６５１＊ＵＢＥ２Ｋ）＋（１．１５００２＊ＳＫＰ１ａ）＋（０．１１５１８＊年齢）−１２．４４３５
【００９８】
受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して、正及び負のモデル３分類器予測（ＣＬ−予測）の予測確率（ＰＰ）値のカットオフ値を決定した（図３Ａ）。ユーデン指数でのカットオフ値は、Ｊ＝最大（感度−ｃ＋特異度−ｃ−１、グラフ的にはＪはＲＯＣ曲線と対角線との間の最大垂直距離）（特異度＝８１．７、感度＝８０．０）である。
【００９９】
イベントまでの時間を分析して、ＣＬ−予測の予後能力を検証した。ベースラインからエンドポイントまでの時間は、各患者について計算した。すなわち、２年目の受診までに患者が、修正版シュワブ・イングランドが７０％以下に達した場合、エンドポイントまでの時間は、ベースラインから２年目の受診までの時間（日）として計算された。エンドポイントに到達しなかった患者については、最後に報告された受診を分析に含めた。エンドポイントに到達したが、その後の受診でエンドポイント以上に改善した患者は分析に含まれなかった（ｎ＝５）。
【０１００】
ＣＬ−予測分類器（ユーデン指数カットオフ）について正のＰＤ患者は、ＣＬ−予測について負の患者に比べて、修正版シュワブ・イングランドが７０％以下になる（より重篤なＰＤへのリスク）までの時間が短かった（Ｐ値＜０．０００１、カプランマイヤー曲線）；エンドポイントに到達する正のハザード比（ＨＲ＋）は１３．６（９５％ＣＩ、４．１〜４５．４）、負のハザード比（ＨＲ−）は０．０７４（９５％ＣＩ、０．０２２〜０．２５）であった。マーカーについて正の患者のエンドポイントまでの時間の中央値は１２１８日（９５％ＣＩ、１２１８〜）であった。マーカーについて負の患者は、エンドポイントまでの時間の中央値には到達しなかった（図３Ｂ）。
【０１０１】
正のＣＬ−予測についての追加のカットオフ（高特異度）を、９３．３％の特異度、４６．７％の感度及び正尤度比（ＬＲ＋）７．０に対応するＰＰ値で調査した。特異性の高いカットオフでは、ＣＬ−予測について正のＰＤ患者はＣＬ−予測について負の患者に比べて修正版シュワブ・イングランドが７０％以下になるまでの時間が短かった（Ｐ値＜０．０００１、カプランマイヤー曲線）；エンドポイント到達のＨＲ＋は７．４２（９５％ＣＩ、１．４３−３８．５）、ＨＲ−は０．１３（９５％ＣＩ、０．０２６−０．７０）であった。分類器が正であった患者のエンドポイントまでの時間の中央値は１２１８日（９５％ＣＩ、１０９６〜）であった。分類器が負であった患者では、エンドポイントまでの時間の中央値には到達しなかった（図３Ｃ）。
【０１０２】
ユーデン指数（中間−Ｐｏｓ）及び高特異度（高−Ｐｏｓ）の両方のカットオフを用いた事象までの時間の分析において、ＣＬ−予測分類器は修正版シュワブ・イングランドが７０％以下まで早く進行したＰＤ患者を予測することができた（Ｐ値＜０．０００１）。高−Ｐｏｓカットオフ時のＨＲ＋は１７．０８（９５％ＣＩ、３．２４−８９．８９）、中間−Ｐｏｓカットオフ時のＨＲ＋は１０．５５（９５％ＣＩ、２．２２−５０．１２）、ＨＲ−は０．０５９（９５％ＣＩ、０．１１−０．３１）であった（図３Ｄ）。高−Ｐｏｓの修正シュワブ・イングランドが７０％以下となる進行までの時間の中央値は１２１８日（９５％ＣＩ  １０９６〜）であった。
【０１０３】
断面解析では、診断（ベースライン受診時）から３年後までに、より重篤なＰＤ（修正版シュワブ・イングランドが７０％以下）へのリスクが直線的に増加していた［Ｐ値＜０．０００１、カイ二乗（トレンド）］：高−Ｐｏｓは３０．４％（７／２３）、中間−Ｐｏｓは１６．７％（５／３０）、負は１．７％（３／１８０）であった。
【０１０４】
示したように、ＣＬ−予測アルゴリズムは、患者の予後を決定し、修正版シュワブ・イングランドスコアによって決定されたＰＤの早い進行又は遅い進行を識別することに成功した。さらに、ＣＬ−予測アルゴリズムは、ＵＰＤＲＳ  Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ及びＩＶによって決定されたＰＤの早い進行又は遅い進行を識別することに成功した。
【０１０５】
ＣＬ−予測アルゴリズムを用いて、ＵＰＤＲＳにおけるベースラインレベルとベースラインから３年後との間の１７ポイントの増加を予測することができた。高−Ｐｏｓ時の正のハザード比（ＨＲ＋）は２．９５（９５％ＣＩ、１．０４〜８．３６）、負のハザード比（ＨＲ−）は０．３４（９５％ＣＩ、０．１２〜０．９６）であった。１７ポイント上昇までの時間の中央値は、正の患者群では７６１日（９６％ＣＩ７３０〜７９３）、負の患者群では＝１１５６日（９５％ＣＩ、１１２６〜１１５６）であった。図４は、ＵＰＤＲＳスコアの１７ポイント上昇までの時間で示される、疾患の進行が早いという特徴を示すＰＤ患者の予後を決定するためのＣＬ−予測のカプランマイヤー曲線を示したものである。
【０１０６】
患者の血液試料を実施例１と同様に分析した。修正版シュワブ・イングランドスコアと同様の分析を行い、ホーエン・ヤール（Ｈ＆Ｙ）尺度上のＣＬ−予測を示した（図９）。ベースラインから３年後のＨ＆Ｙステージは、ベースラインから３年後（平均日数±ＳＤは１１０６±２９日であった）にＨ＆Ｙステージが３以上（中央値０．３５１  ＰＰ値、９５％ＣＩ  ０．０６２１〜０．１７４）に達したＰＤ患者におけるベースライン血液中のＣＬ−予測ＰＰベースライン値が、Ｈ＆Ｙステージ３未満（中央値０．０２９  ＰＰ値、９５％ＣＩ  ０．０２０〜０．０３６）のＰＤ患者よりも有意に高い（Ｐ値＝０．０００１）ことを示している（図９Ａ）。さらに、図９Ｂは、ユーデン指数カットオフを用いてＨ＆Ｙステージ３以上までの時間を予測したカプラン−マイアー曲線を示している。その結果、カットオフ−１を用いた場合、Ｈ＆Ｙステージ３以上までの時間が短い患者（Ｐ値＝０．０００２）は、ＨＲ＋が４．３（９５％ＣＩ、１．６〜１１．６）、ＨＲ−が０．２４（９５％ＣＩ、０．０８５〜０．６５）と、ＣＬ−予測は有意に区別した。このことから、好ましくない予後は、ベースラインにおける遺伝子発現の低下とＨ＆Ｙ尺度における増加とが相関することが示された。
【０１０７】
本実施例は、患者からの生物学的試料中の遺伝子発現の解析に基づいて、ＰＤが疑われる患者の予後を、高いレベルの確実性で予測することができることを示している。
【０１０８】
例３：ＰＤ患者の認知機能の低下の予後
患者の血液試料を実施例１と同様に分析した。ベースライン時及びベースラインから３年後のＭｏＣＡスコアについて患者を検査した。ベースラインから１年後からの血中遺伝子発現レベルと、ベースラインから３年後のＭｏＣＡで定義される認知尺度とに相関が確認された。ＨＳＰＡ８の遺伝子発現（Ｐ値＝０．０２７、ｒｈｏ＝−０．２５２）はＨＶＬＴスコアと相関していた。また、マン・ホイットニー（Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ）法によって検定したところ、ＨＳＰＡ８（Ｐ値＝０．０２９、ｒｈｏ＝−０．２４８）及びＳＫＰ１ａ（Ｐ値＝０．０４１、ｒｈｏ＝０．２３２）の遺伝子発現はＭｏＣＡ尺度と相関しており、及びＭｏＣＡ２４未満対ＭｏＣＡ２４超過、ＨＳＰＡ８（Ｐ＝０．０００３）、ＳＫＰ１ａ（Ｐ＝０．００３）及びＰＳＭＣ４の発現（Ｐ＝０．０１５）と関連していた。認知機能の低下は、ＨＳＰＡ８及びＳＫＰ１ａ発現レベルの増加と相関することを示す。
【０１０９】
図５は、ＭｏＣＡ２４以上対ＭｏＣＡ２４未満によって、ＰＤ患者の受診４（ベースラインから１年後）におけるＨＳＰＡ８、ＰＳＭＣ４及びＳＫＰ１ａのｄｄＣＴレベルのボックスプロットを示している。中央のボックスは２５〜７５パーセンタイルを表し、中央線は中央値を表し、線は最大値と最小値まで伸び、外れ値は青丸で描かれている（四分位の下限値よりも四分位の範囲の１．５倍を引いた値）。遺伝子ΔΔＣＴレベルは各遺伝子について低く、つまり遺伝子発現レベルの上昇を示し、ＭｏＣＡスコアが２４未満の患者では、遺伝子のそれぞれの発現と認知機能の低下との相関を示している。
【０１１０】
ベースラインから３年後にＭｏＣＡスコアの２４以下への低下によって早い認知機能の低下を示したと定義したＰＤ患者を同定するための遺伝子発現値（ベースラインから１年後）で構成される分類器（認知予測分類器）を構築するためにロジスティック回帰分析を行った。遺伝子発現値に加えて、患者の年齢、ＵＰＳＩＴスコアを用いた。ロジスティック回帰法で作成した、ＨＳＰＡ８、ＳＫＰ１ａ、患者年齢及びＵＰＳＩＴスコアで構成されるアルゴリズムは、ＲＯＣ曲線においてＡＵＣ＝０．９１５（０．８２１〜０．９６９）、Ｐ＜０．０００１のように、高い診断性能を示した。ＲＯＣ曲線に基づくカットオフ（特異度８３％、感度８６％）を用いることで、分類器はＢＬの３年までにＭｏＣＡスコアが２４未満と進行するリスクが高いことを予測した。カプランマイヤー解析の結果、診断から３年以内にＭｏＣＡが２４未満への進行はＨＲ＋＝１９．３（９５％ＣＩ、５．６−６６．３）、ＨＲ−＝０．０５２（９５％ＣＩ、０．０１５−０．１８）であった。認知予後アルゴリズムについて正の患者の割合は、高リスクについて８５．７％（１２／１４）、低リスクについて１３．２％（７／５３）であった（Ｐ値＜０．０００１）。アルゴリズムの詳細は以下の表５に記載されている。
【０１１１】
【表５】
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【０１１２】
表５の定数と係数に基づく認知予後分類器アルゴリズムは、（−２．３９３６１＊ＨＳＰＡ８）＋（−１．２７１８６＊ＳＫＰ１ａ）＋（０．１５８２８＊年齢）＋（−０．１１８８４＊ＵＰＳＩＴ）＋１．５４７４４である。
【０１１３】
図６は、ベースラインから３年後までに診断から３年以内にＭｏＣＡが２４未満に進行したＰＤ患者を区別するための受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示す。実線は、ベースラインから１年後のＨＳＰＡ８とＳＫＰ１ａの発現量（ｄｄＣＴ）、ベースラインから１年後の年齢（年）、採血時のＵＰＳＩＴからなるＣＬ−認知予後アルゴリズムであり、ＣＬ−認知予後ＡＵＣは０．９１５（０．８２１〜０．９６９）、Ｐ値＜０．０００１である。比較のために他の曲線を示すが有意であった。このことから、認知分類器によって決定された予後は、単一の遺伝子、年齢及びＵＰＳＩＴスコアのいずれよりも、どの患者が認知機能の低下が早いかを判断する上で、より正確で効果的であることが示された。
【０１１４】
図７は、ＭｏＣＡ２４未満になるまでの時間が短いＰＤ患者を予測するためのＣＬ−認知予測のカプラン−マイヤー曲線を示している。エンドポイント到達のＨＲ＋は１９．３３（９５％ＣＩ、５．６４〜６６．２８）、ＨＲ−は０．０５２（９５％ＣＩ、０．０１５〜０．１８）であった。エンドポイントまでの時間の中央値は７３１日（９５％ＣＩ、３６６〜１１８８日）であった。マーカーについて負の患者はエンドポイントまでの時間の中央値に達しなかった。Ｐ値は＜０．０００１であった。
【０１１５】
すべてのＰＤ患者が利用可能なＵＰＳＩＴ検査の結果を持っているわけではないので、ＵＰＳＩＴスコアなしでＨＳＰＡ８、ＳＫＰ１ａ及び年齢からなるアルゴリズムをカプランマイヤー検定したところ、診断後３年以内にＭｏＣＡ２４未満への進行についてはＨＲ＋９．８１（９５％ＣＩ、３．０２−３１．８）、ＨＲ−０．１０（９５％ＣＩ、０．０３−０．１８３３）という結果が得られた。３年目までに分類器が正でＭｏＣＡ２４未満に達した患者は１１／２１例（５２％）及び分類器が負でＭｏＣＡ２４未満に達した患者は３／４６例（６．５％）であった。ベースラインから３年後までにホプキンス言語学習テストの合計スコアが３０点未満への進行について、同じアルゴリズムを用いて同様の結果が見出された（Ｐ＜０．０００１、ＡＵＣ＝０．９１８、９５％ＣＩ、０．８１１〜０．９７５、ＲＯＣ曲線分析）。アルゴリズムの詳細は、以下の表６に記載されている。
【０１１６】
【表６】
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【０１１７】
表６の定数と係数に基づく認知予測分類器アルゴリズムは、（−２．３６４８２＊ＨＳＰＡ８）＋（−１．３９９８１＊ＳＫＰ１ａ）＋（−０．１８０７１＊年齢）−１．８５５６である。
【０１１８】
本実施例は、患者由来の生物学的試料中の遺伝子発現の分析に基づいて、ＰＤ患者の認知機能の低下の予後、早いか又は遅いかが、診断時又は診断後１年以内に高い確実性で予測され得ることを示している。
【０１１９】
例４：遺伝子発現に基づくＰＤ患者におけるジスキネジア発症についての予後
さらなる研究により、臨床検査で評価されたＭＤＳ  ＵＰＤＲＳで報告されたように、ベースライン時のＬＡＭＢ２の発現レベルと、ベースラインから３年後の受診までにジスキネジアを発症したＰＤ患者との関連性が明らかになった。ジスキネジアを早期に発症したＰＤ患者は、ベースラインから３年後までにジスキネジアに屈しなかったＰＤ患者（１３．５０、９５％ＣＩ、１３．３０〜１３．７２  ｄｄＣＴ、ｎ＝１３４）と比較して、より高いｄｄＣＴレベルを有しており、ＬＡＭＢ２の遺伝子発現の減少（１４．８５、９５％ＣＩ、１４．１６〜１５．２６  ｄｄＣＴ、ｎ＝９）を示している（ｐ＝０．００１、マン・ホイットニー）。これは図８Ａに示されている。同様の傾向は、ＳＫＰ１ａ発現（ｐ＝０．０９）についても見られた（図８Ｃ）が、これは低い外れ値（ｐ＝０．０３）を伴わずに有意となった。図８Ｂに示すように、ベースラインから３年後にジスキネジアを有する可能性が高い患者を区別する能力は、ＬＡＭＢ２のＲＯＣ曲線解析（ＡＵＣ  ０．８２９  ９５％ＣＩ  ０．７４７〜０．８８７、ｐ＜０．０００１）においても明らかであった。ＬＡＭＢ２曲線の交差は、〜９５％特異度で発生したが、早期のジスキネジアを検出する明確な能力は、＜９５％特異度から明らかである。ＳＫＰ１ａ発現もまた、ＲＯＣ分析によって早期のジスキネジアを検出するために有意であったが（ＡＵＣ  ０．６６９  ９５％ＣＩ  ０．５８５〜０．７４６、ｐ＝０．０４）、図８Ｄに示すように、＜７６％特異度からのみ有意であった。ＳＫＰ１ａレベルの低い外れ値を除外すると、より良いパフォーマンスにつながった（ＡＵＣ  ０．７２９  ９５％ＣＩ  ０．６４８〜０．８０１）。これは、好ましくないＭＤＳ  ＵＰＤＲＳスコアとＬＡＭＢ２及びＳＫＰ１ａの発現の低下とがジスキネジアの発生に相関することを示している。臨床情報は投薬後に取得した。ベースライン時又はベースラインから３年後のＬＡＭＢ２又はＳＫＰ１ａレベルと、ベースラインから３年後のＬ−ＤＯＰＡ治療の使用との間には関連性は確認できなかった。
【０１２０】
本実施例は、患者由来の生物学的試料中の遺伝子発現の分析に基づいて、早いか遅いかというジスキネジアに関する患者の予後が、診断時又は診断後１年以内に高い確実性で予測され得ることを示している。
【０１２１】
開示された本発明の原理が適用され得る多くの可能な実施形態を考慮すると、図示された実施形態は、本発明の好ましい例示に過ぎず、本発明の範囲を限定するものと取られるべきではないことが認識されるべきである。むしろ、本発明の範囲は、以下の請求項によって定義される。したがって、我々は、これらの請求項の範囲及び精神の範囲内に入るすべてを発明として主張する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【国際調査報告】
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