(57)【要約】  本発明は、癌と診断された被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルに基づき、上述の癌と診断された被験体が抗癌治療に感受性であるか、または耐性であるかを決定することが可能な方法であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、方法を提供する。
2021508835.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する方法であって、
ｉ）前記被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、前記サンプルの前記単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を前記被験体が受けておらず、前記サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の前記レベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていないものである工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られた前記レベルと基準値とを比較する工程と
を含み、
−前記基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、前記被験体が、前記抗癌治療に応答すると予測されることを示し、または
−前記基準値と等しいか、または前記基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、前記被験体が、前記抗癌治療に応答しないと予測されることを示すものとすることを特徴とする、方法。
【請求項２】
癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法であって、
ｉ）前記被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、前記サンプルの前記単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を前記被験体が受けておらず、前記サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の前記レベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていないものである工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られた前記レベルと基準値とを比較する工程と
を含み、
−前記基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、選択される前記治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含むことを示し、または
−前記基準値と等しいか、または前記基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、選択される前記治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含まないことを示すものとすることを特徴とする、方法。
【請求項３】
癌と診断された被験体を患者コホートに分類する方法であって、
ｉ）前記被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、前記サンプルの前記単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を前記被験体が受けておらず、前記サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていないものである工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られた前記レベルと基準値とを比較する工程と
を含み、
−前記ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の前記レベルが前記基準値より低い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答することを特徴とするコホートに分類され、または
−前記ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の前記レベルが前記基準値より高い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答しないことを特徴とするコホートに分類されることを特徴とする、方法。
【請求項４】
癌と診断された被験体由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能か否かを予測する方法であって、
ｉ）腫瘍サンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、腫瘍単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けていない前記被検体から前記腫瘍が単離されており、前記サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の前記レベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていないものである工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と
を含み、
−前記基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、前記腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能であることの指標であり、または
−前記基準値と等しいか、または前記基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、前記腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能ではないことの指標であるとすることを特徴とする、方法。
【請求項５】
前記サンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、
−前記サンプル中の腫瘍細胞数、
−前記サンプル中の増殖細胞数、
−前記サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す細胞数、および
−前記サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す増殖細胞数
に対する相対的なＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルとして決定される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記サンプル中の前記増殖細胞数が、ジェミニン、ＫＩ−６７、増殖細胞核抗原、サイクリンＡ２からなるリストから選択されるタンパク質の発現を決定することによって決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記選択されたタンパク質がジェミニンである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプル中の二重鎖ＤＮＡ切断を示す前記細胞数が、γＨ２ＡＸ、複製タンパク質Ａ（ｐＲＰＡ）、ｐ５３結合タンパク質１（５３ＢＰ１）、二重鎖切断修復タンパク質（ＭＲＥ１１）からなるリストから選択されるタンパク質の核内発現によって決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記選択されたタンパク質がγＨ２ＡＸである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプルが、血液、唾液、脳脊髄液、尿、糞便、骨髄、乳頭吸引液、または固形腫瘍バイオプシーから単離される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記サンプルが、固定された組織、パラフィン包埋された組織、組織学的スライド、細胞懸濁物、細胞ペレット、細胞スライドおよび／または凍結された固形腫瘍バイオプシーとして提供される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの前記決定、前記増殖細胞のマーカーの前記決定および／または前記二重鎖ＤＮＡ切断を示す細胞のマーカーの前記決定が、免疫蛍光染色によって、または免疫組織染色によって決定される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記抗癌治療が、外科手術の使用を含む、請求項１、２および５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記抗癌治療が、ＤＮＡ損傷を誘発する少なくとも１つの方法および／または前記癌細胞の前記ＤＮＡ損傷応答を標的とする薬剤または薬剤の組み合わせ物の使用を含む、請求項１、２および５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＤＮＡ損傷応答を標的とする前記薬剤が、ＰＡＲＰインヒビターである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＤＮＡ損傷応答を標的とする前記薬剤が、化学療法および放射線療法からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記抗癌治療が免疫療法を含む、請求項１、２および５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記腫瘍細胞が、前記細胞の前記ＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質の機能の消失を特徴とする、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＰＡＬＢ２からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体において診断される前記癌が、乳癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ／ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮内膜／子宮／子宮頸癌、膀胱癌、頭頸部癌、肉腫、胆管癌、膠芽腫、白血病、多発性骨髄腫、リンパ腫からなるリストから選択される、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記サンプルが単離された前記被験体が、前記サンプルが単離される前に、何ら抗癌治療を受けていない、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記サンプルが単離された前記被験体が、前記サンプルの前記単離前に抗癌治療を受けており、前記患者が前記サンプルの前記単離の２４時間前に前記抗癌治療を受けている場合には、前記抗癌治療は、ＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法とは異なる、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記抗癌治療が、その応答が請求項１、５〜２０のいずれか一項に記載の方法で決定される抗癌治療である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記被験体が、請求項１、５〜２３のいずれか一項に定義した方法によって、前記医薬に対するレスポンダーであると同定されている、前記被験体における癌の前記治療における使用のための医薬。
【請求項２５】
前記医薬が、ＰＡＲＰ阻害剤を含むものである、請求項２４に記載の使用のための前記医薬。
【請求項２６】
前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ベリパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０からなるリストから選択される、請求項２５に記載の使用のための前記医薬。
【請求項２７】
前記治療が免疫療法から構成される、請求項２４に記載の使用のための前記医薬。
【請求項２８】
前記治療が外科治療から構成される、請求項２４に記載の使用のための前記医薬。
【請求項２９】
前記治療が、前記医薬の前記投与に加え、外科手術、免疫療法、化学療法、放射線療法またはこれらの組み合わせを含み、前記被験体は、請求項１および５〜２０のいずれか一項に定義した方法によって前記医薬に対するレスポンダーであると同定されている、請求項２４〜２８のいずれか一項に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３０】
前記治療が、請求項２および５〜２３のいずれか一項に定義した方法によって選択された、被験体における癌の前記治療における使用のための医薬。
【請求項３１】
前記医薬がＰＡＲＰ阻害剤を含むものである、請求項３０に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３２】
前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ベリパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０からなるリストから選択される、請求項３１に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３３】
前記治療が免疫療法から構成される、請求項３０に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３４】
前記治療が外科手術から構成される、請求項３０に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３５】
前記治療が、前記医薬の前記投与に加え、外科手術、免疫療法、化学療法、放射線療法またはこれらの組み合わせを含み、前記治療は、請求項２および５〜２０のいずれか一項に定義した方法によって設計された、請求項３０〜３４のいずれか一項に記載の使用のための前記医薬。
【請求項３６】
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法におけるキットの使用であって、前記キットが前記ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む、使用。
【請求項３７】
前記キットが、さらに、前記ジェミニンタンパク質を特異的に認識可能な抗体、および前記γＨ２ＡＸタンパク質を特異的に認識可能な抗体、またはこれらの組み合わせ物からなる群から選択される抗体を含む、請求項３６に記載の前記使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測し、モニタリングする方法、その被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法、その被験体を患者コホートに分類する方法、およびその被験体の腫瘍が、相同組換え修復（ＨＲＲ）経路によるＤＮＡ修復が可能であるか否かを予測する方法に関する。上述の方法は、サンプルを、サンプル分析前にＤＮＡ損傷を誘発する何らかの方法にさらす必要なく、上述の被験体由来の腫瘍細胞を含むサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの存在に基づく。さらに、上述の方法におけるキットの使用、上述の方法で言及される治療に使用される医薬に関する。
【背景技術】
【０００２】
細胞は、常に、細胞代謝および環境からの遺伝毒性ストレスを含む、ＤＮＡ損傷を誘発する種々の条件にさらされる。ＤＮＡ一本鎖切断（ＳＳＢ）および二重鎖切断（ＤＳＢ）など、修復されなければ毒性および突然誘発を付与する多数のＤＮＡ損傷が形成され得る。ゲノムの完全性を維持するために、ＤＮＡは、さまざまなＤＮＡ修復経路を用いて修復される。簡潔に言うと、これらの経路は、ＳＳＢを修復するために破壊されたＤＮＡ末端を合わせてライゲーションすることから構成されるか、またはＤＳＢを修復するために相同ＤＮＡ鎖からのテンプレート化した組換えをそれぞれ用いることから構成される。さらに、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）のネットワークは、ＤＮＡ修復の代替的な機構手段またはバックアップ機構手段も与え、遺伝的な欠損のみから修復能を予測することを困難にしている。
【０００３】
ＤＮＡ修復遺伝子における欠損は、癌に対する高い感受性と関連付けられてきた。十分に研究されている症例は、ＢＲＣＡタンパク質の活性における欠損である。ＢＲＣＡ１およびＢＲＣＡ２（ＢＲＣＡ１／２）タンパク質は、ＨＲＲ経路によるＤＮＡ  ＤＳＢの修復において、重要な役割を有する。ＢＲＣＡ１−ＰＡＬＢ２−ＢＲＣＡ２タンパク質複合体は、ＤＮＡ  ＤＳＢへのＲＡＤ５１の局在化を促進し、核内ＲＡＤ５１凝集物（すなわち、  ｆｏｃｉ）を形成し、ストランド侵入および相同修復を媒介する。したがって、腫瘍細胞におけるＢＲＣＡ１およびＢＲＣＡ２の機能の欠損は、ＲＡＤ５１によって媒介されるＤＮＡ  ＤＳＢの修復を不完全なものとし、このことは、遺伝性乳癌と関連付けられてきた。
【０００４】
抗癌療法は、例えば、ＰＡＲＰインヒビター（ＰＡＲＰｉ）に基づくものなど、ＤＤＲにおいてこのような欠損がある腫瘍細胞を特異的に標的とするように設計されてきた。ＰＡＲＰタンパク質は、ＳＳＢを検出し、ＳＳＢに結合してＤＮＡ修復を開始させることによって、ＤＮＡ  ＳＳＢに応答して活性化される。次いで、活性化されたＰＡＲＰは、他のＤＮＡ修復タンパク質を動員し、ＤＮＡ修復を促進する。ＰＡＲＰの阻害によって、ＤＮＡ中のＤＳＢに変換される持続性ＳＳＢが増加する。ＢＲＣＡ１／２を欠く細胞などのＨＲＲ欠損細胞は、ＰＡＲＰの阻害によって起こる蓄積したＤＳＢを修復することができず、剥離した複製フォーク、染色体の不安定化および細胞死を引き起こす。それ故に、ＢＲＣＡ１／２変異細胞は、ＰＡＲＰインヒビターに特に感受性であると同定された。しかし、ＢＲＣＡ１／２変異を特徴とする癌を有する全ての患者がＰＡＲＰｉ治療に応答するわけではなく、したがって、ＰＡＲＰｉ耐性であるとみなされる。上述の患者の治療を改善し、治療の実施前に腫瘍応答を予測するために、この耐性の根底にある機構が研究されてきた。
【０００５】
例えば、ＢＲＣＡ１／２復帰変異（すなわち、いわゆる二次変異）は、ＨＲＲ機能の回復と、ＰＡＲＰ阻害に対する耐性を引き起こすことが示されている。同様に、５３ＢＰ１の消失は、ＢＲＣＡ１欠損腫瘍においてＰＡＲＰｉに対する耐性をもたらす。ＨＲＲ欠損腫瘍を同定するために、ある方法が提案されてきた。この方法は、化学療法後の腫瘍バイオプシーまたはｅｘ  ｖｉｖｏ照射した腫瘍サンプルにおけるＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉの形成を分析することから構成される。
【０００６】
しかし、ＰＡＲＰｉに基づく治療などの抗癌療法に耐性がある患者と耐性がない患者を分類するために、ＨＲＲが欠損していない腫瘍とＨＲＲ欠損腫瘍との識別を可能にする代替的でより簡単な方法が当該技術分野で必要とされている。
【発明の概要】
【０００７】
第１の態様において、本発明は、癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、被験体が、抗癌治療に応答すると予測されることを示し、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、被験体が、抗癌治療に応答しないと予測されることを示す、方法に関する。
【０００８】
第２の態様において、本発明は、癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、選択される治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含むことを示し、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、選択される治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含まないことを示す、方法に関する。
【０００９】
第３の態様において、本発明は、癌と診断された被験体を患者コホートに分類する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、上述のサンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが上述の基準値より低い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答することを特徴とするコホートに分類され、または
−ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが上述の基準値より高い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答しないことを特徴とするコホートに分類される、方法に関する。
【００１０】
第４の態様において、本発明は、癌と診断された被験体由来の腫瘍が、相同組換え修復によるＤＮＡ修復が可能か否かを予測する方法であって、
ｉ）腫瘍サンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、腫瘍単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けていない被験体から腫瘍が単離されており、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能であることの指標であり、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、腫瘍が、介在する相同組換えによるＤＮＡ修復が可能ではないことの指標である、方法に関する。
【００１１】
第５の態様において、本発明は、被験体が、本発明の第１の態様に定義した方法によって、上述の医薬に対するレスポンダーであると同定されている、被験体における癌の治療における使用のための医薬に関する。
【００１２】
第６の態様において、本発明は、治療が、本発明の第２の態様に定義した方法によって設計された、被験体における癌の治療における使用のための医薬に関する。
【００１３】
第７の態様において、本発明は、本発明の第１、第２、第３または第４の態様のいずれかに言及される方法におけるキットの使用であって、キットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む、使用に関する。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】図１は、患者由来の腫瘍異種移植片（ＰＤＸ）におけるＰＡＲＰインヒビター（ＰＡＲＰｉ）オラパリブの抗腫瘍活性を示す。特に、６種類のＰＤＸは完全奏功（ＣＲ）を示し、２種類のＰＤＸは部分奏功（ＰＲ）を示し、２種類のＰＤＸは安定（ＳＤ）を示し、３４種類は進行（ＰＤ）を示す。このパネルには、乳癌（ＢｒＣ）の３９種類のＰＤＸモデル、高悪性度卵巣癌（ＨＧＳＯＣまたはＯｖＣ）の３種類のＰＤＸモデル、膵臓癌（ＰａＣ）由来の２種類のＰＤＸといった表題が付けられている。ウォーターフォールプロットは、治療開始時の腫瘍体積と比較した腫瘍体積の変化の割合を表す。下の表は、生殖細胞系列ＢＲＣＡ１／２変異（ｇＢＲＣＡ）の有無、相同組換え修復（ＨＲＲ）による（遺伝的由来または後天的由来の）変化の有無および癌の種類／サブタイプを含む、各ＰＤＸモデルの特徴をまとめたものである。黒く塗られた四角は、その特質について当てはまることを示す。注目すべきことに、ｇＢＲＣＡ１／２変異もＨＲＲ変化も、ＰＡＲＰｉオラパリブに対する応答を予測するものではなかった。ベースラインからの２０％、−３０％および−９５％の変化率は、点線によって示されており、それぞれＰＤ、ＳＤ、ＰＲおよびＣＲの範囲を示す。エラーバーは、独立した腫瘍からのＳＥＭを示す。ｇＢＲＣＡ，生殖細胞系列ＢＲＣＡ１／２遺伝子変異したもの；ＨＲＲ変化，ＢＲＣＡ１／２以外のＨＲＲ関連遺伝子中に変化を有する腫瘍、およびＢＲＣＡ１プロモーターが過剰メチル化した腫瘍；ＴＮＢＣ，トリプルネガティブ乳癌；ＥＲ＋ＢｒＣ，エストロゲン受容体陽性乳癌；ＨＧＳＯＣまたはＯｖＣ，高悪性度卵巣癌；ＰａＣ，膵臓癌；長期間にわたる治療時にオラパリブ耐性になるＰＤＸモデルは、ＯＲの添え字を付けて示されている。
【図２】図２は、未治療の腫瘍が、検出可能なレベルの細胞増殖、ＤＮＡ損傷およびＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成を有することを示す。（Ａ）図１に示される未治療（ビヒクル）ＰＤＸ腫瘍および治療（オラパリブ）したＰＤＸ腫瘍に由来する、ホルマリン固定され、パラフィン包埋された（ＦＦＰＥ）サンプルのごく一部において、免疫蛍光染色によって検出されたγＨ２ＡＸおよびＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉを含有する腫瘍細胞の割合。本願発明者らは、ＤＳＢによるＤＮＡ損傷のマーカーとしてγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉを定量し、機能的ＨＲＲのマーカーとしてＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを定量した。腫瘍は、そのオラパリブ応答にしたがって、臨床で使用されるクリニカルベネフィット率に対する同様のエンドポイントとして分類され、すなわち、耐性（ＰＤ）腫瘍と感受性（ＣＲ／ＰＲ／ＳＤ）腫瘍に分類される。予想されるとおり、オラパリブは、両群において、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成を誘発する。ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成は、オラパリブ耐性ＰＤＸモデルにおいてのみ、有意に誘発される。重要なことに、γＨ２ＡＸおよびＲＡＤ５１  ｆｏｃｉのベースラインレベルは、ビヒクル治療した腫瘍において検出され、機能的ＨＲＲタンパク質が未治療サンプルにおいて評価可能であるという考えを裏付けている。（Ｂ）オラパリブ応答にしたがって分類される、Ｓ／Ｇ２−細胞周期のマーカーとしてのジェミニン陽性細胞（腫瘍細胞が、ＤＮＡ合成の細胞周期中であることを示す）の定量および腫瘍中のジェミニン陽性細胞中のγＨ２ＡＸ陽性細胞の定量。両群において、全細胞の２０％〜７０％の範囲である、同等のレベルのジェミニン陽性細胞が観察される。オラパリブ治療は、感受性腫瘍および耐性腫瘍の両方において、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成を有意に増加させる。ジェミニンレベルも、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉも、ＰＡＲＰｉ感受性腫瘍をＰＡＲＰｉ耐性腫瘍から識別するものではない。パネルＡと同様に、未治療腫瘍は、顕著なレベルの内因性ＤＮＡ損傷（γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ）を示す。（Ｃ）ＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉ含有ジェミニン陽性細胞の定量（以下、ＲＡＤ５１スコアとも呼ばれる）は、細胞周期のＳ／Ｇ２期における機能性ＨＲＲを有する細胞の割合の概算値を与える。ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性細胞の割合は、耐性ＰＤＸモデル由来のオラパリブ治療したサンプルにおいて、有意に増加している。意外なことに、耐性腫瘍のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性細胞のベースラインレベルは、感受性腫瘍のベースラインより十分に高い。したがって、その後の分析は、未治療腫瘍で行われる。（Ｄ）定量逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）によって測定された、未治療ＰＡＲＰｉ耐性ＰＤＸ腫瘍サンプルおよび感受性ＰＤＸ腫瘍サンプルにおけるＲＡＤ５１  ｍＲＮＡ発現のレベル。図２Ａおよび図２Ｃに示されるＰＡＲＰｉ感受性腫瘍におけるＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成の欠損は、ＲＡＤ５１発現がないことに起因するものではない。対応のあるｔ検定：＊＊，＜０．０１；＊＊＊，＜０．００１；＊＊＊＊，＜０．０００１。
【図３】図３は、７１種類のＰＤＸモデルの多施設パネルにおいて、低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成がＰＡＲＰｉ感受性と関連付けられることを示す。（Ａ）ジェミニン陽性細胞中のγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合は、ＰＡＲＰｉ応答とは独立して、全ての腫瘍においてＤＮＡ損傷が存在することを示す。γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉの定量は、ＨＲＲ欠損ではなくＤＮＡ損傷が無いことに起因して低ＲＡＤ５１腫瘍に間違って分類されることを防ぐために必要である。（Ｂ）ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ陽性／γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合は、感受性腫瘍の方が低いレベルを示す。（Ｃ）ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性細胞の定量（ＲＡＤ５１スコア）は、全てのＰＡＲＰｉ感受性腫瘍が低いＲＡＤ５１スコアを示すことを示している。（Ｄ）ＰＡＲＰｉ治療および用量（オラパリブ１００ｍｇ／ｋｇの場合は１、オラパリブ５０ｍｇ／ｋｇの場合は２、ニラパリブ７５ｍｇ／ｋｇの場合は３、ニラパリブ５０ｍｇ／ｋｇの場合は４、ベリパリブ１００ｍｇ／ｋｇの場合は５）、ＰＡＲＰｉ応答（黒色，ＣＲ／ＰＲ；灰色，ＳＤ；および白色，ＰＤ）、腫瘍の由来、ＢＲＣＡ１遺伝子またはＢＲＣＡ２遺伝子における変異の存在、ＢＲＣＡ１のＮ末端（Ｎ−ｔｅｒ）またはＣ末端（Ｃ−ｔｅｒ）領域に対する、抗ＢＲＣＡ１抗体を用いて検出されたＢＲＣＡ１  ｆｏｃｉの存在、およびＰＡＬＢ２における変異の存在を含む、各ＰＤＸモデルのさまざまな特徴をまとめた表。黒く塗られた四角は、その特質について当てはまることを示す。ＮＡ，データが入手可能ではない；ＴＮＢＣ，トリプルネガティブ乳癌；ＥＲ＋ＢｒＣ，エストロゲン受容体陽性乳癌；ＨＧＳＯＣまたはＯｖＣ，高悪性度卵巣癌；ｇＢＲＣＡ，生殖細胞系列ＢＲＣＡ１／２変異したもの。
【図４】図４は、ＲＡＤ５１スコアが、ＰＡＲＰインヒビターに耐性である腫瘍と感受性である腫瘍を正確に識別することを示す。（Ａ）図３Ｃに示されるスコアを表すドットプロット。ＰＡＲＰｉ耐性腫瘍は、ＰＡＲＰｉ感受性腫瘍よりも有意に高いレベルのＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性細胞を示す。点線は、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線において感受性と特異度を最大化する尤度比に基づき、ＰＡＲＰｉに耐性である腫瘍またはＰＡＲＰｉに感受性である腫瘍を識別するカットオフ（１３％）を表す。注目すべきことに、感受性群において高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉレベルを有する２種類のＰＤＸモデル（すなわち、ＰＤＸ１２４およびＰＤＸ３８４）は、ＰＡＲＰｉに対するＳＤを示した。＊＊＊＊  ｐ＜０．０００１、ｔ検定。（Ｂ）独立したＰＤＸ由来の腫瘍値に基づき、ＰＡＲＰｉ応答を予測するためのＲＡＤ５１スコアの感受性対特異度を示すＲＯＣ曲線、および性能測定値（挿入図）。ＰＰＶ，陽性予測値；ＮＰＶ，陰性予測値。
【図５】図５は、乳癌患者コホートにおけるＲＡＤ５１アッセイの臨床評価を示す。（Ａ）ジェミニン陽性細胞中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成のレベルは、腫瘍がオラパリブ感受性であった患者を、耐性であった患者から識別する。データは、一次ＰＡＲＰｉ耐性を有する２人の患者（Ｐｔ）由来のサンプル（ｇＢＲＣＡ１  ＢｒＣ患者の皮膚転移由来の１つのサンプルと、ｇＢＲＣＡ２  ＢｒＣ患者のリンパ節転移由来の別のサンプル）、４人のＰＡＲＰｉ感受性患者由来のサンプル（ｇＢＲＣＡ２  ＢｒＣを有するＰｔ３１０ｐｒｅの肝転移由来の１つのサンプルと、ｇＢＲＣＡ１  ＢｒＣを有するＰｔ１２４ｐｒｅの乳房切除由来の１つのサンプルと、ｇＢＲＣＡ１  ＢｒＣ患者のリンパ節転移由来の１つのサンプルと、ｇＢＲＣＡ１  ＨＧＳＯＣ患者の腹膜移植由来の別のサンプル）を含む。獲得耐性について、データは、ＰＡＲＰｉ進行状態の３人の患者から得られたサンプル（ｇＢＲＣＡ２  ＢｒＣを有するＰｔ３１０ｐｏｓｔの肝転移由来のサンプルと、ｇＢＲＣＡ１  ＢｒＣ患者の皮膚転移由来の別のサンプルと、ｇＢＲＣＡ２  ＢｒＣ患者の皮膚転移由来の最後のサンプル）を含む。対応のないｔ検定：＊＊＊，＜０．００１。（Ｂ）遺伝性乳癌または卵巣癌を有する患者由来のＦＦＰＥ腫瘍サンプルにおけるＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性。下にあるボックスは、各患者のさまざまな特徴と、分析した腫瘍におけるＢＲＣＡ１核内  ｆｏｃｉの有無をまとめている。注目すべきことに、ＰＡＬＢ２変異した患者由来の腫瘍およびＢＲＣＡ１  ｆｏｃｉが無い腫瘍は、低いＲＡＤ５１スコアを示し、このことは、臨床サンプルにおいて機能性ＨＲＲ変化を同定する際のＲＡＤ５１の予測値を裏付けている。ＦＨ，家族歴；＊，ＰＡＬＢ２遺伝子中に病因性変異を有する腫瘍。（Ｃ）および（Ｄ）「治療を受けていない」患者腫瘍サンプル（すなわち、抗癌治療を受けたことがない患者）および「前治療を受けた」腫瘍サンプルにおけるＲＡＤ５１およびγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成の定量。ｇＢＲＣＡ１／２患者由来の、診断バイオプシー（ｎ＝６）または外科手術腫瘍（ｎ＝４）のいずれかからの１０人の「治療を受けていない」原発性乳房腫瘍を、ＲＡＤ５１およびγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉについて点数を付けた。ｇＢＲＣＡ１／２患者由来の、ＤＮＡ損傷薬剤を含むネオアジュバント療法を受けた後の外科手術標本（ｎ＝３）または転移した状態（ｎ＝７）のいずれかからの１０人の「前治療を受けた」原発性または転移性の乳房腫瘍を、ＲＡＤ５１およびγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉについて点数を付けた。合計で、本願発明者らは、１０人のＢＲＣＡ１変異した腫瘍と１０人のＢＲＣＡ２変異した腫瘍を分析した。このデータは、化学療法を受けた患者由来のサンプルだけではなく、治療を受けていない腫瘍サンプルにおいてＲＡＤ５１が評価可能であることを確認する。
【図６】図６は、ｇＢＲＣＡ変異した乳癌患者のレトロスペクティブコホート（ｎ＝１９）において、ＲＡＤ５１スコアが、再発していない患者よりも疾患が再発した患者の方が高いことを示す。全ての患者は、ネオアジュバント（ＮｅｏＡｄｊ）またはアジュバント（Ａｄｊ）設定のいずれかで、原発腫瘍の根治手術と標準的な化学療法（ＣＴｘ）を受けた。ＲＡＤ５１アッセイは、治療を受けていない腫瘍由来の診断バイオプシーまたは手術標本において行われた。再発群および未再発群は、伝統的な予後因子について偏りがなかった。（Ａ）疾患再発の発生または未発生によって階層化された患者におけるＲＡＤ５１スコアを示すドットプロット。良好な治療転帰（すなわち、フォローアップの５年以上後に再発なし）を有する患者由来の腫瘍は、低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉレベルを有しており、すなわち、ＲＡＤ５１スコアが３．７％（点線）未満であった。疾患転帰が不良な患者（すなわち、再発した）は、さまざまなレベルを示しており、最も早い時期に再発した患者（診断から１１ヶ月後）は、最大のＲＡＤ５１スコアを示している（ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ／ジェミニン陽性細胞の５３％）。点線は、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線において感受性と特異度を最大化する尤度比に基づき、再発した患者由来の腫瘍または再発しなかった患者由来の腫瘍を識別するカットオフ（１３％）を表す。＊，ｐ＝０．０２６、ｔ検定。（Ｂ）疾患転帰を予測するためのＲＡＤ５１スコアの感受性対特異度を示すＲＯＣ曲線、および性能測定値（挿入図）。ＰＰＶ，陽性予測値；ＮＰＶ，陰性予測値。
【図７】図７は、前立腺癌患者由来のサンプル（ｎ＝８）におけるＲＡＤ５１スコアを示す。ＲＡＤ５１アッセイは、原発性前立腺摘除（ｎ＝３）、および肝臓、骨髄およびリンパ節転移性バイオプシーを含む転移性組織（ｎ＝５）において首尾良く行われた。３種類のサンプル（ＰｒＣ−００３、ＰｒＣ−００４およびＰｒＣ−０１７）は、ＢＲＣＡ２のゲノム変化（２種類の生殖細胞系列ＢＲＣＡ２変異した腫瘍−ｇＢＲＣＡ２−および１つの体細胞ＢＲＣＡ２が消失した−ｓＢＲＣＡ２−）と関連して、低いレベルのＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを示した。注目すべきことに、ｇＢＲＣＡ２変異した患者由来のサンプルＰｒＣ−０２１（＊）は、カルボプラチンに対する耐性が発生した後（治療の７ヶ月後）に得られた。このサンプルにおける高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉレベルは、このＤＮＡ損傷薬剤に長期間さらされることから生じると思われるＨＲＲ欠損の復帰を示唆している。したがって、ＲＡＤ５１スコアは、臨床において、ＨＲＲが欠損していない（ｎ＝５）および欠損している（ｎ＝３）に基づき、前立腺腫瘍を階層化する。
【図８】図８は、ジェミニン陽性細胞中の核内  ｆｏｃｉの数に基づき、本願発明者らがＲＡＤ５１陽性についての最適なカットオフをどのようにして確立したかを示す。６種類のＰＡＲＰｉ耐性（ＰＤＸ０９８、ＰＤＸ０６０、ＰＤＸ０９４、ＰＤＸ０４４、ＰＤＸ１０２およびＰＤＸ２７０）および３種類のＰＡＲＰｉ感受性（ＰＤＸ１９７、ＳＴＧ２０１およびＰＤＸ３０２）といった９種類の代表的なＰＤＸモデル由来の（Ａ）ビヒクル治療したサンプルまたは（Ｂ）オラパリブ治療したサンプルにおいて、個々のジェミニン陽性細胞（各モデルについて１００個の細胞が定量された）中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの数を示す散布図。点線は、核あたり５個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉのカットオフを示す。（Ｃ）ＰＡＲＰｉ感受性腫瘍において、ジェミニン陽性細胞の９６〜１００％が、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉゼロを示すことを明らかにするヒストグラム。これとは異なり、ＰＡＲＰｉ耐性腫瘍細胞は、ジェミニン陽性細胞あたりのＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの頻度の二峰性分布を示し、ジェミニン陽性細胞の３５〜７５％が、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉゼロを示し、２番目に大きな頻度のピークが、ジェミニン陽性細胞あたり５個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉで見られた。この意味で、未治療サンプル中のジェミニン陽性細胞あたりのＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの数を増やしつつ、正確さと特異度の分析をすると、細胞あたり５個の  ｆｏｃｉのカットオフが、最大に正確かつ特異的な予測を与えるジェミニン陽性細胞あたり最も高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの閾値であることを示す。（Ｄ）フォレストプロットおよびオッズ比分析、および（Ｅ）核あたり１〜１０個の  ｆｏｃｉのさまざまなカットオフを用いたＲＡＤ５１スコアの正確さおよび特異度。このデータは、いくつかのカットオフが正確な結果を与え、核あたり５個の  ｆｏｃｉ（ここに提示する全てのデータを作成するために使用されるカットオフ）を選択することが、最も高く（すなわち、最もストリンジェントであり）、依然として高い正確さであることを示す。
【図９】図９は、２種類のさらなる市販の抗ＲＡＤ５１抗体の検証と、免疫蛍光染色によるＲＡＤ５１アッセイの開発を示す。（Ａ）ビヒクル治療したＰＤＸおよびオラパリブ治療したＰＤＸの両方における、ＲＡＤ５１に対する２種類の異なる市販の抗体（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ８３４９およびＡｂｃａｍ  １３３５３４）を用いたＲＡＤ５１スコア定量。この２種類の異なる抗体を用いたＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ定量のスピアマン相関分析は、ＲＡＤ５１アッセイの再現性を示す。（Ｂ−Ｃ）免疫蛍光染色アッセイ（上の画像）および免疫組織染色アッセイ（下の画像）の両方による、第３の抗ＲＡＤ５１抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、ＣＳＴ  ８８７５）の検証を示す代表的な写真。本願発明者らは、（Ｂ）ＨｅＬａ細胞株（ｓｉＲＮＡコントロールにさらされたもの−左−またはその発現をノックダウンするためのｓｉＲＮＡ  ＲＡＤ５１−右−）および（Ｃ）高い、中程度（ｍｏｄ）および低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成を有する未治療ＰＤＸからの画像を示す。これらの結果は、ＩＦアッセイおよびＩＨＣアッセイの両方を用いた、同等の結果を示す。
【図１０】図１０は、腫瘍型を超えたＲＡＤ５１アッセイの実現可能性を示す。（Ａ）乳癌、卵巣癌および脳転移、および（Ｂ）前立腺癌、膵臓癌、小児神経芽腫および肝転移に由来する染色されたヒトサンプルの代表的な画像を示す。腫瘍サンプルは、（Ａ）Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製の抗ＲＡＤ５１抗体（ＣＳＴ  ８８７５、緑色）およびジェミニン（赤色）、または（Ｂ）Ａｂｃａｍ製の抗ＲＡＤ５１抗体（ａｂ−１３３５３４、赤色）およびジェミニン（緑色）のいずれかで染色された。これに加え、ＤＡＰＩ（青色）を核の対比染色として使用した。これらの写真は、ＲＡＤ５１アッセイが、さまざまな腫瘍型において行うことが可能であり、種々の組織におけるＲＡＤ５１  ｆｏｃｉの有無を同定することができることを示す。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
本発明の著者らは、癌と診断された被験体から単離された腫瘍細胞を含むサンプル中のＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルの決定が、そのサンプルの細胞がＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルの分析前にＤＮＡ損傷を誘発する方法にさらされていない、その被験体の抗癌治療に対する応答に関係があることを発見した。上述の方法は、ｅｘ  ｖｉｖｏであってもよく、すなわち、被験体から腫瘍細胞を単離した後であってもよく、細胞サンプルの電離放射線への曝露から構成される。さらに、本願発明者らは、この方法が、抗癌療法で治療されていない患者由来のサンプルまたは治療された患者由来のサンプルにも有効であることを発見した。化学療法の実施によって、ＤＮＡ損傷を誘発する化学療法の化合物に対し、被験体由来の腫瘍細胞がさらされ、その後、ＤＮＡ損傷修復に関与するタンパク質の迅速な（数分以内の）動員が行われる。
【００１６】
１．本発明の方法
Ａ．癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する方法
第１の態様において、本発明は、癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、被験体が、上述の抗癌治療に応答すると予測されることを示し、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、被験体が、上述の抗癌治療に応答しないと予測されることを示す、方法に関する。
【００１７】
「応答を予測する」または「応答すると予測する」との用語は、本明細書で使用される場合、ある患者が、ある治療に応答し得る確率を指す。当該技術分野の専門家は理解するだろうが、これが好ましいというわけではないが、診断または評価され得る被験体の１００％について、予測が正しい必要はない。しかし、この表現は、患者の統計学的に有意な部分について、この予測が正しい結果を与えることを必要とする。本発明の予測が統計学的に有意な結果を与えるか否かの決定は、Ｄｏｗｄｙ  ａｎｄ  Ｗｅａｒｄｅｎ、Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８３に記載される、信頼区間の決定、ｐ値の決定、スチューデントのｔ検定、マン・ホイットニーの検定などの標準的な統計技術を用いることによって行われてもよい。適切な信頼区間は、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％である。Ｐ値は、好ましくは、０．０５、０．００１、０．０００５であるか、またはもっと少ない。
【００１８】
「被験体」または「患者」との用語は、本明細書で使用される場合、哺乳動物に分類される全ての動物を指し、これらに限定されないが、家畜動物および農場動物、霊長類およびヒトが挙げられ、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコまたはげっ歯類が挙げられる。好ましくは、被験体は、任意の年齢または民族の男性または女性のヒトである。
【００１９】
「診断される」との用語は、本明細書で使用される場合、被験体における疾患の決定および／または同定、すなわち、被験体の疾患状態について達した意見、すなわち、診断意見を指す。そのように、個体をその疾患状態に基づいて分類するための試みとみなされることもある。当業者は理解するだろうが、癌の診断は、これが好ましいというわけではないが、診断または評価される被験体の１００％について正しい必要はない。しかし、この用語は、被験体の統計学的に有意な部分が、正確な意味で癌を患っていると同定されたことを必要とする。ある被験体が統計学的に有意であるか否かは、種々のよく知られた統計評価ツール、例えば、信頼区間の決定、ｐ値の決定、スチューデントのｔ検定、マン・ホイットニーの検定などを用い、当業者によるさらなる面倒なく、決定することができる。詳細は、Ｄｏｗｄｙ  ａｎｄ  Ｗｅａｒｄｅｎ、Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８３中に見出される。好ましい信頼区間は、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％である。Ｐ値は、好ましくは、０．０５、０．００１、０．０００５であるか、またはもっと少ない。
【００２０】
「癌」との用語は、癌を患う被験体において１つ以上の悪性腫瘍を形成し、他の組織、臓器または、一般的に、その生物の離れた部分へ浸潤するか、または広がる（転移する）可能性を有する、細胞の異常で制御不可能な成長および増殖（新生物）に関与する疾患群を指し、転移は、癌および癌性腫瘍の悪性度の特質の１つである。「癌」との用語としては、限定されないが、乳癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ／ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮内膜／子宮／子宮頸癌、膀胱癌、頭頸部癌、白血病、心臓の癌、小腸、脾臓、腎臓、脳、皮膚、骨、骨髄、血液、胸腺、子宮、精巣、肝胆道系および肝臓の癌、肉腫、胆管癌、膠芽腫、多発性骨髄腫、リンパ腫、腺腫、管肉腫、星状細胞腫、上皮癌腫、胚細胞腫、神経膠腫、血管内皮種、血管肉腫、血腫、肝芽腫、髄芽腫、黒色腫、神経芽腫、肝胆道癌、骨肉腫、網膜芽腫、横紋筋肉腫、肉腫および奇形腫が挙げられる。さらに、この用語は、末端黒子型黒色腫、光線角化症腺癌、腺様嚢胞癌、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮癌、星細胞系腫瘍、大前庭腺癌腫、基底細胞癌腫、気管支腺癌腫、毛管カルチノイド、癌腫、癌肉腫、嚢胞腺腫、卵黄嚢腫瘍、子宮内膜増殖症、子宮内膜間質性肉腫、類子宮内膜腺癌、上衣肉腫、ユーイング肉腫、限局性結節性過形成、胚細胞腫瘍、グルカゴノーマ、血管芽腫、血管内皮腫、血管腫、肝腺腫、肝腺腫症、肝細胞癌腫、肝胆道癌、インスリノーマ、上皮内新生物、扁平細胞上皮内新生物、浸潤性扁平細胞癌腫、大細胞癌腫、平滑筋肉腫、黒色腫、悪性黒色腫、悪性中皮腫瘍、髄芽腫、髄上皮腫、粘表皮癌、神経芽腫、神経上皮腺癌、結節型悪性黒色腫、骨肉腫、漿液性乳頭状腺癌、下垂体腫瘍、形質細胞腫、偽肉腫、肺芽腫、腎細胞癌腫、網膜芽腫、横紋筋肉腫、漿液性癌腫、微小のう胞性癌腫、軟組織癌腫、ソマトスタチン分泌腫瘍、扁平癌腫、扁平細胞癌腫、未分化癌腫、ブドウ膜黒色腫、疣贅性癌腫、ビポーマ、ウイルムス腫瘍、脳内癌、直腸癌、星状細胞腫、微小のう胞性癌および非微小のう胞性癌、転移性黒色腫、アンドロゲン非依存性転移性前立腺癌、アンドロゲン依存性転移性前立腺癌を含む。癌との用語は、原発腫瘍と転移性腫瘍の両方を含む。
【００２１】
「抗癌治療」との用語は、本明細書で使用される場合、癌細胞の死を誘発するために使用される任意の方法を用いて治療される被験体の曝露を含む任意の治療を指す。上述の方法は、化学薬剤の投与に限定されず、外科手術、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法を含む標的療法、またはこれらの組み合わせから構成されていてもよい。
【００２２】
「外科手術」との用語は、癌について言及される場合、原発腫瘍の少なくとも一部および／または少なくとも１つの転移の少なくとも一部が除去される大きな外科手術を指す。
【００２３】
「放射線療法（ｒａｄｉａｔｉｏｎ  ｔｈｅｒａｐｙ）」、「放射線療法（ｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙ）」または「電離放射線」との用語は、本明細書で使用される場合、一般的に、腫瘍細胞を制御するか、または死滅させるための癌治療の一部として、通常は線形加速器によって運ばれる電離放射線を用いる治療を指す。ガンマ線、Ｘ線および電磁スペクトルのより高エネルギーである紫外線部分は、電離放射線であり、一方、このスペクトルのＵＶより低エネルギーである部分は、可視光（レーザ光のほぼ全ての種類を含む）、赤外線、マイクロ波およびラジオ波を含み、全て非電離放射線とされる。放射線療法は、身体の１つの領域に局在化させる場合、多種類の癌において治療に効くものであってもよい。放射線療法は、細胞成長を制御する能力のため、一般に、癌性腫瘍に適用される。電離放射線は、癌性組織のＤＮＡを損傷させて細胞死を引き起こすことによって機能する。
【００２４】
「標的療法」との用語は、本明細書で使用される場合、全ての迅速に分裂する細胞と単純に干渉するのではなく、発癌および腫瘍成長に必要な特定の標的分子と干渉することによって、癌細胞の成長を遮断する治療を指す。標的療法のための大部分の薬剤は生物製剤であるため、生物療法との用語は、癌治療の観点で用いられる場合、時には標的療法と同義である（したがって、細胞毒性療法である化学療法とは区別される）。しかし、モダリティが組み合わされてもよい。別の形態の標的療法は、体内の正常な細胞変性プロセスが細胞を消化し、身体から効果的に除去できるように腫瘍細胞に結合するためにナノ操作された酵素の使用を伴う。多くの標的療法は、免疫療法の例である。
【００２５】
「免疫療法」との用語は、本明細書で使用される場合、宿主免疫系を改変するための手法および／または癌治療としての免疫系の構成要素の利用から構成される癌免疫療法を指す。免疫療法の非限定的な例としては、非特異的免疫刺激剤ＢＣＧおよびレバミゾール；サイトカインインターフェロン−αおよびインターロイキン−２；モノクローナル抗体である抗ＰＤ１、抗ＰＤＬ１、抗ＣＴＬＡ−４、リツキシマブ、オファツムマブ、アレムツズマブ、トラスツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブおよびパニツムマブ；放射性標識された抗体Ｙ−９０イブリツモマブチウキセタンおよびＩ−１３１トシツモマブ；免疫毒素デニロイキンディフティトックスおよび抗体ゲムツズマブオゾガマイシン；ドナーリンパ球注入を伴う骨髄非破壊的な同種異系移植物；および抗前立腺癌細胞療法シプリューセル−Ｔが挙げられる。免疫療法の他の例、例えば、ＤＣワクチン、ＣＡＲＴ−ｔ細胞またはＮＫ療法。いくつかの免疫療法は、血液または腫瘍からの免疫細胞の除去を伴い、腫瘍に特異的な免疫細胞を培養し、患者に戻し、患者の中で免疫細胞が腫瘍を攻撃する。または、免疫細胞は、腫瘍特異的な受容体を発現するように遺伝子操作され、培養され、患者に戻されてもよい。この様式で使用可能な細胞型は、ナチュラルキラー細胞、リンホカイン活性化キラー細胞、細胞毒性Ｔ細胞および樹状細胞である。
【００２６】
「化学療法」との用語は、本明細書で使用される場合、単独で、または他の化合物と組み合わせて、化学構造の制限なく、癌の療法および／または治療に適した１種類または数種類の抗癌剤の投与から構成される任意の治療に対して記載される。
【００２７】
「ＡＣ」との表現は、本明細書で使用される場合、アドリアマイシン／ドキソルビシンおよびシクロホスファミドといった２種類の化学療法薬の組み合わせから構成される化学療法を指す。
【００２８】
「ＦＥＣ」との表現は、本明細書で使用される場合、５フルオロウラシル（５ＦＵとしても知られる）、エピルビシンおよびシクロホスファミドといった３種類の化学療法薬の組み合わせから構成される化学療法を指す。
【００２９】
「ＥＣＦ」との表現は、本明細書で使用される場合、エピルビシン、シスプラチンおよびフルオロウラシルといった３種類の化学療法薬の組み合わせから構成される化学療法を指す。
【００３０】
本明細書で使用される場合、「抗癌剤」は、ほんの短期間であっても、全体的または部分的に癌と関連する症状を抑制することを含め、癌の発生または進行を少なくとも部分的に抑制する薬剤である。抗癌剤としては、化合物の投与を含む上述の治療のいずれか、すなわち、ホルモン療法、標的療法、免疫療法、化学療法で使用される抗癌剤が挙げられる。
【００３１】
抗癌剤のいくつかの例としては、限定されないが、アシビシン；アクラルビシン；塩酸アコダゾール；アクロニン；アドゼレシン；アルデスロイキン；アルトレタミン；アルボマイシン；酢酸アメタントロン；アミノグルテチミド；アムサクリン；アナストロゾール；アントラマイシン；アスパラギナーゼ；アスペルリン；アザシチジン；アゼテパ；アゾトマイシン；バチマスタット；ベンゾデパ；ビカルタミド；塩酸ビサントレン；メシル酸ビスナフィド；ビゼレシン；硫酸ブレオマイシン；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ）；ブレキナールナトリウム；ブロピリミン；ブスルファン；カクチノマイシン；カルステロン；カラセミド；カルベチマー；カルボプラチン（白金含有レジメン）；カルムスチン；塩酸カルビシン；カルゼルシン；セデフィンゴール；クロラムブシル；シロールマイシン（Ｃｉｒｏｌｅｍｙｃｉｎ）；シスプラチン（白金含有レジメン）；クラドリビン；メシル酸クリスナトール；シクロホスファミド；シタラビン；ダカルバジン；ダクチノマイシン；ダウノルビシン；デシタビン；デキソルマプラチン；デザグアニン；ジアジコン；ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）；ドキソルビシン；ペグ化リポソームドキソルビシン；ドロロキシフェン；ドロモスタノロン；ズアゾマイシン；エダトレキサート；エフロルニチン；エルサミトルシン；エンロプラチン；エンプロマート；エピプロピジン；エピルビシン；エルブロゾール；エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ）、エソルビシン；エストラムスチン；エタニダゾール；エトポシド；エトプリン；ファドロゾール；ファザラビン；フェンレチニド；フロクスウリジン；フルダラビン；５−フルオロウラシル；フルロシタビン；ホスキドン；フォストリエシン；ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、ゲムシタビン；ヒドロキシウレア；イダルビシン；イホスファミド；イルモホシン；メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ）；インターフェロンアルファ−２ａ；インターフェロンアルファ−２ｂ；インターフェロンアルファ−ｎｌ；インターフェロンアルファ−ｎ３；インターフェロンベータ−Ｉａ；インターフェロンガンマ−Ｉｂ；イプロプラチン；イリノテカン；ランレオチド；レナリドミド（ＲＥＶＬＬＭｌＤ、ＲＥＶＩＭＩＤ）；レトロゾール；リュープロレリン；リアロゾール；ロメトレキソール；ロムスチン；ロソキサントロン；マソプロコール；マイタンシン；メクロレタミン；メゲストロール；メレンゲストロール；メルファラン；メノガリル；メルカプトプリン；メトトレキサート；メトプリン；メツレデパ；ミチンドミド；ミトカルシン（Ｍｉｔｏｃａｒｃｉｎ）；ミトクロミン；ミトギリン；マイトマルシン（Ｍｉｔｏｍａｌｃｉｎ）；マイトマイシン；ミトスペル（Ｍｉｔｏｓｐｅｒ）；ミトタン；ミトキサントロン；ミコフェノール酸；ノコダゾール；ノガラマイシン；オルマプラチン；オキシスラン；パクリタキセル；ペメトレキセド（ＡＬＩＭＴＡ）、ペグアスパラガーゼ；ペリオマイシン（Ｐｅｌｉｏｍｙｃｉｎ）；ペンタムスチン（Ｐｅｎｔａｍｕｓｔｉｎｅ）；ペントモン；ペプロマイシン；ペルホスファミド；ピポブロマン；ピポスルファン；ピリトレキシムイセチオナート；ピロキサントロン；プリカマイシン；プロメスタン；ポルフィマー；ポルフィロマイシン；プレドニマスチン；プロカルバジン；ピューロマイシン；ピラゾフリン；リボプリン；ログレチミド；サフィンゴール；セムスチン；シムトラゼン；シトグルシド；スパルホサート；スパルソマイシン；スピロゲルマニウム；スピロムスチン；スピロプラチン；ストレプトニグリン；ストレプトゾトシン；スロフェヌル；タリソマイシン；タムスロシン；タキソール；タキソテレ；テコガラン；テガフール；テロキサントロン；テモポルフィン；テモゾロミド（ＴＥＭＯＤＡＲ）；テニポシド；テロキシロン；テストラクトン；サリドマイド（ＴＨＡＬＯＭＩＤ）およびその誘導体；チアミプリン；チオグアニン；チオテパ；チアゾフリン；チラパザミン；トポテカン；トレミフェン；トレストロン；トリシリビン；トリメトレキサート；リプトレリン；ツブロゾール；ウラシル；マスタード；ウレデパ；バプレオチド；ベルテポルフィン；ビンブラスチン；ビンクリスチン；ビンデシン；ビネピジン；ビングリシナート；ビンロイロシン；ビノレルビン；ビンロシジン；ビンゾリジン；ボロゾール；ゼニプラチン；ジノスタチン；ゾルビシンが挙げられる。
【００３２】
抗癌剤はまた、限定されないが、チロシンキナーゼインヒビター、ＣＤＫインヒビター、ＭＡＰキナーゼインヒビター、またはＥＧＦＲインヒビターを含む酵素インヒビターであってもよい。チロシンキナーゼインヒビターは、限定されないが、ゲニステイン（４’、５、７−トリヒドロキシイソフラボン）、チルホスチン２５（３，４，５−トリヒドロキシフェニル）、メチレン］−プロパンジニトリル、ハービマイシンＡ、ダイゼイン（４’，７−ジヒドロキシイソフラボン）、ＡＧ−１２６、ｔｒａｎｓ−１−（３’−カルボキシ−４’−ヒドロキシフェニル）−２−（２”，５”−ジヒドロキシ−フェニル）エタン、またはＨＤＢＡ（２−ヒドロキシ５−（２，５−ジヒドロキシベンジルアミノ）−２−ヒドロキシ安息香酸であってもよい。ＣＤＫインヒビターは、限定されないが、ｐ２１、ｐ２７、ｐ５７、ｐｌ５、ｐｌ６、ｐｌ８またはｐｌ９であってもよい。ＭＡＰキナーゼインヒビターは、限定されないが、ＫＹ１２４２０（Ｃ２３Ｈ２４Ｏ８）、ＣＮＩ−１４９３、ＰＤ９８０５９、または４−（４−フルオロフェニル）−２−（４−メチルスルフィニルフェニル）−５−（４−ピリジル）１Ｈ−イミダゾールであってもよい。ＥＧＦＲインヒビターは、限定されないが、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、ＷＨＩ−Ｐ９７（キナゾリン誘導体）、ＬＦＭ−Ａ１２（レフルノミド代謝物類似体）、ＡＢＸ−ＥＧＦ、ラパチニブ、カネルチニブ、ＺＤ−６４７４（ＺＡＣＴＩＭＡ）、ＡＥＥ７８８およびＡＧ１４５８であってもよい。
【００３３】
さらに、いくつかの抗癌剤は、ＤＮＡ損傷薬剤に分類されてもよく、ＤＮＡ損傷薬剤としては、ＤＮＡ損傷を直接的に誘発する薬剤および細胞中のＤＮＡ損傷量を増加させる細胞のＤＮＡ損傷応答に関与するタンパク質を標的とすることによってＤＮＡ損傷を間接的に誘発する薬剤が挙げられる。ＤＮＡ損傷を直接的に誘発する薬剤は、ＤＮＡアルキル化薬剤（例えば、シクロホスファミド、ダカルバジン、プロカルバジン、カルムスチン、ロムスチン、イホスファミド、メルファラン、ブスルファン、チオテパ）、ＤＮＡアルキル化様薬剤（例えば、カルボプラチン、シスプラチン）、ＤＮＡ鎖切断誘発薬剤（例えば、ブレオマイシン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、マイトマイシンＣ）、代謝拮抗薬剤（例えば、シタラビン、メトトレキサート、ヒドロキシウレア、５−フルオロウラシル、フロクスウリジン、６−チオグアニン、６−メルカプトプリン、フルダラビン、クロロデオキシアデノシン）、トポイソメラーゼインヒビター（例えば、エトポシド、ラムプトテシン（ｒａｍｐｔｏｔｈｅｃｉｎ）、トポテカン、テニポシド、ミトキサントロン）またはエピポドフィロトキシンであってもよい。
【００３４】
細胞のＤＮＡ損傷応答に関与するタンパク質を標的とする薬剤は、ＰＡＲＰインヒビター（ＰＡＲＰｉ；例えば、オラパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ベリパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０）、微小管阻害薬剤（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン）およびアントラサイクリンであってもよい。
【００３５】
「サンプル」または「生体サンプル」との用語は、本明細書で使用される場合、被験体から単離される生体材料を指す。生体サンプルは、所望なタンパク質マーカーを検出するのに適した任意の生体材料を含む。生体サンプルは、被験体の細胞および／または非細胞材料を含んでいてもよい。サンプルは、任意の適切な組織または生体液、例えば、血液、唾液、脳脊髄液、尿、糞便、骨髄、乳頭吸引液、固形腫瘍バイオプシー、血漿、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、排泄物、口腔または口腔咽頭用綿棒、手術標本、バイオプシーから得られた標本およびパラフィンに包埋された組織サンプルなどから単離されてもよい。サンプルを単離する方法は、当業者によく知られている。特定の実施形態において、上述のサンプルは、癌細胞、好ましくは、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、胃癌、膵臓癌、肺癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ／ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮内膜／子宮／子宮頸癌、膀胱癌、頭頸部癌、白血病、肉腫、胆管癌、膠芽腫、多発性骨髄腫、リンパ腫細胞を含む。より好ましくは、サンプルは、乳癌細胞、卵巣癌細胞、前立腺癌細胞、胃癌細胞または膵臓癌細胞、さらにより好ましくは、乳癌細胞、卵巣癌細胞または前立腺癌細胞、なおさらに好ましくは、乳癌細胞を含む。好ましい実施形態において、サンプルは、腫瘍組織サンプルまたはその一部である。好ましくは、上述の腫瘍組織サンプルは、乳房腫瘍、卵巣腫瘍、前立腺腫瘍、胃腫瘍、膵臓腫瘍、肺腫瘍、大腸腫瘍、胃腫瘍（ｓｔｏｍａｃｈ／ｇａｓｔｒｉｃ  ｔｕｍｏｒ）、子宮内膜／子宮／子宮頸部腫瘍、膀胱腫瘍、頭頸部腫瘍、肉腫腫瘍、胆管癌腫瘍、膠芽腫腫瘍、多発性骨髄腫腫瘍、リンパ腫腫瘍組織、またはその一部のサンプルである。より好ましくは、サンプルは、乳房腫瘍、卵巣腫瘍、前立腺腫瘍、胃腫瘍および膵臓腫瘍組織、またはその一部のサンプルである。さらにより好ましくは、上述のサンプルは、乳房腫瘍、卵巣腫瘍または前立腺腫瘍、またはこれらの一部の組織サンプルである。なおさらに好ましくは、上述の腫瘍組織サンプルは、乳房腫瘍組織、またはその一部のサンプルである。
【００３６】
上述のサンプルは、関連する医学分野の当業者によく知られている方法を用い、従来の方法、例えば、バイオプシーによって得ることができる。バイオプシーからサンプルを得る方法としては、塊を大きく配分する、または顕微解剖または他の当該技術分野で既知の細胞分離方法が挙げられる。腫瘍細胞は、さらに、穿刺吸引細胞診から得られてもよい。サンプルの保存および取り扱いを単純化するために、サンプルは、固定された組織、パラフィン包埋された組織、組織学的スライド、細胞懸濁物、細胞ペレット、細胞スライド、凍結された固形腫瘍バイオプシーであってもよく、および／または最初に凍結させ、次いで、迅速に凍結させる非常に低温の媒体への浸漬によって、低温固化媒体（例えば、ＯＣＴ−化合物）に包埋されてもよい。
【００３７】
「ＤＮＡ損傷」との表現は、本明細書で使用される場合、当業者によってよく知られている。ＤＮＡ損傷は、ＤＮＡの化学構造中の変化、例えば、ＤＮＡの片方または両方の鎖の中の切断、ＤＮＡの骨格からの塩基欠失、または化学的に変更された塩基を指す。ＤＮＡの１本の鎖中の切断は、一本鎖切断（ＳＳＢ）として知られており、ＤＮＡの両方の鎖中の切断は、二重鎖切断（ＤＳＢ）として知られている。ＤＮＡ損傷はまた、停止した複製フォークから構成されていてもよい。細胞のＤＮＡ損傷応答機構によって修復されない場合、ＤＮＡ損傷によって、ＤＮＡ損傷の蓄積および機能的なゲノム変化（すなわち、ゲノム不安定性）が引き起こされる。ＤＮＡ中の上述の変化は、例えば、罹患した細胞に対して選択的な利点を与えてもよく、その結果、連続的に増殖し、生存することによって、腫瘍細胞が形成し得る。
【００３８】
「ＤＮＡ損傷応答」との表現は、本明細書で使用される場合、細胞のゲノム完全性を維持するためにＤＮＡ損傷をモニタリングし、修復する細胞経路を指す。ＤＮＡ損傷応答の種類は、ＤＮＡ損傷の種類に依存する。一般論として、ＤＮＡ損傷応答の種類は、ＤＮＡ損傷がＳＳＢから構成されるか否か、またはＤＳＢにおいて構成されるか否かに依存する。
【００３９】
「ＤＮＡ損傷を誘発する方法」との表現は、本明細書で使用される場合、サンプルにおいてＤＮＡ損傷を誘発するために使用可能な実質的な任意の従来な方法を指す。実質的な任意の従来な方法は、ＤＮＡ損傷を誘発するための本発明の枠内で使用されてもよい。例えば、よく知られているＤＮＡ損傷を誘発する方法は、電離放射線であり、共有結合を破壊し得るイオンを生成する原子および分子から電子を放出することが可能な高エネルギー放射線の一種である。電離放射線は、ＤＮＡ切断、特にＤＳＢを誘発することによってＤＮＡ構造に直接的に影響を与える。方法の他の例は、主にＤＳＢを誘発する酸化ストレス、ＤＮＡ損傷を誘発し、その後、ＳＳＢおよびＤＳＢを誘発することが可能なアルキル化薬剤であるメチルメタンスルホネート、またはＳＳＢまたはＤＳＢを誘発し得るＵＶ光に細胞をさらすことから構成される。
【００４０】
「ＲＡＤ５１」との用語は、本明細書で使用される場合、ＤＳＢ修復中に、ＤＮＡの相同組換えにおいて主要な役割を有する酵素を指す。タンパク質の配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ（２０１７年１１月２２日）に寄託番号Ｑ０６６０９で提出されている。
【００４１】
本明細書で使用される「ｆｏｃｉ」との用語は、細胞のある部位における特定のタンパク質の局所的な蓄積を指す。「核内  ｆｏｃｉ」と呼ばれる場合、上述のｆｏｃｉは、細胞の核内に局在化する。例えば、ＤＮＡ損傷修復中、ＤＮＡ修復ｆｏｃｉは、ＤＮＡ二重鎖切断の部位で形成するＤＮＡ損傷応答タンパク質の局所的な蓄積または改変によって作られる。ｆｏｃｉは、免疫染色または蛍光タンパク質タグ化の後の顕微鏡イメージングを用いて視覚化されてもよい。
【００４２】
「基準値」との表現は、患者から得られるサンプルを用いて得られる値／データについての基準として使用される実験値を指す。基準値または基準レベルは、絶対値、相対的な値、上限および／または下限を有する値、一連の値、平均値（ａｖｅｒａｇｅ  ｖａｌｕｅ）、メジアン、平均値（ｍｅａｎ  ｖａｌｕｅ）、またはコントロールまたは基準値を参照することによって表される値であってもよい。基準値は、代表であると考えられる患者群から得られる値、例えば、試験の患者目的の集合と一致するか、または分析されるサンプルの一連の含有サンプルまたは除外サンプルに基づき、暦年齢群からの被験体の集合において得られる値に基づいていてもよい。または、基準値は、個々のサンプル、例えば、試験の患者目的由来のサンプルから得られる値に基づいていてもよいが、以前の時間点で得られてもよい。
【００４３】
本発明の基準値は、分析されるサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルについての基準である。「細胞のレベル」との表現は、本明細書で使用される場合、細胞量を決定するために使用される絶対値または相対的な値を指す。好ましい実施形態において、サンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、
−上述のサンプル中の腫瘍細胞数、
−上述のサンプル中の増殖細胞数、
−上述のサンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す細胞数、および
−上述のサンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す増殖細胞数
に対する相対的なＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルとして決定される。
【００４４】
上述の相対的なレベルは、比率または百分率として計算することができる。
【００４５】
ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、サンプル中の腫瘍細胞数に関して計算される場合、百分率として表される基準値は、少なくとも０．１％、少なくとも０．２５％、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％であり、１００は、サンプル中の合計細胞数を表す。好ましい実施形態において、基準値は、少なくとも０．５％、より好ましくは少なくとも１％であり、なおさらに好ましくは少なくとも２％、さらにより好ましくは少なくとも５％である。
【００４６】
ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、サンプル中の増殖細胞数に関して計算される場合、百分率として表される基準値は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％であり、１００は、サンプル中の合計増殖細胞数を表す。好ましい実施形態において、基準値は、少なくとも１％、より好ましくは少なくとも５％、なおさらに好ましくは少なくとも１０％、さらにより好ましくは少なくとも１１％、さらになおさらに好ましくは少なくとも２０％である。
【００４７】
「（・・・の）増殖細胞」との表現は、本明細書で使用される場合、サンプル中の細胞数の増加を生じる、サンプル中の分裂細胞を指す。増殖細胞は、細胞の分裂に関与するタンパク質の発現の決定によって同定される。このようなタンパク質の非限定的な例は、ジェミニン、Ｋｉ−６７、増殖細胞核抗原、サイクリンＡ２である。
【００４８】
「ジェミニン」との用語は、本明細書で使用される場合、細胞周期のＧ１期中に存在せず、Ｓ、Ｇ２期およびＭ期に蓄積する核タンパク質である。ジェミニンレベルは、後期促進複合体（ＡＰＣ／Ｃ）によって分解する場合、有糸分裂の中期／後期の遷移で低下する。
【００４９】
「Ｋｉ−６７」、「ＭＫＩ６７」または「抗原ＫＩ−６７」との用語は、本明細書で使用される場合、細胞周期の全ての活動期（Ｇ１、Ｓ、Ｇ２および有糸分裂）中に存在するが、休止（静止）細胞（Ｇ０）中に存在しないＫｉ−６７核タンパク質を指す。Ｋｉ−６７タンパク質の細胞内容物は、細胞周期のＳ期中の細胞進行中に顕著に増加する。
【００５０】
「増殖細胞核抗原」または「ＰＣＮＡ」との用語は、本明細書で使用される場合、真核細胞中のＤＮＡポリメラーゼδのプロセシビティー因子として作用するＤＮＡクランプであり、複製に必須である、上述の名前を有するタンパク質を指す。ＰＣＮＡは、ホモトリマーであり、ＤＮＡを取り囲むことによってそのプロセシビティーを達成し、ＤＮＡ複製、ＤＮＡ修復、クロマチンリモデリングおよびエピジェネティックスに関与するタンパク質を動員するための足場として作用する。ＰＣＮＡは、元来、細胞周期のＤＮＡ合成期中の細胞核中で発現する抗原として同定された。
【００５１】
「サイクリンＡ２」との用語は、本明細書で使用される場合、分裂体細胞中で発現するタンパク質サイクリンＡ２を指す。サイクリンＡ２のレベルは、細胞周期の進行と密に同期する。転写は、後期Ｇ１に開始し、中期Ｓでピークを迎え、頭打ちになり、Ｇ２で低下する。
【００５２】
ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す細胞数に関して計算される場合、百分率として表される基準値は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％であり、１００は、サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、ＤＳＢを示す合計細胞数を表す。好ましい実施形態において、基準値は、少なくとも１０％、さらにより好ましくは少なくとも１６％、なおさらに好ましくは少なくとも１７％、さらにより好ましくは少なくとも２０％、さらにより好ましくは少なくとも３０％、さらになおさらに好ましくは少なくとも５０％である。
【００５３】
「（・・・の）ＤＮＡ損傷を示す細胞」との表現は、本明細書で使用される場合、上に定義したＤＮＡ損傷を被った、好ましくはＤＳＢから構成される細胞を指す。これらは、発現の決定によってサンプル中で、好ましくは、ＤＮＡ損傷の修復、好ましくは、ＤＳＢの修復に関与するタンパク質の核内  ｆｏｃｉとして同定される。このようなタンパク質の非限定的な例は、γＨ２ＡＸ、複製タンパク質Ａ（ｐＲＰＡ）、ｐ５３結合タンパク質１（５３ＢＰ１）、二重鎖切断修復タンパク質（ＭＲＥ１１）である。
【００５４】
「γＨ２ＡＸ」との用語は、本明細書で使用される場合、リン酸化ヒストンＨ２ＡＸ（γＨ２ＡＸ）を指す。γＨ２ＡＸは、ＤＳＢに対する細胞応答のバイオマーカーとして使用される。ＤＳＢ形成後の初期段階で、多数のγＨ２ＡＸ分子は、切断部位周囲のクロマチン中で形成し、タンパク質がＤＮＡ修復およびクロマチンリモデリング蓄積に関与する  ｆｏｃｉを作成する。この増幅は、γＨ２ＡＸに対する抗体を用いて個々のＤＳＢを検出することを可能にする。
【００５５】
「複製タンパク質Ａ」、「ｐＲＰＡ」または「ＲＰＡ」との用語は、真核細胞中の一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）に結合する主要なタンパク質である、上述の名前を有するタンパク質を指す。ＤＮＡ複製中、ＲＰＡは、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）が自身で再び巻かれるのを防ぐか、または二次構造を形成するのを防ぐ。これにより、ポリメラーゼがそれを複製するためにＤＮＡが巻かれていない状態を維持する。ＲＰＡは、相同組換えの初期段階中にＤＳＢを修復するためにｓｓＤＮＡにも結合する。ＤＮＡ複製におけるその役割と同様に、ＲＰＡの結合は、得られるヌクレオタンパク質フィラメントが、その後ＲＡＤ５１およびその補因子によって結合し得るように、ｓｓＤＮＡが自身に結合する（自己相補体化）のを防ぐ。ＲＰＡは、ヌクレオチド除去修復プロセス中にＤＮＡにも結合する。この結合は、修復プロセス中、修復複合体を安定化する。細菌ホモログは、一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）と呼ばれる。
【００５６】
「ｐ５３結合タンパク質１」または「５３ＢＰ１」との用語は、本明細書で使用される場合、ＤＮＡ二重鎖切断修復経路の選択中に機能し、非相同性末端接続（ＮＨＥＪ）経路を促進し、相同組換えを制限するタンパク質を指す。このタンパク質は、ＤＮＡ損傷後のチェックポイントシグナル伝達を促進すること、損傷したクロマチンへのＤＮＡ損傷応答タンパク質の動員のための足場として作用すること、二重鎖切断後の末端切除を制限することによってＮＨＥＪ経路を促進することを含め、ＤＮＡ損傷応答において複数の役割を果たす。これらの役割は、Ｖ（Ｄ）Ｊ組換え中、クラススイッチ組換え中および保護されていないテロメアでも重要である。代替的なスプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする複数の転写改変体が生じる。
【００５７】
「二重鎖切断修復タンパク質」または「ＭＲＥ１１」との用語は、本明細書で使用される場合、二重鎖切断（ＤＳＢ）修復、ＤＮＡ組換え、テロメア完全性の維持および減数分裂において中心的な役割を果たす、ＭＲＮ複合体のタンパク質部分を指す。この複合体は、一本鎖エンドヌクレアーゼ活性および二本鎖に特異的な３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有し、これらはＭＲＥ１１によって与えられる。ＲＡＤ５０は、ＤＮＡ末端に結合し、ごく接近した位置にこれらを保持するために必要な場合がある。これにより、組換えＤＮＡテンプレートにおける配列ホモロジーの短い領域または長い領域のための研究を促進することができ、また、ＤＮＡリガーゼの活性を刺激し、および／または所与の点を過ぎて核酸分解を防止するためにＭＲＥ１１のヌクレアーゼ活性を制限してもよい。この複合体は、ＡＴＭキナーゼの活性化によるＤＮＡ損傷シグナル伝達にも必要な場合がある。
【００５８】
ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが、サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を示す増殖細胞数に関して計算される場合、百分率として表される基準値は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％であり、１００は、ＤＮＡ損傷、好ましくはＤＳＢも示す合計増殖細胞数を表す。好ましい実施形態において、基準値は、少なくとも５％、より好ましくは少なくとも１０％、さらにより好ましくは少なくとも２０％、さらにより好ましくは少なくとも３０％、なおさらにより好ましくは少なくとも５０％である。
【００５９】
「抗癌治療に応答する」との表現は、本明細書で使用される場合、抗癌治療に対する望ましい応答を指し、１種類または複数種類の腫瘍の大きさの安定化または減少／および／または患者における腫瘍数の安定化または減少および／または転移プロセスの抑制として当業者に理解される。この場合に、当業者はまた、その患者を「その抗癌治療に感受性」であると呼ぶだろう。対照的に、応答が示されている通りに望ましくない場合、当業者はまた、その患者を「その抗癌治療に対して耐性」であると呼ぶだろう。上述の応答は、クリニカルベネフィット率、全生存期間、無憎悪生存期間、無病生存期間、病理学的完全奏功、臨床完全寛解、臨床部分寛解、臨床安定、再発、無転移生存率、循環腫瘍細胞の減少、循環マーカーの応答および腫瘍応答評価のためのＲＥＣＩＳＴ基準からなる群から選択される少なくとも１つの基準によって決定することができる。治療の開始後に応答が評価される時期は、特に制限されない。したがって、治療に対する応答は、１回目の治療の開始から少なくとも１ヶ月後、２ヶ月後、３ヶ月後、４ヶ月後、５ヶ月後、６ヶ月後、７ヶ月後、８ヶ月後、９ヶ月後、１０ヶ月後または１１ヶ月後に決定されてもよく、または１回目の治療の開始から少なくとも１年後、２年後、３年後、４年後、５年後、６年後、７年後、８年後、９年後、１０年後またはもっと長い年数経過後に決定されてもよい。
【００６０】
それに加え、応答の決定前に患者に適用される治療ラインの種類および数も、特に限定されない。したがって、応答は、外科手術療法、化学療法、またはアジュバントまたはネオアジュバント化学療法または任意の種類の治療と組み合わせた外科手術を含む第１ラインの治療を用いて患者が治療された後に、または２つ以上の連続的または同時に行われる治療ラインを用いて治療された後に、患者において決定されてもよい。
【００６１】
「クリニカルベネフィット率」との表現は、本明細書で使用される場合、患者の生活の質の任意の他の要素をなんら減少させることなく、治療から直接的に生じる少なくとも１つの重要な症状または生活の品質の要素の向上を示した癌患者の割合を指す。上述の向上は、疾患の完全寛解、部分寛解または安定化として理解される。
【００６２】
「全生存期間」との表現は、本明細書で使用される場合、ある疾患（例えば、癌）について、その疾患であると診断された患者がまだ生存している、診断日または治療開始からの時間の長さを指す。
【００６３】
「無憎悪生存期間」との表現は、本明細書で使用される場合、患者が疾患と共に生存するが、悪化していない、ある疾患（例えば、癌）の治療中および治療後の時間の長さを指す。
【００６４】
「無病生存期間」との表現は、本明細書で使用される場合、ある癌についての一次治療が終了した後、その癌の徴候または症状がなんら無い状態で患者が生存する時間の長さを指す。
【００６５】
「病理学的完全奏功」との表現は、本明細書で使用される場合、抗癌治療を実施した後に残留する浸潤性腫瘍細胞が存在しないことを指す。
【００６６】
「臨床完全寛解」との表現は、本明細書で使用される場合、治療に応答した、癌の全ての徴候の消失を指す。
【００６７】
「臨床部分寛解」との表現は、本明細書で使用される場合、治療に応答した、腫瘍の大きさまたは体内の癌の程度の減少を指す。
【００６８】
「臨床安定」との表現は、本明細書で使用される場合、程度または重篤度が低下せず、増加もしない癌を指す。
【００６９】
「再発」との用語は、本明細書で使用される場合、治療後および癌が検出されない期間の後に癌が現れることを指す。
【００７０】
「無転移生存率」との表現は、本明細書で使用される場合、ある癌についての治療が終了した後に、癌転移の何らかの徴候または症状がない状態で患者が生存する時間の長さを指す。
【００７１】
「循環腫瘍細胞の減少」との表現は、本明細書で使用される場合、転移性癌患者の血液中またはリンパ中の循環腫瘍細胞の濃度の減少を指す。循環腫瘍細胞の減少は、転移性癌に対する治療の効能と関連付けられている。
【００７２】
「循環マーカーの応答」との表現は、本明細書で使用される場合、上述の特定の癌に対する治療後に、その特定の癌に関係するタンパク質または核酸の血中またはリンパ中の濃度についての変動を指す。
【００７３】
「ＲＥＣＩＳＴ」との用語は、本明細書で使用される場合、「固形腫瘍における応答評価基準」を指す。治療に対して癌患者がどのように十分に応答するかを測定する標準的な様式である。これは、腫瘍が退縮するか、同じままか、または大きくなるかに基づく。ＲＥＣＩＳＴを使用するために、Ｘ線、コンピューター断層撮影（ＣＴ）スキャンまたは磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）スキャンで測定可能な少なくとも１つの腫瘍が存在しなければならない。患者が有し得る応答の種類は、完全奏功（ＣＲ）、部分奏功（ＰＲ）、進行（ＰＤ）および安定（ＳＤ）である。マウス異種移植片モデルを用いた前臨床試験において、本願発明者らは、カリパスを用いて測定された腫瘍について、ＲＥＣＩＳＴ基準を適用する。
【００７４】
Ｂ．癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法
第２の態様において、本発明は、癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、上述のサンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、選択される治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含むことを示し、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、選択される治療が、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含まないことを示す、方法に関する。
【００７５】
「カスタマイズ治療を選択する」または「個別化治療を選択する」との用語は、本明細書で使用される場合、個人的な遺伝的背景から得られる患者の特定の医学的特徴に基づき、適切で最適な治療を選択することを指す。本発明の観点で、上述の特徴は、患者の腫瘍細胞に特有であり、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、上述のサンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない上述の患者から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルから構成される。上述のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルおよび基準値は、１−Ａ章に示される通り決定される。
【００７６】
本発明の観点で、選択される治療または選択されない治療は、ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍を治療するのに特異的な薬剤を含む治療である。
【００７７】
「ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍」または「ＤＮＡ損傷応答が欠損している腫瘍細胞」または「細胞のＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質の機能の消失を特徴とする腫瘍細胞」との表現は、本明細書で使用される場合、ＤＮＡ損傷応答が変化した腫瘍細胞によって形成される悪性腫瘍を指す。上述の変化は、増加したＤＮＡ損傷の存在（腫瘍細胞と同じ臓器組織および被験体から得られる非腫瘍細胞と比較して）、腫瘍に特有のＤＮＡ修復欠損、損傷したＤＮＡが娘細胞へと進む前に細胞周期を止めるか、または失速させるための欠陥、またはその組み合わせから構成されてもよい。これらいずれかの変化は、ＤＮＡ損傷応答に関与するタンパク質の異常な発現から得られてもよい。上述のタンパク質の非限定的な例は、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＰ５３、Ｐ５３、ＣＤＣ２５、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＮＢＳ、ＭＲＥ１Ｊ、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＰ、またはこれらの組み合わせ物である。上述の変化によって、癌細胞または悪性腫瘍細胞のゲノム不安定性の特徴が生じる。
【００７８】
「ＡＴＲ」との用語は、本明細書で使用される場合、血管拡張性失調症およびＲａｄ３関連タンパク質（ＡＴＲ）またはＦＲＡＰ関連タンパク質１（ＦＲＰ１）としても知られるセリン／トレオニンタンパク質キナーゼＡＴＲを指す。ＡＴＲは、ＤＮＡ損傷を検知し、ＤＮＡ損傷チェックポイントを活性化することによって細胞周期を止めることに関与するセリン／トレオニン特異的なタンパク質キナーゼである。ＡＴＲは、ＤＮＡ損傷検出および修復の間に作られる一般的な中間体である持続性の一本鎖ＤＮＡに応答して活性化される。一本鎖ＤＮＡは、失速した複製フォークで、ヌクレオチド除去修復および相同組換え修復などのＤＮＡ修復経路における中間体として発生する。ＡＴＲは、ＲＰＡで被覆された一本鎖ＤＮＡを認識するためのＡＴＲＩＰと呼ばれるパートナータンパク質と共に機能する。ＡＴＲが活性化されると、ＡＴＲはＣｈｋ１をリン酸化し、細胞周期抑止で終了するシグナル変換カスケードを開始する。ＤＮＡ損傷チェックポイントを活性化する際のその役割に加え、ＡＴＲは、安定化されたＤＮＡ複製において機能すると考えられる。ＡＴＲは、第２のチェックポイント活性化キナーゼＡＴＭに関連する。
【００７９】
「ＡＴＭ」との用語は、本明細書で使用される場合、ＡＴＭセリン／トレオニンキナーゼを指す。ＡＴＭ遺伝子は、３０５６個のアミノ酸から構成される３５０ｋＤａのタンパク質をコードする。ＡＴＭは、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ関連キナーゼ（ＰＩＫＫ）のスーパーファミリーに属する。このタンパク質ＡＴＭは、ＤＮＡ二重鎖切断によって動員され、活性化されるセリン／トレオニンタンパク質キナーゼである。このタンパク質ＡＴＭは、ＤＮＡ損傷チェックポイントの活性化を開始させるいくつかの鍵となるタンパク質をリン酸化し、細胞周期を抑止し、ＤＮＡ修復またはアポトーシスを引き起こす。３種類のタンパク質ＭＲＥ１１、ＲＡＤ５０およびＮＢＳ１（酵母ではＸＲＳ２）の複合体は、ヒトにおいてＭＲＮ複合体と呼ばれ、ＡＴＭを二重鎖切断（ＤＳＢ）に動員し、２つの末端を一緒に保持する。ＡＴＭは、ＮＢＳ１サブユニットと直接的に相互作用し、Ｓｅｒ１３９上のヒストンバリアントＨ２ＡＸをリン酸化する。このリン酸化は、ＢＲＣＴドメインとのアダプタータンパク質の結合部位を作成する。次いで、これらのアダプタータンパク質は、エフェクタータンパク質キナーゼＣＨＫ２および腫瘍抑制因子ｐ５３を含む異なる因子を動員する。エフェクターキナーゼＣＨＫ２は、リン酸化され、それによって、ＡＴＭによって活性化される。活性化されたＣＨＫ２は、ホスファターゼＣＤＣ２５Ａをリン酸化し、その後すぐに分解され、もはやＣＤＫ２−サイクリンを脱リン酸化することができず、細胞周期を抑制する。ＤＳＢが、この迅速な応答中に修復されることが不可能な場合、ＡＴＭは、さらに、Ｓｅｒ１５でＭＤＭ２およびｐ５３をリン酸化する。ｐ５３も、エフェクターキナーゼＣＨＫ２によってリン酸化される。これらのリン酸化事象によって、ｐ５３の安定化および活性化が起こり、その後、長期間にわたる細胞周期の抑止、またはアポトーシスさえも引き起こす、ＣＤＫインヒビターｐ２１を含む多くのｐ５３標的遺伝子の転写が起こる。
【００８０】
「ＢＲＣＡ１」および「ＢＲＣＡ２」との用語は、本明細書で使用される場合、それぞれ「乳癌１」および「乳癌２」と呼ばれるタンパク質を指す。これらのタンパク質は、「乳癌感受性タンパク質」とも呼ばれる。これらのタンパク質は、ＤＮＡ二重鎖切断のエラーのない修復において重要な役割を有しつつ、染色体損傷の修復に関与する。ＢＲＣＡ１またはＢＲＣＡ２自体が、乳房由来の細胞中のＢＲＣＡ変異によって損傷を受けている場合、損傷を受けたＤＮＡは、適切に修復されず、これにより乳癌のリスクが高まる。ＢＲＣＡ１遺伝子とＢＲＣＡ２遺伝子の構造は非常に異なっているが、少なくともいくつかの機能は相互に関連付けられている。
【００８１】
ＢＲＣＡ２は、二重鎖切断修復および／または相同組換えに関与する。ＢＲＣＡ２は、相同組換え中に鎖への侵入を刺激する二本鎖ＤＮＡの上のｓｓＤＮＡにＲＡＤ５１を標的化することによって作用する。ＤＮＡ二重鎖切断に対するＲＡＤ５１の局在化は、ＢＲＣＡ１−ＰＡＬＢ２−ＢＲＣＡ２複合体の形成を必要とする。
【００８２】
ＢＲＣＡ１は、二重鎖切断修復、非相同性末端接続および相同組換え修復のための２つの別個の経路において、ある役割を果たすようである。したがって、ＢＲＣＡ１は、非相同性末端接合経路（Ｍｒｅ１１、Ｒａｄ５０、Ｎｂｓ１複合体を含む）および相同修復（特に、ＲＡＤ５１およびＢＲＣＡ２）の両方に関与するタンパク質と相互作用する。
【００８３】
「Ｃｄｃ２５」との用語は、本明細書で使用される場合、Ｃｄｃ２５ホスファターゼ（Ｃｄｃ２５Ａ、ＢおよびＣ）を指し、これらは、サイクリン依存性キナーゼにおいてＴｈｒ−１４およびＴｙｒ−１５から阻害性ホスフェートを除去することを担っており、サイクリン依存性キナーゼを活性化し、細胞周期による進行を進める。ＤＮＡ修復が進行中である間、有糸分裂は阻止されるべきであり、そのため、ＤＮＡ損傷応答は、有糸分裂を防ぐために細胞周期チェックポイントを活性化する。２種類のタンパク質キナーゼＣｈｋ１およびＣｄｓ１は、有糸分裂誘発因子Ｃｄｃ２５をリン酸化することによって有糸分裂の開始を抑えることによって、このチェックポイントを強化することができる。
【００８４】
「Ｃｈｋ１」との用語は、本明細書で使用される場合、「チェックポイントキナーゼ１」を指し、セリン／トレオニン特異的なタンパク質キナーゼである。Ｃｈｋ１の活性化によって、細胞周期チェックポイントが開始され、細胞周期が抑止され、ＤＮＡ修復および細胞死が抑止され、損傷した細胞が、細胞周期中に進行するのを防ぐ。Ｃｈｋ１は、リン酸化によって、ＡＴＲによって制御され、ＡＴＲ−Ｃｈｋ１経路を形成する。この経路は、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）を認識する。多くは、ｓｓＤＮＡは、複製酵素ヘリカーゼおよびＤＮＡポリメラーゼの脱共役によるＳ期中の異常な複製の結果である場合がある。これらのｓｓＤＮＡ構造は、ＡＴＲに引き寄せられ、最終的に、チェックポイント経路を活性化する。
【００８５】
しかし、Ｃｈｋ１の活性化は、単にＡＴＲに依存するのではなく、ＤＮＡ複製に関与する中間体タンパク質が多くは必要である。制御タンパク質、例えば、複製タンパク質Ａ、Ｃｌａｓｐｉｎ、Ｔｉｍ／Ｔｉｐｉｎ、Ｒａｄ  １７、ＴｏｐＢＰ１は、Ｃｈｋ１活性化を促進するために含まれる場合がある。さらなるタンパク質相互作用は、Ｃｈｋ１の最大リン酸化を誘発するために含まれる。Ｃｈｋ１活性化はまた、ＰＫＢ／ＡＫＴ、ＭＡＰＫＡＰＫおよびｐ９０／ＲＳＫなどの他のタンパク質キナーゼとの相互作用によってＡＴＲ非依存性であってもよい。
【００８６】
「Ｃｈｋ２」との用語は、本明細書で使用される場合、「チェックポイントキナーゼ２」を指す。Ｃｈｋ２は、細胞分裂を制御する。ＤＮＡが二重鎖切断を受けると、Ｃｈｋ２タンパク質が活性化される。より具体的には、ＡＴＭは、部位Ｔｈｒ６８をリン酸化し、Ｃｈｋ２を活性化する。活性化されたＣｈｋ２がリン酸化すると、ＣＤＣ２５ホスファターゼを含む下流の標的は、サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）の脱リン酸化および活性化を担う。したがって、ＣＤＣ２５ホスファターゼのＣｈｋ２阻害は、Ｃｈｋ１と同様に、細胞の有糸分裂開始を防ぐ。さらに、Ｃｈｋ２タンパク質は、ｐ５３（ｐ５３）を含むいくつかの他のタンパク質と相互作用する。Ｃｈｋ２によるｐ５３の安定化によって、Ｇ１期において細胞周期が抑止される。さらに、Ｃｈｋ２は、アポトーシス（プログラムされた細胞死）に関与する細胞周期転写因子Ｅ２Ｆ１および前骨髄球性白血病タンパク質（ＰＭＬ）をリン酸化することが知られている。
【００８７】
「ＮＢＳ１」との用語は、本明細書で使用される場合、「ナイミーヘン不安定症候群」を引き起こす遺伝子によってコードされるタンパク質を指す。ＮＢＳ１は、典型的には、ｈＭＲＥ１１／ｈＲＡＤ５０ヌクレアーゼと複合体を形成し、ＤＮＡ二重鎖切断（ＤＳＢ）のための相同組換え修復において機能する。ＮＢＳ１とＡＴＭ、ＭＤＣ１、γＨ２ＡＸおよびＴｏｐＢＰ１との相互作用は、ＤＮＡ損傷後のＤＳＢ部位でのｆｏｃｉ形成およびＡＴＭ／ＡＴＲ依存性細胞周期チェックポイントの活性化にとって重要である。
【００８８】
「ＰＡＬＢ２」との用語は、本明細書で使用される場合、「ＢＲＣＡ２のパートナーおよびローカライザー」を指す。このタンパク質は、核内  ｆｏｃｉにおいてＢＲＣＡ２に結合し、ＢＲＣＡ２と共に局在化し、おそらくＢＲＣＡ２の安定な核内局在化および蓄積を可能にする。ＰＡＬＢ２は、一本鎖ＤＮＡに結合し、レコンビナーゼＲＡＤ５１と直接的に相互作用し、相同組換えの必須工程である鎖への侵入を刺激する。
【００８９】
「ＰＡＲＰ」との用語は、本明細書で使用される場合、「ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ」を指す。ＰＡＲＰファミリーは、１７個のメンバーを含み、これらは全て、細胞内において非常に異なる構造および機能を有する。ＰＡＲＰの主な役割は、主にＢＥＲ経路において、ＳＳＢ修復に関与する酵素機構にシグナル伝達することによって、ＳＳＢを検出し、ＳＳＢ修復を回復することである。ＰＡＲＰがＳＳＢを検出したら、ＰＡＲＰはＤＮＡに結合し、構造変化を受け、他のＤＮＡ修復酵素のためのシグナルとして作用するポリマーアデノシンジホスフェートリボース（ポリ（ＡＤＰ−リボース）またはＰＡＲ）鎖の合成が開始する。標的酵素としては、ＤＮＡリガーゼＩＩＩ（ＬｉｇＩＩＩ）、ＤＮＡポリメラーゼベータ（ｐｏｌβ）および足場タンパク質、例えば、Ｘ線修復交差補完遺伝子１（ＸＲＣＣ１）が挙げられる。修復した後、ＰＡＲ鎖は、ポリ（ＡＤＰ−リボース）グリコヒドロラーゼ（ＰＡＲＧ）によって分解される。
【００９０】
本発明の方法の観点における用語の残りも、前述の方法について定義した意味を有する。
【００９１】
Ｃ．癌を有する被験体を患者コホートに分類する方法
第３の態様において、本発明は、癌を有する被験体を患者コホートに分類する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、方法と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが上述の基準値より低い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答することを特徴とするコホートに分類され、または
−ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルが上述の基準値より高い場合には、患者は、ある抗癌治療に応答しないことを特徴とするコホートに分類される、方法に関する。
【００９２】
「コホート」または「患者コホート」との用語は、本明細書で使用される場合、共通の疾患、環境または一時的な影響、治療、またはその進行が研究または臨床試験において評価される他の特質によって影響を受ける被験体群を指す。本発明において、全てのコホートの被験体は、癌と診断されており、あるコホート内の全ての被験体について共通の特質は、抗癌治療に対する陽性または陰性の応答（コホートに依存する）である。各被験体の上述の応答は、上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプルにおいて、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを基準値と比較することによって決定されるが、ここで、被験体は、サンプル単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けておらず、上述のサンプルは、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない。上述のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルおよび基準値は、１−Ａ章に示されるとおりに決定される。
【００９３】
本発明の方法の観点における用語の残りも、前述の方法について定義した意味を有する。
【００９４】
Ｄ．被験体由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能か否かを予測する方法
第４の態様において、本発明は、被験体由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能か否かを予測する方法であって、
ｉ）腫瘍単離の２４時間前にＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けておらず、上述のサンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない上述の被験体から腫瘍が単離された腫瘍サンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程とを含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、上述の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能であることの指標であり、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、上述の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能ではないことの指標である、方法に関する。
【００９５】
「癌と診断された被験体由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能であるか否かを予測する」との表現は、本明細書で使用される場合、被験体患者由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能であり得る確率を指す。当該技術分野の専門家は理解するだろうが、これが好ましいというわけではないが、分析される被験体由来の腫瘍の１００％について、予測が正しい必要はない。しかし、この表現は、患者の統計学的に有意な部分について、この予測が正しい結果を与えることを必要とする。本発明の予測が統計学的に有意な結果を与えるか否かの決定は、Ｄｏｗｄｙ  ａｎｄ  Ｗｅａｒｄｅｎ、Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８３に記載される、信頼区間の決定、ｐ値の決定、スチューデントのｔ検定、マン・ホイットニーの検定などの標準的な統計技術を用いることによって行われてもよい。適切な信頼区間は、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％である。Ｐ値は、好ましくは、０．０５、０．００１、０．０００５である。
【００９６】
「確率」との用語は、本明細書で使用される場合、１−Ａ章に示される通りに理解される。
【００９７】
「相同組換え修復」または「ＨＲＲ」との用語は、本明細書で使用される場合、主にＤＳＢを修復するために細胞中のＤＤＲとして起こる相同組換え工程を指す。一般論として、ＨＲＲは、切断の修復のためのテンプレートとして使用されるのと同一またはほぼ同一の配列の存在を必要とする。この修復工程を担う酵素機構は、減数分裂中の染色体交差を担う機構とほぼ同一である。この経路は、姉妹染色分体（ＤＮＡ複製後のＧ２で利用可能）または相同染色体をテンプレートとして用い、損傷した染色体を修復することが可能である。
【００９８】
したがって、このＤ章で開示される方法は、ＨＲＲが欠損していない／機能性である癌を有する患者または欠損している／機能性ではない癌を有する患者を識別することが可能である。
【００９９】
本発明の方法の定義で使用される用語の残りは、本方法の前述の方法に関して説明されており、本方法に等しく適用可能である。
【０１００】
Ｅ．本発明の方法の好ましい実施形態
好ましい実施形態において、本発明の前述のいずれかの態様に定義した方法において、ある細胞が、核内に少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを含む場合、細胞は、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを有すると定義される。より好ましい実施形態において、上述の細胞は、核内に少なくとも１個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを含有すべきである。なおさらに好ましい実施形態において、上述の細胞は、核内に少なくとも５個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを含有すべきである。
【０１０１】
別の好ましい実施形態において、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を用い、イムノアッセイを用いて同定される。「イムノアッセイ」との用語は、本明細書で使用される場合、抗体またはその抗原結合フラグメントの使用により、溶液中の分子の存在または濃度を測定する生化学試験を指す。イムノアッセイによって検出される分子は、多くは「検体」と呼ばれ、多くの場合にはタンパク質であるが、このアッセイにとって十分な特性を有する適切な抗体が開発される限り、異なる大きさおよび型を有する他の種類の分子であってもよい。イムノアッセイは、抗体またはその抗原結合フラグメントを検出可能な種々の異なる標識を使用する。標識は、典型的には、所望な抗体またはその抗原結合フラグメントに化学的に結合しているか、または接合している。
【０１０２】
イムノアッセイにおいて使用するための一般的な標識は、酵素である。酵素を使用する一般的なイムノアッセイは、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）であり、または時には酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）である。
【０１０３】
標識としてイムノアッセイに使用される酵素としては、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）またはグルコースオキシダーゼが挙げられる。多くは特定の試薬存在下でこれらの酵素が観察可能な色変化を生じるため、これらの酵素によって検出が可能である。ある場合に、これらの酵素は、試薬にさらされ、これらが光または化学発光を生成する。
【０１０４】
ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）を製造するために、放射性同位体がイムノアッセイ試薬に組み込まれてもよい。結合した抗体−抗原複合体によって発せられる放射線は、従来の方法によって容易に検出することができる。
【０１０５】
フィコエリトリンなどの蛍光レポーターは、多くの現代のイムノアッセイで使用される。タンパク質マイクロアレイは、蛍光レポーターを使用することが多いイムノアッセイの一種である。
【０１０６】
標識は、一般的にイムノアッセイで使用されるが、標識に依存しないが、その代わりにアッセイの構成要素の改変または標識を必要としない検出方法を使用する特定の種類のアッセイが存在する。表面プラズモン共鳴は、標識されていない抗体と抗原との間の結合を検出することができる技術の一例である。表面プラズモン共鳴は、入射光によって刺激される陰性誘電率の材料と陽性誘電率の材料との間の界面での伝導電子の共鳴振動から構成される。別の示される標識を使わないイムノアッセイは、抗原が電極に結合したときの電極上の抵抗の変化を測定することを含む。
【０１０７】
上述のイムノアッセイ技術の原理は、単一の細胞レベルで目的のタンパク質のｆｏｃｉの発現および／または形成を決定するために、当業者によって使用される。上述の決定を可能にする方法は、当業者によって知られている。このような方法の非限定的な例は、免疫組織染色、免疫蛍光染色、免疫電子顕微鏡またはフローサイトメトリーである。
【０１０８】
「免疫組織染色」との用語は、本明細書で使用される場合、上述のイムノアッセイの原理を活用することによって、組織切片の細胞または細胞サンプルの細胞における抗原（例えば、タンパク質）を選択的に画像化する工程を含む技術を指す。分析される細胞に結合した抗体の視覚化は、電子顕微鏡（ＥＭ）などの顕微鏡の使用を伴う。免疫組織染色は、組織切片、培養された細胞株、または個々の細胞で使用されてもよく、これを使用し、細胞内、またはより一般的には細胞サンプル内のタンパク質、グリカン、および小さな生体分子および非生体分子の分布を分析してもよい。
【０１０９】
サンプルの調製は、細胞の形態、組織アーキテクチャおよび標的エピトープの抗原性を維持するために重要である。サンプルの調製は、適切な組織の収集、固定および切片化を必要とする。パラホルムアルデヒドの溶液が、組織を固定するために使用されることが多いが、他の方法を使用してもよい。次いで、実験の目的または組織自体に依存して、組織をスライスしてもよく、または全体的に使用してもよい。切片化する前に、組織サンプルは、パラフィルムワックスまたは凍結媒体などの媒体に埋め込まれてもよい。切片は、種々の装置で、最も一般的には、ミクロトーム、低温保持装置またはコンプレストーム組織スライサーでスライスされてもよい。標本は、典型的には、３μｍ〜５０μｍの範囲でスライスされる。次いで、このスライスしたものをスライドに取り付け、濃度を徐々に上げたアルコール洗液（例えば、５０％、７５％、９０％、９５％、１００％）を用いて脱水し、顕微鏡下で画像化する前に、キシレンなどの洗剤を用いて洗浄する。固定および組織準備の方法に依存して、サンプルは、エピトープを抗体結合に利用可能にするために、脱パラフィン化および抗原賦活化など、さらなる工程を必要とする場合がある。ホルマリン固定され、パラフィン包埋された組織について、抗原賦活化が必要な場合が多く、熱またはプロテアーゼで切片を前処理することを伴う。これらの工程は、染色する標的抗原と染色しない標的抗原との違いを作る場合がある。
【０１１０】
「免疫蛍光染色」との用語は、本明細書で使用される場合、分析される細胞上の抗体の位置を視覚化するために主にフルオロフォアを利用する免疫組織染色の具体例を指す。
【０１１１】
「フローサイトメトリー」との用語は、本明細書で使用される場合、流体の流れに細胞を懸濁させ、これを電子検出装置に流すことによる、バイオマーカー検出、細胞計数、細胞選別およびタンパク質操作に使用されるレーザまたはインピーダンスに基づく生物物理学的技術を指す。フローサイトメーターは、１秒あたり数千までの粒子の物理的特徴および化学的特徴の同時複数パラメータ分析を可能にする。細胞は、溶液中で免疫染色され、次いで、フローサイトメトリーによって分析される。
【０１１２】
「抗体」との用語は、本明細書で使用される場合、全抗体および任意の抗原結合フラグメント（すなわち、「抗原結合部分」）、またはこれらの一本鎖を含む。「抗体」は、ジスルフィド結合によって相互接続した少なくとも２つの重（Ｈ）鎖と２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質、またはその抗原結合部分を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと省略される）と、重鎖定常領域とから構成される。重鎖定常領域は、３つのドメインＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３から構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと省略される）と、軽鎖定常領域とから構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメインＣＬから構成される。ＶＨ領域およびＶＬ領域は、さらに、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる、より保存された領域を用いて散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性領域に分けることができる。各ＶＨおよび各ＶＬは、３つのＣＤＲと４つのＦＲから構成され、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４の順序でアミノ末端からカルボキシ末端まで並んでいる。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の種々の細胞（例えば、エフェクター細胞）および従来の補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含め、宿主組織または因子に対する免疫グロブリンの結合に介在していてもよい。
【０１１３】
抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであってもよい。モノクローナル抗体は、一価のアフィニティを有しており、モノクローナル抗体は、抗原の同じエピトープに結合し、エピトープは、抗体によって認識される抗原の一部である。モノクローナル抗体は、全て固有の親細胞のクローンである同一の免疫細胞に由来する。これとは対照的に、ポリクローナル抗体は、同じ抗原の複数のエピトープに結合し、通常は、異なるＢ細胞系統によって作られる。
【０１１４】
ある抗体の「抗原結合部分」（または単純に「抗体部分」）との用語は、本明細書で使用される場合、抗原（例えば、ＴＮＦα、ＩＬ−１２）に特異的に結合する能力を保持した抗体の１つ以上のフラグメントを指す。抗体の抗原結合機能が、全長抗体のフラグメントによって発揮可能であることが分かっている。ある抗体の「抗原結合部分」との用語に包含される結合フラグメントの例としては、（ｉ）Ｆａｂフラグメント、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ヒンジ領域にあるジスルフィド架橋によって連結した２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント；（ｉｖ）抗体の１つのアームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、（ｖ）ｄＡｂフラグメント（Ｗａｒｄら、（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４−５４６）、ＶＨまたはＶＬドメインからなる；および（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメインＶＬおよびＶＨは、別個の遺伝子によってコードされているが、これらは、組換え方法を用い、ＶＬおよびＶＨ領域の対が一価分子を形成する１つのタンパク質鎖として製造することが可能な合成リンカーによって接続していてもよい（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる；例えば、Ｂｉｒｄら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６；およびＨｕｓｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３を参照）。このような一本鎖抗体は、抗体の「抗原結合部分」との用語に包含されることも意図している。これらの抗体フラグメントは、当業者に知られている従来の技術を用いて得られ、このフラグメントは、インタクト抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングされる。本発明の一実施形態において、抗体フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆｄ、Ｆｄ’、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ｓｃＦｖａおよびドメイン抗体（ｄＡｂ）からなる群から選択される。
【０１１５】
「細胞のレベル」および「基準値」との用語は、１−Ａ章で定義した。「ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベル」を決定するためのさまざまな方法も、１Ａ章で決定した。
【０１１６】
サンプル中の増殖細胞数に関するＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルの決定に関し、好ましい実施形態において、サンプル中の増殖細胞数は、ジェミニン、ＫＩ−６７、増殖細胞核抗原、サイクリンＡ２からなるリストから選択されるタンパク質の発現を決定することによって決定される。別の好ましい実施形態において、選択されるタンパク質の発現の決定は、選択されるタンパク質に特異的な抗体を用いたイムノアッセイによって行われる。好ましくは、増殖するとされる細胞は、選択されるタンパク質の核内発現を示し、ここで、「核内発現」は、細胞の核内に局在化したタンパク質の発現を指す。好ましい実施形態において、核内のタンパク質の発現が、細胞質内よりも高い場合、細胞は、タンパク質の核内発現を有すると定義される。より好ましい実施形態において、選択されるタンパク質は、ジェミニンである。
【０１１７】
サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは二重鎖切断を示す細胞数に関するＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルの決定に関し、好ましい実施形態において、サンプル中の二重鎖切断を示す細胞数は、γＨ２ＡＸ、複製タンパク質Ａ（ｐＲＰＡ）、ｐ５３結合タンパク質１（５３ＢＰ１）、二重鎖切断修復タンパク質（ＭＲＥ１１）からなるリストから選択されるタンパク質の核内発現、好ましくは核内  ｆｏｃｉの存在を決定することによって決定される。別の好ましい実施形態において、核内のタンパク質の発現が、細胞質内よりも高い場合、細胞は、タンパク質の核内発現を有すると定義される。別の好ましい実施形態において、細胞が、核内に少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個の上述のタンパク質のｆｏｃｉを含む場合、細胞は、選択されるタンパク質の核内  ｆｏｃｉを有すると定義される。より好ましい実施形態において、細胞が、少なくとも１個の上述のタンパク質のｆｏｃｉを核内に含む場合、細胞は、選択されるタンパク質の核内  ｆｏｃｉを有すると定義される。選択されるタンパク質の核内発現または核内  ｆｏｃｉの存在の決定は、選択されるタンパク質（好ましくはγＨ２ＡＸである）に特異的な抗体を用いたイムノアッセイによって行われる。好ましい実施形態において、サンプル中のＤＮＡ損傷、好ましくは二重鎖切断を示す細胞数の決定は、γＨ２ＡＸ核内  ｆｏｃｉ含有細胞数を決定することによって決定され、ここで、細胞が、核内に少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個のγＨ２ＡＸのｆｏｃｉを含む場合、細胞は、γＨ２ＡＸの核内  ｆｏｃｉを有すると定義される。
【０１１８】
「イムノアッセイ」との用語および単一レベルでのタンパク質を検出する方法は、本明細書で使用される「抗体」との用語に加え、既に上に定義した。
【０１１９】
好ましい実施形態において、今までに記載したいずれかの方法のサンプルは、血液、唾液、脳脊髄液、尿、糞便、骨髄、乳頭吸引液または固形腫瘍バイオプシーから単離された。さらにより好ましい実施形態において、今までに記載した方法のサンプルは、固形腫瘍バイオプシーから単離された。
【０１２０】
別の特定の実施形態において、今までに記載したいずれかの方法のサンプルは、固定された組織、パラフィン包埋された組織、ホルマリン固定され、パラフィン包埋された組織（ＦＦＰＥ）、組織学的スライド、細胞懸濁物、細胞ペレット、細胞スライドおよび／または凍結された固形腫瘍バイオプシーとして与えられた。好ましい実施形態において、サンプルは、固定された組織であり、固定は、ホルマリン、アルデヒド、アルコール、酸化薬剤、水銀系、ピクリン酸塩を用いるか、またはＨＥＰＥＳ−Ｇｌｕｔａｍｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｍｅｄｉａｔｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｏｌｖｅｎｔ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  Ｅｆｆｅｃｔ（ＨＯＰＥ（登録商標））を用いて行われた。
【０１２１】
別の実施形態において、「癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する」方法において言及される被験体の応答は、クリニカルベネフィット率、全生存期間、無憎悪生存期間、無病生存期間、病理学的完全奏功、臨床完全寛解、臨床部分寛解、臨床安定、再発、無転移生存率、循環腫瘍細胞の減少、循環マーカーの応答および腫瘍応答評価のためのＲＥＣＩＳＴ基準からなる群から選択される少なくとも１つの基準によって決定することができる。これらのさまざまな基準は、１−Ａ章で定義した。
【０１２２】
「癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する」方法および／または「癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する」方法において言及される抗癌治療は、好ましくは、外科手術の使用を含む。別の実施形態において、本発明の上述のいずれかの方法において言及される抗癌治療は、ＤＮＡ損傷を誘発する少なくとも１つの方法および／または癌細胞のＤＮＡ損傷応答を標的とする薬剤または薬剤の組み合わせ物を含む。「ＤＮＡ損傷を誘発する方法」との表現は、１Ａ章で定義した。ＤＮＡ損傷を誘発する方法の非限定的な例は、電離放射線、ＵＶ光、または１Ａ章に「ＤＮＡ損傷を直接的に誘発する薬剤」として列挙されるものなど、ＤＮＡ損傷を直接的に誘発する薬剤を用いた化学療法である。「ＤＮＡ損傷応答を標的とする薬剤」との表現は、本明細書で使用される場合、細胞における上述の工程に関与する少なくとも１つのタンパク質を標的とする薬剤を指す。上述のタンパク質の非限定的な例は、ＡＴＭ／ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１／２、ＢＰ５３、Ｐ５３、ＣＤＣ２５、ＣＨＫ１／２、ＮＢＳ、ＭＲＥ１Ｊ、ＲＡＤ５１、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＰ、またはこれらの組み合わせ物である。ＤＮＡ損傷応答を標的とする薬剤の非限定的な例は、１−Ａ章で上に「細胞のＤＮＡ損傷応答に関与するタンパク質を標的とする薬剤」として列挙している。好ましくは、抗癌治療を標的とする薬剤は、ＰＡＲＰインヒビター（限定されないが、オラパリブ、ベリパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０を含む）群から選択される。「ＰＡＲＰｉ」または「ＰＡＲＰインヒビター」との用語は、本明細書で使用される場合、酵素ポリＡＤＰリボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）の薬理学的インヒビター群を指す。これらは、複数の適応症のために開発され、特に、癌の治療のために開発されている。ＰＡＲＰ１は、ＤＮＡ中の一本鎖切断を修復するために重要なタンパク質である。このようなＳＳＢが、ＤＮＡが複製される（細胞分裂に先行しなければならない）まで、修復されないまま持続する場合、複製自体が、ＤＳＢが生成する原因となる場合がある。したがって、一般論として、ＰＡＲＰ１を阻害する薬物の作用機序が、複数のＤＳＢ形成の原因となり、その結果、ＤＳＢ修復に関与するタンパク質（例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２またはＰＡＬＢ２）の変異を有する腫瘍において、これらの二重鎖切断を効率的に修復することができず、細胞死を引き起こす。ＰＡＲＰｉの非限定的な例は、１Ａ章に示されるとおり、オラパリブ、ベリパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０である。
【０１２３】
別の好ましい実施形態において、上述のいずれかの方法において言及されるサンプルは、ＤＮＡ損傷応答が欠損している細胞のＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質の機能の消失を特徴とする腫瘍細胞を含む。「細胞のＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質の機能の消失を特徴とする腫瘍細胞」との表現は、１−Ａ章で定義した。好ましくは、ＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２および／またはＰＡＬＢ２からなる群から選択される。さらにより好ましくは、上述の少なくとも１つのタンパク質は、ＢＲＣＡ１および／またはＢＲＣＡ２である。
【０１２４】
特定の実施形態において、被験体に対して診断される癌は、乳癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌、大腸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ／ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）、子宮内膜／子宮／子宮頸癌、膀胱癌、頭頸部癌、白血病、肉腫、胆管癌、膠芽腫、多発性骨髄腫、リンパ腫からなるリストから選択される。より好ましくは、患者に対して診断される癌は、乳癌、卵巣癌および前立腺癌からなるリストから選択され、なお好ましくは、乳癌または卵巣癌であり、なおさらに好ましくは、乳癌である。
【０１２５】
本発明のいずれかの態様においてサンプル単離前に被験体が受ける治療に関し、好ましくは、被験体は、任意の時間に、好ましくはサンプル単離前の最後の１６８時間以内、好ましくは最後の７２時間以内、より好ましくは最後の４８時間以内、さらにより好ましくは最後の３６時間以内、なおさらに好ましくは最後の２４時間以内、さらになおさらに好ましくはサンプル単離の２４時間前に、ＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けていない。別の好ましい実施形態において、被験体は、サンプル単離の２４時間前ではあるが、サンプル単離前の最後の２３時間以内に、好ましくは最後の２２時間以内に、より好ましくは最後の２１時間以内に、なおさらに好ましくは最後の２０時間以内に、さらにより好ましくは最後の１５時間以内に、さらになおさらに好ましくは最後の１０時間以内に、さらにより好ましくは最後の５時間以内に、さらになおさらに好ましくは最後の２時間以内に、なおさらにより好ましくは最後の１時間以内に、ＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を受けていない。
【０１２６】
好ましい実施形態において、サンプルが単離された被験体は、任意の時間に、好ましくはサンプル単離前の最後の１６８時間以内、好ましくは最後の７２時間以内、より好ましくは最後の４８時間以内、さらにより好ましくは最後の３６時間以内、なおさらに好ましくは２４時間以内、さらになおさらに好ましくはサンプル単離の２４時間前に、何ら化学療法を受けていない。別の好ましい実施形態において、被験体は、サンプル単離の２４時間前ではあるが、サンプル単離前の最後の２３時間以内に、好ましくは最後の２２時間以内に、より好ましくは最後の２１時間以内に、なおさらに好ましくは最後の２０時間以内に、さらにより好ましくは最後の１５時間以内に、さらになおさらに好ましくは最後の１０時間以内に、さらにより好ましくは最後の５時間以内に、さらになおさらに好ましくは最後の２時間以内に、なおさらにより好ましくは最後の１時間以内に、何ら化学療法を受けていない。
【０１２７】
より好ましい実施形態において、被験体は、任意の時間に、好ましくはサンプル単離前の最後の１６８時間以内、より好ましくは最後の７２時間以内、さらにより好ましくは最後の４８時間以内、さらにより好ましくは最後の３６時間以内、なおさらに好ましくは２４時間以内、さらになおさらに好ましくはサンプル単離の２４時間前に、何ら抗癌治療を受けていない。さらにより好ましい実施形態において、被験体は、サンプル単離前の任意の時間に、何ら抗癌治療を受けていない。
【０１２８】
別の特定の実施形態において、サンプルが単離される被験体は、サンプル単離前の期間の任意の時期に、好ましくはサンプル単離前の最後の１６８時間以内、より好ましくは最後の７２時間以内、さらにより好ましくは最後の４８時間以内、さらにより好ましくは最後の３６時間以内、なおさらに好ましくは最後の２４時間以内に、抗癌治療を受けている。サンプル単離の２４時間前に、好ましくは、サンプル単離前の最後の２４時間以内に実施される場合、上述の抗癌治療は、ＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法とは異なる。別の実施形態において、最後の３６時間以内、より好ましくは最後の４８時間以内、さらにより好ましくは最後の７２時間以内、なおさらに好ましくは最後の１６８時間以内、さらにより好ましくはサンプル単離前の任意の時間に実施される場合、上述の抗癌治療は、ＡＣ、ＦＥＣ、ＥＣＦおよびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法とは異なる。好ましくは、この段落で記載される任意の状況の治療は、その応答が「癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する」方法で決定される抗癌治療である。
【０１２９】
特定の実施形態において、本発明は、抗癌治療で治療される癌と診断された被験体において、抗癌治療の維持または中止を決定する方法であって、
ｉ）上述の被験体から単離された腫瘍細胞を含有するサンプル中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する工程であって、サンプル単離の２４時間前にＡＣ化学療法、ＦＥＣ化学療法、ＥＣＦ化学療法およびナベルビン／エピルビシンからなる群から選択される化学療法を被験体が受けておらず、サンプルが、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルを決定する前に、ＤＮＡ損傷を誘発する方法で治療されていない、工程と、
ｉｉ）工程ｉ）で得られたレベルと基準値とを比較する工程と、を含み、
−上述の基準値より低いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、抗癌治療を維持すべきであり、または
−上述の基準値と等しいか、または上述の基準値より高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞のレベルは、上述の抗癌治療を中止すべきであることを示す、方法に関する。
本発明のこの方法で使用される用語は、本方法の前述の方法に関して説明されており、本方法に等しく適用可能である。
【０１３０】
２．本発明の治療への使用
第５の態様において、本発明は、被験体における癌の治療に使用するための医薬であって、上述の被験体が、本発明の癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する方法によって医薬に対するレスポンダーであると同定されている、医薬に関する。
【０１３１】
第６の態様において、本発明は、被験体における癌の治療に使用するための医薬であって、上述の治療が、本発明の癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する方法によって設計されている、医薬に関する。
【０１３２】
「医薬」との用語は、本明細書で使用される場合、治療に有効な量の薬剤、好ましくは抗癌剤、より好ましくはＤＮＡ損傷薬剤を含む組成物を指す。医薬は、少なくとも１つの医薬的に許容される賦形剤または担体も含む。
【０１３３】
好ましい実施形態において、医薬は、１種類より多い薬剤を含み、各薬剤は、その対応する治療に有効な量で、好ましくは、これらの薬剤のうち少なくとも１種類が抗癌剤であり、より好ましくは、これらの薬剤のうち少なくとも１種類がＤＮＡ損傷薬剤である。別の好ましい実施形態において、医薬は、その対応する治療に有効な量での薬剤、好ましくは、その対応する治療に有効な量での抗癌剤、より好ましくは、その対応する治療に有効な量でのＤＮＡ損傷薬剤から構成される。この場合に、薬剤は、既に、少なくとも１つの医薬的に許容される賦形剤または担体を含む。
【０１３４】
「治療に有効な量」との用語は、本明細書で使用される場合、所望な効果を与える薬剤の十分な量を指し、一般的に、原因の中でも特に、化合物自体の特徴および達成される治療効果によって決定される。治療に有効な量は、治療される被験体、上述の被験体が患う癌疾患の重篤度、選択される投薬形態、投与経路などにも依存するだろう。
【０１３５】
個々の需要はさまざまであるとしても、本発明の使用のための化合物の治療に有効な量の最適範囲の決定は、当該技術分野の専門家の一般的な経験に属する。一般的に、有効な治療を与えるのに必要な投薬量は、当該技術分野の専門家が調整することができるが、システム薬物送達を使用する場合、また、薬物の組み合わせ物の一部として薬物が投与される場合、年齢、健康状態、運動、性別、食事、体重、標的とされる分子経路の変化度、治療の頻度、癌疾患の性質および状態、癌の性質および程度、被験体の医学的状態、投与経路、薬理学的考慮事項、例えば、使用される特定の薬剤の活性、効能、薬物動態プロフィールおよび毒性プロフィールに依存して変わるだろう。
【０１３６】
「医薬的に許容される賦形剤」または「医薬的に許容される担体」との表現は、本明細書で使用される場合、使用される投薬量および濃度で被験体に本質的に非毒性であり、医薬の他の構成成分と適合性である、任意の化合物または化合物の組み合わせ物を指す。したがって、賦形剤は、医薬の活性成分を含有する組成物を増量する目的のために、医薬の活性成分（すなわち、薬剤、好ましくは抗癌剤、さらにより好ましくは、ＰＡＲＰｉなどのＤＮＡ損傷薬剤）と共に配合される不活性物質である。増量によって、投薬形態を製造するときに、活性成分の簡便かつ正確な分配が可能になる。賦形剤は、活性成分の吸収または溶解を容易にするなどの種々の治療を向上させる目的、または他の薬物動態的考慮事項にも役立つだろう。賦形剤は、予想される貯蔵寿命を超えた変成を防ぐなどのｉｎ  ｖｉｔｒｏ安定性を補助することに加え、例えば、粉末の流動性または非粘着特性を促進することによって、関連する活性物質の取り扱いを補助するために、製造工程にも有用な場合がある。適切な賦形剤の選択は、活性成分および他の因子だけではなく、投与経路および投薬形態にも依存する。賦形剤は、任意の従来からある種類の非毒性の固体、半固体または液体のフィラー、希釈剤、カプセル化材料または製剤助剤であってもよい。賦形剤または担体の実例となる非限定的な例としては、水、塩（生理食塩水）溶液、アルコール、デキストロース、植物油、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミロース、ステアリン酸マグネシウム、タルク、界面活性剤、ケイ酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸のモノグリセリドおよびジグリセリド、脂肪酸エステル、ペトロエトラール、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドンなどが挙げられる。
【０１３７】
本発明の治療への使用の好ましい実施形態
好ましい実施形態において、医薬は、抗癌剤、より好ましくは、ＤＮＡ損傷薬剤を含む。より好ましい実施形態において、医薬は、ＰＡＲＰ阻害剤を含み、好ましくは、オラパリブ、ベリパリブ、タラゾパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、ＣＥＰ−８９８３、Ｅ７０１６およびＢＧＢ−２９０からなるリストから選択される。さらにより好ましい実施形態において、ＰＡＲＰｉは、オラパリブ、ベリパリブまたはニラパリブであり、好ましくは、オラパリブである。
【０１３８】
別の特定の実施形態において、医薬は、免疫療法から構成される治療における使用のためのものである。
【０１３９】
特定の実施形態において、医薬は、ある治療における使用のためのものであり、この治療は、医薬の投与に加え、免疫療法、化学療法、放射線療法またはこれらの組み合わせを含み、上述の被験体は、「癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する」方法によって、上述の医薬に対するレスポンダーであると同定されている。
【０１４０】
別の特定の実施形態において、医薬は、ある治療における使用のためのものであり、この治療は、医薬の投与に加え、免疫療法、化学療法、放射線療法またはこれらの組み合わせを含み、上述の治療は、「癌と診断された被験体のためのカスタマイズ治療を選択する」方法によって設計されている。
【０１４１】
本発明の医薬の観点で使用される用語は、本発明の方法について定義されたのと同じ意味を有する。
【０１４２】
３．キットの使用
第７の態様において、本発明は、「癌と診断された被験体の抗癌治療に対する応答を予測する」方法におけるキットの使用に関し、ここで、このキットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。
【０１４３】
第８の態様において、本発明は、「癌と診断された被験体のための治療を選択する」方法におけるキットの使用に関し、ここで、このキットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。
【０１４４】
第９の態様において、本発明は、「癌を有する被験体を患者コホートに分類する」方法におけるキットの使用に関し、ここで、このキットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。
【０１４５】
第１０の態様において、本発明は、「ある被験体由来の腫瘍が、相同組換えによるＤＮＡ修復が可能か否かを予測する」方法におけるキットの使用に関し、ここで、このキットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。
【０１４６】
第１１の態様において、本発明は、本発明の方法のいずれかにおけるキットの使用に関し、ここで、このキットは、ＲＡＤ５１タンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。
【０１４７】
本発明の観点において、「キット」は、輸送および保存が可能であるように包装された本発明のさまざまな使用を行うのに必要なさまざまな試薬を含有する製品であると理解される。さらに、本発明で使用されるキットは、キット中のさまざまな構成成分の同時、逐次または別個の使用のための指示を含んでいてもよい。上述の指示は、印刷された資料の形態であってもよく、または読み取りやすいか、または理解されやすい指令を保存することが可能な電子的な支援の形態、例えば、電子記憶媒体（例えば、磁気ディスク、テープ）、または光学媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ）、または録音資料であってもよい。これに加え、またはこれに代えて、媒体は、上述の指示を与えるインターネットアドレスを含んでいてもよい。
【０１４８】
好ましい実施形態において、上述のいずれかの使用において言及されるキットは、さらに、その発現がサンプル中のある細胞が増殖しているか否かを決定するタンパク質を特異的に認識可能な抗体を含む。好ましくは、上述の抗体は、ジェミニン、ＫＩ−６７、増殖細胞核抗原、サイクリンＡ２からなるリストから選択されるタンパク質を特異的に認識可能である。より好ましくは、上述のタンパク質は、ジェミニンである。
【０１４９】
別の好ましい実施形態において、上述のいずれかの使用において言及されるキットは、さらに、核内の特定のタンパク質の存在、好ましくは、上述のタンパク質の核内ｆｏｃｉの存在を特異的に認識可能な抗体を含み、ここで、ある細胞中の上述の存在は、その細胞が、ＤＮＡ損傷、好ましくは、二重鎖ＤＮＡ切断を含むことを示す。好ましくは、上述の抗体は、γＨ２ＡＸ、複製タンパク質Ａ（ｐＲＰＡ）、ｐ５３結合タンパク質１（５３ＢＰ１）、二重鎖切断修復タンパク質（ＭＲＥ１１）からなるリストから選択されるタンパク質を特異的に認識可能である。より好ましくは、上述の抗体は、γＨ２ＡＸタンパク質を特異的に認識可能である。
【０１５０】
好ましい実施形態において、この３章の第１、第２、第３および第４段落に示されるいずれかの使用において言及されるキットは、さらに、ジェミニンタンパク質を特異的に認識可能な抗体、およびγＨ２ＡＸタンパク質を特異的に認識可能な抗体、またはこれらの組み合わせ物からなる群から選択される抗体を含む。
【０１５１】
別の好ましい実施形態において、この３章において言及されるいずれかの抗体は、それぞれ１つが、本発明で使用されるキットを形成する試薬の合計量の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％または少なくとも１００％を含む。
【０１５２】
本発明の使用という観点で使用される用語は、本発明の方法および医薬について定義したのと同じ意味を有する。
【０１５３】
以下の実施例および図面は、実例として与えられており、本発明を限定することを意図したものではない。
【実施例】
【０１５４】
材料および方法
試験デザイン
ＰＡＲＰｉ効能のある新規バイオマーカーを同定するために、本願発明者らは、乳房癌腫（ＢＣ）または高悪性度卵巣癌（ＨＧＳＯＣ）と診断された患者由来の腫瘍サンプルを前もって集め、ＰＤＸモデルの集合を作成した。ＰＡＲＰｉに対するこれらの感受性を評価し、応答と相関関係のある機能試験を見出すために、ＨＲＲ経路の機能性を分析し、ＰＡＲＰｉ感受性ＰＤＸサンプルとＰＡＲＰｉ耐性サンプルとを比較した。この機能試験は、独立したＰＤＸ集合でも探求された。この機能試験の潜在的な臨床的関心を探求するために、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２またはＰＡＬＢ２に生殖細胞系列変異を有する患者を含めた臨床サンプルにおける試験的分析を使用した。
【０１５５】
患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）モデル
乳癌または高悪性度卵巣癌を有する患者由来の新鮮な腫瘍サンプルを、Ｖａｌｌ  Ｈｅｂｒｏｎの治験審査委員会（ＩＲＢ）、Ｉｎｓｔｉｔｕｔ  ＣｕｒｉｅまたはＩｎｓｔｉｔｕｔ  Ｐａｏｌｉ−Ｃａｌｍｅｔｔｅｓによって承認されたプロトコルの下でヌードマウスに移植するために前もって集めた。実験は、欧州連合のａｎｉｍａｌ  ｃａｒｅ  ｄｉｒｅｃｔｉｖｅ（２０１０／６３／ＥＵ）に従って行われ、Ｅｔｈｉｃａｌ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  Ａｎｉｍａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｖａｌｌ  ｄ’Ｈｅｂｒｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（バルセロナ、スペイン）によって、またはＥｔｈｉｃａｌ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  Ａｎｉｍａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｔｉｏｎ  ＣＥＥＡ−５１（エヴリー、フランス）によって承認された。新鮮な原発性または転移性のヒト腫瘍を、外科手術またはバイオプシーの時に患者から得て、６週齢の雌無胸腺ＨｓｄＣｐｂ：ＮＭＲＩ−Ｆｏｘｎ１ｎｕマウス（Ｈａｒｌａｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）の乳房の脂肪体（外科手術サンプル）または下部脇腹（転移性サンプル）にすぐに移植した。動物には、飲料水に１μＭの１７ｂ−エストラジオール（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）を加えて連続的に供給した。移植した腫瘍が成長したら、下側脇腹への連続的な移植によって、このモデルを持続させた。各継代において、遺伝子型決定および組織学的研究のために、急速冷凍され、ホルマリン固定され、パラフィン包埋された（ＦＦＰＥ）サンプルを採取した。
【０１５６】
ＢＲＣＡ１／２およびＰＡＬＢ２遺伝子の分析
ＤＮＡをＰＤＸ腫瘍サンプルまたは患者の末梢血液から抽出し、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２およびＰＡＬＢ２遺伝子の次世代シーケンシングを行った。
【０１５７】
ＰＡＲＰｉに対するＰＤＸ感受性のｉｎ  ｖｉｖｏ実験
ＰＡＲＰ阻害に対する感受性を評価するために、腫瘍を有するマウスを、７０〜３００ｍｍ３の腫瘍を有する５〜１０匹のマウス治療群に均等に分けた。オラパリブ５０ｍｇ／ｋｇまたは１００ｍｇ／ｋｇ、ニラパリブ７５ｍｇ／ｋｇまたは５０ｍｇ／ｋｇ、またはベリパリブ１００ｍｇ／ｋｇを強制経口（ｐ．ｏ．）で毎日投与した（１０％ｖ／ｖのＤＭＳＯ／１０％ｗ／ｖのＫｌｅｐｔｏｓｅ［ＨＰ−β−ＣＤ］中）。腫瘍成長をカリパスで治療１日目から２１日目までは２週間に１回、獲得耐性設定においては７〜１０日ごとに測定した。ＰＡＲＰｉに対する獲得耐性を有するＰＤＸモデルを作成するために、オラパリブ治療は、オラパリブ感受性腫瘍において、個々の腫瘍が再び成長するまで、１５０日まで継続した。全ての実験において、マウスの体重を週に２回記録した。腫瘍体積は、Ｖ＝４π／３／Ｌｘｌ２として計算され、「Ｌ」は、最大直径であり、「ｌ」は、最小直径であった。腫瘍が１５００ｍｍ３に達したとき、または重大な体重減少の場合には、機関のガイドラインに従ってマウスを安楽死させた。抗腫瘍活性は、２１日目の腫瘍体積をそのベースラインと比較することによって決定した。腫瘍体積変化率％＝（Ｖ２１日目−Ｖ初期）／Ｖ初期×１００。オラパリブ感受性ＰＤＸの場合、その最良応答は、腫瘍体積変化率％の最小値が少なくとも１０日間維持されることであると定義した。抗腫瘍応答を分類するために、腫瘍体積変化率％に対する固形腫瘍における応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）の基準は、以下の通りであった。ＣＲ（完全奏功）、最良応答＜−９５％；ＰＲ（部分応答）、−９５＜最良応答＜−３０％；ＳＤ（安定）、−３０％＜最良応答＜＋２０％、ＰＤ（進行）、最良応答＞＋２０％。
【０１５８】
免疫蛍光染色
以下の一次抗体を免疫蛍光染色に使用した。ウサギ抗ＲＡＤ５１（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｈ−９２、希釈率１：２５０）、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ製のウサギ抗ＲＡＤ５１Ａｂ（ＣＳＴ番号８８７５、８３μｇ／ｍｌストックから希釈率１：２５）、Ａｂｃａｍ製のウサギ抗ＲＡＤ５１  Ａｂ（ａｂ−１３３５３４、希釈率１：１０００）、マウス抗ジェミニン（ＮｏｖｏＣａｓｔｒａ  ＮＣＬ−Ｌ、ＰＤＸサンプルにおいて１：１００、患者サンプルにおいて１：６０）、ウサギ抗ジェミニン（ＰｒｏｔｅｉｎＴｅｃｈ  １０８０２−１−ＡＰ、１：４００）、マウス抗ＢＲＣＡ１（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｄ−９、Ｃ−ｔｅｒｍについて１：５０；またはＡｂｃａｍ  ＭＳ１１０、Ｎ−ｔｅｒｍについて１：２００）、およびマウス抗γＨ２ＡＸ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  ＪＢＷ３０１、１：２００）。使用した二次抗体は、以下であった。ヤギ抗ウサギＡｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ  ５６８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；１：５００）、ヤギ抗マウスＡｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ  ４８８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；１：５００）、ヤギ抗マウスＡｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ  ５６８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；１：５００）およびヤギ抗ウサギＡｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ  ４８８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；１：５００）。
【０１５９】
薄い組織切片を、キシレンを用いて脱パラフィン化し、エタノールの濃度を下げつつ水和させた。標的抗原の検索のために、切片をｐＨ９．０のＤＡＫＯ  Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｂｕｆｆｅｒ中、１１０℃で４分間マイクロ波処理した。切片を蒸留水中で５分間冷却し、次いで、ＤＡＫＯ  Ｗａｓｈ  Ｂｕｆｆｅｒ（Ｔｗｅｅｎ  ２０を含有する）を用い、５分間浸透させ、その後、ブロッキングバッファー（１％ウシ血清アルブミンを含むＤＡＫＯ  Ｗａｓｈ  Ｂｕｆｆｅｒ）中、５分間インキュベートした。一次抗体をＤＡＫＯ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｄｉｌｕｅｎｔで希釈し、室温で１時間インキュベートした。切片をＤＡＫＯ  Ｗａｓｈ  Ｂｕｆｆｅｒ中で５分間洗浄した後、ブロッキングバッファー中で５分間洗浄した。二次抗体をブロッキングバッファーで希釈し、室温で３０分間インキュベートした。この２工程の洗浄を繰り返した後、蒸留水中、５分間インキュベートした。エタノールの濃度を上げつつ、脱水を行った。切片をＤＡＰＩ  ＰｒｏＬｏｎｇ  Ｇｏｌｄ凍結防止試薬に取り付け、−２０℃で保存した。免疫蛍光染色画像を、Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＤＰ７２顕微鏡を用いて解像度６００倍で得て、Ｃｅｌｌｅｎｓ  Ｅｎｔｒｙソフトウェアを用いて作成した。
【０１６０】
図に示されるとおり、（ａ）ＲＡＤ５１核内ｆｏｃｉ含有腫瘍細胞の割合、（ｂ）γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の割合、または（ｃ）ジェミニン陽性ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ含有細胞の割合を点数付けすることによって、ＲＡＤ５１を定量した。点数付けは、ライフイメージについて盲検法により行われた。最適には、各サンプルの少なくとも３箇所の異なる代表的な領域からの１００個のジェミニンまたはγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞を分析した。利用可能な場合、各ＰＤＸモデルの３種類の生物学的複製物（ビヒクル処理されたものとオラパリブ処理されたものの両方）を調べた。
【０１６１】
免疫組織染色
患者由来の腫瘍異種移植片（ＰＤＸ）組織に対するＲＡＤ５１およびジェミニンのＩＨＣ染色も、Ｖｅｎｔａｎａ  Ｕｌｔｒａ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームで開発された。薄いＦＦＰＥ組織切片を、ＥＺ  Ｐｒｅｐ（Ｖｅｎｔａｎａ）を用いて脱パラフィン化し、次いで、Ｃｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｉｎｇ  １（ＣＣ１）溶液（Ｖｅｎｔａｎａ）を用い、９８℃で３２分間かけて抗原を賦活化した。ＳｉｇｎａｌＳｔａｉｎ  Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｄｉｌｕｅｎｔ（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）で希釈したＭｏｕｓｅ  ｏｎ  Ｍｏｕｓｅ（Ｍ．Ｏ．Ｍ）Ｂｌｏｃｋｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）のブロッキング試薬を用い、スライドを３６℃で３２分間かけてブロックし、次いで、Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙインヒビター（Ｒｏｃｈｅ）を用いて４分間ブロックした。Ｖｅｎｔａｎａ  Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｄｉｌｕｅｎｔ  ｗｉｔｈ  Ｃａｅｓｉｎ（Ｒｏｃｈｅ）中の抗ＲＡＤ５１（ＣＳＴ番号８８７５を６．６μｇ／ｍｌで）および抗ジェミニン（Ｌｅｉｃａ  Ｇｅｍｉｎｉｎ−ＮＣＬ−Ｌ、希釈率１：１０）抗体のカクテルを用い、スライドを３６℃で３２分間インキュベートした。ＵｌｔｒａＭａｐ  抗Ｒｂ  ＨＲＰを用いて１６分間（Ｒｏｃｈｅ）、ＵｌｔｒａＭａｐ  抗Ｍｓ  ＡＰ（Ｒｏｃｈｅ）を用いて１２分間かけて検出を行い、次いで、Ｐｕｒｐｌｅ  ａｎｄ  Ｙｅｌｌｏｗキット（Ｒｏｃｈｅ）を用い、それぞれについて３２分間検出した。核は、ヘマトキシリンを用いて４分間かけて対比染色させた。次いで、スライドを石鹸水で洗浄し、すすぎ、６０℃で３０分間乾燥させた後、キシレンに浸し、カバースリップを載せた。洗浄工程は自動化され、１ｘ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒ（Ｒｏｃｈｅ）を用いて行われた。全てのスライドは、Ｚｅｉｓｓ  Ａｘｉｏ  Ｚ１スキャナを用い、対物レンズ４０倍、最小の４  Ｚ−スタックを用いてスキャンされた。
【０１６２】
ＲＡＤ５１  ｍＲＮＡ発現の分析
ＰｅｒｆｅｃｔＰｕｒｅ  ＲＮＡ  Ｔｉｓｓｕｅキット（５Ｐｒｉｍｅ）を用いることによって、ＰＤＸサンプル（１５〜３０ｍｇ）からＲＮＡを抽出した。Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒシステムによって純度および完全性を評価し、ＰｒｉｍｅＳｃｒｉｐｔ  ＲＴ  Ｒｅａｇｅｎｔキット（Ｔａｋａｒａ）を用いてｃＤＮＡを得た。
【０１６３】
定量ＲＴ−ＰＣＲを７９００ＨＴ  Ｆａｓｔ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で、ＴａｑＭａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  ＩＩ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用い、前もって設計したヒト特異的プライマーおよびＴａｑＭａｎプローブ（ＧＵＳＢについてはＨｓ９９９９９９０８＿ｍ１、ＡＣＴＢについてはＨｓ９９９９９９０３＿ｍ１、ＲＡＤ５１についてはＨｓ００１５３４１８＿ｍ１）を用いて行った。比較ＣＴ方法をデータ分析のために使用し、ここで、ｇｅＮｏｒｍアルゴリズムを適用し、最も安定に発現するハウスキーピング遺伝子（ＧＵＳＢおよびＡＣＴＢ）を選択し、幾何平均を計算して正規化されたＣＴ値を得た。
【０１６４】
患者コホート
このコホートは、Ｖａｌｌ  ｄ’Ｈｅｂｒｏｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｈｏｓｐｉｔａｌからの乳癌患者および卵巣癌患者から構成されており、これらの患者は、その疾患の代表的なＦＦＰＥ材料を含み、ＩＲＢが承認したインフォームドコンセントフォームにサインしていた。免疫蛍光染色分析およびＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ定量は、ＦＦＰＥ  ＰＤＸ腫瘍サンプルについて記載したとおりに行われた。
【０１６５】
統計分析
全ての統計試験を、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍバージョン７．０を用いて行い、Ｐａｉｒｅｄ検定または対応のないｔ検定（ｔｗｏ−ｔａｉｌ）を計算し、ｐ値を得た。エラーバーは、特に言及されない限り、少なくとも３種類の生物学的複製物のＳＥＭを表す。
【０１６６】
実施例１：ＰＤＸにおけるオラパリブの抗腫瘍活性は、ＨＲＲに関連する変化が存在するＰＡＲＰｉ感受性腫瘍のサブセットを同定する。
ＰＡＲＰｉオラパリブの抗腫瘍活性は、乳癌（ＢｒＣ）の３９種類のＰＤＸモデル、卵巣癌（ＨＧＳＯＣ／ＯｖＣ）の３種類のＰＤＸモデル、膵臓癌（ＰａＣ）の２種類のＰＤＸ（図１）で評価された。この目的のために、新鮮な腫瘍サンプルをＢｒＣ患者、ＨＧＳＯＣ患者またはＰａＣ患者から集め、ヌードマウスに移植し、実験用ＰＤＸモデルを作成した。オラパリブを用いた治療は、ＲＥＣＩＳＴによって評価されるとおり、１０種類のＰＤＸモデルにおいて、完全奏功（ＣＲ、ｎ＝６）、部分奏功（ＰＲ、ｎ＝２）および安定（ＳＤ、ｎ＝２）の抗腫瘍活性を示した。これらのＰＡＲＰｉ感受性ＰＤＸは全て、ＰＡＬＢ２中の変異またはＢＲＣＡ１プロモーターの過剰メチル化を含め、ｇＢＲＣＡ１／２遺伝子変異または相同組換え修復（ＨＲＲ）経路における機能的変化を有していた。残りの３４種類のＰＤＸモデルは、ＢＲＣＡ変異した患者およびＢＲＣＡ野生型患者に由来するものであり、オラパリブ耐性であった（ＰＤ、進行）。ＰＡＲＰｉ感受性および獲得耐性の臨床的に関連する機構をｉｎ  ｖｉｖｏで調べるために、このＰＤＸコホートを使用した。
【０１６７】
実施例２：未治療の腫瘍は、検出可能なレベルの細胞増殖、ＤＮＡ損傷およびＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成を有する。
上述のＰＤＸコホート由来のホルマリン固定し、パラフィン包埋された（ＦＦＰＥ）腫瘍において、ＨＲＲの機能的状態をさらに観察した。腫瘍を、臨床で使用したクリニカルベネフィット率（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｂｅｎｅｆｉｔ  Ｒａｔｅ）と同様のエンドポイントとして、これらのオラパリブ応答に従って分類した（すなわち、耐性（ＰＤ）対感受性（ＣＲ／ＰＲ／ＳＤ））。具体的には、未治療（ビヒクル）ＰＤＸ腫瘍および治療（オラパリブ）したＰＤＸ腫瘍のＦＦＰＥサンプルのサブセットにおいて、免疫蛍光染色によって検出されたγＨ２ＡＸまたはＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉを含有する腫瘍細胞の割合を点数付けした（図２Ａ）。γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉは、二本鎖ＤＮＡ損傷のマーカーとして使用され、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉは、ＨＲＲのマーカーとして使用された。予想されるとおり、オラパリブ治療は、全ての腫瘍において、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成を増加させた。未治療サンプルは、既に、検出可能なベースラインＤＮＡ損傷レベルを有していた。ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉは、明らかに耐性モデルにおいて検出され、オラパリブ治療を用いて増加した。オラパリブ感受性腫瘍において、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉは、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成にもかかわらず、非常に低いか、または検出不可能であった。
【０１６８】
次いで、ジェミニンおよびγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合を評価した（図２Ｂ）。ジェミニンは、細胞周期のＳ／Ｇ２期のマーカーとして使用され、したがって、細胞増殖のマーカーとして使用された。全ての群において、同等のレベルの細胞増殖が観察された。オラパリブ治療は、感受性腫瘍および耐性腫瘍の両方においてγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ形成を増加させた。
【０１６９】
次いで、ジェミニン陽性細胞におけるＲＡＤ５１陽性細胞の割合（以下ＲＡＤ５１スコアとも呼ばれる）が、未治療（ビヒクル）ＰＤＸサンプルおよび治療（オラパリブ）したＰＤＸサンプルの両方の細胞において決定された（図２Ｃ）。未治療サンプルと治療サンプルとの間の傾向は、同等であり、従って、その後の試験および分析は、前者の群（すなわち、未治療個体由来のサンプル）で行われた。
【０１７０】
感受性腫瘍におけるＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成の減少は、ＲＡＤ５１発現の減少の結果ではなかった（図２Ｄ）が、ＲＡＤ５１タンパク質の局在化の減少（すなわち、修復するためのＤＮＡ上へのＲＡＤ５１ローディング）が示唆され、そのため、ＨＲＲ経路の機能不全が示唆された。
【０１７１】
つまり、これらのデータは、ＲＡＤ５１アッセイによって同定されるＲＡＤ５１核内ｆｏｃｉ含有腫瘍細胞の割合が低いことは、ＰＡＲＰｉ感受性と関連付けられること、ＲＡＤ５１核内ｆｏｃｉ含有腫瘍細胞の割合が高いことは、ＰＤＸコホートにおけるＰＡＲＰｉ耐性と関連付けられることを示す。
【０１７２】
実施例３：低いＲＡＤ５１核内ｆｏｃｉ形成は、７１種類のＰＤＸモデルの多施設パネルにおいてＰＡＲＰｉ感受性ＰＤＸ腫瘍を同定する。
ＲＡＤ５１アッセイを開発し、ＲＡＤ５１アッセイを前臨床的に検証するために、ＶＨＩＯ由来のＰＤＸ（ｎ＝４４、図１）およびＸｅｎＴｅｃｈ由来のＰＤＸ（ｎ＝２７）を用いた多施設パネルを使用した。ジェミニン陽性細胞中のγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合を評価した（図３Ａ）。結果は、全ての腫瘍内で起こるＤＮＡ損傷がＰＡＲＰｉ応答と独立していることを示していた。しかし、γＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ陽性細胞またはジェミニン陽性細胞中のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合は、ＰＡＲＰｉ応答と相関があった（図３Ｂ〜Ｄ）。実際に、ＰＡＲＰｉ感受性ＰＤＸ由来の全ての腫瘍は、ＰＡＲＰｉ耐性ＰＤＸと比較して、ジェミニン陽性細胞内のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ陽性細胞の割合が低いことを示していた。ＰＡＲＰｉ感受性を示す大部分のサンプルは、ＢＲＣＡ１／２またはＰＡＬＢ２遺伝子に変異を有しており（１７種類の感受性モデルのうち、ｎ＝１２が変異したもの）、７種類は、ＢＲＣＡ１  ｆｏｃｉ形成を示さなかった（図３Ｄ）。これらの結果は、特に、他を排除するものではないが、ＤＮＡ損傷応答に関与する少なくとも１つのタンパク質において、何種類かが欠損している腫瘍において、機能的なＨＲＲおよびＰＡＲＰｉ応答の予測バイオマーカーとしてのＲＡＤ５１アッセイの可能性を裏付けるものである。
【０１７３】
実施例４：ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成の評価は、ＰＡＲＰｉ応答と正確に関連付けられる。
ＲＡＤ５１スコアがＰＡＲＰｉ応答と関連付けられることをさらに確認するために、図３Ｃからの結果を、Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ（ＲＯＣ）曲線を用いて分析した（図４ＡおよびＢ）。このＰＤＸコホートにおいて、結果は、ＲＡＤ５１スコアが、ＰＡＲＰｉ治療に対して感受性である感受性１００％と特異度１００％の腫瘍を識別することを示している。
【０１７４】
実施例５：ＲＡＤ５１スコアは、未治療の臨床サンプルにおいてＰＡＲＰｉ応答を予測する。
さらに、ＰＡＲＰｉ感受性腫瘍を有する患者を、耐性腫瘍を有する患者に対して識別するためのＲＡＤ５１スコアの正確さの臨床的検証を行った。ｇＢＲＣＡ１  ＢｒＣ患者またはｇＢＲＣＡ２  ＢｒＣ患者またはＨＧＳＯＣ患者に由来する皮膚、肝臓、腹膜およびリンパ節の転移を含むサンプルからのデータを得る。一次ＰＡＲＰｉ耐性を有する２人の患者、４人のＰＡＲＰｉ感受性患者と３人のＰＡＲＰｉ進行状態の患者からのデータを示す（図５Ａ）。これらの結果は、ＲＡＤ５１核内  ｆｏｃｉ含有細胞の割合の決定が、ＰＡＲＰｉ応答と正確に関連付けられることを示し、臨床におけるその潜在的な使用を裏付けている。
【０１７５】
次に、本願発明者らは、ｇＢＲＣＡ変異がない合計２１人の患者由来の２４種類のサンプルにおける臨床的検証に拡張した（図５Ｂ）。ＰＡＬＢ２がＨＲＲにとって必須であることはよく知られているため、本願発明者らは、ＰＡＬＢ２中に生殖細胞系列変異（ｇＰＡＬＢ２）を有する患者由来の１２種類の腫瘍を含む患者コホートを追加した。２４種類の腫瘍サンプルのうち１５種類は、低いＲＡＤ５１陽性を示し（６％以下）、１２種類のｇＰＡＬＢ２腫瘍サンプルを全て含んでいた。興味深いことに、ｇＰＡＬＢ２変異がなく、低いＲＡＤ５１を有する３種類の腫瘍は、免疫蛍光染色によってＢＲＣＡ１核内ｆｏｃｉが無いことを示しており、このことは、ＢＲＣＡ１プロモーター過剰メチル化がＨＲＲ機能不全の原因であり得ることを示唆している。したがって、これらの結果は、ＲＡＤ５１アッセイが、ＢＲＣＡに関連する癌よりもＰＡＲＰｉ療法から利益を受け得るＨＲＲ欠損腫瘍を同定することを確証している。
【０１７６】
最後に、本願発明者らは、１０種類の治療を受けていない原発性乳癌腫瘍（すなわち、抗癌治療を受けたことがない患者由来）と、初期／転移性設定において前治療を受けた患者由来の１０種類の腫瘍を含む、２０種類のｇＢＲＣＡ腫瘍サンプル（ｎ＝１０がＢＲＣＡ１変異しており、ｎ＝１０がＢＲＣＡ２変異している）においてＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ（図５Ｃ）形成およびγＨ２ＡＸ  ｆｏｃｉ（図５Ｄ）形成を測定した。注目すべきことに、治療を受けていない原発性乳癌を含め、全ての腫瘍において内因性ＤＮＡ損傷が検出された。さらに、ＲＡＤ５１／ジェミニン陽性は、治療を受けていないサンプルでは０〜５８％の範囲であり、これは化学療法を受けた患者由来の腫瘍と同様の範囲である。したがって、この試験は、非常に感受性であり、治療を受けていないサンプルにおいてＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを検出する実現可能性を確認するものであり、ＨＲＲ回復が、診断時に存在し得ることを示唆している。
【０１７７】
実施例６：ＲＡＤ５１スコアは、再発していないｇＢＲＣＡ変異した乳癌患者よりも、再発した疾患の方が高い。
本願発明者らは、長期間の疾患転帰を予想するためにＲＡＤ５１スコアの潜在的な予測値を調べた。この目的のために、ＲＡＤ５１アッセイは、１９種類のｇＢＲＣＡ変異したＢｒＣ患者のレトロスペクティブコホートからの未治療原発腫瘍において行われた。患者の臨床的な情報を表１に示す。
【表１】
2021508835.tif 000003
表１：このコホートの患者について、ＢＲＣＡの状態、腫瘍サブタイプ、ＴＮＭステージ、疾患再発および抗癌療法をまとめた、本実施例で分析された患者の臨床的な情報。腫瘍サブタイプ：ｌｕｍＡ，ルミナルＡ；ｌｕｍＢ，ルミナルＢ；ｌｕｍ，ルミナル（特定されず）。治療の種類：ＰＴＸ，パクリタキセル；ＣＰ，シクロホスファミド；ＡＣ，ドキソルビシン＋ＣＰ；Ｌ−ＤＯＸ，リポソームドキソルビシン；ＣＢ，カルボプラチン；ＤＴＸ，ドセタキセル；ＥＲＩ，エリブリン；ＥＴ，エピルビシン＋ＤＴＸ；ＣＰＣ，カペシタビン；ＴＣ，ＤＴＸ＋ＣＰ；ＴＡＣ，ＤＴＸ＋ドキソルビシン＋ＣＰ；ｕｎｋ，臨床記録で情報が入手不可能なため、未知の標準的な化学療法。
【０１７８】
全ての患者は、ネオアジュバント設定またはアジュバント設定のいずれかで、乳房腫瘍の根治手術と標準的な化学療法を受けた。再発しなかった全ての患者（フォローアップの５年以上後）は、低いＲＡＤ５１スコアを示した。対照的に、ＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ形成のレベルは、悪い疾患転帰（すなわち再発）を示す患者由来の腫瘍の方が高い（図６Ａ）。再発群および未再発群は、伝統的な予後因子について偏りがなく、感受性１００％および特異性８０％を有するＲＡＤ５１スコアによって識別された（図６Ｂ）。したがって、ＲＡＤ５１アッセイは、標準的な抗癌療法の後の臨床応答を予測する。
【０１７９】
実施例７：ＲＡＤ５１スコアは、ＨＲＲ変化を有する前立腺癌のサブセットを同定する。
ＲＡＤ５１アッセイは、前立腺癌（Ｐｒ）および誘導された転移において、首尾良く行われた（図７）。ＢＲＣＡ２にゲノム変化または体細胞変化を有する３種類のサンプルにおいて、低レベルのＲＡＤ５１  ｆｏｃｉが検出された。注目すべきことに、ｇＢＲＣＡ２変異した患者に由来するサンプルＰｒＣ−０２１は、標準的な化学療法カルボプラチンに対する耐性が発生した後に得られた。このサンプルにおける高いＲＡＤ５１  ｆｏｃｉレベルは、このＤＮＡ損傷薬物に対する長い曝露（特に数ヶ月間））からおそらく得られるＨＲＲ欠損の復帰を示唆している。４種類の他のＢＲＣＡ野生型サンプルは、高いＲＡＤ５１スコアを示した。したがって、ＲＡＤ５１スコアは、ＨＲＲ能力および欠損に基づく前立腺腫瘍を階層化する。このデータは、低いＲＡＤ５１スコアを有する前立腺癌を有する患者におけるＰＡＲＰｉの使用を裏付けている。
【０１８０】
実施例８：ＲＡＤ５１陽性についての最適なカットオフは、ジェミニン陽性細胞中の核内ｆｏｃｉの数に基づく。
上の結果は全て、ジェミニン陽性細胞あたり少なくとも５個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉのＲＡＤ５１陽性についてのカットオフを考慮して得られた。このパラメータは、図８Ａ〜Ｂに示されるとおり、９種類の代表的なＰＤＸ（６種類がＰＡＲＰｉ耐性モデルであり、３種類がＰＡＲＰｉ感受性モデル）における絶対的なＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ定量の徹底的な解析から得られた。定量分析は、ＨＲＲ欠損腫瘍において、ジェミニン陽性細胞の大部分が０個のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉを有しており、一方、ＨＲＲが欠損していない細胞は、細胞あたり５個のｆｏｃｉで最も高いピークを有するＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ数の二峰性分布を示す（図８Ｃ）。ＰＡＲＰｉ応答の予測に関し、本願発明者らは、未治療サンプルにおいて異なる閾値を用いる影響を分析し、細胞あたり１〜５個のｆｏｃｉのカットオフが、もっと正確で特異的な予測を与えることを示した（図８Ｄ〜Ｅ）。概して、本願発明者らは、分析したサンプルについて最大であり（すなわち、最もストリンジェント）、依然として非常に正確な閾値であるために、５ｆｏｃｉ／細胞のカットオフを使用することを決定した。
【０１８１】
実施例９：ＲＡＤ５１アッセイは、他の市販の抗ＲＡＤ５１抗体および他の免疫系アッセイを用いて再現可能である。
本願発明者らは、ビヒクル治療した腫瘍ＰＤＸおよびＰＡＲＰｉ治療した腫瘍ＰＤＸの両方においてＲＡＤ５１スコアを、ＲＡＤ５１に対する別の市販の抗体を用いて定量することによって、前述の知見を検証した（図９Ａ）。同様の結果が、ＲＡＤ５１が欠損していない細胞株／欠損している細胞株（図９Ｂ）および代表的なＰＤＸ（図９Ｃ）において試験された第３の抗ＲＡＤ５１抗体を用いても観察された。さらに、本願発明者らは、ＲＡＤ５１スコアを定量するために免疫組織染色アッセイを開発し、以前使用した免疫蛍光染色アッセイと比較して、同等の結果が得られた（図９Ｂ〜Ｃ）。
【０１８２】
実施例１０：ＲＡＤ５１アッセイは、複数の腫瘍型で実行可能である。
これまでに、本願発明者らは、ＲＡＤ５１アッセイが、種々の乳癌サブタイプ、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、および皮膚、リンパ節および骨髄を含む転移性部位で働くという証拠を示した（図１〜７）。最後に、本願発明者らは、小児神経芽腫、脳および肝転移を含む他の腫瘍型におけるＲＡＤ５１アッセイの性能も試験した。実際に、本願発明者らは、種々の腫瘍型由来のＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ陽性サンプルおよびＲＡＤ５１  ｆｏｃｉ陰性サンプルを発見し、このことは、あらゆる腫瘍に対するＲＡＤ５１アッセイの使用拡大の可能性を示唆している。
【０１８３】
まとめると、これらの結果は、ＲＡＤ５１スコアが、ＨＲＲ機能性および個々の腫瘍型における抗癌療法に対する応答の安定した高度に正確なバイオマーカーであることを示している。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５ＡＢ】
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【図５ＣＤ】
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【図６】
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【図７】
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【図８ＡＢ】
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【図８ＣＤＥ】
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【図９ＡＢ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【国際調査報告】
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