(57)【要約】本開示は、固形腫瘍を処置するための組成物であって、免疫治療のための腫瘍関連抗原を特異的に標的とする改変された免疫細胞を含み、改変された免疫細胞におけるＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）ならびに／またはＣＤ１１２Ｒの発現または活性が、細胞の抗腫瘍機能性を改善するために阻害されている、組成物を提供する。代替的に、ＣＤ２２６は、そのような改変された免疫細胞において過剰発現される。固形腫瘍、例えば、一般的な上皮がんにより形成される腫瘍を処置するための方法もまた、提供される。
2021502330.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞、および（ｂ）Ｔ細胞ＩｇおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）ならびに／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を投与することを含む、免疫治療方法。
【請求項２】
固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、Ｔ細胞ＩｇおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）ならびに／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を投与することを含み、前記対象が、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞を事前に受容している、免疫治療方法。
【請求項３】
固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞を投与することを含み、前記対象が、Ｔ細胞ＩｇおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）ならびに／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を事前に受容している、免疫治療方法。
【請求項４】
前記ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤が、抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項５】
前記抗体または抗原結合断片が、表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体、表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体、Ｌ−１４、ＳＫＩＩ．４、Ｄ１７１、もしくはこれらの任意の組合せのうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＣＤＲを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体、表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体、Ｌ−１４、ＳＫＩＩ．４、Ｄ１７１、もしくはこれらの任意の組合せのうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＶＨおよびＶＬを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体、表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体、Ｌ−１４、ＳＫＩＩ．４、Ｄ１７１、もしくはこれらの任意の組合せのうちのいずれか１つもしくは複数のものに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の同一性を有するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体、表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体、Ｌ−１４、ＳＫＩＩ．４、Ｄ１７１、もしくはこれらの任意の組合せのうちのいずれか１つもしくは複数から選択される、請求項４に記載の免疫治療方法。
【請求項６】
ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の前記阻害剤が、阻害性核酸を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項７】
前記阻害性核酸が、アンチセンスオリゴヌクレオチド、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子、エンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項６に記載の免疫治療方法。
【請求項８】
固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチド、および（ｂ）染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異を含む、有効量の改変された免疫細胞を投与することを含む、免疫治療方法。
【請求項９】
前記染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異が、前記免疫細胞の染色体編集によって行われる、請求項８に記載の免疫治療方法。
【請求項１０】
前記染色体編集が、クラスター化され規則的に間隔が空いた短い回文構造の繰り返し（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓヌクレアーゼ系、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはメガヌクレアーゼから選択されるエンドヌクレアーゼによるものである、請求項９に記載の免疫治療方法。
【請求項１１】
ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の前記阻害剤が、ＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドを含み、それによって、前記ＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドを含む前記改変された免疫細胞が、ＣＤ２２６を過剰発現する、請求項１から１０のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項１２】
前記改変された免疫細胞が、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫ−Ｔ細胞、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項１３】
前記改変された免疫細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項１４】
前記改変された免疫細胞が、ヒト細胞である、請求項１から１３のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項１５】
前記抗原特異的受容体が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、または両方を含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項１６】
前記抗原特異的受容体が、抗原に特異的に結合するｓｃＦｖを含む結合ドメインを含む、ＣＡＲである、請求項１５に記載の免疫治療方法。
【請求項１７】
前記ＣＡＲが、少なくとも１つの共刺激ドメインを含む、請求項１５または１６に記載の免疫治療方法。
【請求項１８】
前記共刺激ドメインが、４−１ＢＢに由来する、請求項１７に記載の免疫治療方法。
【請求項１９】
前記共刺激ドメインが、ＣＤ２８に由来する、請求項１７に記載の免疫治療方法。
【請求項２０】
前記ＴＣＲが、親和性増強ＴＣＲを含む、請求項１５から１９のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２１】
前記ＴＣＲが、αβＴＣＲまたはγδＴＣＲである、請求項１５から２０のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２２】
前記固形腫瘍が、癌腫または肉腫である、請求項１から２１のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２３】
前記固形腫瘍が、軟骨肉腫、線維肉腫（線維芽細胞肉腫）、隆起性皮膚線維肉腫（ＤＦＳＰ）、骨肉腫、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、血管肉腫（血管の肉腫）、カポジ肉腫、脂肪肉腫、多形性肉腫、または滑膜肉腫から選択される、請求項１から２２に記載の免疫治療方法。
【請求項２４】
前記固形腫瘍が、扁平上皮細胞癌、腺癌、腺扁平上皮癌、未分化癌、大細胞癌、小細胞癌、乳癌（例えば、上皮内乳管癌（非侵襲性）、上皮内小葉癌（非侵襲性）、侵襲性乳管癌、侵襲性小葉癌、非侵襲性癌腫）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌、胆管癌、または胆管がん）、肺癌（例えば、腺癌、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、大細胞未分化癌、気管支肺胞上皮癌）、卵巣癌（例えば、表面上皮性間質性腫瘍（腺癌）もしくは卵巣上皮癌（これは、血清腫瘍、子宮内膜性腫瘍、および粘液性嚢胞腺癌を含む）、類表皮腫（扁平上皮細胞癌）、胚性癌腫および絨毛癌（生殖細胞腫瘍））、腎臓癌（例えば、腎臓腺癌、副腎腫、移行上皮癌（腎盂）、扁平上皮細胞癌、ベリーニ管癌、明細胞腺癌、移行上皮癌、腎盂のカルチノイド腫瘍）、副腎癌（例えば、副腎皮質癌）、精巣の癌（例えば、生殖細胞癌（精上皮腫、絨毛癌、胚性癌、奇形癌）、血清癌）、胃癌（例えば、腺癌）、腸の癌（例えば、十二指腸の腺癌）、結腸直腸癌、または皮膚癌（例えば、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌）から選択される、請求項１から２３のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２５】
前記固形腫瘍が、卵巣癌、卵巣上皮癌、子宮頸の腺癌もしくは小細胞癌、膵臓癌、結腸直腸癌（例えば、腺癌もしくは扁平上皮細胞癌）、肺癌、乳管癌、または前立腺の腺癌である、請求項１から２４のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２６】
前記固形腫瘍が、トリプルネガティブ乳がん、非小細胞肺がん、マントル細胞リンパ腫、または急性リンパ球性白血病である、請求項１から２５のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２７】
前記対象に、有効量のＣＯＭ−７０１、ＤＥＬ−１０６、または両方を投与することをさらに含む、請求項１から２６のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２８】
前記対象に、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、Ｂ７−Ｈ３、Ｈ７−Ｈ４、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＧＡＬ９、ＴＩＭ−３、Ａ２ＡＲ、免疫抑制サイトカイン、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＤ１６０、ＰＶＲＩＧ（ＣＤ１１２Ｒ）、アルギナーゼ、インドールアミン２，３ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、ＩＬ−１０、ＩＬ−４、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−３５、ＬＡＩＲ１、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５、Ｔｒｅｇ細胞、またはこれらの任意の組合せを標的とする免疫抑制成分阻害剤を投与することをさらに含む、請求項１から２７のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項２９】
前記免疫抑制成分阻害剤が、ピディリズマブ、ペンブロリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、ＡＭＰ−２２４、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＬＡＧ５２５、ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ７０１、９Ｈ１２、トレメリムマブ、エノブリツズマブ、３７６．９６、抗Ｂ７−Ｈ４抗体もしくはその抗原結合断片、レボ−１−メチルトリプトファン、エパカドスタット、エブセレン、インドキシモド、ＮＬＧ９１９、１−メチル−トリプトファン（１−ＭＴ）−チラ−パザミン、Ｎ（オメガ）−ニトロ−Ｌ−アルギニンメチルエステル（Ｌ−ＮＡＭＥ）、Ｎ−オメガ−ヒドロキシ−ノル−ｌ−アルギニン（ノル−ＮＯＨＡ）、Ｌ−ＮＯＨＡ、２（Ｓ）−アミノ−６−ボロノヘキサン酸（ＡＢＨ）、Ｓ−（２−ボロノエチル）−Ｌ−システイン（ＢＥＣ）、ＣＡ−１７０、ＣＯＭ９０２、ＣＯＭ７０１、またはこれらの抗原結合断片、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項２８に記載の免疫治療方法。
【請求項３０】
前記対象に、刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニストを投与することをさらに含む、請求項１から２９のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項３１】
前記アゴニストが、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ６３８３、ＭＥＤＩ０５６２、レナリドマイド、ポマリドマイド、ＣＤＸ−１１２７、ＴＧＮ１４１２、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＰ−８７０，８９３、ｒｈｕＣＤ４０Ｌ、ＳＧＮ−４０、ＩＬ−２、ＧＳＫ３３５９６０９、ｍＡｂ  ８８．２、ＪＴＸ−２０１１、Ｉｃｏｓ  １４５−１、Ｉｃｏｓ  ３１４−８、またはこれらの任意の組合せから選択される、請求項３０に記載の免疫治療方法。
【請求項３２】
前記腫瘍関連抗原が、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１（ＲＯＲ１）、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＧＤ２、ＧＤ３、ＨＰＶ  Ｅ６、ＨＰＶ  Ｅ７、ＨＥＲ２、Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌｅｗｉｓ  Ａ、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ５６、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４４ｖ７／８、ＣＤ３８、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、ＣＡ１２５、ｃ−ＭＥＴ、ＦｃＲＨ５、ＷＴ１、葉酸受容体α、ＶＥＧＦ−α、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＩＬ−１１Ｒα、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＡ、エフリンＡ２、エフリンＢ２、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＡＧ−７２、メソテリン、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−３、５Ｔ４、ＢＣＭＡ、ＦＡＰ、炭酸脱水酵素９、ＥＲＢＢ２、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、ＣＥＡ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項１から３１のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項３３】
前記腫瘍関連抗原が、ＲＯＲ１を含む、請求項３２に記載の免疫治療方法。
【請求項３４】
前記抗原特異的受容体が、抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する結合ドメインを含む、請求項３３に記載の免疫治療方法。
【請求項３５】
前記改変された免疫細胞が、ｅｘ  ｖｉｖｏで生成される、請求項１から３４のいずれか一項に記載の免疫治療方法。
【請求項３６】
（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチド、および（ｂ）染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異を含む、遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項３７】
遺伝子改変された免疫細胞であって、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチド、および（ｂ）ＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドを含み、それによって、前記改変された免疫細胞が、ＣＤ２２６を過剰発現する、遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項３８】
前記抗原特異的受容体が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、または両方を含む、請求項３６または３７に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項３９】
前記ＣＡＲが、前記抗原に特異的に結合するｓｃＦｖを含む結合ドメインを含む、請求項３８に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４０】
前記ＣＡＲが、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインを含む、請求項３６から３９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４１】
前記ＴＣＲが、親和性増強ＴＣＲを含む、請求項３６から４０のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４２】
前記免疫細胞が、ＣＤ２２６を過剰発現するように改変されている、請求項３６から４１のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４３】
前記免疫細胞が、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ−Ｔ細胞である、請求項３６から４２のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４４】
前記免疫細胞が、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項３６から４３のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４５】
前記免疫細胞が、ヒト細胞である、請求項３６から４４のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４６】
前記腫瘍関連抗原が、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１（ＲＯＲ１）、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＧＤ２、ＧＤ３、ＨＰＶ  Ｅ６、ＨＰＶ  Ｅ７、ＨＥＲ２、Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌｅｗｉｓ  Ａ、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ５６、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４４ｖ７／８、ＣＤ３８、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、ＣＡ１２５、ｃ−ＭＥＴ、ＦｃＲＨ５、ＷＴ１、葉酸受容体α、ＶＥＧＦ−α、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＩＬ−１１Ｒα、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＡ、エフリンＡ２、エフリンＢ２、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＡＧ−７２、メソテリン、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−３、５Ｔ４、ＢＣＭＡ、ＦＡＰ、炭酸脱水酵素９、ＥＲＢＢ２、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、ＣＥＡ、またはこれらの任意の組合せを含む、請求項３６から４５のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４７】
前記腫瘍関連抗原が、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１（ＲＯＲ１）を含む、請求項３６から４６のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４８】
前記抗原特異的受容体が、抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来するＣＤＲを含む、請求項４７に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項４９】
前記抗原特異的受容体が、抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する結合ドメインを含む、請求項４７または４８に記載の遺伝子改変された免疫細胞。
【請求項５０】
請求項３６から４９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された免疫細胞と、薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤とを含む、医薬組成物。
【請求項５１】
（ｉ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体タンパク質を発現する、改変された免疫細胞、および
（ｉｉ）ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤
を含む、キット。
【請求項５２】
（ｉ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞を産生するための１つまたは複数の試薬、および
（ｉｉ）前記免疫細胞においてＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの染色体遺伝子ノックアウトまたは変異を生成するための１つまたは複数の試薬
を含む、キット。
【請求項５３】
（ｉ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体タンパク質を発現する、改変された免疫細胞、および
（ｉｉ）ＣＤ２２６をコードするポリヌクレオチドであって、前記ポリヌクレオチドが、前記改変された免疫細胞に導入され、それによって発現され得る場合に、ＣＤ２２６が、前記改変された免疫細胞によって過剰発現されるような、ポリヌクレオチド
を含む、キット。
【請求項５４】
前記改変された免疫細胞を産生するため、および／または前記改変された免疫細胞および前記ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤のうちの一方または両方を投与して、前記腫瘍関連抗原と関連する疾患を処置するための、説明書をさらに含む、請求項５１から５３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項５５】
請求項３６から４９のいずれか一項に記載の改変された免疫細胞を作製する方法であって、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞に、ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ特異的阻害剤をコードする阻害性核酸分子を導入することを含み、前記阻害性核酸分子の発現産物が、前記改変された免疫細胞における内在性ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの発現を阻害し、
それによって、前記改変された免疫細胞を生成する、方法。
【請求項５６】
前記阻害性核酸が、ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｄｓＲＮＡ分子、ｓｉＲＮＡ分子、ｅｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ分子、またはこれらの任意の組合せをコードする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記阻害性核酸が、ＣＤ２２６をコードし、前記阻害性核酸が前記免疫細胞によって発現されると、前記免疫細胞がＣＤ２２６を過剰発現する、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
前記阻害性核酸分子が、ｅｘ  ｖｉｖｏで、前記改変された免疫細胞に導入される、請求項５５から５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
請求項３６〜４９のいずれか一項に記載の改変された免疫細胞を作製する方法であって、染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異を含む免疫細胞に、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入することを含み、
それによって、前記改変された免疫細胞を生成する、方法。
【請求項６０】
請求項３６〜４９のいずれか一項に記載の改変された免疫細胞を作製する方法であって、免疫細胞に、
（ｉ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）染色体編集による染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異
を導入することを含み、
それによって、前記改変された免疫細胞を生成する、方法。
【請求項６１】
前記染色体編集が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ系、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ、またはメガヌクレアーゼから選択されるエンドヌクレアーゼによるものである、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異が、ｅｘ  ｖｉｖｏで、前記改変された免疫細胞に導入される、請求項６０または６１に記載の方法。
【請求項６３】
腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする前記異種ポリヌクレオチドが、前記染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異の前に導入される、請求項６０から６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記染色体ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異が、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする前記異種ポリヌクレオチドの前に導入される、請求項６０から６２のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
政府の権利に関する記述
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈにより付与されたＣＡ１１４５３６に基づく政府の支援によりなされた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００２】
配列表に関する記述
本願に関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキスト形式で提供され、これによって参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、３６００５６＿４５６ＷＯ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。このテキストファイルは２６．４ＫＢであり、２０１８年１０月１８日に作成されたものであり、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で電子的に提出されている。
【背景技術】
【０００３】
背景
遺伝子改変された免疫細胞の養子移入は、様々な悪性腫瘍に対する強力な治療法として出現した。例えば、養子Ｔ細胞治療の現在のモダリティは、がん抗原に特異的な受容体、例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）および高親和性Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するように改変された細胞を含む。例えば、Harris  and  Kranz,  Trends  Pharmacol.  Sci.  37(3):220  (2016)を参照されたい。がん抗原に曝露されると、改変されたＴ細胞は、細胞溶解活性を示す、および／またはがんに対する免疫応答を開始するシグナルを送る。
【０００４】
養子Ｔ細胞治療では、改変されたＴ細胞は、典型的に、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏにおいて同族抗原への曝露により活性化され、拡大され、次いで、対象に投与され、そこで、増殖し、抗がん活性を有する。Ｂ細胞悪性腫瘍におけるＣＤ１９分子に特異的なＣＡＲ改変Ｔ細胞（ＣＡＲ−Ｔ細胞）を使用した臨床試験により、進行がんを有する患者のサブセットにおいて顕著な疾患退縮が示された（Barrett  et  al.,  2014、Sadelain  et  al.,  2013、Kalos  et  al.,  Sci.  Transl.  Med.  3:95ra73,  2011、Kochenderfer  and  Rosenberg,  Nat.  Rev.  Clin.  Oncol.  10:267,  2013）。しかしながら、この治療を固形腫瘍まで拡大するには、いくつかの課題がある。例えば、長期間の抗原認識および炎症性シグナルへの曝露に起因する過剰刺激により、Ｔ細胞がエフェクター機能を喪失することが引き起こされ得、これは、「Ｔ細胞疲弊」と称される現象である。例えば、Ghoneim  et  al.,  Trends  Mol.  Med.  22(12):1001  (2016)を参照されたい。加えて、腫瘍微小環境は、養子細胞治療の有効性を低減させ得るいくつかの寛容および免疫抑制機序を惹起する。例えば、Draghiciu  et  al.,  Clin.  Dev.  Immunol.  439053  (2011)を参照されたい。
【０００５】
したがって、固形腫瘍の養子細胞治療において、新しい戦略が、必要とされている。本明細書に開示される実施形態は、この必要性に取り組み、他の関連する利点を提供する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Harris  and  Kranz,  Trends  Pharmacol.  Sci.  37(3):220  (2016)
【非特許文献２】Kalos  et  al.,  Sci.  Transl.  Med.  3:95ra73,  2011
【非特許文献３】Kochenderfer  and  Rosenberg,  Nat.  Rev.  Clin.  Oncol.  10:267,  2013
【非特許文献４】Ghoneim  et  al.,  Trends  Mol.  Med.  22(12):1001  (2016)
【非特許文献５】Draghiciu  et  al.,  Clin.  Dev.  Immunol.  439053  (2011)
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１Ａ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【図１Ｂ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【図１Ｃ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【図１Ｄ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【図１Ｅ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【図１Ｆ】図１Ａ〜１Ｆは、ＣＡＲ  Ｔ細胞の養子移入後の様々な時点における、ＲＯＲ１＋がんを有する２人の患者（Ｘ４７５（Ａ〜Ｃ）およびＸ４６１（Ｄ〜Ｆ））から得られた血液中のＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の頻度を示す。（Ａ、Ｄ）短縮型ＥＧＦＲ（ＥＧＦＲｔ）形質導入マーカーの存在によって示される、示される時点におけるＣＡＲ  Ｔ細胞の割合を示すフローサイトメトリーデータである。（Ｂ、Ｅ）示される時点における血液１マイクロリットル当たりのＥＧＦＲｔ陽性Ｔ細胞の絶対数である。（Ｃ、Ｆ）示される時点における血液中の１×１０６個の細胞当たりのＲＯＲ１  ＣＡＲ導入遺伝子コピーの数を示す、定量的ＰＣＲデータである。
【０００８】
【図２Ａ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【図２Ｂ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【図２Ｃ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【図２Ｄ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【図２Ｅ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【図２Ｆ】図２Ａ〜２Ｆは、示される共阻害性分子を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞（Ａ〜Ｃ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｄ〜Ｆ）の、（Ａ、Ｄ）ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、（Ｂ、Ｅ）ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞を含む細胞生成物、および（Ｃ、Ｆ）ＣＡＲ  Ｔ細胞注入の１４日後におけるＣＡＲ  Ｔ細胞および内在性Ｔ細胞を含む患者ＰＢＭＣを作製するために使用した患者の血液における頻度を示す。発現は、フローサイトメトリーによって測定した。
【０００９】
【図３Ａ】図３Ａおよび３Ｂは、フローサイトメトリーによって測定した、示される共阻害性分子を発現する（Ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞および（Ｂ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の、患者のＣＡＲ  Ｔ細胞生成物および注入後の拡大のピーク時点でのＣＡＲ  Ｔ細胞（「処置後」、灰色のバー）における頻度を示す。図３Ｃおよび３Ｄは、（Ｃ）ＣＤ４＋Ｔ細胞、および（Ｄ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイリングを示し、図面符号に示される通り、処置後の血液およびＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞生成物における、示される共阻害性ｍＲＮＡの転写物の存在度の倍変化を示す。
【図３Ｂ】図３Ａおよび３Ｂは、フローサイトメトリーによって測定した、示される共阻害性分子を発現する（Ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞および（Ｂ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の、患者のＣＡＲ  Ｔ細胞生成物および注入後の拡大のピーク時点でのＣＡＲ  Ｔ細胞（「処置後」、灰色のバー）における頻度を示す。図３Ｃおよび３Ｄは、（Ｃ）ＣＤ４＋Ｔ細胞、および（Ｄ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイリングを示し、図面符号に示される通り、処置後の血液およびＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞生成物における、示される共阻害性ｍＲＮＡの転写物の存在度の倍変化を示す。
【図３Ｃ】図３Ａおよび３Ｂは、フローサイトメトリーによって測定した、示される共阻害性分子を発現する（Ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞および（Ｂ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の、患者のＣＡＲ  Ｔ細胞生成物および注入後の拡大のピーク時点でのＣＡＲ  Ｔ細胞（「処置後」、灰色のバー）における頻度を示す。図３Ｃおよび３Ｄは、（Ｃ）ＣＤ４＋Ｔ細胞、および（Ｄ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイリングを示し、図面符号に示される通り、処置後の血液およびＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞生成物における、示される共阻害性ｍＲＮＡの転写物の存在度の倍変化を示す。
【図３Ｄ】図３Ａおよび３Ｂは、フローサイトメトリーによって測定した、示される共阻害性分子を発現する（Ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞および（Ｂ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の、患者のＣＡＲ  Ｔ細胞生成物および注入後の拡大のピーク時点でのＣＡＲ  Ｔ細胞（「処置後」、灰色のバー）における頻度を示す。図３Ｃおよび３Ｄは、（Ｃ）ＣＤ４＋Ｔ細胞、および（Ｄ）ＣＤ８＋Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイリングを示し、図面符号に示される通り、処置後の血液およびＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞生成物における、示される共阻害性ｍＲＮＡの転写物の存在度の倍変化を示す。
【００１０】
【図４】図４は、ＣＤ１９＋Ｂ細胞悪性腫瘍を処置するための養子移入後における、ＴＩＧＩＴを発現する、患者の血液中のＣＤ１９標的化ＣＡＲ  Ｔ細胞（「＋」）および内在性非ＣＡＲ発現Ｔ細胞（「−」）の頻度を示す。
【００１１】
【図５Ａ】図５Ａは、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置した患者から得られたＰＢＭＣ（ＣＤ４＋Ｔ細胞；左手側のパネル、ＣＤ８＋Ｔ細胞、右手側のパネル）の、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの刺激後の細胞内サイトカイン染色（ＩＦＮ−γ、グラフのｘ軸）を示し、具体的には、サイトカイン染色は、ＰＢＭＣをＫ５６２細胞（「Ｋ／モック」）、ＲＯＲ１を発現するＫ５６２細胞（「Ｋ／ＲＯＲ１」）、またはＰＭＡ／イオノマイシン（「ＰＭＡ／イオノ」、陽性対照）で刺激した後に行った。
【図５Ｂ】図５Ｂ〜５Ｅは、患者に注入する前のＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｔ細胞」、グラフにおける垂直方向の分割線の左手側）および注入後のピーク頻度時点における患者ＰＢＭＣ（「ＰＢＭＣ」、グラフにおける垂直方向の分割線の右手側）に由来する培養上清において測定された、Ｔ細胞によるサイトカイン（Ｂ）ＩＬ−２、（Ｃ）ＴＮＦ−α、（Ｄ）ＩＦＮ−γ、および（Ｅ）ＧＭ−ＣＳＦの産生を示す。ＣＡＲ  Ｔ細胞および注入後のＰＢＭＣを、培地、Ｋ５６２細胞（「Ｋ／ｍ」）、ＲＯＲ１を発現するＫ５６２細胞（「Ｋ／Ｒ」）、およびＲＯＲ１＋Ｒａｊｉ細胞とともに、培養した。
【図５Ｃ】図５Ｂ〜５Ｅは、患者に注入する前のＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｔ細胞」、グラフにおける垂直方向の分割線の左手側）および注入後のピーク頻度時点における患者ＰＢＭＣ（「ＰＢＭＣ」、グラフにおける垂直方向の分割線の右手側）に由来する培養上清において測定された、Ｔ細胞によるサイトカイン（Ｂ）ＩＬ−２、（Ｃ）ＴＮＦ−α、（Ｄ）ＩＦＮ−γ、および（Ｅ）ＧＭ−ＣＳＦの産生を示す。ＣＡＲ  Ｔ細胞および注入後のＰＢＭＣを、培地、Ｋ５６２細胞（「Ｋ／ｍ」）、ＲＯＲ１を発現するＫ５６２細胞（「Ｋ／Ｒ」）、およびＲＯＲ１＋Ｒａｊｉ細胞とともに、培養した。
【図５Ｄ】図５Ｂ〜５Ｅは、患者に注入する前のＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｔ細胞」、グラフにおける垂直方向の分割線の左手側）および注入後のピーク頻度時点における患者ＰＢＭＣ（「ＰＢＭＣ」、グラフにおける垂直方向の分割線の右手側）に由来する培養上清において測定された、Ｔ細胞によるサイトカイン（Ｂ）ＩＬ−２、（Ｃ）ＴＮＦ−α、（Ｄ）ＩＦＮ−γ、および（Ｅ）ＧＭ−ＣＳＦの産生を示す。ＣＡＲ  Ｔ細胞および注入後のＰＢＭＣを、培地、Ｋ５６２細胞（「Ｋ／ｍ」）、ＲＯＲ１を発現するＫ５６２細胞（「Ｋ／Ｒ」）、およびＲＯＲ１＋Ｒａｊｉ細胞とともに、培養した。
【図５Ｅ】図５Ｂ〜５Ｅは、患者に注入する前のＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｔ細胞」、グラフにおける垂直方向の分割線の左手側）および注入後のピーク頻度時点における患者ＰＢＭＣ（「ＰＢＭＣ」、グラフにおける垂直方向の分割線の右手側）に由来する培養上清において測定された、Ｔ細胞によるサイトカイン（Ｂ）ＩＬ−２、（Ｃ）ＴＮＦ−α、（Ｄ）ＩＦＮ−γ、および（Ｅ）ＧＭ−ＣＳＦの産生を示す。ＣＡＲ  Ｔ細胞および注入後のＰＢＭＣを、培地、Ｋ５６２細胞（「Ｋ／ｍ」）、ＲＯＲ１を発現するＫ５６２細胞（「Ｋ／Ｒ」）、およびＲＯＲ１＋Ｒａｊｉ細胞とともに、培養した。
【図５Ｆ】図５Ｆは、フローサイトメトリーによって測定した、Ｋ５６２およびＫ／Ｒ細胞におけるＴＩＧＩＴのリガンド（ＣＤ１１２、ＣＤ１５５）およびＣＤ１１２Ｒのリガンド（ＣＤ１１２）の発現を示す。
【００１２】
【図６Ａ】図６Ａおよび６Ｂは、（Ａ）患者Ｘ４６１および（６）患者Ｘ４７５から得られたＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞におけるＣＤ２２６の発現を示す。細胞は、ＥＧＦＲｔについてゲーティングした。
【図６Ｂ】図６Ａおよび６Ｂは、（Ａ）患者Ｘ４６１および（６）患者Ｘ４７５から得られたＣＤ４＋およびＣＤ８＋ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞におけるＣＤ２２６の発現を示す。細胞は、ＥＧＦＲｔについてゲーティングした。
【００１３】
【図７Ａ】図７Ａおよび７Ｂは、内在性ＴＩＧＩＴ発現を有する（Ａ）ＣＤ４＋および（Ｂ）ＣＤ８＋ＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζおよびＲＯＲ１  ＣＤ２８／ＣＤ３ζ  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｒ１２：４−１ＢＢｚ」、「Ｒ１２：ＣＤ２８」）またはＴＩＧＩＴを構成的に過剰発現するように操作されたもの（「Ｒ１２：４−１ＢＢｚ：ＴＩＧＩＴ」、「Ｒ１２：ＣＤ２８：ＴＩＧＩＴ」）によるＩＦＮ−γ産生を示す。サイトカイン産生は、Ｋ５６２細胞（対照）、Ｋ／Ｒ細胞、ＲＯＲ１を発現するＭＤＡ−ＭＢ−２３１乳がん細胞株に由来する細胞、またはＰＭＡ／イオノマイシン（Ｐ／Ｉ）との培養物において、ＣＡＲ  Ｔ細胞の刺激後に評価した。
【図７Ｂ】図７Ａおよび７Ｂは、内在性ＴＩＧＩＴ発現を有する（Ａ）ＣＤ４＋および（Ｂ）ＣＤ８＋ＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζおよびＲＯＲ１  ＣＤ２８／ＣＤ３ζ  ＣＡＲ  Ｔ細胞（「Ｒ１２：４−１ＢＢｚ」、「Ｒ１２：ＣＤ２８」）またはＴＩＧＩＴを構成的に過剰発現するように操作されたもの（「Ｒ１２：４−１ＢＢｚ：ＴＩＧＩＴ」、「Ｒ１２：ＣＤ２８：ＴＩＧＩＴ」）によるＩＦＮ−γ産生を示す。サイトカイン産生は、Ｋ５６２細胞（対照）、Ｋ／Ｒ細胞、ＲＯＲ１を発現するＭＤＡ−ＭＢ−２３１乳がん細胞株に由来する細胞、またはＰＭＡ／イオノマイシン（Ｐ／Ｉ）との培養物において、ＣＡＲ  Ｔ細胞の刺激後に評価した。
【００１４】
【図８Ａ】図８Ａ〜８Ｅは、マウスを、ヒトＲＯＲ１＋（ｈＲＯＲ１＋）腫瘍を発生するように遺伝子操作した、ｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片実験により得られたデータを示す。（Ａ）シクロホスファミドと、ｔＣＤ１９形質導入マーカーを発現する対照Ｔ細胞またはＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζ  ＣＡＲを発現するＴ細胞のいずれかとの組合せで処置した、ｈＲＯＲ１＋マウスの磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）である。ＭＲＩは、ＲＯＲ１＋腫瘍の誘導の１０週間後（処置前）および１６週間後（処置後）に取得した。腫瘍のアウトラインを取り、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置したマウスから得られたＭＲＩでは、白色の矢印で示す。（Ｂ）研究の過程にわたって測定した、示される処置群の腫瘍小結節の体積である。シクロホスファミドおよびＴ細胞は、示される時点で投与した（ｙ軸）。平均蛍光強度（ＭＦＩ、（Ｃ、Ｄ））およびフローサイトメトリー（Ｅ）によって測定した、養子移入後における示されるＴ細胞による共阻害性分子ＰＤ−１（円を有する実線）およびＴＩＧＩＴ（三角形を有する破線）の発現である。
【図８Ｂ】図８Ａ〜８Ｅは、マウスを、ヒトＲＯＲ１＋（ｈＲＯＲ１＋）腫瘍を発生するように遺伝子操作した、ｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片実験により得られたデータを示す。（Ａ）シクロホスファミドと、ｔＣＤ１９形質導入マーカーを発現する対照Ｔ細胞またはＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζ  ＣＡＲを発現するＴ細胞のいずれかとの組合せで処置した、ｈＲＯＲ１＋マウスの磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）である。ＭＲＩは、ＲＯＲ１＋腫瘍の誘導の１０週間後（処置前）および１６週間後（処置後）に取得した。腫瘍のアウトラインを取り、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置したマウスから得られたＭＲＩでは、白色の矢印で示す。（Ｂ）研究の過程にわたって測定した、示される処置群の腫瘍小結節の体積である。シクロホスファミドおよびＴ細胞は、示される時点で投与した（ｙ軸）。平均蛍光強度（ＭＦＩ、（Ｃ、Ｄ））およびフローサイトメトリー（Ｅ）によって測定した、養子移入後における示されるＴ細胞による共阻害性分子ＰＤ−１（円を有する実線）およびＴＩＧＩＴ（三角形を有する破線）の発現である。
【図８Ｃ】図８Ａ〜８Ｅは、マウスを、ヒトＲＯＲ１＋（ｈＲＯＲ１＋）腫瘍を発生するように遺伝子操作した、ｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片実験により得られたデータを示す。（Ａ）シクロホスファミドと、ｔＣＤ１９形質導入マーカーを発現する対照Ｔ細胞またはＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζ  ＣＡＲを発現するＴ細胞のいずれかとの組合せで処置した、ｈＲＯＲ１＋マウスの磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）である。ＭＲＩは、ＲＯＲ１＋腫瘍の誘導の１０週間後（処置前）および１６週間後（処置後）に取得した。腫瘍のアウトラインを取り、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置したマウスから得られたＭＲＩでは、白色の矢印で示す。（Ｂ）研究の過程にわたって測定した、示される処置群の腫瘍小結節の体積である。シクロホスファミドおよびＴ細胞は、示される時点で投与した（ｙ軸）。平均蛍光強度（ＭＦＩ、（Ｃ、Ｄ））およびフローサイトメトリー（Ｅ）によって測定した、養子移入後における示されるＴ細胞による共阻害性分子ＰＤ−１（円を有する実線）およびＴＩＧＩＴ（三角形を有する破線）の発現である。
【図８Ｄ】図８Ａ〜８Ｅは、マウスを、ヒトＲＯＲ１＋（ｈＲＯＲ１＋）腫瘍を発生するように遺伝子操作した、ｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片実験により得られたデータを示す。（Ａ）シクロホスファミドと、ｔＣＤ１９形質導入マーカーを発現する対照Ｔ細胞またはＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζ  ＣＡＲを発現するＴ細胞のいずれかとの組合せで処置した、ｈＲＯＲ１＋マウスの磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）である。ＭＲＩは、ＲＯＲ１＋腫瘍の誘導の１０週間後（処置前）および１６週間後（処置後）に取得した。腫瘍のアウトラインを取り、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置したマウスから得られたＭＲＩでは、白色の矢印で示す。（Ｂ）研究の過程にわたって測定した、示される処置群の腫瘍小結節の体積である。シクロホスファミドおよびＴ細胞は、示される時点で投与した（ｙ軸）。平均蛍光強度（ＭＦＩ、（Ｃ、Ｄ））およびフローサイトメトリー（Ｅ）によって測定した、養子移入後における示されるＴ細胞による共阻害性分子ＰＤ−１（円を有する実線）およびＴＩＧＩＴ（三角形を有する破線）の発現である。
【図８Ｅ】図８Ａ〜８Ｅは、マウスを、ヒトＲＯＲ１＋（ｈＲＯＲ１＋）腫瘍を発生するように遺伝子操作した、ｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片実験により得られたデータを示す。（Ａ）シクロホスファミドと、ｔＣＤ１９形質導入マーカーを発現する対照Ｔ細胞またはＲＯＲ１  ４−１ＢＢ／ＣＤ３ζ  ＣＡＲを発現するＴ細胞のいずれかとの組合せで処置した、ｈＲＯＲ１＋マウスの磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）である。ＭＲＩは、ＲＯＲ１＋腫瘍の誘導の１０週間後（処置前）および１６週間後（処置後）に取得した。腫瘍のアウトラインを取り、ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞で処置したマウスから得られたＭＲＩでは、白色の矢印で示す。（Ｂ）研究の過程にわたって測定した、示される処置群の腫瘍小結節の体積である。シクロホスファミドおよびＴ細胞は、示される時点で投与した（ｙ軸）。平均蛍光強度（ＭＦＩ、（Ｃ、Ｄ））およびフローサイトメトリー（Ｅ）によって測定した、養子移入後における示されるＴ細胞による共阻害性分子ＰＤ−１（円を有する実線）およびＴＩＧＩＴ（三角形を有する破線）の発現である。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
詳細な説明
ある特定の態様では、本開示は、ＴＩＧＩＴおよび／またはＣＤ１１２Ｒの発現または活性が阻害され、腫瘍抗原が特異的に標的とされる、養子細胞治療アプローチを使用して、固形腫瘍を処置するための方法および組成物を提供する。背景として、理論に束縛されることを望むものではないが、ある特定の免疫細胞の活性は、細胞外環境を起源とするアゴニストおよび／またはアンタゴニストシグナルによってモジュレートされ得る。例えば、炎症促進性サイトカイン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１８、ＴＮＦ、およびＩＦＮ−γ）によるシグナル伝達は、ある特定の免疫応答機序を上方調節し得るが、一方で、抗炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０）は、下方調節作用を提供し得る。そのようなアゴニストまたはアンタゴニストシグナルの、細胞免疫応答（または応答の欠如）への移行は、免疫細胞の表面上に発現される受容体によってモジュレートされ得る。
【００１６】
ＴＩＧＩＴ（ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体、ＷＵＣＡＭおよびＶｓｔｍ３としても公知）は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、およびＮＫ−Ｔ細胞を含む、免疫細胞によって発現される免疫受容体である。例えば、Zhang  et  al.,  Cancer  Immunol.  Immunother.  65(3):305  (2015)を参照されたい。ＴＩＧＩＴは、細胞外結合ドメインおよび細胞内ＩＴＩＭ（免疫受容体チロシンベース阻害性モチーフ）を含み、ＴＩＧＩＴを発現する細胞が結合するある特定の細胞によって発現される、ＣＤ１５５（ＰＶＲとも呼ばれる）およびＣＤ１１２（ＰＶＲＬ２とも呼ばれる）に結合することにより、細胞間接着における役割を果たす。ＴＩＧＩＴのパートナーとなり得るＣＤ１１２Ｒ（ＰＶＲＩＧとも呼ばれる）と称される受容体もまた、Ｔ細胞によって発現され、ＣＤ１１２に結合する。ＴＩＧＩＴがＣＤ１１２もしくはＣＤ１１５のいずれかに結合すること、またはＣＤ１１２ＲがＣＤ１１２に結合することにより、一部の態様では、増殖を低減させ、ＴＩＧＩＴを発現する細胞による炎症促進性サイトカイン（例えば、ＩＬ−１２Ｂ）の分泌を減少させ、抗炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−１０）の分泌を増加させ得る、免疫抑制シグナルが開始され得る。例えば、Lozano  et  al.,  J.  Immunol.  188(8):3869  (2012)、Zhu  et  al.,  J.  Exp.  Med.  213(2):167-176,  2016を参照されたい。
【００１７】
一部の態様では、本開示において提供される実施形態は、ＴＩＧＩＴおよびＣＤ１１２Ｒが、一部の態様では、抗原（例えば、腫瘍関連抗原）を標的とするように操作された、改変された免疫細胞によって、著しく過剰発現されるという予想外の発見に基づく。一部の実施形態では、そのような過剰発現は、改変された免疫細胞の、腫瘍、例えば、固形腫瘍、例えば、一般的な上皮がんと関連する腫瘍を有する対象への養子移入後に観察されるが、その前には観察されない。この過剰発現は、一部の態様では、改変された免疫細胞の抗腫瘍活性または機能の機能的損傷と相関することが観察されている。
【００１８】
いくつかの固形腫瘍抗原が、可能性のある治療標的として同定されている。例えば、Xia  et  al.,  Oncotarget  (ISSN:1949-2553,  2017）を参照されたい。例示的な固形腫瘍抗原は、受容体チロシンキナーゼＲＯＲ１である。簡単に述べると、ＲＯＲ１は、広範な腫瘍において過剰発現されるが、正常な組織においてはほとんど発現されない、腫瘍胎児性抗原である。ＲＯＲ１は、上皮がんを含むある特定の固形がん、ならびにＢ細胞慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）およびマントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）において高度に発現される。腫瘍の細胞表面上における高度なＲＯＲ１発現および正常組織における最小限のＲＯＲ１発現に基づいて、ＲＯＲ１は、治療薬により標的とするのに好ましい腫瘍特異的抗原または腫瘍関連抗原である。例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するＴ細胞は、ＲＯＲ１を発現する腫瘍を標的とするように設計されている（Hudecek  et  al.,  Blood  116:  4532-41,  2010、Hudecek  et  al.,  Clin.  Cancer  Res.  19(12):3153  (2013)、Berger  et  al.,  Cancer  Immunol.  Res.  3(2):206  (2015)、およびＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／０３１６８７号を参照されたく、これらのＲＯＲ１特異的ＣＡＲ構築物（結合ドメイン、細胞外ドメイン（スペーサーを含む）、膜貫通ドメイン、細胞内ドメイン、共刺激ドメイン、形質転換マーカー、ならびに関連するアミノ酸およびヌクレオチド配列を含む）は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
【００１９】
本開示をより詳細に示す前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を提供することは、本開示の理解の助けになり得る。さらなる定義は、本開示を通して示される。
【００２０】
本説明では、任意の濃度範囲、百分率範囲、比の範囲、または整数範囲は、別段の指示がない限り、列挙されている範囲内の任意の整数の値、および適宜、それらの分数（例えば、整数の十分の一および百分の一）を含むと理解するべきである。また、任意の物理的特徴、例えば、ポリマーサブユニット、サイズまたは厚さに関して本明細書で列挙される任意の数値範囲は、別段の指示がない限り、列挙されている範囲内の任意の整数を含むと理解すべきである。本明細書で使用される用語「約」は、別段の指示がない限り、示されている範囲、値または構造の±２０％を意味する。用語「１つの（a）」および「１つの（an）」は、本明細書で使用される場合、列挙されている構成要素のうちの「１または複数」を指すと理解すべきである。選択肢（例えば、「または」）の使用は、それらの選択肢のうち１つ、両方、またはそれらの任意の組合せを意味すると理解すべきである。本明細書で使用される場合、用語「含む（include）」、「有する」および「含む（comprise）」は、同義で使用され、これらの用語およびそれらの異表記は、非限定的と解釈されることを意図したものである。
【００２１】
さらに、本明細書に記載される構造および置換基の様々な組合せから得られる個々の化合物または化合物の群は、あたかも各化合物または化合物の群が個々に示されたのと同程度に、本願により開示されると理解すべきである。したがって、特定の構造または特定の置換基の選択は、本開示の範囲内である。
【００２２】
用語「から本質的になる」は、「含む」と同等ではなく、請求項の明記された材料もしくはステップ、または特許請求された主題の基本的特徴に実質的に影響を与えない材料もしくはステップを指す。例えば、タンパク質のドメイン、領域もしくはモジュール（例えば、結合ドメイン、ヒンジ領域、リンカーモジュール）またはタンパク質（これは、１もしくは複数のドメイン、領域もしくはモジュールを有し得る）は、ドメイン、領域、モジュールまたはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせて、ドメイン、領域、モジュールまたはタンパク質の長さの多くても２０％（例えば、多くても１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％）に寄与し、ドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）またはタンパク質の活性（例えば、結合性タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響を与えない（すなわち、活性の低減が、５０％を超えない、例えば、４０％以下、３０％以下、２５％以下、２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下または１％以下である）、伸長、欠失、変異またはそれらの組合せ（例えば、アミノ末端もしくはカルボキシ末端にある、またはドメイン間にあるアミノ酸）を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる」。
【００２３】
本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸分子」は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、オリゴヌクレオチド、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳により生成された断片、ならびにライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用、またはエクソヌクレアーゼ作用のいずれかにより生成された断片のうちのいずれかを指す。核酸は、天然に存在するヌクレオチド（例えば、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチド）、天然に存在するヌクレオチドの類似体（例えば、天然に存在するヌクレオチドのα−エナンチオマー形態）、または両方の組合せである、モノマーから構成され得る。改変されたヌクレオチドは、糖部分構造、またはピリミジンもしくはプリン塩基部分構造における改変またはその置き換えを有し得る。核酸モノマーは、ホスホジエステル結合またはそのような連結の類似体によって連結され得る。ホスホジエステル連結の類似体としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート（phosphoroselenoate）、ホスホロジセレノエート（phosphorodiselenoate）、ホスホロアニロチオエート（phosphoroanilothioate）、ホスホロアニリデート（phosphoranilidate）、ホスホロアミデート（phosphoramidate）などが挙げられる。核酸分子は、一本鎖または二本鎖のいずれかであり得る。「ポリヌクレオチド」は、天然サブユニット（例えば、プリンもしくはピリミジン塩基）または非天然サブユニット（例えば、モルホリン環）で構成され得る、共有結合的に連結されているヌクレオチドを含むポリマー化合物を指す。
【００２４】
用語「単離された」は、材料がその元の環境（例えば、その材料が天然に存在する場合には天然環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生存動物に天然に存在する核酸またはポリペプチドは、単離されていないが、天然の系内に共存する材料の一部または全てから分離された同じ核酸またはポリペプチドは、単離されている。そのような核酸は、ベクターの一部であることもあり、および／またはそのような核酸もしくはポリペプチドは、組成物（例えば、細胞溶解物）の一部であることもあるが、それでもやはり、そのようなベクターもしくは組成物が核酸もしくはポリペプチドの天然環境の一部でないという点で単離されていることであり得る。用語「遺伝子」は、ポリペプチド鎖の産生に関与するＤＮＡのセグメントを意味し、このセグメントには、コード領域の前および後の領域（「リーダーおよびトレーラー」）ならびに個々のコードセグメント（エクソン）間の介在配列（イントロン）が含まれる。
【００２５】
「処置する」および「処置」という用語は、対象（すなわち、患者、宿主、ヒトであっても非ヒト動物であってもよい）の疾患、障害、または状態の医療管理を指す（例えば、Stedman's  Medical  Dictionaryを参照されたい）。一般に、本明細書に記載される方法および組成物による適切な用量および処置レジメンは、治療的または予防的利益をもたらす。治療的処置または予防的もしくは防止的方法により得られる治療的または予防的利益としては、例えば、臨床予後の向上が挙げられ、ここで、その目的は、望ましくない生理学的変化もしくは障害を防止もしくは遅延もしくはそれ以外では低減（例えば、未処置対照と比べて統計学的に有意な様式で減少）させることであるか、またはそのような疾患もしくは障害の拡大もしくは重症度を防止、遅延、もしくはそれ以外では低減させることである。対象を処置することにより得られる有益または所望される臨床結果としては、処置しようとする疾患もしくは障害により生じるかもしくはそれと関連する症状の減退、緩和、もしくは軽減；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無疾患状態（すなわち、対象が疾患の診断を行う根拠となった症状を示す可能性もしくは傾向の減少）；疾患の程度の低下；疾患の状態の安定化（すなわち、悪化しないこと）；疾患進行の遅延もしくは緩徐化；疾患状態の改善もしくは緩和；ならびに検出可能か検出不可能かを問わない寛解（部分的かもしくは完全かを問わず）；または全般的な生存が挙げられる。
【００２６】
「処置」はまた、対象が処置を受容していなかった場合に予測される生存と比較して、生存を延長することも意味し得る。本明細書に記載される方法および組成物を必要とする対象には、疾患または障害をすでに有するもの、ならびに疾患または障害を有する傾向にあるかまたはそれを発症する危険性にある対象が含まれる。予防的処置を必要とする対象には、疾患、状態、または障害を防止すべき（すなわち、疾患または障害の発生または再発の可能性を減少させる）対象が含まれる。本明細書に記載される組成物（および組成物を含む調製物）ならびに方法によって提供される臨床的利益は、実施例に記載されるように、組成物の投与により利益を得ることが意図される対象における、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ、前臨床研究、および臨床研究の設計および実行によって評価することができる。
【００２７】
「患者」または「対象」には、動物、例えば、ヒト、ウシ、ウマ、ヒツジ、仔ヒツジ、ブタ、ニワトリ、七面鳥、ウズラ、ネコ、イヌ、マウス、ラット、ウサギ、またはモルモットが含まれる。動物は、哺乳動物、例えば、非霊長類または霊長類（例えば、サル、類人猿、およびヒト）であってもよい。一部の実施形態では、患者は、ヒト、例えば、ヒト幼児、小児、青年、または成人である。
【００２８】
本明細書で使用される場合、組成物または治療の「投与」は、送達経路または方法に関係なく、対象への組成物または治療の送達を指す。投与を持続的にまたは間欠的に、および非経口的に果たすことができる。投与は、認識された状態、疾患または病状を有すると既に確認された対象を処置するためであることもあり、あるいはそのような状態、疾患もしくは病状に罹りやすいまたはそのような状態、疾患もしくは病状を発症するリスクがある対象を処置するためであることもある。複数の薬剤の共投与には、任意の順序および任意の投薬スケジュールでの、薬剤の同時、並行、または逐次送達が含まれ得る。
【００２９】
「有効量」または「治療有効量」は、哺乳動物（例えば、ヒト）に投与した場合に、疾患の処置に役立つのに十分である、本明細書に記載される組成物の量を指す。「有効量」を構成する組成物の量は、細胞調製物、状態およびその重症度、投与の様式、ならびに処置しようとする哺乳動物の年齢に応じて変動し得るが、当業者が自身の知識および本開示を参照して慣例的に決定することができる。単独で投与される個々の活性成分または組成物に言及する場合、有効用量は、単独でのその成分または組成物を指す。組合せに言及する場合、有効用量は、順番に投与されるか、並行して投与されるか、または同時に投与されるかを問わず、治療効果をもたらす活性成分、組成物、または両方を合わせた量を指す。
【００３０】
一般に、本開示による組成物または薬剤の組合せの治療有効量は、本明細書に記載される改変された免疫細胞の抗腫瘍機能性の向上をもたらす。抗腫瘍機能性の非限定的な例としては、改変された免疫細胞による腫瘍に対する細胞傷害活性もしくは細胞溶解活性、改変された免疫細胞の増殖、改変された免疫細胞（またはその機能的子孫）の長期にわたる持続、改変された免疫細胞の腫瘍部位への局在化、ならびに腫瘍関連抗原による刺激もしくは再刺激に応答した改変された免疫細胞による（例えば、ＲＯＲ１での刺激もしくは再刺激に応答したＲＯＲ１抗原に特異的なＣＡＲ発現Ｔ細胞による）炎症促進性サイトカインの産生および放出が挙げられる。抗腫瘍機能性の向上は、本開示による改変された免疫細胞における機能性を、参照細胞のもの（すなわち、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの発現もしくは活性が阻害されていない、改変されたかもしくは未改変である免疫細胞、例えば、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの発現もしくは活性が阻害されている改変された免疫細胞と同じ腫瘍関連抗原に特異的に結合することができる参照免疫細胞のもの）と比較することによって、または改変された免疫細胞の機能性を、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの発現もしくは活性を阻害する介入（例えば、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの発現もしくは活性を阻害する薬剤の投与による）の前後で比較することによって、判定することができる。
【００３１】
本明細書で使用される場合、「免疫細胞」は、２つの主要な系列、骨髄系前駆細胞（これは、骨髄系細胞、例えば、単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球、および顆粒球を生じさせる）ならびにリンパ系前駆細胞（これは、リンパ系細胞、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、およびナチュラルキラーＴ（ＮＫ−Ｔ細胞）を生じさせる）を生じさせる、骨髄中の造血幹細胞を起源とする免疫系の任意の細胞を意味する。例示的な免疫系細胞としては、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４−ＣＤ８−二重陰性Ｔ細胞、γδＴ細胞、調節性Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ−Ｔ細胞（サイトカイン誘導型キラー細胞またはＣＩＫ細胞とも呼ばれる）、および樹状細胞が挙げられる。マクロファージおよび樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」と称され得、これらは、ペプチドと複合体を形成したＡＰＣの表面上の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）受容体が、Ｔ細胞の表面上のＴＣＲと相互作用すると、Ｔ細胞を活性化することができる、特化した細胞である。
【００３２】
「Ｔ細胞」または「Ｔリンパ球」は、胸腺において成熟し、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を産生する、免疫細胞である。Ｔ細胞は、ナイーブ（抗原に曝露されておらず、ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ１２７、およびＣＤ４５ＲＡの発現が増加しており、ＣＤ４５ＲＯの発現が減少している）、幹細胞メモリーＴ細胞を含むメモリーＴ細胞（ＴＭ）（抗原を経験しており、長寿命である）、ならびにエフェクター細胞（抗原を経験しており、細胞傷害性である）であり得る。ＴＭは、さらに、セントラルメモリーＴ細胞（ＴＣＭ；ナイーブＴ細胞と比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＯおよびＣＤ９５の発現増加、ならびにＣＤ５４ＲＡの発現減少）およびエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ；ナイーブＴ細胞またはＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ４５ＲＡの発現減少、およびＣＤ１２７の発現増加）のサブセットに分けることができる。エフェクターＴ細胞（ＴＥ）は、ＴＣＭと比較して、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８の発現が減少しており、グランザイムおよびパーフォリンが陽性である、抗原を経験したＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球を指す。他の例示的なＴ細胞としては、調節性Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋（Ｆｏｘｐ３＋）調節性Ｔ細胞およびＴｒｅｇ１７細胞、ならびにＴｒ１、Ｔｈ３、ＣＤ８＋ＣＤ２８−、およびＱａ−１拘束Ｔ細胞が挙げられる。本開示のある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫ−Ｔ細胞、またはこれらの任意の組合せを含む。さらなる実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞である。
【００３３】
本明細書で使用される場合、「造血前駆細胞」は、造血幹細胞または胎児組織に由来し得る細胞であって、成熟細胞型（例えば、免疫系細胞）へとさらに分化することができる細胞である。例示的な造血前駆細胞としては、ＣＤ２４ＬｏＬｉｎ−ＣＤ１１７＋表現型を有するもの、または胸腺に見られるもの（前駆胸腺細胞と呼ばれる）が挙げられる。
【００３４】
本明細書で使用される場合、「内在性」または「ネイティブ」という用語は、宿主細胞に通常存在する遺伝子、タンパク質、または活性を指す。さらに、親遺伝子、タンパク質、または活性と比較して、変異されているか、過剰発現されるか、シャッフルされているか、重複しているか、またはそれ以外では変更されている遺伝子、タンパク質、または活性は、依然として、特定の宿主細胞に対して内在性またはネイティブであると考えられる。例えば、第１の遺伝子に由来する内在性制御配列（例えば、プロモーター、翻訳減弱化配列）を使用して、第２のネイティブな遺伝子または核酸分子の発現を変更または調節することができるが、ここで、第２のネイティブな遺伝子または核酸分子の発現または調節は、親細胞における通常の発現または調節とは異なる。
【００３５】
本明細書で使用される場合、「改変された」という用語は、ヒトの介入により遺伝子操作されている細胞、微生物、核酸分子、またはベクター、例えば、異種ポリヌクレオチドの導入により改変されている細胞（もしくはその子孫細胞）を指すか、または内在性ポリヌクレオチドもしくは遺伝子の発現が、制御されるか、脱調節されるか、抑制されるか、もしくは構成的となるように変更されている、細胞もしくは微生物（または参照である変更されていない細胞もしくは微生物と比較してそのような変更を含む、そのような細胞もしくは微生物の子孫）を指す。ヒトにより生成される遺伝子変更としては、例えば、１つもしくは複数のタンパク質もしくは酵素をコードする核酸分子（発現制御エレメント、例えば、プロモーターを含み得る）を導入する改変、または他の核酸分子の付加、欠失、置換、もしくは細胞の遺伝物質の他の機能的な破壊もしくはそれへの付加を挙げることができる。例示的な改変としては、参照または親分子に由来する異種または相同ポリペプチドのコード領域またはその機能的断片におけるものが挙げられる。
【００３６】
用語「異種」ポリヌクレオチド、構築物、または配列は、宿主細胞にとってネイティブではないが、宿主細胞に由来するポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの部分に相同であり得る、核酸分子またはポリヌクレオチドの部分を指す。異種ポリヌクレオチド、構築物、または配列の源は、異なる属または種に由来し得る。ある特定の実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、例えば、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、エレクトロポレーション、遺伝子編集、相同組換えなどによって、宿主細胞または宿主ゲノムに付加され（すなわち、内在性でもネイティブでもない）、ここで、付加された分子は、宿主ゲノムに組み込まれていてもよく、または染色体外遺伝物質として（例えば、プラスミドもしくは他の自己複製ベクター形態として）存在してもよく、複数コピーで存在し得る。加えて、「異種」は、宿主細胞が、同じ相同タンパク質、酵素、または他の活性関連生体分子をコードする場合であっても、宿主細胞に導入された異種ポリヌクレオチドによってコードされる非ネイティブ酵素、タンパク質、または他の活性関連生体分子を指す。
【００３７】
本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子を、別々の核酸分子として、複数の個々に制御された遺伝子として、ポリシストロニック核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはそれらの任意の組合せとして、宿主細胞に導入することができる。例えば、本明細書に開示されるように、宿主細胞は、所望される結合受容体をコードする２つまたはそれを上回る異種核酸分子を発現するように改変することができる。２つまたはそれより多くの異種核酸分子が宿主細胞に導入される場合、これら２つまたはそれより多くの異種核酸分子が、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクターで）導入されることもあり、別々のベクターで宿主染色体の単一の部位もしくは複数の部位に組み込まれることもあり、またはそれらの任意の組合せであることもあることは理解される。言及された異種核酸分子またはタンパク質活性の数は、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指し、宿主細胞に導入される別々の核酸分子の数を指さない。
【００３８】
用語「構築物」は、組換え核酸分子を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。構築物は、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）中に存在することもあり、またはゲノムに組み込まれていることもある。「ベクター」は、別の核酸分子を輸送することができる核酸分子である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクターであることもあり、または染色体の、非染色体の、半合成のもしくは合成の核酸分子を含み得る線状もしくは環状ＤＮＡもしくはＲＮＡ分子であることもある。例示的なベクターは、自律複製することができるもの（エピソームベクター）またはベクターが連結されている核酸分子を発現させることができるもの（発現ベクター）である。
【００３９】
用語「作動可能に連結された（operably  linked）」または「作動的に連結した（operatively  associated）」は、１つの核酸分子の機能が他の核酸分子による影響を受けるような、単一核酸断片上の２つまたはそれより多くの核酸分子の会合を指す。例えば、プロモーターとコード配列は、プロモーターが、そのコード配列の発現に影響を与えることができる（すなわち、コード配列が、プロモーターの転写制御下にある）場合、作動可能に連結されている。「連結されていない」は、会合している遺伝子エレメントが、互いに密接に会合しておらず、１つの遺伝子エレメントの機能が他の遺伝子エレメントに影響を与えないことを意味する。
【００４０】
用語「発現」は、本明細書で使用される場合、ポリペプチドが、遺伝子などの核酸分子のコード配列に基づいて産生されるプロセスを指す。このプロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはそれらの任意の組合せを含み得る。発現された核酸分子は、通常は、発現制御配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結されている。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」は、好適な宿主において核酸分子の発現を生じさせることができる好適な制御配列に作動可能に連結されている核酸分子を含有するＤＮＡ構築物を指す。そのような制御配列には、転写を生じさせるプロモーター、そのような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、好適なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列が含まれる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単に潜在的ゲノム挿入物であり得る。好適な宿主に形質転換されると、ベクターは、宿主ゲノムから独立して複製および機能することができ、または一部の場合には、自体を宿主細胞のゲノムに組み込むことができる。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」および「ベクター」は、同義で使用されることが多い。
【００４２】
核酸分子を細胞に挿入する文脈での用語「導入される／された」は、「トランスフェクション」、「形質転換」または「形質導入」を意味し、核酸分子を細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、プラスチドまたはミトコンドリアＤＮＡ）に組み込むことができる、自律レプリコンに変換することができる、または（例えば、トランスフェクトされたｍＲＮＡを）一過性に発現することができる、真核または原核細胞への核酸分子の組込みへの言及を含む。用語「相同（の）」または「相同体」は、宿主細胞、種、もしくは株に見られるか、または宿主細胞、種、もしくは株から得られる、分子または活性を指す。例えば、異種ポリヌクレオチドは、ネイティブな宿主細胞遺伝子にとって相同であり得、必要に応じて、変更された発現レベル、異なる配列、変更された活性、またはこれらの任意の組合せを有し得る。
【００４３】
抗原特異的受容体
ある特定の態様では、本開示は、抗原特異的受容体、例えば、疾患（例えば、腫瘍）関連抗原を標的とするように改変された免疫細胞によって発現され得るものを提供する。「抗原特異的受容体」という用語は、本明細書で使用される場合、細胞表面に（例えば、異種または内在性）発現される、天然に存在するか、改変されたか、または合成の受容体タンパク質を指し、同族抗原に特異的に結合する結合ドメインを含む細胞外成分、疎水性もしくは膜貫通成分、ならびに結合ドメインが抗原に結合すると、細胞応答を惹起するように細胞へのシグナル（例えば、成長もしくは増殖シグナルまたはサイトカインを産生および放出するシグナル）を開始する、細胞内シグナル伝達成分を含む。抗原特異的受容体の例としては、本明細書に記載されるＣＡＲおよびＴＣＲが挙げられる。
【００４４】
本開示の抗原特異的受容体により結合され得る例示的な抗原としては、ＲＯＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＧＤ２、ＧＤ３、ＨＰＶ  Ｅ６、ＨＰＶ  Ｅ７、ＨＥＲ２、Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌｅｗｉｓ  Ａ、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ５６、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４４ｖ７／８、ＣＤ３８、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、ＣＡ１２５、ｃ−ＭＥＴ、ＦｃＲＨ５、ＷＴ１、葉酸受容体α、ＶＥＧＦ−α、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＩＬ−１１Ｒα、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＡ、エフリンＡ２、エフリンＢ２、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＡＧ−７２、メソテリン、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−３、５Ｔ４、ＢＣＭＡ、ＦＡＰ、炭酸脱水酵素９、ＥＲＢＢ２、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、およびＣＥＡが挙げられる。本開示の抗原には、ＭＨＣ複合体、例えば、ＨＬＡ複合体によって提示されるものが含まれる。抗原は、合成、組換えにより産生、または生体試料から得ることができる。１つまたは複数の抗原を含有することができる例示的な生体試料としては、組織試料、腫瘍試料、細胞、生体液、またはそれらの組合せが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように改変されたまたは遺伝子操作された細胞によって産生され得る。
【００４５】
「エピトープ」という用語は、同族結合分子、例えば、免疫グロブリン（例えば、抗体）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、キメラ抗原受容体、または他の結合分子、ドメイン、もしくはタンパク質によって認識され、それによって特異的に結合される、任意の分子、構造、アミノ酸配列、またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般に、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的活性表面集団を含有し、特異的三次元構造特性および特異的電荷特性を有することができる。
【００４６】
受容体結合ドメイン（「結合領域」または「結合部分構造」とも称される）は、本明細書で使用される場合、標的（例えば、腫瘍関連抗原）と特異的かつ非共有結合的に会合、一体化、または化合する能力を有する分子またはその一部分を指す。結合ドメインは、生体分子、分子複合体（すなわち、２つもしくはそれより多くの生体分子を含む複合体）または目的の他の標的に対する、任意の天然に存在する、合成の、半合成の、または組換えにより産生された結合パートナーを含む。例えば、結合ドメインは、天然の抗体、合成もしくは組換えの抗体構築物、またはその結合断片を含み得る。例えば、結合ドメインは、全長抗体重鎖または軽鎖、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、重鎖可変ドメイン（ＶＨドメイン）、軽鎖可変ドメイン（ＶＬドメイン）、ドメイン抗体（ｄＡｂ）、単一ドメインラクダ抗体（ＶＨＨ）、重鎖のみの抗体（例えば、軟骨魚類に由来するＩｇＮＡＲ）、相補性決定領域（ＣＤＲ）またはその結合断片、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）などを含み得る。結合ドメインの他の例としては、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）に由来するもの（もしくはそれから得られたもの）；例えば、ＴＣＲ可変ドメイン（単鎖Ｔ細胞受容体に由来するものを含む）、受容体の細胞外ドメイン、受容体外部ドメイン、細胞表面受容体／分子のリガンド、腫瘍結合タンパク質／ペプチド、サイトカイン、ケモカイン、または生物学的分子、分子複合体、もしくは他の目的の標的に結合する特定の能力について選択された合成ポリペプチドが挙げられる。ある特定の実施形態では、受容体結合ドメインは、マウス、ラクダ、軟骨魚類（例えば、サメ、エイ、またはガンギエイ）由来、キメラ、ヒト、またはヒト化である。ある特定の実施形態では、抗原特異的受容体は、抗体、ＴＣＲ、またはＣＡＲに由来する結合ドメインを含む（またはそれらである）。
【００４７】
「ＴＣＲ」とは、ＭＨＣ受容体に結合した抗原ペプチドと特異的に結合することができる免疫グロブリンスーパーファミリーメンバー（可変結合ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域および短い細胞質側テールを有する；例えば、Janeway  et  al.,  Immunobiology:  The  Immune  System  in  Health  and  Disease,  3rd  Ed.,  Current  Biology  Publications,  p.  4:33,  1997を参照されたい）を指す。ＴＣＲは、細胞の表面にまたは可溶性形態で見られることがあり、一般に、α鎖およびβ鎖（それぞれ、ＴＣＲαおよびＴＣＲβとしても公知）、またはγ鎖およびδ鎖（それぞれ、ＴＣＲγおよびＴＣＲδとしても公知）を有するヘテロダイマーから構成される。ＴＣＲ鎖（例えば、α鎖、β鎖）の細胞外部分は、抗体モノマーと同様に、次の２つの免疫グロブリンドメインを含む：Ｎ末端における可変ドメイン（例えば、α鎖可変ドメインまたはＶα、β鎖可変ドメインまたはＶβ；通常は、Ｋａｂａｔ番号付け（Kabat  et  al.,  "Sequences  of  Proteins  of  Immunological  Interest,  US  Dept.  Health  and  Human  Services,  Public  Health  Service  National  Institutes  of  Health,  1991,  5th  ed.）に基づいてアミノ酸１〜１１６）、および細胞膜に隣接した１つの定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインまたはＣα、通常はＫａｂａｔに基づいてアミノ酸１１７〜２５９、β鎖定常ドメインまたはＣβ、通常はＫａｂａｔに基づいてアミノ酸１１７〜２９５）。また、抗体と同様に、ＴＣＲの可変ドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ）によって隔てられた相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む（例えば、Jores  et  al.,  Proc.  Nat'l  Acad.  Sci.U.S.A.87:9138,  1990;  Chothia  et  al.,  EMBO  J.  7:3745,  1988を参照されたく、Lefranc  et  al.,  Dev.Comp.Immunol.27:55,  2003も参照されたい）。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面に見られ、ＣＤ３複合体と会合している。本開示で使用される場合のＴＣＲの供給源は、様々な動物種、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギまたは他の哺乳動物からのものであり得る。単一の定常ドメイン、および同族可変ドメイン（例えば、ＴＣＲ  Ｖβ）に（例えば、ペプチドリンカーによって）連結された関連する可変ドメイン（例えば、ＴＣＲ  Ｖα）を含む、単鎖ＴＣＲ構築物（ｓｃＴＣＲ）もまた、本明細書において企図される。
【００４８】
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、免疫グロブリン結合タンパク質、例えば、抗体またはＴＣＲ（またはその結合断片）に適用される場合、免疫グロブリン結合タンパク質の抗原への結合に関与する、抗体の重鎖もしくは軽鎖、またはＴＣＲのα鎖もしくはβ鎖（もしくはγδＴＣＲについてはγ鎖およびδ鎖）のドメインを指す。免疫グロブリン結合タンパク質の可変ドメインは、一般に、類似の構造を有し、それぞれのドメインが、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）および３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。「相補性決定領域」（ＣＤＲ）または「超可変領域」（ＨＶＲ）という用語は、抗原特異性または結合親和性を付与する、抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが、当技術分野において公知である。一般に、それぞれの重鎖可変領域に、３つのＣＤＲ（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）があり、それぞれの軽鎖可変領域に、３つのＣＤＲ（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）がある。
【００４９】
「フレームワーク領域」（ＦＲ）は、本明細書で使用される場合、免疫グロブリン結合タンパク質の可変領域のＣＤＲではない部分を指す。一般に、抗体のそれぞれの全長重鎖および軽鎖可変領域（またはＴＣＲのそれぞれの全長α鎖、β鎖、γ鎖、もしくはδ鎖可変領域）には、４つのＦＲがある。
【００５０】
一般に、Ｖαドメイン（ＴＣＲの）またはＶＬドメイン（抗体の）は、可変遺伝子セグメントおよび結合遺伝子セグメントという２つの別個のＤＮＡセグメントによってコードされ（Ｖ−Ｊ）、ＴＣＲのＶβドメイン（または抗体のＶＨ）は、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、および結合遺伝子セグメントという３つの別個のＤＮＡセグメントによってコードされる（Ｖ−Ｄ−Ｊ）。単一の可変ドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する可変ドメインは、抗原に結合する免疫グロブリン結合タンパク質に由来する可変ドメインを使用して、それぞれ、相補的な可変ドメインのライブラリーをスクリーニングすることで、単離することができる。
【００５１】
「ＣＤ３」は、Ｔ細胞における抗原特異的シグナル伝達に関与する６つの鎖の多重タンパク質複合体として、当技術分野において公知である（Abbas  and  Lichtman,  2003;  Janeway  et  al.,  p.  172  and  178,  1999を参照されたい）。哺乳動物の場合、この複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、およびＣＤ３ζ鎖のホモ二量体を含む。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖は、単一の免疫グロブリンドメインを含む、免疫グロブリンスーパーファミリーの関連する細胞表面タンパク質である。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖の膜貫通領域は、負に荷電しており、これにより、これらの鎖がＴ細胞受容体鎖の正に荷電した領域と会合することが可能となると考えられる。ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、およびＣＤ３ε鎖の細胞内尾部は、それぞれが、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして公知の単一の保存されたモチーフを含み、一方でそれぞれのＣＤ３ζ鎖は、３つのＩＴＡＭを有する。ＣＤ３ζは、短い外部ドメイン（細胞外ドメイン）、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを有し、典型的に、ＴＣＲ複合体においてホモ二量体を形成する。理論により拘束されることを望むものではないが、ＩＴＡＭは、ＴＣＲ複合体のシグナル伝達能力に重要であると考えられている。本開示において使用されるＣＤ３は、ヒト、マウス、ラット、または他の哺乳動物を含む、様々な動物種に由来し得る。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ複合体」は、ＣＤ３タンパク質とＴＣＲとの会合により形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲα鎖、およびＴＣＲβ鎖から構成され得る。あるいは、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２つのＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲγ鎖、およびＴＣＲδ鎖から構成され得る。
【００５３】
「ＴＣＲ複合体の成分」は、本明細書で使用される場合、ＴＣＲ鎖（すなわち、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγ、もしくはＴＣＲδ）、ＣＤ３鎖（すなわち、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、もしくはＣＤ３ζ）、または２つもしくはそれを上回るＴＣＲ鎖もしくはＣＤ３鎖により形成される複合体（例えば、ＴＣＲαおよびＴＣＲβの複合体、ＴＣＲγおよびＴＣＲδの複合体、ＣＤ３εおよびＣＤ３δの複合体、ＣＤ３γおよびＣＤ３εの複合体、またはＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、および２つのＣＤ３ε鎖の部分ＴＣＲ複合体）を指す。
【００５４】
「主要組織適合遺伝子複合体」（ＭＨＣ）は、ペプチド抗原を細胞表面に送達する糖タンパク質を指す。ＭＨＣクラスＩ分子は、膜通過α鎖（３つのαドメインを有する）と非共有結合的に会合しているβ２ミクログロブリンとを有するヘテロダイマーである。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、２つの膜貫通糖タンパク質、αおよびβ、で構成されており、これらの両方が膜にまたがっている。各鎖は、２つのドメインを有する。ＭＨＣクラスＩ分子は、サイトゾルに由来するペプチドを細胞表面に送達し、そこでペプチド：ＭＨＣ複合体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞により認識される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、小胞系に由来するペプチドを細胞表面に送達し、そこで、それらは、ＣＤ４＋Ｔ細胞によって認識される。ヒトＭＨＣは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）、例えば、ＨＬＡ−ＩまたはＨＬＡ−ＩＩサブタイプのものを指す。ＨＬＡ−ＩＩタイプには、ＤＰ、ＤＭ、ＤＯＡ、ＤＯＢ、ＤＱ、およびＤＲが含まれる。例えば、ＨＬＡ−ＤＱＡ１＊０３、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０３０１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０３０２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１＊０３０３を含む、様々なＨＬＡタイプのサブユニットをコードする多数のアレルが公知である。
【００５５】
「ＣＤ８」は、ＴＣＲがＭＨＣクラスＩ受容体を発現する抗原提示細胞と通信するのを補助する、免疫グロブリン共受容体糖タンパク質である（Campbell  &  Reece,  Biology  911  (Benjamin  Cummings,  Sixth  Ed.,  2002）を参照されたい）。ＣＤ８は、細胞傷害性Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、皮質胸腺細胞、および樹状細胞などの免疫細胞の表面上に見出され、典型的には、２つの鎖（ＣＤ８αおよびＣＤ８β）から構成されるヘテロ二量体として存在するが、アルファ−アルファホモ二量体として存在する場合もある。ヒトの場合、５つの異なるＣＤ８ベータ鎖アイソフォーム（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ識別子Ｐ１０９６６を参照されたい）および単一のＣＤ８アルファ鎖アイソフォーム（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ識別子Ｐ０１７３２を参照されたい）が公知であるが、これらのバリアントも存在する。
【００５６】
天然に存在するＣＤ８二量体分子のそれぞれの鎖は、免疫グロブリン可変様細胞外ドメイン、細い軸、および短い細胞質尾部を有する。抗原提示の際に、ＣＤ８が動員され、ＭＨＣＩ分子のα３部分に結合する。理論により拘束されることを望むものではないが、抗原に結合すると、ＣＤ８細胞内尾部は、Ｌｃｋ（リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ）と相互作用し、これにより、ＣＤ３およびＴＣＲζ鎖がリン酸化され、Ｔ細胞にシグナルが送られると考えられる。
【００５７】
「ＣＤ４」は、ＴＣＲがＭＨＣクラスＩＩ受容体を発現する抗原提示細胞と通信するのを補助する、免疫グロブリン共受容体糖タンパク質である（Campbell  &  Reece,  Biology  909  (Benjamin  Cummings,  Sixth  Ed.,  2002）を参照されたい）。ＣＤ４は、免疫細胞、例えば、Ｔヘルパー細胞、単球、マクロファージおよび樹状細胞の表面に見られ、前記細胞表面で発現される４つの免疫グロブリンドメイン（Ｄ１〜Ｄ４）を含む。抗原提示中に、ＣＤ４は、ＴＣＲ複合体とともに動員されて、ＭＨＣＩＩ分子の異なる領域と結合する（ＣＤ４はＭＨＣＩＩ  β２に結合し、その一方でＴＣＲ複合体はＭＨＣＩＩ  α１／β１に結合する）。理論により拘束されることを望まないが、ＴＣＲ複合体への近接は、ＣＤ４会合キナーゼ分子によるＣＤ３の細胞質ドメインに存在する免疫受容体チロシン活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）のリン酸化を可能にすると考えられる。この活性は、活性化されたＴＣＲにより生成されるシグナルを増幅して様々なタイプのＴヘルパー細胞を産生すると考えられる。
【００５８】
本明細書で使用される場合、用語「キメラ抗原受容体」（ＣＡＲ）は、２つまたはそれを上回る天然に存在するアミノ酸配列またはその一部分が天然に生じない様式または宿主細胞において天然に生じない様式で一緒に連結されたものを含む、融合タンパク質を指し、この融合タンパク質は、細胞の表面上に存在する場合、受容体として機能し得、抗原に特異的な抗原結合ドメイン（例えば、がん抗原に特異的な抗体またはＴＣＲに由来するｓｃＦｖもしくはｓｃＴＣＲなど、免疫グロブリン分子から得られるかもしくはそれに由来するもの、またはＮＫ細胞のキラー免疫受容体に由来するかもしくはそれから得られる抗原結合ドメイン）を含む細胞外成分、疎水性部分または膜貫通ドメイン、ならびに一部の実施形態では免疫細胞を活性化もしくは刺激することができる、細胞内成分を含み、必要に応じて、ＣＡＲの結合ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサーを含む。ある特定の実施形態では、スペーサー領域は、標的もしくはリガンドに効率的に結合するため、免疫細胞における高い発現レベルを可能にするため、または両方のために、結合ドメインに柔軟性を提供する。
【００５９】
疎水性部分または膜貫通ドメインは、典型的に、細胞外抗原結合ドメインと細胞内シグナル伝達成分との間に配置され、ＣＡＲを横断し、それを宿主細胞膜（例えば、Ｔ細胞）に繋留している。キメラ抗原受容体は、疎水性部分または膜貫通ドメインと細胞外抗原結合ドメインとを接続する細胞外スペーサードメインをさらに含んでもよい。
【００６０】
抗原特異的受容体、例えば、ＣＡＲの細胞内成分は、Ｔ細胞または他の受容体またはその一部分、例えば、細胞内活性化ドメイン（例えば、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含むＴ細胞活性化モチーフ）、細胞内共刺激ドメイン、または両方に由来し得る。ある特定の実施形態では、本開示のＣＡＲの細胞内成分は、エフェクタードメインを含む。本明細書で使用される場合、「エフェクタードメイン」は、適切なシグナルを受け取ったときの細胞における生物学的または生理的応答を直接的または間接的に促進することができる、抗原特異的受容体（例えば、ＣＡＲ）の細胞内部分またはドメインである。ある特定の実施形態では、エフェクタードメインは、結合されたときに、あるいはタンパク質もしくはその一部分またはタンパク質複合体が、標的分子と直接結合し、エフェクタードメインからのシグナルを誘発したときにシグナルを受け取る、タンパク質もしくはその一部分またはタンパク質複合体からのものである。
【００６１】
エフェクタードメインは、それが、１つまたは複数のシグナル伝達ドメインまたはモチーフ、例えば、細胞内チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、例えば、共刺激分子に見られるものを含む場合、細胞応答を直接的に促進することができる。ある特定の実施形態では、細胞内成分またはその機能的部分は、ＩＴＡＭを含む。例示的なエフェクタードメインとしては、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ２５、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ６６Ｄ、ＣＡＲＤ１１、ＤＡＰ１０、ＦｃＲα、ＦｃＲβ、ＦｃγＲ、Ｆｙｎ、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、Ｌｃｋ、ＬＡＧ３、ＬＡＴ、ＬＲＰ、ＮＫＧ２Ｄ、ＣＤ９４、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＯＴＣＨ３、ＮＯＴＣＨ４、Ｗｎｔ、ＲＯＲ２、Ｒｙｋ、ＳＬＡＭＦ１、Ｓｌｐ７６、ｐＴα、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＲＩＭ、Ｚａｐ７０、ＰＴＣＨ２、またはこれらの任意の組合せに由来するものが挙げられる。ある特定の実施形態では、エフェクタードメインは、リンパ球受容体シグナル伝達ドメイン（例えば、ＣＤ３ζ）またはその機能的部分もしくはバリアントを含む。
【００６２】
さらなる実施形態では、抗原特異的受容体（例えば、ＣＡＲ）の細胞内成分は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＣＤ２、ＣＤ５、ＩＣＡＭ−１（ＣＤ５４）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＣＤ７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦ−Ｒ、ＨＶＥＭ、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７−Ｈ３、ＣＤ８３に特異的に結合するリガンド、またはこれらの機能的バリアント、またはこれらの任意の組合せから選択される、共刺激ドメインまたはその機能的部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞内成分は、ＣＤ２８共刺激ドメインまたはその機能的部分もしくはバリアント（これは、必要に応じて、ネイティブＣＤ２８タンパク質の１８６〜１８７位にＬＬ→ＧＧ変異を含み得る（Nguyen  et  al.,  Blood  102:4320,  2003を参照されたい））、４−１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的部分もしくはバリアント、またはこれらの両方を含む。
【００６３】
ＣＡＲを作製する方法およびＣＡＲの設計は、公知であり、例えば、米国特許第６，４１０，３１９号、米国特許第７，４４６，１９１号、米国特許公開第２０１０／０６５８１８号、米国特許第８，８２２，６４７号、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／０３１６８７号、米国特許第７，５１４，５３７号、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／１３４１６５号、およびBrentjens  et  al.,  2007,  Clin.  Cancer  Res.  13:5426、Sadelain  et  al.,  Cancer  Discov.,  3(4):388  (2013)を参照されたく、また、Harris  and  Kranz,  Trends  Pharmacol.  Sci.,  37(3):220  (2016)、Stone  et  al.,  Cancer  Immunol.  Immunother.,  63(11):1163  (2014)も参照されたく、これらの方法およびＣＡＲ設計は、参照により本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態では、結合タンパク質は、ＴＣＲに由来する抗原特異的結合ドメインを含むＣＡＲを含む（例えば、Walseng  et  al.,  Scientific  Reports  7:10713,  2017を参照されたく、そのＴＣＲ  ＣＡＲ構築物および方法は、参照により本明細書に組み込まれる）。
【００６４】
例示的なＣＡＲは、細胞において通常見出されない様式で連結された同じタンパク質に由来する２つもしくはそれを上回る部分を有し得るか、またはＣＡＲは、細胞において通常見出されない様式で連結された２つ、３つ、４つ、５つ、もしくはそれを上回る異なるタンパク質に由来する部分を有し得る。さらに、ＣＡＲは、第１世代、第２世代、または第３世代のＣＡＲの形態であってもよい。例えば、第１世代のＣＡＲは、一般に、活性化シグナルを提供する単一の細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、ＣＤ３ζもしくはＦｃγＲＩの細胞内シグナル伝達ドメインまたは他のＩＴＡＭ含有ドメイン）を有し得る。第２世代のＣＡＲは、細胞内共刺激ドメイン（例えば、内在性Ｔ細胞共刺激受容体、例えば、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、またはＩＣＯＳに由来する共刺激ドメイン）をさらに含む。第３世代のＣＡＲは、第２の共刺激ドメインをさらに含む。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも１つの共刺激ドメインを含む。
【００６５】
本開示の抗原特異的受容体タンパク質（例えば、本明細書に開示される改変された免疫細胞の表面上に発現される）の、標的抗原への結合は、当技術分野において公知である任意のいくつかのアッセイを使用して、判定することができる。「ＭＨＣ−ペプチド四量体染色」は、抗原特異的Ｔ細胞を検出するために使用されるアッセイを指し、これは、それぞれが、少なくとも１つの抗原について同族である（例えば、同一であるかまたはそれに関連する）アミノ酸配列を有する同一のペプチドを含む、ＭＨＣ分子の四量体を特徴とし、ここで、この複合体は、同族抗原に特異的なＴ細胞受容体に結合することができる。ＭＨＣ分子のそれぞれは、ビオチン分子によりタグ付けされていてもよい。ビオチン化されたＭＨＣ／ペプチドは、ストレプトアビジンの添加により四量体化され、これは、蛍光標識することができる。四量体を、蛍光標識を介してフローサイトメトリーによって検出することができる。ある特定の実施形態では、ＭＨＣ−ペプチド四量体アッセイを使用して、本開示の親和性増強ＴＣＲを検出または選択することができる。
【００６６】
本明細書で使用される場合、「特異的に結合する」または「に特異的な」は、試料中のいずれの他の分子または成分とも有意に会合も一体化もしない、１０５Ｍ−１に等しいかまたはそれより高い（これは、この会合反応についてのオンレート［ｋｏｎ］のオフレート［ｋｏｆｆ］に対する比に相当する）親和性またはＫａ（すなわち、単位が１／Ｍである、特定の結合相互作用の平衡会合定数）での、結合タンパク質（例えば、ＣＡＲもしくはＴＣＲ）または結合成分（もしくはその融合タンパク質）と標的分子の会合または一体化を指す。結合タンパク質または結合ドメイン（またはそれらの融合タンパク質）は、「高親和性」結合タンパク質もしくは結合ドメイン（もしくはそれらの融合タンパク質）として分類されることもあり、または「低親和性」結合タンパク質もしくは結合ドメイン（もしくはそれらの融合タンパク質）として分類されることもある。「高親和性」結合タンパク質または結合ドメインは、少なくとも１０７Ｍ−１、少なくとも１０８Ｍ−１、少なくとも１０９Ｍ−１、少なくとも１０１０Ｍ−１、少なくとも１０１１Ｍ−１、少なくとも１０１２Ｍ−１、または少なくとも１０１３Ｍ−１のＫａを有する、結合タンパク質または結合ドメインを指す。「低親和性」結合タンパク質または結合ドメインは、最大で１０７Ｍ−１、最大で１０６Ｍ−１、最大で１０５Ｍ−１のＫａを有する、結合タンパク質または結合ドメインを指す。あるいは、単位がＭである（例えば、１０−５Ｍ〜１０−１３Ｍ）、特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋｄ）として、親和性を定義することができる。
【００６７】
ある特定の実施形態では、受容体または結合ドメインは、「増強された親和性」を有することができ、この「増強された親和性」は、野生型（または親）結合ドメインよりも標的抗原と強く結合する、選択もしくは操作された受容体または結合ドメインを指す。例えば、増強された親和性は、野生型結合ドメインよりも高い標的抗原に対するＫａ（平衡会合定数）に起因することもあり、野生型結合ドメインのものより低い標的抗原に対するＫｄ（解離定数）に起因することもあり、野生型結合ドメインのものよりも低い標的抗原に対するオフレート（ｋｏｆｆ）に起因することもあり、またはそれらの組合せであることもある。
【００６８】
ある特定の実施形態では、本開示の結合タンパク質は、Ｔ細胞などの特定の宿主細胞における発現を増強するためにコドン最適化され得る（Scholten  et  al.,  Clin.Immunol.119:135,  2006）。
【００６９】
特定の標的に特異的に結合する本開示の結合ドメインを同定するために、および結合ドメインまたは融合タンパク質親和性を決定するために、様々なアッセイ、例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、分析用超遠心分離、分光法および表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））分析が、使用され得る（例えば、Scatchard  et  al.,  Ann.N.Y.Acad.Sci.51:660,  1949;  Wilson,  Science  295:2103,  2002;  Wolff  et  al.,  Cancer  Res.53:2560,  1993；および米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号または対応特許を参照されたい）。一部の例では、ＴＣＲの見かけのＫＤは、ある濃度範囲の標識されたテトラマーの２倍希釈物を使用して測定され、続いて非線形回帰により結合曲線が決定され、半最大結合を生じさせたリガンドの濃度として見かけのＫＤが決定される。
【００７０】
本開示による改変された免疫細胞によって発現される抗原特異的受容体は、例えば、固形腫瘍と関連する抗原に特異的に結合する。固形腫瘍は、典型的に、ある特定の過剰増殖性障害と関連している。本明細書で使用される場合、「過剰増殖性障害」は、正常細胞または非罹患細胞と比較して、過剰な成長または増殖を指す。固形腫瘍をもたらす例示的な過剰増殖性障害としては、ある特定のがん、新生物組織、癌腫、肉腫、前悪性細胞、ならびに非新生物性もしくは非悪性過剰増殖性障害（例えば、腺腫、線維腫、脂肪腫、平滑筋腫、血管腫、再狭窄、ならびに自己免疫疾患、例えば、リウマチ性関節炎、骨関節炎、乾癬、炎症性腸疾患など）が挙げられる。
【００７１】
改変された免疫細胞
さらなる態様では、本開示は、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む、遺伝子改変された免疫細胞を提供する。ある特定の実施形態では、免疫細胞は、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞など）、Ｔｒｅｇ細胞、ＮＫ細胞、もしくはＮＫ−Ｔ細胞、またはこれらの任意の組合せである。ある特定の実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞である。さらなる実施形態では、免疫細胞は、ヒト免疫細胞である。改変された免疫細胞は、改変された免疫細胞の子孫を包含することが理解され、例えば、親免疫細胞は、抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含むように改変され得、続いて、分裂して、ポリヌクレオチドを含む子孫細胞を産生し得、親細胞および子孫細胞の両方が、本開示による「改変された免疫細胞」である。
【００７２】
さらなる実施形態では、コードされる抗原特異的受容体は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含み得る。
【００７３】
ある特定の実施形態では、抗原特異的受容体は、ＴＣＲを含む。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、親和性増強ＴＣＲを含む。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、αβＴＣＲまたはγδＴＣＲである。
【００７４】
ある特定の実施形態では、抗原特異的受容体は、ＣＡＲを含む。
【００７５】
ある特定の実施形態では、本開示の改変された免疫細胞は、抗原特異的受容体を介して、腫瘍関連抗原に結合する。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、ＲＯＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＧＤ２、ＧＤ３、ＨＰＶ  Ｅ６、ＨＰＶ  Ｅ７、ＨＥＲ２、Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌｅｗｉｓ  Ａ、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ５６、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４４ｖ７／８、ＣＤ３８、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、ＣＡ１２５、ｃ−ＭＥＴ、ＦｃＲＨ５、ＷＴ１、葉酸受容体α、ＶＥＧＦ−α、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＩＬ−１１Ｒα、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＰＳＡ、エフリンＡ２、エフリンＢ２、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−３、ＴＡＧ−７２、メソテリン、ＮＹ−ＥＳＯ、５Ｔ４、ＢＣＭＡ、ＦＡＰ、炭酸脱水酵素９、ＥＲＢＢ２、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、またはＣＥＡから選択されるか、またはこれらを含む。
【００７６】
ある特定の実施形態では、腫瘍関連抗原は、ＲＯＲ１である。ＲＯＲ１に特異的ないくつかの抗体のうちのいずれか、ならびにその可変領域またはＣＤＲは、本開示の抗原特異的受容体（例えば、ＣＡＲ）構築物を作製するために、容易に使用することができる。国際公開番号ＷＯ２０１４／０３１６８７号、同番号ＷＯ２０１２／０７６０６６号、米国公開番号ＵＳ２０１５／０２３２５６９号、米国公開番号ＵＳ２０１２／００５８０５１号、米国特許第９，３１６，６４６号、米国公開番号ＵＳ２０１３／０２５１６４２号、米国特許番号ＵＳ９，２１７，０４０号、Yang  et  al.,  PLoS  One  6(6):e21018  (2011)、およびChoi  et  al.,  Clin.  Lymphoma  Myeloma  Leu.  (2015)  15(Suppl):S167-S169に開示されている、ＲＯＲ１抗体、ならびに関連するタンパク質および核酸構築物、ならびに関連する可変ドメイン、Ｆａｂ、およびＣＤＲ配列のすべてが、参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、抗原特異的受容体は、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する結合ドメインを含む。一部の実施形態では、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する抗原特異的受容体結合ドメインは、抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する抗体可変領域またはそのｓｃＦｖのものに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９６％、９８％、９９％、またはそれを上回るアミノ酸配列同一性を有するＶＨまたは（すなわち、および／または）ＶＬを有する。
【００７７】
ある特定の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号１〜３によるＨＣＤＲおよび配列番号４〜６によるＬＣＤＲを含む。
【００７８】
他の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号１０〜１２によるＨＣＤＲおよび配列番号１３〜１５によるＬＣＤＲを含む。
【００７９】
なおも他の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号１９〜２１によるＨＣＤＲおよび配列番号２２〜２４によるＬＣＤＲを含む。
【００８０】
他の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号２８〜３０によるＨＣＤＲおよび配列番号３１〜３３によるＬＣＤＲを含む。
【００８１】
さらに他の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号３４〜３７によるＨＣＤＲおよび配列番号３８〜４０によるＬＣＤＲを含む。
【００８２】
なおも他の実施形態では、抗原特異的受容体の結合ドメインは、配列番号４０〜４２によるＨＣＤＲおよび配列番号４３〜４５によるＬＣＤＲを含む。
【００８３】
なおもさらなる実施形態では、本開示の結合ドメインの抗体可変領域（例えば、ＣＡＲ分子のｓｃＦｖ）は、抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来する抗体可変領域またはそのｓｃＦｖのものに対して、少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有する。
【００８４】
一部の実施形態では、結合ドメインは、配列番号７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、および配列番号８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる軽鎖可変ドメイン重鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。
【００８５】
他の実施形態では、結合ドメインは、配列番号１６に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶＨ、および配列番号１７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶＬを含む。
【００８６】
他の実施形態では、結合ドメインは、配列番号２５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶＨ、および配列番号２６に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるＶＬを含む。
【００８７】
特定の実施形態では、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲは、抗ＲＯＲ１抗体Ｒ１２、抗体２Ａ２、抗体Ｒ１１、抗体Ｙ３１、抗体ＵＣ−９６１、抗体Ｄ１０、または抗体Ｈ１０に由来するｓｃＦｖ結合ドメインを含み、ｓｃＦｖ結合ドメインは、ある特定の実施形態では、ヒトまたはヒト化であり得る。本開示の任意のｓｃＦｖを、ＶＬドメインのＣ末端が短いペプチド配列によってＶＨドメインのＮ末端に連結される、または逆に、ＶＨドメインのＣ末端が、短いペプチド配列によってＶＬドメインのＮ末端に連結される（すなわち、（Ｎ）ＶＬ（Ｃ）−リンカー−（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）、または（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）−リンカー−（Ｎ）ＶＬ（Ｃ））ように、操作することができる。
【００８８】
ある特定の実施形態では、ＲＯＲ１特異的ｓｃＦｖは、配列番号９に記載されるアミノ酸配列を含むか、または配列番号９に記載されるアミノ酸配列からなる。他の実施形態では、ＲＯＲ１特異的ｓｃＦｖは、配列番号１８に記載されるアミノ酸配列を含むか、または配列番号１８に記載されるアミノ酸配列からなる。なおも他の実施形態では、ＲＯＲ１特異的ｓｃＦｖは、配列番号２７に記載されるアミノ酸配列を含むか、または配列番号２７に記載されるアミノ酸配列からなる。
【００８９】
前述の実施形態のいずれにおいても、本開示のＲＯＲ１特異的ＣＡＲは、約１２０アミノ酸もしくはそれ未満、約１００アミノ酸もしくはそれ未満、約７５アミノ酸もしくはそれ未満、約５０アミノ酸もしくはそれ未満、約２０アミノ酸もしくはそれ未満、約１５アミノ酸もしくはそれ未満、約１２アミノ酸もしくはそれ未満、または約１０アミノ酸もしくはそれ未満の短いまたは中等度のスペーサーを有する。ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１４／０３１６８７号に開示されているＣＡＲスペーサーのすべてが、スペーサーのアミノ酸配列およびスペーサーの長さを含め、参照により本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態では、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲは、ＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰ（配列番号４７）またはＥＳＫＹＧＰＰＣＰＳＣＰ（配列番号４８）のアミノ酸配列を有する１２アミノ酸のスペーサーを含む。
【００９０】
宿主細胞（例えば、免疫細胞）において本開示の抗原特異的受容体を産生するための発現ベクターの構築は、例えば、Sambrook  et  al.  (1989  and  2001  editions;  Molecular  Cloning:  A  Laboratory  Manual,  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press,  NY)およびAusubel  et  al.  (Current  Protocols  in  Molecular  Biology,  2003）に記載されている、制限エンドヌクレアーゼ消化、ライゲーション、形質転換、プラスミド精製、およびＤＮＡシーケンシングの使用を含む、任意の好適な分子生物学操作手法を使用することによって遂行することができる。効率的な転写および翻訳を達成するために、各組換え発現構築物中のポリヌクレオチドは、免疫原をコードするヌクレオチド配列に作動可能に（すなわち、作用的に（operatively））連結された少なくとも１つの適切な発現制御配列（調節配列とも呼ばれる）、例えば、リーダー配列および特にプロモーターを含む。免疫細胞に所望のポリヌクレオチドをトランスフェクトする／免疫細胞に所望のポリヌクレオチドで形質導入する方法が説明されており（例えば、米国特許出願公開第２００４／００８７０２５号）、所望の抗原特異性の免疫細胞を使用する養子移入手順も説明されており（例えば、Schmitt  et  al.,  Hum.  Gen.  20:1240,  2009、Dossett  et  al.,  Mol.  Ther.  17:742,  2009、Till  et  al.,  Blood  112:2261,  2008、Wang  et  al.,  Hum.  Gene  Ther.  18:712,  2007、Kuball  et  al.,  Blood  109:2331,  2007、米国特許出願公開第２０１１／０２４３９７２号、同第２０１１／０１８９１４１号、Leen  et  al.,  Ann.  Rev.  Immunol.  25:243,  2007）、これらの方法は、これにより参照により本明細書に組み込まれる。
【００９１】
ある特定の実施形態では、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む構築物は、ウイルスベクターに含まれる。ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、マイナス鎖ＲＮＡウイルス、例えばオルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病および水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）、プラス鎖ＲＮＡウイルス、例えばピコルナウイルスおよびアルファウイルス、ならびに二本鎖ＤＮＡウイルスが挙げられ、二本鎖ＤＮＡウイルスには、アデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型および２型、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘およびカナリアポックス）が含まれる。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポーバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血症−肉腫、哺乳動物Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ−ＢＬＶ群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる（Coffin,  J.  M.,  Retroviridae:  The  viruses  and  their  replication,  In  Fundamental  Virology,  Third  Edition,  B.
N.  Fields  et  al.,  Eds.,  Lippincott-Raven  Publishers,  Philadelphia,  1996）。
【００９２】
「レンチウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、遺伝子送達のためのＨＩＶベースのレンチウイルスベクターであって、組込み型であることもあり、または非組込み型であることもあり、比較的大きいパッケージング容量を有し、様々な異なる細胞型に形質導入することができる、レンチウイルスベクターを意味する。レンチウイルスベクターは、産生細胞内への３つ（パッケージング、エンベロープおよび移入）またはそれより多くのプラスミドの一過性トランスフェクション後に通常は生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面の受容体との相互作用によって標的細胞に侵入する。侵入すると、ウイルスＲＮＡは、ウイルス逆転写酵素複合体により媒介される逆転写を受ける。逆転写の産物は、二本鎖線状ウイルスＤＮＡであり、これは、感染細胞のＤＮＡ中へのウイルス組込みの基質である。
【００９３】
本明細書に記載される抗原特異的受容体、および抗原特異的受容体を発現する改変された免疫細胞は、例えば、Ｔ細胞の結合、活性化、または誘導の判定を含み、また抗原特異的であるＴ細胞の応答の判定も含む、免疫細胞の活性をアッセイするための多数の手法のうちのいずれかにより、機能的に特徴付けることができる。例は、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞サイトカイン放出、抗原特異的Ｔ細胞刺激、ＭＨＣ拘束Ｔ細胞刺激、ＣＴＬ活性（例えば、前もって負荷された標的細胞からの５１Ｃｒの放出を検出することによる）、Ｔ細胞表現型マーカー発現の変化、およびＴ細胞機能の他の尺度の決定を含む。これらおよび類似のアッセイを行うための手順は、例えば、Lefkovits（Immunology  Methods  Manual:  The  Comprehensive  Sourcebook  of  Techniques,  1998）において見つけることができる。Current  Protocols  in  Immunology;  Weir,  Handbook  of  Experimental  Immunology,  Blackwell  Scientific,  Boston,  MA  (1986);  Mishell  and  Shigii  (eds.)Selected  Methods  in  Cellular  Immunology,  Freeman  Publishing,  San  Francisco,  CA  (1979);  Green  and  Reed,  Science  281:1309  (1998)およびこれらに引用されている参考文献も参照されたい。
【００９４】
サイトカインレベルは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、細胞内サイトカイン染色およびフローサイトメトリー、ならびにそれらの組合せ（例えば、細胞内サイトカイン染色とフローサイトメトリー）を含む、本明細書に記載される方法に従って、決定することができる。免疫応答の抗原特異的惹起または刺激の結果として生じる免疫細胞増殖およびクローン拡大は、末梢血液細胞またはリンパ節からの細胞の試料中の循環リンパ球などのリンパ球を単離し、前記細胞を抗原で刺激し、サイトカイン産生、細胞増殖および／または細胞生存率を、例えば、トリチウム化チミジンの取り込みまたは非放射性アッセイ、例えばＭＴＴアッセイなどにより、測定することによって、決定することができる。Ｔｈ１免疫応答とＴｈ２免疫応答の間のバランスに対する本明細書に記載される免疫原の効果は、例えば、Ｔｈ１サイトカイン、例えば、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２、ＩＬ−２およびＴＮＦ−β、ならびに２型サイトカイン、例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−９、ＩＬ−１０およびＩＬ−１３、のレベルを決定することによって、検査することができる。
【００９５】
別の態様では、本開示は、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体（例えば、ＣＡＲまたはＴＣＲ）をコードする異種ポリヌクレオチド、および（ｂ）染色体ＴＩＧＩＴ遺伝子ノックアウトもしくは変異または染色体ＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトもしくは変異を含む、遺伝子改変された免疫細胞を提供する。加えてまたは代替的に、改変された免疫細胞は、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ−４、ＴＩＭ３、ＨＬＡ分子、ＴＣＲ分子、またはこれらの任意の成分もしくは組合せのうちの１つまたは複数の染色体遺伝子ノックアウトまたは変異を含み得る。
【００９６】
本明細書において開示されるように、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、および他の内在性発現される免疫細胞タンパク質（例えば、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３）は、改変された宿主免疫細胞の免疫活性を阻害もしくは低減することができるか、または宿主細胞による発現について、本開示の抗原特異的結合タンパク質と競合することができるか（例えば、ＴＣＲ）、または本開示の異種発現された抗原特異的結合タンパク質の結合活性に干渉することおよび改変された免疫細胞の標的細胞もしくは抗原への結合に干渉することができる。さらに、細胞移入治療に使用しようとするドナー免疫細胞により発現される内在性タンパク質（例えば、内在性宿主細胞タンパク質、例えばＨＬＡ）は、同種異系レシピエントにより外来性として認識されることがあり、その結果、同種異系レシピエントによるドナー免疫細胞の排除もしくは抑制がもたらされ得るか、または投与されるドナー細胞を同種異系レシピエントにおいて免疫原性にし得る。
【００９７】
したがって、そのような内在性遺伝子またはタンパク質の発現または活性を減少または排除することにより、自己または同種異系レシピエントにおける投与された宿主細胞の活性、機能、拡大、もしくは持続を改善する、または免疫原性のリスクを低減することができ、改変された宿主細胞の（例えば、ＨＬＡ型に関係なく任意のレシピエントへの）普遍的な投与が可能となり得る。ある特定の実施形態では、改変された宿主免疫細胞は、同種異系または自己細胞である。
【００９８】
一部の実施形態では、用語「染色体遺伝子ノックアウト」または変異は、宿主細胞による機能的に活性な内在性ポリペプチド産物の産生を予防または阻害する、宿主細胞における遺伝子変更を指す。一部の態様では、改変された宿主免疫細胞は、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＨＬＡ成分をコードする遺伝子（例えば、α１マクログロブリン、α２マクログロブリン、α３マクログロブリン、β１ミクログロブリン、もしくはβ２ミクログロブリンをコードする遺伝子）、またはＴＣＲ成分（例えば、ＴＣＲ可変領域もしくはＴＣＲ定常領域をコードする遺伝子）のうちの１つまたは複数に、変異、例えば、欠失、挿入、置換、ミスセンス変異、および／またはナンセンス変異を導入するように改変されている。染色体遺伝子ノックアウトまたは変異をもたらす変更としては、例えば、導入されたナンセンス変異（成熟前の終止コドンの形成を含む）、ミスセンス変異、遺伝子欠失、および鎖切断を挙げることができる。一部の態様では、そのような内在性遺伝子またはタンパク質の発現または活性を減少または排除することは、宿主細胞における内在性遺伝子の発現を阻害する阻害性核酸分子の異種発現により達成することができる。一部の態様では、改変は、例えば、内在性遺伝子における異なる配列のノックインにより、そのようなタンパク質をコードする内在性遺伝子に内在性核酸配列とは異なる核酸配列を導入し得る。
【００９９】
ある特定の実施形態では、本開示の改変された宿主免疫細胞は、例えば、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＨＬＡ成分をコードする遺伝子（例えば、α１マクログロブリン、α２マクログロブリン、α３マクログロブリン、β１ミクログロブリン、もしくはβ２ミクログロブリンをコードする遺伝子）、またはＴＣＲ成分をコードする遺伝子（例えば、ＴＣＲ可変領域もしくはＴＣＲ定常領域をコードする遺伝子）、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数の、遺伝子編集を使用した、染色体遺伝子ノックアウトまたは変異の導入を含む。ある特定の実施形態では、染色体遺伝子ノックアウト、遺伝子ノックイン、または変異は、例えば、遺伝子編集方法を使用して、宿主細胞の染色体編集により導入される（例えば、Torikai  et  al.,  Nature  Sci.  Rep.  6:21757  (2016)、Torikai  et  al.,  Blood  119(24):5697  (2012)、およびTorikai  et  al.,  Blood  122(8):1341  (2013)を参照されたく、これらの遺伝子編集方法、手法、組成物、および養子細胞治療は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。例えば、一部の実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を使用してもたらされ、改変された免疫細胞に、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＣＴＬＡ４、ＨＬＡ成分、またはＴＣＲ成分、またはこれらの任意の組合せを標的とするＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を発現するレンチウイルス（例えば、ｐＬｅｎｔｉＣＲＩＳＰＲｖ２、Torikai  et  al.,  Blood  (2016))をトランスフェクトすることを含み得る。内在性発現される免疫細胞タンパク質を阻害するためのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を発現するレンチウイルスを設計するのに有用なプライマーとしては、例えば、配列番号５８および５９、６０および６１、６２および６３、ならびに６４および６５に記載されるヌクレオチド配列を有する順方向および逆方向のプライマーを含むプライマー対が挙げられる。
【０１００】
染色体編集または遺伝子編集は、例えば、エンドヌクレアーゼ、例えば、標的化されたエンドヌクレアーゼを使用して行うことができる。一部の態様では、「エンドヌクレアーゼ」は、ポリヌクレオチド鎖内のホスホジエステル結合の切断を触媒することができる酵素を指す。ある特定の実施形態では、エンドヌクレアーゼは、標的遺伝子を切断することによって標的遺伝子を不活性化または「ノックアウト」することができる。エンドヌクレアーゼは、天然に存在するエンドヌクレアーゼ、組換えエンドヌクレアーゼ、遺伝子修飾エンドヌクレアーゼまたは融合エンドヌクレアーゼであり得る。エンドヌクレアーゼにより引き起こされる核酸鎖切断は、一般に、相同組換えまたは非相同末端結合（ＮＨＥＪ）の明確に異なる機序によって修復される。相同組換えの間、ドナー核酸分子は、ドナー遺伝子の「ノックイン」、標的遺伝子の「ノックアウト」、ならびに必要に応じて、ドナー遺伝子のノックインもしくは標的遺伝子のノックアウト事象を通じた、および／または標的とされる遺伝子における特定の変異、例えば、欠失、挿入、置換、ミスセンス変異、および／もしくはナンセンス変異の導入による、標的遺伝子の不活性化に使用することができる。ＮＨＥＪは、切断の部位においてＤＮＡ配列に変化、例えば、少なくとも１つのヌクレオチドの置換、欠失、または付加をもたらすことのある、エラープローン修復プロセスである。ＮＨＥＪは、標的遺伝子を「ノックアウト」するために使用され得る。エンドヌクレアーゼ、例えば、標的化されたエンドヌクレアーゼの例としては、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥ−ヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、およびメガＴＡＬが挙げられる。
【０１０１】
一部の実施形態では、「ジンクフィンガーヌクレアーゼ」（ＺＦＮ）は、Ｆｏｋｌエンドヌクレアーゼなどの、非特異的ＤＮＡ切断ドメインに融合されたジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質を指す。約３０アミノ酸の各ジンクフィンガーモチーフがＤＮＡの約３塩基対と結合し、ある特定の残基におけるアミノ酸を変化させてトリプレット配列特異性を変更することができる（例えば、Desjarlais  et  al.,  Proc.Natl.Acad.Sci.90:2256-2260,  1993;  Wolfe  et  al.,  J.  Mol.Biol.285:1917-1934,  1999を参照されたい）。複数のジンクフィンガーモチーフをタンデムに連結させて、所望のＤＮＡ配列、例えば約９〜約１８塩基対の範囲の長さを有する領域、に対する結合特異性を生じさせることができる。背景として、ＺＦＮは、ゲノム内での部位特異的ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）の形成を触媒することによりゲノム編集を媒介し、ＤＳＢの部位にゲノムに相同な隣接配列を含む導入遺伝子の標的組込みが相同組換え修復により容易になる。あるいは、ＺＦＮにより生じたＤＳＢは、切断部位のヌクレオチドの挿入または欠失を生じさせる結果となるエラープローン細胞修復経路である非相同末端結合（ＮＨＥＪ）による修復を介して、標的遺伝子のノックアウトをもたらし得る。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＺＦＮ分子を使用してなされる挿入、欠失、変異またはそれらの組合せを含む。
【０１０２】
一部の実施形態では、「転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）は、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼなどの、ＴＡＬＥ  ＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインとを含む融合タンパク質を指す。「ＴＡＬＥ  ＤＮＡ結合ドメイン」または「ＴＡＬＥ」は、一部の態様では、１２番目および１３番目のアミノ酸が異なる高度に保存された３３〜３５アミノ酸配列を各々が一般に有する、１つまたは複数のＴＡＬＥ反復ドメイン／ユニットで構成されている。ＴＡＬＥ反復ドメインは、ＴＡＬＥの標的ＤＮＡ配列への結合に関与する。反復可変二残基（ＲＶＤ）と呼ばれる、異なるアミノ酸残基は、特異的ヌクレオチド認識と相関する。これらのＴＡＬＥのＤＮＡ認識についての天然（標準）コードは、ＴＡＬＥの１２および１３位のＨＤ（ヒスチジン−アスパラギン酸）配列が、シトシン（Ｃ）へのＴＡＬＥ結合をもたらし、ＮＧ（アスパラギン−グリシン）がＴヌクレオチドと、ＮＩ（アスパラギン−イソロイシン）がＡと結合し、ＮＮ（アスパラギン−アスパラギン）がＧまたはＡヌクレオチドと結合し、ＮＧ（アスパラギン−グリシン）がＴヌクレオチドと結合するように、決定された。非標準（非定型）ＲＶＤもまた公知である（例えば、米国特許出願公開第２０１１／０３０１０７３号を参照されたく、この非定型ＲＶＤは、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる）。ＴＡＬＥＮを使用して、Ｔ細胞のゲノム内での部位特異的二本鎖切断（ＤＳＢ）を指示することができる。非相同末端結合（ＮＨＥＪ）は、アニーリングのための配列重複がほとんどまたは全くない、二本鎖切断の両側からのＤＮＡをライゲーションし、それによって、遺伝子発現をノックアウトする誤りを導入する。あるいは、相同組換え修復は、相同隣接配列が導入遺伝子に存在することを条件に、その導入遺伝子をＤＳＢの部位に導入することができる。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＴＡＬＥＮ分子を使用してなされる挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含む。
【０１０３】
一部の実施形態では、「クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート／Ｃａｓ」（ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）ヌクレアーゼシステムは、塩基対合相補性によってゲノム内の標的部位（プロトスペーサーとして公知）を認識するために、そしてその後、短い保存プロトスペーサー関連モチーフ（ＰＡＭ）が相補標的配列の３’の直後に続く場合にはＤＮＡを切断するために、ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）誘導型Ｃａｓヌクレアーゼを利用するシステムを指す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓヌクレアーゼの配列および構造に基づいて３つの型（すなわち、Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型）に分類される。Ｉ型およびＩＩＩ型のｃｒＲＮＡ誘導型監視複合体は、複数のＣａｓサブユニットを必要とする。最もよく研究されているＩＩ型システムは、少なくとも次の３つの成分を含む：ＲＮＡ誘導型Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、ｃｒＲＮＡ、およびトランス作用性ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）。ｔｒａｃｒＲＮＡは、二重鎖形成領域を含む。ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと相互作用することおよびｃｒＲＮＡ上のスペーサーとＰＡＭから上流の標的ＤＮＡ上のプロトスペーサーとの間のワトソン・クリック塩基対合によって標的ＤＮＡ上の特定の部位にＣａｓ９／ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を誘導することができる、二重鎖を形成する。Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ｃｒＲＮＡスペーサーにより規定される領域内で二本鎖切断を行う。ＮＨＥＪによる修復は、標的遺伝子座の発現を破壊する挿入および／または欠失をもたらす。あるいは、相同隣接配列を伴う導入遺伝子を相同組換え修復によってＤＳＢの部位に導入することができる。ｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡを操作して一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡまたはｇＲＮＡ）にすることができる（例えば、Jinek  et  al.,  Science  337:816-21,  2012を参照されたい）。さらに、標的部位に相補的なガイドＲＮＡの領域を、所望の配列を標的とするように変更またはプログラムすることができる（Xie  et  al.,  PLOS  One  9:e100448,  2014；米国特許出願公開第２０１４／００６８７９７号、米国特許出願公開第２０１４／０１８６８４３号：米国特許第８，６９７，３５９号、およびＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／０７１４７４；これらの各々は、参照により組み込まれる）。ある特定の実施形態では、遺伝子ノックアウトは挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含み、それは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼシステムを使用してなされる。
【０１０４】
例示的なｇＲＮＡ配列、およびそれらを使用して、免疫細胞タンパク質をコードする内在性遺伝子をノックアウトする方法は、Ren  et  al.,（Clin.Cancer  Res.23:2255-2266，(2017)に記載されるものを含み、この文献のｇＲＮＡ、Ｃａｓ９  ＤＮＡ、ベクターおよび遺伝子ノックアウト技法は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０１０５】
一部の実施形態では、「ホーミングエンドヌクレアーゼ」とも呼ばれる「メガヌクレアーゼ」は、大きい認識部位（約１２〜約４０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列）を特徴とするエンドデオキシリボヌクレアーゼを指す。メガヌクレアーゼは、配列および構造モチーフに基づいて次の５つのファミリーに分類することができる：ＬＡＧＬＩＤＡＤＧ、ＧＩＹ−ＹＩＧ、ＨＮＨ、Ｈｉｓ−ＣｙｓボックスおよびＰＤ−（Ｄ／Ｅ）ＸＫ。例示的なメガヌクレアーゼとしては、Ｉ−ＳｃｅＩ、Ｉ−ＣｅｕＩ、ＰＩ−ＰｓｐＩ、ＰＩ−Ｓｃｅ、Ｉ−ＳｃｅＩＶ、Ｉ−ＣｓｍＩ、Ｉ−ＰａｎＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩ、Ｉ−ＰｐｏＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ−ＣｒｅＩ、Ｉ−ＴｅｖＩ、Ｉ−ＴｅｖＩＩおよびＩ−ＴｅｖＩＩＩが挙げられ、これらの認識配列は公知である（例えば、米国特許第５，４２０，０３２号および同第６，８３３，２５２号；Belfort  et  al.,  Nucleic  Acids  Res.25:3379-3388,  1997;  Dujon  et  al.,  Gene  82:115-118,  1989;  Perler  et  al.,  Nucleic  Acids  Res.22:1125-1127,  1994;  Jasin,  Trends  Genet.12:224-228,  1996;  Gimble  et  al.,  J.  Mol.Biol.263:163-180,  1996;  Argast  et  al.,  J.  Mol.Biol.280:345-353,  1998を参照されたい）。
【０１０６】
ある特定の実施形態では、天然に存在するメガヌクレアーゼを使用して、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、ＰＤ−１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡをコードする遺伝子、またはＴＣＲ成分をコードする遺伝子から選択される標的の部位特異的ゲノム修飾を促進することができる。他の実施形態では、標的遺伝子に対する新規結合特異性を有する操作されたメガヌクレアーゼが、部位特異的ゲノム修飾に使用される（例えば、Porteus  et  al.,  Nat.  Biotechnol.23:967-73,  2005;  Sussman  et  al.,  J.  Mol.Biol.342:31-41,  2004;  Epinat  et  al.,  Nucleic  Acids  Res.31:2952-62,  2003;  Chevalier  et  al.,  Molec.Cell  10:895-905,  2002;  Ashworth  et  al.,  Nature  441:656-659,  2006;  Paques  et  al.,  Curr.Gene  Ther.7:49-66,  2007；米国特許出願公開第２００７／０１１７１２８号、同第２００６／０２０６９４９号、同第２００６／０１５３８２６号、同第２００６／００７８５５２号、および同第２００４／０００２０９２号を参照されたい）。さらなる実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、メガＴＡＬとして公知の融合タンパク質を作製するためにＴＡＬＥＮのモジュラーＤＮＡ結合ドメインで修飾されたホーミングエンドヌクレアーゼを使用して生成される。メガＴＡＬを利用して、１つまたは複数の標的遺伝子をノックアウトすることができるばかりでなく、目的のポリペプチドをコードする外因性ドナーテンプレートと組み合わせて使用すると異種または外因性ポリヌクレオチドを導入（ノックイン）することもできる。
【０１０７】
ある特定の実施形態では、疾患関連抗原に特異的に結合する結合タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む宿主細胞（例えば、免疫細胞）は、阻害性核酸分子を細胞に導入することによって、１つまたは複数の内在性遺伝子の発現を阻害、低減、または排除するように改変することができる。一部の態様では、阻害性核酸分子は、標的特異的阻害剤をコードし、ここで、コードされる標的特異的阻害剤は、宿主免疫細胞における内在性遺伝子発現（例えば、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、ＨＬＡ成分、もしくはＴＣＲ成分、またはこれらの任意の組合せのもの）を阻害する。
【０１０８】
導入された染色体遺伝子ノックアウトまたは変異の存在は、ノックアウト手順または剤の使用後に、宿主免疫細胞のＤＮＡシーケンシングによって直接的に確認することができる。内在性遺伝子の染色体遺伝子ノックアウト、変異、または発現の阻害はまた、内在性遺伝子のノックアウト、遺伝子編集、変異の導入、または発現の阻害の後に、遺伝子発現の非存在（例えば、その遺伝子によりコードされるｍＲＮＡまたはポリペプチド産物の非存在）によって推測することができる。
【０１０９】
ある特定の態様では、本開示の改変された免疫細胞は、免疫細胞受容体ＣＤ２２６（ＰＴＡ１またはＤＮＡＭ−１とも称される）を過剰発現するように改変されている。ＴＩＧＩＴと同様に、ＣＤ２２６は、免疫細胞の表面上に発現され、ＣＤ１５５およびＣＤ１１２に結合して、細胞間接着を媒介する。しかしながら、ＴＩＧＩＴとは異なり、ＣＤ２２６は、ＩＴＩＭドメインが欠如しており、現在のところ、免疫抑制活性を有するとは考えられていない。理論により拘束されることを望むものではないが、過剰発現されたＣＤ２２６は、ＴＩＧＩＴのそのリガンドへの結合を競合的に阻害し、それによって、ＴＩＧＩＴに関連する免疫細胞の抑制を阻害する。宿主免疫細胞におけるＣＤ２２６の過剰発現は、例えば、免疫細胞に、発現制御配列（例えば、プロモーター配列）の制御下において、ＣＤ２２６（またはその機能的部分もしくは断片）をコードするポリヌクレオチドを含む発現構築物を導入することによって、遂行することができ、発現制御配列は、誘導性または構成的に活性な発現制御配列であり得る。ヒトＣＤ２２６の野生型ヌクレオチド配列は、ＮＣＢＩ遺伝子識別番号１０６６６（２０１８年１０月１４日に更新）に見出すことができ、ヒトＣＤ２２６の全長アミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ識別番号Ｑ１５７６２に見出すことができる。ＣＤ２２６の過剰発現は、ＣＤ２２６の参照発現レベルと比べて、例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、１０００％、５０００％、１０，０００％、またはそれを上回る（または倍増加の尺度の発現として報告される）発現であり得、参照発現レベルは、ＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドの導入前の同じ免疫細胞に由来してもよく、またはＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドを受容しないかもしくは含まない同じ種類の異なる免疫細胞に由来してもよい。過剰発現は、例えば、ｑＰＣＲ、ＦＡＣＳなどによって判定することができる。
【０１１０】
改変された免疫細胞を作製する方法
さらなる態様では、本開示は、改変された免疫細胞を作製する方法を提供する。ある特定の実施形態では、方法は、改変された免疫細胞に、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを導入することを含む。一部の実施形態では、提供される方法および細胞は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現を阻害、防止、または低減することができるように、細胞のさらなる改変またはさらなる導入を含む。一部の態様では、そのような阻害または防止または低減は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒに特異的な阻害剤をコードする阻害性核酸分子を導入することによって実現され、ここで、阻害性核酸分子の発現産物は、改変された細胞における内在性ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ発現を阻害する。さらなる実施形態では、阻害性核酸は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｄｓＲＮＡ分子、ｓｉＲＮＡ分子、ｅｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、またはこれらの任意の組合せをコードする。ある特定の実施形態では、阻害性核酸分子は、ｅｘ  ｖｉｖｏで、改変された免疫細胞に導入される。ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ２２６を過剰発現するようにさらに改変される。
【０１１１】
一部の態様では、提供される方法および組成物は、改変された免疫細胞を作製するためのものであり、ここで、例えば、本方法は、発現されると、改変された細胞における内在性ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現を阻害する、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒに特異的な阻害剤をコードする阻害性核酸分子を含む免疫細胞に、抗原特異的受容体タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを導入することを含み得る。一部の実施形態では、阻害性核酸は、ＣＤ２２６をコードし、免疫細胞に導入され、それによって発現されると、免疫細胞によるＣＤ２２６の過剰発現を引き起こすかまたは促進する。一部の実施形態では、方法は、抗原特異的受容体タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを発現するかまたは含む免疫細胞に、ＣＤ２２６をコードするポリヌクレオチドを導入することを含む。一部の実施形態では、方法は、ＣＤ２２６を過剰発現する（またはＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチドを含む）免疫細胞に、抗原特異的受容体タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを導入することを含む。
【０１１２】
他の実施形態では、改変された免疫細胞を作製するための方法は、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む免疫細胞に、免疫細胞の染色体編集によって、染色体ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異（ならびに、場合に応じて、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ３、ＨＬＡ成分、およびＴＣＲ成分のうちの１つもしくは複数の染色体ノックアウトもしくは変異）を導入し、それによって、改変された免疫細胞を生成することを含む。ある特定の実施形態では、染色体編集は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ系、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ、またはメガヌクレアーゼから選択されるエンドヌクレアーゼによるものである。ある特定の実施形態では、染色体ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異は、ｅｘ  ｖｉｖｏで、改変された免疫細胞に導入される。ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ２２６を過剰発現するように改変される。
【０１１３】
なおも他の実施形態では、染色体ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトまたは変異を含む免疫細胞に、（例えば、本開示の腫瘍関連抗原に結合する）抗原特異的受容体タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを導入することを含む方法が、提供される。
【０１１４】
ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤
一部の態様では、本開示は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性または機能の阻害剤、ならびに例えば、ＣＡＲ−ＴまたはＴＣＲ操作Ｔ細胞などの操作された免疫細胞との結合における、その使用を提供する。そのような阻害剤は、本開示の改変された免疫細胞におけるＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性を阻害するのに、例えば、固形腫瘍を処置するための養子細胞治療における使用に、有用であり得る。ある特定の実施形態では、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤は、抗体またはその抗原結合断片を含む。抗体技術の当業者により理解される用語には、それぞれ、本明細書において明示的に異なって定義されない限り、当技術分野において獲得された意味が付与される。
【０１１５】
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒによる免疫抑制シグナル伝達を低減するか（すなわち、部分的もしくは完全に）、または防止する。ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒのシグナル伝達の低減または防止は、一部の態様では、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２ＲがＣＤ１５５およびＣＤ１１２のうちの一方もしくは両方に結合することを直接的に阻害することによって（例えば、ＴＩＧＩＴのリガンド結合部位を競合的に阻害することにより）、または結合部位のアロステリック阻害によって、達成することができる。
【０１１６】
ある特定の実施形態では、抗体は、表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＣＤＲを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数のものに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の同一性を有するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、または表１に示される抗ＴＩＧＩＴ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数から選択される。
【０１１７】
【表１−１】
2021502330.tif 000003
【表１−２】
2021502330.tif 000004
【表１−３】
2021502330.tif 000005
【０１１８】
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＣＤＲを含むか、または表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、または表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数のものに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の同一性を有するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、または表２に示される抗ＣＤ１１２Ｒ抗体のうちのいずれか１つもしくは複数から選択される。
【０１１９】
【表２−１】
2021502330.tif 000006
【表２−２】
2021502330.tif 000007
【０１２０】
代替的にまたは加えて、抗体またはその結合断片は、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒへの結合を低減または防止する（すなわち、部分的または完全に）ために、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒのリガンド（例えば、ＣＤ１５５またはＣＤ１１２）に結合し得る。抗ＣＤ１１２抗体は、例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１７／０２１５２６号に記載されており、抗体Ｌ−１４が挙げられ、その可変ドメインおよびＣＤＲ配列は、本明細書に組み込まれる。抗ＣＤ１５５抗体としては、例えば、クローンＳＫＩＩ．４（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）およびＤ１７１（米国特許第６，５１８，０３３号を参照されたい）が挙げられ、これらの抗体およびそれらの抗原結合断片は、参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｌ−１４、ＳＫＩＩ．４、もしくはＤ１７１のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＣＤＲを含むか、またはＬ−１４、ＳＫＩＩ．４、もしくはＤ１７１のうちのいずれか１つもしくは複数に由来するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、またはＬ−１４、ＳＫＩＩ．４、もしくはＤ１７１のうちのいずれか１つもしくは複数のものに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の同一性を有するＶＨおよび／もしくはＶＬを含むか、またはＬ−１４、ＳＫＩＩ．４、もしくはＤ１７１のうちのいずれか１つもしくは複数から選択される。
【０１２１】
ある特定の実施形態では、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤は、阻害性核酸を含む。「阻害性核酸分子」は、標的遺伝子もしくはｍＲＮＡ転写物に相補的な配列を有し、標的遺伝子もしくはｍＲＮＡ転写物の発現を低減することができる、短い一本鎖もしくは二本鎖の核酸分子を指すか、またはそのような分子をコードするポリヌクレオチドを指す。阻害性核酸分子には、アンチセンスオリゴヌクレオチド、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ分子、ｓｈＲＮＡ分子、およびエンドリボヌクレアーゼ調製ｓｉＲＮＡ（ｅｓｉＲＮＡ）分子が含まれる。したがって、ある特定の実施形態では、阻害性核酸は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｄｓＲＮＡ分子、ｓｉＲＮＡ分子、ｅｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ分子、またはこれらの任意の組合せを含む。発現の低減は、転写または翻訳の遮断（例えば、立体障害）、標的ｍＲＮＡ転写物の分解、ｐｒｅ−ｍＲＮＡスプライシング部位の遮断、ｍＲＮＡプロセシング（例えば、キャッピング、ポリアデニル化）の遮断を含む、様々なプロセスによって遂行することができる。ある特定の実施形態では、阻害性核酸分子は、遺伝子ノックダウン方法に使用することができる。ＴＩＧＩＴおよびＣＤ１１２ＲのゲノムおよびｍＲＮＡ配列は、例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＧｅｎＢａｎｋデータベースにおいて公的に入手可能である（それぞれ、遺伝子識別番号２０１６３３および７９０３７）。ｍＲＮＡを標的とする阻害性核酸分子を作製するための方法は、当技術分野において公知であり、例えば、Ozcan  et  al.  Adv.  Drug  Deliv.  Rev.  87:108-119  (2016)に記載されている。阻害性核酸分子を使用して免疫細胞における遺伝子の発現を阻害する方法は、当技術分野において公知であり、例えば、米国特許公開番号ＵＳ２０１２／０３２１６６７号および同番号ＵＳ２００７／００３６７７３号、Condomines  et  al.,  PLoS  ONE  10:e0130518,  2015、Ohno  et  al.,  J.  Immunother.  Cancer  1:21,  2013）に記載されている。
【０１２２】
一部の実施形態では、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの阻害剤は、ＣＤ２２６をコードする異種ポリヌクレオチド（例えば、発現構築物）を含み、それが改変された免疫細胞に含まれるかまたは導入され、それによって、ＣＤ２２６が改変された免疫細胞によって過剰発現され、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現を阻害し得る。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ２２６を過剰発現するように、（例えば、本明細書に開示されるものなどの遺伝子編集手法によって）操作されている。
【０１２３】
キット
本開示の改変された免疫細胞および組合せ治療を作製または使用するための１つまたは複数の試薬を含む、キットもまた、本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、キットは、（ｉ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体タンパク質を発現する改変された免疫細胞、ならびに（ｉｉ）ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を含む。
【０１２４】
他の実施形態では、キットは、改変された免疫細胞を産生するための試薬、例えば、（ｉ）抗原特異的受容体タンパク質をコードするトランスジェニック構築物であって、所望される宿主免疫細胞に構築物を送達することができるベクターに含まれていてもよい、トランスジェニック構築物、および（ｉｉ）ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの染色体遺伝子ノックアウトもしくは変異を生成するための試薬（例えば、１つもしくは複数の適切なｇＲＮＡを有するＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系）、または（ｉ）および（ｉｉ）の両方を含む。
【０１２５】
一部の実施形態では、キットは、ＣＤ２２６をコードするポリヌクレオチド（例えば、発現構築物）を含み、結果として、ポリヌクレオチドが、宿主免疫細胞（例えば、抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを発現するかまたはそれを含む）に導入され、それによって発現されると、ＣＤ２２６が、宿主免疫細胞によって過剰発現される。一部の実施形態では、キットは、ＣＤ２２６をコードするポリヌクレオチドを導入しようとする改変された免疫細胞をさらに含む。
【０１２６】
本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、キットは、改変された免疫細胞を産生するため、および／または改変された免疫細胞およびＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤のうちの一方または両方を投与して疾患（例えば、固形腫瘍関連疾患、例えば、固形がん）を処置するための、説明書をさらに含み得る。
【０１２７】
処置の方法
本明細書に開示される組成物は、固形腫瘍を処置するための治療、例えば、免疫治療に有用であり得る。さらなる態様では、本開示は、固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞、および（ｂ）ＴＩＧＩＴまたは（すなわち、および／または）ＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を投与することを含む、方法を提供する。
【０１２８】
他の態様では、本開示は、固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、Ｔ細胞ＩｇおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を投与することを含み、対象が、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞を事前に受容している、免疫治療方法を提供する。
【０１２９】
なおも他の態様では、本開示は、固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の、腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞を投与することを含み、対象が、Ｔ細胞ＩｇおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）またはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤を事前に受容している、免疫治療方法を提供する。
【０１３０】
ある特定の実施形態では、抗原特異的受容体は、ＣＡＲまたはＴＣＲを含む。
【０１３１】
ある特定の実施形態では、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤は、抗体またはその抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤は、阻害性核酸を含む。
【０１３２】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ２２６を過剰発現するように改変される。
【０１３３】
本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、改変された免疫細胞、およびＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤は、任意の順序（すなわち、同時に、並行して、もしくは任意の順番で）、または任意の組合せで、対象に投与され得る。
【０１３４】
さらに別の態様では、固形腫瘍を処置するための免疫治療方法であって、固形腫瘍を有する対象に、有効量の腫瘍関連抗原を標的とする改変された免疫細胞を投与することを含み、改変された免疫細胞が、（ａ）腫瘍関連抗原に特異的に結合する抗原特異的受容体をコードする異種ポリヌクレオチド、および（ｂ）染色体ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトを含む、免疫治療方法が、提供される。ある特定の実施形態では、染色体ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒ遺伝子ノックアウトは、免疫細胞の染色体編集によって行われる。
【０１３５】
本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、改変された免疫細胞は、ヒト免疫細胞を含み得る。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、幹細胞メモリーなど）、Ｔｒｅｇ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ−Ｔ細胞を含み得る。ある特定の実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞である。ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、ＣＤ２２６を過剰発現するように改変される。ある特定の実施形態では、改変された免疫系細胞は、対象にとって、同種異系、自己、または同系である。本明細書に記載される実施形態のいずれにおいても、改変された免疫細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏで生成され得る。
【０１３６】
固形腫瘍に対する免疫応答（例えば、ＣＴＬ（細胞傷害性Ｔリンパ球）免疫応答）のレベルは、本明細書に記載される多数の免疫学的方法のうちのいずれか１つによって判定することができる。ＣＴＬ免疫応答のレベルは、例えば、Ｔ細胞によって発現される、本明細書に記載される抗原特異的結合受容体のうちのいずれか１つの投与の前および後に判定することができる。ＣＴＬ活性を判定するための細胞傷害性アッセイは、いくつかの手法および方法のうちのいずれか１つを使用して、実行することができる（例えば、Henkart  et  al.,  "Cytotoxic  T-Lymphocytes"  in  Fundamental  Immunology,  Paul  (ed.)  (2003  Lippincott  Williams  &  Wilkins,  Philadelphia,  PA),  pages  1127-50、およびそこに引用されている参考文献を参照されたい）。
【０１３７】
腫瘍を形成し得、本開示の方法により標的とすることができる、例示的ながんとしては、例えば、軟骨肉腫、線維肉腫（線維芽細胞肉腫）、隆起性皮膚線維肉腫（ＤＦＳＰ）、骨肉腫、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、血管肉腫（血管の肉腫）、カポジ肉腫、脂肪肉腫、多形性肉腫、滑膜肉腫、扁平上皮細胞癌、腺癌、腺扁平上皮癌、未分化癌、大細胞癌、小細胞癌、乳癌（例えば、上皮内乳管癌（非侵襲性）、上皮内小葉癌（非侵襲性）、侵襲性乳管癌、侵襲性小葉癌、非侵襲性癌腫）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌、胆管癌、または胆管がん）、肺癌（例えば、腺癌、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、大細胞未分化癌、気管支肺胞上皮癌）、卵巣癌（例えば、表面上皮性間質性腫瘍（腺癌）もしくは卵巣上皮癌（血清腫瘍、子宮内膜性腫瘍、および粘液性嚢胞腺癌を含む）、類表皮腫（扁平上皮細胞癌）、胚性癌腫および絨毛癌（生殖細胞腫瘍））、腎臓癌（例えば、腎臓腺癌、副腎腫、移行上皮癌（腎盂）、扁平上皮細胞癌、ベリーニ管癌、明細胞腺癌、移行上皮癌、腎盂のカルチノイド腫瘍）、副腎癌（例えば、副腎皮質癌）、精巣の癌（例えば、生殖細胞癌（精上皮腫、絨毛癌、胚性癌、奇形癌）、血清癌）、胃癌（例えば、腺癌）、腸の癌（例えば、十二指腸の腺癌）、結腸直腸癌、または皮膚癌（例えば、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌）を含む、肉腫または癌腫が挙げられる。
【０１３８】
ある特定の実施形態では、本開示の方法は、卵巣癌、卵巣上皮癌、子宮頸の腺癌もしくは小細胞癌、膵臓癌、結腸直腸癌（例えば、腺癌もしくは扁平上皮細胞癌）、肺癌、乳管癌、または前立腺の腺癌から選択されるがんによって形成される固形腫瘍を標的とする。
【０１３９】
ある特定の実施形態では、本開示の方法は、トリプルネガティブ乳がん、マントル細胞リンパ腫、急性リンパ球性白血病、非小細胞肺がん、またはこれらの任意の組合せを処置するのに有用である。
【０１４０】
ある特定の実施形態では、本開示の方法により処置可能な固形腫瘍は、ＲＯＲ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＧＤ２、ＧＤ３、ＨＰＶ  Ｅ６、ＨＰＶ  Ｅ７、ＨＥＲ２、Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌｅｗｉｓ  Ａ、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ５６、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４４ｖ７／８、ＣＤ３８、ＣＤ５６、ＣＤ１２３、ＣＡ１２５、ｃ−ＭＥＴ、ＦｃＲＨ５、ＷＴ１、葉酸受容体α、ＶＥＧＦ−α、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＩＬ−１１Ｒα、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＰＳＡ、ＰＲＡＭＥ、エフリンＡ２、エフリンＢ２、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＡＧ−７２、メソテリン、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−３、５Ｔ４、ＢＣＭＡ、ＦＡＰ、炭酸脱水酵素９、ＥＲＢＢ２、ＢＲＡＦＶ６００Ｅ、ＣＥＡ、またはこれらの任意の組合せから選択される腫瘍関連抗原を発現する。ある特定の実施形態では、本開示の方法により処置可能な固形腫瘍は、ＲＯＲ１抗原を発現するかまたは過剰発現する。
【０１４１】
抗原特異的Ｔ細胞応答は、観察されるＴ細胞応答を本明細書に記載されるＴ細胞の機能的パラメーター（例えば、増殖、サイトカイン放出、ＣＴＬ活性、変更された細胞表面マーカー表現型など）のいずれかに従って比較することによって決定されることができ、この比較は、適切な状況で同族抗原（例えば、免疫適合性抗原提示細胞により提示されたときにＴ細胞をプライミングまたは活性化するために使用される抗原）に曝露されるＴ細胞と、構造的に異なるまたは無関係の対照抗原の代わりに曝露される同じ供給源の集団からのＴ細胞との間で行われ得る。統計的有意性をもって、対照抗原に対する応答より大きい、同族抗原に対する応答は、抗原特異性を示す。
【０１４２】
腫瘍抗原に対する免疫応答の存在およびレベルを判定するために、生体試料を対象から得ることができる（例えば、ペプチド、ポリペプチド、グリカンなど）。「生体試料」は、本明細書で使用される場合、血液試料（ここから、血清または血漿を調製することができる）、生検材料、体液（例えば、肺洗浄液、腹水、粘膜洗液、滑液）、骨髄、リンパ節、組織外植片、器官培養物、または対象もしくは生物学的供給源からの任意の他の組織もしくは細胞調製物であり得る。生体試料をいずれの免疫原性組成物を受ける前の対象から得ることもでき、この生体試料は、ベースライン（すなわち、投与前）データを確立するための対照として有用である。
【０１４３】
組成物中の細胞の有効量（例えば、治療有効量）は、少なくとも１細胞（例えば、１つの結合タンパク質修飾ＣＤ８＋Ｔ細胞部分集団、１つの結合タンパク質修飾ＣＤ４＋Ｔ細胞部分集団）であるか、またはより典型的には、１０２より多くの細胞、例えば、最大で１０６、最大で１０７、最大で１０８細胞、最大で１０９細胞、または１０１０より多くの細胞である。ある特定の実施形態では、細胞は、約１０４〜約１０１０細胞／ｍ２の範囲で、好ましくは約１０５〜約１０９細胞／ｍ２の範囲で投与される。
【０１４４】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、最大で約３．３×１０５個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、少なくとも約３．３×１０５個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。
【０１４５】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、最大で約１×１０６個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、少なくとも約１×１０６個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。
【０１４６】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、最大で約３．３×１０６個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、少なくとも約３．３×１０６個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。
【０１４７】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、最大で約１×１０７個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。一部の実施形態では、改変された免疫細胞は、少なくとも約１×１０７個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。
【０１４８】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、最大で約５×１０４個の細胞／ｋｇ、５×１０５個の細胞／ｋｇ、５×１０６個の細胞／ｋｇ、または最大で約５×１０７個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞は、少なくとも約５×１０４個の細胞／ｋｇ、５×１０５個の細胞／ｋｇ、５×１０６個の細胞／ｋｇ、または最大で約５×１０７個の細胞／ｋｇを含む用量で、対象に投与される。
【０１４９】
細胞の数は、組成物の意図される最終使用に加えて、それに含まれる細胞のタイプにも依存する。例えば、抗原特異的受容体を含有するように改変された細胞は、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれより多くのそのような細胞を含有する細胞集団を含むことになる。本明細書で提供される使用について、細胞は、一般に、１リットルもしくはそれ未満、５００ｍｌもしくはそれ未満、２５０ｍｌもしくはそれ未満、または１００ｍｌもしくはそれ未満の体積である。実施形態では、所望の細胞の密度は、通常は、１０４細胞／ｍｌより高く、一般に、１０７細胞／ｍｌより高く、一般に、１０８細胞／ｍｌであるかまたはそれより高い。細胞を、単回注入として投与してもよく、またはある時間範囲にわたって複数回の注入で投与してもよい。臨床的に意義のある数の免疫細胞を、累積的に１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０もしくは１０１１細胞であるかまたはそれを超える複数の注入物に分配することができる。
【０１５０】
治療有効量の宿主細胞（例えば、本開示のポリヌクレオチドを含む改変された免疫細胞）を含む、単位用量も、本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない（すなわち、単位用量に存在するナイーブＴ細胞の集団を、匹敵する数のＰＢＭＣを有する対象試料と比較して約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満または約１％未満有する）。
【０１５１】
一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約５０％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約５０％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。さらなる実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約６０％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約６０％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。なおさらなる実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約７０％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約７０％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８０％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８０％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約８５％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約８５％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。一部の実施形態では、単位用量は、（ｉ）少なくとも約９０％の改変されたＣＤ４＋Ｔ細胞を含む組成物と、（ｉｉ）少なくとも約９０％の改変されたＣＤ８＋Ｔ細胞を含む組成物とを約１：１の比で組み合わせて含み、前記単位用量は、低減された量のナイーブＴ細胞を含有するかまたはナイーブＴ細胞を実質的に含有しない。
【０１５２】
本明細書に記載される実施形態のいずれにおいても、単位用量は、改変されたＣＤ４５ＲＡ−ＣＤ３＋ＣＤ８＋および改変されたＣＤ４５ＲＡ−ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＴＭ細胞の等しいまたはほぼ等しい数を含む。
【０１５３】
本明細書に記載される改変された免疫細胞は、薬学的または生理的に許容されるかまたは好適な賦形剤または担体において、対象に投与され得る。薬学的に許容される賦形剤は、ヒトまたは他の非ヒト哺乳動物対象への投与に好適である、本明細書においてより詳細に説明されている、生体適合性ビヒクル、例えば、生理食塩水である。治療有効用量は、養子細胞治療の文脈で、処置されたヒトまたは非ヒト哺乳動物において、統計学的に有意な様式で臨床上望ましい結果（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）をもたらすことができる、養子移入において使用される宿主細胞（本開示による結合タンパク質を発現する）の量である。医薬の分野において周知のように、任意のある患者の投薬量は、患者のサイズ、体重、体表面積、年齢、投与しようとする具体的な治療、性別、投与の時間および経路、全般的な健康状態、および並行して投与されている他の薬物を含む、多数の因子に依存する。
【０１５４】
医薬組成物は、医学技術分野の当業者により決定されるような、処置（または予防）される疾患または状態に適切な方法で、投与することができる。組成物の適切な用量ならびに好適な投与期間および頻度は、患者の健康状態、患者のサイズ（すなわち、体重、量（mass）または体面積）、患者の疾患のタイプおよび重症度、活性成分の特定の形態、ならびに投与方法などの因子によって決定される。一般に、適切な用量および処置レジメンは、治療的および／または予防的恩恵（例えば、臨床成績向上、例えば、より高頻度の完全もしくは部分的寛解、またはより長い無病および／もしくは全生存期間、または症状重症度の低下を含む、本明細書に記載されるもの）をもたらすのに十分な量で、組成物（複数可）を提供する。予防的使用のための用量は、疾患もしくは障害を予防する、疾患もしくは障害の発症を遅延させる、または疾患もしくは障害に関連する疾患重症度を低下させるのに、十分なものであるべきである。本明細書に記載される方法に従って投与される免疫原性組成物の予防的恩恵は、前臨床研究（ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏでの動物研究を含む）および臨床研究の実施、ならびにそこから得られるデータの適切な統計的、生物学的および臨床的方法および技法による分析によって決定することができ、前記方法および技法の全てが当業者によって容易に実施され得る。
【０１５５】
本明細書に記載される医薬組成物は、単位用量または複数用量用容器、例えば、密封アンプルまたはバイアルに入っている状態で提供することができる。そのような容器を凍結して、製剤の安定性を保つことができる。例えば、非経口もしくは静脈内の投与または製剤を含む、様々の処置レジメンにおける、本明細書に記載される特定の組成物の使用に好適な投薬レジメンおよび処置レジメンの開発。
【０１５６】
対象組成物が非経口投与される場合、その組成物は、滅菌水性または油性溶液または懸濁液も含み得る。好適な非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張塩類溶液、水との混合物での１，３−ブタンジオール、エタノール、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコール（polythethylene  glycol）が挙げられる。水溶液または水性懸濁液は、１つまたは複数の緩衝剤、例えば、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウムまたは酒石酸ナトリウムをさらに含むことができる。もちろん、いずれの投薬単位製剤の調製に使用されるいずれの材料も、薬学的に純粋でなければならず、利用される量で実質的に非毒性でなければならない。加えて、活性化合物を、徐放性調製物および製剤中に組み込むことができる。投薬単位形態は、本明細書で使用される場合、処置される対象にとって単位投薬量として適している物理的に別個の単位を指し、各単位は、適切な医薬担体と共同で所望の治療効果を生じさせるように計算された所定量の組換え細胞または活性化合物を含有し得る。
【０１５７】
一般に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的または予防的恩恵をもたらすのに十分な量で、活性分子または細胞を提供する。そのような応答は、処置されていない対象と比較して処置された対象において臨床成績向上（例えば、より高頻度の寛解、完全もしくは部分的、またはより長い無病生存期間）を確立することによって、モニタリングすることができる。腫瘍タンパク質に対する既存の免疫応答の増加は、一般に、臨床成績向上と相関する。そのような免疫応答は、標準的な増殖、細胞傷害性またはサイトカインアッセイを使用して、一般に評価することができ、前記アッセイは、処置前および後に対象から得た試料を使用して行うことができる。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、本開示の免疫治療方法は、固形腫瘍を有する対象に、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）、ならびに１つまたは複数の追加の薬剤を投与することを含む、組合せ治療を含む。例えば、ある特定の実施形態では、本開示の方法は、対象における抗腫瘍活性を増加または向上させるために、別の免疫細胞分子または機能性を標的とする薬剤を投与することをさらに含む。ある特定の実施形態では、本開示の方法は、有効量のＤＥＬ−１０６を対象に投与することをさらに含む。ＤＥＬ−１０６は、抗体Ｆｃドメインに融合されたＩＬ−２変異タンパク質を含む、融合タンパク質であり、Ｔｒｅｇ細胞を優先的に上方調節するために使用される。
【０１５９】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、免疫系による抗腫瘍応答を増強させ、最終的に、腫瘍または関連するがんを処置するために、本明細書に記載されるように、免疫抑制成分の阻害剤または刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニストとともに使用される。
【０１６０】
本明細書で使用される場合、「免疫抑制成分（immune  suppression  component）」または「免疫抑制成分（immunosuppression  component）」という用語は、免疫応答の制御または抑制に役立つ阻害性シグナルを提供する１つまたは複数の細胞、タンパク質、分子、化合物、または複合体を指す。例えば、免疫抑制成分には、部分的または完全に、免疫刺激を遮断する分子、免疫活性化を減少、防止、もしくは遅延させる分子、または免疫抑制を増加、活性化、もしくは上方調節する分子が含まれる。例示的な免疫抑制成分標的は、本明細書により詳細に記載されており、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＤ２４４／２Ｂ４、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＣＤ１６０、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＫＩＲ、ＰＶＲ１Ｇ（ＣＤ１１２Ｒ）、ＰＶＲＬ２、アデノシン、Ａ２ａＲ、免疫抑制サイトカイン（例えば、ＩＬ−１０、ＩＬ−４、ＩＬ−１ＲＡ、ＩＬ−３５）、ＩＤＯ、アルギナーゼ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＩＲ１、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５、Ｔｒｅｇ細胞、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。
【０１６１】
免疫抑制成分の阻害剤は、化合物、抗体、抗体断片、もしくは融合ポリペプチド（例えば、Ｆｃ融合体、例えば、ＣＴＬＡ４−ＦｃもしくはＬＡＧ３−Ｆｃ）、アンチセンス分子、リボザイムもしくはＲＮＡｉ分子、または低分子量有機分子であり得る。本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、方法は、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）を、単独または任意の組合せの以下の免疫抑制成分のうちのいずれか１つの１つまたは複数の阻害剤とともに投与することを含み得る。
【０１６２】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＰＤ−１阻害剤、例えば、ＰＤ−１特異的抗体またはその結合断片、例えば、ピディリズマブ、ニボルマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ、以前のＭＤＸ−１１０６）、ペンブロリズマブ（Ｏｐｄｉｖｏ、以前のＭＫ−３４７５）、ＭＥＤＩ０６８０（以前のＡＭＰ−５１４）、ＡＭＰ−２２４、ＢＭＳ−９３６５５８、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＰＤ−Ｌ１特異的抗体またはその結合断片、例えば、ＢＭＳ−９３６５５９、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）、アテゾリズマブ（ＲＧ７４４６）、アベルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１６３】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＬＡＧ３阻害剤、例えば、ＬＡＧ５２５、ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ７０１、９Ｈ１２、ＢＭＳ−９８６０１６、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１６４】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＣＴＬＡ４の阻害剤と組み合わせて使用される。特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＣＴＬＡ４特異的抗体またはその結合断片、例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ融合タンパク質（例えば、アバタセプト、ベラタセプト）、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１６５】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、Ｂ７−Ｈ３特異的抗体またはその結合断片、例えば、エノブリツズマブ（ＭＧＡ２７１）、３７６．９６、または両方と組み合わせて、使用される。Ｂ７−Ｈ４抗体結合断片は、例えば、Dangaj  et  al.,  Cancer  Res.  73:4820,  2013に記載されるもの、ならびに米国特許第９，５７４，０００号およびＰＣＴ特許公開番号ＷＯ２０１６／４０７２４号および同番号ＷＯ２０１３／０２５７７９号に記載されるものなど、ｓｃＦｖまたはその融合タンパク質であってもよい。
【０１６６】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＣＤ２４４の阻害剤と組み合わせて使用される。
【０１６７】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＢＬＴＡ、ＨＶＥＭ、ＣＤ１６０の阻害剤、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。抗ＣＤ−１６０抗体は、例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１０／０８４１５８号に記載されている。
【０１６８】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＴＩＭ３の阻害剤と組み合わせて使用される。
【０１６９】
なおもさらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、Ｇａｌ９の阻害剤と組み合わせて使用される。
【０１７０】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、アデノシンシグナル伝達の阻害剤、例えば、デコイアデノシン受容体と組み合わせて、使用される。
【０１７１】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、Ａ２ａＲの阻害剤と組み合わせて使用される。
【０１７２】
なおもさらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＫＩＲの阻害剤、例えば、リリルマブ（ＢＭＳ−９８６０１５）と組み合わせて使用される。
【０１７３】
なおもさらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、阻害性サイトカイン（典型的には、ＴＧＦβ以外のサイトカイン）の阻害剤またはＴｒｅｇ発生もしくは活性の阻害剤と組み合わせて、使用される。
【０１７４】
一部の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＩＤＯ阻害剤、例えば、レボ−１−メチルトリプトファン、エパカドスタット（epacadostat）（ＩＮＣＢ０２４３６０、Liu  et  al.,  Blood  115:3520-30,  2010）、エブセレン（Terentis  et  al.  ,  Biochem.  49:591-600,  2010）、インドキシモド、ＮＬＧ９１９（Mautino  et  al.,  American  Association  for  Cancer  Research  104th  Annual  Meeting  2013;  Apr  6-10,  2013）、１−メチル−トリプトファン（１−ＭＴ）−チラ−パザミン、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１７５】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、アルギナーゼ阻害剤、例えば、Ｎ（オメガ）−ニトロ−Ｌ−アルギニンメチルエステル（Ｌ−ＮＡＭＥ）、Ｎ−オメガ−ヒドロキシ−ノル−ｌ−アルギニン（ノル−ＮＯＨＡ）、Ｌ−ＮＯＨＡ、２（Ｓ）−アミノ−６−ボロノヘキサン酸（ＡＢＨ）、Ｓ−（２−ボロノエチル）−Ｌ−システイン（ＢＥＣ）、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１７６】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＶＩＳＴＡの阻害剤、例えば、ＣＡ−１７０（Ｃｕｒｉｓ、Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ）と組み合わせて使用される。
【０１７７】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＬＡＩＲ１阻害剤と組み合わせて使用される。
【０１７８】
さらなる実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３、ＣＥＡＣＡＭ−５の阻害剤、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用される。
【０１７９】
ある特定の実施形態では、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を増加させる（すなわち、アゴニストである）薬剤と組み合わせて、使用される。例えば、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）は、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）アゴニスト（例えば、ウレルマブなど）、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）アゴニスト（例えば、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ６３８３、もしくはＭＥＤＩ０５６２など）、レナリドマイド、ポマリドマイド、ＣＤ２７アゴニスト（例えば、ＣＤＸ−１１２７など）、ＣＤ２８アゴニスト（例えば、ＴＧＮ１４１２、ＣＤ８０、もしくはＣＤ８６など）、ＣＤ４０アゴニスト（例えば、ＣＰ−８７０，８９３、ｒｈｕＣＤ４０Ｌ、もしくはＳＧＮ−４０など）、ＣＤ１２２アゴニスト（例えば、ＩＬ−２など）、ＧＩＴＲのアゴニスト（例えば、ＰＣＴ特許公開番号ＷＯ２０１６／０５４６３８号に記載されているヒト化モノクローナル抗体など）、もしくはＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）のアゴニスト（例えば、ＧＳＫ３３５９６０９、ｍＡｂ  ８８．２、ＪＴＸ−２０１１、Ｉｃｏｓ  １４５−１、もしくはＩｃｏｓ  ３１４−８など）、またはこれらの任意の組合せと組み合わせて、使用することができる。本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、方法は、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）を、単独または任意の組合せの前述のもののいずれかを含む、刺激性免疫チェックポイント分子の１つまたは複数のアゴニストとともに投与することを含み得る。
【０１８０】
他の実施形態では、本開示の方法は、標的とされている固形腫瘍によって発現されるがん抗原に特異的な抗体もしくは抗原結合断片、化学療法剤、外科手術、放射線治療処置、サイトカイン、ＲＮＡ干渉治療、またはこれらの任意の組合せのうちの１つまたは複数を含む、二次治療を投与することをさらに含む。
【０１８１】
がん治療において有用な例示的なモノクローナル抗体としては、例えば、Galluzzi  et  al.,  Oncotarget  5(24):12472-12508,  2014に記載されるモノクローナル抗体が挙げられ、この抗体は、参照によりその全体が組み込まれる。
【０１８２】
ある特定の実施形態では、組合せ治療方法は、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの活性、機能、または発現の阻害剤）を投与すること、ならびに放射線処置または外科手術をさらに施すことを含む。放射線治療は、Ｘ線治療、例えば、ガンマ照射、および放射性医薬治療を含む。所与のがんまたは非炎症型固形腫瘍を処置するのに適した外科手術および外科手術手法は、本開示の改変された免疫細胞と組み合わせて、対象において使用され得る。
【０１８３】
ある特定の実施形態では、組合せ治療方法は、改変された免疫細胞（および適切な場合には、ＴＩＧＩＴまたはＣＤ１１２Ｒの発現または活性の阻害剤）を投与すること、ならびに化学療法剤をさらに投与することを含む。化学療法剤は、クロマチン機能の阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、微小管阻害薬、ＤＮＡ傷害剤、代謝拮抗薬（例えば、葉酸アンタゴニスト、ピリミジン類似体、プリン類似体、および糖修飾類似体）、ＤＮＡ合成阻害剤、ＤＮＡ相互作用剤（例えば、挿入剤）、およびＤＮＡ修復阻害剤を含むが、これらに限定されない。実例となる化学療法剤は、これらに限定されないが、以下の群を含む：代謝拮抗薬／抗がん剤、例えば、ピリミジン類似体（５−フルオロウラシル、フロクスウリジン、カペシタビン、ゲムシタビンおよびシタラビン）およびプリン類似体、葉酸アンタゴニストおよび関連阻害剤（メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチンおよび２−クロロデオキシアデノシン（クラドリビン））；抗増殖性／抗有糸分裂剤、これには、ビンカアルカロイド（ビンブラスチン、ビンクリスチン、およびビノレルビン）、微小管破壊剤、例えば、タキサン（パクリタキセル、ドセタキセル）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロンおよびナベルビン、エピジポドフィロトキシン（エトポシド、テニポシド）、ＤＮＡ傷害剤（アクチノマイシン、アムサクリン、アントラサイクリン、ブレオマイシン、ブスルファン、カンプトテシン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、サイトキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ヘキサメチルメラミン、オキサリプラチン、イホスファミド、メルファラン、メクロレタミン（merchlorehtamine）、マイトマイシン、ミトキサントロン、ニトロソウレア、プリカマイシン、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テモゾロミド（temozolamide）、テニポシド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびエトポシド（ＶＰ１６））が含まれる；抗生物質、例えば、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、イダルビシン、アントラサイクリン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）およびマイトマイシン；酵素（Ｌ−アスパラギンを全身代謝させ、独自のアスパラギンを合成する能力がない細胞を欠乏させる、Ｌ−アスパラギナーゼ）；抗血小板剤；抗増殖／抗有糸分裂アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（メクロレタミン、シクロホスファミドおよび類似体、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミンおよびメチルメラミン（ヘキサメチルメラミンおよびチオテパ）、アルキルスルホネート−ブスルファン、ニトロソウレア（カルムスチン（ＢＣＮＵ）および類似体、ストレプトゾシン）、トリアゼン（trazene）−ダカルバジン（dacarbazinine）（ＤＴＩＣ）；抗増殖／抗有糸分裂代謝拮抗薬、例えば、葉酸類似体（メトトレキサート）；白金配位錯体（シスプラチン、カルボプラチン）、プロカルバジン、ヒドロキシウレア、ミトタン、アミノグルテチミド；ホルモン、ホルモン類似体（エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミド、ニルタミド）およびアロマターゼ阻害剤（レトロゾール、アナストロゾール）；抗凝固薬（ヘパリン、合成ヘパリン塩および他のトロンビン阻害剤）；線維素溶解剤（例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子、ストレプトキナーゼおよびウロキナーゼ）、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジン、クロピドグレル、アブシキシマブ；抗遊走剤；分泌抑制剤（ブレフェルジン（breveldin））；免疫抑制薬（シクロスポリン、タクロリムス（ＦＫ−５０６）、シロリムス（ラパマイシン）、アザチオプリン、ミコフェノール酸モフェチル）；抗血管新生化合物（ＴＮＰ４７０、ゲニステイン）および成長因子阻害剤（血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）阻害剤、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）阻害剤）；アンジオテンシン受容体遮断薬；一酸化窒素ドナー；アンチセンスオリゴヌクレオチド；抗体（トラスツズマブ、リツキシマブ）；キメラ抗原受容体；細胞周期阻害剤および分化誘導剤（トレチノイン）；ｍＴＯＲ阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤（ドキソルビシン（アドリアマイシン）、アムサクリン、カンプトテシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、テニポシド（eniposide）、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、イリノテカン（ＣＰＴ−１１）およびミトキサントロン、トポテカン、イリノテカン）、コルチコステロイド（コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン（methylpednisolone）、プレドニゾン、およびプレニゾロン（prenisolone））；成長因子シグナル伝達キナーゼ阻害剤；ミトコンドリア機能不全誘導剤、毒素、例えば、コレラ毒素、リシン、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓアデニル酸シクラーゼ毒素、またはジフテリア毒素、およびカスパーゼ活性化因子；ならびにクロマチン破壊剤。
【０１８４】
サイトカインは、抗がん活性に対する宿主免疫応答を操作するために使用されることができる。例えば、Floros  &  Tarhini,  Semin.Oncol.42(4):539-548,  2015を参照されたい。免疫抗がんまたは抗腫瘍応答の促進に有用なサイトカインとしては、例えば、単独での、または本開示の結合タンパク質もしくは結合タンパク質を発現する細胞との任意の組合せでの、ＩＦＮ−α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２４、およびＧＭ−ＣＳＦが挙げられる。
【０１８５】
別のがん治療アプローチは、腫瘍遺伝子、ならびにがん細胞による成長、維持、増殖、および免疫回避に必要とされる他の遺伝子の発現を低減させることを含む。ＲＮＡ干渉、および特にマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子阻害性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の使用は、がん遺伝子の発現をノックダウンするためのアプローチを提供する。例えば、Larsson  et  al.,  Cancer  Treat.  Rev.  16(55):128-135,  2017を参照されたい。
【０１８６】
本明細書に開示される実施形態のいずれにおいても、治療剤（例えば、改変された免疫細胞、ＴＩＧＩＴもしくはＣＤ１１２Ｒの発現もしくは活性の阻害剤、免疫抑制成分の阻害剤、刺激性免疫チェックポイント分子のアゴニスト、抗腫瘍リンパ球、化学療法剤、放射線治療、外科手術、サイトカイン、または阻害性ＲＮＡ）のいずれかは、処置の過程にわたって、１回もしくは１回を上回って対象に投与されてもよく、組合せの場合には、任意の順序（例えば、同時に、並行して、もしくは任意の順番で）または任意の組合せで、対象に投与され得る。組成物の適切な用量、好適な投与期間および頻度は、患者の状態、腫瘍またはがんのサイズ、タイプ、拡がり、成長、および重症度、活性成分の具体的な形態、ならびに投与の方法といった因子によって決定されることになる。
【０１８７】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される改変された免疫細胞の複数の用量が、対象に投与され、これは、約２〜約４週間の投与間の間隔で、投与され得る。さらなる実施形態では、サイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１）は、逐次的に投与されるが、ただし、対象には、サイトカインの投与の前に、少なくとも３回または４回、組換え宿主細胞が投与されることを条件とする。ある特定の実施形態では、サイトカインは、宿主細胞と並行して投与される。ある特定の実施形態では、サイトカインは、皮下投与される。
【０１８８】
なおもさらなる実施形態では、処置されている対象は、免疫抑制治療、例えば、カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグ、またはこれらの任意の組合せをさらに受容している。なおさらなる実施形態では、処置されている対象は、非骨髄破壊的または骨髄破壊的造血細胞移植を受けたことがあり、この処置は、非骨髄破壊的造血細胞移植の少なくとも２カ月〜少なくとも３カ月後に投与することができる。
【０１８９】
治療組成物または医薬組成物の有効量は、本明細書に記載されるような所望の臨床結果または有益な処置を達成するために、必要な投薬量でかつ必要な期間にわたって、十分な量を指す。有効量を１または複数回の投与で送達することができる。投与が、疾患または病状を有することが既に分かっているまたは確認された対象への投与である場合、用語「治療量」を、処置に関して使用することができ、これに対して「予防有効量」を、疾患もしくは病状（例えば、再発）に罹りやすいまたは疾患もしくは病状を発症するリスクがある対象に有効量を予防的コースとして投与することを記述するために、使用することができる。
【実施例】
【０１９０】
（実施例１）
養子移入後のＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞におけるＴＩＧＩＴの発現
進行型の受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１陽性（ＲＯＲ１＋）慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ステージＩＶ非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、またはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）を有する患者を処置するための免疫治療を使用して、フェーズＩ単一施設研究を行った。
【０１９１】
ＲＯＲ１特異的ＣＡＲを、２Ａ２、Ｒ１２、およびＲ１１  ｍＡｂ（ＲＯＲ１に特異的）のＶＬ鎖およびＶＨ鎖セグメントを使用して構築した。例えば、Ｒ１１およびＲ１２の可変ドメイン配列は、Yang  et  al.  (Plos  One  6:e21018,  2011)に見出すことができ、２Ａ２の可変ドメイン配列は、米国特許第９，３１６，６４６号に見出すことができる。２Ａ２、Ｒ１２、およびＲ１１に由来する可変ドメインのそれぞれの対を、個々に、（Ｇ４Ｓ）３（配列番号４８）可変領域リンカーペプチドによって連結させた。ＲＯＲ１  ｓｃＦｖを、「ヒンジ−ＣＨ３」断片（配列番号４９に由来する１１９アミノ酸）または「ヒンジ」のみ（１２アミノ酸、配列番号４６もしくは４７）スペーサーを含む、ＩｇＧ４−Ｆｃ（Ｕｎｉｐｒｏｔデータベース：Ｐ０１８６１、配列番号４９）に由来するスペーサーに連結させた。配列番号４６のスペーサーは、ネイティブのＩｇＧ４−Ｆｃタンパク質の１０８位に位置する「ヒンジ」ドメイン内にＳ→Ｐの置換を含む。ｓｃＦｖ−スペーサーを、ヒトＣＤ２８（Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ１０７４７）の２７アミノ酸の膜貫通ドメイン、ならびに（ｉ）ヒトＣＤ２８に由来する４１アミノ酸の細胞質ドメイン（必要に応じて、ネイティブなＣＤ２８タンパク質の１８６〜１８７位に位置するＬＬ→ＧＧ置換を有する）、または（ｉｉ）ヒト４−１ＢＢ（Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｑ０７０１１）の４２アミノ酸の細胞質ドメインのいずれかを含む、シグナル伝達モジュールに連結させ、これらのそれぞれは、ヒトＣＤ３ζ（Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ２０９６３）のアイソフォーム３の１１２アミノ酸の細胞質ドメインに連結させた。この構築物は、コードされるＣＡＲの下流に、ｃｔｃｇａｇｇｇｃｇ  ｇｃｇｇａｇａｇｇｇ  ｃａｇａｇｇａａｇｔ  ｃｔｔｃｔａａｃａｔ  ｇｃｇｇｔｇａｃｇｔ  ｇｇａｇｇａｇａａｔｃｃｃｇｇｃｃｃｔａ  ｇｇ（配列番号６６）によってコードされるゾセア・アシグナ（Ｔｈｏｓｅａ  ａｓｉｇｎａ）ウイルス（Ｔ２Ａ）自己切断エレメント、ならびにＣＡＲ−改変された免疫細胞の形質導入、選択、およびｉｎ  ｖｉｖｏトラッキングマーカーとしての機能を果たす短縮型ＥＧＦＲ（ｔＥＧＦＲ、ｔＥＧＦＲをコードする核酸配列は、ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０７２００７号に見出すことができ、このｔＥＧＦＲをコードする配列は、参照により本明細書に組み込まれる）を含む。それぞれの導入遺伝子をコードするコドン最適化されたヌクレオチド配列を合成し（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ｅｐＨＩＶ７レンチウイルスベクターにクローニングした。
【０１９２】
自己Ｔ細胞を、患者ＰＢＭＣから単離し、ｅｘ  ｖｉｖｏで、抗ＲＯＲ１キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする構築物を形質導入し、ＲＯＲ１を発現する腫瘍細胞での刺激に応答した機能性（増殖、サイトカイン放出）について試験した。その後、ＣＡＲ  Ｔ細胞を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで拡大させ、静脈内注入によって患者に投与した。ＣＡＲ  Ｔ細胞は、養子移入後に患者において拡大され、フローサイトメトリーおよびベクター配列のｑ−ＰＣＲによって測定することができた（図１Ａ〜１Ｆ）。ｉｎ  ｖｉｖｏ拡大のピーク時点で、処置した患者から試料を採取して、表現型を測定し、機能を評価し、抗腫瘍持続性を判定した。フローサイトメトリーおよび遺伝子発現プロファイリングを行って、細胞における遺伝子発現を特徴付けた。ＴＩＧＩＴは、処置前の患者のＰＢＭＣにおいては低いレベルで（図２Ａおよび２Ｄ）ならびに投与したＣＡＲ＋Ｔ生成物の僅かな割合にのみ（図２Ｂおよび２Ｅ）発現されていたが、養子移入後のｉｎ  ｖｉｖｏ拡大のピーク時点（＋１４日目）で、フローサイトメトリーにより発現の増加が示された（図２Ｃおよび２Ｆ）。フローサイトメトリーによって類似のデータが第２の患者から得られ、養子移入後のｉｎ  ｖｉｖｏ拡大のピーク時点において、持続するＣＡＲ＋Ｔ細胞におけるＴＩＧＩＴの上方調節を示す、遺伝子発現分析によって確認された（図３Ａ〜３Ｄ）。注入後の血液中に存在するＣＡＲ  Ｔ細胞には、注入生成物と比較して、ＣＤ１１２Ｒ  ｍＲＮＡの上方調節が観察された［ＣＤ８＋ＣＤ１１２Ｒ−１．８７倍の増加（ピークＣＡＲ  Ｔ細胞と注入生成物との対比）、ＣＤ４＋ＣＤ１１２Ｒ−１．９５倍の増加（ピークＣＡＲ  Ｔ細胞と注入生成物との対比）］（データは示されない）。
【０１９３】
驚くべきことに、ｉｎ  ｖｉｖｏで、ＣＤ１９＋造血系悪性腫瘍を有する患者に移入されたＣＤ１９を標的とするＣＡＲ  Ｔ細胞において、いずれの時点においても同じ程度または同じ頻度での細胞のＴＩＧＩＴの上方調節は、観察されなかった（図４）。注目すべきことに、ＣＤ１９＋悪性腫瘍に対して優れた抗腫瘍効果を有するＣＤ１９特異的ＣＡＲ＋Ｔ細胞は、ＴＩＧＩＴを上方調節しない。
【０１９４】
（１）肺がんまたは乳がんを有する患者に投与した時点のＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞、および（２）患者に持続していたＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の機能性を、細胞が、ＲＯＲ１を発現する腫瘍細胞での再刺激後に、サイトカインを産生し、増殖する能力を測定することによって、評価した。ｉｎ  ｖｉｖｏで持続し、高レベルのＴＩＧＩＴを発現したＣＡＲ  Ｔ細胞は、インターフェロンガンマの細胞内サイトカイン染色によって（図５Ａ）、および上清中のサイトカインのレベルを測定することによって（図５Ｂ〜５Ｅ）示されるように、ＲＯＲ１抗原を発現する細胞での再刺激に応答して、ＲＯＲ  ＣＡＲ  Ｔ細胞生成物（すなわち、腫瘍に曝露されていないもの）と比較して、サイトカインを産生する能力の低減を示した。このｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイにおいて使用される抗原を発現するＫ５６２細胞およびＫ５６２トランスフェクタントは、ＴＩＧＩＴおよびＣＤ１１２ＲのリガンドＣＤ１５５およびＣＤ１１２を発現する（図５Ｆ）。これらのデータは、ＴＩＧＩＴおよびＣＤ１１２Ｒの上方調節が、Ｔ細胞機能の喪失と相関すること、ならび免疫抑制を最小限に抑え、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける腫瘍抗原特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞の機能を維持するために、ＴＩＧＩＴ／ＣＤ１１２Ｒの上方調節および／またはそのリガンドへの結合の阻害を、ＣＡＲ  Ｔ細胞を用いた固形腫瘍の補助的処置として使用することができることを示す。
【０１９５】
ＴＩＧＩＴは、部分的に、ＣＤ１５５への結合についてＣＤ２２６と競合することにより、阻害性受容体として機能すると考えられている。ＣＤ２２６の発現を、患者Ｘ４６１およびＸ４７５から調製したＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞において、フローサイトメトリーによって試験し、それぞれの患者から得られたＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞の両方が、高レベルのＣＤ２２６を発現することが示された（図６Ａおよび６Ｂ）。
【０１９６】
他の免疫抑制分子の効果を試験するために、ＣＡＲ  Ｔ細胞のＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、および他の共阻害性分子の発現を、試験過程にわたってモニタリングし、分析する。ＣＡＲ  Ｔ細胞の転写プロファイルおよび機能性を、注入の前および注入後の様々な時点において、さらに試験する。
【０１９７】
（実施例２）
ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞におけるＴＩＧＩＴ発現のｉｎ  ｖｉｔｒｏモデル
ＴＩＧＩＴを、ＲＯＲ１  ＣＡＲカセットにおいて２Ａエレメントの下流に組み込むことによって、ＴＩＧＩＴを構成的に過剰発現する、腫瘍抗原特異的ＣＤ４＋またはＣＤ８＋ＣＡＲ  Ｔ細胞モデルを発生させた。これらのＣＡＲ  Ｔ細胞を、次に、ＴＩＧＩＴリガンド（ＣＤ１５５およびＣＤ１１２）を発現する腫瘍細胞に曝露し、機能性を試験した。対照ＣＡＲ  Ｔ細胞（すなわち、ＴＩＧＩＴの構成的発現が欠如している）とは対照的に、モデル細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで腫瘍細胞に曝露したときに、ＩＦＮ−γ産生の低減によって示されるように、細胞に固有な機能的抑制を示した（図７Ａおよび７Ｂを参照されたい）。
【０１９８】
（実施例３）
ＲＯＲ−１  ＣＡＲ  Ｔ細胞におけるＴＩＧＩＴシグナル伝達活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏ研究
免疫治療に対するＴＩＧＩＴおよびＣＤ１１２Ｒの作用をさらに調査するために、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞を、ＴＩＧＩＴ／ＣＤ１１２ＲリガンドＣＤ１５５およびＣＤ１１２を発現する細胞とともに、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで培養する。発現プロファイリングを行い、機能性（ＲＯＲ１抗原での刺激後の増殖およびサイトカイン放出）を分析する。続いて、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１１２Ｒ、ＣＤ１１２、および／またはＣＤ１５５に対する遮断抗体を、単独でか、またはＰＤ−１を含む他の公知の共阻害性受容体を遮断する抗体と組み合わせて導入し、ＣＡＲ  Ｔ細胞の機能性を、再び分析する。
【０１９９】
（実施例４）
ＴＩＧＩＴ阻害によるＣＡＲ  Ｔ細胞治療のｉｎ  ｖｉｖｏモデル
抗ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞治療の効果を試験するために、ＲＯＲ１＋であるｉｎ  ｖｉｖｏ異種移植片腫瘍モデルを開発した。簡単に述べると、肺腺癌の「ＫＰ」マウスモデル（ＬＳＬ−Ｋｒａｓ＋／−ｐ５３ｆｌ／ｆｌ）（Jackson  et  al.,  Cancer  Res.  65(22):10280  (2005)）に、ＣｒｅリコンビナーゼおよびヒトＲＯＲ１（Dupage  et  al.,  Nat.  Protoc.  4(7):1064  (2009)）を有するレンチウイルスを、気管内にトランスフェクトして、マウスにおいてＲＯＲ１＋ヒト腫瘍を再現するＫＰ  ＲＯＲ１＋マウスモデルを産生した。ＫＰ  ＲＯＲ１＋マウスを、腫瘍小結節の成長についてモニタリングし（磁気共鳴画像法を使用して）、実施例１に記載されるＲＯＲ１（Ｒ１２）特異的構築物を発現するＣＡＲ  Ｔ細胞を、１ｍｍ３以上の腫瘍小結節が生じた動物に、１回投与した。抗ＲＯＲ１  ＣＡＲ  Ｔ細胞単独では、マウスにおける腫瘍成長の有意ではあるが一過的な制御が示された（図８Ａおよび８Ｂ）。投与した抗ＲＯＲ１  ＣＡＲ＋Ｔ細胞は、ＰＤ−１のレベルの増加、および驚くべきことに、動物に投与した後に、患者において観察されるものと類似のＴＩＧＩＴ発現を示した（図８Ｃ〜８Ｅ）。
【０２００】
ＣＡＲ  Ｔ細胞治療に対するＴＩＧＩＴ発現の作用をさらに研究するために、１ｍｍ３以上の腫瘍小結節を有するＫＰ  ＲＯＲ１＋マウスに、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞を、（ａ）単独で、または（ｂ）抗ＴＩＧＩＴ抗体と組み合わせて、投与する（研究群１つ当たり３〜６匹のマウス）。ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞を、ＲＯＲ１＋ＫＰマウスへの投与後の様々な時点で、取り出し、機能性について試験する。また、処置の間、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ細胞上の結合したＴＩＧＩＴの量をアッセイし、腫瘍サイズおよび血清サイトカインレベルをモニタリングして、有効性を判定する。必要に応じて、全体的な腫瘍サイズおよび形態学をもまた、試験して、ＲＯＲ１特異的ＣＡＲ  Ｔ治療後の変化（例えば、腫瘍サイズ、完全性、または両方の低減）を検出する。生存もまた、経時的に判定する。
【０２０１】
上記の様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を得ることができる。２０１７年１０月２０日出願の米国特許仮出願第６２／５７５，３２６号を含め、本明細書において言及する、および／または出願データシートに収載されている、米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許公表文献の全ては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。様々な特許、出願および公表文献の概念を利用するために必要に応じて実施形態の態様を修飾して、なおさらなる実施形態を得ることができる。
【０２０２】
上記の詳細な説明に照らして、これらおよび他の変更を実施形態に加えることができる。一般に、下記の特許請求の範囲において使用する用語は、本明細書および本特許請求の範囲において開示する特定の実施形態に、本特許請求の範囲を限定すると解釈すべきでなく、そのような特許請求の範囲に権利がある均等物の全範囲とともに全ての可能な実施形態を含むと解釈すべきである。したがって、本特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。
【図１Ａ】
2021502330.tif 000008
【図１Ｂ】
2021502330.tif 000009
【図１Ｃ】
2021502330.tif 000010
【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図８Ｅ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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