(57)【要約】多重抗原特異的細胞療法などの免疫療法から臨床的利益を得ている個体から、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体を得る方法が提供される。腫瘍特異的ＴＣＲ、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞、及び工学操作された免疫細胞を使用して疾患を処置する方法も提供される。本発明は、多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）などの免疫療法から臨床的利益を得ている個体から、腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する１つ以上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得るための、方法、組成物、及びキットを提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得る方法であって、
ａ）前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１の樹状細胞（ＤＣ）集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、
ｂ）前記第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、
ｃ）前記濃縮された活性化Ｔ細胞を、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％が、前記標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、前記第２の共培養ステップと、
ｄ）前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシングに供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて前記複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップと
を含み、
前記個体が、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された樹状細胞集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で前記個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）から臨床的利益を得ている、前記方法。
【請求項２】
前記第１の共培養ステップが、前記濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記Ｔ細胞集団の、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第１のＤＣ集団に対する比が、約３０：１以下である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第１のＤＣ集団と、前記Ｔ細胞集団とが、１種以上のサイトカイン及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第１の共培養培地中で共培養される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記濃縮ステップが、前記第１の共培養物を、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインを特異的に認識するリガンドを使用して、前記刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記サイトカインがＩＦＮγである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団との比が、約１：１〜約２０：１である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団とが、約１２〜２５日間にわたって共培養される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記第２の共培養ステップが、１種以上のサイトカイン及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第２の初期共培養培地中で、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団を、前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、前記第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗ＣＤ３抗体が、前記第２の共培養物に、前記第２の共培養ステップの開始から約３日以内に添加される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、前記第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団が、前記シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＡＰＣが、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団との比が、約１：１〜約２０：１である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団とが、約５〜９日間にわたって共培養される、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団とが、１種以上のサイトカイン及び抗ＣＤ３抗体を含む第３の共培養培地中で共培養される、請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第３の共培養ステップが繰り返される、請求項１１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、前記標的腫瘍エピトープが、前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、前記識別することと、ＡＰＣ集団を前記標的腫瘍エピトープと接触させて、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む、請求項１〜１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記次世代シーケンシングが、単一細胞シーケンシングである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記個体が、前記ＭＡＳＣＴを受けた後、部分応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＭＡＳＣＴが、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＭＡＳＣＴが、
（ｉ）１種以上のサイトカイン及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、
（ｉｉ）前記共培養の開始から約３〜７日後の前記共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、前記活性化Ｔ細胞集団を得ることと
を含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＭＡＳＣＴが、
（ｉ）前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、
（ｉｉ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＤＣ集団を培養することと
を含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＤＣ成熟培地が、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＭＡＳＣＴが、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＤＣを有効量で前記個体に投与することを含む、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記個体が、前記ＭＡＳＣＴを過去に少なくとも３回受けたことがある、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が、前記次世代シーケンシングの前に、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣで刺激される、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲが、並行して得られる、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子対のそれぞれを宿主免疫細胞内で発現させて、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞を提供することと、前記工学操作された免疫細胞の、前記標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答を評価することとをさらに含む、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
請求項２８に記載の方法を含む、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲを得る方法であって、前記ＴＣＲが、前記ＴＣＲを発現する前記工学操作された免疫細胞の、前記標的腫瘍抗原ペプチドに対する前記応答に基づいて選択される、前記方法。
【請求項３０】
前記ＴＣＲのＨＬＡ制限を判定することをさらに含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＴＣＲの親和性成熟をさらに含む、請求項２９または３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＴＣＲにおける前記ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖の対合を強化することをさらに含む、請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＴＣＲの前記発現を強化することをさらに含む、請求項２９〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記標的腫瘍抗原ペプチドが、ＣＥＡ、ＲＳＧ−５、またはＨＰＶ１８−Ｅ７に由来する、請求項２９〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法を使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲ。
【請求項３６】
腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号４、１０、及び１６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、及び１９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、及び５２のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、１９、２５、３１、３７、４３、４９、及び５５のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５８、６４、７０、７６、８７、及び９３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６１、６７、７３、７９、９０、及び９６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
【請求項３７】
請求項３６に記載の腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｄ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｅ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｆ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｇ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｈ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｊ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｋ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｌ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｍ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｎ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｏ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
【請求項３８】
腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
【請求項３９】
請求項３６〜３８のいずれか１項に記載の腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
【請求項４０】
請求項３５〜３９のいずれか１項に記載の腫瘍特異的ＴＣＲの前記ＴＣＲα鎖及び／または前記ＴＣＲβ鎖をコードする単離核酸。
【請求項４１】
請求項４０に記載の単離核酸を含むベクター。
【請求項４２】
請求項３５〜３９のいずれか１項に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ、請求項４０に記載の単離核酸、または請求項４１に記載のベクターを含む、工学操作された免疫細胞。
【請求項４３】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項４２に記載の工学操作された免疫細胞。
【請求項４４】
請求項４２または４３に記載の工学操作された免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
【請求項４５】
個体のがんを処置する方法であって、請求項４４に記載の医薬組成物を有効量で前記個体に投与することを含む、前記方法。
【請求項４６】
請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法を使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲのライブラリ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本出願は、２０１８年４月１３日に出願された国際特許出願第ＰＣＴ／ＣＮ２０１８／０８２９４７号に基づく優先権の利益を主張するものであり、その開示内容は、参照により全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
ＡＳＣＩＩテキストファイルによる配列表の提出
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの以下の提出内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる：コンピュータ可読形態（ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：７７６９０２０００３４１ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ、記録日：２０１９年４月１１日、サイズ：４２６ＫＢ）。
【０００３】
本発明は、がん免疫療法の分野に関する。特に、本発明は、がんを処置するための、ＴＣＲを得る方法、腫瘍特異的ＴＣＲ、工学操作された免疫細胞、医薬組成物、及びキットを提供する。
【背景技術】
【０００４】
血液癌とは異なり、固形腫瘍は、典型的なキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）によって認識される細胞表面抗原を欠いている。固形腫瘍の細胞内抗原は、腫瘍特異的Ｔ細胞の表面上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）によって特異的に認識されることにより、腫瘍特異的Ｔ細胞による抗腫瘍細胞傷害性を誘発する、細胞表面上のＨＬＡ−抗原エピトープ複合体として、ＨＬＡ分子によって提示されなければならない。
【０００５】
２０１８年２月までに、がんを処置するための腫瘍特異的ＴＣＲで工学操作された養子免疫細胞に関する臨床試験は７５種存在する。標的は、腫瘍関連抗原、腫瘍関連ウイルス抗原、及びネオ抗原を含む。適応症は、多くの一般的なタイプの固形腫瘍を含む。現在、臨床試験中であるＴＣＲ−Ｔ細胞の例としては、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び非小細胞肺癌を処置するためのＷＴ１／ＨＬＡ−Ａ＊０２０１複合体を標的とするＴＣＲ−Ｔ（Ｊｕｎｏ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、悪性固形腫瘍を処置するためのＭＡＧＥ−Ａ３／Ａ６／ＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１複合体を標的とするＴＣＲ−Ｔ（Ｋｉｔｅ）、ならびに悪性固形腫瘍を処置するためのＭＡＧＥ−Ａ４／ＨＬＡ−Ａ＊０２０１を標的とするＴＣＲ−Ｔ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）が挙げられる。
【０００６】
本明細書で言及するすべての公開文献、特許、特許出願、及び公開特許出願の開示内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明は、多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）などの免疫療法から臨床的利益を得ている個体から、腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する１つ以上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得るための、方法、組成物、及びキットを提供する。
【０００８】
本出願の一形態は、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１の樹状細胞（ＤＣ）集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシングに供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された樹状細胞集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）から臨床的利益を得ている、方法を提供する。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約１０：１〜約２０：１、または約１５：１または約２０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、ＩＬ−２及び抗ＰＤ−１抗体を含む。
【０００９】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、濃縮ステップは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインを特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、サイトカインはＩＦＮγである。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。
【００１０】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）とを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に添加される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体はＯＫＴ３である。いくつかの実施形態では、１種以上のサイトカインは、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、１種以上のサイトカインは、ＩＬ−２を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＳＨＲ−１２１０）である。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。
【００１１】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、約５〜９日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び抗ＣＤ３抗体を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＯＫＴ３を含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養培地は、ＩＬ−２及びＯＫＴ３を含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回、２回、または３回）。
【００１２】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数の合成腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、細胞試料からは得られない。
【００１３】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチド（複数可）、がんタイプ特異的抗原ペプチド（複数可）、及び／またはネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドを含む（例えば、ネオ抗原ペプチドからなる）。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも約５種（例えば、少なくとも約１０種、２０種、３０種、４０種、またはそれ以上）の異なる腫瘍抗原ペプチドを含む。
【００１４】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、標的腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択される腫瘍抗原に由来する。
【００１５】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。
【００１６】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、次世代シーケンシングは、単一細胞シーケンシングである。いくつかの実施形態では、次世代シーケンシングは、バルクシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップは、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のバルク試料のシーケンシング、及び複数の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の単一細胞シーケンシングを含む。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップは、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の第１の部分のバルクシーケンシングを行って、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子を提供することと、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の第２の部分の単一細胞シーケンシングを行って、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子の同族対合情報を提供することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴＣＲを提供することとを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、次世代シーケンシングの前に、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣで刺激される。
【００１７】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、部分応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）１種以上の（例えば、複数の）サイトカイン及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、（ｉｉ）共培養の開始から約３〜７日後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、（ｉｉ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することとを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを過去に少なくとも３回受けたことがある。
【００１８】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲは、並行して得られる。
【００１９】
上述の方法のうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、本方法は、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子対のそれぞれを宿主免疫細胞内で発現させて、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞を提供することと、工学操作された免疫細胞の、標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答を評価することとをさらに含む。さらに、上記の方法を使用して、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲを得る方法であって、ＴＣＲが、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞の、標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答に基づいて選択される、方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＣＲのＨＬＡ制限を判定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、アジア人に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有する。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＣＲの親和性成熟をさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＣＲにおけるＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖の対合を強化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＣＲの発現を強化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ＣＥＡ、ＲＳＧ−５、またはＨＰＶ１８−Ｅ７に由来する。
【００２０】
また、上述の方法のうちのいずれか１つを使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。
【００２１】
本出願の別の態様は、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号４、１０、及び１６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、及び１９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、及び５２のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、１９、２５、３１、３７、４３、４９、及び５５のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５８、６４、７０、７６、８７及び９３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６１、６７、７３、７９、９０及び９６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲを提供する。
【００２２】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、（ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｄ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｅ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｆ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｇ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｈ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｊ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｋ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｌ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｍ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｎ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｏ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。
【００２３】
さらに、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。
【００２４】
上述の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、腫瘍特異的ＴＣＲは、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。
【００２５】
上述の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つに係るいくつかの実施形態において、腫瘍特異的ＴＣＲは、（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。
【００２６】
また、上述の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つに係る腫瘍特異的ＴＣＲのＴＣＲα鎖及び／またはＴＣＲβ鎖をコードする単離核酸、単離核酸（複数可）を含むベクターが提供される。
【００２７】
本出願の一態様は、上述の腫瘍特異的ＴＣＲ、単離核酸、またはベクターのうちのいずれか１つに係る腫瘍特異的ＴＣＲを含む、工学操作された免疫細胞を提供する。
【００２８】
いくつかの実施形態では、免疫細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、上述の工学操作された免疫細胞のうちのいずれか１つに係る工学操作された免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物が提供される。
【００２９】
いくつかの実施形態では、個体のがんを処置する方法であって、上述の医薬組成物のうちのいずれか１つに係る医薬組成物を有効量で個体に投与することを含む、方法が提供される。
【００３０】
いくつかの実施形態では、上述の方法のうちのいずれか１つに係る方法を使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲのライブラリが提供される。
【００３１】
さらに、上述の組成物（例えば、単離核酸、ベクター、及び工学操作された免疫細胞）のうちのいずれか１つを含む、キット、医薬、及び製造品が提供される。
【００３２】
本発明のこれら及び他の態様及び利点は、続く詳細な説明及び添付の特許請求の範囲から明らかになるであろう。本明細書に記載の様々な実施形態の特性のうちの１つ、いくつか、またはすべてを組み合わせて、本発明の他の実施形態を形成してもよいことを理解されたい。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
【図１】標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲをクローニングする例示的な方法の概要を示す。
【図２】ＭＡＳＣＴで処置された転移性子宮頸癌患者の臨床データを示す。下パネルは、２０１３年１２月（いかなるＭＡＳＣＴ処置も受ける前）、２０１６年１１月（ＭＡＳＣＴで安定疾患状態を達成した後）、及び２０１７年１１月に得られた、患者のＥＣＴ結果を示す。矢印及び円は、右仙腸関節骨における転移部位を指し、ＭＡＳＣＴ処置に応じて転移性腫瘍が低減したこと、及びさらなる転移がなかったことを示している。
【図３】Ａ〜Ｂは、ＥＬＩＳＰＯＴによって判定された、カスタマイズされたＭＡＳＣＴ処置後の、子宮頸癌抗原ペプチドプール（ペプチドプール）、及びプール中の各腫瘍抗原ペプチドに対する、患者のＰＢＭＣによる特異的免疫応答を示す。Ｗ／Ｏ＝任意の抗原ペプチドによる刺激なしの応答。ＥＮＶは、無関係なペプチドを用いた実験を指す。点線は、ＩＦＮγ分泌レベルを反映する２００，０００細胞当たりのスポットによって測定される免疫応答の上昇なしの閾値を示す。Ｂは、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＲＧＳ−５、及びＣＥＡペプチドに対する患者のＰＢＭＣによる一貫して強力な免疫応答を示す。
【図４】実施例２に記載の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な方法（「方法２」）を示す。
【図５】腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の調製中の様々な時点における細胞増殖を示す。
【図６Ａ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図６Ｂ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図７】実施例２に記載の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する図４の例示的な方法の最適化（「方法２ｍ」）を示す。
【図８】腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の調製中の様々な時点における細胞増殖を示す。
【図９Ａ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図９Ｂ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図９Ｃ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図１０】腫瘍抗原ペプチドのそれぞれによって刺激された腫瘍抗原特異的細胞中のＩＦＮγ＋ＣＤ４＋及びＩＦＮγ＋ＣＤ８＋細胞のパーセンテージを示す。ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている患者由来のＰＢＭＣと、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７に由来する腫瘍抗原ペプチドのプールとを使用して、腫瘍抗原特異的細胞を調製した。
【図１１】次世代シーケンシングによって判定された様々なＴ細胞試料中のユニークなＴＣＲクローン型の頻度を示す。
【図１２】ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている患者由来の異なるＰＢＭＣ試料を使用した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞調製物におけるＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７の各ペプチドに特異的であり得るＴＣＲα及びＴＣＲβ配列のユニークなクローン型の数を要約する。クローン型は、図１１に示した様々な試料中の発現頻度パターンに基づいて選択した。結果は、バルクＴ細胞試料の次世代シーケンシングによって得られた。
【図１３】腫瘍抗原特異的Ｔ細胞による特異的免疫応答についてスクリーニングされた、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＲＧＳ−５、及びＣＥＡペプチドの断片のサブプールを示す。ＲＧＳ５−ＯＬＰ５ペプチドは、方法２及び方法２ｍを使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞による最も強力な特異的応答を誘発することが示された。
【図１４Ａ】方法２ｍを使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を、抗原ペプチド断片のサブプールのそれぞれによって刺激した後の、ＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図１４Ｂ】方法２を使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を、抗原ペプチド断片のサブプールのそれぞれによって刺激した後の、ＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図１５Ａ】実施例３に記載の方法２または方法２ｍによって調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックから腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な方法を示す。
【図１５Ｂ】実施例３に記載の方法２または方法２ｍによって調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックから腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な方法を示す。
【図１６】腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の調製中の様々な時点における細胞増殖を示す。
【図１７Ａ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図１７Ｂ】様々な共培養物試料中のＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図１８】Ａ〜Ｂは、次世代シーケンシングによって判定された様々なＴ細胞試料中のＴＣＲα及びＴＣＲβのユニークなクローン型の頻度を示す。
【図１９】単一細胞シーケンシングによって判定された、ｉＰａｉｒ  Ａｎａｌｙｚｅｒを使用したＴＣＲα及びＴＣＲβの対合の結果を示す。９６ウェルプレートにおいて対合に成功したＴＣＲα及びＴＣＲβ配列を生じさせたウェルを灰色で示し、ウェル位置番号でマークしている。ＴＣＲβ配列のみを生じさせたウェルは薄灰色で示し、ＴＣＲα配列のみを生じさせたウェルは濃灰色で示している。
【図２０】実施例２に記載の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な方法を示す。
【図２１Ａ】腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の調製中の様々な時点における細胞増殖を示す。
【図２１Ｂ】濃縮ステップの前及び後のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。
【図２２Ａ】様々な共培養物試料における細胞増殖及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図２２Ｂ】様々な共培養物試料における細胞増殖及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図２３】腫瘍特異的ＴＣＲの例示的な検証ステップを示す。
【図２４】例示的なＴＣＲ構築物を示す。
【図２５Ａ】例示的なＴＣＲ構築物の組成及び配列を示す。
【図２５Ｂ】例示的なＴＣＲ構築物の組成及び配列を示す。
【図２６Ａ】０９Ｂ０３及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２６Ｂ】０９Ｂ０３及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２６Ｃ】０９Ｂ０３及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２６Ｄ】０９Ｂ０３及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２７Ａ】Ｐ０９Ｅ０６及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２７Ｂ】Ｐ０９Ｅ０６及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２７Ｃ】Ｐ０９Ｅ０６及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２７Ｄ】Ｐ０９Ｅ０６及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２８Ａ】０９Ｂ１２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２８Ｂ】０９Ｂ１２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２８Ｃ】０９Ｂ１２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２９Ａ】０９Ｅ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２９Ｂ】０９Ｅ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図２９Ｃ】０９Ｅ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３０Ａ】１０Ｆ０４及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３０Ｂ】１０Ｆ０４及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３０Ｃ】１０Ｆ０４及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３０Ｄ】１０Ｆ０４及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３１Ａ】３３Ｄ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３１Ｂ】３３Ｄ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３１Ｃ】３３Ｄ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３２Ａ】Ｐ０９Ｂ０８及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３２Ｂ】Ｐ０９Ｂ０８及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３２Ｃ】Ｐ０９Ｂ０８及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３２Ｄ】Ｐ０９Ｂ０８及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ａ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｂ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｃ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｄ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｅ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｆ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３３Ｇ】０９Ｈ０５及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ａ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｂ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｃ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｄ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｅ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｆ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３４Ｇ】０９Ｄ０１及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ａ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｂ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｃ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｄ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｅ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｆ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３５Ｇ】３３Ａ０２及び関連するＴＣＲ構築物の検証結果を示す。
【図３６】ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって判定された、ＭＡＳＣＴ処置後の、腫瘍抗原ペプチドプール、及びプール中の各腫瘍抗原ペプチドに対する、患者のＰＢＭＣによる特異的免疫応答を示す。パーセンテージは、ペプチド濃度の低減を示す。例えば、１／２０ベースペプチドは、２０倍希釈における一般的な腫瘍抗原ペプチドのプールを示す。
【図３７】患者ＳＭＺ由来のＰＢＭＣを使用して腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な２ラウンドの方法のラウンド１のプロトコールを示す。
【図３８Ａ】ラウンド１の様々な時点における細胞増殖を示す。
【図３８Ｂ】濃縮ステップ後のＩＦＮγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ａ】ラウンド１の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ｂ】ラウンド１の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ｃ】ラウンド１の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ｄ】ラウンド１の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ｅ】ラウンド１の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図３９Ｆ】ラウンド１の終了時に得られたＩＦＮγ＋ＣＤ４＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞におけるエフェクターＴ細胞集団を示す。
【図４０】患者ＳＭＺ由来のＰＢＭＣを使用して腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な２ラウンドの方法のラウンド２のプロトコールを示す。
【図４１Ａ】ラウンド２の様々な時点におけるＴ細胞及び腫瘍特異的Ｔ細胞の数を示す。
【図４１Ｂ】ラウンド２の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図４１Ｃ】ラウンド２の様々な共培養物試料における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを示す。
【図４２】ラウンド１及びラウンド２の様々な時点におけるＴ細胞及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の数を示す。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
本出願は、多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）などの免疫療法から臨床的利益を得ている個体由来のＰＢＭＣまたはＴ細胞を使用して、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をクローニングするためのプラットフォームを提供する。本明細書に記載の方法は、Ｔ細胞と抗原負荷樹状細胞（「ＤＣ」）の共培養物から活性化Ｔ細胞を濃縮し、その後、濃縮された活性化Ｔ細胞を抗原負荷ＤＣと共培養して、バルク及び／または単一細胞シーケンシングのための腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を準備して、複数の対合したＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子を得ることを含む。Ｔ細胞の源、ならびに本明細書に記載の方法における濃縮ステップ及び共培養ステップは、次世代シーケンシングによって多く見られるＴＣＲクローン型のＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子に関する同族対合情報を得るために必須である、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の高いパーセンテージ（例えば、Ｔ細胞試料のバルクシーケンシングの場合は少なくとも約１％以上、または単一Ｔ細胞シーケンシングの場合は少なくとも１０％以上）に寄与する。腫瘍特異的ＴＣＲ、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞、及び工学操作された免疫細胞を使用してがんを処置する方法も提供される。
【００３５】
当技術分野において現在開発中及び臨床試験中のＴＣＲは、典型的に、既定の腫瘍抗原エピトープペプチドで刺激される、健康なヒトドナーのＰＢＭＣからクローニングされる。結果として、このようなＴＣＲを発現するＴ細胞で処置された患者における臨床応答は、予測不可能である。対照的に、本出願のＴＣＲは、標的腫瘍抗原ペプチドに含まれる腫瘍抗原エピトープ（複数可）を標的とするＴＣＲの抗腫瘍潜在性を示す、ＭＡＳＣＴ処置から臨床的利益を得ている個体から得られる。
【００３６】
さらに、健康なヒトドナーのＰＢＭＣからクローニングされる現在知られているＴＣＲは、それらの標的腫瘍抗原エピトープ−ＨＬＡ複合体に対して低い親和性を有する。ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖のアミノ酸配列の最適化が、ＴＣＲの親和性を向上させるために必要であり、これは、ＴＣＲの交差反応、オフターゲット副作用、及び重度の毒性のリスクを増加させる。対照的に、本出願のＴＣＲは、臨床応答を示しているがん患者を用いてクローニングされるため、本明細書に記載のＴＣＲは、親和性最適化を必要としない場合があり、したがって、臨床所における安全性プロファイルの向上が期待できる。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ある人種群の個体から、その人種群に多く見られるＨＬＡハプロタイプを反映するＨＬＡ制限を有するＴＣＲを提供するようにクローニングされる。今日の臨床試験におけるＴＣＲのほとんどは、コーカサス人集団に多く見られるＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１及びＨＬＡ−Ａ＊０２０１などのハプロタイプに対してＨＬＡ制限的である。本明細書に記載の方法は、例えば、アジア人患者の処置により効果的であり得るＨＬＡ−Ａ＊１１０１またはＨＬＡ−Ａ＊２４０２制限的ＴＣＲを含め、任意の目的の人種群に対してＨＬＡ制限的であるＴＣＲを得るために使用され得る。
【００３８】
したがって、本出願の一態様は、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１の樹状細胞（ＤＣ）集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された樹状細胞集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法を提供する。いくつかの実施形態では、複数の標的腫瘍抗原を特異的に認識するＴＣＲは、本方法において並行して得られる。
【００３９】
Ｉ．定義
本明細書において、用語は、以下に別段に定義されない限り、当技術分野で一般的に使用されているように使用される。
【００４０】
本明細書で使用される、「複数の（ａ  ｐｌｕｒａｌｉｔｙ  ｏｆ）腫瘍抗原ペプチド」、「複数の（ｍｕｌｔｉｐｌｅ）腫瘍抗原ペプチド」、「腫瘍抗原ペプチドのプール」、及び「腫瘍抗原ペプチドプール」は、２つ以上の腫瘍抗原ペプチドの組み合わせを指すように交換可能に使用される。
【００４１】
本明細書で使用される、「複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞」及び「１つ以上の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞」は、「抗原負荷抗原提示細胞」ともいう。複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（「ＡＰＣ」）は、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の腫瘍抗原ペプチドまたはそれらの断片の提示が強化されているＡＰＣである。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣは、抗原負荷ＤＣである。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣは、抗原負荷ＰＢＭＣである。
【００４２】
本明細書で使用される、「活性化Ｔ細胞」は、少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを認識するＴ細胞受容体を有する、モノクローナル（例えば、同じＴＣＲをコードする）Ｔ細胞またはポリクローナル（例えば、複数のクローンが異なるＴＣＲをコードする）Ｔ細胞の集団を指す。活性化Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、γδＴ細胞、調節性Ｔ細胞、及びメモリーＴ細胞を含むがこれらに限定されない、Ｔ細胞の１種以上のサブタイプを含み得る。
【００４３】
「腫瘍抗原特異的Ｔ細胞」及び「腫瘍特異的Ｔ細胞」は、本明細書では交換可能に使用される。
【００４４】
本明細書で使用される、「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」は、ＭＨＣ分子内で結合した特異的抗原エピトープに結合する細胞外抗原結合ドメインを含む、内在性Ｔ細胞受容体または工学操作されたＴ細胞受容体を指す。ＴＣＲは、ＴＣＲαポリペプチド鎖及びＴＣＲβポリペプチド鎖を含み得る。「腫瘍特異的ＴＣＲ」は、腫瘍細胞によって発現される腫瘍抗原を特異的に認識するＴＣＲを指す。「ＴＣＲ−Ｔ」は、組換えＴＣＲを発現するＴ細胞を指す。
【００４５】
本明細書で使用される、「免疫チェックポイント阻害剤」は、免疫細胞（例えばＴ細胞）または腫瘍細胞における阻害性免疫チェックポイント分子を阻害または遮断する薬剤（抗体を含む）を指す。「免疫チェックポイント分子」には、腫瘍細胞に対する免疫シグナルを強める分子（すなわち、「共刺激分子」）、または免疫シグナルを弱める分子（すなわち、「阻害性免疫チェックポイント分子」）が含まれる。
【００４６】
本明細書で使用される、「処置」または「処置すること」は、臨床結果を含む有益な結果または所望の結果を得るためのアプローチである。本発明の目的では、有益な臨床結果または所望の臨床結果としては、次のうちの１つ以上が挙げられるが、これらに限定されない：疾患に起因する１つ以上の症状の減少、疾患の広がりの軽減、疾患の安定化（例えば、疾患の悪化の防止または遅延）、疾患の蔓延（例えば転移）の防止または遅延、疾患の発生または再発の防止または遅延、疾患の進行の遅延または減速、病状の改善、疾患の寛解（部分的か全体的かを問わない）の提供、疾患の処置に必要な１つ以上の他の薬物の用量の減少、疾患の進行の遅延、生活の質の向上、及び／または生存期間の延長。「処置」には、がんの病理学的帰結の低減も包含される。本発明の方法は、これらの処置の態様のうちのいずれか１つ以上を想定する。
【００４７】
本明細書で使用される、がんの発症を「遅延させること」は、疾患の発症を、先送り、妨害、減速、遅滞、安定化、及び／または延期することを意味する。この遅延は、病歴及び／または処置される個体に応じて様々な期間のものであり得る。当業者には明白であるように、十分な、または著しい遅延は、個体が疾患を発症しないという意味で、実質的に予防を包含し得る。がんの発症を「遅延させる」方法は、その方法を使用しない場合と比較して、所与の時間枠内で疾患発症の可能性を低減させ、及び／または所与の時間枠内で疾患の広がりを低減させる方法である。かかる比較は、典型的には、統計的に有意な数の個体を使用する臨床研究に基づく。がん発症は、コンピュータ体軸断層撮影（ＣＡＴスキャン）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、腹部超音波検査、凝血検査、動脈造影法、または生検を含むがこれらに限定されない標準的な方法を使用して検出可能であり得る。発症とは、初期に検出不可能であり得るがん進行も指し、発生、再発、及び発病を含む。
【００４８】
「個体」、「対象」、及び「患者」という用語は、本明細書では、ヒトを含む哺乳動物を表現するために交換可能に使用される。個体としては、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ、イヌ、げっ歯類、または霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、個体はヒトである。いくつかの実施形態では、個体は、がんなどの疾患を患っている。いくつかの実施形態では、個体は、処置を必要とする。
【００４９】
当技術分野で理解されているように、「有効量」とは、所望の治療成績（例えば、がんの重症度もしくは持続期間の低減、がんの重症度の安定化、またはがんの１つ以上の症状の解消）をもたらすのに十分な、組成物（例えば、抗原負荷ＤＣ、活性化Ｔ細胞、またはＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞）の量を指す。治療用途の場合、有益な結果または所望の結果としては、例えば、疾患に起因する１つ以上の症状（生化学的、組織学的、及び／または行動学的）（その合併症及び疾患の発症中に現れる中間的な病理学的表現型を含む）の減少、疾患を患う者の生活の質の向上、疾患の処置に必要な他の薬物の用量の減少、別の薬物の効果の強化、疾患の進行の遅延、及び／または患者の生存期間の延長が挙げられる。
【００５０】
「アジュバント設定」とは、個体ががんの病歴を有しており、手術（例えば、手術切除）、照射療法、及び化学療法を含むがこれらに限定されない療法に対して、（必ずしもではないが）概ね応答している臨床設定を指す。しかしながら、個体にがんの病歴があるため、これらの個体は、疾患を発症するリスクがあると見なされる。「アジュバント設定」における処置または投与は、その後の処置様式を指す。リスクの程度（例えば、アジュバント設定における個体が「高リスク」または「低リスク」と見なされる場合）は、いくつかの要因、最も一般的には最初に処置されたときの疾患の広がりに依存する。
【００５１】
「ネオアジュバント設定」とは、本方法が一次／原因療法前に行われる臨床設定を指す。
【００５２】
本明細書で使用される、「併用療法」とは、第１の薬剤が別の薬剤と併せて投与されることを意味する。「と併せて」とは、１つの処置様式を、別の処置様式に加えて供与すること、例えば、本明細書に記載の組成物（例えば、抗原負荷ＤＣ、活性化Ｔ細胞、またはＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞）を、別の薬剤（例えば免疫チェックポイント阻害剤）の投与に加えて、同じ個体に投与することを指す。したがって、「と併せて」とは、個体に、１つの処置様式を、他の処置様式を行う前、行っている間、または行った後に供与することを指す。このような組み合わせは、単一の処置レジメンまたは管理体制の一部であると見なされる。
【００５３】
「同時投与」という用語は、本明細書で使用される場合、併用療法における第１の療法剤及び第２の療法剤が、約１５分以下、例えば約１０分以下、５分以下、または１分以下のいずれかの時間間隔をおいて投与されることを意味する。第１及び第２の療法剤が同時に投与される場合、第１及び第２の療法剤は、同じ組成物（例えば、第１及び第２の療法剤の両方を含む組成物）に含有されてもよいし、または別々の組成物に含有されてもよい（例えば、１つの組成物に第１の療法剤が含まれ、別の組成物に第２の療法剤が含有されている）。
【００５４】
本明細書で使用される、「連続投与」という用語は、併用療法における第１の療法剤及び第２の療法剤が、約１５分超、例えば約２０分超、３０分超、４０分超、５０分超、６０分超、またはそれ以上のいずれかの時間間隔をおいて投与されることを意味する。第１の療法剤または第２の療法剤のいずれが最初に投与されてもよい。第１及び第２の療法剤は、別々の組成物に含有されており、これらの組成物は、同じパッケージもしくはキットに収容されていてもよいし、または異なるパッケージもしくはキットに収容されていてもよい。
【００５５】
本明細書で使用される、「同時発生的投与」は、併用療法における第１の療法剤の投与及び第２の療法剤の投与が互いと重複することを意味する。
【００５６】
本明細書で使用される、「薬学的に許容される」または「薬理学的に適合する」とは、生物学的またはその他の点で望ましくないことのない物質を意味する。例えば、この物質は、重大な望ましくない生物学的効果を引き起こしたり、またはその物質が含まれている組成物の他の成分のうちのいずれかと有害な様式で相互作用したりすることなく、個体に投与される医薬組成物に組み込まれ得る。薬学的に許容される担体または賦形剤は、好ましくは、毒性試験及び製造試験の必要な基準を満たしており、及び／または米国食品医薬品局によって作成されたＩｎａｃｔｉｖｅ  Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ  Ｇｕｉｄｅに含まれている。
【００５７】
標的病変に基づく応答を評価するためには、以下の定義が使用され得る：「完全応答」または「ＣＲ」は、すべての標的病変の消失を指し、「部分応答」または「ＰＲ」は、標的病変の長径和（ＳＬＤ）における、ベースラインＳＬＤを基準として少なくとも３０％の減少を指し、「安定疾患」または「ＳＤ」は、処置開始以来、最小のＳＬＤを基準として、ＰＲと認定するのに十分な標的病変の収縮も、ＰＤと認定するのに十分な増加もないことを指し、「疾患進行（ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ）」または「ＰＤ」は、標的病変のＳＬＤにおける、処置開始以来に記録された最小のＳＬＤを基準として少なくとも２０％の増加、または１つ以上の新たな病変の存在を指す。
【００５８】
非標的病変を評価するためには、以下の応答評価の定義が使用され得る：「完全応答」または「ＣＲ」は、すべての非標的病変の消失を指し、「安定疾患」または「ＳＤ」は、ＣＲまたはＰＤと認定されない１つ以上の非標的病変の持続を指し、「疾患進行」または「ＰＤ」は、非標的病変（複数可）の「明白な進行」を指すか、または、１つ以上の新たな病変（複数可）の出現が、疾患進行と見なされる（非標的病変（複数可）の進行のみに基づいてある時点の個体のＰＤを評価しようとする場合、さらなる基準を満たす必要がある。
【００５９】
本明細書で使用される、「細胞」、「細胞株」、及び「細胞培養物」という用語は、交換可能に使用され、このような表記はすべて、子孫を含む。すべての子孫は、意図的または偶発的な突然変異により、ＤＮＡ含有量において厳密に同一でない場合があることが理解される。元の細胞と同じ機能または生物学的活性を有するバリアント子孫が含まれる。
【００６０】
「ペプチド」という用語は、直鎖状もしくは分枝状であってもよく、修飾されたアミノ酸を含んでいてもよく、及び／または非アミノ酸が介在していてもよい、アミノ酸約１００個以下のアミノ酸のポリマー（タンパク質の断片を含む）を指す。この用語には、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作もしくは修飾を含め、天然に、または介入によって修飾されているアミノ酸ポリマーも包含される。また、この用語には、例えば、アミノ酸の１種以上の類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）を含むペプチド、ならびに当技術分野で公知の他の修飾も含まれる。本明細書に記載のペプチドは、天然に存在するもの、すなわち天然源（例えば血液）から取得もしくは導出されるものであってもよいし、または合成されたもの（例えば、化学合成されたもの、もしくは組換えＤＮＡ技術によって合成されたもの）であってもよい。
【００６１】
本明細書で使用される「抗体」という用語は、最も広義に使用され、特に、それらが所望の生物学的活性を呈する限り、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を含む。
【００６２】
「抗体断片」は、インタクト抗体の一部分を含み、好ましくは、その抗原結合領域を含む。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；線状抗体；一本鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【００６３】
本明細書で使用される、「特異的に結合する」、「認識する」、「特異的に認識する」、「標的とする」、または「に特異的」という用語は、生体分子を含む分子の異種集団の存在下において標的の存在を決定づける、標的と抗体、または受容体とリガンド、または受容体とエピトープ／ＭＨＣ複合体の結合などの測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的エピトープに結合するかまたは特異的に結合するＴＣＲは、他のエピトープ／ＭＨＣ複合体に結合するよりも高い親和性、結合力で、より容易に、及び／またはより長い持続時間で標的エピトープ／ＭＨＣ複合体に結合するＴＣＲである。一実施形態では、ＴＣＲが無関係なエピトープ／ＭＨＣ複合体に結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定した場合の、ＴＣＲの標的エピトープ／ＭＨＣ複合体への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、標的エピトープ（すなわち、標的エピトープ／ＭＨＣ複合体）に特異的に結合するＴＣＲは、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、または０．１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態では、ＴＣＲは、異なる種に由来するタンパク質間で保存されるタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合は、排他的結合を含み得るが、必須ではない。
【００６４】
本明細書で使用される「単離核酸」という用語は、ゲノム起源、ｃＤＮＡ起源、もしくは合成起源、またはこれらのいくつかの組み合わせの核酸を意味することを意図し、その起源のため、「単離核酸」は、（１）「単離核酸」が天然に見出されるポリヌクレオチドのすべてまたは一部分とは関連していないか、（２）それが天然には連結していないポリヌクレオチドに作動可能に連結しているか、または（３）より大きな配列の一部として天然には存在しない。
【００６５】
本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態「からなる」及び／または「から本質的になる」を含むことが理解される。
【００６６】
本明細書における「約」の値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とするバリエーションを含む（及び記述する）。例えば、「約Ｘ」について言及する記述は、「Ｘ」の記述を含む。
【００６７】
本明細書で使用される「約Ｘ〜Ｙ」という用語は、「約Ｘ〜約Ｙ」と同じ意味を有する。
【００６８】
本明細書で使用される、ある値またはパラメータ「ではない」への言及は、概して、ある値またはパラメータ「以外」を意味し、記述する。例えば、本方法がタイプＸのがんを処置するために使用されないとは、本方法がＸ以外のタイプのがんを処置するために使用されることを意味する。
【００６９】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」という単数形は、文脈上特に明記されていない限り複数の参照対象を含む。
【００７０】
ＩＩ．腫瘍特異的ＴＣＲを得る方法
本出願は、免疫療法から臨床的利益を得ている個体のＰＢＭＣまたはＴ細胞から、１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得る方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫療法は、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片を特異的に認識する活性化Ｔ細胞を有効量で個人に投与することを含む、養子Ｔ細胞療法である。いくつかの実施形態では、免疫療法は、１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された樹状細胞集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む、多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）である。いくつかの実施形態では、単一の標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片（例えば、標的腫瘍エピトープ）を特異的に認識するＴＣＲが得られる。いくつかの実施形態では、複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲが、本方法を使用して同時に得られる。
【００７１】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含み、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答し、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団が、ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｉｉ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｉｉｉ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップとによって調製され、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。
【００７２】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることと、ｂ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することとを含み、濃縮された活性化Ｔ細胞集団が、ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｉｉ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップとから調製され、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。
【００７３】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、個体由来のＴ細胞集団とを含む第１の共培養物を、濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることと、ｂ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることと、ｃ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。
【００７４】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、ＩＬ−２及び抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、少なくとも約６か月間（例えば、少なくとも約１年間、２年間、またはそれ以上）にわたり、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００７５】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインまたは細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、ＩＦＮγを特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、複数のサイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（Ｓ��）を有する。
【００７６】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３（例えば、ＯＫＴ−３）抗体と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２の��Ｃ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００７７】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第３の共培養ステップと、ｅ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの��施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００７８】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、濃縮ステップと、ｃ）免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と、約５〜９日間（例えば、７日間）にわたって共培養し、第３の共培養物に、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団を添加し、約５〜９日間（例えば、７日間）にわたって培養し、この共培養物に、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第３のＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団を添加し、約５〜９日間（例えば、７日間）にわたって培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第３の共培養ステップと、ｅ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサ��トカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣとは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００７９】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップと、ｄ）標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとを含む、スクリーニングステップと、ｅ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第３の共培養ステップと、ｆ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細��集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００８０】
本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つを使用して、第１の共培養ステップ、濃縮ステップ、及び第２の共培養ステップにおいて、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）を使用することにより、複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲを並行して得ることができる。いくつかの実施形態では、個々の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）を、第３の共培養ステップで使用して、シーケンシングのための個々の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を調製する。いくつかの実施形態では、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）を、第３の共培養ステップで使用して、シーケンシングのためのプールされた腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を調製する。いくつかの実施形態では、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、またはそれ以上のうちのいずれか１つの標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲが、本方法を使用して得られる。
【００８１】
したがって、いくつかの実施形態では、複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、複数の標的腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｄ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含み、個体が、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（「ＭＡＳＣＴ」）から臨床的利益を得ている、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活��化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００８２】
ＴＣＲは、本明細書の「ＭＡＳＣＴ」のセクションに記載されるＭＡＳＣＴ方法のうちのいずれか１つまたは組み合わせを含むＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている任意の個体からクローニングすることができる。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、少なくとも約６か月間（例えば、少なくとも約１年間、２年間、またはそれ以上）にわたり、部分応答（ＰＲ）を有する。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、少なくとも約６か月間（例えば、少なくとも約１年間、２年間、またはそれ以上）にわたり、完全応答（ＣＲ）を有する。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴを受けた後、安定疾患（ＳＤ）を有する。
【００８３】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）必要に応じて、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、第１のＴ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｃ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することと、ｄ）活性化Ｔ細胞の投与後にＰＲ、ＣＲ、またはＳＤを達成した後、個体から第２のＴ細胞集団を得ることと、ｅ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、第２のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｆ）共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｇ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｈ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける第２のＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、第２のＴ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン��とを含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。
【００８４】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、ｃ）必要に応じて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、第１のＴ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｅ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することと、ｆ）活性化Ｔ細胞の投与後にＰＲ、ＣＲ、またはＳＤを達成した後、個体から第２のＴ細胞集団を得ることと、ｇ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、第２のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｈ）共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｉ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｊ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける第２のＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、第２のＴ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。
【００８５】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）任意選択で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、第１のＴ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、共培養の開始から約３〜７日（例えば、約５日）後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｃ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することと、ｄ）活性化Ｔ細胞の投与後にＰＲ、ＣＲ、またはＳＤを達成した後、個体から第２のＴ細胞集団を得ることと、ｅ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、第２のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｆ）共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｇ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｈ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける第２のＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、第２のＴ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間��わたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。
【００８６】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、ｃ）必要に応じて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、第１のＴ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、共培養の開始から約３〜７日（例えば、約５日）後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｅ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することと、ｆ）活性化Ｔ細胞の投与後にＰＲ、ＣＲ、またはＳＤを達成した後、個体から第２のＴ細胞集団を得ることと、ｇ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、第２のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｈ）共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、ｉ）濃縮された活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、または少なくとも約５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、第２の共培養ステップと、ｊ）腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシング（例えば、単一細胞シーケンシング）に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップとを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける第２のＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、第２のＴ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、複数の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＤＣまたはＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、２：１、または４：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第２の初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約４：１）である。いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは繰り返される（例えば、１回または２回）。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、標的腫瘍エピトープが、濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、識別することと、ＡＰＣ集団を標的腫瘍エピトープと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む。
【００８７】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＭＡＳＣＴ方法に応答する個体、例えば、ＭＡＳＣＴ後に低減したＣＴＣ数または低いＣＴＣ数を有する個体、安定疾患（ＳＤ）、完全応答（ＣＲ）、または部分応答（ＰＲ）の臨床評価を有する個体からクローニングされる。いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも約６か月間（例えば、少なくとも約１年間、２年間、またはそれ以上）にわたってＰＲ、ＣＲ、またはＳＤの状態を保つ。いくつかの実施形態では、個体は、標的腫瘍抗原ペプチドに対する強力な特異的免疫応答を有する。標的腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、例えば、標的腫瘍抗原ペプチドによる刺激の後、Ｔ細胞（またはＰＢＭＣ）からの細胞傷害性因子（例えばパーフォリンまたはグランザイムＢ）またはサイトカイン（例えばＩＦＮγまたはＴＮＦα）の放出レベルを測定することによって判定することができる。ＥＬＩＳＰＯＴなどの抗体ベースのアッセイを使用して、細胞傷害性因子またはサイトカイン（例えばＩＦＮγ）のレベルを定量化してもよい。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドに応じたＴ細胞（またはＰＢＭＣ）からのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）の放出レベルを、ベースラインサイトカイン放出レベルなどの基準、または無関係なペプチドに応じたＴ細胞（またはＰＢＭＣ）からの非特異的サイトカイン放出レベルに対して正規化して、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）の変化倍率値を提供する。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける、約１．２超、１．５超、２超、２．５超、３超、４超、５超、６超、８超、１０超、またはそれ以上のうちのいずれかのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）の変化倍率値は、標的腫瘍抗原ペプチドに対する強力な特異的免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、ＴＣＲをクローニングする方法は、個体における、例えば個体のＰＢＭＣ試料における、複数の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれの特異的免疫応答を判定することをさらに含む。
【００８８】
Ｔ細胞は、ＭＡＳＣＴを受けた後の個体由来の生体試料から単離され得る。いくつかの実施形態では、生体試料は、１サイクルのＭＡＳＣＴ後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体試料は、少なくとも２、３、４、５、またはそれ以上のいずれかのサイクルのＭＡＳＣＴ後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体試料は、ＭＡＳＣＴを受けた後、少なくとも約１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、２か月後、または３か月後のいずれかの個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体試料は、ＭＡＳＣＴを受けた後、約６か月以内、３か月以内、２か月以内、１か月以内、またはそれ未満のいずれかの個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体試料は、血液試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は、ＰＢＭＣ試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は、Ｔ細胞試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は、ＣＴＬを含有する腫瘍試料である。Ｔ細胞は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、例えば、フローサイトメトリーまたは遠心分離方法によって、生体試料から単離され得る。いくつかの実施形態では、生体試料から得られた複数のＴ細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答について、例えば、マルチマー（例えばペンタマーまたはデキストラマー）での染色によって、または細胞による細胞傷害性因子（例えばパーフォリンまたはグランザイムＢ）もしくはサイトカイン（例えばＩＦＮγまたはＴＮＦα）の放出レベルを判定することによってスクリーニングされる。
【００８９】
Ｔ細胞が特異的に認識する標的腫瘍抗原ペプチドは、ＭＡＳＣＴのために使用される腫瘍抗原ペプチドプール（複数可）のうちの任意の腫瘍抗原ペプチドまたはその断片であり得る。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ制限エピトープを含む。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩ制限エピトープを含む。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、一般的ながん腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、がんタイプ特異的な腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択される腫瘍抗原に由来する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドは、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、またはＨＰＶ１８−Ｅ７に由来するエピトープを含む。
【００９０】
任意の公知の次世代シーケンシング方法を使用して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞をシーケンシングし、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を提供することができる。いくつかの実施形態では、次世代シーケンシングは、単一細胞次世代シーケンシングである。いくつかの実施形態では、次世代シーケンシングは、バルク次世代シーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップは、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のＴＣＲの免疫レパートリーの次世代シーケンシングを含む。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップは、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子を腫瘍抗原特異的Ｔ細胞（例えば、単一細胞または細胞集団）から増幅させて、増幅させた核酸の試料を準備し、増幅させた核酸を次世代シーケンシングに供することを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子は、既知のＴＣＲ可変ドメインに特異的にアニーリングするプライマーを用いたＰＣＲ法を使用して増幅させる。いくつかの実施形態では、アンプリコンレスキュードマルチプレックス（ａｍｐｌｉｃｏｎ  ｒｅｓｃｕｅｄ  ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）ＰＣＲ（またはａｒｍ−ＰＣＲ）を使用して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子を増幅させる。例えば、米国特許第７，９９９，０９２号を参照されたい。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を、バルク次世代シーケンシングデータ及び単一細胞次世代シーケンシングの両方に供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別する。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップは、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の第１の部分のバルクシーケンシングを行って、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子を提供することと、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の第２の部分の単一細胞シーケンシングを行って、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子の同族対合情報を提供することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて複数のＴＣＲを提供することとを含む。
【００９１】
ＩＰＡＲ（登録商標）（ｉＲｅｐｏｒｔｏｉｒｅ）、ＩＭＭＵＮＯＳＥＱ（商標）（Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ＳＭＡＲＴＥＲ（登録商標）ヒトＴＣＲａ／ｂプロファイリングキット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）、ＩＯＮ  ＡＭＰＬＩＳＥＱ（登録商標）免疫レパートリー、及びＡｓｓａｙ  Ｐｌｕｓ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）を含むがこれらに限定されない、市販のキット及びサービスが、ＴＣＲの単一細胞次世代シーケンシングに利用可能である。例えば、ＩＰＡＲ（登録商標）の方法は、２ステップのＰＣＲ増幅の後に次世代シーケンシングを含む。簡潔に述べると、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の試料を、１つ以上の９６ウェルプレートにおける単一細胞播種に供する。第１のＰＣＲステップでは、共通の順方向及び逆方向の結合部位が内側のプライマーの５’末端に含まれる、ＴＣＲのアルファ遺伝子座及びベータ遺伝子座の両方をカバーするネステッドマルチプレックスプライマーを用いて、９６ウェルプレートの各ウェルでＲＴ−ＰＣＲを行う。Ｃ領域遺伝子プライマーにはインラインバーコードが含まれ、これがプレート識別子として機能するため、複数の９６ウェルプレートをシーケンシングフローセルにおいてマルチプレックス化することができる。ＲＴ−ＰＣＲの後、生成物を回収する。第２のＰＣＲは、第１のＰＣＲ中に導入されたアダプターを完成させ、プレートの位置情報を提供する、デュアルインデックスプライマーを用いて行う。このステップでは、各ウェル、ひいては各単一細胞をユニークにバーコード化する。いくつかの場合では、残りの細胞（単一細胞播種に供していない細胞）のＲＮＡに対して、各鎖のバルク次世代シーケンシングも行う。ＩＰＡＲ（登録商標）Ａｎａｌｙｚｅｒソフトウェアを使用して、シーケンシングデータを分析する。このソフトウェアは、単一細胞シーケンシングデータのバルクシーケンシングデータとの容易な比較も支援する。ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子の同族対合情報が、ＩＰＡＲ（登録商標）Ａｎａｌｙｚｅｒによって判定した各ウェルにおけるデータに基づいて得られる。また、例えば、内容が参照により本明細書に組み込まれる、ｉＰａｉｒ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  Ｕｓｅｒ’ｓ  Ｇｕｉｄｅ，ｉＲｅｐｅｒｔｏｉｒｅ  Ｉｎｃ．（ｄｏｃｓ．ｗｉｘｓｔａｔｉｃ．ｃｏｍ／ｕｇｄ／ｃ９ｆ２３１＿３ｃ３２２ｄ１３１ｃ０８４ｅ９０８ｅｅａ０３９ｃ４２３０４ｆｆ７．ｐｄｆ）を参照されたい。
【００９２】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、次世代シーケンシングの前に、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）で刺激される（すなわち、刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞）。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣで刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、次世代シーケンシングのためのＩＦＮγ＋Ｔ細胞を単離するためにソートされる。いくつかの実施形態では、対照Ｔ細胞集団を次世代シーケンシングに供して、ベースラインＴＣＲα及びＴＣＲβクローン型プロファイルを提供する。いくつかの実施形態では、対照Ｔ細胞集団は、個体由来の未刺激のＰＢＭＣである。いくつかの実施形態では、対照Ｔ細胞集団は、１つ以上の無関係なペプチドで刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のシーケンシングデータにおいてのみ識別されるが、対照Ｔ細胞集団のシーケンシングデータでは識別されないＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子が、腫瘍特異的ＴＣＲを提供するために選択される。いくつかの実施形態では、刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のシーケンシングデータにおいて、対照Ｔ細胞集団のシーケンシングデータの少なくとも約２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上のうちのいずれか１つの頻度で存在するＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子が、腫瘍特異的ＴＣＲを提供するために選択される。
【００９３】
いくつかの実施形態では、個体由来の複数のＴ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ）は、ＭＡＳＣＴ処置後の異なる時点で得られる。各Ｔ細胞集団を使用して調製された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞から一貫して識別されたＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子が、腫瘍特異的ＴＣＲを提供するために選択される。いくつかの実施形態では、個体由来のＴ細胞の様々な試料を使用して調製された２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、またはそれ以上）の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のシーケンシングデータにおいてＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子が見出され、かつ、これらのＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子が単一細胞シーケンシングによって対合される場合、このＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の対が、腫瘍特異的ＴＣＲを提供するために選択される。
【００９４】
本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つは、次のステップ：（ｉ）ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子対のそれぞれを宿主免疫細胞内で発現させて、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞をもたらし、工学操作された免疫細胞の、標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答を評価すること、（ｉｉ）各ＴＣＲによって認識される抗原エピトープを判定すること、（ｉｉｉ）各ＴＣＲのＨＬＡ制限（ＭＨＣ  ＩまたはＭＨＣ  ＩＩ制限を含み、必要に応じてＨＬＡハプロタイプ制限を含む）を判定すること、（ｉｖ）各ＴＣＲの結合力及び交差反応性を判定すること、（ｖ）各ＴＣＲの親和性成熟、（ｖｉ）各ＴＣＲにおけるＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖の対合を強化すること、ならびに（ｖｉｉ）各ＴＣＲの発現を強化することのうちの１つ以上を含み得る。ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体由来の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る例示的な方法の概要を、図１に示す。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の各対を含む単離核酸が合成される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の各対について、ＴＣＲα遺伝子をコードする第１の単離核酸と、ＴＣＲβ遺伝子をコードする第２の単離核酸とが合成される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子は、コドン最適化される（例えば、ヒト細胞における発現のために）。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子のそれぞれは、プロモーターに作動可能に連結している。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子は、同じプロモーターに作動可能に連結している。いくつかの実施形態では、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子は、異なるプロモーターに作動可能に連結している。いくつかの実施形態では、単離核酸は、例えばウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターなどのベクターに組み込まれる。
【００９６】
いくつかの実施形態では、単離核酸は、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子によってコードされるＴＣＲを発現させるために、（例えばウイルスベクターによって、または物理的もしくは化学的な方法によって）宿主免疫細胞（例えばＴ細胞）に形質導入される。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、ＣＤ３＋細胞である。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、ＰＢＭＣ、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、及び調節性Ｔ細胞からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲを発現する宿主免疫細胞は、標的腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答について、検証のためにアッセイされる。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、細胞株に由来する。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、初代細胞である。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、がん患者に由来する。いくつかの実施形態では、宿主免疫細胞は、健康なドナーに由来する。
【００９７】
さらに、本明細書に記載の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴＣＲを得る方法のうちのいずれか１つを使用して、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲを得る方法であって、ＴＣＲが、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞の、標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答に基づいて選択される、方法が提供される。
【００９８】
ＴＣＲのＨＬＡ制限は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して判定することができる。例えば、Ｌａｒｃｈｅ  Ｍ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．（２００８），１３８：５７−７２を参照されたい。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩ制限されている。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩＩ制限されている。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、アフリカ人、アフリカ系アメリカ人、アジア人、コーカサス人、ヨーロッパ人、ヒスパニック、パシフィックアイランダーなどを含むがこれらに限定されない、ある特定の人種群に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有する。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、アジア人に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有し、例えば、ＨＬＡ−Ａ＊１１０１またはＨＬＡ−Ａ＊２４０２制限されたＴＣＲである。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、コーカサス人に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有し、例えば、ＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１またはＨＬＡ−Ａ＊０２０１制限されたＴＣＲである。
【００９９】
ここで得られるＴＣＲは、ＴＣＲの物理的／化学的特性及び／または機能を向上させるようにさらに工学操作されてもよい。例えば、工学操作された腫瘍特異的ＴＣＲは、強化された発現レベル、向上した安定性、ＭＨＣ−標的腫瘍特異的抗原ペプチド複合体に対する強化された結合親和性、及び／または強化されたシグナル伝達を有し得る。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲを使用した免疫療法処置を受ける個体のＭＨＣサブタイプに基づいて工学操作される。いくつかの実施形態では、工学操作は、ＴＣＲの可変領域における１つ以上の位置を突然変異させることを含む。いくつかの実施形態では、工学操作は、ＴＣＲの１つ以上のドメインまたは断片を含む融合タンパク質を提供することを含む。いくつかの実施形態では、ＴＣＲのＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖は、対合が強化されるように工学操作され得る。エピトープの判定、親和性成熟、結合力及び交差反応性の判定、発現強化、ならびに対合強化のための、当技術分野で公知の任意の方法が使用され得る。
【０１００】
本明細書に記載される抗原負荷ＡＰＣを調製するためのステップ及びパラメータ、第１、第２、及び第３の共培養ステップ、濃縮ステップ、シーケンシングステップ、ＭＡＳＣＴなどのいずれも、ありとあらゆる組み合わせが個々に記載されているかのように、互いと組み合わされ得ることが意図される。
【０１０１】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する方法
本出願は、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、濃縮された活性化Ｔ細胞集団またはストックの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）（本明細書では「抗原負荷ＡＰＣ」という）の集団と共培養することを含み、濃縮された活性化Ｔ細胞集団またはストックの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、全体が参照により本明細書に組み込まれる国際特許出願第ＰＣＴ／ＣＮ２０１８／０８２９４５号に記載されている方法のうちのいずれか１つを使用して得られる。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と共培養することを含み、濃縮された活性化Ｔ細胞集団が、第１の共培養物を濃縮プロセスに供することによって調製され、第１の共培養物が、Ｔ細胞集団と、腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団とを含み、第１の共培養物中のＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、本方法は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む初期共培養培地中で、抗原負荷ＤＣ集団を、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、共培養物を準備することと、共培養物に、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）と、必要に応じて１種以上のサイトカインとを添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養物に、共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることであり、第１の共培養物が、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを含む、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｂ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を得ることとを含み、ステップａ）におけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、本方法は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、本方法は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、本方法は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を得ることとを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）第１のＤＣ集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を得ることと、ｂ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｃ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、濃縮ステップと、ｄ）第２の樹状細胞集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団を得ることと、ｅ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を得ることとを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）第１のＤＣ集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を得ることと、ｂ）ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を培養することと、ｃ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｄ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、濃縮ステップと、ｅ）第２のＤＣ集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、第２の抗原負荷ＤＣ集団を得ることと、ｆ）ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を培養することと、ｇ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を提供することとを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の���原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、第１のＤＣ集団及び／または第２のＤＣ集団は、ＰＢＭＣからの単球集団の分化を誘導することによって得られる。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と共培養することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、本明細書に記載のＴＣＲをクローニングするためのＴ細胞を調製する方法のうちのいずれか１つを使用して得られる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体のＰＢＭＣから得られる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、１：２、または１：４）である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、約５〜９（例えば約７）日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、共培養は、例えば、１回または２回繰り返される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックから得られる。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、ａ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、活性化Ｔ細胞を含む第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、ｂ）第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、濃縮ステップと、ｃ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、第１の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップと、ｄ）第１の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団のうちの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞亜集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第３のＡＰＣ（例えば、ＤＣ、ＰＢＭＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団と共培養することにより、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を提供することを含む、第３の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞亜集団と、第３の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１、１：２、または１：４）である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞亜集団と、第３の抗原負荷ＤＣ集団とは、約５〜９（例えば、約７）日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞亜集団と、第３の抗原負荷ＤＣ集団は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）及び抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を含む第３の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは、例えば、１回、２回、または３回繰り返される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞亜集団は、第１の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団の凍結ストックから得られる。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、濃縮ステップの前に約７日間以下（例えば約１〜３日間、例えば約３日間）にわたって行われる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下（例えば、約２０：１、１５：１、または１０：１）である。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の共培養培地中で共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１（例えば、約１：１または約２：１）である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１２〜２５日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、本方法は、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団を、Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、第２の共培養物に、第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。
【０１１１】
ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞を調製する例示的な方法、または腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する例示的な方法は、図４、７、及び１５Ａ〜１５Ｂに例示され、実施例２〜３に記載される。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、（ａ）個体由来のＰＢＭＣ集団に由来するＤＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣを得ることと、（ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の初期共培養培地中で、Ｔ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ中に存在するもの）と、第１の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養することを含む、第１の共培養ステップと、（ｃ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む、濃縮ステップと、（ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養物の開始から約１日〜約３日（例えば、約２日）後の第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加することにより、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を提供することとを含む、第２の共培養ステップとを含み、第１の共培養ステップにおけるＴ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ＤＣ成熟培地中で約８〜約１２日間にわたって培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２０：１である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約２〜３日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１５〜２０日間（例えば、約１６日間）にわたって共培養される。例示的な方法を図４及び７に示す。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団を調製する方法であって、（ａ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び抗ＣＤ３抗体を含む共培養培地中で、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団と、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養して、第１の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることと、（ｂ）第１の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＡＰＣ集団と、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養することにより、ＴＣＲクローニングのための第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を提供することとを含み、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団が、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体から得られ、ＴＣＲクローニングのためのＴ細胞集団の少なくとも約１０％（例えば、少なくとも２０％または５０％）が、標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、刺激ステップは、１回または２回繰り返される。いくつかの実施形態では、本方法は、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が負荷された第３のＡＰＣ集団と、約５〜９日間（例えば、約７日間）にわたって共培養することにより、第３の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を提供することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、フィーダー細胞ありまたはなしのＬＣＬ細胞である。いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、ＤＣである。いくつかの実施形態では、共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＯＫＴ３を含む。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣと、第１、第２、または第３の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団との比は、約１：１〜約１：１０（例えば、約１：４）である。例示的な方法を図１５Ａ〜１５Ｂに示す。
【０１１４】
シーケンシングステップに使用される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、標的腫瘍抗原ペプチドまたはそのエピトープに特異的に応答するＴ細胞のパーセンテージが高い。例えば、シーケンシングステップに使用される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上のうちのいずれか１つが、標的腫瘍抗原ペプチドまたはそのエピトープに特異的に応答する。いくつかの実施形態では、シーケンシングステップに使用される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の約２０〜９０％、２０〜５０％、５０〜９５％、２０〜８０％、５０〜７０％、４０〜６０％、または４０％〜８０％のうちのいずれか１つが、標的腫瘍抗原ペプチドまたはそのエピトープに特異的に応答する。Ｔ細胞は多数のＴＣＲα及びＴＣＲβクローン型を発現するため、腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答し得るＴ細胞の高いパーセンテージは、ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の成功した同族対合情報を得るために重要である。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団の任意の実施形態における腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、インビボまたはエクスビボで１つ以上の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を誘発することができる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、ヒト個体における１つより多くの腫瘍抗原ペプチドに対する細胞傷害性Ｔ細胞活性を増加させることができる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドにより刺激した際の、炎症促進性シグナル分子の高い発現または分泌レベルによって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、発現または分泌レベルは、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドで刺激した際の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の分子（例えば炎症促進性シグナル分子）の発現または分泌レベルを、無関係なペプチドで刺激した際の発現または分泌レベルと比較することによって判定される。いくつかの実施形態では、分子の対照発現または分泌レベルは、同じアッセイ条件下で測定した、対照Ｔ細胞集団における分子の発現または分泌レベルである。いくつかの実施形態では、対照Ｔ細胞集団は、１つ以上の無関係なペプチド（例えば、Ｔ細胞受容体抗原に応答しないペプチド、またはランダムなペプチド）によって誘導されたＴ細胞集団である。いくつかの実施形態では、分子の対照発現または分泌レベルは、複数の対照Ｔ細胞集団における分子の発現または分泌レベルの平均または中央値である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞における分子の高レベルの発現または分泌は、対照発現または分泌レベルの少なくとも約１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上のうちのいずれかである。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドで刺激されると、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、パーフォリン、またはそれらの任意の組み合わせなど、複数の炎症促進性分子を発現する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドで刺激されると、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上のうちのいずれか１つのパーセンテージの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が、ＩＮＦ−γを分泌する。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドで刺激されると、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上のうちのいずれか１つのパーセンテージの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が、ＴＮＦ−αを分泌する。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、（ａ）個体由来のＰＢＭＣ集団に由来するＤＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、第１の抗原負荷ＤＣ集団を得ることと、（ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の初期共培養培地中で、Ｔ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ中に存在するもの）と、第１の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養することと、第１の共培養開始から約７日以内に（例えば、約５日で）、第１の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加して、第１の共培養物を得ることとを含む、第１の共培養ステップと、（ｃ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む、濃縮ステップと、（ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）、及び抗ＣＤ３抗体を含む共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団とを共培養することにより、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を提供することを含む、第２の共培養ステップとを含む、ステップによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２０：１である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約１３〜１４日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約９〜１３日間にわたって共培養される。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、（ａ）個体由来のＰＢＭＣ集団に由来するＤＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣを得ることと、（ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の初期共培養培地中で、Ｔ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ中に存在するもの）と、第１の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養することを含む、第１の共培養ステップと、（ｃ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む、濃縮ステップと、（ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）、及び抗ＣＤ３抗体を含む共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養することにより、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を提供することを含む、第２の共培養ステップとを含む、ステップによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ＤＣ成熟培地中で約８〜約１２日間にわたって培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１５：１である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約３〜４日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１３〜２３日間にわたって共培養される。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、（ａ）個体由来のＰＢＭＣ集団に由来するＤＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣを得ることと、（ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の初期共培養培地中で、Ｔ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ中に存在するもの）と、第１の抗原負荷樹状細胞集団とを共培養することを含む、第１の共培養ステップと、（ｃ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む、濃縮ステップと、（ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養の開始から約１日〜約３日（例えば、約２日）後の第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加することにより、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を提供することとを含む、第２の共培養ステップとを含む、ステップによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ＤＣ成熟培地中で約８〜約１２日間にわたって培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２０：１である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約２〜３日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１５〜２０日間（例えば、約１６日間）にわたって共培養される。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、（ａ）個体由来のＰＢＭＣ集団に由来するＤＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣを得ることと、（ｂ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第１の初期共培養培地中で、Ｔ細胞集団（例えば、ＰＢＭＣ中に存在するもの）と、第１の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養することを含む、第１の共培養ステップと、（ｃ）第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることとを含む、濃縮ステップと、（ｄ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む第２の初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とを共培養して、第２の共培養物を得ることと、第２の共培養の開始から約１日〜約３日（例えば、約２日）後の第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加することにより、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を提供することとを含む、第２の共培養ステップとを含む、ステップによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ＤＣ成熟培地中で約８〜約１２日間にわたって培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２０：１である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約２〜３日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第１の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約２：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１５〜２０日間（例えば、約１６日間）にわたって共培養される。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、本方法は、免疫療法（例えば、ＭＡＳＣＴ）を過去に受けたことがある個体から得られたＰＢＭＣを使用して、シーケンシングステップで使用される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、本方法は、ａ）個体由来の第１のＰＢＭＣ集団を、標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣ集団を提供することと、ｂ）標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣ集団を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を提供することと、ｃ）必要に応じて、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＡＰＣ集団を提供することと、ｄ）濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、抗原負荷ＡＰＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、共培養ステップとを含む。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスの前に、約５日間以下、４日間以下、３日間以下、２日間以下、または１日間以下にわたり、ＰＢＭＣを標的腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、第１の共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）または細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）、免疫チェックポイント阻害剤、及び抗ＣＤ３抗体を含む共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、抗原負荷ＡＰＣ集団と共培養することを含む。いくつかの実施形態では、共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、抗原負荷ＡＰＣ集団と共培養して、共培養物を準備することと、共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養の開始から約１〜３日後の共培養物に添加される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ集団とは、合計約１２〜２５日間にわたって共培養される。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、新たに得られる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、ＰＢＭＣの凍結ストックを解凍することによって得られる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは自家性である。すなわち、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを例えばＩＬ−２、ＧＭ−ＣＳＦなどのサイトカインと接触させて、同時発生的に、または接触ステップ後に、ＰＢＭＣにおけるある特定の細胞（例えばＤＣ、Ｔ細胞、またはそれらの組み合わせ）の分化、成熟、または増殖を誘導する。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、（ａ）ＰＢＭＣ集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させて、刺激されたＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激されたＰＢＭＣ集団から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）を含む初期共培養培地中で、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とを共培養して、第１の共培養物を得ることと、第１の共培養の開始から約１日〜約３日（例えば、約１日または２日）後の第１の共培養物に抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）を添加することにより、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を提供することとを含む、共培養ステップとを含む、ステップによって調製される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、凍結ストックから得られる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、個体から新たに得られる。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、ＰＢＭＣ集団を標的腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１である。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＤＣ集団とは、約７〜約２１日間にわたって共培養される。
【０１２５】
共培養
本明細書に記載の方法及びＭＡＳＣＴ方法は、１つ以上（例えば１つ、２つ、３つ、またはそれ以上）の共培養ステップを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することを含む、第１の共培養ステップを含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおいて、Ｔ細胞集団は、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、約７日間以下、例えば約１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、または７日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、約１〜３日間、例えば約２〜３日間にわたって共培養される。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第１の共培養培地中で、第１の抗原負荷ＤＣ集団とＴ細胞集団とを共培養することを含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含む。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含まない。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第１の初期共培養培地中で、第１の抗原負荷ＤＣ集団とＴ細胞集団とを共培養して、第１の共培養物を準備することと、第１の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することとを含む。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、本方法は、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と共培養することを含む、第２の共培養ステップを含む。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップにおいて、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、合計少なくとも約２日間、４日間、６日間、８日間、１０日間、１２日間、１４日間、１６日間、１８日間、２０日間、２２日間、２４日間、２６日間、２８日間、または３０日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団は、第２の抗原負荷ＤＣ集団と、約１２日間〜約２５日間、例えば約１２〜１５日間、１５〜１８日間、１８〜２１日間、１５〜２０日間、２０〜２５日間、１５日間、１８日間、１９日間、２０日間、２１日間、または２２日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２０、２５、またはそれ以上のいずれか１つの日数にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で、約８〜１８日間、１０〜２０日間、１〜２５日間、または１２〜２５日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。いくつかの実施形態では、濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団とは、約１〜５日間、例えば約１日間、２日間、または３日間にわたって、抗ＣＤ３抗体なしで最初に共培養される。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）、免疫チェックポイント阻害剤を含む第２の共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団と、濃縮された活性化Ｔ細胞集団とを共培養することを含む。いくつかの実施形態では、第２の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含む。いくつかの実施形態では、第２の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含まない。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第２の初期共培養培地中で、第２の抗原負荷ＤＣ集団と、濃縮された活性化Ｔ細胞集団とを共培養して、第２の共培養物を準備することと、第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することとを含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する方法は、（１）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１のＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することを含む、第１の共培養ステップと、（２）複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を共培養することを含む、第２の共培養ステップとを含む。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、本方法は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチド（またはそのエピトープ）が負荷されたＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団と共培養することを含む、第３の共培養ステップを含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは、さらなる腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得るために、１回以上（例えば、１回、２回、３回、４回、５回、６回、またはそれ以上）繰り返される。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップを繰り返すことは、第３の共培養ステップから得られた腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の一部分を、第２の抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団と共培養することを含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップを繰り返すことは、第３の共培養物に、新鮮な抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団を、約５〜９日（例えば、約７日）毎の間隔で添加することを含む。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップにおいて、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団とは、少なくとも約２日間、４日間、６日間、８日間、１０日間、１２日間、１４日間、１６日間、１８日間、２０日間、または１４日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団とは、約５日間〜約１５日間、例えば約５〜９日間、７〜１０日間、１０〜１２日間、１２〜１５日間、７日間、８日間、９日間、１０日間、１１日間、１２日間、１３日間、または１５日間のうちのいずれか１つにわたって共培養される。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第３の共培養培地中で、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団と、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団とを共培養することを含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含まない。いくつかの実施形態では、第３の共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含む。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップは、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第３の初期共培養培地中で、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、またはＬＣＬなどの細胞株ＡＰＣ）集団と、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団とを共培養して、第３の共培養物を準備することと、第３の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することとを含む。
【０１３４】
各共培養ステップの共培養培地または初期共培養培地は、同じであっても異なっていてもよい。特記なき限り、「共培養」のサブセクションで論じられる「共培養培地」は、第１、第２、及び第３の共培養培地を含み、このサブセクションで論じられる「初期共培養培地」は、第１、第２、及び第３の初期共培養培地を含む。いくつかの実施形態では、共培養培地（初期共培養培地を含む）は、１種以上（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、またはそれ以上）のサイトカインを含む。いくつかの実施形態では、共培養培地（初期共培養培地を含む）は、複数のサイトカイン（本明細書では「サイトカインカクテル」ともいう）を含む。例示的なサイトカインとしては、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１などが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、共培養培地（初期共培養培地を含む）は、ＩＬ−２を含む。いくつかの実施形態では、共培養培地（初期共培養培地を含む）は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、共培養培地（初期共培養培地を含む）において、少なくとも約５０ＩＵ／ｍｌ、１００ＩＵ／ｍｌ、２００ＩＵ／ｍｌ、３００ＩＵ／ｍｌ、４００ＩＵ／ｍｌ、５００ＩＵ／ｍｌ、６００ＩＵ／ｍｌ、７００ＩＵ／ｍｌ、８００ＩＵ／ｍｌ、９００ＩＵ／ｍｌ、１０００ＩＵ／ｍｌ、２０００ＩＵ／ｍｌ、５０００ＩＵ／ｍｌ、６０００ＩＵ／ｍｌ、またはそれ以上のいずれかの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、共培養培地（初期共培養培地を含む）において、約１０００ＩＵ／ｍｌ以下、５００ＩＵ／ｍｌ以下、２００ＩＵ／ｍｌ以下、１００ＩＵ／ｍｌ以下、５０ＩＵ／ｍｌ以下、２０ＩＵ／ｍｌ以下、またはそれ未満のうちのいずれか１つの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、第１の共培養培地は、約２００ＩＵ／ｍＬ以下（例えば約１５０、１００、または５０ＩＵ／ｍｌ）の濃度のＩＬ−２を含む。いくつかの実施形態では、第２の共培養培地は、少なくとも約２０００ＩＵ／ｍＬ（例えば約３０００、５０００、または６０００ＩＵ／ｍＬ）の濃度のＩＬ−２を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−７は、共培養培地（初期共培養培地を含む）において、少なくとも約１、２、５、１０、２０、５０、または１００ｎｇ／ｍＬのうちのいずれか１つの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＬ−１５は、共培養培地（初期共培養培地を含む）において、少なくとも約１、２、５、１０、２０、５０、または１００ｎｇ／ｍＬのうちのいずれか１つの濃度で存在する。サイトカインは、Ｔ細胞の活性化、成熟、及び／または増殖を促進して、Ｔ細胞を後のメモリーＴ細胞への分化のために予備刺激すること、及び／または共培養物中のＴｒｅｇのパーセンテージを抑制することができる。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、共培養培地（初期共培養培地を含む）は、１つ以上（例えば１つ、２つ、３つ、またはそれ以上のうちのいずれか）の免疫チェックポイント阻害剤を含む。任意の公知の免疫チェックポイント阻害剤が使用され得る。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、例えば、ＣＴＬＡ−４のリガンド（例えば、Ｂ７．１、Ｂ７．２）、ＴＩＭ−３のリガンド（例えば、ガレクチン−９）、Ａ２ａ受容体のリガンド（例えば、アデノシン、レガデノソン）、ＬＡＧ−３のリガンド（例えば、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ分子）、ＢＴＬＡのリガンド（例えば、ＨＶＥＭ、Ｂ７−Ｈ４）、ＫＩＲのリガンド（例えば、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ分子）、ＰＤ−１のリガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２）、ＩＤＯのリガンド（例えば、ＮＫＴＲ−２１８、インドキシモド、ＮＬＧ９１９）、及びＣＤ４７のリガンド（例えば、ＳＩＲＰ−アルファ受容体）を含む、阻害性免疫チェックポイント分子の天然リガンドまたは工学操作されたリガンドである。免疫チェックポイント阻害剤は、小分子、核酸（例えばＤＮＡ、ＲＮＡｉ、またはアプタマー）、ペプチド、またはタンパク質（例えば抗体）を含むがこれらに限定されない、任意の好適な分子様式のものであり得る。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４（例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、ＫＡＨＲ−１０２）、抗ＴＩＭ−３（例えば、Ｆ３８−２Ｅ２、ＥＮＵＭ００５）、抗ＬＡＧ−３（例えば、ＢＭＳ−９８６０１６、ＩＭＰ７０１、ＩＭＰ３２１、Ｃ９Ｂ７Ｗ）、抗ＫＩＲ（例えば、リリルマブ及びＩＰＨ２１０１）、抗ＰＤ−１（例えば、ニボルマブ、ピディリズマブ、ペムブロリズマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、アテゾリズマブ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＳＨＲ１２１０）、抗ＰＤ−Ｌ１（例えば、ＫＹ−１００３（ＥＰ２０１２０１９４９７７）、ＭＣＬＡ−１４５、ＲＧ７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＳＴＩ−Ａ１０１０、ＰＣＴ／ＵＳ２００１／０２０９６４、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＡＭＰ−２２４、ダピロリズマブペゴル（ＣＤＰ−７６５７）、ＭＥＤＩ−４９２０）、抗ＣＤ７３（例えば、ＡＲ−４２（ＯＳＵ−ＨＤＡＣ４２、ＨＤＡＣ−４２、ＡＲ４２、ＡＲ４２、ＯＳＵ−ＨＤＡＣ４２、ＯＳＵ−ＨＤＡＣ−４２、ＮＳＣＤ７３６０１２、ＨＤＡＣ−４２、ＨＤＡＣ４２、ＨＤＡＣ４２、ＮＳＣＤ７３６０１２、ＮＳＣ−Ｄ７３６０１２）、ＭＥＤＩ−９４４７）、抗Ｂ７−Ｈ３（例えば、ＭＧＡ２７１、ＤＳ−５５７３ａ、８Ｈ９）、抗ＣＤ４７（例えば、ＣＣ−９０００２、ＴＴＩ−６２１、ＶＬＳＴ−００７）、抗ＢＴＬＡ、抗ＶＩＳＴＡ、抗Ａ２ａＲ、抗Ｂ７−１、抗Ｂ７−Ｈ４、抗ＣＤ５２（例えばアレムツズマブ）、抗ＩＬ−１０、抗ＩＬ−３５、及び抗ＴＧＦ−β（例えばフレソルミマブ（Ｆｒｅｓｏｌｕｍｉｍａｂ））からなる群から選択される、阻害性免疫チェックポイントタンパク質を標的とする抗体（例えばアンタゴニスト抗体）である。いくつかの実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、完全長抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、完全長抗体またはそれらの工学操作された組み合わせのＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ＢｉＴＥ、ナノボディ、及び他の抗原結合性部分配列からなる群から選択される抗原結合性断片である。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性抗体または多重特異性抗体である。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。例示的な抗ＰＤ−１抗体としては、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、及びアテゾリズマブ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、及びＳＨＲ−１２１０が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＨＲ−１２１０である。いくつかの実施形態では、初期共培養培地は、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、及び抗ＰＤ−１抗体（例えば、ＳＨＲ−１２１０）を含む。
【０１３８】
共培養培地（初期共培養培地を含む）における免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）の好適な濃度としては、少なくとも約１、２、５、１０、１５、２０、２５μｇ／ｍＬ、またはそれ以上のうちのいずれかが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ−１抗体）は、共培養培地（初期共培養培地を含む）に、約１μｇ／ｍＬ〜約１０μｇ／ｍＬ、約１０μｇ／ｍＬ〜約２０μｇ／ｍＬ、約１μｇ／ｍＬ〜約２５μｇ／ｍＬ、または約５μｇ／ｍＬ〜約２０μｇ／ｍＬのいずれか１つで存在する。
【０１３９】
抗ＣＤ３抗体は、共培養が開始する時点で共培養物中に存在していてもよいし、または、抗原負荷ＤＣと、Ｔ細胞、濃縮された活性化Ｔ細胞、もしくは腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団との共培養が開始した後に共培養物に添加されてもよい。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養培地（初期共培養培地を含む）に含まれる。いくつかの実施形態では、初期共培養培地は、抗ＣＤ３抗体を含まない。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、濃縮された活性化Ｔ細胞集団及び第２の抗原負荷ＤＣ集団を含む第２の共培養物に、第２の共培養の開始から約５日以内、４日以内、３日以内、２日以内、または１日（複数可）以内のいずれか１つで添加される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、濃縮された活性化Ｔ細胞集団及び第２の抗原負荷ＤＣ集団を含む第２の共培養物に、第２の共培養の開始から約１、２、または３日後に添加される。ＯＫＴ３を含むがこれに限定されない、任意の好適な抗ＣＤ３抗体が使用され得る。
【０１４１】
Ｔ細胞（例えば、Ｔ細胞、濃縮された活性化Ｔ細胞集団、または腫瘍抗原特異的Ｔ細胞）、及び抗原負荷ＡＰＣ（例えばＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）は、細胞数という点から適切な比で共培養物中に存在し得る。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約３０：１以下、２５：１以下、２０：１以下、１５：１以下、１０：１以下、８：１以下、または５：１以下のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、少なくとも約５：１、８：１、１０：１、１５：１、２０：１、２５：１、またはそれ以上のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける、Ｔ細胞集団の、第１の抗原負荷ＤＣ集団に対する比は、約５：１〜約１０：１、約５：１〜約２０：１、約１０：１〜約２０：１、約２０：１〜約３０：１、または約５：１〜約３０：１のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、濃縮されたＴ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、少なくとも約１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、または１０：１のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、濃縮されたＴ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１０：１以下、９：１以下、８：１以下、７：１以下、６：１以下、５：１以下、４：１以下、３：１以下、２：１以下、または１：１以下のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、濃縮されたＴ細胞集団と、第２の抗原負荷ＤＣ集団との比は、約１：１〜約２０：１、約１：１〜約１０：１、約１：１〜約５：１、約５：１〜約１０：１、約１０：１〜約１５：１、約１５：１〜約２０：１、約１０：１〜約２０：１、約１：１〜約１：３、約１：１〜約２：１、または約２：１〜約５：１のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団との比は、少なくとも約１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、または１０：１のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団との比は、約１０：１、９：１、８：１、７：１、６：１、５：１、４：１、３：１、２：１以下、または１：１以下のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、固定ＰＢＭＣなどのＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団との比は、約１：１〜約２０：１、約１：１〜約１０：１、約１：１〜約５：１、約５：１〜約１０：１、約１０：１〜約１５：１、約１５：１〜約２０：１、約１０：１〜約２０：１、約１：３〜約３：１、約１：１〜約３：１、約１：１〜約２：１、または約２：１〜約５：１のうちのいずれか１つである。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞及びＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）は、同じ個体、例えば、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体に由来する。いくつかの実施形態では、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）は、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体に由来しない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）、またはその両方は、自家源、例えば、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞を受ける個体に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）、またはその両方は、同種源に由来する。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞及び／またはＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）は、免疫療法を過去に受けたことがある個体から得られる。いくつかの実施形態では、個体は、免疫療法に対して免疫応答性がある。免疫療法に対して「免疫応答性がある」とは、個体が、免疫療法に応じて１種以上の腫瘍抗原に対する特異的免疫応答を発生させていることを意味する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞及び／またはＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）は、免疫療法から臨床的利益を得ている個体から得られる。療法から「臨床的利益を得た」個体は、医師によって評価した場合に、療法に対する臨床応答を示している。例示的な臨床応答としては、完全応答（「ＣＲ」）、部分応答（「ＰＲ」）、及び安定疾患（「ＳＤ」）が挙げられるが、これらに限定されない。免疫療法としては、免疫チェックポイント阻害剤、養子免疫細胞療法（例えば、養子Ｔ細胞療法、ＣＩＫ、ＴＩＬ、ＣＡＲ−Ｔ、及びＴＣＲ−Ｔ療法）、がんワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞及び／またはＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣまたはＤＣ）は、ＭＡＳＣＴを過去に受けたことがある個体から得られる。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴにおいて腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を発生させることができる。腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイなどの当技術分野で公知のアッセイを使用して判定することができる。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている。いくつかの実施形態では、個体は、腫瘍抗原特異的免疫応答（複数可）を有する。いくつかの実施形態では、個体は、腫瘍抗原特異的免疫応答を有し、かつＭＡＳＣＴから臨床的利益を受けている。
【０１４４】
本明細書に記載の方法のいずれかの実施形態において使用されるＴ細胞集団は、種々の源に由来し得る。簡便なＴ細胞源は、ヒト末梢血のＰＢＭＣである。Ｔ細胞集団は、ＰＢＭＣから単離されてもよいし、あるいは、Ｔ細胞が（Ｔ細胞特異的抗体及びサイトカインの添加などにより）濃縮されたＰＢＭＣ集団を共培養物中に使用してもよい。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおいて使用されるＴ細胞集団は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から得られる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、末梢血の試料の密度勾配遠心分離によって得られる。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおいて使用されるＴ細胞集団は、ＰＢＭＣ中に存在する。
【０１４５】
活性化Ｔ細胞の濃縮
本明細書に記載の方法は、第１の抗原負荷ＤＣ集団及びＴ細胞集団を含む共培養物から活性化Ｔ細胞を濃縮することを含む、濃縮ステップを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片で刺激されたＰＢＭＣから活性化Ｔ細胞を濃縮することを含む、濃縮ステップを含む。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片による刺激に応じた共培養物からのＴ細胞活性化の１種以上（例えば１種、２種、３種、またはそれ以上のうちのいずれか１つ）のバイオマーカーに基づいて、活性化Ｔ細胞を選択することを含む。いくつかの実施形態では、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えばＰＢＭＣ）を使用して、共培養物中の活性化Ｔ細胞を刺激する。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、細胞表面分子または分泌分子などの１種以上のバイオマーカーを発現する活性化Ｔ細胞を、共培養物から単離することを含む。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、１種以上のサイトカインを発現または分泌する活性化Ｔ細胞を、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片によって刺激されている共培養物から単離することを含む。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、抗原負荷ＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインを特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。例示的なサイトカインとしては、ＩＦＮγ及びＴＮＦαが挙げられるが、これらに限定されない。抗体またはサイトカインの受容体など、サイトカインを特異的に認識するリガンドを使用して、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することができる。いくつかの実施形態では、濃縮ステップは、第１の共培養物を、抗原負荷ＰＢＭＣと接触させて、刺激された共培養物を得ることと、４−１ＢＢ（別称ＣＤ１３７）などの細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、本方法は、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片が負荷されたＰＢＭＣと共培養物を接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインまたは細胞表面分子を特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、サイトカインはＩＦＮγである。いくつかの実施形態では、細胞表面分子は、４−１ＢＢである。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片による刺激に際し、ＩＦＮγを分泌する活性化Ｔ細胞を共培養物から単離することを含む。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片による刺激に際し、ＣＤ３＋ＩＦＮγ＋細胞を共培養物から単離することを含む。いくつかの実施形態では、濃縮プロセスは、（１）標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片が負荷された第１のＤＣ集団及びＴ細胞集団を含む共培養物を、標的腫瘍抗原ペプチドまたはその断片が負荷されたＰＢＭＣと、約１０〜２４時間（例えば約１日）にわたって接触させて、刺激された共培養物を得ることと、（２）ＩＦＮγを特異的に認識するリガンドを使用して、刺激された共培養物から、活性化Ｔ細胞を単離することとを含む。いくつかの実施形態では、第１の抗原負荷ＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗原負荷ＰＢＭＣと接触する前に、約１〜７日間（例えば約２〜３日間）にわたって共培養されている。いくつかの実施形態では、共培養物と、抗原負荷ＰＢＭＣとは、単離の前に、少なくとも約２時間、４時間、６時間、１２時間、１８時間、２４時間、またはそれ以上のうちのいずれか１つの時間にわたって接触させる。
【０１５０】
サイトカイン（例えばＩＦＮγ）を発現する活性化Ｔ細胞は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、刺激された共培養物から単離または濃縮され得る。例えば、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  ＢｉｏｔｅｃのＩＦＮγ  Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  Ａｓｓａｙ−Ｃｅｌｌ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔを含め、ＩＦＮγを分泌するＴ細胞を単離するための市販のキットが利用可能である。いくつかの実施形態では、ＩＦＮγを分泌する活性化Ｔ細胞は、（１）Ｔ細胞上の細胞表面抗原及びＩＦＮγに特異的に結合するＩＦＮγ捕捉試薬と、共培養物を接触させること、（２）抗ＩＦＮγ抗体（例えば、Ｒ−フィコエリトリンまたはＰＥにコンジュゲートした抗ＩＦＮγ抗体）と、ＩＦＮγ捕捉試薬で処理した共培養物を接触させること、（３）抗ＩＦＮγ抗体（例えば、抗ＰＥ抗体）を認識する二次抗体を含む磁気ビーズと、抗ＩＦＮγ抗体で処理した共培養物を接触させること、及び（４）磁場を使用して（例えば、ＭＡＣＳ（商標）セパレータカラムを使用して）磁気ビーズを単離することにより、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を得ることによって単離される。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、細胞表面バイオマーカーを発現する活性化Ｔ細胞は、（１）細胞表面バイオマーカーに対する蛍光標識抗体と共培養物を接触させること、及び（２）蛍光標識抗体に結合した細胞をフローサイトメトリーによって共培養物から単離することによって単離される。
【０１５２】
ＡＰＣの抗原負荷
本明細書に記載の方法及びＭＡＳＣＴ方法は、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣ（例えばＰＢＭＣ、樹状細胞、または細胞株ＡＰＣ）を使用する。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、抗原負荷ＤＣ）を、共培養ステップのうちの１つ以上のために新たに調製する。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、抗原負荷ＤＣ）を、各共培養ステップのために新たに調製する。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、抗原負荷ＤＣ）を調製し、ＤＣ成熟培地中で培養し、１つ以上の共培養ステップまたは刺激ステップのために使用する。第１、第２、及び第３の共培養ステップにおいて使用される抗原負荷ＤＣは、単一バッチまたは別々のバッチの抗原負荷ＤＣから得てもよい。特記なき限り、このセクションでＡＰＣ（例えばＤＣ）について記載される特徴は、共培養ステップのそれぞれで使用されるすべてのＡＰＣ（例えばＤＣ）に適用され、このセクションで抗原負荷ＡＰＣ（例えばＤＣ）について記載される方法及び特徴は、抗原負荷ＤＣ及び他のタイプのＡＰＣの第１の集団、第２の集団、及び第３の集団に適用される。ＡＰＣとしては、ＰＢＭＣ、ＤＣ、Ｂ細胞、またはマクロファージが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載のＡＰＣは、初代細胞であってもよいし、または細胞株に由来してもよい。いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、ＰＢＭＣである。いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、固定ＰＢＭＣである。ＰＢＭＣを固定すると、ＰＢＭＣの抗原提示能力を維持しながら、ＰＢＭＣの増殖能力を破壊することができる。
【０１５３】
各共培養ステップで使用される抗原負荷ＤＣには、同じ腫瘍抗原ペプチドプールを負荷してもよいし、または異なる腫瘍抗原ペプチドプールを負荷してもよい。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップにおける第１のＤＣ集団に、第２の共培養ステップにおける第２のＤＣ集団に負荷するために使用するものと同じ腫瘍抗原ペプチドプールを負荷する。いくつかの実施形態では、第２の共培養ステップにおける第２のＤＣ集団に、第１の共培養ステップにおける第１のＤＣ集団に負荷するために使用する腫瘍抗原ペプチドプールのサブセットを負荷する。いくつかの実施形態では、第３の共培養ステップにおける第３のＤＣ集団に、第１の共培養ステップにおける第１のＤＣ集団及び／または第２の共培養ステップにおける第２のＤＣ集団に負荷するために使用する腫瘍抗原ペプチドプールのサブセットを負荷する。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドプールのサブセットは、腫瘍抗原ペプチドの断片及びそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、単一の腫瘍抗原ペプチド（すなわち、標的腫瘍抗原ペプチド）またはその断片を使用して、第２及び第３の共培養ステップで使用するＡＰＣ（例えばＤＣ）に負荷する。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップで使用される第１の抗原負荷ＤＣ集団は、個体が過去のＭＡＳＣＴで使用した複数の腫瘍抗原ペプチドを使用して調製される。いくつかの実施形態では、第１の共培養ステップで使用される第１の抗原負荷ＤＣ集団は、過去のＭＡＳＣＴにおいて個体が特異的免疫応答を有した１つ以上の腫瘍抗原ペプチドを使用して調製される。いくつかの実施形態では、１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチドにおける個々の腫瘍抗原ペプチドまたはその断片、及びそれらの組み合わせを、個体に由来するＰＢＭＣ、活性化Ｔ細胞、または腫瘍抗原特異的Ｔ細胞による特異的免疫応答について（例えば、ＥＬＩＳＰＯＴによって）スクリーニングして、後の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の調製に使用するための１つ以上の標的腫瘍抗原ペプチド（それらの断片を含む）を識別する。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、各共培養ステップの前に、本方法は、次のステップ：（１）個体からＰＢＭＣを得ること、（２）ＰＢＭＣから単球集団を得ること、（３）単球集団の未熟ＤＣへの分化を誘導すること、（４）未熟ＤＣを１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣ集団を得ること、及び（５）ＴＬＲアゴニスト（例えばＭＰＬＡ）を含むＤＣ成熟培地中で、抗原負荷ＤＣ集団を培養することのうちの１つ以上を含む。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、（ａ）ＤＣ集団を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣ集団を得ること、及び（ｂ）ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で、抗原負荷ＤＣ集団を培養することによって調製される。例示的なＴＬＲアゴニストとしては、ＭＰＬＡ（モノホスホリルリピドＡ）、Ｐｏｌｙ  Ｉ：Ｃ、レシキモド（ｒｅｓｑｕｉｍｏｄ）、ガーディキモド、及びＣＬ０７５が挙げられるが、これらに限定されない。ＩＮＦγ及びＰＧＥ２（プロスタグランジンＥ２）などのサイトカイン及び他の適切な分子が、成熟ステップにおける培養培地中にさらに含まれてもよい。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、（ａ）ＤＣ集団を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣ集団を得ること、及び（ｂ）ＭＰＬＡ、ＩＮＦγ、及びＰＧＥ２を含むＤＣ成熟培地中で、抗原負荷ＤＣ集団を培養することによって調製される。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、（ａ）単球集団の未熟ＤＣへの分化を誘導すること、（ｂ）未熟ＤＣ集団を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、抗原負荷ＤＣ集団を得ること、ならびに（ｃ）ＭＰＬＡ、ＩＮＦγ、及びＰＧＥ２を含むＤＣ成熟培地中で、抗原負荷ＤＣ集団を培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、単球集団は、ＰＢＭＣから得られる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＰＢＭＣは、ＰＢＭＣ集団を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原負荷細胞株ＡＰＣは、細胞株ＡＰＣ（例えば、ＬＣＬ）集団を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。
【０１６０】
ＤＣ成熟培地は、適切な濃度のＭＰＬＡ、ＩＮＦγ、及び／またはＰＧＥ２を含み得る。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、少なくとも約０．５μｇ／ｍＬ、例えば少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０μｇ／ｍＬ、またはそれ以上のうちのいずれか１つの濃度でＭＰＬＡを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、約０．５〜１０、１〜５、５〜１０、または２．５〜７．５μｇ／ｍＬのうちのいずれか１つの濃度でＭＰＬＡを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、少なくとも約１００ＩＵ／ｍＬ、例えば少なくとも約１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、６００、８００、１０００ＩＵ／ｍＬ、またはそれ以上のうちのいずれか１つの濃度でＩＮＦγを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、約１００〜１０００、１００〜２５０、２５０〜５００、５００〜１０００、または２５０〜７５０ＩＵ／ｍＬのうちのいずれか１つの濃度でＩＮＦγを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、少なくとも約０．１μｇ／ｍＬ、例えば少なくとも約０．１５、０．２、０．２５、０．３、０．４、０．５μｇ／ｍＬ、またはそれ以上のうちのいずれか１つの濃度でＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、約０．１〜０．５、０．１〜０．３、０．２５〜０．５、または０．２〜０．４μｇ／ｍＬのうちのいずれか１つの濃度でＰＧＥ２を含む。
【０１６１】
１つ以上の腫瘍抗原ペプチドが負荷された未熟ＤＣは、少なくとも約１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、８日間、９日間、１０日間、１５日間、または２０日間のうちのいずれか１つにわたって成熟するようにＴＬＲアゴニストによって誘導され得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、約８日間、９日間、１０日間、１１日間、または１２日間にわたって成熟するように誘導される。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドを提示する成熟ＤＣである。本明細書に記載の方法のいずれかによって調製された成熟ＤＣは、少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、またはそれ以上のうちのいずれか１つの腫瘍抗原ペプチドを提示し得る。ナイーブＤＣ、すなわち複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されていないＤＣと比較すると、多重抗原負荷ＤＣは、少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、またはそれ以上のうちのいずれかの腫瘍抗原ペプチドの強化された提示レベルを有し得る。いくつかの実施形態では、成熟ＤＣは、１０個より多くの腫瘍抗原ペプチドの強化された提示レベルを有する。いくつかの実施形態では、成熟ＤＣは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択されるタンパク質に由来する、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、またはそれ以上のうちのいずれかの腫瘍抗原ペプチドの強化された提示レベルを有する。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、抗原負荷ＡＰＣ（例えば、ＤＣ、ＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）は、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドをＡＰＣ集団中にパルシングすることによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原負荷ＤＣは、未熟ＤＣ、またはＰＢＭＣに含まれるか、もしくはＰＢＭＣに由来する（例えば、ＰＢＭＣから分化した）ＤＣなどのＤＣ集団中に、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドをパルシングすることによって調製される。当技術分野で公知であるように、パルシングとは、抗原ペプチドを含有する溶液と、ＡＰＣ（例えば、ＰＢＭＣもしくはＤＣ、または細胞株ＡＰＣ）などの細胞を混合し、必要に応じて、その後、抗原ペプチドを混合物から除去するプロセスを指す。ＤＣ集団は、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと、秒単位、分単位、または時間単位で、例えば少なくとも約３０秒、１分、５分、１０分、１５分、２０分、３０分、１時間、５時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、１０日、またはそれ以上のうちのいずれか１つにわたって接触させてもよい。接触ステップで使用される各腫瘍抗原ペプチドの濃度は、少なくとも約０．１、０．５、１、２、３、５、または１０μｇ／ｍＬのうちのいずれか１つであり得る。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドの濃度は、約０．１〜２００μｇ／ｍＬであり、例えば約０．１〜０．５、０．５〜１、１〜１０、１０〜５０、５０〜１００、１００〜１５０、または１５０〜２００μｇ／ｍＬのうちのいずれかを含む。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、ＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）による１つ以上の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、ＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）を１つ以上の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、ＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）によるペプチドの取り込みを促進する化合物、物質、または組成物が、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドの溶液に含まれてもよい。ＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）による１つ以上の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する化合物、物質、または組成物としては、脂質分子、及び複数の正に荷電したアミノ酸を含むペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドの約５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、または９５％超のうちのいずれかが、ＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）集団によって取り込まれる。いくつかの実施形態では、集団におけるＡＰＣ（例えば、ＤＣもしくはＰＢＭＣ、または細胞株ＡＰＣ）の約５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、または９５％超のうちのいずれかが、少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを取り込む。
【０１６５】
樹状細胞（例えば未熟ＤＣ）は、自家源、すなわち、ＴＣＲ処置を受ける個体を含め、様々な源から得ることができる。簡便なＤＣ源は、末梢血由来のＰＢＭＣである。例えば、白血球細胞の一種である単球は、ＰＢＭＣに豊富であり、全ＰＢＭＣの約５〜３０％を構成する。サイトカインを使用して、単球を未熟ＤＣなどのＤＣに分化するように誘導することができる。いくつかの実施形態では、未熟ＤＣは、ＰＢＭＣ集団を得ること、ＰＢＭＣ集団から単球集団を得ること、及び単球集団を１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）と接触させて、未熟ＤＣ集団を得ることによって調製される。当技術分野で公知の条件（例えば濃度、温度、ＣＯ２レベルなど）で、単球の分化を誘導するために使用され得る例示的なサイトカインとしては、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６６】
ＰＢＭＣの付着性画分は、ＰＢＭＣ中の大多数の単球を含有する。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣの付着性画分における単球をサイトカインと接触させて、未熟ＤＣ集団を得る。ＰＢＭＣは、末梢血試料の遠心分離によって、またはアフェレーシス方法を使用して個体から収集することによって、簡便に得ることができる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、ヒト末梢血試料の密度勾配遠心分離によって得られる。いくつかの実施形態では、試料は、多重抗原負荷ＤＣ、活性化Ｔ細胞、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞、または多重抗原負荷ＤＣを使用して調製された他の免疫療法組成物を受ける個体に由来する。
【０１６７】
腫瘍抗原ペプチド
本明細書に記載の方法及びＭＡＳＣＴ方法は、１つ以上の腫瘍抗原ペプチド（標的腫瘍抗原ペプチドを含む）を使用して、エクスビボ及びインビボの特異的免疫応答を誘起することができる抗原負荷ＡＰＣ（例えば抗原負荷ＤＣ）、活性化Ｔ細胞、及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製する。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数の合成腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、溶解細胞組成物などの細胞試料からは得られない。本明細書で使用される、「複数の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上の腫瘍抗原ペプチド」とは、複数の腫瘍抗原ペプチドにおける部分選択（ｓｕｂ−ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）またはすべての腫瘍抗原ペプチドを指し、腫瘍抗原ペプチドの断片及びそれらの組み合わせを含む。このサブセクションに記載する特徴及びパラメータは、標的腫瘍抗原ペプチド（複数可）に適用可能である。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、各腫瘍抗原ペプチドは、単一のタンパク質抗原（ネオ抗原を含む）の、少なくとも約１個、２個、３個、４個、５個、または１０個のうちのいずれか１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドにおける各腫瘍抗原ペプチドは、Ｔ細胞受容体によって認識可能な少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、単一のタンパク質抗原の少なくとも２つのエピトープを含む少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを含む。腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上のエピトープを含有するタンパク質抗原に天然に由来するペプチド断片であってもよいし、または、隣接するエピトープ配列間にリンカーペプチドが必要に応じて配置されていてもよい、１つ以上の天然エピトープ配列を含む人工的に設計されたペプチドであってもよい。いくつかの好ましい実施形態では、同じ腫瘍抗原ペプチドに含有されるエピトープは、同じタンパク質抗原に由来する。
【０１６９】
腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１つのＭＨＣ−Ｉエピトープ、少なくとも１つのＭＨＣ−ＩＩエピトープ、またはＭＨＣ−Ｉエピトープ（複数可）及びＭＨＣ−ＩＩエピトープ（複数可）の両方を含有してもよい。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドにおける少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ及びＭＨＣ−ＩＩの両方のエピトープを含む。
【０１７０】
腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣに対する免疫応答を最適化するために、特殊な設計戦略を腫瘍抗原ペプチド（ネオ抗原ペプチドを含む）の配列に適用することができる。典型的に、エピトープペプチドちょうどよりも長いペプチドは、ＤＣへのペプチドの取り込みを増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ−ＩまたはＭＨＣ−ＩＩエピトープ配列を、エピトープを保有するタンパク質の天然配列に従って、Ｎ末端またはＣ末端または両末端で伸長させて、伸長配列を得る。この伸長配列は、クラスＩ及びクラスＩＩの両方のＭＨＣ分子による提示、及び異なる個体における異なるサブタイプのＭＨＣ分子による提示に適している。いくつかの実施形態では、エピトープ配列を、一方または両方の末端において、少なくとも約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、１５個、または２０個のうちのいずれか１つのアミノ酸残基によって伸長して、伸長されたエピトープを提供する。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ−ＩまたはＭＨＣ−ＩＩエピトープを含むペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、またはその両方でエピトープにフランキングするさらなるアミノ酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドにおける各腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のうちのいずれか１つのアミノ酸長である。複数の腫瘍抗原ペプチドにおける異なる腫瘍抗原ペプチドは、同じ長さを有してもよいし、または異なる長さを有してもよい。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、それぞれ約２０〜４０アミノ酸長である。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、本出願において腫瘍抗原ペプチドを設計するために使用される１つ以上のエピトープペプチドのアミノ酸配列は、当技術分野で公知の配列、またはＰｅｐｔｉｄｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（Ｖｉｇｎｅｒｏｎ  Ｎ．ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１３：１５（２０１３））などの公開データベースで利用可能な配列に基づく。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、１つ以上のエピトープペプチドのアミノ酸配列は、Ｔ細胞エピトープ予測のためのバイオインフォマティクスツールを使用して、抗原タンパク質の配列に基づいて予測される。Ｔ細胞エピトープ予測のための例示的なバイオインフォマティクスツールは、当技術分野で公知である。例えば、Ｙａｎｇ  Ｘ．ａｎｄ  Ｙｕ  Ｘ．（２００９）“Ａｎ  ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ”Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９（２）：７７−９６を参照されたい。いくつかの実施形態では、抗原タンパク質の配列は、当技術分野で公知であるか、または公開データベースで利用可能である。いくつかの実施形態では、抗原タンパク質の配列は、処置される個体の試料（例えば腫瘍試料）のシーケンシングによって判定される。
【０１７３】
本出願は、ネオ抗原及びネオエピトープを含む当技術分野で公知の任意の腫瘍抗原及びエピトープに由来するか、または本発明者らによってバイオインフォマティクスツールを使用して特別に開発もしくは予測された腫瘍抗原ペプチドを想定する。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がんタイプ特異的抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群からなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、及びがんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群からなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドのみからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群をさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がんタイプ特異的抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群からなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、及びがんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群からなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドのみからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群、がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。
【０１７６】
一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群は、異なるタイプの種々のがんによって一般的に過剰発現される腫瘍抗原に由来する。したがって、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群は、異なるがんタイプを有する個体を処置するための樹状細胞及び／または活性化Ｔ細胞を調製するのに有用である。例えば、いくつかの実施形態では、一般的な腫瘍抗原ペプチドの第１のコア群は、肺癌、結腸癌、胃癌、前立腺癌、黒色腫、リンパ腫、膵癌、卵巣癌、乳癌、神経膠腫、食道癌、上咽頭癌、子宮頸癌、腎癌、または肝細胞癌などの種々のがんを処置するための本明細書に記載の方法に有用である。第１のコア群の例示的な腫瘍抗原ペプチドとしては、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＭＵＣ１、Ｈｅｒ２、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ３、ＷＴ−１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ（例えばＶＥＧＦＲ１及びＶＥＧＦＲ２）、及びＣＤＣＡ１に由来するペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。第１のコア群は、少なくとも約１種、２種、５種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、４０種、５０種、６０種、７０種、８０種、またはそれ以上のうちのいずれか１つの腫瘍抗原に由来するペプチドを含み得る。第１のコア群は、少なくとも約１個、２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、またはそれ以上のうちのいずれか１つの一般的な腫瘍抗原ペプチドを含み得る。いくつかの実施形態では、第１のコア群は、１つより多くの一般的な腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第１のコア群は、約１０〜約２０種の一般的な腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１７７】
がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群は、１つまたは限定された数のがんタイプにおいてのみ過剰発現される腫瘍抗原に由来する。したがって、がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群は、特定のタイプのがんを有する個体を処置するための樹状細胞及び／または活性化Ｔ細胞を調製するのに有用である。肝細胞癌（ＨＣＣ）を処置するための例示的ながんタイプ特異的抗原ペプチドとしては、ＳＳＸ、ＡＦＰ、及びＧＰＣ３に由来するペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、１つ以上のがん特異的抗原ペプチドは、個体に感染した場合、がんを誘導し得るか、または個体におけるがん発症に関連する、ウイルスに由来するウイルス特異的抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、ウイルス特異的抗原ペプチドは、個体に感染するウイルスのサブタイプに特異的である。ＨＢＶの同時発生的感染を用いてＨＣＣ患者を処置するための例示的なウイルス特異的抗原ペプチドとしては、ＨＢＶコア抗原（ＨＢｃＡｇ）に由来するペプチド、及びＨＢＶ  ＤＮＡポリメラーゼが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、第２の群は、ＨＢＶ抗原に由来するウイルス特異的抗原ペプチドを含み、本方法は、個体の肝細胞癌を処置するものである。いくつかの実施形態では、第２の群は、ＨＰＶ抗原に由来するウイルス特異的抗原ペプチドを含み、本方法は、個体の子宮頸癌を処置するものである。いくつかの実施形態では、第２の群は、ＥＢＶ抗原に由来するウイルス特異的抗原ペプチドを含み、本方法は、個体の上咽頭癌を処置するものである。がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群は、少なくとも約１個、２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、４０個、５０個、またはそれ以上のうちのいずれか１つのがんタイプ特異的抗原に由来するペプチドを含み得る。がんタイプ特異的抗原ペプチドの第２の群は、少なくとも約１個、２個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、４０個、５０個、またはそれ以上のうちのいずれか１つのがんタイプ特異的抗原ペプチドを含み得る。いくつかの実施形態では、第２の群は、１つより多くのがんタイプ特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２の群は、約１〜約１０個のがんタイプ特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、がんタイプ特異的抗原ペプチドの標的となるがんのタイプは、肝細胞癌、子宮頸癌、上咽頭癌、子宮内膜癌、結腸直腸癌、乳癌、子宮内膜癌、及びリンパ腫から本質的になる群から選択される。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれ以上）のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドを含み、一般的な腫瘍抗原ペプチドを含まない。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上の一般的な腫瘍抗原ペプチド、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ以上の一般的な腫瘍抗原ペプチド、１つ以上のがんタイプ特異的抗原ペプチド、及び１つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。ネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原に由来する。ネオ抗原は、がんについて処置されている個体などの個体の腫瘍細胞内に存在する、新たに獲得され発現された抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、がん細胞にのみ存在するが正常細胞には存在しない突然変異型タンパク質抗原に由来する。ネオ抗原は、がんについて処置されている個体の腫瘍細胞（例えばすべての腫瘍細胞または腫瘍細胞の一部分）にユニークに存在する場合もあれば、または処置されている個体と同様のタイプのがんを有する個体に存在する場合もある。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、クローン性ネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、サブクローン性ネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体の、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上のうちのいずれかの腫瘍細胞に存在する。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ制限されたネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩ制限されたネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、クラスＩ及びクラスＩＩの両方のＭＨＣ分子によるネオエピトープの提示を、例えば、Ｎ末端及びＣ末端の両方でネオエピトープを伸長することによって促進するように設計される。例示的なネオ抗原ペプチドとしては、突然変異型ＫＲＡＳ（例えばＫＲＡＳＧ１２Ａ）、ＰＡＲＰ４（例えばＰＡＲＰ４Ｔ１１７０Ｉ）、ＭＬＬ３（例えばＭＬＬ３Ｃ９８８Ｆ）、及びＭＴＨＦＲ（例えばＭＴＨＦＲＡ２２２Ｖ）に由来するネオエピトープが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１７９】
ネオ抗原ペプチドは、処置される個体の１つ以上の腫瘍部位の遺伝子プロファイルに基づいて選択することができ、ネオ抗原は、正常組織では発現されない。いくつかの実施形態では、腫瘍試料の遺伝子プロファイルは、全ゲノムの配列情報を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料の遺伝子プロファイルは、エクソームの配列情報を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料の遺伝子プロファイルは、がん関連遺伝子の配列情報を含む。
【０１８０】
本出願において使用するのに好適なネオ抗原ペプチドは、腫瘍細胞における、突然変異型がん関連遺伝子によってコードされるものなど、任意の突然変異型タンパク質に由来し得る。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がん関連遺伝子に由来する単一のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がん関連遺伝子に由来する１つより多く（例えば、２つ、３つ、またはそれ以上）のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、１つより多く（例えば、２つ、３つ、またはそれ以上）のがん関連遺伝子に由来する１つより多く（例えば、２つ、３つ、またはそれ以上）のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原は、単一のがん関連遺伝子に由来する複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原は、１つより多く（例えば２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上のうちのいずれか）のがん関連遺伝子に由来する複数のネオ抗原ペプチドを含む。
【０１８１】
がん関連遺伝子は、がん細胞においては過剰発現されるが、正常細胞では低レベルで発現される遺伝子である。例示的ながん関連遺伝子としては、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＬＯＸ１２Ｂ、ＡＰＣ、ＡＲ、ＡＲＡＦ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ１Ｂ、ＡＲＩＤ２、ＡＳＸＬ１、ＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＡＵＲＫＡ、ＡＵＲＫＢ、ＡＸＬ、Ｂ２Ｍ、ＢＡＰ１、ＢＣＬ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１２、ＢＣＬ６、ＢＣＯＲ、ＢＣＯＲＬ１、ＢＬＭ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＤ４、ＢＲＩＰ１、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＡＤＭ２、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬ、ＣＢＬＢ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ＣＤ２７４、ＣＤ５８、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤＣ７３、ＣＤＨ１、ＣＤＫ１、ＣＤＫ２、ＣＤＫ４、ＣＤＫ５、ＣＤＫ６、ＣＤＫ９、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＣＤＫＮ１Ｃ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＣＥＢＰＡ、ＣＨＥＫ２、ＣＩＩＴＡ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＲＫＬ、ＣＲＬＦ２、ＣＲＴＣ１、ＣＲＴＣ２、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＣＵＸ１、ＣＹＬＤ、ＤＤＢ２、ＤＤＲ２、ＤＥＰＤＣ５、ＤＩＣＥＲ１、ＤＩＳ３、ＤＭＤ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＥＤ、ＥＧＦＲ、ＥＰ３００、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ７、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＲＢＢ４、ＥＲＣＣ２、ＥＲＣＣ３、ＥＲＣＣ４、ＥＲＣＣ５、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＷＳＲ１、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＺＨ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＳ、ＦＢＸＷ７、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＨ、ＦＫＢＰ９、ＦＬＣＮ、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＦＬＴ４、ＦＵＳ、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ４、ＧＡＴＡ６、ＧＬＩ１、ＧＬＩ２、ＧＬＩ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＧＮＢ２Ｌ１、ＧＰＣ３、ＧＳＴＭ５、Ｈ３Ｆ３Ａ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤ３、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＮＳＩＧ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＣＮＩＰ１、ＫＤＭ５Ｃ、ＫＤＭ６Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＫＤＲ、ＫＥＡＰ１、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＩＮＣ００８９４、ＬＭＯ１、ＬＭＯ２、ＬＭＯ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＡＰ２Ｋ４、ＭＡＰ３Ｋ１、ＭＡＰＫ１、ＭＣＬ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＭＥＣＯＭ、ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＮ１、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＨ１、ＭＬＬ（ＫＭＴ２Ａ）、ＭＬＬ２（ＫＴＭ２Ｄ）、ＭＰＬ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＭＴＯＲ、ＭＵＴＹＨ、ＭＹＢ、ＭＹＢＬ１、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１（ＭＹＣＬ）、ＭＹＣＮ、ＭＹＤ８８、ＮＢＮ、ＮＥＧＲ１、ＮＦ１、ＮＦ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢＩＺ、ＮＫＸ２−１、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＭ１、ＮＰＲＬ２、ＮＰＲＬ３、ＮＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＫ２、ＰＡＸ５、ＰＢＲＭ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＨＦ６、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＩＭ１、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２、ＰＮＲＣ１、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＭ１、ＰＲＦ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＣＩ、ＰＲＫＣＺ、ＰＲＫＤＣ、ＰＲＰＦ４０Ｂ、ＰＲＰＦ８、ＰＳＭＤ１３、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＴＫ２、ＰＴＰＮ１１、ＰＴＰＲＤ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＢ１、ＲＢＬ２、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＨＥＢ、ＲＨＰＮ２、ＲＯＳ１、ＲＰＬ２６、ＲＵＮＸ１、ＳＢＤＳ、ＳＤＨＡ、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ、ＳＥＴＢＰ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＨ２Ｂ３、ＳＬＩＴＲＫ６、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＣ１Ａ、ＳＭＣ３、ＳＭＯ、ＳＯＣＳ１、ＳＯＸ２、ＳＯＸ９、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣ、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＧ２、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ＳＴＫ１１、ＳＵＦＵ、ＳＵＺ１２、ＳＹＫ、ＴＣＦ３、ＴＣＦ７Ｌ１、ＴＣＦ７Ｌ２、ＴＥＲＣ、ＴＥＲＴ、ＴＥＴ２、ＴＬＲ４、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、Ｕ２ＡＦ１、ＶＨＬ、ＷＲＮ、ＷＴ１、ＸＰＡ、ＸＰＣ、ＸＰＯ１、ＺＮＦ２１７、ＺＮＦ７０８、及びＺＲＳＲ２が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択されるがん関連遺伝子によってコードされる１つ以上のエピトープをそれぞれが含む、少なくとも１つ（例えば、少なくとも約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれ以上のうちのいずれか）の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＵＣ１、Ｈｅｒ２、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ３、ＷＴ−１、ＲＧＳ５、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、及びＣＤＣＡ１に由来する腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、またはそれ以上のうちのいずれか１つのパーセンテージの腫瘍抗原ペプチドを有する組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドの純度は、少なくとも約９８％である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドをＤＣ中にパルシングするための培地における１つ以上の腫瘍抗原ペプチドの溶解度は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．９％、またはそれ以上のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍抗原ペプチドをＡＰＣ中にパルシングするための培地において約１００％可溶性である。
【０１８４】
ＭＡＳＣＴ
本明細書に記載のＴＣＲは、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている個体のＰＢＭＣまたはＴ細胞から得られる。いくつかの実施形態では、個体は、例えば、ＥＬＩＳＰＯＴによって判定した場合、本明細書に記載の方法で使用される標的腫瘍抗原ペプチド（複数可）またはその断片に対する特異的応答を発生させている。
【０１８５】
本明細書で使用される、「ＭＡＳＣＴ」または「多重抗原特異的細胞療法」は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含む養子Ｔ細胞療法の方法を指す。ＭＡＳＣＴ方法は、例えば、国際特許出願公開第ＷＯ２０１６１４５５７８Ａ１号、国際特許出願第ＰＣＴ／ＣＮ２０１８／０８１３３８号、及び同第ＰＣＴ／ＣＮ２０１９／０８０５３５号に記載されており、これらの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。第１世代ＭＡＳＣＴ、高精度ＭＡＳＣＴ、ＰＢＭＣベースのＭＡＳＣＴ、カスタマイズされたＭＡＳＣＴ、ネオ抗原ベースのＭＡＳＣＴ、改良型ＭＡＳＣＴ、及びＭＡＳＣＴとの併用療法（例えば、免疫チェックポイント阻害剤及びＭＡＳＣＴ）はすべて、本出願のＭＡＳＣＴの範囲内である。本出願または国際特許出願第ＷＯ２０１６１４５５７８Ａ１号、ＰＣＴ／ＣＮ２０１８／０８１３３８、及びＰＣＴ／ＣＮ２０１９／０８０５３５に記載される抗原負荷ＤＣの調製、活性化Ｔ細胞の調製、濃縮ステップ、及び共培養ステップに関する好適な特徴及びパラメータはいずれも、ＭＡＳＣＴ処置において組み合わされ得る。
【０１８６】
個体は、単一のタイプのＭＡＳＣＴを受けていてもよいし、または異なるタイプのＭＡＳＣＴの組み合わせ、例えば、カスタマイズされたＭＡＳＣＴ及び改良型ＭＡＳＣＴを受けていてもよい。個体は、１サイクル以上のＭＡＳＣＴを受けていてもよい。いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも約２、５、１０、１５、２０、またはそれ以上のうちのいずれか１つのサイクルのＭＡＳＣＴを受けている。いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも約３か月間、６か月間、９か月間、１２か月間、２年間、３年間、またはそれ以上のうちのいずれか１つにわたってＭＡＳＣＴを受けている。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団（複数可）と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｉｉ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することを含む。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、（ｉｉ）共培養の開始から約３〜７日後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｉｉｉ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することを含む。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、（ｉｉ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、（ｉｉｉ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｉｖ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することを含む。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ｉ）標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、（ｉｉ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、（ｉｉｉ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、（ｉｖ）共培養の開始から約３〜７日後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（Ｖ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することを含む。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することを含み、活性化Ｔ細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（例えばＤＣ）集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、個体は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞を有効量で過去に投与されたことがある。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（例えばＤＣ）を有効量で個体に投与することを含む。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は、活性化Ｔ細胞の投与の約７日〜約２１日（例えば約７日〜約１４日、または約１４日〜約２１日）前に投与される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は、皮下、皮内、または静脈内に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び抗原提示細胞集団は、同じ個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／または抗原提示細胞集団は、処置される個体由来である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞集団は、ＤＣ、Ｂ細胞、またはマクロファージの集団である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は、ＤＣである。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、免疫チェックポイント阻害剤を有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に、例えば同じ組成物中で、投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続的に投与される。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣの投与と活性化Ｔ細胞の投与との間の間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間または約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１０日間、約１０日間〜約１５日間、約１５日間〜約２１日間、約１４日間〜約２１日間、または約１０日間）にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分に由来する。いくつかの実施形態では、共培養は、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、またはそれらの任意の組み合わせ）と、また必要に応じて抗ＣＤ３抗体と、活性化Ｔ細胞を接触させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、免疫チェックポイント阻害剤（例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、またはＣＴＬＡ−４の阻害剤）と、共培養の前及び／または間に接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団は、ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及びＤＣ集団は、同じ個体に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、ＤＣ集団、ＰＢＭＣ集団、またはそれらの任意の組み合わせは、処置される個体に由来する。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、免疫チェックポイント阻害剤を有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に、例えば同じ組成物中で、投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続的に投与される。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ａ）単球集団のＤＣ集団への分化を誘導することと、（ｂ）ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、非付着性ＰＢＭＣ集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団は、ＰＢＭＣ集団から得られる。いくつかの実施形態では、ＤＣの投与と活性化Ｔ細胞の投与との間の間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間または約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、または約１０日間）にわたる。いくつかの実施形態では、共培養は、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、またはそれらの任意の組み合わせ）と、また必要に応じて抗ＣＤ３抗体と、活性化Ｔ細胞を接触させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤（例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、またはＣＴＬＡ−４の阻害剤）と、共培養の前及び／または間に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、免疫チェックポイント阻害剤を有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に、例えば同じ組成物中で、投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続的に投与される。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、活性化ＰＢＭＣを有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣにおける抗原提示細胞（例えばＤＣ）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３の阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間の間隔は、約２週間〜約５か月間（例えば約３か月間）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、免疫チェックポイント阻害剤を有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に、例えば同じ組成物中で、投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続的に投与される。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ａ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、ｂ）共培養の開始から約３〜７日後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、初期共培養培地中に少なくとも約５００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、初期共培養培地中に少なくとも約１０μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養の開始から約５日後の共培養物に添加される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。いくつかの実施形態では、ＤＣ集団及びＴ細胞集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体に少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下、皮内、または静脈内に投与される。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、ａ）ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｄ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ステップｃ）は、インターロイキンカクテル、免疫チェックポイント阻害剤、及び抗ＣＤ３抗体を含む共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養することを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ及びＭＰＬＡを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＰＧＥ２をさらに含む。いくつかの実施形態では、ＭＰＬＡは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．５μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＮＦγは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約１００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＰＧＥ２は、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．１μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、共培養培地中に少なくとも約５００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、共培養培地中に少なくとも約１０μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、ＰＢＭＣ集団中に存在する。いくつかの実施形態では、ＤＣ集団及びＴ細胞集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体に少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下、皮内、または静脈内に投与される。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、ａ）ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、ｃ）共培養の開始から約３〜７日後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｄ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ステップ（ａ）は、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、ＭＰＬＡ、Ｐｏｌｙ  Ｉ：Ｃ、レシキモド、ガーディキモド、及びＣＬ０７５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＰＧＥ２を含む。いくつかの実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、初期共培養培地中に少なくとも約５００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、初期共培養培地中に少なくとも約１０μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養の開始から約５日後の共培養物に添加される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ集団及びＴ細胞集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体に少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下、皮内、または静脈内に投与される。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、ａ）ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、ｃ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、ｄ）共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｅ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養の開始時に共培養物に添加される。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、共培養の開始後に共培養物に添加される。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＩＮＦγ及びＭＰＬＡを含む。いくつかの実施形態では、ＤＣ成熟培地は、ＰＧＥ２をさらに含む。いくつかの実施形態では、ＭＰＬＡは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．５μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＮＦγは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約１００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＰＧＥ２は、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．１μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、初期共培養培地中に少なくとも約５００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、初期共培養培地中に少なくとも約１０μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ集団及びＴ細胞集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体に少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下、皮内、または静脈内に投与される。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、ａ）ＤＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、ｂ）ＭＰＬＡ、ＩＮＦγ、及びＰＧＥ２を含むＤＣ成熟培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を培養することと、ｃ）ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１を含む複数のサイトカインならびに抗ＰＤ−１抗体を含む初期共培養培地中で、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、ｄ）共培養の開始から約３〜７日（例えば、約５日）後の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、ｅ）活性化Ｔ細胞を有効量で個体に投与することとを含む。いくつかの実施形態では、ＭＰＬＡは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．５μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＮＦγは、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約１００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＰＧＥ２は、ＤＣ成熟培地中に少なくとも約０．１μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、ＩＬ−２は、初期共培養培地中に少なくとも約５００ＩＵ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、初期共培養培地中に少なくとも約１０μｇ／ｍＬの濃度で存在する。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とは、抗ＣＤ３抗体の存在下で少なくとも約１０日間にわたって共培養される。いくつかの実施形態では、ＤＣ集団及びＴ細胞集団は、処置される個体から得られる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体に少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下、皮内、または静脈内に投与される。
【０２００】
概して、本明細書に記載の活性化Ｔ細胞、及び複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団の投与の投与量、スケジュール、及び経路は、個体のサイズ及び状態、ならびに標準的な薬務に従って決定され得る。例示的な投与経路としては、静脈内、動脈内、腹腔内、肺内、小胞内、筋肉内、気管内、皮下、眼内、くも膜下腔内、または経皮が挙げられる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣは、皮下投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、静脈内投与される。
【０２０１】
個体に投与される細胞の用量は、例えば、投与される細胞の特定のタイプ、投与経路、ならびに処置されるがんの特定のタイプ及び病期に従って異なり得る。この量は、重度の毒性または有害事象を伴わずに、がんに対する治療応答などの望ましい応答を提供するのに十分である必要がある。いくつかの実施形態では、投与される活性化Ｔ細胞またはＤＣの量は、治療有効量である。いくつかの実施形態では、細胞（例えば多重抗原負荷ＤＣまたは活性化Ｔ細胞）の量は、処置前の同じ個体における対応する腫瘍サイズ、がん細胞の数、もしくは腫瘍増殖速度と比較して、または処置を受けていない他の個体における対応する活性と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％のうちのいずれかの、腫瘍のサイズの減少、がん細胞の数の減少、または腫瘍の増殖速度の低下を提供するのに十分な量である。この効果の大きさを測定するためには、精製された酵素を用いるインビトロアッセイ、細胞ベースのアッセイ、動物モデル、またはヒト試験などの標準的方法を使用することができる。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、少なくとも約１×１０５、５×１０５、１×１０６、１．５×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、または５×１０７細胞／個体のうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、約１×１０５〜５×１０５、５×１０５〜１×１０６、１×１０６〜２×１０６、２×１０６〜３×１０６、３×１０６〜４×１０６、４×１０６〜５×１０６、５×１０６〜６×１０６、６×１０６〜７×１０６、７×１０６〜８×１０６、８×１０６〜１×１０８、１×１０６〜３×１０６、３×１０６〜５×１０６、５×１０６〜７×１０６、２×１０６〜２×１０７、５×１０６〜２×１０７、または１×１０６〜２×１０７細胞／個体のうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、少なくとも約１×１０６細胞／個体の用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、約１．５×１０６〜約１．５×１０７細胞／個体の用量で投与される。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、少なくとも約１×１０４、２．５×１０４、５×１０４、１×１０５、２×１０５、２．５×１０５、４×１０５、６×１０５、８×１０５、１×１０６、２×１０６、または１×１０７細胞／ｋｇのうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、約１×１０４〜５×１０４、５×１０４〜１×１０５、１×１０５〜２×１０５、２×１０５〜４×１０５、４×１０５〜６×１０５、６×１０５〜８×１０５、８×１０５〜１×１０６、１×１０６〜２×１０６、２×１０６〜１×１０７、１×１０４〜１×１０５、１×１０５〜１×１０６、１×１０６〜１×１０７、１×１０４〜１×１０６、または１×１０５〜１×１０７細胞／ｋｇのうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、少なくとも約２×１０５細胞／ｋｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、抗原負荷樹状細胞は、約２．５×１０４〜約２．５×１０５細胞／ｋｇの用量で投与される。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも約１×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、１．５×１０１０、２×１０１０、または５×１０１０細胞／個体のうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、約１×１０８〜５×１０８、５×１０８〜１×１０９、１×１０９〜５×１０９、５×１０９〜１×１０１０、３×１０９〜７×１０９、１×１０１０〜２×１０１０、または１×１０９〜１×１０１０細胞／個体のうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも約３×１０９細胞／個体の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、約１×１０９〜約１×１０１０細胞／個体の用量で投与される。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも約１×１０７、２×１０７、４×１０７、６×１０７、８×１０７、１×１０８、２×１０８、４×１０８、６×１０８、８×１０８、１×１０９細胞／ｋｇのうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、約１×１０７〜１×１０８、１×１０７〜５×１０７、２×１０７〜４×１０７、５×１０７〜１×１０８、１×１０８〜２×１０８、５×１０７〜１×１０８、１×１０８〜２×１０８、２×１０８〜５×１０８、１×１０８〜１×１０９、または１×１０７〜１×１０９細胞／ｋｇのうちのいずれか１つの用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも約６×１０７細胞／ｋｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、約１．５×１０７〜約２×１０８細胞／ｋｇの用量で投与される。
【０２０６】
ＭＡＳＣＴは、単剤療法においてのみならず、別の薬剤との併用療法においても使用することができる。例えば、本明細書に記載の処置方法のいずれかを、１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のいずれか）の免疫チェックポイント阻害剤の投与と組み合わせることができる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３の阻害剤からなる群から選択される。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。例示的な抗ＰＤ−１抗体としては、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピディリズマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、及びアテゾリズマブ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、及びＴＳＲ−０４２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（例えば、ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ（例えば、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＨＲ−１２１０である。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体としては、ＫＹ−１００３、ＭＣＬＡ−１４５、ＲＧ７４４６、ＢＭＳ９３５５５９、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６、アベルマブ、またはＳＴＩ−Ａ１０１０が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。例示的な抗ＣＴＬＡ−４抗体としては、イピリムマブ、トレメリムマブ、及びＫＡＨＲ−１０２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（例えば、ＹＥＲＶＯＹ（登録商標））である。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、単一の組成物中で投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、第１、第２、または第３の共培養物中に存在する。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、投与の前（例えば直前）に混ぜられる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、別々の組成物によって同時に投与される。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続的に投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞の投与前に投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞の投与後に投与される。
【０２１２】
免疫チェックポイント阻害剤の例示的な投与経路としては、腫瘍内、膀胱内、筋肉内、腹腔内、静脈内、動脈内、頭蓋内、胸膜内、皮下、及び上皮経路が挙げられるが、これらに限定されない。または、免疫チェックポイント阻害剤は、そのような生きたがん細胞を含むことが公知であるリンパ腺、体腔、器官、または組織中に送達される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、注入によって投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、少なくとも約１０分間、３０分間、１時間、２時間、４時間、６時間、またはそれ以上のうちのいずれかにわたって注入される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞と同じ投与経路によって投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞とは異なる投与経路によって投与される。
【０２１３】
免疫チェックポイント阻害剤の好適な用量としては、約１ｍｇ／ｍ２、５ｍｇ／ｍ２、１０ｍｇ／ｍ２、２０ｍｇ／ｍ２、５０ｍｇ／ｍ２、１００ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、３００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２、７５０ｍｇ／ｍ２、１０００ｍｇ／ｍ２、またはそれ以上のうちのいずれか１つが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１〜約５ｍｇ／ｍ２、約５〜約１０ｍｇ／ｍ２、約１０〜約２０ｍｇ／ｍ２、約２０〜約５０ｍｇ／ｍ２、約５０〜約１００ｍｇ／ｍ２、約１００ｍｇ／ｍ２〜約２００ｍｇ／ｍ２、約２００〜約３００ｍｇ／ｍ２、約３００〜約４００ｍｇ／ｍ２、約４００〜約５００ｍｇ／ｍ２、約５００〜約７５０ｍｇ／ｍ２、または約７５０〜約１０００ｍｇ／ｍ２のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１μｇ／ｋｇ、２μｇ／ｋｇ、５μｇ／ｋｇ、１０μｇ／ｋｇ、２０μｇ／ｋｇ、５０μｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、またはそれ以上のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１μｇ／ｋｇ〜約５μｇ／ｋｇ、約５μｇ／ｋｇ〜約１０μｇ／ｋｇ、約１０μｇ／ｋｇ〜約５０μｇ／ｋｇ、約５０μｇ／ｋｇ〜約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ〜約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ〜約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ〜約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約２０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５０ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇのうちのいずれか１つである。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、毎日投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、１週間に少なくとも約１回、２回、３回、４回、５回、６回、または７回（すなわち毎日）のうちのいずれか１つで投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、週１回投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、中断なしで週１回；３週間のうちの２週間で週１回；４週間のうちの３週間で週１回；２週間に１回；３週間に１回；４週間に１回；６週間に１回；８週間に１回、月１回、または２〜１２か月に１回投与される。いくつかの実施形態では、各投与間の間隔は、約６か月未満、３か月未満、１か月未満、２０日未満、１５日未満、１２日未満、１０日未満、９日未満、８日未満、７日未満、６日未満、５日未満、４日未満、３日未満、２日未満、または１日未満のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、各投与間の間隔は、約１か月超、２か月超、３か月超、４か月超、５か月超、６か月超、８か月超、または１２か月超のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、３か月に１回投与される。いくつかの実施形態では、投薬スケジュールに中断はない。いくつかの実施形態では、各投与間の間隔は、約１週間以下である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞と同じ投薬スケジュールで投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞とは異なる投薬スケジュールで投与される。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ処置サイクル毎に投与される。例えば、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ処置サイクル毎に約１回、２回、３回、４回、５回、６回、またはそれ以上のうちのいずれかで投与されてもよい。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ処置サイクル毎に投与されない。例えば、免疫チェックポイント阻害剤は、約１回、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上のＭＡＳＣＴ処置サイクル毎に１回投与されてもよい。
【０２１６】
免疫チェックポイント阻害剤の投与は、約１か月から最長約７年などの長期間にわたってもよい。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、２４、３０、３６、４８、６０、７２、または８４か月のうちのいずれか１つの期間にわたって投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、単回投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、繰り返し投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、疾患進行まで繰り返し投与される。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、個体のがんにおける全突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、個体のがんのがん関連遺伝子における突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、個体のがんにおけるＴ細胞応答に関連する免疫遺伝子における突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、個体のがんのＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低い個体に特に好適である。突然変異荷重は、すべてのがん細胞、または原発性もしくは転移性腫瘍部位などのがん細胞のサブセット、例えば、腫瘍生検試料中の細胞における突然変異荷重であってもよい。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、１種以上の遺伝子の突然変異荷重が低いことは、１種以上の遺伝子に蓄積した突然変異の数が低いことである。いくつかの実施形態では、約５００以下、４００以下、３００以下、２００以下、１００以下、５０以下、４０以下、３０以下、２０以下、１０以下、５以下、またはそれ未満のうちのいずれかの突然変異の総数は、突然変異荷重が低いことを示す。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子における約５０以下、４０以下、３０以下、２５以下、２０以下、１５以下、１４以下、１３以下、１２以下、１１以下、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下、または１以下のうちのいずれかの突然変異は、１種以上のＭＨＣ遺伝子の突然変異荷重が低いことを示す。いくつかの実施形態では、１種以上の遺伝子の突然変異荷重が低いことは、１種以上の遺伝子（例えばＭＨＣ遺伝子）に蓄積した突然変異の数と、選択された遺伝子セット（例えばがん関連遺伝子）または全ゲノムにおける突然変異の総数との比が低いことである。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子は、ＭＨＣクラスＩ遺伝子（または遺伝子座）を含む。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子は、ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子（または遺伝子）を含む。個体がヒト個体であるいくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、及びＢ２Ｍからなる群から選択される。
【０２２０】
例示的な突然変異としては、欠失、フレームシフト、挿入、インデル、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、点突然変異、コピー数多型、一塩基変異（ＳＮＶ）、サイレント突然変異、スプライス部位突然変異、スプライスバリアント、遺伝子融合、及び転座が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ遺伝子のコピー数多型は、染色体またはその断片の欠失、重複、逆位、及び転座を含むゲノムの構造的再配列によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、１つ以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異は、点突然変異、フレームシフト突然変異、遺伝子融合、及びコピー数多型から選択される。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ遺伝子のタンパク質コード領域内にある。いくつかの実施形態では、突然変異は、非同義突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、多型ではない。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の正常細胞に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の正常細胞には存在しない。いくつかの実施形態では、突然変異は、影響を受ける遺伝子によってコードされるＭＨＣ分子の安定性または結合親和性などの生理化学的または機能的特性に影響を与える。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子における不可逆的欠損を提供する。いくつかの実施形態では、突然変異は、Ｔ細胞エピトープ及び／またはＴ細胞受容体に対するＭＨＣ分子の結合親和性を低減させる。いくつかの実施形態では、突然変異は、機能喪失型突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子における可逆的欠損を提供する。いくつかの実施形態では、突然変異は、Ｔ細胞エピトープ及び／またはＴ細胞受容体に対するＭＨＣ分子の結合親和性に影響を与えない。いくつかの実施形態では、突然変異は、体細胞突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、生殖系列突然変異である。
【０２２１】
突然変異荷重に考慮される突然変異は、全がん細胞またはがん細胞のサブセットに存在してもよい。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の全がん細胞に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、腫瘍部位の全がん細胞に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、クローン性である。いくつかの実施形態では、突然変異は、サブクローン性である。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上のうちのいずれかのがん細胞に存在する。
【０２２２】
ある特定のＭＨＣ遺伝子及び／または１種以上のＭＨＣ遺伝子のある特定のドメインもしくは位置における突然変異は、本明細書に記載の処置方法に対する個体の臨床応答に、より深い影響を与え得る。例えば、機能喪失型突然変異は、ＨＬＡ分子のリーダーペプチド配列、ａ３ドメイン（これはＴ細胞のＣＤ８共受容体に結合する）、ａ１ペプチド結合ドメイン、またはａ２ペプチド結合ドメインに生じ得る。例えば、参照により本明細書に組み込まれるＳｈｕｋｌａ  Ｓ．ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ３３，１１５２−１１５８（２０１５）を参照されたい。Ｂ２Ｍ（β２−マクログロブリン）遺伝子における突然変異は、腫瘍エスケープ表現型を促進する場合もある。例えば、Ｍｏｎｉｃａ  Ｂ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕ．，（２０１２）６１：１３５９−１３７１を参照されたい。いくつかの実施形態では、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン、またはａ３ドメインなど、１種以上のＭＨＣ遺伝子の機能的領域における、いずれかの数（例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の突然変異の存在は、高い突然変異荷重を示す。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子（例えば、ヒト個体のＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、またはＨＬＡ−Ｃ遺伝子）における、いずれかの数（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の機能喪失型突然変異は、高い突然変異荷重を示す。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低いことは、１種以上のＭＨＣ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、またはＨＬＡ−Ｃ遺伝子）のリーダーペプチド配列、ａ１ドメイン（例えば、ＣＤ８共受容体と直接接触している残基）、ａ２ドメイン、及びａ３ドメイン（例えば、エピトープと直接接触している残基）を含む機能的領域における突然変異がないことを含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子におけるいずれかの数の突然変異（例えば機能喪失型突然変異）の存在は、高い突然変異荷重を示す。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低いことは、Ｂ２Ｍ遺伝子における突然変異がないことを含む。
【０２２３】
１種以上の遺伝子（例えばＭＨＣ遺伝子）の突然変異荷重は、ゲノムＤＮＡシーケンシング、エクソームシーケンシング、またはＳａｎｇｅｒシーケンシングもしくは次世代シーケンシングプラットフォームを使用する他のＤＮＡシーケンシングに基づく方法；ポリメラーゼ連鎖反応アッセイ；インサイツハイブリダイゼーションアッセイ；及びＤＮＡマイクロアレイを含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の方法によって判定され得る。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、１種以上のＭＨＣ遺伝子の突然変異荷重は、個体由来の腫瘍試料をシーケンシングすることによって判定される。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、次世代シーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、全ゲノムシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、全エクソームシーケンシング（「ＷＥＳ」）などのエクソームシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、ＲＮＡシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、がん関連遺伝子とＨＬＡ遺伝子などの候補遺伝子の標的化シーケンシングである。例えば、ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｄｍｅｒａ  Ｈｅａｌｔｈ）が、がん関連遺伝子及びＨＬＡ遺伝子座を高いシーケンシング深度でシーケンシングするために利用可能である。いくつかの実施形態では、同じシーケンシングデータを使用して、個体における１種以上のＭＨＣ遺伝子の突然変異荷重を判定し、ネオ抗原を識別することができる。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、組織試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、腫瘍細胞の細針吸引または腹腔鏡検査で得られた腫瘍細胞（例えば腫瘍間質を含む）などの腫瘍生検試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、新たに得られる。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、凍結されている。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、ホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、細胞試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、循環転移性がん細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、血液から循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）をソートすることによって得られる。いくつかの実施形態では、核酸（例えばＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）がシーケンシング分析のために腫瘍試料から抽出される。いくつかの実施形態では、腫瘍試料のシーケンシングデータを、同じ個体の健康な組織の試料または健康な個体の試料などの参照試料のシーケンシングデータと比較して、腫瘍細胞中の突然変異を識別し、突然変異荷重を判定する。いくつかの実施形態では、腫瘍試料のシーケンシングデータを、ゲノムデータベースの参照配列と比較して、腫瘍細胞中の突然変異を識別し、突然変異荷重を判定する。
【０２２６】
ＭＡＳＣＴ方法のうちのいずれも、複数の腫瘍抗原ペプチドにおける１つ以上のネオ抗原ペプチドを使用することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、個体が１つ以上（例えば少なくとも５つ）のネオ抗原を有することに基づいて、処置の方法のための個体を選択するステップ、及び／または（ｉ）個体のネオ抗原を識別するステップ、及び（ｉｉ）ネオ抗原に由来するネオ抗原ペプチドを、処置方法で使用するための複数の腫瘍抗原ペプチドに組み込むステップをさらに含む。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、（ａ）個体のネオ抗原を識別することと、（ｂ）ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチドに組み込むことであって、ネオ抗原ペプチドがネオ抗原のネオエピトープを含む、組み込むことと、（ｃ）必要に応じて、複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣを有効量で投与することと、（ｄ）抗原負荷ＤＣをＴ細胞集団と共培養することによって活性化Ｔ細胞集団を調製することと、（ｅ）有効量の活性化Ｔ細胞を個体に投与することとを含み、個体は、１つ以上のネオ抗原を有する。
【０２２８】
個体は、ネオ抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドを使用したＭＡＳＣＴ方法から利益を得るために、任意の数（例えば、少なくとも約１個、２個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、２０個、５０個、１００個、またはそれ以上のうちのいずれか１つ）のネオ抗原を有し得る。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ方法は、少なくとも約４個、５個、６個、７個、８個、１０個、１５個、２０個、５０個、１００個、またはそれ以上のうちのいずれか１つのネオ抗原を有する個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、１つ以上のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ方法は、少なくとも約４個、５個、６個、７個、８個、１０個、１５個、２０個、５０個、１００個、またはそれ以上のうちのいずれか１つのネオエピトープを有する個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞エピトープは、ＭＨＣ−Ｉ制限エピトープである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、個体のＭＨＣ分子に対して、対応する野生型Ｔ細胞エピトープよりも高い親和性を有する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、モデルＴ細胞受容体に対して、対応する野生型Ｔ細胞エピトープよりも高い親和性を有する。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、クローン性ネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、サブクローン性ネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、個体の、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの腫瘍細胞に存在する。
【０２２９】
ネオ抗原の数を他のバイオマーカーまたは選択基準と組み合わせて、本明細書に記載のＭＡＳＣＴ方法のうちのいずれか１つのための個体を選択してもよい。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ方法は、がん細胞における（例えば１種以上のＭＨＣ遺伝子における）突然変異荷重が低い個体、及び／または少なくとも約４個、５個、６個、７個、８個、１０個、もしくはそれ以上のうちのいずれかのネオ抗原（例えば、高い親和性のＭＨＣ−Ｉ制限されたネオエピトープを有するネオ抗原）を有する個体に特に好適である。
【０２３０】
任意の数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれ以上のうちのいずれか）のネオ抗原ペプチドを、個体のネオ抗原に基づいて設計し、本明細書に記載の処置方法のうちのいずれかで使用するための複数の腫瘍抗原ペプチドに組み込むことができる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、単一のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。各ネオ抗原ペプチドは、個体のネオ抗原の１つ以上のネオエピトープを含み得る。いくつかの実施形態では、ネオエピトープはＴ細胞エピトープである。ネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを設計する方法は、「複数の腫瘍抗原ペプチド」のセクションに記載されている。
【０２３１】
個体におけるネオ抗原は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して識別することができる。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍試料の遺伝子プロファイルに基づいて識別される。各ネオ抗原は、１つ以上のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原中の１つ以上のネオエピトープは、腫瘍試料の遺伝子プロファイルに基づいて識別される。次世代シーケンシング（ＮＧＳ）方法、マイクロアレイ、またはプロテオミクス方法などの任意の公知の遺伝子プロファイリング方法を使用して、腫瘍試料の遺伝子プロファイルを提供することができる。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍試料をシーケンシングすることによって識別される。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、次世代シーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、全ゲノムシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、全エクソームシーケンシング（「ＷＥＳ」）などのエクソームシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、ＲＮＡシーケンシングである。いくつかの実施形態では、シーケンシングは、がん関連遺伝子などの候補遺伝子の標的化シーケンシングである。多くの市販のＮＧＳがんパネル、例えば、ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｄｍｅｒａ  Ｈｅａｌｔｈ）が、がん関連遺伝子を高いシーケンシング深度でシーケンシングするために利用可能である。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、組織試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、腫瘍細胞の細針吸引または腹腔鏡検査で得られた腫瘍細胞（例えば腫瘍間質を含む）などの腫瘍生検試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、新たに得られる。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、凍結されている。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、ホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、細胞試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、循環転移性がん細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、血液から循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）をソートすることによって得られる。いくつかの実施形態では、核酸（例えばＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）がシーケンシング分析のために腫瘍試料から抽出される。いくつかの実施形態では、タンパク質がシーケンシング分析のために腫瘍試料から抽出される。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料の遺伝子プロファイルを、同じ個体の健康な組織または健康な個体の試料などの参照試料の遺伝子プロファイルと比較して、腫瘍細胞中の候補突然変異遺伝子を識別する。いくつかの実施形態では、腫瘍試料の遺伝子プロファイルを、ゲノムデータベースの参照配列と比較して、腫瘍細胞中の候補突然変異遺伝子を識別する。いくつかの実施形態では、候補突然変異遺伝子は、がん関連遺伝子である。いくつかの実施形態では、各候補突然変異遺伝子は、ネオ抗原を生じ得る、非同義置換、インデル（挿入もしくは欠失）、または遺伝子融合などの１つ以上の突然変異を含む。共通の一塩基多型（ＳＮＰ）は候補突然変異から除外される。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原中のネオエピトープは、候補突然変異タンパク質から識別される。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、インシリコで予測される。Ｔ細胞エピトープ予測のための例示的なバイオインフォマティクスツールは、当技術分野で公知である。例えば、Ｙａｎｇ  Ｘ．ａｎｄ  Ｙｕ  Ｘ．（２００９）“Ａｎ  ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ”Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９（２）：７７−９６を参照されたい。Ｔ細胞エピトープ予測アルゴリズムにおいて考慮される要因としては、個体のＭＨＣサブタイプ、Ｔ細胞エピトープの配列に由来する生理化学的特性、ＭＨＣ結合モチーフ、プロテアソーム切断パターン、抗原ペプチド輸送体（ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ）（ＴＡＰ）輸送効率、ＭＨＣ結合親和性、ペプチド−ＭＨＣ安定性、及びＴ細胞受容体結合親和性が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣ−Ｉ制限エピトープである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣ−ＩＩ制限エピトープである。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、個体のＭＨＣ分子に対して高い親和性を有する。いくつかの実施形態では、本方法は、例えば、シーケンシングデータから、個体のＭＨＣサブタイプを判定して、個体の１つ以上のＭＨＣ分子を識別することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＭＨＣクラスＩ分子などのＭＨＣ分子に対するネオエピトープの親和性を判定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、個体の１つ以上のＭＨＣ（例えばＭＨＣクラスＩ）分子に対するネオエピトープの親和性を判定することを含む。いくつかの実施形態では、個体の１つ以上のＭＨＣ分子に対するネオエピトープの親和性を、個体の１つ以上のＭＨＣ分子に対する対応する野生型エピトープの親和性と比較する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、個体の１つ以上のＭＨＣ分子（例えばＭＨＣ−Ｉ分子）に対する、対応する野生型エピトープよりも高い（例えば、少なくとも約１．５倍、２倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、５０倍、１００倍、またはそれ以上のうちのいずれかの）親和性を有することについて選択される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ結合親和性は、当技術分野で公知の任意のツールまたは方法を使用して、インシリコで予測される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ結合親和性は、例えば、インビトロ結合アッセイを使用して、実験的に判定される。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴは、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子（例えば個体のＭＨＣクラスＩ分子）を含む複合体のＴ細胞受容体に対する親和性を判定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体に対する親和性を、対応する野生型エピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のものと比較する。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子は、個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞受容体は、個体の１つ以上のＴ細胞の表面上にある。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体において、Ｔ細胞受容体モデルに対する、対応する野生型エピトープよりも高い（例えば、少なくとも約１．５倍、２倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、５０倍、１００倍、またはそれ以上のうちのいずれか１つの）親和性を有することについて選択される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ結合親和性は、当技術分野で公知の任意のツールまたは方法を使用して、インシリコで予測される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ結合親和性は、例えば、ネオエピトープに対するＴ細胞応答を判定することにより、実験的に判定される。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、腫瘍試料中のネオ抗原（またはネオエピトープ）の発現レベルにさらに基づいて識別される。ネオ抗原（またはネオエピトープ）の発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲ、抗体ベースのアッセイ、質量分析などの、当技術分野で公知であるｍＲＮＡまたはタンパク質レベルの定量化のための任意の方法を使用して判定され得る。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）の発現レベルは、腫瘍試料のシーケンシングデータから判定される。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、腫瘍細胞において、細胞１つ当たり少なくとも約１０、２０、５０、１００、２００、５００、１０００、２０００、５０００、１０４、またはそれ以上のうちのいずれか１つのコピー数のレベルで発現される。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（またはネオエピトープ）は、腫瘍細胞において、対応する野生型タンパク質（または対応する野生型エピトープ）よりも、約１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、またはそれ以上のうちのいずれか１つのレベルで発現される。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、（ａ）個体由来の腫瘍試料をシーケンシングしてネオ抗原を識別することと、（ｂ）ネオ抗原中のネオエピトープを識別することと、必要に応じて（ｃ）個体のＭＨＣサブタイプを（例えば、シーケンシングデータを使用して）判定して、個体のＭＨＣ分子を識別することと、必要に応じて（ｄ）個体のＭＨＣ分子に対するネオエピトープの親和性を判定することと、必要に応じて（ｅ）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体に対する親和性を判定することと、（ｆ）ネオエピトープを含むペプチドを得てネオ抗原ペプチドを提供することとを含むステップにより、選択または識別される。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、対応する野生型Ｔ細胞エピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体と比較して、個体のＭＨＣ分子（例えばＭＨＣ−Ｉ分子）に対する高い親和性、及び／または、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体におけるＴＣＲに対する高い親和性を有する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープを、エピトープを保有するネオ抗原の天然配列に従って、Ｎ末端またはＣ末端または両末端で伸長させて、伸長配列を得る。この伸長配列は、クラスＩ及びクラスＩＩの両方のＭＨＣ分子による提示に適している。１つ以上のネオ抗原ペプチドを使用する本明細書に記載の処置方法のうちのいずれも、ネオ抗原選択／識別ステップのうちの任意の１つ以上をさらに含み得る。
【０２４０】
本明細書に記載の処置方法及びＭＡＳＣＴ方法のうちのいずれも、個体が処置を受けた後にモニタリングステップをさらに含み得る。処置後のモニタリングは、個体の処置レジメンを調整して処置成績を最適化するために有益であり得る。
【０２４１】
例えば、本明細書に記載の複数の腫瘍抗原ペプチドは、繰り返しの処置のために使用され得る複数のカスタマイズされた腫瘍抗原ペプチドを提供するために、複数の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれに対する個体の特異的免疫応答及び／または活性化Ｔ細胞に対する個体の臨床応答に基づいて調整またはカスタマイズされ得る。いくつかの実施形態では、強力な特異的免疫応答を誘発しない腫瘍抗原ペプチドは、パルシングしたＤＣまたは活性化Ｔ細胞の将来の調製のための抗原ペプチドプールから除去することができる。
【０２４２】
１つ以上の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答は、当技術分野で公知の任意の方法を使用して、例えば、個々の腫瘍抗原ペプチドによる刺激の後、Ｔ細胞（またはＰＢＭＣ）からの細胞傷害性因子（例えばパーフォリンまたはグランザイムＢ）またはサイトカイン（例えばＩＦＮγまたはＴＮＦα）の放出レベルを測定することによって判定することができる。ＥＬＩＳＰＯＴなどの抗体ベースのアッセイを使用して、細胞傷害性因子またはサイトカイン（例えばＩＦＮγ）のレベルを定量化してもよい。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドに応じたＴ細胞（またはＰＢＭＣ）からのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）の放出レベルを、ベースラインサイトカイン放出レベルなどの基準、または無関係なペプチドに応じたＴ細胞（またはＰＢＭＣ）からの非特異的サイトカイン放出レベルに対して正規化して、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）の変化倍率値を提供する。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける、約１．２超、１．５超、２超、２．５超、３超、４超、５超、６超、８超、１０超、またはそれ以上のうちのいずれか１つのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）の変化倍率値は、腫瘍抗原ペプチドに対する強力な特異的免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて、約１０未満、８未満、６未満、５未満、４未満、３未満、２．５未満、２未満、１．５未満、１．２未満、またはそれ以下のうちのいずれか１つのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）変化倍率値を有する腫瘍抗原ペプチドは、将来の処置のための複数のカスタマイズされた腫瘍抗原ペプチドを提供するために、複数の腫瘍抗原ペプチドから除去される。
【０２４３】
本明細書に記載の処置方法に対する個体の臨床応答は、医師により、画像検査法、血液検査、バイオマーカー評価、及び生検などの当技術分野で公知の方法によって評価され得る。いくつかの実施形態では、臨床応答は、活性化Ｔ細胞を受ける前及び後の個体の循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）の数を判定することによってモニタリングされる。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、原発性腫瘍から離脱し、体液中を循環する。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、原発性腫瘍から離脱し、血流中を循環する。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、転移の指標である。ＣＴＣ数は、ＣｅｌｌＳｅａｒｃｈ方法、Ｅｐｉｃ  Ｓｃｉｅｎｃｅ方法、ｉｓｏｆｌｕｘ、及びｍａｉｎｔｒａｃを含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の種々の方法によって判定され得る。いくつかの実施形態では、個体の血液試料における、ＣＴＣの特定のサブタイプを含む単一ＣＴＣの数が判定される。いくつかの実施形態では、処置を受けた後の個体の血液試料１ｍＬ当たり、約１０超、２０超、５０超、１００超、１５０超、２００超、３００超、またはそれ以上のうちのいずれかの数の単一ＣＴＣは、転移のリスクの増加、及び／または処置方法に対する臨床応答の不良を示す。いくつかの実施形態では、処置を受ける前と比較した、処置を受けた後の個体の単一ＣＴＣの数の増加（例えば、少なくとも約１．５、２、３、４、５、１０、またはそれ以上のうちのいずれか１つの倍率の増加）は、処置方法に対する臨床応答の不良を示す。いくつかの実施形態では、個体の血液試料中のＣＴＣクラスターの数が判定される。いくつかの実施形態では、処置を受けた後の個体の血液試料における、少なくとも約１個、５個、１０個、５０個、１００個、またはそれ以上のうちのいずれかのＣＴＣクラスターの検出は、転移のリスクの増加、及び／または処置に対する臨床応答の不良を示す。いくつかの実施形態では、処置を受ける前と比較した、処置を受けた後の個体のＣＴＣクラスターの数の増加（例えば、少なくとも約１．５、２、３、４、５、１０、またはそれ以上のうちのいずれか１つの倍率の増加）は、処置に対する臨床応答の不良を示す。
【０２４４】
ＩＩＩ．腫瘍特異的ＴＣＲ
本明細書では、セクションＩＩに記載の方法のうちのいずれか１つを使用して得られる腫瘍特異的ＴＣＲも提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ＣＥＡ、ＲＳＧ−５、またはＨＰＶ１８−Ｅ７を特異的に認識する。腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸及びベクター、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞も、本出願の範囲内である。
【０２４５】
例示的な腫瘍特異的ＴＣＲ
本明細書に記載の方法を使用して識別される例示的なＴＣＲを、以下の表１に示す。Ｖ、Ｊ、Ｃの各セグメントは、ＩＭＧＴデータベースに従って命名されている。当技術分野で公知である他の命名法及びセグメント描写アルゴリズムを使用してもよい。例えば、ＩＭＧＴによれば、ＴＣＲ鎖は、アミノ酸１〜２６位のＦＲ１、アミノ酸２７〜３８位のＣＤＲ１、アミノ酸３９〜５５位のＦＲ２、アミノ酸５６〜６５位のＣＤＲ２、アミノ酸６６〜１０４位のＦＲ３、及びアミノ酸１０５〜１１７位のＣＤＲ３（再配列されたＶ−Ｊ−遺伝子及びＶ−Ｄ−Ｊ−遺伝子の場合）、ならびにアミノ酸１１８〜１２９位のＦＲ４を含む。例えば、Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．，Ｔｈｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｓｔ，７，１３２−１３６（１９９９）、及びワールドワイドウェブｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ＩＭＧＴ−ＦＲＣＤＲｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．ｈｔｍｌを参照されたい。例示的なＴＣＲのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を、「配列表」のセクション及び表５に示す。
【表１−１】
2021520849.tif 000002
【表１−２】
2021520849.tif 000003
【表１−３】
2021520849.tif 000004
【表１−４】
2021520849.tif 000005
【０２４６】
いくつかの実施形態では、配列番号１のアミノ酸配列を含むＣＥＡペプチドのエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、ヒトＲＧＳ５などのＲＧＳ５のエピトープ、例えばヒトＲＧＳ５のアミノ酸１〜３０またはアミノ酸１６〜３０に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ５ペプチドのエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号８２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ５のエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号８３のアミノ酸配列を含むＲＧＳ５のエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、ヒトＨＰＶ１８−Ｅ７などのＨＰＶ１８−Ｅ７のエピトープ、例えば、ヒトＨＰＶ１８−Ｅ７のアミノ酸８０〜９４、７６〜１０５、または８４〜１０２に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチドのエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７のエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７のエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号８６のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７のエピトープに特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供される。
【０２４９】
配列番号８２〜８６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む単離された腫瘍エピトープも提供される。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、配列番号４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７、４０、４３、４６、４９、５２、５５、５８、６１、６４、６７、７０、７３、７６、７９、８７、９０、９３、及び９６のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）であって、（ａ）配列番号４、１０、及び１６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、ならびに配列番号７、１３、及び１９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｂ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、及び５２のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、ならびに配列番号７、１３、１９、２５、３１、３７、４３、４９、及び５５のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、または（ｃ）配列番号５８、６４、７０、７６、８７、及び９３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、ならびに配列番号６１、６７、７３、７９、９０、及び９６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列を含む、腫瘍特異的抗原結合構築物が提供される。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）であって、（ａ）配列番号４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｂ）配列番号１０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号１３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｃ）配列番号１６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号１９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｄ）配列番号２２と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号２５と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｅ）配列番号２８と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号３１と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｆ）配列番号３４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号３７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｇ）配列番号４０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号４３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｈ）配列番号４６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号４９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｉ）配列番号５２と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号５５と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｊ）配列番号５８と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号６１と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｋ）配列番号６４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号６７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｌ）配列番号７０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号７３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｍ）配列番号７６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号７９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、（ｎ）配列番号８７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号９０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列か、または（ｏ）配列番号９３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第１のアミノ酸配列、及び配列番号９６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する第２のアミノ酸配列を含む、腫瘍特異的抗原結合構築物が提供される。いくつかの実施形態では、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれか１つの抗原結合構築物は、配列番号１のアミノ酸配列を含むＣＥＡペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｄ）〜（ｉ）のうちのいずれか１つの抗原結合構築物は、配列番号２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｅ）〜（ｇ）及び（ｉ）のうちのいずれか１つの抗原結合構築物は、配列番号８２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｈ）の抗原結合構築物は、配列番号８３のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）〜（ｏ）のうちのいずれか１つの抗原結合構築物は、配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｎ）の抗原結合構築物は、配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）、（ｌ）、及び（ｍ）のうちのいずれか１つの抗原結合構築物は、配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｏ）の抗原結合構築物は、配列番号８６のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、配列番号４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７、４０、４３、４６、４９、５２、５５、５８、６１、６４、６７、７０、７３、７６、７９、８７、９０、９３、及び９６のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含む腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号４、１０、及び１６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、及び１９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、及び５２のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含む相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、１９、２５、３１、３７、４３、４９、及び５５のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５８、６４、７０、７６、８７、及び９３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含む相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６１、６７、７３、７９、９０、及び９６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するＣＤＲ３アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号１０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｃ）配列番号１６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｄ）配列番号２２と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２５と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｅ）配列番号２８と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３１と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｆ）配列番号３４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｇ）配列番号４０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｈ）配列番号４６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｉ）配列番号５２と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号５５と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｊ）配列番号５８と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６１と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｋ）配列番号６４と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含��ＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｌ）配列番号７０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｍ）配列番号７６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７９と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、（ｎ）配列番号８７と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９０と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｏ）配列番号９３と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９６と少なくとも約９０％の配列同一性（例えば、１００％の同一性）を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。いくつかの実施形態では、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号１のアミノ酸配列を含むＣＥＡペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｄ）〜（ｉ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｅ）〜（ｇ）及び（ｉ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｈ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８３のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）〜（ｏ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｎ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）、（ｌ）、及び（ｍ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｏ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８６のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。
【０２５４】
本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれも、Ｖエレメント及び／またはＪエレメントを含み得る。任意の好適なＶ及びＪエレメントが適用可能であり得る。例えば、ＩＭＧＴデータベースを参照されたい。表１は、Ｖエレメント及びＪエレメントの例示的な組み合わせを示す。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号５、１１、１７、２３、２９、３５、４１、４７、５３、５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＲＡＶエレメントを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、２０、２６、３２、３８、４４、５６、６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＲＢＶエレメントを含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号５、１１、１７、２３、２９、３５、４１、４７、５３、５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＲＡＪエレメントを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、２０、２６、３２、３８、４４、５６、６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＲＢＪエレメントを含むＴＣＲβ鎖を含む。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。
【０２５６】
本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲは、ＴＣＲ定常ドメインも含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号５、１１、１７、２３、２９、３５、４１、４７、５３、５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＣＲα定常ドメイン（ＴＲＡＣ）を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、２０、２６、３２、３８、４４、５６、６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つ、またはそのバリアントのＴＣＲβ定常ドメイン（ＴＲＢＣ）を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ヒトＴＲＡＣ及びヒトＴＲＢＣ、例えばヒトＣα及びヒトＣβ１、またはヒトＣα及びヒトＣβ２を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号１９８のアミノ酸配列、またはそのバリアントを含むＴＲＡＣを含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２０２または２０４のアミノ酸配列を含むＴＲＢＣを含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、マウスＴＲＡＣ及びマウスＴＲＢＣ、例えばマウスＣα及びマウスＣβ１を含む。いくつかの実施形態では、マウスＴＲＡＣは、１１７位の修飾（例えばＳ１１７Ｌ）及び／または１１０位の修飾（例えばＧ１１０Ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号２００のアミノ酸配列、またはそのバリアントを含むＴＲＡＣを含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＴＲＢＣを含むＴＣＲβ鎖を含む。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ヒトＴＣＲ可変領域と、マウスなどの非ヒト種由来のＴＣＲ定常領域とを含む。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、もしくはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０及び９１及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲであって、（ａ）配列番号５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｂ）配列番号１１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｃ）配列番号１７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｄ）配列番号２３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｅ）配列番号２９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号３２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｆ）配列番号３５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号３８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｇ）配列番号４１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号４４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｈ）配列番号４７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号５０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｉ）配列番号５３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号５６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｊ）配列番号５９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号６２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｋ）配列番号６５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号６８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｌ）配列番号７１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号７４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｍ）配列番号７７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号８０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいず���か１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、（ｎ）配列番号８８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号９１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、または（ｏ）配列番号９４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号９７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む、腫瘍特異的ＴＣＲが提供される。いくつかの実施形態では、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号１のアミノ酸配列を含むＣＥＡペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｄ）〜（ｉ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｅ）〜（ｇ）及び（ｉ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８２のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｈ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８３のアミノ酸配列を含むＲＧＳ−５エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）〜（ｏ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチドのエピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｎ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｊ）、（ｌ）、及び（ｍ）のうちのいずれか１つの腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、（ｏ）の腫瘍特異的ＴＣＲは、配列番号８６のアミノ酸配列を含むＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープに特異的に結合する。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＲＧＳ５エピトープは、配列番号８２のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２８を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３１を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２１２のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２１２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号３２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１０３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１０５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１４７または１４９のアミノ酸配列を含む。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＲＧＳ５エピトープは、配列番号８２のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号３４を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３７を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２４２のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２４０のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２４２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２４０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号３５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号３８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１０７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１０９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１５１、１５３、１５５、及び１５７のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＲＧＳ５エピトープは、配列番号８２のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号４０を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４３を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３８のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２３６のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２３６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号４１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号４４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１１１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１１３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１５９、１６１、１６３、及び１６５のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＲＧＳ５エピトープは、配列番号８３のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号４６を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４９を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２２２のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２２０のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２２２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２２０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号４７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号５０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１１５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１１７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１６７及び１６９のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＲＧＳ５エピトープは、配列番号８２のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号５２を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号５５を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１０のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２０８のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２０８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号５３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号５６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１１９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１２１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１４３及び１４５のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープは、配列番号８５のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号５８を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６１を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２３２のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２３２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号５９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号６２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１２３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１２５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１７９及び１８１のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープは、配列番号８５のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号７０を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７３を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２２６のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２２４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２２６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２２４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号７１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号７４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１２７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１２９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１８３及び１８５のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープは、配列番号８５のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＩＩである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号７６を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７９を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１８のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２１６のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２１８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２１６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号７７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号８０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１３１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１３３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１８７及び１８９のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープは、配列番号８４のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号８７を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９０を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２４６のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２４４のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２４６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２４４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号８８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号９１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１３５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１３７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１７１、１７３、１７５、及び１７７のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する抗原認識構築物（例えば、ＴＣＲ）が提供され、ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープは、配列番号８６のアミノ酸配列を含み、ＭＨＣは、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０１：０３／ＤＰＢ１＊０２：０１、またはＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０１：０３／ＤＰＢ１＊０５：０１である。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号９３を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９６を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３０のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２２８のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号２３０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号２２８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、ヒトＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号９４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号９７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１３９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、配列番号１４１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）アミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原認識構築物は、配列番号１９１及び１９３のうちのいずれか１つのアミノ酸��列を含む。
【０２７０】
天然に存在するＴＣＲは、Ｔ細胞の表面上で対合するαβまたはγδ鎖から構成されるヘテロ二量体受容体である。α、β、γ、及びδの各鎖は、相補性決定領域（ＣＤＲ）によって抗原認識を提供する可変ドメイン（Ｖ）と、その後に続く、連結ペプチド及び膜貫通（ＴＭ）領域によって細胞膜に固定された定常ドメイン（Ｃ）という、２つのＩｇ様ドメインから構成されている。ＴＭ領域は、ＣＤ３シグナル伝達装置の不変サブユニットと会合する。Ｖドメインのそれぞれは、３つのＣＤＲを有する。これらのＣＤＲは、主要組織適合抗原によってコードされるタンパク質に結合した抗原性ペプチドの複合体（ｐＭＨＣ）と相互作用する（Ｄａｖｉｓ  ａｎｄ  Ｂｊｏｒｋｍａｎ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ，３３４，３９５−４０２、Ｄａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１６，５２３−５４４、Ｍｕｒｐｈｙ（２０１２），ｘｉｘ，８６８  ｐ．）。
【０２７１】
「相同性」は、２つのポリペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性または配列同一性を指す。２つの比較される配列の両方において、ある位置が同じ塩基またはアミノ酸単量体サブユニットによって占められている場合、例えば、２つのＤＮＡ分子のそれぞれにおいて、ある位置がアデニンによって占められている場合、これらの分子は、その位置において「相同」である。２つの配列間の「相同性パーセント」または「配列同一性パーセント」は、あらゆる保存的置換を配列同一性の一部として考慮して、２つの配列に共通するマッチするまたは相同の位置の数を、比較した位置の数で除し、１００を乗じた関数である。例えば、２つの配列において１０中６の位置がマッチする、または相同である場合、これら２つの配列は６０％相同である。例として、ＤＮＡ配列ＡＴＴＧＣＣ及びＴＡＴＧＧＣは、５０％の相同性を共有する。一般に、２つの配列が最大の相同性を提供するようにアラインされるときに比較が行われる。アミノ酸配列同一性パーセントを判定する目的のためのアライメントは、当該技術分野における技術の範囲内にある様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、Ｍｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）、またはＭＵＳＣＬＥソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピュータソフトウェアを使用して、達成することができる。当業者であれば、比較されている配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含め、アライメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書における目的では、アミノ酸配列同一性％の値は、配列比較コンピュータプログラムＭＵＳＣＬＥ（Ｅｄｇａｒ，Ｒ．Ｃ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３２（５）：１７９２−１７９７，２００４、Ｅｄｇａｒ，Ｒ．Ｃ．，ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ５（１）：１１３，２００４）を使用して生成される。
【０２７２】
本明細書に記載のＴＣＲのうちのいずれか１つが認識するエピトープ及びＭＨＣ／エピトープ複合体も提供される。さらに、本明細書に記載のＴＣＲのうちのいずれか１つと同じＭＨＣ／エピトープ複合体に競合的に結合するＴＣＲが提供される。
【０２７３】
ＨＬＡ制限
本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ制限されている。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ＨＬＡハプロタイプに制限されている。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、アジア人に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有する。図２５Ａ〜２５Ｂは、例示的なＴＣＲのＨＬＡ制限を示す。
【０２７４】
ＭＨＣクラスＩタンパク質は、主要組織適合抗原（ＭＨＣ）分子の２つの主なクラスのうちの１つであり（もう１つはＭＨＣクラスＩＩである）、身体のほぼすべての有核細胞において見出される。それらの機能は、細胞内からタンパク質の断片をＴ細胞に提示することである。健康な細胞は無視されるが、外来タンパク質または突然変異タンパク質を含有する細胞は免疫系によって攻撃される。ＭＨＣクラスＩタンパク質は、細胞質タンパク質に由来するペプチドを提示するため、ＭＨＣクラスＩ提示の経路は、細胞質経路または内在性経路と呼ばれることが多い。クラスＩ  ＭＨＣ分子は、プロテアソームによる細胞質タンパク質の分解から主に生成されたペプチドに結合する。ＭＨＣ  Ｉ：ペプチド複合体は、次いで、細胞の原形質膜に挿入される。ペプチドは、クラスＩ  ＭＨＣ分子の細胞外部分に結合する。したがって、クラスＩ  ＭＨＣの機能は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）に細胞内タンパク質を提示することである。しかしながら、クラスＩ  ＭＨＣは、交差提示として知られるプロセスにおいて、外因性タンパク質から生成されたペプチドを提示することもできる。
【０２７５】
ＭＨＣクラスＩタンパク質は、α−ミクログロブリン及びβ２−ミクログロブリン（β２Ｍ）という２つのポリペプチド鎖からなる。２つの鎖は、β２Ｍ及びα３ドメインの相互作用を介して非共有結合的に連結している。α鎖のみが多型であり、ＨＬＡ遺伝子によってコードされるが、β２Ｍサブユニットは多型ではなく、β−２ミクログロブリン遺伝子によってコードされる。α３ドメインは原形質膜貫通性であり、Ｔ細胞のＣＤ８共受容体と相互作用する。α３−ＣＤ８相互作用はＭＨＣ  Ｉ分子を適所に保ち、一方、細胞傷害性Ｔ細胞の表面上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）は、そのα１−α２ヘテロ二量体リガンドに結合し、共役したペプチドの抗原性をチェックする。α１及びα２ドメインは、ペプチドが結合するための溝を作るようにフォールディングする。ＭＨＣクラスＩタンパク質は、８〜１０アミノ酸長であるペプチドに結合する。
【０２７６】
ＭＨＣクラスＩＩ分子は、通常は樹状細胞、単核食細胞、一部の内皮細胞、胸腺上皮細胞、及びＢ細胞などの抗原提示細胞のみに見出される分子のファミリーである。クラスＩＩペプチドによって提示される抗原は、細胞外タンパク質に由来する（クラスＩのように細胞質ではない）。したがって、抗原提示のＭＨＣクラスＩＩ依存性経路は、エンドサイトーシス経路または外因性経路と呼ばれる。ＭＨＣクラスＩＩ分子の負荷はファゴサイトーシスによって起こる。細胞外タンパク質が形質膜陥入し、リソソーム中で消化され、結果として得られるエピトープペプチド断片が、細胞表面に移動する前にＭＨＣクラスＩＩ分子上に負荷される。
【０２７７】
ＭＨＣクラスＩ分子と同様に、クラスＩＩ分子もヘテロ二量体であるが、この場合、２つの均質なペプチド、α及びβ鎖からなる。α１、α２などの下位名称は、ＨＬＡ遺伝子内の別々のドメインを指す。各ドメインは通常、遺伝子内の異なるエクソンによってコードされ、いくつかの遺伝子は、リーダー配列、膜貫通配列などをコードするさらなるドメインを有する。ＭＨＣクラスＩＩ分子の抗原結合溝は、両末端で開放しているが、対応するクラスＩ分子上の溝は、各末端で閉鎖しているため、ＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示される抗原は、一般的に１５〜２４アミノ酸残基長と比較的長い。
【０２７８】
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子は、ＭＨＣ遺伝子のヒト版である。ヒトにおける３つの主なＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、及びＨＬＡ−Ｃであり、３つのマイナーなものは、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、及びＨＬＡ−Ｇである。ヒトにおける抗原提示に関与する３つの主なＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＤＡ−ＤＱ、及びＨＬＡ−ＤＲであり、他のＭＨＣクラスＩＩタンパク質であるＨＬＡ−ＤＭ及びＨＬＡ−ＤＯは、抗原の内部プロセシング及び負荷に関与している。ＨＬＡ−Ａは、ヒトの遺伝子の中で最も早く進化するコード配列と位置付けられる。２０１３年１２月時点では、１７４０種の活性タンパク質及び１１７種のヌルタンパク質をコードする２４３２種のＨＬＡ−Ａアレルが公知であった。ＨＬＡ−Ａ遺伝子は、第６染色体の短腕上に位置し、ＨＬＡ−Ａの構成要素であるより大きなα鎖をコードする。ＨＬＡ−Ａ  α鎖のバリエーションは、ＨＬＡ機能にとって重要である。このバリエーションは、集団内の遺伝子多様性を促進する。各ＨＬＡは、ある特定の構造のペプチドに対して異なる親和性を有するため、ＨＬＡの多様化は、細胞表面上で「提示される」抗原の多様化を意味し、集団のサブセットがあらゆる外来性侵入物に対する耐性をもつ可能性が高まる。これは、単一の病原体がヒトの全人口を一掃する能力を有する可能性を減少させる。各個体は、両親のそれぞれから１種で最大２種のＨＬＡ−Ａを発現することができる。一部の個体では、両方の親から同じＨＬＡ−Ａが遺伝し、各自のＨＬＡ多様性が減少するが、大多数の個人はＨＬＡ−Ａの２つの異なるコピーを受ける。これと同じパターンが、すべてのＨＬＡ群で続く。換言すれば、一個人は、２４３２種の公知のＨＬＡ−Ａアレルのうち１つまたは２つしか発現することができない。
【０２７９】
すべてのアレルは、少なくとも４桁の分類を受ける（例えば、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１２）。Ａは、アレルがどのＨＬＡ遺伝子に属するかを表す。多くのＨＬＡ−Ａアレルが存在するため、血清型による分類はカテゴリー化を単純化する。次の数字の対は、この割り当てを示す。例えば、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０２、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０４、及びＨＬＡ−Ａ＊０２：３２４はすべて、Ａ２血清型（＊０２の接頭辞により指定される）のメンバーである。この群は、ＨＬＡ適合性に関与する主な要因である。この後の数字はいずれも、血清型検査によって決定することはできず、遺伝子シーケンシングによって指定される。数字の第２のセットは、どのＨＬＡタンパク質が生成されるかを示す。これらは発見順に割り当てられ、２０１３年１２月時点では、４５６種の異なるＨＬＡ−Ａ０２タンパク質が公知である（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１〜ＨＬＡ−Ａ＊０２：４５６の名称が割り当てられている）。可能性のある最も短いＨＬＡ名は、これらの詳細の両方を含む。それ以降の各拡張部分は、タンパク質を変化させる場合も変化させない場合もあるヌクレオチドの変化を表す。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、標的腫瘍抗原ペプチド及びＭＨＣクラスＩタンパク質を含む複合体に特異的に結合し、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、またはＨＬＡ−Ｇである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、またはＨＬＡ−Ｃである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ｂである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ｃである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ０１、ＨＬＡ−Ａ０２、ＨＬＡ−Ａ０３、ＨＬＡ−Ａ０９、ＨＬＡ−Ａ１０、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ１９、ＨＬＡ−Ａ２３、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２５、ＨＬＡ−Ａ２６、ＨＬＡ−Ａ２８、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３０、ＨＬＡ−Ａ３１、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ａ３３、ＨＬＡ−Ａ３４、ＨＬＡ−Ａ３６、ＨＬＡ−Ａ４３、ＨＬＡ−Ａ６６、ＨＬＡ−Ａ６８、ＨＬＡ−Ａ６９、ＨＬＡ−Ａ７４、またはＨＬＡ−Ａ８０である。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ０２である。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０２、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０３、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０４、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０５、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０６、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０７、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０８、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０９、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１０、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１２、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１３、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１４、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１５、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１６、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１７、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１８、ＨＬＡ−Ａ＊０２：１９、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２０、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２２、またはＨＬＡ−Ａ＊０２：２４など、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１〜５５５のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１である。ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１は、全コーカサス人の３９〜４６％において発現される。ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１制限を有する腫瘍特異的ＴＣＲは、コーカサス人患者を処置するのに特に好適であり得る。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩタンパク質は、ＨＬＡ−Ａ＊１１０１である。ＨＬＡ−Ａ＊１１０１は、全中国人の約２５〜３０％において発現される。ＨＬＡ−Ａ＊１１０１制限を有する腫瘍特異的ＴＣＲは、中国人患者を処置するのに特に好適であり得る。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、標的腫瘍抗原ペプチド及びＭＨＣクラスＩＩタンパク質を含む複合体に特異的に結合し、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＰである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＱである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＲである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、ＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１である。ＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１は、全コーカサス人の３５〜４０％において発現される。ＨＬＡ−ＤＰＢ１＊０４０１制限を有する腫瘍特異的ＴＣＲは、コーカサス人患者を処置するのに特に好適であり得る。
【０２８２】
バリアント
いくつかの実施形態では、本明細書において提供される腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）のアミノ酸配列バリアントが想定される。例えば、腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）の結合親和性及び／または他の生物学的特性を向上させることが望ましい場合がある。腫瘍特異的ＴＣＲのアミノ酸配列バリアントは、腫瘍特異的ＴＣＲのＴＣＲαもしくはＴＣＲβ鎖をコードするヌクレオチド配列（複数可）に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製され得る。かかる修飾としては、例えば、腫瘍特異的ＴＣＲのアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／またはその残基への挿入、及び／またはその残基の置換が挙げられる。最終構築物に到達するために欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせを行うことができるが、最終構築物が所望の特性、例えば、抗原結合性を保有することを条件とする。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、１つ以上のアミノ酸置換を有する腫瘍特異的抗原結合構築物（例えば、腫瘍特異的ＴＣＲ）バリアントが提供される。置換型突然変異誘発の目的の部位には、ＣＤＲ及びＦＲが含まれる。アミノ酸置換を目的の腫瘍特異的ＴＣＲに導入し、生成物を所望の活性、例えば、保持された／向上した抗原結合性または減少した免疫原性についてスクリーニングしてもよい。
【０２８４】
保存的置換を以下の表２に示す。
【表２】
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【０２８５】
アミノ酸は、次の一般的な側鎖特性に従って異なるクラスにグループ化され得る：
ａ．疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、
ｂ．中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、
ｃ．酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、
ｄ．塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、
ｅ．鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、
ｆ．芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０２８６】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーの別のクラスとの交換を伴う。
【０２８７】
例示的な置換型バリアントは、例えば、ファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用して簡便に生成され得る、親和性成熟した腫瘍特異的ＴＣＲである。簡潔に述べると、１つ以上のＣＤＲ残基を突然変異させ、バリアント腫瘍特異的ＴＣＲ部分をファージに提示させ、特定の生物学的活性（例えば結合親和性）についてスクリーニングする。ＣＤＲ内に変化（例えば置換）を生じさせて、腫瘍特異的ＴＣＲ親和性を向上させてもよい。
【０２８８】
親和性成熟のいくつかの実施形態では、種々の方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性突然変異誘発）のうちのいずれかにより、成熟のために選択される可変遺伝子に多様性を導入する。次いで、二次ライブラリを作成する。次いで、このライブラリをスクリーニングして、所望の親和性を有するあらゆる腫瘍特異的ＴＣＲバリアントを識別する。多様性を導入する別の方法は、いくつかのＣＤＲ残基（例えば、一度に４〜６つの残基）がランダム化されるＣＤＲ指向性アプローチを伴う。例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発またはモデリングを使用して、抗原結合に関与するＣＤＲ残基を特異的に識別してもよい。
【０２８９】
いくつかの実施形態では、置換、挿入、または欠失が、抗原に結合する腫瘍特異的ＴＣＲの能力を実質的に低減させない限り、かかる変化が１つ以上のＣＤＲ内で生じてもよい。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的変化（例えば、本明細書において提供される保存的置換）が、ＣＤＲ内で生じてもよい。上記で提供したバリアントＴＣＲαまたはＴＣＲβ配列のいくつかの実施形態において、各ＣＤＲは、変化なしか、または１つ、２つ、もしくは３つ以下のアミノ酸置換を含むかのいずれかである。
【０２９０】
アミノ酸配列挿入としては、長さが１残基から１００以上の残基を含むポリペプチドまで及ぶアミノ末端及び／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が挙げられる。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ構築物は、ＴＣＲα鎖またはＴＣＲβ鎖のＮ末端にリーダー配列を含む。いくつかの実施形態では、リーダー配列は、配列番号１０１のアミノ酸配列を含む。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲα鎖ポリペプチド、自己切断性リンカー、及びＴＣＲβ鎖ポリペプチドを含むポリペプチドを含む腫瘍特異的ＴＣＲ構築物が提供される。いくつかの実施形態では、自己切断性リンカーは、Ｐ２Ａペプチド、Ｔ２Ａペプチド、Ｅ２Ａペプチド、またはＦ２Ａペプチドである。いくつかの実施形態では、自己切断性リンカーは、配列番号９９、１９５、１９６、及び１９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つを含む。
【０２９２】
本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲの抗原結合性断片及び誘導体も想定される。
【０２９３】
核酸
本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのいずれかに係るいくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸（または一組の核酸）が提供される。本発明は、本発明の１つ以上の核酸が組み込まれたベクターも提供する。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲまたはその構成要素もしくは誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、腫瘍特異的ＴＣＲ、または腫瘍特異的ＴＣＲ構築物）をコードする単離核酸が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲまたはその構成要素もしくは誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、腫瘍特異的ＴＣＲ、または腫瘍特異的ＴＣＲ構築物）をコードする発現ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲまたはその構成要素もしくは誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、腫瘍特異的ＴＣＲ、または腫瘍特異的ＴＣＲ構築物）を発現する単離された宿主細胞が提供される。
【０２９５】
例示的な腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸配列を、表１及び図２５Ａ〜２５Ｂに示す。いくつかの実施形態では、配列番号６、１２、１８、２４、３０、３６、４２、４８、５４、６０、６６、７２、７８、８９、及び９５の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲαをコードする単離核酸が提供される。いくつかの実施形態では、配列番号９、１５、２１、２７、３３、３９、４５、５１、５７、６３、６９、７５、８１、９２、及び９８の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβをコードする単離核酸が提供される。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、（ａ）配列番号６、１２、及び１８の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、ならびに配列番号９、１５、及び２１の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸か、（ｂ）配列番号２４、３０、３６、４２、４８、及び５４の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、ならびに配列番号２７、３３、３９、４５、５１、及び５７の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸か、または（ｃ）配列番号６０、６６、７２、７８、８９、及び９５の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、ならびに配列番号６３、６９、７５、８１、９２、及び９８の核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸を含む、１つ以上のベクターが提供される。
【０２９７】
いくつかの実施形態では、（ａ）配列番号６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｂ）配列番号１２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号１５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｃ）配列番号１８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号２１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｄ）配列番号２４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号２７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｅ）配列番号３０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号３３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｆ）配列番号３６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号３９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｇ）配列番号４２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号４５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｈ）配列番号４８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号５１と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｉ）配列番号５４と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号５７と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｊ）配列番号６０と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号６３と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｋ）配列番号６６と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号６９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｌ）配列番号７２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号７５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｍ）配列番号７８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号８１と少なくとも約８���％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、（ｎ）配列番号８９と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号９２と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸、または（ｏ）配列番号９５と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲα鎖コード核酸、配列番号９８と少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含むＴＣＲβ鎖コード核酸を含む、１つ以上のベクターが提供される。
【０２９８】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ構築物を含む単離核酸（例えばベクター）が提供され、この核酸は、配列番号１４４、１４６、１４８、１５０、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、及び１９４からなる群から選択される核酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有する（例えば、少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上のうちのいずれか１つの同一性、または１００％の同一性を有する）核酸配列を含む。
【０２９９】
簡単に要約すると、腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸による腫瘍特異的ＴＣＲの発現は、核酸が、例えばプロモーター（例えば、リンパ球特異的プロモーター）及び３’非翻訳領域（ＵＴＲ）を含む５’及び３’調節性エレメントに作動可能に連結するように、核酸を適切な発現ベクターに挿入することによって、達成することができる。ベクターは、真核宿主細胞における複製及び統合に好適であり得る。典型的なクローニングベクター及び発現ベクターは、転写及び翻訳ターミネーター、開始配列、及び所望の核酸配列の発現の調節に有用なプロモーターを含有する。
【０３００】
本発明の核酸は、標準的な遺伝子送達プロトコールを使用した、核酸免疫化及び遺伝子療法に使用することもできる。遺伝子送達の方法は当技術分野で公知である。例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，３９９，３４６号、同第５，５８０，８５９号、同第５，５８９，４６６号を参照されたい。いくつかの実施形態では、本発明は、遺伝子療法ベクターを提供する。
【０３０１】
核酸は、いくつかのタイプのベクターにクローニングすることができる。例えば、核酸を、プラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルス、及びコスミドを含むがこれらに限定されない、ベクターにクローニングすることができる。特に関心対象であるベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクター、及びシーケンシングベクターが挙げられる。
【０３０２】
さらに、発現ベクターは、ウイルスベクターの形態で細胞に提供されてもよい。ウイルスベクター技術は当技術分野で周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ならびに他のウイルス学及び分子生物学のマニュアルに記載されている。ベクターとして有用なウイルスとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、及びレンチウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。概して、好適なベクターは、少なくとも１つの生物において機能的な複製起点、プロモーター配列、簡便な制限エンドヌクレアーゼ部位、及び１つ以上の選択マーカーを含有する（例えば、ＷＯ０１／９６５８４、ＷＯ０１／２９０５８、及び米国特許第６，３２６，１９３号を参照されたい）。
【０３０３】
いくつかのウイルスベースの系が、哺乳動物細胞への遺伝子移入のために開発されている。例えば、レトロウイルスは、遺伝子送達系のための簡便なプラットフォームを提供する。当技術分野で公知の技術を使用して、選択した遺伝子をベクターに挿入し、レトロウイルス粒子中にパッケージングすることができる。次いで、組換えウイルスを単離し、インビボまたはエクスビボのいずれかで対象の細胞に送達することができる。いくつかのレトロウイルス系が当技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、アデノウイルスベクターが使用される。いくつかのアデノウイルスベクターが当技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターが使用される。レンチウイルスなどのレトロウイルスに由来するベクターは、導入遺伝子の長期の安定した組込み及び娘細胞におけるその繁殖を可能にするため、長期の遺伝子移入を達成するのに好適なツールである。レンチウイルスベクターは、非増殖性細胞に形質導入することができるという点で、マウス白血病ウイルスなどのオンコレトロウイルスに由来するベクターに勝る付加的な利点を有する。レンチウイルスベクターは、低い免疫原性という付加的な利点も有する。
【０３０４】
さらなるプロモーターエレメント、例えばエンハンサーは、転写開始の頻度を調節する。典型的にこれらは、開始部位から３０〜１１０ｂｐ上流の領域に位置するが、いくつかのプロモーターは、開始部位の下流にも機能的エレメントを含有することが近年示されている。プロモーターエレメント間の間隔は、エレメントが反転されたり互いに対して移動したりするときにプロモーター機能が保存されるように、柔軟であることが多い。チミジンキナーゼ（ｔｋ）プロモーターでは、活性が低下し始める前に、プロモーターエレメント間の間隔を５０ｂｐまで増加させることができる。
【０３０５】
好適なプロモーターの一例は、最初期サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター配列である。このプロモーター配列は、作動可能に連結したあらゆるポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することができる強力な構成的プロモーター配列である。好適なプロモーターの別の例は、伸長成長因子１α（ＥＦ−１α）である。しかしながら、サルウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、エプスタイン・バーウイルス最初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーターを含むがこれらに限定されない他の構成的プロモーター配列、ならびにアクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、及びクレアチンキナーゼプロモーターなどだがこれらに限定されないヒト遺伝子プロモーターを使用してもよい。
【０３０６】
さらに、本発明は、構成的プロモーターの使用に限定されるものではない。誘導性プロモーターも本発明の一部として想定される。誘導性プロモーターの使用は、作動可能に連結したポリヌクレオチド配列の発現が所望される場合に、かかる発現を始めたり、または発現が所望されない場合に発現を止めたりすることができる、分子スイッチを提供する。真核細胞において使用するための例示的な誘導性プロモーター系としては、ホルモン調節エレメント（例えば、Ｍａｄｅｒ，Ｓ．ａｎｄ  Ｗｈｉｔｅ，Ｊ．Ｈ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：５６０３−５６０７を参照されたい）、合成リガンド調節エレメント（例えば、Ｓｐｅｎｃｅｒ，Ｄ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ  １９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６２：１０１９−１０２４を参照されたい）、及び電離放射線調節エレメント（例えば、Ｍａｎｏｍｅ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３２：１０６０７−１０６１３、Ｄａｔｔａ，Ｒ．ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１０１４−１０１５３を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。インビトロまたはインビボの哺乳動物系で使用するためのさらなる例示的な誘導性プロモーター系は、Ｇｉｎｇｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２１：３７７−４０５において概説されている。
【０３０７】
ポリペプチドまたはその一部分の発現を評価するために、細胞に導入される発現ベクターは、ウイルスベクターによるトランスフェクションまたは感染が求められる細胞集団からの発現細胞の識別及び選択を容易にするように、選択マーカー遺伝子もしくはレポーター遺伝子のいずれか、またはその両方を含有してもよい。他の態様では、選択マーカーを別のＤＮＡ片に搭載し、コトランスフェクション手順において使用してもよい。選択マーカー及びレポーター遺伝子の両方には、宿主細胞における発現が可能になるように、適切な制御配列がフランキングしていてもよい。有用な選択マーカーとしては、例えば、ｎｅｏなどの抗生物質耐性遺伝子が挙げられる。
【０３０８】
レポーター遺伝子は、トランスフェクトされた可能性のある細胞を識別し、制御配列の機能性を評価するために使用される。一般に、レポーター遺伝子は、レシピエント生物もしくは組織に存在せず、またはそれによって発現されず、発現がいくつかの容易に検出可能な特性、例えば、酵素活性により明らかになるポリペプチドをコードする遺伝子である。レポーター遺伝子の発現は、ＤＮＡがレシピエント細胞に導入された後の好適な時点でアッセイされる。好適なレポーター遺伝子としては、ルシフェラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼ、または緑色蛍光タンパク質遺伝子をコードする遺伝子を挙げることができる（例えば、Ｕｉ−Ｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０００  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ４７９：７９−８２）。好適な発現系は周知であり、公知の技術を使用して調製されるか、または商業的に入手され得る。一般に、最小限の５’フランキング領域が最高レベルのレポーター遺伝子の発現を示す構築物が、プロモーターとして識別される。そのようなプロモーター領域をレポーター遺伝子に連結し、プロモーター駆動性転写をモジュレートする能力について薬剤を評価するために使用することができる。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのいずれかに係る腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸は、腫瘍特異的ＴＣＲのＴＣＲα鎖をコードする第１の核酸配列と、腫瘍特異的ＴＣＲのＴＣＲβ鎖をコードする第２の核酸配列とを含む。いくつかの実施形態では、第１の核酸配列は、第１のベクター上に位置し、第２の核酸配列は、第２のベクター上に位置する。いくつかの実施形態では、第１及び第２の核酸配列は、同じベクター上に位置する。いくつかの実施形態では、第１の核酸配列は、Ｐ２Ａ、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ、またはＦ２Ａペプチドなどの自己切断性リンカーをコードする第３の核酸配列を介して第２の核酸配列に融合している。ベクターは、例えば、哺乳動物発現ベクター及びウイルスベクター（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、及びレンチウイルスに由来するもの）からなる群から選択され得る。いくつかの実施形態では、第１の核酸配列は、第１のプロモーターの制御下にあり、第２の核酸配列は、第２のプロモーターの制御下にある。いくつかの実施形態では、第１及び第２のプロモーターは、同じ配列を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のプロモーターは、異なる配列を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２の核酸配列は、マルチシストロン性（例えばバイシストロン性）ベクターにおいて単一のプロモーターの制御下で単一の転写物として発現される。例えば、Ｋｉｍ，ＪＨ，ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ６（４）：ｅ１８５５６，２０１１を参照されたい。いくつかの実施形態では、第１、第２、及び／または単一のプロモーターは、誘導性である。
【０３１０】
工学操作された免疫細胞
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのいずれかに係る腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞（例えばＴ細胞）が提供される。いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞は、腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸を含み、腫瘍特異的ＴＣＲは、核酸から発現され、工学操作された免疫細胞の表面に局在化している。いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞は、Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞は、ＰＢＭＣ、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、及び調節性Ｔ細胞からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞は、内在性ＴＣＲを発現しない。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲまたはその構成要素もしくは誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、腫瘍特異的ＴＣＲ、または腫瘍特異的ＴＣＲ構築物）のいずれかに係る腫瘍特異的ＴＣＲを含む工学操作されたＴ細胞が提供される。いくつかの実施形態では、工学操作されたＴ細胞の内在性ＴＣＲは、ノックアウトされている。いくつかの実施形態では、工学操作されたＴ細胞は、ＴＣＲ−Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、工学操作されたＴ細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態では、工学操作されたＴ細胞は、ＴＣＲ−Ｔ処置を受けている個体に由来する。いくつかの実施形態では、工学操作されたＴ細胞は、同種間個体に由来する。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）は、本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つを使用して得られる、複数（例えば、約２個、３個、４個、５個、１０個、またはそれ以上のうちのいずれか１つ）の腫瘍特異的ＴＣＲを発現する。いくつかの実施形態では、工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）は、複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する腫瘍特異的ＴＣＲを発現する。
【０３１３】
工学操作された免疫細胞またはその医薬組成物は、腫瘍特異的ＴＣＲが得られる個体を処置するため（例えば、維持療法として）、あるいは、同種間個体、または同じＭＨＣ遺伝子型、ＨＬＡハプロタイプを有する個体、及び／またはがん細胞上の同じエピトープを発現する個体など、別の個体を処置するために有用であり得る。
【０３１４】
腫瘍特異的ＴＣＲを使用した処置方法
本出願は、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、個体のがんを処置する細胞ベースの免疫治療法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、個体が受けた過去のＭＡＳＣＴの維持療法として使用される。
【０３１５】
本明細書に記載の方法は、液性がん及び固形がんを含む様々ながんを処置するのに好適である。いくつかの実施形態では、がんは、肝細胞癌、子宮頸癌、肺癌、結腸直腸癌、リンパ腫、腎癌、乳癌、膵癌、胃癌、食道癌、卵巣癌、前立腺癌、上咽頭癌、黒色腫、子宮内膜癌、及び脳癌からなる群から選択される。これらの方法は、早期、進行期、及び転移がんを含む全ての病期のがんに適用される。例えば、本明細書に記載のＣＥＡ特異的ＴＣＲ、ＲＧＳ５特異的ＴＣＲ、及びＨＰＶ１８−Ｅ７  ＴＣＲのうちのいずれか１つは、子宮頸癌を処置するのに有用であり得る。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、本方法は、がんに関連する１つ以上の症状の重症度を、処置前の同じ個体における対応する症状と比較して、または処置方法を受けていない他の個体における対応する症状と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％のうちのいずれかだけ低減させる。いくつかの実施形態では、本方法は、がんの進行を遅延させる。
【０３１７】
いくつかの実施形態では、本方法は、肝細胞癌（ＨＣＣ）を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、早期ＨＣＣ、非転移性ＨＣＣ、原発性ＨＣＣ、進行性ＨＣＣ、局所進行性ＨＣＣ、転移性ＨＣＣ、寛解期のＨＣＣ、または再発性ＨＣＣである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、局所切除可能（すなわち、肝臓の一部分に制限され、完全な外科的除去が可能な腫瘍）、局所切除不能（すなわち、重要な血管構造が関与しているため、または肝臓が損なわれているため、局所性腫瘍が切除不能であり得る）、または切除不能（すなわち、腫瘍がすべての肝葉を含む、及び／または他の器官（例えば、肺、リンパ節、骨）を含むように広がっている）である。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、ＴＮＭ分類によれば、Ｉ期腫瘍（血管侵入がない単一の腫瘍）、ＩＩ期腫瘍（血管侵入がある単一の腫瘍、または５ｃｍを超えるものがない複数の腫瘍）、ＩＩＩ期腫瘍（いずれかが５ｃｍを超える複数の腫瘍、または門脈もしくは肝静脈の主要分枝を含む腫瘍）、ＩＶ期腫瘍（胆嚢以外の隣接器官の直接浸潤、または臓側腹膜の穿孔がある腫瘍）、Ｎ１腫瘍（限局性リンパ節転移）、またはＭ１腫瘍（遠隔転移）である。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、ＡＪＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）の病期決定基準に従う、Ｔｌ期、Ｔ２期、Ｔ３期、またはＴ４期ＨＣＣである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、肝細胞癌、ＨＣＣの線維層板型バリアント、及び混合型肝細胞性胆管癌のうちのいずれか１つである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染によって引き起こされる。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、本方法は、肺癌を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、肺癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。ＮＣＳＬＣの例としては、大細胞癌（例えば、大細胞神経内分泌癌、混合型大細胞神経内分泌癌、類基底細胞癌、リンパ上皮腫様癌、明細胞癌、及びラブドイド表現型を伴う大細胞癌）、腺癌（例えば、腺房、乳頭（例えば、細気管支肺胞上皮癌、非粘液性、粘液性、粘液性及び非粘液性の混合型、ならびに不確定細胞型）、ムチンを伴う固形腺癌、混合型サブタイプを有する腺癌、高分化型胎児性腺癌、粘液性（コロイド）腺癌、粘液性嚢胞腺癌、印環腺癌、及び明細胞腺癌）、神経内分泌肺腫瘍、及び扁平上皮癌（例えば、乳頭、明細胞、小細胞、及び類基底）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＮＳＣＬＣは、ＴＮＭ分類によれば、Ｔ期腫瘍（原発性腫瘍）、Ｎ期腫瘍（限局性リンパ節）、またはＭ期腫瘍（遠隔転移）であってもよい。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、肺癌は、カルチノイド（定型または非定型）、腺扁平上皮癌、円柱腫、または唾液腺の癌（例えば、腺様嚢胞癌または粘表皮癌）である。いくつかの実施形態では、肺癌は、多形性要素、肉腫様要素、もしくは肉腫要素を伴う癌（例えば、紡錘及び／または巨細胞を含む癌、紡錘細胞癌、巨細胞癌、癌肉腫、または肺芽腫）である。いくつかの実施形態では、肺癌は、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ；燕麦細胞癌とも呼ばれる）である。小細胞肺癌は、限局型、進展型、または再発性の小細胞肺癌であり得る。いくつかの実施形態では、個体は、肺癌に関連することが疑われる、もしくは示されている遺伝子、遺伝子突然変異、もしくは多型（例えば、ＳＡＳＨ１、ＬＡＴＳ１、ＩＧＦ２Ｒ、ＰＡＲＫ２、ＫＲＡＳ、ＰＴＥＮ、Ｋｒａｓ２、Ｋｒａｇ、Ｐａｓ１、ＥＲＣＣ１、ＸＰＤ、ＩＬ８ＲＡ、ＥＧＦＲ、α１−ＡＤ、ＥＰＨＸ、ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ１２、ＩＬ１β、ＲＡＳ、及び／またはＡＫＴ）を有するか、または肺癌に関連する遺伝子の１つ以上の余分なコピーを有するヒトであり得る。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、本方法は、子宮頸癌を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、子宮頸癌は、早期子宮頸癌、非転移性子宮頸癌、局所進行性子宮頸癌、転移性子宮頸癌、寛解期の子宮頸癌、切除不能子宮頸癌、アジュバント設定における子宮頸癌、またはネオアジュバント設定における子宮頸癌である。いくつかの実施形態では、子宮頸癌は、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、子宮頸癌は、ＴＮＭ分類によれば、Ｔ期腫瘍（原発性腫瘍）、Ｎ期腫瘍（限局性リンパ節）、またはＭ期腫瘍（遠隔転移）であってもよい。いくつかの実施形態では、子宮頸癌は、０期、Ｉ期（Ｔｉｓ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＡ期（Ｔ１ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＢ期（Ｔ１ｂ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＩＡ期（Ｔ２ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＩＢ期（Ｔ２ｂ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＩＩＡ期（Ｔ３ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ＩＩＩＢ期（Ｔ３ｂ、Ｎ０、Ｍ０、またはＴ１−３、Ｎ１、Ｍ０）、ＩＶＡ期（Ｔ４、Ｎ０、Ｍ０）、またはＩＶＢ期（Ｔ１−Ｔ３、Ｎ０−Ｎ１、Ｍ１）のうちのいずれかの子宮頸癌である。いくつかの実施形態では、子宮頸癌は、子宮頸部扁平上皮癌、子宮頸部腺癌、または腺扁平上皮癌である。
【０３２１】
いくつかの実施形態では、本方法は、乳癌を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、乳癌は、早期乳癌、非転移性乳癌、局所進行性乳癌、転移性乳癌、ホルモン受容体陽性転移性乳癌、寛解期の乳癌、アジュバント設定における乳癌、乳管内上皮内癌（ＤＣＩＳ）、浸潤性乳管癌（ＩＤＣ）、またはネオアジュバント設定における乳癌である。いくつかの実施形態では、乳癌は、ホルモン受容体陽性転移性乳癌である。いくつかの実施形態では、乳癌（ＨＥＲ２陽性であってもＨＥＲ２陰性であってもよい）は、進行性乳癌である。いくつかの実施形態では、乳癌は、乳管内上皮内癌である。いくつかの実施形態では、個体は、乳癌に関連する遺伝子、遺伝子突然変異、もしくは多型（例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５１、ＡＲ、ＤＩＲＡＳ３、ＥＲＢＢ２、ＴＰ５３、ＡＫＴ、ＰＴＥＮ、及び／またはＰＩ３Ｋ）を有するか、または乳癌に関連する遺伝子の１つ以上の余分なコピー（例えば、ＨＥＲ２遺伝子の１つ以上の余分なコピー）を有するヒトであり得る。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、本方法は、膵癌を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、膵癌としては、漿液性嚢胞腺腫、膵管内乳頭粘液性腫瘍、粘液性嚢胞腫瘍、固形偽乳頭腫瘍、膵臓腺癌、膵管癌、または膵芽腫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、膵癌は、早期膵癌、非転移性膵癌、原発性膵癌、切除膵癌、進行性膵癌、局所進行性膵癌、転移性膵癌、切除不能膵癌、寛解期の膵癌、再発性膵癌、アジュバント設定における膵癌、またはネオアジュバント設定における膵癌のうちのいずれかである。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、本方法は、卵巣癌を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、卵巣癌は、卵巣上皮癌である。例示的な卵巣上皮癌組織学的分類は、漿液性嚢腫（例えば、漿液性良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性及び核異常を伴うが浸潤性の破壊的な成長は伴わない漿液性嚢胞腺腫、または漿液性嚢胞腺癌）、粘液性嚢腫（例えば、粘液性良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性及び核異常を伴うが浸潤性の破壊的な成長は伴わない粘液性嚢胞腺腫、または粘液性嚢胞腺癌）、類内膜腫瘍（例えば、類内膜良性嚢胞、上皮細胞の増殖活性及び核異常を伴うが浸潤性の破壊的な成長は伴わない類内膜腫瘍、または類内膜腺癌）、明細胞（中腎性）腫瘍（例えば、良性明細胞腫瘍、上皮細胞の増殖活性及び核異常を伴うが浸潤性の破壊的な成長は伴わない明細胞腫瘍、または明細胞嚢胞腺癌）、上記の群のうちの１つに当てはめることができない未分類の腫瘍、または他の悪性腫瘍を含む。様々な実施形態において、卵巣上皮癌は、Ｉ期（例えば、ＩＡ期、ＩＢ期、またはＩＣ期）、ＩＩ期（例えば、ＩＩＡ期、ＩＩＢ期、またはＩＩＣ期）、ＩＩＩ期（例えば、ＩＩＩＡ期、ＩＩＩＢ期、またはＩＩＩＣ期）、またはＩＶ期である。いくつかの実施形態では、個体は、卵巣癌に関連する遺伝子、遺伝子突然変異、もしくは多型（例えば、ＢＲＣＡ１またはＢＲＣＡ２）を有するか、または卵巣癌に関連する遺伝子の１つ以上の余分なコピー（例えば、ＨＥＲ２遺伝子の１つ以上の余分なコピー）を有するヒトであり得る。いくつかの実施形態では、卵巣癌は、卵巣胚細胞腫瘍である。例示的な組織学的サブタイプは、未分化胚細胞腫または他の胚細胞腫瘍（例えば、内胚葉洞腫瘍、例えば肝様もしくは腸腫瘍、胚性癌腫、多胚腫（ｏｌｙｅｍｂｒｙｏｍａｓ）、絨毛癌、奇形腫、または混合型腫瘍）を含む。例示的な奇形腫は、未熟奇形腫、成熟奇形腫、固形奇形腫、及び嚢胞性奇形腫（例えば、成熟嚢胞性奇形腫などの類皮嚢胞、及び悪性形質転換を伴う類皮嚢胞）である。いくつかの奇形腫は、単一胚葉性及び高度分化型、例えば卵巣甲状腺腫、カルチノイド、卵巣甲状腺腫、及びカルチノイドなど（例えば、悪性神経外胚葉性及び上衣腫）である。いくつかの実施形態では、卵巣胚細胞腫瘍は、Ｉ期（例えば、ＩＡ期、ＩＢ期、またはＩＣ期）、ＩＩ期（例えば、ＩＩＡ期、ＩＩＢ期、またはＩＩＣ期）、ＩＩＩ期（例えば、ＩＩＩＡ期、ＩＩＩＢ期、またはＩＩＩＣ期）、またはＩＶ期である。
【０３２４】
いくつかのウイルスは、ヒトのがんに関連している。例えば、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、肝臓の慢性感染を引き起こし、個体の肝臓癌または肝細胞癌（ＨＣＣ）の危険性を増加させ得る。ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）は、皮膚または口、喉、もしくは膣などの粘膜に感染し増殖するとパピローマまたは疣贅を引き起こす、１５０種を超える関連ウイルスの群である。いくつかの型のＨＰＶ（１６型、１８型、３１型、３３型、３５型、３９型、４５型、５１型、５２型、５６型、５８型、５９型、及び６型を含む）が、子宮頸癌を引き起こすことで知られている。ＨＰＶはまた、他の生殖器癌を誘導するまたは引き起こすことに関与し、いくつかの口腔癌及び咽喉癌に関連付けられている。エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）は、慢性的に感染し、Ｂリンパ球において潜伏状態を保つヘルペスウイルスの一種である。ＥＢＶ感染は、個体が上咽頭癌及びバーキットリンパ腫などのある特定のタイプの急速に増殖するリンパ腫を発症するリスクを増加させる。ＥＢＶは、ホジキンリンパ腫及び胃癌のいくつかの症例にも関連付けられている。がんを引き起こすこと、またはがんを発症するリスクを増加させることに加えて、ＨＢＶ、ＨＰＶ、及びＥＢＶによる感染などのウイルス感染は、組織または器官への損傷を提供する場合があり、がんを患う個体の疾患負荷を増加させ、がん進行を助長し得る。当技術分野では、ヒトの身体が、ＨＢＶ、ＨＰＶ、及びＥＢＶなどの（それらの様々なサブタイプを含む）いくつかのがん関連ウイルスに対して、細胞傷害性Ｔ細胞応答を含む効果的かつ特異的な免疫応答をしかけるように誘導され得ることは公知である。したがって、いくつかの実施形態では、個体のウイルス関連がんを処置する方法であって、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えばＴ細胞）を有効量で個体に投与することを含み、標的腫瘍抗原がウイルスに由来する、方法が提供される。いくつかの実施形態では、がんは、ＨＢＶ関連肝細胞癌、ＨＰＶ関連子宮頸癌、またはＥＢＶ関連上咽頭癌である。
【０３２５】
本明細書に記載の処置方法は、次の目的のうちのいずれか１つ以上のために使用することができる：がんの１つ以上の症状の緩和、がんの進行の遅延、がん腫瘍サイズの縮小、がん間質の崩壊（例えば破壊）、がん腫瘍成長の阻害、生存期間全体の延長、無病生存期間の延長、がん疾患進行までの時間の延長、がん腫瘍転移の防止もしくは遅延、既存のがん腫瘍転移の低減（例えば根絶）、既存のがん腫瘍転移の発生率もしくは負荷の低減、がんの再発の防止、及び／またはがんの臨床的利益の向上。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、個体におけるがん細胞増殖（例えば腫瘍成長）を阻害する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかを含む）の細胞増殖が阻害される。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、個体における腫瘍転移を阻害する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０％（例えば、少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかを含む）の転移が阻害される。いくつかの実施形態では、リンパ節への転移を阻害する方法が提供される。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、個体における腫瘍サイズを低減させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サイズは、少なくとも約１０％低減する（例えば、少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかを含む）。
【０３２９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、個体のがんの無進行生存期間を延長する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間のうちのいずれかだけ、疾患進行までの時間を延長する。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、がんを有する個体の生存期間を延長する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間のうちのいずれか１つだけ、疾患進行までの時間を延長する。いくつかの実施形態では、本方法は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、または２４か月のうちのいずれか１つだけ、個体の生存期間を延長する。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）を有効量で個体に投与することを含む、がんを有する個体における有害作用（ＡＥ）及び重度有害作用（ＳＡＥ）を低減させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の抗原負荷ＤＣを個体に投与することをさらに含む。
【０３３２】
いくつかの実施形態では、本方法は、客観的応答（例えば部分応答または完全応答）を予測する、及び／または提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、生活の質の向上を予測する、及び／または提供する。
【０３３３】
いくつかのがん免疫療法は、他のがん療法に通常関連する一般的な有害事象に加えて、免疫関連有害事象（ｉｒＡＥ）に関連する。ＩｒＡＥは通常、正常な非腫瘍組織で発現する標的抗原に対するオンターゲットＴ細胞毒性、いわゆるオンターゲット・オフ腫瘍効果、または自己寛容の破壊もしくはエピトープ交差反応などのオフターゲット効果のいずれかに機構的に関連する。ＩｒＡＥは、皮膚科学的、胃腸管系、内分泌、肝臓、眼、神経性、及び他の組織または器官の重度の症状及び病態をもたらし得る。当技術分野で公知のがん免疫治療法について報告されている典型的なｉｒＡＥとしては、胎児の免疫介在性皮膚炎、肺炎、大腸炎、リンパ球性下垂体炎、膵炎、リンパ節腫脹、内分泌障害、ＣＮＳ毒性などが挙げられる。いくつかの実施形態では、処置方法は、ｉｒＡＥなどの有害事象の低い発生率と関連する。いくつかの実施形態では、約５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、または１％未満のうちのいずれか１つの個体が、グレード２〜５のｉｒＡＥなどのｉｒＡＥを経験する。
【０３３４】
概して、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲのうちのいずれか１つを発現する工学操作された免疫細胞（例えばＴ細胞）の投与の投与量、スケジュール、及び経路は、個体のサイズ及び状態、ならびに標準的な薬務に従って決定され得る。例示的な投与経路としては、静脈内、動脈内、腹腔内、肺内、小胞内、筋肉内、気管内、皮下、眼内、くも膜下腔内、または経皮が挙げられる。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞（例えばＴ細胞）は、静脈内投与される。
【０３３５】
個体に投与される細胞の用量は、例えば、投与される細胞の特定のタイプ、投与経路、ならびに処置されるがんの特定のタイプ及び病期に従って異なり得る。この量は、重度の毒性または有害事象を伴わずに、がんに対する治療応答などの望ましい応答を提供するのに十分である必要がある。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞（例えばＴ細胞）の投与量は、治療有効量である。いくつかの実施形態では、細胞の量は、処置前の同じ個体における対応する腫瘍サイズ、がん細胞の数、もしくは腫瘍増殖速度と比較して、または処置を受けていない他の個体における対応する活性と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または１００％のうちのいずれかの、腫瘍のサイズの減少、がん細胞の数の減少、または腫瘍の増殖速度の低下を提供するのに十分な量である。この効果の大きさを測定するためには、精製された酵素を用いるインビトロアッセイ、細胞ベースのアッセイ、動物モデル、またはヒト試験などの標準的方法を使用することができる。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、安定化剤またはヒトアルブミンなどの賦形剤が、腫瘍特異的ＴＣＲ（複数可）を発現する工学操作された免疫細胞と共に使用される。
【０３３７】
処置方法は、単一の処置、または繰り返しの処置を含み得る。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１０超のうちのいずれか１つの回数で投与される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、処置方法は、１週間に１回、２週間に１回、３週間に１回、４週間に１回、１か月に１回、２か月に１回、３か月に１回、４か月に１回、５か月に１回、６か月に１回、７か月に１回、８か月に１回、９か月に１回、または１年に１回繰り返される。
【０３３８】
本明細書において提供される処置方法は、アジュバント設定またはネオアジュバント設定下で、第１の療法、第２の療法、第３の療法、または当技術分野で公知の他のタイプのがん療法、例えば化学療法、手術、放射線、遺伝子療法、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、標的化療法、凍結療法、超音波療法、光線力学療法、高周波アブレーションなどとの併用療法として使用され得る。いくつかの実施形態では、処置方法は、第１の療法として使用される。いくつかの実施形態では、個体のために承認された抗がん療法は他に存在しない。いくつかの実施形態では、処置方法は、第２の療法として使用され、個体は、切除、高周波アブレーション、化学療法、放射線療法、または他のタイプのがん療法を過去に受けたことがある。いくつかの実施形態では、個体は、進行しているか、または標準的な抗がん療法を許容することができていないものである。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記載の処置方法を受ける前に、それと同時発生的に、またはそれを受けた後に、他のタイプのがん療法を受ける。例えば、本明細書に記載の処置方法は、分単位、日単位、週単位から月単位に及ぶ間隔で、他のがん療法（例えば化学療法、放射線、手術、またはそれらの組み合わせ）に先行するか、またはそれに続き得る。いくつかの実施形態では、第１の療法と第２の療法との間隔は、腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）、及び他のがん療法（例えば化学療法、放射線、手術、またはそれらの組み合わせ）が、有利に組み合わされた効果を個体に及ぼすことができるようなものである。さらに、増殖性疾患を発症するリスクが比較的高い個人は、疾患の発症を阻害及び／または遅延させる処置を受けてもよい。
【０３３９】
Ｖ．組成物、キット、及び製造品
本出願はさらに、本明細書に記載の標的腫瘍抗原ペプチドを認識する複数のＴＣＲを得る方法及び処置方法のいずれかの実施形態において使用するための、キット、組成物（例えば医薬組成物）、及び製造品を提供する。
【０３４０】
いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法のために有用なキットが提供される。当業者は、第１のコア群における腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせ、及び必要に応じて、第２の群におけるがんタイプ特異的抗原ペプチドの任意の組み合わせ、及び／またはネオ抗原ペプチドを使用して、ＤＣ集団に負荷することができ、これをさらに、個体のがんを処置するために、ＭＡＳＣＴのための活性化Ｔ細胞、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、または単離腫瘍特異的ＴＣＲを調製するために使用してもよい。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ、またはその腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸（複数可）もしくはベクターのうちのいずれか１つを含む、キットが提供される。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴから臨床的利益を得ている複数の個体由来のＴ細胞もしくはＰＢＭＣを用いて本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つを使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲのライブラリ、その腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸、またはその腫瘍特異的ＴＣＲをコードするベクターを含む、キットが提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択される１つ以上の腫瘍抗原を特異的に認識する。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、ある特定の人種群に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有する。
【０３４２】
本キットは、本明細書に記載の処置方法または細胞調製方法のいずれかの実施形態の実行を容易にするために、例えば容器、試薬、培養培地、サイトカイン、免疫チェックポイント阻害剤、ＴＬＲアゴニスト、緩衝液、抗体などのさらなる構成要素を含んでもよい。例えば、いくつかの実施形態では、本キットは、個体の末梢血を収集するために使用され得る、末梢血収集及び保管装置をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、ヒト末梢血の試料からＰＢＭＣを単離するために使用され得る、末梢血の密度勾配遠心分離のための容器及び試薬をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、末梢血からＤＣを得るための、培養培地、サイトカイン、または緩衝液をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、複数の腫瘍抗原ペプチドをＤＣ中に負荷するための、培養培地、ＴＬＲアゴニスト（例えばＭＰＬＡ）、ＩＦＮγ、ＰＧＥ２、試薬及び緩衝液をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、Ｔ細胞、濃縮された活性化Ｔ細胞、または腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を抗原負荷ＡＰＣ（例えばＤＣ）と共培養するための、サイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ１抗体）、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）、緩衝液、または培養培地をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、ＬＣＬ細胞などの細胞株ＡＰＣをさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、サイトカイン（例えば、ＩＦＮγ）を発現する活性化Ｔ細胞を濃縮するための、抗体、磁気ビーズ、及びカラムをさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、ＰＢＭＣまたはＴ細胞を凍結させ保管するための、容器、緩衝液、及び試薬をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、がん細胞における突然変異荷重（例えば、１つ以上のＭＨＣ遺伝子におけるもの）を判定するための試薬をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、処置方法との併用療法のための免疫チェックポイント阻害剤をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、腫瘍試料中のネオ抗原を（例えばシーケンシングによって）識別するための試薬をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を評価するためのＥＬＩＳＰＯＴアッセイをさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、ＴＣＲ遺伝子の増幅及び／またはＴＣＲ遺伝子の次世代シーケンシングのためのプライマー及び試薬をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、腫瘍特異的ＴＣＲ（複数可）を発現する工学操作された免疫細胞を調製するための、免疫細胞、培養培地、及び試薬をさらに備える。
【０３４３】
本出願のキットは、好適なパッケージングに入っている。好適なパッケージングとしては、バイアル、ボトル、瓶、可撓性パッケージング（例えば、Ｍｙｌａｒまたはプラスチック袋）などが挙げられるが、これらに限定されない。キットは、必要に応じて、緩衝液及び解説情報などの追加の構成要素を提供してもよい。したがって、本出願は、バイアル（密封バイアルなど）、ボトル、瓶、可撓性パッケージングなどを含む製造品も提供する。
【０３４４】
説明書は、腫瘍抗原ペプチド（及び必要に応じて上述の追加の構成要素）の使用に関する説明書を含んでもよい。いくつかの実施形態では、本キットは、本明細書に記載される処置方法の一実施形態または細胞調製方法の一実施形態のプロトコールを記載したマニュアルなどの説明マニュアルをさらに備える。説明書は、意図される処置のためにキットを使用して調製されたＤＣ、活性化Ｔ細胞、または腫瘍特異的ＴＣＲ（複数可）を発現する工学操作された免疫細胞の投与量、投薬スケジュール、及び投与経路に関する情報を含んでもよい。いくつかの実施形態では、本キットは、処置方法のために個体を選択するための説明書をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、例えば、免疫チェックポイント阻害剤の投与量、投薬スケジュール、及び投与経路に関する情報を含む、免疫チェックポイント阻害剤を処置方法と組み合わせて投与するための説明書をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、腫瘍試料中のネオ抗原を（例えばシーケンシングによって）識別するための説明書をさらに備える。いくつかの実施形態では、本キットは、処置を受けた後の個体をモニタリングするための説明書をさらに備える。
【０３４５】
容器は、単位容量、バルクパッケージ（例えば、複数用量パッケージ）、または副次的単位用量であり得る。例えば、長期間、例えば３週間、６週間、９週間、３か月間、４か月間、５か月間、６か月間、８か月間、９か月間、１年間、またはそれ以上のうちのいずれかの期間にわたって、個体の効果的な処置を行うのに十分な腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、抗原負荷ＡＰＣ（例えばＤＣ）、及び／または腫瘍特異的ＴＣＲ（複数可）を発現する工学操作された免疫細胞を調製するため、本明細書において開示される腫瘍抗原ペプチドを十分に含むキットが提供され得る。
【０３４６】
キットはまた、腫瘍抗原ペプチドまたは腫瘍特異的ＴＣＲ（または腫瘍特異的ＴＣＲをコードする核酸）の複数の単位用量及び使用説明書を含み、薬局、例えば、病院の薬局及び調剤薬局における保管及び使用に十分な量でパッケージングされていてもよい。
【０３４７】
さらに、本明細書に記載の細胞（例えばＤＣ、活性化Ｔ細胞、または腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞）の単離集団のうちのいずれか１つのキット、組成物（例えば医薬組成物）、及び製造品が提供される。
【０３４８】
本明細書に記載の細胞（例えばＤＣ、活性化Ｔ細胞、または腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞）の単離集団は、記載される細胞の単離集団を、本明細書に記載の処置方法、投与方法、及び投与量レジメンにおいて使用するための、薬学的に許容される担体、賦形剤、安定化剤、及び／または当技術分野で公知の他の薬剤と組み合わせることにより、医薬組成物または製剤中に使用され得る。いくつかの実施形態では、ヒトアルブミンが薬学的に許容される担体として使用される。
【０３４９】
好適な薬学的担体としては、単独、または例えばレシチン、ステアリン酸ポリオキシエチレンなどの好適な分配剤（ｄｉｓｐｅｎｓｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）と合わせた、滅菌水；食塩水、デキストロース；デキストロースを含む水または食塩水；ヒマシ油１モル当たり約３０〜約３５モルのエチレンオキシドを合わせたヒマシ油及びエチレンオキシドの縮合生成物；液体酸；低級アルカノール；例えばトウモロコシ油、ピーナッツ油、ゴマ油などの油類と、例えば脂肪酸のモノグリセリドまたはジグリセリド、またはホスファチド、例えばレシチンなどの乳化剤；グリコール；ポリアルキレングリコール；懸濁剤、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム；アルギン酸ナトリウム；ポリ（ビニルピロリドン）の存在下の水性媒体などが挙げられる。担体は、例えば保存安定剤、湿潤剤、乳化剤などのアジュバントを浸透促進剤と共に含有してもよい。最終形態は無菌であってもよく、中空針などの注射装置を容易に通過することができてもよい。適切な粘度は、溶媒または賦形剤の適切な選択によって達成及び維持され得る。
【０３５０】
本明細書に記載の医薬組成物は、組成物の特性を向上させるために他の薬剤、賦形剤、または安定剤を含んでもよい。好適な賦形剤及び希釈剤の例としては、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアガム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、食塩水溶液、シロップ、メチルセルロース、ヒドロキシ安息香酸メチル及びヒドロキシ安息香酸プロピル、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ならびにミネラルオイルが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、例えば約５．０〜約８．０、約６．５〜約７．５、または約６．５〜約７．０のうちのいずれか１つのｐＨ範囲を含め、約４．５〜約９．０の範囲内のｐＨを有するように製剤化される。いくつかの実施形態では、グリセロールなどの好適な浸透圧調整剤の添加によって、医薬組成物を血液と等張にすることもできる。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、単離細胞組成物（例えばＤＣ、活性化Ｔ細胞、または腫瘍特異的ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞）は、ヒトへの投与に好適である。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、非経口投与によるヒトへの投与に好適である。非経口投与に好適な製剤としては、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、及び製剤を意図するレシピエントの血液と適合させる溶質を含有し得る水性及び非水性の等張無菌注射液、ならびに懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、及び保存剤を含み得る水性及び非水性の無菌懸濁液が挙げられる。製剤は、アンプル及びバイアルなどの単位用量または複数用量の密封容器で提供することができ、本明細書に記載の処置方法、投与方法、及び投与量レジメンにおいて、使用直前に注射のための滅菌液賦形剤（すなわち水）の添加のみを必要とする条件で保管することができる。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、単回使用密封バイアルなどの単回使用バイアルに含まれている。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、複数回使用バイアルに含まれている。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、バルクで容器に含まれている。
【０３５２】
また、本明細書に記載の単離細胞組成物（例えば医薬組成物）及び製剤を含む単位剤形も提供される。これらの単位剤形は、単一または複数の単位投与量で好適なパッケージング中に保管されていてよく、さらに滅菌及び密封されていてもよい。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、がんを処置するのに有用である１つ以上の他の化合物（またはそれらの薬学的に許容される塩）も含む。
【０３５３】
本出願はさらに、本明細書に記載の処置方法、投与方法、及び投与量レジメンにおいて使用するための、本明細書に記載の細胞の単離集団、組成物（例えば医薬組成物）、製剤、単位投与量、及び製造品のうちのいずれかを備えるキットを提供する。
【０３５４】
ＶＩ．例示的な実施形態
本明細書において提供される実施形態には、次のものがある。
１．標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する複数のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を得る方法であって、
ａ）前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第１の樹状細胞（ＤＣ）集団を、個体由来のＴ細胞集団と共培養して、第１の共培養物を得ることを含む、第１の共培養ステップと、
ｂ）前記第１の共培養物を濃縮プロセスに供して、濃縮された活性化Ｔ細胞を得ることを含む、濃縮ステップと、
ｃ）前記濃縮された活性化Ｔ細胞を、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された第２のＤＣ集団と共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第２の共培養ステップであり、前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の少なくとも約１０％が、前記標的腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答する、前記第２の共培養ステップと、
ｄ）前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を次世代シーケンシングに供して、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする複数の遺伝子対を識別することにより、ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする対合した遺伝子に基づいて前記複数のＴ細胞受容体を提供することを含む、シーケンシングステップと
を含み、
前記個体が、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された樹状細胞集団とＴ細胞集団を共培養することによって調製された活性化Ｔ細胞を有効量で前記個体に投与することを含む多重抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）から臨床的利益を得ている、前記方法。
２．前記第１の共培養ステップが、前記濃縮ステップの前に約１〜約３日間にわたって行われる、実施形態１に記載の方法。
３．前記Ｔ細胞集団の、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第１のＤＣ集団に対する比が、約３０：１以下である、実施形態１または２に記載の方法。
４．前記第１の共培養ステップにおける前記Ｔ細胞集団が、ＰＢＭＣ中に存在する、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
５．前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第１のＤＣ集団と、前記Ｔ細胞集団とが、１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む第１の共培養培地中で共培養される、実施形態１〜４のいずれか１つに記載の方法。
６．前記第１の共培養培地が、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む、実施形態５に記載の方法。
７．前記第１の共培養培地が、ＩＬ−２及び抗ＰＤ−１抗体を含む、実施形態５に記載の方法。
８．前記濃縮ステップが、前記第１の共培養物を、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させて、刺激された共培養物を得ることと、サイトカインを特異的に認識するリガンドを使用して、前記刺激された共培養物から、濃縮された活性化Ｔ細胞集団を単離することとを含む、実施形態１〜７のいずれか１つに記載の方法。
９．前記サイトカインがＩＦＮγである、実施形態８に記載の方法。
１０．前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団との比が、約１：１〜約２０：１である、実施形態１〜９のいずれか１つに記載の方法。
１１．前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団とが、約１２〜２５日間にわたって共培養される、実施形態１〜１０のいずれか１つに記載の方法。
１２．前記第２の共培養ステップが、免疫チェックポイント阻害剤と、必要に応じて１種以上のサイトカイン（例えばＩＬ−２または複数のサイトカイン）とを含む第２の初期共培養培地中で、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記第２のＤＣ集団を、前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団と共培養して、第２の共培養物を準備することと、前記第２の共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることとを含む、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の方法。
１３．前記抗ＣＤ３抗体が、前記第２の共培養物に、前記第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、２日で）添加される、実施形態１２に記載の方法。
１４．前記抗ＣＤ３抗体がＯＫＴ３である、実施形態１２または１３に記載の方法。
１５．前記第２の初期共培養培地が、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＩＬ−２１、ならびに抗ＰＤ−１抗体を含む、実施形態１２〜１４のいずれか１つに記載の方法。
１６．前記第２の共培養ステップが、前記第２の共培養物に１種以上のサイトカインを添加することを含む、実施形態１２〜１４のいずれか１つに記載の方法。
１７．前記１種以上のサイトカインが、ＩＬ−２を含む、実施形態１６に記載の方法。
１８．前記１種以上のサイトカインが、前記第２の共培養物に、前記第２の共培養ステップの開始から約３日以内に（例えば、約２日で）添加される、実施形態１６または１７に記載の方法。
１９．前記第２の初期共培養培地が、ＩＬ−２及び抗ＰＤ−１抗体を含む、実施形態１２〜１８のいずれか１つに記載の方法。
２０．前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を、標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された抗原提示細胞（ＡＰＣ）集団と共培養して、第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を得ることを含む、第３の共培養ステップをさらに含み、前記第２の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団が、前記シーケンシングステップにおいて次世代シーケンシングに供される、実施形態１〜１９のいずれか１つに記載の方法。
２１．前記ＡＰＣが、ＰＢＭＣ、ＤＣ、または細胞株ＡＰＣである、実施形態２０に記載の方法。
２２．前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団との比が、約１：１〜約２０：１である、実施形態２０または２１に記載の方法。
２３．前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団とが、約５〜９日間にわたって共培養される、実施形態２０〜２２のいずれか１つに記載の方法。
２４．前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団と、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団とが、１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び抗ＣＤ３抗体を含む第３の共培養培地中で共培養される、実施形態２０〜２３のいずれか１つに記載の方法。
２５．前記第３の共培養培地が、ＩＬ−２及びＯＫＴ３を含む、実施形態２４に記載の方法。
２６．前記第３の共培養培地が、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、及びＯＫＴ３を含む、実施形態２４に記載の方法。
２７．前記第３の共培養ステップが繰り返される、実施形態２０〜２６のいずれか１つに記載の方法。
２８．前記標的腫瘍抗原ペプチドが、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＭＵＣ１、ＨＥＲ２、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＣＤＣＡ１、ＷＴ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、ＭＴＨＦＲ、ＨＰＶ１６−Ｅ６、ＨＰＶ１６−Ｅ７、ＨＰＶ１８−Ｅ６、ＨＰＶ１８−Ｅ７、ＨＰＶ５８−Ｅ６、ＨＰＶ５８−Ｅ７、ＨＢｃＡｇ、ＨＢＶポリメラーゼ、ＧＰＣ３、ＳＳＸ、及びＡＦＰからなる群から選択される腫瘍抗原に由来する、実施形態１〜２７のいずれか１つに記載の方法。
２９．前記標的腫瘍抗原ペプチドから標的腫瘍エピトープを識別することであり、前記標的腫瘍エピトープが、前記濃縮された活性化Ｔ細胞集団による特異的応答を誘発する、前記識別することと、ＡＰＣ集団を前記標的腫瘍エピトープと接触させて、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＡＰＣ集団を得ることとをさらに含む、実施形態１〜２８に記載の方法。
３０．前記次世代シーケンシングが、単一細胞シーケンシングである、実施形態１〜２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．前記個体が、前記ＭＡＳＣＴを受けた後に部分応答（ＰＲ）、完全応答（ＣＲ）、または安定疾患（ＳＤ）を有する、及び／または前記個体が、腫瘍抗原特異的免疫応答（複数可）を有する、実施形態１〜３０のいずれか１つに記載の方法。
３２．前記ＭＡＳＣＴが、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、活性化Ｔ細胞集団を得ることを含む、実施形態１〜３１のいずれか１つに記載の方法。
３３．前記ＭＡＳＣＴが、
（ｉ）１種以上のサイトカイン（例えば、複数のサイトカイン）及び免疫チェックポイント阻害剤を含む初期共培養培地中で、前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団と、Ｔ細胞集団とを共培養して、共培養物を準備することと、
（ｉｉ）前記共培養の開始から約３〜７日後の前記共培養物に抗ＣＤ３抗体を添加することにより、前記活性化Ｔ細胞集団を得ることと
を含む、実施形態１〜３２のいずれか１つに記載の方法。
３４．前記ＭＡＳＣＴが、
（ｉ）前記標的腫瘍抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドとＤＣ集団を接触させて、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＤＣ集団を得ることと、
（ｉｉ）ＭＰＬＡを含むＤＣ成熟培地中で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＤＣ集団を培養することと
を含む、実施形態１〜３３のいずれか１つに記載の方法。
３５．前記ＤＣ成熟培地が、ＩＮＦγ、ＭＰＬＡ、及びＰＧＥ２を含む、実施形態３４に記載の方法。
３６．前記ＭＡＳＣＴが、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが負荷された前記ＤＣを有効量で前記個体に投与することを含む、実施形態１〜３５のいずれか１つに記載の方法。
３７．前記個体が、前記ＭＡＳＣＴを過去に少なくとも３回受けたことがある、実施形態１〜３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．前記腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が、前記次世代シーケンシングの前に、前記標的腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣで刺激される、実施形態１〜３７のいずれか１つに記載の方法。
３９．複数の標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲが、並行して得られる、実施形態１〜３８のいずれか１つに記載の方法。
４０．ＴＣＲα及びＴＣＲβをコードする遺伝子対のそれぞれを宿主免疫細胞内で発現させて、ＴＣＲを発現する工学操作された免疫細胞を提供することと、前記工学操作された免疫細胞の、前記標的腫瘍抗原ペプチドに対する応答を評価することとをさらに含む、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の方法。
４１．実施形態４０に記載の方法を含む、標的腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識するＴＣＲを得る方法であって、前記ＴＣＲが、前記ＴＣＲを発現する前記工学操作された免疫細胞の、前記標的腫瘍抗原ペプチドに対する前記応答に基づいて選択される、前記方法。
４２．前記ＴＣＲのＨＬＡ制限を判定することをさらに含む、実施形態４１に記載の方法。
４３．前記ＴＣＲが、アジア人に多く見られるＨＬＡハプロタイプ制限を有する、実施形態４２に記載の方法。
４４．前記ＴＣＲの親和性成熟をさらに含む、実施形態４１〜４３のいずれか１つに記載の方法。
４５．前記ＴＣＲにおける前記ＴＣＲα及びＴＣＲβ鎖の対合を強化することをさらに含む、実施形態４１〜４４のいずれか１つに記載の方法。
４６．前記ＴＣＲの前記発現を強化することをさらに含む、実施形態４１〜４５のいずれか１つに記載の方法。
４７．前記標的腫瘍抗原ペプチドが、ＣＥＡ、ＲＳＧ−５、またはＨＰＶ１８−Ｅ７に由来する、実施形態４１〜４６のいずれか１つに記載の方法。
４８．実施形態１〜４７のいずれか１つに記載の方法を使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲ。
４９．腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号４、１０、及び１６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、及び１９のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、及び５２のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号７、１３、１９、２５、３１、３７、４３、４９、及び５５のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５８、６４、７０、７６、８７、及び９３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有する相補性決定領域（ＣＤＲ）３を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６１、６７、７３、７９、９０、及び９６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５０．実施形態４９に記載の腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｄ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｅ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｆ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｇ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｈ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｊ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｋ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｌ）配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｍ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｎ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｏ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖、及び配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５１．腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つのＣＤＲを含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５２．実施形態４９〜５１のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲであって、
（ａ）配列番号５、１１、及び１７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号８、１４、及び２０のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、
（ｂ）配列番号２３、２９、３５、４１、４７、及び５３のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号２６、３２、３８、４４、５０、及び５６のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖か、または
（ｃ）配列番号５９、６５、７１、７７、８８、及び９４のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲα鎖、ならびに配列番号６２、６８、７４、８０、９１、及び９７のアミノ酸配列のうちのいずれか１つと少なくとも約８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＴＣＲβ鎖
を含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５３．ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５４．前記ＲＧＳ５エピトープが、配列番号８２のアミノ酸配列を含む、請求項５３に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
５５．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１である、請求項５３または５４に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
５６．ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
５７．前記ＲＧＳ５エピトープが、配列番号８２のアミノ酸配列を含む、請求項５６に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
５８．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である、請求項５６または５７に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
５９．ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
６０．前記ＲＧＳ５エピトープが、配列番号８２のアミノ酸配列を含む、請求項５９に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６１．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である、請求項５９または６０に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６２．ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
６３．前記ＲＧＳ５エピトープが、配列番号８３のアミノ酸配列を含む、請求項６２に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６４．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である、請求項６２または６３に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６５．ＭＨＣ／ＲＧＳ５エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、腫瘍特異的ＴＣＲ。
６６．前記ＲＧＳ５エピトープが、配列番号８２のアミノ酸配列を含む、請求項６５に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６７．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１である、請求項６５または６６に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
６８．ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
６９．前記ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープが、配列番号８５のアミノ酸配列を含む、請求項６８に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７０．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１である、請求項６８または６９に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７１．ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
７２．前記ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープが、配列番号８５のアミノ酸配列を含む、請求項７１に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７３．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１またはＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ４＊０１：０３である、請求項７１または７２に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７４．ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２８２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号７９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
７５．前記ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープが、配列番号８５のアミノ酸配列を含む、請求項７４に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７６．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＩＩである、請求項７４または７５に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７７．ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２８６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２８９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
７８．前記ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープが、配列番号８４のアミノ酸配列を含む、請求項７７に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
７９．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＲＡ／ＤＲＢ１＊０９：０１である、請求項７７または７８に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８０．ＭＨＣ／ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープ複合体に特異的に結合する腫瘍特異的ＴＣＲであって、配列番号２９０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２９１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲα鎖と、配列番号２９２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ１、配列番号２９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ２、及び配列番号９６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ３を含むＴＣＲβ鎖とを含む、前記腫瘍特異的ＴＣＲ。
８１．前記ＨＰＶ１８−Ｅ７エピトープが、配列番号８４のアミノ酸配列を含む、請求項８０に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８２．前記ＭＨＣが、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０２：０２／ＤＰＢ１＊０５：０１、ＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０１：０３／ＤＰＢ１＊０２：０１、またはＨＬＡ−ＤＰＡ１＊０１：０３／ＤＰＢ１＊０５：０１である、請求項８０または８１に記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８３．前記ＴＣＲが、ヒトＴＣＲである、実施形態４９〜５１及び５３〜８２のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８４．前記ＴＣＲが、マウス化ＴＣＲ、例えば、ＴＣＲα及びβ鎖のマウス定常領域を含むＴＣＲなどの、キメラＴＣＲである、実施形態４９〜５１及び５３〜８２のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８５．前記ＴＣＲが、マウスＴＣＲ定常領域を含む、実施形態４９〜５１及び５３〜８２のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲ。
８６．実施形態４８〜８５のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲの前記ＴＣＲα鎖及び／または前記ＴＣＲβ鎖をコードする単離核酸。
８７．実施形態８６に記載の単離核酸を含むベクター。
８８．実施形態４８〜８５のいずれか１つに記載の腫瘍特異的ＴＣＲ、実施形態８６に記載の単離核酸、または実施形態８７に記載のベクターを含む、工学操作された免疫細胞。
８９．前記免疫細胞がＴ細胞である、実施形態８８に記載の工学操作された免疫細胞。
９０．実施形態８８または８９に記載の工学操作された免疫細胞と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
９１．個体のがんを処置する方法であって、実施形態９０に記載の医薬組成物を有効量で前記個体に投与することを含む、前記方法。
９２．実施形態１〜４７のいずれか１つに記載の方法を使用して得られた腫瘍特異的ＴＣＲのライブラリ。
９３．配列番号８２または８３のアミノ酸配列を含む、ＲＧＳ−５のエピトープ。
９４．配列番号８４、８５、または８６のアミノ酸配列を含む、ＨＰＶ１８−Ｅ７のエピトープ。
９５．実施形態９３または９４に記載のエピトープ及びＭＨＣ分子を含む、ＭＨＣ／エピトープ複合体。
【実施例】
【０３５５】
以下の実施例は、単に本出願の例示となるよう意図されており、したがって、決して本発明を限定するものと解釈されるべきではない。以下の実施例及び詳細な説明は、例示として提供するものであり、制限するものではない。
【０３５６】
実施例１：ＭＡＳＣＴで処置された患者の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答
女性患者ＷＪは、４１歳で血管侵入がある子宮頸癌と診断され、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）ＤＮＡの検査で陽性反応を示した。同患者は、治癒的切除及び５か月の化学放射線療法を受けた。同患者は、第２のＨＰＶ  ＤＮＡ検査を受け、血清ＨＰＶ  ＤＮＡでは陰性であることが確認された。同患者の臨床歴及び応答は図２に要約されている。
【０３５７】
治癒的切除及び化学放射線療法の約２年後、同患者は、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）及び放射型コンピュータ断層撮影法（ＥＣＴ）により、右仙腸関節骨に転移腫瘍を有すると診断された。同患者はその後、１か月に１回の供与で、１０回の局所照射療法処置と、それに続く３回のＭＡＳＣＴ処置を受けた。ＭＡＳＣＴ処置では、１２種の腫瘍関連抗原ペプチドのコア群、ならびにＨＰＶのウイルスタンパク質に由来する子宮頸癌特異的な６種の抗原ペプチドの群を含む、１８種の抗原ペプチドのプールをパルシングした樹状細胞を調製するために、患者自身の末梢血由来のＰＢＭＣを使用した。簡潔に述べると、患者のＰＢＭＣ由来の単球を未熟ＤＣに分化させ、次いで、腫瘍関連抗原及びＨＰＶ抗原を含む複数の合成ペプチド抗原をパルシングした。未熟ＤＣをＴＬＲリガンドによってさらに刺激して、成熟ＤＣ（ｍＤＣ）に分化させた。ｍＤＣの半分を患者に皮下注射した。非付着性ＰＢＭＣを、抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）、及びＩＬ２と共に培養することにより、維持Ｔ細胞を調製した。ｍＤＣの残りの半分を、注入前にさらに７〜９日間にわたり、維持Ｔ細胞と共培養した。同患者はＨＬＡ−Ａ２血清型（ＨＬＡ−Ａ０２０１＋）を有することが確認された。
【０３５８】
４回のＭＡＳＣＴ処置後、同患者のＥＣＴ結果は、右仙腸関節骨転移が低減したこと、及び新たな転移が検出されなかったことを示し、ＭＡＳＣＴの肯定的な処置成績を示した。同患者は、約１か月または２か月の間隔をおいて供与された、さらに４回のＭＡＳＣＴ処置を受けた。合計８回のＭＡＳＣＴ処置後、同患者のＰＢＭＣ試料を取得し、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで試験して、同患者が抗原ペプチドプール及びプール内の抗原ペプチドのそれぞれに対して治療上有効なＭＨＣ制限Ｔ細胞応答を有したかどうかを判定した。ＥＬＩＳＰＯＴ結果は、子宮頸癌抗原ペプチドプール、ならびに腫瘍特異的抗原ペプチド（例えばｈＴＥＲＴ、ｐ５３、ＣＥＡ、及びＲＧＳ５）のコア群、及び子宮頸癌特異的な腫瘍抗原ペプチド（例えばＨＰＶ−３及びＨＰＶ−５）の群の両方における個々の抗原ペプチドに対して、強化されたＴ細胞応答を示した。合計８回のＭＡＳＣＴ後の同患者のＥＣＴは、右仙腸関節骨転移がさらに低減したこと、及び新たな転移部位がなかったことを示し、ＭＡＳＣＴ処置レジメンが患者の腫瘍負荷の低減ならびに腫瘍進行及びさらなる転移の防止に成功したことを示した。
【０３５９】
患者の特異的免疫応答に基づき、特異的応答を誘導した応答性ペプチドを残し、特異的応答を誘導しなかった非応答性ペプチドを除去することにより、患者特異的な抗原ペプチドプールを提供するように、抗原ペプチドプールをカスタマイズした。患者特異的な抗原ペプチドプールを使用して調製した４サイクルのＭＡＳＣＴ（本明細書では「高精度ＭＡＳＣＴ」という）で、同患者をさらに処置した。４回の高精度ＭＡＳＣＴの後、同患者のＥＣＴは、右仙腸関節骨転移の進展も、新たな転移部位も示さなかった。
【０３６０】
患者の特異的免疫応答に基づいて、抗原ペプチドプールをさらに調整し、このさらに調整されたペプチド抗原プールを使用して、同患者を４サイクルの第２の高精度ＭＡＳＣＴで処置した。第２の４サイクルの高精度ＭＡＳＣＴの後、同患者は、安定疾患（ＳＤ）を有するものと評価された。患者特異的な抗原ペプチドプールは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって示されるように、強化された特異的応答を誘発した（図３Ａ）。特に、ＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチド、ＣＥＡペプチド、及びＲＧＳ５ペプチドは、最も強力な特異的応答を一貫してもたらした（図３Ｂ）。
【０３６１】
腫瘍特異的ＴＣＲ工学操作Ｔ細胞の養子移入は、固形腫瘍に対する高い効力を示した。同患者の臨床的利益は、腫瘍特異的Ｔ細胞がインビボで増殖し、腫瘍進行を制御するのに重要な役割を果たしたことを示した。これらのＴ細胞は、腫瘍特異的ＴＣＲを単離するための良好な源であり得る。
【０３６２】
実施例２：対合した腫瘍抗原ペプチド特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞からの識別
実施例１における患者由来のＰＢＭＣ試料を得て、この実施例での腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を調製するための出発物質として使用した。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞試料の次世代シーケンシングにより、１２対の腫瘍抗原特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（ＣＥＡ特異的ＴＣＲで３対、ＲＧＳ５特異的ＴＣＲで３対、及びＨＰＶ１８−Ｅ７特異的ＴＣＲで６対）を識別した。
【０３６３】
方法２
細胞の調製
図４は、例示的な「方法２」のプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、１日目に、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得た。１０００Ｕ／ｍＬのＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬのＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で付着性単球を継続的に培養して、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。結果として得られた未熟ＤＣに、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７（１μｇ／ｍＬ／ペプチド）に由来する３種の腫瘍抗原ペプチドを含むペプチドプールをパルシングし、次いでＤＣ成熟培地中で培養して、成熟ＤＣに分化させた。８日目、Ｔ細胞を含有するＰＢＭＣを、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と成熟抗原負荷ＤＣとの比を約１５：１として共培養し、共培養培地は、サイトカインカクテル及び抗ＰＤ−１抗体を含有した。１１日目、ペプチドプールをパルシングしたＰＢＭＣで、共培養物を刺激した。１２日目、ＩＦＮγ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ−ｃｅｌｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞集団を単離した。１２日目、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞を、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの比を約２：１として、サイトカインカクテル、抗ＰＤ−１抗体、及び抗ＣＤ３抗体を含有する培地中で、１２日目から２５〜３５日目まで共培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を得た。
【０３６４】
増殖アッセイ
１日目（ＰＢＭＣ）、８日目（共培養の開始）、１１日目（ＩＦＮγ濃縮前及びＩＦＮγ濃縮後）、ならびに１７、２１、２５、２７、３１、及び３２日目（ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣの共培養物）の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。各試料中の細胞の数を計数した。
【０３６５】
図５に示すように、抗原負荷成熟ＤＣとＴ細胞との初期共培養物は、少数のＩＦＮγ＋Ｔ細胞をもたらした（１１日目）。濃縮されたＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの共培養物において、細胞数は３１日目まで急速に増加し続け、３１日時点で、共培養物中の総細胞数は、１０８超で定常に達した。
【０３６６】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成
様々な共培養物試料を、それぞれＡＩＭ−Ｖ培地中に播種し（Ｔ細胞：１×１０６細胞／ウェル、ＰＢＭＣ：２．５×１０５細胞／ウェル）、２μｇ／ｍＬのペプチドプールで４時間にわたって刺激した。細胞内サイトカイン染色及びＦＡＣＳ分析により、各試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを検出した。１０μｇ／ｍＬの無関係なペプチドと共にインキュベートした細胞試料を陰性対照として使用した。
【０３６７】
細胞表面に対する抗体（例えば、抗ヒトＣＤ３−ＦＩＴＣ）または細胞内サイトカイン（例えば、抗ヒトＩＦＮγ−ＡＰＣ）染色を、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから得た。ｃｙｔｏｆｉｘ／ｃｙｔｏｐｅｒｍ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いた細胞の固定及び透過処理により、細胞内サイトカイン染色を行った。ＦＡＣＳ  ＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）フローサイトメーターを使用してフローサイトメトリーを行い、Ｆｌｏｗｊｏプログラムを用いてデータを分析した。
【０３６８】
図６Ａ〜６Ｂは、腫瘍抗原ペプチドプールによる刺激に応じたＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞を評価することにより判定された、細胞試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。濃縮ステップ後、細胞試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージは８３．５％に達した。２１日目から３２日目にかけて、共培養物は、腫瘍抗原ペプチドプールによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を約１０％含有した。無関係なペプチドによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した非特異的Ｔ細胞は、２５〜３２日目の共培養物の１％未満を構成した。
【０３６９】
方法２の最適化（「方法２ｍ」）
細胞の調製
図７は、例示的な「方法２ｍ」のプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、１日目に、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得た。１０００Ｕ／ｍＬのＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬのＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で付着性単球を継続的に培養して、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。結果として得られた未熟ＤＣに、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７（１μｇ／ｍＬ／ペプチド）に由来する３種の腫瘍抗原ペプチドを含むペプチドプールをパルシングし、次いでＤＣ成熟培地中で培養して、成熟ＤＣに分化させた。８日目、Ｔ細胞を含有するＰＢＭＣを、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と成熟抗原負荷ＤＣとの比を約２０：１として共培養し、共培養培地は、サイトカインカクテル及び抗ＰＤ−１抗体を含有した。１１日目、ペプチドプールをパルシングしたＰＢＭＣで、共培養物を刺激した。１２日目、ＩＦＮγ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ−ｃｅｌｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞集団を単離した。一方、ＤＣ成熟培地中で抗原負荷成熟ＤＣを培養した。１２日目、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞を、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの比を約１：１として、サイトカインカクテル、抗ＰＤ−１抗体を含有する培地中で共培養した。１３日目または１４日目に、抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ３）を共培養物に添加し、これを３０日目まで継続的に培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を得た。
【０３７０】
増殖アッセイ
上述のように、１日目（ＰＢＭＣ）、９日目（共培養の開始）、１２日目（ＩＦＮγ濃縮前）、１２日目（ＩＦＮγ濃縮後）、ならびに２２日目及び３０日目（ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣの共培養物）の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。
【０３７１】
図８に示すように、抗原負荷成熟ＤＣとＴ細胞との初期共培養物は、少数のＩＦＮγ＋Ｔ細胞をもたらした（１２日目）。濃縮されたＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの共培養物において、細胞数は３１日目まで急速に増加し続けた。１４日目に抗ＣＤ３抗体を添加する方法は、より高いレベルの細胞増殖をもたらした。
【０３７２】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成
様々な共培養物試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを、上述のように判定した。図９Ａ〜９Ｂは、腫瘍抗原ペプチドプールによる刺激に応じたＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞を評価することにより判定された、細胞試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。濃縮ステップ後、細胞試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージは９０．４％に達した。２２日目から３０日目にかけて、共培養物は、腫瘍抗原ペプチドプールによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を約６〜１０％含有した。１４日目に抗ＣＤ３抗体を添加する方法は、より高いパーセンテージのＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞をもたらした。ＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋細胞を評価することにより、一貫性のある結果が得られた（図９Ｃ）。
【０３７３】
腫瘍抗原ペプチドプールのサブセットのスクリーン
３種の初期腫瘍抗原ペプチド、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７のそれぞれで５つの断片を設計し、合成した。初期腫瘍抗原ペプチド及びそれらの断片のサブプールを、図１３に従って調製した。３０日目に得られた腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を、腫瘍抗原ペプチドのサブプールのそれぞれで刺激し、ＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞のパーセンテージを判定した。図１４Ａ〜１４Ｂに示すように、プール２及びプール８は、最も高いパーセンテージのＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞を一貫してもたらした。これは、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５断片が腫瘍抗原特異的Ｔ細胞による最も強力な特異的応答を誘発したことを示唆する。
【０３７４】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の次世代シーケンシング
方法２を使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の４つの試料を得て、次世代シーケンシングと合わせたＴＣＲα及びＴＣＲβ増幅に供した。４つの試料は、（１）ＣＥＡペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、（２）ＲＧＳ５ペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、（３）ＨＰＶ１８−Ｅ７ペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、及び（４）ビーズで濃縮したＣＥＡペプチドによって刺激されたＩＮＦγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞である。対照として、同じ患者由来のＰＢＭＣ試料も同じ次世代シーケンシング分析に供した。
【０３７５】
図１０は、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７の各ペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のフローサイトメトリー結果を示す。各試料は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞及びＣＤ４＋細胞の組み合わせ）を９０％超含有した。
【０３７６】
図１１は、様々な試料におけるＴＣＲα及びＴＣＲβ配列のユニークなクローン型の頻度を示す。特異的腫瘍抗原ペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞では、無関係なペプチドで刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞よりも、ユニークなＴＣＲクローン型の頻度が増加していた。腫瘍抗原ペプチドによって刺激された、ＩＦＮγでソートされた腫瘍抗原特異的Ｔ細胞は、ＴＣＲのユニークなクローン型のさらに高い頻度を示した。
【０３７７】
３つの異なる時点（Ｔ１＝２０１６年６月、Ｔ２＝２０１６年９月、及びＴ３＝２０１７年５月）で患者から得られた凍結ＰＢＭＣ試料を、同じ腫瘍抗原特異的Ｔ細胞調製及びシーケンシング分析に供した。図１２は、バルク次世代シーケンシング結果から識別されたユニークなＴＣＲα及びＴＣＲβクローン型の頻度を示す。ある特定のＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子は、２つまたは３つすべての凍結ＰＢＭＣ試料に由来する、対応する腫瘍抗原特異的Ｔ細胞試料に見出された。
【０３７８】
ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の同族対合情報を得るために、ＩＰＡＩＲ（商標）技術（ｉＲｅｐｅｒｔｏｉｒｅ，Ｉｎｃ．）を使用した次世代シーケンシングと合わせた単一細胞ＴＣＲα及びＴＣＲβ増幅を、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞試料に適用した。３対のＣＥＡ特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（クローン１〜３）、３対のＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（クローン１〜３）、及び６対のＨＰＶ１８−Ｅ７特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（クローン１〜６）を識別し、合成した。例示的なＴＣＲクローンの配列情報については、表１を参照されたい。ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の各対を発現する工学操作されたＴ細胞を調製し、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用して工学操作されたＴ細胞による腫瘍抗原特異的免疫応答を評価することにより、ＴＣＲを検証した。
【０３７９】
サイトカインカクテルと、ＩＬ−２及び抗原ペプチドプールと、単一の抗原ペプチドとの比較
細胞の調製
図２０は、サイトカインカクテルの添加とＩＬ−２単独の添加、及び抗原ペプチドのプールが負荷されたＤＣでの刺激と単一の抗原ペプチドが負荷されたＤＣでの刺激を比較するプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、１日目に、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得た。１０００Ｕ／ｍＬのＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬのＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で付着性単球を継続的に培養して、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。結果として得られた未熟ＤＣに、ＣＥＡ、ＲＧＳ５、及びＨＰＶ１８−Ｅ７（１μｇ／ｍＬ／ペプチド）に由来する３種の腫瘍抗原ペプチドを含むペプチドプールをパルシングし、次いでＤＣ成熟培地中で培養して、成熟ＤＣに分化させた。９日目、Ｔ細胞を含有するＰＢＭＣを、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と成熟抗原負荷ＤＣとの比を約１５：１〜約２０：１として共培養し、共培養培地は、サイトカインカクテルまたはＩＬ−２（約２００ＩＵ／ｍＬ以下）及び抗ＰＤ−１抗体を含有した。１１日目、ペプチドプールまたは個々のペプチドそれぞれをパルシングしたＰＢＭＣで、共培養物を刺激した。１２日目、ＩＦＮγ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ−ｃｅｌｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞集団を単離した。一方、ＤＣ成熟培地中で抗原負荷成熟ＤＣを培養した。ＩＦＮγ＋Ｔ細胞を、抗原負荷成熟ＤＣと、Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの比を約１：１〜約３：１として、１２日目に添加したサイトカインカクテル、または１４日目に添加したＩＬ−２単独（少なくとも約２０００ＩＵ／ｍＬ）、及び抗ＰＤ−１抗体を含有する培地中で共培養した。１４日目に、抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ３）を共培養物に添加し、これを２９〜３０日目まで継続的に培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を得た。
【０３８０】
増殖アッセイ及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成
実施例２に記載の方法により、１日目（ＰＢＭＣ）、９日目（共培養の開始）、１２日目（ＩＦＮγ濃縮前）、１２日目（ＩＦＮγ濃縮後）、ならびに１９、２４、及び２９日目（ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣの共培養物）の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。
【０３８１】
図２１Ａに示すように、抗原負荷成熟ＤＣとＴ細胞との初期共培養物は、少数のＩＦＮγ＋Ｔ細胞をもたらした（１２日目）。濃縮されたＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷成熟ＤＣとの共培養物において、細胞数は２９日目まで急速に増加し続けた。
【０３８２】
様々な共培養物試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを、実施例２に記載の方法によって判定した。図２１Ｂに示すように、９日目の共培養物にサイトカインカクテルまたはＩＬ−２単独を添加し、１２日目の濃縮ステップ後に同様のパーセンテージのＩＦＮγ＋Ｔ細胞が得られた。
【０３８３】
以下の表３は、腫瘍抗原ペプチドプールまたは個々の抗原ペプチドによる刺激に応じた、ＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞及びＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋細胞を評価することにより判定された、１９日目（試験１）及び２９日目（試験２）における細胞試料中の腫瘍特異的Ｔ細胞のパーセンテージを比較する。サイトカインカクテルまたはＩＬ−２単独の９日目の添加、及び腫瘍抗原プールまたは単一の腫瘍抗原をパルシングしたＤＣとの共培養を用いるプロトコールは、Ｔ細胞増殖及び腫瘍特異的Ｔ細胞のパーセンテージという点で比較可能な結果を提供する。
【表３−１】
2021520849.tif 000007
【表３−２】
2021520849.tif 000008
【０３８４】
図２２Ａ〜２２Ｂは、９日目及び１２日目にＩＬ−２またはサイトカインカクテルを添加するプロトコールを使用した、様々な共培養物試料中のＴ細胞数及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを比較する。９日目のＩＬ−２の添加、１２日目の腫瘍抗原ペプチドプールをパルシングしたＤＣとの共培養、及び１４日目のＩＬ−２の添加を用いるプロトコールは、１９日目及び２９日目の最も高いパーセンテージの腫瘍抗原特異的Ｔ細胞をもたらした。
【０３８５】
実施例３：対合したＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞からの識別
この実施例では、ＲＧＳ５特異的Ｔ細胞のパーセンテージが（例えば５０％まで）増加した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞集団を調製するために、方法２及び方法２ｍを使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックを使用した。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞試料の単一細胞シーケンシングにより、３対のＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子を識別した。
【０３８６】
細胞の調製
図１５Ａ〜１５Ｂは、この実施例で使用したプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、方法２を使用した３２日目の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、または実施例２に記載した方法２ｍを使用した３０日目の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の共培養物の試料を凍結して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックを準備した。この実験の１日目には、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックの試料を解凍し、サイトカインのカクテル（ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５）、抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ−３）、及びＲＧＳ５−ＯＬＰ５を含む共培養培地中で、フィーダー細胞ありまたはなしで、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５（１μｇ／ｍＬ）が負荷されたＬＣＬ細胞（ＡＰＣ細胞株）と、９日目まで共培養した。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞と抗原負荷ＬＣＬ細胞との比は、約４：１であった。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、フィーダー細胞、及び抗原負荷ＬＣＬ細胞の比は、約４：４：１であった。９日目及び１６日目に、フィーダー細胞の存在ありまたはなしで、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を抗原負荷ＬＣＬ細胞と共培養することにより、サイクルを繰り返した。
【０３８７】
ＰＢＭＣ及び樹状細胞をＬＣＬ細胞の代わりに使用して、抗原負荷ＡＰＣを準備してもよい。ＡＰＣには、単一の腫瘍抗原ペプチド、単一の腫瘍抗原ペプチドのエピトープ断片、腫瘍抗原ペプチドのプール、または腫瘍抗原ペプチドのエピトープ断片のプールを負荷してもよい。
【０３８８】
増殖アッセイ
実施例２に記載の方法により、１、９、１６、及び２３日目の共培養物の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。
【０３８９】
図１６に示すように、凍結した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の解凍した集団を、フィーダー細胞ありまたはなしで、抗原負荷ＬＣＬ細胞と共培養したとき、細胞は１６日目まで増殖し続けた。総細胞数は２３日目までに減少した。
【０３９０】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるサイトカイン生成
様々な共培養物試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを、実施例２に記載の方法によって判定した。
【０３９１】
図１７Ａは、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５ペプチドによる刺激に応じたＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞を評価することにより判定された、細胞試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のパーセンテージを示す。１６日目、方法２ｍを使用した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックに由来する共培養物は、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５ペプチドによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を約３８．６％含有した。注目すべきことに、２３日目には、方法２ｍを使用した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックに由来する共培養物は、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５ペプチドによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を約５３．８％含有した。方法２を使用した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックに由来する共培養物は、ＲＧＳ５−ＯＬＰ５ペプチドによる刺激に応じてＩＦＮγを生成した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の１６日目及び２３日目における低いパーセンテージをもたらした。ＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋細胞を評価することにより、一貫性のある結果が得られた（図１７Ｂ）。これらの結果は、腫瘍抗原ペプチドが負荷されたＡＰＣで腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を繰り返し刺激すると、腫瘍抗原ペプチドに特異的に応答するＴ細胞のパーセンテージが増加し得ることを示唆する。
【０３９２】
腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の次世代シーケンシング
方法２ｍを使用して調製した腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の凍結ストックに由来する腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の３つの試料を調製し、ＩＰＡＩＲ（商標）技術（ｉＲｅｐｅｒｔｏｉｒｅ，Ｉｎｃ．）を使用した次世代シーケンシングと合わせた、バルク及び単一細胞のＴＣＲα及びＴＣＲβ増幅に供した。３つの試料は、（１）無関係なペプチドによって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、（２）ＲＧＳ５−ＯＬＰ５によって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、及び（３）ビーズで濃縮したＲＧＳ５−ＯＬＰ５によって刺激されたＩＮＦγ＋ＣＤ３＋腫瘍抗原特異的Ｔ細胞である。対照として、同じ患者由来のＰＢＭＣ試料も同じ次世代シーケンシング分析に供した。
【０３９３】
図１８Ａ及び１８Ｂは、様々な試料におけるＴＣＲα及びＴＣＲβ配列のユニークなクローン型の頻度を示す。ＲＧＳ５−ＯＬＰ５によって刺激された腫瘍抗原特異的Ｔ細胞と、ＲＧ５−ＯＬＰ５によって刺激された、ＩＮＦγでソートされた腫瘍抗原特異的Ｔ細胞とでは、対照Ｔ細胞、すなわち無関係なペプチドによって刺激されたＰＢＭＣ及び腫瘍抗原特異的Ｔ細胞よりも、ＴＣＲα及びＴＣＲβ配列のユニークなクローン型の頻度が大幅に高い。
【０３９４】
注目すべきことに、ＩＰＡＩＲ（商標）Ａｎａｌｙｚｅｒソフトウェアを使用すると、９６個中６９個の単一細胞ＴＣＲα及びＴＣＲβシーケンシング試料で、同族のＴＣＲα及びＴＣＲβ対合が達成された（図１９）。一対のＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（クローン４）を、図１９に示す９６ウェルプレートから識別した。最も多く見られるクローン型から、３対のＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子（クローン４〜６）を識別し、合成した。例示的なＴＣＲクローンの詳細情報については、表１を参照されたい。ＲＧＳ５特異的ＴＣＲα及びＴＣＲβ遺伝子の各対を発現する工学操作されたＴ細胞を調製し、工学操作されたＴ細胞によるＲＧＳ５特異的免疫応答を評価することにより、ＴＣＲを検証した。
【０３９５】
実施例４：ＲＧＳ５及びＨＰＶ１８  Ｅ７特異的ＴＣＲの検証
図２３に示すアッセイを使用して、実施例２及び３から識別された腫瘍抗原特異的ＴＣＲを検証した。５つのＲＧＳ５特異的ＴＣＲ及び５つのＨＰＶ１８−Ｅ７特異的ＴＣＲを検証した。
【０３９６】
ヒト（すなわち野生型）ＴＣＲと、対応するマウス化ＴＣＲ構築物とを調製した（図２４）。マウス化ＴＣＲ構築物は、マウス定常ドメイン（ｍＣα及びｍＣβ１）を有する。Ｎ末端１９アミノ酸リーダー配列（配列番号１０１）を有する３つのＴＣＲバリアントが発見され、それらのマウス化版を調製した。図２５Ａ〜２５Ｂは、調製及び検証した２６個のＴＣＲ構築物を示す。ＲＧＳ５のアミノ酸１６〜３０及びＨＰＶ１８−Ｅ７のアミノ酸８４〜１０２などの同じエピトープを認識する複数のＴＣＲが発見された。ＴＣＲ構築物の検証アッセイ結果を図２６Ａ〜３５Ｇに示す。
【０３９７】
ＴＣＲ発現アッセイ
染色されたＴＣＲ  Ｖβ鎖を検出したＦＡＣＳアッセイを使用して、ＴＣＲ発現を評価した。簡潔に述べると、ＴＣＲ移入Ｔ細胞を収集し、１０ｍＬのＰＢＳ（２％のウシ胎児血清を含有する）を添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。細胞ペレットを再懸濁し、ＰＢＳ（２％のウシ胎児血清を含有する）を添加することにより、約２×１０６細胞／ｍＬに調整した。１００μＬ／試料の細胞懸濁液を収集し、ＴＣＲ  Ｖβ鎖表面染色に使用し、ＦＡＣＳによって検出した。
【０３９８】
ＬＣＬ刺激アッセイ
次のようにＬＣＬ刺激アッセイを行った。まず、ＬＣＬにペプチドを負荷し、ＬＣＬを１５ｍＬの管に収集し、１０ｍＬのＰＢＳを添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。細胞ペレットを培養培地（１０％のＦＢＳを含有するＲＰＭＩ１６４０）に再懸濁し、１×１０６細胞／ｍＬに調整した。腫瘍抗原ペプチドを５μｇ／ｍＬの最終濃度になるまでＬＣＬに添加し、インキュベータ内で８〜２４時間インキュベートした。次いで、次のように、ＴＣＲ−Ｔ細胞をペプチド負荷ＬＣＬで刺激した。ペプチド負荷ＬＣＬを収集し、１０ｍＬのＰＢＳを添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。ＬＣＬを再懸濁し、ＡＩＭ−Ｖ培地（１０％のウシ胎児血清を含有する）を添加することにより、１×１０６細胞／ｍＬまたは１×１０５細胞／ｍＬに調整した。ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞を収集し、１０ｍＬのＰＢＳを添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。次いで、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞を再懸濁し、ＡＩＭ−Ｖ培地（１０％のウシ胎児血清を含有する）を添加することにより、２×１０６細胞／ｍＬまたは５×１０５細胞／ｍＬに調整した。１００μＬ／ウェルのＬＣＬ（１×１０６細胞／ｍＬ）及び１００μＬ／ウェルのＴＣＲ形質導入Ｔ細胞（２×１０６ウェル／ｍＬ）を、９６ウェルプレート中で混合した。ブレフェルジンＡ（３μｇ／ｍＬの最終濃度）をウェルに加え、４時間インキュベートした。４時間後、細胞を収集し、細胞内ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−α染色に使用し、ＦＡＣＳによって検出した。ＩＦＮ−γのＥＬＩＳＡ検出のために、１００μＬ／ウェルのＬＣＬ（１×１０５細胞／ｍＬ）及び１００μＬ／ウェルのＴＣＲ形質導入Ｔ細胞（５×１０５細胞／ｍＬ）を、９６ウェルプレート中で混合し、インキュベータ内で２４時間インキュベートした。２４時間後、９６ウェルプレートのウェル１つ当たり１７５μＬの上清を収集し、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキットを使用したＩＦＮ−γのＥＬＩＳＡ検出に使用した。
【０３９９】
ＨＬＡブロッキングアッセイ
次のようにＨＬＡブロッキングアッセイを行った。ペプチド負荷ＬＣＬをＬＣＬ刺激後に収集し、１０ｍＬのＰＢＳを添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。細胞ペレットを再懸濁し、ＡＩＭ−Ｖ培地（１０％のウシ胎児血清を含有する）を添加することにより、１×１０５細胞／ｍＬに調整した。１００μＬ／ウェルの細胞懸濁液を９６ウェルプレートに加え、ＨＬＡブロッキング抗体を適切なウェルに加え（５０μｇ／ｍＬの最終濃度）、インキュベータ内で２時間インキュベートした。ＴＣＲ移入Ｔ細胞を収集し、１０ｍＬのＰＢＳを添加することによって洗浄し、５分間３５０ｇで遠心分離し、上清を完全に吸引した。細胞ペレットを収集し、ＡＩＭ−Ｖ培地（１０％のウシ胎児血清を含有する）を添加することにより、５×１０５細胞／ｍＬに調整した。１００μＬ／ウェルのＴＣＲ形質導入細胞懸濁液を対応するウェルに加え、ＬＣＬと混合し、インキュベータ内で２４時間インキュベートした。２４時間後、９６ウェルプレートのウェル１つ当たり１７５μＬの上清を収集し、ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキットを使用したＩＦＮ−γのＥＬＩＳＡ検出に供した。
【０４００】
ＨＬＡ制限アッセイ
ＨＬＡ制限アッセイでは、様々なＨＬＡ−ＩＩ遺伝子型を有する異なるドナーのＬＣＬ（表４）にペプチドを負荷して、ＴＣＲ−Ｔを刺激した。残りのステップは、ＬＣＬ刺激アッセイと同じであった。
【表４】
2021520849.tif 000009
【０４０１】
ヒトＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ
１日目に、高タンパク質結合ＥＬＩＳＡプレートを抗体１−Ｄ１Ｋ（ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキット）でコーティングし、５０μＬ／ウェルを添加することにより、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）中で２μｇ／ｍＬに希釈し、４℃で一晩インキュベートした。２日目に、プレートをＰＢＳ（２００μＬ／ウェル）で２回洗浄した。２００μＬ／ウェルの培養培地を添加することによってプレートをブロッキングし、室温（ＲＴ）で１時間インキュベートした。０．５μｇ／ｍＬの濃度まで１％のＢＳＡを含む２ｍＬのＰＢＳ中でヒトＩＦＮ−γ標準物質（ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキット）を調製し、室温で１５分間放置し、次いで管をボルテックスした。５０μＬ／ウェルの試料または標準物質を培養培地中に希釈し、室温で２時間インキュベートした。試料及び標準プローブを二連で試験した。０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標）  ２０を含有するＰＢＳでプレートを５回洗浄した。５０μＬ／ウェルの抗体７−Ｂ６−１−ビオチン（ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキット）をＰＢＳ中１μｇ／ｍＬで添加し、室温で１時間インキュベートし、洗浄した。ＰＢＳ中１：１０００に希釈した５０μＬ／ウェルのストレプトアビジン−ＨＲＰ（ＩＦＮ−γ  ＥＬＩＳＡ  ＨＲＰキット）を添加し、室温で１時間インキュベートし、洗浄した。１００μＬ／ウェルのＴＭＢ基質溶液を添加し、ウェル中の溶液が青色に見えるようになるまで、室温で１５〜３０分間にわたって暗所でインキュベートした。５０μＬ／ウェルの停止液を添加して、酵素反応を停止させた。溶液の色が青色から黄色に変化した。光学密度を４５０ｎｍにおいてＥＬＩＳＡリーダーで測定した。
【０４０２】
実施例５：ＭＡＳＣＴで処置された患者からの腫瘍特異的Ｔ細胞の２ラウンドの増幅
患者ＳＭＺは、転移性肺癌と診断され、一般的な腫瘍抗原ペプチド（ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＤＣＡ１、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＲＧＳ５、ＣＣＮＤ１、ＭＵＣ１、Ｈｅｒ２、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ３、ＷＴ−１）及びネオ抗原ペプチド（ＳＭＸ−１、ＳＭＸ−２、及びＳＭＸ−３）のプールが負荷されたＤＣを使用して調製された活性化Ｔ細胞を用いた、５サイクルの改良型ＭＡＳＣＴ処置（ＰＣＴ／ＣＮ２０１８／０８１３３８及びＰＣＴ／ＣＮ２０１９／０８０５３５を参照されたい）を受けた。図３６の上パネルは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける改良型ＭＡＳＣＴの５回目のサイクルの後の、同患者のＰＢＭＣ試料による抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。特に、４種の腫瘍抗原、ｈＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ１、及びＷＴ−１は、強力な免疫応答を誘導した。同患者をその後、改良型ＭＡＳＣＴの追加のサイクル（サイクル６）で処置した。図３６の下パネルは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける改良型ＭＡＳＣＴの６回目のサイクルの後の、同患者のＰＢＭＣ試料による抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイでは、抗原ｈＴＥＲＴ、ＣＣＮＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ１、及びＷＴ−１に対応する腫瘍抗原ペプチドサブプールのそれぞれにおける単一ペプチドを使用して、抗原特異的免疫応答を検出し、免疫優性腫瘍抗原ペプチドを識別した。ペプチドｈＴＥＲＴ−１及びｈＴＥＲＴ−２は、特に強力な免疫応答を示した。
【０４０３】
患者ＳＭＺからＰＢＭＣ試料を得て、２ラウンドプロトコールを使用して腫瘍特異的Ｔ細胞を調製した。
【０４０４】
ラウンド１
図３７は、この実施例で使用した腫瘍特異的Ｔ細胞の調製のラウンド１のプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、１日目に、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、患者由来の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得た。１０００Ｕ／ｍＬのＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬのＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で付着性単球を継続的に培養して、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。結果として得られた未熟ＤＣに、ｈＴＥＲＴに由来する２種の腫瘍抗原ペプチド（すなわち、ｈＴＥＲＴ１及びｈＴＥＲＴ２、１μｇ／ｍＬ／ペプチド）を含むペプチドプールをパルシングし、次いでＤＣ成熟培地中で培養して、成熟ＤＣに分化させた。８日目、ＰＢＭＣをペプチドプールで刺激した。９日目、ＩＦＮγ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ−ｃｅｌｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、刺激したＰＢＭＣからＩＦＮγ＋Ｔ細胞集団を単離した。９日目、ＩＬ−２及び抗ＰＤ−１抗体を含有する培地中で、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞を抗原負荷成熟ＤＣと共培養した。１１日目、ペプチドプールまたは個々のペプチドそれぞれをパルシングしたＰＢＭＣで、共培養物を刺激した。１２日目、ＩＦＮγ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ−ｃｅｌｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞集団を単離した。一方で、抗原が負荷された成熟ＤＣ（「ＤＣ刺激」）またはＰＢＭＣ（「ＰＢＭＣ刺激」）を調製し、ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と共培養した。１４日目に、抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ３）及びＩＬ−２（少なくとも約２０００ＩＵ／ｍＬ）を共培養物に添加し、これを３１日目まで継続的に培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を得た。
【０４０５】
実施例２に記載の方法により、１日目（ＰＢＭＣ）、９日目（ＩＦＮγ濃縮前）、１２日目（ＩＦＮγ濃縮後）、ならびに２３、２９、及び３０日目（ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷ＤＣまたはＰＢＭＣの共培養物）の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。図３８Ａに示すように、抗原負荷ＤＣまたはＰＢＭＣを用いるプロトコールは、同様のＴ細胞増殖結果をもたらした。
【０４０６】
様々な共培養物試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを、実施例２に記載の方法によって判定した。図３８Ｂは、濃縮ステップ後の様々なＴ細胞集団のパーセンテージを示す。図３９Ａ〜３９Ｅは、腫瘍抗原ペプチドプールまたは個々の抗原ペプチドによる刺激に応じた、ＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞、ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋細胞、及びＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋細胞を評価することにより判定された、２３日目及び３０日目における細胞試料中の様々な腫瘍特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを比較する。抗原負荷ＤＣとの共培養は、最も高いパーセンテージの腫瘍特異的Ｔ細胞をもたらした。図３９Ｆに示すように、３０日目の試料におけるＩＦＮγ＋ＣＤ４＋細胞の９８．６％は、ＣＣＲ７−ＣＤ４５ＲＯ−エフェクターＴ細胞である。
【０４０７】
ラウンド２
図４０は、この実施例で使用した腫瘍特異的Ｔ細胞の調製のラウンド２のプロトコールの概要を提供する。簡潔に述べると、１日目に、サイトカインカクテル（ＩＬ−２、ＩＬ−７、及びＩＬ−１５）及び抗ＰＤ−１抗体を含む培地中で、ラウンド１の腫瘍特異的Ｔ細胞を培養した。ｈＴＥＲＴ−２ペプチドが負荷されたＰＢＭＣまたは成熟ＤＣを調製した。腫瘍特異的Ｔ細胞と、抗原負荷ＤＣまたはＰＢＭＣとを、Ｔ細胞とＰＢＭＣとの比を１：３、１：１、もしくは３：１として、またはＴ細胞とＤＣとの比を３：１及び１：１として共培養した。３日目に、抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ３）及びＩＬ−２を共培養物に添加し、これを８日目まで継続的に培養して、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を得た。
【０４０８】
実施例２に記載の方法により、１日目（ラウンド１の腫瘍特異的Ｔ細胞）、及び８日目（ＩＦＮγ＋Ｔ細胞と抗原負荷ＤＣまたはＰＢＭＣの共培養物）の細胞試料を使用して、細胞増殖を評価した。様々な共培養物試料中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞によるＩＦＮγ生成レベルを、実施例２に記載の方法によって判定した。図４１Ａに示すように、抗原負荷ＤＣとの共培養は、８日目に最も高い数のＴ細胞及び最も高いパーセンテージの腫瘍特異的Ｔ細胞をもたらした。
【０４０９】
図４１Ｂ〜４１Ｃは、ｈＴＥＲＴ２抗原ペプチドによる刺激に応じた、ＩＦＮγ＋ＣＤ３＋細胞及びＩＦＮγ＋ＴＮＦα＋細胞を評価することにより判定された、８日目における細胞試料中の様々な腫瘍特異的Ｔ細胞集団のパーセンテージを比較する。ＤＣのＴ細胞に対する比を３：１とした抗原負荷ＤＣとの共培養は、最も高いパーセンテージの腫瘍特異的Ｔ細胞をもたらした。
【０４１０】
図４２は、ラウンド１の１日目及び３０日目、ならびに３８日目、すなわちラウンド２の８日目における、Ｔ細胞及び腫瘍特異的Ｔ細胞の数を示す。２ラウンドプロトコールは、腫瘍特異的Ｔ細胞を増幅するのに効果的である。ラウンド２の抗原負荷ＤＣによる刺激は、抗原負荷ＰＢＭＣによる刺激よりも高い数のＴ細胞及び高いパーセンテージの腫瘍特異的Ｔ細胞をもたらした。ラウンド１の終了時に得られた腫瘍特異的Ｔ細胞は、エフェクターＴ細胞である。
配列表
ＴＣＲαまたはＴＣＲβ鎖のアミノ酸配列の下線部は、ＣＤＲ配列である。
配列番号１（ＣＥＡ配列）
YGPDTPIISPPDSSYLSGANLNLSCHSASNPSPQYSWRINGIPQQHTQVLFIAKIQPNNNGTYACFVSNLATGRNNSIVKSITVSASGTS
配列番号２（ＲＧＳ−５配列）
MCKGLAALPHSCLERAKEIKIKLGILLQKPDSVGDLVIPYNEKPEKPAKT
配列番号３（ＨＰＶ１８−Ｅ７配列）
MHGPKATLQDIVLHLEPQNEIPVDLLCHEQLSDSEEENDEIDGVNHQHLPARRAEPQRHTMLCMCCKCEARIKLVVESSADDLRAFQQLFLNTLSFVCPWCASQQ
配列番号４（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CIGPFGNEKLTF
配列番号５（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
MRLVARVTVFLTFGTIIDAKTTQPPSMDCAEGRAANLPCNHSTISGNEYVYWYRQIHSQGPQYIIHGLKNNETNEMASLIITEDRKSSTLILPHATLRDTAVYYCIGPFGNEKLTFGTGTRLTIIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号６（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAGGCTGGTGGCAAGAGTAACTGTGTTTCTGACCTTTGGAACTATAATTGATGCTAAGACCACCCAGCCCCCCTCCATGGATTGCGCTGAAGGAAGAGCTGCAAACCTGCCTTGTAATCACTCTACCATCAGTGGAAATGAGTATGTGTATTGGTATCGACAGATTCACTCCCAGGGGCCACAGTATATCATTCATGGTCTAAAAAACAATGAAACCAATGAAATGGCCTCTCTGATCATCACAGAAGACAGAAAGTCCAGCACCTTGATCCTGCCCCACGCTACGCTGAGAGACACTGCTGTGTACTATTGCATCGGCCCCTTTGGAAATGAGAAATTAACCTTTGGGACTGGAACAAGACTCACCATCATACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号７（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSLDRTVYGYTF
配列番号８（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
MDTRVLCCAVICLLGAGLSNAGVMQNPRHLVRRRGQEARLRCSPMKGHSHVYWYRQLPEEGLKFMVYLQKENIIDESGMPKERFSAEFPKEGPSILRIQQVVRGDSAAYFCASSLDRTVYGYTFGSGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
配列番号９（ＣＥＡクローン１  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGACACCAGAGTACTCTGCTGTGCGGTCATCTGTCTTCTGGGGGCAGGTCTCTCAAATGCCGGCGTCATGCAGAACCCAAGACACCTGGTCAGGAGGAGGGGACAGGAGGCAAGACTGAGATGCAGCCCAATGAAAGGACACAGTCATGTTTACTGGTATCGGCAGCTCCCAGAGGAAGGTCTGAAATTCATGGTTTATCTCCAGAAAGAAAATATCATAGATGAGTCAGGAATGCCAAAGGAACGATTTTCTGCTGAATTTCCCAAAGAGGGCCCCAGCATCCTGAGGATCCAGCAGGTAGTGCGAGGAGATTCGGCAGCTTATTTCTGTGCCAGCTCACTGGACAGGACCGTCTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号１０（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CALSGGANAGKSTF
配列番号１１（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
MKPTLISVLVIIFILRGTRAQRVTQPEKLLSVFKGAPVELKCNYSYSGSPELFWYVQYSR
QRLQLLLRHISRESIKGFTADLNKGETSFHLKKPFAQEEDSAMYYCALSGGANAGKSTFGDGTTLTVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号１２（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAAGCCCACCCTCATCTCAGTGCTTGTGATAATATTTATACTCAGAGGAACAAGAGCCCAGAGAGTGACTCAGCCCGAGAAGCTCCTCTCTGTCTTTAAAGGGGCCCCAGTGGAGCTGAAGTGCAACTATTCCTATTCTGGGAGTCCTGAACTCTTCTGGTATGTCCAGTACTCCAGACAACGCCTCCAGTTACTCTTGAGACACATCTCTAGAGAGAGCATCAAAGGCTTCACTGCTGACCTTAACAAAGGCGAGACATCTTTCCACCTGAAGAAACCATTTGCTCAAGAGGAAGACTCAGCCATGTATTACTGTGCTCTAAGTGGCGGAGCCAATGCAGGCAAATCAACCTTTGGGGATGGGACTACGCTCACTGTGAAGCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号１３（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSELGNTIYF
配列番号１４（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
MDTWLVCWAIFSLLKAGLTEPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRCVPISNHLYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQFSVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSAMYFCASSELGNTI
YFGEGSWLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
配列番号１５（ＣＥＡクローン２  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGATACCTGGCTCGTATGCTGGGCAATTTTTAGTCTCTTGAAAGCAGGACTCACAGAACCTGAAGTCACCCAGACTCCCAGCCATCAGGTCACACAGATGGGACAGGAAGTGATCTTGCGCTGTGTCCCCATCTCTAATCACTTATACTTCTATTGGTACAGACAAATCTTGGGGCAGAAAGTCGAGTTTCTGGTTTCCTTTTATAATAATGAAATCTCAGAGAAGTCTGAAATATTCGATGATCAATTCTCAGTTGAAAGGCCTGATGGATCAAATTTCACTCTGAAGATCCGGTCCACAAAGCTGGAGGACTCAGCCATGTACTTCTGTGCCAGCAGTGAACTAGGAAACACCATATATTTTGGAGAGGGAAGTTGGCTCACTGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号１６（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CAAHADYKLSF
配列番号１７（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
MDKILGASFLVLWLQLCWVSGQQKEKSDQQQVKQSPQSLIVQKGGISIINCAYENTAFDYFPWYQQFPGKGPALLIAIRPDVSEKKEGRFTISFNKSAKQFSLHIMDSQPGDSATYFCAAHADYKLSFGAGTTVTVRANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号１８（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGGACAAGATCTTAGGAGCATCATTTTTAGTTCTGTGGCTTCAACTATGCTGGGTGAGTGGCCAACAGAAGGAGAAAAGTGACCAGCAGCAGGTGAAACAAAGTCCTCAATCTTTGATAGTCCAGAAAGGAGGGATTTCAATTATAAACTGTGCTTATGAGAACACTGCGTTTGACTACTTTCCATGGTACCAACAATTCCCTGGGAAAGGCCCTGCATTATTGATAGCCATACGTCCAGATGTGAGTGAAAAGAAAGAAGGAAGATTCACAATCTCCTTCAATAAAAGTGCCAAGCAGTTCTCATTGCATATCATGGATTCCCAGCCTGGAGACTCAGCCACCTACTTCTGTGCAGCACACGCCGACTACAAGCTCAGCTTTGGAGCCGGAACCACAGTAACTGTAAGAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号１９（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSLDRATNEKLFF
配列番号２０（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
MDTRVLCCAVICLLGAGLSNAGVMQNPRHLVRRRGQEARLRCSPMKGHSHVYWYRQLPEEGLKFMVYLQKENIIDESGMPKERFSAEFPKEGPSILRIQQVVRGDSAAYFCASSLDRATNEKLFFGSGTQLSVLEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
配列番号２１（ＣＥＡクローン３  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGACACCAGAGTACTCTGCTGTGCGGTCATCTGTCTTCTGGGGGCAGGTCTCTCAAATGCCGGCGTCATGCAGAACCCAAGACACCTGGTCAGGAGGAGGGGACAGGAGGCAAGACTGAGATGCAGCCCAATGAAAGGACACAGTCATGTTTACTGGTATCGGCAGCTCCCAGAGGAAGGTCTGAAATTCATGGTTTATCTCCAGAAAGAAAATATCATAGATGAGTCAGGAATGCCAAAGGAACGATTTTCTGCTGAATTTCCCAAAGAGGGCCCCAGCATCCTGAGGATCCAGCAGGTAGTGCGAGGAGATTCGGCAGCTTATTTCTGTGCCAGCTCTCTTGACAGGGCGACAAATGAAAAACTGTTTTTTGGCAGTGGAACCCAGCTCTCTGTCTTGGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号２２（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CALNNDYKLSF
配列番号２３（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
MACPGFLWALVISTCLEFSMAQTVTQSQPEMSVQEAETVTLSCTYDTSESDYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDAAMYFCALNNDYKLSFGAGTTVTVRANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号２４（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGGCATGCCCTGGCTTCCTGTGGGCACTTGTGATCTCCACCTGTCTTGAATTTAGCATGGCTCAGACAGTCACTCAGTCTCAACCAGAGATGTCTGTGCAGGAGGCAGAGACCGTGACCCTGAGCTGCACATATGACACCAGTGAGAGTGATTATTATTTATTCTGGTACAAGCAGCCTCCCAGCAGGCAGATGATTCTCGTTATTCGCCAAGAAGCTTATAAGCAACAGAATGCAACAGAGAATCGTTTCTCTGTGAACTTCCAGAAAGCAGCCAAATCCTTCAGTCTCAAGATCTCAGACTCACAGCTGGGGGATGCCGCGATGTATTTCTGTGCCCTTAATAACGACTACAAGCTCAGCTTTGGAGCCGGAACCACAGTAACTGTAAGAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号２５（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSDKGFDEQFF
配列番号２６（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
MSNQVLCCVVLCFLGANTVDGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASSDKGFDEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
配列番号２７（ＲＳＧ５クローン１  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTCTGTGCCAGTAGTGATAAGGGGTTTGATGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号２８（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CIVRAWYNNNDMRF
配列番号２９（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１】
2021520849.tif 000010
配列番号３０（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAGGCTGGTGGCAAGAGTAACTGTGTTTCTGACCTTTGGAACTATAATTGATGCTAAGACCACCCAGCCCCCCTCCATGGATTGCGCTGAAGGAAGAGCTGCAAACCTGCCTTGTAATCACTCTACCATCAGTGGAAATGAGTATGTGTATTGGTATCGACAGATTCACTCCCAGGGGCCACAGTATATCATTCATGGTCTAAAAAACAATGAAACCAATGAAATGGCCTCTCTGATCATCACAGAAGACAGAAAGTCCAGCACCTTGATCCTGCCCCACGCTACGCTGAGAGACACTGCTGTGTACTATTGCATCGTCAGAGCTTGGTACAATAACAATGACATGCGCTTTGGAGCAGGGACCAGACTGACAGTAAAACCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号３１（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASRDTEAFF
配列番号３２（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２】
2021520849.tif 000011
配列番号３３（ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTGGGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGATATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGCAATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAGATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAATAACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATCCAGCCTGCAAAGCTTGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAGGGACACTGAAGCTTTCTTTGGACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号３４（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CVVNMRDSSYKLIF
配列番号３５（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３】
2021520849.tif 000012
配列番号３６（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAATGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGTGGTGAACATGAGGGATAGCAGCTATAAATTGATCTTCGGGAGTGGGACCAGACTGCTGGTCAGGCCTGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号３７（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CSAHERITDTQYF
配列番号３８（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化４】
2021520849.tif 000013
配列番号３９（ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAAAAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCCCATGAGCGGATCACAGATACGCAGTATTTTGGCCCAGGCACCCGGCTGACAGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号４０（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CVVNMKDSSYKLIF
配列番号４１（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化５】
2021520849.tif 000014
配列番号４２（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAATGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGTGGTGAACATGAAGGATAGCAGCTATAAATTGATCTTCGGGAGTGGGACCAGACTGCTGGTCAGGCCTGATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号４３（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CSALEGTSGKETQYF
配列番号４４（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化６】
2021520849.tif 000015
配列番号４５（ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAAAAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTTTAGAGGGGACTAGCGGGAAAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号４６（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CAGPGNQFYF
配列番号４７（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化７】
2021520849.tif 000016
配列番号４８（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTACTCATCACATCAATGTTGGTCTTATGGATGCAATTGTCACAGGTGAATGGACAACAGGTAATGCAAATTCCTCAGTACCAGCATGTACAAGAAGGAGAGGACTTCACCACGTACTGCAATTCCTCAACTACTTTAAGCAATATACAGTGGTATAAGCAAAGGCCTGGTGGACATCCCGTTTTTTTGATACAGTTAGTGAAGAGTGGAGAAGTGAAGAAGCAGAAAAGACTGACATTTCAGTTTGGAGAAGCAAAAAAGAACAGCTCCCTGCACATCACAGCCACCCAGACTACAGATGTAGGAACCTACTTCTGTGCAGGGCCCGGTAACCAGTTCTATTTTGGGACAGGGACAAGTTTGACGGTCATTCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号４９（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSSWDRDQPQHF
配列番号５０（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化８】
2021520849.tif 000017
配列番号５１（ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCATCGGCCTCCTGTGCTGTGCAGCCTTGTCTCTCCTGTGGGCAGGTCCAGTGAATGCTGGTGTCACTCAGACCCCAAAATTCCAGGTCCTGAAGACAGGACAGAGCATGACACTGCAGTGTGCCCAGGATATGAACCATGAATACATGTCCTGGTATCGACAAGACCCAGGCATGGGGCTGAGGCTGATTCATTACTCAGTTGGTGCTGGTATCACTGACCAAGGAGAAGTCCCCAATGGCTACAATGTCTCCAGATCAACCACAGAGGATTTCCCGCTCAGGCTGCTGTCGGCTGCTCCCTCCCAGACATCTGTGTACTTCTGTGCCAGCAGTTCATGGGACAGGGATCAGCCCCAGCATTTTGGTGATGGGACTCGACTCTCCATCCTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号５２（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CALSALPYNQGGKLIF
配列番号５３（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化９】
2021520849.tif 000018
配列番号５４（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲα鎖核酸配列）ATGAAGCCCACCCTCATCTCAGTGCTTGTGATAATATTTATACTCAGAGGAACAAGAGCCCAGAGAGTGACTCAGCCCGAGAAGCTCCTCTCTGTCTTTAAAGGGGCCCCAGTGGAGCTGAAGTGCAACTATTCCTATTCTGGGAGTCCTGAACTCTTCTGGTATGTCCAGTACTCCAGACAACGCCTCCAGTTACTCTTGAGACACATCTCTAGAGAGAGCATCAAAGGCTTCACTGCTGACCTTAACAAAGGCGAGACATCTTTCCACCTGAAGAAACCATTTGCTCAAGAGGAAGACTCAGCCATGTATTACTGTGCTCTAAGTGCCCTCCCCTATAACCAGGGAGGAAAGCTTATCTTCGGACAGGGAACGGAGTTATCTGTGAAACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号５５（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CAWARSRELFF
配列番号５６（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化１０】
2021520849.tif 000019
配列番号５７（ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTCTGCTCTCTCCTTGCCCTTCTCCTGGGCACTTTCTTTGGGGTCAGATCTCAGACTATTCATCAATGGCCAGCGACCCTGGTGCAGCCTGTGGGCAGCCCGCTCTCTCTGGAGTGCACTGTGGAGGGAACATCAAACCCCAACCTATACTGGTACCGACAGGCTGCAGGCAGGGGCCTCCAGCTGCTCTTCTACTCCGTTGGTATTGGCCAGATCAGCTCTGAGGTGCCCCAGAATCTCTCAGCCTCCAGACCCCAGGACCGGCAGTTCATCCTGAGTTCTAAGAAGCTCCTTCTCAGTGACTCTGGCTTCTATCTCTGTGCCTGGGCGAGGAGCAGGGAGCTGTTTTTTGGAGAAGGCTCTAGGCTGACCGTACTGGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号５８（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CAFYAGNNRKLIW
配列番号５９（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１１】
2021520849.tif 000020
配列番号６０（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCACTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGTTTCTCTCAACTGCACTTACAGCAACAGTGCTTTTCAATACTTCATGTGGTACAGACAGTATTCCAGAAAAGGCCCTGAGTTGCTGATGTACACATACTCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCATTCTATGCTGGCAACAACCGTAAGCTGATTTGGGGATTGGGAACAAGCCTGGCAGTAAATCCGAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号６１（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSIDPATSHEQFF
配列番号６２（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化１２】
2021520849.tif 000021
配列番号６３（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン１  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTCTGTGCCAGTAGTATAGATCCGGCGACTAGTCATGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号６４（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CALSGRRDDMRF
配列番号６５（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
MKPTLISVLVIIFILRGTRAQRVTQPEKLLSVFKGAPVELKCNYSYSGSPELFWYVQYSR
QRLQLLLRHISRESIKGFTADLNKGETSFHLKKPFAQEEDSAMYYCALSGRRDDMRFGAGTRLTVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号６６（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAAGCCCACCCTCATCTCAGTGCTTGTGATAATATTTATACTCAGAGGAACAAGAGCCCAGAGAGTGACTCAGCCCGAGAAGCTCCTCTCTGTCTTTAAAGGGGCCCCAGTGGAGCTGAAGTGCAACTATTCCTATTCTGGGAGTCCTGAACTCTTCTGGTATGTCCAGTACTCCAGACAACGCCTCCAGTTACTCTTGAGACACATCTCTAGAGAGAGCATCAAAGGCTTCACTGCTGACCTTAACAAAGGCGAGACATCTTTCCACCTGAAGAAACCATTTGCTCAAGAGGAAGACTCAGCCATGTATTACTGTGCTCTAAGTGGCCGTCGGGATGACATGCGCTTTGGAGCAGGGACCAGACTGACAGTAAAACCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号６７（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSFRGDEQFF
配列番号６８（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
MGTSLLCWMALCLLGADHADTGVSQNPRHKITKRGQNVTFRCDPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRFSAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSFRGDEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
配列番号６９（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン２  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTGGGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGAACCCCAGACACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGTGATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAGACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAATGAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTCTCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATCCAGCGCACAGAGCAGGGGGACTCGGCCATGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTCAGGGGAGACGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号７０（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CAMSPRSGYALNF
配列番号７１（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１３】
2021520849.tif 000022
配列番号７２（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCACTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGTTTCTCTCAACTGCACTTACAGCAACAGTGCTTTTCAATACTTCATGTGGTACAGACAGTATTCCAGAAAAGGCCCTGAGTTGCTGATGTACACATACTCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAGCCCTCGGAGCGGGTATGCACTCAACTTCGGCAAAGGCACCTCGCTGTTGGTCACACCCCATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号７３（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSMDAALGEKLFF
配列番号７４（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化１４】
2021520849.tif 000023
配列番号７５（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン３  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTCTGTGCCAGTAGTATGGACGCCGCCTTGGGTGAAAAACTGTTTTTTGGCAGTGGAACCCAGCTCTCTGTCTTGGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号７６（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CALRSGGSNYKLTF
配列番号７７（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１５】
2021520849.tif 000024
配列番号７８（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAACTATTCTCCAGGCTTAGTATCTCTGATACTCTTACTGCTTGGAAGAACCCGTGGAAATTCAGTGACCCAGATGGAAGGGCCAGTGACTCTCTCAGAAGAGGCCTTCCTGACTATAAACTGCACGTACACAGCCACAGGATACCCTTCCCTTTTCTGGTATGTCCAATATCCTGGAGAAGGTCTACAGCTCCTCCTGAAAGCCACGAAGGCTGATGACAAGGGAAGCAACAAAGGTTTTGAAGCCACATACCGTAAAGAAACCACTTCTTTCCACTTGGAGAAAGGCTCAGTTCAAGTGTCAGACTCAGCGGTGTACTTCTGTGCTCTGAGGAGTGGAGGTAGCAACTATAAACTGACATTTGGAAAAGGAACTCTCTTAACCGTGAATCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号７９（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSVEWGTYEQYF
配列番号８０（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化１６】
2021520849.tif 000025
配列番号８１（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン４  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAGCACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGCTCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAGAGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAATGGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCCGCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGCTCTCTGGAGCTGGGGGACTCAGCTTTGTATTTCTGTGCCAGCAGCGTAGAATGGGGTACCTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号８２（ＲＧＳ５エピトープ１）
AKEIKIKLGILLQKP
配列番号８３（ＲＧＳ５エピトープ２）
MCKGLAALPHSCLERAKEIKIKLGILLQKP
配列番号８４（ＨＰＶ１８  Ｅ７エピトープ１）
ADDLRAFQQLFLNTL
配列番号８５（ＨＰＶ１８  Ｅ７エピトープ２）
RAFQQLFLNTLSFVCPWCA
配列番号８６（ＨＰＶ１８  Ｅ７エピトープ３）
VESSADDLRAFQQLFLNTLSFVCPWCASQQ
配列番号８７（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CAVYQGAQKLVF
配列番号８８（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１７】
2021520849.tif 000026
配列番号８９（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTCCTGGAGCTTATCCCACTGCTGGGGATACATTTTGTCCTGAGAACTGCCAGAGCCCAGTCAGTGACCCAGCCTGACATCCACATCACTGTCTCTGAAGGAGCCTCACTGGAGTTGAGATGTAACTATTCCTATGGGGCAACACCTTATCTCTTCTGGTATGTCCAGTCCCCCGGCCAAGGCCTCCAGCTGCTCCTGAAGTACTTTTCAGGAGACACTCTGGTTCAAGGCATTAAAGGCTTTGAGGCTGAATTTAAGAGGAGTCAATCTTCCTTCAACCTGAGGAAACCCTCTGTGCATTGGAGTGATGCTGCTGAGTACTTCTGTGCTGTGTATCAGGGAGCCCAGAAGCTGGTATTTGGCCAAGGAACCAGGCTGACTATCAACCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号９０（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CSAPWLAGLYNEQFF
配列番号９１（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化１８】
2021520849.tif 000027
配列番号９２（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン５  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTCCGTGGCTAGCGGGGTTGTACAATGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号９３（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲα  ＣＤＲ３）
CVVSAIGYSSASKIIF
配列番号９４（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化１９】
2021520849.tif 000028
配列番号９５（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACTCTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGACAGCCACGTCTCTGTCTCTGAAGGAACCCCGGTGCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCTTCTTATTCACCATCTCTCTTCTGGTATGTGCAACACCCCAACAAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGTACACATCAGCGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAGAGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGACGCGGCTGAGTACTTCTGTGTTGTGAGTGCCATTGGGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATCTTTGGATCAGGGACCAGACTCAGCATCCGGCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC
配列番号９６（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲβ  ＣＤＲ３）
CASSLVAGGPAETQYF
配列番号９７（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２０】
2021520849.tif 000029
配列番号９８（ＨＰＶ１８−Ｅ７クローン６  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTGGGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGAACCCCAGACACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGTGATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAGACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAATGAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTCTCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATCCAGCGCACAGAGCAGGGGGACTCGGCCATGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTAGTTGCGGGAGGGCCCGCAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号９９（Ｐ２Ａアミノ酸配列）
GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP
配列番号１００（Ｐ２Ａ核酸配列）
GGAAGCGGCGCCACGAACTTCTCTCTGTTAAAGCAAGCAGGAGACGTGGAAGAAAACCCCGGTCCC
配列番号１０１（リーダーアミノ酸配列）
MEAVVTTLPREGGVRPSRK
配列番号１０２（リーダー核酸配列）
ATGGAGGCAGTGGTCACAACTCTCCCCAGAGAAGGTGGTGTGAGGCCATCACGGAAG
配列番号１０３（マウス化ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化２１】
2021520849.tif 000030
配列番号１０４（マウス化ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAGGCTGGTGGCAAGAGTAACTGTGTTTCTGACCTTTGGAACTATAATTGATGCTAAGACCACCCAGCCCCCCTCCATGGATTGCGCTGAAGGAAGAGCTGCAAACCTGCCTTGTAATCACTCTACCATCAGTGGAAATGAGTATGTGTATTGGTATCGACAGATTCACTCCCAGGGGCCACAGTATATCATTCATGGTCTAAAAAACAATGAAACCAATGAAATGGCCTCTCTGATCATCACAGAAGACAGAAAGTCCAGCACCTTGATCCTGCCCCACGCTACGCTGAGAGACACTGCTGTGTACTATTGCATCGTCAGAGCTTGGTACAATAACAATGACATGCGCTTTGGAGCAGGGACCAGACTGACAGTAAAACCAAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１０５（マウス化ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２２】
2021520849.tif 000031
配列番号１０６（マウス化ＲＳＧ５クローン２  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTGGGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGATATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGCAATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAGATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAATAACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATCCAGCCTGCAAAGCTTGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAGGGACACTGAAGCTTTCTTTGGACAAGGCACCAGACTCACAGTTGTAGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１０７（マウス化ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化２３】
2021520849.tif 000032
配列番号１０８（マウス化ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAATGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGTGGTGAACATGAGGGATAGCAGCTATAAATTGATCTTCGGGAGTGGGACCAGACTGCTGGTCAGGCCTGATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１０９（マウス化ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２４】
2021520849.tif 000033
配列番号１１０（マウス化ＲＳＧ５クローン３  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAAAAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCCCATGAGCGGATCACAGATACGCAGTATTTTGGCCCAGGCACCCGGCTGACAGTGCTCGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１１１（マウス化ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化２５】
2021520849.tif 000034
配列番号１１２（マウス化ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAATGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGTGGTGAACATGAAGGATAGCAGCTATAAATTGATCTTCGGGAGTGGGACCAGACTGCTGGTCAGGCCTGATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１１３（マウス化ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２６】
2021520849.tif 000035
配列番号１１４（マウス化ＲＳＧ５クローン４  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCAGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAAAAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTTTAGAGGGGACTAGCGGGAAAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１１５（マウス化ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化２７】
2021520849.tif 000036
配列番号１１６（マウス化ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTACTCATCACATCAATGTTGGTCTTATGGATGCAATTGTCACAGGTGAATGGACAACAGGTAATGCAAATTCCTCAGTACCAGCATGTACAAGAAGGAGAGGACTTCACCACGTACTGCAATTCCTCAACTACTTTAAGCAATATACAGTGGTATAAGCAAAGGCCTGGTGGACATCCCGTTTTTTTGATACAGTTAGTGAAGAGTGGAGAAGTGAAGAAGCAGAAAAGACTGACATTTCAGTTTGGAGAAGCAAAAAAGAACAGCTCCCTGCACATCACAGCCACCCAGACTACAGATGTAGGAACCTACTTCTGTGCAGGGCCCGGTAACCAGTTCTATTTTGGGACAGGGACAAGTTTGACGGTCATTCCAAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１１７（マウス化ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化２８】
2021520849.tif 000037
配列番号１１８（マウス化ＲＳＧ５クローン５  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCATCGGCCTCCTGTGCTGTGCAGCCTTGTCTCTCCTGTGGGCAGGTCCAGTGAATGCTGGTGTCACTCAGACCCCAAAATTCCAGGTCCTGAAGACAGGACAGAGCATGACACTGCAGTGTGCCCAGGATATGAACCATGAATACATGTCCTGGTATCGACAAGACCCAGGCATGGGGCTGAGGCTGATTCATTACTCAGTTGGTGCTGGTATCACTGACCAAGGAGAAGTCCCCAATGGCTACAATGTCTCCAGATCAACCACAGAGGATTTCCCGCTCAGGCTGCTGTCGGCTGCTCCCTCCCAGACATCTGTGTACTTCTGTGCCAGCAGTTCATGGGACAGGGATCAGCCCCAGCATTTTGGTGATGGGACTCGACTCTCCATCCTAGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１１９（マウス化ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化２９】
2021520849.tif 000038
配列番号１２０（マウス化ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAAGCCCACCCTCATCTCAGTGCTTGTGATAATATTTATACTCAGAGGAACAAGAGCCCAGAGAGTGACTCAGCCCGAGAAGCTCCTCTCTGTCTTTAAAGGGGCCCCAGTGGAGCTGAAGTGCAACTATTCCTATTCTGGGAGTCCTGAACTCTTCTGGTATGTCCAGTACTCCAGACAACGCCTCCAGTTACTCTTGAGACACATCTCTAGAGAGAGCATCAAAGGCTTCACTGCTGACCTTAACAAAGGCGAGACATCTTTCCACCTGAAGAAACCATTTGCTCAAGAGGAAGACTCAGCCATGTATTACTGTGCTCTAAGTGCCCTCCCCTATAACCAGGGAGGAAAGCTTATCTTCGGACAGGGAACGGAGTTATCTGTGAAACCCAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１２１（マウス化ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化３０】
2021520849.tif 000039
配列番号１２２（マウス化ＲＳＧ５クローン６  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTCTGCTCTCTCCTTGCCCTTCTCCTGGGCACTTTCTTTGGGGTCAGATCTCAGACTATTCATCAATGGCCAGCGACCCTGGTGCAGCCTGTGGGCAGCCCGCTCTCTCTGGAGTGCACTGTGGAGGGAACATCAAACCCCAACCTATACTGGTACCGACAGGCTGCAGGCAGGGGCCTCCAGCTGCTCTTCTACTCCGTTGGTATTGGCCAGATCAGCTCTGAGGTGCCCCAGAATCTCTCAGCCTCCAGACCCCAGGACCGGCAGTTCATCCTGAGTTCTAAGAAGCTCCTTCTCAGTGACTCTGGCTTCTATCTCTGTGCCTGGGCGAGGAGCAGGGAGCTGTTTTTTGGAGAAGGCTCTAGGCTGACCGTACTGGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１２３（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン１  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３１】
2021520849.tif 000040
配列番号１２４（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン１  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCACTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGTTTCTCTCAACTGCACTTACAGCAACAGTGCTTTTCAATACTTCATGTGGTACAGACAGTATTCCAGAAAAGGCCCTGAGTTGCTGATGTACACATACTCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCATTCTATGCTGGCAACAACCGTAAGCTGATTTGGGGATTGGGAACAAGCCTGGCAGTAAATCCGAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１２５（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン１  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化３２】
2021520849.tif 000041
配列番号１２６（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン１  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTCTGTGCCAGTAGTATAGATCCGGCGACTAGTCATGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１２７（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン３  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３３】
2021520849.tif 000042
配列番号１２８（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン３  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGATGAAATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACAGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCACTCAGTGTTCCAGAGGGAGCCATTGTTTCTCTCAACTGCACTTACAGCAACAGTGCTTTTCAATACTTCATGTGGTACAGACAGTATTCCAGAAAAGGCCCTGAGTTGCTGATGTACACATACTCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAGCCCTCGGAGCGGGTATGCACTCAACTTCGGCAAAGGCACCTCGCTGTTGGTCACACCCCATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１２９（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン３  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化３４】
2021520849.tif 000043
配列番号１３０（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン３  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGAGCAACCAGGTGCTCTGCTGTGTGGTCCTTTGTTTCCTGGGAGCAAACACCGTGGATGGTGGAATCACTCAGTCCCCAAAGTACCTGTTCAGAAAGGAAGGACAGAATGTGACCCTGAGTTGTGAACAGAATTTGAACCACGATGCCATGTACTGGTACCGACAGGACCCAGGGCAAGGGCTGAGATTGATCTACTACTCACAGATAGTAAATGACTTTCAGAAAGGAGATATAGCTGAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAGAAGGAATCCTTTCCTCTCACTGTGACATCGGCCCAAAAGAACCCGACAGCTTTCTATCTCTGTGCCAGTAGTATGGACGCCGCCTTGGGTGAAAAACTGTTTTTTGGCAGTGGAACCCAGCTCTCTGTCTTGGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１３１（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン４  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３５】
2021520849.tif 000044
配列番号１３２（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン４  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGAACTATTCTCCAGGCTTAGTATCTCTGATACTCTTACTGCTTGGAAGAACCCGTGGAAATTCAGTGACCCAGATGGAAGGGCCAGTGACTCTCTCAGAAGAGGCCTTCCTGACTATAAACTGCACGTACACAGCCACAGGATACCCTTCCCTTTTCTGGTATGTCCAATATCCTGGAGAAGGTCTACAGCTCCTCCTGAAAGCCACGAAGGCTGATGACAAGGGAAGCAACAAAGGTTTTGAAGCCACATACCGTAAAGAAACCACTTCTTTCCACTTGGAGAAAGGCTCAGTTCAAGTGTCAGACTCAGCGGTGTACTTCTGTGCTCTGAGGAGTGGAGGTAGCAACTATAAACTGACATTTGGAAAAGGAACTCTCTTAACCGTGAATCCAAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１３３（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン４  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化３６】
2021520849.tif 000045
配列番号１３４（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン４  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAGCACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGCTCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAGAGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAATGGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCCGCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGCTCTCTGGAGCTGGGGGACTCAGCTTTGTATTTCTGTGCCAGCAGCGTAGAATGGGGTACCTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１３５（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン５  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３７】
2021520849.tif 000046
配列番号１３６（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン５  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTCCTGGAGCTTATCCCACTGCTGGGGATACATTTTGTCCTGAGAACTGCCAGAGCCCAGTCAGTGACCCAGCCTGACATCCACATCACTGTCTCTGAAGGAGCCTCACTGGAGTTGAGATGTAACTATTCCTATGGGGCAACACCTTATCTCTTCTGGTATGTCCAGTCCCCCGGCCAAGGCCTCCAGCTGCTCCTGAAGTACTTTTCAGGAGACACTCTGGTTCAAGGCATTAAAGGCTTTGAGGCTGAATTTAAGAGGAGTCAATCTTCCTTCAACCTGAGGAAACCCTCTGTGCATTGGAGTGATGCTGCTGAGTACTTCTGTGCTGTGTATCAGGGAGCCCAGAAGCTGGTATTTGGCCAAGGAACCAGGCTGACTATCAACCCAAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１３７（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン５  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化３８】
2021520849.tif 000047
配列番号１３８（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン５  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTCCGTGGCTAGCGGGGTTGTACAATGAGCAGTTCTTCGGGCCAGGGACACGGCTCACCGTGCTAGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１３９（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン６  ＴＣＲα鎖アミノ酸配列）
【化３９】
2021520849.tif 000048
配列番号１４０（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン６  ＴＣＲα鎖核酸配列）
ATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACTCTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGACAGCCACGTCTCTGTCTCTGAAGGAACCCCGGTGCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCTTCTTATTCACCATCTCTCTTCTGGTATGTGCAACACCCCAACAAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGTACACATCAGCGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAGAGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGACGCGGCTGAGTACTTCTGTGTTGTGAGTGCCATTGGGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATCTTTGGATCAGGGACCAGACTCAGCATCCGGCCAAATATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGT
配列番号１４１（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン６  ＴＣＲβ鎖アミノ酸配列）
【化４０】
2021520849.tif 000049
配列番号１４２（マウス化ＨＰＶ１８  Ｅ７クローン６  ＴＣＲβ鎖核酸配列）
ATGGGCACCAGCCTCCTCTGCTGGATGGCCCTGTGTCTCCTGGGGGCAGATCACGCAGATACTGGAGTCTCCCAGAACCCCAGACACAAGATCACAAAGAGGGGACAGAATGTAACTTTCAGGTGTGATCCAATTTCTGAACACAACCGCCTTTATTGGTACCGACAGACCCTGGGGCAGGGCCCAGAGTTTCTGACTTACTTCCAGAATGAAGCTCAACTAGAAAAATCAAGGCTGCTCAGTGATCGGTTCTCTGCAGAGAGGCCTAAGGGATCTTTCTCCACCTTGGAGATCCAGCGCACAGAGCAGGGGGACTCGGCCATGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTAGTTGCGGGAGGGCCCGCAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
配列番号１９５（Ｔ２Ａアミノ酸配列）
GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP
配列番号１９６（Ｅ２Ａアミノ酸配列）
GSGQCTNYALLKLAGDVESNPGP
配列番号１９７（Ｆ２Ａアミノ酸配列）
GSGVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP
配列番号１９８（Ｃαアミノ酸配列）
IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号１９９（Ｃα核酸配列）
ATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGAC  TTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGG  TCCAGCTGA
配列番号２００（ｍＣαアミノ酸配列）
IQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMESGTFITDKTVLDMKAMDSKSNGAIAWSNQTSFTCQDIFKETNATYPSSDVPCDATLTEKSFETDMNLNFQNLLVMVLRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
配列番号２０１（ｍＣα核酸配列）
ATCCAGAACCCAGAACCTGCTGTGTACCAGTTAAAAGATCCTCGGTCTCAGGACAGCACCCTCTGCCTGTTCACCGACTTTGACTCCCAAATCAATGTGCCGAAAACCATGGAATCTGGAACGTTCATCACTGACAAAACTGTGCTGGACATGAAAGCTATGGATTCCAAGAGCAATGGGGCCATTGCCTGGAGCAACCAGACAAGCTTCACCTGCCAAGATATCTTCAAAGAGACCAACGCCACCTACCCCAGTTCAGACGTTCCCTGTGATGCCACGTTGACTGAGAAAAGCTTTGAAACAGATATGAACCTAAACTTTCAAAACCTGCTGGTTATGGTTCTCCGAATCCTCCTGCTGAAAGTAGCCGGATTTAACCTGCTCATGACGCTGAGGCTGTGGTCCAGTTGA
配列番号２０２（Ｃβ１アミノ酸配列）
EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
配列番号２０３（Ｃβ１核酸配列）
AGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC
配列番号２０４（Ｃβ２アミノ酸配列）
DLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
配列番号２０５（Ｃβ２核酸配列）
GACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC
配列番号２０６（ｍＣβ１アミノ酸配列）DLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQAYKESNYSYCLSSRLRVSATFWHNPRNHFRCQVQFHGLSEEDKWPEGSPKPVTQNISAEAWGRADCGITSASYQQGVL  SATILYEILLGKATLYAVLVSTLVVMAMVKRKNS
配列番号２０７（ｍＣβ１核酸配列）
GATCTGAGAAATGTGACTCCACCCAAGGTCTCCTTGTTTGAGCCATCAAAAGCAGAGATTGCAAACAAACAAAAGGCTACCCTCGTGTGCTTGGCCAGGGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGCAAGGAGGTCCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCTCAGGCCTACAAGGAGAGCAATTATAGCTACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCTGCTACCTTCTGGCACAATCCTCGCAACCACTTCCGCTGCCAAGTGCAGTTCCATGGGCTTTCAGAGGAGGACAAGTGGCCAGAGGGCTCACCCAAACCTGTCACACAGAACATCAGTGCAGAGGCCTGGGGCCGAGCAGACTGTGGGATTACCTCAGCATCCTATCAACAAGGGGTCTTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAAGCCACCCTGTATGCTGTGCTTGTCAGTACACTGGTGGTGATGGCTATGGTCAAAAGAAAAAATTCA
【表５】
2021520849.tif 000050
【図１】
2021520849.tif 000051
【図２】
2021520849.tif 000052
【図３】
2021520849.tif 000053
【図４】
2021520849.tif 000054
【図５】
2021520849.tif 000055
【図６Ａ】
2021520849.tif 000056
【図６Ｂ】
2021520849.tif 000057
【図７】
2021520849.tif 000058
【図８】
2021520849.tif 000059
【図９Ａ】
2021520849.tif 000060
【図９Ｂ】
2021520849.tif 000061
【図９Ｃ】
2021520849.tif 000062
【図１０】
2021520849.tif 000063
【図１１】
2021520849.tif 000064
【図１２】
2021520849.tif 000065
【図１３】
2021520849.tif 000066
【図１４Ａ】
2021520849.tif 000067
【図１４Ｂ】
2021520849.tif 000068
【図１５Ａ】
2021520849.tif 000069
【図１５Ｂ】
2021520849.tif 000070
【図１６】
2021520849.tif 000071
【図１７Ａ】
2021520849.tif 000072
【図１７Ｂ】
2021520849.tif 000073
【図１８】
2021520849.tif 000074
【図１９】
2021520849.tif 000075
【図２０】
2021520849.tif 000076
【図２１Ａ】
2021520849.tif 000077
【図２１Ｂ】
2021520849.tif 000078
【図２２Ａ】
2021520849.tif 000079
【図２２Ｂ】
2021520849.tif 000080
【図２３】
2021520849.tif 000081
【図２４】
2021520849.tif 000082
【図２５Ａ】
2021520849.tif 000083
【図２５Ｂ】
2021520849.tif 000084
【図２６Ａ】
2021520849.tif 000085
【図２６Ｂ】
2021520849.tif 000086
【図２６Ｃ】
2021520849.tif 000087
【図２６Ｄ】
2021520849.tif 000088
【図２７Ａ】
2021520849.tif 000089
【図２７Ｂ】
2021520849.tif 000090
【図２７Ｃ】
2021520849.tif 000091
【図２７Ｄ】
2021520849.tif 000092
【図２８Ａ】
2021520849.tif 000093
【図２８Ｂ】
2021520849.tif 000094
【図２８Ｃ】
2021520849.tif 000095
【図２９Ａ】
2021520849.tif 000096
【図２９Ｂ】
2021520849.tif 000097
【図２９Ｃ】
2021520849.tif 000098
【図３０Ａ】
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【図３０Ｂ】
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【図３０Ｃ】
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【図３０Ｄ】
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【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３１Ｃ】
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【図３２Ａ】
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【図３２Ｂ】
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【図３２Ｃ】
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【図３２Ｄ】
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【図３３Ａ】
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【図３３Ｂ】
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【図３３Ｃ】
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【図３３Ｄ】
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【図３３Ｅ】
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【図３３Ｆ】
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【図３３Ｇ】
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【図３４Ａ】
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【図３４Ｂ】
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【図３４Ｃ】
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【図３４Ｄ】
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【図３４Ｅ】
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【図３４Ｆ】
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【図３４Ｇ】
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【図３５Ａ】
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【図３５Ｂ】
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【図３５Ｃ】
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【図３５Ｄ】
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【図３５Ｅ】
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【図３５Ｆ】
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【図３５Ｇ】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８Ａ】
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【図３８Ｂ】
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【図３９Ａ】
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【図３９Ｂ】
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【図３９Ｃ】
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【図３９Ｄ】
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【図３９Ｅ】
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【図３９Ｆ】
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【図４０】
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【図４１Ａ】
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【図４１Ｂ】
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【図４１Ｃ】
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【図４２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2021520849.tif 000147
2021520849.tif 000148
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