(57)【要約】本開示は、腸内ディスバイオシスと関連付けられる併存症を処置する組成物の治療的投与のための組成物および方法を提供する。また、本開示は、投与された微生物の生着を増加させるための組成物および方法を提供する。また、本開示は、便試料収集のための方法を提供する。一部の態様では、本開示は、単離および精製されたブチレート産生微生物の治療有効量を含む組成物であって、対象におけるブチレート産生微生物の生着が、対象においてムチン分解微生物の存在下で増加する、組成物を提供する。
2021532097.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離および精製されたブチレート産生微生物の治療有効量
を含む組成物であって、
対象における前記ブチレート産生微生物の生着が、前記対象においてムチン分解微生物の存在下で増加する、
組成物。
【請求項２】
前記生着が、前記対象における前記ブチレート産生微生物の相対存在量の増加によって示される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ブチレート産生微生物の前記生着の前記増加が、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、前記対象における前記ブチレート産生微生物の核酸の量の、前記ムチン分解微生物を欠いている対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記測定することが、株特異的プライマーの使用を含む、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
前記測定することが、前記組成物の投与後に前記対象の便試料について行われる、請求項３に記載の組成物。
【請求項６】
前記便試料が、前記組成物の投与の少なくとも１２時間後に収集される、請求項３に記載の組成物。
【請求項７】
前記便試料が、前記組成物の投与の少なくとも７日後に収集される、請求項３に記載の組成物。
【請求項８】
前記対象の消化管における前記ブチレート産生微生物の生着のために製剤化されている、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記ブチレート産生微生物および前記ムチン分解微生物が、前記対象の消化管の領域に共局在する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記消化管の前記領域が、回腸領域、結腸領域または両方である、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記対象が、前記生着前に前記ブチレート産生微生物を欠いている、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記ムチン分解微生物をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記対象が、前記組成物の非存在下では前記ムチン分解微生物を欠いている、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記ブチレート産生微生物が、前記組成物中の前記ムチン分解微生物の存在下でのみ生着する、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１５】
前記ブチレート産生微生物の前記生着が、前記対象における前記ムチン分解微生物の生着後に起こる、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１６】
前記ブチレート産生微生物が、前記対象において前記ムチン分解微生物の非存在下では生着しない、請求項１に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ブチレート産生微生物の前記生着が、前記ムチン分解微生物の前記存在下で前記対象において少なくとも約５％増加する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
前記ブチレート産生微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１９】
前記ブチレート産生微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項１に記載の組成物。
【請求項２０】
前記ブチレート産生微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２１】
前記ブチレート産生微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項１に記載の組成物。
【請求項２２】
前記ブチレート産生微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記ブチレート産生微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項１に記載の組成物。
【請求項２４】
前記ブチレート産生微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ブチレート産生微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項１に記載の組成物。
【請求項２６】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項２７】
前記ムチン分解微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２８】
前記ムチン分解微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２９】
前記ムチン分解微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３０】
経口送達用に製剤化されている、請求項１に記載の組成物。
【請求項３１】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸領域に達する前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項１に記載の組成物。
【請求項３２】
前記ブチレート産生微生物および前記ムチン分解微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３３】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３４】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３５】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない、請求項１に記載の組成物。
【請求項３６】
実質的に乾燥粉末として製剤化されている、請求項１に記載の組成物。
【請求項３７】
前記ブチレート産生微生物が、非動物源に由来する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３８】
乳を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３９】
乳を含まない、請求項１に記載の組成物。
【請求項４０】
第１の微生物および第２の微生物を含む単離および精製された集団の治療有効量
を含む組成物であって、
対象における前記第２の微生物の生着が、前記対象における前記第１の微生物の生着を必要とする、
組成物。
【請求項４１】
前記第１の微生物が、前記対象において前記第２の微生物の前に生着する、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４２】
前記対象が、前記第１の微生物の前記生着、前記第２の微生物の前記生着または両方の前に、前記第１の微生物、前記第２の微生物または両方を欠いている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４３】
前記生着が、前記対象の消化管で起こる、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４４】
前記第１の微生物が、前記組成物中の前記第２の微生物の非存在下では生着しない、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４５】
前記第１の微生物の前記生着が、前記対象における前記第１の微生物の相対存在量の増加によって示される、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４６】
前記第２の微生物の前記生着が、前記対象における前記第２の微生物の相対存在量の増加によって示される、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４７】
前記第２の微生物の前記生着が、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、前記対象における前記第２の微生物の核酸の量の、前記組成物を投与されていないか、または前記第１の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４８】
前記測定することが、株特異的プライマーの使用を含む、請求項４７に記載の組成物。
【請求項４９】
前記測定することが、前記組成物の投与後に前記対象の便試料について行われる、請求項４７に記載の組成物。
【請求項５０】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも１２時間後に収集される、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも７日後に収集される、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５２】
前記対象の消化管における前記第１または第２の微生物の生着のために製剤化されている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５３】
前記第１および第２の微生物が、前記対象の消化管の領域に共局在する、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５４】
前記消化管の前記領域が、回腸領域、結腸領域または両方である、請求項５３に記載の組成物。
【請求項５５】
前記第１の微生物が、ムチン分解微生物である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５６】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５７】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５８】
前記第１の微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項５９】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６０】
前記第２の微生物が、ブチレート産生微生物である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６１】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６２】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６３】
第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６４】
前記第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６５】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６６】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６７】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６８】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項６９】
経口送達用に製剤化されている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７０】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸領域に達する前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７１】
前記第１および第２の微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７２】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７３】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７４】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７５】
前記第１および第２の微生物が、前記組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化されている、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７６】
前記第１および第２の微生物が、非動物源に由来する、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７７】
乳をさらに含む、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７８】
乳を含まない、請求項４０に記載の組成物。
【請求項７９】
第１の微生物および第２の微生物を含む単離および精製された集団の治療有効量
を含む組成物であって、
対象における前記第２の微生物の生着が、前記対象における前記第１の微生物の生着後に起こる、
組成物。
【請求項８０】
前記第１または第２の微生物の前記生着が、前記対象における相対存在量の増加によって示される、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８１】
前記第２の微生物の前記生着が、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、前記対象における前記第２の微生物の核酸の量の、前記組成物を投与されていないか、または前記第１の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８２】
前記測定することが、株特異的プライマーの使用を含む、請求項８１に記載の組成物。
【請求項８３】
前記測定することが、前記組成物の投与後に前記対象の便試料について行われる、請求項８１に記載の組成物。
【請求項８４】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも１２時間後に収集される、請求項８３に記載の組成物。
【請求項８５】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも７日後に収集される、請求項８３に記載の組成物。
【請求項８６】
前記生着が、前記対象の消化管で起こる、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８７】
前記第２の微生物が、前記組成物中の前記第１の微生物の非存在下では生着しない、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８８】
前記第１の微生物が、ムチン分解微生物である、請求項７９に記載の組成物。
【請求項８９】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９０】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９１】
前記第１の微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９２】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９３】
前記第２の微生物が、ブチレート産生微生物である、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９４】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９５】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９６】
前記第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９７】
前記第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９８】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項９９】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１００】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０１】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０２】
経口送達用に製剤化されている、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０３】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸の前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０４】
前記第１および第２の微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０５】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０６】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０７】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０８】
前記第１および第２の微生物が、前記組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化されている、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１０９】
前記第１および第２の微生物が、非動物源に由来する、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１１０】
乳をさらに含む、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１１１】
乳を含まない、請求項７９に記載の組成物。
【請求項１１２】
第１の微生物を含む単離および精製された集団の治療有効量
を含む組成物であって、
前記第１の微生物が、対象における第２の微生物の非存在下では前記対象において生着しない、
組成物。
【請求項１１３】
前記組成物が、前記第２の微生物をさらに含み、前記第２の微生物が、単離および精製されている、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１４】
前記第２の微生物が、ムチン分解微生物である、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１５】
前記第２の微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１６】
前記第２の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１７】
前記第２の微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１８】
前記第２の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１１９】
前記第１の微生物が、ブチレート産生微生物である、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２０】
前記第１の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２１】
前記第１の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２２】
第１の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２３】
前記第１の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２４】
前記第１の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２５】
前記第１の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２６】
前記第１の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２７】
前記第１の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２８】
前記第１の微生物の前記生着が、前記対象における前記第１の微生物の相対存在量の増加によって示される、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１２９】
前記第１の微生物の前記生着が、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、前記対象における前記第１の微生物の核酸の量の、前記組成物を投与されていないか、または前記第２の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される、請求項１２８に記載の組成物。
【請求項１３０】
前記測定することが、株特異的プライマーの使用を含む、請求項１２８に記載の組成物。
【請求項１３１】
前記測定することが、前記組成物の投与後に前記対象の便試料について行われる、請求項１２８に記載の組成物。
【請求項１３２】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも１２時間後に収集される、請求項１３１に記載の組成物。
【請求項１３３】
前記便試料が、前記組成物の前記投与の少なくとも７日後に収集される、請求項１３１に記載の組成物。
【請求項１３４】
経口送達用に製剤化されている、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１３５】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸の前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１３６】
前記第１および第２の微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１３７】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１３８】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１３９】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１４０】
前記第１および第２の微生物が、前記組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化されている、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１４１】
前記第１および第２の微生物が、非動物源に由来する、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１４２】
乳をさらに含む、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１４３】
乳を含まない、請求項１１２に記載の組成物。
【請求項１４４】
ヒト対象への投与のための治療組成物であって、第１の微生物および第２の微生物を含む実質的に乾燥した微生物の単離および精製された集団の治療有効量を含み、
前記集団が、前記第１の微生物および前記第２の微生物を欠いている野生型ラットに毎日２８日間投与された場合、前記野生型ラットにおいて投与の１日後に前記第１の微生物の生着、および投与の７日後に前記第２の微生物の生着をもたらす、
治療組成物。
【請求項１４５】
前記生着が、前記野生型ラットの便試料についてアッセイを行うことによって測定される、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１４６】
前記アッセイが、前記便試料中の前記第１の微生物および前記第２の微生物の核酸を検出することを含む、請求項１４５に記載の治療組成物。
【請求項１４７】
実質的に乾燥した微生物の前記集団が、非動物源に由来する、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１４８】
実質的に乾燥した微生物の前記集団が、前記ヒト対象において生存可能である、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１４９】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの任意の組合せを実質的に含まない、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５０】
乳を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５１】
乳を含まない、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５２】
前記生着が、消化管で起こる、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５３】
前記第１の微生物が、ムチン分解微生物である、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５４】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５５】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５６】
前記第１の微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５７】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５８】
前記第２の微生物が、ブチレート産生微生物である、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１５９】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６０】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６１】
第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６２】
前記第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６３】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６４】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６５】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６６】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６７】
経口送達用に製剤化されている、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６８】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸の前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１６９】
前記第１および第２の微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１７０】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１７１】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項１４４に記載の治療組成物。
【請求項１７２】
ヒト対象への投与のための治療組成物であって、第１の微生物および第２の微生物を含む実質的に乾燥した微生物の単離および精製された集団の治療有効量を含み、
前記集団が、前記第１の微生物および前記第２の微生物を欠いている野生型ラットに毎日２８日間投与された場合、前記野生型ラットの消化管において前記第１の微生物および前記第２の微生物の生着をもたらし、前記第２の微生物が、前記第１の微生物を欠いている微生物の集団として投与された場合、前記野生型ラットにおいて生着しない、
治療組成物。
【請求項１７３】
前記生着が、前記野生型ラットの便試料についてアッセイを行うことによって測定される、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７４】
前記アッセイが、前記便試料中の前記第１の微生物および前記第２の微生物の核酸を検出することを含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７５】
実質的に乾燥した微生物の前記集団が、非動物源に由来する、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７６】
実質的に乾燥した微生物の前記集団が、前記ヒト対象において生存可能である、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７７】
ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの任意の組合せを実質的に含まない、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７８】
乳を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１７９】
乳を含まない、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８０】
前記第１の微生物が、ムチン分解微生物である、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８１】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８２】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８３】
前記第１の微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８４】
前記第１の微生物が、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８５】
前記第２の微生物が、ブチレート産生微生物である、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８６】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８７】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８８】
第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１８９】
前記第２の微生物が、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９０】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９１】
前記第２の微生物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９２】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９３】
前記第２の微生物が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９４】
経口送達用に製剤化されている、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９５】
前記組成物が、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、前記カプセル剤が、前記対象の腸の前に前記ブチレート産生微生物を実質的に放出しない、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９６】
前記第１および第２の微生物が、偏性嫌気性菌である、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９７】
プレバイオティクスをさらに含む、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９８】
前記プレバイオティクスが、イヌリンである、請求項１７２に記載の治療組成物。
【請求項１９９】
配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製されたムチン分解微生物を含む組成物。
【請求項２００】
前記ムチン分解微生物が、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる、請求項１９９に記載の組成物。
【請求項２０１】
前記微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約９５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１９９に記載の組成物。
【請求項２０２】
前記微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約９９％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１９９に記載の組成物。
【請求項２０３】
前記微生物が、配列番号１〜６からなる群から選択される配列を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１９９に記載の組成物。
【請求項２０４】
それを必要とする対象においてマイクロバイオームを変更するための方法であって、請求項１から２０３のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与し、それによって、前記マイクロバイオームを変更するステップを含む方法。
【請求項２０５】
前記投与するステップが、前記対象において障害を処置する、請求項２０４に記載の方法。
【請求項２０６】
前記障害が、代謝障害である、請求項２０５に記載の方法。
【請求項２０７】
前記障害が、ＩＩ型糖尿病である、請求項２０５に記載の方法。
【請求項２０８】
前記障害が、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）である、請求項２０５に記載の方法。
【請求項２０９】
前記障害が、代謝障害、皮膚障害、神経障害、ディスバイオシス、炎症またはこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項２０５に記載の方法。
【請求項２１０】
前記マイクロバイオームが、腸内マイクロバイオームである、請求項２０４に記載の方法。
【請求項２１１】
前記投与するステップが、抗生物質レジメンの完了後に行われる、請求項２０４から２１０のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１８年７月１９日に出願した米国仮出願第６２／７００，６８２号の利益を主張するものであり、前記仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
マイクロバイオームは、身体の生理的機能の維持に重要な役割を果たすことができる。マイクロバイオームのディスバイオシスは、様々な障害につながり得る。微生物に基づく治療を、腸の健康の維持およびマイクロバイオーム関連障害の処置に使用することができる。
生物の寄託
【０００３】
本出願は、生体物質の寄託への言及を含む。以下の生体物質は、バージニア州、マナサスのアメリカ合衆国培養細胞系統保存機関（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）（ＡＴＣＣ）に寄託されたものであり、以下の名称、受託番号および寄託日を有する：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＰＴＡ−１２３６３４、２０１６年１２月１４日寄託）、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＰＴＡ−１２３６３５、２０１６年１２月１４日寄託）。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
一部の態様では、本開示は、単離および精製されたブチレート産生微生物の治療有効量を含む組成物であって、対象におけるブチレート産生微生物の生着が、対象においてムチン分解微生物の存在下で増加する、組成物を提供する。
【０００５】
一部の実施形態では、生着は、対象におけるブチレート産生微生物の相対存在量の増加によって示される。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物の生着の増加は、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、対象におけるブチレート産生微生物の核酸の量の、ムチン分解微生物を欠いている対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される。一部の実施形態では、測定することは、株特異的プライマーの使用を含む。一部の実施形態では、測定することは、組成物の投与後に対象の便試料について行われる。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも１２時間後に収集される。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも７日後に収集される。一部の実施形態では、組成物は、対象の消化管におけるブチレート産生微生物の生着のために製剤化される。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物およびムチン分解微生物は、対象の消化管の領域に共局在する。一部の実施形態では、消化管の領域は、回腸領域、結腸領域または両方である。一部の実施形態では、対象は、生着前にブチレート産生微生物を欠いている。一部の実施形態では、組成物は、ムチン分解微生物をさらに含む。一部の実施形態では、対象は、組成物の非存在下ではムチン分解微生物を欠いている。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、組成物中のムチン分解微生物の存在下でのみ生着する。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物の生着は、対象におけるムチン分解微生物の生着後に起こる。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、対象においてムチン分解微生物の非存在下では生着しない。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物の生着は、ムチン分解微生物の存在下で対象において少なくとも約５％増加する。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態���は、ムチン分解微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸領域に達する前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物およびムチン分解微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。一部の実施形態では、組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、組成物は、実質的に乾燥粉末として製剤化される。一部の実施形態では、ブチレート産生微生物は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、組成物は、乳を含む。一部の実施形態では、組成物は、乳を含まない。
【０００６】
一部の態様では、本開示は、第１の微生物および第２の微生物を含む単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含む組成物であって、対象における第２の微生物の生着が、対象における第１の微生物の生着を必要とする、組成物を提供する。
【０００７】
一部の実施形態では、第１の微生物は、対象において第２の微生物の前に生着する。一部の実施形態では、対象は、第１の微生物の生着、第２の微生物の生着または両方の前に、第１の微生物、第２の微生物または両方を欠いている。一部の実施形態では、生着は、対象の消化管で起こる。一部の実施形態では、第１の微生物は、組成物中の第２の微生物の非存在下では生着しない。一部の実施形態では、第１の微生物の生着は、対象における第１の微生物の相対存在量の増加によって示される。一部の実施形態では、第２の微生物の生着は、対象における第２の微生物の相対存在量の増加によって示される。一部の実施形態では、第２の微生物の生着は、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、対象における第２の微生物の核酸の量の、組成物を投与されていないか、または第１の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される。一部の実施形態では、測定することは、株特異的プライマーの使用を含む。一部の実施形態では、測定することは、組成物の投与後に対象の便試料について行われる。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも１２時間後に収集される。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも７日後に収集される。一部の実施形態では、組成物は、対象の消化管における第１または第２の微生物の生着のために製剤化される。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、対象の消化管の領域に共局在する。一部の実施形態では、消化管の領域は、回腸領域、結腸領域または両方である。一部の実施形態では、第１の微生物は、ムチン分解微生物である。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、第２の微生物は、ブチレート産生微生物である。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓ���ｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸領域に達する前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。一部の実施形態では、組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化される。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、組成物は、乳をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、乳を含まない。
【０００８】
一部の態様では、本開示は、第１の微生物および第２の微生物を含む単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含む組成物であって、対象における第２の微生物の生着が、対象における第１の微生物の生着後に起こる、組成物を提供する。
【０００９】
一部の実施形態では、第１または第２の微生物の生着は、対象における相対存在量の増加によって示される。一部の実施形態では、第２の微生物の生着は、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、対象における第２の微生物の核酸の量の、組成物を投与されていないか、または第１の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される。一部の実施形態では、測定することは、株特異的プライマーの使用を含む。一部の実施形態では、測定することは、組成物の投与後に対象の便試料について行われる。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも１２時間後に収集される。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも７日後に収集される。一部の実施形態では、生着は、対象の消化管で起こる。一部の実施形態では、第２の微生物は、組成物中の第１の微生物の非存在下では生着しない。一部の実施形態では、第１の微生物は、ムチン分解微生物である。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、第２の微生物は、ブチレート産生微生物である。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸の前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。一部の実施形態では、組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化される。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、組成物は、乳をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、乳を含まない。
【００１０】
一部の態様では、本開示は、第１の微生物を含む単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含む組成物であって、第１の微生物が、対象における第２の微生物の非存在下では対象において生着しない、組成物を提供する。
【００１１】
一部の実施形態では、組成物は、第２の微生物をさらに含み、第２の微生物は、単離および精製されている。一部の実施形態では、第２の微生物は、ムチン分解微生物である。一部の実施形態では、第２の微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、第１の微生物は、ブチレート産生微生物である。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである。一部の実施形態では、第１の微生物の生着は、対象における第１の微生物の相対存在量の増加によって示される。一部の実施形態では、第１の微生物の生着は、ｑＰＣＲまたはシークエンシングによって測定される、対象における第１の微生物の核酸の量の、組成物を投与されていないか、または第２の微生物を欠いている組成物を投与された比較対象と比較した少なくとも約１桁の増加によって示される。一部の実施形態では、測定することは、株特異的プライマーの使用を含む。一部の実施形態では、測定することは、組成物の投与後に対象の便試料について行われる。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも１２時間後に収集される。一部の実施形態では、便試料は、組成物の投与の少なくとも７日後に収集される。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸の前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。一部の実施形態では、組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、組成物中の実質的に乾燥粉末として製剤化される。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、組成物は、乳をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、乳を含まない。
【００１２】
一部の態様では、本開示は、ヒト対象への投与のための治療組成物であって、第１の微生物および第２の微生物を含む実質的に乾燥した微生物の単離および精製された集団の治療有効量を含み、集団が、第１の微生物および第２の微生物を欠いている野生型ラットに毎日２８日間投与された場合、野生型ラットにおいて投与の１日後に第１の微生物の生着、および投与の７日後に第２の微生物の生着をもたらす、治療組成物を提供する。
【００１３】
一部の実施形態では、生着は、野生型ラットの便試料についてアッセイを行うことによって測定される。一部の実施形態では、アッセイは、便試料中の第１の微生物および第２の微生物の核酸を検出することを含む。一部の実施形態では、実質的に乾燥した微生物の集団は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、実質的に乾燥した微生物の集団は、ヒト対象において生存可能である。一部の実施形態では、治療組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの任意の組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、治療組成物は、乳を含む。一部の実施形態では、治療組成物は、乳を含まない。一部の実施形態では、生着は、消化管で起こる。一部の実施形態では、第１の微生物は、ムチン分解微生物である。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、第２の微生物は、ブチレート産生微生物である。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸の前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。
【００１４】
一部の態様では、本開示は、ヒト対象への投与のための治療組成物であって、第１の微生物および第２の微生物を含む実質的に乾燥した微生物の単離および精製された集団の治療有効量を含み、集団が、第１の微生物および第２の微生物を欠いている野生型ラットに毎日２８日間投与された場合、野生型ラットの消化管において第１の微生物および第２の微生物の生着をもたらし、第２の微生物が、第１の微生物を欠いている微生物の集団として投与された場合、野生型ラットにおいて生着しない、治療組成物を提供する。
【００１５】
一部の実施形態では、生着は、野生型ラットの便試料についてアッセイを行うことによって測定される。一部の実施形態では、アッセイは、便試料中の第１の微生物および第２の微生物の核酸を検出することを含む。一部の実施形態では、実質的に乾燥した微生物の集団は、非動物源に由来する。一部の実施形態では、実質的に乾燥した微生物の集団は、ヒト対象において生存可能である。一部の実施形態では、治療組成物は、ピーナッツ、小麦、ダイズ、シェルフィッシュまたはこれらの任意の組合せを実質的に含まない。一部の実施形態では、治療組成物は、乳を含む。一部の実施形態では、治療組成物は、乳を含まない。一部の実施形態では、第１の微生物は、ムチン分解微生物である。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第１の微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。一部の実施形態では、第２の微生物は、ブチレート産生微生物である。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍである。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約９５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、第２の微生物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓである。一部の実施形態では、組成物は、経口送達用に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、腸溶コーティングを含むカプセル剤として製剤化され、カプセル剤は、対象の腸の前にブチレート産生微生物を実質的に放出しない。一部の実施形態では、第１および第２の微生物は、偏性嫌気性菌である。一部の実施形態では、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、イヌリンである。
【００１６】
一部の態様では、本開示は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約８５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む単離および精製されたムチン分解微生物を提供する。一部の実施形態では、ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む培養培地中で成長することができる。一部の実施形態では、微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約９５％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列に対して少なくとも約９９％の同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。一部の実施形態では、微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される配列を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。
【００１７】
一部の態様では、本開示は、それを必要とする対象においてマイクロバイオームを変更するための方法であって、本開示の組成物を対象に投与し、それによって、マイクロバイオームを変更するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、投与するステップは、対象において障害を処置する。一部の実施形態では、障害は、代謝障害である。一部の実施形態では、障害は、ＩＩ型糖尿病である。一部の実施形態では、障害は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ：ｉｒｒｉｔａｂｌｅ  ｂｏｗｅｌ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）である。一部の実施形態では、障害は、代謝障害、皮膚障害、神経障害、ディスバイオシス、炎症またはこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、マイクロバイオームは、腸内マイクロバイオームである。一部の実施形態では、投与するステップは、抗生物質レジメンの完了後に行われる。
参照による組込み
【００１８】
本明細書において言及される全ての公表文献、特許および特許出願は、個々の公表文献、特許または特許出願各々が参照により組み込まれると具体的にかつ個々に示された場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【００１９】
本発明の新規特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に示される。本発明の特徴および利点のよりよい理解は、本発明の原理が利用される実例となる実施形態を示す以下の詳細な説明、および付属の図面を参照することにより、得られる。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】図１は、実例となるマイクロバイオーム関連健康状態を表す。
【００２１】
【図２】図２は、ブチレート産生微生物の生着を増進することにおけるムチン分解微生物の実例となる役割を表す。ムチン分解微生物、例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、宿主ムチンを分解して、ブチレート産生微生物によってエネルギー源として利用され得る糖を産生することができる。加えて、ムチン分解体は、ブチレート産生体によってブチレート産生のための基質として使用され得る短鎖脂肪酸を産生することができる。外来性微生物（例えば、対象のマイクロバイオームにおいて内在性微生物から区別できる、対象に投与された微生物）の生着は、健康上の利益をもたらし得る。
【００２２】
【図３】図３は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのげっ歯類研究からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物であり、株５、６および８は、ブチレート産生微生物である。全ての群について、−１日目に対応する破線の囲みは、ベースライン（すなわち、介入前）試料を指す。４つの研究群のいずれについても、ベースラインは、いかなる偽陽性ヒットも有しなかった。このことは、検出に使用した核酸プローブが、投与された外来性微生物のみを検出することについて高度に特異的であることを示した。加えて、ベースラインでは、研究ラットは、微生物組成物において投与される外来性微生物を欠いていた。
【００２３】
【図４】図４は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのげっ歯類研究からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物であり、株５、６および８は、ブチレート産生微生物である。全ての群について、３４日目に対応する破線の囲みは、ウォッシュアウト（すなわち、介入後）試料を指す。ブチレート産生微生物株８の生着は、微生物組成物がムチン分解微生物株１も含んだ場合に起こった（下の行の右端の２つの相（ｆａｃｅｔ）を比較されたい）。
【００２４】
【図５】図５は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのげっ歯類研究の２日目からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物であり、株５、６および８は、ブチレート産生微生物である。株１、５、６および８を含む微生物組成物を、０時間で与えた。ラットの消化管を通る微生物組成物についての通過時間は、約８〜１６時間のウィンドウ内であると計算された。株１は、通過時間前にラット糞便物質において検出された。これは、前日の投与からの株１による潜在的生着を示した。これは、ウォッシュアウト期間中の株１の検出によって確認された。したがって、初期収集時間〜後期収集時間の検出シグナルの比を、投与された微生物の生着インジケーターとして使用することができる。
【００２５】
【図６】図６は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのげっ歯類研究の２７日目からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物であり、株５、６および８は、ブチレート産生微生物である。左列のパネルに示される群に、株１、５、６および８を投与した。右列のパネルに示される群に、株５、６および８を投与した。微生物１および８の両方は、介入の２７日目までに生着したので、両方とも、通過時間は約８〜１６時間であったが、株１＋５＋６＋８を投与した左パネルの群については０および０〜８時間収集時点で検出された。したがって、初期収集時間〜後期収集時間の検出シグナルの比は、現在の生着ステータスを示すことができる。これは、例えば、最終ウォッシュアウト期間を利用する手法は、研究の終わりの生着ステータスのみについて報告することができるので、有益であり得る。
【００２６】
【図７】図７は、本開示の微生物組成物の投与の例示的な研究設計の概略を表す。対象の参加の全継続期間は、およそ３５日間の場合があり、スクリーニング来院は、投与の開始および消費が起こる０日目でのベースライン来院の３〜７日前に行われる。初期消費後、積極的参加は、２８日目まで及び得る。矢印は、対象の病歴がスクリーニング時に再調査され得るクリニック来院を示し、臨床歴は、７日目、１４日目、２１日目および２８日目に再調査され得る。便試料、臨床化学、血液学的プロファイル、血漿ＳＣＦＡおよび／またはサイトカインパネルは、これらのクリニック来院の各々の時間に収集され得る。
【００２７】
【図８】図８は、処置の様々な段階中の、本開示の治療組成物を投与した対象の糞便物質中で検出された外来性微生物についての特異的ＤＮＡマーカーの割合（全ＤＮＡと比較して）を示す実例となるデータを表す。外因的に投与された微生物は、一部の対象のウォッシュアウト期間中に検出され、生着が起こったことを実証した。
【００２８】
【図９】図９は、例示的な便収集デバイスを表す。このデバイスは、３つの別々の構成要素：便器上の収集バケツを位置決めするための安定性フレーム（Ａ）；バーコード化された便収集バケツ（Ｂ）；および収集日および時間についてのラベルを伴う便バケツ蓋（Ｃ）を有し得る。
【００２９】
【図１０】図１０は、ムチン分解微生物を単離するための選択培地中の微生物成長を示す。
【００３０】
【図１１】図１１は、本開示の微生物によって産生された短鎖脂肪酸アセテートおよびブチレートのレベルを示す。
【００３１】
【図１２】図１２は、実例となる治療組成物の安定性を表す。治療組成物を、４℃または室温で保存し、経時的に存在する１グラム当たりの活性細胞を測定し、比較した。
【００３２】
【図１３】図１３は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのヒト研究からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、プラセボ（最上部のパネル）、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６および９；中央部のパネル）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（下部のパネル）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。各長方形は、スケールで示されるように便試料中の株のゲノムの相対存在量を表す。ブチレート産生微生物のみを投与した対象のうち、ベースライン（０週目）で株９を欠いている２人の対象のみが、ウォッシュアウト（１６週目）において株９の生着を示した。ブチレート産生微生物とムチン分解微生物とを投与した対象のうち、ベースラインで株９を欠いている７人の対象が、ウォッシュアウトにおいて株９の生着を示し、ムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着の増進を示した。ＴＧＭＦ（ｔａｒｇｅｔ  ｇｅｎｏｍｅ  ｍａｓｓ  ｆｒａｃｔｉｏｎ）＝標的ゲノム質量分率（ｔａｒｇｅｔ  ｇｅｎｏｍｅ  ｍａｓｓ  ｆｒａｃｔｉｏｎ）。
【００３３】
【図１４】図１４は、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのヒト研究からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、プラセボ（右）、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６および９；中央部）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（左）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。各長方形は、スケールで示されるように便試料中の株のゲノムの相対存在量を表す。ブチレート産生微生物のみを投与した対象のうち、ベースライン（０週目）で株９を欠いている２人の対象、ベースラインで株６を欠いている２人の対象、およびベースラインで株５を欠いている２人の対象が、ウォッシュアウト（１２週目）において各々の株の生着を示した。ブチレート産生微生物とムチン分解微生物とを投与した対象のうち、ベースラインで株９を欠いている７人の対象、ベースラインで株６を欠いている６人の対象、およびベースラインで株５を欠いている６人の対象が、ウォッシュアウトにおいて各々の株の生着を示した。これらのデータは、ムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着の増進を示す。
【００３４】
【図１５−１】図１５Ａ〜Ｂは、本開示の微生物組成物の生着を評価するためのヒト研究からのデータを示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓに対応する、株５、６および９；上部のパネル）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（下部のパネル）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。対象の便試料を処理し、株の存在をｑＰＣＲによって検出した。図１５Ａは、示される株がベースライン（０週目）、投与の４週目、投与の１２週目、続く４週間のウォッシュアウト期間（１６週目）で検出されたｑＰＣＲ反応物の割合（ｔｈｅ  ｆｒａｃｔｉｏｎ  ｑＰＣＲ  ｒｅａｃｔｉｏｎｓ）を示す。図１５Ｂは、示される株がベースライン（０週目）および続くウォッシュアウト期間（１６週目）で検出されたｑＰＣＲ反応物の割合を示す。
【図１５−２】同上。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
本明細書および特許請求の範囲で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈による別段の明白な指示がない限り、複数の参照を含む。例えば、「微生物」は、複数の微生物を含み得る。
【００３６】
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって決定される特定の値についての許容可能な誤差範囲内であることを意味し、それは、一部には、その値がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定系の限界に依存する。例えば、「約」とは、当該技術分野における実施につき、１または１よりも大きい標準偏差内であることを意味し得る。あるいは、「約」とは、所与の値の最大で２０％、最大で１０％、最大で５％または最大で１％の範囲を意味し得る。あるいは、この用語は、値の１桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内であることを意味し得る。特定の値が本出願および特許請求の範囲に記載される場合、別に言明しない限り、特定の値についての許容可能な誤差範囲内を意味する「約」という用語が想定されるべきである。
【００３７】
用語「微生物」および「微小生物」は、本明細書では同義で使用され得、細菌、古細菌、真核生物（例えば、原生動物、真菌、酵母）およびウイルスを指すことができ、ウイルスは、細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む。本開示の微生物は、外来性微生物または内在性微生物であり得る。外来性微生物は、宿主マイクロバイオームにおいて見出されない微生物であり得る。内在性微生物は、宿主マイクロバイオームにおいて存在する微生物であり得る。
【００３８】
用語「マイクロバイオーム」、「微生物叢」、および「微生物生息環境」は、本明細書では同義で使用され得、対象の体表または体内に生息する微小生物の生態学的共同体を指すことができる。マイクロバイオームは、共生（ｃｏｍｍｅｎｓａｌ）、共生（ｓｙｍｂｉｏｔｉｃ）および／または病原性微小生物から構成され得る。マイクロバイオームは、対象の、大部分ではないにしても、多くの部分上または内に存在し得る。マイクロバイオームの生息環境の非限定的な例としては、体表、体腔、体液、腸、結腸、皮膚、皮膚表面、皮膚の毛穴、膣腔、臍領域、結膜領域、腸領域、胃、鼻腔および鼻道、消化管、尿生殖路、唾液、粘液および糞便を挙げることができる。
【００３９】
「対象」、「個体」、「宿主」および「患者」という用語は、本明細書で互換的に使用することができ、ヒト、研究動物、家畜および家庭のペットを含む任意の動物対象を指す。対象は、様々な微小生物の宿主になることができる。対象は、彼らの／それらの体表および体内の様々な生息環境に異なるマイクロバイオームを有することがある。対象は、疾患のリスクが高いと診断されるまたは疑われることもある。対象は、疾患の一因となるマイクロバイオーム状態（すなわち、ディスバイオシス）を有することもある。一部の場合には、対象は、疾患のリスクが高いと、必ずしも診断されないまたは疑われない。一部の事例では、対象は、感染症に罹患していることもあり、または感染症を発症するリスクもしくは感染症を他者に伝染させるリスクがあることもある。
【００４０】
「処置」および「処置すること」という用語は、本明細書で使用される場合、非限定的に、治療利益および／または予防利益を含む有益または所望の結果を得るための手法を指す。例えば、処置は、本明細書で開示される系または細胞集団を投与することを含み得る。治療利益によって、処置下の１つまたは複数の疾患、状態または症状における任意の治療関連改善、または１つまたは複数の疾患、状態または症状に対する任意の治療関連効果を意味する。予防利益については、組成物は、特定の疾患、状態または症状を発症するリスクがある対象に、または疾患、状態または症状がまだ現れていないことがあるが、疾患の生理学的症状のうちの１つまたは複数を報告する対象に投与することができる。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「投与する」、「投与すること」、「投与」およびその派生語は、薬剤または組成物の、所望の生物学的作用部位への送達を可能にするために使用され得る方法を指す。これらの方法は、非経口投与（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋内、血管内、髄腔内、鼻内、硝子体内、注入および局所注射）、経粘膜注射、経口投与、坐剤としての投与および外用投与を含むが、これらに限定されない。
【００４２】
「有効量」または「治療有効量」という用語は、それを必要とする対象への投与に際して所望の活性をもたらすために十分な、組成物、例えば、本開示の微生物を含む組成物の量を指す。本開示の文脈内では、「治療有効量」という用語は、本開示の方法によって処置される障害の発現（ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ）を遅延させるか、進行を阻止するか、少なくとも１つの症状を緩和または軽減するために十分な組成物の量を指す。
【００４３】
用語「１６Ｓ」、「１６Ｓリボソームサブユニット」、および「１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）」は、本明細書では同義で使用することができ、原核生物（例えば、細菌、古細菌）リボソームの小サブユニット（例えば、３０Ｓ）の成分を指すことができる。１６Ｓ  ｒＲＮＡは、微小生物の種間で進化的に高度に保存される。それ故、１６Ｓリボソームサブユニットのシークエンシングを使用して、試料（例えば、マイクロバイオーム）中に存在する微小生物を同定および／または比較することができる。
【００４４】
用語「２３Ｓ」、「２３Ｓリボソームサブユニット」、および「２３ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）」は、本明細書では同義で使用することができ、原核生物（例えば、細菌、古細菌）リボソームの大サブユニット（例えば、５０Ｓ）の成分を指すことができる。２３Ｓリボソームサブユニットのシークエンシングを使用して、試料（例えば、マイクロバイオーム）中に存在する微小生物を同定および／または比較することができる。
【００４５】
「同一性パーセント（％）」という用語は、本明細書で使用される場合、配列を整列し、必要な場合、ギャップを導入して最大同一性パーセントを達成した後の（すなわち、ギャップは、最適整列のために候補配列および参照配列のうちの１つまたは両方に導入することができ、非相同配列は、比較目的のために無視することができる）、参照配列のアミノ酸または核酸残基と同一である候補配列のアミノ酸または核酸残基の割合を指す。同一性パーセントを決定する目的のための整列は、当該技術分野の技術内の様々な方法で、例えば、公に使用可能なコンピューターソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して、達成することができる。２つの配列の同一性パーセントは、ＢＬＡＳＴを使用して試験配列を比較配列と共に整列し、比較配列の同じ位置のアミノ酸またはヌクレオチドと同一である整列した試験配列中のアミノ酸またはヌクレオチドの数を決定し、同一のアミノ酸またはヌクレオチドの数を比較配列中のアミノ酸またはヌクレオチドの数で割ることによって計算することができる。
【００４６】
「生着」という用語は、定着としても公知であり、微生物が、宿主のマイクロバイオームの一部になったときに起こり得る。生着は、例えば微生物の投与に際して、対象における微生物の相対存在量の増加をもたらし得る。対象において生着させられる微生物は、外来性微生物（例えば、宿主が微生物の投与前に欠いている微生物）であり得る。あるいは、対象において生着させられる微生物は、内在性微生物（例えば、宿主において既に存在しているが、組成物中の他の微生物の濃度を増加させるため、または他の微生物の生着を増進するために投与され得る微生物）であり得る。
【００４７】
微生物（例えば、外来性微生物）の生着を増進するための組成物および方法が、本明細書で開示される。図１で示されるように、微生物組成物は、消化管の健康の維持、ディスバイオシスの処置、健康状態の処置またはこれらの任意の組合せのために投与され得る。
【００４８】
微生物、例えば、微生物組成物中で投与される微生物の生着は、生着増進微生物、例えば、ムチン分解微生物によって増進することができる。生着増進微生物は、組成物中、対象において（例えば、内在性）または両方に存在してもよい。図２は、ブチレート産生微生物の生着を増進することにおけるムチン分解微生物の実例となる役割を表す。ムチン分解微生物、例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、宿主ムチンを分解して、ブチレート産生微生物によってエネルギー源として利用され得る糖を産生することができる。加えて、ムチン分解体は、ブチレート産生体によってブチレート産生のための基質として使用され得る短鎖脂肪酸を産生することができる。その後、投与された微生物の生着は、対象においてブチレート関連の健康上の利益をもたらし得る。
【００４９】
本開示の実例となる生着増進組成物は、単離および精製された第１の微生物と、単離および精製された第２の微生物とを含むことがあり、対象における第２の微生物の生着は、例えば、第２の微生物の生着前に第１の微生物の生着を必要とする。第１の微生物は、ムチン分解微生物であり得る。第２の微生物は、ブチレート産生微生物であり得る。
【００５０】
本開示の別の実例となる生着増進組成物は、単離および精製された第１の微生物と、単離および精製された第２の微生物とを含むことがあり、第２の微生物の生着は、第１の微生物の生着後に起こる。第１の微生物は、ムチン分解微生物であり得る。第２の微生物は、ブチレート産生微生物であり得る。
【００５１】
本開示の別の実例となる生着増進組成物は、単離および精製された第１の微生物と、単離および精製された第２の微生物とを含むことがあり、第２の微生物は、第１の微生物の非存在下では生着しない。第１の微生物は、ムチン分解微生物であり得る。第２の微生物は、ブチレート産生微生物であり得る。
【００５２】
また、本開示は、ブチレート産生微生物の生着を増進するための組成物および方法を提供する。実例となる組成物は、単離および精製されたブチレート産生微生物を含み、ブチレート産生微生物の生着は、ムチン分解微生物の存在下で増加する。ムチン分解微生物は、ブチレート産生微生物と共に共投与され得る。ムチン分解微生物は、ブチレート産生微生物を投与する前に投与され得る。ムチン分解微生物は、ブチレート産生微生物の投与前に対象において存在し得る。
【００５３】
また、本開示は、ムチン分解微生物を単離するための方法を提供する。実例となる方法は、選択成長培地、例えば、エネルギー源としてムチンを含む培地を使用するステップを含む。
【００５４】
また、本開示は、便試料収集のための方法を提供する。一部の場合、便試料は、機械的ツールまたは便座試料採取デバイス付属品（ｔｏｉｌｅｔ  ｓｅａｔ  ｓａｍｐｌｉｎｇ  ｄｅｖｉｃｅ  ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ）を用いて、ヒト身体の外側で収集され得る。一部の場合、便試料は、例えば、遠隔制御保存装置によって、ｉｎ  ｓｉｔｕで（すなわち、ヒト身体の内側で）収集され得る。
【００５５】
また、本開示は、微生物の生着を評定するためのマイクロバイオームプロファイリングのための方法を提供する。非限定的例示的な方法としては、ｑＰＣＲ、シークエンシング、質量分析および代謝物プロファイリングが、挙げられる。より正確な評価のために、マイクロバイオームプロファイリングの様々な方法を並行して使用して、同じ生体試料（例えば、全便試料）からの試料一定分量を評定することができる。
【００５６】
本開示の組成物は、ムチン分解微生物を含み得る。ムチン分解微生物は、ムチンを分解することができる微生物であり得る。ムチン分解微生物は、主要エネルギー源としてムチンを含む選択成長培地上で成長することができる微生物であり得る。ムチン分解微生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり得る。ムチン分解微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％の配列同一性を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を有する微生物であり得る。ムチン分解微生物は、配列番号１〜６からなる群から選択される１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む微生物であり得る。
【００５７】
本開示の組成物は、ブチレート産生微生物を含み得る。ブチレート産生微生物は、ブチレートを産生することができる微生物であり得る。ブチレート産生微生物の非限定的な例としては、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、挙げられる。
【００５８】
本開示の組成物は、ブチレート産生に関与する遺伝子、例えば、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼもしくは３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、電子伝達タンパク質ａ、電子伝達タンパク質ｂまたはチオラーゼをコードする微生物を含み得る。本開示の組成物は、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼまたは３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クロトナーゼ、電子伝達タンパク質ａ、電子伝達タンパク質ｂおよびチオラーゼからなる群から選択される遺伝子に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは９９．５％または１００％の配列同一性を有する遺伝子を含む微生物を含み得る。
【００５９】
本開示の組成物は、対象においてブチレートを産生するための微生物の組合せを含み得る。例えば、組合せは、第１の微生物および第２の微生物を含み得る。第１の微生物は、エネルギー源（例えば、繊維）を与えられた場合、中間分子（例えば、ラクテート、アセテート、ムチン由来糖）を産生することができる。第２の微生物は、第１の微生物によって産生された中間分子をブチレートに変換することができる。ブチレート産生のための中間分子を産生することができる微生物の非限定的な例としては、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍが、挙げられる。中間分子を使用して、ブチレートを産生することができる微生物の非限定的な例としては、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉが、挙げられる。組成物は、ブチレート中間分子の産生のための少なくとも１種類の微生物と、ブチレート中間体のブチレートへの変換のための少なくとも１種類の微生物とを含み得る。加えて、組成物は、ブチレート中間体を産生する第１の微生物のための基質を含み得る。１つの非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉを含み得る。別の実例となる例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓを含み得る。別の実例となる例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉのうちの任意の１つまたは複数を含み得る。別の実例となる例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓを含み得る。別の実例となる例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含み得る。別の非限定的な例では、組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉを含み得る。
【００６０】
本開示の組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０種類の微小生物を含むことがあり、微小生物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂ��ｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃａｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｉｆｉｄｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ、Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ  Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｐｔｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｉｃｋｌａｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｏｍｏｒｐｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖａｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、およびＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される微小生物のｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８、９９％または９９．５％の配列同一性を含むｒＲＮＡ配列（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）を含み得る。
【００６１】
本開示の組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｃｅｃｉｃｏｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｃｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃａｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｉｆｉｄｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ、Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ  Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｐｔｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｉｃｋｌａｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｏｍｏｒｐｈｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖａｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ、Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、およびＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１つまたは複数の単離および精製された微小生物を含み得る。
【００６２】
本開示の組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍからなる群から選択される属からの１つまたは複数の微小生物を含み得る。
【００６３】
本開示の組成物は、Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ、Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃａｃｅａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｉｎｃｅｒｔａｅ−Ｃｅｄｉｓ−ＸＩＩＩ、Ｉｎｃｅｒｔａｅ−Ｓｅｄｉｓ−ＸＩＶ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ、Ｐａｓｔｕｒｅｌｌａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、およびＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅからなる群から選択される科からの１つまたは複数の微小生物を含み得る。
【００６４】
本開示の組成物は、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔｅｓ、ＴｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓおよびＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群から選択される門からの１つまたは複数の微小生物を含み得る。
【００６５】
組成物は、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００６６】
組成物は、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００６７】
組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００６８】
組成物は、ＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００６９】
組成物は、ＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００７０】
組成物は、ＦｉｒｍｉｃｕｔｅからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００７１】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および精製された微生物の治療有効量を含み得る。一部の場合、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種を含まない。
【００７２】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ（例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  Ｌ２２）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する１つまたは複数の微生物を含む。組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ（例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  ＲＣ−１４、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ  Ｌ２２）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含み得る。
【００７３】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する１つまたは複数の微生物を含む。組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含み得る。
【００７４】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する１つまたは複数の微生物を含む。組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含み得る。
【００７５】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する微生物を含む。組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含み得る。
【００７６】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓまたはこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する微生物を含む。組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含み得る。
【００７７】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａまたはこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する微生物を含む。組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団を含み得る。
【００７８】
組成物は、単離および精製された微生物の集団の治療有効量を含むことがあり、単離および精製された微生物の集団は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する１つまたは複数の微生物を含む。組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される単離および精製された微生物の集団を含み得る。
【００７９】
組成物は、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８０】
組成物は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８１】
組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８２】
組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８３】
組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８４】
組成物は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８５】
組成物は、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８６】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８７】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８８】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００８９】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９０】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９１】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９２】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９３】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９４】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９５】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９６】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９７】
組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９８】
組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【００９９】
組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１００】
組成物は、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０１】
組成物は、Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０２】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０３】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０４】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０５】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０６】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｕｃａｓｉｃｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０７】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０８】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１０９】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｃｔｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１０】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１１】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１２】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１３】
組成物は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１４】
組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｃｅｃｉｃｏｌａからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１５】
組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１６】
組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１７】
組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１８】
組成物は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１１９】
組成物は、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２０】
組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２１】
組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２２】
組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２３】
組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２４】
組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２５】
組成物は、Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２６】
組成物は、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２７】
組成物は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２８】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１２９】
組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３０】
組成物は、ＣｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３１】
組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３２】
組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３３】
組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３４】
組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３５】
組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｃｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３６】
組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３７】
組成物は、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３８】
組成物は、酢産生微生物からのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１３９】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｉｆｉｄｕｓからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１４０】
組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉからのｒＲＮＡ配列に対して少なくとも約８５％、８７％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または１００％の配列同一性を含むｒＲＮＡ（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡおよび／または内部転写スペーサー）配列を有する単離および／または精製された微生物の治療有効量を含み得る。
【０１４１】
組成物は、酪酸キナーゼ酵素（例えば、ＥＣ  ２．７．２．７；ＭｅｔａＣｙｃ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  ＩＤ  Ｒ１１−ＲＸＮ）をコードする微生物を含み得る。酪酸キナーゼは、トランフェラーゼのファミリーに属する酵素、例えば、アクセプターとしてカルボキシ基を用いてリン含有基を転移させるもの（例えば、ホスホトランスフェラーゼ）である。この酵素クラスの系統名は、ＡＴＰ：ブタン酸１−ホスホトランスフェラーゼであり得る。酪酸キナーゼは、酪酸代謝に関与することができる。酪酸キナーゼは、次の反応を触媒することができる：
【化１】
2021532097.tif 000003
【０１４２】
本開示の組成物は、酪酸補酵素Ａを有する微生物を含むことができる。酪酸補酵素Ａ、同様にブチリル補酵素Ａ、は、酪酸の補酵素Ａ活性化形態であり得る。酪酸補酵素Ａは、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼによる作用を受け得、アセトン−ブタノール−エタノール発酵における中間化合物であり得る。酪酸補酵素Ａは、酪酸代謝に関与することができる。
【０１４３】
本開示の組成物は、酪酸補酵素Ａトランスフェラーゼ酵素をコードする微生物を含み得る。酪酸−アセト酢酸ＣｏＡトランスフェラーゼとしても公知の、酪酸補酵素Ａトランスフェラーゼは、トラスフェラーゼのファミリー、例えば、ＣｏＡトランスフェラーゼに属することができる。この酵素クラスの系統名は、ブタノイルＣｏＡ：アセト酢酸ＣｏＡトランスフェラーゼであり得る。一般に使用されている他の名称としては、ブチリル補酵素Ａ−アセト酢酸補酵素Ａトランスフェラーゼ（例えば、ＥＣ  ２．８．３．９；ＭｅｔａＣｙｃ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  ＩＤ  ２．８．３．９−ＲＸＮ）、およびブチリルＣｏＡ−アセト酢酸ＣｏＡトランスフェラーゼを挙げることができる。酪酸補酵素Ａトランスフェラーゼは、次の化学反応を触媒することができる：
【化２】
2021532097.tif 000004
【０１４４】
本開示の組成物は、酢酸補酵素Ａトランスフェラーゼ（例えば、ＥＣ  ２．８．３．１／２．８．３．８；ＭｅｔａＣｙｃ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  ＩＤ  ＢＵＴＹＲＡＴＥ−ＫＩＮＡＳＥ−ＲＸＮ）をコードする微生物を含むことができる。
【０１４５】
本開示の組成物は、ブチリル補酵素Ａデヒドロゲナーゼをコードする微生物を含むことができる。ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼは、オキシドレダクターゼのファミリーに属することができ、例えば、他のアクセプターを用いてドナーのＣＨ−ＣＨ基に作用するものであり得る。この酵素クラスの系統名は、ブタノイルＣｏＡ：アクセプター２，３−オキシドレダクターゼであり得る。一般に使用されている他の名称としては、ブチリルデヒドロゲナーゼ、不飽和アシルＣｏＡレダクターゼ、エチレンレダクターゼ、エノイル補酵素Ａレダクターゼ、不飽和アシル補酵素Ａレダクターゼ、ブチリル補酵素Ａデヒドロゲナーゼ、短鎖アシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、短鎖アシル補酵素Ａデヒドロゲナーゼ、３−ヒドロキシアシルＣｏＡレダクターゼ、およびブタノイルＣｏＡ：（アクセプター）２，３−オキシドレダクターゼを挙げることができる。ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼが関与し得る代謝経路の非限定的な例としては、脂肪酸代謝；バリン、ロイシンおよびイソロイシン分解；ならびにブタン酸代謝が挙げられる。ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼは、ＦＡＤという１つの補因子を利用することができる。ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼは、次の反応を触媒することができる：
【化３】
2021532097.tif 000005
【０１４６】
本開示の組成物は、ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼをコードする微生物を含むことができる。ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼまたは３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼは、オキシドレダクターゼのファミリーに属することができ、例えば、ＮＡＤ＋またはＮＡＤＰ＋をアクセプターとして用いてドナーのＣＨ−ＯＨ基に作用するものであり得る。この酵素クラスの系統名は、（Ｓ）−３−ヒドロキシブタノイル−ＣｏＡ：ＮＡＤＰ＋オキシドレダクターゼであり得る。一般に使用されている他の名称としては、ベータ−ヒドロキシブチリル補酵素Ａデヒドロゲナーゼ、Ｌ（＋）−３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ＢＨＢＤ、デヒドロゲナーゼ、Ｌ−３−ヒドロキシブチリル補酵素Ａ（ニコチンアミドアデニン，ジヌクレオチドリン酸）、Ｌ（＋）−３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、および３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼを挙げることができる。ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ酵素は、コライゲーション（ｃｏ−ｌｉｇａｔｉｏｎ）によってベンゾエート分解に関与することができる。ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ酵素は、ブタン酸代謝に関与することができる。ベータ−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼは、次の反応を触媒することができる：
【化４】
2021532097.tif 000006
【０１４７】
本開示の組成物は、クロトナーゼをコードする微生物を含むことができる。クロトナーゼは、例えば、デハロゲナーゼ、ヒドラターゼ、イソメラーゼ活性を有する、酵素を含むことができる。クロトナーゼは、炭素間結合形成、切断、およびチオエステルの加水分解に関与することができる。クロトナーゼスーパーファミリーの酵素としては、例えば、２−トランス−エノイルＣｏＡの３−ヒドロキシアシルＣｏＡへの水和を触媒することができるエノイルＣｏＡヒドラターゼ；不飽和脂肪酸酸化の中間体の３−二重結合を２−トランス位にシフトさせることができる３−２トランス−エノイルＣｏＡイソメラーゼまたはドデセノイルＣｏＡイソメラーゼ（ｉｓｏｍｅｒｉｓｅ）（例えば、ＥＣ５．３．３．８）；ブチレート／ブタノール産生経路に関与することができる３−ヒドロキシブチリルＣｏＡデヒドラターゼ（例えば、クロトナーゼ；ＥＣ４．２．１．５５）；４−クロロ安息香酸ＣｏＡの４−ヒドロキシ安息香酸ＣｏＡへの変換を触媒することができる４−クロロベンゾイルＣｏＡデハロゲナーゼ（例えば、ＥＣ３．８．１．６）；３−トランス，５−シス−ジエノイルＣｏＡの２−トランス，４−トランス−ジエノイルＣｏＡへの異性化を触媒することができるジエノイルＣｏＡイソメラーゼ；メナキノン（例えば、ビタミンＫ２）の生合成に関与することができるナフトエ酸シンターゼ（例えば、ＭｅｎＢ、またはＤＨＮＡシンテターゼ；ＥＣ４．１．３．３６）；Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおけるクロトノベタインのＬ−カルニチンへの可逆的変換を触媒することができるカルニチンラセマーゼ（例えば、遺伝子ｃａｉＤ）；メチルマロニルＣｏＡデカルボキラーゼ（例えば、ＭＭＣＤ；ＥＣ４．１．１．４１）；カルバペネム生合成に関与することができるカルボキシメチルプロリンシンターゼ（例えば、ＣａｒＢ）；二環式ベータ−ジケトンの光学活性ケト酸への脱対称化を触媒することができる６−オキソカンファーヒドロラーゼ；脂肪酸ベータ酸化サイクルにおける最後の３反応を触媒することができる多酵素複合体である脂肪酸酸化複合体のアルファサブユニット；およびエノイルＣｏＡヒドラターゼの二官能性ＲＮＡ結合ホモログであり得るＡＵＨタンパク質を挙げることができる。
【０１４８】
本開示の組成物は、チオラーゼをコードする微生物を含むことができる。アセチル補酵素Ａアセチルトランスフェラーゼ（ＡＣＡＴ）としても公知のチオラーゼは、例えばメバロン酸経路において、２単位のアセチルＣｏＡをアセトアセチルＣｏＡに変換することができる。チオラーゼは、例えば、分解性チオラーゼ（例えば、ＥＣ  ２．３．１．１６）および生合成チオラーゼ（例えば、ＥＣ  ２．３．１．９）を含み得る。チオラーゼＩとも呼ばれる、３−ケトアシルＣｏＡチオラーゼは、脂肪酸ベータ酸化などの分解経路に関与することができる。チオラーゼＩＩとも呼ばれる、アセトアセチルＣｏＡチオラーゼは、アセトアセチルＣｏＡのチオリシスに特異的であり得、ポリベータ−ヒドロキシ酪酸合成またはステロイド新生などの、生合成経路に関与することができる。チオラーゼは、次の反応を触媒することができる：
【化５】
2021532097.tif 000007
【０１４９】
本開示の組成物は、１種または複数種の絶対嫌気性生物を含み得る。微生物は、酸素安定性である絶対嫌気性生物であり得る。
【０１５０】
本開示の微生物、例えば、酸素安定性微生物は、大気条件、例えば、少なくとも約１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％または２５％の酸素を含有する大気下で安定であり得る。微生物の安定性および生存率は、少なくとも約７日間、１４日間、２８日間、３０日間、６０日間、８４日間、９０日間、１２０日間、１５０日間、１８０日間、１９２日間、３６５日間または７３０日間モニターしてもよい。微生物は、少なくとも約０℃、５℃、１０℃、１５℃、２０℃、２５℃または３０℃の温度で安定であり得る。１種または複数種の酸素安定性微生物は、０百万分率（ｐｐｍ：ｐａｒｔｓ  ｐｅｒ  ｍｉｌｌｉｏｎ）の酸素〜１００ｐｐｍの酸素で生存可能であり得る。酸素安定性微生物は、高くて０．１ｐｐｍ、０．２ｐｐｍ、０．３ｐｐｍ、０．４ｐｐｍ、０．５ｐｐｍ、０．６ｐｐｍ、０．７ｐｐｍ、０．８ｐｐｍ、０．９ｐｐｍ、１ｐｐｍ、１．２ｐｐｍ、１．４ｐｐｍ、１．６ｐｐｍ、１．８ｐｐｍ、２ｐｐｍ、２．２ｐｐｍ、２．４ｐｐｍ、２．６ｐｐｍ、２．８ｐｐｍ、３ｐｐｍ、３．２ｐｐｍ、３．４ｐｐｍ、３．６ｐｐｍ、３．８ｐｐｍ、４ｐｐｍ、４．２ｐｐｍ、４．４ｐｐｍ、４．６ｐｐｍ、４．８ｐｐｍ、５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは１００ｐｐｍの酸素において生存可能であり得る。酸素安定性微生物は、０％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％または２％の溶存酸素（ＤＯ：ｄｉｓｓｏｌｖｅｄ  ｏｘｙｇｅｎ）において生存可能であり得る。
【０１５１】
組成物は、２種以上の微生物集団を含むことができる。例えば、組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０、または少なくとも７５、または少なくとも１００種の異なる微生物集団（例えば、株、種、門、綱、目、科または属）を含むことができる。組成物は、多くて１、多くて２、多くて３、多くて４、多くて５、多くて６、多くて７、多くて８、多くて９、多くて１０、多くて１１、多くて１２、多くて１３、多くて１４、多くて１５、多くて１６、多くて１７、多くて１８、多くて１９、多くて２０、多くて２１、多くて２２、多くて２３、多くて２４、多くて２５、多くて２６、多くて２７、多くて２８、多くて２９、多くて３０、多くて３１、多くて３２、多くて３３、多くて３４、多くて３５、多くて３６、多くて３７、多くて３８、多くて３９、多くて４０、多くて４５、または多くて５０、または多くて７５、または多くて１００種の異なる微生物集団（例えば、株、種、門、綱、目、科または属）を含むことができる。
【０１５２】
組成物は、相乗的微生物集団を含むことができる。組成物中で異なる微生物を組み合わせることは、微生物単独の安定性と比較して、組成物中での微生物の安定性を上昇させるか、または維持することを補助することができる。例えば、第１の微生物の投与は、対象にとって有益であり得、第２の微生物の投与は、対象にとって有益であり得るが、２種の微生物を対象に一緒に投与すると、その利益は、単独でのどちらかの利益より大きい。
【０１５３】
組成物中の微生物は、同じ量または異なる量で存在することができる。例えば、組成物中の２種の微生物の比は、約１．５：１、１：１、１：１．５、１：２、１：３、１：４、１：５、１：１０、１：２５、１：５０、１：１００、１：１０００、１：１０，０００または１：１００，０００であり得る。
【０１５４】
本開示の組成物および方法は、障害を処置するために使用することができる。障害は、マイクロバイオーム関連障害であり得る。障害は、ディスバイオシス（例えば、腸内ディスバイオシス）と関連付けられる併存症であり得る。
【０１５５】
障害は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ：ｓｈｏｒｔ−ｃｈａｉｎ  ｆａｔｔｙ  ａｃｉｄ）の産生の変更と関連付けられるか、またはこれに起因し得る。ＳＣＦＡは、それらの脂肪族テールに６個またはそれ未満の炭素を有する、脂肪酸の部分群であり得る。ＳＣＦＡの非限定的な例としては、アセテート、プロピオネート、イソブチレート、イソ吉草酸、３−メチルブタン酸、吉草酸、ペンタン酸、デルフィン酸、イソペンタン酸およびブチレートが挙げられる。ＳＣＦＡ産生の変更は、例えば、対象のマイクロバイオームの変更、例えば、腸内のＳＣＦＡ産生微生物集団の低減、ＳＣＦＡ産生経路の変更、ＳＣＦＡ産生に必要な基質、補因子もしくはプレバイオティクスの変更、またはこれらの任意の組合せに起因し得る。ＳＣＦＡの互いに対する相対存在量の変更は、障害につながり得る。例えば、変更された繊維対アセテート産生経路、または変更されたアセテート対ブチレート産生経路は、障害につながり得る。
【０１５６】
障害は、対象におけるブチレート産生の低減と関連付けることができる。ブチレートは、例えば、食物繊維を使用して腸内でブチレート産生微生物によって産生することができる。腸内のブチレート産生は、微生物の組合せ、例えば、ブチレート中間体（例えば、アセテートまたはラクテート）を産生する第１の微生物、およびブチレート中間体をブチレートに変換する第２の微生物を含み得る。ブチレートは、腸細胞によって吸収され、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ：Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｕｐｌｅｄ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）シグナル伝達を開始させることができ、グルカゴン様ペプチド−１（ＧＬＰ−１：ｇｌｕｃａｇｏｎ−ｌｉｋｅ  ｐｅｐｔｉｄｅ−１）分泌に至る。それらの中心的な役割のために、ブチレートなどのＳＣＦＡは、多くの身体機能に関与し得る。例えば、炎症を低減し、腸管透過性を調節し、グルコース管理を改善し、インスリン非感受性を改善し、免疫系を調節し、満腹感を促進し、食事摂取量を低減し、遊離脂肪酸受容体を活性化し、レプチンを産生し、ＮＦ−カッパＢ経路を調節（例えば、阻害）し、イオン保持を改善し、腸の病原菌およびそれらの毒素に対する回復力を改善し、かつ腸−脳軸をモジュレートする。
【０１５７】
障害は、代謝障害または消化管障害であり得る。代謝障害の非限定的な例としては、糖尿病前症、インスリン抵抗性、糖尿病、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、妊娠糖尿病、若年性糖尿病、メタボリックシンドローム、炎症性腸疾患（ＩＢＤ：ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｂｏｗｅｌ  ｄｉｓｅａｓｅ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、肥満、過体重状態、虚血再灌流傷害、例えば肝虚血再灌流傷害、脂肪肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ：ｎｏｎ−ａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｆａｔｔｙ  ｌｉｖｅｒ  ｄｉｓｅａｓｅ）、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ：ａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ：ｎｏｎ−ａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ）、非肥満対象におけるＮＡＦＬＤ（例えば、肥満問題にも超過体重問題にも起因または関係しないＮＡＦＬＤ）、非肥満対象におけるＮＡＳＨ（例えば、肥満問題にも超過体重問題にも起因または関係しないＮＡＳＨ）、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、偽膜性大腸炎、腎機能障害、腎臓病態、糸球体疾患、乳糖不耐症、インスリン非感受性、インスリン欠乏、インスリン抵抗性、グルコース不耐性、下痢、アレルギー性下痢、デキストラン硫酸ナトリウム誘発大腸炎、セリアック病および胃不全麻痺が、挙げられる。一部の場合、障害は、Ｉ型糖尿病であり得る。一部の場合、障害は、２型糖尿病であり得る。一部の場合、障害は、糖尿病前症であり得る。一部の場合、障害は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）であり得る。一部の場合、障害は、下痢であり得る。
【０１５８】
障害は、神経障害または行動障害であり得る。神経障害の非限定的な例としては、神経活動障害、不安、うつ状態、食物依存症、慢性疲労症候群、自閉症、自閉症スペクトラム障害、アスペルガー症候群、広汎性発達障害、パーキンソン病、アルツハイマー病、認知症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、球麻痺、仮性球麻痺、原発性側索硬化症、運動ニューロン機能障害（ＭＮＤ）、軽度認知障害（ＭＣＩ）、ハンチントン病、眼疾患、加齢黄斑変性、緑内障、視力喪失、老視、白内障、進行性筋萎縮症、下位運動ニューロン疾患、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）、ウェルドニッヒ・ホフマン病（ＳＭＡ１）、ＳＭＡ２、クーゲルベルグ・ウェランダー病（ＳＭ３）、ケネディー病、ポリオ後症候群、および遺伝性痙性対麻痺が挙げられる。本開示の方法および組成物は、例えば、気分を安定させるために、気分を向上させるために、過度の精神的苦痛をモジュレートするために、不安を軽減させるために、ストレスを軽減させるために、およびこれらの組合せのために、使用することができる。一部の場合、障害は、自閉症であり得る。一部の場合、障害は、うつ状態であり得る。
【０１５９】
障害は、免疫学的障害または免疫系関連状態であり得る。免疫系関連状態の非限定的な例としては、アレルギー、炎症、炎症性障害、アナフィラキシーショック、自己免疫疾患、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ：ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ）、強皮症、糖尿病、自己免疫性腸症、セリアック（ｃｏｅｌｉａｃ／ｃｅｌｉａｃ）病、クローン病、顕微鏡的大腸炎、潰瘍性大腸炎、変形性関節症、骨粗鬆症、口腔粘膜炎、炎症性腸疾患、円背、椎間板ヘルニア、潰瘍性喘息、腎線維症、肝線維症、膵線維症、心臓線維症、皮膚創傷治癒および口腔粘膜下線維症が、挙げられる。一部の場合、障害は、炎症であり得る。
【０１６０】
障害は、皮膚障害または皮膚科障害であり得る。そのような障害の非限定的な例としては、皮膚健康状態、ざ瘡、乾癬、湿疹、発疹、しわ、そう痒（ｐｒｕｒｉｔｉｓ）、異感覚、丘疹落屑性障害（ｐａｐｕｌｏｓｑｕａｍｏｕｓ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、紅皮症、扁平苔癬、苔癬様皮膚症、アトピー性皮膚炎、湿疹性発疹、好酸球性皮膚症、反応性好中球性皮膚症、天疱瘡、類天疱瘡、免疫水疱性皮膚症、皮膚の線維性組織球性（ｆｉｂｒｏｈｉｓｔｏｃｙｔｉｃ）増殖、皮膚リンパ腫および皮膚ループスが、挙げられる。一部の場合、障害は、湿疹であり得る。一部の場合、障害は、発疹であり得る。
【０１６１】
障害は、心血管状態であり得る。心血管状態の非限定的な例としては、狭心症、不整脈、アテローム動脈硬化症、心筋症、うっ血性心不全、冠動脈疾患（ＣＡＤ）、頸動脈疾患、心内膜炎、心臓発作、冠動脈血栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、高血圧／高血圧症、大動脈瘤、脳瘤、心臓線維症、心臓拡張機能障害、高コレステロール血症／高脂血症、心疾患（ｈｅａｓｒｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）、僧帽弁逸脱、末梢血管疾患、末梢動脈疾患（ＰＡＤ）、心臓のストレス抵抗性、脳卒中、コレステロールに関連する障害、およびトリグリセリド上昇に関連する障害が挙げられる。
【０１６２】
障害は、肺の障害であり得る。肺の状態の非限定的な例としては、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、喘息、嚢胞性線維症、気管支拡張症、および肺気腫が挙げられる。
【０１６３】
障害は、結合組織障害であり得る。結合組織障害の非限定的な例としては、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、強皮症、サルコイドーシスおよびウェゲナー肉芽腫症が、挙げられる。
【０１６４】
障害は、がんであり得る。がんの非限定的な例としては、結腸直腸がん、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連がん、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、肛門がん、虫垂がん、星細胞腫、神経芽腫、基底細胞癌、胆管がん、膀胱がん、骨がん、脳腫瘍、例えば小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、視覚路および視床下部神経膠腫、乳がん、気管支腺腫、バーキットリンパ腫、原発不明の癌、中枢神経系リンパ腫、小脳星細胞腫、子宮頸がん、小児がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸がん、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜がん、上衣腫、食道がん、ユーイング肉腫、胚細胞腫瘍、胆嚢がん、胃がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、神経膠腫、ヘアリー細胞白血病、頭頸部がん、心臓がん、肝細胞（肝）がん、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、眼内黒色腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎がん、喉頭がん、口唇および口腔がん、脂肪肉腫、肝がん、肺がん、例えば非小細胞および小細胞肺がん、リンパ腫、白血病、マクログロブリン血症、骨悪性線維性組織球腫／骨肉腫、髄芽腫、黒色腫、中皮腫、原発不明の転移性頸部扁平上皮がん、口のがん、多発性内分泌腫瘍症候群、骨髄異形成症候群、骨髄性白血病、鼻腔および副鼻腔がん、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、口腔がん、中咽頭がん、骨肉腫／骨悪性線維性組織球腫、卵巣がん、卵巣上皮がん、卵巣胚細胞腫瘍、膵がん、膵島細胞がん、副鼻腔および鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、下垂体腺腫、胸膜肺芽腫、形質細胞新生物、中枢神経系原発リンパ腫、前立腺がん、直腸がん、腎細胞癌、腎盂および尿管移行上皮がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫、皮膚がん、皮膚メルケル細胞癌、小腸がん、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、胃がん、Ｔ細胞リンパ腫、咽喉がん、胸腺腫、胸腺癌、甲状腺がん、絨毛性腫瘍（妊娠性）、原発巣不明のがん、尿道がん、子宮肉腫、膣がん、外陰がん、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍、および転移が挙げられる。
【０１６５】
障害は、膣の障害であり得る。膣の状態の非限定的な例としては、膣炎、細菌性膣炎、ウイルス性膣炎、外陰部膣炎、酵母感染症、早産、受精能に関連する状態（例えば、低受精能）、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ、外陰部痛洗浄フォローアップ処置、外陰部前庭炎、外陰部痛、膣洗浄（ｖａｇｉｎａｌ  ｄｏｕｃｈｉｎｇ）が、挙げられる。本開示の組成物は、洗浄後（例えば、外陰部痛を有する対象における洗浄後）に使用することができる。
【０１６６】
障害は、歯科障害であり得る。歯科障害の非限定的な例としては、虫歯および口臭が挙げられる。
【０１６７】
障害は、妊娠に関連する状態であり得る。妊娠に関連する状態の非限定的な例としては、早期分娩、早産、妊娠中の肥満、または妊娠糖尿病が挙げられる。本開示の組成物は、帝王切開によって出産されることになる乳児を妊娠している妊婦および／または帝王切開によって出産された乳児に投与することができる。本開示の組成物は、乳児または母体において腸管の病原体または本明細書で説明される障害のうちのいずれかの発生を減少させるために、乳児、妊婦または両方に投与することができる。乳児は、帝王切開によって出産された乳児であり得る。乳児は、人工栄養乳児であり得る。
【０１６８】
障害は、睡眠障害、多発性硬化症、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症などの感染症、泌尿生殖器障害、口腔鵞口瘡、糖尿病性足部潰瘍、菌血症、乳児疝痛、尿路感染症、放射線腸症、虫垂炎、アトピー性疾患、老化、加齢性障害、早期老化障害、化学療法または放射線療法により誘発される状態、飢餓関連状態、転移、または薬物代謝と関連付けられる状態であり得る。本開示の組成物は、抗生物質処置後に投与することができる（例えば、子供において）。本開示の組成物は、肥満外科手術を受けた対象に投与することができる（例えば、肥満外科手術後）。本開示の組成物は、抗体／免疫療法コンパニオンとして投与することができる。本開示の組成物は、本明細書で説明される障害のうちのいずれかの併存症を処置するために投与することができる。
【０１６９】
組成物は、プレバイオティクスを含み得る。プレバイオティクスは、宿主における微小生物の成長または活性に影響を与えることができる。プレバイオティクスは、例えば結腸内で、選択的に発酵され得る。プレバイオティクスは、微生物のためのエネルギー源としての機能を果たすことができる。プレバイオティクスの非限定的な例としては、複合糖質、複合糖、難消化性デキストリン、難消化性デンプン、アミノ酸、ペプチド、栄養化合物、ビオチン、ポリデキストロース、オリゴ糖、多糖、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ：ｆｒｕｃｔｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、フルクタン、可溶性繊維、不溶性繊維、繊維、デンプン、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ：ｇａｌａｃｔｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、イヌリン、リグニン、サイリウム、キチン、キトサン、ガム（例えば、グァーガム）、高アミローストウモロコシデンプン（ＨＡＳ：ｈｉｇｈ  ａｍｙｌｏｓｅ  ｃｏｒｎｓｔａｒｃｈ）、セルロース、β−グルカン、ヘミセルロース、ラクツロース、マンノオリゴ糖、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ：ｍａｎｎａｎ  ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、トランス−ガラクトオリゴ糖、ペクチン、難消化性デンプン、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ：ｘｙｌｏｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）、ローカストビーンガム、Ｐ−グルカンおよびメチルセルロースが、挙げられる。
【０１７０】
プレバイオティクスおよび微生物の組合せは、いずれの外部投入物も必要としない完全自給自足系を作り出すように製剤化され得る。そのような組合せは、対象においてアミノ酸、ポリフェノール、ビタミン、および栄養価のある他の化合物を産生するための完全な系を提供することができる。ＳＣＦＡ産生微生物と、ＳＣＦＡ産生微生物の活性に必要な食物繊維および他の作用物質を含むプレバイオティクスとの組合せで、対象を処置することができる。このようにして、プレバイオティクスおよび微生物は、微生物が、プレバイオティクス食物繊維をＳＣＦＡ（例えば、ブチレート、アセテート、プロピオネート）に変換し、このＳＣＦＡが、障害を処置するための下流シグナル伝達を誘発することができる、自給自足系を形成する。
【０１７１】
本開示の組成物および方法は、対象における微生物の生着を増加させることができる。生着は、対象における微生物の相対存在量の増加によって示すことができる。実例となる方法では、対象における微生物の生着は、微生物の投与前（例えば、ベースライン試料）および投与後（例えば、ウォッシュアウト期間試料）に対象から得られた生体試料（例えば、腸内マイクロバイオームを評定するための便試料）において、生着したことになる微生物の核酸の相対量を測定することによって決定することができる。投与された微生物の生着は、ウォッシュアウト試料中の微生物の核酸の量の、ベースライン試料または対照と比較した増加をもたらし得る。核酸の量は、シークエンシングまたはｑＰＣＲを使用して決定することができる。微生物に対する標的特異的プライマーは、生着をアッセイするために使用することができる。
【０１７２】
別の実例となる方法では、対象における微生物の生着は、ある対象または対象の群から得た生体試料（例えば、腸内マイクロバイオームを評定するための便試料）中の微生物の核酸の相対量を、第２の対象または対象の群と比較して測定することによって決定することができる。第１の対象または対象の群は、本開示の組成物（例えば、少なくとも１種類のムチン分解微生物と少なくとも１種類のブチレート産生微生物とを含む）を投与され得る。第２の対象または対象の群は、プラセボ、本開示の代替の組成物または対照組成物（例えば、ブチレート産生微生物を含むが、ムチン分解微生物を含まない組成物）を投与され得る。生体試料は、例えば、組成物の投与中、またはウォッシュアウト期間後に得ることができる。投与された微生物の生着は、第１の対象または対象の群における微生物の核酸の量の、第２の対象または対象の群と比較した増加をもたらし得る。核酸の量は、シークエンシングまたはｑＰＣＲを使用して決定することができる。微生物に対する標的特異的プライマーは、生着をアッセイするために使用することができる。
【０１７３】
本開示の組成物および方法は、対象における微生物の生着（例えば、微生物の核酸を測定することによって決定される）を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して少なくとも約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍またはそれよりも多く増加させることができる。
【０１７４】
本開示の組成物および方法は、対象における微生物の生着を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して少なくとも約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％増加させることができる。本開示の組成物および方法は、対象における微生物の生着を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％増加させることができる。
【０１７５】
本開示の組成物および方法は、対象におけるＳＣＦＡ産生を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して少なくとも約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％増加させることができる。本開示の組成物および方法は、対象におけるＳＣＦＡ産生を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％増加させることができる。
【０１７６】
本開示の組成物および方法は、対象におけるブチレート産生を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して少なくとも約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％増加させることができる。本開示の組成物および方法は、対象におけるブチレート産生を、対照（例えば、ベースラインまたは処置前）と比較して約１％、２％、３％、４％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％増加させることができる。
【０１７７】
対照試料とは、ベースライン試料、例えば、組成物の投与前に収集された試料を指し得る。対照とは、他の微生物の生着を増進する微生物を欠いている微生物組成物を指し得る。対照とは、プラセボ試料を指し得る。
【０１７８】
本明細書で説明される微生物組成物を使用して、対象を処置するための組成物の治療有効量を含む医薬組成物を作り出すことができる。本開示の医薬組成物は、本明細書に記載される任意の微小生物と、他の成分、例えば、担体、安定剤、希釈剤、分散剤、懸濁化剤、増粘剤および賦形剤との組合せであり得る。医薬組成物は、対象への微小生物の投与を容易にすることができる。投与されるべき治療組成物の適切な量、処置の回数および単位用量は、対象および／または対象の病状によって変動し得る。組成物は、治療薬または化粧品として投与することができる。
【０１７９】
本開示の組成物は、実質的に乾燥粉末形態に製剤化された単離および精製された微生物を含み得る。単離および精製された微生物は、微生物培養物の凍結乾燥から得ることができる。凍結乾燥した組成物は、投与前に食塩水または他の溶液と混合してもよい。
【０１８０】
組成物は、生存可能な微生物を含むことができる。例えば、微生物組成物は、微生物が標的生息環境（例えば、腸）に送達されると、複製することができる微生物を含む。一部の場合、組成物は、芽胞を含まないことがある。
【０１８１】
組成物は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２カ月の有効期間を有することができる。絶対嫌気性微生物を含む組成物は、有効期間を増すために酸素への曝露を低減または除去するように製剤化することができる。
【０１８２】
本明細書で開示される組成物は、食品もしくは飲料製品、化粧品、または栄養補給剤として製剤化してもよい。微生物組成物を、栄養補助食品として製剤化することができる。微生物組成物にビタミン補給剤を組み込むことができる。微生物組成物を、プロバイオティクスグミなどの噛み砕ける形態で製剤化することができる。微生物組成物を食物および／またはドリンクの形態に組み込むことができる。微生物組成物を組み込むことができる食物およびドリンクの非限定的な例としては、例えば、バー、シェーク、ジュース、乳児用調製乳、飲料、冷凍食品、発酵食品、ならびに培養乳製品、例えば、ヨーグルト、ヨーグルトドリンク、チーズ、アシドフィルス飲料およびケフィアが挙げられる。
【０１８３】
組成物は、対象の消化管の適切な部分への放出のために製剤化することができる。消化管領域の非限定的な例としては、十二指腸、小腸領域（十二指腸、空腸、回腸を含む）、および大腸領域（盲腸、結腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、Ｓ状結腸、直腸および肛門管を含む）が、挙げられる。組成物は、消化管の回腸または結腸領域への送達用に製剤化することができる。
【０１８４】
組成物は、任意の適切な送達方法による送達用に製剤化することができる。送達経路の非限定的な例としては、局所、経口、非経口、直腸、粘膜、膣、および経腸／消化管が、挙げられる。投与経路の組合せを利用することができる。
【０１８５】
組成物を、例えば、消化管内で組成物を放出するように設計されたカプセル剤、丸剤、散剤、錠剤、ゲル剤または液体（ｌｉｑｕｉｄ）によって、経口投与することができる。
【０１８６】
１つの非限定的な例では、微生物組成物は、経口投与用に、例えば、丸剤またはカプセル剤で製剤化することができる。組成物は、例えば、対象の胃における内容物の放出を防ぐための腸溶コーティングを含み得る。組成物は、対象の消化管領域（例えば、上部結腸；回腸、結腸領域）における組成物内容物の実質的な放出のために設計することができる。
【０１８７】
腸溶コーティングは、組成物の内容物、例えば、丸剤またはカプセル剤などの経口組成物を胃の酸性度から保護することができる。腸溶コーティングは、回腸および／または上部結腸領域への送達をもたらすことができる。微生物組成物を、組成物の内容物が対象の腸領域、例えば回腸および／または結腸領域、以外の体部において放出されることがないように、製剤化することができる。腸溶コーティングの非限定的な例としては、ｐＨ感受性ポリマー（例えば、ユードラジットＦＳ３０Ｄ）、アクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、酢酸コハク酸セルロース、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、酢酸コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース（例えば、酢酸コハク酸ヒプロメロース）、ポリ酢酸フタル酸ビニル（ＰＶＡＰ）、メタクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、セラック、酢酸トリメリット酸セルロース、アルギン酸ナトリウム、ゼイン、他のポリマー、脂肪酸、ワックス、セラック、プラスチック、および植物繊維が挙げられる。腸溶コーティングは、ｐＨ感受性ポリマーにより形成され得る。腸溶コーティングは、ユードラジットＦＳ３０Ｄにより形成され得る。
【０１８８】
腸溶コーティングを、任意の好適なｐＨで溶解するように設計することができる。腸溶コーティングは、約ｐＨ６．５〜約ｐＨ７．０より高いｐＨで溶解するように設計され得る。腸溶コーティングは、約ｐＨ６．５より高いｐＨで溶解するように設計され得る。腸溶コーティングは、約ｐＨ７．０より高いｐＨで溶解するように設計され得る。腸溶コーティングを、約５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９または８ｐＨ単位より高いｐＨで溶解するように設計することができる。腸溶コーティングを、腸、例えば、回腸および／または結腸領域で溶解するように設計することができる。腸溶コーティングを胃で溶解しないように設計することができる。
【０１８９】
組成物を局所投与することができる。組成物を、局所投与可能な組成物、例えば、液剤、懸濁剤、ローション剤、ゲル剤、ペースト剤、薬用スティック、香膏、クリーム剤、軟膏剤、液体、ラップ、接着剤またはパッチ剤として、製剤化することができる。組成物は、可溶化剤、安定剤、張性増強剤、バッファおよび保存剤を含有することができる。
【０１９０】
組成物は、例えば、例えばブチレート、プロピオネート、アセテートおよび短鎖脂肪酸を含む組成物については、注射によって投与することができる。組成物は、坐薬を使用して、または浣腸により投与することができる。投与経路の組合せを利用することができる。
【０１９１】
本開示の組成物は、糞便移植プロセスの一部として投与することができる。組成物は、管、例えば、経鼻胃管、経鼻空腸管、経鼻十二指腸管、経口胃管、経口空腸管または経口十二指腸管により、対象に投与することができる。組成物は、結腸内視鏡検査、内視鏡検査、Ｓ状結腸鏡検査および／または浣腸により対象に投与することができる。
【０１９２】
組成物は、代謝物、バクテリオシン、酵素、抗微生物ペプチド、抗生物質、プレバイオティクス、プロバイオティクス、グリカン、バクテリオファージおよびこれらの任意の組合せを含み得る。組成物は、イヌリン、スクロース、トレハロース、グリセリン、マルトデキストリン、ヒドロキシプロピルメチルセルロースまたはこれらの組合せを含むことができる。組成物は、例えば、微生物がそれら自体の代謝物を産生し得る前に治療薬の初期有効性を支援するための代謝物を含むことができる。代謝物は、それらの脂肪族テールに６個またはそれ未満の炭素を有する脂肪酸の部分群であり得る短鎖脂肪酸、例えば、アセテート、プロピオネート、イソブチレート、イソ吉草酸、３−メチルブタン酸、吉草酸、ペンタン酸、デルフィン酸、イソペンタン酸、およびブチレートを含み得る。
【０１９３】
組成物を、低温保存で、例えば、約−８０℃、約−２０℃、約−４℃、または約４℃の温度で、保存することができる。本明細書で提供される組成物は、任意の好適な温度で保存することができる。保存温度は、例えば、約０℃、約１℃、約２℃、約３℃、約４℃、約５℃、約６℃、約７℃、約８℃、約９℃、約１０℃、約１２℃、約１４℃、約１６℃、約２０℃、約２２℃、または約２５℃であり得る。保存温度は、約２℃〜約８℃の間であり得る。低温、例えば、約２℃〜約８℃での微生物組成物の保存は、微生物を生かしておくことができ、組成物の効率を高めることができる。冷却状態はまた、患者に心地よい緩和をもたらすことができる。抗凍結剤を用いる０℃未満の凍結温度での保存は、安定性をさらに拡大することができる。
【０１９４】
本開示の組成物は、任意の好適なｐＨであり得る。組成物のｐＨは、約３〜約１２の範囲であり得る。組成物のｐＨは、例えば、約３〜約４、約４〜約５、約５〜約６、約６〜約７、約７〜約８、約８〜約９、約９〜約１０、約１０〜約１１、または約１１〜約１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、または約１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、または少なくとも１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、高くとも３、高くとも４、高くとも５、高くとも６、高くとも７、高くとも８、高くとも９、高くとも１０、高くとも１１、または高くとも１２ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、例えば、約２．０、約２．１、約２．２、約２．３、約２．４、約２．５、約２．６、約２．７、約２．８、約２．９、約３．０、約３．１、約３．２、約３．３、約３．４、約３．５、約３．６、約３．７、約３．８、約３．９、約４．０、約４．１、約４．２、約４．３、約４．４、約４．５、約４．６、約４．７、約４．８、約４．９、約５．０、約５．１、約５．２、約５．３、約５．４、約５．５、約５．６、約５．７、約５．８、約５．９、約６．０、約６．１、約６．２、約６．３、約６．４、約６．５、約６．６、約６．７、約６．８、約６．９、または約７．０ｐＨ単位であり得る。ｐＨが、製剤者により所望される範囲外であった場合、十分な薬学的に許容される酸および塩基を使用することによりｐＨを調整することができる。組成物のｐＨは、約４〜約６ｐＨ単位であり得る。組成物のｐＨは、約５．５ｐＨ単位であり得る。
【０１９５】
本開示の組成物の投与に先行して、例えば、結腸洗浄方法、例えば結腸洗浄／水治療法、浣腸；緩下剤、栄養補助食品、食物繊維、酵素およびマグネシウムの投与を行うことができる。
【０１９６】
本開示の微生物は、芽胞の集団として製剤化することができる。芽胞含有組成物を、本明細書に記載される任意の好適な経路により投与することができる。経口投与される芽胞含有組成物は、胃の低ｐＨ環境で生存することができる。利用される芽胞の量は、例えば、全組成物の重量に対して約１％  ｗ／ｗ〜約９９％  ｗ／ｗであり得る。一部の場合、微生物組成物は、芽胞を含まない。
【０１９７】
本明細書で提供される組成物は、微生物組成物の安定性および／または生存を向上させるために治療薬または化粧品へ１種または複数種の作用物質の添加を含むことができる。安定剤の非限定的な例としては、遺伝子エレメント、グリセリン、アスコルビン酸、脱脂乳、ラクトース、Ｔｗｅｅｎ（登録商標）、アルギン酸塩、キサンタンガム、カラギーナンガム、マンニトール、パーム油、およびポリ−Ｌ−リシン（ＰＯＰＬ）が挙げられる。
【０１９８】
組成物は、組換え微生物、または遺伝子改変された微生物を含むことができる。例えば、組成物は、調節され得る微生物、例えば、微生物成長を制御するためのオペロンを含む微生物を含む。
【０１９９】
組成物を対象用にカスタマイズすることができる。例えば年齢、性別および体重を含む対象に特異的なデータを分析結果と組み合わせて、対象にカスタマイズされた治療剤を提供することができる。例えば、年齢および性別をマッチさせた健常対象の部分集団と比較して特定の微生物が少ないことが判明した対象のマイクロバイオームに、特定の微生物を含む治療用および／または化粧品組成物を与えて、対象と同じ年齢および性別を有する健常対象の部分集団のものとマッチさせることができる。
【０２００】
組成物は、抗生物質などの抗微生物剤での処置後に投与され得る。例えば、組成物は、抗生物質での処置の１２時間、１日、３日、１週間、２週間または１カ月後であり得る。
【０２０１】
組成物は、対象による食物摂取前または後に投与することができる。実例となる例では、組成物は、対象による食物摂取前に投与される。例えば、組成物は、食物摂取前に投与された場合、より有効であり得る、またはより効き目があり得る。例えば、組成物を、対象による食物摂取の約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間、または約１日前に、投与することができる。例えば、組成物を、対象による食物摂取の少なくとも約５分、約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間、または約１日前に、投与することができる。例えば、組成物を、対象による食物摂取の長くとも約１０分、約１５分、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１２時間、または約１日前に、投与することができる。
【０２０２】
組成物は、対象による食物摂取後に投与され得る。一部の場合には、組成物は、食物摂取後に投与された場合、より有効であり得る、またはより効き目があり得る。例えば、組成物を、対象による食物摂取の少なくとも約１分、２分、３分、５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、３時間、５時間、１０時間、１２時間、または１日後に、投与することができる。例えば、組成物を、対象による食物摂取の長くとも約１分、２分、３分、５分、１０分、１５分、３０分、４５分、１時間、２時間、３時間、５時間、１０時間、１２時間、または１日後に、投与することができる。
【０２０３】
組成物は、担体および賦形剤（バッファ、炭水化物、脂質、マンニトール、タンパク質、ポリペプチド、またはアミノ酸、例えばグリシン、抗酸化剤、静菌剤、キレート剤、懸濁化剤、増粘剤、および／または保存剤を含むがこれらに限定されない）、金属（例えば、鉄、カルシウム）、塩、ビタミン、無機質、水、油（石油、動物、植物または合成由来のもの、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱物油、ゴマ油などを含む）、食塩溶液、デキストロースおよびグリセロール水溶液、香味剤、着色剤、粘着除去剤および他の許容される添加剤、アジュバントまたは結合剤、生理条件に近づけるために必要に応じて他の薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ緩衝剤、張度調整剤、乳化剤、湿潤剤などを含み得る。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。
【０２０４】
本開示における使用に好適な薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例としては、造粒剤、結合剤、滑沢剤、分散剤、甘味剤、滑剤、抗粘着剤、帯電防止剤、界面活性剤、抗酸化剤、ガム、コーティング剤、着色剤、香味剤、分散増強剤、崩壊剤、コーティング剤、可塑剤、保存剤、懸濁化剤、乳化剤、植物セルロース材料および球状化剤、ならびにこれらの任意の組合せが挙げられる。
【０２０５】
薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，  Ｎｉｎｅｔｅｅｎｔｈ  Ｅｄ  （Ｅａｓｔｏｎ，  Ｐａ．：  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  １９９５）；  Ｈｏｏｖｅｒ，  Ｊｏｈｎ  Ｅ．，  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，  Ｅａｓｔｏｎ，  Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ  １９７５；  Ｌｉｂｅｒｍａｎ，  Ｈ．Ａ．  ａｎｄ  Ｌａｃｈｍａｎ，  Ｌ．，  Ｅｄｓ．，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｃｋｅｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｎ．Ｙ．，  １９８０；およびＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｓｅｖｅｎｔｈ  Ｅｄ．（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ  １９９９）において見出すことができ、これらの参考文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０６】
組成物には、保存剤が実質的に含まないことがある。一部の応用では、組成物は、少なくとも１つの保存剤を含有し得る。
【０２０７】
組成物は、糞便物質を実質的に含まないことがある。
【０２０８】
組成物を、好適なビヒクル、例えば、リポソーム、マイクロスフェアまたは微粒子内に封入することができる。ポリマーまたはタンパク質で形成されるマイクロスフェアを、消化管を通って血流に直接進むように調整することができる。あるいは、化合物を、マイクロスフェア、またはマイクロスフェアの複合材に組込み、数日〜数ヶ月の範囲の期間にわたる徐放のために移植することができる。
【０２０９】
組成物を、滅菌液剤または懸濁剤として製剤化することができる。治療用または化粧品組成物を、従来の手法により滅菌することができ、または滅菌濾過してもよい。得られた水性液剤を、そのままで使用するために包装してもよく、または凍結乾燥させてもよい。微生物組成物の凍結乾燥調製物は、経口投与に好適な形態、例えば、カプセル剤または丸剤で包装することができる。
【０２１０】
組成物を局所投与することができ、様々な局所投与可能組成物、例えば、液剤、懸濁剤、ローション剤、ゲル剤、ペースト剤、薬用スティック、香膏、クリーム剤および軟膏剤に製剤化することができる。そのような医薬組成物は、可溶化剤、安定剤、張性増強剤、バッファおよび保存剤を含有することができる。
【０２１１】
組成物を、従来の坐薬基剤、例えばカカオ脂または他のグリセリド、および合成ポリマー、例えばポリビニルピロリドン、ＰＥＧなどを含有する、浣腸、直腸ゲル剤、直腸フォーム剤、直腸エアロゾル剤、坐薬、ゼリー坐薬または停留浣腸などの、直腸用組成物に製剤化することもできる。坐薬形態の組成物では、脂肪酸グリセリドの混合物などの低融点ワックスが、必要に応じてカカオ脂と組み合わせて、使用され得る。
【０２１２】
薬学的に使用することができる調製物への微小生物の加工を容易にする賦形剤および補助剤を含む１種または複数種の生理的に許容される担体を使用して、微生物組成物を製剤化することができる。選択される投与経路に依存して、組成物を修飾することができる。本明細書に記載される組成物は、従来の方法で、例えば、従来の混合、溶解、造粒、糖衣丸作製、湿式粉砕、封入、捕捉、乳化または圧縮プロセスによって、製造することができる。
【０２１３】
本明細書に記載される微生物を含有する医薬組成物は、予防的および／または治療的処置のために投与することができる。治療的応用では、組成物を、疾患または状態に既に罹患している対象に、疾患もしくは状態の症状を治癒させるもしくは少なくともある程度抑止するのに十分な量で、または状態を治癒させる、治す、改善するもしくは軽快させるのに十分な量で、投与することができる。状態を発症する、状態に罹患するまたは状態を悪化させる可能性を低下させるために、微生物組成物を投与することもできる。この使用に有効な量は、疾患または状態の重症度および経過、過去の治療、対象の健康状態、体重、および薬物への応答、ならびに主治医の判断に基づいて変わり得る。
【０２１４】
複数の治療剤を、任意の順序でまたは同時に投与することができる。同時にの場合、複数の治療剤を、単一の一体化形態で提供することができ、または複数の形態で、例えば、複数の別個の丸剤として提供することができる。組成物を、一緒にまたは別々に、単一パッケージにまたは複数のパッケージに包装することができる。治療剤の１つまたは全てを反復投与で与えることができる。同時でない場合、反復投与間のタイミングは、約１カ月もの長さまで様々であり得る。
【０２１５】
本明細書に記載される組成物は、疾患または状態の発生前、発生中または発生後に投与することができ、組成物の投与のタイミングは、様々であり得る。例えば、微生物組成物を予防薬として使用することができ、状態または疾患にかかる傾向がある対象に継続的に投与して、疾患または状態の発生の可能性を低下させることができる。微生物組成物を、症状の発症中に、または開始後できる限り早く、対象に投与することができる。微生物組成物の投与を、症状発症後４８時間以内に、症状発症後２４時間以内に、症状発症後６時間以内に、または症状発症後３時間以内に開始することができる。初回投与は、本明細書に記載される任意の組成物を使用して実用的な任意の経路を介しての、例えば、本明細書に記載される任意の経路による、投与であり得る。微生物組成物を、疾患または状態の発症が検出されたまたは疑われた後、実行可能な限り早く投与することができ、例えば約１カ月〜約３カ月などの疾患の処置に必要な時間長にわたって投与することができる。処置の長さは、対象ごとに異なり得る。
【０２１６】
本開示の組成物を、別の治療、例えば、免疫療法、化学療法、放射線療法、抗炎症剤、抗ウイルス剤、抗微生物剤および抗真菌剤と組み合わせて投与することができる。
【０２１７】
本開示の組成物をキットとして包装することができる。キットは、組成物の投与／使用に関して記載された指示を含み得る。文書は、例えば、ラベルであることもある。文書は、投与の条件、方法を提案し得る。指示は、治療の投与から最適な臨床転帰を実現するための最良のガイダンスを対象および担当医に与える。文書は、ラベルであることもある。ラベルは、規制機関、例えば、アメリカ食品医薬品局（Ｕ．Ｓ．  Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）（ＦＤＡ）、欧州医薬品庁（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅｓ  Ａｇｅｎｃｙ）（ＥＭＡ）、または他の監督機関により承認され得る。
【０２１８】
組成物は、ｐＨ依存性放出送達、微生物誘発送達、時間制御送達、浸透圧調節送達、圧力制御送達、マルチマトリックスシステム送達、生体接着送達または多粒子送達による投与用に製剤化することができる。組成物を、小腸または大腸、結腸、直腸、胃、肛門、または食道における放出用に製剤化することもできる。
【０２１９】
組成物は、内容物の遅延送達または緩慢送達用に製剤化することができる。
【０２２０】
本明細書に記載される医薬組成物は、正確な投薬量の単回投与に好適な単位剤形であり得る。単位剤形での組成物は、１種または複数種の微生物組成物の適切な量を含有する単位用量に分割することができる。単位投薬量は、組成物の個別の量を含有するパッケージの形態であってよい。非限定的な例は、バイアル内の液体、アンプル、錠剤またはカプセル剤である。水性懸濁組成物を、単回投与用再閉不能容器に包装することができる。組成物は、複数回投与型であってよい。複数回投与用再閉可能容器を、例えば、保存剤と組み合わせて使用することができる。非経口注射用の組成物を、例えば、アンプルに入っている、または保存剤とともに複数回投与用容器に入っている、単位剤形で提供することができる。
【０２２１】
投薬量は、固体、半固体または液体組成物の形態であり得る。本開示における使用に好適な剤形の非限定的な例としては、飼料、食物、ペレット剤、口内錠、液体、エリキシル剤、エアロゾル剤、吸入剤、スプレー剤、散剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、ゲル剤、ゲルタブ剤、ナノ懸濁剤、ナノ粒子剤、マイクロゲル剤、坐薬、トローチ剤、水性または油性懸濁剤、軟膏剤、パッチ剤、ローション剤、歯磨剤、乳剤、クリーム剤、滴剤、分散性散剤または顆粒剤、硬質または軟質ゲルカプセルに入っている乳剤、シロップ剤、フィトシューティカル、機能性食品、栄養補助食品、およびこれらの任意の組合せが挙げられる。
【０２２２】
微生物は、医薬組成物中に任意の好適な濃度で存在していてよい。微生物の濃度は、例えば、約１０１〜約１０１８コロニー形成単位（ＣＦＵ：ｃｏｌｏｎｙ  ｆｏｒｍｉｎｇ  ｕｎｉｔ）または活性細胞／グラム（本明細書で互換的に使用される）であり得る。微生物の濃度は、例えば、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、約１０１４、約１０１５、約１０１６、約１０１７、または約１０１８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、例えば、少なくとも約１０１、少なくとも約１０２、少なくとも約１０３、少なくとも約１０４、少なくとも約１０５、少なくとも約１０６、少なくとも約１０７、少なくとも約１０８、少なくとも約１０９、少なくとも約１０１０、少なくとも約１０１１、少なくとも約１０１２、少なくとも約１０１３、少なくとも約１０１４、少なくとも約１０１５、少なくとも約１０１６、少なくとも約１０１７、または少なくとも約１０１８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、例えば、多くて約１０１、多くて約１０２、多くて約１０３、多くて約１０４、多くて約１０５、多くて約１０６、多くて約１０７、多くて約１０８、多くて約１０９、多くて約１０１０、多くて約１０１１、多くて約１０１２、多くて約１０１３、多くて約１０１４、多くて約１０１５、多くて約１０１６、多くて約１０１７、または多くて約１０１８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、約１０８ＣＦＵ〜約１０９ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、約１０８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、約１０９ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、約１０１０ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、少なくとも約１０８ＣＦＵであり得る。微生物の濃度は、少なくとも約１０９ＣＦＵであり得る。
【０２２３】
組成物中の微生物の濃度は、例えば、約１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０または１００ＯＤ単位に相当し得る。組成物中の微生物の濃度は、例えば、少なくとも約１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０または１００ＯＤ単位に相当し得る。組成物中の微生物の濃度は、例えば、高くとも約１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０または１００ＯＤ単位に相当し得る。
【０２２４】
本開示の医薬組成物は、活性成分の任意の好適な治療有効濃度で製剤化することができる。例えば、プレバイオティクスの治療有効濃度は、少なくとも約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌ、または約１５０ｍｇ／ｍｌであり得る。例えば、プレバイオティクスの治療有効濃度は、高くとも約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌ、または約１５０ｍｇ／ｍｌであり得る。例えば、プレバイオティクスの治療有効濃度は、約１ｍｇ／ｍｌ、約２ｍｇ／ｍｌ、約３ｍｇ／ｍｌ、約４ｍｇ／ｍｌ、約５ｍｇ／ｍｌ、約１０ｍｇ／ｍｌ、約１５ｍｇ／ｍｌ、約２０ｍｇ／ｍｌ、約２５ｍｇ／ｍｌ、約３０ｍｇ／ｍｌ、約３５ｍｇ／ｍｌ、約４０ｍｇ／ｍｌ、約４５ｍｇ／ｍｌ、約５０ｍｇ／ｍｌ、約５５ｍｇ／ｍｌ、約６０ｍｇ／ｍｌ、約６５ｍｇ／ｍｌ、約７０ｍｇ／ｍｌ、約７５ｍｇ／ｍｌ、約８０ｍｇ／ｍｌ、約８５ｍｇ／ｍｌ、約９０ｍｇ／ｍｌ、約９５ｍｇ／ｍｌ、約１００ｍｇ／ｍｌ、約１１０ｍｇ／ｍｌ、約１２５ｍｇ／ｍｌ、約１３０ｍｇ／ｍｌ、約１４０ｍｇ／ｍｌ、または約１５０ｍｇ／ｍｌであり得る。医薬組成物中のプレバイオティクスの濃度は、約７０ｍｇ／ｍｌであり得る。プレバイオティクスは、イヌリンであり得る。
【０２２５】
本開示の組成物は、乾燥粉末形態の活性成分の任意の適切な治療有効濃度で製剤化することができる。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で約５０％〜約１００％の１種または複数種のプレバイオティクスを含む。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の１種または複数種のプレバイオティクスを含む。一部の場合、プレバイオティクス組成物は、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）組成物である。一部の場合、ＧＯＳ組成物は、二糖、三糖、四糖および五糖を含む。一部の実施形態では、ＧＯＳ組成物は、乾燥重量で少なくとも８０％の二糖、三糖、四糖および五糖を含む。一部の場合、ＧＯＳ組成物は、乾燥重量で約０．１％〜約５％の二糖、乾燥重量で約３０％〜約７５％の三糖、乾燥重量で約１５％〜約４５％の四糖、および乾燥重量で約１％〜約２０％の五糖を含む。一部の場合、ＧＯＳ組成物は、乾燥重量で約１％〜約２％の二糖、乾燥重量で約５０％〜約６０％の三糖、乾燥重量で約２５％〜約３５％の四糖、および乾燥重量で約５％〜約１５％の五糖を含む。一部の場合、ＧＯＳ組成物は、乾燥重量で約５０％〜約１００％のＧＯＳを含む。一部の場合、ＧＯＳ組成物は、乾燥重量で約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のＧＯＳを含む。一部の場合、医薬組成物は、乾燥重量で１０％未満の可消化糖を含む。一部の場合、医薬組成物は、乾燥重量で５％、４％、３％、２％または１％未満の可消化糖を含む。一部の場合、プレバイオティクスは、イヌリンである。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で１％〜５０％のイヌリンを含む。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で１％〜１０％、１０％〜２０％、２０％〜３０％、３０％〜４０％、４０％〜５０％のイヌリンを含む。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で５０％〜１００％のイヌリンを含む。一部の場合、治療組成物は、乾燥重量で５０％〜６０％、６０％〜７０％、７０％〜８０％、８０％〜９０％、９０％〜１００％のイヌリンを含む。
【０２２６】
治療組成物を使用する処置の過程は、変動し得る。本開示の医薬組成物は、例えば、毎日１、２、３、４、５回またはそれよりも多く投与することができる。本開示の医薬組成物を、例えば、毎日、１日おきに、週３回、週２回、週１回、または状態の処置のための他の適切な間隔で、投与することができる。本開示の医薬組成物は、例えば、１、２、３、４、５、６、７、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０日間またはそれよりも長く投与することができる。本開示の医薬組成物は、例えば、１、２、３、４、５、６、７週間またはそれよりも長く投与することができる。本開示の医薬組成物は、例えば、１、２、３、４、５、６、７カ月間またはそれよりも長く投与することができる。本開示の治療組成物は、組成物中の１種または複数種の微生物が対象マイクロバイオームに生着する（例えば、ウォッシュアウト期間後の便試料中の存在によって示される）ようにある期間の間投与することができる。
【０２２７】
第１の投与と第２の投与との間の時間は、変動し得る。一部の場合、第１の投与と第２の投与との間の時間は、約３０分間、４５分間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間または２４時間であり得る。一部の場合、第１の投与と第２の投与との間の時間は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日または３０日であり得る。一部の場合、第１の投与と第２の投与との間の時間は、１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月またはそれよりも長くてよい。
【０２２８】
例示的な処置計画は、対象を第１の用量の治療組成物で少なくとも３日間処置し、その後、対象を第２の用量の治療組成物で少なくとも３日間処置することであり得る。一部の処置計画では、対象は、第１の用量の治療組成物で長くて１４日間処置され、その後、対象を第２の用量の治療組成物で長くて１４日間処置してもよい。一部の処置計画では、対象は、第１の用量の治療組成物で７〜１４日間処置され、その後、対象を第２の用量の治療組成物で７〜１４日間処置してもよい。一部の処置計画では、対象は、第１の用量の治療組成物で７日間処置され、その後、対象を第２の用量の治療組成物で７日間処置してもよい。一部の処置計画では、第１の用量および第２の用量は、同じであってもよい。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも約２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、３０倍、４０倍または５０倍高い量で微生物を含有し得る。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１１倍、少なくとも１２倍、少なくとも１３倍、少なくとも１４倍、少なくとも１５倍、少なくとも１６倍、少なくとも１７倍、少なくとも１８倍、少なくとも１９倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍または少なくとも５０倍高い量で微生物を含有する。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも２倍まで、３倍まで、４倍まで、５倍まで、６倍まで、７倍まで、８倍まで、９倍まで、１０倍まで、１１倍まで、１２倍まで、１３倍まで、１４倍まで、１５倍まで、１６倍まで、１７倍まで、１８倍まで、１９倍まで、２０倍まで、３０倍まで、４０倍までまたは５０倍まで高い量で微生物を含有する。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも約２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、３０倍、４０倍または５０倍低い量で微生物を含有し得る。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１１倍、少なくとも１２倍、少なくとも１３倍、少なくとも１４倍、少なくとも１５倍、少なくとも１６倍、少なくとも１７倍、少なくとも１８倍、少なくとも１９倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍または少なくとも５０倍低い量で微生物を含有する。一部の処置計画では、第２の用量は、第１の用量の微生物量よりも２倍まで、３倍まで、４倍まで、５倍まで、６倍まで、７倍まで、８倍まで、９倍まで、１０倍まで、１１倍まで、１２倍まで、１３倍まで、１４倍まで、１５倍まで、１６倍まで、１７倍まで、１８倍まで、１９倍まで、２０倍まで、３０倍まで、４０倍までまたは５０倍まで低い量で微生物を含有する。
【０２２９】
組成物は、アレルゲンを実質的に含まないことがある。アレルゲンの非限定的な例としては、シェルフィッシュ、甲殻類、ピーナッツ、ダイズ、小麦、乳または乳製品、およびグルテンが、挙げられる。一部の場合、組成物は、乳を含み得る。
【０２３０】
対象は、例えば、哺乳動物、ヒト、妊婦、高齢成人、成人、青年、青年期前の子供、小児、幼児、乳児、出生直後新生児（ｎｅｗｂｏｒｎ）、または新生児（ｎｅｏｎａｔｅ）であり得る。対象は、患者であり得る。対象は、ヒトであり得る。対象は、小児（すなわち、思春期の年齢未満である若年ヒト）であり得る。対象は、乳児であり得る。対象は、臨床研究に登録した個体であり得る。対象は、実験動物、例えば、哺乳動物または齧歯動物であり得る。対象は、肥満または過体重対象であり得る。対象は、人工栄養乳児であり得る。
【０２３１】
本開示は、便試料を収集する方法、およびさらなる分析のために便試料から微生物を処理および抽出する方法を提供する。全便試料は、機械的ツールまたは試料採取デバイスを用いて、収集され得る。例示的なデバイスを、図９に示す。他の非限定的な機械的ツールまたは試料採取デバイスには、滅菌容器、滅菌管、スワブ、スプーン、へらおよびスパチュラが含まれる。
【０２３２】
便試料は、全処置過程中のいずれの時間でも収集することができる。例えば、便試料は、さらなる分析のためのベースラインとして使用することができる処置の開始前の日（０日目）に収集してもよい。便試料は、処置の開始日（１日目）に収集してもよい。便試料は、２日目、３日目、４日目、５日目、６日目、７日目、８日目、９日目、１０日目、１１日目、１２日目、１３日目、１４日目、１５日目、１６日目、１７日目、１８日目、１９日目、２０日目、２１日目、２２日目、２３日目、２４日目、２５日目、２６日目、２７日目、２８日目、２９日目、３０日目、３１日目、３２日目、３３日目、３４日目、３５日目、３６日目、３７日目、３８日目、３９日目、４０日目、４１日目、４２日目、４３日目、４４日目、４５日目、４６日目、４７日目、４８日目、４９日目、５０日目、５１日目、５２日目、５３日目、５４日目、５５日目、５６日目、５７日目、５８日目、５９日目、６０日目、６１日目、６２日目、６３日目、６４日目、６５日目、６６日目、６７日目、６８日目、６９日目、７０日目、７１日目、７２日目、７３日目、７４日目、７５日目、７６日目、７７日目、７８日目、７９日目、８０日目、８１日目、８２日目、８３日目、８４日目、８５日目、８６日目、８７日目、８８日目、８９日目、９０日目、９１日目、９２日目、９３日目、９４日目、９５日目、９６日目、９７日目、９８日目、９９日目、１００日目に、または処置過程の終わりまで毎日収集してもよい。各試料収集日について、便試料は、１日の間のいずれの時間でも収集することができる。一部の場合、便試料は、収集日につき１回、または収集日につき２回以上収集してもよい。
【０２３３】
一部の場合、新鮮な便のスワブまたは直腸スワブを、さらなる微生物分析のために収集してもよい。一部の場合、１すくいの量の便試料を、さらなる微生物分析のために収集してもよい。一部の場合、全便試料を、さらなる微生物分析のために収集してもよい。便通からの全ての糞便物質を含有する全便試料を収集し、溶液中に再懸濁し、様々なマイクロバイオームプロファイリング法による並列評定のために等分してもよい。
【０２３４】
一部の場合、全便試料を、ＰＢＳ、水または保存液中に懸濁することによって便通直後に処理してもよい。保存液の非限定的な例としては、ホルマリン、ポリビニルアルコール、メルチオレート−ヨウ素ホルムアルデヒド、酢酸ナトリウム−酢酸−ホルマリン、シャウディン固定液、改変ＰＶＡ銅または改変ＰＶＡ亜鉛、１バイアル固定液（Ｏｎｅ−Ｖｉａｌ  Ｆｉｘａｔｉｖｅ）（例えば、Ｅｃｏｆｉｘ、Ｐａｒａｓａｆｅ、Ｕｎｉｆｉｘ、Ｐｒｏｔｏｆｉｘ、ＳＴＦ、およびその他使用可能であり得るもの）が、挙げられる。保存液の最終濃度（％  ｖ／ｖ）は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％または２０％であり得る。再懸濁した便試料は、パドル付きホモジナイザー（例えば、Ｓｔｏｍａｃｈｅｒ）中でホモジナイズすることができる。その後、ホモジナイズした便試料は、様々な下流の分析のために２つまたはそれよりも多い部分試料に等分してもよい。一部の場合、部分試料の体積は、約１ｍＬ、約２ｍＬ、約３ｍＬ、約４ｍＬ、約５ｍＬ、約６ｍＬ、約７ｍＬ、約８ｍＬ、約９ｍＬまたは約１０ｍＬであり得る。一部の場合、部分試料の体積は、０〜１ｍＬ、１〜２ｍＬ、２〜３ｍＬ、３〜４ｍＬ、４〜５ｍＬ、５〜６ｍＬ、６〜７ｍＬ、７〜８ｍＬ、８〜９ｍＬまたは９〜１０ｍＬであり得る。
【０２３５】
便試料中の微生物共同体を保存するために、収集した便試料は、冷凍するか、または遺伝物質抽出のために即座に処理してもよい。一部の場合、全便試料は、収集直後に、または収集後５分以内に、または収集後１０分以内に、または収集後１５分以内に、または収集後２０分以内に、または収集後３０分以内に、または収集後４０分以内に、または収集後５０分以内に、または収集後１時間以内に、または収集後２時間以内に冷凍される。一部の場合、全便試料は、−８０℃もしくはそれ未満の温度で、または−７０℃もしくはそれ未満の温度で、または−６０℃もしくはそれ未満の温度で、または−５０℃もしくはそれ未満の温度で、または−４０℃もしくはそれ未満の温度で、または−３０℃もしくはそれ未満の温度で、または−２０℃もしくはそれ未満の温度で、または−１０℃もしくはそれ未満の温度で、または０℃もしくはそれ未満の温度で、冷凍され得る。
【０２３６】
収集された試料中のＤＮＡまたはＲＮＡの分解は、試料がヒト身体の外側の環境に曝露された場合に起こり得る。便試料中の微生物共同体をより良く保存し、試料分解を防ぐために、便試料は、遠隔制御試料収集機構によってｉｎ  ｓｉｔｕで収集することができる。遠隔制御機構は、試料収集ステップが所望の場所で、かつ所望の時間に行われることを確実にすることができる。ｉｎ  ｓｉｔｕ試料収集機構は、試料収集に際して即座にＤＮＡまたはＲＮＡ分解を防ぐ一部の阻害剤をさらに含み得る。
【０２３７】
例えば、ヒト身体に摂取されるカプセルまたは同等の収集ツールを、試料収集のための所望の場所に制御可能に配置することができる。カプセルまたは同等の収集ツールは、ＯＮまたはＯＦＦ状態を有することができ、それは、元々、ＯＦＦ状態に設定され得、後にそれが所望の場所、例えば、横行結腸、上行結腸、下行結腸、盲腸、回腸、空腸、十二指腸または直腸に達した場合にＯＮ状態に切り替えられ得る。ＯＦＦ状態では、収集ツールは、試料を収集しなくてよく、一方で、ＯＮ状態では、収集ツールは、１つまたは複数の試料を収集し得る。一部の場合、ＯＮ状態は、タイマー機構によって達成することができる。一部の場合、ＯＮ状態は、ｐＨセンサーによって達成することができる。一部の場合、ＯＮ状態は、外部無線信号によって制御することができる。一部の場合、ＯＮ状態は、上記に挙げられる機構の任意の組合せによって制御することができる。
【０２３８】
カプセルまたは同等の収集ツールは、核酸またはタンパク質分解の原因であり得る酵素活性を阻害するための不活性化剤を含有し得る。核酸分解のための酵素としては、様々な５’〜３’エキソヌクレアーゼ、３’〜５’エキソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼ、例えば、エキソヌクレアーゼＩ、エキソヌクレアーゼＩＩ、エキソヌクレアーゼＩＩＩ、エキソヌクレアーゼＩＶ、エキソヌクレアーゼＶ、エキソヌクレアーゼＶＩ、エキソヌクレアーゼＶＩＩ、エキソヌクレアーゼＶＩＩＩ、エンドヌクレアーゼを挙げることができるが、これらに限定されない。
【０２３９】
一部の場合、ｉｎ  ｓｉｔｕ収集ツールは、カプセルであり得る。
【０２４０】
一部の場合、カプセルまたは同等の収集ツールは、ヒト身体中、例えば、腸内でのそれの場所を外部で決定するための機構をさらに備えてもよい。一部の場合、機構は、無線であり得る。一部の場合、機構は、ＲＦＩＤであり得る。
【０２４１】
様々な収集機構を使用することができる。一部の適用では、収集機構は、作動させて試料を吸い込むことができるシリンジ様機器であり得る。一部の適用では、収集機構は、試料を固定および不活性化するために拡張することができる多孔性膜または半透性マトリックスであり得る。一部の他の適用では、収集機構は、試料収集のために開放することができる制御可能なドアまたはキャップまたは蓋を伴うカプセルチャンバーであり得る。
【０２４２】
一部の場合、時間経過で摂取される一連のカプセルまたは同等の収集ツールは、時間依存的様式で試料を収集するために使用することができる。この時間依存的様式で収集した試料は、ヒト身体における時系列状態を追跡および作出するために使用することができる。
【０２４３】
本開示は、マイクロバイオームプロファイリングのための方法を提供する。マイクロバイオームプロファイリングは、投与された微生物の生着を評定するために使用することができる。また、マイクロバイオームプロファイリングは、対象のために組成物をカスタマイズするために使用することができる。マイクロバイオームをプロファイリングする方法は、米国特許出願第１４／４３７，１３３号において論じられており、この特許文献は、その全体があらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。例示的な方法は、以下のステップ：対象から生体試料を得るステップ；対象の生体試料中の少なくとも１種類の微生物を測定するステップ；測定に際して少なくとも１種類の微生物の存在または非存在を検出または測定するステップ；および決定されたマイクロバイオームプロファイルについての詳細を提供するレポートを生成するステップのうちの少なくとも１つを含み得る。
【０２４４】
生体試料は、対象の身体のいずれの微生物生息環境からのいずれの試料タイプであってもよい。微生物生息環境の非限定的な例としては、皮膚生息環境、臍生息環境、膣生息環境、羊水生息環境、結膜生息環境、腸管生息環境、胃生息環境、腸生息環境、口腔生息環境、鼻生息環境、消化管生息環境、呼吸器生息環境および尿生殖路生息環境が、挙げられる。生体試料をその特定の応用に合わせることができる。生体試料は、例えば、全血、血清、血漿、粘膜、唾液、頬スワブ、尿、便、細胞、組織、体液、リンパ液、ＣＮＳ液、および外傷滲出物であり得る。生体試料の組合せを本開示の方法で使用することができる。一部の場合、生体試料は、便試料である。
【０２４５】
細胞溶解、および／または生体試料からの核酸抽出は、物理的方法、化学的方法または両方の組合せを含む、任意の適切な方法によって行うことができる。ゲノムＤＮＡの完全性および継続性を保つ剪断方法を使用して生体試料から核酸を単離することができる。
【０２４６】
アンプリコンアプローチを使用して、マイクロバイオームプロファイリング用の抽出した核酸を調製することができる。一部の場合、方法は、増幅ステップを使用しない。そのような方法の例は、全ゲノムショットガン（ＷＧＳ：Ｗｈｏｌｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｈｏｔｇｕｎ）シークエンシングによるシークエンシング用の試料の調製を含む。これらのアプローチは、微生物分布をゆがめ得る増幅バイアスを除去することにより、利益をもたらすことができる。
【０２４７】
プロファイリング方法は、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ：ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ）オペロン、１６Ｓ  ｒＲＮＡ、２３Ｓ  ｒＲＮＡ、ｒＲＮＡ内部転写スペーサー、遺伝子間領域、可変領域およびそれらの任意の組合せの配列情報を決定することを含み得る。方法は、標的特異的核酸プローブの使用を含み得る。方法は、次世代シークエンシングなどのシークエンシングの使用を含み得る。方法は、ロングリードシークエンシングの使用を含み得る。
【実施例】
【０２４８】
（実施例１）
げっ歯類における前臨床研究
この研究は、２８日間を通した時点でのＳｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラット（４０匹の動物）への毎日の投与後の本開示の微生物組成物の効果を研究するために行った。
【０２４９】
研究において使用した投与レジメンを、表１に示す。４つの研究群を使用した：プラセボ（すなわち、微生物なし）；株１のみを含む組成物；株１＋５＋６＋８を含む組成物；および株５＋６＋８を含む組成物。株１は、ムチン分解微生物であるＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａである。株５、６および８は、それぞれ、ブチレート産生微生物であるＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉである。ＰＯは、経口（経口投与）を意味する。１食分の量あたりの使用された微生物量を、表２に示す。
表１：用量投与
【表１】
2021532097.tif 000008
表２：微生物量（１食分の量当たりのＣＦＵ）
【表２】
2021532097.tif 000009
【０２５０】
化合物投与経路：
表１に記載するように、組成物を、動物に経口投与（Ｐｅｒ  ｏｓ、ＰＯ）した。
【０２５１】
投与調製物：
凍結乾燥粉末の別々のバイアルを、嫌気的条件下で詰めた希釈剤のバイアルと共に、各投与日について各研究アームに使用した。投与前に、希釈剤をシリンジ内へ引き込み、凍結乾燥粉末のバイアルに注入した。その後、できるだけ素早く、適切な量を引き出し、その研究アームの１０匹の動物の各々に投与した。
【０２５２】
試験系：
主な研究動物：４０匹のＣｒｌ：ＣＤ（ＳＤ）雄ラット；余分の動物：４匹のＣｒｌ：ＣＤ（ＳＤ）雄ラット
臨床観察：各スケジュールの時点でルーチンに行った。
体重：組成物の各投与前に、体重を記録した。
血液／試料収集：
ａ）０、１、２、３、７、１４、２１および２８日目に、全ての動物から糞便を収集した。これらの日に、２４時間の期間にわたり３回の間隔で糞便を収集した。加えて、上記のように３４日目および／または３５日目に、ｎ＝５／動物／群で糞便を収集した。糞便を収集し、冷凍し、各間隔の試料（ｅａｃｈ  ｓａｍｐｌｅ  ｉｎｔｅｒｖａｌ）を収集した後、試験施設に移した（１，０２０個の試料）。
ｂ）終末血液試料  −  研究の終わりに、全ての動物から血液（できるだけ多く）を収集した。血液の一定分量を適切に処理し、臨床化学および鑑別を伴うＣＢＣについて分析した（２８日目に屠殺した動物のみ）。残りを、血清または血漿のいずれかに処理し、冷凍し、試験施設へ輸送した。試料の数：
臨床病理  −  ２０個の試料
終末試料  −  ４０個の試料
ｃ）剖検  −  ｎ＝５匹の動物／群を２８日目に屠殺し、残りの動物は３５日目に（７日間のウォッシュアウト後）屠殺した。
２８日目の剖検  −  全ての動物から結腸、近位小腸および遠位小腸を収集した。試料を瞬間冷凍し、試験施設へ輸送した。
３５日目の剖検  −  肉眼による剖検（試料は収集しなかった）。
【０２５３】
研究の結果を図３〜６に示し、これらは様々な研究群のラットの糞便試料から得たデータを示し、標的特異的核酸プローブを使用した微生物検出を示す。結果から、げっ歯類に経口投与された選択の微生物が、消化管に生着したことが実証された。
【０２５４】
図３において、破線の囲みは、−１日目に対応し、各群についてのベースライン試料（すなわち、介入前）を指す。「プラセボ」パネルから、研究に使用された核酸プローブの高い特異性のために、偽陽性検出は非常に低いことが示された。「−１」日目は、群のいずれについても偽陽性ヒットがなく、このことから、研究のために設計された核酸プローブが、試験される微生物ＤＮＡについて特異的であることがさらに示された。また、このことから、組成物の一部である外来性微生物が、介入前にラットにおいて非存在であることが示された。
【０２５５】
図４において、破線の囲みは３４日目に対応し、各群についてのウォッシュアウト試料（すなわち、介入１週間後）を指す。株１のみ、および株１＋５＋６＋８を受容した群についてのウォッシュアウト期間からのデータは、株１および８が検出可能なレベルで生着することを示した。また、データは、株８が経時的に増加し、株１と共に投与された場合のみ生着することを示した。株１の非存在下では（株５＋６＋８の研究群パネルを参照されたい）、株８は生着しなかった。したがって、ムチン分解微生物である株１の生着は、ブチレート産生株である株８の生着を促進した。さらに、また、株１が介入の約２日目までに生着する一方で、株８は、生着が起こるために株１の存在下での２週間を超える（例えば、３週間）曝露を要することが観察された。１４日目までに検出された株８の量の増加は、約２週間点での生着のインジケーターであり得る。
【０２５６】
図５は、株１＋５＋６＋８を投与した群についての介入２日目から得た検出データを示す。０時間目は、微生物組成物の投与時間を表す。ラットの消化管を通る微生物組成物の通過時間は、約８〜１６時間のウィンドウ内であると計算された。株１は、通過時間前にラット糞便物質中で検出され、株１の生着の可能性を示した。このことは、株１が生着していたことを示唆した。このことは、ウォッシュアウト試料中の株１の検出によって確認された。したがって、初期収集時間〜後期収集時間の検出シグナルの比（例えば、投与からの様々な時間に対応する）を、投与された微生物の生着インジケーターとして使用することができる。例えば、初期収集時間（例えば、投与の８〜１６時間後）に検出された株と後期収集時間（例えば、投与の１６時間後）に検出された株との間の比は、株生着を示すことができる（例えば、株レベルが検出可能なままであるか、または経時的に一貫している場合）。一部の場合、検出される株の量は、投与レジメンおよび収集のために消化管を通る通過時間に基づいて変動し得る。通過ウィンドウ（例えば、投与された微生物が、対象の消化管を通過するために予測される時間）の前または後の糞便試料中の投与された株の存在の検出は、生着を示し得る。そのような存在の検出は、投与された株が、投与の非存在下（例えば、ウォッシュアウト期間中または後）でさえも腸管に存在していることを示し得る。
【０２５７】
図６は、株１＋５＋６＋８（左パネル）および株５＋６＋８（右パネル）を投与した群についての介入２７日目から得た検出データを示す。株１および８の両方は、通過時間が約８〜１６時間であったが、株１＋５＋６＋８を投与した群について０および０〜８時間の収集時点で検出された。このことは、株１および８は既に生着していたことを示し、ウォッシュアウト期間中の検出によって確認された。したがって、このデータは、初期収集時間〜後期収集時間の検出シグナルの比が、連続生着を示すことができることをさらに示す。
【０２５８】
動物の臨床観察、血漿化学、血液学パネルおよび剖検評価からのデータから、投与された組成物からのげっ歯類に対する有害作用はないことが確認された。
（実施例２）
臨床試験
【０２５９】
研究の形式：
これは、全ての対象が本開示の微生物を含む研究食品を受容する非盲検非対照量漸増試験である。本研究は、経口投与された微生物の、量漸増中またはその後の安全性および便中の検出を評価することに焦点を当てている。組成物の初期量は、有害作用なしにＳｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙ雄ラットに２８日間投与された量によって導びかれ（実施例１を参照されたい）。図７および表３は、この研究のための投薬量を示す。０〜６日目に、より低い量を投与する。７日間の投与後、有害な影響が観察されなかった場合、７〜１４日目については消費される量を５倍に増加させる。その後、対象は、研究食品が投与されない１４日間のウォッシュアウト期間に入る。
表３：投薬量
【表３】
2021532097.tif 000010
【０２６０】
有害作用についてのモニタリングを２８日目まで通して続け、便試料を２０および２７日目に収集する。スクリーニング時に対象の病歴を再調査し、７日目、１４日目、２１日目および２８日目に臨床歴を再調査する。便試料、臨床化学、血液学的プロファイル、血漿ＳＣＦＡおよびサイトカインパネルは、これらのクリニック来院の各々の時間に収集する。
【０２６１】
研究の継続期間：
対象の参加の全継続期間は、およそ３５日間であり、スクリーニング来院は、消費開始が始まる０日目でのベースライン来院の３〜７日前に行う。初期消費後、積極的参加は、２８日目まで及ぶ。
【０２６２】
対象の数：
およそ２０人の健康な対象
【０２６３】
微生物組成物および投与：
凍結乾燥微生物の実質的に乾燥した集団を含むコーティングしたカプセルを使用する。カプセルは、腸内で崩壊するように設計する。対象は、１〜５カプセルを朝食および夕食の開始前３０分以内に１４日間消費する。研究カプセルの割り当てを表４に概略する。各カプセルは、微生物（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢ．  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、イヌリン（チコリー）、スクロース、トレハロース、グリセリン、マルトデキストリンおよびヒドロキシプロピルメチルセルロースを含む。研究食品は、密閉され、ラベルを付した茶色スクリューキャップ瓶で提供される。各瓶は、７日間の投与を支持するために必要な数のカプセルに加え、補充量のための任意の必要性をまかない、かつ反復安定性試験のための返却用に少なくとも３カプセル残ることを保証するための１０カプセルを含有する。各々の量レベルにおいて、全てのカプセルは、同じ含有量を有する。研究食品は、対象への分配および指定量の除去のための消費の時点を除いては、冷蔵保存する。
表４：研究食品カプセルの割り当て
【表４】
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【０２６４】
研究方法：
全てのスクリーニングおよび研究来院の前に、対象に、一晩少なくとも１０時間絶食すること（すなわち、水以外の食物や飲料なし）を依頼する。各スケジュール来院の朝に（理想的には０７００〜０９００時の間）、対象は臨床研究施設に報告する。全ての適用可能な研究来院について、対象は、来院前に研究製品の朝の量を投与することを控える。対象は、クリニックにいる間に摂取するために研究施設に研究食品を持ってくる。各対象について、全部で６回の来院がある。第１の来院は、研究開始の３〜７日前のスクリーニング来院であり、血液試料を収集する。第２の来院は０日目（消費開始が始まる）であり、血液試料および便試料の両方が収集される。０日目に収集された試料を使用する評定データは、ベースライン値としての機能を果たす。残りの４回の来院は、７日目、１４日目、２１日目および２８日目である。アウトカム評定のために、これらの来院時に血液および便試料の両方を収集する。
【０２６５】
処置アウトカム評定：
この研究中、化学、血液学、ＳＣＦＡおよび炎症マーカーを含む様々な分析物およびパネルのために、血液を採取する。採取した血液の全量（全研究中）は、各対象について６０ｍＬまたは２オンス未満であることが予想される。全便試料を収集し、収集後即座に処理する。全便試料を、４つの画分に等分し、各画分を、投与された微生物を検出するためにマイクロバイオームプロファイリング法に供する。
【０２６６】
図８は、処置の様々な段階中の、治療組成物を投与した対象の糞便物質中で検出された投与された微生物の相対量を示すデータを表す。データは、ウォッシュアウト試料中で見られるように、投与された微生物の生着が起こったことを示した。
（実施例３）
便収集
【０２６７】
例えば実施例２で説明される研究に必要な、便収集は、図９で示される便収集デバイスで行うことができる。便収集は、患者の自宅から行うことができる。図９で示されるように、デバイスは、３つの別々の構成要素：便器上の収集バケツを位置決めするための安定性フレーム；バーコード化された便収集バケツ；および、必要に応じて収集日および時間についてのラベルを伴う便バケツ蓋を有する。デバイスは、２つの異なる方法で便座に位置決めすることができる。便座を上げてもよく、便収集デバイスを便器の縁に水平に置いてもよい。フレームの狭いほうの側を、便器の後部端に向けて位置決めしてもよい。個人の身体構造によって、フレームの狭いほうの側を、便器の前部に向けて位置決めしてもよく、これは便試料の取得をより良く促進し得る。便座は、便収集デバイスを確実にするために低くしてもよい。
【０２６８】
使用方法：
膀胱を完全に空にする。バイオハザード袋から全ての品目を取り出す。便座および便器の縁を清潔にするために衛生ワイプを使用する。提供されたボールペンで、バケツ蓋ラベルに日付（月／日／年）を記入し、時刻に対応するボックスにチェックを入れる。バケツから蓋を取り除き、蓋をバイオハザード袋の中に入れる。収集バケツ（図９Ｂ）を安定性フレーム（図９Ａ）に確実に挿入することによってデバイスを組み立てる。バケツの内側には触れない。便座を上げ、デバイスを便器の縁に水平に置く。フレームの狭いほうの側は、便器の後部端に向くべきである。対象の身体構造によっては、フレームの狭いほうの側が、便器の前部に向くように再位置決めすると、便試料の取得をより良く促進し得る。デバイスを確実にするために便座を低くする。便器に座り、便試料がバケツに直接落ちるように自分で配置する。収集バケツに排尿したり、トイレットペーパーを入れたりしない。終わると、清潔にするためにトイレットペーパーを使用し、使用済みトイレットペーパーをバケツの外側に捨てる。便器を流す。完了後、便座を上げ、便器からデバイスを取り除く。デバイスを平らな面に置く。収集バケツから安定性フレームを取り外すために安定性フレームを押し下げる。フレームを捨てる。バイオハザード袋から蓋を取り出し、収集バケツに蓋を押し込む。「カチッ」と鳴れば、蓋は確実である。密閉した収集バケツを空のバイオハザード袋に入れ、袋を閉じる。収集した便試料を含む閉じたバイオハザード袋をフリーザーに入れる。４時間またはそれよりも長い時間の後、収集バケツを含むバイオハザード袋を、断熱輸送パッケージに包装する。２〜３個のアイスパックを輸送パッケージに加え、パッケージを試験施設に輸送する。
（実施例４）
選択培地を使用したムチン分解微生物またはムチン調節微生物の単離
【０２６９】
この実施例は、ムチン分解微生物を単離するために使用された実例となる選択培地を説明する。選択培地は、主要エネルギー源としての機能を果たすムチンを含む。ムチン分解微生物は、選択培地中でムチンを分解し、成長することができ、一方で、ムチンを分解する能力を欠いている微生物は、成長することができない。
【０２７０】
選択培地の調製：
次の構成成分を８００ｍＬの最終体積で混合した：ルーメン液、ビタミン、ミネラル、基本塩溶液、塩化カルシウム、システインクロリドおよび水。混合物を２０分間脱気し、濾過した。２．５グラムの精製ムチンを、２００ｍＬの蒸留水に再懸濁し、血清バイアル中に密閉し、１２１℃で２０分間オートクレーブした。ムチン溶液を、濾過した溶液と混合して、選択培地を産生した。
【０２７１】
標的の単離：
新鮮な便を、単離実験に使用した。単離した微生物を、選択培地中で成長させた。図１０は、選択培地で成長させた分離株を示す。
【０２７２】
インフォマティクススクリーニング：
選択的に単離した微生物を、シークエンシングおよびバイオインフォマティクスツールを使用して同定した。
【０２７３】
新しい株の特徴付け：
同定された株を、ゲノムアッセイおよび生化学アッセイを使用して特徴付けた。
【０２７４】
表５は、本開示の方法を使用して同定した６種の実例となるムチン分解性Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ株の１６Ｓ  ｒＲＮＡコンセンサス配列を示す。
表５：実例となるムチン分解微生物
【表５−１】
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【表５−２】
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【表５−３】
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【表５−４】
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【表５−５】
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（実施例５）
短鎖脂肪酸産生
【０２７５】
図１１は、本開示の微生物によって産生された短鎖脂肪酸レベルを示す。各微生物によって産生された短鎖脂肪酸は、微生物の予測されたゲノム機能が、実際の機能に適合することを示す。微生物Ａ〜Ｄは、ブチレート産生微生物によるブチレート産生のための基質（例えば、ブチレート中間体）としての機能を果たし得るアセテートを主に産生した。微生物Ｅ、ＦおよびＧは、ブチレートを主に産生した。ブチレート中間体を産生する第１の微生物（例えば、微生物Ａ〜Ｄのいずれか）と中間体をブチレートに変換する第２の微生物（例えば、微生物Ｅ〜Ｇのいずれか）との組合せは、状態を処置するために利用することができる。１つの非限定的な例では、株Ａは、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ（ＢＡＤＯ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｂは、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ（ＢＩＮＦ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｃは、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（ＢＬＯＮ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｄは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ（ＣＩＮＤ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｅは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ（ＣＢＥＩ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｆは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（ＣＢＵＴ）であり得る。１つの非限定的な例では、株Ｇは、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ（ＥＨＡＬ）であり得る。
（実施例６）
微生物組成物についての安定性研究
【０２７６】
図１２は、凍結乾燥によって作製した実質的に乾燥した形態の偏性嫌気性微生物（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉおよびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）を含む組成物についての安定性データを示す。組成物を、４℃または室温で８４日間保存し、保存期間中に組成物内の活性細胞数をフローサイトメトリーによって定量した。データは、組成物は、４℃および室温の両方で少なくとも８４日間安定であることを示した。
（実施例７）
低アレルゲン微生物組成物
【０２７７】
例えば、ダイズ、ピーナッツ、シェルフィッシュ、小麦または乳にアレルギー性である患者のためのアレルゲンの量を低減した、またはわずかしか含まない組成物が、本明細書で提供される。また、そのような組成物は、これらの剤が症状を悪化させる刺激物質として作用し得る障害のために、例えば、炎症性腸症候群（ＩＢＳ）（Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｂｏｗｅｌ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅ）において、有益であり得る。
【０２７８】
表６は、本開示の微生物組成物についてのアレルゲン分析を示す。アレルゲンは、アレルギー性反応を引き起こさないようなわずかな量で存在する。
【表６】
2021532097.tif 000017
（実施例８）
ヒト対象において生着増進微生物組成物を評価するための研究
【０２７９】
目的：
本研究の目的は、ヒト対象において外因的に投与した微生物の生着を促進することにおける本開示の生着増進微生物組成物の効果を評定することである。
【０２８０】
方法：
３０人のヒト対象が、二重盲検プラセボ対照無作為化研究に参加する。
１）プラセボ群：１０人のヒト対象に、微生物を欠いているプラセボ組成物を投与する。
２）対照群：１０人のヒト対象に、少なくとも１種類のブチレート産生微生物を含むが、ムチン分解微生物を欠いている対照組成物を投与する。
３）実験群：１０人のヒト対象に、少なくとも１種類のブチレート産生微生物と少なくとも１種類のムチン分解微生物とを含む実験微生物組成物を投与する。
【０２８１】
各群について、微生物組成物を、１日２回（例えば、朝食前および夕食前）２週間経口投与する。各群の対象の腸内マイクロバイオームプロファイル（例えば、便試料分析を使用する）を処置レジメンの完了前および後に評価する。
【０２８２】
処置後、実験群の対象は、外因的に投与されたムチン分解微生物および外因的に投与されたブチレート産生微生物の両方の生着を示す。加えて、実験群は、ムチン分解微生物を受容しない対照群と比較して、少なくとも５％高いブチレート産生微生物の生着レベルを示す。
（実施例９）
健康状態の処置のための微生物生着を促進するための組成物
【０２８３】
対象に、健康状態（例えば、代謝障害、糖尿病−１型または２型、インスリン抵抗性、炎症、ＩＢＳ、下痢、自閉症、うつ状態、湿疹、発疹）の処置のため、または優れた腸内健康状態を促進する（例えば、腸内壁を改善する、胃腸障害を低減する、健康なマイクロバイオームを回復する）ために微生物組成物を投与する。微生物組成物は、１種または複数種のブチレート産生微生物を含む。微生物組成物は、ムチン分解微生物を欠いている。投与レジメン後でさえも、対象は、症状の任意の改善を経験しない。対象の腸内マイクロバイオームのプロファイリングから、組成物中の微生物が対象において生着しなかったことが示される。対象に、以前の組成物中に含まれた他の微生物に加えてムチン分解微生物を含む別の微生物組成物を投与する。この組成物を開始すると、対象は、症状の改善を経験する。投与レジメンが完了した後（例えば、投与が終わった後）の対象の腸内マイクロバイオームのプロファイリングは、組成物で投与された外来性微生物がうまく生着したことを示す。
（実施例１０）
ヒト対象において生着増進微生物組成物を評価するための研究
【０２８４】
目的：
本研究の目的は、ヒト対象において外因的に投与した微生物の生着を促進することにおける本開示の生着増進微生物組成物の効果を評定することであった。
【０２８５】
方法：
ヒト対象が、二重盲検プラセボ対照無作為化研究に参加した。
【０２８６】
プラセボ群：ヒト対象に、微生物を欠いているプラセボ組成物を投与した。
【０２８７】
対照群：ヒト対象に、少なくとも１種類のブチレート産生微生物を含むが、ムチン分解微生物を欠いている対照組成物、例えば、例えばそれぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６および９を含む組成物を投与した。
【０２８８】
実験群：ヒト対象に、少なくとも１種類のブチレート産生微生物と少なくとも１種類のムチン分解微生物とを含む実験微生物組成物、例えば、例えばそれぞれ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓに対応する、株１、５、６、８および９を含む組成物を投与した。
【０２８９】
各群について、微生物組成物を、２．７×１０９〜４．８×１０１０ＣＦＵの各微生物株の用量で、１日２回（例えば、朝食前および夕食前）経口投与した。組成物を１２週間投与し、次に、微生物組成物が投与されない４週間のウォッシュアウト期間が続いた。対象の腸内マイクロバイオームプロファイルを、処置レジメンの前および間、ならびに４週間のウォッシュアウト期間後に便試料分析により評価した。便試料をベースライン、４週間、１２週間および１６週間（組成物の投与を中断した４週間後）で収集して、投与された細菌株が便中に検出され得るかどうか、および検出された場合、その株が、組成物投与が終わった後に存続するかどうかを決定した。
【０２９０】
便試料を収集し、即座に冷凍し、処理まで低温で維持した。試料を、５ｍＭ  ＥＤＴＡを含む５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）中に再懸濁し、パドル・ホモジナイザー中で５分間ホモジナイズし、２８０μＭメッシュを通して濾過し、その後等分し、−８０℃で再冷凍した。冷凍した糞便試料を、ＤＮｅａｓｙ  ＰｏｗｅｒＳｏｉｌ  ＨＴＰ９６キットを使用して抽出し、特定の標的微生物のＤＮＡ含有量を、各株の検出のために特異的に設計したプライマー対を使用するｑＰＣＲ反応において測定した。標的生物からの精製したゲノムＤＮＡの既知の量を希釈することによって、二重８点標準曲線を、各々、３回の技術的反復を伴って、実行した。これらの標準曲線を使用して、各試料について、閾値サイクル（Ｃｔ）値を標的生物のＤＮＡ質量に関連付けた。
【０２９１】
ブチレート産生微生物は、対照群よりも実験群において対象のより大きな割合でウォッシュアウト期間を通して存続し、ブチレート産生微生物の生着は、ブチレート産生微生物がムチン分解微生物と共に投与された場合、増進されることを実証した。ムチン分解微生物もまた、一部の対象において生着した。
【０２９２】
図１３は、本開示の組成物の一部としてムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着を示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、プラセボ（最上部のパネル）、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６および９；中央部のパネル）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（下部のパネル）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。各長方形は、スケールで示されるように便試料中の株のゲノムの相対存在量を表す。ブチレート産生微生物のみを投与した対象のうち、ベースライン（０週目）で株９を欠いている２人の対象のみが、ウォッシュアウト（１６週目）において株９の生着を示した。ブチレート産生微生物とムチン分解微生物とを投与した対象のうち、ベースラインで株９を欠いている７人の対象が、ウォッシュアウトにおいて株９の生着を示し、ムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着の増進を示した。ＴＧＭＦ＝標的ゲノム質量分率。
【０２９３】
図１４は、本開示の組成物の一部としてムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着を示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、プラセボ（右）、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６および９；中央部）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（左）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。各長方形は、スケールで示されるようにある特定の時間（週、左のＹ軸）に得た便試料中の株のゲノムの相対存在量を表す。ブチレート産生微生物のみを投与した対象のうち、ベースライン（０週目）で株９を欠いている２人の対象、ベースラインで株６を欠いている２人の対象、およびベースラインで株５を欠いている２人の対象が、ウォッシュアウト（１２週目）において各々の株の生着を示した。ブチレート産生微生物とムチン分解微生物とを投与した対象のうち、ベースラインで株９を欠いている７人の対象、ベースラインで株６を欠いている６人の対象、およびベースラインで株５を欠いている６人の対象が、ウォッシュアウトにおいて各々の株の生着を示した。これらのデータは、ムチン分解微生物と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着の増進を示す。
【０２９４】
図１５Ａ〜Ｂは、本開示の組成物の一部としてムチン産生微生物（ｍｕｃｉｎ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  ｍｉｃｒｏｂｅ）と共に投与された場合のブチレート産生微生物の生着を示す。株１は、ムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）であり；株５、６、８および９は、ブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）である。対象に、ブチレート産生微生物のみを含む本開示の組成物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓに対応する、株５、６および９；上部のパネル）、またはブチレート産生微生物（例えば、それぞれ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｅｎｃｋｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉおよびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓの株に対応する、株５、６、８および９）とムチン分解微生物（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａに対応する、株１）とを含む本開示の組成物（下部のパネル）を１２週間投与し、これに４週間のウォッシュアウト期間が続いた。対象の便試料を処理し、株の存在をｑＰＣＲによって検出した。図１５Ａは、示される株がベースライン（０週目）、投与の４週目、投与の１２週目、および続く４週間のウォッシュアウト期間（１６週目）で検出されたｑＰＣＲ反応物の割合を示す。図１５Ｂは、示される株がベースライン（０週目）および続くウォッシュアウト期間（１６週目）で検出されたｑＰＣＲ反応物の割合を示す。
【０２９５】
本発明の好ましい実施形態は、本明細書で示され、説明されているが、そのような実施形態は単に例のために提供されることが、当業者に明らかである。本発明から逸脱することなく、多くの変形、変化および置換がここで当業者に想起される。本明細書で説明される本発明の実施形態についての様々な代替物が、本発明の実施において使用され得ることが理解されるべきである。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義すること、およびこれらの特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物がそれに包含されることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５−１】
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【図１５−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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