(57)【要約】  本発明は、配列番号１〜１４の少なくとも一部を含むポリペプチド、その断片および／または変異体を含む制御性Ｔ細胞エピトープを含む組成物、ならびに同組成物を製造および使用する方法に関する。
2021503276.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチド。
【請求項２】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になるポリペプチド。
【請求項３】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項４】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸。
【請求項５】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になるポリペプチドをコードする核酸。
【請求項６】
配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸。
【請求項７】
請求項４から６のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
【請求項８】
請求項７に記載のベクターを含む細胞。
【請求項９】
それを必要とする対象の免疫応答を抑制する方法であって、治療上有効量の配列番号１〜１４ならびに／あるいはその断片および変異体からなる群から選択される１つまたは複数の単離制御性Ｔ細胞エピトープを前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項１０】
前記免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による少なくとも１つまたは複数の治療的処置による処置、ワクチンによる処置、または少なくとも１つの抗原による処置の結果である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記制御性Ｔ細胞エピトープが、エキソビボで単離樹状細胞に投与され、前記樹状細胞が前記対象に再導入される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数の抗原提示細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記制御性表現型が、前記樹状細胞または他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ−ＤＲ発現の低下を特徴とする、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数のＴ細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数のＣＤ４＋Ｔ細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数のＣＤ８＋Ｔ細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、１つまたは複数のβ細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記１つまたは複数の制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を活性化する、請求項９に記載の方法。
【請求項２０】
前記１つまたは複数の制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化を抑制する、請求項９に記載の方法。
【請求項２１】
前記１つまたは複数の制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化または増殖を抑制する、請求項９に記載の方法。
【請求項２２】
前記１つまたは複数の制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、Ｂ細胞の活性化または増殖を抑制する、請求項９に記載の方法。
【請求項２３】
前記１つまたは複数の制御性Ｔ細胞エピトープの投与が、自然免疫応答、適応免疫応答、エフェクターＴ細胞応答、メモリーＴ細胞応答、ヘルパーＴ細胞応答、Ｂ細胞応答、ηκＴ細胞応答、またはこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される免疫応答を抑制する、請求項９に記載の方法。
【請求項２４】
有効量の請求項９に記載の１つまたは複数の単離制御性Ｔ細胞エピトープならびに／あるいはその断片および変異体と、１つまたは複数の免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチドとを含む組成物であって、前記免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチドによって活性化される免疫応答を抑制し、但し、凝固第Ｖ因子でも凝固第ＶＩＩＩ因子でもない組成物。
【請求項２５】
前記１つまたは複数の免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、１つまたは複数の治療用タンパク質、ワクチンによる処置、または少なくとも１つの抗原による処置である、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
ヒトの免疫応答を抑制するのに有効な１つまたは複数の単離制御性Ｔ細胞エピトープ（Ｔレギトープ）を含む医薬組成物であって、少なくとも１つの単離制御性Ｔ細胞エピトープは、配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む医薬組成物。
【請求項２７】
前記少なくとも１つの制御性Ｔ細胞エピトープペプチドが配列番号１を含む、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
請求項２６に記載のＴレギトープ組成物と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項２９】
それを必要とする対象の制御性Ｔ細胞を刺激する方法であって、治療上有効量の請求項２６に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項３０】
それを必要とする対象の免疫応答を抑制する方法であって、治療上有効量の請求項２６に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項３１】
それを必要とする対象の抗原特異的免疫応答を抑制する方法であって、治療上有効量の請求項２６に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項３２】
前記対象が、アレルギー、自己免疫疾患、移植関連障害、酵素もしくはタンパク質欠乏障害、止血障害、がん、不妊症；およびウイルス、細菌もしくは寄生虫感染症、または血液凝固障害を患っている、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による処置、ワクチンによる処置、および少なくとも１つの抗原による処置からなる群から選択される１つまたは複数の治療的処置の結果である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記医薬Ｔレギトープ組成物の投与が、１つまたは複数の抗原提示細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記医薬Ｔレギトープ組成物の投与が、１つまたは複数の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
前記制御性表現型が、前記樹状細胞または他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ−ＤＲ発現の低下を特徴とする、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
それを必要とする対象の免疫応答を抑制する方法であって、治療上有効量の１つまたは複数の単離ポリペプチドを含むＴレギトープ組成物を前記対象に投与するステップを含み、少なくとも１つの単離ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列からなる方法。
【請求項３８】
前記Ｔレギトープ組成物の投与が、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を活性化する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記Ｔレギトープ組成物の投与が、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化を抑制する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記Ｔレギトープ組成物の投与が、ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞および／またはＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の活性化または増殖を抑制する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記Ｔレギトープ組成物の投与が、Ｂ細胞の活性化または増殖を抑制する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記対象が、アレルギー、自己免疫疾患、移植関連障害、酵素もしくはタンパク質欠乏障害、または血液凝固障害を患っている、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
前記免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による処置、ワクチンによる処置、および少なくとも１つの抗原による処置からなる群から選択される１つまたは複数の治療的処置の結果である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
対象の免疫応答を抑制するためのキットであって、請求項２６に記載の組成物を含むキット。
【請求項４５】
有効量の抗原またはアレルゲンをさらに含む、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
患者の制御性Ｔ細胞の集団を拡大する方法であって、
（ａ）対象から得られる生体試料を用意するステップと；
（ｂ）前記生体試料から制御性Ｔ細胞を単離し；前記Ｔ制御性細胞の数が増加して、拡大した制御性Ｔ細胞組成物をもたらす条件下で、前記単離した制御性Ｔ細胞を有効量の請求項２６に記載のＴレギトープ組成物と接触させて、それによって前記生体試料の前記制御性Ｔ細胞を拡大するステップと；
（ｃ）前記増加した数の制御性Ｔ細胞を前記患者に戻すステップと
を含む方法。
【請求項４７】
生体試料の制御性Ｔ細胞を刺激する方法であって、
（ａ）対象から得られる生体試料を用意するステップと；
（ｂ）前記生体試料から制御性Ｔ細胞を単離し；前記Ｔ制御性細胞が１つまたは複数の生物学的機能を変化させるよう刺激される条件下で、前記単離した制御性Ｔ細胞を有効量の請求項２６に記載の組成物と接触させて、それによって前記生体試料の前記制御性Ｔ細胞を刺激するステップと
を含む方法。
【請求項４８】
前記制御性Ｔ細胞エピトープが、特異的標的抗原に対する免疫応答の減少に使用するために、前記標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物である、請求項２６に記載の組成物。
【請求項４９】
前記抑制効果が、自然ＴＲｅｇまたは適応ＴＲｅｇまたは自然ＴＲｅｇのウイルスホモログによって媒介される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞またはＢ細胞のいずれかが、前記制御性Ｔ細胞エピトープの抑制効果を受ける、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
ウイルスを含有するワクチン送達ベクターの免疫原性を増強する方法であって、前記ウイルスに存在する制御性Ｔ細胞エピトープの同定および除去を含み、前記制御性Ｔ細胞エピトープは抗原特異的免疫応答を抑制する方法。
【請求項５２】
制御性Ｔ細胞エピトープが除去された前記ワクチン送達ベクターがさらに増強されており、
（ａ）前記生体試料から制御性Ｔ細胞を単離するステップと；
（ｂ）前記単離した制御性Ｔ細胞を有効量の前記増強されたワクチン送達ベクターと接触させるステップと；
（ｃ）制御性Ｔ細胞の数を増加させるステップと；
（ｄ）前記Ｔ細胞エピトープを同定するステップと；
（ｅ）前記ワクチンに存在する残っている制御性Ｔ細胞エピトープを除去するステップと
さらにを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記ワクチン送達ベクターの前記除去された制御性Ｔ細胞エピトープが、配列番号１〜１４からなる群から選択される単離Ｔ細胞エピトープである、請求項５１記載の方法。
【請求項５４】
異種ポリペプチドに連結された１つまたは複数のＴ細胞エピトープポリペプチドを含むポリペプチド組成物であって、前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドは、配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるポリペプチド組成物。
【請求項５５】
前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドが前記異種ポリペプチドのＮ末端に融合している、請求項５４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５６】
前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドが前記異種ポリペプチドのＣ末端に融合している、請求項５４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５７】
前記異種ポリペプチドが生物学的に活性な分子を含み、前記生物学的に活性な分子が、免疫原性分子、Ｔ細胞エピトープ、ウイルスタンパク質および細菌タンパク質からなる群から選択される、請求項５４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５８】
前記異種ポリペプチドが、前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドに作動可能に連結されている、請求項５４に記載のキメラポリペプチド組成物。
【請求項５９】
対象の制御性Ｔ細胞を誘導して免疫応答を抑制する方法であって、治療上有効量のポリペプチド組成物を前記対象に投与するステップを含み、前記ポリペプチド組成物は、異種ポリペプチドに連結した１つまたは複数のＴ細胞エピトープポリペプチドを含み、前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドは、配列番号１〜１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む方法。
【請求項６０】
前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドが前記異種ポリペプチドのＮ末端に融合している、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記Ｔ細胞エピトープポリペプチドが前記異種ポリペプチドのＣ末端に融合している、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記異種ポリペプチドが生物学的に活性な分子を含み、前記生物学的に活性な分子が、免疫原性分子、Ｔ細胞エピトープ、ウイルスタンパク質および細菌タンパク質からなる群から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記ポリペプチド組成物が、有効量の１つまたは複数の抗原および／またはアレルゲンをさらに含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
前記免疫抑制効果が自然制御性Ｔ細胞によって媒介される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６５】
前記免疫抑制効果が適応制御性Ｔ細胞によって媒介される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６６】
前記Ｔ細胞エピトープ組成物がエフェクターＴ細胞応答を抑制する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６７】
前記Ｔ細胞エピトープ組成物がヘルパーＴ細胞応答を抑制する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６８】
前記Ｔ細胞エピトープ組成物がＢ細胞応答を抑制する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６９】
前記Ｔ細胞エピトープ組成物がエフェクターＴ細胞のサイトカイン分泌を抑制する、請求項５９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１０月５日に出願された米国仮特許出願第６２／５６８６２５号、２０１７年１０月５日に出願された米国仮特許出願第６２／５６８６３０号、および２０１８年９月１１日に出願された米国仮特許出願第６２／７２９７９２号に基づく優先権を主張する。上記出願の全ての全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩ形式で提出され、参照により全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０１８年１０月４日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＥＰＶ  ０００８ＷＯ  ＳＥＱＵＥＮＣＥ  Ｌｉｓｔｉｎｇ  ＳＴ２５．ｔｘｔという名前で、サイズは１１４ＫＢである。
【０００３】
本開示は、概して、新規なクラスの制御性Ｔ細胞エピトープ（「Ｔレギトープ（Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ）」と呼ばれる）に関する。本開示は、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）Ｔレギトープ組成物ならびにこれらを調製および使用する方法を提供する。
【背景技術】
【０００４】
自己または外来抗原に対する寛容の人工的誘導が、自己免疫、移植アレルギーおよびその他の疾患の治療の目標である。自己および非自己治療用タンパク質を標的とする免疫応答は、しばしば臨床的有効性を制限する。治療用タンパク質組成物に対する寛容を誘導する免疫調節処置は、抗薬物抗体（ＡＤＡ）の形成を減少させ、臨床結果を改善し得る。最近まで、治療的寛容誘導は、広範な免疫細胞枯渇療法に依存していた。これらの広範なアプローチは一般に免疫系を弱め、多くの対象を日和見感染症、自己免疫発作およびがんに対して脆弱にする。当技術分野では、免疫寛容の誘導に対する攻撃性が低く、より標的を絞ったアプローチが必要である。
【０００５】
免疫寛容は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、Ｔ細胞、Ｂ細胞、サイトカイン、ケモカインおよび表面受容体間の複雑な相互作用によって調節されている。初期の自己／非自己識別は、髄質上皮細胞が未成熟Ｔ細胞に対する特異的自己タンパク質エピトープを発現する新生児発達中に胸腺で起こる。親和性の高い自己抗原を認識するＴ細胞は削除されるが、親和性が中程度の自己反応性Ｔ細胞はしばしば削除を回避し、いわゆる「自然」制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ）細胞に変換され得る。これらの自然ＴＲｅｇ細胞が末梢に輸送され、潜伏性自己免疫反応の制御に役立つ。
【０００６】
寛容の第２の形態は、末梢で発生する。この場合、活性化Ｔ細胞が、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−βおよびＣＣＬ１９などの一定の免疫抑制サイトカインおよびケモカインの作用を通して「適応」ＴＲｅｇ表現型に変換される。これらの「適応」ＴＲｅｇ細胞の考えられる役割には、侵入病原体の排除に成功した後の免疫応答を弱めること、アレルギー反応によって引き起こされる過剰な炎症の制御、低レベルもしくは慢性感染症によって引き起こされる過剰な炎症の制御、またはおそらく有益な共生細菌を標的とする炎症反応の制御が含まれる。
【０００７】
内在性ＴＲｅｇ（自然ＴＲｅｇと適応ＴＲｅｇの両方を含む）は、末梢の免疫調節の重要な構成要素である。例えば、ＴＣＲを通した自然ＴＲｅｇの活性化で、自然ＴＲｅｇは免疫調節サイトカインおよびケモカインを発現する。活性化自然ＴＲｅｇは、接触依存性および非依存性の機序を通して、近くのエフェクターＴ細胞を抑制し得る。さらに、それだけに限らないが、ＩＬ−１０およびＴＧＦ−βを含む、これらの細胞によって放出されるサイトカインは、抗原特異的適応ＴＲｅｇを誘導することができる。多大な努力にもかかわらず、ごく一部の例外を除いて、自然ＴＲｅｇ、およびさらに重要なことに、臨床的に重要な量で循環している自然ＴＲｅｇの抗原特異性はまだ不明である。
【０００８】
当技術分野では、一般的な自己タンパク質に含有される制御性Ｔ細胞エピトープ（「Ｔレギトープ」）の同定、このようなＴレギトープを含有する組成物、ならびにこれらの調製および使用に関連する方法が必要である。
【発明の概要】
【０００９】
本開示の目的は、例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む新規な治療用制御性Ｔ細胞エピトープ組成物、ならびに例えば体内の免疫応答を抑制する、より具体的には医学的状態を処置するための治療剤の投与によって引き起こされる体内の免疫応答を抑制するための同組成物の使用を提供することである。
【００１０】
本明細書に開示されるＴレギトープ組成物およびＴレギトープ抗原組成物の使用を通した内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）の選択的会合および活性化は、不要な免疫応答の存在を示す任意の疾患または状態を処置するための手段として治療的に価値がある。このような不要な免疫応答の例として以下が挙げられる：１型糖尿病、ＭＳ、ループスおよびＲＡなどの自己免疫疾患；移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）および宿主対移植片病（ＨＶＧＤ）などの移植関連障害；アレルギー反応；モノクローナル抗体などの生物学的医薬品の免疫拒絶；置換タンパク質、例えば、それだけに限らないがインスリン、凝固第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）および／または凝固第ＶＩＩＩ因子補充を標的とする免疫応答の管理；ボツリヌス毒素などの治療用毒素を標的とする免疫応答の管理；ならびに急性または慢性にかかわらず、感染性疾患に対する免疫応答の管理。
【００１１】
本開示は、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）、および特定の態様では、末梢の外来および自己タンパク質に対する免疫応答を既に調節している細胞（既存または自然ＴＲｅｇ）の機能を利用する。態様では、本開示は、例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含むこのような組成物を含む、Ｔレギトープ組成物を提供する。ＴＲｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープは、以下で「ある（ａ）」または「該（ｔｈｅ）」「Ｔレギトープ（Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅ）」または「Ｔレギトープ（Ｔｒｅｇｉｔｏｐｅｓ）」と呼ばれ得る。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物であり得る。
【００１２】
態様では、本開示は、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」または「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）に関する。「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」という句は、本開示によるポリペプチドが、配列番号１〜１４のいずれかによる配列またはその変異体に加えて、ＭＨＣリガンドとして機能するペプチドの一部を必ずしも形成していないペプチドの末端および／または側鎖に存在し得る追加のアミノ酸または残基であって、但し、Ｔレギトープとして機能するペプチドの活性を実質的に損なわないものを含有することを意味することを意図している。態様では、単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜２の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、ポリペプチドが、異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入された本開示の配列番号１〜１４（態様では、配列番号１〜１４のその断片を含む）の１つまたは複数を含む。態様では、配列番号１〜１４の１つまたは複数が、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得るが、これが、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸と一緒に、接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよい。態様では、本開示は、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む配列を有するポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）であって、前記配列番号１〜１４の１つまたは複数が自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない、ポリペプチドに関する。態様では、単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１、３〜８および１０〜１４の１つまたは複数を含み、前記単離、合成、または組換えポリペプチドがヒト凝固第Ｖ因子を含まない。態様では、単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号２または９の１つまたは複数を含み、前記単離、合成、または組換えポリペプチドがヒト凝固第ＶＩＩＩ因子を含まない。上記ポリペプチドの態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい。
【００１３】
態様では、本開示は、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）を含むキメラまたは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい）に関する。態様では、本開示のキメラまたは融合ポリペプチド組成物が、異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入された１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）を含む。態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、異種ポリペプチドに挿入されてもよい、異種ポリペプチドのＣ末端に付加されてもよい、および／または異種ポリペプチドのＮ末端に付加されてもよい。上記キメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。態様では、１つまたは複数の本開示の単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜２の配列１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、１つまたは複数の本開示の単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。キメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、配列番号１〜１４の１つまたは複数が、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得るが、これが、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸と一緒に、接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよい。態様では、本開示のキメラまたは融合ポリペプチド組成物が、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む配列を有するポリペプチドであって、前記配列番号１〜１４の１つまたは複数が自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない、ポリペプチドを含む。態様では、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得る。上記キメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、キメラまたは融合ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい。
【００１４】
態様では、本開示は、態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）をコードする、または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする、単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）に関する。１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする核酸の態様では、１つまたは複数のポリペプチドまたは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする核酸の態様では、１つまたは複数のポリペプチドまたは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物が、配列番号１〜２の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする核酸の態様では、１つまたは複数のポリペプチドまたは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物が、配列番号１を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする本開示の核酸、例えばそれだけに限らないが、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する少なくとも１つの制御性Ｔ細胞エピトープをコードする核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含むベクターが提供される。態様では、本開示は、本開示のベクターを含む細胞に関する。
【００１５】
態様では、本開示は、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）の１つまたは複数を含む）本明細書に開示されるＴレギトープ組成物を含む医薬組成物または製剤に関する。態様では、医薬組成物が、薬学的に許容される担体および／または賦形剤をさらに含む。態様では、本開示は、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）の１つまたは複数を含む）本明細書に開示されるＴレギトープ組成物を含む医薬組成物または製剤であって、Ｔレギトープ組成物（またはＴレギトープ組成物に含まれる１つもしくは複数のＴレギトープ）が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる医薬組成物または製剤に関する。医薬組成物または製剤の態様では、Ｔレギトープ組成物（またはＴレギトープ組成物に含まれる１つもしくは複数のＴレギトープ）が、配列番号１〜２の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。医薬組成物または製剤の態様では、Ｔレギトープ組成物（またはＴレギトープ組成物に含まれる１つもしくは複数のＴレギトープ）が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。
【００１６】
態様では、本開示は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を対象に投与することによって、それを必要とする対象の制御性Ｔ細胞（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む内在性ＴＲｅｇ）を刺激、誘導および／または拡大する、ならびに／あるいはそれを必要とする対象の免疫応答を抑制する方法に関する。
【００１７】
態様では、本開示は、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む、それを必要とする対象の医学的状態を処置または予防する方法に関する。態様では、医学的状態が、アレルギー、自己免疫疾患、移植関連障害、移植片対宿主病、血液凝固障害、酵素またはタンパク質欠乏障害、止血障害、がん、不妊症；およびウイルス、細菌または寄生虫感染症からなる群から選択される。別の実施形態では、医学的状態が血友病Ａ、ＢまたはＣである。
【００１８】
態様では、本開示は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を対象に投与することによって、それを必要とする対象の制御性Ｔ細胞（例えば、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む））を刺激／誘導して免疫応答を抑制する方法に関する。態様では、免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による１つまたは複数の治療的処置、ワクチンによる処置、または少なくとも１つの抗原による処置の結果である。特定の実施形態では、免疫応答が、凝固第ＶＩＩＩ第因子補充による１つまたは複数の治療的処置の結果である。よって、１つまたは複数の本開示のＴレギトープ組成物の投与を使用して、血友病Ａを患っている患者の既に確立された免疫応答の発生を予防するまたは既に確立された免疫応答を終了させて、第ＶＩＩＩ因子（および凝固第ＶＩＩＩ因子補充）に対する寛容誘導を確立することができる。別の態様では、本開示のＴレギトープ組成物の投与が、１つまたは複数の抗原提示細胞を制御性表現型に、１つまたは複数の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせ、樹状細胞または他の抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ−ＤＲ発現を低下させる。
【００１９】
態様では、本開示は、制御性Ｔ細胞の集団を拡大する方法であって、（ａ）対象から生体試料を用意するステップと；（ｂ）生体試料から制御性Ｔ細胞を単離するステップと；（ｃ）Ｔ制御性細胞の数が増加して、拡大した制御性Ｔ細胞組成物をもたらす条件下で、単離した制御性Ｔ細胞を有効量の本開示のＴレギトープ組成物（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）と接触させて、それによって生体試料の制御性Ｔ細胞を拡大するステップと；さらに、（ｄ）試料を、処置を必要とする患者に戻すステップとを含む方法に関する。
【００２０】
態様では、本開示は、生体試料の制御性Ｔ細胞を刺激する方法であって、（ａ）対象から生体試料を用意するステップと；（ｂ）生体試料から制御性Ｔ細胞を単離するステップと；（ｃ）Ｔ制御性細胞が１つまたは複数の生物学的機能を変化させるよう刺激される条件下で、単離した制御性Ｔ細胞を有効量の本開示のＴレギトープ組成物（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）と接触させて、それによって生体試料の制御性Ｔ細胞を刺激するステップと；さらに、（ｄ）細胞を、処置を必要とする患者に戻すステップとを含む方法に関する。
【００２１】
態様では、本開示は、対象の免疫応答を抑圧／抑制する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含み、Ｔレギトープ組成物は免疫応答を抑圧／抑制する方法に関する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、自然免疫応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、適応免疫応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、エフェクターＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、メモリーＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、ヘルパーＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、Ｂ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、ｎｋＴ細胞応答を抑圧／抑制する。
【００２２】
態様では、本開示は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物の投与を通して、対象の免疫応答、具体的には抗原特異的免疫応答を抑制する方法であって、前記Ｔレギトープ組成物は、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇ、ならびに態様ではＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を含む）を活性化する、あるいはＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を抑制する、ならびに／あるいはβ細胞またはｎｋＴ細胞の活性化または増殖を抑制する方法に関する。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物であり得る。態様では、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物である本開示のＴレギトープ組成物投与によって、標的抗原に対する免疫応答が減少する。
【００２３】
態様では、標的抗原が自己タンパク質またはタンパク質断片であり得る。態様では、標的抗原がアレルゲンであり得る。態様では、標的抗原が同種タンパク質またはタンパク質断片であり得る。態様では、標的抗原が生物医薬品またはその断片であり得る。態様では、標的抗原が凝固第ＶＩＩＩ因子補充である。態様では、抑制効果が自然ＴＲｅｇによって媒介される。態様では、抑制効果が適応ＴＲｅｇによって媒介される。態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物に含まれる１つまたは複数のＴレギトープが、エフェクターＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、自然免疫応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、適応免疫応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、ヘルパーＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、メモリーＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、Ｂ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、ｎｋＴ細胞応答を抑制する。
【００２４】
態様では、本開示は、対象の医学的状態を予防または処置するため、特に免疫応答を抑制するためのキットであって、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を含むキットに関する。態様では、キットが、有効量の抗原またはアレルゲンまたは治療剤、例えば置換タンパク質またはペプチドをさらに含んでもよい。
【００２５】
本開示は、以下の図面を参照することにより、よりよく理解され得る。特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面を含むこの特許または特許出願公開のコピーは、要求および必要な料金の支払いに応じて特許庁によって提供される。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１Ａ】図１Ａは、ＨＬＡ  ＤＲＢ１競合結合曲線を報告するグラフである。ＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０１０１アッセイの結果を要約する図である（左パネルは配列番号１、３、４および６を示し、右パネルは配列番号５および７を示す）。
【図１Ｂ】図１Ｂは、ＨＬＡ  ＤＲＢ１競合結合曲線を報告するグラフである。ＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０３０１アッセイの結果を要約する図である。
【図１Ｃ】図１Ｃは、ＨＬＡ  ＤＲＢ１競合結合曲線を報告するグラフである。選択されたＦＶペプチドのＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０７０１アッセイの結果を要約する図である（左パネルは配列番号１、３、４および６を示し、右パネルは配列番号５および７を示す）。
【図１Ｄ】図１Ｄは、ＨＬＡ  ＤＲＢ１競合結合曲線を報告するグラフである。選択されたＦＶペプチドのＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１１０１アッセイの結果を要約する図である（左パネルは配列番号１、３、４および６を示し、右パネルは配列番号５および７を示す）。
【図１Ｅ】図１Ｅは、ＨＬＡ  ＤＲＢ１競合結合曲線を報告するグラフである。ＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１５０１の結果を要約する図である（左パネルは配列番号１、３、４および６を示し、右パネルは配列番号５および７を示す）。
【図２Ａ】図２Ａは、樹状細胞の表現型に対する推定Ｔレギトープへの曝露の効果を示している。配列番号１５のＨＬＡ−ＤＲ／ＣＤ１１ｃドットプロットのオーバーレイ（１６７として図に記載される濃い灰色）を示し、培地対照（薄い灰色）が観察されたＨＬＡ−ＤＲ発現のシフトを強調する図である。
【図２Ｂ】図２Ｂは、樹状細胞の表現型に対する推定Ｔレギトープへの曝露の効果を示している。ＨＬＡ−ＤＲ  ＭＦＩの％Δを計算するために使用される式（％は培地対照に対する相対である）を表す図である。
【図２Ｃ】図２Ｃは、樹状細胞の表現型に対する推定Ｔレギトープへの曝露の効果を示している。各ペプチド刺激剤についてのＨＬＡ−ＤＲ  ＭＦＩの％Δを示す棒グラフである（配列番号１５はＴｒｅｇ  １６７である）。
【図３Ａ】図３Ａは、培地対照に対する各ペプチド刺激剤について計算されたＨＬＡ陰性集団の％Δ変化を示している。配列番号１５（Ｔレギトープ１６７として図に記載されている）および培地対照についてのＨＬＡ−ＤＲ対ＣＤ１１ｃのプロットを示す図である。
【図３Ｂ】図３Ｂは、培地対照に対する各ペプチド刺激剤について計算されたＨＬＡ陰性集団の％Δ変化を示している。ビヒクルが培地である場合のＨＬＡ＋およびＨＬＡ−各ペプチド刺激剤の％をプロットする棒グラフである。ＴＲｅｇ１６７が対照として使用され、配列ＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱ（配列番号１５）を有する。
【図３Ｃ】図３Ｃは、培地対照に対する各ペプチド刺激剤について計算されたＨＬＡ陰性集団の％Δ変化を示している。ＨＬＡ陰性集団の％Δ変化を計算するために使用される式を表す図である。
【図４】種々のペプチド刺激剤の存在下での５人のドナーにわたるアッセイ７日目に分析されたＣＤ１１対ＨＬＡ−ＤＲの表面発現を表す一連のドットプロットを示す図である。ＴＲｅｇ１６７（図で１６７として示される）が対照として使用され、配列ＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱ（配列番号１５）を有する。
【図５】種々のペプチド刺激剤の存在下での５人のドナーにわたるアッセイ７日目に分析されたＣＤ１１ｃ対ＣＤ８６の表面発現を表す一連のドットプロットを示す図である。ＴＲｅｇ１６７（図で１６７として示される）が対照として使用され、配列ＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱ（配列番号１５）を有する。
【図６Ａ】図６Ａは、高度に活性化された制御性Ｔ細胞のゲーティング戦略を示している。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、上昇したＣＤ２５、Ｇａｎｚｙｍｅ  Ｂ、Ｆｏｘｐ３、および低いＣＦＳＥ（増殖）に対してゲーティングされる。破傷風トキソイド（ＴＴ）を添加しないアッセイでのゲーティング戦略を示す図である。
【図６Ｂ】図６Ｂは、高度に活性化された制御性Ｔ細胞のゲーティング戦略を示している。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、上昇したＣＤ２５、Ｇａｎｚｙｍｅ  Ｂ、Ｆｏｘｐ３、および低いＣＦＳＥ（増殖）に対してゲーティングされる。０．５μｇ／ｍＬのＴＴを添加したアッセイでのゲーティング戦略を示す図である。
【図７】高度に活性化されたグランザイムＢ陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ２５＋グランザイムＢ＋）のゲーティングが、これらの細胞のサブセットが高度増殖性制御性Ｔ細胞（ＣＦＳＥ低ＦｏｘＰ３＋＋）で構成されることを示すことを実証する図である。配列番号１（ＦＶ６２１として示される）はこの集団の相対的割合を増加させる（図７、上列）が、配列番号３（ＦＶ４３２として示される）は有意な効果を示さない（図７、下列）。図のデータは、ドナー１３５に対応する。
【図８Ａ】図８Ａは、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化の２つの尺度のゲーティング戦略を示している。活性化Ｔエフェクター細胞（Ｔｅｆｆ）が、ＣＤ２５ｈｉ／ＦｏｘＰ３ｉｎｔ集団であるＣＤ２５およびＦｏｘＰ３を特徴とすることを示す図である。
【図８Ｂ】図８Ｂは、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化の２つの尺度のゲーティング戦略を示している。細胞が最初にＣＤ４＋でゲーティングされ、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋Ｔ細胞の％増殖がＣＦＳＥ枯渇によって決定される、特徴付けられたＣＤ４  Ｔ細胞の増殖を示す図である。
【図９】破傷風トキソイド（ＴＴ）による刺激時のＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化ならびにペプチド配列番号１（下列）および対照ペプチド配列番号３（上列）による抑制を示す図である。
【図１０】ＴＴによる刺激時のＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖ならびにペプチド配列番号１（下列）および対照ペプチド配列番号３（上列）による同細胞の抑制を報告する図である。
【図１１】破傷風トキソイド（ＴＴ）による刺激時のＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化ならびにペプチド配列番号１（下列）および対照ペプチド配列番号３（上列）による抑制を示す図である。
【図１２】Ｔレギトープ（配列番号８（開始ペプチド）および配列番号１（伸長ペプチド））をその第ＶＩＩＩ因子ホモログ（それぞれ、配列番号９（開始ペプチド）および配列番号２（伸長ペプチド））と整列させて、ペプチド間の相同性を表示する図である。アンカー残基は太字で示され；保存されたＴＣＲ接触は太字で下線付きで示され；一致しないＴＣＲ接触は太字でイタリック体で示される。
【図１３Ａ】２人のドナーにわたるペプチド配列番号１（上列）および配列番号２（下列）によるＣＤ４＋Ｔ細胞活性化の比較阻害を示す図である。
【図１３Ｂ】２人のドナーにわたるペプチド配列番号１（上列）および配列番号２（下列）によるＣＤ４＋Ｔ細胞増殖の比較阻害を示す図である。
【図１４】ドナー１２１についてのＣＤ８＋Ｔ細胞増殖（上列）および活性化（下列）に対する配列番号１の効果を示す図である。
【図１５】ドナー０９７および１２１についてのＣＤ８＋Ｔ細胞増殖（上列）および活性化（下列）に対するペプチド配列番号１の効果を示す図である。
【図１６Ａ】陰性対照よりも好ましい生存プロファイルを示すペプチド配列番号１についての生存プロットを要約する図である。
【図１６Ｂ】陽性対照よりも好ましい生存プロファイルを示すペプチド配列番号１についての生存プロットを要約する図である。
【図１７Ａ】広範なＨＬＡ−ＤＲＢ１ハプロタイプを網羅するドナーにわたり、破傷風トキソイド（図１７Ａ）に応答する活性化（増殖）ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞に対する本開示のＴレギトープの阻害効果が、高度に活性化された（グランザイムＢ＋）制御性Ｔ細胞（図１７Ｂ）のそれを反映することを実証する図である。
【図１７Ｂ】広範なＨＬＡ−ＤＲＢ１ハプロタイプを網羅するドナーにわたり、破傷風トキソイド（図１７Ａ）に応答する活性化（増殖）ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞に対する本開示のＴレギトープの阻害効果が、高度に活性化された（グランザイムＢ＋）制御性Ｔ細胞（図１７Ｂ）のそれを反映することを実証する図である。各ドナーについて、値は１００％＝ＴＴのみ、本開示のＴレギトープなしに正規化される。図１７Ａと図１７Ｂの両方に示されるように、配列番号１はＦＶ６２１として示され、配列番号３はＦＶ４３２として示され、配列番号４はＦＶ５４８として示され、配列番号５はＦＶ５８２として示され、配列番号６はＦＶ１７３７として示され、配列番号７はＦＶ１８０２として示される。
【図１８】破傷風トキソイドが活性化（ＣＤ２５高）ＣＤ４  Ｔ細胞の集団を刺激して増殖させる（ＣＦＳＥ低）（活性化細胞のおよそ９０％も増殖している（データは示さず））ことを示し、さらに、高度に活性化された細胞のこの集団が、配列番号１（ＦＶ６２１として示される）によって用量依存的に積極的に抑制され（図１８、上列）、配列番号３（ＦＶ４３２として示される）が、活性化ＣＤ４細胞に対する有意な阻害効果を示さない（図１８、下列）ことを示す図である。
【図１９】ＥｐｉＢａｒを含有する免疫原性インフルエンザＨＡペプチドの例、および無差別インフルエンザエピトープのＥｐｉＭａｒｔｉｘ分析を示す図である。インフルエンザＨＡペプチドは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘの８つの対立遺伝子全てについてスコアが非常に高く、クラスタースコアは１８である。１０のクラスタースコアが有意と見なされる。バンド様ＥｐｉＢａｒパターンは、無差別エピトープの特徴である。ＰＲＹＶＫＱＮＴＬ（配列番号６０）、ＲＹＶＫＱＮＴＬＫ（配列番号６１）、ＹＶＫＱＮＴＬＫＬ（配列番号６２）、ＶＫＱＮＴＬＫＬＡ（配列番号６３）およびＫＱＮＴＬＫＬＡＴ（配列番号６４）の結果を示す。Ｚスコアは、９ｍｅｒフレームが所与のＨＬＡ対立遺伝子に結合する可能性を示す。上位５％の全てのスコアが「ヒット」と見なされ、１０％未満の非ヒット（＊）は、簡潔にするために図１９では隠されている。
【図２０】８０％超のＴＣＲ接触が保存されている（ＤＲ１５で一致）、ヒト第Ｖ因子とヒト第ＶＩＩＩ因子との間で共有される推定エピトープ、ならびにそれらのＥｐｉＭａｔｒｉｘスコアを示す図である。アンカー残基は黒色で示され、保存されたＴＣＲ接触は緑色で表示され、不一致ＴＣＲ接触は赤色で示される。ＩＨＦＴＧＨＳＦＩ（配列番号８）および選択された伸長ペプチドＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫ（配列番号１）；ＩＨＦＳＧＨＶＦＴ（配列番号９）および選択された伸長ペプチドＩＨＳＩＨＦＳＧＨＶＦＴＶＲＫ（配列番号２）；ＦＫＮＭＡＳＲＰＹ（配列番号１０）および選択された伸長ペプチドＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹＳＩＹ（配列番号３）；ＩＭＳＴＩＮＧＹＶ（配列番号１２）および選択された伸長ペプチドＥＳＮＩＭＳＴＩＮＧＹＶＰＥＳ（配列番号５）；ＦＨＡＩＮＧＭＩＹ（配列番号１４）および選択された伸長ペプチドＳＨＥＦＨＡＩＮＧＭＩＹＳＬＰ（配列番号７）；ＩＥＤＦＮＳＧＬＩ（配列番号１６）および伸長ペプチドＥＮＬＩＥＤＦＮＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号１７）；ＶＫＤＬＮＳＧＬＩ（配列番号１８）および伸長ペプチドＶＤＬＶＫＤＬＮＳＧＬＩＧＡＬ（配列番号１９）；ＫＩＶＦＫＮＭＡＳ（配列番号２０）および伸長ペプチドＤＴＬＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹ（配列番号２１）；ＶＩＴＬＫＮＭＡＳ（配列番号２２）および伸長ペプチドＤＴＶＶＩＴＬＫＮＭＡＳＨＰＶ（配列番号２３）；ＦＫＮＱＡＳＲＰＹ（配列番号２４）および伸長ペプチドＬＴＩＦＫＮＱＡＳＲＰＹＮＩＹ（配列番号２５）；ＬＫＮＭＡＳＨＰＶ（配列番号２６）および伸長ペプチドＶＩＴＬＫＮＭＡＳＨＰＶＳＬＨ（配列番号２７）；ＦＲＮＱＡＳＲＰＹ（配列番号２８）および伸長ペプチドＭＶＴＦＲＮＱＡＳＲＰＹＳＦＹ（配列番号２９）；ＩＭＨＳＩＮＧＹＶ（配列番号３０）および伸長ペプチドＡＳＮＩＭＳＳＩＮＧＹＶＦＤＳ（配列番号３１）；ＬＬＬＫＱＳＮＳＳ（配列番号３２）および伸長ペプチドＳＤＬＬＬＬＫＱＳＮＳＳＫＩＬ（配列番号３３）；ＲＶＬＦＱＤＮＳＳ（配列番号３４）および伸長ペプチドＹＬＴＲＶＬＦＱＤＮＳＳＨＬＰ（配列番号３５）；ＦＫＮＬＡＳＲＰＹ（配列番号３６）および伸長ペプチドＱＶＲＦＫＮＬＡＳＲＰＹＳＬＨ（配列番号３７）；ＬＫＮＭＡＳＨＰＶ（配列番号３８）および伸長ペプチドＶＩＴＬＫＮＭＡＳＨＰＶＳＬＨ（配列番号３９）；ＦＫＮＱＡＳＲＰＹ（配列番号４０）および伸長ペプチドＬＩＩＦＫＮＱＡＳＲＰＹＮＩＹ（配列番号４１）；ＦＲＮＱＡＳＲＰＹ（配列番号４２）および伸長ペプチドＭＶＴＦＲＮＱＡＳＲＰＹＳＦＹ（配列番号４３）；ＦＨＡＩＮＧＹＩＭ（配列番号４４）および伸長ペプチドＮＹＲＦＨＡＩＮＧＹＩＭＤＴＬ（配列番号４５）；ＩＫＫＩＴＡＩＩＴ（配列番号４６）および伸長ペプチドＬＬＫＩＫＫＩＴＡＩＩＴＱＧＣ（配列番号４７）；ＦＫＫＶＴＰＬＩＨ（配列番号４８）および伸長ペプチドＤＴＥＦＫＫＶＴＰＬＩＨＤＲＭ（配列番号４９）；ＶＫＮＦＦＮＰＰＩ（配列番号５０）および伸長ペプチドＫＧＨＶＫＮＦＦＮＰＰＩＩＳＲ（配列番号５１）；ならびにＫＨＮＩＦＮＰＰＩ（配列番号５２）および伸長ペプチドＳＧＩＫＨＮＩＦＮＰＰＩＩＡＲ（配列番号５３）について結果が示される。
【図２１】ヒト第Ｖ因子およびヒト第ＶＩＩＩ因子ペプチドペアが５つ全てのＴＣＲ接触位置およびそれらの推定ＥｐｉＭａｔｒｉｘスコアで一致した推定エピトープを示す図である。アンカー残基は黒色で示され、保存されたＴＣＲ接触は緑色で表示され、不一致ＴＣＲ接触は赤色で示される。ＦＤＥＮＬＳＷＹＬ（配列番号１１）および伸長ペプチドＦＡＶＦＤＥＮＫＳＷＹＬＥＤＮ（配列番号４）；ＩＨＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号１３）および伸長ペプチドＥＫＤＩＨＳＧＬＩＧＰＬＬＩ（配列番号６）；ＦＤＥＴＫＳＷＹＦ（配列番号５４）および伸長ペプチドＦＴＩＦＤＥＴＫＳＷＹＦＴＥＮ（配列番号５５）；ＦＤＥＮＲＳＷＹＬ（配列番号５６）および伸長ペプチドＦＳＶＦＤＥＮＲＳＷＹＬＴＥＮ（配列番号５７）；ならびにＶＨＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号５８）および伸長ペプチドＥＫＤＶＨＳＧＬＩＧＰＬＩＶ（配列番号５９）について結果が示される。
【図２２】図５の樹状細胞表現型分析を通して得られた結果を要約する図である。図２２に提示されるように、請求されるＴレギトープ配列番号１への曝露は、試験した５人の対象全てでＨＬＡ−ＤＲの発現を低下させた。さらに、５人の対象のうち４人で、Ｔレギトープ配列番号１への曝露によって、ＣＤ１１ｃ−高コホート中に存在するＣＤ８６−低の％が増加した。両傾向は、獲得制御性表現型へのシフトを示した。ΔＭＦＩおよび％細胞集団計算の分析は、ビヒクル対照分析に対するものである。
【図２３】複数のＨＬＡクラスＩＩ型にわたる配列番号１に対する高い結合親和性を示す、５つのＨＬＡ−ＤＲ１型にわたる配列番号１のＨＬＡ結合結果を示す図である。
【図２４Ａ】図２４Ａは、バイスタンダー抑制アッセイに使用されるゲーティング戦略を示しており、ＴＴによって刺激されたＣＤ４  Ｔ細胞の制御性マーカーおよび活性化マーカーを強調し、主要な増殖集団がＴエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）に対応することを示している。ドナー全体で観察される傾向を典型的に示すドナー１０８によるＴＴへの応答を示し、典型的な別個の集団を示す図である。
【図２４Ｂ】図２４Ｂは、バイスタンダー抑制アッセイに使用されるゲーティング戦略を示しており、ＴＴによって刺激されたＣＤ４  Ｔ細胞の制御性マーカーおよび活性化マーカーを強調し、主要な増殖集団がＴエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）に対応することを示している。各集団についての増殖の程度を示す、ＦｏｘＰ３およびＣＤ２５マーカーのゲーティング戦略を示す図である。
【図２４Ｃ】図２４Ｃは、バイスタンダー抑制アッセイに使用されるゲーティング戦略を示しており、ＴＴによって刺激されたＣＤ４  Ｔ細胞の制御性マーカーおよび活性化マーカーを強調し、主要な増殖集団がＴエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）に対応することを示している。総ＣＤ４  Ｔ細胞および増殖性ＣＤ４  Ｔ細胞の制御性表現型を示し、後者における活性化エフェクターＴ細胞の高い優位性を示す図である。
【図２４Ｄ】図２４Ｄは、バイスタンダー抑制アッセイに使用されるゲーティング戦略を示しており、ＴＴによって刺激されたＣＤ４  Ｔ細胞の制御性マーカーおよび活性化マーカーを強調し、主要な増殖集団がＴエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）に対応することを示している。活性化Ｔ細胞のほとんど（ＣＤ２５ｈｉ  ＦｏｘＰ３ｉｎｔ、Ｑ２）がエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）を示すことを示す図である。
【図２５】図１Ａ〜図１Ｃに示される選択されたクラスＩＩ  ＨＬＡ対立遺伝子に対する一定のＴレギトープについての結合曲線のＨＬＡ結合結果の要約を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
概要
適応免疫カスケードは、可溶性タンパク質抗原が抗原提示細胞（ＡＰＣ）に取り込まれ、クラスＩＩ抗原提示経路を通して処理されると始まる。クラスＩＩ提示経路のタンパク質抗原は、小胞体で見られる種々のプロテアーゼによって分解される。結果として生じたタンパク質断片の一部は、クラスＩＩ  ＭＨＣ分子に結合している。ペプチド搭載ＭＨＣ分子は細胞表面に運ばれ、そこでＣＤ４＋Ｔ細胞によって調べられる。ＭＨＣ分子に結合し、ＡＰＣと循環Ｔ細胞との間の細胞間相互作用を媒介することができるペプチド断片は、Ｔ細胞エピトープと呼ばれる。ＣＤ４＋Ｔ細胞によるこれらのペプチド−ＭＨＣ複合体の認識は、応答するＴ細胞の表現型および局所サイトカイン／ケモカイン環境に基づいて、免疫活性化または免疫抑制応答のいずれかをもたらし得る。一般に、ＭＨＣ／ペプチド複合体とＴエフェクター細胞のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）との間の会合が、ＩＬ−４およびＩＦＮ−γなどの炎症性サイトカインの活性化およびその後の分泌をもたらす。他方、自然Ｔ制御性細胞（ＴＲｅｇ）の活性化が、とりわけ免疫抑制性サイトカインＩＬ−１０およびＴＧＦ−βの発現をもたらす（Ｓｈｅｖａｃｈ  Ｅ、（２００２）、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、２（６）：３８９〜４００）。これらのサイトカインは近くのエフェクターＴ細胞に直接作用して、ある場合にはアネルギーまたはアポトーシスをもたらす。他の場合では、制御性サイトカインおよびケモカインがエフェクターＴ細胞をＴ制御性表現型に変換する；この過程は、ここでは「誘導」または「適応」寛容と呼ばれる。ＭＨＣ分子に結合し、循環している内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）と会合および／またはこれを活性化することができるＴ細胞エピトープは、Ｔレギトープと呼ばれる。態様では、ここに開示されるＴレギトープがＴ細胞エピトープクラスターであり、これらは複数のＭＨＣ対立遺伝子および複数のＴＣＲに結合することができるエピトープである。
【００２８】
初期の自己／非自己識別は、皮質および髄質上皮細胞が未成熟Ｔ細胞に対する特異的自己タンパク質エピトープを発現する新生児発達中に胸腺で起こる。親和性の高い自己抗原を認識するＴ細胞は削除されるが、親和性が中程度の自己反応性Ｔ細胞はしばしば削除を回避し、いわゆる自然制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ）細胞に変換され得る。これらの自然ＴＲｅｇ細胞が末梢に輸送され、潜伏性自己免疫反応の制御に役立つ。自然制御性Ｔ細胞は、免疫調節および自己寛容の重要な構成要素である。
【００２９】
自己寛容は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、サイトカインおよび表面受容体間の複雑な相互作用によって調節されている。Ｔ制御性免疫応答は、タンパク質抗原（自己であろうと外来であろうと）に対するＴエフェクター免疫応答を相殺する。自己反応性Ｔエフェクター細胞の数もしくは機能を増加させる、またはＴ制御性細胞の数もしくは機能を減少させることによる、自己反応性側へのバランスの傾きが、自己免疫として現れる。
【００３０】
通常、バイスタンダーＴ制御性細胞によって供給されるＩＬ−１０およびＴＧＦ−βの存在下で、Ｔ細胞受容体を介して活性化すると、成熟Ｔ細胞が「適応」ＴＲｅｇ表現型に変換される寛容の第２の形態が末梢で起こる。これらの「適応」ＴＲｅｇ細胞の考えられる役割には、侵入病原体の排除に成功した後の免疫応答を弱めること、アレルギー反応によって引き起こされる過剰な炎症の制御、低レベルもしくは慢性感染症によって引き起こされる過剰な炎症の制御、またはおそらく有益な共生細菌およびウイルスを標的とする炎症反応の制御が含まれる。「適応」ＴＲｅｇは、体細胞超突然変異を受けたヒト抗体を標的とする免疫応答の抑制においても役割を果たし得る（Ｃｈａｕｄｈｒｙ  Ａら、（２０１１）、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、３４（４）：５６６〜７８）。
【００３１】
ＴＲｅｇ細胞はＢ細胞寛容にも役立つ。Ｂ細胞は、細胞表面上で単一の低親和性Ｆｃ受容体であるＦｃｙＲＩＩＢを発現する（Ｒａｖｅｔｃｈ  ＪＶら、（１９８６）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２３４（４７７７）：７１８〜２５）。この受容体は、細胞質ドメインに免疫受容体抑制性チロシンモチーフ配列（ＩＴＩＭ）を含有している。免疫複合体によるＦｃγＲＩＩＢとＢ細胞受容体（ＢＣＲ）の共連結（ｃｏ−ｌｉｇａｔｉｏｎ）は、ＩＴＩＭのチロシンリン酸化を誘因するよう作用してイノシトールホスファターゼ、ＳＨＩＰの動員をもたらし、ＭＡＰキナーゼの活性化を妨害することによってＢＣＲ誘因増殖を阻害し、細胞膜からのブルトン型チロシンキナーゼ（Ｂｔｋ）の解離によって食作用を遮断し、細胞へのカルシウム流入を阻害する。ＦｃγＲＩＩＢはまた、ＩＴＩＭとは無関係にアポトーシスを誘導することもできる。ＩＣによるＦｃγＲＩＩＢのホモ凝集で、Ｂｔｋと細胞膜の会合が増強され、それによってアポトーシス反応が誘因される（Ｐｅａｒｓｅ  Ｒら、（１９９９）、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、１０（６）：７５３〜６０）。ＦｃγＲＩＩＢの発現は高度に可変性であり、サイトカイン依存性である。活性化Ｔｈ２およびＴＲｅｇ細胞によって発現されるＩＬ−４およびＩＬ−１０は、相乗的に作用してＦｃγＲＩＩＢ発現を増強し（Ｊｏｓｈｉ  Ｔら、（２００６）、Ｍｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏ．、４３（７）：８３９〜５０）、したがって、体液性応答の抑制を助けることが示されている。
【００３２】
Ｔレギトープ特異的ＴＲｅｇ細胞を活用して、不要な免疫応答を抑制し、共送達された（ｃｏ−ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ）タンパク質に対する適応ＴＲｅｇを誘導することも可能である。この発見は、移植、タンパク質療法、アレルギー、慢性感染症、自己免疫およびワクチン設計のための治療レジメンおよび抗原特異的療法の設計に意味を有する。（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を含むＴレギトープと合わせた薬物、タンパク質またはアレルゲンの投与が、エフェクター免疫応答を抑制することができる。本開示のＴレギトープ組成物を含むＴレギトープを使用して、免疫系を寛容に向けて意図的に操作することができる。
【００３３】
（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物が、制御性Ｔ細胞の選択的会合および活性化に有用である。本明細書では、一定の内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）が、全身性と限定的な疾患特異的状況の両方で、会合、活性化および／または不要な免疫応答の抑制に適用され得ることが実証されている。態様では、本開示のＴレギトープ組成物を使用して、既存の制御性Ｔ細胞集団と会合およびこれらを活性化して、血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる免疫応答を抑制することができる。
【００３４】
多大な努力にもかかわらず、ごく一部の例外を除いて、自然ＴＲｅｇ、およびさらに重要なことに、臨床的に重要な量で循環している自然ＴＲｅｇの抗原特異性は不明である。本明細書では、免疫グロブリンまたは血清タンパク質凝固第Ｖ因子（「ＦＶ」）および凝固第ＶＩＩＩ因子（「ＦＶＩＩＩ」）などの、血液蒸気を循環する一定のヒトタンパク質が、制御性Ｔ細胞の内在性集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）に関連するＴ細胞エピトープを含有することが証明されている。正常な免疫監視の過程で、これらのタンパク質は樹状細胞またはマクロファージなどの専門的ＡＰＣに取り込まれ、分解される。分解過程中、これらのタンパク質に含有されるエピトープの一部がＭＨＣ分子と結合し、制御性Ｔ細胞に提示される細胞表面に輸送される。これらの細胞は、いったんＡＰＣによって活性化されると、サイトカインおよびケモカインを放出し、そうでなければ細胞外タンパク質の機能を妨げる自己免疫応答を抑制するのを助ける。
【００３５】
（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を使用して、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を選択的に活性化することによって、本開示のＴレギトープ組成物を使用して、種々の不要な免疫応答を抑制することができることが本明細書で示される。その最も単純な形態では、本開示のＴレギトープ組成物の全身施用を、例えばＭＳの再燃、アレルギー反応、移植反応または感染症に対する制御されない応答などの重度の自己免疫反応を制御するのに有用な一般化された免疫抑制剤として使用することができる。
【００３６】
例えばそれだけに限らないが、関節リウマチ（ＲＡ）に罹患している関節に局所施用される、より制御された施用では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を使用して、限局性自己免疫応答を抑制することができる。本開示のＴレギトープ組成物の一定の他のＴ細胞エピトープへの融合、結合または混和を通して達成される可能性があるような標的化用途では、Ｔレギトープ組成物が、融合、結合、または混和Ｔ細胞エピトープに対する高度に特異的な免疫応答を抑制しながら、免疫系のバランスをそのまま保つことができる。例えば、インスリンなどの自己免疫抗原、ブラジルナッツ抗原などのアレルゲン、または抗体などの抗原タンパク質（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（それだけに限らないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉構造多重特異性抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディを含む）または置換酵素に融合した本開示のＴレギトープ組成物の送達を通して、免疫系は、例えば、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を誘導する、および／または応答するエフェクターＴ細胞の表現型を適応制御性Ｔ細胞の表現型に変換することによって、共送達抗原を「寛容する」よう訓練され得る。
【００３７】
一定の態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を使用して、血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる免疫応答を抑制することができる。例えば、第ＶＩＩＩ因子補充は、本開示のＴレギトープ組成物と（例えば、それだけに限らないが、第ＶＩＩＩ因子補充と本開示のＴレギトープ組成物の融合、結合もしくは混和、または本発明のＴレギトープの第ＶＩＩＩ因子補充への挿入および／もしくは連結を通して）投与することができ、本開示のＴレギトープ組成物が第ＶＩＩＩ因子補充を標的とした免疫応答を抑制する。このような免疫再プログラミングは、血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充を標的とする免疫応答を低減または排除しながら、免疫系のバランスをそのまま保つことができるだろう。
【００３８】
上述のように、本開示のＴレギトープは循環細胞外タンパク質に由来する。有用であるために、これらのＴレギトープは真のＴ細胞エピトープ（すなわち、ＭＨＣ分子とＴＣＲの両方に結合することができる）であるべきである。態様では、Ｔレギトープが、治療効果を有するのに十分大きな既存の制御性Ｔ細胞集団に関連しているべきである。複数のＭＨＣ対立遺伝子および複数のＴＣＲに結合することができるエピトープである、Ｔ細胞エピトープクラスターが、この後の資格を満たすのに重要である。
【００３９】
より具体的には、本開示のＴレギトープが、凝固第Ｖ因子または第ＶＩＩＩ因子の成分である。それらの自然状態で、本開示のＴレギトープは、免疫応答を予防または終結する内在性ＴＲｅｇ（態様では、天然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）と会合およびこれを活性化することができる。これらの凝固第Ｖ因子または第ＶＩＩＩ因子ペプチドは、凝固第ＶＩＩＩ因子の断片と高度に関連している。態様では、血友病Ａの患者の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物への曝露によって、凝固第ＶＩＩＩ因子に対する免疫応答を予防し、処置された患者が第ＶＩＩＩ因子補充の十分な利益を受けられるようにすることができる。さらに、本開示のＴレギトープ組成物による処置は、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、天然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を拡大し、これらを第ＶＩＩＩ因子由来の相同ペプチドによる活性化に利用可能にし、それによって第ＶＩＩＩ因子を標的とするエフェクター応答を抑制することができる。ここに開示される処置は以下の利点を提供する：
１．本開示のＴレギトープ組成物による処置は、高度に抗原特異的である（例えば、Ｔレギトープ組成物による処置は、例えば、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、天然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を高度に抗原特異的に拡大および／または刺激することができる）；
２．患者を頻繁に高用量の第ＶＩＩＩ因子注入で長期間処置する現在の抗原特異的療法と比較して、効率的で安価な処置レジメン；および
３．高用量の第ＶＩＩＩ因子処置が処置患者に免疫寛容を誘導できない場合の第２の防御処置。
【００４０】
態様では、本開示は、自己免疫応答を経験している患者に安全に投与される、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）治療用Ｔレギトープ組成物に関する。請求されるＴレギトープ（および前記Ｔレギトープ組成物内のＴレギトープ）の作用機序は自然であり、それらの有効性および安全性を支持している。態様では、本開示のＴレギトープが、凝固第Ｖ因子および第ＶＩＩＩ因子の天然成分であり、それ自体、全てのヒトに自然に存在することを考慮すると、本開示は、処置を必要とする血友病Ａ患者に安全に投与される治療用Ｔレギトープ組成物に関する。
【００４１】
態様では、本開示は、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する、以下の制御性Ｔレギトープ、その断片、その変異体、およびこのような変異体の断片の１つまたは複数を含む、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）Ｔレギトープ組成物に関する：
ＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫ（配列番号１）；
ＩＨＳＩＨＦＳＧＨＶＦＴＶＲＫ（配列番号２）；
ＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹＳＩＹ（配列番号３）；
ＦＡＶＦＤＥＮＫＳＷＹＬＥＤＮ（配列番号４）；
ＥＳＮＩＭＳＴＩＮＧＹＶＰＥＳ（配列番号５）；
ＥＫＤＩＨＳＧＬＩＧＰＬＬＩ（配列番号６）；
ＳＨＥＦＨＡＩＮＧＭＩＹＳＬＰ（配列番号７）；
ＩＨＦＴＧＨＳＦＩ（配列番号８）；
ＩＨＦＳＧＨＶＦＴ（配列番号９）；
ＦＫＮＭＡＳＲＰＹ（配列番号１０）；
ＦＤＥＮＬＳＷＹＬ（配列番号１１）；
ＩＭＳＴＩＮＧＹＶ（配列番号１２）；
ＩＨＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号１３）；および
ＦＨＡＩＮＧＭＩＹ（配列番号１４）。
【００４２】
定義
本発明の理解をさらに促進するために、いくつかの用語および句を以下で定義する。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての用語（技術用語および科学用語を含む）は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。さらに、一般的に使用される辞書で定義されている用語などの用語は、関連技術および本開示の文脈におけるそれらの意味と一致する意味を有すると解釈されるべきであり、本明細書で明示的に定義されていない限り、理想的なまたは過度に形式的な意味で解釈されないことがさらに理解される。
【００４３】
本明細書で使用される場合、「生体試料」という用語は、生物からの組織、細胞または分泌物の任意の試料を指す。
【００４４】
本明細書で使用される場合、「移植」という用語は、ある対象から「移植組織」または「移植片」と呼ばれる細胞または臓器を採取し、それまたはそれらを（通常）異なる対象に入れる過程を指す。移植組織を提供する対象は「ドナー」と呼ばれ、移植組織を受けた対象は「レシピエント」と呼ばれる。同じ種の２つの遺伝的に異なる対象の間で移植された臓器または移植片は、「同種移植片」と呼ばれる。異なる種の対象の間で移植された移植片は、「異種移植片」と呼ばれる。
【００４５】
本明細書で使用される場合、「医学的状態」という用語は、それだけに限らないが、処置および／または予防が望ましい１つまたは複数の身体的および／または心理的症状として現れる任意の状態または疾患を含み、以前および新たに同定された疾患ならびに他の障害を含む。
【００４６】
本明細書で使用される場合、「免疫応答」という用語は、がん性細胞、転移性腫瘍細胞、悪性黒色腫、侵入病原体、病原体に感染した細胞もしくは組織、または自己免疫もしくは病的炎症の場合は正常なヒト細胞もしくは組織に対する選択的損傷、その破壊、または人体からの排除をもたらす、リンパ球、抗原提示細胞、食細胞、顆粒球、および上記の細胞または肝臓によって産生される可溶性高分子（抗体、サイトカインおよび補体を含む）の協調作用を指す。
【００４７】
本明細書で使用される場合、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を含む組成物の「有効量」、「治療上有効量」などの用語は、所望の治療的および／または予防的効果を達成するのに十分な量、例えば処置されている疾患に関連する症状の予防または減少をもたらす量である。対象に投与される本開示の組成物の量は、疾患の種類および重症度、ならびに健康全般、年齢、性別、体重および薬物に対する忍容性などの個体の特徴に依存する。この量はまた、疾患の程度、重症度および種類にも依存する。当業者であれば、これらおよび他の因子に応じて適切な投与量を決定することができるだろう。本発明の組成物は、互いに組み合わせて、または１つもしくは複数の追加の治療用化合物と組み合わせて投与することもできる。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「制御性Ｔ細胞」、「Ｔｒｅｇ」などの用語は、それだけに限らないが、ＣＤ４、ＣＤ２５およびＦｏｘＰ３を含む一定の細胞表面マーカーの存在を特徴とする、内在性Ｔ細胞のサブセット（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を意味する。活性化すると、制御性Ｔ細胞は、それだけに限らないが、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−βおよびＴＮＦ−αを含む免疫抑制性サイトカインおよびケモカインを分泌する。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞エピトープ」という用語は、長さ７〜３０アミノ酸で、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）分子に特異的に結合し、特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と相互作用することができるＭＨＣリガンドまたはタンパク質決定基を意味する。一般に、Ｔ細胞エピトープは直鎖状であり、特定の三次元特性を発現しない。Ｔ細胞エピトープは変性溶媒の存在による影響を受けない。Ｔ細胞エピトープと相互作用する能力は、インシリコ法によって予測することができる（全て全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳら、（１９９７）、ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ、１３（７）：５３９〜４１；Ｓｃｈａｆｅｒ  ＪＲら、（１９９８）、Ｖａｃｃｉｎｅ、１６（１９）：１８８０〜４；Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳら、（２００１）、Ｖａｃｃｉｎｅ、１９（３１）：４３８５〜９５；Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＲら、（２００３）、Ｖａｃｃｉｎｅ、２１（２７〜３０）：４４８６〜５０４）。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞エピトープクラスター」という用語は、約４〜約４０個のＭＨＣ結合モチーフを含有するポリペプチドを指す。特定の実施形態では、Ｔ細胞エピトープクラスターが、約５〜約３５個のＭＨＣ結合モチーフ、約８〜約３０個のＭＨＣ結合モチーフ、または約１０〜２０個のＭＨＣ結合モチーフを含有する。
【００５１】
「制御性Ｔ細胞エピトープ」（「Ｔレギトープ」）という用語は、免疫寛容原性応答を引き起こし（Ｗｅｂｅｒ  ＣＡら、（２００９）、Ａｄｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ、６１（１１）：９６５〜７６）、ＭＨＣ分子に結合し、循環している内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）と会合および／またはこれらを活性化し、それだけに限らないが、ＩＬ−１０およびＴＧＦ−βおよびＴＮＦ−αを含む免疫抑制性サイトカインの発現をもたらすことができる「Ｔ細胞エピトープ」を指す。態様では、ここに開示されるＴレギトープが、複数のＭＨＣ対立遺伝子および複数のＴＣＲに結合することができるエピトープであるＴ細胞エピトープクラスターである。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチド」という用語は、免疫応答、例えば、例えば体液性、Ｔ細胞系、または自然免疫応答を誘導することができる分子を指す。態様では、免疫刺激Ｔ細胞エピトープポリペプチドが、ヒト凝固第Ｖ因子または凝固第ＶＩＩＩ因子である。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「Ｂ細胞エピトープ」という用語は、抗体に特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。Ｂ細胞エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面群からなり、通常、特定の三次元構造特性ならびに特定の電荷特性を有する。コンフォメーションエピトープと非コンフォメーションエピトープは、変性溶媒の存在下では前者への結合が失われるが、後者への結合は失われないという点で区別される。
【００５４】
本明細書で使用される「対象」という用語は、免疫応答が誘発される任意の生物を指す。対象という用語は、それだけに限らないが、ヒト、ヒト以外の霊長類（チンパンジーおよび他の類人猿ならびにサル種など）；家畜（ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギおよびウマなど）；飼育哺乳動物（イヌおよびネコなど）；実験室動物（マウス、ラットおよびモルモットなどのげっ歯類を含む）を含む。この用語は、特定の年齢も性別も示さない。よって、成体および新生児の対象、ならびに胎児が、男性であろうと女性であろうと、網羅されることが意図される。
【００５５】
本明細書で使用される場合、「ＭＨＣ複合体」という用語は、ＨＬＡリガンドとして知られるポリペプチドの特異的レパートリーと結合し、前記リガンドを細胞表面に輸送することができるタンパク質複合体を指す。
【００５６】
本明細書で使用される場合、「ＭＨＣリガンド」という用語は、１つまたは複数の特異的ＭＨＣ対立遺伝子に結合することができるポリペプチドを意味する。「ＨＬＡリガンド」という用語は、「ＭＨＣリガンド」という用語と互換性がある。表面上でＭＨＣ／リガンド複合体を発現する細胞は、「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）と呼ばれる。
【００５７】
本明細書で使用される場合、「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」という用語は、ＡＰＣの表面上に提示されるＭＨＣ／リガンド複合体の特異的レパートリーと会合することができるＴ細胞によって発現されるタンパク質複合体を指す。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「ＭＨＣ結合モチーフ」という用語は、特定のＭＨＣ対立遺伝子への結合を予測するタンパク質配列中のアミノ酸のパターンを指す。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「ＥｐｉＢａｒ（商標）」という用語は、少なくとも４つの異なるＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される単一の９ｍｅｒフレームを指す。ＥｐｉＢａｒ（商標）を含有する免疫原性ペプチドの代表例を以下で図１９に示す。図１９は、ＥｐｉＢａｒの例および無差別インフルエンザエピトープのＥｐｉＭａｔｒｉｘ分析を示している。無差別に免疫原性であることが知られているエピトープであるインフルエンザＨＡペプチドを考える。インフルエンザＨＡペプチドは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘの８つの対立遺伝子全てについてスコアが非常に高い。そのクラスタースコアは１８である。１０超のクラスタースコアを有意と見なす。バンド様ＥｐｉＢａｒパターンは、無差別エピトープの特徴である。ＰＲＹＶＫＱＮＴＬ（配列番号６０）、ＲＹＶＫＱＮＴＬＫ（配列番号６１）、ＹＶＫＱＮＴＬＫＬ（配列番号６２）、ＶＫＱＮＴＬＫＬＡ（配列番号６３）およびＫＱＮＴＬＫＬＡＴ（配列番号６４）の結果を図１９に示す。Ｚスコアは、９ｍｅｒフレームが所与のＨＬＡ対立遺伝子に結合する可能性を示す。上位５％の全てのスコアが「ヒット」と見なされ、１０％未満の非ヒット（＊）は、簡潔にするために図１９では隠されている。
【００６０】
［００７５］本明細書で使用される場合、「免疫シナプス」という用語は、細胞表面ＭＨＣ複合体とＴＣＲの両方への所定のＴ細胞エピトープの同時会合によって形成されるタンパク質複合体を意味する。
【００６１】
「ポリペプチド」という用語は、アミノ酸のポリマーを指し、特定の長さを指さない；よって、ペプチド、オリゴペプチドおよびタンパク質はポリペプチドの定義に含まれる。本明細書で使用される場合、ポリペプチドは、組換え細胞および非組換え細胞から単離した場合に細胞物質を実質的に含まない場合、または化学合成した場合に化学前駆体もしくは他の化学物質を含まない場合に、「単離」または「精製」されたと言われる。しかしながら、本開示のポリペプチド（例えば、態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい、配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になるポリペプチド、またはその変異体および断片）を、正常では細胞中に会合していない別のポリペプチド（例えば、異種ポリペプチド）に接合、連結または挿入し、さらに「単離」または「精製」することができる。１つまたは複数の本開示のＴレギトープに関して本明細書で使用される場合、「異種ポリペプチド」という用語は、１つまたは複数のＴレギトープが異種ポリペプチドに対して異種である、または自然には含まれないことを意味することを意図している。例えば、１つまたは複数の本開示のＴレギトープ（および／または全体が参照により組み込まれる米国特許第７８８４１８４号明細書に開示されるＩｇＧ由来Ｔレギトープなどの１つまたは複数の他のＴレギトープ）を、異種ポリペプチド（例えば、異種モノクローナル抗体）に連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入することができる。さらに、１つまたは複数の本開示のＴレギトープを、別のポリペプチドに接合、連結、または挿入することができ、前記１つまたは複数の本開示のＴレギトープは自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記１つまたは複数の本開示のＴレギトープはポリペプチド中の自然の位置に位置していない。ポリペプチドが組換え的に産生される場合、これはまた、培養培地を実質的に含まないことができる、例えば、培養培地がポリペプチド調製物の体積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満となる。
【００６２】
本明細書で使用される場合、「特注のコンピュータプログラム」という用語は、具体的な目的を満たす；典型的には、生データの特定のセットを分析し、特定の科学的質問に答えるように設計されたコンピュータプログラムを指す。
【００６３】
本明細書で使用される場合、「ｚスコア」という用語は、要素が平均からどれだけの標準偏差であるかを示す。ｚスコアは、以下の式から計算することができる。ｚ＝（Ｘ−μ）／σ（式中、ｚはｚスコアであり、Ｘは要素の値であり、μは母平均であり、σは標準偏差である）。
【００６４】
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、内容が特に明記しない限り、「少なくとも１つ」を含む複数形を含むことを意図している。「または」は「および／または」を意味する。本明細書で使用される場合、「および／または」および「１つまたは複数」という用語は、列挙される関連する項目の任意のおよび全ての組み合わせを含む。例えば、「本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数」に関する「１つまたは複数」という用語は、配列番号１〜１４の任意のおよび全ての組み合わせを含む。「またはその組み合わせ」という用語は、前記の要素の少なくとも１つを含む組み合わせを意味する。
【００６５】
本出願の全体を通して、以下の略語および／または頭字語を使用する：
ＡＰＣ  抗原提示細胞
ＣＥＦ  サイトメガロウイルス、エプスタインバーウイルスおよびインフルエンザウイルス
ＣＦＳＥ色素  カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル色素
ＤＭＳＯ  ジメチルスルホキシド
ＤＲ抗体  抗原Ｄ関連抗体
ＥＬＩＳＡ  酵素結合免疫吸着測定
ＦＡＣＳ  蛍光活性化セルソーティング
Ｆｍｏｃ  ９−フルオロニルメトキシカルボニル
ＦＶ  ヒト凝固第Ｖ因子
ＦＶＩＩＩ  ヒト凝固第ＶＩＩＩ因子
ＨＬＡ  ヒト白血球抗原
ＨＰＬＣ  高速液体クロマトグラフィー
ＩＶＩＧ  静脈内精製免疫グロブリンＧ抗体
ＭＦＩ  平均蛍光指数
ＭＨＣ  主要組織適合複合体
ＰＢＭＣ  末梢血単核球
ＰＩ  増殖指数
ＲＰＭＩ  ロズウェルパーク記念研究所培地
Ｔｅｆｆ  エフェクターＴ細胞
ＴＲｅｇ  制御性Ｔ細胞
ＴＴ  破傷風トキソイド
ＵＶ  紫外線
【００６６】
変異体ポリペプチド（変異体Ｔレギトープを含む）は、１つまたは複数の置換、欠失、挿入、反転、融合および切断、またはこれらのいずれかの組み合わせによってアミノ酸配列が異なることができる。態様では、変異体Ｔレギトープが、１つまたは複数の置換、欠失、挿入、反転、融合および切断、またはこれらのいずれかの組み合わせによってアミノ酸配列が異なることができ、但し、前記変異体がＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する。
【００６７】
本開示は、本発明のＴレギトープのポリペプチド断片も含む。本発明はまた、本明細書に記載されるＴレギトープの変異体の断片を包含し、但し、前記断片および／または変異体がＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する。
【００６８】
本開示はまた、ここに開示されるＴレギトープの１つまたは複数がその一部であるキメラまたは融合ポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい）を提供する。態様では、キメラまたは融合ポリペプチド組成物が、異種ポリペプチド（例えば、それだけに限らないが、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（それだけに限らないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉構造多重特異性抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディを含む））に連結した１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、ＴレギトープまたはＴ細胞エピトープポリペプチド）を含む。前述のように、「異種ポリペプチド」という用語は、１つまたは複数のＴレギトープ（例えば、配列番号１〜１４の１つまたは複数）が異種ポリペプチドに対して異種である、または自然には含まれないことを意味することを意図している。態様では、１つまたは複数のＴレギトープが、異種ポリペプチドに挿入されてもよい（例えば、突然変異誘発技術もしくは当技術分野の他の既知の手段を通して）、異種ポリペプチドのＣ末端に付加されてもよい、および／または異種ポリペプチドのＮ末端に付加されてもよい。例えば、突然変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的突然変異誘発技術、または当技術分野で知られている他の突然変異誘発技術を使用して実施することができる（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｊａｍｅｓ  Ａ．ＢｒａｎｎｉｇａｎおよびＡｎｔｈｏｎｙ  Ｊ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ．、２００２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ２０  ｙｅａｒｓ  ｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３、９６４〜９７０；Ｔｕｒａｎｌｉ−Ｙｉｌｄｉｚ  Ｂ．ら、２０１２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．ｃｏｍ参照）。態様では、キメラまたは融合ポリペプチドが、異種ポリペプチドに作動可能に連結された１つまたは複数の本開示のＴレギトープを含む。「作動可能に連結された」とは、ポリペプチド（例えば、１つまたは複数の本開示のＴｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）と異種タンパク質が、インフレームで融合または化学的に連結またはその他の方法で結合していることを示している。態様では、キメラまたは融合ポリペプチド組成物が、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む配列を有するポリペプチドであって、前記配列番号１〜１４の１つまたは複数が自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない、ポリペプチドを含む。態様では、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得る。態様では、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、小分子、薬物、または薬物断���、例えばそれだけに限らないが、定義されたＨＬＡに高い親和性で結合する薬物または薬物断片に接合または連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）され得る。上記キメラ、融合ポリペプチドおよび融合産物組成物の態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜２の配列１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。
【００６９】
単離ポリペプチド（例えば、単離Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）は、それを自然に発現する細胞から精製する、それを発現するように改変された細胞（組換え体）から精製する、または既知のタンパク質合成方法を使用して合成することができる。一実施形態では、Ｔレギトープが、組換えＤＮＡまたはＲＮＡ技術によって産生される。例えば、Ｔレギトープをコードする核酸分子を発現ベクターにクローニングし、発現ベクターを宿主細胞に導入し、ポリペプチドが宿主細胞で発現される。次いで、標準的なタンパク質精製技術を使用した適切な精製スキームによって、Ｔレギトープを細胞から単離することができる。
【００７０】
本開示の目的のために、Ｔレギトープは、例えば、Ｄ−立体異性体、非天然アミノ酸；アミノ酸類似体；および模倣物などの天然アミノ酸の修飾形態を含むことができる。さらに、態様では、Ｔレギトープが、本開示のＴレギトープ（Ｔ細胞エピトープポリペプチド）のレトロインベルソ（ｒｅｔｒｏ−ｉｎｖｅｒｓｏ）ペプチドを含むことができる。
【００７１】
本明細書に記載されるものと類似または同等の任意の方法および材料を本開示の実施または試験に使用することができるが、好ましい方法および材料を記載する。本開示の他の特徴、目的および利点は、説明および特許請求の範囲から明らかになるだろう。本明細書および添付の特許請求の範囲では、単数形は、文脈上他に明確に指示されない限り、複数の指示対象を含む。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に引用される全ての参考文献は、各個々の刊行物、特許または特許出願が全ての目的のために全体が参照により組み込まれることが具体的かつ個別的に示されているのと同程度に、全ての目的のために全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００７２】
組成物
態様では、本開示は、本明細書に開示されるポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい、Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される単離、合成もしくは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤を含むＴレギトープ組成物を提供する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、以下の制御性Ｔレギトープ（ならびにその断片、変異体およびこのような変異体の断片、但し、前記断片および／または変異体は、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する）の１つまたは複数を含む：
ＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫ（配列番号１）；
ＩＨＳＩＨＦＳＧＨＶＦＴＶＲＫ（配列番号２）；
ＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹＳＩＹ（配列番号３）；
ＦＡＶＦＤＥＮＫＳＷＹＬＥＤＮ（配列番号４）；
ＥＳＮＩＭＳＴＩＮＧＹＶＰＥＳ（配列番号５）；
ＥＫＤＩＨＳＧＬＩＧＰＬＬＩ（配列番号６）；
ＳＨＥＦＨＡＩＮＧＭＩＹＳＬＰ（配列番号７）；
ＩＨＦＴＧＨＳＦＩ（配列番号８）；
ＩＨＦＳＧＨＶＦＴ（配列番号９）；
ＦＫＮＭＡＳＲＰＹ（配列番号１０）；
ＦＤＥＮＬＳＷＹＬ（配列番号１１）；
ＩＭＳＴＩＮＧＹＶ（配列番号１２）；
ＩＨＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号１３）；および
ＦＨＡＩＮＧＭＩＹ（配列番号１４）。
【００７３】
一態様では、本開示は、一般的なヒトタンパク質に由来するペプチドまたはポリペプチド鎖を含む「Ｔレギトープ」と呼ばれる新規なクラスのＴ細胞エピトープ（単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい）を提供する。本開示のＴレギトープは、それらのソースタンパク質の既知の変異体の間で高度に保存されている（例えば、既知の変異体の１０％超に存在する）。本開示のＴレギトープは、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析によって同定される少なくとも１つの推定Ｔ細胞エピトープを含む。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）は、ＥｐｉＶａｘ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）によって開発された独自開発のコンピュータアルゴリズムであり、推定Ｔ細胞エピトープの存在についてタンパク質配列をスクリーニングするために使用される。入力配列は、各フレームが、最後で８アミノ酸重複する重複９ｍｅｒフレームに構文解析される。次いで、８つの一般的なクラスＩＩ  ＨＬＡ対立遺伝子（ＤＲＢ１＊０１０１、ＤＲＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０４０１、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊０８０１、ＤＲＢ１＊１１０１、ＤＲＢ１＊１３０１およびＤＲＢ１＊１５０１）のパネルに関する予測結合親和性について、結果のフレームのそれぞれがスコアリングされる。生のスコアが、ランダムに生成されたペプチドの大規模な試料のスコアに対して正規化される。結果として得られる「Ｚ」スコアが報告される。態様では、対立遺伝子特異的ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）Ｚスコアが１．６４を超える９ｍｅｒペプチド（理論的には任意の試料の上位５％）が、推定Ｔ細胞エピトープと見なされる。
【００７４】
推定Ｔ細胞エピトープのクラスターを含有するペプチドは、インビトロおよびインビボアッセイの検証において試験陽性となる可能性が高くなる。初期ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）分析の結果が、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムとして知られる第２の独自開発のアルゴリズムを使用して、推定Ｔ細胞エピトープ「クラスター」の存在についてさらにスクリーニングされる。Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムは、統計的に異常に多数の推定Ｔ細胞エピトープを含有する任意の所与のアミノ酸配列内に含有されるサブ領域を同定する。典型的なＴ細胞エピトープ「クラスター」は、長さが約９〜およそ３０アミノ酸に及び、複数の対立遺伝子に対する親和性および複数の９ｍｅｒフレームにわたる親和性を考慮して、約４〜約４０くらいの推定Ｔ細胞エピトープを含有することができる。総計ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）スコアを特定した各エピトープクラスターは、推定Ｔ細胞エピトープのスコアを合計し、候補エピトープクラスターの長さおよびランダムに生成された同じ長さのクラスターの予想スコアに基づいて補正係数を差し引くことによって計算される。＋１０を超えるＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）クラスタースコアが有意と見なされる。態様では、本開示のＴレギトープが、Ｔ細胞エピトープクラスターとして知られるパターンを形成するいくつかの推定Ｔ細胞エピトープを含有する。
【００７５】
最も反応性のＴ細胞エピトープクラスターの多くは、「ＥｐｉＢａｒ（商標）」と呼ばれる特徴を含有する。前記のように、ＥｐｉＢａｒ（商標）は、少なくとも４つの異なるＨＬＡ対立遺伝子に反応性であると予測される単一の９ｍｅｒフレームである。態様では、本開示のＴレギトープが、１つまたは複数のＥｐｉＢａｒｓ（商標）を含むことができる。
【００７６】
態様では、本開示のＴレギトープが、少なくとも中程度の親和性で少なくとも１つ、好ましくは２つ以上の一般的なＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する（例えば、態様では、可溶性ＨＬＡ分子に基づくＨＬＡ結合アッセイで２００μＭ未満のＩＣ５０）。態様では、本開示のＴレギトープが、ＨＬＡの少なくとも１つ、および他の態様では２つ以上の対立遺伝子の状況でＡＰＣによって細胞表面に提示されることが可能である。これに関連して、Ｔレギトープ−ＨＬＡ複合体は、Ｔレギトープ−ＨＬＡ複合体に特異的なＴＣＲを有し、正常な対照の対象で循環している内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）によって認識され得る。態様では、Ｔレギトープ−ＨＬＡ複合体の認識により、一致する制御性Ｔ細胞が活性化され、制御性サイトカインおよびケモカインが分泌され得る。
【００７７】
態様では、本開示は、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」または「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）に関する。「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」という句は、本開示によるポリペプチドが、配列番号１〜１４のいずれかによる配列またはその変異体を有することに加えて、ＭＨＣリガンドとして機能するペプチドの一部を必ずしも形成していないペプチドの末端および／または側鎖に存在し得る追加のアミノ酸または残基であって、但し、Ｔレギトープとして機能するペプチドの活性を実質的に損なわないものを含有することを意味することを意図している。態様では、ポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜２の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、ポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１のアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。態様では、ポリペプチドが、異種ポリペプチド（例えば、それだけに限らないが、抗体（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（それだけに限らないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉構造多重特異性抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディを含む））に接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入された本開示の配列番号１〜１４（態様では、配列番号１〜１４の断片およびその変異体を含む、但し、前記断片および／またはその変異体は、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する）の１つまたは複数を含む。態様では、配列番号１〜１４の１つまたは複数が、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得るが、これが、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸と一緒に、接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよい。態様では、本開示は、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む配列を有するポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）であって、前記配列番号１〜１４の１つまたは複数が自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない、ポリペプチドに関する。態様では、ポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい）が、配列番号１、３〜８および１０〜１４の１つまたは複数を含む配列を有し、前記ポリペプチドがヒト凝固第Ｖ因子を含まない。態様では、ポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、または組換え��あってもよい）が、配列番号２または９の１つまたは複数を含む配列を有し、前記単離、合成または組換えポリペプチドがヒト凝固第ＶＩＩＩ因子を含まない。態様では、単離、合成または組換えポリペプチドが、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含み、前記配列１〜１４の１つまたは複数が、自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない。態様では、本開示の単離、合成、または組換えＴレギトープが以下の１つまたは複数を含む：
ＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫ（配列番号１）；
ＩＨＳＩＨＦＳＧＨＶＦＴＶＲＫ（配列番号２）；
ＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹＳＩＹ（配列番号３）；
ＦＡＶＦＤＥＮＫＳＷＹＬＥＤＮ（配列番号４）；
ＥＳＮＩＭＳＴＩＮＧＹＶＰＥＳ（配列番号５）；
ＥＫＤＩＨＳＧＬＩＧＰＬＬＩ（配列番号６）；
ＳＨＥＦＨＡＩＮＧＭＩＹＳＬＰ（配列番号７）；
ＩＨＦＴＧＨＳＦＩ（配列番号８）；
ＩＨＦＳＧＨＶＦＴ（配列番号９）；
ＦＫＮＭＡＳＲＰＹ（配列番号１０）；
ＦＤＥＮＬＳＷＹＬ（配列番号１１）；
ＩＭＳＴＩＮＧＹＶ（配列番号１２）；
ＩＨＳＧＬＩＧＰＬ（配列番号１３）；
ＦＨＡＩＮＧＭＩＹ（配列番号１４）；ならびに
その断片、変異体およびこのようなその変異体の断片（但し、前記断片および／または変異体は、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する）。
【００７８】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、均質になるまで精製する、または部分的に精製することができる。しかしながら、Ｔレギトープ組成物が均質になるまで精製されていない調製物が有用であることが理解される。重要な特徴は、かなりの量の他の成分が存在する場合でさえ、調製物によりＴレギトープの所望の機能が可能になることである。よって、本開示は、種々の程度の純度を包含する。一実施形態では、「細胞物質を実質的に含まない」という用語は、約３０％未満（乾燥重量）の他のタンパク質（例えば、混入タンパク質）、約２０％未満の他のタンパク質、約１０％未満の他のタンパク質、約５％未満の他のタンパク質、約４％未満の他のタンパク質、約３％未満の他のタンパク質、約２％未満の他のタンパク質、約１％未満の他のタンパク質、またはこれらの間の任意の値もしくは範囲を有するＴレギトープの調製物を含む。
【００７９】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物が組換え的に産生される場合、前記Ｔレギトープ組成物が培養培地を実質的に含まないこともできる、例えば、培養培地が、Ｔレギトープ、核酸、またはキメラもしくは融合ポリペプチド調製物の体積の約２０％未満、約１０％未満、または約５％未満となる。「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という言葉は、Ｔレギトープの合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されているポリペプチド、核酸、またはキメラもしくは融合ポリペプチドの調製物を含む。「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という言葉は、例えば、約３０％未満（乾燥重量）の化学前駆体もしくは他の化学物質、約２０％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、約１０％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、約５％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、約４％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、約３％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、約２％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質、または約１％未満の化学前駆体もしくは他の化学物質を有するＴレギトープ、核酸、またはキメラもしくは融合ポリペプチドの調製物を含むことができる。
【００８０】
本明細書で使用される場合、アミノ酸配列が少なくとも約４５〜５５％、典型的には少なくとも約７０〜７５％、より典型的には少なくとも約８０〜８５％、より典型的には約９０％超、より典型的には９５％超またはそれ以上相同または同一である場合、２つのポリペプチド（またはポリペプチドの領域）が実質的に相同または同一である。２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の％相同性または同一性を決定するために、配列を最適な比較目的で整列させる（例えば、他のポリペプチドまたは核酸分子との最適なアラインメントのために、あるポリペプチドまたは核酸分子の配列にギャップを導入することができる）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。ある配列中の位置が、他の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められている場合、分子はその位置で相同である。本明細書で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と同等である。２つの配列間の％相同性は、配列によって共有される同一の位置の数の関数である（例えば、％相同性は、同一の位置の数／位置の総数×１００に等しい）。
【００８１】
態様では、本開示はまた、より低い程度の同一性を有するが、本開示の核酸分子によってコードされるポリペプチドによって実施される同じ機能の１つまたは複数を実施する、特に任意のこのような変異体がＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持するのに十分な類似性を有するポリペプチド（例えば、本明細書に開示されるＴレギトープおよびＴレギトープ組成物）を包含する。類似性は、保存されたアミノ酸置換によって決定される。このような置換は、ポリペプチド中の所与のアミノ酸を同様の特徴の別のアミノ酸で置換するものである。保存的置換は表現型的にサイレントである可能性が高い。保存的置換として典型的に見られるのは、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅの中での互いの置換；ヒドロキシル残基ＳｅｒとＴｈｒの相互交換、酸性残基ＡｓｐとＧｌｕの交換、アミド残基ＡｓｎとＧｌｎとの間の置換、塩基性残基ＬｙｓとＡｒｇの交換、ならびに芳香族残基ＰｈｅとＴｙｒの間の置換である。どのアミノ酸変化が表現型的にサイレントである可能性が高いかについての指針が見出されている（Ｂｏｗｉｅ  ＪＵら、（１９９０）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４７（４９４８）：１３０６１０、全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
【００８２】
態様では、変異体ポリペプチドが、１つまたは複数の置換、欠失、挿入、反転、融合および切断、またはこれらのいずれかの組み合わせによってアミノ酸配列が異なることができる。変異体ポリペプチドは、完全に機能的であることができる（例えば、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する）、または１つもしくは複数の活性において機能を欠くことができる。完全に機能的な変異体は、典型的には保存的変異または重要でない残基もしくは重要でない領域での変異のみを含有し；この場合、典型的には、ＭＨＣ結合を提供したＭＨＣ接触残基が保存されている。機能的変異体は、機能に変化がない、または取るに足らない変化をもたらす類似のアミノ酸の置換を含有することもできる（例えば、ＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する）。あるいは、このような置換は、機能にある程度プラスまたはマイナスの影響を及ぼし得る。非機能的変異体は、典型的には１つまたは複数の非保存的アミノ酸置換、欠失、挿入、反転、もしくは切断、または重要な残基もしくは重要な領域；この場合、典型的にはＴＣＲ接触残基での置換、挿入、反転、もしくは欠失を含有する。
【００８３】
態様では、本開示はまた、ここに開示されるＴレギトープのポリペプチド断片を含む、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）Ｔレギトープ組成物を含む。態様では、本開示は、本明細書に記載されるＴレギトープの変異体の断片も包含する。態様では、本明細書で使用される場合、断片が少なくとも約９個の連続アミノ酸を含む。有用な断片（および本明細書に記載されるＴレギトープの変異体の断片）には、Ｔレギトープの生物学的活性、特にＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性の１つまたは複数を保持するものが含まれる。生物学的に活性な断片は、例えば、約９、１２、１５、１６、２０もしくは３０またはそれ以上のアミノ酸長（この間の任意の値または範囲を含む）である。断片は、別個のもの（他のアミノ酸にもポリペプチドにも融合していない）であってもよい、またはより大きなポリペプチド内にあってもよい。単一のより大きなポリペプチド内にいくつかの断片が含まれていてもよい。態様では、宿主での発現のために設計された断片が、ポリペプチド断片のアミノ末端に融合した異種プレおよびプロポリペプチド領域、および断片のカルボキシル末端に融合した追加の領域を有することができる。
【００８４】
態様では、本開示のＴレギトープが、その対立遺伝子もしくは配列変異体（「突然変異体」）または類似体を含むことができる、あるいは化学修飾（例えば、ペグ化、グリコシル化）を含むことができる。態様では、突然変異体が、本開示の核酸分子によってコードされるポリペプチドによって実施される同じ機能、特にＭＨＣ結合傾向およびＴＣＲ特異性を保持する。態様では、突然変異体が、ＭＨＣ分子への増強された結合を提供することができる。態様では、突然変異体が、ＴＣＲへの増強した結合をもたらすことができる。別の例では、突然変異体が、ＭＨＣ分子および／またはＴＣＲへの結合の減少をもたらすことができる。また、結合するが、ＴＣＲを介したシグナル伝達を許可しない突然変異体も考えられる。
【００８５】
態様では、本開示はまた、キメラまたは融合ポリペプチド組成物を提供する。態様では、本開示は、ここに開示されるＴレギトープの１つまたは複数がその一部である単離、合成、または組換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物を提供する。態様では、キメラまたは融合ポリペプチド組成物が、異種ポリペプチド（例えば、それだけに限らないが、抗体（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ分子またはその抗原特異的抗体断片（それだけに限らないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、閉構造多重特異性抗体、ジスルフィド結合ｓｃｆｖ、ダイアボディを含む）であり得る）に接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入された１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、ＴレギトープまたはＴ細胞エピトープポリペプチド）を含む。１つまたは複数の本開示のＴレギトープに関して前記のように、「異種ポリペプチド」という用語は、１つまたは複数の本開示のＴレギトープが異種ポリペプチドに対して異種である、または自然には含まれないことを意味することを意図している。態様では、１つまたは複数のここに開示されるポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、異種ポリペプチドに挿入されてもよい（例えば、組換え技術、突然変異誘発技術もしくは当技術分野の他の既知の手段を通して）、異種ポリペプチドのＣ末端に付加されてもよい、および／または異種ポリペプチドのＮ末端に付加されてもよい。例えば、突然変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的突然変異誘発技術、または当技術分野で知られている他の突然変異誘発技術を使用して実施することができる（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｊａｍｅｓ  Ａ．ＢｒａｎｎｉｇａｎおよびＡｎｔｈｏｎｙ  Ｊ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ．、２００２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ２０  ｙｅａｒｓ  ｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３、９６４〜９７０；Ｔｕｒａｎｌｉ−Ｙｉｌｄｉｚ  Ｂ．ら、２０１２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．ｃｏｍ参照）。態様では、キメラまたは融合ポリペプチドが、異種ポリペプチドに作動可能に連結された１つまたは複数のここに開示されるポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）を含む。「作動可能に連結された」とは、１つまたは複数のここに開示されるポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）と異種ポリペプチドが、インフレームで融合または化学的に連結またはその他の方法で結合していることを示している。上記単離、合成または組換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、���列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。キメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、配列番号１〜１４の１つまたは複数が、全体として異種ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得るが、これが、異種ポリペプチドの隣接アミノ酸と一緒に、接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入されたアミノ酸配列から構成されてもよい。態様では、キメラまたは融合ポリペプチド組成物が、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む配列を有するポリペプチドであって、前記配列番号１〜１４の１つまたは複数が自然にはポリペプチドに含まれない、および／または前記配列番号１〜１４の１つまたは複数がポリペプチド中の自然の位置に位置していない、ポリペプチドを含む。態様では、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、ポリペプチドに接合、連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）、および／または挿入され得る。態様では、キメラまたは融合ポリペプチド組成物が、Ｔレギトープと実質的に相同ではないアミノ酸配列を有する異種ポリペプチドに作動可能に連結された１つまたは複数のここに開示されるＴレギトープを含む。態様では、キメラまたは融合ポリペプチドが、Ｔレギトープ自体の機能に影響を及ぼさない。例えば、融合ポリペプチドは、Ｔレギトープ配列がＧＳＴ配列のＣ末端に融合しているＧＳＴ融合ポリペプチドであり得る。他の種類の融合ポリペプチドには、それだけに限らないが、酵素的融合ポリペプチド、例えばβ−ガラクトシダーゼ融合体、酵母ツーハイブリッドＧＡＬ融合体、ポリＨｉｓ融合体およびＩｇ融合体が含まれる。このような融合ポリペプチド、特にポリ−Ｈｉｓ融合体またはアフィニティータグ融合体は、組換えポリペプチドの精製を促進することができる。一定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）では、異種シグナル配列を使用することによって、ポリペプチドの発現および／または分泌を増加させることができる。したがって、態様では、融合ポリペプチドが、そのＮ末端に異種シグナル配列を含有する。上記組換えキメラまたは融合ポリペプチド組成物の態様では、異種ポリペプチドまたはポリペプチドが、生物学的に活性な分子を含む。態様では、生物学的に活性な分子が、免疫原性分子、Ｔ細胞エピトープ、ウイルスタンパク質および細菌タンパク質からなる群から選択される。態様では、生物学的に活性な分子が、ヒト凝固第ＶＩＩＩ因子補充である。態様では、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、小分子、薬物または薬物断片に接合または連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）され得る。例えば、本開示の配列番号１〜１４の１つまたは複数が、定義されたＨＬＡに高い親和性で結合する薬物または薬物断片に接合または連結（例えば、インフレームで融合、化学的に連結、もしくはその他の方法で結合）され得る。上記キメラもしくは融合ポリペプチド組成物または融合産物の態様では、そこに含まれる１つまた��複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。上記キメラもしくは融合ポリペプチド組成物または融合産物の態様では、そこに含まれる１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜２の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。上記キメラもしくは融合ポリペプチド組成物または融合産物の態様では、そこに含まれる１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。上記キメラもしくは融合ポリペプチド組成物または融合産物の態様では、キメラもしくは融合ポリペプチド組成物または融合産物が、組換えであっても、単離されていても、および／または合成であってもよい。
【００８６】
キメラまたは融合ポリペプチド組成物は、当技術分野で知られている標準的な組換えＤＮＡまたはＲＮＡ技術によって生成することができる。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡまたはＲＮＡ断片を、従来の技術に従ってインフレームで一緒に連結することができる。別の実施形態では、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成装置を含む従来の技術によって合成することができる。あるいは、２つの連続核酸断片の間に相補的オーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して、核酸断片のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅を実行し、次いで、これらをアニーリングし、再増幅してキメラ核酸配列を生成することができる。（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｒｏｍ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、（第２版、１９９２）、ＦＭ  Ａｓｕｂｅｌら（編者）、Ｇｒｅｅｎ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ（出版）、ＩＳＢＮ：９７８０４７１５６６３５５）。さらに、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）（例えば、１つまたは複数の本開示のＴレギトープは、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる）を、組換え技術、合成重合技術、突然変異誘発技術または当技術分野の他の既知の標準的な技術を通して、異種ポリペプチドに挿入する、またはポリペプチドの自然には生じない位置に挿入することができる。例えば、突然変異誘発によるタンパク質工学は、部位特異的突然変異誘発技術、または当技術分野で知られている他の突然変異誘発技術を使用して実施することができる（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｊａｍｅｓ  Ａ．ＢｒａｎｎｉｇａｎおよびＡｎｔｈｏｎｙ  Ｊ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ．、２００２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ２０  ｙｅａｒｓ  ｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３、９６４〜９７０；Ｔｕｒａｎｌｉ−Ｙｉｌｄｉｚ  Ｂ．ら、２０１２、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．ｃｏｍ参照）。
【００８７】
さらに、融合部分（例えば、ＧＳＴタンパク質）を既にコードしている多くの発現ベクターが市販されている。本発明のＴレギトープをコードする核酸分子を、融合部分が少なくとも１つのＴレギトープにインフレームで連結されるように、このような発現ベクターにクローニングすることができる。
【００８８】
態様では、本開示はまた、１つまたは複数の本開示のポリペプチドおよび／または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物を全体的または部分的にコードする核酸（例えば、その全てが単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよいＤＮＡ、ＲＮＡ、ベクター、ウイルス、またはハイブリッド）を提供する。１つまたは複数の本開示のポリペプチドまたは本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする核酸の態様では、１つまたは複数のポリペプチドまたは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。態様では、核酸が、発現カセット、プラスミド、および発現ベクター、または組換えウイルスをさらに含む、またはその中に含有され、場合により核酸、または発現カセット、プラスミド、発現ベクター、または組換えウイルスが、細胞、場合によりヒト細胞または非ヒト細胞に含有され、場合により細胞が核酸、または発現カセット、プラスミド、発現ベクター、または組換えウイルスで形質転換される。態様では、細胞が、例えば、本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）；本明細書に開示される単離、合成もしくは組換え核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、もしくは組換えウイルス；および／または本明細書に開示される単離、合成もしくは組換えキメラもしくは融合ポリペプチド組成物の１つまたは複数に形質導入、トランスフェクト、またはこれらを含有するよう操作される。態様では、細胞が哺乳動物細胞、細菌細胞、昆虫細胞、または酵母細胞であり得る。態様では、本開示の核酸分子をベクターに挿入し、例えば、発現ベクターまたは遺伝子療法ベクターとして使用することができる。遺伝子療法ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５３２８４７０号明細書）または定位的注射（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｃｈｅｎ  ＳＨら、（１９９４）、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ、９１（８）：３０５４〜７）によって対象に送達することができる。遺伝子療法ベクターの製剤は、許容される希釈剤中の遺伝子療法ベクターを含むことができる、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれた徐放性マトリックスを含むことができる。あるいは、組換え細胞から完全な遺伝子送達ベクター、例えばレトロウイルスベクターをインタクトで作製することができる場合、製剤は遺伝子送達システムを産生する１つまたは複数の細胞を含むことができる。このような医薬組成物を、投与のための説明書と共に容器、パック、またはディスペンサーに含めることができる。少なくとも１つの本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）および／または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチドを全体的または部分的にコードする上記の核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ベクター、ウイルス、またはこれらのハイブリッド）の態様では、核酸が、配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になるポリペプチド；配列番号１〜��の１つもしくは複数を含む、からなる、もしくはから本質的になるポリペプチド；または配列番号１を含む、からなる、もしくはから本質的になるポリペプチドの１つまたは複数をコードする。態様では、本開示は、１つまたは複数の本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、もしくはＴ細胞エピトープポリペプチド）または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチド組成物をコードする本開示の核酸、例えばそれだけに限らないが、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなる、またはから本質的になる少なくとも１つの制御性Ｔ細胞エピトープをコードする核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含むベクターに関する。態様では、本開示は、本開示のベクターを含む細胞に関する。態様では、細胞が哺乳動物細胞、細菌細胞、昆虫細胞、または酵母細胞であり得る。
【００８９】
１つまたは１つまたは複数の本開示のポリペプチドおよび／または本開示のキメラもしくは融合ポリペプチドを全体的または部分的にコードする本明細書で提供される核酸（ＲＮＡ、ＤＮＡ、ベクター、ウイルスまたはそのハイブリッド）は、種々の供給源から単離、遺伝子操作、増幅、合成的に生成、および／または組換え的に発現／産生することができる。これらの核酸から産生された組換えポリペプチドを、個別に単離またはクローニングし、所望の活性について試験することができる。例えば、インビトロ、細菌、真菌、哺乳動物、酵母、昆虫または植物細胞発現系を含む任意の組換え発現系を使用することができる。態様では、本明細書で提供される核酸が、周知の化学合成技術によってインビトロで合成される（例えば、全て全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ａｄａｍｓ（１９８３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０５：６６１；Ｂｅｌｏｕｓｏｖ（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３４４０〜３４４４；Ｆｒｅｎｋｅｌ（１９９５）Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃ．Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．１９：３７３〜３８０；Ｂｌｏｍｍｅｒｓ（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：７８８６〜７８９６；Ｎａｒａｎｇ（１９７９）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０；Ｂｒｏｗｎ（１９７９）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９；Ｂｅａｕｃａｇｅ（１９８１）Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔ．２２：１８５９；米国特許第４４５８０６６号明細書に記載される）。さらに、本明細書で提供される核酸の操作のための技術、例えば、サブクローニング、標識プローブ（例えば、クレノウポリメラーゼを使用したランダム−プライマー標識、ニックトランスレーション、増幅）、配列決定、ハイブリダイゼーションなどは、科学文献および特許文献に十分記載されている（例えば、全て全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｓａｍｂｒｏｏｋ編．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版），Ｖｏｌｓ．１−３，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、（１９８９）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌ編Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９７）；Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  Ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔ  Ｉ．Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ、Ｔｉｊｓｓｅｎ編Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎ．Ｙ．（１９９３）参照）。
【００９０】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物が、抗原、アレルゲン、または治療用タンパク質と混和して合わせられる。このような組成物は、抗原、アレルゲン、または治療用タンパク質との混和物の局所送達が、対象の抗原またはアレルゲンに対する寛容増加をもたらす、それを必要とする対象の抗原、アレルゲン、または治療用タンパク質に対する寛容を誘導する方法に有用であり、抗原、アレルゲン、または治療用タンパク質に対する寛容を誘導する適切な賦形剤と共に送達される。この組み合わせは、本開示のＴレギトープ組成物が共有結合的もしくは非共有結合的に結合した状態で投与することができる、またはこれらを混和物、または分岐もしくは化学連結調製物として投与することができる。このような組成物は、抗原またはアレルゲンまたは治療用タンパク質（例えば、それだけに限らないが、インスリン、凝固第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）および／または凝固第ＶＩＩＩ因子補充）に対する寛容を誘導する方法に有用である。例えば、このような組成物はそれを必要とする対象で有用であり、抗原またはアレルゲンまたは治療用タンパク質との混和物の局所送達が、対象の抗原またはアレルゲンまたは治療用タンパク質に対する寛容増加をもたらし、抗原またはアレルゲンまたは治療用タンパク質に対する寛容を誘導する適切な賦形剤と共に送達される。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、Ｔ細胞依存的に治療用血液凝固タンパク質に対する免疫応答を抑制する目的のために、治療用血液凝固タンパク質と組み合わせられている。この組み合わせは、本開示のＴレギトープ組成物が共有結合的もしくは非共有結合的に結合した状態で投与することができる、またはこれらを混和物として投与することができる。このような組成物は、治療用血液凝固タンパク質との混和物の局所送達が、対象の治療用血液凝固タンパク質に対する寛容増加をもたらす、それを必要とする対象の治療用血液凝固タンパク質に対する寛容を誘導する方法に有用であり、治療用血液凝固タンパク質に対する寛容を誘導する適切な賦形剤と共に送達される。抗原もしくはアレルゲンもしくは治療用タンパク質と混和して合わせられた、または抗原もしくはアレルゲンもしくは治療用タンパク質と共有結合的もしくは非共有結合的に結合した上記Ｔレギトープ組成物の態様では、１つまたは複数のそこに含まれる本開示のポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）が、配列番号１〜１４の１つまたは複数を含む、からなるまたはから本質的になる；配列番号１〜２の１つまたは複数、特に配列番号１を含む、からなる、またはから本質的になる配列を有する。
【００９１】
医薬組成物および製剤
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）の１つまたは複数を含む）本明細書のＴレギトープ組成物が、医薬組成物または製剤に含まれ得る。態様では、医薬組成物または製剤が一般に、本開示のＴレギトープ組成物と、薬学的に許容される担体および／または賦形剤とを含む。態様では、前記医薬組成物が投与に適している。薬学的に許容される担体および／または賦形剤は、投与される特定の組成物によって、ならびに組成物を投与するために使用される特定の方法によって部分的に決定される。したがって、ここに開示されるＴレギトープ組成物を投与するための医薬組成物の多種多様な適切な製剤が存在する（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、（第１８版、１９９０）、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．、Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ出版参照）。態様では、医薬組成物が一般に、滅菌、実質的に等張で、米国食品医薬品局の全ての適正製造基準（ＧＭＰ）規制に完全に準拠して製剤化される。
【００９２】
「薬学的に許容される」、「生理学的に許容される」という用語、およびこれらの文法的変形は、これらが組成物、担体、賦形剤および試薬に言及する場合、互換的に使用され、材料が、組成物の投与を禁止する程度までの望ましくない生理学的効果をもたらすことなく、対象への投与が可能であることを表す。例えば、「薬学的に許容される賦形剤」は、例えば、一般的に安全で、非毒性で、望ましい医薬組成物の調製に有用な賦形剤を意味し、獣医学的使用およびヒト医薬使用に許容される賦形剤を含む。このような賦形剤は、固体、液体、半固体、またはエアロゾル組成物の場合はガス状であり得る。当業者であれば、本開示の特定のＴレギトープ組成物の投与の適切なタイミング、順序および投与量を決定することができるだろう。
【００９３】
態様では、このような担体または希釈剤の好ましい例としては、それだけに限らないが、水、生理食塩水、リンガー溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソームおよび非水性ビヒクル（不揮発性油など）も使用することができる。薬学的に活性な物質のためのこのような媒体および化合物の使用は、当技術分野で周知である。従来の培地または化合物が、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のおよび上で前記のＴレギトープ組成物と不適合性である限りを除いて、組成物へのその使用が考えられる。補助活性化合物も組成物に組み込むことができる。
【００９４】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示の本開示のＴレギトープ組成物が、意図した投与経路と適合するよう製剤化される。本開示のＴレギトープ組成物は、非経口、局所、静脈内、経口、皮下、動脈内、皮内、経皮、直腸、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、鼻腔内；経膣；筋肉内経路によりまたは吸入剤として投与することができる。態様では、本開示のＴレギトープ組成物を、沈着物が蓄積した特定の組織に直接注射することができる（例えば、頭蓋内注射）。他の態様では、筋肉内注射または静脈内注入が、本開示のＴレギトープ組成物の投与に使用され得る。いくつかの方法では、本開示のＴレギトープ組成物が、頭蓋に直接注射される。いくつかの方法では、本開示のＴレギトープ組成物が、徐放性組成物または装置、例えば、それだけに限らないが、Ｍｅｄｉｐａｄ（商標）装置として投与される。
【００９５】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、場合により本明細書に記載される種々の医学的状態の処置に少なくとも部分的に有効な他の薬剤と組み合わせて投与することができる。例えば、対象の中枢神経系への投与の場合、本開示のＴレギトープ組成物を、血液脳関門を横切る本発明の薬剤の通過を増加させる他の薬剤と合わせて投与することもできる。
【００９６】
態様では、非経口、皮内、または皮下施用に使用される溶液または懸濁液が、それだけに限らないが、以下の成分を含むことができる：注射用水、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒などの滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗菌化合物；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなどの抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）などのキレート化合物；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩などの緩衝液、および塩化ナトリウムまたはデキストロースなどの張度を調整するための化合物。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムなどの酸または塩基で調整することができる。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、水、エタノール、ＤＭＳＯ、グリコール、プロピレン、脱脂乳などが挙げられる。組成物はまた、ｐＨ緩衝試薬、および湿潤剤または乳化剤を含有することもできる。
【００９７】
態様では、非経口製剤を、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨て注射器、または複数回投与バイアルに封入することができる。
【００９８】
態様では、注射使用に適した医薬組成物または製剤が、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散液、および滅菌注射溶液または分散液の即時調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与の場合、適切な担体には、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、ＮＪ）またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）が含まれる。全ての場合で、組成物は滅菌であり、容易な注射針通過性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度まで流動性であるべきである。これは、製造および貯蔵の条件下で安定であり、細菌および真菌などの微生物の汚染作用から保護される。態様では、Ｔレギトープ製剤が、凝集体、断片、分解産物および翻訳後修飾を、これらの不純物がＨＬＡに結合し、純粋なＴレギトープと同様に機能すると予想される同族Ｔ細胞に同じＴＣＲ面を提示する程度まで含み得る。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコールなど）、およびこれらの適切な混合物を含有する溶媒または分散媒であってもよい。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用、分散液の場合には必要な粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物の作用の防止は、種々の抗菌および抗真菌化合物、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどによって達成することができる。多くの場合、等張化合物、例えば糖、多価アルコール、例えばマニトール、ソルビトール、塩化ナトリウムを組成物に含めることが好ましいだろう。注射用組成物の持続的吸収を、組成物中に吸収を遅延させる化合物、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含めることによってもたらすことができる。
【００９９】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、必要に応じて、上に列挙される成分の１つまたは組み合わせを含む適切な溶媒に必要量組み込み、引き続いて滅菌濾過することによって、滅菌注射溶液を調製することができる。一般に、分散液は、結合剤を、塩基性分散媒および上記で列挙したものの必要な他の成分を含む滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射溶液を調製するための滅菌粉末の場合、調製方法は、予め滅菌濾過したその溶液からの有効成分と任意のさらなる所望の成分の粉末を生じる真空乾燥および凍結乾燥である。さらに、本開示のＴレギトープ組成物は、有効成分の徐放またはパルス放出を可能にするような様式で製剤化することができるデポー注射またはインプラント調製物の形態で投与することができる。
【０１００】
態様では、経口組成物が、一般に不活性希釈剤または食用担体を含み、ゼラチンカプセルに封入する、または錠剤に圧縮することができる。態様では、経口治療投与の目的のために、結合剤を賦形剤と共に組み込み、錠剤、トローチ、またはカプセルの形態で使用することができる。経口組成物は、うがい薬として使用するための流体担体を使用して調製することもでき、この場合、流体担体中の化合物が経口施用され、すすがれ、吐き出されるまたは飲み込まれる。薬学的に適合性の結合化合物、および／またはアジュバント材料を組成物の一部として含めることができる。態様では、錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチなどが、以下の成分、または類似の性質の化合物のいずれかを含有することができる：微結晶セルロース、トラガカントガムもしくはゼラチンなどの結合剤；デンプンもしくはラクトースなどの賦形剤、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌもしくはコーンスターチなどの崩壊化合物；ステアリン酸マグネシウムもしくはＳｔｅｒｏｔｅｓなどの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの滑剤；スクロースもしくはサッカリンなどの甘味化合物；またはペパーミント、サリチル酸メチル、オレンジ香味剤などの香味化合物。
【０１０１】
吸入による投与の場合、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、適切な噴射剤、例えば二酸化炭素などのガスを含有する加圧容器もしくはディスペンサー、またはネブライザーからエアロゾルスプレーの形態で送達することができる。
【０１０２】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物の全身投与が、経粘膜または経皮手段によることもできる。経粘膜または経皮投与の場合、浸透する障壁に適した浸透剤が製剤に使用される。このような浸透剤は一般に当技術分野で知られており、例えば、経粘膜投与の場合、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が含まれる。経粘膜投与は、点鼻薬または坐剤の使用を通して達成することができる。経皮投与の場合、Ｔレギトープが軟膏、膏薬、ゲル、またはクリームに製剤化され、当技術分野で一般的に知られているように局所的にまたは経皮パッチ技術を通して施用され得る。
【０１０３】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、直腸送達用の坐剤（例えば、カカオ脂および他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を含む）または停留浣腸の形態で調製することもできる。
【０１０４】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物が、Ｔレギトープ組成物を体からの急速な排除から保護する担体、例えばインプラントおよびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出製剤を用いて調製される。例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などの生分解性の生体適合性ポリマーを使用することができる。このような製剤を調製する方法は、当業者には明らかであるだろう。材料は、例えば、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手することもできる。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を使用した感染細胞を標的としたリポソームを含む）も、薬学的に許容される担体として使用することができる。これらは、当業者に知られている方法に従って調製することができる（全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第４５２２８１１号明細書）。態様では、本開示のＴレギトープ組成物を、所望の部位へのＴレギトープ組成物の徐放を可能にする生体高分子固体支持体内に埋め込む、またはこれに連結させることができる。
【０１０５】
態様では、投与の容易さおよび投与量の均一性のために経口または非経口組成物を投薬単位形態に製剤化することが特に有利である。本明細書で使用される投与単位形態は、処置される対象のための単位投与量として適した物理的離散単位を指す；各単位は、必要な医薬担体と共に所望の治療効果を生じるように計算された所定量の結合剤を含有する。本開示の投与単位形態の詳細は、結合剤の固有の特徴および達成される特定の治療効果、ならびに対象を処置するためにこのようなＴレギトープ組成物を調合する分野に固有の制限によって指示され、直接依存する。
【０１０６】
態様では、１つまたは複数の本明細書に開示されるポリペプチド（態様では、単離されていても、合成であっても、または組換えであってもよい、Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、ＴレギトープまたはＴ細胞エピトープポリペプチド）を、Ｔレギトープを含む単離樹状細胞（ＤＣ）のエキソビボパルシング、引き続いてパルス細胞の患者への再注入によって患者に投与することもできる。これらは、当業者に知られている方法に従って調製することができる（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｂｕｔｔｅｒｆｉｅｌｄ、（２０１３）、Ｆｒｏｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、４：４５４およびＤｉｓｓａｎａｙａｋｅら、（２０１４）、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ、９（３）１〜１０参照）。これらの再注入は、上記の方法および組成物によって投与され得る。
【０１０７】
Ｔレギトープ組成物を使用する方法
（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物で制御性Ｔ細胞を刺激することは、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を刺激、誘導、および／または拡大することができ、態様では、以下のサイトカインおよびケモカインの１つまたは複数の分泌増加をもたらす：ＩＬ−１０、ＩＬ−３５、ＴＧＦ−β、ＴＮＦ−αおよびＭＣＰ１。態様では、刺激が、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）によるＩＬ−２Ｒαの発現上昇およびエフェクター細胞に対するＩＬ−２の枯渇をもたらすことができる。さらなる態様では、刺激が、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）によるパーフォリングランザイムの増加をもたらし、このようなＴｒｅｇ集団がＴエフェクター細胞および他の免疫刺激細胞を殺傷することを可能にすることができる。なおさらなる態様では、このような刺激が、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）による免疫抑制アデノシンの産生をもたらすことができる。他の態様では、このような刺激が、樹状細胞上の同時刺激分子に結合し、これを除去する対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）をもたらし、樹状細胞機能の阻害をもたらすことができる。さらに、態様では、このような刺激が、対応する内在性ＴＲｅｇ集団（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）による、樹状細胞および他の細胞集団、例えば、それだけに限らないが、内皮細胞上のチェックポイント分子のＴＲｅｇ誘導上方制御をもたらすことができる。追加の態様では、このような刺激が、Ｂ制御細胞のＴｒｅｇ刺激をもたらすことができる。Ｂ制御細胞（「Ｂ−ｒｅｇ」）は、ＣＤ１ｄ、ＣＤ５の発現、およびＩＬ−１０の分泌を特徴とする抗炎症効果を担う細胞である。Ｂ−ｒｅｇはまた、Ｔｉｍ−１の発現によっても同定され、Ｔｉｍ−１ライゲーションを通して誘導され、寛容を促進することができる。Ｂ−ｒｅｇである能力は、ｔｏｌｌ様受容体、ＣＤ４０リガンドなどの多くの刺激因子によって駆動されることが示された。しかしながら、Ｂ−ｒｅｇの完全な特性評価は進行中である。Ｂ−ｒｅｇはまた、高レベルのＣＤ２５、ＣＤ８６、およびＴＧＦ−βも発現する。制御性Ｔ細胞によるこのような制御性サイトカインおよびケモカインの分泌の増加、ならびに上記の他の活性が、制御性Ｔ細胞の特徴である。態様では、本開示のＴレギトープ組成物によって活性化される制御性Ｔ細胞が、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３表現型を発現し得る。本開示のＴレギトープ組成物によって活性化される制御性Ｔ細胞は、抗原特異的Ｔｈ１またはＴｈ２関連サイトカインレベル、主にＩＮＦ−γ、ＩＬ−４、およびＩＬ−５の低下によって、ならびにＣＦＳＥ希釈および／または細胞溶解活性によって測定される抗原特異的Ｔエフェクター細胞の増殖および／またはエフェクター機能の低下によって測定されるエキソビボでのＴエフェクター免疫応答を直接抑制する。態様では、本開示のＴレギトープ組成物によって活性化される制御性Ｔ細胞が、抗原特異的Ｔｈ１もしくはＴｈ２関連サイトカインレベルの低下（ＥＬＩＳＡアッセイによって測定される）、抗原特異的Ｔエフェクター細胞レベルの低下（ＥｌｉＳｐｏｔアッセイによって測定される）、細胞溶解活性の低下、および／またはタンパク質抗原の抗体価の低下によって測定されるインビボでのＴエフェクター免疫応答を直接抑制する。
【０１０８】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物によって活性化される自然制御性Ｔ細胞が、適応ＴＲｅｇ細胞の発達を刺激する。態様では、抗原の存在下で末梢Ｔ細胞を本開示のＴレギトープ組成物と共インキュベートすると、抗原特異的ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋Ｔ細胞が拡大し、これらの細胞におけるＦｏｘｐ３遺伝子またはＦｏｘｐ３タンパク質の発現が上方制御され、インビトロでの抗原特異的Ｔエフェクター細胞の活性化が抑制される。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、Ｔ制御１型（Ｔｒ１）細胞の活性化および／または拡大をもたらし得る。Ｔｒ１細胞は、いくつかの免疫媒介疾患において強力な免疫抑制能力を有する（ＲｏｎｃａｒｏｌｏおよびＢａｔｔａｇｌｉａ、２００７、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ７、５８５〜５９８；Ｒｏｎｃａｒｏｌｏら、２０１１、Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ  ２４１、１４５〜１６３；Ｐｏｔら、２０１１、Ｓｅｍｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２３、２０２〜２０８）。高レベルのＩＬ−１０の分泌、およびグランザイムＢを介した骨髄抗原提示細胞（ＡＰＣ）の殺傷が、Ｔｒ１媒介抑制の主な機序である（Ｇｒｏｕｘら、１９９７、Ｎａｔｕｒｅ  ３８９、７３７〜７４２；Ｍａｇｎａｎｉら、２０１１  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ４１、１６５２〜１６６２）。Ｔｒ１細胞は、固有のサイトカインプロファイルおよび制御機能により、Ｔヘルパー（ＴＨ）１、ＴＨ２およびＴＨ１７細胞と区別される。Ｔｒ１細胞は、それぞれＴＨ２およびＴＨ１７細胞の特徴サイトカインであるＩＬ−４およびＩＬ−１７よりも高レベルのＩＬ−１０を分泌することが示されている。Ｔｒ１細胞はまた、低レベルのＩＬ−２も分泌することができ、局所サイトカイン環境に応じて、可変レベルの重要なＴＨ１サイトカインであるＩＦＮ−γを合わせて産生することができる（Ｒｏｎｃａｒｏｌｏら、２０１１、Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ  ２４１、１４５〜１６３）。ＦＯＸＰ３は、活性化時に発現が低く、一過的であるため、Ｔｒ１細胞のバイオマーカーではない。ＩＬ−１０産生Ｔｒ１細胞は、ＩＣＯＳ（Ｈａｒｉｎｇｅｒら、２００９、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  ２０６、１００９〜１０１７）およびＰＤ−１（Ａｋｄｉｓら、２００４、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９９、１５６７〜１５７５）を発現するが、これらのマーカーは特異的ではない（Ｍａｙｎａｒｄら、２００７、Ｎａｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ８、９３１〜９４１）。最晩期活性化抗原（ＶＬＡ）−２のα２インテグリンサブユニットであるＣＤ４９ｂは、ＩＬ−１０産生Ｔ細胞のマーカーとして提案されている（Ｃｈａｒｂｏｎｎｉｅｒら、２００６、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７７、３８０６〜３８１３）が、ヒトＴＨ１７細胞でも発現される（Ｂｏｉｓｖｅｒｔら、２０１０、Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ４０、２７１０〜２７１９）。さらに、マウスＣＤ４９ｂ＋Ｔ細胞はＩＬ−１０を分泌する（Ｃｈａｒｂｏｎｎｉｅｒら、２００６、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７７、３８０６〜３８１３）が、炎症性サイトカインも分泌する（Ｋａｓｓｉｏｔｉｓら、２００６、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７７、９６８〜９７５）。ＭＨＣクラスＩＩ分子に高い親和性で結合するＣＤ４ホモログであるリンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ−３）は、マウスＩＬ−１０産生ＣＤ４＋Ｔ細胞によって発現される（Ｏｋａｍｕｒａら、２００９、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０６、１３９７４〜１３９７９）が、活性化エフェクターＴ細胞（ＷｏｒｋｍａｎおよびＶｉｇｎａｌｉ、２００５、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７４、６８８〜６９５；Ｂｅｔｔｉｎｉら、２０１１、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １８７、３４９３〜３４９８；Ｂｒｕｎｉｑｕｅｌら、１９９８、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４８、１１６〜１２４；Ｌｅｅら、２０１２、Ｎａｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １３、９９１〜９９９）およびＦＯＸＰ３＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）（Ｃａｍｉｓａｓｃｈｉら、２０１０、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １８４、６５４５〜６５５１）によっても発現される。近年、ヒトＴｒ１細胞がＣＤ２２６（ＤＮＡＭ−１）を発現し、これが骨髄ＡＰＣの特異的殺傷に関与していることが示された（Ｍａｇｎａｎｉら、２０１１  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ４１、１６５２〜１６６２）。さらなる態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、ＴＧＦ−β分泌Ｔｈ３細胞、制御性ＮＫＴ細胞、制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞、ダブルネガティブ制御性Ｔ細胞の活性化および／または拡大をもたらし得る。「Ｔｈ３細胞」は、以下の表現型ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋を有し、活性化時に高レベルのＴＧＦ−β、一定量のＩＬ−４およびＩＬ−１０を分泌でき、ＩＦＮ−γもＩＬ−２も分泌しない細胞を指す。これらの細胞はＴＧＦ−β由来である。「制御性ＮＫＴ細胞」は、静止時に以下の表現型ＣＤ１６１＋ＣＤ５６＋ＣＤ１６＋およびＶα２４／Ｖβ１１  ＴＣＲを有する細胞を指す。「制御性ＣＤ８＋Ｔ細胞」は、静止時に以下の表現型ＣＤ８＋ＣＤ１２２＋を有し、活性化時に高レベルのＩＬ−１０を分泌することができる細胞を指す。「ダブルネガティブ制御性Ｔ細胞」は、静止時に以下の表現型ＴＣＲαβ＋ＣＤ４−ＣＤ８−を有する細胞を指す。
【０１０９】
態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物が、モノクローナル抗体、タンパク質治療薬、自己免疫応答を促進する自己抗原、アレルゲン、移植組織に対する免疫応答を制御するために、および寛容が所望の結果である他の用途で有用である。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる免疫応答を制御するのに有用である。
【０１１０】
態様では、本開示のＴレギトープが、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合し、ＭＨＣクラスＩＩ分子の状況でＴＣＲと会合し、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む）を活性化することができる。
【０１１１】
それを必要とする対象の免疫応答の抑制．態様では、本開示は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を対象に投与することによって、それを必要とする対象の制御性Ｔ細胞（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む内在性ＴＲｅｇ）を刺激、誘導および／または拡大する、ならびに／あるいはそれを必要とする対象の免疫応答を抑制する方法に関する。
【０１１２】
態様では、本開示は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を対象に投与することによって、それを必要とする対象の制御性Ｔ細胞（例えば、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇを含む））を刺激／誘導して免疫応答を抑制する方法に関する。態様では、免疫応答が、少なくとも１つの治療用タンパク質による１つまたは複数の治療的処置、ワクチンによる処置（特に、有害事象がワクチン接種から生じる状況）、または少なくとも１つの抗原による処置の結果である。特定の実施形態では、免疫応答が、凝固第ＶＩＩＩ第因子補充による１つまたは複数の治療的処置の結果である。よって、１つまたは複数の本開示のＴレギトープ組成物の投与を使用して、血友病Ａを患っている患者の既に確立された免疫応答の発生を予防するまたは既に確立された免疫応答を終了させて、第ＶＩＩＩ因子（および凝固第ＶＩＩＩ因子補充）に対する寛容誘導を確立することができる。別の態様では、本開示は、Ｔ細胞依存的に治療用血液凝固タンパク質に対する免疫応答を抑制する目的のために、治療用血液凝固タンパク質（例えば、凝固第ＶＩＩＩ因子補充）と組み合わせて本開示のＴレギトープ組成物を使用する方法を提供する。この組み合わせは、本開示のＴレギトープ組成物が共有結合的もしくは非共有結合的に結合した状態で投与することができる、またはこれらを混和物として投与することができる。別の態様では、本開示のＴレギトープ組成物の投与が、１つまたは複数の抗原提示細胞を制御性表現型に、１つまたは複数の樹状細胞を制御性表現型にシフトさせ、樹状細胞または抗原提示細胞におけるＣＤ１１ｃおよびＨＬＡ−ＤＲ発現を低下させる。
【０１１３】
態様では、本開示は、対象の免疫応答を抑圧／抑制する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含み、Ｔレギトープ組成物は免疫応答を抑圧／抑制する方法に関する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、自然免疫応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、適応免疫応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、エフェクターＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、メモリーＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、ヘルパーＴ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、Ｂ細胞応答を抑圧／抑制する。態様では、Ｔレギトープ組成物が、ｎｋＴ細胞応答を抑圧／抑制する。
【０１１４】
態様では、本発明は、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物の投与を通して、対象の免疫応答、具体的には抗原特異的免疫応答を抑制する方法であって、前記Ｔレギトープ組成物は、内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇ、ならびに態様ではＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を含む）を活性化する、あるいはＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化、ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を抑制する、ならびに／あるいはβ細胞またはｎｋＴ細胞の活性化または増殖を抑制する方法に関する。態様では、本開示のＴレギトープ組成物が、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物であり得る。特定の態様では、本開示のＴレギトープ組成物の例えば、単離、合成、または組換え単離、合成、または組換えポリペプチド（Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ、Ｔレギトープ、またはＴ細胞エピトープポリペプチド）および／またはキメラもしくは融合ポリペプチド組成物の１つまたは複数が、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物であり得る。態様では、特異的標的抗原と共有結合的に結合している、非共有結合的に結合している、または混和物である本開示のＴレギトープ組成物投与によって、標的抗原に対する免疫応答が減少する。
【０１１５】
態様では、標的抗原が自己タンパク質またはタンパク質断片であり得る。態様では、標的抗原がアレルゲンであり得る。態様では、標的抗原が同種タンパク質またはタンパク質断片であり得る。態様では、標的抗原が生物医薬品またはその断片であり得る。態様では、標的抗原が第ＶＩＩＩ凝固因子補充である。態様では、抑制効果が自然ＴＲｅｇによって媒介される。態様では、抑制効果が適応ＴＲｅｇによって媒介される。態様では、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物に含まれる１つまたは複数のＴレギトープが、エフェクターＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、自然免疫応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、適応免疫応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、ヘルパーＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、メモリーＴ細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、β細胞応答を抑制する。態様では、ここに開示されるＴレギトープ組成物の１つまたは複数のＴレギトープが、ｎｋＴ細胞応答を抑制する。
【０１１６】
小分子治療薬の設計．一態様では、本発明は、小分子治療薬を設計する目的のために、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を使用する方法を提供する。一態様では、Ｔレギトープ特異的Ｔ細胞を、２週間間隔で、１μｇ／ｍｌの濃度の小分子混合物および自己樹状細胞（ＤＣ）のプールで３回刺激し、引き続いて異種ＤＣおよび抗原で刺激する。丸底９６ウェルプレートの１ウェル当たり、Ｔ細胞（１．２５×１０５）およびＤＣ（０．２５×１０５）を添加する。５００ｍｌのＲＰＭＩ培地１６４０に５０ｍｌのＦＣＳ（ＨｙＣｌｏｎｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｉｎｃ．、Ｌｏｇａｎ、ＵＴ）、ペニシリンおよびストレプトマイシン（ＧＩＢＣＯ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）；２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（ＧＩＢＣＯ）；および４ｍｌの１Ｎ  ＮａＯＨ溶液を補充することによって、Ｔ細胞培地を作製する。ＩＬ−２濃度は最初は０．１ｎＭであり、その後の刺激ラウンド中に１ｎＭまで徐々に増加させる。２ｎＭ  ＩＬ−２を含有する培地中、フィーダー細胞としての０．６×１０５エプスタインバーウイルス形質転換Ｂ細胞（１００グレイ）および１．３×１０５個異種末梢血単核球（３３グレイ）、ならびに１μｇ／ｍｌ  Ｄｉｆｃｏ（商標）フィトヘマグルチニン（Ｂａｃｔｅｒｉｕｓ  Ｌｔｄ、ヒューストン、ＴＸ）を使用することにより限界希釈によって、Ｔ細胞クローンを誘導する。次いで、Ｔレギトープ特異的Ｔ細胞を刺激する小分子プールを個々の分子として試験する。
【０１１７】
Ｔ細胞受容体のクローニング．態様では、本開示は、Ｔ細胞受容体をクローニングする目的のために、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を使用する方法を提供する。Ｔレギトープ特異的Ｔ細胞のクローニングは、当業者に知られている技術によって実施することができる。例えば、単離ＰＢＭＣを、２０％ＨＳＡを含有する１０μｇ／ｍｌ  ＲＰＭＩ培地で、Ｔレギトープで刺激する。ＩＬ−２を、５日目に始めて１日おきに添加する（最終濃度１０Ｕ／ｍｌ）。Ｔ細胞を、１１日目または１２日目に四量体プールで染色する。各プールについて、２〜３×１０５個の細胞を、５０ｍｌの培養培地（１０ｍｇ／ｍｌ）中０．５ｍｇのＰＥ標識四量体と共に３７°Ｃで１〜２時間インキュベートし、次いで、室温で１５分間、抗ＣＤ４−ＦＩＴＣ（ＢＤ  ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ、サンディエゴ、ＣＡ）で染色する。細胞を洗浄し、Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）で分析する。対応する単一ペプチドを搭載した四量体を、陽性染色を示すプールについて生成し、分析を１４日目または１５日目に行う。特定の四量体に陽性の細胞は、同日または翌日にＢｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ＦＡＣＳＶａｎｔａｇｅ（Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）を使用して、９６ウェルＵ底プレートに選別された単一細胞である。選別された細胞を、２４時間後に２．５ｍｇ／ｍｌ  ＰＨＡおよび１０Ｕ／ｍｌ  ＩＬ−２を添加したフィーダーと同様に、１ウェル当たり１．５〜３×１０５個の非対応、照射（５０００ｒａｄ）ＰＢＭＣで拡大する。クローニングしたＴ細胞の特異性を、四量体（同族ペプチドまたは対照ペプチド、ＨＡ３０７−３１９を搭載）による染色および１０ｍｇ／ｍｌの特定のペプチドを用いたＴ細胞増殖アッセイによって確認する（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｎｏｖａｋ  ＥＪら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、１６６（１１）：６６６５〜７０）。態様では、全ＲＮＡを、上記のように作製されたＴレギトープ特異的Ｔ細胞株からＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎｅ、Ｈｉｌｄｅｎ、ＤＥ）で抽出する。ＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）キット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用したｃＤＮＡ末端の迅速増幅（ＲＡＣＥ）法によって、１μｇの全ＲＮ��を使用してＴＣＲ  ｃＤＮＡをクローニングする。一本鎖ｃＤＮＡを合成する前に、５’ＲＡＣＥ  ＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）キットの取扱説明書に従って、ＲＮＡを脱リン酸化し、脱キャッピングし、ＲＮＡオリゴヌクレオチドと連結する。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩＲＴ（登録商標）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐ、Ｃａｒｌｅｂａｄ、ＣＡ）およびＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）Ｏｌｉｇｏ−ｄＴを、ＲＮＡ  Ｏｌｉｇｏ−連結ｍＲＮＡの一本鎖ｃＤＮＡへの逆転写に使用する。５’ＲＡＣＥを、５’プライマーとしてＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）５’（ＧｅｎｅＲａｃｅｒ（登録商標）キット）およびそれぞれＴＣＲα、β１またはβ２鎖の３’プライマーとして遺伝子特異的プライマーＴＣＲＣＡＲ（５’−ＧＴＴ  ＡＡＣ  ＴＡＧ  ＴＴＣ  ＡＧＣ  ＴＧＧ  ＡＣＣ  ＡＣＡ  ＧＣＣ  ＧＣＡ  ＧＣ−３’；配列番号６５）またはＴＣＲＣＢ１Ｒ（５’−ＣＧＧ  ＧＴＴ  ＡＡＣ  ＴＡＧ  ＴＴＣ  ＡＧＡ  ＡＡＴ  ＣＣＴ  ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＴＧＡ  ＣＣＡ  ＴＧＧ  Ｃ−３  ’；配列番号６６）またはＴＣＲＣＢＲ２（５’−ＣＴＡ  ＧＣＣ  ＴＣＴ  ＧＧＡ  ＡＴＣ  ＣＴＴ  ＴＣＴ  ＣＴＴ  Ｇ−３’；配列番号６７）を使用することによって、５’ＲＡＣＥを実施する。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）産物をｐＣＲ２．１  ＴＯＰＯベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）にクローニングし、Ｏｎｅ  Ｓｈｏｔ  ＴＯＰ１０  Ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）に形質転換する。プラスミドＤＮＡを、ＴＣＲα、β１およびβ２鎖についての各構築物からの９６個の個々のクローンから調製する。全てのプラスミドの完全長インサートを配列決定して、ｖα／ｖβの使用を決定する（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｚｈａｏ  Ｙら、（２００６）、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ、２９（４）：３９８〜４０６）。
【０１１８】
医学的状態を予防または処置する方法
本発明は、例えば、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む、対象の１つまたは複数の医学的状態を予防または処置する方法、ならびに前記投与するステップによって対象の医学的状態を予防または処置する方法に関する。医学的状態は、例えば、原発性免疫不全（原発性免疫不全障害に関連する自己免疫など）；免疫媒介血小板減少症、川崎病、２０歳以上の患者における造血幹細胞移植、慢性Ｂ細胞リンパ性白血病、および小児ＨＩＶ  １型感染症であり得る。具体例としては、（血液学）再生不良性貧血、赤芽球癆、ダイアモンド・ブラックファン貧血、自己免疫性溶血性貧血、新生児溶血性疾患、後天性抑制第ＶＩＩＩ因子、後天性フォン・ウィルブランド病、免疫媒介好中球減少症、血小板輸血に対する不応状態、新生児同種免疫／自己免疫性血小板減少症、輸血後紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病／溶血性尿毒症症候群；（感染性疾患）、固形臓器移植、外科手術、外傷、火傷およびＨＩＶ感症；（神経学）てんかんおよび小児難治性ギランバレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性ニューロパチー、重症筋無力症、ランバート・イートン筋無力症候群、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症；（産科学）習慣性流産；（呼吸器科）喘息、慢性胸部症状、リウマチ学、関節リウマチ（成人および若年性）、全身性エリテマトーデス、全身性血管炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、封入体筋炎、ウェゲナー肉芽腫症；（その他）副腎白質ジストロフィー、筋萎縮性側索硬化症、ベーチェット症候群、急性心筋症、慢性疲労症候群、先天性心ブロック、嚢胞性線維症、自己免疫性水疱性皮膚炎、糖尿病、急性突発性自立神経失調症、急性散在性脳脊髄炎、内毒血症、溶血性輸血反応、血球貪食症候群、急性リンパ芽球性白血病、下位運動ニューロン症候群、、多発性骨髄腫、ヒトＴ細胞リンパ向性ウイルス１型関連脊髄症、腎炎症候群、膜性腎症、ネフローゼ症候群、甲状腺機能正常眼症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、再発性中耳炎、傍腫瘍性小脳変性症、パラプロテイン血症に伴うニューロパチー、パルボウイルス感染症（一般）、多発ニューロパチー、臓器肥大、内分泌障害、Ｍタンパク質、および皮膚変化（ＰＯＥＭＳ）症候群、進行性腰仙骨神経叢障害、ライム神経根神経炎、ラスムッセン症候群、ライター症候群、急性腎不全、血小板減少症（非免疫）、連鎖���菌毒素ショック症候群、ブドウ膜炎およびフォークト・小柳・原田症候群が挙げられる。
【０１１９】
特定の実施形態では、本発明は、例えば、アレルギー、自己免疫疾患、移植片対宿主病などの移植関連障害、酵素またはタンパク質欠乏障害、止血障害（例えば、血友病Ａ、ＢもしくはＣ）、がん（特に、腫瘍関連自己免疫）、不妊症、または感染症（ウイルス、細菌もしくは寄生虫）を処置する方法に関する。（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を、有害事象を減少させるまたは同時投与される化合物の有効性を増強するために、医学的状態を有する対象を処置するために使用される他のタンパク質または化合物と合わせて使用することができる。
【０１２０】
血友病を患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる抗体および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答の予防または処置への適用．血友病は、切り傷または外傷後の過剰な出血を特徴とする疾患である。この過剰な出血の原因は、血友病患者において血液が適切に凝固できないことである。血友病は遺伝性障害であり、これは遺伝性である（親から子へ受け継がれる）または子宮内での発達中に起こった遺伝子の変化の結果であることを意味する。出血は外的または内的であり得る。関節の内出血（膝や腰など）が血友病の小児でよく見られる。血友病は主に男児に−５０００〜１００００人に約１人発症する。遺伝子を受け継いだ女児はめったにこの状態にならないが、遺伝子の保有者として子供に遺伝子を受け渡し得る。
【０１２１】
外傷により出血が生じると、血小板は凝固プロセスを開始する。血小板は、追加の血小板を誘引する化学物質を放出するとともに、凝固因子として知られる血液中のタンパク質を活性化し、ヒトでは、これらはヒト凝固第Ｉ〜ＸＩＩＩ因子として知られている。これらのタンパク質は血小板と混ざって線維を形成し、これが血餅を強化して、出血を停止する。血友病を患っている患者は、一緒に作用して血液を凝固させるのに十分な量の凝固因子を産生できない。血友病は、患者が血液を凝固させるのに十分な第ＶＩＩＩ因子または第ＩＸ因子を産生できないことに起因する。
【０１２２】
血友病には、血友病Ａと血友病Ｂの２つの主要なタイプがある。症例の約８０％が、第ＶＩＩＩ因子欠乏症である血友病Ａであり、血友病ＢおよびＣは、体が産生する第ＩＸ因子が少なすぎると発生する。血友病は、血液中の凝固因子の量に基づいて、軽度、中等度または重度となり得る。
・軽度血友病：体は６％〜５０％の罹患凝固因子を作り出す。
・中等度血友病：体は２％〜５％の罹患凝固因子を作り出す。
・重度血友病：体は１％未満の罹患凝固因子を作り出す。
一般に、軽度血友病の患者は、たまにしか多量出血しないだろう。重度血友病の患者は、ずっと頻繁な出血問題のリスクがある。
【０１２３】
血友病は生涯にわたる状態であり、肝移植以外に治療法はないが、これは血友病自体よりも深刻な健康問題をしばしば引き起こすおそれがある。
【０１２４】
第ＶＩＩＩ因子補充療法は、血液が凝固するのを助け、出血による長期的な関節損傷を防ぐ。これは、凝固を促進するために出血エピソードが起こっている間に、または血液を健康に保つための定期的にスケジュールされた処置で投与され得る。治療は血液に「注入」される−診療所または自宅で、訪問看護師またはこの治療を投与するためのトレーニングを受けた両親（および患者自身）によって、静脈内（ＩＶ）ラインを介して与えられる。凝固因子が血中に入ると、これは急速に働き始める。
【０１２５】
しかしながら、血友病Ａを患っているヒト患者は、出血エピソードを予防または停止するために処方された凝固第ＶＩＩＩ因子補充に対する抗体応答を頻繁に開始する。患者の体は、新しい凝固因子を異物と見なし、その凝固作用を遮断する抗体を発達させる。重度血友病Ａの小児の約４分の１が凝固因子に対する抗体を発達させる。これらの抗体応答は、第ＶＩＩＩ因子処置の有効性を減少させ、重度の有害出血エピソードおよび関節炎などのさらなる合併症を引き起こすため、これらの抗体は血友病を治療困難にするおそれがある。
【０１２６】
血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用される第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる不要な抗体および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答の予防と治療の両方のための１つの戦略は、制御性Ｔ細胞の誘導である。血友病患者は、第ＶＩＩＩ因子補充を受ける場合に不要な免疫応答の発達から保護され得る。態様では、本発明は、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与し、それによって医学的状態を処置することを含む、血友病Ａを患っている患者の出血を予防または停止するために使用されるヒト凝固第ＶＩＩＩ因子補充によって引き起こされる自己免疫応答を予防するまたは減少させることに関する。本発明のＴレギトープ組成物を、有害事象を減少させるまたは同時投与される化合物の有効性を増強するために、医学的状態（例えば、それだけに限らないが、血友病Ａ）を有する対象を処置するために使用される他のタンパク質または化合物（例えば、それだけに限らないが、ヒト凝固第ＶＩＩＩ因子補充）と共にまたは合わせて使用することができる。
【０１２７】
アレルギーへの適用．アレルゲン特異的制御性Ｔ細胞は、アレルギーおよび喘息の発症を制御する上で重要な役割を果たす。内在性ＴＲｅｇ（態様では、自然ＴＲｅｇおよび／または適応ＴＲｅｇ、ならびに態様では、ＣＤ４＋／ＣＤ２５＋／ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞を含む）は、アレルギー性疾患に関与する不適切な免疫応答を阻害することが示されている。いくつかの近年の研究は、制御性Ｔ細胞が、動物モデルだけでなくヒトでも、感受性個体のＴヘルパー２型バイアス免疫応答の過剰発達の制御に重要な役割を果たすことを示している。近年の研究は、ＴｒｅｇがＴＧＦ−βおよびＩＬ−１０の分泌によるＴ細胞同時刺激も抑制することを示しており、アレルギー性疾患の制御におけるＴｒｅｇの重要な役割を示唆している。自然または適応制御性Ｔ細胞の拡大障害はアレルギーの発症につながり、アレルゲン特異的Ｔｒｅｇを誘導する処置は、アレルギーおよび喘息の治癒的治療を提供するだろう。喘息の予防と治療の両方のための１つの戦略は、Ｔｒｅｇの誘導である。Ｔｈ１またはＴｒｅｇ応答をもたらす免疫刺激によって、動物を喘息の発症から保護することができる。したがって、本開示のＴレギトープ組成物は、アレルギーおよび／または喘息を予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象のアレルギーおよび／または喘息を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象のアレルギーおよび／または喘息を予防または処置する方法に関する。
【０１２８】
移植への適用．本開示のＴレギトープ組成物は、ドナー細胞に対する免疫応答を特異的に下方制御する細胞の発達を促進することによって、移植プロセス中に寛容を誘導するのに有用である。臓器特異的自己免疫を処置するためのＡｇ特異的ＴＲｅｇ細胞の誘導は、一般的免疫抑制を回避する重要な治療開発である。骨髄移植のマウスモデルでは、ＴＲｅｇがドナー骨髄の生着を促進し、有益な移植片対腫瘍免疫効果を無効にすることなく、移植片対宿主病の発生率および重症度を減少させる。これらの知見は、マウスおよびヒトのＴＲｅｇが表現型および機能特性を共有しているという観察と共に、ヒト造血細胞移植に関連する合併症を減少させるためのこれらの細胞の使用に関する積極的な調査をもたらした。ＴＲｅｇとエフェクターＴ細胞の不均衡は、移植片対宿主病の発症に寄与するが、免疫調節の機序、特にＴＲｅｇの非自己認識特性、他の免疫細胞への効果および他の免疫細胞との相互作用、ならびに抑制活性の部位は十分理解されていない。
【０１２９】
ヒトと実験動物モデルの両方からの証拠を集めることは、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の発症におけるＴＲｅｇの関与を暗に示した。ＴＲｅｇが移植片対腫瘍（ＧＶＴ）活性からＧＶＨＤを分離することができることの実証は、ＧＶＴ効果に有害な結果を与えることなくＧＶＨＤを減少させるよう免疫抑制能を操作できることを示唆している。抑制機能を備えた種々のＴリンパ球が報告されているが、２つの最もよく特徴付けられたサブセットは、自然に発生する胸腺内産生ＴＲｅｇ（自然ＴＲｅｇ）と末梢で産生される適応ＴＲｅｇ（適応ＴＲｅｇ）である。したがって、本開示のＴレギトープ組成物は、移植プロセス中に寛容を誘導する方法に有用である。よって、態様では、本開示は、対象の移植プロセス中に寛容を誘導する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって移植プロセス中に寛容を誘導する方法に関する。
【０１３０】
寛容化剤としてのおよび自己免疫への適用．態様では、本開示のＴレギトープ組成物を、免疫原性化合物（タンパク質治療薬）のための寛容化剤として使用することができる（Ｗｅｂｅｒ  ＣＡら、（２００９）、Ａｄｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ、６１（１１）：９６５〜７６）。この発見は、タンパク質治療薬の設計に影響を及ぼす。よって、本開示のＴレギトープ組成物と合わせたモノクローナル抗体、自己サイトカイン、または外来タンパク質の投与は、有害なＴエフェクター免疫応答を抑制する。インビボでは、ＴＲｅｇは樹状細胞を通して作用して、自己反応性Ｔ細胞活性化を制限し、よって、エフェクター機能の分化および獲得を防ぐ。活性化病原性細胞の供給を制限することによって、ＴＲｅｇは自己免疫疾患の進行を防止または遅延させる。しかしながら、この防御機序は、おそらくは長期疾患経過におよぶＴＲｅｇ細胞の不足ならびに／あるいはＴＲｅｇ耐性病原性Ｔ細胞の発達および蓄積のために、自己免疫個体では不十分に見える。よって、これらの患者の自己寛容の回復には、進行中の組織傷害を制御する能力が増加したＴＲｅｇの注入と共に、病原性Ｔ細胞の浄化が必要となり得る。甲状腺炎およびインスリン依存性糖尿病などの臓器特異的自己免疫状態は、この寛容機序の崩壊に起因している（Ｍｕｄｄ  ＰＡら、（２００６）、Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、６４（３）：２１１〜８）。したがって、本開示のＴレギトープ組成物は、自己免疫を予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象の自己免疫を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象の自己免疫を予防または処置する方法に関する。
【０１３１】
糖尿病への適用．１型（若年性）糖尿病は、インスリン産生膵臓β細胞の破壊に起因する臓器特異的自己免疫疾患である。非糖尿病患者では、膵島細胞抗原特異的Ｔ細胞は胸腺発達時に削除される、または膵島細胞抗原に対するエフェクター反応を積極的に抑制するＴ制御性細胞に変換される。若年性糖尿病患者および若年性糖尿病のＮＯＤマウスモデルでは、これらの寛容機序が欠落している。これらの機序が存在しない場合、膵島細胞抗原がヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩおよびＩＩ分子によって提示され、ＣＤ８（＋）およびＣＤ４（＋）自己反応性Ｔ細胞によって認識される。これらの自己反応性細胞による膵島細胞の破壊は、最終的にはグルコース不耐性につながる。Ｔレギトープと膵島細胞抗原の同時投与は、内在性Ｔ制御性細胞の活性化および既存の抗原特異的エフェクターＴ細胞の制御性表現型への変換をもたらす。このようにして、有害な自己免疫応答がリダイレクトされ、抗原特異的適応寛容の誘導につながる。抗原特異的寛容の誘導による自己エピトープに対する自己免疫応答の調節により、進行中のβ細胞破壊を防ぐことができる。したがって、本開示のＴレギトープ組成物は、糖尿病を予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象の糖尿病を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象の糖尿病を予防または処置する方法に関する。
【０１３２】
Ｂ型肝炎（ＨＢＶ）感染への適用．慢性ＨＢＶは通常、獲得性である（母子感染により）、または成人での急性ＨＢＶ感染のまれな結果であり得る。慢性Ｂ型肝炎（ＣＨ−Ｂ）の急性増悪には、Ｂ型肝炎コアおよびｅ抗原（ＨＢｃＡｇ／ＨＢｅＡｇ）に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答の増加が伴う。近年の研究では、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ  Ｔ細胞エピトープマッピングシステムを使用して、ＨＢｃＡｇおよびＨｂｅＡｇからＭＨＣクラスＩＩ制限エピトープペプチドを予測した（Ｆｅｎｇ  ＩＣら、（２００７）、Ｊ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ、１４（１）：４３〜５７）。高スコアのペプチドを使用したＭＨＣクラスＩＩ四量体を構築し、ＴＲｅｇおよびＣＴＬ頻度を測定するために使用した。結果は、ＨＢｃＡｇに特異的なＴＲｅｇ細胞が、ＨＢｃＡｇペプチド特異的細胞傷害性Ｔ細胞の増加を伴う増悪中に減少することを示した。寛容段階中に、ＦＯＸｐ３発現ＴＲｅｇ細胞クローンを同定した。これらのデータは、ＨｂｃＡｇ  ＴＲｅｇ  Ｔ細胞の減少が慢性Ｂ型肝炎ウイルス感染の自然歴の自然増悪の原因であることを示唆している。したがって、本開示のＴレギトープ組成物は、ウイルス感染症を予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象のウイルス感染症（例えば、ＨＢＶ感染症）を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象の前記ウイルス感染症を予防または処置する方法に関する。
【０１３３】
ＳＬＥへの適用．全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）またはシェーグレン症候群で役割を果たすＴＲｅｇエピトープが定義されている。このペプチドは、スプライソソームタンパク質の残基１３１〜１５１（ＲＩＨＭＶＹＳＫＲＳＧＫＰＲＧＹＡＦＩＥＹ；配列番号６８）を含む。可溶性ＨＬＡクラスＩＩ分子との結合アッセイおよび分子モデリング実験により、エピトープが無差別エピトープとして挙動し、ヒトＤＲ分子の大きなパネルに結合することが示された。正常なＴ細胞および非ループス自己免疫患者のＴ細胞とは対照的に、ランダムに選択されたループス患者の４０％のＰＢＭＣが、ペプチド１３１〜１５１に反応して増殖するＴ細胞を含有していた。リガンドの変化によりＴ細胞の応答が変化し、このペプチドに応答するＴ細胞の集団がいくつか存在し、その中にＴＲｅｇ細胞があり得ることを示唆している。Ｔ制御性エピトープは、シェーグレン症候群でも定義されている。したがって、配列番号６８のＴレギトープと組み合わせて投与される本開示のＴレギトープ組成物は、ＳＬＥを予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象のＳＬＥを予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を配列番号６８のＴレギトープと組み合わせて投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象のＳＬＥを予防または処置する方法に関する。
【０１３４】
自己免疫性甲状腺炎への適用．自己免疫性甲状腺炎は、自己甲状腺ペルオキシダーゼおよび／またはサイログロブリンに対する抗体が生じ、甲状腺の濾胞が徐々に破壊されると起こる状態である。ＨＬＡ  ＤＲ５はこの疾患と密接に関連している。したがって、甲状腺ペルオキシダーゼおよび／またはサイログロブリンＴＳＨＲあるいはこれらの一部と組み合わせて投与される本開示のＴレギトープ組成物は、自己免疫性甲状腺炎を予防または処置する方法で有用である。よって、態様では、本開示は、対象の自己免疫性甲状腺炎を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物を甲状腺ペルオキシダーゼおよび／またはサイログロブリンＴＳＨＲあるいはこれらの一部と組み合わせて投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象の自己免疫性甲状腺炎を予防または処置する方法に関する。さらなる態様では、ＴＳＨＲもしくは他のグレーブス病抗原またはこれらの一部と組み合わせて投与される本開示のＴレギトープ組成物は、グレーブス病を予防または処置する方法で有用である。グレーブス病は、甲状腺機能亢進症または甲状腺からのホルモンの異常な強力放出をもたらす、自己甲状腺刺激ホルモン受容体（ＴＳＨＲ）に対する抗体を特徴とする自己免疫障害である。いくつかの遺伝因子がグレーブス病に対する感受性に影響を及ぼし得る。女性は男性よりもこの疾患にかかりやすい傾向があり；白人およびアジア人集団は黒人集団よりもリスクが高く、ＨＬＡ  ＤＲＢ１−０３０１がこの疾患と密接に関連している。よって、態様では、本開示は、対象のグレーブス病を予防または処置する方法であって、治療上有効量の（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキ��ラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物をＴＳＨＲもしくは他のグレーブス病抗原またはこれらの一部と組み合わせて投与するステップを含む方法、ならびに前記投与するステップによって対象のグレーブス病を予防または処置する方法に関する。
【０１３５】
Ｔレギトープ組成物を使用したＴ制御性細胞のエキソビボ拡大および／または刺激．態様では、本開示は、制御性Ｔ細胞を拡大するためのエキソビボ方法を提供する。一実施形態では、本発明は、生体試料の制御性Ｔ細胞を拡大する方法であって、（ａ）対象から生体試料を用意するステップと；（ｂ）生体試料から制御性Ｔ細胞を単離し；Ｔ制御性細胞の数が増加して、拡大した制御性Ｔ細胞をもたらす条件下で、単離した制御性Ｔ細胞を有効量の本開示のＴレギトープ組成物（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）と接触させて、それによって生体試料の制御性Ｔ細胞を拡大するステップとを含む方法を提供する。態様では、方法が、拡大された制御性Ｔ細胞を対象に投与するステップをさらに含む。態様では、拡大された制御性Ｔ細胞を投与される対象が、例えば拡大されたＴレギトープの自家移植によって、元の生体試料を得た個体と同じ個体である（Ｒｕｉｔｅｎｂｅｒｇ  ＪＪら、（２００６）、ＢＭＣ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、７：１１）。
【０１３６】
態様では、本開示は、生体試料の制御性Ｔ細胞を刺激するためのエキソビボ方法であって、（ａ）対象から生体試料を用意するステップと；（ｂ）生体試料から制御性Ｔ細胞を単し；Ｔ制御性細胞が１つまたは複数の生物学的機能を変化させるよう刺激される条件下で、単離した制御性Ｔ細胞を有効量の本開示のＴレギトープ組成物（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）と接触させて、それによって生体試料の制御性Ｔ細胞を刺激するステップとを含む方法を提供する。態様では、方法が、刺激された制御性Ｔ細胞を対象に投与するステップをさらに含む。態様では、刺激された制御性Ｔ細胞を投与される対象が、例えば拡大されたＴレギトープの自家移植によって、元の生体試料を得た個体と同じ個体である。
【０１３７】
Ｔレギトープ組成物を使用した抗原提示細胞のエキソビボパルシング．態様では、本開示は、生体試料の抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージ等）のためのエキソビボ方法であって、（ａ）対象から生体試料を用意するステップと；（ｂ）生体試料から抗原提示細胞を単離し；抗原提示細胞が１つまたは複数の生物学的機能を変化させる（例えば、Ｔレギトープを提示するおよび／または抗原提示細胞を免疫寛容原性に傾ける（態様では、このような免疫寛容原性状態を誘導するための抗原提示細胞のサイトカイン処置をさらに含むことができる）よう刺激される条件下で、単離した抗原提示細胞を有効量の本開示のＴレギトープ組成物（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）と接触させて、それによって生体試料の抗原提示細胞を刺激するステップとを含む方法を提供する。態様では、方法が、刺激された抗原提示細胞を対象に投与するステップをさらに含む。態様では、刺激された抗原提示細胞を投与される対象が、例えば刺激された抗原提示細胞の自家移植によって、元の生体試料を得た個体と同じ個体である。
【０１３８】
Ｔレギトープ組成物のインビトロ使用．態様では、本開示は、インビトロ試験および実験モデルでの制御性Ｔ細胞機能の試験における試薬としての、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）本開示のＴレギトープ組成物の使用を提供する。
【０１３９】
キット．本明細書に記載される方法は、例えば、本明細書に記載される医学的状態の症状または家族歴を示す対象を処置するための臨床設定で、好都合に使用することができる、（例えば、本明細書に開示される配列番号１〜１４の１つもしくは複数を含む、からなるもしくはから本質的になる配列を有するポリペプチド（本明細書では「Ｔｒｅｇ活性化制御性Ｔ細胞エピトープ」、「Ｔレギトープ」もしくは「Ｔ細胞エピトープポリペプチド」と呼ばれ得る）（態様では、ポリペプチドが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示される核酸、発現カセット、プラスミド、発現ベクター、組換えウイルスもしくは細胞（態様では、これらの全てが単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；本明細書に開示されるキメラもしくは融合ポリペプチド組成物（態様では、単離されていても、合成であっても、もしくは組換えであってもよい）；および／または本明細書に開示される医薬組成物もしくは製剤の１つまたは複数を含む）少なくとも１つの本開示のＴレギトープ組成物を含む予め包装されたキットを利用することによって実施することができる。一実施形態では、キットが、少なくとも１つの本開示のＴレギトープ組成物を使用して、本明細書に記載される医学的状態の症状または家族歴を示す対象を処置するための説明書をさらに含む。
【０１４０】
例示
以下の例は、少しも本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきでない。本開示に照らして、特許請求の範囲内の多数の実施形態が当業者に明らかであるだろう。
【０１４１】
（１）Ｔレギトープ組成物のインシリコ同定
Ｔ細胞は、ＭＨＣ（主要組織適合複合体）クラスＩＩ分子の状況で抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示されるエピトープを特異的に認識する。これらのヘルパーＴエピトープは、ＭＨＣクラスＩＩ結合溝に適合する７〜３０個の連続アミノ酸を含む直鎖状配列として表すことができる。いくつかのコンピュータアルゴリズムが開発され、種々の起源のタンパク質分子内のクラスＩＩエピトープを検出するために使用されている（Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳら、（１９９７）、ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ、１３（７）：５３９〜４１；Ｓｃｈａｆｅｒ  ＪＲら、（１９９８）、Ｖａｃｃｉｎｅ、１６（１９）：１８８０〜４；Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳら、（２００１）、Ｖａｃｃｉｎｅ、１９（３１）：４３８５〜９５；Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳら、（２００３）、Ｖａｃｃｉｎｅ、２１（２７〜３０）：４４８６〜５０４）。Ｔヘルパーエピトープのこれらの「インシリコ」予測は、ワクチンの設計および治療用タンパク質、すなわち抗体ベース薬物、Ｆｃ融合タンパク質、抗凝固剤、血液因子、骨形成タンパク質、改変タンパク質足場、酵素、成長因子、ホルモン、インターフェロン、インターロイキン、および血栓溶解薬の脱免疫化（ｄｅ−ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ）に首尾よく適用されてきた（Ｄｉｍｉｔｒｏｖ  ＤＳ、（２０１２）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ、８９９：１〜２６）。本発明の好ましい「治療用タンパク質」は、ヒト凝固第ＶＩＩ因子または第ＶＩＩＩ因子である。
【０１４２】
ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システム（ＥｐｉＶａｘ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）は、クラスＩおよびクラスＩＩ  ＨＬＡリガンドならびにＴ細胞エピトープを予測するのに有用なコンピュータプログラムにコードされた予測アルゴリズムのセットである。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムは、特定のアミノ酸（２０）とＨＬＡ分子内の結合位置（９）との間の相互作用をモデル化するために、２０×９係数行列を使用する。任意の所与の入力タンパク質内にある推定Ｔ細胞エピトープを同定するために、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムはまず、入力タンパク質を、各フレームが、最後で８アミノ酸重複する重複９ｍｅｒフレームのセットに構文解析する。次いで、ヒトＨＬＡ分子の１つまたは複数の一般的な対立遺伝子；典型的にはＤＲＢ１＊０１０１、ＤＲＢ１＊０３０１、ＤＲＢ１＊０４０１、ＤＲＢ１＊０７０１、ＤＲＢ１＊０８０１、ＤＲＢ１＊１１０１、ＤＲＢ１＊１３０１およびＤＲＢ１＊１５０１に対する予測親和性について、各フレームをスコアリングする（Ｍａｃｋら、（２０１３）、Ｔｉｓｓ  Ａｎｔｉｇ、８１（４）：１９４〜２０３）。手短に言えば、任意の所与の９ｍｅｒペプチドについて、特定のアミノ酸コード（２０の天然アミノ酸の各々について１つ）と相対結合位置（１〜９）を使用して、予測行列から係数を選択する。個々の係数を、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏによって最初に開発されたポケットプロファイル法（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｓｔｕｒｎｉｏｌｏ  Ｔら、１９９９、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ、１７（６）：５５５〜６１）に似ているが同一ではない独自開発の方法を使用して導出する。次いで、個々の係数を合計して生のスコアを生成する。次いで、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）生スコアを、ランダムに生成されたペプチド配列の非常に大きなセットから導出されたスコア分布に関して正規化する。結果として得られる「Ｚ」スコアは正規分布に従い、対立遺伝子間で直接比較可能である。
【０１４３】
ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）ペプチドスコアリング．ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）「Ｚ」スケールで１．６４を超えるペプチドスコア（任意の所与のペプチドセットのおよそ上位５％）が、予測されたＭＨＣ分子に結合する有意な可能性を有すると決定された。スケールで２．３２を超えるスコアのペプチド（上位１％）は、結合する可能性が極めて高い；公開されているほとんどのＴ細胞エピトープが、このスコア範囲内に入る。以前の研究では、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）が公開されたＭＨＣリガンドおよびＴ細胞エピトープを正確に予測することも実証されている（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｅ  Ｇｒｏｏｔ  ＡＳ、Ｍａｒｔｉｎ  Ｗ．Ｒｅｄｕｃｉｎｇ  ｒｉｓｋ，ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ  ｏｕｔｃｏｍｅｓ：ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｌｅｓｓ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００９年５月；１３１（２）：１８９〜２０１．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｌｉｍ．２００９．０１．００９．Ｅｐｕｂ  ２００９年３月６日）。
【０１４４】
無差別Ｔ細胞エピトープクラスターの同定．潜在的なＴ細胞エピトープは、タンパク質配列全体にランダムに分布するのではなく、「クラスター化」する傾向がある。Ｔ細胞エピトープ「クラスター」は、長さが９〜およそ３０アミノ酸に及び、複数の対立遺伝子に対する親和性および複数のフレームにわたる親和性を考慮して、４〜４０くらいの結合モチーフを含有する。エピトープマッピング後、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）として知られる独自開発のアルゴリズムを使用することによって、ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）アルゴリズムによって生成された結果セットをＴ細胞エピトープクラスターおよびＥｐｉＢａｒｓ（商標）の存在についてスクリーニングする。手短に言えば、分析される各９ｍｅｒペプチドのＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）スコアを集計し、統計学的に導出された閾値に対してチェックする。次いで、高スコアの９ｍｅｒを一度に１アミノ酸ずつ伸長する。次いで、伸長配列のスコアを再集計し、修正した閾値と比較する。提案された伸長がクラスターの全体的なスコアをもはや改善しなくなるまで、このプロセスを繰り返す。本試験で同定された１つまたは複数のＴレギトープは、Ｃｌｕｓｔｉｍｅｒ（商標）アルゴリズムによってＴ細胞エピトープクラスターとして同定された。これらは、相当数の推定Ｔ細胞エピトープとＥｐｉＢａｒｓ（商標）を含有しており、ＭＨＣ結合とＴ細胞反応性の高い可能性を示している。
【０１４５】
例１．Ｔレギトープ組成物の同定
血友病患者は、切断されたもしくは突然変異した第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）タンパク質を産生する、またはＦＶＩＩＩタンパク質をまったく産生しない。結果として、治療用ＦＶＩＩＩは、時として血友病を患っている患者の免疫系によって「異物」と認識され、ＦＶＩＩＩ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化と抗ＦＶＩＩＩ抗体の発達をもたらす。この「抗薬物抗体」応答は、組換えＦＶＩＩＩで処置された血友病Ａ患者の２５〜３０％で発生し、罹患率を増加させ、生活の質を低下させる（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｗａｔｅｒｓ  ＢおよびＬｉｌｌｉｃｒａｐ  Ｄ、（２００９）、Ｊ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｈａｅｍｏｓｔ、７（９）：１４４６〜５６）。
【０１４６】
ＦＶＩＩＩおよび第Ｖ因子（ＦＶ）は、凝固カスケードにおけるタンパク質分解活性化の補因子である相同糖タンパク質である。これらは（Ａ１−Ａ２−Ｂ−Ａ３−Ｃ１−Ｃ２）の保存されたドメイン構造を共有し、ＡおよびＣドメインで３５％のアミノ酸同一性も共有する（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｐｉｐｅ  ＳＷら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ、２７３（１４）：８５３７〜４４）。ＦＶのアミノ酸配列に存在する制御性Ｔ細胞エピトープ（Ｔレギトープ）を認識する制御性Ｔ細胞（ＴＲｅｇ）は、ＦＶＩＩＩのアミノ酸配列に存在する相同な制御性Ｔ細胞エピトープと交差反応する。ＦＶに由来するＴレギトープは、特にＦＶＩＩＩ欠損血友病患者において、ＦＶＩＩＩを標的とする抗治療免疫応答を抑制する目的に有用となり得る。
【０１４７】
９ｍｅｒペプチドはＦＶに存在し、これはＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１５０１（血友病の既知の危険因子）に対するリガンドであり、ＦＶＩＩＩに存在する相同配列に関連し得る、但し、前記ＦＶＩＩＩ由来ホモログもＤＲＢ１＊１５０１に対する推定リガンドであり、これらのペプチドに存在する５つのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）接触残基（相対位置２、３、５、７および８）のうち少なくとも４つがＦＶ由来推定エピトープ間で共有されており、そのＦＶＩＩＩ由来ホモログを同定した。ヒトＦＶの完全なアミノ酸配列（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託：ＮＰ＿０００１２１．２）を重複９ｍｅｒフレームに構文解析し、前記のようにＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムを使用してスコアリングした。ヒトＦＶＩＩＩの完全なアミノ酸配列（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託：ＮＰ＿０００１２３．１）を重複９ｍｅｒフレームに構文解析し、前記のようにＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）システムを使用してスコアリングした。
【０１４８】
特注のコンピュータプログラムを使用して、ＦＶＩＩＩに由来する推定ＤＲＢ１＊１５０１リガンドのセットに対してＦＶに由来する推定ＤＲＢ１＊１５０１リガンドをスクリーニングした。ＦＶで同定された推定エピトープのうちの１０が、ＦＶＩＩＩのＴＣＲホモログと一致した。次いで、ＦＶ由来リガンドとそのＦＶＩＩＩ由来のホモログの各々を、実験セットに存在する検証済みのエピトープを同定するために、従来手段によって免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ）（国立アレルギー感染症研究所（ＮＩＡＩＤ）、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ）に対してスクリーニングした。インシリコ分析の結果を図２０に示す。ＦＶ由来ペプチドまたはＦＶＩＩＩ由来ホモログに存在するＰ１結合アンカーが乏しいため、３つのペプチドをさらなる検討から除外した：配列番号３、ＦＶ９３２（配列番号３２および伸長ペプチド配列番号３３）、およびＦＶ  ２１８８（配列番号５０および伸長ペプチド配列番号５１）。ＦＶおよび／またはＦＶＩＩＩのマウスバージョン内の保存が低く、動物ベースのモデルでの使用に問題があることを示唆しているので、２つの追加のペプチドを排除した：ＦＶ  １７９（配列番号１６および伸長ペプチド配列番号１７）およびＦＶ  ２１３０（配列番号４６および伸長ペプチド配列番号４７）。以前に選択されたペプチドＦＶ  ４３５（配列番号３および伸長ペプチド配列番号１０）との密接な相同性のために、ペプチドＦＶ  １６６０（配列番号３６および伸長ペプチド配列番号３７）を排除した。残っている４つのペプチドを、さらなる試験のために選択した。ペプチドリガンドとクラスＩＩ  ＨＬＡとの間の高い親和性結合を確保するために、９ｍｅｒペプチドを伸長して、少なくとも２〜３アミノ酸長のｎおよびｃ末端「隣接」を含めなければならない。４つのペプチドの各々のｎ末端およびｃ末端隣接への３つのアミノ酸を、さらなる分析のために選択した。合成されたペプチドを、配列番号１（ＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫ）；配列番号２（ＩＨＳＩＨＦＳＧＨＶＦＴＶＲＫ）；配列番号３（ＫＩＶＦＫＮＭＡＳＲＰＹＳＩＹ）；配列番号５（ＥＳＮＩＭＳＴＩＮＧＹＶＰＥＳ）；および配列番号：７（ＳＨＥＦＨＡＩＮＧＭＩＹＳＬＰ）と呼ぶ。
【０１４９】
第２の分析では、５つのＴＣＲ接触位置全てで一致するＦＶ−ＦＶＩＩＩペプチドペアを同定した。ＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１５０１についての高ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）Ｚスコアは必要でなかった。唯一の要件は、所与のペアの両ペプチドが、少なくとも１つの一致したＤＲＢ１対立遺伝子についてのスコアが高いことであった。戻されたペプチドセットを図２１に示す。この分析に基づいて、２つの追加のペプチドをさらなる試験のために選択した：配列番号４（ＦＡＶＦＤＥＮＫＳＷＹＬＥＤＮ）および配列番号６（ＥＫＤＩＨＳＧＬＩＧＰＬＬＩ）。
【０１５０】
（２）可溶性ＭＨＣへのＴレギトープ結合を評価する方法．
ペプチドの合成．本発明のＴレギトープは、直接化学合成または組換え法によって製造することができる（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｊ  Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、（第２版、１９８９）、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（出版））。試料Ｔレギトープは、Ｆｍｏｃ化学（９−フルオロニルメトキシカルボニル合成を使用して、２１ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ（Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ、マサチューセッツ州）の本発明の発明者らの指導および指示の下で調製した。一定の態様では、Ｔレギトープをｎ末端アセチルおよびｃ末端アミノ基でキャッピングした。選択されたＴレギトープのＨＰＬＣ、質量分析、およびＵＶスキャン（それぞれ純度、質量およびスペクトルを保証する）分析により、８０％超の純度が示された。
【０１５１】
配列番号１  ＩＬＴＩＨＦＴＧＨＳＦＩＹＧＫのアミノ酸分析は、第三者請契約者（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｐｅｐｔｉｄｅ，Ｉｎｃ．、Ｇａｒｄｎｅｒ、ＭＡ）が実施し、予測される組成を確認した（データは示さず）。
【０１５２】
質量スペクトルおよび分析ＨＰＬＣ分析は、第２の独立契約者（２１Ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）が実施し、Ｔレギトープの組成をさらに確認した（データは示さず）。
【０１５３】
ＨＬＡ結合アッセイ．ＥｐｉＶａｘ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）で結合活性を分析した。使用した結合アッセイ（Ｓｔｅｅｒｅ  ＡＣら、（２００６）、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ、２００３（４）：９６１〜７１）は、ペプチド−ＭＨＣ親和性の間接的尺度をもたらした。可溶性ＨＬＡ分子を、非標識実験Ｔレギトープおよび標識対照ペプチドと共に９６ウェルプレートにローディングした。いったん結合混合物が安定した平衡に達したら（２４時間）、ＨＬＡ−Ｔレギトープ複合体を抗ヒトＤＲ抗体でコーティングしたＥＬＩＳＡプレートに捕捉させ、標識用のユーロピウム結合プローブ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）で検出した。結合した標識対照ペプチドを測定する時間分解蛍光は、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ（登録商標）Ｍ５ユニット（Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ、Ｒａｄｎｏｒ、ＰＡ）によって評価する。実験Ｔレギトープの結合を、標識対照ペプチドの％阻害として表した（実験蛍光／対照蛍光×１００）。各実験Ｔレギトープについての％阻害値（一定範囲のモル濃度にわたる）を使用して、標識対照Ｔレギトープの特異的結合の５０％を阻害する濃度、すなわちＴレギトープのＩＣ５０を計算した。
【０１５４】
実験ＴレギトープをＤＭＳＯに溶媒和した。次いで、希釈Ｔレギトープを水性緩衝溶液中結合試薬と混合し、１０００００ｎＭ〜１００ｎＭの範囲の最終濃度を得た。次いで、Ｔレギトープを５つの一般的なクラスＩＩ  ＨＬＡ対立遺伝子のパネルに対してアッセイした：ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０１０１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０３０１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０７０１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１１０１およびＨＬＡ−ＤＲＢ１＊１５０１。各濃度での標識対照ペプチドの％阻害から、線形回帰分析を使用して、各Ｔレギトープ／対立遺伝子の組み合わせについてＩＣ５０値を導出した。
【０１５５】
このアッセイでは、実験Ｔレギトープは、１００ｎＭ以下の濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合、非常に高い親和性で結合し、１００ｎＭ〜１０００ｎＭの濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合、高い親和性で結合し、１０００ｎＭ〜１００００ｎＭの濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する場合、中程度の親和性で結合すると見なされる。低親和性ペプチドは、１００００ｎＭ〜１０００００ｎＭの濃度で対照ペプチド結合の５０％を阻害する。１０００００ｎＭ未満の濃度で対照ペプチド結合の少なくとも５０％を阻害できず、用量反応を示さないペプチドは、非結合性物質（ｎｏｎ−ｂｉｎｄｅｒ）（ＮＢ）と見なされる。
【０１５６】
例２．ＨＬＡクラスＩＩ分子への結合によるペプチド特性評価
可溶性ＭＨＣ結合アッセイを、前記方法に従って本発明のＴレギトープで実施した。ＩＣ５０値（ｎＭ）は、６点阻害曲線から導出した。結合アッセイで使用した合成Ｔレギトープのリストを表１に示す。図１Ａ〜図１Ｃは、選択されたクラスＩＩ  ＨＬＡ対立遺伝子に対する一定のＴレギトープの結合曲線を示す。図１ＡはＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０１０１アッセイの結果を要約し、図１ＢはＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０３０１アッセイの結果を要約している。図１Ｃは選択されたＦＶペプチドのＨＬＡ  ＤＲＢ１＊０７０１アッセイの結果を要約し、図１Ｄは選択されたＦＶペプチドのＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１１０１アッセイの結果を要約し、図１ＥはＨＬＡ  ＤＲＢ１＊１５０１の結果を報告している。
【０１５７】
【表１】
2021503276.tif 000003
【０１５８】
ＨＬＡ結合結果の要約を図２５に示す。ＥｐｉＭａｔｒｉｘ（商標）予測、計算ＩＣ５０値、および結果の分類を、各ＴレギトープおよびＨＬＡ対立遺伝子について報告する。ＦＶとＦＶＩＩＩとの間で交差反応性があると予測されるＴレギトープ−対立遺伝子の組み合わせを示す。これらのＴレギトープ−対立遺伝子相互作用のうち、１４／１６はＨＬＡに結合することが示されており、これらのＴレギトープがヒトＰＢＭＣアッセイで測定可能な応答を生成することを示している。これらの所見に基づいて、４つのＴレギトープをさらなる試験のために選択した：配列番号３、配列番号５、配列番号１および配列番号７。Ｔレギトープ配列番号４および配列番号６は、それらの高度に制限されたＨＬＡ結合プロファイルのために取っておいた。
【０１５９】
（３）ペプチド曝露ＡＰＣの表現型を評価する方法
プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）によるクラスＩＩ  ＨＬＡ（ＨＬＡ−ＤＲ）およびＣＤ８６の表面発現は、ＡＰＣがＴ細胞応答を調節する１つの方法である。クラスＩＩ  ＨＬＡ表面マーカーの発現は、Ｔレギトープ、特に対照Ｔレギトープ１６７（２１ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）に応答して下方制御される。さらに、表面マーカーＣＤ８６の発現低下は、ＴＲｅｇ機能増強と正の相関がある（Ｚｈｅｎｇ  Ｙら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００４、１７２（５）：２７７８〜８４）。このアッセイでは、選択されたＴレギトープを含む候補Ｔレギトープを、プロフェッショナルＡＰＣ、特に樹状細胞の表面上のクラスＩＩ  ＨＬＡおよび同時刺激分子ＣＤ８６の発現を下方制御する能力について試験した。
【０１６０】
さらなるテストのために選択された４つのＴレギトープの各々を、ＥｐｉＶａｘ（ＥｐｉＶａｘ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）で以前開発された独自開発のＡＰＣ表現型アッセイを使用して、制御可能性について個別に試験した。以前に収穫し、凍結したＰＢＭＣを解凍し、従来手段によってｃｈＲＰＭＩに懸濁した。ＥｐｉＶａｘの発明者の指示および指導の下、Ｈａｒｔｆｏｒｄ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｈａｒｔｆｏｒｄ、Ｃｏｎｎｅｃｔｉｃｕｔ）がＥｐｉＶａｘに提供した細胞材料の小さな抽出試料でＨＬＡ分類を実施した。アッセイ０日目に、０．５ｘ１０６個の細胞を抽出し、表面マーカーＣＤ１１ｃ（樹状細胞に特異的なマーカー）の存在についてスクリーニングし、フローサイトメトリーによって表面マーカーＨＬＡ−ＤＲおよびＣＤ８６の存在について分析した。残っている細胞を蒔き（ｃｈＲＰＭＩ＋８００ｕｌ培地中１ｍｌ当たり４．０ｘ１０６個細胞）、選択された４つのペプチドの１つまたは緩衝液のみ（陰性対照）、Ｔレギトープ１６７（陽性対照、配列番号１５）（２１ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）、Ｆｌｕ−ＨＡ  ３０６−３１８（陰性対照）（２１ＳＴ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）およびＯｖａ  ３２３−３３９（陰性対照）（２１ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）を含む陽性および陰性対照の１つで刺激した（５０μｇ／ｍＬ）。蒔いた細胞を３７℃で７日間インキュベートした。アッセイ７日目に、インキュベートした細胞を表面マーカーＣＤ１１ｃの存在についてフローサイトメトリーによってスクリーニングした。次いで、ＣＤ１１ｃ陽性細胞を、表面マーカーＨＬＡ−ＤＲおよびＣＤ８６の存在について分析した。実験ペプチドを、５人の異なるヒトドナーから採取した試料で試験した。
【０１６１】
２０１５年３月より前は、実験で使用した全血試料は全て、ＩＲＢ  ０７１１５プロトコル（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ、ＲＩ）の下で健康なドナーから供給された。白血球は、従来のフィコール分離勾配（Ｎｏｂｌｅ  ＰＢおよびＣｕｔｔｓ  ＪＨ、Ｃａｎ  Ｖｅｔ  Ｊ、１９６７、８（５）：１１０〜１１）を使用して単離した。２０１５年４月以降は、白血球除去フィルターを  Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）から入手して、健康なドナーから入手した全血から白血球を濾過した。全血をフィルターに通した後、フィルターを反対方向に流し、収集した白血球をフィルターから押し出した。次いで、従来のフィコール分離勾配を使用して白血球を単離した。収集した白血球はその後、さらなる使用のために凍結した。アッセイでの使用に必要な場合、凍結白血球を従来の方法を使用して解凍した。以下で論じられるＧｖＨＤ試験では、ＰＢＭＣをＨｅｍａＣａｒｅ、Ｖａｎ  Ｎｕｙｓ、ＣＡから入手し、実験をＬｉｆｅｓｐａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）で実施した。
【０１６２】
樹状細胞の表現型に対する推定Ｔレギトープへの曝露を複数の手段によって測定した。最初に、各実験条件について、ＣＤ１１ｃとＨＬＡ−ＤＲの対照的な表面発現であるドットプロットを作成した（図４）。全ての対照ペプチドおよび実験ペプチドに曝露した細胞のドットプロットを、培養培地のみに曝露した対照細胞から生成されたドットプロットに重ねた。オーバーレイは、Ｔレギトープで刺激されたＣＤ１１ｃ−高細胞と刺激されていないＣＤ１１ｃ−高細胞との間のＨＬＡ−ＤＲ分布のシフトを視覚的に観察するために有効な方法を提供した（図２Ａ参照、配列番号１５（Ｔレギトープ１６７、濃い灰色）および培地対照（薄い灰色）についてのＨＬＡ−ＤＲ／ＣＤ１１ｃドットプロットのオーバーレイは、観察されるＨＬＡ−ＤＲ発現のシフトを強調することを示す）。観察されたＨＬＡ−ＤＲの分布のシフトを定性的尺度として報告した。次に、各ドットプロットのＣＤ１１ｃ−高セグメントについてのＨＬＡ−ＤＲ発現の強度の変化を、図２Ｂの式を使用して計算した。ＨＬＡ−ＤＲ発現強度の％変化は、ペプチド曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ発現の平均蛍光指数（ＭＦＩ）−培地曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ発現のＭＦＩを培地曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ発現のＭＦＩで割ったものの１００倍（ＨＬＡ−ＤＲＭＦＩペプチド−ＨＬＡ−ＤＲＭＦＩ培地／ＨＬＡ−ＤＲＭＦＩ培地＊１００）に等しい。図２Ｃは、各ペプチド刺激剤についてのＨＬＡ−ＤＲ  ＭＦＩの％Δを示す棒グラフである。次に、ＣＤ１１ｃ高集団中に存在するＨＬＡ−ＤＲ−低細胞の割合の％変化を、培地対照と比較して各ペプチドについて計算した（図３Ａ〜図３Ｃ）。ＨＬＡ−ＤＲ−低細胞の割合の％変化は、図３Ｃの式を使用して計算され、ペプチド曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ−低の％−培地曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ−低の％を培地曝露細胞についてのＨＬＡ−ＤＲ−低の％で割ったものの１００倍（ＨＬＡ−ＤＲ−低％ペプチド−ＨＬＡ−ＤＲ−低％培地／ＨＬＡ−ＤＲ−低％培地＊１００）に等しい。このアッセイでは、観察されたＨＬＡ−ＤＲ  ＭＦＩの負の変化とＣＤ１１ｃ−高集団に存在するＨＬＡ−ＤＲ−低細胞の割合の正の変化が、ＨＬＡの発現低下と制御性ＡＰＣ表現型へのシフトを示した。図３Ａは、配列番号１５（対照として使用され、式ＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱを有するＴレギトープ１６７）および培地対照についてのＨＬＡ−ＤＲ対ＣＤ１１ｃのプロットである。図３Ｂは、ビヒクルが培地である場合のＨＬＡ＋およびＨＬＡ−各ペプチド刺激剤の％をプロットする棒グラフである。
【０１６３】
同様の方法を使用して、ＣＤ８６；Ｔ細胞活性化を促進することが知られている同時刺激分子の表面発現に対するＴレギトープ曝露の影響を評価した。最初に、各実験条件について、ＣＤ１１ｃとＣＤ８６の対照的な表面発現であるドットプロットを作成した（図５）。全ての対照ペプチドおよび実験Ｔレギトープに曝露した細胞のドットプロットを、培養培地のみに曝露した対照細胞から生成されたドットプロットに重ねた。オーバーレイは、Ｔレギトープ刺激ＣＤ１１ｃ−高細胞と非刺激ＣＤ１１ｃ−高細胞との間のＣＤ８６分布のシフトを視覚的に観察するために有効な方法を提供した（データは示さない）。観察されたＣＤ８６の分布のシフトを定性的尺度として報告した。次に、各ドットプロットのＣＤ１１ｃ−高セグメントについてのＣＤ８６−高発現の強度の変化を計算した。ＣＤ８６−高発現強度の％変化は、ペプチド曝露細胞についてのＣＤ８６発現の平均蛍光指数（ＭＦＩ）−培地曝露細胞についてのＣＤ８６−高発現のＭＦＩを培地曝露細胞についてのＣＤ８６発現のＭＦＩで割ったものの１００倍（ＣＤ８６−高ＭＦＩペプチド−ＣＤ８６−高ＭＦＩ培地／ＣＤ８６−高ＭＦＩ培地＊１００）に等しい（データは示さない）。次に、ＣＤ１１ｃ高集団中に存在するＣＤ８６−低細胞の割合の％変化を計算した。ＣＤ８６−高細胞の割合の％変化は、ペプチド曝露細胞についてのＣＤ８６−高の％−培地曝露細胞についてのＣＤ８６−高の％を培地曝露細胞についてのＣＤ８６−高の％で割ったものの１００倍（ＣＤ８６−低％Ｉペプチド−ＣＤ８６−低％培地／ＣＤ８６−低％培地＊１００）に等しい。このアッセイでは、観察されたＣＤ８６  ＭＦＩの負の変化とＣＤ１１ｃ−高集団に存在するＣＤ８６−低細胞の割合の正の変化が、ＣＤ８６の発現低下と制御性ＡＰＣ表現型へのシフトを示した。
【０１６４】
例３．ペプチド曝露ＡＰＣの特性評価
樹状細胞表現型分析を、前記方法に従って、選択されたＴレギトープで実施した。５人のヒトドナーの各々で試験した各実験条件に対応するドットプロットを図４および図５に示す。
【０１６５】
図４は、種々のペプチド刺激剤の存在下での５人のドナーにわたるアッセイ７日目に分析されたＣＤ１１対ＨＬＡ−ＤＲの表面発現を表す一連のドットプロットである。ＣＤ１１ｃ＋／ＨＬＡ−ＤＲ＋集団の下方移動（図４の右上象限）は、獲得制御性表現型を示す培地対照と比較して、配列番号１で処置された試料で明らかであった。Ｔレギトープ１６７（配列番号１５、陽性対照）および他のＦＶペプチドの一部が同様に応答したが、観察されたシフトは配列番号１でより顕著である。
【０１６６】
図５は、種々のペプチド刺激剤の存在下での５人のドナーにわたるアッセイ７日目に分析されたＣＤ１１ｃ対ＣＤ８６の表面発現を表す一連のドットプロットである。培地対照と比較した場合、配列番号１で処置された試料に存在するＣＤ８６低細胞の増加は、獲得制御性表現型へのシフトを示した。図２２は、前記樹状細胞表現型分析を通して得られた結果を要約している。図２２に提示されるように、請求されるＴレギトープ配列番号１への曝露は、試験した５人の対象全てでＨＬＡ−ＤＲの発現を低下させた。さらに、５人の対象のうち４人で、Ｔレギトープ配列番号１への曝露によって、ＣＤ１１ｃ−高コホート中に存在するＣＤ８６−低の％が増加した。両傾向は、獲得制御性表現型へのシフトを示した。
【０１６７】
（４）制御性Ｔ細胞の増殖に対するペプチド効果を評価する方法
ＥｐｉＶａｘ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）によって実施された以前の研究は、陽性対照Ｔレギトープ１６７（配列番号１５、２１ｓｔ  Ｃｅｎｔｕｒｙ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｍａｒｌｂｏｒｏ、ＭＡ）を含む既知のＴレギトープへの曝露後の制御性Ｔ細胞の増殖の増加を示した。このアッセイでは、本開示のＴレギトープを含む候補Ｔレギトープを、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋制御性Ｔ細胞間で増殖を誘導する能力について試験した。以前に収穫し、凍結したＰＢＭＣを解凍し、従来手段によって条件ｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６個細胞／ｍＬ）に懸濁した。細胞をＣＦＳＥ（カタログ番号：６５−０８５０−８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ））で染色し、１ウェル当たり３０００００個の細胞で蒔いた。プレートを一晩（５％ＣＯ２中３７℃）インキュベートした。アッセイ１日目に、配列番号１および配列番号３（対照ペプチド）を滅菌ＤＭＳＯで再構成し、２０ｍｇ／ｍＬの最終ストック濃度を得た。ＥｐｉＶａｘ（ＥｐｉＶａｘ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）で実施された以前の滴定実験は、０．５μｇ／ｍｌ破傷風トキソイド（ＴＴ）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ）による刺激が、健康な対照ドナー（Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）から採取されたＰＢＭＣで、測定可能なＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞応答を誘発することを確立した。破傷風トキソイドストック（１００μｇ／ｍＬ）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ，Ｂｏｔｈｅｌｌ，ＷＡ）を条件ｃｈＲＰＭＩで希釈し、１ｕｇ／ｍＬの使用濃度を得た。次いで、蒔いた細胞を、１００μＬの条件ｃｈＲＰＭＩ（陰性対照）、１００μＬの破傷風トキソイド溶液（陽性対照）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ）、２９９１μＬ破傷風トキソイド溶液＋９μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌ、２９９７μＬの破傷風トキソイド溶液＋３μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌ、または６９９８．２μＬの破傷風トキソイド溶液＋１．８μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌで刺激した。並行して、同数の同じ細胞含む対照ウェルを、配列番号１について記載されるように調製した配列番号３ペプチド溶液と共にインキュベートした。次いで、全てのプレートをさらに６日間インキュベートした。アッセイ５日目に、各ウェルから１００μＬの上清を除去し、新たな条件ｃｈＲＰＭＩと交換した。
【０１６８】
ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、グランザイムＢのレベル上昇および増殖を示す高度に活性化された制御性Ｔ細胞を選択した。ＣＤ４＋Ｔ細胞が、ＣＤ２５、グランザイムＢ、ＦｏｘＰ３の上昇、および低ＣＦＳＥ（増殖）に対してゲーティングされる、高度に活性化された制御性Ｔ細胞のゲーティング戦略を図６Ａ〜図６Ｂに示す（ドナー１５７を使用した代表的な結果を示す）。図６ＡはＴＴを添加していない代表的なアッセイの結果を示し、図６Ｂは０．５μｇ／ｍｌのＴＴを使用した代表的なアッセイの結果を示している。
【０１６９】
例４．配列番号１は、高度に増殖性の活性化制御性Ｔ細胞の集団を強力に誘導する
制御性Ｔ細胞増殖アッセイを、前記方法に従って本開示のＴレギトープで実施した。図７に示されるように、高度に活性化されたグランザイムＢ陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ２５＋グランザイムＢ＋）のゲーティング（図６Ａ〜図６Ｂに示される）が、これらのサブセットが高度増殖性制御性Ｔ細胞（ＣＦＳＥ低ＦｏｘＰ３＋）で構成されることを示している。配列番号１はこの集団の相対的割合を増加させるが、配列番号３は有意な効果をもたらさない。図のデータは、ドナー１３５に対応する。高度に活性化されたグランザイムＢ陽性制御性Ｔ細胞のこの集団の増加は、複数のドナーにわたって本開示の様々なＴレギトープによって示されるエフェクターＴ細胞阻害の程度と密接に相関しており（図１７Ａ〜図１７Ｂ）、本開示のＴレギトープがエフェクターＣＤ４＋細胞に対する阻害効果を有する場合にのみ相対数が顕著に増加する。これは、配列番号１の阻害機序における細胞傷害性制御性Ｔ細胞の関与を示唆している。全体として、このデータは、配列番号１が、グランザイムＢに富む高度に増殖性の活性化制御性Ｔ細胞の集団を強力に誘導することを示している。
【０１７０】
（５）ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の増殖に対するペプチド効果を評価する方法
ＰＢＭＣ細胞集団内に含有されるＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞を、既知のＴ細胞エピトープによる刺激に応答して増殖するように誘導することができる。ＥｐｉＶａｘ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）は、配列番号１が複数のＨＬＡ分子に結合すること、および配列番号１が曝露ＡＰＣ（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ、ＲＩ）で制御性表現型を誘導することができることを示した。競合的阻害ＨＬＡ結合アッセイの結果は、ペプチド−ＭＨＣ親和性の間接的尺度を提供する（全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｓｔｅｅｒｅ  ＡＣら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ、（２００６）、２０３（４）：９６１〜７１）。実験Ｔレギトープの結合を、標識対照ペプチドの％阻害として表す（実験蛍光／対照蛍光×１００）。各実験Ｔレギトープについての％阻害値（一定範囲のモル濃度にわたる）を使用して、標識対照ペプチドの特異的結合の５０％を阻害する濃度を計算する。この値をＩＣ５０と呼ぶ。図２３は複数のＨＬＡクラスＩＩ型にわたる配列番号１に対する高い結合親和性を示す、５つのＨＬＡ−ＤＲ１型にわたる配列番号１のＨＬＡ結合結果を示し、表３はＩＣ５０を示す。
【表３】
2021503276.tif 000004
【０１７１】
この実験の目的は、直接的（ＴＲｅｇの会合と活性化）または間接的（ＡＰＣ表現型の調節）のいずれかによって抗原刺激ＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞の増殖を抑制する配列番号１の能力を確立することであった。最初の試験では、配列番号３を陰性対照として使用した（図９〜図１１）。その後の試験では、配列番号１の性能を、そのＦＶＩＩＩ由来ホモログである配列番号２と比較した（図１３）。
【０１７２】
以前に収穫し、凍結したＰＢＭＣを解凍し、従来手段によって条件ｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６個細胞／ｍＬ）に懸濁した。細胞をＣＦＳＥ（カタログ番号：６５−０８５０−８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ））で染色し、１ウェル当たり３０００００個の細胞で蒔いた。プレートを一晩（５％ＣＯ２中３７℃）インキュベートした。アッセイ１日目に、配列番号１および配列番号３（対照ペプチド）を滅菌ＤＭＳＯで再構成し、２０ｍｇ／ｍＬの最終ストック濃度を得た。ＥｐｉＶａｘ（ＥｐｉＶａｘ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ）で実施された以前の滴定実験は、０．５μｇ／ｍｌ破傷風トキソイド（ＴＴ）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ）による刺激が、健康な対照ドナー（Ｒｈｏｄｅ  Ｉｓｌａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）から採取されたＰＢＭＣで、測定可能なＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞応答を誘発することを確立した。破傷風トキソイドストック（１００μｇ／ｍＬ）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ，Ｂｏｔｈｅｌｌ，ＷＡ）を条件ｃｈＲＰＭＩで希釈し、１ｕｇ／ｍＬの使用濃度を得た。次いで、蒔いた細胞を、１００μＬの条件ｃｈＲＰＭＩ（陰性対照）、１００μＬの破傷風トキソイド溶液（陽性対照）（Ａｓｔａｒｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｂｏｔｈｅｌｌ、ＷＡ）、２９９１μＬ破傷風トキソイド溶液＋９μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌ、２９９７μＬの破傷風トキソイド溶液＋３μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌ、または６９９８．２μＬの破傷風トキソイド溶液＋１．８μＬの配列番号１溶液の希釈液１００μｌで刺激した。並行して、同数の同じ細胞含む対照ウェルを、配列番号１について記載されるように調製した配列番号３ペプチド溶液と共にインキュベートした。次いで、全てのプレートをさらに６日間インキュベートした。アッセイ５日目に、各ウェルから１００μＬの上清を除去し、新たな条件ｃｈＲＰＭＩと交換した。
【０１７３】
アッセイ７日目に、細胞をインキュベーションから取り出した。細胞を、生／死判別、表面マーカーＣＤ１２７、ＣＣＲ７、ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＡおよびＣＤ２５、ならびに細胞内ＦｏｘＰ３について標識した。染色細胞を、従来の手段によるＦＡＣＳ分析のためにさらに調製した。細胞を最初にゲーティングして凝集体および死細胞を除去した。生細胞をＣＤ４  Ｔ細胞についてゲーティングし、その後の分析は全てこの集団で行った。活性化Ｔエフェクター集団を、ＣＤ４＋／ＣＤ２５−高／ＦｏｘＰ３−中（ＣＤ４＋／ＣＤ２５ｈｉ／ＦｏｘＰ３ｉｎｔ）として同定した（図８Ａ）。この同定されたＴエフェクター細胞集団の並行分析では、この主要な集団の増殖がＣＤ４５ＲＡ低およびＣＣＲ７低エフェクターメモリーＴ細胞にも対応することが示された：
図２４Ａ〜図２４Ｄは、バイスタンダー抑制アッセイに使用されるゲーティング戦略を示しており、ＴＴによって刺激されたＣＤ４  Ｔ細胞の制御性マーカーおよび活性化マーカーを強調し、主要な増殖集団がＴエフェクターメモリー表現型（ＣＤ４５ＲＡ−低／ＣＣＲ７−低）に対応することを示している。
【０１７４】
ＣＤ４＋／ＣＤ２５−高（ＣＤ４＋／ＣＤ２５ｈｉ）Ｔ細胞の増殖を、ＣＦＳＥ染色（カタログ番号：６５−０８５０−８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）の希釈およびＣＦＳＥ−低（ＣＦＳＥｌｏ）集団によって決定される％増殖から推定した（図８Ｂ）。
【０１７５】
例５Ａ．ペプチド配列番号１はＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の増殖および活性化を抑制した。
増殖刺激剤（破傷風トキソイド）を配列番号１と共送達した場合のＣＤ４＋エフェクター細胞の活性化（図９）および増殖（図１０）の変化を測定し、主にＴエフェクターメモリー細胞で構成されるＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖反応を特徴付けた。
【０１７６】
Ｔ細胞増殖アッセイを、前記方法に従って本開示のＴレギトープで実施した。活性化および増殖について試験した各実験条件に対応するドットプロットを、それぞれ図９および図１０に示す。図９は、ドナー１１４において、ペプチド配列番号１が、破傷風トキソイドに反応する活性化エフェクターＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ４＋／ＣＤ２５−高／ＦｏｘＰ３−中、ＣＤ４＋／ＣＤ２５ｈｉ／ＦｏｘＰ３ｉｎｔとして示される）の集団を用量依存的に強力に抑制し（図９、下列）、対照ペプチド配列番号３が認識できる効果を有さなかった（図９、上列）ことを示している。同じ実験で、ペプチド配列番号１によって活性化された総ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＦＳＥ低細胞、図１０中、ＣＦＳＥｌｏとして示される）の増殖は、ペプチド配列番号１によって用量依存的に強力に抑制された（図１０、下列）が、対照ペプチド配列番号３は効果がほとんどなかった（図１０、上列）。図１８は、破傷風トキソイドが活性化（ＣＤ２５高）ＣＤ４  Ｔ細胞の集団を刺激して増殖させ（ＣＦＳＥ低）、活性化細胞のおよそ９０％も増殖していることを示している（データは示さない）。高度に活性化された細胞のこの集団は、配列番号１（ＦＶ６２１として示される）によって用量依存的に積極的に抑制され（図１８、上列）、配列番号３（ＦＶ４３２として示される）は活性化ＣＤ４細胞に対する有意な阻害効果を示さない（図１８、下列）。
【０１７７】
さらに、ＣＤ４＋およびＣＤ４−生細胞のゲーティングは、細胞増殖に対する配列番号１の阻害効果がＣＤ４−集団よりもＣＤ４＋集団で顕著であることを示した（図１１）。配列番号１は、ＣＤ４−Ｔ細胞の増殖を用量依存的に抑制した（図１１、下列）。陰性対照ペプチド配列番号３は、ＣＤ４集団に対する阻害効果をほとんど示さなかった（図１１、上列）。
【０１７８】
例５Ｂ．ペプチド配列番号１およびそのＦＶＩＩＩホモログはＣＤ４＋エフェクターＴ細胞の増殖を抑制した。
さらに、正常なドナーのＰＢＭＣにおけるＴＴに対するＣＤ４＋Ｔ細胞エフェクターメモリー応答に対する、第Ｖ因子由来Ｔレギトープ（配列番号１）とその第ＶＩＩＩ因子ホモログ（配列番号２）の阻害効果を比較、分析および評価した。図１２は、ペプチド配列番号１および配列番号２のアラインメントが、両ペプチド配列間の相同性を示すことを示している。
【０１７９】
２人の正常なドナーに由来するＰＢＭＣのＴＴに対するリコール応答に対するペプチド配列番号１および配列番号２の効果を評価するために設計された試験を行った。使用されるプロトコルは前に記載されている。Ｔレギトープ濃度は５、１０、１５および２０ｕｇ／ｍｌに及んだ。配列番号１は、ＴＴに応答するＣＤ４＋Ｔ細胞活性化およびＴｅｆｆの増殖を濃度依存的に阻害した（それぞれ、図１３Ａ（上の２つのパネル）および図１３Ｂ（上の２つのパネル））。図１３Ａに示されるように、ドナー０９６について、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化が、２０ｕｇ／ｍｌ（１１ｍＭ）で８０％減少した。また、図１３Ａに示されるように、ドナー１２０について、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化が、２０ｕｇ／ｍｌ（１１ｍＭ）で９０％減少した。配列番号２は、ＴＴを添加すると、両ＣＤ４＋Ｔ細胞メモリー応答（ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化とＴｅｆｆの増殖）を濃度依存的に阻害した（それぞれ、図１３Ａ（下の２つのパネル）および図１３Ｂ（下の２つのパネル））。図１３Ａに示されるように、ドナー０９６について、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化が、２０ｕｇ／ｍｌ（１１ｍＭ）で７０％減少した。また、図１３Ａに示されるように、ドナー１２０について、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化が、２０ｕｇ／ｍｌ（１１ｍＭ）で５０％減少した。図１３Ｂに示されるように、一般に、ドナー１２０は、試験した濃度範囲にわたって所与のペプチド濃度の配列番号１（上の２つのパネル）または配列番号２（下の２つのパネル）について、５〜２０％強い阻害効果で応答した（ＣＤ４＋増殖とＴｅｆｆ活性化の両方について）。配列番号１とその配列番号２ホモログとの間のペプチド配列の類似性は、それらの並行Ｔ細胞阻害機能と共に、ＦＶに対する抗原特異的寛容が、血友病Ａ患者のＦＶＩＩＩなどの相同置換タンパク質に対する寛容を刺激する有用な方法であることを証明している。このアッセイでは、配列番号１と配列番号２の両方が、用量依存的にＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を抑制し、ＴエフェクターＴ細胞を活性化した。
【０１８０】
（６）ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞に対する配列番号１ペプチド効果を評価する方法．
ＰＢＭＣ細胞集団内に含有されるＣＤ８＋エフェクターメモリーＴ細胞を、既知のクラスＩ  Ｔ細胞エピトープによる刺激に応答して増殖するように誘導することができる。配列番号１は、複数のＨＬＡ対立遺伝子に結合し、曝露ＡＰＣ（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｊｏｈｎｓｔｏｎ、ＲＩ）の制御性表現型を誘導する（使用したゲーティング戦略により、全血ドナーから収集したＰＢＭＣのＡＰＣ画分の同定が可能になる）。このアッセイの結果は、直接的（ＴＲｅｇの会合と活性化）または間接的（ＡＰＣ表現型の調節）のいずれかによって抗原刺激ＣＤ８＋ＴエフェクターメモリーＴ細胞の増殖を抑制する配列番号１の能力を確立するものである。
【０１８１】
Ｔ細胞増殖アッセイを、前記方法に従って本開示のＴレギトープで実施した。２人の健康なドナーのＰＢＭＣを解凍し、従来手段によって条件ｃｈＲＰＭＩ（３．３ｘ１０６個細胞／ｍＬ）に懸濁した。細胞をＣＦＳＥ（カタログ番号：６５−０８５０−８４、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ））で染色し、１ウェル当たり３０００００個の細胞で蒔いた。プレートを一晩（５％ＣＯ２中３７℃）インキュベートした。アッセイ１日目に、配列番号１を滅菌ＤＭＳＯで再構成し、２０ｍｇ／ｍＬの最終ストック濃度を得た。ｃｈＲＰＭＩ中最終濃度が２倍の配列番号１の中間溶液を前記のように調製した。配列番号１の最終濃度を、２．５、５、１０および２０ｕｇ／ｍｌから試験した。ＣＤ８＋刺激抗原として、ヒトサイトメガロウイルス、エプスタインバーウイルスおよびインフルエンザウイルスに由来する２３種のＭＨＣクラスＩ制限ウイルスエピトープからなるＣＥＦペプチドプールを使用した。ＣＥＦペプチドをウェルに添加し（２μｇ／ｍＬについてのデータを示す）、細胞および培地（対照）または０、１、２もしくは４ｕｇ／ｍｌの配列番号１を使用した。全てのプレートをさらに６日間インキュベートした。アッセイ５日目に、各ウェルから１００μＬの上清を除去し、新たな条件ｃｈＲＰＭＩと交換した。
【０１８２】
従来の方法を使用して、生／死マーカー、細胞外マーカーＣＤ４、ＣＤ８αおよびＣＤ２５、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＡおよびＣＣＲ７、ならびに細胞内マーカーＦｏｘＰ３について細胞を染色した。ＦＡＣＳ分析後、細胞をゲーティングして凝集体および死細胞を除去した。生細胞集団では、ＣＤ８αおよびＣＤ４細胞を個別にゲーティングし、前述のように各集団を増殖（ＣＦＳＥ低集団）または活性化（ＣＤ２５−高／ＦｏｘＰ３  低／中、ＦｏｘＰ３ｉｎｔ＿ｌｏ  ＣＤ２５ｈｉとして示される）について分析した。
【０１８３】
例６．ペプチド配列番号１はＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の増殖を抑制した。
健康なドナーのＰＢＭＣをＣＥＦペプチド混合物で刺激した場合の配列番号１によるＣＤ８＋Ｔ細胞応答の潜在的な阻害を試験した。図１４は、配列番号１が、ＣＥＦペプチドに対するＣＤ８＋Ｔ細胞増殖応答（上列）ならびにＣＤ８＋細胞の活性化（下列）を強力に阻害することを示している。図１５は、増殖ＣＤ８＋Ｔ細胞の％（ＣＦＳＥ低）（上の２つのパネル）および活性化ＣＤ８＋Ｔエフェクター細胞の％（ＣＤ２５ｈｉ  ＦｏｘＰ３ｉｎｔ／ｌｏ）（下の２つのパネル）が、配列番号１の濃度の増加とともに減少することを示しており、配列番号１がＣＤ８＋Ｔ細胞集団に対しても阻害効果を有することを示している。両方の場合で、配列番号１は反応を用量依存的に強力に阻害した。
【０１８４】
（７）免疫応答（ＧｖＨＤ）に対するペプチド効果を評価する方法
骨髄移植は、不健康な骨髄を提供された健康な骨髄に置き換える手法である。骨髄移植は、白血病などの生命を脅かす血液がん（Ｖｉｎｃｅｎｔｅ  Ｄら、（２００７）、Ｂｏｎｅ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ、４０（４）：３４９〜５４）、再生不良性貧血などの骨髄不全をもたらす疾患（Ｃｈａｍｐｌｉｎ  ＲＥら、（２００７）、Ｂｌｏｏｄ、１０９（１０）：４５８２〜５）、および他の免疫系または遺伝性疾患（Ｃｈｉｎｅｎ  ＪおよびＢｕｃｌｅｙ  ＲＨ、（２０１０）、Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、１２５（２  Ｓｕｐｐｌ  ２）：Ｓ３２４−３５）の患者を処置するために使用することができる。移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）は、骨髄移植の主要な合併症として知られており、発症後の即時かつ高い死亡率を特徴とする（Ｌｅｅ  ＳＪら、（２００３）、Ｂｉｏｌ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ、９（４）：２１５〜３３）。ＧｖＨＤでは、ドナーリンパ球が移植ドナー組織からＨＬＡ不適合レシピエント組織に移行するため、ドナーリンパ球によって重度の組織損傷が引き起こされる。症状には、レシピエントへの注入によって引き起こされる皮膚、肺、肝臓および腸などの種々の臓器の重度の損傷が含まれる（Ｇｏｋｅｒ  Ｈら、（２００１）、Ｅｘｐ  Ｈｅｍａｔｏｌ、２９（３）：２５９〜７７）。
【０１８５】
ＥｐｉＶａｘ（ＲＩ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）により、免疫不全マウスへのヒト末梢血単核球（ＰＢＭＣ）（ロイコパック（ｌｅｕｋｏｐａｋ）（Ｈｅｍａｃａｒｅ、Ｖａｎ  Ｎｕｙｓ、ＣＡ）から入手）の移植により、ＧｖＨＤ様症候群が起こり、２０〜５０日目までに死亡することが観察された。このモデルでは、移植されたＰＢＭＣ内に含有されるＴ細胞が、宿主マウスの皮膚、肝臓、腸、肺および腎臓に浸潤し、重度の損傷を引き起こし、最終的に死に至った。免疫不全マウス系統ＮＯＤ−ｓｃｉｄ  ＩＬ−２Ｒγｎｕｌｌ（ＮＳＧ−Ｊａｘストック番号００５５５７）（Ｔｈｅ  Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｂａｒ  Ｈａｒｂｏｒ、ＭＥ）マウスおよびヒトＰＢＭＣの移植を使用して、ＧｖＨＤの進行に対する配列番号１の影響を評価した。アッセイ１日目に、マウスを体重により一致した処置群と対照群にグループ分けし（表７）、次いで、Ｘ線照射源（Ｌｉｆｅｓｐａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ、ＲＩ）から１００ｃＧｙを照射した。６時間の照射後、マウス対象は尾静脈を介して１０００万個のｈＰＢＭＣ  ＩＶを受けた。８群のマウスは照射を受けたが、ＰＢＭＣは受けなかった。アッセイ０日目から開始し、アッセイ２５日目まで続けて、対象マウスに、表４に概説されるスケジュールに従って投与した。
【０１８６】
体重減少、姿勢、活動、ならびに被毛および皮膚の外観を含む臨床観察を、週に３回行った。対象マウスを、開始日から２０％を超える体重減少を示した場合、または以下の臨床徴候の組み合わせを示した場合、安楽死させた：（ｉ）開始日から１０〜２０％の体重減少（ｉｉ）触ると冷たい（ｉｉｉ）背中を丸めた姿勢およびみすぼらしい毛皮を伴う嗜眠。
【表４】
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【０１８７】
例７．配列番号１は、異種間ＧｖＨＤモデルでＧｖＨＤの発症を阻害した。
ヒトリンパ球の免疫不全マウスへの移植およびその後の配列番号１での処置により、このインビボモデルでの免疫機能に関する配列番号１の評価が可能になった。配列番号１はＴ細胞活性化を抑制し、よって疾患の進行を遅らせた。評価に使用された主な評価基準は、試験対象の生存であった。カプラン・マイヤー生存曲線によって示唆されるように、配列番号１で処置された群のＧｖＨＤの発症の遅延が観察された。図１６Ａ〜図１６Ｂは、配列番号１での処置により、陰性対照（図１６Ａ）および陽性対照ＩＶＩＧ（図１６Ｂ）と比較して生存が延長したことを証明している。
【０１８８】
例８．ＦＶＩＩＩ−Ｔレギトープ構築物の作製
Ｔレギトープと免疫原性タンパク質の融合は、免疫原性タンパク質の末梢寛容の誘導をもたらし得る。凝固第ＶＩＩＩ因子は重度血友病Ａの人々で免疫原性である。このような構築物を作製する１つの例示的な方法では、第ＶＩＩＩ因子とＴレギトープのコード配列で構成されるキメラ構築物を作製する（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、（１９８９））。手短に言えば、重複オリゴをアニーリングし、発現プラスミドにサブクローニングすることによって、カルボキシ末端および／またはアミノ末端でＴレギトープに融合した第ＶＩＩＩ因子コード領域を作製する。Ｔレギトープを、例えば突然変異誘発（すなわち、部位特異的突然変異誘発）によって第ＶＩＩ因子に挿入してもよい。プラスミドをＤＧ４４  ＣＨＯ細胞にトランスフェクトし、安定したトランスフェクタントを選択する。キメラタンパク質を免疫親和性カラムで精製し、免疫寛容原性について評価する。表５〜８は、このようなタンパク質（例えば、キメラタンパク質）の例示的な実施形態を示している。
【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【０１８９】
例９．ＦＶＩＩＩ−複数Ｔレギトープ構築物の作製
適応寛容を促進するために、高度免疫原性タンパク質に複数のＴレギトープが存在してもよい。このような構築物を作製する１つの例示的な方法では、凝固第ＶＩＩＩ因子と複数のＴレギトープのコード配列で構成されるキメラ構築物を作製する（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、（１９８９））。手短に言えば、重複オリゴをアニーリングし、発現プラスミドにサブクローニングすることによって、カルボキシ末端および／またはアミノ末端でＴレギトープに融合した第ＶＩＩＩ因子コード領域を作製する。Ｔレギトープを、例えば突然変異誘発（すなわち、部位特異的突然変異誘発）によって第ＶＩＩ因子に挿入してもよい。プラスミドをＤＧ４４  ＣＨＯ細胞にトランスフェクトし、安定したトランスフェクタントを選択する。キメラタンパク質を免疫親和性カラムで精製し、免疫寛容原性について評価する。表９は、このようなタンパク質（例えば、キメラタンパク質）の例示的な実施形態を示している。
【表９】
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【０１９０】
等価物
本発明をその具体的な実施形態に関連して説明してきたが、さらなる修正が可能であることが理解されるであろう。さらに、本出願は、本発明が属する技術分野内の既知のまたは慣用的な慣習内にあり、添付の特許請求の範囲内にある本開示からの逸脱を含む本発明の変化、使用または適応を網羅することを意図している。
【配列表フリーテキスト】
【０１９１】
配列表６５〜６７  ＜２２３＞合成プライマー
配列表６９〜７３  ＜２２３＞合成構築物
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図４−３】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２−１】
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【図２２−２】
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【図２３】
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【図２４Ａ】
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【図２４Ｂ】
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【図２４Ｃ】
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【図２４Ｄ】
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【図２５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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