(57)【要約】  本発明は、ＴＢＲＦＶに耐性であるトマト（ソラヌム・リコペルシクム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物に関し、その植物は、染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む。染色体１１のＱＴＬの存在は、配列番号１、９、および２〜８を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定できる。染色体１２のＱＴＬの存在は、配列番号１０、１５、および１１〜１４を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定できる。染色体６のＱＴＬの存在は、配列番号１６、２５、および１７〜２４を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定できる。ＱＴＬは、その代表的な種子が、ＮＣＩＭＢに寄託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０で寄託されたトマト植物のゲノムに含まれるものである。【特許請求の範囲】
【請求項１】
染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む、ＴＢＲＦＶに抵抗性であるトマト（ソラヌム・リコペルシクム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物。
【請求項２】
染色体１１のＱＴＬおよび染色体１２のＱＴＬ、または染色体１１のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬ、または染色体１２のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬ、または染色体１１のＱＴＬおよび染色体１２のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬ、を含む、請求項１に記載のトマト植物。
【請求項３】
染色体１１のＱＴＬが配列番号１と配列番号９の間に位置し、染色体１２のＱＴＬが配列番号１０と配列番号１５の間に位置し、染色体６のＱＴＬが配列番号１６と配列番号２５の間に位置する、請求項１または２に記載のトマト植物。
【請求項４】
染色体１１のＱＴＬの存在が、配列番号１、９、および２〜８を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定でき；染色体１２のＱＴＬの存在が、配列番号１０、１５、および１１〜１４を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定でき；染色体６のＱＴＬの存在が、配列番号１６、２５、および１７〜２４を含む群から選択される少なくとも１つのマーカーの使用により同定できるものである、請求項１〜３のいずれか１項に記載のトマト植物。
【請求項５】
ＱＴＬが、その代表的な種子がＮＣＩＭＢに寄託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０として寄託されたトマト植物のゲノム中に含まれるものである、請求項１〜４のいずれか１項に記載のトマト植物。
【請求項６】
ゲノム中に、染色体１１の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬ、および／または染色体１２の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬ、および／または染色体６の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬ、を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のＴＢＲＦＶ抵抗性トマト植物の細胞。
【請求項７】
種子、であって、該種子から生育した植物が、そのゲノム中の、染色体１１の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬ、および／または染色体１２の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬ、および／または染色体６の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬの存在により、ＴＢＲＦＶ抵抗性であるものである、種子
【請求項８】
請求項１〜５のいずれか１項に記載のトマト植物を産生するのに適した繁殖材料であって、繁殖材料が、有性生殖に適しており、かつ特に小胞子、花粉、子房、胚珠、胚嚢、および卵細胞からなる群から選択される；または栄養繁殖に適しており、かつ特にカッティング（ｃｕｔｔｉｎｇ）、根、茎、細胞、およびプロトプラストからなる群から選択される；または再生可能な細胞の組織培養に適しており、かつ特に葉、花粉、胚、子葉、胚軸、分裂組織細胞、根、根冠、葯、花、種子、および茎からなる群から選択される、ものであり、前記繁殖材料から産生された植物が、請求項１〜５のいずれか１項に定義される、染色体１１、および／または染色体１２、および／または染色体６のＴＢＲＦＶ抵抗性を付与するＱＴＬを含むものである、繁殖材料。
【請求項９】
配列番号１〜２５からなる群から選択される、トマト植物におけるＴＢＲＦＶ抵抗性の同定のためのマーカー。
【請求項１０】
トマト植物におけるＴＢＲＦＶ抵抗性の同定のための、請求項９に記載のマーカーの使用。
【請求項１１】
トマト植物中に、染色体１１の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬを導入すること、または染色体１２の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬを導入すること、または染色体６の請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬを導入すること、を含む、ＴＢＲＦＶ抵抗性トマト植物の製造方法。
【請求項１２】
染色体１１、または染色体１２、または染色体６、または染色体１１および染色体１２、または染色体１１および染色体６、または染色体１２および染色体６、または染色体１１および染色体１２および染色体６、上に請求項１〜５のいずれか１項に定義されるＱＴＬの存在を同定すること、および該ＱＴＬまたは該ＱＴＬの組み合わせを含む植物をＴＢＲＦＶ抵抗性植物として選択すること、を含む、ＴＢＲＦＶ抵抗性のトマト植物を選択する方法。
【請求項１３】
染色体１１のＱＴＬの存在の同定が、配列番号１、９、および２〜８を含む群から選択されるマーカーを使用して行われる；染色体１２のＱＴＬの存在の同定が、配列番号１０、１５、および１１〜１４を含む群から選択されるマーカーを使用して行われる；および染色体６のＱＴＬの存在の同定が、配列番号１６、２５、および１７〜２４を含む群から選択されるマーカーを使用して行われる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ａ）請求項１〜５のいずれか１項に記載の植物と他の植物を交配すること；
ｂ）任意に、工程ａ）の交配から得られた植物の自殖および／または交配の１回以上のラウンドを実施し、さらなる世代集団を得ること；
ｃ）工程ａ）の交配または工程ｂ）のさらなる世代集団から得られた植物から、染色体１１のＱＴＬを含む植物、および／または染色体１２のＱＴＬを含む植物、および／または染色体６のＱＴＬを含む植物を得ること、ここで、ＱＴＬは請求項１〜５のいずれか１項に定義されるものであり、植物はＴＢＲＦＶ抵抗性である、
を含む、ＴＢＲＦＶ抵抗性を有するトマト植物の製造方法。
【請求項１５】
染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む植物の選択が、ＱＴＬに連結された分子マーカーを用いることにより適切に行われる、請求項１４に記載の方法であって、マーカーが、染色体１１のＱＴＬの同定のために配列番号１、９および２〜８を含む群から選択される；または染色体１２のＱＴＬの同定のために配列番号１０、１５および１１〜１４を含む群から選択される；または染色体６のＱＴＬの同定のために配列番号１６、２５および１７〜２４を含む群から選択されるものである、方法。
【請求項１６】
ＴＢＲＦＶ抵抗性植物が、表現型的に、特にＴＢＲＦＶ抵抗性についてのバイオアッセイを使用することにより、選択される、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１〜５のいずれか１項に記載の植物が、ＮＣＩＭＢに寄託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０として寄託された種子から生育した植物、またはその後代植物である、請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
第１の親植物を第２の親植物と交配させること、および得られたハイブリッド種子を収穫すること、を含むハイブリッド種子の製造方法であって、第１の親植物および／または第２の親植物が、請求項１〜５のいずれか１項に定義される染色体１１、または染色体１２、または染色体６のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、を含む本発明の植物であり、該ＱＴＬまたはＱＴＬの組み合わせが、種子から生育できる植物にＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらすものである、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、トマト褐色しわ果実ウイルス（Ｔｏｍａｔｏ  ｂｒｏｗｎ  ｒｕｇｏｓｅ  ｆｒｕｉｔ  ｖｉｒｕｓ）（ＴＢＲＦＶ）に抵抗性であるトマト（ソラヌム・リコペルシクム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物に関する。本発明はさらに、かかるソラヌム・リコペルシクム植物を生産する方法およびかかる植物の同定および選択のための方法に関する。本発明はまた、トマト褐色しわ果実ウイルス抵抗性ソラヌム・リコペルシクム植物の子孫、種子および果実、ソラヌム・リコペルシクム植物の産生に適した繁殖材料（Ｐｒｏｐａｇａｔｉｏｎ  ｍａｔｅｒｉａｌ）、およびかかるトマト果実またはその部分を含む食品に関する。本発明はさらに、トマト褐色しわ果実ウイルス抵抗性ソラヌム・リコペルシクム植物に由来するか、またはトマト褐色しわ果実ウイルス抵抗性ソラヌム・リコペルシクム植物に再生され得る細胞または組織培養に関する。本発明はまた、トマト褐色しわ果実ウイルス抵抗性ソラヌム・リコペルシクム植物の同定のためのマーカー、およびマーカーの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
トマト作物（ソラヌム・リコペルシクム）を栽培する際に遭遇する問題の一つに、様々なウイルスの発生がある。多くの既知のウイルスに対する抵抗性が確認されており、それらの抵抗性は育種により適切なトマト品種に組み込まれる。これにより、生産中に特定のウイルスが存在する場合でも、生産者は良好な収量を得ることができる。しかしながら、ある場合にはその利用可能な抵抗性を破壊できる新しいウイルスや既知のウイルスの株が定期的に同定される。
【０００３】
２０１５年にトマトの新しいトバモウイルスの発生が発表された（Ｓａｌｅｍｅｔ  ａｌ：  Ａ  ｎｅｗ  ｔｏｂａｍｏｖｉｒｕｓ  ｉｎｆｅｃｔｉｎｇ  ｔｏｍａｔｏ  ｃｒｏｐｓ  ｉｎ  Ｊｏｒｄａｎ．  Ａｒｃｈ  Ｖｉｒｏｌ．  ２０１６  Ｆｅｂ；  １６１（２）：５０３−６．  Ｅｐｕｂ  ２０１５  Ｎｏｖ  １９）。このウイルスは、既知のトバモウイルスであるタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）、トマトモザイクウイルス（ＴｏＭＶ）、トマトマイルドモトルウイルス（ＴｏＭＭＶ）に関することが示され、ＴｏＭＭＶとＴｏＭＶの最も近い関連配列については、約８０％から９０％の配列同一性を有することが示された。病徴は、植物上ではやや軽度であったが、ほとんどすべての果実に非常に重度の褐色縮葉病徴が存在した。前記ウイルスは、ＴｏＭＶに対する一般的に使用される抵抗性遺伝子：Ｔｍ−１、Ｔｍ−２、Ｔｍ−２２（Ｔｍ−２ａとしても知られている）の抵抗性を破壊することが観察された。その後の刊行物では、前記ウイルスはイスラエルでも発見されており、前記ウイルスはトウガラシ（Ｃａｐｓｉｃｕｍ  ａｎｎｕｕｍ）植物にも感染できることが確立された（Ｌｕｒｉａ  ｅｔ  ａｌ  （２０１７）：  Ａ  ｎｅｗ  Ｉｓｒａｅｌｉ  ｔｏｂａｍｏｖｉｒｕｓ  ｉｓｏｌａｔｅ  ｉｎｆｅｃｔｓ  ｔｏｍａｔｏ  ｐｌａｎｔｓ  ｈａｒｂｏｒｉｎｇ  Ｔｍ−２２  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅｓ．  ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  １２（１）：ｅ０１７０４２９．  Ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０１７０４２９）。病徴は罹患した品種によって異なるようで、場合によっては重度または軽度のモザイク、壊死、葉の歪み、またはその他の病徴の形で主に生長部分に病徴が見られた。前記ウイルスは、既知のトバモウイルスとは明らかに異なっていたため、新しい名称トマト褐色しわ果実ウイルス（ＴＢＲＦＶ）で記載された。
【０００４】
果実への病徴が深刻であるため、果実は基本的に市場に出回ることができずＴＢＲＦＶの存在がトマト生産者に与える影響は非常に大きい。これまでに前記ウイルスに対する抵抗性は確認されていない。前記ウイルスは少なくとも機械的に伝播するため、伝播は容易かつ迅速であり、コントロールは困難である。ウイルスの伝染はまた、感染した種子を介して起こる可能性が高い。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明の目的は、トマト褐色しわ果実ウイルス（ＴＢＲＦＶ）に抵抗性であるソラヌム・リコペルシクム種のトマト植物を提供することである。
【０００６】
新型ＴＢＲＦＶの問題点は、非常に迅速に拡散し、特定の地域でトマトの生産に大きな影響を与えたため、抵抗性トマト植物を得る緊急性が非常に高かった。また、その非常に効果的な伝染により、このウイルスは他の地域にも急速に広がることが予想された。そのため、可能性のある供給源の存在についての見識を得るために、大規模な遺伝資源スクリーニングが組織された。
【０００７】
ソラヌム・リコペルシクムには、病気の抵抗性を有し、かつ育種のための貴重な資源である様々な近縁野生種がある。そのため、最新のトマト品種の多くは、すでに野生種からの１以上の遺伝子移入を保有する。しかしながら、近縁野生種からのトバモウイルス抵抗性遺伝子をすでに持っているものも含む現在栽培されているトマト品種は、この新しいウイルスに感染しやすいようであった。このことは、抵抗性を同定することが容易ではないことを意味していると考えられる。
【０００８】
驚くべきことに、広範なスクリーニングの後、ＴＢＲＦＶに対して非常に高い抵抗性を持つソラヌム・ピンピネリフォリウム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）種の３つの系統種（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ）を同定することができた（実施例１）。続いて、この抵抗性がソラヌム・リコペルシクムに移入され得るどうかを判断し、抵抗性の背後にある遺伝学を同定するための研究プログラムが設定された。
【０００９】
３つのＳ．ピンピネリフォリウム供給源ＧＮＬ．３９１９、ＧＮＬ．３９２０、およびＧＮＬ．３９５１と、一方では内部育種系統と交配を行い、その後、ＱＴＬマッピングのためにＦ２、Ｆ３、および戻し交配集団などの集団形成を行った。すべての世代でバイオアッセイを実施して、様々な集団における抵抗性の確認とモニタリングをし、そして遺伝の決定を行った。ＱＴＬの同定により、連鎖したマーカーを使用して、抵抗性の存在を同定する機会が得られ、これは、バイオアッセイの使用よりも明らかにはるかに効率的である。
【００１０】
この目的のために、ＱＴＬマッピング研究を行った。Ｆ２集団に対する第一ＱＴＬマッピングは、染色体１１のＱＴＬ領域、染色体１２のＱＴＬ領域、および染色体６のＱＴＬ領域を同定した。染色体１１および染色体１２のＱＴＬ領域は、３つすべての供給源から開発された集団に存在した。染色体６のＱＴＬ領域を、供給源ＧＮＬ．３９５１から開発された集団において同定した。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
本発明は、トマト褐色しわ果実ウイルス（ＴＢＲＦＶ）に抵抗性であるトマト植物を提供し、前記植物は、染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む。
【００１２】
１つの実施形態において、本発明は、染色体１１のＱＴＬおよび染色体１２のＱＴＬ、または染色体１１のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬ、または染色体１２のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬ、または染色体１１のＱＴＬおよび染色体１２のＱＴＬおよび染色体６のＱＴＬを含むＴＢＲＦＶに抵抗性であるトマト植物を提供する。
【００１３】
本明細書中で使用される、「染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬ」なるフレーズは、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含む。
【００１４】
染色体１１のＱＴＬは、配列番号１と配列番号９の間に位置する。染色体１２のＱＴＬは、配列番号１０と配列番号１５の間に位置する。染色体６のＱＴＬは、配列番号１６と配列番号２５の間に位置する。配列番号１および９は、染色体１１のＱＴＬの存在の同定のために適切である。配列番号１０および１５は、染色体１２のＱＴＬの存在の同定のため適切である。配列番号１６および２５は、染色体６のＱＴＬの存在の同定のため適切である。
【００１５】
染色体１１のＱＴＬの存在の同定のために適切であるさらなるマーカーは、配列番号２から８、または配列番号１および配列番号９の間に位置する感受性および抵抗性植物間の任意のほかの多型を含む群から選択される。染色体１２のＱＴＬの存在の同定のために適切であるさらなるマーカーは、配列番号１１から１４、または配列番号１０および配列番号１５の間に位置する感受性および抵抗性植物間の任意のほかの多型を含む群から選択される。染色体６のＱＴＬの存在の同定のために適切であるさらなるマーカーは、配列番号１７から２４、または配列番号１６および配列番号２５の間に位置する感受性および抵抗性植物間の任意のほかの多型を含む群から選択される（実施例２）。
【００１６】
図１は、トマト植物にＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらすＱＴＬの存在を同定するためにマーカーとして使用され得るか、またはマーカーを開発するために使用され得る配列番号の配列を示す。表３は、ＱＴＬの存在、したがって抵抗性植物を同定するマーカースコア並びに図１の配列のＳＮＰの位置を示す。マーカーの配列が例えば、Ｓ．リコペルシクムの公表されているゲノム参照配列のバージョンＳＬ３＿００上に位置する場合、前記マーカー配列中のＳＮＰ多型が対応する前記物理的位置が由来し得る。公開されているＳ．リコペルシクムゲノム参照配列のバージョンＳＬ３＿００は例えば、ソルゲノミクスウェブサイト（ｓｏｌｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｎｅｔ）でアクセスでき、本明細書中で使用される「公開トマトゲノム」の参照である。前記ＱＴＬの前記位置および本発明のマーカーは公開されたマップに由来でき、かつこれらの位置は物理的位置に相対的である。マーカーの存在の同定は特に、ＳＮＰの位置の野生型ヌクレオチドと比較して前記配列番号を決定する配列のいずれかに存在するような前記抵抗性を示すＳＮＰの位置のヌクレオチドの存在を同定することにより行われ；抵抗性を示すＳＮＰｓの位置およびヌクレオチドは、表３に示される。
【００１７】
本明細書中で使用されるトマト植物はソラヌム・リコペルシクム種の植物である。
【００１８】
本明細書中で使用されるように、トマト褐色しわ果実ウイルスへの抵抗性は、Ｓａｌｅｍ  ｅｔ  ａｌ（２０１６、ｓｕｐｒａ）に記載されるウイルスへの抵抗性であり、ここで前記ウイルスはＮＣＢＩ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  ＩＤ１７６１４７７が割り当てられている。
【００１９】
本明細書中で使用されるように、本発明のＱＴＬを含む植物と前記ＱＴＬを欠く植物を交配して得られる分離集団において前記マーカーと前記形質共分離である場合、マーカーは遺伝的に連鎖しており、したがって、本発明のＱＴＬの同定のために使用され得る。
【００２０】
本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性は、不完全に優勢的にまたは中間的に遺伝する。本明細書中で使用されるように、不完全に優勢的にまたは中間的とは、本発明のＱＴＬがホモ接合的に存在する場合、本発明のＱＴＬがヘテロ接合的に存在する場合よりも高いレベルのＴＢＲＦＶ抵抗性を与えることを意味する。しかしながら本発明のＱＴＬのヘテロ接合的な存在であっても、中間的に抵抗性または耐性として定義され得るＴＢＲＦＶ抵抗性の一定のレベルを付与する。ホモ接合およびヘテロ接合の植物の両方のＴＢＲＦＶ抵抗性はＴＢＲＦＶが存在する条件下での前記植物の栽培をより適したものにする。したがって抵抗性の両方のレベルは改良された農学的特性であると考えられる。
【００２１】
ＴＢＲＦＶ抵抗性の存在はバイオアッセイ、例えば、当業者に知られ、かつ例えばＬｕｒｉａ  ｅｔ  ａｌ（２０１７、ｓｕｐｒａ）に記載されるトバモウイルスについての標準的な樹液−機械的播種技術（ｓａｐ−ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ  ｉｎｏｃｕｌａｔｉｏｎ  ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）を使用するバイオアッセイを介して決定され得る。若いトマト植物での病徴の観察は播種後約１２−１８日（ｄａｉ）で行うことができる。
【００２２】
ＴＢＲＦＶ抵抗性は、ＴＢＲＦＶ感受性として知られるコントロール品種との比較により決定される。ＴＢＲＦＶ感受性トマト品種の例は、Ｃａｎｄｅｌａ  Ｆ１およびＲａｚｙｍｏ  Ｆ１である。これまでＴＢＲＦＶに抵抗性であると知られたトマト品種はなかったため、本発明前に抵抗性コントロールを含めることはできなかった。抵抗性は好適には０−４のスケールでスコア化され；スコアのスケールは表１で示される。
表１：スケール  ＴＢＲＦＶ抵抗性スコア
【表１】
2021516548.tif 000002
【００２３】
本明細書中で使用されるように、ＴＢＲＦＶ抵抗性トマト植物は表１に従うスコアリングが使用される場合、０または１のスコアを有する。本発明の１つ以上のＱＴＬを含む植物は、ヘテロ接合的に中間的な抵抗性を有し、０、１または２のスコアを有する。
【００２４】
ＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす本発明のＱＴＬを有するＳ．リコペルシクム植物はＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０として寄託された種子から生長し得る。ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、およびＮＣＩＭＢ４２８８３は、ＧＮＬ．３９５１から開発した。ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、およびＮＣＩＭＢ４２８８６は、ＧＢＮ．３９２０から開発した。ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、およびＮＣＩＭＢ４２８９０は、ＧＮＬ．３９１９から開発した。
【００２５】
ＮＣＩＭＢ４２８７９は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００２６】
ＮＣＩＭＢ４２８８０は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００２７】
ＮＣＩＭＢ４２８８１は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００２８】
ＮＣＩＭＢ４２８８２は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００２９】
ＮＣＩＭＢ４２８８３は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３０】
ＮＣＩＭＢ４２８８４は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３１】
ＮＣＩＭＢ４２８８５は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３２】
ＮＣＩＭＢ４２８８６は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３３】
ＮＣＩＭＢ４２８８７は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３４】
ＮＣＩＭＢ４２８８８は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３５】
ＮＣＩＭＢ４２８８９は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３６】
ＮＣＩＭＢ４２８９０は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有し、かつ配列番号１および９によって同定することができる染色体１１のＱＴＬ；および／または配列番号１０および１５によって同定することができる染色体１２のＱＴＬ；および／または配列番号１６および２５によって同定することができる染色体６のＱＴＬを含む。ＱＴＬはホモ接合形態、またはヘテロ接合形態で寄託物に存在する。染色体１１のＱＴＬはまた、配列番号２−８を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体１２のＱＴＬはまた、配列番号１１−１４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。染色体６のＱＴＬはまた、配列番号１７−２４を含む群の少なくとも１のマーカーの存在を決定することによって同定することができる。
【００３７】
染色体１１の本発明のＱＴＬ、および／または染色体１２の本発明のＱＴＬ、および／または染色体６の本発明のＱＴＬを含む植物はＴＢＲＦＶバイオアッセイにおける抵抗性コントロール品種として使用され得る。評価されるべき植物、系統、または集団が、バイオアッセイにおいてＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０と同じレベルの抵抗性を示し、かつこの植物、系統または集団が染色体１１の本明細書中に記載されるＱＴＬ、および／または染色体１２の本明細書中に記載されるＱＴＬ、および／または染色体６の本明細書中に記載されるＱＴＬを含む場合、この植物、系統、または集団は本発明のＴＢＲＦＶ抵抗性を有すると考えられ、したがって本発明の植物である。
【００３８】
本発明の植物は所望により、植物を商業的栽培に適したものとする改良された農学的特性を有する栽培されたＳ．リコペルシクム植物である。本発明はまた、本発明の植物から収穫されたトマト果実に関し、ここでトマト果実は、前記植物におけるＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす本発明のＱＴＬをそのゲノム中に含む。このトマト果実はまた、本明細書中で「本発明の果実」または「本発明のトマト果実」とも呼ばれる。本明細書中で使用される「トマト果実」は、ソラヌム・リコペルシクム種の植物により産生される果実を含む。
【００３９】
本発明は、染色体１１のＱＴＬを提供し、ここで、ＱＴＬは配列番号１、９、および２−８によって示される少なくとも１のマーカーに連鎖しており、ここでＳ．リコペルシクム植物における前記ＱＴＬの存在がＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４０】
本発明は、染色体１２のＱＴＬを提供し、ここで、ＱＴＬは配列番号１０、１５、および１１−１４によって示される少なくとも１のマーカーに連鎖しており、ここでＳ．リコペルシクム植物における前記ＱＴＬの存在がＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４１】
本発明は、染色体６のＱＴＬを提供し、ここで、ＱＴＬは配列番号１６、２５、および１７−２４によって示される少なくとも１のマーカーに連鎖しており、ここでＳ．リコペルシクム植物における前記ＱＴＬの存在がＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４２】
本発明は、Ｓ．リコペルシクム植物において、配列番号１および配列番号９に隣接する、染色体１１のＱＴＬを導入する工程、またはＳ．リコペルシクム植物において、配列番号１０および配列番号１５に隣接する、染色体１２のＱＴＬを導入する工程、またはＳ．リコペルシクム植物において、配列番号１６および配列番号２５に隣接する、染色体６のＱＴＬを導入する工程を含む、ＴＢＲＦＶ抵抗性Ｓ．リコペルシクム植物を生産する方法に関する。
【００４３】
本発明のＱＴＬは、植物が性的に適合する場合に交配および選択などの一般的に使用される育種技術により前記ＱＴＬを含む別の植物から導入され得る。かかる導入は通常容易に交配がされ得る同種の植物から、または近縁種の植物からである。交配の困難性は、胚救出などの当該技術で知られている技術により克服でき、またはシスジェネシスが適用できる。好適には、本明細書中に記載されるマーカーは別の植物への前記ＱＴＬの組み込みを追跡するために使用される。
【００４４】
上記方法は特に、かかる遺伝情報の組み込みに適した植物種に本発明のＱＴＬを導入するために使用され得る。特定の実施形態では、前記ＱＴＬは例えば、標準的な育種方法を使用して前記ＱＴＬを含むソラヌム・ピンピネリフォリウム植物から前記ＱＴＬを欠くソラヌム・リコペルシクム植物に導入され得る。別の実施形態では、前記ＱＴＬは、標準的な育種方法を使用して前記ＱＴＬを含むソラヌム・リコペルシクム植物から前記ＱＴＬを欠くソラヌム・リコペルシクム植物に導入され得る。
【００４５】
１つの実施形態において、染色体１１のＱＴＬは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０でＮＣＩＭＢで寄託されたソラヌム・リコペルシクム植物の代表的な種子から、またはＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０の寄託された種子から、またはそれらの性的または栄養的子孫から導入され得る。ソラヌム・リコペルシクムにおける染色体１１のＱＴＬの導入はＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４６】
１つの実施形態において、染色体１２のＱＴＬは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０でＮＣＩＭＢで寄託されたソラヌム・リコペルシクム植物の代表的な種子から、またはＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０の寄託された種子から、またはそれらの性的または栄養的子孫から導入され得る。ソラヌム・リコペルシクムにおける染色体１２のＱＴＬの導入はＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４７】
１つの実施形態において、染色体６のＱＴＬは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０でＮＣＩＭＢで寄託されたソラヌム・リコペルシクム植物の代表的な種子から、またはＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０の寄託された種子から、またはそれらの性的または栄養的子孫から導入され得る。ソラヌム・リコペルシクムにおける染色体６のＱＴＬの導入はＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００４８】
あるいは、本発明のＱＴＬは、例えばトランスジェニックアプローチを使用することにより、別の、性的に適合しない植物から移入できる。好適に使用され得る技術は、アグロバクテリウム媒介トランスフォーメーション方法の使用などの当業者に知られた一般的な植物トランスフォーメーション技術を含む。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムの使用などのゲノム編集法はまた、本発明の植物を得るために利用されてもよい。
【００４９】
本発明はホモ接合またはヘテロ接合のいずれかでＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす本発明のＱＴＬを含む本発明の植物にさらに関し、ここで前記植物は近交系統、ハイブリッド、二倍体ハプロイドの植物、または分離集団の植物である。好ましくは、本発明の植物は非トランスジェニック植物である。
【００５０】
本発明はまた、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むソラヌム・リコペルシクム種子に関し、ここで、前記種子から生長した植物はＴＢＲＦＶに抵抗性である本発明の植物である。本発明はまた、本発明の植物により産生された種子に関する。前記種子は本発明のＱＴＬを有し、したがって、前記種子から生長した植物は本発明の植物である。
【００５１】
さらに、本発明はまた、本発明のトマト果実またはその部分を含む食品または加工食品に関する。前記食品は１以上の加工工程を受けていてもよい。かかる加工工程は以下の処置のいずれかまたはそれらの組合せを含むがこれらに限定されなくてもよい：皮むき（ｐｅｅｌｉｎｇ）、切断（ｃｕｔｔｉｎｇ）、洗浄、搾汁（ｊｕｉｃｉｎｇ）、調理（ｃｏｏｋｉｎｇ）、冷却または本発明の果実を含むサラダ混合物。得られた加工された形態も本発明の一部である。
【００５２】
本発明はまた、本発明のソラヌム・リコペルシクム植物を産生するのに適した繁殖材料に関し、ここで、繁殖材料は有性生殖に適しており、かつ特に小胞子、花粉、子房、胚珠、胚嚢、および卵細胞から選択される；または栄養繁殖に適しており、かつ特にカッティング（ｃｕｔｔｉｎｇ）、根、茎、細胞、プロトプラストから選択される；または再生可能な細胞の組織培養に適しており、かつ特に葉、花粉、胚、子葉、胚軸、分裂組織細胞、根、根冠、葯、花、種子、および茎から選択される；ここで、前記繁殖材料から産生された植物は、ＴＢＲＦＶ抵抗性を付与する本発明のＱＴＬを含む。本発明の植物は前記繁殖材料の供給源として使用されてもよい。
【００５３】
本発明はさらに、本発明のＱＴＬを含む細胞に関する。本発明の細胞は本発明の植物から得ることができ、または本発明の植物中に存在することができる。かかる細胞は単離形態、または完全な植物の一部もしくはそれらの部分のいずれかであってもよく、かかる細胞は、栽培されたＳ．リコペルシクム植物のＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす本明細書中に記載されるＱＴＬを決定する遺伝情報を含むので、それでなお本発明の細胞を構成する。本発明の植物の各細胞は、ＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす遺伝情報を保有する。本発明の細胞は本発明の新たな植物に再生できる再生可能な細胞であってもよい。この文脈における遺伝情報の存在は、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬの存在であり、ここでＱＴＬは本明細書中で規定される。
【００５４】
本発明はさらに、本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含む本発明の植物の植物組織に関する。前記組織は、未分化組織または既に分化した組織であり得る。未分化組織は例えば、茎の先端、葯、花弁、花粉であり、そしてマイクロプロパゲーションにおいて使用され、本発明の新たな植物に生長する新たな小植物を得ることができる。前記組織はまた、本発明の細胞から生長できる。
【００５５】
本発明は、本発明の植物、細胞、組織、または種子の子孫にさらに関し、ここで子孫は本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含み、ＱＴＬの存在、またはＱＴＬの組合せがＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。かかる子孫はそれ自体で、植物、カッティング（ｃｕｔｔｉｎｇ）、種子、細胞、または組織であり得る。
【００５６】
本明細書中で使用されるように「子孫」（ｐｒｏｇｅｎｙ）は本発明の植物との交配からの第一およびすべてのさらなる子孫（ｄｅｓｃｅｎｄａｎｔ）を意味することが企図され、ここで交配はそれ自体との交配または別の植物との交配を含み、ここで子孫（ｐｒｏｇｅｎｙ）であると決定される子孫（ｄｅｓｃｅｎｄａｎｔ）は、本発明のＱＴＬを含む。
【００５７】
「子孫」はまた、本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを保有し、かつ本発明の形質を有するＳ．リコペルシクム植物を包含し、栄養繁殖または別の形態の繁殖により別の植物、または本発明の植物の子孫から得られる。
【００５８】
本発明はさらに、有性生殖に適している本発明のＳ．リコペルシクム植物の一部に関し、植物部分は、そのゲノム中に染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含み、ここでＱＴＬは本明細書中で規定される。かかる部分は例えば、小胞子、花粉、子房、胚珠、胚嚢、および卵細胞を含む群から選択される。
【００５９】
さらに、本発明は、栄養繁殖に適している本発明のＳ．リコペルシクム植物の一部に関し、特にそのゲノム中に染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むカッティング（ｃｕｔｔｉｎｇ）、根、茎、細胞、またはプロトプラストであり、ここでＱＴＬは本明細書中で規定される。上述のような植物の一部は繁殖材料と考えられる。繁殖材料から産生される前記植物は、本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含み、ＱＴＬの存在はＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらす。
【００６０】
本発明はさらに、繁殖材料でもあり、かつそのゲノム中に染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含む、本発明の植物の組織培養に関し、ここでＱＴＬは本明細書中で規定される。前記組織培養は、再生可能な細胞を含む。かかる組織培養は前記植物の任意の部分、特に葉、花粉、胚、子葉、胚軸、分裂組織細胞、根、根冠、葯、花、種子、または茎から選択されまたは由来することができる。前記組織培養は本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むＳ．リコペルシクム植物に再生でき、ここで前記再生されたＳ．リコペルシクム植物は本発明の形質をあらわし、そして発明の部分でもある。
【００６１】
本発明はさらに植物育種における本発明の植物の使用に関する。したがって、本発明はまた、ＴＢＲＦＶに抵抗性である栽培されたＳ．リコペルシクム植物の開発についての育種方法に関し、ここで本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含む植物は別の植物への抵抗性を付与するために使用される。ＴＢＲＦＶ抵抗性を有する別の植物を開発するために植物育種において使用され得る植物について代表的な種子は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、およびＮＣＩＭＢ４２８９０でＮＣＩＭＢで寄託された。
【００６２】
本発明はまた、ＴＢＲＦＶへの抵抗性を有するソラヌム・リコペルシクム植物の開発のための本明細書中で規定される染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬの使用に関する。
【００６３】
本発明はまた、ソラヌム・リコペルシクム植物におけるＴＢＲＦＶ抵抗性の同定のためのマーカーに関し、マーカーは染色体１１のＱＴＬの同定について配列番号１、９、および２−８を含む群から、または染色体１２のＱＴＬの同定について配列番号１０、１５、および１１−１４を含む群から、または染色体６のＱＴＬの同定について配列番号１６、２５、および１７−２４を含む群から選択される。ソラヌム・リコペルシクム植物におけるＴＢＲＦＶ抵抗性の同定のための、配列番号１−２５によって示されるマーカーのいずれかの使用も本発明の一部である。これらのマーカーのいずれかはまた、ＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらすＱＴＬの同定のための他のマーカーを開発するために使用され得、使用も本発明の一部である。
【００６４】
本発明はまた、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬの存在を同定する工程を含むＴＢＲＦＶ抵抗性ソラヌム・リコペルシクム植物を選択する方法、およびＴＢＲＦＶ抵抗性植物として前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せを含む植物を選択する方法に関する。
【００６５】
染色体１１の前記ＱＴＬの存在の同定は、配列番号１、９、および２−８を含む群から選択されるマーカーを使用して好適には行われる。染色体１２の前記ＱＴＬの存在の同定は、配列番号１０、１５、および１１−１４を含む群から選択されるマーカーを使用して好適には行われる。染色体６の前記ＱＴＬの存在の同定は、配列番号１６、２５、および１７−２４を含む群から選択されるマーカーを使用して好適には行われる。
【００６６】
本発明はまた、ＴＢＲＦＶ抵抗性を付与する染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬのそのゲノム中の存在についてソラヌム・リコペルシクム植物を試験する方法であって、ソラヌム・リコペルシクム植物のゲノム中の染色体１１について配列番号１−９、染色体１２について配列番号１０−１５、および染色体６について配列番号１６−２５、またはそれらの任意の組合せからなる群から選択されるマーカー配列の存在を検出する工程を含む、方法に関する。
【００６７】
本発明の１つの実施形態において、ＴＢＲＦＶ抵抗性を付与する染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬのそのゲノム中の存在についてソラヌム・リコペルシクム植物を試験する方法は、ＴＢＲＦＶ抵抗性植物として前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せを含むソラヌム・リコペルシクム植物を選択する工程をさらに含む。
【００６８】
本発明はまた、ＴＢＲＦＶに抵抗性であるソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法に関し、前記方法は以下：
ａ）    本発明のＱＴＬを含む本発明の植物を別の植物と交配する工程；
ｂ）    所望により交配から得られる植物の１回以上の自家交配および／または交配を実施してさらなる世代集団を得る工程；
ｃ）    交配から得られる植物、またはさらなる世代集団から、本明細書中で規定される染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む植物であって、ＴＢＲＦＶに対して抵抗性である植物を選択する工程、
を含む。
【００６９】
染色体１１のＱＴＬ、および／または染色体１２のＱＴＬ、および／または染色体６のＱＴＬを含む植物の選択は好適には前記ＱＴＬに連鎖している分子マーカーを使用することにより行われ、マーカーが染色体１１のＱＴＬの同定について配列番号１、９、および２−８を含む群から、または染色体１２のＱＴＬの同定について配列番号１０、１５、および１１−１４を含む群から、または染色体６のＱＴＬの同定について配列番号１６、２５、および１７−２４を含む群から選択される。前記植物は代替的には、または追加的には、ＴＢＲＦＶへの抵抗性を有することについて、特にＴＢＲＦＶ抵抗性についてバイオアッセイを実施することにより、表現型的に選択され得る。
【００７０】
本発明の一実施形態では、ＴＢＲＦＶに対して抵抗性であるソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法において使用される本発明の植物は、ＮＣＩＭＢ受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０で寄託された種子から生長した植物、またはその子孫（ｐｒｏｇｅｎｙ）植物である。
【００７１】
本発明はさらにＴＢＲＦＶ抵抗性を含むソラヌム・リコペルシクム植物に別の所望の形質を導入する方法であって、以下：
ａ）    本発明のソラヌム・リコペルシクム植物を、前記他の所望の形質を含む第二ソラヌム・リコペルシクム植物と交配してＦ１子孫を産生する工程；
ｂ）    所望によりＴＢＲＦＶ抵抗性および前記他の所望の形質を含む植物についてＦ１を選択する工程；
ｃ）    所望により選択したＦ１子孫をいずれかの親と交配すると交配して、戻し交配子孫を産生する工程；
ｄ）    ＴＢＲＦＶ抵抗性および前記他の所望の形質を含む戻し交配子孫を選択する工程；および
ｅ）    所望により工程ｃ）およびｄ）を１回以上連続して繰り返すことにより、前記他の所望の形質を含み、かつＴＢＲＦＶへの抵抗性を有する選択された第四またはそれ以上の戻し交配子孫を産生する工程、
を含む方法を提供する。
【００７２】
本発明の一実施形態では、別の所望の形質をＴＢＲＦＶへの抵抗性を含むソラヌム・リコペルシクム植物に導入する方法において使用される本発明の植物は、ＮＣＩＭＢ受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０で寄託された種子から生長した植物、またはその子孫植物、である。
【００７３】
所望により、自家交配工程は、交配または戻し交配工程のいずれかの後に実施される。ＴＢＲＦＶ抵抗性および前記他の所望の形質を含む植物の選択は代替的には、前記方法の交配または自家交配のいずれかの工程のあとに行われ得る。前記他の所望の形質は以下の群から選択され得るが、これらに限定されない：細菌、真菌またはウイルス性の病気への抵抗性、昆虫または害虫抵抗性、改良された発芽、植物の大きさ、植物の種類、改良された貯蔵寿命、水ストレスおよび熱ストレス耐性、および雄性不稔性。本発明は、この方法により産生されたソラヌム・リコペルシクム植物およびそれらから得られたソラヌム・リコペルシクム果実を含む。
【００７４】
本発明はさらに、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法であって、そのゲノム中に本発明のＱＴＬを含む植物材料の組織培養を使用することによる方法に関し、ここで前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せの存在がＴＢＲＦＶへの抵抗性をもたらす。
【００７５】
本発明はさらに、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法であって、そのゲノム中に本発明のＱＴＬを含む植物材料の栄養繁殖を使用することによる方法に関し、ここで前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せの存在がＴＢＲＦＶへの抵抗性をもたらす。
【００７６】
本発明は、二倍体ハプロイド世代技術を使用してホモ接合に本発明のＱＴＬを含み、かつＴＢＲＦＶに対して抵抗性である二倍体ハプロイド系統を産生することにより、本明細書中で規定されるＴＢＲＦＶへの抵抗性を有するソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法をさらに提供する。
【００７７】
本発明はさらに、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含むソラヌム・リコペルシクム植物の生産方法であって、ここで前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せの存在がＴＢＲＦＶ抵抗性をもたらし、前記方法が前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せを含む種子をソラヌム・リコペルシクム植物に生長させる工程を含む、方法に関する。一実施形態では、前記方法において使用される種子は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、またはＮＣＩＭＢ４２８９０でＮＣＩＭＢで寄託された種子、またはその子孫種子である。
【００７８】
本発明はさらに、本発明の種子からソラヌム・リコペルシクム植物を生長させ、前記植物に種子を有する果実を産生させ、前記果実を収穫し、かつそれらの種子を抽出する工程を含む種子生産のための方法に関する。前記種子の生産は好適には、自家交配または所望により本発明の植物でもある別の植物と交配することにより行われる。このようにして産生された種子は、ＴＢＲＦＶに抵抗性である植物に生長する能力を有する。
【００７９】
本発明はさらに、ハイブリッド種子および第一親植物を第二親植物と交配する工程および得られたハイブリッド種子を収穫する工程を含む前記ハイブリッド種子を生産する方法に関し、ここで第一親植物および／または第二親植物は染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含む本発明の植物である。前記ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せを含むハイブリッド種子から生長できる得られるハイブリッド植物はまた本発明の植物であり、ここで前記ハイブリッド植物はＴＢＲＦＶへの抵抗性を有する。
【００８０】
必ずしも本発明の形質を提供する親は寄託された種子から直接生長した植物でなくてよいことは明らかである。前記親はまた、寄託された種子からの子孫植物、または、他の手段により本発明の形質を得たとして同定される種子からの子孫植物であり得る。
【００８１】
本明細書中で使用される本発明のＱＴＬの遺伝子移入は前記ＱＴＬを含むドナー植物から前記ＱＴＬを保有していないレシピエント植物への標準的な育種技術によるＱＴＬの導入を意味し、ここで本発明のＱＴＬを含む植物についての選択はＴＢＲＦＶへの抵抗性の観察によって表現型的に実施され得、または選択は、本明細書中で規定されるマーカーの使用により、マーカーアシスト育種またはこれらの選択方法の組合せを介して実施され得る。選択はＦ１または前記レシピエント植物および前記ドナー植物間の最初の交配からの任意のさらなる世代で始まり、その後好適には本明細書で同定され規定されるマーカーを使用することにより、さらなる交配または自家交配が行われる。当業者は本発明の形質を同定するために使用され得るか、または本発明の形質に連鎖している新たな分子マーカーを作製し、使用することに精通している。本発明の植物の同定および選択のためのかかるマーカーの開発および使用も本発明の一部である。
【００８２】
本願の文脈における「形質」なるフレーズは、ＴＢＲＦＶへの抵抗性である本発明のソラヌム・リコペルシクム植物の表現型を指す。Ｓ．リコペルシクム植物が本発明の形質を示すとき、そのゲノムは、染色体１１、または染色体１２、または染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬ、または染色体１１および染色体１２および染色体６の本発明のＱＴＬを含み、ＱＴＬまたはＱＴＬの組合せの存在が本発明の形質を引き起こす。したがって、本明細書中で使用される「発明の形質」は、ＴＢＲＦＶへの抵抗性の形質を指すことが意図される。
【００８３】
本発明は、後の実施例でさらに例示され、それは例示の目的のためだけのものである。実施例は、本発明をいかなる意味でも限定することを意図していない。実施例および本願では、以下の図を参照する。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】本発明のＱＴＬの同定のために、マーカーとして使用され得るか、またはマーカーを開発するために使用され得る、配列番号１−２５のゲノム配列。
【００８５】
寄託
ＴＢＲＦＶ抵抗性植物をもたらす本発明の１つ以上のＱＴＬを含むトマトソラヌム・リコペルシクムの種子は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、およびＮＣＩＭＢ４２８９０で２０１７年１１月９日にＵＫ、ＡＢ２１  ９ＹＡ、アベルディーン、ブックスバーン、クライブストーン  エステート、フェルグソンビルディング、ＮＣＩＭＢ  Ｌｔｄで寄託された。
【実施例】
【００８６】
実施例１
Ｓ．リコペルシクムにおけるＴＢＲＦＶ抵抗性についてのバイオアッセイおよび寄託開発
新たなＴＢＲＦＶトバモウイルスの存在により問題が増大し、このウイルスが広い地域に容易に拡散する恐れがあるため、大規模な遺伝資源スクリーニングが組織された。潜在的な抵抗性材料のスクリーニングは、バイオアッセイにより行った。ウイルスは機械的に感染するため、バイオアッセイでは標準的な機械的播種技術を使用した。当時は抵抗性材料が知られていなかったため、抵抗性コントロールを含めることはできなかった。しかしながら、感受性のコントロールを含めることは容易であった：Ｃａｎｄｅｌａ  Ｆ１は感受性があると発表されていたので含み、Ｒａｚｙｍｏ  Ｆ１も第二の感受性コントロールとして含んだ。抵抗性が栽培材料にすでに存在していることもあるかもしれず、存在するかどうかを決定するために、市販されている多数のハイブリッドトマト品種も含んだ。
【００８７】
試験される系統種の種子を標準的な種苗トレイに播種し、系統種あたり１１種苗を播種後３週間接種した。病徴のスコアリングは播種後２週および再度播種後３週目に表１に従って行った。
【００８８】
接種源をセライトと混合した０．０１Ｍリン酸バッファー（ｐＨ７．０）中でＴＢＲＦＶに感染したトマト植物の葉を接地させることにより調製した。植物は接種源を葉に軽くこすりつける前に、カルボランダム粉末を散布した。
【００８９】
前記大規模スクリーニングでは、３つのソラヌム・ピンピネリフォリウム系統種ＧＮＬ．３９１９、ＧＮＬ．３９２０、およびＧＮＬ．３９５１がＴＢＲＦＶに抵抗性であると同定された。すべての３つの系統種は１００％抵抗性であり、第一並びに第二の観察で病徴を示さず、そのためスコア０を有した。Ｃａｎｄｅｌａ  Ｆ１およびＲａｚｙｍｏ  Ｆ１について、すべての植物はスコア４を有していたため、それらは感受性が高い。含まれた他の市販のトマト品種は主にスコア３および４を有しており、いずれも抵抗性植物を示さなかった。
【００９０】
同定された抵抗性Ｓ．ピンピネリフォリウム供給源を内部Ｓ．リコペルシクム系統ＴＢ１、ＴＢ２、およびＴＯ１と交配した。続いてこれらの交配からのＦ１植物を生長させ、Ｆ２種子も得た。前記供給源、前記育種系統、前記Ｆ１および集団あたり１８４のＦ２植物を含む新たな大規模スクリーニングを設定した。接種後２週間のこのスクリーニングの親およびＦ１の平均スコアは表２で示される。個々のＦ２植物スコアは予想通りにスコア０−４の範囲で分離した。植物が第一観察で３をスコアした場合、育種系統の場合のように、当該植物を除去し、第二観察を行わなかった。
【００９１】
分離Ｆ２集団から、抵抗性植物を選択し、自家交配させた。ＱＴＬ解析から並列に開発されたマーカーを使用して（実施例２を参照されたい）、同定されたＱＴＬを有する植物を選択した。すべての３つの供給源が代表したこれらの個々の植物からの種子をその後ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、ＮＣＩＭＢ４２８８３、ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、ＮＣＩＭＢ４２８８６、ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、およびＮＣＩＭＢ４２８９０として寄託した。ＮＣＩＭＢ４２８７９、ＮＣＩＭＢ４２８８０、ＮＣＩＭＢ４２８８１、ＮＣＩＭＢ４２８８２、およびＮＣＩＭＢ４２８８３は、ＧＮＬ．３９５１との交配から開発した。ＮＣＩＭＢ４２８８４、ＮＣＩＭＢ４２８８５、およびＮＣＩＭＢ４２８８６は、ＧＮＬ．３９２０との交配から開発した。ＮＣＩＭＢ４２８８７、ＮＣＩＭＢ４２８８８、ＮＣＩＭＢ４２８８９、およびＮＣＩＭＢ４２８９０は、ＧＮＬ．３９１９との交配から開発した。
表２−ＴＢＲＦＶバイオアッセイ結果
【表２】
2021516548.tif 000003
【００９２】
実施例２
ＱＴＬマッピングおよびマーカー開発
同定された供給源からＴＢＲＦＶ抵抗性を付与するＱＴＬをマッピングするために、７つのＦ１のＦ２集団の１８４の植物をＴＢＲＦＶ抵抗性について表２から表現型化した；参照のため親も含まれた；遺伝子型化のために各植物のＤＮＡ試料を採取した。表１に従った表現型スコア０−４は全Ｆ２集団に存在した。
【００９３】
集団ごとに遺伝地図を作成し、非多型マーカーと強い分離歪みを持つマーカーを除去した。各集団について、約４００−４５０のマーカーがマップされ、平均２−３ｃＭの間隔でゲノム上に十分に分布していた。マーカーの順番を決定し、公開されているゲノムアセンブリを使用して、番号付けと連鎖群の向きを決定した。７の個々のマップからコンセンサスマップを作製した。
【００９４】
表現型スコア、遺伝子型データ、マーカー位置を含有するコンセンサスマップをＱＴＬマッピングの入力データとして使用した。ＱＴＬ解析を実施し、データのマッピングは最初に３つのＱＴＬの同定：染色体１１に１つ、染色体１２に１つ、および染色体６に１つ、をもたらした。この解析で同定され、これらのＱＴＬの検出に使用できる多型ＳＮＰマーカーは表３に示される。これらのマーカーの配列は図１に示される。これらのマーカーは、前記寄託から生長した植物におけるＱＴＬの存在を同定するために使用され得る。これらのマーカーは、前記ＱＴＬを含む任意のほかの集団における染色体１１、１２、または６のＴＢＲＦＶ抵抗性についてのＱＴＬの存在を同定するためにさらに使用できる。
表３．ＳＮＰマーカー
【表３】
2021516548.tif 000004
【図１−１】
2021516548.tif 000005
【図１−２】
2021516548.tif 000006
【図１−３】
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【図１−４】
2021516548.tif 000008
【国際調査報告】
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2021516548.tif 000010
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