(57)【要約】  癌において、ポジオチニブ治療に対する敏感性または抵抗性を示すバイオマーカー及びその使用方法を提供する。
2021502972.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポジオチニブを含む、個体の癌を治療するための薬学的組成物であって、前記個体の癌細胞は、
ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を含むものである組成物。
【請求項２】
前記癌は、乳癌、卵巣癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、大腸癌、腎臓癌、血液癌または膵腸癌である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記個体は、ＨＥＲ２陽性転移性乳癌を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記個体は、以前に、ポジオチニブではない、ＨＥＲ２標的化された癌治療を受けている、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項５】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の細胞外ドメインをコーディングする領域、または前記ＥＲＢＢ２遺伝子の１０ｋｂ以内の上流領域に１以上の突然変異を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子のｌｏｇ２（比率）値は、１以上、２以上または４以上であり、前記比率は、前記癌細胞コピー数を正常細胞コピー数で除算したものである、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項７】
前記癌細胞は、ポジオチニブ敏感性である、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項８】
ＥＲＢＢ２遺伝子領域において、前記突然変異は、配列番号１のＥＲＢＢ２のアミノ酸配列において、Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異、配列番号２のＥＲＢＢ２をコーディングするヌクレオチド配列において、１８９８番ＧのＣへの置換、配列番号３のヌクレオチド配列において、１００番ＡのＧへの置換、及び配列番号４の１００番ＣのＴへの置換からなる群から選択された１以上の置換突然変異を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異は、配列番号２のヌクレオチド配列において、１７０２番ＣのＧへの置換、１８０２番ＣのＧへの置換、１８８４番ＣのＧへの置換、２６５３番ＣのＴへの置換、４２８番ＧのＡへの置換、１３０１番ＧのＡへの置換、及び２６２０番ＧのＡへの置換からなる群から選択された１以上の置換である、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
癌を有する個体を治療するための医薬の製造において、ポジオチニブの使用であって、前記個体の癌細胞は、
ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものである使用。
【請求項１１】
癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブを投与する工程を含む、個体で癌を治療する方法であって、前記個体の癌細胞は、
ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有する方法。
【請求項１２】
前記癌は、乳癌、卵巣癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、大腸癌、腎臓癌、血液癌または膵腸癌である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記個体は、ＨＥＲ２陽性転移性乳癌を有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記個体は、以前に、ポジオチニブではない、ＨＥＲ２標的化された癌治療を受けている、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の細胞外ドメインをコーディングする領域、または前記 ＥＲＢＢ２遺伝子の１０ｋｂ以内の上流領域に１以上の突然変異を有する、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が２以上である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１７】
ＥＲＢＢ２遺伝子領域において、前記突然変異は、配列番号１のＥＲＢＢ２のアミノ酸配列において、Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異、配列番号２のＥＲＢＢ２をコーディングするヌクレオチド配列において、１８９８番ＧのＣへの置換、配列番号３のヌクレオチド配列において、１００番ＡのＧへの置換、及び配列番号４の１００番ＣのＴへの置換からなる群から選択された１以上の置換突然変異を含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１８】
Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異は、配列番号２のヌクレオチド配列において、１７０２番ＣのＧへの置換、１８０２番ＣのＧへの置換、１８８４番ＣのＧへの置換、２６５３番ＣのＴへの置換、４２８番ＧのＡへの置換、１３０１番ＧのＡへの置換、及び２６２０番ＧのＡへの置換からなる群から選択された１以上の置換である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
個体から得た癌細胞含有試料において、
ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、
前記ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程と、
前記ポジオチニブ敏感性癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブを投与する工程と、
を含む、個体においてポジオチニブ敏感性癌を治療する方法。
【請求項２０】
個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、
前記ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程
を含む、ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を確認する方法。
【請求項２１】
前記癌は、乳癌、卵巣癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、大腸癌、腎臓癌、血液癌または膵腸癌である、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記検出する工程は、個体から分離された癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということを決定するための分析の結果を提供する試験を要請する工程を含む、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記検出する工程において、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域における、１以上の突然変異は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域でＥＲＢＢ２の細胞外ドメインをコーディングする領域、またはＥＲＢＢ２遺伝子領域のＥＲＢＢ２遺伝子の１０ｋｂ以内の上流領域おける、１以上の突然変異である、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２４】
前記検出する工程は、シーケシング、サイズ分析、プライマー伸張分析、対立遺伝子特異的プライマー伸張分析、対立遺伝子特異的ヌクレオチド混成化分析、５’ヌクレアーゼ分解分析、分子ビーコンを使用する分析法、一本鎖構造多形、混成化分析及びオリゴヌクレオチド結紮分析からなる群から選択された１以上の分析を行うことを含む、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記検出する工程は、単一ヌクレオチド多形（ＳＮＰ）アレイ、比較ゲノム混成化（ＣＧＨ）、サザンブロット分析、蛍光性インサイチュ混成化（ＦＩＳＨ）及びシルバーインサイチュ混成化（ＳＩＳＨ）からなる群から選択された１以上の分析を行い、遺伝子の平均コピー単位数を測定する、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２６】
前記検出する工程において、前記癌細胞が、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有し、ＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が２以上である場合、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示すことと決定する、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２７】
前記検出する工程は、個体から得た癌細胞含有試料を提供する工程を含む、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２８】
癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程を含む、個体で癌を治療する方法であって、前記個体の癌細胞は、
ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＣＤＫ１２遺伝子の増幅の不存在、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数変異の不存在、ＢＲＣＡ１遺伝子のコピー数変異の不存在、ＳＴＡＴ３遺伝子のコピー数変異の不存在、及びＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有する方法。
【請求項２９】
個体から分離された癌細胞が、
ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＣＤＫ１２遺伝子の増幅の不存在、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数変異の不存在、ＢＲＣＡ１遺伝子のコピー数変異の不存在、ＳＴＡＴ３遺伝子のコピー数変異の不存在、及びＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するか否かということに基づいて、ポジオチニブではない、他の乳癌治療薬物で癌を治療するための個体を選択する工程であって、前記１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程と、
前記選択された個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程と、
を含む、個体で癌を治療する方法。
【請求項３０】
個体から得た癌細胞含有試料において、
ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＣＤＫ１２遺伝子の増幅の不存在、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数変異の不存在、ＢＲＣＡ１遺伝子のコピー数変異の不存在、ＳＴＡＴ３遺伝子のコピー数変異の不存在、及びＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、前記１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程と、
前記個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程と、
を含む、個体においてポジオチニブ抵抗性癌を治療する方法。
【請求項３１】
個体から得た癌細胞含有試料において、
ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異の不存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＣＤＫ１２遺伝子の増幅の不存在、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数変異の不存在、ＢＲＣＡ１遺伝子のコピー数変異の不存在、ＳＴＡＴ３遺伝子のコピー数変異の不存在、及びＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、
前記１以上の存在は、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程
を含む、ポジオチニブ抵抗性癌を有する個体を確認する方法。
【請求項３２】
前記癌は、乳癌、卵巣癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、大腸癌、腎臓癌、血液癌または膵腸癌である、請求項２８ないし３１のうちいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願へのクロス・リファレンス 
本出願は、韓国特許庁に、２０１７年１１月１４日付けで出願された韓国特許出願番号第１０−２０１７−０１５１８３１に対して優先権を主張し、そこに記載された事項は、参照として、それ全体が本明細書に導入される。
【０００２】
技術分野 
１以上の具体例は、ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を確認する方法、個体においてポジオチニブ敏感性癌を治療する方法、個体の癌を治療するための薬学的組成物及び使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
ポジオチニブは、Ｈｅｒ１、Ｈｅｒ２及びＨｅｒ４を含むＥＧＦＲファミリーを、選択的に非可逆的に阻害する低分子化合物であり、ＥＧＦＲ及びＨｅｒ２の活性化効果、及び耐性突然変異体（mutant）に対する阻害効果にも非常にすぐれるパンＨＥＲ阻害剤（pan-Ｈｅｒ inhibitor）である。ポジオチニブは、試験管内で、Ｈｅｒ１またはＨｅｒ２が過発現されたり、活性化突然変異を有したりする多様な癌腫の腫瘍細胞の成長を阻害させる。また、動物生体に、そのような腫瘍細胞を移植した異種移植動物モデルにおいて、腫瘍成長を効果的に遮断する効果を示す。
【０００４】
しかし、ポジオチニブに対する敏感性または抵抗性を示すバイオマーカーを使用し、敏感性または抵抗性の細胞を確認する方法は知られていない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
１以上の具体例は、ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を確認する方法を含む。
【０００６】
１以上の具体例は、個体において、ポジオチニブ敏感性癌を治療する方法を含む。
【０００７】
１以上の具体例は、個体の癌を治療するための薬学的組成物を含む。
【０００８】
１以上の具体例は、癌を治療するための医薬の製造における、ポジオチニブの使用を含む。
【０００９】
１以上の具体例は、ポジオチニブ抵抗性癌を有する個体を確認する方法を含む。
【００１０】
１以上の具体例は、個体において、ポジオチニブ抵抗性癌を治療する方法を含む。
【００１１】
それら、及び／または他の態様は、下記添付図面と共に考慮されるが、具体例の下記説明から明確になり、さらに容易に理解されるであろう:
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ＥＲＢＢ３遺伝子（突然変異数＝１０）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図２】ＢＡＲＤ１遺伝子（突然変異数＝９）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図３】ＮＯＴＣＨ３遺伝子（突然変異数＝１３）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図４】ＳＨ２Ｂ３遺伝子（突然変異数＝６）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図５】ＳＥＴＢＰ１遺伝子（突然変異数＝１３）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図６】ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子（突然変異数＝３４）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図７】ＣＤＫ１２遺伝子増幅（増幅がある個体数＝４２）に対して遺伝子増幅と予後（Ａ、Ｂ、及びＣ）及びＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図８】ＢＲＣＡ１遺伝子欠失（欠失個体数＝９）に係わり、遺伝子欠失及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図９】ＳＴＡＴ３遺伝子欠失（欠失個体数＝５）に関する、遺伝子欠失及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図１０】ＦＧＦＲ３遺伝子欠失または増幅（変異数＝５）に関する、遺伝子コピー数変異及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。
【図１１】ＥＲＢＢ２突然変異と予後との相関関係を示した図面である。
【図１２】ＥＲＢＢ２突然変異とＰＦＳとの相関関係を示した図面である。
【図１３】７５人の患者において、突然変異が観察された１３人の患者に対して、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその上流領域における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１４】７５人の患者において、突然変異が観察された３４人の患者に対して、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１５】７５人の患者において、突然変異が観察された１０人の患者に対して、ＥＲＢＢ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１６】７５人の患者において、突然変異が観察された９人の患者に対して、ＢＡＲＤ１遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１７】７５人の患者において、突然変異が観察された１２人の患者に対して、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１８】７５人の患者において、突然変異が観察された６人の患者に対して、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【図１９】７５人の患者において、突然変異が観察された１３人の患者に対して、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示した図面である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
課題解決手段(solution to problem)  
具体例、その例が添付された図面に例示された具体例に係わる参照は、詳細になされ、図面上で同一符号で表示された構成要素は、全体として、同一構成要素を意味する。この点において、本具体例は、異なる形態を有することができ、以下で開示される記載に限定されるものであると解釈されるものではない。従って、具体例は、ただ、本明細書の態様について説明するために、図面を参照することによって、以下に記載される。本明細書に使用されているように、用語「及び／または」は、１以上の関連した列挙事項の任意の組み合わせ、及びすべての組み合わせを含む。「少なくとも一つ」のような表現が構成要素リストの前に記載される場合、構成要素全体リストに係わるものであり、リストの個別的な構成要素に係わるものではない。
【００１４】
本明細書において、用語「個体（subject）」は、本開示が適用されたり遂行されたりする任意の個人（individual）または患者（patient）を示す。前記個体は、ヒトを含む動物でもある。前記動物は、哺乳動物でもある。前記動物は、マウス・鼠・ハムスター及びモルモットを含む齧歯類、猫、犬、兎、牛、馬、山羊、羊、豚及び霊長類（猿、チンパンジー、オランウータン及びゴリラ）を含む。
【００１５】
本明細書において、用語「ポジオチニブ敏感性（sensitive to poziotinib）」または「ポジオチニブ敏感性癌（poziotinib-sensitive cancer)」は、ポジオチニブ不在時に比べ、ポジオチニブ存在時、低減された成長を有する細胞または癌を示す。敏感性（sensitivity）は、前記細胞に対するポジオチニブの細胞毒性（cytotoxic）、または細胞静止効果（cytostatic effect）を示すことができる。敏感性細胞または細胞株は、ポジオチニブの存在下において、成長速度（growth rate）が、１．５，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０または２５倍以上変化する。敏感性は、またゲノム配列または遺伝子コピー数の変化、特定蛋白質またはｍＲＮＡ発現の増加または減少などによっても測定される。前記敏感性の細胞または細胞株は、特定蛋白質またはｍＲＮＡの発現が、１．５，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０または２５倍以上変化する。
【００１６】
本明細書において、用語「ポジオチニブ抵抗性（resistant to poziotinib）」または「ポジオチニブ抵抗性癌（poziotinib-resistant cancer）」は、ポジオチニブ存在時、正常（または、基底）成長を有し、ポジオチニブの不存在時と実質的に類似している細胞または癌を示す。抵抗性（resistance）は、ポジオチニブの存在下での細胞成長速度の相対的な維持、あるいはゲノム配列または遺伝子のコピー数の変化、または特定蛋白質発現またはｍＲＮＡ発現の増加または減少などによっても測定される。
【００１７】
抵抗性細胞または細胞株は、ポジオチニブ存在時、１以上の抵抗性バイオマーカーパラメータにおいて、１．５，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０，２５倍以上の変化を有することができる。
【００１８】
本明細書において、用語「治療学的有効量（therapeutically effective amount）」または「有効量（effective amount）」は、本明細書に記述されたポジオチニブの量が、症状の緩和、例えば、関連する医学的状態の治療、治癒（healing）、予防または改善、あるいはそのような状態（conditions）の治療、治癒、予防または改善の速度上昇を引き起こすに十分であること、典型的には、治療された患者集団において、統計的に有意の改善を提供することを示す。単独に投与される個別活性成分に言及するとき、治療学的な有効量または用量（dose）は、その成分のみを意味する。組み合わせ物を指すとき、連続的に（serially）または同時的にということを含み、組み合わせていかに投与されても、治療効果をもたらす活性成分の組み合わされた量を意味する。多様な 具体例において、ポジオチニブの治療学的有効量は、食欲喪失、口腔痛症、上腹部痛症、疲労、腹部膨脹、持続的な痛症、骨痛症、吐き気、嘔吐、便秘、体重減少、頭痛、直腸出血、夜間発汗、消化不良及び痛症排尿を含む癌と係わる症状を緩和させることができる。
【００１９】
本明細書において、用語「治療（treatment）」は、予防的治療（prophylatic treatment）または治療的治療（therapeutic treatment）を示す。１以上の具体例において、「治療」は、治療目的または予防目的のために、化合物または組成物を個体に投与することを示す。
【００２０】
「治療的（therapeutic）」治療は、徴候（signs）または症状（symptoms）を低減させたり除去させたりするための病理学的な徴候または症状を示す個体に投与する治療である。徴候または症状は、生化学的、細胞性、組織学的、機能的または物理的、主観的または客観的なものでもある。
【００２１】
「予防的（prophylactic）」治療は、病理（pathology）発生危険を低減させるために、疾病の徴候を示さないか、あるいは疾病の初期徴候のみを示す個体に投与する治療である。本明細書に記載された化合物または組成物は、病理発生の可能性（likelihood）を低減させるか、あるいは発生したならば、前記病理の深刻性を最小化させるために、予防的治療としても提供される。
【００２２】
「薬学的組成物（pharmaceutical composition）」は、ヒト及び哺乳動物を含む対象動物において、薬学的用途に適する組成物を示す。該薬学的組成物は、治療的有効量の、本願に記述されたポジオチニブまたは他の産物（product）、選択的には、他の生物学的活性剤、及び選択的には、薬学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤を含む。一具体例において、薬学的組成物は、活性成分、及び担体を構成する不活性成分を含む組成物だけではなく、２以上の成分の組み合わせ（combination）、複合体化（complexation）または凝集（aggregation）、または１以上の成分の解離（dissociation）、または１以上の成分の他類型の反応または相互作用から、直接または間接的に生成される産物を含む。従って、本開示の薬剤学的組成物は、本開示の化合物と薬剤学的に許容される賦形剤、担体または希釈剤を混合して製造された任意の組成物を含む。前記薬学的組成物は、単一投与剤形（unit dosage form）でもある。前記薬学的組成物は、経口または非経口（parenterally）の剤形を有することができる。前記薬学的組成物は、錠剤または注射剤の形態を有するものでもある。ポジオチニブを含む薬学的組成物の例は、米国特許公開ＵＳ２０１３００７１４５２Ａ１に開示されており、その内容は、援用によって本明細書に含まれる。
【００２３】
「薬学的に許容可能な担体（pharmaceutically acceptable carrier）」は、リン酸緩衝生理食塩水（phosphate buffered saline solution）、デキストロースの５％水溶液、及びエマルジョン（例えば、オイル／水または水／オイルのエマルジョン）のような任意の標準薬剤学的担体、緩衝剤などを意味する。賦形剤の非制限的な例は、補助剤、結合剤、充填剤、希釈剤、崩壊剤、乳化剤、湿潤剤、潤滑剤、滑沢剤、甘味剤、香料及び着色剤を含む。望ましい薬学的担体は、活性剤の意図された投与方式に依存する。典型的な投与方式は、腸内（例えば、経口）または非経口（例えば、皮下・筋肉内・静脈内または腹腔内の注射、あるいは局所、経皮または粘膜の投与）を含む。
【００２４】
本明細書において、活性剤の「薬学的に許容可能な（pharmaceutically acceptable）」または「薬理学的に許容可能な（pharmacologically acceptable）」塩は、生物学的、または他の方式として、望ましくない物質ではないのである。すなわち、前記塩は、望ましくない生物学的効果を起こさず、またはそれが含有された組成物の任意の成分、あるいは個体の身体上または内部に存在する任意の成分と有害な方式で相互作用せずにも個体に投与される。
【００２５】
本明細書において、「核酸（nucleic acid）」または「オリゴヌクレオチド（oligonucleotide）」または「ポリヌクレオチド（polynucleotide）」またはその文法的等価物は、共に共有的に連結された２個以上のヌクレオチドを意味する。核酸は、一般的に、一本鎖形態または二本鎖形態のデオキシリボヌクレオチド重合体またはリボヌクレオチド重合体（純粋または混合）である。該用語は、標準核酸（reference nucleic acid）と類似した結合、構造または機能的性質を有し、標準ヌクレオチドと類似した方式で代謝される、合成された、天然発生的及び非自然発生的なヌクレオチド類似体、あるいは変形されたバックボーン残基、または結合（linkage）を含む核酸を含んでもよい。そのような類似体の非制限的な例は、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、メチルホスホネート、キラル−メチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド及びペプチド−核酸（ＰＮＡ）を含む。一部の場合、１以上の異なる結合を有することができる核酸類似体、例えば、ホスホルアミデート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートまたはＯ−メチルホスホロアミダイト結合が含まれるが、核酸は、一般的には、ホスホジエステル結合を含むであろう。用語「核酸」は、ある状況においては、遺伝子、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドと相互交換可能にも使用される。
【００２６】
本明細書において、用語「ポリペプチド（polypeptide）」、「ペプチド（peptide）」及び「蛋白質（protein）」は、典型的に、アミノ酸残基の重合体を指すために、相互交換的に使用される。アミノ酸は、一般的に知られた三文字記号、またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢバイオケミストリー命名委員会（ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ Biochemical Nomenclature Commission）で勧める一文字記号によっても表示される。
【００２７】
本明細書において、用語「試料（sample）」及び「生物学的試料（biological sample）」は、本明細書に開示された発明に適する任意の試料を示す。前記試料は、核酸及び／または蛋白質を含む。本発明の生物学的試料は、組織試料、例えば、唾液生検、コア針生検または切除生検からなる群から選択された生検試料（specimen）でもある。１具体例において、本発明の生物学的試料は、体液、例えば、血液、血清、血漿、痰（sputum）、肺吸引物（lung aspirate）または尿でもある。
【００２８】
本明細書において、用語「増幅（amplification）」は、遺伝子またはアンプリコン（amplicon）と係わって使用されるとき、ｌｏｇ２（比率）＞１、言い換えれば、増幅イベントが、前述の遺伝子またはアンプリコンの数を正常細胞に比べ、２倍以上になるようにすることを示す。ここで、ｌｏｇ２（比率）において、該比率は、（対象細胞のコピー数／正常細胞のコピー数）を示す。正のｌｏｇ２（比率）（「positive log−ratio」ともいう）である場合、ＤＮＡコピー数獲得（gain）を示し、負のｌｏｇ２（比率）（以下、「negative log−ratio」ともいう）は、ＤＮＡコピー数の損失（loss）または欠失（deletion）を示す。従って、ＤＮＡコピー数損失または欠失は、（対象細胞のコピー数／正常細胞のコピー数）値が１未満、すなわち、対象細胞のコピー数が正常細胞のコピー数より少ないことを示す。以下、用語ＤＮＡコピー数「損失」及び「欠失」は、互いに交換可能に使用される。前記染色体のコピー数増幅は、ｌｏｇ２（比率）値が、１以上、２以上、３以上、６以上または７以上でもある。
【００２９】
本明細書において、用語「正常細胞（normal cells）」または「対応する正常細胞（corresponding normal cells）」は、前記癌細胞タイプのような器官（organ）に由来した同タイプの細胞を示す。一態様において、前記対応する正常細胞は、健康な個人から得られた細胞の試料を含む。そのような対応する正常細胞は、試験されている癌細胞を提供する個体と年齢マッチし、かつ／または同一性別である個体からも得られるが、その限りではない。他の態様において、前記対応する正常細胞は、癌を有する個体の他の健康な組織部分から得られた細胞の試料を含んでもよい。１以上の 具体例において、ゲノム増幅の決定は、癌由来のゲノムを正常細胞のそれとの比較によってもなされる。
【００３０】
第１態様は、ポジオチニブを含む、個体の癌を治療するための薬学的組成物であって、前記個体の癌細胞は、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流（upstream）で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を含むものである組成物を提供する。
【００３１】
前記癌は、乳癌、卵巣癌、頭頸部癌、肺癌、胃癌、大腸癌、腎臓癌、血液癌または膵腸癌でもある。
【００３２】
ポジオチニブ、すなわち、１−［４−［４−（３，４−ジクロロ−２−プルオロアニリノ）−７−メトキシキナゾリン−６−イル］オキシピペリジン−１−イル］プロプ−２−円−１−オン、またはその薬剤学的に許容可能な水和物及び／または塩は、化学式１の構造を有する。
【化１】
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【００３３】
前記薬剤学的に許容可能な塩（pharmaceutically acceptable salt）は、無機塩、有機酸塩または金属塩でもある。前記無機塩は、塩酸塩、リン酸塩、硫酸塩または二硫酸塩（disulfuric acid salts）でもある。前記有機酸塩は、リンゴ酸、マレイン酸、クエン酸、フマル酸、ベシル酸、カンシル酸またはエジシル酸の塩でもある。前記金属塩は、カルシウム塩、ナトリウム塩、マグネシウム塩、ストロンチウム塩またはカリウム塩でもある。一具体例において、ポジオチニブは、塩酸塩であり、錠剤でもある。ポジオチニブは、０．１ｍｇないし５０ｍｇ／体重ｋｇ／日の量でも投与される。
【００３４】
ポジオチニブは、Ｈｅｒ１、Ｈｅｒ２及びＨｅｒ４を含むＥＧＦＲファミリーを、選択的であって非可逆的に阻害する低分子化合物であり、ＥＧＦＲ及びＨｅｒ２の活性化、並びに耐性突然変異体（mutant）に対する阻害の効果にも非常にすぐれるパンＨＥＲ阻害剤（pan−Ｈｅｒ inhibitor）である。ポジオチニブの活性は、米国特許ＵＳ８，１８８，１０２Ｂ及び同ＵＳ２０１３／００７１４５２Ａ１に開示されており、それら文献は、援用によって本明細書に含まれる。米国特許ＵＳ８，１８８，１０２Ｂにおいて、化学式Ｉの化合物は、実施例３６の化合物である。ポジオチニブは、試験管内において、Ｈｅｒ１またはＨｅｒ２の過発現や、活性化突然変異を有する多様な癌腫の腫瘍細胞の成長を阻害させ、ゲフィチニブ（gefitinib）またはエルロチニブ（erlotinib）に対して耐性を帯びる肺癌細胞の成長も、効果的に阻害させる。また、動物生体に、そのような腫瘍細胞を移植した異種移植動物モデルにおいて、腫瘍成長を効果的に遮断する効果を示す。それだけではなく、ポジオチニブは、ＥＧＦＲ及びその突然変異に対する広範囲であって卓越した阻害効果を示し、知られた他のＥＧＦＲ標的抗体薬物及び低分子薬物の耐性領域まで含み、治療領域が広範囲であり、さらに効果的でもある。それを基にした他の薬物との併用療法も、多様な固形癌の耐性に対する効果改善、既存治療剤より改善された反応率、及び生存期間延長効果を示すことができる。
【００３５】
ポジオチニブは、乳癌を含む癌治療に対し、現在臨床試験中にある。本発明は、そのような臨床試験結果を基に、ポジオチニブ敏感性またはポジオチニブ抵抗性のバイオマーカーを見い出した。
【００３６】
前記薬学的組成物は、治療的有効量のポジオチニブではない他の癌治療剤、薬学的に許容される賦形剤、担体及び希釈剤のうち１以上を含んでもよい。前記他の癌治療剤は、ＥＧＦＲファミリー阻害剤でもある。
【００３７】
本明細書において、用語「ＨＥＲ２」は、ヒトにおいて、ＥＲＢＢ２遺伝子によってコーディングされる蛋白質を示す。「ＨＥＲ２」は、ＥＲＢＢ２（ヒト）、ＨＥＲ２／ｎｅｕまたはＥｒｂｂ２（齧歯類）とも言う。
【００３８】
本明細書において、用語「ＰＩＫ３ＣＡ」は、ホスファチジルイノシトール−４，５−ビスホスフェート３−キナーゼ、触媒サブユニットアルファ（catalytic subunit alpha）を示す。ＰＩＫ３ＣＡは、クラスＩ ＰＩ ３−キナーゼ触媒サブユニットであり、ｐ１１０α蛋白質とも言う。ＰＩＫ３ＣＡは、配列番号５のアミノ酸配列を有し、配列番号６のヌクレオチド配列によってコーディングされるものでもある。
【００３９】
本明細書において、用語「ＢＡＲＤ１（ＢＲＡＣ１−associated ＲＩＮＧ protein １）」は、ヒトにおいては、ＢＡＲＤ１遺伝子によってコーディングされる蛋白質である。ヒトＢＡＲＤ１蛋白質は、７７７アミノ酸を有し、ＲＩＮＧフィンガードメイン、４個ankryin反復及び２タンデムＢＲＣＴドメインを含む。
【００４０】
本明細書において、用語「ＳＥＴＢＰ１（ＳＥＴ binding protein １）」は、ヒトにおいては、ＳＥＴＢＰ１遺伝子によってコーディングされる蛋白質である。ヒトにおいて、該遺伝子は、１９番染色体の長腕（ｑ）１２．３、すなわち、１８ｑ１２．３に位置すると知られている。
【００４１】
本明細書において、用語「ＮＯＴＣＨ３（neurogenic locus notch homolog protein ３）」は、ヒトにおいては、ＮＯＴＣＨ３遺伝子によってコーディングされる蛋白質である。ヒトにおいて、該遺伝子は、１９番染色体のｐ１３．１２、すなわち、１９ｐ１３．１２に位置すると知られている。
【００４２】
本明細書において、用語「ＳＨ２Ｂ３（ＳＨ２Ｂ adapter protein ３）」は、リンパ球アダプタ蛋白質（ＬＮＫ：lymphocyte adapter protein）とも知られており、ヒトにおいては、１２番染色体上において、ＳＨ２Ｂ３遺伝子によってコーディングされる蛋白質である。
【００４３】
本明細書において、用語「ＣＤＫ１２（ＣＤＫ１２ cyclin-dependent kinase １２）」は、ヒトにおいては、ＣＤＫ１２遺伝子によってコーディングされる蛋白質キナーゼである。該酵素は、シクリン依存性キナーゼ蛋白質ファミリーの一員である。
【００４４】
本明細書において、用語「ＢＲＣＡ１」は、腫瘍抑制蛋白質である。ＢＲＣＡ１は、ヒトにおいて、１７ｑ１２．３１の染色体上で発現されると知られている。
【００４５】
本明細書において、用語「ＳＴＡＴ３（signal transducer and activator of transcription ３）」は、ヒトにおいて、ＳＴＡＴ３遺伝子によってコーディングされる転写因子（transcription factor）である。ＳＴＡＴ３は、ヒトにおいて、１７ｑ２１．２の染色体上で発現されると知られている。
【００４６】
本明細書において、用語「ＦＧＦＲ３（fibroblast growth factor receptor ３）」は、ＦＧＦＲファミリーの一員であり、ヒトにおいて、ＦＧＦＲ３遺伝子によってコーディングされる蛋白質である。
【００４７】
前記組成物において、前記個体は、乳癌を有するものでもある。前記個体は、ＨＥＲ２陽性転移性乳癌を有するものでもある。前記個体は、以前、ポジオチニブではない、ＨＥＲ２標的化された癌治療を受けてもよい。前記癌治療は、ＨＥＲ２標的化された癌治療剤による治療でもある。前記治療剤は、ＥＧＦＲ阻害剤でもある。前記ＥＧＦＲ阻害剤は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、カネチニブ、ペリチニブ、ネラチニブ、（Ｒ，Ｅ）−Ｎ−（７−クロロ−１−（１−（４−（ジメチルアミノ）ブト−２−エノイル）アゼパン−３−イル）−１Ｈ−ベンゾ［ｄ］イミダゾール−２−イル）−２−メチルイソニコチンアミド、トラスツズマブ、マルゲツキシマブ、パニツムマブ、マツズマブ、ネシツムマブ、ペルツズマブ、ニモツズマブ、ザルツムマブ、ネシツムマブ、セツキシマブ、イコチニブ、アファチニブ、及びその薬剤学的に許容可能塩から選択されたものでもある。前記治療剤は、抗ＥＧＦＲファミリー抗体、または前記抗ＥＧＦＲファミリー抗体を含む複合体でもある。前記抗ＥＧＦＲファミリー抗体は、抗ＨＥＲ１抗体、抗ＨＥＲ２抗体または抗ＨＥＲ４抗体でもある。
【００４８】
前記組成物において、前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、１以上、例えば、２以上、３以上または４以上の突然変異を有するものでもある。
【００４９】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の細胞外ドメイン（extracellular domain）をコーディングする領域、または前記上流領域に、１以上、例えば、２以上、３以上または４以上の突然変異を有するものでもある。
【００５０】
前記組成物において、前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が、２以上、例えば、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、１６以上、２ないし６、２ないし５、３ないし６、３ないし５、または４ないし６であるものでもある。
【００５１】
前記癌細胞は、ポジオチニブ敏感性でもある。
【００５２】
前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域において、前記突然変異は、点突然変異（point mutation）でもある。前記点突然変異は、アミノ酸置換を引き起こすもの、ｍＲＮＡスプライシング（splicing）を引き起こすもの、または前記上流領域の点突然変異でもある。前記突然変異は、配列番号１のＥＲＢＢ２のアミノ酸配列において、Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異、配列番号２のＥＲＢＢ２をコーディングするヌクレオチド配列において、１８９８番ＧのＣへの置換、配列番号３のヌクレオチド配列において、１００番ＡのＧへの置換、及び配列番号４の１００番ＣのＴへの置換からなる群から選択された１以上の置換突然変異を含むものでもある。配列番号１及び３は、それぞれＥＲＢＢ２のアミノ酸配列及びヌクレオチド配列であり、配列番号３及び４は、ＥＲＢＢ２遺伝子の上流領域のヌクレオチド配列である。Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異は、配列番号２のヌクレオチド配列において、１７０２番ＣのＧへの置換、１８０２番ＣのＧへの置換、１８８４番ＣのＧへの置換、２６５３番ＣのＴへの置換、４２８番ＧのＡへの置換、１３０１番ＧのＡへの置換、及び２６２０番ＧのＡへの置換からなる群から選択された１以上の置換でもある。
【００５３】
第２態様は、乳癌を有する個体を治療するための医薬の製造における、ポジオチニブの使用であって、前記個体の乳癌細胞は、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものである使用を提供する。
【００５４】
第３態様は、乳癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブを投与する工程を含む、個体において乳癌を治療する方法であって、前記個体の乳癌細胞は、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に、１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するところの方法を提供する。
【００５５】
前記方法において、前記個体は、ＨＥＲ２陽性転移性癌を有するものでもある。前記ＨＥＲ２標的化された癌治療を受けでもよい。前記癌治療は、ＨＥＲ２標的化された癌治療剤による治療でもある。前記治療剤は、ＥＧＦＲ阻害剤でもある。前記ＥＧＦＲ阻害剤は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、カネチニブ、ペリチニブ、ネラチニブ、（Ｒ，Ｅ）−Ｎ−（７−クロロ−１−（１−（４−（ジメチルアミノ）ブト−２−エノイル）アゼパン−３−イル）−１Ｈ−ベンゾ［ｄ］イミダゾール−２−イル）−２−メチルイソニコチンアミド、トラスツズマブ、マルゲツキシマブ、パニツムマブ、マツズマブ、ネシツムマブ、ペルツズマブ、ニモツズマブ、ザルツムマブ、ネシツムマブ、セツキシマブ、イコチニブ、アファチニブ、及びその薬剤学的に許容可能塩から選択されたものでもある。前記治療剤は、抗ＥＧＦＲファミリー抗体、または前記抗ＥＧＦＲファミリー抗体を含む複合体でもある。前記抗ＥＧＦＲファミリー抗体は、抗ＨＥＲ１抗体、抗ＨＥＲ２抗体または抗ＨＥＲ４抗体でもある。
【００５６】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、１以上、例えば、２以上、３以上または４以上の突然変異を有するものでもある。
【００５７】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の細胞外ドメインをコーディングする領域、または前記上流領域に、１以上、例えば、２以上、３以上または４以上の突然変異を有するものでもある。
【００５８】
前記癌細胞は、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が、２以上、例えば、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、１６以上、２ないし６、２ないし５、３ないし６、３ないし５、または４ないし６であるものでもある。
【００５９】
前記癌細胞は、ポジオチニブ敏感性でもある。
【００６０】
ＥＲＢＢ２遺伝子領域において、前記突然変異は、点突然変異でもある。前記点突然変異は、アミノ酸置換を引き起こすもの、ｍＲＮＡスプライシングを引き起こすもの、または前記上流領域の点突然変異でもある。前記突然変異は、配列番号１のＥＲＢＢ２のアミノ酸配列において、Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異、配列番号２のＥＲＢＢ２をコーディングするヌクレオチド配列において、１８９８番ＧのＣへの置換、配列番号３のヌクレオチド配列において、１００番ＡのＧへの置換、及び配列番号４の１００番ＣのＴへの置換からなる群から選択された１以上の置換突然変異を含むものでもある。Ｑ５６８Ｅ、Ｐ６０１Ｒ、Ｉ６２８Ｍ、Ｐ８８５Ｓ、Ｒ１４３Ｑ、Ｒ４３４Ｑ及びＥ８７４Ｋからなる群から選択された１以上のアミノ酸置換を引き起こすヌクレオチド突然変異は、配列番号２のヌクレオチド配列において、１７０２番ＣのＧへの置換、１８０２番ＣのＧへの置換、１８８４番ＣのＧへの置換、２６５３番ＣのＴへの置換、４２８番ＧのＡへの置換、１３０１番ＧのＡへの置換、及び２６２０番ＧのＡへの置換からなる群から選択された１以上の置換でもある。
【００６１】
前記投与は、経口または非経口によってもなる。該非経口投与は、皮下注射、静脈内投与、筋肉内投与、内臓内投与、真皮内投与、腹膜内投与などを含む。
【００６２】
第４態様は、個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということを検出する工程であって、前記ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程と、前記ポジオチニブ敏感性癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブを投与する工程と、を含む、個体においてポジオチニブ敏感性癌を治療する方法を提供する。
【００６３】
第５態様は、個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということを検出する工程であって、前記ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程を含む、ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を確認する方法を提供する。
【００６４】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程は、個体から分離された癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということを決定するための分析の結果を提供する試験を要請する工程を含んでもよい。第４態様において、前記要請は、投与する工程を遂行する者と異なる者に要請するものでもある。
【００６５】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程は、個体から得た癌細胞含有試料を提供する工程を含んでもよい。また、前記検出する工程は、前記試料において、核酸またはその発現産物を分析する工程を含んでもよい。前記分析は、ＥＲＢＢ２遺伝子、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域、ＥＲＢＢ３遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＳＥＴＢＰ１遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子、ＳＨ２Ｂ３遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＢＲＣＡ１遺伝子、ＳＴＡＴ３遺伝子、及びＦＧＦＲ３遺伝子からなる群から選択された１以上において、突然変異及び遺伝子コピー数のレベルを測定するものでもある。前記分析は、当該技術分野で知られている方法によっても行われる。
【００６６】
前記検出する工程は、シーケシング（sequencing）、サイズ分析、プライマー伸張分析、対立遺伝子特異的プライマー伸張分析、対立遺伝子特異的ヌクレオチド混成化分析、５’ヌクレアーゼ分解分析、分子ビーコンを使用する分析法、一本鎖構造多形（single-stranded conformation polymorphism）、混成化分析、及びオリゴヌクレオチド結紮（ligation）分析からなる群から選択された１以上の分析を行うことを含んでもよい。そのような分析により、遺伝子中の突然変異のレベルを測定することができる。
【００６７】
前記検出する工程は、ＥＲＢＢ２遺伝子、ＥＲＢＢ３遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＳＥＴＢＰ１遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子、ＳＨ２Ｂ３遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＢＲＣＡ１遺伝子、ＳＴＡＴ３遺伝子及びＦＧＦＲ３遺伝子からなる群から選択された１以上の遺伝子の平均コピー単位数を測定し、平均コピー単位数増幅があるか否かということを確認する工程を含んでもよい。平均コピー単位数測定は、当該技術分野で知られている方法によっても行われる。前記平均コピー単位数測定は、単一ヌクレオチド多形（ＳＮＰ：single nucleotide polymorphism）アレイ、比較ゲノム混成化（ＣＧＨ：comparative genomic hybridization）、サザンブロット分析、蛍光性インサイチュ混成化（ＦＩＳＨ）及びシルバーインサイチュ混成化（ＳＩＳＨ）からなる群から選択された１以上の分析を行うことを含んでもよい。
【００６８】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程において、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、２以上、３以上または４以上の突然変異の存在は、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示すものでもある。
【００６９】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程において、前記ＥＲＢＢ２遺伝子の細胞外ドメインをコーディングする領域、または前記上流領域に、１以上、例えば、２以上、３以上または４以上の突然変異の存在は、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示すものでもある。
【００７０】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程において、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、１以上の突然変異が存在し、かつＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が、２以上、例えば、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、１６以上、２ないし６、２ないし５、３ないし６、３ないし５、または４ないし６である場合、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示すものでもある。
【００７１】
第４態様及び第５態様において、前記方法は、試料において、前記遺伝子の発現レベルを測定する工程を含んでもよい。前記発現レベルは、前記遺伝子から発現されるｍＲＮＡまたは蛋白質のレベルでもある。前記測定する工程は、転写体発現アレイ、ＲＮＡインサイチュ混成化（ＲＮＡ in situ hybridization）、ノーザンブロット分析、直接的なエクソン及び転写体の配列分析（sequencing）を介した転写体係数（enumeration）のうち１以上を含んでもよい。蛋白質のレベルを分析する工程は、蛋白質アレイ（例：ＥＬＩＳＡ、及び逆相（reverse phase）蛋白質分析ＲＰＰＡ、あるいは細胞または組織破砕物（lysate）または抽出物（extract）のウェスタンブロット分析）、標的蛋白質の存在に係わる組織切片の免疫組織化学染色分析（ＩＨＣ：immunohistochemical staining analysis）、あるいは標的蛋白質の蛋白質発現の増加を検出するための抗体基盤方法を含んでもよい。
【００７２】
第４態様及び第５態様において、前記検出する工程は、個体から得た癌細胞由来ポリヌクレオチド及び／または蛋白質を提供する工程と、前記ポリヌクレオチド及び／または蛋白質をマイクロアレイと接触させ、テスト試料に係わる突然変異プロファイル、遺伝子及び蛋白質の発現プロファイルを提供する工程と、前記突然変異プロファイル、遺伝子及び蛋白質の発現プロファイルを、対照群試料から得たプロファイルと比較する工程と、を含んでもよい。前記マイクロアレイは、標的ヌクレオチドに結合するポリヌクレオチドプローブ、または標的蛋白質に結合する結合物質が固定されたものでもある。前記結合物は、抗体でもある。
【００７３】
第６態様は、個体から分離された癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということに基づいて、ポジオチニブで癌を治療するための個体を選択する工程であって、前記１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程と、前記選択された個体に、治療的有効量のポジオチニブを投与する工程と、を含む、個体で癌を治療する方法を提供する。
【００７４】
前記方法において、前記選択する工程は、個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、前記１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに敏感性であることを示す工程を含んでもよい。前記検出する工程は、前記の通りである。
【００７５】
前記選択する工程は、個体から分離された癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するか否かということを決定するための分析の結果を提供する試験を要請する工程を含んでもよい。前記要請は、投与する工程を遂行する者と異なる者に要請するものでもある。
【００７６】
前記選択する工程は、個体から得た癌細胞含有試料を提供する工程と、前記試料を分析し、前記癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有するものを確認する工程と、前記癌細胞が、ＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその１０ｋｂ以内の上流で構成されるＥＲＢＢ２遺伝子領域に１以上の突然変異を有するもの、ＥＲＢＢ３野生型遺伝子、ＢＡＲＤ１野生型遺伝子、ＳＥＴＢＰ１野生型遺伝子、ＰＩＫ３ＣＡ野生型遺伝子、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に１以上の突然変異を有するもの、ＣＤＫ１２遺伝子のコピー数増幅、ＢＲＣＡ１遺伝子コピー数の欠失、ＳＴＡＴ３遺伝子コピー数の欠失、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異がないものからなる群から選択された１以上を有する場合、前記個体をポジオチニブで治療するための個体として決定する工程と、を含んでもよい。
【００７７】
前記選択する工程は、前記癌細胞が、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、１以上、例えば、２以上の突然変異を有する場合、前記個体をポジオチニブで治療するための個体として選択することを含んでもよい。
【００７８】
前記選択する工程は、前記癌細胞が、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域において、ＥＲＢＢ２の細胞外ドメインをコーディングする領域、またはＥＲＢＢ２遺伝子の前記上流領域において、１以上の突然変異を有する場合、前記個体をポジオチニブで治療するための個体として選択することを含んでもよい。
【００７９】
前記選択する工程は、前記癌細胞が、前記ＥＲＢＢ２遺伝子領域に、１以上の突然変異を有し、ＥＲＢＢ２遺伝子の平均コピー単位数が２以上である場合、前記個体をポジオチニブで治療するための個体として選択するものでもある。
【００８０】
第１態様ないし第６態様で、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における１以上の突然変異は、Ｒ７５Ｑ、Ｄ１１７１Ｖ、Ｃ３８８Ｙ、Ｄ１５９８Ｖ、Ｅ１１６１Ｋ、Ｇ１３４７Ｒ、Ｒ１１７５Ｗ、Ａ１９８Ｖ、Ｐ２１９１Ｌ、Ｄ１４４３Ａ、Ｒ１１７５Ｗ、Ｒ１７６１Ｃ、Ｌ１５１８Ｍ、Ｒ１３０９Ｌ、Ｒ１１７５Ｗ及びＲ５７２Ｌからなる群から選択された１以上でもある。また、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における１以上の突然変異は、Ｉ５６８Ｔ、Ａ５３６Ｔ、Ｒ５５１Ｗ、Ａ１０２Ｓ及びＩ５６８Ｔからなる群から選択された１以上でもある。
【００８１】
第７態様は、癌を有する個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程を含む、個体で癌を治療する方法であって、前記個体の癌細胞は、ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するところの方法を提供する。
【００８２】
第８態様は、個体から分離された癌細胞が、ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するか否かということに基づいて、ポジオチニブではない、他の癌治療薬物で癌を治療するための個体を選択する工程であって、前記１以上の存在は、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程と、前記選択された個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程と、を含む、個体で癌を治療する方法を提供する。
【００８３】
第９態様は、個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、前記１以上を有するものは、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程と、前記個体に、治療的有効量のポジオチニブではない、他の癌治療薬物を投与する工程と、を含む、個体においてポジオチニブ抵抗性癌を治療する方法を提供する。
【００８４】
第１０態様は、個体から得た癌細胞含有試料において、ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異の存在、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異の存在、並びにＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数変異の存在からなる群から選択された１以上を有するものを検出する工程であって、前記１以上の存在は、前記癌細胞がポジオチニブに抵抗性であることを示す工程を含む、ポジオチニブ抵抗性癌を有する個体を確認する方法を提供する。
【００８５】
第７態様ないし１０態様において、ＥＲＢＢ３遺伝子における１以上の突然変異の存在は、Ｔ３５５Ｉ、Ｒ９６７Ｋ、Ｒ１１２７Ｈ、Ｅ１１８９Ｋ、Ｔ１３４２Ｋ、Ｒ１１２７Ｈ及び１０９３＿１０９６ｄｅｌからなる群から選択された１以上を引き起こすヌクレオチド突然変異、ＢＡＲＤ１遺伝子における１以上の突然変異は、３５９＿３６９ｄｅｌ及びＶ５７１Ｅからなる群から選択された１以上を引き起こすヌクレオチド突然変異、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における１以上の突然変異は、Ｖ１４５０Ｍ、Ｒ１００８Ｈ、Ｔ１０７８Ｈ、Ｈ１２０６Ｌ、Ｅ１４６６Ｄ、Ｒ６２７Ｃ、Ｅ７４０Ｋ及びＥ１４６６Ｄからなる群から選択された１以上を引き起こすヌクレオチド突然変異、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１以上の突然変異は、Ｉ８８９Ｍ、Ｅ５４２Ｋ、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ及びＥ５４５Ｋからなる群から選択された１以上を引き起こすヌクレオチド突然変異でもある。
【実施例】
【００８６】
以下、本発明について、実施例を介して、さらに詳細に説明する。しかし、それら実施例は、本発明について例示的に説明するためのものであり、本発明の範囲は、それら実施例に限定されるものではない。
【００８７】
実施例１：乳癌患者の遺伝的情報によるポジオチニブの効能
本発明者らは、乳癌患者にポジオチニブを投与し、患者の遺伝型による効能を確認した。
【００８８】
１．ポジオチニブ投与、及び乳癌患者の遺伝型分析
ポジオチニブは、現在臨床開発中にあるパンＨＥＲ（pan−ＨＥＲ）阻害剤小分子乳癌治療剤である。ポジオチニブは、前臨床及び初期臨床の研究において、ＨＥＲファミリーチロシンキナーゼの非可逆的阻害を介して、強力な抗腫瘍活性を示した。最近、ポジオチニブ単独治療（monotherapy）のオープンラベル・多中心・二相試験を介して、ポジオチニブが、２回以上のＨＥＲ２標的治療に失敗したＨＥＲ２陽性転移性乳癌を有する患者に対する乳癌選択事項（option）であるか否かということを評価した。本発明者らは、ＨＥＲ２陽性転移性乳癌の遺伝的プロファイルを評価し、ＨＥＲ２陽性転移性乳癌（ＭＢＣ）に対するポジオチニブの潜在的バイオマーカーを調査した。
【００８９】
実験方法は、次の通りである。ＭＢＣを有する全ての参加者は、米国臨床癌学会及び米国病理学者大学ＨＥＲ２ガイドライン（American Society of Clinical Oncology／College of-American Pathologiest Ｈｅｒ２ guideline）によって決定されたＨＥＲ２陽性転移性乳癌として診断された。それら患者から、新鮮な組織試料またはＦＦＰＥ試料を得て、ネクストジェネレーションシーケシングのためのＤＮＡ及びＲＮＡの抽出に使用した。
【００９０】
本発明者らは、前記試料からＤＮＡ及びＲＮＡを抽出し、ＮＧＳ（next generation sequencing）を行った。カスタマイズされた３８１癌遺伝子パネル（CancerＳＣＡＮＴＭ、三星病院自体制作）を使用し、標的化されたディープシーケシングを行い、シーケシングデータと免疫組織化学と臨床結果（clinical outcome）との相関関係を分析した。
【００９１】
前記乳癌患者にポジオチニブの有効量を投与した。その結果、患者の予後を観察した。該予後は、部分寛解（ＰＲ：partial remission）、安定的疾病（ＳＤ：stable disease）及び進行的疾病（ＰＤ：progressive disease）で区分して確認した。また、各患者に対し、病気進行のない生存期間（ＰＦＳ：progress free survival）を確認した。
【００９２】
２．遺伝型及びポジオチニブ治療に対する敏感性分析結果
２０１５年４月から２０１６年２月まで、１０６人の患者が臨床試験に登録された。それら患者のうち７５人に対し、バイオマーカーデータが利用可能であった。
【００９３】
７５人のうち、ＰＲは、１４人であり、ＳＤは、４１人であり、ＰＤは、２０人であった。遺伝子は、１２９個の突然変異（mutation）とコピー数変異体（ＣＮＶ：copy number variant）が発見された。ＣＮＶは、変異頻度が５以上のものを選択した。有意臨界値（significance threshold）は、ｐ値＜０．０５である。ＨＥＲ ＩＨＣの点数は、６３個乳癌患者において、３＋であり、１２人において、２＋であった。ＨＥＲ２のＩＨＣ点数は、ＨＥＲ２（ｐ＝０．００１）のコピー数（ＣＮ）と正に（positively）関連しているが、１１個乳癌組織は、ＨＥＲ２のコピー数増幅を示していない（ＨＥＲ２ ＩＨＣ点数２＋が６人であり、ＨＥＲ２ ＩＨＣ点数３＋が５人である）。
【００９４】
その結果、ＥＲＢＢ３遺伝子（突然変異数＝１０）、ＢＡＲＤ１遺伝子（突然変異数＝９）、ＳＥＴＢＰ１（突然変異数＝１３）及びＰＩＫ３ＣＡ遺伝子（突然変異数＝３４）は、突然変異が存在する場合、予後が良好ではないということと係わっている。ＮＯＴＣＨ遺伝子（突然変異数＝１３）及びＳＨ２Ｂ３遺伝子（突然変異数＝６）は、突然変異が存在する場合、予後が良好であるということと係わっている。ＣＤＫ１２（コピー数増幅がある個体数＝４２）、及びＥＲＢＢ２遺伝子のコピー数増幅は、それぞれ好ましい予後と係わっている。ＢＲＣＡ１遺伝子及びＳＴＡＴ３遺伝子のコピー数欠失は、好ましくない予後と係わっている。また、ＦＧＦＲ３遺伝子（コピー数変異の数＝５）は、欠失または増幅があれば、好ましくない予後と係わっている。
【００９５】
図１は、ＥＲＢＢ３遺伝子（突然変異数＝１０）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図１に示されているように、ＥＲＢＢ３遺伝子に突然変異がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった（ｐ値は、それぞれ０．００３及び０．００１２である）。
【００９６】
図２は、ＢＡＲＤ１遺伝子（突然変異数＝９）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）、（Ｂ）と、ＰＦＳ（Ｃ）との関連性を示す図面である。図２に示されているように、ＢＡＲＤ１遺伝子に突然変異がある場合、予後の悪化と関連性があった。図２において、（Ａ）及び（Ｂ）は、ＰＤ（進行性疾病の個体数）ｖｓＰＲＳＤ（部分寛解＋安定した疾病個体数）、及びＰＤ（進行性疾病個体数）ｖｓＰＲ（部分寛解個体数）に係わるフィッシャー正確確率検定結果である（ｐ値は、それぞれ０．００１及び０．００２６である）。（Ｃ）は、ＰＦＳを示す
【００９７】
図３は、ＮＯＴＣＨ３遺伝子（突然変異数＝１３）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図３に示されているように、ＮＯＴＣＨ３遺伝子に突然変異がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった（ｐ値は、それぞれ０．０１０７及び０．０１６８である）。
【００９８】
図４は、ＳＨ２Ｂ３遺伝子（突然変異数＝６）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）、（Ｂ）と、ＰＦＳ（Ｃ）との関連性を示す図面である。図４に示されているように、ＳＨ２Ｂ３遺伝子に突然変異がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった。Ａ、Ｂ及びＣにおいて、ｐ値は０．００９７、０．０２６６及び０．０２８５である。
【００９９】
図５は、ＳＥＴＢＰ１遺伝子（突然変異数＝１３）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図５に示されているように、ＳＥＴＢＰ１遺伝子に突然変異がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった（ｐ値はそれぞれ０．０３３２及び０．００４９である）。
【０１００】
図６は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子（突然変異数＝３４）に関する、突然変異およびその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図６に示されているように、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子に突然変異がある場合、予後及びＰＦＳの悪化と関連性があった（ｐ値は、それぞれ０．０３０７及び０．０２７４である）。
【０１０１】
図７は、ＣＤＫ１２遺伝子増幅（増幅がある個体数＝４２）に関する、遺伝子増幅及び予後（Ａ、Ｂ及びＣ）、並びにＰＦＳ（Ｄ）との関連性を示す図面である。図７に示されているように、ＣＤＫ１２遺伝子増幅がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった。
【０１０２】
図８は、ＢＲＣＡ１遺伝子欠失（欠失個体数＝９）に関する、遺伝子欠失及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図８に示されているように、ＢＲＣＡ１遺伝子欠失がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった。
【０１０３】
図９は、ＳＴＡＴ３遺伝子欠失（欠失個体数＝５）に関する、遺伝子欠失及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図９に示されているように、ＳＴＡＴ3遺伝子欠失がある場合、予後、及びＰＦＳの改善と関連性があった。
【０１０４】
図１０は、ＦＧＦＲ３遺伝子欠失または増幅（変異数＝５）に関する、遺伝子コピー数変異及びその予後（Ａ）と、ＰＦＳ（Ｂ）との関連性を示す図面である。図１０に示されているように、ＦＧＦＲ３遺伝子欠失または増幅がある場合、予後及びＰＦＳの悪化と関連性があった。
【０１０５】
ＥＲＢＢ２遺伝子については、増幅分析だけではなく、突然変異と症状とＰＦＳとの相関関係を調査した。７５人のうち１３人の患者は、いずれもＥＲＢＢ２遺伝子またはその上流に突然変異を含んでいた。該突然変異は、総１８個であり、一部患者は、複数個の突然変異を含んでいた。ポジオチニブによる治療に対して、肯定的予後、すなわち、部分的寛解を示す突然変異は、ほとんど細胞外ドメイン（extra-cellular domain）及び上流に位置した。
【０１０６】
図１１は、ＥＲＢＢ２突然変異と予後との相関関係を示した図面である。
【０１０７】
図１２は、ＥＲＢＢ２突然変異とＰＦＳとの相関関係を示した図面である。
【０１０８】
図１１及び図１２において、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ及びＥは、それぞれＥＲＢＢ２突然変異がある場合（Ａ）、ＥＲＢＢ２突然変異が２個以上ある場合（Ｂ）、ＥＲＢＢ２突然変異が細胞外ドメインまたは上流にある場合（Ｃ）、ＥＲＢＢ２突然変異があり、コピー数増幅（ｌｏｇ２（比率）＞２）がある場合（Ｄ）、及びＥＲＢＢ２突然変異があり、コピー数増幅（ｌｏｇ２（比率）＞４）がある場合（Ｅ）に係わる分析を示す。図１１によれば、Ｃ、Ｄ及びＥについて、有意であり、図１２によれば、Ｃ及びＥが有意である。
【０１０９】
図１３は、７５人の患者において、突然変異が観察された１３人の患者について、ＥＲＢＢ２遺伝子及びその上流領域における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１１０】
図１３ないし図１９において、ＰＲ、ＳＤ及びＰＤは、それぞれ部分寛解（ＰＲ）、安定的疾病（ＳＤ）及び進行的疾病（ＰＤ）を示す。ＥＰ／ＰＲ及びＩＨＣは、乳癌細胞がその表面上、細胞質及び核において、エストロゲン受容体（ＥＲ）、プロゲステロン受容体（ＰＲ）及びＨＥＲ２を有するか否かということに係わる受容体状態を示す。ＥＰ／ＰＲは、ＥＲ及びＰＲ状態を示す。ＩＨＣ（immunohistochemistry）は、ＩＨＣによって測定された乳癌細胞のＨＥＲ２状態を示す。調査された全ての癌細胞は、２以上のＨＥＲ２を発現していた。
【０１１１】
図１３、図１４に示されているように、ポジオチニブが治療的効能を見える細胞は、いずれもｌｏｇ２（コピー数）が２以上、３以上または４以上であるＥＲＢＢ２遺伝子コピー数を有している。
【０１１２】
ＡＡ変化及びＡＡ位置は、変異が起きたアミノ酸及びその位置を示す。番号は、配列番号１のアミノ酸配列を基準にした番号を示すものである。配列番号２は、ＮＣＢＩ accession番号ＮＭ＿００４４４８のヌクレオチド配列に該当し、配列番号１は、それによってコーディングされるアミノ酸に該当する。
【０１１３】
ドメインは、突然変異が起きたＥＲＢＢ２のドメインを示すものであり、ＥＲＢＢ２は、細胞外ドメイン（２３−６５２番アミノ酸）、膜透過（transmembrane）ドメイン（６５３−６７５番アミノ酸）、細胞質ドメイン（６７６−１２５５番アミノ酸）及び蛋白質キナーゼ（protein kinase）ドメイン（７２０−９８７番アミノ酸）を含む。上流は、ＥＲＢＢ２をコーディングする領域ではない遺伝子の上流で起きた突然変異を示す。スタートは、染色体１７のヌクレオチド配列を基準にした番号を示す。
【０１１４】
図１３に示されているように、患者１ないし１０は、部分的寛解及び安定的疾病を示し、ポジオチニブ治療が効果的であるということ示す。前記乳癌は、ＥＲＢＢ２遺伝子ｌｏｇ２（比率）が２以上、４以上、６以上または１６以上を有するものでもある。前記乳癌は、転移性ＨＥＲ２陽性乳癌でもある。前記乳癌は、ＨＥＲ２は、ＩＨＣによる測定において、３＋以上のレベルに発現されたものでもある。前記乳癌は、２以上または４以上の突然変異を有するものでもある。
【０１１５】
図１４は、７５人の患者において、突然変異が観察された３４人の患者について、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１１６】
図１１ないし図１４において、コピー数は、いずれもｌｏｇ２（比率）を示すものである。
【０１１７】
図１５は、７５人の患者において、突然変異が観察された１０人の患者について、ＥＲＢＢ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１１８】
図１６は、７５人の患者において、突然変異が観察された９人の患者について、ＢＡＲＤ１遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１１９】
図１７は、７５人の患者において、突然変異が観察された１２人の患者について、ＮＯＴＣＨ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１２０】
図１８は、７５人の患者において、突然変異が観察された６人の患者について、ＳＨ２Ｂ３遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１２１】
図１９は、７５人の患者において、突然変異が観察された１３人の患者について、ＳＥＴＢＰ１遺伝子における遺伝型分析、及びポジオチニブ治療による予後を示したものである。
【０１２２】
本明細書で説明された具体例は，説明のための意味にのみ考慮されねばならず、限定の目的に考慮されるものではないと理解されねばならない。それぞれの具体例において、特徴（features）または態様（aspects）の説明は、他の具体例において、他の類似した特徴または態様について、利用可能なものであると一般的に考慮されねばならない。
【０１２３】
１以上の具体例が前述の図面を参照して説明されたが、形態及び細部事項において、多様な変化が、下記特許請求の範囲によって定義されているような開示の精神（spirit）と範囲とを外れずにもなされうるということは、当業者であるならば、理解することができるであろう。
【産業上の利用可能性】
【０１２４】
ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を確認する方法によれば、ポジオチニブ敏感性癌を有する個体を効率的に確認することができる。
【０１２５】
個体においてポジオチニブ敏感性癌を治療する方法によれば、ポジオチニブ敏感性癌を効率的に治療することができる。
【０１２６】
個体の癌を治療するための薬学的組成物は、個体において、ポジオチニブ敏感性癌の治療にも使用される。
【０１２７】
癌を治療するための医薬の製造にける、ポジオチニブの使用は、癌を含む個体に投与するための医薬の製造にも効率的に使用される。
【０１２８】
ポジオチニブ抵抗性癌を有する個体を確認する方法によれば、ポジオチニブ抵抗性癌を有する個体を効率的に確認することができる。
【０１２９】
個体において、ポジオチニブ抵抗性癌を治療する方法によれば、個体において、ポジオチニブ抵抗性癌を効率的に治療することができる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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