(57)【要約】  本発明は、あるペプチド構造と、ある特定の多剤耐性細菌に対してさえも予期せぬ抗菌作用を示す、新規化合物に関する。本化合物は、式（Ｉ）によって定義される、環状ペプチド、ある場合にはデプシペプチド、または非閉環ペプチドであり得る。さらに、本発明は、本明細書で特許請求した化合物の医学的使用、本化合物の製造方法、ならびに本化合物を含む治療方法に関する。さらに、本発明は、適切な担体および／またはアジュバントと組み合わせた、本明細書に記載し特許請求した化合物の１つまたは複数を含む医薬製剤に関する。最後に、本発明は、グラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌の表面の定着化を防止する方法における、特許請求した化合物の１つまたは複数の使用である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下に提示した式（Ｉ）：
【化１】
2021536455.tif 000010
［式中、
ｙは、０〜５であり；
Ｘは、Ｏ、ＮＲ１０、または（ＣＨ２）ｎ（ここでｎは０〜１０である）、または（ＯＨ）２であり；
Ｒは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく；
Ｒ１は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ２は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、Ｒ２およびＲ７は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ３は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｎは０〜１０であり、ｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）、または＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）であり；
Ｒ５は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ６は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ７は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｐｈ（Ｙ）ｍ（ここでＹは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈの任意の組合せであり、ｎは０〜５であり、ｍは０〜５であり、ｏは１〜２０である）であり、ここで、Ｒ２およびＲ７は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ８は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ９は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり；
Ｒ１０は、独立して、−Ｈ、−ＯＲ１３、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、または−Ｉであり；
Ｒ１１およびＲ１２は、−Ｈ、Ｃ１−Ｃ５ｎ−アルキル、およびＣ１−Ｃ５ｎ−アルケニル、または任意の一般的なＮ−保護基であり；
Ｒ１３は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｈ（ここでｎは０〜５である）である］
を含む単離または合成された化合物；
または、そのエナンチオマー、ジアステレオマー、互変異性体、もしくは薬学的に許容される塩（ここで、それぞれの立体中心は、ＲまたはＳのいずれかであり得る）。
【請求項２】
式中、
ｙが１であり；
Ｒが、０または１個のメチル分岐を有する、Ｃ６−Ｃ１０ｎ−アルキルまたはＣ６−Ｃ１０ｎ−アルケニルであり；
Ｒ１およびＲ６が、両方とも−ＣＨ２−ＮＲ１１Ｒ１２であるか、または１つが−ＣＨ２−ＮＲ１１Ｒ１２であり、１つが−ＣＨ２−ＣＯ−ＮＲ１１Ｒ１２であり；
Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；
Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＲ１１Ｒ１２であり；
Ｒ４がＥまたはＺ＝ＣＨ−ＣＨ３であり；
Ｒ５が−ＣＨ（ＯＲ１３）−ＣＨ３であり；
Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；
Ｒ８が−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３または−ＣＯＲ１３（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；
Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨまたは−ＣＨ２−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２である、
請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
式中、Ｒ１０がＨであり；ＸがＯである、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項４】
３−ＯＨ  ＦＡの立体中心、ならびにａａ１、ａａ６およびａａ７の各立体中心が、それぞれ、ＲまたはＳであってもよく；ａａ２〜ａａ５、ａａ８およびａａ９の各立体中心がＳであり、Ｒ５の立体中心がＲである、先行する請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項５】
Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり；Ｒ１１およびＲ１２がＨであり；Ｒ５が−ＣＨＯＨ−ＣＨ３であり、ここで、立体中心はＲであり；Ｒ８が−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３または−ＣＯＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３である、先行する請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項６】
Ｒ８が−ＣＯＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり、ＯＨ−ＦＡの立体中心がＲであり；ａａ１〜ａａ３、ａａ５、ａａ６、ａａ８およびａａ９の各立体中心がＳであり；ａａ７の立体中心がＲである、先行する請求項のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物を製造する方法。
【請求項８】
少なくとも９つのアミノ酸を含み、少なくとも１つの第１のアミノ酸と後続のＬｅｕ；ＤＡＢＡ；ＡＢＡ；Ｔｈｒ；ＤＡＰＡ；Ｐｈｅ；Ｖａｌ；およびＡｓｐの配列を包含し、第１のアミノ酸がＤＡＰＡまたはＡｓｎであり、ＶａｌがＯＨＶａｌに修飾され得る、ペプチドが、中間体として使用される、合成方法である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
中間体が、配列番号１〜５のうちのいずれか１つによって定義されたペプチドである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
請求項１〜６、８および９のいずれか一項によって定義された１つまたは複数の化合物またはペプチドを自然に発現する微生物の培養を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
ＢＣＣＭ−ＬＭＧに寄託された微生物ＬＭＧＰ−３０８６８が使用される、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
請求項１〜６、８および９のいずれか一項によって定義された１つまたは複数の化合物またはペプチドの組換えＤＮＡ発現を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
請求項１〜６、８および９のいずれか一項によって定義された１つまたは複数の化合物またはペプチドを製造するために配置された発現系。
【請求項１４】
少なくとも１つの細菌または真菌などの微生物を含む、請求項１３に記載の発現系。
【請求項１５】
微生物がペドバクター属に属する、請求項１４に記載の発現系。
【請求項１６】
微生物が、ＢＣＣＭ−ＬＭＧに寄託されたＬＭＧＰ−３０８６８である、請求項１５に記載の発現系。
【請求項１７】
組換え発現系である、請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の発現系。
【請求項１８】
医薬として使用するための、請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１９】
１種または複数のグラム陽性細菌またはグラム陰性細菌によって引き起こされる少なくとも１つの感染症の治療または予防において使用するための、請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２０】
感染症が１種または複数のグラム陽性細菌によって引き起こされる、請求項１９に記載の化合物。
【請求項２１】
前記の１種または複数のグラム陽性細菌が、アクチノマイセス属；バチルス属；クロストリジウム属；コリネバクテリウム属；エンテロコッカス属；ガードネレラ属；ラクトバチルス属；リステリア属；ミクロコッカス属；マイコバクテリア属；ノカルディア属；スタフィロコッカス属；およびストレプトコッカス属からなる群から選択される、請求項２０に記載の化合物。
【請求項２２】
感染症が１種または複数のグラム陰性細菌によって引き起こされる、請求項１９に記載の化合物。
【請求項２３】
前記の１種または複数のグラム陰性細菌が、アシネトバクター属；バルトネラ属；ボルデテラ属；ボレリア属；ブルセラ菌；バークホルデリア属；カンピロバクター属；クラミジア属；クラミドフィラ属；シトロバクター属；コクシエラ属；エールリヒア属；エンテロバクター属；エシェリキア属；フランシセラ属；フゾバクテリウム属；ヘモフィルス属；ヘリコバクター属；クレブシェラ属；レジオネラ属；レプトスピラ属；モラクセラ属；マイコプラズマ属；ナイセリア属；プロテウス属；シュードモナス属；リケッチア属；サルモネラ属；セラチア属：シゲラ属；トレポネーマ属；ビブリオ属；およびエルシニア属からなる群から選択される、請求項２２に記載の化合物。
【請求項２４】
１種または複数のグラム陽性細菌またはグラム陰性細菌によって引き起こされる感染症を治療または予防する方法であって、感染症の治療または予防を必要とする対象が、請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物で治療される、方法。
【請求項２５】
感染症が１種または複数のグラム陽性細菌によって引き起こされる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記の１種または複数のグラム陽性細菌が、アクチノマイセス属；バチルス属；クロストリジウム属；コリネバクテリウム属；エンテロコッカス属；ガードネレラ属；ラクトバチルス属；リステリア属；ミクロコッカス属；マイコバクテリア属；ノカルディア属；スタフィロコッカス属；およびストレプトコッカス属からなる群から選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
感染症が１種または複数のグラム陰性細菌によって引き起こされる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記の１種または複数のグラム陰性細菌が、アシネトバクター属；バルトネラ属；ボルデテラ属；ボレリア属；ブルセラ菌；バークホルデリア属；カンピロバクター属；クラミジア属；クラミドフィラ属；シトロバクター属；コクシエラ属；エールリヒア属；エンテロバクター属；エシェリキア属；フランシセラ属；フゾバクテリウム属；ヘモフィルス属；ヘリコバクター属；クレブシェラ属；レジオネラ属；レプトスピラ属；モラクセラ属；マイコプラズマ属；ナイセリア属；プロテウス属；シュードモナス属；リケッチア属；サルモネラ属；セラチア属：シゲラ属；トレポネーマ属；ビブリオ属；およびエルシニア属からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物を、薬学的に許容される担体および／またはアジュバントとともに含む、医薬製剤。
【請求項３０】
無害で有益な細菌への阻害を最小限にすると同時に、疾患を引き起こす細菌に対して最適な効果を付与する、ｉｖ製剤、経口製剤、局所製剤および他の製剤として使用される、請求項２９に記載の医薬製剤。
【請求項３１】
疾患を引き起こす細菌が、アシネトバクター属；バチルス属；カンピロバクター属；クラミジア属：クロストリジウム属；エンテロバクター属；エンテロコッカス属；エシェリキア属；ヘモフィルス属；ヘリコバクター属；クレブシェラ属；レジオネラ属；マイコバクテリア属；ナイセリア属；シュードモナス属；サルモネラ属；シゲラ属；スタフィロコッカス属；ストレプトコッカス属；ビブリオ属；およびエルシニア属からなる群から選択される、請求項３０に記載の製剤。
【請求項３２】
疾患を引き起こす細菌が、アミノグリコシド；アンサマイシン；カルバペネム；セファロスポリン；フルオロキノロン；グリコペプチド；リンコサミド；リポペプチド；マクロライド；モノバクタム；ニトロフラン；オキサゾリジノン；ペニシリン；ポリペプチド；キノロン；スルホンアミド；およびテトラサイクリンからなる群から選択される抗生物質に対して耐性および／または多剤耐性である、請求項３０または３１に記載の製剤。
【請求項３３】
グラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌の表面の定着化を防止する方法における、請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物の使用。
【請求項３４】
表面が身体表面である、請求項３３に記載の使用。
【請求項３５】
表面が、臨床機器の一部、例えば金属またはプラスチック製品の表面である、請求項３３に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ペプチドの領域に関し、特に抗菌化合物において有用なペプチドに関する。より詳しくは、本発明は、少なくとも１つの環状ペプチドまたは非環状ペプチドを含む化合物、ならびにそのような化合物を使用する、対象におけるグラム陰性細菌感染症またはグラム陽性細菌感染症を治療、排除および／または予防する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
抗生物質耐性の細菌および真菌は、国内外において健康に深刻な脅威を及ぼしており、優先度が高いヒト病原体に対する新規の抗生物質を開発する必要性が差し迫っている。世界保健機関（ＷＨＯ）は、最近、優先病原体リスト（Ｐｒｉｏｒｉｔｙ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ  Ｌｉｓｔ）を公表し、「創薬および開発戦略は、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）（多剤耐性および超多剤耐性株を含む）に対して、また国内外の病院および社会環境の両方で急性臨床感染の原因となる多剤耐性および超多剤耐性グラム陰性細菌に対して特に活性のある新しい抗生物質に向けて至急重点的に取り組むべきである」ことを提言している。グラム陰性細菌のうち、最優先とされたのは、カルバペネム耐性のアシネトバクター・バウマンニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、および腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）であった。選択された「創薬可能な」ターゲットに対する合理的な薬物設計および合成、ならびに大規模な合成コンビナトリアルライブラリーのハイスループットスクリーニングでは、新しいクラスの抗生物質を産生するという予想したような成功には至らなかった。Ｈａｒｖｅｙ，  Ａ．Ｌ．ら  （２０１５）  Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  １４：  １１１〜１２９は、標的細菌細胞に入り込み、その後の排出が回避されるように転じた天然産物が、化合物の親油性、サイズ、剛性および芳香性の点から合成コンビナトリアルライブラリーと比べて、より多くのケミカルスペースを網羅することを示す理論分析を提示している。したがって、抗生物質の発見における近年の取り組みは、細菌および真菌によって産生される豊富な抗菌化合物を探索することに回帰していった。
【０００３】
医薬品として使用されている、および使用されてきた多数の様々なタイプの豊富な天然二次代謝産物がある。最初の、おそらく最も知名度が高い例は、ペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）属の真菌によって産生される抗生物質のペニシリンＧであり、７０年以上も前に市場に提供された。ペニシリンは非リボソームペプチド（ＮＲＰ）と呼ばれる化合物群に属しており、ペニシリン以外にも、重要な抗生物質、例えば、関連するセファロスポリン、バンコマイシンおよびダプトマイシンへと開発された多数のＮＲＰがある。
【０００４】
米国特許第４，５３７，７１７号（Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ  Ｃｏｍｐａｎｙ）は、ダプトマイシンを開示しており、これは、Ｎ末端アミノ酸に連結された脂肪酸と、３１員環を形成する、Ｃ末端アミノ酸とスレオニン残基の間のラクトンを有する、１３アミノ酸をベースとしたＮＲＰである。この化合物の群は環状リポデプシペプチドである。
【０００５】
ダプトマイシンは、２００３年に、グラム陽性細菌感染症に対する使用がＦＤＡにより承認されており、細菌細胞膜のいくつかの機能を破壊することが報告されている。
ダプトマイシンに類似した構造を有する、すなわち、Ｃ末端アミノ酸とスレオニン残基またはセリン残基との間のエステルとして形成された３１員ラクトンと、Ｎ末端脂肪アシル残基を有する、多数の微生物環状リポデプシペプチドがある。環状３１員リポデプシペプチドを得るためのラクトン形成の代替方式は、Ｃ末端アミノ酸とＮ末端３−ヒドロキシ脂肪酸残基の間である。文献にそのような構造の１２の例がある：特開２００５−２００３２４は、ペプチドＢ１２４８９Ａ〜Ｃを開示しており、Ｋｏｚｕｍａ，  Ｓ．らは、ペドペプチン（ｐｅｄｏｐｅｐｔｉｎ）Ａ〜Ｃを開示しており（Ｋｏｚｕｍａ，  Ｓ．ら、Ｊ．  Ａｎｔｉｂｉｏｔ．、２０１４、６７、２３７〜２４２；  Ｈｉｒｏｔａ−Ｔａｋａｈａｔａ，  Ｙ．ら、Ｊ．  Ａｎｔｉｂｉｏｔ．、２０１４、６７、２４３〜２５１）、いくつかの刊行物は、ペルギペプチン（ｐｅｌｇｉｐｅｐｔｉｎ）Ａ〜Ｄ（例えば、Ｔａｋａｈａｒａ，  Ｙ．ら、Ｊ．  Ａｎｔｉｂｉｏｔ．、１９７９、３２、１１５〜１２０、１２１〜１２９；  Ｓｕｇａｗａｒａ，  Ｋ．ら、Ｊ．  Ａｎｔｉｂｉｏｔ．、１９８４、３７、１２５７〜１２５９；  Ｍｕｒａｉ，  Ａ．ら、Ｊ．  Ａｎｔｉｂｉｏｔ．、１９８５、３８、１６１０〜１６１３；  Ｗｕ，  Ｘ．−Ｃ．ら、ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｌｅｔｔ．、２０１０、３１０、３２〜３８；  Ｄｉｎｇ，  Ｒ．ら、Ｊ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  （Ｓｅｏｕｌ，  Ｒｅｐｕｂ．  Ｋｏｒｅａ）、２０１１、４９、９４２〜９４９；  Ｃｏｃｈｒａｎｅ，  Ｓ．Ａ．およびＶｅｄｅｒａｓ，  Ｊ．Ｃ．  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｒｅｖｉｅｗｓ、３６、Ｎｏ．１、４〜３１、２０１６を参照）と、ポリペプチンＡおよびＢ（ＭｃＬｅｏｄ，  Ｃ．、Ｊ．  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．、１９４８、５６、７４９〜７５４、  Ｈｏｗｅｌｌ，  Ｓ．Ｆ．、Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、１９５０、１８６、８６３〜８７７；  Ｓｏｇｎ，  Ｊ．Ａ．、Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．、１９７６、１９、１２２８〜１２３１；  ＣＮ１０２０３０８１９−Ａ；  ＣＮ１０２０３０８１９−Ｂ）を開示している。
【０００６】
ペプチドＢ１２４８９Ａ〜Ｃおよび３つのペドペプチンは、すべてペドバクター（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ）属の種から単離され、これらの構造は、非常に類似しているかまたは同一であり、ａａ８の相違、Ｖａｌまたは３−ヒドロキシバリン（ＯＨＶａｌ）と、３−ヒドロキシ脂肪酸残基（３−ヒドロキシオクタノイルまたは３−ヒドロキシ−７−メチルオクタノイル）の相違があり、またおそらく、２−アミノ−２−ブテノイル（ＡＢＡ）残基の形状といくつかのアミノ酸残基（ａａ１、３、５〜７）の立体配置の違いもある。ペドペプチンおよびＢ１２４８９Ａ〜Ｃは、細菌リポ多糖の細胞表面の受容体への結合ならびに抗細菌活性を妨害することによって抗炎症作用を有し、大腸菌に対する最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）が２〜４μｇ／ｍｌであり、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）に対しては４〜６４μｇ／ｍＬであることが説明されている。
【０００７】
ペルギペプチンＡ〜ＤおよびポリペプチンＡ〜Ｂは、ペドペプチンおよびＢ１２４８９−Ａ〜Ｃに類似しており、これらのペプチドは共通してａａ３およびａａ５を有し、ａａ１、ａａ６、ａａ７およびａａ８に類似アミノ酸残基を有する。ペルギペプチンＡ〜ＤおよびポリペプチンＡ〜Ｂは、Ｃ末端セリン（ａａ９）がスレオニンと交換され、イソロイシンがバリン（ａａ２）に交換されることにより、またＮ末端脂肪アシル基でのメチル分岐ポジションの位置により、相互に異なっている（表１）。ペルギペプチンおよびポリペプチンは、グラム陽性細菌およびグラム陰性細菌に対する活性、ならびに真菌に対する活性を有することが開示されている。
【０００８】
上記の技術にもかかわらず、依然として、新規抗菌剤の必要性が継続し増大している。
【発明の概要】
【０００９】
本発明は、自然界から同定され、特性決定され、合成された新規化合物；ならびに、好ましくは抗菌化合物として、または医薬製剤の一部としての前記化合物の使用に関する。
本発明の第１の態様は、以下に提示した式（Ｉ）：
【００１０】
【化１】
2021536455.tif 000002
【００１１】
［式中、
ｙは、０〜５であり；
Ｘは、Ｏ、ＮＲ１０、または（ＣＨ２）ｎ（ここでｎは０〜１０である）、または（ＯＨ）２であり；
Ｒは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく；
Ｒ１は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ２は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、Ｒ２およびＲ７は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ３は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｎは０〜１０であり、ｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）、または＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）であり；
Ｒ５は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ６は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ７は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｐｈ（Ｙ）ｍ（ここでＹは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈの任意の組合せであり、ｎは０〜５であり、ｍは０〜５であり、ｏは１〜２０である）であり；ここで、Ｒ７およびＲ２は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ８は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ９は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり；
Ｒ１０は、独立して、−Ｈ、−ＯＲ１３、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、または−Ｉであり；
Ｒ１１およびＲ１２は、−Ｈ、Ｃ１−Ｃ５ｎ−アルキル、およびＣ１−Ｃ５ｎ−アルケニル、または任意の一般的なＮ−保護基であり；
Ｒ１３は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｈ（ここでｎは０〜５である）である］
を含む単離または合成された化合物；
あるいは、そのエナンチオマー、ジアステレオマー、互変異性体、または薬学的に許容される塩（ここで、それぞれの立体中心は、ＲまたはＳのいずれかであり得る）
である。
【００１２】
本発明の第２の態様は、本発明による化合物を製造する方法である。この態様には、合成法および組換え法；ならびにそれらの方法で使用するためのツール、例えば、中間ペプチドおよび発現系が含まれる。
【００１３】
本発明の第３の態様は、本発明による化合物の医学的使用である。したがって、本発明による化合物は、グラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌によって引き起こされる感染症の治療または予防などにおいて、医薬として使用することができる。
【００１４】
本発明の第４の態様は、１種または複数のグラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌によって引き起こされる感染症を治療または予防する方法であって、本明細書で記載および特許請求した化合物が、感染症の治療または予防を必要とする個体に投与される、方法である。
【００１５】
本発明の第５の態様は、適切な担体および／またはアジュバントと組み合わせた、本明細書で記載および特許請求した化合物の１つまたは複数を含む医薬製剤である。
本発明の第６の態様は、グラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌の表面の定着化を防止する方法（ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｄｅｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ）における、本明細書で記載および特許請求した化合物の１つまたは複数の使用である。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】図１は、以下の実施例２に記載した本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の固相合成のパートＩを詳述するスキーム１である。
【図２】図２は、以下の実施例２に記載した例示的な化合物Ｕ７４７の固相合成のパートＩＩを詳述するスキーム２である。
【図３】図３は、以下の実施例４に記載した本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成において使用するためのビルディングブロックの合成を詳述するスキーム３である。
【図４】図４は、以下の実施例４に記載した本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成のパートＩを詳述するスキーム４である。
【図５】図５は、以下の実施例４に記載した本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成のパートＩＩを詳述するスキーム５である。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
定義
用語「ペプチド」とは、本明細書では、その最も広い態様で使用され、すなわち、ペプチド（アミド）結合によって連結されたアミノ酸モノマーの任意の短鎖に対して使用され、例えば、デプシペプチドおよびリポデプシペプチドを含む。
【００１８】
「デプシペプチド」は、そのアミド基の−Ｃ（０）ＮＨＲ−基の１つまたは複数が対応するエステルの−Ｃ（０）ＯＲで置き換えられているペプチドであり、より一般的には、同じアミノ酸を含有する小分子または鎖の中に近接してペプチド結合とエステル結合の両方を有する分子である。
【００１９】
用語「立体中心」とは、本明細書では、キラリティー中心の従来の意味において使用される。
用語「ＤＡＢＡ」とは、本明細書では、２，４−ジアミノブタン酸を意味する。
【００２０】
用語「ＡＢＡ」とは、本明細書では、２−アミノ−２−ブテン酸を意味する。
用語「ＤＡＰＡ」とは、本明細書では、２，３−ジアミノプロパン酸を意味する。
用語「Ｌｅｕ」とは、本明細書では、ロイシンを意味する。
【００２１】
用語「Ｔｈｒ」とは、本明細書では、スレオニンを意味する。
用語「Ｐｈｅ」とは、本明細書では、フェニルアラニンを意味する。
用語「Ａｓｐ」とは、本明細書では、アスパラギン酸を意味する。
【００２２】
用語「Ａｓｎ」とは、本明細書では、アスパラギンを意味する。
用語「Ｖａｌ」とは、本明細書では、バリンを意味する。
用語「ＯＨＶａｌ」とは、本明細書では、３−ヒドロキシバリンを意味する。
【００２３】
略語のａａは、本明細書では、アミノ酸に対して使用されており、ａａとその後の数字は、ペプチドまたはタンパク質のＮ末端アミノ末端から始まるａａの位置番号を示す。
用語「ＴＨＦ」とは、テトラヒドロフランを意味する。
【００２４】
用語「ＤＣＭ」とは、ジクロロメタンを意味する。
用語「ＤＭＦ」とは、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミドを意味する。
用語「ＴＦＡ」とは、トリフルオロ酢酸を意味する。
【００２５】
用語「ＨＯＢｔ」とは、ヒドロキシベンゾトリアゾールを意味する。
用語「ＨＣＴＵ」とは、本明細書では、Ｏ−（１Ｈ−６−クロロベンゾトリアゾール−１−イル−１，１，３，３−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェートを意味する。
【００２６】
用語「ＤＥＰＢＴ」とは、３−（ジエトキシホスホルイルオキシ）−１，２，３−ベンゾトリアジン−４（３Ｈ）−オンを意味する。
用語「ＤＩＰＥＡ」とは、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミンを意味する。
【００２７】
用語「ＨＦＩＰ」とは、ヘキサフルオロイソプロパノールを意味する。
用語「ＰｙＢＯＰ」とは、ベンゾトリアゾール−１−イルオキシ−トリス−ピロリジノ−ホスホニウムヘキサフルオロホスフェートを意味する。
【００２８】
用語「ＰｙＣｌｏｃＫ」とは、６−クロロベンゾトリアゾール−１−イルオキシ−トリス−ピロリジノ−ホスホニウムヘキサフルオロホスフェートを意味する。
用語「ＴＩＰＳ」とは、トリイソプロピルシランを意味する。
【００２９】
用語「ＥＤＣＩ」とは、Ｎ−（３−ジメチルアミノプロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミド塩酸塩を意味する。
用語「ＤＭＡＰ」とは、４−ジメチルアミノピリジンを意味する。
【００３０】
用語「ＤＭＥＤＡ」とは、Ｎ，Ｎ’−ジメチルエタン−１，２−ジアミンを意味する。
発明の詳細な説明
上記から明らかなように、本発明は、新規の環状または非環状のペプチドを含む化合物に関する。より詳しくは、本発明は、それ自体で、または組成物もしくは調製物の一部としてのデプシペプチドであり得る、そのようなペプチド化合物に関する。
【００３１】
したがって、本発明の第１の態様は、式Ｉの化合物：以下に提示した式（Ｉ）：
【００３２】
【化２】
2021536455.tif 000003
【００３３】
［式中、
ｙは、０〜５であり；
Ｘは、Ｏ、ＮＲ１０、または（ＣＨ２）ｎ（ここでｎは０〜１０である）、または（ＯＨ）２であり；
Ｒは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく；
Ｒ１は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ２は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、Ｒ２およびＲ７は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ３は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ４は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｎは０〜１０であり、ｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）、または＝Ｃ［（ＣＨ２）ｍ−Ｈ］（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｍは０〜１０であり、ｏは０〜５であり、ＥもしくはＺ二重結合を有する）であり；
Ｒ５は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するｎ−アルケニルであり；ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ６は、−（ＣＨ２）ｎ−ＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２（ここでｎは０〜５である）、または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり、これらのそれぞれは、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有することが可能であり；
Ｒ７は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｐｈ（Ｙ）ｍ（ここでＹは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈの任意の組合せであり、ｎは０〜５であり、ｍは０〜５であり、ｏは１〜２０である）であり、ここで、Ｒ２およびＲ７は、相互に位置を交換することができ；
Ｒ８は、０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルキル、または０〜５個のＣ１−Ｃ５ｎ−アルキル分岐を有するＣ０−Ｃ２０ｎ−アルケニルであり、ここで二重結合はＥ立体配置またはＺ立体配置を有していてもよく、０〜２個のＨは、−ＯＲ１３、−ＮＲ１１Ｒ１２、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、−Ｉ、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）の任意の組合せに交換することができ；
Ｒ９は、−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＮＲ１１Ｒ１２または−（ＣＨ２）ｎ−ＣＯＯ−（ＣＨ２）ｍ−Ｈ（ここでｎは０〜５であり、ｍは０〜５である）であり；
Ｒ１０は、独立して、−Ｈ、−ＯＲ１３、−（ＣＨ２）ｏ−Ｈ（ここでｏは１〜５である）、−Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒ、または−Ｉであり；
Ｒ１１およびＲ１２は、−Ｈ、Ｃ１−Ｃ５ｎ−アルキル、およびＣ１−Ｃ５ｎ−アルケニル、または任意の一般的なＮ−保護基であり；
Ｒ１３は、−（ＣＨ２）ｎ−Ｈ（ここでｎは０〜５である）である］
を含む単離または合成された化合物である。
【００３４】
当業者には明らかなように、Ｘが（ＯＨ）２の場合、特許請求した化合物は非環状ペプチドである。
本発明の様々な態様に関して論じるように、本発明による化合物は、上記の式Ｉによって表され得るか、あるいは、その立体異性体、互変異性体、薬学的に許容される塩、またはプロドラッグであり得る。
【００３５】
さらに、調製する方法に関して下記で論じるように、本発明による化合物は、ペプチド合成によって；組換えＤＮＡ技術によって；または自然界の供給源から単離することによって得ることができる。
【００３６】
ＸがＯであり、ｙが０、１、または２である本発明の化合物は、Ｃ末端アミノ酸と、３０員環状構造を形成する２−ヒドロキシ脂肪酸；３１員環状構造を形成する３−ヒドロキシ脂肪酸；または３２員環状構造を形成する４−ヒドロキシ脂肪酸のいずれかとの間にエステルを有する環状デプシペプチドである。
【００３７】
Ｘが（ＯＨ）２である、本発明のいくつかの化合物では、ペプチドは非閉環である。
ＸがＮＨである、本発明のいくつかの化合物は、ａａ０へのペプチド結合によって；またはアミノ置換脂肪酸残基へのペプチド結合によって、Ｃ末端アミノ酸から閉環している環状ペプチドである。
【００３８】
本発明のさらなる化合物では、環状デプシペプチドまたは環状ペプチドは、Ｒ１０：−ＨをＲ１０：−ＯＨおよび／または−ＣＨ３に単一的／多重的に交換している。
本発明の一化合物では、Ｙ、Ｘ、およびＲ−Ｒ１３は、化合物が１つの３−ヒドロキシ脂肪酸と、アミノ酸残基の２，３−ジアミノプロパン酸（ＤＡＰＡ、ａａ１およびａａ６）、ロイシン（Ｌｅｕ、ａａ２）、２，４−ジアミノブタン酸（ＤＡＢＡ、ａａ３）、２−アミノ−２−ブテン酸（ＡＢＡ、ａａ４）、スレオニン（Ｔｈｒ、ａａ５）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ、ａａ７）、バリン（Ｖａｌ）または３−ヒドロキシバリン（ＯＨＶａｌ、ａａ８）、アスパラギン酸（Ａｓｐ、ａａ９）を含み、３１員環状リポデプシペプチドを形成するように選択される。そのような化合物は、一般構造シクロ（３−ヒドロキシアルカノイル−ＤＡＰＡ−Ｌｅｕ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｔｈｒ−ＤＡＰＡ−Ｐｈｅ−Ｖａｌ／ＯＨＶａｌ−Ａｓｐ）を有する。
【００３９】
一般構造シクロ（３−ヒドロキシアルカノイル−ＤＡＰＡ−Ｌｅｕ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｔｈｒ−ＤＡＰＡ−Ｐｈｅ−Ｖａｌ／ＯＨＶａｌ−Ａｓｐ）を含むさらなる化合物では、アルキル基による単一側鎖もしくは複数側鎖Ｎ−および／またはＯ−置換、あるいは一般的なＮ−またはＯ−保護基、ならびに／あるいはＰｈｅ残基の−ＮＨ２置換または−ＯＨ置換が存在する。
【００４０】
本明細書でＵ７４７と示される、本発明の１つの例示的な化合物は、ｙが１であり、ＸがＯであり；Ｒがｎ−ヘプチルであり；Ｒ１が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ４が（Ｅ）＝ＣＨ−ＣＨ３であり；Ｒ５がＣＨＯＨ−ＣＨ３であり；Ｒ６が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；Ｒ８が−ＣＯＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり；Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３がＨである。この化合物は、Ｃ末端のＬ−Ａｓｐ残基から３−ヒドロキシデカノイル残基へと閉環しており、配列がシクロ−（（Ｒ）−３−ヒドロキシデカノイル−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−（Ｅ）−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−ＯＨＶａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）である、環状リポデプシペプチド（３１員ラクトン）である。
【００４１】
当業者には明らかなように、本明細書に記載した基本構造に対する多くのマイナーな変更は、本発明から逸脱することなく実施することができる。したがって、本発明は、式（Ｉ）の基準を満たす任意の化合物を包含し、病原体に曝露された場合に、本明細書で論じた有利な特性を示す。
【００４２】
本明細書でＵ７７３と示される、本発明の別の例示的な化合物は、ｙが１であり；ＸがＯであり；Ｒが８−メチルノニルであり；Ｒ１が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ４が（Ｅ）＝ＣＨ−ＣＨ３であり；Ｒ５がＣＨＯＨ−ＣＨ３であり；Ｒ６が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；Ｒ８が−ＣＯＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり；Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３がＨである。この化合物は、３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル残基に閉環しており、その配列がシクロ−（（Ｒ）−３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−ＯＨＶａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）である、環状リポデプシペプチド（３１員ラクトン）である。
【００４３】
本明細書でＵ７９３と示される、本発明のさらなる例示的な化合物は、ｙが１であり；ＸがＯであり；Ｒが８−メチルノニルであり；Ｒ１が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ４が（Ｅ）＝ＣＨ−ＣＨ３であり；Ｒ５がＣＨＯＨ−ＣＨ３であり；Ｒ６が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；Ｒ８が−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり；Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３がＨである。この化合物は、３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル残基に閉環しており、その配列がシクロ−（（Ｒ）−３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−Ｖａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）である、環状リポデプシペプチド（３１員ラクトン）である。
【００４４】
本明細書でＵ８２４と示される、本発明のさらなる１つの例示的な化合物は、ｙが１であり；ＸがＯであり；Ｒが８−メチルノニルであり；Ｒ１が−ＣＨ２−ＣＯ−ＮＨ２であり；Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ４が（Ｅ）＝ＣＨ−ＣＨ３であり；Ｒ５がＣＨＯＨ−ＣＨ３であり；Ｒ６が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；Ｒ８が−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり；Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３がＨである。この化合物は、３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル残基に閉環しており、その配列がシクロ−（（Ｒ）−３−ヒドロキシ−１１−メチルドデカノイル−Ｌ−Ａｓｎ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−Ｖａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）である、環状リポデプシペプチド（３１員ラクトン）である。
【００４５】
本明細書でＵ７５６と示される、本発明の１つの追加の化合物は、ｙが１であり；ＸがＯであり；Ｒが２−ノネニルであり；Ｒ１が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ２が−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ３が−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ４が（Ｅ）＝ＣＨ−ＣＨ３であり；Ｒ５がＣＨＯＨ−ＣＨ３であり；Ｒ６が−ＣＨ２−ＮＨ２であり；Ｒ７が−ＣＨ２−Ｐｈであり；Ｒ８が−ＣＯＨ（ＣＨ３）−ＣＨ３であり；Ｒ９が−ＣＨ２−ＣＯＯＨであり、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２およびＲ１３がＨである。この化合物は、ドデカ−５−エノイル残基に閉環しており、その配列がシクロ−（（Ｒ）−３−ヒドロキシドデカ−５−エノイル−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−ＯＨＶａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）である、環状リポデプシペプチド（３１員ラクトン）である。
【００４６】
Ｕ７４７、Ｕ７７３、Ｕ７９３、Ｕ８２４およびＵ７５６のプロトタイプに類似する、本発明のさらなる化合物では、単一／複数のアミノ酸残基の立体配置は、３−ヒドロキシ脂肪酸の立体配置と同様に、逆転される。
【００４７】
Ｒ１−Ｒ１３は同一であるがＲは異なる、Ｕ７４７に類似の化合物では、化合物の細胞毒性（ＩＣ５０）は、アルキル鎖の長さとともに、例えば、ＲがＣ７Ｈ１５からＣ１０Ｈ２１へと高まることに留意されたい。
【００４８】
Ｒ１またはＲ６が−ＣＨ２ＮＨ２から−ＣＨ２−ＣＯ−ＮＨ２に交換された、Ｕ７４７に類似の化合物では、抗菌活性が、ある特定の条件下で低くなり得る、すなわち、ＭＩＣ値が高くなり得ることに留意されたい。さらに、ＲがＣ７Ｈ１５より小さい、Ｕ７４７に類似の化合物では、抗菌活性が、ある特定の条件下で低くなり得る、すなわち、ＭＩＣ値が高くなり得ることに留意されたい。
【００４９】
当業者には明らかなように、本明細書に記載したペプチドなどのペプチドをベースとした製品を開発する場合、ルーチンの最適化を使用して、特定の構造物が、ある特定の細菌に対する効果および／またはある特定の病状に対する効果の観点から、ある特定の用途に非常に有利であることを特定することができる。
【００５０】
「背景技術」で論じたように、３−ヒドロキシ脂肪酸に閉環しており、表１に記載した構造である、３１員大環状ラクトンを有する１２種の環状リポデプシペプチドが文献に存在する。
【００５１】
【表１】
2021536455.tif 000004
【００５２】
ペプチドＢ１２４８９Ａ〜ＣとペドペプチンＡ〜Ｃは相互に非常に類似しており、一方、ペルギペプチンＡ〜ＤとポリペプチンＡ〜Ｂが相互に非常に類似している。Ｕ７４７は、ペルギペプチンＡ〜ＤおよびポリペプチンＡ〜ＢよりもＢ１２４８９Ａ〜ＣおよびペドペプチンＡ〜Ｃにより類似しているが、Ｕ７４７は、Ｂ１２４８９Ａ〜ＣおよびペドペプチンＡ〜Ｃと９個のアミノ酸（同じ位置の同じアミノ酸）のうちの６個（ａａ１、３、４、６、８、９）を共有しており、ペルギペプチンＡ〜ＤおよびポリペプチンＡ〜Ｂとはａａ３の１つのアミノ酸のみを共有する。しかし、Ｕ７４７は、ａａ２およびａａ７の位置が交換されており、非極性（Ｌｅｕ）の代わりにａａ５として極性アミノ酸（Ｔｈｒ）であり、Ｂ１２４８９Ａ〜ＣおよびペドペプチンＡ〜Ｃとは実質的にまだ異なっている。
【００５３】
ペドペプチンＡ〜Ｃは、グラム陰性細菌のＬＰＳと相互作用し、その抗炎症活性をもたらすことが報告されている。おそらくは、ペドペプチンの抗菌特性もＬＰＳとの相互作用に依存しており、化合物の類似性を考慮すると、本発明のＵ７４７および類似の化合物もまた、グラム陰性細菌のＬＰＳと相互作用するものと推測することができる。しかし、その広義の意味において、本発明は、その作用機序のいかなる定義によっても限定されない。
【００５４】
ペドペプチンＡ〜Ｃは、２種類の大腸菌株に対して２〜４μｇ／ｍＬのＭＩＣ値を有することが報告されているが、これは、大腸菌に対してだけでなく、多数の他のグラム陰性細菌に対する本発明のＵ７４７および類似の化合物のＭＩＣ値と似ている。化合物Ｕ７４７はまた、今日最も重要な３つの病原体としてＷＨＯによってランク付けされているヒト病原体の大腸菌、緑膿菌およびアシネトバクター・バウマンニ（Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）のカルバペネム耐性株に対して強力な活性（ＭＩＣが０．５〜１μｇ／ｍＬから２〜４μｇ／ｍＬの間）を示すことも確認されている。
【００５５】
Ｕ７４７の非常に期待される抗菌特性に加えて、本発明のこの化合物はまた、ヒト細胞株に対する低毒性（ＩＣ５０）、および許容される溶血率を示すだけでなく、耐性変異株の形成率が非常に低いことも明らかになっている。
【００５６】
第２の態様では、本発明は、本発明による本明細書で定義された化合物のいずれか１つを製造する方法に関する。
したがって、本方法は、ペプチドが少なくとも９つのアミノ酸を含み、少なくとも１つの第１のアミノ酸とそれに続くＬｅｕ；ＤＡＢＡ；ＡＢＡ；Ｔｈｒ；ＤＡＰＡ；Ｐｈｅ；Ｖａｌ；およびＡｓｐの配列を包含し、第１のアミノ酸がＤＡＰＡであり、またはＡｓｎが中間体として使用される、合成方法であり得る。
【００５７】
より詳しくは、中間体は、配列番号１〜５のいずれか１つによって定義されるペプチド；またはそのような配列を含むより長いペプチドであり得る。したがって、本発明による化合物の合成において有用な中間体は、ＤＡＰＡまたはＡｓｎである第１のアミノ酸に連結された上記のペプチドであり得る。
【００５８】
さらに、Ｖａｌは、ＯＨでＯＨＶａｌに修飾されていてもよい。
ペプチド合成は、標準的な装置、例えば、固相ペプチド合成などを使用して実施することができ、機器ならびに適切なプロトコルは、販売元から広く入手することができる。当業者は、ペプチドを閉環する従来の方法、例えばエステル化またはペプチド結合形成などを利用することができる。本発明による化合物を製造する２つの例示的な方法を、実施例２および実施例４として、以下に提供する。
【００５９】
あるいは、本発明による化合物のいずれか１つを製造する方法は、請求項１〜６のいずれか一項で定義した化合物の一部もしくは全部、または上記の中間ペプチドの発現を含む、微生物の培養または組換えＤＮＡ技術を含み得る。
【００６０】
したがって、本発明は、本発明による化合物を発現することが可能な微生物に関する。より詳しくは、そのような微生物は、ペドバクター（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ）属に属し得る。本発明による特定の微生物は、２０１８年７月３日にブダペスト条約に従ってＢＣＣＭ−ＬＭＧに寄託され、特許受託証ＬＭＧＰ−３０８６８を得た。
【００６１】
さらに、本発明はまた、本発明による化合物を製造するために配置された組換え発現系に関する。発現系は、本発明による化合物のその産生を増加させるため；ある特定の状況下で増殖させるための組換えＤＮＡ技術によって、または、発現系としての天然微生物の機能を改良もしくは変化させる任意の他の従来の改変によって改変された微生物、例えば細菌または真菌を含み得る。
【００６２】
より詳しくは、本発明による発現系は、ペドバクター属に属し得る。
本発明に包含される特定の発現系は、２０１８年７月３日にＬＭＧＰ−３０８６８としてＢＣＣＭ−ＬＭＧに寄託された。
【００６３】
さらに、本発明による化合物は、そのような環状ペプチドを自然に産生する微生物、例えば細菌から単離することによって産生することができる。本発明による化合物を産生するために細菌を単離する１つの方法は、天然サンプル、例えば土壌または泥などから細菌を単離するステップを含む。実際の単離は、標準のプロトコル、例えばＴｈａｋｅｒ，  Ｍら、（２０１３）  Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３１  （１０）：９２２〜９２９などに従って実施することができる。本発明による化合物を土壌細菌から単離する特定の例を、実施例１として以下に示す。
【００６４】
第３の態様では、本発明は、１種または複数のグラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌によって引き起こされる感染症の治療または予防などにおいて医薬として使用するための本発明による１つまたは複数の化合物に関する。
【００６５】
感染症は、１種または複数のグラム陽性細菌、例えば、アクチノマイセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）；バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）；クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）；コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）；エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）；ガードネレラ属（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）；ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）；リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）；ミクロコッカス属（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）；マイコバクテリア属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ）；ノカルディア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）；スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）；およびストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）からなる群から選択されるグラム陽性細菌によって引き起こされ得る。あるいは、またはさらに、感染症は、１種または複数のグラム陰性細菌、例えば、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）；バルトネラ属（Ｂａｔｒｏｎｅｌｌａ）；ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）；ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）；ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）；バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）；カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）；クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）；クラミドフィラ属（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌｉａ）；シトロバクター属（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）；コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）；エールリヒア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）；エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）；エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）；フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）；フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）；ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）；ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）；クレブシェラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）；レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）；レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）；モラクセラ属（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）；マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）；ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）；プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）；シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）；リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）；サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）；セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）：シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）；トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）；ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）；およびエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）からなる群から選択されるグラム陰性細菌によって引き起こされ得る。
【００６６】
第４の態様では、本発明は、本発明による１つまたは複数の化合物が使用される、１種または複数のグラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌によって引き起こされる感染症を治療または予防する方法に関する。細菌は、本発明の第３の態様に関して上記で論じた通りであってもよく、または本出願の他の箇所で論じた通りであり得る。したがって、本発明に従って予防および／または治療することができる病状は、アクチノマイセス属；バチルス属；クロストリジウム属；コリネバクテリウム属；エンテロコッカス属；ガードネレラ属；ラクトバチルス属；リステリア属；ミクロコッカス属；マイコバクテリア属；ノカルディア属；スタフィロコッカス属；ストレプトコッカス属；アシネトバクター属；バルトネラ属；ボルデテラ属；ボレリア属；ブルセラ菌；バークホルデリア属；カンピロバクター属；クラミジア属；クラミドフィラ属；シトロバクター属；コクシエラ属；エールリヒア属；エンテロバクター属；エシェリキア属；フランシセラ属；フゾバクテリウム属；ヘモフィルス属；ヘリコバクター属；クレブシェラ属；レジオネラ属；レプトスピラ属；モラクセラ属；マイコプラズマ属；ナイセリア属；プロテウス属；シュードモナス属；リケッチア属；サルモネラ属；セラチア属：シゲラ属；トレポネーマ属；ビブリオ属；およびエルシニア属からなる群から選択され得る。
【００６７】
第５の態様では、本発明は、１つまたは複数の薬学的に許容される担体および／またはアジュバントと組み合わせた、本明細書に記載し特許請求した化合物の１つまたは複数を含む医薬製剤に関する。担体は、本発明による化合物と適合し、また含まれる任意の追加の成分と適合する任意の固体担体材料または液体担体材料であってよく、これは治療投与に適しており、すなわち薬学的に許容される。したがって、担体は、経腸投与（例えば経口投与）または非経口投与に適した有機または無機の担体材料であってよい。そのような担体材料の例は、水、ゼラチン、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、タルク、植物油、アラビアゴム、ポリアルキレングリコール、ワセリンなどである。医薬製剤は、固体剤形（例えば、錠剤、糖衣錠、坐剤、もしくはカプセル剤として）または液体剤形（例えば、溶液、懸濁液もしくは乳濁液として）で製造することができる。
【００６８】
本発明による医薬製剤は、当技術分野で公知の方法によって調製することができ、従来の製薬上の操作、例えば滅菌に供することができ、また浸透圧または緩衝液を変化させるための１つまたは複数のアジュバント、例えば保存剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、塩などを含むことができる。緩衝液が使用される場合、医薬製剤のｐＨは、もちろん、製薬業務では周知である範囲内で変えられる。
【００６９】
本発明による医薬製剤は、無害で有益な細菌への阻害を最小限にすると同時に、疾患を引き起こす細菌に対しては最適な効果を付与する、ｉｖ製剤、経口製剤、局所製剤および他の製剤として使用することができる。
【００７０】
本製剤が医学的に有効な疾患を引き起こす病原菌は上記で論じた通りであり、アシネトバクター属；バチルス属；カンピロバクター属；クラミジア属：クロストリジウム属；エンテロバクター属；エンテロコッカス属；エシェリキア属；ヘモフィルス属；ヘリコバクター属；クレブシェラ属；レジオネラ属；マイコバクテリア属；ナイセリア属；シュードモナス属；サルモネラ属；シゲラ属；スタフィロコッカス属；ストレプトコッカス属；ビブリオ属；およびエルシニア属からなる群から選択することができる。
【００７１】
有利には、本発明による製剤は、アミノグリコシド；アンサマイシン；カルバペネム；セファロスポリン；フルオロキノロン；グリコペプチド；リンコサミド；リポペプチド；マクロライド；モノバクタム；ニトロフラン；オキサゾリジノン；ペニシリン；ポリペプチド；キノロン；スルホンアミド；およびテトラサイクリンからなる群から選択される抗生物質に対して耐性および／または多剤耐性である１つまたは複数の疾患を引き起こす細菌に対して有効である。
【００７２】
第６の態様では、本発明は、グラム陽性細菌および／またはグラム陰性細菌の表面の定着化を防止する方法における、本明細書に記載し特許請求した化合物の１つまたは複数の使用に関する。表面は、身体の表面、または臨床機器の一部、例えば金属もしくはプラスチック製品の表面であり得る。
【００７３】
図面の詳細な説明
図１は、本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の固相合成のパートＩを詳述するスキーム１である。より詳しくは、スキーム１は、ｉ）Ｍａｒｔｉｎのスルフラン脱水試薬、ｉｉ）ギ酸、ｉｉｉ）２−クロロトリチル樹脂／コリジン／ＤＭＦ、ｉｖ）２０％ピペリジン／ＤＭＦ、ｖ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ｌｅｕ／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｖｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｖｉｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（Ｏ−ｔＢｕ）−Ｏ−ＣＨ［（ＣＨ２）６−ＣＨ３］−ＣＨ２−ＣＯＯＨ／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｖｉｉｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＯＨＶａｌ（Ｏ−ｔＢｕ）／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｉｘ）Ｆｍｏｃ−Ｄ−Ｐｈｅ／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡを含む。それぞれのカップリングステップの後、Ｆｍｏｃ基は、ＤＭＦ中の２０％ピペリジンで除去される。
【００７４】
図２は、本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の固相合成のパートＩＩを詳述するスキーム２である。より詳しくは、スキーム２は、ｘ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ｔｈｒ（Ｏ−ｔＢｕ）／ＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉｉ）ＤＭＦ中の２０％ＨＦＩＰ、ｘｉｉｉ）ＰｙｃｌｏｃＫ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉｖ）ＴＦＡ／ＴＩＰＳを含む。それぞれのカップリングステップの後、Ｆｍｏｃ基は、ＤＭＦ中の２０％ピペリジンで除去される。
【００７５】
図３は、本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成のパートＩを詳述するスキーム３である。より詳しくは、スキーム３は、ｉ）ＴｉＣｌ４／ＤＣＭとその後のＴＦＡ／Ｈ２Ｏ、ｉｉ）ＣｒＯ３／ａｑ．Ｈ２ＳＯ４とその後のＫＯＨ／ＭｅＯＨ、ｉｉｉ）臭化アリル／Ｋ２ＣＯ３／ＤＭＦ、ｉｖ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（ＯｔＢｕ）／ＥＤＣＩ／ＤＭＡＰ、ｖ）Ｐｄ（ＰＰｈ３）４／ＰｈＳｉＨ３／ＤＣＭ、ｖｉ）Ｐｄ（ＰＰｈ３）４／ｎ−Ｂｕ３ＳｎＨ／ＴＨＦ、ｖｉｉ）Ｉ２／ＤＣＭ、ｖｉｉｉ）ＮａＮ３／アスコルビン酸Ｎａ／ＣｕＩ／ＤＭＥＤＡ／ＤＭＳＯ−Ｈ２Ｏ、ｉｘ）ＬｉＯＨ／Ｈ２Ｏ、ｘ）ＥＤＣＩ／ＤＭＡＰ／ＤＣＭを含む。
【００７６】
図４は、本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成のパートＩＩを詳述するスキーム４である。より詳しくは、スキーム４は、ｘｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉｉ）ＥＢＢ／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉｉｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−３−ＯＨＶａｌ／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ、ｘｉｖ）Ｆｍｏｃ−Ｄ−Ｐｈｅ／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ、ｘｖ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ、ｘｖｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ｔｈｒ（Ｏ−ｔＢｕ）／ＤＥＢＰＴ／ＤＩＰＥＡ、ｘｖｉｉ）（Ｅ）−２−アジド−２−ブテン酸／ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡを含む。それぞれのカップリングステップの後、Ｆｍｏｃ基は、ＤＭＦ中の２０％ピペリジンで除去される。
【００７７】
図５は、本発明による例示的な化合物Ｕ７４７の代替の立体特異的固相合成のパートＩＩＩを詳述するスキーム５である。より詳しくは、スキーム５は、ｘｖｉｉｉ）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎδ−Ｂｏｃ）２−ジフェニルホスファニルフェニルエステル／ＴＨＦ−Ｈ２Ｏとその後のＤＭＦ中の２０％ピペリジン、ｘｉｘ）２０％ＨＦＩＰ、ｘｘ）ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ／ＤＭＦ、ｘｘｉ）ＴＦＡ／ＴＩＰＳを含む。
【実施例】
【００７８】
本実施例は例示の目的でのみ提供され、添付の特許請求の範囲によって定義した本発明を限定するものではない。以下で提供した、および本出願の他の箇所で提供したすべての参考文献は、参照によって本明細書に含まれる。
【００７９】
実施例１：ペドバクター属の種ＵＰ５０８の単離および同定
本明細書でＵＰ５０８と示した細菌単離株（２０１８年７月３日にＬＭＧ  Ｐ−３０８６８としてＢＣＣＭ−ＬＭＧに寄託）は、標準のプロトコルに基づいて、スウェーデン、ウプサラのウルトゥナで収集した土壌サンプルから単離した。単離株は、１６Ｓ  ｒＲＮＡを配列決定することにより、ペドバクター・クリオコニティス（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ  ｃｒｙｏｃｏｎｉｔｉｓ）のＡ３７株またはペドバクター・ウェステルホフェンシス（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ  ｗｅｓｔｅｒｈｏｆｅｎｓｉｓ）のＷＢ３．３−２２株に最も近いと同定された。
【００８０】
Ｕ７４７の産生
単離株ペドバクター属の種ＵＰ５０８を、それぞれ、３００ｍＬの半分に薄めたベジタブルペプトンブロス（ＶＰＢ；１０００ｍＬの脱イオンＨ２Ｏ中、１５ｇのＶＰＢ（Ｏｘｏｉｄ  Ｌｔｄ））を入れた３２×１０００ｍＬの三角フラスコ内で、１５℃の回転振盪機（１３０ｒｐｍ）により培養した。Ｕ７４７および他の細胞外代謝産物を回収するため、接種の１６〜２４時間後に、滅菌綿／ポリマー樹脂Ｓｅｐａｂｅａｄｓ（登録商標）ＳＰ８５０（Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；１バッグ当たり約１０ｇ）を入れたペーパーバッグを、活発に増殖している培養物中に沈めた。６〜７日後にバッグを取り出し、脱イオン水で洗浄し、バッグ当たり約２×２０ｍＬのＭｅＯＨおよび２×２０ｍＬのＭｅＣＮで抽出した。プールした抽出物を減圧下で乾燥させた。乾燥させた抽出物を４０ｍＬの５０％ＭｅＣＮ水溶液（０．２％ギ酸）に溶解させ、遠心分離にかけ（１３０００ｒｐｍで５分）、セミ分取ＨＰＬＣカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｏｍｅｇａ  ５μｍ  ＰＳ  Ｃ１８、１００Å；１００×２１．２ｍｍ）に注入し（４０×１ｍＬ）、水に溶解したＭｅＣＮの２段階勾配で溶出し（１５分で１５〜５０％、２分で５０〜９５％、その後４分間９５％、「ＨＰＬＣ１」）、０．２％ギ酸で１０ｍＬ／分溶出した。フラクション（２ｍＬ）を２．２ｍＬのディープウェルプレートに収集し、クロマトグラフィーを２１０ｎｍのＵＶ検出器でモニターした。ＨＰＬＣ−フラクションをＵＨＰＬＣ−ＭＳ（０．５μＬ；Ａｃｃｕｃｏｒｅ  Ｖａｎｑｕｉｓｈ  Ｃ１８＋、５０×２．１ｍｍ、１．５μｍ；１０〜９５％ＭｅＣＮを３分、９５％ＭｅＣＮで１．２分、０．２％ギ酸、０．９ｍＬ／分；Ａｇｉｌｅｎｔ  １２９０  Ｉｎｆｉｎｉｔｙ  ＩＩ  ＵＨＰＬＣおよびＢｒｕｋｅｒ  ｍａＸｉｓ  Ｉｍｐａｃｔ  ＱＴＯＦ）によりポジティブモードで分析した。ｔＲが１．４分であり、ｍ／ｚが３７３．２１４３（３＋）（ＵＨＰＬＣ−ＭＳ）のペプチドＵ７４７が含まれたフラクション５７〜５９をプールし、真空遠心分離機で乾燥させた。乾燥残留物を同じセミ分取カラムで分画し、水に溶解したＭｅＣＮの直線勾配（２６分で２０〜３７．５％、９分で３７．５〜６０％、０．２％ギ酸、１０ｍＬ／分、「ＨＰＬＣ２」）で溶出した。Ｕ７４７が含まれたフラクション５４〜６１（上記のＵＨＰＬＣ−ＭＳ）をプールし、真空遠心分離機で乾燥させ、上記と同じカラムで、水に溶解したＭｅＣＮの勾配（０．２％ギ酸；２６分で１７．５〜３５％ＭｅＣＮ、９分で３５〜５７．５％、「ＨＰＬＣ３」）を使用してさらに単離した。Ｕ７４７が含まれたフラクション３９〜５４をプールし、真空遠心分離機で乾燥させ、同じカラムで最終１ラウンドのＨＰＬＣにかけた（２８分で１７．５〜３５％ＭｅＣＮ、７分で３５〜５７．５％、０．２％のギ酸、１０ｍＬ／分、「ＨＰＬＣ４」）。Ｕ７４７が含まれたフラクション４８〜５３をプールし、真空遠心分離機で乾燥させた。ＨＰＬＣ３からの低純度のＵ７４７を含むフラクションをＨＰＬＣ４にかけ、さらにＨＰＬＣ５（ＨＰＬＣ４と同一条件）にかけ、Ｕ７４７を含むフラクションをプールし、真空遠心分離機で乾燥させた。Ｕ７４７��全収量は３３ｍｇであった。
【００８１】
本発明の他の化合物は、同じ方法を使用して単離したが、適切に適合したＨＰＬＣ条件を使用した。
Ｕ７４７および類似化合物の構造決定
ＮＭＲ
Ｕ７４７を０．６ｍＬのＤＭＳＯ−ｄ６に溶解させ、５ｍｍのクライオプローブを備えたＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ−ＩＩＩ  ＮＭＲ分光計で分析した。１Ｄ  １Ｈおよび１３Ｃ  ＮＭＲ実験から得られたＵ７４７のＮＭＲデータは、２Ｄ実験１Ｈ−１Ｈ  ＣＯＳＹ、１Ｈ−１Ｈ  ＴＯＣＳＹ、ＨＳＱＣ−ＴＯＣＳＹ、および１Ｈ−１３Ｃ  ＨＳＱＣとともに、次の共通アミノ酸：１×Ｌｅｕ、１×Ｔｈｒ、１×Ｐｈｅ、および１×Ａｓｐ、ならびにいくつかの非標準アミノ酸の存在を示唆した。続いて、ＮＭＲデータの分析からは、２×２，３−ジアミノプロパン酸（ＤＡＰＡ）、１×２，４−ジアミノブタン酸（ＤＡＢＡ）、１×２−アミノ−２−ブテン酸（ＡＢＡ）、および１×３−ヒドロキシバリン（ＯＨＶａｌ）の存在が示唆された。ＲＯＥＳＹ実験からは、ＡＢＡが（Ｅ）−ＡＢＡとして存在することが証明された。
【００８２】
またＮＭＲデータは、３−ヒドロキシデカン酸の存在も示しており、β−ＣＨの化学シフトから判断すれば、３−ヒドロキシ官能基はエステル化されているはずであり、このことから、ラクトンがこの官能基のエステルによって形成されていることが示唆される。最後に、ＲＯＥＳＹデータとＨＭＢＣデータの組合せにより、Ｕ７４７の構造がシクロ（３−ヒドロキシデカノイル−ＤＡＰＡ−Ｌｅｕ−ＤＡＢＡ−ＡＢＡ−Ｔｈｒ−ＤＡＰＡ−Ｐｈｅ−ＯＨＶａｌ−Ａｓｐ）であることが示唆された。
【００８３】
ＭＳＭＳ。
ペプチドＵ７４７の推定ラクトンを開環するため、少量のサンプル（約５０μｇ）を室温で２０分間、２００μＬのＭｅＯＨ中の１％ＮａＯＭｅで処理し、その溶液を１０μＬの２Ｍ  ＨＣｌ（ａｑ）で中和した。得られたサンプルを、水中のＭｅＣＮの勾配を使用して（０．２％ギ酸；３分で３０〜６０％ＭｅＣＮ、０．９ｍＬ／分）、ＵＨＰＬＣ−ＭＳＭＳ（上記と同じ機器およびカラム）により分析した。直鎖開環ペプチドＵ７４７（ｔＲ  ３３ｓ）に対応するｍ／ｚ  ５７５．３２８７（２＋）のイオンがＭＳＭＳ（２１．５ｅＶ）にて選択された。フラグメントイオンＢ１（Ｎ連結３−ヒドロキシデカノイル基を含む）は、Ｂ２〜Ｂ８とともに、完全配列を網羅することができ、ＮＭＲデータによって提示された配列が確認された。
【００８４】
アミノ酸の立体配置
Ｕ７４７（０．５ｍｇ）を２００μＬの６Ｍ  ＨＣｌに溶解させ、真空ガラスバイアル内で一晩１２０℃にて処理した。バイアルを開封し、溶液をＮ２下で乾燥させた。続いて、アミノ酸の立体配置を、改良Ｍａｒｆｅｙ法を使用して決定した（Ｆｕｊｉｉら  １９９７．  Ａｎａｌ．  Ｃｈｅｍ．  ６９、５１４６〜５１５１．）。誘導体化したサンプルをＵＨＰＬＣ−ＭＳ（上記と同じカラム、６分で２０〜５０％ＭｅＣＮ、０．９ｍＬ／分、０．２％ギ酸）により分析し、標準の参照サンプルと比較することにより、アミノ酸はＬ−Ｔｈｒ、Ｌ−ＯＨＶａｌ、Ｌ−Ａｓｐ、Ｌ−Ｌｅｕ、Ｄ−Ｐｈｅ、２×Ｌ−ＤＡＰＡおよびＬ−ＤＡＢＡと決定された。
【００８５】
３−ヒドロキシ脂肪酸の立体配置
本発明のペプチドの３−ヒドロキシ脂肪酸部分の立体配置は、改良Ｍｏｓｈｅｒ法（Ｏｈｔａｎｉら、Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １９９１、１１３、４０９２〜４０９６）を使用して、プロトタイプＵ７５２について決定した。Ｕ７５２（６ｍｇ）を２００μＬの６Ｍ  ＨＣｌに溶解させ、真空ガラスバイアル内で、６時間１２０℃にて処理した。冷却後、バイアルを開封し、内容物をＮ２下で乾燥させた。残留物をＥｔＯＡｃと水との間で分配し、ＥｔＯＡｃ抽出物をＮ２下で乾燥させた。サンプル（約０．５ｍｇ）を１．２ｍＬのピリジン−ｄ５に溶解させ、その溶液を１．５ｍＬガラスバイアル中の２つの等しい分量（それぞれ約１．２μｍｏｌ）に分けた。それぞれのサンプルを、室温にて、５μＬのＲ−またはＳ−ＭＴＰＡ−Ｃｌ（３，３，３−トリフルオロ−２−メトキシ−２−フェニルプロパノイルクロリド、各約２７μｍｏｌ、約２２倍過剰）で処理し、それぞれ、脂肪酸のＳ−ＭＴＰＡエステルおよびＲ−ＭＴＰＡエステルを得た。６時間後、サンプルをＮＭＲにより分析し、２つのジアステレオマーサンプルについて、Ｈ２−２、Ｈ２−４、およびＨ２−５の化学シフトを決定した。最後に、Ｓ−ＭＴＰＡエステルとＲ−ＭＴＰＡエステルに関する上記化学シフトの差異を計算して、Ｕ７５２の３−ヒドロキシ脂肪酸の立体配置がＲであると決定されたが、この立体配置は、Ｕ７４７を含む本発明のすべてのペプチドにおいて同様であると思われる。
【００８６】
したがって、Ｕ７４７の構造は、シクロ（（Ｒ）−３−ヒドロキシデカノイル−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ−（Ｅ）−ＡＢＡ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−ＯＨＶａｌ−Ｌ−Ａｓｐ）であると決定された。本発明の他の化合物の構造は、必要に応じて、ＮＭＲ、ＭＳＭＳ、および改良型Ｍａｒｆｅｙ法の組合せを使用して決定した。
【００８７】
【表２】
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【００８８】
実施例２：Ｕ７４７の合成
Ｕ７４７の合成は、Ｍｏｕｎｔｆｏｒｄら（Ｏｒｇ．  Ｂｉｏｍｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、２０１７、１５、７１７３〜７１８０）によって開示されている、ポリペプチンＰＥ２の合成と同様にして行う。ほとんどのアミノ酸は、それらのＮα−Ｆｍｏｃ保護形態（Ｌ−Ｌｅｕ、Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）、Ｌ−Ｔｈｒ（Ｏ−ｔＢｕ）、Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎβ−Ｂｏｃ）、Ｄ−ＰｈｅおよびＬ−Ａｓｐ（Ｏ−ｔＢｕ））で市販されており、一方、保護されていないＬ−ＯＨＶａｌも市販されており、容易にＮα−ＦｍｏｃおよびＯ−ｔＢｕ保護される。Ｌ−ａｌｌｏ−Ｔｈｒのｔｅｒｔ−ブチルエステルは市販されている。
【００８９】
最初に、ジペプチドは、カップリング用のＮ−（３−ジメチルアミノプロピル）−Ｎ’−エチルカルボジイミド／トリエチルアミンを使用して、Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）をＬ−ａｌｌｏ−Ｔｈｒ（ＯＨ）ｔｅｒｔ−ブチルエステルに結合させることにより形成する。次いで、このジペプチド中の（Ｅ）−ＡＢＡを、Ｍａｒｔｉｎのスルフランを使用する脱水［ＹｏｋｏｋａｗａおよびＳｈｉｏｉｒｉ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  ４３  （２００２）  ８６７９〜８６８２］（図１；スキーム１）によって、その後、主要なＺ−異性体からＥ−異性体を単離する分取ＨＰＬＣによって得る。ジペプチドＦｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）−（Ｅ）−ＤＡＢＡを、ＤＭＦ中のコリジンを使用して２−クロロトリチル樹脂に結合させ、直鎖ペプチドＦｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎβ−Ｂｏｃ）−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）−（Ｅ）−ＡＢＡ−樹脂を、それぞれのカップリングステップ前では樹脂結合ペプチドのＦｍｏｃ脱保護用のＤＭＦ中２０％ピペリジンを使用し、それぞれのカップリングステップではＤＭＦ中のＨＣＴＵ（Ｏ−（１Ｈ−６−クロロベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート）／ＤＩＰＥＡ（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン）を使用して、固相ペプチド合成によって合成する（図１および図２；スキーム１およびスキーム２）。デプシペプチドの必要なエステルビルディングブロック（Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（Ｏ−ｔＢｕ）−Ｏ−ＣＨ［（ＣＨ２）６−ＣＨ３］−ＣＨ２−ＣＯＯＨ）は、Ｍｏｕｎｔｆｏｒｄら（Ｏｒｇ．  Ｂｉｏｍｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、２０１７、１５、７１７３〜７１８０）の方法と同様にして、Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（Ｏ−ｔＢｕ）およびアリル（Ｒ／Ｓ）−３−ヒドロキシデカノエートから合成する。
【００９０】
パラジウムテトラキストリフェニルホスフィンを使用してアリル基を除去した後、エステルビルディングブロックを、ＤＭＦ中のＨＣＴＵ／ＤＩＰＥＡを使用して、樹脂結合直鎖ペプチドに結合させる。続いて、直鎖デプシペプチドＦｍｏｃ−Ｌ−Ｔｈｒ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎβ−Ｂｏｃ）−Ｄ−Ｐｈｅ−Ｌ−ＯＨＶａｌ−Ｌ−Ａｓｐ（Ｏ−ｔＢｕ）−Ｏ−ＣＨ［（ＣＨ２）６−ＣＨ３］−ＣＨ２−ＣＯ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎβ−Ｂｏｃ）−Ｌ−Ｌｅｕ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）−（Ｅ）−ＡＢＡ−樹脂を上記のように合成する。
【００９１】
Ｆｍｏｃ脱保護の後、Ｎ−ＢｏｃおよびＯ−ｔＢｕ保護されたデプシペプチドを、ジクロロメタン中のＨＦＩＰ（ヘキサフルオロイソプロパノール）を使用して、樹脂から遊離させる。
【００９２】
続いて、このデプシペプチドを、ＤＭＦ中のＰｙＣｌｏｃＫ（６−クロロベンゾトリアゾール−１−イルオキシ−トリス−ピロリジノ−ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）／ＤＩＰＥＡを使用して、Ｎ末端Ｌ−Ｔｈｒ残基とＣ末端（Ｅ）−ＡＢＡ残基との間にペプチド結合を形成させることにより環化する。最後に、側鎖保護基（Ｎ−ＢｏｃおよびＯ−ｔＢｕ）を、ＴＦＡ／ＴＩＰＳ（トリイソプロピルシラン）による処理によって除去し、ペプチドＵ７４７を分取ＨＰＬＣによって（Ｓ）−３−ヒドロキシデカン酸ジアステレオマーから精製する（上記のカラム、２８分で１７．５〜３５％ＭｅＣＮ、７分で３５〜５７．５％、０．２％ギ酸、１０ｍＬ／分）。
【００９３】
実施例３：Ｕ７４７の生物学的特性
異なる病原性細菌のパネルに対するＵ７４７の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を、Ａ）９６ウェルマイクロタイタープレートにおける微量液体希釈法、およびＢ）米国臨床検査標準委員会（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（ＣＬＳＩ）ガイドラインによる方法（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  （ＣＬＳＩ）．  ２０１５．  Ｍ７−Ａ１０．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｄｉｌｕｔｉｏｎ  ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｔｅｓｔｓ  ｆｏｒ  ｂａｃｔｅｒｉａ  ｔｈａｔ  ｇｒｏｗ  ａｅｒｏｂｉｃａｌｌｙ、第１０版  承認基準  ＣＬＳＩ、ペンシルベニア州ウェイン）の２つの方法によって測定した。
【００９４】
Ａ）微量液体希釈方法では、試験培地は、１：４の比率でリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ａｍｒｅｓｃｏ  ＬＬＣ、ソロン、米国）と混合したＡＭ３ブロス（ＢＤ  Ｄｉｆｃｏ  Ｌｔｄ）（大腸菌、Ａ．バウマンニ、エンテロバクター・クロアカエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ）、クレブシェラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）および緑膿菌）であるか、１：１の比率でＰＢＳと混合したＡＭ３ブロス（黄色ブドウ球菌（Ｓ．  ａｕｒｅｕｓ））であるか、麦芽エキス（ＭＥ；１０００ｍＬの脱イオンＨ２Ｏ中１５ｇの麦芽エキス、Ｄｉｃｏ  Ｌｔｄ．；アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ））のいずれかであった。ＭＩＣ試験の前に、細菌細胞濃度／真菌胞子濃度を、１ｍＬ当たり１〜５×１０５細胞／胞子に調節した。細胞濃度は、常に、それぞれのＭＩＣ試験の直後に、標準希釈法に従って実施した生細胞カウントと、ＶＰＡプレート（１０００ｍＬ脱イオンＨ２Ｏ中、１０ｇのＶＰＢ（Ｏｘｏｉｄ  Ｌｔｄ．）、１５ｇのＢａｃｔｏ  Ａｇａｒ（Ｓａｖｅｅｎ  Ｗｅｒｎｅｒ  ＡＢ）へのそれぞれの病原菌の播種と、麦芽エキスプレート（１０００ｍＬ脱イオンＨ２Ｏ中、１５ｇの麦芽エキス  Ｄｉｃｏ  Ｌｔｄ．、１５ｇのＢａｃｔｏ  Ａｇａｒ（Ｓａｖｅｅｎ  Ｗｅｒｎｅｒ  ＡＢ））へのＡ．フミガーツスの播種によって確認した。続いて、プレートを暗所で３７℃にてインキュベートし、１６〜２４時間後に生存コロニーをカウントした。ＭＩＣ（０．０５〜６４μｇ／ｍＬの濃度範囲）を推定するため、ＭｅＯＨ中の１００、１０、および１μｇ／ｍＬ、必要に応じて０．１μｇ／ｍＬのストック溶液からテスト化合物の適切なサンプル量をマイクロタイタープレートのウェルに分注し、溶媒をドラフト内で蒸発させた。その後、適切な培地中の病原体細胞の懸濁液をマイクロタイタープレートのウェルに分注し、病原体の増殖を、暗所で３７℃にて１６〜２０時間インキュベーションした後にモニターした。陽性対照は、化合物を添加していない未処理の滅菌した適切な培地中に懸濁したそれぞれの病原体細胞を含んでおり、陰性対照は、培地のみを含んでいた。ＭＩＣは、病原体の目視可能な増殖がないそれぞれの化合物の最低濃度として定義した。すべてのＭＩＣ試験は、２連および／または３連で実施し、少なくとも２回繰り返した。
【００９５】
Ｂ）さらに、選択した病原体に対するＵ７４７のＭＩＣ値を、米国臨床検査標準委員会（ＣＬＳＩ）のガイドラインに従って決定した。
ＩＣ５０、溶血率、および耐性率（ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ｏｆ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）（ＦｏＲ、表４）を、様々なＣＲＯによる標準プロトコルを使用して決定した。
【００９６】
実施例４：Ｕ７４７の代替合成
最初に、必要なエステルビルディングブロック（ＥＢＢ、スキーム３）を、カップリング剤としてＤＭＡＰ／ＥＤＣＩを使用して、Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（ＯｔＢｕ）ＯＨ（市販品）とアリル（３Ｒ）−３−ヒドロキシデカノエート（以下に説明したように合成）から合成する。（３Ｒ）−３−ヒドロキシデカン酸は、ＴｉＣｌ４促進性ジアステレオ選択的カップリング反応（Ｅｌｌｉｏｔ，  Ｊ．Ｄ．ら、Ｔｅｔ．  Ｌｅｔｔ  １９８５、２６、２５３５〜２５３８）において、（４Ｒ，６Ｒ）−２−ヘプチル−４，６−ジメチル−１，３−ジオキサン（Ｂａｒｔｌｅｔｔ，  Ｐ．Ａ．ら、ＪＡＣＳ  １９８３、１０５、２０８８〜２０８９）と１−ｔｅｒｔ−ブトキシビニルオキシ−ｔｅｒｔ−ブチル−ジメチルシラン（Ｗｅｎｚｅｌ，  Ａ．Ｇ．およびＪａｃｏｂｓｅｎ、Ｅ．Ｎ．、ＪＡＣＳ  ２００２、１２４、４４、１２９６４〜１２９６５）から合成され、続いてＪｏｎｅｓ試薬を使用した酸化とβ−除去（ＫＯＨ／ＭｅＯＨ）を実施した。アリル（３Ｒ）−３−ヒドロキシデカノエートは、臭化アリルとの反応によって得る。Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ａｓｐ（ＯｔＢｕ）ＯＨとのカップリングの後、アリル基をＰｈＳｉＨ３／Ｐｄにより除去し、その後のカップリング反応において使用するＥＢＢを得る。
【００９７】
次に、（Ｅ）−２−アジド−２−ブテン酸とＦｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎδ−Ｂｏｃ）の２−ジフェニルホスファニルフェニルエステルを以下に示したように合成する（スキーム３）。これらの成分は、固相ペプチド合成のＳｔａｕｄｉｎｇｅｒライゲーションステップ（Ｋｏｈｎ，  Ｍ．およびＢｒｅｉｎｂａｕｅｒ，  Ｒ．  ２００４．  ＡＮＧＥＷ．  ＣＨＥＭＩＥ−ＩＮＴ．  ＥＤ．  ４３  ３１０６〜３１１６）で使用される。エチルブタ−３−イノエート（市販品）の立体選択的ヒドロスタンニル化（Ｍｉｙａｋｅ，  Ｈ．；  Ｙａｍａｍｕｒａ，  Ｋ．  Ｃｈｅｍ．  Ｌｅｔｔ．  １９８９、１８、９８１〜９８４）と、その後のヨードスタンニル化（Ｈａｎｓｏｎ，  Ｒ．  Ｎ．およびＥｌ−Ｗａｋｉｌ，  Ｈ．  Ｊ．、１９８７、Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．、５２、３６８７〜３６８８）によって、エチル（Ｅ）−２−ヨード−２−ブテネオエート（ｂｕｔｅｎｅｏａｔｅ）が得られ、これはアジ化ナトリウムで処理することによってエチル（Ｅ）−２−アジド−２−ブテノエートに変換され、次いで（Ｅ）−２−アジド−２−ブテン酸に加水分解される。Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎδ−Ｂｏｃ）と２−ジフェニルホスファニルフェノール（市販品）を、ＤＭＡＰ／ＥＤＣＩを使用してカップリングし、対応するエステルを形成させる。続いて、直鎖ペプチドを、Ｃｌ−トリチル樹脂に結合させたＬ−Ｌｅｕから出発して、１）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）（市販品）、２）ＥＢＢ（上記）、３）Ｆｍｏｃ−Ｌ−３−ＯＨ−Ｖａｌ（市販品）、４）Ｆｍｏｃ−Ｄ−Ｐｈｅ（市販品）、５）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＰＡ（Ｎγ−Ｂｏｃ）、６）Ｆｍｏｃ−Ｌ−Ｔｈｒ（ＯｔＢｕ）（市販品）、７）（Ｅ）−２−アジド−２−ブテン酸、８）Ｆｍｏｃ−Ｌ−ＤＡＢＡ（Ｎδ−Ｂｏｃ）のジフェニルホスファニルフェニルエステルを使用して合成する（スキーム４および５）。カップリング１〜５および７は、ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ／ＤＭＦで行われ、カップリング６は、ＤＥＢＰＴ／ＤＩＰＥＡ／ＤＭＦで行われ、カップリング８はＴＨＦ／Ｈ２Ｏで行われる（Ｓｔａｕｄｉｎｇｅｒライゲーション）。Ｆｍｏｃ脱保護は、ＤＭＦ中の２０％ピペリジンで行われる。このペプチドを、ＤＣＭ中の２０％ＨＦＩＰで樹脂から切断し、ペプチドを分取ＨＰＬＣにより精製する。最後に、遊離したペプチドを、ＰｙＢＯＰ／ＨＯＢｔ／ＤＩＰＥＡ／ＤＭＦを使用して環化し、環化したペプチドをＴＦＡ／ＴＩＰＳで脱保護する。分取ＨＰＬＣにより純粋なＵ７４７を得る。
【００９８】
【表３−１】
2021536455.tif 000006
【００９９】
【表３−２】
2021536455.tif 000007
【０１００】
【表４】
2021536455.tif 000008
【０１０１】
本発明の他の化合物のＭＩＣ値（表５）は、方法Ａを使用して決定した。
【０１０２】
【表５】
2021536455.tif 000009
【図１】
2021536455.tif 000011
【図２】
2021536455.tif 000012
【図３】
2021536455.tif 000013
【図４】
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【図５】
2021536455.tif 000015
【配列表】
2021536455000001.app
【国際調査報告】
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