(57)【要約】微生物関連特徴解析プロセスの改善などのための方法及び／又はシステムの実施形態であって、（例えば、個別検体から）一セットの対照試料群を調製すること；前記一セットの対照試料群のうちの１又は複数の対照試料に基づいて、１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータ（例えば、一セットの微生物タクソン群についての相対存在量のカットオフリファレンス範囲）を決定すること；及び、前記１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータ及び前記一セットの対照試料群のうちの１又は複数の対照試料に対する１種類又は複数種類の対照試料特徴解析結果に基づいて、前記微生物関連特徴解析結果についての１種類又は複数種類の変動パラメータを決定すること、を含みうる、実施形態。
2021502124.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物関連特徴解析プロセスを改善するための方法であって、
個別検体から一セットの対照試料群を調製すること；
前記一セットの対照試料群のうちの第１のサブセットに属する対照試料群を用いた第一処理操作に基づいて、一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定すること、ここで前記第一処理操作は前記微生物関連特徴解析プロセスに関連する；
前記一セットの対照試料群のうちの第２のサブセットに属する対照試料群及びユーザー由来の標的試料を用いた前記微生物関連特徴解析プロセスに基づいて、前記第２のサブセットに属する対照試料群についての対照試料特徴解析結果を決定すること；及び
前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群との比較に基づいて、前記微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータ（variability parameter）を決定すること
を含む前記方法。
【請求項２】
前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定することが、
前記第１のサブセットに属する対照試料群を用いた前記第一処理操作に基づいて、一セットの個別リファレンス微生物存在量パラメータ群を決定すること；及び
前記一セットの個別リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて、一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群を決定すること
を含み、
前記変動パラメータを決定することが、前記対照試料特徴解析結果及び前記一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定することが、前記一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて一セットのリファレンス微生物存在量範囲群を決定することを含み、前記変動パラメータを決定することが、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群を決定することは、一セットのバリデータ微生物タクソン群について前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群を決定することを含み、前記対照試料特徴解析結果は、前記一セットのバリデータ微生物タクソン群についての一セットの微生物存在量パラメータを含み、前記変動パラメータを決定することは、前記一セットのバリデータ微生物タクソン群の各タクソンについて、前記一セットの微生物存在量パラメータ群のうちの対応する微生物存在量パラメータが、前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群のうちの対応するリファレンス微生物存在量範囲の内にあるかどうかを決定することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記変動パラメータを決定することが、
前記の対応する微生物存在量パラメータが前記の対応するリファレンス微生物存在量範囲の内にあるタクソンの数に基づいて、タクソン関連スコアを決定すること；及び
前記タクソン関連スコアとタクソン関連スコアしきい値との比較に基づいて、前記変動パラメータを決定すること
を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
対照試料の合格率を最大化すること及び非対照試料の合格率を最小化することに関連する一セットの基準に基づいて前記タクソン関連スコアしきい値を決定することをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群が、一セットのリファレンス微生物相対存在量範囲群を含み、前記対照試料特徴解析結果が、一セットの微生物相対存在量パラメータ群を含み、前記変動パラメータを決定することが、前記一セットの微生物相対存在量パラメータ群と前記一セットのリファレンス微生物相対存在量範囲群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
前記微生物関連特徴解析プロセスの前記変動パラメータに基づいて、前記ユーザーのための微生物関連状態の治療を決定すること；及び
前記ユーザーに対する前記治療の提供を促進すること；
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記治療の提供を促進することが、前記ユーザーに前記治療を提供することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記微生物関連特徴解析プロセスが、微生物関連状態についての診断と関連するマイクロバイオームアッセイを含み、前記変動パラメータを決定することが、前記マイクロバイオームアッセイのための前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記マイクロバイオームアッセイが、マイクロバイオームアッセイタイプに対応するものであり、前記第一処理操作が、前記マイクロバイオームアッセイタイプに対応し、前記第１のサブセットに属する対照試料群を用いて実行される、一セットのバリデーションマイクロバイオームアッセイ群を含み、前記マイクロバイオームアッセイが、前記第２のサブセットに属する対照試料群及び前記ユーザーに由来する前記標的試料を用いて実行される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記変動パラメータが、前記第２のサブセットに属する対照試料群及び前記ユーザー由来の前記標的試料を用いた前記マイクロバイオームアッセイの品質を記述し、前記変動パラメータを決定することが、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群との間の偏差に基づいて前記マイクロバイオームアッセイのための前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記変動パラメータを決定することが、前記偏差がしきい値条件を満たす場合に前記マイクロバイオームアッセイについて合格メトリックを決定すること；及び、前記偏差が前記しきい値条件を満たさない場合に前記マイクロバイオームアッセイについて不合格メトリックを決定することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記個別検体から前記一セットの対照試料群を調製することが、
前記個別検体由来の含有微生物との関連において（in relation to microorganism content）前記個別検体をホモジナイズすること；及び
前記のホモジナイズされた個別検体をアリコートすること（aliquoting）
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記個別検体が糞便試料を含み、前記個別検体をホモジナイズすることが、前記糞便試料を生理食塩水と混合することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
微生物関連特徴解析プロセスを改善するための方法であって、
一セットの対照試料群を調製すること；
前記一セットの対照試料群のうちの少なくとも１つの対照試料及び標的試料を用いた前記微生物関連特徴解析プロセスに基づいて、前記の少なくとも１つの対照試料についての対照試料特徴解析結果を決定すること；並びに
前記対照試料特徴解析結果と、前記微生物関連特徴解析プロセスに関連する処理操作から決定されたリファレンス微生物関連パラメータと、の比較に基づいて、前記微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータを決定すること
を含む前記方法。
【請求項１７】
前記微生物関連特徴解析プロセスに関連する前記処理操作に基づいて、前記リファレンス微生物関連パラメータを含んだ一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群を決定することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群を決定することが、前記一セットの対照試料群のうちのサブセットを用いた前記処理操作に基づいて一セットのリファレンス微生物関連範囲群を決定することを含み、前記変動パラメータを決定することが、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群が、一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群を含み、前記対照試料特徴解析結果が、前記の少なくとも１つの対照試料についての一セットの微生物機能パラメータ群を含み、前記変動パラメータを決定することが、前記一セットの微生物機能パラメータ群と前記一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群が、一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群をさらに含み、前記対照試料特徴解析結果が、前記の少なくとも１つの対照試料についての一セットの微生物存在量パラメータをさらに含み、前記変動パラメータを決定することが、前記一セットの微生物存在量パラメータ群、前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群、前記一セットの微生物機能パラメータ群、および前記一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記リファレンス微生物関連パラメータが、微生物タクソンについてのリファレンス微生物相対存在量パラメータを含み、前記対照試料特徴解析結果が、前記微生物タクソンについての微生物相対存在量パラメータを含み、前記変動パラメータを決定することが、前記微生物相対存在量パラメータと前記リファレンス微生物相対存在量パラメータとの比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
一セットの対照試料群の調製が、個別検体から一セットの対照試料群を調製することを含み、前記個別検体から前記一セットの対照試料群を調製することが、前記個別検体をホモジナイズすることを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２３】
前記微生物関連特徴解析プロセスの前記変動パラメータに基づいて、ユーザーのための微生物関連状態の治療を決定すること；及び
前記ユーザーに対する前記治療の提供を促進すること
をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１１月６日に出願された米国仮出願第６２／５８２，１７２号及び２０１８年５月１５日に出願された米国仮出願第６２／６７１，４３５号に基づく利益を主張する。これらはそれぞれ、この参照により、全体が本明細書に組み込まれたものとする。
【０００２】
本開示は概してゲノミクス及び微生物学に関する。
【背景技術】
【０００３】
糞便又は土壌などの生物検体中にどの微生物が存在するか決定するため、１６Ｓ  ｒＲＮＡ（「１６Ｓ」）遺伝子のシーケンシングを用いて、生物試料及び／又は相当する試料のマイクロバイオーム分析を行うことができる。１６Ｓ遺伝子は、微生物の（例えば、その微生物に対応するタクソンなどの）同定に使用することができる、可変性の高いＤＮＡ配列を含んでいる。例えば、細菌及び古細菌ゲノムはこの遺伝子を１又は複数コピー含んでおり、この遺伝子のＤＮＡ配列は微生物群（例えば、微生物タクソンなど）ごとに異なっている。この遺伝子のＤＮＡ配列は、従って、細菌、古細菌、及び／又は相当する微生物が、どのタクソン（例えば、属、種など）に属するか決定するために用いることができる。例えば、データベースには異なる微生物タクソン（例えば、各種微生物種及び株など）に対応する１６Ｓ配列が含まれている。
【発明の概要】
【０００４】
１６Ｓ遺伝子及び／又は他の相当するデータに基づくマイクロバイオーム分析は、異なる微生物タクソン（例えば、細菌、古細菌、ウイルス、真核微生物など）の絶対又は相対存在量を含む場合がある。観察されるマイクロバイオーム組成多様性（例えば、マイクロバイオーム分析プロファイル）は、検体の保存条件、ＤＮＡ抽出法、マーカー遺伝子の増幅プライマー及び増幅技術、シーケンシング法、並びに／又はバイオインフォマティクスパイプラインツールなどの幅広い要素に依存する可能性がある。再現性は、ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）による１６Ｓ遺伝子の酵素的増幅などからのランダムなバイアスによって影響される（例えば、大きな変動が存在する）場合がある。さらに、再現性は、ＰＣＲ装置の使用、試薬のバッチ、オペレータ、及び／又は他の相当する側面（aspect）によって影響される場合がある。再現性に対する負の影響により、微生物タクソンの絶対及び／若しくは相対存在量の決定、並びに／又は相当するマイクロバイオーム組成、マイクロバイオーム機能、及び／若しくは相当する微生物関連特徴解析方法の決定などの、微生物関連特徴解析結果に、偏りが生じる場合がある。
【図面の簡単な説明】
【０００５】
【図１】図１は、方法の一実施形態の変形例を表すフローチャートである。
【図２】図２は、方法の一実施形態の変形例を表すフローチャートである。
【図３】図３は、個別検体（individual specimen）から調製した一セットの対照試料群、及び異なる複数の検体（different specimens）に由来する試料のセットにおける、相対存在量を表すグラフの具体例である。
【図４】図４は、一糞便検体から調製した一セットの対照試料群における相対存在量を表すグラフの具体例である。
【図５】図５は、個別検体から調製した一セットの対照試料群、及び異なる複数の検体に由来する試料のセットにおける、微生物分析の再現性を表すグラフの具体例である。
【発明を実施するための形態】
【０００６】
以下の実施形態の記述は実施形態を限定することを意図したものではなく、任意の当業者によって実行及び利用できるようにすることを意図したものである。
【０００７】
１．概要
図１〜図２に示すように、方法１００（すなわち、１若しくは複数の微生物関連特徴解析プロセスを、例えば品質、再現性、バイアス減少などと関連して、改善するための方法）の実施形態は、（例えば糞便試料などである、個別検体に由来する）一セットの対照試料群を調製すること（Ｓ１１０）；前記一セットの対照試料群のうちの１若しくは複数の対照試料に基づいて、１種類若しくは複数種類のリファレンス微生物関連パラメータ群（例えば、一セットの微生物タクソン群についての相対存在量のカットオフリファレンス範囲群）を決定すること（Ｓ１２０）；並びに／又は、前記１種類若しくは複数種類のリファレンス微生物関連パラメータと、前記一セットの対照試料群のうちの１若しくは複数の対照試料についての１若しくは複数の対照試料特徴解析結果と、に基づいて、（例えば、前記微生物関連特徴解析プロセスと関連する）１若しくは複数の変動パラメータ（variability parameter）を決定すること（Ｓ１３０）、を含んでいてよい。
【０００８】
一具体例においては、前記方法１００（すなわち、微生物関連特徴解析プロセスを改善するための方法）は、一セットの対照試料群を調製すること；前記一セットの対照試料群のうちの少なくとも１つの対照試料及び標的試料を用いた前記微生物関連特徴解析プロセスに基づいて、前記の少なくとも１つの対照試料についての対照試料特徴解析結果を決定すること；並びに／又は、前記対照試料特徴解析結果と、前記微生物関連特徴解析プロセスに関連する処理操作から決定されたリファレンス微生物関連パラメータと、の比較に基づいて、前記微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータを決定すること、を含んでいてよい。
【０００９】
一具体例においては、前記方法１００（すなわち、微生物関連特徴解析プロセスを改善するための方法）は、個別検体（例えば、個別糞便試料など）から一セットの対照試料群を調製すること；前記一セットの対照試料群のうちの第１のサブセットに属する対照試料群を用いた第一処理操作に基づいて、一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定すること、ここで前記第一処理操作は前記微生物関連特徴解析プロセスに関連する；前記一セットの対照試料群のうちの第２のサブセットに属する対照試料群及びユーザー由来の標的試料を用いた前記微生物関連特徴解析プロセスに基づいて、前記第２のサブセットに属する対照試料群についての対照試料特徴解析結果を決定すること；並びに／又は、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群との比較に基づいて、前記微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータ（variability parameter）を決定すること（例えば、マイクロバイオームアッセイラン（assay run）を合格若しくは不合格と分類すること）、を含んでいてよい。
【００１０】
一具体例においては、ホモジナイズされた生物対照検体が調製及びアリコートされて一セットの対照試料群が生成され；該一セットの対照試料群のうちの第１のサブセットが、一セットのバリデータ（validator）微生物タクソン群の相対存在量の平均および変動を決定するためのバリデータ対照試料として使用されてよく；（例えば、同じバッチからの）前記一セットの対照試料群のうちの第２のサブセットが、（例えば、１種類又は複数種類の微生物関連状態と関連して特徴解析されるべき標的試料を用いた）相当する微生物関連特徴解析プロセスの品質を検証するために使用されうる。
【００１１】
前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は、（例えば、各アッセイに含められ；変動の大きさが前記アッセイ及び／又は実験プロセスの品質の指標として用いられる）１又は複数の対照試料のマイクロバイオーム組成（例えば、マイクロバイオームプロファイル）の変動性（例えば、変動が少ないこと；変動が大きいこと；など）を正確にモニタリング及び取得することなどによって、微生物関連特徴解析結果の再現性を改善するために機能してよい。具体例においては、対照試料（対照検体など）の微生物関連特徴解析結果（例えば、マイクロバイオームプロファイル、微生物組成多様性などと関連した微生物タクソンの相対存在量、など）の品質を決定し、及び／又は、それを微生物関連実験プロセス（例えば、アッセイなど）の品質の決定に適用してよい。一具体例では、例えばマイクロバイオーム特徴解析結果と関連した変動を測定及び定量する事などのために、再現性（例えば、変動の度合い）を、マイクロバイオーム特徴解析プロセスの全ての、及び／又は任意の数の、段階でモニタリングしてよい。一具体例では、しきい値未満の偏差（例えば、十分に小さい偏差）を示す変動パラメータに基づいてアッセイを有効（例えば、合格）としてよい。あるいは、しきい値を超える偏差（例えば、十分に大きい偏差）を示す変動パラメータに基づいて前記アッセイを不合格としてよい。具体例においては、例えば微生物関連特徴解析結果の再現性を改善することなどのために、マイクロバイオーム特徴解析結果の解釈の課題（例えば、各種微生物タクソンの相対存在量を用いてマイクロバイオーム特徴解析メトリクスを正又は負の値と解釈することにおける課題）を克服するものであってよい。ただし、前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は任意の適切な機能性を含んでいてよい。具体例においては、実施形態は、ＤＮＡ抽出、増幅、シーケンシング、バイオインフォマティクス分析、及び本技術を適用可能な他の任意の相当する分析などを非限定的に含む前記アッセイの、異なる工程の品質及び／又は再現性をモニタリングするために機能してよい。
【００１２】
それに加えて、又はその代わりに、前記方法１００の実施形態は、（例えば、１若しくは複数の変動パラメータに基づく）診断を促進すること（Ｓ１４０）；（例えば、１若しくは複数の変動パラメータに基づく）治療を促進すること（Ｓ１５０）；及び／又は他の任意の相当するプロセスを含んでいてよい。例えば、１若しくは複数の微生物関連特徴解析プロセス（例えば、マイクロバイオームアッセイ）を特徴付ける変動パラメータを用いて、このような微生物関連特徴解析プロセスを使用すべきか（及び／又はどの程度使用すべきか、及び／又はどのように使用すべきかなど）を決定（例えば、マイクロバイオームアッセイランに対して不合格メトリック（failing metric）を示す変動パラメータに応じて、そのマイクロバイオームアッセイランを破棄）してよい。変形例として、前記方法１００は、前記微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータに基づいて、ユーザーのための微生物関連状態の治療を決定すること；及び、前記ユーザーに対する前記治療の提供を促進すること；を含んでいてよく、例えば、前記治療の提供を促進することは、前記ユーザーにその治療を提供することを含んでいてよい。変形例として、１又は複数の微生物関連特徴解析プロセスは、１種類又は複数種類の微生物関連状態についての診断と関連した１又は複数のマイクロバイオームアッセイを含んでいてよく、例えば、変動パラメータを決定することはその１又は複数のマイクロバイオームアッセイについてのものであってよい。しかし、診断を促進すること（Ｓ１４０）及び／又は治療を促進すること（Ｓ１５０）は、任意の適切な様式で行ってもよい。
【００１３】
前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は、それに加えて、又はその代わりに、１種類若しくは複数種類の微生物関連状態についての特徴解析結果（例えば、診断）及び／又は治療を、（例えば、変動パラメータ、微生物関連パラメータ、リファレンス微生物関連パラメータ、対照試料特徴解析結果などに基づいて）生成及び／又は促進（例えば、提供、提示、又はそれについて通知）するものであってよく、その例として、１種類又は複数種類の微生物関連状態についての、診断を促進すること（Ｓ１４０）及び／又は治療を促進すること（Ｓ１５０）が挙げられる。
【００１４】
微生物関連状態としては例えば、疾患、症状、原因（例えば、誘因）、障害、関連リスク（例えば、傾向スコア）、関連重症度、行動（例えば、カフェイン摂取量、アルコール摂取量、砂糖摂取量、習慣、食事など）、及び／又は微生物関連状態と関連した他の任意の相当する側面、のうちの１又は複数が挙げられる。微生物関連状態は、１又は複数の疾患関連状態を含んでいてよく、この疾患関連状態は、胃腸と関連した状態（例えば、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、セリアック病、クローン病、鼓脹、痔疾患、便秘、逆流、血便、下痢など）；アレルギー関連状態（例えば、小麦、グルテン、乳製品、大豆、ピーナッツ、甲殻類、ツリーナッツ（tree nut）、卵などと関連したアレルギー及び／又は不耐）；運動と関連した状態（例えば、痛風、関節リウマチ、変形性関節炎、反応性関節炎、多発性硬化症、パーキンソン病など）；癌と関連した状態（例えば、リンパ腫、白血病、芽細胞腫、胚細胞腫瘍、癌腫、肉腫、乳癌、前立腺癌、基底細胞癌、皮膚癌、大腸癌、肺癌、任意の相当する生理学的部位と関連した癌状態など）；循環器と関連した状態（例えば、冠状動脈性心疾患、炎症性心疾患、心臓弁膜症、肥満、脳卒中など）；貧血状態（例えば、サラセミア、鎌状赤血球貧血、悪性貧血、ファンコニ貧血、溶血性貧血、再生不良性貧血、鉄欠乏性貧血など）；神経系と関連した状態（例えば、ＡＤＨＤ、ＡＤＤ、不安神経症、アスペルガー症候群、自閉症、慢性疲労症候群、鬱状態など）；自己免疫と関連した状態（例えば、スプルー、ＡＩＤＳ、シェーグレン症候群、ループスなど）；内分泌と関連した状態（例えば、肥満、グレーブス病、橋本病、代謝疾患、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病など）；皮膚と関連した状態（例えば、座瘡、皮膚筋炎、湿疹、酒さ、皮膚乾燥、乾癬、ふけ症、光過敏症、荒れ肌、そう痒、フレーキング（flaking）、スケーリング（scaling）、ピーリング（peeling）、細かい線若しくはひび割れ（fine lines or cracks）、暗色の皮膚を持った個人における灰色皮膚、発赤、出血して感染につながる可能性があるひび割れなどの深いひび割れ、頭皮のそう痒及びスケーリング、刺激性の脂性肌などの脂性肌、ヘアケア製品などの製品に対する皮膚の過敏、頭皮マイクロバイオームのアンバランスなど）；ライム病状態；コミュニケーションと関連した状態；睡眠と関連した状態；代謝と関連した状態；体重と関連した状態；痛みと関連した状態；遺伝と関連した状態；慢性疾患；並びに／又は他の任意の相当する種類の疾患関連状態、のうちの任意の１又は複数を含んでいてよい。変形例として、微生物関連状態は、女性の健康と関連した１又は複数の状態（例えば、生殖器系と関連した状態）を含んでいてよい。変形例として、微生物関連状態は、蚊と関連した状態を含んでいてよく、その例として、蚊咬傷を含む、及び／若しくは蚊咬傷と関連した、状態；マラリア；並びに／又は蚊と関連した他の相当する状態が挙げられる。変形例として、微生物関連状態は、任意の相当する昆虫咬傷及び／又は昆虫と関連した、昆虫関連状態を含んでいてよい。
【００１５】
変形例として、対照試料の調製及び／若しくは使用、リファレンス微生物関連パラメータの決定（例えば、微生物関連パラメータの改良）、変動パラメータの決定、並びに／又は前記方法１００の実施形態のうちの任意の相当する部分を、経時的に（例えば、時間間隔をあけて、任意の相当する量の頻度及び時間で）、例えば、微生物関連特徴解析及び／又は対照試料特徴解析を、モニタリング、対処、促進、及び／又はその他の様式で処理するために、例えば、１又は複数のユーザーについての１種類又は複数種類の微生物関連状態のモニタリング、診断、及び／又は治療との関連において、行ってよい。具体例においては、対照試料の利用及び／又は変動パラメータの決定を、１若しくは複数の特定の期間（例えば、ユーザーの１種類又は複数種類の微生物関連状態と関連した期間の前、間、及び／又は後の期間）、及び／又は特定の時間間隔で定期的に、行ってよい。それに加えて、又はその代わりに、前記方法１００の実施形態の任意の相当する部分（例えば、対照試料の使用、変動パラメータの決定など）を、１又は複数のユーザーのためのケアの１又は複数の場所で（例えば、個人の家庭及び／又は適切な場所、検査室以外の場所、ケアプロバイダ以外の場所などで）行ってよい。
【００１６】
それに加えて、又はその代わりに、前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は、マイクロバイオームの特性、（例えば、補足データに由来する）補足的特性、及び／又は１種類若しくは複数種類の微生物関連状態と関連した（例えば、正の相関を有する、若しくは負の相関を有する）他の相当するデータ、の同定を、例えば微生物関連特徴解析プロセスを改善するための変動パラメータの使用に基づいて、改善するために機能してよい。実施例においては、微生物関連状態を、マイクロバイオーム組成（例えば、マイクロバイオーム組成多様性）、マイクロバイオーム機能（例えば、マイクロバイオーム機能多様性）、及び／又は他の相当するマイクロバイオームに関連する側面、のうちの少なくとも１又は複数と関連付けてよい。
【００１７】
変形例として、前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は、２０１７年９月１８日に出願された米国出願第１５／７０７，９０７号（この参照によりその全体が本明細書に組み入れられたものとする）に記載の１又は複数の微生物関連特徴解析プロセス及び／又はそれと類似のプロセスのために（例えば、１種類又は複数種類の微生物関連状態と関連した１又は複数の微生物関連特徴解析結果及び／又は治療を決定するために）、変動パラメータ及び／又は本明細書に記載の相当するデータを決定するものであってよい。
【００１８】
変形例として、試料（例えば、本明細書に記載のもの；対照試料；標的試料など）、微生物関連状態、微生物関連特徴解析プロセス、微生物関連パラメータ、変動パラメータ、及び／又は任意の相当するコンポーネント（例えば、本明細書に記載のもの）を、腸の身体部位（例えば腸部位の身体部位タイプに相当する部位；糞便試料など）、皮膚の身体部位（例えば、皮膚部位の身体部位タイプに相当する部位）、鼻の身体部位（例えば、鼻部位の身体部位タイプに相当する部位）、口の身体部位（例えば、口部位の身体部位タイプに相当する部位）、生殖器の身体部位（例えば、生殖器部位の身体部位タイプに相当する部位）、及び／又は身体の任意の相当する部分に位置する任意の相当する身体部位、のうちの少なくとも１つを含む１又は複数の身体部位から得てもよく、採取してもよく、及び／又は、他の様式でそれらの部位と関連付けてもよい。
【００１９】
変形例として、前記方法１００の実施形態の部分を任意の適切な順番で繰り返し行ってよく、及び／又は前記システムの実施形態の任意の適切なコンポーネントを繰り返し適用してよく、それによって、例えば前記方法１００の実施形態の任意の適切な部分及び／又は前記システムの実施形態の任意の適切なコンポーネントを改善してよい。変形例として、前記方法１００を繰り返し行うことによって、リファレンス微生物関連パラメータ、モデル（変動パラメータモデルなど）、微生物関連特徴解析プロセス、対照試料調製プロセス、及び／又は任意の適切な側面を改良することを可能にしてもよい。
【００２０】
本明細書に記載されるデータ（例えば、変動パラメータ、微生物関連パラメータ、リファレンス微生物関連パラメータ、対照試料特徴解析結果、微生物関連特徴解析結果、対照試料の調製と関連するデータなど）は、任意の適切な時間指標（例えば、秒、分、時間、日、週、月、年など）と関連付けてよく、該時間指標の例としては、次データ及び／又はコンポーネントがいつ採取され（例えば、試料がいつ採取されたかを示す時間指標；サンプリング時間；検体がいつ採取されたかを示す時間指標など）、決定され、送信され、受信され、及び／若しくは他の様式で処理されたかを示す時間指標；データによって記載される内容に対する状況を提供する時間指標（例えば、対照試料や変動パラメータと関連する時間指標など）；時間指標における変化（例えば、治療を受けた際の反応などによるマイクロバイオームの経時変化；変動パラメータの経時変化；試料採取、試料分析、微生物関連特徴解析若しくは治療のユーザーへの提供、の間の待ち時間；及び／若しくは前記方法１００の実施形態の適切な部分）；並びに／又は時間と関連した他の任意の適切な指標、のうちの１又は複数が挙げられる。
【００２１】
それに加えて、又はその代わりに、パラメータ、メトリクス、インプット、アウトプット、及び／又は他の適切なデータ（例えば、本明細書に記載されるもの）を、スコア（例えば、変動スコア、クオリティスコア、傾向スコア、特性関連性スコア、相関スコア、共分散スコア、マイクロバイオーム多様性スコア、重症度スコアなど）、個別の値、集約値（例えば、平均リファレンス微生物関連パラメータなど）、２進値（例えば、マイクロバイオームアッセイの合格又は不合格の分類など）、相対値（例えば、相対タクソン存在量、相対マイクロバイオーム機能存在量、相対特性存在量など）、分類（例えば、微生物関連特徴解析プロセスを特徴付けるためのもの；ユーザーについての微生物関連状態の分類及び／又は診断についてのものなど）、信頼水準、識別子、範囲に沿った値、及び／又は他の任意の適切な種類の値、などの値型と関連づけてよい。本明細書に記載される任意の適切な種類のデータを、（例えば、異なる分析技術、モデル、及び／若しくは本明細に記載される他の適切なコンポーネントについての）インプットとして用い、（例えば、異なる分析技術、モデルなどの）アウトプットとして生成し、並びに／又は、前記方法１００及び／若しくはシステムと関連した任意の適切なコンポーネントについての任意の適切な様式で操作しうる。
【００２２】
前記方法１００及び／又は本明細書に記載されるプロセスの実施形態の１又は複数のインスタンス（instance）及び／又は部分（portion）は、非同期的に（例えば、順次）、同時に（例えば、並列データ処理；並列試料処理；並列対照試料調製；多重試料処理；微生物関連状態及び／若しくはユーザーのパネルの評価を実質的に同時に行うための試料処理と分析を行うこと；複数の微生物関連特徴解析プロセスの変動パラメータを計算的に決定すること、例えばそれを異なるスレッド上で同時に行って並列計算を行い、システム処理能力を改善すること）、トリガーイベント（例えば、前記方法１００の実施形態の一部のパフォーマンスなど）と時間的に関連して（例えば、それと実質的に同時に、それに応答して、それと連続して、その前に、その後に続けて、など）、並びに／又は、他の任意の適切な順番で、任意の適切な時間及び頻度により、本明細書に記載されるシステム、コンポーネント、及び／又はエンティティ（entities）の１又は複数のインスタンスによって、又はそれらを用いて、行ってもよい。
【００２３】
前記方法１００及び／又はシステムの実施形態の部分（例えば、対照試料特徴解析結果を決定すること、リファレンス微生物関連パラメータを決定することなど）は、１又は複数の試料のシーケンシング（例えば、生物試料、対照試料、標的試料からの微生物核酸のシーケンシングなど）のための１又は複数のシーケンシングシステム（例えば、次世代シーケンシングシステム、ターゲットアンプリコンシーケンシング（targeted amplicon sequencing）のためのシーケンシングシステム、シーケンシング・バイ・シンセシス（sequencing-by-synthesis）技術、キャピラリーシーケンシング技術、サンガーシーケンシング、ピロシーケンシング（pyrosequencing）技術、ナノポアシーケンシング（nanopore sequencing ）技術など）を使用してもよく、適用してもよく、及び／又は他の様式によってそれらと関連付けてもよい。シーケンシングシステム（例えば、次世代シーケンシングプラットフォーム）は、ハイスループットシーケンシング（例えば、ハイスループットシーケンシング技術を介して促進されるもの；超並列シグネチャシーケンシング（massively parallel signature sequencing）、ポロニーシーケンシング(polony sequencing)、４５４パイロシーケンシング（454 pyrosequencing）、イルミナシーケンシング（Illumina sequencing）、ＳＯＬｉＤシーケンシング、イオントレント半導体シークエンシング（Ion Torrent semiconductor sequencing）、ＤＮＡナノボールシーケンシング（DNA nanoball sequencing）、ヘリスコープ一分子シーケンシング（Heliscope single molecule sequencing）、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング（Single molecule real time (SMRT) sequencing）、ナノポアＤＮＡシーケンシングなど）、任意の世代番号のシーケンシング技術（例えば、第２世代シーケンシング技術、第３世代シーケンシング技術、第４世代シーケンシング技術など）、アンプリコン関連シーケンシング（amplicon-associated sequencing）（例えば、ターゲットアンプリコンシーケンシング）、シーケンシング・バイ・シンセシス、トンネル電流シーケンシング（tunnelling currents sequencing）、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析シーケンシング、顕微鏡を利用した技術、及び／又は任意の適切なシーケンシング技術、のうちの１又は複数のための任意の適切なシーケンシングシステム（例えば、シーケンシングプラットフォーム）を含んでいてよい。
【００２４】
しかし、前記方法１００及び／又はシステムはいかなる適切な様式で構成してもよい。
【００２５】
２．１  対照試料の調製
前記方法１００の実施形態は、一セットの対照試料群を調製すること（Ｓ１１０）を含んでいてよく、これは、例えば１又は複数の微生物関連特徴解析と関連した（例えば、該特徴解析のための）変動パラメータを決定することとの関連において、リファレンス微生物関連パラメータ及び／又は対照試料特徴解析結果の決定に使用するための対照試料を生成するために機能してよい。一具体例においては、生物学検体はホモジナイズされ、アリコートされて、複数のマイクロバイオームアッセイ（例えば、リファレンス微生物関連パラメータの決定のためのバリデーションアッセイ、診断及び／又は治療との関連における微生物関連特徴解析結果の決定のための実験アッセイなど）に使用するための一セットの対照試料群（例えば、一セットのレプリケート試料（replicate samples））を生成しうる。
【００２６】
前記一セットの対照試料群は、好ましくは、個別検体（例えば、単一の検体）から生成される。例えば、一セットの対照試料群を調製することは、個別検体から一セットの対照試料群を調製することを含んでいてよく、該個別検体から前記一セットの対照試料群を調製することは、該個別検体をホモジナイズすることを含んでいてよい。検体は次のうち１又は複数を含んでいてよい：糞便試料、唾液試料、土壌試料、ヒトからの試料、動物からの試料、自然試料、任意の相当する身体部位（例えば、皮膚部位、口部位、生殖器部位、腸部位、鼻部位など）からの試料、生物試料、非生物試料、及び／又は任意の相当する種類の検体。例えば、前記個別検体から前記一セットの対照試料群を調製することは、該個別検体由来の含有微生物との関連において（in relation to microorganism content）前記個別検体をホモジナイズすること；及び、ホモジナイズした該個別検体をアリコートすること、を含んでいてよく、該個別検体の例として糞便試料が挙げられ、該個別検体のホモジナイズの例としては該糞便試料を生理食塩水と混合することが挙げられる。
【００２７】
それに加えて、又はその代わりに、任意の相当する数の対照試料を任意の相当する数の検体から生成してよい。
【００２８】
検体は好ましくは微生物（例えば、一セットのタクソン群のうちのもの、タクソンのうちのものなど）を含むが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当するコンポーネントを含んでいてよい。
【００２９】
対照試料の調製は、次のうち１又は複数を含んでいてよい：対照試料の生成（例えば、作出）；試料の処理（例えば、結果として対照試料を得るための試料の処理）；対照試料の提供（例えば、第三者への提供、例として、行われるアッセイの変動パラメータを決定するのに第三者が使用するための提供）；及び／又は対照試料を調製するための相当するプロセス。
【００３０】
対照試料の調製は、好ましくは、１種類又は複数種類のホモジナイゼーションプロセスを含む。ホモジナイゼーションプロセスは、好ましくは、１又は複数の検体を（例えば、試料全体の微生物分布と関連した検体全体のホモジナイゼーションとの関連において）ホモジナイズすることを含むが、任意の相当するコンポーネント（例えば、処理済検体；試料など）のためのホモジナイゼーションプロセスを含んでいてよい。一具体例においては、ホモジナイゼーションは、複数のマイクロバイオーム分析アッセイ（及び／又は相当する対照試料特徴解析プロセス及び／又はマイクロバイオーム特徴解析プロセスなど）に含めるのに十分な量の検体をホモジナイズすることを含んでいてよい。一具体例においては、対照試料の調製は、等量（例えば、等容量）（及び／又は任意の相当する量）の生理食塩水（及び／又は他の相当する溶液）と混合し、例えばブレンダー内で、及び／又は任意の相当する混合機構を使用して、時間（例えば、１分間、任意の相当する時間など）混合を行うことに基づくヒト糞便検体（例えば、完全排便（complete bowel movement））のホモジナイゼーションを含んでいてよい。しかし、ホモジナイゼーションプロセスは任意の適切な様式で行ってもよい。
【００３１】
対照試料の調製は、好ましくは、１種類又は複数種類のアリコートプロセス（aliquoting process）を含む。アリコートプロセスは好ましくはホモジナイズした検体に対して行われるが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当する度合いのホモジナイゼーション及び／又はヘテロジナイゼーションを行った任意の相当する検体に対して行われてもよい。一具体例においては、ホモジナイズした（例えば、本明細書に記載されるホモジナイゼーションプロセスを用いてホモジナイズした）ヒト糞便検体を、複数（例えば、任意の相当する数）の部分（例えば、数百個の１〜５０ｍｌの部分、及び／若しくは任意の相当する容量の部分など）にアリコートし、並びに／又は、相当する条件及び／若しくは温度（例えば、−２０℃及び／若しくは−８０℃の冷凍庫、及び／若しくは他の任意の相当する温度調節環境など）で保存してよく、例えば、前記部分を対照試料として使用してよい。
【００３２】
調製した対照試料は、任意の相当する時間に（例えば、対照試料は調製後の任意の相当する時間における使用のために保管及び保存してよい）任意の相当するエンティティによって（例えば、任意の相当する手動及び／又は自動オペレータによって）行われる、任意の相当する数及び／又は種類の、実験アッセイ及び／又は相当する実験プロセスのために使用されてよい。
【００３３】
それに加えて、又はその代わりに、対照試料の調製（並びに／又は、例えば前記方法１００及び／若しくはシステムの実施形態の任意の相当する部分など）は、例えばシーケンシング操作、アラインメント操作（例えば、シーケンシングリード（sequencing read）アラインメントなど）、溶解操作、切断操作、タギング操作（例えばバーコードを用いるもの）、ライゲーション操作、フラグメンテーション操作、増幅操作（例えば、ヘリカーゼ依存性増幅（ＨＤＡ）、ループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）、自家持続配列複製（self-sustained sequence replication）（３ＳＲ）、核酸配列に基づく増幅（nucleic acid sequence based amplification）（ＮＡＳＢＡ）、鎖置換増幅（strand displacement amplification）（ＳＤＡ）、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）など）、精製操作、クリーニング操作、ホモジナイゼーションプロセス、ヘテロジナイゼーションプロセス、アリコートプロセス、レプリケート試料調製プロセス、シーケンシングライブラリー調製のための適切な操作、シーケンシング及び／若しくは下流分析を促進するための適切な操作、適切な試料処理操作、並びに／又は、任意の適切な試料及び／若しくは配列関連操作、のうちの１種類又は複数種類の任意の適切な試料処理技術を含んでいてよい。
【００３４】
なお、対照試料を調製すること（Ｓ１１０）はいかなる適切な様式で行ってもよい。
【００３５】
２．２  リファレンス微生物関連パラメータの決定
前記方法１００の実施形態は、１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータを決定すること（Ｓ１２０）を含んでいてよく、これは、１種類又は複数種類のリファレンスパラメータを決定し、それを１種類又は複数種類の変動パラメータの決定（例えば、該リファレンスパラメータを、微生物関連特徴解析プロセス（例えば、微生物関連アッセイ）に含まれる対照試料特徴解析結果からの値と比較することに基づく決定）に使用するために機能してよい。
【００３６】
リファレンス微生物関連パラメータは、好ましくは１種類若しくは複数種類の微生物存在量パラメータを含む。微生物存在量パラメータは、相対存在量値（例えば、１若しくは複数の試料中に複数の微生物タクソンが存在する場合における、微生物タクソンについての値；１若しくは複数の試料中にマイクロバイオームが存在する場合における、微生物タクソンについての値；など）、絶対存在量値（例えば、微生物タクソンについてのもの；１若しくは複数の試料中に存在する微生物の絶対数；など）、並びに／又は任意の相当する種類の存在量パラメータ、のうち１又は複数を含んでいてよい。それに加えて、又はその代わりに、リファレンス微生物関連パラメータは、任意の相当するマイクロバイオーム組成パラメータ（例えば、マイクロバイオーム組成データ、マイクロバイオーム組成特性、マイクロバイオーム組成多様性など）、微生物機能パラメータ（例えば、微生物機能、マイクロバイオーム機能データ、マイクロバイオーム機能特性、マイクロバイオーム機能多様性などと関連するもの）、及び／又は任意の相当する種類の微生物関連パラメータを含んでいてよい。リファレンス微生物関連パラメータは任意の相当する形態であってよく、例として範囲（例えば、微生物タクソンの相対存在量のリファレンスカットオフ範囲など）、平均（例えば、微生物タクソンの平均相対存在量などであって、そこから範囲を決定できるものなど）、中央値、標準偏差（例えば、平均と関連したものであって、範囲を決定するのに使用するためのものなど）、総合値（overall values）（例えば、個々の値から決定されたものなど）、絶対値（例えば、微生物タクソンの絶対数）、値の変化（ある期間に採取された一連の対照試料からの相対存在量の経時的変化；任意の相当するパラメータの経時的変化；実験条件による相当するパラメータの変化であって、例えばオペレータの違い、実験ラン（experimental runs）の違い、及び／若しくは他の相当する条件と関連したもの、など）、並びに／又は任意の相当する形態のリファレンス微生物関連パラメータ、のうちのいずれか１つ又は複数が挙げられる。
【００３７】
リファレンス微生物関連パラメータは、一セットの微生物タクソン群についての（例えば、相対存在量の平均値及び該平均値周辺のばらつきに基づく）一セットのリファレンス範囲（例えば、標的試料についての微生物関連特徴解析プロセスと関連した対照試料特徴解析結果との比較で使用されるべき各バリデータタクソンについてのリファレンス範囲など）を含んでもよい。一具体例においては、リファレンス微生物関連パラメータを決定することは、個別存在量パラメータを一セットのバリデーションアッセイ（例えば、それぞれが少なくとも１つの対照試料、例として同一検体から生成した対照試料、を含むものなど）から決定することであって、例えばここで一セットのバリデーションタクソン群に属する各タクソンに対して一セットの個別存在量パラメータを決定すること（例えば、各タクソンに対して個別存在量パラメータを一セットのバリデーションアッセイのそれぞれについて決定すること）；各バリデータタクソンに対して、算術平均存在量パラメータ（mean abundance parameter）を（例えば、該バリデータタクソンに対する個別存在量パラメータを平均することにより）決定すること；及び、前記算術平均存在量パラメータ（例えば、算術平均値周辺のばらつきに基づいて、例として算術平均値周辺の標準偏差との関連で、決定された範囲など）に基づいてリファレンス微生物関連パラメータ（例えば、各バリデータタクソンに対する存在量の範囲、例として相対存在量の範囲、など）を決定すること、を含んでもよい。
【００３８】
一具体例においては、複数の対照試料（例えば５０個又は１００個のレプリケート検体アリコート（replicate specimen aliquots））を、一セットのタクソン群に対して個別存在量パラメータを決定するための１種類又は複数種類の独立したマイクロバイオームバリデーションアッセイに使用してよく、例えば、前記個別存在量パラメータを用いて、算術平均存在量パラメータ、リファレンス範囲、及び／又は相当する（suitable）リファレンス微生物関連パラメータを決定してよい。
【００３９】
一具体例においては、リファレンス微生物関連パラメータは、微生物タクソンについてのリファレンス微生物相対存在量パラメータを含んでいてよく、（例えば、微生物関連特徴解析プロセスの１又は複数の標的試料とともに処理された（ran with）対照サンプルに対して行われる）対照試料特徴解析結果は、該微生物タクソンについての微生物相対存在量パラメータを含んでいてよく、また、変動パラメータを決定することは、該微生物相対存在量パラメータと前記リファレンス微生物相対存在量パラメータとの比較に基づいて該変動パラメータを決定することを含んでいてよい。
【００４０】
リファレンス範囲カットオフ、例えばスコアカットオフ（及び／又は、しきい値及び／又は適切なリファレンス微生物関連パラメータの、任意の適切な決定）は、他の方法で検証されたマイクロバイオームアッセイに由来する対照試料の合格数を最大化し、その一方で非対照試料の合格数を最小化することに基づいて決定することができる。それに加えて、又はその代わりに、リファレンス範囲カットオフ、及び／又は、任意の適切なしきい値、及び／又は適切なリファレンス微生物関連パラメータを、任意の適切な基準に基づいて決定することができる。
【００４１】
一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定することは、第１のサブセットに属する対照試料群（例えば、個別検体から得られたものなど）を用いた第一処理操作に基づいて、一セットの個別リファレンス微生物存在量パラメータ群を（例えば、一セットのタクソン群について、一セットの対照試料群を処理して各対照試料から該一セットのタクソン群についての一セットの個別リファレンス微生物存在量パラメータ群を得ることにより）決定すること；及び、前記一セットの個別リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて、一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群を決定（例えば、一セットのタクソン群に属する各タクソンについての平均値を決定）すること、を含んでもよく、前記変動パラメータを決定することは、対照試料特徴解析結果及び前記一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて前記変動パラメータを決定すること（例えば、前記対照試料特徴解析結果の微生物存在量パラメータを前記一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群と比較すること）を含んでもよい。一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を決定することは、前記一セットの平均リファレンス微生物存在量パラメータ群に基づいて一セットのリファレンス微生物存在量範囲群（例えば、異なるタクソンに対する存在量のカットオフ範囲）を決定することを含んでもよく、前記変動パラメータを決定することは、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群との比較に基づいて該変動パラメータを決定することを含んでもよい。一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群を決定することは、一セットのバリデータ微生物タクソン群（例えば、マイクロバイオーム組成を決定する潜在的なタクソンのプールのうちの、タクソンのサブセットなど）について該一セットのリファレンス微生物存在量範囲群を決定することを含んでもよく、前記対照試料特徴解析結果は、前記一セットのバリデータ微生物タクソン群についての一セットの微生物存在量パラメータを含んでもよく、前記変動パラメータを決定することは、前記一セットのバリデータ微生物タクソン群の各タクソンについて、前記一セットの微生物存在量パラメータ群のうちの対応する（例えば該タクソンに対する）微生物存在量パラメータが、前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群のうちの対応する（例えば該タクソンに対する）リファレンス微生物存在量範囲の内にある（例えば範囲内に入る）かどうかを決定することを含んでもよい。一具体例においては、変動パラメータを決定することは、前記の対応する微生物存在量パラメータが前記の対応するリファレンス微生物存在量範囲の内にある（例えばバリデータタクソンセットのうちの）タクソンの数に基づいて、タクソン関連スコアを決定すること；及び、該タクソン関連スコアとタクソン関連スコアしきい値との比較に基づいて、変動パラメータを決定すること（例えば、タクソン関連スコアがタクソン関連スコアしきい値上にあるか、又はそれを超える場合に、合格メトリック（passing metric）を決定すること；タクソン関連���コアがタクソン関連スコアしきい値を下回る場合に不合格メトリック（failing metric）を決定すること、など）を含んでもよい。一具体例においては、前記方法１００は、対照試料の合格率を最大化すること及び非対照試料の合格率を最小化することに関連する一セットの基準に基づいて前記タクソン関連スコアしきい値を決定することを含んでもよい。
【００４２】
一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物存在量範囲群は、一セットのリファレンス微生物相対存在量範囲群を含んでいてよく、前記対照試料特徴解析結果は、一セットの微生物相対存在量パラメータ群を含んでいてよく、前記変動パラメータを決定することは、該一セットの微生物相対存在量パラメータ群と前記一セットのリファレンス微生物相対存在量範囲群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含んでいてよい。
【００４３】
一具体例においては、図４（すなわち、１００個のレプリケート糞便対照試料中に見いだされる、２０個の選択されたバリデータ微生物タクソンの累積相対存在量および変動を表す図、ここでは対照試料セット１００個が１００回の独立したマイクロバイオームアッセイで分析されている）に示すように、一セットのタクソン群に対する微生物存在量パラメータを、所定の数の対照試料（例えば、１００個のレプリケートアリコート；対照試料のバリデータセット；ホモジナイズされ、アリコートされた単一の糞便試料から生成した対照試料；対照試料の希釈物など）との関連において（例えば、存在量パラメータのために）分析してもよく；バリデータタクソンを前記微生物存在量パラメータに基づいて、例えば最も存在量パラメータ値が大きい所定の数のタクソンを選ぶことで（例えば、２０個の最も存在量が大きい細菌タクソンなどのタクソンをバリデータタクソンのために選ぶことで）、決定してもよく；前記バリデータタクソンについての微生物存在量パラメータを、微生物関連特徴解析プロセス（例えば次のマイクロバイオームアッセイ）などについての、リファレンス微生物関連パラメータ（例えば、次のマイクロバイオームアッセイ、及び／又は、相当する微生物関連特徴解析プロセスであって例えば標的試料の特徴解析を伴うもの、にリファレンスとして使用するためのリファレンスカットオフ範囲など）の決定に使用してもよく、対照試料特徴解析結果についての（例えば図４の一番右の列に示すような）平均値（微生物関連特徴解析プロセスに使用する１又は複数の対照試料に対して決定されたものなど）からの偏差は、微生物関連特徴解析プロセスの品質（及び／又は再現性、及び／又は他の相当する側面）を表すものであってよい（例えば、偏差が大きい場合はランの質が低いことを表すものであってよい）。
【００４４】
実施例においては（例えば、図５に示すように）、１又は複数のマイクロバイオーム関連特徴解析プロセス（例えば、マイクロバイオームアッセイ）の評価に使用する一セットの対照試料群に、ホモジナイズされた個別検体を使用することの検証を行ってもよい。一具体例においては、図５に示すように、例えばハイスループットな実験室環境における、ＤＮＡ抽出、増幅法、及び／又は相当する試料処理操作に関して、再現性を試験してよい。図５に示すように、同一で単一のホモジナイズされたヒト糞便検体に由来する３６３個の対照試料（例えば、３６３個のアリコート）を４つの異なるバッチで調製し、それぞれを異なるＤＮＡ抽出ランで抽出してもよく；各アリコートを、異なるオペレータの交代制のグループによって実行される同一の標準的な操作手順を用いて、別々のＤＮＡ抽出及びＰＣＲ増幅ランで独立に処理してもよく；これら３６３個の対照試料のそれぞれにおける臨床的な属（clinical genera）の相対存在量を互いに比較してよく；結果は対照試料の全体的なマイクロバイオームプロファイル（例えば、相対存在量値、マイクロバイオーム組成など）が互いに類似していることを示していてよく；ベータ多様性分析は、オペレータ、抽出ロボット、又はシーケンサーによらず対照試料がタイトにかたまっていることを示していてよく；８９７名の異なる健常対象のサブセットのうちの４００個の糞便試料のセットは（例えば、単一の対象からの単一の検体のものとは対照的に）、各対象が固有のパターンを示す、実質的に異なるマイクロバイオームプロファイル（例えば、相対存在量値、マイクロバイオーム組成など）を示していてよく；（例えば、図５に表示の）前記３６３個のレプリケート対照試料及び４００個の他の糞便試料のベータ多様性が、属レベルの臨床タクソンに基づき、Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度（dissimilarity）を用いて計算され、非計量多次元尺度構成法（non-metric multidimensional scaling）（ＮＭＤＳ）を用いて座標づけされ（ordinated）（及び／又は、例えば任意の相当する分析技術をマイクロバイオーム特徴解析に使用してよく）；４個の差し込み図（例えば図５の右側部分）は対照試料の座標づけを示し、それぞれが同一のデータを示しており、調製バッチ、シーケンサー機、抽出ロボット、及びオペレータによってそれぞれ色付けされている。
【００４５】
一具体例においては、図３に示すように、同一の生物対照検体（例えば、ホモジナイズされたヒト糞便試料）に由来する対照試料（例えば、図３の試料Ａ〜Ｊで示される１０個の対照試料など）を、異なる独立したマイクロバイオーム分析アッセイ（例えば、１０回の独立したマイクロバイオーム分析アッセイ、及び／又は相当する微生物関連特徴解析プロセスなど）で分析してもよく；このような対照試料分析結果は、一セットの検体に由来する一セットの試料（例えば、２５名の異なる対象からの、図３の試料１〜２５で示される２５個の異なるヒト糞便試料）の、同一の試料処理操作を用いた（例えば、同一又は類似の実験条件を用いた）分析結果と比較されてもよく；（例えば、図３に示すような１０個の対照試料の）対照試料特徴解析結果は、類似した微生物関連パラメータ（例えば、類似した相対存在量プロファイル、類似したマイクロバイオーム組成多様性など）を示していてよく；（例えば、異なる対象からの）複数検体分析結果は、異なる微生物関連パラメータ（例えば、異なる相対存在量プロファイル、異なるマイクロバイオーム組成多様性など）を示すものであってよい。
【００４６】
具体例においては、単一のホモジナイズされた検体に由来する複数の対照試料全てにわたっての微生物関連パラメータの類似性は、微生物関連特徴解析プロセス（例えば、マイクロバイオームアッセイなど）における変動パラメータの決定に関連してかかる技術を利用する動機づけとなりうる。
【００４７】
なお、検証、再現性分析、及び／又は任意の適切な関連する分析は、いかなる適切な様式で行ってもよい。
【００４８】
リファレンス微生物関連パラメータの決定は、一セットのバリデータタクソン（例えば、リファレンス微生物関連パラメータと、標的試料の微生物関連特徴解析に関連する対照試料特徴解析のために決定された微生物関連パラメータと、を比較するために、例えば相対存在量値と関連して、使用されるべき一セットのタクソン群）を決定することを含んでいてよい。一具体例においては、複数のバリデーション対照試料を用いて複数のマイクロバイオームアッセイを行った後、それらバリデーション対照試料のそれぞれ（例えば、１００個のレプリケートのそれぞれ）において最も存在量が大きかった２０個の細菌タクソンの相対存在量を計算し、これら２０個のタクソンの平均値と平均値周辺のばらつきを（例えば、前記バリデータタクソンのリファレンスカットオフ範囲のために）決定しうる。なお、バリデータ分類としては任意の適切な数のもの（例えば、上位１０個、１５個、２０個、２５個、３０個の存在量のタクソン）を、任意の適切な基準（例えば、相対存在量、絶対存在量、適切なマイクロバイオーム組成特性、適切なマイクロバイオーム機能特性など）に基づいて使用することができる。
【００４９】
それに加えて、又はその代わりに、バリデータタクソン（並びに／又は、任意の適切な対照試料特徴解析との関連で分析されるタクソン；並びに／又は、前記方法１００及び／若しくはシステムの実施形態の任意の相当部分で使用されるタクソンなど）は、１６Ｓ遺伝子分析（例えば、配列読み取り結果の、異なる微生物タクソンに対応するリファレンス１６Ｓ遺伝子配列との比較など）に基づいて特徴解析が可能なタクソン、任意の適切な微生物関連状態と関連するタクソン、２０１７年９月１８日に出願された米国出願第１５／７０７，９０７号（この参照によりその全体が本明細書に組み入れられたものとする）に記載のタクソン、及び／又は任意の適切な微生物タクソンを含んでいてもよい。
【００５０】
具体例においては、微生物タクソンは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ（属）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ（属）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｂｌａｕｔｉａ（属）、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ（属）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（属）、Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ（属）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ（属）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ（属）、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ（属）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ−Ｓｈｉｇｅｌｌａ（属）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｇｅｌｒｉａ（属）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ（属）、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ（属）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（属）、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ（属）、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ（属）、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ（属）、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（属）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ（属）、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ（属）、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ（属）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ（属）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（属）、Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ（属）、Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ（属）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（属）、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｆｉｇｅｎｓ（種）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（種）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ（種）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（種）、Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｂｒａｓｉｌｅｎｓｅ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ（種）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ（種）、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ（種）、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ（種）、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ（種）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ（種）、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ（種）、Ｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ（種）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ（種）、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ（種）、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ（種）、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ（種）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（種）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７（種）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（種）、  Ｆｉｂｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ（種）、Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｕｎｋｅｅｉ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｊｉｅｎｓｉｓ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ（種）、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（種）、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｆａｌｌａｘ（種）、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ（種）、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ（種）、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｅｎｉ（種）、Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ（種）、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｐｉａｒｉｕｓ（種）、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ（種）、Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（種）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ（種）、Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｈｅｌｖｏｌｕｓ（種）、Ｒｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｌｍｏｎｉｎａｒｕｍ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ（種）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ（種）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ（種）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（種）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ（種）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（種）、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ（種）、Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ（種）、及びＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（種）のうちのいずれか１種類又は複数種類を含みうる。
【００５１】
１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータの決定は、好ましくは１又は複数の対照試料の分析に基づくものである。１又は複数の対照試料の分析（並びに／又は、前記方法１００及び／若しくはシステムの実施形態の任意の相当する部分）は、シーケンシング操作、アラインメント操作（例えば、シーケンシングリードアラインメントなど）、溶解操作、切断操作、タギング操作（例えばバーコードを用いるもの）、ライゲーション操作、フラグメンテーション操作、増幅操作（例えば、ヘリカーゼ依存性増幅（ＨＤＡ）、ループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）など）、精製操作、クリーニング操作、ホモジナイゼーションプロセス、ヘテロジナイゼーションプロセス、アリコートプロセス、レプリケート試料調製プロセス、シーケンシングライブラリー調製における相当する操作、シーケンシング及び／若しくは下流分析を促進するための相当する操作、相当する試料処理操作、並びに／又は、任意の相当する試料及び／若しくは配列関連操作、のうち１又は複数を含んでいてよい。変形例として、１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータの決定は、シーケンシングライブラリーを、例えば１又は複数の対照試料に基づいて（例えば、多段階ＰＣＲ増幅プロセスによって；メタゲノムシーケンシングライブラリープロセスによって；アンプリコンシーケンシングライブラリープロセスによって；フラグメンテーションプロセスによって）生成すること；前記シーケンシングライブラリーを（例えば、次世代シーケンシングシステム及び／又は任意の相当するシーケンシング技術を用いて）シーケンシングすること；並びに、前記シーケンシングのアウトプットに基づいて（例えば、シーケンシングリードと、異なる微生物タクソンに対応するリファレンス１６Ｓ配列と、の間のシーケンスリードアラインメントに基づいて、例えば対照試料中の異なる微生物タクソンの絶対及び／又は相対存在量を決定するために）１種類若しくは複数種類のリファレンス微生物関連パラメータを決定すること；を含んでいてもよい。変形例として、１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータの決定は、２０１７年９月１８日に出願された米国出願第１５／７０７，９０７号（この参照によりその全体が本明細書に組み入れられたものとする）に記載の任意の相当するプロセス、又はそれに類似したプロセスを行うことを含んでいてもよい。
【００５２】
１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータの決定（及び／又は、例えば、前記方法１００の実施形態の相当する部分）は、好ましくは、微生物関連特徴解析における（例えば、標的試料の特徴解析における、例として微生物関連状態の特徴解析結果の決定における）処理と関連した（例えば、類似した；同様な；同一の）様式で１又は複数の対照試料を処理することを含む。具体例においては、前記１又は複数の対照試料の処理は、次の（及び／又は任意の相当するタイミングで行われる）微生物関連特徴解析アッセイ（例えば、特徴解析されるべき新規ユーザー由来の標的試料の特徴解析におけるアッセイ）のために行われる様式で行われてよい。一具体例においては、対照試料の処理は、対照試料の対照試料処理を、微生物関連特徴解析プロセスに対応する標的試料の標的試料処理（例えば、先行処理、同時処理、後からの処理など）と関連した様式で促進することを含んでいてよい。それに加えて、又はその代わりに、（例えば、微生物関連特徴解析プロセスに含まれる対照試料特徴解析のための、リファレンス微生物関連パラメータを決定するための）１又は複数の対照試料の処理は、任意の相当する（例えば、微生物関連特徴解析プロセス（例えば、変動性と関連して評価されるべき微生物関連特徴解析プロセス）における標的試料の処理と同一の、類似の、又は異なる）様式で行ってもよい。
【００５３】
変形例として、リファレンス微生物関連パラメータは、微生物機能性（例えば、微生物機能性と関連した遺伝子発現に対する値；マイクロバイオーム機能特性など）を含んでいるか、及び／又はそれと関連するものであってよい。変形例として、リファレンス微生物関連パラメータを決定することは、バリデータ機能（例えば、一セットの微生物機能群）を決定することを含んでいてよく、例えば、異なる複数のバリデータ機能についての値をリファレンス微生物関連パラメータとして（例えば、対照試料特徴解析（例えば、微生物関連特徴解析プロセスと関連して決定される対照試料特徴解析）において決定される微生物機能についての同様な値との比較のために）使用してよい。
【００５４】
それに加えて、又はその代わりに、微生物関連パラメータを決定すること、対照試料特徴解析結果を決定すること、微生物関連特徴解析結果を決定すること、並びに／又は、前記方法１００及び／若しくはシステムの実施形態における任意の相当部分は、特性（feature）（例えば、マイクロバイオーム組成特性、マイクロバイオーム機能特性、など）の抽出、データに対するパターン認識の実行、複数のソースからのデータの融合、値の組み合わせ（例えば、値を平均することなど）、ばらつきの決定（例えば、標準偏差の算出、平均値などに基づくばらつきの算出、など）、圧縮、変換、データに対する統計的推定の実行、正規化、更新、順位付け、重み付け、検証、フィルタリング（例えば、ベースライン補正、データクロッピングなど）、ノイズリダクション、スムージング、フィリング、アライニング、モデルフィッティング、ビニング（binning）、ウィンドーイング、クリッピング、トランスフォーメーション、数学操作（例えば、導関数、移動平均、加算、減算、乗算、除算など）、データ関連付け、内挿、外挿、クラスタリング、視覚化、及び／又は他の任意の相当する処理操作、のうちの任意の１又は複数を含む１種類又は複数種類の分析技術を含んでいてもよく、適用してもよく、採用してもよく、行ってもよく、使用してもよく、基盤としてもよく、及び／又は、他の様式でそれらと関連していてもよい。
【００５５】
なお、リファレンス微生物関連パラメータを決定すること（Ｓ１２０）はいかなる適切な様式で行われてもよい。
【００５６】
２．３  変動パラメータの決定
前記方法１００の実施形態は、１種類又は複数種類の変動パラメータを決定すること（Ｓ１３０）を含んでいてよく、これは、例えば該微生物関連特徴解析プロセスにおいて（１又は複数の標的試料とともに）処理された対照試料についての対照試料特徴解析を介して、１又は複数の微生物関連特徴解析プロセスを、記述し、示し、評価し、分析し、及び／又は他の様式で特徴解析するために機能するものであってよい。
【００５７】
変動パラメータは好ましくは、１又は複数の微生物関連特徴解析プロセス（例えば、マイクロバイオームアッセイ、試料処理操作、シーケンシング操作、バイオインフォマティクス操作、微生物関連プロセスなど）を特徴付けるもの（例えば、記述するもの、それらに関する側面を示すものなど）であるが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当する側面を特徴付けるものであってよい。変動パラメータは、分類（classifications）（例えば、１種類若しくは複数種類のリファレンス微生物関連パラメータと対照試料特徴解析結果との比較に基づいて、マイクロバイオームアッセイラン及び／若しくは相当する微生物関連特徴解析プロセスを、「合格」若しくは「不合格」と標識すること）；個々の値（例えば、マイクロバイオームアッセイなどの微生物関連特徴解析プロセスにおいて１若しくは複数の標的試料とともに処理された個々の対照試料に対する個々の変動パラメータ）；総合値（例えば、平均値、中央値、集約値、及び／又は、個々の変動パラメータの組み合わせ（例えば、個々の「合格」若しくは「不合格」値などに基づく微生物アッセイラン及び／若しくは微生物関連特徴解析プロセスについての、「合格」又は「不合格」の総合的な決定））；範囲（例えば、１若しくは複数の変動パラメータと関連した信頼メトリクス（confidence metrics）、品質範囲（quality ranges）、など）；標準偏差（例えば、平均値と関連するもの）；絶対値；値の変化（例えば、変動パラメータの経時的変化、変動パラメータの対照試料間の変化、変動パラメータの実験条件間の変化、など）；言語的指標（例えば、「合格」、「不合格」、「高品質」、「中等品質」、「低品質」など）；数値的指標（例えば、品質スコア、１若しくは複数のしきい値を合格したタクソンの数など）；並びに／又は任意の適切な形態の変動パラメータ、のうちの１又は複数を含んでいてよい。
【００５８】
実施例においては、１種類又は複数種類の変動パラメータを決定することは、（例えば、１又は複数の対照試料のアッセイとともに１又は複数のユーザーと関連した１又は複数の標的試料のアッセイを行うことを含む）マイクロバイオームアッセイランの（例えば、変動性及び／又は再現性と関連した）品質を記述する変動パラメータを決定することを含んでいてよく、これは例えば該マイクロバイオームアッセイランの有用性を決定するためであってよい。一具体例においては、１種類又は複数種類の変動パラメータを決定することは、前記マイクロバイオームアッセイランを（例えば、一セットのタクソン群についてのマイクロバイオームアッセイランの対照試料の相対存在量値の、該一セットのタクソン群についてのリファレンスカットオフ範囲及び／又は他の相当するリファレンス微生物関連パラメータと関連する、偏差の度合いに基づいて）「合格」又は「不合格」と分類することを含んでいてよい。なお、変動パラメータは任意の適切な様式で構成することができる。
【００５９】
一具体例においては、前記微生物関連特徴解析プロセスは、微生物関連状態についての診断と関連するマイクロバイオームアッセイを含んでいてよく、ここで前記変動パラメータを決定することは、前記マイクロバイオームアッセイのための変動パラメータを決定することであってよい。一具体例においては、前記マイクロバイオームアッセイは、マイクロバイオームアッセイタイプに対応するものであってよく、ここで、（例えば、Ｓ１２０と関連する、リファレンス微生物関連パラメータの決定のための、一セットのバリデーション対照試料の処理のための）第一処理操作は、該マイクロバイオームアッセイタイプ（例えば、１又は複数の標的試料をアッセイするのに使用されるマイクロバイオームアッセイと同じマイクロバイオームアッセイタイプ）に対応し、第１のサブセットに属する対照試料群を用いて実行される、一セットのバリデーションマイクロバイオームアッセイ群を含んでいてよく、前記マイクロバイオームアッセイは、第２のサブセットに属する対照試料群及びユーザー由来の標的試料を用いて実行される（例えば、同一の実験条件を用いて第２のサブセットに属する対照試料群がユーザーからの１又は複数の標的試料とともにアッセイされる）。一具体例においては、前記変動パラメータは、１又は複数のマイクロバイオームアッセイ（例えば、第２のサブセットに属する対照試料群及びユーザー由来の標的試料を用いて行われた前記マイクロバイオームアッセイ）の品質を記述するものであってよく、ここで前記変動パラメータを決定することは、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群との間の偏差（例えば、偏差の度合い）に基づいて前記マイクロバイオームアッセイのための変動パラメータを決定することを含んでいてよい。一具体例においては、前記変動パラメータを決定することは、前記偏差がしきい値条件を満たす場合に前記マイクロバイオームアッセイについて合格メトリックを決定すること、及び、前記偏差が該しきい値条件を満たさない場合に前記マイクロバイオームアッセイについて不合格メトリックを決定すること、を含んでいてよい。
【００６０】
対照試料特徴解析は、好ましくは、１又は複数の対照試料を、該対照試料からの微生物（例えば、微生物組成；微生物機能など）と関連して特徴解析するもの（例えば、記述するもの、それらに関する側面を示すものなど）であるが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当する側面を特徴解析するものであってもよく、及び／又は任意の相当する側面と関連するものであってもよい。対照試料特徴解析結果は、好ましくは、（例えば、１又は複数の対照試料の１種類又は複数種類の相当する微生物関連側面を記述及び／又は示す）１種類又は複数種類の微生物関連パラメータを含むものであるが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当するデータ（例えば、対照試料識別子；対照試料メタデータなど）及び／又はコンポーネントを含んでいてよい。対照試料特徴解析結果の微生物関連パラメータは、（例えば、該微生物関連パラメータとリファレンス微生物関連パラメータとの間の比較のために、）好ましくは、リファレンス微生物関連パラメータと同一の種類及び／又は形態である。具体例においては、リファレンス微生物関連パラメータは、一セットのタクソン（例えば、バリデータタクソン）の相対存在量のリファレンスカットオフ範囲を含んでいてよく、微生物関連パラメータは該一セットのタクソン群の相対存在量値を（例えば、該相対存在量値が前記リファレンスカットオフ範囲内に入るかどうかを、タクソンの各セットに対して決定するために）含んでいてよい。微生物関連パラメータは、任意の相当する種類及び／又は形態のリファレンス微生物関連パラメータ（例えば、本明細書に記載のもの）を含んでいてよい。具体例においては、（例えば、対照試料特徴解析結果の）微生物関連パラメータは、微生物存在量パラメータ、マイクロバイオーム組成パラメータ（例えば、マイクロバイオーム組成データ、マイクロバイオーム組成特性、マイクロバイオーム組成多様性など）；微生物機能パラメータ（例えば、微生物機能、マイクロバイオーム機能データ、マイクロバイオーム機能特性、マイクロバイオーム機能多様性などと関連するもの）、及び／又は任意の相当する微生物関連パラメータを含んでいてよい。微生物関連パラメータは任意の相当する形態のものであってよく、例として、個々の値（例えば、マイクロバイオームアッセイなどの微生物関連特徴解析プロセスにおいて１若しくは複数の標的試料とともに処理された対照試料に対するもの；対照試料についての、異なるタクソンに対する個々の相対及び／若しくは絶対存在量値など）；総合値（例えば、異なるタクソンに対する相対及び／若しくは絶対存在量値の平均であって、例として微生物関連特徴解析プロセスにおいて１若しくは複数の標的試料とともに処理された異なる対照試料に対する個々の値を平均することから決定されたもの）；範囲（例えば、微生物タクソンの相対及び／若しくは絶対存在量の平均値及び／又は中央値周辺の範囲）；標準偏差（例えば、範囲を決定するのに使用するための平均値と関連したもの）；絶対値（例えば、微生物タクソンの絶対数）；値の変化（例えば、一連の微生物関連特徴解析プロセスで、例えば１種類又は複数種類の微生物関連状態と関連してユーザーを経時的にモニタリングして得た一連の標的試料とともに使用された一連の対照試料などの、一連の経時的な対照試料からの相対存在量の経時的変化；任意の相当するパラメータの経時的変化；実験条件による相当するパラメータの変化、例えば、オペレータの違い、実験ランの違い、及び／若しくは他の相当する条件と関連したもの、など）；並びに／又は、任意の相当する形態のリファレンス微生物関連パラメータ、のうちいずれか１又は複数が挙げられる。ただし、対照試料特徴解析結果は任意の適切な様式で構成してもよい。
【００６１】
１種類又は複数種類の変動パラメータを決定すること（及び／又は、例えば、前記方法１００の実施形態の相当する部分）は、好ましくは、微生物関連特徴解析のための（例えば、１又は複数の標的試料の分析に基づいて微生物関連状態の特徴解析結果を決定するための）１又は複数の標的試料の処理と関連する（例えば、類似した；同様な；同一の）様式で１又は複数の対照試料を処理することを含む。具体例においては、前記の１又は複数の対照試料の処理は、前記１又は複数の標的試料のアッセイに使用したものと同一のマイクロバイオームアッセイで（及び／又は、例えば、該マイクロバイオームアッセイのための試料調製も含めて）行ってよく、例えば、前記１又は複数の対照試料と前記１又は複数の標的試料とは（例えば、実験プロセス内の変動のモニタリング及び／又は取得を可能にするために）類似又は同一の実験条件を経る。
【００６２】
１種類又は複数種類の変動パラメータを決定することは、好ましくは、１種類又は複数種類の対照試料特徴解析結果（例えば、対照試料の微生物関連パラメータ）と１種類又は複数種類のリファレンス微生物関連パラメータとを比較することを含む。一具体例において、１種類又は複数種類の変動パラメータを決定することは、選ばれた微生物タクソン（例えば、バリデータタクソン）の所定の部分が、前記微生物関連特徴解析プロセスと関連した（例えば、１又は複数の標的試料とともに処理された）１又は複数の対照試料について、上記と同じ計算を用いた前記タクソンの平均（average）（算術平均（mean））相対存在量周辺の所定の範囲（例えば、リファレンス微生物関連パラメータ）内に入るかどうか決定することを含んでいてよい。一具体例においては、各バリデーションタクソンについて、（例えば、ユーザーについての微生物関連特徴解析に使用されるマイクロバイオームアッセイにおいて標的試料とともに処理された）１又は複数の対照試料における相対存在量を、リファレンス相対存在量パラメータ（例えば、１又は複数の標的試料とともに処理された１又は複数の対照試料と同一の個別検体から調製された一セットのバリデーション対照試料から決定された平均値）と比較してよい。具体例においては、リファレンス微生物関連パラメータ（例えば算術平均値）からの偏差は、マイクロバイオームアッセイの品質を示すものであってよく、例えば、大きな偏差はランの品質が低いことを反映するものであってよく、平均値と近い値はランの品質が高いことを反映するものであってよい。具体例においては、（１又は複数の標的試料とともに処理された）対照試料は、それが所定のカットオフ（及び／又は、例えば、相当するリファレンス微生物関連パラメータ）と等しいか、又はそれを超えるスコアを有している場合、品質コントロールを合格してよい。一具体例においては、新規アッセイ（及び／又は、例えば、相当する微生物関連特徴解析プロセス）の品質をチェックするために、（例えば、１又は複数の標的試料とともに処理された対照試料の）各バリデーションタクソンの相対存在量を、該バリデーションタクソンの算出された平均値と比較してもよく；特定のバリデーションタクソンの相対存在量が算術平均値周辺の所定の範囲内（例えば標準偏差（standard variation）の２倍以内、若しくはベータ分布による計算、及び／又は任意の他の範囲内）に入った場合、そのタクソンのスコアは１であり；各タクソンのスコアはその後、合計され；従って対照試料の最大スコアは選ばれたバリデーションタクソンの数（例えば、２０）と等しく、一方で最小スコアは０であり；そして、対照試料は、スコア（例えば、相対存在量値がリファレンス範囲内に入るタクソンの数）が所定のカットオフ（例えば、カットオフスコア１７；これは２０個のタクソンのうち１７個以上のタクソンで相対存在量値がリファレンス範囲内に入ることを表す）と等しいか、又はそれを超える場合に品質コントロールに合格する。
【００６３】
変形例として、対照試料特徴解析結果とリファレンス微生物関連パラメータとの比較は、（例えば、マイクロバイオームアッセイで標的試料とともに処理された対照試料の）微生物機能パラメータと、リファレンス微生物機能パラメータ（例えば、リファレンス微生物機能範囲）との比較を含みうる。しかし、対照試料特徴解析結果とリファレンス微生物関連パラメータとの比較は、任意の適切な様式で行ってもよい。一具体例においては、一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群を決定することは、前記微生物関連特徴解析プロセスと関連する処理操作（例えば、該微生物関連特徴解析プロセスと同一又は類似の実験条件を用いた処理操作）に基づくものであってよい。一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群を決定することは、前記一セットの対照試料群のうちのサブセット（例えば、同一の個別検体に由来する一セットの対照試料群）を用いた処理操作に基づいて一セットのリファレンス微生物関連範囲群を決定することを含んでいてよく、前記変動パラメータを決定することは、前記対照試料特徴解析結果と前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含んでいてよい。一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群は、一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群を含んでいてよく、前記対照試料特徴解析結果は、少なくとも１つの対照試料（例えば、１又は複数の微生物関連特徴解析プロセスにおいて１又は複数の標的試料とともに処理された１又は複数の対照試料）の一セットの微生物機能パラメータ群を含んでいてよく、前記変動パラメータを決定することは、該一セットの微生物機能パラメータ群と前記一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群との比較に基づいて前記変動パラメータを決定することを含んでいてよい。一具体例においては、前記一セットのリファレンス微生物関連パラメータ群は、さらに（例えば、リファレンス微生物機能パラメータに加えて）一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群を含んでいてよく、前記対照試料特徴解析結果は、さらに（例えば、リファレンス微生物機能パラメータに加えて）少なくとも１つの対照試料についての一セットの微生物存在量パラメータを含んでいてよく、前記変動パラメータを決定することは、前記一セットの微生物存在量パラメータ群、前記一セットのリファレンス微生物存在量パラメータ群、前記一セットの微生物機能パラメータ群、及び一セットのリファレンス微生物機能パラメータ群に基づいて、前記変動パラメータを決定すること（例えば、存在量パラメータがリファレンス存在量パラメータ範囲内に入るかどうか決定すること、機能パラメータがリファレンス機能パラメータ範囲内に入るかどうか決定すること、など）を含んでいてよい。
【００６４】
変動パラメータの決定、前記方法１００の実施形態の任意の相当する部分、及び／又は前記システムの実施形態の相当する部分は、次のうちのいずれか１又は複数を含む人工知能的アプローチ（例えば、機械学習アプローチ）を含んでいてもよく、適用してもよく、採用してもよく、行ってもよく、使用してもよく、基盤としてもよく、及び／又は、他の様式でそれらと関連していてもよい：教師あり学習（例えば、ロジスティック回帰を使用するもの、バックプロパゲーションニューラルネットワークを使用するもの、ランダムフォレストを使用するもの、決定木などを使用するものなど）、教師なし学習（例えば、Ａｐｒｉｏｒｉアルゴリズムを使用するもの、Ｋ−平均法を使用するものなど）、半教師あり学習、深層学習アルゴリズム（例えば、ニューラルネットワーク、制限ボルツマンマシン、ディープビリーフネットワーク（deep belief network）法、畳み込みニューラルネットワーク（convolutional neural network）法、リカレントニューラルネットワーク（recurrent neural network）法、スタックドオートエンコーダ（stacked auto-encoder method）法など）、強化学習（例えば、時間的差分学習（temporal difference learning）を使ったＱ−学習アルゴリズムを使用したもの）、回帰アルゴリズム（例えば、通常の最小二乗、ロジスティック回帰、段階的回帰、多変量適応型回帰スプライン（multivariate adaptive regression splines）、局所推定スキャッタープロットスムージング（locally estimated scatterplot smoothing）など）、インスタンスベースの方法（例えば、ｋ近傍法、学習ベクトル量子化、自己組織化マップなど）、正則化法（例えば、リッジ回帰、最小絶対収縮及び選択演算子（least absolute shrinkage and selection operator）、エラスティックネット（elastic net）など）、決定木学習法（例えば、分類及び回帰ツリー（classification and regression tree）、反復二分器３（iterative dichotomiser 3）、Ｃ４．５、カイ二乗自動相互作用検出（chi-squared automatic interaction detection）、決定株（decision stump）、ランダムフォレスト、多変量適応型回帰スプライン、グラジエントブースティングマシン（gradient boosting machines）など）、ベイズ法（例えば、ナイーブベイズ、平均化ワンディペンデンス推定器（averaged one-dependence estimators）、ベイズビリーフネットワーク（Bayesian belief network）など）、カーネル法（例えば、サポートベクターマシン、動径基底関数、線形判別分析など）、クラスタリング法（例えば、ｋ−平均法、期待値最大化など）、関連ルール学習アルゴリズム（associated rule learning algorithm）（例えば、Ａｐｒｉｏｒｉアルゴリズム、Ｅｃｌａｔアルゴリズムなど）、人工ニューラルネットワークモデル（例えば、パーセプトロン法、バックプロパゲーション法、ホップフィールドネットワーク法、自己組織化マップ法、学習ベクトル量子化法など）、次元削減法（例えば、主成分分析、部分最小二乗回帰、サモンマッピング、多次元尺度構成法、射影追跡など）、アンサンブル法（例えば、ブースティング、ブートストラップ集約、ＡｄａＢｏｏｓｔ、スタックドジェネラライゼーション（stacked generalization）、グラジエントブースティングマシン法、ランダムフォレスト法など）、及び／又は任意の相当する人工知能アプローチ。変形例として、変動パラメータを決定すること��、変動パラメータモデル（例えば、機械学習モデル）に基づくものであってよく、その例として、１種類又は複数種類の対照試料特徴解析結果（例えば、１又は複数の微生物関連特徴解析プロセスにおいて標的試料とともに処理された対照試料に対する相対存在量値）からのインプットに基づいて１又は複数の微生物関連特徴解析プロセスを（例えば、「合格」又は「不合格」と）分類するのに使用する、（例えば、リファレンス微生物関連パラメータに対してトレーニングされた）変動パラメータモデルが挙げられる。しかし、人工知能的アプローチは任意の適切な様式で構成及び／又は適用してもよい。
【００６５】
なお、変動パラメータを決定すること（Ｓ１３０）は任意の適切な様式で行ってもよい。
【００６６】
４．  その他
前記方法１００の実施形態は、しかし、対象からの生物試料の受け取り；対象からの生物試料の処理；生物試料に由来するデータの分析；並びに、カスタマイズされた診断及び／又はプロバイオティクスに基づく治療を提供するのに使用できるモデルの生成；を、対象の特定のマイクロバイオーム組成及び／又は機能特性に従って促進するために構成された、他の任意の相当するブロック又は工程を含んでいてよい。
【００６７】
前記方法１００及び／又はシステムの実施形態は、前記の各種システムコンポーネント及び各種方法プロセスのあらゆる組み合わせ及び順列を含んでいてよく、そこには任意の変形（例えば、実施形態、変形例、実施例、具体例、図面など）も含まれ、前記方法１００の実施形態の部分及び／又は本明細書に記載のプロセスは、非同期的に（例えば、順次）、同時に（例えば、並行して）、又は他の任意の適切な順序で、本明細書に記載のシステム及び／又は他のエンティティの、１若しくは複数のインスタンス、エレメント、コンポーネント、及び／又は他の側面によって、及び／又はそれらを用いて、行ってもよい。
【００６８】
本明細書に記載の変形（例えば、実施形態、変形例、実施例、具体例、図面など）、及び／又は本明細書に記載の変形の任意の部分は、いずれも、追加的又は代替的に、組み合わせてもよく、集約してもよく、除外してもよく、使用してもよく、連続的に行ってもよく、並行して行ってもよく、及び／又は他の様式で適用してもよい。
【００６９】
前記方法１００及び／又はシステムの実施形態の部分は、少なくとも部分的に、コンピュータ可読命令を保存したコンピュータ可読媒体を受け取るように構成された機械として具現化及び／又は実装されてもよい。この命令は、前記システムと統合されていてもよいコンピュータ実行可能なコンポーネントによって、実行されてよい。前記コンピュータ可読媒体は、ＲＡＭ、ＲＯＭ、フラッシュメモリ、ＥＥＰＲＯＭ、光デバイス（ＣＤ又はＤＶＤ）、ハードドライブ、フロッピードライブ、又は任意の相当するデバイスなどの、任意の相当するコンピュータ可読媒体上に保存してよい。前記コンピュータ実行可能なコンポーネントは、汎用又は特定用途向けプロセッサであってよいが、それに加えて、又はその代わりに、任意の相当する専用ハードウェア、又はハードウェア／ファームウェア組み合わせデバイスがこの命令を実行してもよい。
【００７０】
上記の詳細な記載並びに図面及び特許請求の範囲から、当業者は、前記方法１００、システム、及び／又は変形の実施形態が、特許請求の範囲に定義される範囲を逸脱することなく改良及び変更しうることを認識するであろう。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
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