(57)【要約】本発明は、その一部が、一定のがんバイオマーカー、ならびに黒色腫（切除可能なおよび切除不可能な黒色腫が含まれる）などのがん患者における必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置に対する患者の応答の評価および／または予測などのがんの処置方法でのその使用に関する。本発明また、腫瘍内でのＣＸＣＲ４阻害剤への応答と相関する一連の遺伝子またはバイオマーカーならびに正規化遺伝子セットの組み合わせであるバイオマーカー発現プラットフォームを提供する。抗腫瘍応答のバイオマーカーシグネチャーを誘導し、予測バイオマーカーシグネチャーについて患者試料を試験するためにバイオマーカー発現プラットフォームを使用するための方法およびシステムも開示する。
2021502071.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を得るがん性腫瘍を有する患者を同定する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
【請求項２】
必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
【請求項３】
前記ＣＸＣＲ４阻害剤が、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記免疫治療剤が免疫チェックポイント阻害剤である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標））、アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標））、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））、ピディリズマブ、アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標））、デュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ（登録商標））、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、またはペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記免疫チェックポイント阻害剤がペムブロリズマブである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＩＦＮ−γシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの増加を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＣＴＬシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、またはＰＲＦ１の増加を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記抗原提示／プロセシング遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＢ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、またはＴＡＰ２の増加を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記腫瘍炎症遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、またはＴＩＧＩＴの増加を含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記がんが、腎細胞がん；黒色腫、肝臓がん、肝細胞癌、肝臓胆管癌、卵巣がん、卵巣上皮がん、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）；前立腺がん；睾丸がん、胆嚢がん、副腎皮質腺癌、結腸がん、膵臓がん、膵癌、脳がん、消化管／胃（ＧＩＳＴ）がん（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ／ｓｔｏｍａｃｈ（ＧＩＳＴ）ｃａｎｃｅｒ）、髄芽腫、神経膠腫、膠芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、乳がん、尿路上皮癌、頭頸部がん、または子宮頸がんから選択される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記がんが進行性黒色腫または転移性黒色腫である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記黒色腫が切除不能進行性黒色腫または切除不能転移性黒色腫である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤に対する患者の応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に前記患者から第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤での前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
【請求項１５】
前記患者が、最初にチェックポイント阻害剤での処置に応答しない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記患者が、最初はチェックポイント阻害剤での処置に応答するが、前記チェックポイント阻害剤での処置に不応になる、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルが、１またはそれを超えるＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、およびＢ７Ｈ３バイオマーカーから選択される、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルがＶＩＳＴＡである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、一般に、ＣＸＣＲ４阻害剤を単独で使用するか、免疫治療剤と組み合わせて使用したがんの処置に関する。より具体的には、本発明は、その一部が、例えば、処置に対する患者の応答の評価および／または予測における一定のがんバイオマーカーおよびがん処置方法でのその使用に関する。
【０００２】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１１月７日出願の米国特許仮出願第６２／５８２，８７７号および２０１８年４月１３日出願の同第６２／６５７，４０６号（各々の全体が、本明細書中で参考として援用される）の利益を主張する。
【背景技術】
【０００３】
２０１７年の米国における黒色腫についての米国がん学会の推定値は以下の通りである：約８７，１１０例が新規に黒色腫と診断されるであろう（男性約５２，１７０例および女性３４，９４０例）。約９，７３０人が黒色腫で死亡すると予想される。黒色腫の罹患率は過去３０年間上昇し続けている。初期に発見された場合、黒色腫は、根治率が高く、原発性黒色腫の完全な外科的切除後の１０年間の全生存率は、Ｉ期黒色腫で９５％、ＩＩ期黒色腫で４５〜７７％に達する。しかし、外科的処置は、全ての進行性黒色腫患者に実行できない可能性がある。切除不能疾患または転移性疾患を有する患者は、全身処置（免疫療法（例えば、抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体などのチェックポイント阻害剤（ＣＰＩ））および標的療法（例えば、既知の遺伝子変異を有する患者のためのＢＲＡＦ阻害剤および／またはＭＥＫ阻害剤）が含まれる）を受ける。チェックポイント阻害剤による免疫療法および標的療法の両方は、無増悪生存期間および全生存期間を延長する。
【０００４】
さらに、原発性黒色腫の完全な切除を受けた患者のうちの３０％は、この疾患の局所的な、移動中の、および／またはリンパ節の再発を発症するであろう。さらに、１０％の黒色腫患者がリンパ節転移を呈する。これらのうちでＩＩＩ期の患者では、切除可能な疾患を有する患者の主な処置方法は完全な外科的除去である；しかし、術後の再発リスクが非常に高い。高用量のインターフェロン−αおよび抗ＣＴＬＡ−４抗体イピリムマブなどの免疫調節薬を用いたアジュバント療法は、切除可能なＩＩＩ期黒色腫患者の無再発生存を改善することが示されている。全生存に対するこれらのアジュバント処置の影響については確立されていない。
【０００５】
ネオアジュバント化学療法および免疫療法の利点は、いくつかの手術可能ながんで実証されている。しかし、例えば、血管形成回避による経時的に耐性を得た腫瘍の発生が頻繁に認められ、これらの治療の有効性が制限される。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
いくつかのがんの処置で用いるＣＸＣＲ４阻害剤の調査も必要である。ＣＸＣＲ４は、ＨＩＶ侵入および白血球輸送の関与が最初に発見された。ＣＸＣＲ４は、２３を超えるヒトがんでも過剰発現される。ＣＸＣＲ４は、黒色腫細胞、特に、黒色腫幹細胞を表すと見なされているＣＤ１３３＋集団上に頻繁に発現され；ｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験およびマウスモデルでは、ＣＸＣＬ１２（ＣＸＣＲ４のリガンド）がかかる細胞に走化性を示すことが実証されている。これらのデータは、ＣＸＣＲ４の過剰発現または異常発現に起因する細胞増殖性障害を処置するためのＣＸＣＲ４阻害剤に必要な研究が非常に不足していることを浮き彫りにしている。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】図１は、ＣＤ８＋単一マーカーＩＨＣ染色剤で染色した転移性黒色腫のヒト腫瘍試料の写真を示し、Ｘ４Ｐ−００１とペムブロリズマブとの組み合わせの服薬後の腫瘍境界でのＣＤ８＋Ｔ細胞の大きな増加を実証している。
【０００８】
【図２】図２は、ベースライン（図２、パネルＡ）およびＸ４Ｐ−００１処置の２１日後（図２、パネルＢ）における代表的なグランザイムＢのＩＨＣ染色を示す。図２のパネルＣは、全ての評価可能な試料についての処置後のグランザイムＢ陽性の変化倍率を示す。ＨＡＬＯ（商標）ソフトウェアを使用して定量し、全腫瘍領域をスコアリングした。図２のパネルＤは、Ｘ４Ｐ−００１単剤処置の前および後の両方で評価可能な生検を行った５人の患者についてのグランザイムＢのＲＮＡ発現レベルを示す。パネルＤ中のＲＮＡ発現データを、本明細書中に記載のようにＮａｎｏＳｔｒｉｎｇを使用して得た。
【０００９】
【図３】図３Ａは、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、およびＰＲＦ１についての正規化カウントの幾何平均から各患者試料の遺伝子スコアを計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。図３Ｂは、図３Ａ中の患者およびさらなる患者についてのＣＴＬ遺伝子シグネチャーデータを示す。本図面ならびに後の図６Ａ、６Ｂ、ならびに図１７Ａおよび１７ＢにおけるＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ解析では、各データセットを、実施した各実験において一連のハウスキーピング遺伝子に基づいて正規化する。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇアルゴリズムを使用した全患者由来のデータセットの統合により、合わせたデータセット由来の正規化に基づいて統合された値が得られ、この値は、個別のデータセット由来の見かけ上の値とは異なり得る。
【００１０】
【図４】図４は、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の患者番号５についてのＩＨＣ  ＣＤ８染色の結果を示す。服薬後にＣＤ８発現が視覚的に増加した。腫瘍微小環境中のＣＤ８＋Ｔ細胞密度は、１０４５／ｍｍ２から１３７０／ｍｍ２に増加した。
【００１１】
【図５】図５は、黒色腫患者番号５についてのｍＩＦの結果の棒グラフを示し、これは、Ｘ４Ｐ−００１で処置するとＴＭＥ中のＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、およびＰＤＬ−１陽性細胞の百分率が増大したことを実証している。Ｔｒｅｇ（ＦｏｘＰ３＋）細胞およびマクロファージの百分率（ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋；２４．１％対２５．４％；示さず）は変化しなかった。
【００１２】
【図６】図６Ａは、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後のインターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。遺伝子スコアを、各患者試料について、ＩＦＮ−ガンマ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＤＯ１、およびＳＴＡＴ１についての正規化カウントの幾何平均から計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。図６Ｂは、さらなる患者におけるＸ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後のＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。
【００１３】
【図７】図７は、ＨＡＬＯによって得られたバイオマーカーＣＤ８＋、ＣＤ３＋、およびＦｏｘＰ３についての単一マーカー免疫組織化学（ＩＨＣ）データのシグナル定量を示す。ＥＯＴ＝処置終了（Ｘ４Ｐ−００１の３週間の処置＋Ｘ４Ｐ−００１のペムブロリズマブとの組み合わせの６週間）。
【００１４】
【図８】図８は、Ｘ４Ｐ−００１の単剤療法およびペムブロリズマブとの組み合わせの九（９）週間の研究のための投薬計画を示す。
【００１５】
【図９】図９Ａは、低倍率下（パネルＡ）および高倍率下（パネルＢ）でのＸ４Ｐ−００１単剤療法後の生検試料の代表的なＣＤ８およびＦｏｘＰ３染色を示す。図９Ｂは、ホルマリン固定パラフィン包埋黒色腫試料の画像を示す。試料を、６成分免疫表現型検査抗体パネル（ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、マクロファージカクテル（ＣＤ６８＋ＣＤ１６３）、およびＦｏｘＰ３を含む）で連続染色した。ＤＡＰＩを、核対比染色剤として使用した。抗体を、蛍光チラミド基質（Ｏｐａｌ，Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）のＨＲＰ触媒沈着を使用して検出した。画像を、スペクトル画像化、自己蛍光の減算、および非混合を使用して入手し（Ｖｅｃｔｒａ  ３．０，Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）、ＨＡＬＯ（商標）画像解析ソフトウェアを使用して解析した。
【００１６】
【図１０】図１０は、黒色腫患者２、３、５、８、および９についてのｍＩＦの結果の折れ線グラフを示し、これは、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法後にＴｒｅｇ細胞と比較してＣＤ８細胞が増加することを実証している。
【００１７】
【図１１】図１１は、低拡大率スキャン下での患者５由来の生検全体（パネル１ａ）および非混合の高拡大率下での黒色腫侵襲先進部の画像化（パネル１ｂ）の代表的なＣＤ８細胞、Ｋｉ−６７細胞、および黒色腫細胞の染色を示す。
【００１８】
【図１２】図１２は、患者５由来の生検試料全体にわたるＣＤ８＋Ｔ細胞および増殖ＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｋｉ−６７＋）の密度の棒グラフを示す。左側のＹ軸はＣＤ８＋Ｋｉ６７＋細胞（細胞数／ｍｍ２）である；右側のＹ軸はＣＤ＋Ｔｃ細胞（細胞数／ｍｍ２）である。図１３、１４、および１５では、画像は、最近隣の隣接物の解析モジュールからのグラフ出力を示し、非標識細胞を灰色にしている。Ｘ４Ｐ−００１単剤療法後、増殖性ＣＤ８＋Ｔ細胞が腫瘍病変を取り囲み、浸潤している。ＣＤ８＋細胞と最近隣の腫瘍細胞との間の平均距離は、ベースラインでの９５ミクロンからＸ４Ｐ−００１単剤療法後の４３ミクロンに減少し、固有の隣接物の数が増加し、これは浸潤の増強を示す。
【００１９】
【図１３】図１３は、１日目（処置前）のＣＤ８＋Ｔ細胞とその最近隣の黒色腫細胞隣接物との間の距離測定を示す。
【００２０】
【図１４】図１４は、Ｘ４Ｐ−００１での単剤療法の４週間後のＣＤ８＋Ｔ細胞とその最近隣の黒色腫細胞隣接物との間の距離測定を示す。
【００２１】
【図１５】図１５は、処置終了後のＣＤ８＋Ｔ細胞とその最近隣の黒色腫細胞隣接物との間の距離測定を示す。
【００２２】
【図１６】図１６は、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の抗原提示／プロセシング遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。Ｂ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、およびＴＡＰ２についての正規化カウントの幾何平均から各患者試料の遺伝子スコアを計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。
【００２３】
【図１７】図１７Ａは、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の腫瘍炎症遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、およびＴＩＧＩＴについての正規化カウントの幾何平均から各患者試料の遺伝子スコアを計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。図１７Ｂは、さらなる患者のデータを含めた、図１７Ａ中の患者におけるＸ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の腫瘍炎症遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。
【００２４】
【図１８】図１８、図１９、および図２０は、対照、Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＣＬＴＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１、および抗ＣＴＬＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６で処置した十六（１６）日間にわたるＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＢ１６−ＯＶＡ腫瘍成長を示す。
【図１９】図１８、図１９、および図２０は、対照、Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＣＬＴＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１、および抗ＣＴＬＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６で処置した十六（１６）日間にわたるＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＢ１６−ＯＶＡ腫瘍成長を示す。
【図２０】図１８、図１９、および図２０は、対照、Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−１＋Ｘ４Ｐ−１３６、抗ＣＬＴＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１、および抗ＣＴＬＡ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１＋Ｘ４Ｐ−１３６で処置した十六（１６）日間にわたるＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＢ１６−ＯＶＡ腫瘍成長を示す。
【００２５】
【図２１】図２１は、処置から十六（１６）日後にＢ１６−ＯＶＡ腫瘍を移植したマウスの代表的な解剖を示す。
【００２６】
【図２２】図２２は、ベースラインおよびＸ４Ｐ−１３６注射から二（２）時間後の末梢白血球の相違を示す棒グラフを示す。
【００２７】
【図２３】図２３は、見出しの治療を用いた処置後の腫瘍微小環境における免疫細胞表現型の変化を示す棒グラフを示す。
【００２８】
【図２４】図２４は、ＨＩＦ−２α発現およびＡｋｔ活性に対する表示の処置の効果を示すウェスタンブロットを示す。
【００２９】
【図２５】図２５は、ｐ２１およびｐ２７の誘導ならびにサイクリンＤ１発現に対する表示の処置の効果を示すウェスタンブロットを示す。
【００３０】
【図２６】図２６は、正常酸素条件下および低酸素条件下でのＨＩＦ−２α応答エレメントを介した転写に対するＸ４Ｐ−１３６の用量応答効果を示す棒グラフを示す。
【００３１】
【図２７】図２７は、正常酸素条件下および低酸素条件下でのｉｎ  ｖｉｔｒｏ腫瘍細胞侵入に対するＸ４Ｐ−１３６の用量応答効果を示す棒グラフを示す。
【００３２】
【図２８】図２８および図２９は、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法が黒色腫患者における腫瘍境界面でのＣＤ８＋細胞密度を増加させることを実証しているマルチプレックスＩＨＣおよびＨＡＬＯ画像データを示す。腫瘍の正常組織との境界線の内側または外側の１００μＭ以内のＣＤ８標識細胞を計数した。２５μＭ帯の境界線からの距離に対するＣＤ８＋細胞数／ｍｍ２をプロットした。Ｘ４Ｐ−００１単剤療法の３週間後、境界領域内のＣＤ８＋細胞の総密度は、ベースラインと比較して４倍に増加した。
【図２９】図２８および図２９は、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法が黒色腫患者における腫瘍境界面でのＣＤ８＋細胞密度を増加させることを実証しているマルチプレックスＩＨＣおよびＨＡＬＯ画像データを示す。腫瘍の正常組織との境界線の内側または外側の１００μＭ以内のＣＤ８標識細胞を計数した。２５μＭ帯の境界線からの距離に対するＣＤ８＋細胞数／ｍｍ２をプロットした。Ｘ４Ｐ−００１単剤療法の３週間後、境界領域内のＣＤ８＋細胞の総密度は、ベースラインと比較して４倍に増加した。
【００３３】
【図３０】図３０は、単剤処置（Ｘ４Ｐ−００１）後の免疫細胞の変化を実証するｍＩＦデータを示す。ベースライン（上の行）およびＸ４Ｐ−００１単剤療法の終了時（下の行）に生検試料を得た。左側の列は、正常組織（外側の線）および腫瘍境界（内側の線）の輪郭を有する生検試料を示す。中央の列は、マーカーＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、Ｂ７Ｈ３、およびＤＡＰＩで染色した左側の列由来の四角で囲った領域の拡大図を示す。右の列は、中央のパネル中の四角で囲った領域のより高倍率の表示を含む。Ｘ４Ｐ−００１により、腫瘍境界内のＣＤ３＋細胞数が増加し、ＶＩＳＴＡ（Ｔ細胞の活性化および増殖を阻害するチェックポイント分子）の発現が減少する。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
発明の一定の実施形態の詳細な説明
発明の一定の実施形態の一般的な説明
がんの診断、予後、および処置は、一連の遺伝子の腫瘍内発現パターンの同定、腫瘍微小環境中の免疫関連細胞レベルの変化、または腫瘍微小環境中の他の変化が非常に参考になり、これらは、本明細書中で、一般に、「バイオマーカー」と呼ばれるか、より具体的には、遺伝子発現パターンに関して、「遺伝子シグネチャー」、「遺伝子発現バイオマーカー」、または「分子シグネチャー」と呼ばれ、がんの特定のタイプまたはサブタイプの特徴を示し、臨床転帰に関連する。かかるバイオマーカーは、臨床転帰に関連し得る。かかる関連によって臨床応答が予想される場合、バイオマーカーは、処置レジメン（本明細書中に開示の処置レジメンのうちの１つなど）から恩恵を受ける可能性がより高い（場合によっては、より低い）患者として患者を選択するか層別化する方法において有利に使用される。処置に対して陽性応答が予想されるバイオマーカーを有する腫瘍試料を、本明細書中で、「バイオマーカー陽性」または「バイオマーカー高」と呼ぶ。逆に、陽性応答が予想されないバイオマーカープロフィールを有する腫瘍試料を、本明細書中で、「バイオマーカー陰性」または「バイオマーカー低」と呼ぶ。バイオマーカーに応じて代替用語を使用することができるが、より大量または「バイオマーカー高」は通常、「バイオマーカー陽性」または「バイオマーカー＋」などの代替用語を使用して記載することができ、一方で、より少量のバイオマーカーまたは「バイオマーカー低」は通常、「バイオマーカー陰性」または「バイオマーカー−」などの代替用語を使用して記載することができる。
【００３５】
驚いたことに、ここに、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）；ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞；グランザイムＢ；ＩＦＮ−γシグネチャースコア；ＣＴＬシグネチャースコア；抗原提示／プロセシングシグネチャースコア；腫瘍炎症シグネチャースコア；ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル；および／またはＰＤ−Ｌ１発現のレベルが本明細書中に記載の方法（転移性黒色腫などのがんの処置または診断方法など）におけるバイオマーカーとして有用であることが見出された。
【００３６】
したがって、１つの態様では、本発明は、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を得るがん性腫瘍を有する患者を同定する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ
を含む、方法を提供する。
【００３７】
別の態様では、本発明は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を受ける可能性が高いか、別の類似の患者と比較して恩恵を受ける可能性が増大するがん患者を同定する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対するがん応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超えるバイオマーカーを使用して評価した場合に、がん応答の増減に基づいてがん処置が成功する見込みを予測する、方法を提供する。
【００３８】
いくつかの実施形態では、第１の腫瘍試料および／または第２の腫瘍試料は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでアッセイされる。
【００３９】
別の態様では、本発明は、患者内の腫瘍が必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置に応答するか、応答する可能性が増加するかどうかを判断するために、患者から採取した腫瘍試料をｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでアッセイする方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞（またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比）、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；および、必要に応じて、
（ｃ）患者内の腫瘍が必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置に応答するか、応答する可能性が増加する場合、患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ
を含む、方法を提供する。
【００４０】
別の態様では、本発明は、免疫治療剤での単剤療法に応答しないか、がんが免疫治療剤での単剤療法に最初に応答した後に不応になる患者におけるがん（例えば、腫瘍）を処置する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超えるバイオマーカーを使用して評価した場合に、腫瘍応答の増減に基づいて腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法を提供する。
【００４１】
いくつかの実施形態では、本発明は、がん（例えば、腫瘍）がＣＸＣＲ４阻害剤での処置後の免疫治療剤での処置に応答するかどうかを予測する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超えるバイオマーカーを使用して評価した場合に、腫瘍応答の増減に基づいて腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法を提供する。
【００４２】
いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置は、腫瘍が免疫治療剤に対して応答する可能性がより高くなるように腫瘍微小環境をプライミングする。いくつかの実施形態では、腫瘍は、ＰＤ−１阻害剤での単剤療法には応答しないが、ＣＸＣＲ４阻害剤と組み合わせた場合にプライミングされる様になり、ＰＤ−１阻害剤に応答する。いくつかの実施形態では、腫瘍は、最初にＰＤ−１阻害剤または別のチェックポイント阻害剤に応答するが、不応になる。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後、腫瘍を、ＰＤ−１阻害剤または他の免疫治療剤で有効に処置することができる。
【００４３】
いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤を、免疫治療剤と組み合わせて投与する。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤は、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩である。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤は、Ｘ４Ｐ−００１またはその薬学的に許容され得る塩である。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤は、Ｘ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩である。Ｘ４Ｐ−００１は、以下に示す構造を有する：
【化１】
2021502071.tif 000003
【００４４】
Ｘ４Ｐ−００１およびその合成は、米国特許第７，３５４，９３４号（本明細書中で参考として援用される）に詳述されている。
【００４５】
Ｘ４−１３６は、以下に示す構造を有する：
【化２】
2021502071.tif 000004
【００４６】
Ｘ４−１３６およびその合成は、米国特許第７，５５０，４８４号に詳述されている。
【００４７】
いくつかの実施形態では、免疫治療剤はチェックポイント阻害剤である。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はＰＤ−１アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ペムブロリズマブバイオシミラー、またはペムブロリズマブバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。
【００４８】
いくつかの実施形態では、がん性腫瘍は固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、固形腫瘍は黒色腫である。いくつかの実施形態では、黒色腫は、悪性黒色腫、進行性黒色腫、転移性黒色腫、またはＩ、ＩＩ、ＩＩＩ、もしくはＩＶ期黒色腫である。いくつかの実施形態では、黒色腫は切除可能である。いくつかの実施形態では、黒色腫は切除不能である。いくつかの実施形態では、黒色腫は、切除不能進行性黒色腫または切除不能転移性黒色腫である。いくつかの実施形態では、患者は、免疫チェックポイント阻害剤（抗ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、またはＰＤ−Ｌ１など）での処置を以前に受けていなかったか、腫瘍崩壊ウイルス治療を以前に受けていなかった。
【００４９】
いくつかの実施形態では、上記の方法は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を受けるであろう患者の同定で有用である。かかる患者は、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルが第１の腫瘍試料中よりも第２の腫瘍試料中で高いことを特徴とする。いくつかの実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルが第１の腫瘍試料よりも第２の腫瘍試料中で高い場合、患者に、１またはそれを超えるさらなる用量のＣＸＣＲ４阻害剤を投与する。これは、かかる患者がＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤での継続処置から恩恵を受ける可能性が高いと見なされるからである。
【００５０】
いくつかの実施形態では、第１の腫瘍試料および／または第２の腫瘍試料は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでアッセイされる。
【００５１】
別の態様では、本発明は、ＣＸＣＲ４阻害剤でがんを処置する方法であって、
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、ここで、
ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルが、第１の腫瘍試料よりも第２の腫瘍試料中で高い場合、患者に、１またはそれを超えるさらなる用量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与する、方法を提供する。
【００５２】
別の態様では、本発明は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を評価する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答を評価して、１人またはそれを超える類似の患者と比較した場合に、腫瘍応答の増減に基づいて２またはそれを超える群のうちの１つに患者を分割、分類、または層別化する、方法を提供する。
【００５３】
別の態様では、本発明は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超えるバイオマーカーを使用して評価した場合に、腫瘍応答の増減に基づいて腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法を提供する。
【００５４】
別の態様では、本発明は、患者におけるがんの、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する処置応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）腫瘍試料または標準試料を処置するステップ；
（ｅ）処置された腫瘍または標準試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｆ）処置前の腫瘍試料中の１またはそれを超えるバイオマーカーを、処置した血清試料または処置した標準試料中の１またはそれを超えるバイオマーカーと比較するステップ；および
（ｇ）必要に応じて、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤の患者への投与を、かかる投与が別のがんの処置方法と比較して成功する見込みが同等であるか高いと予測される場合に進めるステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する応答におけるバイオマーカーの変化により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超えるバイオマーカーを使用して評価した場合に、バイオマーカーの変化の増減に基づいてがんの処置が成功する見込みを予測する、方法を提供する。
【００５５】
いくつかの実施形態では、標準試料は、別の患者（類似のがんを有する患者など）に由来する；または、標準試料は、類似のがんの培養物または他のｉｎ  ｖｉｔｒｏ試料であり得る。
【００５６】
いくつかの実施形態では、第１の腫瘍試料および／または第２の腫瘍試料は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏでアッセイされる。
【００５７】
別の態様では、本発明は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答をモニタリングする方法であって、以下：
（ａ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）患者へのＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に１またはそれを超えるその後の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）その後の腫瘍試料（複数可）中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、第１の腫瘍試料およびその後の腫瘍試料中の１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを比較することができ、１またはそれを超えるバイオマーカーの変化が患者の応答を示す、方法を提供する。
【００５８】
いくつかの実施形態では、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を、１週間に１回または２週間毎に測定する。いくつかの実施形態では、患者の応答を、１ヶ月に１回測定する。いくつかの実施形態では、患者の応答を、２ヶ月毎に測定する。いくつかの実施形態では、患者の応答を、年４回（３ヶ月毎に１回）測定する。いくつかの実施形態では、患者の応答を、毎年測定する。
【００５９】
いくつかの実施形態では、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を、処置中にモニタリングする。いくつかの実施形態では、患者の応答を、処置終了後にモニタリングする。
【００６０】
別の態様では、本発明は、必要に応じて腫瘍のＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置に対する抗腫瘍応答が予測されるバイオマーカーシグネチャーを誘導する方法であって、以下：
（ａ）腫瘍タイプと診断された患者コホート内の各患者から処置前の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）コホート内の各患者について、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置後の抗腫瘍応答値を得るステップ；
（ｃ）バイオマーカープラットフォーム中の各遺伝子について各腫瘍試料中の未加工のバイオマーカーレベルを測定するステップであって、ここで、バイオマーカープラットフォームが、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現の一連の臨床応答バイオマーカーを含む、測定するステップ；
（ｄ）各腫瘍試料について、一連の正規化バイオマーカーの実測バイオマーカーレベルを使用して、実測の未加工のバイオマーカーレベルの各々を臨床応答バイオマーカーに対して正規化するステップ；および
（ｅ）全ての腫瘍試料のバイオマーカーレベルとコホート内の全ての患者の抗腫瘍応答値を比較して、標的バイオマーカーの臨床的有用性判定基準を満たすために患者コホートを分割するバイオマーカーシグネチャースコアのカットオフを選択するステップ
を含む。
【００６１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカープラットフォームは、一連の臨床応答遺伝子を含む遺伝子発現プラットフォームを含む。いくつかの実施形態では、方法は、以下：
（ｆ）各腫瘍試料および各バイオマーカー（目的の遺伝子シグネチャー中の遺伝子など）について、その遺伝子の予め定義された乗算係数を使用して、正規化されたバイオマーカー（例えば、ＲＮＡバイオマーカー）の発現レベルを重み付けするステップ；
（ｇ）各患者について、重み付けしたバイオマーカー（例えば、ＲＮＡバイオマーカー）の発現レベルを付加して、コホート内の各患者についてのバイオマーカーシグネチャースコア（例えば、遺伝子シグネチャースコア）を生成するステップ
をさらに含む。
【００６２】
別の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍の抗腫瘍応答の遺伝子シグネチャーバイオマーカーの有無について患者から取り出した腫瘍の試料を試験する方法であって、以下：
（ａ）遺伝子発現プラットフォーム中の各遺伝子について腫瘍試料中の未加工のＲＮＡレベルを測定するステップであって、ここで、遺伝子発現プラットフォームが、ＩＦＮ−γシグネチャー、ＣＴＬシグネチャー、抗原提示／プロセシングシグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、グランザイムＢ遺伝子発現、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される一連の臨床応答遺伝子およびハウスキーピング遺伝子の一連の正規化遺伝子を含み、ここで、必要に応じて、約８０％または約９０％の臨床応答遺伝子が、抗腫瘍応答と正に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示す、測定するステップ；
（ｂ）正規化遺伝子の実測ＲＮＡレベルを使用して、実測の未加工のＲＮＡレベルを、腫瘍試料について予め定義した遺伝子シグネチャー中の各臨床応答遺伝子に対して正規化するステップであって、ここで、予め定義した遺伝子シグネチャーが少なくとも２つの臨床応答遺伝子からなり、それにより、遺伝子シグネチャースコアを得る、正規化するステップ；
（ｃ）遺伝子シグネチャーおよび腫瘍について遺伝子シグネチャースコアを基準スコアと比較するステップ；および
（ｄ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類するステップ；
を含み、
ここで、生成されたスコアが基準スコアと同等であるかより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、生成されたスコアが基準スコア未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する、方法を提供する。
【００６３】
いくつかの実施形態では、ステップ（ｂ）後に、本方法は、以下：
（ｉ）予め定義した乗算係数を使用して各正規化ＲＮＡ値を重み付けするステップ；
（ｉｉ）重み付けしたＲＮＡ発現レベルを付加して、重み付けした遺伝子シグネチャースコアを生成するステップ
をさらに含む。
【００６４】
いくつかの実施形態では、一連の正規化遺伝子は、約１０〜約１２のハウスキーピング遺伝子、または約３０〜４０のハウスキーピング遺伝子を含む。
【００６５】
別の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍の抗腫瘍応答のバイオマーカーシグネチャーの有無について患者から取り出した腫瘍の試料を試験する方法であって、以下：
（ａ）バイオマーカープラットフォーム中の各バイオマーカーについて腫瘍試料中の未加工のバイオマーカーレベルを測定するステップであって、ここで、バイオマーカープラットフォームが、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される一連の臨床応答バイオマーカーおよび一連の正規化バイオマーカーを含み、ここで、必要に応じて、約８０％または約９０％の臨床応答バイオマーカーが、抗腫瘍応答と正に相関する腫瘍内バイオマーカーレベルを示す、測定するステップ；
（ｂ）正規化バイオマーカーの実測バイオマーカーレベルを使用して、実測の未加工のバイオマーカーレベルを腫瘍試料について予め定義したバイオマーカーシグネチャー中の各臨床応答バイオマーカーに対して正規化するステップであって、ここで、予め定義したバイオマーカーシグネチャーが少なくとも２つの臨床応答バイオマーカーからなる、正規化するステップ；
（ｃ）腫瘍について正規化されたバイオマーカーレベルを一連の基準バイオマーカーレベルと比較するステップ；および
（ｄ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類するステップ；
を含み、
ここで、正規化されたバイオマーカーレベルが基準バイオマーカーレベルと同等であるかより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、正規化されたバイオマーカーレベルが基準バイオマーカーレベル未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する、方法を提供する。
【００６６】
いくつかの実施形態では、一連の正規化バイオマーカーは、約１０〜約１２のハウスキーピング遺伝子、または約３０〜４０のハウスキーピング遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞レベルを、ＣＤ８Ａおよび／またはＣＤ８Ｂ発現によって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比を、ＣＤ８Ａおよび／またはＣＤ８Ｂと比較したＦｏｘＰ３の発現レベルの決定によって測定する。
【００６７】
別の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍の抗腫瘍応答のバイオマーカーシグネチャーの有無について患者から取り出した腫瘍の試料を試験するためのシステムであって、以下：
（ｉ）バイオマーカープラットフォーム中の未加工のバイオマーカーレベルを測定するための試料分析器であって、ここで、バイオマーカープラットフォームが、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される一連の臨床応答バイオマーカー；および一連の正規化バイオマーカーからなる、試料分析器；および
（ｉｉ）コンピュータプログラムであって、実測バイオマーカーレベルを受け取って解析して、
（ａ）実測正規化バイオマーカーレベルを使用して、腫瘍についての予め定義したバイオマーカーシグネチャー中の各臨床応答バイオマーカーに対して実測の未加工のバイオマーカーレベルを正規化し；
（ｂ）生成されたバイオマーカーレベルをバイオマーカーシグネチャーおよび腫瘍の基準レベルと比較し；そして
（ｃ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類し、ここで、生成されたスコアが基準スコアと同等であるかより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、生成されたスコアが基準スコア未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する、
コンピュータプログラム
を含むシステムを提供する。
【００６８】
別の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍の抗腫瘍応答のバイオマーカーシグネチャーの有無について患者から取り出した腫瘍の試料を試験するためのシステムであって、以下：
（ｉ）バイオマーカープラットフォーム中の未加工のバイオマーカーレベルを測定するための試料分析器であって、ここで、バイオマーカープラットフォームが、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される一連の臨床応答バイオマーカー；および一連の正規化バイオマーカーからなる、試料分析器；および
（ｉｉ）コンピュータプログラムであって、実測バイオマーカーレベルを受け取って解析して、
（ａ）実測正規化バイオマーカーレベルを使用して、腫瘍についての予め定義したバイオマーカーシグネチャー中の各臨床応答バイオマーカーに対して実測の未加工のバイオマーカーレベルを正規化し；
（ｂ）予め定義された乗算係数を使用して各正規化されたバイオマーカーレベルを重み付けし；
（ｃ）重み付けしたバイオマーカーレベルを付加してバイオマーカーシグネチャースコアを生成し；
（ｄ）生成されたスコアをバイオマーカーシグネチャーおよび腫瘍の基準スコアと比較し；そして
（ｅ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類し、ここで、生成されたスコアが基準スコアと同等であるかより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、生成されたスコアが基準スコア未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する、
コンピュータプログラム
を含むシステムを提供する。
【００６９】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、本明細書中に記載の遺伝子（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャー遺伝子、ＣＴＬシグネチャー遺伝子、抗原提示／プロセシングシグネチャー遺伝子、腫瘍炎症シグネチャー遺伝子、またはＰＤ−Ｌ１発現など）のＲＮＡ発現レベルを含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ３および／もしくはＫｉ６７、またはＣＤ４、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＬ１２、アルギナーゼ、ＦＡＰａｌｐｈａ、ＣＤ３３もしくはＣＤ１１ｂのレベルをさらに含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比のレベルまたはグランザイムＢレベルを含む。いくつかの実施形態では、かかるレベルを、免疫組織化学染色によって測定する。
【００７０】
別の態様では、本発明は、腫瘍に関連する遺伝子シグネチャーに対して正規化されたＲＮＡ発現スコアを得るために必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤で処置した患者由来の腫瘍試料をアッセイするためのキットであって、以下：
（ａ）各遺伝子によって発現される転写物に特異的に結合することができる一連のハイブリッド形成プローブ；および
（ｂ）各ハイブリッド形成プローブを用いて形成された特異的ハイブリッド形成複合体の数を定量するように設計された一連の試薬
を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、遺伝子シグネチャーは、２またはそれを超えるＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャー、ＣＴＬシグネチャー、抗原提示／プロセシングシグネチャー、腫瘍炎症シグネチャー、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される。
【００７１】
別の態様では、本発明は、腫瘍を有する患者を処置する方法であって、腫瘍の試料がバイオマーカー（遺伝子シグネチャーバイオマーカーなど）に対して陽性または陰性であるかを判定するステップ、および腫瘍がバイオマーカーに対して陽性である場合に、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤を患者に投与するステップ、および腫瘍がバイオマーカーに対して陰性である場合に、ＣＸＣＲ４阻害剤またはＰＤ−１アンタゴニストを含まないがん処置を被験体に施すステップを含み、ここで、バイオマーカー（遺伝子シグネチャーバイオマーカーなど）が、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される少なくとも２つの臨床応答バイオマーカーを含むバイオマーカー（例えば、遺伝子シグネチャーバイオマーカー）である、方法を提供する。いくつかの実施形態では、多遺伝子シグネチャースコア（ＩＦＮ−γ、ＣＴＬ、抗原提示／プロセシング、または腫瘍炎症シグネチャースコアなど）を、より予測に有用な遺伝子シグネチャースコアを計算するために、他の個別の遺伝子バイオマーカーと同一の群内で１つの「バイオマーカー」として使用することができる。
【００７２】
別の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する抗腫瘍応答と相関する遺伝子シグネチャーのシグネチャースコアを生成するために患者から取り出した腫瘍試料を試験する方法であって、以下：
（ａ）遺伝子シグネチャー中の各遺伝子および一連の正規化遺伝子中の各遺伝子について腫瘍試料中の未加工のＲＮＡレベルを測定するステップであって、ここで、遺伝子シグネチャーが、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１を含む、測定するステップ；
（ｂ）正規化遺伝子の実測ＲＮＡレベルを使用して、遺伝子シグネチャー中の各遺伝子に対して実測の未加工のＲＮＡレベルを正規化するステップ；
（ｃ）各正規化されたＲＮＡ値に一連の計算されたスコアリング重みを掛けて重み付けしたＲＮＡ発現値を生成するステップ；および
（ｄ）重み付けしたＲＮＡ発現値を付加して遺伝子シグネチャースコアを生成するステップ
を含む方法を提供する。
【００７３】
いくつかの実施形態では、多遺伝子シグネチャースコア（ＩＦＮ−γまたはＣＴＬシグネチャースコアなど）を、より予測に有用な遺伝子シグネチャースコアを計算するために、他の個別の遺伝子バイオマーカーと同一の群内で１つの「バイオマーカー」として使用することができる。いくつかの実施形態では、測定ステップは、組織試料からＲＮＡを単離すること、および組織試料を、ＲＮＡの遺伝子標的領域に特異的にハイブリッド形成するように設計された一連のプローブとインキュベートすることを含む。
がん処置におけるＣＸＣＲ４阻害剤および免疫治療剤の使用
【００７４】
以下に詳述するように、驚いたことに、必要に応じて免疫治療剤（ペムブロリズマブなど）と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤（Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６など）で患者のがん（転移性黒色腫など）を処置すると患者における抗腫瘍応答と相関する一連の臨床応答遺伝子が産生されることが見出された。
【００７５】
イピリムマブまたはＰＤ−１のアンタゴニストもしくは抗体などを使用したがんの免疫療法および標的療法は、広範な組織学的性質を有する転移性がんに対する持続応答を得ることができる。しかし、その適用性を広げるためには、いくつかの腫瘍における免疫応答の回避についての理解を進める必要がある。かかる機序を研究することは困難であり、これは免疫系とがん細胞との間の相互作用が連続的かつ動的であることを理由とし、これは、かかる機序が転移の発生によるがんの最初の確立から経時的に進化し、腫瘍が免疫系を回避できることを意味する。現在、免疫療法のみの使用では一次抵抗性機序、適応性抵抗性機序、または獲得抵抗性機序（「免疫回避」）によって妨害されるか無効にされ得ると理解されている。例えば、Ｓｈａｒｍａ，Ｐ．ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ２０１７，１６８，７０７−７２３（３０）を参照のこと。
【００７６】
最近の研究では、ＣＸＣＲ４／ＣＸＣＬ１２が、腫瘍微小環境中のエフェクターＴ細胞および制御性Ｔ細胞、ならびに骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の移動によって正常な免疫機能を遮断して血管形成を促進するためにがん細胞および周囲の間質細胞が使用する一次受容体−リガンド対であることが実証されている。がん細胞のＣＸＣＲ４過剰発現は、腫瘍の成長、侵襲、血管形成、転移、再発、および治療抵抗性に寄与する。したがって、ＣＸＣＲ４拮抗作用は、腫瘍−間質相互作用を破壊し、がん細胞を細胞傷害性薬剤に対して感作させ、そして／または腫瘍成長および転移性の負荷を軽減する手段を意味する。
【００７７】
ＣＸＣＲ４（Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン受容体タイプ４）は、広範な細胞型（正常な幹細胞、造血幹細胞（ＨＳＣ）、成熟リンパ球、および線維芽細胞が含まれる）上に発現するケモカイン受容体である（１）。ＣＸＣＬ１２（以前はＳＤＦ−１αと呼ばれていた）は、ＣＸＣＲ４の唯一のリガンドである。ＣＸＣＬ１２／ＣＸＣＲ４軸の主な生理学的機能には、胚発生（ＣＸＣＲ４−／−ノックアウト胚は子宮内で死亡する）中およびその後の傷害および炎症に対する応答の両方における幹細胞の遊走が含まれる。悪性疾患においてＣＸＣＲ４／ＣＸＣＬ１２が複数の役割を果たす可能性を示す証拠が増加している。一方または両方の因子の直接的な発現がいくつかの腫瘍タイプで認められている。ＣＸＣＬ１２は、がん関連線維芽細胞（ＣＡＦ）によって発現され、しばしばＴＭＥ中に高濃度で存在する。広範な腫瘍タイプ（乳房、卵巣、腎臓、肺の腫瘍、および黒色腫が含まれる）の臨床研究では、ＣＸＣＲ４／ＣＸＣＬ１２の発現は、予後不良およびＣＸＣＬ１２発現部位であるリンパ節、肺、肝臓、および脳への転移リスクの増加に関連している（２）。ＣＸＣＲ４は、黒色腫細胞上、特に黒色腫幹細胞を示すと考えられるＣＤ１３３＋集団上に頻繁に発現し（２、３）、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験およびマウスモデルにおいてＣＸＣＬ１２がこれらの細胞に対して走化性を示すことが証明されている（４）。
【００７８】
ペムブロリズマブは、ＰＤ−１とそのリガンド（ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２）との間の相互作用を遮断するヒト化ＩｇＧ４κモノクローナル抗体である（１１）。ペムブロリズマブは、チェックポイントモジュレーター（ＣＰＭ）と呼ばれる振興の免疫治療物質クラスに属する。これらの薬剤は、複数のタイプの悪性疾患において、通常は感染および他の状況における免疫系の過剰活性化を防止するための「チェックポイント」として作用する逆調節機構を活用することによって腫瘍が宿主の抗腫瘍免疫応答を抑制するという所見に基づいて開発されている。黒色腫の場合、ＰＤ−Ｌ１は、ＴＭＥ内の細胞によって発現され、ＰＤ−１（ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞上の膜関連受容体）に結合し、細胞傷害性Ｔ細胞の死滅能力を低下させる抑制シグナル伝達を誘発する。
【００７９】
ペムブロリズマブは、現在、切除不能黒色腫または転移性黒色腫の処置についてＦＤＡの承認を受けている。第３相臨床試験では、客観的奏効率は、イピリムマブの１２％と比較して３３％であった（Ｐ＜０．００１）（１１）。初期の研究における処置前および処置中の腫瘍試料の分析により、臨床応答が腫瘍実質（中心）中のＣＤ８＋Ｔ細胞の密度の増加に関連する一方で、疾患の進行は持続性の低レベルのこれらの細胞に関連することが実証された（１２）。自然発症膵臓腺癌のマウスモデルでは、抗ＰＤ−Ｌ１の投与にも関わらず腫瘍が持続性に成長するのは、同様に、腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞が末梢循環中に存在するにもかかわらずＴＭＥに侵入できないことに関連する（７）。この免疫抑制表現型は、ＣＡＦによるＣＸＣＬ１２産生に関連していた。さらに、ＣＸＣＲ４アンタゴニスト（ＡＭＤ３１００）を投与すると、がん細胞の間での急速なＴ細胞蓄積が誘導され、抗ＰＤ−Ｌ１と組み合わせると、腫瘍成長が相乗的に減少した。
【００８０】
多数の所見により、血管形成阻害剤に対する腫瘍応答性の欠如（または喪失）（「血管形成回避」とも呼ばれる）におけるＣＸＣＬ１２／ＣＸＣＲ４軸の寄与が関連付けられている。動物がんモデルでは、ＣＸＣＲ４機能を干渉すると腫瘍微小環境（ＴＭＥ）が破壊され、複数の機序（腫瘍再脈管化の排除（１９、２０）およびＣＤ８＋Ｔ細胞のＴｒｅｇ細胞に対する比の増加（１９、２１、２２）が含まれる）によって免疫攻撃に腫瘍が曝露されることが実証されている。これらの効果により、全身腫瘍組織量が有意に減少し、異種移植片、同系、およびトランスジェニックのがんモデルにおける全生存が増加した（１９、２１、２０）。
【００８１】
Ｘ４Ｐ−００１（以前はＡＭＤ１１０７０と命名されていた）は、強力で経口投与可能なＣＸＣＲ４アンタゴニストであり（２３）、固形腫瘍モデルおよび液性腫瘍モデルにおいて活性が実証されており（２４および非公開データ）、以前に（ＡＭＤ０７０およびＡＭＤ１１０７０という名称の下で）合計で７１の健康なボランティア（２３，２５，２６）およびＨＩＶ感染被験体（２７，２８）が参加する第１相および第２ａ相の臨床試験が行われていた。これらの研究では、３．５日間にわたる４００ｍｇまでのＢＩＤ（健康なボランティア）および８〜１０日間にわたる２００ｍｇのＢＩＤ（健康なボランティアおよびＨＩＶ患者）を経口投与したところ高い忍容性が認められ、有害事象のパターンや臨床的に有意な臨床検査値の変化がなかったことが実証された。これらの研究ではまた、循環白血球（ＷＢＣ）の用量および濃度に関連する変化を伴う薬力学的活性；および高分布容積（ＶＬ）が実証され、組織浸透度の高さが示唆された。
【００８２】
Ｘ４−１３６（以前はＡＭＤ１２１１８と命名されていた）はまた、強力で経口投与可能なＣＸＣＲ４アンタゴニストである。
【００８３】
プレリキサフォル（以前はＡＭＤ３１００と命名されており、現在はモゾビル（登録商標）として上市されている）は、現在ＦＤＡで承認されている唯一のＣＸＣＲ４アンタゴニストである。プレリキサフォルは皮下注射によって投与され、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）および多発性骨髄腫（ＭＭ）の患者において採取およびその後の自家移植のために造血幹細胞（ＨＳＣ）を末梢血に動員するための顆粒球−コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）と組み合わせた使用について承認されている。
【００８４】
Ｘ４Ｐ−００１およびプレリキサフォルの両方は、黒色腫、腎細胞癌、および卵巣がんのマウスモデルで研究されており、有意な抗腫瘍活性（転移の減少および全生存の増加が含まれる）が実証されている（６）。処置の効果は、ＴＭＥ中の骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の存在の減少および腫瘍特異的ＣＤ８＋エフェクター細胞の存在の増加に関連している（７、８）。
【００８５】
いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤は、プレリキサフォル；ＵＳＬ−３１１（米国特許第９，３５３，０８６号）、ウロクプルマブ（ＢＭＳ−９３６５６４；Ｋａｓｈｙａｐ，Ｍ．Ｋ．ｅｔ  ａｌ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ  ７：２８０９−２２（２０１６））、ＢＬ−８０４０（ＢＫＴ−１４０；Ｍｕｋｈｔａ，Ｅ．ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｔｈｅｒ．１３（２）：２７５−８４（２０１４））、Ｔ−１４０（Ｊａｃｏｂｓｏｎ，Ｏ．ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｍｅｄ．５１（１１）：１７９６−１８０４（２０１０），Ｔａｍａｍｕｒａ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．ＦＥＢＳ  ５６９：９９−１０４（２００４））、ＬＹ２５１０９２４（Ｇａｌｓｋｙ，Ｍ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０（１３）：３５８１−８８（２０１４））、ＴＧ−００５４（ブリキサホル；ＮＣＴ００８２２３４１）、ＰＯＬ６３２６（バリキサホルチド；ＮＣＴ０１９０５４７５）、ＰＲＸ１７７５６１（Ｇｒａｖｉｎａ，Ｇ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．Ｔｕｍｏｒ  Ｂｉｏｌ．３９（６）：１−１７（２０１７））、ＰＦ−０６７４７１４３（Ｚｈａｎｇ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．７：７３０５（２０１７））、化合物３など（Ｌｉ，Ｚ．ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１４９：３０−４４（２０１７））、ＧＭＩ−１３５９（ＷＯ  ２０１６／０８９８７２）、化合物Ｉｑ、ＩＩｊなど（Ｂａｉ，Ｒ．ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３６：３６０−７１（２０１７））、化合物４９ｂなど（Ｚｈａｏ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ．２５（２１）：４９５０−５５（２０１５））、およびＦ−５００６７（５１５Ｈ７；２２ｎｄ  ＥＯＲＴＣ−ＮＣＩ−ＡＡＣＲ  Ｓｙｍｐ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔａｒｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ（Ｂｅｒｌｉｎ），２０１０，Ａｂｓ  ２２５＆２４１）から選択される。
【００８６】
いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を投与すると黒色腫腫瘍細胞の間でＣＤ８＋Ｔ細胞密度が増加し、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を免疫チェックポイントモジュレーター（例えば、ペムブロリズマブ）などのさらなるがん治療と組み合わせて投与した場合にこの効果が持続すると考えられる。Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６は体内で高い忍容性が認められ、身体が頑強な抗腫瘍免疫応答を開始する能力を高めることができるので、複数の腫瘍タイプにおいてチェックポイントモジュレーターなどのさらなるがん治療と組み合わせてＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を投与すると、客観的奏効率、永続的な長期応答の頻度、および全生存を実質的に増加させることができる。
【００８７】
ＣＸＣＲ４標的薬が骨髄および他の通常の増殖細胞集団における細胞周期の停止を誘導するとは予想されないので、かかる結果は比較上毒性がほとんどなく達成されるとさらに考えられる。したがって、本発明は、ＣＸＣＲ４阻害剤Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６の毒性の低さならびに一定のがんにおけるＭＤＳＣの輸送、分化、および腫瘍細胞遺伝子発現に対する効果を利用して、処置成績に大きな利点を提供する。
【００８８】
例えば、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６によるＣＸＣＲ４拮抗作用を使用して、進行性黒色腫および他のがんの患者を複数の機序によって処置することができる。ＷＯ２０１７／１２７８１１号（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと。一定の実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を投与すると、ＣＤ８＋Ｔ細胞密度が増加し、それにより、例えば、黒色腫などの腫瘍のＴ細胞浸潤を介して抗腫瘍免疫攻撃が増加する。一定の実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を投与すると、血管新生および腫瘍血管供給がさらに減少し；ＣＸＣＲ４およびその唯一のリガンドＣＸＣＬ１２の両方の腫瘍による発現増加の自己分泌効果を干渉し、それにより、がん細胞の転移が軽減する可能性がある。
【００８９】
いくつかの実施形態では、進行形態のがん（転移性黒色腫などの黒色腫または転移性非小細胞肺がんなどの肺がんが含まれる）の患者を、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６で、単剤（単剤療法）としてか、免疫チェックポイント阻害剤（ペムブロリズマブなど）と組み合わせて処置する。ペムブロリズマブは、ＰＤ−１の抗体であり、プログラム細胞死１受容体（ＰＤ−１）に結合し、阻害性リガンドＰＤ−Ｌ１への前述の受容体の結合を防止し、腫瘍が宿主の抗腫瘍免疫応答を抑制する能力を凌駕し、免疫チェックポイント阻害剤と呼ばれている。
【００９０】
いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、２つの医薬の組み合わせにより、身体が頑強な抗腫瘍免疫応答を開始する能力を高めることによって患者の処置成績をさらに改善することができると考えられる。
【００９１】
１つの態様では、本発明は、黒色腫患者の母集団由来のうちのどの黒色腫患者が必要に応じてチェックポイント阻害剤（ペムブロリズマブなど）と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩もしくはその医薬組成物での処置から恩恵をうける可能性が高い（例えば、平均より高い可能性が高い）かを選択するか予測する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、有効量の１またはそれを超えるさらなる治療剤（本明細書中に記載の治療剤など）を同時投与するか順次投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、１つのさらなる治療剤を同時投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、２つのさらなる治療剤を同時投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６、およびさらなる治療剤または複数の治療剤の組み合わせは、がんの免疫回避および／または血管形成回避を防止または軽減するように相乗的に作用する。いくつかの実施形態では、患者は、別の抗がん剤（アジュバント療法または免疫療法など）を以前に受けていた。いくつかの実施形態では、がんは不応性である。いくつかの実施形態では、さらなる治療剤はペムブロリズマブである。
【００９２】
ネオアジュバント化学療法および免疫療法の利点は、いくつかの手術可能ながんで実証されている。アジュバント療法と比較して、局所進行がんおよび局部進行がんの患者におけるネオアジュバント療法は、（１）原発性腫瘍および転移性腫瘍のサイズを低下させると断端陰性を達成する可能性が増加すること；（２）血管およびリンパ管が無傷のままで潜在的に有効な全身治療への腫瘍曝露が増加すること；および（３）ネオアジュバント療法後の術前および術中に腫瘍組織試料を採取して、腫瘍細胞、腫瘍微小環境（ＴＭＥ）、および免疫系に対する治療の効果がリアルタイムでｉｎ  ｖｉｖｏ査定されることなどのいくつかの潜在的な利点を有する。
【００９３】
いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を、絶食状態の患者に投与する。
【００９４】
いくつかの実施形態では、本発明は、固形腫瘍（黒色腫など）として存在するがんの患者を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、患者は、切除可能な黒色腫を有し、これは、患者の黒色腫が手術による除去に感受性を示すと見なされることを意味する。他の実施形態では、患者は、切除不可能な黒色腫を有し、これは、患者の黒色腫が手術による除去に感受性を示すと見なされていないことを意味する。
【００９５】
いくつかの実施形態では、本発明は、Ｘ４Ｐ−００１、Ｘ４−１３６、またはその薬学的に許容され得る塩および／もしくは組成物を投与するステップを含む進行がん（黒色腫または転移性黒色腫など）の処置を必要とする患者における進行がんの処置方法を提供する。一定の実施形態では、患者は、免疫チェックポイント阻害剤を以前に投与されていた。いくつかの実施形態では、患者は、ペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）、イピリムマブ（ｉｐｉｌｕｍｕｍａｂ）（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）；ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、およびアテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）からなる群から選択される免疫チェックポイント阻害剤を以前に投与されていた。いくつかの実施形態では、がんは、免疫チェックポイント阻害剤での処置後に不応性になった。いくつかの実施形態では、がんは、患者がチェックポイント阻害剤を以前に投与されていなかった場合でさえ、免疫チェックポイント阻害剤に不応性または抵抗性を示す。
【００９６】
一定の実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を、免疫チェックポイント阻害剤（本明細書中に記載のものなど）と同時投与する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１アンタゴニスト、ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト、およびＣＴＬＡ−４アンタゴニストから選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）；アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）；ピディリズマブ；アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ  ＫｇＡ）；デュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＤＲ００１；ＲＥＧＮ２８１０；またはペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ；以前はＭＫ−３４７５として公知）から選択される免疫治療薬と組み合わせて投与する。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を、ペムブロリズマブと組み合わせて投与する。
【００９７】
開発中の他の免疫チェックポイント阻害剤も、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６と組み合わせた使用に適切であり得る。これらには、アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａとしても公知、ＰＤ−Ｌ１に対するＩｇＧ１アイソタイプの完全にヒト化された改変抗体、非小細胞肺がんおよび進行性膀胱がん（進行性尿路上皮癌など）について臨床試験中）；およびがんの術後の再発を防止するためのアジュバント療法として；デュルバルマブ（Ａｓｔｒａ−Ｚｅｎｅｃａ）（ＭＥＤＩ４７３６としても公知、転移性乳がん、多発性骨髄腫、食道がん、骨髄異形成症候群、小細胞肺がん、頭頸部がん、腎がん、膠芽細胞腫、リンパ腫、および固形悪性疾患について臨床試験中）；ピディリズマブ（ＣｕｒｅＴｅｃｈ）（ＣＴ−０１１としても公知、ＰＤ−１に結合する抗体、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫および多発性骨髄腫について臨床試験中）；アベルマブ（Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃとしても公知、完全ヒトＩｇＧ１抗ＰＤ−Ｌ１抗体、非小細胞肺がん、メルケル細胞癌、中皮腫、固形腫瘍、腎がん、卵巣がん、膀胱がん、頭頸部がん、および胃がんについて臨床試験中）；ならびにＰＤＲ００１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）（ＰＤ−１に結合する抑制抗体、非小細胞肺がん、黒色腫、トリプルネガティブ乳がん、および進行性または転移性の固形腫瘍について臨床試験中）が含まれる。
【００９８】
本発明での使用に適切な他の免疫チェックポイント阻害剤には、ＲＥＧＮ２８１０（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）（基底細胞癌（ＮＣＴ０３１３２６３６）；ＮＳＣＬＣ（ＮＣＴ０３０８８５４０）；皮膚扁平上皮癌（ＮＣＴ０２７６０４９８）；リンパ腫（ＮＣＴ０２６５１６６２）；および黒色腫（ＮＣＴ０３００２３７６）の患者で試験された抗ＰＤ−１抗体）；ピディリズマブ（ＣｕｒｅＴｅｃｈ）（ＣＴ−０１１としても公知、ＰＤ−１に結合する抗体、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫および多発性骨髄腫について臨床試験中）；アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃとしても公知）（完全ヒトＩｇＧ１抗ＰＤ−Ｌ１抗体、非小細胞肺がん、メルケル細胞癌、中皮腫、固形腫瘍、腎がん、卵巣がん、膀胱がん、頭頸部がん、および胃がんについて臨床試験中）；ならびにＰＤＲ００１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）（ＰＤ−１に結合する抑制抗体、非小細胞肺がん、黒色腫、トリプルネガティブ乳がん、および進行性または転移性の固形腫瘍について臨床試験中）が含まれる。トレメリムマブ（ＣＰ−６７５，２０６；Ａｓｔｒａｚｅｎｅｃａ）は、ＣＴＬＡ−４に対する完全ヒトモノクローナル抗体であり、以下が含まれるいくつかの適応症について臨床試験で研究されている：中皮腫、結腸直腸がん、腎臓がん、乳がん、肺がんおよび非小細胞肺がん、膵管腺癌、膵臓がん、生殖細胞がん、扁平細胞頭頸部がん、肝細胞癌、前立腺がん、子宮内膜がん、肝臓における転移がん、肝臓がん、大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、卵巣がん、子宮頸がん、転移性未分化甲状腺がん、尿路上皮がん、ファロピウス管がん、多発性骨髄腫、膀胱がん、軟部組織肉腫、および黒色腫。ＡＧＥＮ−１８８４（Ａｇｅｎｕｓ）は、進行性固形腫瘍について第１相臨床試験（ＮＣＴ０２６９４８２２）で研究されている抗ＣＴＬＡ４抗体である。
【００９９】
ペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）は、プログラム細胞死（ＰＤ−１）受容体を標的にするヒト化抗体である。ペムブロリズマブの構造および他の性質は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｄｒｕｇｂａｎｋ．ｃａ／ｄｒｕｇｓ／ＤＢ０９０３７（閲覧日：２０１６年１月１８日、その開示が本明細書中で参考として援用される）に明記されている。ペムブロリズマブは、腫瘍がＰＤ−１を発現し、他の化学療法剤を用いた処置が失敗に終わった患者における切除不能黒色腫および転移性黒色腫、ならび転移性非小細胞肺がんの処置における使用が承認されている。さらに、ペムブロリズマブは、他の腫瘍学的適応症（固形腫瘍、胸部腫瘍、胸腺上皮性腫瘍、胸腺癌、白血病、卵巣がん、食道がん、小細胞肺がん、頭頸部がん、唾液腺がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、尿路上皮がん、子宮内膜がん、膀胱がん、子宮頸がん、ホルモン耐性前立腺がん、睾丸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎細胞がんおよび腎臓がん、膵臓腺癌および膵臓がん、胃腺癌、消化管がんおよび胃がん；脳腫瘍、悪性神経膠腫、膠芽細胞腫、神経芽細胞腫、リンパ腫、肉腫、中皮腫、呼吸器乳頭腫、骨髄異形成症候群、ならびに多発性骨髄腫が含まれる）について試験され、可能性のある処置と言及されている。
【０１００】
切除不能黒色腫または転移性黒色腫における第３相臨床試験では、客観的奏効率は、イピリムマブの１２％と比較して３３％であった（Ｐ＜０．００１）（１１）。初期の研究における処置前および処置中の腫瘍試料の分析により、臨床応答が腫瘍実質（中心）中のＣＤ８＋Ｔ細胞の密度の増加に関連する一方で、疾患の進行は持続性の低レベルのこれらの細胞に関連することが実証された（１２）。自然発症膵臓腺癌のマウスモデルでは、抗ＰＤ−Ｌ１の投与にも関わらず腫瘍が持続性に成長するのは、同様に、腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞が末梢循環中に存在するにもかかわらずＴＭＥに侵入できないことに関連する（７）。この免疫抑制表現型は、ＣＡＦによるＣＸＣＬ１２産生に関連していた。黒色腫の腫瘍細胞の間のＣＤ８＋Ｔ細胞密度の増加により、複数の腫瘍型においてペムブロリズマブまたは他のチェックポイントモジュレーターと組み合わせてＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を投与すると、客観的奏効率、永続的な長期応答の頻度、および全生存を実質的に増加させることができる。
【０１０１】
切除不能黒色腫または転移性黒色腫のための現在の処方表示では、推奨される一連のペムブロリズマブ投与は、３週間毎に３０分間の静脈内注入としての２ｍｇ／ｋｇである。臨床医の裁量で、個体耐性に応じて、ペムブロリズマブの処方用量を、２１日毎に１０ｍｇ／ｋｇまたは１４日毎に１０ｍｇ／ｋｇに増加させることができる。臨床医の裁量で、処方情報と共に警告（ペムブロリズマブの投与を中断することができること、または重要な有害作用がある場合は減量すること）を提供する。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含む、患者において転移性黒色腫を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、黒色腫は、切除可能および転移性である。他の実施形態では、黒色腫は、切除不能および転移性である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含む、患者において切除可能転移性黒色腫を処置する方法を提供する。本発明の処置の完了後、切除手術を行うことができる。他の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含む、患者において切除不能転移性黒色腫を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。本発明の処置の完了後、患者は処置を担当する臨床医の裁量にしたがってペムブロリズマブまたは別の治療を用いた標準的治療（ＳＯＣ）を継続することができ、かかる処置には、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩でのさらなる処置が含まれ得る。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、本発明は、難治性がんの処置を必要とする患者における難治性がんを処置する方法であって、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、難治性がんは、ＰＤ−Ｌ１を発現する転移性黒色腫である。いくつかの実施形態では、転移性黒色腫は、ＰＤ−Ｌ１を発現し、患者がＸ４Ｐ−００１やＸ４−１３６を受けていないが、化学療法または免疫チェックポイント阻害剤での処置を受けた後に疾患の進行を示す。いくつかの実施形態では、難治性がんは、ＰＤ−Ｌ１を発現し、白金含有化学療法後に疾患が進行する転移性非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、難治性がんは転移性黒色腫であり、免疫チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、提供した方法は、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を絶食状態の患者に投与するステップ、および免疫チェックポイント阻害剤を絶食状態の患者または摂食状態の患者に投与するステップを含む。
【０１０６】
一定の実施形態では、本発明は、がんの処置を必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含み、患者から生物試料を得て、疾患関連バイオマーカーの量を測定するステップをさらに含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、生物試料は、血液試料または皮膚パンチ生検である。一定の実施形態では、疾患関連バイオマーカーは、循環ＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１の血漿レベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、１またはそれを超えるＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現である。
【０１０７】
一定の実施形態では、本発明は、進行がん（黒色腫または非小細胞肺がんなど）の処置を必要とする患者における進行がんを処置する方法であって、ペムブロリズマブと組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含み、患者から生物試料を得て、疾患関連バイオマーカーの量を測定するステップをさらに含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、生物試料は、血液試料または皮膚パンチ生検である。一定の実施形態では、疾患関連バイオマーカーは、循環ＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１の血漿レベルである。いくつかの実施形態では、疾患関連バイオマーカーは、１またはそれを超えるＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、および／またはＰＤ−Ｌ１発現である。
【０１０８】
本発明の他の実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与する。免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、またはＣＴＬＡ−４に対する抗体であり得る。一定の実施形態では、免疫チェックポイントアンタゴニストは、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、およびイピリムマブからなる群から選択される。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、本発明は、がんの処置を必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を患者に投与するステップを含み、ここで、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩および免疫チェックポイント阻害剤が相乗的に作用する、方法を提供する。当業者は、活性薬剤（Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６、および免疫チェックポイント阻害剤など）が、活性薬剤を組み合わせると相加効果よりも高い効果が得られる場合に相乗的に作用すると認識するであろう。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、本発明は、がんの感作を必要とする患者におけるがんを感作する方法であって、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤（Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩など）を患者に投与するステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、方法は、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を、免疫チェックポイント阻害剤での処置前に患者に投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、がんは固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、方法は、患者のがんまたは固形腫瘍の生検などの患者の腫瘍試料（免疫チェックポイント阻害剤での処置に対する感受性についてのバイオマーカーのベースライン測定値）を最初に得るステップ、およびベースライン測定値を免疫チェックポイント阻害剤での処置についての予め確立された閾値と比較するステップを含む。ベースライン測定値が免疫チェックポイント阻害剤での処置に対する感受性についてのバイオマーカーの予め確立された閾値を満たさない場合、患者を、測定値を変化させて予め確立された閾値を満たすようにベースライン測定値を望ましく変化させる（例えば、場合によって増加または減少させる）効果を有するＣＸＣＲ４阻害剤（Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩など）で処置する。患者をＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩で処置し、予め確立された閾値を満たすことが見出された後、患者を、免疫チェックポイント阻害剤（ＰＤ−１阻害剤またはＰＤ−Ｌ１阻害剤など）で処置する。
【０１１１】
患者の変化した測定値が予め確立された閾値を満たさない場合でさえ、患者が依然として免疫チェックポイント阻害剤での処置から恩恵を受け得ると見なされる場合に、処置を担当する臨床医が臨床医の裁量にて免疫チェックポイント阻害剤で患者を処置することも本発明の範囲内にある。あるいは、処置を担当する臨床医は、予め確立された閾値を達成するために、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩での患者の処置を継続し、患者のバイオマーカーレベルのモニタリングを継続することができる。処置を担当する臨床医が臨床医の裁量で、患者の処置計画を変更することや、処置を完全に中断することも本発明の範囲内にある。
【０１１２】
本発明で有用な免疫チェックポイント阻害剤には、例えば、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ（ｉｐｉｌｕｍｕｍａｂ）、およびピディリズマブが含まれる。
【０１１３】
一定の実施形態では、バイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。他の実施形態では、バイオマーカーは、関連する経路または遺伝子についての遺伝子シグネチャーを含む。一定の実施形態では、バイオマーカーは、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）の遺伝子シグネチャーを含み、これは、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＤＯ１、またはＳＴＡＴ１から選択されるいくつかまたは全ての遺伝子の発現レベルに基づいた遺伝子シグネチャーであり得る。いくつかの実施形態では、遺伝子シグネチャーは、６つ全ての遺伝子ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＤＯ１、およびＳＴＡＴ１を含む。一定の実施形態では、事前に確立された閾値が、添付文書中、包装上、またはＣＸＣＲ４阻害剤もしくは前述の免疫チェックポイント阻害剤に関連するウェブサイト上に含まれる処方情報に組み込まれている。
【０１１４】
本発明によって提供される種々のがんを処置することができる。いくつかの実施形態では、がんは、肝細胞癌、卵巣がん、卵巣上皮がん、ファロピウス管がん；乳頭状漿液性嚢胞腺癌もしくは子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）；前立腺がん；睾丸がん；胆嚢がん；肝臓胆管癌；軟部組織および骨滑膜肉腫；横紋筋肉腫；骨肉腫；軟骨肉腫；ユーイング肉腫；未分化甲状腺がん；副腎皮質腺腫；膵臓がん；膵管癌または膵臓腺癌；消化管／胃（ＧＩＳＴ）がん（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ／ｓｔｏｍａｃｈ（ＧＩＳＴ）ｃａｎｃｅｒ）；リンパ腫；頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）；唾液腺がん；神経膠腫、もしくは脳がん；神経線維腫症−１関連悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）；ワルデンシュトレームマクログロブリン血症；または髄芽腫から選択される。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、がんは、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肝芽腫、結腸がん、直腸がん、卵巣がん、卵巣上皮がん、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）、肝臓胆管癌、軟部組織および骨滑膜肉腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、未分化甲状腺がん、副腎皮質腺腫、膵臓がん、膵管癌、膵臓腺癌、神経膠腫、神経線維腫症−１関連悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、または髄芽腫から選択される。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、本発明は、固形腫瘍（肉腫、癌、またはリンパ腫など）として現れるがんを処置する方法であって、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を必要とする患者に投与するステップを含む、方法を提供する。固形腫瘍は、一般に、典型的には嚢腫や液体領域を含まない異常な組織塊を含む。いくつかの実施形態では、がんは、腎細胞癌、または腎臓がん；肝細胞癌（ＨＣＣ）もしくは肝芽腫、または肝臓がん；黒色腫；乳がん；結腸直腸癌、または結腸直腸がん；結腸がん；直腸がん；肛門がん；肺がん（非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）または小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）など）；卵巣がん、卵巣上皮がん、卵巣癌、またはファロピウス管がん；乳頭状漿液性嚢胞腺癌または子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）；前立腺がん；睾丸がん；胆嚢がん；肝臓胆管癌；軟部組織および骨滑膜肉腫；横紋筋肉腫；骨肉腫；軟骨肉腫；ユーイング肉腫；未分化甲状腺がん；副腎皮質癌；膵臓がん；膵管癌または膵臓腺癌；消化管／胃（ＧＩＳＴ）がん（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ／ｓｔｏｍａｃｈ（ＧＩＳＴ）ｃａｎｃｅｒ）；リンパ腫；頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）；唾液腺がん；神経膠腫または脳がん；神経線維腫症−１関連悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）；ワルデンシュトレームマクログロブリン血症；または髄芽腫から選択される。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、がんは、腎細胞癌、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肝芽腫、結腸直腸癌、結腸直腸がん、結腸がん、直腸がん、肛門がん、卵巣がん、卵巣上皮がん、卵巣癌、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）、肝臓胆管癌、軟部組織および骨滑膜肉腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、未分化甲状腺がん、副腎皮質癌、膵臓がん、膵管癌、膵臓腺癌、神経膠腫、脳がん、神経線維腫症−１関連悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、または髄芽腫から選択される。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、がんは、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肝芽腫、結腸がん、直腸がん、卵巣がん、卵巣上皮がん、卵巣癌、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）、肝臓胆管癌、軟部組織および骨滑膜肉腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、未分化甲状腺がん、副腎皮質癌、膵臓がん、膵管癌、膵臓腺癌、神経膠腫、神経線維腫症−１関連悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、または髄芽腫から選択される。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、がんは肝細胞癌（ＨＣＣ）である。いくつかの実施形態では、がんは肝芽腫である。いくつかの実施形態では、がんは結腸がんである。いくつかの実施形態では、がんは直腸がんである。いくつかの実施形態では、がんは、卵巣がんまたは卵巣癌である。いくつかの実施形態では、がんは卵巣上皮がんである。いくつかの実施形態では、がんはファロピウス管がんである。いくつかの実施形態では、がんは乳頭状漿液性嚢胞腺癌である。いくつかの実施形態では、がんは子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）である。いくつかの実施形態では、がんは肝臓胆管癌である。いくつかの実施形態では、がんは、軟部組織および骨滑膜肉腫である。いくつかの実施形態では、がんは横紋筋肉腫である。いくつかの実施形態では、がんは骨肉腫である。いくつかの実施形態では、がんは未分化甲状腺がんである。いくつかの実施形態では、がんは副腎皮質癌である。いくつかの実施形態では、がんは膵臓がんまたは膵管癌である。いくつかの実施形態では、がんは膵臓腺癌である。いくつかの実施形態では、がんは神経膠腫である。いくつかの実施形態では、がんは悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）である。いくつかの実施形態では、がんは神経線維腫症−１関連ＭＰＮＳＴである。いくつかの実施形態では、がんはワルデンシュトレームマクログロブリン血症である。いくつかの実施形態では、がんは髄芽腫である。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、本発明は、白血病または血液のがんから選択されるがんを処置する方法であって、必要に応じてさらなる治療剤（本明細書中に記載の治療剤など）と組み合わせた有効量のＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩もしくはその医薬組成物を必要とする患者に投与するステップを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、またはウイルス誘発性白血病から選択される。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、患者は、切除可能な固形腫瘍を有し、これは、患者の腫瘍が手術による除去に感受性を示すと見なされることを意味する。他の実施形態では、患者は、切除不能な固形腫瘍を有し、これは、患者の腫瘍が手術による全体または一部の除去に感受性を示すと見なされていないことを意味する。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、がんは進行がん（進行性腎臓がんまたは進行性腎細胞癌など）である。
疾患関連バイオマーカー
【０１２３】
がん研究は、一連の遺伝子の腫瘍内発現パターンの同定、腫瘍微小環境中の免疫関連細胞レベルの変化、または腫瘍微小環境中の他の変化によって改良され、これらは、本明細書中で、一般に、「バイオマーカー」と呼ばれるか、より具体的には、遺伝子発現パターンに関して、「遺伝子シグネチャー」、「遺伝子発現バイオマーカー」、または「分子シグネチャー」と呼ばれ、がんの特定のタイプまたはサブタイプの特徴を示し、臨床転帰に関連する。かかる関連によって臨床応答が予想される場合、バイオマーカーは、本明細書中に開示の処置レジメンから恩恵を受ける可能性がより高い（場合によっては、より低い）患者として患者を選択するか層別化する方法において有利に使用される。驚いたことに、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、および／またはＰＤ−Ｌ１発現のレベルを本明細書中に記載の方法（患者のがんを処置する方法、患者のがんを診断する方法、または転移性黒色腫などのがんの処置に対する患者の応答を予測する方法など）におけるバイオマーカーとして使用することができることをここに見出した。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、本明細書中に記載の遺伝子（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャー遺伝子、ＣＴＬシグネチャー遺伝子、抗原提示／プロセシングシグネチャー遺伝子、腫瘍炎症シグネチャー遺伝子、またはＰＤ−Ｌ１発現など）のＲＮＡ発現レベルを含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ３および／またはＫｉ６７のレベルをさらに含む。
【０１２４】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が固形腫瘍（例えば、進行性黒色腫または転移性黒色腫）などのがんにおけるグランザイムＢ（ＧＺＭＢ）発現を増加させることが見出された。グランザイムＢは、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、および細胞傷害性Ｔ細胞によって媒介される細胞死／アポトーシスに関連する。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、対照と比較して腫瘍におけるグランザイムＢ発現の増加が認められる。いくつかの実施形態では、がんは、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。
【０１２５】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が固形腫瘍（例えば、進行性黒色腫または転移性黒色腫）などのがん内のＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞の検出数を増加させることが見出された。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、対照と比較して腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＣＤ４＋Ｔ細胞の増加が認められる。他の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴｒｅｇ細胞に対する比の増加である。いくつかの実施形態では、増加は、免疫組織化学またはＣＤ８ＡおよびＣＤ８Ｂの一方または両方の発現レベルによって認められる。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６での処置を受けた患者由来の腫瘍試料におけるＣＤ８＋Ｔ細胞および／もしくはＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比の増加は、患者がＸ４Ｐ−００１のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブおよびペムブロリズマブ、またはかかるＰＤ−１アンタゴニストのバイオシミラーもしくはバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はニボルマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。
【０１２６】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が本明細書中で「ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャー」と呼ばれるＩＦＮ−γ関連遺伝子の１またはそれを超えるパネルを増加させることが見出された。いくつかの実施形態では、ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーは、対照と比較した腫瘍内の１またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの変化（すなわち、増減）、または前述の群全体としての正味の増減から選択される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＩＤＯ１である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＣＸＣＬ１０である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＣＸＣＬ９である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＨＬＡ−ＤＲＡである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＳＴＡＴ１である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーはＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、２またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、３またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、４またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、５またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、全てのＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、全てのＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの増加である。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１での処置を受けた患者由来の腫瘍試料における１、２、３、４、５、または全てのＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの増加は、患者がＸ４Ｐ−００１のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブおよびペムブロリズマブ、またはかかるＰＤ−１アンタゴニストのバイオシミラーもしくはバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はニボルマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーまたはその使用は、Ａｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃ���ｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ２０１７，１２７（８），２９３０−２９４０（２９）（「Ａｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１７）」）またはＷＯ２０１６／０９４３７７号（その各々が、本明細書中で参考として援用される）に記載のもののうちの１つである。
【０１２７】
理論に拘束されることを望まないが、基礎ＩＦＮ−ガンマシグネチャーの高さはチェックポイント阻害剤に対する応答見込みの高さに関連するので、ＣＸＣＲ４阻害剤がＩＦＮ−ガンマシグネチャーを増加させる場合、ＣＸＣＲ４処置はチェックポイント阻害剤に対する腫瘍の応答見込みを増加させると考えられる。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置は、腫瘍が免疫治療剤に対して応答する可能性がより高くなるように腫瘍微小環境をプライミングする。いくつかの実施形態では、腫瘍は、ＰＤ−１阻害剤での単剤療法には応答しないが、ＣＸＣＲ４阻害剤と組み合わせた場合にプライミングされる様になり、ＰＤ−１阻害剤に応答する。いくつかの実施形態では、腫瘍は、最初にＰＤ−１阻害剤または別のチェックポイント阻害剤に応答するが、不応になる。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後、腫瘍を、ＰＤ−１阻害剤または他の免疫治療剤で有効に処置することができる。
【０１２８】
他の実施形態では、バイオマーカーは、２、３、４、５、６、７、８、約１０、約２０、またはそれを超えるＩＬ２Ｒｇ；ＣＸＣＲ６；ＣＤ３ｄ；ＣＤ２；ＩＴＧＡＬ；ＴＡＧＡＰ；ＣＩＩＴＡ；ＨＬＡ−ＤＲＡ；ＰＴＰＲＣ；ＣＸＣＬ９；ＣＣＬ５；ＮＫＧ７；ＧＺＭＡ；ＰＲＦ１；ＣＣＲ５；ＣＤ３ｅ；ＧＺＭＫ；ＩＦＮＧ；ＨＬＡ−Ｅ；ＧＺＭＢ；ＰＤＣＤ１；ＳＬＡＭＦ６；ＣＸＣＬ１３；ＣＸＣＬ１０；ＩＤＯ１；ＬＡＧ３；ＳＴＡＴ１；およびＣＸＣＬ１１からなる拡大された２８遺伝子免疫シグネチャー；またはＩＦＮＧ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１、ＰＲＦ１、ＧＺＭＡ、およびＭＨＣＩＩ  ＨＬＡ−ＤＲＡを含む拡大された１０遺伝子ＩＦＮ−γシグネチャーである。Ａｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１７）。
【０１２９】
他の実施形態では、バイオマーカーは、本明細書中で「抗原提示／プロセシング遺伝子シグネチャー」と呼ばれる抗原提示／プロセション関連遺伝子の１またはそれを超えるパネルである。いくつかの実施形態では、抗原提示／プロセシング遺伝子シグネチャーは、対照と比較した腫瘍内の１またはそれを超えるＢ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、およびＴＡＰ２の変化（すなわち、増減）、または前述の群全体としての正味の増減から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１での処置を受けた患者由来の腫瘍試料における１、２、３、４、５、１０、１５、または全てのＢ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、およびＴＡＰ２の増加は、患者がＸ４Ｐ−００１のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。
【０１３０】
他の実施形態では、バイオマーカーは、本明細書中で「腫瘍炎症遺伝子シグネチャー」と呼ばれる腫瘍炎症関連遺伝子の１またはそれを超えるパネルである。いくつかの実施形態では、腫瘍炎症遺伝子シグネチャーは、対照と比較した腫瘍内の１またはそれを超えるＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、およびＴＩＧＩＴの変化（すなわち、増減）、または前述の群全体としての正味の増減から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１での処置を受けた患者由来の腫瘍試料における１、２、３、４、５、１０、１５、または全てのＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、およびＴＩＧＩＴの増加は、患者がＸ４Ｐ−００１のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。
【０１３１】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６がＴｒｅｇ細胞レベルを有意に増加させることなく固形腫瘍（例えば、進行性黒色腫または転移性黒色腫）などのがんを処置することが見出された。理論に拘束されることを望まないが、Ｔｒｅｇ細胞が免疫応答を阻害することから、このことは、腫瘍微小環境ではこの免疫制御応答が有意に増加し、それにより通常は腫瘍が宿主免疫を免れることを示すと考えられる。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、対照と比較した腫瘍内のＴｒｅｇレベルの維持または減少である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、Ｔｒｅｇレベルを決定する手段としての役割を果たすＦｏｘＰ３発現レベルである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、腫瘍微小環境中または腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞／ＦｏｘＰ３比の増加である。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６での処置を受けた患者由来の腫瘍試料におけるバイオマーカーの測定値の増加は、患者がＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブおよびペムブロリズマブ、またはかかるＰＤ−１アンタゴニストのバイオシミラーもしくはバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はニボルマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。
【０１３２】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が腫瘍内のマクロファージレベルを有意に調整することなく固形腫瘍（例えば、進行性黒色腫または転移性黒色腫）などのがんを処置することが見出された。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、対象と比較した腫瘍内のマクロファージレベルの維持または維持付近である。
【０１３３】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が腫瘍試料および腫瘍微小環境中のＰＤ−Ｌ１発現を増加させることが見出された。理論に拘束されることを望まないが、ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞がＰＤ−１発現Ｔ細胞と相互作用してＴ細胞活性化の減弱および免疫監視の回避を生じ、それにより、腫瘍に対する免疫応答を損なわせることが提案される。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１発現の増加である。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６での処置を受けた患者由来の腫瘍試料中のバイオマーカーの増加は、患者がＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブおよびペムブロリズマブ、またはかかるＰＤ−１アンタゴニストのバイオシミラーもしくはバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はニボルマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。
【０１３４】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が腫瘍試料または腫瘍微小環境中の本明細書中で「ＣＴＬシグネチャー」と呼ばれる細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）関連遺伝子の１またはそれを超えるパネルの遺伝子発現を増加させることが見出された。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＬシグネチャーの増加である。いくつかの実施形態では、ＣＴＬシグネチャーは、１またはそれを超えるＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、またはＰＲＦ１の増加を含む。いくつかの実施形態では、ＣＴＬシグネチャーは、２またはそれを超える、３またはそれを超える、４またはそれを超える、または各々のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、またはＰＲＦ１の増加を含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＬシグネチャーの総発現の正味の増加である。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６での処置を受けた患者由来の腫瘍試料中のバイオマーカーの増加は、患者がＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６のみまたは免疫治療剤（例えば、ＰＤ−１アンタゴニストなどのチェックポイント阻害剤）との組み合わせでの継続処置から恩恵を受ける見込みの増加と相関する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブおよびペムブロリズマブ、またはかかるＰＤ−１アンタゴニストのバイオシミラーもしくはバリアントから選択される。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はニボルマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤はペムブロリズマブである。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブのバイオシミラーまたはバリアントである。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍（進行性黒色腫または転移性黒色腫など）である。
【０１３５】
驚いたことに、Ｘ４Ｐ−００１およびＸ４−１３６が腫瘍試料および腫瘍微小環境中のバイオマーカーのＶＩＳＴＡパネルのレベルを調整することが見出された。本明細書中で使用される場合、「ＶＩＳＴＡパネル」は、ＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、およびＢ７Ｈ３バイオマーカーの組み合わせを指す。いくつかの実施形態では、ＶＩＳＴＡは、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤（Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４Ｐ−１３６など）での処置後に減少する。いくつかの実施形態では、ＶＩＳＴＡおよびＶＩＳＴＡパネルの１またはそれを超えるさらなるメンバーが調整される。いくつかの実施形態では、ＣＤ３は、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置後に増加する。
【０１３６】
本発明によれば、バイオマーカーを、ＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤での処置前、処置中、および／または処置後に測定し、次いで、臨床転帰、奏効率、予後、または他の予測もしくは解釈のための測定と相関させることができる。
【０１３７】
本発明のシステムおよび方法は、その一部が、複数の腫瘍タイプのための必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する抗腫瘍応答と相関する処置前の腫瘍内バイオマーカー（例えば、ＲＮＡの発現、レベル（「バイオマーカーシグネチャー」または「遺伝子シグネチャー」））を有する異なる一連の遺伝子を誘導するためのツールとして使用される、本明細書中で「バイオマーカー発現プラットフォーム」と呼ばれる一連の臨床応答バイオマーカー（例えば、遺伝子）および一連の正規化バイオマーカー（例えば、遺伝子）の組み合わせに基づく。このバイオマーカー発現プラットフォームは、シグネチャー中の個別のバイオマーカーの相対的寄与を相関に対して重み付けし、それにより、全てのバイオマーカー（遺伝子シグネチャー中の遺伝子など）の正規化されたバイオマーカーレベルの算術複合スコア（本明細書中で「遺伝子シグネチャースコア」と呼ばれる）を生成するスコアリングアルゴリズムを導くのに有用である。目的の同一の腫瘍タイプを有し、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤で処置された患者コホートについて得た遺伝子シグネチャースコアおよび抗腫瘍応答を比較することにより、処置に対して抗腫瘍応答を達成する可能性の高低にしたがって患者を分けるカットオフスコアを選択することができる。特定の腫瘍タイプについての予測シグネチャースコアを、本明細書中で遺伝子シグネチャーバイオマーカーと呼ぶ。本発明にしたがって導かれたバイオマーカーシグネチャーまたは遺伝子シグネチャーバイオマーカーの腫瘍試験で陽性と出る患者は、バイオマーカーシグネチャーまたは遺伝子シグネチャーバイオマーカーの腫瘍試験で陰性と出る患者よりも必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での治療から恩恵を受ける可能性が高い。
【０１３８】
したがって、第１の態様では、本発明は、必要に応じて少なくとも１つの目的の腫瘍タイプのＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する抗腫瘍応答が予測される遺伝子シグネチャーバイオマーカーを誘導する方法を提供する。この方法は、以下：（ａ）腫瘍タイプと診断された患者コホート内の各患者から処置前の腫瘍試料を得るステップ；（ｂ）コホート内の各患者について、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置後の抗腫瘍応答値を得るステップ；（ｃ）遺伝子発現プラットフォーム中の各遺伝子について各腫瘍試料中の未加工のＲＮＡレベルを測定するステップであって、ここで、遺伝子発現プラットフォームが一連の臨床応答遺伝子および一連の正規化遺伝子を含む、測定するステップ；（ｄ）各腫瘍試料について、正規化遺伝子の実測ＲＮＡレベルを使用して、実測の未加工のＲＮＡレベルの各々を臨床応答遺伝子に対して正規化するステップ；（ｅ）必要に応じて、各腫瘍試料および目的の遺伝子シグネチャー中の各遺伝子について、その遺伝子の予め定義された乗算係数を使用して、正規化されたＲＮＡ発現レベルを重み付けするステップ；（ｆ）必要に応じて、各腫瘍試料について、重み付けしたＲＮＡ発現レベルを付加して遺伝子シグネチャースコアを生成するステップ；および（ｇ）全ての腫瘍試料の正規化されたＲＮＡレベルまたは遺伝子シグネチャースコアとコホート内の全ての患者の抗腫瘍応答値を比較して、標的バイオマーカーの臨床的有用性判定基準を満たすために患者コホートを分割するＲＮＡレベルまたは遺伝子シグネチャースコアのカットオフをそれぞれ選択するステップを含む。１つの実施形態では、方法は、選択されたカットオフと同等であるかより高い遺伝子シグネチャースコアを有する腫瘍タイプの任意の腫瘍試料をバイオマーカー高と命名するステップおよび選択されたカットオフより低い遺伝子シグネチャースコアを有する腫瘍タイプの任意の腫瘍試料をバイオマーカー低と命名するステップをさらに含む。
【０１３９】
本発明者らは、上記の本発明の方法を使用して導いた遺伝子シグネチャーバイオマーカーが、例えば、バイオマーカー高の患者のみを必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤の臨床試験に選択的に参加させるためか、バイオマーカー高または負の状態に基づいて必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤の臨床試験の解析を層別化するか、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤での処置に対する患者の適格性を判断するための種々の臨床研究および患者の処置設定において有用であると予想する。
【０１４０】
したがって、第２の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍タイプの抗腫瘍応答の遺伝子シグネチャーバイオマーカーの有無について特定の腫瘍タイプと診断された患者から取り出した腫瘍試料を試験する方法を提供する。方法は、（ａ）遺伝子発現プラットフォーム中の各遺伝子について腫瘍試料中の未加工のＲＮＡレベルを測定するステップであって、ここで、遺伝子発現プラットフォームが、一連の臨床応答遺伝子および一連の正規化遺伝子を含む、測定するステップ；（ｂ）正規化遺伝子の実測ＲＮＡレベルを使用して、実測の未加工のＲＮＡレベルを、腫瘍タイプについて予め定義した遺伝子シグネチャー中の各臨床応答遺伝子に対して正規化するステップ；（ｃ）必要に応じて、予め定義した乗算係数を使用して各正規化されたＲＮＡ値を重み付けするステップ；（ｄ）必要に応じて、重み付けしたＲＮＡ発現レベルを付加して、遺伝子シグネチャースコアを生成するステップ；（ｅ）遺伝子シグネチャーおよび腫瘍タイプについて正規化されたＲＮＡレベルまたは生成されたスコアを基準スコアまたは基準ＲＮＡレベルと比較するステップ；および（ｆ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類するステップ；を含み、ここで、生成されたスコアが基準スコアと同等であるかより高いか、実測ＲＮＡレベルが基準ＲＮＡレベルより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、生成されたスコアが基準スコア未満であるか、実測ＲＮＡレベルが基準ＲＮＡレベル未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する。
【０１４１】
第３の態様では、本発明は、必要に応じてＰＤ−１アンタゴニストと組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する腫瘍タイプの抗腫瘍応答の遺伝子シグネチャーバイオマーカーの有無について特定の腫瘍タイプと診断された患者から取り出した腫瘍試料を試験するシステムを提供する。システムは、（ｉ）遺伝子発現プラットフォーム中の各遺伝子の未加工のＲＮＡ発現レベルを測定するための試料分析器であって、ここで、遺伝子発現プラットフォームが、一連の臨床応答遺伝子および一連の正規化遺伝子からなる、試料分析器、および（ｉｉ）コンピュータプログラムであって、実測ＲＮＡ発現レベルを受け取って解析して、（ａ）正規化遺伝子の実測ＲＮＡレベルを使用して、腫瘍タイプについての予め定義した遺伝子シグネチャー中の各臨床応答遺伝子に対して実測の未加工のＲＮＡレベルを正規化し；（ｂ）必要に応じて、予め定義した乗算係数を使用して各正規化されたＲＮＡ値を重み付けし；（ｃ）必要に応じて、重み付けしたＲＮＡ発現レベルを付加して遺伝子シグネチャースコアを生成し；（ｄ）遺伝子シグネチャーおよび腫瘍タイプについて正規化されたＲＮＡレベルまたは生成されたスコアを基準ＲＮＡレベルまたは基準スコアと比較し；（ｅ）腫瘍試料をバイオマーカー高またはバイオマーカー低に分類し、ここで、生成されたスコアが基準スコアと同等であるかより高いか、正規化ＲＮＡレベルが基準レベルより高い場合、腫瘍試料をバイオマーカー高に分類し、生成されたスコアが基準スコア未満であるか、正規化ＲＮＡレベルが基準レベル未満である場合、腫瘍試料をバイオマーカー低に分類する、コンピュータプログラムを含む。
【０１４２】
本発明の上記態様の各々では、遺伝子発現プラットフォーム中の臨床応答遺伝子は、（ａ）１を超える腫瘍タイプ中の正規化されたＲＮＡレベルに対する抗腫瘍応答と個別に相関し、（ｂ）各腫瘍タイプが実質的に類似する共分散パターンを集合的に生成する。一連の臨床応答遺伝子中の遺伝子の第１の部分集合は、抗腫瘍応答と正に相関する腫瘍内ＲＮＡレベルを示し、一方、一連の臨床応答遺伝子中の遺伝子の第２の部分集合についての腫瘍内ＲＮＡレベルは、抗腫瘍応答と負に相関する。１つの実施形態では、一連の臨床応答遺伝子は約２〜２５遺伝子を含む。
【０１４３】
本発明の上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、遺伝子発現プラットフォーム中の一連の正規化遺伝子は、異なる腫瘍タイプの複数の試料にわたって低分散の腫瘍内ＲＮＡレベルを個別に示し、異なる腫瘍タイプ中の臨床応答遺伝子の腫瘍内発現レベルの範囲にわたる腫瘍内ＲＮＡレベル範囲を集合的に示す遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、一連の正規化遺伝子は、約１０〜１２遺伝子を含む。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーまたは遺伝子シグネチャーまたは一連の正規化遺伝子は、ＷＯ２０１６／０９４３７７号（その開示が本明細書中で参考として援用される）に開示のものうちの１つである。
投薬量および製剤
【０１４５】
Ｘ４Ｐ−００１は、ＣＸＣＲ４アンタゴニストであり、分子式Ｃ２１Ｈ２７Ｎ５；分子量３４９．４８ａｍｕ；外観：白色から淡黄色固体；溶解性：ｐＨ３．０〜８．０の範囲で溶けやすく（＞１００ｍｇ／ｍＬ）、ｐＨ９．０でやや溶けにくく（１０．７ｍｇ／ｍＬ）、ｐＨ１０．０で溶けにくい（２．０ｍｇ／ｍＬ）。Ｘ４Ｐ−００１は、水にわずかしか溶解せず；融点は１０８．９°ΔＣである。
【０１４６】
Ｘ４−１３６は、分子式Ｃ２１Ｈ３０Ｎ４；および分子量３３８．５０ａｍｕのＣＸＣＲ４アンタゴニストである。
【０１４７】
一定の実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を含む組成物を、１日に約２００ｍｇ〜約１２００ｍｇの量で経口投与する。一定の実施形態では、投薬組成物を、分割投薬量でおよそ１２時間間隔にて１日２回提供することができる。他の実施形態では、投薬組成物を、１日１回提供することができる。Ｘ４Ｐ−００１の消失半減期は、一般に、約１２〜約２４時間、またはおよそ１４．５時間であると判断されている。経口投与のための投薬量は、約１００ｍｇ〜約１２００ｍｇを１日１回または２回であり得る。一定の実施形態では、本発明で有用なＸ４Ｐ−００１の投薬量は、１日に約２００ｍｇ〜約６００ｍｇである。他の実施形態では、本発明で有用なＸ４Ｐ−００１の投薬量は、一日に約４００ｍｇ〜約８００ｍｇ、約６００ｍｇ〜約１０００ｍｇまたは約８００ｍｇ〜約１２００ｍｇの範囲であり得る。一定の実施形態では、本発明は、約１０ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約７５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、または約１６００ｍｇのＸ４Ｐ−００１の量の投与を含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、提供した方法は、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を含む薬学的に許容され得る組成物を患者に投与するステップを含み、ここで、組成物は、経口投与のために製剤化される。一定の実施形態では、組成物は、経口投与のために錠剤またはカプセルの形態で製剤化される。いくつかの実施形態では、Ｘ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６を含む組成物は、経口投与のためにカプセルの形態で製剤化される。
【０１４９】
一定の実施形態では、提供した方法は、１００〜１２００ｍｇのＸ４Ｐ−００１またはＸ４−１３６（有効成分）；および１またはそれを超える薬学的に許容され得る賦形剤を含む１またはそれを超えるカプセルを患者に投与するステップを含む。
【０１５０】
一定の実施形態では、本発明は、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩、１またはそれを超える希釈剤、崩壊剤、潤滑剤、流動助剤、および湿潤剤を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、１０〜１２００ｍｇのＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩、微結晶性セルロース、リン酸二カルシウム二水和物、クロスカルメロースナトリウム、ナトリウムステアリルフマラート、コロイド状二酸化ケイ素、およびラウリル硫酸ナトリウムを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、単位投薬形態を提供し、ここで、前述の単位投薬形態は、１０〜２００ｍｇのＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩、微結晶性セルロース、リン酸二カルシウム二水和物、クロスカルメロースナトリウム、ナトリウムステアリルフマラート、コロイド状二酸化ケイ素、およびラウリル硫酸ナトリウムを含む組成物を含む。一定の実施形態では、本発明は、約１０ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約７５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、または約１６００ｍｇの量で存在するＸ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩を含む組成物を含む単位投薬形態を提供する。いくつかの実施形態では、提供した組成物（または単位投薬形態）を、１日１回、１日２回、１日３回、または１日４回患者に投与する。いくつかの実施形態では、提供した組成物（または単位投薬形態）を、１日１回または１日２回患者に投与する。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、本発明は、以下を含む組成物を含む単位投薬形態を提供する：
（ａ）Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩−組成物の約３０〜４０重量％；
（ｂ）微結晶性セルロース−組成物の約２０〜２５重量％；
（ｃ）リン酸二カルシウム二水和物−組成物の約３０〜３５重量％；
（ｄ）クロスカルメロースナトリウム−組成物の約５〜１０重量％；
（ｅ）ナトリウムステアリルフマラート−組成物の約０．５〜２重量％；
（ｆ）コロイド状二酸化ケイ素−組成物の約０．１〜１．０重量％；および
（ｇ）ラウリル硫酸ナトリウム−組成物の約０．１〜１．０重量％。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、本発明は、以下を含む組成物を含む単位投薬形態を提供する：
（ａ）Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩−組成物の約３７重量％；
（ｂ）微結晶性セルロース−組成物の約２３重量％；
（ｃ）リン酸二カルシウム二水和物−組成物の約３２重量％；
（ｄ）クロスカルメロースナトリウム−組成物の約６重量％；
（ｅ）ナトリウムステアリルフマラート−組成物の約１重量％；
（ｆ）コロイド状二酸化ケイ素−組成物の約０．３重量％；および
（ｇ）ラウリル硫酸ナトリウム−組成物の約０．５重量％。
【０１５３】
ペムブロリズマブは、切除不能黒色腫もしくは転移性黒色腫または転移性非小細胞肺がんの処置についてＦＤＡの承認を受けており、一般に、２ｍｇ／ｋｇの投薬量で静脈内注入として３週間毎に１回３０分間にわたって投与される。一般に、本発明で有用なペムブロリズマブまたは他の免疫チェックポイント阻害剤の量は、処置を受ける患者のサイズ、体重、年齢、および容態、障害または容態の重症度、ならびに処方担当医の裁量に依存するであろう。
【０１５４】
例えば、特定の疾患または容態の処置を目的として活性化合物の組み合わせを投与することが望ましいかもしれないので、２またはそれを超える医薬組成物（そのうちの少なくとも１つが本発明の化合物を含む）を、組成物の同時投与に適切なキットの形態で都合よく組み合わせることができることが本発明の範囲内にある。したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、２またはそれを超える個別の医薬組成物（そのうちの少なくとも１つが本発明の化合物を含む）および前述の組成物を個別に保持するための手段（容器、分離したボトル、または分離した箔小包など）を含むキットを提供する。かかるキットの例は、錠剤およびカプセルなどの包装のために使用される見慣れたブリスター包装である。
【０１５５】
本発明のキットは、異なる投薬形態の投与（例えば、経口および非経口）、異なる投薬間隔での個別の組成物の投与、または個別の組成物の相互の用量設定に特に適切である。服薬遵守を補助するために、キットは、典型的には、投与の説明書を含み、記憶を補助するものと共に提供することができる。
【０１５６】
以下の実施例は、本発明をより詳細に説明している。以下の調製物および例は、当業者が本発明をより明確に理解し、実施を可能にするために記載されている。しかし、本発明は、例示の実施形態によって本発明の範囲が制限されず、これらの実施形態は本発明の１つの態様の例示のみを意図し、機能的に等価な方法が本発明の範囲内にある。実際に、本明細書中に記載の実施形態に加えて、本発明の種々の修正形態が、前述の説明および添付の図面から当業者に明らかとなるであろう。かかる修正形態は、添付の特許請求の範囲の範囲内にあることが意図される。
【０１５７】
本明細書中に引用した各文書の内容は、その全体が本明細書中で参考として援用される。
【実施例】
【０１５８】
実施例１−ＣＤ８＋Ｔ細胞の測定
ＣＤ８＋Ｔ細胞集団の測定によって、本発明の有効性を部分的に査定することができる。ＣＤ８＋Ｔ細胞（ＣＤ８＋Ｔ浸潤リンパ球（ＴＩＬ）など）の拡大および密度を増大させることは、腫瘍の認識を高め、最終的に腫瘍細胞を死滅させるのに役立ち得る。Ｄｕｄｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，（２０１０）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１６：６１２２−６１３１。ＣＤ８＋Ｔ細胞を、Ｈｅｒｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９６），Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  １９１：１３１−１４２；Ｈｅｒｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０３：１４１−１５２；およびＳｃｈｅｉｂｅｎｂｏｇｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，（２０００）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２４４：８１−８９に記載の方法を利用して検出、単離、および定量することができる。これらの刊行物の各々の完全な開示は、本明細書中で参考として援用される。
実施例２−固形腫瘍患者における応答の評価基準
【０１５９】
固形腫瘍患者の処置に対する応答を、ＲＥＣＩＳＴ  １．１、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．、（２００９）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、４５：２２８−２４７（その完全な開示が、本明細書中で参考として援用される）に記載の基準を使用して評価することができる。
実施例３−ヒト黒色腫異種移植片モデル
【０１６０】
ヒトＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の存在、腫瘍微小環境中のＴｒｅｇの蓄積に対する本発明の効果、および、最終的には、転移性黒色腫に対する効果を査定するために、Ｓｐｒａｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．，５：２００ｒａ１１６に記載のように、ヒト黒色腫異種移植片モデルを使用することができる。ヒト免疫移植モデルも使用することができる。
実施例４−臨床処置レジメン−切除可能または切除不能な転移性黒色腫
【０１６１】
単剤療法としてか、チェックポイント阻害剤（ペムブロリズマブなど）と組み合わせたＸ４Ｐ−００１での処置を、サイクルで実施することができる（３週間サイクルまたは９週間サイクルなど）。一定の実施形態では、サイクルは、９週間である。１日に２００ｍｇ〜１２００ｍｇの所定用量のＸ４Ｐ−００１を、１日１回または分割用量で１日２回経口投与する。服薬計画および服薬時間近くの食物または飲料に関する要件の両方について患者に説明する。
【０１６２】
服薬計画。１日用量を朝一番に服用する。用量が分割されている場合、以下のガイドラインを使用して、第１の１日用量を午前中に服用し、第２の１日用量をその約１２時間後に服用する：
服薬は毎日同一の時間（複数可）±２時間に服薬すること。
１日２回服薬する場合、連続服薬の間隔は、９時間未満や１５時間超であってはならない。間隔が１５時間を超える場合、服薬を省略し、次の服薬時に通常の計画を再開すること。
食事制限。吸収は食事に影響を受けるので、患者は以下のように指示されるであろう：
午前中の服薬について
−深夜から服用時まで食事や飲料（水を除く）を摂取しないこと。
−服薬後２時間は食事や飲料（水を除く）を摂取しないこと。
第２の１日用量について（該当する場合）
−服薬前の１時間は食事や飲料（水を除く）を摂取しないこと。
−服薬後２時間は食事や飲料（水を除く）を摂取しないこと。
【０１６３】
ペムブロリズマブを、処方表示情報に従って投与する。Ｘ４Ｐ−００１およびペムブロリズマブの併用処置を行うことができ、１日目のＸ４Ｐ−００１の連日投与から開始する。ペムブロリズマブでの最初の処置は、クリニックへの４週目および７週目の来院で、２ｍｇ／ｋｇを３０分間にわたる静脈内注入で投与することである。患者は、臨床医の承認を得て、ペムブロリズマブの服薬計画または投薬量を変更することができる。
【０１６４】
Ｘ４Ｐ−００１および／またはペムブロリズマブの服薬を、適宜、臨床医が調整することができる。Ｘ４Ｐ−００１および／またはペムブロリズマブの用量を、臨床医の判断で低下させることができる。Ｘ４Ｐ−００１をペムブロリズマブと組み合わせて服用している患者がグレード２を超える有害事象を経験した場合、Ｘ４Ｐ−００１および／またはペムブロリズマブの用量を、臨床医の判断で低下させることができる。患者が最初の４週間の処置を首尾よく（すなわち、いかなるグレード２を超える有害事象も経験せずに）完了した場合、Ｘ４Ｐ−００１および／またはペムブロリズマブの１日用量を、臨床医の判断にしたがって増加させることができる。
【０１６５】
切除可能転移性黒色腫患者は、Ｘ４Ｐ−００１およびペムブロリズマブの組み合わせ処置後、典型的には、完全な切除またはできるだけ完全な切除を受け、再発のモニタリングを継続し、そして／または標準的治療（ＳＯＣ）処置を受けることができる。これはペムブロリズマブの継続使用を意味し得るか、臨床医の裁量によるいくつかの他の処置を意味し得る。切除不能転移性黒色腫患者は、処置後、ＳＯＣ処置を継続するであろう。かかるＳＯＣ処置は、ペムブロリズマブを用いるか用いないＸ４Ｐ−００１のさらなるレジメンを含んでも含まなくても良い。
処置に対する応答および病状の評価
【０１６６】
患者が切除可能疾患を有するかどうかを確認するために、患者のベースライン放射線学的査定を行う。処置の終了時に、同一の様式を使用して画像化を繰り返すであろう。
【０１６７】
最初の査定時に、患者は、悪性黒色腫（ＩＩＩ期（任意のサブステージ）またはＩＶ期（孤立性皮膚転移のみを有する）が含まれる）と診断される。患者は、皮膚／皮下病変（臨床的に生検されるものが含まれる）について査定される。
【０１６８】
３ｍｍ以上の皮膚／皮下病変は、病変の数、分布、および性状（例えば、結節性、一般的、黄斑、色素性など）を含めて、治験責任医師によって査定される。皮膚病変のサイズを、事象の計画に示すように取得した病変の写真（患者の研究識別番号および研究日を付した定規を含む）を使用して臨床的に判定する。来院毎にリンパ節を試験し、触知可能な節の位置およびサイズを記録する。
【０１６９】
皮膚／皮下疾患の臨床査定を、１日目、４週目、７週目のそれぞれで、示される場合、新規の兆候、症状、または検査所見に基づいて行う。査定は、理学的検査（リンパ節が含まれる）および全ての皮膚病変の写真（患者の研究番号および研究日を記した定規が含まれる）を含むであろう。
バイオマーカーの査定
【０１７０】
所望であれば、Ｘ４Ｐ−００１およびペムブロリズマブの血漿レベルについての血液試料の薬物動態学的査定を行うことができる。血液試料を、計画通りに採取する。例えば、試料を、１日目、４週目、および７週目に採取することができる。試料を、ＭＳ／ＭＳ検出器を備えた逆相高速液体クロマトグラフィ（ＲＰ−ＨＰＬＣ）を使用して、Ｘ４Ｐ−００１濃度について分析する。この生体分析法の有効範囲は、血漿中３０〜３，０００ｎｇ／ｍＬである。
【０１７１】
１日目の初期測定値をベースラインと指定する。４週目および７週目に、ＣＤ８＋Ｔ細胞を測定し、ベースラインと比較する。
【０１７２】
主な比較項目は、処置前生検対４週目およびＥＯＴの生検における腫瘍微小環境中の特定の細胞表現型の密度である。処置前に黒色腫の腫瘍実質中のＣＤ８＋Ｔ細胞／ｍｍ−２を測定する。
【０１７３】
ベースラインと比較した４週目の増加を、陽性応答と見なす。
【０１７４】
二次分析は、（ａ）４週目の生検対ＥＯＴ生検における細胞表現型の比較、（ｂ）末梢血単核球（ＰＢＭＣの表現型および血清バイオマーカーレベルの経時変化を含む。正規分布した連続変数を、ｔ検定およびＡＮＯＶＡ／ＡＮＣＯＶＡを適宜使用して解析する。正規分布しない変数を、ノンパラメトリック統計学によって解析する。分類変数については、フィッシャーの正確検定を使用する。
【０１７５】
ペムブロリズマブの薬物動態学的査定を、Ｐａｔｎａｉｋ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２１：４２８６−４２９３（その開示全体が、本明細書中で参考として具体的に援用される）に記載の技術などの技術を使用して実施することができる。
実施例５−バイオマーカーの測定
単一マーカーおよびマルチプレックス免疫蛍光（ｍＩＦ）
【０１７６】
単一マーカーＩＨＣ（ＣＤ８およびグランザイムＢ）およびマルチプレックスＩＨＣ染色を、ＨＡＬＯ（商標）空間解析ツールを使用して解析し、各検体の全腫瘍領域を記録した（Ｔｕｎｓｔａｌｌ，“Ｑｕａｎｔｉｆｙｉｎｇ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｔｕｍｏｒ  Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  Ｕｓｉｎｇ  ＨＡＬＯＴＭ  Ｓｐａｔｉａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌｓ，”Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏｔｅ，Ｊｕｌｙ  ２１６，（Ｉｎｄｉｃａ  Ｌａｂｓ）、２０１７年１１月１日閲覧、ｈｔｔｐｓ：／／ｔｈｅｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔ．ｃｏｍ／  ｆｉｌｅａｄｍｉｎ／ｉｓｓｕｅｓ／Ａｐｐ＿Ｎｏｔｅｓ／００１６−０１０−ｈａｌｏ−ａｐｐ−ｎｏｔｅ．ｐｄｆを参照のこと）。Ｓｈｅｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ  ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  ＩＨＣ  ａｎｄ  ｄｉｇｉｔａｌ  ｉｍａｇｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｔｏ  ｅｖａｌｕａｔｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｅｌｌ  ｃｏｎｔｅｎｔ  ａｎｄ  ｓｐａｔｉａｌ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｗｉｔｈｉｎ  ＮＳＣＬＣ  ｔｕｍｏｒ  ｔｉｓｓｕｅ”  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２０１７）７７（１３）Ｓｕｐｐ：Ａｂｓｔｒａｃｔ  ２９３７も参照のこと。ＣＤ８を、マウスモノクローナル抗体（ＤＡＫＯカタログ番号Ｍ７１０３、ロット番号２００２９５４２）を使用して測定した。標準的プロトコールにしたがって、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒを使用した。グランザイムＢについて、マウスモノクローナル抗体を使用した（ＤＡＫＯ  ＃Ｍ７２３５）。標準的プロトコールにしたがって、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒを使用した。
【０１７７】
単一マーカーＩＨＣを使用して、ＣＤ３、ＦｏｘＰ３、およびＫｉ６７も測定した。ＣＤ３について、ウサギポリクローナル抗体を使用した（ＤＡＫＯカタログ番号Ａ０４５２、ロット番号２００２００６９）。標準的プロトコールにしたがって、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒを使用した。ＦｏｘＰ３について、マウスモノクローナル抗体を使用した（Ａｂｃａｍカタログ番号ａｂ２００３４、ロット番号ＧＲ２５１４２４−１）。標準的プロトコールにしたがって、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒを使用した。Ｋｉ６７について、ウサギモノクローナル抗体を使用した（Ａｂｃａｍカタログ番号ａｂ１６６６７、ロット番号ＧＲ２６６２０７−２）。標準的プロトコールにしたがって、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒを使用した。図７は、ＨＡＬＯによって得られたバイオマーカーＣＤ８＋、ＣＤ３＋、およびＦｏｘＰ３についての単一マーカー免疫組織化学（ＩＨＣ）データのシグナル定量を示す。
患者の評価
【０１７８】
図１に示すように、ＣＤ８＋単一マーカーＩＨＣ染色剤で染色した転移性黒色腫のヒト腫瘍試料の写真は、Ｘ４Ｐ−００１とペムブロリズマブのとの組み合わせの服薬後の腫瘍微小環境中へのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の大きな増加を示していた。
マルチプレックス免疫蛍光（ｍＩＦ）
【０１７９】
ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片を、６０℃で１時間ベーキングした。スライドを脱パラフィン処理し、Ｌｅｉｃａ  ＢＯＮＤ  Ｒｘ染色装置（Ｌｅｉｃａ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）にて、脱パラフィン（脱パラフィン溶液）、抗原賦活化および抗体ストリッピング（エピトープ賦活化溶液２）、および各ステップ後のリンス（結合洗浄液）のためのＬｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ試薬を使用して染色した。高ストリンジェンシー洗浄を、高塩ＴＢＳＴ溶液（０．０５Ｍ  Ｔｒｉｓ、０．３Ｍ  ＮａＣｌ、および０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０、ｐＨ７．２〜７．６）を使用して、二次適用および三次適用後に行った。ＯＰＡＬ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  ＨＲＰ  Ｍｏｕｓｅ  ｐｌｕｓ  Ｒａｂｂｉｔ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ，Ｈｏｐｋｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）を、全ての二次適用のために使用した。
【表１】
2021502071.tif 000005
【０１８０】
抗原賦活化および抗体ストリッピングステップを、１００℃で行い、他の全てのステップを周囲温度で行った。内因性ペルオキシダーゼを、３％Ｈ２Ｏ２で８分間ブロックし、その後にＴＣＴ緩衝液（０．０５Ｍ  Ｔｒｉｓ、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、０．２５％カゼイン、０．１％  Ｔｗｅｅｎ２０、ｐＨ７．６＋／−０．１）で３０分間タンパク質をブロックした。第１の一次抗体（位置１）を６０分間適用後、二次抗体を１０分間適用し、三次ＴＳＡ増幅試薬（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＯＰＡＬ  ｆｌｕｏｒ）を１０分間適用した。一次抗体および二次抗体を、賦活化溶液で２０分間ストリッピングした後、３％Ｈ２Ｏ２の新規の適用から開始する第２の一次抗体（位置２）でこのプロセスを繰り返した。このプロセスを、６つ全ての位置が完了するまで繰り返した；しかし、第６の位置後はストリッピングステップを行わなかった。スライドを染色装置から取り出し、Ｓｐｅｃｔｒａｌ  ＤＡＰＩ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）で５分間染色し、５分間リンスし、Ｐｒｏｌｏｎｇ  Ｇｏｌｄ  Ａｎｔｉｆａｄｅ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ）を用いてカバーガラスをかけた。
【０１８１】
スライドを、室温で２４時間硬化させ、次いで、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  Ｖｅｃｔｒａ  ３．０  Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｉｍａｇｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍにて各スライドから代表的な画像を取得した。ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ｉｎＦｏｒｍソフトウェアを使用して画像をスペクトル非混合にし、ＨＡＬＯソフトウェア（Ｉｎｄｉｃａ  Ｌａｂｓ，Ｃｏｒｒａｌｅｓ，ＮＭ）における解析のためのマルチイメージＴＩＦＦとしてエクスポートした。
【０１８２】
全ての蛍光画像の取得後、スライドをＢｏｎｄ  Ｗａｓｈ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ中に一晩浸漬させることによってカバーガラスを穏やかに除去した後、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  Ｐｏｌｙｍｅｒ精製検出キット（Ｌｅｉｃａ  ＃ＤＳ９８００）を使用した発色染色のために湿ったスライドをＬｅｉｃａ  ＢＯＮＤ  Ｒｘ染色装置上に置いた；しかし、６０分間の一次抗体のインキュベーション前にＴＣＴの１０分間のブロッキングステップを追加した。Ｃｙｔｏｓｅａｌ  ＸＹＬ（Ｒｉｃｈａｒｄ−Ａｌｌａｎ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｋａｌａｍａｚｏｏ，ＭＩ）を用いてスライドにカバーガラスをかけ、Ａｐｅｒｉｏ  ＡＴ  Ｔｕｒｂｏ走査型顕微鏡（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｕβｌｏｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）にて２０倍の画像を取得した。
【表２】
2021502071.tif 000006
【０１８３】
次いで、画像の細胞解析を、ＨＡＬＯ画像解析ソフトウェア（Ｉｎｄｉｃａ  Ｌａｂｓ，Ｃｏｏａｌｅｓ，ＮＭ）を用いて解析した。細胞を核認識（ＤＡＰＩ染色剤）に基づいて可視化した後、ソフトウェアによって各細胞の推定細胞質領域の蛍光強度を測定した。バックグラウンドを超える平均強度閾値を使用して、細胞質内の各蛍光色素の陽性を判定し、それにより、細胞を各マーカーについて陽性または陰性のいずれであるかを定義した。次いで、陽性細胞データを使用して共存集団を定義し、最近隣空間解析を行った。
【０１８４】
図５は、黒色腫患者番号５についてのｍＩＦの結果の棒グラフを示し、これは、Ｘ４Ｐ−００１で処置するとＴＭＥ中のＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、およびＰＤＬ−１陽性細胞の百分率が増大したことを実証している。Ｔｒｅｇ（ＦｏｘＰ３＋）細胞およびマクロファージの百分率（ＣＤ６８／ＣＤ１６３＋；２４．１％  ｖｓ．２５．４％；示さず）は変化しなかった。
【０１８５】
ホルマリン固定パラフィン包埋黒色腫試料を、６成分免疫表現型検査抗体パネル（ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、マクロファージカクテル（ＣＤ６８＋ＣＤ１６３）、およびＦｏｘＰ３（Ｔｒｅｇ）を含む）で連続染色した。ＤＡＰＩを、核対比染色剤として使用した。抗体を、蛍光チラミド基質（Ｏｐａｌ，Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）のＨＲＰ触媒沈着を使用して検出した。画像を、スペクトル画像化、自己蛍光の減算、および非混合を使用して入手し（Ｖｅｃｔｒａ  ３．０，Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）、ＨＡＬＯ（商標）画像解析ソフトウェアを使用して解析した。
グランザイムＢおよびＣＤ８＋Ｔ細胞の査定：
【０１８６】
ベースライン（図２、パネルＡ）およびＸ４Ｐ−００１処置の２１日後（図２、パネルＢ）における代表的なグランザイムＢのＩＨＣ染色を示す。図２のパネルＣは、全ての評価可能な試料についての処置後のグランザイムＢ陽性の変化倍率を示す。ＨＡＬＯ（商標）ソフトウェアを使用して定量し、全腫瘍領域をスコアリングした。図２のパネルＤは、Ｘ４Ｐ−００１単剤処置の前および後の両方で評価可能な生検を行った５人の患者についてのグランザイムＢのＲＮＡ発現レベルを示す。パネルＤ中のＲＮＡ発現データを、本明細書中に記載のようにＮａｎｏＳｔｒｉｎｇを使用して得た。
１人の患者についてのＣＤ８＋ＩＨＣ染色
【０１８７】
図４は、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の患者番号５についてのｍＩＦ  ＣＤ８染色の結果を示す。服薬後にＣＤ８発現が視覚的に増加した。
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇを使用したバイオマーカーの調査
材料と方法
【０１８８】
ＦＦＰＥ遺伝子発現解析：各遺伝子バイオマーカーについて、ＲＮＡを、ＱｉａｇｅｎのＡｌｌＰｒｅｐキット（カタログ番号８０２３４）を使用してＦＦＰＥスライドから抽出し、ＰａｎＣａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅプローブセットを用いたＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォームを使用して解析した。未加工のカウントを、３０のハウスキーピング遺伝子の幾何平均を使用して正規化し、両方のパネル由来の正規化したデータを結合し、ｎＳｏｌｖｅｒソフトウェア（バージョン４．０）を用いて解析した。
【０１８９】
インターフェロン遺伝子シグネチャーは、Ａｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ（ＪＣＩ  ２０１７）に基づいており、以下の様式で計算した。各患者（ｐｔ）試料について、６つの遺伝子（ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＤＯ１、ＳＴＡＴ１）についての正規化カウントから幾何平均を計算し、次いで、平均を対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。図６は、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後のインターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。遺伝子スコアを、各患者試料について、ＩＦＮ−ガンマ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＤＯ１、およびＳＴＡＴ１についての正規化カウントの幾何平均から計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。
【０１９０】
腫瘍炎症シグネチャー（ＴＩＳ）を、各遺伝子組にわたって正規化カウントの幾何平均の常用対数をとることによって１８遺伝子から計算して、「遺伝子シグネチャースコア」を生成した。例えば、Ｒｉｇｈｉ  Ｅ，Ｋａｓｈｉｗａｇｉ  Ｓ，Ｙｕａｎ  Ｊ，ｅｔ  ａｌ．“ＣＸＣＬ１２／ＣＸＣＲ４  Ｂｌｏｃｋａｄｅ  Ｉｎｄｕｃｅｓ  Ｍｕｌｔｉｍｏｄａｌ  Ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  Ｅｆｆｅｃｔｓ  Ｔｈａｔ  Ｐｒｏｌｏｎｇ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｉｎ  ａｎ  Ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ  Ｍｏｕｓｅ  Ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  Ｏｖａｒｉａｎ  Ｃａｎｃｅｒ，”  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０１１；７１（１６）：５５２２−５５３４を参照のこと。
結果
【０１９１】
Ｘ４Ｐ−００１は、ＩＦＮ−ガンマ遺伝子発現シグネチャーを増加させた：ＦＦＰＥスライドから抽出したＲＮＡを使用して、ＰａｎＣａｎｃｅｒ免疫プローブセットを用いてＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒ解析を行った。未加工のカウントを、ハウスキーピング遺伝子の幾何平均を使用して正規化した。インターフェロン−ガンマ遺伝子シグネチャースコアを、Ａｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．（２０１７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２７：２９３０−２９４０に本質的に記載の手順によって査定した。
【０１９２】
Ｘ４Ｐ−００１は、ＣＴＬ遺伝子発現シグネチャーを増加させた：ＣＴＬ遺伝子発現シグネチャーは、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、およびＰＲＦ１の発現を含む。ＣＴＬシグネチャーを測定するために、ＲＮＡを、ＱｉａｇｅｎのＡｌｌＰｒｅｐキットを使用してＦＦＰＥスライドから抽出し、ＰａｎＣａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅプローブセットを用いたＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォームを使用して解析した。未加工のカウントを、ハウスキーピング遺伝子の幾何平均を使用して正規化した。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒ検証については、以下に記載されている：Ｍａｌｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．（２００９）ＢＭＣ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｎｏｔｅｓ；２：８０；２０１７年１１月２日閲覧、ｈｔｔｐｓ：／／ｂｍｃｒｅｓｎｏｔｅｓ．ｂｉｏｍｅｄｃｅｎｔｒａｌ．ｃｏｍ／  ａｒｔｉｃｌｅｓ／１０．１１８６／１７５６−０５００−２−８０にて；Ｗａｇｇｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２８：１５４６−１５４８；以下も参照のこと：ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標），Ｉｎｃ．発行のｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｕｓｅｒ  Ｍａｎｕａｌ（２０１５年７月）、２０１７年１１月２日閲覧、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ．ｃｏｍ／ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ／ｆｉｌｅｓ／７１１４／８９４２／６６６５／ＭＡＮ−Ｃ００３５−０５＿ｎＣｏｕｎｔｅｒ＿Ａｎａｌｙｓｉｓ＿Ｓｙｓｔｅｍ＿ＧＥＮ２．ｐｄｆにて。
【０１９３】
図３は、Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）遺伝子シグネチャーについての遺伝子発現スコアを示す。ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、およびＰＲＦ１についての正規化カウントの幾何平均から各患者試料の遺伝子スコアを計算した。平均を常用対数変換して遺伝子発現スコアを生成した。５人の患者のうちのどの患者についても遺伝子発現スコアが増加した。
【０１９４】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、グランザイムＢ遺伝子、およびＦｏｘＰ３に対するＸ４Ｐ−００１の効果：上記に類似する抽出法およびＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒ法を使用した場合、ＣＤ８ＡおよびＣＤ８Ｂの発現が増加し；グランザイムＢ発現が増加し；ＦｏｘＰ３レベルは類似するか不変であった。
実施例６−バイオマーカーの測定を使用した悪性黒色腫患者における９週間の単剤療法および併用療法の研究
臨床プロトコール
【０１９５】
合計十六（１６）人の患者が、対照研究に登録された。研究集団は、組織学的に悪性黒色腫が確認された男性および女性の被験体（１８歳以上）で構成されていた。被験体は、パンチ生検に適切な少なくとも二（２）つの個別の皮膚病変または皮下病変（３ｍｍ以上）を有することがさらに必要とされた。
【０１９６】
被験体が米国東海岸がん臨床試験グループ（ＥＣＯＧ）の全身状態スコアが二（２）またはそれを超える場合、この被験体を排除した。被験体がチェックポイント阻害剤治療（例えば、抗ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１）または腫瘍崩壊ウイルス治療を以前に受けていた場合、この被験体をさらに排除した。ＨＩＶ、Ｃ型肝炎、または制御不可能な感染症を罹患中の被験体を排除し、心筋梗塞、グレード三（３）またはそれを超える出血、慢性肝臓疾患、または過去六（６）ヶ月以内に他の活動性悪性疾患を罹患していた被験体も同様に排除した。
【０１９７】
被験体を最初にスクリーニングし、ベースライン測定について評価した。登録された参加者は、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法を含む第１の期間およびＸ４Ｐ−００１とチェックポイント阻害剤との併用療法から構成される第２の期間を含むサイクルでの処置を受けた。研究のための服薬計画を、図８に要約している。
【０１９８】
処置前に、二（２）つのベースライン血清試料を、各患者から採取した。第１の用量のＸ４Ｐ−００１の投与前に、一方のベースライン血清試料をスクリーニング時に採取し、他方を１〜４週間後の処置１日目に採取した。ベースライン血清試料に加えて、ベースラインパンチ生検を、Ｘ４Ｐ−００１の投与前のＤ１に各患者から採取した。
【０１９９】
１日目から、被験体に４００ｍｇのＸ４Ｐ−００１をｑ．ｉ．ｄ．で経口投与した。１人の患者に２００ｍｇをｂ．ｉ．ｄ．で経口投与した。九（９）週間の研究にわたって、患者にＸ４Ｐ−００１を投与した。
【０２００】
処置開始から三（３）週間後に、各患者からさらなる血清試料を採取した。主治医が生検に反対しない限り、さらなる生検試料も採取した。試料採取後、被験体に、第１の２用量のペムブロリズマブ（２ｍｇ／ｋｇ、ｉ．ｖ．）を投与した。
【０２０１】
第１の用量のペムブロリズマブの投与から三（３）週間後（処置開始から６週間後）、各患者からさらなる血清試料を採取した。次いで、被験体に、第２の用量のペムブロリズマブ（２ｍｇ／ｋｇ、ｉ．ｖ．）を投与した。
【０２０２】
第２の用量のペムブロリズマブの投与から三（３）週間後（処置開始から９週間後）、さらなる血清試料を採取した。主治医が生検に反対しない限り、さらなる生検試料も採取した。
マルチプレックス免疫蛍光
【０２０３】
黒色腫患者から得た腫瘍試料を、公知の手順に従ってホルマリンで固定し、パラフィン包埋した（ＦＦＰＥ）。ＦＦＰＥ組織切片を、６０℃で１時間ベーキングした。スライドを脱パラフィン処理し、Ｌｅｉｃａ  ＢＯＮＤ  Ｒｘ染色装置（Ｌｅｉｃａ，Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬ）にて、脱パラフィン（脱パラフィン溶液）、抗原賦活化および抗体ストリッピング（エピトープ賦活化溶液２）、および各ステップ後のリンス（結合洗浄液）のためのＬｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ試薬を使用して染色した。高ストリンジェンシー洗浄を、高塩ＴＢＳＴ溶液（０．０５Ｍ  Ｔｒｉｓ、０．３Ｍ  ＮａＣｌ、および０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０、ｐＨ７．２〜７．６）を使用して、二次適用および三次適用後に行った。
【０２０４】
マルチプレックスＩＨＣ染色を、ＨＡＬＯ（商標）空間解析ツールを使用して解析し、各検体の全腫瘍領域を記録した（Ｔｕｎｓｔａｌｌ，“Ｑｕａｎｔｉｆｙｉｎｇ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｔｕｍｏｒ  Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  Ｕｓｉｎｇ  ＨＡＬＯ（商標）Ｓｐａｔｉａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌｓ，”  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏｔｅ，Ｊｕｌｙ  ２１６，（Ｉｎｄｉｃａ  Ｌａｂｓ）、２０１７年１１月１日閲覧、ｈｔｔｐｓ：／／ｔｈｅｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔ．ｃｏｍ／  ｆｉｌｅａｄｍｉｎ／ｉｓｓｕｅｓ／Ａｐｐ＿Ｎｏｔｅｓ／００１６−０１０−ｈａｌｏ−ａｐｐ−ｎｏｔｅ．ｐｄｆを参照のこと）。Ｓｈｅｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ７７（１３）Ｓｕｐｐ：Ａｂｓｔｒａｃｔ  ２９３７（２０１７）も参照のこと。
【０２０５】
スライドを、熱誘導エピトープ賦活化ラウンド後に抗体パネルを使用して連続的に染色し、蛍光チラミド基質（Ｏｐａｌ、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）と併せた抗体結合ＨＲＰ含有ポリマーによって検出した。ＤＡＰＩを、核対比染色剤として使用した。スペクトルのデコンボリューションおよび自己蛍光減算（Ｖｅｃｔｒａ  ３．０、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）を使用して、スペクトルが重複した蛍光色素を画像化した。全スライドスキャンを、Ａｐｅｒｉｏ−ＦＬシステム（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して画像化し、定量的デジタル画像解析のためにＨａｌｏに転送した。細胞を核認識（ＤＡＰＩ染色剤）に基づいて可視化した後、ソフトウェアによって各細胞の推定細胞質領域の蛍光強度を測定した。バックグラウンドを超える平均強度閾値を使用して、細胞質内の各蛍光色素の陽性を判定し、それにより、細胞を各マーカーについて陽性または陰性のいずれであるかを定義した。次いで、陽性細胞データを使用して共存集団を定義し、最近隣空間解析を行った。
【０２０６】
ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ１６３  ／  ＣＤ６８（マクロファージ）、ＦｏｘＰ３、Ｋｉ−６７、および黒色腫細胞を、表３および４に列挙した抗体を使用して染色した。ＯＰＡＬ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  ＨＲＰ  Ｍｏｕｓｅ  ｐｌｕｓ  Ｒａｂｂｉｔ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ，Ｈｏｐｋｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）を、全ての二次適用のために使用した。
【表３】
2021502071.tif 000007
【表４】
2021502071.tif 000008
Ｘ４Ｐ−００１単剤処置後のＦｏｘＰ３およびＣＤ８のＴ細胞比
【０２０７】
Ｘ４Ｐ−００１単剤療法後に回収した生検試料を、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、黒色腫細胞、およびＣＤ４を検出するために熱誘導エピトープ賦活化ラウンド後に六（６）つの抗体で染色した。代表的なＣＤ８およびＦｏｘＰ３の染色を、図９のパネルＡおよびＢに示す。パネルＡは、生検試料全体の低拡大率スキャンを示す。白色のボックスは、パネルＢ中の拡大領域を示していた。パネルＢは、同一生検試料のスペクトル非混合の高拡大率画像を示す。ＣＤ８はマゼンタとして出現し；ＦｏｘＰ３は赤色として出現し；ＰＤ−Ｌ１は緑色として出現し；ＰＤ−１、黒色腫細胞、およびＣＤ４は認められない。
【０２０８】
図１０は、黒色腫患者２、３、５、８、および９についてのｍＩＦの結果の折れ線グラフを示し、これは、Ｘ４Ｐ−００１での処置がＴｒｅｇ細胞（ＦｏｘＰ３＋）と比較して腫瘍微小環境（ＴＭＥ）中のＣＤ８＋細胞百分率を増加させたことを実証している。
Ｘ４Ｐ−００１処置後のＴＭＥ中の増殖Ｔ細胞密度
【０２０９】
１日目、４週間目、および処理終了時（ＥＯＴ）の生検試料を、ＣＤ８細胞、黒色腫細胞、および増殖細胞を検出するために三（３）つの抗体で染色した。ＤＡＰＩを、核対比染色剤として使用した。患者５由来の服薬前生検由来の代表的なＣＤ８細胞、Ｋｉ６７細胞、および黒色腫細胞の染色を、図１１のパネル１ａおよび１ｂに示す。パネル１ａは、生検試料全体の低拡大率スキャンを示す。パネル１ｂは、侵襲先進部のスペクトル非混合の高拡大率画像を示す。ＣＤ８は緑色として出現し；黒色腫細胞は黄色として出現し；Ｋｉ６７細胞は青色として出現する。
【０２１０】
図１２は、患者５由来の組織試料全体にわたるＣＤ８＋Ｔ細胞密度および増殖ＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｋｉ６７＋）の密度の棒グラフを示す。単剤療法は、両方の細胞集団の密度を増加させ、増殖Ｔ細胞に対してより強い影響を及ぼした。処置終了時のＣＤ８＋Ｋｉ６７＋Ｔ細胞の欠如は、処置後の患者５中に残存腫瘍塊が存在しないことと一致する（図１５を参照のこと）。
黒色腫病変内へのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤
【０２１１】
ＣＤ８＋Ｔ細胞とその最近隣の黒色腫細胞隣接物との間の代表的な距離測定を、図１３（１日目）、図１４（４週目）、および図１５（処置終了）に示す。スライド全体のスキャンを、蛍光スライドスキャナ（Ａｐｅｒｉｏ−ＦＬ、２０倍対物レンズ）を使用して行った。画像を、デジタル画像解析のためにＨＡＬＯにインポートした。画像は、最近隣の隣接物の解析モジュールからのグラフ出力を示し、最近隣のＣＤ８対腫瘍細胞（青色）、ＣＤ８（緑色）、黒色腫（黄色）、Ｋｉ６７（赤色）、Ｋｉ６７＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（黒色）を計算している。
【０２１２】
１日目のＣＤ８＋Ｔ細胞と最近隣の腫瘍細胞との間の平均距離は９５ミクロンであった。この距離は、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法の４週間後に４３ミクロンに減少した。さらに、固有の隣接物の数は３，８２６から５，２３９に増加し、これはＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の増強を示していた。二重Ｘ４Ｐ−００１／ペムブロリズマブ処置後には腫瘍は残存しなかった（図１５）。
【０２１３】
図２８および図２９は、Ｘ４Ｐ−００１単剤療法が黒色腫患者における腫瘍境界面でのＣＤ８＋細胞密度を増加させることを実証しているマルチプレックスＩＨＣおよびＨＡＬＯ画像データを示す。腫瘍の正常組織との境界線の内側または外側の１００μＭ以内のＣＤ８標識細胞を計数した。２５μＭ帯の境界線からの距離に対するＣＤ８＋細胞数／ｍｍ２をプロットした。Ｘ４Ｐ−００１単剤療法の３週間後、境界領域内のＣＤ８＋細胞の総密度は、ベースラインと比較して４倍に増加した。
【表５】
2021502071.tif 000009
【０２１４】
図３０は、組み合わせ処置（Ｘ４Ｐ−００１のペムブロリズマブとの組み合わせ）後の腫瘍−正常細胞境界面の免疫細胞の変化を実証するＩＨＣデータを示す。ベースライン（上の行）およびＸ４Ｐ−００１単剤療法の終了時（下の行）に生検試料を得た。左側の列は、正常組織（外側の線）および腫瘍境界（内側の線）の輪郭を有する生検試料を示す。中央の列は、マーカーＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、Ｂ７Ｈ３、およびＤＡＰＩで染色した左側の列由来の四角で囲った領域の拡大図を示す。右の列は、中央のパネル中の四角で囲った領域のより高倍率の表示を含む。Ｘ４Ｐ−００１により、腫瘍境界内のＣＤ３＋細胞数が増加し、ＶＩＳＴＡ（Ｔ細胞の活性化および増殖を阻害するチェックポイント分子）の発現が減少する。
【表６】
2021502071.tif 000010
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇを使用したバイオマーカーの調査
【０２１５】
各遺伝子バイオマーカーについて、ＲＮＡを、ＱｉａｇｅｎのＡｌｌＰｒｅｐキット（カタログ番号８０２３４）を使用してＦＦＰＥスライドから抽出し、ＰａｎＣａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅプローブセットを用いたＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォームを使用して解析した。未加工のカウントを、上記のようにハウスキーピング遺伝子の幾何平均を使用して正規化した。
【０２１６】
抗原提示／プロセシング遺伝子シグネチャーを、十八（１８）遺伝子（Ｂ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、およびＴＡＰ２）についての正規化カウントの幾何平均をとり、次いで、平均を常用対数変換することによって計算して、遺伝子発現スコアを生成した。患者２、３、５、８、および９についての処置前およびＸ４Ｐ−００１後の常用対数変換した遺伝子カウントの幾何平均を表７に要約している。Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の各患者についての遺伝子発現スコアは増加し、これを図１６に要約している。
【表７】
2021502071.tif 000011
【０２１７】
腫瘍炎症シグネチャーを、十八（１８）遺伝子（ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、およびＴＩＧＩＴ）についての正規化カウントの幾何平均をとり、次いで、平均を常用対数変換することによって計算して、遺伝子発現スコアを生成した。患者２、３、５、８、および９についての処置前およびＸ４Ｐ−００１後の常用対数変換した遺伝子カウントの幾何平均を表８に要約している。Ｘ４Ｐ−００１の服薬前および服薬後の各患者についての遺伝子発現スコアは増加し、これを図１７に要約している。
【表８】
2021502071.tif 000012
実施例７−Ｂ１６−ＯＶＡ同系黒色腫研究
腫瘍サイズに対するＸ４Ｐ−００１単剤治療および併用治療の影響
【０２１８】
Ｂ１６−ＯＶＡ細胞（約１×１０５）を、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに移植した。動物を定期的に評価し、腫瘍サイズがおよそ３ｍｍ×３ｍｍに到達した時点で、動物を無作為に群に分け、十六（１６）日間処置した。使用した動物処置を、表９に要約している。
【表９】
2021502071.tif 000013
【０２１９】
処置終了時に、動物を屠殺し、解剖して試料の腫瘍マストを評価した。腫瘍容積の変化を、図１８、１９、および２０に要約している。腫瘍切片の描写を、図２１に提供する。研究中にＸ４Ｐが腫瘍容積を実質的に低下させた一方で、抗ＰＤ−１、抗ＰＦ−Ｌ１、および抗ＣＴＣＬ−４＋抗ＰＤ−Ｌ１との組み合わせは、腫瘍容積の低下が大幅に向上した。
末梢白血球カウント
【０２２０】
Ｂ１６−ＯＶＡ腫瘍を移植したＣ５７ＢＬ／６マウス由来の血清試料を処置前に採取し、末梢白血球を計数した。次いで、マウスに、ビヒクルまたは１００ｍｇ／ｋｇのＸ４Ｐ−００１を注射し、注射２時間後に第２の血清試料を採取し、白血球を再度計数した。結果を図２２に要約している。Ｘ４Ｐ−００１は、対照と比較して末梢白血球数を増加させた。
ＴＭＥ中の免疫表現型の調整
【０２２１】
単一細胞懸濁液を、コラゲナーゼで処置し、フローサイトメトリーを使用して種々の免疫細胞集団を分析することによって腫瘍組織から調製した。細胞表面マーカーは、ＣＤ３、ＣＤ８、パーフォリン、ＣＤ１５ＣＤ１１ｂ（ＭＤＳＣ）、およびＦｏｘＰ３（Ｔｒｅｇ）を含んでいた。ＴＭＥ免疫細胞表現型の変化を、図２３に要約している。Ｘ４Ｐ−００１は、対照と比較してＴＭＥ中のリンパ球数およびＣＤ８＋Ｔ細胞数の全体を増加させた。抗ＰＤ−１との併用療法ではさらにより増強された。重要なことに、Ｘ４Ｐ−００１での単剤療法や抗ＰＤ−１との併用療法は、サプレッサー細胞（ＴｒｅｇおよびＭＤＳＣ）を増加させなかったが、サプレッサー細胞数を実質的に減少させた。
単剤治療または併用治療で処置した腫瘍細胞のウェスタンブロット分析
【０２２２】
公知の方法にしたがって腫瘍組織を採取し、液体Ｎ２中で急速冷凍し、溶解した。タンパク質量を正規化し（例えば、ＢＣＡアッセイ）、ゲル電気泳動によって分離した。次いで、タンパク質をブロッティング用のメンブレンに移した。ＨＩＦ−２α発現およびＡｋｔ活性化の結果を、図２４に要約している。ｐ２１およびｐ２７の誘導ならびにサイクリンＤ１発現の低下の結果を、図２５に要約している。
実施例９−ｉｎ  Ｖｉｔｒｏ機構実験
ＨＩＦ−２α応答エレメントを介した転写活性化および侵襲／遊走の阻害
【０２２３】
正常酸素条件および低酸素条件のＢ１６−ＯＶＡ細胞を、ｐＨＲＥ−ｌｕｃおよびｐＲＬ−ｌｕｃで一過性にトランスフェクトした。次いで、トランスフェクトした細胞を、１０ｎＭから１０μＭまでの範囲の異なる濃度のＸ４Ｐ−００１または対照とインキュベートした。デュアルルシフェラーゼアッセイキットを使用して各条件における細胞のルシフェラーゼ活性を測定した。ルシフェラーゼアッセイの結果を、図２６に要約している。
【０２２４】
Ｔｒａｎｓｗｅｌｌマトリゲル侵襲チャンバーを使用して、Ｂ１６−ＯＶＡ細胞侵襲に対するＸ４Ｐ−００１の効果を査定した。マトリゲルインサートおよび比較プレートを、製造者の説明書にしたがって調製した。Ｂ１６−ＯＶＡ細胞を、１ｎｇ／ｍＬ  ＳＤＦ−１ａを用いるか用いないＸ４Ｐ−００１（０μＭ、７．５μＭ、または１５μＭ）を含むチャンバーに添加した。マトリゲル侵襲チャンバーを、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気で２２時間インキュベートした。次いで、非侵襲細胞を、上面から擦り落とした。下面の細胞を固定して染色し、細胞を計数した。侵襲率を、マトリゲルインサートメンブレンと対照インサートメンブレンとの間の侵襲細胞の比を決定することによって計算した。細胞侵襲アッセイの結果を、図２７に要約している。
参考文献
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2.    Scala,  et  al.  Expression  of  CXCR4  predicts  poor  prognosis  in  patients  with  malignant  melanoma.  Clin  Cancer  Res  2005:11;1835-1841.
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年7月7日(2020.7.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍試料における１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを、がん性腫瘍を有する患者がＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を得るかどうかの指標とする方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に得られた第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；および
（ｂ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に得られた第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、前記患者は、ステップ（ｂ）の前にＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤が投与され、
ＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤に対する腫瘍応答が、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを示す、方法。
【請求項２】
腫瘍試料における１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを、必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答の指標とする方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に得られた第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；および
（ｂ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に得られた第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、前記患者は、ステップ（ｂ）の前にＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤が投与され、
ＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤に対する腫瘍応答が、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを示す、方法。
【請求項３】
前記ＣＸＣＲ４阻害剤が、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記免疫治療剤が免疫チェックポイント阻害剤である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標））、アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標））、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））、ピディリズマブ、アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標））、デュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ（登録商標））、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、またはペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））から選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記免疫チェックポイント阻害剤がペムブロリズマブである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＩＦＮ−γシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの増加を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＣＴＬシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、またはＰＲＦ１の増加を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記抗原提示／プロセシング遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＢ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、またはＴＡＰ２の増加を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記腫瘍炎症遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、またはＴＩＧＩＴの増加を含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記がんが、腎細胞がん；黒色腫、肝臓がん、肝細胞癌、肝臓胆管癌、卵巣がん、卵巣上皮がん、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）；前立腺がん；睾丸がん、胆嚢がん、副腎皮質腺癌、結腸がん、膵臓がん、膵癌、脳がん、消化管／胃（ＧＩＳＴ）がん（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ／ｓｔｏｍａｃｈ（ＧＩＳＴ）ｃａｎｃｅｒ）、髄芽腫、神経膠腫、膠芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、乳がん、尿路上皮癌、頭頸部がん、または子宮頸がんから選択される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記がんが進行性黒色腫または転移性黒色腫である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記黒色腫が切除不能進行性黒色腫または切除不能転移性黒色腫である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
腫瘍試料における１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤に対する患者の応答の指標とする方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に得られた第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；および
（ｂ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に得られた第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーの前記レベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、前記患者は、ステップ（ｂ）の前にＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤が投与され、
ＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫抑制剤に対する腫瘍応答が、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤での前記腫瘍処置が成功する見込みを示す、方法。
【請求項１５】
前記患者が、最初にチェックポイント阻害剤での処置に応答しない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記患者が、最初はチェックポイント阻害剤での処置に応答するが、前記チェックポイント阻害剤での処置に不応になる、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルが、１またはそれを超えるＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、およびＢ７Ｈ３バイオマーカーから選択される、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルがＶＩＳＴＡである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
いくつかのがんの処置で用いるＣＸＣＲ４阻害剤の調査も必要である。ＣＸＣＲ４は、ＨＩＶ侵入および白血球輸送の関与が最初に発見された。ＣＸＣＲ４は、２３を超えるヒトがんでも過剰発現される。ＣＸＣＲ４は、黒色腫細胞、特に、黒色腫幹細胞を表すと見なされているＣＤ１３３＋集団上に頻繁に発現され；ｉｎ  ｖｉｔｒｏ実験およびマウスモデルでは、ＣＸＣＬ１２（ＣＸＣＲ４のリガンド）がかかる細胞に走化性を示すことが実証されている。これらのデータは、ＣＸＣＲ４の過剰発現または異常発現に起因する細胞増殖性障害を処置するためのＣＸＣＲ４阻害剤に必要な研究が非常に不足していることを浮き彫りにしている。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＣＸＣＲ４阻害剤での処置から恩恵を得るがん性腫瘍を有する患者を同定する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
（項目２）
必要に応じて免疫治療剤と組み合わせたＣＸＣＲ４阻害剤に対する患者の応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
（項目３）
前記ＣＸＣＲ４阻害剤が、Ｘ４Ｐ−００１もしくはＸ４−１３６またはその薬学的に許容され得る塩から選択される、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記免疫治療剤が免疫チェックポイント阻害剤である、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
前記免疫チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標））、アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（登録商標））、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標））、ピディリズマブ、アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ（登録商標））、デュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ（登録商標））、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、またはペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））から選択される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記免疫チェックポイント阻害剤がペムブロリズマブである、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記ＩＦＮ−γシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＩＤＯ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ９、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＳＴＡＴ１、およびＩＦＮ−γの増加を含む、項目１〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記ＣＴＬシグネチャースコアが、１またはそれを超えるＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＦＬＴＬＧ、ＧＺＭＭ、またはＰＲＦ１の増加を含む、項目１〜７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９）
前記抗原提示／プロセシング遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＢ２Ｍ、ＣＤ７４、ＣＴＳＬ、ＣＴＳＳ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰ１、またはＴＡＰ２の増加を含む、項目１〜８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０）
前記腫瘍炎症遺伝子スコアが、１またはそれを超えるＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、またはＴＩＧＩＴの増加を含む、項目１〜９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１）
前記がんが、腎細胞がん；黒色腫、肝臓がん、肝細胞癌、肝臓胆管癌、卵巣がん、卵巣上皮がん、ファロピウス管がん、乳頭状漿液性嚢胞腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ＵＰＳＣ）；前立腺がん；睾丸がん、胆嚢がん、副腎皮質腺癌、結腸がん、膵臓がん、膵癌、脳がん、消化管／胃（ＧＩＳＴ）がん（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ／ｓｔｏｍａｃｈ（ＧＩＳＴ）ｃａｎｃｅｒ）、髄芽腫、神経膠腫、膠芽細胞腫、頭頸部扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、乳がん、尿路上皮癌、頭頸部がん、または子宮頸がんから選択される、項目１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２）
前記がんが進行性黒色腫または転移性黒色腫である、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記黒色腫が切除不能進行性黒色腫または切除不能転移性黒色腫である、項目１１または１２に記載の方法。
（項目１４）
ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤に対する患者の応答を予測する方法であって、以下：
（ａ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与前に前記患者から第１の腫瘍試料を得るステップ；
（ｂ）前記第１の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
（ｃ）前記患者に、有効量のＣＸＣＲ４阻害剤および必要に応じて免疫治療剤を投与するステップ；
（ｄ）前記患者への前記ＣＸＣＲ４阻害剤の投与後に第２の腫瘍試料を得るステップ；および
（ｅ）前記第２の腫瘍試料中の、ＣＤ８＋Ｔ細胞もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比、ＣＤ８＋Ｋｉ−６７＋Ｔ細胞、グランザイムＢ、ＩＦＮ−γシグネチャースコア、ＣＴＬシグネチャースコア、抗原提示／プロセシングシグネチャースコア、腫瘍炎症シグネチャースコア、ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネル、またはＰＤ−Ｌ１発現から選択される１またはそれを超えるバイオマーカーのレベルを測定するステップ；
を含み、
ここで、ステップ（ｃ）に対する腫瘍応答により、１人またはそれを超える類似の患者と比較し、１またはそれを超える前記バイオマーカーを使用して評価した場合に、前記腫瘍応答の増減に基づいて、ＣＸＣＲ４阻害剤での処置後のチェックポイント阻害剤での前記腫瘍処置が成功する見込みを予測する、方法。
（項目１５）
前記患者が、最初にチェックポイント阻害剤での処置に応答しない、項目１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記患者が、最初はチェックポイント阻害剤での処置に応答するが、前記チェックポイント阻害剤での処置に不応になる、項目１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７）
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルが、１またはそれを超えるＣＤ１６３、ＣＤ２０６、ＶＩＳＴＡ、ＣＯＸ−２、ＣＤ３、およびＢ７Ｈ３バイオマーカーから選択される、項目１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記ＶＩＳＴＡバイオマーカーパネルがＶＩＳＴＡである、項目１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【国際調査報告】
2021502071.tif 000044
2021502071.tif 000045