(57)【要約】  ゲノムデータ処理システムは、次世代シークエンシング情報を処理するように構成されることが可能である。１つの実施形態において、ゲノムデータ処理システムは、次世代シーケンサによって提供された配列リードからフォワードプライマおよびリバースプライマを判定することができる。フォワードプライマおよびリバースプライマを判定することによって、クローン性の検出の精度が改善されることが可能である。別の実施形態において、ゲノムデータ処理システムは、遺伝的データにおけるクローン性を検出するように構成されることが可能である。
2021502802.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイの少なくとも１つのプライマを識別するためのコンピュータ実行方法であって、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成するステップと、
前記コンピュータサーバによって、ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成するステップと、
前記コンピュータサーバによって、対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化するステップであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、ステップと、
前記複数のグループの各グループについて、
前記コンピュータサーバによって、前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させるステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させるステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別するステップ、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記生体サンプルが、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用される前記アッセイが、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記リバースプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記フォワードプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記リバースプライマおよび前記フォワードプライマが、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記リバースプライマが、前記フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較するステップが、前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された前記複数の配列リードと比較するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記コンピュータサーバによって、通信チャネルで、前記ゲノムデータベース内の前記複数の配列リードの中で各配列リードの前記探索を行うために、前記ゲノムデータベースにアクセスするステップ
を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記第１の数のヌクレオチドを格納するステップであって、前記第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するステップと
を含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記第２の数のヌクレオチドを格納するステップであって、前記第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記リバースプライマのコンセンサス配列を生成するステップと
を含む、請求項１〜１５に記載の方法。
【請求項１８】
１つまたは複数のプロセッサと、
前記１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成すること、
ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成すること、
対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較すること、
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化すること、
前記複数のグループの各グループについて、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させること、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させること、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、ならびに
前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別すること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリと
を備える、システム。
【請求項１９】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項１８に記載のシステム。
【請求項２０】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項１８または１９に記載のシステム。
【請求項２１】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２２】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２３】
前記生体サンプルが、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される、請求項１８〜２２のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項２４】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２５】
前記サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用される前記アッセイが、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される、請求項１８〜２４のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項２６】
前記リバースプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１８〜２５のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項２７】
前記フォワードプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１８〜２６のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項２８】
前記リバースプライマおよび前記フォワードプライマが、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項１８〜２７のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項２９】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項２８に記載のシステム。
【請求項３０】
前記リバースプライマが、前記フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む、請求項２８または２９に記載のシステム。
【請求項３１】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較することが、前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された前記複数の配列リードと比較することを含む、請求項１８に記載のシステム。
【請求項３２】
前記メモリが、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
前記コンピュータサーバによって、通信チャネルで、前記ゲノムデータベース内の前記複数の配列リードの中で各配列リードの前記探索を行うために、前記ゲノムデータベースにアクセスすること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、請求項１８〜３１に記載のシステム。
【請求項３３】
前記メモリが、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記第１の数のヌクレオチドを格納することであって、前記第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記フォワードプライマのコンセンサス配列を生成することと
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、請求項１８〜３２に記載のシステム。
【請求項３４】
前記メモリが、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記第２の数のヌクレオチドを格納することであって、前記第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記リバースプライマのコンセンサス配列を生成することと
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、請求項１８〜３２に記載のシステム。
【請求項３５】
前記少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、
次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成することと、
ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成することと、
対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較することと、
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化することと、
前記複数のグループの各グループについて、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させることと、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させることと、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、
前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別することと
を前記少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項３６】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項３５に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項３７】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項３５または３６に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項３８】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項３７に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項３９】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項３７に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４０】
前記生体サンプルが、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される、請求項３５〜３９のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４１】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項４０に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４２】
前記サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用される前記アッセイが、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される、請求項３５〜４１のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４３】
前記リバースプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項３５〜４２のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４４】
前記フォワードプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項３５〜４３のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４５】
前記リバースプライマおよび前記フォワードプライマが、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項３５〜４４のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４６】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項４５に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４７】
前記リバースプライマが、前記フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む、請求項４５または４６に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４８】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較することが、前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された前記複数の配列リードと比較することを含む、請求項３５に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項４９】
前記命令が、
前記コンピュータサーバによって、通信チャネルで、前記ゲノムデータベース内の前記複数の配列リードの中で各配列リードの前記探索を行うために、前記ゲノムデータベースにアクセスすること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせる、請求項３５〜４８に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項５０】
前記命令が、
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記第１の数のヌクレオチドを格納することであって、前記第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記フォワードプライマのコンセンサス配列を生成することと
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせる、請求項３５〜４９に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項５１】
前記命令が、
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記第２の数のヌクレオチドを格納することであって、前記第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記リバースプライマのコンセンサス配列を生成することと
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせる、請求項３５〜４９に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項５２】
被験者から取得された生体サンプル内の少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片を検出するためのコンピュータ実行方法であって、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信するステップであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別するステップであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別するステップと
を含む、方法。
【請求項５３】
前記少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項５２または５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記被験者が、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある、請求項５２〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
各配列リードの前記個々のリバースプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項５２〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項５２〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項５２〜６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
１つまたは複数のプロセッサと、
前記１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信すること、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くこと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定すること、ならびに
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別すること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリと
を備える、システム。
【請求項６５】
前記少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項６４に記載のシステム。
【請求項６６】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項６４または６５に記載のシステム。
【請求項６７】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項６６に記載のシステム。
【請求項６８】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項６６に記載のシステム。
【請求項６９】
前記被験者が、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある、請求項６４〜６８のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項７０】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項６９に記載のシステム。
【請求項７１】
各配列リードの前記個々のリバースプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項６４〜７０のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項７２】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項６４〜７１のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項７３】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項６４〜７２のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項７４】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項７３に記載のシステム。
【請求項７５】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む、請求項７４に記載のシステム。
【請求項７６】
前記少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信することと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くことと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することと
を前記少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項７７】
前記少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項７６に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項７８】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項７６または７７に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項７９】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項７８に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８０】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項７８に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８１】
前記被験者が、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある、請求項７６〜８０のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８２】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項８１に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８３】
各配列リードの前記個々のリバースプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項７６〜８２のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８４】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列が、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項７６〜８３のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８５】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項７６〜８４のいずれか１項に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８６】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項８５に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項８７】
各配列リードの前記個々のフォワードプライマ配列および前記個々のリバースプライマ配列が、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む、請求項８６に記載のコンピュータ可読ストレージ媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本出願は、２０１７年１０月１０日に出願の米国仮特許出願第６２／５７０，５４９号、およびさらに、２０１８年７月１９日に出願の米国仮特許出願第６２／７００，７９４号の利益および優先権を主張し、それぞれの全内容が、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本開示は、一般に、ゲノムデータ内でプライマを判定し、クローン性を検出するためにデータを処理することを対象とする。
【背景技術】
【０００３】
ゲノムデータ処理は、次世代シーケンサから受信された配列リードを使用してクローン性を検出すること含むことができる。配列リードを生成するために使用されるプライマは容易に利用できないことがあり、精度および配列リードを判定するのを困難にしている。いくつかの事例において、クローンを検出するための次世代シーケンサの精度は、使用されるプライマによる影響を受ける可能性がある。
【発明の概要】
【０００４】
１つの態様において、本開示は、サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイの少なくとも１つのプライマを識別するためのコンピュータ実行方法を含む。方法は、１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成することを含む。方法は、コンピュータサーバによって、ゲノムデータベース内の複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成することも含む。方法は、コンピュータサーバによって、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片について、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較することをさらに含む。方法は、コンピュータサーバによって、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化することも含む。方法は、複数のグループの各グループについて、コンピュータサーバによって、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させることをさらに含む。方法は、複数のグループの各グループについて、コンピュータサーバによって、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させることをさらに含む。方法は、複数のグループの各グループについて、コンピュータサーバによって、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、をさらに含む。方法は、コンピュータサーバによって、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および次世代シークエンシングアッセイのリバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別することも含む。
【０００５】
いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される。いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。
【０００６】
いくつかの実施形態において、サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される。いくつかの実施形態において、リバースプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、フォワードプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、リバースプライマおよびフォワードプライマは、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、リバースプライマは、フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む。いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較することは、コンピュータサーバによって、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された複数の配列リードと比較することを含む。
【０００７】
いくつかの実施形態において、方法は、コンピュータサーバによって、通信チャネルで、ゲノムデータベース内の複数の配列リードの中で各配列リードの探索を行うために、ゲノムデータベースにアクセスすることをさらに含む。いくつかの実施形態において、方法は、コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドを格納することであって、第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成することと、をさらに含む。
【０００８】
いくつかの実施形態において、方法は、コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを格納することであって、第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、リバースプライマのコンセンサス配列を生成することと、をさらに含む。
【０００９】
１つの態様において、本開示は、１つまたは複数のプロセッサと、１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成すること、を１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリと、を含むシステムを含む。命令は、ゲノムデータベース内の複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成すること、ならびに、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片について、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較すること、を１つまたは複数のプロセッサにさらに行わせる。命令は、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化すること、複数のグループの各グループについて、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させること、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させること、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、ならびに次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および次世代シークエンシングアッセイのリバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別すること、を１つまたは複数のプロセッサにさらに行わせる。
【００１０】
いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される。いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。いくつかの実施形態において、サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される。
【００１１】
いくつかの実施形態において、リバースプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、フォワードプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、リバースプライマおよびフォワードプライマは、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、リバースプライマは、フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む。いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較することは、コンピュータサーバによって、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された複数の配列リードと比較することを含む。
【００１２】
いくつかの実施形態において、メモリは、１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、コンピュータサーバによって、通信チャネルで、ゲノムデータベース内の複数の配列リードの中で各配列リードの探索を行うために、ゲノムデータベースにアクセスすること、を１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する。いくつかの実施形態において、メモリは、１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドを格納することであって、第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する。
【００１３】
いくつかの実施形態において、メモリは、１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを格納することであって、第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、リバースプライマのコンセンサス配列を生成することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する。
【００１４】
１つの態様において、本開示は、少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成すること、を少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体を含む。命令は、ゲノムデータベース内の複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成することと、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片について、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。命令は、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化することと、複数のグループの各グループについて、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させることと、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片について、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させることと、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および次世代シークエンシングアッセイのリバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。
【００１５】
いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される。いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。いくつかの実施形態において、サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される。
【００１６】
いくつかの実施形態において、リバースプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、フォワードプライマは、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、リバースプライマおよびフォワードプライマは、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、リバースプライマは、フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む。いくつかの実施形態において、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータと比較することは、コンピュータサーバによって、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された複数の配列リードと比較することを含む。いくつかの実施形態において、命令は、コンピュータサーバによって、通信チャネルで、ゲノムデータベース内の複数の配列リードの中で各配列リードの探索を行うために、ゲノムデータベースにアクセスすること、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。
【００１７】
いくつかの実施形態において、命令は、コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドを格納することであって、第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第１のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。
【００１８】
いくつかの実施形態において、命令は、コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを格納することであって、第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、格納することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った各位置において、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、コンピュータサーバによって、第２のアレイデータ構造の１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定されたヌクレオチド素性に基づいて、リバースプライマのコンセンサス配列を生成することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。
【００１９】
１つの態様において、本開示は、被験者から取得されたサンプル内の少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片を検出するためのコンピュータ実行方法を含む。方法は、１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信すること、を含む。方法は、コンピュータサーバによって、複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くこと、も含む。方法は、コンピュータサーバによって、複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別すること、をさらに含む。方法は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することも含む。方法は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定することをさらに含む。方法は、追加として、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することを含む。方法は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループの第１のグループに対応するＶ−Ｊ素性の個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づくＶ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することも含む。
【００２０】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、被験者は、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある。
【００２１】
いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のリバースプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む。
【００２２】
１つの態様において、本開示は、１つまたは複数のプロセッサを有するシステムを含む。システムは、１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信すること、を１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリ、をさらに含む。命令は、コンピュータサーバによって、複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くことと、コンピュータサーバによって、複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。命令は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することと、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。命令は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することと、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループの第１のグループに対応するＶ−Ｊ素性の個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づくＶ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することと、を１つまたは複数のプロセッサに行わせる。
【００２３】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、被験者は、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある。
【００２４】
いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のリバースプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓバーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む。
【００２５】
１つの態様において、本開示は、少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信すること、を少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体を含む。命令は、コンピュータサーバによって、複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くことと、コンピュータサーバによって、複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別することと、を少なくとも１つのプロセッサに行わせる。命令は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することと、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定することと、を少なくとも１つのプロセッサに行わせる。命令は、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することと、コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの複数のグループの第１のグループに対応するＶ−Ｊ素性の個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づくＶ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することと、を少なくとも１つのプロセッサに行わせる。
【００２６】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、核酸は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される。いくつかの実施形態において、被験者は、リンパ増殖性疾患であると診断される、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある。
【００２７】
いくつかの実施形態において、リンパ増殖性疾患は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のリバースプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列は、長さが２０〜３０の間の塩基対である。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ互換アダプタ配列は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである。いくつかの実施形態において、各配列リードの個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列は、別個のＮＧＳ互換アダプタ配列を含む。
【００２８】
本開示の前述および他の目的、態様、特徴、および長所は、添付の図面と併用して以下の説明を参照すると、より明らかになり、よりよく理解されるはずである。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
【図１Ａ】サーバデバイスと通信しているクライアントデバイスを備えるネットワーク環境の実施形態を描写するブロック図である。
【図１Ｂ】クラウドサービスプロバイダと通信しているクライアントデバイスを備えるクラウドコンピューティング環境を描写するブロック図である。
【図１Ｃ】本明細書において説明される方法およびシステムに役立つコンピューティングデバイスの実施形態を描写するブロック図である。
【図１Ｄ】本明細書において説明される方法およびシステムに役立つコンピューティングデバイスの実施形態を描写するブロック図である。
【図２】ゲノムデータ処理システムを示す図である。
【図３】プライマ抽出処理の流れ図である。
【図４】実例の次世代シーケンサによって提供されたゲノムデータから実例の配列リードを生成するスクリーンショットである。
【図５】各Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流および下流それぞれにある第１の数および第２の数のヌクレオチドを識別する１つの例を示す図である。
【図６】グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片と関連付けられた第１の数のヌクレオチドの整列を示す図である。
【図７】別のゲノムデータ処理システムを示す図である。
【図８】クローン検出処理の流れ図である。
【図９】複数の配列リードについてのフォワードプライマおよびリバースプライマの実例の図である。
【図１０】トリム後配列リードの複数のグループを識別する実例の図である。
【図１１】クローン検出エンジンによって生成された実例の出力を示す図である。
【図１２】クローン検出ポリシのセットを示す図である。
【図１３】クローンフォローアップ処理に関するフォローアップデータを示す図である。
【図１４】クローンフォローアップ処理後の患者と関連付けられたクローンを表示するためのユーザインターフェースを示す図である。
【図１５Ａ】従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、図８に示されたクローン検出処理との間の比較を示す図である。
【図１５Ｂ】従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、図８に示されたクローン検出処理との間の比較を示す図である。
【図１５Ｃ】従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、図８に示されたクローン検出処理との間の比較を示す図である。
【図１５Ｄ】従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、図８に示されたクローン検出処理との間の比較を示す図である。
【図１５Ｅ】従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、図８に示されたクローン検出処理との間の比較を示す図である。
【図１６】通常の対照患者から誘導されたサンプルにおいて観察された様々なＶ−Ｊ遺伝子再配列（例えば、＞２００の一意のクローン）の多クローン分布、ならびに、クローンサンプルにおける特定の長さおよび配列のＶ−Ｊ遺伝子再配列の単一の母集団を表す突出したピークを示す図である。異なるＶ−Ｊ遺伝子再配列は、異なる色で表現されている。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
下記の様々な実施形態の説明を読むために、本明細書のセクションの以下の説明、およびその個々の内容が役立つ可能性がある。
【００３１】
セクションＡは、本明細書において説明される実施形態を実践するのに役立つ可能性のあるネットワーク環境およびコンピューティング環境を説明している。
【００３２】
セクションＢは、ゲノムデータからフォワードプライマおよびリバースプライマを識別するためのシステムおよび方法の実施形態を説明している。
【００３３】
セクションＣは、ゲノムデータ内のクローン性を検出するためのシステムおよび方法の実施形態を説明している。
【００３４】
Ａ．コンピューティング環境およびネットワーク環境
本解決策の特定の実施形態を論じる前に、本明細書において説明される方法およびシステムに関する動作環境の態様、および関連付けられたシステム構成要素（例えば、ハードウェア要素）を説明することが役立つ可能性がある。図１Ａを参照すると、ネットワーク環境の実施形態が描写されている。概要において、ネットワーク環境は、１つまたは複数のネットワーク１０４を介して、（一般に、サーバ１０６、ノード１０６、またはリモートマシン１０６とも呼ばれる）１つまたは複数のサーバ１０６ａ〜１０６ｎと通信している（一般に、ローカルマシン１０２、クライアント１０２、クライアントノード１０２、クライアントマシン１０２、クライアントコンピュータ１０２、クライアントデバイス１０２、エンドポイント１０２、またはエンドポイントノード１０２とも呼ばれる）１つまたは複数のクライアント１０２ａ〜１０２ｎを含む。いくつかの実施形態において、クライアント１０２には、サーバによって提供されたリソースへのアクセス権を得ようとするクライアントノードと、他のクライアント１０２ａ〜１０２ｎのためにホストされたリソースへのアクセス権を与えるサーバとの両方として機能することができる。
【００３５】
図１Ａは、クライアント１０２とサーバ１０６との間のネットワーク１０４を示しているが、クライアント１０２およびサーバ１０６は、同じネットワーク１０４上にあってもよい。いくつかの実施形態において、クライアント１０２とサーバ１０６との間に複数のネットワーク１０４がある。これらの実施形態の１つにおいて、ネットワーク１０４’（図示せず）は、プライベートネットワークであってよく、ネットワーク１０４は、パブリックネットワークであってよい。これらの実施形態のもう１つにおいて、ネットワーク１０４は、プライベートネットワークであってよく、ネットワーク１０４’は、パブリックネットワークであってよい。これらの実施形態のさらにもう１つにおいて、ネットワーク１０４および１０４’は両方、プライベートネットワークであってよい。
【００３６】
ネットワーク１０４は、有線リンクまたはワイヤレスリンクで接続されることが可能である。有線リンクは、デジタル加入者線（ＤＳＬ）、同軸ケーブル線、または光ファイバ線を含むことができる。ワイヤレスリンクは、ＢＬＵＥＴＯＯＴＨ、Ｗｉ−Ｆｉ、ワールドワイドインターオペラビリティフォーマイクロウェーブアクセス（ＷｉＭＡＸ）、赤外線チャネル、または衛星帯域を含むことができる。ワイヤレスリンクは、１Ｇ、２Ｇ、３Ｇ、または４Ｇとしての基準を満たす規格を含む、モバイルデバイス間で通信するために使用される任意のセルラーネットワーク規格を含むこともできる。ネットワーク規格は、国際電気通信連合によって整備されている仕様などの仕様または規格を満たすことによって、１つまたは複数の世代の移動体通信規格としての基準を満たしている可能性がある。３Ｇ規格は、例えば、インターナショナルモバイルテレコミュニケーションズ−２０００（ＩＭＴ−２０００）仕様に対応している可能性があり、４Ｇ規格は、インターナショナルモバイルテレコミュニケーションズアドバンスト（ＩＭＴ−Ａｄｖａｎｃｅｄ）仕様に対応している可能性がある。セルラーネットワーク規格の例は、ＡＭＰＳ、ＧＳＭ、ＧＰＲＳ、ＵＭＴＳ、ＬＴＥ、ＬＴＥアドバンスト、モバイルＷｉＭＡＸ、およびＷｉＭＡＸアドバンストを含む。セルラーネットワーク規格は、例えば、ＦＤＭＡ、ＴＤＭＡ、ＣＤＭＡ、またはＳＤＭＡといった様々なチャネルアクセス方法を使用することができる。いくつかの実施形態において、種々のタイプのデータが、種々のリンクおよび規格で伝送されることが可能である。他の実施形態において、同じタイプのデータが、種々のリンクおよび規格で伝送されることが可能である。
【００３７】
ネットワーク１０４は、任意のタイプおよび／または形式のネットワークであってよい。ネットワーク１０４の地理範囲は大きく変化してよく、ネットワーク１０４は、例えば、イントラネット、メトロポリタンエリアネットワーク（ＭＡＮ）、広域ネットワーク（ＷＡＮ）、またはインターネットなどの、ボディエリアネットワーク（ＢＡＮ）、パーソナルエリアネットワーク（ＰＡＮ）、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）であることが可能である。ネットワーク１０４のトポロジは、任意の形式のトポロジであってよく、例えば、ポイントツーポイント、バス、スター、リング、メッシュ、またはツリーのいずれかを含むことができる。ネットワーク１０４は、仮想であり、他のネットワーク１０４’の１つまたは複数のレイヤの最上位に位置するオーバレイネットワークであってよい。ネットワーク１０４は、本明細書において説明される動作をサポートすることができる、当業者に知られているようなネットワークトポロジのネットワークであってよい。ネットワーク１０４は、例えば、イーサネットプロトコル、インターネットプロトコルスイート（ＴＣＰ／ＩＰ）、ＡＴＭ（非同期転送モード）技法、ＳＯＮＥＴ（同期光ネットワーキング）プロトコル、またはＳＤＨ（同期デジタル階層）プロトコルを含むプロトコルの種々の技法、およびレイヤまたはスタックを利用することができる。ＴＣＰ／ＩＰインターネットプロトコルスイートは、アプリケーション層、トランスポート層、（例えばＩＰｖ６を含む）インターネット層、またはリンク層を含むことができる。ネットワーク１０４は、ブロードキャストネットワーク、テレコミュニケーションネットワーク、データ通信ネットワーク、またはコンピュータネットワークの一種であってよい。
【００３８】
いくつかの実施形態において、システムは、複数の論理的にグループ化されたサーバ１０６を含むことができる。これらの実施形態の１つにおいて、サーバの論理グループは、サーバファーム３８またはマシンファーム３８と呼ばれることがある。これらの実施形態のもう１つにおいて、サーバ１０６は、地理的に分散されていてよい。他の実施形態において、マシンファーム３８は、単一のエンティティとして運営されることが可能である。さらなる他の実施形態において、マシンファーム３８は、複数のマシンファーム３８を含む。各マシンファーム３８内のサーバ１０６は、ヘテロジニアスなものであることが可能であり、サーバ１０６またはマシン１０６の１つまたは複数は、オペレーティングシステムプラットフォームの１つのタイプ（例えば、ワシントン州レドモンドのＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐ．によって製造されたＷＩＮＤＯＷＳ  ＮＴ）に従って動作することができるが、他のサーバ１０６の１つまたは複数は、オペレーティングシステムプラットフォームの別のタイプ（例えば、Ｕｎｉｘ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、またはＭａｃ  ＯＳ  Ｘ）に従って動作することができる。
【００３９】
１つの実施形態において、マシンファーム３８におけるサーバ１０６は、関連付けられたストレージシステムと共に高密度ラックシステムに格納され、企業データセンタに置かれることが可能である。本実施形態において、このようにサーバ１０６を統合すると、局所化された高性能ネットワーク上にサーバ１０６および高性能ストレージシステムを置くことによって、システム管理能力、データセキュリティ、システムの物理的なセキュリティ、およびシステム性能を改善することができる。サーバ１０６およびストレージシステムを集中化し、これらを先進的なシステム管理ツールと連結すると、サーバリソースをより効率的に使用することができる。
【００４０】
各マシンファーム３８のサーバ１０６は、同じマシンファーム３８内の別のサーバ１０６の物理的にすぐ近くにある必要はない。このようにして、マシンファーム３８として論理的にグループ化されたサーバ１０６のグループは、広域ネットワーク（ＷＡＮ）接続、またはメトロポリタンエリアネットワーク（ＭＡＮ）接続を使用して、相互に接続されることが可能である。例えば、マシンファーム３８は、異なる大陸、または大陸、国、州、都市、キャンパス、もしくは部屋の異なる領域に物理的に置かれたサーバ１０６を含むことができる。マシンファーム３８におけるサーバ１０６の間のデータ伝送速度は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）接続、またはいくつかの形式の直接接続を使用してサーバ１０６が接続されている場合に向上する可能性がある。追加として、ヘテロジニアスなマシンファーム３８は、オペレーティングシステムの１つのタイプに従って動作する１つまたは複数のサーバ１０６を含むことができるが、１つまたは複数の他のサーバ１０６は、オペレーティングシステムではなくハイパーバイザの１つまたは複数のタイプを実行する。これらの実施形態において、ハイパーバイザは、仮想ハードウェアをエミュレートすること、物理ハードウェアを分割すること、物理ハードウェアを仮想化すること、およびコンピューティング環境へのアクセスを提供する仮想マシンを実行すること、を行うために使用されることが可能であり、複数のオペレーティングシステムがホストコンピュータ上で並行に動くことを可能にする。ネイティブハイパーバイザは、ホストコンピュータ上で直接的に動くことができる。ハイパーバイザは、カリフォルニア州パロアルトのＶＭＷａｒｅ，Ｉｎｃ．によって製造されたＶＭｗａｒｅ  ＥＳＸ／ＥＳＸｉ、Ｃｉｔｒｉｘ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．によって開発が統括されているオープンソース製品であるＸｅｎハイパーバイザ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔまたは他によって提供されたＨＹＰＥＲ−Ｖハイパーバイザを含むことができる。ホストされるハイパーバイザは、第２のソフトウェアレベルで、オペレーティングシステム内で動くことができる。ホストされるハイパーバイザの例は、ＶＭｗａｒｅ  ＷｏｒｋｓｔａｉｏｎおよびＶＩＲＴＵＡＬＢＯＸを含むことができる。
【００４１】
マシンファーム３８の管理は、集中化されなくてよい。例えば、１つまたは複数のサーバ１０６は、マシンファーム３８のための１つまたは複数の管理サービスをサポートするためのコンポーネント、サブシステム、およびモジュールを備えることができる。これらの実施形態の１つにおいて、１つまたは複数のサーバ１０６は、フェイルオーバ、データ複製をハンドリングするため、およびマシンファーム３８の堅牢性を向上させるための技法を含む、動的データの管理のための機能を提供する。各サーバ１０６は、永続記憶、およびいくつかの実施形態において、動的記憶と、通信することができる。
【００４２】
サーバ１０６は、ファイルサーバ、アプリケーションサーバ、ウェブサーバ、プロキシサーバ、アプライアンス、ネットワーク機器、ゲートウェイ、ゲートウェイサーバ、仮想化サーバ、展開サーバ、ＳＳＬ  ＶＰＮサーバ、またはファイアウォールであってよい。１つの実施形態において、サーバ１０６は、リモートマシンまたはノードと呼ばれることがある。別の実施形態において、複数のノード２９０は、任意の２つの通信サーバ間の経路内にあることが可能である。
【００４３】
図１Ｂを参照すると、クラウドコンピューティング環境が描写されている。クラウドコンピューティング環境は、ネットワーク環境によって提供された１つまたは複数のリソースをクライアント１０２に提供することができる。クラウドコンピューティング環境は、１つまたは複数のネットワーク１０４でクラウド１０８と通信している１つまたは複数のクライアント１０２ａ〜１０２ｎを含むことができる。クライアント１０２は、例えば、シッククライアント、シンクライアント、およびゼロクライアントを含むことができる。シッククライアントは、クラウド１０８またはサーバ１０６から切断されたときでも、少なくともいくつかの機能を提供することができる。シンクライアントまたはゼロクライアントは、クラウド１０８またはサーバ１０６への接続に依存して、機能を提供することができる。ゼロクライアントは、クラウド１０８または他のネットワーク１０４またはサーバ１０６に依存して、クライアントデバイスのためのオペレーティングシステムデータを取り出すことができる。クラウド１０８は、例えば、サーバ１０６、ストレージ、サーバファーム、またはデータセンタといった、バックエンドプラットフォームを含むことができる。
【００４４】
クラウド１０８は、パブリック、プライベート、またはハイブリッドであってよい。パブリッククラウドは、クライアント１０２またはクライアントの所有者のためにサードパーティによって維持されるパブリックサーバ１０６を含むことができる。サーバ１０６は、上記または別途開示されたように、リモートの地理位置に離れて置かれることが可能である。パブリッククラウドは、パブリックネットワークでサーバ１０６に接続されることが可能である。プライベートクラウドは、クライアント１０２またはクライアントの所有者によって物理的に維持されるプライベートサーバ１０６を含むことができる。プライベートクラウドは、プライベートネットワーク１０４でサーバ１０６に接続されることが可能である。ハイブリッドクラウド１０８は、プライベートおよびパブリックネットワーク１０４とサーバ１０６の両方を含むことができる。
【００４５】
クラウド１０８は、例えば、サービスとしてのソフトウェア（ＳａａＳ）１１０、サービスとしてのプラットフォーム（ＰａａＳ）１１２、およびサービスとしてのインフラストラクチャ（ＩａａＳ）１１４といった、クラウドベース配信を含むこともできる。ＩａａＳは、指定の時間中に必要なインフラストラクチャリソースの使用をユーザが借りることを指すことができる。ＩａａＳプロバイダは、ストレージ、ネットワーキング、サーバ、または仮想化リソースを大きいプールから提供することができ、必要に応じて、より多くのリソースにアクセスすることによって、ユーザが素早くスケールアップすることを可能にする。ＩａａＳの例は、カナダ、ケベック州モントリオールのＯＶＨ  ＨＯＳＴＩＮＧによって提供されたインフラストラクチャおよびサービス（例えば、ＥＧ−３２）、ワシントン州シアトルのＡｍａｚｏｎ．ｃｏｍ，Ｉｎｃ．によって提供されたＡＭＡＺＯＮ  ＷＥＢ  ＳＥＲＶＩＣＥＳ、テキサス州サンアントニオのＲａｃｋｓｐａｃｅ  ＵＳ，Ｉｎｃ．によって提供されたＲＡＣＫＳＰＡＣＥ  ＣＬＯＵＤ、カリフォルニア州マウンテンビューのＧｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されたＧｏｏｇｌｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅ  Ｅｎｇｉｎｅ、または、カリフォルニア州サンタバーバラのＲｉｇｈｔＳｃａｌｅ，Ｉｎｃ．によって提供されたＲＩＧＨＴＳＣＡＬＥを含むことができる。ＰａａＳプロバイダは、例えば、ストレージ、ネットワーキング、サーバ、または仮想化、ならびに、例えば、オペレーティングシステム、ミドルウェア、またはランタイムリソースなどの追加リソースを含む、ＩａａＳによって提供された機能を提供することができる。ＰａａＳの例は、ワシントン州レドモンドのＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって提供されたＷＩＮＤＯＷＳ  ＡＺＵＲＥ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されたＧｏｏｇｌｅ  Ａｐｐ  Ｅｎｇｉｎｅ、およびカリフォルニア州サンフランシスコのＨｅｒｏｋｕ，Ｉｎｃ．によって提供されたＨＥＲＯＫＵを含む。ＳａａＳプロバイダは、ストレージ、ネットワーキング、サーバ、仮想化、オペレーティングシステム、ミドルウェア、またはランタイムリソースを含む、ＰａａＳが提供するリソースを提供することができる。いくつかの実施形態において、ＳａａＳプロバイダは、例えば、データおよびアプリケーションリソースを含む、追加リソースを提供することができる。ＳａａＳの例は、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されたＧＯＯＧＬＥ  ＡＰＰＳ、カリフォルニア州サンフランシスコのＳａｌｅｓｆｏｒｃｅ．ｃｏｍ  Ｉｎｃ．によって提供されたＳＡＬＥＳＦＯＲＣＥ、またはＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって提供されたＯＦＦＩＣＥ３６５を含む。ＳａａＳの例は、例えば、カリフォルニア州サンフランシスコのＤｒｏｐｂｏｘ，Ｉｎｃ．によって提供されたＤＲＯＰＢＯＸ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって提供されたＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＳＫＹＤＲＩＶＥ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されたＧｏｏｇｌｅ  Ｄｒｉｖｅ、またはカリフォルニア州クパチーノのＡｐｐｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されたＡｐｐｌｅ  ＩＣＬＯＵＤといった、データストレージ��ロバイダを含むこともできる。
【００４６】
クライアント１０２は、例えば、Ａｍａｚｏｎ  Ｅｌａｓｔｉｃ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｃｌｏｕｄ（ＥＣ２）、Ｏｐｅｎ  Ｃｌｏｕｄ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ（ＯＣＣＩ）、Ｃｌｏｕｄ  Ｉｎｆｒａｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ  Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ（ＣＩＭＩ）、またはＯｐｅｎＳｔａｃｋ規格を含む、１つまたは複数のＩａａＳ規格のＩａａＳリソースにアクセスすることができる。いくつかのＩａａＳ規格は、ＨＴＴＰでのリソースへのクライアントアクセスを可能にすることができ、リプレゼンテーショナルステートトランスファ（ＲＥＳＴ）プロトコルまたはシンプルオブジェクトアクセスプロトコル（ＳＯＡＰ）を使用することができる。クライアント１０２は、異なるＰａａＳインターフェースでＰａａＳリソースにアクセスすることができる。いくつかのＰａａＳインターフェースは、ＨＴＴＰパッケージ、標準Ｊａｖａ  ＡＰＩ、ＪａｖａＭａｉｌ  ＡＰＩ、Ｊａｖａデータオブジェクト（ＪＤＯ）、ＪａｖａパーシステンスＡＰＩ（ＪＰＡ）、Ｐｙｔｈｏｎ  ＡＰＩ、例えば、Ｒａｃｋ  ｆｏｒ  Ｒｕｂｙ、ＷＳＧＩ  ｆｏｒ  Ｐｙｔｈｏｎ、またはＰＳＧＩ  ｆｏｒ  Ｐｅｒｌを含む種々のプログラミング言語のためのウェブ統合ＡＰＩ、または、ＲＥＳＴ、ＨＴＴＰ、ＸＭＬ、もしくは他のプロトコル上で構築できる他のＡＰＩを使用する。クライアント１０２は、ウェブブラウザ（例えば、ＧＯＯＧＬＥ  ＣＨＲＯＭＥ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＩＮＴＥＲＮＥＴ  ＥＸＰＬＯＲＥＲ、または、カリフォルニア州マウンテンビューのＭｏｚｉｌｌａ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎによって提供されたＭｏｚｉｌｌａ  Ｆｉｒｅｆｏｘ）によって提供されるウェブベースユーザインターフェースの使用を通じてＳａａＳリソースにアクセスすることができる。クライアント１０２は、例えば、Ｓａｌｅｓｆｏｒｃｅ  Ｓａｌｅｓ  Ｃｌｏｕｄ、またはＧｏｏｇｌｅ  Ｄｒｉｖｅ  ａｐｐを含む、スマートフォンまたはタブレットのアプリケーションを介してＳａａＳリソースにアクセスすることもできる。クライアント１０２は、例えば、Ｗｉｎｄｏｗｓ  ｆｉｌｅ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ＤＲＯＰＢＯＸを含むクライアントオペレーティングシステムを介してＳａａＳリソースにアクセスすることもできる。
【００４７】
いくつかの実施形態において、ＩａａＳ、ＰａａＳ、またはＳａａＳリソースへのアクセスは、認証されることが可能である。例えば、サーバまたは認証サーバは、セキュリティ証明書、ＨＴＴＰＳ、またはＡＰＩキーによってユーザを認証することができる。ＡＰＩキーは、例えば、アドバンストエンクリプションスタンダード（ＡＥＳ）などの様々な暗号化規格を含むことができる。データリソースは、トランスポート層セキュリティ（ＴＬＳ）またはセキュアソケットレイヤ（ＳＳＬ）で送信されることが可能である。
【００４８】
クライアント１０２およびサーバ１０６は、ネットワークの任意のタイプおよび形式で通信すること、ならびに本明細書において説明される動作を行うことができる、例えば、コンピュータ、ネットワークデバイス、またはアプライアンスといった、コンピューティングデバイスの任意のタイプおよび形式として配置されること、ならびに／または、コンピューティングデバイスの任意のタイプおよび形式上で実行されることが可能である。図１Ｃおよび図１Ｄは、クライアント１０２またはサーバ１０６の実施形態を実践するのに役立つコンピューティングデバイス１００のブロック図を描写している。図１Ｃおよび図１Ｄに示されたように、各コンピューティングデバイス１００は、中央処理装置１２１およびメインメモリユニット１２２を含む。図１Ｃに示されたように、コンピューティングデバイス１００は、ストレージデバイス１２８、インストールデバイス１１６、ネットワークインターフェース１１８、Ｉ／Ｏコントローラ１２３、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎ、キーボード１２６、および、例えばマウスといったポインティングデバイス１２７を含むことができる。ストレージデバイス１２８は、オペレーティングシステム、ソフトウェア、および、ゲノムデータ処理システム１２０のソフトウェアを、限定することなく含むことができる。図１Ｄに示されたように、各コンピューティングデバイス１００は、例えば、メモリポート１０３、ブリッジ１７０、１つまたは複数の入出力デバイス１３０ａ〜１３０ｎ（一般に、参照番号１３０を使用して参照される）、および中央処理装置１２１と通信しているキャッシュメモリ１４０といった、追加の任意選択の要素を含むこともできる。
【００４９】
中央処理装置１２１は、メインメモリユニット１２２からフェッチされた命令に応答し、処理する任意の論理回路である。多くの実施形態において、中央処理装置１２１は、例えば、カリフォルニア州マウンテンビューのＩｎｔｅｌ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって製造されたもの、イリノイ州シャンバーグのＭｏｔｏｒｏｌａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって製造されたもの、カリフォルニア州サンタクララのＮｖｉｄｉａによって製造されたＡＲＭプロセッサおよびＴＥＧＲＡシステムオンチップ（ＳｏＣ）、ニューヨーク州ホワイトプレインズのＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍａｃｈｉｎｅｓによって製造されたものであるＰＯＷＥＲ７プロセッサ、または、カリフォルニア州サニーベールのＡｄｖａｎｃｅｄ  Ｍｉｃｒｏ  Ｄｅｖｉｃｅｓによって製造されたもの、といったマイクロプロセッサユニットによって提供される。コンピューティングデバイス１００は、これらのプロセッサのいずれか、または、本明細書において説明されるように動作することができる他の任意のプロセッサ、に基づいていることが可能である。中央処理装置１２１は、命令レベル並列処理、スレッドレベル並列処理、異なるレベルのキャッシュ、およびマルチコアプロセッサを利用することができる。マルチコアプロセッサは、単一のコンピューティング構成要素上に２つ以上の処理ユニットを含むことができる。マルチコアプロセッサの例は、ＡＭＤ  ＰＨＥＮＯＭ  ＩＩＸ２、ＩＮＴＥＬ  ＣＯＲＥ  ｉ５、およびＩＮＴＥＬ  ＣＯＲＥ  ｉ７を含む。
【００５０】
メインメモリユニット１２２は、データを格納することができ、マイクロプロセッサ１２１によって任意の格納先に直接的にアクセスすることができる、１つまたは複数のメモリチップを含むことができる。メインメモリユニット１２２は、揮発性であり、ストレージ１２８のメモリより高速であってよい。メインメモリユニット１２２は、スタティックランダムアクセスメモリ（ＳＲＡＭ）、バーストＳＲＡＭ、もしくは同期バーストＳＲＡＭ（ＢＳＲＡＭ）、高速ページモードＤＲＡＭ（ＦＰＭ  ＤＲＡＭ）、エンハンストＤＲＡＭ（ＥＤＲＡＭ）、エクステンデッドデータアウトプットＲＡＭ（ＥＤＯ  ＲＡＭ）、エクステンデッドデータアウトプットＤＲＡＭ（ＥＤＯ  ＤＲＡＭ）、バーストエクステンデッドデータアウトプットＤＲＡＭ（ＢＥＤＯ  ＤＲＡＭ）、シングルデータレートシンクロナスＤＲＡＭ（ＳＤＲ  ＳＤＲＡＭ）、ダブルデータレートＳＤＲＡＭ（ＤＤＲ  ＳＤＲＡＭ）、ダイレクトラムバスＤＲＡＭ（ＤＲＤＲＡＭ）、またはエクストリームデータレートＤＲＡＭ（ＸＤＲ  ＤＲＡＭ）を含む、ダイナミックランダムアクセスメモリ（ＤＲＡＭ）または任意の変形物であってよい。いくつかの実施形態において、メインメモリ１２２またはストレージ１２８は、不揮発性であることが可能であり、例えば、不揮発性リードアクセスメモリ（ＮＶＲＡＭ）、フラッシュメモリ不揮発性スタティックＲＡＭ（ｎｖＳＲＡＭ）、強誘電体ＲＡＭ（ＦｅＲＡＭ）、磁気抵抗性ＲＡＭ（ＭＲＡＭ）、相変化メモリ（ＰＲＡＭ）、導電性ブリッジＲＡＭ（ＣＢＲＡＭ）、酸化ケイ素酸化窒素シリコン（ＳＯＮＯＳ）、抵抗変化型ＲＡＭ（ＲＲＡＭ（登録商標））、レーストラック、ナノＲＡＭ（ＮＲＡＭ）、またはミリピードメモリであることが可能である。メインメモリ１２２は、上述のメモリチップのいずれか、または、本明細書において説明されるように動作することができる他の任意の利用可能なメモリチップに基づいていることが可能である。図１Ｃに示された実施形態において、プロセッサ１２１は、（下記においてより詳細に記述される）システムバス１５０を介してメインメモリ１２２と通信する。図１Ｄは、メモリポート１０３を介してメインメモリ１２２とプロセッサが直接的に通信するコンピューティングデバイス１００の実施形態を描写している。例えば、図１Ｄにおいて、メインメモリ１２２は、ＤＲＤＲＡＭであってよい。
【００５１】
図１Ｄは、バックサイドバスと呼ばれることもある２次バスを介して、メインプロセッサ１２１がキャッシュメモリ１４０と直接的に通信する実施形態を描写している。他の実施形態において、メインプロセッサ１２１は、システムバス１５０を使用してキャッシュメモリ１４０と通信する。キャッシュメモリ１４０は、典型的には、メインメモリ１２２よりレスポンス時間が速く、典型的には、ＳＲＡＭ、ＢＳＲＡＭ、またはＥＤＲＡＭによって提供される。図１Ｄに示された実施形態において、プロセッサ１２１は、ローカルシステムバス１５０を介して様々なＩ／Ｏデバイス１３０と通信する。Ｉ／Ｏデバイス１３０のいずれかに中央処理装置１２１を接続するために様々なバスが使用されることが可能であり、ＰＣＩバス、ＰＣＩ−Ｘバス、もしくはＰＣＩエクスプレスバス、またはＮｕＢｕｓを含む。Ｉ／Ｏデバイスがビデオディスプレイ１２４である実施形態について、プロセッサ１２１は、アドバンストグラフィックスポート（ＡＧＰ）を使用して、ディスプレイ１２４、またはディスプレイ１２４のためのＩ／Ｏコントローラ１２３と通信することができる。図１Ｄは、ＨＹＰＥＲＴＲＡＮＳＰＯＲＴ、ＲＡＰＩＤＩＯ、またはＩＮＦＩＮＩＢＡＮＤ通信技術によって、メインプロセッサ１２１が、Ｉ／Ｏデバイス１３０ｂまたは他のプロセッサ１２１’と直接的に通信するコンピュータ１００の実施形態を描写している。図１Ｄは、プロセッサ１２１がＩ／Ｏデバイス１３０ｂと直接的に通信すると同時に、ローカル相互接続バスを使用してＩ／Ｏデバイス１３０ａと通信する、ローカルバスと直接通信が混在する実施形態も描写している。
【００５２】
多種多様なＩ／Ｏデバイス１３０ａ〜１３０ｎが、コンピューティングデバイス１００内にあってよい。入力デバイスは、キーボード、マウス、トラックパッド、トラックボール、タッチパッド、タッチマウス、マルチタッチ式のタッチパッドおよびタッチマウス、マイクロフォン、マルチアレイのマイクロフォン、描画タブレット、カメラ、一眼レフカメラ（ＳＬＲ）、デジタルＳＬＲ（ＤＳＬＲ）、ＣＭＯＳセンサ、加速度計、赤外光学センサ、圧力センサ、磁力計センサ、角速度センサ、深度センサ、近接センサ、環境光センサ、ジャイロスコープセンサ、または他のセンサを含むことができる。出力デバイスは、ビデオディスプレイ、グラフィカルディスプレイ、スピーカ、ヘッドホン、インクジェットプリンタ、レーザプリンタ、および３Ｄプリンタを含むことができる。
【００５３】
デバイス１３０ａ〜１３０ｎは、例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＫＩＮＥＣＴ、Ｎｉｎｔｅｎｄｏ  Ｗｉｉｍｏｔｅ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ＷＩＩ、Ｎｉｎｔｅｎｄｏ  ＷＩＩ  Ｕ  ＧＡＭＥＰＡＤ、またはＡｐｐｌｅ  ＩＰＨＯＮＥを含む、複数の入力デバイスまたは出力デバイスの組合せを含むことができる。デバイス１３０ａ〜１３０ｎの中には、入力および出力のうちのいくつかを組み合わせることによってジェスチャ認識入力を可能にするものもある。デバイス１３０ａ〜１３０ｎの中には、認証および他のコマンドを含む種々の目的のために入力として利用されることが可能な顔認識を提供するものもある。デバイス１３０ａ〜１３０ｎの中には、例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＫＩＮＥＣＴ、ＡｐｐｌｅによるＳＩＲＩ  ｆｏｒ  ＩＰＨＯＮＥ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｎｏｗ、またはＧｏｏｇｌｅ  Ｖｏｉｃｅ  Ｓｅａｒｃｈを含む音声認識および音声入力を提供するものもある。
【００５４】
追加のデバイス１３０ａ〜１３０ｎには入力と出力両方の能力があり、例えば、触感フィードバックデバイス、タッチスクリーンディスプレイ、またはマルチタッチディスプレイを含む。タッチスクリーン、マルチタッチディスプレイ、タッチパッド、タッチマウス、または他のタッチ検知デバイスは、例えば、容量性、表面容量性、投影型静電容量式タッチ（ＰＣＴ）、インセル容量性、抵抗性、赤外線、導波路、分散信号タッチ（ＤＳＴ）、インセルオプティカル、表面音響波（ＳＡＷ）、屈曲波タッチ（ＢＷＴ）、またはフォースベース検知技術を含む、種々の技術を使用してタッチを検知することができる。マルチタッチデバイスの中には、表面との２つ以上の接触点を許容することができるものもあり、例えば、ピンチ、拡大、回転、スクロール、または他のジェスチャを含む先進機能を可能にする。例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＰＩＸＥＬＳＥＮＳＥ、またはＭｕｌｔｉ−Ｔｏｕｃｈ  Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ  Ｗａｌｌを含むタッチスクリーンデバイスの中には、テーブル面上、または壁上など、より広い表面を有する可能性があるものもあり、他の電子デバイスと対話することもできるものもある。いくつかのＩ／Ｏデバイス１３０ａ〜１３０ｎ、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎ、またはデバイスのグループは、拡張現実デバイスであってよい。Ｉ／Ｏデバイスは、図１Ｃに示されたようにＩ／Ｏコントローラ１２３によって制御されることが可能である。Ｉ／Ｏコントローラは、例えば、キーボード１２６、および、例えばマウスまたは光学ペンといったポインティングデバイス１２７など、１つまたは複数のＩ／Ｏデバイスを制御することができる。さらに、Ｉ／Ｏデバイスは、コンピューティングデバイス１００のためのストレージおよび／またはインストール媒体１１６を提供することもできる。さらなる他の実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、ハンドヘルドＵＳＢストレージデバイスを受け入れるために、ＵＳＢ接続（図示せず）を提供することができる。さらなる実施形態において、Ｉ／Ｏデバイス１３０は、例えば、ＵＳＢバス、ＳＣＳＩバス、ＦｉｒｅＷｉｒｅバス、イーサネットバス、ギガビットイーサネットバス、ファイバチャネルバス、またはサンダーボルトバスといった、システムバス１５０と外部通信バスとの間のブリッジであってよい。
【００５５】
いくつかの実施形態において、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎは、Ｉ／Ｏコントローラ１２３に接続されることが可能である。表示デバイスは、例えば、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）、薄膜トランジスタＬＣＤ（ＴＦＴ−ＬＣＤ）、青相ＬＣＤ、電子ペーパー（ｅ−ｉｎｋ）ディスプレイ、フレキシブルディスプレイ、発光ダイオードディスプレイ（ＬＥＤ）、デジタルライトプロセシング（ＤＬＰ）ディスプレイ、リキッドクリスタルオンシリコン（ＬＣＯＳ）ディスプレイ、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイ、アクティブマトリックス有機発光ダイオード（ＡＭＯＬＥＤ）ディスプレイ、液晶レーザディスプレイ、時間多重光学シャッター（ＴＭＯＳ）ディスプレイ、または３Ｄディスプレイを含むことができる。３Ｄディスプレイの例は、例えば、立体視、偏向フィルタ、アクティブシャッター、または裸眼立体視を使用することができる。表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎは、ヘッドマウントディスプレイ（ＨＭＤ）であってもよい。いくつかの実施形態において、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎ、または対応するＩ／Ｏコントローラ１２３は、ＯＰＥＮＧＬもしくはＤＩＲＥＣＴＸ  ＡＰＩまたは他のグラフィックスライブラリを通じて制御されることが可能であり、これらに対するハードウェアサポートを有することができる。
【００５６】
いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、それぞれが同じまたは異なるタイプおよび／または形式のものである複数の表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎを含むこと、またはこれらに接続することができる。したがって、Ｉ／Ｏデバイス１３０ａ〜１３０ｎのいずれか、および／またはＩ／Ｏコントローラ１２３は、コンピューティングデバイス１００による複数の表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎの接続および使用をサポートするため、可能にするため、または提供するために、任意のタイプおよび／または形式の適切なハードウェア、ソフトウェア、または、ハードウェアとソフトウェアの組合せを含むことができる。例えば、コンピューティングデバイス１００は、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎとインターフェースするため、通信するため、接続するため、またはそうでなければ使用するための、任意のタイプおよび／または形式のビデオアダプタ、ビデオカード、ドライバ、および／またはライブラリを含むことができる。１つの実施形態において、ビデオアダプタは、複数の表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎとインターフェースするための複数のコネクタを含むことができる。他の実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、複数のビデオアダプタを含むことができ、各ビデオアダプタは、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎの１つまたは複数に接続される。いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００のオペレーティングシステムのいずれかの部分は、複数のディスプレイ１２４ａ〜１２４ｎを使用するために構成されることが可能である。他の実施形態において、表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎの１つまたは複数は、ネットワーク１０４を介してコンピューティングデバイス１００に接続された１つまたは複数の他のコンピューティングデバイス１００ａまたは１００ｂによって提供されることが可能である。いくつかの実施形態において、ソフトウェアは、コンピューティングデバイス１００のための第２の表示デバイス１２４ａとして別のコンピュータの表示デバイスを使用するように設計されること、および構築されることが可能である。例えば、１つの実施形態において、Ａｐｐｌｅ  ｉＰａｄは、コンピューティングデバイス１００に接続し、拡張デスクトップとして使用できる追加の表示画面として、デバイス１００のディスプレイを使用することができる。当業者は、コンピューティングデバイス１００が複数の表示デバイス１２４ａ〜１２４ｎを備えるように構成されることが可能な、様々な方式および実施形態を認識し、正しく理解するはずである。
【００５７】
図１Ｃを再び参照すると、コンピューティングデバイス１００は、オペレーティングシステムまたは他の関連ソフトウェアを格納するため、および、ゲノムデータ処理システム１２０のためのソフトウェアに関する任意のプログラムなどのアプリケーションソフトウェアプログラムを格納するための、ストレージデバイス１２８（例えば、１つまたは複数のハードディスクドライブまたは独立したディスクの冗長アレイ）を備えることができる。ストレージデバイス１２８の例は、例えば、ハードディスクドライブ（ＨＤＤ）、（ＣＤドライブ、ＤＶＤドライブ、もしくはブルーレイドライブを含む）光学ドライブ、ソリッドステートドライブ（ＳＳＤ）、ＵＳＢフラッシュドライブ、またはデータを格納するのに適した他の任意のデバイスを含む。ストレージデバイスの中には、例えば、ハードディスクをソリッドステートキャッシュと組み合わせたソリッドステートハイブリッドドライブを含む複数の揮発性および不揮発性のメモリを含むことができるものもある。ストレージデバイス１２８の中には、不揮発性、可変性、または読出し専用であることが可能なものもある。ストレージデバイス１２８の中には、コンピューティングデバイス１００の内部にあることが可能なものもあり、バス１５０を介してコンピューティングデバイス１００に接続できるものもある。ストレージデバイス１２８の中には、コンピューティングデバイス１００の外部にあることが可能なものもあり、外部バスを提供するＩ／Ｏデバイス１３０を介してコンピューティングデバイス１００に接続できるものもある。ストレージデバイス１２８の中には、ネットワークインターフェース１１８を介してネットワーク１０４でコンピューティングデバイス１００に接続できるものもあり、例えば、ＡｐｐｌｅによるＭＡＣＢＯＯＫ  ＡＩＲのためのリモートディスクを含む。クライアントデバイス１００の中には、不揮発性ストレージデバイス１２８を必要としなくてよいものもあり、シンクライアントまたはゼロクライアント１０２であってよいものもある。ストレージデバイス１２８の中には、インストールデバイス１１６としても使用されることが可能なものもあり、ソフトウェアおよびプログラムのインストールに適している可能性があるものもある。追加として、オペレーティングシステムおよびソフトウェアは、例えば、例えばｋｎｏｐｐｉｘ．ｎｅｔからＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘディストリビューションとして利用可能なＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘのためのブート可能ＣＤであるＫＮＯＰＰＩＸといったブート可能ＣＤといったブート可能媒体から実行されることが可能である。
【００５８】
クライアントデバイス１００は、アプリケーション配布プラットフォームからソフトウェアまたはアプリケーションをインストールすることもできる。アプリケーション配布プラットフォームの例は、Ａｐｐｌｅ，Ｉｎｃ．によって提供されているｉＯＳのためのＡｐｐ  Ｓｔｏｒｅ、Ａｐｐｌｅ，Ｉｎｃ．によって提供されているＭａｃ  Ａｐｐ  Ｓｔｏｒｅ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されているＡｎｄｒｏｉｄ  ＯＳのためのＧＯＯＧＬＥ  ＰＬＡＹ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｉｎｃ．によって提供されているＣＨＲＯＭＥ  ＯＳのためのＣｈｒｏｍｅ  Ｗｅｂｓｔｏｒｅ、ならびに、Ａｍａｚｏｎ．ｃｏｍ，Ｉｎｃ．によって提供されているＡｎｄｒｏｉｄ  ＯＳおよびＫＩＮＤＬＥ  ＦＩＲＥのためのＡｍａｚｏｎ  Ａｐｐｓｔｏｒｅ、を含む。アプリケーション配布プラットフォームは、クライアントデバイス１０２へのソフトウェアのインストールを容易にすることができる。アプリケーション配布プラットフォームは、クライアント１０２ａ〜１０２ｎがネットワーク１０４でアクセスすることができる、サーバ１０６またはクラウド１０８上のアプリケーションのリポジトリを含むことができる。アプリケーション配布プラットフォームは、様々な開発者によって開発され、提供されたアプリケーションを含むことができる。クライアントデバイス１０２のユーザは、アプリケーション配布プラットフォームを介してアプリケーションを選択、購入、および／またはダウンロードすることができる。
【００５９】
さらに、コンピューティングデバイス１００は、標準電話線のＬＡＮもしくはＷＡＮリンク（例えば、８０２．１１、Ｔ１、Ｔ３、ギガビットイーサネット、インフィニバンド）、ブロードバンド接続（例えば、ＩＳＤＮ、フレームリレー、ＡＴＭ、ギガビットイーサネット、イーサネットオーバーＳＯＮＥＴ、ＡＤＳＬ、ＶＤＳＬ、ＢＰＯＮ、ＧＰＯＮ、ＦｉＯＳを含む光ファイバ）、ワイヤレス接続、または、上記のいずれかもしくは全てのいくつかの組合せを含むがこれらに限定されない様々な接続を経由して、ネットワーク１０４とインターフェースするためのネットワークインターフェース１１８を含むことができる。接続は、様々な通信プロトコル（例えば、ＴＣＰ／ＩＰ、イーサネット、ＡＲＣＮＥＴ、ＳＯＮＥＴ、ＳＤＨ、ファイバディストリビューテッドデータインターフェース（ＦＤＤＩ）、ＩＥＥＥ８０２．１１ａ／ｂ／ｇ／ｎ／ａｃ、ＣＤＭＡ、ＧＳＭ、ＷｉＭａｘ、および直接非同期式接続）を使用して確立されることが可能である。１つの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、例えば、セキュアソケットレイヤ（ＳＳＬ）もしくはトランスポート層セキュリティ（ＴＬＳ）、または、フロリダ州フォートローダーデールのＣｉｔｒｉｘ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．によって製造されたＣｉｔｒｉｘ  Ｇａｔｅｗａｙ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌといった、ゲートウェイまたはトンネリングプロトコルの任意のタイプおよび／または形式を介して他のコンピューティングデバイス１００’と通信する。ネットワークインターフェース１１８は、ビルトインネットワークアダプタ、ネットワークインターフェースカード、ＰＣＭＣＩＡネットワークカード、ＥＸＰＲＥＳＳＣＡＲＤネットワークカード、カードバスネットワークアダプタ、ワイヤレスネットワークアダプタ、ＵＳＢネットワークアダプタ、モデム、または、本明細書において説明される動作を通信すること、および実行することができるネットワークの任意のタイプにコンピューティングデバイス１００をインターフェースするのに適した他の任意のデバイスを備えることができる。
【００６０】
図１Ｂおよび図１Ｃに描写された種類のコンピューティングデバイス１００は、タスクのスケジューリング、およびシステムリソースへのアクセスを制御するオペレーティングシステムの制御下で動作することができる。コンピューティングデバイス１００は、ＭＩＣＲＯＳＯＦＴ  ＷＩＮＤＯＷＳ（登録商標）オペレーティングシステムのバージョンのいずれか、ＵｎｉｘおよびＬｉｎｕｘオペレーティングシステムの種々のリリース、ＭａｃｉｎｔｏｓｈコンピュータのためのＭＡＣ  ＯＳの任意のバージョン、任意の埋込型オペレーティングシステム、任意のリアルタイムオペレーティングシステム、任意のオープンソースオペレーティングシステム、任意の独自のオペレーティングシステム、モバイルコンピューティングデバイスのための任意のオペレーティングシステム、または、コンピューティングデバイス上で動き、本明細書において説明される動作を実行することができる他の任意のオペレーティングシステム、などの任意のオペレーティングシステムを実行していてよい。典型的なオペレーティングシステムは、中でも、その全てがワシントン州レドモンドのＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって製造されたＷＩＮＤＯＷＳ２０００、ＷＩＮＤＯＷＳ  Ｓｅｒｖｅｒ２０２２、ＷＩＮＤＯＷＳ  ＣＥ、ＷＩＮＤＯＷＳ  Ｐｈｏｎｅ、ＷＩＮＤＯＷＳ  ＸＰ、ＷＩＮＤＯＷＳ  ＶＩＳＴＡ、およびＷＩＮＤＯＷＳ７、ＷＩＮＤＯＷＳ  ＲＴ、およびＷＩＮＤＯＷＳ８、ならびに、カリフォルニア州クパチーノのＡｐｐｌｅ，Ｉｎｃ．によって製造されたＭＡＣ  ＯＳおよびｉＯＳ、ならびに、英国、ロンドンのＣａｎｏｎｉｃａｌ  Ｌｔｄ．によって配布される、例えば  Ｌｉｎｕｘ  Ｍｉｎｔディストリビューション（「ｄｉｓｔｒｏ」）もしくはＵｂｕｎｔｕといった、自由に利用できるオペレーティングシステムであるＬｉｎｕｘ、または、Ｕｎｉｘもしくは他のＵｎｉｘライクな派生オペレーティングシステム、ならびに、カリフォルニア州マウンテンビューのＧｏｏｇｌｅによって設計されたＡｎｄｒｏｉｄ、を含むがこれらに限定されない。例えば、ＧｏｏｇｌｅによるＣＨＲＯＭＥ  ＯＳを含むオペレーティングシステムの中には、例えばＣＨＲＯＭＥＢＯＯＫＳを含むゼロクライアントまたはシンクライアント上で使用されることが可能なものもある。
【００６１】
コンピュータシステム１００は、任意のワークステーション、電話、デスクトップコンピュータ、ラップトップもしくはノートブックコンピュータ、ネットブック、ＵＬＴＲＡＢＯＯＫ、タブレット、サーバ、ハンドヘルドコンピュータ、携帯電話、スマートフォンもしくは他の携帯型テレコミュニケーションデバイス、メディアプレイングデバイス、ゲーミングシステム、モバイルコンピューティングデバイス、または、通信することができる他の任意のタイプおよび／もしくは形式のコンピューティングデバイス、テレコミュニケーションデバイス、もしくはメディアデバイスであることが可能である。コンピュータシステム１００は、本明細書において説明される動作を実行するのに十分なプロセッサパワーおよびメモリ容量を有している。いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、デバイスと調和した種々のプロセッサ、オペレーティングシステム、および入力デバイスを備えることができる。Ｓａｍｓｕｎｇ  ＧＡＬＡＸＹスマートフォンは、例えば、Ｇｏｏｇｌｅ，Ｉｎｃ．によって開発されたＡｎｄｒｏｉｄオペレーティングシステムの制御下で動作する。ＧＡＬＡＸＹスマートフォンは、タッチインターフェースを介して入力を受け取る。
【００６２】
いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、ゲーミングシステムである。例えば、コンピュータシステム１００は、日本、東京のＳｏｎｙ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって製造されたＰＬＡＹＳＴＡＴＩＯＮ  ３、またはＰＥＲＳＯＮＡＬ  ＰＬＡＹＳＴＡＴＩＯＮ  ＰＯＲＴＡＢＬＥ（ＰＳＰ）、またはＰＬＡＹＳＴＡＴＩＯＮ  ＶＩＴＡデバイス、日本、京都のＮｉｎｔｅｎｄｏ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．によって製造されたＮＩＮＴＥＮＤＯ  ＤＳ、ＮＩＮＴＥＮＤＯ  ３ＤＳ、ＮＩＮＴＥＮＤＯ  ＷＩＩ、またはＮＩＮＴＥＮＤＯ  ＷＩＩ  Ｕデバイス、ワシントン州レドモンドのＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって製造されたＸＢＯＸ（登録商標）３６０デバイスを含むことができる。
【００６３】
いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、カリフォルニア州クパチーノのＡｐｐｌｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒによって製造されたＡｐｐｌｅ  ＩＰＯＤ、ＩＰＯＤ  ＴＯＵＣＨ（登録商標）、およびＩＰＯＤ  ＮＡＮＯといったデバイス製品などのデジタルオーディオプレーヤである。デジタルオーディオプレーヤの中には、例えば、デジタルアプリケーション配布プラットフォームからのアプリケーションによって利用可能になるゲーミングシステム、または任意の機能を含む、他の機能を備えることができるものもある。例えば、ＩＰＯＤ  ＴＯＵＣＨは、Ａｐｐｌｅ  Ａｐｐ  Ｓｔｏｒｅにアクセスすることができる。いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、ＭＰ３、ＷＡＶ、Ｍ４Ａ／ＡＡＣ、ＷＭＡ、Ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ  ＡＡＣ、ＡＩＦＦ、Ａｕｄｉｂｌｅオーディオブック、Ａｐｐｌｅ  Ｌｏｓｓｌｅｓｓオーディオファイルフォーマット、ならびに、．ｍｏｖ、．ｍ４ｖ、および．ｍｐ４  ＭＰＥＧ−４（Ｈ．２６４／ＭＰＥＧ−４  ＡＶＣ）ビデオファイルフォーマットを含むがこれらに限定されないファイルフォーマットをサポートする携帯型メディアプレーヤまたはデジタルオーディオプレーヤである。
【００６４】
いくつかの実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、例えば、ＡｐｐｌｅによるＩＰＡＤ（登録商標）といったデバイス製品、ＳａｍｓｕｎｇによるＧＡＬＡＸＹ  ＴＡＢといったデバイスファミリ、またはワシントン州シアトルのＡｍａｚｏｎ．ｃｏｍ，Ｉｎｃ．によるＫＩＮＤＬＥ  ＦＩＲＥといったタブレットである。他の実施形態において、コンピューティングデバイス１００は、例えば、Ａｍａｚｏｎ．ｃｏｍによるＫＩＮＤＬＥといったデバイスファミリ、または、ニューヨーク州ニューヨーク市のＢａｒｎｅｓ＆Ｎｏｂｌｅ，Ｉｎｃ．によるＮＯＯＫといったデバイスファミリといった、ｅブックリーダである。
【００６５】
いくつかの実施形態において、通信デバイス１０２は、例えば、デジタルオーディオプレーヤまたは携帯型メディアプレーヤと組み合わされたスマートフォンといった、デバイスの組合せを含む。例えば、これらの実施形態の１つは、例えば、Ａｐｐｌｅ，Ｉｎｃ．によって製造されたＩＰＨＯＮＥといったスマートフォンファミリ、Ｓａｍｓｕｎｇ，Ｉｎｃ．によって製造されたＳａｍｓｕｎｇ  ＧＡＬＡＸＹといったスマートフォンファミリ、または、Ｍｏｔｏｒｏｌａ  ＤＲＯＩＤといったスマートフォンファミリといった、スマートフォンである。さらなる別の実施形態において、通信デバイス１０２は、ウェブブラウザ、ならびに、例えば電話通信ヘッドセットといったマイクロフォンおよびスピーカシステムを装備された、ラップトップまたはデスクトップコンピュータである。これらの実施形態において、通信デバイス１０２はウェブ対応であり、電話の呼び出しを受信すること、および開始することができる。いくつかの実施形態において、ラップトップまたはデスクトップコンピュータは、ビデオチャットおよびビデオコールを可能にするウェブカメラまたは他のビデオキャプチャデバイスも装備される。
【００６６】
いくつかの実施形態において、ネットワーク１０４内の１つまたは複数のマシン１０２、１０６の状態は、一般に、ネットワーク運営の一部として監視される。これらの実施形態の１つにおいて、マシンの状態は、ロード情報（例えば、マシン上のプロセスの数、ＣＰＵおよびメモリ使用率）、ポート情報（例えば、利用可能な通信ポートの数、およびポートアドレス）、またはセッションステータス（例えば、プロセスの継続時間およびタイプ、ならびにプロセスがアクティブ状態であるかアイドル状態であるか）の識別を含むことができる。これらの実施形態のもう１つにおいて、この情報は、複数の測定基準によって識別されることが可能であり、複数の測定基準は、負荷分散、ネットワークトラフィック管理、およびネットワーク障害リカバリ、ならびに、本明細書において説明される本解決策の動作のいずれかの態様における判定に少なくとも部分的に当てはめることができる。上述の動作環境および構成要素の態様は、本明細書において開示されたシステムおよび方法の背景において明らかになるはずである。
【００６７】
Ｂ．ゲノムデータからフォワードプライマおよびリバースプライマを識別するためのコンピュータ実行方法
図２は、図１Ｃに示されたゲノムデータ処理システム１２０に類似の、ゲノムデータ処理システム２００を示している。詳細には、ゲノムデータ処理システム２００は、ゲノムデータを処理して、ゲノムデータを生成するために使用されるフォワードプライマおよびリバースプライマを判定する。適切な配列相補度が欠如したプライマは、関連するＶ−Ｊ断片を表さない配列リードを生成する恐れがあり、特定のＶ−Ｊクローンに対する配列リードの出現率など、様々なパラメータの計算精度を必然的に低下させる恐れがあるので、適切なプライマの選択は重要である。いくつかの次世代シーケンサから受信されたＶ−Ｊ配列リードを生成するために使用されるプライマが知られていないときに、受信された配列リードを処理すると、精度が低下する恐れがある。配列リードからプライマを識別することによって、精度を改善するためのさらなる分析のために適切なプライマが選択されることが可能になる。さらに、サンプルを処理するために使用されるプライマの素性を知ることによって、サンプルのクローン性のより正確な分析が、本明細書において説明されるように行われることが可能になる。
【００６８】
ゲノムデータ処理システム２００は、プライマ抽出エンジン２０２およびデータストレージ２１８を含む。データストレージ２１８は、コンセンサスポリシデータ２０４、フォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６、ならびにヒトリファレンスゲノムリスト２０８を含むことができる。ゲノムデータ処理システム２００は、例えば、イーサネット、インターネット、ＷｉＦｉネットワーク、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）ネットワーク、および同様のものなどの、１つまたは複数の有線ネットワークまたはワイヤレスネットワークを含むことができるコンピュータネットワーク２１４に連結されることが可能である。ゲノムデータ処理システム２００は、図１Ａ〜図１Ｄに関して上記で論じられたコンピューティングシステムを使用して実行されることが可能である。
【００６９】
ゲノムデータ処理システム２００は、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンサ、Ｌｙｍｐｈｏｔｒａｃシーケンサ、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔシーケンサ、および４５４パイロシーケンサなどの次世代ゲノムシーケンサ（「ＮＧシーケンサ」）２１６からデータを受信することができる。ＮＧシーケンサ２１６は、詳細な染色体分析を行うことができ、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、マイクロアレイ、オリゴアレイ、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）アレイ、全ゲノムアレイ（ＷＧＡ）、および同様のものなどの技法を用いることができる。ＮＧシーケンサ２１６は、ゲノムデータ変換システム２００に未加工ゲノムデータを提供することができる。詳細には、ＮＧシーケンサ２１６は、次世代シークエンシングアッセイにおいてフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導されたゲノムデータを提供することができる。
【００７０】
発生中、リンパ系細胞内の抗原受容体遺伝子は、体細胞遺伝子再配列を受ける。例えば、Ｂ細胞発生中、ＩＧＨ分子をコードする遺伝子は、再配列および選択を受ける複数の遺伝子断片から組み立てられる。Ｖ、Ｄ、およびＪのこれらの遺伝子再配列は、各細胞に対する一意の長さおよび配列のＶ−Ｄ−Ｊ結合を生成する。例えば、染色体１４（１４ｑ３２．３）上の免疫グロブリン重鎖（ＩＧＨ）遺伝子座は、１２５０キロベース以上に広がる４６〜５２の機能および３０の非機能の可変（Ｖ）遺伝子断片、２７の機能の多様性（Ｄ）遺伝子断片、および６の機能の結合（Ｊ）遺伝子断片を含む。
【００７１】
白血病およびリンパ腫は、個々のリンパ系細胞の悪性転換に由来するので、全ての白血病およびリンパ腫は、一般に、１つまたは複数のセル固有の、または「クローンの」、抗原受容体遺伝子再配列を共有する。ＩＧＨクローン再配列を検出するテストは、Ｂ細胞悪性腫瘍の研究に役立つ可能性がある。
【００７２】
ＰＣＲベースアッセイは、ゲル電気泳動を使用してこれらを分離した後で増幅されたＶ−Ｄ−Ｊ（または不完全なＤ−Ｊ生成物）遺伝子再配列の過剰出現に基づいてクローン性を識別する。小量のＤＮＡのテストに感度が高く、適しているが、これらのアッセイは、単一の大きさのピークの下にある可能性のあるクローン母集団と複数の再配列を容易に区別することができず、その後の分析を追跡するのに必要な特定のＶ−Ｊ  ＤＮＡ配列を識別できるように設計されていない。
【００７３】
ＰＣＲアッセイは、クローンＢ細胞およびクローンＴ細胞の母集団の識別のために日常的に使用される。これらのアッセイは、抗原受容体遺伝子のＶ領域の保存されたフレームワークと保存されたＪ領域を標的とするプライマ間のＤＮＡを増幅する。プライマが標的にするこれらの保存領域は、プログラムされた遺伝子再配列が、Ｂリンパ球およびＴリンパ球の成熟中に発生するエリアに隣接する。これは、Ｂリンパ球およびＴリンパ球の異なる母集団が生じるこれらの遺伝子再配列の結果である。
【００７４】
再配列を受ける抗原受容体遺伝子は、Ｂ細胞内の免疫グロブリン重鎖座（ＩＧＨ）ならびに軽鎖座（ＩＧＫおよびＩＧＬ）、ならびにＴ細胞内のＴ細胞受容体遺伝子座（ＴＲＡ、ＴＲＢ、ＴＲＧ、およびＴＲＤ）である。各Ｂ細胞およびＴ細胞は、長さと配列の両方が一意の１つまたは２つの増殖的なＶ−Ｊ再配列を有している。したがって、通常のまたは多クローンの母集団からのＤＮＡが、両側にＶ−Ｊ領域があるＤＮＡプライマを使用して増幅されるとき、ヘテロジニアスな母集団を反映する配列と長さの両方が一意のアンプリコンが生成される。図１６を参照されたい。クローン母集団を含むサンプルについて、産出物は、同じ長さおよび配列の１つまたは２つの、突出して増幅された生成物であり、この生成物は、より少ない出現率で増幅された多クローンが減少した背景の中で、著しい発生頻度で検出される。図１６を参照されたい。
【００７５】
図３は、プライマ抽出処理３００の流れ図を示している。処理３００は、複数の配列リードを生成することを含む（ブロック３０２）。処理３００は、例えば、図２に示されたプライマ抽出エンジン２０２によって実行されることが可能である。プライマ抽出エンジン２０２は、ＮＧシーケンサ２１６からゲノムデータを受信することができる。ゲノムデータは、上述のように、次世代シークエンシングアッセイにおいてフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導されたゲノムデータを含むことができる。詳細には、ゲノムデータは、フォワードプライマおよびリバースプライマの使用から生じたいくつかの配列リードを含むことができる。配列は、配列リードを生成するために使用されたフォワードプライマおよびリバースプライマに関するいずれかの情報をトリムされたヌクレオチドの配列を含むことができる。
【００７６】
図４は、実例の次世代シーケンサによって提供されたゲノムデータから実例の配列リードを生成するスクリーンショット４００を示している。詳細には、スクリーンショット４００は、ＬｙｍｐｈｏＴｒａｃｋ  Ａｓｓａｙからの次世代シークエンシング（ＮＧＳ）出力内のＶ−Ｊクローン配列を検出するために使用される生命情報科学データ分析ツールであるＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（登録商標）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌの出力を示している。出力は、任意のフォワードプライマおよびリバースプライマ情報を除外するためにトリムされた配列リード４０２の列を含む。出力は、それぞれの検出されたＶ−Ｊクローン配列の未加工のカウント、長さ、および出現率（全リード％）をさらに含む。プライマ抽出エンジン２０２は、さらなる処理のためにＮＧシーケンサ２１６からこれらの配列リード４０２（および他の出力データ）を受信する。いくつかの実装形態において、プライマ抽出エンジン２０２は、配列リード４０２のそれぞれに対する配列リードデータ構造を生成し、配列リードデータ構造をメモリに格納することができる。データ構造は、配列リード、および、ＮＧシーケンサ２１６によって提供された追加の出力データを含むことができる。
【００７７】
図３を再び参照すると、処理３００は、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成することを含む（ブロック３０４）。プライマ抽出エンジン２０２は、対応するＶ−Ｊ断片を判定するために、ＮＧシーケンサ２１２から受信された各配列リードをヒトリファレンスゲノムリスト２０８内で探索することができる。ヒトリファレンスゲノムリストは、ヒトリファレンスゲノムデータ、または、ｈｇ１６、ｈｇ１７、ｈｇ１８、ｈｇ１９、およびｈｇ３８などの様々な構造を含むことができる。
【００７８】
処理３００は、各Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流および下流それぞれにある第１の数および第２の数のヌクレオチドを識別することを含む（ブロック３０６）。詳細には、プライマ抽出エンジン２０２は、各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、ＮＧシーケンサ２１２から受信されたゲノムデータと比較して、対応するＶ−Ｊ断片について、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および対応する遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別することができる。
【００７９】
図５は、各Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流および下流それぞれにある第１の数および第２の数のヌクレオチドを識別する１つの例を示している。詳細には、図５は、プライマ抽出エンジン２０２が、Ｌｙｍｐｈｏｔｒａｃゲノムデータから生成されたＶ−Ｊ遺伝子断片を、ＮＧシーケンサ２１２から受信された（「Ｒｕｎ４−ＴＣＲ−３４９−２５０８２」ラベルを付けられた）ゲノムデータと比較して、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流の３０の塩基対、および下流の３０の塩基対を抽出することを示している。いくつかの実装形態において、上流および下流の塩基対の数は、図５に示された３０とは異なっていてよい。例えば、プライマ抽出エンジン２０２は、代わりに、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流および下流の約２０〜約３５または約２５の塩基対を抽出することができる。
【００８０】
本明細書において開示された方法のいくつかの実施形態において、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドは、長さが２０〜３０の間の塩基対であってよく、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）互換アダプタ配列をさらに含むことができる。追加または代替として、本明細書において開示された方法のいくつかの実施形態において、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドは、長さが２０〜３０の間の塩基対であってよく、ＮＧＳ互換アダプタ配列、および／または患者固有のバーコード配列（インデックスタグ、または多重化識別子（ＭＩＤ）としても知られている）をさらに含むことができる。ＮＧＳ互換アダプタ配列の例は、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタを含む。他のアダプタ配列が、当技術分野で知られている。製造業者の中には、彼らが提供する特定のシークエンシング技術およびマシン設備で使用するための特定のアダプタ配列を推奨するものもある。いくつかの実装形態において、第１の数は、長さが２０の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第１の数は、長さが３０の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第１の数は、長さが５〜１００、１０〜９０、１０〜８０、１０〜７０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、または１０〜３０の間の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第１の数は、長さが１００より大きい塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第２の数は、長さが２０の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第２の数は、長さが３０の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第２の数は、長さが５〜１００、１０〜９０、１０〜８０、１０〜７０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、または１０〜３０の間の塩基対であることが可能である。いくつかの実装形態において、第２の数は、長さが１００より大きい塩基対であることが可能である。
【００８１】
いくつかの実施形態において、各グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドは、同じアダプタ配列を含む。追加または代替として、いくつかの実施形態において、各グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドは、同じアダプタ配列を含む。
【００８２】
いくつかの実施形態において、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドは、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドの中にあるアダプタ配列とは別個のアダプタ配列を含む。
【００８３】
本明細書において開示された方法のいくつかの実施形態において、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチド、および／または、対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドは、サンプルが取得された患者を示す同一のインデックス配列またはバーコード配列をさらに含むアダプタ配列を含む。例えば、１人の患者から取得された全てのサンプルについてのバーコード配列は、異なる患者から取得されたサンプルのバーコード配列とは異なる可能性がある。したがって、バーコード配列を使用すると、実行されたシークエンシング毎に異なる患者からの複数のサンプルをプールすることができ、サンプル源は、インデックス配列に基づいて後で確かめられる。いくつかの実施形態において、４８人までの別個の患者から誘導されたサンプルは、シークエンシングの前にプールされる。
【００８４】
図３を再び参照すると、処理３００は、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することを含み、各グループは、Ｖ−Ｊ遺伝子断片を含む（ブロック３０８）。詳細には、主要抽出エンジン２０２が、複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することができる。複数のグループのうちの各グループは、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含むことができる。
【００８５】
処理３００は、複数のグループからのＶ−Ｊ遺伝子断片の各グループに対して、プライマ抽出エンジン２０２が、以下のブロック３１０〜３１８のそれぞれにおけるアクションを行うことを含む。詳細には、プライマ抽出エンジン２０２は、グループ内の全てのＶ−Ｊ断片に対して、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチドを整列させることができ（ブロック３１０）、グループ内の全てのＶ−Ｊ断片に対して、Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを整列させることができる（ブロック３１２）。
【００８６】
図６は、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片と関連付けられた第１の数のヌクレオチド６０２の整列を示している。例えば、プライマ抽出エンジン２０２は、各グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片についての第１の数のヌクレオチドをアレイデータ構造に格納することができ、アレイの１次元における各位置は、ヌクレオチドの配列部位に対応する。５つの第１の数のヌクレオチドだけが図６に示されているが、これは、例証を容易にするための例にすぎず、プライマ抽出エンジン２０２は、グループ内のＶ−Ｊ断片と同じだけの第１の数のヌクレオチドを整列させることができる。プライマ抽出エンジン２０２は、同様に、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片と関連付けられた第２の数のヌクレオチドを整列させることができる。
【００８７】
処理３００は、整列後の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに基づいてヌクレオチド素性を判定することを含む（ブロック３１４）。詳細には、プライマ抽出エンジン２０２は、グループ内のＶ−Ｊ遺伝子断片と関連付けられた第１の数のヌクレオチドの各位置について、ヌクレオチド素性の一致のレベルを判定することができる。図６は、第１の数のヌクレオチド５０２およびコンセンサスポリシデータ２０４（図２）に基づいて、プライマ抽出エンジン２０２によって判定されたフォワードプライマのコンセンサス配列６０６を示している。図６に示されたように、位置６０４を除く位置全てのヌクレオチド素性は同一である。１つの例において、コンセンサスポリシは、１つの位置においてヌクレオチド素性がマッチしない場合、この位置においてヌクレオチド全体の５０％以上の比率を有するヌクレオチドは、コンセンサスヌクレオチド素性として選択されることが可能であるということを示すことができる。プライマ抽出エンジン２０２は、位置６０４において、第２および第３のヌクレオチドが「Ａ」および「Ｔ」であるが、他のヌクレオチドが「Ｃ」であるので、ヌクレオチド素性がマッチしないと判定することができる。プライマ抽出エンジン２０２は、次に、位置６０４における各素性の比率を判定することができる。このようにして、プライマ抽出エンジン２０２は、素性「Ｃ」が３回発生する一方で、素性「Ａ」および「Ｔ」がそれぞれ１回発生すると判定することができる。素性「Ｃ」の比率は６０％であるが、素性「Ａ」および「Ｔ」のそれぞれの比率は２０％である。プライマ抽出エンジン２０２は、コンセンサスポリシに基づいて、次に、位置６０４についてのコンセンサス素性として素性「Ｃ」を選択することができる。他のコンセンサスポリシが使用されることも可能である。例えば、コンセンサス素性は、位置６０４において最も発生する素性である、または所定の閾値より多く発生する素性である、等などである。いくつかの実装形態において、上記で論じられた百分率比率は、約２０％〜約８０％、もしくは約３０％〜約７０％、もしくは約４０％〜約６０％に及ぶこと、または少なくとも５０％であることが可能である。いくつかの実装形態において、プライマ抽出エンジン２０２は、コンセンサスポリシを満たすいずれの素性もない場合、この位置に「ワイルドカード素性」を含めることができる。いくつかの他の実装形態において、プライマ抽出エンジン２０２は、コンセンサス素性を判定できるようにコンセンサスポリシを修正することができる。例えば、抽出エンジン２０２は、この位置について単一の素性を判定できるまで閾値％を変更することができる。
【００８８】
処理３００は、整列後の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに基づいてヌクレオチド素性を判定すること含むことができる（ブロック３１６）。プライマ抽出エンジン２０２は、フォワードプライマのコンセンサス配列を判定することに関して上記で論じられた方式に似た方式で、リバースプライマのコンセンサス配列を判定することができる。
【００８９】
処理３００は、フォワードプライマのコンセンサス配列およびリバースプライマのコンセンサス配列をフォワードプライマおよびリバースプライマとしてそれぞれ識別することを含むことができる（ブロック３１８）。プライマ抽出エンジン２０２は、各グループに対するフォワードプライマおよびリバースプライマのコンセンサス配列をフォワードプライマ配列データおよびリバースプライマ配列データ２０６として格納することができる。プライマ抽出エンジン２０２は、配列リードを生成するために、ＮＧシーケンサ２１２によって使用されるフォワードプライマ配列およびリバースプライマ配列として、判定されたフォワードおよびリバースコンセンサスプライマ配列を識別することができる。
【００９０】
処理３００は、プライマ抽出エンジン２０２が、追加の生体サンプルから追加のフォワードプライマおよびリバースプライマを生成すること、ならびに、検出されたフォワードプライマおよびリバースプライマをフォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６に格納することを含むこともできる。このようにして、プライマ抽出エンジン２０２は、配列リードを生成するために使用できるフォワードプライマおよびリバースプライマのライブラリを構築することができ、より高い精度でクローン性を検出するために使用することができる。
【００９１】
Ｃ．ゲノムデータ内のクローン性を検出するためのコンピュータ実行方法
図７は、図１Ｃに示されたゲノムデータ処理システム１２０に類似のゲノムデータ処理システム７００を示している。詳細には、ゲノムデータ処理システム７００は、ゲノムデータを処理して、ゲノムデータ内のクローンＶ−Ｊ断片を検出する。ゲノムデータ処理システム７００は、クローン検出エンジン７０２およびデータストレージ７１８を含む。データストレージ７１８は、クローン検出ポリシデータ７０４、フォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６、ならびにヒトリファレンスゲノムリスト２０８を含むことができる。フォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６は、図２〜図６に関して上記で論じられた処理３００を使用して抽出されたフォワードプライマおよびリバースプライマを含むことができる。ゲノムデータ処理システム７００は、例えば、イーサネット、インターネット、ＷｉＦｉネットワーク、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈネットワーク、および同様のものなどの１つまたは複数の有線ネットワークまたはワイヤレスネットワークを含むことができるコンピュータネットワーク２１４に連結されることが可能である。ゲノムデータ処理システム７００は、図１Ａ〜図１Ｄに関して上記で論じられたコンピューティングシステムを使用して実行されることが可能である。
【００９２】
ゲノムデータ処理システム７００は、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンサ、Ｌｙｍｐｈｏｔｒａｃシーケンサ、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔシーケンサ、および４５４パイロシーケンサなどのＮＧシーケンサ２１６からデータを受信することができる。ＮＧシーケンサ２１６は、詳細な染色体分析を行うことができ、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、マイクロアレイ、オリゴアレイ、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）アレイ、全ゲノムアレイ（ＷＧＡ）、および同様のものなどの技法を用いることができる。ＮＧシーケンサ２１６は、ゲノムデータ変換システム２００に未加工ゲノムデータを提供することができる。詳細には、ＮＧシーケンサ２１６は、次世代シークエンシングアッセイにおいてフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導されたゲノムデータを提供することができる。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、同じ患者から誘導される。他の実施形態において、生体サンプルは、異なる患者から誘導される。いくつかの実装形態において、ゲノムデータ処理システム７００は、フォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６に含まれるフォワードプライマおよびリバースプライマをＮＧシーケンサ２１６に提供し、同じフォワードプライマおよびリバースプライマを使用して処理された生体サンプルから誘導されたゲノムデータをＮＧシーケンサ２１６から受信することができる。
【００９３】
図８は、クローン検出処理８００の流れ図を示している。処理８００は、次世代シーケンサから複数の配列リードを受信することを含む（ブロック８０２）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードをＮＧシーケンサ２１６から受信することができる。複数の配列リードのそれぞれは、コーディング遺伝子断片および非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表すことができる。クローン検出エンジン７０２によって受信される配列リードは、フォワードプライマデータおよびリバースプライマデータ２０６に基づいて判定されることが可能である。すなわち、配列リードは、図２〜図６に関して上記で論じられた処理３００を使用して判定されたプライマに基づくことができる。
【００９４】
処理８００は、トリム後配列リードを生成するために、各配列リードについて、個々のフォワードプライマ配列およびリバースプライマ配列を取り除くことを含むことができる（ブロック８０４）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、対応するトリム後配列リードを生成するために、複数の配列リード内の各配列リードについて、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くことができる。
【００９５】
図９は、複数の配列リードに関するフォワードプライマおよびリバースプライマの実例の図を示している。詳細には、図９は、ＩＧＨ遺伝子のＶ−Ｄ−Ｊ領域を示している。矢印は、Ｖ遺伝子断片のＦＲ１、ＦＲ２、およびＦＲ３領域内で結びついているフォワードプライマ、ならびに、Ｊ遺伝子断片のＪＨ領域と結びついているリバースプライマ、の例示的な場所を表している。上記で識別されたフォワードプライマおよびリバースプライマは、次に、対応するトリム後配列リードを生成するために、配列リードから取り除かれることが可能である。
【００９６】
図８を再び参照すると、処理８００は、トリム後配列リードから複数のグループを識別することを含むことができ、各グループは、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む（ブロック８０６）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することができ、ここで、各グループは、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む。いくつかの実装形態において、同じ配列素性は、トリム後配列リードを互いに比較し、比較したトリム後配列リードにおける共通のヌクレオチドの配列を判定することによって判定されることが可能である。トリム後配列リードを互いに繰り返し比較することによって、トリム後配列リードのグループが判定されることが可能であり、ここで、グループ内の各トリム後配列リードは、同じ配列素性、または共通のヌクレオチド配列を含む。
【００９７】
図１０は、トリム後配列リードの複数のグループを識別する実例の図を示している。クローン検出エンジン７０２は、２つの別個のトリム後配列リードを比較する。２つのトリム後配列リードは、互いに完全もしくは不完全に（部分的に、もしくは、ずれて）重複していてよく、または、全く重複していなくてよい。（完全に、部分的に、または、ずれて）重複するトリム後配列リードは、２つのトリム後配列リードが同じ配列素性を含み、同じグループに一緒にグループ化されるはずであるということを示す。いくつかの実施形態において、重複しないトリム後配列リードは、同じグループに一緒にグループ化されなくてよい。
【００９８】
図８を再び参照すると、処理８００は、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することを含むことができる（ブロック８０８）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、同じグループ内の複数のトリム後配列リードから代表的なトリム後配列リードを選択することができる。クローン検出エンジンは、同様に、代表的なトリム後配列リードをグループ全てから選択することができる。クローン検出エンジン７０２は、選択された代表的なトリム後配列リード全てを含むトリム後配列リードのセットの選択されたセットを形成することができる。
【００９９】
処理８００は、選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、ヒトゲノムデータベースと比較することによってＶ−Ｊ素性を判定することを含むことができる（ブロック８１０）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、トリム後配列リードの選択されたセット内の各トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトリファレンスゲノムリスト２０８（図７）と比較して、対応するＶ−Ｊ素性を判定することができる。
【０１００】
処理８００は、グループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することを含むことができる（ブロック８１２）。詳細には、クローン検出エンジン２０２は、トリム後配列リードの複数のグループのうちの１つのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することができる。クローン検出エンジン７０２は、各グループ内のトリム後配列リードの数のカウントを維持し、グループと関連付けられたＶ−Ｊ素性の出現率として、この数字を識別することができる。
【０１０１】
図１１は、クローン検出エンジン７０２によって生成された実例の出力１１００を示している。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、（他のＶ−Ｊ素性に対する）Ｖ−Ｊ素性の出現率を示す出力１１００を生成することができる。「組合せ」列は、Ｖ−Ｊ素性を含み、「パーセント」列は、Ｖ−Ｊ素性全ての出現率の合計の比率として、素性の出現率を示している。
【０１０２】
処理８００は、Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づくＶ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することを含むことができる（ブロック８１４）。詳細には、クローン検出エンジン７０２は、トリム後配列リードの複数のグループの第１のグループに対応するＶ−Ｊ素性の個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づくＶ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することができる。
【０１０３】
図１２は、クローン検出ポリシのセット１２００を示している。検出ポリシは、ゲノムデータ処理システム７００のクローン検出ポリシデータ７０４（図７）に格納されることが可能である。クローン検出ポリシは、カテゴリ１：最適なカテゴリ、カテゴリ２：基準を満たす結果、および、カテゴリ３：失敗、というルールの３つのカテゴリを含むことができる。各カテゴリは、サブカテゴリまたはルール、および対応する評価を含むことができる。様々な評価は、「クローン性の証拠が検出された」、「クローン性の証拠が検出されなかった」、「オリゴクローンまたはクローン」、および「評価不能」を含むことができる。評価は、他の研究またはデータを使用してデータを解釈するための提案をさらに含むことができる。
【０１０４】
図１３は、クローンフォローアップ処理に関するフォローアップデータ１３００を示している。いくつかの実装形態において、ゲノムデータ処理システム７００は、例えば特定の処置後など、異なる時間に、同じ患者のＶ−Ｊ素性を生成するために使用されることが可能である。フォローアップデータの中で判定されたＶ−Ｊ素性および対応する出現率は、メモリに格納され、同じ患者について過去に生成されたＶ−Ｊ素性および出現率と比較されることが可能である。いくつかの実装形態において、特定の患者サンプル中で識別されたクローン配列は、メモリに格納される。同じ患者サンプルにおけるフォローアップＮＧＳアッセイの後、患者サンプルについての以前に識別されたクローン配列が取り出され、患者からの新しいフォローアップサンプル内で照会される。結果は、データベースに要約して保存され、その後、ユーザインターフェースを通じて利用可能になる。例えば、図１３に示されたように、Ｖ−Ｊ素性１３０２はメモリに格納され、既にメモリに格納されているＶ−Ｊ素性と比較されることが可能である。
【０１０５】
図１４は、クローンフォローアップ処理後の患者と関連付けられたクローンを表示するためのユーザインターフェースを示している。詳細には、図１４は、同じサンプルからのフォローアップアッセイの結果が、患者サンプルまたは特定のＶ−Ｊクローンを照会することによって、どれほど容易にアクセスされることが可能であるかを示している。図１３に示されたＶ−Ｊクローン１３０２は、フォローアップ処理において見つからなかった（ＮＦ）ものとして示されている。
【０１０６】
図１５Ａ〜図１５Ｅは、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して得られたクローン検出結果と、本技術のクローン検出方法との間の比較を示している。図１５Ａは、本明細書において開示されたクローン検出方法が、同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに検出されなかった患者サンプル内の支配的なＶ−Ｊクローン（Ｖ１−３−Ｊ３）の存在を識別することに成功したことを示している。患者サンプルは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイを受けた。図１５Ｂは、本明細書において開示されたクローン検出方法が、同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに検出されなかった患者サンプル内の支配的なＶ−Ｊクローン（Ｖ１−４５−Ｊ３）の存在を識別することに成功したことを示している。患者サンプルは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイを受けた。図１５Ｃは、本明細書において開示されたクローン検出方法が、フォローアップＮＧＳアッセイ中に患者サンプル内の以前に識別されたＶ−Ｊクローン（Ｖ１−１８−Ｊ３）の喪失を検出するのに役立つことを示している。Ｖ−Ｊクローン（Ｖ１−１８−Ｊ３）のこの明らかな喪失は、フォローアップＮＧＳアッセイ中に同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときには検出されなかった。患者サンプルは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイを受けた。図１５Ｄは、本明細書において開示されたクローン検出方法が、同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに検出されなかった患者サンプル内の支配的なＶ−Ｊクローン（Ｖ４−５９−Ｊ６）の存在を識別することに成功したことを示している。患者サンプルは、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイを受けた。図１５Ｅは、図１５Ｄにおいて説明された患者サンプルが、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイを受けたとき、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌと、本明細書において開示されたクローン検出方法の両方が同じ支配的なＶ−Ｊクローンを識別したことを示している。
【０１０７】
図１５Ａは、同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに検出できなかった患者サンプル内のクローンイベントを、本技術のクローン検出方法が検出できることを示している。本明細書において開示された方法の優れた性能は、図１１において説明された（様々なＶ−Ｊ断片に対するリバースプライマのコンセンサス配列およびフォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、本明細書において説明されるコンセンサスポリシによって判定されたような）プライマトリミングステップ、および、マージリードステップ、に少なくとも部分的にあると考えられる。図１５Ａおよび図１５Ｄに示されたように、両方の患者サンプルが、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイを受け、次に、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌ、および、図８に関して上記で論じられたクローン検出処理を使用して処理された。
【０１０８】
図１５Ａは、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが、患者サンプル内の支配的なＶ−Ｊクローン（Ｖ１−３−Ｊ３）の存在を検出するのに失敗したことを示している。対照的に、本技術のクローン検出方法は、同じ患者サンプル内の支配的なＶ１−３−Ｊ３クローンの存在を検出するのに成功した。これらの結果の精度は、患者サンプル内の支配的なＶ１−３クローンの存在を確認した、キャピラリー電気泳動法およびＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイなどの２次アッセイを使用して独立して確認された。これらの結果は、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが、患者サンプル内の支配的なＶ１−３−Ｊ３クローンを検出するのに失敗したことが原因で、患者サンプルが「非クローン」と誤ってみなされたはずなので重要である。
【０１０９】
同様に、図１５Ｄは、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが、患者サンプル内の支配的なＶ−Ｊクローン（Ｖ４−５９−Ｊ６）の存在を検出するのに失敗したことを示している。対照的に、本技術のクローン検出方法は、同じ患者サンプル内の支配的なＶ４−５９−Ｊ６の存在を検出するのに成功した。これらの結果は、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌを使用して生成されたＩＧＨ  ＦＲ１アッセイの結果に単に依存した場合、患者サンプルが「非クローン」と誤ってみなされたはずなので重要である。対照的に、図１５Ｅは、同じ患者サンプルに対するＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイの結果を示しており、患者サンプルが実際に、（従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌの実証と、本明細書において説明されるクローン検出方法の両方を使用してクローンとして識別された）クローンサンプルだったことを示している。
【０１１０】
同様に、図１５Ｂは、本明細書において開示されたクローン検出方法が、同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに検出されなかった患者サンプル内の支配的なＶ１−４５−Ｊ３クローンの存在を識別するのに成功したことを示している。
【０１１１】
図１５Ｂは、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌ、または本明細書において説明されるクローン検出方法を使用して、支配的なＶ１−１８−Ｊ３クローンが患者サンプル内で最初に検出されたことを示している。しかし、図１５Ｃに示されたように、本明細書において開示されたクローン検出方法は、フォローアップＮＧＳアッセイ中に同じ患者サンプル内のＶ１−１８−Ｊ３クローンの喪失を検出することができた。Ｖ１−１８−Ｊ３クローンのこの明らかな喪失は、フォローアップＮＧＳアッセイ中に同じ患者サンプルを分析するために、従来のＬｙｍｐｈｏｔｒａｃｋ（Ｒ）Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌが使用されたときに観察されなかった。Ｖ１−１８−Ｊ３クローンの低下した出現率は、免疫組織化学（ＩＨＣ）などの２次形態学的アッセイを使用して独立して示されている。
【０１１２】
追加または代替として、いくつかの実施形態において、サンプル内の少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片は、多様性（Ｄ）領域をさらに含む。サンプルは、ＤＮＡまたはＲＮＡサンプルであってよく、任意選択として、Ｔリンパ球またはＢリンパ球から誘導されることが可能である。Ｔリンパ球の例は、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞を含む。Ｂリンパ球の例は、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなることを含む。
【０１１３】
追加または代替として、いくつかの実施形態において、サンプルは、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される。リンパ増殖性疾患の例は、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎を含む。
【０１１４】
トリム後配列リードは、ＮＧＳ互換アダプタ配列を含まない。クローンＶ−Ｊ断片は、ヒトゲノム内にある４６−５２の機能または３０の非機能の可変（Ｖ）遺伝子断片のうちのいずれか１つを含むことができる。追加または代替として、クローンＶ−Ｊ断片は、ヒトゲノム内にある６の機能の結合（Ｊ）遺伝子断片のうちのいずれか１つを含むことができる。追加または代替として、クローンＶ−Ｊ断片は、ヒトゲノム内にある２７の機能の多様性（Ｄ）遺伝子断片のうちのいずれか１つをさらに含むことができる。
【０１１５】
用語「アダプタ」は、別の分子への取付けを容易にするために、核酸配列の末端を縛るために使用されることが可能な短い化学的に合成された核酸配列を指す。アダプタは、１重鎖または２重鎖のものであることが可能である。アダプタは、ＰＣＲ増幅またはシークエンシングに役立つ短い（典型的には、５０未満の塩基対）配列を組み込むことができる。
【０１１６】
用語「相補的な」または「相補性」は、ポリヌクレオチド（すなわち、オリゴヌクレオチドまたは標的核酸などのヌクレオチドの配列）について本明細書において使用されるように、塩基対合ルールを指す。核酸配列の補体は、本明細書において使用されるように、１つの配列の５’の末端が他の３’の末端と対になるように核酸配列で整列されるとき、「逆平行の関係」にあるオリゴヌクレオチドを指す。例えば、配列「５’−Ａ−Ｇ−Ｔ−３’」は、配列「３’−Ｔ−Ｃ−Ａ−５」に対して相補的である。相補性は完璧である必要はなく、安定した二本鎖は、ミスマッチの塩基対、非生成（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ）塩基、または不適合塩基を含むことができる。核酸技術の当業者は、例えば、オリゴヌクレオチドの長さ、オリゴヌクレオチドの塩基組成および配列、イオン強度、ならびにミスマッチの塩基対の発生率、を含むいくつかの変数を経験的に考慮して、二本鎖の安定性を判定することができる。
【０１１７】
「次世代シークエンシングまたはＮＧＳ」は、本明細書において使用されるように、（例えば、単一分子シークエンシングにおける）個々の核酸分子、または、個々の核酸分子に対するクローン的に広がったプロキシのどちらかのヌクレオチド配列を、（例えば、１０３、１０４、１０５、またはそれ以上の分子が同時に配列される）高スループット並列式に判定する任意のシークエンシング方法を指す。１つの実施形態において、ライブラリ内の核酸の種類の相対存在度は、シークエンシング実験によって生成されたデータ内のこれらの同種の配列の発生の相対数をカウントすることによって推定されることが可能である。次世代シークエンシング方法は、当技術分野で知られている。次世代シークエンシング技法の例は、パイロシークエンシング、リバーシブルダイターミネータシークエンシング、ＳＯＬｉＤシークエンシング、Ｉｏｎセミコンダクタシークエンシング、合成によるシークエンシング（ＳＢＳ：Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、Ｈｅｌｉｏｓｃｏｐｅ単分子シークエンシング、等を含むがこれらに限定されない。次世代シークエンシング方法は、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  ＰＧＭまたはＰｒｏｔｏｎ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳＥＱまたはＭｉＳＥＱ、およびＲｏｃｈｅ／４５４ネクストジェネレーションシークエンシングシステムなどの会社からの市販キットおよび器具を使用して行われることが可能である。
【０１１８】
本明細書において使用されるように、「オリゴヌクレオチド」は、定義された間隔で主に同一のモノマー単位からなる主鎖上の核酸塩基の配列を有する分子を指す。塩基は、オリゴヌクレオチドの塩基に相補的な塩基の配列を有する核酸と結びつけることができるように、主鎖上に配列される。最も一般的なオリゴヌクレオチドは、糖リン酸単位の主鎖を有する。２’の位置に水酸基がないオリゴデオキシリボヌクレオチドと、２’の位置に水酸基があるオリゴリボヌクレオチドとは区別される。プライマまたはプローブとして機能する方法のオリゴヌクレオチドは、一般に、長さが少なくとも約１０〜１５のヌクレオチド、およびより好ましくは、長さが少なくとも約１５〜３５のヌクレオチドであるが、より短いまたはより長いオリゴヌクレオチドが、本方法において使用されてよい。正確なサイズは、多くの要因によって決まることになり、オリゴヌクレオチドの最終的な機能または用途によって決まる。
【０１１９】
本明細書において使用されるように、用語「プライマ」はオリゴヌクレオチドを指し、標的核酸鎖に相補的なプライマ伸長生成物の合成が誘発される条件下に置かれるとき、すなわち、適切な緩衝剤における（「緩衝剤」は、ｐＨ、イオン強度、補助要因、等を含む）、および適切な温度での、異なるヌクレオチド三リン酸およびポリメラーゼの存在下で、核酸配列合成の開始点として作用することができる。プライマのヌクレオチドの１つまたは複数は、例えば、メチル基、ビオチンもしくはジゴキシゲニン部分、蛍光タグの追加によって、または、放射性ヌクレオチドを使用することによって、修正されることが可能である。プライマ配列は、テンプレートの配列を正確に反映する必要はない。例えば、非相補的ヌクレオチドの断片は、プライマの５’の末端に取り付けられてよく、プライマ配列の残りは、連鎖に実質的に相補的である。用語「フォワードプライマ」は、本明細書において使用されるように、ｄｓＤＮＡのアンチセンス鎖にアニールするプライマを意味する。「リバースプライマ」は、ｄｓＤＮＡのセンス鎖にアニールする。
【０１２０】
本明細書において使用されるように、「プライマ対」は、関心のある核酸の所与の領域を増幅するために、一緒に使用されることが可能なフォワードプライマ対およびリバースプライマ対（すなわち、左右のプライマ対）を指す。
【０１２１】
本明細書において使用されるように、「サンプル」は、Ｖ−Ｊクローンの存在をアッセイされている物質を指す。検出のために核酸を放出するため、またはそうでなければ、利用可能にするための処理方法は、当技術分野でよく知られており、核酸操作のステップを含むことができる。生体サンプルは、体液または組織サンプルであることが可能である。場合によっては、生体サンプルは、血液、血漿、血清、尿、排泄物、表皮サンプル、膣サンプル、皮膚サンプル、口腔粘膜検体、精子、羊水、培養細胞、骨髄サンプル、腫瘍生検標本、吸引物および／または絨毛膜絨毛、培養細胞、ならびに同様のものからなる、または含むことが可能である。新鮮な、凝固した、または冷凍された組織も使用されてよい。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１５Ｄ】
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【図１５Ｅ】
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【図１６】
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【国際調査報告】
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