(57)【要約】  外傷性脳損傷（ＴＢＩ）などの、神経損傷または疾患または脳損傷の検出、判定、診断、予後判定および／または治療において有用な方法、組成物およびキットが提供され、これにおいて数種類の新たに発見されたタンパク質バイオマーカーが、検査または評価を受ける対象の生体サンプル中に検出される。方法は、対象におけるタンパク質バイオマーカーのレベル、量、または濃度の、対照のそれと比較した変化の検出を可能とする。タンパク質バイオマーカー、および／またはそのレベルの検出は、神経損傷または脳損傷の検査または測定を受けている対象において発生している、たとえば細胞レベルなどにおける生物学的および生化学的事象の指示を提供する。【選択図】図３
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における神経損傷または脳損傷を示す、タンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーを検出する方法であって、前記方法が、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが、前記対象から採取した生体サンプル中に存在するか否かタンパク質検出測定法を用いることにより検出することを含み、前記１つ以上のタンパク質バイオマーカーが表１のタンパク質番号１〜８１から選択される前記方法。
【請求項２】
請求項１の前記方法であって、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが、生体サンプル中に存在するか否か検出する前記のステップが：
ａ）前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントと前記生体サンプルを接触させ、且つ前記の１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントの前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーとの結合を検出することにより、前記の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの存在を検出すること；または
ｂ）質量分析法を用いて、前記の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの存在を検出することを含む前記方法。
【請求項３】
対象における神経損傷または脳損傷を診断する方法であって、前記方法が：
タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントに前記対象から採取した生体サンプルを接触させることにより、前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが前記サンプル中に存在するか否かを検出すること；
対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと比較して、前記生体サンプル中に存在する前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；および
前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの測定されたレベルが、前記対象のサンプルにおいて前記対照レベルと比較して増加または減少している場合に前記対象における神経損傷または脳損傷を診断することを含み；
前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、グリア線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、細胞内接着分子５（ＩＣＡＭ５）、シヌクレインβ（ＳＮＣＢ）、メタロチオネイン３（ＭＴ３）、ニューログラニン（ＮＲＧＮ）、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）およびアルドラーゼＣ（ＡＬＤＯＣ）から選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項４】
請求項３の前記方法であって、前記対照レベルが（ｉ）神経損傷または脳損傷のない対象における、前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベル；（ｉｉ）より重篤性が高いかまたは重度の形態の神経損傷または脳損傷を有する対象における、前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベル；または（ｉｉｉ）より重篤性が低いかまたは軽度の形態の神経損傷または脳損傷を有する対象における、前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルのうち１つ以上である前記方法。
【請求項５】
対象において神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンが有効であるか否か判定する方法であって、前記方法が：
（ｉ）神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンの開始に先立つ第１の時点で前記対象から採取したサンプルにおいて、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの量またはレベルを測定すること；
（ｉｉ）前記第１の時点に続き且つ前記対象が前記治療法または治療レジメンを受けた後の第２の時点で前記対象から採取したサンプルにおいて、前記タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはこれに由来するペプチドバイオマーカーの量またはレベルを測定すること；および
（ｉｉｉ）前記タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの測定したレベルが、前記第２の時点において、前記第１の時点で測定した前記タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して減少するかまたは正常レベルに向かう場合に前記治療法または治療レジメンが有効であると判定することを含み；
前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項６】
対象における神経損傷または脳損傷を示す自己抗体を検出する方法であって、前記方法が：
タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに前記患者から採取した生体サンプルを接触させること；および
前記サンプルにおける前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの、１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントとの特異的結合を検出することを含み；
前記の結合の検出が、前記対象における前記１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに対する１つ以上の自己抗体の存在を示し；
前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項７】
対象において神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンが有効であるか否か判定する方法であって、前記方法が：
（ｉ）神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンの開始に先立つ第１の時点で前記対象から採取したサンプルにおいて、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の自己抗体の量またはレベルを測定すること；
（ｉｉ）前記第１の時点に続き且つ前記対象が前記治療法または治療レジメンを受けた後の第２の時点で前記対象から採取したサンプル中の前記１つ以上の自己抗体の量またはレベルを測定すること；および
（ｉｉｉ）前記１つ以上の自己抗体の測定したレベルが前記第２の時点において前記第１の時点で測定した前記自己抗体のレベルと比較して減少するかまたは正常レベルに向かう場合に前記治療法または治療レジメンが有効であると判定することを含み：
前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項８】
請求項１〜７のうちいずれか１つの前記方法であって、前記神経損傷または脳損傷が脳震盪である前記方法。
【請求項９】
請求項１〜７のうちいずれか１つの前記方法であって、前記神経損傷または脳損傷が外傷性脳損傷（ＴＢＩ）である前記方法。
【請求項１０】
請求項９の前記方法であって、前記ＴＢＩが軽度ＴＢＩ（ｍＴＢＩ）である前記方法。
【請求項１１】
請求項２〜１０のうちいずれか１つの前記方法であって、前記のタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカー、またはそのレベルが免疫測定法、免疫ブロッティング法、免疫沈降測定法、免疫染色法、定量測定法、免疫蛍光測定法、または化学発光測定法によって検出または測定される前記方法。
【請求項１２】
請求項２〜１０のうちいずれか１つの前記方法であって、タンパク質バイオマーカーパネルの前記の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカー、またはそのレベルが免疫測定法またはチップ測定法によって検出または測定される前記方法。
【請求項１３】
請求項１２の前記方法であって、前記免疫測定法が前記のタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを用いる酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）である前記方法。
【請求項１４】
請求項１３の前記方法であって、前記ＥＬＩＳＡがメソスケールディスカバリー電気化学発光測定法（ＭＳＤ−ＥＬＩＳＡ）である前記方法。
【請求項１５】
固形基板および前記基板に固定された複数の結合物質を含む組成物であって、前記結合物質のそれぞれが前記基板上の異なる、インデックス作成可能な位置に固定され且つ前記結合物質がタンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合し；
前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項１６】
請求項１５の前記組成物であって、前記結合物質が検出可能な部分によって標識され、任意に前記の検出可能な部分が発光物質、化学発光物質、放射性同位元素、比色物質、および酵素基質物質からなる群から選択される前記組成物。
【請求項１７】
請求項１６の前記組成物であって、前記結合物質が１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを含む前記組成物。
【請求項１８】
キットであって：
外傷性脳損傷を有することが疑われるかまたはこれを有するリスクが高いヒト患者から採取された生体サンプルに含有される、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のバイオマーカーまたはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合することの可能な複数のバイオマーカー結合物質であって、前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記結合物質；および
前記結合物質と前記１つ以上のタンパク質またはそのペプチドとの結合を示すことの可能な検出試薬または検出装置を含む前記キット。
【請求項１９】
請求項２〜１４のうちいずれか１つの前記方法、請求項１５〜１７のうちいずれか１つの前記組成物、または請求項１８の前記キットであって、前記タンパク質バイオマーカーパネルが（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２０】
請求項２〜１４のうちいずれか１つの前記方法、請求項１５〜１７のうちいずれか１つの前記組成物、または請求項１８の前記キットであって、前記タンパク質バイオマーカーパネルが（Ｂ）からの１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含まない前記方法、組成物またはキット。
【請求項２１】
請求項１９または２０の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１に由来する前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが：
（ｉ）１つ以上の細胞接着タンパク質、１つ以上の細胞シグナリングタンパク質、１つの細胞毒性タンパク質、１つの凝固タンパク質、１つ以上の細胞骨格タンパク質、１つの細胞外基質タンパク質、１つの遺伝子発現媒介タンパク質、１つ以上の遺伝子調節タンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つの微小管輸送タンパク質、１つ以上の脂質結合タンパク質、１つ以上の代謝酵素、１つ以上の代謝タンパク質、１つのタンパク質結合タンパク質、１つ以上のタンパク質分解タンパク質、１つ以上のシグナリングタンパク質、１つの構造タンパク質、１つ以上のシナプスタンパク質、およびその組み合わせから選択される少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；
（ｉｉ）星状細胞にみられる１つのタンパク質、血液中にみられる１つ以上のタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられる１つ以上のタンパク質、脳組織にみられる１つ以上のタンパク質、心組織にみられる１つのタンパク質、上皮組織にみられる１つのタンパク質、介在ニューロンにみられる１つのタンパク質、神経上皮細胞にみられる１つのタンパク質、ニューロンにみられる１つ以上のタンパク質、皮膚組織にみられる１つのタンパク質、１つ以上のユビキタスタンパク質、およびその組み合わせから選択される、哺乳類細胞または組織にみられる少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；
（ｉｉｉ）１つ以上のアポトーシスタンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つ以上の先天免疫タンパク質、１つ以上の膜修復タンパク質、１つ以上の代謝タンパク質、１つ以上の壊死タンパク質、１つ以上の神経変性タンパク質、１つ以上の神経形成タンパク質、１つ以上のシナプス形成タンパク質、１つ以上の血管修復タンパク質、およびその組み合わせから選択される脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；または
（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）、および（ｉｉｉ）の組み合わせを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２２】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号６、１２、１６、２５、３２、３８、４５、４７、５１、７２、７９、および４９からなる群から選択される１つ以上の細胞接着タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２３】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号２、２３、３５、５６、７５、７６、７７、および８０からなる群から選択される１つ以上の細胞シグナリングタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２４】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、細胞毒性タンパク質番号４８を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２５】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、凝固タンパク質番号４３を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２６】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号５７、５８、５９、および６０からなる群から選択される１つ以上の細胞骨格タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２７】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、細胞外基質タンパク質番号３７を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２８】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、遺伝子発現媒介タンパク質番号３１を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項２９】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号７、１５、４４、４６、５３、５４、６１、６３、７４、７８、および８１からなる群から選択される１つ以上の遺伝子調節タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３０】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号２６、２７、２８、２９、３０、６８、６９、７０、および３６からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３１】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、微小管輸送タンパク質番号１３を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３２】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号５を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３３】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号８、９、１０、および３４からなる群から選択される１つ以上の脂質結合タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３４】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号４、１１、１４、２１、３９、４０、４１、および５０からなる群から選択される１つ以上の代謝酵素を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３５】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号６２および７３から選択される１つ以上の代謝タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３６】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、タンパク質結合タンパク質番号４２を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３７】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号３、２２、２４、３３、５２、５５、６５、６６、および６７からなる群から選択される１つ以上のタンパク質分解タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３８】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号６４および７０から選択される１つ以上のシグナリングタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項３９】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、構造タンパク質番号１を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４０】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号１７、１８、１９、および２０からなる群から選択される１つ以上のシナプスタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４１】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、星状細胞にみられるタンパク質番号４９を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４２】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号８、９、１０、２６、２７、２８、２９、３０、３４、および８１からなる群から選択される血液中にみられる１つ以上のタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４３】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号１４および１５から選択される血液、心臓および肝組織にみられる１つ以上のタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４４】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、脳組織にみられるタンパク質番号４８を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４５】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、心組織にみられるタンパク質番号６４を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４６】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、上皮組織にみられるタンパク質番号７２を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４７】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号２２、２４、および２５からなる群から選択されるタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４８】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、介在ニューロンにみられるタンパク質番号１３を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項４９】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、神経上皮細胞にみられるタンパク質番号４５を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５０】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号７４、３５、１２、１７、１８、１９、７１、５１、７７、７、３１、３２、３８、および１６からなる群から選択されるニューロンにみられる１つ以上のタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５１】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１の、皮膚組織にみられるタンパク質番号２０を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５２】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが、表１のタンパク質番号１、２、３、４、６、１１、２３、３３、３６、３７、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４６、４７、５０、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７３、７５、７６、７８、７９、および８０からなる群から選択される１つ以上のユビキタスタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５３】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号２２および３３から選択される１つ以上のアポトーシスタンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５４】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号３、８、９、２１、３４、３６、４３、５７、６５、６６、６７、６８、６９、および７０からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５５】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号２７、２８、２９および３０からなる群から選択される１つ以上の先天免疫タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５６】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号２および４１から選択される１つ以上の膜修復タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５７】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号１１、１４、１５、３７、３９、４０、４８、５０、７３、７５、および７８からなる群から選択される１つ以上の代謝タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５８】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号２４、４９および５２からなる群から選択される１つ以上の壊死タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項５９】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号４、１０および２５からなる群から選択される１つ以上の神経変性タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６０】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号４４、５３、５４、６１、６２、６３、７１、７４、７７、８０、および８１からなる群から選択される１つ以上の神経形成タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６１】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号６、７、１２、１３、１６、１７、１８、１９、２０、２３、３５、３８、４５、４７、５１、５５、５８、５９、６０、および７６からなる群から選択される１つ以上のシナプス形成タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６２】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが表１のタンパク質番号２６、３１、６４および７９からなる群から選択される１つ以上の血管修復タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６３】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが（ｉ）細胞接着タンパク質、細胞シグナリングタンパク質、細胞毒性タンパク質、凝固タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞外基質タンパク質、遺伝子発現媒介タンパク質、遺伝子調節タンパク質、炎症タンパク質、微小管輸送タンパク質、脂質結合タンパク質、代謝酵素、代謝タンパク質、タンパク質結合タンパク質、タンパク質分解タンパク質、シグナリングタンパク質、構造タンパク質、およびシナプスタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６４】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが（ｉｉ）星状細胞にみられるタンパク質、血液中にみられるタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられるタンパク質、脳組織にみられるタンパク質、心組織にみられるタンパク質、上皮組織にみられるタンパク質、介在ニューロンにみられるタンパク質、神経上皮細胞にみられるタンパク質、ニューロンにみられるタンパク質、皮膚組織にみられるタンパク質、およびユビキタスタンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６５】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、（Ａ）、前記タンパク質バイオマーカーのサブセットが（ｉｉｉ）アポトーシスタンパク質、炎症タンパク質、先天免疫タンパク質、膜修復タンパク質、代謝タンパク質、壊死タンパク質、神経変性タンパク質、神経形成タンパク質、シナプス形成タンパク質、および血管修復タンパク質を含む前記方法、組成物またはキット。
【請求項６６】
ＴＢＩ後てんかん発作、ＴＢＩ後抑鬱、ＴＢＩ後不安、ＴＢＩ後の外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）、ＴＢＩ後睡眠障害、ＴＢＩ後の頭痛、ＴＢＩ後慢性疼痛、ＴＢＩ後動眼神経欠損、ＴＢＩ後注意および認知欠損、および／またはＴＢＩ後平衡および歩行障害の方法治療であって、前記方法が：
タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが患者から採取した生体サンプル中に存在するか否か検出すること；
対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して、前記生体サンプル中に存在する前記の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；
前記対象のサンプルにおいて前記の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの測定されたレベルが、前記対照レベルと比較して増加または減少する場合にＴＢＩ後てんかん発作、ＴＢＩ後抑鬱、ＴＢＩ後不安、ＴＢＩ後の外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）、ＴＢＩ後睡眠障害、ＴＢＩ後の頭痛、ＴＢＩ後慢性疼痛、ＴＢＩ後動眼神経欠損、ＴＢＩ後注意および認知欠損、および／またはＴＢＩ後平衡および歩行障害について１つ以上の時点において前記患者のリスクを層化すること；および
前記患者の前記リスク層化が高い場合に、前記患者に有効量の治療法または薬剤を施用することを含む前記方法。
【請求項６７】
請求項６６の前記方法であって、前記タンパク質バイオマーカーパネルが：
（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、
任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーからなる群から選択される複数のバイオマーカーを含む前記方法。
【請求項６８】
請求項２１〜６７のうちいずれか１つの方法、組成物、またはキットであって、前記生体サンプルが血液、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、尿、喀痰、分泌液、涙液、または組織から選択される前記方法、組成物、またはキット。
【請求項６９】
請求項２１の前記方法、組成物またはキットであって、前記タンパク質パネルのタンパク質バイオマーカーに由来するペプチドが翻訳後修飾されたタンパク質である前記方法、組成物、またはキット。
【請求項７０】
請求項６９の前記方法、組成物またはキットであって、前記の翻訳後修飾されたタンパク質がシトルリン化タンパク質である前記方法、組成物、またはキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（優先権）
本願は、その全文を本願に参照文献として援用する２０１７年１１月１６日に出願された米国特許仮出願第６２／５８７，２７２号明細書からの優先権を主張する。
【背景技術】
【０００２】
米国の病院および医療施設の救急治療部においては、推定で年間５００万人の患者が頭部損傷の評価を受けている。頭部損傷を呈する患者の大半は不明瞭な臨床症状を有し、且つ頭部コンピューター断層撮影（ＣＴ）で評価するとき、頭蓋内失血または出血などの頭蓋内構造障害のエビデンスがない。そのような患者は、医療施設からの退出を許可されながらも、後発症状または続発損傷を患うことがある。頭部損傷によってもたらされるこれらの事後合併症は、障害された血管の破裂、長期的且つ潜行性となることのある神経変性、または経時的に発生するよりかすかな神経認知欠損および神経運動欠損を含みうる。脳の炎症の持続は、これらの変化に対して経時的に影響する基礎的因子の１つとなることがあり、また先天免疫応答（脳における常在性ミクログリア細胞活性化および好中球浸潤など）および適応免疫系（自己抗体および障害関連タンパク質に対するものなど）は、いずれもこれらのプロセスにおいて役割を果たすことがある。そのような因子は患者において異なるプロテオミクスプロフィールを生成する。
【０００３】
したがって、神経損傷関連症状のリスクが高い患者または低い患者を速やかに特定およびトリアージすることのできる客観的な検査が必要とされる。単一または複数のバイオマーカーを包含する現行の技術は、患者の臨床経過を予想するために、治療の決定または推奨を支援するには十分でない。本願に記載するように、個体（患者）における神経損傷および／または疾患、さらにはその重症度を特定、診断および判定するための臨床的および医学的利点および改善を提供する方法、組成物、およびキットが提供される。本願に記載のバイオマーカーおよび方法は、脳損傷を有する患者に対して検出および治療利益を提供する。
【発明の概要】
【０００４】
本願に記載の方法、組成物およびキットは、神経損傷または脳損傷を検出、特定、診断、予後判定、判定、モニタリングおよび／または治療することを目的として提供され、また外傷性脳損傷（ＴＢＩ）を有する患者におけるような、神経損傷または脳損傷を示す新規に発見された１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはそのサブセットの使用を包含する。記載された方法で検出されるタンパク質バイオマーカーのサブセットは、本願の表１に記載された全てのタンパク質より少数のタンパク質を含むこともある。たとえば、検出可能なサブセットは、実例として、本願の表１に記載されたタンパク質バイオマーカーのうち２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上などを含みうる。表１は、タンパク質バイオマーカー番号１〜８１を、とりわけ機能、細胞および組織特異性および脳修復プロセスにおける役割についての識別名と共に列記する。
【０００５】
表１に記載のタンパク質は、損傷の際に多様な種類の神経、ニューロンおよび／または脳細胞および組織の損傷、障害または破壊より生じ、且つ／または神経、ニューロンまたは脳細胞および組織の損傷、侵襲または障害に続く修復プロセスを経験するそのような細胞または組織より生じる構成成分を反映する。したがって、これらのタンパク質バイオマーカーは対象における神経、ニューロンまたは脳損傷の優れた指標を提供する。タンパク質バイオマーカーは、対象から採取した血液または血清などのサンプルにおいて容易に検出可能であり、神経損傷または疾患の異なる態様、または脳損傷の検出、診断、判定に対して、また必要とする患者において弁別的な洞察を提供し、さらに臨床および研究目的にとって有用である新規の測定可能なタンパク質を提供する。
【０００６】
１つの態様においては、対象における神経損傷または脳損傷を示すタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーを検出する方法は、タンパク質検出測定法を用いることにより、表１に記載された１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが、対象から採取した生体サンプル内に存在するか否か検出する。１つの実施形態においては、当該方法は、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントにサンプルを接触させること、および１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントの、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーとの結合を検出すること、または質量分析法または他の技術上既知の技術を用いることにより１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーを検出することを含む。
【０００７】
他の態様においては、対象における神経損傷または脳損傷を診断する方法は、対象から採取した生体サンプルを、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントと接触させることにより、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーがサンプル中に存在するか否かを検出し；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定し；且つ対象のサンプルにおいて測定された１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合に対象における神経損傷または脳損傷を診断する。この典型的方法の１つの実施形態においては、対照レベルは（ｉ）神経損傷または脳損傷のない対象における、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベル；（ｉｉ）より重篤性が高いかまたは重度の形態の神経損傷または脳損傷を有する対象における、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベル；または（ｉｉｉ）より重篤性が低いかまたは軽度の形態の神経損傷または脳損傷を有する対象における、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルのうち１つ以上である。
【０００８】
前述の態様のいずれかの方法の実施形態においては、神経損傷または脳損傷は外傷性脳損傷（ＴＢＩ）である。方法の一部の実施形態においては、ＴＢＩは軽度型ＴＢＩ（ｍＴＢＩ）である。
【０００９】
さらなる他の実施形態においては、神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンが対象において有効であるか否か判定する方法は、（ｉ）神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンの開始に先立つ第１の時点で対象から採取したサンプルにおいて、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの量またはレベルを測定すること；（ｉｉ）第１の時点に続きかつ対象が治療法または治療レジメンを受けた後の第２の時点で対象から採取したサンプルにおいて、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはこれに由来するペプチドバイオマーカーの量またはレベルを測定すること；および（ｉｉｉ）第１の時点で測定したタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して、第２の時点で測定したタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが減少するかまたは正常レベルに向かう場合、治療法または治療レジメンが有効であると判定することを含む。
【００１０】
前述の態様のいずれかの方法の実施形態において、対象から採取した生体サンプルは血液、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、尿、喀痰、分泌液、または涙液から選択される。具体的な実施形態においては、サンプルは血液、血清または血漿である。前述の態様のいずれの方法の実施形態においては、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカー、またはそのレベルは免疫測定法、免疫ブロッティング測定法、免疫沈降測定法、免疫染色法、定量測定法、免疫蛍光測定法、または化学発光測定法によって検出または測定される。具体的な実施形態においては、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカー、またはそのレベルは免疫測定法、またはオンチップ測定法（マイクロアレイマルチプレックス測定法）によって検出または測定される。前述の態様のいずれかの方法の実施形態においては、免疫測定法は、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを用いる酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）である。具体的な実施形態においては、ＥＬＩＳＡはメソスケールディスカバリー電気化学発光測定法（ＭＳＤ−ＥＬＩＳＡ）である。
【００１１】
前述の態様のいずれかの方法の実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは複数のバイオマーカーを含み、且つ（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、グリア線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、細胞内接着分子５（ＩＣＡＭ５）、シヌクレインβ（ＳＮＣＢ）、メタロチオネイン３（ＭＴ３）、ニューログラニン（ＮＲＧＮ）、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）およびアルドラーゼＣ（ＡＬＤＯＣ）から選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれの方法の実施形態においては、１つ以上のタンパク質バイオマーカーに由来するペプチドが検出または測定される。前述の態様のいずれの方法の実施形態においては、１つ以上のタンパク質バイオマーカーは（Ａ）表１に記載されたタンパク質のサブセットを含む。前述の態様のいずれの方法の実施形態においては、１つ以上のタンパク質バイオマーカー（Ａ）は表１に記載された複数のタンパク質を含む。
【００１２】
さらなる他の態様においては、神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンが対象において有効であるか否か判定する方法は、（ａ）神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療レジメンの開始に先立つ第１の時点で対象から採取したサンプルにおいて、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合する１つ以上の自己抗体の量またはレベルを測定すること；（ｂ）第１の時点に続き且つ対象が治療法または治療レジメンを受けた後の第２の時点で対象から採取したサンプルにおいて、１つ以上の自己抗体の量またはレベルを測定すること；および（ｃ）第１の時点で測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して、第２の時点で測定した１つ以上の自己抗体のレベルが、減少するかまたは正常レベルに向かう場合、治療法または治療レジメンが有効であると判定することを含む。
【００１３】
他の態様においては、対象における神経損傷または脳損傷を示す自己抗体を検出する方法は、タンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに患者から採取した生体サンプルを接触させること；およびサンプルにおける１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはペプチドの、１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントとの特異的結合を検出することを含み；結合の検出は対象における１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはそのペプチドに対する１つ以上の自己抗体の存在を示す。
【００１４】
上記の方法の実施形態においては、神経損傷または脳損傷は外傷性脳損傷（ＴＢＩ）である。上記の方法の実施形態においては、生体サンプルは血液、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、尿、喀痰、分泌液、涙液、または組織から選択される。上記の方法の実施形態においては、１つ以上の自己抗体またはそのレベルは免疫測定法、免疫ブロッティング測定法、免疫沈降測定法、免疫染色法、定量測定法、免疫蛍光測定法、または化学発光測定法によって検出または測定される。上記の方法の実施形態においては、１つ以上の自己抗体またはそのレベルは免疫測定法またはチップ測定法によって検出または測定される。
【００１５】
前述の態様のいずれかの方法の実施形態においては、対象のサンプル中のタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカー、および／またはその量またはレベルの検出は、対象において発生している生物学的または生化学的変化の判定および特定を提供し、これは炎症、シナプス形成、神経形成、分化転換、ニューロン変性、脱髄、グリア瘢痕形成、血管新生、自己貪食、壊死および／または血管修復から選択される損傷後修復プロセスを反映する。
【００１６】
他の態様においては、組成物が固形基板および基板に固定された複数の結合物質を含み、結合物質のそれぞれが基板上の異なる、インデックス作成可能な位置に固定され、且つ結合物質はタンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーまたはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合し、タンパク質バイオマーカーパネルが（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。当該組成物の実施形態においては、結合物質は検出可能な部分によって標識され、任意に、検出可能な部分が発光物質、化学発光物質、放射性同位元素、比色物質、および酵素基質物質からなる群から選択される。組成物の他の実施形態においては、結合物質は１つ以上の抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。
【００１７】
他の態様においては、キットが、外傷性脳損傷を有すると疑われるかまたはこれを有するリスクの高いヒト患者から採取した生体サンプルに含有される、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーまたはこれに由来するペプチドバイオマーカーと特異的に結合することの可能な、複数のバイオマーカー結合物質；および結合物質と１つ以上のタンパク質またはそのペプチドとの結合を示すことができる検出試薬または検出装置を含む。当該タンパク質バイオマーカーパネルは（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。当該キットの実施形態においては、生体サンプルは血液、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、唾液、尿、喀痰、分泌液、涙液、または組織から選択される。
【００１８】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの具体的な実施形態においては、生体サンプルはヒト対象から採取した血液、血清、または血漿サンプルである。
【００１９】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの実施形態においては、タンパク質パネルのタンパク質バイオマーカーに由来するペプチドは翻訳後修飾されたペプチドである。一部の実施形態においては、翻訳後修飾はシトルリン化である。
【００２０】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの他の具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ｂ）からの１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含まない。
【００２１】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの実施形態においては、（Ａ）タンパク質バイオマーカーのサブセットは：（ｉ）１つ以上の細胞接着タンパク質、１つ以上の細胞シグナリングタンパク質、１つの細胞毒性タンパク質、１つの凝固タンパク質、１つ以上の細胞骨格タンパク質、１つの細胞外基質タンパク質、１つの遺伝子発現媒介タンパク質、１つ以上の遺伝子調節タンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つの微小管輸送タンパク質、１つ以上の脂質結合タンパク質、１つ以上の代謝酵素、１つ以上の代謝タンパク質、１つのタンパク質結合タンパク質、１つ以上のタンパク質分解タンパク質、１つ以上のシグナリングタンパク質、１つの構造タンパク質、１つ以上のシナプスタンパク質、およびその組み合わせから選択される、少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；（ｉｉ）星状細胞にみられる１つのタンパク質、血液中にみられる１つ以上のタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられる１つ以上のタンパク質、脳組織にみられる１つ以上のタンパク質、心組織にみられる１つのタンパク質、上皮組織にみられる１つのタンパク質、介在ニューロンにみられる１つのタンパク質、神経上皮細胞にみられる１つのタンパク質、ニューロンにみられる１つ以上のタンパク質、皮膚組織にみられる１つのタンパク質、１つ以上のユビキタスタンパク質、およびその組み合わせから選択される、哺乳類細胞または組織にみられる少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；（ｉｉｉ）１つ以上のアポトーシスタンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つ以上の先天免疫タンパク質、１つ以上の膜修復タンパク質、１つ以上の代謝タンパク質、１つ以上の壊死タンパク質、１つ以上の神経変性タンパク質、１つ以上の神経形成タンパク質、１つ以上のシナプス形成タンパク質、１つ以上の血管修復タンパク質、およびその組み合わせから選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；または（ｉ）、（ｉｉ）、および（ｉｉｉ）の組み合わせを含む。
【００２２】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号６、１２、１６、２５、３２、３８、４５、４７、５１、７２、７９、および４９からなる群から選択される１つ以上の細胞接着タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１．２１の、細胞毒性タンパク質番号４８を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の凝固タンパク質番号４３を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号５７、５８、５９、および６０からなる群から選択される１つ以上の細胞骨格タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２、２３、３５、５６、７５、７６、７７、および８０からなる群から選択される１つ以上の細胞シグナリングタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の細胞毒性タンパク質番号４８を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の凝固タンパク質番号４３を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号５７、５８、５９、および６０からなる群から選択される１つ以上の細胞骨格タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の細胞外基質タンパク質番号３７を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の遺伝子発現媒介タンパク質番号３１を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号７、１５、４４、４６、５３、５４、６１、６３、７４、７８、および８１からなる群から選択される１つ以上の遺伝子調節タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２６、２７、２８、２９、３０、６８、６９、７０、および３６からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の微小管輸送タンパク質番号１３を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号５を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号８、９、１０、および３４からなる群から選択される１つ以上の脂質結合タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号４、１１、１４、２１、３９、４０、４１、および５０からなる群から選択される１つ以上の代謝酵素を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号６２および７３から選択される１つ以上の代謝タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質結合タンパク質番号４２を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号３、２２、２４、３３、５２、５５、６５、６６、および６７からなる群から選択される１つ以上のタンパク質分解タンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号６４および７０から選択される１つ以上のタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の構造タンパク質番号１を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号１７、１８、１９、および２０からなる群から選択される１つ以上のシナプスタンパク質を含む。
【００２３】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、星状細胞にみられるタンパク質番号４９を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号８、９、１０、２６、２７、２８、２９、３０、３４、および８１からなる群から選択される１つ以上の血液中にみられるタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号１４および１５から選択される１つ以上の血液、心臓および肝組織にみられるタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、脳組織にみられるタンパク質番号４８を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、心組織にみられるタンパク質番号６４を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、上皮組織にみられるタンパク質番号７２を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２２、２４、および２５からなる群から選択されるタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、介在ニューロンにみられるタンパク質番号１３を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、神経上皮細胞にみられるタンパク質番号４５を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号７４、３５、１２、１７、１８、１９、７１、５１、７７、７、３１、３２、３８、および１６からなる群から選択される１つ以上のニューロンにみられるタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１の、皮膚組織にみられるタンパク質番号２０を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号１、２、３、４、６、１１、２３、３３、３６、３７、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４６、４７、５０、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７３、７５、７６、７８、７９、および８０からなる群から選択される１つ以上のユビキタスタンパク質を含む。
【００２４】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２２および３３から選択される１つ以上のアポトーシスタンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号３、８、９、２１、３４、３６、４３、５７、６５、６６、６７、６８、６９、および７０からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２７、２８、２９および３０からなる群から選択される１つ以上の先天免疫タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２および４１から選択される、１つ以上の膜修復タンパク質を含む脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号１１、１４、１５、３７、３９、４０、４８、５０、７３、７５、および７８からなる群から選択される１つ以上の代謝タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２４、４９および５２からなる群から選択される１つ以上の壊死タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号４、１０および２５からなる群から選択される１つ以上の神経変性タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号４４、５３、５４、６１、６２、６３、７１、７４、７７、８０、および８１からなる群から選択される１つ以上の神経形成タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号６、７、１２、１３、１６、１７、１８、１９、２０、２３、３５、３８、４５、４７、５１、５５、５８、５９、６０、および７６からなる群から選択される１つ以上のシナプス形成タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットの他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、表１のタンパク質番号２６、３１、６４および７９からなる群から選択される１つ以上の血管修復タンパク質を含む、脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカーを含む。
【００２５】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、（ｉ）細胞接着タンパク質、細胞シグナリングタンパク質、細胞毒性タンパク質、凝固タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞外基質タンパク質、遺伝子発現媒介タンパク質、遺伝子調節タンパク質、炎症タンパク質、微小管輸送タンパク質、脂質結合タンパク質、代謝酵素、代謝タンパク質、タンパク質結合タンパク質、タンパク質分解タンパク質、シグナリングタンパク質、構造タンパク質、およびシナプスタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、（ｉｉ）星状細胞にみられるタンパク質、血液中にみられるタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられるタンパク質、脳組織にみられるタンパク質、心組織にみられるタンパク質、上皮組織にみられるタンパク質、介在ニューロンにみられるタンパク質、神経上皮細胞にみられるタンパク質、ニューロンにみられるタンパク質、皮膚組織にみられるタンパク質、およびユビキタスタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、（Ａ）、タンパク質バイオマーカーのサブセットを含むバイオマーカーパネルは、（ｉｉｉ）アポトーシスタンパク質、炎症タンパク質、先天免疫タンパク質、膜修復タンパク質、代謝タンパク質、壊死タンパク質、神経変性タンパク質、神経形成タンパク質、シナプス形成タンパク質、および血管修復タンパク質を含む。
【００２６】
他の態様においては、ＴＢＩ後転帰に対する治療の方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、ＴＢＩ後転帰についての１つ以上の時点における患者のリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者を治療するためにＴＢＩ後転帰に特異的な治療法または有効量の薬剤を施用することを含む。典型的な治療の方法においては、タンパク質バイオマーカーパネルは：（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーから選択される複数のタンパク質バイオマーカーを含む。治療の方法の実施形態は、ＴＢＩ後てんかん発作、ＴＢＩ後抑鬱、ＴＢＩ後不安、ＴＢＩ後ＰＴＳＤ、ＴＢＩ後睡眠障害、ＴＢＩ後の頭痛、ＴＢＩ後慢性疼痛、ＴＢＩ後動眼神経欠損、ＴＢＩ後注意および認知欠損、およびＴＢＩ後平衡および歩行障害に対する治療の方法を含む。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１−１】（図１Ａ〜１Ｊ）新規タンパク質バイオマーカー番号１〜８１を記載する表１を示す。表１に記載されたタンパク質バイオマーカーおよび本願と共に提出された配列表のアミノ酸配列は、それぞれ、外傷性脳損傷（ＴＢＩ）を有する患者から採取された血清サンプルで発見され、且つ質量分析配列決定によって同定された。
【図１−２】同上。
【図１−３】同上。
【図１−４】同上。
【図１−５】同上。
【図１−６】同上。
【図１−７】同上。
【図１−８】同上。
【図１−９】同上。
【図１−１０】同上。
【図２】外傷性脳損傷（ＴＢＩ）と診断されたヒト対象から採取された血清サンプルの二次元電気泳動によって単離された個々のタンパク質（患者由来タンパク質アレイ）を、別の脳損傷患者のコホートに由来する血清と共にインキュベートして自己抗体結合させた後、コンジュゲート化蛍光タグ（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ６４７）を有する抗ヒトＩｇＭ抗体で探索した際に得られた、蛍光シグナルをグラフで表すヒストグラムを示す。重ね合わせた橙色のヒストグラムは、プールした健常対照血清に由来する個々のタンパク質の蛍光強度を示す一方、青色のヒストグラムは急性脳損傷を受けた個体に由来する個々のタンパク質からの強度を示す。これらの測定法を用いて、ＴＢＩ患者（「ＩｇＭ  Ａ６４７  Ｐｏｏｌ  １  Ｇｅｎｅｐｉｘスキャナー」と表示、青色ヒストグラム）と健常対照（ＩｇＭ  Ａ６４７  Ｐｏｏｌ  ６Ａ  Ｇｅｎｅｐｉｘスキャナー」と表示、橙色ヒストグラム）の間でどのタンパク質分画が識別的血清タンパク質レベルを示すか判定した。続いてこれらの分画を個々のタンパク質の質量分析に付し、タンパク質の配列を同定した。
【図３】特異的モノクローナル抗体および抗ヒトＩｇＭ検出抗体を用い、血清から捕捉したヒトタンパク質に対する自己抗体反応性のレベルを示す（ＭＳＤ読み取りバッファーおよびＱｕｉｃｋｐｌｅｘ  １２０発光リーダーを用いた電気化学発光検出）。検出した自己抗体は抗ハプトグロビン、抗カリン−７、および抗ＧＦＡＰなどの既知の自己抗体ＴＢＩバイオマーカーを含む。
【図４】試験した１０種類のタンパク質を平均した、健常対照と比較したＴＢＩ血清サンプルにおける平均シトルリン化レベル百分率の全体的増加の検出を示す。シトルリン化のレベルは、ＴＢＩ抗原特異的抗体を用いた免疫捕捉により検出され、また抗シトルリン抗血清を用いて検出された。
【図５】試験したタンパク質について、対照と比較したＴＢＩ血清サンプルにおける平均シトルリン化レベル百分率の検出を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
（定義）
本明細書、実施例および付属の請求項で使用するいくつかの用語および語句の意味を提供する。定義は制限的な性質を意味せず、本発明の一部の態様および実施形態のより明確な理解を提供することを意図する。
【００２９】
本願で用いる用語「約」は、定量的な点からプラスまたはマイナス５％、または他の実施形態においてはプラスまたはマイナス１０％、または他の実施形態においてはプラスまたはマイナス１５％、または他の実施形態においてはプラスまたはマイナス２０％を意味する。
【００３０】
本願で用いる用語「抗原」は、全般的に抗体と反応することの可能な任意の物質に関して用いられる。より具体的には、本願で用いる用語「抗原」は、対象において抗体応答を誘発するか、または抗体によって認識されてこれと結合する合成ペプチド、ポリペプチド、タンパク質またはポリペプチドまたはタンパク質のフラグメント、または他の分子を意味する。
【００３１】
本願で用いる用語「（単数または複数の）自己抗体」は、個体自身のタンパク質、組織または細胞の抗原性構成要素に対して反応することが可能である、個体において産生される単数または複数の抗体を意味する（「自己抗原」または「自己タンパク質」を認識し、これと結合する抗体など）。
【００３２】
本願で用いる用語「バイオマーカー」は、生物学的変化と定量的または定性的に関連する分子を意味する。バイオマーカーの例はポリペプチド、タンパク質またはポリペプチドまたはタンパク質のフラグメント；および遺伝子産物、ＲＮＡまたはＲＮＡフラグメントまたはコードポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチド；および他の身体代謝物を含む。一定の実施形態においては、「バイオマーカー」は、第１の表現型（疾患または病状を有するなど）を有する対象または対象からなる集団に由来する生体サンプルにおいて、第２の表現型（疾患または病状を有していないか、またはより重症度の低い種類の疾患または病状を有するなど）を有する対象または対象からなる集団に由来する生体サンプルと比較して識別的に存在する（すなわち増加または減少する）化合物（タンパク質など）を意味する。バイオマーカーは任意のレベルで識別的に存在しうるものの、一般的に少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％（すなわち存在しない）減少した；または少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも１１０％、少なくとも１２０％、少なくとも１３０％、少なくとも１４０％、少なくとも１５０％、またはそれ以上増加したレベルで存在する。またその代わりに、バイオマーカーの識別的な存在は、たとえば１．１分の１倍、少なくとも１．２分の１倍、少なくとも１．３分の１倍、少なくとも１．４分の１倍、少なくとも１．５分の１倍、少なくとも２．０分の１倍、少なくとも２．５分の１倍、少なくとも３．０分の１倍、少なくとも３．５分の１倍、少なくとも４．０分の１倍、少なくとも５分の１倍、少なくとも５．５分の１倍、少なくとも６分の１倍、少なくとも６．５分の１倍、少なくとも７．０分の１倍、少なくとも７．５分の１倍、少なくとも８．０分の１倍、少なくとも９分の１倍、少なくとも１０分の１倍、少なくとも１１分の１倍、少なくとも１２分の１倍、少なくとも１３分の１倍、少なくとも１４分の１倍、少なくとも１５分の１倍、少なくとも１６分の１倍、少なくとも１７分の１倍、少なくとも１８分の１倍、少なくとも１９分の１倍、少なくとも２０分の１倍、少なくとも２５分の１倍、少なくとも３０分の１倍、少なくとも４０分の１倍、または少なくとも５０分の１倍に減少；または１．１倍、少なくとも１．２倍、少なくとも１．３倍、少なくとも１．４倍、少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３．０倍、少なくとも３．５倍、少なくとも４．０倍、少なくとも５倍、少なくとも５．５倍、少なくとも６倍、少なくとも６．５倍、少なくとも７．０倍、少なくとも７．５倍、少なくとも８．０倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１１倍、少なくとも１２倍、少なくとも１３倍、少なくとも１４倍、少なくとも１５倍、少なくとも１６倍、少なくとも１７倍、少なくとも１８倍、少なくとも１９倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍または少なくとも５０倍増加したレベルを含む、レベルの倍数変化によって特徴付けることができる。バイオマーカーは、好ましくは統計的に有意であるレベルで識別的に存在する（たとえばウェルチのＴ検定またはウィルコクソンの順位和検定を用いて０．０５未満のｐ値および／または０．１０未満のｑ値と判定されるなど）。
【００３３】
用語「１つ以上の」は、多様なタンパク質バイオマーカーの組み合わせを意味する。用語は、「Ｎ」が具体的な実施形態におけるタンパク質バイオマーカーの総数を意味する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０…からＮまでを包含する。用語は少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１５、１６、１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０…からＮも包含する。本発明の方法、組成物またはキットのバイオマーカーパネルにおいて、（Ａ）における１つ以上のバイオマーカーについてはＮ＝８１である。本願のバイオマーカーの列挙は語句「１つ以上の」バイオマーカーを含み、且つ具体的には、バイオマーカーパネルの列挙された実施形態それぞれにおいて「少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ」などの文言を含むことが理解される。
【００３４】
用語「バイオマーカーパネル」は、本発明の方法、組成物およびキットの実施形態における使用を目的として共に分類された複数のバイオマーカーの集合体を指す。パネルのバイオマーカーはタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーであり得る。本発明の方法、組成物またはキットの一部の実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。タンパク質バイオマーカーパネルが表１のうち１つのタンパク質のみを含む場合、パネルは、パネルが複数のバイオマーカーを含むよう、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含まなければならない。
【００３５】
用語「これに由来するペプチドバイオマーカー」は、前述のいずれかのアイソフォームおよび／または翻訳後修飾型を含む。本発明は、非修飾および修飾（シトルリン化または他の翻訳後修飾など）タンパク質／ポリペプチド／ペプチドの双方、さらには前述のいずれかに対する自己抗体の検出、測定、定量および／または判定またはその他の分析を意図する。一定の実施形態においては、バイオマーカーの検出、測定、定量および／または判定またはその他の分析に対する言及は、タンパク質／ポリペプチド／ペプチド（修飾および／または非修飾）の検出を意味することが理解される。他の実施形態においては、バイオマーカーの検出、測定、定量および／または判定またはその他の分析に対する言及は、タンパク質／ポリペプチド／ペプチドの自己抗体の検出を意味する。
【００３６】
本願で用いる「変化」は増加または減少を指すことがある。増加は、記載された百分率間の数値を含む、少なくとも約５％、１０％、または２０％、少なくとも約２５％、５０％、７５％、またはさらに１００％、２００％、３００％以上などの任意の正の変化である。減少は、記載された百分率間の数値を含む、少なくとも約５％、１０％、または２０％、少なくとも約２５％、５０％、７５％の減少、またはさらに１００％、２００％、３００％以上の増加などの負の変化である。
【００３７】
用語「脳損傷」は、ある事象によって引き起こされた損傷によって脳（中枢神経系または神経系）が障害される病状を意味する。本願で用いる用語「損傷」は、ある事象に帰することができる細胞または分子の完全性、活性、レベル、頑健性、状態の変化またはその他の変化を意味する。たとえば、損傷は細胞または分子特性の物理的、機械的、化学的、生物学的、機能的、感染性または他の調節因子を含む。事象は、単回または反復性の（衝撃の）影響などの物理的外傷、または血管の遮断または漏出のいずれかにより発生する卒中などの生物学的異常を含みうる。事象は、任意に感染性病原体による感染である。当業者は、用語損傷または事象によって包含される数多くの同等の事象を認識する。
【００３８】
より具体的には、用語「脳損傷」は、その病態生理学的背景を問わず、中枢神経系の障害をもたらす病状を指す。「脳損傷」の起源のうち最も頻繁なものは卒中および外傷性脳損傷（ＴＢＩ）である。
【００３９】
「卒中」は、頭蓋内出血または梗塞の結果である脳組織の破壊を意味する。卒中は、先進世界における主要な死因の１つである。脳の１領域における血流の減少および組織の死によって起こりうる（梗塞）。卒中の原因は、脳の血管内で生じる血餅（血栓）および脳から他の位置に移動する血餅またはアテローム硬化性プラークまたは他の物質（塞栓）の小片である。一過性脳虚血発作（ＴＩＡまたは「ミニ卒中」）は脳に向かう血液の一時的な遮断によって引き起こされ、短期的脳機能障害を引き起こし、典型的には２４時間以内に消失する。脳内の出血（失血）は卒中に類似した症状も引き起こしうる。「卒中」は、出血型および非出血型に分類される。出血型卒中の例は脳出血、くも膜下出血、および脳動脈奇形に続発する頭蓋内出血を含む一方、非出血型卒中の例は脳梗塞を含む。
【００４０】
神経損傷、障害、疾患または病状は、神経系または中枢神経系に対する何らかの損傷、または神経系または中枢神経系の何らかの障害を意味する。脳、脊髄、中枢神経系の神経または他の神経（末梢神経など）の構造的、生化学的、または電気的異常は幅広い症状をもたらしうる。神経損傷の症状の例は麻痺、筋力低下、協調不良、感覚喪失、てんかん発作、混乱、疼痛および意識レベルの変化を含む。神経損傷または障害は、神経学的検査によって判定し、神経内科学および臨床神経生理学専門科内で治療しうる。神経障害は、原発部位、原発時の関連する機能不全の種類、または主要な原因にしたがって分類しうる。神経疾患および病状の他の非制限的な例は、神経筋疾患（ニューロパシー、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ミオパシー、筋ジストロフィー、重症筋無力症など）、運動障害（パーキンソン病、ジストニア、ハンチントン病、良性本態性振戦、トゥレット症候群、脳性麻痺、スパシシティ（ｓｐａｓｉｃｉｔｙ）など）、多発性硬化症、てんかん、頭痛、片側顔面痙攣、三叉神経痛（ＴＧＮ）、後頭神経痛または脳動脈瘤を含む。神経腫瘍は神経系全体の多くの部位で発生する可能性があり、下垂体腺腫、聴神経腫瘍、髄膜腫、脳腫瘍、神経線維腫症（ＮＦ）を含みうる。その他の神経病状または障害はアルツハイマー病および認知症を含む。脳損傷は、非限定的な種類の神経損傷、障害、または病状である。
【００４１】
用語「脳損傷」は無症候性脳損傷、脊髄損傷および無酸素性虚血性脳症も意味する。用語「無症候性脳損傷」（ＳＣＩ）は、脳損傷の顕性臨床エビデンスのない脳損傷を意味する。脳損傷が実際に存在する場合の脳損傷の臨床エビデンスの欠如は、損傷の度合い、損傷の種類、意識レベル、薬物投与、特に鎮静剤および麻酔薬によりもたらされる可能性もある。
【００４２】
用語「外傷性脳損傷」または「ＴＢＩ」は、物理的外傷が脳障害を引き起こす場合に発生する、脳に対する外傷性損傷を意味する。たとえば、ＴＢＩは閉鎖性頭部損傷または穿通性頭部外傷によって発生しうる。ＴＢＩの症状は軽度（さらに初めは感知不能）である場合もあり、頭痛、混乱、視覚障害、および悪心を含む。重度ＴＢＩの徴候は、６時間を超える意識の喪失、痙攣、瞳孔散大、およびめまいを含む。ＴＢＩは、意識レベルまたは蘇生後のグラスゴー昏睡尺度（ＧＣＳ）スコアに基づき、軽度（軽度ＴＢＩまたは「ｍＴＢＩ」）短時間の精神状態の変化を意味する）、中等度、または重度（損傷後の長期間の意識不明または記憶喪失を意味する）の段階に分類される。ＧＣＳは、開眼（自発的＝４、呼びかけに応じて＝３、痛み刺激に応じて、＝３、開眼せず＝１）、運動反応（指示にしたがって動く＝６、局所的、＝５、手足を引っ込める＝４、異常な屈曲＝３、伸展反応＝２、運動なし＝１）、および言語反応（見当識あり＝５、混乱＝４、不適切な発語＝３、無意味な発語＝２、なし＝１）を採点する。軽度ＴＢＩ（ＧＣＳ１３〜１５）は、大半の例において脳震盪であり完全な神経学的回復があるものの、これらの患者の多くは短期記憶および集中が困難である。中等度ＴＢＩ（ＧＣＳ９〜１３）では、患者は嗜眠または昏迷状態であり、重度損傷（３〜８）では患者は昏睡状態にあり、開眼することも指示に従うことも不可能である。
【００４３】
「非外傷性脳損傷」は、虚血または外的機械力を包含しない脳損傷を意味する（とりわけ卒中、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、脳出血、脳感染症、脳腫瘍など）。
【００４４】
用語「軽度外傷性脳損傷（ｍＴＢＩ）」は、一般的別名は「脳震盪」であり、鈍的外傷または衝撃、または強制的な頭部の動き（加速力または減速力）により生じ、頭部損傷に起因しうる以下の病状のうち１つ以上を引き起こす頭部または脳への損傷の発生を意味する：一過性の混乱、見当識障害、または意識障害；損傷時前後の記憶機能障害；または３０分未満持続する意識の喪失。初回の頭部または脳損傷後にｍＴＢＩ症状のうち１つ以上が１年以上持続することがある。初期ｍＴＢＩ症状が軽傷とみられることがあっても、個体が身体的、認知的および生理的に機能する能力に、生涯持続する重大な障害をもたらす可能性がある。用語「脳震盪」は時にｍＴＢＩと互換的的に用いられることがあるが、脳震盪は臨床スペクトルを包含し、意識を喪失することなく発生しうる。軽度脳震盪は、頭部に対する外傷の外部徴候がない場合であっても存在しうる。スポーツ損傷に関係する脳震盪のスペクトルは、米国神経学会の品質基準小委員会によって以下のように定義される：グレード１脳震盪：一過性の混乱、意識喪失はなく、検査時の１５分未満で消失する精神状態異常の持続；グレード２脳震盪：一過性の混乱、意識喪失はなく、脳震盪症状または検査時の精神状態異常は１５分超持続；およびグレード３脳震盪：何らかの、短時間（数秒）または長時間（数分）のいずれかの意識喪失。（疾病管理予防センター）。
【００４５】
本願で用いる「続発性脳外傷」は、急性脳損傷後すなわちＴＢＩの続発性損傷期の患者の脳に対する障害を意味する。
【００４６】
本願で用いる「急性脳損傷」は、神経損傷または脳損傷を患い、実際の受傷時間より１〜１０時間、１〜８時間、１〜５時間、２〜５時間、３〜５時間、４〜５時間などの比較的短時間の患者の病状を意味する。
【００４７】
本願で用いる「亜急性脳損傷」は、受傷の２〜５日後より神経損傷または脳損傷を患う患者の病状を意味する。
【００４８】
本願で用いる「慢性脳損傷」は、以前は受傷の約３日から少なくとも約１２ヶ月後まで、または実際の受傷時より約１〜５ヶ月または約１〜３ヶ月より神経損傷または脳損傷を患い、さらに脳損傷の症状を呈し続ける患者の病状を指す。
【００４９】
「脊髄損傷」は、脊髄が脊椎骨折または脱臼による圧迫／挫滅を受けて機能不全を起こす病状を意味する。本願で用いる用語「無酸素性虚血性脳損傷」は、脳機能不全をもたらす脳組織への酸素供給の剥奪を意味し、低酸素脳症を含む。たとえば、無酸素性虚血性脳損傷は巣状脳虚血、全脳虚血、低酸素性低酸素症（すなわち、ダイバー、飛行士、登山家、および消防士などの環境において限られた酸素が脳機能低下を引き起こすことで、これらの者はいずれもこの種の低酸素脳症のリスクが高い）、肺の閉塞（窒息、絞扼、気管の圧挫によりもたらされる低酸素など）を含む。
【００５０】
用語「脳損傷バイオマーカー」（ＢＩＢ）、「脳損傷タンパク質バイオマーカー」、「脳損傷バイオマーカーペプチド」、脳損傷バイオマーカーポリペプチド」、神経損傷バイオマーカーなどは、本願に記載のものを含む、神経損傷または疾患および／または脳損傷または疾患と関連するかまたはこれを示し、且つ患者におけるｍＴＢＩまたは脳震盪などの神経損傷または疾患、または脳損傷または疾患を特定、診断および／または検出することなどの、本発明の原理にしたがった方法において用いることのできるタンパク質を意味する。本願に記載のタンパク質バイオマーカーは、本願の表１に記載のタンパク質を含むが、これに限定されない。
【００５１】
用語「脳損傷バイオマーカー」は、前述のいずれかのアイソフォームおよび／または翻訳後修飾型も含む。本発明は、非修飾および修飾（シトルリン化または他の翻訳後修飾など）タンパク質／ポリペプチド／ペプチドの双方、さらには前述のいずれかに対する自己抗体の検出、測定、定量、判定などを意図する。一定の実施形態においては、バイオマーカーの検出、測定、判定などに対する言及は、タンパク質／ポリペプチド／ペプチド（修飾および／または非修飾）の検出を意味することが理解される。他の実施形態においては、バイオマーカーの検出、測定、判定などに対する言及は、タンパク質／ポリペプチド／ペプチドの自己抗体の検出を意味する。
【００５２】
本願で用いる用語「比較する」または「比較」は、患者由来のサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在が、標準または対照サンプル中の対応する１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在とどのように関係するか判定を下すことを意味する。たとえば、「比較する」は、患者由来のサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在が、標準または対照サンプル中の対応する１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在と同じであるか、それより大きいかまたは小さいか、または異なるか判定することを意味しうる。より具体的には、当該用語は、患者由来のサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在が、たとえば神経損傷または脳損傷を有する、神経損傷または脳損傷がない、神経損傷または脳損傷に対する治療に反応している、神経損傷または脳損傷に対する治療に反応していない、神経損傷または脳損傷に対する特定の治療に反応する可能性がある／ない、または他の疾患または病状がある／ない患者に対応する既定のバイオマーカーレベル／比率の割合、レベルまたは細胞局在と同じであるか、それより大きいかまたは小さいか、異なるかまたは他の様態で対応するか（またはしないか）判定することを意味しうる。具体的な実施形態においては、用語「比較する」は、患者由来のサンプル中の本発明の１つ以上のバイオマーカーのレベルが、対照サンプル中の同じバイオマーカーのレベル／比率（健常個体、神経損傷または脳損傷のない個体、神経損傷または脳損傷の程度が低い個体、標準脳損傷レベル／比率と相関する既定のレベル／比率など）と同じであるか、それより大きいかまたは小さいか、異なるか、または他の様態で対応するか（またはしないか）判定することを意味しうる。他の実施形態においては、用語「比較する」または「比較」は、患者由来のサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在が、同じサンプル中の他のバイオマーカーの割合、レベルまたは細胞局在とどのように関係するか判定を下すことを意味する。たとえば、同じ患者サンプルに由来する１つのバイオマーカーのもう１つのバイオマーカーとの比率を比較することができる。
【００５３】
「単離ポリヌクレオチド」は、当該核酸分子がそこから由来する生物の天然発生ゲノムにおいて遺伝子と隣接する遺伝子を含まない核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡなど）を意味する。したがって当該用語は、たとえばベクター；自律的に複製するプラスミドまたはウイルス；または原核生物または真核生物のゲノムＤＮＡに組み入れられるか；または他の配列と独立した（たとえばｃＤＮＡまたはＰＣＲまたは制限エンドヌクレアーゼ消化によって生成されたゲノムフラグメントまたはｃＤＮＡフラグメントなどの）別の分子として存在する組換えＤＮＡを含む。さらに、当該用語はＤＮＡ分子から転写されたＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）、さらには１つ以上の追加的ポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えＤＮＡを含む。
【００５４】
本開示の表１のタンパク質バイオマーカーをコードする核酸分子（ポリヌクレオチド）は、開示されたタンパク質、またはそのペプチドをコードする任意の核酸分子を含む。そのような核酸分子は内因性核酸配列と１００％同一である必要はないが、典型的には相当な同一性を示すであろう。たとえば、ポリヌクレオチドは、表１のタンパク質バイオマーカーをコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも約８５％以上の核酸配列同一性を有することがある。内因性配列に対する「相当な同一性」を有するポリペプチドは、典型的には二重鎖核酸分子の少なくとも一方の鎖とハイブリッド化することが可能である。内因性配列に対する「相当な配列同一性」を有するポリペプチドは、典型的には二重鎖核酸分子の少なくとも一方の鎖とハイブリッド化することが可能である。「ハイブリッド化する」は、多様な厳密性条件の下で、相補的ポリヌクレオチド配列（遺伝子など）、またはその一部の間で二重鎖分子を形成するため対とすることを意味する。（Ｗａｈｌ，Ｇ．Ｍ．とＳ．Ｌ．Ｂｅｒｇｅｒ，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５２：３９９；Ｋｉｍｍｅｌ，Ａ．Ｒ．，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５２：５０７などを参照）。
【００５５】
「単離ポリヌクレオチド」は、天然状態でこれに随伴する構成成分から、または単離または精製プロセスにおいて存在する構成成分から分離された、表１に記載のタンパク質などの、ポリペプチドまたはタンパク質を意味する。典型的には、天然状態でこれに随伴するタンパク質および天然有機分子が、重量で少なくとも６０％除去されている場合、ポリペプチドは単離されている。好ましくは、調製物は、重量で開示のポリペプチドの少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは９９％である。開示の単離ポリペプチドは、たとえば天然の採取源からの抽出、そのようなポリペプチドをコードする組換え核酸の発現；またはタンパク質を化学合成することによって得てもよい。純度は、たとえばカラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、またはＨＰＬＣ分析などの任意の妥当な方法によって測定することができる。
【００５６】
本願で用いる用語「示す」または「相関する」（または文脈に応じて「示すこと」または「相関すること」または「指示」または「相関」）は、患者由来のサンプルにおいて調節された割合、レベルまたは細胞局在などのパラメーターに関して、患者が改善しているか改善していないかなどを意味することがある。具体的な実施形態においては、パラメーターは本願に記載の１つ以上のバイオマーカーのレベルを含みうる。１つ以上のバイオマーカーの量の特定の組またはパターンは、患者が改善したことまたは悪化したことを示すことがある。
【００５７】
他の実施形態においては、１つ以上のバイオマーカーの量の特定の組またはパターンは、罹患していない患者と相関することもある（すなわち患者が脳損傷を有していないことを指示する）。一定の実施形態においては、本発明にしたがって用いる「示すこと」または「相関すること」は、神経損傷、脳損傷またはその進行の診断、予測の判定、臨床治療の有効性の判定、特定の治療レジメンまたは薬剤に反応する可能性のある患者の特定、治療の進行のモニタリング、およびスクリーニング測定の状況においては、神経損傷またな脳損傷に対する治療の特定を目的とした、バイオマーカーのレベル／比率と標準、対象または比較値との関係を定量する任意の線型および非線形法によるものであり得る。
【００５８】
脳の「磁気共鳴断層撮影（ＭＲＩ）」は、磁界とラジオ波を用いて脳および脳幹の詳細な画像を生成する、詳細な描出および分析のための非侵襲的且つ無痛的神経画像検査である。ＣＡＴスキャン（別名ＣＴスキャン；コンピューター体軸断層撮影スキャン）と異なり、ＭＲＩスキャンは放射線を用いない。一部の例においては、ＭＲＩ時に色素（造影色素）または造影物質（ヨウ素、バリウム、またはガドリニウム）を用いて脳構造（血管および組織など）のより鮮明な描出を可能にする。たとえば、色素は血流および炎症または浮腫の領域を示しうる。一部の場合においては、ＭＲＩは３Ｔ  ＭＲＩである。
【００５９】
用語「患者」、「個体」、または「対象」は本願において互換的に用いられ、哺乳類、具体的にはヒトを意味する。患者は軽度、中等度または重度の疾患または病状を有することがある。患者は、具体的な症状または個人歴または家族歴に基づいて治療を必要とするかまたは診断を必要とする個体であり得る。一部の例においては、当該用語は、マウス、ラットおよびハムスターを含む齧歯類；および霊長類を含むがこれに限定されない実験動物、獣医学用途、および疾患についての動物モデルの開発における治療を意味する。
【００６０】
用語「測定する」および「判定する」は全文を通じて互換的に用いられ、患者サンプルを採取することまたは提供することおよび／またはサンプルにおいてバイオマーカーのレベル（または量）を検出することを含む方法を意味する。１つの実施形態においては、用語は患者サンプルを採取することまたは提供することおよび当該サンプルにおいて１つ以上のバイオマーカーのレベルを検出することを意味する。他の実施形態においては、用語「測定すること」および「判定すること」は患者サンプルにおいて１つ以上のバイオマーカーのレベルを検出することを意味する。用語「測定する」は、全文を通じて「検出する」とも互換的に用いられる。一定の実施形態においては、当該用語は「定量すること」とも互換的に用いられる。
【００６１】
用語「サンプル」、「患者サンプル」、「生体サンプル」、「生体サンプル（ｂｉｏｌｏｇｉｃ  ｓａｍｐｌｅ）」、「体液サンプル」などは、患者、個体、または対象から採取される多様なサンプルの種類を包含し、診断、スクリーニングまたはモニタリング測定法において用いることができる。患者サンプルは健常対象、または神経損傷または脳損傷を有すると、またはその随伴症状を有すると疑われる患者から採取されることもある。さらに、患者から採取されたサンプルを分割し、一部分のみを診断に用いることもある。さらに、サンプルまたはその一部を、後で分析するためにサンプルを維持する条件下で保存することができる。「サンプル」の定義は、具体的には末梢血、臍帯血、羊水、涙液、尿、唾液、糞便、精液、分泌液、および滑液を含むがこれに限定されない、血液、血清、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）および他の生体由来の液状サンプルを包含する。サンプルは、生検標本またはこれに由来する細胞、または組織培養細胞およびその子孫などの固形組織サンプルも包含する。組織または細胞サンプルを処理して（ホモジナイズするなど）、以下に論じる液状の懸濁液または分散液を生成することもある。具体的な実施形態においては、サンプルは血液サンプルを含む。他の実施形態においては、サンプルは血漿サンプルを含む。さらなる他の実施形態においては、血清サンプルが用いられる。一定の実施形態においては、サンプルは脳脊髄液を含む。
【００６２】
「サンプル」の定義は、その入手後に、遠心分離、ろ過、沈殿、透析、クロマトグラフィー、試薬による処理、洗浄、または一定の細胞集団の濃縮などの任意の方法で操作されているサンプルも含む。当該用語はさらに臨床サンプルを包含し、また培養細胞、細胞上清、組織サンプル、臓器なども含む。サンプルは、臨床または病理生検より調製され、病理分析または免疫組織化学による試験を目的として調製された新鮮凍結および／またはホルマリン固定、パラフィン包埋組織ブロックも含む。サンプルは採取直後に試験するか、または４℃、−２０℃、または−８０℃で保存後に試験することもある。保存期間は、サンプルの安定性および保存条件に応じて２４時間、１週間、１ヶ月、１年、１０年または最長３０年とすることがある。
【００６３】
本発明の多様な方法論は、数値、レベル、機能、特徴、特性などを、本願で「妥当な対象」、「対象サンプル」、「参照」または単純に「対照」と互換的に呼ばれる「適切な対照」と比較することを包含するステップを含む。「適切な対照」、「妥当な対照」、「対照サンプル」、「参照」または「対照」は、比較の目的に対して有用である、当業者に周知の任意の対照または標準品である。バイオマーカーの「参照レベル」は、特定の疾患状態、表現型、またはその欠如、さらには疾患状態、表現型またはその欠如の組み合わせを示すバイオマーカーのレベルを意味する。バイオマーカーの「陽性」参照レベルは、特定の疾患状態または表現型を示すレベルを意味する。バイオマーカーの「陰性」参照レベルは、特定の疾患状態または表現型の欠如を示すレベルを意味する。たとえば、バイオマーカーの「脳損傷陽性参照レベル」は対象における脳損傷を示すバイオマーカーのレベルを意味し、またバイオマーカーの「脳損傷陰性参照レベル」は対照に脳損傷がないことを示すバイオマーカーのレベルを意味する。
【００６４】
バイオマーカーの「参照レベル」は、バイオマーカーの絶対的または相対的量または濃度、バイオマーカーの存在または欠如、バイオマーカーの量または濃度の範囲、バイオマーカーの最小および／または最大の量または濃度、バイオマーカーの量または濃度の平均、および／またはバイオマーカーの量または濃度の中央値であってもよく；且つさらにバイオマーカーの組み合わせの「参照レベル」は２つ以上のバイオマーカーの絶対的または相対的な量または濃度の互いに対する比率であってもよい。特定の疾患状態、表現型、またはその欠如に対するバイオマーカーの妥当な陽性および陰性参照レベルは、１例以上の妥当な対象において所望のバイオマーカーのレベルを測定することによって判定してもよく、またそのような参照レベルは特定の対象の集団に合わせて調節してもよい（たとえば、一定年齢の対象に由来するサンプルにおけるバイオマーカーレベルと、一定年齢集団における特定の疾患状態、表現型またはその不在についての参照レベルを比較できるよう、参照レベルを年齢マッチングしてもよい）。そのような参照レベルは、生体サンプルにおいてバイオマーカーのレベルを測定するために用いる特定の技術（ＥＬＩＳＡ、ＰＣＲ、ＬＣ−ＭＳ、ＧＣ−ＭＳなど）に合わせて調節してもよく、この場合バイオマーカーのレベルは使用する具体的な技術によって異なる場合もある。
【００６５】
１つの実施形態においては、「適切な対照」または「妥当な対照」は、たとえば正常な形質などを示す対照または正常細胞、臓器、または患者などの細胞、臓器または患者において判定される数値、レベル、機能、特徴、特性などである。たとえば、本発明のバイオマーカーは非罹患個体（ＵＩ）（脳損傷がないなど）、または正常対照個体（ＮＣ）（本願では双方の用語を互換的に用いる）に由来するサンプル中のレベル／比率について測定することもある。たとえば、「適切な対照」または「妥当な対照」は患者に対して治療法（脳損傷治療など）を実施する前に判定した数値、レベル、機能、特徴、特性、比率など、または疾患の発症前に判定した数値、レベル、機能、特徴、特性、比率など（ベースライン試験など）とすることができる。さらなる他の実施形態においては、タンパク質レベル／比率、転写速度、ｍＲＮＡレベル、翻訳速度、生物学的活性、細胞の特徴または特性、遺伝子型、表現型などは、細胞、臓器または患者に治療法を施用する前、施用するとき、または施用した後に判定することができる。さらなる実施形態においては、「適切な対照」または「妥当な対照」は既定の数値、レベル、機能、特徴、特性、比率などである。「適切な対照」は、脳損傷と相関し、患者サンプルと比較することのできる本発明の１つ以上のバイオマーカーのレベル／比率のプロフィールまたはパターンとすることができる。患者サンプルは陰性対照、すなわち脳損傷がないことと相関するプロフィールと比較することもできる。
【００６６】
本願で用いる用語であるバイオマーカーの「事前に定める発現閾値」は、正常、または健常対象、すなわち脳損傷のない対象から採取した対応する対照／正常サンプルまたは対照／正常サンプルからなる群における、同じバイオマーカーの発現のレベル（たとえばｎｇ／ｍＬなどで表示）を意味する。さらに、用語であるサンプル中のバイオマーカーの「変化した発現レベル」は、同じバイオマーカーの事前に定める発現閾値を下回るかまたは上回るレベルを意味し、またそれゆえ高（増加）または低（減少）発現レベルを包含する。具体的な実施形態においては、本願に記載するバイオマーカーは年齢マッチング（および／または性別マッチング）対照と比較して増加または減少する。
【００６７】
用語「特異的に結合する」、「特異的な」および関連する文法的異形は、共有結合的または非共有結合的相互作用、または共有結合的相互作用と非共有結合的相互作用の組み合わせによって媒介されうる、酵素／基質、受容体／作動物質、抗体／抗原、アプタマー／標的、およびレクチン／炭水化物などの対種の間に発生するその結合を意味する。２種の総合作用が非共有結合的結合複合体を生成するとき、典型的には発生する結合は静電的、水素結合的、または親油性相互作用の結果である。したがって、「特異的結合」は、抗体／抗原または酵素／基質相互作用の特徴を有する結合複合体を生成する、双方の間の相互作用の存在する１対の種間で発生する。具体的には、特異的結合は、特定の種と対をなすメンバーであって、結合するメンバーと対応するメンバーが属する化合物群の他の種とは対をなさないメンバーの結合によって特徴付けられる。したがって、たとえば、抗体は典型的には単一のエピトープと結合し、タンパク質ファミリー内の他のエピトープとは結合しない。一部の実施形態においては、抗原と抗体の間の特異的結合は少なくとも１０−６Ｍの結合親和性を有するであろう。他の実施形態においては、抗原と抗体は少なくとも１０−７Ｍ、１０−８Ｍから１０−９Ｍ、１０−１０Ｍ、１０−１１Ｍ、または１０−１２Ｍの親和性で結合するであろう。本願で用いる用語「特異的結合」または「特異的に結合する」は、抗体とタンパク質またはペプチドとの相互作用に関して用いる場合、当該相互作用がタンパク質上の特定の構造（すなわちエピトープ）の存在に依存することを意味する。
【００６８】
本願で用いる用語「に対して特異的な結合物質」または「特異的に結合する結合物質」は、バイオマーカーと結合し、非関連化合物と有意に結合しない物質を意味する。開示された方法で有効に用いることのできる結合物質の例は、タンパク質およびモノクローナルまたはポリクローナル抗体などの抗体、またはその抗原結合フラグメントを含むが、これに限定されない。一定の実施形態においては、結合物質はたとえば約１×１０−６Ｍより大きいかまたはこれと等しい親和性定数でバイオマーカー（ポリペプチドバイオマーカーなど）と結合する。
【００６９】
「抗体」は、免疫原または抗原結合能を有する任意の免疫グロブリンポリペプチドまたはそのフラグメントを意味する。本願で用いる用語「抗体フラグメント」、「フラグメント」、または「そのフラグメント」は、無傷の抗体の一部分、具体的には抗体の免疫原または抗原結合性部分を意味する。抗体フラグメントの例は、直鎖抗体；単鎖抗体分子；ＦｃまたはＦｃ’ペプチド、ＦａｂおよびＦａｂフラグメント、および抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体を含むが、これに限定されない。大半の実施形態においては、当該用語は標的分子（本願に記載のタンパク質バイオマーカーなど）の抗原と結合するフラグメントも意味し、「抗原結合フラグメント」と呼ばれることもある。本願で用いる用語「抗体」は、特定の抗原と反応する任意の免疫グロブリン分子に関して用いられる。当該用語は、任意の採取源（ヒト、齧歯類、非ヒト霊長類、ヤギ、ウシ、ウマ、ヒツジなど）から採取された任意の免疫グロブリン（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤなど）を包含することが意図される。抗体の具体的な種類／例はポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、ヒト抗体または他の様式でヒトに適合する抗体を含む。「抗体」は、標的抗原と特異的に結合する本願に記載の任意の抗体の任意のフラグメントまたは誘導体も含む。
【００７０】
用語「エピトープ」または「抗原決定基」は、本願において互換的に用いられ、認識され且つ特定の抗体と特異的に結合することの可能な抗原のその部分を意味する。抗原がポリペプチドの場合、エピトープは近接アミノ酸およびタンパク質の三次フォールディングによって並置される非近接アミノ酸の双方から形成することができる。近接アミノ酸から形成されるエピトープが典型的にはタンパク質変性時に保持される一方、三次フォールディングにより形成されるエピトープは典型的にはタンパク質変性によって失われる。エピトープは、特有の空間コンフォメーションに典型的には少なくとも３個、またより一般的には少なくとも５または８〜１０個のアミノ酸を含む。抗原決定基は、無傷の抗原（すなわち免疫応答を誘発するために用いる「免疫原」）と、抗体との結合で競合することがある。
【００７１】
「有効量」は、疾患の症状を未治療患者と比較して改善するために必要とされる量を意味する。脳損傷の治療的処置を目的とした本発明を実践するために用いられる活性化合物の有効量は、投与形態、対象の年齢、体重、および全般的健康状態によって異なる。最終的には、主治医または担当獣医が妥当な量および用量レジメンを決定するであろう。そのような量を「有効量」と呼ぶ。
【００７２】
本願および付属の請求項で用いる単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明確に別段の指示をしない限り複数形への言及を含む。したがって、たとえば、「タンパク質」への言及は１つ以上のタンパク質への言及であり、当業者に既知であるその同等物などを含む。
【００７３】
別段定義しない限り、本願で用いられる全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する技術の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。具体的な方法、機器、および材料が記載されるものの、本願に記載するものと類似した、または同等の任意の方法および材料を、本発明の実践または試験に用いることができる。本願に記載の具体的な方法および構成成分などは変動することがあるので、本発明はこれに限定されないことが理解される。本願で用いる用語は具体的な実施形態を記述することのみを目的とし、本発明の範囲を限定することを意図していないことを理解すべきである。
【００７４】
本願に引用した全ての刊行物は、全ての雑誌記事、書籍、マニュアル、公開特許明細書、および交付された特許を含めて、本願に参照文献として援用する。
【００７５】
（発明の詳細な説明）
本願に記載の方法、組成物およびキットは、部分的に、脳損傷すなわち外傷性脳損傷（ＴＢＩ）などの神経損傷を有する患者に由来するプール血清における新規タンパク質の発見に基づく。記載されたタンパク質またはそのサブセットは、脳損傷および脳および脊髄における神経変性プロセスについてのバイオマーカーの役割を果たす。簡単に述べると、タンパク質は、ＴＢＩ患者由来の血清をプールすることにより、技術上認識されている２Ｄゲル電気泳動（ＰＦ２Ｄ）タンパク質分離および単離法を用いて発見された。分離および分解されたタンパク質は精製され且つ質量分析法によって配列決定され、これにより患者のサンプルにおいて検出可能であり、検査を受ける患者における神経または脳損傷または疾患を示す新規タンパク質バイオマーカーが同定された。そのような患者はＴＢＩなどの脳損傷といった神経損傷または疾患を有することもあり、これらの病状を有していると疑われることもあり、またはそのリスクが高いこともある。
【００７６】
本願に記載の同定されたタンパク質は、神経損傷または疾患、脳損傷または疾患および／またはその脳および脊髄における神経変性プロセスを有するか、これを有すると疑われるか、またはこれを有するリスクがある患者の、前述の病状と関連し且つ／またはこれを示す新規且つ有益なバイオマーカーを提供する。これらのタンパク質バイオマーカーは表１に提示され（図１Ａ〜１Ｊ）、且つ本願に記載の方法を用いて試験、評価、または分析を受ける患者由来の生体サンプル中に検出される。表１のタンパク質のアミノ酸配列から誘導されるペプチドは本願に包含される。そのようなペプチドは本願に記載の方法で検出することができる。当該方法の実施形態においては、患者がＴＢＩなどの脳損傷といった神経損傷を有する場合、患者のサンプルにおいて検出されたこれらのタンパク質の量は、対照と比較して増加または減少する。実施形態においては、対照は神経損傷または疾患がないか、またはＴＢＩなどの脳損傷または疾患のない健常個体であるか；または対照はより少ないかまたは軽度の形態の神経損傷または疾患、またはＴＢＩなどの脳損傷または疾患を有する個体であるか；または対照はより重篤または重度の形態の神経損傷または疾患、またはＴＢＩなどの脳損傷または疾患を有する個体である。
【００７７】
１つの実施形態においては、本願に記載され且つ表１に提示された１つ以上のタンパク質バイオマーカーをコードするポリヌクレオチドが、本願に記載の方法で検出される。
【００７８】
１つの実施形態においては、記載されたタンパク質バイオマーカーのうち１つ以上に対する自己抗体が、本願に記載の方法を用いて試験、評価、または分析を受ける患者由来の生体サンプルにおいて検出される。
【００７９】
（脳損傷）
外傷性脳損傷（ＴＢＩ）とは剪断（ｓｈｅｅｒ）力、鈍力、または線型加速または減速が脳組織を障害する、重大な機械的事象を包含する頭部への損傷である。当業者は、頭部損傷後完全に無症状である個体であっても、初回損傷より数週間から数ヶ月などの時間を経て発症する症状または障害を有する可能性があることを認識する。患者における遅発性欠損は、複数回の無症候性または亜振盪性頭部損傷によって発生することもある。
【００８０】
脳震盪または反復的頭部損傷のより一般的な長期的結果としての慢性外傷性脳症（ＣＴＥ）の認識により、ＴＢＩ後のよりわずかな変化、および損傷時には患者において明確でない長期的な変化に対して鋭敏であるバイオマーカーに対するニーズが強調されている。本願で同定され且つ記載されるタンパク質は、神経または脳損傷または疾患を示し、損傷および回復のスペクトル全体の情報を提供する、改善された総合的バイオマーカー、およびタンパク質バイオマーカーパネルである。ＴＢＩの特定、診断および転帰に対する容易に検出可能なタンパク質バイオマーカーの提供は、患者から採取した生体サンプルを本願に記載の方法で測定する非侵襲的方法の実践によってこれらのタンパク質バイオマーカーが検出されるので、患者および医療業界の双方にとって有益である。
【００８１】
たとえば、ＴＢＩを有するか、あるいはこれを有する疑いのある患者において、神経炎症およびその後の変性または修復メカニズムの経過を追跡するために、患者がＴＢＩを経験したかこれを呈した後のいくつかの時点で患者由来のサンプルを検査する。タンパク質バイオマーカーパネルは、患者のサンプル（ＴＢＩ患者由来の血液サンプルなど）において上昇した（増加した）、急激に上昇した、または減少した量、レベルまたは濃度で検出されるバイオマーカー、さらには患者における慢性変性プロセスに関与するバイオマーカーを提供する。したがって、これらのタンパク質バイオマーカーを検出する方法は、患者において所定の時間経過に渡り、ＴＢＩ後反応の進展を判定し、正確な分子的および解剖学的ＴＢＩ像に到達することを可能とする。
【００８２】
異なる種類のバイオマーカーが、ＴＢＩにおいて障害を被る多様な種類の細胞を反映することもある。ＴＢＩなどの脳損傷に関与する細胞障害の生物学的性質および種類は、体内で最も複雑な組織であると言ってよい脳組織それ自体と同様に、複雑且つ不均一である。本願に記載の方法を用いた、患者のサンプルにおける記載のタンパク質バイオマーカー、そのサブセット、および／またはその量の増加または減少の検出は、損傷された患者において発生し、且つ損傷後に発生する炎症、シナプス形成、膠細胞瘢痕形成、血管新生および血管修復のプロセスを反映する変化の判定および特定を可能とする。実施形態においては、タンパク質バイオマーカーの異なるサブセット、および／またはその量および変化は、ＴＢＩ患者などの損傷患者におけるより重度であるかまたはより軽度である神経障害または脳損傷に至るこれらの生物学的機能およびプロセスのうち１つ以上と関連する。
【００８３】
（神経損傷または疾患のバイオマーカーの検出）
（免疫測定法による検出）
本発明の方法の具体的な実施形態においては、免疫測定法により表１のバイオマーカータンパク質番号１〜８１を検出および／または測定することができる。免疫測定法は、バイオマーカーを捕捉するために抗体などの生体特異的捕捉試薬／結合物質を必要とする。多くの抗体が市販されている。抗体は、バイオマーカーで動物を免疫することなどによる、技術上周知の方法で産生することもできる。バイオマーカーは、その結合特性に基づいてサンプルから単離することができる。またその代わりに、ポリペプチドバイオマーカーのアミノ酸配列が既知の場合、技術上周知の方法によりポリペプチドを合成し、用いて抗体を生成してもよい。
【００８４】
記載の方法において用いるのに適した検出法は、たとえば酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）または蛍光免疫測定法を含むサンドイッチ免疫測定法、免疫ブロット、ウェスタンブロット（ＷＢ）、さらには他の酵素免疫測定法などを含む、従来の免疫測定法を制限なく包含する。マルチプレックスＥＬＩＳＡ測定法も使用に適している。比濁分析法は、抗体が溶液の状態にある、液相内で実施される測定法である。タンパク質抗原と特異抗体との結合により、測定するパラメーターである吸光度の変化がもたらされる。ＳＥＬＤＩ免疫測定法においては、バイオマーカーに対する生体特異的捕捉試薬を、予備活性化タンパク質チップアレイなどのＭＳプローブの表面に結合させる。次に、この試薬によりバイオマーカーをバイオチップ上に特異的に捕捉し、さらに捕捉したバイオマーカーを質量分析法で検出する。
【００８５】
一定の実施形態においては、本願で用いるバイオマーカーの発現レベルは、ＥＬＩＳＡ技術などの免疫測定法で定量する。具体的な実施形態においては、バイオマーカーの発現のレベルは、バイオマーカーと選択的に結合する抗体、またはその抗原結合フラグメントに、生体サンプルを接触させ；且つ抗体、またはその抗原結合フラグメントとバイオマーカーとの結合を検出することによって判定する。一定の実施形態においては、開示された方法および組成物において用いられる結合物質は検出可能部分で標識される。
【００８６】
たとえば、サンプル中のバイオマーカーのレベルは、標的バイオマーカーと選択的に結合する抗体、またはその抗原結合フラグメント（捕捉分子または抗体または結合物質と呼ばれる）に生体サンプルを接触させ、且つ抗体、またはその抗原結合フラグメントとバイオマーカーとの結合を検出することによって測定することができる。検出は、その標的バイオマーカーと複合体化した捕捉抗体と結合する第２の抗体を用いて実施することができる。標的バイオマーカーはタンパク質全体であるか、またはその変異体またはその修飾型でありえる。本願に記載のバイオマーカーの検出のためのキットは、プレコーティングストリッププレート、ビオチン化二次抗体、標準液、対照液、バッファー、ストレプトアビジン−セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）、停止試薬、および標準液の実施を含めた試験を実施するための詳細な指示を含みうる。
【００８７】
本発明の実施形態は、対象におけるｍＴＢＩまたは脳震盪などの脳損傷を特定、検出、または診断するための方法であって、タンパク質バイオマーカー、またはそのレベル、量、または濃度が患者または対象から採取したサンプルにおいて検出される方法も提供する。たとえば、１つの実施形態においては、提供される方法は：（ａ）本願に開示する表１の複数のタンパク質バイオマーカーと選択的に結合する複数の結合物質に、対象から採取した生体サンプルを、結合物質−バイオマーカー複合体を形成するのに十分な一定の時間接触させること；および（ｂ）サンプルにおいて結合物質と複数のバイオマーカーとの結合を検出することを含む。一つの実施形態においては、検出は免疫測定法によるか、質量分析法によるか、または他の適切な検出測定法または系による。
【００８８】
１つの実施形態においては、生体サンプルにおけるタンパク質バイオマーカーパネル由来のタンパク質バイオマーカーのレベル、量、または濃度、またはタンパク質バイオマーカーの発現のレベルを測定する。バイオマーカーパネルは、表１のバイオマーカーに加えて、これまで知られている脳損傷のバイオマーカーのうち１つ以上を含みうる。１つの実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネル由来の複数のバイオマーカーは（Ａ）表１に提示されるタンパク質のうち１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上など、または全てまたはそのサブセット；および任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。国際特許明細公開第２０１８／００５７９１号明細書は、出血などの脳損傷および脳損傷リスクの診断、予後判定および／または判定に有用な方法、組成物およびキットはＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３およびＮＳＥを含むいくつかのバイオマーカーの検出に基づくと記載する。米国特許第９，７４６，４８１号明細書は、とりわけバイオマーカーＮＲＧＮ、ＭＴ３およびＧＦＡＰを含む、脳損傷を診断する際に有用なバイオマーカーのパネルを記載する。国際特許明細公開第２０１６／１７９４２６号明細書は、ＡＬＤＯＣを用いてＴＢＩを検出またはモニタリングするための方法およびキットを記載する。
【００８９】
患者のサンプルにおけるタンパク質バイオマーカーのレベル、量、または濃度、またはタンパク質バイオマーカーパネルのバイオマーカー、または複数のバイオマーカーの発現のレベルは、事前に定める閾値と比較することができる。例として、事前に定める閾値を上回るかまたは下回る、パネルの複数のポリペプチドバイオマーカーのうち少なくとも１つの発現のレベルは、たとえば、対象の神経損傷または脳損傷を示す。そのような方法において有効に用いることのできる結合物質の例は、抗体、またはその抗原結合フラグメント、アプタマー、レクチンなどを含むが、これに限定されない。そのような結合物質は、単鎖抗体およびラクダ化（camelid）動物抗体を含むことがあり、また遺伝子組み換えによって生成されることもある。
【００９０】
さらなる態様においては、本発明の実施形態は開示された方法において使用することのできる組成物を提供する。一定の実施形態においては、そのような組成物は固形基板および基板に固定された複数の結合物質を含み、結合物質のそれぞれが基板上の異なる、インデックス作成可能な位置に固定され且つ結合物質がタンパク質バイオマーカーパネルの複数のバイオマーカーと選択的に結合し、パネルは（Ａ）表１に提示されるタンパク質のうち１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上など、または全て、またはそのサブセット；および任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。具体的な実施形態においては、位置は事前に定められている。１つの実施形態においては、結合物質は本願に記載の表１に提示するタンパク質のバイオマーカーのうち複数と選択的に結合する。そのような組成物において使用することのできる結合物質は、抗体、またはその抗原結合フラグメント、アプタマー、レクチンなどを含むが、これに限定されない。
【００９１】
関連する態様においては、対象におけるｍＴＢＩまたは脳震盪などの脳損傷を判定するための方法が提供され、そのような方法は：（ａ）対象から採取した生体サンプルを、結合物質−ポリペプチドバイオマーカー複合体を形成するのに十分な一定の時間、本願に開示する組成物と接触させること；（ｂ）複数の結合物質とタンパク質バイオマーカーパネルの複数のポリペプチドバイオマーカーとの結合を検出し、これにより生体サンプルにおける複数のポリペプチドバイオマーカーの発現のレベルを判定すること；および（ｃ）生体サンプルにおける複数のポリペプチドバイオマーカーの発現のレベルを事前に定める閾値と比較することであって、事前に定める閾値を上回るかまたは下回る複数のポリペプチドバイオマーカーのうち少なくとも１つの発現のレベルが対象における脳損傷状態を示す比較することを含む。
【００９２】
さらなる態様においては、本発明の実施形態は、固形基板および基板に固定された本願に開示するタンパク質バイオマーカーパネルの複数のポリペプチドバイオマーカーを含む組成物であって、ポリペプチドバイオマーカーのそれぞれが基板上の異なる、インデックス作成可能な位置に固定される組成物を提供する。タンパク質バイオマーカーパネルは：（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーから選択される複数のタンパク質バイオマーカーを含む。
【００９３】
抗体はその幅広い特徴によって有用であるものの、本発明のバイオマーカーと特異的に結合する他の任意の適切な物質（リガンド分子、ペプチド、アプタマー、または有機低分子など）を、上記の免疫測定法において任意に抗体の代わりに用いることもある。たとえば、バイオマーカーおよび／またはその１つ以上の分解生成物と特異的に結合するアプタマーを用いることがあるかもしれない。アプタマーは、特定のリガンドと結合する核酸ベースの分子である。特定の結合特異性を有するアプタマーを生成するための方法は、米国特許第５，４７５，０９６号明細書；第５，６７０，６３７号明細書；第５，６９６，２４９号明細書；第５，２７０，１６３号明細書；第５，７０７，７９６号明細書；第５，５９５，８７７号明細書；第５，６６０，９８５号明細書；第５，５６７，５８８号明細書；第５，６８３，８６７号明細書；第５，６３７，４５９号明細書；および第６，０１１，０２０号明細書に詳述されているように既知である。
【００９４】
具体的な実施形態においては、生体サンプルに対して実施される測定法は、１つ以上の捕捉分子（たとえば抗体、ペプチド、アプタマーなど、その組み合わせ）に生体サンプルを接触させてバイオマーカー捕捉物質複合体を形成することを含むことができる。その後複合体を検出および／または定量することができる。その後、本願に記載するように、検出／定量／測定したバイオマーカーのレベルと、１つ以上の参照対象との比較に基づき、対象が脳損傷を有すると特定することができる。
【００９５】
１つの方法においては、目的のバイオマーカーと特異的に結合する抗体などの第１の、または捕捉結合物質を、適切な固相基板または担体に固定する。その後、被験生体サンプルを捕捉抗体と接触させ、所望の時間インキュベートする。洗浄して非結合物質を除去した後、次にバイオマーカー上にある別の重複しないエピトープ（または結合した捕捉抗体）と結合する第２の検出抗体を用いて、ポリペプチドバイオマーカーと捕捉抗体との結合を検出する。好ましくは、検出抗体は検出可能な部分と、直接的または間接的にコンジュゲート化される。そのような方法で用いることの可能な検出可能な部分の例は、化学発光性または発光性物質；フルオレセイン、ローダミンおよびエオシンなどの蛍光体；放射性同位元素；比色物質；およびビオチンなどの酵素基質標識を含むが、これに限定されない。
【００９６】
他の実施形態においては、測定法は競合的結合測定法であって、標識検出抗体の代わりに標識バイオマーカーを用い、且つ標識バイオマーカーと被験サンプル中に存在する何らかの非標識バイオマーカーが捕捉抗体との結合で競合する測定法である。捕捉抗体と結合するバイオマーカーの量は、検出される標識バイオマーカーの割合に基づいて判定することができる。
【００９７】
そのような測定法において有効に使用することのできる固相基板、または担体は当業者に周知であり、且つたとえば９６ウェルマイクロタイタープレート、ガラス、紙、およびたとえばニトロセルロース、ナイロン、二フッ化ポリビニリデン、ポリエステル、酢酸セルロース、混合セルロースエステルおよびポリカーボネートなどから構成される細孔膜などを含む。適切な細孔膜は、たとえば米国特許出願公開第２０１０／００９３５５７Ａ１号明細書に記載のものなどを含む。免疫測定法の自動化の方法は技術上周知であり、且つたとえば米国特許第５，８８５，５３０号明細書、第４，９８１，７８５号明細書、第６，１５９，７５０号明細書および第５，３５８，６９１号明細書に記載のものを含む。
【００９８】
被験サンプル中の数種類の異なるポリペプチドバイオマーカーの存在は、マルチプレックスＥＬＩＳＡなどのマルチプレックス測定法を用いて同時に検出することができる。マルチプレックス測定法は、高いスループット、必要なサンプル量が少ないこと、および幅広い濃度ダイナミックレンジに渡って異なるタンパク質を検出する能力という利点を提供する。
【００９９】
一定の実施形態においては、そのような方法は、複数のバイオマーカーに対して特異的な複数の結合物質（捕捉抗体など）を膜などの基板上に固定し、各捕捉物質が基板上の特定の事前に定められた場所に位置するアレイを用いる。そのようなアレイを使用する測定法を実施するための方法は、たとえばその開示を本願に参照文献として援用する米国特許出願公開第２０１０／００９３５５７Ａ１号明細書および第２０１０／０１９０６５６Ａ１号明細書などに記載のものを含む。
【０１００】
たとえばフローサイトメトリー、化学発光または電子化学発光技術などの利用に基づくいくつかの異なるフォーマットのマルチプレックスアレイを用いることができる。フローサイトメトリーマルチプレックスアレイは、ビーズベースマルチプレックスアレイとも呼ばれ、そのいずれもがフローサイトメトリーで識別可能なビーズセットを使用する、ＢＤバイオサイエンス（マサチューセッツ州ベッドフォード）のサイトメトリックビーズアレイ（ＣＢＡ）システム、およびルミネックス社（テキサス州オースチン）の多分析物プロファイリング（ｘＭＡＰ（登録商標））技術を含む。各ビーズセットは特異的捕捉抗体でコーティングされる。蛍光またはストレプトアビジン標識検出抗体が、ビーズセット上に形成された特異的捕捉抗体−バイオマーカー複合体と結合する。ビーズセットの違いによって複数のバイオマーカーを認識および測定することが可能であり、フローサイトメトリー分析を用いて発色または蛍光発生放出を検出する。
【０１０１】
代替的なフォーマットにおいて、Ｑｕａｎｓｙｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ユタ州ローガン）のマルチプレックスＥＬＩＳＡでは、９６ウェルマイクロタイタープレート上の同じウェルにおいて複数のスポットに複数の特異的捕捉抗体（１スポットに１抗体）をコーティングする。次に、化学発光技術を用いてプレート上の対応するスポットにある複数のバイオマーカーを検出する。
【０１０２】
（質量分析法による検出）
１つの実施形態においては、記載されたバイオマーカーは、気相イオンを検出する質量分析計を使用する方法である質量分析法によって検出することがある。質量分析計の例は、飛行時間型、磁気セクター、四極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、オービトラップ、前述のハイブリッドまたは組み合わせなどである。
【０１０３】
具体的な実施形態においては、本発明のバイオマーカーは選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）質量分析技術を用いて検出される。選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）は非スキャニング質量分析技術であり、三連四重極様装置で実施し、これにおいて選択性を高める手段として衝突誘発性解離を用いる。ＳＲＭ実験においては、静的質量フィルターとして２台の質量分析計を用い、選択した前駆イオンの特定のフラグメントイオンをモニタリングする。選択した前駆イオンとフラグメントイオンに関連する質量電荷数（ｍ／ｚ）値の特定の対は「トランジション」と呼ばれ、親ｍ／ｚ→フラグメントｍ／ｚ（たとえば６７３．５→５３４．３）と書くことができる。一般的なＭＳベースプロテオミクスと異なり、ＳＲＭ分析では質量スペクトルを記録しない。その代わりに、検出器は選択したトランジションとマッチするイオンを数える機器として機能し、これにより経時的な強度分布を返す。異なる前駆体／フラグメントペア間で迅速に切換えることによって、クロマトグラフィー時間スケール上の同一実験内で複数のＳＲＭトランジションを測定することができる（時に多反応モニタリング、ＭＲＭと呼ばれる）。典型的には、三連四重極装置が一連のトランジションを繰り返し、各トランジションの信号を溶離時間の関数として記録する。当該方法は、所与の分析物について複数のトランジションのクロマトグラフィー共溶離をモニタリングすることにより、さらなる選択性を可能とする。時に用語ＳＲＭ／ＭＲＭは、特定の前駆イオンのフラグメント化の際に、目的の前駆イオンに特異的なフラグメントイオンに集中して、ＭＳ２モードで狭い質量範囲をスキャンする三連四重極以外の質量分析計（トラップ装置など）で実施する実験を記述するため、または一般的に衝突セル内のフラグメント化が選択性を増加する手段として用いられる実験においても用いられる。この用途においては、用語ＳＲＭおよびＭＲＭ、またはＳＲＭ／ＭＲＭも、いずれも同じ質量分析計操作原理を意味するので、これらを互換的に用いることも可能である。明確性の問題として、本文全体で用語ＭＲＭを用いるものの、当該用語は、ＳＲＭおよびＭＲＭの双方、さらには、高選択性反応モニタリング、ｈＳＲＭ、ＬＣ−ＳＲＭ、あるいは任意の種類の質量分析計上で実施し、且つ／または、ＣＡＤ（衝突活性化解離（別名ＣＩＤまたは衝突誘発性解離）、ＨＣＤ（高エネルギーＣＩＤ）、ＥＣＤ（電子捕獲解離）、ＰＤ（光解離）またはＥＴＤ（電子移動解離）などの任意の他のフラグメント化法を用いてペプチドをフラグメント化する、任意の他のＳＲＭ／ＭＲＭ様またはＳＲＭ／ＭＲＭを模倣した手法などの任意の類似の技術を含む。
【０１０４】
他の具体的な実施形態においては、質量分析法はマトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳまたはＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）を含む。他の実施形態においては、方法はＭＡＬＤＩ−ＴＯＦタンデム質量分析法（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ／ＭＳ）を含む。さらなる他の実施形態においては、質量分析法を当業者が意図する可能性のある他の妥当な方法と組合わせることができる。たとえば、本願に記載するように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦをトリプシン消化およびタンデム質量分析法と共に利用することができる。
【０１０５】
代替的な実施形態においては、質量分析技術は、たとえば米国特許第６，２２５，０４７号明細書および第５，７１９，０６０号明細書などに記載の表面増強レーザー脱離およびイオン化または「ＳＥＬＤＩ」を含む。簡単に述べると、ＳＥＬＤＩは、分析物（本願では１つ以上のバイオマーカー）がＳＥＬＤＩ質量分析プローブの表面に捕捉される脱離／イオン化気相イオン分光法（質量分析法など）の方法を意味する。親和性捕捉質量分析法（別名表面増強親和性捕捉（ＳＥＡＣ））、およびプローブ表面に化学的に結合したエネルギー吸収分子を含むプローブ（ＳＥＮＤプローブ）の使用を包含する表面増強ニート脱離（ＳＥＮＤ）を含むがこれに限定されない利用可能なＳＥＩＤＩの数種類の変法が存在する。他のＳＥＬＤＩ法は表面増強感光性付着および放出（ＳＥＰＡＲ）と呼ばれ、分析物と共有結合した後、レーザー光線などの光線への曝露後に当該部分の感光性結合の分解によって分析物を放出することのできる部分が表面に結合したプローブの使用を包含する（米国特許第５，７１９，０６０号明細書を参照）。ＳＥＰＡＲおよび他の形態のＳＥＬＤＩは、本発明に準拠してバイオマーカーまたはバイオマーカーパネルを検出することに容易に適合化することができる。
【０１０６】
他の質量分析法においては、バイオマーカーは、初めにバイオマーカーと結合するクロマトグラフィー特性を有するクロマトグラフィー樹脂上に捕捉することができる。たとえば、ＣＭセラミックハイパーＤＦ樹脂などの陽イオン交換樹脂上にバイオマーカーを捕捉し、樹脂を洗浄し、バイオマーカーを溶離し、ＭＡＬＤＩによって検出することも可能である。またその代わりに、この方法に先立ち、陽イオン交換樹脂に適用する前に、陰イオン交換樹脂上でサンプルを分画化することも可能である。他の代替法においては、陰イオン交換樹枝上で分画化し、ＭＡＬＤＩで直接検出することも可能である。さらなる他の方法においては、バイオマーカーと結合する抗体を含む免疫クロマトグラフィー樹脂上にバイオマーカーを捕捉し、樹脂を洗浄して非結合物質を除去し、樹脂からバイオマーカーを溶離し、さらにＭＡＬＤＩまたはＳＥＬＤＩで溶離したバイオマーカーを検出することも可能である。
【０１０７】
（電気化学発光測定法による検出）
いくつかの実施形態においては、記載のタンパク質バイオマーカーはメソスケールディスカバリー（メリーランド州ゲーサーズバーグ）が開発した電気化学発光測定法によって検出しうる。電気化学発光検出は、電気化学的に刺激されると発光する標識を用いる。刺激のメカニズム（電気）が信号（光）と分離しているので、バックグラウンド信号はごくわずかである。標識は、安定、非放射性であり、且つ簡便な共役化学反応の選択を提供する。約６２０ｎｍの光を発し、カラークエンチングの問題を取り除く。米国特許第７，４９７，９９７号明細書；第７，４９１，５４０号明細書；第７，２８８，４１０号明細書；第７，０３６，９４６号明細書；第７，０５２，８６１号明細書；第６，９７７，７２２号明細書；第６，９１９，１７３号明細書；第６，６７３，５３３号明細書；第６，４１３，７８３号明細書；第６，３６２，０１１号明細書；第６，３１９，６７０号明細書；第６，２０７，３６９号明細書；第６，１４０，０４５号明細書；第６，０９０，５４５号明細書；および第５，８６６，４３４号明細書を参照されたい。米国特許出願公開第２００９／０１７０１２１号明細書；第Ｎｏ．２００９／００６３３９号明細書；第２００９／００６５３５７号明細書；第２００６／０１７２３４０号明細書；第２００６／００１９３１９号明細書；第２００５／０１４２０３３号明細書；第２００５／００５２６４６号明細書；第２００４／００２２６７７号明細書；第２００３／０１２４５７２号明細書；第２００３／０１１３７１３号明細書；第２００３／０００３４６０号明細書；第２００２／０１３７２３４号明細書；第２００２／００８６３３５号明細書；および第２００１／００２１５３４号明細書も参照されたい．
【０１０８】
（バイオマーカーを検出するためのその他の方法）
タンパク質バイオマーカーは、他の適切な方法によって検出することができる。この目標に対して使用することのできる検出パラダイムは光学的方法、電気化学的方法（ボルタンメトリーおよび電流測定技術）、原子間力顕微鏡、および多極共鳴分光法などの高周波法を含む。顕微鏡法に加えて、共焦点および非共焦点光学法の双方の実例は、蛍光、発光、化学発光、吸光度、リフレクタンス、透過率、複屈折率または屈折率の検出である（表面プラズモン共鳴、偏光解析、共振ミラー法、回折格子結合器導波管法、またはインターフェロメトリー）。
【０１０９】
他の実施形態においては、本願に記載のタンパク質バイオマーカーを含有するサンプルなどのサンプルを、バイオチップによって分析することもできる。バイオチップは概ね固形基板を含み且つ概ね平面状の表面を有し、これに対して捕捉試薬（別名吸着剤またはアフィニティー試薬）が結合する。バイオチップの表面は、それぞれがそこに捕捉試薬が結合している、アドレスで指定可能な複数の位置を含むことが多い。タンパク質バイオチップは、ポリペプチドの捕捉に適合化したバイオチップである。当技術において多くのタンパク質バイオチップが記述される。これらは、たとえばサイファージェンバイオシステムズ社（カリフォルニア州フリーモント）、インビトロジェン社（カリフォルニア州カールズバッド）、アフィメトリクス社（カリフォルニア州フリーモント）、Ｚｙｏｍｙｘ（カリフォルニア州ヘイワード）、Ｒ＆Ｄシステムズ社（ミネソタ州ミネアポリス）、Ｂｉａｃｏｒｅ（スウェーデン、ウプサラ）、およびプロコグニア（英国、バークシャー）により製造されるタンパク質バイオチップを含む。そのようなタンパク質バイオチップの例は、以下の特許または公開特許明細書に記載される：米国特許第６，５３７，７４９号明細書；米国特許第６，３２９，２０９号明細書；米国特許第６，２２５，０４７号明細書；米国特許第５，２４２，８２８号明細書；ＰＣＴ国際公開第２０００／５６９３４号明細書；およびＰＣＴ国際公開第０３／０４８７６８号明細書。
【０１１０】
具体的な実施形態においてはマイクロアレイチップを利用しうる。より具体的には、チップは通常のパターンでその表面と結合した結合物質の集合体を担持する小型のウェハーを含み、結合物質はそれぞれチップ上の特定の位置を占める。結合物質の組は、本願に記載の１つ以上１つ以上のバイオマーカーのそれぞれと特異的に結合する。具体的な実施形態においては、血液、血清または血漿などの生体サンプル数ミリリットルをチップアレイ上に滴下する。被験検体中に存在するタンパク質バイオマーカーは、タンパク質を特異的に認識し且つ標的化する結合物質と結合する。結合バイオマーカーのサブタイプおよび量は、たとえば蛍光標識二次サブタイプ特異抗体などを用いて検出および定量することができる。具体的な実施形態においては、結合バイオマーカー検出および定量を目的として光学リーダーを用いる。したがって、システムはチップアレイと光学リーダーを含むことがある。他の実施形態においてはチップが提供される。
【０１１１】
ＴＢＩ患者などの患者由来の生体サンプル中の、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーの検出に対して有用な他の測定法は、単一分子アレイ（ＳＩＭＯＡ（登録商標））、（クアンテリックス（マサチューセッツ州レミントン）が提供するものなど）を含み、これは、数千種類の単一タンパク質分子を同時に検出することが可能な常磁性ビーズの表面に抗体捕捉分子が結合し、本願に記載の従来のＥＬＩＳＡ測定法で用いるものと同じ試薬を用いる、ビーズベースの検出測定法である。ＳＩＭＯＡビーズベース免疫測定法ではフェムトモル（ｆｇ／ｍＬ）濃度のタンパク質を測定することが可能であり、これは単一のタンパク質分子を単離および検出することが可能な、フェムトモルサイズの反応チャンバーのアレイを包含する。アレイの体積は従来のＥＬＩＳＡよりも著しく小さいので、標識タンパク質が存在すると蛍光生成物の急激な増加が発生する。
【０１１２】
（二次元ゲル電気泳動）
二次元電気泳動（２−Ｄ電気泳動）は、細胞、組織または他の生体サンプルから抽出された複雑なタンパク質混合物の分析を目的とした、強力且つ幅広く使用される生化学的分離技術である。当業者によって認識されるように、この技術は、２つの個別のステップにおいて２つの独立した特性によりタンパク質を分離する：第一次元ステップは、タンパク質をその等電点（ｐＩ）によって分離する等電点電気泳動（ＩＥＦ）である。第二次元ステップは、タンパク質をその分子量（ＭＷ）によって分離するＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）である。分離したタンパク質は、二次元アレイ上のスポットとして描出される。
【０１１３】
生成された二次元アレイ上の各スポットは、サンプル中の単独のタンパク質に対応する。異なる数千種類のタンパク質を分離することが可能であり、またｐＩ、ｋＤａなどで表示する見かけ上の分子量（ＭＷ）、および各タンパク質の量などの情報を取得することができる。２−Ｄ電気泳動は、分離技術、画像分析、およびタンパク質特性解析における他の開発に不可欠となり得る生化学的分離技術ツールとして特に有用である。
【０１１４】
単一サンプルからの多種類のタンパク質の同時的な体系的分離、同定、および定量を意味するプロテオミクスは、２−Ｄ電気泳動および数千種類のタンパク質を同時に分離するその能力に依拠する。２−Ｄ電気泳動を用いて、ゲノム配列からは予測することのできない、タンパク質分子の翻訳後および共翻訳修飾を検出することもできる。２−Ｄ電気泳動は、細胞分化の分析、研究における疾患マーカーの検出、創薬研究、癌研究、純度検査、およびマイクロスケールタンパク質精製に適用可能である。
【０１１５】
（２−Ｄゲル電気泳動サンプル調製）
至適な２−Ｄ電気泳動の結果のために、サンプルはＩＥＦについて正しい組成を有していなければならず、このことは、分離しようとするタンパク質のｐＩに影響しない溶液でなければならないことを意味する。したがって、サンプルは不純物、特にイオン性不純物を含んではならない。サンプル調製は、サンプルをクリーンアップする専用の製品を用い、ゲル電気泳動に対して至適なサンプルバッファーを提供することで改善することが可能である。２−Ｄ電気泳動の際にタンパク質のチオール基の非特異的酸化によりもたらされる縞は、特にｐＨ範囲７から１１のゲルのスポット間の縞を低減または除去する専用の試薬を利用することにより、対処することができる。またそのような試薬は、タンパク質酸化により生じるスポットの個数を減少することによってスポットパターンも単純化する。
【０１１６】
（スポット処理）
目的のゲルスポット（タンパク質スポット）を質量分析法（ＭＳ）によって選択および分析し、対応するタンパク質を同定することができる。スポットを選択および消化する手順は、装置間でゲルおよびマイクロプレートを手作業で移動することにより手作業および半自動的に実施することも、または統合ワークステーションを用いて自動的に実施することもできる。たとえば、Ｅｔｔａｎ  Ｓｐｏｔ  Ｐｉｃｋｅｒは、複数のＭＡＬＤＩ−ＭＳ標的上に高い再現性でタンパク質サンプルおよびマトリクスをスポッティングした後、後で質量分析法により分析するよう設計されている。Ｅｔｔａｎ  Ｄｉｇｅｓｔｅｒは、２−Ｄゲル電気泳動スポットで捕捉したタンパク質のゲル内消化を実施するよう設計された多目的装置の例である。
【０１１７】
（蛍光標識二次元ディファレンスゲル電気泳動（２−Ｄ  ＤＩＧＥ））
２−Ｄ  ＤＩＧＥは、全てのサンプル（異なるゲル上で実行されても）を容易に比較し、正確に定量することができるように、内部標準を含めることのある二次元ゲル電気泳動の変法である。内部標準は、実験のゲル間変動をほぼ解消し、タンパク質の量の差を確認するために技術的再現を実行する必要性を回避することができる。２−Ｄ  ＤＩＧＥはスループットの増加と分析時間および費用の著しい低減、遙かに少ない２−Ｄゲル枚数による信頼性の高い結果（内部標準による各ゲル２サンプルの多重化）および極めて高い統計的信頼度でのタンパク質発現の真の差の検出が可能である。
【０１１８】
簡単に述べると、２−Ｄ  ＤＩＧＥは、ＣｙＤｙｅ  ＤＩＧＥ  Ｆｌｕｏｒｓ（ＧＥヘルスケアライフサイエンス、ニュージャージー州ピスカタウェイ）などの異なる蛍光分子で、タンパク質サンプルと内部標準を標識することにより実施する。各ゲル上で内部標準および１つまたは２つのサンプルを実行する。内部標準を用い、同じゲル上で複数のサンプルを実行することにより、実行するゲル数が少なくなり、費用が節約される。内部標準は、実験における全てのサンプルをプールして生成し、全ての２−Ｄ  ＤＩＣＥゲル上で実行する。このことは、ゲル上の全てのスポットの基準が存在し、また同じ実験内の全てのゲルが定量的に関連付けられることを意味する。内部標準はゲル間の変動をほぼ解消するので、技術的な再現は不要である。初めに、タンパク質サンプルを蛍光体で標識する。タンパク質を事後染色する従来の２Ｄゲル電気泳動と異なり、２−Ｄ  ＤＩＣＥにおけるタンパク質標識ステップは、ＣｙＤｙｅ  ＤＩＧＥ  Ｆｌｕｏｒｓなどの蛍光分子を用いて電気泳動の前に実施される。第一次元電気泳動ステップおよび第二次元電気泳動ステップは、たとえばＩＥＦシステム、ＩＰＧストリップおよび電気泳動システムなどを用いて、従来の２−Ｄ電気泳動と同様の様式で実施する。２−Ｄ  ＤＩＣＥゲルの画像分析は、たとえばＴｙｐｈｏｏｎ  ＦＬＡ  ９５００のようなマルチプレックス蛍光を検出する生体分子撮像装置を用いて実施する。分析（ＧＥヘルスケアライフサイエンス、ニュージャージー州ピスカタウェイ）は、２−Ｄ  ＤＩＧＥ用に最適化されたＤｅＣｙｄｅｒ  ２−Ｄ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅを用いて実施する。
【０１１９】
（自己抗体）
本願には、神経損傷または脳損傷を有する、有すると疑われる、または有するリスクの高い患者から採取したサンプル中の、本願に記載のバイオマーカーパネルの非修飾タンパク質、および翻訳後修飾、シトルリン化、グリコシル化などの修飾を受けたタンパク質、さらには前述のいずれかに対する自己抗体を検出、判定、同定、測定または定量するための方法が提供される。タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに向けられたそのような自己抗体は、ＩｇＭ、ＩｇＧ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４など）異なる免疫グロブリンクラスおよびサブクラスのものであり得る。理論で関連付けられることは望まないが、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに向けられ、且つ患者のサンプル中で検出されるＩｇＭクラスの自己抗体またはその優勢は、このクラスの抗体が免疫応答の初期に発生するため、神経損傷または脳損傷の初期または急性期を示しうる。患者のサンプル中で検出されるＩｇＧクラスの自己抗体またはその優勢は、このクラスの抗体が持続的または記憶免疫応答を反映することがあるので、神経損傷または脳損傷の後期または慢性期を示しうる。
【０１２０】
患者における自己抗体の存在または自己抗体プロフィールの判定は、脳損傷前の患者の状態の代替測定値として用いることができる。さらに、損傷より短時間または長時間後などの、神経または脳損傷後の時点において検出された循環タンパク質のレベルの判定は、損傷の性質または程度の代替測定値として用いることができる。患者がどのような状態で過ごすのか、または患者の損傷または疾患の転帰を判定するために、損傷前の患者の状態および損傷の性質または程度に関する情報を複合するアルゴリズムを用いることができる。
【０１２１】
対象における抗原としてのタンパク質バイオマーカーに対する自己抗体の存在の検出、および自己抗体プロフィールの判定は、たとえばタンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーなどの抗原が固形表面または基板に結合されるプラットフォームを用いて実施することができる。表面または基板は、抗原（タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質またはこれに由来するペプチドバイオマーカーなど）と特異的に結合する自己抗体を含有するサンプルと接触させ、また自己抗体は検出可能であるタグ付きまたは標識二次抗体（標識ＩｇＭまたはＩｇＧ抗体など）によって検出される。自己抗体検出は、たとえば、１つ以上の捕捉抗原（タンパク質）および検出抗体を含む、ＥＬＩＳＡフォーマットなどの免疫測定法を用いて達成することができる。
【０１２２】
自己抗体およびタンパク質抗原検出に用いられるプラットフォームは独立していることもあれば（自己抗体用ｉＣＨＩＰ、タンパク質抗原用ＭＳＤ  ＥＬＩＳＡ、または該当する任意のＥＬＩＳＡベースプラットフォーム）、またはサンプル中の循環自己抗体とタンパク質抗原の双方を同時に測定するための、単一のプラットフォームに組み入れられることもある。例として、そのような二重検出は、該当するタンパク質抗原とタンパク質抗原特異的捕捉抗体（または結合分子）の双方をｉＣＨＩＰにプリンティングすること；循環自己抗体が表面結合タンパク質抗原と結合し、且つ循環タンパク質抗原が表面結合捕捉抗体（または結合分子）と結合するよう、血清などの患者のサンプルをプリンティングした表面と接触させることによって達成することができる。二次抗体と検出抗体のカクテルまたは混合物を、サンプル中の自己抗体およびタンパク質抗原の検出のために用いることができる。疾患状態または病状に関する情報をもたらす同じタンパク質抗原に対する複数の自己抗体を測定する必要がある場合、これらの測定は我々が２つの異なるチャンバーで実施することができる。患者の状態および／または患者の転帰を判定、診断または予測するアルゴリズム分析を目的として、複数の検査からのデータを組み合わせることができる。
【０１２３】
１つの実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーに対する自己抗体を検出することにより、患者における神経損傷または脳損傷を検出または診断するための方法が提供される。１つの実施形態においては、複数のタンパク質バイオマーカーに対する自己抗体が検出され、たとえば１つのサンプルにおいてタンパク質バイオマーカーパネルの１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上などのタンパク質に対して向けられた自己抗体が検出される。他の実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルのタンパク質のサブセットに向けられた自己抗体が検出される。
【０１２４】
１つの実施形態においては、患者から採取した生体サンプル中の１つ以上のタンパク質バイオマーカー、または複数のタンパク質バイオマーカー、タンパク質バイオマーカーパネルと結合する自己抗体の存在を検出するための方法が提供される。１つの実施形態においては、自己抗体の検出は患者におけるＴＩＢなどの神経損傷または脳損傷を診断、特定、評価または判定することができる。１つの実施形態においては、バイオマーカーパネルの１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来する結合可能ペプチドに、患者から採取した生体サンプルを接触させること、およびタンパク質バイオマーカーまたはペプチドと、タンパク質またはペプチドに対して特異的である標識または他の様式で検出可能な抗体との結合を検出することによって自己抗体が検出され、結合の検出は患者におけるタンパク質バイオマーカーまたはそのペプチドに対する自己抗体の存在を示す。１つの実施形態においては、タンパク質またはペプチドバイオマーカーと特異的に結合する自己抗体の量は、神経損傷または脳損傷のない対照対象におけるもの、またはより少ないまたは軽度の形態の神経損傷または脳損傷を有する対照対象におけるものと比較することが可能であり、これは検査を受ける患者における神経損傷または脳損傷の状態を判定する際に役立つ。
【０１２５】
他の実施形態においては、患者における神経損傷または脳損傷治療法または治療レジメンの有効性を判定するための方法であって、これにおいて（ａ）患者の神経損傷または脳損傷に対する治療法または治療に先立つ第１の時点において、患者における自己抗体の存在を検出することにより、バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーと結合する自己抗体のベースラインレベルを、対象において確立し；（ｂ）治療法または治療レジメンの開始後の第２の時点、および任意に追加的な時点において、バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーと結合する自己抗体のレベルを検出し（モニタリングし）；且つ（ｃ）第２の（および／またはその後の時点）におけるバイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーと結合する自己抗体の検出されたレベルを、上記の（ａ）について記載した第１の時点で判定した自己抗体のベースラインレベルと比較すること。第２のおよび／またはその後の時点で検出された自己抗体のレベルの減少は、患者における神経損傷または脳損傷治療法または治療レジメンの有効性を示す。１つの実施形態においては、サンプル中の自己抗体に結合可能であるタンパク質バイオマーカーパネルのタンパク質バイオマーカーに由来する１つ以上のペプチドバイオマーカーが検出される。
【０１２６】
さらなる実施形態においては、患者における神経損傷または脳損傷状態、またはその程度を定性するための方法が提供され、これにおいて当該方法は（ａ）患者から採取した生体サンプルにおいてバイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーと結合する自己抗体を検出すること；（ｂ）患者のサンプルにおいてバイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーと結合する自己抗体のレベルを測定すること；および（ｃ）損傷なし、または軽度または程度の低い損傷などの、異なる神経損傷または脳損傷状態を有する対象に由来するサンプルといった対照における自己抗体のレベルと、（ｂ）において測定された自己抗体のレベルを比較し、患者において神経損傷または脳損傷状態、またはその程度を定性することを包含する。当該方法の多様な実施形態において、神経損傷または脳損傷状態は、神経損傷または脳損傷のリスク、神経損傷または脳損傷の発症、神経損傷または脳損傷の有無、神経損傷または脳損傷の病期、神経損傷または脳損傷のサブタイプ、患者の予後、および神経損傷または脳損傷の治療の有効性のうち１つ以上を包含する。
【０１２７】
前述の方法のいずれかの実施形態においては、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降法、または免疫ブロッティングによって１つ以上のタンパク質バイオマーカーまたはこれに由来するペプチドに対する自己抗体の結合が検出される。一定の実施形態においては、検出されるタンパク質はタンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーのうち１つ、またはタンパク質のサブセット、またはタンパク質バイオマーカーパネルのタンパク質に由来する結合可能ペプチドである。
【０１２８】
（タンパク質バイオマーカーパネル）
記載されたタンパク質バイオマーカーは、個体（患者）における脳損傷、ＴＢＩ、または他の種類の脳損傷をスクリーニング、特定、検出、判断、評価、判定および／または定性するためのスクリーニング、特定、検出、判定または診断法におけるいくつかのバイオマーカーのパネルにおいて用いることができる。本発明の方法、組成物またはキットの具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは複数のバイオマーカーを含み、且つ（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。
【０１２９】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの一部の実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。他の実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ｂ）からの１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含まない。タンパク質バイオマーカーパネルが（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１からのタンパク質バイオマーカーを１つのみ含む場合、パネルは、パネルが複数のバイオマーカーを含むよう、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを必ず含まなければならないことが理解される。
【０１３０】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットの実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは、（Ａ）：（ｉ）１つ以上の細胞接着タンパク質、１つ以上の細胞シグナリングタンパク質、１つの細胞毒性タンパク質、１つの凝固タンパク質、１つ以上の細胞骨格タンパク質、１つの細胞外基質タンパク質、１つの遺伝子発現媒介タンパク質、１つ以上の遺伝子調節タンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つの微小管輸送タンパク質、１つ以上の脂質結合タンパク質、１つ以上の代謝酵素、１つ以上の代謝タンパク質、１つのタンパク質結合タンパク質、１つ以上のタンパク質分解タンパク質、１つ以上のシグナリングタンパク質、１つの構造タンパク質、１つ以上のシナプスタンパク質、およびその組み合わせから選択される少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；（ｉｉ）星状細胞にみられる１つのタンパク質、血液中にみられる１つ以上のタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられる１つ以上のタンパク質、脳組織にみられる１つ以上のタンパク質、心組織にみられる１つのタンパク質、上皮組織にみられる１つのタンパク質、介在ニューロンにみられる１つのタンパク質、神経上皮細胞にみられる１つのタンパク質、ニューロンにみられる１つ以上のタンパク質、皮膚組織にみられる１つのタンパク質、１つ以上のユビキタスタンパク質、およびその組み合わせから選択される、哺乳類細胞または組織にみられる少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；（ｉｉｉ）１つ以上のアポトーシスタンパク質、１つ以上の炎症タンパク質、１つ以上の先天免疫タンパク質、１つ以上の膜修復タンパク質、１つ以上の代謝タンパク質、１つ以上の壊死タンパク質、１つ以上の神経変性タンパク質、１つ以上の神経形成タンパク質、１つ以上のシナプス形成タンパク質、１つ以上の血管修復タンパク質、およびその組み合わせから選択される脳修復プロセスにおいて役割を有する少なくとも１つのタンパク質バイオマーカー；または（ｉｖ）（ｉ）、（ｉｉ）、および（ｉｉｉ）の組み合わせを含む、表１のタンパク質番号１〜８１から選択されるタンパク質バイオマーカーのサブセットを含む。本発明の典型的な方法、組成物またはキットにおける使用を目的とした上記のタンパク質バイオマーカーパネルは、任意に（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む。機能、細胞および組織の種類および脳修復プロセスにおける役割は技術上既知である。用語「ユビキタス」は、全身の複数の組織および細胞にみられるタンパク質を意味する。
【０１３１】
本発明の方法、組成物またはキットの一部の実施形態においては、複数のバイオマーカータンパク質を含み且つ任意に（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む典型的なタンパク質バイオマーカーパネルは、以下のバイオマーカーまたはバイオマーカー群のうち１つ以上を含む：
表１のタンパク質番号６、１２、１６、２５、３２、３８、４５、４７、５１、７２、７９、および４９からなる群から選択される１つ以上の細胞接着タンパク質；
表１のタンパク質番号２、２３、３５、５６、７５、７６、７７、および８０からなる群から選択される１つ以上の細胞シグナリングタンパク質；
表１の細胞毒性タンパク質番号４８；
表１の凝固タンパク質番号４３；
表１のタンパク質番号５７、５８、５９、および６０からなる群から選択される１つ以上の細胞骨格タンパク質；
表１の細胞外基質タンパク質番号３７；
表１の遺伝子発現媒介タンパク質番号３１；
表１のタンパク質番号７、１５、４４、４６、５３、５４、６１、６３、７４、７８、および８１からなる群から選択される１つ以上の遺伝子調節タンパク質；
表１のタンパク質番号２６、２７、２８、２９、３０、６８、６９、７０、および３６からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質；
表１の微小管輸送タンパク質番号１３；
表１のタンパク質番号５；
表１のタンパク質番号８、９、１０、および３４からなる群から選択される１つ以上の脂質結合タンパク質；
表１のタンパク質番号４、１１、１４、２１、３９、４０、４１、および５０からなる群から選択される１つ以上の代謝酵素；
表１のタンパク質番号６２および７３から選択される１つ以上の代謝タンパク質；
表１のタンパク質結合タンパク質番号４２；
表１のタンパク質番号３、２２、２４、３３、５２、５５、６５、６６、および６７からなる群から選択される１つ以上のタンパク質分解タンパク質；
表１のタンパク質番号６４および７０から選択される１つ以上のシグナリングタンパク質；
表１の構造タンパク質番号１；
表１のタンパク質番号１７、１８、１９、および２０からなる群から選択される１つ以上のシナプスタンパク質；
表１の星状細胞にみられるタンパク質番号４９；
表１のタンパク質番号８、９、１０、２６、２７、２８、２９、３０、３４、および８１からなる群から選択される血液中にみられる１つ以上のタンパク質；
表１のタンパク質番号１４および１５から選択される血液、心臓および肝組織にみられる１つ以上のタンパク質；
表１の脳組織にみられるタンパク質番号４８；
表１の心組織にみられるタンパク質番号６４；
表１の上皮組織にみられるタンパク質番号７２；
表１のタンパク質番号２２、２４および２５；
表１の介在ニューロンにみられるタンパク質番号１３；
表１の神経上皮細胞にみられるタンパク質番号４５；
表１のタンパク質番号７４、３５、１２、１７、１８、１９、７１、５１、７７、７、３１、３２、３８、および１６からなる群から選択されるニューロンにみられる１つ以上のタンパク質；
表１の皮膚組織にみられるタンパク質番号２０；
表１のタンパク質番号１、２、３、４、６、１１、２３、３３、３６、３７、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４６、４７、５０、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７３、７５、７６、７８、７９、および８０からなる群から選択される１つ以上のユビキタスタンパク質；
表１のタンパク質番号２２および３３から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上のアポトーシスタンパク質；
表１のタンパク質番号３、８、９、２１、３４、３６、４３、５７、６５、６６、６７、６８、６９、および７０からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の炎症タンパク質；
表１のタンパク質番号２７、２８、２９および３０からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の先天免疫タンパク質；
脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の膜修復タンパク質、表１から選択されるタンパク質番号２および４１；
表１のタンパク質番号１１、１４、１５、３７、３９、４０、４８、５０、７３、７５、および７８からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の代謝タンパク質；
表１のタンパク質番号２４、４９および５２からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の壊死タンパク質；
表１のタンパク質番号４、１０、および２５からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の神経変性タンパク質；
表１のタンパク質番号４４、５３、５４、６１、６２、６３、７１、７４、７７、８０、および８１からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の神経形成タンパク質；
表１のタンパク質番号６、７、１２、１３、１６、１７、１８、１９、２０、２３、３５、３８、４５、４７、５１、５５、５８、５９、６０、および７６からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上のシナプス形成タンパク質；および
表１のタンパク質番号２６、３１、６４および７９からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の血管修復タンパク質。典型的なタンパク質バイオマーカーパネルは上記のうち１つ以上の組み合わせも含む。
【０１３２】
本発明の方法、組成物またはキットの一部の実施形態においては、複数のバイオマーカータンパク質を含み且つ任意に（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーを含む典型的なタンパク質バイオマーカーパネルは、以下のバイオマーカーまたはバイオマーカー群のうち１つ以上を含む：
表１のタンパク質番号１２、１６、２５、３８、５１、７９、および４９からなる群から選択される１つ以上の細胞接着タンパク質；
表１のタンパク質番号２、３５、７５、７６、７７、および８０からなる群から選択される１つ以上の細胞シグナリングタンパク質；
表１の細胞毒性タンパク質番号４８；
表１の凝固タンパク質番号４３；
表１の遺伝子発現媒介タンパク質タンパク質番号３１；
表１のタンパク質番号７、５３、５４、６１、および７４からなる群から選択される１つ以上の遺伝子調節タンパク質；
表１のタンパク質番号２６、２７、２８、２９、３０、および３６からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質；
表１のタンパク質番号１０および３４から選択される１つ以上の脂質結合タンパク質；
表１のタンパク質番号３９、４０、４１、および５０からなる群から選択される１つ以上の代謝酵素；
表１の代謝タンパク質番号７３；
表１のタンパク質番号２２、２４および３３からなる群から選択される１つ以上のタンパク質分解タンパク質；
表１のシグナリングタンパク質番号７１；
表１のシナプスタンパク質番号１７；
表１の星状細胞にみられるタンパク質番号４９；
表１のタンパク質番号１０、２７、２８、２９、３０、および３４からなる群から選択される血液中にみられる１つ以上のタンパク質；
表１の脳組織にみられるタンパク質番号４８；
表１のタンパク質番号７４、３５、１２、１７、７１、５１、７７、７、３１、３８、および１６からなる群から選択されるニューロンにみられる１つ以上のタンパク質；
表１の皮膚組織にみられるタンパク質番号２０；
表１のタンパク質番号２、３３、３６、３９、４０、４１、４３、５０、５３、５４、６１、７３、７５、７６、および７９からなる群から選択される１つ以上のユビキタスタンパク質；
表１のタンパク質番号２２および３３から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上のアポトーシスタンパク質；
表１のタンパク質番号３４、３６、および４３からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の炎症タンパク質；
表１のタンパク質番号２７、２８、２９および３０からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の先天免疫タンパク質；
脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の膜修復タンパク質、表１から選択されるタンパク質番号２および４１；
表１のタンパク質番号３９、４０、４８、５０、７３、および７５からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の代謝タンパク質；
表１のタンパク質番号２４および４９からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の壊死タンパク質；
表１のタンパク質番号１０および２５からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の神経変性タンパク質；
表１のタンパク質番号、５３、５４、６１、７１、７４、および７７からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の神経形成タンパク質；
表１のタンパク質番号７、１２、１３、１６、１７、３５、３８、５１、５５、５８、５９、６０、および７６からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上のシナプス形成タンパク質；および
表１のタンパク質番号３１および７９からなる群から選択される、脳修復プロセスにおいて役割を有する１つ以上の血管修復タンパク質。典型的なタンパク質バイオマーカーパネルは上記のうち１つ以上の組み合わせも含む。
【０１３３】
前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは（Ａ）を含み、タンパク質バイオマーカーのサブセットは、（ｉ）細胞接着タンパク質、細胞シグナリングタンパク質、細胞毒性タンパク質、凝固タンパク質、細胞骨格タンパク質、細胞外基質タンパク質、遺伝子発現媒介タンパク質、遺伝子調節タンパク質、炎症タンパク質、微小管輸送タンパク質、脂質結合タンパク質、代謝酵素、代謝タンパク質、タンパク質結合タンパク質、タンパク質分解タンパク質、シグナリングタンパク質、構造タンパク質、およびシナプスタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、バイオマーカーパネルは（Ａ）を含み、タンパク質バイオマーカーのサブセットは、（ｉｉ）星状細胞にみられるタンパク質、血液中にみられるタンパク質、血液、心臓および肝組織にみられるタンパク質、脳組織にみられるタンパク質、心組織にみられるタンパク質、上皮組織にみられるタンパク質、介在ニューロンにみられるタンパク質、神経上皮細胞にみられるタンパク質、ニューロンにみられるタンパク質、皮膚組織にみられるタンパク質、およびユビキタスタンパク質を含む。前述の態様のいずれかの方法、組成物、またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、バイオマーカーパネルは（Ａ）を含み、タンパク質バイオマーカーのサブセットは、（ｉｉｉ）アポトーシスタンパク質、炎症タンパク質、先天免疫タンパク質、膜修復タンパク質、代謝タンパク質、壊死タンパク質、神経変性タンパク質、神経形成タンパク質、シナプス形成タンパク質、および血管修復タンパク質を含む。
【０１３４】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは以下のうち１つ以上から選択される複数のバイオマーカータンパク質を含む：ＮＡＶ３、ＭＥＧ１０、ＬＡＭＡ３、ＣＥＬＧＲ１、ＣＬＵＳ、ＡＮＸＡ２、ＬＥＧ７、ＡＳＴＮ２、ＶＷＦ、ＩＣＡＭ５、およびＳＰＲ２Ｅからなる群から選択される１つ以上の細胞接着タンパク質；ＴＭＴＣ３、ＴＲＩ４４、およびＦＲＭＰＤ４からなる群から選択される１つ以上の細胞シグナリングタンパク質；ＭＴ１ＸおよびＭＴ３からなる群から選択される１つ以上の細胞毒性タンパク質；凝固タンパク質ＨＲＧ；Ｓ１００Ａ７、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１１、およびＧＦＡＰからなる群から選択される１つ以上の細胞骨格タンパク質；細胞外基質タンパク質ＦＢＮ１；Ａ２ＧＬ、ＳＴＯＸ２、ＣＷＣ２２、ＳＹＦ１、ＳＯＮ、ＺＮ６５２、ＡＰ３Ｂ２およびＫＭＴ２Ａからなる群から選択される１つ以上の遺伝子調節タンパク質；ＦＡＢＰ５、ＣＡＨ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＡＡ１、ＳＡＡ４、ＳＡＭＰ、ＨＲＧ、ＦＥＴＢ、ＣＯ４１、ＣＯ９、ＣＦＡＨおよびＦＨＲ１からなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質；微小管輸送タンパク質ＡＢＣＡ２；ＡＰＯＡ１およびＡＰＯＢからなる群から選択される１つ以上の脂質結合タンパク質；ＣＡＨ１、ＡＲＧＩ１、ＧＧＣＴ、ＧＰＸ３、ＰＧＲＰ２、ＴＡＣＣ２、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣからなる群から選択される１つ以上の代謝酵素；代謝タンパク質ＦＢＮ１；ＣＡＳＰＥ、ＡＤＡＭ８およびＡ１ＡＴからなる群から選択される１つ以上のタンパク質分解タンパク質；シグナリングタンパク質ＴＲＩ４４；構造タンパク質；およびシナプスタンパク質ＫＣＮＭＡ１。
【０１３５】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは以下のうち１つ以上から選択される複数のバイオマーカータンパク質を含む：ＡＳＴＮ２、ＭＥＧ１０、ＧＦＡＰ、およびＡＬＤＯＣからなる群から選択される１つ以上の星状細胞にみられるタンパク質；血液中にみられるタンパク質ＡＰＯＥ；ＢＤ１Ｌ１およびＮＲ１Ｈ１からなる群から選択される１つ以上の血液、心臓および肝組織にみられるタンパク質；脳組織にみられるタンパク質ＭＴ１Ｘ；心組織にみられるタンパク質ＦＡＢＰ５；上皮組織にみられるタンパク質ＳＰＲ２Ｅ；介在ニューロンにみられるタンパク質ＡＢＣＡ２；ＤＳＣ１、ＬＥＧ７、ＡＳＴＮ２、ＦＲＭＤＰ４およびＫＣＮＭＡ１からなる群から選択される１つ以上の神経上皮細胞にみられるタンパク質；およびＡＰ３Ｂ２、ＣＥＬＧＲ１、ＮＡＶ３、ＳＴＯＸ２、ＴＲＩ４４、ＯＲ  ＳＲＧＡＰ１からなる群から選択される１つ以上のニューロンにみられるタンパク質。
【０１３６】
前述の態様のいずれかの方法、組成物またはキットのさらなる他の具体的な実施形態においては、タンパク質バイオマーカーパネルは以下のうち１つ以上から選択される複数のバイオマーカータンパク質を含む：ＣＡＳＰＥ、ＭＥＧ１０およびＣＡＴＤからなる群から選択される１つ以上のアポトーシスタンパク質、ＦＡＢＰ５、ＣＡＨ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＡＡ１、ＳＡＡ４、ＳＡＭＰ、ＨＲＧおよびＦＥＴＢからなる群から選択される１つ以上の炎症タンパク質；ＣＯ４１、ＣＯ９、ＣＦＡＨおよびＦＨＲ１からなる群から選択される１つ以上の先天免疫タンパク質；ＰＬＣＨ１およびＰＧ１２Ａからなる群から選択される１つ以上の膜修復タンパク質；ＡＲＧＩ１、ＧＧＣＴ、ＧＰＸ３、ＰＧＲＰ２、ＴＡＣＣ２、およびＡＬＤＯＣからなる群から選択される１つ以上の代謝タンパク質；ＫＬＫＢ１、ＣＡＴＤ、およびＭＥＧ１０からなる群から選択される１つ以上の壊死タンパク質、ＡＰＯＥ、ＣＬＵＳ、およびＥＮＯＡからなる群から選択される１つ以上の神経変性タンパク質、ＳＲＧＡＰ１、ＳＴＯＸ２、およびＴＲＩ４４からなる群から選択される１つ以上の神経形成タンパク質；ＴＭＴＣ３、ＰＣＳＫ５、ＮＡＶ３、ＦＲＭＰＤ４、およびＬＥＧ７からなる群から選択される１つ以上のシナプス形成タンパク質；およびＶＷＦ、ＴＮＩ３Ｋ、ＦＡ１２、およびＣＵＬ７からなる群から選択される１つ以上の血管修復タンパク質。
【０１３７】
語句「脳損傷状態」は、場合によっては、ＴＢＩ、ｍＴＢＩ、または脳震盪などの脳損傷のないことを含む、任意の識別可能な脳損傷の所見を含む。たとえば、脳損傷状態は、患者における脳損傷または非損傷、脳損傷の病期または重症度、脳損傷の進行（経時的な脳損傷の進行など）、または脳損傷の治療の有効性またはこれに対する反応（治療後の臨床的経過観察および脳損傷の監視など）を制限なく含む。この状態に基づき、追加的な診断検査または治療手順またはレジメンを含むさらなる手順を指示することができる。
【０１３８】
診断検査が状態を正確に予測する力は、一般的に測定法の感度、測定法の特異度、または受信者動作特性（「ＲＯＣ」）曲線下面積として測定する。感度は、検査によって陽性であると予測される真陽性の百分率であり、一方特異度は検査によって陰性であると予測される真陰性の百分率である。ＲＯＣ曲線は、検査の感受性を１−特異性の関数として提供する。ＲＯＣ曲線下面積が大きければ大きいほど、検査の予測値はより強力になる。検査の有用性のその他の有用な測定法は、陽性予測値および陰性予測値である。陽性予測値は検査が陽性で実際に陽性である者の百分率である。陰性予測値は検査が陰性で実際に陰性である者の百分率である。
【０１３９】
具体的な実施形態においては、本発明のバイオマーカーパネルは少なくともｐ＜０．０５、ｐ＜１０−２、ｐ＜１０−３、ｐ＜１０−４またはｐ＜１０−５の異なる脳損傷状態の統計的有意差を示しうる。これらのバイオマーカーを用いる診断検査は、少なくとも０．６、少なくとも約０．７、少なくとも約０．８、または少なくとも約０．９のＲＯＣを示しうる。
【０１４０】
タンパク質バイオマーカーは、ＵＩ（ＮＣまたは非脳損傷）と脳損傷において識別的に存在することができるので、脳損傷状態の判定に役立てる際に有用である。一定の実施形態においては、バイオマーカーは本願に記載の方法を用いて患者サンプルにおいて測定し、たとえば既定のバイオマーカーレベル／比率などと比較して脳損傷状態と相関させることができる。具体的な実施形態においては、その後に、脳損傷陽性状態を脳損傷陰性状態から識別する、該当する診断量、カットオフ値、または多変量モデルスコアと測定値を比較することができる。診断量は、それを上回るかまたは下回ると患者が脳損傷状態を有すると分類される、バイオマーカーの測定量を表す。たとえば、バイオマーカーが正常と比較してアップレギュレーションされる場合、診断カットオフ値を上回る（またはこれより大きい）測定量は脳損傷状態の判定を提供する。またその代わりに、バイオマーカーがダウンレギュレーションされる場合、診断カットオフ値以下の測定量は脳損傷状態の判定を提供する。技術上十分に理解されるように、測定法において用いられる具体的な診断カットオフ値を調節することにより、診断医の選好に応じて診断測定法の感度または特異度を高めることができる。具体的な実施形態においては、たとえば異なる脳損傷状態を有する患者に由来する統計的に有意な個数のサンプルにおいてバイオマーカーの量を測定し、所望の特異度または感度レベルに適したカットオフ値を導くことにより、具体的な診断カットオフ値を決定することができる。
【０１４１】
他の実施形態においては、互いに相対的なまたは正規化されたバイオマーカーの量は、脳損傷状態の判定に役立てる上で有用である。一定の実施形態においては、バイオマーカー比率は診断を示す。他の実施形態においては、あるバイオマーカー比率を同じサンプルの他のバイオマーカー比率、または対照または参照サンプルに由来するバイオマーカー比率の組と比較することができる。
【０１４２】
さらに一定の実施形態においては、バイオマーカーパネルのマーカーについて測定された数値を数学的に組み合わせ、組み合わせた数値を背景にある診断的問題と相関させる。バイオマーカー値は任意の妥当な最先端の数学的方法によって組み合わせる。マーカーの組み合わせを脳損傷状態と相関させるために有用な数学的方法は、判別分析（ＤＡ）（線型、二次、正則化ＤＡなど）、判別関数分析（ＤＦＡ）、カーネル法（ＳＶＭなど）、多次元尺度構成法（ＭＤＳ）、ノンパラメトリック法（ｋ−近傍法など）、ＰＬＳ（部分最小二乗）、決定木法（ロジック回帰、ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト法、ブースティング／バギング法など）、一般化線型モデル（ロジスティック回帰など）、主成分法（ＳＩＭＣＡなど）、一般化加法モデル、ファジーロジック法、ニューラルネットワークおよび遺伝的アルゴリズム法のような方法を使用する。１つの実施形態においては、脳損傷を判定することなどを目的に本発明のバイオマーカーの組み合わせを相関させる際に用いられる方法はＤＡ（線型、二次、正則化判別分析など）、ＤＦＡ、カーネル法（ＳＶＭなど）、ＭＤＳ、ノンパラメトリック法（ｋ−近傍法など）、ＰＬＳ（部分最小二乗法）、決定木法（ロジック回帰、ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト法、ブースティング法など）、または一般化線型モデル（ロジスティック回帰など）、および主成分分析から選択される。これらの統計学的方法に関する詳細は以下の参照文献にみられる：Ｒｕｃｚｉｎｓｋｉ他、１２  Ｊ．ＯＦ  ＣＯＭＰＵＴＡＴＩＯＮＡＬ  ＡＮＤ  ＧＲＡＰＨＩＣＡＬ  ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＳ  ４７５−５１１（２００３）；Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｊ．Ｈ．，８４  Ｊ．ＯＦ  ＴＨＥ  ＡＭＥＲＩＣＡＮ  ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡＬ  ＡＳＳＯＣＩＡＴＩＯＮ  １６５−７５（１９８９）；Ｈａｓｔｉｅ、Ｔｒｅｖｏｒ、Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、Ｒｏｂｅｒｔ、Ｆｒｉｅｄｍａｎ、Ｊｅｒｏｍｅ、『統計学習の要素』、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｓｅｒｉｅｓ  ｉｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ（２００１）；Ｂｒｅｉｍａｎ，Ｌ．，Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｊ．Ｈ．，Ｏｌｓｈｅｎ，Ｒ．Ａ．，Ｓｔｏｎｅ，Ｃ．Ｊ．『分類および回帰ツリー』Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ：Ｗａｄｓｗｏｒｔｈ（１９８４）；Ｂｒｅｉｍａｎ，Ｌ．、４５  ＭＡＣＨＩＮＥ  ＬＥＡＲＮＩＮＧ  ５−３２（２００１）；Ｐｅｐｅ，Ｍ．Ｓ．、『分類および予測を目的とした医学的検査の統計的評価』Ｏｘｆｏｒｄ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｓｅｒｉｅｓ，２８（２００３）；およびＤｕｄａ，Ｒ．Ｏ．，Ｈａｒｔ，Ｐ．Ｅ．，Ｓｔｏｒｋ，Ｄ．Ｇ．，『パターン分類』Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，  ２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）．
【０１４３】
（脳損傷のリスクを判定する）
具体的な実施形態においては、患者におけるＴＢＩなどの脳損傷のリスクを判定するための方法が提供される。バイオマーカーの百分率、比率、量、またはパターンは、高、中、低などの多様なリスク状態に特徴的である。脳損傷のリスクは、タンパク質バイオマーカーパネルの該当するバイオマーカーを測定した後、それらを分類アルゴリズムに付すか、あるいは参照量、すなわち特定のリスクレベルと関連するバイオマーカーの既定のレベルまたはパターンと比較することによって判定される。
【０１４４】
（脳損傷の重症度を判定する）
他の実施形態においては、患者においてＴＢＩ、ｍＴＢＩなどの脳損傷の重症度を判定するための方法が提供される。脳損傷の各等級または病期は、特徴的なバイオマーカーのレベルまたはバイオマーカー群の相対的レベル／比率（パターンまたは比率）を有する可能性がある。脳損傷の重症度は、該当するバイオマーカーを測定した後、それらを分類アルゴリズムに付すか、あるいは参照量、すなわち特定の病期と関連するバイオマーカーの既定のレベルまたはパターンと比較することによって判定される。実施形態においては、ＴＢＩなどの脳損傷の重症度は、神経画像分析を実施して、たとえば血管漏出または頭蓋内出血（ＩＣＨ）などの血管透過性の変化などの、より重篤または重度の障害または侵襲を検出することによりさらに判定する。造影ＭＲＩなどを用いた神経画像分析は、失血、出血、または脳またはその血液脳関門の完全性に対するその他の侵襲または障害などの損傷の検出および描出を可能とする。
【０１４５】
（脳損傷の予後を判定する）
１つの実施形態においては、反復的損傷を経験した患者などの患者において、ＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪などの脳損傷の経過を判定するための方法が提供される。脳損傷の経過は、脳損傷の進行（悪化）および脳損傷の退縮（改善）を含む脳損傷状態の経時的変化を意味する。バイオマーカーのレベル、量または相対的なレベルまたは量（パターンまたは比率など）は経時的に変化する。たとえば、バイオマーカー「Ｘ」が脳損傷によって増加することもあれば、その一方でバイオマーカー「Ｙ」が脳損傷によって減少することもある。したがって、神経損傷または脳損傷、または回復に向かって経時的に増加または減少するこれらのバイオマーカーの傾向は、病状の経過を示す。それゆえこの方法は、第１の時点および第２の時点など少なくとも２つの異なる時点で患者において１つ以上のバイオマーカーのレベルを測定すること、および変化があればこれを比較することを包含する。脳損傷の経過、さらには損傷状態の判定は、これらの比較に基づいて判定する。
【０１４６】
（患者管理）
一定の実施形態においては、ＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪などの神経損傷または脳損傷の状態を特定または定性する方法は、損傷状態および／またはリスクに基づいて患者の治療を判定および／または管理することを含む。そのような管理はＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪に対するものなどの、脳損傷状態を判定した後の医師、内科医または臨床家の決断および行動を含む。たとえば、内科医がＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪の診断を下す場合、その後は一定のモニタリングレジメンが続くであろう。その後、記載の方法を用いた脳損傷の経過の判定に、一定の治療または治療法レジメンを必要とすることがある。患者の年齢、性別、および急性症状と組み合わせた生体サンプル中のバイオマーカー群のレベルのプロフィールは、リスク層化を提供することができる（てんかん発作、慢性疼痛、慢性頭痛、脳震盪後症状、ＧＯＳ−Ｅ＜８で判定される不完全な回復、睡眠障害、軽度から重度の抑鬱症状、軽度から重度の不安、ＰＴＳＤ、慢性頭痛、注意または認識成績不良、または運動欠損といった一定のＴＢＩ後転帰が発生する可能性の高いリスク、より低いリスク、またはほとんどリスクなし）。内科医は、これらのバイオマーカーによる各モデルプロフィールにより、ＴＢＩ、軽度ＴＢＩ、または脳震盪患者を、患者に起きるリスクの高い各転帰に適合させた治療経路に誘導するよう、情報の下でより良い決断を下すことができる。その後、記載の方法を用いた脳損傷の経過の判定に、ＴＢＩによって生じる症状または症状群に対する治療を検討する治験に対する個体の適格性の鑑別を含めた、一定の治療または治療法レジメンが必要となることもある。またその代わりに、脳損傷がないという診断の後にさらなる検査またはモニタリングを実施するかもしれない。また、診断検査で神経損傷または脳損傷状態について決定的な結果が得られなかった場合、さらなる検査を要請することもある。
【０１４７】
１つの態様においては、ＴＢＩ後転帰に対する治療の方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、ＴＢＩ後転帰についての１つ以上の時点における患者のリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者を治療するためにＴＢＩ後転帰に特異的な治療法または有効量の薬剤を施用することを含む。本発明の典型的な治療の方法においては、タンパク質バイオマーカーパネルは：（Ａ）表１のタンパク質番号１〜８１から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、または１０以上のタンパク質バイオマーカーのサブセット；および、任意に、（Ｂ）ＢＤＮＦ、ＧＦＡＰ、ＩＣＡＭ５、ＳＮＣＢ、ＭＴ３、ＮＲＧＮ、ＮＳＥ、およびＡＬＤＯＣから選択される１つ以上のタンパク質バイオマーカーから選択される複数のタンパク質バイオマーカーを含む。
【０１４８】
１つの実施形態においては、ＴＢＩ後てんかん発作の方法治療は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、ＴＢＩ後てんかん発作についての１つ以上の時点における患者のリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者にケプラ、デパコートおよびガバペンチンなどの抗てんかん剤の有効量を施用することを含む。
【０１４９】
他の実施形態においては、ＴＢＩ後の抑鬱を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点についてＴＢＩ後抑鬱の患者のリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に精神療法または精神医療またはプロザックまたはエラビルなどの抗うつ剤の有効量を施用することを含む。
【０１５０】
他の実施形態においては、ＴＢＩ後の不安を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後不安についてリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に精神療法または精神医療またはザナックス、リブリウム、クロノピンまたはアチバンなどの抗不安抑制剤の有効量を施用することを含む。
【０１５１】
他の実施形態においては、ＴＢＩ後の心的外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後ＰＴＳＤについてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に精神療法または精神医療を施用することを含む。
【０１５２】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の睡眠障害を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の睡眠障害についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に睡眠外来における治療法またはメラトニンまたはアドビルＰＭなどの睡眠補助剤の有効量を施用することを含む。
【０１５３】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の頭痛を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の頭痛についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者にイブプロフェン、アセトアミノフェンなどの鎮痛剤の有効量を施用することを含む。
【０１５４】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の慢性疼痛を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の慢性疼痛についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に疼痛専門医による治療法またはオピオイドまたはカンナビジオールなどの鎮痛剤の有効量を施用することを含む。
【０１５５】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の動眼神経欠損を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の動眼神経欠損についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に視覚療法を施用することを含む。
【０１５６】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の注意および認知欠損を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の注意および認知欠損についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に認知療法を施用することを含む。
【０１５７】
さらなる他の実施形態においては、ＴＢＩ後の平衡および歩行障害を治療する方法は：患者から採取した生体サンプル中に、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーが存在するか否かを検出すること；対照サンプル中の同じタンパク質、またはこれに由来するペプチドのレベルと比較して、生体サンプル中に存在する１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルを測定すること；対象のサンプルにおいて測定した１つ以上のタンパク質バイオマーカー、またはこれに由来するペプチドバイオマーカーのレベルが、対照レベルと比較して増加または減少する場合、１つ以上の時点における患者のＴＢＩ後の平衡および歩行障害についてのリスクを層化すること；および患者のリスク層化が高い場合に、患者に理学療法を施用することを含む。
【０１５８】
（医薬品の治療的有効性の判定）
他の実施形態においては、医薬品または治療法の治療的有効性を判定するための方法が提供される。これらの方法は、薬剤の治験を実施する際、さらには薬剤による治療を受ける患者の進行をモニタリングする際に有効である。治療法または治験は、薬剤を特定のレジメンで投与することを包含する。レジメンは薬剤の単回投与、または薬剤の経時的な複数回投与を含みうる。医師または臨床研究者は、患者または対象に対する薬剤の効果を投与の過程を通じてモニタリングする。薬剤が病状に対して薬理学的影響を有する場合、本願に記載の１つ以上のバイオマーカーの量または相対量（パターン、プロフィールまたは比率など）が、ＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪などの神経損傷または脳損傷状態プロフィールに向かって変化することがある。したがって、治療の経過を通じ、患者における１つ以上のバイオマーカーの経過を追跡またはモニタリングすることがある。それゆえ、この方法は薬物療法を受ける患者において１つ以上のバイオマーカーを測定すること、および（異なる脳損傷状態に対応する既定のバイオマーカーレベル／比率との比較などにより）バイオマーカーレベル／比率を患者の脳損傷状態と相関させることを包含する。この方法の１つの実施形態は、薬物療法の過程における第１の時点および第２の時点など少なくとも２つの異なる時点で、１つ以上のバイオマーカーのレベル／比率を判定すること、およびバイオマーカーのレベル／比率に変化があればこれを比較することを包含する。たとえば、１つ以上のバイオマーカーのレベル／比率は、薬剤投与の前後、または薬剤投与中の異なる２つの時点において測定することができる。治療法の効果はこれらの比較に基づいて判定する。治療が有効である場合は１つ以上のバイオマーカーのレベル／比率は正常に向かって変化するのに対し、治療が無効である場合は１つ以上のバイオマーカーのレベル／比率は特定の脳損傷状態に向かって変化する。
【０１５９】
（脳損傷状態を定性するための分類アルゴリズムの生成）
一部の実施形態においては、「既知のサンプル」などのサンプルを用いて生成されたデータを、後で用いて分類モデルを「訓練」することができる。「既知のサンプル」は事前に分類されたサンプルである。分類モデルを形成するために用いられるデータは「訓練データセット」と呼ぶことができる。分類モデルを形成するために用いる訓練データセットは、生データまたは前処理データを含みうる。一旦訓練されると、分類モデルは未知のサンプルを用いて生成されたデータにパターンを認識することができる。次に、分類モデルを用いて未知のサンプルをクラス分類することができる。これは、たとえば特定の生体サンプルが一定の生物学的状態と関連するか否か（脳損傷の有無など）を予測する上で有用である。
【０１６０】
任意の適切な統計学的分類、またはデータに存在する客観的パラメーターに基づいてデータ本体をクラスに分離することを試みる学習法を用いて、分類モデルを形成することができる。分類法は教師ありまたは教師なしのいずれかであり得る。教師ありおよび教師なし分類プロセスの例は、その教示を本願に参照文献として援用するＪａｉｎ，“Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｐａｔｔｅｒｎ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ：Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ”，ＩＥＥＥ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ｏｎ  Ｐａｔｔｅｒｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ，Ｖｏｌ．２２，Ｎｏ．１，Ｊａｎｕａｒｙ  ２０００に記載される。
【０１６１】
教師あり分類においては、既知のカテゴリーの例を含む訓練データを学習メカニズムに提示し、学習メカニズムはそれぞれの既知のクラスを定義する１組以上の関係を学習する。その後に新規データを学習メカニズムに適用することもあり、学習メカニズムはその後学習した関係を用いて新規データを分類する。教師あり分類プロセスの例は、線形回帰プロセス（多重線形回帰（ＭＬＲ）、部分最小二乗（ＰＬＳ）回帰および主成分回帰（ＰＣＲ）など）、バイナリー決定木（ＣＡＲＴなどの帰納的分割プロセス）、逆行性伝播ネットワークなどの人工ニューラルネットワーク、識別分析（ベイズ分類またはフィッシャー分析など）、ロジスティック分類およびサポートベクター分類（サポートベクターマシン）を含む。
【０１６２】
他の教師あり分類法は帰納的分割プロセスである。帰納的分割プロセスは、帰納的分割ツリーを用いて未知のサンプルに由来するデータを分類する。帰納的分割プロセスに関するさらなる詳細は、Ｐａｕｌｓｅらに対する米国特許出願公開第２００２／０１３８２０８Ａ１号明細書「質量スペクトルを分析するための方法」に提供される。
【０１６３】
他の実施形態においては、作成される分類モデルは教師なし学習法を用いて形成することができる。教師なし分類は、そこから訓練データセットを導出するスペクトルを事前に分類することなく、訓練データセットの類似性に基づいて分類の学習を試みる。教師なし学習法はクラスター分析を含む。クラスター分析は、データを「クラスター」、または理想的には互いに非常に類似し、他のクラスターの構成要素とは全く類似しない構成要素を含まなければならない群に分割することを試みる。次に、データ項目間、および互いにより近いデータ項目と合わせたクラスター間の距離を測定する距離測定法をいくつか用いて、類似性を測定する。クラスター化技術は、ＭａｃＱｕｅｅｎのＫ平均アルゴリズムおよびＫｏｈｏｎｅｎの自己組織化マップアルゴリズムを含む。
【０１６４】
生物学的情報を分類する際の使用について報告された学習アルゴリズムは、たとえば、ＰＣＴ国際公開第０１／３１５８０号明細書（Ｂａｒｎｈｉｌｌ他、「生体システムにおけるパターンを特定するための方法および機器およびその使用の方法」）、米国特許出願第２００２／０１９３９５０号明細書（Ｇａｖｉｎ他「質量スペクトルを分析する方法」）、米国特許出願第２００３／０００４４０２号明細書（Ｈｉｔｔ他、「生物学的データからの隠れたパターンに基づく生物学的状態間で識別するためのプロセス」）、および米国特許出願第２００３／００５５６１５号明細書（ＺｈａｎｇおよびＺｈａｎｇ、「生物学的発現データを処理するためのシステムおよび方法」）に記載される。
【０１６５】
分類モデルは、任意の適切なデジタルコンピューター上で形成および使用することができる。適切なデジタルコンピューターは、ＵＮＩＸ、ＷＩＮＤＯＷＳ（登録商標）またはＬＩＮＵＸ（登録商標）ベースのオペレーティングシステムなどの、任意の標準的または特殊なオペレーティングシステムを用いるマイクロ、ミニまたは大型コンピューターを含む。質量分析計を利用する実施形態においては、使用するデジタルコンピューターは、目的のスペクトルを作成するのに用いる質量分析計と物理的に分離していても、あるいは質量分析計と連結されていてもよい。
【０１６６】
本発明の実施形態にしたがった訓練データセットおよび分類モデルは、デジタルコンピューターにより実行または使用されるコンピューターコードによって具現化することができる。コンピューターコードは、光学または磁気ディスク、スティック、テープなどの任意の適切なコンピューター読取り可能媒体に保存することが可能であり、またＲ、Ｃ、Ｃ＋＋、ｖｉｓｕａｌ  ｂａｓｉｃなどの任意の適切なコンピュータープログラミング言語で書くことができる。
【０１６７】
上記の学習アルゴリズムは、すでに発見されたバイオマーカーについての分類アルゴリズムを開発するためにも、新規バイオマーカーを発見するためにも有用である。分類アルゴリズムの方は、単独でまたは組み合わせて用いるバイオマーカーに診断値（カットオフポイントなど）を提供することにより、診断検査の基盤を形成する。
【０１６８】
（バイオマーカーの検出のためのキット）
他の態様において、本発明の実施形態は、患者（対象）においてＴＢＩ、ｍＴＢＩまたは脳震盪を定性するなどの、神経損傷または脳損傷またはその状態を検出、特定、判定、診断、評価、または定性するためのキットを提供する。当該キットを用いて、タンパク質においてタンパク質バイオマーカーを検出するか、またはこれに由来するペプチドを検出する。具体的な実施形態において、当該キットは、タンパク質バイオマーカーパネルの複数のタンパク質バイオマーカーのうち１つ以上、またはそのサブセット、またはその結合可能なペプチドと結合する抗体、またはその抗原結合フラグメントを含むＥＬＩＳＡキットとして提供される。
【０１６９】
ＥＬＩＳＡキットは、タンパク質バイオマーカー捕捉試薬（結合分子など）がその上に結合したチップ、マイクロタイタープレート（９６ウェルプレートなど）、ビーズ、または樹脂などの固形支持体を含みうる。キットは、抗体、およびセイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）−コンジュゲート化ヤギ抗ウサギＩｇＧ抗体およびＨＲＰの基質としてテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）などの二次抗体−シグナル複合体などの、タンパク質バイオマーカーを検出するための手段をさらに含みうる。
【０１７０】
キットは、その上に特異抗体が固定された膜を含む免疫クロマトグラフィストリップ、および金粒子結合抗体などの検出するための手段として提供されることもあり、この場合膜はＮＣ膜およびＰＶＤＶ膜を含む。一定の実施形態においては、患者における神経損傷または脳損傷は、患者から採取した生体サンプル（血液または血清など）をキットに添加し、且つ検出可能抗体と結合した該当するするタンパク質バイオマーカーを検出すること、たとえば（ｉ）患者から血液また血清を採取し；（ｉｉ）患者由来の血液または血清を診断キットに添加し；さらに（ｉｉｉ）抗体に結合したバイオマーカーを検出することを含む方法などにより、検出または診断することができる。キットの使用により、結合抗体を血液または血清などの患者サンプルと接触させる。タンパク質バイオマーカーパネルのタンパク質バイオマーカー（またはそのペプチド）がサンプル中に存在する場合、抗体またはその抗原結合フラグメントはサンプル中のタンパク質（またはそのペプチド）と結合し、検出されるであろう。その他のキットおよび診断実施形態においては、患者から血液または血清を採取しない（すなわちすでに採取されている）。他の実施形態においては、サンプルは組織サンプルまたは臨床サンプルを含むことがあり、これは検出抗体と接触する前に処理されることもある。
【０１７１】
キットは、洗浄液または洗浄液を作製する指示書を含むことがあり、この場合捕捉試薬と洗浄液の組み合わせによって固形支持体上でバイオマーカーを捕捉し、その後たとえば免疫測定法または質量分析法を用いることなどによって、抗体などによる検出が可能となる。さらなる実施形態においては、キットはラベルまたは独立した添付文書の形態の指示を含むことがある。たとえば、指示はユーザーにサンプルを採取する方法、およびその上に特定のバイオマーカーが結合し且つ検出が可能である支持体または基板を洗浄する方法などの情報を提供することもある。さらなる他の実施形態においては、キットは較正または正規化のための標準物質または参照物質として用いられる対照バイオマーカーサンプルを有する１つ以上の容器を含むことがある。
【０１７２】
本発明の原理の実践は、別段の指示がない限り、十分に当業者の範囲内にある分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来技術を使用する。そのような技術は、『分子クローニング：実験室マニュアル』、第２版（Ｓａｍｂｒｏｏｋ、１９８９年）；『オリゴヌクレオチド合成』（Ｇａｉｔ、１９８４年）；『動物細胞培養』（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ、１９８７年）；『酵素学の方法』『実験免疫学ハンドブック』（Ｗｅｉｒ、１９９６年）；『哺乳類細胞用遺伝子導入ベクター』（ＭｉｌｌｅｒとＣａｌｏｓ、１９８７年）；『分子生物学最新プロトコル』（Ａｕｓｕｂｅｌ、１９８７年）；『ＰＣＲ：ポリメラーゼ連鎖反応』（Ｍｕｌｌｉｓ、１９９４年）；『免疫学最新プロトコル』（Ｃｏｌｉｇａｎ、１９９１年）などの文献に完全に説明されている。これらの技術は本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの生成に適用可能であり、したがって本発明を実施および実践する際に考慮しうる。具体的な実施形態に対して具体的に有用な技術は次の節で議論されるであろう。
【０１７３】
さらに詳述することなく、当業者は先の記述を用いて本発明を最も完全な程度まで利用できると考えられる。以下の実施例は例示的に過ぎず、残りの開示または請求項をいかなる形態においても全く制限していない。また実施例は、当業者に本発明の測定法、スクリーニング、判定、モニタリング、および治療法を実施および使用する方法の完全な開示、記述および例示を提供するために示され、発明者らがその発明と見なす範囲を制限することを意図していない。
【実施例】
【０１７４】
以下の実施例においては、数値（量、温度など）に関して正確を期すよう努めているが、本願ではいくつかの誤差および逸脱を明らかにしなければならない。別途指示されない限り、割合は重量による割合であり、温度は摂氏温度または環境温度であり、圧力はほぼ大気圧である。記載されたプロセスより得られる生成物の純度および収率を最適化するために用いることのできる成分濃度、所望の溶媒、溶媒混合物、温度、圧力および他の反応範囲および条件などの反応条件の数多くの変法および組み合わせが存在する。そのようなプロセス条件を最適化するには、合理的且つ常用的な実験法のみが必要とされるであろう。
【０１７５】
（実施例１）
（神経損傷および疾患についてのバイオマーカーの発見）
表１に提示されたタンパク質バイオマーカーおよび本願と共に提出した配列表において提供されたそのアミノ酸配列は、ＴＢＩを有する患者由来の血清をプールし、等電点電気泳動（等電点ｐＩによる分離）の後で疎水性フォーカシング（疎水性による分離）を用いた２Ｄゲル電気泳動（ＰＦ２Ｄ）を用いて発見した。これらの方法で分解された分離タンパク質を精製し、常用的手順を用いた質量分析法により配列決定した（そのアミノ酸配列を判定した）。
【０１７６】
具体的には、健常対象由来の血清タンパク質（対照プール）と脳損傷を有する患者由来の血清タンパク質（脳損傷患者プール）を、等電点および疎水性フォーカシングを包含する２Ｄゲル電気泳動により分離した。分解した個々の抗原（タンパク質）分画をカスタムマイクロアレイ上にプリンティング（スポッティング）し（すなわち患者血清由来の分離タンパク質よりプリンティングしたマイクロアレイタンパク質）、急性から慢性の脳損傷を有するヒト患者由来の血清、さらには既知の抗原に対する抗体で探査した。サンプル中のタンパク質に対する抗体の反応性を、蛍光タグ付きの種特異的抗ＩｇＧおよび抗ＩｇＭ抗体を用いて検出した。配列決定のための候補分画を選択した。質量分析アミノ酸配列決定およびバイオインフォマティクスを実施し、対照（ＴＢＩがないか、または急性またはより軽度の形態のＴＢＩを有する対象）と比較して、外傷性脳損傷を有していた患者において識別的に（すなわち蛍光シグナルに基づきより高いかまたはより低いレベルで）発現されていた候補バイオマーカーを同定した。ＴＢＩなどの神経損傷または脳損傷を示すタンパク質のプロテオームを発見するために、スポッティングしたＴＢＩタンパク質または健常対照タンパク質アレイを用いて損傷後の数回の時点を検査した。
【０１７７】
健常対照由来の血清サンプル中のタンパク質と比較した、ＴＢＩなどの脳損傷を有する患者由来の血清サンプルにおける、上記で設計したタンパク質のプロテオミクスプロファイリング方針を用いて発見されたタンパク質バイオマーカーは、神経損傷または脳損傷を有する対象においてこれらの病状により発生する具体的で単離可能な成分（バイオマーカー）を提供する。さらにこれらのタンパク質バイオマーカー成分は、血清などの患者サンプルにおける同定され且つ検出可能な神経損傷関連または脳損傷関連成分を構成する、多くの種類の細胞および組織、さらには細胞および組織損傷を示す。これらのバイオマーカー成分は、神経損傷または脳損傷のない対照対象（非ＴＢＩ対照など）におけるこれらの成分タンパク質の量またはレベルと比較した、その増加または減少した量またはレベルが患者における神経損傷または脳損傷と相関するタンパク質を含む。
【０１７８】
上記の単離および同定方法は、たとえばシナプス形成、神経シグナリングおよびニューロンの生存と相関するＫＣＮＭＡ１、ＦＲＭＤＰ４などのニューロン濃縮タンパク質といった神経損傷または脳損傷と関連する、または相関する、またはこれを示す新規タンパク質バイオマーカーの同定をもたらす（Ｌｅｅ他、２００８，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，２８（５３）：１４５４６−５６）。さらに、たとえばフォンヴィルブランド因子（ｖＷＦ）などの血管完全性のタンパク質バイオマーカー（Ｇｏｎｇ他、２０１６，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，８６（１６）：Ｓ１１．００１）は、当初腫瘍血管新生において報告され、上記の方法によってＴＢＩが検出された。ＺＮＦ６５２などの損傷関連表現型および遺伝子発現を制御する転写因子（Ｃａｌｌｅｎ他、２０１０，Ｏｎｃｏｌ．Ｒｅｐ，２３（４）：１０４５−５２）はＴＢＩサンプルに検出され、またカテプシンＤ（ＣＴＳＤ）およびカリクレイン（ＫＲＫＲ１）などの損傷および再構築に共通するプロテアーゼも上記の方法によって発見された。本願で同定および記載されるこれらのタンパク質は、細胞および組織の正常なターンオーバーに関与する細胞機構の構成部分である。またこれらのタンパク質は、損傷を受けた対象において再成長および組織修復を可能とするために、細胞デブリ、障害された細胞フラグメント、および細胞外基質を除去および排除するよう細胞において活性化される損傷関連再構築プロセスのカスケードによって、組織損傷後にも促進される。したがって、表１に提示されたタンパク質は、神経損傷または疾患、神経系の損傷、または脳損傷の指標として、検出、判定、診断、および／または予後判定法における使用を目的とした新規タンパク質を提供する。これらのタンパク質を神経損傷または脳損傷バイオマーカーとして用いる記載の方法は、ＴＢＩまたはｍＴＢＩなどの多様な種類の神経損傷または疾患または脳損傷を有する、有する疑いのある、または有するリスクの高い患者に対し、確定的な医学的判定、助言、治療、治療法および転帰を受けるための、より効率がよく、信頼性が高く、且つ経済的な手段および手順を提供する。
【０１７９】
（実施例３）
（特異的なＴＢＩバイオマーカー候補に対するタンパク質に対する自己抗体の検出）
サンドイッチ免疫測定法で、血清サンプル中の特異的なＴＢＩバイオマーカータンパク質候補に対するタンパク質の自己抗体を検出した。血清は、Ｔｗｅｅｎ２０界面活性剤を添加した１．５％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）含有リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳブロッキングバッファー）で１：２０に希釈した。１０種類の特異的ヒトＴＢＩ抗原タンパク質に対して発生した捕捉モノクローナル抗体をＰＢＳ中で用いて、９６ウェルマイクロタイタープレートをコーティングした。抗体でコーティングしたウェルを洗浄してブロッキングバッファーでインキュベートした後、希釈血清でインキュベートした。図３は、特異的モノクローナル抗体および抗ヒトＩｇＭ検出抗体を用いて、血清より捕捉したヒトタンパク質に対して検出した自己抗体反応性の上昇を示す。（ＭＳＤ読み取りバッファーおよびＱｕｉｃｋｐｌｅｘ１２０発光リーダーを用いた電気化学発光検出）。検出した自己抗体は抗ハプトグロビン、抗カリン−７、および抗ＧＦＡＰなどの既知の自己抗体ＴＢＩバイオマーカーを含む。
【０１８０】
（実施例４）
以下に示すサンドイッチ免疫測定法で、血清サンプル中のＴＢＩタンパク質バイオマーカーに対して特異的なタンパク質のシトルリン化レベルを検出した。血清は、Ｔｗｅｅｎ２０界面活性剤を添加した１．５％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）含有リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳブロッキングバッファー）で１：２０に希釈した。１０種類の特異的ヒトＴＢＩ抗原タンパク質に対して発生した捕捉モノクローナル抗体をＰＢＳ中で用いて、９６ウェルマイクロタイタープレートをコーティングした。抗体でコーティングしたウェルを洗浄してブロッキングバッファーでインキュベートした後、希釈血清でインキュベートした。図４は、コホートに基づき、捕捉したヒトタンパク質の平均シトルリン化特異的抗体反応性を用いて、免疫捕捉されたタンパク質において検出される（ＭＳＤ読み取りバッファーおよびＱｕｉｃｋｐｌｅｘ１２０発光リーダーを用いた電気化学発光検出）、検討した１０種類のタンパク質について検出されたシトルリン化アミノ酸の増加を示す。
【０１８１】
（実施例５）
以下に示すサンドイッチ免疫測定法で、血清サンプル中のＴＢＩタンパク質バイオマーカーに対して特異的なタンパク質のシトルリン化レベルを検出した。血清は、Ｔｗｅｅｎ２０界面活性剤を添加した１．５％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）含有リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳブロッキングバッファー）で１：２０に希釈した。１０種類の特異的ヒトＴＢＩ抗原タンパク質に対して発生した捕捉モノクローナル抗体をＰＢＳ中で用いて、９６ウェルマイクロタイタープレートをコーティングした。抗体でコーティングしたウェルを洗浄してブロッキングバッファーでインキュベートした後、希釈血清でインキュベートした。図５は、捕捉したヒトタンパク質のシトルリン化特異的抗体反応性を用いて、免疫捕捉されたタンパク質において検出される（ＭＳＤ読み取りバッファーおよびＱｕｉｃｋｐｌｅｘ１２０発光リーダーを用いた電気化学発光検出）、検討した１０種類のタンパク質について検出されたシトルリン化アミノ酸の平均増加を示す。
【０１８２】
（その他の実施形態）
前述の記載より、多様な使用法および条件に適用するために、本願に記載の本発明に変法および修飾を行ってもよいことが明らかとなるであろう。そのような実施形態も以下の請求項の範囲内にある。
【０１８３】
本願における変数の任意の定義における要素の一覧の記載は、任意の単独の要素または列記された要素の組み合わせ（またはサブコンビネーション）としてのその変数の定義を含む。本願における実施形態の記載は、任意の単独の実施形態または任意の他の実施形態またはその一部との組み合わせとしてのその実施形態を含む。
【０１８４】
本明細書で言及する全ての特許および刊行物は、それぞれの独立した特許および刊行物が具体的に且つ独立してその全文を参照文献として援用されるよう指示されている場合と同じ程度に、本願にその全文を参照文献として援用する。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図１−４】
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【図１−５】
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【図１−６】
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【図１−７】
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【図１−８】
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【図１−９】
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【図１−１０】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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