(57)【要約】  本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、ある実体に関連する病態に対する効果、例えば腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、癌を有する対象に対する効果を決定及び予測するシステム及び方法を提供する。本システム及び方法は、実体の試料からコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること、コンピュータ可読分析用シグネチャを階層訓練済みモデルパネルに入力することにより、実体についての訓練済みモデル出力値を入手すること、及び訓練済みモデル出力値に基づいて実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することであって、time-to-eventクラスの各々は、実体にＴＩＬ集団を提供することの異なる効果に関連する、分類することに依存する。本発明は、治療上有効なＴＩＬ集団を患者に投与することにより、患者の癌を治療する方法を提供し、患者は、同時に、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高いと決定される。かかる治療方法は、患者から腫瘍断片を入手すること、腫瘍断片を１つ以上の細胞培養培地と接触させ、それにより腫瘍中に存在するＴＩＬ集団の１回以上の拡大培養を実施すること、及び１つ以上の後続のＴＩＬ集団を作製することを含む。本発明は、様々な生物学的マーカーの増加又は低下した発現レベルを呈する患者の癌を治療する方法も提供する。
2021508104.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために前記対象実体をスクリーニングするシステムであって、少なくとも１つのプロセッサと、前記少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、前記少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、前記少なくとも１つのプログラムは、
Ａ）第１の時点において前記対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；
Ｂ）前記対象実体の前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより前記実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及び
Ｃ）前記第１の訓練済みモデル出力値に基づいて前記対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することであって、前記列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、前記対象実体が前記第１の特性を有する異なる可能性に関連し、前記第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、前記第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む、分類すること
のための命令を含む、システム。
【請求項２】
前記取得することＡ）は、スペクトロメータを使用して、前記試料の選択されたｍ／ｚの値を取得することを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記取得することＡ）は、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットにわたる前記試料の選択されたｍ／ｚの積分値を取得し、それにより前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、表１６から選択される、請求項３に記載のシステム。
【請求項５】
前記スペクトロメータは、ポジティブイオンモードで実行されるマススペクトロメータである、請求項３に記載のシステム。
【請求項６】
前記取得することＡ）は、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる前記試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含み、
前記第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び
前記実体の前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを前記第１の階層訓練済みモデルパネルに前記入力することは、
（ｉ）前記複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の前記個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び
（ｉｉ）前記複数の第１の成分出力値を組み合わせて、前記実体についての前記第１の訓練済みモデル出力値を形成すること
を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記少なくとも１つのプログラムは、
前記組み合わせること（ｉｉ）の前に前記複数の第１の成分出力値中のそれぞれの第１の成分出力値にカットオフ閾値を適用すること
のための命令を更に含み、及び
前記複数の第１の成分出力値を組み合わせて、前記対象実体についての前記第１の訓練済みモデル出力値を前記形成すること（ｉｉ）は、前記対象実体についての前記第１の訓練済みモデル出力値を形成するための、前記複数の第１の成分出力値にわたる重みなし投票を含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、複数の小分類器のロジスティック式を含み、及び
前記複数の小分類器中の各個別の小分類器は、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを用いて前記ロジスティック式に寄与する、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
前記複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、前記第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの前記一意のサブセットを適用することにより、前記ロジスティック式に寄与し、及び
前記異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、前記第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記個別のテスト実体からのテスト試料からの前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各ｍ／ｚサブセットにわたる測定値、及び（ｉｉ）前記個別のテスト実体についての前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む、請求項８に記載のシステム。
【請求項１０】
前記最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、及び
前記複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての前記異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、複数のテストセット中の異なるテストセットであって、前記個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、前記対応するロジスティック式に寄与し、及び
前記個別の第１の主分類器に関連する前記異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、前記個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる前記個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の積分ｍ／ｚ測定値、及び（ｉｉ）前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む、請求項６に記載のシステム。
【請求項１２】
前記複数のテストセット中の各個別のテストセット間に部分的重複がある、請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とする、請求項６に記載のシステム。
【請求項１４】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項６に記載のシステム。
【請求項１５】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項６に記載のシステム。
【請求項１６】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項６に記載のシステム。
【請求項１７】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項６に記載のシステム。
【請求項１８】
前記取得することＡ）は、
第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる前記試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成すること、及び
第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる前記試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成すること
を含み、及び
前記分類することＣ）は、
前記第１の訓練済みモデル出力値が第１の値範囲内にあるとき、前記対象実体を前記列挙型time-to-eventクラスセット中の第１のtime-to-eventクラスで分類すること；及び
前記第１の訓練済みモデル出力値が第２の値範囲内にあるとき、フォローアップ手順を実施すること
を含み、前記フォローアップ手順は、
ｉ）前記対象実体の前記第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを第２の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより前記実体についての第２の訓練済みモデル出力値を入手すること；及び
ｉｉ）前記第２の訓練済みモデル出力値に基づいて前記対象実体を前記列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類すること
を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１９】
前記第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び
前記対象実体の前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを前記第１の階層訓練済みモデルパネルに前記入力することは、
（ｉ）前記複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の前記個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び
（ｉｉ）前記複数の第１の成分出力値を組み合わせて、前記実体についての前記第１の訓練済みモデル出力値を形成すること
を含む、請求項１８に記載のシステム。
【請求項２０】
前記第２の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第２の主分類器を含み；及び
前記対象実体の前記第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを前記第２の階層訓練済みモデルパネルに前記入力することは、
（ｉ）前記複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器に前記第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第２の成分出力値中の前記個別の第２の主分類器の対応する第２の成分出力値を入手すること、及び
（ｉｉ）前記複数の第２の成分出力値を組み合わせて、前記実体についての前記第２の訓練済みモデル出力値を形成すること
を含む、請求項１９に記載のシステム。
【請求項２１】
前記少なくとも１つのプログラムは、
前記複数の第２の成分出力値を前記組み合わせること（ｉｉ）の前に前記複数の第２の成分出力値中のそれぞれの第２の成分出力値にカットオフ閾値を適用すること
のための命令を更に含み、及び
前記複数の第２の成分出力値を組み合わせて、前記実体についての前記第２の訓練済みモデル出力値を前記形成すること（ｉｉ）は、前記実体についての前記第２の訓練済みモデル出力値を形成するための、前記複数の第２の成分出力値にわたる重みなし投票を含む、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２２】
前記複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、前記第１の複数の小分類器の第１のロジスティック式を含み、
前記第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して前記第１のロジスティック式に寄与し、
前記複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器は、前記第２の複数の小分類器の第２のロジスティック式を含み、及び
前記第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して前記第２のロジスティック式に寄与する、請求項２０に記載のシステム。
【請求項２３】
前記第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、前記第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの前記一意のサブセットを適用することにより、前記第１のロジスティック式に寄与し、
前記異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、前記第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける前記個別のテスト実体からのテスト試料の前記選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、
前記第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、前記第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの前記一意のサブセットを適用することにより、前記第２のロジスティック式に寄与し、
前記異なるテストセットは、第２の複数のテスト実体と、前記第２の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける前記個別のテスト実体からのテスト試料の前記選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む、請求項２２に記載のシステム。
【請求項２４】
前記最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２５】
前記複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、及び
前記複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての前記異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、前記個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、前記第１のロジスティック式に寄与し、
前記個別の第１の主分類器に関連する前記異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、前記複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける前記個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の前記選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、
前記複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、及び
前記複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器についての前記異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第２の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、前記個別の第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、前記個別の小分類器に対応する前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、前記第２のロジスティック式に寄与し、
前記個別の第２の主分類器に関連する前記異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、前記個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける前記個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の前記選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）前記列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む、請求項２３に記載のシステム。
【請求項２６】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とし、及び
前記第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列２に提供されるｍ／ｚ値を中心とする、請求項１８〜２５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項２７】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、及び
前記第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項２６に記載のシステム。
【請求項２８】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、及び
前記第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項２６に記載のシステム。
【請求項２９】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、及び
前記第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項２６に記載のシステム。
【請求項３０】
前記ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、及び
前記第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１６個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする、請求項２６に記載のシステム。
【請求項３１】
前記取得することＡ）は、電気泳動又はクロマトグラフィーにより、前記試料の特性値を導き出すことを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３２】
前記列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなる、請求項１〜３１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３３】
前記列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)を含む、請求項１〜３２のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３４】
前記good、late又はplus (+)クラスについての前記識別可能な効果は、前記第１の時点で始まる第１のエピックにわたる前記実体の無増悪生存であり、及び
前記第１のエピックは、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される、請求項１〜３３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３５】
前記good、late又はplus (+)クラスについての前記識別可能な効果は、所定の閾値レベルを上回る可能性で起こる、請求項３４に記載のシステム。
【請求項３６】
前記所定の閾値レベルは、５０パーセント、６０パーセント、７０パーセント、８０パーセント又は９０パーセントである、請求項３５に記載のシステム。
【請求項３７】
前記ＴＩＬ集団を前記提供することは、前記病態に対する前記ＴＩＬ集団による別の療法を同時提供することを更に含む、請求項１〜３６のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３８】
前記少なくとも１つのプログラムは、
前記入力することＢ）の前に１つ以上のモデルを訓練して、それにより前記第１の階層訓練済みモデルを形成すること
のための命令を更に含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３９】
前記訓練することは、
複数の訓練実体に相当する訓練セットを入手することであって、前記複数の訓練実体中の各訓練実体は、前記病態を有し、及び各個別の訓練実体について、前記訓練セットは、（ｉ）前記個別の訓練実体の試料からのコンピュータ可読分析用シグネチャ、及び（ｉｉ）前記ＴＩＬ集団を提供することが前記病態に及ぼした効果を含む、入手すること、及び
前記訓練セットを使用して前記１つ以上のモデルを訓練し、それにより前記第１の階層訓練済みモデルパネルを形成すること
を含む、請求項３８に記載のシステム。
【請求項４０】
前記列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなり、及び
前記訓練セットは、前記列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む、請求項３９に記載のシステム。
【請求項４１】
前記列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)を含み、及び
前記訓練セットは、前記列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む、請求項３９に記載のシステム。
【請求項４２】
前記訓練セットは、
ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第１の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第１のサブセット、
ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第２の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第２のサブセット、及び
ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第３の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第３のサブセット
を含む、請求項３９に記載のシステム。
【請求項４３】
前記第１の期間、前記第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年及び５年超からなる群から選択される、請求項４２に記載のシステム。
【請求項４４】
前記第１の期間、前記第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される、請求項４２に記載のシステム。
【請求項４５】
前記対象実体は、ヒトであり、及び前記実体の前記試料は、前記実体からの血清試料又は血漿試料である、請求項１〜４４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４６】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群又は急性期タンパク質機能群と相関又は逆相関する、請求項３に記載のシステム。
【請求項４７】
前記第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する、請求項３に記載のシステム。
【請求項４８】
前記病態は、癌である、請求項１〜４７のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４９】
前記病態は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される、請求項１〜４７のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５０】
前記病態は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される、請求項１〜４７のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５１】
前記第１の階層訓練済みモデルパネルは、単一のサポートベクターマシンからなる、請求項１に記載のシステム。
【請求項５２】
前記第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数のサポートベクターマシンからなる、請求項１に記載のシステム。
【請求項５３】
対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために前記対象実体をスクリーニングする方法であって、
Ａ）第１の時点において前記対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；
Ｂ）前記対象実体の前記第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより前記実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及び
Ｃ）前記第１の訓練済みモデル出力値に基づいて前記対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することであって、前記列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、前記対象実体が前記第１の特性を有する異なる可能性に関連し、前記第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、前記第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む、分類すること
を含む方法。
【請求項５４】
癌患者が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法であって、
前記患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び
前記分析用シグネチャが、
補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又は
α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベル
と相関又は逆相関することを決定するステップ
を含む方法。
【請求項５５】
前記分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、且つ選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である、請求項５６又は５７に記載の方法。
【請求項５９】
質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される、請求項５６〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法であって、前記患者は、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、前記方法は、
前記患者から、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；
前記腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
前記第１の細胞培養培地中で前記第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記第２のＴＩＬ集団は、前記第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
第２の細胞培養培地中で前記第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記迅速拡大培養の開始から７日後、前記第３のＴＩＬ集団は、前記第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；前記迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
前記第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
前記患者に治療上有効な分量の前記第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含む、方法。
【請求項６１】
前記ＴＩＬの有益な投与の可能性は、
前記患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手すること；
ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群からの試料の分析用シグネチャであって、クラスラベルgood、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)が付与されている分析用シグネチャの訓練セットと前記分析用シグネチャを比較すること；及び
前記患者試料を前記クラスラベルgood、late又はplus (+)で分類すること
を含む血清ベースの分析的アッセイによって決定される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＴＩＬを投与されたことのある前記他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ＴＩＬを投与されたことのある前記他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
ＴＩＬを投与されたことのある前記他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間を達成している、請求項６１に記載の方法。
【請求項６５】
前記クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される、請求項６０〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
前記分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び前記分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む、請求項６０〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記質量スペクトル特徴量は、
補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又は
α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベル
と相関又は逆相関する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法であって、前記患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、前記方法は、
第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；
前記腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
前記第１の細胞培養培地中で前記第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記第２のＴＩＬ集団は、前記第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
第２の細胞培養培地中で前記第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記迅速拡大培養の開始から７日後、前記第３のＴＩＬ集団は、前記第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；前記迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
前記第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
前記患者に治療上有効な分量の前記第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含む、方法。
【請求項７０】
前記ＴＩＬの有益な投与の可能性は、
前記患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び
前記分析用シグネチャが、
補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又は
α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベル
と相関又は逆相関することを決定するステップ
を含む、血清ベースの分析的方法によって決定される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び前記分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
前記質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である、請求項６９、７０又は７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である、請求項６９、７０、７２又は７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される、請求項６９、７０又は７２〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
前記初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される、請求項６０〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される、請求項６０〜７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される、請求項６０〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
前記ＩＬ−２は、前記第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する、請求項６０〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記第２の細胞培養培地中において、前記ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及び前記ＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する、請求項６０〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
前記初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される、請求項６０〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される、請求項６０〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む、請求項６０〜８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む、請求項６０〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記患者に前記第３のＴＩＬ集団を投与する前に前記患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む、請求項６０〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
前記骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記患者への前記第３のＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して前記患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む、請求項６０〜８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
前記高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される、請求項６０〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される、請求項６０〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法であって、前記患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、前記方法は、
第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；
前記腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
前記第１の細胞培養培地中で前記第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記第２のＴＩＬ集団は、前記第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
第２の細胞培養培地中で前記第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記迅速拡大培養の開始から７日後、前記第３のＴＩＬ集団は、前記第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；前記迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
前記第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
前記患者に治療上有効な分量の前記第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含む、方法。
【請求項９３】
前記癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記タンパク質発現レベルは、健常対象と比較したときに増加又は低下する、請求項９２又は９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記タンパク質発現レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％だけ増加又は低下する、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法であって、異なる癌患者と比較して、前記患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、前記方法は、
第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；
前記腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
前記第１の細胞培養培地中で前記第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記第２のＴＩＬ集団は、前記第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
第２の細胞培養培地中で前記第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、前記迅速拡大培養の開始から７日後、前記第３のＴＩＬ集団は、前記第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；前記迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
前記第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
前記患者に治療上有効な分量の前記第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含み、前記異なる癌患者は、以前にＴＩＬ集団で治療されたことがある、方法。
【請求項９７】
前記他の癌患者は、治療後完全奏効、部分奏効又は安定した病勢を達成している、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記他の癌患者は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって治療後疾患無増悪を達成している、請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
前記他の癌患者は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の治療後無増悪生存期間を達成している、請求項９６に記載の方法。
【請求項１００】
前記癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される、請求項９６〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
タンパク質発現類似性レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％である、請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
前記初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される、請求項９２〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
前記初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される、請求項９２〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
前記迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される、請求項９２〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０５】
前記ＩＬ−２は、前記第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する、請求項９２〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
前記第２の細胞培養培地中において、前記ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及び前記ＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する、請求項９２〜１０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
前記初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される、請求項９２〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
前記迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される、請求項９２〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
前記第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む、請求項９２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
前記第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む、請求項９２〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
前記患者に前記第３のＴＩＬ集団を投与する前に前記患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む、請求項９２〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記患者への前記第３のＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して前記患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む、請求項９２〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
前記高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される、請求項１１４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
[0001]  本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、ある実体に関連する病態に対する効果、例えば腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、癌を有する対象に対する効果を決定及び予測するシステム及び方法を提供する。本システム及び方法は、実体の試料からコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること、コンピュータ可読分析用シグネチャを階層訓練済みモデルパネルに入力することにより、実体についての訓練済みモデル出力値を入手すること、及び訓練済みモデル出力値に基づいて実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することであって、time-to-eventクラスの各々は、実体にＴＩＬ集団を提供することの異なる効果に関連する、分類することに依存する。本発明は、治療上有効なＴＩＬ集団を患者に投与することにより、患者の癌を治療する方法も提供し、患者は、同時に、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高いと決定される。かかる治療方法は、患者から腫瘍断片を入手すること、腫瘍断片を１つ以上の細胞培養培地と接触させ、それにより腫瘍中に存在するＴＩＬ集団の１回以上の拡大培養を実施すること、及び１つ以上の後続のＴＩＬ集団を作製することを含む。本発明は、本明細書に記載されるタンパク質又はタンパク質群など、様々な生物学的マーカーの増加又は低下した発現レベルを呈する患者の癌を治療する方法も提供する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
[0002]  腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の自家養子移入を用いた大型難治性癌の治療は、予後不良の患者に対する強力な治療手法に相当する。Gattinoni, et al., Nat. Rev. Immunol. 2006, 6, 383-393。ＴＩＬは、Ｔ細胞が優勢であり、ＩＬ−２ベースのＴＩＬ拡大培養と、それに続く「迅速拡大培養法」（ＲＥＰ）が、その速さ及び効率からＴＩＬ拡大培養に好ましい方法となっている。Dudley, et al., Science 2002, 298, 850-54；Dudley, et al., J. Clin. Oncol. 2005, 23, 2346-57；Dudley, et al., J. Clin. Oncol. 2008, 26, 5233-39；Riddell, et al., Science 1992, 257, 238-41；Dudley, et al., J. Immunother. 2003, 26, 332-42。黒色腫におけるＴＩＬ療法への奏効を改善し、ＴＩＬ療法を他の腫瘍型に拡大する幾つもの手法が研究されているが、成功が限られており、この領域は、依然として難題である。Goff, et al., J. Clin. Oncol. 2016, 34, 2389-97；Dudley, et al., J. Clin. Oncol. 2008, 26, 5233-39；Rosenberg, et al., Clin. Cancer Res. 2011, 17, 4550-57。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
発明の概要
[0003]  本開示の一態様は、癌患者が、Ｔ細胞集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群からの試料のクラスラベル付き分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較するステップ及び試料をクラスラベルで分類するステップを含む。一部のかかる実施形態において、クラスラベルは、患者が、Ｔ細胞の単独又は他の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する。一部のかかる実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存を達成している。例えば、一部の実施形態において、クラスラベルは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)である。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。一部のかかる実施形態において、例えば、試料がgood、late又はplus (+)に分類された患者は、Ｔ細胞集団の投与から利益を受ける可能性が高い。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、且つ選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群又は急性期タンパク質機能群と相関又は逆相関する。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノ��ス結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。
【０００４】
[0004]  本開示の一態様は、癌患者が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群からの試料のクラスラベル付き分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較するステップ及び試料をクラスラベルで分類するステップを含む。一部のかかる実施形態において、クラスラベルは、患者が、ＴＩＬの単独又は他の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する。一部のかかる実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存を達成している。例えば、一部の実施形態において、クラスラベルは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)である。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。一部のかかる実施形態において、例えば、試料がgood、late又はplus (+)に分類された患者は、ＴＩＬ集団の投与から利益を受ける可能性が高い。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、且つ選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群又は急性期タンパク質機能群と相関又は逆相関する。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。
【０００５】
[0005]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステムに関し、このシステムは、少なくとも１つのプロセッサと、少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、少なくとも１つのプログラムは、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することのための命令を含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、試料の選択されたｍ／ｚの値を取得することを含む。一実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットにわたる試料の選択されたｍ／ｚの積分値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含む。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、表１６から選択される。一実施形態において、スペクトロメータは、ポジティブイオンモードで実行されるマススペクトロメータである。
【０００６】
[0006]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステムに関し、このシステムは、少なくとも１つのプロセッサと、少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、少なくとも１つのプログラムは、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することのための命令を含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、試料の選択されたｍ／ｚの値を取得することを含む。一実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットにわたる試料の選択されたｍ／ｚの積分値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含む。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、表１６から選択される。一実施形態において、スペクトロメータは、ポジティブイオンモードで実行されるマススペクトロメータである。
【０００７】
[0007]  一部の実施形態において、取得することＡ）は、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含み、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第１の成分出力値を組み合わせて、実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。
【０００８】
[0008]  一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、組み合わせること（ｉｉ）の前に複数の第１の成分出力値中のそれぞれの第１の成分出力値にカットオフ閾値を適用することのための命令を更に含み、複数の第１の成分出力値を組み合わせて、対象実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成すること（ｉｉ）は、対象実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成するための、複数の第１の成分出力値にわたる重みなし投票を含む。
【０００９】
[0009]  一実施形態において、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、複数の小分類器のロジスティック式を含み、複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用してロジスティック式に寄与する。一実施形態において、複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、ロジスティック式に寄与し、異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）個別のテスト実体からのテスト試料からのｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各ｍ／ｚサブセットにわたる測定値、及び（ｉｉ）個別のテスト実体についての列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一実施形態において、最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である。一実施形態において、複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、対応するロジスティック式に寄与し、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の積分ｍ／ｚ測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一実施形態において、複数のテストセット中の各個別のテストセット間に部分的重複がある。
【００１０】
[0010]  一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とする。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。
【００１１】
[0011]  一部の実施形態において、取得することＡ）は、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成すること、及び第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含み、及び分類することＣ）は、第１の訓練済みモデル出力値が第１の値範囲内にあるとき、対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中の第１のtime-to-eventクラスで分類すること；及び第１の訓練済みモデル出力値が第２の値範囲内にあるとき、フォローアップ手順を実施することを含み；ここで、フォローアップ手順は、ｉ）対象実体の第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを第２の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第２の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びｉｉ）第２の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含む。一実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第１の成分出力値を組み合わせて、実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。一実施形態において、第２の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第２の主分類器を含み；及び対象実体の第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを第２の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器に第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第２の成分出力値中の個別の第２の主分類器の対応する第２の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第２の成分出力値を組み合わせて、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。一実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、複数の第２の成分出力値を組み合わせること（ｉｉ）の前に複数の第２の成分出力値中のそれぞれの第２の成分出力値にカットオフ閾値を適用することのための命令を更に含み、及び複数の第２の成分出力値を組み合わせて、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成すること（ｉｉ）は、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成するための、複数の第２の成分出力値にわたる重みなし投票を含む。一実施形態において、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、第１の複数の小分類器の第１のロジスティック式を含み、第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して第１のロジスティック式に寄与し、複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器は、第２の複数の小分類器の第２のロジスティック式を含み、第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して第２のロジスティック式に寄与する。一実施形態において、第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第１のロジスティック式に寄与し、異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第２のロジスティック式に寄与し、異なるテストセットは、第２の複数のテスト実体と、第２の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一実施形態において、最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である。
【００１２】
[0012]  一部の実施形態において、複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、及び複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第１のロジスティック式に寄与し、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第２の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第２のロジスティック式に寄与し、個別の第２の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。
【００１３】
[0013]  一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列２に提供されるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１６個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。
【００１４】
[0014]  一部の実施形態において、取得することＡ）は、電気泳動又はクロマトグラフィーにより、試料の特性値を導き出すことを含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなる。一部の実施形態において、列挙型クラスセットには、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)が含まれる。一部の実施形態において、good、late又はplus (+)クラスについての識別可能な効果は、第１の時点で始まる第１のエピック（epic）にわたる実体の無増悪生存であり、第１のエピックは、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。一部の実施形態において、good、late又はplus (+)クラスについての識別可能な効果は、所定の閾値レベルを上回る可能性で起こる。一部の実施形態において、所定の閾値レベルは、５０パーセント、６０パーセント、７０パーセント、８０パーセント又は９０パーセントである。一部の実施形態において、Ｔ細胞集団を提供することは、病態に対するＴ細胞集団による別の療法を同時提供することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、ＴＩＬ集団を提供することは、病態に対するＴＩＬ集団による別の療法を同時提供することを更に含む。
【００１５】
[0015]  一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、入力することＢ）の前に１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルを形成することのための命令を更に含む。一実施形態において、訓練することは、複数の訓練実体に相当する訓練セットを入手することであって、複数の訓練実体中の各訓練実体は、病態を有し、及び各個別の訓練実体について、訓練セットは、（ｉ）個別の訓練実体の試料からのコンピュータ可読分析用シグネチャ、及び（ｉｉ）ＴＩＬ集団を提供することの病態に対する効果を含む、入手することと、訓練セットを使用して１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルパネルを形成することとを含む。一実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなり、訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。一実施形態において、列挙型クラスセットには、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)が含まれ、訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。
【００１６】
[0016]  一部の実施形態において、訓練セットは、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第１の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第１のサブセットと、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第２の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第２のサブセットと、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第３の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第３のサブセットとを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年及び５年超からなる群から選択される。一実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。
【００１７】
[0017]  一部の実施形態において、訓練セットは、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第１の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第１のサブセットと、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第２の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第２のサブセットと、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第３の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第３のサブセットとを含む。一実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年及び５年超からなる群から選択される。一実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。
【００１８】
[0018]  一部の実施形態において、対象実体は、ヒトであり、及び実体の試料は、実体からの血清試料又は血漿試料である。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群又は急性期タンパク質機能群と相関又は逆相関する。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。一部の実施形態において、病態は、癌である。一部の実施形態において、病態は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、病態は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、単一のサポートベクターマシンからなる。一部の実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数のサポートベクターマシンからなる。
【００１９】
[0019]  一部の実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする方法に関し、方法は、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００２０】
[0020]  一部の実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする方法に関し、方法は、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。
【００２１】
[0021]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、Ｔ細胞集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００２２】
[0022]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む。
【００２３】
[0023]  一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、且つ選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である。一部の実施形態において、質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される。
【００２４】
[0024]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、患者は、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、患者から第１のＴ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収することを更に含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００２５】
[0025]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、患者は、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、患者から、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップを含む。
【００２６】
[0026]  一部の実施形態において、Ｔ細胞の有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手すること；Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群からの試料の分析用シグネチャであって、クラスラベルgood、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)が付与されている分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較すること；及び患者試料をクラスラベルgood、late又はplus (+)で分類することを含む、血清ベースの分析的アッセイによって決定される。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００２７】
[0027]  一部の実施形態において、ＴＩＬの有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手すること；ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群からの試料の分析用シグネチャであって、クラスラベルgood、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)が付与されている分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較すること；及び患者試料をクラスラベルgood、late又はplus (+)で分類することを含む、血清ベースの分析的アッセイによって決定される。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。
【００２８】
[0028]  一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。
【００２９】
[0029]  一部の実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収することを更に含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００３０】
[0030]  一部の実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップを含む。
【００３１】
[0031]  一部の実施形態において、Ｔ細胞の有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む、血清ベースの分析的方法によって決定される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００３２】
[0032]  一部の実施形態において、ＴＩＬの有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む、血清ベースの分析的方法によって決定される。
【００３３】
[0033]  一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である。一部の実施形態において、質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、ＩＬ−２は、第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地中において、ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及びＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。
【００３４】
[0034]  一部の実施形態において、本方法は、患者に第３のＴ細胞集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００３５】
[0035]  一部の実施形態において、本方法は、患者に第３のＴＩＬ集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。
【００３６】
[0036]  一部の実施形態において、本方法は、患者への第３のＴ細胞集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【００３７】
[0037]  一部の実施形態において、本方法は、患者への第３のＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。
【００３８】
[0038]  一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。
【００３９】
[0039]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を入手するステップ；及び集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収することを更に含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、健常対象と比較したときに増加又は低下する。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％だけ増加又は低下する。
【００４０】
[0040]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップを含む。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、健常対象と比較したときに増加又は低下する。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、���８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％だけ増加又は低下する。
【００４１】
[0041]  一部の実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を入手するステップ；及び集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収することを更に含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、異なる癌患者は、以前にＴ細胞集団で治療されたことがある。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、他の癌患者は、治療後完全奏効、部分奏効又は安定した病勢を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって治療後疾患無増悪を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の治療後無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現類似性レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％である。
【００４２】
[0042]  一部の実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法に関し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップを含み、ここで、異なる癌患者は、以前にＴＩＬ集団で治療されたことがある。一部の実施形態において、他の癌患者は、治療後完全奏効、部分奏効又は安定した病勢を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって治療後疾患無増悪を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の治療後無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病���結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現類似性レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％である。
【００４３】
[0043]  一部の実施形態において、初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、ＩＬ−２は、第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地中において、ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及びＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。
【００４４】
[0044]  一部の実施形態において、本方法は、患者に第３のＴ細胞集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。
【００４５】
[0045]  一部の実施形態において、本方法は、患者に第３のＴＩＬ集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。
【００４６】
[0046]  一部の実施形態において、本方法は、患者への第３のＴ細胞集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。
【００４７】
[0047]  一部の実施形態において、本方法は、患者への第３のＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。
【００４８】
図面の簡単な説明
[0048]  前述の概要及び以下の発明の詳細な説明は、添付の図面と併せて読むときに更に良く理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００４９】
【図１】[0049]分析コホートについての無増悪生存期間（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットを示す。
【図２】[0050]分析コホートについてのBDX008分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。
【図３】[0051]８５人の患者の分析コホートについてのIL2テスト分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。
【図４】[0052]奏効群別のビン規格化スカラー分布を示す。
【図５】[0053]データセットに定義された特徴量の一例を示す。
【図６Ａ】[0054]補正前のバッチ補正プロットを示す。
【図６Ｂ】[0054]補正前のバッチ補正プロットを示す。
【図６Ｃ】[0054]補正前のバッチ補正プロットを示す。
【図７Ａ】[0055]補正後のバッチ補正プロットを示す。
【図７Ｂ】[0055]補正後のバッチ補正プロットを示す。
【図７Ｃ】[0055]補正後のバッチ補正プロットを示す。
【図８】[0056]奏効群別のＰＩＣ規格化スカラー分布を示す。
【図９】[0057]diagnostic cortexを示す。
【図１０】[0058]質量スペクトル特徴量及びテスト分類を生物学的機能と関連付けるための遺伝子（タンパク質）セットエンリッチメント解析手法を示す。
【図１１】[0059]分類器１のスキーマを示す。
【図１２】[0060]分類器１分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。
【図１３】[0061]分類器２についての分類スキーマを示す。
【図１４】[0062]分類器２分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。
【図１５】[0063]図１５（ａ）：急性炎症、図１５（ｂ）：補体、図１５（ｃ）：急性反応及び図１５（ｄ）：急性期についてのタンパク質インデックスｉの関数としての移動和ＲＳを示す。
【図１６】[0064]ＴＩＬ拡大培養及び治療プロセスを示す。ステップ１は、１０個のG-Rex 10フラスコに４個の腫瘍断片を加えることを指す。ステップ２において、約４０×１０６個以上のＴＩＬが入手される。ステップ３において、ＲＥＰのために３６個のG-Rex 100フラスコへの分割が行われる。ステップ４で遠心によってＴＩＬが回収される。ステップ５で約４３日の総処理時間後に新鮮なＴＩＬ産物が入手され、この時点で患者にＴＩＬを注入し得る。
【図１７】[0065]ＴＩＬと共に用いられる治療プロトコルを示す。初めに手術及び腫瘍切除が行われ、リンパ球枯渇化学療法は、本明細書の他の部分に記載されるとおりの化学療法による骨髄非破壊的リンパ球枯渇を指す。
【図１８】[0066]本開示のある実施形態に係る、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システムの例示的システムトポロジーを示す。
【図１９】[0067]本開示のある実施形態に係る、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システムを示す。
【図２０】[0068]本開示のある実施形態に係る、例示的データ構造を示す。
【発明を実施するための形態】
【００５０】
配列表の簡単な説明
[0069]  配列番号１は、ムロモナブの重鎖のアミノ酸配列である。
[0070]  配列番号２は、ムロモナブの軽鎖のアミノ酸配列である。
[0071]  配列番号３は、組換えヒトＩＬ−２タンパク質のアミノ酸配列である。
[0072]  配列番号４は、アルデスロイキンのアミノ酸配列である。
[0073]  配列番号５は、組換えヒトＩＬ−４タンパク質のアミノ酸配列である。
[0074]  配列番号６は、組換えヒトＩＬ−７タンパク質のアミノ酸配列である。
[0075]  配列番号７は、組換えヒトＩＬ−１５タンパク質のアミノ酸配列である。
[0076]  配列番号８は、組換えヒトＩＬ−２１タンパク質のアミノ酸配列である。
【００５１】
発明の詳細な説明
[0077]  本発明は、癌患者へのＴ細胞、例えば腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の有益な投与を決定することに関し、これは、かかる有益な投与を決定するシステム及び方法並びにかかる投与から利益を受ける可能性の高い癌患者へのＴＩＬの投与を含む治療方法を含む。本方法は、治療前に取得された癌患者の血清又は血漿試料の質量スペクトルの使用及び質量スペクトルにクラスラベルを割り当てる分類器として構成された汎用コンピュータを含む。クラスラベルは、「late」又は均等なラベル、例えば「good」若しくは「early」又は均等なラベル、例えば「bad」の形態をとることができ、ここで、クラスラベル「late」又は「good」は、その患者が、クラスラベル「early」又は「bad」を有する患者のクラスのメンバーである患者と比較して、ＴＩＬ療法に比較的高い有益性がある可能性の高い患者のクラスのメンバーであることを示す。クラスラベルに用いられる詳細な呼称は、特に重要でない。黒色腫患者についての予測的検査には抗体薬が有益であり、関連する分類器開発方法については、例えば、国際公開第２０１７／０１１４３９号（この内容は全体として本明細書に援用される）に記載されている。無増悪生存期間及び／又は全生存期間は、ＴＩＬ療法の有益性を評価する際の指標となる。従って、ラベルlate及びearly又はgood及びbadの意味を考えるとき、late又はgoodラベルに関連する「比較的高い有益性」とは、late又はgoodラベルを割り当てられる試料の患者が、early又はbadクラスラベルの患者と比べて有意に高い、即ち長い無増悪及び／又は全生存期間を有する可能性が高いことを意味する。
【００５２】
定義
[0078]  特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般的に理解するのと同じ意味を有する。本明細書において言及される全ての特許及び刊行物は、全体として参照により援用される。
【００５３】
[0079]  用語「共投与」、「共投与している」、「〜と併用して投与される」、「〜と併用して投与している」、「同時の」及び「並行した」は、本明細書で使用されるとき、両方の医薬品有効成分及び／又はその代謝産物が対象に同じ時点で存在するような対象への２つ以上の医薬品有効成分の投与を包含する。共投与には、別個の組成物での同時投与、別個の組成物での異なる時点における投与又は２つ以上の医薬品有効成分が存在する組成物での投与が含まれる。別個の組成物での同時投与及び両方の薬剤が存在する組成物での投与が好ましい。
【００５４】
[0080]  用語「インビボ」は、哺乳類対象の体内で起こる事象を指す。
【００５５】
[0081]  用語「エキソビボ」は、哺乳類対象の体外で人工環境下において起こる事象を指す。
【００５６】
[0082]  用語「インビトロ」は、試験系で起こる事象を指す。インビトロアッセイは、生細胞又は死細胞を利用し得る細胞ベースのアッセイを包含し、またインタクトな細胞を利用しない無細胞アッセイも包含し得る。
【００５７】
[0083]  用語「迅速拡大培養」は、１週間の期間で少なくとも約３倍（又は４倍、５倍、６倍、７倍、８倍又は９倍）、より好ましくは１週間の期間で少なくとも約１０倍（又は２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍又は９０倍）又は最も好ましくは１週間の期間で少なくとも約１００倍の抗原特異的ＴＩＬ数の増加を意味する。幾つもの迅速拡大培養プロトコルが本明細書に記載される。
【００５８】
[0084]  用語「断片化している」、「断片」及び「断片化された」は、腫瘍の破壊プロセスを記載するために本明細書で使用されるとき、腫瘍組織を押しつぶす、スライスする、分割する及び細切するなど、機械的断片化方法及び腫瘍組織の物理的構造を破壊する任意の他の方法を含む。
【００５９】
[0085]  用語「末梢血単核球」及び「ＰＢＭＣ」は、リンパ球（Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞）及び単球を含めた、円形の核を有する末梢血細胞を指す。好ましくは、末梢血単核球は、照射された同種異系末梢血単核球である。
【００６０】
[0086]  用語「抗ＣＤ３抗体」は、抗体又はその変異体、例えばモノクローナル抗体であって、成熟Ｔ細胞のＴ細胞抗原受容体におけるＣＤ３受容体に対するヒト、ヒト化、キメラ又はマウス抗体を含むものを指す。抗ＣＤ３抗体には、ムロモナブとしても知られるＯＫＴ−３が含まれる。他の抗ＣＤ３抗体には、例えば、オテリキシズマブ、テプリズマブ及びビジリズマブが含まれる。
【００６１】
[0087]  用語「ＯＫＴ−３」（本明細書では「ＯＫＴ３」とも称される）は、成熟Ｔ細胞のＴ細胞抗原受容体におけるＣＤ３受容体に対する、ヒト、ヒト化、キメラ若しくはマウス抗体を含めたモノクローナル抗体又はそのバイオシミラー若しくは変異体を指し、ＯＫＴ−３（３０ｎｇ／ｍＬ、MACS GMP CD3 pure、Miltenyi Biotech, Inc.、San Diego, CA, USA）及びムロモナブ又はその変異体、保存的アミノ酸置換、グリコフォーム若しくはバイオシミラーなど、市販されている形態が含まれる。ムロモナブの重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列を表１に提供する（配列番号１及び配列番号２）。ＯＫＴ−３の産生能を有するハイブリドーマが米国培養細胞系統保存機関に寄託されており、ＡＴＣＣ受託番号CRL 8001が付与されている。ＯＫＴ−３の産生能を有するハイブリドーマは、欧州認証細胞培養株保存機関（ＥＣＡＣＣ）にも寄託されており、カタログ番号86022706が付与されている。
【００６２】
【表１】
2021508104.tif 000003
【００６３】
[0088]  用語「ＩＬ−２」（本明細書では「ＩＬ２」とも称される）は、インターロイキン−２として知られるＴ細胞成長因子を指し、そのヒト及び哺乳類形態、保存的アミノ酸置換、グリコフォーム、バイオシミラー及び変異体を含め、あらゆる形態のＩＬ−２が含まれる。ＩＬ−２については、例えば、Nelson, J. Immunol. 2004, 172, 3983-88及びMalek, Annu. Rev. Immunol. 2008, 26, 453-79（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載される。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−２のアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号３）。例えば、用語ＩＬ−２には、ヒトの組換え形態のＩＬ−２、例えばアルデスロイキン（PROLEUKIN、１つの使い捨てバイアル当たり２２００万ＩＵで複数の供給業者から市販されている）並びにCellGenix, Inc.、Portsmouth, NH, USA（CELLGRO GMP）又はProSpec-Tany TechnoGene Ltd.、East Brunswick, NJ, USA（カタログ番号CYT-209-b）によって商業的に供給されている組換えＩＬ−２の形態及び他の販売業者からの他の市販の均等物が包含される。アルデスロイキン（ｄｅｓ−アラニル−１，セリン−１２５ヒトＩＬ−２）は、分子量が約１５ｋＤａの非グリコシル化ヒト組換え形態のＩＬ−２である。本発明での使用に好適なアルデスロイキンのアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号４）。用語ＩＬ−２には、Nektar Therapeutics、South San Francisco, CA, USAから入手可能なペグ化ＩＬ２プロドラッグNKTR-214を含め、本明細書に記載されるとおりの、ペグ化形態のＩＬ−２も包含される。本発明での使用に好適なNKTR-214及びペグ化ＩＬ−２が米国特許出願公開第２０１４／０３２８７９１  Ａ１号及び国際公開第２０１２／０６５０８６  Ａ１号（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。本発明での使用に好適な別の形態のコンジュゲート型ＩＬ−２が米国特許第４，７６６，１０６号、同第５，２０６，３４４号、同第５，０８９，２６１号及び同第４９０２，５０２号（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。本発明での使用に好適なＩＬ−２の製剤が米国特許第６，７０６，２８９号（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。
【００６４】
【表２】
2021508104.tif 000004
【００６５】
[0089]  用語「ＩＬ−４」（本明細書では「ＩＬ４」とも称される）は、インターロイキン４として知られるサイトカインを指し、これは、Ｔｈ２  Ｔ細胞によって産生され、且つ好酸球、好塩基球及びマスト細胞によって産生される。ＩＬ−４は、ナイーブヘルパーＴ細胞（Ｔｈ０細胞）のＴｈ２  Ｔ細胞への分化を調節する。Steinke and Borish, Respir. Res. 2001, 2, 66-70。ＩＬ−４によって活性化されると、続いて、Ｔｈ２  Ｔ細胞は、ポジティブフィードバックループで更なるＩＬ−４を産生する。ＩＬ−４は、Ｂ細胞増殖及びクラスＩＩ  ＭＨＣ発現も刺激し、Ｂ細胞からのＩｇＥ及びＩｇＧ１発現へのクラススイッチも誘導する。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−４は、ProSpec-Tany TechnoGene Ltd.、East Brunswick, NJ, USA（カタログ番号CYT-211）及びThermoFisher Scientific, Inc.、Waltham, MA, USA（ヒトＩＬ−４組換えタンパク質、カタログ番号Gibco CTP0043）を含め、複数の供給業者から市販されている。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−４のアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号５）。
【００６６】
[0090]  用語「ＩＬ−７」（本明細書では「ＩＬ７」とも称される）は、インターロイキン７として知られるグリコシル化組織由来サイトカインを指し、これは、間質及び上皮細胞並びに樹状細胞から入手し得る。Fry and Mackall, Blood 2002, 99, 3892-904。ＩＬ−７は、Ｔ細胞の発達を刺激することができる。ＩＬ−７は、ＩＬ−７受容体αと共通γ鎖受容体とからなるヘテロ二量体のＩＬ−７受容体に結合し、それは、胸腺内でのＴ細胞発達及び末梢内での生存にとって重要な一連のシグナルとなる。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−７は、ProSpec-Tany TechnoGene Ltd.、East Brunswick, NJ, USA（カタログ番号CYT-254）及びThermoFisher Scientific, Inc.、Waltham, MA, USA（ヒトＩＬ−７組換えタンパク質、カタログ番号Gibco PHC0071）を含め、複数の供給業者から市販されている。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−７のアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号６）。
【００６７】
[0091]  用語「ＩＬ−１５」（本明細書では「ＩＬ１５」とも称される）は、インターロイキン−１５として知られるＴ細胞成長因子を指し、そのヒト及び哺乳類形態、保存的アミノ酸置換、グリコフォーム、バイオシミラー及び変異体を含め、あらゆる形態のＩＬ−１５が含まれる。ＩＬ−１５については、例えば、Fehniger and Caligiuri, Blood 2001, 97, 14-32（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。ＩＬ−１５は、β及びγシグナル伝達受容体サブユニットをＩＬ−２と共有している。組換えヒトＩＬ−１５は、分子質量が１２．８ｋＤａの、１１４アミノ酸（及びＮ末端メチオニン）を含む単一の非グリコシル化ポリペプチド鎖である。組換えヒトＩＬ−１５は、ProSpec-Tany TechnoGene Ltd.、East Brunswick, NJ, USA（カタログ番号CYT-230-b）及びThermoFisher Scientific, Inc.、Waltham, MA, USA（ヒトＩＬ−１５組換えタンパク質、カタログ番号34-8159-82）を含め、複数の供給業者から市販されている。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−１５のアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号７）。
【００６８】
[0092]  用語「ＩＬ−２１」（本明細書では「ＩＬ２１」とも称される）は、インターロイキン−２１として知られるプレイオトロピックサイトカインタンパク質を指し、そのヒト及び哺乳類形態、保存的アミノ酸置換、グリコフォーム、バイオシミラー及び変異体を含め、あらゆる形態のＩＬ−２１が含まれる。ＩＬ−２１については、例えば、Spolski and Leonard, Nat. Rev. Drug. Disc. 2014, 13, 379-95（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されている。ＩＬ−２１は、主としてナチュラルキラーＴ細胞及び活性化ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞によって産生される。組換えヒトＩＬ−２１は、分子質量が１５．４ｋＤａの、１３２アミノ酸を含む単一の非グリコシル化ポリペプチド鎖である。組換えヒトＩＬ−２１は、ProSpec-Tany TechnoGene Ltd.、East Brunswick, NJ, USA（カタログ番号CYT-408-b）及びThermoFisher Scientific, Inc.、Waltham, MA, USA（ヒトＩＬ−２１組換えタンパク質、カタログ番号14-8219-80）を含め、複数の供給業者から市販されている。本発明での使用に好適な組換えヒトＩＬ−２１のアミノ酸配列を表２に提供する（配列番号８）。
【００６９】
[0093]  用語「抗体」及びその複数形「抗体」は、全免疫グロブリン及びその任意の抗原結合断片（「抗原結合部分」）又は単鎖を指す。「抗体」は、ジスルフィド結合によって相互に連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質又はその抗原結合部分を更に指す。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと省略する）及び重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと省略する）及び軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は、１つのドメイン、ＣＬを含む。抗体のＶＨ及びＶＬ領域は、相補性決定領域（ＣＤＲ）又は超可変領域（ＨＶＲ）と称され、且つフレームワーク領域（ＦＲ）と称される一層高度に保存された領域が散在し得る超可変性領域に更に細分され得る。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４で並んだ３つのＣＤＲ及び４つのＦＲを含む。重鎖及び軽鎖の可変領域は、１つ又は複数の抗原エピトープと相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の種々の細胞（例えば、エフェクター細胞）及び古典的補体系の第１成分（Ｃｌｑ）を含め、宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。
【００７０】
[0094]  用語「抗原」は、免疫応答を誘導する物質を指す。一部の実施形態において、抗原は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子によって提示された場合に抗体又はＴＣＲによる結合を受ける能力を有する分子である。用語「抗原」は、本明細書で使用されるとき、Ｔ細胞エピトープも包含する。抗原は、加えて、免疫系によって認識される能力を有する。一部の実施形態において、抗原は、Ｂリンパ球及び／又はＴリンパ球の活性化につながる体液性免疫応答又は細胞性免疫応答を誘導する能力を有する。ある場合には、そのために抗原がＴｈ細胞エピトープを含むか又はそれに連結されている必要があることもある。抗原は、１つ以上のエピトープ（例えば、Ｂ−及びＴ−エピトープ）も有し得る。一部の実施形態において、抗原は、好ましくは、その対応する抗体又はＴＣＲと典型的には高度に特異的且つ選択的に反応し、他の抗原によって誘導され得る他の多数の抗体又はＴＣＲとは反応しないであろう。
【００７１】
[0095]  用語「モノクローナル抗体」、「ｍＡｂ」、「モノクローナル抗体組成物」又はこれらの複数形は、単一の分子組成の抗体分子の製剤を指す。モノクローナル抗体組成物は特定のエピトープに対する単一の結合特異性及び親和性を示す。特定の受容体に特異的なモノクローナル抗体は、試験対象に好適な抗原を注入し、次に所望の配列又は機能的特性を有する抗体を発現するハイブリドーマを単離する、当該技術分野における知識及び技能を用いて作製され得る。モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を用いて（例えば、そのモノクローナル抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合する能力を有するオリゴヌクレオチドプローブを使用することにより）容易に単離され、シーケンシングされる。ハイブリドーマ細胞は、かかるＤＮＡの好ましい供給源としての役割を果たす。単離後、ＤＮＡは、発現ベクターに置かれ得、次に、それは、本来免疫グロブリンタンパク質を発現しない大腸菌（E. coli）細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又は骨髄腫細胞などの宿主細胞にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞におけるモノクローナル抗体の合成が達成される。抗体の組換え産生については、以下に更に詳細に記載する。
【００７２】
[0096]  抗体の「抗原結合部分」又は「抗原結合断片」（又は単に「抗体部分」又は「断片」）という用語は、本明細書で使用されるとき、抗原に特異的に結合する能力を保持している抗体の１つ以上の断片を指す。完全長抗体の断片によって抗体の抗原結合機能が果たされ得ることが示されている。抗体の「抗原結合部分」という用語の範囲内に包含される結合断片の例としては、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片；（ｉｉ）ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ’）２断片；（ｉｉｉ）ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の単一のアームのＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨ又はＶＬドメインからなり得るドメイン抗体（ｄＡｂ）断片（Ward, et al., Nature, 1989, 341, 544-546）；及び（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。更に、Ｆｖ断片の２つのドメイン、ＶＬ及びＶＨは、別個の遺伝子によってコードされるが、それらを組換え方法を用いて合成リンカーによってつなぎ合わせて、ＶＬ及びＶＨ領域が対をなして、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる一価分子を形成する単一のタンパク質鎖として作られることを可能にできる；例えば、Bird, et al., Science 1988, 242, 423-426；及びHuston, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 5879-5883を参照されたい）。かかるｓｃＦｖ抗体も、抗体の「抗原結合部分」又は「抗原結合断片」という用語の範囲内に包含されることが意図される。これらの抗体断片は、当業者に公知の従来技術を用いて得られ、断片は、インタクトな抗体と同様に有用性に関してスクリーニングされる。
【００７３】
[0097]  用語「ヒト抗体」は、本明細書で使用されるとき、フレームワーク及びＣＤＲの両方の領域が、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を含むことが意図される。更に、抗体が定常領域を含む場合、その定常領域もヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する。本発明のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、インビトロでランダム若しくは部位特異的突然変異誘発又はインビボで体細胞突然変異により導入される突然変異）を含み得る。用語「ヒト抗体」には、明細書で使用されるとき、マウスなどの別の哺乳類種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列にグラフトされた抗体は含まれないことが意図される。
【００７４】
[0098]  用語「ヒトモノクローナル抗体」は、フレームワーク及びＣＤＲの両方の領域が、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する単一結合特異性を呈する抗体を指す。ある実施形態において、ヒトモノクローナル抗体は、不死化細胞に融合したヒト重鎖トランス遺伝子及び軽鎖トランス遺伝子を含むゲノムを有するトランスジェニック非ヒト動物、例えばトランスジェニックマウスから得られたＢ細胞を含むハイブリドーマによって産生される。
【００７５】
[0099]  用語「組換えヒト抗体」は、本明細書で使用されるとき、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子にとってトランスジェニック又はトランス染色体の動物（マウスなど）又はそれから調製されたハイブリドーマ（以下に更に記載する）から単離された抗体、（ｂ）ヒト抗体を発現するように形質転換された宿主細胞、例えばトランスフェクトーマから単離された抗体、（ｃ）組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリから単離された抗体、及び（ｄ）他のＤＮＡ配列へのヒト免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングが関わる任意の他の手段によって調製されるか、発現するか、作成されるか、又は単離された抗体など、組換え手段によって調製されるか、発現するか、作成されるか、又は単離されるあらゆるヒト抗体を含む。かかる組換えヒト抗体は、フレームワーク及びＣＤＲ領域がヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する。しかしながら、特定の実施形態において、かかる組換えヒト抗体は、インビトロ突然変異誘発（又はヒトＩｇ配列にとってトランスジェニックの動物が使用される場合、インビボ体細胞突然変異誘発）に供することができ、従って組換え抗体のＶＨ及びＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系列ＶＨ及びＶＬ配列に由来し且つそれに関係しながらも、天然ではインビボのヒト抗体生殖細胞系列レパートリー中に存在しないこともある配列である。
【００７６】
[00100]  本明細書で使用されるとき、「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス（例えば、ＩｇＭ又はＩｇＧ１）を指す。
【００７７】
[00101]  語句「抗原を認識する抗体」及び「抗原に特異的な抗体」は、本明細書では用語「抗原に特異的に結合する抗体」と同義的に使用される。
【００７８】
[00102]  用語「ヒト抗体誘導体」は、その抗体と別の医薬品有効成分又は抗体とのコンジュゲートを含め、任意の修飾された形態のヒト抗体を指す。用語「コンジュゲート」、「抗体−薬物コンジュゲート」、「ＡＤＣ」又は「イムノコンジュゲート」は、当該技術分野で利用可能な方法を用いて、本明細書に記載される抗体にコンジュゲートすることのできる別の治療用部分にコンジュゲートした抗体又はその断片を指す。
【００７９】
[00103]  用語１つの「ヒト化抗体」、複数の「ヒト化抗体」及び「ヒト化」は、マウスなどの別の哺乳類種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列にグラフトされた抗体を指すことが意図される。ヒトフレームワーク配列内には、更なるフレームワーク領域修飾が行われ得る。ヒト化形態の非ヒト（例えば、マウス）抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、所望の特異性、親和性及び能力を有するマウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）の１５超可変領域からの残基によってレシピエントの超可変領域からの残基が置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。一部の例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基に置き換えられる。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体に見られない残基を含み得る。これらの修飾は、抗体性能を更に精緻化するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループの全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、且つＦＲ領域の全て又は実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のものである少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むことになる。ヒト化抗体は、任意選択でまた、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのＦｃの少なくとも一部分も含むことになる。更なる詳細については、Jones, et al., Nature 1986, 321, 522-525；Riechmann, et al., Nature 1988, 332, 323-329；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 1992, 2, 593-596を参照されたい。本明細書に記載される抗体は、エフェクター機能及び／又はＦｃＲ結合の改善（例えば、低下）を付与することが公知の任意のＦｃ変異体を利用するようにも修飾され得る。Ｆｃ変異体としては、例えば、国際公開第１９８８／０７０８９  Ａ１号、同第１９９６／１４３３９  Ａ１号、同第１９９８／０５７８７  Ａ１号、同第１９９８／２３２８９  Ａ１号、同第１９９９／５１６４２  Ａ１号、同第９９／５８５７２  Ａ１号、同第２０００／０９５６０  Ａ２号、同第２０００／３２７６７  Ａ１号、同第２０００／４２０７２  Ａ２号、同第２００２／４４２１５  Ａ２号、同第２００２／０６０９１９  Ａ２号、同第２００３／０７４５６９  Ａ２号、同第２００４／０１６７５０  Ａ２号、同第２００４／０２９２０７  Ａ２号、同第２００４／０３５７５２  Ａ２号、同第２００４／０６３３５１  Ａ２号、同第２００４／０７４４５５  Ａ２号、同第２００４／０９９２４９  Ａ２号、同第２００５／０４０２１７  Ａ２号、同第２００５／０７０９６３  Ａ１号、同第２００５／０７７９８１  Ａ２号、同第２００５／０９２９２５  Ａ２号、同第２００５／１２３７８０  Ａ２号、同第２００６／０１９４４７  Ａ１号、同第２００６／０４７３５０  Ａ２号及び同第２００６／０８５９６７  Ａ２号；及び米国特許第５，６４８，２６０号；同第５，７３９，２７７号；同第５，８３４，２５０号；同第５，８６９，０４６号；同第６，０９６，８７１号；同第６，１２１，０２２号；同第６，１９４，５５１号；同第６，２４２，１９５号；同第６，２７７，３７５号；同第６��５２８，６２４号；同第６，５３８，１２４号；同第６，７３７，０５６号；同第６，８２１，５０５号；同第６，９９８，２５３号；及び同第７，０８３，７８４号に開示されるアミノ酸置換のいずれか１つを挙げることができ；これらの開示は、本明細書に参照により援用される。
【００８０】
[00104]  用語「キメラ抗体」は、可変領域配列がマウス抗体に由来し、且つ定常領域配列がヒト抗体に由来する抗体など、可変領域配列が１つの種に由来し、且つ定常領域配列が別の種に由来する抗体を指すことが意図される。
【００８１】
[00105]  「ダイアボディ」は、２つの抗原結合部位を有する小さい抗体断片である。こうした断片は、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に同じポリペプチド鎖で接続したもの（ＶＨ−ＶＬ又はＶＬ−ＶＨ）を含む。同じ鎖上の２つのドメイン間での対合を許容しないほど短いリンカーを使用することにより、ドメインは、強制的に別の鎖の相補ドメインと対合して２つの抗原結合部位を作り出す。ダイアボディについては、例えば、欧州特許第４０４，０９７号、国際公開第９３／１１１６１号；及びBolliger, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 6444-6448に更に詳細に記載されている。
【００８２】
[00106]  用語「グリコシル化」は、抗体の修飾誘導体を指す。非グリコシル化（aglycoslated）抗体は、グリコシル化を欠いている。グリコシル化は、例えば、抗原に対する抗体の親和性が増加するように改変することができる。かかる炭水化物修飾は、例えば、抗体配列内の１つ以上のグリコシル化部位を改変することにより達成し得る。例えば、１つ以上の可変領域フレームワークグリコシル化部位の除去をもたらし、それによりその部位におけるグリコシル化を除去する１つ以上のアミノ酸置換を設けることができる。非グリコシル化は、米国特許第５，７１４，３５０号及び同第６，３５０，８６１号に記載されるとおり、抗原に対する抗体の親和性を増加させ得る。加えて又は代わりに、フコシル残基の量が少ない低フコシル化抗体又は二分ＧｌｃＮａｃ構造が増加した抗体など、改変されたタイプのグリコシル化を有する抗体を作製することができる。かかる改変グリコシル化パターンは、抗体の能力を増加させることが実証されている。かかる炭水化物修飾は、例えば、改変グリコシル化機構を有する宿主細胞において抗体を発現させることにより達成され得る。改変グリコシル化機構を有する細胞は、当該技術分野において記載されており、本発明の組換え抗体を発現して、それにより改変グリコシル化を有する抗体を産生する宿主細胞として使用することができる。例えば、細胞株Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５及びＭｓ７０９は、フコシルトランスフェラーゼ遺伝子ＦＵＴ８（α（１，６）フコシルトランスフェラーゼ）を欠き、従ってＭｓ７０４、Ｍｓ７０５及びＭｓ７０９細胞株で発現する抗体は、その炭水化物上にフコースを欠く。Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５及びＭｓ７０９  ＦＵＴ８−／−細胞株は、２つの置換ベクターを使用したＣＨＯ／ＤＧ４４細胞におけるＦＵＴ８遺伝子の標的破壊により作成された（例えば、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号又はYamane-Ohnuki, et al., Biotechnol. Bioeng., 2004, 87, 614-622を参照されたい）。別の例として、欧州特許第１，１７６，１９５号は、フコシルトランスフェラーゼをコードするＦＵＴ８遺伝子の機能が破壊された細胞株であって、そこで発現する抗体がα１，６結合関連酵素の減少又は消失によって低フコシル化を呈する細胞株について記載しており、また抗体のＦｃ領域に結合するＮ−アセチルグルコサミンへのフコースの付加に関して低酵素活性であるか、又はその酵素活性を有しない細胞株、例えばラット骨髄腫細胞株ＹＢ２／０（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １６６２）についても記載している。国際公開第０３／０３５８３５号は、フコースをＡｓｎ（２９７）結合炭水化物に結合させる能力が低下しているため、同様にその宿主細胞で発現する抗体の低フコシル化をもたらす変異ＣＨＯ細胞株のＬｅｃ  １３細胞について記載している（Shields, et al., J. Biol. Chem. 2002, 277, 26733-26740も参照されたい。国際公開第９９／５４３４２号は、糖タンパク質修飾グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するように操作された細胞株であって、そこで発現する抗体が二分ＧｌｃＮａｃ構造の増加を呈し、それが抗体のＡＤＣＣ活性の増加をもたらすような操作された細胞株について記載している（Umana, et al., Nat. Biotech. 1999, 17, 176-180も参照されたい）。代わりに、抗体のフコース残基がフコシダーゼ酵素を使用した切断により除かれ得る。例えば、Tarentino, et al., Biochem. 1975, 14, 5516-5523に記載されるとおり、フコシダーゼα−Ｌ−フコシダーゼは、抗体からフコシル残基を取り除く。
【００８３】
[00107]  「ペグ化」は、１つ以上のＰＥＧ基が抗体又は抗体断片に結合するようになる条件下でポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、例えばＰＥＧの反応性エステル又はアルデヒド誘導体などと典型的に反応する修飾された抗体又はその断片を指す。ペグ化により、例えば抗体の生物学的（例えば、血清）半減期が増加し得る。好ましくは、ペグ化は、反応性ＰＥＧ分子（又は類似の反応性水溶性ポリマー）とのアシル化反応又はアルキル化反応で行われる。本明細書で使用されるとき、用語「ポリエチレングリコール」は、モノ（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ−若しくはアリールオキシ−ポリエチレングリコール又はポリエチレングリコール−マレイミドなど、他のタンパク質の誘導体化に用いられている形態のＰＥＧのいずれかを包含することが意図される。ペグ化される抗体は、非グリコシル化抗体であり得る。ペグ化方法は、例えば、欧州特許第０１５４３１６号及び同第０４０１３８４号並びに米国特許第５，８２４，７７８号（これらの各々の開示は、本明細書に参照により援用される）に記載されるとおり、当該技術分野において公知であり、本発明の抗体に適用することができる。
【００８４】
[00108]  用語「融合タンパク質」又は「融合ポリペプチド」は、２つ以上の個別のタンパク質の特性を組み合わせるタンパク質を指す。かかるタンパク質は、直接又はアミノ酸リンカーを介して共有結合的に連結された少なくとも２つの異種ポリペプチドを有する。融合タンパク質を形成するポリペプチドは、典型的にはＣ末端がＮ末端に連結されるが、またＣ末端がＣ末端に、Ｎ末端がＮ末端に、又はＮ末端がＣ末端に連結され得る。融合タンパク質のポリペプチドは、任意の順序であり得、構成ポリペプチドのいずれか一方又は両方の２つ以上を含み得る。この用語には、融合タンパク質を構成する抗原の保存的に修飾された変異体、多型変異体、対立遺伝子、突然変異体、部分配列、種間相同体及び免疫原性断片が包含される。本開示の融合タンパク質は、構成成分抗原又はその免疫原性断片の追加的なコピーも含み得る。融合タンパク質は、一体に連結された１つ以上の結合ドメインを含有し、ＩｇＧ  ＦｃドメインなどのＦｃドメインに更に連結され得る。融合タンパク質が更に一体に連結されることによりモノクローナル抗体を模倣し、６つ以上の結合ドメインを提供し得る。融合タンパク質は、当該技術分野において公知のとおりの組換え方法によって作製され得る。融合タンパク質の調製は、当該技術分野において公知であり、例えば国際公開第１９９５／０２７７３５  Ａ１号、同第２００５／１０３０７７  Ａ１号、同第２００８／０２５５１６  Ａ１号、同第２００９／００７１２０  Ａ１号、同第２０１０／００３７６６  Ａ１号、同第２０１０／０１００５１  Ａ１号、同第２０１０／０７８９６６  Ａ１号、米国特許出願公開第２０１５／０１２５４１９  Ａ１号及び同第２０１６／０２７２６９５  Ａ１号並びに米国特許第８，９２１，５１９号（これらの各々の開示は、本明細書に参照により援用される）に記載されている。
【００８５】
[00109]  用語「異種」は、核酸又はタンパク質の一部分に関連して使用されるとき、その核酸又はタンパク質が、自然中では互いに同じ関係で見出されない２つ以上の部分配列を含むことを示す。例えば、核酸は、典型的には組換え産生されて、新規の機能性核酸を作り出すように編成された無関係の遺伝子からの２つ以上の配列、例えばある供給源からのプロモーターと別の供給源からのコード領域又は異なる供給源からのコード領域を有する。同様に、異種タンパク質とは、そのタンパク質が、自然中では互いに同じ関係で見出されない２つ以上の部分配列（例えば、融合タンパク質）を含むことを示す。
【００８６】
[00110]  用語「保存的アミノ酸置換」は、抗体又は融合タンパク質による抗原への結合を無効にしないアミノ酸配列修飾を意味する。保存的アミノ酸置換としては、あるクラスのアミノ酸における同じクラスのアミノ酸による置換が挙げられ、ここで、クラスは、共通の物理化学的アミノ酸側鎖特性及び例えば標準デイホフ（Dayhoff）頻度交換行列又はBLOSUM行列によって決定されるとおりの、天然に見られる相同タンパク質における高い置換頻度によって定義される。６つの一般的なアミノ酸側鎖クラスが分類されており、クラスＩ（Ｃｙｓ）；クラスＩＩ（Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｇｌｙ）；クラスＩＩＩ（Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ）；クラスＩＶ（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；クラスＶ（Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ）；及びクラスＶＩ（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）が含まれる。例えば、ＡｓｐをＡｓｎ、Ｇｌｎ又はＧｌｕなどの別のクラスＩＩＩ残基に代える置換は、保存的置換である。従って、抗体中の予測非必須アミノ酸残基が好ましくは同じクラスの別のアミノ酸残基に置き換えられる。抗原結合を消失させることのないアミノ酸保存的置換を同定する方法は、当該技術分野において周知である（例えば、Brummell, et al., Biochemistry 1993, 32, 1180-1187；Kobayashi, et al., Protein Eng. 1999, 12, 879-884 (1999)；及びBurks, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 412-417を参照されたい。
【００８７】
[00111]  ２つ以上の核酸又はポリペプチドに関連して、用語「配列同一性」、「パーセント同一性」及び「配列パーセント同一性」（又はこれらの同義語、例えば「９９％同一」）は、いかなる保存的アミノ酸置換も配列同一性の一部として考慮せず、対応が最大となるように比較及びアラインメント（必要に応じてギャップを導入する）したときに同じであるか、又は同じであるヌクレオチド若しくはアミノ酸残基を特定の割合のみ有する２つ以上の配列又は部分配列を指す。パーセント同一性は、配列比較ソフトウェア又はアルゴリズムを用いるか、又は目視検査によって測定することができる。アミノ酸又はヌクレオチド配列のアラインメントを達成するために使用し得る様々なアルゴリズム及びソフトウェアが当該技術分野において公知である。パーセント配列同一性の決定に好適なプログラムとしては、例えば、米国政府の国立バイオテクノロジー情報センター（National Center for Biotechnology Information）BLASTウェブサイトから利用可能なBLASTプログラムスイートが挙げられる。２つの配列間の比較は、BLASTN又はBLASTPのいずれかのアルゴリズムを用いて行うことができる。BLASTNは、核酸配列の比較に使用される一方、BLASTPは、アミノ酸配列の比較に使用される。ALIGN、ALIGN-2（Genentech、South San Francisco, California）又はDNASTARから利用可能なMegAlignは、配列のアラインメントに使用し得る更なる公的に利用可能なソフトウェアプログラムである。当業者は、特定のアラインメントソフトウェアによるアラインメントを最大化するための適切なパラメータを決定することができる。特定の実施形態では、アラインメントソフトウェアのデフォルトパラメータが使用される。
【００８８】
[00112]  本明細書で使用されるとき、用語「変異体」は、限定はされないが、参照抗体のアミノ酸配列の範囲内の又はそれに隣接する特定の位置における１つ以上の置換、欠失及び／又は付加の点で参照抗体のアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を含む抗体又は融合タンパク質を包含する。変異体は、参照抗体のアミノ酸配列と比較して、そのアミノ酸配列に１つ以上の保存的置換を含み得る。保存的置換には、例えば、同様の荷電又は非荷電アミノ酸の置換が関わり得る。変異体は、参照抗体の抗原に特異的に結合する能力を保持している。用語の変異体には、ペグ化された抗体又はタンパク質も含まれる。
【００８９】
[00113]  核酸配列は、黙示的に、その保存的に修飾された変異体（例えば、縮重コドン置換）及び相補配列を、明示的に指示される配列と同様に包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つ以上の選択された（又は全ての）コドンの３番目の位置が混合塩基及び／又はデオキシイノシン残基で置換された配列を生成することにより実現され得る。Batzer, et al., Nucleic Acid Res. 1991, 19, 5081；Ohtsuka, et al., J. Biol. Chem. 1985, 260, 2605-2608；Rossolini, et al., Mol. Cell. Probes 1994, 8, 91-98。核酸という用語は、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドと同義的に用いられる。
【００９０】
[00114]  用語「バイオシミラー」は、臨床的に不活性な成分に軽微な違いがあるにも関わらず、米国で許可されている先発バイオ製剤と高度に類似し、且つそれに関して製剤の安全性、純度及び効力の点でそのバイオ製剤と先発製剤との間に臨床的に有意味な違いがない、モノクローナル抗体又はタンパク質を含めたバイオ製剤を意味する。更に、後発バイオ医薬品又は「バイオシミラー」医薬品は、欧州医薬品庁によって使用が既に認可されている別のバイオ医薬品に類似したバイオ医薬品である。用語「バイオシミラー」は、他の国及び地域の規制機関によっても同義的に使用される。バイオ製剤又はバイオ医薬品は、細菌又は酵母などの生物学的供給源によって作られるか又はそれに由来する医薬品である。これは、ヒトインスリン又はエリスロポエチンなどの比較的小さい分子又はモノクローナル抗体などの複合的な分子からなり得る。例えば、先発ＩＬ−２タンパク質がアルデスロイキン（PROLEUKIN）である場合、アルデスロイキンに準じて医薬品規制当局により承認されるタンパク質は、アルデスロイキンと「バイオシミラー」であるか、又はアルデスロイキンの「そのバイオシミラー」である。欧州では、後発バイオ医薬品又は「バイオシミラー」医薬品は、欧州医薬品庁（ＥＭＡ）によって使用が既に認可されている別のバイオ医薬品に類似したバイオ医薬品である。欧州における後発バイオ適用についての関連する法的根拠は、規則（ＥＣ）第７２６／２００４号の第６条及び指令２００１／８３／ＥＣの第１０条（４）（その後の改正を含む）であり、従って欧州では、バイオシミラーは、規則（ＥＣ）第７２６／２００４号の第６条及び指令２００１／８３／ＥＣの第１０条（４）に基づいて認可を受けるか、認可が承認されるか、又は認可申請の対象となり得る。既に認可を受けている元のバイオ医薬品製剤は、欧州では「先発医薬品製剤」と称され得る。ある製剤がバイオシミラーと見なされるための要件の一部が、後発バイオ医薬品製剤に関するＣＨＭＰガイドライン（CHMP Guideline on Similar Biological Medicinal Products）に概説されている。加えて、モノクローナル抗体バイオシミラーに関するガイドラインを含め、製剤固有のガイドラインがＥＭＡによって製剤毎に提供されており、そのウェブサイトに公開されている。本明細書に記載されるとおりのバイオシミラーは、品質特性、生物学的活性、作用機序、安全性プロファイル及び／又は有効性の点で先発医薬品製剤に類似したものであり得る。加えて、バイオシミラーは、先発医薬品製剤と同じ病態の治療に使用されるか又はそれへの使用が意図されるものであり得る。従って、本明細書に記載されるとおりのバイオシミラーは、先発医薬品製剤に類似した又は高度に類似した品質特性を有すると見なされ得る。代わりに又は加えて、本明細書に記載されるとおりのバイオシミラーは、先発医薬品製剤に類似した又は高度に類似した生物学的活性を有すると見なされ得る。代わりに又は加えて、本明細書に記載されるとおりのバイオシミラーは、先発医薬品製剤に類似した又は高度に類似した安全性プロファイルを有すると見なされ得る。代わりに又は加えて、本明細書に記載されるとおりのバイオシミラーは、先発医薬品製剤に類似した又は高度に類似し��有効性を有すると見なされ得る。本明細書に記載されるとおり、欧州におけるバイオシミラーは、ＥＭＡによって認可済みの先発医薬品製剤と比較される。しかしながら、一部の例では、バイオシミラーは、欧州経済地域外においてある種の試験で認可を受けたバイオ医薬品製剤（非ＥＥＡ認可「対照薬」）と比較され得る。かかる試験には、例えば、ある種の臨床試験及びインビボ非臨床試験が含まれる。本明細書で使用されるとき、用語「バイオシミラー」は、非ＥＥＡ認可対照薬と比較済みの又はそれと比較され得るバイオ医薬品製剤にも関する。ある種のバイオシミラーは、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合部分）及び融合タンパク質などのタンパク質である。タンパク質バイオシミラーは、ポリペプチドの機能に有意な影響を及ぼさない軽微なアミノ酸構造の修飾（例えば、アミノ酸の欠失、付加及び／又は置換を含む）を有するアミノ酸配列を有し得る。バイオシミラーは、その先発医薬品製剤のアミノ酸配列と９７％以上、例えば９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。バイオシミラーは、先発医薬品製剤の翻訳後修飾と異なる１つ以上の翻訳後修飾、例えば、限定はされないが、グリコシル化、酸化、アミド分解及び／又はトランケーションを含み得るが、但し、その差異が医薬品製剤の安全性及び／又は有効性に変化をもたらさないものとする。バイオシミラーは、先発医薬品製剤と同一の又は異なるグリコシル化パターンを有し得る。特に、限定的ではないが、バイオシミラーは、先発医薬品製剤に関連する安全性についての懸念がその差異によって対処される又は対処されるように意図される場合、異なるグリコシル化パターンを有し得る。加えて、バイオシミラーは、例えば、その強度、医薬品形態、製剤化、賦形剤及び／又は体裁の点で先発医薬品製剤から逸脱し得るが、但し、医薬品製剤の安全性及び有効性が損なわれないものとする。バイオシミラーは、例えば、薬物動態学的（ＰＫ）及び／又は薬力学的（ＰＤ）プロファイルの点で先発医薬品製剤と比較して差異を含み得るが、なおも認可を受けるか又は認可に好適であると考えるのに十分に先発医薬品製剤に類似していると見なされる。ある種の状況では、バイオシミラーは、先発医薬品製剤と比較して異なる結合特性を呈し、ここで、この異なる結合特性は、ＥＭＡなどの規制当局により後発バイオ製剤としての認可を妨げるものではないと見なされる。用語「バイオシミラー」は、他の国及び地域の規制機関によっても同義的に使用される。
【００９１】
[00115]  用語「血液学的悪性腫瘍」は、限定はされないが、血液、骨髄、リンパ節及びリンパ系の組織を含め、哺乳類における造血及びリンパ系組織の癌及び腫瘍を指す。血液学的悪性腫瘍は「液性腫瘍」とも称される。血液学的悪性腫瘍としては、限定はされないが、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性リンパ腫（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）、急性単球性白血病（ＡＭｏＬ）、ホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫が挙げられる。用語「Ｂ細胞血液学的悪性腫瘍」は、Ｂ細胞を冒す血液学的悪性腫瘍を指す。
【００９２】
[00116]  用語「固形腫瘍」は、通常嚢胞又は液体範囲を含まない異常な組織塊を指す。固形腫瘍は、良性又は悪性であり得る。用語「固形腫瘍癌」は、悪性、新生物性又は癌性の固形腫瘍を指す。固形腫瘍癌としては、限定はされないが、肺癌、乳癌、前立腺癌、結腸癌、直腸癌及び膀胱癌など、肉腫、癌腫及びリンパ腫が挙げられる。固形腫瘍の組織構造は、実質（癌細胞）と、癌細胞が分散するところであって、支持微小環境をもたらし得る支持間質細胞とを含む相互依存的組織コンパートメントを含む。
【００９３】
[00117]  用語「微小環境」は、本明細書で使用されるとき、固形腫瘍又は血液学的腫瘍の微小環境全体又は微小環境内の個々の細胞サブセットを指し得る。腫瘍微小環境は、本明細書で使用されるとき、Swartz, et al., Cancer Res., 2012, 72, 2473に記載されるとおり、「新生物形質転換を促進し、腫瘍成長及び浸潤を支援し、腫瘍を宿主免疫から保護し、治療抵抗性を助長し、且つ顕性転移が発育するためのニッチを提供する細胞、可溶性因子、シグナル伝達分子、細胞外マトリックス及び機械的キュー」の複合混合物を指す。腫瘍は、Ｔ細胞によって認識されるはずの抗原を発現するが、微小環境による免疫抑制のため、免疫系による腫瘍クリアランスは、稀である。
【００９４】
[00118]  用語「有効量」又は「治療有効量」は、限定はされないが、疾患治療を含めた、意図した適用を達成するのに十分な本明細書に記載されるとおりの化合物又は化合物の併用の量を指す。治療有効量は、意図される適用（インビトロ又はインビボ）又は治療下の対象及び疾患病態（例えば、対象の体重、年齢及び性別）、疾患病態の重症度又は投与方法に応じて異なり得る。この用語は、標的細胞において特定の応答（例えば、血小板粘着及び／又は細胞遊走の低減）を生じさせるであろう用量にも適用される。具体的な用量は、選択した詳細な化合物、従うべき投与レジメン、その化合物が他の化合物と併用して投与されるかどうか、投与タイミング、その投与先の組織及び化合物を運ぶ物理的デリバリーシステムに応じて異なることになる。
【００９５】
[00119]  「治療効果」は、本明細書においてその用語が使用されるとき、治療上の有益性及び／又は予防上の有益性を包含する。予防効果としては、疾患若しくは病態の出現を遅延させるか若しくは消失させること、疾患若しくは病態の症状の発生を遅延させるか若しくは消失させること、疾患若しくは病態の進行を減速させるか、止めるか若しくは逆転させること又はこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【００９６】
[00120]  用語「ＱＤ」、「ｑｄ」又は「ｑ．ｄ．」は、quaque die、１日１回又は毎日１回を意味する。用語「ＢＩＤ」、「ｂｉｄ」又は「ｂ．ｉ．ｄ．」は、bis in die、１日２回又は毎日２回を意味する。用語「ＴＩＤ」、「ｔｉｄ」又は「ｔ．ｉ．ｄ．」は、ter in die、１日３回又は毎日３回を意味する。用語「ＱＩＤ」、「ｑｉｄ」又は「ｑ．ｉ．ｄ．」は、quater in die、１日４回又は毎日４回を意味する。
【００９７】
[00121]  誤解を避けるために言えば、本明細書では、本発明の詳細な態様、実施形態又は例と併せて記載される詳細な特徴（例えば、整数、特性、値、使用、疾患、式、化合物又は基）は、それと適合しない場合を除き、本明細書に記載される任意の他の態様、実施形態又は例に適用可能であるものと理解されるべきであることが意図される。従って、かかる特徴は、適切な場合、本明細書に定義される定義、クレーム又は実施形態のいずれかと併せて使用され得る。本明細書（任意の添付の特許請求の範囲、要約及び図面を含む）に開示される全ての特徴及び／又はそのように開示される任意の方法又はプロセスの全てのステップは、特徴及び／又はステップの少なくとも一部が相互排他的である組み合わせを除き、任意の組み合わせで組み合わされ得る。本発明は、いかなる開示される実施形態のいかなる詳細にも限定されない。本発明は、本明細書（任意の添付の特許請求の範囲、要約及び図面を含む）に開示される特徴の任意の新規の１つ若しくは新規の組み合わせ又はそのように開示される任意の方法又はプロセスのステップの任意の新規の１つ若しくは任意の新規の組み合わせにまで及ぶ。
【００９８】
[00122]  用語「約」及び「近似的に」は、ある値の統計的に意味のある範囲内にあることを意味する。かかる範囲は、所与の値又は範囲のあるオーダー内、好ましくは５０％以内、より好ましくは２０％以内、より好ましくはなおも１０％以内及び更により好ましくは５％以内であり得る。用語「約」又は「近似的に」に包含される許容可能な変動は、研究下の詳細な系に依存し、当業者は、容易に理解することができる。更に、本明細書で使用されるとき、用語「約」及び「近似的に」は、寸法、サイズ、配合、パラメータ、形状並びに他の数量及び特性が正確にそのものでなく且つ正確にそのものでなくてもよく、必要に応じて、公差、変換係数、丸め、測定誤差など、及び当業者に公知の他の要因を反映して、近似的であり得、及び／又はより大きいか若しくは小さいことができることを意味する。一般に、寸法、サイズ、配合、パラメータ、形状又は他の数量若しくは特性は、そのように明示されるか否かに関わらず、「約」又は「近似的」である。極めて異なるサイズ、形状及び寸法の実施形態が記載の構成を用い得ることが注記される。
【００９９】
[00123]  移行句「含む」、「から本質的になる」及び「からなる」は、出願当初及び補正後の形態の添付の特許請求の範囲において使用されるとき、存在する場合、どのような記載されていない追加のクレーム要素又はステップが特許請求の範囲から除外されるかに関して特許請求の範囲を定義する。用語「含む」は、包含的又はオープンエンド形式であることが意図され、いかなる記載されていない追加の要素、方法、ステップ又は材料も除外しない。用語「〜からなる」は、そのクレームに指定されるもの以外のいかなる要素、ステップ又は材料も除外し、後者の例では、指定される１つ又は複数の材料に通常付随する不純物も除外する。用語「から本質的になる」は、クレームの範囲を指定の要素、ステップ又は材料及び特許請求される発明の基本的な新規の１つ又は複数の特徴に実質的に影響しないものに限定する。本発明を具体化する本明細書に記載される全ての組成物、方法及びキットは、代替的実施形態では、移行句「含む」、「から本質的になる」及び「からなる」のいずれかによってより具体的に定義され得る。
【０１００】
ＴＩＬの有益な投与を決定するシステム及び方法
[00124]  本明細書に記載されるとおり、病態を有する対象実体にＴＩＬ集団を提供することは、病態に対する識別可能な効果につながり得るが、但し、対象実体が第１の特性を有することを条件とする。かかる対象実体が実際にかかる特性を備えているかどうかを決定することは、対象実体にＴＩＬ集団を提供することが正当化されるか否かを決定する際の関心事であり得、なぜなら、第１の特性がなければ、それが正当化されないことになるためである。かかる第１の特性が存在するかどうかを決定するため、対象実体をtime-to-eventクラスに分類することができる。一部の実施形態において、time-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する一定の可能性に関連する。
【０１０１】
[00125]  一部の実施形態において、対象実体は、癌を有する患者、例えば哺乳類又はより具体的にはヒトであり得る。一部の実施形態において、対象実体に関連する病態は、疾患又は障害、例えば癌である。一部の実施形態において、第１の特性は、対象実体がＴ細胞の投与に対し、例えばその病態に対する識別可能な効果を呈することにより、特定の方式で奏効を示す能力である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、第１の特性は、対象実体がＴＩＬの投与に対し、例えばその病態に対する識別可能な効果を呈することにより、特定の方式で奏効を示す能力である。一部の実施形態において、病態に対する識別可能な効果は、病態の寛解、例えば癌の寛解、完全寛解又は部分寛解など、又はある期間にわたる病態の増悪の欠如、例えば癌の増悪の欠如である。一部の実施形態において、事象は、対象実体の状態の変化、例えば病態の新たな増悪である。一部の実施形態において、識別可能な効果は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢である。
【０１０２】
[00126]  対象実体の第１の特性は、対象実体の試料、例えばヒトからの生体試料から決定することができる。一部の実施形態において、対象の第１の特性は、過去にＴ細胞を提供されたことのある他の実体であって、その実体に対するＴ細胞を提供することの識別可能な効果又はその欠如が既知の実体の試料とその対象実体の試料を比較することにより決定され得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、対象の第１の特性は、過去にＴＩＬを提供されたことのある他の実体であって、その実体に対するＴＩＬを提供することの識別可能な効果又はその欠如が既知の実体の試料とその対象実体の試料を比較することにより決定され得る。こうした他の実体の試料は、time-to-eventクラスの構築に用いることができる。一部の実施形態において、こうした他の実体の試料は、ＴＩＬを提供することの前に収集された。一部の実施形態において、他の実体は、転移性黒色腫などの病態を有した。
【０１０３】
[00127]  一部の実施形態において、比較前に、対象実体の試料及び他の実体の試料を両方とも使用して分析用シグネチャが生成される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、１つ以上の特徴量を含む。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、電気泳動又はクロマトグラフィーデータから導き出される。本明細書に記載されるとおり、一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量スペクトルデータから導き出される。一部の実施形態において、質量スペクトルデータは、ＭＡＬＤＩ質量スペクトル、例えばＭＡＬＤＩ−ＴＯＦデータから導き出される。一部の実施形態において、分析用シグネチャには、質量スペクトルデータからの選択されたｍ／ｚ値が含まれる。本明細書に記載される様々な質量スペクトル処理技法を通じて、質量スペクトルデータから分析用シグネチャの１つ以上の特徴量が導き出される。一部の実施形態において、特徴量は、スペクトルの中でスペクトルピークの強度及び形状が変化する特定のｍ／ｚ領域に現れる。一部の実施形態において、かかる特徴量は、一定のｍ／ｚ範囲によって定義される。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲は、ｍ／ｚ範囲左端を含む。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲は、ｍ／ｚ範囲中心を含む。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲は、ｍ／ｚ範囲右端を含む。一部の実施形態において、特徴量には、値が割り当てられる。一部の実施形態において、特定のスペクトルの特徴量値は、特徴量定義のｍ／ｚスパン内のスペクトル下面積である。一部の実施形態において、特徴量定義は、表１６に記載される範囲による。
【０１０４】
[00128]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステムを提供し、このシステムは、少なくとも１つのプロセッサと、少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、少なくとも１つのプログラムは、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することのための命令を含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１０５】
[00129]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする方法を提供し、この方法は、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１０６】
[00130]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステムを提供し、このシステムは、少なくとも１つのプロセッサと、少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、少なくとも１つのプログラムは、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することのための命令を含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。
【０１０７】
[00131]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする方法を提供し、この方法は、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。
【０１０８】
[00132]  本開示に係る、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステム４８の詳細な説明を図１８〜図２０と併せて記載する。このように、図１８〜図２０は、まとめて、本開示に係るシステムのトポロジーを示す。このトポロジーには、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システム（「発見システム２５０」）（図１８及び図１９）、１つ以上のデータ収集装置２００、血液由来試料を入手するための装置１０２及びかかる試料からコンピュータ可読分析用シグネチャを入手するための装置１０４がある（図１８）。本開示全体を通じて、データ収集装置２００と発見システム２５０とは、単に明確にするために、別個の装置として言及されることになる。即ち、データ収集装置２００の開示される機能と発見システム２５０の開示される機能とは、図１８に示すとおり、別個の装置に収められる。しかしながら、実際上、一部の実施形態では、１つ以上のデータ収集装置２００の開示される機能と発見システム２５０の開示される機能とが単一の装置に収められることが理解されるであろう。同様に、一部の実施形態では、データ収集装置２００と血液由来試料を入手するための装置１０２及び／又はかかる試料からコンピュータ可読分析用シグネチャを入手するための装置１０４とが同じ装置である。
【０１０９】
[00133]  図１８を参照すると、発見システム２５０は、対象実体をスクリーニングして、それが第１の特性を有するかどうかを決定する。これを行うため、発見システム２５０と電気的に連通しているデータ収集装置２００は、Ａ）第１の時点で対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得し、対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力して、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手し、且つＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類する。列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連する。更に、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１１０】
[00134]  一部の実施形態において、データ収集装置２００は、かかるデータを１つ又は複数の装置１０２及び１つ又は複数の装置１０４から直接受け取る。例えば、一部の実施形態において、データ収集装置２００は、このデータを無線周波数信号によって無線で受け取る。一部の実施形態において、かかる信号は、802.11（ＷｉＦｉ）、Bluetooth、ZigBeeに準拠したものであるか、又はＲＦＩＤ通信による。一部の実施形態において、データ収集装置２００は、かかるデータを直接受け取り、データを分析し、分析したデータを発見システム２５０に渡す。
【０１１１】
[00135]  一部の実施形態において、データ収集装置２００及び／又は発見システム２５０はは装置１０２及び／又は装置１０４に近接しておらず、及び／又は直接的な無線伝送能力を有さないか、又はかかる無線伝送能力がデータの取得目的に使用されない。かかる実施形態では、装置１０２及び装置１０４からの第１のコンピュータ可読分析用シグネチャ（及び／又は第２のコンピュータ可読分析用シグネチャ）の測定値をデータ収集装置２００及び／又は発見システム２５０に通信するため通信ネットワーク１０６が使用され得る。
【０１１２】
[00136]  ネットワーク１０６の例としては、限定はされないが、ワールドワイドウェブ（ＷＷＷ）、イントラネット及び／又は無線ネットワーク、例えば携帯電話ネットワーク、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）及び／又はメトロポリタンエリアネットワーク（ＭＡＮ）及び他の無線通信による装置が挙げられる。無線通信は、任意選択で、限定はされないが、広域移動通信システム（ＧＳＭ）、拡張データＧＳＭ環境（ＥＤＧＥ）、高速ダウンリンクパケット接続（ＨＳＤＰＡ）、高速アップリンクパケット接続（ＨＳＵＰＡ）、エボリューションデータオンリー（ＥＶ−ＤＯ）、ＨＳＰＡ、ＨＳＰＡ＋、デュアルセルＨＳＰＡ（ＤＣ−ＨＳＰＤＡ）、ロングタームエボリューション（ＬＴＥ）、近距離無線通信（ＮＦＣ）、広帯域符号分割多元接続（Ｗ−ＣＤＭＡ）、符号分割多元接続（ＣＤＭＡ）、時分割多元接続（ＴＤＭＡ）、Bluetooth、Wireless Fidelity（Ｗｉ−Ｆｉ）（例えば、IEEE 802.11a、IEEE 802.11ac、IEEE 802.11ax、IEEE 802.11b、IEEE 802.11g及び／又はIEEE 802.11n）、ボイスオーバーインターネットプロトコル（ＶｏＩＰ）、Wi-MAX、電子メール用プロトコル（例えば、インターネットメッセージアクセスプロトコル（ＩＭＡＰ）及び／又はポストオフィスプロトコル（ＰＯＰ））、インスタントメッセージング（例えば、拡張可能なメッセージング及びプレゼンスプロトコル（ＸＭＰＰ）、インスタントメッセージ及びプレゼンスレバレッジ拡張用セッション初期化プロトコル（ＳＩＭＰＬＥ）、インスタントメッセージング及びプレゼンスサービス（ＩＭＰＳ））及び／又はショートメッセージサービス（ＳＭＳ）又は本開示の出願日時点で依然として開発されていない通信プロトコルを含めた任意の他の好適な通信プロトコルを含め、複数の通信規格、プロトコル及び技術のいずれかを用いる。
【０１１３】
[00137]  当然ながら、システム４８の他のトポロジーが可能である。例えば、通信ネットワーク１０６に依存するのでなく、１つ以上の装置１０２及び１つ以上の装置１０４は、情報を無線でデータ収集装置２００及び／又は発見システム２５０に直接送り得る。更に、データ収集装置２００及び／又は発見システム２５０は、携帯用電子装置、サーバコンピュータを構成し得るか、又は実際にはネットワークとして一体に接続された幾つかのコンピュータを構成し得るか、又はクラウドコンピューティングのコンテクストにおける仮想マシンであり得る。このように、図１８に示される例示的トポロジーは、単に本開示の実施形態の特徴を当業者が容易に理解する方式で説明するために供されるに過ぎない。
【０１１４】
[00138]  図１９を参照すると、典型的な実施形態において、発見システム２５０は、１つ以上のコンピュータを含む。図１９における図解の目的上、発見システム２５０は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする機能の全てを含む単一のコンピュータとして表される。しかしながら、本開示がそのように限定されるわけではない。一部の実施形態において、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする機能は、幾つものネットワーク化されたコンピュータにわたって広がり、及び／又は数個のネットワーク化されたコンピュータの各々にあり、及び／又は通信ネットワーク１０６を通じてアクセス可能なリモートロケーションにある１つ以上の仮想マシンにホスティングされる。当業者は、幅広い種々のコンピュータトポロジーの任意のものが本願に用いられ、かかるトポロジーの全てが本開示の範囲内にあることを理解するであろう。
【０１１５】
[00139]  前述のことを念頭に置いて図１９を見ると、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする例示的発見システム２５０は、１つ以上の処理装置（ＣＰＵ）２７４、ネットワーク又は他の通信インタフェース２８４、メモリ１９２（例えば、ランダムアクセスメモリ）、任意選択で１つ以上の制御器２８８によってアクセスされる１つ以上の磁気ディスク記憶装置及び／又は永続的装置２９０、前述の構成要素を相互接続する１つ以上の通信バス２１３、ディスプレイ２８２と入力２８０（例えば、キーボード、キーパッド、タッチスクリーン）とを含むユーザインタフェース２７８及び前述の構成要素に電力を供給する電源２７６を含む。一部の実施形態において、メモリ１９２中のデータは、キャッシングなどの公知のコンピューティング技法を用いて不揮発性メモリ２９０とシームレスに共有される。一部の実施形態において、メモリ１９２及び／又はメモリ２９０は、１つ又は複数の中央処理装置２７４に対してリモートに位置する大容量記憶装置を含む。換言すれば、メモリ１９２及び／又はメモリ２９０に格納される一部のデータは、実際には、発見システム２５０にとって外部の、しかしネットワークインタフェース２８４を用いてインターネット、イントラネット又は他の形態のネットワーク若しくは電子ケーブル（図１９に要素１０６として図示される）を介して発見システム２５０が電子的にアクセスすることのできるコンピュータにホスティングされ得る。
【０１１６】
[00140]  一部の実施形態において、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システム２５０のメモリ１９２は、
・様々な基本システムサービスを処理するためのプロシージャを含むオペレーティングシステム２０２；
・対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするスクリーニングモジュール２０４；
・複数の訓練実体中の各訓練実体２０８についての分析用シグネチャ２１０及び各個別の分析用シグネチャについて、（ｉ）対応する訓練実体からの試料から質量分析によって入手されるｍ／ｚスペクトルの異なる独立したサブセット範囲にわたる１つ以上の積分ｍ／ｚ  ２１１、及び（ｉｉ）訓練実体２０８のtime-to-eventクラス２１２を含む訓練セット２０６；
・複数のテスト実体中の各テスト実体２１４についての分析用シグネチャ２１６及び各個別の分析用シグネチャ２１６について、（ｉ）対応するテスト実体からの試料から質量分析によって入手されるｍ／ｚスペクトルの異なる独立したサブセット範囲にわたる１つ以上の積分ｍ／ｚ  ２１８、及び（ｉｉ）テスト実体２１４のtime-to-eventクラス２１９を含むテストセット２１３；
・対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するための対象実体のスクリーニングのための第１の階層訓練済みモデルパネル２１８；
・対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するための対象実体のスクリーニングのための任意選択の第２の階層訓練済みモデルパネル２２０；及び
・対象実体についての分析用シグネチャを含む対象実体についてのデータ２２２
を格納する。
【０１１７】
[00141]  一部の実施形態において、スクリーニングモジュール２０４は、任意のブラウザ（電話、タブレット、ラップトップ／デスクトップ）内でアクセス可能である。一部の実施形態において、スクリーニングモジュール２０４は、ネイティブの装置フレームワーク上で動き、Android又はiOSなどのオペレーティングシステム２０２を動かす発見システム２５０上へのダウンロードに利用可能である。
【０１１８】
[00142]  一部の実施形態において、訓練セット２０６は、図９において言及される訓練セットである。一部の実施形態において、テストセット２１３は、図９において言及されるテストセットである。
【０１１９】
[00143]  一部の実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、単一のサポートベクターマシンからなる。一部の実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数のサポートベクターマシンからなる。
【０１２０】
[00144]  一部の実施形態において、対象実体は、哺乳類など、生きている実体である。一部の実施形態において、対象実体は、動物、例えば農業動物又はペットなどの伴侶動物である。一部の実施形態において、対象実体は、ヒトである。一部の実施形態において、対象実体は、疾患又は障害を有する患者である。一部の実施形態において、対象実体は、女性である。一部の実施形態において、対象実体は、男性である。一部の実施形態において、対象実体は、白人又はコーカサス人である。一部の実施形態において、対象実体は、黒人又はアフリカ系アメリカ人である。一部の実施形態において、対象実体は、アジア人である。一部の実施形態において、対象実体は、多人種である。一部の実施形態において、疾患又は障害は、本明細書に記載される癌である。
【０１２１】
[00145]  一部の実施形態において、対象実体は、任意の年齢であり得る。一部の実施形態において、対象実体は、約１歳〜約５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約３歳〜約１０歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約５歳〜約１５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約７歳〜約１８歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約１２歳〜約２０歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約１６歳〜約２５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約２０歳〜約３５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約３３歳〜約４５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約４０歳〜約５５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約４８歳〜約６５歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約５０歳〜約７０歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約６０歳〜約８０歳である。一部の実施形態において、対象実体は、約７０歳〜約９０歳である。一部の実施形態において、対象実体は、８５歳超である。
【０１２２】
[00146]  一部の実施形態において、対象実体は、約１歳、約２歳、約３歳、約４歳、約５歳、約６歳、約７歳、約８歳、約９歳、約１０歳、約１１歳、約１２歳、約１３歳、約１４歳、約１５歳、約１６歳、約１７歳、約１８歳、約１９歳、約２０歳、約２１歳、約２２歳、約２３歳、約２４歳、約２５歳、約２６歳、約２７歳、約２８歳、約２９歳、約３０歳、約３１歳、約３２歳、約３３歳、約３４歳、約３５歳、約３６歳、約３７歳、約３８歳、約３９歳、約４０歳、約４１歳、約４２歳、約４３歳、約４４歳、約４５歳、約４６歳、約４７歳、約４８歳、約４９歳、約５０歳、約５１歳、約５２歳、約５３歳、約５４歳、約５５歳、約５６歳、約５７歳、約５８歳、約５９歳、約６０歳、約６１歳、約６２歳、約６３歳、約６４歳、約６５歳、約６６歳、約６７歳、約６８歳、約６９歳、約７０歳、約７１歳、約７２歳、約７３歳、約７４歳、約７５歳、約７６歳、約７７歳、約７８歳、約７９歳、約８０歳、約８１歳、約８２歳、約８３歳、約８４歳、約８５歳、約８６歳、約８７歳、約８８歳、約８９歳、約９０歳、約９１歳、約９２歳、約９３歳、約９４歳、約９５歳、約９６歳、約９７歳、約９８歳、約９９歳又は約１００歳である。
【０１２３】
[00147]  一部の実施形態において、実体の試料は、実体の組織又は体液の任意の試料である。一部の実施形態において、実体の試料は、実体からの血液試料又はリンパ試料である。一部の実施形態において、実体の試料は、実体からの血清試料又は血漿試料である。一部の実施形態において、実体の試料は、腫瘍試料、例えば癌腫瘍試料である。一部の実施形態において、試料は、治療前試料、治療後試料又は治療中に入手された試料である。
【０１２４】
[00148]  一部の実施形態において、病態は、疾患又は障害である。一部の実施形態において、病態は、癌である。一部の実施形態において、病態は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、病態は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。
【０１２５】
[00149]  一部の実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、試料の選択されたｍ／ｚの値を取得することを含む。一部の実施形態において、取得することは、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットにわたる試料の選択されたｍ／ｚの積分値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含む。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、表１６から選択される。一部の実施形態において、取得することは、ポジティブイオンモードで実行されるマススペクトロメータを使用して、試料の選択されたｍ／ｚの値を取得することを含む。
【０１２６】
[00150]  一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群又は急性期タンパク質機能群と相関又は逆相関する。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各サブセットは、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。
【０１２７】
[00151]  一部の実施形態において、取得することＡ）は、スペクトロメータを使用して、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含み、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第１の成分出力値を組み合わせて、実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、組み合わせること（ｉｉ）の前に複数の第１の成分出力値中のそれぞれの第１の成分出力値にカットオフ閾値を適用することのための命令を更に含み、複数の第１の成分出力値を組み合わせて、対象実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成すること（ｉｉ）は、対象実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成するための、複数の第１の成分出力値にわたる重みなし投票を含む。一部の実施形態において、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、複数の小分類器のロジスティック式を含み、複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用してロジスティック式に寄与する。一部の実施形態において、複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、ロジスティック式に寄与し、及び異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）個別のテスト実体からのテスト試料からのｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各ｍ／ｚサブセットにわたる測定値、及び（ｉｉ）個別のテスト実体についての列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一部の実施形態において、最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である。
【０１２８】
[00152]  一部の実施形態において、複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、対応するロジスティック式に寄与し、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の積分ｍ／ｚ測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一部の実施形態において、複数のテストセット中の各個別のテストセット間に部分的重複がある。
【０１２９】
[00153]  一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも２５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも３０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも３５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも５０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも５５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも６０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも６５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも７０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも７５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも９０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも９５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１００個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１１５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１３０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１３５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１４５個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１５０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。
【０１３０】
[00154]  一実施形態において、本発明は、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステムを提供し、このシステムは、少なくとも１つのプロセッサと、少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能なメモリであって、少なくとも１つのプロセッサによって実行される少なくとも１つのプログラムを格納するメモリとを含み、少なくとも１つのプログラムは、Ａ）第１の時点において対象実体の試料から第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを取得すること；Ｂ）対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第１の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びＣ）第１の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することのための命令を含み、ここで、列挙型time-to-eventクラスセット中の各個別のtime-to-eventクラスは、対象実体が第１の特性を有する異なる可能性に関連し、ここで、第１の特性は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含み；ここで、取得することＡ）は、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成すること、及び第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにわたる試料の積分ｍ／ｚ値を取得し、それにより第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを形成することを含み、分類することＣ）は、第１の訓練済みモデル出力値が第１の値範囲内にあるとき、対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中の第１のtime-to-eventクラスで分類すること；及び第１の訓練済みモデル出力値が第２の値範囲内にあるとき、フォローアップ手順を実施することを含み；ここで、フォローアップ手順は、ｉ）対象実体の第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを第２の階層訓練済みモデルパネルに入力し、それにより実体についての第２の訓練済みモデル出力値を入手すること；及びｉｉ）第２の訓練済みモデル出力値に基づいて対象実体を列挙型time-to-eventクラスセット中のtime-to-eventクラスで分類することを含む。他の実施形態において、第１の特性は、Ｔ細胞集団を提供することの、第１の実体に関連する病態に対する識別可能な効果を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１３１】
[00155]  一部の実施形態において、第１の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第１の主分類器を含み；及び対象実体の第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを第１の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器に第１のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第１の成分出力値中の個別の第１の主分類器の対応する第１の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第１の成分出力値を組み合わせて、実体についての第１の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。一部の実施形態において、第２の階層訓練済みモデルパネルは、複数の第２の主分類器を含み；及び対象実体の第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを第２の階層訓練済みモデルパネルに入力することは、（ｉ）複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器に第２のコンピュータ可読分析用シグネチャを供給し、それにより複数の第２の成分出力値中の個別の第２の主分類器の対応する第２の成分出力値を入手すること、及び（ｉｉ）複数の第２の成分出力値を組み合わせて、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成することを含む。一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、複数の第２の成分出力値を組み合わせること（ｉｉ）の前に複数の第２の成分出力値中のそれぞれの第２の成分出力値にカットオフ閾値を適用することのための命令を更に含み、複数の第２の成分出力値を組み合わせて、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成すること（ｉｉ）は、実体についての第２の訓練済みモデル出力値を形成するための、複数の第２の成分出力値にわたる重みなし投票を含む。一部の実施形態において、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器は、第１の複数の小分類器の第１のロジスティック式を含み、第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して第１のロジスティック式に寄与し、複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器は、第２の複数の小分類器の第２のロジスティック式を含み、第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを使用して第２のロジスティック式に寄与する。一部の実施形態において、第１の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第１のロジスティック式に寄与し、異なるテストセットは、第１の複数のテスト実体と、第１の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、第２の複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範���の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第２のロジスティック式に寄与し、異なるテストセットは、第２の複数のテスト実体と、第２の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。一部の実施形態において、最近傍分析は、ｋ最近傍分析であり、ここで、ｋは、正の整数である。一部の実施形態において、複数の第１の主分類器中の各個別の第１の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、複数の第１の主分類器中の個別の第１の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第１の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第１のロジスティック式に寄与し、個別の第１の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含み、複数の第２の主分類器中の各個別の第２の主分類器は、異なる複数の小分類器の異なるロジスティック式を含み、複数の第２の主分類器中の個別の第２の主分類器についての異なる複数の小分類器中の各個別の小分類器は、最近傍分析を用いて、第２の複数のテストセット中の異なるテストセットであって、個別の第２の主分類器に関連する異なるテストセットに対して、その個別の小分類器に対応するｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセットの一意のサブセットを適用することにより、第２のロジスティック式に寄与し、個別の第２の主分類器に関連する異なるテストセットは、個別の複数のテスト実体と、個別の複数のテスト実体中の各個別のテスト実体について、（ｉ）ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の各個別のサブセットにおける個別に複数のテスト実体中の個別のテスト実体からのテスト試料の選択されたｍ／ｚについての測定値、及び（ｉｉ）列挙型time-to-eventクラスセット中の指定のtime-to-eventクラスとを含む。
【０１３２】
[00156]  一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列１に提供されるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中のｍ／ｚ範囲のそれぞれの所定のサブセットは、表２１の列２に提供されるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、第１のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも８０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１２０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１６個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。
【０１３３】
[00157]  一部の実施形態において、ｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４７、１４８、１４９又は１５０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列１に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とし、第２のｍ／ｚ範囲の複数の所定のサブセット中の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０個のｍ／ｚ範囲の所定のサブセットは、表２１の列２に提供される異なるｍ／ｚ値を中心とする。
【０１３４】
[00158]  一部の実施形態において、取得することＡ）は、電気泳動又はクロマトグラフィーにより、試料の特性値を導き出すことを含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなる。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)を含む。一部の実施形態において、good、late又はplus (+)クラスについての識別可能な効果は、第１の時点で始まる第１のエピックにわたる実体の無増悪生存であり、第１のエピックは、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。一部の実施形態において、第１のエピックは、約１ヵ月、約２ヵ月、約３ヵ月、約４ヵ月、約５ヵ月、約６ヵ月、約７ヵ月、約８ヵ月、約９ヵ月、約１０ヵ月、約１１ヵ月、約１２ヵ月、約１３ヵ月、約１４ヵ月、約１５ヵ月、約１６ヵ月、約１７ヵ月、約１８ヵ月、約１９ヵ月、約２０ヵ月、約２１ヵ月、約２２ヵ月、約２３ヵ月、約２４ヵ月、約２５ヵ月、約２６ヵ月、約２７ヵ月、約２８ヵ月、約２９ヵ月、約３０ヵ月、約３１ヵ月、約３２ヵ月、約３３ヵ月、約３４ヵ月、約３５ヵ月、約３６ヵ月、約３７ヵ月、約３８ヵ月、約３９ヵ月、約４０ヵ月、約４１ヵ月、約４２ヵ月、約４３ヵ月、約４４ヵ月、約４５ヵ月、約４６ヵ月、約４７ヵ月、約４８ヵ月、約４９ヵ月、約５０ヵ月、約５１ヵ月、約５２ヵ月、約５３ヵ月、約５４ヵ月、約５５ヵ月、約５６ヵ月、約５７ヵ月、約５８ヵ月、約５９ヵ月、約６０ヵ月、約６１ヵ月、約６２ヵ月、約６３ヵ月、約６４ヵ月、約６５ヵ月、約６６ヵ月、約６７ヵ月、約６８ヵ月、約６９ヵ月、約７０ヵ月、約７１ヵ月、約７２ヵ月、約７３ヵ月、約７４ヵ月、約７５ヵ月、約７６ヵ月、約７７ヵ月、約７８ヵ月、約７９ヵ月、約８０ヵ月、約８１ヵ月、約８２ヵ月、約８３ヵ月、約８４ヵ月、約８５ヵ月、約８６ヵ月、約８７ヵ月、約８８ヵ月、約８９ヵ月、約９０ヵ月、約９１ヵ月、約９２ヵ月、約９３ヵ月、約９４ヵ月、約９５ヵ月、約９６ヵ月、約９７ヵ月、約９８ヵ月、約９９ヵ月、約１００ヵ月、約１０１ヵ月、約１０２ヵ月、約１０３ヵ月、約１０４ヵ月、約１０５ヵ月、約１０６ヵ月、約１０７ヵ月、約１０８ヵ月、約１０９ヵ月、約１１０ヵ月、約１１１ヵ月、約１１２ヵ月、約１１３ヵ月、約１１４ヵ月、約１１５ヵ月、約１１６ヵ月、約１１７ヵ月、約１１８ヵ月、約１１９ヵ月又は約１２０ヵ月である。一部の実施形態において、good、late又はplus (+)クラスについての識別可能な効果は、所定の閾値レベルを上回る可能性で起こる。一部の実施形態において、所定の閾値レベルは、５０パーセント、６０パーセント、７０パーセント、８０パーセント又は９０パーセントである。一部の実施形態において、ＴＩＬ集団を提供することは、病態に対するＴＩＬ集団による別の療法を同時提供することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞集団を提供することは、病態に対するＴ細胞集団による別の療法を同時提供することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラル���ラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１３５】
[00159]  一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、入力することＢ）の前に１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルを形成することのための命令を更に含む。一部の実施形態において、訓練することは、複数の訓練実体に相当する訓練セットを入手することであって、複数の訓練実体中の各訓練実体は、病態を有し、及び各個別の訓練実体について、訓練セットは、（ｉ）個別の訓練実体の試料からのコンピュータ可読分析用シグネチャ、及び（ｉｉ）ＴＩＬ集団を提供することの病態に対する効果を含む、入手することと、訓練セットを使用して１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルパネルを形成することとを含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなり、訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)を含み、及び訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。一部の実施形態において、訓練セットは、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第１の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第１のサブセットと、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第２の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第２のサブセットと、ＴＩＬを提供されたことがあり且つ第３の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第３のサブセットとを含む。一部の実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年及び５年超からなる群から選択される。一部の実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。
【０１３６】
[00160]  一部の実施形態において、少なくとも１つのプログラムは、入力することＢ）の前に１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルを形成することのための命令を更に含む。一部の実施形態において、訓練することは、複数の訓練実体に相当する訓練セットを入手することであって、複数の訓練実体中の各訓練実体は、病態を有し、及び各個別の訓練実体について、訓練セットは、（ｉ）個別の訓練実体の試料からのコンピュータ可読分析用シグネチャ、及び（ｉｉ）Ｔ細胞集団を提供することの病態に対する効果を含む、入手することと、訓練セットを使用して１つ以上のモデルを訓練して、それにより第１の階層訓練済みモデルパネルを形成することとを含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)からなり、訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。一部の実施形態において、列挙型クラスセットは、good、intermediate、bad、late、early、plus (+)及びminus (-)を含み、及び訓練セットは、列挙型クラスセット中の各クラスについて異なる複数の訓練実体を含む。一部の実施形態において、訓練セットは、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第１の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第１のサブセットと、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第２の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第２のサブセットと、Ｔ細胞を提供されたことがあり且つ第３の期間にわたって病態増悪を有さなかった実体の第３のサブセットとを含む。一部の実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年及び５年超からなる群から選択される。一部の実施形態において、第１の期間、第２の期間及び第３の期間は、それぞれ独立に、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月及び６０ヵ月超からなる群から選択される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１３７】
[00161]  図２０を参照すると、一部の実施形態において、対象実体２２２は、第１の複数のｍ／ｚサブセット範囲中の各個別のｍ／ｚサブセット範囲にわたる個別の積分ｍ／ｚ値３０４を含む第１のコンピュータ可読分析用シグネチャ３０２を有する。例えば、一部の実施形態において、第１のコンピュータ可読分析用シグネチャ３０２は、表２１の列１に提供される各ｍ／ｚ値についての異なるｍ／ｚ範囲サブセットを含む。かかる実施形態において、表２１の列１に提供される個別のｍ／ｚ値は、ｍ／ｚ範囲サブセットについての中心値であり、範囲の大きさは表１６に提供される。例えば、表２１の第１列に掲載される特徴量「３１２５」について、対象実体からの試料の質量スペクトログラフは、表１６に指定されるとおり（エントリ番号３：３１１８．８１、３１２４．６０、３１３０．３８）、３１１８．８１（ｍ／ｚ）〜３１３０．３８（ｍ／ｚ）で積分され、それによって対応するサブセットｍ／ｚ範囲にわたる対象実体からの対象試料の積分ｍ／ｚ値３０４が求められる。ここで、対応するサブセットｍ／ｚ範囲が「特徴量」に相当し、対応するサブセットｍ／ｚ範囲にわたる対象実体からの対象試料の積分ｍ／ｚ値がこの「特徴量」についての「特徴量値」に相当する。
【０１３８】
[00162]  図２０を参照すると、一部の実施形態において、対象実体２２２は、第２の複数のｍ／ｚサブセット範囲中の各個別のｍ／ｚサブセット範囲にわたる個別の積分ｍ／ｚ値３０８を含む第２のコンピュータ可読分析用シグネチャ３０６を有する。例えば、一部の実施形態において、第２のコンピュータ可読分析用シグネチャ３０２は、表２１の列２に提供される各ｍ／ｚ値についての異なるｍ／ｚ範囲サブセットを含む。かかる実施形態において、表２１の列２に提供される個別のｍ／ｚ値は、ｍ／ｚ範囲サブセットについての中心値であり、範囲の大きさは表１６に提供される。例えば、表２１の第２列に掲載される特徴量「３６１１」について、対象実体からの試料の質量スペクトログラフは、表１６に指定されるとおり（エントリ番号２６：３６０３．７８、３６１０．５６、３６１７．３５）、約３６０３．７８ｍ／ｚ〜約３６１７．３５ｍ／ｚで積分され、それによって対応するサブセットｍ／ｚ範囲にわたる対象実体からの対象試料の積分ｍ／ｚ値３０８が求められる。ここで、対応するサブセットｍ／ｚ範囲が「特徴量」に相当し、対応するサブセットｍ／ｚ範囲にわたる対象実体からの対象試料の積分ｍ／ｚ値がこの「特徴量」についての「特徴量値」に相当する。
【０１３９】
[00163]  図２０を参照すると、一部の実施形態において、主分類器３１０は、単一の分類器である。一部の代替的実施形態において、主分類器３１０は、複数の小分類器３１２の複合体である。かかる実施形態において、各小分類器３１２は、入力として、選択された数のｍ／ｚ範囲３１４（サブセット）を含む。例えば、一部の実施形態において、各ｍ／ｚ範囲３１４は、第１のコンピュータ可読分析用シグネチャのサブセット範囲３０４の１又は２個に対応する。一部の実施形態において、所与の小分類器３１４についての各ｍ／ｚ範囲３１４は、第１のコンピュータ可読分析用シグネチャのサブセット範囲３０４の３、４、５、６、７、８、９又は１０個に対応する。一部の実施形態において、各小分類器は、入力として、１０個未満のｍ／ｚ範囲、９個未満のｍ／ｚ範囲、８個未満のｍ／ｚ範囲、７個未満のｍ／ｚ範囲、６個未満のｍ／ｚ範囲、５個未満のｍ／ｚ範囲、４個未満のｍ／ｚ範囲、３個未満のｍ／ｚ範囲又は２個未満のｍ／ｚ範囲を含む。一部の実施形態において、各小分類器は、入力として、表１６から選択される１０個未満のｍ／ｚ範囲、９個未満のｍ／ｚ範囲、８個未満のｍ／ｚ範囲、７個未満のｍ／ｚ範囲、６個未満のｍ／ｚ範囲、５個未満のｍ／ｚ範囲、４個未満のｍ／ｚ範囲、３個未満のｍ／ｚ範囲又は２個未満のｍ／ｚ範囲を含む。一部の実施形態において、各主分類器は、訓練セット２０６の異なるサブセットを使用して訓練される。
【０１４０】
[00164]  一部の実施形態において、各主分類器３１０は、テストセット２１３に対する最近傍分析である。即ち、対象実体２２２からの分析用シグネチャにおける選択された積分ｍ／ｚサブセット範囲が第１の階層訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の階層訓練済みモデルパネル２２０に入力として供され、最近傍分析を用いることにより、テストセット２１２中で対象実体２２２と最も類似性の高い実体が決定される。次に、これらの最も類似性の高いテスト実体のtime-to-eventクラスが投票され、組み合わされて、対象実体２２２についての第１の階層訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の階層訓練済みモデルパネル２２０によってコールされるtime-to-eventクラスを形成する。
【０１４１】
[00165]  一部の実施形態において、各主分類器３１０は、テストセット２１３に対する最近傍分析パネルである。かかる実施形態において、パネル中の各最近傍分析は、小分類器３１４である。かかる実施形態において、対象実体２２２からの分析用シグネチャ３０２／３０６における選択された積分ｍ／ｚサブセット範囲３１４が各小分類器３１２に入力として供され、各小分類器３１４によって最近傍分析が用いられることにより、テストセット２１３中で対象実体２２２と最も類似性の高い実体が決定される。次に、これらの最も類似性の高いテスト実体のtime-to-eventクラスが投票され、組み合わされて、対象実体２２２についての各個別の主分類器３１０によってコールされるtime-to-eventクラスを形成する。
【０１４２】
[00166]  一部の実施形態において、第１の訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の訓練済みモデルパネル２１８は、人工ニューラルネットワークである。一部の実施形態において、第１の訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の訓練済みモデルパネル２１８は、線形回帰、非線形回帰、ロジスティック回帰、多変量データ解析、回帰木を用いた分類、潜在変数への部分最小二乗射影、ニューラルネットワーク計算、ベイズモデル計算、一般加法モデル計算、サポートベクターマシンの使用又はブースティング若しくは適応ブースティングを含むモデリングである。例えば、Duda et al., 2001, Pattern Classification, Second Edition, John Wiley & Sons, Inc., New York；Hastie, 2003, The Elements of Statistical Learning, Springer, New York；及びAgresti 1996, An Introduction to Categorical Data Analysis, John Wiley & Sons, New York（これらの各々は、本明細書によってかかる目的のため参照により本明細書に援用される）を参照されたい。
【０１４３】
[00167]  一部の実施形態において、第１の訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の訓練済みモデルパネル２１８は、複数の小分類器３１２を含み、各個別の小分類器は、人工ニューラルネットワークである。一部の実施形態において、第１の訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の訓練済みモデルパネル２１８は、複数の小分類器３１２を含み、各個別の小分類器は、線形回帰、非線形回帰、ロジスティック回帰、多変量データ解析、回帰木を用いた分類、潜在変数への部分最小二乗射影、ニューラルネットワーク計算、ベイズモデル計算、一般加法モデル計算、サポートベクターマシンの使用又はブースティング若しくは適応ブースティングを含むモデリングである。例えば、Duda et al., 2001, Pattern Classification, Second Edition, John Wiley & Sons, Inc., New York；Hastie, 2003, The Elements of Statistical Learning, Springer, New York；及びAgresti 1996, An Introduction to Categorical Data Analysis, John Wiley & Sons, New York（これらの各々は、本明細書によってかかる目的のため参照により本明細書に援用される）を参照されたい。かかる実施形態では、小分類器が組み合わされて、個別の第１の訓練済みモデルパネル２１８及び／又は第２の訓練済みモデルパネル２１８についての最終値を形成する。
【０１４４】
[00168]  一部の実施形態において、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システム２５０の上記に特定されるデータ要素又はモジュールの１つ以上は、先述のメモリ装置の１つ以上に格納され、上記に記載される機能を実施することに関する命令の組に対応する。上記に特定されるデータ、モジュール又はプログラム（例えば、命令の組）が個別のソフトウェアプログラム、プロシージャ又はモジュールとして実装される必要はなく、従ってこれらのモジュールの様々なサブセットが組み合わされるか又は他の方法で様々な実装に再編成され得る。一部の実施形態において、メモリ１９２及び／又は２９０は、任意選択で、上記に特定されるモジュール及びデータ構造のサブセットを格納する。更に、一部の実施形態において、メモリ１９２及び／又は２９０は、上記に記載されない追加的なモジュール及びデータ構造を格納する。
【０１４５】
[00169]  一部の実施形態において、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする発見システム２５０は、スマートフォン（例えば、iPHONE）、ラップトップ、タブレットコンピュータ、デスクトップコンピュータ又は他の形態の電子デバイス（例えば、ゲーム用コンソール）である。一部の実施形態において、発見システム２５０は、モバイルでない。一部の実施形態において、発見システム２５０は、モバイルである。
【０１４６】
[00170]  一部の実施形態において、発見システム２５０は、タブレットコンピュータ、デスクトップコンピュータ又は他の形態又は有線若しくは無線ネットワーク化された装置である。一部の実施形態において、発見システム２５０は、図１８又は図１９に図示される発見システム２５０に見られるあらゆる回路、ハードウェア構成要素及びソフトウェア構成要素を有する。簡潔且つ明確にするため、発見システム２５０の可能な構成要素の限られた数個のみを示し、それにより発見システム２５０にインストールされる追加的なソフトウェアモジュールを一層強調している。
【０１４７】
[00171]  対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングするシステム４８の詳細が開示されたところで、対象実体が第１の特性を有するかどうかを決定するために対象実体をスクリーニングする方法の態様に関する詳細を以下に開示する。
【０１４８】
[00172]  一部の実施形態において、装置１０４は、マススペクトロメータである。一部の実施形態において、参照実体２１０の分析用シグネチャ２１０、テスト実体２１４の分析用シグネチャ２１６及び／又は対象実体の分析用シグネチャ３０２又は３０６は、マススペクトロメータを使用して取得される。一部の実施形態において、参照実体２１０の分析用シグネチャ２１０、テスト実体２１４の分析用シグネチャ２１６及び／又は対象実体の分析用シグネチャ３０２又は３０６は、ポジティブイオンモードで実行されるマススペクトロメータを使用して取得される。一部の実施形態において、参照実体２１０の分析用シグネチャ２１０、テスト実体２１４の分析用シグネチャ２１６及び／又は対象実体の分析用シグネチャ３０２又は３０６は、Deep-MALDI TOF質量分析を用いて決定される。
【０１４９】
Deep-MALDI TOF質量分析
[00173]  Deep-MALDI（マトリックス支援レーザー脱離イオン化法）は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（飛行時間型）マススペクトロメータ計測器を使用して生体試料、例えば血清又は他の血液ベース試料を分析する方法を指す。この方法については、米国特許第９，２７９，７９８号（全体として本明細書に援用される）に更に詳細に記載される。この方法には、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ試料プレート上の試料スポットに試料を加えるステップ、試料スポットに多数の、例えば２０，０００を超えるレーザーショットを照射するステップ及び質量スペクトルデータを収集するステップが含まれる。任意の数のレーザーショットを使用することができ、例えば少なくとも５０，０００、少なくとも７５，０００、少なくとも１００，０００、少なくとも２００，０００又は少なくとも５００，０００ショットが試料に照射される。多数のレーザーショットを用いると、得られる質量スペクトルのノイズレベルの低減につながり、従来のＭＡＬＤＩ技法と比較して試料から多量の追加的なスペクトル情報を入手することができる。更に、少ないショット数で可視化されるピークほど良好に定義され、異なる試料間の信頼性の高い比較が可能となる。
【０１５０】
[00174]  従来のＭＡＬＤＩ技法では、単一のＭＡＬＤＩスポットから２０，０００を超えるショットを入手することは、典型的に困難である。例えば、ＭＡＬＤＩ試料スポットからの何十万ものショットを用いることに伴う問題の１つは、共通のスポット調製において、結合スペクトル中のシグナルに実質的に寄与するのに十分なイオン電流を生じるのがスポット内の一部のショット位置のみであることである。しかしながらdeep-MALDIでは、自動ラスター走査などの特殊な手順により、単一のスポットに対して従来のＭＡＬＤＩ技法よりも多くのショットを広大に実施する能力がもたらされる。レーザーショットについてＭＡＬＤＩプレート上の所与のスポット内における高イオン収量位置を目視で選択する手動での作業が用いられ得るが、レーザーショット位置を選択する作業の自動化も可能であり、ハイスループットでの実施に好ましい。ほとんどのランダムに選択された位置が高イオン電流を生じるような方法によるＭＡＬＤＩスポットの品質の向上も、用いることのできる手法である。
【０１５１】
[00175]  取得の自動化には、ラスター方式でのスポットのレーザー走査の最適な移動パターンを定義すること、及び１つ以上のスポットから多数のショット、例えば７５０，０００、１，０００，０００、２，０００，０００又は３，０００，０００ショットが得られるようなスポット内での個別のＸ／Ｙ座標位置における複数のラスター走査についての指定順序の生成が含まれ得る。幾つかの試料スポットの各々につき２５０，０００ショットから取得されるスペクトルを１，０００，０００ショットスペクトルに組み合わせることができる。同じ試料が入った複数のスポットで収集される数十万ショット〜数百万ショットを合わせて平均化することにより、１つのスペクトルを作り出すことができる。更なる自動化方法には、試料スポットの非連続Ｘ／Ｙラスター走査に関するラスターファイルの生成、スポットをサブスポットのグリッド（例えば、３×３又は５×５グリッド）に分割すること、及びサブスポットの個別のＸ／Ｙ座標位置におけるラスター走査に関するラスターファイルを生成すること、及び画像解析技法を用いてスペクトル取得（複数のショット）のための比較的高濃度の試料材料が含まれる目的の範囲及び／又はタンパク質濃度が比較的低い範囲を特定すること、及びタンパク質濃度が比較的高い範囲でスペクトル取得を実施することが含まれる。
【０１５２】
[00176]  別のdeep-MALDI技法は、単一のスポット内に試料／マトリックスの一様で均一な結晶が生じるように、ＭＡＬＤＩプレートに試料を加える作業（「スポッティング」）を最適化することに関する。この作業により、自動化された方法を用いたＭＡＬＤＩプレート上の単一のスポットからの数十万ショットの入手が促進される。
【０１５３】
[00177]  Deep-MALDIには、バイオマーカー創製、試験開発、物質検査、既存の試験のバリデーション及び例えばバイオマーカー創製努力における仮説生成を含め、多くの適用性がある。Deep-MALDIによれば、従来技法と比較して複合試料中の更に多くのタンパク質の量をハイスループット方式で再現性よく定量化するその能力により、質量分析研究における「ダイリュートアンドシュート」法の可能性も高まる。
【０１５４】
Diagnostic Cortex
[00178]  Diagnostic Cortexは、多数の試料の分類用データを入手することを含む、試料の各々についてのデータが多数の物理的測定特徴量値及びクラスラベルからなる分類器生成方法及びシステムを指す。これらの方法及びその適用については、米国特許第７，７３６，９０５号、同第８，９１４，２３８号、同第８，７１８，９９６号、同第７，８５８，３８９号、同第７，８５８，３９０号及び同第９，４７７，９０６号並びに米国特許出願公開第２０１１／０２０８４３３号及び同第２０１３／０３４４１１１号（全体として本明細書に援用される）に更に詳細に記載されている。個々の小分類器は、試料からの特徴量の組を用いて生成される。小分類器の性能がテストされ、性能閾値を満たすものが残される。次に、試料の分類ラベルに対する残された／フィルタリングされた小分類器の組の正則化アンサンブル訓練を行うことにより、例えばフィルタリングされた小分類器の一部の少数をランダムに選択して（ドロップアウト正則化）、かかる選択された小分類器に対してロジスティック訓練を行うことにより、主分類器が生成される。この試料の組がテストセットと訓練セットとにランダムに分けられる。小分類器の生成、フィルタリング及び主分類器の生成ステップは、試料の組をテストセットと訓練セットとに分ける異なるリアライゼーションについて繰り返され、それにより複数の主分類器が生成される。最終分類器は、主分類器の１つ又は２つ以上の組み合わせから定義される。
【０１５５】
[00179]  大規模な訓練データセットが利用可能な場合の分類器の開発に焦点を置く標準的な機械学習適用、即ちビッグデータチャレンジと対照的に、バイオ−ライフサイエンスでは問題設定が異なる。典型的には、問題は、臨床試験から典型的に発生する利用可能な試料の数（ｎ）が多くの場合に限られており、通常、各試料の属性（測定値）の数（ｐ）が試料数を上回ることである。多くのインスタンスから情報を入手するよりむしろ、これらのディープデータ問題では、個々のインスタンスの深層的な記述から情報を得ることが試みられる。Diagnostic Cortexに関与する方法は、この洞察を利用するものであり、ｐ＞＞ｎである場合の問題に特に有用である。
【０１５６】
[00180]  分類器の生成方法は、複数の試料（例えば、血液、組織又は他の種類の生体試料）から分類のための物理的測定データを入手するステップを含む。試料の各々についての分類用データは、多数の特徴量値（例えば、質量分析データにおける特定のｍ／Ｚ範囲の積分強度値、蛍光強度測定値であって、ｍＲＮＡ転写物、タンパク質又は遺伝子発現レベルに関連するもの）及び関連するクラス又は群ラベルからなる。クラス又は群ラベルは様々な形態をとり得るもので、これは分類器の生成において繰り返し定義されることができ、一部の実施形態では、何らかの診断的又は治療的意味又は属性を有し得る。更なるステップとしては、試料からの特徴量値セットを用いて、予め選択された特徴量セットサイズ（ｓ、整数）に至るまでの多数の個々の小分類器を構築するステップが含まれる。例えば、個々の特徴量（ｓ＝１）及び／又は特徴量ペア（ｓ＝２）について小分類器が構築される。例えば、初期特徴量セットが１００個の特徴量を含む場合、小分類器の数は、ｓ＝１であれば１００となり、ｓ＝２であれば４９５０＝１００×９９／２となる。小分類器は、ｋ最近傍法などの分類アルゴリズムを実行し、ここでは、試料インスタンスの特徴量又は特徴量ペアの値が訓練セット中の同じ１つ又は複数の特徴量の値と比較され、特徴量空間における最近傍（例えば、ｋ＝５）が特定されて、多数決によって各小分類器により試料インスタンスにクラスラベルが割り当てられる。ｋ最近傍法の代替として、他の教師あり分類法、例えばツリーベースの分類、線形判別式、サポートベクターマシン等が用いられ得る。より大きいｓの値を用いることができ、可能な特徴量の組み合わせの数が増加して計算リソース要件が高くなり得ることが理解されるであろう。更なるステップには、個々の小分類器の性能をテストして、多数の生体試料中の少なくとも一部（例えば、訓練セット、開発セット全体の中のサブセット）を分類するステップ及び分類の正確さ若しくは予測力又は任意の好適な他の性能メトリックが既定の閾値を超える小分類器のみを残し、それによりフィルタリングされた（剪定された）小分類器セットを求めるステップが含まれる。他のステップは、フィルタリングされた小分類器を、正則化結合方法を用いて組み合わせて、主分類器を生成することを含む。この正則化結合方法は、一部の実施形態では、試料のクラスラベルに対するフィルタリング済み小分類器セットのロジスティック訓練を繰り返し実行する形態をとり得、これは、フィルタリング済み小分類器セットからエクストリームドロップアウト（ドロップアウト正則化と称される技法）を実行する結果としてフィルタリング済み小分類器の一部の少数をランダムに選択し、かかる選択された小分類器に対してロジスティック訓練を実行することにより行うことができる。更なるステップには、試料をテストセットと訓練セットとにランダムに分けるステップ及び試料セットをテストセットと訓練セットとに分ける異なるリアライゼーションについて、プログラム化されたコンピュータで前出のステップを繰り返して、それにより、試料セットを訓練セットとテストセットとに分ける各リアライゼーションにつき１つの、複数の主分類器を生成するステッ���が含まれる。こうした方法は、複数の主分類器の１つ又は２つ以上の組み合わせから最終分類器を定義することも含み、最終分類器は、典型的又は代表的な性能を有する複数の主分類器からの単一の主分類器の選択によるか、全ての主分類器の多数決によるか、修正多数決によるか、重み付き多数決によるか、又は他の方法を含め、種々の方法で定義することができる。
【０１５７】
個別化された癌治療におけるＴ細胞及びＴＩＬ
[00181]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、Ｔ細胞集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び患者がかかる投与から利益を受ける可能性と相関又は逆相関する生物学的マーカーと分析用シグネチャが相関又は逆相関することを決定するステップを含む。一部の実施形態において、かかる可能性は、同様のＴ細胞投与が有益となったか又は有益とならなかったかのいずれかである１つ以上の患者集団を基準とすることにより決定される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１５８】
[00182]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、Ｔ細胞集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１５９】
[00183]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び患者がかかる投与から利益を受ける可能性と相関又は逆相関する生物学的マーカーと分析用シグネチャが相関又は逆相関することを決定するステップを含む。一部の実施形態において、かかる可能性は、同様のＴＩＬ投与が有益となったか又は有益とならなかったかのいずれかである１つ以上の患者集団を基準とすることにより決定される。
【０１６０】
[00184]  一実施形態において、本発明は、癌患者が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団の単独又は別の抗癌療法との併用のいずれかでの投与から利益を受ける可能性が高いかどうかを予測する方法を提供し、この方法は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む。
【０１６１】
[00185]  一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、且つ選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である。一部の実施形態において、質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される。
【０１６２】
[00186]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴ細胞集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、Ｔ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者から第１のＴ細胞集団を受け取ることを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴＩＬ集団を回収すること；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞の有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手すること；Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者群からの試料の分析用シグネチャであって、クラスラベルgood、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)が付与されている分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較すること；及び患者試料をクラスラベルgood、late又はplus (+)で分類することを含む、血清ベースの分析的アッセイによって決定される。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、Ｔ細胞を投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長���０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１６３】
[00187]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、患者から、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群との比較でＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を受け取るステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、ＴＩＬの有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手すること；ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者群からの試料の分析用シグネチャであって、クラスラベルgood、intermediate、bad、late、early、plus (+)又はminus (-)が付与されている分析用シグネチャの訓練セットとその分析用シグネチャを比較すること；及び患者試料をクラスラベルgood、late又はplus (+)で分類することを含む、血清ベースの分析的アッセイによって決定される。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、完全奏効、部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢を達成している。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサ��群は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって疾患増悪を有していない。一部の実施形態において、ＴＩＬを投与されたことのある他の癌患者のサブ群は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、クラスラベルgood、late又はplus (+)は、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の無増悪生存期間に関連する。
【０１６４】
[00188]  一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関する。
【０１６５】
[00189]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、Ｔ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、Ｔ細胞集団を受け取るステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収すること及び患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞の有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む、血清ベースの分析的方法によって決定される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である。一部の実施形態において、質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１６６】
[00190]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を受け取るステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、ＴＩＬの有益な投与の可能性は、患者からの血液由来試料の分析用シグネチャを入手するステップ；及び分析用シグネチャが、補体系タンパク質機能群、急性炎症タンパク質機能群、急性反応タンパク質機能群若しくは急性期タンパク質機能群；又はα１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２���プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の発現レベルと相関又は逆相関することを決定するステップを含む、血清ベースの分析的方法によって決定される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法、電気泳動法又はクロマトグラフィー法によって入手される。一部の実施形態において、分析用シグネチャは、質量分析法によって入手され、及び分析用シグネチャは、選択された質量スペクトル特徴量の既定のｍ／ｚ範囲にわたる積分強度値を含む。一部の実施形態において、質量スペクトルｍ／ｚ範囲は、表１６に掲載される１つ以上の範囲である。一部の実施形態において、質量スペクトル特徴量は、表２２に掲載される１つ以上の特徴量である。一部の実施形態において、質量分析は、ポジティブイオンモードで実行される。
【０１６７】
[00191]  本明細書に記載されるとおり、様々なＴ細胞及び／又はＴＩＬ拡大培養方法を用いることができる。一部の実施形態において、初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、ＩＬ−２は、第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地中において、ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及びＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。
【０１６８】
[00192]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴ細胞集団並びに更なる治療法、方法ステップ又は薬剤を患者に投与することを含む。一部の実施形態において、ここに提供される治療方法は、患者に第３のＴ細胞集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。一部の実施形態において、ここに提供される治療方法は、患者への第３のＴ細胞集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１６９】
[00193]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴＩＬ集団及び更なる治療法、方法ステップ又は薬剤を患者に投与することを含む。一部の実施形態において、ここに提供される治療方法は、患者に第３のＴＩＬ集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。一部の実施形態において、ここに提供される治療方法は、患者への第３のＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。
【０１７０】
[00194]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴ細胞集団を患者に投与することを含む。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１７１】
[00195]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴＩＬ集団を患者に投与することを含む。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。
【０１７２】
[00196]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を受け取るステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収すること及び患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、健常対象と比較したときに増加又は低下する。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％だけ増加又は低下する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１７３】
[00197]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を入手するステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴ細胞集団を受け取るステップ；集団を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；及び第１の細胞培養培地中で第１のＴ細胞集団の初期拡大培養を実施して第２のＴ細胞集団を入手するステップを含む。一部の実施形態において、第２のＴ細胞集団は、第１のＴ細胞集団より少なくとも５倍数が多い。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、本方法は、第２の細胞培養培地中で第２のＴ細胞集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴ細胞集団を入手することを更に含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴ細胞集団は、第２のＴ細胞集団より少なくとも５０倍数が多い。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、本方法は、第３のＴ細胞集団を回収すること；及び患者に治療上有効な分量の第３のＴ細胞集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、異なる癌患者は、以前にＴ細胞集団で治療されたことがある。一部の実施形態において、他の癌患者は、治療後完全奏効、部分奏効又は安定した病勢を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって治療後疾患無増悪を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の治療後無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現類似性レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１７４】
[00198]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗���ラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の増加又は低下した発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を受け取るステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、健常対象と比較したときに増加又は低下する。一部の実施形態において、タンパク質発現レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％だけ増加又は低下する。
【０１７５】
[00199]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を入手するステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含み、ここで、異なる癌患者は、以前にＴＩＬ集団で治療されたことがある。一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、異なる癌患者と比較して、この患者は、α１−アンチトリプシン、Ｃ反応性タンパク質、フィブリノゲンγ鎖二量体、インターα−トリプシンインヒビター重鎖Ｈ４、インターロイキン−２７、トロポミオシンβ鎖、血清アミロイドＰ、サイクリン依存性キナーゼ５：活性化因子ｐ３５複合体、Ｔリンパ球活性化抗原ＣＤ８０、マンノース結合タンパク質Ｃ、α−Ｓ１−カゼイン、カルレティキュリン、ハプトグロビン、リンパ管内皮ヒアルロン酸受容体１、微小管結合タンパク質τ、補体Ｃ１ｑ、インターロイキン−６受容体α鎖、真核生物翻訳開始因子４Ａ−ＩＩＩ、インテグリンα−ＩＩｂ：β３複合体、α２抗プラスミン、アポリポタンパク質Ｅ、Ｃ反応性タンパク質、補体Ｃ３ｂ、補体Ｃ３ｂ不活性化、補体Ｃ４ｂ、補体Ｃ９、補体Ｃ３ａアナフィラトキシン、補体Ｂ因子、Ｃ１エステラーゼインヒビター、補体Ｃ１ｒ、補体Ｃ３、血清アミロイドＰ、補体Ｃ２、補体Ｉ因子、ミトコンドリア補体Ｃ１ｑ亜成分結合タンパク質、補体Ｃ５ａ、補体Ｃ８、補体Ｃ１ｓ、補体Ｃ５ｂ，６複合体、ＡＴＰ依存性ＤＮＡヘリカーゼＩＩ  ７０ｋＤａサブユニット、マンナン結合レクチンセリンペプチダーゼ１、補体Ｃ６、Ｐ−セレクチン、フィコリン−３、コラーゲンα−１（ＶＩＩＩ）鎖、リポ多糖結合タンパク質、Ｄ−ダイマー、血清アミロイドＡ及びトランスフェリンからなる群から選択されるタンパク質の類似の発現レベルを呈し、この方法は、第１のＴＩＬ集団を含む腫瘍断片を受け取るステップ；腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く；第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び第３のＴＩＬ集団を回収するステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含み、ここで、異なる癌患者は、以前にＴＩＬ集団で治療されたことがある。一部の実施形態において、他の癌患者は、治療後完全奏効、部分奏効又は安定した病勢を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、約１年、約２年、約３年、約４年、約５年又は５年超にわたって治療後疾患無増悪を達成している。一部の実施形態において、他の癌患者は、６ヵ月未満、約６ヵ月、約１２ヵ月、約１８ヵ月、約２４ヵ月、約３０ヵ月、約３６ヵ月、約４２ヵ月、約４８ヵ月、約５４ヵ月、約６０ヵ月、最長６０ヵ月又は６０ヵ月超の治療後無増悪生存期間を達成している。一部の実施形態において、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌、肉腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、タンパク質発現類似性レベルは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、約３５％、約３６％、約３７％、約３８％、約３９％、約４０％、約４１％、約４２％、約４３％、約４４％、約４５％、約４６％、約４７％、約４８％、約４９％、約５０％、約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、約６０％、約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約１００％である。
【０１７６】
[00200]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞の投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴ細胞集団を患者に投与することを含み、ここで、Ｔ細胞は、初期拡大培養及び／又は迅速拡大培養など、１つ以上の拡大培養ステップを含む方法であって、本明細書に記載されるとおりの様々な培養培地を含む方法を通じて入手されたものである。一部の実施形態において、初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、ＩＬ−２は、第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地中において、ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及びＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１７７】
[00201]  一実施形態において、本発明は、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、ＴＩＬの投与から利益を受ける可能性が高く、この方法は、治療上有効なＴＩＬ集団を患者に投与することを含み、ここで、ＴＩＬは、初期拡大培養及び／又は迅速拡大培養など、１つ以上の拡大培養ステップを含む方法であって、本明細書に記載されるとおりの様々な培養培地を含む方法を通じて入手されたものである。一部の実施形態において、初期拡大培養は、２１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、初期拡大培養は、１１日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、７日以下の期間にわたって実施される。一部の実施形態において、ＩＬ−２は、第１の細胞培養培地中に１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地中において、ＩＬ−２は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度で存在し、及びＯＫＴ−３抗体は、約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度で存在する。一部の実施形態において、初期拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。一部の実施形態において、第２の細胞培養培地は、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるサイトカインを更に含む。
【０１７８】
[00202]  一実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を患者に投与することを含む、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、この方法は、患者にＴ細胞集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者へのＴ細胞集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１７９】
[00203]  一実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を患者に投与することを含む、癌関連腫瘍を有する患者の癌を治療する方法を提供し、この方法は、患者にＴＩＬ集団を投与する前に患者を骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、骨髄非破壊的リンパ球枯渇レジメンは、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与ステップと、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与ステップを含む。一部の実施形態において、本方法は、患者へのＴＩＬ集団の投与の翌日から開始して患者を高用量ＩＬ−２レジメンで治療するステップを更に含む。一部の実施形態において、高用量ＩＬ−２レジメンは、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体を更に含む。一部の実施形態において、アルデスロイキン又はそのバイオシミラー若しくは変異体は、６００，０００又は７２０，０００ＩＵ／ｋｇの用量において、忍容量まで８時間毎に１５分ボーラス静脈内注入として投与される。
【０１８０】
Ｔ細胞及び／又は腫瘍浸潤リンパ球の拡大培養方法
[00204]  ある実施形態において、本発明は、プレ迅速拡大培養（プレＲＥＰ）プロセスと迅速拡大培養プロセス（ＲＥＰ）とを含むＴ細胞集団の拡大培養プロセスを提供し、ここで、拡大培養に使用される細胞培養培地は、１００ＩＵ／ｍＬ〜１０，０００ＩＵ／ｍＬ、２００ＩＵ／ｍＬ〜５，０００ＩＵ／ｍＬ、３００ＩＵ／ｍＬ〜４，８００ＩＵ／ｍＬ、４００ＩＵ／ｍＬ〜４，６００ＩＵ／ｍＬ、５００ＩＵ／ｍＬ〜４，４００ＩＵ／ｍＬ、６００ＩＵ／ｍＬ〜４，２００ＩＵ／ｍＬ、７００ＩＵ／ｍＬ〜４，０００ＩＵ／ｍＬ、８００ＩＵ／ｍＬ〜３，８００ＩＵ／ｍＬ、９００ＩＵ／ｍＬ〜３，６００ＩＵ／ｍＬ、１，０００ＩＵ／ｍＬ〜３，４００ＩＵ／ｍＬ、１，１００ＩＵ／ｍＬ〜３，２００ＩＵ／ｍＬ、１，２００ＩＵ／ｍＬ〜３，０００ＩＵ／ｍＬ、１，３００ＩＵ／ｍＬ〜２，８００ＩＵ／ｍＬ、１，４００ＩＵ／ｍＬ〜２，６００ＩＵ／ｍＬ、１，５００ＩＵ／ｍＬ〜２，４００ＩＵ／ｍＬ、１，６００ＩＵ／ｍＬ〜２，２００ＩＵ／ｍＬ、１，７００ＩＵ／ｍＬ〜２，０００ＩＵ／ｍＬ、５，５００ＩＵ／ｍＬ〜９，５００ＩＵ／ｍＬ、６，０００ＩＵ／ｍＬ〜９，０００ＩＵ／ｍＬ、６５００ＩＵ／ｍＬ〜８，５００ＩＵ／ｍＬ、７，０００ＩＵ／ｍＬ〜８，０００ＩＵ／ｍＬ及び７，５００ＩＵ／ｍＬ〜８，０００ＩＵ／ｍＬからなる群から選択される濃度のＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１８１】
[00205]  ある実施形態において、本発明は、プレ迅速拡大培養（プレＲＥＰ）プロセスと迅速拡大培養プロセス（ＲＥＰ）とを含むＴＩＬ集団の拡大培養プロセスを提供し、ここで、拡大培養に使用される細胞培養培地は、１００ＩＵ／ｍＬ〜１０，０００ＩＵ／ｍＬ、２００ＩＵ／ｍＬ〜５，０００ＩＵ／ｍＬ、３００ＩＵ／ｍＬ〜４，８００ＩＵ／ｍＬ、４００ＩＵ／ｍＬ〜４，６００ＩＵ／ｍＬ、５００ＩＵ／ｍＬ〜４，４００ＩＵ／ｍＬ、６００ＩＵ／ｍＬ〜４，２００ＩＵ／ｍＬ、７００ＩＵ／ｍＬ〜４，０００ＩＵ／ｍＬ、８００ＩＵ／ｍＬ〜３，８００ＩＵ／ｍＬ、９００ＩＵ／ｍＬ〜３，６００ＩＵ／ｍＬ、１，０００ＩＵ／ｍＬ〜３，４００ＩＵ／ｍＬ、１，１００ＩＵ／ｍＬ〜３，２００ＩＵ／ｍＬ、１，２００ＩＵ／ｍＬ〜３，０００ＩＵ／ｍＬ、１，３００ＩＵ／ｍＬ〜２，８００ＩＵ／ｍＬ、１，４００ＩＵ／ｍＬ〜２，６００ＩＵ／ｍＬ、１，５００ＩＵ／ｍＬ〜２，４００ＩＵ／ｍＬ、１，６００ＩＵ／ｍＬ〜２，２００ＩＵ／ｍＬ、１，７００ＩＵ／ｍＬ〜２，０００ＩＵ／ｍＬ、５，５００ＩＵ／ｍＬ〜９，５００ＩＵ／ｍＬ、６，０００ＩＵ／ｍＬ〜９，０００ＩＵ／ｍＬ、６５００ＩＵ／ｍＬ〜８，５００ＩＵ／ｍＬ、７，０００ＩＵ／ｍＬ〜８，０００ＩＵ／ｍＬ及び７，５００ＩＵ／ｍＬ〜８，０００ＩＵ／ｍＬからなる群から選択される濃度のＩＬ−２を含む。
【０１８２】
[00206]  ある実施形態において、本発明は、プレ迅速拡大培養（プレＲＥＰ）プロセスと迅速拡大培養プロセス（ＲＥＰ）とを含むＴ細胞集団の拡大培養プロセスを提供し、ここで、拡大培養に使用される細胞培養培地は、約１００ＩＵ／ｍＬ、約２００ＩＵ／ｍＬ、約３００ＩＵ／ｍＬ、約４００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約５００ＩＵ／ｍＬ、約６００ＩＵ／ｍＬ、約７００ＩＵ／ｍＬ、約８００ＩＵ／ｍＬ、約９００ＩＵ／ｍＬ、約１，０００ＩＵ／ｍＬ、約１，１００ＩＵ／ｍＬ、約１，２００ＩＵ／ｍＬ、約１，３００ＩＵ／ｍＬ、約１，４００ＩＵ／ｍＬ、約１，５００ＩＵ／ｍＬ、約１，６００ＩＵ／ｍＬ、約１，７００ＩＵ／ｍＬ、約１，８００ＩＵ／ｍＬ、約１，９００ＩＵ／ｍＬ、約２，０００ＩＵ／ｍＬ、約２，１００ＩＵ／ｍＬ、約２，２００ＩＵ／ｍＬ、約２，３００ＩＵ／ｍＬ、約２，４００ＩＵ／ｍＬ、約２，５００ＩＵ／ｍＬ、約２，６００ＩＵ／ｍＬ、約２，７００ＩＵ／ｍＬ、約２，８００ＩＵ／ｍＬ、約２，９００ＩＵ／ｍＬ、約３，０００ＩＵ／ｍＬ、約３，１００ＩＵ／ｍＬ、約３，２００ＩＵ／ｍＬ、約３，３００ＩＵ／ｍＬ、約３，４００ＩＵ／ｍＬ、約３，５００ＩＵ／ｍＬ、約３，６００ＩＵ／ｍＬ、約３，７００ＩＵ／ｍＬ、約３，８００ＩＵ／ｍＬ、約３，９００ＩＵ／ｍＬ、約４，０００ＩＵ／ｍＬ、約４，１００ＩＵ／ｍＬ、約４，２００ＩＵ／ｍＬ、約４，３００ＩＵ／ｍＬ、約４，４００ＩＵ／ｍＬ、約４，５００ＩＵ／ｍＬ、約４，６００ＩＵ／ｍＬ、約４，７００ＩＵ／ｍＬ、約４，８００ＩＵ／ｍＬ、約４，９００ＩＵ／ｍＬ、約５，０００ＩＵ／ｍＬ、約５，１００ＩＵ／ｍＬ、約５，２００ＩＵ／ｍＬ、約５，３００ＩＵ／ｍＬ、約５，４００ＩＵ／ｍＬ、約５，５００ＩＵ／ｍＬ、約５，６００ＩＵ／ｍＬ、約５，７００ＩＵ／ｍＬ、約５，８００ＩＵ／ｍＬ、約５，９００ＩＵ／ｍＬ、約６，０００ＩＵ／ｍＬ、約６，５００ＩＵ／ｍＬ、約７，０００ＩＵ／ｍＬ、約７，５００ＩＵ／ｍＬ、約８，０００ＩＵ／ｍＬ、約８，５００ＩＵ／ｍＬ、約９，０００ＩＵ／ｍＬ、約９，５００ＩＵ／ｍＬ及び約１０，０００ＩＵ／ｍＬからなる群から選択される濃度のＩＬ−２を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１８３】
[00207]  ある実施形態において、本発明は、プレ迅速拡大培養（プレＲＥＰ）プロセスと迅速拡大培養プロセス（ＲＥＰ）とを含むＴＩＬ集団の拡大培養プロセスを提供し、ここで、拡大培養に使用される細胞培養培地は、約１００ＩＵ／ｍＬ、約２００ＩＵ／ｍＬ、約３００ＩＵ／ｍＬ、約４００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約１００ＩＵ／ｍＬ、約５００ＩＵ／ｍＬ、約６００ＩＵ／ｍＬ、約７００ＩＵ／ｍＬ、約８００ＩＵ／ｍＬ、約９００ＩＵ／ｍＬ、約１，０００ＩＵ／ｍＬ、約１，１００ＩＵ／ｍＬ、約１，２００ＩＵ／ｍＬ、約１，３００ＩＵ／ｍＬ、約１，４００ＩＵ／ｍＬ、約１，５００ＩＵ／ｍＬ、約１，６００ＩＵ／ｍＬ、約１，７００ＩＵ／ｍＬ、約１，８００ＩＵ／ｍＬ、約１，９００ＩＵ／ｍＬ、約２，０００ＩＵ／ｍＬ、約２，１００ＩＵ／ｍＬ、約２，２００ＩＵ／ｍＬ、約２，３００ＩＵ／ｍＬ、約２，４００ＩＵ／ｍＬ、約２，５００ＩＵ／ｍＬ、約２，６００ＩＵ／ｍＬ、約２，７００ＩＵ／ｍＬ、約２，８００ＩＵ／ｍＬ、約２，９００ＩＵ／ｍＬ、約３，０００ＩＵ／ｍＬ、約３，１００ＩＵ／ｍＬ、約３，２００ＩＵ／ｍＬ、約３，３００ＩＵ／ｍＬ、約３，４００ＩＵ／ｍＬ、約３，５００ＩＵ／ｍＬ、約３，６００ＩＵ／ｍＬ、約３，７００ＩＵ／ｍＬ、約３，８００ＩＵ／ｍＬ、約３，９００ＩＵ／ｍＬ、約４，０００ＩＵ／ｍＬ、約４，１００ＩＵ／ｍＬ、約４，２００ＩＵ／ｍＬ、約４，３００ＩＵ／ｍＬ、約４，４００ＩＵ／ｍＬ、約４，５００ＩＵ／ｍＬ、約４，６００ＩＵ／ｍＬ、約４，７００ＩＵ／ｍＬ、約４，８００ＩＵ／ｍＬ、約４，９００ＩＵ／ｍＬ、約５，０００ＩＵ／ｍＬ、約５，１００ＩＵ／ｍＬ、約５，２００ＩＵ／ｍＬ、約５，３００ＩＵ／ｍＬ、約５，４００ＩＵ／ｍＬ、約５，５００ＩＵ／ｍＬ、約５，６００ＩＵ／ｍＬ、約５，７００ＩＵ／ｍＬ、約５，８００ＩＵ／ｍＬ、約５，９００ＩＵ／ｍＬ、約６，０００ＩＵ／ｍＬ、約６，５００ＩＵ／ｍＬ、約７，０００ＩＵ／ｍＬ、約７，５００ＩＵ／ｍＬ、約８，０００ＩＵ／ｍＬ、約８，５００ＩＵ／ｍＬ、約９，０００ＩＵ／ｍＬ、約９，５００ＩＵ／ｍＬ及び約１０，０００ＩＵ／ｍＬからなる群から選択される濃度のＩＬ−２を含む。
【０１８４】
[00208]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するためのプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含む細胞培養培地とＴ細胞集団を接触させるステップを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、ＣＤ８＋ＣＤ２８＋、ＣＤ８＋ＣＤ２７＋、ＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ２８＋、ＣＣＲ７＋及びこれらの組み合わせからなる群から選択される表現型を有するＴ細胞を含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１８５】
[00209]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するためのプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含む細胞培養培地とＴＩＬ集団を接触させるステップを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、ＣＤ８＋ＣＤ２８＋、ＣＤ８＋ＣＤ２７＋、ＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ２８＋、ＣＣＲ７＋及びこれらの組み合わせからなる群から選択される表現型を有するＴ細胞を含む。
【０１８６】
[00210]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含む細胞培養培地とＴ細胞集団を接触させるステップを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２５日、３０日、３５日及び４０日からなる群から選択される期間にわたって拡大培養される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１８７】
[00211]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含む細胞培養培地とＴＩＬ集団を接触させるステップを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２５日、３０日、３５日及び４０日からなる群から選択される期間にわたって拡大培養される。
【０１８８】
[00212]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含み、ここで、ＴＩＬ集団は、１日未満、２日未満、３日未満、４日未満、５日未満、６日未満、７日未満、８日未満、９日未満、１０日未満、１１日未満、１２日未満、１３日未満、１４日未満、１５日未満、１６日未満、１７日未満、１８日未満、１９日未満、２０日未満、２１日未満、２５日未満、３０日未満、３５日未満及び４０日未満からなる群から選択される期間にわたって拡大培養される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１８９】
[00213]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するプレＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２を含み、ここで、ＴＩＬ集団は、１日未満、２日未満、３日未満、４日未満、５日未満、６日未満、７日未満、８日未満、９日未満、１０日未満、１１日未満、１２日未満、１３日未満、１４日未満、１５日未満、１６日未満、１７日未満、１８日未満、１９日未満、２０日未満、２１日未満、２５日未満、３０日未満、３５日未満及び４０日未満からなる群から選択される期間にわたって拡大培養される。
【０１９０】
[00214]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団の拡大培養方法を提供し、この方法は、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１９１】
[00215]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団の拡大培養方法を提供し、この方法は、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含む。
【０１９２】
[00216]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するためのＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、約６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含む。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１９３】
[00217]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するためのＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、約６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含む。
【０１９４】
[00218]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１９５】
[00219]  ある実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大する。
【０１９６】
[00220]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大し、ここで、拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１９７】
[00221]  ある実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大し、ここで、拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。
【０１９８】
[00222]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大し、ここで、拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施され、ここで、ガス透過性容器は、ガス透過性バッグ又はガス透過性フラスコである。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０１９９】
[00223]  ある実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、細胞培養培地中において７日の期間で少なくとも５０倍に拡大し、ここで、拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施され、ここで、ガス透過性容器は、ガス透過性バッグ又はガス透過性フラスコである。
【０２００】
[00224]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２５日、３０日、３５日及び４０日からなる群から選択される期間にわたって迅速拡大培養される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０１】
[00225]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２５日、３０日、３５日及び４０日からなる群から選択される期間にわたって迅速拡大培養される。
【０２０２】
[00226]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、Ｔ細胞集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含み、ここで、Ｔ細胞集団は、１日未満、２日未満、３日未満、４日未満、５日未満、６日未満、７日未満、８日未満、９日未満、１０日未満、１１日未満、１２日未満、１３日未満、１４日未満、１５日未満、１６日未満、１７日未満、１８日未満、１９日未満、２０日未満、２１日未満、２５日未満、３０日未満、３５日未満及び４０日未満からなる群から選択される期間にわたって迅速拡大培養される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０３】
[00227]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団を拡大培養するＲＥＰプロセスを提供し、このプロセスは、ＴＩＬ集団を細胞培養培地と接触させるステップを含み、ここで、細胞培養培地は、１０００ＩＵ／ｍＬ〜６０００ＩＵ／ｍＬの初期濃度のＩＬ−２と約３０ｎｇ／ｍＬの初期濃度のＯＫＴ−３抗体とを含み、ここで、ＴＩＬ集団は、１日未満、２日未満、３日未満、４日未満、５日未満、６日未満、７日未満、８日未満、９日未満、１０日未満、１１日未満、１２日未満、１３日未満、１４日未満、１５日未満、１６日未満、１７日未満、１８日未満、１９日未満、２０日未満、２１日未満、２５日未満、３０日未満、３５日未満及び４０日未満からなる群から選択される期間にわたって迅速拡大培養される。
【０２０４】
[00228]  ある実施形態において、ＲＥＰは、任意の好適な方法によってガス透過性容器内で実施することができる。例えば、Ｔ細胞又はＴＩＬは、インターロイキン−２（ＩＬ−２）又はインターロイキン−１５（ＩＬ−１５）の存在下で非特異的Ｔ細胞受容体刺激剤を用いて迅速拡大培養することができる。非特異的Ｔ細胞受容体刺激剤としては、例えば、約３０ｎｇ／ｍＬの、モノクローナル抗ＣＤ３抗体であるＯＫＴ−３（Ortho-McNeil、Raritan, NJ又はMiltenyi Biotech、Auburn, CAから市販されている）を挙げることができる。Ｔ細胞又はＴＩＬは、任意選択で３００ＩＵ／ｍＬ  ＩＬ−２又はＩＬ−１５などのＴ細胞成長因子の存在下において、ヒト白血球抗原Ａ２（ＨＬＡ−Ａ２）結合ペプチド、例えば０．３μＭ  ＭＡＲＴ−１：２６−３５（２７Ｌ）又はｇｐｌ  ００：２０９−２１７（２１０Ｍ）など、任意選択でベクターから発現させることのできる、１つ又は複数のエピトープなど、その抗原性部分を含めた癌の１つ以上の抗原によってインビトロでＴ細胞又はＴＩＬを更に刺激することにより迅速拡大培養され得る。他の好適な抗原としては、例えば、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、チロシナーゼ癌抗原、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＳＳＸ−２及びＶＥＧＦＲ２又はその抗原性部分を挙げることができる。Ｔ細胞又はＴＩＬは、ＨＬＡ−Ａ２発現抗原提示細胞にパルスした癌の同じ１つ又は複数の抗原による再刺激によっても迅速拡大培養され得る。代わりに、Ｔ細胞又はＴＩＬは、例えば、照射自己リンパ球によるか、又は照射ＨＬＡ−Ａ２＋同種リンパ球及びＩＬ−２によって更に再刺激することができる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０５】
[00229]  ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの拡大培養方法は、約５０００ｍＬ〜約２５０００ｍＬの細胞培養培地、約５０００ｍＬ〜約１００００ｍＬの細胞培養培地又は約５８００ｍＬ〜約８７００ｍＬの細胞培養培地を使用することを含み得る。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの拡大培養方法は、約１０００ｍＬ〜約２０００ｍＬの細胞培地、約２０００ｍＬ〜約３０００ｍＬの細胞培養培地、約３０００ｍＬ〜約４０００ｍＬの細胞培養培地、約４０００ｍＬ〜約５０００ｍＬの細胞培養培地、約５０００ｍＬ〜約６０００ｍＬの細胞培養培地、約６０００ｍＬ〜約７０００ｍＬの細胞培養培地、約７０００ｍＬ〜約８０００ｍＬの細胞培養培地、約８０００ｍＬ〜約９０００ｍＬの細胞培養培地、約９０００ｍＬ〜約１００００ｍＬの細胞培養培地、約１００００ｍＬ〜約１５０００ｍＬの細胞培養培地、約１５０００ｍＬ〜約２００００ｍＬの細胞培養培地又は約２００００ｍＬ〜約２５０００ｍＬの細胞培養培地を使用することを含み得る。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの数の拡大には、１種類の細胞培養培地のみが使用される。任意の好適な細胞培養培地、例えばAIM-V細胞培地（Ｌ−グルタミン、５０μＭ硫酸ストレプトマイシン及び１０μＭ硫酸ゲンタマイシン）細胞培養培地（Invitrogen、Carlsbad CA）を使用し得る。この点に関して、本発明の方法では、有利には、Ｔ細胞又はＴＩＬの数の拡大に必要な培地の量及び培地の種類の数が減少する。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの数の拡大は、３日毎又は４日毎より高くない頻度で細胞をフィードすることを含み得る。ガス透過性容器内で細胞の数を拡大すると、細胞の拡大培養に必要なフィーディング頻度が減少することにより細胞の数の拡大に必要な手順が簡便になる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０６】
[00230]  ある実施形態において、迅速拡大培養は、ガス透過性容器を使用して実施される。かかる実施形態は、細胞集団が約５×１０５細胞／ｃｍ２から１０×１０６〜３０×１０６細胞／ｃｍ２へと拡大することを可能にする。ある実施形態において、この拡大培養は、フィーディングなしに行われる。ある実施形態において、この拡大培養は、培地がガス透過性フラスコ内に約１０ｃｍの高さで存在する限りフィーディングなしに行われる。ある実施形態において、これにはフィーディングはないが、１つ以上のサイトカインの添加がある。ある実施形態において、サイトカインは、サイトカインを培地と混合する必要が一切なしにボーラスとして添加することができる。かかる容器、装置及び方法は、当該技術分野において公知であり、ＴＩＬの拡大培養に用いられており、米国特許出願公開第２０１４／０３７７７３９  Ａ１号、国際公開第２０１４／２１００３６  Ａ１号、米国特許出願公開第２０１３／０１１５６１７  Ａ１号、国際公開第２０１３／１８８４２７  Ａ１号、米国特許出願公開第２０１１／０１３６２２８  Ａ１号、米国特許第８，８０９，０５０号、国際公開第２０１１／０７２０８８  Ａ２号、米国特許出願公開第２０１６／０２０８２１６  Ａ１号、米国特許出願公開第２０１２／０２４４１３３  Ａ１号、国際公開第２０１２／１２９２０１  Ａ１号、米国特許出願公開第２０１３／０１０２０７５  Ａ１号、米国特許第８，９５６，８６０号、国際公開第２０１３／１７３８３５  Ａ１号及び米国特許出願公開第２０１５／０１７５９６６  Ａ１号（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものが含まれる。かかるプロセスは、Jin, et al., J. Immunotherapy 2012, 35, 283-292（この開示は、参照により本明細書に援用される）にも記載されている。
【０２０７】
[00231]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 10フラスコ（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、１０ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、４０ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、２回の培地交換後に１〜３億個のＴ細胞又はＴＩＬを提供する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０８】
[00232]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 100フラスコ（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、１００ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、４５０ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、２回の培地交換後に１０〜３０億個のＴ細胞又はＴＩＬを提供する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２０９】
[00233]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 100Mフラスコ（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、１００ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、１０００ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、培地交換なしに１０〜３０億個のＴ細胞又はＴＩＬを提供する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２１０】
[00234]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 100Lフラスコ（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、１００ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、２０００ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、培地交換なしに１０〜３０億個のＴ細胞又はＴＩＬを提供する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２１１】
[00235]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 24ウェルプレート（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、ウェルを備えたプレートを含み、ここで、各ウェルは、２ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、ウェルを備えたプレートを含み、ここで、各ウェルは、８ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、２回の培地交換後に１ウェル当たり２０００〜６０００万個の細胞を提供する。
【０２１２】
[00236]  ある実施形態において、ガス透過性容器は、G-Rex 6ウェルプレート（Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USA）である。ある実施形態において、ガス透過性容器は、ウェルを備えたプレートを含み、ここで、各ウェルは、１０ｃｍ２のガス透過性培養表面を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、ウェルを備えたプレートを含み、ここで、各ウェルは、４０ｍＬの細胞培養培地容量を含む。ある実施形態において、ガス透過性容器は、２回の培地交換後に１ウェル当たり１〜３億個の細胞を提供する。
【０２１３】
[00237]  ある実施形態において、第１及び／又は第２のガス透過性容器内の細胞培地は、ろ過されていない。ろ過されていない細胞培地を使用すると、細胞数の拡大に必要な手順が簡便になり得る。ある実施形態において、第１及び／又は第２のガス透過性容器内の細胞培地は、β−メルカプトエタノール（ＢＭＥ）を含まない。
【０２１４】
[00238]  ある実施形態において、哺乳類から腫瘍組織試料を入手すること；細胞培地が中に入った第１のガス透過性容器内で腫瘍組織試料を培養すること；腫瘍組織試料からＴ細胞を入手すること；細胞培地が入った第２のガス透過性容器内でＴ細胞数を約１４〜約４２日間、例えば約２８日間の継続期間にわたって拡大することを含む本方法の継続期間である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２１５】
[00239]  ある実施形態において、哺乳類から腫瘍組織試料を入手すること；細胞培地が中に入った第１のガス透過性容器内で腫瘍組織試料を培養すること；腫瘍組織試料からＴＩＬを入手すること；細胞培地が入った第２のガス透過性容器内でＴＩＬ数を約１４〜約４２日間、例えば約２８日間の継続期間にわたって拡大することを含む本方法の継続期間である。
【０２１６】
[00240]  ある実施形態において、細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む。好ましい実施形態において、細胞培養培地は、約３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含む。ある実施形態において、細胞培養培地は、約１０００ＩＵ／ｍＬ、約１５００ＩＵ／ｍＬ、約２０００ＩＵ／ｍＬ、約２５００ＩＵ／ｍＬ、約３０００ＩＵ／ｍＬ、約３５００ＩＵ／ｍＬ、約４０００ＩＵ／ｍＬ、約４５００ＩＵ／ｍＬ、約５０００ＩＵ／ｍＬ、約５５００ＩＵ／ｍＬ、約６０００ＩＵ／ｍＬ、約６５００ＩＵ／ｍＬ、約７０００ＩＵ／ｍＬ、約７５００ＩＵ／ｍＬ又は約８０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含む。ある実施形態において、細胞培養培地は、１０００〜２０００ＩＵ／ｍＬ、２０００〜３０００ＩＵ／ｍＬ、３０００〜４０００ＩＵ／ｍＬ、４０００〜５０００ＩＵ／ｍＬ、５０００〜６０００ＩＵ／ｍＬ、６０００〜７０００ＩＵ／ｍＬ、７０００〜８０００ＩＵ／ｍＬ又は８０００ＩＵ／ｍＬの間のＩＬ−２を含む。
【０２１７】
[00241]  ある実施形態において、細胞培養培地は、ＯＫＴ−３抗体を含む。好ましい実施形態において、細胞培養培地は、約３０ｎｇ／ｍＬのＯＫＴ−３抗体を含む。ある実施形態において、細胞培養培地は、約０．１ｎｇ／ｍＬ、約０．５ｎｇ／ｍＬ、約１ｎｇ／ｍＬ、約２．５ｎｇ／ｍＬ、約５ｎｇ／ｍＬ、約７．５ｎｇ／ｍＬ、約１０ｎｇ／ｍＬ、約１５ｎｇ／ｍＬ、約２０ｎｇ／ｍＬ、約２５ｎｇ／ｍＬ、約３０ｎｇ／ｍＬ、約３５ｎｇ／ｍＬ、約４０ｎｇ／ｍＬ、約５０ｎｇ／ｍＬ、約６０ｎｇ／ｍＬ、約７０ｎｇ／ｍＬ、約８０ｎｇ／ｍＬ、約９０ｎｇ／ｍＬ、約１００ｎｇ／ｍＬ、約２００ｎｇ／ｍＬ、約５００ｎｇ／ｍＬ及び約１μｇ／ｍＬのＯＫＴ−３抗体を含む。ある実施形態において、細胞培養培地は、０．１ｎｇ／ｍＬ〜１ｎｇ／ｍＬ、１ｎｇ／ｍＬ〜５ｎｇ／ｍＬ、５ｎｇ／ｍＬ〜１０ｎｇ／ｍＬ、１０ｎｇ／ｍＬ〜２０ｎｇ／ｍＬ、２０ｎｇ／ｍＬ〜３０ｎｇ／ｍＬ、３０ｎｇ／ｍＬ〜４０ｎｇ／ｍＬ、４０ｎｇ／ｍＬ〜５０ｎｇ／ｍＬ及び５０ｎｇ／ｍＬ〜１００ｎｇ／ｍＬのＯＫＴ−３抗体を含む。
【０２１８】
[00242]  ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、ガス透過性容器内で拡大培養される。ガス透過性容器は、米国特許出願公開第２００５／０１０６７１７  Ａ１号（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものを含め、当該技術分野において公知の方法、組成物及び装置を用いたＰＢＭＣを使用したＴＩＬの拡大培養に用いられている。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、ガス透過性バッグ内で拡大培養される。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、Xuri Cell Expansion System W25（GE Healthcare）など、ガス透過性バッグ内でＴ細胞又はＴＩＬを拡大培養する細胞拡大培養システムを使用して拡大培養される。ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、Xuri Cell Expansion System W5（GE Healthcare）としても知られるWAVE Bioreactor Systemなど、ガス透過性バッグ内でＴ細胞又はＴＩＬを拡大培養する細胞拡大培養システムを使用して拡大培養される。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、約１００ｍＬ、約２００ｍＬ、約３００ｍＬ、約４００ｍＬ、約５００ｍＬ、約６００ｍＬ、約７００ｍＬ、約８００ｍＬ、約９００ｍＬ、約１Ｌ、約２Ｌ、約３Ｌ、約４Ｌ、約５Ｌ、約６Ｌ、約７Ｌ、約８Ｌ、約９Ｌ、約１０Ｌ、約１１Ｌ、約１２Ｌ、約１３Ｌ、約１４Ｌ、約１５Ｌ、約１６Ｌ、約１７Ｌ、約１８Ｌ、約１９Ｌ、約２０Ｌ、約２５Ｌ及び約３０Ｌからなる群から選択される容積を有するガス透過性細胞バッグを含む。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、５０〜１５０ｍＬ、１５０〜２５０ｍＬ、２５０〜３５０ｍＬ、３５０〜４５０ｍＬ、４５０〜５５０ｍＬ、５５０〜６５０ｍＬ、６５０〜７５０ｍＬ、７５０〜８５０ｍＬ、８５０〜９５０ｍＬ及び９５０〜１０５０ｍＬからなる群から選択される容積範囲を有するガス透過性細胞バッグを含む。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、１Ｌ〜２Ｌ、２Ｌ〜３Ｌ、３Ｌ〜４Ｌ、４Ｌ〜５Ｌ、５Ｌ〜６Ｌ、６Ｌ〜７Ｌ、７Ｌ〜８Ｌ、８Ｌ〜９Ｌ、９Ｌ〜１０Ｌ、１０Ｌ〜１１Ｌ、１１Ｌ〜１２Ｌ、１２Ｌ〜１３Ｌ、１３Ｌ〜１４Ｌ、１４Ｌ〜１５Ｌ、１５Ｌ〜１６Ｌ、１６Ｌ〜１７Ｌ、１７Ｌ〜１８Ｌ、１８Ｌ〜１９Ｌ及び１９Ｌ〜２０Ｌからなる群から選択される容積範囲を有するガス透過性細胞バッグを含む。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、０．５Ｌ〜５Ｌ、５Ｌ〜１０Ｌ、１０Ｌ〜１５Ｌ、１５Ｌ〜２０Ｌ、２０Ｌ〜２５Ｌ及び２５Ｌ〜３０Ｌからなる群から選択される容積範囲を有するガス透過性細胞バッグを含む。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、約３０分、約１時間、約２時間、約３時間、約４時間、約５時間、約６時間、約７時間、約８時間、約９時間、約１０時間、約１１時間、約１２時間、約２４時間、約２日、約３日、約４日、約５日、約６日、約７日、約８日、約９日、約１０日、約１１日、約１２日、約１３日、約１４日、約１５日、約１６日、約１７日、約１８日、約１９日、約２０日、約２１日、約２２日、約２３日、約２４日、約２５日、約２６日、約２７日及び約２８日の揺動時間を利用する。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、３０分〜１時間、１時間〜１２時間、１２時間〜１日、１日〜７日、７日〜１４日、１４日��２１日及び２１日〜２８日の揺動時間を利用する。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、約２回揺動／分、約５回揺動／分、約１０回揺動／分、約２０回揺動／分、約３０回揺動／分及び約４０回揺動／分の揺動速度を利用する。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、２回揺動／分〜５回揺動／分、５回揺動／分〜１０回揺動／分、１０回揺動／分〜２０回揺動／分、２０回揺動／分〜３０回揺動／分及び３０回揺動／分〜４０回揺動／分の揺動速度を利用する。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、約２°、約３°、約４°、約５°、約６°、約７°、約８°、約９°、約１０°、約１１°及び約１２°の揺動角度を利用する。ある実施形態において、細胞拡大培養システムは、２°〜３°、３°〜４°、４°〜５°、５°〜６°、６°〜７°、７°〜８°、８°〜９°、９°〜１０°、１０°〜１１°及び１１°〜１２°の揺動角度を利用する。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２１９】
[00243]  ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの拡大培養方法は、優れた腫瘍応答性に関してＴ細胞又はＴＩＬを選択するステップを更に含む。当該技術分野において公知の任意の選択方法を用いることができる。例えば、優れた腫瘍応答性に関するＴ細胞又はＴＩＬの選択には、米国特許出願公開第２０１６／００１００５８  Ａ１号（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載される方法が用いられ得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２０】
[00244]  ある実施形態において、本発明は、ＴＩＬ集団の拡大培養方法を提供し、この方法は、Jin, et al., J. Immunotherapy 2012, 35, 283-292（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるとおりのステップを含む。例えば、腫瘍又はその一部を酵素培地に置き、約１分間機械的に解離し得る。次に、この混合物を３７℃５％ＣＯ２で３０分間インキュベートし、次に再び約１分間機械的に破壊し得る。３７℃５％ＣＯ２で３０分間インキュベートした後、腫瘍又はその一部を３度目に約１分間機械的に破壊し得る。３度目の機械的破壊後に大型の組織片が存在する場合、３７℃５％ＣＯ２での更に３０分間のインキュベーションを伴い又は伴わず、１回又は２回の更なる機械的解離を試料に適用し得る。最終回のインキュベーションの終了時、細胞懸濁液に多数の赤血球又は死細胞が含まれる場合、Ficollを使用した密度勾配分離を実施して、そうした細胞を除去し得る。ＴＩＬ培養は、２４ウェルプレート（Costar２４ウェル細胞培養クラスター、平底；Corning Incorporated、Corning, NY）で開始した。各ウェルには、ＩＬ−２（６０００ＩＵ／ｍＬ；Chiron Corp.、Emeryville, CA）を含む２ｍＬの完全培地（ＣＭ）中１×１０６個の腫瘍消化物細胞又は約１〜８ｍｍ３サイズの腫瘍断片１個を播種し得る。ＣＭは、１０％ヒトＡＢ血清、２５ｍＭヘペス及び１０ｍｇ／ｍＬゲンタマイシンを補足したGlutaMAX含有ロズウェルパーク記念研究所（ＲＰＭＩ）１６４０緩衝液を含む。培養は、１０ｃｍ２ガス透過性シリコン底を有する４０ｍＬ容量のガス透過性フラスコ（G-Rex 10；Wilson Wolf Manufacturing、New Brightonで開始し得、各フラスコには、１０〜４０ｍＬのＩＬ−２含有ＣＭ中１０〜４０×１０６個の腫瘍消化物生細胞又は５〜３０個の腫瘍断片をロードし得る。G-Rex 10及び２４ウェルプレートを加湿インキュベーターにおいて３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得、培養開始から５日後、培地の半分を取り出して新鮮なＣＭ及びＩＬ−２を補充し得、５日目以降、２〜３日毎に培地の半分を交換し得る。本明細書の他の部分に記載されるとおり、Ｔ−１７５フラスコ及びガス透過性バッグ又はガス透過性G-Rexフラスコを使用してＴＩＬの迅速拡大培養プロトコル（ＲＥＰ）を実施し得る。Ｔ−１７５フラスコにおけるＲＥＰについて、各フラスコ内の１５０ｍＬの培地中に１×１０６個のＴＩＬを懸濁し得る。３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２及び３０ｎｇ／ｍＬの抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ−３）を補足したＣＭ及びAIM-V培地の１対１混合物（５０／５０培地）中においてＴＩＬを培養し得る。Ｔ−１７５フラスコは、３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得る。５日目に、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する５０／５０培地を使用して培地の半分を交換し得る。７日目に、２つのＴ−１７５フラスコからの細胞を３Ｌバッグに合わせ得、その３００ｍＬのＴＩＬ懸濁液に５％ヒトＡＢ血清及び３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する３００ｍＬのAIM-Vを加え得る。毎日又は２日毎に各バッグの細胞数をカウントし得、新鮮培地を加えて細胞数を０．５〜２．０×１０６細胞／ｍＬに保ち得る。１００ｃｍ２ガス透過性シリコン底を有する５００ｍＬ容量フラスコ（例えば、G-Rex 100、Wilson Wolf Manufacturing、本明細書の他の部分に記載されるとおり）におけるＲＥＰについて、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２及び３０ｎｇ／ｍＬの抗ＣＤ３抗体（ＯＫＴ−３）を補足した４００ｍＬの５０／５０培地中において、５×１０６又は１０×１０６個のＴＩＬを培養し得る。G-Rex 100フラスコは、３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得る。５日目に、２５０ｍＬの上清を取り出して遠心ボトルに入れ、１５００ｒｐｍ（４９１ｇ）で１０分間遠心し得る。得られたＴＩＬペレットは、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する１５０ｍＬの新鮮５０／５０培地に再懸濁し、G-Rex 100フラスコに戻し加え得る。G-Rex 100フラスコ内でＴＩＬを連続的に拡大培養する場合、７日目に各フラスコ中に存在する３００ｍＬの培地に各G-Rex 100のＴＩＬを懸濁し得、この細胞懸濁液を３つの１００ｍＬアリコートに分割して、それらを３つのG-Rex 100フラスコの播種に使用し得る。次に、５％ヒトＡＢ血清及び３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する約１５０ｍＬのAIM-Vを各フラスコに加え得る。次に、G-Rex 100フラスコを３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得、４日後、各G-Rex 100フラスコに３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する１５０ｍＬのAIM-Vを加え得る。この後、培養１４日目に細胞を回収することによりＲＥＰが完了し得る。一部の実施形態において、本方法は、任意のＴ細胞の拡大培養に用いることができる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２１】
[00245]  ある実施形態において、拡大培養又は癌治療の方法は、患者腫瘍試料からＴ細胞又はＴＩＬを入手するステップを含む。患者腫瘍試料は、当該技術分野において公知の方法を用いて入手され得る。例えば、Ｔ細胞又はＴＩＬは、酵素的腫瘍消化物及び鋭的剥離からの腫瘍断片（約１〜約８ｍｍ３サイズ）から培養され得る。かかる腫瘍消化物は、酵素培地（例えば、ロズウェルパーク記念研究所（ＲＰＭＩ）１６４０緩衝液、２ｍＭグルタミン酸塩、１０ｍｃｇ／ｍＬゲンタマイシン、３０単位／ｍＬのＤＮアーゼ及び１．０ｍｇ／ｍＬのコラゲナーゼ）中でのインキュベーションと、それに続く機械的解離（例えば、組織解離装置を用いる）によって作製され得る。腫瘍消化物は、腫瘍を酵素培地中に置き、腫瘍を約１分間機械的に解離した後、続いて３７℃５％ＣＯ２で３０分間インキュベートし、続いてごく小さい組織片のみが存在するまで前述の条件下で機械的解離及びインキュベーションのサイクルを繰り返すことにより作製され得る。このプロセスの終了時、細胞懸濁液に多数の赤血球又は死細胞が含まれる場合、FICOLL分枝状親水性多糖を使用した密度勾配分離を実施して、そうした細胞を除去し得る。米国特許出願公開第２０１２／０２４４１３３  Ａ１号（この開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるものなど、当該技術分野において公知の代替的な方法を用い得る。前述の方法のいずれも、Ｔ細胞若しくはＴＩＬの拡大培養方法又は癌の治療方法に関して本明細書に記載される任意の実施形態において用いることができる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２２】
[00246]  ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの迅速拡大培養プロセスは、先述のとおりＴ−１７５フラスコ及びガス透過性バッグ（Tran, et al., J. Immunother. 2008, 31, 742-51；Dudley, et al., J. Immunother. 2003, 26, 332-42）又はガス透過性培養ウェア（G-Rexフラスコ、Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USAから市販されている）を使用して実施し得る。Ｔ−１７５フラスコ内でのＴ細胞又はＴＩＬ迅速拡大培養について、１５０ｍＬの培地に懸濁された１×１０６個のＴＩＬを各Ｔ−１７５フラスコに加え得る。３０００ＩＵ（国際単位）／ｍＬのＩＬ−２及び３０ｎｇ／ｍｌの抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ−３）を補足したＣＭとAIM-V培地との１対１混合物中でＴ細胞又はＴＩＬを培養し得る。Ｔ−１７５フラスコを３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得る。５日目に、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する５０／５０培地を使用して培地の半分を交換し得る。７日目に、２つのＴ−１７５フラスコからの細胞を３Ｌバッグに合わせ得、その３００ｍｌのＴＩＬ懸濁液に５％ヒトＡＢ血清及び３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する３００ｍＬのAIM Vを加えた。各バッグの細胞数を毎日又は２日毎にカウントし、新鮮培地を加えて細胞数を０．５〜２．０×１０６細胞／ｍＬに保った。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２３】
[00247]  ある実施形態において、１００ｃｍ２ガス透過性シリコン底の５００ｍＬ容量ガス透過性フラスコ（G-Rex 100、Wilson Wolf Manufacturing Corporation、New Brighton, MN, USAから市販されている）におけるＴ細胞又はＴＩＬ迅速拡大培養について、５％ヒトＡＢ血清、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２及び３０ｎｇ／ｍＬの抗ＣＤ３（ＯＫＴ−３）を補足した４００ｍＬの５０／５０培地中で５×１０６又は１０×１０６個のＴＩＬを培養し得る。G-Rex 100フラスコは、３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得る。５日目に、２５０ｍＬの上清を取り出して遠心ボトルに入れ、１５００ｒｐｍ（毎分回転数；４９１×ｇ）で１０分間遠心し得る。Ｔ細胞又はＴＩＬペレットを、５％ヒトＡＢ血清、３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する１５０ｍＬの新鮮培地に再懸濁し、元のG-Rex 100フラスコに戻し加え得る。G-Rex 100フラスコ内でＴ細胞又はＴＩＬを連続的に拡大培養する場合、７日目に各フラスコ中に存在する３００ｍＬの培地に各G-Rex 100フラスコのＴ細胞又はＴＩＬを懸濁し得、この細胞懸濁液を３つの１００ｍＬアリコートに分割して、それらを３つのG-Rex 100フラスコの播種に使用し得る。次に、５％ヒトＡＢ血清及び３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する１５０ｍＬのAIM-Vを各フラスコに加え得る。G-Rex 100フラスコは、３７℃５％ＣＯ２でインキュベートし得、４日後、各G-Rex 100フラスコに３０００ＩＵ／ｍＬのＩＬ−２を含有する１５０ｍＬのAIM-Vを加え得る。培養１４日目に細胞を回収し得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２４】
[00248]  ある実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、以下のとおり調製され得る。２ｍＭグルタミン（Mediatech, Inc.  Manassas, VA）、１００Ｕ／ｍＬペニシリン（Invitrogen Life Technologies）、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン（Invitrogen Life Technologies）、５％熱失活ヒトＡＢ血清（Valley Biomedical, Inc.  Winchester, VA）及び６００ＩＵ／ｍＬ  ｒｈＩＬ−２（Chiron、Emeryville, CA）を補足したAIM-V培地（Invitrogen Life Technologies、Carlsbad, CA）を含む完全培地（ＣＭ）中で２ｍｍ３腫瘍断片を培養する。固形腫瘍の酵素消化のため、腫瘍標本をＲＰＭＩ−１６４０中にダイシングし、洗浄し、１５〜２２℃において８００ｒｐｍで５分間遠心し、酵素消化緩衝液（ＲＰＭＩ−１６４０中０．２ｍｇ／ｍＬコラゲナーゼ及び３０単位／ｍｌのＤＮアーゼ）に再懸濁した後、続いて室温で一晩回転させる。断片から樹立したＴ細胞又はＴＩＬは、ＣＭ中で３〜４週間成長させて、新鮮に拡大培養し得るか、又は１０％ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含有する熱失活ＨＡＢ血清中に凍結保存して、試験時まで−１８０℃で保管し得る。採取腹水から得られた腫瘍関連リンパ球（ＴＡＬ）を３×１０６細胞／ウェルで２４ウェルプレートのＣＭ中に播種し得る。ほぼ隔日で低倍率倒立顕微鏡を使用してＴ細胞又はＴＩＬ成長を調べ得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２５】
[00249]  一部の実施形態において、ＴＩＬの拡大培養について記載される本発明の方法は、Ｔ細胞の拡大培養にも適用し得る。一部の実施形態において、ＴＩＬの拡大培養について記載される本発明の方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大培養にも適用し得る。一部の実施形態において、ＴＩＬの拡大培養について記載される本発明の方法は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の拡大培養にも適用し得る。一部の実施形態において、ＴＩＬの拡大培養について記載される本発明の方法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ−Ｔ）を形質導入されたＴ細胞の拡大培養にも適用し得る。一部の実施形態において、ＴＩＬの拡大培養について記載される本発明の方法は、修飾Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞の拡大培養にも適用し得る。ＣＡＲ−Ｔ細胞は、当該技術分野において、例えば米国特許第７，０７０，９９５号；同第７，４４６，１９０号；同第８，３９９，６４５号；同第８，９１６，３８１号；及び同第９，３２８，１５６号（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるとおり、ＣＤ１９を含めた任意の好適な抗原に対して標的化し得る。修飾ＴＣＲ細胞は、当該技術分野において、例えば米国特許第８，３６７，８０４号及び同第７，５６９，６６４号（これらの開示は、参照により本明細書に援用される）に記載されるとおり、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、チロシナーゼ癌抗原、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＳＳＸ−２及びＶＥＧＦＲ２を含めた任意の好適な抗原又はその抗原性部分に対して標的化し得る。
【０２２６】
ＴＩＬの医薬組成物、投薬量及び投与レジメン
[00250]  ある実施形態において、本開示の方法を使用して拡大培養されたＴ細胞又はＴＩＬは、医薬組成物として患者に投与される。ある実施形態において、医薬組成物は、滅菌緩衝液中のＴ細胞又はＴＩＬの懸濁液である。本開示の方法を使用して拡大培養されたＴ細胞又はＴＩＬは、当該技術分野において公知のとおりの任意の好適な経路によって投与され得る。好ましくは、Ｔ細胞又はＴＩＬは、単回動脈内又は静脈内注入として投与され、これは、好ましくは、約３０〜６０分間継続される。他の好適な投与経路としては、腹腔内、髄腔内及びリンパ内投与が挙げられる。任意の好適な用量のＴ細胞又はＴＩＬを投与することができる。好ましくは、約２．３×１０１０〜約１３．７×１０１０  Ｔ細胞又はＴＩＬが投与され、特に癌が黒色腫である場合、平均約７．８×１０１０  Ｔ細胞又はＴＩＬである。ある実施形態において、約１．２×１０１０〜約４．３×１０１０のＴ細胞又はＴＩＬが投与される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２７】
[00251]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの数は、約１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、９×１０１２、１×１０１３、２×１０１３、３×１０１３、４×１０１３、５×１０１３、６×１０１３、７×１０１３、８×１０１３及び９×１０１３である。ある実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの数は、１×１０６〜５×１０６、５×１０６〜１×１０７、１×１０７〜５×１０７、５×１０７〜１×１０８、１×１０８〜５×１０８、５×１０８〜１×１０９、１×１０９〜５×１０９、５×１０９〜１×１０１０、１×１０１０〜５×１０１０、５×１０１０〜１×１０１１、５×１０１１〜１×１０１２、１×１０１２〜５×１０１２及び５×１０１２〜１×１０１３の範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２８】
[00252]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの濃度は、例えば、医薬組成物の１００％、９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％、０．１％、０．０９％、０．０８％、０．０７％、０．０６％、０．０５％、０．０４％、０．０３％、０．０２％、０．０１％、０．００９％、０．００８％、０．００７％、０．００６％、０．００５％、０．００４％、０．００３％、０．００２％、０．００１％、０．０００９％、０．０００８％、０．０００７％、０．０００６％、０．０００５％、０．０００４％、０．０００３％、０．０００２％又は０．０００１％ｗ／ｗ、ｗ／ｖ又はｖ／ｖ未満である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２２９】
[00253]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの濃度は、医薬組成物の９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１９．７５％、１９．５０％、１９．２５％、１９％、１８．７５％、１８．５０％、１８．２５％、１８％、１７．７５％、１７．５０％、１７．２５％、１７％、１６．７５％、１６．５０％、１６．２５％、１６％、１５．７５％、１５．５０％、１５．２５％、１５％、１４．７５％、１４．５０％、１４．２５％、１４％、１３．７５％、１３．５０％、１３．２５％、１３％、１２．７５％、１２．５０％、１２．２５％、１２％、１１．７５％、１１．５０％、１１．２５％、１１％、１０．７５％、１０．５０％、１０．２５％、１０％、９．７５％、９．５０％、９．２５％、９％、８．７５％、８．５０％、８．２５％、８％、７．７５％、７．５０％、７．２５％、７％、６．７５％、６．５０％、６．２５％、６％、５．７５％、５．５０％、５．２５％、５％、４．７５％、４．５０％、４．２５％、４％、３．７５％、３．５０％、３．２５％、３％、２．７５％、２．５０％、２．２５％、２％、１．７５％、１．５０％、１２５％、１％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％、０．１％、０．０９％、０．０８％、０．０７％、０．０６％、０．０５％、０．０４％、０．０３％、０．０２％、０．０１％、０．００９％、０．００８％、０．００７％、０．００６％、０．００５％、０．００４％、０．００３％、０．００２％、０．００１％、０．０００９％、０．０００８％、０．０００７％、０．０００６％、０．０００５％、０．０００４％、０．０００３％、０．０００２％又は０．０００１％ｗ／ｗ、ｗ／ｖ又はｖ／ｖ超である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３０】
[00254]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの濃度は、医薬組成物の約０．０００１％〜約５０％、約０．００１％〜約４０％、約０．０１％〜約３０％、約０．０２％〜約２９％、約０．０３％〜約２８％、約０．０４％〜約２７％、約０．０５％〜約２６％、約０．０６％〜約２５％、約０．０７％〜約２４％、約０．０８％〜約２３％、約０．０９％〜約２２％、約０．１％〜約２１％、約０．２％〜約２０％、約０．３％〜約１９％、約０．４％〜約１８％、約０．５％〜約１７％、約０．６％〜約１６％、約０．７％〜約１５％、約０．８％〜約１４％、約０．９％〜約１２％又は約１％〜約１０％ｗ／ｗ、ｗ／ｖ又はｖ／ｖの範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３１】
[00255]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの濃度は、医薬組成物の約０．００１％〜約１０％、約０．０１％〜約５％、約０．０２％〜約４．５％、約０．０３％〜約４％、約０．０４％〜約３．５％、約０．０５％〜約３％、約０．０６％〜約２．５％、約０．０７％〜約２％、約０．０８％〜約１．５％、約０．０９％〜約１％、約０．１％〜約０．９％ｗ／ｗ、ｗ／ｖ又はｖ／ｖの範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３２】
[00256]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの量は、１０ｇ、９．５ｇ、９．０ｇ、８．５ｇ、８．０ｇ、７．５ｇ、７．０ｇ、６．５ｇ、６．０ｇ、５．５ｇ、５．０ｇ、４．５ｇ、４．０ｇ、３．５ｇ、３．０ｇ、２．５ｇ、２．０ｇ、１．５ｇ、１．０ｇ、０．９５ｇ、０．９ｇ、０．８５ｇ、０．８ｇ、０．７５ｇ、０．７ｇ、０．６５ｇ、０．６ｇ、０．５５ｇ、０．５ｇ、０．４５ｇ、０．４ｇ、０．３５ｇ、０．３ｇ、０．２５ｇ、０．２ｇ、０．１５ｇ、０．１ｇ、０．０９ｇ、０．０８ｇ、０．０７ｇ、０．０６ｇ、０．０５ｇ、０．０４ｇ、０．０３ｇ、０．０２ｇ、０．０１ｇ、０．００９ｇ、０．００８ｇ、０．００７ｇ、０．００６ｇ、０．００５ｇ、０．００４ｇ、０．００３ｇ、０．００２ｇ、０．００１ｇ、０．０００９ｇ、０．０００８ｇ、０．０００７ｇ、０．０００６ｇ、０．０００５ｇ、０．０００４ｇ、０．０００３ｇ、０．０００２ｇ又は０．０００１ｇ以下である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３３】
[00257]  一部の実施形態において、本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬの量は、０．０００１ｇ、０．０００２ｇ、０．０００３ｇ、０．０００４ｇ、０．０００５ｇ、０．０００６ｇ、０．０００７ｇ、０．０００８ｇ、０．０００９ｇ、０．００１ｇ、０．００１５ｇ、０．００２ｇ、０．００２５ｇ、０．００３ｇ、０．００３５ｇ、０．００４ｇ、０．００４５ｇ、０．００５ｇ、０．００５５ｇ、０．００６ｇ、０．００６５ｇ、０．００７ｇ、０．００７５ｇ、０．００８ｇ、０．００８５ｇ、０．００９ｇ、０．００９５ｇ、０．０１ｇ、０．０１５ｇ、０．０２ｇ、０．０２５ｇ、０．０３ｇ、０．０３５ｇ、０．０４ｇ、０．０４５ｇ、０．０５ｇ、０．０５５ｇ、０．０６ｇ、０．０６５ｇ、０．０７ｇ、０．０７５ｇ、０．０８ｇ、０．０８５ｇ、０．０９ｇ、０．０９５ｇ、０．１ｇ、０．１５ｇ、０．２ｇ、０．２５ｇ、０．３ｇ、０．３５ｇ、０．４ｇ、０．４５ｇ、０．５ｇ、０．５５ｇ、０．６ｇ、０．６５ｇ、０．７ｇ、０．７５ｇ、０．８ｇ、０．８５ｇ、０．９ｇ、０．９５ｇ、１ｇ、１．５ｇ、２ｇ、２．５、３ｇ、３．５、４ｇ、４．５ｇ、５ｇ、５．５ｇ、６ｇ、６．５ｇ、７ｇ、７．５ｇ、８ｇ、８．５ｇ、９ｇ、９．５ｇ又は１０ｇ超である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３４】
[00258]  本発明の医薬組成物中に提供されるＴ細胞又はＴＩＬは、広い投薬量範囲にわたって有効である。正確な投薬量は、投与経路、化合物の投与形態、治療対象の性別及び年齢、治療対象の体重並びに主治医の意向及び経験に依存することになる。臨床的に確立されたＴ細胞又はＴＩＬの投薬量も適宜用いられ得る。Ｔ細胞又はＴＩＬの投薬量など、本明細書の方法を用いて投与される医薬組成物の量は、治療下のヒト又は哺乳類、障害又は病態の重症度、投与速度、医薬品有効成分の性質及び処方医師の裁量に依存することになる。一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、単回用量で投与され得る。かかる投与は、注射、例えば静脈内注射により得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、複数回用量で投与され得る。投与は、年１回、２回、３回、４回、５回、６回又は６回超であり得る。投与は、月１回、２週間に１回、週１回又は隔日１回であり得る。Ｔ細胞又はＴＩＬの投与は、必要な限り継続され得る。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３５】
[00259]  一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの有効投薬量は、約１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、９×１０１２、１×１０１３、２×１０１３、３×１０１３、４×１０１３、５×１０１３、６×１０１３、７×１０１３、８×１０１３及び９×１０１３である。一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの有効投薬量は、１×１０６〜５×１０６、５×１０６〜１×１０７、１×１０７〜５×１０７、５×１０７〜１×１０８、１×１０８〜５×１０８、５×１０８〜１×１０９、１×１０９〜５×１０９、５×１０９〜１×１０１０、１×１０１０〜５×１０１０、５×１０１０〜１×１０１１、５×１０１１〜１×１０１２、１×１０１２〜５×１０１２及び５×１０１２〜１×１０１３の範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３６】
[00260]  一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの有効投薬量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約４．３ｍｇ／ｋｇ、約０．１５ｍｇ／ｋｇ〜約３．６ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ〜約３．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３５ｍｇ／ｋｇ〜約２．８５ｍｇ／ｋｇ、約０．１５ｍｇ／ｋｇ〜約２．８５ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ〜約２．１５ｍｇ／ｋｇ、約０．４５ｍｇ／ｋｇ〜約１．７ｍｇ／ｋｇ、約０．１５ｍｇ／ｋｇ〜約１．３ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ〜約１．１５ｍｇ／ｋｇ、約０．４５ｍｇ／ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ、約０．５５ｍｇ／ｋｇ〜約０．８５ｍｇ／ｋｇ、約０．６５ｍｇ／ｋｇ〜約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ〜約０．７５ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ〜約２．１５ｍｇ／ｋｇ、約０．８５ｍｇ／ｋｇ〜約２ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約１．８５ｍｇ／ｋｇ、約１．１５ｍｇ／ｋｇ〜約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ  ｍｇ〜約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．３５ｍｇ／ｋｇ〜約１．５ｍｇ／ｋｇ、約２．１５ｍｇ／ｋｇ〜約３．６ｍｇ／ｋｇ、約２．３ｍｇ／ｋｇ〜約３．４ｍｇ／ｋｇ、約２．４ｍｇ／ｋｇ〜約３．３ｍｇ／ｋｇ、約２．６ｍｇ／ｋｇ〜約３．１５ｍｇ／ｋｇ、約２．７ｍｇ／ｋｇ〜約３ｍｇ／ｋｇ、約２．８ｍｇ／ｋｇ〜約３ｍｇ／ｋｇ又は約２．８５ｍｇ／ｋｇ〜約２．９５ｍｇ／ｋｇの範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３７】
[00261]  一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬの有効投薬量は、約１ｍｇ〜約５００ｍｇ、約１０ｍｇ〜約３００ｍｇ、約２０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約２５ｍｇ〜約２００ｍｇ、約１ｍｇ〜約５０ｍｇ、約５ｍｇ〜約４５ｍｇ、約１０ｍｇ〜約４０ｍｇ、約１５ｍｇ〜約３５ｍｇ、約２０ｍｇ〜約３０ｍｇ、約２３ｍｇ〜約２８ｍｇ、約５０ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約６０ｍｇ〜約１４０ｍｇ、約７０ｍｇ〜約１３０ｍｇ、約８０ｍｇ〜約１２０ｍｇ、約９０ｍｇ〜約１１０ｍｇ又は約９５ｍｇ〜約１０５ｍｇ、約９８ｍｇ〜約１０２ｍｇ、約１５０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約１６０ｍｇ〜約２４０ｍｇ、約１７０ｍｇ〜約２３０ｍｇ、約１８０ｍｇ〜約２２０ｍｇ、約１９０ｍｇ〜約２１０ｍｇ、約１９５ｍｇ〜約２０５ｍｇ又は約１９８〜約２０７ｍｇの範囲である。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２３８】
[00262]  有効量のＴ細胞又はＴＩＬは、鼻腔内及び経皮経路、動脈内注射によること、静脈内、腹腔内、非経口的、筋肉内、皮下、局所、移植又は腫瘍への直接注射によること又は吸入によることを含め、同様の有用性を有する薬剤について一般に認められている任意の投与方式により、単回用量又は複数回用量のいずれかで投与され得る。
【０２３９】
[00263]  好ましい実施形態において、本発明は、Ｔ細胞又はＴＩＬ及びこれらの組み合わせと、腫瘍内注射又は静脈内注入を含めた注射に好適な医薬賦形剤とを含有する注射用医薬組成物を提供する。本組成物中の薬剤の成分及び量は、本明細書に記載されるとおりである。
【０２４０】
[00264]  一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、単回用量で投与される。かかる投与は、注射、例えば静脈内注射により得る。
【０２４１】
[00265]  一部の実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、複数回用量で投与される。好ましい実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、複数回用量で投与される。ＴＩＬの投与は、月１回、２週間に１回、週１回又は隔日１回であり得る。
【０２４２】
[00266]  注射による投与のために本発明の組成物を配合し得る形態としては、水性又は油性懸濁液又はエマルションであって、ゴマ油、トウモロコシ油、綿実油又はピーナッツ油含有のもの並びにエリキシル剤、マンニトール、デキストロース又は滅菌水溶液及び同様の医薬媒体が挙げられる。
【０２４３】
[00267]  生理食塩水中の水溶液も従来注射のために使用されている。エタノール、グリセロール、プロピレングリコール及び液体ポリエチレングリコール（及びこれらの好適な混合物）、シクロデキストリン誘導体及び植物油も利用し得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒度の維持のため及び界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物作用の防止は、様々な抗細菌剤及び抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸及びチメロサールによってもたらすことができる。
【０２４４】
[00268]  滅菌注射用溶液は、適切な媒体中に必要な量のＴ細胞又はＴＩＬを適宜上記に列挙されるとおりの種々の他の成分と共に配合し、続いてろ過滅菌することにより調製される。概して、分散液は、基礎分散媒及び上記に列挙されるものからの他の必要な成分を含有する滅菌媒体中に様々な滅菌活性成分を配合することにより調製される。滅菌注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合、特定の望ましい調製方法は、活性成分＋任意の追加的な所望の成分の粉末を予め滅菌ろ過されたその溶液から生じさせる真空乾燥法及び凍結乾燥法である。
【０２４５】
他の医薬組成物
[00269]  医薬組成物は、本明細書に記載される組成物と、舌下、頬側、直腸、骨内、眼内、鼻腔内、硬膜上又は脊髄内投与に好適な１つ以上の薬学的に許容可能な賦形剤とからも調製され得る。かかる医薬組成物の調製は、当該技術分野において周知である。例えば、Anderson, et al., eds., Handbook of Clinical Drug Data, Tenth Edition, McGraw-Hill, 2002；及びPratt and Taylor, eds., Principles of Drug Action, Third Edition, Churchill Livingston, N.Y., 1990（これらの各々は、参照により全体として本明細書に援用される）を参照されたい。
【０２４６】
[00270]  Ｔ細胞又はＴＩＬの投与は、作用部位への送達を可能にする任意の方法によって達成することができる。これらの方法としては、経口経路、十二指腸内経路、非経口注射（静脈内、動脈内、皮下、筋肉内、血管内、腹腔内又は注入を含む）、局所（例えば、経皮的塗布）、直腸投与、カテーテル若しくはステントによる局所送達を介すること又は吸入によること、脂肪内（intraadiposally）又は髄腔内が挙げられる。
【０２４７】
[00271]  本発明は、キットも提供する。キットは、好適なパッケージング中にある単独での又は組み合わせでの即時投与可能なＴ細胞又はＴＩＬ並びに使用説明書、臨床試験の考察及び副作用一覧を含み得る文書資料を含む。かかるキットは、組成物の活性及び／又は利点を指示又は確立し、及び／又は用量設定、投与、副作用、薬物相互作用又は医療提供者に有用な他の情報を記載する参考科学文献、添付文書資料、臨床試験結果及び／又はこれらの要約などの情報も含み得る。かかる情報は、様々な試験、例えばインビボモデルが関わる実験動物を使用した試験及びヒト臨床試験に基づく試験の結果に基づき得る。キットは、別の医薬品有効成分を更に含み得る。選択された実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬ及び別の医薬品有効成分は、キット内で別個の容器に別個の組成物として提供される。選択された実施形態において、Ｔ細胞又はＴＩＬは、キットにある容器内に単一の組成物として提供される。好適なパッケージング及び使用のための追加的な物品（例えば、液体調製物のための計量カップ、曝気を最小限に抑えるためのフォイル包装材など）は、当該技術分野において公知であり、キットに含まれ得る。本明細書に記載されるキットは、医師、看護師、薬剤師、処方薬剤管理者などを含めた医療提供者に提供され、販売され、及び／又は宣伝され得る。キットはまた、選択された実施形態では消費者に直接販売され得る。
【０２４８】
[00272]  上記に記載されるキットは、好ましくは、本明細書に記載される疾患及び病態の治療における使用のためのものである。好ましい実施形態において、キットは、癌の治療における使用のためのものである。好ましい実施形態において、キットは、固形腫瘍癌の治療における使用のためのものである。好ましい実施形態において、本発明のキットは、本明細書に記載される任意の癌を含め、癌の治療における使用のためのものである。
【０２４９】
癌の治療方法
[00273]  Ｔ細胞又はＴＩＬ（及びその集団）の組成物及び併用は、過剰増殖性障害の治療方法において使用することができる。好ましい実施形態において、これは、癌の治療における使用のためのものである。好ましい実施形態において、本発明は、癌の治療方法を提供し、ここで、癌は、血液学的悪性腫瘍又は固形腫瘍である。好ましい実施形態において、本発明は、癌の治療方法を提供し、ここで、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。好ましい実施形態において、本発明は、癌の治療方法を提供し、ここで、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）又はトリプルネガティブ乳癌、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。好ましい実施形態において、本発明は、Ｔ細胞又はＴＩＬによる癌の治療方法を提供し、ここで、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。好ましい実施形態において、本発明は、Ｔ細胞又はＴＩＬによる癌の治療方法を提供し、ここで、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２５０】
[00274]  一部の実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団で癌を治療する方法を提供し、この方法は、
（ａ）患者から腫瘍を切除するステップであって、腫瘍は、第１のＴＩＬ集団を含む、ステップ；
（ｂ）腫瘍を断片化して腫瘍断片を入手するステップ；
（ｃ）腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
（ｄ）第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
（ｅ）第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
（ｆ）第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
（ｇ）癌を有する患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含み；ここで、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。
【０２５１】
[00275]  一部の実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団で癌を治療する方法を提供し、この方法は、
（ａ）患者から腫瘍又は腫瘍断片を受け取るステップであって、腫瘍又は腫瘍断片は、第１のＴＩＬ集団を含む、ステップ；
（ｂ）任意選択で腫瘍を断片化して腫瘍断片を入手するステップ；
（ｃ）腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
（ｄ）第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
（ｅ）第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び
（ｆ）第３のＴＩＬ集団を回収するステップ
を含み；ここで、癌は、黒色腫、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、頭頸部癌、腎細胞癌、急性骨髄性白血病、結腸直腸癌及び肉腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、本方法は、癌を有する患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。
【０２５２】
[00276]  一部の実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団で癌を治療する方法を提供し、この方法は、
（ａ）患者から腫瘍を切除するステップであって、腫瘍は、第１のＴＩＬ集団を含む、ステップ；
（ｂ）腫瘍を断片化して腫瘍断片を入手するステップ；
（ｃ）腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
（ｄ）第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
（ｅ）第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；
（ｆ）第３のＴＩＬ集団を回収するステップ；及び
（ｇ）癌を有する患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与するステップ
を含み；ここで、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。
【０２５３】
[00277]  一部の実施形態において、本発明は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）集団で癌を治療する方法を提供し、この方法は、
（ａ）患者から腫瘍又は腫瘍断片を受け取るステップであって、腫瘍又は腫瘍断片は、第１のＴＩＬ集団を含む、ステップ；
（ｂ）任意選択で腫瘍を断片化して腫瘍断片を入手するステップ；
（ｃ）腫瘍断片を第１の細胞培養培地と接触させるステップ；
（ｄ）第１の細胞培養培地中で第１のＴＩＬ集団の初期拡大培養を実施して第２のＴＩＬ集団を入手するステップであって、第２のＴＩＬ集団は、第１のＴＩＬ集団より少なくとも５倍数が多く、第１の細胞培養培地は、ＩＬ−２を含む、ステップ；
（ｅ）第２の細胞培養培地中で第２のＴＩＬ集団の迅速拡大培養を実施して第３のＴＩＬ集団を入手するステップであって、迅速拡大培養の開始から７日後、第３のＴＩＬ集団は、第２のＴＩＬ集団より少なくとも５０倍数が多く；第２の細胞培養培地は、ＩＬ−２、ＯＫＴ−３（抗ＣＤ３抗体）及び照射同種末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含み；迅速拡大培養は、１４日以下の期間にわたって実施される、ステップ；及び
（ｆ）第３のＴＩＬ集団を回収するステップ
を含み；ここで、癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エストロゲン受容体陽性（ＥＲ＋）乳癌、プロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）乳癌、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２＋）乳癌、トリプルポジティブ乳癌（ＥＲ＋／ＰＲ＋／ＨＥＲ２＋）、トリプルネガティブ乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−）、二重抵抗性黒色腫及びぶどう膜（眼）黒色腫からなる群から選択される。一部の実施形態において、本方法は、癌を有する患者に治療上有効な分量の第３のＴＩＬ集団を投与することを更に含む。
【０２５４】
[00278]  適応される疾患又は障害の治療、予防及び／又は管理における本明細書に記載される方法、化合物及び化合物の併用の有効性は、当該技術分野において公知の様々な動物モデルを用いて試験することができる。膵癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、Herreros-Villanueva, et al., World J. Gastroenterol. 2012, 18, 1286-1294に記載されている。乳癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、例えば、Fantozzi, Breast Cancer Res. 2006, 8, 212に記載されている。卵巣癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、例えば、Mullany, et al., Endocrinology 2012, 153, 1585-92；及びFong, et al., J. Ovarian Res. 2009, 2, 12に記載されている。黒色腫治療の有効性を決定するためのモデルについては、例えば、Damsky, et al., Pigment Cell & Melanoma Res. 2010, 23, 853-859に記載されている。肺癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、例えば、Meuwissen, et al., Genes & Development, 2005, 19, 643-664に記載されている。肺癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、例えば、Kim, Clin. Exp. Otorhinolaryngol. 2009, 2, 55-60；及びSano, Head Neck Oncol. 2009, 1, 32に記載されている。ＣＴ２６モデルを含め、結腸直腸癌治療の有効性を決定するためのモデルについては、Castle, et al., BMC Genomics, 2013, 15, 190；Endo, et al., Cancer Gene Therapy, 2002, 9, 142-148；Roth, et al., Adv. Immunol. 1994, 57, 281-351；Fearon, et al., Cancer Res. 1988, 48, 2975-2980に記載されている。
【０２５５】
化学療法による骨髄非破壊的リンパ球枯渇
[00279]  ある実施形態において、本発明は、Ｔ細胞又はＴＩＬ集団で癌を治療する方法を提供し、ここで、患者は、Ｔ細胞又はＴＩＬの注入前に骨髄非破壊的化学療法で前治療される。ある実施形態において、骨髄非破壊的化学療法は、１つ以上の化学療法剤である。ある実施形態において、骨髄非破壊的化学療法は、２日間（Ｔ細胞又はＴＩＬ注入前２７日目及び２６日目）のシクロホスファミド６０ｍｇ／ｋｇ／日及び５日間（ＴＩＬ注入前２７〜２３日目）のフルダラビン２５ｍｇ／ｍ２／日である。ある実施形態において、骨髄非破壊的化学療法及び本開示に係るＴ細胞又はＴＩＬ注入（０日目）後、患者は、生理学的忍容量まで８時間毎に静脈内に７２０，０００ＩＵ／ｋｇのＩＬ−２の静脈内注入を受ける。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、ナチュラルキラーＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、Ｔヘルパー細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、γδＴ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、同種Ｔ細胞が含まれる。一部の実施形態において、Ｔ細胞には、自家Ｔ細胞が含まれる。
【０２５６】
[00280]  実験的知見から、腫瘍特異的Ｔリンパ球の養子移入前のリンパ球枯渇は、調節性Ｔ細胞及び免疫系の競合エレメント（「サイトカインシンク」）の除去により、治療有効性の増強において重要な役割を果たすことが指摘される。従って、本発明の一部の実施形態は、本発明のＴ細胞又はＴＩＬの導入前に患者に対してリンパ球枯渇ステップ（ときに「免疫抑制コンディショニング」とも称される）を利用する。
【０２５７】
[00281]  一般に、リンパ球枯渇は、フルダラビン又はシクロホスファミド（その活性型はマホスファミドと称される）及びこれらの併用の投与を用いて実現される。かかる方法については、Gassner, et al., Cancer Immunol. Immunother. 2011, 60, 75-85、Muranski, et al., Nat. Clin. Pract. Oncol., 2006, 3, 668-681、Dudley, et al., J. Clin. Oncol. 2008, 26, 5233-5239及びDudley, et al., J. Clin. Oncol. 2005, 23, 2346-2357（これらは、全て本明細書において全体として参照により援用される）に記載されている。
【０２５８】
[00282]  一部の実施形態において、フルダラビンは、０．５μｇ／ｍＬ〜１０μｇ／ｍＬフルダラビンの濃度で投与される。一部の実施形態において、フルダラビンは、１μｇ／ｍＬフルダラビンの濃度で投与される。一部の実施形態において、フルダラビン治療は、１日、２日、３日、４日、５日、６日又は７日間又はそれ以上投与される。一部の実施形態において、フルダラビンは、１０ｍｇ／ｋｇ／日、１５ｍｇ／ｋｇ／日、２０ｍｇ／ｋｇ／日、２５ｍｇ／ｋｇ／日、３０ｍｇ／ｋｇ／日、３５ｍｇ／ｋｇ／日、４０ｍｇ／ｋｇ／日又は４５ｍｇ／ｋｇ／日の投薬量で投与される。一部の実施形態において、フルダラビン治療は、３５ｍｇ／ｋｇ／日で２〜７日間投与される。一部の実施形態において、フルダラビン治療は、３５ｍｇ／ｋｇ／日で４〜５日間投与される。一部の実施形態において、フルダラビン治療は、２５ｍｇ／ｋｇ／日で４〜５日間投与される。
【０２５９】
[00283]  一部の実施形態において、活性型のシクロホスファミドであるマホスファミドは、シクロホスファミドの投与によって０．５μｇ／ｍＬ〜１０μｇ／ｍＬの濃度で得られる。一部の実施形態において、活性型のシクロホスファミドであるマホスファミドは、シクロホスファミドの投与によって１μｇ／ｍＬの濃度で得られる。一部の実施形態において、シクロホスファミド治療は、１日、２日、３日、４日、５日、６日又は７日間又はそれ以上投与される。一部の実施形態において、シクロホスファミドは、１００ｍｇ／ｍ２／日、１５０ｍｇ／ｍ２／日、１７５ｍｇ／ｍ２／日、２００ｍｇ／ｍ２／日、２２５ｍｇ／ｍ２／日、２５０ｍｇ／ｍ２／日、２７５ｍｇ／ｍ２／日又は３００ｍｇ／ｍ２／日の投薬量で投与される。一部の実施形態において、シクロホスファミドは、静脈内に（即ちｉ．ｖ．）投与される。一部の実施形態において、シクロホスファミド治療は、３５ｍｇ／ｋｇ／日で２〜７日間投与される。一部の実施形態において、シクロホスファミド治療は、２５０ｍｇ／ｍ２／日で４〜５日間にわたってｉ．ｖ．投与される。一部の実施形態において、シクロホスファミド治療は、２５０ｍｇ／ｍ２／日で４日間にわたってｉ．ｖ．投与される。
【０２６０】
[00284]  一部の実施形態において、リンパ球枯渇は、患者にフルダラビン及びシクロホスファミドを一緒に投与することにより実施される。一部の実施形態において、４日間にわたり、フルダラビンは、２５ｍｇ／ｍ２／日でｉ．ｖ．投与され、シクロホスファミドは、２５０ｍｇ／ｍ２／日でｉ．ｖ．投与される。
【０２６１】
[00285]  ある実施形態において、リンパ球枯渇は、６０ｍｇ／ｍ２／日の用量で２日間のシクロホスファミドの投与と、それに続く２５ｍｇ／ｍ２／日の用量で５日間のフルダラビンの投与によって実施される。
【実施例】
【０２６２】
実施例
[00286]  ここで、以下の実施例を参照して、本明細書に包含される実施形態を説明する。これらの実施例は、あくまでも例示を目的として提供されるものであり、本明細書に包含される開示がこれらの実施例に限定されると解釈されることがあっては決してならず、むしろ本明細書に提供される教示の結果として明らかになるあらゆる変形形態を包含すると解釈されなければならない。
【０２６３】
実施例１：BDX008及びＩＬ２免疫療法テスト
[00287]  養子細胞移入療法は、転移性黒色腫患者において持続性のある完全退縮につながり得るが（Goff et al., J Clin Oncol, 2016, Jul 10, 34(20):2389）、それは、治療を受ける患者の少数に過ぎない。選択された患者集団の中で持続性のある奏効率の亢進がもたらされるように、かかる療法が奏効する可能性が最も高い又はその可能性が極めて低い患者を同定可能であることは、興味深い。
【０２６４】
[00288]  異なる強度のリンパ球枯渇後における腫瘍浸潤リンパ球の養子移入の前向き研究において、転移性黒色腫患者から採取した治療前血清試料が提供された。これらの試料に対し、本明細書においてそれぞれBDX008テスト及びIL2テストと称される２つのBiodesix免疫療法テストを実施し、療法に持続的有益性がある可能性が最も高い患者を同定可能な新規テストを作り出すことを目標に新規分類器開発を行った。BDX008テストは、試料をBDX008-又はBDX008+に分類する。BDX008+は、より一般的には、BDX008-よりも長い無増悪生存期間に関連する。IL2テストは、試料をIL2テストEarly（予後不良群）又はIL2テストLate（予後良好群）に分類する。換言すれば、IL2テストlateは、より一般的には、IL2テストearlyよりも長い無増悪生存期間に関連する。
【０２６５】
[00289]  試料：試料の目録に９０例の試料が含まれた。１例の試料（NV12_SP_2108_002）は、欠測であり、４例の試料は、目視検査で溶血が認められた（HARV_SP_0612_001、HARV_SP_0657_002、NV12_SP_0706_001及びNV12_SP_2186_001）。残りの８５例の試料をスペクトル取得のために調製し、deep MALDIスペクトルを取得した。８５人の患者の分析コホートのベースライン臨床特性を含めた、試料を分析に利用可能な８５人の患者のコホートのベースライン臨床特性を表１に要約する。
【０２６６】
【表３】
2021508104.tif 000005
【０２６７】
[00290]  このコホートの療法に対する奏効を表２に要約し、無増悪生存期間（ＰＦＳ）を図１に示す（ＣＲ：完全奏効；ＰＲ：部分奏効；ＮＲ：無奏効；ＳＤ：安定した病勢；ＰＤ：増悪する病勢）。
【０２６８】
【表４】
2021508104.tif 000006
【０２６９】
[00291]  質量スペクトル取得に好適な８５例の試料にBDX008テストを適用した。２９例（３４％）がBDX008-に分類され、５６例（６６％）がBDX008+に分類された。試料別のBDX008分類を表３に提供する（既存のテスト分類及びバッチ割り当て；試料別の質量スペクトルが収集されたバッチ、BDX008及びIL2テスト分類）。図２は、BDX008分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示し、BDX008分類別の奏効を表４に要約する。BDX008分類別のベースライン特性を表５に要約する（分析コホートのベースライン臨床特性）。
【０２７０】
【表５】
2021508104.tif 000007
【０２７１】
【表６】
2021508104.tif 000008
【０２７２】
【表７】
2021508104.tif 000009
【０２７３】
【表８】
2021508104.tif 000010
【０２７４】
【表９】
2021508104.tif 000011
【０２７５】
[00292]  質量スペクトル取得に好適な８５例の試料にIL2テストを適用した。５９例（６９％）がIL2テストEarly（予後不良群）に分類され、２６例（３１％）がIL2テストLate（予後良好群）に分類された。試料別のIL2テスト分類を表３に提供する。図３は、IL2テスト分類別のＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示し、IL2テスト分類別の奏効を表６に要約する。IL2テスト分類別のベースライン臨床特性を表７に要約する。
【０２７６】
【表１０】
2021508104.tif 000012
【０２７７】
【表１１】
2021508104.tif 000013
【０２７８】
実施例２：新規分類器開発
試料調製
[00293]  試料を解凍し、３μＬアリコートの各試料及び品質管理用血清（５人の健常患者の血清から入手されたプール試料、ProMedDxから購入、「SerumP3」）をVeriStrat（登録商標）血清カード（Therapak）にスポッティングした。カードを周囲温度で１時間乾燥させた後、６ｍｍ皮膚生検パンチ（Acuderm）で全血清スポットをくり抜いた。０．４５μｍナイロン膜（VWR）を備えた遠心フィルタに各パンチを入れた。パンチが入った遠心フィルタに１００μＬのＨＰＬＣグレード水（JT Baker）を加えた。パンチを穏やかに１０分間ボルテックスし、次に１４，０００ｒｃｆで２分間スピンダウンした。フロースルーを取り出し、２回目の抽出ラウンドのため再びパンチに移した。２回目の抽出ラウンドについて、パンチは穏やかに３分間ボルテックスし、次に１４，０００ｒｃｆで２分間スピンダウンした。次にＭＡＬＤＩ分析のため各試料から２０マイクロリットルのろ液を０．５ｍＬエッペンドルフチューブに移した。
【０２７９】
[00294]  続く試料調製ステップは、全て特注設計の温湿度制御チャンバ（Coy Laboratory）において行った。温度は３０℃に設定し、相対湿度は１０％に設定した。
【０２８０】
[00295]  等容積の新鮮に調製したマトリックス（１ｍＬの５０％アセトニトリル：５０％水＋０．１％ＴＦＡ当たり２５ｍｇのシナピン酸）を各２０μＬ血清抽出物に加え、混合物を３０秒間ボルテックスした。最初の３アリコート（３×２μＬ）の試料：マトリックス混合物はチューブキャップに廃棄した。次に８アリコートの２μＬ試料：マトリックス混合物をステンレス鋼ＭＡＬＤＩ標的プレート（SimulTOF）にスポッティングした。チャンバ内でＭＡＬＤＩ標的を乾燥させた後、ＭＡＬＤＩマススペクトロメータに入れた。
【０２８１】
[00296]  この試料の組をＭＡＬＤＩ分析のため２バッチで処理した。各バッチランの始まり（２つの調製物）及び終わり（２つの調製物）にＱＣ試料を加えた。バッチ別ランの試料の分布は表３に示す。
【０２８２】
[00297]  質量スペクトルの生成に好適な８５例の試料全てについて、試料調製及びスペクトル取得プロセス全体を２回繰り返し、最初のラン、最初のランと２回目のランとの間及び２回目のランの直後にマススペクトロメータ適格性確認ランを行った。試料はラン毎にバッチ及びＭＡＬＤＩプレートスポットについて個別に無作為化した。
【０２８３】
[00298]  マススペクトロメータ適格性確認：試料からのスペクトル取得前及び取得後に計測器適格性確認手順を行い、本プロジェクトの質量分析に関するデータ収集にわたって予想性能が維持されることを確実にした。手順は以下に定義する。
【０２８４】
[00299]  試料セット：RuO40試料セットは、十分に特徴付けられた４０例のヒト血清試料で構成される。「ゴールドスタンダード」又はベースラインランは、deep MALDI試料調製及び取得手順を用いてST100マススペクトロメータで取得した。データは、いかなる「テスト」であれ無関係に、確立された処理方法を用いて処理し、且つ目的のｍ／ｚ範囲を網羅し且つ特徴量強度範囲を網羅するように選択した９０例の質量スペクトル特徴量について、予想値の特徴量テーブルを作成した。
【０２８５】
[00300]  一致分析：計測器性能を評価するため、RuO40試料セットに対して一致分析を実施する。端的には、試料を調製し、スペクトルを取得する。次に、バックグラウンド減算、規格化、アラインメント及びバッチ補正（対ゴールドスタンダード）を含む確立された処理方法を用いてデータを処理することにより、特徴量値テーブルを求める。これらの９０個の特徴量を、ゴールドスタンダードランで収集された値と比較する。９０個全ての特徴量について一致プロットを作成し、線形回帰を実施する。「傾き」を用いて要約統計量（本質的に残差平方和）を計算する。一致分析が適合判定となるには、要約統計量が確立されたメトリックの要件を満たさなければならない（要約統計量＞０．９６）。加えて、一致分析の前提条件として処理に含まれる全ての品質管理尺度について、スペクトルが適合判定とならなければならない。
【０２８６】
[00301]  全ての適格性確認ランに関する計測器適格性確認メトリック：表８及び表９に要約するとおり。
【０２８７】
【表１２】
2021508104.tif 000014
【０２８８】
【表１３】
2021508104.tif 000015
【０２８９】
スペクトル取得
[00302]  ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦマススペクトロメータ（SimulTOF 100 s/n: LinearBipolar 11.1024.01、製造元Virgin Instruments、Marlborough, MA, USA）を使用してＭＡＬＤＩスペクトルを入手した。この計測器はポジティブイオンモードで動作するように設定され、０．５ｋＨｚのレーザー繰り返し率で動作する３４９ｎｍダイオード励起周波数三倍化Ｎｄ：ＹＬＦレーザーを用いてイオンを生成した。テスト試料の各ランの直前に、マススペクトロメータを機械適格性確認手順にかけて適合判定を得ることにより、十分なマススペクトロメータ性能であることを確認した（表８及び表９を参照されたい）。外部キャリブレーションは、ＱＣ血清スペクトルにおける以下のピーク：ｍ／ｚ＝３３１７Ｄａ、４１５５Ｄａ、６６３５Ｄａ、９４３０Ｄａ、１３８８８Ｄａ、１５８７６Ｄａ及び２８０９８Ｄａを用いて実施した。テスト試料の２回目のランの後、マススペクトロメータを再び機械適格性確認にかけて適合判定を得た。
【０２９０】
[00303]  各ＭＡＬＤＩスポットからのスペクトルは、ステージが０．２５ｍｍ／秒の速度で動いている間にそのスポットにわたって連続的にレーザーが発射されるに従い「ハードウェア平均化」される８００ショットスペクトルとして収集された。０．０１Ｖの最小強度閾値を用いて任意の「フラットな線」のスペクトルを破棄した。この閾値を上回る強度の８００ショットスペクトル全てを更なる処理なしに取得した。
【０２９１】
スペクトル処理
[00304]  新規分類器開発のため、スペクトル処理パラメータを具体的に定義した。
【０２９２】
[00305]  ラスタースペクトル処理−アラインメント及びフィルタリング：８００ショットの全てのラスタースペクトルを、アラインメントワークフローを通じて処理することにより、スペクトル中の突出したピークが４３個のアラインメント点の組にアラインメントされた（表１０を参照されたい）。ノイズを平滑化するフィルタを適用し、バックグラウンドを差し引いてピークを同定した。同定されたピークを所与として、フィルタリング後のスペクトル（バックグラウンド減算なし）をアラインメントした。追加的なフィルタリングパラメータにより、平均スペクトルのアセンブルに用いられるラスタープールに含まれるためにはラスタースペクトルが少なくとも２０ピークを有し、且つ少なくとも５個のアラインメント点を使用する必要があるものとした。
【０２９３】
【表１４】
2021508104.tif 000016
【０２９４】
[00306]  ラスター平均化：アラインメントし、且つフィルタリングしたラスタースペクトルのプールから平均を出した。無作為に選択した５００個のラスタースペクトルを平均化することにより、４００，０００ショットの各試料についての最終的な分析スペクトルを出した。
【０２９５】
平均スペクトル処理
[00307]  負荷範囲：スペクトルは、典型的には３〜７５ｋＤａのｍ／ｚ範囲で収集されるが、３０ｋＤａを上回る特徴量は分解能が不足し、特徴量値レベルで再現性がないことが分かっているため、スペクトル処理の範囲は、特徴量生成を含め、３〜３０ｋＤａに限られる。
【０２９６】
[00308]  バックグラウンド推定及び減算：IL2テスト及びBDX008の前処理に使用される標準的な２ウィンドウ法よりも優れているバックグラウンド推定法を同定した予備的分析に続き、Eilersのバックグラウンド推定法を実施した。選択のパラメータが、目的のｍ／ｚにわたって、全てのピーク強度を通じて且つ合理的にピーククラスター（２ウィンドウ法と比べた改善が最良に観察されるところ）の十分に範囲内でバックグラウンドを管理した。
【０２９７】
【表１５】
2021508104.tif 000017
【０２９８】
[00309]  ビニング法による規格化：ビニング法を用いて目的の臨床群を比較することにより、目的の群を区別するのに望ましい特性を有する規格化ウィンドウが選択されないことを確実にした。ウィンドウ又はビンが、スペクトル中の類似の挙動領域を捕捉する。例えば、単一ピークを個々に判定するよりむしろ、単一ビンの中にはピーククラスターが入っている。初期規格化ビン定義については、表１２を参照することができる。目的のｍ／ｚ範囲を制限して、規格化ビニング分析において３０ｋＤａより大きい規格化ビンは除外した。２つ目のステップとして、バッチ毎にテスト試料と並行してスポッティングされる、品質管理として且つバッチ補正のために供される参照試料の多くのレプリケートを用いて規格化ウィンドウを縮小することにより、本質的に不安定なビンを取り除いた。これを行うため、本発明者らは、４０バッチで収集された１６０の参照レプリケートについて全てのビンのＣＶを判定した。０．１８のＣＶカットオフを適用した。ＣＶが０．１８より大きいビンは、閾値を超えたものとしてそれ以上規格化に考慮しなかった。これにより規格化ビンは７７ビンから５８ビンに減った。縮小したビンセットについては、表１３を参照することができる。
【０２９９】
【表１６】
2021508104.tif 000018
【０３００】
【表１７】
2021508104.tif 000019
【０３０１】
【表１８】
2021508104.tif 000020
【０３０２】
【表１９】
2021508104.tif 000021
【０３０３】
【表２０】
2021508104.tif 000022
【０３０４】
[00310]  規格化ウィンドウを更に剪定するため、奏効カテゴリ依存を用いてＣＶ及び一変量ｐ値を判定した。開発セット中の試料（ｎ＝８５）を使用して、完全奏効を達成した患者からの試料（ＣＲ、ｎ＝１８）を他の全ての患者スペクトル（部分奏効、無奏効、安定した病勢又は増悪する病勢）と比較することにより、ビンの各々について一変量ｐ値を計算した。この手法を用いて、臨床群ＣＲを他と区別するのに重要であり得る規格化ウィンドウを取り除いた。０．２０のｐ値カットオフ（ｐ値が０．２０を下回るビンは棄却した）及び０．２５のＣＶカットオフ（０．２５を上回るビンは棄却した）を適用した。規格化ウィンドウのリストは１１ビンに減った。これは表１４を参照することができる。
【０３０５】
【表２１】
2021508104.tif 000023
【０３０６】
[00311]  得られた規格化スカラーを奏効群間で比較することにより、ウィンドウの組み合わせに臨床群との有意な関連性がないことを確実にした。図４のプロットは、規格化スカラーの分布に目的の臨床群との関連性がないことを実証している。
【０３０７】
[00312]  平均スペクトルアラインメント：平均スペクトルのピークアラインメントは、典型的には極めて良好である；しかしながら、微調整アラインメントステップを実施して、スペクトル中のピーク位置の僅かな差に対応した。２６個のアラインメント点の組を特定し、８００ｐｐｍのキャリブレーション許容誤差を用いて分析スペクトルに適用した（表１５）。目的のキャリブレーション範囲は３〜３２ｋＤａに制限した。
【０３０８】
【表２２】
2021508104.tif 000024
【０３０９】
[00313]  各臨床群（ＣＲ又はその他によって定義される）からのスペクトルを比較することにより、特徴量定義を選択した。試料調製手順中に起こるペプチド修飾に対する感受性が高まり得る幾つかの特徴量が特定された。これらは、ピークの強度及び形状が変化するスペクトルの特異的ｍ／ｚ領域に現れ、プレート上で試料がスポッティングされた位置に依存し得る。これらのｍ／ｚ領域は、特徴量選択から除外した。最終的な４１８個の特徴量定義の組をスペクトルに適用した。これらは表１６に掲載する。記載される方法を用いて定義される特徴量の一例を図５に表示し、ここで、参照スペクトルは、青色で示し、テスト試料のバッチ１からのスペクトルは、赤色で示す。青緑色で強調表示した各領域が、個別の特徴量定義を表す。特定のスペクトルについての特徴量値は、特徴量定義のｍ／ｚスパン内のスペクトル下面積である。
【０３１０】
【表２３】
2021508104.tif 000025
【０３１１】
【表２４】
2021508104.tif 000026
【０３１２】
【表２５】
2021508104.tif 000027
【０３１３】
【表２６】
2021508104.tif 000028
【０３１４】
【表２７】
2021508104.tif 000029
【０３１５】
【表２８】
2021508104.tif 000030
【０３１６】
【表２９】
2021508104.tif 000031
【０３１７】
【表３０】
2021508104.tif 000032
【０３１８】
【表３１】
2021508104.tif 000033
【０３１９】
【表３２】
2021508104.tif 000034
【０３２０】
分析スペクトルのバッチ補正
[00314]  特徴量削減：４１８個の特徴量の中の５２個のサブセットを使用して、バッチ補正におけるベースライン参照及びバッチ補正に使用される補正関数の計算に用いる個々の参照スペクトルを選択した。全ての更なるバッチについての参照選択では、４１８個全ての特徴量を使用した。サブセットの選択基準は、約１ｋＤａの各ｍ／ｚ間隔につき３個の特徴量のみがなければならないこと、及びそれらが、そのｋＤａ間隔内の強度範囲を代表するものでなければならない（即ち高い、中程度及び低い強度を表す）ことであった。バッチ補正に安定した特徴量が用いられることを確実にするため、１６０レプリケート参照スペクトルを使用して特徴量に関するＣＶを計算した。各約１ｋＤａ間隔について、特徴量をＣＶ及び強度によって順位付けした。各特徴量の目視検査を順位付けされたＣＶ及び強度の要求量と組み合わせて用いて、５２個の特徴量のサブセットを選択した。
【０３２１】
[00315]  参照スペクトル分析：テスト試料の各バッチの始まり（１，２）及び終わり（３，４）に、参照試料、SerumP3の２つの調製物をプレーティングした。これらの試料の目的は、計測器性能の僅かな変化（例えば、検出器の経年）に起因するバッチ毎のばらつきが補正され得るよう確実にすることである。以下の節は、バッチ補正手順について記載する。バッチ補正を実施するためには、１つのスペクトルをそのバッチの参照として供しなければならず、これは、調製物のうち、バッチの始まりからの１つ及び終わりからの１つからのスペクトルの平均である。初めにこの対の選択手順について記載する。
【０３２２】
[00316]  参照試料を上記に記載したとおり前処理した。５２個の特徴量を用いて可能な組み合わせ（１−３、１−４、２−３、２−４）を判定した。以下の関数を用いてレプリケートの各可能な組み合わせを比較した：
A = min (abs (1-ftrval1/ftrval2), abs (1-ftrval2/ftrval1))
式中、ftrval1（ftrval2）は、レプリケート対の第１（第２）のレプリケートについての特徴量の値である。この数量Ａは、対のレプリケートがどの程度類似しているかの尺度を与える。各特徴量についてＡが報告される。この値が０．５より大きい場合、特徴量は不一致又は「Bad」であると決定される。各可能な組み合わせについてBad特徴量の集計が報告される。Ａの値が０．１未満である場合、特徴量は一致していると決定され、「Good」として報告される。各可能な組み合わせについてGood特徴量の集計が報告される。各可能な組み合わせからのBad及びGood特徴量の集計を用いて、本発明者らはBad／Good比を計算した。最も低い比の組み合わせが最も類似性の高い組み合わせとして報告され、参照スペクトルのいずれかに任意の系統的な又は局所的な外れ値挙動が含まれる可能性が低いものであった。最後に、０．２未満の比が見られない場合、そのバッチは不適合とする。表１７は、各バッチについて最も類似性が高いことが分かった組み合わせを報告する。
【０３２３】
【表３３】
2021508104.tif 000035
【０３２４】
[00317]  バッチ補正：ラン１バッチ１をベースラインバッチとして使用して、他の全てのバッチを補正した。参照スペクトルを用いて、以下の手順によりバッチの各々について補正係数を求めた。各バッチj()の範囲内で、(m/z)iを中心とする各ｉ番目の特徴量について、比
【数１】
2021508104.tif 000036
及び平均振幅
【数２】
2021508104.tif 000037
が定義され、式中、
【数３】
2021508104.tif 000038
は、補正されているバッチにおける特徴量ｉの平均参照スペクトル振幅であり、
【数４】
2021508104.tif 000039
は、バッチ１における特徴量ｉの参照スペクトル振幅（参照標準）である。２つのバッチ間の振幅比は、従属関係
【数５】
2021508104.tif 000040
に従うと仮定される。
【０３２５】
[00318]  バッチ毎に、残差平方和
【数６】
2021508104.tif 000041
を最小にすることにより且つ参照試料の実験データを用いて、連続フィットを作成する。SerumP3参照試料を使用して補正関数を計算する。パラメータ推定でのバイアスを回避するため、外れ値点を含まないような手段を取った。異なるバッチについて得られた係数ａ０、ａ１、ｂ０、ｂ１及びｃ０の値を表１８に掲載する。参照スペクトルの各バッチについてのフィットの作成に使用した点のr^ij対(m/z)i平面における射影を、フィットそれ自体によって定義される表面と共に、図６Ａ、図６Ｂ及び図６Ｃに示す。
【０３２６】
【表３４】
2021508104.tif 000042
【０３２７】
[00319]  各バッチについて最終的なフィット、
【数７】
2021508104.tif 000043
が決定されると、次のステップは、全ての試料について、全４１８個の特徴量（（ｍ／ｚ）で振幅Ａ）を
【数８】
2021508104.tif 000044
に従い補正することである。この補正後、参照スペクトルについて計算される補正済みの
【数９】
2021508104.tif 000045
特徴量値は、図６Ａ、図６Ｂ及び図６Ｃに示されるとおり、ｒ＝１によって定義される水平線の辺りにある。補正後係数を計算して品質管理閾値と比較する。これらの係数については表１９を、且つ対応するプロットについては図７Ａ、図７Ｂ及び図７Ｃを参照することができる。
【０３２８】
【表３５】
2021508104.tif 000046
【０３２９】
[00320]  部分イオン電流（ＰＩＣ）規格化：データセットを調べて、最終的な規格化ウィンドウとして使用する固有の安定性領域を見つけ出した。初めに、元の奏効群（ＣＲ対その他）を比較するｐ値を計算した。ｐ値が０．１０未満の特徴量を除外した結果、２７１個の特徴量（４１８個中）をＰＩＣ分析に使用することになった。ＰＩＣ分析の結果として、ＰＩＣ規格化に３９個の特徴量が選択された。これについては表２０に掲載する。
【０３３０】
【表３６】
2021508104.tif 000047
【０３３１】
[00321]  規格化のため、各スペクトルについて挙げられる特徴量からの特徴量値を合計することにより規格化スカラーを計算した。次に全ての特徴量値を試料毎の規格化スカラーで除すことにより、新規分類器開発に使用する最終的なテーブルを求めた。規格化スカラーを臨床群別に再び調べることにより、組み合わせた特徴量、即ち規格化スカラーそれ自体が臨床群と相関しないことを確認した。図８のプロットは、群別のスカラーの分布を示す。上記に挙げたＰＩＣ規格化特徴量を用いて、分析コホートにおける全８５例の試料が含まれる最終的な特徴量テーブルを作成した。
【０３３２】
DIAGNOSTIC CORTEX（商標）
[00322]  図９に概略的に示されるDiagnostic Cortexプラットフォームを使用して新規分類器開発を行った。
【０３３３】
[00323]  クラスラベルの定義：分類器開発のため探索した一部の予備的手法では、奏効カテゴリなど、十分に定義されたクラスラベルを利用したが、これらは良好な性能の分類器の作成では不成功に終わったことが分かった。本発明の目的上用いられる手法は、全て分類器訓練にtime-to-eventデータを使用する。この状況では、クラスラベルは自明でなく、図９に示されるとおり、diagnostic cortexは分類器を作成すると同時に反復法を用いてクラスラベルを精緻化する。クラスラベルについて初期推量が行われる。典型的にはＰＦＳ又はＯＳのいずれかで試料がソートされ、time-to-eventアウトカムが最も低い試料の半分に「Early」クラスラベル（早期死亡又は増悪、即ち不良なアウトカム）が割り当てられ、一方、残りの半分に「Late」クラスラベル（死亡又は増悪遅延、即ち良好なアウトカム）が割り当てられる。本明細書に開示される分類器にはＰＦＳが使用される。次にアウトカムデータ及びこれらのクラスラベルを用いて分類器が構築される。次にこの分類器を使用して、開発セット試料についての分類を生成することができ、次にこれらが分類器構築ステップの２順目の反復の新規クラスラベルとして使用される。このプロセスは収束まで反復される。
【０３３４】
[00324]  小分類器の作成及びフィルタリング：開発セット試料を複数の異なるランダムリアライゼーションで訓練セット及びテストセットに分割する。６２５回のリアライゼーションを用いた。diagnostic cortexプラットフォームは、訓練クラスが同じ数の試料を有するとき最良に動く。従って、クラスが異なる数のメンバーを有する場合、それらは異なる比でテストと訓練とに分割される。
【０３３５】
[00325]  その参照セットとして訓練セットを使用する多くのｋ最近傍（ｋＮＮ）小分類器（ｍＣ）が、特徴量のサブセットを使用して構築される。本明細書に記載される分類器は、全てｋ＝９を使用する。本明細書に記載される分類器は、単一特徴量及び特徴量対を有するｍＣのみを使用する。
【０３３６】
[00326]  特定の性能特性を有する最終分類器を標的とするため、ｍＣは以下のとおりフィルタリングされる。各ｍＣがその訓練セットに適用され、訓練セットの得られた分類から性能メトリックが計算される。これらの性能メトリックに関する閾値を満たすｍＣのみがフィルタリングで適合判定となり、このプロセスに更に使用される。フィルタリングで不適合となるｍＣは破棄される。本報告に載せる分類器は、全てハザード比に基づくフィルタリングを使用した。ハザード比フィルタリングのため、ｍＣがその訓練セットに適用される。次に、Earlyと分類された群とLateと分類されたその他との間で指定のアウトカム（ここではＰＦＳ）のハザード比が計算される。ｍＣがフィルタリングで適合判定となるためには、ハザード比が指定の限界内になければならない。
【０３３７】
[00327]  ドロップアウトを伴うロジスティック回帰を用いた小分類器の組み合わせ：ｍＣのフィルタリングが完了すると、訓練セットクラスラベルで訓練されるロジスティック回帰を用いてｍＣが組み合わされ、１つの主分類器（ＭＣ）とされる。過適合を回避する助けとなるように、エクストリームドロップアウトを用いて回帰が正則化され、ロジスティック回帰反復の各々に含めるため少数のｍＣのみが無作為に選択される。ドロップアウト反復回数は、フィルタリングで適合判定となるｍＣの典型的な数に基づいて選択され、各ｍＣがドロップアウトプロセスの中に複数回含まれる可能性が高いことが確実にされる。本報告に載せる分類器は、ドロップアウト反復毎に１０個の無作為に選択されたｍＣに残り、１０，０００又は１００，０００のいずれかのドロップアウト反復を用いた。
【０３３８】
[00328]  訓練／テスト分割：複数の訓練／テスト分割を用いると、単一の、分類器作成に特に有利な又は困難な訓練セットの選択が回避され、分類が特別に容易な又は困難な可能性のあるテストセットに対するテスト過程からの性能評価におけるバイアスが回避される。
【０３３９】
[00329]  各ＭＣを定義するロジスティック回帰の出力は、２つの訓練クラス（Early又はLate）の一方である確率である。この出力に閾値を適用すると、各ＭＣについて２値ラベル（Early又はLate）が作製される。本明細書に提示される全ての分類器について、０．５のカットオフ閾値を使用した。全体的な最終分類を作製するため、全てのＭＣにわたって多数決を行った（「アンサンブル平均」）。開発セット中の試料を分類するとき、これは、試料が訓練セットにないＭＣのみを多数決に取り入れるように修正される（「アウトオブバッグ多数決」）。
【０３４０】
[00330]  また、ＭＣ確率を直接平均化して試料についての１つの平均確率を求めることも可能である。開発セットで作業するとき、この手法は、所与の試料が訓練セットに含まれないＭＣにわたって平均化するように調整される（「アウトオブバッグ」推定）。次にこれらの平均確率は、カットオフを適用することにより２値分類に変換することができる。平均化した確率に０．５のカットオフを適用することは、個々のＭＣ確率に０．５のカットオフを使用し、次にＭＣで多数決を実施するのと極めて類似した分類となる。しかしながら、本明細書に示す結果をもたらすのに、この手法は用いられなかった。
【０３４１】
開発された分類器及びその性能
[00331]  分類器１／設計：この分類器は２つのサブ分類器の階層結合からなり、サブ分類器の各々は、それぞれ補体及び急性反応タンパク質機能群に関連すると同定されている質量スペクトル特徴量のサブセットを用いて開発される。これは、遺伝子セットエンリッチメント解析（ＧＳＥＡ）の原理を用いて行った。
【０３４２】
[00332]  遺伝子セットエンリッチメント解析（ＧＳＥＡ）は、遺伝子発現解析研究において、カテゴリ型クラス情報又は何らかの連続型変数の値のいずれかも既知である幾つもの生体試料について多数の遺伝子の発現値が利用可能なときによく用いられる方法である［Mootha et al., Nat Genet. 2003; 34(3):267-73；Subramanian et al., Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102(43): 15545-50］。この手法は、試料の遺伝子発現と、その遺伝子の生物学的機能に依存する関連するカテゴリ型又は連続型変数との相関パターンを調べる。この手法は遺伝子発現研究で用いるために開発されたが、タンパク質発現データにも同様に良好に適用することができ、これは、本明細書でそれを考察することに関連する。
【０３４３】
[00333]  一般的手法は、測定されたタンパク質のリスト全体をカテゴリ型ラベル又は連続型変数とのその相関に従い高いものから低いものへと順位付けすることである。測定されたタンパク質の母集団からのタンパク質のサブセットが、例えばUniProt又はGeneOntology/AmiGO2などの周知のデータベースを用いて、その生物学的機能に基づいて定義される。次にこの方法は、全ての測定されたタンパク質の順位付けされたリストの中での順位の関数として各サブセット中におけるそのタンパク質の過剰又は不足を調べる。本明細書で実現されるこの方法は、Subramanianの手法に従う。多重比較について補正は行わない。
【０３４４】
[00334]  ４９例の血清試料のコホートが、対応するタンパク質発現データ及びdeep MALDIスペクトルと共に利用可能である。タンパク質発現データは、血清試料にSomaLogicの１１２９タンパク質パネルをランすることにより得られるものである。このスペクトル；データに対して任意の質量スペクトル特徴量値又はテスト分類を生成することができ、タンパク質発現データと相関付け得る。調査では、特定の生物学的過程に関してタンパク質データベースに問い合わせた結果と、１１２９個の測定済みのタンパク質のリストとの共通部分として定義される２９組の異なるタンパク質セットを使用した。タンパク質セットは、一般に免疫系及び癌治療有効性において役割を果たすと予想される機能並びに対照として、関連性がないと予想される他の機能が含まれるように選択された。タンパク質セットの一部の間には重複があり、これはその構築に用いられる同様の生物学的キーワードから予想され得るとおりである。
【０３４５】
[00335]  質量スペクトル特徴量をタンパク質機能群と関連付けるためのＧＳＥＡ方法：この適用については、タンパク質発現データと質量スペクトル特徴量値との相関が調べられ、即ちＧＳＥＡに用いられる連続変数は質量スペクトル特徴量値である。４１８個の質量スペクトル特徴量の各々にＧＳＥＡ方法を適用した。特定のタンパク質機能セットについてＧＳＥＡがｐ＜０．０５の特徴量は、その生物学的機能と関連性があると指定した。これは図１０に概略的に示す。このようにして、テストしたタンパク質機能セットの各々と関連性のある４１８個の質量スペクトル特徴量のサブセットが生成された。例えば、３７個の質量スペクトル特徴量が急性反応と関連性があり、１４２個が補体活性化と関連性があると決定された。これらの特徴量サブセットを分類器１の作成に使用した。
【０３４６】
[00336]  テスト分類をタンパク質機能群と関連付けるためのＧＳＥＡ方法：この適用については、４９例の試料コホートから取得されたdeep MALDIスペクトルに開発されたテスト（分類器２）が適用されてテスト分類が生成され、次にはそれがタンパク質発現データと相関付けられる。この方法を用いて、どの生物学的機能がテスト分類と関連するかを評価した。
【０３４７】
[00337]  分析コホートの８５例の試料中８３例を開発セットとして使用して、第１のサブ分類器を設計した。奏効に関して判定不能な２患者からのスペクトルは、このサブ分類器の訓練に含めなかった。補体活性化に関連する且つｍ／ｚ＜２５ｋＤａの１４２個の質量スペクトル特徴量のサブセットをDiagnostic Cortexプラットフォームで使用して、患者をより良好なＰＦＳとより不良なＰＦＳとの２群に層別化可能な分類器を作成した。特徴量除外は用いず、即ちクラスラベル及び第１のサブ分類器の精緻化ステップ毎に、補体に関連する１４２個全ての質量スペクトル特徴量を使用した。分析コホートの２９例の試料がパフォーマンス不良群に割り当てられ、これらには「Early」分類が与えられた。パフォーマンス良好群に割り当てられた残りの５６例の試料を第２のサブ分類器の開発セットとして使用した。このサブ分類器を、急性反応（ＡＲ）と関連性があると同定済みであった３７個の質量スペクトル特徴量のサブセットで訓練した。ここでも、第２の分類器は、特徴量除外を用いず、患者をより良好なＰＦＳ群又はより不良なＰＦＳ群に十分に層別化した。アウトカム良好群の試料には「Late」分類が割り当てられ、アウトカム不良群の試料には「Early」分類が割り当てられた。第１のサブ分類器及び第２のサブ分類器の作成に使用した特徴量サブセットを表２１に示す。一部の実施形態では、表２１に示す各個別の特徴量について、個別の特徴量の特徴量値の計算には、表１６に示す対応するｍ／ｚ範囲を使用した。例えば、サブ分類器１に関する表２１に掲載される特徴量「３１２５」について、この特徴量の特徴量値を求めるため、対象実体からの試料の質量スペクトログラフは、表１６に指定されるとおり３１１８．８１（ｍ／ｚ）〜３１３０．３８（ｍ／ｚ）の間で積分された（エントリ番号３：３１１８．８１、３１２４．６０、３１３０．３８）。次にこの特徴量値が、対象実体を分類するため、本明細書で考察するとおりのパターン分類技法に使用された。
【０３４８】
【表３７】
2021508104.tif 000048
【０３４９】
【表３８】
2021508104.tif 000049
【０３５０】
【表３９】
2021508104.tif 000050
【０３５１】
【表４０】
2021508104.tif 000051
【０３５２】
【表４１】
2021508104.tif 000052
【０３５３】
[00338]  第１のサブ分類器（補体に関連する質量スペクトル（ＭＳ）特徴量に基づく）によってパフォーマンス不良群に属すると分類された試料には「Bad」の最終分類が与えられた。第１のサブ分類器によってパフォーマンス良好群に割り当てられたものには、第２のサブ分類器（急性反応に関するＭＳ特徴量に基づく）が「Late」の分類を与えた場合には「Good」の分類が与えられ、第２のサブ分類器が「Early」の分類を与えた場合には「Intermediate」の分類が与えられた。
【０３５４】
[00339]  結果：開発された分類器は、２９個のBad分類（３４％）、２４個のIntermediate分類（２８％）及び３２個のGood分類（３８％）を割り当てた。試料別の分類を表２２に提供する。テスト分類別のベースライン特性を表２３に要約し、同様にテスト分類によって分割した療法に対する奏効を表２４に示す。テスト分類によって分割したＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを図１１に示し、性能の概要を表２５に提示する。
【０３５５】
【表４２】
2021508104.tif 000053
【０３５６】
【表４３】
2021508104.tif 000054
【０３５７】
【表４４】
2021508104.tif 000055
【０３５８】
【表４５】
2021508104.tif 000056
【０３５９】
【表４６】
2021508104.tif 000057
【０３６０】
【表４７】
2021508104.tif 000058
【０３６１】
[00340]  再現性：全８５例の分析試料の再ランを実施した。これは、２回目の機械適格性確認ラン後に完全に独立した試料調製並びにスペクトル取得及び処理で行った。生成されたスペクトルを分析し、分類を初回ランのものと比較することにより、このテストの再現性を判定した。表２６は、２回のラン間でのテスト分類の一致を示す。全体的な一致は７６／８５＝８９％である。
【０３６２】
【表４８】
2021508104.tif 000059
【０３６３】
[00341]  分類器２／設計：この分類器は、分類器１の２つのサブ分類器と、以前開発されたテスト（「IS13」）からの既存の第３のサブ分類器との組み合わせからなる。この既に存在するテストは、予後不良群で免疫療法に持続的有益性がある患者を同定することを目標として黒色腫試料を用いて構築されたもので、EarlyEarly又はEarlyLate（免疫療法でより不良又はより良好なアウトカム）の分類を割り当てる。
【０３６４】
[00342]  第１のサブ分類器（補体ＭＳ特徴量に基づく）によってパフォーマンス不良群に属すると分類された試料には、「Bad」の最終分類が与えられた。第１及び第２のサブ分類器の両方によってパフォーマンス良好群に割り当てられた試料には、「Good」の分類が与えられた。第１のサブ分類器によってパフォーマンス良好群に割り当てられ、且つ第２のサブ分類器によってパフォーマンス不良群に割り当てられた残りの試料の分類は、第３のサブ分類器によって与えられる分類に基づいた：その分類がEarlyEarlyの場合、最終分類はBadであり、その分類がEarlyLateの場合、最終分類はGoodであった。この分類割当て手順は、図１３に要約する。
【０３６５】
[00343]  結果：分類器２は４４個のBad分類（５２％）及び４１個のGood分類（４８％）を割り当てた。試料別の分類を表２２に掲載する。テスト分類別のベースライン特性を表２７に要約し、同様にテスト分類別に分割した療法に対する奏効を表２８に示す。テスト分類別に分割したＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを図１４に示し、性能の概要を表２９に提示する。
【０３６６】
【表４９】
2021508104.tif 000060
【０３６７】
【表５０】
2021508104.tif 000061
【０３６８】
【表５１】
2021508104.tif 000062
【０３６９】
[00344]  再現性：全８５例の分析試料の再ランを実施した。これは、２回目の機械適格性確認ラン後に完全に独立した試料調製並びにスペクトル取得及び処理で行った。生成されたスペクトルを分析し、分類を初回ランのものと比較することにより、このテストの再現性を判定した。表３０は、２回のラン間でのテスト分類の一致を示す。全体的な一致は７８／８５＝９２％である。
【０３７０】
【表５２】
2021508104.tif 000063
【０３７１】
タンパク質機能群との関係
[00345]  遺伝子セットエンリッチメント解析から着想を得た方法であるタンパク質セットエンリッチメント解析（ＰＳＥＡ）を用いて、テスト分類（分類器２）とタンパク質機能群との関連性を調べた。これを行うため、４９例の試料の独立したセットを使用し、ここでは、deep MALDIスペクトル対及びタンパク質パネル（Somalogic、Boulder, CO）結果が利用可能であった。４９例の試料のうち、３５例がBad及び１４例がGoodに分類された。
【０３７２】
[00346]  テストした２９個の異なるタンパク質機能群についての結果を表３１に示す。多重比較についてＰ値は補正していない。α＝０．０５の有意水準で、急性炎症、補体、急性反応及び急性期とのテスト分類の関連性が認められた。加えて、α＝０．１０の有意水準で、解糖過程及び細胞外マトリックスとのテスト分類の関連性が認められた。
【０３７３】
【表５３】
2021508104.tif 000064
【０３７４】
[00347]  急性炎症、補体、急性反応及び急性期について、ＰＳＥＡの間に生じた移動和、ＲＳ（ｉ）のプロットを図１５に示し［Subramanian et al., Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102(43): 15545］、タンパク質セット（意味のある生物学的機能と関連性がある）のうち、ＲＳプロットの「リーディングエッジ」を含むサブセット、即ちタンパク質セットのうち、ＲＳのｘ軸からのその最大偏差に至るまでの増加に寄与するサブセットを調べる手法が示唆される。分類器ラベル（Bad及びGood）と高度に相関しているか、又は高度に逆相関しているかのいずれかであるセットからの両方のタンパク質が含まれた。リーディングエッジ上に含まれるタンパク質に加えて、最大偏差におけるタンパク質の相関が見られ、絶対相関はより高いが異符号であるタンパク質も「拡張リーディングエッジ」セットに含まれる。図１５及び表３２〜表３５に示す４つのタンパク質セットについて、拡張リーディングエッジセットを挙げる。表３２〜表３５に提供される相関は、１が完全相関に相当し、−１が完全逆相関に相当し、且つ０が無相関に相当するようにスケーリングしたバージョンの順位和統計量である。
【０３７５】
【表５４】
2021508104.tif 000065
【０３７６】
【表５５】
2021508104.tif 000066
【０３７７】
【表５６】
2021508104.tif 000067
【０３７８】
【表５７】
2021508104.tif 000068
【０３７９】
結論
[00348]  BDX008テスト及びIL2テストは両方とも、養子細胞移入療法を受けている患者を、無増悪生存期間がより良好及びより不良の２群に層別化することが可能であった。BDX008は、特にアウトカムが不良の（７％の２年ＰＦＳ）患者の約３分の１の群を特定した。IL2テストは、特にアウトカムが良好な（４９％の４年ＰＦＳ）患者の約３分の１の群を特定した。
【０３８０】
[00349]  新規分類器開発は、養子細胞移入適用に特別に合わせて作られた２つの新規テストをもたらすことが可能であった。分類器１は、分析コホートをアウトカム不良、中間及び良好の３群に分割した。３８％の患者が含まれるパフォーマンス最良群は、４年ＰＦＳが５２％、奏効率（ＣＲ＋ＰＲ）が７５％であった。分類器２は、分類器１を既存のBiodesix分類器と統合することにより、アウトカムがより良好及びより不良の２つのほぼ等しいサイズの群に患者を層別化した。パフォーマンス良好群は４年ＰＦＳが５０％、奏効率が７１％であり、４年を超えて安定した病勢を経験した２患者も含まれた。これらの新規テストの検証は、独立した患者コホートにおいて実施することができる。
【０３８１】
[00350]  付録：養子細胞移入前に採取した１６例の血漿試料についてテスト分類を提供する（表３６）。
【０３８２】
【表５８】
2021508104.tif 000069
【図１】
2021508104.tif 000070
【図２】
2021508104.tif 000071
【図３】
2021508104.tif 000072
【図４】
2021508104.tif 000073
【図５】
2021508104.tif 000074
【図６Ａ】
2021508104.tif 000075
【図６Ｂ】
2021508104.tif 000076
【図６Ｃ】
2021508104.tif 000077
【図７Ａ】
2021508104.tif 000078
【図７Ｂ】
2021508104.tif 000079
【図７Ｃ】
2021508104.tif 000080
【図８】
2021508104.tif 000081
【図９】
2021508104.tif 000082
【図１０】
2021508104.tif 000083
【図１１】
2021508104.tif 000084
【図１２】
2021508104.tif 000085
【図１３】
2021508104.tif 000086
【図１４】
2021508104.tif 000087
【図１５】
2021508104.tif 000088
【図１６】
2021508104.tif 000089
【図１７】
2021508104.tif 000090
【図１８】
2021508104.tif 000091
【図１９】
2021508104.tif 000092
【図２０】
2021508104.tif 000093
【配列表】
2021508104000001.app
【国際調査報告】
2021508104.tif 000094
2021508104.tif 000095
2021508104.tif 000096
2021508104.tif 000097
2021508104.tif 000098
2021508104.tif 000099
2021508104.tif 000100