(57)【要約】ヒトにおいて天然に存在するメモリーＢ細胞およびナイーブＢ細胞に由来する相補性決定領域の天然に存在しない組合せを有する複数の抗体を含む、抗体ライブラリーであって、多数の機能性抗体および非冗長抗体を含む、抗体ライブラリーが、開示される。さらに、高いレベルの機能的多様性を有する抗体ライブラリーを調製する方法が、開示される。複数の抗体を含む抗体ライブラリーが、本明細書において提供される。複数の抗体は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列を含むＶＨドメイン、およびＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列を含むＶＬドメインを含み得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、ナイーブＢ細胞に由来し得る。
2021506976.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の抗体を含む抗体ライブラリーであって、前記複数の抗体のそれぞれの抗体が、
ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、
ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、
ａ）前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、ナイーブＢ細胞に由来し、
ｂ）前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つのみが前記ナイーブＢ細胞に由来する場合、前記ナイーブＢ細胞に由来しない前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列または前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、メモリー細胞に由来し、
ｃ）前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、メモリーＢ細胞に由来する、抗体ライブラリー。
【請求項２】
ナイーブＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの前記少なくとも１つが、天然に存在する配列である、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項３】
メモリー細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列または前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、天然に存在する配列である、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項４】
メモリーＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、天然に存在する配列である、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５】
ナイーブＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの前記少なくとも１つが、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６】
メモリー細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列または前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項７】
メモリーＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項８】
前記ＶＬドメインが、ＶＫドメインまたはＶλドメインである、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項９】
前記ナイーブＢ細胞が、ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞またはＣＤ２７−／ＩｇＤ＋  Ｂ細胞である、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１０】
前記メモリーＢ細胞が、ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋  Ｂ細胞、ＣＤ２７＋／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞、ＩｇＡ＋  Ｂ細胞、およびこれらの組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１１】
前記ナイーブＢ細胞および前記メモリーＢ細胞が、複数の個体から試料採取された複数のナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を含む試料から得られる、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１２】
前記複数の個体が、少なくとも５０の個体である、請求項１１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１３】
前記複数の抗体が、複数のファージの表面上に発現される、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１４】
前記複数のファージが、バクテリオファージまたはファージミドである、請求項１３に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１５】
前記複数のファージのそれぞれのファージが、ｉ）前記複数の抗体のうちの１つの抗体およびｉｉ）ファージコートタンパク質をコードする遺伝子をコードする、核酸配列を含む、請求項１３に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１６】
前記ファージコートタンパク質が、タンパク質ｇＩＩＩである、請求項１５に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１７】
それぞれのファージの前記核酸配列の発現により、ファージコートタンパク質に融合した抗体が産生される、請求項１５に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１８】
前記ＶＨドメインが、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、およびＩＧＨＶ３−２３からなる群より選択されるフレームワーク領域をさらに含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項１９】
前記ＶＬドメインが、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、およびＩＧＫＶ４−１からなる群より選択されるフレームワーク領域をさらに含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項２０】
前記複数の抗体が、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含む、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項２１】
前記複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項２２】
抗体ライブラリーを調製する方法であって、
ａ）ナイーブＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報、ならびにメモリーＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報を取得するステップと、
ｂ）複数の可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＬドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ステップと、
ｃ）複数の第１の抗体をコードする複数の第１の核酸配列をアセンブルするステップであって、それぞれの第１の抗体が、
ｉ．ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列と、
ｉｉ．単一の固定重鎖配列とを含む、ステップと、
ｄ）前記複数の第１の核酸配列を、複数のファージに挿入するステップと、
ｅ）前記複数の第１の抗体を、前記複数のファージの表面上に発現させるステップと、
ｆ）少なくとも１つの選択圧を、前記複数のファージに適用して、第１の核酸配列のサブセットを含む、ファージのサブセットを産生するステップと、
ｇ）複数の可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＨドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた前記配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列を含み、前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、ナイーブＢ細胞から得られた前記配列情報に由来する、ステップと、
ｈ）第１の核酸配列の前記サブセットに由来する前記単一の固定重鎖配列を、ステップｇにおいてアセンブルされた前記複数のＶＨドメイン配列と置き換えて、複数の第２の核酸配列を産生するステップであって、それぞれの第２の核酸配列が、
ｉ．ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列と、
ｉｉ．ステップｇにおいてアセンブルされた可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列とを含み、
前記複数の第２の核酸配列が、複数の第２の抗体をコードする、ステップと、
ｉ）複数の微生物に、前記複数のファージを形質転換して、複数の形質転換体を産生するステップとを含む、方法。
【請求項２３】
前記ナイーブＢ細胞のプールが、５％を下回るナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記メモリーＢ細胞のプールが、５％を下回るメモリーＢ細胞起源ではない細胞を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
ナイーブＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの前記少なくとも１つが、天然に存在する配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
メモリー細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列または前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、天然に存在する配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
メモリーＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、天然に存在する配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
ナイーブＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの前記少なくとも１つが、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
メモリー細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列または前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
メモリーＢ細胞に由来する前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記ナイーブＢ細胞のプール、前記メモリー細胞のプール、またはそれらの組合せが、複数の個体から得られる、請求項２２に記載の方法。
【請求項３２】
前記複数の個体が、少なくとも５０の個体である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３３】
前記配列情報を取得する前に、試料中の前記ナイーブＢ細胞および前記メモリーＢ細胞を選別して、前記ナイーブＢ細胞のプールおよび前記メモリーＢ細胞のプールを産生するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
前記ナイーブＢ細胞および前記メモリーＢ細胞を選別するステップが、フローサイトメトリーの使用を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記フローサイトメトリーが、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ナイーブＢ細胞および前記メモリーＢ細胞から核酸を抽出するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３７】
前記核酸が、ＤＮＡである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記核酸が、ｍＲＮＡである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記ｍＲＮＡを相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写するステップをさらに含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
それぞれのＶＬドメイン配列をアセンブルするステップが、オーバーラップ伸長ＰＣＲ（ＯＥ−ＰＣＲ）の使用を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項４１】
それぞれのＶＨドメイン配列をアセンブルするステップが、オーバーラップ伸長ＰＣＲ（ＯＥ−ＰＣＲ）の使用を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項４２】
前記単一の固定重鎖配列が、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、およびＩＧＨＶ３−２３からなる群より選択される生殖細胞系配列である、請求項２２に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１つの選択圧を適用するステップが、熱ストレス、プロテインＡによる選択、プロテインＬによる選択、またはこれらの組合せを適用することを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項４４】
前記熱ストレスが、少なくとも６５℃の温度である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
熱ストレスを前記複数のファージに適用することにより、前記ファージのサブセットから、不安定なファージおよび凝集傾向にあるファージを排除する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
プロテインＡまたはプロテインＬによる選択を、前記複数のファージに適用することにより、前記ファージのサブセットから、タンパク質に結合する能力を有さない抗体を発現するファージを排除する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
前記ファージが、バクテリオファージまたはファージミドである、請求項２２に記載の方法。
【請求項４８】
前記微生物が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉである、請求項２２に記載の方法。
【請求項４９】
前記形質転換するステップが、エレクトロポレーションによって行われる、請求項２２に記載の方法。
【請求項５０】
前記複数の形質転換体が、少なくとも７．６×１０１０個の形質転換体を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項５１】
前記複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である、請求項２２に記載の方法、請求項１に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５２】
複数の抗体を含む抗体ライブラリーであって、前記複数の抗体のそれぞれの抗体が、
ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、
ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、
ｃ）１つのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択され、前記ＣＤＲ配列が、前記複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、
ｄ）固有の組合せの残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、抗体ライブラリー。
【請求項５３】
（ｃ）の前記ＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ３配列である、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５４】
（ｄ）の前記残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列である、請求項５３に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５５】
（ｃ）の前記ＣＤＲ配列が、初期抗体クローンに由来するＣＤＲ配列と同じである、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５６】
（ｄ）の前記残りのＣＤＲ配列のそれぞれ１つが、高度な多様性で、前記抗体ライブラリーに存在する、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５７】
前記高度な多様性が、少なくとも１×１０３個の異なるＣＤＲ配列を含む、請求項５６に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５８】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ２配列、前記ＶＨ−ＣＤＲ３配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ１配列、前記ＶＬ−ＣＤＲ２配列、および前記ＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、天然に存在するＣＤＲ配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項５９】
前記天然に存在するＣＤＲ配列が、ヒト集団に由来する、請求項５８に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６０】
（ｄ）の前記残りのＣＤＲ配列が、前記複数の抗体のそれぞれの抗体について、天然に存在しない組合せで存在する、請求項５８に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６１】
前記複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体が、以下の：初期抗体クローンと比較して高い融解温度（Ｔｍ）、初期抗体クローンと比較して高い標的エピトープに対する親和性、または初期抗体クローンと比較して高い、標的エピトープに対する２つもしくはそれを上回る種にわたる交差反応性のうちの少なくとも１つを有する、請求項５５に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６２】
前記複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体が、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有する、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６３】
前記複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体が、１００ｎＭまたはそれを下回るＫｄで、標的エピトープに結合する、請求項５２に記載の抗体ライブラリー。
【請求項６４】
抗体ライブラリーを生成するための方法であって、
（ａ）１つのＣＤＲ配列を選択するステップであって、前記ＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、ステップと、
（ｂ）第１の抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、１つのＣＤＲ配列を、（ａ）において選択された前記ＣＤＲ配列と置き換え、それによって、複数の抗体を含む第２の抗体ライブラリーを生成するステップであって、前記複数の抗体のそれぞれの抗体が、
（ｉ）（ａ）において選択された前記ＣＤＲ配列と、
（ｉｉ）（ａ）において選択されていない、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、固有の組合せの残りのＣＤＲ配列とを含む、ステップとを含む、方法。
【請求項６５】
前記第１の抗体ライブラリーが、複数の抗体を含み、前記複数の抗体のそれぞれの抗体が、固有の組合せのＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
（ａ）において選択された前記ＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ３配列である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
ｉｉ）の前記残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列である、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
ｉｉ）の前記残りのＣＤＲ配列のそれぞれ１つが、高度な多様性で、前記抗体ライブラリーに存在する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６９】
前記高度な多様性が、少なくとも１×１０３個の異なるＣＤＲ配列を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記抗体ライブラリーのＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、天然に存在するＣＤＲ配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項７１】
前記天然に存在するＣＤＲ配列が、ヒト集団に由来する、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
ｉｉ）の前記残りのＣＤＲ配列が、前記複数の抗体のそれぞれの抗体について、天然に存在しない組合せで存在する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７３】
（ａ）の前記ＣＤＲ配列が、初期抗体クローンに由来する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７４】
前記抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体が、以下の：初期抗体クローンと比較して高い融解温度（Ｔｍ）、初期抗体クローンと比較して高い標的エピトープに対する親和性、または初期抗体クローンと比較して高い、標的エピトープに対する２つもしくはそれを上回る種にわたる交差反応性のうちの少なくとも１つを有する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７５】
前記抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体が、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７６】
前記抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体が、１００ｎＭまたはそれを下回るＫｄで、標的エピトープに結合する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７７】
前記第１の抗体ライブラリーが、請求項１から２１のいずれか一項に記載の抗体ライブラリーである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７８】
前記第２の抗体ライブラリーが、請求項５２から６３のいずれか一項に記載の抗体ライブラリーである、請求項６４に記載の方法。
【請求項７９】
（ｃ）前記第２の抗体ライブラリーを、所望される特性を有する抗体についてスクリーニングするステップをさらに含む、請求項６４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１７年１２月１８日に出願された米国仮出願第６２／６０７，１９９号および２０１８年１０月３１日に出願された同第６２／７５３，７５４号の利益を主張し、これらの出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、治療薬として、研究ツールとして、および診断において、有用であるが、所望される標的に対する親和性を有する抗体を見出すことは、困難であり得る。抗体ライブラリーは、標的化合物に対する大量の抗体をスクリーニングするための効率的なツールを提供する。そのようなライブラリーは、典型的に、天然に存在する可変遺伝子の再配列に基づくか、または合成の多様性を抗体配列に導入する。しかしながら、天然の抗体ライブラリーは、多くの場合、極めて限定的な多様性を有し、一方で合成のライブラリーは、非機能性配列に悩まされ得る。したがって、高度な機能的多様性を有する抗体ライブラリーの開発に対する必要性が存在する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
複数の抗体を含む抗体ライブラリーが、本明細書において提供される。複数の抗体は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列を含むＶＨドメイン、およびＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列を含むＶＬドメインを含み得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、ナイーブＢ細胞に由来し得る。一部の実施形態では、ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つのみが、ナイーブＢ細胞に由来する場合、ナイーブＢ細胞に由来しないＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリー細胞に由来する。ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞に由来し得る。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、メモリー細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列は、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、メモリー細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列は、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、ＶＬドメインは、ＶＫドメインまたはＶλドメインである。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞は、ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞またはＣＤ２７−／ＩｇＤ＋  Ｂ細胞である。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞は、ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋  Ｂ細胞、ＣＤ２７＋／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞、ＩｇＡ＋  Ｂ細胞、およびこれらの組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞は、複数の個体から試料採取された複数のナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を含む試料から得られる。一部の実施形態では、複数の個体は、少なくとも５０の個体である。一部の実施形態では、複数の抗体は、複数のファージの表面上に発現される。一部の実施形態では、複数のファージは、バクテリオファージまたはファージミドである。一部の実施形態では、複数のファージのそれぞれのファージは、ｉ）複数の抗体のうちの１つの抗体およびｉｉ）ファージコートタンパク質をコードする遺伝子をコードする、核酸配列を含む。一部の実施形態では、ファージコートタンパク質は、タンパク質ｇＩＩＩである。一部の実施形態では、それぞれのファージの核酸配列の発現により、ファージコートタンパク質に融合した抗体が産生される。一部の実施形態では、ＶＨドメインは、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、およびＩＧＨＶ３−２３からなる群より選択されるフレームワーク領域をさらに含む。一部の実施形態では、ＶＬドメインは、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、およびＩＧＫＶ４−１からなる群より選択されるフレームワーク領域をさらに含む。一部の実施形態では、複数の抗体は、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含む。一部の実施形態では、複数の抗体のうちの少なくとも９５％は、機能性である。
【０００４】
抗体ライブラリーを調製する方法であって、ａ）ナイーブＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報ならびにメモリーＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報を取得するステップと、ｂ）複数の可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＬドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ステップと、ｃ）複数の第１の抗体をコードする複数の第１の核酸配列をアセンブルするステップであって、それぞれの第１の抗体が、ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列および単一の固定重鎖配列を含む、ステップと、ｄ）複数の第１の核酸配列を、複数のファージに挿入するステップと、ｅ）複数の第１の抗体を、複数のファージの表面上に発現させるステップと、ｆ）少なくとも１つの選択圧を、複数のファージに適用して、第１の核酸配列のサブセットを含むファージのサブセットを産生するステップと、ｇ）複数の可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＨドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列を含み、ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、ナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来する、ステップと、ｈ）第１の核酸配列のサブセットに由来する単一の固定重鎖配列を、ステップｇにおいてアセンブルされた複数のＶＨドメイン配列と置き換えて、複数の第２の核酸配列を産生するステップであって、それぞれの第２の核酸配列が、ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列およびステップｇにおいてアセンブルされた可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列を含み、複数の第２の核酸配列が、複数の第２の抗体をコードする、ステップと、ｉ）複数の微生物に、複数のファージを形質転換して、複数の形質転換体を産生するステップとを含む、方法もまた、本明細書において提供される。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞のプールは、５％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含む。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞のプールは、５％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含む。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、メモリー細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列は、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、天然に存在する配列である。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、メモリー細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列は、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、天然に存在する配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞のプール、メモリー細胞のプール、またはこれらの組合せは、複数の個体から取得される。一部の実施形態では、複数の個体は、少なくとも５０の個体である。一部の実施形態では、本方法は、配列情報を取得する前に、試料中のナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を選別して、ナイーブＢ細胞のプールおよびメモリーＢ細胞のプールを産生するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を選別するステップは、フローサイトメトリーの使用を含む。一部の実施形態では、フローサイトメトリーは、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）である。一部の実施形態では、本方法は、ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞から、核酸を抽出するステップをさらに含む。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡである。一部の実施形態では、本方法は、ｍＲＮＡを相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写するステップをさらに含む。一部の実施形態では、それぞれのＶＬドメイン配列をアセンブルするステップは、オーバーラップ伸長ＰＣＲ（ＯＥ−ＰＣＲ）の使用を含む。一部の実施形態では、それぞれのＶＨドメイン配列をアセンブルするステップは、オーバーラップ伸長ＰＣＲ（ＯＥ−ＰＣＲ）の使用を含む。一部の実施形態では、単一の固定重鎖配列は、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、およびＩＧＨＶ３−２３からなる群より選択される生殖細胞系配列である。一部の実施形態では、少なくとも１つの選択圧を適用するステップは、熱ストレス、プロテインＡによる選択、プロテインＬによる選択、またはこれらの組合せを適用することを含む。一部の実施形態では、熱ストレスは、少なくとも６５℃の温度である。一部の実施形態では、熱ストレスを複数のファージに適用することにより、ファージのサブセットから、不安定なファージおよび凝集傾向にあるファージを排除する。
【０００５】
さらに、複数の抗体を含む抗体ライブラリーであって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）１つのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択され、このＣＤＲ配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）固有の組合せの残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、抗体ライブラリーが、本明細書において提供される。一部の実施形態では、（ｃ）のＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ３配列である。一部の実施形態では、（ｄ）の残りのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列である。一部の実施形態では、（ｃ）のＣＤＲ配列は、初期抗体クローンに由来するＣＤＲ配列と同じである。一部の実施形態では、（ｄ）の残りのＣＤＲ配列のそれぞれは、高度な多様性で、抗体ライブラリーに存在する。一部の実施形態では、高度な多様性は、少なくとも１×１０３個の異なるＣＤＲ配列を含む。一部の実施形態では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在するＣＤＲ配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、天然に存在するＣＤＲ配列は、ヒト集団に由来する。一部の実施形態では、（ｄ）の残りのＣＤＲ配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、天然に存在しない組合せで存在する。一部の実施形態では、複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体は、以下の：初期抗体クローンと比較して高い融解温度（Ｔｍ）、初期抗体クローンと比較して高い標的エピトープに対する親和性、または初期抗体クローンと比較して高い、標的エピトープに対する２つもしくはそれを上回る種にわたる交差反応性のうちの少なくとも１つを有する。一部の実施形態では、複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体は、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有する。一部の実施形態では、複数の抗体のうちの少なくとも１つの抗体は、１００ｎＭまたはそれを下回るＫｄで、標的エピトープに結合する。
【０００６】
さらに、抗体ライブラリーを生成するための方法であって、（ａ）１つのＣＤＲ配列を選択するステップであって、このＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、ステップと、（ｂ）第１の抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、１つのＣＤＲ配列を、（ａ）において選択されたＣＤＲ配列と置き換え、それによって、複数の抗体を含む第２の抗体ライブラリーを生成するステップであって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ｉ）（ａ）において選択されたＣＤＲ配列と、（ｉｉ）（ａ）において選択されていない、固有の組合せの残りのＣＤＲ配列とを含み、残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、ステップとを含む、方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、第１の抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、固有の組合せのＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む。一部の実施形態では、（ａ）において選択されるＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ３配列である。一部の実施形態では、（ｉｉ）の残りのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列である。一部の実施形態では、（ｉｉ）の残りのＣＤＲ配列のそれぞれは、高度な多様性で、抗体ライブラリーに存在する。一部の実施形態では、高度な多様性は、少なくとも１×１０３個の異なるＣＤＲ配列を含む。一部の実施形態では、抗体ライブラリーのＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、天然に存在するＣＤＲ配列に対して少なくとも８０％の配列相同性を含む。一部の実施形態では、天然に存在するＣＤＲ配列は、ヒト集団に由来する。一部の実施形態では、（ｉｉ）の残りのＣＤＲ配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、天然に存在しない組合せで存在する。一部の実施形態では、（ａ）のＣＤＲ配列は、初期抗体クローンに由来する。一部の実施形態では、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、以下の：初期抗体クローンと比較して高い融解温度（Ｔｍ）、初期抗体クローンと比較して高い標的エピトープに対する親和性、または初期抗体クローンと比較して高い、標的エピトープに対する２つもしくはそれを上回る種にわたる交差反応性のうちの少なくとも１つを有する。一部の実施形態では、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有する。一部の実施形態では、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、１００ｎＭまたはそれを下回るＫｄで、標的エピトープに結合する。一部の実施形態では、第１の抗体ライブラリーは、先行するいずれかの抗体ライブラリーによる抗体ライブラリーである。一部の���施形態では、第２の抗体ライブラリーは、先行するいずれか１つによる抗体ライブラリーである。一部の実施形態では、本方法は、（ｃ）第２の抗体ライブラリーを、所望される特性を有する抗体についてスクリーニングするステップをさらに含む。
【０００７】
参照による組込み
本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、それぞれ個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００８】
特許または出願書類は、少なくとも１つのカラー図面を含む。カラー図面を有するこの特許または特許出願公開のコピーは、必要に応じて、かつ必要な費用の支払いに応じて、当局により提供されるであろう。本発明の新規な特性は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特性および利点のより良好な理解は、例示的な実施形態について記載し、本発明の原理が用いられている、以下の詳細な説明、ならびに添付の図面を参照することによって得られるであろう。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】図１は、ナイーブＢ細胞に関して、単一の個体から得られるＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３多様性の量を、メモリーＢ細胞から得られるＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３多様性の量と比較して、示す。
【００１０】
【図２】図２は、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ＋ＣａｒｔｅｒｒａおよびＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ  Ｚｅｒｏ−Ｄａｙを含む、異なる技術を使用する抗体ライブラリーを開発するための時間の長さを図示する。
【００１１】
【図３】図３は、ＰＤ１に対する親和性（ｎＭ）を示すクローンのパーセンテージを図示する。
【００１２】
【図４】図４は、５つの抗ＰＤ１クローンに対して、ヒトおよびカニクイザルの細胞表面ＰＤ１に対する反応性を図示する。対照として、それぞれのプロットにおいて、ＰＰＥ対照／親細胞およびＰＰＥ対照／トランスフェクト細胞は、もっとも左側のピークであり、一方で陽性対照抗体／トランスフェクト細胞は、もっとも右側のピークである。選択されたクローンのプロットの場合、それぞれのプロットにおいて、ＰＰＥ対照／トランスフェクト細胞は、もっとも左側のピークであり、一方でＰＰＥ陽性／トランスフェクト細胞は、もっとも右側のピークである。
【００１３】
【図５】図５は、２つの抗ＰＤ１クローンの、ヒト、マウス、およびカニクイザルの間での交差反応性を図示する。
【００１４】
【図６】図６は、リガンド遮断に関するスクリーニングを図示する。
【００１５】
【図７】図７は、６１個の陽性および４９個の固有のクローンを含む２つのプレートのベータガラクトシダーゼ（ｂＧａｌ）ＥＬＩＳＡおよびサンガースクリーニングを図示する。
【００１６】
【図８】図８は、抗体クローンの配列における多様性を図示する。
【００１７】
【図９】図９は、抗体融合バリアントを示す。
【００１８】
【図１０】図１０は、抗ｂＧａｌ  ２７番のＶＨ−ＣＤＲ１（ＣＤＲ−Ｈ１）およびＶＨ−ＣＤＲ２（ＣＤＲ−Ｈ２）におけるバリアントを図示する。
【００１９】
【図１１】図１１は、フレームワーク選択戦略に関与する因子を示す。
【００２０】
【図１２Ａ】図１２Ａ〜１２Ｂは、フェーズＩ臨床試験から得られたｍＡｂのフレームワーク使用率を図示する。図１２Ａは、フェーズＩ臨床試験から得られた４００個を上回るｍＡｂにおいて使用された重鎖フレームワークを図示する。図１２Ｂは、フェーズＩ臨床試験から得られた４００個を上回るｍＡｂにおいて使用された軽鎖フレームワークを図示し、フェーズＩのｍＡｂの大半がカッパ由来であることを示す。
【図１２Ｂ】図１２Ａ〜１２Ｂは、フェーズＩ臨床試験から得られたｍＡｂのフレームワーク使用率を図示する。図１２Ａは、フェーズＩ臨床試験から得られた４００個を上回るｍＡｂにおいて使用された重鎖フレームワークを図示する。図１２Ｂは、フェーズＩ臨床試験から得られた４００個を上回るｍＡｂにおいて使用された軽鎖フレームワークを図示し、フェーズＩのｍＡｂの大半がカッパ由来であることを示す。
【００２１】
【図１３】図１３は、１４個のヒト集団における１２個のフレームワークの対立遺伝子頻度を示す。
【００２２】
【図１４−１】図１４は、１４個のヒト部分集団における２７個のフレームワークの対立遺伝子頻度を示す。
【図１４−２】同上。
【図１４−３】同上。
【００２３】
【図１５】図１５は、ヒト抗体フレームワークの親和性成熟の状況を図示する。
【００２４】
【図１６】図１６は、３つのフレームワーク領域：ＶＨ−ＦＲ１（ＦＷ１）、ＶＨ−ＦＲ２（ＦＷ２）、およびＶＨ−ＦＲ３（ＦＷ３）、ならびに２つのＣＤＲ：ＶＨ−ＣＤＲ１（ＣＤＲ−Ｈ１）およびＶＨ−ＣＤＲ２（ＣＤＲ−Ｈ２）のアミノ酸配列を示す。
【００２５】
【図１７】図１７は、機能的に多様なＶＨおよびＶＫ配列を有する抗体ライブラリーを産生するための設計および選択の組合せを図示する。
【００２６】
【図１８】図１８は、様々なライブラリー調製プロセスにおける重鎖の冗長性を図示する。
【００２７】
【図１９】図１９は、クローン間での配列のオーバーラップを示す。
【００２８】
【図２０】図２０は、１００を上回る個体から得られた体細胞高頻度変異（ＳＨＭ）を示す。
【００２９】
【図２１】図２１は、使用されるフレームワーク（本明細書において、スキャフォールドとも称される）および抗体ライブラリーの多様性を示す。
【００３０】
【図２２】図２２は、抗体ライブラリーの特性を示す。
【００３１】
【図２３】図２３は、ＶＨ−ＣＤＲ１（ＣＤＲ−Ｈ１）およびＶＨ−ＣＤＲ２（ＣＤＲ−Ｈ２）領域における、観察された対での変異頻度と予測された対での変異頻度との対比を示す。
【００３２】
【図２４】図２４は、ＩＧＨＶ３−２３の位置バイアスを示す。
【００３３】
【図２５】図２５は、双子対（ｔｗｉｎ  ｐａｉｒ）の頻度を示す。
【００３４】
【図２６】図２６は、１４個のヒト集団におけるＩＧＨＶ１−３の対立遺伝子頻度の変動を示す。
【００３５】
【図２７】図２７は、１０，０００個を下回るクローンが、ヒト血液の末梢血試料から得られる全クローン量で優位を占めていることを示す。
【００３６】
【図２８】図２８は、ｇＩＩＩコートタンパク質に融合された本明細書に記載される抗体を発現するファージミドベクターを示す。
【００３７】
【図２９】図２９は、本明細書に記載される抗体ライブラリーを生成する方法の非限定的な例を示す。
【００３８】
【図３０】図３０は、本明細書に記載される抗体ライブラリーの非限定的な例を示す。
【００３９】
【図３１Ａ】図３１Ａおよび図３１Ｂは、様々な特徴に改善を有する抗体について、本開示の抗体ライブラリーをスクリーニングする方法の非限定的な例を示す。
【図３１Ｂ】図３１Ａおよび図３１Ｂは、様々な特徴に改善を有する抗体について、本開示の抗体ライブラリーをスクリーニングする方法の非限定的な例を示す。
【００４０】
【図３２】図３２は、本明細書に記載される抗体ライブラリーを生成する方法の非限定的なワークフローを、そこからの１つまたは複数の所望される抗体の選択とともに示す。
【００４１】
【図３３】図３３は、本明細書に記載される抗体ライブラリーを生成する方法の非限定的な例を示す。
【００４２】
【図３４】図３４は、様々な特徴に改善を有する抗体について、本開示の抗体ライブラリーをスクリーニングする方法の非限定的な例を示す。
【００４３】
【図３５】図３５は、様々な特徴に改善を有する抗体について、本開示の抗体ライブラリーをスクリーニングする方法の非限定的な例を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４４】
抗体ライブラリーの望ましい特性は、高度な機能的多様性であり得る。機能的多様性は、試験目的で多数の抗体が利用可能であるだけでなく、この多様性が、機能的に関連するものであることを確実にすることができ、したがって、これらのライブラリーの治療的、診断的、および研究的使用での有用性が増加する。ライブラリーの多様性の増加は、天然に存在する相補性決定領域（ＣＤＲ）を、天然に存在しないものと組み合わせて使用し、たとえば、メモリーおよびナイーブ細胞に由来するＣＤＲを混合し、それによって、可能性のあるＣＤＲの組合せの数を増加することよって、達成することができる。さらに、抗体ライブラリー調製プロセス中に、機能性（たとえば、タンパク質に結合する能力）について選択することによって、この多様性の機能性の増加を達成することができる。
【００４５】
ある特定の場合には、固有な特性を有する抗体、高度な機能的多様性を含む抗体ライブラリー、ならびにその抗体およびその抗体ライブラリーを作製する方法が、本明細書において開示される。
【００４６】
抗体
抗体は、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて、Ｂ細胞によって合成され得る。Ｂ細胞によって合成される抗体のアイソタイプとしては、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭが挙げられるが、これらに限定されない。まだ抗原に遭遇していないＢ細胞は、ナイーブＢ細胞と称することができ、一方で、抗原に遭遇し、抗原によって活性化されたＢ細胞は、メモリーＢ細胞と称することができる。ナイーブＢ細胞は、ＩｇＭ、ＩｇＤ、またはこれらの組合せを発現し得る。メモリーＢ細胞は、ＩｇＥ、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、またはこれらの組合せを発現し得る。ＩｇＡは、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２であり得る。ＩｇＧは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４であり得る。メモリーＢ細胞は、クラススイッチ型メモリーＢ細胞であってもよく、または非スイッチ型もしくは辺縁帯メモリーＢ細胞であってもよい。非スイッチ型または辺縁帯メモリーＢ細胞は、ＩｇＭを発現し得る。
【００４７】
相補性決定領域（「ＣＤＲ」）は、免疫グロブリン（抗体）可変領域の一部であり、これが、抗体の抗原結合特異性を担い得る。重鎖（ＨＣ）可変領域は、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３と略され、重鎖において、Ｎ末端からＣ末端に、この順序で見出される、３つのＣＤＲ領域を含み得、軽鎖（ＬＣ）可変領域は、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３と略され、軽鎖において、Ｎ末端からＣ末端に、この順序で見出される、３つのＣＤＲ領域を含み得る。さらに、軽鎖は、カッパ鎖（ＶＫ）またはラムダ鎖（Ｖλ）であり得る。構造に寄与し得、ＣＤＲ領域よりも低い可変性を示し得る、フレームワーク領域が、ＣＤＲの周囲に散在している。
【００４８】
重鎖可変領域は、ＶＨ−ＦＲ１、ＶＨ−ＦＲ２、ＶＨ−ＦＲ３、およびＶＨ−ＦＲ４と略される４つのフレームワーク領域を含み得る。重鎖は、Ｎ末端からＣ末端に、ＶＨ−ＦＲ１：：ＶＨ−ＣＤＲ１：：ＶＨ−ＦＲ２：：ＶＨ−ＣＤＲ２：：ＶＨ−ＦＲ３：：ＶＨ−ＣＤＲ３：：ＶＨ−ＦＲ４を含み得る。軽鎖可変領域は、ＶＬ−ＦＲ１、ＶＬ−ＦＲ２、ＶＬ−ＦＲ３、およびＶＬ−ＦＲ４と略される４つのフレームワーク領域を含み得る。軽鎖は、Ｎ末端からＣ末端に、ＶＬ−ＦＲ１：：ＶＬ−ＣＤＲ１：：ＶＬ−ＦＲ２：：ＶＬ−ＣＤＲ２：：ＶＬ−ＦＲ３：：ＶＬ−ＣＤＲ３：：ＶＬ−ＦＲ４を含み得る。一部の場合には、本明細書において使用される「ＣＤＲ配列」は、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、およびこれらの任意の組合せからなる群より選択される、ＣＤＲ配列を指す。
【００４９】
根本的に多様な抗体ライブラリー
本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、ナイーブＢ細胞に由来し、（ｂ）ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３のうちの１つのみがナイーブＢ細胞に由来する場合、ナイーブＢ細胞に由来しないＶＨ−ＣＤＲ３またはＶＬ−ＣＤＲ３は、メモリー細胞に由来し、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリー細胞に由来する。抗体ライブラリーはまた、本明細書において、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎライブラリーとも称され得る。
【００５０】
一部の場合には、抗体ライブラリー内の複数の抗体は、高い機能的多様性を有する。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％は、機能性である。機能性抗体は、タンパク質に結合する能力を有する抗体であり得る。タンパク質に結合する抗体の能力は、抗体をプロテインＡまたはプロテインＬに対してスクリーニングすることによって決定することができる。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも８０％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも８５％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９０％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９５％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９９％は、機能性である。
【００５１】
抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個、２．０×１０５個、３．０×１０５個、４．０×１０５個、５．０×１０５個、６．０×１０５個、７．０×１０５個、８．０×１０５個、９．０×１０５個、１．０×１０１０個、２．０×１０１０個、３．０×１０１０個、４．０×１０１０個、５．０×１０１０個、６．０×１０１０個、７．０×１０１０個、８．０×１０１０個、または９．０×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．１×１０１０個、７．２×１０１０個、７．３×１０１０個、７．４×１０１０個、７．５×１０１０個、７．６×１０１０個、７．７×１０１０個、７．８×１０１０個、または７．９×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み得る。
【００５２】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。
【００５３】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。
【００５４】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。
【００５５】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。
【００５６】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。
【００５７】
ライブラリー内の抗体は、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せを含み得、たとえば、天然に存在するメモリーＢ細胞およびナイーブＢ細胞に由来するＣＤＲの組合せであるが、同じ抗体にそれらが一緒に現れるのは、天然には存在しないであろう。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源である細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞に由来し得る。天然に存在するＣＤＲは、ヒト集団において天然に存在するＣＤＲを指し得る。
【００５８】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。
【００５９】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する２つ、３つ、４つ、または５つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち２つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち３つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち４つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち５つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。
【００６０】
天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。
【００６１】
抗体配列、抗体の可変重鎖配列、または抗体の可変軽鎖配列におけるアミノ酸残基は、Ｋａｂａｔの位置に関して参照され得る。「Ｋａｂａｔの位置」は、本明細書において使用されるとき、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  ｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  ５ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，  ＵＳ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ，  ＵＳＡに記載される番号付けシステムを指し得る。一部の場合には、本明細書に記載される抗体は、ＫａｂａｔのＨ９３位、ＫａｂａｔのＨ９４位、またはこれらの組合せに変動を含む。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、ＫａｂａｔのＨ９３位、ＫａｂａｔのＨ９４位、またはこれらの組合せに変動を含む。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％は、ＫａｂａｔのＨ９３位、ＫａｂａｔのＨ９４位、またはこれらの組合せに変動を含む。変動は、変異、挿入、または欠失であり得る。
【００６２】
「由来する」とは、配列を参照して使用される場合、天然に存在するＣＤＲ配列に対する少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または１００％の配列相同性を有する任意のＣＤＲ配列を指し得る。「由来する」とは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールまたは主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得されたシーケンシング情報から得られた任意のＣＤＲ配列を指し得る。たとえば、配列は、（１）配列が、細胞において観察され、（２）同じ配列（またはその配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％の配列相同性を有する配列）が、観察された配列に基づいて化学的に合成される場合に、細胞に「由来する」。
【００６３】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【００６４】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【００６５】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ナイーブＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。ナイーブＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【００６６】
メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【００６７】
メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【００６８】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。メモリーＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。メモリーＢ細胞は、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞であり得る。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【００６９】
配列相同性パーセントは、２つの配列において同一の核酸塩基が生じる位置の数を決定して、マッチする位置の数を得、マッチする位置の数を、位置の総数で除し（これには、付加または欠失が含まれ得る）、結果に１００を乗じて配列相同性パーセントを得ることによって、計算することができる。配列同一性パーセントとも称される配列相同性パーセントは、それぞれの配列を、任意の好適な配列アライメントプログラム、たとえば、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｏｍｅｇａ、Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｂｙ  Ｌｏｇ−Ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ（ＭＵＳＣＬＥ）、Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｕｓｉｎｇ  Ｆａｓｔ  Ｆｏｕｒｉｅｒ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍ（ＭＡＦＦＴ）、ＭｅｇＡｌｉｇｎ、およびＢａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）においてアライメントすることによって決定することができる。
【００７０】
ナイーブ細胞は、ナイーブＢ細胞であり得る。ナイーブＢ細胞は、ヒトナイーブＢ細胞であり得る。メモリー細胞は、メモリーＢ細胞であり得る。メモリーＢ細胞は、ヒトメモリーＢ細胞であり得る。一部の事例では、ナイーブＢ細胞は、メモリーＢ細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列と比較して、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の多様性の増加を示す（図１）。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、１つの個体または複数の個体から得られた生物学的試料、たとえば、血液から得ることができる。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、ナイーブ細胞またはメモリー細胞に特異的なマーカーを使用して、この試料から物理的に単離することができる。
【００７１】
マーカーを使用して、生物学的試料から、Ｂ細胞、ナイーブＢ細胞、およびメモリーＢ細胞を、特定、分離、または選別することができる。Ｂ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋が挙げられるが、これに限定されない。ナイーブＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７−、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＣＤ２７＋が、メモリーＢ細胞を選別するために使用される。クラススイッチ型メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ−、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。非スイッチ型または辺縁帯メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の場合には、メモリーＢ細胞は、以下のマーカー：ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せを用いて特定、分離、または選別することができる。ＶＨ−ＣＤＲ３が由来するナイーブ細胞は、ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞であり得る。ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３が由来するメモリー細胞は、ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋  Ｂ細胞であり得る。
【００７２】
抗体のＣＤＲ配列は、１つの個体または複数の個体において見出されるナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞に見られるＣＤＲ配列であり得る。個体は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。一部の場合には、ＣＤＲ配列は、公的に利用可能な供給源から得られたＣＤＲ配列である。公的に利用可能なＣＤＲ配列の供給源としては、ＳＡｂＤａｂ（ｈｔｔｐ：／／ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｓａｂｄａｂ−ｓａｂｐｒｅｄ／Ｗｅｌｃｏｍｅ．ｐｈｐ）およびＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ（ｈｔｔｐ：／／ｄｕｎｂｒａｃｋ２．ｆｃｃｃ．ｅｄｕ／ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ／）が挙げられる。
【００７３】
生殖細胞系抗体配列は、生殖細胞系フレームワークおよび生殖細胞系ＣＤＲ配列を含み得る。抗体ライブラリー内に見出される抗体におけるそれぞれのＣＤＲは、対応する生殖細胞系ＣＤＲ領域と比較して、少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つの変異を含み得る。抗体ライブラリー内の抗体におけるそれぞれのＣＤＲは、対応するフレームワークＣＤＲ領域と比較して、４つを上回らない変異を含み得る。
【００７４】
抗体のフレームワークは、天然に存在するフレームワークであり得る。天然に存在するフレームワークは、哺乳動物において見出されるフレームワークであり得る。哺乳動物は、霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。霊長類は、ヒトであり得る。フレームワークは、天然に存在するフレームワークと比較して、少なくとも１つのバリアントを含み得る。バリアントは、変異、挿入、または欠失であり得る。バリアントは、抗体をコードする核酸配列において見出されるバリアントであってもよく、または抗体のアミノ酸配列において見出されるバリアントであってもよい。任意の好適なフレームワーク配列、たとえば、フェーズＩ臨床試験においてこれまでに使用されたものを、使用することができる（図１２Ａ、１２Ｂ）。本明細書において使用されるとき、抗体のフレームワークとは、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＨ−ＦＲ１、ＶＨ−ＦＲ２、ＶＨ−ＦＲ３、およびＶＨ−ＦＲ４）、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＬ−ＦＲ１、ＶＬ−ＦＲ２、ＶＬ−ＦＲ３、およびＶＬ−ＦＲ４）、またはこれらの組合せを指し得る。抗体ライブラリー内の抗体のフレームワーク領域は、生殖細胞系フレームワーク領域と同一であってもよい。
【００７５】
フレームワークは、治療的に最適なフレームワークであり得る。治療的に最適なフレームワークは、以下の：ａ）これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が示されていること、ｂ）熱安定性であること、ｃ）凝集の傾向がないこと、ｄ）すべてのヒト集団にわたってアミノ酸レベルで単一の優性対立遺伝子を含むこと、ｅ）ＣＤＲの様々な標準的なトポロジーを含むこと、ｆ）細菌における発現が良好であること、およびｇ）ファージにおける提示が良好であることからなる群より選択される特性のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、またはすべてを含み得る。これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が実証されているフレームワークは、少なくともフェーズＩ臨床試験において使用されている抗体のフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも２０℃、３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、１００℃、または１００℃を上回って熱安定性であるフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも、１分間につき３℃、１分間につき４℃、または１分間につき５℃の温度上昇に耐え得るフレームワークであり得る。細菌における発現が良好であるフレームワークは、細菌において生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉであり得る。細菌は、操作された細菌であってもよい。細菌は、抗体発現のために最適化された細菌であってもよい。ファージにおける提示が良好であるフレームワークは、ファージの表面上に提示されると、生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。
【００７６】
フレームワークを選択するために使用される戦略の例は、図１１に記載されており、ここで、抗体の理想的なフレームワークは、構造多様性を示すもの、ヒトにおけるフェーズＩ臨床試験において使用が成功しているもの、低い免疫原性を有するもの、凝集耐性を示すもの、適合性を呈するもの、および熱安定性であるものであり得る。一部の場合には、抗体のフレームワークは、血液細胞に対して本質的に自己反応性である場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−３４）、劣った安定性プロファイルを有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ２−５）、個体のうちの少なくとも５０％において見出されないＶ遺伝子を有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−ｂ）、凝集傾向にあるＶ遺伝子を示す場合（たとえば、ＩＧＬＶ６−５７）、またはこれらの組合せの場合に、回避される。
【００７７】
本明細書における抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、１つを上回る優性対立遺伝子を含み得、ここで、異なるヒト集団では、異なる優性対立遺伝子が存在する（図１３および図１４）。たとえば、ＩＧＨＶ１−３フレームワークは、３つの対立遺伝子：ＩＧＶＨ１−３＊０１、ＩＧＶＨ１−３＊０２、およびＩＧＶＨ１−３＊０３を含み、これらは、異なるヒト集団では異なる頻度で見出される（図２６）。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、少なくとも２つのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、すべてのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも２つのヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも１２のヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、またはＩＧＨＶ３−２３から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ２−５、ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＶＨ４−３４、ＩＧＨＶ５−５１、ＩＧＨＶ１−２４、ＩＧＨＶ２−２６、ＩＧＨＶ３−７２、ＩＧＨＶ３−７４、ＩＧＨＶ３−９、ＩＧＨＶ３−３０、ＩＧＨＶ３−３３、ＩＧＨＶ３−５３、ＩＧＨＶ３−６６、ＩＧＨＶ４−３０−４、ＩＧＨＶ４−３１、ＩＧＨＶ４−５９、ＩＧＨＶ４−６１、またはＩＧＨＶ５−５１から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−２３、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＬドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、ＩＧＫＶ４−１、ＩＧＫＶ１−５、ＩＧＫＶ１−１２、ＩＧＫＶ１−１３、ＩＧＫＶ３−１１、ＩＧＫＶ３−２０、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。１つの例では、抗体ライブラリー内の抗体のサブセットは、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ１−３９から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有し得、一方で、抗体ライブラリー内の残りの抗体は、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ２−２８から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有する。
【００７８】
一部の場合には、本明細書に記載される抗体をコードする核酸配列が、本明細書において開示される。核酸配列は、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列であり得る。核酸は、ベクターに挿入することができる。ベクターは、ファージであり得る。ファージは、ファージミドまたはバクテリオファージであり得る。ファージミドは、ｐＭＩＤ２１であり得る。バクテリオファージは、ＤＹ３Ｆ６３、Ｍ１３ファージ、ｆｄ繊維状ファージ、Ｔ４ファージ、Ｔ７ファージ、またはλファージであり得る。一部の場合には、ファージミドは、バクテリオファージ（すなわち、「ヘルパー」ファージ）と組み合わせて、微生物に導入され得る。微生物は、糸状性細菌であり得る。糸状性細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉであり得る。
【００７９】
本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含む。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０６個、１．０×１０７個、１．０×１０８個、１．０×１０９個、１．０×１０１０個、２．０×１０１０個、３．０×１０１０個、４．０×１０１０個、５．０×１０１０個、６．０×１０１０個、７．０×１０１０個、８．０×１０１０個、９．０×１０１０個、または１０．０×１０１０個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０１１個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも７．６×１０１０個の抗体であり得る。そのようなライブラリーは、その高い多様性のため、固有であり得る。たとえば、本明細書におけるライブラリーのいずれにおいても、複数の抗体のうちの少なくとも２％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、または少なくとも３５％が、固有であり得る。一部の事例では、ライブラリーは、７．０×１０１０個を上回る抗体を有し、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも２０％が、固有である。固有な抗体は、抗体ライブラリー内の他の抗体と比べて、少なくとも１つの核酸または少なくとも１つのアミノ酸残基が、変動し得る。
【００８０】
ヒトの身体において天然に見出される抗体（たとえば、ナイーブ細胞およびメモリー細胞に由来する抗体）の全量、ならびに他のライブラリー調製方法によって産生される抗体ライブラリーは、高度に冗長な重鎖配列を含み得る（図１８）。ライブラリー内の抗体の１つの重鎖配列が、異なる抗体の別の重鎖配列と冗長である場合、これは、重鎖配列が同一であることを示し得る。冗長な重鎖配列を有する２つまたはそれを上回る抗体は、異なる抗体フレームワーク領域、異なる軽鎖配列、またはこれらの組合せを含み得る。本明細書に記載される方法によって産生される抗体ライブラリーは、低減された重鎖冗長性を示し得る。重鎖冗長性の低減は、抗体ライブラリーの多様性を増加させ得る。冗長性は、ライブラリーに対して上位クローンが占めるパーセンテージによって測定することができる。本明細書において産生される抗体ライブラリーは、約２％、約３％、約４％、または約５％の冗長性を有し得る（図１８）。一部の事例では、伝統的な天然のライブラリーの重鎖の最大数は、天然に存在するＣＤＲの組合せにおける制限に起因して、１．０×１０７個の抗体に制限される。一部の事例では、本明細書に記載されるライブラリー内の抗体の重鎖は、天然に存在するＣＤＲの組合せに制限されず、１．０×１０１１個を上回る抗体を含み得る。
【００８１】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、図２１に記載される抗体ライブラリーである。一部の事例では、抗体ライブラリーは、図２２に記載される抗体ライブラリーである。
【００８２】
多様な抗体ライブラリーを生成する方法
ある特定の場合には、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを調製する方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、ナイーブＢ細胞に由来し、（ｂ）ナイーブＢ細胞に由来しないＶＨ−ＣＤＲ３配列またはＶＬ−ＣＤＲ３配列が、メモリーＢ細胞に由来し、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列が、メモリー細胞に由来する、方法が、本明細書に記載される。
【００８３】
一部の場合には、本明細書に記載される方法により、高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーが産生される。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％は、機能性である。機能性抗体は、タンパク質に結合する能力を有する抗体であり得る。タンパク質に結合する抗体の能力は、抗体をプロテインＡまたはプロテインＬに対してスクリーニングすることによって決定することができる。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９０％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９５％は、機能性である。高い機能的多様性を有する抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のうちの少なくとも９９％は、機能性である。
【００８４】
抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個、２．０×１０５個、３．０×１０５個、４．０×１０５個、５．０×１０５個、６．０×１０５個、７．０×１０５個、８．０×１０５個、９．０×１０５個、１．０×１０１０個、２．０×１０１０個、３．０×１０１０個、４．０×１０１０個、５．０×１０１０個、６．０×１０１０個、７．０×１０１０個、８．０×１０１０個、または９．０×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．１×１０１０個、７．２×１０１０個、７．３×１０１０個、７．４×１０１０個、７．５×１０１０個、７．６×１０１０個、７．７×１０１０個、７．８×１０１０個、または７．９×１０１０個の抗体を含み得る。抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み得る。
【００８５】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。
【００８６】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。
【００８７】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。
【００８８】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。
【００８９】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。
【００９０】
抗体ライブラリーを調製するための方法は、（ａ）ナイーブＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報ならびにメモリーＢ細胞のプールから複数のＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報を取得するステップと、（ｂ）複数の可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＬドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ステップと、（ｃ）複数の第１の抗体をコードする複数の第１の核酸配列をアセンブルするステップであって、それぞれの第１の抗体が、（ｉ）ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列と、（ｉｉ）単一の固定重鎖配列とを含む、ステップと、（ｄ）複数の第１の核酸配列を、複数のファージに挿入するステップと、（ｅ）複数の第１の抗体を、複数のファージの表面上に発現させるステップと、（ｆ）少なくとも１つの選択圧を、複数のファージに適用して、第１の核酸配列のサブセットを含むファージのサブセットを産生するステップと、（ｇ）複数の可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＨドメイン配列が、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、ステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびステップａにおいて決定されたメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列を含み、ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つが、ナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来する、ステップと、（ｈ）第１の核酸配列のサブセットに由来する単一の固定重鎖配列を、ステップｇにおいてアセンブルされた複数のＶＨドメイン配列と置き換えて、複数の第２の核酸配列を得るステップであって、それぞれの第２の核酸配列が、（ｉ）ステップｂにおいてアセンブルされた可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列と、（ｉｉ）ステップｇにおいてアセンブルされた可変重鎖（ＶＨ）ドメイン配列とを含み、複数の第２の核酸配列が、複数の第２の抗体をコードする、ステップと、（ｉ）複数の微生物に、複数のファージを形質転換して、複数の形質転換体を産生するステップとを含み得る。
【００９１】
本方法は、複数の個体から得られたナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を含む試料を取得することを含み得る。試料は、血液、血漿、または血清であり得る。ヒト血液の末梢血試料は、数十万個のメモリークローンおよび形質芽球を、１０，０００個を下回るセットで含み得、これが試料で優位を占めている（図２７）。複数の個体は、複数の哺乳動物であり得る。複数の哺乳動物は、複数の霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。複数の哺乳動物は、複数のヒトであってもよい。複数の個体は、少なくとも２５、５０、７５、１００、１２５、または１５０の個体であり得る。複数の個体は、５０〜１００の個体であり得る。複数の個体は、５０〜１４０の個体である得る。複数の個体は、少なくとも５０の個体であり得る。複数の個体は、少なくとも１４０の個体であり得る。１つの個体から得られたナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を含む試料は、少なくとも約５×１０７個のナイーブＢ細胞クローンおよび５×１０５個のメモリーＢ細胞クローンを含み得る。
【００９２】
本方法は、配列情報を取得する前に、試料中のナイーブＢ細胞を、メモリーＢ細胞から選別または単離するステップを含み得る。メモリーＢ細胞は、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞であり得る。配列情報は、したがって、ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞の別個の配列情報を含み得る。ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を選別するステップは、フローサイトメトリーの使用を含み得る。一部の場合には、フローサイトメトリーは、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）である。ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を選別するステップは、ナイーブＢ細胞またはメモリーＢ細胞の表面上に存在するマーカーに基づく免疫磁気細胞分離手順を含み得る。ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を試料から選別することにより、ナイーブＢ細胞プールおよびメモリーＢ細胞プールを産生することができる。ナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞を試料から選別することにより、複数のナイーブＢ細胞プールおよび複数のメモリーＢ細胞プールを産生することができる。ナイーブＢ細胞プールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含む、ナイーブＢ細胞プールは、本明細書において、主としてナイーブＢ細胞起源のプールとも称され得る。メモリーＢ細胞プールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含む、メモリーＢ細胞プールは、本明細書において、主としてメモリーＢ細胞起源のプールとも称され得る。
【００９３】
一部の場合には、メモリーＢ細胞プールまたはナイーブＢ細胞プールは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を使用して、品質に関してチェックされる。多様性に問題があるか、または生物化学的傾向（ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ｌｉａｂｉｌｉｔｙ）を有するプールは、拒絶され得る。生物化学的傾向の例としては、Ｎ結合型グリコシル化、脱アミノ化、酸加水分解、正電荷ペプチド内切断、遊離システイン、遊離メチオニン、代替的終止コドン、潜在的スプライス部位、ｔｅｖ切断部位、および過剰に正に荷電したＣＤＲが挙げられるが、これらに限定されない。一部の場合には、少なくとも１つの個体から得られた配列データは、プールから除去される。個体から得られた配列データは、配列データが、多様性に問題があるか、または生物化学的傾向を有する場合、プールから除去され得る。
【００９４】
本方法は、ナイーブＢ細胞から核酸を抽出するステップおよびメモリーＢ細胞から核酸を抽出するステップを含み得る。核酸は、ナイーブ細胞およびメモリー細胞が、試料から分離または単離された後に、ナイーブ細胞およびメモリー細胞のそれぞれから抽出され得る。核酸は、ＤＮＡまたはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）であり得る。核酸が、ｍＲＮＡである場合、本方法は、ｍＲＮＡを相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写するステップをさらに含み得る。
【００９５】
抗体ライブラリーを調製する方法は、複数の個体から得られた、ナイーブＢ細胞から複数のＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報ならびにメモリーＢ細胞から複数のＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の配列情報を取得するステップを含み得る。ナイーブＢ細胞からの配列情報は、ナイーブＢ細胞プールから取得することができる。メモリーＢ細胞からの配列情報は、メモリーＢ細胞プールから取得することができる。ＣＤＲ配列の配列情報を取得することは、ＣＤＲ配列をシーケンシングすることを含み得る。複数のＣＤＲ配列をシーケンシングすることは、任意の好適なシーケンシング技術、たとえば、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）またはサンガーシーケンシングを含み得る。次世代シーケンシングの例としては、ピロシーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、および単一分子シーケンシングが挙げられるが、これらに限定されない。複数のＣＤＲ配列をシーケンシングすることにより、配列情報を得ることができる。
【００９６】
複数のＶＨ−ＣＤＲおよびＶＬ−ＣＤＲ配列をシーケンシングすることは、試料から得られたナイーブＢ細胞から抽出された核酸およびメモリーＢ細胞から抽出された核酸を別個にシーケンシングすることを含み得る。
【００９７】
ＶＨ配列またはＶＬ配列をアセンブルまたは合成するステップは、オーバーラップ伸長ＰＣＲ（ＯＥ−ＰＣＲ）の使用を含み得る。一部の場合には、ＶＨドメインのＣＤＲまたはＶＬドメインのＣＤＲの一部分を含むオーバーラップする断片が、生成される。ＶＨドメインのＣＤＲまたはＶＬドメインＣＤＲの一部分を含む、複数のオーバーラップする断片は、ＶＨドメイン配列のＣＤＲまたはＶＬドメイン配列のＣＤＲの全体をカバーし得る。オーバーラップする断片は、ｄｓＤＮＡ断片であり得る。ＯＥ−ＰＣＲは、ＶＨドメインのＣＤＲまたはＶＬドメインのＣＤＲの全体を産生するために、オーバーラップする断片をアセンブルすることを含み得る。ＶＨドメインのＣＤＲは、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、またはこれらの組合せであり得る。ＶＬドメインのＣＤＲは、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、またはこれらの組合せであり得る。ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、またはこれらの組合せは、以下の特徴：（ａ）ヒト生殖細胞系配列に由来するＣＤＲ配列であること、（ｂ）生殖細胞系配列と比較した場合に、４つを上回らないアミノ酸変異を含むこと、（ｃ）（ｉ）少なくとも２つの個体において天然に存在すると特定され、適合性の欠点を有することなく濃縮されるか、（ｉｉ）パニングの際に高度に濃縮されること、（ｄ）いずれの生物化学的傾向も含まないこと、または（ｅ）これらの組合せのうちの少なくとも１つを含むように、合成することができる。生殖細胞系配列は、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−２３、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、もしくはＩＧＫＶ４−１、またはこれらの組合せであり得る。
【００９８】
ＯＥ−ＰＣＲを使用してアセンブルされたＶＨ配列、ＶＬ配列、またはこれらの組合せは、ベクターにクローニングすることができる。ベクターは、ファージであり得る。ファージは、バクテリオファージまたはファージミドであり得る。ベクターは、ＨｕＣＡＬファージであり得る。ベクターは、表面コートタンパク質をコードする遺伝子をさらに含んでもよい。表面コートタンパク質は、ｐＩＩＩ、ｐＶＩＩＩ、ｐＶＩ、ｐＶＩＩ、ｐＩＸ、またはｇＩＩＩタンパク質であり得る。表面コートタンパク質は、ｇＩＩＩタンパク質であり得る。一部の事例では、ベクターによってコードされる抗体の発現は、ベクターの表面コートタンパク質に融合された抗体の発現を含む。発現される抗体は、ベクターの表面上に提示され得る。
【００９９】
抗体ライブラリーを調製する方法は、複数のＶＬドメイン配列をアセンブルするステップであって、複数のＶＬドメイン配列のそれぞれのＶＬドメイン配列が、メモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列、メモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ステップを含み得る。ＶＬドメイン配列は、単一の固定重鎖配列と組み合わせて、ベクターにクローニングすることができる。単一の固定重鎖配列は、ＩＧＨＶ３−２３またはＩＧＨＪ４であり得る。単一の固定重鎖配列は、スタッファー配列（ｓｔｕｆｆｅｒ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）と称され得る。
【０１００】
抗体ライブラリーを調製する方法は、複数の第１の抗体をコードする複数の第１の核酸配列をアセンブルするステップであって、複数の第１の抗体のそれぞれの第１の抗体が、可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン配列および単一の固定重鎖配列を含む、ステップを含み得る。抗体ライブラリーを調製する方法は、複数の第１の核酸配列を、複数のベクターに挿入するステップを含み得る。ベクターは、ファージであり得る。アセンブルされたＶＬドメインおよび単一の固定重鎖配列を含むベクターによってコードされる抗体は、ベクターにおいて発現され得る。抗体は、ベクターの表面上に発現され得る。
【０１０１】
抗体ライブラリーを調製する方法は、少なくとも１つの選択圧を、複数のベクターに適用するステップを含み得、ここで、複数のベクターのそれぞれのベクターは、抗体を発現する。選択圧の適用の後に、選択圧に耐え得るファージのサブセットが産生され得る。選択圧は、熱ストレス、プロテインＡによる選択、プロテインＬによる選択、またはこれらの組合せの適用であり得る。熱ストレスは、約６５℃の温度であり得る。熱ストレスは、少なくとも３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、または８０℃の温度であり得る。一部の場合には、熱ストレスをベクターに適用することにより、ベクターが不安定であるか凝集傾向にある場合、ベクターが排除される。一部の場合には、プロテインＡまたはプロテインＬによる選択を適用することにより、ベクターが、タンパク質に結合する能力を有さない抗体を発現する場合、ベクターが排除される。プロテインＡまたはプロテインＬによる選択を適用することにより、タンパク質に結合する抗体の選択が可能となり得る。タンパク質に結合する抗体は、熱安定性であり得る。一部の場合には、タンパク質に結合する抗体を選択した後、タンパク質に結合する抗体に対応するヌクレオチド配列を、決定することができる。
【０１０２】
抗体ライブラリーを調製する方法は、複数のＶＨドメイン配列をアセンブルするステップであって、それぞれのＶＨドメイン配列が、メモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列、メモリーＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびメモリーＢ細胞またはナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ステップを含み得る。ＶＨ−ＣＤＲ１配列およびＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた配列であり得、ＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた配列であり得る。ベクターが、適用された選択圧に生き残ることに成功すると、単一の固定重鎖配列を、アセンブルされたＶＨドメイン配列と置き換えることができる。複数の抗体のそれぞれの抗体について、ＶＨ−ＣＤＲ３配列およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの少なくとも１つは、ナイーブＢ細胞から得られた配列情報に由来し得る。
【０１０３】
アセンブルされたＶＬドメインおよびアセンブルされたＶＨドメインを含むベクターを、微生物に形質転換することができる。微生物は、細菌であり得る。細菌は、糸状性細菌であり得る。糸状性細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉであり得る。微生物は、任意の好適な市販の株であり得る。
【０１０４】
ベクターは、エレクトロポレーション、化学的形質転換、熱ショック形質転換、またはこれらの組合せを使用して、微生物に形質転換することができる。
【０１０５】
エレクトロポレーションは、形質転換しようとする微生物およびベクターを含むライゲーション混合物に、高電圧電場を施すことを含み得る。高電圧は、１〜２５ｋＶ／ｃｍの範囲であり得る。高電圧は、３〜２４ｋＶ／ｃｍの範囲であり得る。形質転換を誘導するために微生物に施すことができる高電圧の例としては、１０ｋＶ／ｃｍ、１５ｋＶ／ｃｍ、２０ｋＶ／ｃｍ、および２５ｋＶ／ｃｍが挙げられるが、これらに限定されない。高電圧は、１回のパルスまたは複数回のパルスとして施すことができる。複数回のパルスは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１００、５００、または１０００マイクロ秒（μｓ）ごとに１回施される高電圧のパルスであり得る。複数回のパルスは、１０、２０、３０、３０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００ミリ秒（ｍｓｅｃ）ごとに１回施される高電圧のパルスであり得る。エレクトロポレーションは、室温または４℃において、微生物に施され得る。
【０１０６】
ライゲーション混合物に添加する前に、ベクターは、精製され、水またはＴＥ中に再懸濁され得る。ライゲーション混合物は、緩衝液を含み得る。緩衝液の例としては、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、ｈｅｐｅｓ緩衝液（ＨＢＳＳ）、または培養培地が挙げられるが、これらに限定されない。緩衝液は、低浸透圧緩衝液であり得る。緩衝液は、高抵抗緩衝液であり得る。一部の場合には、回収培地が、エレクトロポレーションの後に、ライゲーション混合物に添加される。
【０１０７】
化学的形質転換は、微生物およびベクターのカチオンとのインキュベーションを含み得る。カチオンは、Ｍｇ２＋、Ｍｎ２＋、Ｒｂ＋、またはＣａ２＋であり得る。化学的形質転換は、微生物およびベクターのＣａＣｌ２、ＭｇＣｌ２、ＭｎＣｌ２、またはＲｂＣｌとのインキュベーションを含み得る。
【０１０８】
熱ショック形質転換は、高温を微生物およびベクターに適用して、形質導入を誘導することを含み得る。高温は、４２℃であり得る。温度は、１０秒間、２０秒間、３０秒間、４０秒間、５０秒間、または１分間適用され得る。熱ショックは、エレクトロポレーションまたは化学的形質転換の前、最中、または後に適用され得る。
【０１０９】
ベクターは、選択可能なマーカーを含み得る。選択可能なマーカーは、抗生物質耐性遺伝子または光学的に選択可能なマーカー、たとえば、緑色蛍光タンパク質であり得る。抗生物質耐性遺伝子は、ベクターが形質転換された微生物に、カナマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、アンピシリン、カルベニシリン、ブレオマイシン、エリスロマイシン、ポリミキシンＢ、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、およびこれらの組合せからなる群より選択される抗体に対する耐性を付与し得る。選択可能なマーカーは、ベクターが形質転換されていない微生物を排除することを可能にし得る。
【０１１０】
ベクターが形質転換された微生物は、形質転換体と称することができる。複数の抗体を生成することは、複数の形質転換体の生成を含み得る。一部の場合には、複数の形質転換体は、少なくとも７．６×１０１０個の形質転換体を含む。少なくとも７．６×１０１０個の形質転換体は、０．５×１０１０個のＶＨ−ＣＤＲ３配列を含み得る。一部の事例では、複数の形質転換体のうちの少なくとも２０％は、固有である。たとえば、複数の形質転換体が、７．６×１０１０個の形質転換体を含む場合、一部の実施形態では、形質転換体のうちの少なくとも１．５２×１０１０個が、固有である。固有の形質転換体は、複数の形質転換体の他の形質転換体と比較して、固有または非冗長な配列を有する形質転換体であり得る。一部の場合には、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、任意の所望される標的に対する特異性を有する抗体についてスクリーニングすることができる。標的の例としては、たとえば、ＰＤ１、ＬＡＧ３、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ４、ＳＩＲＰａ、ＣＤ４７、ＶＩＳＴＡ、４１ＢＢ、ＴＩＭ３、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＴＩＧＩＴ、ＧＨＲ、ＨＧＨ、アミロイドベータ、アルファシヌクレイン、Ｔａｕ、およびベータセクレターゼが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書に記載される抗体ライブラリーを開発するための時間の長さは、２ヶ月未満、１ヶ月未満、または２週間未満であり得る。１つの例では、抗体ライブラリーの開発は、パニング、スクリーニング、および最適化に伴う時間を含め、２ヶ月未満であり得る（図２）。別の例では、時間の長さは、２週間未満であり得る（図２）。
【０１１１】
抗体の最適化および結果として得られるライブラリー（Ｔｕｍｂｌｅｒライブラリー）
一部の態様では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）１つのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択され、このＣＤＲ配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）固有の組合せの残りのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３からなる群より選択される。抗体ライブラリーはまた、本明細書において、Ｔｕｍｂｌｅｒライブラリーとも称され得る。
【０１１２】
１つの例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ１配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１３】
別の例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ２配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ２配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１４】
別の例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ３配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ３配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１５】
別の例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ１配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１６】
別の例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ２配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ２配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１７】
別の例では、本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ３配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ３配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１１８】
様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、初期抗体クローンから選択されるＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、またはＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む。「初期抗体クローン」という用語は、本明細書において使用されるとき、所望される特性、たとえば、所望されるエピトープに対する親和性を有する任意の抗体もしくは抗体断片、その抗体もしくは抗体断片のアミノ酸配列、その抗体もしくは抗体断片をコードするヌクレオチド配列、またはその抗体もしくは抗体断片に対応する任意のｉｎ  ｓｉｌｉｃｏアミノ酸もしくはヌクレオチド配列を指し得る。様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、初期抗体クローンに由来する同じＣＤＲ配列を含み得る。加えて、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、初期抗体クローンに由来しない様々な組合せの残りのＣＤＲ配列を含み得る。一部の場合には、残りのＣＤＲ配列は、高度に多様な抗体ライブラリー（たとえば、本明細書に記載されるＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリー）に由来し得る。一部の場合には、ＣＤＲのうちの１つは、初期抗体クローンに由来し得、残りのＣＤＲは、高度に多様な抗体ライブラリー（たとえば、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリー）に由来し得る。一部の場合には、高度に多様な抗体ライブラリーは、初期抗体クローンに由来しないそれぞれのＣＤＲ配列に、高い多様性を有し得る。非限定的な例では、図２９に示されるように、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、初期抗体クローンに由来する同じＶＨ−ＣＤＲ３配列を含み得る（図２９における「初期クローン」）。加えて、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、初期抗体クローンに由来しない様々な組合せの残りのＣＤＲ配列を含み得る（この例では、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３）。
【０１１９】
様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つまたは複数は、天然に存在する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のそれぞれは、天然に存在するが、それぞれの抗体において、天然に存在しない組合せで存在する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つまたは複数は、ヒト集団において天然に存在するか、またはヒトＣＤＲ配列に由来する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のそれぞれは、ヒト集団において天然に存在するか、またはヒトＣＤＲ配列に由来する。
【０１２０】
様々な態様では、ライブラリー内の抗体は、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せを含み得、たとえば、天然に存在するメモリーＢ細胞およびナイーブＢ細胞に由来するＣＤＲの組合せであるが、同じ抗体にそれらが一緒に現れることは、天然には存在しないであろう。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源である細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞に由来し得る。
【０１２１】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。
【０１２２】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する２つ、３つ、４つ、または５つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち２つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち３つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち４つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち５つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。
【０１２３】
天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。
【０１２４】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１２５】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１２６】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ナイーブＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。ナイーブＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【０１２７】
メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１２８】
メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１２９】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。メモリーＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。メモリーＢ細胞は、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞であり得る。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【０１３０】
ナイーブ細胞は、ナイーブＢ細胞であり得る。ナイーブＢ細胞は、ヒトナイーブＢ細胞であり得る。メモリー細胞は、メモリーＢ細胞であり得る。メモリーＢ細胞は、ヒトメモリーＢ細胞であり得る。一部の事例では、ナイーブＢ細胞は、メモリーＢ細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列と比較して、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の多様性の増加を示す（図１）。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、１つの個体または複数の個体から得られた生物学的試料、たとえば、血液から得ることができる。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、ナイーブ細胞またはメモリー細胞に特異的なマーカーを使用して、この試料から物理的に単離することができる。
【０１３１】
マーカーを使用して、生物学的試料から、Ｂ細胞、ナイーブＢ細胞、およびメモリーＢ細胞を、特定、分離、または選別することができる。Ｂ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋が挙げられるが、これに限定されない。ナイーブＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７−、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＣＤ２７＋が、メモリーＢ細胞を選別するために使用される。クラススイッチ型メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ−、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。非スイッチ型または辺縁帯メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の場合には、メモリーＢ細胞は、以下のマーカー：ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せを用いて特定、分離、または選別することができる。ＶＨ−ＣＤＲ３が由来するナイーブ細胞は、ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞であり得る。ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３が由来するメモリー細胞は、ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋  Ｂ細胞であり得る。
【０１３２】
抗体のＣＤＲ配列は、１つの個体または複数の個体において見出されるナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞に見られるＣＤＲ配列であり得る。個体は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。一部の場合には、ＣＤＲ配列は、公的に利用可能な供給源から得られたＣＤＲ配列である。公的に利用可能なＣＤＲ配列の供給源としては、ＳＡｂＤａｂ（ｈｔｔｐ：／／ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｓａｂｄａｂ−ｓａｂｐｒｅｄ／Ｗｅｌｃｏｍｅ．ｐｈｐ）およびＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ（ｈｔｔｐ：／／ｄｕｎｂｒａｃｋ２．ｆｃｃｃ．ｅｄｕ／ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ／）が挙げられる。
【０１３３】
様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、同じスキャフォールド、たとえば、同じ組合せのフレームワーク配列を含み得る（図３０を参照されたい）。様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体のＶＨドメインは、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列を含む。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列のそれぞれは、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、同じである。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列のそれぞれは、ＣＤＲ配列が由来する初期抗体クローンに由来する（図３０を参照されたい）。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ１配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ２配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ２配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ３配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ３配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ４配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ４配列であり得る。様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体のＶＬドメインは、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列を含む。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列のそれぞれは、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、同じである。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列のそれぞれは、ＣＤＲ配列が由来する初期抗体クローンに由来し得る（図３０を参照されたい）。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ１配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ２配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ２配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ３配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ３配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ４配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ４配列であり得る。
【０１３４】
抗体のフレームワークは、天然に存在するフレームワークであり得る。天然に存在するフレームワークは、哺乳動物において見出されるフレームワークであり得る。哺乳動物は、霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。霊長類は、ヒトであり得る。フレームワークは、天然に存在するフレームワークと比較して、少なくとも１つのバリアントを含み得る。バリアントは、変異、挿入、または欠失であり得る。バリアントは、抗体をコードする核酸配列において見出されるバリアントであってもよく、または抗体のアミノ酸配列において見出されるバリアントであってもよい。任意の好適なフレームワーク配列、たとえば、フェーズＩ臨床試験においてこれまでに使用されたものを、使用することができる（図１２Ａ、１２Ｂ）。本明細書において使用されるとき、抗体のフレームワークとは、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＨ−ＦＲ１、ＶＨ−ＦＲ２、ＶＨ−ＦＲ３、およびＶＨ−ＦＲ４）、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＬ−ＦＲ１、ＶＬ−ＦＲ２、ＶＬ−ＦＲ３、およびＶＬ−ＦＲ４）、またはこれらの組合せを指し得る。抗体ライブラリー内の抗体のフレームワーク領域は、生殖細胞系フレームワーク領域と同一であってもよい。
【０１３５】
フレームワークは、治療的に最適なフレームワークであり得る。治療的に最適なフレームワークは、以下の：ａ）これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が示されていること、ｂ）熱安定性であること、ｃ）凝集の傾向がないこと、ｄ）すべてのヒト集団にわたってアミノ酸レベルで単一の優性対立遺伝子を含むこと、ｅ）ＣＤＲの様々な標準的なトポロジーを含むこと、ｆ）細菌における発現が良好であること、およびｇ）ファージにおける提示が良好であることからなる群より選択される特性のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、またはすべてを含み得る。これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が実証されているフレームワークは、少なくともフェーズＩ臨床試験において使用されている抗体のフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも２０℃、３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、１００℃、または１００℃を上回って熱安定性であるフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも、１分間につき３℃、１分間につき４℃、または１分間につき５℃の温度上昇に耐え得るフレームワークであり得る。細菌における発現が良好であるフレームワークは、細菌において生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉであり得る。細菌は、操作された細菌であってもよい。細菌は、抗体発現のために最適化された細菌であってもよい。ファージにおける提示が良好であるフレームワークは、ファージの表面上に提示されると、生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。
【０１３６】
フレームワークを選択するために使用される戦略の例は、図１１に記載されており、ここで、抗体の理想的なフレームワークは、構造多様性を示すもの、ヒトにおけるフェーズＩ臨床試験において使用が成功しているもの、低い免疫原性を有するもの、凝集耐性を示すもの、適合性を呈するもの、および熱安定性であるものであり得る。一部の場合には、抗体のフレームワークは、血液細胞に対して本質的に自己反応性である場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−３４）、劣った安定性プロファイルを有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ２−５）、個体のうちの少なくとも５０％において見出されないＶ遺伝子を有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−ｂ）、凝集傾向にあるＶ遺伝子を示す場合（たとえば、ＩＧＬＶ６−５７）、またはこれらの組合せの場合に、回避される。
【０１３７】
本明細書における抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、１つを上回る優性対立遺伝子を含み得、ここで、異なるヒト集団では、異なる優性対立遺伝子が存在する（図１３および図１４）。たとえば、ＩＧＨＶ１−３フレームワークは、３つの対立遺伝子：ＩＧＶＨ１−３＊０１、ＩＧＶＨ１−３＊０２、およびＩＧＶＨ１−３＊０３を含み、これらは、異なるヒト集団では異なる頻度で見出される（図２６）。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、少なくとも２つのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、すべてのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも２つのヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも１２のヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、またはＩＧＨＶ３−２３から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ２−５、ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＶＨ４−３４、ＩＧＨＶ５−５１、ＩＧＨＶ１−２４、ＩＧＨＶ２−２６、ＩＧＨＶ３−７２、ＩＧＨＶ３−７４、ＩＧＨＶ３−９、ＩＧＨＶ３−３０、ＩＧＨＶ３−３３、ＩＧＨＶ３−５３、ＩＧＨＶ３−６６、ＩＧＨＶ４−３０−４、ＩＧＨＶ４−３１、ＩＧＨＶ４−５９、ＩＧＨＶ４−６１、またはＩＧＨＶ５−５１から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−２３、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＬドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、ＩＧＫＶ４−１、ＩＧＫＶ１−５、ＩＧＫＶ１−１２、ＩＧＫＶ１−１３、ＩＧＫＶ３−１１、ＩＧＫＶ３−２０、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。１つの例では、抗体ライブラリー内の抗体のサブセットは、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ１−３９から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有し得、一方で、抗体ライブラリー内の残りの抗体は、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ２−２８から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有する。
【０１３８】
一部の場合には、本明細書に記載される抗体をコードする核酸配列が、本明細書において開示される。核酸配列は、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列であり得る。核酸は、ベクターに挿入することができる。ベクターは、ファージであり得る。ファージは、ファージミドまたはバクテリオファージであり得る。ファージミドは、ｐＭＩＤ２１であり得る。バクテリオファージは、ＤＹ３Ｆ６３、Ｍ１３ファージ、ｆｄ繊維状ファージ、Ｔ４ファージ、Ｔ７ファージ、またはλファージであり得る。一部の場合には、ファージミドは、バクテリオファージ（たとえば、「ヘルパー」ファージ）と組み合わせて、微生物に導入され得る。微生物は、糸状性細菌であり得る。糸状性細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉであり得る。
【０１３９】
本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含む。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０６個、１．０×１０７個、１．０×１０８個、１．０×１０９個、１．０×１０１０個、２．０×１０１０個、３．０×１０１０個、４．０×１０１０個、５．０×１０１０個、６．０×１０１０個、７．０×１０１０個、８．０×１０１０個、９．０×１０１０個、または１０．０×１０１０個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０１１個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも７．６×１０１０個の抗体であり得る。そのようなライブラリーは、その高い多様性のため、固有であり得る。たとえば、本明細書におけるライブラリーのいずれにおいても、複数の抗体のうちの少なくとも２％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、または少なくとも３５％が、固有であり得る。一部の事例では、ライブラリーは、７．０×１０１０個を上回る抗体を有し、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも２０％が、固有である。固有な抗体は、抗体ライブラリー内の他の抗体と比べて、少なくとも１つの核酸または少なくとも１つのアミノ酸残基が、変動し得る。
【０１４０】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である（たとえば、１００ｎＭ未満のＫｄで、所望される抗原に結合する）。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。
【０１４１】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。
【０１４２】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。
【０１４３】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。
【０１４４】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。
【０１４５】
様々な態様では、抗体ライブラリーは、１つまたは複数のＣＤＲ配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ１配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ２配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ３配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ１配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ２配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ３配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、初期抗体クローンに由来しないＣＤＲ配列に高い多様性を有し得、初期抗体クローンに由来するＣＤＲ配列には低い多様性を有し得るかまたは多様性をまったく有さなくてもよい。一部の場合には、高い多様性を有する抗体ライブラリーは、少なくとも１×１０３個、５×１０３個、１×１０４個、５×１０４個、１×１０５個、５×１０５個、１×１０６個、５×１０６個、またはそれを上回る固有のＣＤＲ配列を含み得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、６つのＣＤＲ配列のうちの５つに高い多様性を含み得、たとえば、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される５つのＣＤＲ配列に、高い多様性を含み得る。そのような場合には、残りのＣＤＲ配列は、低い多様性を有し得るか、または多様性をまったく有さなくてもよい。一部の場合には、残りのＣＤＲ配列は、それぞれの抗体について、同じＣＤＲ配列である。一部の場合には、残りのＣＤＲ配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１４６】
様々な態様では、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して、少なくとも１つの特徴に改善を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して、熱安定性に改善（たとえば、より高いＴｍ）を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンよりも、少なくとも１℃、２℃、３℃、４℃、５℃、６℃、７℃、８℃、９℃、１０℃、１１℃、１２℃、１３℃、１４℃、１５℃、１６℃、１７℃、１８℃、１９℃、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃、４０℃、４１℃、４２℃、４３℃、４４℃、４５℃、４６℃、４７℃、４８℃、４９℃、５０℃、または５０℃を上回って高い、融解温度（Ｔｍ）を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、初期抗体クローンよりも高いＴｍを有し得る。
【０１４７】
一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、標的エピトープに対して、初期抗体クローンと比較して高い親和性（たとえば、低い解離定数（Ｋｄ））を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、標的エピトープに対して、初期抗体クローンの解離定数（Ｋｄ）の５分の１以下、１０分の１以下、２０分の１以下、３０分の１以下、４０分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下、または１０００分の１以下のＫｄを有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、初期抗体クローンよりも低いＫｄを有し得る。
【０１４８】
一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して増加した種選択性を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、特定の種の標的エピトープに対して、初期抗体クローンのＫｄの５分の１以下、１０分の１以下、２０分の１以下、３０分の１以下、４０分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下、または１０００分の１以下のＫｄを有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、特定の種に由来するエピトープに対して、初期抗体クローンよりも低いＫｄを有し得る。
【０１４９】
一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して増加した種間交差反応性（たとえば、霊長類種にわたる）を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、種Ａ（たとえば、カニクイザル）に由来するエピトープＡに対して低いＫｄを有し得、種Ｂ（たとえば、ヒト）に由来する同種エピトープＡ’に対して高い親和性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、第１の種の標的エピトープに対して、初期抗体クローンのＫｄの５分の１以下、１０分の１以下、２０分の１以下、３０分の１以下、４０分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下、または１０００分の１以下のＫｄを有し得、さらに、第２の種の同種エピトープに対して、初期抗体クローンのＫｄの５分の１以下、１０分の１以下、２０分の１以下、３０分の１以下、４０分の１以下、５０分の１以下、６０分の１以下、７０分の１以下、８０分の１以下、９０分の１以下、１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下、または１０００分の１以下のＫｄを有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、第１の種に由来するエピトープおよび第２の種に由来する同種エピトープに対して、初期抗体クローンと比較して、低いＫｄを有し得る。
【０１５０】
様々な態様では、抗体ライブラリーは、初期抗体クローンと比較して、１つを上回る特徴に改善を呈する、１つまたは複数の抗体を含み得る。一部の場合には、改善は、熱安定性の改善、標的エピトープに対する親和性の改善、特定の種の標的エピトープに対する選択性の改善、および種間交差反応性の改善からなる群より選択される。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、以下の：熱安定性、標的エピトープに対する親和性、特定の種の標的エピトープに対する選択性、または種間交差反応性のうちの２つに改善を呈する。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、以下の：熱安定性、標的エピトープに対する親和性、特定の種の標的エピトープに対する選択性、または種間交差反応性のうちの３つに改善を呈する。図３１ＡおよびＢは、熱安定性の改善、カニクイザルに由来するエピトープＡに対する親和性の改善、およびヒトに由来するエピトープＡに対する親和性の改善を呈する抗体クローンの選択の非限定的な例を示す。
【０１５１】
様々な態様では、抗体ライブラリー内の抗体は、熱安定性を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体は、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、約５０℃〜約９０℃である融解温度（Ｔｍ）を有する。たとえば、抗体ライブラリー内の抗体は、少なくとも５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、７０℃、７５℃、８０℃、８５℃、または９０℃の融解温度（Ｔｍ）を有し得る。
【０１５２】
様々な態様では、抗体ライブラリー内の抗体は、標的エピトープに対する高い親和性を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または９５％超が、標的エピトープに対する高い親和性を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の抗体は、約５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、９００ｐＭ未満、８００ｐＭ未満、７００ｐＭ未満、６００ｐＭ未満、５００ｐＭ未満、４００ｐＭ未満、３００ｐＭ未満、２００ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、２５ｐＭ未満、１０ｐＭ未満、５ｐＭ未満、１ｐＭ未満、９００ｆＭ未満、８００ｆＭ未満、７００ｆＭ未満、６００ｆＭ未満、５００ｆＭ未満、４００ｆＭ未満、３００ｆＭ未満、２００ｆＭ未満、１００ｆＭ未満、５０ｆＭ未満、２５ｆＭ未満、１０ｆＭ未満、５ｆＭ未満、１ｆＭ未満、またはそれを下回る解離定数（Ｋｄ）で、標的エピトープに結合し得る。
【０１５３】
Ｔｕｍｂｌｅｒを使用して抗体ライブラリーを生成する方法
一態様では、抗体ライブラリー、たとえば、上述の抗体ライブラリーを生成するための方法が、提供される。一部の場合には、本方法は、（ａ）ＣＤＲ配列を選択するステップであって、ＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、ステップと、（ｂ）第１の抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、１つのＣＤＲ配列を、（ａ）において選択されたＣＤＲ配列と置き換え、それによって、複数の抗体を含む第２の抗体ライブラリーを生成するステップであって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ｉ）（ａ）において選択されたＣＤＲ配列と、（ｉｉ）（ａ）において選択されていない固有の組合せの残りのＣＤＲ配列とを含み、残りのＣＤＲ配列が、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される、ステップとを含む。
【０１５４】
図３２および図３３は、抗体ライブラリーを生成する方法、およびそこから１つまたは複数の所望される抗体を得る方法の非限定的なワークフロー例を示す。一部の場合には、初期抗体クローンを、入手する（図３２、３２０１）。一部の場合には、初期抗体クローンは、サードパーティ、たとえば、カスタマーまたはクライアントから入手することができる。他の場合には、初期抗体クローンは、高度に多様な抗体ライブラリー（たとえば、本明細書に記載されるＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリー）から得ることができる。一部の場合には、初期抗体クローンは、所望される特性、たとえば、特定のエピトープに対する親和性を有し得る。一部の場合には、初期抗体クローンの１つまたは複数の特徴を改善することが望ましい場合がある。たとえば、抗体の熱安定性を改善すること（たとえば、融解温度（Ｔｍ）を高くすること）、抗体の結合特徴（たとえば、親和性）を改善すること、または２つもしくはそれを上回る種にわたる抗体の種間交差反応性を改善することが、望ましい場合がある。次いで、初期抗体クローンを使用して、抗体ライブラリーを生成することができる（図３２、３２０３）。一部の場合には、初期抗体クローンから得られたＣＤＲ配列が、選択され得る。ＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、またはＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちのいずれか１つであり得る。特定の態様では、ＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ３配列である（図３３を参照されたい）。一般に、初期抗体クローンから選択されるＣＤＲ配列は、所望される特徴に関して重要であるＣＤＲ配列、たとえば、標的エピトープに対する結合親和性に重要なＣＤＲ配列である。様々な態様では、初期抗体クローンから選択されるＣＤＲ配列は、高度に多様な抗体ライブラリーにクローニングされ得る。一部の場合には、高度に多様な抗体ライブラリーは、６つのＣＤＲ配列のうちの５つに高い多様性を有し得、置き換えられている１つのＣＤＲ配列には多様性をほとんどまたはまったく有さない（たとえば、図３０および図３３を参照されたい）。一部の場合には、高度に多様な抗体ライブラリーは、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリーまたは改変されたＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリー（たとえば、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ抗体ライブラリーとスキャフォールドは同じであるが、置き換えられているＣＤＲ配列には多様性を有さないもの、図３３を参照されたい）であり得る。一部の場合には、高度に多様な抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体のＣＤＲ配列は、後続の抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体が、同じＣＤＲ配列を有するように、初期抗体クローンから選択されるＣＤＲ配列で置き換えることができる。たとえば、初期抗体クローンから得られたＶＨ−ＣＤＲ３配列は、高度に多様な抗体ライブラリーのそれぞれのＶＨ−ＣＤＲ３配列が、初期抗体クローンから選択された同じＶＨ−ＣＤＲ３配列で置き換えられるように、高度に多様な抗体ライブラリーにクローニングすることができる（図３３を参照されたい）。そのような場合には、残りのＣＤＲ配列（この例では、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３）は、高度に多様な抗体ライブラリーに存在するＣＤＲ配列である。一部の場合には、ＣＤＲ配列は、変異をＣＤＲ配列に導入する（たとえば、さらなる多様性をＣＤＲ配列に導入する）方法を使用して、高度に多様な抗体ライブラリーにクローニングすることができる。一部の例では、ＣＤＲ配列は、エラープローンＰＣＲ方法を実行して、１つまたは複数の変異をＣＤＲ配列に導入することによって、クローニングすることができる。一部の場合には、高度に多様な抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、固有の組合せのＣＤＲ配列を有し得る。したがって、そのような方法により、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３に高い多様性を有するが、ＶＨ−ＣＤＲ３には多様性をほとんどまたはまったく有さない、抗体ライブラリーを生成することができる（図３３を参照されたい）。さらなる選択およびスクリーニングのステップを、後続の抗体ライブラリーに行って、所望される特徴を有する抗体クローンを選択することができる（図３２、３２０５）。最後に、最適な抗体配列を、コンピュータ計算方法によって決定することができる（図３２、３２０７）。図３４および図３５は、改善された特徴、たとえば、初期抗体クローンと比較して増加した熱安定性、初期抗体クローンと比較して増加した標的エピトープに対する結合親和性、および／または初期抗体クローンと比較して増加した種間交差反応性を有する抗体クローンのスクリーニングおよび選択の方法を示す。
【０１５５】
様々な態様では、抗体ライブラリーを生成するための方法が、提供される。一部の場合には、抗体ライブラリーは、複数の抗体を含み得、ここで、複数の抗体のそれぞれの抗体は、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）１つのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択され、このＣＤＲ配列は、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）固有の組合せの残りのＣＤＲ配列は、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３からなる群より選択される。抗体ライブラリーはまた、本明細書において、Ｔｕｍｂｌｅｒライブラリーとも称され得る。
【０１５６】
１つの例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ１配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１５７】
別の例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ２配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ２配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１５８】
別の例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ３配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＨ−ＣＤＲ３配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１５９】
別の例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ１配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１６０】
別の例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ２配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ２配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１６１】
別の例では、複数の抗体を含む抗体ライブラリーを生成するための方法であって、複数の抗体のそれぞれの抗体が、（ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、およびＶＨ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＨドメインと、（ｂ）ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を含む、ＶＬドメインとを含み、（ｃ）ＶＬ−ＣＤＲ３配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体について、同じであり、（ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、およびＶＬ−ＣＤＲ２配列が、複数の抗体のそれぞれの抗体において、異なる組合せで存在する、方法が、提供される。一部の場合には、ＶＬ−ＣＤＲ３配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１６２】
様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つまたは複数は、天然に存在する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のそれぞれは、天然に存在するが、それぞれの抗体において、天然に存在しない組合せで存在する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のうちの１つまたは複数は、ヒト集団において天然に存在するか、またはヒトＣＤＲ配列に由来する。様々な態様では、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列のそれぞれは、ヒト集団において天然に存在するか、またはヒトＣＤＲ配列に由来する。
【０１６３】
様々な態様では、ライブラリー内の抗体は、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せを含み得、たとえば、天然に存在するメモリーＢ細胞およびナイーブＢ細胞に由来するＣＤＲの組合せであるが、同じ抗体にそれらが一緒に現れることは、天然には存在しないであろう。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源である細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞に由来し得る。
【０１６４】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する少なくとも１つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ１は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ２は、ナイーブ細胞に由来する。一部の場合には、少なくともＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来する。
【０１６５】
天然に存在するＣＤＲの天然に存在しない組合せは、ナイーブ細胞に由来する２つ、３つ、４つ、または５つのＣＤＲを含み得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。たとえば、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち２つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち３つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち４つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。別の例では、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ３、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、およびＶＨ−ＣＤＲ３からなる群におけるＣＤＲのうち５つのＣＤＲは、ナイーブ細胞に由来し得、一方で残りのＣＤＲは、メモリー細胞に由来し得る。
【０１６６】
天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３は、メモリー細胞に由来し得る。天然に存在しない組合せの別の非限定的な例では、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３は、ナイーブ細胞に由来し得、一方でＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、およびＶＬ−ＣＤＲ２は、メモリー細胞に由来し得る。
【０１６７】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１６８】
ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ１配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ２配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＬ−ＣＤＲ３配列であってもよい。ナイーブＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、ナイーブＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１６９】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてナイーブＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ナイーブＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。ナイーブＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ナイーブＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【０１７０】
メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ２配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ３配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＨ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＨ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１７１】
メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、合成ＶＨ−ＣＤＲ１配列であってもよい。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ１配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ１配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ２配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ２配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列相同性を含み得る。メモリーＢ細胞に由来するＶＬ−ＣＤＲ３配列は、メモリーＢ細胞から得られた天然に存在するＶＬ−ＣＤＲ３配列に対して、１００％の配列相同性を含み得る。
【０１７２】
ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの任意の組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ３配列、またはこれらの組合せは、主としてメモリーＢ細胞起源の細胞のプールから取得された配列情報に由来し得る。メモリーＢ細胞のプールは、複数の個体から得ることができる。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、メモリーＢ細胞起源ではない細胞を含み得る。メモリーＢ細胞は、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞であり得る。メモリーＢ細胞のプールは、０．１％を下回る、１％を下回る、５％を下回る、１０％を下回る、２０％を下回る、または３０％を下回る、ＣＤ２７＋  Ｂ細胞起源ではない細胞を含み得る。
【０１７３】
ナイーブ細胞は、ナイーブＢ細胞であり得る。ナイーブＢ細胞は、ヒトナイーブＢ細胞であり得る。メモリー細胞は、メモリーＢ細胞であり得る。メモリーＢ細胞は、ヒトメモリーＢ細胞であり得る。一部の事例では、ナイーブＢ細胞は、メモリーＢ細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列と比較して、ＶＨ−ＣＤＲ３およびＶＬ−ＣＤＲ３配列の多様性の増加を示す（図１）。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、１つの個体または複数の個体から得られた生物学的試料、たとえば、血液から得ることができる。ナイーブ細胞およびメモリー細胞は、ナイーブ細胞またはメモリー細胞に特異的なマーカーを使用して、この試料から物理的に単離することができる。
【０１７４】
マーカーを使用して、生物学的試料から、Ｂ細胞、ナイーブＢ細胞、およびメモリーＢ細胞を、特定、分離、または選別することができる。Ｂ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋が挙げられるが、これに限定されない。ナイーブＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７−、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＣＤ２７＋が、メモリーＢ細胞を選別するために使用される。クラススイッチ型メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ−、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。非スイッチ型または辺縁帯メモリーＢ細胞を特定、分離、または選別するために使用されるマーカーの例としては、ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ＋、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せが挙げられるが、これらに限定されない。一部の場合には、メモリーＢ細胞は、以下のマーカー：ＣＤ１９＋、ＣＤ２７＋、ＩｇＤ−、ＩｇＭ＋、およびこれらの組合せを用いて特定、分離、または選別することができる。ＶＨ−ＣＤＲ３が由来するナイーブ細胞は、ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋  Ｂ細胞であり得る。ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３が由来するメモリー細胞は、ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋  Ｂ細胞であり得る。
【０１７５】
抗体のＣＤＲ配列は、１つの個体または複数の個体において見出されるナイーブＢ細胞およびメモリーＢ細胞に見られるＣＤＲ配列であり得る。個体は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。一部の場合には、ＣＤＲ配列は、公的に利用可能な供給源から得られたＣＤＲ配列である。公的に利用可能なＣＤＲ配列の供給源としては、ＳＡｂＤａｂ（ｈｔｔｐ：／／ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｓａｂｄａｂ−ｓａｂｐｒｅｄ／Ｗｅｌｃｏｍｅ．ｐｈｐ）およびＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ（ｈｔｔｐ：／／ｄｕｎｂｒａｃｋ２．ｆｃｃｃ．ｅｄｕ／ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙ／）が挙げられる。
【０１７６】
様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体は、同じスキャフォールド、たとえば、同じ組合せのフレームワーク配列を含み得る（図３０を参照されたい）。様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体のＶＨドメインは、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列を含む。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列のそれぞれは、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、同じである。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列、ＶＨ−ＦＲ２配列、ＶＨ−ＦＲ３配列、およびＶＨ−ＦＲ４配列のそれぞれは、ＣＤＲ配列が由来する同じ初期抗体クローンに由来する（図３０を参照されたい）。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ１配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ１配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ２配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ２配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ３配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ３配列であり得る。一部の場合には、ＶＨ−ＦＲ４配列は、初期抗体クローンと同じＶＨ−ＦＲ４配列であり得る。様々な態様では、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体のＶＬドメインは、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列を含む。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列のそれぞれは、抗体ライブラリー内のそれぞれの抗体について、同じである。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列、ＶＬ−ＦＲ２配列、ＶＬ−ＦＲ３配列、およびＶＬ−ＦＲ４配列のそれぞれは、ＣＤＲ配列が由来する同じ初期抗体クローンに由来し得る（図３０を参照されたい）。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ１配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ１配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ２配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ２配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ３配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ３配列であり得る。一部の場合には、ＶＬ−ＦＲ４配列は、初期抗体クローンと同じＶＬ−ＦＲ４配列であり得る。
【０１７７】
抗体のフレームワークは、天然に存在するフレームワークであり得る。天然に存在するフレームワークは、哺乳動物において見出されるフレームワークであり得る。哺乳動物は、霊長類、マウス、ラット、ブタ、ヤギ、ウサギ、ウマ、ウシ、ネコ、またはイヌであり得る。霊長類は、ヒトであり得る。フレームワークは、天然に存在するフレームワークと比較して、少なくとも１つのバリアントを含み得る。バリアントは、変異、挿入、または欠失であり得る。バリアントは、抗体をコードする核酸配列において見出されるバリアントであってもよく、または抗体のアミノ酸配列において見出されるバリアントであってもよい。任意の好適なフレームワーク配列、たとえば、フェーズＩ臨床試験においてこれまでに使用されたものを、使用することができる（図１２Ａ、１２Ｂ）。本明細書において使用されるとき、抗体のフレームワークとは、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＨ−ＦＲ１、ＶＨ−ＦＲ２、ＶＨ−ＦＲ３、およびＶＨ−ＦＲ４）、可変重鎖のフレームワーク領域（ＶＬ−ＦＲ１、ＶＬ−ＦＲ２、ＶＬ−ＦＲ３、およびＶＬ−ＦＲ４）、またはこれらの組合せを指し得る。抗体ライブラリー内の抗体のフレームワーク領域は、生殖細胞系フレームワーク領域と同一であってもよい。
【０１７８】
フレームワークは、治療的に最適なフレームワークであり得る。治療的に最適なフレームワークは、以下の：ａ）これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が示されていること、ｂ）熱安定性であること、ｃ）凝集の傾向がないこと、ｄ）すべてのヒト集団にわたってアミノ酸レベルで単一の優性対立遺伝子を含むこと、ｅ）ＣＤＲの様々な標準的なトポロジーを含むこと、ｆ）細菌における発現が良好であること、およびｇ）ファージにおける提示が良好であることからなる群より選択される特性のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、またはすべてを含み得る。これまでにヒトモノクローナル抗体において安全性が実証されているフレームワークは、少なくともフェーズＩ臨床試験において使用されている抗体のフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも２０℃、３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、１００℃、または１００℃を上回って熱安定性であるフレームワークであり得る。熱安定性であるフレームワークは、少なくとも、１分間につき３℃、１分間につき４℃、または１分間につき５℃の温度上昇に耐え得るフレームワークであり得る。細菌における発現が良好であるフレームワークは、細菌において生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉであり得る。細菌は、操作された細菌であってもよい。細菌は、抗体発現のために最適化された細菌であってもよい。ファージにおける提示が良好であるフレームワークは、ファージの表面上に提示されると、生物学的に活性な抗体を産生するフレームワークであり得る。
【０１７９】
フレームワークを選択するために使用される戦略の例は、図１１に記載されており、ここで、抗体の理想的なフレームワークは、構造多様性を示すもの、ヒトにおけるフェーズＩ臨床試験において使用が成功しているもの、低い免疫原性を有するもの、凝集耐性を示すもの、適合性を呈するもの、および熱安定性であるものであり得る。一部の場合には、抗体のフレームワークは、血液細胞に対して本質的に自己反応性である場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−３４）、劣った安定性プロファイルを有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ２−５）、個体のうちの少なくとも５０％において見出されないＶ遺伝子を有する場合（たとえば、ＩＧＨＶ４−ｂ）、凝集傾向にあるＶ遺伝子を示す場合（たとえば、ＩＧＬＶ６−５７）、またはこれらの組合せの場合に、回避される。
【０１８０】
本明細書における抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、１つを上回る優性対立遺伝子を含み得、ここで、異なるヒト集団では、異なる優性対立遺伝子が存在する（図１３および図１４）。たとえば、ＩＧＨＶ１−３フレームワークは、３つの対立遺伝子：ＩＧＶＨ１−３＊０１、ＩＧＶＨ１−３＊０２、およびＩＧＶＨ１−３＊０３を含み、これらは、異なるヒト集団では異なる頻度で見出される（図２６）。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、少なくとも２つのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。一部の事例では、本明細書に記載される抗体のフレームワークのアミノ酸配列は、すべてのヒト集団において単一の優性対立遺伝子を有する。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも２つのヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。１つの優性対立遺伝子を有するフレームワークは、１つの対立遺伝子が、少なくとも１２のヒト集団において、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または少なくとも９０％に見出される、フレームワークであり得る。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＪ４、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、またはＩＧＨＶ３−２３から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、ＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ２−５、ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＶＨ４−３４、ＩＧＨＶ５−５１、ＩＧＨＶ１−２４、ＩＧＨＶ２−２６、ＩＧＨＶ３−７２、ＩＧＨＶ３−７４、ＩＧＨＶ３−９、ＩＧＨＶ３−３０、ＩＧＨＶ３−３３、ＩＧＨＶ３−５３、ＩＧＨＶ３−６６、ＩＧＨＶ４−３０−４、ＩＧＨＶ４−３１、ＩＧＨＶ４−５９、ＩＧＨＶ４−６１、またはＩＧＨＶ５−５１から得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＨドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−２３、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体のＶＬドメインのフレームワーク領域は、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、ＩＧＫＶ４−１、ＩＧＫＶ１−５、ＩＧＫＶ１−１２、ＩＧＫＶ１−１３、ＩＧＫＶ３−１１、ＩＧＫＶ３−２０、またはこれらの組合せから得られたフレームワーク領域である。１つの例では、抗体ライブラリー内の抗体のサブセットは、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ１−３９から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有し得、一方で、抗体ライブラリー内の残りの抗体は、ＩＧＨＶ１−４６から得られたＶＨドメインのフレームワーク領域およびＩＧＫＶ２−２８から得られたＶＬドメインのフレームワーク領域を有する。
【０１８１】
一部の場合には、本明細書に記載される抗体をコードする核酸配列が、本明細書において開示される。核酸配列は、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列であり得る。核酸は、ベクターに挿入することができる。ベクターは、ファージであり得る。ファージは、ファージミドまたはバクテリオファージであり得る。ファージミドは、ｐＭＩＤ２１であり得る。バクテリオファージは、ＤＹ３Ｆ６３、Ｍ１３ファージ、ｆｄ繊維状ファージ、Ｔ４ファージ、Ｔ７ファージ、またはλファージであり得る。一部の場合には、ファージミドは、バクテリオファージ（すなわち、「ヘルパー」ファージ）と組み合わせて、微生物に導入され得る。微生物は、糸状性細菌であり得る。糸状性細菌は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉであり得る。
【０１８２】
本明細書に記載される抗体ライブラリーは、複数の抗体を含む。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０６個、１．０×１０７個、１．０×１０８個、１．０×１０９個、１．０×１０１０個、２．０×１０１０個、３．０×１０１０個、４．０×１０１０個、５．０×１０１０個、６．０×１０１０個、７．０×１０１０個、８．０×１０１０個、９．０×１０１０個、または１０．０×１０１０個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも１．０×１０１１個の抗体であり得る。複数の抗体は、少なくとも７．６×１０１０個の抗体であり得る。そのようなライブラリーは、その高い多様性のため、固有であり得る。たとえば、本明細書におけるライブラリーのいずれにおいても、複数の抗体のうちの少なくとも２％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、または少なくとも３５％が、固有であり得る。一部の事例では、ライブラリーは、７．０×１０１０個を上回る抗体を有し、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも２０％が、固有である。固有な抗体は、抗体ライブラリー内の他の抗体と比べて、少なくとも１つの核酸または少なくとも１つのアミノ酸残基が、変動し得る。
【０１８３】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８０％が、機能性である。
【０１８４】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも８５％が、機能性である。
【０１８５】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９０％が、機能性である。
【０１８６】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９５％が、機能性である。
【０１８７】
一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも１．０×１０５個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．０×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。一部の事例では、抗体ライブラリーは、少なくとも７．６×１０１０個の抗体を含み、その中で、複数の抗体のうちの少なくとも９９％が、機能性である。
【０１８８】
様々な態様では、本明細書に提供される方法は、１つまたは複数のＣＤＲ配列に高い多様性を有する抗体ライブラリーを生成し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ１配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ２配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ３配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ１配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ２配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、ＶＬ−ＣＤＲ３配列に高い多様性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、初期抗体クローンに由来しないＣＤＲ配列に高い多様性を有し得、初期抗体クローンに由来するＣＤＲ配列には低い多様性を有し得るかまたは多様性をまったく有さなくてもよい。一部の場合には、高い多様性を有する抗体ライブラリーは、特定のＣＤＲに、少なくとも１×１０３個、５×１０３個、１×１０４個、５×１０４個、１×１０５個、５×１０５個、１×１０６個、５×１０６個、またはそれを上回る固有の配列を含み得る。一部の場合には、抗体ライブラリーは、６つのＣＤＲ配列のうちの５つに高い多様性を含み得、たとえば、抗体ライブラリーは、ＶＨ−ＣＤＲ１配列、ＶＨ−ＣＤＲ２配列、ＶＨ−ＣＤＲ３配列、ＶＬ−ＣＤＲ１配列、ＶＬ−ＣＤＲ２配列、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列からなる群より選択される５つのＣＤＲ配列に、高い多様性を含み得る。そのような場合には、残りのＣＤＲ配列は、低い多様性を有し得るか、または多様性をまったく有さなくてもよい。一部の場合には、残りのＣＤＲ配列は、それぞれの抗体について、同じＣＤＲ配列である。一部の場合には、残りのＣＤＲ配列は、初期抗体クローンに由来する。
【０１８９】
様々な態様では、本明細書に提供される方法により、初期抗体クローンと比較して、少なくとも１つの特徴に改善を有する少なくとも１つの抗体を生成することができる。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して、熱安定性に改善を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍、または１００倍を上回る熱安定性を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、標的エピトープに対して、初期抗体クローンと比較して高い親和性を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、標的エピトープに対して、初期抗体クローンと比較して、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍、または１００倍を上回る親和性を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、種選択性に改善を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、特定の種の標的エピトープに対して、初期抗体クローンと比較して、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍、または１００倍を上回る親和性を呈し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、初期抗体クローンと比較して増加した種間交差反応性を呈し得る。たとえば、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、種Ａ（たとえば、カニクイザル）に由来するエピトープＡに対して高い親和性を有し得、種Ｂ（たとえば、ヒト）に由来するエピトープＡに対して高い親和性を有し得る。一部の場合には、抗体ライブラリー内の少なくとも１つの抗体は、種Ａに由来するエピトープＡに対して、初期抗体クローンと比較して、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍、または１００倍を上回る親和性を呈し得、種Ｂに由来するエピトープＡに対して、初期抗体クローンと比較して、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、１００倍、または１００倍を上回る親和性を呈し得る。図３１ＡおよびＢは、熱安定性の改善、カニクイザルに由来するエピトープＡに対する親和性の改善、およびヒトに由来するエピトープＡに対する親和性の改善を呈する抗体クローンの選択の非限定的な例を示す。
【０１９０】
様々な態様では、本明細書に記載される方法により、熱安定性を有する抗体を生成することができる。一部の場合には、抗体ライブラリー内の抗体は、約５０℃〜約９０℃の温度において、熱安定性であり得る。たとえば、抗体ライブラリー内の抗体は、少なくとも５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、７０℃、７５℃、８０℃、８５℃、または９０℃の温度において、熱安定性であり得る。
【０１９１】
様々な態様では、本明細書に記載される方法により、標的エピトープに対して高い親和性を有する抗体を生成することができる。たとえば、抗体ライブラリー内の抗体は、約５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、９００ｐＭ未満、８００ｐＭ未満、７００ｐＭ未満、６００ｐＭ未満、５００ｐＭ未満、４００ｐＭ未満、３００ｐＭ未満、２００ｐＭ未満、１００ｐＭ未満、５０ｐＭ未満、２５ｐＭ未満、１０ｐＭ未満、５ｐＭ未満、１ｐＭ未満、９００ｆＭ未満、８００ｆＭ未満、７００ｆＭ未満、６００ｆＭ未満、５００ｆＭ未満、４００ｆＭ未満、３００ｆＭ未満、２００ｆＭ未満、１００ｆＭ未満、５０ｆＭ未満、２５ｆＭ未満、１０ｆＭ未満、５ｆＭ未満、１ｆＭ未満、またはそれを下回る解離定数（Ｋｄ）で、標的エピトープに結合し得る。
【０１９２】
ある特定の用語
本明細書において使用される用語は、特定の事例を説明する目的のものにすぎず、限定することを意図するものではない。以下の用語は、当業者によるこれらの用語の理解に加えて、本明細書において使用される用語の意味を例示して考察されている。本明細書および添付の特許請求の範囲において使用されるとき、単数形の「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈により別途明確に示されない限り、複数形の参照物を含む。さらに、特許請求の範囲は、あらゆる必要に応じた要素を排除して起草することができることに留意されたい。そのため、本明細書は、特許請求の範囲の要素の引用に関連して、「単独で」、「唯一の」などの排他的な用語を使用すること、または「否定的な」制限を使用することの先行的な根拠として機能することを意図している。
【０１９３】
ある特定の範囲は、本明細書において、数値の前に「約」という用語を付けて提示されている。「約」という用語は、本明細書において、その用語が前に付いている厳密な数字、ならびにその用語が前に付いている数字に近いかまたは近似する数字に、文字通りの裏付けを提供するために使用される。ある数字が、具体的に列挙された数字に近いかまたは近似するかを決定する際に、近いかまたは近似する列挙されていない数字は、それが提示されている文脈において、具体的に列挙された数字と実質的に同等な数字を提供する数字であり得る。値の範囲が提供される場合、文脈により別途明確に示されない限り、その範囲の上限値と下限値との間にある、下限値の単位の１０分の１までのそれぞれの介在値、またはその言及された範囲内の他の言及された値もしくは介在値は、本明細書に記載される方法および組成物内に包含されることが理解される。これらのより小さな範囲の上限値および下限値は、独立して、そのより小さな範囲内に含まれてもよく、また、本明細書に記載される方法および組成物内に包含され、その言及された範囲において任意の上下限値が具体的に除外される場合がある。言及された範囲が、上下限値の一方または両方を含む場合、これらの含まれる上下限値のうちのいずれかまたは両方を除外した範囲もまた、本明細書に記載される方法および組成物に含まれる。
【０１９４】
「個体」、「患者」、または「被験体」という用語は、互換可能に使用される。いずれの用語も、医療従事者（たとえば、医師、正看護師、ナース・プラクティショナー（ｎｕｒｓｅ  ｐｒａｃｔｉｔｉｏｎｅｒ）、医師の助手、オーダリ（ｏｒｄｅｒｌｙ）、またはホスピスワーカー）の監督（たとえば、常時または断続的）を特徴とする状況を必要とするものではなく、それに限定されるものでもない。さらに、これらの用語は、ヒトまたは動物被験体を指す。
【０１９５】
「処置すること」または「処置」は、治療的処置および予防的もしくは防止的措置の両方を指し、ここで、標的とされる病理学的状態または障害の予防または遅延（減弱化）が目的である。処置を必要とするものとしては、障害をすでに有しているもの、ならびに障害を有する傾向にあるもの、または障害を予防しようとするものが挙げられる。
【０１９６】
「抗体」という用語は、本明細書において使用されるとき、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原に免疫特異的に結合する抗原結合部位を含む分子を指す。この用語はまた、２つの免疫グロブリン重鎖および２つの免疫グロブリン軽鎖から構成される抗体、ならびに、全長抗体およびその部分を含む様々な形態を指し、たとえば、免疫グロブリン分子、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ＣＤＲグラフト抗体、Ｆ（ａｂ）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ＩｇＧΔＣＨ２、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ２ＣＨ３、Ｆ（ａｂ）、ＶＬ、ＶＨ、ｓｃＦｖ４、ｓｃＦｖ３、ｓｃＦｖ２、ｄｓＦｖ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、（ｓｃＦｖ）２、ジスルフィド結合型Ｆｖ、単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）、ダイアボディ、多重特異性抗体、二重特異性抗体、抗イディオタイプ抗体、二特異性抗体、任意のアイソタイプ（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、もしくはＩｇＭを含むがこれらに限定されない）、改変された抗体、ならびに合成抗体（非枯渇ＩｇＧ抗体、Ｔボディ、または抗体の他のＦｃもしくはＦａｂバリアントを含むがこれらに限定されない）が挙げられる。
【０１９７】
別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本明細書に記載される方法および組成物が属する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。本明細書において記載されるものと類似または同等の任意の方法および材料を、本明細書に記載される方法および組成物の実施または試験において使用することができるが、代表的な例示的な方法および材料を、ここに記載する。
【実施例】
【０１９８】
（実施例１  ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎライブラリー（ＳＨＬ）２．０の生成）
ｓｕｐｅｒｈｕｍａｎライブラリーを、以下のステップを使用して生成した。
１．  ３５００個の組合せのヒトレパートリーから、上位４つのＶＨフレームワークおよび上位４つのＶＫフレームワーク（重鎖についてはＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ３−１５、ＩＧＨＶ３−２３、および軽鎖についてはＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、ＩＧＫＶ４−１）を、１）これまでにヒトｍＡｂにおいて安全性が示されていること、２）熱安定性、３）凝集傾向にないこと、４）すべてのヒト集団にわたってアミノ酸レベルでフレームワークにおける単一の優性対立遺伝子であること（すなわち、人種で差のある医薬でないこと）、５）ＣＤＲの様々な標準的なトポロジー、６）細菌における良好な発現およびファージにおける良好な提示の組合せに基づいて、選択した。
２．  血液を、１４０の被験体から採取した。
３．  ナイーブ（ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋）細胞およびメモリー（ＣＤ２７＋／ＩｇＧ＋）細胞を、血液から選別した。
４．  プールに、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を使用して、品質についてチェックし、多様性に問題があるかまたは生物化学的傾向を有するプールは、拒絶した。
５．  ナイーブ細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ３配列を、ユニバーサルプライマーを用いてＰＣＲ増幅させた。
６．  メモリー細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を、フレームワーク特異的プライマーを用いてＰＣＲ増幅させた。
７．  合成により産生された生殖細胞系セグメントとしてフレームワークをオーダーした。
８．  核酸ライブラリーを、ＰＣＲ−ＯＥを使用してアセンブルした。
９．  ステップ８で得られたアセンブリに、ＮＧＳシーケンシングを使用して、品質についてチェックした。
１０．  軽鎖を、スタッファーＶＨとともにベクターにクローニングした。
１１．  インフレーム材料を、熱による圧（ｔｈｅｒｍａｌ  ｐｒｅｓｓｕｒｅ）の後に、プロテインＡまたはプロテインＬによって選択した。
１２．  重鎖を、ベクターにクローニングして、スタッファーＶＨを置き換えた。
１３．  微生物に、ステップ１２の最後に生成されたベクターを、エレクトロポレーションを使用して、形質転換した。
【０１９９】
（実施例２  ＰＤ１に対する親和性に関するスクリーニング）
ＰＤ１のラウンド４のＳｕｐｅｒＨｕｍａｎパニングの後にランダムに選択された２つの９６ウェルプレートのクローンの一次スクリーニング。
【０２００】
試料を、Ｃａｒｔｅｒｒａ高スループット動態機器において、即座にアッセイし、ＥＬＩＳＡスクリーニングをバイパスした（図３）。ヒットの大半が、陽性であり、シーケンシングした１８４個のうち、９８個が固有であった。
【０２０１】
ＰＤ１に対する親和性を示すクローンを、ヒトおよびカニクイザルＰＤ１に対して確認した（図４）、（図５）。
【０２０２】
（実施例３  ２つのプレートの抗体クローンのｂＧａｌ  ＥＬＩＳＡおよびサンガースクリーニング）
ｂＧａｌに対して、２つのプレートから得られた抗体クローンをパニングするＥＬＩＳＡを行った（図７）。
【０２０３】
これらのクローンのサンガーシーケンシングもまた、行った（図８）。ラウンド３の出力の極度の多様性により、任意のエピトープに対するヒットを、数個の９６ウェルプレートのクローンをスクリーニングすることによって回収することができることを確認した。
【０２０４】
多様性は、ＶＨ−ＣＤＲ３（ＣＤＲ−Ｈ３）配列において見出されただけでなく、ＶＨ−ＣＤＲ１（ＣＤＲ−Ｈ１）およびＶＨ−ＣＤＲ２（ＣＤＲ−Ｈ２）配列においても見出された（図１０）。
【０２０５】
（実施例４  設計および選択のプロセスを組み合わせて、多様なＶＨおよびＶＫ配列を有する抗体ライブラリーを産生する）
構築中の発現および熱安定性に関する機能性選択を適用して、４０００万個の軽鎖にわたって９５％を上回る機能的多様性を有するライブラリーを産生した。抗体ライブラリーは、７．６×１０１０個の形質転換体で作製した。
【０２０６】
まず、ＶＫ（カッパ軽鎖）ライブラリーを、所望される軽鎖および一時的なスタッファーＶＨ配列をベクターにクローニングすることによって、産生した。ＶＫライブラリーを、提示させ、６５℃を上回る熱ストレスに供した。インフレーム材料を、プロテインＡ／Ｌを使用して選択した。プロテインＡ／Ｌでの選択により得られたライブラリーにおけるスタッファーＶＨ配列を、標的ＶＨ配列と置き換えた（図１７）。
【０２０７】
（実施例５  ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎライブラリー（ＳＨＬ）３．０の生成）
ｓｕｐｅｒｈｕｍａｎライブラリーを、以下のステップを使用して生成する。
１．  ６つの抗体フレームワーク（ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−２３、ＩＧＫＶ１−３９、ＩＧＫＶ２−２８、ＩＧＫＶ３−１５、およびＩＧＫＶ４−１）を、１）これまでにヒトｍＡｂにおいて安全性が示されていること、２）熱安定性、３）凝集傾向にないこと、４）すべてのヒト集団にわたってアミノ酸レベルでフレームワークにおける単一の優性対立遺伝子であること（すなわち、人種で差のある医薬でないこと）、５）ＣＤＲの様々な標準的なトポロジー、６）細菌における良好な発現およびファージにおける良好な提示の組合せに基づいて、選択する。
２．  血液を、５０〜１００の被験体から採取する。
３．  ナイーブ（ＣＤ２７−／ＩｇＭ＋またはＣＤ２７−／ＩｇＤ＋）細胞およびメモリー細胞を、血液から選別する。
４．  プールに、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を使用して、品質についてチェックし、多様性に問題があるかまたは生物化学的傾向を有するプールは、拒絶する。
５．  ナイーブ細胞から得られたＶＨ−ＣＤＲ３配列を、ユニバーサルプライマーを用いてＰＣＲ増幅させる。
６．  傾向がない好ましいＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列を、（１）ヒト天然抗体において存在することが観察されていること、（２）様々な抗原に対してＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ  ２．０の選択下での性能が不十分でないことが観察されていること、（３）生物化学的傾向（Ｃ、露出したＭ、脱アミノ化部位、酸加水分解部位、Ｎ結合型グリコシル化部位、アンバー終止コドン、オパール終止コドン、高度に正に荷電している）がないこと、（４）閾値を上回って変異していないこと（たとえば、ＣＤＲ１つ当たりのアミノ酸変異が３つを上回らないこと）に基づいて、ＤＮＡ合成によって選択する。換言すると、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨＣＤＲ２、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２、およびＶＬ−ＣＤＲ３配列は、以下の基準を満たす場合に、合成される：
ａ）使用されるそれぞれのフレームワークについて、それぞれの生殖細胞系ＣＤＲから離れて、４つを上回らないアミノ酸変異を有すること、ならびに
ｂ）ＮＧＳの間に、被験体のうちの少なくとも２つに存在することが特定され、ＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ  ２．０（実施例１）から得られた１１個の抗原に対する５５，０００個のヒットのプールを評価した場合に、適合性の欠点を有することなく濃縮されるか、またはある人物においては観察されていないが、同じＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ  ２．０プールにおいて、パニング中に高度に濃縮されていること、ならびに
ｃ）いずれの生物化学的傾向（Ｎ結合型グリコシル化、脱アミノ化、酸加水分解、正電荷ペプチド内切断、遊離システイン、遊離メチオニン、代替的終止コドン、潜在的スプライス部位、ｔｅｖ切断部位、または過剰に正に荷電したＣＤＲ）も含まないこと。
７．  合成により産生された、変異を有さない１００％生殖細胞系セグメントとしてフレームワークをオーダーする。
８．  核酸ライブラリーを、ＰＣＲ−ＯＥまたは別のＤＮＡアセンブリ方法を使用して、アセンブルする。
９．  ステップ８で得られたアセンブリに、ＮＧＳシーケンシングを使用して、品質についてチェックする。
１０．  軽鎖を、スタッファーＶＨとともにベクターにクローニングする。
１１．  インフレーム材料を、熱による圧の後に、プロテインＡまたはプロテインＬによって選択する。
１２．  重鎖を、ベクターにクローニングして、スタッファーＶＨを置き換える。
１３．  微生物に、ステップ１２の最後に生成されたベクターを、エレクトロポレーションを使用して、形質転換する。
【０２０８】
本発明の好ましい実施形態が本明細書において示され、説明されているが、そのような実施形態が例示として提供されるにすぎないことは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本発明から逸脱することなく、多数の変化形、変更、および置換を想起するであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する様々な代替形を、本発明の実施に用いることができることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定めること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物が、それによって包含されることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
2021506976.tif 000012
【図１１】
2021506976.tif 000013
【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
2021506976.tif 000015
【図１３】
2021506976.tif 000016
【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１４−３】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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