(57)【要約】本開示は、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤を投与することによる、ＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定された患者においてがんを治療するための方法を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象においてがんを治療する方法であって、有効量のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤および／または紡錘体形成チェックポイント（ＳＡＣ）因子阻害剤を該対象に投与する工程を含み、該対象が１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される、前記方法。
【請求項２】
前記１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異が、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入からなる群より選択される、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記エクソン１９欠失が、Ｅ７４６〜Ａ７５０欠失、Ｌ７４７〜Ｅ７４９欠失、またはＡ７５０Ｐである、請求項２記載の方法。
【請求項４】
前記エクソン２０挿入が、Ｎ７７１Ｄｅｌ  Ｉｎｓ  ＦＨである、請求項２記載の方法。
【請求項５】
前記対象が、２つ、３つ、または４つのＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される、請求項１〜４のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
前記対象が、該対象由来のゲノム試料を分析することによって、ＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定されている、請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記ゲノム試料が、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される、請求項６記載の方法。
【請求項８】
ＥＧＦＲ活性化変異の存在が、核酸配列決定またはＰＣＲ分析により判定される、請求項６記載の方法。
【請求項９】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤としてさらに定義される、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６である、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３である、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ディナシクリブまたはアルボシジブである、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＣＤＫ４阻害剤ではなく、かつ／またはＣＤＫ６阻害剤ではない、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
前記ＣＤＫ阻害剤が、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）でも、アベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）でも、リボシクリブでもない、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
前記ＳＡＣ因子阻害剤が、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤としてさらに定義される、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
前記ＰＬＫ１阻害剤が、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４である、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
前記ＰＬＫ１阻害剤が、ボラセルチブまたはＯＮ−０１９１０である、請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
前記ＳＡＣ阻害剤がＰＬＫ１阻害剤ではない、請求項１記載の方法。
【請求項１９】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤である、請求項１５記載の方法。
【請求項２０】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートである、請求項１５記載の方法。
【請求項２１】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ＡＭＧ−９００またはアリセルチブである、請求項１記載の方法。
【請求項２２】
前記ＫＳＰ阻害剤が、イスピネシブまたはＳＢ７４３９２１である、請求項１５記載の方法。
【請求項２３】
前記サバイビン阻害剤がＹＭ１５５である、請求項１５記載の方法。
【請求項２４】
前記治療が、Ｇ２／Ｍ期の細胞の蓄積、核サイズの拡大、および／または倍数性をもたらす、請求項１〜２３のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記がんが、１つ以上のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して耐性を有する、請求項１記載の方法。
【請求項２６】
前記１つ以上のＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ポジオチニブ、ダコミチニブ、およびＣＯ−１６８６からなる群より選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
前記がんが広域薬物耐性を獲得している、請求項１記載の方法。
【請求項２８】
前記がんが、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、および／またはゲムシタビンに対して耐性を有する、請求項１記載の方法。
【請求項２９】
前記がんが、ポジオチニブ、エルロチニブ、またはオシメルチニブに対する変異を獲得している、請求項１記載の方法。
【請求項３０】
ポジオチニブ、エルロチニブ、またはオシメルチニブに対する獲得した前記変異が、ＥＧＦＲエクソン２０挿入を含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記がんが上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしている、請求項１記載の方法。
【請求項３２】
ＥＭＴが、Ｅ−カドヘリン発現の減少、ビメンチンおよび／もしくはＡｘｌの発現の増加、ならびに／または浸潤性表現型の増加によって示される、請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
前記対象が、二次変異を含むとさらに判定される、請求項１記載の方法。
【請求項３４】
前記二次変異が、Ｔ７９０Ｍ耐性変異、Ｃ７９７Ｓ耐性変異、またはＬ７９２Ｈ耐性変異である、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
前記がんが二次変異を含まない、請求項１記載の方法。
【請求項３６】
前記がんがＴ７９０Ｍ耐性変異を含まない、請求項１記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも１種類のさらなる抗がん療法を施すことをさらに含む、請求項１〜３６のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも１種類のさらなる抗がん療法が、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも１種類のさらなる抗がん療法が、ＴＫＩおよび／または化学療法である、請求項３７記載の方法。
【請求項４０】
前記ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはＣＯ−１６８６である、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
前記化学療法が、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、またはゲムシタビンである、請求項３９記載の方法。
【請求項４２】
前記ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法が、静脈内、皮下、骨内、経口、経皮、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、投与される、請求項３９記載の方法。
【請求項４３】
前記ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法の投与が、局所投与、局部投与、または全身投与を含む、請求項３９記載の方法。
【請求項４４】
前記ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法が、２回以上投与される、請求項３９記載の方法。
【請求項４５】
前記対象がヒトである、請求項１記載の方法。
【請求項４６】
前記対象ががんを有する、請求項４５記載の方法。
【請求項４７】
前記がんが、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである、請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
前記がんが非小細胞肺がんである、請求項４６記載の方法。
【請求項４９】
１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定された対象において使用するための、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤を含む薬学的組成物。
【請求項５０】
前記１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異が、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入からなる群より選択される、請求項４９記載の組成物。
【請求項５１】
前記エクソン１９欠失が、Ｅ７４６〜Ａ７５０欠失、Ｌ７４７〜Ｅ７４９欠失、またはＡ７５０Ｐである、請求項５０記載の組成物。
【請求項５２】
前記エクソン２０挿入が、Ｎ７７１Ｄｅｌ  Ｉｎｓ  ＦＨである、請求項５０記載の組成物。
【請求項５３】
前記対象が、２つ、３つ、または４つのＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される、請求項４９記載の組成物。
【請求項５４】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤としてさらに定義される、請求項４９記載の組成物。
【請求項５５】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６である、請求項４９記載の組成物。
【請求項５６】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３である、請求項４９記載の組成物。
【請求項５７】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ディナシクリブまたはアルボシジブである、請求項４９記載の組成物。
【請求項５８】
前記ＣＤＫ阻害剤が、ＣＤＫ４阻害剤ではなく、かつ／またはＣＤＫ６阻害剤ではない、請求項４９記載の組成物。
【請求項５９】
前記ＣＤＫ阻害剤が、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）でも、アベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）でも、リボシクリブでもない、請求項４９記載の組成物。
【請求項６０】
前記ＳＡＣ因子阻害剤が、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤としてさらに定義される、請求項４９記載の組成物。
【請求項６１】
前記ＰＬＫ１阻害剤が、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４である、請求項６０記載の組成物。
【請求項６２】
前記ＰＬＫ１阻害剤が、ボラセルチブまたはＯＮ−０１９１０である、請求項６０記載の組成物。
【請求項６３】
前記ＳＡＣ阻害剤がＰＬＫ１阻害剤ではない、請求項４９記載の組成物。
【請求項６４】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤である、請求項６０記載の組成物。
【請求項６５】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートである、請求項６０記載の組成物。
【請求項６６】
前記Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤が、ＡＭＧ−９００またはアリセルチブである、請求項４９記載の組成物。
【請求項６７】
前記ＫＳＰ阻害剤が、イスピネシブまたはＳＢ７４３９２１である、請求項６０記載の組成物。
【請求項６８】
前記サバイビン阻害剤がＹＭ１５５である、請求項６０記載の組成物。
【請求項６９】
前記がんがＴ７９０Ｍ耐性変異を含まない、請求項４９記載の組成物。
【請求項７０】
少なくとも１種類のさらなる抗がん療法を施すことをさらに含む、請求項４９記載の組成物。
【請求項７１】
前記少なくとも１種類のさらなる抗がん療法が、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である、請求項７０記載の組成物。
【請求項７２】
前記少なくとも１種類のさらなる抗がん療法がＴＫＩおよび／または化学療法である、請求項７０記載の組成物。
【請求項７３】
前記ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはＣＯ−１６８６である、請求項７２記載の組成物。
【請求項７４】
前記化学療法が、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、またはゲムシタビンである、請求項７２記載の組成物。
【請求項７５】
前記がんが非小細胞肺がんである、請求項４９記載の組成物。
【請求項７６】
前記対象がヒトである、請求項４９記載の組成物。
【請求項７７】
がんを有する対象におけるＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独または第２の抗がん療法との組み合わせに対する応答性を予測する方法であって、該対象から得られたゲノム試料におけるＥＧＦＲ活性化変異を検出する工程を含み、該試料がＥＧＦＲ活性化変異の存在について陽性である場合に、該対象が、ＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独または抗がん療法との組み合わせに対して好ましい応答性を有すると予測される、前記方法。
【請求項７８】
前記抗がん療法が、ＴＫＩおよび／または化学療法である、請求項７７記載の方法。
【請求項７９】
ＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独またはこれらと抗がん療法との組み合わせに対する好ましい応答性が、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻害、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または対象の生存性の向上を含む、請求項７７記載の方法。
【請求項８０】
ＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤を単独でまたは第２の抗がん療法と組み合わせて、好ましい応答性を有すると予測された前記対象に施す工程をさらに含む、請求項７７記載の方法。
【請求項８１】
前記第２の抗がん療法が、ＴＫＩまたは化学療法である、請求項８０記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる、２０１８年３月１３日に出願された米国仮特許出願第６２／６４２，４７２号の恩典を主張するものである。
【０００２】
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈにより授与された認可番号ＣＡ１９０６２８の下、政府支援により行われた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
１．分野
本発明は全体として、がん生物学および医学の分野に関する。より具体的には、本発明は、活性化ＥＧＦＲ変異を有するがんを治療するための方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
２．関連技術の説明
ＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ患者は、初めはＥＧＦＲ標的療法に対して応答性を示すが、必ず耐性疾患が出現する。耐性症例のほぼ半数で、腫瘍は、Ｔ７９０ＭなどのＥＧＦＲ二次変異を欠いており、かつ第２世代および第３世代ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して抵抗性である。Ｔ７９０Ｍ陰性の耐性などＴＫＩに対して耐性を有するがんに対して有効性を有する治療レジメンの同定は、依然として臨床上の大きな課題である。
【発明の概要】
【０００５】
概要
いくつかの実施形態では、本開示は、対象に有効量のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤および／または紡錘体形成チェックポイント（ＳＡＣ）因子阻害剤を投与する工程を含む、対象においてがんを治療する方法であって、該対象が１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される、方法を提供する。いくつかの態様では、対象は、２つ、３つ、または４つのＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される。特定の態様では、対象はヒトである。
【０００６】
いくつかの態様では、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異は、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入からなる群より選択される。ある特定の態様では、エクソン１９欠失は、Ｌ７４７とＬ７４９の間におけるインフレーム欠失、例えば、Ｅ７４６〜Ａ７５０欠失、Ｌ７４７〜Ｅ７４９欠失、またはＡ７５０Ｐなどである。特定の態様では、エクソン２０挿入はＮ７７１Ｄｅｌ  Ｉｎｓ  ＦＨである。いくつかの態様では、ＥＧＦＲ変異は、Ｇ７１９Ｓ、Ｇ７１９Ａ、Ｓ７６８Ｉ、Ｅ７０９Ａ、Ｒ７７６Ｈ、またはＬ８６１Ｑである。
【０００７】
ある特定の態様では、対象は、患者由来のゲノム試料を分析することにより、ＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定される。いくつかの態様では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。いくつかの態様では、ＥＧＦＲ活性化変異の存在は、核酸配列決定またはＰＣＲ分析により判定される。
【０００８】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤としてさらに定義される。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６である。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３である。いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブまたはアルボシジブである。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４阻害剤ではなく、かつ／またはＣＤＫ６阻害剤ではない。特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）でも、アベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）でも、リボシクリブでもない。
【０００９】
ある特定の態様では、ＳＡＣ因子阻害剤は、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤としてさらに定義される。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤は、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４である。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤はボラセルチブまたはＯＮ−０１９１０である。他の態様では、ＳＡＣ阻害剤はＰＬＫ１阻害剤ではない。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤である。ある特定の態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートである。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤はＡＭＧ−９００またはアリセルチブである。いくつかの態様では、ＫＳＰ阻害剤はイスピネシブまたはＳＢ７４３９２１である。いくつかの態様では、サバイビン阻害剤はＹＭ１５５である。
【００１０】
いくつかの態様では、治療は、Ｇ２／Ｍ期の細胞の蓄積、核サイズの拡大、および／または倍数性をもたらす。
【００１１】
ある特定の態様では、がんは、１つ以上のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して耐性を有する。いくつかの態様では、１つ以上のＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ポジオチニブ、ダコミチニブ、およびＣＯ−１６８６からなる群より選択される。いくつかの態様では、がんは広域薬物耐性を獲得している。いくつかの態様では、がんは、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、および／またはゲムシタビンに対して耐性を有する。ある特定の態様では、がんは、ポジオチニブおよび／または他のＴＫＩに対する変異を獲得している。いくつかの態様では、ポジオチニブに対する獲得した変異はＥＧＦＲエクソン２０挿入を含む。いくつかの態様では、がんは上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしている。いくつかの態様では、ＥＭＴは、Ｅ−カドヘリン発現の減少、ビメンチンおよび／もしくはＡｘｌの発現の増加、ならびに／または浸潤性表現型の増加によって実証される。
【００１２】
さらなる態様では、対象はさらに、二次変異を含むと判定される。いくつかの態様では、二次変異はＴ７９０Ｍ耐性変異である。他の態様では、対象は、二次変異を有さないと判定される。いくつかの態様では、対象は、Ｔ７９０Ｍ耐性変異を有さないと判定される。
【００１３】
さらなる態様では、方法は、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法を施すことをさらに含む。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、ＴＫＩおよび／または化学療法である。特定の態様では、ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはＣＯ−１６８６である。ある特定の態様では、化学療法は、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、またはゲムシタビンである。
【００１４】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法は、静脈内、皮下、骨内、経口、経皮、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、投与される。いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法の投与は、局所投与、局部投与、または全身投与を含む。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法は、２回以上投与される。
【００１５】
いくつかの態様では、がんは、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである。特定の態様では、がんは非小細胞肺がんである。
【００１６】
別の実施形態では、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定された対象で使用するための、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤を含む薬学的組成物が提供される。
【００１７】
いくつかの態様では、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異は、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入からなる群より選択される。ある特定の態様では、エクソン１９欠失は、Ｌ７４７とＬ７４９の間におけるインフレーム欠失である。特定の態様では、エクソン２０挿入は、Ｎ７７１Ｄｅｌ  Ｉｎｓ  ＦＨである。
【００１８】
ある特定の態様では、対象は、患者由来のゲノム試料を分析することにより、ＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定された。いくつかの態様では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。いくつかの態様では、ＥＧＦＲ活性化変異の存在は、核酸配列決定またはＰＣＲ分析により判定される。
【００１９】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤としてさらに定義される。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６である。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３である。いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤はディナシクリブまたはアルボシジブである。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４阻害剤ではなく、かつ／またはＣＤＫ６阻害剤ではない。特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）でも、アベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）でも、リボシクリブでもない。
【００２０】
ある特定の態様では、ＳＡＣ因子阻害剤は、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤としてさらに定義される。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤は、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４である。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤はボラセルチブまたはＯＮ−０１９１０である。他の態様では、ＳＡＣ阻害剤はＰＬＫ１阻害剤ではない。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤である。ある特定の態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートである。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤はＡＭＧ−９００またはアリセルチブである。いくつかの態様では、ＫＳＰ阻害剤はイスピネシブまたはＳＢ７４３９２１である。いくつかの態様では、サバイビン阻害剤はＹＭ１５５である。
【００２１】
ある特定の態様では、がんは、１つ以上のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して耐性を有する。いくつかの態様では、１つ以上のＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ポジオチニブ、ダコミチニブ、およびＣＯ−１６８６からなる群より選択される。いくつかの態様では、がんは広域薬物耐性を獲得している。いくつかの態様では、がんは、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、および／またはゲムシタビンに対して耐性を有する。ある特定の態様では、がんは、ポジオチニブおよび他のＴＫＩに対する変異を獲得している。いくつかの態様では、ポジオチニブに対する獲得した変異はＥＧＦＲエクソン２０挿入を含む。いくつかの態様では、がんは上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしている。いくつかの態様では、ＥＭＴは、Ｅ−カドヘリン発現の減少、ビメンチンおよび／もしくはＡｘｌの発現の増加、ならびに／または浸潤性表現型の増加によって実証される。
【００２２】
さらなる態様では、対象はさらに、二次変異を含むと判定される。いくつかの態様では、二次変異は、Ｔ７９０Ｍ耐性変異、Ｃ７９７Ｓ耐性変異、またはＬ７９２Ｈ耐性変異である。他の態様では、対象は、二次変異を有さないと判定される。いくつかの態様では、対象は、Ｔ７９０Ｍ耐性変異を有さないと判定される。
【００２３】
さらなる態様では、組成物は、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法をさらに含む。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、ＴＫＩおよび／または化学療法である。特定の態様では、ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはＣＯ−１６８６である。ある特定の態様では、化学療法は、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、またはゲムシタビンである。
【００２４】
いくつかの態様では、がんは、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである。特定の態様では、がんは非小細胞肺がんである。
【００２５】
別の実施形態では、がんを有する対象におけるＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独または第２の抗がん療法との組み合わせに対する応答性を予測する方法であって、患者から得られたゲノム試料におけるＥＧＦＲ活性化変異を検出する工程を含み、試料がＥＧＦＲ活性化変異の存在について陽性である場合に、患者はＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独または抗がん療法との組み合わせに対して好ましい応答性を有すると予測される、方法が提供される。
【００２６】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤単独またはこれらと抗がん療法との組み合わせに対する好ましい応答性は、腫瘍の大きさもしくは腫瘍量の減少、腫瘍成長の阻害、腫瘍関連疼痛の軽減、がん関連病態の軽減、がん関連症状の軽減、がんの非進行、無病期間の延長、進行までの期間の延長、寛解の誘導、転移の減少、または患者の生存性の向上を含む。
【００２７】
いくつかの態様では、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異は、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入からなる群より選択される。ある特定の態様では、エクソン１９欠失は、Ｌ７４７とＬ７４９の間におけるインフレーム欠失である。特定の態様では、エクソン２０挿入は、Ｎ７７１Ｄｅｌ  Ｉｎｓ  ＦＨである。
【００２８】
ある特定の態様では、対象は、患者由来のゲノム試料を分析することにより、ＥＧＦＲ活性化変異を有すると判定された。いくつかの態様では、ゲノム試料は、唾液、血液、尿、正常組織、または腫瘍組織から単離される。いくつかの態様では、ＥＧＦＲ活性化変異の存在は、核酸配列決定またはＰＣＲ分析により判定される。
【００２９】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤としてさらに定義される。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６である。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３である。いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤はディナシクリブまたはアルボシジブである。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ４阻害剤ではなく、かつ／またはＣＤＫ６阻害剤ではない。特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１）でも、アベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）でも、リボシクリブでもない。
【００３０】
ある特定の態様では、ＳＡＣ因子阻害剤は、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤としてさらに定義される。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤は、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４である。いくつかの態様では、ＰＬＫ１阻害剤はボラセルチブまたはＯＮ−０１９１０である。他の態様では、ＳＡＣ阻害剤はＰＬＫ１阻害剤ではない。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤である。ある特定の態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートである。いくつかの態様では、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤はＡＭＧ−９００またはアリセルチブである。いくつかの態様では、ＫＳＰ阻害剤はイスピネシブまたはＳＢ７４３９２１である。いくつかの態様では、サバイビン阻害剤はＹＭ１５５である。
【００３１】
ある特定の態様では、がんは、１つ以上のチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して耐性を有する。いくつかの態様では、１つ以上のＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ポジオチニブ、ダコミチニブ、およびＣＯ−１６８６からなる群より選択される。いくつかの態様では、がんは広域薬物耐性を獲得している。いくつかの態様では、がんは、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、および／またはゲムシタビンに対して耐性を有する。ある特定の態様では、がんは、ポジオチニブおよび他のＴＫＩに対する変異を獲得している。いくつかの態様では、ポジオチニブに対する獲得した変異はＥＧＦＲエクソン２０挿入を含む。いくつかの態様では、がんは上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしている。いくつかの態様では、ＥＭＴは、Ｅ−カドヘリン発現の減少、ビメンチンおよび／もしくはＡｘｌの発現の増加、ならびに／または浸潤性表現型の増加によって実証される。
【００３２】
さらなる態様では、対象はさらに、二次変異を含むと判定される。いくつかの態様では、二次変異はＴ７９０Ｍ耐性変異である。他の態様では、対象は、二次変異を有さないと判定される。いくつかの態様では、対象は、Ｔ７９０Ｍ耐性変異を有さないと判定される。
【００３３】
さらなる態様では、方法は、ＣＤＫ阻害剤および／もしくはＳＡＣ因子阻害剤を単独でまたは第２の抗がん療法と組み合わせて、好ましい応答性を有すると予測された患者に施す工程をさらに含む。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、化学療法、放射線療法、遺伝子療法、手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、または免疫療法である。いくつかの態様では、少なくとも１種類のさらなる抗がん療法は、ＴＫＩおよび／または化学療法である。特定の態様では、ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、またはＣＯ−１６８６である。ある特定の態様では、化学療法は、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、またはゲムシタビンである。
【００３４】
いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法は、静脈内、皮下、骨内、経口、経皮、持続型放出にて、制御型放出にて、遅延型放出にて、坐剤として、または舌下に、投与される。いくつかの態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法の投与は、局所投与、局部投与、または全身投与を含む。ある特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、および／または抗がん療法は、２回以上投与される。
【００３５】
いくつかの態様では、がんは、口腔がん、中咽頭がん、上咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織のがん、内分泌もしくは神経内分泌がんまたは造血系のがん、神経膠腫、肉腫、がん腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、中咽頭がん、上咽頭がん、腎臓がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨肉腫、多発性神経内分泌腫瘍Ｉ型およびＩＩ型、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がん、または皮膚がんである。特定の態様では、がんは非小細胞肺がんである。
【００３６】
本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかとなるだろう。しかしながら、本明細書の詳細な説明から、本発明の精神および範囲の範囲内での様々な変更および修飾が当業者には明らかとなることから、詳細な説明および特定の実施例は、本発明の好ましい実施形態を示すものではあるが、例示のみを目的としていることが理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【００３７】
以下の図面は、本明細書の一部を形成するものであり、本発明のある特定の態様をさらに実証するために含まれる。本発明は、本明細書において提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の１つまたは複数を参照することによってよりよく理解され得る。
【００３８】
特許または出願ファイルは、色付きで作成された少なくとも１つの図面を含む。色付きの図面を伴うこの特許または特許出願公報の写しは、請求および必要な手数料の支払いにより特許庁により提供される。
【００３９】
【図１−１】ＨＣＣ８２７ＥＲ細胞およびＨＣＣ４００６ＥＲ細胞は、Ｔ７９０ＭＥＧＦＲ二次変異について陰性であった。ＨＣＣ８２７ＥＲ細胞は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、Ｃ０−１６８６、およびオシメルチニブを含む複数のＥＧＦＲ阻害剤に対して耐性を有する。
【図１−２】図１−１の続きを示す。
【図２Ａ】ＨＣＣ８２７エルロチニブ耐性（ＥＲ）変異株およびＨＣＣ４００６ＥＲ変異株は、Ｅ−カドヘリンの減少ならびにビメンチンおよびＡｘｌの発現の増加によって示される上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしている。
【図２Ｂ】ＨＣＣ８２７ＥＲ細胞およびＨＣＣ４００６ＥＲ細胞は、ボイデンチャンバーアッセイによって測定される浸潤能の有意な増加を示す。
【図２Ｃ】ＲＰＰＡプロテオミクス解析は、親のＮＳＣＬＣ細胞株と比較してＥＲ細胞においてＥＭＴ関連タンパク質およびシグナル伝達経路の変化を明らかにした。
【図２Ｄ−１】ＲＰＰＡプロテオミクスプロファイリングは、同じ親細胞株に由来するＥＲクローン間での不均一性を明らかにする。
【図２Ｄ−２】図２Ｄ−１の続きを示す。
【図２Ｄ−３】図２Ｄ−２の続きを示す。
【図２Ｄ−４】図２Ｄ−３の続きを示す。
【図２Ｄ−５】図２Ｄ−４の続きを示す。
【図２Ｄ−６】図２Ｄ−５の続きを示す。
【図３Ａ−１】図３Ａ〜３Ｃ：ハイスループット薬物スクリーニングを実施し、１，３２１種の化合物の有効性を試験した。ＥＭＴを起こしているＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は、化学療法剤（Ａ）、セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤（Ｂ）、およびチロシンキナーゼ阻害剤（Ｃ）に対する広域薬物耐性を獲得している。
【図３Ａ−２】図３Ａ−１の続きを示す。
【図３Ｂ】図３Ａ−１の説明を参照。
【図３Ｃ】図３Ａ−１の説明を参照。
【図４Ａ】図４Ａ〜Ｂ：ハイスループット薬物スクリーニング分析は、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞が、サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）、Ａｕｒｏｒａキナーゼ、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）、Ｂｃｌ、ＫＳＰ、およびサバイビンを標的とする薬剤に対する感受性の持続を示すことを明らかにした。
【図４Ｂ】図４Ａの説明を参照。
【図４Ｃ】ウェスタンブロッティングによって測定される、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞におけるＰＬＫ１、Ａｕｒｏｒａ  Ａ、サバイビン、およびＫＳＰのタンパク質発現。
【図４Ｄ】ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞を漸増濃度のＡｕｒｏｒａキナーゼ（アリセルチブ、ＡＭＧ９００）、ＰＬＫ１（ボラセルチブ）、または  ＫＳＰ（イスピネシブ）の阻害剤で２週間処理し、生存率をクローン原性アッセイによって評価した。
【図４Ｅ】図４Ｅ〜Ｈ：クローン原性アッセイの定量化は、腫瘍細胞生存率が、Ａｕｒｏｒａキナーゼ、ＰＬＫ１、およびＫＳＰを標的とする阻害剤による処理後に有意に阻害されることを明らかにする。
【図４Ｆ】図４Ｅの説明を参照。
【図４Ｇ】図４Ｅの説明を参照。
【図４Ｈ】図４Ｅの説明を参照。
【図５Ａ】ＣＤＫ阻害剤ディナシクリブまたはアルボシジブによるＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞の処理は、ＰＩ染色およびフローサイトメトリーにより判定されるサブＧ１細胞の割合を有意に増加させる。
【図５Ｂ】ＰＬＫ１、ＫＳＰ、またはＡｕｒｏｒａキナーゼの阻害は、Ｇ２／Ｍの停止、サブＧ１集団の増加、および倍数体細胞の割合の増加をもたらす。
【図５Ｃ】図５Ｃ〜Ｄ：ＣＤＫ、ＰＬＫ１、ＫＳＰ、またはＡｕｒｏｒａキナーゼの阻害は、核サイズの拡大をもたらす。
【図５Ｄ】図５Ｃの説明を参照。
【図６Ａ】図６Ａ〜６Ｄ：患者由来のＮＳＣＬＣ細胞株であるＭＤＡ−０１１は、ＥＧＦＲＬ８５８Ｒ（Ａ）、および間葉系表現型を示すマーカー（Ｂ）を発現し、かつエルロチニブおよびオシメルチニブに対する耐性を有する（Ｃ）。（Ｄ）ＭＤＡ−１１細胞は、ＣＤＫの阻害剤（ディナシクリブ、アルボシジブ）、ＰＬＫ１の阻害剤（ボラセルチブ、ＯＮ−０１９１０）、ＫＳＰの阻害剤（イスピネシブ、ＳＢ７４３９２１）、およびＡｕｒｏｒａ  Ａの阻害剤（ＡＭＧ９００、アリセルチブ）に対して感受性を有する。
【図６Ｂ】図６Ａの説明を参照。
【図６Ｃ】図６Ａの説明を参照。
【図６Ｄ】図６Ａの説明を参照。
【図７−１】ＥＧＦＲ変異Ｈｌ９７５細胞は、ＥＧＦＲ阻害剤オシメルチニブに対して高い感受性を有する。Ｈ１９７５細胞を、オシメルチニブの存在下で、耐性細胞が出現する（Ｈ１９７５  ＯＲ５およびＨ１９７５  ＯＲ１６）まで連続的に培養した。親のＨ１９７５細胞とＨ１９７５  ＯＲ５および  Ｈ１９７５  ＯＲ１６（オシメルチニブ耐性）細胞のどちらも、ＰＬＫ１（ボラセルチブ）、ＫＳＰ（イスピネシブ）、およびＡｕｒｏｒａキナーゼ（ＡＭＧ９００およびアリセルチブ）を標的とする薬物を含むＳＡＣ阻害剤に対して感受性を有した。
【図７−２】図７−１の続きを示す。
【図８】ＥＧＦＲエクソン２０挿入変異を保有するＹＵＬ００１９細胞は、ＥＧＦＲ阻害剤ポジオチニブに対して高い感受性を有する。ＹＵＬ００１９細胞を、ポジオチニブの存在下で、耐性細胞が出現する（ＹＵＬ００１９  ＰＲ８）まで連続的に培養した。親のＹＵＬ００１９細胞とＹＵＬ００１９  ＰＲ８（ポジオチニブ耐性）細胞のどちらも、ＰＬＫ１（ボラセルチブ）、ＫＳＰ（イスピネシブ）、およびＡｕｒｏｒａキナーゼ（ＡＭＧ９００およびアリセルチブ）を標的とする薬物を含むＳＡＣ阻害剤に対して感受性を有した。
【発明を実施するための形態】
【００４０】
例示的な実施形態の説明
ＴＫＩ耐性がんの治療レジメンに対する満たされていないニーズに対応するために、ＥＧＦＲ  ＴＫＩであるエルロチニブに対する耐性を獲得しているＮＳＣＬＣ細胞株のパネルを、本試験において得た。ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性変異株のあるサブセットは、ＥＧＦＲ二次変異について陰性であり、オシメルチニブ、アファチニブ、およびダコミチニブを含む第２世代および第３世代ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対して耐性を有し、かつＥ−カドヘリンの減少、Ｎ−カドヘリンおよびＡｘｌの発現の増強、ならびにボイデンチャンバーアッセイによって測定される浸潤性表現型の増加によって実証される上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしていた。プロテオミクスプロファイリングは、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は類似の間葉系および浸潤性表現型を示したが、同じ親細胞株に由来する耐性変異株間でタンパク質発現および経路活性化に有意な不均一性が存在することを明らかにした。
【００４１】
ＥＭＴ関連ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性に対して活性を有する治療剤を同定するために、ハイスループット薬物スクリーニングを実施し、１，３２１種の化合物の有効性を試験した。ＥＭＴ関連ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性は、広域薬物耐性の獲得を伴った。親細胞と比較して、間葉系ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、およびゲムシタビンを含む、ＮＳＣＬＣを治療するために用いられる化学療法剤に対して、有意に強い耐性を有した。ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は、１４７種の他のチロシンキナーゼおよびセリン／スレオニンキナーゼの阻害剤に対して耐性の獲得を示した。これに対して、親細胞と間葉系ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性変異株のどちらも、ＣＤＫ阻害剤、ならびにＰＬＫ１、Ａｕｒｏｒａ、ＫＳＰ、およびサバイビンを含む紡錘体形成チェックポイント（ＳＡＣ）因子を標的とする薬剤に対して、高い感受性を有した。これらの知見は、ＭＴＳおよびクローン原性アッセイによって確認された。ＳＡＣ阻害剤による治療は、Ｇ２／Ｍ期の細胞の蓄積、核サイズの拡大、および倍数性を誘導した。
【００４２】
これらの知見を臨床的に確認するために、Ｔ７９０Ｍ陰性でエルロチニブ耐性を有するＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ患者の胸水から、細胞株（ＭＤＡ−０１１）を樹立した。インビトロで、ＭＤＡ−０１１細胞は、エルロチニブおよびオシメルチニブに対して耐性を有した。ＭＤＡ−０１１細胞は、ＭＴＳおよびクローン原性アッセイによって判定されるように、ＣＤＫ阻害剤およびＳＡＣ阻害剤に対して高い感受性を有した。これらのデータは、ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対するＥＭＴ関連耐性は、広域薬物耐性を伴うが、ＣＤＫおよびＳＡＣの阻害に対する脆弱性は、ＮＳＣＬＣ患者における耐性疾患を克服するのに利用できる可能性があることを示した。
【００４３】
したがって、ある特定の実施形態では、本開示は、活性化ＥＧＦＲ変異を有するがん、例えばＮＳＣＬＣなどを、ＣＤＫの阻害剤および／またはＳＡＣ因子の阻害剤で治療するための方法を提供する。ＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ細胞は、ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対する耐性を獲得していてもよいし、獲得していなくてもよい。例示的ＣＤＫ阻害剤には、ディナシクリブおよびアルボシジブが含まれ、紡錘体形成チェックポイント（ＳＡＣ）因子を標的とする例示的な薬剤には、ＰＬＫ１を標的とするもの（ボラセルチブ）、Ａｕｒｏｒａ  Ａを標的とするもの（ＡＭＧ−９００およびアリセルチブ）、およびＫＳＰを標的とするもの（イスピネシブ）が含まれる。いくつかの態様では、ＮＳＣＬＣなどのがんの細胞は、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、およびエクソン２０挿入などのＥＧＦＲ活性化変異を発現する。がん細胞は、例えば、Ｔ７９０Ｍ変異および／または上皮間葉移行などにより、ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対する耐性および／または広域薬物耐性を獲得している場合がある。
【００４４】
Ｉ．定義
「ＥＧＦＲ活性化変異」は、本明細書において、肺がんなどのがんの発生をもたらす可能性がある体細胞変異のことをいい、ＥＧＦＲのエクソン１８〜２１に認められる。例示的なＥＧＦＲ活性化変異には、一塩基置換、例えば、Ｌ８５８Ｒ、Ｖ７６５Ａ、Ｔ７８３、もしくはＧ７１９のセリン、アラニン、もしくはシステインへの変更、エクソン１９欠失（例えば、Ｌ７４７とＬ７４９の間におけるエクソン１９のインフレーム欠失）、ならびにエクソン２０挿入および／または重複（例えば、Ｄ７７０＿Ｎ７７１（ｉｎｓ  ＮＰＧ）、Ｄ７７０＿（ｉｎｓ  ＳＶＱ）、およびＤ７７０＿（ｉｎｓ  Ｇ）  Ｎ７７１Ｔ）が含まれる。他の「耐性変異」、例えばＴ７９０Ｍなどが獲得されてもよい。
【００４５】
本明細書において用いられるとき、「ａ」または「ａｎ」は、１つまたは複数を含み得る。本明細書の請求項において用いられるとき、「含む」という語と併せて使用されるとき、「ａ」または「ａｎ」という語は、１つまたは複数を意味し得る。
【００４６】
本開示は代替物のみならびに「および／または」を指す定義を支持しているが、代替物のみを指すかまたは代替物が相互に排他的であると明確に示されていない限り、特許請求の範囲における用語「または」の使用は「および／または」を意味するために使用される。本明細書において用いられるとき、「別の」は、少なくとも第２のもの、またはそれ以上のものを意味し得る。用語「約」、「実質的に」、および「およそ」は、概して、示された値±５％を意味する。
【００４７】
「治療」または「治療する」は、（１）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を阻害すること（例えば、病態および／または総体症状のさらなる進行を阻止すること）、（２）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において疾患を改善すること（例えば、病態および／または総体症状を後退させること）、および／または（３）疾患の病態もしくは総体症状を経験するもしくは示す対象もしくは患者において任意の測定可能な疾患の減少に作用すること、を含む。
【００４８】
「予防」または「予防する」は、（１）疾患の危険性を有し、かつ／または疾患に罹りやすい可能性があるが、まだ疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において疾患の開始を阻害すること、および／または（２）疾患の危険性を有するか、および／または疾患に罹りやすい可能性があるが、まだ疾患の病態もしくは総体症状のいずれかもしくは全てを経験も示してもいない対象もしくは患者において、疾患の病態もしくは総体症状の開始を遅らせること、を含む。
【００４９】
本明細書において用いられるとき、用語「患者」または「対象」は、生存している哺乳類生物、例えば、ヒト、サル、ウシ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、マウス、ラット、モルモット、またはそれらの遺伝子組み換え種を指す。特定の実施形態では、患者または対象は、霊長類である。ヒト患者の非限定的な例は、成人、未成年、幼児、および胎児である。
【００５０】
用語「有効な」は、この用語が本明細書および／または請求項で使用されるとき、所望の、期待された、または意図された結果を達成するために十分であることを意味する。化合物を用いて患者もしくは対象を治療するという文脈において使用されるとき、「有効量」、「治療有効量」、または「薬学的有効量」は、化合物の量が、疾患を治療もしくは予防するために対象もしくは患者に投与されたときに、疾患のかかる治療もしくは予防に作用するのに十分な量であることを意味する。
【００５１】
本明細書において用いられるとき、用語「ＩＣ５０」は、得られた最大応答の５０％である、阻害的用量を指す。この定量的測定は、特定の生物学的、生化学的、もしくは化学的プロセス（またはプロセスの構成要素、すなわち、酵素、細胞、細胞受容体、もしくは微生物）を半分阻害するのにどの程度の量の特定の薬物、または他の物質（阻害剤）が必要であるかを示す。
【００５２】
「抗がん」剤は、例えば、がん細胞の殺傷を促進し、がん細胞のアポトーシスを誘導し、がん細胞の増殖速度を低減し、転移の発生率もしくは数を低減し、腫瘍の大きさを縮小し、腫瘍の成長を阻害し、腫瘍もしくはがん細胞への血液供給を削減し、がん細胞もしくは腫瘍に対する免疫応答を促進し、がんの進行を予防もしくは阻害し、またはがんを有する対象の生存期間を延長することにより、対象におけるがん細胞／腫瘍に負の影響を与えることができる。
【００５３】
用語「挿入」または「挿入変異」は、１つ以上のヌクレオチド塩基対のＤＮＡ配列中への付加を指す。例えば、ＥＧＦＲのエクソン２０の挿入変異は、アミノ酸７６７〜７７４の間に、約２〜２１塩基対で存在し得る。
【００５４】
「検出」、「検出可能な」、およびそれらの文法的等価物は、標的核酸配列の存在、および／または量、および／または相同性を決定する方法を指す。いくつかの実施形態では、検出は、標的核酸配列の増幅を生じる。他の実施形態では、標的核酸の配列決定は、標的核酸を「検出する」ことを特徴とすることができる。プローブに結合した標識は、例えば、化学的もしくは物理的手段により検出可能である、当技術分野において周知である多種多様な標識の任意のものを含み得る。プローブに結合させることが可能である標識は、例えば、蛍光および発光材料を含む。
【００５５】
「増幅する」、「増幅」、およびそれらの文法的等価物は、直線的もしくは指数関数的のいずれかで核酸配列を増幅するための広範な技法を含むがこれらに限定されない、鋳型依存的な様式で標的核酸配列の少なくとも一部を複製する任意の方法を指す。増幅工程を実施するための例示的な手段は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、リガーゼ検出反応（ＬＤＲ）、Ｑ−レプリカーゼ増幅が後に続くライゲーション、ＰＣＲ、プライマー伸長、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ハイパーブランチ鎖置換増幅、複数置換増幅（ＭＤＡ）、核酸鎖に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、２工程多重増幅、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リコンビナーゼ−ポリメラーゼ増幅（ＲＰＡ）（ＴｗｉｓｔＤｘ、Ｃａｍｂｒｉｄｇ、ＵＫ）、および自立配列複製（３ＳＲ）、ならびにそれらの多重バージョンまたは組み合わせ、例えば、ＯＬＡ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＯＬＡ、ＬＤＲ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＰＣＲ／ＬＤＲ、ＬＣＲ／ＰＣＲ、ＰＣＲ／ＬＣＲ（複合連鎖反応−ＣＣＲとしても知られる）を含むがこれらに限定されないもの、などを含む。かかる技法の説明は、他の場所、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ、３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）において見出され得る。
【００５６】
一般的に本明細書にて使用されるとき、「薬学的に許容される」は、合理的な利益／リスクの比率を伴い、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症を伴うことのない、健全な医学的判断の範疇において、ヒトおよび動物の組織、器官、および／または体液と接触させて使用するのに好適な化合物、材料、組成物、および／または投薬形態を指す。
【００５７】
「薬学的に許容される塩」は、上記のような薬学的に許容され、所望の薬理活性を有する、本発明の化合物の塩を意味する。かかる塩の非限定的な例は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、およびリン酸などの無機酸を用いて形成された酸付加塩；または１，２−エタンジスルホン酸、２−ヒドロキシエタンスルホン酸、２−ナフタレンスルホン酸、３−フェニルプロピオン酸、４，４′−メチレンビス（３−ヒドロキシ−２−エン−１−カルボン酸）、４−メチルビシクロ［２．２．２］オクタ−２−エン−１−カルボン酸、酢酸、脂肪族モノ−およびジカルボン酸、脂肪族硫酸、芳香族硫酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、カンファ−スルホン酸、炭酸、ケイ皮酸、クエン酸、シクロペンタンプロピオン酸、エタンスルホン酸、フマル酸、グルコヘプトン酸、グルコン酸、グルタミン酸、グリコール酸、ヘプタン酸、ヘキサン酸、ヒドロキシナフトエ酸、乳酸、ラウリル硫酸、マレイン酸、リンゴ酸、マロン酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、ムコン酸、ｏ−（４−ヒドロキシベンゾイル）安息香酸、シュウ酸、ｐ−クロロベンゼンスルホン酸、フェニル−置換アルカン酸、プロピオン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、ピルビン酸、サリチル酸、ステアリン酸、コハク酸、酒石酸、第３級ブチル酢酸、およびトリメチル酢酸などの有機酸を用いて形成された酸付加塩を含む。薬学的に許容される塩は、存在する酸性プロトンが無機または有機塩基と反応可能である場合に形成され得る塩基付加塩も含む。許容される無機塩基は、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アルミニウム、および水酸化カルシウムを含む。許容される有機塩基の非限定的な例は、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、およびＮ−メチルグルカミンを含む。本発明の任意の塩の一部を形成する特定のアニオンまたはカチオンは、その塩が全体として薬理学的に許容される限りは、危険ではない、ということが認識されるべきである。薬学的に許容される塩ならびにそれらの調製および使用方法のさらなる例は、Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ａｎｄ  Ｕｓｅ（Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ＆Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ  ｅｄｓ．、Ｖｅｒｌａｇ  Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ  Ｃｈｉｍｉｃａ  Ａｃｔａ、２００２）において提供される。
【００５８】
ＩＩ．ＥＧＦＲ活性化変異
本開示の特定の実施形態は、対象が、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異、例えばＬ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、またはエクソン２０変異、例えば、挿入変異、特に１つ以上の挿入変異を有するかどうかを判定することに関する。対象は、２つ、３つ、４つ、またはそれより多くの活性化ＥＧＦＲ変異を有していてもよい。変異検出方法は、当技術分野において公知であり、ＰＣＲ分析および核酸配列決定、ならびにＦＩＳＨおよびＣＧＨを含む。特定の態様では、エクソン２０変異は、例えば、腫瘍または血漿由来循環フリーＤＮＡなどからのＤＮＡ配列決定により検出される。
【００５９】
ＥＧＦＲエクソン１９変異には、アミノ酸７４７〜７４９における、１つ以上の点変異、挿入、および／または３〜１８個のヌクレオチドの欠失、エクソン１９のインフレーム欠失が含まれ得る。
【００６０】
ＥＧＦＲエクソン２０変異には、アミノ酸７６３〜７７８における、１つ以上の点変異、挿入、および／または３〜１８個のヌクレオチドの欠失が含まれ得る。１つ以上のＥＧＦＲエクソン２０変異は、Ａ７６３、Ａ７６７、Ｓ７６８、Ｖ７６９、Ｄ７７０、Ｎ７７１、Ｐ７７２、およびＨ７７３からなる群より選択される１つ以上の残基に位置することができる。
【００６１】
ＥＧＦＲエクソン２０挿入には、Ｈ７７３＿Ｖ７７４ｉｎｓＨ、Ａ７６７＿ｖ７６９ＡＳＶ、Ｎ７７１＿Ｐ７７２ｉｎｓＨ、Ｄ７７０＿Ｎ７７１ｉｎｓＧ、Ｈ７７９＿Ｖ７７４ｉｎｓＨ、Ｎ７７１ｄｅｌｉｎｓＨＨ、Ｓ７６８＿Ｄ７７０ｄｕｐＤＶＤ、Ａ７６７＿Ｖ７６９ｄｕｐＡＳＶ、Ａ７６７＿Ｖ７６９ｄｕｐＡＳＶ、Ｐ７７２＿Ｈ７７３ｄｕｐ、Ｎ７７１＿Ｈ７７３ｄｕｐＮＰＨ、Ｓ７６８＿Ｄ７７０ｄｕｐＳＶＤ、Ｎ７７１ｄｅｌｉｎｓＧＹ、Ｓ７６８＿Ｄ７７０ｄｅｌｉｎｓＳＶＤ、Ｄ７７０＿Ｄ７７０ｄｅｌｉｎｓＧＹ、Ａ７６７＿Ｖ７６９ｄｕｐＡＳＶ、および／またはＨ７７３ｄｕｐが含まれ得る。特定の態様では、エクソン２０変異は、Ａ７６３ｉｎｓＦＱＥＡ、Ａ７６７ｉｎｓＡＳＶ、Ｓ７６８ｄｕｐＳＶＤ、Ｖ７６９ｉｎｓＡＳＶ、Ｄ７７０ｉｎｓＳＶＤ、Ｄ７７０ｉｎｓＮＰＧ、Ｈ７７３ｉｎｓＮＰＨ、Ｎ７７１ｄｅｌ  ｉｎｓＧＹ、Ｎ７７１ｄｅｌ  ｉｎｓＦＨ、およびＮ７７１ｄｕｐＮＰＨである。
【００６２】
患者試料は、対象における肺がんに由来する核酸を含む、任意の体の組織または液体であり得る。特定の実施形態では、試料は、循環腫瘍細胞または細胞フリーＤＮＡを含む血液試料である。他の実施形態では、試料は、組織、例えば、肺組織であり得る。肺組織は、腫瘍組織に由来することができ、新鮮凍結、またはホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）されてもよい。特定の実施形態では、肺腫瘍ＦＦＰＥ試料が得られる。
【００６３】
本明細書において記載される方法における使用に好適な試料には、遺伝子材料、例えば、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）が含まれる。ゲノムＤＮＡは典型的に、血液、または口腔粘膜の粘膜スクレーピングなどの生物試料から抽出されるが、尿、腫瘍、もしくは去痰薬を含む他の生物試料から抽出することもできる。試料それ自体は、典型的に、正常または腫瘍組織を含む、対象から取り出された有核細胞（例えば、血液もしくは頬側細胞）または組織を含む。試料を入手し、処理し、分析するための方法および試薬は、当技術分野において周知である。いくつかの実施形態では、試料は、医療機関の協力の下、例えば血液を採取することにより、得られる。いくつかの実施形態では、試料は、医療機関の協力を伴わずに得られ、例えば、試料は、頬側綿棒もしくはブラシを用いて得られる頬側細胞を含む試料、または口腔洗浄液試料のように、非侵襲的に得られる。
【００６４】
いくつかの場合において、生物試料は、ＤＮＡ単離のために処理することができる。例えば、細胞または組織試料中のＤＮＡは、試料の他の成分から分離することができる。細胞は、当技術分野において周知の技術を用いて、生物試料から回収することができる。例えば、細胞は、細胞試料を遠心分離し、ペレット化した細胞を再懸濁することにより、回収することができる。細胞は、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）などの緩衝液中に再懸濁することができる。細胞懸濁液を遠心分離して、細胞ペレットを得た後、細胞を溶解して、ＤＮＡ、例えば、ｇＤＮＡを抽出することができる。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（２００３）を参照されたい。試料を濃縮および／または精製して、ＤＮＡを単離することができる。あらゆる種類のさらなる処理に供されるものを含む、対象から得られた全ての試料は、対象から得られたものと考えられる。例えば、フェノール抽出を含む、慣例的な方法を用いて、生物試料からゲノムＤＮＡを抽出することができる。あるいは、ゲノムＤＮＡは、ＱＩＡａｍｐ（登録商標）組織キット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ、Ｃａｌｉｆ．）、およびＷｉｚａｒｄ（登録商標）ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｐｒｏｍｅｇａ）などのキットを用いて抽出することができる。試料の源の非限定的な例は、尿、血液、および組織を含む。
【００６５】
本明細書に記載されるようなＥＧＦＲ活性化変異の存在または不在は、当技術分野において周知の方法を用いて決定することができる。例えば、ゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、サイズ排除クロマトグラフィ、配列決定、および／またはアレイを用いて、挿入変異の存在または不在を検出することができる。望ましい場合には、核酸の増幅は、当技術分野において周知の方法、例えば、ＰＣＲを用いて成し遂げることができる。一例において、試料（例えば、ゲノムＤＮＡを含む試料）は、対象から得られる。次いで、試料中のＤＮＡを試験して、本明細書に記載されるような挿入変異の特性を決定する。挿入変異は、本明細書に記載される任意の方法により、例えば、配列決定により、またはゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくはｃＤＮＡ中の遺伝子の核酸プローブ、例えば、ＤＮＡプローブ（ｃＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドプローブを含む）もしくはＲＮＡプローブに対するハイブリダイゼーションにより、検出することができる。核酸プローブは、特定の変異体と特異的または優先的にハイブリダイズするように設計することができる。
【００６６】
プローブのセットは、典型的に、本開示の実施可能な推奨治療において用いられる標的遺伝子変異（例えば、ＥＧＦＲ活性化変異）を検出するために用いられる、プライマーのセット（通常は、プライマー対）および／または検出可能に標識されたプローブを指す。プライマー対は、前記遺伝子のそれぞれについての標的遺伝子変異についての領域にわたるアンプリコンを定義するために、増幅反応において用いられる。アンプリコンのセットは、マッチしたプローブのセットにより検出される。例示的な実施形態では、本方法は、標的遺伝子変異のセット（例えば、ＥＧＦＲ活性化変異）を検出するために、ＴａｑＭａｎ（商標）（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ、Ｃａｌｉｆ．）アッセイを使用することができる。一実施形態では、プローブのセットは、次世代配列決定反応などの核酸配列決定反応により検出されるアンプリコンを産生するために用いられるプライマーのセットである。これらの実施形態では、例えば、ＡｍｐｌｉＳＥＱ（商標）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆ．）またはＴｒｕＳＥＱ（商標）（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．）技術を利用することができる。
【００６７】
核酸マーカーの分析は、配列分析および電気泳動分析を含むがこれらに限定されない、当技術分野において周知の技術を用いて実施することができる。配列分析の非限定的な例は、Ｍａｘａｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、Ｓａｎｇｅｒ配列決定、キャピラリアレイＤＮＡ配列決定、サーマルサイクル配列決定（Ｓｅａｒｓら、１９９２）、固相配列決定（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎら、１９９２）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間型質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ；Ｆｕら、１９９８）などの質量分析を伴う配列決定、ならびにハイブリダイゼーションによる配列決定（Ｃｈｅｅら、１９９６；Ｄｒｍａｎａｃら、１９９３；Ｄｒｍａｎａｃら、１９９８）を含む。電気泳動分析の非限定的な例は、スラブゲル電気泳動、例えば、アガロースまたはポリアクリルアミドゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、および変性勾配ゲル電気泳動を含む。さらに、次世代配列決定法は、ｔｈｅ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  ＰＧＭまたはＰｒｏｔｏｎ、ｔｈｅ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳＥＱまたはＭｉＳＥＱ、およびｔｈｅ  Ｒｏｃｈｅ／４５４次世代配列決定システムなどの会社から商業的に入手可能なキットおよび装置を用いて実施することができる。
【００６８】
核酸分析の他の方法は、直接手動配列決定（ＣｈｕｒｃｈおよびＧｉｌｂｅｒｔ、１９８８；Ｓａｎｇｅｒら、１９７７；米国特許第５，２８８，６４４号）；自動化蛍光配列決定；一本鎖形態多型アッセイ（ＳＳＣＰ）（Ｓｃｈａｆｅｒら、１９９５）；クランプ変性ゲル電気泳動（ＣＤＧＥ）；二次元ゲル電気泳動（２ＤＧＥもしくはＴＤＧＥ）；形態感受性ゲル電気泳動（ＣＳＧＥ）；変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら、１９８９）；変性高速液体クロマトグラフィ（ＤＨＰＬＣ、Ｕｎｄｅｒｈｉｌｌら、１９９７）赤外線マトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＩＲ−ＭＡＬＤＩ）質量分析（ＷＯ９９／５７３１８）；移動度シフト分析（Ｏｒｉｔａら、１９８９）；制限酵素分析（Ｆｌａｖｅｌｌら、１９７８；Ｇｅｅｖｅｒら、１９８１）；定量的リアルタイムＰＣＲ（Ｒａｃａら、２００４）；ヘテロ二本鎖分析；化学的ミスマッチ分解（ＣＭＣ）（Ｃｏｔｔｏｎら、１９８５）；ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｙｅｒｓら、１９８５）；ヌクレオチドミスマッチを認識するポリペプチド、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ  ｍｕｔＳタンパク質の使用；アレル特異的ＰＣＲ、ならびにかかる方法の組み合わせを含み得る。例えば、米国特許公開第２００４／００１４０９５を参照されたい。この特許は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれる。
【００６９】
一例において、試料におけるＥＧＦＲ活性化変異を同定する方法は、かかる試料に由来する核酸を、変異したＥＧＦＲタンパク質をコードする核酸、または変異を含むその断片に特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブと接触させること、およびそのハイブリダイゼーションを検出すること、を含む。特定の一実施形態では、かかるプローブは、例えば、放射性同位体（３Ｈ、３２Ｐ、もしくは３３Ｐ）、蛍光剤（ローダミン、もしくはフルオレセイン）、または発色剤を用いて、検出可能に標識される。特定の一実施形態では、プローブは、アンチセンスオリゴマー、例えば、ＰＮＡ、モルフォリノ−ホスフォラミダート、ＬＮＡ、または２′−アルコキシアルコキシである。プローブは、約８個のヌクレオチド〜約１００個のヌクレオチド、または約１０〜約７５個、または約１５〜約５０個、または約２０〜約３０個であり得る。別の態様では、本開示のかかるプローブは、試料におけるＥＧＦＲ活性化変異を同定するためのキット中で提供され、かかるキットは、ＥＧＦＲ遺伝子における変異部位に特異的にハイブリダイズするか、またはそれらに隣接するオリゴヌクレオチドを含む。キットはさらに、キットを用いるハイブリダイゼーション試験の結果に基づいてＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ阻害剤を用いてＥＧＦＲ活性化変異を含む腫瘍を有する患者を治療するための指示を含む。
【００７０】
別の態様では、試料におけるエクソン２０変異を検出するための方法は、かかるＥＧＦＲ遺伝子のエクソン２０に対応するかかる核酸試料または変異を含むと考えられるその断片を増幅すること、および増幅した核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＥＧＦＲまたはその断片の電気泳動移動度と比較すること、を含む。移動度における差異は、増幅した核酸配列における変異の存在を示す。電気泳動の移動度は、ポリアクリルアミドゲル上で測定できる。
【００７１】
あるいは、核酸は、酵素的変異検出（ＥＭＤ）（Ｄｅｌ  Ｔｉｔｏら、１９９８）を用いて変異の検出について分析することができる。ＥＭＤは、点変異、挿入、および欠失に起因する塩基対ミスマッチにより引き起こされる構造ひずみを検出および分解するまで、二本鎖ＤＮＡに沿ってスキャンする、バクテリオファージリゾルバーゼＴ４エンドヌクレアーゼＶＩＩを使用する。リゾルバーゼ分解により、例えば、ゲル電気泳動により形成される２つの短い断片の検出は、変異の存在を示す。ＥＭＤ方法の利点は、ＰＣＲ反応から直接アッセイされ、試料精製の必要性を排除し、ハイブリダイゼーション時間を短縮し、シグナル対ノイズ比を増大させる、点変異、欠失、および挿入を同定するための単一のプロトコルである。通常のＤＮＡの最大２０倍の発現と最大４ｋｂの大きさの断片とを含む混合した試料をアッセイすることができる。しかし、ＥＭＤスキャニングは、変異陽性試料中に生じる特定の塩基変化を同定せず、必要な場合には、変異を同定するためにさらなる配列決定手順が必要となる。米国特許第５，８６９，２４５号において実証されているように、ＣＥＬ  Ｉ酵素をリゾルバーゼＴ４エンドヌクレアーゼＶＩＩと同様に使用することができる。
【００７２】
ＩＩＩ．治療方法
本明細書では、個体におけるがんの進行を治療するまたは遅延させるための方法であって、有効量のＣＤＫ阻害剤、ＳＡＣ因子阻害剤、または構造的に同様の阻害剤を、その個体、ＥＧＦＲ活性化変異（例えば、Ｌ８５８Ｒ変異、エクソン２０欠失、および／またはエクソン２０挿入）を有すると判定された対象に投与することを含む方法がさらに提供される。対象は、１つ以上のＥＧＦＲ活性化変異を有し得る。
【００７３】
治療のために企図されるがんの例には、肺がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、骨がん、精巣がん、子宮頸がん、消化器がん、リンパ腫、肺の前腫瘍性病変、結腸がん、黒色腫、および膀胱がんが含まれる。特定の態様では、がんは、非小細胞肺がんである。
【００７４】
いくつかの実施形態では、対象は、哺乳類、例えば、霊長類、好ましくは、高等霊長類、例えば、ヒト（例えば、本明細書に記載された障害を有するか、またはそれらの障害を有する危険性のある患者）である。一実施形態では、対象は、免疫応答を強化する必要がある。特定の実施形態では、対象は、易感染性であるか、その危険性がある。例えば、対象は、化学療法的治療および／または放射線療法を受けているか、または受けたことがある。あるいは、または組み合わせて、対象は、感染の結果として、易感染性であるか、またはその危険性がある。
【００７５】
ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ２阻害剤、ＣＤＫ５阻害剤、ＣＤＫ１阻害剤、またはＣＤＫ９阻害剤であり得る。ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブ（ＳＣＨ７２７９６５）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ロスコビチン（セリシクリブ、ＣＹＣ２０２）、ＳＮＳ−０３２（ＢＭＳ−３８７０３２）、ＬＹ２８５７７８５、ＡＤＺ５４３８、ＢＭＳ−２６５２４６、ＮＵ６０２７、ＬＤＣ００００６７、ウォゴニン、またはＲＯ−３３０６であるＣＤＫ阻害剤であり得る。さらなる例示的なＣＤＫ阻害剤には、ＭＳＣ２５３０８１８、セネキシンＡ、ＬＤＣ４２９７（ＬＤＣ０４４２９７）、ＰＨＡ−７９３８８７、ＢＳ−１８１  ＨＣｌ、ＰＨＡ−７６７４９１、ＴＨＸ１  ２ＨＣｌ、またはＸＬ４１３が含まれる。特定の態様では、ＣＤＫ阻害剤は、ディナシクリブまたはアルボシジブであり得る。
【００７６】
ＳＡＣ因子阻害剤は、ポロ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）阻害剤、Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤、サバイビンおよび／またはＫＳＰ阻害剤であり得る。ＰＬＫ１阻害剤は、ＢＩ  ２５３６、ボラセルチブ、ＧＳＫ４６１３６４、ＯＮ−０１９１０、ＧＷ  ８４３６８２Ｘ、またはＨＭＮ−２１４であり得る。Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ｐａｎ−Ａｕｒｏｒａ阻害剤、Ａｕｒｏｒａ  Ａ／Ｂ阻害剤、またはＡｕｒｏｒａ  Ａ阻害剤であり得る。Ａｕｒｏｒａキナーゼ阻害剤は、ＡＭＧ  ９００、アリセルチブ、ＰＦ−０３８１４７３５、トザセルチブ、ＭＬＮ８０５４、またはＳＮＳ−３１４メシレートであり得る。ＫＳＰ阻害剤はイスピネシブまたはＳＢ７４３９２１であり得る。サバイビン阻害剤はＹＭ１５５であり得る。いくつかの態様では、ＳＡＣ因子阻害剤はＭＡＤ２阻害剤ではない。
【００７７】
ある特定の実施形態は、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤との組み合わせでのＴＫＩの投与に関する。ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ポジオチニブ、ダコミチニブ、およびＣＯ−１６８６、または当技術分野において公知の他のＴＫＩであり得る。いくつかの態様では、ＴＫＩは、ポジオチニブ（ＨＭ７８１−３６Ｂ、ＨＭ７８１−３６、および１−［４−［４−（３，４−ジクロロ−２−フルオロアニリノ）−７−メトキシキナゾリン−６−イル］オキシピぺリジン−１−イル］プロップ−２−エン−１−オンとしても知られている）が投与される。ポジオチニブは、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、およびＨＥＲ４を含むチロシンキナーゼ受容体のＨＥＲファミリーを介するシグナル伝達を不可逆的に阻害する、キナゾリン系ｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤である。ポジオチニブまたは構造的に類似する化合物（例えば、米国特許第８，１８８，１０２号および米国特許公開第２０１３／００７１４５２号；参照により本明細書に組み入れられる）が、本発明の方法において用いられてもよい。
【００７８】
Ａ．薬学的組成物
本明細書では、ＥＧＦＲ活性化変異、例えばＬ８５８変異、エクソン１９欠失、またはエクソン２０挿入を有すると判定された対象のための、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤と薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物および製剤も提供される。
【００７９】
本明細書に記載される薬学的組成物および製剤は、所望の程度の純度を有する活性成分（例えば、抗体またはポリペプチド）を、凍結乾燥製剤または水溶液の形態の１つ以上の任意の薬学的に許容される担体（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ２２ｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ、２０１２）と混合することにより、調製することができる。薬学的に許容される担体は、一般的に、使用される用量および濃度において受容者に対して非毒性であり、緩衝液、例えば、ホスフェート、シトレート、および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリジン；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、および他の炭水化物；キレート化剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖類、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、亜鉛−タンパク質錯体）；および／または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含むが、これらに限定されない。本明細書では、例示的な薬学的に許容される担体は、介在性（ｉｎｓｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ）薬剤分散剤、例えば、可溶性中性−活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、Ｉｎｃ．）をさらに含む。ｒＨｕＰＨ２０を含む、ある例示的なｓＨＡＳＥＧＰおよび使用方法は、米国特許公開第２００５／０２６０１８６号および第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、１つ以上のさらなるグルコサミノグリカナーゼ、例えば、コンドロイチナーゼと組み合わされる。
【００８０】
Ｂ．併用療法
特定の実施形態では、本実施形態の組成物および方法は、少なくとも１つのさらなる治療法と組み合わせたＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤を含む。さらなる治療法は、放射線療法、手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術および乳房切除術）、化学療法、遺伝子療法、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノセラピー、モノクローナル抗体療法、または前記の組み合わせであり得る。さらなる治療法は、アジュバントまたはネオアジュバント療法の形態であり得る。
【００８１】
いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、小分子酵素阻害剤または転移抑制剤の投与である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、副作用を減じた薬剤（例えば、治療の副作用の発生および／または重篤度を減少させることを意図した薬剤、例えば、制吐剤など）の投与である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、放射線療法である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、手術である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、放射線療法と手術との組み合わせである。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、ガンマ照射である。いくつかの実施形態では、さらなる治療法は、ＰＢＫ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路を標的とする治療法、ＨＳＰ９０阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、および／または化学予防剤である。さらなる治療法は、当技術分野において周知の１つ以上の化学療法剤であり得る。
【００８２】
前記阻害剤は、免疫チェックポイント療法などのさらなるがん治療法の前、その間、その後、またはそれらと種々に組み合わせて、投与され得る。投与は、同時投与から、数分間隔、数日間隔、数週間隔までの範囲であり得る。前記阻害剤がさらなる治療剤とは別々に患者に提供される実施形態では、２つの化合物が患者に対してなお有利な併用効果を与えることができるように、一般的に、各送達時間の間に有意期間が終了しないことを確実にする。かかる場合において、互いの約１２〜２４または７２時間以内に、より特定的には、互いの約６〜１２時間以内に、患者に抗体療法および抗がん療法を提供してもよいことが企図される。いくつかの状況において、それぞれの投与の間に数日間（２、３、４、５、６、または７）から数週間（１、２、３、４、５、６、７、または８）の間隔をもたせ、治療のための期間を有意に延長することが望ましいこともある。
【００８３】
様々な組み合わせが利用され得る。以下の例において、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤は「Ａ」であり、抗がん療法は「Ｂ」である。
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【００８４】
患者に対する本実施形態の任意の化合物の投与または治療法の実施は、存在する場合には薬剤の毒性を考慮に入れて、かかる化合物の投与のための一般的なプロトコルに従う。したがって、いくつかの実施形態では、組み合わせ療法に起因する毒性をモニタリングする工程がある。
【００８５】
１．化学療法
本実施形態に従って、多様な化学療法剤を使用することができる。用語「化学療法」は、がんを治療するための薬物の使用を指す。「化学療法剤」は、がんの治療において投与される化合物または組成物を示すために使用される。これらの薬剤または薬物は、細胞内のそれらの活性モード、例えば、それらが細胞周期に影響するかどうか、およびそれらが細胞周期のどの段階に影響するか、により分類される。あるいは、薬剤は、そのＤＮＡに直接架橋する能力、ＤＮＡ中に介入する能力、または核酸合成に作用することにより染色体および有糸分裂異常を誘導するための能力に基づいて特徴付けられてもよい。
【００８６】
化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド：スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスフォラミド、トリエチレンチオホスフォラミド、およびトリメチロロメラミンを含む、エチレンイミンおよびメチラメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成アナログトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カチスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアゾゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、およびウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムヌスチン；抗生剤、例えば、エンジイン抗生剤（例えば、カリチアマイシン、特に、カリチアマイシンガンマｌＩおよびカリチアマイシンオメガＩ１）；ダイネマイシンＡを含む、ダイネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルチノスタチン発色団および関連する色素タンパク質エンジイン抗生剤発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン（ｎｏｇａｌａｒｎｙｃｉｎ）、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、およびゾルビシン；抗代謝物質、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、プテロプテリン、およびトリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、およびチオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモファー、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフフリジン、エノシタビン、およびフロックスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、ドロモスタノロンプロピオナート、エピチオスタノール、メピチオスタン、およびテストラクトン；抗副腎、例えば、ミトタンおよびトリロスタン；葉酸補充物質、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルミチン；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシッド；ガリウムニトレート；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニンメイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサトロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体；ラゾキサン；リゾキシンン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、およびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；タキソイド、例えば、パクリタキセルおよびドセタキセルゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；プラチナ配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトプシド（ＶＰ−１６）；イフォスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼロダ；イバンドロナート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビエン、ナベルビン、ファネシル−タンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチナ、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が含まれる。
【００８７】
２．放射線療法
ＤＮＡ損傷を引き起こし、かつ幅広く用いられている他の因子は、γ線、Ｘ線として知られているもの、および／または腫瘍細胞に対する放射性同位体の指向性送達を含む。ＤＮＡ損傷因子の他の形態も企図され、例えば、電子レンジ、陽子ビーム照射（米国特許第５，７６０，３９５号および第４，８７０，２８７号）、ならびにＵＶ照射が挙げられる。これらの因子の全ては、ＤＮＡに対して、ＤＮＡの前駆体に対して、ＤＮＡの複製および修復に対して、ならびに染色体の集合および維持に対して、広範囲の損傷に影響を与える可能性が高い。Ｘ線についての線量範囲は、長期間（３〜４週間）についての５０〜２００レントゲンの１日線量から、２０００〜６０００レントゲンの単一線量までの範囲にわたる。放射性同位体についての線量範囲は、広く異なり、同位体の半減期、放出された放射線の強度および種類、ならびに新生物細胞による取込みに依存する。
【００８８】
３．免疫療法
当業者は、さらなる免疫療法が、本実施形態の方法と組み合わせてまたは連動させて用いられ得ることを理解するだろう。がん治療の文脈において、免疫療法は、一般的に、がん細胞を標的とし、それを破壊するために、免疫エフェクター細胞および分子の使用に依存する。リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））は、その一例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面上にあるいくつかのマーカーに特異的な抗体であり得る。抗体単独を治療法のエフェクターとして使用することもでき、または、抗体が、細胞殺傷に実際に作用する他の細胞を動員してもよい。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートされ、分子標的剤として機能することができる。あるいは、エフェクターは、直接的または間接的に腫瘍細胞標的と相互作用する表面分子を有するリンパ球であり得る。様々なエフェクター細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞およびＮＫ細胞を含む
【００８９】
抗体−薬物コンジュゲートは、がん治療の開発において画期的なアプローチとして出現した。がんは、世界中において、主な死因の一つである。抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、細胞を殺傷する薬物に共有結合したモノクローナル抗体（ＭＡｂ）を含む。このアプローチは、Ｍａｂのそれらの抗原標的に対する高い特異性と、高度に強力な細胞傷害性薬物とを組み合わせており、ペイロード（薬物）を豊富なレベルの抗原と共に腫瘍細胞に送達する「武装した」ＭＡｂｓをもたらす。薬物の標的指向性送達はまた、正常組織中への薬物の曝露を最小限にし、毒性の軽減および治療指標の改善をもたらす。２つのＡＤＣ薬物の認可、ＦＤＡにより２０１１年に認可されたＡＤＣＥＴＲＩＳ（登録商標）（ブレンツキシマブベドチン）および２０１３年に認可されたＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）（トラスツズマブエムタンシンまたはＴ−ＤＭ１）は、このアプローチを確証している。現在、３０種を超えるＡＤＣ薬物候補が、がん治療のための臨床試験の様々な段階にある（Ｌｅａｌら、２０１４）。抗体エンジニアリングおよびリンカー−ペイロード最適化が、益々成熟しているために、新規ＡＤＣの創薬および開発は、このアプローチと標的指向性ＭＡｂの生成とに好適な新規標的の同定および検証に大いに依存する。ＡＤＣの標的についての２つの基準は、腫瘍細胞および頑強な内部移行における、上方制御された／高レベルの発現である。
【００９０】
免疫療法の一態様では、腫瘍細胞は、標的指向化に適している（すなわち、他の細胞の大部分において存在しない）いくつかのマーカーを有する必要がある。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのいずれもが、本実施形態の文脈における標的指向化に好適であり得る。一般的な腫瘍マーカーは、ＣＤ２０、がん胎児性抗原、チロシナーゼ（ｐ９７）、ｇｐ６８、ＴＡＧ−７２、ＨＭＦＧ、Ｓｉａｌｙｌ  Ｌｅｗｉｓ抗原、ＭｕｃＡ、ＭｕｃＢ、ＰＬＡＰ、ラミニン受容体、ｅｒｂ  Ｂ、およびｐ１５５を含む。免疫療法の代替的な一態様は、抗がん効果と免疫刺激効果とを組み合わせることである。サイトカイン、例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、ガンマ−ＩＦＮ、ケモカイン、例えば、ＭＩＰ−１、ＭＣＰ−１、ＩＬ−８、および増殖因子、例えば、ＦＬＴ３リガンドを含む、免疫刺激分子も存在する。
【００９１】
免疫療法の例には、免疫アジュバント、例えば、マイコバクテリウムボビス、熱帯熱マラリア原虫、ジニトロクロロベンゼン、および芳香族化合物（米国特許第５，８０１，００５号および第５，７３９，１６９号；ＨｕｉおよびＨａｓｈｉｍｏｔｏ、１９９８；Ｃｈｒｉｓｔｏｄｏｕｌｉｄｅｓら、１９９８）；サイトカイン療法、例えば、インターフェロンα、β、およびγ、ＩＬ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、およびＴＮＦ（Ｂｕｋｏｗｓｋｉら、１９９８；Ｄａｖｉｄｓｏｎら、１９９８；Ｈｅｌｌｓｔｒａｎｄら、１９９８）；遺伝子療法、例えば、ＴＮＦ、ＩＬ−１、ＩＬ−２、およびｐ５３（Ｑｉｎら、１９９８；Ａｕｓｔｉｎ−ＷａｒｄおよびＶｉｌｌａｓｅｃａ、１９９８；米国特許第５，８３０，８８０号および第５，８４６，９４５号）；ならびにモノクローナル抗体、例えば、抗ＣＤ２０、抗ガングリオシドＧＭ２、および抗ｐ１８５（Ｈｏｌｌａｎｄｅｒ、２０１２；Ｈａｎｉｂｕｃｈｉら、１９９８；米国特許第５，８２４，３１１号）が含まれる。１つ以上の抗がん療法が本明細書に記載の抗体療法と共に使用され得ることが企図される。
【００９２】
いくつかの実施形態では、免疫療法は、免疫チェックポイント阻害剤であり得る。免疫チェックポイントは、シグナル（例えば、共刺激分子）を強くするか、またはシグナルを弱くする。免疫チェックポイント妨害により標的とされ得る阻害性免疫チェックポイントは、アデノシンＡ２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７−Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られている）、ＢおよびＴリンパ球減衰剤（ＢＴＬＡ）、細胞傷害性Ｔ−リンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４、ＣＤ１５２としても知られている）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、キラー細胞免疫グロブリン（ＫＩＲ）、リンパ球活性化遺伝子−３（ＬＡＧ３）、プログラム死１（ＰＤ−１）、Ｔ細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン３（ＴＩＭ−３）、ならびにＴ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制剤（ＶＩＳＴＡ）を含む。特に、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１系および／またはＣＴＬＡ−４を標的とする。
【００９３】
免疫チェックポイント阻害剤は、薬物、例えば、小分子、リガンドもしくは受容体の組換え形態であることができ、または特に、抗体、例えば、ヒト抗体（例えば、国際特許公開第ＷＯ２０１５／０１６７１８号；Ｐａｒｄｏｌｌ、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ、１２（４）：２５２−６４、２０１２；両文献は参照により本明細書に取り込まれる）である。免疫チェックポイントタンパク質またはそのアナログの既知の阻害剤が用いられてもよく、特に、キメラ、ヒト化、またはヒト形態の抗体が用いられてもよい。当業者には、代替的および／または等価な名称が、本開示において言及された特定の抗体のために使用されてもよいことが分かるであろう。かかる代替的および／または等価な名称は、本明細書の文脈において互換的である。例えば、ランブロリズマブは、代替的および等価な名称としてＭＫ−３４７５およびペンブロリズマブとしても知られていることが知られている。
【００９４】
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤ−１リガンド結合パートナーは、ＰＤＬ１および／またはＰＤＬ２である。別の実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤＬ１結合パートナーは、ＰＤ−１および／またはＢ７−１である。別の実施形態では、ＰＤＬ２結合アンタゴニストは、ＰＤＬ２のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の一態様では、ＰＤＬ２結合パートナーは、ＰＤ−１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。例示的な抗体は、米国特許第８，７３５，５５３号、第８，３５４，５０９号、および第８，００８，４４９号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。本明細書にて提供される方法において使用するための他のＰＤ−１系アンタゴニストは、当技術分野において周知であり、例えば、米国特許公開第ＵＳ２０１４／０２９４８９８号、第ＵＳ２０１４／０２２０２１号、および第ＵＳ２０１１／０００８３６９号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、およびＣＴ−０１１からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤＬ１またはＰＤＬ２の細胞外またはＰＤ−１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ−２２４である。ＭＤＸ−１１０６−０４、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８、およびＯＰＤＩＶＯ（登録商標）としても知られているニボルマブは、ＷＯ２００６／１２１１６８に記載されている抗ＰＤ−１抗体である。ＭＫ−３４７５、Ｍｅｒｃｋ３４７５、ランブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、およびＳＣＨ−９００４７５としても知られているペンブロリズマブは、ＷＯ２００９／１１４３３５に記載されている抗ＰＤ−１抗体である。ｈＢＡＴまたはｈＢＡＴ−１としても知られているＣＴ−０１１は、ＷＯ２００９／１０１６１１に記載されている抗ＰＤ−１抗体である。Ｂ７−ＤＣＩｇとしても知られているＡＭＰ−２２４は、ＷＯ２０１０／０２７８２７およびＷＯ２０１１／０６６３４２に記載されているＰＤＬ２−Ｆｃ融合可溶性受容体である。
【００９６】
本明細書において提供される方法において標的とされ得る別の免疫チェックポイントは、ＣＤ１５２としても知られている、細胞傷害性Ｔ−リンパ球−関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）である。ヒトＣＴＬＡ−４の完全なｃＤＮＡ配列は、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｌ１５００６を有する。ＣＴＬＡ−４は、Ｔ細胞の表面上で見出され、抗原−提示細胞の表面上のＣＤ８０またはＣＤ８６に結合されると、「オフ」スイッチとして作用する。ＣＴＬＡ４は、ヘルパーＴ細胞の表面上で発現され、阻害性シグナルをＴ細胞に伝達する、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。ＣＴＬＡ４は、Ｔ細胞共刺激タンパク質、ＣＤ２８に類似しており、両分子は、抗原−提示細胞上のそれぞれＢ７−１およびＢ７−２とも呼ばれるＣＤ８０およびＣＤ８６に結合する。ＣＴＬＡ４は、阻害性シグナルをＴ細胞に伝達し、一方で、ＣＤ２８は、刺激性シグナルを伝達する。細胞内ＣＴＬＡ４は、調節性Ｔ細胞においても見出され、それらの機能にとって重要であり得る。Ｔ細胞受容体およびＣＤ２８を介するＴ細胞活性化は、ＣＴＬＡ−４、Ｂ７分子についての阻害性受容体の発現増大に至る。
【００９７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、もしくはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドである。
【００９８】
本方法において使用するのに好適な抗ヒトＣＴＬＡ−４抗体（またはそれらに由来するＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン）は、当該分野において周知の方法を用いて作成することができる。あるいは、当該分野において認識される抗ＣＴＬＡ−４抗体を使用することができる。例えば、米国特許第８，１１９，１２９号；国際特許公開第ＷＯ０１／１４４２４号、第ＷＯ９８／４２７５２号、および第ＷＯ００／３７５０４号（ＣＰ６７５，２０６、トレメリムマブ；以前のチシリムマブとしても知られている）；米国特許第６，２０７，１５６号；Ｈｕｒｗｉｔｚら、１９９８；Ｃａｍａｃｈｏら、２００４；ならびにＭｏｋｙｒら、１９９８において開示された抗ＣＴＬＡ−４抗体を、本明細書において開示される方法において使用することができる。前記刊行物のそれぞれの教示内容は、参照により本明細書に組み込まれる。ＣＴＬＡ−４に対する結合について当該分野において認識されるこれらの抗体と競合する抗体を使用することもできる。例えば、ヒト化ＣＴＬＡ−４抗体は、国際特許出願第ＷＯ２００１／０１４４２４号、および第ＷＯ２０００／０３７５０４号、および米国特許第８，０１７，１１４号に記載されており、これらの全ては、参照により本明細書に組み込まれる。
【００９９】
例示的な抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ（１０Ｄ１、ＭＤＸ−０１０、ＭＤＸ−１０１、およびＹｅｒｖｏｙ（登録商標）としても知られている）またはその抗原結合断片およびバリアントである（例えば、ＷＯ０１／１４４２４を参照されたい）。他の実施形態では、抗体は、イピリムマブの重鎖および軽鎖ＣＤＲまたはＶＲを含む。したがって、一実施形態では、抗体は、イピリムマブのＶＨ領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３ドメイン、ならびにイピリムマブのＶＬ領域のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３ドメインを含む。別の実施形態では、抗体は、上記の抗体と同じＣＴＬＡ−４上のエピトープとの結合および／またはそれらへの結合について競合する。別の実施形態では、抗体は、上記の抗体と少なくとも約９０％の可変領域アミノ酸配列相同性（例えば、イピリムマブと少なくとも約９０％、９５％、または９９％の可変領域相同性）を有する。
【０１００】
ＣＴＬＡ−４を調節するための他の分子は、ＣＴＬＡ−４リガンドおよび受容体、例えば、米国特許第５，８４４，９０５号、第５，８８５，７９６号、および国際特許出願第ＷＯ１９９５／００１９９４号および第ＷＯ１９９８／０４２７５２号に記載のもの；全て参照により本明細書に取り込まれる、ならびにイムノアドヘシン、例えば、米国特許第８，３２９，８６７号に記載のもの、参照により本明細書の取り込まれる、を含む。
【０１０１】
４．手術
がんを有する人の約６０％は、予防的、診断的または病期分類的、治療的、および緩和的手術を含む、ある種の手術を受ける。治療的手術は、がん組織の全てまたは一部が物理的に除去されるか、切除されるか、および／または破壊される切除術を含み、また他の治療法、例えば、本実施形態の治療、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法、および／または代替的な治療法と併用することができる。腫瘍切除術は、腫瘍の少なくとも一部の物理的除去を指す。腫瘍切除術に加えて、手術による治療は、レーザー手術、冷凍外科手術、電気手術、および顕微鏡制御された手術（モース手術）を含む。
【０１０２】
がん細胞、組織、または腫瘍の一部または全ての切除では、体内に腔が形成されてもよい。治療は、さらなる抗がん療法を用いる領域の灌流、直接注入、または局所適用により成し遂げることができる。かかる治療は、例えば、１、２、３、４、５、６もしくは７日ごとに、または１、２、３、４および５週ごとに、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月ごとに繰り返すことができる。これらの治療は、用量を変化させたものであってもよい。
【０１０３】
５．他の薬剤
治療の治療効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて他の薬剤を用いてもよいことが企図される。これらのさらなる薬剤には、細胞表面受容体およびＧＡＰジャンクションの上方制御に作用する薬剤、細胞増殖抑制剤および分化剤、細胞接着の阻害剤、過剰増殖細胞のアポトーシス誘導剤への感受性を増大させる薬剤、または他の生物学的薬剤が含まれる。ＧＡＰジャンクションの数を高めることによる細胞内シグナリングの増大は、隣接する過剰増殖細胞集団に対する抗過剰増殖効果を増大し得る。他の実施形態では、細胞増殖抑制剤または分化剤は、治療の抗過剰増殖効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて用いることができる。細胞接着の阻害剤は、本実施形態の効果を改善するために企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（ＦＡＫ）阻害剤およびロバスタチンである。抗体ｃ２２５などの過剰増殖細胞のアポトーシスに対する感受性を増大させる他の薬剤が、治療効果を改善するために本実施形態の特定の態様と組み合わせて用いられ得ることがさらに企図される。
【０１０４】
ＩＶ．キット
ＥＧＦＲ活性化変異、例えば、本明細書において開示されるもの等を検出するためのキットも、本開示の範囲の範囲内である。そのようなキットの一例は、Ｌ８５８Ｒ、エクソン１９欠失、および／またはエクソン２０変異に特異的なプライマーのセットを含み得る。キットはさらに、本明細書に記載される特定のＥＦＧＲ活性化変異の存在または不在を検出するためにプライマーを使用するための指示書を含み得る。キットはさらに、がん患者由来の試料における本明細書に記載のＥＧＦＲ活性化変異について陽性であると同定することが、ＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤に対する感受性の指標となることを示す、診断目的のための指示書を含み得る。キットはさらに、がん患者由来の試料における本明細書に記載のＥＧＦＲ活性化変異について陽性であると同定することが、患者がＣＤＫ阻害剤および／またはＳＡＣ因子阻害剤を用いて治療されるべきであることを示すことを示す、指示書を含み得る。
【実施例】
【０１０５】
Ｖ．実施例
以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態を実証するために含まれる。当業者であれば、後に続く本実施例において開示された技術は、本発明の実施において十分に機能することが本発明者により見出された技術であり、それ故に、その実施のための好ましいモードを構成するものとして考慮することができる、ということを理解するべきである。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本明細書において開示された特定の実施形態において多数の変更を加えることができること、そして本発明の精神および範囲から逸脱することなく同様または類似する結果を依然として得ることができること、を理解するべきである。
【０１０６】
実施例１−ＥＧＦＲ活性化変異を有するがんを治療するための方法の同定
ＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ患者は、初めはＥＧＦＲ標的療法に対して応答性を示すが、耐性疾患が必ず出現し、耐性症例のほぼ半数で、腫瘍は、Ｔ７９０ＭなどのＥＧＦＲ二次変異を欠いており、かつ第２世代および第３世代ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）に対して抵抗性である。Ｔ７９０Ｍ陰性の耐性に対して有効性を有する治療レジメンの同定は、依然として臨床上の大きな課題である。この満たされていないニーズに対応するために、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、オシメルチニブ、またはポジオチニブに対して耐性を獲得しているＮＳＣＬＣ細胞株のパネルを得た。
【０１０７】
耐性細胞のプロテオミクスプロファイリングを、上皮間葉移行（ＥＭＴ）のマーカーについての逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）およびウェスタンブロッティングにより実施した。ハイスループット３８４ウェルプレートシステムでのＣｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ  ｇｌｏアッセイを薬物スクリーニングに利用した。ＳＡＣおよびＣＤＫの阻害剤の長期効果を１４日クローン原性アッセイによって評価した。
【０１０８】
ＨＣＣ８２７およびＨＣＣ４００６（ＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ細胞）を用いて、漸増濃度のＴＫＩ（例えばエルロチニブ）で細胞を連続的に培養することによって、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性変異株をインビトロで得た。エルロチニブ耐性細胞（ＥＲ）は、ＥＧＦＲ二次変異について陰性であり、オシメルチニブ、アファチニブ、およびダコミチニブを含む第２世代および第３世代ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対して耐性を有し（図１）、かつＥ−カドヘリンの減少、Ｎ−カドヘリンおよびＡｘｌの発現の増強、ならびにボイデンチャンバーアッセイによって測定される浸潤性表現型の増加によって実証される上皮間葉移行（ＥＭＴ）を起こしていた。プロテオミクスプロファイリングは、ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は類似の間葉系および浸潤性表現型を示したが、同じ親細胞株に由来する耐性変異株間でタンパク質発現および経路活性化に有意な不均一性が存在することを明らかにした。
【０１０９】
ＥＭＴ関連ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性に対して活性を有する治療剤を同定するために、ハイスループット薬物スクリーニングを実施し、１，３２１種の化合物の有効性を試験した。ＥＭＴ関連ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性は、広域薬物耐性の獲得を伴った。親細胞と比較して、間葉系ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は、ペメトレキセド、イリノテカン、ビンブラスチン、およびゲムシタビンを含む、ＮＳＣＬＣを治療するために用いられる化学療法剤に対して、有意に強い耐性を有した。ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性細胞は、１４７種の他のチロシンキナーゼおよびセリン／スレオニンキナーゼの阻害剤に対して耐性の獲得を示した。これに対して、親細胞と間葉系ＥＧＦＲ  ＴＫＩ耐性変異株のどちらも、ＣＤＫ阻害剤、ならびにＰＬＫ１、Ａｕｒｏｒａ、ＫＳＰ、およびサバイビンを含む紡錘体形成チェックポイント（ＳＡＣ）因子を標的とする薬剤に対して、高い感受性を有した。これらの知見は、ＭＴＳおよびクローン原性アッセイによって確認された。ＳＡＣ阻害剤による処理は、Ｇ２／Ｍ期の細胞の蓄積、核サイズの拡大、および倍数性を誘導した。
【０１１０】
これらの知見を臨床的に確認するために、Ｔ７９０Ｍ陰性のエルロチニブ耐性を有するＥＧＦＲ変異ＮＳＣＬＣ患者の胸水から細胞株（ＭＤＡ−０１１）を樹立した。インビトロで、ＭＤＡ−０１１細胞はエルロチニブおよびオシメルチニブに対して耐性を有した。ＭＤＡ−０１１細胞は、ＭＴＳおよびクローン原性アッセイによって判定されるように、ＣＤＫ阻害剤およびＳＡＣ阻害剤に対して高い感受性を有した。これらのデータは、ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対するＥＭＴ関連耐性は、広域薬物耐性を伴うが、ＮＳＣＬＣ患者における耐性疾患を克服するのに利用できるＣＤＫおよびＳＡＣの阻害に対して脆弱性を有することを示した。
【０１１１】
（表１）５日Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ  ＧｌｏアッセイでのＳＡＣ阻害剤のＩＣ５０
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【０１１２】
（表２）５日Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ  ＧｌｏアッセイでのＳＡＣ阻害剤のＩＣ５０
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【０１１３】
（表３）５日Ｃｅｌｌ  Ｔｉｔｅｒ  ＧｌｏアッセイでのＣＤＫ阻害剤のＩＣ５０
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【０１１４】
次に、Ｈ１９７５細胞（Ｔ７９０Ｍを有するＥＧＦＲ変異陽性）を、オシメルチニブの存在下で、耐性変異株が出現するまで培養した。オシメルチニブ耐性細胞（Ｈ１９７５  ＯＲ５およびＨ１９７５  ＯＲ１６）は、ＥＭＴを起こしており、ＣＤＫ阻害剤、ならびにＰＬＫ１（ボラセルチブ）、Ａｕｒｏｒａ（ＡＭＧ−９００およびアリセルチブ）、ＫＳＰ（イスピネシブ）を含むＳＡＣ因子を標的とする薬剤に対して感受性を有した（図７）。
【０１１５】
加えて、ＣＤＫおよびＳＡＣ阻害剤を、ＥＧＦＲエクソン２０挿入変異に対して活性を有する阻害剤に対して耐性を獲得した状況において調査した。ＹＵＬ−００１９細胞は、ＥＧＦＲエクソン２０挿入変異を保有し、ＥＧＦＲ阻害剤ポジオチニブに対して高い感受性を有する。ＹＵＬ−００１９細胞を、ポジオチニブの存在下で、耐性細胞が出願するまで連続的に培養した。ＹＵＬ−００１９細胞およびＹＵＬ−００１９  ＰＲ８（ポジオチニブ耐性）細胞は、ＣＤＫ阻害剤（ディナシクリブおよびアルボシジブを含む）、ＰＬＫ１（ボラセルチブ）、Ａｕｒｏｒａ（ＡＭＧ−９００およびアリセルチブ）、およびＫＳＰ（イスピネシブ）を含むＳＡＣ阻害剤に対して高い感受性を有した（図８）。これらのデータは、ＥＧＦＲ  ＴＫＩに対するＥＭＴ関連耐性は、広域薬物耐性を伴うが、ＮＳＣＬＣ患者における耐性疾患を克服するのに利用できるＣＤＫおよびＳＡＣの阻害に対して脆弱性を有することを示す。
【０１１６】
本明細書において開示され、特許請求される方法の全ては、本開示に照らして、過度の実験を行うことなく、構築および実施することができる。本発明の組成物および方法は、好ましい実施形態に関連して説明されてきたが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書において記載された方法および工程、または方法の工程の順序に変更が適用されてもよいことが、明らかであろう。より具体的には、化学的および生理的に関連する特定の薬剤が本明細書に記載の薬剤の代わりに用いられてもよく、それらが同じまたは同様の結果に到達し得ることは、明らかであろう。当業者には明らかである全てのかかる同様の置換および修飾は、添付の特許請求の範囲により定義される本発明の精神、範囲、および概念の範囲内であるとみなされる。
【０１１７】
参考文献
以下の参考文献は、本明細書に示された参考文献を補足する例示的な手順的なまたは他の詳細を提供するものであり、参照により本明細書に具体的に取り込まれる。
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【図１−１】
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【図１−２】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ−１】
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【図２Ｄ−２】
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【図２Ｄ−３】
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【図２Ｄ−４】
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【図２Ｄ−５】
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【図２Ｄ−６】
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【図３Ａ−１】
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【図３Ａ−２】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図４Ｆ】
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【図４Ｇ】
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【図４Ｈ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【図８】
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【国際調査報告】
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