(57)【要約】  本発明は、Ｔ細胞機能を増強する、またはＴ細胞機能障害性障害を治療するための組成物であって、リジン特異的脱メチル化酵素（ＬＳＤ）阻害因子（ＭＡＯ阻害剤またはフェネルジンであり得る）とプログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ−１）結合アンタゴニスト（抗体、好ましくはニボルマブ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブまたはピジリズマブであり得る）とを含む、これらからなるまたはこれらから本質的になる組成物に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）機能を増強するため、またはＴ細胞機能障害性障害を治療するための組成物であって、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストとを含む、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストからなるまたはＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストから本質的になる前記組成物。
【請求項２】
ＬＳＤ阻害因子がＬＳＤ酵素活性の阻害因子である、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
ＬＳＤ阻害因子がモノアミンオキシダーゼ（ＭＡＯ）阻害剤である、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
ＭＡＯ阻害剤が、クロルジリン；Ｌ−デプレニル；イソカルボキサジド（Ｍａｒｐｌａｎ（商標））；アヤワスカ；ニアラミド；イプロニアジド；イプロクロジド；モクロベミド（Ａｕｒｏｒｉｘ（商標）；４−クロロ−Ｎ−（２−モルホリン−４−イルエチル）ベンズアミド）；フェネルジン（Ｎａｒｄｉｌ（商標）；（±）−２−フェニルエチルヒドラジン）；トラニルシプロミン（Ｐｅｒｎａｔｅ（商標）；（±）−ｔｒａｎｓ−２−フェニルシクロプロパン−１−アミン）（フェネルジンの同属）；トロキサトン；レボ−デプレニル（Ｓｅｌｅｇｉｌｉｎｅ（商標））；ハルマラ；ＲＩＭＡ（例えば、Ｄａ  Ｐｒａｄａら（1989. J Pharmacol Exp Ther 248:400-414）に記載されるモクロベミド）；ブロファロミン；およびＣｕｒｅｔら（1998. J Affect Disord 51: 287-30）に記載されるベフロキサトン、Ann. Neurol., 40(1): 99-107 (1996)に記載されるラザベミド（Ｒｏ１９６３２７）、およびＡｕｂｉｎら（2004. J. Pharmacol. Exp. Ther. 310: 1171-1182）に記載されるＳＬ２５．１１３１；セレギリン塩酸塩（１−デプレニル、ＥＬＤＥＰＲＹＬ、ＺＥＬＡＰＡＲ）；ジメチルセレギリン（ｄｉｍｅｔｈｙｌｓｅｌｅｇｉｌｅｎｅ）；サフィナミド；ラサギリン（ＡＺＩＬＥＣＴ）；ビフェメラン；デスオキシペガニン；ハルミン（テレパシンまたはバニステリン（ｂａｎａｓｔｅｒｉｎｅ）としても知られる）；リネゾリド（ＺＹＶＯＸ、ＺＹＶＯＸＩＤ）；パルギリン（ＥＵＤＡＴＩＮ、ＳＵＰＩＲＤＹＬ）；ジエノリドカバピロンデスメトキシヤンゴニン；および５−（４−アリールメトキシフェニル）−２−（２−シアノエチル）テトラゾールから選択される、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
ＬＳＤ阻害因子が、式（ＸＩＩ）：
【化１】
2021504399.tif 000039
（式中、
Ａｒ1は５〜７員アリールまたはヘテロアリール環であり；
Ａｒ2およびＡｒ3はそれぞれ独立に、１〜３個の置換基で置換されていてもよい、５〜７員アリールまたはヘテロアリール環から選択され；
Ｒ1およびＲ2は水素およびヒドロキシルから独立に選択される、またはＲ1とＲ2が一緒になって、＝Ｏ、＝Ｓもしくは＝ＮＲ3を形成し；
Ｒ3は水素、−Ｃ1-6アルキルまたは−ＯＨから選択され；
ｍは１〜５の整数であり；
ｎは１〜３の整数である）
によって表される化合物またはその薬学的に許容される塩である、請求項２に記載の組成物。
【請求項６】
以下の１つまたは複数が当てはまる、請求項５に記載の組成物：
Ａｒ1が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジンおよび１，２，３−トリアジン、さらに特にフェニルである；
Ａｒ2が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジン（ｔｒａｚｉｎｅ）および１，２，３−トリアジン、特にフェニルであり；特に前記６員アリールまたはヘテロアリール環が、特に３位または４位で、１つの任意の置換基で置換されていてもよい；
Ａｒ3が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジン（ｔｒａｚｉｎｅ）および１，２，３−トリアジン、特にフェニルであり；特に前記６員アリールまたはヘテロアリール環が、特に３位または４位で、１つの任意の置換基で置換されていてもよい。
【請求項７】
Ａｒ1およびＡｒ2についての任意の置換基が−Ｃ1-6アルキル、−Ｃ2-6アルケニル、−ＣＨ2Ｆ、−ＣＨＦ2、−ＣＦ3、ハロ、アリール、ヘテロアリール、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ1-6アルキル、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ1-6アルキルＮＨ2、−Ｃ（Ｏ）−ヘテロシクリル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチル、ｔ−ブチル、−ＣＨ2Ｆ、−ＣＨＦ2、−ＣＨ3、Ｃｌ、Ｆ、フェニル、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）1-4ＮＨ2および−Ｃ（Ｏ）−ヘテロシクリルを含み；
Ｒ1とＲ2が一緒になって、＝Ｏ、＝Ｓまたは＝ＮＲ3、特に＝Ｏまたは＝Ｓ、さらに特に＝Ｏを形成し；
Ｒ3がＨ、−Ｃ1-3アルキルまたは−ＯＨ、特にＨ、−ＣＨ3または−ＯＨであり、
ｍが２〜５、特に３〜５、さらに特に４であり、
ｎが１または２、特に１である、
請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
ＬＳＤ阻害因子が式（ＸＩＩａ）：
【化２】
2021504399.tif 000040
（式中、
Ａｒ2およびＡｒ3はそれぞれ独立に、１〜３個の置換基で置換されていてもよい、５〜７員アリールまたはヘテロアリール環から選択される）
によって表される化合物である、請求項５〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
Ａｒ2およびＡｒ3が以下の通り選択される、請求項５〜８のいずれか１項に記載の組成物。
【表１】
2021504399.tif 000041
【請求項１０】
ＬＳＤ阻害因子が、以下の構造：
【化３】
2021504399.tif 000042
によって表される化合物である、請求項５〜９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１１】
ＬＳＤ阻害因子がＬＳＤ核移行の阻害因子である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
ＬＳＤ阻害因子がＬＳＤの核移行部位に対応するペプチドである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
ＬＳＤ阻害因子が、式ＸＩＸ：
Ｚ1ＲＲＴＸ1ＲＲＫＲＡＫＶＺ2      （ＸＩＸ）
（式中、
「Ｚ1」および「Ｚ2」は独立に、存在しない、または約１個〜約５０個のアミノ酸残基（およびその間の全ての整数の残基）、および保護部分を含むタンパク質性部分の少なくとも１つから独立に選択され；
「Ｘ1」は、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｇおよびその修飾形態を含む、小アミノ酸残基から選択される）
によって表される、単離または精製されたタンパク質性分子である、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１４】
「Ｘ1」がＳおよびＡから選択される、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
「Ｚ1」が式：
Ｘ2Ｘ3Ｘ4      （ＸＸ）
（式中、
「Ｘ2」は存在しない、または保護部分であり；
「Ｘ3」は存在しない、または任意のアミノ酸残基から選択され；
「Ｘ4」は任意のアミノ酸残基から選択される）
によって表されるタンパク質性分子である、請求項１３または請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
「Ｘ3」がＲ、Ｋおよびその修飾形態を含む塩基性アミノ酸残基から選択される、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
「Ｘ4」がＦ、Ｙ、Ｗおよびその修飾形態を含む芳香族アミノ酸残基から選択される、請求項１５または請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
「Ｚ2」が存在しない、請求項１３〜１７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１９】
式ＸＩＸの単離または精製されたタンパク質性分子が、配列番号２、３または４：
ＲＲＴＳＲＲＫＲＡＫＶ      ［配列番号１］；
ＲＲＴＡＲＲＫＲＡＫＶ      ［配列番号２］；または
ＲＷＲＲＴＡＲＲＫＲＡＫＶ      ［配列番号３］
によって表されるアミノ酸残基を含む、前記アミノ酸残基からなるまたは前記アミノ酸残基から本質的になる、請求項１３〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
式ＸＩＸのタンパク質性分子が少なくとも１つの膜透過部分をさらに含む、請求項１３〜１９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２１】
膜透過部分が脂質部分である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
膜透過部分がミリストイル基である、請求項２０または請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
膜透過部分が、式ＸＩＸのタンパク質性分子のＮまたはＣ末端アミノ酸残基にコンジュゲートしている、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２４】
ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２の結合を阻害する、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２５】
ＰＤ−１結合アンタゴニストが抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体である、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２６】
抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体がニボルマブ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブおよびピジリズマブから選択される、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
ＰＤ−１結合アンタゴニストがイムノアドヘシン（例えば、ＡＭＰ−２２４）である、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２８】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療するため、またはその治療を助けるための補助因子をさらに含む、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２９】
補助因子が化学療法剤である、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
化学療法剤が、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する薬剤である、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
化学療法剤が細胞傷害性因子である、請求項２９または請求項３０に記載の組成物。
【請求項３２】
細胞傷害性因子がタキサンである、請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
タキサンがパクリタキセルである、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
タキサンがアブラキサンである、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３５】
薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３６】
Ｔ細胞機能を増強する方法であって、Ｔ細胞をＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストと接触させて、それによってＴ細胞機能を増強するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる前記方法。
【請求項３７】
増強されたＴ細胞機能が、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力のバイオマーカー（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、Ｋｉ６７およびＴＢＥＴ）の上昇、エフェクターＴ細胞および／またはメモリーＴ細胞を含むＴ細胞の増加した増殖、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞を含むＴ細胞の増加した活性化、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、ＭＨＣクラスＩ分子に関連して提示される細胞の増加した排除ならびに抗原を発現する標的細胞の増加した細胞溶解性殺傷のうちのいずれか１つまたは複数を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３８】
Ｔ細胞が間葉系表現型を有する、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
Ｔ細胞が核ＬＳＤの異常発現を有する、請求項３６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
Ｔ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中より高レベルで発現する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
Ｔ細胞が、Ｔ細胞の疲弊またはアネルギーを示す、請求項３６〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
Ｔ細胞が、ＴＢＥＴよりも高レベルのＥＯＭＥＳを発現する、および／またはＰＤ−１の上昇した発現を有する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
Ｔ細胞がＣＤ８+Ｔ細胞である、請求項３６〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
ＰＤ−１を発現する免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する方法であって、免疫エフェクター細胞をＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストと接触させて、それによって免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる方法。
【請求項４５】
増強された免疫エフェクター機能が、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、サイトカインの増加した放出および／またはＣＤ４+リンパ球の活性化、サイトカインの放出増大および／またはＣＤ８+リンパ球（ＣＴＬ）および／またはＢ細胞の活性化増大、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、ＭＨＣクラスＩ分子に関連して提示される細胞、すなわち、例えばアポトーシスまたはパーフォリン媒介細胞溶解を介した、クラスＩ  ＭＨＣによる抗原の提示を特徴とする細胞の増加した排除、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αなどのサイトカインの増加した産生、ならびに抗原を発現する標的細胞の増加した特異的細胞溶解性殺傷のうちのいずれか１つまたは複数を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
免疫エフェクターが核ＬＳＤの異常発現を有する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
免疫エフェクターが、核ＬＳＤを、対照免疫エフェクター細胞（例えば、正常または非抑制免疫エフェクター機能を有する免疫エフェクター細胞）中のレベルよりも高レベルで発現する、請求項４５または請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
対象のＴ細胞機能障害性障害を治療する方法であって、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを対象に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる方法。
【請求項４９】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、相乗的有効量で投与される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
Ｔ細胞機能障害性障害が、抗原刺激に対する減少した応答性および／またはＰＤ−１を通した増加した阻害シグナル伝達を特徴とするＴ細胞の障害または状態である、請求項４８または４９に記載の方法。
【請求項５１】
Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞がサイトカインを分泌する、増殖する、または細胞溶解活性を実行する減少した能力を有する障害である、請求項４８〜５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
抗原刺激に対する減少した応答性が、病原体または腫瘍の無効な制御をもたらす、請求項４８〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞がアネルギー性である障害である、請求項４８〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
Ｔ細胞機能障害性障害が、未解決の急性感染症、慢性感染症および腫瘍免疫から選択される、請求項４８〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
Ｔ細胞機能障害性障害が、間葉系表現型を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含むがんまたは感染症である、請求項４８〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
Ｔ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルよりも高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する、請求項４８〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
Ｔ細胞が、Ｔ細胞の疲弊またはアネルギーを示す、請求項４８〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
Ｔ細胞が、ＴＢＥＴよりも高レベルのＥＯＭＥＳを発現する、および／またはＰＤ−１の上昇した発現を有する、請求項４８〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５９】
Ｔ細胞が腫瘍浸潤リンパ球である、請求項４８〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
Ｔ細胞が循環リンパ球である、請求項４８〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
がんが皮膚がん（例えば、黒色腫）、肺がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、膀胱がん、膵がん、子宮内膜がん、結腸がん、腎がん、食道がん、前立腺がん、結腸直腸がん、膠芽腫、神経芽細胞腫または肝細胞癌である、請求項４８〜６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
がんが転移性がんである、請求項６１に記載の方法
【請求項６３】
転移性がんが転移性乳がん、転移性肝がんまたは転移性肺がんである、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するため、またはその治療を助けるための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む、請求項４８〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
補助因子が化学療法剤である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
化学療法剤が、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する薬剤である、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
化学療法剤が細胞傷害性因子である、請求項６５または請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
細胞傷害性因子がタキサンである、請求項６７に記載の組成物。
【請求項６９】
タキサンがパクリタキセルである、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７０】
タキサンがアブラキサンである、請求項６８に記載の組成物。
【請求項７１】
対象のがんを治療するまたはその進行を遅延させる方法であって、がんを治療するまたはその進行を遅延させるのに有効な量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを対象に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる、前記方法。
【請求項７２】
対象が、がんと診断されており、対象のがんの腫瘍試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、がんを治療するため、またはその進行を遅延させるための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む、請求項７１または請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
がんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能）を増強する方法であって、免疫機能を増強するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる、前記方法。
【請求項７５】
個体が、がんと診断されており、個体から採取したがんの腫瘍試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、免疫機能を増強するための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む、請求項７４または請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
（例えば、細菌またはウイルスまたは他の病原体による）感染症を治療する方法であって、感染症を治療するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる、前記方法。
【請求項７８】
感染症がウイルスおよび／または細菌によるものである、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
感染症が病原体によるものである、請求項７７に記載の方法。
【請求項８０】
感染症が急性感染症である、請求項７７〜７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
感染症が慢性感染症である、請求項７７〜８０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、感染症を治療するための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む、請求項７７〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
感染症を有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する方法であって、免疫機能を増強するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる方法。
【請求項８４】
個体が、感染症と診断されており、個体から採取した試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、免疫機能を増強するための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む、請求項８３または請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストの使用。
【請求項８７】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための医薬品の製造におけるＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストの使用。
【請求項８８】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、同時投与のために製剤化される、請求項８６または請求項８７に記載の使用。
【請求項８９】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療するもしくはその治療を助ける、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法剤）の使用。
【請求項９０】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療するもしくはその治療を助ける、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための医薬品の製造における、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法剤）の使用。
【請求項９１】
ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法剤）が、同時投与のために製剤化される、請求項８９または請求項９０に記載の使用。
【請求項９２】
同時投与の前に、対象から得られた試料中のＴ細胞中の核ＬＳＤ（すなわち、核に局在するＬＳＤ）の上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞中の核ＬＳＤのレベルに対する）を検出するステップをさらに含む、請求項３６〜８５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９３】
同時投与の前に、対象から得られた試料中のＴ細胞中の核ＬＳＤ（すなわち、核に局在するＬＳＤ）の上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞中の核ＬＳＤのレベルに対する）およびＴ細胞の核中のＥＯＭＥＳの上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞の核中のＥＯＭＥＳのレベルに対する）を検出するステップをさらに含む、請求項３６〜８５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９４】
ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳを含む複合体の上昇したレベルを検出するステップを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
Ｔ細胞の核中のＬＳＤおよびＥＯＭＥＳを含む複合体の上昇したレベルを検出するステップを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９６】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子および任意の薬学的に許容される担体を含む医薬品と、前記医薬品とＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品との同時投与のための指示書を含む添付文書とを含むキット。
【請求項９７】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む医薬品と、前記医薬品とＬＳＤ阻害因子および任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む添付文書とを含むキット。
【請求項９８】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子および任意の薬学的に許容される担体を含む第１の医薬品と、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む第２の医薬品とを含むキット。
【請求項９９】
Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、第１の医薬品および第２の医薬品を同時に投与するための指示書を含む添付文書をさらに含む、請求項９８に記載のキット。
【請求項１００】
個体のＣＤ８+Ｔ細胞が、組み合わせの投与前と比較して増強したプライミング、活性化、増殖および／または細胞溶解活性を有する、請求項３６〜８５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０１】
ＣＤ８+Ｔ細胞の数が、組み合わせの投与前と比較して上昇する、請求項３６〜８５および１００のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０２】
ＣＤ８+Ｔ細胞が抗原特異的ＣＤ８+Ｔ細胞である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
Ｔｒｅｇ機能が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して抑制される、請求項３６〜８５および１００〜１０２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０４】
Ｔ細胞の疲弊が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して減少する、請求項３６〜８５および１００〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０５】
Ｔｒｅｇ細胞の数が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して減少する、請求項３６〜８５および１００〜１０４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０６】
血漿ＩＦＮ−γが、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する、請求項３６〜８５および１００〜１０５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０７】
血漿ＴＮＦ−αが、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する、請求項３６〜８５および１００〜１０６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０８】
血漿ＩＬ−２が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する、請求項３６〜８５および１００〜１０７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０９】
メモリーＴエフェクター細胞の数が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する、請求項３６〜８５および１００〜１０８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１０】
メモリーＴエフェクター細胞活性化および／または増殖が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する、請求項３６〜８５および１００〜１０９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１１】
メモリーＴエフェクター細胞が末梢血中で検出される、請求項３６〜８５および１００〜１１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
メモリーＴエフェクター細胞の検出がＣＸＣＲ３の検出による、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断する方法であって、
（ｉ）対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤに結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化を検出するステップと
を含む、(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化は、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を示す方法。
【請求項１１４】
対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断する方法であって、
（ｉ）対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤに結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）試料中のＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体と結合した場合の第１の結合因子および第２の結合因子を検出するステップと
を含む、(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
対照試料（例えば、活性化Ｔ細胞を含むもの）で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の上昇したレベルが、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を示す方法。
【請求項１１５】
Ｔ細胞機能障害性障害を有する対象の治療をモニターする方法であって、
（ｉ）Ｔ細胞機能障害性障害のための療法による対象の治療後に、対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤに結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）試料中のＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体と結合した場合の第１の結合因子および第２の結合因子を検出するステップと
を含む、(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは(ｉ)〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
治療前に対象から採取した対照試料で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の低いレベルが、対象に対する増加した臨床的利益（例えば、Ｔ細胞機能の増強などの免疫エフェクター機能の増強）を示し、
治療前に対象から採取した対照試料で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の高いレベルが、対象に対する臨床的利益（例えば、Ｔ細胞機能の増強などの免疫エフェクター機能の増強）を全くまたはごくわずかしか示さない方法。
【請求項１１６】
対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断するためのキットであって、（ｉ）ＬＳＤに結合する第１の結合因子と、（ｉｉ）ＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と、（ｉｉｉ）第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む第３の因子とを含む、(ｉ)〜（ｉｉｉ）からなるまたは(ｉ)〜（ｉｉｉ）から本質的になるキット。
【請求項１１７】
第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である、請求項１１６に記載のキット。
【請求項１１８】
ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳを含む複合体、前記複合体のＬＳＤに結合した第１の結合因子、複合体のＥＯＭＥＳに結合した第２の結合因子；（ｉｉｉ）第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む第３の因子。
【請求項１１９】
ＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体がＴ細胞に位置する、請求項１１８に記載の複合体。
【請求項１２０】
第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である、請求項１１８または請求項１１９に記載の複合体。
【請求項１２１】
ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳを含む複合体と、前記複合体のＬＳＤに結合した第１の結合因子と、前記複合体のＥＯＭＥＳに結合した第２の結合因子と、（ｉｉｉ）第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む第３の因子とを含むＴ細胞。
【請求項１２２】
第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である、請求項１２１に記載のＴ細胞。
【請求項１２３】
それぞれの結合因子が抗体である、請求項１１６〜１２２のいずれか１項に記載の方法、キット、複合体またはＴ細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１７年１１月２９日に出願された「免疫賦活組成物およびその使用」と題されたオーストラリア仮特許出願第２０１７９０４８１１号に対する優先権を主張するものである。
本発明は概して、免疫賦活組成物に関する。より具体的には、本発明は、上皮間葉転換（ＥＭＴ）を受けた機能的に抑制されたＴ細胞の免疫エフェクター機能を増強するためのリジン脱メチル化酵素（ＬＳＤ）阻害因子の使用に関する。具体的な実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対する疲弊したＴ細胞の感受性を増強するために使用される。本発明の組成物は、病原性感染症および過剰増殖性障害などのＴ細胞機能障害性障害を含む一定範囲の障害を治療するのに有用性を見出している。
【背景技術】
【０００２】
プログラム細胞死受容体１（ＰＤ−１）は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ  Ｔ（ＮＫＴ）細胞、単球、マクロファージおよび樹状細胞（ＤＣ）を含む種々の免疫細胞でこれらの細胞の活性化後に発現される免疫チェックポイント調節因子である。ＰＤ−１は、共にＢ７ファミリーのメンバーであるプログラム細胞死１リガンド−１（ＰＤ−Ｌ１；Ｂ７−Ｈ１；ＣＤ２７４）およびＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ；ＣＤ２７３）の２つのリガンドに結合する。ＰＤ−Ｌ１は、造血細胞および非造血細胞を含む広範囲の細胞で構成的に発現される。対照的に、ＰＤ−Ｌ２発現は、専門的な抗原提示細胞（ＡＰＣ；単球、マクロファージおよびＤＣ）およびＢ細胞の一定のサブセットに制限される。インターフェロン（ＩＦＮ；α、βおよびγ）などの炎症性サイトカインは、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の両方の発現の強力な調節因子である。
ＰＤ−１はＴ細胞受容体（ＴＣＲ）シグナル伝達によって誘導され、ＰＤ−１がＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２に結合すると、ＴＣＲ／ＣＤ２８シグナル伝達およびＴ細胞活性化を阻害する。ＰＤ−１のこれらの免疫調節性の役割が、過剰なＴ細胞活性化を制限して免疫媒介組織損傷を防ぐことを担っている。しかしながら、長期のＴＣＲ刺激およびＰＤ−１発現は、乏しいＴ細胞エフェクター機能、抑制性受容体の持続的発現、および機能的エフェクターまたはメモリーＴ細胞のものとは異なる転写状態によって定義されるＴ細胞機能障害の状態であり、一般的に腫瘍および持続的ウイルス感染症の非効率的制御を伴うＴ細胞の疲弊をもたらす（Wherry, EJ., 2011. Nature Immunology 12: 492-499）。よって、ＰＤ−１経路は、有効な宿主防御と免疫病理学との間のバランスを調節する、Ｔ細胞応答の結果の重要な決定因子であり、種々のヒト疾患に対してＰＤ−１経路を操作することの可能性を暗に示している。
【０００３】
疲弊したＴ細胞を再活性化し、抗腫瘍または抗病原体免疫応答を回復させるために、ＰＤ−１経路の遮断が使用されてきた。実際、ＰＤ−１経路を遮断する抗体は、かなりの数の進行段階のがん患者で有望な臨床結果を示している。しかしながら、現在までの臨床試験データは、１８％〜８７％の範囲という、ＰＤ−１免疫チェックポイント阻害療法に対する様々な型のがん間での多様な応答率を示している。これらの試験はまた、患者がＰＤ−１免疫チェックポイント阻害療法に対する一次、適応またはさらには獲得耐性を示し得ることも見出した。さらに、新たに発生したデータは、一定の患者が、抗ＰＤ−１抗体を受けた後に急速な腫瘍増大（ｈｙｐｅｒｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ）状態を経験することを実証している。
近年、Ｈｕａｎｇら（2017, Nature 545: 60-65）は、抗ＰＤ−１抗体、ペンブロリズマブによる治療の前後のＩＶ期黒色腫の患者由来の末梢血の免疫プロファイリングを使用して、循環疲弊表現型ＣＤ８  Ｔ細胞（Ｔex細胞）の薬力学的変化を特定した。患者のほとんどが、ペンブロリズマブに対する免疫応答を示したが、これは一時的であった。多くの患者の臨床的失敗は、免疫再活性化を誘導することができないためだけではなく、むしろＴ細胞再活性化と腫瘍量との間の不均衡に起因していた。治療前腫瘍量に関して決定される循環Ｔex細胞の再活性化の規模は臨床応答と相関しており、腫瘍量が高い場合、抗ＰＤ−１療法による堅牢な再活性化でさえも臨床的に無効となり得る可能性を高くしている。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、リン酸化リジン脱メチル化酵素１（本明細書では、「ＬＳＤ１ｐ」または「核ＬＳＤ」とも呼ばれる）のＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞）の核内への増加した移行が、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力のバイオマーカー（例えば、インターロイキン２（ＩＬ−２）、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）および腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α））の減少した発現、適応および自然免疫系の細胞でのＩＦＮ−γの産生を刺激する役割を有する転写因子ＴＢＥＴの減少した発現、ならびにＴ細胞の疲弊のバイオマーカーであるエオメソデルミン（Ｅｏｍｅｓｏｄｅｒｍｉｎ）（ＥＯＭＥＳ）の増加した発現を含む、免疫エフェクター機能の抑制を伴う細胞の上皮間葉転換（ＥＭＴ）を誘導するという予想外の発見に起因している。予想外に、ＬＳＤ１ｐおよびＥＯＭＥＳが、核に共局在していることが分かり、この共局在が、Ｔ細胞機能の抑制に少なくとも部分的に寄与していることが分かった。注目すべきことに、本発明者らは、ＬＳＤ１ｐとＥＯＭＥＳが、核内で近接しており、Ｔ細胞を刺激して疲弊した表現型を採用するおよび／または維持することを含むＴ細胞機能の抑制因子になると予想される複合体を形成することを決定した。
【０００５】
本発明者らはまた、ＬＳＤ１阻害因子を含むＬＳＤ阻害因子へのこれらの間葉系の機能的に抑制されたＴ細胞の曝露が、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力のバイオマーカー（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、Ｋｉ６７およびＴＢＥＴ）の上昇した発現、Ｔ細胞の疲弊のバイオマーカー（例えば、ＥＯＭＥＳ）の減少した発現、ならびにエフェクターおよびメモリーＴ細胞を含むＴ細胞の増加した活性化および増殖を含む免疫エフェクター機能の著しい脱抑制を伴うＴ細胞の後成的リプログラミングをもたらすことを発見した。驚くべきことに、ＬＳＤ阻害因子によって媒介される後成的リプログラミングが、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対する疲弊したＴ細胞の感受性増強を与えることも分かった。これらの発見は、以下に記載されるように、Ｔ細胞の免疫エフェクター機能を増強するおよびＴ細胞機能障害に関連する疾患または状態を治療するための方法および組成物で実施化された。
【０００６】
したがって、一態様では、本発明は、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）機能を増強する、またはＴ細胞機能障害性障害を治療するための組成物を提供する。これらの組成物は概して、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストとを含む、からなるまたはから本質的になる。ＬＳＤ阻害因子は、適切には、ＬＳＤ酵素活性の阻害因子およびＬＳＤ核移行の阻害因子から選択される。ＬＳＤ阻害因子は、適切には、ＬＳＤ１阻害因子であり、具体的な例では、ＬＳＤ１阻害因子は、特異的または選択的ＬＳＤ１阻害因子である。ＰＤ−１結合アンタゴニストは、適切には、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２の結合を阻害する。好ましい実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体であり、その例示的な例としては、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブおよびピジリズマブが挙げられる。他の実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがイムノアドヘシン（例えば、ＡＭＰ−２２４）である。具体的な実施形態では、組成物が、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはその治療を助けるための補助因子をさらに含む。この種の有利な実施形態では、補助因子が、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）である。組成物は、典型的には、薬学的に許容される担体を含んでもよい、医薬組成物または製剤である。
【０００７】
本発明の別の態様は、Ｔ細胞機能を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、Ｔ細胞をＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストと接触させて、それによってＴ細胞機能を増強するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる。適切には、増強されたＴ細胞機能が、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力の上昇したバイオマーカー（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、Ｋｉ６７およびＴＢＥＴ）、エフェクターＴ細胞および／またはメモリーＴ細胞を含むＴ細胞の増加した増殖、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞を含むＴ細胞の増加した活性化、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、ＭＨＣクラスＩ分子に関連して提示される細胞の増加した排除ならびに抗原を発現する標的細胞の増加した細胞溶解性殺傷のうちのいずれか１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が、間葉系表現型を有する。適切には、Ｔ細胞が核ＬＳＤの異常発現を有する。この種の代表的な例では、Ｔ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中より高レベルで発現する。同じまたは他の実施形態のいくつかでは、Ｔ細胞が、Ｔ細胞の疲弊またはアネルギーを示すものである。この種の非限定的な例では、Ｔ細胞が、ＴＢＥＴよりも高レベルのＥＯＭＥＳを発現する、および／またはＰＤ−１の上昇した発現を有する。Ｔ細胞は、ＣＤ４+Ｔ細胞またはＣＤ８+Ｔ細胞であり得る。好ましくは、Ｔ細胞がＣＤ８+Ｔ細胞である。
【０００８】
本発明者らは、核ＬＳＤ媒介ＥＭＴが、腫瘍細胞と非関連細胞型であるＴ細胞の両方で起こるので、核ＬＳＤ媒介後成的リプログラミングはまた、ＰＤ−１を発現する他の免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、単球、マクロファージおよびＤＣ）を含めてより広範に起こり、それによって免疫エフェクター機能を抑制するようであることを提案している。したがって、別の態様では、本発明は、ＰＤ−１を発現する免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫エフェクター細胞をＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストと接触させて、それによって免疫エフェクター細胞の免疫エフェクター機能を増強するステップを含む、からなるまたはから本質的になる。適切には、増強された免疫エフェクター機能が、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、サイトカインの増加した放出および／またはＣＤ４+リンパ球の活性化増大、サイトカインの増加した放出および／またはＣＤ８+リンパ球（ＣＴＬ）および／またはＢ細胞の活性化増大、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子に関連した抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、ＭＨＣクラスＩ分子に関連して提示される細胞、すなわち、例えばアポトーシスまたはパーフォリン媒介細胞溶解を介した、クラスＩＭＨＣによる抗原の提示を特徴とする細胞の排除の増加、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αなどのサイトカインの増加した産生、ならびに抗原を発現する標的細胞の増加した特異的細胞溶解性殺傷のうちのいずれか１つまたは複数を含む。適切には、免疫エフェクター細胞が核ＬＳＤの異常発現を有する。この種の代表的な例では、免疫エフェクターが、核ＬＳＤを、対照免疫エフェクター細胞（例えば、正常または非抑制免疫エフェクター機能を有する免疫エフェクター細胞）中のレベルよりも高レベルで発現する。
【０００９】
さらに別の態様では、本発明は、対象のＴ細胞機能障害性障害を治療する方法を提供する。これらの方法は概して、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを対象に同時に投与するステップを含む、からなるまたはから本質的になる。適切には、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、相乗的有効量で投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、抗原刺激に対する減少した応答性および／またはＰＤ−１を通した増加した阻害シグナル伝達を特徴とするＴ細胞の障害または状態である。同じおよび他の実施形態のいくつかでは、Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞がサイトカインを分泌する、増殖する、または細胞溶解活性を実行する減少した能力を有するものである。この種の例示的な例では、抗原刺激に対する減少した応答性が、病原体または腫瘍の無効な制御をもたらす。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞がアネルギー性であるものである。Ｔ細胞機能障害性障害の代表的な例としては、未解決の急性感染症、慢性感染症および腫瘍免疫が挙げられる。好ましい実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、間葉系表現型を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含むがんまたは感染症である。この種の代表的な例では、Ｔ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルよりも高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する。同じおよび他の実施形態のいくつかでは、Ｔ細胞が、Ｔ細胞の疲弊またはアネルギーを示すものである。この種の非限定的な例では、Ｔ細胞が、ＴＢＥＴよりも高レベルのＥＯＭＥＳを発現する、および／またはＰＤ−１の上昇した発現を有する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が腫瘍浸潤リンパ球である。他の実施形態では、Ｔ細胞が循環リンパ球である。いくつかの実施形態では、がんが皮膚がん（例えば、黒色腫）、肺がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、膀胱がん、膵がん、子宮内膜がん、結腸がん、腎がん、食道がん、前立腺がん、結腸直腸がん、膠芽腫、神経芽細胞腫または肝細胞癌である。好ましい実施形態では、がんが転移性がんである。好ましくは、転移性がんが転移性黒色腫または転移性肺がんである。いくつかの実施形態では、本方法が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ−１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するため、またはその治療を助けるための補助因子（例えば、化学療法剤）または補助療法（例えば、切除もしくは細胞傷害性療法）を対象に同時に投与するステップをさらに含む。好ましくは、本方法が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ−１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニスト、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）を対象に同時に投与するステップをさらに含む。
【００１０】
関連する態様では、本発明は、対象のがんを治療するまたはその進行を遅延させる方法を提供する。これらの方法は概して、がんを治療するまたはその進行を遅延させるのに有効な量のＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを対象に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる。いくつかの実施形態では、対象が、がんと診断されており、対象のがんの腫瘍試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する。
【００１１】
他の関連する態様では、本発明は、がんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能）を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫機能を増強するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる。いくつかの実施形態では、個体が、がんと診断されており、個体から採取したがんの腫瘍試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する。
【００１２】
さらなる態様では、（例えば、細菌またはウイルスまたは他の病原体による）感染症を治療する方法が、本明細書で提供される。これらの方法は概して、感染症を治療するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる。いくつかの実施形態では、感染症がウイルスおよび／または細菌によるものである。いくつかの実施形態では、感染症が病原体によるものである。いくつかの実施形態では、感染症が急性感染症である。いくつかの実施形態では、感染症が慢性感染症である。
他の関連する態様では、本発明は、感染症を有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する方法を提供する。これらの方法は概して、免疫機能を増強するのに有効な量のＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを個体に同時に投与するステップを含む、前記ステップからなるまたは前記ステップから本質的になる。いくつかの実施形態では、個体が、感染症と診断されており、個体から採取した試料中のＴ細胞が、核ＬＳＤを、同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルより高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで発現する。
【００１３】
本発明の別の態様は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストの使用を提供する。ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストは概して、この目的のための医薬品の製造に使用される。適切には、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、同時投与のために製剤化される。
関連する態様では、本発明は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するもしくはその治療を助ける、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法剤）の使用を提供する。ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法因子）は、典型的には、この目的のための医薬品の製造に使用される。適切には、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび補助因子（例えば、化学療法剤）が、同時投与のために製剤化される。好ましくは、補助因子が、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または感染症を治療する方法が、同時投与の前に、対象から得られた試料中のＴ細胞中の核ＬＳＤ（すなわち、核に局在するＬＳＤ、適切にはＬＳＤ１ｐ）の上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞中の核ＬＳＤのレベルに対する）を検出するステップを含む。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する方法が、同時投与の前に、対象から得られた試料中のＴ細胞中の核ＬＳＤ（すなわち、核に局在するＬＳＤ、適切にはＬＳＤ１ｐ）の上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞中の核ＬＳＤのレベルに対する）およびＴ細胞の核中のＥＯＭＥＳの上昇したレベル（例えば、同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞の核中のＥＯＭＥＳのレベルに対する）を検出するステップを含む。この種の代表的な例では、これらの方法が、適切にはＴ細胞の核中のＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１、適切にはＬＳＤ１ｐ）およびＥＯＭＥＳを含む複合体の上昇したレベルを検出するステップを含む。
【００１５】
関連する態様では、本発明は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）および任意の薬学的に許容される担体を含む医薬品と、前記医薬品とＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む添付文書とを含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、添付文書が、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、医薬品と補助因子および任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む。好ましくは、補助因子が、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）である。
【００１６】
他の関連する態様では、本発明は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む医薬品と、前記医薬品とＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）および任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む添付文書とを含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、添付文書が、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、医薬品と補助因子および任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む。好ましくは、補助因子が、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）である。
【００１７】
さらに他の関連する態様では、本発明は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）および任意の薬学的に許容される担体を含む第１の医薬品と、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む第２の医薬品とを含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットが、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、第１の医薬品および第２の医薬品を同時に投与するための指示書を含む添付文書をさらに含む。いくつかの実施形態では、添付文書が、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、医薬品と補助因子および任意の薬学的に許容される担体を含む別の医薬品の同時投与のための指示書を含む。好ましくは、補助因子が、適切には急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化学療法剤（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）である。
【００１８】
さらなる関連する態様では、本発明は、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）および任意の薬学的に許容される担体を含む第１の医薬品と、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の薬学的に許容される担体を含む第２の医薬品と、化学療法剤および任意の薬学的に許容される担体を含む第３の医薬品とを含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットが、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、第１の医薬品、第２の医薬品および第３の医薬品を同時に投与するための指示書を含む添付文書をさらに含む。好ましくは、化学療法剤が、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）。
上および本明細書の他に記載される方法、使用、組成物、製剤およびキットのいくつかの実施形態では、個体のＣＤ８+Ｔ細胞が、組み合わせの投与前と比較して増強したプライミング、活性化、増殖および／または細胞溶解活性を有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８+Ｔ細胞の数が、組み合わせの投与前と比較して上昇する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８+Ｔ細胞が、抗原特異的ＣＤ８+Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ機能が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して抑制される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の疲弊が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して減少する。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞の数が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して減少する。いくつかの実施形態では、血漿ＩＦＮ−γが、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する。いくつかの実施形態では、血漿ＴＮＦ−αが、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する。いくつかの実施形態では、メモリーＴエフェクター細胞の数が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する。いくつかの実施形態では、メモリーＴエフェクター細胞活性化および／または増殖が、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）とＰＤ−１結合アンタゴニストの組み合わせの投与前と比較して増加する。いくつかの実施形態では、メモリーＴエフェクター細胞が末梢血中で検出される。いくつかの実施形態では、メモリーＴエフェクター細胞の検出がＣＸＣＲ３の検出による。
【００１９】
上および本明細書の他に記載される方法、使用、製剤およびキットのいくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、インプランテーションにより、吸入により、髄腔内、脳室内または鼻腔内投与される。上および本明細書の他に記載される方法、使用、組成物およびキットのいくつかの実施形態では、治療が、個体のがんを治療するまたはその進行を遅延させるための補助因子（例えば、化学療法剤）を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、個体が、ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストによる組み合わせ治療の前に、化学療法剤（例えば、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する化合物、適切にはタキサンなどの細胞傷害性化合物）で治療されている。いくつかの実施形態では、治療される個体が、化学療法剤治療に難治性である。本出願を通して記載される方法、使用、組成物およびキットのいくつかの実施形態は、がんを治療するまたはその進行を遅延させるための化学療法剤を投与することをさらに含む。
【００２０】
本発明のさらなる態様は、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断する方法を提供する。これらの方法は概して、
（ｉ）対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）に結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化を検出するステップと
を含む、（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化は、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を示す。
【００２１】
さらに別の態様では、本発明は、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断する方法を提供する。これらの方法は概して、
（ｉ）対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）に結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）試料中のＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体と結合した場合の第１の結合因子および第２の結合因子を検出するステップと
を含む、（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
対照試料（例えば、活性化Ｔ細胞を含むもの）で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の上昇したレベルが、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を示す。
【００２２】
本発明のさらなる態様は、Ｔ細胞機能障害性障害を有する対象の治療をモニターする方法を提供する。これらの方法は概して、
（ｉ）Ｔ細胞機能障害性障害のための療法による対象の治療後に、対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；
（ｉｉ）試料を、試料中のＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）に結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；
（ｉｉｉ）試料中のＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体と結合した場合の第１の結合因子および第２の結合因子を検出するステップと
を含む、（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップからなるまたは（ｉ）〜（ｉｉｉ）のステップから本質的になり、
治療前に対象から採取した対照試料で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の低いレベルが、対象に対する増加した臨床的利益（例えば、Ｔ細胞機能の増強などの免疫エフェクター機能の増強）を示し、
治療前に対象から採取した対照試料で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体のレベルと比較して試料中で検出されるＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体の高いレベルが、対象に対する臨床的利益（例えば、Ｔ細胞機能の増強などの免疫エフェクター機能の増強）を全くまたはごくわずかしか示さない。
【００２３】
さらに別の態様では、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を診断するためのキットが提供される。これらのキットは概して、（ｉ）ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）に結合する第１の結合因子と、（ｉｉ）ＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と、（ｉｉｉ）第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む第３の因子とを含む、前記(i)〜（iii）からなるまたは(i)〜（iii）から本質的になる。具体的な実施形態では、第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である。
関連する態様では、本発明は、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）およびＥＯＭＥＳを含む複合体であって、第１の結合因子は複合体のＬＳＤに結合しており、第２の結合因子は複合体のＥＯＭＥＳに結合しており、第３の因子は前記第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む、複合体を提供する。具体的な実施形態では、ＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体が、Ｔ細胞、適切にはＴ細胞の核に位置する。具体的な実施形態では、第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である。
【００２４】
さらに別の実施形態では、本発明は、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどの核ＬＳＤ）およびＥＯＭＥＳを含む複合体と、複合体のＬＳＤに結合している第１の結合因子と、複合体のＥＯＭＥＳに結合している第２の結合因子と、（ｉｉｉ）第１の結合因子および第２の結合因子の各々がＬＳＤ−ＥＯＭＥＳ複合体に結合している場合に検出可能である標識を含む第３の因子とを含むＴ細胞を提供する。具体的な実施形態では、第３の因子が、第１の結合因子および第２の結合因子に結合する結合因子である。
上記態様のいずれにおいても、それぞれの結合因子が、好ましくは、抗体である。
上記の診断方法およびキットは、本発明の治療方法のためのコンパニオン診断として有用である。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】乳がん細胞株の脱メチル化および細胞増殖の阻害におけるＬＳＤ１阻害因子、硫酸フェネルジンの有効性を示すグラフ表示である。Ａ．ＭＤＡ−ＭＢ−２３１乳がん細胞株を、増加する用量の硫酸フェネルジン（フェネルジン）で処理した。固定し、一次抗ＬＳＤ１  １１１ｐおよび抗Ｈ３ｋ４ｍｅ２ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＬＳＤ１ｐおよびＨ３ｋ４ｍｅ２についてのＴＮＦＩ値を表す（ｎ＞２０個々の細胞）。Ｂ．ＷＳＴ−１増殖アッセイを使用して、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞の細胞増殖に対する硫酸フェネルジンの効果を分析した。
【図２−１】循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）およびがん幹細胞（ＣＳＣ）ならびに腫瘍量に対する二重硫酸フェネルジン（フェネルジン）および抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ１）療法の有効性を示すグラフおよび写真表示である。Ａ．処理後１５日目の腫瘍体積の統計。マン・ホイットニーのノンパラメトリックｔ検定を使用して、対照群対他の群を比較した（*ｐ＜０．０２、**ｐ＜０．００８）。Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン。処理プロトコルの例も示す。
【図２−２】循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）およびがん幹細胞（ＣＳＣ）ならびに腫瘍量に対する二重硫酸フェネルジン（フェネルジン）および抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ１）療法の有効性を示すグラフおよび写真表示である。Ｂ．固定し、一次抗ＬＳＤ１、抗Ｓｎａｉｌおよび抗ＣＳＶ抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＬＳＤ１、ＳＮＡＩＬについてのＴＮＦＩ値およびＣＳＶについてのＴＣＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図２−３】循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）およびがん幹細胞（ＣＳＣ）ならびに腫瘍量に対する二重硫酸フェネルジン（フェネルジン）および抗ＰＤ−１抗体（ＰＤ１）療法の有効性を示すグラフおよび写真表示である。Ｃ．固定し、一次抗ＣＤ１３３、抗ＡＬＤＨ１Ａおよび抗ＡＢＣＢ５抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。（ａ）各データセットについての代表的な画像を示す。（ｂ）グラフは、核／細胞質−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＣＤ１３３についてのＴＣＦＩ値、ＡＬＤＨ１ＡについてのＴＮＦＩおよびＡＢＣＢ５についてのＴＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図３−１】二重後成的免疫療法が４Ｔ１マウスモデルで転移性進行を阻害することを示す写真およびグラフ表示である。Ａ．各処理群（Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）からの、および各標的器官（肺および肝臓）についての４Ｔ１処置ＦＦＰＥを、ＢｏｎｄＲＸを使用して３Ｄ高解像度顕微鏡検査用に処理した。ＦＦＰＥ組織を固定し、ウサギＬＳＤ１（Ｓ１１１ｐ）；マウス抗ＣＳＶおよびヤギ抗ＳＮＡＩＬでプロービングして免疫蛍光顕微鏡法を実施し、ロバ抗ウサギＡＦ４８８、抗マウス５６８および抗ヤギ６３３で可視化した。カバーガラスを、ＰｒｏＬｏｎｇ  Ｄｉａｍｏｎｄ  Ａｎｔｉｆａｄｅ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて顕微鏡スライドガラスに載せた。共焦点レーザー走査顕微鏡法によって、タンパク質標的を局在化させた。ＬＡＸソフトウェアを実行し、１００倍油浸レンズを使用するＬｅｉｃａ  ＤＭＩ８顕微鏡を使用して、単一０．５μｍ切片を得た。同じ切片の４連続画像を平均することによって、最終的な画像を得た。ＩｍａｇｅＪソフトウェア（ＩｍａｇｅＪ、ＮＩＨ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ、米国）を使用して、デジタル画像を分析して、全核蛍光強度（ＴＮＦＩ）、全細胞質蛍光強度（ＴＣＦＩ）または全蛍光強度（ＴＦＩ）のいずれかを決定した。Ｎ＝４０細胞をカウントした。
【図３−２】二重後成的免疫療法が４Ｔ１マウスモデルで転移性進行を阻害することを示す写真およびグラフ表示である。Ｂ．両器官についてのグラフをここに提示する。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＬＳＤ１、ＡＬＤＨ１ＡについてのＴＮＦＩ値、およびＣＳＶについてのＴＣＦＩを表す。肺のデータセットについての代表的な画像を示す。
【図４】二重後成的免疫療法が、自然マクロファージレパートリーを再教育およびリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ａ．固定し、抗ＣＤ３８およびＬＳＤ１ｐ抗体からなるＭ１パネルならびにＤＡＰＩでプロービングしたＦ４／８０＋Ｍφ細胞で、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＣＤ３８についてのＴＦＩおよびＬＳＤ１ｐについてのＴＮＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。Ｂ．固定し、抗ＣＤ２０６および抗ＬＳＤ１ｐ抗体からなるＭ２パネルならびにＤＡＰＩでプロービングしたＦ４／８０＋Ｍφ細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＣＤ２０６についてのＴＦＩおよびＬＳＤ１ｐについてのＴＮＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図５−１】二重後成的免疫療法が、Ｔ細胞レパートリーを再教育およびリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ａ．ブレフェルディンＡの存在下で４時間、ＰＭＡ／イオノマイシンで刺激した細胞。細胞を、ＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ（ナイーブ、エフェクターおよびセントラルメモリーについて）、ＣＤ２５およびＦｏｘＰ３（Ｔｒｅｇについて）で表面染色し、フローサイトメトリーを介して分析した。マン・ホイットニーのノンパラメトリックｔ検定を使用して、対照群対他の群を比較した（*ｐ＜０．０５、ｎ＝２〜５）。
【図５−２】二重後成的免疫療法が、Ｔ細胞レパートリーを再教育およびリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｂ．固定し、一次抗ＣＤ８、抗ＥＯＭＥＳおよび抗ＴＢＥＴ抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して、ＥＯＭＥＳ、ＴＢＥＴおよびＫｉ６７についてのＴＮＦＩ値を測定した。グラフは、ＣＤ８＋Ｔ細胞についての対照群に対する発現の変化％を表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図５−３】二重後成的免疫療法が、Ｔ細胞レパートリーを再教育およびリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｃ．ブレフェルディンＡの存在下で４時間、ＰＭＡ／イオノマイシンで刺激した細胞。細胞を、ＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８で表面染色し、ブレフェルディンＡの存在下、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−２およびＴＮＦ−αを細胞内染色し、フローサイトメトリーを介して分析した。マン・ホイットニーのノンパラメトリックｔ検定を使用して、対照群対他の群を比較した（*ｐ＜０．０５、**ｐ＜０．００８；ｎ＝２〜５）。
【図５−４】二重後成的免疫療法が、Ｔ細胞レパートリーを再教育およびリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｄ．固定し、一次抗ＣＤ８、抗ＴＮＦαおよび抗ＩＦＮγ抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して、ＴＮＦαおよびＩＦＮγについてのＴＮＦＩ値を測定した。グラフは、ＣＤ８+Ｔ細胞についての対照群に対する発現の変化％を表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。Ｅ．４Ｔ１転移マウスモデルのＴＭＥから単離したＣＤ８＋Ｔ細胞で、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ分析を実施して、Ｔ細胞活性化マーカーの発現を分析した（Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図６−１】疲弊したＴ細胞シグネチャーにおけるＥＯＭＥＳとの核ＬＳＤ１複合体を示すグラフおよび写真表示である。Ｃ．ＥＯＭＥＳ／ＬＳＤ１についてのプロットプロファイルを示す。核にかかる線に沿った一連の蛍光強度を測定するＩｍａｇｅＪソフトウェアの使用により、プロットプロファイルをプロットした。２つのプロットのパターンにより、２つの蛍光色素間の関係の性質への洞察を得ることができる。ＩｍａｇｅＪソフトウェアを細胞の核に特異的なＲＯＩの自動閾値および手動選択と共に使用して、抗体の各ペアについてのピアソンの相関係数（ＰＣＣ）を計算した。ＰＣＣ値は、−１＝共局在の逆、０＝共局在なし、＋１＝完全な共局在に及ぶ。
【図７】核ＬＳＤ１発現が、疲弊したＴ細胞シグネチャーでＴＢＥＴ抑制と一致することを示す、写真およびグラフ表示である。固定し、一次抗ＬＳＤ１、抗ＴＢＥＴおよび抗ＣＤ８抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングしたＣＤ８+Ｔ細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＬＳＤ１およびＴＢＥＴについてのＴＮＦＩ値を表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。ＩｍａｇｅＪソフトウェアを細胞の核に特異的なＲＯＩの自動閾値および手動選択と共に使用して、抗体の各ペアについてのピアソンの相関係数（ＰＣＣ）を計算した。ＰＣＣ値は、−１＝共局在の逆、０＝共局在なし、＋１＝完全な共局在に及ぶ。
【図８−１】二重後成的免疫療法が、ＣＤ８+Ｔ細胞で遺伝子発現プログラムをリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ａ．対照群Ａと比較して２もしくは３倍高いまたは２もしくは３倍低い遺伝子のｍＲＮＡ発現に対する３つの処理群効果のＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ分析を示す（群は、Ｃ：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジンである）。３つの群間の重複、ならびに各個々の処理群によって特異的にもたらされる遺伝子または組み合わせ処理群（Ｆ群）によって特異的に誘導もしくは抑制される遺伝子をプロットする。これは、４Ｔ１転移マウスモデルの精製ＣＤ８+Ｔ細胞である。
【図８−２】図８−１続き
【図８−３】図８−２続き
【図８−４】図８−２続き
【図８−５】二重後成的免疫療法が、ＣＤ８+Ｔ細胞で遺伝子発現プログラムをリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｂ．列挙した遺伝子経路の各々および各処理群または組み合わせについての、影響を受けた遺伝子％（カットオフ２倍または２倍超または未満）を示す。これは、４Ｔ１転移マウスモデルの精製ＣＤ８+Ｔ細胞である。
【図８−６】図８−５続き
【図８−７】二重後成的免疫療法が、ＣＤ８+Ｔ細胞で遺伝子発現プログラムをリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｃ．この図は、４Ｔ１転移マウスモデルの精製ＣＤ８+Ｔ細胞における、フェネルジン、ＰＤ１または組み合わせによる処理による適応、自然、炎症、がん進行およびＴ細胞機能メッセージに対する発現または阻害の効果を示す。Ｄ．４Ｔ１転移マウスモデルの精製ＣＤ８+Ｔ細胞においてＬＳＤ１によって直接媒介されるクロマチン接近可能性の変化を示すＡＴＡＱ配列決定。
【図８−８】図８−７続き
【図８−９】図８−８続き
【図８−１０】二重後成的免疫療法が、ＣＤ８+Ｔ細胞で遺伝子発現プログラムをリプログラミングすることを示すグラフ表示である。Ｄ．４Ｔ１転移マウスモデルの精製ＣＤ８+Ｔ細胞においてＬＳＤ１によって直接媒介されるクロマチン接近可能性の変化を示すＡＴＡＱ配列決定。
【図８−１１】図８−１０続き
【図９−１】ＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１が、疲弊したＣＤ８＋Ｔ細胞で複合体を形成することを示す写真およびグラフ表示である。Ａ．固定し、一次抗ＬＳＤ１、抗ＥＯＭＥＳおよび抗ＣＤ８抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングしたＣＤ８+Ｔ細胞について、ＤＵＯＬＩＮＫ免疫蛍光ライゲーションアッセイを実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。赤色ドット／染色は、ＥＯＭＥＳとＬＳＤ１の相互作用を表す。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１の複合体についてのＴＮＦＩ値を表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン）。
【図９−２】ＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１が、疲弊したＣＤ８＋Ｔ細胞で複合体を形成することを示す写真およびグラフ表示である。Ｂ．安定な抗ＣＭＶ  Ｔ細胞免疫を有するＱＲ（免疫反応性）患者および抗ＣＭＶ  Ｔ細胞免疫を有さないＱＮＲ（非反応性）患者（ＩＦＮ−ＣＭＶ特異的ＩＦＮ−γ分泌によって測定される）から単離したＣＤ８+Ｔ細胞で、ＤＵＯＬＩＮＫ免疫蛍光ライゲーションアッセイを実施した。赤色ドット／染色は、ＥＯＭＥＳとＬＳＤ１の相互作用を表す。
【図１０】ヒトＥＯＭＥＳのアミノ酸配列を表す図である。赤色太字テキストは、予測される単粒子核局在化配列（ＮＬＳ）であり、黄色で強調されるテキスト（リジン標的は太字赤色）は、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）確率約０．７以上で、ＮＬＳの配列の近くの潜在的なメチル化部位を表す。ＮＬＳの近くのこれら３つの推定部位（予測０．８１、０．７、０．９３）ならびにＮＬＳ配列の中央の第４の推定メチル化部位（リジン）（ＲＱＥＩＳＦＧＫＬＫＬＴＮＮＫＧＡＮＮ）に基づいて、ＬＳＤ１が、核局在化を潜在的に制御するこれらの部位の脱メチル化を介してＥＯＭＥＳを調節する可能性が高いと予測される。
【図１１】ＣＴＣ／ＣＳＣおよび腫瘍量に対する三重療法有効性を示す写真およびグラフ表示である。Ａ．処理後１５日目の腫瘍体積の統計。マン・ホイットニーのノンパラメトリックｔ検定を使用して、対照群対他の群を比較した（*ｐ＜０．０２、**ｐ＜０．００８）。Ａ群＝対照、Ｂ群：アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｅ群：アブラキサン＋ＰＤ１、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン、Ｇ群：アブラキサン＋フェネルジン、Ｈ群：三重療法（すなわち、アブラキサン＋フェネルジン＋ＰＤ１抗体）。処理プロトコルの例も示す。Ｂ．Ａ〜Ｈ群についての処理群の要点。Ｃ．処理プロトコルの例。Ｄ．固定し、一次抗ＬＳＤ１、抗Ｓｎａｉｌおよび抗ＣＳＶ抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞について、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。各データセットについての代表的な画像を示す。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＬＳＤ１、ＳＮＡＩＬについてのＴＮＦＩ値およびＣＳＶについてのＴＣＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｂ群：アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｅ群：アブラキサン＋ＰＤ１、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン、Ｇ群：アブラキサン＋フェネルジン、Ｈ群：三重療法）。Ｅ．固定し、一次抗ＣＤ１３３、抗ＡＬＤＨ１Ａおよび抗ＡＢＣＢ５抗体ならびにＤＡＰＩでプロービングした細胞で、免疫蛍光顕微鏡法を実施した。（ａ）各データセットについての代表的な画像を示す。（ｂ）グラフは、核／細胞質−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定したＣＤ１３３についてのＴＣＦＩ値、ＡＬＤＨ１ＡについてのＴＮＦＩおよびＡＢＣＢ５についてのＴＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞、Ａ群＝対照、Ｂ群：アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）、Ｃ群：抗ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｅ群：アブラキサン＋ＰＤ１、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン、Ｇ群：アブラキサン＋フェネルジン、Ｈ群：三重療法）。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
いくつかの図面およびテキストは、カラー表示または実体を含む。カラー図解は、請求すれば出願人からまたは適切な特許庁から入手可能である。特許庁から得る場合、手数料が課され得る。
１．定義
特に定義しない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または等価の任意の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、好ましい方法および材料を記載する。本発明の目的のために、以下の用語を以下に定義する。
本明細書で使用される冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法上の目的語の１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指す。例として、「要素（ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。
【００２７】
本明細書で使用される「約」という用語は、この技術分野で当業者に容易に知られるそれぞれの値についての通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体に向けられた実施形態を含む（および記載する）。
本明細書で使用される「活性化」は、顕著な生化学または形態学的変化を誘導するのに十分な細胞表面部分連結後の細胞の状態を指す。Ｔ細胞の文脈内では、このような活性化は、細胞増殖を誘導するよう十分刺激されたＴ細胞の状態を指す。Ｔ細胞の活性化はまた、サイトカイン産生および検出可能なエフェクター機能（調節または細胞溶解エフェクター機能の実施を含む）も誘導し得る。他の細胞の文脈内では、この用語は、特定の物理化学的過程の上方調節または下方調節を推測する。活性化はまた、誘導されたサイトカイン産生および検出可能なエフェクター機能にも関連し得る。
「活性化Ｔ細胞」という用語は、細胞分裂、検出可能なエフェクター機能（サイトカイン産生、調節もしくは細胞溶解エフェクター機能の実施を含む）を現在受けている、および／または「活性化」の過程を最近受けたＴ細胞を意味する。
【００２８】
「同時に投与」または「同時に投与する」または「共投与する」などの用語は、２つ以上の活性物質を含有する単一組成物の投与、あるいは別個の組成物としてのおよび／または同時存在的にもしくは同時にもしくは有効な結果が全てのこのような活性物質が単一組成物として投与される場合に得られる結果と同等である十分に短い期間内に順次に、別個の経路により送達される各活性物質の投与を指す。「同時に」とは、活性薬剤が実質的に同じ時間に、望ましくは同じ製剤中で一緒に投与されることを意味する。「同時存在的に」とは、活性薬剤が、時間的に接近して投与される、例えば、ある薬剤が、別の薬剤の前または後約１分以内〜約１日以内に投与されることを意味する。任意の同時存在的時間が有用である。しかしながら、同時に投与されない場合、薬剤が約１分以内〜約８時間以内、適切には約１時間〜約４時間未満以内に投与されることがよくあるだろう。同時存在的に投与される場合、薬剤は、適切には対象上の同じ部位で投与される。「同じ部位」という用語は、正確な位置を含むが、約０．５〜約１５ｃｍ以内、好ましくは約０．５〜約５ｃｍ以内であり得る。本明細書で使用される「別々に」という用語は、薬剤が、一定間隔で、例えば約１日〜数週間または数カ月の間隔で投与されることを意味する。活性剤は、いずれの順序でも投与され得る。本明細書で使用される「順次に」という用語は、薬剤が順に、例えば数分、数時間、数日または数週間の間隔で投与されることを意味する。適切な場合、活性剤は、規則正しい反復サイクルで投与され得る。
【００２９】
「因子/薬剤」という用語は、所望の薬理学的および／または生理学的効果を誘導する化合物を含む。この用語はまた、それだけに限らないが、エステル、アミド、プロドラッグ、活性代謝産物、類似体などを含む、本明細書で具体的に言及される化合物の薬学的に許容される有効成分および薬理学的有効成分も包含する。上記用語を使用する場合、これが、活性因子自体ならびに薬学的に許容される、薬理学的に活性な塩、エステル、アミド、プロドラッグ、代謝産物、類似体等を含むことを理解すべきである。「因子/薬剤」という用語は、狭く解釈されるべきでなく、小分子、タンパク質性分子（ペプチド、ポリペプチドおよびタンパク質など）ならびにこれらを含む組成物および遺伝的分子（ＲＮＡ、ＤＮＡおよび模倣物など）およびこれらの化学的類似体ならびに細胞性薬剤にまで及ぶ。「因子」という用語は、本明細書で言及されるポリペプチドならびにこのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを産生および分泌することができる細胞を含む。よって、「因子/薬剤」という用語は、ベクター（ウイルスまたは非ウイルスベクターなど）、一定の範囲の細胞での発現および分泌のための発現ベクターおよびプラスミドを含む核酸構築物にまで及ぶ。
【００３０】
本明細書で使用される「増幅」は概して、所望の配列の複数のコピーを産生する過程を指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、鋳型配列との完全な配列相補性または同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体（デオキシイノシンなど）、意図的な配列変化（鋳型とハイブリダイズ可能であるが、相補的ではない配列を含むプライマーを通して導入される配列変化など）および／または増幅中に生じる配列エラーを含むことができる。
バイオマーカーの「量」または「レベル」は、試料中の検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また本明細書で開示される方法によって測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベルまたは量は、治療に対する応答を決定するために使用することができる。
本明細書で使用される場合、「および／または」は、関連する列挙された項目の１つまたは複数の任意のおよび全ての可能な組み合わせ、ならびに二者択一で解釈する場合（または）、組み合わせの欠如を指し、これらを包含する。
【００３１】
「アネルギー」という用語は、Ｔ細胞受容体を通して送達される不完全なまたは不十分なシグナルから生じる抗原刺激（例えば、ｒａｓ活性化の非存在下での細胞内Ｃａ2+の増加）に対する不応答性の状態を指す。Ｔ細胞アネルギーはまた、同時刺激の非存在下で、抗原による刺激で生じることもでき、同時刺激においてさえ抗原によるその後の活性化に不応性となる細胞をもたらす。不応答性状態は通常、ＩＬ−２の存在によって無効化され得る。アネルギー性Ｔ細胞は、クローン拡大を受けない、および／またはエフェクター機能を獲得しない。
【００３２】
「アンタゴニスト」または「阻害因子」という用語は、酵素または受容体などの別の分子の生物学的活性または効果を防止、遮断、阻害、中和または減少させる物質を指す。「特異的アンタゴニスト」または「特異的阻害因子」という用語は、その標的（例えば、核ＬＳＤを含むＬＳＤ１などのＬＳＤ、またはＰＤ−１）に対する高い特異性を有する化合物を指す。特定のアンタゴニストまたは阻害因子の特異性は、別の標的に対する目的の標的についての特定のアンタゴニストまたは阻害因子のＩＣ５０値の比として定義される。例えば、ＰＤ−１に特異的なアンタゴニストは、標的Ｂ（例えば、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２）についてよりも低い標的Ａ（例えば、ＰＤ−１）についてのＩＣ５０値を有する。同様に、ＬＳＤ１に特異的な阻害因子は、標的Ｂ（例えば、ＬＳＤ２）についてよりも低い標的Ａ（例えば、ＬＳＤ１）についてのＩＣ５０値を有する。例えば、標的ＡについてのＩＣ５０値は、標的Ｂについての同じ阻害因子のＩＣ５０値よりも少なくとも１０倍低い。他の例では、標的ＡについてのＩＣ５０値が１００倍低い、または他の例では、１０００倍低い。さらに他の例では、標的ＡについてのＩＣ５０値が、標的Ｂについての同じ阻害因子のＩＣ５０値よりも１００００倍低い。「特異的」という用語は、本明細書で、「選択的」という用語と互換的に使用される。一定の実施形態では、「選択的」という用語が、本明細書で、別のＬＳＤまたはモノアミンオキシダーゼ（ＭＡＯ）（例えば、ＭＡＯ  ＡまたはＭＡＯ  Ｂ）などの別の酵素に対して実質的な阻害も拮抗作用も示すことなく、ＬＳＤを阻害するまたはこれに対する拮抗作用を示す化合物を指すために使用される。したがって、ＬＳＤ１に選択的な化合物は、別のＬＳＤ（すなわち、ＬＳＤ２などのＬＳＤ１以外のＬＳＤ）または別の酵素（例えば、ＭＡＯ）の阻害または拮抗作用に関して約２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍超または約１００倍超のＬＳＤ１選択性を示す。いくつかの実施形態では、選択的化合物が、別のＬＳＤまたは別の酵素（例えば、ＭＡＯ）に対するよりも少なくとも５０倍大きい指定されるＬＳＤに対する阻害または拮抗作用を示す。さらに他の実施形態では、選択的化合物が、別のＬＳＤまたは別の酵素（例えば、ＭＡＯ）に対するよりも少なくとも１００倍大きい指定されるＬＳＤに対する阻害または拮抗作用を示す。さらに他の実施形態では、選択的化合物が、別のＬＳＤまたは別の酵素（例えば、ＭＡＯ）に対するよりも少なくとも５００倍大きい指定されるＬＳＤに対する阻害または拮抗作用を示す。さらに他の実施形態では、選択的化合物が、別のＬＳＤまたは別の酵素（例えば、ＭＡＯ）に対するよりも少なくとも１０００倍大きい指定されるＬＳＤに対する阻害または拮抗作用を示す。
【００３３】
「アンタゴニスト抗体」という用語は、標的に結合し、その標的の生物学的効果を防止するまたは減少させる抗体を指す。いくつかの実施形態では、この用語が、結合している標的、例えばＰＤ−１が生物学的機能を実施するのを防ぐ抗体を表すことができる。
本明細書で使用される場合、「抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体」は、ＰＤ−１生物学的活性および／またはＰＤ−１によって媒介される下流イベントを阻害することができる抗体を指す。抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体は、ＰＤ−１を通した阻害シグナル伝達を含むＰＤ−１生物学的活性およびＰＤ−１によって媒介される下流イベント、例えばＰＤ−Ｌ１結合および下流シグナル伝達、ＰＤ−Ｌ２結合および下流シグナル伝達、Ｔ細胞増殖の阻害、Ｔ細胞活性化の阻害、ＩＦＮ分泌の阻害、ＩＬ−２分泌の阻害、ＴＮＦ分泌の阻害、ＩＬ−１０の誘導ならびに抗腫瘍免疫応答の阻害を遮断、拮抗、抑制または減少させる（有意を含む任意の程度）抗体を包含する。本発明の目的のために、「抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体」（互換的に、「アンタゴニストＰＤ−１抗体」、「アンタゴニスト抗ＰＤ−１抗体」または「ＰＤ−１アンタゴニスト抗体」と呼ばれる）という用語は、それによりＰＤ−１自体、ＰＤ−１生物学的活性または生物学的活性の結果が、意味のある程度に実質的に無効にされる、減少するまたは中和される、前に特定される全ての用語、タイトルならびに機能的状態および特徴を包含することが明示的に理解されるだろう。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体が、ＰＤ−１に結合し、抗腫瘍または抗病原体免疫応答を上方調節する。抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体の例は本明細書で提供される。
【００３４】
本明細書中の「抗体」という用語は、最も広義に使用され、具体的には、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および所望の生物学的活性を示す限り、抗体断片を網羅する。
「単離」抗体は、その自然環境の成分から特定および分離および／または回収されたものである。その自然環境の汚染成分は、抗体の研究、診断または治療的使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモンおよび他のタンパク質性または非タンパク質性溶質を含み得る。いくつかの実施形態では、抗体が、（１）例えば、ローリー法によって決定される９５質量％超の抗体まで、いくつかの実施形態では、９９質量％超まで；（２）例えば、スピニングカップシークエネーターを使用することによってＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで、または（３）例えば、クーマシーブルーもしくは銀染色を使用して還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均質性まで、精製される。抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないので、単離抗体は、組換え細胞内のインサイチューの抗体を含む。しかしながら、通常は、単離抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製される。
【００３５】
「自然抗体」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖および２つの同一の重（Ｈ）鎖で構成される、約１５００００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖が１つの共有結合性ジスルフィド結合によって重鎖に連結されているが、ジスルフィド結合の数は異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で異なる。各重鎖および軽鎖はまた、一定間隔の鎖間ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、一端に、可変ドメイン（ＶH）、引き続いていくつかの定常ドメインを有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶL）および他端に定常ドメインを有する；軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列しており、軽鎖可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列している。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間の界面を形成すると考えられている。
【００３６】
「定常ドメイン」という用語は、免疫グロブリンの他の部分、抗原結合部位を含む可変ドメインと比較して、より保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣH1、ＣH2およびＣH3ドメイン（合わせて、ＣＨ）ならびに軽鎖のＣＨＬ（またはＣＬ）ドメインを含む。
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶH」とも呼ばれ得る。軽鎖の可変ドメインは、「ＶL」とも呼ばれ得る。これらのドメインは概して、抗体の最も可変性の部分であり、抗原結合部位を含む。
「可変」という用語は、可変ドメインの一定の部分が、抗体間で配列が広く異なり、その特定の抗原に対する各特定の抗体の結合および特異性に使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメインの全体にわたって均一に分布しているわけではない。可変性は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインの両方の超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。自然重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、大部分がβシート配置を採用しており、βシート構造を接続し、いくつかの場合、その一部を形成しているループを形成する３つのＨＶＲによって接続された４つのＦＲ領域を含む。各鎖のＨＶＲは、ＦＲ領域によって近接して合わせて維持されており、他の鎖のＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, Md. (1991)参照）。定常ドメインは、抗体と抗原の結合に直接には関与しないが、抗体依存性細胞傷害における抗体の参加などの種々のエフェクター機能を示す。
【００３７】
任意の哺乳動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（「κ」）およびラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明確に異なる種類の１つに割り当てることができる。
本明細書で使用されるＩｇＧ「アイソタイプ」または「サブクラス」という用語は、その定常領域の化学的および抗原性の特性によって定義される免疫グロブリンのサブクラスのいずれかを意味する。
その重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）を異なるクラスに割り当てることができる。ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭの免疫グロブリンの５つの主要なクラスがあり、これらのうちのいくつかはサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ1、ＩｇＧ2、ＩｇＧ3、ＩｇＧ4、ＩｇＡ1およびＩｇＡ2にさらに分割され得る。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、γ、ε、γおよびμと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造および三次元配置は周知であり、例えばAbbas et al. Cellular and Mol. Immunology, 4th ed. (W.B. Saunders, Co., 2000)に一般的に記載されている。抗体は、抗体と１つまたは複数の他のタンパク質またはペプチドの共有結合的または非共有結合的会合によって形成される、より大きな融合分子の一部であってもよい。
【００３８】
「完全長抗体」、「インタクト抗体」および「全抗体」という用語は、以下で定義される抗体断片ではない、実質的にインタクトな形態の抗体を指すために本明細書で互換的に使用される。この用語は特に、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「ナイーブＴ細胞」という用語は、抗原無経験の細胞を含む免疫細胞、例えばメモリーＴエフェクター細胞の前駆体である免疫細胞を指す。いくつかの実施形態では、ナイーブＴ細胞は、分化していてもよいが、その同族抗原にまだ遭遇しておらず、そのため、活性化Ｔ細胞でもメモリーエフェクターＴ細胞でもない。いくつかの実施形態では、ナイーブＴ細胞が、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ２８およびＣＤ１２７の発現、ならびにＣＤ９５、またはＣＤ４５ＲＯアイソフォームの非存在を特徴とし得る。
【００３９】
本明細書における目的のための「裸の抗体（ｎａｋｅｄ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）」は、細胞傷害性部分にも放射標識にもコンジュゲートしていない抗体である。
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、インタクト抗体の一部を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗体断片が、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’2およびＦｖ断片；ダイアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子；および抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化によって、それぞれ単一抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片、およびその名称が容易に結晶化するその能力を反映する残存「Ｆｃ」断片が生成される。ペプシン処理は、２つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができるＦ（ａｂ’）2断片をもたらす。
【００４０】
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含む最小の抗体断片である。一実施形態では、二本鎖Ｆｖ種が、密に非共有結合的会合した、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種では、軽鎖と重鎖が二本鎖Ｆｖ種の構造と同様の「二量体」構造に会合することができるように、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインが、フレキシブルペプチドリンカー（ｆｌｅｘｉｂｌｅ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｌｉｎｋｅｒ）によって共有結合的に連結され得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用して、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を規定するのがこの配置である。全体として、６つのＨＶＲが、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＨＶＲのみを含む、Ｆｖの半分）でさえ、結合部位全体よりも低い親和性ではあるが、抗原を認識し、抗原に結合する能力を有する。
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域からの１つまたは複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端の数個の残基の付加によってＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、本明細書では、定常ドメインのシステイン残基が遊離チオール基を有するＦａｂ’の呼称である。Ｆ（ａｂ’）2抗体断片は、元々、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片のペアとして作製された。抗体断片の他の化学的カップリングも知られている。
【００４１】
「単鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、これらのドメインが単一ポリペプチド鎖中に存在する。一般的に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合にとって望ましい構造を形成するのを可能にする、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間のポリペプチドリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの概要については、例えばPluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315を参照されたい。
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖中の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む（ＶＨ−ＶＬ）。同じ鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、ドメインを別の鎖の相補的ドメインと強制的に対形成させ、２つの抗原結合部位を形成させる。ダイアボディは二価または二重特異性であり得る。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)；およびHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)により完全に記載されている。トリアボディおよびテトラボディもHudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【００４２】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を指し、例えば、集団を構成する個々の抗体は、可能な突然変異、例えば微量で存在し得る天然に存在する突然変異を除いて同一である。よって、「モノクローナル」という修飾語は、別々の抗体の混合物ではないという抗体の特性を示す。一定の実施形態では、このようなモノクローナル抗体が、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、標的結合ポリペプチド配列が、複数のポリペプチド配列からの単一標的結合ポリペプチド配列の選択を含む方法によって得られた。例えば、選択方法は、複数のクローン、例えばハイブリドーマクローン、ファージクローンまたは組換えＤＮＡクローンのプールからの唯一のクローンの選択であり得る。選択された標的結合配列をさらに変化させて、例えば、標的に対する親和性を改善する、標的結合配列をヒト化する、細胞培養での産生を改善する、インビボでの免疫原性を減少させる、多重特異性抗体を作製すること等が可能であり、変化した標的結合配列を含む抗体も本発明のモノクローナル抗体であることを理解すべきである。典型的には異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物と対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一決定基に向けられる。その特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、典型的には他の免疫グロブリンによって汚染されていないという点で有利である。
【００４３】
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均質な抗体の集団から得られているという抗体の特性を示し、いずれかの特定の方法による抗体の産生を要すると解釈されるべきでない。例えば、本発明により使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Kohler and Milstein, Nature, 256:495-97 (1975)；Hongo et al., Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995)、Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)；Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)）、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４８１６５６７号参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；およびLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)）およびヒト免疫グロブリン遺伝子座またはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子の一部または全部を有するヒトまたはヒト様抗体を動物で産生するための技術（例えば、国際公開第１９９８／２４８９３；国際公開第１９９６／３４０９６号；国際公開第１９９６／３３７３５号；国際公開第１９９１／１０７４１号；Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；および米国特許第５６６１０１６号；Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)；およびLonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)参照）を含む種々の技術によって作製され得る。
【００４４】
本明細書におけるモノクローナル抗体は、具体的には、重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来するまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同であるが、鎖の残りが、別の種に由来するまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびに所望の生物学的活性を示す限り、このような抗体の断片を含む（例えば、米国特許第４８１６５６７号；Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)参照）。キメラ抗体は、抗体の抗原結合領域が、例えば目的の抗原でマカクザルを免疫することによって産生される抗体に由来する、ＰＲＩＭＡＴＴＺＥＤ（登録商標）抗体を含む。
【００４５】
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含むキメラ抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体が、レシピエントのＨＶＲからの残基が、所望の特異性、親和性および／または能力を有するマウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲからの残基によって置き換えられている、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基が、対応する非ヒト残基によって置き換えられている。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含み得る。これらの修飾を行って、抗体性能をさらに精緻化することができる。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループの全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも１つ、および典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンの定常領域も含んでもよい。さらなる詳細については、例えばJones et al., Nature 321:522-525 (1986)；Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)；およびPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照されたい。例えば、Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)；ならびに米国特許第６９８２３２１号および同第７０８７４０９号も参照されたい。
【００４６】
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有する、および／または本明細書に開示されるヒト抗体を作製するための技術のいずれかを使用して作製されたものである。ヒト抗体のこの定義は、具体的には、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリーを含む、当技術分野で知られている種々の技術を使用して産生され得る。Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991)。Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95 (1991)に記載される方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である。van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74 (2001)も参照されたい。ヒト抗体は、抗原曝露に応答してこのような抗体を産生するよう改変されているが、その内因性遺伝子座が無効にされているトランスジェニック動物、例えば免疫ゼノマウス（ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ）に抗原を投与することによって調製することができる（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関する米国特許第６０７５１８１号および同第６１５０５８４号参照）。例えば、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して作製されるヒト抗体に関する、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)も参照されたい。
【００４７】
「種依存性抗体」は、第２の哺乳動物種由来の抗原のホモログに対して有するよりも強い第１の哺乳動物種由来の抗原に対する結合親和性を有するものである。通常、種依存性抗体は、ヒト抗原に「特異的に結合する」（例えば、約１×１０-7Ｍ以下、好ましくは約１×１０-8Ｍ以下、好ましくは約１×１０-9Ｍ以下の結合親和性（Ｋｄ）値を有する）が、ヒト抗原に対する結合親和性よりも少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い、第２の非ヒト哺乳動物種由来の抗原のホモログに対する結合親和性を有する。種依存性抗体は、上に定義される種々の種類の抗体のいずれであることもできるが、好ましくはヒト化またはヒト抗体である。
【００４８】
「超可変領域」、「ＨＶＲ」または「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列が超可変性である、および／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般的に、抗体は、ＶＨで３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）およびＶＬで３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の６つのＨＶＲを含む。天然抗体では、Ｈ３およびＬ３が、６つのＨＶＲの中で最大の多様性を示し、Ｈ３が特に抗体に微細特異性を付与する特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Xu et al., Immunity 13:37-45 (2000)；Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003)を参照されたい。実際、重鎖のみからなる天然に存在するラクダ抗体は、軽鎖の非存在下で機能的で安定である。例えば、Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993)；Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)を参照されたい。
【００４９】
いくつかのＨＶＲ描写が使用されており、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔの相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列変異性に基づき、最も一般的に使用されている（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに、構造ループの位置に言及している（Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。ＡｂＭ  ＨＶＲは、ＫａｂａｔのＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａの構造ループとの間の折衷案を表し、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている。「接触」ＨＶＲは、利用可能な複合結晶構造の分析に基づく。これらのＨＶＲの各々の残基を以下に言及する。
【表１】
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【００５０】
ＨＶＲは、以下の通り「拡大されたＨＶＲ」を含み得る：ＶＬの２４〜３６または２４〜３４（Ｌ１）、４６〜５６または５０〜５６（Ｌ２）および８９〜９７または８９〜９６（Ｌ３）、ならびにＶＨの２６〜３５（Ｈ１）、５０〜６５または４９〜６５（Ｈ２）および９３〜１０２、９４〜１０２、または９５〜１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について上記のＫａｂａｔらに従って番号付けされる。
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。可変ドメインのＦＲは、一般的に、４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる。したがって、ＨＶＲおよびＦＲ配列は、一般的に、ＶＨ（またはＶＬ）で以下の配列で現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【００５１】
「Ｋａｂａｔによる可変ドメイン残基番号付け」または「Ｋａｂａｔによるアミノ酸位置番号付け」という用語およびこれらの変形は、上記のＫａｂａｔらの抗体の編集の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用される番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用すると、実際の直鎖アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲまたはＨＶＲの短縮またはそこへの挿入に対応する少ないアミノ酸または付加的なアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後の単一アミノ酸挿入（Ｋａｂａｔによる残基５２ａ）および重鎖ＦＲ残基８２の後の挿入残基（例えば、Ｋａｂａｔによる残基８２ａ、８２ｂおよび８２ｃ等）を含み得る。残基のＫａｂａｔ番号付けは、「標準」Ｋａｂａｔ番号付け配列を有する抗体の配列の相同性の領域でのアラインメントによって所与の抗体について決定され得る。
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは、一般的に、可変ドメインの残基（およそ軽鎖の残基１〜１０７および重鎖の残基１〜１１３）に言及する場合に使用される（例えば、Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。「ＥＵ番号付けシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般的に、免疫グロブリン重鎖定常領域の残基に言及する場合に使用される（例えば、上記のＫａｂａｔらに報告されるＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔによるＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
【００５２】
「線状抗体」という表現は、Ｚａｐａｔａら（1995 Protein Eng, 8(10):1057-1062）に記載される抗体を指す。手短に言えば、これらの抗体は、相補的軽鎖ポリペプチドと一緒になって、抗原結合領域のペアを形成するタンデムＦｄセグメントのペア（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）を含む。線状抗体は二重特異性または単一特異性であり得る。
本明細書で使用される場合、「抗原」という用語およびその文法上等価な表現（例えば、「抗原性」）は、抗体分子またはＴ細胞受容体などの、特異的な液性または細胞免疫の産物によって特異的に結合され得る化合物、組成物または物質を指す。抗原は、例えば、ハプテン、単純な中間代謝産物、糖（例えば、オリゴ糖）、脂質およびホルモン、ならびに高分子、例えば複合炭水化物（例えば、多糖）、リン脂質およびタンパク質を含む任意の種類の分子であり得る。抗原の一般的なカテゴリーには、それだけに限らないが、ウイルス抗原、細菌抗原、真菌抗原、原生生物および他の寄生生物抗原、腫瘍抗原、自己免疫疾患、アレルギーおよび移植片拒絶に関与する抗原、毒素、ならびに他の種々の抗原が含まれる。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「〜に結合する」、「〜に特異的に結合する」または「〜に特異的である」という用語は、生物分子を含む分子の不均質集団の存在下で標的の存在を決定する、標的と抗体との間の結合などの測定可能で再現性のある相互作用を指す。例えば、標的（エピトープであり得る）に結合または特異的に結合する抗体は、他の標的に結合するよりも大きな親和性、結合活性で、容易に、および／または長い持続時間でこの標的に結合する抗体である。一実施形態では、関連のない標的への抗体の結合の程度が、例えば放射免疫測定（ＲＩＡ）によって測定すると、標的への抗体の結合の約１０％未満である。一定の実施形態では、標的に特異的に結合する抗体が、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下または０．１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。一定の実施形態では、抗体が、異なる種由来のタンパク質間で保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合が、排他的結合を含むことができるが、これを要しない。
【００５４】
本明細書で使用される場合、「結合因子」という用語は、標的抗原に結合するが、関連しない化合物に有意には結合しない因子を指す。開示される方法に有効に使用することができる結合因子の例としては、それだけに限らないが、レクチン、タンパク質および抗体、例えばモノクローナル抗体、キメラ抗体もしくはポリクローナル抗体、またはこれらの抗原結合断片、ならびにアプタマー、Ｆｃドメイン融合タンパク質および疎水性タンパク質ドメイン、例えばＦｃドメインを有するまたはこれらに融合したアプタマー等が挙げられる。一実施形態では、結合因子は外因性抗体である。外因性抗体は、哺乳動物免疫系によって、哺乳動物、例えばヒトで天然には産生されない抗体である。
本明細書で使用される「バイオマーカー」という用語は、試料中で検出することができる、例えば予測、診断および／または予後判定指標を指す。バイオマーカーは、一定の分子、病理学的、組織学的および／または臨床的特徴を特徴とする、疾患または障害（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）の特定のサブタイプの指標として役立ち得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーが遺伝子である。バイオマーカーは、それだけに限らないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ）、ポリヌクレオチドコピー数変化（例えば、ＤＮＡコピー数）、ポリペプチド、ポリペプチドおよびポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、ならびに／あるいは糖脂質系分子マーカーを含む。
【００５５】
「バイオマーカーシグネチャー」、「シグネチャー」、「バイオマーカー発現シグネチャー」または「発現シグネチャー」という用語は、本明細書で互換的に使用され、その発現が、例えば予測、診断および／または予後判定指標となるバイオマーカーの１つまたは組み合わせを指す。バイオマーカーシグネチャーは、一定の分子、病理学的、組織学的および／または臨床的特徴を特徴とする、疾患または障害（例えば、Ｔ細胞傷害性障害）の特定のサブタイプの指標として役立ち得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーシグネチャーが「遺伝子シグネチャー」である。「遺伝子シグネチャー」という用語は、「遺伝子発現シグネチャー」と互換的に使用され、その発現が、例えば予測、診断および／または予後判定指標となるポリヌクレオチドの１つまたは組み合わせを指す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーシグネチャーが「タンパク質シグネチャー」である。「タンパク質シグネチャー」という用語は、「タンパク質発現シグネチャー」と互換的に使用され、その発現が、例えば予測、診断および／または予後判定指標となるポリペプチドの１つまたは組み合わせを指す。
【００５６】
「がん」および「がん性」という用語は、典型的には調節されない細胞増殖を特徴とする対象の生理学的状態を指すまたは記載する。がんの例としては、それだけに限らないが、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫および白血病またはリンパ系腫瘍が挙げられる。このようながんのより具体的な例としては、それだけに限らないが、扁平細胞がん（例えば、扁平上皮がん）、肺がん（小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌および肺扁平上皮がんを含む）、腹膜のがん、肝細胞がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）もしくは胃のがん（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）（消化管がんおよび消化管間質がんを含む）、膵がん、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝がん、膀胱がん、尿路がん、ヘパトーマ、乳がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓または腎がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝癌、肛門癌、陰茎癌、黒色腫、表在拡大型黒色腫、悪性黒子型黒色腫、末端黒子型黒色腫、結節型黒色腫、多発性骨髄腫およびＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度びまん性ＮＨＬ；高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ；高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度小型非切れ込み核細胞性ＮＨＬ；巨大腫瘤性病変ＮＨＬ；マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；およびワルデンシュトレームマクログロブリン血症を含む）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）；有毛細胞白血病；慢性骨髄芽球性白血病；および移植後リンパ増殖性疾患（ＰＴＬＤ）、ならびに母斑症に関連する異常な血管増殖、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）、メグズ症候群、脳および頭頚部がん、ならびに関連する転移が挙げられる。一定の実施形態では、本発明の抗体による治療を受け入れられるがんが、乳がん、結腸直腸がん、直腸がん、非小細胞肺がん、膠芽腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、腎細胞がん、前立腺がん、肝がん、膵がん、軟部組織肉腫、カポジ肉腫、カルチノイド癌腫、頭頚部がん、卵巣がん、中皮腫および多発性骨髄腫を含む。いくつかの実施形態では、がんが、小細胞肺がん、膠芽腫、神経芽細胞腫、黒色腫、乳癌、胃がん、結腸直腸がん（ＣＲＣ）および肝細胞癌から選択される。さらに、いくつかの実施形態では、がんが、非小細胞肺がん、結腸直腸がん、膠芽腫および乳癌（これらのがんの転移形態を含む）から選択される。具体的な実施形態では、がんが、黒色腫または肺がん、適切には転移性黒色腫または転移性肺がんである。
【００５７】
「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」および「過剰増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指すために本明細書で互換的に使用される。いくつかの実施形態では、細胞増殖性障害が、がんである。いくつかの実施形態では、細胞増殖性障害が、固形腫瘍を含む腫瘍である。
「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化合物を含む。化学療法剤の例としては、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍ．）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍ．）、ジスルフィラム、没食子酸エピガロカテキン、サリノスポラミドＡ、カルフィルゾミブ、１７−ＡＡＧ（ゲルダナマイシン）、ラディシコール、乳酸脱水素酵素Ａ（ＬＤＨ−Ａ）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、スニチニブ（ｓｕｎｉｔｉｂ）（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｓｕｇｅｎ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、イマチニブメシル酸塩（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、フィナスネート（ＶＡＴＡＬＡＮＩＢ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、５−ＦＵ（５−フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ  Ｋｌｉｎｅ）、ロナファルニブ（Ｌｏｎａｆａｍｉｂ）（ＳＣＨ６６３３６）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、Ｂａｙｅｒ  Ｌａｂｓ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＡＧ１４７８、アルキル化剤、例えばチオテパおよびＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド；アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパおよびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミドおよびトリメチロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミンおよびメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（トポテカンおよびイリノテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；副腎皮質ステロイド（プレドニゾンおよびプレドニゾロンを含む）；酢酸シプロテロン；フィナステリドおよびデュタステリドを含む５α還元酵素；ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタット、ドラスタチン；アルデスロイキン、タルク、デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン（ｅｌｅｕｔｈｅｒｏｂｉｎ）；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン（ｃｈｌｏｍａｐｈａｚｉｎｅ）、シクロホスファミド（ｃｈｌｏｒｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）；抗体、例えばエンジイン抗体（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ１Ｉおよびカリケアマイシンω１Ｉ（Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 1994 33:183-186）；ジネマイシンＡを含むジネマイシン；ビスホスホネート、例えばクロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎ）、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン（ｃｈｒｏｍｏｍｙｃｉｎｉｓ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）（ドキソルビシン）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝剤、例えばメトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシジチン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充液、例えばホリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトレキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デホファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルチン；ジアジクオン；エルホルニチン（ｅｌｆｏｍｉｔｈｉｎｅ）；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン（ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ）；マイタンシノイド、例えばマイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール（ｍｏｐｉｄａｍｎｏｌ）；ニトラクリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ラソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジン；プロ��ルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベルカリン（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ）Ａ、ロリジンＡおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばＴＡＸＯＬ（パクリタキセル；Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒフリー）、パクリタキセルのアルブミン設計ナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ、Ｉｌｌ．）およびＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）（ドセタキセル、ドキセタキセル；Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）；クロラムブシル（Ｃｈｌｏｒａｎｍｂｕｃｉｌ）；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）（ゲムシタビン）；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金類似体、例えばシスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）（ビノレルビン）；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えばレチノイン酸；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸および誘導体が挙げられる。
【００５８】
化学療法剤には、（ｉ）腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するよう作用する抗ホルモン剤、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）；クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、ヨードキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストンおよびＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）（トレミフェンクエン酸塩（ｔｏｒｅｍｉｆｉｎｅ  ｃｉｔｒａｔｅ））を含む抗エストロゲン薬および選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；（ｉｉ）副腎でのエストロゲン産生を調節する、酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、例えば４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（酢酸メゲストロール）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン；Ｐｆｉｚｅｒ）、ホルメスタン（ｆｏｒｍｅｓｔａｎｉｅ）、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）およびＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；（ｉｉｉ）抗アンドロゲン薬、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリドおよびゴセレリン；ブセレリン、トリプトレリン（ｔｒｉｐｔｅｒｅｌｉｎ）、酢酸メドロキシプロゲステロン、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、全トランス型レチノイン酸、フェンレチニド、ならびにトロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；（ｉｖ）プロテインキナーゼ阻害剤；（ｖ）脂質キナーゼ阻害剤；（ｖｉ）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−α、ＲａｌｆおよびＨ−Ｒａｓ；（ｖｉｉ）リボザイム、例えばＶＥＧＦ発現阻害剤（例えば、ＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標））およびＨＥＲ２発現阻害剤；（ｖｉｉｉ）ワクチン、例えば遺伝子療法ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）およびＶＡＸＩＤ（登録商標）；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）、ｒＩＬ−２；トポイソメラーゼＩ阻害剤、例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；ならびに（ｉｘ）上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸および誘導体も含まれる。
【００５９】
化学療法剤には、抗体、例えばアレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）；パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（登録商標）、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）および抗体薬物複合体、ゲムツズマブ・オゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）も含まれる。本発明の化合物と組み合わせた薬剤としての治療可能性を有する追加のヒト化モノクローナル抗体には、アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピネウズマブ、ビバツズマブ・メルタンシン、カンツズマブ・メルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブ・ペゴル、シドフシツズマブ（ｃｉｄｆｕｓｉｔｕｚｕｍａｂ）、シドツズマブ（ｃｉｄｔｕｚｕｍａｂ）、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、イノツズマブ・オゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ（ｐｅｃｆｕｓｉｔｕｚｕｍａｂ）、ペクツズマブ、ペキセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブ、テトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブ、セルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、およびインターロイキン−１２  ｐ４０タンパク質を認識するよう遺伝子組換えされた組換えの専らヒト配列の完全長ＩｇＧ1λ抗体である抗インターロイキン−１２（ＡＢＴ−８７４／Ｊ６９５、Ｗｙｅｔｈ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）が含まれる。
【００６０】
化学療法剤には、ＥＧＦＲに結合するまたはこれと直接相互作用して、そのシグナル伝達活性を防ぐまたは減少させる化合物を指し、あるいは「ＥＧＦＲアンタゴニスト」と呼ばれる「ＥＧＦＲ阻害剤」も含まれる。このような薬剤の例としては、ＥＧＦＲに結合する抗体および小分子が挙げられる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例としては、ＭＡｂ  ５７９（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ  ８５０６）、ＭＡｂ  ４５５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ  ２２５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ８５０８）、ＭＡｂ  ５２８（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ８５０９）（例えば、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎらの米国特許第４９４３５３３号参照）およびその変異体、例えばキメラ化２２５（Ｃ２２５またはセツキシマブ；ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））および再形成ヒト２２５（Ｈ２２５）（Ｉｍｃｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．の国際公開第９６／４０２１０号参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８、完全ヒト、ＥＧＦＲ標的化抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；ＩＩ型突然変異ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５２１２２９０号）；米国特許第５８９１９９６号に記載される、ＥＧＦＲに結合するヒト化およびキメラ抗体；およびＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えばＡＢＸ−ＥＧＦまたはパニツムマブ（Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎの国際公開第９８／５０４３３号参照）；ＥＭＤ  ５５９００（Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)）；ＥＭＤ７２００（マツズマブ）、ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦとＴＧＦ−αの両方と競合する、ＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ抗体（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）；ヒトＥＧＦＲ抗体、ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）；Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３およびＥ７．６．３として知られており、米国特許第６２３５８８３号に記載される完全ヒト抗体；ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ  Ｉｎｃ）；およびｍＡｂ８０６またはヒト化ｍＡｂ８０６（Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)）が挙げられる。抗ＥＧＦＲ抗体を細胞傷害性薬剤とコンジュゲートして、免疫複合体を作製することができる（例えば、Ｍｅｒｃｋ  Ｐａｔｅｎｔ  ＧｍｂＨの欧州特許第６５９４３９号参照）。ＥＧＦＲアンタゴニストには、小分子、例えば米国特許第５６１６５８２号、同第５４５７１０５号、同第５４７５００１号、同第５６５４３０７号、同第５６７９６８３号、同第６０８４０９５号、同第６２６５４１０号、同第６４５５５３４号、同第６５２１６２０号、同第６５９６７２６号、同第６７１３４８４号、同第５７７０５９９号、同第６１４０３３２号、同第５８６６５７２号、同第６３９９６０２号、同第６３４４４５９号、同第６６０２８６３号、同第６３９１８７４号、同第６３４４４５５号、同第５７６００４１号、同第６００２００８号および同第５７４７４９８号ならびに以下のＰＣＴ公開：国際公開第９８／１４４５１号、国際公開第９８／５００３８号、国際公開第９９／０９０１６号および国際公開第９９／２４０３７号に記載される化合物が含まれる。具体的な小分子ＥＧＦＲアンタゴニストには、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）  Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；Ｐ��１８３８０５（ＣＩ１０３３、２−プロペナミド，Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−，二塩酸塩、Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）；ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））  ４−（３’−クロロ−４’−フルオロアニリノ）−７−メトキシ−６−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ１０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニルアミノ）キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ２−（１−メチルピペリジン−４−イル）ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］フェノール）−；（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）；ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチナミド）；ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キノリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテナミド）（Ｗｙｅｔｈ）；ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ１５７１（ＳＵ５２７１；Ｐｆｉｚｅｒ）；二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えばラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６またはＮ−［３−クロロ−４−（３−フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］−６［５［［［２−メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］−２−フラニル］−４−キナゾリンアミン）が含まれる。
【００６１】
化学療法剤には、前段落で言及されたＥＧＦＲ標的薬；小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えばＴａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５；ＣＰ−７２４７１４、ＥｒｂＢ２受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤（ＰｆｉｚｅｒおよびＯＳＩ）；ＥＧＦＲに優先的に結合するが、ＨＥＲ２とＥＧＦＲの両方を過剰発現している細胞を阻害する、二重ＨＥＲ阻害剤、例えばＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈから入手可能）；ラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６；Ｇｌａｘｏ−ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）、経口ＨＥＲ２およびＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤；ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能）；ｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤、例えばカネルチニブ（ＣＩ−１０３３；Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；Ｒａｆ−１阻害剤、例えばＲａｆ−１シグナル伝達を阻害するＩＳＩＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス剤ＩＳＩＳ−５１３２；非ＨＥＲ標的化ＴＫ阻害剤、例えばイマチニブメシル酸塩（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；多標的化チロシンキナーゼ阻害剤、例えばスニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）；ＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えばバタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧから入手可能）；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤ＣＩ−１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）；キナゾリン、例えばＰＤ１５３０３５、４−（３−クロロアニリノ）キナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ピロロピリミジン、例えばＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１およびＣＧＰ６２７０６；ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン（ｔｙｒｐｈｏｓｔｉｎｅ）；ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲコード核酸に結合するもの）；キノキサリン（米国特許第５８０４３９６号）；トリホスチン（米国特許第５８０４３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）；ｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤、例えばＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；イマチニブメシル酸塩（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））；ＰＫＩ  １６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；Ｓｅｍａｘｉｎｉｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）；ＩＮＣ−１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））を含む；または以下の特許公開：米国特許第５８０４３９６号；国際公開第１９９９／０９０１６号（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎａｍｉｄ）；国際公開第１９９８／４３９６０号（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎａｍｉｄ）���国際公開第１９９７／３８９８３号（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９９／０６３７８号（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９９／０６３９６号（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９６／３０３４７号（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；国際公開第１９９６／３３９７８号（Ｚｅｎｅｃａ）；国際公開第１９９６／３３９７号（Ｚｅｎｅｃａ）および国際公開第１９９６／３３９８０号（Ｚｅｎｅｃａ）のいずれかに記載される「チロシンキナーゼ阻害剤」も含まれる。
【００６２】
化学療法剤には、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アムホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、ＢＣＧ生、ベバシズマブ（ｂｅｖａｃｕｚｉｍａｂ）、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンα、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンα、エロチニブ、フィルグラスチム、酢酸ヒストレリン、イブリツモマブ、インターフェロンα−２ａ、インターフェロンα−２ｂ、レナリドミド、レバミゾール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペグアデマーゼ、ペグアスパラガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、ＶＭ−２６、６−ＴＧ、トレミフェン、トレチノイン、ＡＴＲＡ、バルルビシン、ゾレドロネートおよびゾレドロン酸、ならびにこれらの薬学的に許容される塩も含まれる。
【００６３】
化学療法剤には、ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、酢酸コルチゾン、チキソコルトールピバラート、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンアルコール、モメタゾン、アムシノニド、ブデソニド、デソニド、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、ベタメタゾン、ベタメタゾンリン酸エステルナトリウム、デキサメタゾン、デキサメタゾンリン酸エステルナトリウム、フルオコルトロン、ヒドロコルチゾン−１７−酪酸エステル、ヒドロコルチゾン−１７−吉草酸エステル、アルクロメタゾンジプロピオン酸エステル（ａｃｌｏｍｅｔａｓｏｎｅ  ｄｉｐｒｏｐｉｏｎａｔｅ）、ベタメタゾン吉草酸エステル、ベタメタゾンジプロピオン酸エステル、プレドニカルベート、クロベタゾン−１７−酪酸エステル、クロベタゾール−１７−プロピオン酸エステル、フルオコルトロンカプロン酸エステル、フルオコルトロンピバル酸エステルおよびフルプレドニデン酢酸エステル；免疫選択的抗炎症ペプチド（ＩｍＳＡＩＤ）、例えばフェニルアラニン−グルタミン−グリシン（ＦＥＧ）およびそのＤ−異性体型（ｆｅＧ）（ＩＭＵＬＡＮ  ＢｉｏＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＬＬＣ）；抗リウマチ薬、例えばアザチオプリン、シクロスポリン（シクロスポリンＡ）、Ｄ−ペニシラミン、金塩、ヒドロキシクロロキン、レフルノミド、ミノサイクリン（ｌｅｆｌｕｎｏｍｉｄｅｍｉｎｏｃｙｃｌｉｎｅ）、スルファサラジン、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）遮断薬、例えばエタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ）、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ）、セルトリズマブ・ペゴル（Ｃｉｍｚｉａ）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ）、インターロイキン１（ＩＬ−１）遮断薬、例えばアナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ）、Ｔ細胞共刺激遮断薬、例えばアバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ）、インターロイキン６（ＩＬ−６）遮断薬、例えばトシリズマブ（ＡＣＴＥＭＥＲＡ（登録商標））；インターロイキン１３（ＩＬ−１３）遮断薬、例えばレブリキズマブ；インターフェロンα（ＩＦＮ）遮断薬、例えばロンタリズマブ；β７インテグリン遮断薬、例えばｒｈｕＭＡｂ  β７；ＩｇＥ経路遮断薬、例えば抗Ｍ１プライム；分泌型ホモ三量体ＬＴａ３および膜結合型ヘテロ三量体ＬＴａ１／β２遮断薬、例えば抗リンホトキシンα（ＬＴａ）；放射性同位元素（例えば、Ａｔ211、Ｉ131、Ｉ125、Ｙ90、Ｒｅ186、Ｒｅ188、Ｓｍ153、Ｂｉ212、Ｐ32、Ｐｂ212およびＬｕの放射性同位元素）；種々の治験薬、例えばチオプラチン、ＰＳ−３４１、フェニルブチレート、ＥＴ−１８−ＯＣＨ3またはファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（Ｌ−７３９７４９、Ｌ−７４４８３２）；ポリフェノール、例えばケルセチン、レスベラトロール、ピセタノール、没食子酸エピガロカテキン、テアフラビン、フラバノール、プロシアニジン、ベツリン酸およびその誘導体；オートファジー阻害剤、例えばクロロキン；δ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；β−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；アセチルカンプトテシン、スコポレチン（ｓｃｏｐｏｌｅｃｔｉｎ）および９−アミノカンプトテシン）；ポドフィロトキシン；テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登���商標））；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）またはＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））またはリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；および上皮成長因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ワクチン、例えばＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン；ペリホシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブまたはエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ、ＡＢＴ５１０；Ｂｃｌ−２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピキサントロン；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えばロナファルニブ（ＳＣＨ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲ（商標））；および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体；ならびに上記の２つ以上の組み合わせ、例えばＣＨＯＰ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾロンの併用療法の略語；およびＦＯＬＦＯＸ、５−ＦＵおよびロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））による治療レジメンの略語も含まれる。
【００６４】
化学療法剤には、鎮痛効果、解熱効果および抗炎症効果を有する非ステロイド性抗炎症薬も含まれる。ＮＳＡＩＤには、酵素シクロオキシゲナーゼの非選択的阻害剤が含まれる。ＮＳＡＩＤの具体例としては、アスピリン、プロピオン酸誘導体、例えばイブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジンおよびナプロキセン、酢酸誘導体、例えばインドメタシン、スリンダク、エトドラク、ジクロフェナク、エノール酸誘導体、例えばピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカムおよびイソキシカム、フェナム酸誘導体、例えばメフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、およびＣＯＸ−２阻害剤、例えばセレコキシブ、エトリコキシブ、ルミラコキシブ、パレコキシブ、ロフェコキシブ、ロフェコキシブおよびバルデコキシブが挙げられる。ＮＳＡＩＤは、関節リウマチ、骨関節炎、炎症性関節症、強直性脊椎炎、乾癬性関節炎、ライター症候群、急性痛風、月経困難症、転移部骨痛、頭痛および片頭痛、術後痛、炎症および組織傷害による軽度から中等度の疼痛、発熱、イレウスおよび腎疝痛などの状態の症状緩和のために示され得る。
【００６５】
本明細書で使用される場合、「コンパニオン診断」は、特定の治療による治療に感受性の対象を同定するため、または治療をモニターするため、および／または対象もしくは対象のサブグループもしくは他のグループのために有効投与量を特定するために使用される診断方法および／または試薬を指す。本明細書における目的のために、コンパニオン診断は、試料中のＴ細胞機能バイオマーカー（例えば、本明細書に記載される）を検出、測定または局在化するための試薬などの試薬を指す。コンパニオン診断は、試薬および試薬を用いて実施される試験も指す。
本明細書で使用される場合、「複合体」という用語は、互いに直接および／または間接的に接触している分子（例えば、ペプチド、ポリペプチド等）の集合体または凝集体を指す。具体的な実施形態では、「接触」、またはさらに具体的には「直接接触」が、２つ以上の分子が、吸引性の非共有結合性相互作用、例えばファンデルワールス力、水素結合、イオン性および疎水性相互作用などが分子の相互作用を支配するのに十分近いことを意味する。このような実施形態では、分子（例えば、ペプチドおよびポリペプチド）の複合体が、複合体が熱力学的に好ましい（例えば、その成分分子の非凝集、または非複合体化状態と比較して）条件下で形成される。本明細書で使用される「ポリペプチド複合体」または「タンパク質複合体」という用語は、三量体、四量体、五量体、六量体、七量体、八量体、九量体、十量体、十一量体、十二量体、またはより高次のオリゴマーを指す。具体的な実施形態では、ポリペプチド複合体が、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１ｐなどのＬＳＤ１）とＥＯＭＥＳの自己集合によって形成される。
【００６６】
本明細書を通して、文脈上別段の解釈が必要でない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という単語は、言及されているステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の包含を意味するが、いずれの他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の除外も意味しないことが理解されるだろう。よって、「含む」などの用語の使用は、列挙される要素が要求されるまたは必須であるが、他の要素が任意であり、存在していても存在していなくてもよいことを示す。「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」とは、「からなる」という句に続くものは何でも含み、これに限定されることを意味する。よって、「からなる」という句は、列挙される要素が要求されるまたは必須であり、他の要素は存在し得ないことを示す。「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」とは、この句の後に列挙される要素を含み、列挙される要素について本開示で特定される活性にも作用にも干渉も寄与もしない他の要素に限定されることを意味する。よって、「から本質的になる」という句は、列挙される要素が要求されるまたは必須であるが、他の要素が任意であり、それらが列挙される要素の活性または作用に影響を及ぼすかどうかに応じて、存在していても存在していなくてもよいことを示す。
【００６７】
「相関する（ｃｏｒｒｅｌａｔｅ）」または「相関する（ｃｏｒｒｅｌａｔｉｎｇ）」という用語は、ある種類のデータと別のものまたは状態（例えば、Ｔ細胞活性化状態、間葉系状態、免疫状態等）との間の関係を決定することを指す。いくつかの実施形態では、「相関する」または「相関する」が、何にせよ、第１の分析またはプロトコルの性能および／または結果を第２の分析またはプロトコルの性能および／または結果と比較することを意味する。例えば、第２のプロトコルを行う際に第１の分析またはプロトコルの結果を使用することができる、ならびに／あるいは第２の分析またはプロトコルを実施すべきかどうか決定するために第１の分析またはプロトコルの結果を使用することができる。ポリペプチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、具体的な治療レジメンを実施すべきかどうかを決定するために、ポリペプチド発現分析またはプロトコルの結果を使用することができる。ポリヌクレオチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、具体的な治療レジメンを実施すべきかどうかを決定するために、ポリヌクレオチド発現分析またはプロトコルの結果を使用することができる。
【００６８】
「対応する（ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｓ  ｔｏ）」または「対応した（ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ  ｔｏ）」とは、参照アミノ酸配列との実質的な配列類似性または同一性を示すアミノ酸配列を意味する。一般的に、アミノ酸配列は、参照アミノ酸配列の少なくとも一部との少なくとも約７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、９７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％またはさらには最大１００％の配列類似性または同一性を示す。
本明細書で使用される場合、「細胞溶解活性」という用語は、細胞、例えばＣＤ８+細胞またはＮＫ細胞が標的細胞を溶解する能力を指す。このような細胞溶解活性は、標準的な技術を使用して、例えば標的細胞を放射能標識することによって、測定することができる。
【００６９】
本明細書で使用される「細胞傷害性因子」という用語は、細胞に有害な（例えば、細胞死を引き起こす、増殖を阻害する、または細胞機能を妨げる）任意の因子を指す。細胞傷害性因子には、それだけに限らないが、放射性同位元素（例えば、Ａｔ211、Ｉ131、Ｉ125、Ｙ90、Ｒｅ186、Ｒｅ188、Ｓｍ153、Ｂｉ212、Ｐ32、Ｐｂ212およびＬｕの放射性同位元素）；化学療法剤；増殖阻害剤；酵素およびその断片、例えば核酸分解酵素；および毒素、例えば細菌、真菌、植物または動物由来の小分子毒素または酵素活性毒素（その断片および／または変異体を含む）が含まれる。代表的な細胞傷害性因子は、微小管阻害薬、白金配位錯体、アルキル化剤、抗生物質、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、抗代謝剤、トポイソメラーゼＩ阻害剤、ホルモンおよびホルモン類似体、シグナル伝達経路阻害剤、非受容体チロシンキナーゼ血管新生阻害剤、免疫療法剤、アポトーシス促進剤、ＬＤＨ−Ａの阻害剤、脂肪酸生合成の阻害剤、細胞周期シグナル伝達阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、ならびにがん代謝の阻害剤から選択することができる。いくつかの実施形態では、細胞傷害性因子がタキサンである。この種の代表的な例では、タキサンがパクリタキセルまたはドセタキセルである。いくつかの実施形態では、細胞傷害性胃運指が白金剤である。いくつかの実施形態では、細胞傷害性因子がＥＧＦＲのアンタゴニストである。この種の代表的な例では、ＥＧＦＲのアンタゴニストがＮ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）キナゾリン−４−アミン（例えば、エルロチニブ）である。いくつかの実施形態では、細胞傷害性因子がＲＡＦ阻害剤である。この種の非限定的な例では、ＲＡＦ阻害剤がＢＲＡＦおよび／またはＣＲＡＦ阻害剤である。他の非限定的な例では、ＲＡＦ阻害剤がベムラフェニブである。一実施形態では、細胞傷害性因子がＰＩ３Ｋ阻害剤である。
【００７０】
本明細書で使用される場合、「細胞傷害性療法」という用語は、それだけに限らないが、放射線、化学療法、光線力学療法、ラジオ波焼灼術、抗血管新生療法およびこれらの組み合わせを含む、細胞損傷を誘導する療法を指す。細胞傷害性療法は、細胞に施用した場合に、ＤＮＡ損傷を誘導し得る。
本明細書で使用される場合、「疾患の進行を遅延させる」または「疾患の進行速度を減少させる」は、疾患（Ｔ細胞機能障害性障害など）の発症を延ばす、妨害する、遅くする、遅らせる、安定化するおよび／または延期することを意味する。この遅延は、病歴および／または治療している個体に応じて、様々な長さの時間であり得る。当業者に自明のように、十分なまたは有意な遅延は、事実上、個体が疾患を発症しないという意味で予防を包含することができる。例えば、進行期がん、例えば転移の発生を遅延することができる。
「検出」という用語は、直接的検出および間接的検出を含む、いずれかの検出手段を含む。
【００７１】
「診断」という用語は、分子もしくは病理学的状態、疾患または状態（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）の同定または分類を指すために本明細書で使用される。例えば、「診断」は、Ｔ細胞機能障害性障害の特定の種類の同定を指し得る。「診断」はまた、例えば病理組織学的基準、または分子特徴（例えば、バイオマーカー（例えば、特定の遺伝子または前記遺伝子によってコードされるタンパク質）の１つまたは組み合わせの発現を特徴とするサブタイプ）による、Ｔ細胞機能障害性障害の特定のサブタイプの分類を指し得る。
「診断を支援する」という用語は、疾患または障害（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）の症状または状態の特定の種類の存在または性質に関する臨床的決定を行うのを支援する方法を指す。例えば、疾患または状態（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）の診断を支援する方法は、個体由来の生体試料中の一定のバイオマーカーを測定することを含むことができる。
「障害」は、それだけに限らないが、対象を当の障害にかかりやすくする病理学的状態を含む、慢性および急性の障害または疾患を含む、治療から利益を得るような任意の状態である。
【００７２】
免疫機能障害の文脈における「機能障害」という用語は、抗原刺激に対する免疫応答性が減少した状態を指す。この用語は、抗原認識が起こり得るが、後に続く免疫応答が、感染症または腫瘍増殖を制御するのに無効である疲弊および／またはアネルギーの両方の一般的な要素を含む。
本明細書で使用される「機能障害性」という用語はまた、抗原認識に対する難治性または非応答性の、具体的には抗原認識を下流Ｔ細胞エフェクター機能、例えば増殖、サイトカイン産生（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α等）および／または標的細胞殺傷に変換する能力の障害を含む。
「有効量」は、特定の障害の測定可能な改善または予防をもたらすのに必要な少なくとも最小量である。本明細書における有効量は、疾患状態、患者の年齢、性別および体重、ならびに抗体が個体で所望の応答を誘発する能力などの因子に応じて変化し得る。有効量はまた、治療の任意の毒性または有害効果に治療上有益な効果が勝る量である。予防的使用については、有益なまたは所望の結果が、リスクの排除もしくは減少、重症度の減少、または疾患（疾患の生化学的、組織学的および／または行動学的症状、その合併症および疾患の発症中に呈する中間的な病理学的表現型を含む）の発症の遅延などの結果を含む。治療的使用については、有益なまたは所望の結果が、疾患から生じる１つもしくは複数の症状の減少、疾患を患っている者の生活の質の向上、疾患を治療するために必要とされる他の医薬品の用量の減少、例えば標的化を介した別の医薬品の効果の増強、疾患の進行の遅延、および／または生存の延長などの臨床結果を含む。がんまたは腫瘍の場合、薬物の有効量が、がん細胞の数の減少；腫瘍サイズの減少；末梢器官へのがん細胞の浸潤の阻害（すなわち、ある程度遅らせる、望ましくは停止する）；腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度遅らせる、望ましくは停止する）；腫瘍増殖のある程度の阻害；および／またはがんもしくは腫瘍に関連する症状の１つもしくは複数のある程度の軽減において効果を有し得る。感染症の場合、薬物の有効量が、循環もしくは組織中の病原体（細菌、ウイルス等）力価の減少；病原体感染細胞数の減少；器官の病原体感染の阻害（すなわち、ある程度遅らせる、望ましくは停止する）；病原体増殖の阻害（すなわち、ある程度遅らせる、望ましくは停止する）；および／または感染症に関連する症状の１つもしくは複数のある程度の軽減において効果を有し得る。有効量は、１回または複数回の投与で投与することができる。本発明の目的のために、薬物、化合物または医薬組成物の有効量は、直接的または間接的に予防的または治療的治療を達成するのに十分な量である。臨床状況で理解されるように、薬物、化合物または医薬組成物の有効量は、別の薬物、化合物または医薬組成物と合わせて達成されてもされなくてもよい。よって、「有効量」は、１つまたは複数の治療薬を投与する状況で考えられてもよく、単一薬剤は、１つまたは複数の他の薬剤と合わせて、望ましい結果が達成され得るまたは達成される場合に、有効量で与えられると考えられてもよい。
【００７３】
医薬品による治療に対する患者の「有効な応答」または患者の「応答性」および同様の表現は、がんなどの疾患または障害のリスクがあるまたはこれを患っている患者に与えられる臨床的または治療的利益を指す。一実施形態では、このような利益が、生存（全生存および無憎悪生存を含む）の延長；客観的応答（完全な応答または部分的応答を含む）をもたらす；またはがんの徴候もしくは症状の改善のうちのいずれか１つまたは複数を含む。治療に対する「有効な応答を有さない」患者は、生存（全生存および無憎悪生存を含む）の延長；客観的応答（完全な応答または部分的応答を含む）をもたらす；またはがんの徴候もしくは症状の改善のうちのいずれも有さない患者を指す。
【００７４】
「Ｔ細胞機能を増強する」は、Ｔ細胞に持続性のもしくは増幅された生物学的機能を有するように誘導する、有させるもしくは有するよう刺激する、または疲弊したもしくは不活性のＴ細胞を再生するもしくは再活性化することを意味する。Ｔ細胞機能を増強することの例としては、介入前のレベルに対する、ＩＦＮ−γの増加した分泌、ＴＮＦ−αの増加した分泌、ＣＤ８+Ｔ細胞からのＩＬ−２の増加した分泌、増加した増殖、増加した抗原応答性（例えば、ウイルス、病原体または腫瘍クリアランス）のうちのいずれか１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、増強のレベルが、少なくとも５０％、あるいは６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２０％、１５０％、２００％である。この増強を測定する方法は、当業者に知られている。
【００７５】
「上皮表現型」という用語は、当技術分野で理解されており、形態学的、分子および／または機能的特徴によって同定することができる。例えば、上皮細胞は、一般的に、円形または玉石外観を有し、上皮マーカーＥカドヘリンを発現し、急速に分裂している、ならびに／あるいは間葉系細胞と比較して比較的低レベルの運動性、侵襲性および／または足場非依存性増殖を有する。
本明細書で使用される場合、「上皮間葉転換」（ＥＭＴ）という用語は、胚発生の正常な過程である、上皮表現型から間葉系表現型への変換を指す。ＥＭＴはまた、イオンおよび流体輸送体として機能する傷ついた上皮細胞が、マトリックスリモデリング間葉系細胞になる過程である。癌腫では、この形質転換が、典型的には変化した細胞形態、間葉系タンパク質の発現および増加した侵襲性をもたらす。インビトロでのＥＭＴを定義する基準は、細胞運動性の獲得後の上皮細胞極性の喪失、個々の細胞への分離、およびその後の分散を含む（Vincent-Salomon et al., Breast Cancer Res. 2003; 5(2): 101-106参照）。ＥＭＴ中の発現、分布および／または機能が変化し、必然的に関与する分子のクラスには、成長因子（例えば、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ−β）、ｗｎｔｓ）、転写因子（例えば、Ｓｎａｌｌ、ＳＭＡＤ、ＬＥＦおよび核β−カテニン）、細胞間接着軸の分子（カドヘリン、カテニン）、細胞骨格モジュレーター（Ｒｈｏファミリー）および細胞外プロテアーゼ（マトリックスメタロプロテイナーゼ、プラスミノーゲン活性化因子）が含まれる（Thompson et al., Cancer Research 65, 5991-5995, Jul. 15, 2005参照）。具体的な実施形態では、ＥＭＴが、転移に関連し得る、上皮がん細胞が間葉系表現型を呈するようになる過程を指す。これらの間葉系細胞は、減少した接着性、増加した運動性および侵襲性を示すことができ、免疫療法剤、化学療法剤および／または放射線（例えば、急速に分裂している細胞を標的とする治療）に対して比較的抵抗性である。
【００７６】
「エピトープ」という用語は、抗体の抗原結合領域の１つまたは複数で、抗体によって認識および結合され得る分子の部分を指す。エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖などの分子の表面グルーピングからなり、特異的な三次元構造的特性ならびに特異的な電荷特性を有する。いくつかの実施形態では、エピトープがタンパク質エピトープであり得る。タンパク質エピトープは線形または立体構造であり得る。線形エピトープでは、タンパク質と相互作用分子（抗体など）との間の相互作用点の全てが、タンパク質の一次アミノ酸配列に沿って直線的に生じる。「非線形エピトープ」または「立体構造エピトープ」は、エピトープに特異的な抗体が結合する抗原性タンパク質内の非隣接ポリペプチド（またはアミノ酸）を含む。いったん抗原上の所望のエピトープが決定されると、例えば本明細書に記載される技術を使用して、このエピトープに対する抗体を作製することが可能である。あるいは、発見工程中に、抗体の作製および特性評価によって、望ましいエピトープについての情報が解明され得る。そのため、この情報から、同じエピトープへの結合について抗体を競合的にスクリーニングすることが可能である。これを達成するためのアプローチは、標的抗原（例えば、ＰＤ−１）への結合について互いに競合または交差競合する（ｃｒｏｓｓ−ｃｏｍｐｅｔｅ）抗体、例えば抗原への結合について競合する抗体を見つけるための競合および交差競合試験を行うことである。
【００７７】
「疲弊」という用語およびその文法的等価物は、多くの慢性感染症およびがんの間に起こる持続性のＴＣＲシグナル伝達から生じるＴ細胞機能障害の状態としてのＴ細胞の疲弊を指す。これは、不完全なまたは欠損したシグナル伝達を通してではなく、持続性のシグナル伝達から生じるという点でアネルギーとは区別される。これは、乏しいエフェクター機能、抑制性受容体の持続的発現、および機能的エフェクターまたはメモリーＴ細胞のものとは異なる転写状態によって定義される。疲弊は、感染症および腫瘍の最適な制御を防ぐ。疲弊は、外因性の負の調節経路（例えば、免疫調節性サイトカイン）と細胞内因性の負の調節（共刺激）経路（ＰＤ−１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４等）の両方から生じ得る。
【００７８】
遺伝子配列に関する「発現」という用語は、ＲＮＡ転写産物（例えば、ｍＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等）を産生する遺伝子の転写、および必要に応じて、得られたｍＲＮＡ転写産物のタンパク質への翻訳を指す。よって、文脈から明らかとなるように、コード配列の発現は、コード配列の転写および翻訳から生じる。逆に、非コード配列の発現は、非コード配列の転写から生じる。
「発現のレベル」または「発現レベル」という用語は、一般的に互換的に使用され、一般的に試料中のバイオマーカーの量を指す。「発現」は、一般的に情報（例えば、遺伝子にコードされるおよび／または後成的な）が、細胞中に存在するおよび作動している構造に変換される過程を指す。そのため、本明細書で使用される場合、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、あるいはポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）さえも指し得る。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、あるいはポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）の断片も、それらが選択的スプライシングによって産生された転写産物もしくは分解された転写産物に由来する、または例えばタンパク質分解による、ポリペプチドの翻訳後プロセシングに由来するかどうかにかかわらず、発現されたとみなすものとする。「発現された遺伝子」は、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、次いで、ポリペプチドに翻訳されたもの、およびＲＮＡに転写されたが、ポリペプチドに翻訳されないもの（例えば、転移ＲＮＡおよびリボソームＲＮＡ）を含む。
【００７９】
「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」または「上昇したレベル」は、対照、例えば疾患も障害も（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）患っていない個体、または内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、増加した個体中のバイオマーカーの発現またはレベルを指す。
「減少した発現」、「減少した発現レベル」または「減少したレベル」は、対照、例えば疾患も障害も（例えば、Ｔ細胞機能障害性障害）患っていない個体、または内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、減少した個体中のバイオマーカーの発現またはレベルを指す。いくつかの実施形態では、減少した発現が、発現がほとんどまたは全くない。
「ハウスキーピングバイオマーカー」という用語は、典型的には全ての細胞型に同様に存在するバイオマーカーまたはバイオマーカーの群（例えば、ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド）を指す。いくつかの実施形態では、ハウスキーピングバイオマーカーが、「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」は、本明細書では、その活性が細胞機能の維持に必須であるタンパク質をコードし、典型的には全ての細胞型に同様に存在する遺伝子または遺伝子の群を指す。
【００８０】
「増殖阻害因子」は、本明細書で使用される場合、インビトロまたはインビボで細胞の増殖を阻害する化合物または組成物を指す。一実施形態では、増殖阻害因子が、抗体が結合する抗原を発現する細胞の増殖を防止するまたは減少させる増殖阻害抗体である。別の実施形態では、増殖阻害因子が、Ｓ期の細胞の割合を有意に減少させるものであり得る。増殖阻害因子の例としては、細胞周期進行を遮断する（Ｓ期以外の場所で）因子、例えばＧ１期停止およびＭ期停止を誘導する因子が挙げられる。古典的なＭ期遮断薬には、ビンカ（ビンクリスチンおよびビンブラスチン）、タキサンおよびトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシドおよびブレオマイシンが含まれる。例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５−フルオロウラシルおよびａｒａ−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤などのＧ１期を停止する薬剤は、Ｓ期停止にも反映される。さらなる情報は、Mendelsohn and Israel, eds., The Molecular Basis of Cancer, Chapter 1, entitled “Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs” by Murakami et al. (W.B. Saunders, Philadelphia, 1995)、例えば１３頁に見出すことができる。タキサン（パクリタキセルおよびドセタキセル）は、共にイチイから得られる抗がん剤である。ヨーロッパイチイから得られるドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成類似体である。パクリタキセルおよびドセタキセルは、脱重合を防止することによって、チューブリン二量体からの微小管の組み立てを促進し、微小管を安定化して、細胞の有糸分裂を阻害する。
【００８１】
本発明の文脈における「免疫エフェクター細胞」という用語は、免疫反応中にエフェクター機能を発揮する細胞に関する。例えば、このような細胞は、サイトカインおよび／またはケモカインを分泌し、微生物を殺傷し、抗体を分泌し、感染細胞またはがん性細胞を認識し、このような細胞を排除してもよい。例えば、免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、腫瘍浸潤Ｔ細胞）、Ｂ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、リンホカイン活性化キラー（ＬＡＫ）細胞、好中球、マクロファージおよび樹状細胞を含む。
【００８２】
本発明の文脈における「免疫エフェクター機能」という用語は、例えば、ウイルス感染細胞または腫瘍細胞の殺傷、あるいは腫瘍増殖の阻害および／または腫瘍発達の阻害（腫瘍播種および転移の阻害を含む）をもたらす、免疫系の成分によって媒介される任意の機能を含む。好ましくは、本発明の文脈における免疫エフェクター機能は、Ｔ細胞媒介エフェクター機能である。このような機能は、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４+Ｔ細胞）の場合、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子の状況での抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの認識、サイトカインの放出ならびに／あるいはＣＤ８+リンパ球（ＣＴＬ）および／またはＢ細胞の活性化を含み、ＣＴＬの場合、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子の状況での抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの認識、例えばアポトーシスまたはパーフォリン媒介細胞溶解を介した、ＭＨＣクラスＩ分子の状況で提示される細胞、すなわちクラスＩ  ＭＨＣによる抗原の提示を特徴とする細胞の排除、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αなどのサイトカインの産生、ならびに抗原を発現する標的細胞の特異的細胞溶解殺傷を含む。
【００８３】
「免疫応答」という用語は、宿主哺乳動物の免疫系による特定の物質（抗原または免疫原など）に対する任意の検出可能な応答、例えば自然免疫応答（例えば、Ｔｏｌｌ受容体シグナル伝達カスケードの活性化）、細胞媒介免疫応答（例えば、抗原特異的Ｔ細胞などのＴ細胞、および免疫系の非特異的細胞によって媒介される応答）、および液性免疫応答（例えば、Ｂ細胞によって媒介される応答、例えば抗体の産生ならびに抗体の血漿、リンパ液および／または組織液への分泌）を指す。
「免疫原性の」という用語は、アジュバントの存在または非存在下で、単独であるまたは担体に結合しているかどうかにかかわらず、物質が、特定の抗原に対して、増強されたＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞）免疫応答を含む免疫応答を引き起こす、誘発する、刺激するもしくは誘導する、または既存の免疫応答を改善する、増強する、増加させるもしくは延長する能力を指す。
「免疫原性」は、特定の物質が、免疫応答を誘発する能力を指す。腫瘍は免疫原性であり、腫瘍免疫原性を増強することは、免疫応答による腫瘍細胞のクリアランスを助ける。腫瘍免疫原性を増強することの例としては、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストによる治療が挙げられる。
【００８４】
「感染」という用語は、疾患の原因となる微生物による身体組織の侵入、これらの増殖、ならびにこれらの微生物および微生物が産生する毒素に対する身体組織の反応を指す。「感染」は、それだけに限らないが、ウイルス、プリオン、細菌、ウイロイド、寄生生物、原生動物および真菌による感染を含む。ウイルスの非限定的な例としては、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）ヒト免疫不全ウイルス、例えばＨＩＶ−１（ＨＴＬＶ−ＩＩＩ、ＬＡＶまたはＨＴＬＶ−ＩＩＩ／ＬＡＶまたはＨＩＶ−ＩＩＩとも呼ばれる）；および他の分離株、例えばＨＩＶ−ＬＰ）；ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ポリオウイルス、Ａ型肝炎ウイルス；エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス）；カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ノーウォークウイルスおよび関連ウイルスを含む、胃腸炎を引き起こす株）；トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ウマ脳炎ウイルス、風疹ウイルス）；フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、デングウイルス、脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス）；コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、コロナウイルス）；ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス）；フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、エボラウイルス）；パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、パラインフルエンザウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス、呼吸器合抱体ウイルス、メタニューモウイルス）；オルトミクソウイルス科（例えば、インフルエンザウイルス）；ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ハンタンウイルス、ブニヤウイルス、フレボウイルスおよびナイロウイルス）；アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）（出血熱ウイルス）；レオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、レオウイルス、オルビウイルスおよびロタウイルス）；ビルナウイルス科（Ｂｉｍａｖｉｒｉｄａｅ）；ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）（Ｂ型肝炎ウイルス）；パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）（パルボウイルス）；パポバウイルス科（Ｐａｐｏｖａｖｉｒｉｄａｅ）（パピローマウイルス、ポリオーマウイルス）；アデノウイルス科（ほとんどのアデノウイルス）；ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）（単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１および２、水痘帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ヘルペスウイルス）；ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）（痘瘡ウイルス、ＶＡＣＶ、ポックスウイルス）；およびイリドウイルス科（Ｉｒｉｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、アフリカブタ熱ウイルス）；および未分類のウイルス（例えば、海綿状脳症の病原体、Ｄ型肝炎の作用因子（Ｂ型肝炎ウイルスの欠陥サテライトであると考えられる）、非Ａ型、非Ｂ型肝炎の作用因子（クラス１＝内部伝播；クラス２＝非経口伝播（すなわち、Ｃ型肝炎）；およびアストロウイルスが挙げられる。病原性であることが知られている代表的な細菌には、病原性パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）種（例えば、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ））、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）種（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ））、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種（例えば、化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｒｏｇｅｎｅｓ）（ストレプトコッカスＡ群）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）（ストレプトコッカスＢ群）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（ビリダンス群）、フェカリス菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｏｖｉｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（嫌気性種）、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）種（例えば、淋菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）種（例えば、毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸管病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）および腸管侵入性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ））、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）種、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）種、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）種（例えば、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ））、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）種、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）種、ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）種、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）種、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）種、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）種（例えば、インフルエンザ菌）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）種、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）種、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）種、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｕｍ）種（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ））、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ）種（例えば、結核菌（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍ．ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ（Ｍ．ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍ．ｋａｎｓａｉｉ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍ．ｇｏｒｄｏｎａｅ））、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）種、��疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ブタ丹毒菌（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ  ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ）、エンテロバクター・エロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、ストレプトバシラス・モニリフォルミス（Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｉｕｍ）、トレポネーマ・ペルテニュ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐｅｒｔｅｎｕｅ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）およびアクチノマイセス・イスラエリ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉ）が含まれる。非限定的な病原性真菌には、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ・グラブラタ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）、アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔａ）、アスペルギルス・フラバス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ）およびスポロトリックス・シェンキィ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）が含まれる。例示的な病原性原生動物は、蠕虫、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、例えば熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｍａｌａｒｉａｅ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｏｖａｌｅ）および三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｖｉｖａｘ）；トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ）；トリパノソーマ・ブルセイ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｂｒｕｃｅｉ）、トリパノソーマ・クルージ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉ）；ビルハルツ住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｈａｅｍａｔｏｂｉｕｍ）、マンソン住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｍａｎｓｏｎｉ）、日本住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｊａｐｏｎｉｃｕｍ）；ドノバンリーシュマニア（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｄｏｎｏｖａｎｉ）；ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）；クリプトスポリジウム・パルバム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）などである。
【００８５】
本明細書で使用される場合、「指示書」は、本発明の組成物および方法の有用性を伝えるために使用することができる刊行物、記録、図表または任意の他の表現媒体を含む。本発明のキットの指示書は、例えば、本発明の治療剤もしくは診断剤を含有する容器に添付され得る、または本発明の治療剤もしくは診断剤を含有する容器と一緒に出荷され得る。
【００８６】
「標識」という用語は、本明細書で使用される場合、検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、典型的にはポリヌクレオチドプローブまたは抗体などの試薬に直接的または間接的にコンジュゲートまたは融合され、コンジュゲートまたは融合している試薬の検出を容易にする。標識はそれ自体が検出可能であってもよい（例えば、放射性標識または蛍光標識）し、酵素標識の場合には、検出可能な生成物をもたらす基質化合物または組成物の化学変化を触媒してもよい。
本明細書で使用される「白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ）」または「白血球（ｗｈｉｔｅ  ｂｌｏｏｄ  ｃｅｌｌ）」という用語は、単球、好中球、好酸球、好塩基球およびリンパ球を含む任意の免疫細胞を指す。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「ＬＳＤ阻害因子」という用語は、ＬＳＤポリペプチド（例えば、ＬＳＤ１−リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素１Ａ；リジン（Ｋ）特異的脱メチル化酵素１（ＫＤＭ１）；リジン（Ｋ）特異的脱メチル化酵素１Ａ（ＫＤＭ１Ａ）；ＢＲＡＦ３５−ＨＤＡＣ複合体タンパク質ＢＨＣ１１０；ＦＡＤ結合タンパク質ＢＲＡＦ３５−ＨＤＡＣ複合体、１１０ｋＤａサブユニット；アミンオキシダーゼ（フラビン含有）ドメイン２（ＡＯＦ２）；リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素１；ＲＰ１−１８４Ｊ９．１としても知られている−およびＬＳＤ２−リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素１Ｂ（ＫＤＭ１Ｂ）；アミンオキシダーゼフラビン含有１（ＡＯＦ１）；アミンオキシダーゼ（フラビン含有）ドメイン１；フラビン含有アミンオキシダーゼドメイン含有タンパク質１；リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素２としても知られている）の機能もしくは生物学的活性；またはＬＳＤ遺伝子（例えば、ＬＳＤ１−ＫＤＭ１Ａ；ＡＯＦ２；ＢＨＣ１１０；ＫＤＭ１としても知られている−およびＬＳＤ２−ＫＤＭ１Ｂ；ＡＯＦ１；ｂＡ２０４Ｂ７．３；Ｃ６ｏｒｆ１９３；ｄＪ２９８Ｊ１５．２としても知られている）の発現を減少させるまたは阻害する因子を意味する。
【００８８】
本明細書で使用される「リンパ球」という用語は、白血球の１種である免疫系の細胞を指す。リンパ球には、それだけに限らないが、Ｔ細胞（細胞傷害性およびヘルパーＴ細胞）、Ｂ細胞およびナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）が含まれる。本明細書で使用される「腫瘍浸潤リンパ球」という用語は、固形腫瘍中に存在するリンパ球を指す。本明細書で使用される「循環リンパ球」という用語は、循環中に存在する（例えば、血液中に存在する）リンパ球を指す。
「メモリーＴエフェクター細胞」とは、その同族抗原に以前遭遇し、応答したＣＴＬおよびヘルパーＴ細胞を含むＴ細胞のサブセットを意味し、よって、抗原経験Ｔ細胞という用語がしばしば適用される。このようなＴ細胞は、細菌またはウイルスなどの外来微生物、ならびにがん細胞を認識することができる。メモリーＴエフェクター細胞は、前の感染、がんとの遭遇または事前のワクチン接種中に抗原に遭遇したことによって「経験」している。微生物との第２の遭遇で、メモリーＴエフェクター細胞は、免疫系が微生物に応答した最初の時よりも速く、強力な免疫応答を開始するよう増えることができる。この挙動が、特異的抗原への曝露を明らかにすることができるＴリンパ球増殖アッセイに利用される。
「間葉系表現型」という用語は、当技術分野で理解されており、形態学的、分子および／または機能的特性によって同定することができる。例えば、間葉系細胞は、一般的に、細長いまたは紡錘形の外観を有し、間葉系マーカーであるビメンチン、フィブロネクチンおよびＮ−カドヘリンを発現し、ゆっくり分裂するまたは分裂していない、ならびに／あるいは上皮細胞と比較して、比較的高レベルの運動性、侵襲性および／または足場非依存性増殖を有する。
【００８９】
本明細書で使用される場合、「間葉上皮転換」（ＭＥＴ）という用語は、運動性の、多極性のまたは紡錘形の間葉系細胞から、上皮と呼ばれる分極細胞の平面配列への転換を含む可逆的生物学的過程である。ＭＥＴは、ＥＭＴの逆の過程である。ＭＥＴは、正常な発達、がん転移および人工多能性幹細胞リモデリングで起こる。具体的な実施形態では、ＭＥＴが、ＥＭＴを受けて、１つまたは複数の上皮特性（例えば、上記）を取り戻した細胞のリプログラミングを指す。例えば、このような細胞は、典型的には減少した運動性および／または侵襲性を示す、ならびに／あるいは急速に分裂しており、それによって、免疫療法および／または細胞傷害性因子に対する感受性を取り戻し得る。
「マルチプレックスＰＣＲ」という用語は、単一反応で２つ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的で、２つ以上のプライマーセットを使用して、単一供給源（例えば、個体）から得られた核酸に行われる単一ＰＣＲ反応を指す。
【００９０】
本明細書で互換的に使用される「患者」、「対象」、「宿主」または「個体」という用語は、療法または予防が望まれる任意の対象、特に脊椎動物対象、なおさらに特に哺乳動物対象を指す。本発明の範囲に入る適切な脊椎動物には、それだけに限らないが、霊長類（例えば、ヒト、サルおよび類人猿、サルの種、例えばマカク属（Ｍａｃａｃａ）のサル（例えば、カニクイザル（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）などのカニクイザルおよび／またはアカゲザル（アカゲザル（Ｍａｃａｃａ  ｍｕｌａｔｔａ））およびヒヒ（チャクマヒヒ（Ｐａｐｉｏ  ｕｒｓｉｎｕｓ））、ならびにマーモセット（カリスリクス属（Ｃａｌｌｉｔｈｒｉｘ）の種）、リスザル（サイミリ属（Ｓａｉｍｉｒｉ）の種）およびタマリン（サグイヌス属（Ｓａｇｕｉｎｕｓ）の種）、ならびに類人猿の種、例えばチンパンジー（チンパンジー（Ｐａｎ  ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）を含む）、げっ歯類（例えば、マウス、ラット、モルモット）、ウサギ類（例えば、ウサギ、ノウサギ）、ウシ（例えば、ウシ）、ヒツジ（例えば、ヒツジ）、ヤギ（例えば、ヤギ）、ブタ（例えば、ブタ）、ウマ（例えば、ウマ）、イヌ（例えば、イヌ）、ネコ（例えば、ネコ）、鳥類（例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、コンパニオンバード、例えばカナリア、セキセイインコ等）、海洋哺乳動物（例えば、イルカ、クジラ）、爬虫類（ヘビ、カエル、トカゲ等）および魚類を含む脊索動物の亜門の任意のメンバーが含まれる。好ましい対象は、増強したＴ細胞活性化を有する免疫応答を含む、免疫応答を誘発することを必要とするヒトである。しかしながら、上記用語は、症状が存在することを意味するわけではないことが理解されるだろう。
【００９１】
「医薬組成物」または「医薬製剤（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）」という用語は、有効成分の生物学的活性が有効になることを可能にするような形態であり、組成物または製剤が投与される対象に対して許容できないほど毒性である追加の成分を含有しない、調製物を指す。このような製剤は無菌である。「薬学的に許容される」賦形剤（ビヒクル、添加剤）は、使用される有効成分の有効用量を提供するために対象哺乳動物に合理的に投与することができるものである。
【００９２】
本明細書で使用される場合、「ＰＤ−１」という用語は、ＰＤ−１の任意の形態およびＰＤ−１の活性の少なくとも一部を保持するその変異体を指す。ヒトＰＤ−１への具体的な言及などによって異なって指示しない限り、ＰＤ−１は、全ての哺乳動物種の天然配列ＰＤ−１、例えばヒト、イヌ、ネコ、ウマおよびウシを含む。１つの例示的なヒトＰＤ−１は、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｑ１５１１６として見出される。
【００９３】
「ＰＤ−１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２などのその結合パートナーの１つまたは複数の相互作用から生じるシグナル伝達を減少させる、遮断する、阻害する、抑止するまたは妨害する分子を指す。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１とその結合パートナーの１つまたは複数の結合を阻害する分子である。具体的な態様では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２の結合を阻害する。例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２の相互作用から生じるシグナル伝達を減少させる、遮断する、阻害する、抑止するまたは妨害する抗ＰＤ−１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチドおよび他の分子を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１を通して媒介されるＴ細胞上で発現される細胞表面タンパク質によってまたはこれを通して媒介される負の共刺激シグナルを減少させて、機能障害性Ｔ細胞をあまり機能障害性でなくする（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが抗ＰＤ−１抗体である。具体的な態様では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）である。別の具体的な態様では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）である。別の具体的な態様では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがＣＴ−０１１（ピジリズマブ）である。さらに別の具体的な態様では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがＡＭＰ−２２４である。
本発明の文脈では、「プライミング」という用語は、Ｔ細胞のエフェクターＴ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞またはＴヘルパー細胞）への分化を引き起こす、（例えば、抗原をＴ細胞に提示する抗原提示細胞による）Ｔ細胞（典型的には、ナイーブＴ細胞）とその特異的抗原の最初の接触の誘導を指す。
【００９４】
「放射線療法」とは、細胞が正常に機能する能力を制限するまたは細胞を完全に破壊するために十分な損傷を細胞に誘導するよう向けられたガンマ線またはベータ線の使用を意味する。治療の放射線量または持続期間を決定するための多くの方法が当技術分野で知られていることが理解されるだろう。典型的な治療は、１日当たり１回投与で典型的な放射線量範囲１０〜２００ユニット（グレイ）として与えられる。
本明細書で使用される「試料」という用語は、対象から抽出されていても、処理されていなくても、処理されていても、希釈されていても、または濃縮されていてもよい任意の生体標本を含む。試料は、限定されないが、生体液、例えば全血、血清、赤血球、白血球、血漿、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、涙、汗、皮脂、乳頭吸引液、乳管洗浄液、腫瘍滲出液、滑液、腹水、腹腔液、羊水、脳脊髄液、リンパ液、穿刺吸引液、羊水、任意の他の体液、細胞溶解液、細胞分泌産物、炎症液、精液および膣分泌物を含み得る。試料は、組織試料および生検、組織ホモジネートなどを含み得る。有利な試料は、検出可能な量の本明細書で教示されるいずれか１つまたは複数のバイオマーカーを含むものを含み得る。適切には、試料が、対象からの試料の除去または単離を可能にする最小限の侵襲的な方法によって容易に得られる。一定の実施形態では、試料が、血液、特に末梢血またはその画分もしくは抽出物を含有する。典型的には、試料は、血球、例えば成熟、未成熟または発達中の白血球（リンパ球、多形核白血球、好中球、単球、網状赤血球、好塩基球、体腔細胞、血球、好酸球、巨核球、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、またはこのような細胞の画分（例えば、核酸もしくはタンパク質画分）を含む。具体的な実施形態では、試料が、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を含む白血球を含む。
【００９５】
本明細書で使用される「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」または「対照組織」は、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準またはレベルを指す。一実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、同じ対象または個体の体の健康なおよび／または非疾患の部分（例えば、組織または細胞）から得られる。例えば、疾患細胞または組織に隣接する健康なおよび／または非疾患の細胞または組織（例えば、腫瘍に隣接する細胞または組織）。別の実施形態では、参照試料が、同じ対象または個体の体の未治療組織および／または細胞から得られる。さらに別の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、対象または個体ではない個体の体の健康なおよび／または非疾患の部分（例えば、組織または細胞）から得られる。さらに別の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、対象または個体ではない個体の体の未治療組織および／または細胞から得られる。
【００９６】
「組織試料」または「細胞試料」とは、対象または個体の組織から得られた類似の細胞の集合を意味する。組織または細胞試料の供給源は、固体組織、例えば新鮮な、凍結されたおよび／または保存された器官、組織試料、生検および／または吸引液；血液または任意の血液構成成分、例えば血漿；体液、例えば脳脊髄液、羊水、腹腔液または間質液；対象の妊娠または発達の任意の時の細胞であってもよい。組織試料はまた、初代もしくは培養細胞または細胞株であってもよい。任意に、組織または細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養素、抗生物質などの、天然の組織と自然には混合してない化合物を含有してもよい。
本明細書で使用される「配列同一性」という用語は、比較窓にわたってヌクレオチド対ヌクレオチドベースでまたはアミノ酸対アミノ酸ベースで配列が同一である程度を指す。よって、「配列同一性の％」は、比較窓にわたって２つの最適にアラインメントされた配列を比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、ＣｙｓおよびＭｅｔ）が両配列中で生じる位置の数を決定して、一致した位置の数を得て、一致した位置の数を比較窓中の総位置数（すなわち、窓サイズ）で割り、結果に１００を掛けて、配列同一性の％を得ることによって計算される。本発明の目的のために、「配列同一性」は、適切な方法によって計算される「一致％」を意味すると理解されるだろう。例えば、配列同一性分析は、ソフトウェアに付随する参照マニュアルに使用される標準的なデフォルトを使用して、ＤＮＡＳＩＳコンピュータプログラム（ウィンドウズ用バージョン２．５；Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．、南サンフランシスコ、カリフォルニア州、米国）を使用して行われ得る。
【００９７】
本明細書で使用される場合、「小分子」は、３キロダルトン（ｋＤａ）未満、典型的には１．５キロダルトン未満、より好ましくは約１キロダルトン未満の分子量を有する化合物を指す。小分子は、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機（炭素含有）もしくは無機分子であり得る。当業者が認識するように、本明細書に基づいて、化学および／または生物混合物、通常は真菌、細菌または藻類抽出物の広範なライブラリーを本発明のアッセイのいずれかによってスクリーニングして、生理活性をモジュレートする化合物を同定することができる。「小有機分子」は、３キロダルトン未満、１．５キロダルトン未満、またはさらには約１ｋＤａ未満の分子量を有する有機化合物（または無機化合物（例えば、金属）と複合体化した有機化合物）である。
【００９８】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定可能であり、一般的に、プローブ長、洗浄温度および塩濃度に依存する経験的計算である。一般に、長いプローブは適切なアニーリングのために高温を要する一方、短いプローブは低温を要する。ハイブリダイゼーションは、一般的にその融解温度未満の環境中に相補鎖が存在する場合に、変性ＤＮＡが再アニーリングする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の望まれる相同性の程度が高いほど、使用することができる相対温度が高くなる。結果として、高い相対温度が反応条件をストリンジェントにする傾向があり、低温はあまりそうでないということになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーのさらなる詳細および説明については、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照されたい。
【００９９】
本明細書で定義される「ストリンジェント条件」または「高ストリンジェンシー条件」は、（１）洗浄に低イオン強度および高温、例えば５０℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５クエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを使用する；（２）ハイブリダイゼーション中に、変性剤、例えばホルムアミド、例えば５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミド＋０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％Ｆｉｃｏｌｌ／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液ｐＨ６．５＋７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを４２℃で使用する；または（３）５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ  ＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハルト液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍＬ）、０．１％ＳＤＳおよび１０％硫酸デキストランを使用する溶液中、４２℃で一晩ハイブリダイゼーションし、０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中４２℃で１０分間洗浄し、引き続いて５５℃で、ＥＤＴＡを含有する０．１×ＳＳＣからなる１０分間の高ストリンジェンシー洗浄をするものによって特定することができる。
「持続的応答」は、治療の休止後に腫瘍増殖を減少させることに対する持続的効果を指す。例えば、腫瘍サイズが、投与段階の開始時のサイズと比較して同じまたは小さいままであり得る。いくつかの実施形態では、持続的応答が、治療持続期間と少なくとも同じ、治療持続期間の少なくとも１．５倍、２．０倍、２．５倍または３．０倍の長さの持続期間を有する。
【０１００】
本明細書で使用される場合、「相乗的」という用語は、ＬＳＤ阻害因子の治療効果が、ＰＤ−１結合アンタゴニストと組み合わせて投与した場合（もしくは逆もまた同様）またはＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤（「抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせ」）と組み合わせて投与した場合に、単独で投与した場合のＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニスト、またはＬＳＤ阻害因子と抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせの予想される相加的治療効果よりも大きいことを意味する。ＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストまたは抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせに適用される場合の「相乗的有効量」という用語は、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩＩ分子の状況での抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、サイトカインの増加した放出ならびに／あるいはＣＤ８+リンパ球（ＣＴＬ）および／またはＢ細胞の活性化、Ｔ細胞受容体によるＭＨＣクラスＩ分子の状況での抗原または抗原に由来する抗原ペプチドの増加した認識、アポトーシスまたはパーフォリン媒介細胞溶解を介した、ＭＨＣクラスＩ分子の状況で提示される細胞、すなわちクラスＩ  ＭＨＣによる抗原の提示を特徴とする細胞の増加した排除、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αなどのサイトカインの増加した産生、ならびに抗原を発現する標的細胞の増加した特異的細胞溶解殺傷のうちの１つまたは複数を含む免疫エフェクター機能を増強するのに有効であり、ＬＳＤ阻害因子の用量対ＰＤ−１アンタゴニストまたは抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせ対例えば上に例示される免疫エフェクター機能の増強の用量−反応プロットで、用量ＬＳＤ阻害因子軸にも、ＰＤ−１結合アンタゴニスト軸にも、抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせ軸にも交わらない効果をもたらす、組成物（一般的には医薬製剤）中の各成分の量を指す。当技術分野で相乗作用を決定するために使用される用量反応曲線は、例えばＳａｎｄｅら（p. 1080-1105 in A. Goodman et al., ed., the Pharmacological Basis of Therapeutics, MacMillan Publishing Co., Inc., New York (1980)参照）によって記載されている。最適相乗量は、９５％信頼限界を使用して、用量レベル、スケジュールおよび反応などの因子を変化させることによって、またＬＳＤ阻害因子とＰＤ−１結合アンタゴニストまたは抗ＰＤ−１−化学療法剤組み合わせの種々の組み合わせについて用量反応曲線からアイソボログラムを作成するコンピュータ作成モデルを使用して、決定することができる。用量反応曲線での免疫エフェクター機能の最高の増強は、最適な投与量レベルと相関する。
【０１０１】
「Ｔ細胞機能障害性障害」は、抗原刺激に対する減少した応答性を特徴とするＴ細胞の障害または状態である。特定の実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、ＰＤ−１を通した不適切な増加したシグナル伝達に特異的に関連する障害である。別の実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞がアネルギー性である、またはサイトカインを分泌する、増殖するもしくは細胞溶解活性を実行する能力が減少しているものである。具体的な態様では、減少した応答性が、免疫原を発現している病原体または腫瘍の無効な制御をもたらす。Ｔ細胞機能障害を特徴とするＴ細胞機能障害性障害の例としては、未解決の急性感染症、慢性感染症および腫瘍免疫が挙げられる。
【０１０２】
本明細書で使用される場合、「治療」という用語は、臨床病理の経過中に治療されている個体または細胞の自然な経過を変化させるよう設計された臨床的介入を指す。治療の望ましい効果には、疾患進行速度の減少、疾患状態の改善または緩和、および寛解または予後改善が含まれる。例えば、それだけに限らないが、がん性細胞の増殖の減少（もしくは破壊）、病原体感染の減少、疾患から生じる症状の減少、疾患を患っている者の生活の質の増加、疾患を治療するために必要とされる他の医薬品の用量の減少、および／または個体の生存の延長を含む、Ｔ細胞機能障害性障害に関連する１つまたは複数の症状が緩和または排除される場合に、個体は首尾よく「治療される」。
本明細書で使用される場合、以前はサプレッサーＴ細胞として知られていた、「Ｔｒｅｇ」および「調節性Ｔ細胞」という表現は、免疫寛容を維持するＴリンパ球を指す。免疫応答中、Ｔｒｅｇは、Ｔ細胞媒介免疫を阻害し、胸腺内での負の選択を免れた自己反応性Ｔ細胞を抑制する。適応Ｔｒｅｇ細胞（Ｔｈ３またはＴｒ  １細胞と呼ばれる）が、免疫応答中に産生されると考えられる。天然に存在するＴｒｅｇ細胞（ＣＤ４+ＣＤ２５+ＦｏｘＰ３+Ｔｒｅｇ細胞）は、胸腺で産生され、サイトカイン胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）で活性化された骨髄（ＣＤ１１ｃ+）樹状細胞と形質細胞様（ＣＤ１２３+）樹状細胞の両方で発達しているＴ細胞間の相互作用と関連付けられている。天然に存在するＴｒｅｇ細胞中のＦｏｘＰ３の存在が、これらを他のＴ細胞と区別している。
【０１０３】
本明細書で使用される「腫瘍」は、悪性であれ良性であれ、全ての新生物性細胞成長および増殖、ならびに全ての前がん性およびがん性の細胞および組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、「過剰増殖性障害」および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及される場合、相互排他的ではない。
「腫瘍免疫」は、腫瘍が免疫認識およびクリアランスを回避する過程を指す。よって、治療概念として、このような回避が減弱され、腫瘍が免疫系によって認識および攻撃される場合、腫瘍免疫が「治療される」。腫瘍認識の例としては、腫瘍結合、腫瘍縮小および腫瘍クリアランスが挙げられる。
本明細書で使用される場合、遺伝子名に下線を引くまたはこれをイタリック体にすることは、下線を引くこともイタリック体にすることもない遺伝子名によって示されるそのタンパク質産物と対照的に、遺伝子を示す。例えば、「ＬＳＤ１」（イタリック体）はＬＳＤ１（イタリック体）遺伝子を意味するが、「ＬＳＤ１」は、「ＬＳＤ１」（イタリック体）遺伝子の転写および翻訳および／または選択的スプライシングから産生されたタンパク質産物を示すものとする。
本明細書に記載される各実施形態は、具体的に明記しない限り、それぞれのおよび全ての実施形態に準用するものとする。
【０１０４】
２．Ｔ細胞機能を増強するための因子
本発明は、一部は、間葉系表現型の機能的に抑制されたＴ細胞の、ＬＳＤ１阻害因子を含むＬＳＤ阻害因子への曝露が、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力のバイオマーカー（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、Ｋｉ６７およびＴＢＥＴ）の上昇した発現、Ｔ細胞の疲弊のバイオマーカー（例えば、ＥＯＭＥＳ）の減少した発現、ならびにエフェクターおよびメモリーＴ細胞を含むＴ細胞の増加した活性化および増殖を含む、免疫エフェクター機能の抑制解除によるＴ細胞の後成的リプログラミングをもたらすことに基づく。本発明者らはまた、ＬＳＤ阻害因子媒介後成的リプログラミングが、疲弊したＴ細胞の、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対する感受性増強を与えることも発見した。
よって、本発明によると、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ脱メチル化酵素活性の阻害因子またはＬＳＤ核移行／局在化の阻害因子）およびＰＤ−１結合アンタゴニストを利用して、免疫エフェクター機能を増強させる、および／またはＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋Ｔ細胞）機能を増強させる（Ｔ細胞活性化の増加および疲弊したＴ細胞の、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対する感受性増強を含む）組成物および方法が提供される。よって、本発明の方法および組成物は、がんおよび感染症を含むＴ細胞機能障害性障害の治療に特に有用である。
【０１０５】
２．１  ＬＳＤ阻害因子
ＬＳＤ阻害因子は、ＬＳＤの蓄積、機能もしくは安定性を減少させる；またはＬＳＤ遺伝子の発現を減少させる任意の活性因子を含み、包含し、このような阻害因子には、限定されないが、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、多糖、リポ多糖、脂質または他の有機（炭素含有）もしくは無機分子などの小分子および高分子が含まれる。好ましいＬＳＤ阻害因子は、ＬＳＤに結合し、その酵素活性および／またはその核局在化を阻害するものである。具体的な実施形態では、これらのＬＳＤ阻害因子は特異的または選択的ＬＳＤ阻害因子である。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）転写産物の転写または翻訳を阻害するよう機能するアンタゴニスト核酸分子である。この種の代表的な転写産物には、以下の配列のいずれか１つに対応するヌクレオチド配列が含まれる：（１）例えばＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１５０１３．３、ＮＰ＿００１００９９９９．１およびＮＭ＿００１００９９９９．２に示されるヒトＬＳＤ１ヌクレオチド配列；例えばＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿１５３０４２．３に示されるヒトＬＳＤ２ヌクレオチド配列；（２）（１）に言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するヌクレオチド配列；（３）（１）に言及される配列と少なくとも低、中または高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；（４）以下のアミノ酸配列：例えばＧｅｎＰｅｐｔアクセッション番号ＮＰ＿０５５８２８．２、ＮＰ＿００１００９９９９．１およびＯ６０３４１．２に示されるヒトＬＳＤ１アミノ酸配列；例えばＧｅｎＰｅｐｔアクセッション番号ＮＰ＿６９４５８７．３に示されるヒトＬＳＤ２アミノ酸配列のいずれか１つをコードするヌクレオチド配列（５）（４）に言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列類似性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；および（４）に言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列。
【０１０７】
例示的なアンタゴニスト核酸分子には、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイムおよび三本鎖形成分子、ＲＮＡｉおよび外部ガイド配列が含まれる。核酸分子は、標的分子によって保有される特異的活性のエフェクター、阻害因子、モジュレーターおよび刺激因子として作用することができる、または機能的核酸分子は、他の分子と独立して新規の活性を有することができる。
アンタゴニスト核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチドまたは炭水化物鎖などの任意の高分子と相互作用することができる。よって、アンタゴニスト核酸分子はＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１もしくはＬＳＤ２）ｍＲＮＡもしくはＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１もしくはＬＳＤ２）のゲノムＤＮＡと相互作用することができる、またはこれらはＬＳＤポリペプチド（例えば、ＬＳＤ１もしくはＬＳＤ２）と相互作用することができる。通常、アンタゴニスト核酸分子は、標的分子とアンタゴニスト核酸分子との間の配列相同性に基づいて、他の核酸と相互作用するよう設計される。他の状況では、アンタゴニスト核酸分子と標的分子との間の特異的認識が、アンタゴニスト核酸分子と標的分子との間の配列相同性に基づかず、むしろ特異的認識が起こるのを可能にする三次構造の形成に基づく。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ分子が標的化ｍＲＮＡに結合し、タンパク質翻訳を防止することによって、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）の翻訳を直接遮断するために使用される。アンチセンス分子は、標準的なまたは非標準的な塩基対形成を通して標的核酸分子と相互作用するよう設計される。アンチセンス分子と標的分子の相互作用は、例えば、ＲＮＡｓｅＨ媒介ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッド分解を通して標的分子の破壊を促進するよう設計され得る。あるいは、アンチセンス分子は、転写または複製などの、標的分子で通常起こるようなプロセシング機能を中断するよう設計され得る。アンチセンス分子は、標的分子の配列に基づいて設計することができる。標的分子の最も接近可能な領域を見つけることによって、アンチセンス効率を最適化するための多数の方法が存在する。非限定的な例としては、インビトロ選択実験ならびにＤＭＳおよびＤＥＰＣを用いたＤＮＡ修飾試験が挙げられる。具体的な例では、アンチセンス分子が、１０-6、１０-8、１０-10または１０-12より低いまたはこれと等しい解離定数（Ｋd）で標的分子に結合する。具体的な実施形態では、翻訳開始部位、例えば−１０〜＋１０の間の領域に由来するアンチセンスオリゴデオキシリボヌクレオチドが使用される。
【０１０９】
アプタマーは、適切には特異的な方法で、標的分子と相互作用する分子である。アプタマーは、一般的にステムループまたはＧカルテットなどの定義される二次構造および三次構造に折り畳まれる１５〜５０塩基長の範囲に及ぶ小核酸である。アプタマーは、ＡＴＰおよびテオフィリンなどの小分子、ならびに逆転写酵素およびトロンビンなどの大分子に結合することができる。アプタマーは、１０-12Ｍ未満の標的分子からのＫｄで、極めて密に結合することができる。適切には、アプタマーは、１０-6、１０-8、１０-10または１０-12未満のＫｄで標的分子に結合する。アプタマーは、極めて高程度の特異性で標的分子に結合することができる。例えば、標的分子と、分子上のただ１つの位置のみで異なる別の分子との間の結合親和性において１００００倍超の差を有するアプタマーが単離されている。アプタマーが、バックグラウンド結合分子とのＫdよりも少なくとも１０倍、１００倍、１０００倍、１００００倍または１０００００倍低い標的分子とのＫdを有することが望ましい。目的の標的（例えば、ＰＨＤ、ＦＩＨ−１またはｖＨＬ）に対するアプタマーを作製する適切な方法は、「指数的濃縮によるリガンドの系統進化法（Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｌｉｇａｎｄｓ  ｂｙ  ＥＸｐｏｎｅｎｔｉａｌ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ」（ＳＥＬＥＸ（商標））である。ＳＥＬＥＸ（商標）法は、米国特許第５４７５０９６号および米国特許第５２７０１６３号に記載されている（国際公開第９１／１９８１３号も参照）。手短に言えば、核酸の混合物を、結合にとって好ましい条件下で、標的分子と接触させる。未結合核酸を結合した核酸から分割し、核酸−標的複合体を解離する。次いで、解離した核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を得て、これを所望の結合、分割、解離および増幅の反復サイクルに供して、標的分子に対して高度に特異的な高親和性核酸リガンドを得る。
【０１１０】
他の実施形態では、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）ＲＮＡの特異的切断を触媒するために、抗ＬＳＤ（例えば、抗ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）リボザイムが使用される。リボザイムの作用機序は、リボザイム分子と相補的標的ＲＮＡの配列特異的ハイブリダイゼーション、引き続いてヌクレオチド鎖切断を含む。ハンマーヘッド型リボザイム、ヘアピン型リボザイムおよびテトラヒメナ属（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ）リボザイムなどの、自然系で見られるリボザイムに基づく、ヌクレアーゼまたは核酸ポリメラーゼ型反応を触媒するいくつかの異なる種類のリボザイムが存在する。自然系で見られないが、新規の特異的反応を触媒するよう操作された、いくつかのリボザイムも存在する。代表的なリボザイムは、ＲＮＡまたはＤＮＡ基質を切断する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ基質を切断するリボザイムが使用される。潜在的なＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切断部位が、最初に、以下の配列、ＧＵＡ、ＧＵＵおよびＧＵＣを含むリボザイム切断部位について標的分子をスキャンすることによって特定される。いったん特定されると、切断部位を含む標的遺伝子の領域に対応する１５〜２０個の間のリボヌクレオチドの短ＲＮＡ配列が、オリゴヌクレオチド配列を不適切にし得る二次構造などの予想される構造的特徴について評価され得る。候補標的の適切性はまた、リボヌクレアーゼ保護アッセイを使用して、相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションへのその接近性を試験することによっても評価され得る。
【０１１１】
三本鎖形成機能的核酸分子は、二本鎖または一本鎖核酸と相互作用することができる分子である。三本鎖分子が標的領域と相互作用する場合、ワトソン−クリック塩基対形成とフーグスティーン塩基対形成の両方に依存する複合体を形成するＤＮＡの３つの鎖が存在する三本鎖と呼ばれる構造が形成される。三本鎖分子は、高い親和性および特異性で、標的領域に結合することができるので、好ましい。三本鎖形成分子が、１０-6、１０-8、１０-10または１０-12未満のＫｄで標的分子に結合することが一般的に望ましい。
外部ガイド配列（ＥＧＳ）は、標的核酸分子に結合して複合体を形成する分子であり、この複合体が、標的分子を切断するＲＮＡｓｅ  Ｐによって認識される。ＥＧＳは、選択したＲＮＡ分子を特異的に標的化するよう設計することができる。ＲＮＡｓｅ  Ｐは、細胞内での転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）のプロセシングを助ける。標的ＲＮＡ：ＥＧＳ複合体に天然ｔＲＮＡ基質を模倣させるＥＧＳを使用することによって、細菌ＲＮＡｓｅ  Ｐを動員して、事実上いずれのＲＮＡ配列も切断することができる。同様に、ＲＮＡの真核生物ＥＧＳ／ＲＮＡｓｅ  Ｐ誘導切断を利用して、真核細胞内の所望の標的を切断することができる。
【０１１２】
他の実施形態では、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１もしくはＬＳＤ２）遺伝子またはＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１もしくはＬＳＤ２）転写産物のＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介するＲＮＡ分子を使用して、遺伝子発現を減少させるまたは抑止することができる。ＲＮＡｉは、標的遺伝子の転写産物と相同な一本鎖または通常は二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を導入することによって、標的遺伝子に干渉するまたはその産物を破壊することを指す。二本鎖ＲＮＡ干渉（ｄｓＲＮＡｉ）または小干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含むＲＮＡｉ法は、哺乳動物細胞および線虫（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ）を含むいくつかの生物で広範に実証されている（Fire et al., 1998. Nature 391, 806-811）。哺乳動物細胞では、ＲＮＡｉを、２１〜２３ヌクレオチド（ｎｔ）二本鎖の小干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）（Chiu et al., 2002 Mol. Cell. 10:549-561；Elbashir et al., 2001. Nature 411:494-498）、またはマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、機能的小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、またはＤＮＡ鋳型とＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターを使用してインビボで発現される他のｄｓＲＮＡ（Zeng et al., 2002. Mol. Cell 9:1327-1333 ；Paddison et al., 2002. Genes Dev. 16:948-958；Lee et al., 2002. Nature Biotechnol. 20:500-505；Paul et al., 2002. Nature Biotechnol. 20:505-508；Tuschl, T., 2002. Nature Biotechnol. 20:440-448；Yu et al., 2002. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(9):6047-6052；McManus et al., 2002. RNA 8:842-850；Sui et al., 2002. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(6):5515-5520）によって誘因することができる。
【０１１３】
具体的な実施形態では、ｄｓＲＮＡ自体および特にＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）の少なくとも一部に対応するｄｓＲＮＡ産生構築物を使用して、その発現を減少させるまたは抑止する。遺伝子発現のＲＮＡｉ媒介阻害は、当技術分野で報告されている技術のいずれかを使用して、例えばステムループまたはヘアピンＲＮＡ構造をコードする核酸構築物を標的細胞のゲノムにトランスフェクトすることによって、あるいは収束的プロモーター（ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ）間から、または単一プロモーターの後ろから頭−頭もしくは尾−尾複製として、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）遺伝子に対する相同性を有するトランスフェクト核酸構築物を発現させることによって達成され得る。折り重なって、ｄｓＲＮＡを産生する能力を有する単一ＲＮＡを産生する限り、または後にアニーリングして標的遺伝子との相同性を有するｄｓＲＮＡを形成する２つの別個のＲＮＡ転写産物を産生する限り、任意の類似の構築物を使用することができる。
【０１１４】
絶対的相同性はＲＮＡｉには要求されず、より低い閾値が約２００塩基対のｄｓＲＮＡについて約８５％の相同性で記載されている（Plasterk and Ketting, 2000, Current Opinion in Genetics and Dev.10: 562-67）。そのため、ｄｓＲＮＡの長さに応じて、ＲＮＡｉコード核酸は、標的遺伝子転写産物に対して含む相同性のレベルが変化することができる、すなわち、１００〜２００塩基対のｄｓＲＮＡは、標的遺伝子と少なくとも約８５％の相同性を有し、より長いｄｓＲＮＡ、すなわち３００〜１００塩基対は、標的遺伝子と少なくとも約７５％の相同性を有する。別個に発現されるＲＮＡとアニーリングするよう設計された単一ＲＮＡ転写産物を発現するＲＮＡコード構築物、または収束的プロモーターから別個の転写産物を発現する単一構築物は、適切には少なくとも約１００ヌクレオチド長である。内部折り畳みを介してｄｓＲＮＡを形成するよう設計された単一ＲＮＡを発現するＲＮＡコード構築物は、通常少なくとも約２００ヌクレオチド長である。
【０１１５】
ｄｓＲＮＡ形成構築物を発現するために使用されるプロモーターは、得られるｄｓＲＮＡが破壊の標的とされる細胞系列中での遺伝子産物に特異的であれば、いかなる種類のプロモーターであってもよい。あるいは、プロモーターは、特定の発達系列の細胞でのみ発現されるという点で、系列特異的であってもよい。非標的化細胞系列で発現される遺伝子で相同性のいくらかの重複が見られる場合に、これが有利となり得る。プロモーターはまた、外的制御因子または細胞内環境因子によって誘導可能であってもよい。
いくつかの実施形態では、例えば米国特許出願公開第２００２／００８６３５６号でＴｕｓｃｈｌらによって記載される、対応する特異的ｍＲＮＡの切断を指示する約２１〜約２３ヌクレオチドのＲＮＡ分子を、ＲＮＡｉを媒介するために利用することができる。このような２１〜２３ｎｔ  ＲＮＡ分子は、３’ヒドロキシル基を含むことができ、一本鎖または二本鎖（２つの２１〜２３ｎｔ  ＲＮＡとして）であることができ、ｄｓＲＮＡ分子が平滑末端である、または突出末端（例えば、５’、３’）を含むことができる。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、アンタゴニスト核酸分子がｓｉＲＮＡである。ｓｉＲＮＡは任意の適切な方法によって調製することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、３’突出末端と塩基対形成すると、標的ｍＲＮＡの配列特異的分解が可能なｓｉＲＮＡを開示する国際公開第０２／４４３２１号を参照することができる。配列特異的遺伝子サイレンシングは、酵素ダイサーによって産生されるｓｉＲＮＡを模倣する合成の短二本鎖ＲＮＡを使用して、哺乳動物細胞で達成することができる。ｓｉＲＮＡは化学的にもしくはインビトロで合成することができる、または細胞内でｓｉＲＮＡにプロセシングされる短二本鎖ヘアピン様ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）の結果であり得る。合成ｓｉＲＮＡは、一般的にアルゴリズムおよび従来のＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置を使用して設計される。供給業者には、Ａｍｂｉｏｎ（Ａｕｓｔｉｎ、Ｔｅｘ．）、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ（Ａｓｈｌａｎｄ、Ｍａｓｓ．）、Ｄｈａｒｍａｃｏｎ（Ｌａｆａｙｅｔｔｅ、Ｃｏｌｏ．）、Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓｔｅｒｌｉｎｇ、Ｖａ．）、ＭＷＢ  Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｅｓｂｅｒｓｂｅｒｇ、ドイツ）、Ｐｒｏｌｉｇｏ（Ｂｏｕｌｄｅｒ、Ｃｏｌｏ．）およびＱｉａｇｅｎ（Ｖｅｎｔｏ、オランダ）が含まれる。ｓｉＲＮＡはまた、ＡｍｂｉｏｎのＳＩＬＥＮＣＥＲ（商標）ｓｉＲＮＡ構築キットなどのキットを使用して、インビトロで合成することもできる。
【０１１７】
ベクターからのｓｉＲＮＡの産生は、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）の転写を通してより一般的に行われる。例えば、ＩｍｇｅｎｅｘのＧＥＮＥＳＵＰＰＲＥＳＳＯＲ（商標）構築キットならびにＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのＢＬＯＣＫ−ＩＴ（商標）誘導性ＲＮＡｉプラスミドおよびレンチウイルスベクターなどの、ｓｈＲＮＡを含むベクターを作製するためのキットが利用可能である。さらに、ｓｉＲＮＡの製剤化および対象への送達の方法も当技術分野で周知である。例えば、その各々が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２００５／０２８２１８８号；米国特許出願公開第２００５／０２３９７３１号；米国特許出願公開第２００５／０２３４２３２号；米国特許出願公開第２００５／０１７６０１８号；米国特許出願公開第２００５／００５９８１７号；米国特許出願公開第２００５／００２０５２５号；米国特許出願公開第２００４／０１９２６２６号；米国特許出願公開第２００３／００７３６４０号；米国特許出願公開第２００２／０１５０９３６号；米国特許出願公開第２００２／０１４２９８０号；および米国特許出願公開第２００２／０１２０１２９号を参照されたい。
例示的なＲＮＡｉ分子（例えば、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡ）は、当技術分野で記載されている（例えば、Yang, et al., 2010. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107: 21499-21504およびHe et al., 2012. Transcription 3:3: 1-16）、またはＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ、ＣＡ、米国）およびＯｒｉＧｅｎｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ、米国）から市販されている。
【０１１８】
本発明はさらに、ペプチドまたはポリペプチドに基づく阻害因子化合物を熟慮する。例えば、ＢＨＣ８０（ＰＨＤフィンガータンパク質２１Ａとしても知られている）は、ＬＳＤ１との複合体の一部を形成し、ＬＳＤ１脱メチル化酵素活性を阻害することができる。したがって、本発明はさらに、ＬＳＤ１酵素活性を阻害するためのＢＨＣ８０またはその生物学的活性断片の使用を熟慮する。ＢＨＣ８０ポリペプチドのアミノ酸配列、およびＢＨＣ８０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は公的に入手可能である。この点について、例えばヒト（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）ＢＨＣ８０アミノ酸配列についてはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ０５７７０５；およびＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ０５７７０５に示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列についてはＧｅｎＢａｎｋ  ＮＭ０１６６２１；２）マウス（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ）ＢＨＣ８０アミノ酸配列についてはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ６２００９４；およびＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ６２００９４に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列についてはＧｅｎＢａｎｋ  ＮＭ１３８７５５；３）ニワトリ（Ｇａｌｌｕｓ  ｇａｌｌｕｓ）ＢＨＣ８０アミノ酸配列についてはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ００１１８５７６．１；およびＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ００１１８５７６．１に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列についてはＧｅｎＢａｎｋ  ＮＭ００１１９９６４７；ならびに４）ウシ（Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ）ＢＨＣ８０アミノ酸配列についてはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＤＡＡ２１７９３を参照することができる。
【０１１９】
例示的なＢＨＣ８０ポリペプチドは、（１）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリペプチド記載事項のいずれか１つに列挙されるアミノ酸配列と少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列類似性を共有するアミノ酸配列を含むポリぺプチド；（２）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリペプチド記載事項のいずれか１つに列挙されるアミノ酸配列と少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；（３）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリヌクレオチド記載事項のいずれか１つに列挙されるヌクレオチド配列と少なくとも低、中または高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド；（４）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリヌクレオチド記載事項のいずれか１つに列挙されるヌクレオチド配列と少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド；および（５）ＬＳＤ１酵素活性を阻害する、（１）〜（４）のいずれか１つによるポリペプチドの断片からなる群から選択される。
【０１２０】
ＢＨＣ８０ポリペプチドは、ポリペプチド自体を送達することによって、またはＢＨＣ８０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むＢＨＣ８０核酸を細胞に導入することによって、細胞に導入することができる。いくつかの実施形態では、ＢＨＣ８０核酸が、（１）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリヌクレオチド記載事項のいずれか１つに列挙されるＢＨＣ８０ヌクレオチド配列；（２）（１）で言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するヌクレオチド配列；（３）（１）で言及される配列と少なくとも低、中または高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；（４）上記のＧｅｎＢａｎｋ  ＢＨＣ８０ポリペプチド記載事項のいずれか１つに列挙されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；（５）（４）に言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列類似性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；および（４）に言及される配列のいずれか１つと少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％の配列同一性を共有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含む。
【０１２１】
ＢＨＣ８０核酸は、組換え発現ベクターの形態であることができる。ＢＨＣ８０ヌクレオチド配列は、発現ベクター中で転写制御エレメント、例えばプロモーターと作動可能に連結することができる。適切なベクターには、例えば組換えレトロウイルス、レンチウイルス、およびアデノウイルス；レトロウイルス発現ベクター、レンチウイルス発現ベクター、核酸発現ベクター、およびプラスミド発現ベクターが含まれる。ある場合には、発現ベクターが細胞のゲノムに組み込まれる。他の場合には、発現ベクターが細胞内にエピソーム形態でとどまる。
【０１２２】
適切な発現ベクターには、それだけに限らないが、ウイルスベクター（例えば、ワクシニアウイルス；ポリオウイルス；アデノウイルス（例えば、Li et al., Invest Opthalmol V is Sci 35:2543 2549, 1994；Borras et al., Gene Ther 6:515 524, 1999；Li and Davidson, PNAS 92:7700 7704, 1995；Sakamoto et al., H Gene Ther 5:1088 1097, 1999；国際公開第９４／１２６４９号、国際公開第９３／０３７６９号；国際公開第９３／１９１９１号；国際公開第９４／２８９３８号；国際公開第９５／１１９８４号および国際公開第９５／００６５５号参照）；アデノ随伴ウイルス（例えば、Ali et al., Hum Gene Ther 9:8186, 1998、Flannery et al., PNAS 94:6916 6921, 1997；Bennett et al., Invest Opthalmol V is Sci 38:2857 2863, 1997；Jomary et al., Gene Ther 4:683 690, 1997、Rolling et al., Hum Gene Ther 10:641 648, 1999；Ali et al., Hum Mol Genet. 5:591 594, 1996；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａの国際公開第９３／０９２３９号、Samulski et al., J. Vir. (1989) 63:3822-3828；Mendelson et al., Virol. (1988) 166:154-165；およびFlotte et al., PNAS (1993) 90:10613-10617）；ＳＶ４０；単純ヘルペスウイルス；ヒト免疫不全ウイルス（例えば、Miyoshi et al., PNAS 94:10319 23, 1997；Takahashi et al., J Virol 73:7812 7816, 1999参照）に基づくウイルスベクター；レトロウイルスベクター（例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、ならびにレトロウイルス、例えばラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、および乳がんウイルスに由来するベクター）；などが含まれる。
【０１２３】
本発明はまた、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１またはＬＳＤ２）の酵素活性を減少させる小分子因子を熟慮する。
本発明に使用するのに適したＬＳＤ１の酵素活性を減少させる小分子因子には、同様にＬＳＤ１酵素活性を阻害するモノアミンオキシダーゼ（ＭＡＯ）阻害剤；ＬＳＤ１酵素活性を阻害するポリアミン化合物；ＬＳＤ１酵素活性を阻害するフェニルシクロプロピルアミン誘導体；などが含まれる。
【０１２４】
ＭＡＯ阻害剤の非限定的な例としては、ＭＡＯ−Ａ選択的阻害剤、ＭＡＯ−Ｂ選択的阻害剤およびＭＡＯ非選択的阻害剤が挙げられる。ＭＡＯ阻害剤の例示的な例としては、５−ヒドロキシトリプトアミン（セロトニン）（５−ＨＴ）およびノルエピネフリン（ＮＥ）を優先的に脱アミノ化するＭＡＯ−Ａアイソフォーム、ならびに／あるいはフェニルエチルアミン（ＰＥＡ）およびベンジルアミンを優先的に脱アミノ化するＭＡＯ−Ｂアイソフォーム（ＭＡＯ−ＡとＭＡＯ−Ｂの両方がドーパミン（ＤＡ）を代謝する）の報告される阻害剤が挙げられる。種々の実施形態では、ＭＡＯ阻害剤が、不可逆的または可逆的（例えば、ＭＡＯ−Ａの可逆的阻害剤（ＲＩＭＡ））であり得、ＭＡＯ−Ａおよび／またはＭＡＯ−Ｂに対する様々な効力を有し得る（例えば、非選択的二重阻害剤もしくはアイソフォーム選択的阻害剤）。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、ＭＡＯ阻害剤が、クロルギリン；Ｌ−デプレニル；イソカルボキサジド（Ｍａｒｐｌａｎ（商標））；アヤワスカ；ニアラミド；イプロニアジド；イプロクロジド；モクロベミド（Ａｕｒｏｒｉｘ（商標）；４−クロロ−Ｎ−（２−モルホリン−４−イルエチル）ベンズアミド）；フェネルジン（Ｎａｒｄｉｌ（商標）；（±）−２−フェニルエチルヒドラジン）；トラニルシプロミン（Ｐａｒｎａｔｅ（商標）；（±）−ｔｒａｎｓ−２−フェニルシクロプロパン−１−アミン）（フェネルジンの同属）；トロキサトン；レボ−デプレニル（Ｓｅｌｅｇｉｌｉｎｅ（商標））；ハルマラ；ＲＩＭＡ（例えば、Ｄａ  Ｐｒａｄａら（1989. J Pharmacol Exp Ther 248:400-414）に記載されるモクロベミド）；ブロファロミン；およびＣｕｒｅｔら（1998. J Affect Disord 51: 287-30）に記載されるベフロキサトン、Ann. Neurol., 40(1): 99-107 (1996)に記載されるラザベミド（Ｒｏ１９６３２７）、およびＡｕｂｉｎら（2004. J. Pharmacol. Exp. Ther. 310: 1171-1182）に記載されるＳＬ２５．１１３１；セレギリン塩酸塩（１−デプレニル、ＥＬＤＥＰＲＹＬ、ＺＥＬＡＰＡＲ）；ジメチルセレギリン（ｄｉｍｅｔｈｙｌｓｅｌｅｇｉｌｅｎｅ）；サフィナミド；ラサギリン（ＡＺＩＬＥＣＴ）；ビフェメラン；デスオキシペガニン（ｄｅｓｏｘｙｐｅｇａｎｉｎｅ）；ハルミン（テレパシンまたはバニステリン（ｂａｎａｓｔｅｒｉｎｅ）としても知られる）；リネゾリド（ＺＹＶＯＸ、ＺＹＶＯＸＩＤ）；パルギリン（ＥＵＤＡＴＩＮ、ＳＵＰＩＲＤＹＬ）；ジエノリドカバピロンデスメトキシヤンゴニン（ｄｉｅｎｏｌｉｄｅ  ｋａｖａｐｙｒｏｎｅ  ｄｅｓｍｅｔｈｏｘｙｙａｎｇｏｎｉｎ）；５−（４−アリールメトキシフェニル）−２−（２−シアノエチル）テトラゾール；などから選択される。
【０１２６】
小分子ＬＳＤ１阻害因子はまた、例えば全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２００７／０２０８０８２号でＷｏｓｔｅｒらによって記載されるポリアミン化合物から選択され得る。ＬＳＤ１の例示的なポリアミン阻害因子には、式（Ｉ）によって表される化合物：
【化１】
2021504399.tif 000003
(I)
またはその塩、溶媒和物もしくは水和物（式中、ｎは、１〜１２の整数であり；ｍおよびｐは独立に、１〜５の整数であり；ｑは０または１であり；各Ｒ1はＣ1−Ｃ8アルキル、Ｃ4−Ｃ15シクロアルキル、Ｃ3−Ｃ15分岐アルキル、Ｃ6−Ｃ20アリール、Ｃ6−Ｃ20ヘテロアリール、Ｃ7−Ｃ24アラルキル、Ｃ7−Ｃ24ヘテロアラルキル、および
【化２】
2021504399.tif 000004
からなる群から独立に選択され、
Ｒ3はＣ1−Ｃ8アルキル、Ｃ4−Ｃ15シクロアルキル、Ｃ3−Ｃ15分岐アルキル、Ｃ6−Ｃ20アリール、Ｃ6−Ｃ20ヘテロアリール、Ｃ7−Ｃ24アラルキルおよびＣ7−Ｃ24ヘテロアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ2は水素またはＣ1−Ｃ8アルキルから独立に選択される）
が含まれる。
【０１２７】
適切なポリアミン化合物は、一方または両方のＲ1が、限定されないが、フェニルを含む単環アリールなどのＣ6−Ｃ20アリールである、式（Ｉ）の化合物である。一実施形態では、化合物が式（Ｉ）の化合物であり、各Ｒ1がフェニルである。一実施形態では、ｑが１であり、ｍおよびｐが３であり、ｎが４である。別の実施形態では、ｑが１であり、ｍおよびｐが３であり、ｎが７である。
【０１２８】
適切なポリアミン化合物は、少なくとも一方または両方のＲ1が直鎖アルキルなどのＣ8−Ｃ12またはＣ1−Ｃ8アルキルである、式（Ｉ）の化合物である。一方または両方のＲ1は、メチルまたはエチルなどのＣ1−Ｃ8直鎖アルキルであり得る。一実施形態では、各Ｒ1がメチルである。一方または両方のＲ1は、シクロアルキル基がそのアルキルまたはシクロアルキル部分を介して分子に結合している直鎖アルキル基を含むシクロアルキル基などのＣ4−Ｃ15シクロアルキル基を含んでもよいし、そのようなＣ4−Ｃ15シクロアルキル基であってもよい。例えば、一方または両方のＲ1はシクロプロピルメチルまたはシクロヘキシルメチルであり得る。一実施形態では、一方のＲ1がシクロプロピルメチルまたはシクロヘキシルメチルであり、他方のＲ1が、限定されないが、エチル基を含む直鎖Ｃ1−Ｃ8非置換アルキル基などの直鎖アルキル基である。一実施形態では、Ｒ1がイソプロピルなどのＣ3−Ｃ15分岐アルキル基である。Ｒ1がＣ1−Ｃ8置換アルキルである場合、置換アルキルは、第一級、第二級、第三級または第四級アミンを含む任意の置換基で置換され得る。したがって、一実施形態では、Ｒ1が、例えばアルキル−ＮＨ2またはアルキル−アミン−アルキル部分、例えば−（ＣＨ2）yＮＨ（ＣＨ2）zＣＨ3（式中、ｙおよびｚは独立に、１〜８の整数である）となり得るように、アミンで置換されたＣ1−Ｃ8アルキル基である。一実施形態では、Ｒ1が−（ＣＨ2）3ＮＨ2である。
【０１２９】
一実施形態では、化合物が、一方または両方のＲ1がＣ7−Ｃ24置換または非置換アラルキルであり、一実施形態では、そのアルキル部分を介して分子に結合しているアラルキル（例えば、ベンジル）である、式（Ｉ）の化合物である。一実施形態では、両Ｒ1が、アラルキル部分のアルキル部分が２つのアリール基で置換されており、アラルキル部分が、そのアルキル基を介して分子に結合している、アラルキル部分である。例えば、一実施形態では、一方または両方のＲ1が、アルキル部分が２つのフェニル基で置換されている、Ｃ7−Ｃ24アラルキルである、例えばＲ1が２，２−ジフェニルエチルまたは２，２−ジベンジルエチルである。一実施形態では、式（Ｉ）の両Ｒ1が２，２−ジフェニルエチルであり、ｎが１、２または５である。一実施形態では、式（Ｉ）の各Ｒ1が２，２−ジフェニルエチルであり、ｎが１、２または５であり、ｍおよびｐがそれぞれ１である。
一実施形態では、少なくとも一方のＲ1が水素である。一方のＲ1が水素である場合、他方のＲ1は、ベンジルなどのアリール基を含む、Ｒ1について上に列挙される任意の部分であり得る。上に列挙される式（Ｉ）の化合物のいずれも、Ｒ2の少なくとも一方または両方が水素またはＣ1−Ｃ8置換もしくは非置換アルキルである化合物を含む。一実施形態では、各Ｒ2がメチルなどの非置換アルキルである。別の実施形態では、各Ｒ2が水素である。上に列挙される式（Ｉ）の化合物のいずれも、ｑが１であり、ｍおよびｐが同じである化合物であり得る。したがって、式（Ｉ）のポリアミノグアニジンは、ポリアミノグアニジンコアに関して対称であり得る（例えば、Ｒ1を除く）。あるいは、式（Ｉ）の化合物は、例えばｑが０である場合、非対称であり得る。一実施形態では、ｍおよびｐが１である。一実施形態では、ｑが０である。一実施形態では、ｎが１〜５の整数である。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、化合物がポリアミノビグアニドまたはＮ−アルキル化ポリアミノビグアニドである。Ｎ−アルキル化ポリアミノビグアニドは、少なくとも１つのビグアニドの少なくとも１つのイミン窒素がアルキル化されているポリアミノビグアニドを意図している。一実施形態では、化合物が、ｑが１であり、少なくとも一方のまたは各Ｒ1が構造：
【化３】
2021504399.tif 000005
（式中、各Ｒ3はＣ1−Ｃ8アルキル、Ｃ6−Ｃ20アリール、Ｃ6−Ｃ20ヘテロアリール、Ｃ7−Ｃ24アラルキルおよびＣ7−Ｃ24ヘテロアラルキルからなる群から独立に選択され；各Ｒ2は独立に、水素またはＣ1−Ｃ8アルキルである）
である、式（Ｉ）のポリアミノビグアニド、またはその塩、溶媒和物もしくは水和物である。
【０１３１】
一実施形態では、ポリアミノビグアニド化合物中、少なくとも一方または各Ｒ3がＣ1−Ｃ8アルキルである。例えば、Ｒ3がＣ1−Ｃ8アルキルである場合、アルキルは、第一級、第二級、第三級または第四級アミンを含む任意の置換基で置換され得る。したがって、一実施形態では、Ｒ3が、例えばアルキル−ＮＨ2またはアルキル−アミン−アルキル部分、例えば−（ＣＨ2）yＮＨ（ＣＨ2）zＣＨ3（式中、ｙおよびｚは独立に、１〜８の整数である）となり得るように、アミンで置換されたＣ1−Ｃ8アルキル基である。一実施形態では、Ｒ3が−（ＣＨ2）3ＮＨ2である。Ｒ3はまた、Ｃ4−Ｃ15シクロアルキルまたはＣ3−Ｃ15分岐アルキルであり得る。一実施形態では、少なくとも一方または各Ｒ3がＣ6−Ｃ20アリールである。一実施形態では、ｑが１であり、ｍおよびｐが３であり、ｎが４である。別の実施形態では、ｑが１であり、ｍおよびｐが３であり、ｎが７である。
【０１３２】
一実施形態では、化合物が、少なくとも一方のＲ3がＣ7−Ｃ24アラルキルであり、一実施形態では、そのアルキル部分を介して分子に結合しているアラルキルである、式（Ｉ）のポリアミノビグアニドである。一実施形態では、各Ｒ3が、アラルキル部分のアルキル部分が１つまたは２つのアリール基で置換されており、アラルキル部分が、そのアルキル基を介して分子に結合している、アラルキル部分である。例えば、一実施形態では、少なくとも一方または各Ｒ3が、アルキル部分が２つのフェニルまたはベンジル基で置換されている、アラルキルである、例えばＲ3が２，２−ジフェニルエチルまたは２，２−ジベンジルエチルである。一実施形態では、各Ｒ3が２，２−ジフェニルエチルであり、ｎが１、２または５である。一実施形態では、各Ｒ3が２，２−ジフェニルエチルであり、ｎが１、２または５であり、ｍおよびｐがそれぞれ１である。
上に列挙される式（Ｉ）のポリアミノビグアニド化合物のいずれも、Ｒ2の少なくとも一方または両方が水素またはＣ1−Ｃ8アルキルである化合物を含む。一実施形態では、各Ｒ2がメチルなどの非置換アルキルである。別の実施形態では、各Ｒ2が水素である。
【０１３３】
上に列挙される式（Ｉ）のポリアミノビグアニド化合物のいずれも、ｑが１であり、ｍおよびｐが同じである化合物を含む。したがって、式（Ｉ）のポリアミノグアニドは、ポリアミノグアニドコアに関して対称であり得る。あるいは、式（Ｉ）の化合物は非対称であり得る。一実施形態では、ｍおよびｐが１である。一実施形態では、ｑが０である。一実施形態では、ｎが１〜５の整数である。一実施形態では、ｑ、ｍおよびｐがそれぞれ１であり、ｎが１、２または５である。
式（Ｉ）に関して開示される各Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、ｍ、ｎ、ｐおよびｑは、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、ｍ、ｎ、ｐおよびｑのそれぞれおよび全ての組み合わせが具体的かつ個別的に列挙されているのと同程度にその全ての組み合わせを意図しており、これを含むことが理解され、本開示によって明確に伝えられる。
【０１３４】
式（Ｉ）の代表的な化合物には、例えば、
【化４】
2021504399.tif 000006
が含まれる。
【０１３５】
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、式（ＩＩ）：
【化５】
2021504399.tif 000007
(II)
の構造によって表される化合物、またはその塩、溶媒和物もしくは水和物
（式中、ｎは１、２または３であり；
各Ｌは独立に、約２〜１４炭素長、例えば約２、３、４、５、６、８、１０、１２または１４炭素長のリンカーであり、リンカー骨格原子は飽和または不飽和であり得、通常１個、２個、３個または４個以下の不飽和原子がテザー骨格中に存在し、骨格原子の各々は置換または非置換であり得（例えば、Ｃ1−Ｃ8アルキル）、リンカー骨格は環式基（例えば、環の３個の原子が骨格に含まれるシクロヘキサ−１，３−ジイル基）を含み得；
各Ｒ12は水素およびＣ1−Ｃ8アルキルから独立に選択され；
各Ｒ11は水素、Ｃ2−Ｃ8アルケニル、Ｃ1−Ｃ8アルキルまたはＣ3−Ｃ8分岐アルキル（例えば、メチル、エチル、ｔｅｒｔ−ブチル、イソプロピル、ペンチル、シクロブチル、シクロプロピルメチル、３−メチルブチル、２−エチルブチル、５−ＮＨ2−ペンタ−１−イル、プロピル−１−イルメチル（フェニル）ホスフィネート、ジメチルビシクロ［３．１．１］ヘプチル）エチル、２−（デカヒドロナフチル）エチルなど）、Ｃ6−Ｃ20アリールまたはヘテロアリール、Ｃ1−Ｃ24アラルキルまたはヘテロアラルキル（２−フェニルベンジル、４−フェニルベンジル、２−ベンジルベンジル、３−ベンジルベンジル、３，３−ジフェニルプロピル、３−（ベンゾイミダゾリル）−プロピル、４−イソプロピルベンジル、４−フルオロベンジル、４−ｔｅｒｔ−ブチルベンジル、３−イミダゾリル−プロピル、２−フェニルエチルなど）、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｃ1−Ｃ8アルキル、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｃ1−Ｃ8アルケニル、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｃ1−Ｃ8アルキニル、アミノ置換シクロアルキル（例えば、第一級、第二級、第三級または第四級アミンで置換されたシクロアルキル基、例えば５−ＮＨ2−シクロヘプチル、３−ＮＨ2−シクロペンチルなど）およびＣ2−Ｃ8アルカノイル（例えば、メチルおよびアルキルアジド基で置換されたアルカノイル）から独立に選択される）
によって表される。
【０１３６】
一定の実施形態では、各Ｌが−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）m−、−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）n−ＣＨＲ13−、−（ＣＨ2）mＣＨＲ13−、−ＣＨ2−Ａ−ＣＨ2−および−（ＣＨ2）p−
（式中、
ｍは１〜５の整数であり；
Ａは（ＣＨ2）m、エタン−１，１−ジイルまたはシクロヘキサ−１，３−ジイルであり；
ｐは２〜１４の整数、例えば１、２、３、４または５であり；
ｎは１〜１２の整数であり；
Ｒ13はＣ1−Ｃ8アルキルである）
から独立に選択される。
式（ＩＩ）に関連する置換アラルキルまたはヘテロアラルキルは、アリールまたはヘテロアリール基で置換されたアルカノイル部分、すなわち−Ｃ（＝Ｏ）−アリール、−Ｃ（＝Ｏ）−アラルキル、−Ｃ（＝Ｏ）−ヘテロアリールおよび−Ｃ（＝Ｏ）−ヘテロアラルキルを意図し、これらを含む。一実施形態では、アラルキルまたはヘテロアラルキル部分のアルキル部分が、そのアルキル部分を介して分子に結合している。例えば、Ｒ11の少なくとも一方または両方は、２−フェニルベンジル、４−フェニルベンジル、３，３−ジフェニルプロピル、２−（２−フェニルエチル）ベンジル、２−メチル−３−フェニルベンジル、２−ナフチルエチル、４−（ピレニル）ブチル、２−（３−メチルナフチル）エチル、２−（１，２−ジヒドロアセナフタ−４−イル）エチルなどのアラルキル部分であり得る。別の実施形態では、Ｒ11の少なくとも一方または両方が、３−（ベンゾイミダゾリル）プロパノイル、１−（ベンゾイミダゾリル）メタノイル、２−（ベンゾイミダゾリル）エタノイル、２−（ベンゾイミダゾリル）エチルなどのヘテロアラルキル部分であり得る。
【０１３７】
一定の実施形態では、式（ＩＩ）の化合物が、ｔ−ブチル、イソプロピル、２−エチルブチル、１−メチルプロピル、１−メチルブチル、３−ブテニル、イソペンタ−２−エニル、２−メチルプロパン−３−オイル（ｏｌｙｌ）、エチルチイル、フェニルチイル、プロピノイル、１−メチル−１Ｈ−ピロール−２−イル；トリフルオロメチル、シクロプロパンカルバルデヒド、ハロ置換フェニル、ニトロ置換フェニル、アルキル置換フェニル、２，４，６−トリメチルベンジル、ハロ−５−置換フェニル（パラ−（Ｆ3Ｓ）−フェニル、アジドおよび２−メチルブチルなど）からなる群から選択される少なくとも１つの部分を含む。
一定の実施形態では、式（ＩＩ）中、各Ｒ11が水素、ｎ−ブチル、エチル、シクロヘキシルメチル、シクロペンチルメチル、シクロプロピルメチル、シクロヘプチルメチル、シクロヘキシルエタ−２−イルおよびベンジルから独立に選択される。
【０１３８】
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、ｎが３である式（ＩＩ）の構造の化合物であり、結果として化合物が、式（ＩＩＩ）：
【化６】
2021504399.tif 000008
(III)
（式中、Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）m−、−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）n−ＣＨＲ13−、−（ＣＨ2）m−ＣＨＲ13−、−ＣＨ2−Ａ−ＣＨ2−および−（ＣＨ2）p−から独立に選択され、
ｍ、Ａ、ｐ、ｎおよびＲ13は上に定義される通りである）
の構造を有する。
【０１３９】
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1が−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）m−であり；Ｌ2が−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）n−ＣＨＲ13−であり；Ｌ3が−（ＣＨ2）m−ＣＨＲ13−であり；Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、ｍおよびｎが上に定義される通りである、式（ＩＩＩ）の構造の化合物である。
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1、Ｌ2およびＬ3が独立に、−ＣＨ2−Ａ−ＣＨ2−であり；Ｒ12が水素であり；Ｒ11およびＡが上に定義される通りである、式（ＩＩＩ）の構造の化合物である。特定の実施形態では、ＡおよびＲ11の少なくとも１つがアルケニル部分を含む。
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1、Ｌ2およびＬ3が独立に、−（ＣＨ2）p−（式中、ｐは上に定義される通りである）であり；Ｒ12が水素である、式（ＩＩＩ）の構造の化合物である。特定の実施形態では、Ｌ1およびＬ3について、ｐが３〜７の整数であり、Ｌ3について、ｐが３〜１４の整数である。
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1およびＬ3が独立に、−（ＣＨ2）p−であり；Ｌ2が−ＣＨ2−Ａ−ＣＨ2−であり；Ｒ12が水素であり；Ｒ12、ｐおよびＡが上に定義される通りである、式（ＩＩＩ）の構造の化合物である。特定の実施形態では、Ｌ1およびＬ3について、ｐが２〜６の整数であり、Ｌ3について、Ａが（ＣＨ2）x（式中、ｘは１〜５の整数である）またはシクロヘキサ−１，３−ジイルである。
【０１４０】
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、ｎが２である、式（ＩＩ）の構造の化合物であり、結果として化合物が、式（ＩＶ）：
【化７】
2021504399.tif 000009
(IV)
（式中、Ｌ1およびＬ2は−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）m−ＣＨＲ13−（ＣＨ2）n−ＣＨＲ13−、−（ＣＨ2）n、ＣＨＲ13−、−ＣＨ2−Ａ−ＣＨ2−および−（ＣＨ2）p−から独立に選択され、
ｍ、Ａ、ｐ、ｎおよびＲ13は上に定義される通りである）
の構造を有する。
【０１４１】
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1が−（ＣＨ2）p−であり；Ｌ2が−（ＣＨ2）m−ＣＨＲ13−であり；Ｒ13、ｍおよびｐが上に定義される通りである、式（ＩＶ）の構造の化合物である。特定の実施形態では、Ｌ1について、ｐが３〜１０の整数であり、Ｌ2について、ｎが２〜９の整数である。
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、Ｌ1およびＬ2が−（ＣＨ2）p−（式中、ｐは上に定義される通りである）である、式（ＩＶ）の構造の化合物である。特定の実施形態では、ｐが３〜７の整数である。
一定の実施形態では、ポリアミン化合物が、ｎが１である、式（ＩＩ）の構造の化合物であり、結果として化合物が、式（Ｖ）：
【化８】
2021504399.tif 000010
(V)
（式中、Ｌ1は−（ＣＨ2）p−（式中、ｐは上に定義される通りである）である）
による構造を有する。特定の実施形態では、ｐが２〜６の整数である。
【０１４２】
特定の実施形態では、式（Ｖ）中、一方のＲ11がアミノ置換シクロアルキル（例えば、第一級、第二級、第三級または第四級アミンで置換されたシクロアルキル基）またはＣ2−Ｃ8アルカノイル（該アルカノイルはメチルまたはアルキルアジド基などの１つまたは複数の置換基で置換されていてもよい）であり；他方のＲ11がＣ1−Ｃ8アルキルまたはＣ7−Ｃ24アラルキルである。
式（ＩＩ）の代表的な化合物には、例えば
【化９】
2021504399.tif 000011
2021504399.tif 000012
2021504399.tif 000013
2021504399.tif 000014
が含まれる。
【０１４３】
阻害因子であるフェニルシクロプロピルアミン誘導体には、式（ＶＩ）：
【化１０】
2021504399.tif 000015
(VI)
【０１４４】
（式中、Ｒ１〜Ｒ５の各々はＨ、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、−Ｌ−アリール、−Ｌ−ヘテロシクリル、−Ｌ−カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアネート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから独立に選択され；
【０１４５】
Ｒ６はＨまたはアルキルであり；
Ｒ７はＨ、アルキルまたはシクロアルキルであり、
Ｒ８は−Ｌ−ヘテロシクリルであり、−Ｌ−ヘテロシクリルの環または環系はハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、−Ｌ−アリール、−Ｌ−ヘテロシクリル、−Ｌ−カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアネート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから選択される０〜３個の置換基を有する；あるいは
【０１４６】
Ｒ８は−Ｌ−アリールであり、−Ｌ−アリールの環または環系はハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、−Ｌ−アリール、−Ｌ−ヘテロシクリル、−Ｌ−カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアネート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから選択される１〜３個の置換基を有し；
各Ｌは−（ＣＨ2）n−（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＯ（ＣＨ2）n−および−（ＣＨ2）nＳ（ＣＨ2）n−から独立に選択され、各ｎは０、１、２および３から独立に選択される）
によって表される化合物、またはその薬学的に許容される塩が含まれる。
【０１４７】
いくつかの場合、Ｌが共有結合である。いくつかの場合、Ｒ６およびＲ７がヒドロである。いくつかの場合、Ｒ１〜Ｒ５の１つが−Ｌ−アリール、−Ｌ−ヘテロシクリルおよび−Ｌ−カルボシクリルから選択される。
式（ＶＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｒ８環または環系上の置換基がヒドロキシル、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、−Ｎ（Ｃ1-3アルキル）2、−ＮＨ（Ｃ1-3アルキル）、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ2、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ（Ｃ1-3アルキル）、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｃ1-3アルキル）2、−Ｓ（＝Ｏ）2（Ｃ1-3アルキル）、−Ｓ（＝Ｏ）2ＮＨ2、−Ｓ（Ｏ）2ＮＨ2、−Ｓ（Ｏ）2Ｎ（Ｃ1-3アルキル）2、−Ｓ（＝Ｏ）2ＮＨ（Ｃ1-3アルキル）、−ＣＮ、−ＮＨ2、および−ＮＯ2から選択される。
【０１４８】
一定の実施形態では、本発明の化合物は、
各Ｒ１〜Ｒ５が置換されていてもよく、−Ｈ、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、−Ｌ−アリール、−Ｌ−ヘテロアリール、−Ｌ−ヘテロシクリル、−Ｌ−カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアナト、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから独立に選択され；
Ｒ６が−Ｈおよびアルキルから選択され；
Ｒ７が−Ｈ、アルキルおよびシクロアルキルから選択され；
Ｒ８が−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲｘＲｙおよび−Ｃ（＝Ｏ）Ｒｚから選択され；
Ｒｘが、存在する場合、−Ｈ、アルキル、アルキニル、アルケニル、−Ｌ−カルボシクリル、−Ｌ−アリールおよび−Ｌ−ヘテロシクリルから選択され、これらの全ては置換されていてもよく（−Ｈを除く）；
Ｒｙが、存在する場合、−Ｈ、アルキル、アルキニル、アルケニル、−Ｌ−カルボシクリル、−Ｌ−アリールおよび−Ｌ−ヘテロシクリルから選択され、これらの全ては置換されていてもよく（−Ｈを除く）、ＲｘおよびＲｙが環状に連結していてもよく；
Ｒｚが、存在する場合、−Ｈ、アルコキシ、−Ｌ−カルボシクリル、−Ｌ−ヘテロシクリル、−Ｌ−アリールから選択され、アリール、ヘテロシクリルまたはカルボシクリルが置換されていてもよく；各Ｌが式（Ｉ）の主足場をカルボシクリル、ヘテロシクリルまたはアリール基に連結するリンカーであり、リンカー−Ｌ−の炭化水素部分が飽和、部分飽和または不飽和であり、−（ＣＨ2）n−（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＣ（＝Ｏ）（ＣＨ2）−、−（ＣＨ2）nＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨＣ（Ｏ）Ｏ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨＣ（＝Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨＣ（＝Ｓ）Ｓ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＯＣ（＝Ｏ）Ｓ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）n−Ｏ−（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＳ（ＣＨ2）n−、および−（ＣＨ2）nＮＨＣ（＝Ｓ）ＮＨ（ＣＨ2）n−、の式を有する飽和親基から独立に選択され、各ｎが０、１、２、３、４、５、６、７および８から独立に選択される、式（ＶＩ）の化合物である。この実施形態によると、置換されていてもよいとは、アシルアミノ、アシルオキシ、アルケニル、アルコキシ、シクロアルコキシ、アルキル、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、カルボシクリル、シアノ、シアナト、ハロ、ハロアルキル、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロシクリル、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアナト、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから独立に選択される０個または１〜４個の任意の置換基を指す。この実施形態のより具体的な態様では、任意の置換基が、ハロ、アルキル、アリールおよびアリールアルキルから選択される１個または２個の任意の置換基である。
【０１４９】
一定の実施形態では、式（ＶＩ）中、Ｒ８が−ＣＯＲｚであり、結果として化合物が、以下の構造：
【化１１】
2021504399.tif 000016
(VI)
（式中、Ｒ１〜Ｒ７は上に記載されており；Ｒｚはアシルアミノ、アシルオキシ、アルケニル、アルコキシ、シクロアルコキシ、アルキル、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、カルボシクリル、シアノ、シアナト、ハロ、ハロアルキル、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロシクリル、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナト、イソチオシアナト、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナト、トリハロメタンスルホンアミド、Ｏ−カルバミル、Ｎ−カルバミル、Ｏ−チオカルバミル、Ｎ−チオカルバミル、およびＣ−アミドから独立に選択される１〜４個の任意の置換基で置換されていてもよい−Ｌ−ヘテロシクリルであり、前記−Ｌ−は−（ＣＨ2）n−（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）nＮＨ（ＣＨ2）n−、−（ＣＨ2）n−Ｏ−（ＣＨ2）n−および−（ＣＨ2）nＳ（ＣＨ2）n−から独立に選択され、各ｎは０、１、２および３から独立に選択される）
の化合物である。
【０１５０】
この実施形態の具体的な態様では、各Ｌが−（ＣＨ2）n−（ＣＨ2）n−および−（ＣＨ2）n−Ｏ−（ＣＨ2）n−から独立に選択され、各ｎが０、１、２および３から独立に選択される。この実施形態のより具体的な態様では、各Ｌが結合、−ＣＨ2−、−ＣＨ2ＣＨ2−、−ＯＣＨ2−、−ＯＣＨ2ＣＨ2−、−ＣＨ2ＯＣＨ2−、−ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2−、−ＯＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2−および−ＣＨ2ＯＣＨ2ＣＨ2−から選択される。さらにより具体的な態様では、各Ｌが結合、−ＣＨ2−、−ＣＨ2ＣＨ2−、ＯＣＨ2−および−ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2−から選択される。なおさらにより具体的な態様では、Ｌが結合および−ＣＨ2−から選択される。
【０１５１】
式（ＶＩ）の代表的な化合物には、
【化１２】
2021504399.tif 000017
が含まれる。
【０１５２】
式（ＶＩ）の代表的な化合物には、Ｎ−シクロプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノアセトアミド；Ｎ−シクロプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパンアミド；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝−Ｎ−プロパ−２−イニルアセトアミド；Ｎ−イソプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−（ｔｅｒｔ−ブチル）−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−（２−モルホリン−４−イル−２−オキソエチル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパンアミド；メチル２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパノエート；Ｎ−シクロプロピル−２−｛メチル［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；２−｛メチル［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−メチル−ｔｒａｎｓ−２−（フェニルシクロプロピルアミノ）プロパンアミド；１−（４−メチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）エタノン；１−（４−エチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）エタノン；１−（４−ベンジルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）−エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）−１−（４−フェニルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−Ｎ−シクロプロピルアセトアミド；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；
【０１５３】
２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−クロロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（ビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；１−（４−メチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−フェネトキシフェニル）シクロプロピルアミノ）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（４−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ビフェニル−４−イルメトキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−フルオロベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−フルオロベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミニウム；４−（（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）メチル）ベンゾニトリル；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−シアノベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミニウム；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（４−（トリフルオロメチル）ベンジル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（４−（トリフルオロメチル）ベンジル）シクロプロパンアミニウム；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（ピリジン−２−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（ピリジン−３−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（ピリジン−４−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（６−メチルピリジン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（チアゾール−２−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（チオフェン−２−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３−ブロモチオフェン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（４−ブロモチオフェン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３，４−ジクロロベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−フルオロベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミニウム；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−フルオロベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（キノリン−４−イルメチル）シクロプロパンアミン（ａｒａｉｎｅ）；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（（６−（トリフルオロメチル）ピリジン−３−イル）メチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（６−クロロピリジン−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（４−メチルピリジン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（６−メトキシピリジン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；２−（（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）メチル）ピリジン−３−オール；
【０１５４】
（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（６−ブロモピリジン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；４−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）メチル）ベンゾニトリル；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−（ベンジルオキシ）ベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−ベンジル−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（４−メトキシベンジル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（４−フルオロベンジル）シクロプロパンアミン−；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（キノリン−２−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（（５−（トリフルオロメチル）ピリジン−２−イル）メチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３−フルオロピリジン−２−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（キノリン−３−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（６−メトキシピリジン−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（５−メトキシピリジン−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン−；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２−メトキシピリジン−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３Ｈ−インドール−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；３−（（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）メチル）ベンゾニトリル；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；３−（（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）メチル）ピリジン−２−アミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２−クロロピリジン−３−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３，４−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２，３−ジヒドロベンゾフラン−５−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（ベンゾ［ｄ］［１，３］ジオキソール−５−イルメチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２，３−ジヒドロベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキシン−６−イル）メチル）−２−フェニル−シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２，６−ジフルオロ−４−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−フェニル−Ｎ−（４−（トリフルオロメトキシ）ベンジル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（５−フルオロ−２−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−フルオロ−４−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（４−メトキシナフタレン−１−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−フルオロ−６−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２−メトキシナフタレン−１−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；
【０１５５】
（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（４，７−ジメトキシナフタレン−１−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン−；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−メトキシ−３−メチルベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−クロロ−４−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−フルオロ−４−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−メトキシ−２−メチルベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキセピン−６−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキセピン−７−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（２，２−ジメチルクロマン−６−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−メトキシ−２，３−ジメチルベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（４−メトキシ−２，５−ジメチルベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−フルオロ−４，５−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−クロロ−４，５−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−クロロ−３，４−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２，４−ジメトキシ−６−メチルベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２，５−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２，３−ジメトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−クロロ−３−メトキシベンジル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（１Ｈ−インドール−５−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（ピリジン−２−イルメチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（２−メトキシベンジル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（１−（４−メトキシフェニル）エチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（１−（３，４−ジメトキシフェニル）エチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（１−（２，３−ジヒドロベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキシン−６−イル）エチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（１−（５−フルオロ−２−メトキシフェニル）エチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（１−（３，４−ジメトキシフェニル）プロパン−２−イル）−２−フェニルシクロプロパン−アミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（（３−メチル−１，２，４−オキサジアゾール−５−イル）メチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；
およびこれらの薬学的に許容される塩が含まれる。
【０１５６】
代替小分子ＬＳＤ阻害因子化合物は、例えばその全てが、本開示と矛盾しない程度に、全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる、国際公開第２０１０／０４３７２１号（ＰＣＴ／ＥＰ２００９／０６３６８５）、国際公開第２０１０／０８４１６０号（ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０５０６９７）、ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０５５１３１；ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０５５１０３；および欧州特許出願番号ＥＰ１０１７１３４５号に開示される選択的ＬＳＤ１およびＬＳＤ１／ＭＡＯＢ二重阻害因子から選択され得る。この種の代表的な化合物には、フェニルシクロプロピルアミン誘導体またはホモログが含まれ、これらの例示的な例としては、アミン基上に１個もしくは２個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；アミン基上に０個、１個もしくは２個の置換およびフェニル基上に１個、２個、３個、４個もしくは５個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；フェニル基上に１個、２個、３個、４個もしくは５個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；ＰＣＰＡのフェニル基がアリールもしくはヘテロシクリルから選択される別の環系で置換されて（交換されて）アミン基上に０個、１個もしくは２個の置換基を有するアリール−もしくはヘテロアリール−シクロプロピルアミンを与える、アミン基上に０個、１個もしくは２個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；ＰＣＰＡのフェニル基がアリールもしくはヘテロシクリルから選択される別の環系で置換されて（交換されて）アリール−もしくはヘテロシクリル−シクロプロピルアミンを与え、前記アリールもしくはヘテロシクリル部分上の前記アリール−もしくはヘテロシクリル−シクロプロパンアミンがアミン基上に０個、１個もしくは２個の置換およびフェニル基上に１個、２個、３個、４個もしくは５個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；フェニル基上に１個、２個、３個、４個もしくは５個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン；またはシクロプロピルが１個、２個、３個もしくは４個の追加の置換基を有する上記のフェニルシクロプロピルアミン類似体もしくは誘導体のいずれかが挙げられる。適切には、この段落中上記のヘテロシクリル基がヘテロアリールである。
【０１５７】
フェニルシクロプロピルアミン誘導体または類似体の非限定的な実施形態には、「シクロプロピルアミンアミド」誘導体および「シクロプロピルアミン」誘導体が含まれる。「シクロプロピルアミンアセトアミド」誘導体の具体的な例としては、それだけに限らないが、Ｎ−シクロプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−シクロプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパンアミド；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝−Ｎ−プロパ−２−イニルアセトアミド；Ｎ−イソプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−（ｔｅｒｔ−ブチル）−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−（２−モルホリン−４−イル−２−オキソエチル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン；２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパンアミド；メチル２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝プロパノエート；１−（４−メチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）エタノン；１−（４−エチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）エタノン；１−（４−ベンジルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）エタノン；
【０１５８】
２−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピルアミノ）−１−（４−フェニルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（１，１’−ビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−Ｎ−シクロプロピルアセトアミド；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（４−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−クロロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；１−（４−メチルピペラジン−１−イル）−２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−フェネトキシフェニル）シクロプロピルアミノ）エタノン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（ビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）−１−（４−メチルピペラジン−１−イル）エタノン；Ｎ−シクロプロピル−２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−メチル−ｔｒａｎｓ−２−（フェニルシクロプロピルアミノ）プロパンアミド；２−｛メチル［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝アセトアミド；Ｎ−［２−（４−メチルピペラジン−１−イル）エチル］−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン；Ｎ−シクロプロピル−Ｎ’−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］エタン−１，２−ジアミン；Ｎ，Ｎ−ジメチル−Ｎ’−（２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝エチル）エタン−１，２−ジアミン；（３Ｒ）−１−（２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝エチル）ピロリジン−３−アミン；（３Ｓ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−（２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝エチル）ピロリジン−３−アミン；（３Ｒ）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−１−（２−｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝エチル）ピロリジン−３−アミン；Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（２−ピペラジン−１−イルエチル）アミン；Ｎ，Ｎ−ジエチル−Ｎ’−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］エタン−１，２−ジアミン；Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（２−ピペリジン−１−イルエチル）アミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（２−（４−メチルピペラジン−１−イル）エチル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−（４−メチルピペラジン−１−イル）エチル）−２−（３’−（トリフルオロメチル）ビフェニル−４−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−クロロビフェニル−４−イル）−Ｎ−（２−（４−メチルピペラジン−１−イル）エチル）シクロプロパンアミン；（Ｒ）−１−（２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−（トリフルオロメチル）ビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）エチル）ピロリジン−３−アミン；およびＮ1−シクロプロピル−Ｎ2−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−（トリフルオロメチル）ビフェニル−４−イル−）シクロプロピル）エタン−１，２−ジアミンが挙げられる。
【０１５９】
「シクロプロピルアミン」誘導体の具体的な例としては、それだけに限らないが、Ｎ−４−フルオロベンジル−Ｎ−｛（ｔｒａｎｓ）−２−［４−（ベンジルオキシ）フェニル］シクロプロピル｝アミン、Ｎ−４−メトキシベンジル−Ｎ−｛（ｔｒａｎｓ）−２−［４−（ベンジルオキシ）フェニル］シクロプロピル｝アミン、Ｎ−ベンジル−Ｎ−｛（ｔｒａｎｓ）−２−［４−（ベンジルオキシ）フェニル］シクロプロピル｝アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ−メチル）ピリジン−３−オール、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（３−メチルピリジン−２−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（４−クロロピリジン−３−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（４−トリフルオロメチルピリジン−３−イル−メチル）アミン、Ｎ−（３−メトキシベンジル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（キノリン−４−イルメチル）アミン、Ｎ−（２−フルオロベンジル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン、Ｎ−（３−フルオロベンジル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（３，４−ジクロロ−１−フェニルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（５−ブロモ−チオフェン−２−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（３−ブロモ−チオフェン−２−イルメチル）−アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（チオフェン−２−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（１，３−チアゾール−２−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（３−メチル−ピリジン−２−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（ピリジン−４−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（ピリジン−３−イルメチル）アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（ピリジン−２−イルメチル）アミン、
【０１６０】
［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−［４−（トリフルオロメチル）ベンジル］アミン、（｛［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミノ｝メチル）ベンゾニトリル、Ｎ−（４−フルオロベンジル）−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］アミン、Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル］−Ｎ−（３−ブロモ−ピリジン−２−イルメチル）アミン、Ｎ−４−シアノベンジル−Ｎ−｛（ｔｒａｎｓ）−２−［４−（ベンジルオキシ）フェニル］シクロプロピル｝アミン、Ｎ−４−［（ベンジルオキシ）−ベンジル］−Ｎ−［（ｔｒａｎｓ）−２−（４−フェニル）シクロプロピル］アミン；２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（４−シアノベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−シアノベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（４−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−フルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−クロロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（４−クロロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−ブロモベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３，５−ジフルオロベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−フェネトキシフェニル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−（トリフルオロメチル）ビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）アセトアミド、および２−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−クロロビフェニル−４−イル）シクロプロピルアミノ）アセトアミドが挙げられる。
【０１６１】
ＬＳＤ１阻害因子の他の例には、例えばフェネルジンまたはパルギリン（プロパルギルアミン）またはこれらの誘導体もしくは類似体がある。フェネルジンおよびパルギリン（プロパルギルアミン）の誘導体および類似体には、それだけに限らないが、親化合物のフェニル基がヘテロアリールもしくは置換されていてもよい環式基で置き換えられている、または親化合物のフェニル基が環式基で置換されていてもよい化合物が含まれる。一態様では、フェネルジンまたはパルギリンまたはこれらの類似体が、本明細書に記載される選択的ＬＳＤ１または二重ＬＳＤ１／ＭＡＯＢ阻害活性を有する。いくつかの実施形態では、フェネルジン誘導体または類似体が、フェニル基上に１個、２個、３個、４個または５個の置換基を有する。一態様では、フェネルジン誘導体または類似体が、アリールまたはヘテロシクリル基で置換された（交換された）フェニル基を有し、前記アリールまたはヘテロシクリル基が０個、１個、２個、３個、４個または５個の置換基を有する。一態様では、パルギリン誘導体または類似体が、フェニル基上に１個、２個、３個、４個または５個の置換基を有する。一態様では、パルギリン誘導体または類似体が、アリールまたはヘテロシクリル基で置換された（交換された）フェニル基を有し、前記アリールまたはヘテロシクリル基が０個、１個、２個、３個、４個または５個の置換基を有する。このような化合物を調製する方法は当業者に知られている。
【０１６２】
本発明はまた、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１および／またはＬＳＤ２）酵素機能の阻害因子としての、例えばＢｉｎｄａら（2010. J. Am. Chem. Soc. 132:6827-6833、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる）によって記載されるトラニルシプロミン誘導体も熟慮する。このような化合物の非限定的な例としては、
【０１６３】
【化１３】
2021504399.tif 000018
が挙げられる。
【０１６４】
あるいは、ＬＳＤ１阻害因子化合物は、Ｂｅｎｅｌｋｅｂｉｒら（2011. Bioorg. Med. Chem. doi:10.1016/j.bmc.2011.02.017、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる）によって記載されるトラニルシプロミン類似体から選択され得る。ｏ−、ｍ−およびｐ−ブロモ類似体を含むこの種の代表的な類似体には、（１Ｒ，２Ｓ）−２−（４−ブロモフェニル）シクロプロパンアミン塩酸塩（化合物４ｃ）、（１Ｒ，２Ｓ）−２−（３−ブロモフェニル）シクロプロパンアミン塩酸塩（化合物４ｄ）、（１Ｒ，２Ｓ）−２−（２−ブロモフェニル）シクロプロパンアミン塩酸塩（化合物４ｅ）、（１Ｒ，２Ｓ）−２−（ビフェニル−４−イル）シクロプロパンアミン塩酸塩（化合物４ｆ）が含まれる。
【０１６５】
クロロビニル、エンド−シクロプロピルアミンおよびヒドラジン官能基を含む、Ｃｕｌｈａｎｅら（2010. J. Am. Chem. Soc. 132:3164-3176、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる）によって開示されるペプチド足場化合物も参照することができる。Ｃｕｌｈａｎｅらによって開示される非限定的な化合物には、プロパルギル−Ｌｙｓ−４、Ｎ−メチルプロパルギル−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１、ｃｉｓ−３−クロロアリル−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１、ｔｒａｎｓ−３−クロロアリル−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１、エキソ−シクロプロピル−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１、エンド−シクロプロピル−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１、エンド−ジメチルシクロプロピル−Ｌｙｓ−４、ヒドラジノ−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１およびヒドラジノ−Ｌｙｓ−４  Ｈ３−２１が含まれる。
【０１６６】
ＬＳＤ１を阻害するのに有用な代替シクロプロピルアミン化合物には、全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１３／０１９７０１３号にＦｙｆｅらによって開示されるものが含まれる。ＬＳＤ１を阻害するのに選択的であると開示されている、ＬＳＤ１の例示的なシクロプロピルアミン阻害因子には、式（ＶＩＩ）による化合物：
【０１６７】
【化１４】
2021504399.tif 000019
（式中、
Ｅは−Ｎ（Ｒ３）−、−Ｏ−もしくは−Ｓ−である、または−Ｘ3＝Ｘ4−であり；
Ｘ1およびＸ2は独立に、Ｃ（Ｒ２）またはＮであり；
Ｘ3およびＸ4は、存在する場合、独立に、Ｃ（Ｒ２）またはＮであり；
（Ｇ）はシクリル基（式（ＶＩＩ）に示される、シクリル基（Ｇ）はｎ個の置換基（Ｒ１）を有する）であり；
各（Ｒ１）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され；
各（Ｒ２）は−Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され、各（Ｒ２）基は１個、２個または３個の独立に選択される任意の置換基を有してもよく、あるいは２個の（Ｒ２）基が一緒になって、１個、２個または３個の独立に選択される任意の置換基を有してもよいヘテロシクリルまたはアリール基を形成することができ、前記任意の置換基はアルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、尿素またはカルバメートから独立に選択され；
Ｒ３は−Ｈまたは（Ｃ1−Ｃ6）アルキル基であり；
各Ｌ１は独立に、アルキレンまたはヘテロアルキレンであり；
ｎは０、１、２、３、４または５である）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物が含まれる。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、式（ＶＩＩ）の化合物が、式（ＶＩＩＩ）：
【化１５】
2021504399.tif 000020
（式中、
Ｘ1はＣＨまたはＮであり；（Ｇ）はシクリル基であり；
各（Ｒ１）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され；
各（Ｒ２）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され、各（Ｒ２）基は１個、２個または３個の任意の置換基を有してもよく、前記任意の置換基はアルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、尿素またはカルバメートから独立に選択され；
各Ｌ１は独立に、アルキレンまたはヘテロアルキレンであり；
ｍは０、１、２または３であり；ｎは０、１、２、３、４または５であり、但し、ｎおよびｍは、Ｘ1が−ＣＨ−であり、（Ｇ）がアリールである場合、ｎ＋ｍが０より大きくなるよう独立に選択される）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物によって表される。
【０１６９】
他の実施形態では、式（ＶＩＩ）の化合物が、式（ＩＸ）：
【化１６】
2021504399.tif 000021
（式中、
（Ｇ）はシクリル基であり；
各（Ｒ１）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され；
各（Ｒ２）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され、各（Ｒ２）基は０個、１個、２個または３個の任意の置換基を有し、前記任意の置換基はアルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、尿素またはカルバメートから独立に選択され；
各Ｌ１は独立に、アルキレンまたはヘテロアルキレンであり；ｍは０、１、２または３であり；
ｎは０、１、２、３、４または５である）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物によって表される。
【０１７０】
さらに他の実施形態では、式（ＶＩＩ）の化合物が、式（Ｘ）：
【化１７】
2021504399.tif 000022
（式中、
Ｅは−Ｎ（Ｒ３）−、−Ｏ−もしくは−Ｓ−である、または−Ｘ3＝Ｘ4−であり；
Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3およびＸ4は独立に、Ｃ（Ｒ２）またはＮであり、但し、Ｅが−Ｘ3＝Ｘ4−である場合、Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3およびＸ4の少なくとも１つはＮであり；
（Ｇ）はシクリル基であり；各（Ｒ１）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され；
各（Ｒ２）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され、各（Ｒ２）基は１個、２個または３個の任意の置換基を有してもよく、前記任意の置換基はアルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、尿素またはカルバメートから独立に選択され；
Ｒ３は−Ｈまたは（Ｃ1−Ｃ6）アルキル基であり；各Ｌ１はアルキレンまたはヘテロアルキレンであり；ｎは０、１、２、３、４または５である）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物によって表される。
【０１７１】
さらに他の実施形態では、式（ＶＩＩ）の化合物が、式（ＸＩ）：
【化１８】
2021504399.tif 000023
（式中、
Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3およびＸ4は独立に、ＣＨまたはＮであり、但し、Ｘ1、Ｘ2、Ｘ3およびＸ4の少なくとも１つはＮであり；
（Ｇ）はシクリル基であり；各（Ｒ１）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され；
各（Ｒ２）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、−Ｌ１−シクリル、−Ｌ１−アミノ、−Ｌ１−ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、尿素、カルバメート、アシルまたはカルボキシルから独立に選択され、各（Ｒ２）基は１個、２個または３個の任意の置換基を有してもよく、前記任意の置換基はアルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、尿素またはカルバメートから独立に選択され；各Ｌ１はアルキレンまたはヘテロアルキレンであり；
ｍは０、１、２または３であり；ｎは０、１、２、３、４または５である）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物によって表される。
【０１７２】
式（ＶＩＩ）による代表的な化合物は、適切には（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−（トリフルオロメチル）ビフェニル−４−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（テルフェニル−４−イル）シクロプロパンアミン；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−４−オール；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−３−オール；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３，５−ジクロロフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（４−クロロフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−クロロフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（４−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（４−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ベンゾニトリル；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ベンゾニトリル；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−ｐ−トリルピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−ｍ−トリルピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ベンズアミド；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ベンズアミド；２−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；
【０１７３】
３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−メトキシ−４−メチルフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２−フルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−フルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−フルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２−フルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２，４−ジフルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２，４，６−トリフルオロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−クロロフェノール；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−フルオロ−３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（５−クロロチオフェン−２−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（５−メチルチオフェン−２−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（１Ｈ−インドール−６−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（６−（ベンゾ［ｂ］チオフェン−５−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−３−メチルピリジン−２−イル）フェノール；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−クロロフェニル）−５−メチルピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（５−メチル−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（４−フルオロ−３−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン、（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−フルオロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−フルオロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン、（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−フルオロ−３−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−クロロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−クロロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−メトキシ−５−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−メトキシベンゾニトリル；５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２−メチルフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−クロロフェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−（トリフルオロメチル）フェノール；
【０１７４】
（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−フルオロ−５−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（２−クロロ−５−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３，５−ｂｉｓ（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）アセトアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）メタンスルホンアミド；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（ベンゾ［ｂ］チオフェン−２−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（ベンゾ［ｂ］チオフェン−３−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）チオフェン−２−カルボニトリル；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（４−メチルチオフェン−３−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（２−クロロ−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；（ｔｒａｎｓ）−２−（２−（４−クロロフェニル）−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；４−（３−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−２−イル）フェノール；４−（３−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）−ピリジン−２−イル）ベンズアミド；（ｔｒａｎｓ）−２−（２−メチル−６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−ヒドロキシベンゾニトリル；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３，４−ジフルオロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２，３−ジフルオロフェノール；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−クロロ−４−フルオロ−５−メトキシフェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−３−クロロ−２−フルオロフェノール；（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（１Ｈ−インダゾール−６−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；
【０１７５】
（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（９Ｈ−カルバゾール−２−イル）ピリジン−３−イル）シクロプロパンアミン；６−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）インドリン−２−オン；６−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ベンゾフラン−２（３Ｈ）−オン；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）ピリジン−２（１Ｈ）−オン；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）ベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）プロパン−２−スルホンアミド；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−４−フルオロビフェニル−３−オール；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−５−クロロビフェニル−３−オール；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−５−クロロ−４−フルオロビフェニル−３−オール；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−３−イル）ベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−３−イル）プロパン−２−スルホンアミド；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−３−イル）メタンスルホンアミド；Ｎ−（２−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）メタンスルホンアミド；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−メトキシベンゾニトリル；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ビフェニル−２−イル）メタンスルホンアミド；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−メトキシビフェニル−３−カルボニトリル；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−メトキシビフェニル−３−イル）メタンスルホンアミド；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−ヒドロキシビフェニル−３−カルボニトリル；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−ヒドロキシビフェニル−３−イル）メタンスルホンアミド；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−ヒドロキシベンゾニトリル；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−ヒドロキシフェニル）メタン−スルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）エタンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）メタンスルホンアミド；３−（６−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−３−イル）フェノール；（Ｔｒａｎｓ）−２−（５−（３−メトキシフェニル）ピリジン−２−イル）シクロプロパンアミン；４−（６−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−３−イル）フェノール；２−（６−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−３−イル）フェノール；２−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チオフェン−２−イル）フェノール；
【０１７６】
３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チオフェン−２−イル）フェノール；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チオフェン−２−イル）フェノール；２−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−２−イル）フェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−２−イル）フェノール；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−２−イル）フェノール；２−（２−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−５−イル）フェノール；３−（２−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−５−イル）フェノール；２−（２−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−５−イル）フェノール；３−（２−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−５−イル）フェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリミジン−２−イル）フェノール；４−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリミジン−２−イル）フェノール；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−４−メトキシフェニル）メタン−スルホンアミド；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−５−クロロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）メタンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−クロロフェニル）メタンスルホンアミド；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−４−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）メタンスルホンアミド；Ｎ−（５−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−２−フルオロフェニル）メタンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）エタンスルホンアミド−；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）−４−シアノベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）−３−シアノベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェニル）−２−シアノベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）ピリジン−２−イル）−５−（トリフルオロメチル）フェニル）−４−シアノベンゼンスルホンアミド；Ｎ−（４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）−１，１，１−トリフルオロメタンスルホンアミド；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−６−ヒドロキシ−［１，１’−ビフェニル］−３−カルボニトリル；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−［１，１’−ビフェニル］−２−オール、４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）−３’−メトキシ−［１，１’−ビフェニル］−３−オール；Ｎ−（３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−アミノシクロプロピル）チアゾール−２−イル）フェニル）−２−シアノベンゼンスルホンアミド；またはこれらの薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物から選択される。
【０１７７】
他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、例えばＯｇａｓａｗａｒａら（2013, Angew. Chem. Int. Ed. 52:8620-8624、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる）によって記載されるフェニルシクロプロピルアミン誘導体から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＩＩ）：
【０１７８】
【化１９】
2021504399.tif 000024
（式中、Ａｒ1は５〜７員アリールまたはヘテロアリール環であり；
Ａｒ2およびＡｒ3はそれぞれ独立に、１〜３個の置換基で置換されていてもよい５〜７員アリールまたはヘテロアリール環から選択され；
Ｒ1およびＲ2は水素およびヒドロキシルから独立に選択される、あるいは一緒になってＲ1とＲ2が＝Ｏ、＝Ｓまたは＝ＮＲ3を形成し；
Ｒ3は水素、−Ｃ1-6アルキルまたは−ＯＨから選択され；
ｍは１〜５の整数であり；
ｎは１〜３の整数である）
またはその薬学的に許容される塩によって表される。
【０１７９】
式（ＸＩＩ）の特定の実施形態では、以下の１つまたは複数が適用される：
Ａｒ1が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジン（ｔｒａｚｉｎｅ）および１，２，３−トリアジン、さらに特にフェニルである；
Ａｒ2が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジン（ｔｒａｚｉｎｅ）および１，２，３−トリアジン、特にフェニルであり；特に６員アリールまたはヘテロアリール環が、特に３位または４位で、１個の任意の置換基で置換されていてもよい；
Ａｒ3が６員アリールまたはヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン、１，３，５−トリアジン、１，２，４−トリアジンおよび１，２，３−トリアジン、特にフェニルであり；特に６員アリールまたはヘテロアリール環が、特に３位または４位で、１個の任意の置換基で置換されていてもよい；
Ａｒ1およびＡｒ2についての特定の任意の置換基が、−Ｃ1-6アルキル、−Ｃ2-6アルケニル、−ＣＨ2Ｆ、−ＣＨＦ2、−ＣＦ3、ハロ、アリール、ヘテロアリール、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ1-6アルキル、−Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ1-6アルキルＮＨ2、−Ｃ（Ｏ）−ヘテロシクリル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチル、ｔ−ブチル、−ＣＨ2Ｆ、−ＣＨＦ2、−ＣＨ3、Ｃｌ、Ｆ、フェニル、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ2）1-4ＮＨ2および−Ｃ（Ｏ）−ヘテロシクリルを含む；
Ｒ1とＲ2が一緒になって、＝Ｏ、＝Ｓまたは＝ＮＲ3、特に＝Ｏまたは＝Ｓ、さらに特に＝Ｏを形成する；
Ｒ3がＨ、−Ｃ1-3アルキルまたは−ＯＨ、特にＨ、−ＣＨ3または−ＯＨである；
ｍが２〜５、特に３〜５、さらに特に４である；
ｎが１または２、特に１である。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、式（ＸＩＩ）の化合物が、式（ＸＩＩａ）の化合物：
【化２０】
2021504399.tif 000025
（式中、Ａｒ2およびＡｒ3は式（ＸＩＩ）について定義される通りである）
である。
【０１８１】
式（ＸＩＩ）によって表される非限定的な化合物には以下が含まれる。
【表２】
2021504399.tif 000026
【０１８２】
式（ＸＩＩ）による代表的な化合物（本明細書でＮＣＤ−３８と呼ばれる）は、以下の構造によって表される。
【化２１】
2021504399.tif 000027
【０１８３】
式（ＶＩＩ）の化合物の合成および阻害活性は、Ｏｇａｓａｗａｒａら（２０１３、上記）によって記載されている。
他のＬＳＤ１阻害因子には、それだけに限らないが、例えばＭｉｍａｓｕ  ｉ(2010. Biochemistry June 22. [Epub ahead of print] PMID: 20568732 [PubMed-as supplied by publisher]を含む、Ｕｅｄａら（2009. J. Am. Chem. Soc. 131(48):17536-17537）に開示されているものが含まれる。
他のフェニルシクロプロピルアミン誘導体および類似体は、例えばＫａｉｓｅｒら（1962, J. Med. Chem. 5:1243-1265）；Ｚｉｒｋｌｅら（1962. J. Med. Chem. 1265-1284；米国特許第３３６５４５８号；同第３４７１５２２号；同第３５３２７４９号）およびＢｏｌｅｓｏｖら（1974. Zhurnal Organicheskoi Khimii 10:8 1661-1669）およびロシア特許第２３０１６９（１９６８１０３０）号に見出される。
【０１８４】
他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、例えばこれにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／０２２８４０５号にＴｏｍｉｔａらによって記載されるシクロプロパンアミン化合物から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＩＩＩ）：
【化２２】
2021504399.tif 000028
（式中、
Ａは置換基を有していてもよい炭化水素基、または置換基を有していてもよい複素環式基であり；
Ｒは水素原子、置換基を有していてもよい炭化水素基、または置換基を有していてもよい複素環式基である；あるいは
ＡとＲが互いに結合して、置換基を有していてもよい環を形成してもよく；
Ｑ1、Ｑ2、Ｑ3およびＱ4はそれぞれ独立に、水素原子または置換基であり；Ｑ1とＱ2、およびＱ3とＱ4がそれぞれ互いに結合して、置換基を有していてもよい環を形成してもよく；
Ｘは水素原子、置換基を有していてもよい非環式炭化水素基、または置換基を有していてもよい飽和環式基であり；
Ｙ1、Ｙ2およびＹ3はそれぞれ独立に、水素原子、置換基を有していてもよい炭化水素基、または置換基を有していてもよい複素環式基であり；
ＸとＹ1、およびＹ1とＹ2がそれぞれ互いに結合して、置換基を有していてもよい環を形成してもよく；
Ｚ1、Ｚ2およびＺ3はそれぞれ独立に、水素原子または置換基である）
またはその塩によって表される。
【０１８５】
式（ＸＩＩＩ）による化合物の具体的な実施形態では、Ａが１〜３個のハロゲン原子によって置換された１〜３個のＣ1-6アルキル基を有していてもよいフェニル基、ビフェニリル基、またはピラゾリル基であり；Ｒが水素原子である；あるいはＡとＲが互いに結合して、１個または２個のオキソ基を有するジヒドロイソインドールを形成してもよく；Ｑ1が水素原子またはＣ1-6アルキル基であり；Ｑ2、Ｑ3およびＱ4がそれぞれ水素原子であり；Ｘが水素原子であり；Ｙ1、Ｙ2およびＹ3がそれぞれ独立に、水素原子またはＣ3-8シクロアルキル基であり；Ｙ1とＹ1が互いに結合して、隣接する炭素原子と一緒になって、１〜３個のＣ1-6アルキル基を有していてもよいピペリジン環を形成してもよく；Ｚ1、Ｚ2およびＺ3がそれぞれ水素原子である、またはその塩。
【０１８６】
式（ＸＩＩＩ）による代表的な化合物は、適切には（１）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝−２−メチルフェニル）ベンズアミド、（２）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−３−（トリフルオロメトキシ）ベンズアミド、（３）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）ベンズアミド、（４）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−シクロヘキサンカルボキサミド、（５）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（１，１−ジオキシドテトラヒドロ−２Ｈ−チオピラン−４−イル）アミノ］シクロプロピル−｝フェニル）−３−（トリフルオロメチル）ベンズアミド、（６）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−１，３−ジメチル−１Ｈ−ピラゾール−５−カルボキサミド、（７）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−１，５−ジメチル−１Ｈ−ピラゾール−３−カルボキサミド、（８）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−１−メチル−３−（トリフルオロメチル）−１Ｈ−ピラゾール−４−カルボキサミド、（９）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−１−メチル−５−（トリフルオロメチル）−１Ｈ−ピラゾール−４−カルボキサミド、および（１０）Ｎ−（４−｛ｔｒａｎｓ−２−［（シクロプロピルメチル）アミノ］シクロプロピル｝フェニル）−１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−カルボキサミド、またはこれらの塩から選択される。
【０１８７】
さらに他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、例えばこれにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／０２１３６５７号にＭｕｎｏｚらによって記載される化合物から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＩＶ）：
（Ａ’）x−（Ａ）−（Ｂ）−（Ｚ）−（Ｌ）−（Ｄ）      （ＸＩＶ）
（式中、
（Ａ）はヘテロアリールまたはアリールであり；
各（Ａ’）は、存在する場合、アリール、アリールアルコキシ、アリールアルキル、ヘテロシクリル、アリールオキシ、ハロ、アルコキシ、ハロアルキル、シクロアルキル、ハロアルコキシおよびシアノから独立に選択され、各（Ａ’）はハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、アリール、アリールアルコキシ、アルキル、アルコキシ、アミド、−ＣＨ2Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ2、ヘテロアリール、シアノ、スルホニルおよびスルフィニルから独立に選択される０個、１個、２個または３個の置換基で置換されており；
Ｘは０、１、２または３であり；
（Ｂ）はシクロプロピル環であり、（Ａ）および（Ｚ）は、（Ｂ）の異なる炭素原子に共有結合しており；
（Ｚ）は−ＮＨ−であり；（Ｌ）は単結合、−ＣＨ2−、−ＣＨ2ＣＨ2−、−ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2−および−ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2ＣＨ2−から選択され；
（Ｄ）は脂肪族炭素環式基またはベンゾシクロアルキルであり、前記脂肪族炭素環式基または前記ベンゾシクロアルキルは−ＮＨ2、−ＮＨ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）、−Ｎ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）（Ｃ1−Ｃ6アルキル）、アルキル、ハロ、アミド、シアノ、アルコキシ、ハロアルキルおよびハロアルコキシから独立に選択される０個、１個、２個または３個の置換基を有する）
またはそのエナンチオマー、ジアステレオマーもしくは混合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物によって表される。
【０１８８】
式（ＸＩＶ）による化合物の非限定的な例としては、Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）−６−メトキシ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）−５，６−ジメトキシ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）−４，５−ジメトキシ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；６−メトキシ−Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；６−クロロ−Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル）−６−（トリフルオロメチル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；７−メトキシ−Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−フェニルシクロプロピル）−１，２，３，４−テトラヒドロナフタレン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−クロロビフェニル−４−イル）シクロプロピル）−６−メトキシ−２，３−ジヒドロ−１−Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４’−クロロビフェニル−４−イル）シクロプロピル）−６−メトキシ−２，３−ジヒドロ−１−Ｈ−インデン−１−アミン；６−メトキシ−Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−メトキシビフェニル−４−イル）シクロプロピル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；Ｎ−ｔｒａｎｓ−（２−シクロヘキシルエチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（３−シクロヘキシルプロピル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−シクロヘプチルエチル）−２−フェニルシクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−ブロモベンジルオキシ）フェニル）−Ｎ−（２−シクロヘキシルエチル）シクロプロパンアミン；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（３−ブロモベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）−６−メトキシ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−アミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（３’−クロロビフェニル−４−イル）−Ｎ−（２−シクロヘキシルエチル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−２−（４’−クロロビフェニル−４−イル）−Ｎ−（２−シクロヘキシルエチル）シクロプロパンアミン；（Ｔｒａｎｓ）−Ｎ−（２−シクロヘキシルエチル）−２−（３’−メトキシビフェニル−４−イル）シクロプロパンアミン−；Ｎ−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）−７−メトキシ−１，２，３，４−テトラヒドロナフタレン−１−アミン；および１−（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）シクロプロパンカルボキサミド；またはこれらの薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物が挙げられる。
【０１８９】
さらに他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、例えばこれにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／０１６３０１７号にＶａｎｋａｙａｌａｐａｔｉらによって記載される置換（Ｅ）−Ｎ’−（１−フェニルエチリデン）ベンゾヒドラジド類似体から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＶ）：
【化２３】
2021504399.tif 000029
または式（ＸＶＩ）：
【０１９０】
【化２４】
2021504399.tif 000030
（式中、
ｍは０または１であり；
ｎは０〜３の整数であり；
ＸはＯＨ、ＮＯ2およびＦからなる群から選択され；
ＺはＮおよびＣＨからなる群から選択され；
Ｒ1はハロ、Ｃ1−Ｃ3ハロアルキルおよびＣ1−Ｃ3ポリハロアルキルからなる群から選択され；
Ｒ2、Ｒ3およびＲ4の各々は水素、ハロ、ヒドロキシル、シアノ、アミノ、Ｃ2−Ｃ6アルカルコキシ（Ｃ2−Ｃ6ａｌｋａｌｋｏｘｙ）、Ｃ1−Ｃ6アルコキシ、Ｃ1−Ｃ6アルキル、Ｃ1−Ｃ6ポリハロアルキルおよびＣ1−Ｃ6ハロアルキルからなる群から独立に選択され；
Ｒ5はＮＲ6、Ｒ7、Ｃ1−Ｃ6アルキル、Ｃ3−Ｃ6シクロアルキル、
【０１９１】
【化２５】
2021504399.tif 000031
およびＣｙからなる群から選択され、ハロ、ヒドロキシル、アミノ、Ｃ2−Ｃ6アルカルコキシ、Ｃ1−Ｃ6アルキルアルコール、Ｃ1−Ｃ6アルコキシ、Ｃ1−Ｃ6アルキル、Ｃ1−Ｃ6ポリハロアルキル、Ｃ1−Ｃ6ハロアルキル、Ｃ3−Ｃ6シクロアルキルおよびＣｙから独立に選択される０〜３個の基で置換されており；Ｃｙはアジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、ピラゾリジニル、ピペラジニル、オキサジナニル、モルホリニル、ヘキサヒドロピリミジニルおよびヘキサヒドロピリダジニルからなる群から選択されるヘテロシクロアルキルであり；Ｒ6およびＲ7の各々は水素、Ｃ1−Ｃ6アルキル、Ｃ3−Ｃ6シクロアルキルおよびＣ3−Ｃ6ヘテロシクロアルキルからなる群から独立に選択される）
またはその薬学的に許容される塩によって表される。
【０１９２】
式（ＸＶ）および（ＸＶＩ）による例示的な化合物には、
【化２６】
2021504399.tif 000032
2021504399.tif 000033
2021504399.tif 000034
が含まれる。
【０１９３】
他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、例えばこれにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／０１５５３３９号にＭｃＣｏｒｄらによって記載される、ヒドロキシチロソール、ヒドロキシチロソール誘導および／または置換化合物、ならびに／あるいはヒドロキシチロソール代謝産物から選択される。この種の代表的な化合物には、
【０１９４】
【化２７】
2021504399.tif 000035
（式中、Ｒ１、Ｒ２およびＲ３は、ＬＳＤ１タンパク質に対する阻害有効性を有する、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換アルケニル、置換または非置換アルキニル、置換または非置換アリール、置換または非置換ヘテロシクリル、置換または非置換アシル、ＯＲａ、ＳＲａ、ＳＯＲａ、ＳＯ２Ｒａ、ＯＳＯ2Ｒａ、ＯＳＯ3Ｒａ、ＮＯ2、ＮＨＲａ、Ｎ（Ｒａ）2、＝Ｎ−Ｒａ、Ｎ（Ｒａ）ＣＯＲａ、Ｎ（ＣＯＲａ）2、Ｎ（Ｒａ）ＳＯ２Ｒ’、Ｎ（Ｒａ）Ｃ（＝ＮＲａ）Ｎ（Ｒａ）Ｒａ、ＣＮ、ハロゲン、ＣＯＲａ、ＣＯＯＲａ、ＯＣＯＲａ、ＯＣＯＯＲａ、ＯＣＯＮＨＲａ、ＯＣＯＮ（Ｒａ）2、ＣＯＮＨＲａ、ＣＯＮ（Ｒａ）2、ＣＯＮ（Ｒａ）ＯＲａ、ＣＯＮ（Ｒａ）ＳＯ2Ｒａ、ＰＯ（ＯＲａ）2、ＰＯ（ＯＲａ）Ｒａ、ＰＯ（ＯＲａ）（Ｎ（Ｒａ）Ｒａ）およびアミノ酸エステルからなる群から独立に選択され；さらにＲａ基の各々は、ＬＳＤ１タンパク質に対する阻害有効性を有する、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換アルケニル、置換または非置換アルキニル、置換または非置換アリール、および置換または非置換ヘテロシクリル、置換または非置換アシルなどからなる群から独立に選択され；さらに置換または非置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロシクリルおよび／またはアシル基の各々はＣ1-28（その中の全ての範囲を含む）である）
が含まれる。
【０１９５】
さらに他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子化合物が、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１４／００１１８５７号にＣａｓｅｒｏらによって記載される小分子化合物から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＶＩＩ）：
【化２８】
2021504399.tif 000036
（式中、Ｙは
（ｉ）
【０１９６】
【化２９】
2021504399.tif 000037
（ｉｉ）−Ｃ（Ｏ）ＯＨ；または
（ｉｉｉ）−ＮＨ2であり；ＪはＯ、Ｓまたは存在せず、Ｊが存在しない場合、Ｊが結合している炭素は−ＣＨ2−であり；Ｒ3はアルキル、アリール、炭素環、複素環、アラルキル、アルコキシ、アリールオキシ、ハロアルキルまたはハロであり、これらの各々は置換されていてもよいニトロ、ヒドロキシ、チオ、Ｃ（Ｏ）ＮＲAＲBまたはＣ（Ｏ）ＯＲAであり；Ｒ4はＨ、アルキル、アリール、炭素環、複素環、アラルキル、アルコキシ、アリールオキシ、ハロアルキルまたはハロであり、これらの各々は置換されていてもよいニトロ、ヒドロキシ、チオ、Ｃ（Ｏ）ＮＲAＲBまたはＣ（Ｏ）ＯＲAであり；Ｒ5はＨ、アルキル、アリール、炭素環、複素環、アラルキル、アルコキシ、アリールオキシ、ハロアルキルまたはハロであり、これらの各々は置換されていてもよいニトロ、ヒドロキシ、チオ、Ｃ（Ｏ）ＮＲAＲBまたはＣ（Ｏ）ＯＲAであり；Ｒ3はオルト置換されており；各Ｒ1DまたはＲ1Eは独立に、Ｈ、アルキル、アリール、炭素環、複素環、アルコキシまたはハロであり、これらの各々は置換されていてもよく；ＲAおよびＲBはそれぞれ独立に、各出現で、以下：それぞれＯ、ＳまたはＮから選択される０個、１個、２個もしくは３個のヘテロ原子を含む、置換されていてもよいアルキル、置換されていてもよいアルケニルまたは置換されていてもよいアルキニル；置換されていてもよいアリール；置換されていてもよいヘテロアリール；置換されていてもよい複素環；置換されていてもよい炭素環；または水素から選択され；ｑは１、２、３、４、５、６または７である）
によって表される。
【０１９７】
他の実施形態では、ＬＳＤ１阻害因子が、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１３／０２３１３４２号にＭｕｎｏｚらによって記載される、アリールシクロプロピルアミン化合物から選択される。この種の代表的な化合物は、式（ＸＶＩＩＩ）：
【化３０】
2021504399.tif 000038
（式中、
（Ａ）はｎ個の置換基（Ｒ３）を有するシクリル基であり；
（Ｂ）はシクリル基または−（Ｌ１）−シクリル基であり、前記シクリル基または前記−（Ｌ１）−シクリル基に含まれるシクリル部分はｎ個の置換基（Ｒ２）を有し；
（Ｌ１）は−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｎ（アルキル）−、アルキレンまたはヘテロアルキレンであり；
（Ｄ）はヘテロアリール基または−（Ｌ２）−ヘテロアリール基であり、前記ヘテロアリール基または前記−（Ｌ２）−ヘテロアリール基に含まれるヘテロアリール部分は１つの置換基（Ｒ１）を有し、さらに前記ヘテロアリール基は環炭素原子を通して分子の残りに共有結合している、または前記−（Ｌ２）−ヘテロアリール基に含まれるヘテロアリール部分は環炭素原子を通して（Ｌ２）部分に共有結合しており；
（Ｌ２）は−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｎ（アルキル）−、アルキレンまたはヘテロアルキレンであり；
（Ｒ１）は水素結合基であり；
各（Ｒ２）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、アミノ、アミド、Ｃ−アミド、アルキルアミノ、ヒドロキシル、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アルコキシ、アシル、カルボキシル、カルバメートまたは尿素から独立に選択され；
各（Ｒ３）はアルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、アミノ、アミド、Ｃ−アミド、アルキルアミノ、ヒドロキシル、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、アルコキシ、アシル、カルボキシル、カルバメートまたは尿素から独立に選択され；
ｎは独立に、０、１、２、３または４である）
によって表される。
【０１９８】
式（ＸＶＩＩＩ）による化合物の非限定的な例は、５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）メチル）ピリミジン−２−アミン；５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）メチル）チアゾール−２−アミン；５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロピルアミノ）メチル）ピリミジン−２−アミン；５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロピルアミノ−）メチル）チアゾール−２−アミン；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−（（２−アミノピリミジン−５−イル）メチルアミノ）シクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；３−（５−（（ｔｒａｎｓ）−２−（（２−アミノチアゾール−５−イル）メチルアミノ）シクロプロピル）ピリジン−２−イル）フェノール；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−（（２−アミノピリミジン−５−イル）メチルアミノ）シクロプロピル）ビフェニル−３−オール；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−（（２−アミノチアゾール−５−イル）メチルアミノ）シクロプロピル）ビフェニル−３−オール；５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）メチル）−１，２，４−オキサジアゾール−３−アミン；５−（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピルアミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（４−フルオロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（３−フルオロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１−，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（３，５−ジフルオロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（４−クロロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１−，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（３−クロロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（（２−フルオロベンジル）オキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１−，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−Ｎ−メチル−１，−３，４−オキサジアゾール−２−アミン；
【０１９９】
Ｎ−（５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−イル）アセトアミド；４’−（（ｔｒａｎｓ）−２−（（（５−アミノ−１，３，４−オキサジアゾール−２−イル）メチル）アミノ）シクロプロピル）−［−１，１’−ビフェニル］−３−オール；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（６−（３−（トリフルオロメチル）フェニル）ピリジン−３−イル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−オキサジアゾール−２−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，３，４−チアジアゾール−２−アミン；２−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）チアゾール−５−アミン；４−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（３’−（トリフルオロメチル）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）シクロプロピル）アミノ）メチル）チアゾール−２−アミン；２−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）オキサゾール−５−アミン；３−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）イソオキサゾール−５−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，２，４−オキサジアゾール−３−アミン；３−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，２，４−オキサジアゾール−５−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，２，４−チアジアゾール−３−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）ピリジン−２−アミン；６−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）ピリダジン−３−アミン；５−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）ピラジン−２−アミン；２−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）ピリミジン−５−アミン；６−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，２，４−トリアジン−３−アミン；３−（（（（ｔｒａｎｓ）−２−（４−（ベンジルオキシ）フェニル）シクロプロピル）アミノ）メチル）−１，２，４−トリアジン−６−アミン；またはこれらの薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物から選択される。
【０２００】
好ましい実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、ＬＳＤの核移行／局在化の阻害因子である。この種の代表的な阻害因子には、全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１７年９月７日に出願された国際出願番号ＰＣＴ／ＡＵ２０１７／０５０９６９にＲａｏらによって開示されるものが含まれる。これらの化合物は、ＬＳＤ１の残基１０８〜１１８に対応する配列を含む、からなるまたはから本質的になる単離または精製されたタンパク質性分子である。
【０２０１】
ＬＳＤ１（ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｏ６０３４１−１）のアミノ酸配列は、配列番号１に提示される。残基１０８〜１１８は以下の配列で下線を付される。
ＭＬＳＧＫＫＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＴＧＴＥＡＧＰＧＴＡＧＧＳＥＮＧＳＥＶＡＡＱＰＡＧＬＳＧＰＡＥＶＧＰＧＡＶＧＥＲＴＰＲＫＫＥＰＰＲＡＳＰＰＧＧＬＡＥＰＰＧＳＡＧＰＱＡＧＰＴＶＶＰＧＳＡＴＰＭＥＴＧＩＡＥＴＰＥＧＲＲＴＳＲＲＫＲＡＫＶＥＹＲＥＭＤＥＳＬＡＮＬＳＥＤＥＹＹＳＥＥＥＲＮＡＫＡＥＫＥＫＫＬＰＰＰＰＰＱＡＰＰＥＥＥＮＥＳＥＰＥＥＰＳＧＶＥＧＡＡＦＱＳＲＬＰＨＤＲＭＴＳＱＥＡＡＣＦＰＤＩＩＳＧＰＱＱＴＱＫＶＦＬＦＩＲＮＲＴＬＱＬＷＬＤＮＰＫＩＱＬＴＦＥＡＴＬＱＱＬＥＡＰＹＮＳＤＴＶＬＶＨＲＶＨＳＹＬＥＲＨＧＬＩＮＦＧＩＹＫＲＩＫＰＬＰＴＫＫＴＧＫＶＩＩＩＧＳＧＶＳＧＬＡＡＡＲＱＬＱＳＦＧＭＤＶＴＬＬＥＡＲＤＲＶＧＧＲＶＡＴＦＲＫＧＮＹＶＡＤＬＧＡＭＶＶＴＧＬＧＧＮＰＭＡＶＶＳＫＱＶＮＭＥＬＡＫＩＫＱＫＣＰＬＹＥＡＮＧＱＡＶＰＫＥＫＤＥＭＶＥＱＥＦＮＲＬＬＥＡＴＳＹＬＳＨＱＬＤＦＮＶＬＮＮＫＰＶＳＬＧＱＡＬＥＶＶＩＱＬＱＥＫＨＶＫＤＥＱＩＥＨＷＫＫＩＶＫＴＱＥＥＬＫＥＬＬＮＫＭＶＮＬＫＥＫＩＫＥＬＨＱＱＹＫＥＡＳＥＶＫＰＰＲＤＩＴＡＥＦＬＶＫＳＫＨＲＤＬＴＡＬＣＫＥＹＤＥＬＡＥＴＱＧＫＬＥＥＫＬＱＥＬＥＡＮＰＰＳＤＶＹＬＳＳＲＤＲＱＩＬＤＷＨＦＡＮＬＥＦＡＮＡＴＰＬＳＴＬＳＬＫＨＷＤＱＤＤＤＦＥＦＴＧＳＨＬＴＶＲＮＧＹＳＣＶＰＶＡＬＡＥＧＬＤＩＫＬＮＴＡＶＲＱＶＲＹＴＡＳＧＣＥＶＩＡＶＮＴＲＳＴＳＱＴＦＩＹＫＣＤＡＶＬＣＴＬＰＬＧＶＬＫＱＱＰＰＡＶＱＦＶＰＰＬＰＥＷＫＴＳＡＶＱＲＭＧＦＧＮＬＮＫＶＶＬＣＦＤＲＶＦＷＤＰＳＶＮＬＦＧＨＶＧＳＴＴＡＳＲＧＥＬＦＬＦＷＮＬＹＫＡＰＩＬＬＡＬＶＡＧＥＡＡＧＩＭＥＮＩＳＤＤＶＩＶＧＲＣＬＡＩＬＫＧＩＦＧＳＳＡＶＰＱＰＫＥＴＶＶＳＲＷＲＡＤＰＷＡＲＧＳＹＳＹＶＡＡＧＳＳＧＮＤＹＤＬＭＡＱＰＩＴＰＧＰＳＩＰＧＡＰＱＰＩＰＲＬＦＦＡＧＥＨＴＩＲＮＹＰＡＴＶＨＧＡＬＬＳＧＬＲＥＡＧＲＩＡＤＱＦＬＧＡＭＹＴＬＰＲＱＡＴＰＧＶＰＡＱＱＳＰＳＭ［配列番号１］
【０２０２】
いくつかの実施形態では、タンパク質性分子が、式ＸＩＸ：
Ｚ1ＲＲＴＸ1ＲＲＫＲＡＫＶＺ2      （ＸＩＸ）
（式中、
「Ｚ1」および「Ｚ2」は独立に、存在しない、または約１個〜約５０個のアミノ酸残基（およびその間の全ての整数の残基）、および保護部分を含むタンパク質性部分の少なくとも１つから独立に選択され；
「Ｘ1」は、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｇおよびその修飾形態を含む、小アミノ酸残基から選択される）
によって表される、単離または精製されたタンパク質性分子である。
いくつかの実施形態では、「Ｘ1」がＳおよびＡから選択される。
いくつかの実施形態では、「Ｘ1」がＳ、Ａおよびその修飾形態から選択される。いくつかの実施形態では、「Ｘ1」がＳ、ＡおよびＳ（ＰＯ3）から選択される。
いくつかの実施形態では、「Ｘ1」がＳの修飾形態、特にＳ（ＰＯ3）である。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、「Ｚ1」が式ＸＸ：
Ｘ2Ｘ3Ｘ4      （ＸＸ）
（式中、
「Ｘ2」は存在しない、または保護部分であり；
「Ｘ3」は存在しない、または任意のアミノ酸残基から選択され；
「Ｘ4」は任意のアミノ酸残基から選択される）
によって表されるタンパク質性分子である。
いくつかの実施形態では、「Ｘ3」がＲ、Ｋおよびその修飾形態を含む塩基性アミノ酸残基から選択される。いくつかの実施形態では、「Ｘ3」がＲである。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、「Ｘ4」がＦ、Ｙ、Ｗおよびその修飾形態を含む芳香族アミノ酸残基から選択される。いくつかの実施形態では、「Ｘ4」がＷである。
いくつかの実施形態では、「Ｚ2」が存在しない。
いくつかの実施形態では、式ＸＩＸの単離または精製されたタンパク質性分子が、配列番号２、３または４：
ＲＲＴＳＲＲＫＲＡＫＶ［配列番号２］；
ＲＲＴＡＲＲＫＲＡＫＶ［配列番号３］；または
ＲＷＲＲＴＡＲＲＫＲＡＫＶ［配列番号４］
によって表されるアミノ酸残基を含む、からなるまたはから本質的になる。
【０２０５】
特定の実施形態では、式ＸＩＸの単離または精製されたタンパク質性分子が、配列番号２または３によって表されるアミノ酸配列を含む、前記アミノ酸配列からなるまたは前記アミノ酸配列から本質的になる。
いくつかの実施形態では、式ＸＩＸの単離または精製されたタンパク質性分子が、配列番号５：
ＥＧＲＲＴＳＲＲＫＲＡＫＶＥ      ［配列番号５］
のアミノ酸配列を含む、前記アミノ酸配列からなるまたは前記アミノ酸配列から本質的になる。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、式ＸＩＸの単離または精製されたタンパク質性分子が、配列番号５のアミノ酸配列からなるタンパク質性分子以外である。
式（ＸＩＸ）によるタンパク質性分子のいくつかの実施形態では、分子が少なくとも１つの膜透過部分を含む。膜透過部分は、タンパク質性分子のいずれの点でコンジュゲートしていてもよい。適切な膜透過部分は、脂質部分、コレステロールおよびタンパク質、例えば細胞透過ペプチドおよびポリカチオン性ペプチド；特に脂質部分を含む。
【０２０７】
細胞透過ペプチドの非限定的な例としては、例えば米国特許出願公開第２００９００４７２７２号、米国特許出願公開第２０１５０２６６９３５号および米国特許出願公開第２０１３０１３６７４２号に記載されるペプチドが挙げられる。したがって、適切な細胞透過ペプチドには、それだけに限らないが、塩基性ポリ（Ａｒｇ）およびポリ（Ｌｙｓ）ペプチドならびにＡｒｇおよびＬｙｓ残基の非天然類似体を含む塩基性ポリ（Ａｒｇ）およびポリ（Ｌｙｓ）ペプチド、例えばＹＧＲＫＫＲＰＱＲＲＲ［配列番号６］（ＨＩＶ  ＴＡＴ47~57）、ＲＲＷＲＲＷＷＲＲＷＷＲＲＷＲＲ（Ｗ／Ｒ）［配列番号７］、ＣＷＫ18（ＡｌｋＣＷＫ18）［配列番号８］、Ｋ18ＷＣＣＷＫ18（Ｄｉ−ＣＷＫ18）［配列番号９］、ＷＴＬＮＳＡＧＹＬＬＧＫＩＮＬＫＡＬＡＡＬＡＫＫＩＬ［配列番号１０］（トランスポータン）、ＧＬＦＥＡＬＥＥＬＷＥＡＫ［配列番号１１］（ＤｉｐａＬｙｔｉｃ）、Ｋ16ＧＧＣＲＧＤＭＦＧＣＡＫ16ＲＧＤ（Ｋ16ＲＧＤ）［配列番号１２］、Ｋ16ＧＧＣＭＦＧＣＧＧ［配列番号１３］（Ｐ１）、Ｋ16ＩＣＲＲＡＲＧＤＮＰＤＤＲＣＴ［配列番号１４］（Ｐ２）、ＫＫＷＫＭＲＲＮＱＦＷＶＫＶＱＲｂＡＫ（Ｂ）ｂＡ［配列番号１５］（Ｐ３）、ＶＡＹＩＳＲＧＧＶＳＴＹＹＳＤＴＶＫＧＲＦＴＲＱＫＹＮＫＲＡ［配列番号１６］（Ｐ３ａ）、ＩＧＲＩＤＰＡＮＧＫＴＫＹＡＰＫＦＱＤＫＡＴＲＳＮＹＹＧＮＳＰＳ［配列番号１７］（Ｐ９．３）、ＫＥＴＷＷＥＴＷＷＴＥＷＳＱＰＫＫＫＲＫＶ［配列番号１８］（Ｐｅｐ−１）、ＰＬＡＥＩＤＧＩＥＬＴＹ［配列番号１９］（Ｐｌａｅ）、Ｋ16ＧＧＰＬＡＥＩＤＧＩＥＬＧＡ［配列番号２０］（Ｋｐｌａｅ）、Ｋ16ＧＧＰＬＡＥＩＤＧＩＥＬＣＡ［配列番号２１］（ｃＫｐｌａｅ）、ＧＡＬＦＬＧＦＬＧＧＡＡＧＳＴＭＧＡＷＳＱＰＫＳＫＲＫＶ［配列番号２２］（ＭＧＰ）、ＷＥＡＫ（ＬＡＫＡ）2−ＬＡＫＨ（ＬＡＫＡ）2ＬＫＡＣ［配列番号２３］（ＨＡ２）、（ＬＡＲＬ）6ＮＨＣＨ3（ＬＡＲＬ）6［配列番号２４］、ＫＬＬＫＬＬＬＫＬＷＬＬＫＬＬＬ［配列番号２５］（Ｈｅｌ−１１−７）、（ＫＫＫＫ）2ＧＧＣ（ＫＫ）［配列番号２６］、（ＫＷＫＫ）2ＧＣＣ（ＫＷＫ）［配列番号２７］、（ＲＷＲＲ）2ＧＧＣ（ＲＷＲ）［配列番号２８］、ＰＫＫＫＲＫＶ（ＳＶ４０  ＮＬＳ７）、ＰＥＶＫＫＫＲＫＰＥＹＰ［配列番号２９］（ＮＬＳ１２）、ＴＰＰＫＫＫＲＫＶＥＤＰ［配列番号３０］（ＮＬＳ１２ａ）、ＧＧＧＧＰＫＫＫＲＫＶＧＧ［配列番号３１］（ＳＶ４０  ＮＬＳ１３）、ＧＧＧＦＳＴＳＬＲＡＲＫＡ［配列番号３２］（ＡＶ  ＮＬＳ１３）、ＣＫＫＫＫＫＫＳＥＤＥＹＰＹＶＰＮ［配列番号３３］（ＡＶ  ＲＭＥ  ＮＬＳ１７）、ＣＫＫＫＫＫＫＫＳＥＤＥＹＰＹＶＰＮＦＳＴＳＬＲＡＲＫＡ［配列番号３４］（ＡＶ  ＦＰ  ＮＬＳ２８）、ＬＶＲＫＫＲＫＴＥＥＥＳＰＬＫＤＫＤＡＫＫＳＫＱＥ［配列番号３５］（ＳＶ４０  Ｎ１  ＮＬＳ２４）およびＫ9Ｋ2Ｋ4Ｋ8ＧＧＫ5（Ｌｏｌｉｇｏｍｅｒ）；ＨＳＶ−１テグメントタンパク質ＶＰ２２；核外移行シグナル（ＮＥＳ）と融合したＨＳＶ−１テグメントタンパク質ＶＰ２２ｒ；大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）エンテロトキシンＥｔｘＢ（Ｈ５７Ｓ）の突然変異Ｂサブユニット；解毒化��毒素Ａ（ＥＴＡ）；ＨＩＶ−１  Ｔａｔタンパク質のタンパク質形質導入ドメイン、ＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＰＰＱ［配列番号３６］；キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）アンテナペディアドメインＡｎｔｐ（アミノ酸４３〜５８）、ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ［配列番号３７］；Ｂｕｆｏｒｉｎ  ＩＩ、ＴＲＳＳＲＡＧＬＱＦＰＶＧＲＶＨＲＬＬＲＫ［配列番号３８］；ｈＣｌｏｃｋ−（アミノ酸３５〜４７）（ヒトＣｌｏｃｋタンパク質ＤＮＡ結合ペプチド）、ＫＲＶＳＲＮＫＳＥＫＫＲＲ［配列番号３９］；ＭＡＰ（モデル両親媒性ペプチド）、ＫＬＡＬＫＬＡＬＫＡＬＫＡＡＬＫＬＡ［配列番号４０］；Ｋ−ＦＧＦ、ＡＡＶＡＬＬＰＡＶＬＬＡＬＬＡＰ［配列番号４１］；ＶＰＭＬＫＥ、ＶＰＭＬＫ、ＰＭＬＫＥまたはＰＭＬＫを含む群から選択されるペプチドを含むＫｕ７０由来ペプチド；プリオン、マウスＰｒｐｅ（アミノ酸１〜２８）、ＭＡＮＬＧＹＷＬＬＡＬＦＶＴＭＷＴＤＶＧＬＣＫＫＲＰＫＰ［配列番号４２］；ｐＶＥＣ、ＬＬＩＩＬＲＲＲＩＲＫＱＡＨＡＨＳＫ［配列番号４３］；Ｐｅｐ−Ｉ、ＫＥＴＷＷＥＴＷＷＴＥＷＳＱＰＫＫＫＲＫＶ［配列番号４４］；ＳｙｎＢｌ、ＲＧＧＲＬＳＹＳＲＲＲＦＳＴＳＴＧＲ［配列番号４５］；トランスポータン、ＧＷＴＬＮＳＡＧＹＬＬＧＫＩＮＬＫＡＬＡＡＬＡＫＫＩＬ［配列番号４６］；トランスポータン−１０、ＡＧＹＬＬＧＫＩＮＬＫＡＬＡＡＬＡＫＫＩＬ［配列番号４７］；ＣＡＤＹ、Ａｃ−ＧＬＷＲＡＬＷＲＬＬＲＳＬＷＲＬＬＷＲＡ−システアミド［配列番号４８］；Ｐｅｐ−７、ＳＤＬＷＥＭＭＭＶＳＬＡＣＱＹ［配列番号４９］；ＨＮ−１、ＴＳＰＬＮＩＨＮＧＱＫＬ［配列番号５０］；ＶＴ５、ＤＰＫＧＤＰＫＧＶＴＶＴＶＴＶＴＶＴＧＫＧＤＰＫＰＤ［配列番号５１］；またはｐＩＳＬ、ＲＶＩＲＶＷＦＱＮＫＲＣＫＤＫＫ［配列番号５２］が含まれ得る。
【０２０８】
好ましい実施形態では、膜貫通部分が、脂質部分、例えばＣ10−Ｃ20脂肪アシル基、特にオクタデカノイル（ステアロイル；Ｃ18）、ヘキサデカノイル（パルミトイル；Ｃ16）またはテトラデカノイル（ミリストイル；Ｃ14）；最も特にテトラデカノイルである。好ましい実施形態では、膜貫通部分が、タンパク質性分子のＮもしくはＣ末端アミノ酸残基にまたはリジン側鎖のアミンを通してコンジュゲートしており、特にタンパク質性部分のＮ末端アミノ酸残基にコンジュゲートしている。
【０２０９】
２．２  ＰＤ−１結合アンタゴニスト
ＰＤ−１結合アンタゴニストは、適切にはＰＤ−１を通してシグナル伝達を阻害する分子であり、ＰＤ−１とそのリガンド結合パートナーの結合を阻害する分子を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１リガンド結合パートナーがＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２である。アンタゴニストは、抗体、イムノアドヘシン、融合タンパク質またはオリゴペプチドであり得る。
【０２１０】
ＰＤ−１結合アンタゴニストは、好ましくは抗ＰＤ−１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体が、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ、ＯＰＤＩＶＯ）、Ｍｅｒｃｋ  ３４７５（ＭＫ−３４７５、ペンブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ＣＴ−０１１（ピジリズマブ）、ＭＥＤＩ−４７３６（デュルバルマブ）、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８およびＢＧＢ−Ａ３１７からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２の細胞外またはＰＤ−１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストがＡＭＰ−２２４である。ＭＤＸ−１１０６−０４、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８およびＯＰＤＩＶＯ（登録商標）としても知られているニボルマブは、国際公開第２００６／１２１１６８号に記載される抗ＰＤ−１抗体である。ＭＫ−３４７５、Ｍｅｒｃｋ  ３４７５、ランブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）およびＳＣＨ−９００４７５としても知られているペンプロリズマブは、国際公開第２００９／１１４３３５号に記載される抗ＰＤ−１抗体である。ｈＢＡＴ、ｈＢＡＴ−１またはピジリズマブとしても知られているＣＴ−０１１は、国際公開第２００９／１０１６１１号に記載される抗ＰＤ−１抗体である。Ｂ７−ＤＣＩｇとしても知られているＡＭＰ−２２４は、国際公開第２０１０／０２７８２７号および国際公開第２０１１／０６６３４２号に記載されるＰＤ−Ｌ２−Ｆｃ融合可溶性受容体である。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体がニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４−９４−４）である。なおさらなる実施形態では、配列番号５３の重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域および／または配列番号５４の軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む単離された抗ＰＤ−１抗体が提供される。なおさらなる実施形態では、重鎖配列および／または軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ−１抗体であって、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ［配列番号５３］、
と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％の配列同一性を有する、
または（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ［配列番号５４］
と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％の配列同一性を有する
抗体が提供される。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ−１抗体がペンブロリズマブ（ＣＡＳ登録番号：１３７４８５３−９１−４）である。なおさらなる実施形態では、配列番号５５の重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域および／または配列番号５６の軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む単離された抗ＰＤ−１抗体が提供される。なおさらなる実施形態では、重鎖配列および／または軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ−１抗体であって、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＶＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＹＭＹＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮＥＫＦＫＮＲＶＴＬＴＴＤＳＳＴＴＴＡＹＭＥＬＫＳＬＱＦＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹＷＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ［配列番号５５］、
と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％の配列同一性を有する、
または（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＬＡＳＹＬＥＳＧＶＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＨＳＲＤＬＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ［配列番号５６］
と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％の配列同一性を有する
抗体が提供される。
【０２１３】
本発明はまた、完全長抗ＰＤ−１アンタゴニスト抗体の重鎖および軽鎖ＨＶＲを含む抗体断片も熟慮する。
なおさらなる態様では、本明細書に記載される抗体のいずれかをコードする核酸が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、核酸が、前に記載される抗ＰＤ−Ｌ１、抗ＰＤ−１または抗ＰＤＬ２抗体のいずれかをコードする核酸の発現に適したベクターをさらに含む。なおさらなる具体的な態様では、ベクターが、核酸の発現に適した宿主細胞をさらに含む。なおさらなる具体的な態様では、宿主細胞が真核細胞または原核細胞である。なおさらなる具体的な態様では、真核細胞が、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）などの哺乳動物細胞である。
【０２１４】
抗体またはその抗原結合断片は、当技術分野で既知の方法を使用して、例えば、発現に適した形態で前に記載される抗ＰＤ−１または抗原結合断片のいずれかをコードする核酸を含有する宿主細胞を、このような抗体または断片を産生するのに適した条件下で培養するステップと、抗体または断片を回収するステップとを含む方法によって作製され得る。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、単離された抗ＰＤ−１抗体が非グリコシル化されている。抗体のグリコシル化は、典型的にはＮ結合型またはＯ結合型である。Ｎ結合型は、炭水化物部分とアスパラギン残基の側鎖の結合を指す。トリペプチド配列アスパラギン−Ｘ−セリンおよびアスパラギン−Ｘ−スレオニン（式中、Ｘはプロリンを除く任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分とアスパラギン側鎖の酵素結合のための認識配列である。よって、ポリペプチド中のこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在が、潜在的なグリコシル化部位を作り出す。Ｏ結合型グリコシル化は、糖Ｎ−アセチルガラクトサミン、ガラクトースまたはキシロースの１つとヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンの結合を指すが、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリジンを使用してもよい。抗体からのグリコシル化部位の除去は、上記トリペプチド配列（Ｎ結合型グリコシル化部位について）の１つが除去されるようにアミノ酸配列を変化させることによって簡便に達成される。変化は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリンまたはスレオニン残基を別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニンまたは保存的置換）で置換することによって行われ得る。
【０２１６】
２．３  補助因子
いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストが、Ｔ細胞機能障害性障害を治療するため、またはその治療を助けるための補助因子と同時に投与される。補助因子の非限定的な例としては、細胞傷害性因子、遺伝子療法剤、ＤＮＡ療法剤、ウイルス療法剤、ＲＮＡ療法剤、免疫療法剤、骨髄移植剤、ナノ療法剤または前記の組み合わせが挙げられる。補助因子はアジュバントまたはネオアジュバント療法の形態であり得る。いくつかの実施形態では、補助因子が小分子酵素阻害剤または抗転移剤である。いくつかの実施形態では、補助因子が、副作用制限剤（例えば、制吐剤などの、治療の副作用の発生および／またはその重症度を減らすことを意図した薬剤）である。いくつかの実施形態では、補助因子が放射線療法剤である。いくつかの実施形態では、補助因子が、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路を標的とする薬剤、ＨＳＰ９０阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤および／または化学予防剤である。いくつかの実施形態では、補助因子が、免疫療法剤、例えば遮断抗体、イピリムマブ（ＭＤＸ−０１０、ＭＤＸ−１０１またはＹｅｒｖｏｙ（登録商標）としても知られている）、トレメリムマブ（チシリムマブまたはＣＰ−６７５，２０６としても知られている）、Ｂ７−Ｈ３に対するアンタゴニスト（ＣＤ２７６としても知られている）、例えば遮断抗体、ＭＧＡ２７１、ＴＧＦ−βに対するアンタゴニスト、例えばメテリムマブ（ＣＡＴ−１９２としても知られている）、フレソリムマブ（ＧＣ１００８としても知られている）、またはＬＹ２１５７２９９、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するＴ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞またはＣＴＬ）、ドミナントネガティブＴＧＦ−β受容体、例えばドミナントネガティブＴＧＦ−β  ＩＩ型受容体を含むＴ細胞、ＣＤ１３７に対するアゴニスト（ＴＮＦＲＳＦ９、４−１ＢＢまたはＩＬＡとしても知られている）、例えば活性化抗体、ウレルマブ（ＢＭＳ−６６３５１３としても知られている）、ＣＤ４０に対するアゴニスト、例えば活性化抗体、ＣＰ−８７０８９３、ＯＸ４０に対するアゴニスト（例えば、ＣＤ１３４としても知られている）、例えば抗ＯＸ４０抗体と合わせて投与される活性化抗体（例えば、ＡｇｏｎＯＸ）、ＣＤ２７に対するアゴニスト、例えば活性化抗体、ＣＤＸ−１１２７、インドールアミン−２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（１−Ｄ−ＭＴとしても知られている）、抗体−薬物複合体（いくつかの実施形態では、メルタンシンまたはモノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）を含む）、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体−ＭＭＡＥコンジュゲート（ＤＮＩＢ０６００ＡまたはＲＧ７５９９としても知られている）、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ−ＤＭ１、ａｄｏ−トラスツズマブエムタンシンまたはＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈとしても知られている）、ＤＭＵＣ５７５４Ａ、エンドセリンＢ受容体（ＥＤＮＢＲ）を標的とする抗体−薬物複合体、例えばＭＭＡＥとコンジュゲートしたＥＤＮＢＲに対する抗体、血管新生阻害剤、ＶＥＧＦ、例えばＶＥＧＦ−Ａに対する抗体、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅ���ｈとしても知られている）、アンジオポエチン２（Ａｎｇ２としても知られている）に対する抗体、ＭＥＤＩ３６１７、抗新生物剤、ＣＳＦ−１Ｒ（Ｍ−ＣＳＦＲまたはＣＤ１１５としても知られている）を標的とする薬剤、抗ＣＳＦ−１Ｒ（ＩＭＣ−ＣＳ４としても知られている）、インターフェロン、例えばＩＦＮ−αまたはＩＦＮ−γ、Ｒｏｆｅｒｏｎ−Ａ、ＧＭ−ＣＳＦ（組換えヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ｒｈｕ  ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチムまたはＬｅｕｋｉｎｅ（登録商標）としても知られている）、ＩＬ−２（アルデスロイキンまたはＰｒｏｌｅｕｋｉｎ（登録商標）としても知られている）、ＩＬ−１２、ＣＤ２０を標的とする抗体（いくつかの実施形態では、ＣＤ２０を標的とする抗体がオビヌツズマブ（ＧＡ１０１もしくはＧａｚｙｖａ（登録商標）としても知られている）またはリツキジマブである）、がんワクチン（いくつかの実施形態では、がんワクチンがペプチドがんワクチンであり、いくつかの実施形態では、個別化ペプチドワクチンであり；いくつかの実施形態では、ペプチドがんワクチンが多価長ペプチド、マルチペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチドまたはペプチドでパルスされた樹状細胞ワクチン（例えば、Yamada et al., Cancer Sci, 104:14-21, 2013参照）である）と合わせて、アジュバントと合わせて、ＧＩＴＲを標的とする抗体（いくつかの実施形態では、ＧＩＴＲを標的とする抗体がＴＲＸ５１８である）、ＴＬＲアゴニスト、例えばポリ−ＩＣＬＣ（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標）としても知られている）、ＬＰＳ、ＭＰＬまたはＣｐＧ  ＯＤＮ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１、ＨＭＧＢ１、ＩＬ−１０アンタゴニスト、ＩＬ−４アンタゴニスト、ＩＬ−１３アンタゴニスト、ＨＶＥＭアンタゴニスト、例えばＩＣＯＳ−Ｌの投与によるＩＣＯＳアゴニスト、またはＩＣＯＳに対するアゴニスト抗体、ＣＸ３ＣＬ１を標的とする薬剤、ＣＸＣＬ１０を標的とする薬剤、ＣＣＬ５を標的とする薬剤、ＬＦＡ−１またはＩＣＡＭ１アゴニスト、Ｓｅｌｅｃｔｉｎアゴニスト、標的化治療剤、Ｂ−Ｒａｆの阻害剤、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標）としても知られている）、ダブラフェニブ（Ｔａｆｉｎｌａｒ（登録商標）としても知られている）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）としても知られている）、ＭＥＫ、例えばＭＥＫ１（ＭＡＰ２Ｋ１としても知られている）またはＭＥＫ２（ＭＡＰ２Ｋ２としても知られている）の阻害剤、コビメチニブ（ＧＤＣ−０９７３またはＸＬ−５１８としても知られている）、トラメチニブ（Ｍｅｋｉｎｉｓｔ（登録商標）としても知られている）、Ｋ−Ｒａｓの阻害剤、ｃ−Ｍｅｔの阻害剤、オナルツズマブ（ＭｅｔＭＡｂとしても知られている）、Ａｌｋの阻害剤、ＡＦ８０２（ＣＨ５４２４８０２またはアレクチニブとしても知られている）、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）の阻害剤、ＢＫＭ１２０、イデラリシブ（ＧＳ−１１０１またはＣＡＬ−１０１としても知られている）、ペリフォシン（ＫＲＸ−０４０１としても知られている）、Ａｋｔ、ＭＫ２２０６、ＧＳＫ６９０６９３、ＧＤＣ−０９４１、ｍＴＯＲの阻害剤、シロリムス（ラパマイシンとしても知られている）、テムシロリムス（ＣＣＩ−７７９またはＴｏｒｉｓｅｌ（登録商標）としても知られている）、エベロリムス（ＲＡＤ００１としても知られている）、リダホロリムス（ＡＰ−２３５７３、ＭＫ−８６６９またはデフォロリムスとしても知られている）、ＯＳＩ−０２７、ＡＺＤ８０５５、ＩＮＫ１２８、二重ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ阻害剤、ＸＬ７６５、ＧＤＣ−０９８０、ＢＥＺ２３５（ＮＶＰ−ＢＥＺ２３５としても知られている）、ＢＧＴ２２６、ＧＳＫ２１２６４５８、ＰＦ−０４６９１５０２、ＰＦ−０５２１２３８４（ＰＫＩ−５８７としても知られている）である。補助因子は、本明細書に記載される細胞傷害性因子または化学療法剤の１つまたは複数であり得る。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、補助因子が抗感染症薬である。抗感染症薬は、適切には限定されないが、ウイルス、細菌、酵母、真菌、原生動物等などの微生物を殺傷するまたはその増殖を阻害する化合物を含み、よって、抗生物質、抗アメーバ薬、抗真菌薬、抗原生動物薬、抗マラリア薬、抗結核薬および抗ウイルス薬を含む、抗微生物薬から選択される。抗感染症薬には、その範囲内に、駆虫剤および抗線虫薬も含まれる。例示的な抗生物質には、キノロン（例えば、アミフロキサシン、シノキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、フルメキン、ロメフロキサン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、オキソリニン酸、ペフロキサシン、ロソキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、スパルフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシン；ゲミフロキサシン；およびガレノキサシン）、テトラサイクリン、グリシルサイクリンおよびオキサゾリジノン（例えば、クロルテトラサイクリン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、チゲサイクリン；リネゾリド、エペロゾリド）、グリコペプチド、アミノグリコシド（例えば、アミカシン、アルベカシン、ブチロシン、ジベカシン、ホルチマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、メオマイシン、ネチルマイシン、リボスタマイシン、シソマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン）、β−ラクタム（例えば、イミペネム、メロペネム、ビアペネム、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セファゾリン、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタキシム、セフォチアム、セフピミゾール、セフピラミド、セフポドキシム、セフスロジン、セフタジジム、セフテラム、セフテゾール、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフロキシム、セフゾナム、セファアセトリル、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファラジン、セフィネタゾール、セフォキシチン、セフォテタン、アズトレオナム、カルモナム、フロモキセフ、モキサラクタム、アミジノシリン（ａｍｉｄｉｎｏｃｉｌｌｉｎ）、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、ベンジルペニシリン、カルフェシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、メチシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ピペラシリン、スベニシリン、テモシリン、チカルシリン、セフジトレン、ＳＣ００４、ＫＹ−０２０、セフジニル、セフチブテン、ＦＫ−３１２、Ｓ−１０９０、ＣＰ−０４６７、ＢＫ−２１８、ＦＫ−０３７、ＤＱ−２５５６、ＦＫ−５１８、セフォゾプラン、ＭＥ１２２８、ＫＰ−７３６、ＣＰ−６２３２、Ｒｏ  ０９−１２２７、ＯＰＣ−２００００、ＬＹ２０６７６３）、リファマイシン、マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、オレアンドマイシン、ロキタマイシン、ロサラミシン、ロ��シスロマイシン、トロレアンドマイシン）、ケトライド（例えば、テリスロマイシン、セスロマイシン）、クメルマイシン、リンコサミド（例えば、クリンダマイシン、リンコマイシン）およびクロラムフェニコールが含まれる。例示的な抗ウイルス薬には、アバカビル硫酸塩、アシクロビルナトリウム、アマンタジン塩酸塩、アンプレナビル、シドフォビル、デラビルジンメシル酸塩、ジダノシン、エファビレンツ、ファムシクロビル、ホミビルセンナトリウム、ホスカルネットナトリウム、ガンシクロビル、インジナビル硫酸塩、ラミブジン、ラミブジン／ジドブジン、ネルフィナビルメシル酸塩、ネビラピン、オセルタミビルリン酸塩、リバビリン、リマンタジン塩酸塩、リトナビル、サキナビル、サキナビルメシル酸塩、スタブジン、バラシクロビル塩酸塩、ザルシタビン、ザナミビルおよびジドブジンが含まれる。抗アメーバ薬または抗原生動物薬の非限定的な例としては、アトバコン、クロロキン塩酸塩、クロロキンリン酸塩、メトロニダゾール、メトロニダゾール塩酸塩およびペンタミジンイセチオン酸塩が挙げられる。駆虫剤は、メベンダゾール、ピランテルパモ酸塩、アルベンダゾール、イベルメクチンおよびチアベンダゾールから選択される少なくとも１つであり得る。例示的な抗真菌薬は、アンホテリシンＢ、アンホテリシンＢ硫酸コレステリル複合体、アンホテリシンＢ脂質複合体、アンホテリシンＢリポソーム、フルコナゾール、フルシトシン、グリセオフルビン微粒子、グリセオフルビン超微粒子、イトラコナゾール、ケトコナゾール、ナイスタチンおよびテルビナフィン塩酸塩から選択され得る。抗マラリア薬の非限定的な例としては、クロロキン塩酸塩、クロロキンリン酸塩、ドキシサイクリン、ヒドロキシクロロキン硫酸塩、メフロキン塩酸塩、ピマキンリン酸塩、ピリメタミンおよびピリメタミンとスルファドキシンが挙げられる。抗結核薬には、それだけに限らないが、クロファジミン、シクロセリン、ダプソン、エタンブトール塩酸塩、イソニアジド、ピラジナミド、リファブチン、リファンピン、リファペンチンおよびストレプトマイシン硫酸塩が含まれる。
【０２１８】
３．医薬組成物および製剤
ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子、核ＬＳＤ阻害因子等）と、ＰＤ−１結合アンタゴニストと、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物および製剤も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物および製剤が、例えば本明細書に記載される補助因子をさらに含む。この種の具体的な例では、補助因子が、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊するものである（例えば、タキサンなどの細胞傷害性因子）。
【０２１９】
本明細書に記載される医薬組成物および製剤は、所望の純度を有する有効成分（例えば、小分子、核酸またはポリペプチド）を、１つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体と混合することによって調製することができる（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)）。薬学的に許容される担体は一般的に、使用される投与量および濃度でレシピエンドに対して非毒性であり、それだけに限らないが、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝液；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；メチルまたはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリジンなどのアミノ酸；グルコース、マンノースまたはデキストリンを含む単糖、二糖および他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；ならびに／あるいはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤を含む。本明細書の代表的な薬学的に許容される担体にはさらに、可溶性中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えばヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えばｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）などの組織内薬物分散剤が含まれる。ｒＨｕＰＨ２０を含む一定の代表的なｓＨＡＳＥＧＰおよび使用方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号および同第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰが、コンドロイチナーゼなどの１つまたは複数の追加のグリコサミノグリカナーゼと組み合わせられる。
【０２２０】
いくつかの実施形態では、特にペプチドおよびポリペプチド活性因子（例えば、抗体、阻害ペプチドおよびイムノアドヘシン）に関して、活性因子および任意の薬学的に許容される担体が、凍結乾燥製剤または水溶液の形態である。代表的な凍結乾燥抗体製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載される。水性抗体製剤には、米国特許第６１７１５８６号および国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されるものが含まれ、後者の製剤はヒスチジン−酢酸塩緩衝液を含む。
本明細書の組成物および製剤はまた、治療される特定の適応症に必要なさらなる有効成分、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含有し得る。このような有効成分は適切には、意図した目的に有効な量で組み合わせて存在する。
【０２２１】
有効成分は、例えばコアセルベーション技術または界面重合によって調製されるマイクロカプセル、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセル、コロイド薬物送達システム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル）、またはマクロエマルジョンに捕捉され得る。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に開示されている。
徐放調製物を調製してもよい。徐放調製物の適切な例としては、成形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形態である、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられる。インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌性は、例えば滅菌濾過膜を通した濾過によって容易に達成され得る。
治療される具体的な状態に応じて、製剤は、全身または局所投与され得る。適切な経路には、例えば、経口、直腸、経粘膜または腸投与；筋肉内、皮下、髄内注射を含む非経口送達、ならびに髄腔内、直接脳室内、静脈内、腹腔内、鼻腔内または眼内注射が含まれ得る。製剤化および投与の技術は、“Remington’s Pharmaceutical Sciences,” Mack Publishing Co., Easton, Pa., latest editionに見出され得る。
【０２２２】
４．治療的使用
本発明は、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子、核ＬＳＤ阻害因子等）およびＰＤ−１結合アンタゴニスト（本明細書で「二重療法」とも呼ばれる）が、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、がんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するために有用であることを開示している。具体的な実施形態では、治療組み合わせが、転移性がんを含むがんを治療するもしくはその進行を遅延させる、およびがん再発を予防するために開示される。当技術分野で知られているまたは本明細書に記載されるＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストのいずれもこの点で使用され得る。
具体的な実施形態では、併用療法が、例えば本明細書に記載される補助因子（例えば、化学療法剤）の使用または投与をさらに含む。この種の有利な例では、補助因子が、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊するものである（例えば、タキサンなどの細胞傷害性化合物）。これらの実施形態では、併用療法が、本明細書で「三重療法（ｔｒｉｐｌｅ  ｔｈｅｒａｐｙ）」と呼ばれる。
【０２２３】
適切には、併用療法で治療される個体が、間葉系表現型を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）、例えば同じＴ細胞中のＴＢＥＴの発現レベルよりも高レベルおよび／または活性化Ｔ細胞中よりも高レベルで核ＬＳＤを発現するＴ細胞を含む。Ｔ細胞は腫瘍浸潤リンパ球または循環リンパ球であり得る。Ｔ細胞は、適切にはＴ細胞の疲弊またはアネルギーを示し、この種の代表的な例では、Ｔ細胞がＴＢＥＴよりも高レベルのＥＯＭＥＳを発現する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が、損なわれたまたは抑制された免疫機能を有し、適切には減少したＴ細胞活性化のバイオマーカー（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αなどのサイトカインの減少した産生および／または分泌）を発現する。これらの実施形態では、Ｔ細胞が、適切には同じＴ細胞中のＴＢＥＴのレベルまたは活性化Ｔ細胞の核中のＥＯＭＥＳのレベルよりも高レベルでＴ細胞の核中でＥＯＭＥＳを発現する。したがって、核ＬＳＤ、ＥＯＭＥＳおよびＴＢＥＴを、Ｔ細胞の疲弊の既知のマーカー（本明細書では「Ｔ細胞機能バイオマーカー」とも呼ばれる）であるＰＤ−１と合わせて使用して、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる治療に対する感受性を含む患者のＴ細胞免疫状態を評価するために患者におけるＴ細胞の免疫機能を決定することができる。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、個体がヒトである。
いくつかの実施形態では、個体が、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよびＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤの核移行阻害因子）の併用治療の前にＰＤ−１結合アンタゴニストで治療されている。
いくつかの実施形態では、個体が、１つまたは複数のＰＤ−１結合アンタゴニストに対して耐性である（耐性であることが実証されている）がんを有する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１アンタゴニストに対する耐性が、がんの再発または難治性がんを含む。再発は、治療後の、元の部位または新たな部位での、がんの再出現を指し得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストに対する耐性が、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる治療中のがんの進行を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストに対する耐性が、治療に反応しないがんを含む。がんは、治療の開始時に耐性であり得る、または治療中に耐性になり得る。いくつかの実施形態では、がんが早期または進行期である。
【０２２５】
方法、アッセイおよび／またはキットのいずれかのいくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーのいずれか１つまたは複数が、ＦＡＣＳ、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ドットブロット、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、マルチプレックスｑＰＣＲまたはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、およびＦＩＳＨ、ならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される方法を使用して試料中で検出される。
方法、アッセイおよび／またはキットのいずれかのいくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーのいずれか１つまたは複数が、タンパク質発現によって試料中で検出される。いくつかの実施形態では、タンパク質発現が、免疫組織化学（ＩＨＣ）によって決定される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーのいずれか１つまたは複数が、それぞれのバイオマーカーに特異的に結合する抗体を使用して検出される。いくつかの実施形態では、核ＬＳＤおよび／またはＥＯＭＥＳバイオマーカーが、例えばＩＨＣを使用して、Ｔ細胞の核中で検出される。いくつかの実施形態では、核ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳバイオマーカーを含む複合体が、Ｔ細胞の核中で検出される。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、本発明の併用療法が、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストの投与を含む。ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストは、当技術分野で知られている任意の適切な方法で投与され得る。例えば、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストは、典型的には同時に投与される。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、ＰＤ−１結合アンタゴニストと別個の組成物である。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、ＰＤ−１結合アンタゴニストと同じ組成物である。したがって、併用療法は、ＬＳＤ阻害因子をＰＤ−１結合アンタゴニストと別個に、同時にまたは順次に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、これは、両種類の薬剤を含む単一組成物もしくは薬理学的製剤を投与する、または一方の組成物がＬＳＤ阻害因子を含み、他方がＰＤ−１結合アンタゴニストを含む２つの別個の組成物もしくは製剤を同時に投与することによって達成され得る。他の実施形態では、ＬＳＤ阻害因子による治療が、数分〜数日の範囲に及ぶ間隔で、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる治療に先行するまたは続き得る。ＬＳＤ阻害因子がＰＤ−１結合アンタゴニストと別個に施用される実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が上記の機能的に抑制されたＴ細胞（例えば、間葉系Ｔ細胞）に対する有利な効果を及ぼし、特に、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対するＴ細胞の感受性を含む免疫機能が増強したＴ細胞を与えることができるように、各送達の時間の間に有意な期間が切れないことが一般的に保障されるだろう。このような例では、互いに約１〜１２時間、より適切には互いに約２〜６時間以内に両様式を投与することが熟慮される。しかしながら、いくつかの状況では、治療の期間を有意に延長することが望ましく、それぞれの投与間で数時間（２、３、４、５、６または７）〜数日間（１、２、３、４、５、６、７または８）が流れる。
【０２２７】
ＬＳＤ阻害因子またはＰＤ−１結合アンタゴニストの２回以上の投与が望まれることが考えられる。以下に例示されるように、種々の組み合わせが使用され得る（ここでは、ＬＳＤ阻害因子を「Ａ」とし、ＰＤ−１結合アンタゴニストを「Ｂ］とする）：
Ａ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ａ  Ａ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ａ  Ａ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ｂ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ａ／Ｂ／Ｂ  Ａ／Ｂ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ｂ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ｂ／Ａ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ｂ／Ａ  Ａ／Ａ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ａ／Ａ  Ａ／Ｂ／Ａ／Ａ  Ａ／Ａ／Ｂ／Ａ  Ａ／Ｂ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ａ／Ｂ。
いくつかの実施形態では、本発明の併用療法が、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤の投与を含む。これらの薬剤は、当技術分野で知られている任意の適切な方法で投与され得る。例えば、ＬＳＤ阻害剤、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤が同時に投与され得る。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤が別個の組成物中にある。他の実施形態では、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤が同じ組成物中にある。さらに他の実施形態では、ＬＳＤ阻害因子がＰＤ−１結合アンタゴニストと同じ組成物中にあり、化学療法剤が別個の組成物中にある。さらなる実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が化学療法剤と同じ組成物中あり、ＰＤ−１結合アンタゴニストが別個の組成物にある。したがって、併用療法は、ＬＳＤ阻害因子をＰＤ−１結合アンタゴニストおよび化学療法剤と別個に、同時にまたは順次に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、これは、３種類の薬剤を含む単一組成物もしくは薬理学的製剤を投与する、または別個の組成物もしくは製剤を同時に投与することによって達成され得る。他の実施形態では、１つの薬剤による治療が、数分〜数日の範囲に及ぶ間隔で、他の２つの薬剤による治療に先行するまたは続き得る。１つの薬剤が他の薬剤と別個に施用される実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が上記の機能的に抑制されたＴ細胞（例えば、間葉系Ｔ細胞）に対する有利な効果を及ぼし、特に、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対するＴ細胞の感受性を含む免疫機能が増強したＴ細胞を与えることができるように、各送達の時間の間に有意な期間が切れないことが一般的に保障されるだろう。このような例では、互いに約１〜１２時間、より適切には互いに約２〜６時間以内に異なる様式を投与することが熟慮される。しかしながら、いくつかの状況では、治療の期間を有意に延長することが望ましく、それぞれの投与間で数時間（２、３、４、５、６または７）〜数日間（１、２、３、４、５、６、７または８）が流れる。
【０２２８】
ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤は、同じ投与経路によってまたは異なる投与経路によって投与され得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１結合アンタゴニストが、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、埋め込みにより、吸入により、髄腔内、脳室内または鼻腔内投与される。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子が、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、埋め込みにより、吸入により、髄腔内、脳室内または鼻腔内投与される。いくつかの実施形態では、化学療法剤が、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、埋め込みにより、吸入により、髄腔内、脳室内または鼻腔内投与される。有効量のＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤が、疾患を予防または治療するために投与され得る。ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤の適切な投与量は、治療される疾患の種類、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意で化学療法剤の種類、疾患の重症度および経過、個体の臨床状態、個体の臨床歴および治療に対する応答、ならびに担当医の裁量に基づいて決定され得る。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤの酵素または核移行阻害因子）、ＰＤ−１結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−１抗体）および任意に化学療法剤による併用治療が相乗的であり、組み合わせでのＰＤ−１結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−１抗体）および／または化学療法剤の有効用量が、単一薬剤としてのＰＤ−１結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−１抗体）および／または化学療法剤の有効用量に対して減少する。
【０２２９】
一般的な提案として、ヒトに投与されるペプチドまたはポリペプチド活性因子（例えば、抗体、ペプチド阻害因子、イムノアドヘシン等）の治療上有効量は、１回の投与であろうと複数回の投与であろうと、約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇ患者体重の範囲にあるだろう。いくつかの実施形態では、使用される抗体が、例えば１日に投与される約０．０１〜約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇまたは約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、ペプチドまたはポリペプチド活性因子（例えば、抗体、ペプチド阻害因子、イムノアドヘシン等）が、１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投与レジメンが有用であり得る。一実施形態では、本明細書に記載される抗ＰＤＬ１抗体が、２１日サイクルの１日目に約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇまたは約１４００ｍｇの用量でヒトに投与される。用量は、単一用量または複数回用量（例えば、２回または３回用量）、例えば点滴として投与され得る。併用治療で投与されるペプチドまたはポリペプチド活性因子（例えば、抗体、ペプチド阻害因子、イムノアドヘシン等）の用量は、単一治療と比較して減少し得る。この療法の進行は従来の技術によって容易にモニターされる。
【０２３０】
小分子化合物は、一般的に１日に約０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜約１０００ｍｇ／ｋｇの初期投与量で投与される。約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、または約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約２００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、または約１０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇの１日量範囲を使用することができる。しかしながら、投与量は、患者の要件、治療される状態の重症度、および使用される化合物に応じて変化し得る。
いずれにしても、投与量は、特定の患者で診断された疾患の種類および病期を考慮して経験的に決定することができる。患者に投与される用量は、本発明の文脈では、経時的に患者において有益な治療反応をもたらすのに十分であるべきである。用量サイズはまた、特定の患者での特定の化合物の投与に付随する任意の有害な副作用の存在、性質および程度によっても決定されるだろう。特定の状況のための適切な投与量の決定は、当業者の技能の範囲内である。一般的に、治療は、化合物の最適な用量未満のより少ない投与量で開始される。その後、状況下での最適な効果が達成されるまで、投与量が少しずつ増加される。便宜上、所望であれば、総１日量を分割して、その日の間に小分けで投与してもよい。治療している医師によって決定されるように、用量を毎日与えることも、隔日で与えることもできる。皮下カプセル剤、サシェもしくはデポーの使用を通して、またはパッチもしくはポンプを介するなどして、より長期間（数週間、数カ月または数年）にわたって、用量を定期的にまたは連続して与えることもできる。いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に補助因子（例えば、化学療法剤）が、日常的スケジュールで投与される。あるいは、症状が生じた際に併用療法を投与してもよい。
【０２３１】
本明細書で使用される「日常的スケジュール」は、所定の指定期間を指す。日常的スケジュールは、スケジュールが予め決定されている限り、長さが同一であるまたは異なる期間を包含し得る。例えば、日常的スケジュールは、毎日、２日毎、３日毎、４日毎、５日毎、６日毎、１週間単位で、１カ月単位でまたはその間の任意の日数もしくは週数、２カ月毎、３カ月毎、４カ月毎、５カ月毎、６カ月毎、７カ月毎、８カ月毎、９カ月毎、１０カ月毎、１１カ月毎、１２カ月毎等でのＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の化学療法因子の投与を含み得る。あるいは、所定の日常的スケジュールは、第１週は毎日、引き続いて数カ月間は１カ月単位で、次いで、その後は３カ月毎のＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の化学療法剤の同時投与を含み得る。適切なスケジュールが一定の日の投与を含むことが前もって決定される限り、いずれの特定の組み合わせも日常的スケジュールによって網羅されるだろう。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、治療方法および使用が、追加の療法をさらに含み得る。追加の療法は、放射線療法、外科手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術および乳房切除術）、化学療法、遺伝子療法、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノ療法、モノクローナル抗体療法または前記の組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、追加の療法が放射線療法である。いくつかの実施形態では、追加の療法が外科手術である。いくつかの実施形態では、追加の療法が、放射線療法と外科手術の組み合わせである。いくつかの実施形態では、追加の療法がガンマ線照射である。
本明細書に記載される方法（例えば、有効量のＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の化学療法剤の組み合わせを投与することを含む併用治療）のいずれかの有効性は、臨床モデルまたは前臨床モデルなどの当技術分野で知られている種々の方法で試験され得る。適切な前臨床モデルが本明細書で例示され、これらはさらに、限定されないが、ＩＤ８卵巣がん、ＧＥＭモデル、Ｂ１６黒色腫、ＲＥＮＣＡ腎細胞がん、ＣＴ２６結腸直腸がん、ＭＣ３８結腸直腸がんおよびがんのクラウドマン黒色腫モデルを含み得る。
【０２３３】
本明細書に記載される方法（例えば、有効量のＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の化学療法剤の組み合わせを投与することを含む併用治療）のいずれかの有効性は、限定されないが、非小細胞肺がん、膵管腺癌または黒色腫のＧＥＭモデルを含む腫瘍を発達させるＧＥＭモデルで試験され得る。例えば、Ｊａｃｋｓｏｎら（2001 Genes Dev. 15(24):3243-8）（ＫｒａｓG12Dの記載）およびＬｅｅら（2012 Dis. Model Mech. 5(3):397-402）（ＦＲＴ媒介ｐ５３ヌル対立遺伝子）に記載されるアデノウイルスリコンビナーゼ処理後のｐ５３ヌルバックグラウンドでＫｒａｓG12Dを発現するマウスを、非小細胞肺がんの前臨床モデルとして使用してもよい。別の例としては、Ｊａｃｋｓｏｎら（２００１、上記）（ＫｒａｓG12Dの記載）およびＡｇｕｉｒｒｅら（2003 Genes Dev. 17(24):3112-26）（ｐ１６／ｐ１９ヌル対立遺伝子）に記載されるｐ１６／ｐ１９ヌルバックグラウンドでＫｒａｓG12Dを発現するマウスを、膵管腺癌（ＰＤＡＣ）の前臨床モデルとして使用してもよい。さらなる例としては、Ｄａｎｋｏｒｔら（2007 Genes Dev. 21(4):379-84）（Ｂｒａｆ．ｓｕｐ．Ｖ６００Ｅの説明）およびＴｒｏｔｍａｎら（2003 PLoS Biol. 1(3):E59）（ＰＴＥＮヌル対立遺伝子）に記載される誘導性（例えば、４−ＯＨＴ処理）リコンビナーゼ処理後にメラノサイト特異的ＰＴＥＮヌルバックグラウンドでＢｒａｆV600Eを発現するメラノサイトを有するマウスを、黒色腫の前臨床モデルとして使用してもよい。これらの代表的なモデルのいずれについても、腫瘍発達後、マウスを併用ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意の化学療法剤処理または対照処理を受ける処理群にランダムに入れる。腫瘍サイズ（例えば、腫瘍体積）を処理経過中に測定し、全体生存率もモニターする。
【０２３４】
本開示の方法のいくつかの実施形態では、がん（いくつかの実施形態では、例えば本明細書に記載される診断試験を使用して調べられる患者のがんの試料）が、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含み、ＴＩＬが、がん組織内にあるまたはこれと会合している。これらの実施形態では、ＴＩＬが、本明細書に開示されるＴ細胞機能バイオマーカーのいずれか１つまたは複数の発現について評価される。例えば、核ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳを、間葉系表現型およびＴ細胞活性化のバイオマーカーとして使用することができる。さらに、ＴＢＥＴおよび／またはＰＤ−１を、例えば高レベルの阻害性共受容体およびエフェクターサイトカインを産生する能力の欠如を特徴とする、Ｔ細胞の疲弊のバイオマーカーとして使用することができる（Wherry, E. J. 2011 Nature immunology 12: 492-499；Rabinovich et al., 2007 Annual Review of immunology 25:267-296）。
【０２３５】
本開示の方法のいくつかの実施形態では、個体が、Ｔ細胞機能障害性障害に現れるＴ細胞機能障害を有する。Ｔ細胞機能障害性障害は、Ｔ細胞アネルギーまたはサイトカインを分泌する、増殖するもしくは細胞溶解活性を実行する減少した能力を特徴とし得る。本開示の方法のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、抑制されたＴ細胞免疫機能を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、間葉系表現型のＴ細胞を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能障害性障害が、Ｔ細胞の疲弊を特徴とする。本開示の方法のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞がＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞である。本発明によると、ＬＳＤ阻害因子治療は、Ｔ細胞活性化およびエフェクター能力のバイオマーカー（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、Ｋｉ６７およびＴＢＥＴ）の発現を増加させ、Ｔ細胞の疲弊のバイオマーカー（例えば、ＥＯＭＥＳ）の発現を減少させ、エフェクターおよびメモリーＴ細胞を含むＴ細胞の活性化および増殖を増加させ得る。特に、ＬＳＤ阻害因子治療は、ＰＤ−１結合アンタゴニストによる再活性化に対する疲弊したＴ細胞の感受性増強を与え得る。よって、併用治療ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストは、組み合わせの投与前と比較して、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４+Ｔ細胞、ＣＤ８+Ｔ細胞、メモリーＴ細胞）プライミング、活性化および／または増殖を増加させ得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞がＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞である。
【０２３６】
本開示の方法のいくつかの実施形態では、個体の活性化ＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞が、ＩＦＮ−γ産生ＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞ならびに／あるいは組み合わせの投与前と比較して増強した細胞溶解活性を特徴とする。ＩＦＮ−γは、例えば細胞固定、透過処理およびＩＦＮ−γに対する抗体による染色を含む細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）を含む当技術分野で知られている任意の手段によって測定され得る。細胞溶解活性は、例えば混合したエフェクターおよび標的細胞を用いた細胞殺傷アッセイを使用して、当技術分野で知られている任意の手段によって測定され得る。
いくつかの実施形態では、ＣＤ８+Ｔ細胞が、例えばＣＤ８ｂ発現の存在（例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍを使用したＲＴ−ＰＣＲによる）（Ｃｄ８ｂはＴ細胞表面糖タンパク質ＣＤ８β鎖；ＣＤ８抗原、αポリペプチドｐ３’７としても知られている；アクセッション番号はＮＭ＿１７２２１３である）を特徴とする。いくつかの実施形態では、ＣＤ８+Ｔ細胞が末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８+Ｔ細胞が腫瘍に由来する。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞が、Ｆｏｘ３ｐ発現の存在（例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍを使用したＲＴ−ＰＣＲによる）（Ｆｏｘｐ３はＦｏｒｋｈｅａｄボックスタンパク質Ｐ３；ｓｃｕｒｆｉｎ；ＦＯＸＰ３Δ７；免疫不全、多腺性内分泌障害、腸症、Ｘ連鎖性としても知られている；アクセッション番号はＮＭ＿０１４００９である）を特徴とする。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇが末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞が腫瘍に由来する。
いくつかの実施形態では、炎症性または活性化Ｔ細胞が、例えばＴＢＥＴおよび／またはＣＸＣＲ３発現の存在、あるいは炎症性または活性化Ｔ細胞と相関するＴＢＥＴ：ＥＯＭＥＳ比（例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍを使用したＲＴ−ＰＣＲによる）を特徴とする。いくつかの実施形態では、炎症性または活性化Ｔ細胞が末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、炎症性または活性化Ｔ細胞が腫瘍に由来する。
【０２３８】
本開示の方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞が、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−αからなる群から選択されるサイトカインの増加した放出を示す。サイトカイン放出を、当技術分野で知られている任意の手段によって、例えばウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡまたは免疫組織化学アッセイを使用して測定して、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を含有する試料中の放出されたサイトカインの存在を検出することができる。
本開示の方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞がエフェクターメモリーＴ細胞である。本開示の方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+エフェクターメモリーＴ細胞が、ＣＤ４４高ＣＤ６２Ｌ低の発現を有することを特徴とする。ＣＤ４４高ＣＤ６２Ｌ低の発現は、当技術分野で知られている任意の手段によって、例えば組織（例えば、がん組織）の単一細胞懸濁物を調製し、ＣＤ４４およびＣＤ６２Ｌに対する市販の抗体を使用して表面染色およびフローサイトメトリーを実施することによって検出され得る。本開示の方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+エフェクターメモリーＴ細胞が、ＣＸＣＲ３（Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン受容体３型；Ｍｉｇ受容体；ＩＰ１０受容体；Ｇタンパク質共役型受容体９；インターフェロン誘導性タンパク質１０受容体としても知られている；アクセッション番号ＮＭ＿００１５０４）の発現を有することを特徴とする。いくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+エフェクターメモリーＴ細胞が末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+エフェクターメモリーＴ細胞が腫瘍に由来する。
本開示の方法のいくつかの実施形態では、有効量のＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤などの補助因子を個体に投与することが、併用療法の投与前と比較して増加したレベルのＣＤ８+Ｔ細胞上の炎症性マーカー（例えば、ＣＸＣＲ３）を特徴とする。ＣＸＣＲ３／ＣＤ８+Ｔ細胞は、当技術分野で知られている任意の手段によって測定され得る。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ３／ＣＤ８+Ｔ細胞が末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ３／ＣＤ８+Ｔ細胞が腫瘍に由来する。
【０２３９】
本発明の方法のいくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ機能が、組み合わせの投与前と比較して抑制される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の疲弊が、組み合わせの投与前と比較して減少する。
いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇの数が、組み合わせの投与前と比較して減少する。いくつかの実施形態では、血漿ＩＦＮ−γのレベルが、組み合わせの投与前と比較して増加する。Ｔｒｅｇ数は、例えばＣＤ４+Ｆｏｘ３ｐ+ＣＤ４５+細胞の割合（例えば、ＦＡＣＳ分析による）を決定することによって評価され得る。いくつかの実施形態では、例えば試料中のＴｒｅｇの絶対数が決定される。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇが末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇが腫瘍に由来する。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞プライミング、活性化および／または増殖が、組み合わせの投与前と比較して増加する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞がＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖が、Ｋｉ６７+ＣＤ８+Ｔ細胞の割合（例えば、ＦＡＣＳ分析による）を決定することによって検出される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞増殖が、Ｋｉ６７+ＣＤ４+Ｔ細胞の割合（例えば、ＦＡＣＳ分析による）を決定することによって検出される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が末梢血に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が腫瘍に由来する。
【０２４０】
５．検出および診断方法
本発明によると、核ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳをＴ細胞間葉系表現型および損なわれたＴ細胞機能のバイオマーカーとして使用することができる。さらに、ＰＤ−１およびＴＢＥＴを、当技術分野で知られているように使用してＴ細胞の疲弊を評価することができる。Ｔ細胞は、腫瘍および末梢血などの体液試料などの組織試料から適切に選択されるＴ細胞含有患者試料から得ることができる。いくつかの実施形態では、試料が、治療組み合わせによる治療前に得られる。いくつかの実施形態では、組織試料が、ホルマリン固定およびパラフィン包埋される、保存用である、新鮮であるまたは凍結される。いくつかの実施形態では、試料が全血である。いくつかの実施形態では、全血が免疫細胞、循環腫瘍細胞およびこれらの任意の組み合わせを含む。
【０２４１】
バイオマーカー（例えば、ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１、核ＬＳＤ等）、ＥＯＭＥＳ、ＴＢＥＴおよびＰＤ−１のいずれか１つまたは複数、本明細書ではまとめて「Ｔ細胞機能バイオマーカー」とも呼ばれる）の存在および／または発現レベル／量は、それだけに限らないが、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片および／または遺伝子コピー数を含む、当技術分野で知られている任意の適切な基準に基づいて定性的および／または定量的に決定することができる。一定の実施形態では、第１の試料中のバイオマーカーの存在および／または発現レベル／量が、（例えば、治療組み合わせによる治療前の）第２の試料中の存在／非存在および／または発現レベル／量と比較して増加または上昇している。一定の実施形態では、第１の試料中のバイオマーカーの存在／非存在および／または発現レベル／量が、第２の試料中の存在および／または発現レベル／量と比較して減少または低下している。一定の実施形態では、第２の試料が参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織である。遺伝子の存在／非存在および／または発現レベル／量の決定についての追加の開示は本明細書に記載される。
【０２４２】
本方法のいずれかのいくつかの実施形態では、上昇した発現が、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織と比較して、本明細書に記載されるものなどの標準的な当技術分野で既知の方法によって検出される、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上のいずれかの全体的な増加を指す。一定の実施形態では、上昇した発現が、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、該増加が、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織中のそれぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５倍、１．７５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２５倍、５０倍、７５倍または１００倍のいずれかである。いくつかの実施形態では、上昇した発現が、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、対照組織または内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍または約３．２５倍超の全体的な増加を指す。
本方法のいずれかのいくつかの実施形態では、減少した発現が、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織と比較して、本明細書に記載されるものなどの標準的な当技術分野で既知の方法によって検出される、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上のいずれかの全体的な減少を指す。一定の実施形態では、減少した発現が、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の減少を指し、該減少が、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織中のそれぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約０．９倍、０．８倍、０．７倍、０．６倍、０．５倍、０．４倍、０．３倍、０．２倍、０．１倍、０．０５倍または０．０１倍のいずれかである。
【０２４３】
試料中の種々のバイオマーカーの存在および／または発現レベル／量は、それだけに限らないが、免疫組織化学（「ＩＨＣ」）、ウエスタンブロット解析、免疫沈降、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＴＡ、蛍光活性化セルソーティング（「ＦＡＣＳ」）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的血液アッセイ（例えば、血清ＥＬＩＳＡ）、生化学的酵素活性アッセイ、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザン解析、ノーザン解析、全ゲノム配列決定、定量的リアルタイムＰＣＲ（「ｑＲＴ−ＰＣＲ」）を含むポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）および他の増幅型検出方法（例えば分岐ＤＮＡ法、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現プロファイリングおよび／または遺伝子発現連鎖解析（「ＳＡＧＥ」）、ならびにタンパク質、遺伝子および／または組織アレイ分析によって実施することができる多種多様なアッセイのいずれか１つを含む、その多くが当技術分野で知られており、当業者によって理解されるいくつかの方法論によって分析することができる。遺伝子および遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えばAusubel et al., eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Units 2（ノーザンブロット）、4（サザンブロット）、15（免疫ブロット）および18（ＰＣＲ分析）に見出される。Ｒｕｌｅｓ  Ｂａｓｅｄ  ＭｅｄｉｃｉｎｅまたはＭｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（「ＭＳＤ」）から入手可能なものなどのマルチプレックスイムノアッセイも使用され得る。
【０２４４】
いくつの実施形態では、バイオマーカーの存在および／または発現レベル／量が、（ａ）試料（対象がん試料など）で遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（ｒｔＰＣＲもしくはｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術またはＦＩＳＨを実施するステップと；（ｂ）試料中のバイオマーカーの存在および／または発現レベル／量を決定するステップとを含む方法を使用して決定される。いくつかの実施形態では、マイクロアレイ法が、ストリンジェント条件下で上記の遺伝子をコードする核酸分子とハイブリダイズすることができる１つもしくは複数の核酸分子を有する、または上記の遺伝子によってコードされるタンパク質の１つもしくは複数に結合することができる１つもしくは複数のポリペプチド（ペプチドもしくは抗体など）を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施形態では、ＰＣＲ法がｑＲＴ−ＰＣＲである。一実施形態では、ＰＣＲ法がマルチプレックスＰＣＲである。いくつかの実施形態では、遺伝子発現がマイクロアレイによって測定される。いくつかの実施形態では、遺伝子発現がｑＲＴ−ＰＣＲによって測定される。いくつかの実施形態では、発現がマルチプレックスＰＣＲによって測定される。
【０２４５】
細胞中のｍＲＮＡを評価する方法は周知であり、例えば、相補的ＤＮＡプローブを使用したハイブリダイゼーションアッセイ（１つまたは複数の遺伝子に特異的な標識リボプローブを使用したｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ノーザンブロットおよび関連する技術など）および種々の核酸増幅アッセイ（遺伝子の１つまたは複数に特異的な相補的プライマーを使用したＲＴ−ＰＣＲ、および他の増幅型検出方法、例えば分岐ＤＮＡ法、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）を含む。
哺乳動物からの試料は、ノーザン、ドットブロットまたはＰＣＲ解析を使用してｍＲＮＡについて簡便にアッセイすることができる。さらに、このような方法は、（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって）生体試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする１つまたは複数のステップを含むことができる。増幅した標的ｃＤＮＡの配列を決定してもよい。
【０２４６】
任意の方法は、マイクロアレイ技術によって、組織または細胞試料中の標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを調べるまたは検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験および対照組織試料からの試験および対照ｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識してｃＤＮＡプローブを作製する。次いで、プローブを、固体支持体上に固定化された核酸のアレイにハイブリダイズする。アレイの各メンバーの配列および位置が分かるようにアレイを構成する。例えば、その発現が抗血管新生療法の増加または減少した臨床的利益と相関する遺伝子の選択が固体支持体上に整列され得る。標識プローブと特定のアレイメンバーのハイブリダイゼーションは、プローブが得られた試料がその遺伝子を発現していることを示す。
いくつかの実施形態によると、存在および／または発現レベル／量が、上記遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することによって測定される。一定の実施形態では、本方法が、生体試料を、本明細書に記載されるバイオマーカーに対する抗体（例えば、抗ＰＤ−１抗体、抗ＬＳＤ抗体、抗ＴＢＥＴ抗体、抗ＥＯＭＥＳ抗体）と、バイオマーカーの結合を許容する条件下で接触させるステップと、抗体とバイオマーカーとの間に複合体が形成されているかどうかを検出するステップとを含む。このような方法は、インビトロまたはインビボ法であり得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の抗バイオマーカー抗体を使用して、ＬＳＤ阻害剤とＰＤ−１結合アンタゴニストによる併用療法に適格な対象を選択する。
【０２４７】
一定の実施形態では、試料中のバイオマーカータンパク質の存在および／または発現レベル／量が、ＩＨＣおよび染色プロトコルを使用して調べられる。組織切片のＩＨＣ染色は、試料中のタンパク質の存在を決定または検出するための信頼できる方法であることが示されている。いくつかの実施形態では、個体由来の試料中のＴ細胞機能バイオマーカーの発現が、上昇したタンパク質発現であり、さらなる実施形態では、ＩＨＣを使用して決定される。一実施形態では、バイオマーカーの発現レベルが、（ａ）抗体により試料（対象がん試料など）のＩＨＣ分析を実施するステップと；（ｂ）試料中のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップとを含む方法を使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＩＨＣ染色強度が参照に対して決定される。いくつかの実施形態では、参照が参照値である。いくつかの実施形態では、参照が参照試料（例えば、対照細胞株染色試料または非がん性患者由来の組織試料）である。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカー発現が、腫瘍または腫瘍試料で評価される。本明細書で使用される場合、腫瘍または腫瘍試料は、腫瘍細胞によって占められる腫瘍領域の一部または全部を包含し得る。いくつかの実施形態では、腫瘍または腫瘍試料が、腫瘍関連腫瘍内細胞および／または腫瘍関連間質（例えば、隣接腫瘍周囲線維形成性間質）によって占められる腫瘍領域をさらに包含し得る。腫瘍関連腫瘍内細胞および／または腫瘍関連間質は、主腫瘍塊に隣接するおよび／または連続する免疫浸潤物（例えば、本明細書に記載される腫瘍浸潤免疫細胞）の領域を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカー発現が、腫瘍細胞で評価される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカー発現が、腫瘍浸潤免疫細胞などの、上記の腫瘍領域内の免疫細胞で評価される。
代替方法では、試料を、前記バイオマーカーに特異的な抗体と、抗体−バイオマーカー複合体が形成するのに十分な条件下で接触させ、次いで、前記複合体を検出することができる。バイオマーカーの存在は、血漿または血清を含む、多種多様な組織および試料をアッセイするための、ウエスタンブロット法およびＥＬＩＳＡ手順などのいくつかの方法で検出され得る。このようなアッセイフォーマットを使用する広範囲の免疫アッセイ技術が利用可能であり、例えば米国特許第４０１６０４３号、同第４４２４２７９号および同第４０１８６５３号を参照されたい。これらは、非競合型の単一部位および二部位または「サンドイッチ」アッセイと、伝統的な競合結合アッセイの両方を含む。これらのアッセイはまた、標識抗体と標的バイオマーカーの直接結合も含む。
【０２４９】
組織または細胞試料中の選択されたＴ細胞機能バイオマーカーの存在および／または発現レベル／量はまた、機能的または活性ベースのアッセイによっても調べられ得る。例えば、バイオマーカーが酵素（例えば、ＬＳＤ）である場合、当技術分野で知られているアッセイ（例えば、脱メチル化酵素アッセイ）を行って、組織または細胞試料中の所与の酵素活性の存在を決定または検出することができる。
一定の実施形態では、試料が、アッセイされるバイオマーカーの量の差および使用される試料の品質の変動性とアッセイ実行間の変動性の両方について正規化される。このような正規化は、周知のハウスキーピング遺伝子を含む、一定の正規化バイオマーカーの発現を検出し、組み込むことによって達成され得る。あるいは、正規化が、アッセイされる遺伝子またはその大きなサブセットの全ての平均または中央シグナルに基づくことができる（グローバル正規化アプローチ）。遺伝子対遺伝子ベースでは、対象の腫瘍ｍＲＮＡまたはタンパク質の測定された正規化量を、参照セットで見られる量と比較する。１対象当たり１試験腫瘍当たりの各ｍＲＮＡまたはタンパク質についての正規化された発現レベルを、参照セットで測定された発現レベルの割合として表すことができる。分析される特定の対象試料で測定される存在および／または発現レベル／量は、ある百分位数でこの範囲内に入り、当技術分野で周知の方法によって決定することができる。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、試料が臨床試料である。他の実施形態では、試料が診断アッセイで使用される。いくつかの実施形態では、試料が原発腫瘍または転移性腫瘍から得られる。腫瘍組織の代表的な断片を得るために組織生検が通常使用される。あるいは、腫瘍細胞を、目的の腫瘍細胞を含有すると分かっているまたは考えられる組織または体液の形態で直接得ることができる。例えば、肺がん病変の試料は、切除、気管支鏡検査、穿刺吸引、気管支擦過によって、または痰、胸膜液もしくは血液から得られ得る。遺伝子または遺伝子産物をがんもしくは腫瘍組織から、または他の身体試料、例えば尿、痰、血清もしくは血漿から検出することができる。がん性試料中の標的遺伝子または遺伝子産物を検出するための上に論じられる同じ技術を他の身体試料に適用することができる。がん細胞は、がん病変から脱落し、このような身体試料中に現れ得る。このような身体試料をスクリーニングすることによって、これらのがんについて単純な早期診断を達成することができる。さらに、このような身体試料を標的遺伝子または遺伝子産物について試験することによって、療法の進行をより容易にモニターすることができる。
【０２５１】
一定の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、試験試料が得られる時と異なる１つまたは複数の時点で得られる同じ対象または個体由来の単一試料または組み合わせた複数の試料である。例えば、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織は、試験試料が得られる時よりも早い時点で同じ対象または個体から得られる。このような参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織は、参照試料が、がんの初期診断中に得られ、試験試料が、がんが転移性になった場合に後で得られる場合に、有用となり得る。
一定の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、前記対象でも個体でもない１人または複数の健康な個体由来の複数の試料の組み合わせである。一定の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、前記対象でも個体でもない、疾患または障害（例えば、がん）を有する１人または複数の個体由来の複数の試料の組み合わせである。一定の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、前記対象でも個体でもない１人または複数の個体由来の正常な組織由来のプールされたＲＮＡ試料またはプールされた血漿もしくは血清試料である。一定の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞または対照組織が、前記対象でも個体でもない疾患または障害（例えば、がん）を有する１人または複数の個体由来の腫瘍組織由来のプールされたＲＮＡ試料またはプールされた血漿もしくは血清試料である。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、試料が個体由来の組織試料である。いくつかの実施形態では、組織試料が腫瘍組織試料（例えば、生検試料）である。いくつかの実施形態では、組織試料が肺試料である。いくつかの実施形態では、組織試料が腎組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が皮膚組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が膵組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が胃組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が膀胱組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が食道組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が中皮組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が乳房組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が甲状腺組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が結腸直腸組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が頭頚部組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が骨肉腫組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が前立腺組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が卵巣組織、ＨＣＣ（肝臓）、血球、リンパ節および／または骨／骨髄組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が結腸組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が子宮内膜組織である。いくつかの実施形態では、組織試料が脳組織（例えば、膠芽腫、神経芽細胞腫など）である。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、腫瘍組織試料（「腫瘍試料」という用語が本明細書で互換的に使用される）が、腫瘍細胞によって占められる腫瘍領域の一部または全部を包含し得る。いくつかの実施形態では、腫瘍または腫瘍試料が、腫瘍関連腫瘍内細胞および／または腫瘍関連間質（例えば、隣接腫瘍周囲線維形成性間質）によって占められる腫瘍領域をさらに包含し得る。腫瘍関連腫瘍内細胞および／または腫瘍関連間質は、主腫瘍塊に隣接するおよび／または連続する免疫浸潤物（例えば、本明細書に記載される腫瘍浸潤免疫細胞）の領域を含み得る。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞染色が、任意の強度の膜染色を示す全ての腫瘍細胞の％として表される。浸潤免疫細胞染色は、任意の強度の染色を示す免疫細胞によって占められる総腫瘍領域の％として表され得る。総腫瘍領域は、主腫瘍塊に隣接するおよび連続する免疫浸潤物の領域を含む、悪性細胞ならびに腫瘍関連間質を包含するさらに、浸潤免疫細胞染色は、全ての腫瘍浸潤免疫細胞の％として表され得る。
【０２５４】
本方法のいずれかのいくつかの実施形態では、疾患または障害が腫瘍である。いくつかの実施形態では、腫瘍が悪性がん性腫瘍（すなわち、がん）である。いくつかの実施形態では、腫瘍および／またはがんが、固形腫瘍または非固形もしくは軟部腫瘍である。軟部腫瘍の例としては、白血病（例えば、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、成人急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、成熟Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病、前リンパ球性白血病またはヘアリーセル白血病）、またはリンパ腫（例えば、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫またはホジキン病）が挙げられる。固形腫瘍には、血液、骨髄またはリンパ系以外の身体組織の任意のがんが含まれる。固形腫瘍は、上皮細胞起源の腫瘍と非上皮細胞起源の腫瘍にさらに分けることができる。上皮細胞固形腫瘍の例としては、消化管の腫瘍、結腸の腫瘍、結腸直腸の腫瘍（例えば、結腸直腸類基底細胞癌）、乳房の腫瘍、前立腺の腫瘍、肺の腫瘍、腎臓の腫瘍、肝臓の腫瘍、膵臓の腫瘍、卵巣の腫瘍（例えば、卵巣類内膜癌）、頭頚部の腫瘍、口腔の腫瘍、胃の腫瘍、十二指腸の腫瘍、小腸の腫瘍、大腸の腫瘍、肛門の腫瘍、胆嚢の腫瘍、口唇の腫瘍、上咽頭の腫瘍、皮膚の腫瘍、子宮の腫瘍、男性生殖器の腫瘍、泌尿器の腫瘍（例えば、尿路上皮癌、異形成尿路上皮癌、移行上皮癌）、膀胱の腫瘍および皮膚の腫瘍が挙げられる。非上皮起源の固形腫瘍には、肉腫、脳腫瘍および骨腫瘍が含まれる。いくつかの実施形態では、がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、がんが、セカンドライン（ｓｅｃｏｎｄ−ｌｉｎｅ）またはサードライン（ｔｈｉｒｄ−ｌｉｎｅ）局所進行性または転移性非小細胞肺がんである。いくつかの実施形態では、がんが、腺癌である。いくつかの実施形態では、がんが、扁平上皮癌である。いくつかの実施形態では、がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膠芽腫、神経芽細胞腫、黒色腫、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳がん）、胃がん、結腸直腸がん（ＣＲＣ）または肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、がんが、原発腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんが、上記の種類のがんのいずれかに由来する第２の部位での転移性腫瘍である。
【０２５５】
本方法のいずれかのいくつかの実施形態では、がんが、ヒトエフェクター細胞を示す（例えば、ヒトエフェクター細胞によって浸潤されている）。ヒトエフェクター細胞を検出する方法は当技術分野で周知であり、例えばＩＨＣによるものを含む。いくつかの実施形態では、がんが、高レベルのヒトエフェクター細胞を示す。いくつかの実施形態では、ヒトエフェクター細胞が、ＮＫ細胞、マクロファージ、単球の１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、がんが、本明細書に記載される任意のがんである。いくつかの実施形態では、がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膠芽腫、神経芽細胞腫、黒色腫、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳がん）、胃がん、結腸直腸がん（ＣＲＣ）または肝細胞癌である。
【０２５６】
本方法のいずれかのいくつかの実施形態では、がんが、ＦｃＲを発現する細胞を示す（例えば、ＦｃＲを発現する細胞によって浸潤されている）。ＦｃＲを検出する方法は当技術分野で周知であり、例えばＩＨＣによるものを含む。いくつかの実施形態では、がんが、高レベルのＦｃＲを発現する細胞を示す。いくつかの実施形態では、ＦｃＲがＦｃγＲである。いくつかの実施形態では、ＦｃＲが活性化ＦｃγＲである。いくつかの実施形態では、がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、膠芽腫、神経芽細胞腫、黒色腫、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳がん）、胃がん、結腸直腸がん（ＣＲＣ）または肝細胞癌である。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーが、ＦＡＣＳ、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ドットブロット、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、マルチプレックスｑＰＣＲまたはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術およびＦＩＳＨ、ならびにこれらの組み合わせからなる群から選択される方法を使用して試料で検出される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーが、ＦＡＣＳ分析を使用して検出される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能バイオマーカーがＰＤ−１である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１発現が血液試料で検出される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１発現が血液試料中の循環免疫細胞で検出される。いくつかの実施形態では、循環免疫細胞がＣＤ３+／ＣＤ８+Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、分析の前に、免疫細胞が血液試料から単離される。それだけに限らないが、セルソーティングを含むこのような細胞の集団を単離／濃縮するための任意の適切な方法が使用され得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１発現が、ＬＳＤ阻害因子および／またはＰＤ−１結合アンタゴニスト、例えば抗ＰＤ−１抗体による治療に応答する個体由来の試料で減少する。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１発現が、血液試料中のＣＤ３+／ＣＤ８+Ｔ細胞などの循環免疫細胞で上昇する。
【０２５７】
ＬＳＤおよびＥＯＭＥＳが核中に共局在し、この共局在化が、Ｔ細胞のＥＭＴおよびその免疫機能の抑制に少なくとも部分的に寄与することの決定に基づく診断方法およびキットも本明細書で提供される。診断方法は、適切には（ｉ）対象からＴ細胞（例えば、ＣＤ８+Ｔ細胞またはＣＤ４+Ｔ細胞）を含む試料を得るステップと；試料を、試料中のＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１、核ＬＳＤ等）に結合する第１の結合因子および試料中のＥＯＭＥＳに結合する第２の結合因子と接触させるステップと；（ｉｉｉ）Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化を検出するステップとを含み、Ｔ細胞の核中の第１の結合因子および第２の結合因子の局在化は、対象のＴ細胞機能障害性障害の存在を示す。
第１の結合因子および第２の結合因子は、適切にはそれぞれＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１、核ＬＳＤ等）およびＥＯＭＥＳポリペプチドのエピトープに結合する。ＬＳＤのアミノ酸配列（例えば、ＧｅｎＰｅｐｔアクセッション番号ＮＰ＿０５５８２８．２、ＮＰ＿００１００９９９９．１、Ｏ６０３４１．２およびＮＰ＿６９４５８７．３に示される）、またはＥＯＭＥＳのアミノ酸配列（例えば、ＧｅｎＰｅｐｔアクセッション番号ＮＰ＿００１２６５１１１、ＮＰ＿００５４３３およびＮＰ＿００１２６５１１２に示される）で任意の適切なエピトープが選択され得る。
【０２５８】
Ｔ細胞の核中のＬＳＤおよびＥＯＭＥＳの局在化は、任意の適切な局在化技術を使用して、例えば、典型的には抗ＥＯＭＥＳ抗体とは異なる検出可能な部分または標識を有する抗ＬＳＤ抗体を使用して、ＩＨＣによって実施され得る。いくつかの実施形態では、空間的近接アッセイ（「近接アッセイ」とも呼ばれる）が使用され、これを使用してＬＳＤとＥＯＭＥＳとの間の複合体の形成を評価することができる。近接アッセイは、分析物、典型的には抗原を、分析物への結合によって近接すると、シグナルが発生することを可能にする複数の（すなわち、２つ以上、一般的には２つ、３つまたは４つの）結合因子またはプローブ（よって、「近接プローブ」）の同時結合によって検出する「近接プロービング」の原理に依存する。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、近接プローブの少なくとも１つが、プローブの分析物結合ドメイン（または部分）に連結した核酸ドメイン（または部分）を含み、シグナルの発生が、核酸部分および／または他のプローブによって保有されるさらなる機能的部分間の相互作用を伴う。よって、シグナル発生は、プローブ間（より具体的には核酸またはプローブによって保有される他の機能的部分／ドメインによる）の相互作用に依存し、よって、必要な２つ（またはそれ以上）のプローブの両方が分析物に結合した場合にのみ起こり、それによって検出系への特異性改善がもたらされる。近接プロービングの概念は近年開発されており、この原理に基づく多くのアッセイが現在当技術分野で周知である。
近接アッセイは、典型的には２つの特定のタンパク質またはその部分が近接しているかどうか、例えば互いに結合しているタンパク質、融合タンパク質および／または近接して位置しているタンパク質を評価するために使用される。近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ）として知られており、本発明のいくつかの実施形態で使用される、１つのこのようなアッセイは、目的の標的に結合した２つの抗体（異なる種で産生される）を特徴とする（Nature Methods 3, 995-1000 (2006)参照）。次いで、結合した特有のオリゴヌクレオチド鎖を有する種特異的二次抗体であるＰＬＡプローブを適切な一次抗体に結合させる。標的が近接している場合、ＰＬＡプローブのオリゴヌクレオチド鎖は、追加のｓｓＤＮＡおよびＤＮＡリガーゼと相互作用することができ、結果としてこれらを、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）を介して循環および増幅することができる。Ｐｈｉ２９  ＤＮＡポリメラーゼなどの高度にプロセッシブな（ｈｉｇｈｌｙ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｖｅ）ＤＮＡポリメラーゼを使用する場合、環状ＤＮＡ鋳型を数百倍〜数千倍長く複製し、結果として数百ナノメートル〜マイクロメートル長のｓｓＤＮＡ分子を産生することができる（Angewandte Chemie International Edition, 2008, 47, 6330-6337参照）。増幅後、複製したＤＮＡを、検出系を介して検出することができる。よって、目に見えるシグナルは、目的の標的が近接していることを示す。これらのアッセイは、いくつかのＤＮＡ−抗体コンジュゲートならびにＤＮＡリガーゼおよびＤＮＡポリメラーゼなどの酵素の使用を特徴とする。
【０２６０】
他の実施形態では、フレキシブルリンカーによって結合された速い解離速度動態を有する２つのＦａｂ断片からなる二重特異性検出因子を利用する、デュアル結合因子（ＤＢ）アッセイが使用される（Van dieck et al., 2014 Chemistry & Biology Vol.21(3):357-368）。原則として、デュアル結合因子は、速い解離速度動態を有するＦａｂ断片を含むので、Ｆａｂ断片の一方のみがそのエピトープに結合している場合、デュアル結合因子は、洗い流される（デュアル結合因子の両Ｆａｂ断片の同時の協同的結合は、デュアル結合因子の解離を防止し、陽性染色／可視性をもたらす）。
【０２６１】
本発明の実施に包含される、国際公開第２０１４／１３９９８０号に開示される別のアプローチによると、ビオチンリガーゼ基質および酵素を使用して近接アッセイを実施する近接アッセイおよびツールが記載されている。この方法は、試料の細胞含有量を維持しながら、標的分子および近接の検出を提供する。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）由来の酵素などのビオチンリガーゼとこの酵素のためのアミノ酸基質などのペプチド基質の使用によって、ＦＦＰＥ試料中のタンパク質−タンパク質相互作用の高感度で特異的な検出が提供される。ビオチンリガーゼは、ビオチンの存在下で適切なペプチド基質を効率的にビオチン化することができ、酵素がペプチド基質と物理的に接触した場合にのみ反応が起こることができるので、ビオチンリガーゼと基質を、それぞれ目的の標的を認識する２つの抗体に別々にコンジュゲートすることができる。
【０２６２】
対象から得られた白血球を含む試料中の本明細書に記載される１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカーの発現レベルを測定するステップであって、前記対象はＰＤ−１結合アンタゴニストおよびＬＳＤ阻害因子で治療されており、１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカーは核ＬＳＤ（例えば、ＬＳＤ１、核ＬＳＤ等）、ＴＢＥＴ、ＰＤ−１およびＥＯＭＥＳから選択されるステップと、治療を、参照と比較した、対象から得られた試料中の１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカーの発現レベルに基づいて、薬力学的活性を示すものとして決定するステップであって、参照と比較して増加した１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカーの発現レベルは、ＰＤ−１アンタゴニスト治療に対する薬力学的活性を示すステップとによって、ＰＤ−１結合アンタゴニスト治療の薬力学的活性をモニターする方法も本明細書で提供される。これらの方法は、Ｔ細胞機能の１つまたは複数の追加のバイオマーカーの発現レベルおよび／または細胞組成（例えば、Ｔｒｅｇの割合および／またはＴｒｅｇの絶対数；例えば、ＣＤ８+またはＣＤ４+エフェクターＴ細胞の数）を測定するステップであって、Ｔ細胞機能の追加のバイオマーカーはサイトカイン、例えばＩＦＮ−γ、Ｔ細胞マーカーまたはメモリーＴ細胞マーカー（例えば、Ｔエフェクターメモリー細胞のマーカー）を含むステップと；治療を、参照と比較した、対象から得られた試料中の１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカー、Ｔ細胞機能の１つまたは複数の追加のバイオマーカーの発現レベルおよび／または細胞組成に基づいて、薬力学的活性を示すものとして決定するステップであって、参照と比較して増加した１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカー、Ｔ細胞機能の１つまたは複数の追加のバイオマーカーの発現レベルおよび／または細胞組成は、ＰＤ−１アンタゴニスト治療に対する薬力学的活性を示すステップとをさらに含み得る。バイオマーカーの発現レベルおよび／または細胞組成は、本明細書に記載される１つまたは複数の方法によって測定され得る。
【０２６３】
本明細書で使用される場合、「薬力学的（ＰＤ）活性」は、対象に対する治療（例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニスト治療および任意に化学療法剤と組み合わせたＬＳＤ阻害因子）の効果を指し得る。ＰＤ活性の例としては、１つまたは複数の遺伝子の発現レベルのモジュレーションが挙げられ得る。理論に拘束されることを望むものではないが、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤を調べる臨床試験中に、１つまたは複数のＴ細胞機能バイオマーカーの発現を測定することなどによってＰＤ活性をモニターすることが有利となり得ると考えられる。ＰＤ活性のモニターを使用して、例えば治療に対する応答、毒性などをモニターすることができる。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のマーカー遺伝子、タンパク質の発現レベルおよび／または細胞組成を、治療（例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤と組み合わせたＬＳＤ阻害因子治療）を受けていない対象由来の試料を含み得る参照と比較することができる。いくつかの実施形態では、参照が、治療（例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤と組み合わせたＬＳＤ阻害因子治療）を受ける前の同じ対象由来の試料を含み得る。いくつかの実施形態では、参照が、治療（例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤と組み合わせたＬＳＤ阻害因子治療）を受けた他の対象の１つまたは複数の試料からの参照値を含み得る。例えば、患者の集団が治療され、１つまたは複数の遺伝子の発現レベルについての算術平均（ｍｅａｎ）、平均（ａｖｅｒａｇｅ）または中央値が全体として集団から生成され得る。共有された特徴（例えば、同じがん型および／または病期、あるいはＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤と組み合わせたＬＳＤ阻害因子治療などの共通の治療への曝露）を有するがんから得られた試料のセットが、臨床成績試験などで、集団から試験され得る。このセットを使用して、対象の試料を比較することができる参照、例えば参照数を誘導することができる。本明細書に記載される参照のいずれも、ＰＤ活性をモニターするための参照として使用することができる。
【０２６５】
本開示の一定の態様は、試料中の１つまたは複数のバイオマーカー（例えば、ｍＲＮＡおよびタンパク質を含む遺伝子発現産物）の発現レベルの測定に関連する。いくつかの実施形態では、試料が白血球を含み得る。いくつかの実施形態では、試料が（例えば、腫瘍を有する患者由来の）末梢血試料であり得る。いくつかの実施形態では、試料が腫瘍試料である。腫瘍試料は、がん細胞、リンパ球、白血球、間質、血管、結合組織、基底膜および腫瘍に関連する任意の他の細胞型を含み得る。いくつかの実施形態では、試料が、腫瘍浸潤白血球を含有する腫瘍組織試料である。いくつかの実施形態では、試料を処理して１つまたは複数の細胞型（例えば、白血球）を分離または単離することができる。いくつかの実施形態では、細胞型を分離も単離もしないで、試料を使用することができる。
腫瘍試料は、限定されないが、生検、内視鏡検査または外科手技を含む当技術分野で知られている任意の方法によって対象から得ることができる。いくつかの実施形態では、腫瘍試料が、凍結、固定（例えば、ホルマリンもしくは同様の固定液を使用することによる）、および／またはパラフィンワックスへの包埋などの方法によって調製され得る。いくつかの実施形態では、腫瘍試料が切片化され得る。いくつかの実施形態では、新鮮な腫瘍試料（すなわち、上記の方法によって調製されていないもの）が使用され得る。いくつかの実施形態では、腫瘍試料が、ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質完全性を保存するための溶液中でのインキュベーションによって調製され得る。
いくつかの実施形態では、試料が末梢血試料であり得る。末梢血試料は、白血球、ＰＢＭＣなどを含み得る。末梢血試料から白血球を単離するための当技術分野で知られている任意の技術を使用することができる。例えば、血液試料を採取し、赤血球を溶解し、白血球ペレットを単離し、試料に使用することができる。別の例では、密度勾配分離を使用して、赤血球から白血球（例えば、ＰＢＭＣ）を分離することができる。いくつかの実施形態では、新鮮な末梢血試料（すなわち、上記の方法によって調製されていないもの）が使用され得る。いくつかの実施形態では、末梢血試料が、ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質完全性を保存するための溶液中でのインキュベーションによって調製され得る。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、治療に対する応答性が、以下のいずれか１つまたは複数を指し得る：生存（全生存および無増悪生存を含む）を延長すること；客観的反応（完全な反応もしくは部分的な反応を含む）を得ること；またはがんの徴候もしくは症状を改善すること。いくつかの実施形態では、応答性が、がん患者の腫瘍の状態を決定するためのＲＥＣＩＳＴガイドラインの公開されたセットによる１つまたは複数の因子、すなわち応答、安定化または進行の改善を指し得る。これらのガイドラインのより詳細な議論については、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら（2009 Eur J Cancer 45: 228-47）、Ｔｏｐａｌｉａｎら（2012 N Engl J Med 366:2443-54）、Ｗｏｌｃｈｏｋら（2009 Clin Can Res 15:7412-20）およびＴｈｅｒａｓｓｅら（2000 J. Natl. Cancer Inst. 92:205-16）を参照されたい。応答性対象は、そのがんが、例えばＲＥＣＩＳＴ基準に基づく１つまたは複数の因子による改善を示す対象を指し得る。不応答性対象は、そのがんが、例えばＲＥＣＩＳＴ基準に基づく１つまたは複数の因子による改善を示さない対象を指し得る。
【０２６７】
従来の応答基準は本発明の治療剤の抗腫瘍活性を特徴付けるのに十分ではなく、新たな病変の出現を含む、初期の明らかな放射線学的進行に続く遅延応答を生じさせ得る。そのため、新たな病変の可能な出現を説明し、その後の評価において放射線学的進行を確認することを可能にする、修正された応答基準が開発された。したがって、いくつかの実施形態では、応答性が、免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）による１つまたは複数の因子の改善を指し得る。例えば、Ｗｏｌｃｈｏｋら（２００９、上記）を参照されたい。いくつかの実施形態では、例えばその後の評価での放射線学的進行について、新たな病変が、定義される腫瘍量に加えられ、フォローされる。いくつかの実施形態では、非標的病変の存在が完全な応答の評価に含まれ、放射線学的進行の評価には含まれない。いくつかの実施形態では、放射線学的進行が、測定可能な疾患に基づいてのみ決定され得る、および／または最初に記録された日から４週間以上の連続的評価によって確認され得る。
いくつかの実施形態では、応答性が免疫活性化を含み得る。いくつかの実施形態では、応答性が治療有効性を含み得る。いくつかの実施形態では、応答性が免疫活性化および治療有効性を含み得る。
【０２６８】
６．キット
本発明の他の実施形態では、ＬＳＤ阻害因子（例えば、ＬＳＤ１阻害因子、核ＬＳＤ阻害因子等）とＰＤ−１結合アンタゴニストを含む治療用キットが提供される。いくつかの実施形態では、治療用キットが、Ｔ細胞機能障害性障害を治療する、またはがんを有する個体の免疫機能（例えば、免疫エフェクター機能、Ｔ細胞機能等）を増強する、またはがんを治療するもしくはその進行を遅延させる、または個体の感染症を治療するための、ＬＳＤ阻害因子およびＰＤ−１結合アンタゴニストを同時に投与するための指示書を含む添付文書をさらに含む。いくつかの実施形態では、治療用キットが、化学療法剤（例えば、その代表的な例として、タキサンなどの細胞傷害性因子が挙げられる、急速に分裂している細胞を標的とする、および／または細胞周期もしくは細胞分裂を破壊する因子）をさらに含み得る。本明細書に記載されるまたは当技術分野で知られているＬＳＤ阻害剤、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤のいずれもキットに含めることができる。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、ＬＳＤ阻害因子、ＰＤ−１結合アンタゴニストおよび任意に化学療法剤が、同じ容器または別個の容器にある。適切な容器には、例えばボトル、バイアル、バッグおよびシリンジが含まれる。容器は、ガラス、プラスチック（ポリ塩化ビニルもしくはポリオレフィンなど）、または金属合金（ステンレス鋼もしくはハステロイなど）などの種々の材料から形成され得る。いくつかの実施形態では、容器が製剤を保持し、容器上のまたは容器に付随する標識が使用のための指示を示し得る。キットは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジおよび使用のための指示書を含む添付文書を含む、商業的および使用者の観点から望ましい他の材料をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、キットが、他の薬剤（例えば、化学療法剤および抗新生物剤）の１つまたは複数をさらに含む。１つまたは複数の薬剤に適した容器には、例えばボトル、バイアル、バッグおよびシリンジが含まれる。
本発明の他の実施形態では、バイオマーカーの検出および／定量化を可能にする試薬を含む、本明細書に開示されるＴ細胞機能バイオマーカーを含むバイオマーカーの発現を決定するための診断用キットが提供される。このような試薬には、例えばバイオマーカーの定量化を可能にする化合物もしくは物質、または化合物もしくは物質のセットが含まれる。具体的な実施形態では、化合物、物質または化合物もしくは物質のセットが、限定されないが、ＲＮＡ物質の抽出、対応するＲＮＡのレベル等の決定、対応するｃＤＮＡの合成用のプライマー、ＤＮＡの増幅用のプライマー、および／または遺伝子によってコードされるＲＮＡ（もしくは対応するｃＤＮＡ）と特異的にハイブリダイズすることができるプローブ、ＴａｑＭａｎプローブ、近接アッセイプローブ、リガーゼ、抗体等を含む、遺伝子（例えば、Ｔ細胞機能バイオマーカー遺伝子）の発現レベルを決定することを可能にする。
【０２７０】
キットはまた、標識、陽性および陰性対照、洗浄溶液、ブロッティング膜、マイクロタイタープレート、希釈緩衝液等の適切な検出用試薬を含んでもよい。例えば、核酸ベースの検出キットは、（ｉ）Ｔ細胞機能バイオマーカーポリヌクレオチド（陽性対照として使用され得る）、（ｉｉ）Ｔ細胞機能バイオマーカーポリヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブを含み得る。増幅用の必要な反応混合物を提供するための種々のポリメラーゼ（使用される核酸増幅技術に応じて、逆転写酵素、Ｔａｑ，Ｓｅｑｕｅｎａｓｅ（商標）、ＤＮＡリガーゼ等）、デオキシヌクレオチドおよび緩衝液を含む核酸を増幅させるのに適した酵素も含まれ得る。このようなキットはまた、一般的に適切な手段で、各個々の試薬および酵素ならびに各プライマーまたはプローブ用の別個の容器を含むだろう。あるいは、タンパク質ベースの検出キットは、（ｉ）Ｔ細胞機能バイオマーカーポリペプチド（陽性対照として使用され得る）、（ｉｉ）Ｔ細胞機能バイオマーカーポリペプチドに特異的に結合する抗体を含み得る。キットはまた、本明細書に記載されるアッセイの１つを実施するための種々の装置（例えば、１つまたは複数）および試薬（例えば、１つまたは複数）；ならびに／あるいはＴ細胞機能バイオマーカー遺伝子の発現を定量化するためにキットを使用するための印刷された指示書を特徴とすることができる。検出可能な標識を伴っていてもよい本明細書に記載される試薬は、実施例または以下に記載されるアッセイ、例えば本明細書に記載されるＲＴ−ＰＣＲまたはＱ  ＰＣＲ技術で使用するのに適したマイクロフルイディクスカード、チップまたはチャンバー、マイクロアレイまたはキットのフォーマットで提供することができる。
【０２７１】
診断用キットの成分を包装するのに適した材料には、結晶、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリカーボネートなど）、ボトル、バイアル、紙、エンベロープなどが含まれ得る。さらに、本発明のキットは、キットに含有される異なる成分の同時、順次または別個の使用のための指示書を含有することができる。指示書は、印刷された材料の形態、または対象が読むことができるように指示を保存することができる電子支持体、例えば電子保存媒体（磁気ディスク、テープなど）、光学媒体（ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ）などの形態であることができる。あるいはまたはさらに、媒体が、指示書を提供するインターネットアドレスを含むことができる。
本発明が容易に理解され、実行に移され得るために、ここで特定の好ましい実施形態を以下の非限定的な実施例によって説明する。
【実施例】
【０２７２】
（実施例１）
二重後成的免疫療法阻害剤は、腫瘍量および間葉系、幹様ＣＴＣシグネチャーを阻害する
本発明者らは、トリプルネガティブ乳がん細胞株ＭＤＡ−ＭＢ−２３１でＬＳＤ１阻害因子、硫酸フェネルジンを調べて、脱メチル化および細胞増殖の阻害におけるその有効性を試験した。硫酸フェネルジンは、Ｈ３ｋ４ｍｅ２脱メチル化によって測定されるようにＬＳＤ１の核軸を阻害すると同時に、ＷＳＴ−１アッセイによって測定されるようにＭＤＡ−ＭＢ−２３１の増殖を阻害した（図１Ａ、図１Ｂ）。
次に、硫酸フェネルジンの効果を、ＰＤ１免疫療法の状況で、４Ｔ１マウス転移性乳がんモデルで調べた。４Ｔ１マウスを、ビヒクル対照（Ａ群）、抗ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（Ｃ群）、硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）（Ｄ群）または両者の組み合わせ（Ｆ群）で処理した。全ての処理が原発腫瘍体積を有意に減少させることが分かった（図２Ａ）。
【０２７３】
原発腫瘍微小環境（ＴＭＥ）から収穫したがん細胞を、免疫蛍光（ＩＦ）を介して、ビヒクル対照に対するタンパク質発現の変化％について調べた。がん細胞での間葉系循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）シグネチャーバイオマーカーパネル（ＣＳＶ、ＬＳＤ１ｐ、ＳＮＡＩ１）の発現を評価したところ、特に、抗ＰＤ−１免疫療法は、単独で、ＬＳＤ１の核発現を中程度に増加させ、ＣＳＶの発現に対してほとんど効果を有さず、ＳＮＡＩ１発現を強力に阻害することが分かった（図２Ｂ、Ｃ群）。対照的に、硫酸フェネルジンは、ＬＳＤ１、ＣＳＶおよびＳＮＡＩ１発現に対する強力な阻害を示した（図２Ｂ、Ｄ群）。併用療法は、全体として、この間葉系シグネチャーパネルの最も強力な阻害％を有していた（図２Ｂ、Ｆ群）。
次に、がん細胞を、化学療法抵抗性、幹様バイオマーカーシグネチャーバイオマーカーパネル（ＣＤ１３３、ＡＬＤＨ１ＡおよびＡＢＣＢ５）の発現について評価した。抗ＰＤ−１処理群における発現の変化％は、ＡＬＤＨ１ＡおよびＣＤ１３３の発現の中程度の増加を示したが、ＡＢＣＢ５の発現の変化を示さなかった（図２Ｃ、Ｃ群）。さらに、硫酸フェネルジン単独では、ＣＤ１３３およびＡＬＤＨＡ１の発現に有意に影響を及ぼさなかったが、ＡＢＣＢ５発現を強力に阻害した（図２Ｃ、Ｄ群）。際立ったことに、併用療法は、この幹様化学療法剤抵抗性シグネチャーパネルの３つ全てのバイオマーカーを抑止した（図２Ｃ、Ｆ群）。
【０２７４】
（実施例２）
二重後成的免疫療法は、４Ｔ１マウスモデルで転移性進行を阻害する
間葉系、幹様バイオマーカーパネルの発現を、ビヒクル対照（Ａ群）、抗ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（Ｃ群）、硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｍｇ）（Ｄ群）または両者の組み合わせ（Ｆ群）で処理した４Ｔ１マウスモデルの転移性部位で調べた。本発明者らは、肺または肝臓における転移性病変の存在を調べ、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織の免疫蛍光（ＩＦ）を測定して、ＬＳＤ１ｐ、ＣＳＶおよびＡＬＤＨ１ＡのＩＦ強度を調べた。特に、本発明者らは、全体として、ＰＤ１阻害単独では転移性病変がん細胞に対して比較的小さな効果しか有さないが、ＰＤ１発現の阻害によって、肝臓および肺病変におけるＣＳＶ発現の阻害ならびに肺病変におけるＡＬＤＨ１Ａの阻害が得られることが観察されることを発見した（図３、Ｃ群）。対照的に、硫酸フェネルジン単独と併用療法の両方が、肝臓病変と肺病変の両方で３つ全てのマーカーを強力に阻害した（図３、Ｄ群およびＦ群）。
これらの処理様式の効果を、免疫蛍光アッセイ（ＩＦＡ）によってＴＭＥマクロファージ集団でも調査した。特に、Ｍ１（ＣＤ３８発現）およびＭ２プロファイル（ＣＤ２０６発現）を、ＬＳＤ１ｐ発現と一緒に調べた。この分析により、腫瘍関連Ｍ２プロファイル（増加したＣＤ２０６およびＬＳＤ１ｐ発現を特徴とする）が硫酸フェネルジンによってリプログラミングされ、阻害されるが、抗ＰＤ１処理によって増強されることが分かった。併用処理は、ＣＤ２０６発現を強力に阻害することが分かった。特に、Ｍ１表現型（ＣＤ３８発現およびＬＳＤ１ｐ阻害）は、硫酸フェネルジン単独または併用処理によって最も強力に増強された（図４Ａ、図４Ｂ）。
【０２７５】
（実施例３）
二重後成的免疫療法は、自然および適応免疫細胞レパートリーを再教育し、リプログラミングする
本発明者らはまた、自然および適応免疫レパートリーに対する処理様式の効果を調べた。本発明者らは、３つの処理群全てにわたるＣＤ４／ＣＤ８＋ナイーブＴ細胞の浸潤のいくらかの阻害およびＣＤ４+エフェクターメモリーＴ細胞の増加した浸潤を観察した（図５Ａ）。抗ＰＤ１、硫酸フェネルジンおよび併用処理は、ＣＤ８+セントラルメモリーおよびエフェクターメモリー集団を増強することが示された（図５Ａ）。
Ｔ細胞の疲弊のシグネチャーをＴＭＥから単離したＣＤ８+Ｔ細胞で調べた。ＥＯＭＥＳの高発現（ＥＯＭＥＳ高）およびＴＢＥＴの低発現（ＴＢＥＴ低）は、ＣＤ８+Ｔ細胞における疲弊Ｔ細胞シグネチャーを表す。疲弊の重要なマーカーであるＥＯＭＥＳは、併用療法によって最も強力に阻害されることが分かったが、抗ＰＤ−１および硫酸フェネルジン処理もＥＯＭＥＳ発現を強力に阻害することが示された（図５Ｂ）。ＥＯＭＥＳ阻害と一貫して、Ｔ細胞活性およびエフェクター状態のマーカーであるＴＢＥＴおよびＫｉ６７発現で誘導のパターンが観察された。これらの両マーカーは、抗ＰＤ１処理によって誘導されたがより少ない程度であり、硫酸フェネルジン処理によってより強力に誘導された。特に、発現の最も強力な増加％が併用療法で見られた（図５Ｂ）。
【０２７６】
対照群では、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞が、疲弊シグネチャーと一貫して、重要な炎症性およびＴｈ１サイトカインであるＩＦＮ−γ、ＩＬ−２およびＴＮＦ−αをあまり産生することができないことが分かった。対照的に、全ての処理群（すなわち、抗ＰＤ１、硫酸フェネルジンおよび併用）が、対照と比較するとより優れた炎症性／Ｔｈ１応答を有することが認められると同時に、ＩＬ−２およびＴＮＦ−αの産生においてはるかにより効率的なＣＤ４+Ｔ細胞を有した。処理はまた、わずかに高いＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αを産生するＣＤ８+Ｔ細胞ももたらしたが、ＩＬ−２の産生において有意な変化はなかった。硫酸フェネルジン単独による処理は、対照と比較して、これらのサイトカインの産生を増加させるように思われる（図５Ｃ）ことに留意することも興味深い。
【０２７７】
上記のＦＡＣＳ分析と一致して、ＣＤ８+Ｔ細胞におけるＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−αの発現の変化％のＩＦ分析は、抗ＰＤ１および硫酸フェネルジン処理がＩＦＮ−γ発現に対して有意な効果を有さないが、際立ったことに、併用処理が発現を有意に増加させることを明らかにした。ＴＮＦ−αの変化％の場合、最も強力な効果を有する併用と共に３つの処理全てで発現の誘導があった（図５Ｄ）。
本発明者らはまた、ナノストリング（nanostring）プラットフォームを使用して、ＣＤ８+Ｔ細胞におけるＴ細胞活性化マーカーの発現に対する処理様式の効果も調べた。対照試料と比較して、全ての処理が、より多くのエフェクターメモリーＴ細胞（ＣＤ６２Ｌ−ＣＤ４４hi)によるＳｅｌｌ（ＣＤ６２Ｌ）の減少した発現および増加したＣＤ４４遺伝子発現をもたらした（図５Ｅ）。
全体として、ＦＡＣＳデータは、併用療法がＴ細胞エフェクターおよびセントラルメモリー細胞数のわずかにおいて有意ではない増加を誘導することを示す一方、ＩＦタンパク質分析は、これらの細胞が極めて顕著な強度のエフェクターマーカー（ＴＢＥＴ、Ｋｉ６７、ＩＦＮ−γおよびＴＮＦ−α）を発現し、疲弊についてのマーカー（ＥＯＭＥＳ）を有意に減少させたことを示している。
【０２７８】
（実施例４）
疲弊したＴ細胞シグネチャーにおいて、核ＬＳＤ１はＥＯＭＥＳと複合体化する
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇプラットフォームを使用して、Ｔ細胞の疲弊シグネチャーで処理様式の影響を調査した。際立ったことに、全ての疲弊遺伝子プロファイルが、抗ＰＤ−１／硫酸フェネルジン療法の組み合わせで処理した場合の阻害を実証し、ＣＤ３９が最も有意に阻害され（図６Ａ）、ＣＤ９６が上方調節された。
興味深いことに、ＬＳＤ１阻害は、ＥＯＭＥＳなどのＴ細胞の疲弊遺伝子のｍＲＮＡに対して最小限の影響しか有さなかった。対照的に、ＬＳＤ１の後成的活性を阻害すると予想される硫酸フェネルジンは、ＣＴＬＡ４およびＬＡＧ３などの疲弊シグネチャー遺伝子を阻害した。Ｐ５３などのタンパク質と同様に、ＬＳＤ１は、タンパク質レベルと、転写産物レベルの両方で標的タンパク質の機能を調節することができる。この調節は、タンパク質の翻訳後修飾によるものであり、核局在化および結合パートナーに十分に影響を及ぼし得る。
この役割を解明するために、本発明者らは、４Ｔ１転移性異種移植マウスモデルから単離したＣＤ８+Ｔ細胞におけるＬＳＤ１とＥＯＭＥＳ（疲弊マーカー）の共発現を調べた。本発明者らは、４Ｔ１マウスを抗ＰＤ１抗体で処理すると、ＥＯＭＥＳが阻害されるが、興味深いことに、ＬＳＤ１発現は変化しないかまたはわずかに増加することを発見した。しかしながら、硫酸フェネルジンまたは併用療法による処理は、ＬＳＤ１およびＥＯＭＥＳの著しい阻害をもたらした（図６Ｂ）。
ＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１のプロットプロファイルをこのモデルならびに偏相関係数（ＰＣＣ（ｒ））で分析したところ、予想外に、疲弊したＴ細胞の核内でのＬＳＤ１とＥＯＭＥＳの強力な共局在化および関係があり、これらの調節タンパク質間の核複合体の形成を示唆していることが分かった。硫酸フェネルジンまたは併用免疫療法による処理は、Ｔ細胞の疲弊調節に関与し得るこのタンパク質複合体を著しく阻害した（図６Ｃ）。
【０２７９】
次に、４Ｔ１転移性異種移植モデルから単離したＣＤ８+Ｔ細胞で、ＴＢＥＴおよびＬＳＤ１ｐの核共発現を分析した。逆の発現関係が見られ、これに関して、抗ＰＤ１抗体はＴＢＥＴ発現を増加させ、ＬＳＤ１ｐ核発現をわずかであるが有意に増加させた。しかしながら、単独療法としてまたは抗ＰＤ１免疫療法と組み合わせたＬＳＤ１阻害は、核内でのＬＳＤ１ｐ発現を有意に阻害しながら、同時にＴＢＥＴ核発現を増加させた。ＴＢＥＴおよびＬＳＤ１のＰＣＣ（ｒ）分析は、これらのタンパク質が負の共局在化を有し、核内の同じ位置を占めないことを示した。この負の共局在化は、ＰＤ１阻害因子による処理によってもＬＳＤ１阻害因子による処理によっても影響を受けなかった（図７）。
ＬＳＤ１阻害単独またはＰＤ１シグナル伝達単独で、重要なシグナル伝達経路における別個の遺伝子転写プログラムを誘導または抑制する（図８Ａ、図８Ｂ）。重要なことに、ＬＳＤ１およびＰＤ１の阻害は、適応、自然および炎症シグナルに関与する遺伝子発現プログラムを誘導および抑制する（図８Ｃ）。この能力で、ＬＳＤ１は、エピゲノム変化をモニターするＡＴＡＱ−配列データによって確認されるように後成的鋳型をリプログラミングする（図８Ｄ）。今度は、このリプログラミングが、ＰＤ１シグナルが後成的鋳型によって受け取られることを可能にし、適切なｍＲＮＡ産生または抑制をもたらす。
【０２８０】
（実施例５）
ＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１は、疲弊したＣＤ８+Ｔ細胞において複合体を形成する
本発明者らは、蛍光顕微鏡法によって測定されるライゲーション反応を介して相互作用しているタンパク質の存在を確認する、ＤＵＯＬＩＮＫ（Ｓｉｇｍａ）ライゲーション−ＩＦアッセイの使用を通して、ＬＳＤ１がＥＯＭＥＳと形成し得る推定上の複合体を調査しようとした。特に、このアッセイの結果は、Ａ群（対照）およびＣ群（ＰＤ１療法）処理４Ｔ１マウスでこのタンパク質複合体について有意な陽性反応を示し（図９Ａ）、ＴＭＥにおけるＣＤ８+Ｔ細胞でＬＳＤ１およびＥＯＭＥＳが複合体を形成することを明確に示した。
この複合体の存在を、患者のリキッドバイオプシーから単離したサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）反応性（ＱＲ）および非反応性（ＱＮＲ）ＣＤ８+Ｔ細胞でも調査した。際立ったことに、Ｔ細胞機能障害を有するＱＮＲ試料がＥＯＭＥＳ：ＬＳＤ１複合体についての有意なシグナルを有する（図９Ｂ）ことが分かり、この複合体がＴ細胞機能の阻害において役割を果たすことを強力に示唆している。
【０２８１】
ＥＯＭＥＳタンパク質配列（図１０）を、推定上のメチル化部位について調べたところ、いくつかの強力なメチル化候補リジンがＥＯＭＥＳの核局在化配列（ＮＬＳ）の近くに見出されると同時に、強力な候補が配列の中央に見出された。上記結果に基づいて、本発明者らは、ＬＳＤ１がこれらの部位の１つまたは複数でＥＯＭＥＳを脱メチル化し、タンパク質相互作用と核局在化の両方を潜在的に制御していると予想している。
前記から、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）でＬＳＤ１による多層調節があるように思われる。この調節は間接的であっても直接的であってもよい。例えば、ＬＳＤ１は、タンパク質：タンパク質相互作用を介してエピゲノムに対して間接的に影響を及ぼし得る。この能力では、ＬＳＤ１がＥＯＭＥＳと複合体化し、これが、核内のこの疲弊転写因子を維持して、疲弊遺伝子シグネチャー転写プログラムを媒介するのに重要である。本発明者らは、ＬＳＤ１とＥＯＭＥＳとの間の相互作用が、この転写因子をその核保持に重要な脱メチル化状態で維持すると仮定している。他方で、ＬＳＤ１はエピゲノムに直接的に影響を及ぼし得、このシナリオでは、ＬＳＤ１が後成的鋳型に係留し、ＰＴＭシグネチャー（Ｈ３ｋ４ｍｅ２／ｈ３ｋ９ｍｅ２）に基づく活性状態または抑制状態のクロマチン構造をリプログラミングすると仮定される。このリプログラミング状態が、転写因子のＰＤ１媒介ドッキングおよびその後のｍＲＮＡ発現または抑制を促すと考えられる。
【０２８２】
（実施例６）
ＣＴＣ／ＣＳＣおよび腫瘍量に対する三重療法の有効性
次に、硫酸フェネルジンおよび化学療法薬、アブラキサンの効果を、ＰＤ１免疫療法の状況で、４Ｔ１マウス転移性乳がんモデルで調べた。４Ｔ１マウスをビヒクル対照（Ａ群）、アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）（Ｂ群）、抗ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（Ｃ群）、硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）（Ｄ群）、アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）＋ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（Ｅ群）、硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）＋ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（Ｆ群）、アブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）＋硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）（Ｇ群）、およびアブラキサン（３０ｍｇ／ｋｇ）＋硫酸フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）＋ＰＤ１抗体（１０ｍｇ／ｋｇ）（本明細書では「三重療法」とも呼ばれる）（Ｈ群）で処理した。全ての処理が原発腫瘍体積を有意に減少させ（図１１Ａ）、三重療法が腫瘍量の最大の減少をもたらすことが分かった。
【０２８３】
ＴＭＥから収穫したがん細胞を、ＩＦを介してビヒクル対照に対するタンパク質発現の変化％について調べた。がん細胞での間葉系循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）シグネチャーバイオマーカーパネル（ＣＳＶ、ＬＳＤ１ｐ、ＳＮＡＩ１）の発現を評価したところ、特に、アブラキサン単独が、ＣＳＶおよびＳＮＡＩ１ならびにＬＳＤ１の核発現を増加させることが分かった（図１１Ｄ、Ｂ群）。さらに、抗ＰＤ１免疫療法単独が、ＬＳＤ１の核発現を中程度に増加させ、ＣＳＶの発現にほとんど効果を有さず、ＳＮＡＩ１発現を強力に阻害することが分かった（図１１Ｄ、Ｃ群）。対照的に、硫酸フェネルジンは、ＬＳＤ１、ＣＳＶおよびＳＮＡＩ１発現に対するより強力な阻害を示し（図１１Ｄ、Ｄ群）、この阻害は、抗ＰＤ−１抗体と組み合わせると増強された（図１１Ｄ、Ｆ群）。三重療法は、全体としてこの間葉系シグネチャーパネルの最も強力な阻害％を示した（図１１Ｄ、Ｈ群）。
次に、がん細胞を、化学療法抵抗性、幹様バイオマーカーシグネチャーバイオマーカーパネル（ＣＤ１３３、ＡＬＤＨ１ＡおよびＡＢＣＢ５）の発現について評価した。アブラキサン処理群における発現の変化％は、ＣＤ１３３、ＡＫＤＨ１ＡおよびＡＢＣＢ５の発現の著しい増加を示した（図１１Ｅ、Ｃ群）。抗ＰＤ１処理群における発現の変化％は、ＡＬＤＨ１ＡおよびＣＤ１３３の発現の中程度の増加を示したが、ＡＢＣＢ５の発現の変化を示さなかった（図１１Ｅ、Ｃ群）。さらに、硫酸フェネルジン単独では、ＣＤ１３３およびＡＬＤＨＡ１の発現に有意に影響を及ぼさなかったが、ＡＢＣＢ５発現を強力に阻害した（図２Ｃ、Ｄ群）。際立ったことに、硫酸フェネルジン＋抗ＰＤ１二重療法は、この幹様、化学療法抵抗性シグネチャーパネルの３つ全てのバイオマーカーを有意に阻害し（図１１Ｅ、Ｆ群）、三重療法組み合わせが最も強力な阻害をもたらした（図１１Ｅ、Ｈ群）。
【０２８４】
材料および方法
４Ｔ１マウスモデルおよび顕微鏡法
マウス１匹当たり５０μＬのリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中合計２×１０5個の細胞を、乳腺に注射した。４Ｔ１細胞の接種後、１５日後にマウスで処理を開始した。処理群は以下の通りである：Ａ群＝対照、Ｃ群：ＰＤ１（１０ｍｇ／ｋｇ）、Ｄ群：フェネルジン（４０ｍｇ／ｋｇ）、Ｆ群：ＰＤ１＋フェネルジン。ＰＤ１処理は５日毎に与えた。カリパスを使用して腫瘍を測定し、式（長さ×幅２）／２を使用して腫瘍体積（ｍｍ３）を計算した。
次いで、原発腫瘍から収穫した細胞を、ポリ−ｌ−リジンで前処理したカバーガラス上にサイトスピン（ｃｙｔｏｓｐｕｎ）し、固定し、次いで、ＩＦＡ顕微鏡分析のためにＰＢＳ中で保存した。１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００と２０分間インキュベートすることによって細胞を透過処理し、図の凡例に記載される種々の一次抗体および対応する二次抗体でプロービングした。カバーガラスを、ＰｒｏＬｏｎｇ  Ｄｉａｍｏｎｄ  Ａｎｔｉｆａｄｅ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用してガラス顕微鏡スライド上に載せた。共焦点レーザー走査顕微鏡法によって、タンパク質標的を局在化した。ＬＡＸソフトウェアを実行し、１００倍油浸レンズを使用したＬｅｉｃａ  ＤＭＩ８顕微鏡を使用して、単一０．５μｍ切片を得た。同じ切片の４連続画像を平均することによって、最終的な画像を得た。ＩｍａｇｅＪソフトウェア（ＩｍａｇｅＪ、ＮＩＨ、Ｂｅｔｈｅｄａ、ＭＤ、米国）を使用してデジタル画像を分析して、総核蛍光強度（ＴＮＦＩ）、総細胞質蛍光強度（ＴＣＦＩ）または総蛍光強度（ＴＦＩ）を決定した。グラフは、核−バックグラウンドを選択するためにＩｍａｇｅＪを使用して測定した各細胞についてのＴＮＦＩ値、ＴＣＦＩまたはＴＦＩを表す（ｎ＞２０個々の細胞）。
【０２８５】
４Ｔ１  ＦＦＰＥ分析
各処理群の原発腫瘍生検からの４Ｔ１処理ＦＦＰＥを、機器プロトコルを使用してＩＦＡ染色のためにＢｏｎｄＲＸで処理した：ｐＨ９  ＥＤＴＡに基づく賦活化溶液であるＥｐｉｔｏｐｅ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ  ２による１００℃で２０分間のＥＲ２、引き続いてウサギ抗ＬＳＤ１（Ｓ１１１ｐ）；マウス抗ＣＳＶおよびヤギ抗ＡＬＤＨ１Ａによるプロービング、ならびにロバ抗ウサギＡＦ４８８、抗マウス５６８および抗ヤギ６３３または抗ウサギ６３３による可視化。カバーガラスを、ＰｒｏＬｏｎｇ  Ｄｉａｍｏｎｄ  Ａｎｔｉｆａｄｅ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用してガラス顕微鏡スライド上に載せた。共焦点レーザー走査顕微鏡法によって、タンパク質標的を局在化した。ＬＡＸソフトウェアを実行し、１００倍油浸レンズを使用したＬｅｉｃａ  ＤＭＩ８顕微鏡を使用して、単一０．５μｍ切片を得た。同じ切片の４連続画像を平均することによって、最終的な画像を得た。ＩｍａｇｅＪソフトウェア（ＩｍａｇｅＪ、ＮＩＨ、Ｂｅｔｈｅｄａ、ＭＤ、米国）を使用してデジタル画像を分析して、総核蛍光強度（ＴＮＦＩ）、総細胞質蛍光強度（ＴＣＦＩ）または総蛍光強度（ＴＦＩ）を決定した。
【０２８６】
ＦＡＣＳ分析
細胞をＣＤ４９ｂ、Ｆ４／８０で表面染色し、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−１０について細胞内染色した。腫瘍微小環境中のＮＫ細胞およびマクロファージ（Ｍ１／Ｍ２）を標識するためまたはＣＤ８+Ｔ細胞を標識するための抗体一式（細胞をＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ（ナイーブ、エフェクターおよびセントラルメモリー用）で表面染色した）。最後に、細胞をＰＢＳ  ２％ＦＢＳに再懸濁し、ＦＡＣＳ  Ｆｏｒｔｅｓｓａ（ＢＤ）またはＦＡＣＳ  ＬＳＲＩＩ（ＢＤ）でフローサイトメトリーを実施した。ＦｌｏｗＪｏ（登録商標）分析ソフトウェアを使用してデータの分析を行い、生データから細胞集団％を計算した。マン・ホイットニーのノンパラメトリックｔ検定を使用して対照群対他の群を比較した。
【０２８７】
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ法
ＳｔｅｍＣｅｌｌ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＣＤ８単離キットを使用して、高純度で４Ｔ１転移性マウスモデルからＣＤ８+Ｔ細胞を単離した。Ｑｉａｇｅｎ  ｍＲＮＡ調製キットを使用して、ｍＲＮＡを作製し、次いで、製造業者のガイドラインおよびプロトコルを使用してｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ分析用に処理し、がん免疫遺伝子パネルでプロファイリングした。
ＤＵＯ−Ｌｉｎｋ分析
製造業者のプロトコルおよびＳＯＰにより、ライゲーション／増幅ＩＦＡを介して、ＤＵＯ−Ｌｉｎｋライゲーションを使用して目的の２つのタンパク質（ＥＯＭＥＳおよびＬＳＤ１ｎｐ）の共相互作用（ｃｏ−ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ）を測定した。対応するＩＦの強度を測定して分析を行い、この蛍光顕微鏡法では、正のシグナルは、成功したライゲーション反応および標的の２つの標的タンパク質相互作用に対応する。
【０２８８】
ＱＲおよびＱＮＲ  ＣＭＶ患者試料
ＱＲ患者群は、ＱｕａｎｔｉＦＥＲＯＮ−ＣＭＶ反応性（０．１ＩＵ／ｍＬ以上）によって示される安定な抗ＣＭＶ  Ｔ細胞免疫を獲得しており、ウイルス再燃の証拠がない免疫反応性（Ｒ）ＨＳＣＴレシピエントを含んでいた。ＱＮＲ群は、ＱｕａｎｔｉＦＥＲＯＮ−ＣＭＶ反応性（０．１ＩＵ／ｍＬ未満）によって示される安定な抗ＣＭＶ  Ｔ細胞免疫を獲得できなかった、症候性のウイルス再燃（単一もしくは複数のウイルス再活性化）または無症候性のウイルス再燃を有する免疫非反応性（ＮＲ）、ＨＳＣＴレシピエントを含んでいた。ＱｕａｎｔｉＦＥＲＯＮ−ＣＭＶアッセイ（ＱＩＡＧＥＮ、Ｈｉｌｄｅｎ、ドイツ）は、全血中のＣＭＶ特異的ＩＦＮ−γ分泌の量を測定する。
本明細書で引用される全ての特許、特許出願および刊行物の開示は、これにより全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書中のいずれの参考文献の引用も、このような参考文献が本出願にとっての「先行技術」として利用可能であることの自認と解釈されるべきではない。
【０２８９】
本明細書を通して、目的は、本発明をいずれか１つの実施形態にも具体的な特徴の集合にも限定することなく、本発明の好ましい実施形態を説明することであった。そのため、当業者であれば、本開示に照らして、本発明の範囲から逸脱することなく、特定の例示される実施形態で種々の修正および変更を行うことができることを理解するだろう。このような修正および変更の全てが、添付の特許請求の範囲の範囲内に含まれることが意図される。
【図１】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図５−４】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図７】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図８−３】
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【図８−４】
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【図８−５】
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【図８−６】
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【図８−７】
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【図８−８】
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【図８−９】
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【図８−１０】
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【図８−１１】
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【図９−１】
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【図９−２】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１１−２】
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【図１１−３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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