(57)【要約】  免疫療法に対する応答を予測するための方法、および対象におけるがん、例えば、上皮起源のがんを処置するための免疫療法を選択するための方法。
2021512956.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象においてがんを有する対象を処置する方法であって、
前記がん由来の細胞を含む試料を提供すること；
前記細胞中のリピートＲＮＡ（例えば、ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ−１、ＨＥＲＶ−Ｋ、ＨＥＲＶ−Ｈ）のレベルを検出すること；
前記試料中の前記リピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較すること；および
参照レベルを上回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんを有する対象に対して、（ｉ）前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、もしくはリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置、または（ｉｉ）腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法の１つまたは両方を含む処置を選択し、任意選択で行うこと
を含む、方法。
【請求項２】
前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、またはリピートＲＮＡのレベルを増加させる前記処置が、リピートＲＮＡを標的にする阻害性核酸であり、好ましくは、ロックド核酸（ＬＮＡ）分子、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、小阻害性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子、アンチセンス核酸分子、ペプチド核酸分子およびモルホリノからなる群から選択される阻害性核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベル、またはリピートＲＮＡのレベルを増加させる前記処置が、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤およびこれらの組合せからなる群から選択される逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤が、ラミブジン、アバカビル、ジドブジン、エムトリシタビン、ジダノシン、スタブジン、エンテカビル、アプリシタビン、センサブジン、ザルシタビン、デキセルブシタビン、アムドキソビル、エルブシタビン、フェスチナビル、ラシビル、スタムピジンまたはこれらの組合せを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤が、レルシビリン、リルピビリン、エファビレンツ、エトラビリン、ドラビリン、ダピビリンもしくはこれらの組合せを含むか、または前記ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤が、テノホビルアラフェナミドフマル酸塩、テノホビルジソプロキシルフマル酸塩、アデホビルもしくはこれらの組合せを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、またはリピートＲＮＡのレベルを増加させる前記処置が、シチジンアナログまたはグアノシンアナログを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、またはリピートＲＮＡのレベルを増加させる前記処置が、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＥＴ阻害剤またはＤＮＡ低メチル化剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＤＮＡ低メチル化剤が、アザシチジン、デシタビン、クラドリビンまたはこれらの組合せであり、前記ＨＤＡＣ阻害剤が、スベロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ／ボリノスタット／ゾリンザ）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、ＰＸＤ−１０１、デプシペプチド、ＭＳ−２７５、ＭＧＣＤ０１０３、バルプロ酸またはフェニル酪酸ナトリウムであるか、または前記ＢＥＴ阻害剤が、（＋）−ＪＱ１、Ｉ−ＢＥＴ７６２、ＯＴＸ０１５、Ｉ−ＢＥＴ１５１、ＣＰＩ２０３、ＰＦＩ−１、ＭＳ４３６、ＣＰＩ−０６１０、ＲＶＸ２１３５、ＦＴ−１１０１、ＢＡＹ１２３８０９７、ＩＮＣＢ０５４３２９、ＴＥＮ−０１０、ＧＳＫ２８２０１５１、ＺＥＮ００３６９４、ＢＡＹ−２９９、ＢＭＳ−９８６１５８、ＡＢＢＶ−０７５、ＧＳ−５８２９またはＰＬＸ５１１０７である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
後続の参照レベルを下回るまでリピートのレベルを低減させるために十分な時間、（ｉ）前記細胞において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、もしくはリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置、または（ｉｉ）腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法の１つまたは両方を含む前記処置を行うこと、および次いで、前記対象に抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置を行うことを含み、最初および後続の参照レベルが、同一または異なり得る、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗腫瘍免疫を増強する免疫療法が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＣＤ１３７抗体、抗ＣＴＬＡ４抗体、抗ＣＤ４０抗体、抗ＩＬ１０抗体、抗ＴＧＦ−β抗体および抗ＩＬ−６抗体からなる群から選択される免疫療法剤を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記処置を行うことが、前記対象における腫瘍量の低減をもたらす、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記がんが、上皮がんである、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記上皮がんが、メラノーマ、膵臓がん、結腸直腸がん、乳がん、前立腺がん、腎臓がん、卵巣がん、肺がん、膵臓がん、肝臓がんまたは尿路上皮がんである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記がんが、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）における変異を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
がんが、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答するか否かを予測する方法であって、
前記がん由来の細胞を含む試料を提供すること；
前記細胞中のリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および
前記試料中の前記リピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較すること
を含み、
前記参照レベルを下回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんが、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答する可能性がある、方法。
【請求項１６】
がんが、腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法を含む処置に応答するか否かを予測する方法であって、
前記がん由来の細胞を含む試料を提供すること；
前記細胞中のリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および
前記試料中の前記リピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較すること
を含み、
前記参照レベルを上回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんが、腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法、リピートＲＮＡを標的にする阻害性核酸、またはヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤およびこれらの組合せからなる群から選択される逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）を含む処置に応答する可能性がある、方法。
【請求項１７】
がん中の免疫細胞のレベルを決定する方法であって、
前記がん由来の細胞を含む試料を提供すること；
前記細胞中のＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および
前記試料中の前記ＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを参照レベル（例えば、正常な隣接細胞または組織中のレベル）と比較すること
を含み、
前記参照レベルを上回るＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルを有するがんが、前記がん中にＣＤ８Ｔ細胞を有し、
前記参照レベルのＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルまたは前記参照レベルを下回るＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルを有するがんが、ＣＤ１６３マクロファージを有し、
前記参照レベルを上回るＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを有するがんが、ＦＯＸＰ３Ｔ細胞を有する、方法。
【請求項１８】
前記がんを、前記細胞中のＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−Ｈのレベルに基づいて、ＣＤ８＋、ＣＤ１６３＋またはＦＯＸＰ３＋として分類することをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記上皮がんが、膵管腺癌、肝内胆管癌または肝細胞癌である、請求項１３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
優先権の主張
本出願は、２０１８年２月６日に出願された米国仮特許出願第６２／６２７，１５１号の利益を主張する。前述の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府による支援を受けた研究または開発
本発明は、国立衛生研究所によって付与された助成金番号ＣＡ０８７４９７、および全米科学財団によって付与された助成金番号１５４５９３５の政府支援により行われた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
【０００３】
本発明は、免疫療法に対する応答を予測するための方法、および対象におけるがん、例えば、上皮起源のがんを処置するための免疫療法を選択するための方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
ヒトゲノムは、縦列反復配列として体系化された高率の非タンパク質コードゲノム領域を有する。これらのゲノム領域は、通常、転写が抑制されているが、がん細胞では転写され得る。例えば、動原体周囲のヒトサテライトＩＩ（ＨＳＡＴＩＩ）配列は、上皮がん（例えば、膵臓がん）では過剰発現するが、正常細胞では依然として抑制されていることが示されている（Prosser et al. J. Mol. Biol. 187(2): 145-55 (1986)；Warburton et al. (2008) BMC Genomics 9: 533；およびTing et al. (2011) Science 331(6017): 593-6；国際公開第２０１２／０４８１１３１号パンフレットを参照されたい）。
【発明の概要】
【０００５】
増加する証拠は、自然免疫経路の活性化が免疫療法に対する応答および全体的ながんの予後のために重要であることを示す。腫瘍微小環境における自然免疫が内在性反復エレメントＲＮＡの抑制によって駆動され得ると推測されている。これらの種を特徴付ける能力は、腫瘍免疫応答のための新たな予測バイオマーカーおよび腫瘍による自然活性化のエレメントのための基本メカニズムを提供する。
【０００６】
したがって、本明細書において、対象においてがんを有する対象を処置する方法が提供される。本方法は、
がん由来の細胞を含む試料を提供すること；
細胞中のリピートＲＮＡ（例えば、ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ−１、ＨＥＲＶ−Ｋ、ＨＥＲＶ−Ｈ）のレベルを検出すること；
試料中のリピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較すること；および
参照レベルを上回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんを有する対象に対して、（ｉ）リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、もしくは細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置、または（ｉｉ）腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法の１つまたは両方を含む処置を選択し、任意選択で行うこと
を含む。いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡはＨＳＡＴＩＩである。
【０００７】
いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、または細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置は、リピートＲＮＡを標的にする阻害性核酸であり、好ましくは、ロックド核酸（ＬＮＡ）分子、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、小阻害性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子、アンチセンス核酸分子、ペプチド核酸分子およびモルホリノからなる群から選択される阻害性核酸である。
【０００８】
いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡの排出のレベル、または細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置は、逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）であり、好ましくは、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤およびこれらの組合せからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤は、ラミブジン、アバカビル、ジドブジン、エムトリシタビン、ジダノシン、スタブジン、エンテカビル、アプリシタビン、センサブジン、ザルシタビン、デキセルブシタビン、アムドキソビル、エルブシタビン、フェスチナビル、ラシビル、スタムピジンまたはこれらの組合せを含む。いくつかの実施形態において、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤は、レルシビリン、リルピビリン、エファビレンツ、エトラビリン、ドラビリン、ダピビリンもしくはこれらの組合せを含むか、またはヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤は、テノホビルアラフェナミドフマル酸塩、テノホビルジソプロキシルフマル酸塩、アデホビルもしくはこれらの組合せを含む。
【０００９】
いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、または細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置は、シチジンアナログまたはグアノシンアナログを含む。
【００１０】
いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、または細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置は、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＥＴ阻害剤またはＤＮＡ低メチル化剤を含む。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ低メチル化剤は、アザシチジン、デシタビン、クラドリビンまたはこれらの組合せであり、ＨＤＡＣ阻害剤は、スベロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ／ボリノスタット／ゾリンザ）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、ＰＸＤ−１０１、デプシペプチド、ＭＳ−２７５、ＭＧＣＤ０１０３、バルプロ酸またはフェニル酪酸ナトリウムであるか、またはＢＥＴ阻害剤は、（＋）−ＪＱ１、Ｉ−ＢＥＴ７６２、ＯＴＸ０１５、Ｉ−ＢＥＴ１５１、ＣＰＩ２０３、ＰＦＩ−１、ＭＳ４３６、ＣＰＩ−０６１０、ＲＶＸ２１３５、ＦＴ−１１０１、ＢＡＹ１２３８０９７、ＩＮＣＢ０５４３２９、ＴＥＮ−０１０、ＧＳＫ２８２０１５１、ＺＥＮ００３６９４、ＢＡＹ−２９９、ＢＭＳ−９８６１５８、ＡＢＢＶ−０７５、ＧＳ−５８２９またはＰＬＸ５１１０７である。
【００１１】
いくつかの実施形態において、本方法は、後続の参照レベルを下回るまでリピートのレベルを低減させるために十分な時間、（ｉ）リピートＲＮＡの排出のレベルを低減させるか、もしくは細胞中のリピートＲＮＡのレベルを増加させる処置、または（ｉｉ）腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法の１つまたは両方を含む処置を行うこと、および次いで、対象に抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置を行うことを含み、最初および後続の参照レベルは、同一または異なり得る。
【００１２】
いくつかの実施形態において、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＣＤ１３７抗体、抗ＣＴＬＡ４抗体、抗ＣＤ４０抗体、抗ＩＬ１０抗体、抗ＴＧＦ−β抗体および抗ＩＬ−６抗体からなる群から選択される免疫療法剤を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態において、処置を行うことは、対象における腫瘍量の低減をもたらす。
【００１４】
いくつかの実施形態において、がんは、上皮がん、例えば、メラノーマ、膵臓がん、結腸直腸がん、乳がん、前立腺がん、腎臓がん、卵巣がん、肺がん、膵臓がん、肝臓がんまたは尿路上皮がんである。
【００１５】
いくつかの実施形態において、がんは、膵管腺癌、肝内胆管癌または肝細胞癌である。
【００１６】
いくつかの実施形態において、がんは腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）における変異を含む。本方法は、任意選択で、ＴＰ５３における変異の存在を検出すること、および変異の存在に基づいて対象を選択することを含み得る。
【００１７】
本明細書において、がんが、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答するか否かを予測するための方法も提供される。本方法は、がん由来の細胞を含む試料を提供すること；細胞中のリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および試料中のリピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較することを含み、参照レベルを上回るかまたは下回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんは、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答する可能性がある。いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡは、ＨＳＡＴＩＩであり、参照レベルを下回るＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルの存在は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の存在、およびがんが、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答する可能性があることを示し、いくつかの実施形態において、リピートＲＮＡは、ＨＥＲＶ−Ｈであり、参照レベルを上回るＨＥＲＶ−Ｈ  ＲＮＡのレベルの存在は、ＦＯＸＰ３細胞の非存在、およびがんが、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置に応答する可能性があることを示す。いくつかの実施形態において、ＨＳＡＴＩＩおよびＨＥＲＶ−Ｈの両方のレベルが決定され、抗腫瘍免疫を増強する免疫療法を含む処置は、閾値のＨＳＡＴＩＩレベルまたは閾値を下回るＨＳＡＴＩＩレベルを有し、閾値を上回るＨＥＲＶ−Ｈレベルを有するがんを有する対象が選択され、任意選択で行われる。
【００１８】
加えて、本明細書において、がんが、腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法を含む処置に応答するか否かを予測するための方法が提供される。本方法は、がん由来の細胞を含む試料を提供すること；細胞中のリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および試料中のリピートＲＮＡのレベルを参照レベルと比較することを含み、参照レベルを上回るリピートＲＮＡのレベルを有するがんは、腫瘍保護的免疫抑制を低減する免疫療法、リピートＲＮＡを標的にする阻害性核酸、またはヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤およびこれらの組合せからなる群から選択される逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）を含む処置に応答する可能性がある。
【００１９】
さらに、本明細書において、がん中の免疫細胞の存在またはレベルを決定するための方法が提供される。本方法は、がん由来の細胞を含む試料を提供すること；細胞中のリピートＲＮＡ、例えば、ＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを検出すること；および試料中のリピートＲＮＡ、例えば、ＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを参照レベル（例えば、正常な隣接細胞または組織中のレベル）と比較することを含み、参照レベルを上回るＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルを有するがんは、がん中にＣＤ８Ｔ細胞を有し、参照レベルのＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルまたは参照レベルを下回るＨＳＡＴＩＩリピートＲＮＡのレベルを有するがんは、ＣＤ１６３マクロファージを有し、参照レベルを上回るＨＥＲＶ−ＨリピートＲＮＡのレベルを有するがんは、ＦＯＸＰ３Ｔ細胞を有する。
【００２０】
いくつかの実施形態において、本方法は、がんを、細胞中のＨＳＡＴＩＩおよび／またはＨＥＲＶ−Ｈのレベルに基づいて、ＣＤ８＋、ＣＤ１６３＋またはＦＯＸＰ３＋として分類することを含む。
【００２１】
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって通常理解されるものと同じ意味を有する。方法および材料は、本発明における使用のために本明細書に記載され、当技術分野において公知の他の好適な方法および材料を使用することもできる。材料、方法および例は、例示としてのみであり、限定することを意図するものではない。本明細書において言及される、すべての刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリーおよび他の参照文献は、それらの全体が参照によって組み込まれる。矛盾する場合において、定義を含む本明細書が支配する。
【００２２】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかであろう。
【００２３】
本特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含む。カラーの図面を伴うこの特許または特許出願公開の写しは、申請および必要な料金の支払により、特許庁によって提供されるだろう。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１−１】図１Ａおよび図１Ｂ：ＨＥＲＶ−Ｈ（インサイチュハイブリダイゼーション）およびＦＯＸＰ３＋Ｔｒｅｇ細胞（免疫組織化学的検査）について染色された低ＨＥＲＶ−Ｈを発現する結腸腫瘍の代表的な画像であり（図１Ａ）、ＨＥＲＶ−Ｈ（インサイチュハイブリダイゼーション）およびＦＯＸＰ３＋Ｔｒｅｇ細胞（免疫組織化学的検査）について染色された高レベルのＨＥＲＶ−Ｈを発現する結腸腫瘍の代表的な画像である（図１Ｂ）。すべての画像は４００倍の倍率で撮影した。
【図１−２】図１−１と同様である。
【図２】ＨＥＲＶ−Ｈ低対ＨＥＲＶ−Ｈ高の腫瘍中の腫瘍内ＦＯＸＰ３＋Ｔｒｅｇ細胞の定量化の画像である。エラーバー＝ＳＤ。
【図３−１】図３Ａおよび図３Ｂ：ＣＤ８タンパク質発現（免疫組織化学的検査）およびＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ（インサイチュハイブリダイゼーション）について染色された結腸腫瘍の代表的な画像である。図３Ａ：高ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤と相関する低ＨＳＡＴＩＩ発現。図３Ｂ：低ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤と相関する高ＨＳＡＴＩＩ発現。
【図３−２】図３−１と同様である。
【図４】視野（４００×２００μｍ）あたりの結腸がんの腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の関連定量化のグラフである。腫瘍試料は、インサイチュハイブリダイゼーション染色の後、ＨＳＡＴＩＩ高または低発現として分類した。ｐ値＝０．０００４（対応のないｔ検定）。
【図５−１】図５Ａおよび図５Ｂ：低ＨＳＡＴＩＩおよび高ＣＤ３Ｔ細胞を有するメラノーマ抗ＣＴＬＡ４（イピリムマブ）応答者の代表的な画像であり（図５Ａ）、高ＨＳＡＴＩＩおよび低ＣＤ３Ｔ−細胞を有する抗ＰＤ１（ニボルマブ）非応答者の代表的な画像である（図５Ｂ）。
【図５−２】図５−１と同様である。
【図６】ＣＤ１６３マクロファージとＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡの正相関を示すＣＤ１６３タンパク質発現（免疫組織化学的検査）およびＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ（インサイチュハイブリダイゼーション）について染色された結腸腫瘍の代表的な画像である。
【図７】視野（４００×２００μｍ）あたりの結腸がんの腫瘍内ＣＤ１６３＋マクロファージの関連定量化のグラフである。腫瘍試料は、インサイチュハイブリダイゼーション染色の後、ＨＳＡＴＩＩ高または低発現として分類した。ｐ値＜０．０００１。
【図８】ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ（インサイチュハイブリダイゼーション）およびＣＤ１６３＋マクロファージ（免疫組織化学的検査）について染色された膵管腺癌（ＰＤＡＣ）腫瘍の代表的な画像である。
【図９】ＨＳＡＴＩＩ（インサイチュハイブリダイゼーション）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（免疫組織化学的検査）について染色された膵管腺癌（ＰＤＡＣ）腫瘍の代表的な画像である。ＨＳＡＴＩＩ陰性（左上パネル）、低発現（右上パネル）、中発現（左下パネル）および高発現（右下パネル）を示す。ＨＳＡＴＩＩ発現が増加するにつれて、ＣＤ８Ｔ細胞が減少することに留意されたい。
【図１０】視野（４００×２００μｍ）あたりのＰＤＡＣの腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の関連定量化のグラフである。腫瘍試料は、インサイチュハイブリダイゼーション染色の後、ＨＳＡＴＩＩ高または低発現として分類した（ｐ値＜０．０００１、対応のないｔ検定）。
【図１１】ＨＳＡＴＩＩ（インサイチュハイブリダイゼーション）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（免疫組織化学的検査）について染色された肝内胆管癌（ＩＣＣ）腫瘍の代表的な画像である。ＨＳＡＴＩＩ陰性（左上）、低発現（右上）、中発現（左下）および高発現（右下）の腫瘍試料を示す。ＨＳＡＴＩＩ発現が増加するにつれて、ＣＤ８Ｔ細胞が減少することに留意されたい。
【図１２】ＨＳＡＴＩＩおよびＣＤ８＋Ｔ細胞について染色された肝細胞癌（ＨＣＣ）腫瘍の代表的な画像である。ＨＳＡＴＩＩ陰性（左上）、低発現（右上）および中発現（左下）の腫瘍試料を示す。高ＨＳＡＴＩＩ発現を発現したＨＣＣ腫瘍試料はなかった。ＨＳＡＴＩＩ発現が増加するにつれて、ＣＤ８＋Ｔ細胞が減少することに留意されたい。
【図１３】視野（４００×２００μｍ）あたりのＩＣＣの腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の関連定量化のグラフである。腫瘍試料は、インサイチュハイブリダイゼーション染色の後、ＨＳＡＴＩＩ高または低発現として分類した（ｐ値＝０．０２２３、対応のないｔ検定）。
【図１４−１】図１４Ａ：Snyder et al（PLoS Med. 14, e1002309）からの尿路上皮癌データセットにおけるインターフェロン刺激（ウイルス防御）遺伝子発現についてのヒートマップである。
【図１４−２】図１４Ｂ：ＥＲＶリピート高およびＥＲＶリピート低のクラスターからの患者間の全生存期間についてのカプランマイヤープロットである。関連は有意である（ｐ＝０．０１２、ログランク検定）。
【図１４−３】図１４Ｃ：ＥＲＶリピート高およびＥＲＶリピート低のクラスターからの患者間の無増悪生存期間についてのカプランマイヤープロットである。関連は有意である（ｐ＝０．０２５、ログランク検定）。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
最近のデータは、リピートＲＮＡ発現が、メラノーマ、ならびに結腸、膵臓、乳房、肝臓および肺のがんを含む多様な悪性腫瘍における自然免疫応答を駆動し得ることを実証している（Rooney et al., Cell 160, 48-61 (2015)；Chiappinelli et al., Cell 162, 974-986 (2015)；Roulois et al., Cell 162, 961-973 (2015)；Leonova et al., Proc Natl Acad Sci U S A 110, E89-98 (2013)；Tanne et al., Proc Natl Acad Sci U S A 112, 15154-15159 (2015)）。
【００２６】
本明細書において、臨床グレードのＲＮＡ−ＩＳＨアッセイ、およびがん中のＲＮＡ配列によってリピートＲＮＡを定量化するための方法を記載する（添付１;Desai et al., JCI Insight 2, e91078 (2017)；およびTing et al., Science 331, 593-596 (2011)を参照されたい）。加えて、がんゲノミクスデータセット（ＴＣＧＡ）におけるコンピューターによるＲＮＡ配列分析は、多くのリピートＲＮＡが、現在のところ標準的なｍＲＮＡ配列データセットによって捕捉されないことを示した。総ＲＮＡ配列データ中のリピートＲＮＡの相関も示した（添付２、およびSolovyov et al., bioRxiv, BIORXIV/2017/145946 (2017)を参照されたい）。
【００２７】
本明細書において、免疫浸潤物（Ｔ細胞サブセット（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦＯＸＰ３）；マクロファージサブセット（ＣＤ６８、ＣＤ１６３）；Ｂ細胞（ＣＤ２０）；ＮＫサブセット（ＣＤ５６、ＣＤ１６）を含む白血球）を、ＲＮＡインサイチュハイブリダイゼーション（ＲＮＡ−ＩＳＨ）によって、リピートＲＮＡ（ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ１、ＨＥＲＶ−ＨおよびＨＥＲＶ−Ｋ）と同時に、免疫組織化学検査（ＩＨＣ）によって評価するために使用することができるアッセイを記載する。本発明者らは、１１２人の結腸がんのコホートにおいて、ＨＥＲＶ−Ｈ発現およびＦＯＸＰ３＋調節性Ｔ細胞（図１および２）（添付１を参照されたい）の反相関、ならびにＨＳＡＴＩＩ発現およびＣＤ８＋エフェクターＴ細胞（図３および４）（添付２も参照されたい）の反相関を実証した。
【００２８】
免疫療法の分野は、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤物が、一般に、免疫療法（ＣＴＬＡ４またはＰＤ１／ＰＤＬ１）に対する応答と相関することを示している。ＦＯＸＰ３＋調節性Ｔ細胞は、抗腫瘍Ｔ細胞応答を遮断すると考えられるが、このデータはさらに矛盾している（Manjili MH and Butler SE Immunological Investigators 2016；Ward-Hartstonge KA and Kemp RA. Clinical & Translational Immunology 2017）。
【００２９】
本発明者らは、ＨＳＡＴＩＩ低腫瘍が高ＣＤ８Ｔ細胞浸潤物と相関し、ＨＥＲＶ−Ｈ高腫瘍が低ＦＯＸＰ３＋細胞と相関すると予測し、これらは免疫療法に最も応答性である。本明細書において示すように、メラノーマを含むＨＳＡＴＩＩ低がんは、抗ＰＤ１／ＰＤＬ１および抗ＣＴＬＡ４療法を含む免疫療法に応答した。加えて、がんにおけるＨＳＡＴＩＩ高シグナルは、マクロファージに関連するＣＤ１６３＋腫瘍と正に相関し、これは、典型的には、免疫抑制剤または非応答性腫瘍微小環境に関連する。
【００３０】
まとめると、これらのデータは、腫瘍細胞におけるリピートＲＮＡ発現を、例えば、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、エキソソーム（例えば、細胞外小胞）、細針吸引またはマイクロコア生検において使用して、腫瘍免疫微小環境のアセスメントを提供することができることを示す。これらの小生検は、多くの場合、免疫細胞浸潤物の状態を評価するには小さすぎ、腫瘍が免疫「ホット」または「コールド」である場合、決定することができない。したがって、これらのリピートＲＮＡ免疫マーカーは、腫瘍免疫微小環境の代替である。これは、免疫療法薬を受けている患者の大多数が、小生検のみが利用可能である転移性がん患者であることを考えると、がんに対して重要な意義を有する。
【００３１】
本明細書で使用される場合、「がん」という用語は、例えば、悪性の腫瘍成長によって特徴付けられる病理学的疾患状態を指す。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、対象における腫瘍細胞の増殖の遅延または阻害をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、対象における腫瘍細胞の死または死滅の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、腫瘍細胞の成長または転移の割合の阻害をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、対象における腫瘍サイズの低減をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、対象における腫瘍量の低減をもたらす。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、対象における転移の数の低減をもたらす。
【００３２】
本明細書で使用される場合、「予防的処置」は、疾患についてのリスクがある対象における疾患の兆候または症状の発生の低減またはそれらの予防（すなわち、リスクの低減）を意味し、「治療的処置」は、疾患が診断されている対象において、疾患の兆候または症状の低減、疾患の進行の低減、疾患の重症度の低減を意味する。
【００３３】
例えば、ＩＣＤ−Ｏ（国際疾病分類−腫瘍学）コード（改訂版３）のセクション（８０１０〜８７９０）、例えば、早期がんによって定義される、がん、例えば上皮起源の固形腫瘍の存在は、上皮がん細胞におけるサテライトリピートの転写およびプロセシングの増加に起因して、極めて多量のレベルのサテライトの存在と関連する（例えば、Ting et al. (2011) Science 331(6017): 593-6；Bersani et al. (2015) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112(49): 15148-53；および米国特許出願公開第２０１７／０１９８２８８号明細書を参照されたい、これらのそれぞれの全内容は、参照によって本明細書に明示的に組み込まれる）。
【００３４】
療法への応答を予測するため、および療法を選択するためのリピートＲＮＡレベルの使用
出願人は、がん細胞中のリピートＲＮＡ、例えば、ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ−１、ＨＥＲＶ−Ｋ、ＨＥＲＶ−Ｈ  ＲＮＡのレベルの間の相関、および免疫細胞の特定の集団の存在を特定した。本明細書に記載されるように、高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡを有するがん細胞は、ＣＤ１６３＋腫瘍関連マクロファージの存在と正に相関する。理論に縛られることを望まないが、腫瘍中の高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡは、マクロファージを引き寄せ、次いで保護効果を発揮し、抗腫瘍免疫応答を抑制する、腫瘍環境に存在する高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ（例えば、エキソソーム）をもたらすＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡの排出（例えば、エキソソームによる）と関連すると考えられる。これらのがんは、マクロファージを標的にする療法、またはエキソソームによるＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ輸送のレベルを低減する療法に応答し、細胞中のＨＳＡＴＩＩの増加、およびネクロトーシスによる細胞死をもたらすことが予想される。次いで、これは、マクロファージに排出されたＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡの量を減少させて、それらに影響を及ぼす。このため、本明細書に記載の方法は、高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ（すなわち、選択された閾値を上回るＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベル）を有するがんを有するとして特定された対象に、マクロファージを標的にする療法を行うことを含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡの排出のレベルを低減させる／細胞中のＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルを増加させる処置、例えば、１つまたは複数の、ＨＳＡＴＩＩ阻害性核酸；逆転写阻害剤；ＤＮＭＴ阻害剤などのＤＮＡ低メチル化剤；ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤；またはブロモドメインおよび末端外モチーフ（ＢＥＴ）阻害剤；またはマクロファージを標的にする処置、例えば、ＣＤ１１ｂ、ＣＳＦ−１Ｒ、ＣＣＬ２、ニューロピリン−１、ＡＮＧ２、ＩＬ−４、ＩＬ−４Ｒアルファ、ＩＬ−１３、Ｆｃ−ガンマＲ、ＩＬ−６、ＩＬ−６Ｒ、ＴＮＦ−アルファ、ＣＤ４０を対象に投与することを含み得る。任意のこれらの処置は、単独で、一緒に、または互いもしくは別の抗がん療法、例えば、細胞傷害性化学療法の適用と同時にまたは前に、行うことができる。いくつかの実施形態において、対象が（例えば、本明細書に記載のアッセイを使用して）高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡを有するがんを有するとして特定された後、がん細胞から排出されたＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルを低減させる処置および／またはマクロファージのレベルを低減させるか、もしくはマクロファージの活性をモジュレートする処置は、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルを変える（例えば、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡの排出のレベルを低減させる／細胞中のＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルを増加させる）および／またはマクロファージのレベルを増加させるのに十分な時間、例えば、少なくとも２日間、５日間、７日間、１０日間、１４日間、１８日間、２１日間、２８日間、３０日間、またはそれよりも長く行われる。任意選択で、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡのレベルおよび／またはマクロファージのレベルは、再び決定される。細胞中のＨＳＡＴＩＩのレベルが増加し、腫瘍環境におけるエキソソーム中のＨＳＡＴＩＩのレ��ルが低減され、またはマクロファージのレベルが低減されると（すなわち、閾値を上回るまたは下回る）、本方法は、ＨＳＡＴＩＩ低がん（すなわち、閾値を下回るＨＳＡＴＩＩレベルを有するがん）を有する対象に対して、本明細書に記載の処置を行うことを含み得る。
【００３５】
ＨＳＡＴＩＩ低腫瘍は、高レベルのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤物の存在と相関し、高レベルのＨＥＲＶ−Ｈを有する細胞は、Ｆｏｘｐ３＋調節性Ｔ細胞の非存在または低レベルと相関し、したがって、本明細書に記載の方法は、低レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡおよび／または高レベルのＨＥＲＶ−Ｈを有するがんを有するとして特定された対象に、ＣＤ８＋を標的にする療法、例えば、抗腫瘍応答を増強する免疫療法を行うことを含み得る。
【００３６】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、上皮起源のがん（すなわち、上皮がん）を有する対象を処置する際に使用される。上皮起源のがんとしては、膵臓がん（例えば、膵臓腺癌）、肺がん（例えば、非小細胞肺癌または小細胞肺癌）、前立腺がん、乳がん、腎臓がん、卵巣がん、メラノーマまたは結腸がんが挙げられ得る。サテライトは、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ）、膵上皮内腫瘍（ＰａｎＩＮ）、非浸潤性乳管癌（ＤＣＩＳ）、バレット食道を含む、新生物発生前または初期がん病巣において上昇していることも示されている（例えば、Sharma (2009) N. Engl. J. Med. 361(26): 2548-56; erratum in: N Engl J Med. 362(15): 1450を参照されたい）。したがって、本方法は、浸潤がんの発生を予防する意味で、初期の新生物発生前のがんを潜在的に処置するために使用することができる。いくつかの実施形態において、がんは、マイクロサテライト不安定性がん（例えば、ＭＳＩ結腸直腸がん）である。いくつかの実施形態において、がんは、マイクロサテライト安定性がん（例えば、ＭＳＳ結腸直腸がん）である。例えば、Vilar and Gruber, Nat Rev Clin Oncol. 2010 Mar;7(3):153-62を参照されたい。
【００３７】
本明細書で使用される場合、「高レベルのリピートＲＮＡ」とは、参照レベルまたは閾値を上回るレベル、例えば、がんが本明細書に記載の方法を使用して診断または処置され得る統計学的に決定された閾値を、例えば上回ることを表す参照を意味し、逆に、「低レベルのリピートＲＮＡ」は、参照レベルまたは閾値を下回るレベルを意味し、これは、高レベルのリピートＲＮＡを有するがんを特定するために適用可能な同一もしくは異なる参照レベルまたは閾値であり得る。
【００３８】
いくつかの実施形態において、参照レベルは、同じ試料中の正常細胞、例えば、がん細胞に隣接する正常細胞、例えば、間質シグナルに隣接する正常におけるレベルである。いくつかの実施形態において、高レベルは、間質細胞シグナルに隣接する正常よりも高い腫瘍細胞シグナルとして定義され、低レベルは、隣接する間質細胞において見られるものよりも低いかまたは等しい腫瘍細胞シグナルとして定義される。
【００３９】
好適な参照レベルは、当技術分野において公知の方法によって決定することができる。いくつかの実施形態において、本方法は、対象からの試料中、例えば、対象からの腫瘍細胞または腫瘍組織を含む生検試料中の、高レベルのリピートＲＮＡ、例えば、閾値を上回るリピートＲＮＡのレベルの存在を検出することを含む。リピートＲＮＡのレベルは、ノーザンブロット、ＲＮＡインサイチュハイブリダイゼーション（ＲＮＡ  ＩＳＨ）、ＲＮＡ発現アッセイ、例えば、マイクロアレイ分析、ＲＴ−ＰＣＲ、ディープシークエンシング、クローニング、ノーザンブロットおよび定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）（その全体がこれは、参照により、本明細書に組み込まれる国際公開第２０１２／０４８１１３号パンフレットを参照されたい）を含む、当技術分野において公知の任意の方法によって決定することができる。いくつかの実施形態において、高レベルのリピートＲＮＡを検出する代わりに、本方法は、リピートＤＮＡのコピー数を検出することを含む。正常細胞と比較したコピー数の増加、および／またはリピートＲＮＡのレベルの増加は、がんが本明細書に記載の処置に対して感受性であることを示す。このため、本方法は、本明細書に記載の方法による処置のために、高レベルのリピートＲＮＡおよび／またはリピートのコピー数の増加を有するがんを検出ならびに／もしくは特定すること、ならびに／もしくは高レベルのリピートＲＮＡおよび／またはリピートのコピー数の増加を有するがんを有する対象を選択することを含み得る。
【００４０】
いくつかの実施形態において、本方法は、がんのＴＰ５３の状態を決定すること、およびＴＰ５３アレルにおける変異を保有するがんを選択すること（または、野生型ＴＰ５３を有するがんを選択しないこと）を含む。ＴＰ５３のための参照ゲノム配列は、ＮＧ＿０１７０１３．２（範囲５００１〜２４１４９、ＲｅｆＳｅｑＧｅｎｅ）；ＮＣ＿００００１７．１１（範囲７６６８４０２〜７６８７５５０、参照ＧＲＣｈ３８．ｐ２  Ｐｒｉｍａｒｙ  Ａｓｓｅｍｂｌｙ）で見出すことができる。本方法は、対象から細胞を含有する試料を得ること、および、例えば、試料中のＴＰ５３の配列を、参照配列、例えば、正常（野生型）または非がん性細胞における配列を表す参照、もしくはがん、例えば、悪性腫瘍細胞からの細胞中の配列を表す疾患参照と比較することによって、試料中の当技術分野において公知または本明細書に記載のＴＰ５３における変異の存在を評価することを含み得る。本明細書に記載の方法を使用する処置に対する感受性に関連するＴＰ５３における変異は、１つまたは複数の位置で、（例えば、本明細書において提供される）参照配列から異なる配列である。いくつかの実施形態において、変異は、がんに関連することが当技術分野において公知の変異である。国際がん研究機関は、p53.iarc.ｆｒ（バージョンＲ１８、２０１６年４月）でオンラインで利用可能であるヒトのがんにおいて見出されたＴＰ５３変異のデータベースを保有している；Petitjean et al. (2007) Hum. Mutat. 28(6): 622-9およびBouaoun et al. (2016) Hum. Mutat. 37(9): 865-76も参照されたい。いくつかの実施形態において、変異は、コドン１７５、２４５、２４８、２４９、２７３または２８２での変異である。例えば、Olivier et al. (2010) Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2(1): a001008を参照されたい。
【００４１】
ＴＰ５３における変異の存在、および／またはリピートＲＮＡレベル、および／またはリピートのコピー数は、当技術分野において公知の方法を使用して、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、定量的または半定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、すなわち、ＢＥＡＭｉｎｇ（ビーズ、エマルジョン、増幅、磁気、Diehl (2006) Nat Methods 3: 551-559）；ＲＮＡｓｅ保護アッセイ；ノーザンブロット；各種の核酸シークエンシング（サンガー、パイロシークエンシング、次世代シークエンシング）；蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）；または遺伝子アレイ／チップ；ＲＮＡインサイチュハイブリダイゼーション（ＲＮＡ  ＩＳＨ）；ＲＮＡ発現アッセイ、例えば、マイクロアレイ分析；多重遺伝子発現分析法、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮＡシークエンシング、およびＲＮＡ発現マイクロアレイを含むオリゴハイブリダイゼーションアッセイ；ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）システム（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓｅａｔｔｌｅ、ＷＡ；Kulkarni (2011) Curr. Protoc. Mol. Biol. Chapter 25: Unit25B.10）などのハイブリダイゼーションに基づくデジタルバーコード定量アッセイ、およびＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  ２．０  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｐｌｅｘ  ａｎｄ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  Ａｓｓａｙｓ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ；例えば、Linton et al. (2012) J. Mol. Diagn. 14(3): 223-32を参照されたい）などの分岐ＤＮＡシグナル増幅を利用するライセートに基づくハイブリダイゼーションアッセイ；ＳＡＧＥ、ハイスループットシークエンシング、マルチプレックスＰＣＲ、ＭＬＰＡ、Ｌｕｍｉｎｅｘ／ＸＭＡＰ、または分岐ＤＮＡ分析法を使用して、評価することができる。例えば、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる国際公開第２０１２／０４８１１３号パンフレットを参照されたい。
【００４２】
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ  ＩＳＨが使用される。ある特定のＲＮＡ  ＩＳＨプラットフォームは、分岐構造を形成するための（例えば、分岐核酸シグナル増幅）、互いにハイブリダイズされた多数のポリヌクレオチド（例えば、ｂＤＮＡ）の分岐鎖技術によるアッセイ内でシグナルを増幅する能力を利用する。その高感度に加えて、このプラットフォームは、免疫組織化学的検査と比較して、最小の非特異的バックグラウンドシグナルも有する（例えば、Urbanek et al. (2015) Int. J. Mol. Sci. 16(6): 13259-86を参照されたい）。
【００４３】
いくつかの実施形態において、アッセイは、一般的なｂＤＮＡアプローチを記載している米国特許第７，７０９，１９８号明細書、米国特許第７，８０３，５４１号明細書および米国特許第８，１１４，６８１号明細書；および米国特許出願公開第２００６／０２６３７６９号明細書に記載のｂＤＮＡアッセイであり、特に’１９８特許の１４：３９から１５：１９を参照されたい。いくつかの実施形態において、本方法は、試料中のバイオマーカーｍＲＮＡのレベルを直接検出および評価するために、分岐鎖ＤＮＡアッセイを使用する改変ＲＮＡインサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）技術を使用することを含む（例えば、米国特許第７，８０３，５４１Ｂ２号明細書；Canales et al. (2006) Nat. Biotechnol. 24(9):1115-22；Ting et al. (2011) Science 331(6017): 593-6を参照されたい）。このアッセイを行うためのキットは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．から市販されている（例えば、組織および細胞試料のためのＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（登録商標）ＶｉｅｗＲＮＡアッセイ）。
【００４４】
ＲＮＡ  ＩＳＨは、例えば、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（登録商標）ＶｉｅｗＲＮＡ技術（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を使用して、行うことができる。ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（登録商標）ＶｉｅｗＲＮＡ  ＩＳＨは、シグナル増幅が一連の逐次ステップ（例えば、シングルプレックスフォーマットまたは２プレックスフォーマット）を介して達成される分岐ＤＮＡ技術に基づく。したがって、いくつかの実施形態において、本方法は、米国特許出願公開第２０１２／００５２４９８号明細書（これは、ｂＤＮＡシグナル増幅により核酸およびタンパク質の両方を検出するための方法であって、標的核酸および標的タンパク質を含むか、または含むと疑われる試料を提供すること；異なるＬ−１配列をそれぞれ含む少なくとも２つの標識伸長物プローブ、標的タンパク質に特異的な抗体、および少なくとも２つの標識プローブシステムを、標的核酸および標的タンパク質を含むか、または含む疑いのある試料とともにインキュベートすることであって、抗体が前置増幅プローブを含み、少なくとも２つの標識プローブシステムが検出可能な異なる標識をそれぞれ含む、インキュベートすること；および試料中の検出可能な異なる標識を検出することを含む、方法を記載している）；米国特許出願公開第２０１２／０００４１３２号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０００３６４８号明細書（これは、核酸検出シグナルを増幅する方法であって、１つまたは複数の標識伸長物プローブを標的核酸にハイブリダイズすること；前置増幅物を１つまたは複数の標識伸長物プローブにハイブリダイズすること；１つまたは複数の増幅物を前置増幅物にハイブリダイズすること；１つまたは複数の標識スポークプローブを１つまたは複数の増幅物にハイブリダイズすること；および１つまたは複数の標識プローブを１つまたは複数の標識スポークプローブにハイブリダイズすることを含む、方法を記載している）；または米国特許出願公開第２０１２／０１７２２４６号明細書（これは、標的核酸配列を検出する方法であって、標的核酸配列を含むか、または含むと疑われる試料を提供すること；異なるＬ−１配列をそれぞれ含む少なくとも２つの標識伸長物プローブ、および標識プローブシステムを、標的核酸配列を含むか、または含むと疑われる試料ともにインキュベートすること；および標識プローブシステムが試料と関連しているか否かを検出することを含む、方法を記載している）に記載のアッセイを行うことを含む。それぞれのハイブリダイズされた標的特異的ポリヌクレオチドプローブは、次に、前置増幅物のポリヌクレオチドのためのハイブリダイゼーション標的として機能し、これは、次に、１つまたは複数の増幅物のポリヌクレオチドとハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、２つ以上の標的特異的プローブ（標的伸長物）は、適切な前置増幅物のポリヌクレオチドが２つの標識伸長物に結合する前に、標的にハイブリダイズされるが、他の実施形態において、単一の標識伸長物は前置増幅物とともに使用することもできる。したがって、いくつかの実施形態において、本方法は、１つまたは複数の標識伸長物プローブを試料とともにインキュベートすることを含む。いくつかの実施形態において、標的特異的プローブ（標識伸長物）は、ＺＺ定位、十字型定位または他の（例えば、混合された）定位にある。例えば、米国特許出願公開第２０１２／００５２４９８号明細書の図１０Ａおよび１０Ｂを参照されたい。それぞれの増幅物分子は、複数の検出可能な標識プローブオリゴヌクレオチド、例えば、色素源またはフルオロフォアとコンジュゲートしたポリヌクレオチドに対する結合部位を提供し、それによって、標識プローブのための多くの結合部位を有する完全にアセンブルされたシグナル増幅「ツリー」が作成され、結合部位の数は、ツリー構造および使用されている標識化アプローチに応じて、例えば、１６〜６４の結合部位から最大で３０００〜４０００の範囲まで、変化し得る。いくつかの実施形態において、３００〜５０００のプローブ結合部位が存在する。より大きなツリーは、後続の洗浄ステップにもかかわらず、細胞の細孔（例えば、透過処理の間に生じた細孔、核の細孔）内に詰まり、ノイズの発生をもたらし得るより大きな成分を必要とするので、結合部位の数は、強いシグナルを提供するのに十分な大きさであるが、大きすぎる構造に関連する問題を回避するのに十分な小ささ、すなわち、立体効果を回避し、固定化／透過処理された細胞に非常に容易に侵入し、標的が存在しない場合それらが洗い流されるのに十分な小ささに最適化することができる。
【００４５】
いくつかの実施形態において、標識プローブポリヌクレオチドは、好適な色素源と相互作用する能力がある酵素、例えば、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）または西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）にコンジュゲートされる。アルカリホスファターゼ（ＡＰ）コンジュゲートポリヌクレオチドプローブが使用される場合、ファストレッドまたはファストブルーの基質などの適切な基質を逐次添加後、ＡＰは、基質を分解して、特異的な標的ＲＮＡ分子のインサイチュ検出を可能にする沈殿物を形成する。アルカリホスファターゼは、いくつかの基質、例えば、ファストレッド、ファストブルーまたは５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−ホスフェート（ＢＣＩＰ）とともに使用することができる。したがって、いくつかの実施形態において、本方法は、例えば、米国特許第５，７８０，２７７号明細書および米国特許第７，０３３，７５８号明細書に一般に記載されている、ｂＤＮＡシグナル増幅アプローチ内のアルカリホスファターゼコンジュゲートポリヌクレオチドプローブの使用を含む。他の酵素および発色性基質のペア、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）および３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）を使用することもできる。多くの好適な酵素および発色性基質は、当技術分野において公知であり、アッセイにおいて生じる検出可能なシグナルのための各種の色を提供するために使用することができ、使用される酵素および基質の好適な選択は、単一試料内の標的および標識のマルチプレックス化を容易にすることができる。これらの実施形態のために、標識化されたプローブは、公知のイメージング方法、例えば、ＣＩＳＨアプローチによる明視野顕微鏡法を使用して、検出することができる。
【００４６】
他の実施形態は、フルオロフォアコンジュゲートプローブ、例えば、標識プローブにコンジュゲートされたＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ色素（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）の使用を含む。これらの実施形態において、標識化されたプローブは、公知のイメージング方法、例えば、蛍光顕微鏡法（例えば、ＦＩＳＨ）を使用して、検出することができる。適切なフルオロフォアの選択はまた、例えば、選択されたフルオロフォアの発光スペクトルに基づいて、標的および標識のマルチプレックス化を容易にし得る。
【００４７】
いくつかの実施形態において、アッセイは、米国特許出願公開第２０１２／０１００５４０号明細書、米国特許出願公開第２０１３／００２３４３３号明細書、米国特許出願公開第２０１３／０１７１６２１号明細書、米国特許出願公開第２０１２／００７１３４３号明細書；または米国特許出願公開第２０１２／０２１４１５２号明細書（前述のそれぞれの全内容はそれらの全体が参照によって本明細書に組み込まれる）に記載されているものと同様である。
【００４８】
いくつかの実施形態、ＲＮＡ  ＩＳＨアッセイは、ｂＤＮＡの使用なしで行われ、リピートＲＮＡ（例えば、ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ−１、ＨＥＲＶ−ＫまたはＨＥＲＶ−Ｈ）またはＴＰ５３特異的プローブは、本明細書において議論される１つまたは複数の標識で直接的または間接的に（例えば、抗体を介して）標識化される。
【００４９】
アッセイは、手動、または自動装置、例えば、Ｌｅｉｃａ  ＢＯＮＤファミリーの装置、またはＶｅｎｔａｎａ  ＤＩＳＣＯＶＥＲＹ  ＵＬＴＲＡもしくはＤＩＳＣＯＶＥＲＹ  ＸＴ装置で実施することができる。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「試験試料」は、腫瘍からの、細胞、または複数の細胞、例えば、組織を含む、目的の対象から得られた生体試料を指す。Lehninger Biochemistry (Worth Publishers, Inc., current edition)； Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3d. ed., 2001, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York；Bernard (2002) Clin. Chem. 48(8): 1178-85；Miranda (2010) Kidney International 78: 191-9; Bianchi (2011) EMBO Mol Med 3: 495-503；Taylor (2013) Front. Genet. 4: 142; Yang (2014) PLoS One 9(11): e110641)；Nordstrom (2000) Biotechnol. Appl. Biochem. 31(2): 107-12；Ahmadian (2000) Anal. Biochem. 280: 103-10。いくつかの実施形態において、ハイスループット法、例えば、当技術分野において公知のタンパク質または遺伝子チップ（例えば、Ch. 12, Genomics, in Griffiths et al., Eds. Modern Genetic Analysis, 1999,W. H. Freeman and Company；Ekins and Chu (1999) Trends in Biotechnology 17: 217-8；MacBeath and Schreiber (2000) Science 289(5485): 1760-3；Simpson, Proteins and Proteomics: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2002；Hardiman, Microarrays Methods and Applications: Nuts & Bolts, DNA Press, 2003を参照されたい）は、ＴＰ５３における変異の存在および／またはレベルを検出するために使用することができる。
【００５１】
いくつかの実施形態において、欠失、増幅または置換の存在などの核酸の構造または配列における変更の検出のために好適な技術は、リピートＲＮＡ（例えば、ＨＳＡＴＩＩ、ＬＩＮＥ−１、ＨＥＲＶ−ＫまたはＨＥＲＶ−Ｈ）またはＴＰ５３における変更の検出のために使用することができる。
【００５２】
いくつかの実施形態において、ＲＴ−ＰＣＲは、変異およびコピー数バリアント（ＣＮＶ）を検出するために使用することができる。ＲＴ−ＰＣＲによる発現プロファイリングにおける第１のステップは、ＲＮＡ鋳型のｃＤＮＡへの逆転写、続いて、ＰＣＲ反応におけるその指数関数的増幅である（Ausubel et al. (1997) Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons）。エラーおよび試料−試料間の変動の効果を最小化するために、ＲＴ−ＰＣＲは、通常、組織の中で一定レベルで発現され、実験処理によって影響を受けない内部標準を使用して行われる。当技術分野において公知のハウスキーピング遺伝子が最も一般的に使用される。
【００５３】
いくつかの実施形態において、本方法は、ＴＰ５３のタンパク質レベルを検出すること、およびタンパク質レベルを正常細胞における参照タンパク質レベルと比較することを含み得る。ＴＰ５３における変異は、典型的には、タンパク質発現レベルの減少をもたらし、そのため、野生型参照または閾値レベルと比較したタンパク質発現レベルの減少は、変異状態についてのプロキシとして使用することができ、ｔｐ５３レベルが低下したがんは、本明細書に記載の方法による処置のために選択され得る（あるいは、ＴＰ５３レベルが正常であるか、または野生型参照または閾値と比較して実質的に減少していないがんは、本明細書に記載の方法による処置から除外され得る）。タンパク質のレベルは、当技術分野において公知の方法を使用して、例えば、限定されないが、ウエスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ビオチン／アビジンタイプのアッセイ；タンパク質アレイ検出；ラジオイムノアッセイ；免疫組織化学検査（ＩＨＣ）；免疫沈降アッセイ；ＦＡＣＳ（蛍光活性化細胞分取）；質量分析を含む、タンパク質のための標準的な電気泳動および定量イムノアッセイ法を使用して、評価することができる（Kim (2010) Am. J. Clin. Pathol. 134: 157-62；Yasun (2012) Anal. Chem. 84(14): 6008-15；Brody (2010) Expert Rev. Mol. Diagn. 10(8): 1013-22; Philips (2014) PLOS One 9(3): e90226；Pfaffe (2011) Clin. Chem. 57(5): 675-687）。本方法は、典型的には、直接的または間接的のいずれかでシグナルを提供する、蛍光、化学発光、放射活性および酵素または色素分子などの検出可能な標識を含む。本明細書で使用される場合、「標識」という用語は、例えば、放射活性剤またはフルオロフォア（例えば、フィコエリトリン（ＰＥ）またはインドシアニン（Ｃｙ５））などの検出可能な基質の抗体またはプローブへのカップリング（すなわち、物理的な連結）、ならびに検出可能な基質との反応性によるプローブまたは抗体（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、ＨＲＰ）の間接的標識化を指す。
【００５４】
いくつかの実施形態において、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）法が使用されてもよく、マイクロタイタープレートのウェルは、試験されるタンパク質に対する抗体でコーティングされる。次いで、生物学的マーカーを含有するか、または含有すると疑われる試料が、ウェルに適用される。十分な時間の後、抗体−抗原複合体が形成される間に、プレートは、洗浄されて、任意の未結合の部分が除去され、検出可能に標識化された分子が添加される。再び、十分な期間のインキュベーションの後、プレートは、洗浄されて、任意の過剰の未結合の分子が除去され、標識化された分子の存在は、当技術分野において公知の方法を使用して決定される。ＥＬＩＳＡ法の変法、例えば、競合ＥＬＩＳＡまたは競合アッセイおよびサンドイッチＥＬＩＳＡも、これらは当業者に周知であるので、使用され得る。
【００５５】
いくつかの実施形態において、免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）法が使用されてもよい。ＩＨＣは、インサイチュで生物学的マーカーを検出する方法を提供する。生物学的マーカーの存在および正確な細胞の位置を検出することができる。典型的には、試料（例えば、生検試料）は、ホルマリンまたはパラホルムアルデヒドで固定され、パラフィンに包埋され、染色のために切片に切断され、その後、光学顕微鏡によって検査される。ＩＨＣの現在の方法は、典型的には、直接的または間接的標識化のいずれかを使用する。試料はまた、ＩＨＣの変法として、免疫蛍光法（ＩＦ）が行われる場合、蛍光顕微鏡によって検査されてもよい。
【００５６】
質量分析、特に、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＭＳ）および表面増強レーザー脱離／イオン化質量分析（ＳＥＬＤＩ−ＭＳ）は、本発明のバイオマーカーの検出のために有用である（米国特許第５，１１８，９３７号明細書；米国特許第５，０４５，６９４号明細書；米国特許第５，７１９，０６０号明細書；および米国特許第６，２２５，０４７号明細書を参照されたい）。
【００５７】
試料は、腫瘍もしくは癌性であることが知られているか、または疑われる塊から採取された、例えば、生検、例えば、針生検または切除検体であり得る。
【００５８】
参照または所定のレベルは、中央値または平均値などの単一のカットオフ値（閾値）、またはコホート、例えば、他のセグメントと統計学的に異なると決定された臨床試験集団の上位または下位の四分位、三分位、または他のセグメントの境界を定義するレベルであり得る。これは、カットオフ値（または閾値）の範囲、例えば、信頼区間であり得る。これは、比較群に基づいて確立され得、例えば、１つの定義された群において疾患を発症するリスクまたは疾患の存在との関連が、別の定義された群における疾患のリスクまたは存在よりも、１倍高いか、または低い（例えば、およそ２倍、４倍、８倍、１６倍またはそれ以上）である。これは、範囲であり得、例えば、対象（例えば、対照の対象）の集団が、均等に（または不均等に）、群、例えば、低リスク群、中リスク群および高リスク群に、または最も低い四分位は最も低いリスクを有する対象であり、最も高い四分位は最も高いリスクを有する対象である四分位に、または最も低いｎ分位は最も低いリスクを有する対象であり、最も高いｎ分位は最も高いリスクを有する対象であるｎ分位（すなわち、ｎの規則的間隔（spaced）の間隔（interval））に、分けられる。
【００５９】
いくつかの実施形態において、対象中のレベルが参照レベルよりも高い量は、対照の対象から対象を区別するのに十分であり、任意選択で、対照の対象におけるレベルよりも統計学的に有意に高い。対象におけるコピー数が参照のコピー数と「等しい」場合において、「等しい」とは、およそ等しい（例えば、統計学的に差がない）ことを指す。
【００６０】
所定の値は、選択された対象（例えば、ヒト対象）の特定の集団に依存し得る。適切な範囲および区分は、当業者による日常的な実験だけで選択することができる。
【００６１】
尤度またはリスクの特徴付けにおいて、多数の所定の値が確立され得る。
【００６２】
処置の適用の適切な経路の選択は、限定されないが、特定の処置および／またはがんの位置を含むさまざまな要因に依存する。いくつかの実施形態において、処置は、経口、非経口、静脈内、局所、腹腔内、皮下、頭蓋内、髄腔内、または吸入によって行われる。いくつかの実施形態において、処置は、持続注入によって行われる。
【００６３】
逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）
出願人は、驚くべきことに、抗腫瘍応答を増強する免疫療法による処置に抵抗性のＨＳＡＴＩＩ高がん細胞が、免疫抑制を低減する処置を使用した場合により感受性になることを発見した。いくつかの実施形態において、処置は、逆転写酵素阻害剤（ＲＴＩ）、例えば、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ）、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤または非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（ＮＮＲＴＩ）の投与を含む。いくつかの実施形態において、処置は、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、ヌクレオチドアナログ逆転写酵素阻害剤および／または非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤の組合せを含む。いくつかの実施形態において、処置はＮＲＴＩを含まない。
【００６４】
多数の逆転写酵素阻害剤が、当技術分野において公知であり、本明細書に記載のようにして使用され得、ジドブジン（ＺＤＶ）、ジダノシン（ｄｄＩ）、スタブジン（ｄ４Ｔ）、ザルシタビン（ＤＤＣ）、ラミブジン（３ＴＣ）、アバカビル（ＡＢＣ）、テノホビルジソプロキシル（ＴＤＦ）、エムトリシタビン（ＦＴＣ）、エトラビリンロブカビル、エンテカビル（ＥＴＶ）、アプリシタビン、センサブジン、デキセルブシタビン、アロブジン、アムドキソビル、エルブシタビン、ラシビルおよびスタムピジンを含む。追加の逆転写酵素阻害剤は、例えば、米国特許出願公開第２０１７／０２６７６６７号明細書、米国特許出願公開第２０１６／０１４５２５５号明細書、米国特許出願公開第２０１５／０１０５３５１号明細書、米国特許出願公開第２００７／００８８０１５号明細書、米国特許出願公開第２０１３／０２９６３８２号明細書、米国特許出願公開第２０１２／０２２５８９４号明細書、米国特許出願公開第２０１２／００５３２１３号明細書、米国特許出願公開第２０１２／００２９１９２号明細書、米国特許出願公開第２００９／０１６２３１９号明細書、および米国特許出願公開第２００７／００２１４４２号明細書に開示されており、これらのそれぞれの全内容は参照によって本明細書に組み込まれる。任意の特定の理論に縛られることを望まないが、グアノシンアナログおよびシチジンアナログの使用は、ＨＳＡＴＩＩのＧＣ含有量が高いことを考えると、高レベルのＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡを含むがんの処置において特に有利であり得る。いくつかの実施形態において、ＲＴＩは、シチジンアナログ（例えば、ザルシタビン（ｄｄＣ）、ラミブジン（３ＴＣ）およびエムトリシタビン（ＦＴＣ））である。いくつかの実施形態において、ＲＴＩは、グアノシンアナログ（例えば、アバカビル（ＡＢＣ）およびエンテカビル（ＥＴＶ）である。
【００６５】
ＨＤＡＣ阻害剤
いくつかの実施形態において、本方法は、ＨＤＡＣ阻害剤の投与を含み、いくつかのＨＤＡＣ阻害剤が、当技術分野において公知であり、スベロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ／ボリノスタット／ゾリンザ）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、およびＰＸＤ−１０１（ヒドロキサム酸系の汎ＨＤＡＣ阻害剤である）；デプシペプチド（ＦＫ２２８／ロミデプシン／ＩＳＴＯＤＡＸ（登録商標））（ＨＤＡＣ１／２の天然の環状ペプチド阻害剤である）；ＭＳ−２７５およびＭＧＣＤ０１０３（合成ベンズアミド誘導体である）；ならびにバルプロ酸およびフェニル酪酸ナトリウム（比較的低い効力の脂肪酸である）を含む。例えば、Kim and Bae, Am J Transl Res. 2011 Jan 1; 3(2): 166-179を参照されたい。
【００６６】
ＢＥＴ阻害剤
いくつかの実施形態において、本方法は、ＢＥＴ阻害剤の投与を含み、いくつかのＢＥＴ阻害剤は、当技術分野において公知であり、（＋）−ＪＱ１、Ｉ−ＢＥＴ７６２、ＯＴＸ０１５、Ｉ−ＢＥＴ１５１、ＣＰＩ２０３、ＰＦＩ−１、ＭＳ４３６、ＣＰＩ−０６１０、ＲＶＸ２１３５、ＦＴ−１１０１、ＢＡＹ１２３８０９７、ＩＮＣＢ０５４３２９、ＴＥＮ−０１０、ＧＳＫ２８２０１５１、ＺＥＮ００３６９４、ＢＡＹ−２９９、ＢＭＳ−９８６１５８、ＡＢＢＶ−０７５、ＧＳ−５８２９およびＰＬＸ５１１０７を含み、例えば、Perez-Salvia and Esteller, Epigenetics. 2017; 12(5): 323-339を参照されたい。
【００６７】
ＤＮＡ低メチル化剤
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、ＤＮＡ低メチル化剤を対象に投与することをさらに含む。ＤＮＡメチル化は、遺伝子の転写のサイレンシングを調節するエピジェネティック修飾である。ゲノムのメチル化パターンは、腫瘍中で変化し得（Smet et al. (2010) Epigenetics 5(3): 206-13）、Ｂ細胞悪性腫瘍において重要であり得る（Debatin et al. (2007) Cell 129(5): 853-5；Martin-Subero (2006) Leukemia 20(10): 1658-60）。下記に記載するように、例えば、ＤＮＡ低メチル化剤（例えば、５−アザシチジン）による処置。任意の特定の理論に縛られることを望まないが、ＤＮＡ低メチル化剤による処置は、ＨＳＡＴＩＩの転写を活性化すると考えられ、ＮＲＴＩによる処置に感受性の細胞にする。
【００６８】
いくつかの実施形態において、ＤＮＡ低メチル化剤はＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態において、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤は、５’−アザシチジン（Ａｚａ）、デシタビン（ＤＡＣ）、クラドリビン（２ＣｄＡ）またはこれらの組合せである（Wyczechowska et al. (2003) Biochem Pharmacol. 65: 219-25；Yu et al. (2006) Am. J. Hematol. 81(11): 864-9；およびGarcia-Manero (2008) Curr. Opin. Oncol. 20(6): 705-10）。追加のＤＮＡ低メチル化剤は、例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２１８１７０号明細書、米国特許出願公開第２００５／０１１９２０１号明細書および米国特許出願公開第２０１５／０２５８０６８号明細書に記載されており、これらのそれぞれの全内容は参照によって本明細書に組み込まれる。
【００６９】
ＨＳＡＴＩＩ阻害性核酸
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法は、ＨＳＡＴＩＩを特異的に標的にする阻害性核酸（例えば、ＬＮＡ分子）を対象に投与することをさらに含む。ＨＳＡＴＩＩを標的にする阻害性核酸はおよびそれを使用する方法は、例えば、米国特許出願公開第２０１７／０１９８２８８号明細書に開示されており、この全内容は参照によって本明細書に明示的に組み込まれる。
【００７０】
免疫療法剤
いくつかの実施形態において、本方法は、免疫療法剤を、本明細書に記載の方法を使用して特定された対象に投与することを含む。免疫療法剤は、腫瘍が誘導する免疫抑制を標的にする療法を含み、例えば、Stewart and Smyth (2011) Cancer Metastasis Rev. 30(1): 125-40を参照されたい。
【００７１】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の抗腫瘍応答の増強
いくつかの実施形態において、本方法は、抗腫瘍免疫応答を増強する療法を選択および／または行うことを含む。ＣＤ８＋細胞応答を増強する免疫療法の例としては、限定されるものではないが、養子Ｔ細胞療法またはがん細胞を認識するＴリンパ球を誘導するように設計されたがんワクチン調製物、ならびに抗ＣＤ１３７抗体（例えば、ＢＭＳ−６６３５１３）、抗ＰＤ１抗体（例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ／ＭＫ−３４７５、ピディリズマブ（ＣＴ−０１１））、抗ＰＤＬ１抗体（例えば、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）または抗ＣＴＬＡ−４抗体（例えば、イピリムマブ（ipilumimab）、例えば、Kruger et al. (2007) Histol Histopathol. 22(6): 687-96；Eggermont et al. (2010) Semin Oncol. 37(5): 455-9；Klinke (2010) Mol. Cancer. 9: 242；Alexandrescu et al. (2010) J. Immunother. 33(6): 570-90；Moschella et al. (2010) Ann N Y Acad Sci. 1194: 169-78；Ganesan and Bakhshi (2010) Natl. Med. J. India 23(1): 21-7；およびGolovina and Vonderheide (2010) Cancer J. 16(4): 342-7を参照されたい）などのチェックポイント阻害剤が挙げられる。
【００７２】
本明細書に記載の方法において使用することができる例示的な抗ＰＤ−１抗体としては、ヒトＰＤ−１に結合するものが挙げられ、例示的なＰＤ−１タンパク質配列は、ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００５００９．２で提供される。例示的な抗体は、米国特許第８，００８，４４９号明細書；米国特許第９，０７３，９９４号明細書；および米国特許出願公開第２０１１／０２７１３５８号明細書に記載されており、例えば、ＰＦ−０６８０１５９１、ＡＭＰ−２２４、ＢＧＢ−Ａ３１７、ＢＩ  ７５４０９１、ＪＳ００１、ＭＥＤＩ０６８０、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＳＨＲ−１２１０、ＴＳＲ−０４２、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アベルマブ、ピディリズマブおよびアテゾリズマブを含む。
【００７３】
本明細書に記載の方法において使用することができる例示的な抗ＣＤ−４０抗体としては、ヒトＣＤ４０に結合するものが挙げられ、例示的なＣＤ４０タンパク質前駆体配列は、ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００１２４１．１、ＮＰ＿６９０５９３．１、ＮＰ＿００１３０９３５１．１、ＮＰ＿００１３０９３５０．１およびＮＰ＿００１２８９６８２．１で提供される。例示的な抗体としては、国際公開第２００２／０８８１８６号パンフレット；国際公開第２００７／１２４２９９号パンフレット；国際公開第２０１１／１２３４８９号パンフレット；国際公開第２０１２／１４９３５６号パンフレット；国際公開第２０１２／１１１７６２号パンフレット；国際公開第２０１４／０７０９３４号パンフレット；米国特許出願公開第２０１３／００１１４０５号明細書；米国特許出願公開第２００７／０１４８１６３号明細書；米国特許出願公開第２００４／０１２０９４８号明細書；米国特許出願公開第２００３／０１６５４９９号明細書；および米国特許第８，５９１，９００号明細書に記載されているものが挙げられ、例えば、ダセツズマブ、ルカツムマブ、ブレセルマブ、テネリキシマブ、ＡＤＣ−１０１３、ＣＰ−８７０，８９３、Ｃｈｉ  Ｌｏｂ  ７／４、ＨＣＤ１２２、ＳＧＮ−４、ＳＥＡ−ＣＤ４０、ＢＭＳ−９８６００４およびＡＰＸ００５Ｍを含む。いくつかの実施形態において、抗ＣＤ４０抗体は、ＣＤ４０アゴニストであり、ＣＤ４０アンタゴニストではない。
【００７４】
本明細書に記載の方法において使用することができる例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体としては、ヒトＰＤ−Ｌ１に結合するものが挙げられ、例示的なＰＤ−Ｌ１タンパク質配列は、ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００１２５４６３５．１、ＮＰ＿００１３００９５８．１およびＮＰ＿０５４８６２．１で提供される。例示的な抗体は、米国特許出願公開第２０１７／００５８０３３号明細書；国際公開第２０１６／０６１１４２号パンフレット；国際公開第２０１６／００７２３５号パンフレット；国際公開第２０１４／１９５８５２号パンフレット；および国際公開第２０１３／０７９１７４号パンフレットに記載されており、例えば、ＢＭＳ−９３６５５９（ＭＤＸ−１１０５）、ＦＡＺ０５３、ＫＮ０３５、アテゾリズマブ（Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、アベルマブ（Ｂａｖｅｎｃｉｏ）およびデュルバルマブ（Ｉｍｆｉｎｚｉ、ＭＥＤＩ−４７３６）を含む。
【００７５】
いくつかの実施形態において、免疫療法は、細胞表面受容体をアンタゴナイズして、抗がん免疫応答を増強することができる。例えば、抗がん免疫応答をブーストするアンタゴニストモノクローナル抗体は、ＣＴＬＡ−４を標的にする抗体（イピリムマブ、Tarhini and Iqbal (2010) Onco Targets Ther. 3: 15-25および米国特許第７，７４１，３４５号明細書を参照されたい、またはトレメリムマブ）、またはＰＤ−１を標的にする抗体（ニボルマブ、Topalian et al. (2012) N. Engl. J. Med. 366(26): 2443-54および国際公開第２０１３／１７３２２３号パンフレットを参照されたい、ペムブロリズマブ／ＭＫ−３４７５およびピディリズマブ（ＣＴ−０１１））を含み得る。
【００７６】
いくつかの免疫療法は、腫瘍部位（例えば、マシテンタン、またはＥＴＲＡおよびＥＴＲＢアンタゴニストのＢＱ１２３およびＢＱ７８８の組合せによるエンドセリン受容体−Ａ／Ｂ（ＥＴＲＡ／Ｂ）遮断など、Coffman et al. (2013) Cancer Biol Ther. 14(2): 184-92を参照されたい）へのＴ細胞動員を増強するか、またはＣＤ８Ｔ細胞記憶細胞形成（例えば、ラパマイシンおよびメトホルミンを使用する、例えば、Pearce et al. (2009) Nature 460(7251): 103-7；Mineharu et al. (2014) Mol. Cancer Ther. 13(12): 3024-36；およびBerezhnoy et al. (2014) Oncoimmunology 3: e28811を参照されたい）を増強する。免疫療法は、エクスビボで拡張された自家または同種腫瘍反応性リンパ球、例えば、樹状細胞またはペプチドとアジュバントの移入を含む養子細胞移入（ＡＣＴ）；ＤＮＡ系ワクチンなどのがんワクチン、サイトカイン（例えば、ＩＬ−２）、シクロホスファミド、抗インターロイキン２Ｒ免疫毒素、および／またはプロスタグランジンＥ２阻害剤（例えば、ＳＣ−５０を使用する）の１つまたは複数を投与することも含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、例えば、国際公開第２００９／１１４５４７号パンフレットおよびそこで引用された参考文献に記載されている、腫瘍パルス樹状細胞を含む組成物を投与することを含む。Shiao et al. (2011) Genes & Dev. 25: 2559-72も参照されたい。
【００７７】
腫瘍保護的免疫抑制の低減
いくつかの実施形態において、本方法は、腫瘍保護的免疫抑制を低減する療法を選択および／または行うことを含み、これらの療法は、例えば、数を低減すること、機能を変更すること、または免疫調節性細胞型の腫瘍局在化を予防することによって、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）またはＭ２極性化マクロファージなどの免疫調節性細胞型を主に標的にし得る。例えば、Ｔｒｅｇ標的化療法としては、抗ＧＩＴＲモノクローナル抗体（ＴＲＸ５１８）、シクロホスファミド（例えば、メトロノミック用量）、三酸化ヒ素、パクリタキセル、スニチニブ、オキサリプラチン、ＰＬＸ４７２０、アントラサイクリン系化学療法、ダクリズマブ（抗ＣＤ２５）；免疫毒素、例えば、Ｏｎｔａｋ（デニロイキンジフチトクス）；リンパ切除（例えば、化学または照射リンパ切除）、ならびにＶＥＧＦ遮断抗体（例えば、ベバシズマブ）などのＶＥＧＦ−ＶＥＧＦＲシグナル伝達軸を選択的に標的にする薬剤、またはＶＥＧＦＲチロシンキナーゼ活性（例えば、レンバチニブ）もしくはＡＴＰ加水分解の阻害剤（例えば、エクトヌクレオチダーゼ阻害剤、例えば、ＡＲＬ６７１５６（６−Ｎ，Ｎ−ジエチル−Ｄ−β，γ−ジブロモメチレンＡＴＰ三ナトリウム塩）、８−（４−クロロフェニルチオ）ｃＡＭＰ（ｐＣＰＴ−ｃＡＭＰ）および関連する環状ヌクレオチドアナログ（８−［４−クロロフェニルチオ］ｃＧＭＰ；ｐＣＰＴ−ｃＧＭＰ）、および国際公開第２００７／１３５１９５号パンフレットに記載のもの、ならびにＣＤ７３またはＣＤ３９に対するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を使用する）が挙げられる。ドセタキセルもＭ２マクロファージに対して効果を有する。例えば、Zitvogel et al. (2013) Immunity 39: 74-88を参照されたい。
【００７８】
別の例において、Ｍ２マクロファージを標的にする療法としては、クロドロネートリポソーム（Zeisberger, et al. (2006) Br. J. Cancer 95: 272-81）、ＤＮＡ系ワクチン（Luo et al. (2006) J. Clin. Invest. 116(8): 2132-41）およびＭ２マクロファージを標的にするプロ−アポトーシス性ペプチド（Cieslewicz et al. (2013) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110(40): 15919-24）が挙げられる。マクロファージはまた、ＣＳＦ−１Ｒ阻害剤（例えば、ＰＬＸ３３９７、ＡＭＧ８２０  ＩＭＣ−ＣＳ４／ＬＹ３０２２８５５またはＲＧ７１５５／ＲＯ５５０９５５４）もしくは他の低分子、または遮断モノクローナル抗体（例えば、ＣＤ１１ｂ（例えば、ロベリズマブ）；ＣＣＬ２（例えば、カルルマブ）；ＡＮＧ２（例えば、ネスバクマブ）；ＩＬ４（例えば、パスコリズマブ）；ＩＬ４−Ｒａ（例えば、デュピルマブ）；ＩＬ１３（例えば、レブリキズマブ、トラロキヌマブ、ＧＳＫ６７９５８６）；ＦｃガンマＲ（例えば、リツキシマブ（ＣＤ２０）；イブルチニブ（ＢＴＫ）；Ｒ７８８（Ｓｙｋ）に対する）；ニューロピリン−１（例えば、ＭＮＲＰ１６８５Ａ）；ＩＬ−６（例えば、クラザキズマブ、オロキズマブ、シルツキシマブ、シルクマブ、ＩＬ−６Ｒ（例えば、トシリズマブ、サリルマブ）；ＴＮＦ−α（例えば、ＭＡＰＫ阻害剤、例えば、アダリムマブ、セルトリズマブ、エタネルセプト、ゴリムマブ、インフリキシマブ）；またはＣＤ４０（例えば、ＣＰ−８７０，８９３））を使用して、標的にされ得る。例えば、Ruffell and Coussens, Cancer Cell. 2015 Apr 13; 27(4): 462-472およびそこで引用された参照文献を参照されたい。
【００７９】
いくつかの有用な免疫療法は、免疫の代謝プロセスを標的にし、アデノシン受容体アンタゴニストおよび低分子阻害剤、例えば、イストラデフィリン（ＫＷ−６００２）およびＳＣＨ−５８２６１；インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）阻害剤、例えば、低分子阻害剤（例えば、１−メチル−トリプトファン（１ＭＴ）、１−メチル−ｄ−トリプトファン（Ｄ１ＭＴ）およびＴｏｈｏ−１）、またはＩＤＯ特異的ＳｉＲＮＡ、または天然物（例えば、ブラシニンまたはエキシグアミン（例えば、Munn (2012) Front. Biosci. (Elite Ed).4: 734-45を参照されたい）、またはＩＤＯの代謝産物を中和するモノクローナル抗体、例えば、Ｎ−ホルミル−キヌレニンに対するｍＡｂを含む。
【００８０】
いくつかの実施形態において、免疫療法は、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−β、ＩＬ−６、ＣＣＬ２およびがんにおける免疫抑制に関連する他のものなどのサイトカインおよびケモカインの作用をアンタゴナイズし得る。例えば、ＴＧＦ−β中和療法は、抗ＴＧＦ−β抗体（例えば、フレソリムマブ、インフリキシマブ、レルデリムマブ、ＧＣ−１００８）、アンチセンスオリゴデオキシヌクレオチド（例えば、トラベデルセン）およびＴＧＦ−ベータの低分子阻害剤（例えば、ＬＹ２１５７２９９）（Wojtowicz-Praga (2003) Invest. New Drugs 21(1): 21-32）を含む。免疫抑制サイトカインをアンタゴナイズする療法の別の例は、抗ＩＬ−６抗体（例えば、シルツキシマブ）（Guo, et al., Cancer Treat Rev. 38(7):904-910 (2012)）を含み得る。ＩＬ−１０またはその受容体に対するｍＡｂを使用することもでき、例えば、それらのヒト化バージョンは、Llorente et al., Arthritis & Rheumatism, 43(8): 1790-1800, 2000（抗ＩＬ−１０ｍＡｂ）またはNewton et al., Clin Exp Immunol. 2014 Jul;177(1):261-8（抗インターロイキン−１０Ｒ１モノクローナル抗体）に記載されている。ＣＣＬ２またはその受容体に対するｍＡｂを使用することもできる。いくつかの実施形態において、サイトカイン免疫療法は、例えば、米国特許第８，４７６，２４６号明細書に記載されているように、一般に使用される細胞傷害性化学療法剤（例えば、ゲムシタビン、ドセタキセル、シスプラチン、タモキシフェン）と組み合わされる。
【００８１】
いくつかの実施形態において、免疫療法は、「危険」シグナル、例えば、がんに対する免疫応答を刺激する「ＰＡＭＰ」（病原体関連分子パターン）または「ＤＡＭＰ」（損傷関連分子パターン）を誘発すると考えられる薬剤を含み得る。例えば、Pradeu and Cooper (2012) Front Immunol. 3: 287；Escamilla-Tilch et al. (2013) Immunol. Cell. Biol. 91(10): 601-10を参照されたい。いくつかの実施形態において、免疫療法は、免疫応答を刺激するトール様受容体（ＴＬＲ）をアゴナイズすることができる。例えば、ＴＬＲアゴニストは、ワクチンアジュバント（例えば、３Ｍ−０５２）および低分子（例えば、イミキモド、ムラミルジペプチド、ＣｐＧおよびミファムルチド（ムラミルトリペプチド））、ならびに多糖のクレスチンおよびエンドトキシンを含む。Galluzi et al. (2012) Oncoimmunol. 1(5): 699-716、Lu et al. (2011) Clin. Cancer Res. 17(1): 67-76、ならびに米国特許第８，７９５，６７８号明細書および米国特許第８，７９０，６５５号明細書を参照されたい。いくつかの実施形態において、免疫療法は、抗がん免疫応答を誘発するサイトカインの投与を含み得、Lee & Margolin (2011) Cancers 3: 3856-93を参照されたい。例えば、サイトカインのＩＬ−１２は、投与され得（Portielje, et al. (2003) Cancer Immunol. Immunother. 52: 133-44）、または遺伝子療法として（Melero et al. (2001) Trends Immunol. 22(3): 113-5）投与され得る。別の例において、インターフェロン（ＩＦＮ）、例えば、ＩＮＦガンマは、補助療法として投与され得る（Dunn et al. (2006) Nat. Rev. Immunol. 6: 836-48）。
【００８２】
医薬組成物
本明細書に記載の方法は、本明細書に記載の治療剤を含む医薬組成物および製剤の投与を含み得る。
【００８３】
いくつかの実施形態において、本組成物は、薬学的に許容される担体を用いて製剤化される。医薬組成物および製剤は、非経口、局所、経口、またはエアロゾルもしくは経皮などの局所投与によって、投与され得る。医薬組成物は、任意の方法で製剤化され得、状態または疾患、および疾病の程度、それぞれの対象の全身病状、結果としての投与の好ましい方法などに応じて、各種の単位剤形で投与され得る。製剤のための技術および医薬品の投与についての詳細は、科学文献および十分に特許文献に記載されており、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st ed., 2005を参照されたい。
【００８４】
治療剤は、医薬組成物中の単一の活性薬剤として、または他の活性薬剤と組み合わせて、投与され得る。本組成物は、ヒトまたは獣医学における使用のための任意の従来の方法で、投与のために製剤化されてもよい。湿潤剤、乳化剤および滑沢剤、例えば、ラウリル硫酸ナトリウムおよびステアリン酸マグネシウム、ならびに着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤および香料、保存剤および抗酸化剤も、組成物中に存在し得る。
【００８５】
本組成物の製剤は、皮内、吸入、経口／経鼻、局所、非経口、直腸および／または膣内投与のために好適な製剤を含む。この製剤は、好都合には、単位剤形で存在していてもよく、薬学の分野で周知の任意の方法によって調製されてもよい。単一剤形を生成するために担体材料と組み合わせることができる有効成分（例えば、治療剤）の量は、処置される宿主、投与の特定の様式、例えば、皮内、非経口、静脈内または吸入を介して、に応じて変わる。単一剤形を生成するために担体材料と組み合わせることができる有効成分の量は、一般に、治療効果を生じる化合物の量である。
【００８６】
本発明の医薬製剤は、医薬品の製造のために当技術分野において公知の任意の方法に従って調製することができ、甘味剤、香味剤、着色剤および保存剤を含有することができる。製剤は、製造のために好適な非毒性の薬学的に許容される賦形剤と混合され得る。製剤は、１つまたは複数の希釈剤、乳化剤、保存剤、緩衝剤、賦形剤などを含んでいてもよく、液剤、散剤、エマルジョン、凍結乾燥粉末剤、スプレー剤、クリーム、ローション、徐放性製剤、錠剤、丸剤、ゲル剤、パッチ剤、インプラントなどの形態で提供されてもよい。
【００８７】
経口投与のための医薬製剤は、適切かつ好適な投薬における当技術分野において周知の薬学的に許容される担体を使用して製剤化することができる。このような担体は、医薬品を、対象による摂取のために好適な、錠剤、丸剤、散剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ロゼンジ剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤などのような単位剤形に製剤化することを可能にする。経口使用のための医薬調製物は、固体の賦形剤として、任意選択で、所望により錠剤または糖衣錠のコアを得るために好適な追加の化合物を添加した後に、得られた混合物を粉砕すること、および顆粒の混合物を処理することで製剤化される。好適な固体賦形剤は、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトールまたはソルビトールを含む糖；トウモロコシ、コムギ、コメ、ジャガイモまたは他の植物由来のデンプン；メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースまたはカルボキシメチルセルロースナトリウムなどのセルロース；ならびにアラビアガムおよびトラガカントを含むガム；ならびにタンパク質、例えば、ゼラチンおよびコラーゲンを含む、炭水化物またはタンパク質のフィラーである。架橋ポリビニルピロリドン、寒天、アルギン酸ナトリウムなどのアルギン酸またはその塩などの崩壊剤または可溶化剤が添加されてもよい。押し込み型カプセル剤は、ラクトースまたはデンプンなどのフィラーまたは結合剤、タルクまたはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、および任意選択で安定剤と混合された活性薬剤を含有することができる。ソフトカプセル剤において、活性薬剤は、安定剤ありまたはなしで、脂肪油、流動パラフィンまたは液状ポリエチレングリコールなどの好適な液体に溶解または懸濁され得る。
【００８８】
水性懸濁液は、水性懸濁液の製造のため、例えば、水性皮内注射のために好適な賦形剤との混合物中に、活性薬剤（例えば、本発明の核酸配列）を含有することができる。このような賦形剤としては、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、トラガカントガムおよびアカシアガムなどの懸濁化剤、ならびに天然に存在するホスファチド（例えば、レシチン）、アルキレンオキシドと脂肪酸との縮合生成物（例えば、ステアリン酸ポリオキシエチレン）、エチレンオキシドと長鎖脂肪アルコールとの縮合生成物（例えば、ヘプタデカエチレンオキシセタノール）、エチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトール由来の部分エステルとの縮合生成物（例えば、ポリオキシエチレンソルビトールモノオレエート）またはエチレンオキシドと脂肪酸およびヘキシトール無水物由来の部分エステルとの縮合生成物（例えば、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）などの分散剤または湿潤剤が挙げられる。水性懸濁液はまた、ｐ−ヒドロキシ安息香酸エチルまたはｐ−ヒドロキシ安息香酸ｎ−プロピルなどの１つまたは複数の保存剤、１つまたは複数の着色剤、１つまたは複数の香味剤、およびスクロース、アスパルテームまたはサッカリンなどの１つまたは複数の甘味剤を含有することもできる。製剤は、オスモル濃度のために調整され得る。
【００８９】
いくつかの実施形態において、油系医薬品は、本明細書に記載の治療用遮断剤の投与のために使用される。油系懸濁液は、ラッカセイ油、オリーブ油、ゴマ油またはココナツ油などの植物油、または流動パラフィンなどの鉱油、またはこれらの混合物中に活性薬剤を懸濁することによって製剤化することができる。例えば、生物学的利用率を増加させ、経口投与される疎水性医薬化合物の個体間および個体内変動を低減するために、精油または精油成分を使用することを記載している米国特許第５，７１６，９２８号明細書を参照されたい（米国特許第５，８５８，４０１号明細書も参照されたい）。油懸濁液は、ミツロウ、固形パラフィンまたはセチルアルコールなどの増粘剤を含有することができる。グリセロール、ソルビトールまたはスクロースなどの甘味剤は、美味な経口調製物を提供するために添加することができる。これらの製剤は、アスコルビン酸などの抗酸化剤の添加によって保存することができる。注射可能油媒体の例として、Minto (1997) J. Pharmacol. Exp. Ther. 281:93-102を参照されたい。
【００９０】
医薬製剤はまた、水中油型エマルジョンの形態であり得る。油性相は、上記に記載の植物油もしくは鉱油、またはこれらの混合物であり得る。好適な乳化剤としては、アカシアガムおよびトラガカントガムなどの天然に存在するガム、大豆レシチンなどの天然に存在するホスファチド、ソルビタンモノオレエートなどの脂肪酸およびヘキシトール無水物に由来するエステルまたは部分エステル、ならびにポリオキシエチレンソルビタンモノオレエートなどのこれらの部分エステルとエチレンオキシドとの縮合生成物が挙げられる。エマルジョンは、シロップ剤およびエリキシル剤の製剤中のように、甘味剤および香味剤を含有することもできる。このような製剤は、鎮痛剤、保存剤または着色剤を含有することもできる。代替的な実施形態において、これらの本発明の注射可能水中油型エマルジョンは、パラフィン油、ソルビタンモノオレエート、エトキシ化ソルビタンモノオレエートおよび／またはエトキシ化ソルビタントリオレエートを含む。
【００９１】
医薬化合物は、坐剤、吸入剤、粉剤およびエアロゾル製剤（例えば、ステロイド吸入剤、例えば、Rohatagi (1995) J. Clin. Pharmacol. 35:1187-1193；Tjwa (1995) Ann. Allergy Asthma Immunol. 75:107-111を参照されたい）を含む、経鼻、眼内および膣内経路によって投与することもできる。坐剤製剤は、薬物を、常温で固体であるが体温で液体であり、したがって、体内で溶けて薬物を放出する、好適な非刺激賦形剤と混合することによって調製することができる。このような材料は、カカオバターおよびポリエチレングリコールである。
【００９２】
いくつかの実施形態において、アプリケータースティック、溶液、懸濁液、エマルジョン、ゲル、クリーム、軟膏、ペースト、ゼリー、ペイント、粉末およびエアロゾルとして製剤化された医薬化合物は、局所経路によって、経皮的に送達することができる。
【００９３】
いくつかの実施形態において、医薬化合物は、体内での徐放のためのマイクロスフェアとして送達することもできる。例えば、マイクロスフェアは、皮下で徐放する薬物の皮内注射によって投与することができ；Rao (1995) J. Biomater Sci. Polym. Ed. 7:623-645を参照されたい；生分解性および注射可能ゲル製剤として投与することができ；例えば、Gao (1995) Pharm. Res. 12:857-863 (1995)を参照されたい；または経口投与のためのマイクロスフェアとして投与することができる；例えば、Eyles (1997) J. Pharm. Pharmacol. 49:669-674を参照されたい。
【００９４】
いくつかの実施形態において、医薬化合物は、静脈内（ＩＶ）投与、または体腔もしくは器官の内腔への投与などによって、非経口投与することができる。これらの製剤は、薬学的に許容される担体に溶解された活性薬剤の溶液を含み得る。用いることができる許容される媒体および溶媒は、水およびリンゲル液、等張塩化ナトリウムである。加えて、無菌の固定油は、溶媒または懸濁媒として用いることができる。この目的のために、合成モノグリセリドまたはジグリセリドを含む任意のブレンド固定油を用いることができる。加えて、オレイン酸などの脂肪酸は、同様に、注射可能な調製物において使用することができる。これらの溶液は、無菌であり、一般に望ましくない物質を含まない。これらの製剤は、従来の周知の滅菌技術によって、滅菌され得る。本製剤は、ｐＨ調整剤および緩衝剤、毒性調整剤、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウムなどの生理的条件に近づけるために必要な薬学的に許容される補助物質を含有していてもよい。これらの製剤中の活性薬剤の濃度は、広範囲にわたって変更することができ、選択された投与の特定の様式および対象の必要性に従って、流体体積、粘度、体重などに基づいて主に選択される。ＩＶ投与のために、本製剤は、無菌の注射可能な水性または油性懸濁液などの無菌の注射可能調製物であり得る。この懸濁液は、好適な分散剤または湿潤剤および懸濁化剤を使用して、製剤化することができる。無菌の注射可能調製物はまた、１，３−ブタンジオールの溶液などの非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中の懸濁液であり得る。投与は、ボーラスまたは持続注入（例えば、規定された期間で血管への実質的に中断されない導入）によってであり得る。
【００９５】
いくつかの実施形態において、医薬化合物および製剤は凍結乾燥することができる。オリゴを含む安定な凍結乾燥製剤は、本発明の医薬品および増量剤、例えば、マンニトール、トレハロース、ラフィノースおよびスクロースまたはこれらの混合物を含む溶液を凍結乾燥することによって作製することができる。安定な凍結乾燥製剤を調製するためのプロセスは、約２．５ｍｇ／ｍＬのタンパク質、約１５ｍｇ／ｍＬのスクロース、約１９ｍｇ／ｍＬのＮａＣｌ、および５．５を超えるが６．５未満のｐＨを有するクエン酸ナトリウム緩衝液の溶液を凍結乾燥することを含み得る。例えば、米国特許第２００４００２８６７０号明細書を参照されたい。
【００９６】
本組成物および製剤は、リポソームの使用によって送達することができる。リポソームを使用することによって、特に、リポソーム表面が標的細胞に対して特異的なリガンドを運ぶか、またはそうでなければ優先的に特定の器官に配向される場合、インビボでの標的細胞への活性薬剤の送達に注目することができる。例えば、米国特許第６，０６３，４００号明細書；米国特許第６，００７，８３９号明細書；Al-Muhammed (1996) J. Microencapsul. 13:293-306；Chonn (1995) Curr. Opin. Biotechnol. 6:698-708；Ostro (1989) Am. J. Hosp. Pharm. 46:1576-1587を参照されたい。本発明において使用される場合、「リポソーム」という用語は、１つの二重層または複数の二重層に整列した両親媒性脂質で構成されるベシクルを意味する。リポソームは、脂溶性材料、および送達される組成物を含有する水性の内側から形成された膜を有する単層または多重層のベシクルである。カチオン性リポソームは、負に帯電したＤＮＡ分子と相互作用して安定な複合体を形成すると考えられる、正に帯電したリポソームである。ｐＨ感受性または負に帯電したリポソームは、それとの複合体よりもむしろＤＮＡを捕獲すると考えられる。カチオン性および非カチオン性リポソームは両方とも、ＤＮＡを細胞に送達するために使用されている。
【００９７】
リポソームは、「立体的に安定化された」リポソーム、すなわち、１つまたは複数の特定の脂質を含むリポソームを含むこともできる。リポソームに組み込まれる場合、これらの特定の脂質は、そのような特定の脂質を欠くリポソームと比べて、循環寿命が増強されたリポソームをもたらす。立体的に安定化されたリポソームの例は、リポソームのベシクルを形成する脂質部分の一部が、１つまたは複数の糖脂質を含むもの、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つまたは複数の親水性ポリマーで誘導体化されるものである。リポソームおよびそれらの使用は、米国特許第６，２８７，８６０号明細書にさらに記載されている。
【００９８】
本発明の製剤は、予防的処置および／または治療的処置のために投与することができる。いくつかの実施形態において、治療的適用のために、組成物は、障害またはその合併症の臨床症状を治癒、緩和または部分的に抑止するために十分な量で、本明細書に記載の障害のリスクがあるか、または障害を有する対象に投与され、これは、治療有効量と呼ばれ得る。
【００９９】
これを達成するために十分な医薬組成物の量は、治療有効用量である。投薬スケジュールおよびこの使用のために有効な量、すなわち、投与レジメンは、疾患または状態の段階、疾患または状態の重症度、対象の健康の全身状態、対象の物理的状態、年齢などを含む各種の要因に依存する。対象のための投薬レジメンの計算において、投与の様式も考慮に入れられる。
【０１００】
投薬レジメンは、当技術分野において周知の薬物動態パラメーター、すなわち、活性薬剤の吸収の速度、生物学的利用率、代謝、クリアランスなども考慮に入れる（例えば、Hidalgo-Aragones (1996) J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 58:611-617；Groning (1996) Pharmazie 51:337-341；Fotherby (1996) Contraception 54:59-69；Johnson (1995) J. Pharm. Sci. 84:1144-1146；Rohatagi (1995) Pharmazie 50:610-613；Brophy (1983) Eur. J. Clin. Pharmacol. 24:103-108；Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21st ed., 2005を参照されたい）。最新技術により、臨床医が、個々の対象のそれぞれ、活性薬剤、および処置される疾患または状態についての投薬レジメンを決定することを可能にする。医薬品として使用される類似の組成物について提供されるガイドラインは、投薬レジメン、すなわち、投与スケジュールおよび投薬レベルを決定するためのガイダンスとして使用することができ、本発明の方法を実施する投与は、正確かつ適切である。
【０１０１】
製剤の単回投与または複数回投与は、例えば、対象によって必要とされ、かつ許容される投薬量および頻度、それぞれの投与後に生じる治療効果の程度および量（例えば、腫瘍のサイズまたは成長に対する効果）などに応じて与えられ得る。本製剤は、状態、疾患または症状（例えば、がん）を効果的に処置、予防または改善するための活性薬剤の十分な量を提供しなければならない。
【実施例】
【０１０２】
本発明を以下の実施例においてさらに説明するが、これは、特許請求の範囲に記載された本発明の範囲を限定するものではない。
【０１０３】
[実施例１]
すべてのＲＮＡ−ＩＳＨおよびＩＨＣアッセイの組合せは以下の通り行われる。免疫細胞（Ｔ細胞サブセットのＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦＯＸＰ３；マクロファージのＣＤ６８、ＣＤ１６３；Ｂ細胞のＣＤ２０；ＮＫ細胞のＣＤ１６、ＣＤ５６）のためのモノクローナル抗体、およびリピートＲＮＡ（ＨＳＡＴＩＩ、ＨＥＲＶ−Ｋ、ＨＥＲＶ−Ｈ、ＬＩＮＥ１）のためのＲＮＡ  ＩＳＨプローブを、単一の組織学スライド上に連続して適用し、対照的な色素原を使用して、抗体：免疫マーカーについて茶色（ジアミノベンジジン［ＤＡＢ］）、およびＲＮＡ：リピートＲＮＡについて赤（ファストレッド）を視覚化した。パラフィン包埋した切片を、コーティングされたスライド上に載せ、６０℃で６０分間にわたってオーブンに置いた。連続した二重染色プロトコールは、Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  Ｒｘ自動免疫染色装置を使用して行った。脱パラフィン化（Ｖｉｅｗ  ＲＮＡ  Ｄｅｗａｘ１プロトコール）および行われた抗原回復は、ＥＤＴＡ系の独自のＬｅｉｃａ溶液（ｐＨ８．０〜８．５）であるＨＩＥＲ２試薬を用いて、およそ１００℃で２０分間行った。それぞれの免疫細胞のサブセットに対するモノクローナル抗体を、プロトコールに従って、Ｌｅｉｃａ抗体希釈溶液に希釈した。ＩＳＨ部分について、Ｖｉｅｗ−ＲＮＡ  ｅＺＬ検出キット（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を、Ｂｏｎｄ  ＲＸ免疫組織化学的検査およびＢＤＺ６．０ソフトウェア（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いるＩＳＨ染色システムにおいて使用した。部分２についてのＢｏｎｄ  Ｒｘユーザーが選択可能なセッティングは以下の通りであった：ＶｉｅｗＲＮＡ  ｅＺ−ｌ検出１−ｐｌｅｘ（赤）プロトコール；ＶｉｅｗＲＮＡ  Ｄｅｗａｘ１調製プロトコール；ＶｉｅｗＲＮＡ酵素２（１０）；これらのセッティングでＶｉｅｗＲＮＡプローブのハイブリダイゼーションを３時間、ＦＦＰＥ組織についてのＲＮＡ脱マスキング条件は以下で構成された：Ｂｏｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅ  ＰｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔキットからのプロテイナーゼＫとともに、１：１０００希釈で１０分のインキュベーション（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）。ＲＮＡリピートＥｚプローブを、ＶｉｅｗＲＮＡプローブ希釈液（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）に１：４０で希釈した。実行後、スライドを水ですすぎ、室温で３０分間風乾し、Ｄａｋｏ  Ｕｌｔｒａｍｏｕｎｔ（Ｄａｋｏ、Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ）を使用して載せ、標準的な明視野顕微鏡を使用して可視化した。リピートＲＮＡおよびリンパ球における褐色細胞質反応性に対する陽性シグナルとして定義される細胞の細胞質および核における点状のような赤色のハイブリダイゼーションシグナルは、免疫マーカーに対して陽性と見なした。
【０１０４】
[実施例２]
免疫療法の分野は、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤物が、一般に、免疫療法（ＣＴＬＡ４またはＰＤ１／ＰＤＬ１）に対する応答と相関することを示している（Taube JM et al. Mod Pathol. 2017 Dec 1. doi: 10.1038/modpathol.2017.156）。ＦＯＸＰ３＋調節性Ｔ細胞は、抗腫瘍Ｔ細胞応答を遮断すると考えられるが、このデータはさらに矛盾している（例えば、Manjili and Butler, Immunol Invest. 2016 Nov;45(8):759-766；Ward-Hartstonge and Kemp, Clin Transl Immunology. 2017 Sep 15;6(9):e154を参照されたい）。
【０１０５】
本発明者らは、ＨＳＡＴＩＩ低腫瘍が高ＣＤ８Ｔ細胞浸潤物と相関するであろうことと、ＨＥＲＶ−Ｈ高腫瘍が低ＦＯＸＰ３＋細胞と相関するであろうこととを予測し、これらは免疫療法に最も応答したものである。
【０１０６】
本明細書において示すように、ＨＳＡＴＩＩ低メラノーマは、抗ＰＤ１／ＰＤＬ１および抗ＣＴＬＡ４療法を含む免疫療法に応答した（図５）。簡潔には、ホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織を有する抗ＰＤ１／ＰＤＬ１または抗ＣＴＬＡ４療法のいずれかを受けた２０人のメラノーマ患者のコホートを、ＣＤ３Ｔ細胞ＩＨＣアッセイと組み合わせたＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ−ＩＳＨを用いて評価した。腫瘍を、病理学者による４００×２００ミクロンの領域中の細胞の手作業での計数によって定量化された、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡレベル（高対低）およびＣＤ３Ｔ細胞浸潤物について評価した。ＣＤ３Ｔ細胞浸潤物は、ＨＳＡＴＩＩ高腫瘍対ＨＳＡＴＩＩ低腫瘍において有意により低かった（ｐ＜０．０２）。標準的な臨床イメージング基準（ＣＴスキャンの変化）によって決定されたＨＳＡＴＩＩ発現および免疫療法応答の関係が存在し、これらの免疫チェックポイント免疫療法薬に対して、ＨＳＡＴＩＩ低腫瘍は応答性であり、ＨＳＡＴＩＩ高腫瘍は応答性ではなかった。
【０１０７】
加えて、本データは、ヒト結腸がんのコホートにおけるＨＳＡＴＩＩ高シグナルが、典型的には免疫抑制性または非応答性腫瘍微小環境と関連する（Ruffelll and Coussens, Cancer Cell. 2015 Apr 13; 27(4): 462-472）ＣＤ１６３＋腫瘍関連マクロファージと正に相関することを示す（図６および７）。簡潔には、組織マイクロアレイにおける原発性結腸がんを、ＣＤ１６３マクロファージＩＨＣアッセイと組み合わされたＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡ−ＩＳＨで染色した。腫瘍を、病理学者による４００×２００ミクロンの領域中の細胞の手作業での計数によって定量化された、ＨＳＡＴＩＩ  ＲＮＡレベル（高対低）およびＣＤ１６３マクロファージ浸潤物について評価した。ＣＤ１６３マクロファージは、ＨＳＡＴＩＩ高結腸がんにおいて有意により高かった（＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。
【０１０８】
[実施例３]
ＨＳＡＴＩＩおよびＣＤ１６３＋マクロファージは、膵管腺癌（ＰＤＡＣ）において正に相関した。ＨＳＡＴＩＩ高発現は、より高いＣＤ１６３＋マクロファージに関連した。したがって、腫瘍細胞中のＨＳＡＴＩＩは、腫瘍免疫微小環境においてマクロファージを標的にする薬物について患者を選択するために使用することができるマクロファージ浸潤物の代理マーカーである。この知見は、図６および７における結腸がんについてのデータと一致した。
【０１０９】
ＨＳＡＴＩＩ高（高、中）対低（低、陰性）の発現によって分けられたＰＤＡＣ腫瘍におけるＩＨＣによるＣＤ８＋Ｔ細胞の定量化を示す（図８）。
【０１１０】
[実施例４]
ＨＳＡＴＩＩおよびＣＤ８＋Ｔ細胞は、膵管腺癌（図９）、肝内胆管癌（図１１）および肝細胞癌（図１２）において負に相関し、このマーカーの細胞溶解性免疫細胞浸潤物の代理としての有用性を実証し、これは、免疫チェックポイント阻害（抗ＣＴＬＡ４および／または抗ＰＤ１／ＰＤＬ１）を受け入れることができる腫瘍の決定において有用であろう。これは、公開された結腸がんにおけるデータを拡張した（Solovyov A et al. Cell Reports 2018）。
【０１１１】
ＣＤ８Ｔ細胞の定量化を、ＨＳＡＴＩＩ高（高、中）対低（低、陰性）の発現によって分けられたＰＤＡＣ（図１０）およびＩＣＣ（図１３）の腫瘍において行った。
【０１１２】
[実施例５]
実験手順
本発明者らは、総ＲＮＡ凍結固形腫瘍のＲＮＡ配列データを有するＴＣＧＡから３８個の試料を選択した。これらの試料は、１２個のＬＵＡＤ腫瘍、１０個のＣＯＡＤ腫瘍、５個のＢＲＣＡ腫瘍、４個のＫＩＲＣ腫瘍、４個のＵＣＥＣ腫瘍、３個のＢＬＣＡ腫瘍で構成された。これらの３８個の試料のうち、２９個の試料は、マッチングするポリ（Ａ）ＲＮＡ配列データを有していた。アリコートを調製する総ＲＮＡおよびポリ（Ａ）は、同じ身体試料に由来していた。これらの試料は、１１個のＬＵＡＤ腫瘍、６個のＣＯＡＤ腫瘍、５個のＢＲＣＡ腫瘍、４個のＫＩＲＣ腫瘍、３個のＢＬＣＡ腫瘍で構成された。このような対を成す試料の存在は、シークエンシングプロトコールおよびコンピューターで計算された遺伝子発現におけるそれらの効果の技術的比較を行うことを可能にした。
【０１１３】
総ＲＮＡおよびポリ（Ａ）調製プロトコールは、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）枯渇に対する異なる戦略を使用した。総ＲＮＡプロトコールは、ｒＲＮＡを除去するためにＲｉｂｏＺｅｒｏキットを用いた。ポリ（Ａ）は、ポリ（Ａ）捕捉手順を使用して、ｒＲＮＡを残したポリアデニル化転写物を単離した。最初の質のフィルタリングの後、本発明者らは、リードをヒトゲノムおよび反復エレメントのＲｅｐｂａｓｅデータベース（Bao et al. 2015）と整列させた。注釈付きのゲノム特性にマッピングしたリードの数を定量化し、発現をコンピューターで計算した。
【０１１４】
ｌｏｇ２−ＣＰＭ（１００万リードあたりのカウント）を単位とする遺伝子発現をコンピューターで計算し、ｅｄｇｅＲパッケージ（Robinson et. al., 2010）のｃａｌｃＮｏｒｍＦａｃｔｏｒｓ関数において実行されるＴＭＭ法を使用して、試料全体にわたって正規化した。コード遺伝子のみを正規化のために使用した。特に、この手順は、ｒＲＮＡリードのコンピューターによる減算を行うことを保証した。正規化手順の目的は、試料の特異的な正規化要件を確立するために異なる試料間で比較することができるいくつかの参照量（例えば、ハウスキーピング遺伝子発現）を特定することであった。特に、ＴＭＭ正規化手順は、ほとんどの遺伝子が差次的に発現しない、または過剰発現および低発現の効果がいくつかの異常値を除いて大体等しいと仮定した。これらの仮定は、本発明者らがコード遺伝子についてのプロトコール特異的な差を考慮する場合に、妥当であった。実際に、大部分のコード遺伝子は、リピートエレメントについての例ではない両方のプロトコールによって検出可能であると予測された。低発現の遺伝子（少なくとも２個の試料において、１００万リードあたり少なくとも１０のリードを有さないもの）を取り除いた。同じプロトコールをすべてのデータセットに対して使用した。
【０１１５】
２つのプロトコール間のコンピューターで計算した発現の差を、ｌｉｍｍａパッケージ（Smyth, 2004；Ritchie et. al., 2015）を使用してコンピューターで計算した。発現データを、ブーム形質転換（Law et. al., 2014）によってコンピューターで計算された重みと併せて使用した。同じコンピューターによる手順（ｌｉｍｍａパッケージにおいて実行される対応のあるｔ検定）の使用にもかかわらず、この「差次的発現」試験は、さまざまな組織間の生物学的な差ではなく、２つのシークエンシングプロトコール間の技術的な差を測定した。この差は、倍数変化の２を底とする対数として表した（ｌｏｇＦＣ）。
【０１１６】
コンピューターで計算された遺伝子発現の相違についてのカイ二乗検定を以下の通り行った。本発明者らは、ｌｏｇ２（１０）を超えるポリ（Ａ）および総ＲＮＡプロトコールの両方を使用して、中位発現を有する遺伝子のみを考慮した。すべての身体試料について、本発明者らは、ポリ（Ａ）プロトコールおよび総ＲＮＡプロトコールからの発現値の間の差をコンピューターで計算した。次いで、本発明者らは、これらの差の分散をコンピューターで計算した。本発明者らは、これらの差が試料非依存性であるか否かを検証するために、相違についてカイＸ二乗検定を行った。本発明者らは、２つの生物学的条件（例えば、腫瘍および正常組織）の間の線形倍数変化のＦＣ＝２が検出可能であることを必要とし、本発明者らは、それぞれの条件についてｎ＝３の反復を前提とした。これは、検定において使用される相違についてのカットオフをもたらした。調整されたｐ値（ＦＤＲ）を、ベンジャミニおよびホッホベルク法を使用して、コンピューターで計算した。
【０１１７】
本発明者らは、ゲノム中のリピート長の相違およびｌｏｇの間の線形回帰を行った。ランク相関ｒｈｏについて、本発明者らは、ｌｏｇ（（１＋ｒｈｏ）／（１−ｒｈｏ））およびゲノム中のリピート長のｌｏｇの間の線形回帰（ロジスティック回帰）を行った。
【０１１８】
発現に基づくリピートエレメントのクラスタリングを以下の通り行った。本発明者らは、１０００のブートストラップのデータセットを作成し、それらのそれぞれに対してクラスタリングを行った。その後、本発明者らは、コンセンサスクラスタリングをコンピューターで計算した。配列モチーフにおいて作用するエントロピー力を、Greenbaum et.al., 2012において開発された方法を使用して、コンピューターで計算した。
【０１１９】
遺伝子オントロジー濃縮分析を、ＰＡＮＴＨＥＲ（Thomas et. al., 2003；Mi et. al., 2009）を備えたウェブツールを使用して行った。本発明者らは、「ＧＯ生物学的プロセスコンプリート」注釈セット（２０１７年１月２６日に検索されたＧＯオントロジーデータベース）を、ボンフェローニ補正を用いるＰＡＮＴＨＥＲ過剰表現試験（２０１６年７月１５日リリース）とともに使用した。
【０１２０】
ＧＳＥＡ分析を、事前にランク付けされた遺伝子リストを使用して行った。リスト中の遺伝子を、差次的発現分析からのｔ統計量に従ってランク付けした。リストは、すべての発現した遺伝子を含んでいたが、差次的発現した遺伝子を必ずしも含んでいなかった。本発明者らは、遺伝子セット濃縮分析、ＧＳＥＡソフトウェア、および分子署名データベース（ＭｓｉｇＤＢ）http://www.broad.mit.edu/gsea/（Subramanian et. al., 2005）の本発明者らの使用について謝意を示す。
【０１２１】
結果
ＥＲＶクラス発現は、陽性の抗ＰＤ−Ｌ１免疫療法の応答と関連し得る。
【０１２２】
既存の腫瘍Ｔ細胞の炎症は、抗ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１抗体または抗ＣＴＬＡ−４抗体などのがん免疫療法に対する応答の強力な予測因子であり得る（Chen et al. Nature 2017, 541:321-330）。いくつかの研究は、最近、腫瘍ＥＲＶ発現、「ウイルス防御遺伝子」の発現および抗腫瘍応答の間の関連を強調している（Chiapinelli et al. Cell 2015, 162, 974-986；Roulois et al. Cell 2015, 162:961-973；Badal et al. JCI Insight 2017, 2, e92102）。本発明者らは、腫瘍中の化学的に誘導されたエピジェネティック調節不全が、ＥＲＶの発現をもたらし、次に自然免疫のＰＲＲを刺激し、抗腫瘍自然免疫応答を生じることを無力にした。これらの研究の１つにおいて（Chiapinelli et al. 2015）、内因性ＥＲＶの存在は、抗ＣＴＬＡ−４療法により処置された患者における臨床的利点と関連していた。本発明者らは、ＰＤ−Ｌ１遮断により処置された患者からの少数の利用可能な腫瘍免疫療法ＲＮＡ配列データセットの１つを調べた（Snyder et al. 2017）。尿路上皮がんを有する患者のこのコホートにおいて、本発明者らは、ＥＲＶ発現が療法からの臨床的利点とも関連するという仮説を試験した。本発明者らは、以前の抗ＣＴＬＡ４研究とは対照的に、抗ＰＤＬ１で処置された腫瘍において、この分析を初めて行った。
【０１２３】
本発明者らは、ｒｅｐｅａｔｍａｓｋｅｒ／Ｒｅｐｂａｓｅ注釈を使用するＥＲＶリピートの発現を使用して、階層的クラスタリングを行い、これにより、高および低ＥＲＶ発現レベル２つの別個のクラスターが明らかになった。この場合において、ＥＲＶリピート発現およびＰＤ−Ｌ１免疫療法に対する患者の応答の間の関連は有意であった（ｐ＝０．０２４、フィッシャーの正確確率検定）。その結果として、患者の生存分析は、ＥＲＶリピートの高発現が全生存期間（図１４Ｂ、ｐ＝０．０１２）および無増悪生存期間（図１４Ｃ、ｐ＝０．０２５）と相関することを示した。本発明者らは、臨床的利点対総ＥＲＶリピート発現についてロジスティック回帰を行った。
【０１２４】
【数１】
2021512956.tif 000003
（式中、Ｅ＿ＥＲＶはＥＲＶリピートの総発現であり、ｐは臨床的利点の確率である）。Ｅ＿ＥＲＶについての係数は有意である（ｐ値＝０．０４）。
【０１２５】
本発明者らは、全生存期間についてのコックス回帰を行った（ハザード＝−２．９×ＥＥＲＶ＋０．４×年齢＋３．２×ｍｅｔ；（式中、ＥＥＲＶはＥＲＶのリピートの総発現であり、年齢は患者の年齢であり、ｍｅｔは肝臓転移が存在する場合に１であり、そうでなければ０である））。ＥＥＲＶおよびｍｅｔについての係数は有意である（ｐ＝０．００１およびｐ＝０．００３）。本発明者らは、無増悪生存期間についてのコックス回帰を行った（ハザード＝−１．５×ＥＥＲＶ−１．９×年齢＋１．８×ｍｅｔ）。ＥＥＲＶおよびｍｅｔについての係数は有意である（ｐ＝０．００９およびｐ＝０．０２）。両方の場合において、本発明者らは、比例するハザードの仮定についての試験を行い、その仮定は有効であった。
【０１２６】
興味深いことに、ＥＲＶリピートの発現は、患者を同様に分離しなかったこのコホートにおけるウイルス防御の兆候よりも、免疫療法に対する応答の良好な予測因子であった（図１４Ａ）。本発明者らは、独立変数として患者の年齢、肝臓転移の存在およびウイルス防御遺伝子またはＥＲＶの１つの発現を使用する、ハザード比率についての一連のコックス回帰を行った。ＥＲＶ発現の効果は、生存および統計学的有意性の改善に関連していた（ｐ＝０．００１、ＦＤＲ＝０．０２）。ウイルス防御遺伝子の効果は、統計学的に有意ではなかった。加えて、本発明者らは、ＥＲＶリピートについてのＲｅｐｅａｔｍａｓｋｅｒ／Ｒｅｐｂａｓｅ注釈が、Ｅｎｓｅｍｂｌにおいて注釈が付けられたＥＲＶ遺伝子についてのリード数よりも高いリード数をもたらすことを示すので、本発明者らは、臨床研究が、Ｅｎｓｅｍｂｌまたはそれらの関連する免疫クラスにおいて注釈が付けられた特定のＥＲＶ遺伝子よりもむしろ、特定のリピートのクラスについての全体的なリピート発現を調べることによって、より正確な関連を明らかにするであろうことを示唆する。Ｅｎｓｅｍｂｌにおいて注釈が付けられたＥＲＶ遺伝子のリードカウントが、最も高いリード数を有する、ＲＮＡ配列、ＥＲＶ３およびＥＲＶ３Ｋにおける１００万あたりの標準の１０のリードの閾値を下回ったことは言及する価値がある。これらの２つの遺伝子の発現は、平均ＥＲＶ発現と相関した。含意は、反復エレメントの豊富な転写に起因して、それらが、関連する免疫遺伝子の発現よりも免疫療法に対する応答のより強固な予測因子であり、これが、コホートを決定するためにより大きな試料サイズを必要とする可能性があるということである。
【０１２７】
加えて、本発明者らは、Hugo et.al.らのデータセットを検討し、独立変数として年齢、非同義変異の数、およびウイルス防御遺伝子またはＥＲＶの１つの発現を使用する、同様の一連のコックス回帰を行った。ウイルス防御遺伝子の発現もＥＲＶの発現も、ハザード比率に対して統計学的に有意な効果を有していなかった。このデータセットにおけるほぼすべての腫瘍は、Snyder et. al.のデータセットとは異なって、転移性であることに留意する価値がある。同様に、このデータセットはメラノーマに対するものであり、これは、それらの存在がアセスメントすることをより困難にし得る尿路上皮がんと異なるパターンのＥＲＶ発現を有し得る。まとめると、これは、組織の文脈に依存する異なる表現型と関連する固有のリピートのクラスが存在し、これは、さらなる検討に値することを示唆する。
【０１２８】
他の実施形態
本発明をその詳細な説明と併せて説明してきたが、前述の説明は例示を意図するものであり、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものではないことが理解されるべきである。他の態様、利点および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図２】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１４−３】
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【国際調査報告】
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