(57)【要約】  本発明は、哺乳動物対象における活性化された結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体の薬理学をモデリングするために有用な方法およびシステムを提供する。【選択図】図２Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象に投与された活性化可能抗体の動態を予測するための定量システム薬理学モデルを作成する方法であって、
（ａ）前記対象の非標的コンパートメントと前記対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータを提供することであって、前記標的コンパートメントが、抗体または抗原結合断片（ＡＢ）が特異的に結合する標的を含み、
前記活性化可能抗体が、ＡＢおよびプロドメインを含み、前記プロドメインが、マスキング部分（ＭＭ）および切断可能部分（ＣＭ）を含み、前記活性化可能抗体が、前記ＡＢに比較して前記標的への低減された結合親和性を有し、
前記活性化された抗体が、ＡＢをもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むまたは前記活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、前記活性化された抗体が、前記活性化可能抗体に比較して前記標的へのより高い結合親和性を有する、提供すること；および
（ｂ）前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータを提供することであって、前記反応の少なくとも1つが、（ｉ）活性化可能抗体を前記活性化可能抗体に比較して標的を結合することに対し増加された親和性を有する活性化された抗体に変換する反応であり、前記変換するステップが、前記活性化可能抗体における前記ＡＢに関する前記活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化または前記ＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断を含み、それにより前記変換が前記活性化可能抗体に比較して前記ＡＢによる前記標的を結合することに対し増加された親和性をもたらす、提供すること；
（ｃ）１名もしくは複数の被験対象においてまたはインビトロで活性化可能抗体および／または活性化された抗体の第一の測定を利用することにより前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数を決定すること；
（ｄ）１名もしくは複数の被験対象における、またはインビトロでの前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の第二の測定を利用することにより前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数を決定すること；ならびに
（ｅ）（ｉ）活性化可能抗体および／または活性化された抗体の前記物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数と、（ｉｉ）前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数で計算システムをプログラミングすることであって、
それにより前記計算システムが（ｉ）活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける前記少なくとも１つの関連性またはパラメータと、前記反応を特徴づける前記複数の関連性および／またはパラメータとを含む、式のシステム（ｓｙｓｔｅｍ  ｏｆ  ｅｘｐｅｒｓｓｉｏｎｓ）を薬理学的条件の定義されたセットの下で解くために、かつ（ｉｉ）前記薬理学的条件の定義されたセットの下で前記対象への前記活性化可能抗体の投与後の前記対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータ値のアウトプットのために、プログラミングされる、プログラミングすること、
を含む、方法。
【請求項２】
前記活性化可能抗体および／または活性化抗体の前記第一の測定が、
前記活性化可能抗体の１つまたは複数の用量を投与された前記１名または複数の被験対象から採取された試料中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の時変値の測定
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の前記第二の測定が、前記活性化可能抗体の１つまたは複数の用量を投与された前記１名または複数の被験対象から採取された試料中の前記活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の時変値の測定を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記標的コンパートメントが、前記対象における腫瘍を表し、前記腫瘍が、前記標的を発現する、請求項１、２、または３に記載の方法。
【請求項５】
前記非標的コンパートメントが、前記活性化可能抗体を、投与の際に、最初に受け取る前記対象の一部を表す、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記非標的コンパートメントが、少なくとも、前記対象の血漿コンパートメントを表す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記反応の第一の反応が、前記標的コンパートメントで起こり、かつ前記反応の第二の反応が、前記非標的コンパートメントで起こる、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける前記関連性が、前記非標的コンパートメント中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度を用いる速度式である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記対象の前記非標的コンパートメントと前記対象の第二の非標的コンパートメントの間の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを提供することをさらに含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記第二の非標的コンパートメントが、前記対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表す、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記活性化可能抗体のＣＭの切断を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記標的への前記活性化された抗体の結合を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記ＡＢによる前記標的を結合することへの低下された阻害をもたらす前記活性化可能抗体のＡＢの露出を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、プロテアーゼ濃度の関数としての前記ＣＭを切断する速度についての関連性を含み、前記ＣＭが、前記プロテアーゼの基質である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性および／またはパラメータが、標的発現の速度または前記標的の量についての関連性を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記薬理学的条件が、前記活性化可能抗体の用量、前記活性化可能抗体の投与頻度、前記活性化可能抗体と同時に投与される他の医薬、活性化可能抗体の結合親和性、活性化された抗体の結合親和性、前記ＭＭのマスキング効率、前記ＣＭの切断速度、前記標的コンパートメント中の標的濃度、および２種以上のコンパートメントの間の前記活性化可能抗体の分配係数、の１つまたは複数を含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記薬力学および薬物動態学パラメータの値が、標的コンパートメント中の前記活性化可能抗体による標的占有率；末梢コンパートメント中の前記活性化可能抗体による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；血漿コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度、の１つまたは複数を含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の前記物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータの前記速度定数を決定することが、前記１名または複数の被験対象から採取された試料中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価するために目的関数を適用することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータの前記速度定数を決定することが、前記１名または複数の被験対象から採取された試料中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価するために目的関数を適用することを含む、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記式のシステムが、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次の速度関連性についての式を含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記式のシステムが、
前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式、
を含む、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、時間依存性微分方程式を数値的に解いて、
前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するように構成される、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
活性化可能抗体を投与された対象における薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を予測するための定量システム薬理学モデルを計算システムに実行させるための命令を提供される非一時的コンピュータ読み取り可能媒体を含むコンピュータプログラム製品であって、前記命令が、
式のシステムを薬理学的条件の定義されたセットの下で解くための命令であって、
前記式のシステムが、
（ａ）前記対象の非標的コンパートメントと前記対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータであって、前記標的コンパートメントが、少なくとも前記活性化された抗体が結合する標的を含み、
前記活性化可能抗体が、ＡＢおよびプロドメインを含み、前記プロドメインが、マスキング部分（ＭＭ）および切断可能部分（ＣＭ）を含み、前記活性化可能抗体が、前記ＡＢに比較して前記標的への低減された結合親和性を有し、
前記活性化された抗体が、前記ＡＢをもはやマスキングしない少なくとも１つのプロドメインを含むまたは前記活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、前記活性化された抗体が、前記活性化可能抗体に比較して前記標的へのより高い結合親和性を有する、少なくとも1つの関連性またはパラメータと；
（ｂ）前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータであって、前記反応の少なくとも1つが、（ｉ）活性化可能抗体を、前記活性化可能抗体に比較して標的を結合する増加された親和性を有する前記活性化された抗体に変換する反応であり、前記変換するステップが、前記活性化可能抗体における前記ＡＢに関する前記活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化または前記ＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断を含み、それにより前記変換が、前記活性化可能抗体に比較して前記ＡＢによる前記標的を結合することに対する増加された親和性をもたらす、複数の関連性および／またはパラメータ、
を表す、解くための命令と、
前記薬理学的条件の定義されたセットの下で前記対象への前記活性化可能抗体の投与後に前記対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータ値をアウトプットするための命令、
を含む、コンピュータプログラム製品。
【請求項２６】
活性化可能抗体および／または活性化された抗体の前記物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数が、１名もしくは複数の被験対象においてまたはインビトロで前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の測定を利用することにより決定された、請求項２５に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項２７】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の前記物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータについての前記速度定数が、前記１名または複数の被験対象から採取された試料における前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された、請求項２５または２６に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項２８】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項２９】
活性化可能抗体および／または活性化された抗体の前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータについての速度定数が、１名もしくは複数の被験対象においてまたはインビトロで前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の測定を利用することにより決定された、請求項２５〜２８のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３０】
前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータについての前記速度定数が、前記１名または複数の被験対象から採取された試料における前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された、請求項２５〜２９のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３１】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項３０に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３２】
前記標的コンパートメントが、前記対象における腫瘍を表し、前記腫瘍が、前記標的を発現する、請求項２５〜３１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３３】
前記非標的コンパートメントが、投与の際に、前記活性化可能抗体を最初に受け取る前記対象の一部を表す、請求項２５〜３２のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３４】
前記非標的コンパートメントが、少なくとも、前記対象の血漿コンパートメントを表す、請求項３３に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３５】
前記反応の第一の反応が、前記標的コンパートメントにおいて起こりかつ前記反応の第二の反応が、前記非標的コンパートメントにおいて起こる、請求項２５〜３４のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３６】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける前記関連性が、前記非標的コンパートメント中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度を用いる速度式である、請求項２５〜３５のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３７】
前記対象の非標的コンパートメントと前記対象の第二の非標的コンパートメントの間の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを提供することをさらに含む、請求項２５〜３６のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３８】
前記第二の非標的コンパートメントが、前記対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表す、請求項３７に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３９】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記活性化された抗体または前記活性化可能抗体の前記ＣＭの切断を含む、請求項２５〜３８のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４０】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記標的への前記活性化された抗体の結合を含む、請求項２５〜３９のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４１】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記ＡＢによる前記標的を結合することへの低減された阻害をもたらす前記切断されていない活性化可能抗体の前記ＡＢの露出を含む、請求項２５〜４０のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４２】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、プロテアーゼの濃度の関数として前記ＣＭを切断する速度についての関連性を含み、前記ＣＭが、前記プロテアーゼの基質である、請求項２５〜４１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４３】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性および／またはパラメータが、標的発現の速度または前記標的の量についての関連性を含む、請求項２５〜４２のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４４】
前記薬理学的条件が、前記活性化可能抗体の用量、前記活性化可能抗体の投与頻度、前記活性化可能抗体と同時に投与される他の医薬、活性化可能抗体の結合親和性、活性化された抗体の結合親和性、前記ＭＭのマスキング効率、前記ＣＭの切断速度、前記標的コンパートメント中の標的濃度、および２種以上のコンパートメントの間の前記活性化可能抗体の分配係数、の１つまたは複数を含む、請求項２５〜４３のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４５】
前記薬力学および薬物動態学パラメータ値が、標的コンパートメントにおける活性化可能抗体による標的占有率；末梢コンパートメントにおける活性化可能抗体による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける切断されたおよび／または切断されていない活性化可能抗体の濃度；血漿コンパートメントにおける切断されたおよび／または切断されていない活性化可能抗体の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける切断されたおよび／または切断されていない活性化可能抗体の濃度、の１つまたは複数を含む、請求項２５〜４４のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４６】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の前記物質輸送を特徴づける前記関連性または前記パラメータについての前記速度定数が、前記１名または複数の被験対象から採取された試料における前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された、請求項２５〜４５のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４７】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項４６に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４８】
前記反応の少なくとも１つを特徴づける前記関連性または前記パラメータについての前記速度定数が、前記１名または複数の被験対象から採取された試料における前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された、請求項２５〜４７のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４９】
前記目的関数が、対数尤度関数である、請求項４８に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５０】
前記式のシステムが、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次の速度関連性についての式を含む、請求項２５〜４９のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５１】
前記式のシステムが、
前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式、
を含む、請求項２５〜４０のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５２】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項２５〜５１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５３】
活性化可能抗体の投与後の対象における薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を予測する方法であって、
薬理学的条件の定義されたセットの下で式のシステムを解くための命令を含む定量システム薬理学モデルに薬理学的条件の定義されたセットをインプットすることであって、
前記式のシステムが、
（ａ）前記対象の非標的コンパートメントと前記対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータであって、前記標的コンパートメントが、少なくとも前記活性化された抗体が結合する標的を含み、
前記活性化可能抗体が、ＡＢおよびプロドメインを含み、前記プロドメインが、マスキング部分（ＭＭ）および切断可能部分（ＣＭ）を含み、前記活性化可能抗体が、前記ＡＢに比較して前記標的への低減された結合親和性を有し、
前記活性化された抗体が、前記ＡＢをもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むまたは前記活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、前記活性化された抗体が、前記活性化可能抗体に比較して前記標的へのより高い結合親和性を有する、少なくとも1つの関連性またはパラメータと；
（ｂ）前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータであって、前記反応の少なくとも1つが、活性化可能抗体を前記活性化可能抗体に比較して標的を結合することに対し増加された親和性を有する前記活性化された抗体に変換する反応であり、前記変換のステップが、前記活性化可能抗体における前記ＡＢに関する前記活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化または前記ＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断を含み、それにより前記変換が前記活性化可能抗体に比較して前記ＡＢによる前記標的を結合することに対し増加された親和性をもたらす、複数の関連性および／またはパラメータ、
を表す、インプットすること；ならびに
薬理学的条件の前記定義されたセットの下で前記対象への前記活性化可能抗体の投与後に前記対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を前記定量システム薬理学モデルから受け取ること、
を含む、方法。
【請求項５４】
前記ＡＢからの前記ＭＭの切断の選択された感受性を有する治療性活性化可能抗体を同定または選択するために前記1種または複数の予測された薬物力学および薬物動態学パラメータ値を用いることをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
患者を処置するために前記活性化可能抗体を使用するための処置レジメンを同定または選択するために前記1種または複数の予測された薬物力学および薬物動態学パラメータ値を用いることをさらに含む、請求項５３または５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記標的コンパートメントが、前記対象における腫瘍を表し、前記腫瘍が、前記標的を発現する、請求項５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
前記非標的コンパートメントが、投与の際に、前記活性化可能抗体を最初に受け取る前記対象の一部を表す、請求項５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記非標的コンパートメントが、少なくとも、前記対象の血漿コンパートメントを表す、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記反応の第一の反応が、前記標的コンパートメントにおいて起こりかつ前記反応の第二の反応が、前記非標的コンパートメントにおいて起こる、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける前記関連性が、前記非標的コンパートメント中の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の濃度を用いる速度式である、請求項５３〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記対象の非標的コンパートメントと前記対象の第二の非標的コンパートメントの間の前記活性化可能抗体および／または前記活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを提供することをさらに含む、請求項５３〜６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
前記第二の非標的コンパートメントが、前記対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表す、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、１つのプロドメインを有する前記活性化された抗体または前記活性化可能抗体の前記ＣＭの切断を含む、請求項５３〜６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記標的への前記活性化された抗体の結合を含む、請求項５３〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、前記ＡＢによる前記標的を結合することへの低減された阻害をもたらす前記活性化可能抗体の前記ＡＢの露出を含む、請求項５３〜６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性の少なくとも１つが、プロテアーゼの濃度の関数として前記ＣＭを切断する速度についての関連性を含み、前記ＣＭが、前記プロテアーゼの基質である、請求項５３〜６５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６７】
前記非標的コンパートメントおよび／または前記標的コンパートメントにおける前記反応を特徴づける前記複数の関連性および／またはパラメータが、標的発現の速度または前記標的の量についての関連性を含む、請求項５３〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６８】
前記式のシステムが、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次の速度関連性についての式を含む、請求項５３〜６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６９】
前記式のシステムが、
前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式、
を含む、請求項５３〜６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項５３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７１】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７２】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項２５〜５１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７３】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体の投与量依存性および時間依存性濃度もしくは量ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項５３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７４】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項２５〜５１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７６】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体による投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体占有率の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項５３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７７】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化および活性化可能抗体により所与の標的占有率をもたらす投与量に基づく生物学的有効用量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化および活性化可能抗体により所与の標的占有率をもたらす投与量に基づく生物学的有効用量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項２５〜５１のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７９】
前記式のシステムが、前記定量システム薬理学モデルの実行の間、  前記非標的コンパートメントにおける前記活性化された抗体による標的占有率の投与量依存性および／もしくは時間依存性受容体ならびに／または前記非標的コンパートメントにおける前記活性化可能抗体の投与量依存性および／もしくは時間依存性濃度もしくは量の予測と、
前記標的コンパートメントにおける前記活性化および活性化可能抗体により所与の標的占有率をもたらす投与量に基づく生物学的有効用量の予測、
を提供するために時間依存性微分方程式を数値的に解くように構成される、請求項５３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年３月２０日出願の米国特許仮出願第６２／６４５，７３７号、２０１８年４月１３日出願の同第６２／６５７，５４９号、および２０１８年８月９日出願の同第６２／７１６，８７０号の利益を主張するものであり、これらの出願の内容は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。
【０００２】
配列表の参照
ファイル名：ＣＹＴＸ＿０４９＿ＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔとしてＥＦＳ−Ｗｅｂを通してコンピュータで読み取り可能な形態（ＡＳＣＩＩフォーマット）で３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．８２１に準じて本明細書と共に電子出願された配列表は、参照により本明細書に組み入れられる。配列表のＡＳＣＩＩコピーは、２０１９年３月１９日に作成され、８９キロバイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
背景
抗体に基づく治療は、癌の多くの型を含む、複数の疾患の処置に効果的であることが実証されている。しかしいくつかの例では、これらの治療抗体は、罹患組織および健常組織の両方での標的の広範囲の発現のため、オンターゲット毒性を有する。投与後の循環からの急速なクリアランスなどの他の制約が、それらの治療としての効果的使用をさらに妨害する。活性化可能抗体は、腫瘍中などの標的組織の微小環境に暴露されると選択的に活性化および結合し、こうして広範囲に発現された結合標的への抗体結合に関連する毒性を潜在的に低減するように設計される。対象における活性化可能抗体の分布、薬力学および薬物動態学をモデリングする方法およびシステムが、望まれている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
発明の概要
本開示の一態様は、対象に投与された活性化可能抗体の動態を予測するための定量システム薬理学モデルを作成する方法に関係する。そのような方法は、以下の操作により特徴づけられてよい：（ａ）対象の非標的コンパートメントと対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータを提供すること；（ｂ）非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータを提供すること；（ｃ）計算システムを、（ｉ）活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータのための速度定数と、（ｉｉ）非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータのための速度定数、でプログラミングすること。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、抗体または抗原結合断片（ＡＢ）が特異的に結合する標的を含む。特定の実施形態において、活性化可能抗体は、ＡＢと、マスキング部分（ＭＭ）および切断可能部分（ＣＭ）を含むプロドメインとを含む。活性化可能抗体は、ＡＢに比較して低減された標的への結合親和性を有する。特定の実施形態において、活性化された抗体は、ＡＢをもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むＡＢ、または活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、活性化された抗体は、活性化可能抗体に比較してより高い、標的への結合親和性を有する。
【０００６】
特定の実施形態において、活性化可能抗体は、（１）ＡＢ１と、第一のマスキング部分（ＭＭ１）および第一の切断可能部分（ＣＭ１）を含む第一のプロドメインと（２）ＡＢ２と、第二のマスキング部分（ＭＭ２）および第二の切断可能部分（ＣＭ２）を含む第二のプロドメインとを含む、活性化可能二重特異性抗体である。ＡＢ１およびＡＢ２は、それぞれ異なる標的に特異的に結合し得る。幾つかの実施形態において、ＡＢ１は、腫瘍細胞などの標的細胞上で発現された標的抗原に特異的に結合でき、ＡＢ２は、Ｔ細胞上で発現された標的抗原に特異的に結合できる。活性化可能二重特異性抗体は、両方のプロドメインがそれらの各々のＡＢドメインをマスクしている時、ＡＢ１およびＡＢ２に比較して低減された、各々の標的への結合親和性を有する。特定の実施形態において、活性化二重特異性抗体は、各々のＡＢ１もしくはＡＢ２をもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むＡＢ１もしくはＡＢ２、または活性化可能二重特異性抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢ１もしくはＡＢ２を含み、活性化された二重特異性抗体は、活性化可能二重特異性抗体に比較してより高い、露出されたＡＢ１またはＡＢ２の標的への結合親和性を有する。特定の実施形態において、活性化された二重特異性抗体は、ＡＢ１およびＡＢ２を含み、ＡＢ１およびＡＢ２の両方が、各々のＡＢ１もしくはＡＢ２をもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むか、または活性化可能二重特異性抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠き、活性化された二重特異性抗体は、活性化可能二重特異性抗体に比較してより高い、露出されたＡＢ１またはＡＢ２の標的への結合親和性を有する。そのような実施形態において、活性化された二重特異性抗体は、両方の抗原に同時に結合でき、それにより活性化された二重特異性抗体と、ＡＢ１の標的細胞と、ＡＢ２の標的細胞（例えば、Ｔ細胞）の２種の細胞が物理的に接近したトリマーを形成する。
【０００７】
特定の実施形態において、反応の少なくとも１つは、（ｉ）活性化可能抗体におけるＡＢに関する活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化、または（ｉｉ）ＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断、により、活性化可能抗体を、活性化可能抗体に比較して増加された、標的への結合親和性を有する活性化された抗体に変換する反応である。変換は、活性化可能抗体に比較して増加された、ＡＢによる標的への結合親和性をもたらす。
【０００８】
幾つかの例では、得られた計算システムは、（ｉ）活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータと、反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータとを含む式のシステム（ｓｙｓｔｅｍ  ｏｆ  ｅｘｐｅｒｓｓｉｏｎｓ）を、薬理学的条件の定義されたセットの下で解くために、かつ（ｉｉ）薬理学的条件の定義されたセットの下での対象への活性化可能抗体の投与後の対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータのアウトプットのために、プログラミングされる。
【０００９】
特定の実施形態において、方法は、以下の操作の一方または両方を含んでいてもよい：１名もしくは複数の被験対象における、またはインビトロでの活性化可能抗体および／または活性化された抗体の第一の測定を利用することにより、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数を決定すること；ならびに１名もしくは複数の被験対象における、またはインビトロでの活性化可能抗体および／または活性化された抗体の第二の測定を利用することにより、反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数を決定すること。活性化可能抗体および／または活性化された抗体の第一の測定としては、活性化可能抗体の１つまたは複数の用量を投与された１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の時変値の測定を挙げることができる。活性化可能抗体および／または活性化された抗体の第二の測定は、活性化可能抗体の１つまたは複数の用量を投与された１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の時変値の測定であってよい。
【００１０】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、対象における腫瘍を表し、腫瘍は、標的を発現する。特定の実施形態において、非標的コンパートメントは、投与の際に活性化可能抗体を最初に受け取る対象の一部を表す。例えば、非標的コンパートメントは、少なくとも対象の血漿コンパートメントを表してよい。
【００１１】
特定の実施形態において、反応の第一の反応は、標的コンパートメントにおいて起こり、反応の第二の反応は、非標的コンパートメントにおいて起こる。特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性は、非標的コンパートメント中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度を用いる速度式である。特定の実施形態において、方法は、追加的に、対象の非標的コンパートメントと対象の第二の非標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを提供することを含む。第二の非標的コンパートメントは、対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表してよい。
【００１２】
特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つとしては、活性化された抗体または活性化可能抗体のＣＭの切断が挙げられる。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、標的への活性化された抗体の結合を含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、切断されていない活性化可能抗体のＡＢを露出させ、ＡＢによる標的への結合の阻害を低下させることを含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、プロテアーゼ濃度の関数としてのＣＭを切断する速度についての関連性を含み、ＣＭは、プロテアーゼの基質である。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータは、標的発現の速度または標的の量についての関連性を含む。
【００１３】
特定の実施形態において、薬理学的条件としては、活性化可能抗体の用量、活性化可能抗体の投与頻度、活性化可能抗体と同時に投与される他の医薬、活性化可能抗体の結合親和性、活性化された抗体の結合親和性、ＭＭのマスキング効率、ＣＭの切断速度、標的コンパートメント中の標的濃度、および２種以上のコンパートメントの間の活性化可能抗体の分配係数、の１つまたは複数が挙げられる。特定の実施形態において、薬力学および薬物動態学パラメータの値としては、標的コンパートメント中の活性化可能抗体による標的占有率；末梢コンパートメント中の活性化可能抗体による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；血漿コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度、の１つまたは複数が挙げられる。
【００１４】
特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータの速度定数を決定することは、１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価するために目的関数を適用することを含む。特定の実施形態において、目的関数は、対数尤度関数である。特定の実施形態において、反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータの速度定数を決定することは、１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価するために目的関数を適用することを含む。特定の実施形態において、目的関数は、対数尤度関数である。
【００１５】
特定の実施形態において、式のシステムは、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次速度関連性についての式を含む。特定の実施形態において、式のシステムは、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式とを含む。特定の実施形態において、式のシステムは、定量システム薬理学モデルを実行する際に、時間依存性微分方程式を数値的に解いて、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測とを提供するように構成される。
【００１６】
本開示の別の態様は、活性化可能抗体を投与された対象における薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を予測するための定量システム薬理学モデルを計算システムに実行させるための命令を提供される、非一時的コンピュータ読み取り可能媒体を含むコンピュータプログラム製品に関係する。命令としては、式のシステムを、薬理学的条件の定義されたセットの下で解くための命令、ならびに薬理学的条件の定義されたセットの下で、対象への活性化可能抗体の投与後に対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータ値をアウトプットするための命令を挙げることができる。
【００１７】
特定の実施形態において、式のシステムは、（ａ）対象の非標的コンパートメントと対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータ；ならびに（ｂ）非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータ、を表す。
【００１８】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、ＡＢが結合する標的を含む。特定の実施形態において、活性化可能抗体は、ＡＢと、ＭＭおよびＣＭを含むプロドメインとを含む。活性化可能抗体は、ＡＢに比較して低減された、標的への結合親和性を有する。特定の実施形態において、活性化された抗体は、ＡＢをもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むＡＢ、または活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、活性化された抗体は、活性化可能抗体に比較してより高い、標的に対する結合親和性を有する。
【００１９】
特定の実施形態において、反応の少なくとも１つは、活性化可能抗体を、活性化可能抗体に比較して増加された、標的への結合親和性を有する活性化された抗体に変換する反応である。特定の実施形態において、変換ステップは、活性化可能抗体におけるＡＢに関する活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化、またはＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断を含み、それにより変換は、活性化可能抗体に比較して増加された、ＡＢによる標的への結合親和性をもたらす。
【００２０】
特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名もしくは複数の被験対象における、またはインビトロでの活性化可能抗体および／または活性化された抗体の測定を利用することにより決定された。特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名または複数の被験対象から採取された試料における活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された。例として、目的関数は、対数尤度関数であってよい。
【００２１】
特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名もしくは複数の被験対象における、またはインビトロでの活性化可能抗体および／または活性化された抗体の測定を利用することにより決定された。特定の実施形態において、反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名または複数の被験対象から採取された試料における活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数を適用することにより決定された。例として、目的関数は、対数尤度関数であってよい。
【００２２】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、対象における腫瘍を表し、腫瘍は、標的を発現する。特定の実施形態において、非標的コンパートメントは、投与の際に活性化可能抗体を最初に受け取る対象の一部を表す。幾つかの例において、非標的コンパートメントは、少なくとも対象の血漿コンパートメントを表す。
【００２３】
特定の実施形態において、反応の第一の反応は、標的コンパートメントにおいて起こり、反応の第二の反応は、非標的コンパートメントにおいて起こる。特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性は、非標的コンパートメント中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度を用いる速度式である。特定の実施形態において、式のシステムはさらに、対象の非標的コンパートメントと対象の第二の非標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを表す。例として、第二の非標的コンパートメントは、対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表してよい。
【００２４】
特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、活性化された抗体または活性化可能抗体のＣＭの切断を含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、標的への活性化された抗体の結合を含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、切断されていない活性化可能抗体のＡＢを露出させて、ＡＢによる標的への結合の阻害を低下させることを含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、プロテアーゼの濃度の関数としてＣＭを切断する速度についての関連性を含み、ＣＭは、プロテアーゼの基質である。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータとしては、標的発現の速度または標的の量についての関連性が挙げられる。
【００２５】
特定の実施形態において、薬理学的条件としては、活性化可能抗体の用量、活性化可能抗体の投与頻度、活性化可能抗体と同時に投与される他の医薬、活性化可能抗体の結合親和性、活性化された抗体の結合親和性、ＭＭのマスキング効率、ＣＭの切断速度、標的コンパートメント中の標的濃度、および２種以上のコンパートメントの間の活性化可能抗体の分配係数、の１つまたは複数が挙げられる。特定の実施形態において、薬力学および薬物動態学パラメータ値は、標的コンパートメントにおける活性化可能抗体による標的占有率；末梢コンパートメントにおける活性化可能抗体による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；血漿コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度、の１つまたは複数を含む。
【００２６】
特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名または複数の被験対象から採取された試料における活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数（例えば、対数尤度関数）を適用することにより決定された。特定の実施形態において、反応の少なくとも１つを特徴づける関連性またはパラメータについての速度定数は、１名または複数の被験対象から採取された試料における活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の少なくとも時変値を評価する目的関数（例えば、対数尤度関数）を適用することにより決定された。
【００２７】
特定の実施形態において、式のシステムは、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次速度関連性についての式を含む。特定の実施形態において、式のシステムは、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式とを含む。特定の実施形態において、式のシステムは、定量システム薬理学モデルを実行する際に、時間依存性微分方程式を数値的に解いて、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測とを提供するように構成される。
【００２８】
本開示のさらに別の態様は、活性化可能抗体の投与後に対象における薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を予測する方法に関係する。そのような方法は、以下の操作により特徴づけられてよい：薬理学的条件の定義されたセットの下で式のシステムを解くために、命令を有する定量システム薬理学モデルに薬理学的条件の定義されたセットをインプットすること；ならびに薬理学的条件の定義されたセットの下で、対象への活性化可能抗体の投与後に対象における１つまたは複数の予測された薬力学および／または薬物動態学パラメータ値を、定量システム薬理学モデルから受け取ること。
【００２９】
特定の実施形態において、式のシステムは、（ａ）対象の非標的コンパートメントと対象の標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける少なくとも１つの関連性またはパラメータ；ならびに（ｂ）非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータ、を表す。
【００３０】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、ＡＢが結合する標的を含む。特定の実施形態において、活性化可能抗体は、ＡＢと、ＭＭおよびＣＭを含むプロドメインとを含む。活性化可能抗体は、ＡＢに比較して低減された、標的への結合親和性を有する。特定の実施形態において、活性化された抗体は、ＡＢをもはやマスクしない少なくとも１つのプロドメインを含むＡＢ、または活性化可能抗体に比べ少なくとも１つのプロドメインを欠くＡＢを含み、活性化された抗体は、活性化可能抗体に比較して高い、標的への結合親和性を有する。
【００３１】
特定の実施形態において、反応の少なくとも１つは、活性化可能抗体を、活性化可能抗体に比較して増加された、標的への結合親和性を有する活性化された抗体に変換する反応である。特定の実施形態において、変換のステップは、活性化可能抗体におけるＡＢに関する活性化可能抗体の少なくとも１つのプロドメインのコンフォメーション変化、またはＡＢから離れる少なくとも１つのプロドメインの切断を含み、それにより変換は、活性化可能抗体に比較して増加された、ＡＢによる標的への結合親和性をもたらす。
【００３２】
特定の実施形態において、方法は追加的に、１種または複数の予測された薬力学および薬物動態学パラメータ値を用いて、ＡＢからＭＭを切断する選択された感受性を有する治療性活性化可能抗体を同定または選択することを含む。特定の実施形態において、方法はさらに、１種または複数の予測された薬力学および薬物動態学パラメータ値を用いて、活性化可能抗体を用いるための処置レジメンを同定または選択して、患者を処置すること、を含む。
【００３３】
特定の実施形態において、標的コンパートメントは、対象における腫瘍を表し、腫瘍は、標的を発現する。特定の実施形態において、非標的コンパートメントは、投与の際に活性化可能抗体を最初に受け取る対象の一部を表す。例えば、非標的コンパートメントは、少なくとも対象の血漿コンパートメントを表してよい。
【００３４】
特定の実施形態において、反応の第一の反応は、標的コンパートメントにおいて起こり、反応の第二の反応は、非標的コンパートメントにおいて起こる。特定の実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性は、非標的コンパートメント中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度を用いる速度式である。特定の実施形態において、方法は、追加として、対象の非標的コンパートメントと対象の第二の非標的コンパートメントの間の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送を特徴づける関連性またはパラメータを提供することを含む。第二の非標的コンパートメントは、対象における１つまたは複数の非腫瘍臓器または組織を表してよい。
【００３５】
特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、活性化された抗体または活性化可能抗体のＣＭの切断を含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、標的への活性化された抗体の結合を含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、切断されていない活性化可能抗体のＡＢを露出させて、ＡＢによる標的への結合の阻害を低下させることを含む。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性の少なくとも１つは、プロテアーゼの濃度の関数としてのＣＭを切断する速度についての関連性を含み、ＣＭは、プロテアーゼの基質である。特定の実施形態において、非標的コンパートメントおよび／または標的コンパートメントにおける反応を特徴づける複数の関連性および／またはパラメータは、標的発現の速度または標的の量についての関連性を含む。
【００３６】
特定の実施形態において、式のシステムは、１つまたは複数の零次、一次、および／または二次速度関連性についての式を含む。特定の実施形態において、式のシステムは、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体についての時間依存性微分方程式および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体についての時間依存性微分方程式とを含む。特定の実施形態において、式のシステムは、定量システム薬理学モデルを実行する際に、時間依存性微分方程式を数値的に解いて、非標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量、および／または非標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測と、標的コンパートメントにおける活性化された抗体の時間依存性濃度もしくは量、および／または標的コンパートメントにおける活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量の予測とを提供するように構成される。
【００３７】
先に提示された態様のそれぞれについて記載された特色は、推定的組み合わせでの任意の２つの特色が互いに不一致でない限り、任意の組み合わせで用いられてもよい。したがって本開示の実施形態は、先に挙げられた態様の様々な組み合わせを含む。
【図面の簡単な説明】
【００３８】
【図１Ａ】本開示のＱＳＰモデルにおいてモデリングされた、活性化可能抗体および活性化された抗体の様々な種ならびにそれらの間の変換経路の略図である。
【図１Ｂ】本開示のＱＳＰモデルにおいてモデリングされた、様々な生理学的コンパートメントおよびそれらの間の物質輸送経路の略図である。
【図２Ａ】本開示のＱＳＰモデルを作成する例示的方法についてのフローチャートである。
【図２Ｂ】本開示のＱＳＰモデルを使用する例示的方法についてのフローチャートである。
【図３Ａ−Ｃ】カニクイザルにおける抗ＣＤ１６６活性化可能抗体の例示的ＰＫ試験を示し、サルにおける活性化可能抗体のＰＫの本開示の例示的ＱＳＰモデルが重ねて表示されたグラフである。
【図４Ａ−Ｅ】ヒトにおける抗ＣＤ１６６活性化可能抗体のＰＫの本開示の例示的ＱＳＰモデルを示すグラフである。
【図５】反復投与後の対象における抗ＣＤ１６６活性化可能抗体の循環レベルの本開示の例示的ＱＳＰモデルを示すグラフである。
【図６】様々な生理学的コンパートメントからの抗ＣＤ１６６活性化抗体のフラックスの例示的ＱＳＰモデルを示すグラフである。
【図７】本開示のＱＳＰモデルを実行するのに用いられる例示的コンピュータシステムの図式である。
【図８Ａ−Ｃ】本開示のインタクト抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体の血漿レベルの例示的な薬物動態学データである。
【図９Ａ−Ｃ】示された投与レジメン後のインタクト抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体の血漿レベルの本開示のＱＳＰモデルの例示的比較である。
【図１０Ａ−Ｂ】腫瘍における特異的受容体占有率を実現するための活性化可能抗体の投与用量（図１０Ａ）またはインタクト活性化可能抗体のＣｍｉｎ（図１０Ｂ）と、末梢／腫瘍切断比との関連性を示す本開示のＱＳＰモデルの例示的グラフである。
【図１１Ａ−Ｄ】血漿からの同位体標識モノクローナル抗体および活性化可能抗体のクリアランスの例示的モデリング薬物動態学グラフである。
【図１２Ａ−Ｃ】活性化可能抗体の観察量に比較した、腫瘍コンパートメント中の活性化された活性化可能抗体のＱＳＰモデルの例示的比較である。
【図１３Ａ−Ｂ】カニクイザルにおける抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化された活性化可能抗体の本開示の例示的薬物動態学データおよびＱＳＰモデルである。
【図１４】図１４Ａは、ヒトにおける抗ＰＤ−１モノクローナル抗体ペムブロリズマブの例示的薬物動態学データおよびＱＳＰモデルである。図１４Ｂは、投与量の関数としての、抗ＰＤ−１モノクローナル抗体の受容体占有率の本開示の例示的ＱＳＰモデルである。
【図１５】本開示のＱＳＰモデルにおいてモデリングされた、活性化可能および活性化されたＴ細胞二重特異性抗体の様々な種、ならびにそれらの間の変換経路の略図である。
【図１６】活性化可能および活性化されたＴ細胞二重特異性抗体に関連して本開示のＱＳＰモデルにおいてモデリングされた、様々な生理学的コンパートメントおよびそれらの間の物質輸送経路の略図である。
【図１７】示された投与量での投与後の、抗ＰＤ−１活性化可能抗体の循環レベルの本開示のヒトＱＳＰモデルの略図である。
【図１８】本開示のＱＳＰモデリングに基づき、かつ患者の生検を基に計算された、ヒト腫瘍における投与された抗ＰＤ−１活性化可能抗体の例示的受容体占有率（ＲＯ）を示す。
【発明を実施するための形態】
【００３９】
詳細な記載
本明細書で用いられる用語「活性化可能結合ポリペプチド」は、プロドメインに直接的にまたは間接的にのいずれかで連結された結合部分（ＢＭ）を含む化合物を指す。用語「結合部分」および「ＢＭ」は、生物学的標的に特異的に結合できるポリペプチドを指すために本明細書で互換的に用いられる。プロドメインの存在により修飾されていない形態である場合、ＢＭは、生物学的標的を特異的に結合するポリペプチドである。用語「生物学的標的」、「結合標的」および「標的」（結合に関係して用いられる場合）は、本明細書では互換的に、哺乳動物対象において存在し得るポリペプチドを指す。用語「分布」および「生体分布」は、哺乳動物対象における活性化された結合ポリペプチドの場所を指すために本明細書で互換的に用いられる。
【００４０】
本明細書で用いられる用語「活性化可能抗体」は、結合部分（ＢＭ）が抗体またはその抗原結合断片（ＡＢ）である、活性化可能結合ポリペプチドを指す。プロドメインの存在により修飾されていない形態である場合、ＢＭは、生物学的標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片（ＡＢ）である。結合部分（ＢＭ）を指す本明細書で提供された例、定義、および記載は、ＢＭが抗体またはその抗原結合断片（ＡＢ）である実施形態に適用可能であることが理解されよう。同様に、抗体またはその抗原結合断片（ＡＢ）を指す本明細書で提供された例、定義、および記載は、適宜、他のＢＭ実施形態に適用可能であることが理解されよう。
【００４１】
本明細書で用いられる用語「プロドメイン」は、マスキング部分（ＭＭ）および切断部分（ＣＭ）を含むペプチドを指す。プロドメインは、活性化可能結合ポリペプチドが活性化条件に暴露されるまで、ＢＭまたはＡＢをマスクするよう機能する。本明細書で用いられる用語「マスキング部分」および「ＭＭ」は、ＢＭまたはＡＢに接近して配置される時に、生物学的標的へのＢＭまたはＡＢの結合に干渉するペプチドを指すために本明細書で互換的に用いられる。用語「切断可能部分」および「ＣＭ」は、切断（例えば、酵素基質など）、結合還元（例えば、ジスルフィド結合（複数可）の還元など）、または他の物理的なコンフォメーション変化を受け易いペプチドを指すために本明細書で互換的に用いられる。ＣＭは、ＭＭおよびＢＭまたはＡＢに関して配置され、それにより切断または他の物理的なコンフォメーション変化が、ＢＭまたはＡＢに接近した位置からＭＭを放出させる。用語「活性化条件」は、ＢＭまたはＡＢの露出を惹起し、「活性化結合ポリペプチド」（または「活性化ＢＰ」）または「活性化された抗体」の生成をもたらす条件を指す。ＢＭまたはＡＢの露出は典型的には、それぞれ対応する活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体に比較してより大きな、生物学的標的への結合親和性を有する活性化された結合ポリペプチドまたは活性化された抗体をもたらす。典型的には活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体は、インビボまたはインビトロで生物学的標的を特異的に結合する。用語「ペプチド」、「ポリペプチド」および「タンパク質」は、天然由来または非天然由来アミノ酸残基またはアミノ酸類似体を含むポリマーを指すために本明細書で互換的に用いられる。
【００４２】
本発明の実践での使用に適した活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体は、ＢＭまたはＡＢとプロドメイン成分のＣＭおよびＭＭとを種々の直線状または環状構成で含んでよく（例えば、システイン−システインジスルフィド結合を介して）、それを介してＢＭもしくはＡＢ、ＣＭ、および／またはＭＭ部分のいずれか２つ以上が互いに間接的に結合され得る、１つまたは複数の任意選択によるリンカー部分をさらに含んでよい。本発明の実践で用いられる活性化可能結合ポリペプチドにおける使用に適したリンカーは、種々の長さのいずれであってもよい。適切なリンカーとしては、約１〜約２０アミノ酸、または約１〜約１９アミノ酸、または約１〜約１８アミノ酸、または約１〜約１７アミノ酸、または約１〜約１６アミノ酸、または約１〜約１５アミノ酸、または約２〜約１５アミノ酸、または約３〜約１５アミノ酸、または約３〜約１４アミノ酸、または約３〜約１３アミノ酸、または約３〜約１２アミノ酸の範囲の長さを有するものが挙げられる。幾つかの実施形態において、ＡＢＰは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０アミノ酸を含む１つまたは複数のリンカーを含む。典型的にはリンカーは、フレキシブルリンカーである。
【００４３】
例示的なフレキシブルリンカーとしては、グリシンホモポリマー（Ｇ）ｎ（ここでｎは、少なくとも１の整数である）、グリシン−セリンポリマー、例えば（ＧＳ）ｎ（ここでｎは、少なくとも１の整数である）、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:６８）（ここでｎは、少なくとも１の整数である）、（ＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:６９）（ここでｎは、少なくとも１の整数である）、ＧＧＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７０）、ＧＧＳＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７１）、ＧＳＧＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７２）、ＧＳＧＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７３）、ＧＧＧＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７４）、ＧＳＳＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７５）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７６）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７７）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７８）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＧＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:７９）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０）、ＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:８１）、ＧＧＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:８２）、ＧＳＳＧＴ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:８３）、ＧＳＳＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:８４）、ＧＧＧＳＳＧＧＳＧＧＳＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ  ＮＯ:２２３）、ＧＧＳなどに加え、グリシン−アラニンポリマー、アラニン−セリンポリマー、および他の当該技術分野で知られるフレキシブルリンカーが挙げられる。
【００４４】
実例での活性化可能結合ポリペプチド構成としては、例えば、Ｎ末端からＣ末端の方向、またはＣ末端からＮ末端の方向のいずれかでの、
（ＭＭ）−（ＣＭ）−（ＢＭ）
（ＢＭ）−（ＣＭ）−（ＭＭ）
（ＭＭ）−Ｌ１−（ＣＭ）−（ＢＭ）
（ＭＭ）−Ｌ１−（ＣＭ）−Ｌ２−（ＢＭ）
シクロ［Ｌ１−（ＭＭ）−Ｌ２−（ＣＭ）−Ｌ３−（ＢＭ）］
（ＭＭ）−（ＣＭ）−（ＡＢ）
（ＡＢ）−（ＣＭ）−（ＭＭ）
（ＭＭ）−Ｌ１−（ＣＭ）−（ＡＢ）
（ＭＭ）−Ｌ１−（ＣＭ）−Ｌ２−（ＡＢ）
シクロ［Ｌ１−（ＭＭ）−Ｌ２−（ＣＭ）−Ｌ３−（ＡＢ）］
（ここでＬ１、Ｌ２およびＬ３のそれぞれは、同一であるまたは異なり得るリンカーペプチドである）が挙げられる。
【００４５】
活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体はまた、例えばプロドメインのアミノ末端で、配置されたスペーサを含み得る。幾つかの実施形態において、スペーサは、活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体のＭＭに直接接続される。幾つかの実施形態において、スペーサは、Ｎ末端からＣ末端に向かってそれぞれスペーサ−ＭＭ−ＣＭ−ＢＭまたはスペーサ−ＭＭ−ＣＭ−ＡＢの構造的配列で活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体のＭＭに直接接続される。活性化可能抗体のＭＭのＮ末端に直接接続されるスペーサの例は、ＱＧＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８９）；ＧＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９０）；ＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９１）；ＳＧＳ;ＧＳ;Ｓ;ＱＧＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ ＮＯ: １９４）；ＧＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９５）；ＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ: １９６）；ＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９７）；ＧＱＧ;ＱＧ;Ｇ;ＱＧＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）；ＧＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０１）；ＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ: ２０２）；ＳＧＱ;ＧＱ;およびＱからなる群から選択される。
【００４６】
幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＧＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８９）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９０）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＳＧＳ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９１）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＳＧＳを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＳを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列Ｓを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列 ＱＧＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９４）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９５）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９６） を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＳＧＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９７）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＱＧを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＧを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列Ｇを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＧＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２００）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０１）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＱＳＧＱ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０２）を含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＳＧＱを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列ＧＱを含む。幾つかの実施形態において、スペーサは、少なくともアミノ酸配列Ｑを含む。幾つかの実施形態において、活性化可能抗体は、スペーサ配列を含まない。
【００４７】
本明細書で用いられる結合するポリペプチドにおける使用に適した活性化可能結合ポリペプチドは、それぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ２００９／０２５８４６、ＷＯ２０１０／０９６８３８、ＷＯ２０１０／０８１１７３、ＷＯ２０１３／１６３６３１、ＷＯ２０１３／１９２５４６、ＷＯ２０１３／１９２５５０、ＷＯ２０１４／０２６１３６、ＷＯ２０１４／０５２４６２、ＷＯ２０１４／１０７５９９、ＷＯ２０１４／１９７６１２、ＷＯ２０１５／０１３６７１、ＷＯ２０１５／０４８３２９、ＷＯ２０１５／０６６２７９、ＷＯ２０１５／１１６９３３、ＷＯ２０１６／０１４９７４、ＷＯ２０１６／１１８６２９、ＷＯ２０１６／１４９２０１、ＷＯ２０１６／１７９２８５、ＷＯ２０１６／１７９２５７、ＷＯ２０１６／１７９３３５、ＷＯ２０１７／０１１５８０、ＷＯ ２０１８／０８５５５５、ＷＯ２０１８／１６５６１９、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０４８９６５、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５５７３３、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５５７１７、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０６７７４０、およびＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２１４４９に記載された活性化可能結合ポリペプチド、修飾抗体、および活性化可能抗体のいずれかを包含する。
【００４８】
本明細書で用いられる結合ポリペプチドにおける使用に適した活性化可能抗体は、それぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ ２００９／０２５８４６、ＷＯ２０１０／０８１１７３、ＷＯ２０１３／１６３６３１、ＷＯ２０１３／１９２５４６、ＷＯ２０１３／１９２５５０、ＷＯ２０１４／０２６１３６、ＷＯ２０１４／０５２４６２、ＷＯ２０１４／１０７５９９、ＷＯ２０１４／１９７６１２、ＷＯ２０１５／０１３６７１、ＷＯ２０１５／０４８３２９、ＷＯ２０１５／０６６２７９、ＷＯ２０１５／１１６９３３、ＷＯ２０１６／０１４９７４、ＷＯ２０１６／１１８６２９、ＷＯ２０１６／１４９２０１、ＷＯ２０１６／１７９２８５、ＷＯ２０１６／１７９２５７、ＷＯ２０１６／１７９３３５、ＷＯ２０１７／０１１５８０、ＷＯ ２０１８／０８５５５５、ＷＯ２０１８／１６５６１９、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０４８９６５、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５５７３３、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５５７１７、ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０６７７４０、およびＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２１４４９に記載された活性化可能抗体のいずれかを包含する。
【００４９】
典型的にはプロドメインは、プロドメインのＣＭを介してＢＭまたはＡＢに直接的または間接的にのいずれかで連結される。ＣＭは、多くの癌に存在するものなどの、組織において上方制御されたタンパク質分解活性（即ち、活性化条件）により切断されるように設計されてよい。したがって、活性化可能結合ポリペプチドまたは活性化可能抗体は、タンパク質分解活性と所望の生物学的標的が同一場所に存在するような標的処置部位でそれらが主に活性化されるように設計されてよい。
【００５０】
本発明の活性化可能結合ポリペプチドにおける使用に適した切断可能部分としては、プロテアーゼの基質であるものが挙げられる。通常、プロテアーゼは、細胞外プロテアーゼである。適切な基質は、それぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられる米国特許第７，６６６，８１７号、米国特許第８，５６３，２６９号、ＰＣＴ公報第ＷＯ ２０１４／０２６１３６号、Ｂｏｕｌｗａｒｅ，  ｅｔ ａｌ., “Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｅｐｔｉｄｅ ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅａｓｅｓ ｔｈａｔ ｅｘｈｉｂｉｔ ｒａｐｉｄ  ｈｙｄｒｏｌｙｓｉｓ ｋｉｎｅｔｉｃｓ,” Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏ. Ｂｉｏｅｎｇ. （２０１０） １０６．３: ３３９−４６に記載されるものなど、種々の公知の技術のいずれかを用いて即座に同定されてよい。切断可能部分としての使用に適した例示的基質としては、例えば、以下のプロテアーゼの任意の１種または複数により切断可能な基質であるものが挙げられる：ＡＤＡＭ、ＡＤＡＭ様、またはＡＤＡＭＴＳ（例えば、ＡＤＡＭ８、ＡＤＡＭ９、ＡＤＡＭ１０、ＡＤＡＭ１２、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭ１７／ＴＡＣＥ、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＡＤＡＭＴＳ４、ＡＤＡＭＴＳ５など）；アスパラギン酸プロテアーゼ（例えば、ＢＡＣＥ、レニンなど）；アスパラギン酸カテプシン（ａｓｐａｒｔｉｃ  ｃａｔｈｅｐｓｉｎ  ）（例えば、カテプシンＤ、カテプシンＥなど）；カスパーゼ（例えば、カスパーゼ１、カスパーゼ２、カスパーゼ３、カスパーゼ４、カスパーゼ５、カスパーゼ６、カスパーゼ７、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、カスパーゼ１０、カスパーゼ１４など）；システインプロテイナーゼ（例えば、クルジパイン、レグマイン、オツバイン−２など）；カリクレイン関連ペプチダーゼ（ＫＬＫ）（例えば、ＫＬＫ４、ＫＬＫ５、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７、ＫＬＫ８、ＫＬＫ１０、ＫＬＫ１１、ＫＬＫ１３、ＫＬＫ１４など）；メタロプロテイナーゼ（例えば、メプリン、ネプリリシン、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、骨形成タンパク質１（ＢＭＰ−１）など）；マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）（例えば、ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ８、ＭＭＰ９、ＭＭＰ１０、ＭＭＰ１１、  ＭＭＰ１２、ＭＭＰ１３、ＭＭＰ１４、ＭＭＰ１５, ＭＭＰ１６, ＭＭＰ１７, ＭＭＰ１９、ＭＭＰ２０、ＭＭＰ２３、ＭＭＰ２４、ＭＭＰ２６、ＭＭＰ２７など）；セリンプロテアーゼ（例えば、活性化タンパク質Ｃ、カテプシンＡ、カテプシンＧ、キマーゼ、凝固因子プロテアーゼ（例えば、ＦＶＩＩａ、ＦＩＸａ、ＦＸａ、ＦＸＩａ、ＦＸＩＩａなど））；エラスターゼ、グランザイムＢ，グアニジノベンゾアターゼ、ＨｔｒＡ１、ヒト好中球エラスターゼ、ラクトフェリン、マラプシン、ＮＳ３／４Ａ、ＰＡＣＥ４、プラスミン、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、トロンビン、トリプターゼ、ウロキナーゼ（ｕＰＡ）、ＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼ（ＴＴＳＰ）（例えば、ＤＥＳＣ１、ＤＰＰ−４、ＦＡＰ、ヘプシン、マトリプターゼ−２、ＭＴ−ＳＰ１／マトリプターゼ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＭＰＲＳＳ４など��など。本発明の活性化可能結合ポリペプチドにおける使用に適した例示的ＣＭとしては、例えばそれぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ２０１０／０８１１７３、ＷＯ２０１５／０４８３２９、ＷＯ２０１５／１１６９３３、およびＷＯ２０１６／１１８６２９に記載されたものなどが挙げられる。実例のＣＭを、本明細書でＳＥＱ ＩＤ  Ｎｏ: １〜６７として提供する。
【００５１】
ＭＭは、生物学的標的に特異的に結合するＢＭの能力を低減するように選択される。そのため、生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドの解離定数（Ｋｄ）は通常、生物学的標的への対応する活性化結合ポリペプチドのＫｄよりも大きい。ＭＭは、種々の方法で生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドの結合を阻害できる。例えばＭＭは、ＢＭに結合し、それにより生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドの結合を阻害できる。ＭＭは、生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドの結合をアロステリックに、または立体的に阻害できる。幾つかの実施形態において、ＭＭは、ＢＭに特異的に結合する。適切なＭＭは、種々の公知技術のいずれかを利用して同定されてよい。例えばペプチドＭＭは、それぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第２００９／００６２１４２号および同第２０１２／０２４４１５４号、ならびにＰＣＴ公報ＷＯ２０１４／０２６１３６に記載された方法を利用して同定されてよい。
【００５２】
幾つかの実施形態において、ＭＭは、生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドの結合が、同標的への対応するＢＭ（即ち、プロドメインを有しない）の結合に比べ、少なくとも約２時間、または少なくとも約４時間、または少なくとも約６時間、または少なくとも約８時間、または少なくとも約１２時間、または少なくとも約２４時間、または少なくとも約２８時間、または少なくとも約３０時間、または少なくとも約３６時間、または少なくとも約４８時間、または少なくとも約６０時間、または少なくとも約７２時間、または少なくとも約８４時間、または少なくとも約９６時間、または少なくとも約５日間、または少なくとも約１０日間、または少なくとも約１５日間、または少なくとも約３０日間、または少なくとも約４５日間、または少なくとも約６０日間、または少なくとも約９０日間、または少なくとも約１２０日間、または少なくとも約１５０日間、または少なくとも約１８０日間、または少なくとも約１ヶ月間、または少なくとも約２ヶ月間、または少なくとも約３ヶ月間、または少なくとも約４ヶ月間、または少なくとも約５ヶ月間、または少なくとも約６ヶ月間、または少なくとも約７ヶ月間、または少なくとも約８ヶ月間、または少なくとも約９ヶ月間、または少なくとも約１０ヶ月間、または少なくとも約１１ヶ月間、または少なくとも約１２か月間またはより長い間、少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約６５％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％、および１００％低下されるように選択される。
【００５３】
典型的にはＭＭは、生物学的標的への活性化可能結合ポリペプチドのＫｄが、ＢＭ（即ち、プロドメインで修飾されていない）のＫｄの少なくとも約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２５倍、約５０倍、約１００倍、約２５０倍、約５００倍、約１，０００倍、約２，５００倍、約５，０００倍、約１０，０００倍、約１００，０００倍、約５００，０００倍、約１，０００，０００倍、約５，０００，０００倍、約１０，０００，０００倍、約５０，０００，０００倍もしくはより大きいか、または約５〜約１０倍、もしくは約１０〜約１００倍、もしくは約１０〜約１，０００倍、もしくは約１０〜約１０，０００倍、もしくは約１０〜約１００，０００倍、もしくは約１０〜約１，０００，０００倍、もしくは約１０〜約１０〜約１０，０００，０００倍、もしくは約１００〜約１,０００倍、もしくは約１００〜約１０，０００倍、もしくは約１００〜約１００，０００倍、もしくは約１００〜約１，０００，０００倍、もしくは約１００〜約１０，０００，０００倍、もしくは約１，０００〜約１０，０００倍、もしくは約１，０００〜約１００，０００倍、もしくは約１，０００〜約１，０００，０００倍、もしくは約１，０００〜約１０,０００，０００倍、もしくは約１０，０００〜約１００，０００倍、もしくは約１０，０００〜約１，０００，０００倍、もしくは約１０，０００〜約１０，０００，０００倍、もしくは約１００，０００〜約１，０００，００倍、もしくは１００，０００〜約１０，０００，０００倍の範囲であるように選択される。
【００５４】
反対にＭＭは、生物学的標的へのＢＭ（即ち、プロドメインで修飾されていない）のＫｄが、対応する活性化可能結合ポリペプチドの結合親和性の少なくとも約２分の１、約３分の１、約４分の１、約５分の１、約１０分の１、約２５分の１、約５０分の１、約１００分の１、約２５０分の１、約５００分の１、約１，０００分の１、約２，５００分の１、約５，０００分の１、約１０，０００分の１、約１００，０００分の１、約５００，０００分の１、約１，０００，０００分の１、約５，０００，０００分の１、約１０，０００，０００分の１、約５０，０００，０００分の１もしくはより低いように；または約５〜約１０分の１、もしくは約１０〜約１００分の１、もしくは約１０〜約１，０００分の１、もしくは約１０〜約１０，０００分の１、もしくは約１０〜約１００，０００分の１、もしくは約１０〜約１，０００，０００分の１、もしくは約１０〜約１０〜約１０，０００，０００分の１、もしくは約１００〜約１，０００分の１、もしくは約１００〜約１０，０００分の１、もしくは約１００〜約１００，０００分の１、もしくは約１００〜約１，０００，０００分の１、もしくは約１００〜約１０，０００，０００分の１、もしくは約１，０００〜約１０，０００分の１、もしくは約１，０００〜約１００，０００分の１、もしくは約１，０００〜約１，０００，０００分の１、もしくは約１，０００〜約１０，０００，０００分の１、もしくは約１０，０００〜約１００，０００分の１、もしくは約１０，０００〜約１，０００，０００分の１、もしくは約１０，０００〜約１０，０００，０００分の１、もしくは約１００，０００〜約１，０００，００分の１、もしくは１００，０００〜約１０，０００，０００分の１の範囲であるように選択される。
【００５５】
幾つかの実施形態において、ＢＭに対するＭＭのＫｄは、生物学的標的へのＢＭのＫｄよりも大きい。これらの実施形態において、ＢＭに対するＭＭのＫｄは、生物学的標的へのＢＭのＫｄの少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約２５０倍、少なくとも約５００倍、少なくとも約１，０００倍、少なくとも約２，５００倍、少なくとも約５，０００倍、少なくとも約１０，０００倍、少なくとも約１００，０００倍、少なくとも約１，０００，０００倍、または１０，０００，０００倍であってよい。
【００５６】
実例のＭＭとしては、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ:８５〜１８８（抗ＣＤ１６６活性化可能抗体中での使用の場合）として提供されるもの、ならびにそれぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ ２００９／０２５８４６、ＷＯ ２０１０／０９６８３８、ＷＯ ２０１０／０８１１７３、ＷＯ ２０１３／１６３６３１、ＷＯ ２０１３／１９２５４６、ＷＯ ２０１３／１９２５５０、ＷＯ ２０１４／０２６１３６、ＷＯ ２０１４／０５２４６２、ＷＯ ２０１４／１０７５９９、ＷＯ ２０１４／１９７６１２、ＷＯ ２０１５／０１３６７１、ＷＯ ２０１５／０４８３２９、ＷＯ ２０１５／０６６２７９、ＷＯ ２０１５／１１６９３３、ＷＯ ２０１６／０１４９７４、ＷＯ ２０１６／１１８６２９、ＷＯ ２０１６／１４９２０１、ＷＯ ２０１６／１７９２８５、ＷＯ ２０１６／１７９２５７、ＷＯ ２０１６／１７９３３５、ＷＯ ２０１７／０１１５８０、ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０５９７４０、米国特許仮出願第６２／４６９，４２９号、同第６２／５７２，４６７号、および同第６２／６１３，３５８号に開示されたものが挙げられる。
【００５７】
結合部分は、所望の生物学的標的に特異的に結合できる種々のポリペプチドのいずれかであってよい。生物学的標的の実例の分類としては、細胞表面受容体および分泌された結合タンパク質（例えば、成長因子など）、可溶性酵素、構造タンパク質（例えば、コラーゲン、フィブロネクチンなど）などが挙げられる。適切な生物学的標的としては、例えば１−９２−ＬＦＡ−３、α４−インテグリン、α−Ｖ−インテグリン、α４β１−インテグリン、ＡＧＲ２、抗ルイスＹ、アペリンＪ受容体、ＡＰＲＩＬ、Ｂ７−Ｈ４、ＢＡＦＦ、ＢＴＬＡ、Ｃ５補体、Ｃ−２４２、ＣＡ９、ＣＡ１９−９（ルイスａ）、炭酸脱水酵素９、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ６、ＣＤ９、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４１、ＣＤ４４、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ４７、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ６４、ＣＤ７０、ＣＤ７１、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８６、ＣＤ９５、ＣＤ１１７、ＣＤ１２５、ＣＤ１３２（ＩＬ−２ＲＧ）、ＣＤ１３３、ＣＤ１３７、ＣＤ１３７、ＣＤ１３８、ＣＤ１６６、ＣＤ１７２Ａ、ＣＤ２４８、ＣＤＨ６、ＣＥＡＣＡＭ５（ＣＥＡ）、ＣＥＡＣＡＭ６（ＮＣＡ−９０）、クローディン−３、クローディン−４、ｃＭｅｔ、コラーゲン、Ｃｒｉｐｔｏ、ＣＳＦＲ、ＣＳＦＲ−１、ＣＴＬＡ−４、ＣＴＧＦ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ４、ＣＹＲ６１、ＤＬ４４、ＤＬＫ１、ＤＬＬ４、ＤＰＰ−４、ＤＳＧ１、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖｉｉｉ、エンドセリンＢ受容体（ＥＴＢＲ）、ＥＮＰＰ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＰＨＡ２、ＥＲＢＢ３、ＲＳＶのＦタンパク質、ＦＡＰ、ＦＧＦ−２、ＦＧＦ−８、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、葉酸受容体、ＧＡＬ３ＳＴ１、Ｇ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦＲ、ＧＤ２、ＧＩＴＲ、ＧＬＵＴ１、ＧＬＵＴ４、ＧＭ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦＲ、ＧＰ  ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＧＰ１３０、ＧＰＩＩＢ／ＩＩＩＡ、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＰ７８、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＨＶＥＭ、ヒアルロニダーゼ、ＩＣＯＳ、ＩＦＮα、ＩＦＮβＨＧＦ、ｈＧＨ、ヒアルロニダーゼ、ＩＣＯＳ、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＩｇＥ、ＩｇＥ受容体（ＦｃｅＲＩ）、ＩＧＦ、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＬ１Ｂ、ＩＬ１Ｒ、ＩＬ２、ＩＬ１１、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１２Ｒ、ＩＬ−１２Ｒβ１、ＩＬ１３、ＩＬ１３Ｒ、ＩＬ１５、ＩＬ１７、ＩＬ１８、ＩＬ２１、ＩＬ２３、ＩＬ２３Ｒ、ＩＬ２７／ＩＬ２７Ｒ（ｗｓｘ１）、ＩＬ２９、ＩＬ−３１Ｒ、ＩＬ３１／ＩＬ３１Ｒ、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ４、ＩＬ４−Ｒ、ＩＬ６、ＩＬ−６Ｒ、インスリン受容体、ジャグド・リガンド、ジャグド１、ジャグド２、ＬＡＧ−３、ＬＩＦ−Ｒ、ルイスＸ、ＬＩＧＨＴ、ＬＲＰ４、ＬＲＲＣ２６、ＭＣＳＰ、メソテリン、ＭＲＰ４、ＭＵＣ１、ムチン−１６（ＭＵＣ１６、ＣＡ−１２５）、Ｎａ／Ｋ  ＡＴＰアーゼ、好中球エラスターゼ、ＮＧＦ、ニカストリン、Ｎｏｔｃｈ受容体、Ｎｏｔｃｈ  １、Ｎｏｔｃｈ  ２、Ｎｏｔｃｈ  ３、Ｎｏｔｃｈ  ４、ＮＯＶ、ＯＳＭ−Ｒ、ＯＸ−４０、ＰＡＲ２、ＰＤＧＦ−ＡＡ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＰＤＧＦＲα、ＰＤＧＦＲβ、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ホスファチジルセリン、Ｐ１ＧＦ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、ＲＡＡＧ１２、ＲＡＧＥ、ＳＬＣ４４Ａ４、スフィンゴシン１リン酸、ＳＴＥＡＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＴＡＧ−７２、ＴＡＰＡ１、ＴＧＦβ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＬＲ２、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ３１、ＴＮＦα、ＴＮＦＲ、ＴＮＦＲＳ１２Ａ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、トランスフェリン、トランスフェリン受容体、ＴＲＫ−Ａ、ＴＲＫ−Ｂ、ｕＰＡＲ、ＶＡＰ１、ＶＣＡＭ−１、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ−Ａ、ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、ＶＩＳＴＡ、ＷＩＳＰ−１、ＷＩＳＰ−２、ＷＩＳＰ−３などが挙げられる。
【００５８】
幾つかの実施形態において、結合部分は、例えば細胞表面受容体の可溶性ドメイン、分泌された結合ポリペプチド、可溶性抗体、構造タンパク質、ならびにそれらの一部および変異体などの、非抗体ポリペプチドを含む。本明細書で用いられる用語「非抗体ポリペプチド」は、抗体の抗原結合ドメインを含まないポリペプチドを指す。本明細書で用いられる活性化可能結合ポリペプチドにおける結合部分としての使用に適した実例の非抗体ポリペプチドとしては、先に列挙された生物学的標的のいずれか、ならびにそれらの一部（例えば、可溶性ドメイン）および変異体が挙げられる。
【００５９】
一実施形態において、活性化可能結合ポリペプチドは、活性化可能抗体である。本明細書で用いられる用語「活性化可能抗体」は、結合部分が全長抗体またはその一部を含む、活性化可能結合ポリペプチドを指す。典型的にはこれらの実施形態において、結合部分は、抗原結合ドメインの少なくとも一部を含む。用語「抗原結合ドメイン」は、本明細書において、抗原結合に参加する免疫グロブリン分子の一部を指す。抗原結合部位は、重（「Ｈ」）鎖および軽（「Ｌ」）鎖のＮ末端可変（「Ｖ」）領域のアミノ酸残基により形成される。「超可変領域」と称される、重鎖および軽鎖のＶ領域内の３つの高多様性ストレッチが、「フレームワーク領域」または「ＦＲ」として公知の、より保存された隣接するストレッチの間に挿入されている。したがって、用語「ＦＲ」は、免疫グロブリン中の超可変領域の間および隣りに天然に見出されるアミノ酸配列を指す。抗体分子において、軽鎖の３つの超可変領域および重鎖の３つの超可変領域は、抗原結合表面を形成するように三次元空間で互いに関して配置される。抗原結合表面は、抗原の三次元表面に相補的であり、重鎖および軽鎖のそれぞれの３個の超可変領域は、「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」と称される。各ドメインへのアミノ酸の割り付けは、Ｋａｂａｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，  Ｂｅｔｈｅｓｄａ,  ＭＤ（１９８７および１９９１））；Ｃｈｏｔｈｉａ ＆ Ｌｅｓｋ，  Ｊ. Ｍｏｌ. Ｂｉｏｌ. １９６:９０１−９１７（１９８７）；Ｃｈｏｔｈｉａ，  ｅｔ ａｌ. Ｎａｔｕｒｅ ３４２:８７８−８８３ （１９８９））の定義に従う。
【００６０】
活性化可能抗体は、例えば、軽鎖および／もしくは重鎖の１つもしくは複数の可変もしくは長可変領域（それぞれＶＬおよび／またはＶＨ）、可変断片（Ｆｖ）、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ断片、一本鎖抗体（ｓｃＡｂ）、一本鎖可変領域（ｓｃＦｖ）、相補性決定領域（ＣＤＲ）、ドメイン抗体（ｄＡＢ）、ＢＨＨもしくはＢＮＡＲ型の単一ドメイン重鎖免疫グロブリン、単一ドメイン軽鎖免疫グロブリン、または生物学的標的に結合することが知られる他のポリペプチドを含んでよい。幾つかの実施形態において、活性化可能抗体は、２個のＦａｂ領域および１個のＦｃ領域を含む免疫グロブリンを含む。幾つかの実施形態において、活性化可能抗体は、多価、例えば二価、三価などである。幾つかの実施形態において、活性化可能抗体は、活性化可能抗体の抗体（またはその一部）成分のＶＬドメインのＮ末端に接続されたプロドメインを含む（例えば、Ｎ末端からＣ末端に向かう、ＭＭ−ＣＭ−ＶＬ、ここで各「−」は、直接的または間接的結合を指す）。幾つかの実施形態において、活性化可能抗体は、活性化可能抗体の抗体（またはその一部）成分のＶＨドメインのＮ末端に接続されたプロドメインを含む（例えば、Ｎ末端からＣ末端に向かう、ＭＭ−ＣＭ−ＶＨ、ここで各「−」は、直接的または間接的結合を指す）。
【００６１】
本明細書で用いられる活性化可能結合ポリペプチドにおける使用に適した抗体およびその一部（例えば個々のＣＤＲに加え、軽鎖および重鎖など）としては、例えば、それぞれが全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ２００９／０２５８４６、ＷＯ２０１０／０９６８３８、ＷＯ２０１０／０８１１７３、ＷＯ２０１３／１６３６３１、ＷＯ２０１３／１９２５４６、ＷＯ２０１３／１９２５５０、ＷＯ２０１４／０２６１３６、ＷＯ２０１４／０５２４６２、ＷＯ２０１４／１０７５９９、ＷＯ２０１４／１９７６１２、ＷＯ２０１５／０１３６７１、ＷＯ２０１５／０４８３２９、ＷＯ２０１５／０６６２７９、ＷＯ２０１５／１１６９３３、ＷＯ２０１６／０１４９７４、ＷＯ２０１６／１１８６２９、ＷＯ２０１６／１４９２０１、ＷＯ２０１６／１７９２８５、ＷＯ２０１６／１７９２５７、ＷＯ２０１６／１７９３３５、ＷＯ２０１７／０１１５８０、ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０５９７４０、米国特許仮出願第６２／４６９，４２９号、同第６２／５７２，４６７号、および同第６２／６１３，３５８に記載されたもののいずれかが挙げられる。本発明の実践で用いられ得る抗体またはその一部の実例での具体的供給源としては、例えば、ベバシズマブ（ＶＥＧＦ）、ラニビズマブ（ＶＥＧＦ）、セツキシマブ（ＥＧＦＲ）、パニツムマブ（ＥＧＦＲ）、インフリキシマブ（ＴＮＦα）、アダリムマブ（ＴＮＦα）、ナタリズマブ（インテグリンα４）、バシリキシマブ（ＩＬ２Ｒ）、エクリズマブ（補体Ｃ５）、エファリズマブ（ＣＤ１１ａ）、トシツモマブ（ＣＤ２０）、イブリツモマブ・チウキセタン（ＣＤ２０）、リツキシマブ（ＣＤ２０）、オクレリズマブ（ＣＤ２０）、オファツムマブ（ｏｆａｔｕｍａｍａｂ）（ＣＤ２０）、オビヌツズマブ（ＣＤ２０）、ダクリズマブ（ＣＤ２５）、ブレンツキシマブ・ベドチン（ＣＤ３０）、ゲムツズマブ（ＣＤ３３）、ゲムツズマブ・オゾガマイシン（ＣＤ３３）、アレムツズマブ（ＣＤ５２）、アブシキシマブ（ａｂｉｃｉｘｉｍａｂ）（糖タンパク質受容体ＩＩｂ／ＩＩＩａ）、オマリズマブ（ＩｇＥ）、トラスツズマブ（Ｈｅｒ２）、トラスツズマブ・エムタンシン（Ｈｅｒ２）、パリビズマブ（ＲＳＶのＦタンパク質）、イピリムマブ（ＣＴＬＡ−４）、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ−４）、Ｈｕ５ｃ８（ＣＤ４０Ｌ）、ペルツズマブ（Ｈｅｒ２−ｎｅｕ）、エルツマキソマブ（ＣＤ３／Ｈｅｒ２−ｎｅｕ）、アバタセプト（ＣＴＬＡ−４）、タネズマブ（ＮＧＦ）、バビツキシマブ（ホスファチジルセリン）、ザルツムマブ（ＥＧＦＲ）、マパツムマブ（ｍａｐａｔｕｍａｍａｂ）（ＥＧＦＲ）、マツズマブ（ＥＧＦＲ）、ニモツズマブ（ＥＧＦＲ）、ＩＣＲ６２（ＥＧＦＲ）、ｍＡＢ５２８（ＥＧＦＲ）、ＣＨ８０６（ＥＧＦＲ）、ＭＤＸ−４４７（ＥＧＦＲ／ＣＤ６４）、エドレコロマブ（ＥｐＣＡＭ）、ＲＡＶ１２（ＲＡＡＧ１２）、ｈｕＪ５９１（ＰＳＭＡ）、エタネルセプト（ＴＮＦ−Ｒ）、アレファセプト（１−９２−ＬＦＡ−３）、アナキンラ（ａｎｋｉｎｒａ）（ＩＬ−１Ｒａ）、ＧＣ１００８（ＴＧＦβ）、アデカツムマブ（ａｄｅｃａｔｕｍｕｍａｂ）（ＥｐＣＡＭ）、フィギツムマブ（ｆｉｇｉｔｕｍａｍａｂ）（ＩＧ���１Ｒ）、トシリズマブ（ＩＬ−６受容体）、ウステキヌマブ（ＩＬ−１２／ＩＬ−２３）、デノスマブ（ＲＡＮＫＬ）、ニボルマブ（ＰＤ１）、ペムブロリズマブ（ＰＤ１）、ピジリズマブ（ＰＤ１）、ＭＥＤＩ０６８０（ＰＤ１）、ＰＤＲ００１（ＰＤ１）、ＲＥＧＮ２８１０（ＰＤ１）、ＢＧＢ−Ａ３１７（ＰＤ１）、ＢＩ−７５４０９１（ＰＤ１）、ＪＮＪ−６３７２３２８３（ＰＤ１）、ＭＧＡ０１２（ＰＤ１）、ＴＳＲ０４２（ＰＤ１）、ＡＧＥＮ２０３４（ＰＤ１）、ＩＮＣＳＨＲ−１２１０（ＰＤ１）、ＪＳ００１（ＰＤ１）、デュルバルマブ（ＰＤ−Ｌ１）、アテゾリズマブ（ＰＤ−Ｌ１）、アベルマブ（ＰＤ−Ｌ１）、ＦＡＺ０５３（ＰＤ−Ｌ１）、ＬＹ−３３０００５４（ＰＤ−Ｌ１）、ＫＮ０３５（ＰＤ−Ｌ１）などが挙げられる（カッコ内に生物学的標的を示す）。
【００６２】
一実施形態において、ＢＭまたはＡＢは、抗ＣＤ１６６抗体またはその一部を含む。実例の抗ＣＤ１６６抗体（またはその一部）としては、例えば、抗ＣＤ１６６抗体のＶＨ領域の全てもしくは一部（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０５およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６によりコードされたものなど）、および／または抗ＣＤ１６６抗体のＶＬ領域の全てもしくは一部（例えば、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１１〜２１５によりコードされたＶＬのいずれかなど）が挙げられる。実例の活性化可能抗ＣＤ１６６抗体としては、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７〜２２１の任意の１つに対応するアミノ酸配列を有する軽鎖と、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２２に対応する重鎖とを含む活性化可能抗ＣＤ１６６抗体が挙げられる。本発明の実践における使用に適した追加的活性化可能抗ＣＤ１６６抗体およびその一部としては、全体として参照により本明細書に組み入れられるＷＯ２０１６／１７９２８５に記載されたものが挙げられる。
【００６３】
ＱＳＰモデルへの導入
特定の実施形態に関係して本明細書で記載される通り、定量システム薬理学（「ＱＳＰ」）モデルは、対象への投与後のインタクト活性化可能抗体種の分布のみならず、一方または両方のＭＭが露出された様々な活性化された抗体種の分布も予測することができる。この目的で、ＱＳＰモデルは、活性化可能抗体に特異的な特性を説明する。そのような特性の例としては、活性化可能抗体のマスキング部分（ＭＭ）を含む相互作用が挙げられ、ＭＭは、親抗体に比較して標的への活性化可能抗体の結合親和性を低減する。そのような相互作用は、活性化可能抗体からのＭＭの放出をもたらす、切断剤による切断可能部分（ＣＭ）の切断、および活性化可能抗体に付着されながらのプロドメインのコンフォメーション変化によるＭＭの「ブリージング」を含み、その両者は、活性化可能抗体の標的結合断片の露出をもたらし得る。指摘した通り、幾つかの実施形態において、ＭＭは、プロドメインの一部としての切断可能部分（ＣＭ）によりＡＢに付着され、ここでＣＭはプロテアーゼ基質として作用し得るポリペプチドである。幾つかの例において、モデルは、マスクの強度、基質の切断可能性、および親抗体の親和性を説明する。
【００６４】
本明細書におけるＱＳＰモデルは、活性化可能抗体を投与された対象の「コンパートメント」を考慮する。必ずではないが典型的には、コンパートメントは、標的コンパートメント（例えば、活性化可能抗体により標的とされる抗原を生成する対象の身体の一部）および少なくとも１つの非標的コンパートメント（例えば、活性化可能抗体が典型的に投与される、対象の血漿などの対象の身体の一部）を含む。各コンパートメントについて、ＱＳＰモデルは、活性化可能抗体の活性および／または動態に影響を及ぼす局所物理的および化学的プロセスを表す。そのようなプロセスとしては、活性化可能抗体のコンパートメント中の輸送および活性化可能抗体の反応が挙げられる。反応の例としては、活性化可能抗体および活性化された抗体による標的への結合、ならびに活性化可能抗体のＭＭ部分に影響を及ぼす反応、例えば活性化可能抗体からのＭＭの切断および活性化可能抗体に付着されながらのＭＭのブリージングが挙げられる。これらのプロセスのそれぞれは、コンパートメント特異的であってよく、即ち、異なるコンパートメントが、活性化可能抗体種の活性および動態に影響を及ぼす異なる環境を提供する。
【００６５】
幾つかの実施形態において、ＱＳＰモデルは、以下の因子の幾つかまたは全てを考慮することにより活性化可能抗体の分布および／または活性を予測する：抗体親和性、マスキング強度、基質安定性、プロテアーゼ活性、受容体密度、腫瘍灌流速度、分配係数および容積。
【００６６】
フローチャート
図２Ａは、活性化可能抗体のためのＱＳＰモデルを作成する例示的方法についてのフローチャートを表す。方法は、参照数字＃１００により表され、モデルを作成する際に用いられるコンピュータシステムがＱＳＰモデルで用いられるコンパートメントについての情報を受け取る、操作＃１１０で始まる。説明された通り、コンパートメントは、対象の身体の一部を表し、典型的には少なくとも１種の標的コンパートメントおよび少なくとも１種の非標的コンパートメントを含む。コンパートメントは一般に、それらが活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量（質量または密度）を決定すること、および／または関連のＰＫ／ＰＤパラメータを決定することに関連するため、選択される。ＱＳＰモデルは、コンパートメントを利用して、活性化可能抗体が異なる環境に供され結果的に異なる反応および／または反応条件に供される、対象の身体の領域の間の境界を提供する。活性化可能抗体は、拡散、灌流、および／または能動輸送などの物理的輸送機構を介してコンパートメント間を移動できる。さらに、そのような物質輸送機構がなくとも、コンパートメント中の活性化可能抗体の濃度は、浸透圧、分解（細胞外または細胞内）、または抗体が必ずしもコンパートメント間を通過しない他の受動的もしくは能動的機構により変化する場合がある。
【００６７】
定義されたこの例示的実施形態におけるコンパートメントにより、システムは次に、各コンパートメント中の薬理学的関連種の同一のものを受け取る。コンピュータシステムがこの情報を受け取る操作＃１２０を参照されたい。これらの種は、それらが活性化可能抗体の時間依存性濃度または量に影響を及ぼすため、選択されてよい。典型的には活性化可能抗体は、１つのそのような種である。他の種としては、活性化可能抗体の１または２個のプロドメインの露出から生じ、切断剤によるＣＭの切断および／またはＭＭのコンフォメーションの露出から生じる可能性がある、活性化された抗体の様々な種が挙げられる。例えば図１Ａの図式に示される通り、活性化可能抗体は、２種の連結されたプロドメインを有するインタクト種（上の３種の構成で示された通り両方のアームに付着およびマスクされた楕円を示す、種目番号１）として表される。この図はまた、１つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号２）、２つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号３）、例えば切断により、活性化可能抗体から除去された１つのプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号４）、例えば切断により、活性化可能抗体から除去された１つのプロドメインおよび１つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号５）、ならびに例えば切断により、活性化可能抗体から除去された２つのプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号６）を含む、異なる種の活性化された抗体を図式的に表す。
【００６８】
標的コンパートメント中の他の薬理学的関連種は、抗原であることが多い標的の種、および活性化された抗体の前述の様々な種と結合された標的の量を含む。幾つかの標的コンパートメントにおいて、標的コンパートメントが腫瘍コンパートメントである場合などでは、薬理学的関連種は、活性化可能抗体のプロドメインのためのプロテアーゼまたは他の切断剤の上昇されたレベルおよび／または活性を含む。ＱＳＰモデルは、全ての種または活性化可能もしくは活性化された抗体が全てのコンパートメント中に存在することを、必ずしも仮定しない。例えばモデルは、プロテアーゼのいずれも、非標的コンパートメント中または末梢コンパートメント中または非腫瘍標的コンパートメント中に存在しないと仮定してよい。操作＃１２０もまた、１種または複数の種のための濃度の値を特定することを含んでよい。種の濃度が、モデルにより表される期間で変動すると仮定される場合、濃度は、初期値として提供されてよい。しかし、種の濃度が、その期間で変動しないと仮定されれば、濃度は、一定として提供され、例えば標的または非標的コンパートメント中の抗原および／またはプロテアーゼの濃度は、一定であると仮定されてもよい。
【００６９】
同定されたコンパートメントおよび各コンパートメント中の関連種により、コンピュータシステムは、コンパートメント中の種の物質輸送および／または反応を表す関連性のセットを受け取る。操作＃１３０を参照されたい。これらの関連性は、１種または複数の種の速度定数、平衡定数、濃度などを含んでよい。特定の実施形態において、これらの関連性の１つまたは複数は、各自の物理的現象（例えば、コンパートメント間で駆動される物質輸送またはコンパートメント内の反応）による種の蓄積または枯渇の速度を提供する。幾つかの実施形態において、関連性の１つまたは複数は、２種以上の種の濃度比またはこれらの種の生成物比である（例えば、平衡定数または分配係数）。特定の実施形態において、コンピュータシステムは、これらの関連性のために速度定数などのパラメータを得る。これらのパラメータの供給源およびそれらを決定する方法の例を、以下に提供する。
【００７０】
受け取った関連性により、コンピュータシステムは、速度定数、種の濃度、および関連性の任意の他の成分を利用して、ＱＳＰモデルを実行するための計算システムにより用いられ得る式のシステムを作成する。操作＃１４０を参照されたい。特定の実施形態において、この操作は、関連性のセットからの情報を、定義された期間での１つまたは複数の種の時間依存性濃度を計算するためにコンピュータシステムが用い得るベクトル、行列、テンソル、指定されたデータ構造、および／または他の構築物に組織化することを含む。式のシステムは一般に、コンパートメント中の種を特徴づける方程式または他の数理のコンピュータ利用可能表示である。特定の実施形態において、式のシステムは、１種または複数のコンパートメントについて１つまたは複数の微分方程式を表す式を含む。幾つかの実装において、操作＃１３０および＃１４０は、一緒に実施される。言い換えれば、コンピュータシステムは、操作＃１３０の関連性をよりコンピュータに有用な式のシステムに最初に変換することなく、式のシステムを直接受け取る。
【００７１】
提供された式のシステムを用いて、コンピュータシステムは、各自の計算システムを、即座に実行可能な形態の式のシステムでプログラミングする。操作＃１５０を参照されたい。幾つかの例において、ＱＳＰモデルを作成するために用いられるコンピュータシステムは、モデルを実行するためにプログラミングされた各自の計算システムと同じである。他の例では、２つのシステムは、物理的または論理的に異なる。操作＃１５０のプログラミングは、適切な初期条件（薬理学的条件）または他の情報が提供されると、計算システムにＱＳＰモデルを実行させる。
【００７２】
操作＃１１０、＃１２０、＃１３０および／または＃１４０における命令またはデータの受け取りは、ＱＳＰモデルを作成するコンピュータシステムによる、またはシステムのための動作を指す。これらの動作は、計算システムを、ＱＳＰモデルを含む命令およびデータでプログラミングすることを担うプロセッサによりアクセス可能なメモリに情報をインプットおよび／保存することを含んでよい。ヒトのユーザーは、ＱＳＰモデルをプログラミングするために用いられ得る計算システムの一部への命令および／またはデータの転送を間接的に担っていてよい。
【００７３】
図２Ｂは、ＱＳＰモデルを用いて対象に投与された活性化可能抗体の動態および／または活性を決定する例示的方法についてのフローチャートを表す。この方法は、参照数字＃２００により表され、ＱＳＰモデルを実行するために用いられる計算システムがアクセスされる、または他の方法で実行に利用させる、操作＃２１０で始まる。特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、図２Ａのプロセスに従う方法を利用して作成される。それでも計算システムは、対象の１種または複数のコンパートメント中の活性化可能抗体を含む物質輸送および／または反応を表す式でプログラミングされる。
【００７４】
利用可能なＱＳＰモデルにより、計算システムは、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度および／またはＰＫ／ＰＤの特徴を予測する方法で、モデルを実行するのに必要な様々なデータおよび／またはコマンドを受け取ることおよび／またはインプットすることができる。例えば計算システムは、各自の活性化可能抗体または活性化された抗体に特異的な特性を受け取っても、および／またはインプットしてもよい。操作＃２２０を参照されたい。そのような特性の例としては、活性化可能抗体および／または活性化された抗体成分の生物学的特徴、例えばＡＢの標的結合の特徴、ＭＭのマスキング強度、およびＣＭによるタンパク質分解切断の感受性が挙げられる。この情報は、親和性定数、切断速度定数などの様々な形態で提供されてもよい。
【００７５】
特定の実施形態において、操作＃２２０は、実施されない。これは、ＱＳＰモデルが唯一の型の活性化可能抗体のために設計されまたは使用される場合であり、それに対し生化学的特性が作成されたＱＳＰモデルに組み入れられる。しかし、ＱＳＰモデルが、複数の型の活性化可能抗体を取り扱うために作成される場合、このモデルを、活性化可能抗体への再設計または適度な変更が対象における活性化可能抗体および／または活性化された抗体のＰＫ／ＰＤ特性にどのように影響を及ぼし得るかを決定するために用いることができる。
【００７６】
操作＃２３０において、計算システムは、活性化可能抗体を投与されるべき対象の条件を受け取る、またはインプットする。本明細書の他の箇所で説明される通り、そのような条件は、内部パラメータと称される場合があり、対象の重量および対象における腫瘍または他の標的コンパートメントの特徴などの情報を含む。内部パラメータは、対象に関する１つもしくは複数のテスト、または対象の測定を実施することにより収集されてよい。例えば腫瘍の特徴は、生検および／またはトモグラフィーから収集されてよい。
【００７７】
操作＃２４０において、計算システムは、活性化可能抗体を対象に投与することに関連する１つまたは複数の薬理学条件を受け取る、またはインプットする。そのような薬理学条件は、外部パラメータと称される場合がある。本明細書で説明される通り、そのようなパラメータは、対象の処置に関し、それらは、活性化可能抗体を対象にどのように投与されるかについての様々な詳細、例えば処置レジメンにおける用量を含んでよい。
【００７８】
利用可能な内部および外部パラメータにより、ＱＳＰモデルは、即座に実行可能である。実行は、図２Ｂの操作＃２５０で表され、操作＃２３０、＃２４０、および場合により＃２５０を介して受け取られたデータおよび／またはコマンドについての様々な数理または数値操作を実施することを含む。数理または数値操作は、例えば図２Ａの操作＃１４０で作成されるような式のシステムを解くための、命令に従うことにより実施される。
【００７９】
実行の間または後に、計算システムは、対象の１種または複数のコンパートメント中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の動態および／または活性に関連する値をアウトプットする。操作＃２６０を参照されたい。これらの値は、コンパートメント（例えば、血漿コンパートメント、末梢コンパートメント、および標的コンパートメント）の１種または複数の中の活性化可能抗体の濃度および活性化された抗体種の濃度、またはそれらの量の時間依存性の表示であってよい。特定の実施形態において、値は、標的コンパートメント中の活性化された抗体の様々な種による標的占有率；末梢コンパートメント中の活性化物の様々な種による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の様々な種の濃度；血漿コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の様々な種の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける活性化された抗体および／または活性化可能抗体の濃度などのＰＤまたはＰＫパラメータである。
【００８０】
種の詳細
活性化可能抗体の詳細
本明細書で説明される通り、インタクト形態の活性化可能抗体は、プロドメインが抗体に化学的に連結され、ＭＭが抗体の結合要素をマスクしている種である。インタクト活性化可能抗体は、親抗体に比較してより低い、標的への結合親和性を有する。活性化された抗体の種としては、完全に切断された活性された化抗体（両方のプロドメインが抗体から切断されている）および一部切断された活性化された抗体（一方のプロドメインが抗体に連結され、他方のプロドメインが抗体から切断されている）が挙げられる。さらに、切断されていないまたは一部切断された活性化可能または活性化された抗体が、「ブリージング」を受けてもよく、ブリージングでは、抗体の１つのアームに連結されたプロドメインが、標的への抗体結合をＭＭが阻害する度合いを変動させるコンフォメーション変化を受ける。本明細書に記載される通り、活性化された抗体の様々な種は、標的へのインタクト活性化可能抗体の結合親和性に比較して低減された、特異的標的への結合親和性阻害を有する。
【００８１】
活性化可能抗体および活性化された抗体の種を含む相互作用の図式が、図１に提供される。活性化可能抗体は、２つの連結したプロドメインを有するインタクト種として（上の３つの構成で示された通り両方のアームに付着およびマスクされた楕円を示す、種目番号１）、続く不可逆的切断反応の連続段階と共に表されている。第一および第二の切断反応は、それぞれ単一切断の活性化された抗体種（種目番号４および５；中段）と、続いて二箇所切断された活性化された抗体（種目番号６；下の左）を生成する。加えて、この図は、抗体への結合のマスキングを反映する可逆的ブリージング反応を示す。ブリージングのコンフォメーションは、二箇所切断された親抗体を除く全ての種で示される。したがってこの図は、１つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号２）、２つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号３）、例えば切断により、活性化可能抗体から除去された１つのプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号４）、例えば切断により、活性化可能抗体から除去された１つのプロドメインおよび１つのコンフォメーション的に露出されたプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号５）、ならびに例えば切断により、活性化可能抗体から除去された２つのプロドメインを有する活性化された抗体（種目番号６）である異なる種の活性化された抗体を図式的に表す。
【００８２】
両方のＭＭを有するインタクト活性化可能抗体種は、親抗体に比較してより低い結合親和性で標的を結合する抗体結合要素をマスクしている。一方のプロドメインが除去されていて他方の結合ドメインがマスクされている活性化された抗体、および一方の結合要素のみがコンフォメーション的に露出されている活性化された抗体は、標的への一価結合を呈する。図１の対角線上の種は、二価結合に利用可能な両方のアームをもたらすブリージングおよび／または切断反応の組み合わせを有する活性化可能抗体である。可逆的ブリージングイベント（二方向の矢印により表される）および不可逆的切断反応（一方向の矢印により表される）は、両者ともモデルで捕捉されてもよい。
【００８３】
標的の詳細
本開示の多くの実施形態において、標的は、本明細書に記載された活性化可能抗体および活性化された抗体の親抗体により特異的に結合される抗原である。標的という用語は時には、標的抗原を不相応に発現する組織、臓器、腫瘍などを含むように拡大される。ＱＳＰモデルの関係では、標的は、非標的コンパートメント中よりも標的コンパートメント中に多量に存在する。ＱＳＰモデルにおける標的コンパートメントとしては、例えば腫瘍コンパートメントおよび末梢コンパートメントを包含する。モデルの幾つかの実施形態において、腫瘍および末梢コンパートメントは両者とも、結合に利用可能な標的の同じ定常状態量を有する。モデルの幾つかの実施形態において、腫瘍および末梢コンパートメントは、標的の合成における差異、標的のリサイクリングにおける差異、またはその両方の差異から生じ得る、結合に利用可能な標的の異なる定常状態量を有し得る。癌を標的とする活性化可能抗体の関係では、標的は一般に、処置される腫瘍に大きく関連する抗原である。幾つかの実施形態において、標的は、癌でない適応症に関連する抗原であってよい。
【００８４】
特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、１種または複数のコンパートメント中の標的量を説明する。標的濃度は、コンパートメント間で変動してよい。特定の実施形態において、コンパートメント中の標的濃度は、一定として取り扱われる。特定の実施形態において、標的濃度は、時間により変動する。ＱＳＰモデルは、様々な方法で標的濃度を説明し得る。例えば予想された一定の標的濃度が、活性化された抗体の種との結合のための速度定数の値に考慮さてよい。あるいは時変性の標的濃度が、活性化可能抗体種の動態または結合に影響を及ぼす速度式の中に明示的に現れてもよい。時変性の標的濃度を用いる場合、ＱＳＰモデルは、標的の発現速度、標的のエンドサイトーシスの速度、および／または任意の各自のコンパートメント中の、多くの場合少なくとも標的コンパートメントの再生速度を提示してもよい。この記載は、標的「濃度」を指したが、コンパートメント中の標的の量は、総量（質量またはモル量）によるなどの、他の方法で反映されてもよい。
【００８５】
プロテアーゼの詳細
本明細書で説明される通り、活性化可能な抗体中の親抗体または活性化された抗体の特定の種に連結されたプロドメインは、切断剤の基質として作用し得るＣＭを含み得る。幾つかの実施形態において、切断剤は、１種または複数の標的関連プロテアーゼであり；プロドメインはその場合、標的の他の場所に比べ標的の付近で優先的に切断および放出され、意図する作用部位で活性化可能抗体の局所活性化をもたらし、続いて非臨床モデルにおいて高い治療指数をもたらす。ＱＳＰモデルは、コンパートメント中のプロテアーゼなどの切断剤の量を明示的または暗示的に取り扱ってもよい。明示的に取り扱われる場合、プロテアーゼ量は、コンパートメントとの関連性において一定の、または時変的な量として存在する。例えばプロテアーゼ濃度は、活性化可能抗体からプロドメインを切断するための速度式中に存在してもよい。あるいはプロテアーゼ濃度は、各自のコンパートメント中の活性化可能抗体の動態に影響を及ぼす速度定数または他のパラメータの値に影響を与えてもよい。
【００８６】
コンパートメントの詳細
ＱＳＰモデルは、活性化可能抗体および活性化された抗体種が異なる環境に供され、結果的に異なる反応および／または反応条件に供される、対象の身体の領域間の境界を提供するようにコンパートメントを定義する。例えば１種のコンパートメントは、比較的高濃度の標的（例えば、抗原）およびリンカー／基質のプロテアーゼを含んでよい。異なるコンパートメントが、比較的低濃度のこれらの種を含有してもよく、または反応性の低い（例えば、細胞外マトリックス中に包埋された）形態でそれらを含有してもよい。コンパートメントは一般に、それらが活性化可能抗体の時間依存性濃度もしくは量を決定すること、および／または関連するＰＫ／ＰＤパラメータを決定することに関連するため、モデルに選択される。
【００８７】
ＱＳＰモデルにおけるコンパートメントは、対象の身体の領域間の境界を提供するが、モデルは典型的には、拡散、灌流および／または能動輸送などの物理的輸送機構を介したコンパートメント間の活性化可能抗体および活性化された抗体種の動きを説明するように設計される。さらに、そのような物質輸送機構がなくとも、コンパートメント中の活性化可能抗体または活性化された抗体の濃度は、浸透圧、または抗体が必ずしもコンパートメント間を通過しない他の機構により変化する場合がある。
【００８８】
特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、少なくとも１種の標的コンパートメントおよび少なくとも１種の非標的コンパートメントを含む。標的コンパートメントは、少なくとも１種の他のコンパートメントに比較してより高い標的濃度または量を有してよい。あるいは標的コンパートメントは、対象の体内の腫瘍または他の有害な特色を含有する環境を表してもよい、即ち標的コンパートメントは、活性化可能抗体が疾患または他の有害な作用の影響を低減することを意図される場所である。特定の実施形態において、標的コンパートメントは、最高濃度の標的を有するコンパートメントではなく、それは、活性化可能抗体を選択的に活性化する環境を含有し、例えばそれは、活性化可能抗体からＭＭを切断するプロテアーゼを高濃度で含有する。
【００８９】
幾つかの例において、非標的コンパートメントは、活性化可能抗体が投与されるコンパートメントである、時にはそのようなコンパートメントは、「中心」コンパートメントと称される。一例において、非標的コンパートメントは、血漿コンパートメントである。
【００９０】
特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、３種以上のコンパートメントを用いる。１種の標的コンパートメントと、２種以上の非標的コンパートメントとが存在してもよい。例えば、血漿コンパートメントであり得る中心コンパートメントと、対象における１種または複数の非標的臓器または組織を表す「末梢」コンパートメントとが存在してもよい。末梢コンパートメントは、生理学的であっても、またはそうでなくてもよく、例えばそれは、複数の非標的臓器／組織、または１つの臓器もしくは組織のサブセットを含有してよい。
【００９１】
幾つかの例において、コンパートメントは、実際の生体系に直接位置しない。例としてコンパートメントは、活性化可能抗体または活性化された抗体種の幾つかのＰＤ／ＰＫ関連活性または動態のプレースホルダに位置する。プレースホルダは、生物体中の未知の場所または機能であってもよい。
【００９２】
ＱＳＰモデルのためのコンパートメント配列の例を、図２（ｂ）に表す。表された配列は、血漿、末梢、および腫瘍コンパートメントを含む。同時に、活性化可能抗体の６種全ての形態／種が、血漿、末梢、および腫瘍コンパートメントに分布する。末梢および腫瘍コンパートメントにおいて、活性化可能または活性化された抗体のサブセットは、それぞれブリージングまたは切断結合部位の数に応じて、一価の（１）または二価の（２）結合に携わってもよい。末梢コンパートメント中の循環する活性化可能および活性化された抗体ならびに結合していない活性化可能および活性化された抗体（３）、ならびに内在化された活性化可能および活性化された抗体（５）は全て、除去されてもよい。活性化可能および活性化された抗体による結合に利用可能である標的（４）の量は、コンパートメント中の標的の発現および内在化速度により決定される。
【００９３】
反応および輸送の詳細
説明された通り、ＱＳＰモデルは、コンパートメントのそれぞれにおける活性化可能および活性化された抗体種の濃度に影響を及ぼす物質輸送および反応についての様々な関連性および他の詳細を利用する。例えばＱＳＰモデルは、活性化可能および活性化された抗体のブリージング、切断、血漿除去、組織および腫瘍生体分布、受容体結合、ならびに／または受容体−薬物複合体エンドサイトーシスのメカニズムに基づいてよい。特定の実施形態において、反応は、零次、一次、および二次の質量作用の関連性でモデリングされる。
【００９４】
特定の実施形態において、活性化可能抗体は、最初に、２種のプロドメインを有するインタクト部分として表され、次に基質タンパク質分解速度およびプロテアーゼ濃度の両方を捕捉する擬一次速度定数ｋｃｌｅａｖｅ（ｓ−１）により特徴づけられる不可逆的切断反応の連続段階を表す。第一および第二の切断反応は、それぞれ、単一切断の活性化された抗体種を作製し、次に二箇所切断された親の活性化された抗体を生じる。加えて特定の実施形態において、親抗体に結合するマスクを反映する可逆的ブリージング反応が、二箇所切断された親活性化された抗体以外の全てに含まれる。幾つかの実装において、ブリージング反応は、マスク閉鎖（ｋｃｌｏｓｅ、ｓ−１）および開放（ｋｏｐｅｎ、ｓ−１）についての一次速度定数の比率（Ｋｍａｓｋ）に関して表される。両方のマスクが閉鎖された活性化可能抗体が、それが標的を結合しないようにモデリングされてよいが、一方のマスクが閉鎖された単一切断活性化された抗体と一方のマスクが解放されたインタクト活性化された抗体の両方は、標的への一価結合を呈するとして取り扱われ得る。特定の実施形態において、活性化可能および活性化された抗体の種は、図１（ｂ）に表された通り血漿、末梢、および腫瘍コンパートメントに分布できる。特定の実施形態において、全ての遊離の活性化可能および活性化された抗体種は、同じ一次速度定数ｋｅｌ（ｓ−１）で血漿コンパートメントから除去されると仮定される。モデルは、血漿コンパートメント中の活性化可能および活性化された抗体種を、それぞれコンパートメント間輸送速度定数ｋ１２（ｓ−１）およびｋ２１（ｓ−１）で末梢コンパートメントと平衡にさせ得る。モデルはまた、血漿活性化可能および活性化された抗体種を、コンパートメント間輸送速度定数ｋ１３（ｓ−１）およびｋ３１（ｓ−１）で腫瘍コンパートメントにさらに分布させ得る。幾つかの実装において、定数ｋ１３（ｓ−１）およびｋ３１（ｓ−１）は、腫瘍対する血漿の定常状態活性化可能および活性化された抗体濃度比（分配係数ｐ）および腫瘍に対する血漿の灌流速度（Ｑ（ｓ−１））から誘導される。末梢および腫瘍の両コンパートメント内で、一価および二価の活性化された抗体種は、順方向の速度ｋｏｎ１（ｎＭ−１ｓ−１）ならびにそれぞれｋｏｎ１およびｋｏｎ２（ｎＭ−１ｓ−１）の両方、ならびに逆方向の速度定数ｋｏｆｆ１（ｓ−１）で標的を結合し得る。特定の実施形態において、ｋｏｎ２は、アビディティが重大でない（即ち、ｋｏｎ１＝ｋｏｎ２）という仮定の下で推定される。末梢および腫瘍の両方における標的発現はそれぞれ、標的の合成ならびにエンドサイトーシスの速度定数ｋｓｙｎＲ（ｎｍｏｌ ｓ−１）およびｋｅｎｄｏ（ｓ−１）に左右され得る。幾つかの実装において、腫瘍に対する血漿の比ＰＴおよび灌流速度ＱＴ（ｓ−１）を記載した定数ｋ１３（ｓ−１）およびｋ３１（ｓ−１）は、以下の通り誘導された：
ｋ１３＝ＱＴＰＴ／（ＰＴ＋Ｖ１／Ｖ２）
ｋ３１＝ＱＴ／（１＋ＰＴ Ｖ２／Ｖ１）
【００９５】
ＱＳＰモデルで用いられ得る関連性の例は、以下の通りである。特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、これらの関連性の任意の１つまたは複数を用いる。特定の実施形態において、ＱＳＰモデルは、これらの関連性の任意の２つ以上を用いる。
【００９６】
切断された活性化された抗体（ＡＡ）を生成する速度（一次）：
ｄ［ＡＡｃｌｅａｖｅｄ］／ｄｔ  ＝ ｋｃｌｅａｖｅ［ＡＡｕｎｃｌｅａｖｅｄ］
もちろん、一部切断されたＡＡを生成するための１つの、および完全に切断されたＡＡを生成する第二の、２つのこれらの式が存在してもよい。
【００９７】
「ブリージング」コンフォメーションにおける平衡（一次）：
Ｋｍａｓｋ  ＝ ［ｋｃｌｏｓｅ／ｋｏｐｅｎ］
【００９８】
血漿（または他のコンパートメント）からの除去（一次）：
ｄ［ＡＡ］／ｄｔ  ＝ ｋｅｌ［ＡＡ］
任意の所与のコンパートメントにおいて、切断されていない、一部切断された、および完全に切断された３種のＡＡのそれぞれについてこれらの式の１つが存在してもよい。
【００９９】
任意の１つのコンパートメントから異なるコンパートメントへの物質輸送（一次）：
ｄ［ＡＡ］／ｄｔ ＝ ｋ１２［ＡＡ］
この式において、１および２は、２つの異なるコンパートメントを表す。３つのＡＡ種のそれぞれについて別々の物質輸送式が存在してもよい。
【０１００】
標的へのＡＡ結合（二次）：
ｄ［ＡＡ］／ｄｔ  ＝ −ｋｏｎ［ＡＡ］［抗原］
標的および末梢コンパートメントのそれぞれにおいて、一価の（一部切断された）および二価の（完全に切断された）ＡＡについて別々の式が存在してもよい。
【０１０１】
標的からの結合ＡＡの放出（一次）：
ｄ［ＡＡ］／ｄｔ  ＝ ｋｏｆｆ［ＡＡｂｏｕｎｄ］
【０１０２】
標的発現（零次）：
ｄ［抗原］／ｄｔ  ＝ ｋｓｙｎＲ
【０１０３】
標的エンドサイトーシス（一次）：
ｄ［抗原］／ｄｔ  ＝ −ｋｅｎｄｏ［抗原］
【０１０４】
計算システムにおいてＱＳＰモデルを表すための式
議論された通り、本開示のＱＳＰモデルは、各コンパートメント中の種の１つまたは複数を特徴づける数式を表す命令を実行する。数理的表示は、各コンパートメント中の種の関連性および量の式のセットとして提供される。幾つかの実装において、各コンパートメントは、１つまたは複数の別々の数式を有し、各種について１つがコンパートメント中で検討される。式は、上記の反応および輸送現象などの、関連性を規定することに対応する。数理的表示は、該当するコンパートメント中の目的の成分の時変濃度を表示または予測するのに（計算により）充分な全ての情報を含んでよい。
【０１０５】
例えば血漿コンパートメントは、活性化可能および活性化された抗体の種（切断されていない、一部切断された、および完全に切断された）のそれぞれの反応および輸送を表す数式を有してよい。同様に、標的コンパートメントは、標的、プロテアーゼなどの切断剤に加え、活性化可能および活性化された抗体の種のそれぞれの反応および輸送を表す数式を有してよい。同様に、末梢コンパートメントは、活性化可能および活性化された抗体の種のそれぞれの反応および輸送を表す数式を有してよい。別法を述べると、切断されていない活性化可能および活性化された抗体、一部切断された活性化された抗体、完全に切断された活性化された抗体、ならびに標的が、標的コンパートメント中でモデリングされる場合、少なくとも４種の別の数式が、標的コンパートメントのために、標的コンパートメント中の種のそれぞれに１つ提供される。
【０１０６】
特定の実施形態において、数式は、特定のコンパートメント中の目的の種の時間依存性の表示を提供する微分方程式である。微分方程式は、特定のコンパートメント中の目的の種の濃度または量に影響を及ぼす速度定数または他のパラメータのベクトルおよび／または行列を含んでよい。幾つかの例では、微分方程式は、以下の方程式により表される：
【数１】
2021518603.tif 000003
【０１０７】
この表現において、ｘは、種の濃度または量であり、ｔは、時間であり、ｋは、零次速度定数のベクトルであり、Ａは、一次速度定数のｎ×ｎ行列であり、Ｂは、二次速度定数のｎ×ｎ行列である。
【０１０８】
これらのおよび他の実装において、個々のコンパートメント中の成分濃度の各自の微分方程式および／または他の数理表示は、典型的には数値的手段により、同時に解かれて、コンパートメントのそれぞれにおける成分のそれぞれの時間依存性の値を提供する。一例において、ＱＳＰモデルは、オープンソースソフトウェアであり以下のウェブサイト：ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｋｒｏｎｅｃｋｅｒｂｉｏに保持される、ＫｒｏｎｅｃｋｅｒＢｉｏバージョン０．４を用いて実装される。さらなる例として、シミュレーション実行、パラメータ推定、およびパラメータスキャンが、ＭＡＴＬＡＢバージョン２０１５ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ、マサチューセッツ州ネイティック所在）を用いて実施される。
【０１０９】
時間依存性濃度について解くために、反応および輸送についての速度定数および他の情報が必要されるだけでなく（例えば、計算システムにプログラミングされた微分方程式により）、対象に特異的なパラメータのセットも必要とされる。これらは、内部パラメータおよび外部パラメータを含む。内部パラメータは、対象に特異的であり対象を処置する医師または臨床医の管理下にないパラメータである。外部パラメータは、医師または臨床医の管理下のパラメータである。内部パラメータの例としては、対象の重量、および対象に特異的なコンパートメントの特徴が挙げられる。標的コンパートメントの場合、関連のパラメータの例としては、腫瘍のサイズおよび標的の濃度または生成速度が挙げられる。外部パラメータの例としては、投与された活性化可能抗体の用量、活性化可能抗体の投与頻度、活性化可能抗体と同時に投与される他の医薬などが挙げられる。
【０１１０】
それゆえ幾つかの実装において、計算システムは、活性化可能抗体種、およびおそらく他の種の活性および／または動態を表す数式で、コンパートメントごとにプログラミングされる。この手法でプログラミングされた計算システムは、様々な内部パラメータおよび／または外部パラメータをインプットとして受け取り、その後、ＱＳＰモデルを実行して、活性化可能抗体種、およびおそらく他の種の時変濃度について解くことができる。様々なコンパートメント中のこれらの様々な成分の時変濃度を用いて、様々な薬物動態学および薬力学的パラメータを作成できる。これらのパラメータの例としては、以下のものが挙げられる：標的コンパートメント中の活性化可能抗体による標的占有率；末梢コンパートメント中の活性化および／または活性化可能抗体による標的占有率；治療濃度域；標的コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；末梢コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；血漿コンパートメントにおける標的介在性薬物動態；標的コンパートメントにおける活性化および／または活性化可能抗体の濃度；血漿コンパートメントにおける活性化および／または活性化可能抗体の濃度；ならびに末梢コンパートメントにおける活性化および／または活性化可能抗体の濃度。
【０１１１】
ＱＳＰモデルをプログラミングするために必要な速度定数および他のパラメータを得ること
ＱＳＰモデルにプログラミングされた速度定数および他のパラメータ（例えば、数値解のための常微分方程式に含まれる）は、文献参照を含む様々な供給源および実験による較正から得ることができる。較正は、インビトロまたはインビボで実行されてもよい。
【０１１２】
特定の実施形態において、除去またはコンパートメント間の輸送のための物質輸送速度定数の決定は、少なくとも、１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体の濃度の時変値を評価することにより遂行される。同様に特定の実施形態において、抗体結合、切断などの反応速度定数の決定は、少なくとも、１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体の濃度の時変値を評価することにより遂行される。これらの決定は、活性化された抗体および／または活性化可能抗体について別々に実施されてよい。
【０１１３】
幾つかの実施形態において、活性化可能抗体および／または活性化された抗体の物質輸送または反応を特徴づける速度定数または他のパラメータの決定は、１名または複数の被験対象から採取された試料中の活性化可能抗体および／または活性化された抗体の濃度の時変値を評価する目的関数を適用することを含む。幾つかの実装において、目的関数は、対数尤度関数である。
【０１１４】
開示された計算の実施形態についての状況
本明細書に開示された特定の実施形態は、ＱＳＰモデルを作成および／または利用するためのシステムに関する。本明細書に開示された特定の実施形態は、そのようなシステムに実装されるＱＳＰモデルを作成および／または利用するための方法に関する。ＱＳＰモデルを作成するためのシステムは、対象における活性化可能抗体の活性および動態を表すために用いられる式または関連性を較正するためのデータを分析するように構成されてよい。そのような較正において、システムは、対象における活性化可能抗体を特徴づける速度定数または他のパラメータ値を決定してよい。ＱＳＰモデルを作成するためのシステムはまた、対象の１種または複数のコンパートメントにおける物理的プロセスを表すプログラムコードなどのデータおよび命令を受け取るように構成されてよい。この手法では、ＱＳＰモデルは、そのようなシステムで作成またはプログラミングされる。ＱＳＰモデルを用いるためのプログラミングされたシステムは、（ｉ）対象を特徴づける薬理学的条件などのインプットを受け取るように、かつ（ｉｉ）対象の１種または複数のコンパートメント中の活性化可能抗体の動態および／または活性を決定する命令を実行するように、構成されてよい。この目的で、システムは、１種または複数のコンパートメント中の活性化可能抗体の時間依存性濃度を計算してもよい。
【０１１５】
様々なコンピュータアーキテクチャのいずれかを有する計算システムの多くの型が、そのようなモデルを作成および／または較正するためのＱＳＰモデルおよびアルゴリズムを実装するための開示されたシステムとして用いられてよい。例えばシステムは、プログラマブルロジックデバイス（例えば、フィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ））などの１種または複数の汎用プロセッサまたは特別に設計されたプロセッサで実行するソフトウェアコンポーネントを含んでよい。さらにシステムは、単一デバイス上に実装されても、または複数のデバイスに分配されてもよい。計算要素の関数は、互いに結合されても、または複数のサブモジュールにさらに分割されてもよい。
【０１１６】
幾つかの実施形態において、適宜プログラミングされたシステムでのＱＳＰモデルの作成または実行の間に実行されるコードは、コンピュータデバイス（パーソナルコンピュータ、サーバー、ネットワーク機器など）を作製するための複数の命令を含む、不揮発性記憶媒体（光ディスク、フラッシュメモリデバイス、モバイルハードディスクなど）に保存され得るソフトウェアエレメントの形態で具体化され得る。
【０１１７】
あるレベルで、ソフトウェアエレメントは、プログラマー／デベロッパにより作成されたコマンドのセットとして実装される。しかし、コンピュータソフトウェアにより実行され得るモジュールソフトウェアは、特殊な機械言語命令のセットから選択される「機械コード」またはハードウェアプロセッサに設計された「ネイティブ命令（ｎａｔｉｖｅ  ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ）」を用いてメモリにコミットされる実行可能なコードである。機械言語命令セットまたはネイティブ命令セットは、公知であり、本質的にハードウェアプロセッサ（複数可）に構築される。これは、それによりシステムおよびアプリケーションソフトウェアがハードウェアプロセッサと通信する、「言語」である。各ネイティブ命令は、プロセシングアーキテクチャにより認識され、算術、アドレス指定、または制御関数のための各自のレジスタ；各自のメモリ場所またはオフセット；ならびにオペランドを解釈するために用いられる各自のアドレス指定モードを指定できる、別個のコードである。より複雑な操作は、これらの簡単なネイティブ命令を組み合わせることにより組み立てられ、それらは連続で実行されるか、または他の方法で制御フローの命令により命令される。
【０１１８】
実行可能なソフトウェア命令とハードウェアプロセッサの間の相互関係は、構造的である。言い換えれば、命令自体は、一連の記号または数値である。それらは本来、任意の情報を運搬しない。それは、目的をもって記号／数値を解釈するように予め構成されたプロセッサであり、命令に意味を付与する。
【０１１９】
本明細書で用いられるモデルは、１つの場所の１つの機械で、１つの場所の複数の機械で、または複数の場所の複数の機械で実行するように構成されてよい。複数の機械が用いられる場合、個々の機械は、それらの個別のタスクに合わせて調整されてよい。例えば、大きなコードブロックおよび／または少なからぬプロセシングキャパシティを必要とする操作は、大型機械および／または固定機械に実装されてよい。そのような操作は、試料が獲得される場所、またはデータがインプットされる場所から離れたハードウェアに、例えば、試料の画像を捕捉するフィールドデバイスにネットワークにより接続されたサーバーまたはサーバーファームに実装されてよい。計算機負荷の重くない操作が、臨床評価の場所で用いられる持ち運び可能な、または移動性のあるデバイスに実装されてもよい。
【０１２０】
加えて、特定の実施形態は、様々なコンピュータ実装操作を実施するためにプログラム命令および／またはデータ（データ構造を含む）を含む有形の、および／または非一時的なコンピュータ読み取り可能媒体に関する。コンピュータ読み取り可能媒体の例としては、半導体メモリデバイス、相変化デバイス、磁気媒体、例えばディスクドライブ、磁気テープ、光学媒体、例えばＣＤ、磁気・光学媒体、ならびに読み取り専用デバイス（ＲＯＭ）およびランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）などのプログラム命令を保存および実施するように特別に構成されたハードウェアデバイスが挙げられるが、これらに限定されない。コンピュータ読み取り可能媒体は、エンドユーザーにより直接制御可能であってよく、または媒体が、エンドユーザーにより間接的に制御されてもよい。直接制御される媒体の例としては、ユーザーの施設に配置された媒体および／または他の物体と共有されない媒体が挙げられる。間接的に制御される媒体の例としては、外部ネットワークを介して、および／または「クラウド」などの共有物資を提供するサービスを介して、ユーザーに間接的にアクセス可能な媒体が挙げられる。プログラム命令の例は、コンパイラにより生成されるような機械コード、およびインタープリタを用いてコンピュータにより実行され得るより高レベルのコードを含むファイルの両方を含む。
【０１２１】
様々な実施形態において、開示された方法および装置の中で用いられるデータまたは情報は、電子形式で提供される。そのようなデータまたは情報としては、活性化可能抗体を対象に投与することに関連する薬理学的条件、対象の生来の特徴、速度定数などのモデルパラメータ、ＰＫ／ＰＤ結果などを挙げることができる。本明細書で用いられる通り、電子形式で提供されるデータまたは他の情報は、機械への保存および機械間の転送に利用可能である。従来から、電子形式でのデータは、デジタル式で提供され、様々なデータ構造、リスト、データベースなどにおいてビットおよび／またはバイトとして保存されてもよい。データは、電子的、光学的などで具体化されてもよい。
【０１２２】
特定の実施形態において、ＱＳＰモデルはそれぞれ、ユーザーとおよびシステムソフトウェアと連動するアプリケーションソフトウェアの形態と見なされ得る。システムソフトウェアは典型的には、コンピュータソフトウェアおよび関連のメモリと連動する。特定の実施形態において、システムソフトウェアは、オペレーティングシステムソフトウェアおよび／またはファイアーウェアに加え、システムにインストールされた任意のミドルウェアおよびドライバーを含む。システムソフトウェアは、コンピュータの基本的な非タスク特有機能を提供する。反対に、モジュールおよびほかのアプリケーションソフトウェアは、特有のタスクを遂行するために用いられる。モジュールのための各ネイティブ命令は、メモリデバイスに保存され、数値により表される。
【０１２３】
例示的なコンピュータシステム８００を、図７に表す。図示された通り、コンピュータシステム８００は、インプット／アウトプットサブシステム８０２を含み、それは、アプリケーションに応じてヒトユーザーおよび／または他のコンピュータシステムとの相互作用のためのインターフェースを実装してよい。本発明の実施形態は、インプットされたプログラムの状態および／またはヒトユーザーからのデータを受け取るため（例えば、ＧＵＩまたはキーボードを介して）、およびそれらをユーザーに再度表示するために用いられるＩ／Ｏサブシステム８０２と共にシステム８００上にプログラムコードで実装されてよい。Ｉ／Ｏサブシステム８０２は、例えばキーボード、マウス、グラフィカルユーザーインターフェース、タッチスクリーン、または他のインプット用インターフェース、ならびに例えばＬＥＤもしくは他のフラットスクリーンディスプレイ、または他のアウトプット用インターフェースを含んでよい。発注エンジン２０８などの本開示の実施形態の他の要素が、コンピュータシステム８００のものと同様であるがおそらくＩ／Ｏを有しないコンピュータシステムと共に実装されてよい。
【０１２４】
プログラムコードが、永続性記憶装置８１０またはメモリ８０８またはその両方などの非一時媒体に保存されてよい。１つまたは複数のプロセッサ８０４が、１つまたは複数の非一時媒体からのプログラムコードを読み取り、コードを実行して、本明細書に記載されたＱＳＰモデルを作成または利用することに関与する方法などの、本明細書の実施形態により実施される方法をコンピュータシステムが遂行できるようにする。プロセッサが、トレーニングを実行するため、および／または操作をモデリングするための命令文などの、ソースコードを受諾し、ソースコードをプロセッサのハードウェアゲートレベルで理解可能な機械コードに翻訳またはコンパイルし得ることは、当業者に理解されよう。バスが、Ｉ／Ｏサブシステム８０２、プロセッサ８０４、周辺デバイス８０６、メモリ８０８、および永続性記憶装置８１０をつなぐ。
【０１２５】
結果／実施例
実施例１：カニクイザルにおける抗ＣＤ１６６活性化可能抗体（ＡＡ）の薬物動態（ＰＫ）試験
この例示的試験において、抗ＣＤ１６６抗体の被験物質を、カニクイザルの被験対象に投与し、例示的薬物動態学（ＰＫ）データを作成した。ＣＤ１６６はまた、分化抗原群１６６、活性化白血球細胞接着分子（ＡＬＣＡＭ）、および／またはＭＥＭＤとしても知られる。ＣＤ１６６は、それが多くの腫瘍型において高度かつ均質に発現されるが正常組織での発現が伝統的なｍＡｂにとって問題であるため、癌治療の魅力的ターゲットの一例である。したがって抗ＣＤ１６６抗体から抗ＣＤ１６６活性化可能抗体への修飾は、患者における安全性および有効性に関して利益を提供し得る。
【０１２６】
これらの例示的データを用いて、分子種レベルおよびコンパートメントレベルの両方で異なる基質（それぞれＳ１およびＳ２と称する）およびマスク（それぞれＭ１およびＭ２と称する）を用いる抗ＣＤ１６６活性化可能抗体の本開示のＱＳＰモデルを報告した。
【０１２７】
この試験において、親抗ＣＤ１６６抗体は、ＣＤ１６６−ｍＡｂ（０，０）と称され、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０７の可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）を含む軽鎖と、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６の可変重鎖ドメイン（ＶＨ）を含む重鎖とを有する。抗ＣＤ１６６活性化可能抗体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１２のＶＬを含む軽鎖とＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６のＶＨを含む重鎖を有するＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ１，Ｓ１）、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１４のＶＬを含む軽鎖とＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６のＶＨを含む重鎖を有するＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ１，Ｓ２）、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１１のＶＬを含む軽鎖とＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６のＶＨを含む重鎖を有するＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，Ｓ１）、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１３のＶＬを含む軽鎖とＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６のＶＨを含む重鎖を有するＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，Ｓ２）と称される。Ｍ１およびＭ２は、異なるマスキング部分（ＭＭ）を指し、Ｓ１およびＳ２は、異なる切断可能部分（ＣＭ）を指す。ＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，０）と称される６番目の被験物質は、Ｍ１のＭＭを有するが切断部分を欠く抗ＣＤ１６６活性化可能抗体である（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１５のＶＬを含む軽鎖およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０６のＶＨを含む重鎖）。
【０１２８】
６種の被験物質のそれぞれを、１日目に緩やかなボーラス静脈内注射を介してカニクイザル２匹（雄１匹、雌１匹）に投与した。各被験物質の用量レベルは、３、５および１０ｍｇ／ｋｇを含んだ。対照の血清中の抗ＣＤ１６６被験物質のレベルを、投与後２１日までの様々な時点で測定した。ＰＫ試験からのカニクイザルのヘパリンリチウム血漿試料中の活性化可能抗体および抗体濃度を、サンドイッチ比色ＥＬＩＳＡ法を利用して決定した。このＥＬＩＳＡ法は、抗体を捕捉する働きがあるヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）を利用した。標準、品質対照（ＱＣ）試料、および試験試料中の被験物質を、固定されたヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）により捕捉した。西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）標識ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）を、検出試薬３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）と併せて、捕捉された抗ＣＤ１６６プロボディの検出に用いた。
【０１２９】
図３Ａ、３Ｂ、および３Ｃに示される通り、カニクイザルにおける示された被験物質の観察されたＰＫを、投与後の示された時点で示す。図３Ａ、３Ｂおよび３Ｃは、それぞれ３ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇおよび１０ｍｇ／ｋｇ投与量のＰＫ（被験物質の総量）を中抜きの点として示す。
【０１３０】
本開示のＱＳＰモデルを、活性化可能抗体のブリージング、切断、一次血漿除去、組織および腫瘍生体分布、受容体結合、ならびに受容体および受容体−薬物複合体のエンドサイトーシスの既知のメカニズムに基づき開発した。反応は全て、零次、一次および二次の質量作用反応（ｍａｓｓ  ａｃｔｉｏｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）でモデリングされる。
【０１３１】
モデルは全て、ＫｒｏｎｅｃｋｅｒＢｉｏバージョン０．４を用いて実装した。シミュレーション実行、パラメータ推定、およびパラメータスキャンを、ＭＡＴＬＡＢバージョン２０１５ｂ（Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ、マサチューセッツ州ネイティック所在）を用いて実施した。ＫｒｏｎｅｃｋｅｒＢｉｏは、オープンソースソフトウェアであり、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｋｒｏｎｅｃｋｅｒｂｉｏに保持される。これらのシミュレーションに用いられるＫｒｏｎｅｃｋｅｒＢｉｏのこのバージョンは、使用前にテストされ、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＭａｔｈ（マサチューセッツ州リンカーン所在）により保管されている。Ｋｒｏｎｅｋｅｒは、この系を、以下の形態を含む常微分方程式の系として記載する：
【数２】
2021518603.tif 000004
（ここでｋは、零次速度定数のベクトルであり、Ａは、一次速度定数のｎ×ｎ行列であり、Ｂは、二次速度定数のｎ×ｎ行列である）。これらの行例の値を、補助的材料として提供する。
【０１３２】
本開示のＱＳＰモデルを、異なる活性化可能抗体分子のそれぞれについて、ＰＫデータセットのそれぞれに較正した。推定を６分子全てで同時に実施し、生理学的モデルのパラメータ（血漿容積、標的発現など）が分子を通して、および共通する分子の特色（オープンの、または切断されたプロソディ（ｐｒｏｓｏｄｙ）の一価結合親和性、一次除去速度、中心から末梢への分配速度）を記載するパラメータを通して一定であると仮定した。分子間の差異を記載するパラメータ（マスク強度および切断速度）を、ベイジアン法とガウス対数尤度関数を用いて同時に推定した。手短に述べると、シミュレーションを、Ｋｍａｓｋおよびｋｃｌｅａｖｅの様々なパラメータ値で実行した。シミュレーションをデータに比較し、対数尤度関数を算定した。本開示のＱＳＰモデルで使用または決定された例示的パラメータを、表１に示す。
【表１】
2021518603.tif 000005
【０１３３】
表１および２の参考資料
（１）Ｄｏｎｇ ＪＱ，  Ｓａｌｉｎｇｅｒ ＤＨ，  Ｅｎｄｒｅｓ ＣＪ，  Ｇｉｂｂｓ ＪＰ，  Ｈｓｕ ＣＰ, Ｓｔｏｕｃｈ ＢＪ，  ｅｔ ａｌ. “Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｆｏｒ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： ｒｅｔｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｏｎｋｅｙ ａｓ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｆｏｒ ｆｉｒｓｔ−ｉｎ−ｈｕｍａｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ.” Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔ. ２０１１；  ５０（２）：１３１−４２。
（２）Ｄａｖｉｅｓ Ｂ，  Ｍｏｒｒｉｓ  Ｔ. “Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ ｉｎ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ａｎｉｍａｌｓ ａｎｄ  ｈｕｍａｎｓ.” Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ. １９９３；  １０（７）：１０９３−５。
（３）Ｌａｕｆｆｅｎｂｕｒｇｅｒ ＤＡ，  Ｌｉｎｄｅｒｍａｎ ＪＪ. Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｍｏｄｅｌｓ ｆｏｒ  ｂｉｎｄｉｎｇ，  ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇ，  ａｎｄ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ. １９９３。
【０１３４】
次に、本開示のＱＳＰモデルを較正して、観察されたカニクイザルＰＫデータをあてはめた。パラメータスキャンを実行して、各分子についてのデータを与えられたＫｍａｓｋ比およびｋｃｌｅａｖｅの尤度を算定し、ｋｍａｓｋおよびｋｃｌｅａｖｅ以外のパラメータを表１の値に設定した。マスクＭ２の周辺確率は、単離された最小値を生じ；マスクＭ１の周辺確率は、片側最小値を生じ、これは、非結合分子と識別不能であったことを示唆している。親抗体（マスク群のないＣＤ１６６−ｍＡｂ（０，０））の場合、周辺確率は、マスク強度が、マスク群を有しない分子と一致して非常に低くなければならないことを示唆した。ｋｃｌｅａｖｅの場合、Ｓ１およびＳ２基質についての周辺確率は、切断可能でない基質と識別不能であった。同様に、親抗体について推定されたｋｃｌｅａｖｅは、切断可能基質を欠く親抗体と一致して、単に非常に高速となる見込みのある片側分布であった。ユニークなｋｃｌｅａｖｅを、切断可能基質について推定できなかったが、最大尤度の逆関数を、＜３ｅ−７ｓ−１のｋｃｌｅａｖｅ推定値に結び付けた。
【０１３５】
図３Ａ、３Ｂ、および３Ｃは、評価に投入された用量レベル、マスク強度、および基質にわたり観察されたサルＰＫデータへの、本開示のＱＳＰモデルの適切なあてはめを示唆する。最も注目すべきことに、観察されたデータは、全用量レベルにわたり、ＱＳＰモデルにより捕捉された親ＣＤ１６６−ｍＡｂ（０，０）についての標的介在性薬物動態（ＴＭＤＤ）の証拠を呈した。３ｍｇ／ｋｇ用量レベルでは、観察されたデータは、ＣＤ１６６活性化可能抗体全体の動態におけるＴＭＤＤの重要性の低下を示唆し、非切断可能基質（即ち、ＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，０））および最高マスク強度（ＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，Ｓ１）およびＣＤ１６６−ＡＡ（Ｍ２，Ｓ２））を有するＣＤ１６６活性化可能抗体についていずれも最小化されたＴＭＤＤの証拠を伴った。これらの全体的傾向は再び５ｍｇ／ｋｇおよび１０ｍｇ／ｋｇ用量レベルで明白であり、ＴＭＤＤの寄与は、連続的により高いマスク強度の（即ち、Ｍ２＞Ｍ１のマスキング強度）ＣＤ１６６活性化可能抗体では低下し、ｋｃｌｅａｖｅは３ｅ−７ｓ−１の上界に固定して保持され、マスクにより変動するＫｍａｓｋのみが、本開示のＱＳＰモデルが全体的傾向を捕捉するのに充分であった。
【０１３６】
実施例２：ヒトにおける抗ＣＤ１６６活性化可能抗体（ＡＡ）の薬物動態学（ＰＫ）ＱＳＰモデリング
サルのＰＫデータへの較正に続き、本開示のＱＳＰモデルを用いて、薬物（例えば、Ｋｍａｓｋ）および腫瘍（例えば、ＱおよびＲＴ）の一連の仮定値の下でヒトＰＫを予想した。全身コンパートメントに対する腫瘍のｋｃｌｅａｖｅにおける倍率増加も変動させて、ＰＫに及ぼす薬物（基質安定性）および腫瘍（プロテアーゼ活性）特性の両方の影響を明示的に捕捉した。先の表１に記載された通り、基本の速度定数（例えば、ｋｅｎｄｏ、ｋｏｎ１、ｋｏｎ２、ｋｏｆｆ）および正常組織の受容体濃度を、サルとヒトで等しいと仮定し；同様にｋｃｌｅａｖｅを、３ｅ−７ｓ−１の上界を有すると仮定した。薬物動態学パラメータｋ１２、ｋ２１およびｋｅｌｉｍ（ｓ−１）を、相対成長を用いてスケーリングした。ヒトＰＫ予想で用いられるこれらのおよび他のパラメータ値を、表２に要約する。
【表２】
2021518603.tif 000006
【０１３７】
表２の参考資料
（４）Ｐａｒｉｓｅ ＣＡ，  Ｂａｕｅｒ ＫＲ，  Ｂｒｏｗｎ ＭＭ，  Ｃａｇｇｉａｎｏ Ｖ. “Ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ａｓ ｄｅｆｉｎｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ  (ＥＲ），  ｐｒｏｇｅｓｔｅｒｏｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ  (ＰＲ），  ａｎｄ  ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２  (ＨＥＲ２）  ａｍｏｎｇ ｗｏｍｅｎ ｗｉｔｈ ｉｎｖａｓｉｖｅ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｉｎ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉa, １９９９−２００４”. Ｂｒｅａｓｔ Ｊ. ２００９；  １５（６）：５９３−６０２。
（５）Ｒｙｕ ＥＢ，  Ｃｈａｎｇ ＪＭ，  Ｓｅｏ Ｍ，  Ｋｉｍ ＳＡ，  Ｌｉｍ ＪＨ，  Ｍｏｏｎ ＷＫ． “Ｔｕｍｏｕｒ ｖｏｌｕｍｅ ｄｏｕｂｌｉｎｇ ｔｉｍｅ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ａｓｓｅｓｓｅｄ ｂｙ ｓｅｒｉａｌ ｂｒｅａｓｔ ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ”. Ｅｕｒ Ｒａｄｉｏｌ. ２０１４；  ２４（９）：２２２７−３５。
（６）Ｄｅｎｇ Ｒ，  Ｉｙｅｒ Ｓ，  Ｔｈｅｉｌ ＦＰ，  Ｍｏｒｔｅｎｓｅｎ ＤＬ，  Ｆｉｅｌｄｅｒ  ＰＪ, Ｐｒａｂｈｕ Ｓ. “Ｐｒｏｊｅｃｔｉｎｇ ｈｕｍａｎ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｒｏｍ ｎｏｎｃｌｉｎｉｃａｌ ｄａｔａ： ｗｈａｔ ｈａｖｅ ｗｅ ｌｅａｒｎｅｄ?” ＭＡｂｓ. ２０１１；３（１）：６１−６。
【０１３８】
図４Ａおよび４Ｂは、親抗ＣＤ１６６ｍＡｂ（０，０）と、増加するマスキング結合阻害量（Ｋｍａｓｋ）の抗ＣＤ１６６活性化可能抗体との単回４．５ｍｇ／ｋｇ投与後のヒト血漿および末梢におけるＰＫプロファイルの本開示のＱＳＰモデルの予測を示す。血漿および末梢の両コンパートメントにおいて、親ｍＡｂ暴露は、総活性化可能抗体に比べて減少され、増加するＫｍａｓｋを伴う終末除去速度における単調な低下の証拠を有した。この観察は、図４Ｄと一致し、ここではモデルが予測した末梢での取り込みは、増加するＫｍａｓｋに伴い全体として低下する傾向があり、増加するＫｍａｓｋに伴い全体的なＣＤ１６６活性化可能抗体クリアランスへの末梢中ＴＭＤＤの寄与が減少することを示唆する。腫瘍コンパートメント（図４Ｃ）は、増加するＫｍａｓｋに伴い、それぞれ、上昇する暴露速度および低下する終末除去速度の傾向に従う。図４Ｄは、腫瘍における受容体介在性取込みへのＫｍａｓｋ増加の関連性が単調ではなく、代わりに最適条件を通過し得ることを示唆する。３ｍｇ／ｋｇのＣＤ１６６活性化可能抗体の反復投与後に、図５から、本開示のＱＳＰモデルは、インタクトＣＤ１６６活性化可能抗体が血漿中の全循環種の大部分を含むことを示唆する。
【０１３９】
抗ＣＤ１６６活性化可能抗体のヒトＰＫの本開示のＱＳＰモデルは、親ｍＡｂに比べて活性化可能抗体により提示される増大された治療濃度域と、この濃度域を広げるプラットフォームを実証する。例えば、サルにおける所与の用量レベルで、例示的な観察データおよびモデル予測は、抗ＣＤ１６６活性化可能抗体に比べて減少された親抗ＣＤ１６６抗体の循環レベルの暴露を示し、かつ増加するＫｍａｓｋ（即ち、ＭＭマスキング効率）に伴い高ＣＤ１６６活性化可能抗体暴露が増加する傾向をさらに示した。サルにおける例示的結果はさらに、所与のＣＭまたはＭＭなどの要素を共有する分子が、それぞれ、ｋｃｌｅａｖｅおよびＫｍａｓｋの共通の推定値により記載され得ることを示唆する。その上、本開示のＱＳＰモデルは、これらの実施例において、循環する活性化可能抗体が末梢コンパートメント中の標的への結合を回避し、それにより全クリアランス速度を低下させることを予測した。
【０１４０】
これらの実施例において、ヒト癌患者に対するヒト癌モデルに適用された本開示のＱＳＰモデルは同様に、親ｍＡｂに比べて減少された活性化可能抗体の全身クリアランスを示し、それに応じて末梢および腫瘍における増加された活性化可能抗体の暴露を伴った。サルにおいて観察された通り、ヒトにおけるモデルで予測された変化は、血漿中の活性化可能抗体暴露がヒト癌患者のＱＳＰモデルにおけるＫｍａｓｋと相関することを示した。したがって、増加するＫｍａｓｋに伴う上昇された活性化可能抗体の循環レベルは、末梢および腫瘍における活性化可能抗体レベル（循環レベルと平衡する）が同様にＫｍａｓｋと共に上昇することをさらに予測する。
【０１４１】
本開示のＱＳＰモデルにおけるパラメータｋｃｌｅａｖｅは、ＣＭ基質安定性およびプロテアーゼ活性の両方を捕捉する。図６に示された通り、末梢に比べて腫瘍でｋｃｌｅａｖｅが何倍も倍率増加した例示的シナリオの下で、例示的ＱＳＰモデリングは、末梢に比べて腫瘍での様々な仮定の倍率増加ｋｃｌｅａｖｅにわたり、腫瘍からの切断種の正味の正のフラックス（ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｆｌｕｘ）（即ち、切断活性化された抗体の腫瘍漏出）がないことを予測した。
【０１４２】
実施例３：ヒトにおける抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＡＡ）の薬物動態学（ＰＫ）
この臨床試験では、血漿中の活性化可能抗体の観察されるレベルを、様々な投与レジメンでの対象への抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の投与後に決定した。
【０１４３】
これらの例示的試験では、インタクトな活性化可能抗体および総計の（即ち、インタクト＋活性化された）活性化可能抗体（ＡＡ）の両方のレベルを、各被分析物の定量下限が０．６５７ｎＭである検証された高速液体クロマトグラフィー・タンデム質量分析（ＨＰＬＣ  ＭＳ／ＭＳ）法を用いて血漿試料中で決定した。プロテインＡでコーティングされた磁気ビーズを用いて、Ｋ２ＥＤＴＡ血漿試料中の免疫グロブリン（インタクトなおよび活性化された活性化可能抗体を含む）を濃縮した。結合したタンパク質をトリプシンで消化し、活性化可能抗体に特有の２つのペプチド断片、つまり活性化可能抗体のインタクトなおよび活性化された形態の両方に存在する抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体重鎖からの一方のペプチド（総活性化可能抗体の定量用）と、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体のインタクト形態のみに存在するプロドメインからの一方のペプチド（インタクトな活性化可能抗体の定量用）、をモニタリングした。免疫捕捉および消化ステップに続いて、最終抽出物を、陽イオンエレクトロスプレーを用いたＭＳ／ＭＳ検出を含むＨＰＬＣにより分析した。
【０１４４】
図８Ａ（一次）および８Ｂ（片対数）に示された通り、３種の異なる投与量の活性化可能抗体（０．０３ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ、および０．３ｍｇ／ｋｇ）を、ｑ２ｗレジメンで対象に投与し、インタクトな活性化可能抗体の量を、上記方法を利用して示された時点で決定した。各投与量について血漿中で測定されたインタクトな活性化可能抗体のＡＵＣｔａｕおよびＣｍａｘの中央値および範囲を、以下の表３に要約する。
【表３】
2021518603.tif 000007
【０１４５】
表３に示された値は、中央値であり、対応する範囲がカッコ（［］）内に示されている。ＡＵＣｉｎｆは、無限大まで求められた曲線下面積である。ＡＵＣｔａｕは、投与間隔の終了時まで求められた曲線下面積である。Ｃｍａｘは、最大血漿濃度である。Ｃｍｉｎは、時定数で評価された最小血漿濃度である。ＣＬは、クリアランス速度である。Ｖｓｓは、分布容積である。
【０１４６】
０．０３ｍｇ／ｋｇ投与レジメンでのインタクトＡＡのＣｍｉｎは、定量レベル未満であった。表３に示されていない他の値は、この時間に入手できなかった。
【０１４７】
これらの例示的結果は、ＡＵＣｉｎｆ、ＡＵＣｔａｕ、およびＣｍａｘが概ね用量比例的であったことを実証する。インタクト活性化可能抗体のレベルは、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｕｚｉｍａｂ）（抗ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体）モデル予測のレベルに概ね一致した（例えば、Ｈｅｒｂｓｔ，  Ｒ．Ｓ．，  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｏｆ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｔｈｅ ａｎｔｉ−ＰＤ−Ｌ１ ａｎｔｉｂｏｄｙ ＭＰＤＬ３２８０Ａ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ.” Ｎａｔｕｒｅ Ｖｏｌ. ５１５（７５２８），  ｐｐ. ５６３−５６７（２０１４）参照）。
【０１４８】
図８Ｃは、ｑ２ｗレジメンにおいて対象に投与された、異なる指示投与量（ｍｇ／ｋｇ）での対象への投与後の抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体のＰＫを示す。示された時点での各投与量のインタクト活性化可能抗体の中央値量を、上記の方法を利用して決定した。水平の点線は、用いられたアッセイでの定量下限を表す。図８Ｃに示された通り、インタクトな活性化可能抗体の血漿レベルの中央値測定量は初期投与量に相関し、それにより最高投与量（３０ｍｇ／ｋｇ）の投与から生じた血漿中インタクトＡＡの最高中央値レベルが最上の線としてプロットされ、それぞれの次に低い線が、それぞれの次に低い投与量から生じたインタクトＡＡの測定量を表す。これらのＰＫ結果は、本開示のモデルを用いる同じ投与量での活性化可能抗体のモデリングと一致している。比較すると、親の、非マスキング抗体（抗ＰＤ−Ｌ１）の対応するモデリングは、標的介在性薬物動態（ＴＭＤＤ）の証拠を示す。
【０１４９】
別の実施例において、カニクイザル血漿中のインタクトおよび総活性化可能抗体のレベルを、２０ｍｇ／ｋｇ、６０ｍｇ／ｋｇまたは２００ｍｇ／ｋｇの活性化可能抗体の単回投与後の、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の投与後に決定した。これらの血漿レベルを、標準プロトコルを用いて、および本明細書に記載された方法を用いて測定した。本開示の対応するカニクイザルＱＳＰモデルを用いて、同じ投与量にて循環するインタクトなおよび総計の活性化可能抗体量をモデリングした。循環する活性化可能抗ＰＤ−Ｌ１抗体のインタクト量および総量の両方のＱＳＰモデルおよび観察された結果は、単回投与後７日間にわたり一致した高レベルを示した。
【０１５０】
実施例４：ヒトにおける抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＡＡ）のＱＳＰモデリング
本開示のＱＳＰモデルを用いて、対象における抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（抗ＰＤ−Ｌ１  ＡＡ）の例示的ＰＫをモデリングして、対象への様々な投与レジメンの投与後の経時的な活性化可能抗体の血漿濃度を決定した。
【０１５１】
この例示的ＱＳＰモデルにおいて、パラメータは、対応する活性化可能抗体の観察されたヒトＰＫデータに依存せず、活性化可能抗体の既知のまたは前提のメカニズムに基づいた。図９Ａ〜９Ｃに示された通り、各グラフでプロットされた点により示される、インタクトな抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の血漿レベルで観察されたＰＫは、各グラフで曲線により示される、本開示のＱＳＰモデルによる決定の通りＰＫと一致した高レベルを示した。本開示のＱＳＰモデルはまた、インタクト活性化可能抗体と総活性化可能抗体（即ち、インタクトなおよび活性化された活性化可能抗体）のレベルが同様であることを示した。
【０１５２】
本開示のＱＳＰモデルのこれらの実施例は、例えば、活性化可能抗体の観察されたＰＫがＱＳＰモデルにより示された活性化可能抗体の挙動の本発明者らの機械論的理解と一致することを実証する。
【０１５３】
実施例５：ヒトにおける抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＡＡ）の投与量のＱＳＰモデリング
本開示のＱＳＰモデルを用いて、所望の腫瘍受容体（または標的）占有率を得るために、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の投与量の間の関連性を、様々な末梢／腫瘍切断比でモデリングした。
【０１５４】
この実施例におけるＱＳＰモデルは、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体の観察されたＰＫデータを、モノクローナル抗ＰＤ−Ｌ１抗体のＰＫのモデリングを示した、先に引用されたＨｅｒｂｓｔら（２０１４）のデータと共にあてはめることに基づいた。このあてはめを利用して、Ｈｅｒｂｓｔモデルで用いられた抗ＰＤ−１モノクローナル抗体のものと仮定的に同じであった、活性化された活性化可能抗体の除去速度、末梢／血漿コンパートメント分布パラメータ、およびＰＤ−Ｌ１標的発現レベルを推定した。残りのＱＳＰモデルパラメータは、文献の参照に基づくか、または非臨床データから誘導した。
【０１５５】
図１０Ａに示された通り、本開示の例示的ＱＳＰモデルを用いて、様々な切断比にわたる活性化可能抗体の適切な投与量（ｍｇ／ｋｇ）を決定して、腫瘍における９５％受容体占有率（ＲＯ）を得た。切断比は、末梢コンパートメントに比較した、腫瘍コンパートメント中の活性化可能抗体の相対的切断量を示す。図１０Ａの例示的モデリング結果に示された通り、活性化可能抗体の必要な投与量は、曲線で示される通り腫瘍／末梢切断比の上昇に伴って減少した。水平の線は、モノクローナル抗体の同様のモデルを示し、それはプロドメインを欠くことにより切断比の影響を受けないであろう。同様に、図１０Ｂに示された通り、本開示の例示的ＱＳＰモデルを用いて、様々な切断比にわたるインタクトな活性化可能抗体のＣｍｉｎ（ｍｇ／ｋｇ）を決定して、腫瘍における９５％受容体占有率（ＲＯ）を得た。水平の線は、モノクローナル抗体の同様のモデルを示し、それはプロドメインを欠くことにより切断比の影響を受けないであろう。
【０１５６】
これらのモデルの結果は、例えば、標的とされるＣｍｉｎが２〜１５μｇ／ｍＬの範囲であることを示す。これらのモデルを用いて、例えば、臨床試験における用量選択を支援でき、かつ臨床プログラムからのＰＫデータを解釈できる。
【０１５７】
別の実施例において、本開示のＱＳＰモデルを用いて、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の腫瘍における受容体占有率（ＲＯ）を予測した。図１８に参照される通り、本開示のＱＳＰモデルを用いて、３ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇまたは３０ｍｇ／ｋｇの抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体の癌患者への投与後のＲＯをモデリングした。所与の投与量についての図１８のプロットにおける四角は、腫瘍に対する末梢中の活性化可能抗体の仮定された相対的活性化速度（１〜１×１０６の相対的速度に及ぶ）に基づく、本開示のＱＳＰモデルにより予測されたＲＯの範囲に対応する。これらの予測されたＲＯは、患者の腫瘍生検に基づき計算された推定ＲＯに対応し、各所与の投与量について点により示される。これらの例示的結果は、本開示のＱＳＰモデルを用いて活性化可能抗体のＲＯを予測し得ることを実証する。
【０１５８】
実施例６：ヒトにおける同位体標識抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＡＡ）のＰＫのＱＳＰモデリング
本開示のＱＳＰモデルを用いて、対象における同位体標識抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体のＰＫをモデリングして、対象への様々な投与レジメンでの投与に続く活性化可能抗体の血漿濃度を経時的に決定した。
【０１５９】
８９Ｚｒ標識抗ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体アテゾリズマブの過去のモデルでは、低投与量のモノクローナル抗体が、血清からの高いクリアランスを有することが示された。例えば１ｍｇ未満の投与量のアテゾリズマブは、投与後７〜２１日以内に血清からクリアランスされた。したがって１０ｍｇ量での追加の「コールド」（即ち、非標識）モノクローナル抗体を、１ｍｇの標識のモノクローナル抗体と同時に投与して、標識モノクローナル抗体の急速なクリアランスを軽減した。
【０１６０】
本開示のＱＳＰモデルを用いて、抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２４のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２５のＬＣ）の血清レベルのＰＫを、図１１Ａおよび１１Ｂに示される通り、様々な投与量でモデリングした。図１１Ａでは、ＱＳＰモデルを用いて、標識モノクローナル抗体１ｍｇと示された量（１〜１０００ｍｇの範囲）の非標識モノクローナル抗体との投与後の、循環する８９Ｚｒ標識モノクローナル抗体アテゾリズマブのレベルを決定した。図１１Ａに表された例示的モデルは、循環する８９Ｚｒ標識モノクローナル抗体のレベルが、同時に投与された非標識抗体の量の増加に伴って増加することを実証した。図１１Ｂでは、ＱＳＰモデルを用いて、標識活性化可能抗体１ｍｇと示された量（１〜１０００ｍｇの範囲）の非標識活性化可能抗体との投与後の、循環する８９Ｚｒ標識抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体のレベルを決定した。図１１Ｂに表された例示的モデルは、循環する８９Ｚｒ標識活性化可能抗体が、同時投与された非標識抗体量の増加に伴い顕著に増加しないことを実証した。これらの結果はまた、例えば、モノクローナル抗体に比較して、より少量の同時投与された非標識活性化可能抗体が循環レベルを維持するのに必要とされたことを示す。
【０１６１】
図１１Ｃおよび１１Ｄに示された通り、例示的ＱＳＰモデリングの結果は、例えば、８９Ｚｒ標識抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体と示された１〜１００ｍｇの非標識活性化可能抗体との同時投与後に、ＱＳＰモデルが、腫瘍コンパートメント中（図１１Ｄ）の標識レベルが同時投与された非標識活性化可能抗体の量の増加に伴って低下し、一方で末梢コンパートメントにおけるＱＳＰモデルにより示された標識量（図１１Ｃ）が本質的に同じままであることを示したことを実証した。
【０１６２】
実施例７：抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体（ＡＡ）の切断のＱＳＰモデリング
本開示のＱＳＰモデルを用いて、対象の腫瘍コンパートメント中の活性化された抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体のレベルをモデリングした。
【０１６３】
図１２Ａに示された通り、マウス異種移植片腫瘍で形成された活性化された抗ＰＤ−Ｌ１活性化可能抗体の量は、反応速度の非飽和期および飽和期の指標である、活性化可能抗体のより低い投与量で、相対的により高いことが観察された。
【０１６４】
本開示のＱＳＰモデルを用いて、例示的試験において活性化可能抗体の切断をモデリングして、プロテアーゼの異なるパラメータを評価した。最初のモデル（図１２Ｂ）では、プロテアーゼを低いＫｍ（約ｎＭ範囲）でモデリングし、そのモデルは、活性化可能抗体の投与量を増加させるこのシナリオで、プロテアーゼが基質（即ち、ＡＡ）により飽和されるようになり、投与量の増加に伴いインタクト活性化可能抗体量の増加をもたらすことを実証した。結果として、これらの高投与量でのインタクト活性化可能抗体は、標的への結合に関して活性化された活性化可能抗体と競合し始め、これにより腫瘍からの活性化可能抗体のクリアランスメカニズムとも競合する。したがってモデルは、このシナリオにおいて腫瘍コンパートメントからの活性化された活性化可能抗体のクリアランス速度が低下され、したがって腫瘍コンパートメント中の活性化された活性化可能抗体の見かけの連続増加を生じることを実証した。図１２Ｂに示された通り、このモデルは、腫瘍コンパートメント中の活性化された活性化可能抗体の観察量と一致するようである。
【０１６５】
第二のモデル（図１２Ｃ）では、プロテアーゼを高Ｋｍ（ＭＭＰおよびＴＡＣＥ酵素の典型である約μＭの範囲）でモデリングし、モデルは、このシナリオにおいて、インタクト活性化可能抗体の量が１〜２０ｍｇ／ｋｇの投与量で直線的な反応速度範囲であることを実証した。図１２Ｃに示された通り、このモデルは、腫瘍コンパートメント中の活性化された活性化可能抗体の観察量と不一致のようである。
【０１６６】
実施例８：ヒトにおける抗ＰＤ−１活性化可能抗体（ＡＡ）の投与量のＱＳＰモデリング
この実施例では、所望の腫瘍受容体（または標的）占有率を得るために、本開示のＱＳＰモデルを用いて、抗ＰＤ−１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２６（重鎖）および２２７（軽鎖））の投与量の間の関連性を受容体結合、切断、除去、組織および腫瘍生体分布、ならびに受容体および受容体−薬物複合体エンドサイトーシスの様々なメカニズムを利用してモデリングすることにより、抗ＰＤ−１活性化可能抗体の生物学的有効用量（ＢＥＤ）を推定した。
【０１６７】
この実施例では、抗ＰＤ−１活性化可能抗体について推定されたＢＥＤは、抗ＰＤ−１モノクローナル抗体ペムブロリズマブの投与量と、標的受容体占有率との関連性のモデルに基づいた。ペムブロリズマブの場合、母集団のＰＫ／ＰＤのモデリングは、３週間ごとに投与された２ｍｇ／ｋｇおよび１０ｍｇ／ｋｇのペムブロリズマブが、黒色腫患者における応答のプラトー、またはほぼプラトーであったことを示唆した（例えば、Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ Ｍ.Ｓ., ｅｔ ａｌ.；  “Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃ／Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ Ｓｉｚｅ Ｄｙｎａｍｉｃｓ ｉｎ Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ−Ｔｒｅａｔｅｄ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍｅｌａｎｏｍａ.” ＣＰＴ： Ｐｈａｒｍａｃｏｍｅｔｒｉｃｓ ＆ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  （２０１７）  ６（１），  ｐｐ. ２９−３９参照）。シミュレーションはさらに、２ｍｇ／ｋｇペムブロリズマブ後の典型的な暴露（即ち、ペムブロリズマブに関連する典型的な暴露は３週間ごとに（ｑ３ｗ）１ｍｇ／ｋｇ投与である）に比べた暴露の５０％減少が臨床的に有意義でないことを示唆した。利用可能な分析も、黒色腫で１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇのペムブロリズマブを受ける患者での平坦な暴露−応答関連性を示唆し、この区間は、市販の２ｍｇ／ｋｇおよび２００ｍｇ／ｋｇ固定用量レベルを含む。
【０１６８】
この実施例で、抗ＰＤ−１活性化可能抗体でのＢＥＤは、１ｍｇ／ｋｇ用量レベルに従うペムブロリズマブのＲＯに対応する活性化可能抗体のＱＳＰモデル推定腫瘍受容体占有率（ＲＯ）に基づいた。８０ｍｇ（８０〜２４０ｍｇの範囲）のＢＥＤは、１ｍｇ／ｋｇでのペムブロリズマブの投与後にモデリングされたものと同じＲＯである、ＱＳＰモデルの推定９９．５％腫瘍ＲＯを生成するのに必要とされる抗ＰＤ−１活性化可能抗体の予測用量である。
【０１６９】
本明細書で議論される通り、本開示のＱＳＰモデルは、活性化可能抗体の受容体結合、切断、除去、組織および腫瘍生体分布、ならびに受容体および受容体−薬物複合体エンドサイトーシスの既知のメカニズムを捕捉するように開発された。この実施例で用いられる本開示のこのＱＳＰモデルは、４種の異なるパラメータづけを含んだ。第一および第二のパラメータづけは、抗ＰＤ−１活性化可能抗体および対応する抗ＰＤ−１モノクローナル抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２６（重鎖）および２２８（軽鎖））に続くカニクイザルＰＫデータを捕捉した。抗ＰＤ−１モノクローナル抗体は、抗ＰＤ−１活性化可能抗体と同じ重鎖および軽鎖配列を共有するが、前者はプロドメインを欠く。第三および第四のパラメータづけは、それぞれ、ペムブロリズマブおよび抗ＰＤ−１活性化可能抗体の投与後のヒトモデルに対応し、本明細書では以後、それぞれ「ヒトペムブロリズマブＱＳＰモデル」および「ヒト抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデル」と称する。抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体の結合についてのパラメータは、インビトロ結合データから誘導した。
【０１７０】
抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体についての本開示のサルＱＳＰモデルの両者を、カニクイザルへの各分子の投与後にサルＰＫデータに較正した。本開示のヒトペムブロリズマブのＱＳＰモデルを用いて、ヒトにおけるＰＤ−１の濃度を推定し、本開示のヒト抗ＰＤ−１活性化可能抗体のＱＳＰモデルを、それまでの３段階からのアウトプットの統合に基づいてパラメータづけした。本開示のヒト抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデルを最後に用いて、抗ＰＤ−１活性化可能抗体について見込みのあるＢＥＤを推定した。
【表４】
2021518603.tif 000008
2021518603.tif 000009
【０１７１】
表４の参考資料
（４）Ｓｔｒｏｈ  Ｍ，  Ｗｉｎｔｅｒ  Ｈ，  Ｍａｒｃｈａｎｄ  Ｍ，  Ｃｌａｒｅｔ  Ｌ，  Ｅｐｐｌｅｒ  Ｓ， Ｒｕｐｐｅｌ Ｊ，  ｅｔ ａｌ. Ｔｈｅ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ  Ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ Ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ ｉｎ Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ Ｕｒｏｔｈｅｌｉａｌ Ｃａｒｃｉｎｏｍａ. Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ. ２０１６。
（５）Ｄａｖｉｅｓ Ｂ，  Ｍｏｒｒｉｓ  Ｔ. Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ ｉｎ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ａｎｉｍａｌｓ ａｎｄ  ｈｕｍａｎｓ. Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ. １９９３;１０（７）:１０９３−５。
（６）Ａｈａｍａｄｉ Ｍ，  Ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ  Ｔ，  Ｐｒｏｈｎ Ｍ，  Ｌｉ ＣＨ，  ｄｅ Ａｌｗｉｓ ＤＰ，  ｄｅ Ｇｒｅｅｆ Ｒ，  ｅｔ ａｌ. Ｍｏｄｅｌ−Ｂａｓｅｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ: Ａ Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ  Ａｎｔｉ−ＰＤ−１ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ. ＣＰＴ: ｐｈａｒｍａｃｏｍｅｔｒｉｃｓ ＆ ｓｙｓｔｅｍｓ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ. ２０１７;６（１）：４９−５７。
（７）Ｄｅｎｇ Ｒ，  Ｉｙｅｒ Ｓ，  Ｔｈｅｉｌ ＦＰ，  Ｍｏｒｔｅｎｓｅｎ ＤＬ，  Ｆｉｅｌｄｅｒ  ＰＪ, Ｐｒａｂｈｕ Ｓ. “Ｐｒｏｊｅｃｔｉｎｇ ｈｕｍａｎ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｒｏｍ ｎｏｎｃｌｉｎｉｃａｌ ｄａｔａ: ｗｈａｔ ｈａｖｅ ｗｅ ｌｅａｒｎｅｄ?” ＭＡｂｓ. ２０１１;３（１）：６１−６。
（８）Ｓｃｈｌｏｓｓｈａｕｅｒ Ｍ，  Ｂａｋｅｒ Ｄ． Ｒｅａｌｉｓｔｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｐｒｏｔｅｉｎ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ ｆｒｏｍ ａ ｓｉｍｐｌｅ ｄｉｆｆｕｓｉｏｎａｌ ｍｏｄｅｌ ｎｅｇｌｅｃｔｉｎｇ ｌｏｎｇ−ｒａｎｇｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，  ｆｒｅｅ ｅｎｅｒｇｙ ｂaｒｒｉｅｒｓ，  ａｎｄ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｒｕｇｇｅｄｎｅｓｓ. Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ. ２００４;１３（６）:１６６０−９。
（９）Ｐａｔｎａｉｋ Ａ，  Ｋａｎｇ ＳＰ，  Ｒａｓｃｏ Ｄ，  Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ ＫＰ，  Ｅｌａｓｓａｉｓｓ−Ｓｃｈａａｐ Ｊ，  Ｂｅｅｒａｍ Ｍ，  ｅｔ ａｌ. Ｐｈａｓｅ Ｉ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ（ＭＫ−３４７５;  Ａｎｔｉ−ＰＤ−１ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）  ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ. Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ : ａｎ ｏｆｆｉｃｉａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ. ２０１５;２１（１９）:４２８６−９３。
【０１７２】
本開示のこの例示的ＱＳＰモデルにおいて、２９ｐＭというペムブロリズマブの解離定数（ＫＤ）は、文献から仮定された（参考資料（４）：Ｓｔｒｏｈら）。３９ｐＭという抗ＰＤ−１モノクローナル抗体での３９ｐＭというＫＤは、実験的ＥＬＩＳＡアッセイに基づいて推定した。この実施例において、ｋｏｎ１またはｋｏｆｆ１のいずれも、これらのアッセイにより別々に決定され得なかったため、ｋｏｎ１を、モノクローナル抗体受容体結合についての典型的値である（参考資料（８）；Ｓｃｈｌｏｓｓｈａｕｅｒら）０．００１ｎＭ−１ｓ−１に固定した。その後、オフレート（ｏｆｆ  ｒａｔｅ）を、ｋｏｆｆ１＝ｋｏｎ１＊ＫＤを利用して算定した。
【０１７３】
この例示的ＱＳＰモデルでは、完全に活性化された抗ＰＤ−１活性化可能抗体の結合が、対応する抗ＰＤ−１モノクローナル抗体のものと同様であると仮定した。その後、８３．３のＫｍａｓｋを以下の通り計算した：
Ｋｍａｓｋ  ＝ Ｋａｐｐ＿ＰＤ−１ ＡｃｔＡｂ／Ｋａｐｐ＿ＰＤ−１ ｍＡｂ
（ここで、それぞれ０．３２０ｎＭおよび２６．７ｎＭのＫａｐｐ＿ＰＤ−１ ｍＡｂおよびＫａｐｐ＿ＰＤ−１ ＡｃｔＡｂは、細胞結合アッセイから得られた見かけの親和性定数であった）。
【０１７４】
カニクイザルのデータの例示的結果への較正
この例示的試験では、サル抗ＰＤ−１モノクローナル抗体ＱＳＰモデルおよびサル抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデルを、それぞれ抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体の投与後にサルＰＫデータに較正した。この評価に投入された動物は全て、抗薬物抗体で陽性の結果を得たが、１つのサブセットの動物のみが、１４日目以後の除去期に暴露の減少を呈した。１４日目以後の除去期に暴露の減少を呈した動物を、精査により同定し、較正から除外した。抗ＰＤ−１活性化可能抗体は５ｍｇ／ｋｇ用量レベルであったため、１および５ｍｇ／ｋｇ用量レベルの抗ＰＤ−１モノクローナル抗体を個別にあてはめた。パラメータｋ１２、ｋ２１、ｋｅlを、それぞれ、０および０．１の定数係数および比例係数での目的関数および一次誤差関数の対数加重された平方和を利用し、ＫｒｏｎｅｃｋｅｒＢｉｏ ０．５の最適化パッケージを利用して推定した。中心コンパートメントの容積（Ｖｃ）を、方程式Ｖｃ＝Ｃｍａｘ／Ｄ（ここでＣｍａｘは、それぞれｎｍｏｌでの抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体の用量Ｄの投与後の、それぞれｎＭでの抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体の観察された最大血漿濃度である）から推定した。体重を、各動物で３ｋｇの値に仮定した。
【０１７５】
表４は、それぞれ、抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体の投与後に観察されたカニクイザルのＰＫデータへのサル抗ＰＤ−１モノクローナル抗体ＱＳＰモデルおよびサル抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデルの較正のためのモデルパラメータを提供する。Ｖｃ推定値は、９０ｍＬであり、末梢分布容積（Ｖｐ）は、Ｖｃと等しいと仮定した。抗ＰＤ−１活性化可能抗体では、ｋ１２、ｋ２１、ｋｅlは、それぞれ１．１５ｅ−５ ｓｅｃ−１、８．３３ｅ−６ ｓｅｃ−１、および６．７１ｅ−７ ｓｅｃ−１と推定された。抗ＰＤ−１モノクローナル抗体では、１ｍｇ／ｋｇおよび５ｍｇ／ｋｇ  ＣＸ−０８３用量レベルで得られたｋ１２、ｋ２１、ｋｅl推定値の幾何平均は、それぞれ１．４６ｅ−５ ｓｅｃ−１、８．７３ｅ−６ ｓｅｃ−１、および８．６３ｅ−７ ｓｅｃ−１であった。
【０１７６】
サル抗ＰＤ−１モノクローナル抗体ＱＳＰモデル（図１３Ａ）およびサル抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデル（図１３Ｂ）により予測されたＰＫデータは、それぞれ、観察された抗ＰＤ−１モノクローナル抗体および抗ＰＤ−１活性化可能抗体のデータを適切に捕捉した。図１３Ａおよび１３Ｂにおいて、実線は、モデルで推定されたＰＫを示し、点線は、カニクイザルにおいて示された分子および投与量について観察されたＰＫを示す。
【０１７７】
１００ｍｇ／ｋｇ用量レベルでの抗ＰＤ−１活性化可能抗体の試験から入手可能なカニクイザルは、７日の期間にわたりインタクト部分として血漿中を循環していた活性化可能抗体の画分におけるおよそ２０％の減少を示唆した。ｋｃｌｅａｖｅを、サル抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデルを利用して抗ＰＤ−１活性化可能抗体のこの観察されたインタクト画分における減少を利用し推定した。
【０１７８】
他のモデルパラメータを、これらのパラメータの供給原に関係する情報と共に、表４に要約する。
【０１７９】
ヒトモデル開発の例示的結果
表４は、ヒトにおけるＰＤ−１レベルの推定値についてのモデルパラメータを提供する。ＰＤ−１ Ｃｓｓが、８．３ｐＭであると推定された。図１４Ａの例示的データに示される通り、ヒトペムブロリズマブＱＳＰモデルは、低用量ペムブロリズマブのＰＫデータを適切に捕捉し、実線は、モデル推定ＰＫを示し、点線は、示された投与量で観察されたＰＫを示す。
【０１８０】
ヒトペムブロリズマブＱＳＰモデルを利用して、１ｍｇ／ｋｇペムブロリズマブの腫瘍ＲＯは、およそ９９．５％である。
【０１８１】
図１４Ｂから、本開示のヒト抗ＰＤ−１活性化可能抗体ＱＳＰモデルの結果は、抗ＰＤ−１活性化可能抗体が９９．５％腫瘍ＲＯを実現するのに必要とされる用量が、末梢ｋｃｌｅａｖｅに対する腫瘍のｋｃｌｅａｖｅの高い比率（１００００×）（切断比）の極限でおよそ１ｍｇ／ｋｇであることを示唆する。低切断比（１×）の極限では、ヒトＣＸ−１８８  ＱＳＰモデルの結果は、およそ３ｍｇ／ｋｇ用量が同じ標的腫瘍ＲＯを実現するのに必要とされ、これらの切断比の中点（１００×）で評価された場合に、必要とされる抗ＰＤ−１活性化可能抗体容積がおよそ１ｍｇ／ｋｇであることを示唆する。８０ｋｇ体重を仮定すると、１〜３ｍｇ／ｋｇ用量範囲と等しい固定用量は、８０〜２４０ｍｇである。したがって８０ｍｇ（８０〜２４０ｍｇの範囲）用量が、本開示のＱＳＰモデルに基づき抗ＰＤ−１活性化可能抗体について予測されるＢＥＤである。
【０１８２】
図１７から、本開示の例示的ヒトＱＳＰモデルの結果を用いて、抗ＰＤ−１活性化可能抗体（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２６のＨＣおよびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２７の軽鎖）がＭＡＢＥＬ用量（即ち、ＭＡＢＥＬと定義される、インビトロサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）Ｔ細胞リコールアッセイからの０．２５１μｇ／ｍＬというＥＣ５０を丁度超える推定用量）を実現するのに必要とされる用量を推定した。このインビトロＣＭＶ抗原リコールアッセイでは、活性化可能抗ＰＤ−１抗体が、初代ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）におけるＴ細胞活性化を増進し、ＥＣ５０は０．２５１μｇ／ｍＬであった。図１７に示された０．００３ｍｇ／ｋｇ、０．０１ｍｇ／ｋｇおよび０．０３ｍｇ／ｋｇの投与量のＱＳＰモデリング結果の精査から、０．０１ｍｇ／ｋｇの抗ＰＤ−１活性化可能抗体の投与後に、Ｃｍａｘ値が、初代ヒトＰＢＭＣで実施されたインビトロＣＭＶ抗原リコールアッセイからの０．２５１ ｕｇ／ｍＬ（１．６ｎＭ）というＥＣ５０をちょうど上回るであろう。０．０１ｍｇ／ｋｇ抗ＰＤ−１活性化可能抗体の投与後に、ＱＳＰモデルシミュレーションは、活性化可能抗体が主にインタクト種として循環することを示唆する（０．０１ｍｇ／ｋｇ抗ＰＤ−１活性化可能抗体の反復投与後の、モデル予測による総抗ＰＤ−１活性化可能抗体に対するインタクト抗ＰＤ−１活性化可能抗体の曲線下面積の比率が９６％）（表５Ａ〜５Ｄ参照）。したがって、活性化された活性化可能抗体の可能な寄与について、追加の修正を行わなかった。
【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【０１８３】
これらの例示的結果に基づき、かつ８０ｋｇ体重を仮定して、０．０１ｍｇ／ｋｇ用量に等しい固定用量は、０．８ｍｇである。したがってこれらの例示的結果は、本開示のＱＳＰモデルを用いて、各自の有効性を実現する投与量を推定し得ることを示す。
【０１８４】
実施例９：ヒトにおける活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体の投与量のＱＳＰモデリング
この実施例では、本開示のＱＳＰモデルを用いて、活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体の生物学的有効用量（ＢＥＤ）を推定した。図１５に示された通り、本開示のこの実施形態のＱＳＰモデルは、活性化可能および活性化Ｔ細胞二重特異性抗体の様々な種、ならびにそれらの間の変換経路を、本明細書に記載された活性化可能単一特異性抗体の様々な種と類似の手法で説明する。例えば図１５に示される通り、例示的な活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体の略図を表し、Ｔ細胞二重特異性抗体の様々な活性化可能形態と活性化形態の間の変換を示す。活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体のこの例示的表示において、活性化可能二重特異性抗体（種目番号１）は、それぞれがマスキングプロドメインを有する２つの標的特異性結合要素（ＡＢ１およびＡＢ２）（Ａ）と、それぞれがマスキングドメインを有する２つのＴ細胞特異性結合要素（Ｂ）とを含む。この図はまた、１つのコンフォメーション的に露出したプロドメインを有する活性化二重特異性抗体（種目番号２）、および例えば切断により、活性化可能二重特異性抗体から除去された１つのプロドメインを有する活性化二重特異性抗体（種目番号３）を含む、活性化二重特異性抗体の異なる種を略図で表す。この図はまた、コンフォメーション的に活性化された、または切断により活性化された二重特異性抗体がその標的に可逆的に結合し得ることを表す（それぞれ種目番号４および５）。各ドメインが可逆的かつコンフォメーション的に露出され得る、または不可逆的に切断され得る場合などの、二重特異性抗体の他の活性化形態もまた想定されるが、ここでは示していない。
【０１８５】
例示的変換反応、ならびに活性化可能および活性化二重特異性抗体の様々な種が、様々なコンパートメント中に（同じく、本明細書に記載された単一特異性活性化可能抗体に関連する様々なコンパートメントおよびそれらの間の輸送と類似の手法で）存在でき、それらは本開示のＱＳＰモデルで用いられる。本明細書で説明される通り、コンパートメントは、対象の身体の一部を表し、典型的には少なくとも１種の標的コンパートメントおよび少なくとも１種の非標的コンパートメントを包含する。例えば非標的コンパートメントは、少なくとも対象の血漿コンパートメントを表してよい。別の実施例において、非標的コンパートメントは、血漿コンパートメントであり得る中心コンパートメントと、対象における１種または複数の非標的臓器または組織を表す「末梢」コンパートメントとを包含し得る。末梢コンパートメントは、生理学的であっても、そうでなくてもよく、例えばそれは、複数の非標的臓器／組織、または１つの臓器もしくは組織のサブセットを含有してよい。各コンパートメントにおいて、Ｔ細胞二重特異性抗体の活性化可能および活性化された（一部または完全に）抗体の様々な種が、存在し得る。
【０１８６】
コンパートメントは、それらが活性化可能二重特異性抗体の時間依存性濃度もしくは量（質量または密度）を決定すること、および／または関連のＰＫ／ＰＤパラメータを決定することに関連するため、一般に選択される。ＱＳＰモデルは、コンパートメントを利用して、活性化可能二重特異性抗体が異なる環境に供され結果的に異なる反応および／または反応条件に供される、対象の身体の領域間の境界を提供する。活性化可能二重特性抗体は、拡散、灌流および／または能動輸送などの物理的輸送機構を介してコンパートメント間を移動できる。さらに、そのような物質輸送機構がなくとも、コンパートメント中の活性化可能二重特異性抗体の濃度は、浸透圧、分解（細胞外または細胞内）、または抗体が必ずしもコンパートメント間を通過しない他の受動的もしくは能動的機構により変化する場合がある。
【０１８７】
活性化可能二重特異性抗体の本開示のＱＳＰモデルのためのコンパートメント配列の例を、図１６に表す。表された配列は、末梢組織（種目番号１）、血漿（種目番号２）、および腫瘍（種目番号３）コンパートメントを含む。同時に、活性化可能二重特異性抗体の全ての形態／種が、血漿、末梢、および腫瘍コンパートメントに分布し得る。末梢および腫瘍コンパートメントにおいて、活性化可能または活性化二重特異性抗体のサブセットは、各結合部位でのブリージングまたは切断プロドメインの数に応じて、標的の一方または両方との一価または二価の結合に携わってもよい。例えば末梢組織コンパートメントにおいて、活性化二重特異性抗体は、表された非腫瘍細胞上で標的抗原（例えば、ＥＧＦＲ）と結合し得る（種目番号４および５）。同様に、腫瘍コンパートメントにおいて、活性化二重特異性抗体は、腫瘍細胞上で標的抗原（例えば、ＥＧＦＲ）と結合し得る（種目番号９および１０）。本開示のＱＳＰモデルの別の特色において、活性化二重特異性抗体は、３種の表されたコンパートメントのいずれかにおいて、表されたＴ細胞上でＴ細胞特異性抗原（例えば、ＣＤ３）と結合し得る（種目番号５、６、７、８および９）。本開示のＱＳＰモデルにおいて、活性化二重特異性抗体が、Ｔ細胞と標的抗原を有する細胞の両方を結合してトリマー複合体を形成する場合（種目番号５および９）、標的抗原を有する細胞は、Ｔ細胞により殺傷され得る。標的のこの殺傷は、速度定数ｋｋｉｌｌにより支配され得る。
【０１８８】
活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体に関係する本開示の特定の例示的ヒトＱＳＰモデルにおいて、モデルは、特定の例示的仮定を含んでよい。腫瘍の型、Ｔ細胞分布などに基づき、ヒトＱＳＰモデルは、異なる細胞型における異なる標的抗原発現レベル、異なるコンパートメントにおける異なるＴ細胞分布、プロドメインの異なる型での異なる切断速度などを仮定してよい。幾つかの例において、腫瘍および非腫瘍コンパートメント中の細胞は、標的抗原を同じ発現レベルで発現する（例えば、細胞あたり７５，０００ＥＧＦＲ標的抗原）。他の実施形態において、標的抗原の標的発現レベルは、腫瘍コンパートメント中の腫瘍細胞ではより高くなり得、腫瘍細胞が標的抗原を過剰発現する指標を反映する。幾つかの実施形態において、本開示のＱＳＰモデルは、Ｔ細胞が各コンパートメント中で等しく存在し、モデルの途中で増加または減少しないと仮定する。幾つかの実施形態において、本開示のＱＳＰモデルは、各コンパートメント中に標的抗原発現細胞とＴ細胞が等しい数、存在する（即ち、Ｅ：Ｔ比が１）と仮定する。幾つかの実施形態において、本開示のＱＳＰモデルは、腫瘍コンパートメント中の定義および推測された速度での二倍数の標的抗原発現細胞を仮定するが、非腫瘍コンパートメントではそれを仮定しない。幾つかの実施形態において、本開示のＱＳＰモデルは、活性化可能二重特異性抗体上の全てのプロドメインの切断速度定数（ｋｃｌｅａｖｅ）は同じであり、それによりＴ細胞特異性結合部分（例えば、抗ＣＤ３）のプロドメインの切断速度定数は、標的抗原特異性結合部分（例えば、抗ＥＧＦＲ）のプロドメインのものと同じであると仮定する。幾つかの実施形態において、本開示のＱＳＰモデルは、カニクイザルにおける標的介在性薬物分布推定値に基づいて、腫瘍コンパートメントのサイズ（例えば、１０ｍＬ）および標的抗原発現細胞の平均容積（例えば、２×１０ｅ−１２Ｌ／細胞）を仮定する。
【０１８９】
実施例１０：ヒトにおける活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体の投与量のＱＳＰモデリング
この実施例では、本開示のヒトＱＳＰモデルを用いて、そのＡＢ１およびＡＢ２両方がとも活性化された場合に、Ｔ細胞上のＣＤ３受容体と腫瘍細胞などの標的細胞上のＥＧＦＲの両方に特異的に結合し得る、活性化可能Ｔ細胞二重特異性抗体の生物学的有効用量（ＢＥＤ）を推定した。活性化されたＴ細胞二重特異性抗体が、両方の細胞型を同時に結合して、二重特異性抗体、標的細胞およびＴ細胞のトリマー複合体を形成する場合、Ｔ細胞による標的細胞の殺傷が、定義された一次速度定数（ｋｋｉｌｌ）により実行され得る。
【０１９０】
この実施例において、本開示のＱＳＰモデルは、表５に列挙されたものなどの既知の、または誘導されたパラメータに基づいた。モデリングされた活性化可能二重特異性抗体は、抗ＣＤ３および抗ＥＧＦＲ活性化可能二重特異性抗体であった。この実施例では、ＱＳＰモデルは、腫瘍コンパートメント中のＥＧＦＲ発現腫瘍細胞の倍増時間のパラメータを含んだ。活性化可能二重特異性抗体のＢＥＤは、トリマー複合体の形成により得られた腫瘍細胞殺傷から生じた腫瘍コンパートメント中の腫瘍細胞の滞留をもたらす活性化可能二重特異性抗体の投与量を予測するモデルに基づいた。
【０１９１】
本開示のこの例示的ＱＳＰモデルでは、単回Ｑ３Ｗ投与の後、活性化可能二重特異性抗体の０．１７０ｍｇ／ｋｇのＢＥＤが、腫瘍コンパートメント中の腫瘍細胞の滞留をもたらすこと、および血清Ｃｍａｘ１８．３ｎＭをもたらすことが予測された。活性化可能二重特異性抗体の８回のＱ３Ｗ投与をモデリングした場合、この反復投与が、治療薬および得られるトリマー複合体の静止状態レベルをもたらし、これが腫瘍細胞のより効果的な殺傷をもたらすと予測されたため、０．０８６ｍｇ／ｋｇのより低いＢＥＤおよび９．３ｍｇ／ｋｇの血清Ｃｍａｘが予測された。
【表９】
2021518603.tif 000014
【０１９２】
他の実施形態
本発明は、以下の実例での条項を参照して定義されてもよい：
１．複数のコンパートメント間の活性化可能抗体をモデリングするための方法であって、
（Ａ）各コンパートメントが活性化可能抗体の複数の種の１種を含む、複数のコンパートメントを提供し、複数の種が、
（ａ）ある量の切断されていない活性化可能抗体を含む第一の種と、
（ｂ）ある量の一部切断された活性化可能抗体を含む第二の種と、
（ｃ）ある量の完全に切断された活性化可能抗体を含む第三の種と、
（ｄ）ある量の完全に露出され一部切断された活性化可能抗体を含む第四の種、
を含むこと、
（Ｂ）複数のコンパートメントから選択されるコンパートメントの対のそれぞれの間の速度式を提供し、各速度式が、所与のコンパートメント対における種の間の変換速度を反映すること、および
（Ｃ）複数のコンパートメントの間の種の分布を決定すること、
を含み、ここで
（Ｄ）活性化された抗体が、
（ｉ）標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片（ＡＢ）と、
（ｉｉ）切断されていない状態での活性化可能抗体のＡＢの標的への結合を阻害するＡＢに連結されたマスキング部分（ＭＭ）であって、切断されていない状態での活性化可能抗体のＭＭが、標的へのＡＢの特異的結合と干渉する、ＭＭと、
（ｉｉｉ）ＡＢに連結された切断可能部分（ＣＭ）であって、切断剤の基質として機能するポリペプチドであり、それによりＣＭにおける切断されていない活性化可能抗体の切断が、活性化された活性化可能抗体をもたらす、ＣＭ、
を含み、ここで
（ｉｖ）切断されていない状態の活性化可能抗体が、Ｎ末端からＣ末端に向かって以下のような構造配列：ＭＭ−ＣＭ−ＡＢまたはＡＢ−ＣＭ−ＭＭ２を有する、
方法。
１Ａ．複数の種が、
（ｆ）ある量の一部露出された切断されていない活性化可能抗体を含む第五の種と、（ｇ）ある量の完全に露出された切断されていない活性化可能抗体を含む第六の種、
を含む、条項１の方法。
２．（Ｅ）（ａ）血管コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第一の生理学的コンパートメントと、（ｂ）末梢組織コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第二の生理学的コンパートメントと、（ｃ）腫瘍コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第三の生理学的コンパートメントを含む複数の生理学的コンパートメントを提供すること、
（Ｆ）複数の生理学的コンパートメントから選択される生理学的コンパートメントの対のそれぞれの間に速度式を提供し、各速度式が、生理学的コンパートメントの所与の対の間の活性化可能抗体種の輸送の速度を反映すること、および
（Ｇ）所与の生理学的コンパートメントから活性化可能抗体種の除去の速度を反映する各生理学的コンパートメントのための速度式を提供すること、
を含む、条項１または１Ａの方法。
３．（Ｅ）（ａ）血漿コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第一の生理学的コンパートメントと、（ｂ）末梢組織コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第二の生理学的コンパートメントと、（ｃ）腫瘍コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第三の生理学的コンパートメントを含む複数の生理学的コンパートメントを提供すること、
（Ｆ）複数の生理学的コンパートメントから選択される生理学的コンパートメントの対のそれぞれの間の平衡係数を提供し、各平衡係数が、生理学的コンパートメントの所与の対の間で活性化可能抗体種の比率を反映すること、および
（Ｇ）所与の生理学的コンパートメントから活性化可能抗体種の除去の速度を反映する各生理学的コンパートメントについての速度式を提供すること、
を含む、条項１または１Ａの方法。
４．（Ｅ）（ｇ）血漿コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第一の生理学的コンパートメントと、（ｈ）末梢組織コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第二の生理学的コンパートメントと、（ｉ）腫瘍コンパートメント中にある量の活性化可能抗体種を含む第三の生理学的コンパートメントを含む複数の生理学的コンパートメントを提供すること、
（Ｆ）複数の生理学的コンパートメントから選択される生理学的コンパートメントの対のそれぞれの間の還流速度を提供し、各灌流速度が、生理学的コンパートメントの所与の対の間の活性化可能抗体種の輸送の速度を反映すること、および
（Ｇ）所与の生理学的コンパートメントからの活性化可能抗体種の除去の速度を反映する各生理学的コンパートメントについての速度式を提供すること、
を含む、条項１または１Ａの方法。
５．（Ｅ）第二および第三の生理学的コンパートメントのそれぞれの中にある量の標的を提供すること、
を含み、
各生理学的コンパートメントに、標的の合成速度および標的のエンドサイトーシス速度が提供され、
所与の生理学的コンパートメント中の標的の量が、所与のコンパートメント中の合成速度およびエンドサイトーシス速度に基づく、
条項１〜４のいずれか１項の方法。
６．（ａ）第二および第三の生理学的コンパートメントのそれぞれの中に、一価標的占有率コンパートメントおよび二価標的占有率コンパートメントを提供し、
一価標的占有率コンパートメントが、所与の生理学的コンパートメント中の標的に結合された所与の生理学的コンパートメント中の第二、第三、第四、第五および第六の種のコンパートメントからのある量の種を含み、
二価標的占有率コンパートメントが、所与の生理学的コンパートメント中の標的に結合された所与の生理学的コンパートメント中の第三および第六の種のコンパートメントからのある量の種を含むこと、および
（ｂ）第一の露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素の標的に結合する速度を反映する第一のオンレート発現（ｏｎ−ｒａｔｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）を提供すること、（ｃ）第一のマスクされ切断されていない抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素の標的に結合する速度を反映する第二のオンレート発現を提供すること、（ｄ）第一の切断された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素の標的に結合する速度を反映する第三のオンレート発現を提供すること、（ｅ）第二の露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素の標的に結合する速度を反映する第四のオンレート発現を提供すること、（ｆ）第二のマスクされ切断されていない抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素の標的に結合する速度を反映する第五のオンレート発現を提供すること、（ｇ）第二の切断された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素の標的に結合する速度を反映する第六のオンレート発現を提供すること、（ｈ）露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一または第二の結合要素の標的放出速度を反映する第一のオフレート発現を提供すること、（ｉ）マスクされ切断されていない抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一または第二の結合要素の標的放出速度を反映する第二のオフレート発現を提供すること、および（ｊ）切断された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一または第二の結合要素の標的放出速度を反映する第三のオフレート発現を提供すること、
を含む、条項２〜５のいずれか１項の方法。
６Ａ．（ａ）第二および第三の生理学的コンパートメントのそれぞれの中に、一価の標的占有率コンパートメントおよび二価の標的占有率コンパートメントを提供し、
一価標的占有率コンパートメントが、所与の生理学的コンパートメント中の標的に結合された所与の生理学的コンパートメント中の第二、第三、第四、第五および第六の種のコンパートメントからのある量の種を含み、
二価標的占有率コンパートメントが、所与の生理学的コンパートメント中の標的に結合された所与の生理学的コンパートメント中の第三および第六の種のコンパートメントからのある量の種を含むこと、および
（ｂ）標的と、第一の露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素との結合を反映する第一の平衡定数を提供すること、（ｃ）標的と、第一のマスクされ切断されていない抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素との結合を反映する第二の平衡定数を提供すること、（ｄ）標的と、第一の切断された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一の結合要素との結合を反映する第三の平衡定数を提供すること、（ｅ）標的と、第二の露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素との結合を反映する第四の平衡定数を提供すること、（ｆ）標的と、第二のマスクされ切断されていない抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素との結合を反映する第五の平衡定数を提供すること、および（ｇ）標的と、第二の切断された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第二の結合要素との結合を反映する第六の平衡定数を提供すること、（ｈ）露出された抗原結合部位を有する活性化可能抗体種の第一または第二の結合要素の標的放出速度を反映する第一のオフレート発現を提供すること、
を含む、条項２〜５のいずれか１項の方法。
７．複数の生理学的コンパートメントの間の種の分布を決定することを含む、条項２〜６Ａのいずれか１項の方法。
８．複数の標的占有率コンパートメントの間の種の分布を決定することを含む、条項６、６Ａ、および７のいずれか１項の方法。
９．複数の種コンパートメントの間の種の分布を決定するステップが、複数の時点での分布を決定することを含む、条項１〜８のいずれか１項の方法。
１０．複数の標的占有率コンパートメントの間の種の分布を決定することが、複数の時点での分布を決定することを含む、条項２〜９のいずれか１項の方法。
１１．複数の標的占有率コンパートメントの間の種の分布を決定することが、複数の時点での分布を決定することを含む、条項６〜１０のいずれか１項の方法。
１２．複数の種コンパートメントの間の種の分布を決定するステップが、複数の時点での分布を決定することを含む、条項６〜１１のいずれか１項の方法。
１３．種コンパートメントの任意の所与の対の間の速度式の速度定数が、一次速度定数である、条項１〜１２のいずれか１項の方法。
１４．（ａ）第二の種コンパートメントから第一の種コンパートメントへの変換の速度式が、ゼロであるか、（ｂ）第三の種コンパートメントから第二の種コンパートメントへの変換の速度式が、ゼロであるか、（ｃ）第二の種コンパートメントから第四の種コンパートメントへの変換の速度式が、ゼロであるか、（ｄ）第三の種コンパートメントから第六の種コンパートメントへの変換の速度式が、ゼロであるか、または（ｅ）第六の種コンパートメントから第五の種コンパートメントへの変換の速度式が、ゼロである、条項１〜１３のいずれか１項の方法。
１５．条項９〜１２のいずれか１項のモデリング法に従い複数の時点で活性化可能抗体の種の分布を決定すること；モデルにおける複数の時点での活性化可能抗体の種の分布を、対象における複数の時点での活性化可能抗体の種の観察された分布と比較すること、およびモデルにおける１つまたは複数のパラメータを修飾し、それにより修飾されたモデルが種の観察された分布に対してより高度の一致を有すること、を含む、対象における活性化可能抗体の種の分布のモデルを較正する方法。
１６．対象における活性化可能抗体の投与量範囲を決定する方法であって、条項９〜１２のいずれか１項のモデリング法に従い活性化可能抗体の所与の投与量のための複数の時点で活性化可能抗体の種の分布を決定すること；および各所与の投与量の活性化可能抗体種のモデリングされた分布を基にして、対象への投与のための所与の投与量を選択すること、を含む、方法。
１７．所与の投与量の選択が、所与の投与量に対する活性化可能抗体種のモデリングされた血漿濃度に基づく、条項１６の方法。
【０１９３】
生物学的配列表
配列表を、以下の表Ａに示す。
【表１０】
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【０１９４】
前述の発明は、明瞭さおよび理解を目的として若干詳細に記載されているが、本発明の真の範囲を逸脱することなく形態および詳細の様々な変更を施し得ることは、本開示を読むことで当業者に明白となろう。本明細書に記載された材料、実施例、および実施形態は、実例を示すことのみを目的とし、限定を意図するものではないこと、ならびにそれを考慮した様々な修正または変更が、当業者に示唆され、添付の特許請求の範囲の精神および範囲に含まれるべきであることを、理解されたい。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１−１】
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【図１１−２】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
2021518603.tif 000043
【図１２Ｃ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【国際調査報告】
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