(57)【要約】本開示は、第１のオリゴマー化合物と、それより短い第２のオリゴマー化合物とを含む半二重鎖化合物を提供し、ここで、第１のオリゴマー化合物は標的核酸に相補的であり、第２のオリゴマー化合物は第１のオリゴマー化合物に相補的である。特定の実施形態では、本明細書に開示する化合物は、肝外標的核酸の発現調節に有用である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のオリゴマー化合物及び第２のオリゴマー化合物を含む化合物であって、前記第１のオリゴマー化合物は、１４〜３０の連結ヌクレオシドからなる第１の修飾オリゴヌクレオチドを含み、かつ、前記第２のオリゴマー化合物の核酸塩基配列と核酸標的とに相補的な核酸塩基配列を有し、前記第２のオリゴマー化合物は、６〜１２の連結ヌクレオシドからなる第２の修飾オリゴヌクレオチドを含む、前記化合物。
【請求項２】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に少なくとも８０％相補的な核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に少なくとも９０％相補的な核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に１００％相補的な核酸塩基配列を有する、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも５連続する連結した２’−デオキシヌクレオシドを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の化合物。
【請求項６】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも６連続する連結した２’−デオキシヌクレオシドを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の化合物。
【請求項７】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも７連続する連結した２’−デオキシヌクレオシドを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の化合物。
【請求項８】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも８連続する連結した２’−デオキシヌクレオシドを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の化合物。
【請求項９】
前記化合物はＲＮＡｉ化合物ではない、請求項１〜８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１０】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである、請求項１〜８のいずれかに記載の化合物。
【請求項１１】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも８連続する核酸塩基を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも９連続する核酸塩基を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１３】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１０連続する核酸塩基を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１４】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１１連続する核酸塩基を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１５】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１２連続する核酸塩基を有する、請求項１〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１６】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜５のいずれかに記載の化合物。
【請求項１７】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１６に記載の化合物。
【請求項１８】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１７に記載の化合物。
【請求項１９】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋は−Ｏ−ＣＨ２−、及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、請求項１８に記載の化合物。
【請求項２０】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔまたはＬＮＡの中から選択される二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜１９のいずれかに記載の化合物。
【請求項２１】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔ二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜１９のいずれかに記載の化合物。
【請求項２２】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜２１のいずれかに記載の化合物。
【請求項２３】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項２２に記載の化合物。
【請求項２４】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項２３に記載の化合物。
【請求項２５】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜２４のいずれかに記載の化合物。
【請求項２６】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項２５に記載の化合物。
【請求項２７】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
１〜５の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
６〜１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
１〜５の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜２６のいずれかに記載の化合物。
【請求項２８】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
５の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
５の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜２６のいずれかに記載の化合物。
【請求項２９】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
３の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
３の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜２６のいずれかに記載の化合物。
【請求項３０】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥを含む非二環式糖部分を含む、請求項１〜１７または２３〜２４のいずれかに記載の化合物。
【請求項３１】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む、請求項１〜１７または２３のいずれかに記載の化合物。
【請求項３２】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む、請求項１〜１７または２５〜２６のいずれかに記載の化合物。
【請求項３３】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１４〜２２の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３４】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１４〜２０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３５】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６〜２０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３６】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６〜１８の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３７】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３８】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは２０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜２６または３０〜３２のいずれかに記載の化合物。
【請求項３９】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１〜３８のいずれかに記載の化合物。
【請求項４０】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である、請求項３９に記載の化合物。
【請求項４１】
前記第１のオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、請求項３９または４０に記載の化合物。
【請求項４２】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、請求項１〜３９のいずれかに記載の化合物。
【請求項４３】
前記第１のオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１〜４２のいずれかに記載の化合物。
【請求項４４】
前記第１のオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、請求項４０に記載の化合物。
【請求項４５】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも７５％相補的である、請求項１〜４４に記載の化合物。
【請求項４６】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも８０％相補的である、請求項１〜４４に記載の化合物。
【請求項４７】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも９０％相補的である、請求項１〜４４に記載の化合物。
【請求項４８】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも１００％相補的である、請求項１〜４４に記載の化合物。
【請求項４９】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号４の少なくとも６連続する核酸塩基を有する、請求項１〜４８のいずれかに記載の化合物。
【請求項５０】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号５の少なくとも６連続する核酸塩基を有する、請求項１〜４８のいずれかに記載の化合物。
【請求項５１】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜５０のいずれかに記載の化合物。
【請求項５２】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５１に記載の化合物。
【請求項５３】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５２に記載の化合物。
【請求項５４】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋は−Ｏ−ＣＨ２−、及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、請求項５３に記載の化合物。
【請求項５５】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔまたはＬＮＡの中から選択される二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５４に記載の化合物。
【請求項５６】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔ二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５４に記載の化合物。
【請求項５７】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項４１〜５６のいずれかに記載の化合物。
【請求項５８】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５７に記載の化合物。
【請求項５９】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１〜５８のいずれかに記載の化合物。
【請求項６０】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項５９に記載の化合物。
【請求項６１】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
２〜４の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
２〜４の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
２〜４の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【請求項６２】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
２の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
４の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
２の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【請求項６３】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
４の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
２の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
３の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、請求項１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【請求項６４】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
３の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
５の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
３の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＲＮＡ糖部分を含む、請求項１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【請求項６５】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥを含む非二環式糖部分を含む、請求項１〜５１または請求項５７〜５８に記載の化合物。
【請求項６６】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む、請求項１〜５１または請求項５７〜５８に記載の化合物。
【請求項６７】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む、請求項１〜５１または請求項５９のいずれかに記載の化合物。
【請求項６８】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは６〜１０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項６９】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは７〜１０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項７０】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８〜１０の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項７１】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８〜９の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項７２】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは７〜９の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項７３】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６１のいずれかに記載の化合物。
【請求項７４】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは９の連結ヌクレオシドからなる、請求項１〜６１または６３のいずれかに記載の化合物。
【請求項７５】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【請求項７６】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、請求項１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【請求項７７】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、請求項７５または７６に記載の化合物。
【請求項７８】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド結合は非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項７６に記載の化合物。
【請求項７９】
前記第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項１〜７８のいずれかに記載の化合物。
【請求項８０】
前記修飾核酸塩基は５’−Ｍｅシトシンである、請求項７９に記載の化合物。
【請求項８１】
各修飾オリゴヌクレオチドの各核酸塩基は非修飾核酸塩基であるかまたは５’−Ｍｅシトシンである、請求項７９に記載の化合物。
【請求項８２】
前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの最も３’端の核酸塩基は、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの最も５’端の核酸塩基に相補的である、請求項１〜８１のいずれかに記載の化合物。
【請求項８３】
前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８４】
前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドに共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８５】
前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８６】
前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８７】
前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８８】
前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合で結合されている、請求項１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【請求項８９】
前記結合基は結合リンカーを含む、請求項１〜８８のいずれかに記載の化合物。
【請求項９０】
前記結合基は結合部分を含む、請求項１〜８９のいずれかに記載の化合物。
【請求項９１】
前記結合基は結合リンカー及び結合部分からなる、請求項１〜９０のいずれかに記載の化合物。
【請求項９２】
前記結合部分は脂質である、請求項１〜８１のいずれかに記載の化合物。
【請求項９３】
前記結合部分はＣ１６アルキルを含む、請求項１〜８１のいずれかに記載の化合物。
【請求項９４】
前記結合部分はコレステロールである、請求項１〜８１のいずれかに記載の化合物。
【請求項９５】
前記結合リンカーはＴＣＡである、請求項８９〜９４のいずれかに記載の化合物。
【請求項９６】
前記結合リンカーはＴＥＧである、請求項８９〜９４のいずれかに記載の化合物。
【請求項９７】
前記結合リンカーはヘキシルアミノである、請求項８９〜９４のいずれかに記載の化合物。
【請求項９８】
前記化合物は５７℃以下では主に二重鎖として存在する、請求項１〜９７のいずれかに記載の化合物。
【請求項９９】
前記化合物は４７℃以下では主に二重鎖として存在する、請求項１〜９７のいずれかに記載の化合物。
【請求項１００】
前記化合物は３７℃では主に二重鎖として存在する、請求項１〜９７のいずれかに記載の化合物。
【請求項１０１】
請求項１〜１００のいずれかに記載の化合物及び薬理学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物。
【請求項１０２】
請求項１〜１００のいずれかに記載の化合物及び薬理学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物。
【請求項１０３】
請求項１〜１０２のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を動物に投与することを含む方法。
【請求項１０４】
請求項１〜９４のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を全身投与する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
肝外核酸標的に関連した疾患を治療する方法であって、前記肝外核酸標的に関連した疾患に罹患しているかまたは発症リスクがある個体に対し、請求項１〜１０３のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を治療的有効量にて投与し、それにより前記肝外核酸標的に関連した前記疾患を治療することを含む、前記方法。
【請求項１０６】
前記肝外核酸標的は筋標的である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記肝外核酸標的はＤＭＰＫである、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
前記肝外核酸標的はＣＮＳ標的である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
前記投与は全身投与である、請求項１０５〜１０８のいずれかに記載の方法。
【請求項１１０】
前記投与は髄腔内投与である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１１】
前記投与は非経口投与である、請求項１０５〜１０８のいずれかに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、２０１８年１２月１３日に作成された、サイズが２４ＫｂのＣＯＲＥ０１４５ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔと題されたファイルとして提供されている。配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
アンチセンス技術の背後にある原理は、アンチセンス化合物が標的核酸とハイブリダイズし、その標的核酸の量、活性、及び／または機能を調節するというものである。特定の場合の例として、アンチセンス化合物により、標的の転写または翻訳の変化がもたらされる。そのような発現調節は、例えば、標的ｍＲＮＡを分解させるかまたは占有に基づいて阻害することにより達成することができる。分解により標的ＲＮＡ機能を調節する一例は、標的ＲＮＡとＤＮＡ様アンチセンス化合物とのハイブリダイゼーション時にＲＮａｓｅ  Ｈに基づいて標的ＲＮＡを分解させることである。標的の分解により遺伝子発現を調節する別の例はＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）である。ＲＮＡｉとは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）を利用する機構を介したアンチセンス介在性遺伝子サイレンシングを指す。標的ＲＮＡ機能の調節のさらなる例は、天然でマイクロＲＮＡが利用しているような占有に基づく機構である。マイクロＲＮＡは、タンパク質をコードするＲＮＡの発現を調節する小さいノンコーディングＲＮＡである。アンチセンス化合物がマイクロＲＮＡに結合することにより、そのマイクロＲＮＡとその標的とするメッセンジャーＲＮＡとの結合が妨げられ、これによりマイクロＲＮＡの機能が干渉される。マイクロＲＮＡ模倣物は天然のマイクロＲＮＡ機能を高めることができる。特定のアンチセンス化合物はプレｍＲＮＡのスプライシングを変化させる。特定の機構にかかわらず、配列特異性は、アンチセンス化合物を標的バリデーション及び遺伝子機能化のための手段として、ならびに疾患の病因に関与する遺伝子の発現を選択的に調節する治療薬として魅力的なものにしている。
【０００３】
アンチセンス技術は、１つ以上の特定の遺伝子産物の発現を調節する有効な手段であり、そのため多数の治療的、診断的、及び研究的適用において比類なく有用であることが証明され得る。化学的に修飾されたヌクレオシドは、アンチセンス化合物に組み込んで、ヌクレアーゼ耐性、薬物動態、または標的核酸に対する親和性など１つ以上の特性を高めてよい。１９９８年、アンチセンス化合物であるＶｉｔｒａｖｅｎｅ（登録商標）（ホミビルセン；Ｉｓｉｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡによる開発）はアンチセンス薬としてＵ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）から販売承認を得た最初であったが、現在は、ＡＩＤＳ患者におけるサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）誘導性網膜炎の治療薬である。別の例では、アポＢを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドであるＫＹＮＡＭＲＯ（商標）は、ホモ接合性家族性高コレステロール血症（ＨｏＦＨ）の患者における脂質低下薬、ならびに低比重リポタンパク質コレステロール（ＬＤＬ−Ｃ）、アポＢ、総コレステロール（ＴＣ）、及び非高比重リポタンパク質コレステロール（ｎｏｎ  ＨＤＬ−Ｃ）を低下させる食事に対する補助治療薬としてＵ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）により承認されている。
【０００４】
新たな化学修飾によりアンチセンス化合物の効力及び有効性が改善され、経口送達の可能性が明らかになるとともに、皮下投与をさらに向上させ、副作用の可能性を減らし、患者の利便性の改善がもたらされた。アンチセンス化合物の効力を増大させる化学修飾は、より低用量の投与を可能にし、これにより毒性の可能性が低減され、また治療の全体費用が削減される。耐分解性を増大させる修飾により体からの排出がより緩徐になるため、投与頻度を少なくすることができる。種類の異なる化学修飾を合わせて１つの化合物とし、その化合物の有効性をさらに最適化することができる。従来、修飾オリゴヌクレオチドなどアンチセンス化合物では、機能が肝組織に良好に取り込まれることが示されている。しかしながら、ＣＮＳ組織または筋組織などの他の細胞型へのアンチセンス化合物の取り込み及び分布を促進する必要性が依然としてある。
【発明の概要】
【０００５】
オリゴマー化合物は典型的に、対象への投与後、肝臓に対する良好な分布を示す。しかしながら、特定の実施形態では、対象内部の他の組織にオリゴマー化合物を送達するニーズが存在する。例えば、オリゴマー化合物を、ＣＮＳ組織または筋組織など１つ以上の肝外組織に送達するニーズが存在する。オリゴマー化合物を全身送達してＣＮＳ標的を調節する、例えば、全身送達されたオリゴマー化合物が血液脳関門を通過してＣＮＳの核酸標的を調節するというニーズも存在する。
【０００６】
本開示は、半二重鎖オリゴマー化合物を提供する。半二重鎖オリゴマー化合物は、第１の修飾オリゴヌクレオチド及び第２の修飾オリゴヌクレオチドを有し、ここで、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、１４〜３０の連結ヌクレオシドであり、かつ、第２のオリゴマー化合物の核酸塩基配列と核酸標的とに相補的な核酸塩基配列を有し、第２の修飾オリゴヌクレオチドは６〜１２の連結ヌクレオシドを有する。特定の実施形態では、これらの半二重鎖オリゴマー化合物は、第１の修飾オリゴヌクレオチド単独または第２の修飾オリゴヌクレオチド単独と比較して１つ以上の改善された特性を有する。改善された特性の一種は改善された安全性プロファイルである。例えば、半二重鎖は、第１の修飾オリゴヌクレオチド単独または第２の修飾オリゴヌクレオチド単独よりも忍容性がはるかに良好な場合がある。改善された特性の別の種類は、特定細胞型における改善された取り込みである。特定の実施形態では、半二重鎖は筋組織での取り込み及び／または活性を増強させる。特定の実施形態では、半二重鎖はＣＮＳでの取り込み及び／または活性を増強させる。特定の実施形態では、半二重鎖は、第１の修飾オリゴヌクレオチド単独または第２の修飾オリゴヌクレオチド単独のいずれかの一本鎖型よりも大きな程度まで血液脳関門を通過することができる。特定の実施形態では、全身投与された半二重鎖は、第１の修飾オリゴヌクレオチド単独または第２の修飾オリゴヌクレオチド単独のいずれかの一本鎖型よりも大きな程度まで血液脳関門を通過することができる。特定の実施形態では、全身投与された半二重鎖はＣＮＳ組織の標的核酸を調節することができる。特定の実施形態では組織は線条体である。特定の実施形態では組織は脊髄である。特定の実施形態では組織は小脳である。特定の実施形態では組織は皮質である。
【０００７】
特定の実施形態では、半二重鎖の第２の修飾オリゴヌクレオチドは結合基を含む。特定の実施形態では、結合基は肝外組織での取り込み及び／または活性を増強させる。特定の実施形態では、結合基は筋組織もしくはＣＮＳ組織での取り込み及び／または活性を増強させる。
【０００８】
特定の実施形態では、本開示は、細胞を半二重鎖と接触させることによって肝外組織及び／または肝外細胞型での標的核酸の量または活性を調節する方法を提供する。特定のそのような実施形態では、本開示は、治療的利益を得るためには、肝臓の標的核酸の量または活性を調節するだけでは十分でない疾患を治療する方法を提供する。例えば、本開示は、ＣＮＳでの標的核酸の量または活性を調節する方法を提供する。本開示は、筋組織での標的核酸の量または活性を調節する方法も提供する。
【０００９】
本開示は、以下の非限定的な実施形態を提供する。
【００１０】
実施形態１。第１のオリゴマー化合物及び第２のオリゴマー化合物を含む化合物であって、前記第１のオリゴマー化合物は、１４〜３０の連結ヌクレオシドからなる第１の修飾オリゴヌクレオチドを含み、かつ、前記第２のオリゴマー化合物の核酸塩基配列と核酸標的とに相補的な核酸塩基配列を有し、前記第２のオリゴマー化合物は、６〜１２の連結ヌクレオシドからなる第２の修飾オリゴヌクレオチドを含む、前記化合物。
【００１１】
実施形態２。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に少なくとも８０％相補的な核酸塩基配列を有する、実施形態１に記載の化合物。
【００１２】
実施形態３。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に少なくとも９０％相補的な核酸塩基配列を有する、実施形態１に記載の化合物。
【００１３】
実施形態４。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に、前記標的核酸の核酸塩基配列に１００％相補的な核酸塩基配列を有する、実施形態１に記載の化合物。
【００１４】
実施形態５。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも８連続する核酸塩基を有する、実施形態１〜４のいずれかに記載の化合物。
【００１５】
実施形態６。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも９連続する核酸塩基を有する、実施形態１〜４のいずれかに記載の化合物。
【００１６】
実施形態７。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１０連続する核酸塩基を有する、実施形態１〜４のいずれかに記載の化合物。
【００１７】
実施形態８。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１１連続する核酸塩基を有する、実施形態１〜４のいずれかに記載の化合物。
【００１８】
実施形態９。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２の少なくとも１２連続する核酸塩基を有する、実施形態１〜４のいずれかに記載の化合物。
【００１９】
実施形態１０。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１〜９のいずれかに記載の化合物。
【００２０】
実施形態１１。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１０に記載の化合物。
【００２１】
実施形態１２。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１１に記載の化合物。
【００２２】
実施形態１３。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋は−Ｏ−ＣＨ２−、及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、実施形態１２に記載の化合物。
【００２３】
実施形態１４。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔまたはＬＮＡの中から選択される二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１２に記載の化合物。
【００２４】
実施形態１５。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔ二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１２に記載の化合物。
【００２５】
実施形態１６。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１０〜１５のいずれかに記載の化合物。
【００２６】
実施形態１７。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１６に記載の化合物。
【００２７】
実施形態１８。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１６に記載の化合物。
【００２８】
実施形態１９。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１０〜１８のいずれかに記載の化合物。
【００２９】
実施形態２０。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１９に記載の化合物。
【００３０】
実施形態２１。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
１〜５の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
６〜１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
１〜５の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜２０のいずれかに記載の化合物。
【００３１】
実施形態２２。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
５の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
５の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜２０のいずれかに記載の化合物。
【００３２】
実施形態２３。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは、
３の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
１０の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
３の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜２０のいずれかに記載の化合物。
【００３３】
実施形態２４。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥを含む非二環式糖部分を含む、実施形態１〜１１または１６〜１８のいずれかに記載の化合物。
【００３４】
実施形態２５。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む、実施形態１〜１１または１６〜１８のいずれかに記載の化合物。
【００３５】
実施形態２６。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む、実施形態１〜１１または１６〜２０のいずれかに記載の化合物。
【００３６】
実施形態２７。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１４〜２２の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２０または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００３７】
実施形態２８。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１４〜２０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２０または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００３８】
実施形態２９。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６〜２０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２０または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００３９】
実施形態３０。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６〜１８の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２０または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００４０】
実施形態３１。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは１６の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２０または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００４１】
実施形態３２。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは２０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜２２または２４〜２６のいずれかに記載の化合物。
【００４２】
実施形態３３。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１〜３２のいずれかに記載の化合物。
【００４３】
実施形態３４。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態３３に記載の化合物。
【００４４】
実施形態３５。前記第１のオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、実施形態３３または３４に記載の化合物。
【００４５】
実施形態３６。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、実施形態１〜３３のいずれかに記載の化合物。
【００４６】
実施形態３７。前記第１のオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、実施形態１〜３６のいずれかに記載の化合物。
【００４７】
実施形態３８。前記第１のオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、実施形態３４に記載の化合物。
【００４８】
実施形態３９。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも７５％相補的である、実施形態１〜３８に記載の化合物。
【００４９】
実施形態４０。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも８０％相補的である、実施形態１〜３８に記載の化合物。
【００５０】
実施形態４１。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも９０％相補的である、実施形態１〜３８に記載の化合物。
【００５１】
実施形態４２。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、前記第２の修飾ヌクレオチドの長さにわたり、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに少なくとも１００％相補的である、実施形態１〜３８に記載の化合物。
【００５２】
実施形態４３。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号４の少なくとも６連続する核酸塩基を有する、実施形態４２のいずれかに記載の化合物。
【００５３】
実施形態４４。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号５の少なくとも６連続する核酸塩基を有する、実施形態４２のいずれかに記載の化合物。
【００５４】
実施形態４５。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１〜４４のいずれかに記載の化合物。
【００５５】
実施形態４６。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４５に記載の化合物。
【００５６】
実施形態４７。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４６に記載の化合物。
【００５７】
実施形態４８。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋は−Ｏ−ＣＨ２−、及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、実施形態４７に記載の化合物。
【００５８】
実施形態４９。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔまたはＬＮＡの中から選択される二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４８に記載の化合物。
【００５９】
実施形態５０。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、ｃＥｔ二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４８に記載の化合物。
【００６０】
実施形態５１。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４５〜５０のいずれかに記載の化合物。
【００６１】
実施形態５２。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態５１に記載の化合物。
【００６２】
実施形態５３。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１〜５２のいずれかに記載の化合物。
【００６３】
実施形態５４。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態５３に記載の化合物。
【００６４】
実施形態５５。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
２〜４の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
２〜４の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
２〜４の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜５４のいずれかに記載の化合物。
【００６５】
実施形態５６。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
２の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
４の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
２の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜５４のいずれかに記載の化合物。
【００６６】
実施形態５７。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは、
４の連結した５’−ヌクレオシドからなる５’−領域、
２の連結した中央領域ヌクレオシドからなる中央領域、及び
３の連結した３’−ヌクレオシドからなる３’−領域
を含む糖モチーフを有し、ここで、前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域の各々は修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々は非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、実施形態１〜５４のいずれかに記載の化合物。
【００６７】
実施形態５８。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥを含む非二環式糖部分を含む、実施形態１〜３８または実施形態５１〜５７に記載の化合物。
【００６８】
実施形態５９。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む、実施形態１〜３８または実施形態５１〜５７に記載の化合物。
【００６９】
実施形態６０。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、モルホリノ、ＰＮＡ、Ｆ−ＨＮＡ、ＴＨＰ、または修飾ＴＨＰから選択される糖代替物を含む、実施形態１〜３８または実施形態５１〜５７のいずれかに記載の化合物。
【００７０】
実施形態６１。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは６〜１０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【００７１】
実施形態６２。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは７〜１０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【００７２】
実施形態６３。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８〜１０の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【００７３】
実施形態６４。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８〜９の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【００７４】
実施形態６５。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは７〜９の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜６０のいずれかに記載の化合物。
【００７５】
実施形態６６。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは８の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜５６のいずれかに記載の化合物。
【００７６】
実施形態６７。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは９の連結ヌクレオシドからなる、実施形態１〜５５または５７のいずれかに記載の化合物。
【００７７】
実施形態６８。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１〜６７のいずれかに記載の化合物。
【００７８】
実施形態６９。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオアートヌクレオシド間結合のいずれかである、実施形態６８に記載の化合物。
【００７９】
実施形態７０。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド結合はホスホロチオアートヌクレオシド間結合である、実施形態６８または６９に記載の化合物。
【００８０】
実施形態７１。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド結合は非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態６９に記載の化合物。
【００８１】
実施形態７２。前記第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは前記第２の修飾オリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、実施形態１〜７１のいずれかに記載の化合物。
【００８２】
実施形態７３。前記修飾核酸塩基は５’−Ｍｅシトシンである、実施形態７２に記載の化合物。
【００８３】
実施形態７４。各修飾オリゴヌクレオチドの各核酸塩基は非修飾核酸塩基であるかまたは５’−Ｍｅシトシンである、実施形態７２に記載の化合物。
【００８４】
実施形態７５。前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの最も３’端の核酸塩基は、前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの最も５’端の核酸塩基に相補的である、実施形態１〜７４のいずれかに記載の化合物。
【００８５】
実施形態７６。前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドに共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００８６】
実施形態７７。前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドに共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００８７】
実施形態７８。前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００８８】
実施形態７９。前記結合基が前記第１の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００８９】
実施形態８０。前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００９０】
実施形態８１。前記結合基が前記第２の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合で結合されている、実施形態１〜７５のいずれかに記載の化合物。
【００９１】
実施形態８２。前記結合基は結合リンカーを含む、実施形態１〜８１のいずれかに記載の化合物。
【００９２】
実施形態８３。前記結合基は結合部分を含む、実施形態１〜８２のいずれかに記載の化合物。
【００９３】
実施形態８４。前記結合基は結合リンカー及び結合部分からなる、実施形態１〜８３のいずれかに記載の化合物。
【００９４】
実施形態８５。前記結合部分は脂質である、実施形態１〜８４のいずれかに記載の化合物。
【００９５】
実施形態８６。前記結合部分はコレステロールである、実施形態１〜８４のいずれかに記載の化合物。
【００９６】
実施形態８７。前記結合リンカーはＴＣＡである、実施形態７８〜８６のいずれかに記載の化合物。
【００９７】
実施形態８８。前記結合リンカーはＴＥＧである、実施形態７８〜８６のいずれかに記載の化合物。
【００９８】
実施形態８９。前記結合リンカーはヘキシルアミノである、実施形態７８〜８６のいずれかに記載の化合物。
【００９９】
実施形態９０。前記化合物は５７℃以下では主に二重鎖として存在する、実施形態１〜８９のいずれかに記載の化合物。
【０１００】
実施形態９１。前記化合物は４７℃以下では主に二重鎖として存在する、実施形態１〜８９のいずれかに記載の化合物。
【０１０１】
実施形態９２。前記化合物は３７℃では主に二重鎖として存在する、実施形態１〜８９のいずれかに記載の化合物。
【０１０２】
実施形態９３。実施形態１〜９２のいずれかに記載の化合物及び薬理学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物。
【０１０３】
実施形態９４。実施形態１〜９２のいずれかに記載の化合物及び薬理学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物。
【０１０４】
実施形態９５。実施形態１〜９４のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を動物に投与することを含む方法。
【０１０５】
実施形態９６。実施形態１〜９４のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を全身投与する、実施形態９５に記載の方法。
【０１０６】
実施形態９７。肝外核酸標的に関連した疾患を治療する方法であって、前記肝外核酸標的に関連した疾患に罹患しているかまたは発症リスクがある個体に対し、実施形態１〜９４のいずれかに記載の化合物または医薬組成物を治療的有効量にて投与し、それにより前記肝外核酸標的に関連した前記疾患を治療することを含む、前記方法。
【０１０７】
実施形態９８。前記肝外核酸標的は筋標的である、実施形態９７に記載の方法。
【０１０８】
実施形態９９。前記肝外核酸標的はＤＭＰＫである、実施形態９７に記載の方法。
【０１０９】
実施形態１００。前記肝外核酸標的はＣＮＳ標的である、実施形態９７に記載の方法。
【０１１０】
実施形態１０１。前記投与は全身投与である、実施形態９７〜１００のいずれかに記載の方法。
【発明を実施するための形態】
【０１１１】
上述の概要及び以下の詳細な説明はいずれも例示し、説明するのみであり、限定するものではないことを理解されるべきである。本明細書では、特に具体的に断らない限り、単数形の使用には複数形が含まれる。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「または」の使用は「及び／または」を意味する。さらに、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」ならびに他の形、例えば「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれた（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」などの使用は限定的なものではない。また、「要素」または「構成成分」などの用語は、特に具体的に断らない限り、１つのユニットを含む要素及び構成成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び構成成分の両方を包含する。
【０１１２】
本明細書で使用する項目見出しは構成のみを目的としたものであり、記載の主題を限定するものと解釈されるべきではない。特許、特許出願、記事、書籍、及び論文が含まれるがこれに限定されることなく、本出願で引用されるすべての資料または資料の一部は、本明細書で論じる資料の一部ならびにその全体が参照により本明細書で明白に組み込まれる。
【０１１３】
定義
特別に定義しない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに薬化学及び製薬化学との関連で用いられる術語、ならびにそれらの手順及び技術は、当該技術分野で周知の一般に使用されるものである。許される場合、本開示の全体を通して言及される特許、出願、公開出願、及び他の刊行物及び他のデータはすべて、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるものとする。
【０１１４】
特に明記しない限り、以下の用語は以下の意味を有する。
【０１１５】
「２’−デオキシヌクレオシド」とは、天然に生じるデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られる、２’−Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’−デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含んでよく、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含んでもよい。
【０１１６】
「２’−置換ヌクレオシド」または「２−修飾ヌクレオシド」とは、２’−置換または２’−修飾の糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用する場合、糖部分に関連した「２’−置換」または「２−修飾」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’−置換基を含む糖部分を意味する。
【０１１７】
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物とその標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因する、検出可能及び／または測定可能な任意の変化を意味する。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較して、標的核酸またはかかる標的核酸によりコードされるタンパク質の量または発現が減少することである。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、プレｍＲＮＡ核酸標的のスプライシングにおける変化である。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較して、標的核酸またはかかる標的核酸によりコードされるタンパク質の量または発現が増大することである。
【０１１８】
「アンチセンス化合物」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチドと、任意選択で結合基または末端基のような１つ以上のさらなる特徴とを含む化合物を意味する。
【０１１９】
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、（１）少なくとも部分的に標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有し、かつ、（２）細胞または動物においてアンチセンス活性を発生することができるオリゴヌクレオチドを意味する。
【０１２０】
治療に関連して「改善する」という場合、少なくとも１つの症状が、その同じ症状を治療しない場合よりも改善することを意味する。特定の実施形態では、改善は、症状の重症度もしくは頻度の低下、または症状の発症遅延または症状の重症度もしくは頻度の進行の減速である。
【０１２１】
「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用する場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を含む修飾糖部分を意味し、ここで、第１の環の２個の原子をつなぐ架橋を介して第２の環が形成されることにより二環式構造を形成している。特定の実施形態では、二環式糖部分の第１の環はフラノシル部分である。特定の実施形態では、二環式糖部分はフラノシル部分を含まない。
【０１２２】
「分岐基」とは、少なくとも３つの基と共有結合を形成することができる、少なくとも３つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態では、分岐基は、結合リンカー及び／または切断可能部分を介して繋留リガンドとオリゴヌクレオチドとをつなぐ複数の反応性部位を提供する。
【０１２３】
「細胞指向部分」とは、特定の細胞型もしくは特定の細胞型（複数）との結合能がある結合基または結合基の部分を意味する。
【０１２４】
「切断可能部分」とは、生理的条件下、例えば、細胞、動物、またはヒトの内部で切断される、原子結合または原子団を意味する。
【０１２５】
オリゴヌクレオチドに関連して「相補的」という場合、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と別の核酸の核酸塩基配列を反対方向に整列させた場合に、かかるオリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基の少なくとも７０％と、別の核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基とが互いに水素結合することができることを意味する。相補的核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的核酸塩基対には、アデニン（Ａ）とチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）、５−メチルシトシン（ｍＣ）とグアニン（Ｇ）が含まれるが、特に明記されない限り、これらに限定されない。相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸は、必ずしもそれぞれのヌクレオシドで核酸塩基が相補的である必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。本明細書で使用する場合、オリゴヌクレオチドに関連した「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、そのようなオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドにおいて別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に相補的であることを意味する。
【０１２６】
「結合基」とは、オリゴヌクレオチドに直接または間接的に結合されている原子団を意味する。結合基には、結合部分及びかかる結合部分をオリゴヌクレオチドに結合させる結合リンカーが含まれる。
【０１２７】
「結合リンカー」とは、結合部分とオリゴヌクレオチドとをつなぐ少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
【０１２８】
「結合部分」とは、結合リンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合されている原子団を意味する。
【０１２９】
オリゴヌクレオチドにおいて「連続した」とは、互いに直接隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」とは、順次互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
【０１３０】
「二重鎖」とは、対形成している２つのオリゴマー化合物を意味する。特定の実施形態では、２つのオリゴマー化合物は、相補的核酸塩基のハイブリダイゼーションを介して対形成される。
【０１３１】
「肝外細胞型」とは、肝細胞ではない細胞型を意味する。
【０１３２】
「肝外核酸標的」とは、肝臓以外の組織に発現する標的核酸を意味する。特定の実施形態では、肝外核酸標的は、肝臓に発現しない、または肝臓にかなりのレベルでは発現しない。特定の実施形態では、肝外核酸標的は肝臓外側で発現し、肝臓内でも発現する。
【０１３３】
「肝外組織」とは肝臓以外の組織を意味する。
【０１３４】
修飾オリゴヌクレオチドに関連して「完全修飾」という場合、各糖部分が修飾されている修飾オリゴヌクレオチドを意味する。修飾オリゴヌクレオチドに関連して「均一に修飾された」という場合、各糖部分が同じである完全修飾オリゴヌクレオチドを意味する。例えば、均一修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、それぞれが２’−ＭＯＥ修飾を有するが異なる核酸塩基修飾を有することができ、ヌクレオシド間結合は異なってよい。
【０１３５】
「ギャップマー」とは、１つ以上のヌクレオシドを有する両外部領域に挟まれて位置する、ＲＮａｓｅ  Ｈによる切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを意味し、ここで、内部領域に含まれるヌクレオシドは、外部領域に含まれるヌクレオシドまたはヌクレオシド（複数）とは化学的に異なる。内部領域は「ギャップ」と呼ばれ得、外部領域は「ウイング」と呼ばれ得る。
【０１３６】
「ハイブリダイゼーション」とは、相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸の対形成またはアニーリングを意味する。特定の機構に限定するわけではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機構では水素結合が行われ、これは、相補的な核酸塩基間のワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型の水素結合であり得る。
【０１３７】
「発現または活性を阻害すること」とは、未処置試料または対照試料での発現または活性と比較した、発現または活性の低下または遮断を指し、必ずしも発現または活性の完全消失を示すわけではない。
【０１３８】
「ヌクレオシド間結合」とは、オリゴヌクレオチド内の隣接するヌクレオシド間に共有結合を形成する基または結合を意味する。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド間結合」とは、天然に生じるホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非リン酸結合は、本明細書では修飾ヌクレオシド間結合と呼ばれる。「ホスホロチオアート結合」とは、非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置き換えられている修飾リン酸結合を意味する。ホスホロチオアートヌクレオシド間結合は修飾ヌクレオシド間結合である。
【０１３９】
「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドと結合部分を直接または間接的に連結するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドはオリゴマー化合物の結合リンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、これがオリゴヌクレオチドに隣接する場合であっても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部の一部とはみなされない。
【０１４０】
化学基に関連して「親油性基」または「親油性」という場合、水よりも脂質または有機溶媒によく溶解する原子団、及び／または水よりも脂質に対する方が親和性が高い原子団を意味する。特定の実施形態では、親油性基は脂質を含む。本明細書で使用する場合、「脂質」とは、水に溶解しない分子または有機溶媒よりも水に溶解しにくい分子を意味する。特定の実施形態では、本発明の化合物は、飽和または不飽和の脂肪酸、ステロイド、脂溶性ビタミン、リン脂質、スフィンゴ脂質、炭化水素、モノグリセリド、ジグリセリド、及びトリグリセリド、ならびにその合成誘導体から選択される脂質を含む。
【０１４１】
「非二環式修飾糖」または「非二環式修飾糖部分」とは、糖の２個の原子間に架橋を形成して第２の環を形成することのない修飾、例えば、置換基などを含む修飾糖部分を意味する。
【０１４２】
「連結ヌクレオシド」は、連続する配列でつながれているヌクレオシドである（すなわち、連結されているヌクレオシドの間にさらなるヌクレオシドが存在しない）。
【０１４３】
「ミスマッチ」または「非相補的」とは、第１及び第２のオリゴマー化合物を整列させた場合に、第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基が、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的ではないことを意味する。
【０１４４】
「ＭＯＥ」とはメトキシエチルを意味する。「２’−ＭＯＥ」とは、フラノシル環の２’位における−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。
【０１４５】
「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける非修飾部分及び／または修飾糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【０１４６】
「多組織の疾患または病態」とは、２つ以上の組織に影響を与える疾患もしくは病態、または２つ以上の組織により生じている疾患もしくは病態を意味する。多組織の疾患または病態の治療では、２つ以上の組織型に影響を与えることが望ましい。特定の実施形態では、疾患または病態の治療は、複数組織で疾患または病態を治療することにより増強され得る。例えば、特定の実施形態では、疾患または病態はそれ自体が肝組織及び筋組織で顕在化し得る。特定の実施形態では、疾患または病態を肝組織と筋組織とで治療する方が、疾患を肝組織または筋組織のいずれかで治療するよりも有効となる。
【０１４７】
「天然に生じる」とは、自然界に見られることを意味する。
【０１４８】
「核酸塩基」とは、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾核酸塩基」はアデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。本明細書で使用する場合、「修飾核酸塩基」は、少なくとも１つの非修飾核酸塩基との対形成能のある、非修飾Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子団である。ユニバーサル塩基は、５つの非修飾核酸塩基のいずれか１つと対形成することができる修飾核酸塩基である。本明細書で使用する場合、「核酸塩基配列」とは、糖またはヌクレオシド間結合の任意の修飾とは独立した、核酸またはオリゴヌクレオチド内の連続する核酸塩基の順序を意味する。
【０１４９】
「ヌクレオシド」とは、核酸塩基と糖部分とを含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、それぞれ独立して非修飾であるかまたは修飾されている。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド」とは、修飾核酸塩基及び／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドには、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドが含まれる。
【０１５０】
「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチドと、任意選択で結合基または末端基のような１つ以上のさらなる特徴とからなる化合物を意味する。
【０１５１】
「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介してつながっている連結ヌクレオシドの鎖を意味し、それぞれのヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は修飾されていても修飾されていなくてもよい。特に明記しない限り、オリゴヌクレオチドは６〜５０の連結ヌクレオシドからなる。本明細書で使用する場合、「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド修飾もヌクレオシド間修飾も何ら含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【０１５２】
「薬理学的に許容される担体または希釈剤」とは、動物への投与での使用に好適な任意の物質を意味する。特定のそのような担体により、医薬組成物を、例えば、対象が経口摂取する錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液及び薬用ドロップとして製剤化することが可能になる。特定の実施形態では、薬理学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、または滅菌緩衝液である。
【０１５３】
「薬理学的に許容される塩」とは、オリゴマー化合物などの化合物の生理学的及び薬理学的に許容される塩、すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、かかる活性に対し望ましくない毒性作用を付与しない塩を意味する。
【０１５４】
「医薬組成物」とは、対象への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、アンチセンス化合物及び滅菌水溶液を含んでよい。特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の細胞株での自由取り込みアッセイにおいて活性を示す。
【０１５５】
「リン部分」とは、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態では、リン部分は、一リン酸塩、二リン酸塩、もしくは三リン酸塩、またはホスホロチオアートを含む。
【０１５６】
「プロドラッグ」とは、体またはその細胞の内部で異なる形態に変換される、体外での形態にある治療薬を意味する。典型的に、体内でのプロドラッグの変換は、細胞または組織に存在する酵素（例えば、内在性酵素またはウイルスの酵素）もしくは化学薬品の作用によって、及び／または生理的条件によって促進される。
【０１５７】
「ＲＮＡｉ化合物」とは、標的核酸及び／または標的核酸によりコードされるタンパク質を調節するよう少なくとも部分的にＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して作用するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物には、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ模倣物などのマイクロＲＮＡが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物という用語では、ＲＮａｓｅ  Ｈを介して作用するアンチセンスオリゴヌクレオチドは除外される。
【０１５８】
オリゴマー化合物に関連して「一本鎖」という場合、第２のオリゴマー化合物と対形成をせず、二重鎖を形成することのないような化合物を意味する。オリゴヌクレオチドに関連して「自己相補的」という場合、少なくとも部分的にそれ自身とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１つのオリゴマー化合物からなる化合物であって、そのオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドが自己相補的な化合物は一本鎖化合物である。一本鎖のアンチセンス化合物またはオリゴマー化合物は、相補的なオリゴマー化合物に結合して二重鎖を形成し得ることがあり、その場合、その化合物はもはや一本鎖ではないと考えられる。
【０１５９】
「標準的細胞アッセイ」とは、実施例１に記載のアッセイ及びその妥当な変形を意味する。
【０１６０】
「標準的インビボ試験」とは、実施例２に記載の手法及びその妥当な変形を意味する。
【０１６１】
「糖部分」とは、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾糖部分」とは、ＲＮＡに見出される２’−ＯＨ（Ｈ）フラノシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）、またはＤＮＡに見出される２’−Ｈ（Ｈ）部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。非修飾糖部分は、１’位、３’位、及び４’位のそれぞれに水素を１個、３’位に酸素を１個、及び５’位に水素を２個有する。本明細書で使用する場合、「修飾糖部分」または「修飾糖」とは、修飾フラノシル糖部分または糖代替物を意味する。本明細書で使用する場合、修飾フラノシル糖部分とは、非修飾糖部分の少なくとも１つの水素の代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。特定の実施形態では、修飾フラノシル糖部分は２’−置換糖部分である。そのような修飾フラノシル糖部分には二環式糖及び非二環式糖が含まれる。本明細書で使用する場合、「糖代替物」とは、核酸塩基と、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合、結合基、または末端基などの別の基とを連結させることができる、フラノシル部分以外の部分を有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドはオリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に組み込み可能であり、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または核酸にハイブリダイズすることができる。
【０１６２】
「標的核酸」とは、天然に生じる、同定されている核酸を意味する。特定の実施形態では、標的核酸は内在性細胞核酸であり、これには、ＲＮＡ転写産物、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、標的核酸はウイルス核酸である。特定の実施形態では、標的核酸は、アンチセンス化合物がそれに対して影響を与えるよう設計されている、対象となる核酸である。
【０１６３】
「標的領域」とは、アンチセンス化合物がそれとハイブリダイズするよう設計されている、標的核酸にある対象となる一部を意味する。
【０１６４】
「ＴＣＡモチーフ」とは、核酸塩基配列がＴＣＡ（５’から３’方向）となる３つのヌクレオシドを意味する。そのようなヌクレオシドは、修飾糖部分及び／または修飾ヌクレオシド間結合を有してよい。特に明記しない限り、ＴＣＡモチーフのヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシ糖部分及び非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む。
【０１６５】
「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合で連結されている化学基または原子団を意味する。
【０１６６】
「ＣＮＳ」とは中枢神経系を意味する。ＣＮＳには脊椎及び脳及び脳脊髄液が含まれる。
【０１６７】
「ＣＮＳ組織」とは、ＣＮＳの任意の細胞または組織を意味する。ＣＮＳ組織には脊椎及び脳及び脳脊髄液が含まれる。
【０１６８】
「脳脊髄液」または「ＣＳＦ」とは、脳及び脊髄周辺の空間を埋める液体を意味する。
【０１６９】
「神経系」とは、体の部位間で神経インパルスを伝達する神経細胞及び神経繊維のネットワークを意味する。神経系にはグリア細胞及びニューロンが含まれる。神経系には中枢神経系及び末梢神経系が含まれる。
【０１７０】
「脳標的」とは、脳組織において核酸転写の量または活性を調節することによる何らかの所望の治療的利益がある核酸転写を意味する。例えば、所与の核酸転写は複数の組織に発現し得るが、標的核酸の量または活性が脳組織において調節される場合、１つ以上の治療的利益が得られる。
【０１７１】
「ＣＮＳ標的」とは、ＣＮＳ組織において核酸転写の量または活性を調節することによる何らかの所望の治療的利益がある核酸転写を意味する。例えば、所与の核酸転写は複数の組織に発現し得るが、標的核酸の量または活性がＣＮＳ組織において調節される場合、１つ以上の治療的利益が得られる。
【０１７２】
「筋標的」とは、筋組織において核酸転写の量または活性を調節することによる何らかの所望の治療的利益がある核酸転写を意味する。筋組織には平滑筋組織及び骨格筋組織が含まれるが、これに限定されない。例えば、所与の核酸転写は複数の組織に発現し得るが、標的核酸の量または活性が筋組織において調節される場合、１つ以上の治療的利益が得られる。
【０１７３】
Ｉ．特定のオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、本開示は、半二重鎖を含む化合物を提供し、ここで、かかる半二重鎖は、第１のオリゴマー化合物及び第２のオリゴマー化合物を含む。特定の実施形態では、第１のオリゴマー化合物または第２のオリゴマー化合物は、連結ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であっても修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチド、例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチドなどは、非修飾のＲＮＡまたはＤＮＡに対する少なくとも１つの修飾を含む（すなわち、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む）。
【０１７４】
Ａ．特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分、または修飾核酸塩基、または修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
【０１７５】
１．特定の糖部分
特定の実施形態では、修飾糖部分は非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は二環式または三環式の糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。そのような糖代替物は、他の種類の修飾糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含んでよい。
【０１７６】
特定の実施形態では、修飾糖部分は、２’位、４’位、及び／または５’位における置換基などが挙げられるがこれに限定されない１つ以上の非環式置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非環式置換基は分岐している。非二環式修飾糖部分に好適な２’−置換基の例には、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（その場合、各Ｒｍ及びＲｎは独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキルである）、ならびにＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７に記載の２’−置換基の中から選択される。これらの２’−置換基の特定の実施形態はさらに、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基で置換され得る。非二環式修飾糖部分に好適な４’−置換基の例には、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２０１５／１０６１２８に記載のものが含まれるが、これに限定されるものではない。非二環式修飾糖部分に好適な５’−置換基の例には、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、及び５’−メトキシが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、非二環式修飾糖は、２つ以上の非架橋形成糖置換基、例えば、２’−Ｆ−５’−メチル糖部分ならびにＭｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載の修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドなどを含む。
【０１７７】
特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋形成２’−置換基を含む糖部分を含み、その場合、各Ｒｍ及びＲｎは独立してＨ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキルである。
【０１７８】
特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋形成２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１７９】
特定の実施形態では、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋形成２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１８０】
非二環式修飾糖部分などの修飾糖部分を含むヌクレオシドは、そのヌクレオシドの糖部分にある置換（複数可）の位置（複数可）により言及され得る。例えば、２’−置換または２−修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’−置換ヌクレオシドまたは２−修飾ヌクレオシドと呼ばれる。
【０１８１】
特定の修飾糖部分は、第２の環を形成して二環式糖部分を生じさせる架橋形成糖置換基を含む。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、フラノース環原子の４’位と２’位の間の架橋を含む。そのような４’位から２’位に架橋を形成する糖置換基の例には、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（Ｓ配置にある場合は「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と呼ぶ）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照のこと）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５及びＡｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照のこと）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照のこと）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、ならびに４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（ここで、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂは独立してＨ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである）（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照のこと）が含まれるが、これに限定されるものではない。
【０１８２】
特定の実施形態では、そのような４’位から２’位への架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１〜４の連結した基を含み、
ここで、
ｘは０、１、または２であり、
ｎは１、２、３、または４であり、
Ｒａ及びＲｂは独立してＨ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、かつ
各Ｊ１及びＪ２は独立してＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
【０１８３】
さらなる二環式糖部分は当該技術分野で公知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９，８３６２−８３７９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２、及びＲａｍａｓａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５、ならびに米国特許公開第ＵＳ２００８／００３９６１８号（Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）及び第ＵＳ２０１５／０１９１７２７号（Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。
【０１８４】
特定の実施形態では、二環式糖部分及びそのような二環式糖部分が組み込まれているヌクレオシドはさらに異性立体配置により定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載）は、α−Ｌ立体配置にあってもβ−Ｄ立体配置にあってもよい。
【化１】
2021506239.tif 000002
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示すアンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれてきた（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。本明細書では、二環式ヌクレオシドの一般説明には両方の異性立体配置が含まれる。本明細書の例示的実施形態で具体的な二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が同定されている場合、特に明記しない限り、それらはβ−Ｄ立体配置にある。
【０１８５】
特定の実施形態では、修飾糖部分は、１つ以上の非架橋形成糖置換基及び１つ以上の架橋形成糖置換基（例えば、５’−置換糖及び４’−２’架橋糖）を含む。
【０１８６】
特定の実施形態では、修飾糖部分は糖代替物である。特定のそのような実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素または窒素原子などで置き換えられる。特定のそのような実施形態では、そのような修飾糖部分は、本明細書に記載する架橋形成置換基及び／または非架橋形成置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’−硫黄原子ならびに２’位での置換（例えば、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照のこと）及び／または５’位での置換を含む。
【０１８７】
特定の実施形態では、糖代替物は、５個の原子以外を有する環を含む。例えば、特定の実施形態では、糖代替物は６員のテトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。そのようなテトラヒドロピランをさらに修飾または置換してよい。そのような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドには、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．  ＆  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照のこと）、フルオロＨＮＡ：
【化２】
2021506239.tif 000003
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えば、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照のこと；Ｆ−ＨＮＡは、Ｆ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランとも呼ばれ得る）、及び式：
【化３】
2021506239.tif 000004
［式中、独立して、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドの各々では、
Ｂｘは核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドとオリゴヌクレオチドの残りの部分とを連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４のうち一方は修飾ＴＨＰヌクレオシドとオリゴヌクレオチドの残りの部分とを連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４のもう一方はＨ、ヒドロキシル保護基、連結された結合基、または５’末端基もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２の各々は、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮの中から独立して選択され、ここで、Ｘは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は独立してＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである］
を有するさらなる修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが含まれるが、これに限定されるものではない。
【０１８８】
特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである修飾ＴＨＰヌクレオシドを提供する。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうち少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうち少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態では、Ｒ１及びＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドを提供する。特定の実施形態では、Ｒ１はＦ、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシ、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシエトキシ、Ｒ２はＨである。
【０１８９】
特定の実施形態では、糖代替物は、原子を５個以上及びヘテロ原子を２個以上有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドでのそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０、ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４、及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照のこと）。ここで使用される場合、用語「モルホリノ」とは、以下の構造
【化４】
2021506239.tif 000005
を有する糖代替物を意味する。特定の実施形態では、例えば、さまざまな置換基を加えるかまたはさまざまな置換基を上記のモルホリノ構造から改変することなどによってモルホリノを修飾してよい。そのような糖代替物を本明細書では「修飾モルホリノ」と呼ぶ。
【０１９０】
特定の実施形態では、糖代替物は非環式部分を含む。そのような非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例には、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照のこと）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６に記載のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが含まれるが、これに限定されるものではない。他の多くの二環式及び三環式の糖及び糖代替物環系が当該技術分野で公知であり、修飾ヌクレオシドに使用することができる。
【０１９１】
１．特定の修飾核酸塩基
特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチドなどは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチドなどは、脱塩基ヌクレオシドと呼ばれる、核酸塩基を含まないヌクレオシドを１つ以上含む。
【０１９２】
特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキル置換ピリミジンまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２置換プリン、Ｎ−６置換プリン及びＯ−６置換プリンから選択される。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（プソイドウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザ及び他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシル、及び５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、非選択的（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）塩基、サイズ拡張（ｓｉｚｅ−ｅｘｐａｎｄｅｄ）塩基、ならびにフッ素化された塩基から選択される。さらに修飾された核酸塩基には、三環式ピリミジン、例えば、１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン及び９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）などが含まれる。修飾核酸塩基には、プリン塩基またはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン及び２−ピリドンなどで置き換えられるものも含まれ得る。さらなる核酸塩基には、Ｍｅｒｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３、Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，第１５章，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されるもの、ならびにＡｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、第６章及び第１５章，Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６及び４４２−４４３に開示されるものが含まれる。
【０１９３】
上述の修飾核酸塩基及び他の修飾核酸塩基のうちいくつかについて調製を教示する刊行物には、Ｍａｎｏｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６が含まれるが、これに限定されない。
【０１９４】
Ｂ．特定の修飾ヌクレオシド間結合
特定の実施形態では、任意のヌクレオシド間結合を使用して修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドを共に連結させてよい。特定の実施形態では、任意のヌクレオシド間結合を使用して第１の修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドを共に連結させてよい。特定の実施形態では、任意のヌクレオシド間結合を使用して第２の修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドを共に連結させてよい。ヌクレオシド間連結基の主な２種類はリン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（非修飾結合または天然に生じる結合とも呼ぶ）、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ホスホルアミダート、及びホスホロチオアート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオアート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）を含有するリン酸塩が含まれるが、これに限定されるものではない。代表的なリン不含ヌクレオシド間連結基には、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバマート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）、シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）、及びＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が含まれるが、これに限定されるものではない。修飾ヌクレオシド間結合は、天然に生じるリン酸結合に比べ、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変する、典型的には増強させるために使用することができる。特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物としても、別々の鏡像異性体としても調製することができる。キラルな代表的ヌクレオシド間結合には、アルキルホスホナート及びホスホロチオアートが含まれるが、これに限定されるものではない。リン含有及びリン不含のヌクレオシド間結合の調製方法は当業者に周知である。
【０１９５】
中性ヌクレオシド間結合には、限定することなく、ホスホトリエステル、メチルホスホナート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が含まれる。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、硫化物、スルホン酸エステル及びアミドを含む非イオン結合が含まれる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ  ａｎｄ  Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；第３章及び第４章，４０−６５を参照のこと）。さらなる中性ヌクレオシド間結合には、Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２の構成成分部を混合で含む非イオン結合が含まれる。
【０１９６】
Ｃ．特定のモチーフ
特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を１つ以上含む。そのような実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドの、修飾、非修飾、及び異なる修飾の、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ互いに独立している。したがって、第１の修飾オリゴヌクレオチドはその糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して核酸塩基に対する修飾を表す）。
【０１９７】
特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を１つ以上含む。そのような実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドの、修飾、非修飾、及び異なる修飾の、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ互いに独立している。したがって、第２の修飾オリゴヌクレオチドはその糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して核酸塩基に対する修飾を表す）。
【０１９８】
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドを１つ以上含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を１つ以上含む。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの、修飾、非修飾、及び異なる修飾の、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合がパターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンはそれぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドはその糖モチーフ、核酸塩基モチーフ及び／またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して核酸塩基に対する修飾を表す）。
【０１９９】
１．特定の糖モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された１種以上の修飾糖及び／または非修飾糖部分を含む。特定の例では、そのような糖モチーフには本明細書で論じる糖修飾のうち任意のものが含まれるが、これに限定されるものではない。
【０２００】
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド、例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチドなどはギャップマーモチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、ギャップマーモチーフは、２つの外部領域すなわち「ウイング」と、中央領域すなわち内部領域すなわち「ギャップ」とを含む。ギャップマーモチーフ（５’−ウイング、ギャップ、及び３’−ウイング）のかかる３つの領域は連続するヌクレオシド配列を形成し、ここで、ウイング各々のヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかは、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかとは異なる。具体的には、少なくとも、各ウイングでギャップに最も近いヌクレオシド（５’−ウイングの最も３’端のヌクレオシド及び３’−ウイングの最も５’端のヌクレオシド）の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、これによりウイングとギャップとの間の境界（すなわち、ウイング／ギャップ接合部）が定義される。特定の実施形態では、ギャップ内部の糖部分は互いに同じである。特定の実施形態では、ギャップには、ある糖部分が、そのギャップの他の１つ以上のヌクレオシドの糖部分とは異なっている１つ以上のヌクレオシドが含まれる。特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは互いに同じである（対称ギャップマー）。特定の実施形態では、５’−ウイングの糖モチーフは３’−ウイングの糖モチーフとは異なる（非対称ギャップマー）。
【０２０１】
特定の実施形態では、ギャップマーの両ウイングは１〜５のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーの両ウイングは２〜５のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーの両ウイングは３〜５のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのヌクレオシドはすべて修飾ヌクレオシドである。
【０２０２】
特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは７〜１２のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは７〜１０のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは８〜１０のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは１０のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。
【０２０３】
特定の実施形態では、ギャップマーはデオキシギャップマーである。そのような実施形態では、各ウイング／ギャップ接合部のギャップ側にあるヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドであり、各ウイング／ギャップ接合部のウイング側にあるヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、各ウイングの各ヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。
【０２０４】
特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマー様モチーフを含み、ここで、ギャップマーのウイングは１〜５のヌクレオシドを含み、ギャップマーのギャップは２〜６のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドはＲＮａｓｅ  Ｈ活性を支持しないギャップマー様モチーフを有し、例えば、第２の修飾オリゴはＲＮＡ様ウイングとＤＮＡ様ギャップとを有するが、かかる第２の修飾オリゴヌクレオチドのウイング、ギャップ、または全長がＲＮａｓｅ  Ｈ活性を支持するには不十分である。
【０２０５】
特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。そのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全修飾領域の各ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、ここで、完全修飾領域内の各ヌクレオシドは同じ修飾糖部分を含み、本明細書では均一修飾糖モチーフと呼ぶ。特定の実施形態では、完全修飾オリゴヌクレオチドは均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、均一修飾の各ヌクレオシドは同じ２’−修飾を含む。
【０２０６】
２．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（第１の修飾オリゴヌクレオチド及び／または第２の修飾オリゴヌクレオチドを含む）は、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された修飾核酸塩基及び／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、各核酸塩基は修飾されている。特定の実施形態では、どの核酸塩基も修飾されていない。特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンは修飾されている。特定の実施形態では、各アデニンは修飾されている。特定の実施形態では、各グアニンは修飾されている。特定の実施形態では、各チミンは修飾されている。特定の実施形態では、各ウラシルは修飾されている。特定の実施形態では、各シトシンは修飾されている。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちいくつかまたは全部は５−メチルシトシンである。
【０２０７】
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド（例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチド）は修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のそのような実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’末端にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド内部にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’末端にある。特定の実施形態では、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド内部にある。
【０２０８】
特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップにある。特定のそのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は２’−デオキシリボシル部分である。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２−チオピリミジン及び５−プロピンピリミジンから選択される。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーモチーフを有する。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーモチーフを有し、第２の修飾オリゴヌクレオチドにはギャップマーモチーフはない。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーモチーフを有し、第２の修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾モチーフを有する。
【０２０９】
３．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド、例えば、第１の修飾オリゴヌクレオチド及び／または第２の修飾オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配された修飾ヌクレオシド間結合及び／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態では、本質的に各ヌクレオシド間の連結基はリン酸ヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基はホスホロチオアート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、本質的に、第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基はリン酸ヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基はホスホロチオアート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、本質的に、第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基はリン酸ヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基はホスホロチオアート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びリン酸ヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の連結基は、ホスホロチオアートヌクレオシド間結合及びリン酸ヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はすべて修飾されている。特定のそのような実施形態では、ウイングのヌクレオシド間結合のいくつかまたは全部が非修飾リン酸結合である。特定の実施形態では、末端のヌクレオシド間結合は修飾されている。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマー様であり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はすべて修飾されている。特定のそのような実施形態では、ウイングのヌクレオシド間結合のいくつかまたは全部が非修飾リン酸結合である。特定の実施形態では、末端のヌクレオシド間結合は修飾されている。
【０２１０】
Ｄ．特定の長さ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾オリゴヌクレオチドを含む）は多様な範囲のあらゆる長さを有し得る。特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは多様な範囲のあらゆる長さを有し得る。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドは多様な範囲のあらゆる長さを有し得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドはＸからＹの連結ヌクレオシドからなり、ここで、Ｘはその範囲のヌクレオシドの最小数を表し、Ｙはその範囲の最多ヌクレオシド数を表す。特定のそのような実施形態では、Ｘ及びＹはそれぞれ６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から独立して選択されるが、但し、Ｘ≦Ｙであることを条件とする。例えば、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは６〜７、６〜８、６〜９、６〜１０、６〜１１、６〜１２、７〜８、７〜９、７〜１０、７〜１１、７〜１２、８〜９、８〜１０、８〜１１、８〜１２、９〜１０、９〜１１、９〜１２、１０〜１１、１０〜１２、１１〜１２、１２〜１３、１２〜１４、１２〜１５、１２〜１６、１２〜１７、１２〜１８、１２〜１９、１２〜２０、１２〜２１、１２〜２２、１２〜２３、１２〜２４、１２〜２５、１２〜２６、１２〜２７、１２〜２８、１２〜２９、１２〜３０、１３〜１４、１３〜１５、１３〜１６、１３〜１７、１３〜１８、１３〜１９、１３〜２０、１３〜２１、１３〜２２、１３〜２３、１３〜２４、１３〜２５、１３〜２６、１３〜２７、１３〜２８、１３〜２９、１３〜３０、１４〜１５、１４〜１６、１４〜１７、１４〜１８、１４〜１９、１４〜２０、１４〜２１、１４〜２２、１４〜２３、１４〜２４、１４〜２５、１４〜２６、１４〜２７、１４〜２８、１４〜２９、１４〜３０、１５〜１６、１５〜１７、１５〜１８、１５〜１９、１５〜２０、１５〜２１、１５〜２２、１５〜２３、１５〜２４、１５〜２５、１５〜２６、１５〜２７、１５〜２８、１５〜２９、１５〜３０、１６〜１７、１６〜１８、１６〜１９、１６〜２０、１６〜２１、１６〜２２、１６〜２３、１６〜２４、１６〜２５、１６〜２６、１６〜２７、１６〜２８、１６〜２９、１６〜３０、１７〜１８、１７〜１９、１７〜２０、１７〜２１、１７〜２２、１７〜２３、１７〜２４、１７〜２５、１７〜２６、１７〜２７、１７〜２８、１７〜２９、１７〜３０、１８〜１９、１８〜２０、１８〜２１、１８〜２２、１８〜２３、１８〜２４、１８〜２５、１８〜２６、１８〜２７、１８〜２８、１８〜２９、１８〜３０、１９〜２０、１９〜２１、１９〜２２、１９〜２３、１９〜２４、１９〜２５、１９〜２６、１９〜２９、１９〜２８、１９〜２９、１９〜３０、２０〜２１、２０〜２２、２０〜２３、２０〜２４、２０〜２５、２０〜２６、２０〜２７、２０〜２８、２０〜２９、２０〜３０、２１〜２２、２１〜２３、２１〜２４、２１〜２５、２１〜２６、２１〜２７、２１〜２８、２１〜２９、２１〜３０、２２〜２３、２２〜２４、２２〜２５、２２〜２６、２２〜２７、２２〜２８、２２〜２９、２２〜３０、２３〜２４、２３〜２５、２３〜２６、２３〜２７、２３〜２８、２３〜２９、２３〜３０、２４〜２５、２４〜２６、２４〜２７、２４〜２８、２４〜２９、２４〜３０、２５〜２６、２５〜２７、２５〜２８、２５〜２９、２５〜３０、２６〜２７、２６〜２８、２６〜２９、２６〜３０、２７〜２８、２７〜２９、２７〜３０、２８〜２９、２８〜３０、または２９〜３０の連結ヌクレオシドからなる。
【０２１１】
Ｅ．特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、第１の修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれる、第２の修飾オリゴヌクレオチド内に組み込まれる、または第１の修飾オリゴヌクレオチド内と第２の修飾オリゴヌクレオチドの両方に組み込まれる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドはその修飾モチーフ及び全長により特徴付けられる。特定の実施形態では、そのようなパラメーターはそれぞれ互いに独立している。したがって、特に明記しない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は修飾されていても非修飾であってもよく、また糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従っていなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても異なっていてもよく、また糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても異なっていてもよい。同様に、そのような糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは独立して１つ以上の修飾核酸塩基を含んでよい。さらに、特定の例では、オリゴヌクレオチドは、全体としての長さまたは範囲により、また２つ以上の領域（例えば、特定の糖修飾を有するヌクレオシドがある領域）にわたる長さ（複数）または長さの範囲により表され、そのような状況では、全長が指定領域外となるようなオリゴヌクレオチドを生じさせる数字を各範囲に選択され得る場合がある。そのような状況では、両要素を満たす必要がある。例えば、特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは１５〜２０の連結ヌクレオシドからなり、Ａ、Ｂ、及びＣという３つの領域からなる糖モチーフを有し、ここで、領域Ａは特定の糖モチーフを有する２〜６の連結ヌクレオシドからなり、領域Ｂは特定の糖モチーフを有する６〜１０の連結ヌクレオシドからなり、領域Ｃは特定の糖モチーフを有する２〜６の連結ヌクレオシドからなる。そのような実施形態には、Ａ及びＣがそれぞれ６の連結ヌクレオシドからなり、Ｂが１０の連結ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドは（たとえ、ヌクレオシドのそれらの数字がＡ、Ｂ、及びＣに対する要件内で許容されていたとしても）含まれず、その理由は、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が２２となり、修飾オリゴヌクレオチドの全長上限（２０）を越えるためである。本明細書では、１つ以上のパラメーターに関してオリゴヌクレオチドの記載が特になされていない場合、そのようなパラメーターは限定されない。したがって、修飾オリゴヌクレオチドがギャップマー糖モチーフを有するということしか記載されておらず、それ以上の記載がない場合は、その修飾オリゴヌクレオチドは任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、及び核酸塩基モチーフを有してよい。特に明記しない限り、すべての修飾は核酸塩基配列とは独立している。
【０２１２】
Ｆ．核酸塩基配列
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（非修飾オリゴヌクレオチドまたは修飾オリゴヌクレオチド）をその核酸塩基配列によって詳述する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定されている基準核酸、例えば、標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定されている基準核酸、例えば、標的核酸などに相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または長さ全体の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは核酸、例えば、標的核酸などに少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
【０２１３】
ＩＩ．特定のオリゴマー化合物
特定の実施形態では、本発明は、オリゴヌクレオチド（修飾もしくは非修飾のオリゴヌクレオチドまたは第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチド）と、任意選択の１つ以上の結合基及び／または末端基とからなるオリゴマー化合物を提供する。結合基は、１つ以上の結合部分、及びかかる結合部分とオリゴヌクレオチドとを連結する結合リンカーからなる。結合基は、オリゴヌクレオチドのいずれか一端もしくは両端及び／または内部の任意の位置に結合させてよい。特定の実施形態では、結合基を修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合させる。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのいずれか一端または両端に結合させる結合基は末端基である。特定のそのような実施形態では、結合基または末端基をオリゴヌクレオチドの３’末端及び／または５’末端に結合させる。特定のそのような実施形態では、結合基（または末端基）をオリゴヌクレオチドの３’末端に結合させる。特定の実施形態では、結合基をオリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合させる。特定の実施形態では、結合基（または末端基）をオリゴヌクレオチドの５’末端に結合させる。特定の実施形態では、結合基をオリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合させる。
【０２１４】
末端基の例には、結合基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾ヌクレオシドまたは非修飾ヌクレオシド、及び独立して修飾されているかまたは非修飾である２つ以上のヌクレオシドが含まれるが、これに限定されるものではない。
【０２１５】
Ａ．特定の結合基
特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドまたは第２の修飾オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドを１つ以上の結合基に共有結合で結合させる。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドを１つ以上の結合基に共有結合で結合させる。特定の実施形態では、第２の修飾オリゴヌクレオチドを１つ以上の結合基に共有結合で結合させ、第１の修飾オリゴヌクレオチドは結合基に結合させない。特定の実施形態では、結合基は、結合しているオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を修飾し、これには薬力学、薬物動態、安定性、結合性、吸収、組織分布、細胞内分布、細胞内への取り込み、電荷及びクリアランスが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、結合基は、結合しているオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えば、オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基などを付与する。特定の結合基及び結合部分についてはこれまでに記載があり、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ド−デカン−ジオール残基もしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホナート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４、Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ＆  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミン部分もしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍ��ｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０、及びＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えば、ＷＯ２０１４／１７９６２０）などである。
【０２１６】
１．結合部分
結合部分には、限定することなく、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が含まれる。
【０２１７】
特定の実施形態では、結合部分は、活性な原薬、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インド−メチシン、バルビツール酸塩、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生物質などを含む。
【０２１８】
２．結合リンカー
結合リンカーを介して結合部分をオリゴヌクレオチドに結合させる。特定のオリゴマー化合物では、結合リンカーは単一の化学結合である（すなわち、結合部分は単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合されている）。特定の実施形態では、結合リンカーは、ヒドロカルビル鎖、またはエチレングリコール単位、ヌクレオシド単位、もしくはアミノ酸単位のような繰り返し単位でできたオリゴマーなどの鎖状構造を含む。
【０２１９】
特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のそのような実施形態では、結合リンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態では、結合リンカーは少なくとも１つのリン酸基を含む。特定の実施形態では、結合リンカーには、少なくとも１つの中性連結基が含まれる。
【０２２０】
特定の実施形態では、結合リンカーは、上記結合リンカーを含めて二官能性連結部分であり、例えば、結合基を、本明細書で提供するオリゴヌクレオチドなどの親化合物に結合させるのに有用であることが当該技術分野で公知のものなどである。一般に、二官能性連結部分は少なくとも２つの官能基を含む。官能基のうち１つは、親化合物の特定部位との結合を形成するよう選択し、もう一方は、結合基との結合を形成するよう選択する。二官能性連結部分で使用する官能基の例には、求核基との反応用の求電子試薬及び求電子基との反応用の求核試薬が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基を含む。
【０２２１】
結合リンカーの例には、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸スクシンイミジル（ＳＭＣＣ）及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が含まれるが、これに限定されるものではない。他の結合リンカーには、置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換のＣ２−Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換のＣ２−Ｃ１０アルキニルが含まれるが、これに限定されるものではなく、ここで、非限定的な好ましい置換基の一覧としては、ヒドロキシル基、アミノ基、アルコキシ基、カルボキシ基、ベンジル基、フェニル基、ニトロ基、チオール基、チオアルコキシ基、ハロゲン基、アルキル基、アリール基、アルケニル基及びアルキニル基が挙げられる。
【０２２２】
特定の実施形態では、結合リンカーは１〜１０のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは２〜５のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは正確に３つのリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーはＴＣＡモチーフを含む。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、そのようなリンカーヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは修飾されていない。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、任意選択で保護された、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される複素環式塩基を含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン及び２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。典型的に、リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物が標的組織に到達した後にそのオリゴマー化合物から切断されることが望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは典型的に、リンカーヌクレオシド同士及びオリゴマー化合物の残りの部分に、切断可能な結合を介して連結される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合はホスホジエステル結合である。
【０２２３】
本明細書では、リンカーヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの一部とみなさない。したがって、オリゴマー化合物が、特定数もしくは特定範囲の連結ヌクレオシド及び／または基準核酸に対する特定割合の相補性で構成されるオリゴヌクレオチドを含み、かつ、かかるオリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含む結合リンカーを含む結合基をも含む実施形態では、それらのリンカーヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの長さには加算されず、また基準核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補性の割合を決定する際に使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８〜３０のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド及び（２）かかる修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドに隣接する１〜１０のリンカーヌクレオシドを含む結合基を含んでよい。そのようなオリゴマー化合物における連続する連結ヌクレオシドの総数は３０超である。別法として、オリゴマー化合物は、８〜３０のヌクレオシドからなり結合基のない修飾オリゴヌクレオチドを含んでよい。そのようなオリゴマー化合物における連続する連結ヌクレオシドの総数は３０以下である。特に明記しない限り、結合リンカーは１０以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは５以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは３以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは２以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、結合リンカーは１以下のリンカーヌクレオシドを含む。
【０２２４】
特定の実施形態では、結合基は、オリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、特定の状況では、特定の結合部分を含むオリゴマー化合物は特定の細胞型によってより良く取り込まれるが、一旦オリゴマー化合物が取り込まれたら結合基が切断されて未結合オリゴヌクレオチドまたは親オリゴヌクレオチドを遊離することが望ましい。したがって、特定の結合リンカーは１つ以上の切断可能部分を含んでよい。特定の実施形態では、切断可能部分は切断可能な結合である。特定の実施形態では、切断可能部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。特定の実施形態では、切断可能部分は、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ以上の切断可能な結合を有する原子団を含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、細胞の内側またはリソソームなどの細胞内区画の内側で選択的に切断される。特定の実施形態では、切断可能部分は、ヌクレアーゼなどの内在性酵素によって選択的に切断される。
【０２２５】
特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバマート、またはジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態では、切断可能な結合はホスホジエステルのエステルのうち一方または両方である。特定の実施形態では、切断可能部分はリン酸塩またはホスホジエステルを含む。特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドと、結合部分または結合基との間のリン酸結合である。
【０２２６】
特定の実施形態では、切断可能部分は１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むかまたはそれからなる。特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、リンカーヌクレオシド同士及び／またはオリゴマー化合物の残りの部分に切断可能な結合を介して連結される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、切断可能部分は、オリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端のヌクレオシドにリン酸ヌクレオシド間結合により結合され、結合リンカーもしくは結合部分の残りの部分にリン酸結合またはホスホロチオアート結合により共有結合で結合されている２’−デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、切断可能部分は２’−デオキシアデノシンである。
【０２２７】
ＩＩＩ．特定のアンチセンス化合物
特定の実施形態では、本発明はアンチセンス化合物を提供し、かかるアンチセンス化合物は、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する、アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は一本鎖である。そのような一本鎖アンチセンス化合物は典型的に、修飾オリゴヌクレオチドと任意選択の結合基とを含むかまたはそれからなるオリゴマー化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は二本鎖である。そのような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物及びかかる第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第１のオリゴマー化合物は典型的に、修飾オリゴヌクレオチドと任意選択の結合基とを含むかまたはそれからなる。そのような二本鎖アンチセンス化合物の第２のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは修飾しても非修飾でもよく、任意選択で結合基を含む。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物の一方または両方とも、結合基を含んでよい。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物には非相補的な突出ヌクレオシドが含まれてよい。
【０２２８】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は標的核酸とハイブリダイズし、それにより少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらすことができる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は１つ以上の標的核酸に選択的に影響を与える。そのような選択的アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸とハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、１つ以上の非標的核酸とハイブリダイズしない核酸塩基配列または大幅な望ましくないアンチセンス活性をもたらさないよう１つ以上の非標的核酸とハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
【０２２９】
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸を切断するタンパク質の動員がもたらされる。例えば、特定のアンチセンス化合物により、ＲＮａｓｅ  Ｈの介在による標的核酸の切断がもたらされる。ＲＮａｓｅ  Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞内エンドヌクレアーゼである。そのようなＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖中のＤＮＡは非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態では、本発明は、ＲＮａｓｅ  Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様」であるアンチセンス化合物を提供する。さらに、特定の実施形態では、ギャップマーのギャップには１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが許容される。
【０２３０】
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の一部をＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）内に搭載し、最終的に標的核酸の切断を生じさせる。例えば、特定のアンチセンス化合物により、アルゴノートによる標的核酸の切断がもたらされる。ＲＩＳＣ内に搭載されるアンチセンス化合物はＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）であっても一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であってもよい。
【０２３１】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションでは、その標的核酸を切断するタンパク質の動員はもたらされない。特定のそのような実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより標的核酸のスプライシングの改変がもたらされる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用が阻害される。特定のそのような実施形態では、アンチセンス化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションにより、標的核酸の翻訳改変がもたらされる。
【０２３２】
アンチセンス活性は直接または間接的に観察され得る。特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出では、標的核酸またはかかる標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸またはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化、及び／または細胞または動物における表現型の変化についての観察または検出が行われる。
【０２３３】
ＩＶ．特定の半二重鎖
特定の実施形態では、本開示は、半二重鎖オリゴマー化合物及び半二重鎖アンチセンス化合物を提供する。半二重鎖オリゴマー化合物は、第１の修飾オリゴヌクレオチド及び第２の修飾オリゴヌクレオチドを有し、ここで、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、１４〜３０の連結ヌクレオシドであり、かつ、第２のオリゴマー化合物の核酸塩基配列と核酸標的とに相補的な核酸塩基配列を有し、第２の修飾オリゴヌクレオチドは６〜１２の連結ヌクレオシドを有する。半二重鎖において、第２のオリゴマー化合物は第１のオリゴマー化合物よりも短い。例えば、特定の実施形態では、第２のオリゴマー化合物は第１のオリゴマー化合物よりも長さが、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４核酸塩基短い。
【０２３４】
特定の実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは標的核酸に相補的である。特定のそのような実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは上記のようなギャップマーである。したがって、そのような実施形態では、第１のオリゴマー化合物は、標的核酸とハイブリダイズして、ＲＮａｓｅ  Ｈによる標的核酸の切断を誘発することができる。特定のそのような実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾され、ＲＮａｓｅ  Ｈを介した標的核酸の切断を誘発しない。特定のそのような実施形態では、第１の修飾オリゴヌクレオチドは完全修飾され、所与の標的核酸のスプライシングを調節することができる。
【０２３５】
特定のそのような実施形態では、第２のオリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物の特性を、それより短いかかる第２のオリゴマー化合物が存在しない場合と比べて改善させる。特定のそのような実施形態では、第２のオリゴマー化合物は第１のオリゴマー化合物の特性を、かかる第２のオリゴマー化合物の長さが第１のオリゴマー化合物と等長またはそれ以上の場合と比べて改善させる。特定の実施形態では、改善された特性は、標的組織への分布、標的細胞内への取り込み、効力、及び／または有効性のうち１つ以上である。特定の実施形態では、改善された特性は血液脳関門の通過である。特定の実施形態では、改善された特性は、ＣＮＳ組織における標的核酸を減少させるための半二重鎖の全身投与を可能にする、血液脳関門の通過である。特定の実施形態では、標的組織はＣＮＳにある。特定の実施形態では、標的組織は筋組織である。特定の実施形態では、標的組織は肝臓以外（肝外）である。特定の実施形態では、２つ以上の組織で標的を減少させることが望ましい。特定のそのような実施形態では、肝臓及び１つ以上の他の組織で標的を減少させることが望ましい。特定の実施形態では、２つ以上の肝外組織で標的を減少させることが望ましい。
【０２３６】
特定の実施形態では、半二重鎖の第１のオリゴヌクレオチドはギャップマーである。特定のそのような実施形態では、ギャップマーのウイングは２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのウイングはｃＥｔヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのウイングはＬＮＡヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーの両ウイングは、少なくとも１つの２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシド及び少なくとも１つの二環式ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、そのような二環式ヌクレオシドの各々は、ＬＮＡヌクレオシド及びｃＥｔヌクレオシドの中から選択される。特定の実施形態では、ギャップは７〜１０の２’−デオキシヌクレオシドで構成される。
【０２３７】
特定の実施形態では、半二重鎖の第２のオリゴヌクレオチドは、ｃＥｔヌクレオシド及びＤＮＡヌクレオシドからなるモチーフを有する。例えば、第２のオリゴヌクレオチドはＡ−Ｂ−Ｃというモチーフを有してよく、ここで、Ａ及びＣはＲＮＡ様ヌクレオシドであり、ＢはＤＮＡ様ヌクレオシドである。特定の実施形態では、Ａ及びＣはｃＥｔまたはＬＮＡのいずれかから選択され、Ｂは１つ以上の２’−デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、半二重鎖の第２のオリゴヌクレオチドは、４−２−３、２−４−２、及び３−２−４から選択されるＡ−Ｂ−Ｃモチーフを有する。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの二環式ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、二環式ヌクレオシドはｃＥｔまたはＬＮＡから選択される。特定の実施形態では、半二重鎖の第２のオリゴヌクレオチドは１つ以上の２’−デオキシヌクレオシドを有する。
【０２３８】
特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの２’−ＭＯＥヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは２’−ＭＯＥ及び２’−デオキシヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの二環式ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのｃＥｔヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのＬＮＡヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドはｃＥｔ及び２’−デオキシヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、修飾型（修飾なしも含む）が交互に並ぶ糖モチーフを有する。特定のそのような実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドの糖モチーフは２’−ＭＯＥヌクレオシドと２’−デオキシヌクレオシドが交互に並ぶ。特定のそのような実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドの糖モチーフはｃＥｔヌクレオシドと２’−デオキシヌクレオシドが交互に並ぶ。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドはギャップマー（上記のとおり）に類似する糖モチーフを有するが、標的核酸の切断を誘発しない場合がある点で異なる。そのようなギャップマー様モチーフは中央領域、それを挟むウイング領域を有する。特定のそのような実施形態では、中央領域は２’−デオキシヌクレオシドで構成され、ウイング領域はｃＥｔ修飾ヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、中央領域は２’−デオキシヌクレオシドで構成され、ウイング領域はＬＮＡ修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、中央領域は２’−デオキシヌクレオシドで構成され、ウイング領域は２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドである。第２のオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は修飾されてもホスホジエステルであってもよい。特定の実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、両ウイングがホスホロチオアート、中央はホスホジエステルというギャップマー様モチーフに従う。そのようなヌクレオシド間結合モチーフは糖モチーフを追跡してもしなくてもよい。
【０２３９】
特定の実施形態では、第１及び第２のオリゴマー化合物のうち少なくとも一方は結合基（上記のとおり）を含む。典型的に、第２のオリゴマー化合物は結合基を含む。結合基は、オリゴマー化合物の３’末端または５’末端のいずれに結合させてもよい。特定の実施形態では、結合基を両末端に結合させる。
【０２４０】
Ｖ．特定の標的核酸
特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は内在性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸はタンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、イントロン領域、エクソン領域及び非翻訳領域など、ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡはｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸はプレｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域はイントロン内全体である。特定の実施形態では、標的領域はイントロン／エクソン接合部に及ぶ。特定の実施形態では、標的領域はイントロン内部の少なくとも５０％である。
【０２４１】
特定の実施形態では、標的核酸はノンコーディングＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的ノンコーディングＲＮＡは、長鎖ノンコーディングＲＮＡ、短鎖ノンコーディングＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｃａＲＮＡ、マイクロＲＮＡ（プレマイクロＲＮＡ及び成熟マイクロＲＮＡを含む）、リボソームＲＮＡ、及びプロモーター誘導ＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的核酸は成熟ｍＲＮＡ以外の核酸である。特定の実施形態では、標的核酸は成熟ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡ以外の核酸である。特定の実施形態では、標的核酸はマイクロＲＮＡ以外のノンコーディングＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、マイクロＲＮＡまたはプレｍＲＮＡのイントロン領域以外のノンコーディングＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は長鎖ノンコーディングＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、他のプレｍＲＮＡのスプライシングに関連したノンコーディングＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、核内に蓄積されたノンコーディングＲＮＡである。
【０２４２】
特定の実施形態では、本明細書に記載するアンチセンス化合物は、一塩基多型（ＳＮＰ）を含む標的核酸に相補的である。特定のそのような実施形態では、アンチセンス化合物は、ＳＮＰを含有する標的核酸の１つのアレルの発現を、程度の差はあるが別のアレルを調節する場合よりも調節することができる。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は（ＳＮＰ）含有標的核酸と一塩基多型の部位でハイブリダイズする。
【０２４３】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、少なくとも部分的に２つ以上の標的核酸に相補的である。例えば、本発明のアンチセンス化合物はマイクロＲＮＡを模倣し得、典型的に複数の標的に結合する。
【０２４４】
Ａ．標的核酸に対する相補性／ミスマッチ
特定の実施形態では、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、かかるオリゴヌクレオチドはその全長にわたり標的核酸に相補的である。特定の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは標的核酸に９９％相補的である。特定の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは標的核酸に９５％相補的である。特定の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは標的核酸に９０％相補的である。特定の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは標的核酸に８５％相補的である。特定の実施形態では、そのようなオリゴヌクレオチドは標的核酸に８０％相補的である。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、そのオリゴヌクレオチドの全長にわたり標的核酸に少なくとも８０％相補的であり、標的核酸に１００％または完全に相補的な領域を含む。特定のそのような実施形態では、完全相補性領域は６〜２０の核酸塩基長である。特定のそのような実施形態では、完全相補性領域は１０〜１８の核酸塩基長である。特定のそのような実施形態では、完全相補性領域は１８〜２０の核酸塩基長である。
【０２４５】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、標的核酸に対するミスマッチ核酸塩基を１つ以上含む。特定のそのような実施形態では、そのようなミスマッチによって標的に対するアンチセンス活性が低下するが、非標的に対する活性は多大に抑制される。したがって、特定のそのような実施形態ではアンチセンス化合物の選択性が改善される。特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内にミスマッチを特異的に位置させる。特定のそのような実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の５’末端から１位、２位、３位、４位、５位、６位、７位、または８位にある。特定のそのような実施形態では、ミスマッチはギャップ領域の３’末端から９位、８位、７位、６位、５位、４位、３位、２位、１位にある。特定のそのような実施形態では、ミスマッチはウイング領域の５’末端から１位、２位、３位、または４位にある。特定のそのような実施形態では、ミスマッチはウイング領域の３’末端から４位、３位、２位、または１位にある。
【０２４６】
Ｂ．特定の組織における特定の標的核酸
特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、ここで、標的核酸は肝外組織に発現する。肝外組織には、骨格筋、心筋、平滑筋、脂肪、白色脂肪、脾臓、骨、腸、副腎、精巣、卵巣、膵臓、下垂体、前立腺、皮膚、子宮、膀胱、脳、糸球体、遠位管状上皮、乳房、肺、心臓、腎臓、神経節、前頭皮質、脊髄、三叉神経節、坐骨神経、後根神経節、精巣上体脂肪、横隔膜、膵臓、及び結腸の各組織が含まれるが、これに限定されるものではない。肝外組織には、ＣＮＳ組織、例えば、脳が含まれるが、これに限定されるものではない。
【０２４７】
Ｉ．特定の医薬組成物
特定の実施形態では、本発明は、１つ以上のアンチセンス化合物またはその塩を含む医薬組成物を提供する。特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、適切な薬理学的に許容される希釈剤または担体を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態では、そのような医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のアンチセンス化合物からなる。特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態では、医薬組成物は１つ以上のアンチセンス化合物及び滅菌水を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は１つのアンチセンス化合物及び滅菌水からなる。特定の実施形態では、滅菌水は医薬品グレードの水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のアンチセンス化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のアンチセンス化合物及び滅菌ＰＢＳからなる。特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品グレードのＰＢＳである。
【０２４８】
特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のアンチセンス化合物及び１つ以上の添加剤を含む。特定のそのような実施形態では、添加剤は、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、乳糖、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース及びポリビニルピロリドンから選択される。
【０２４９】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、医薬組成物または製剤を調製するために薬理学的に許容される活性物質及び／または不活性物質と混合され得る。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度、または投与するべき用量など、これに限定されない多数の基準に応じて異なる。
【０２５０】
特定の実施形態では、アンチセンス化合物を含む医薬組成物には、アンチセンス化合物の任意の薬理学的に許容される塩、アンチセンス化合物のエステル、またはそのようなエステルの塩が包含される。特定の実施形態では、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を含む医薬組成物は、ヒトなど動物への投与時、生物学的に活性な代謝物またはその残留物を（直接または間接的に）提供することができる。したがって、例えば、本開示はまた、アンチセンス化合物の薬理学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬理学的に許容される塩、及び他の生物学的同等物にも関する。適切な薬理学的に許容される塩にはナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合された１つ以上の結合基を含み、ここで、結合基は、体内で内在性ヌクレアーゼにより切断される。
【０２５１】
脂質部分は、核酸医療においてさまざまな方法で使用されている。特定のそのような方法では、アンチセンス化合物などの核酸を、カチオン性脂質と中性脂質の混合物で作られた、事前形成したリポソームまたはリポプレックスに導入する。特定の方法では、モノカチオン性脂質またはポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は中性脂質を存在させずに形成される。特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織への医薬剤の分布が増大するよう選択される。
【０２５２】
特定の実施形態では、医薬組成物は送達システムを含む。送達システムの例にはリポソーム及びエマルジョンが含まれるが、これに限定されるものではない。特定の送達システムは、疎水性化合物を含む医薬組成物など、特定の医薬組成物の調製に有用である。特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどの特定の有機溶媒を使用する。
【０２５３】
特定の実施形態では、医薬組成物は、本発明の１つ以上の医薬剤を特定の組織または細胞型に送達するよう設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、特定の実施形態では、医薬組成物には、組織特異的抗体で覆われたリポソームが含まれる。
【０２５４】
特定の実施形態では、医薬組成物は共溶媒系を含む。そのような共溶媒系のいくつかは、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水−混和性有機ポリマー、及び水相を含む。特定の実施形態では、そのような共溶媒系は疎水性化合物に使用される。そのような共溶媒系の非限定的な例はＶＰＤ共溶媒系であり、これは、３ｗ／ｖ％ベンジルアルコール、８ｗ／ｖ％の非極性界面活性剤Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ８０（商標）及び６５ｗ／ｖ％ポリエチレングリコール  ３００を含む無水エタノール溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解度特性及び毒性特性を大幅に改変することなくかなり異なり得る。さらに、共溶媒構成成分の同一性は異なってよく、例えば、Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ８０（商標）の代わりに他の界面活性剤を使用してよく、ポリエチレングリコールの分画量は異なってよく、ポリエチレングリコールを他の生体適合性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンに置き換えてよく、また他の糖または多糖類をデキストロースの代替として使用してよい。
【０２５５】
特定の実施形態では、医薬組成物を経口投与用に調製する。特定の実施形態では、医薬組成物を頬側投与用に調製する。特定の実施形態では、医薬組成物を、注射（例えば、静脈内、皮下、筋肉内等）による投与用に調製する。そのような実施形態のいくつかでは、医薬組成物は担体を含み、水または生理学的に適合性のある緩衝液、例えば、ハンクス液、リンゲル液、または生理食塩緩衝液などのような水溶液中に製剤化される。特定の実施形態では、他の原料が含まれる（例えば、溶解度を助けるかまたは保存剤として作用する原料）。特定の実施形態では、適切な液状担体、懸濁剤等を使用して注入可能な懸濁液を調製する。注射用の特定の医薬組成物は、単位剤形、例えば、アンプルまたは多回投与容器で提示される。注射用の特定の医薬組成物は、油性または水性のビヒクルに溶解させた懸濁液、溶液またはエマルジョンであり、懸濁化剤、安定化剤及び／または分散剤などの製剤化剤（ｆｏｒｍｕｌａｔｏｒｙ  ａｇｅｎｔ）を含有してよい。注射用医薬組成物での使用に好適な特定の溶媒には、親油性溶媒、及びゴマ油などの脂肪油、オレイン酸エチルまたはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、ならびにリポソームが含まれるが、これに限定されるものではない。
【０２５６】
非限定的開示及び参照による組み込み
本明細書に記載の文献及び特許公開の各々は参照によりその全体が組み込まれる。
【０２５７】
本明細書に記載する特定の化合物、組成物及び方法を特定の実施形態に従って具体的に記載してきたが、以下の実施例はあくまでも本明細書に記載する化合物を例示するためだけに使用され、それらを限定することを意図するものではない。本出願に記述される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号等の各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２５８】
本出願に添付の配列表では各配列は必要に応じ「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして識別されているが、実際には、化学修飾を任意に組み合わせてそれらの配列を修飾してよい。修飾オリゴヌクレオチドを表すためにそのように「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」として指定することは、場合によっては任意であることを当業者は容易に理解するであろう。例えば、２’−ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドであれば、修飾糖（ＤＮＡの１つの２’−Ｈの代わりに２’−ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりにチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして表され得るだろう。したがって、配列表に記載の核酸配列が含まれるがこれに限定されない本明細書で提供する核酸配列は、修飾核酸塩基を有するような核酸が含まれるがこれに限定されない天然または修飾されたＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含有する核酸を包含することが意図される。さらなる例として、限定するわけではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物には、修飾または非修飾にかかわらずそのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物が包含され、これには、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するＲＮＡ塩基及びいくつかのＤＮＡ塩基を有するＲＮＡ塩基といったＲＮＡ塩基と、「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」のようないくつかのＲＮＡ塩基とを含むような化合物が含まれるが、これに限定されるものではなく、また、他の修飾核酸塩基、例えば、「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」などを有するオリゴマー化合物が包含され、ここで、ｍＣは、５−位にメチル基を含むシトシン塩基を示す。
【０２５９】
本明細書に記載の特定の化合物（例えば、修飾オリゴヌクレオチド）は１つ以上の不斉中心を有するため、鏡像異性体、ジアステレオマー、及び他の立体異性体の立体配置が生じ、これは絶対立体化学では（Ｒ）もしくは（Ｓ）、糖アノマーでのようにαもしくはβ、またはアミノ酸等でのように（Ｄ）もしくは（Ｌ）と定義され得る。本明細書で提供される化合物には、可能とされる異性体すべてが含まれ、これには、他に明記しない限り、それらのラセミ形態及び光学的に純粋な形態が含まれる。同様に、特に明記しない限り、あらゆるシス異性体及びトランス異性体ならびに互変異性体も含まれる。特に明記しない限り、本明細書に記載する化合物は、対応する塩形態が含まれることが意図される。
【実施例】
【０２６０】
以下の例は本開示の特定の実施形態を例示するものであり、限定するものではない。さらに、具体的な実施形態が記載されている場合には、それらの具体的な実施形態の一般的な適用を発明者が意図したものである。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示により、同一または類似のモチーフを有するさらなるオリゴヌクレオチドについての合理的裏付けが提供される。また、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に出現する場合には、特に明記しない限り、同じ位置における他の高親和性修飾は適切であるとみなされる。
【０２６１】
実施例１：コレステロールを結合させたオリゴヌクレオチドの合成
選択した修飾オリゴヌクレオチドを下表に記載する。当該技術分野において周知の標準的な固相オリゴヌクレオチド合成法により修飾オリゴヌクレオチドを合成した。修飾オリゴヌクレオチドは、ＤＭＰＫ遺伝子、すなわち、１８５４０６９６＿１８５５５１０６で切り出したＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＴ＿０１１１０９．１５の相補鎖（配列番号１）に１００％相補的である（アンチセンス）か、またはＤＭＰＫ遺伝子、すなわち、１８５４０６９６＿１８５５５１０６で切り出したＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＴ＿０１１１０９．１５の相補鎖との配列同一性が１００％である（センス）が、８１９７３３だけは、１８５４０６９６＿１８５５５１０６で切り出したＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＴ＿０１１１０９．１５の相補鎖に１００％相補的なオリゴヌクレオチドの部分の手前の５’末端上にＴＣＡリンカーを有する。第１及び第２の精製した一本鎖オリゴヌクレオチドが二重鎖を形成するよう一緒にアニーリングすることにより二重鎖を形成した。
【０２６２】
ＣｈｏｌＴＥＧ（５’から３’方向へ表記）及びＴＥＧＣｈｏｌ（３’から５’方向へ表記）はこの構造
【化５】
2021506239.tif 000006
を指す。
【０２６３】
３ＴＥＧＣｈｏｌ（５’から３’方向へ表記）及びＴＥＧ３Ｃｈｏｌ（３’から５’方向へ表記）はこの構造
【化６】
2021506239.tif 000007
を指す。
【表１】
2021506239.tif 000008
ＣｈｏｌＴＥＧ及び３ＴＥＧＣｈｏｌは上記のコレステロールサブユニットを表す。上表の下付き文字では、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はリン酸ヌクレオシド間結合を表し、「ｍ」は２’−Ｏ−メチルヌクレオシドを表し、「ｒ」はリボースヌクレオシドを表し、「ｄ」は２’−デオキシヌクレオシドを表し、「ｋ」は２’−拘束エチルヌクレオシドを表す。上付き文字では、Ｃの手前の「ｍ」は５−メチルシトシンを表す。
【表２】
2021506239.tif 000009
【０２６４】
実施例２：マウス筋肉のＤＭＰＫに指向させた修飾オリゴヌクレオチド及び半二重鎖の活性
処置
上記の修飾オリゴヌクレオチドをマウスで試験し、オリゴヌクレオチドの活性及び忍容性を評価した。野生型ＢＡＬＢ／ｃマウスに単一のオリゴヌクレオチドまたは二重鎖を下表に示すように静脈内注射で５ｍｇ／ｋｇ／週、６ｍｇ／ｋｇ／週、１０ｍｇ／ｋｇ／週または２０ｍｇ／ｋｇ／週にて週１回、４週間投与した。各処置群はマウス４匹で構成された。１つの群のマウス４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。最終投与から４８時間後、動物を屠殺した。各動物から四頭筋を採取し、ＲＴ−ＰＣＲを実施した。結果はＧＡＤＰＨを基準として正規化され、ＰＢＳ対照との比較で示される。「忍容性なし」とは、毒性の１つ以上の指標に関する身体的観察の後、マウスが試験から除外されたことを意味する。半二重鎖化合物は、一本鎖類似体と比較して忍容性の改善を示し、ヘアピン類似体と比較して活性及び忍容性の増大を示した。半二重鎖化合物はまた、完全二重鎖類似体と比較して筋組織での活性増大を示した。
【表３】
2021506239.tif 000010
【表４】
2021506239.tif 000011
【０２６５】
実施例３：コレステロールを結合させたオリゴヌクレオチドの合成
選択した修飾オリゴヌクレオチドは下表に記載されているが、それらは実施例１に記載の方法に従って合成された。
【表５】
2021506239.tif 000012
【０２６６】
上表の下付き文字では、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はリン酸ヌクレオシド間結合を表し、「ｍ」は２’−Ｏ−メチルヌクレオシドを表し、「ｒ」はリボースヌクレオシドを表し、「ｄ」は２’−デオキシヌクレオシドを表し、「ｋ」は２’−拘束エチルヌクレオシドを表す。上付き文字では、Ｃの手前の「ｍ」は５−メチルシトシンを表す。
【０２６７】
実施例４：ＤＭＰＫに指向させた修飾オリゴヌクレオチド及び半二重鎖の急性忍容性
処置
上記の修飾オリゴヌクレオチドをマウスで試験し、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価した。野生型ＢＡＬＢ／ｃマウスに単一のオリゴヌクレオチドまたは二重鎖を下表に示すように静脈内注射で２４ｍｇ／ｋｇにて投与した。各処置群はマウス４匹で構成された。１つの群のマウス４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。２４ｍｇ／ｋｇの注入を行ってから１時間後、動物を屠殺した。２４ｍｇ／ｋｇの注入を行った後、動物の観察も行った。「嗜眠、回転」とは、身体的観察の後、マウスが対照群よりもはるかに不活発であり、自己立ち直り不能及び回転の繰り返しなど平衡欠如を示したことを意味する。半二重鎖化合物は、一本鎖類似体と比較して忍容性の改善を示した。半二重鎖化合物はまた、完全二重鎖類似体と比較して忍容性の改善を示した。
【表６】
2021506239.tif 000013
【０２６８】
実施例５：コレステロールを結合させたオリゴヌクレオチドの合成
選択した修飾オリゴヌクレオチドは下表に記載されているが、それらは実施例１に記載の方法に従って合成された。
【表７】
2021506239.tif 000014
【０２６９】
上表の下付き文字では、「ｓ」はホスホロチオアートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はリン酸ヌクレオシド間結合を表し、「ｍ」は２’−Ｏ−メチルヌクレオシドを表し、「ｒ」はリボースヌクレオシドを表し、「ｄ」は２’−デオキシヌクレオシドを表し、「ｋ」は２’−拘束エチルヌクレオシドを表す。上付き文字では、Ｃの手前の「ｍ」は５−メチルシトシンを表す。「ＣｈｏｌＴＥＧ」は上記の意味を有する。
【０２７０】
実施例６：Ｍａｌａｔ−１に指向させた全身投与した修飾オリゴヌクレオチド及び半二重鎖の活性
上記の修飾オリゴヌクレオチドをマウスで試験し、さまざまな組織でのオリゴヌクレオチドの活性を評価した。上記のように、化合物５５６００７は、Ｍａｌａｔ−１転写産物に相補的な一本鎖オリゴヌクレオチドである。化合物５５６００７は、Ｍａｌａｔ−１遺伝子、すなわち、２６８９０００＿２６９９０００で切り出したＧＥＮＢＡＮＫ番号ＮＴ＿０８２８６８．４の相補鎖（配列番号１９）に相補的である。化合物１１６６３８４、１１６６３８３、１１８８９０１、１１９４７２６、１１９４７２３、１１９４７２２、及び１１６６３７９は化合物５５６００７に相補的である。化合物５５６００７と、化合物１１６６３８４、１１６６３８３、１１８８９０１、１１９４７２６、１１９４７２３、１１９４７２２、及び１１６６３７９の各々とのアニーリングを行い、下表に記載の半二重鎖を形成させた。その後、これらの半二重鎖をマウスに投与した。
【０２７１】
処置
野生型ＢＡＬＢ／ｃマウスに、下表に示すように、静脈内注射による半二重鎖の単回投与を７ｍｇ／ｋｇ／週または５０ｍｇ／ｋｇ／週のいずれかにて週１回、４週間行った。各処置群はマウス４匹で構成された。１つの群のマウス４匹には陰性対照としてＰＢＳを投与した。最終投与から７２時間後、動物を屠殺した。皮質、脊髄、線条体、小脳、肝臓、網膜、腎臓、及び四頭筋の組織を各動物から採取し、ＲＴ−ＰＣＲを実施した。結果はＧＡＤＰＨを基準として正規化され、ＰＢＳ対照との比較で示される。半二重鎖化合物は一本鎖オリゴヌクレオチド単独と比較して全身投与後のＣＮＳでの活性改善を示した。
【表８】
2021506239.tif 000015
【表９】
2021506239.tif 000016
【配列表】
2021506239000001.app
【国際調査報告】
2021506239.tif 000017
2021506239.tif 000018
2021506239.tif 000019