(57)【要約】本明細書において提供されるのは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法である。本開示はまた、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖により治療することができる疾患の治療の方法を提供する。
2021512638.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２】
純化された細菌混合物が、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
純化された細菌混合物が、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項５】
純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、およびParaprevotella xylaniphilaを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
純化された細菌混合物が、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１０】
純化された細菌混合物が、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の任意の１つ以上の細菌株を含まない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１２】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１３】
Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１４】
Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１５】
Fusobacterium ulcerans種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
Fusobacterium ulcerans種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１％未満において見出される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
Eubacterium limosum種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８】
Eubacterium limosum種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１％未満において見出される、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０】
純化された細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
純化された細菌混合物が、配列番号２および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２２】
純化された細菌混合物が、配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２３】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２４】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
純化された細菌混合物が、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２７】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２８】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２９】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３０】
純化された細菌混合物が、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３１】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３２】
１つ以上の細菌株が、配列番号に対して少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３３】
純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含まない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３４】
以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８、またはＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３５】
純化された細菌混合物が、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む、請求項２６に記載の組成物。
【請求項３６】
純化された細菌混合物が、ＮＣＢＩアクセッション番号ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、請求項３４または３５に記載の組成物。
【請求項３７】
純化された細菌混合物が、ＮＣＢＩアクセッション番号ＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、請求項３４または３５に記載の組成物。
【請求項３８】
純化された細菌混合物が、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３９】
純化された細菌混合物が、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４０】
２つ以上の細菌株が、ＮＣＢＩアクセッション番号の配列に対して少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４１】
純化された細菌混合物が、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含まない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４２】
細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４３】
細菌株の１つ以上が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４４】
細菌株のうちの少なくとも２５％が、バクテロイデス科に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４５】
細菌株の１つ以上が、バクテロイデス属に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４６】
バクテロイデス目に属する細菌株を含まない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４７】
細菌株の１つ以上が、芽胞形成体である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４８】
細菌株の１つ以上が、芽胞の形態である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４９】
偏性嫌気性の細菌株のみを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５０】
細菌株の１つ以上が、抗生物質耐性遺伝子を有さない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５１】
抗生物質耐性遺伝子が、細菌株をバンコマイシンに対して耐性にする、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５２】
細菌株が、ヒト由来の細菌である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５３】
細菌株が、１人より多くのヒトドナーに由来する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５４】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５５】
Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じてＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞を活性化する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５６】
医薬組成物である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５７】
薬学的に許容可能な賦形剤を含む、請求項５６に記載の医薬組成物。
【請求項５８】
経口投与のために処方される、請求項５７に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
直腸投与のために処方される、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
腸への送達のために処方される、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
結腸への送達のために処方される、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６２】
細菌株の１つ以上が、凍結乾燥されたものである、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６３】
カプセルの形態である、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性の組成物をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物または医薬組成物および栄養を含む、食品製品。
【請求項６６】
１つ以上の抗がん剤をさらに含む、請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６７】
抗がん剤が、化学療法剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６８】
抗がん剤が、がん免疫療法剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６９】
がん免疫療法剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７０】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７１】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７２】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７３】
１つ以上のサイトカインをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７４】
サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７５】
１つ以上の共刺激剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７６】
共刺激剤が、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７７】
１つ以上のワクチンをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７８】
ワクチンが、樹状細胞ワクチンである、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７９】
養子細胞移入療法と組み合わされる、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８０】
養子細胞移入療法が、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８１】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物と、抗原とを含む、ワクチン。
【請求項８２】
抗原が、ＨＩＶ抗原である、前記請求項のいずれか一項に記載のワクチン。
【請求項８３】
抗原が、肝炎抗原である、前記請求項のいずれか一項に記載のワクチン。
【請求項８４】
１つ以上の抗炎症剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８５】
抗炎症剤が、ＮＳＡＩＤである、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８６】
対象への組成物の投与が、対象の腸においてＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８７】
対象への組成物の投与が、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８８】
対象への組成物の投与が、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じたＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞の活性化をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８９】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の存在をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９０】
投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９１】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の移植をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９２】
投与された組成物の１つ以上の細菌株が、対象の腸において以前には移植されていない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９３】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９４】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９５】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９６】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９７】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物を、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含む、対象において疾患を治療する方法。
【請求項９８】
対象への組成物の投与が、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ＩＦＮ−ガンマ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、ＣＤ１０３＋樹状細胞に依存的である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
対象への組成物の投与が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
ＩＦＮ−ガンマが、腸においてＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞により産生される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞が、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
対象への組成物の投与が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
投与が、ＣＤ８＋Ｔ細胞の全身性誘導をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
投与が、ＣＤ８＋Ｔ細胞の長期誘導をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
抗生物質が、組成物のいずれか１つの投与の前に投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
抗生物質が、バンコマイシンである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
対象が、がんを有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
がんが、癌腫、神経膠腫、中皮腫、メラノーマ、リンパ腫、白血病、腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺癌、バーキットリンパ腫、頭部頸部癌、結腸癌、大腸癌、非小細胞性肺癌、小細胞性肺癌、食道の癌、胃癌、膵臓癌、胆管道の癌、胆嚢の癌、小腸の癌、直腸癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、陰茎癌、尿道癌、精巣癌、膣癌、子宮癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、膵性内分泌癌、カルチノイド癌、骨癌、皮膚癌、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連原発性滲出性リンパ腫、神経外胚葉腫瘍、または横紋筋肉腫である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
がんが、前立腺癌、膀胱癌、非小細胞性肺癌、尿路上皮癌、メラノーマ、または腎細胞癌である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１３】
対象が、放射線照射治療を受けている、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
１つ以上の抗がん剤を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
抗がん剤が、化学療法剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
抗がん剤が、がん免疫療法剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１７】
がん免疫療法剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２０】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４阻害剤である、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２１】
がん免疫療法剤が、ＰＤ−１阻害剤およびＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２２】
投与が、有害事象を誘導しない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２３】
投与が、チェックポイント阻害剤に関連する有害事象を誘導しない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２４】
投与が、結腸炎を誘導しない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
１つ以上のサイトカインを投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２６】
サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２７】
１つ以上の共刺激剤を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
共刺激剤が、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２９】
１つ以上のワクチンを投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３０】
ワクチンが、樹状細胞ワクチンである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３１】
養子細胞移入療法を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３２】
養子細胞移入療法が、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
対象が、感染性疾患を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３４】
感染性疾患が、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、または真菌感染である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
感染性疾患が、ウイルス感染である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
ウイルス感染が、ＨＩＶである、請求項１３５に記載の方法
【請求項１３７】
対象が、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３８】
組成物が、１つ以上の抗炎症剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３９】
抗炎症剤が、ＮＳＡＩＤである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４０】
組成物が、１より多くの用量として投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
対象に請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、免疫系を活性化するための方法。
【請求項１４２】
対象に請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞を活性化するための方法。
【請求項１４３】
ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞が、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
腸においてＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法であって、対象に請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、ここで、投与が、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、前記方法。
【請求項１４５】
ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞が、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
がんまたはウイルス感染を治療するか、治療を補助するか、および／または予防するための方法であって、対象に請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、ここで、投与が、がんまたはウイルス感染の治療、治療における補助、および／または予防をもたらす、前記方法。
【請求項１４７】
請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物の細菌種の構成成分および／または代謝物に由来する抗原を含む、ワクチン組成物。
【請求項１４８】
対象において免疫応答を誘導するための方法であって、対象に請求項１４７に記載のワクチン組成物を投与することを含み、ここで、投与が、対象における免疫応答の誘導をもたらす、前記方法。
【請求項１４９】
投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の移植をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５１】
投与された組成物の１つ以上の細菌株が、対象の腸において以前には移植されていない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５２】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５３】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５４】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５５】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５６】
ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導が、対象において炎症をもたらさない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５７】
対象がそのマイクロバイオーム中に１つ以上のＣＤ８誘導細菌株を有するか否かを評価することを含む方法であって、ここで対象が検出可能なレベルの１つ以上のＣＤ８誘導細菌株を有さない場合、前記請求項に記載の組成物のうちのいずれかが対象に投与される、前記方法。
【請求項１５８】
対象がそのマイクロバイオーム中に１つ以上のＣＤ８誘導細菌株をＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導するために十分なレベルで有するか否かを評価することを含む方法であって、ここで対象が１つ以上のＣＤ８誘導細菌株をＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導するために十分なレベルで有さない場合、前記請求項に記載の組成物のうちのいずれかが対象に投与される、前記方法。
【請求項１５９】
抗生物質を投与するステップを含まない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６０】
対象が、抗生物質を投与されない、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６１】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、ＣＴＰ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６２】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６３】
メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６４】
メバロン酸塩および薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６５】
ジメチルグリシンおよび薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６６】
メバロン酸塩、ジメチルグリシンおよび薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１６７】
１つ以上の抗がん剤をさらに含む、請求項１６１〜１６６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６８】
抗がん剤が、化学療法剤である、請求項１６７に記載の組成物。
【請求項１６９】
抗がん剤が、がん免疫療法剤である、請求項１６７に記載の組成物。
【請求項１７０】
がん免疫療法剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、請求項１６９に記載の組成物。
【請求項１７１】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。請求項１７０に記載の組成物。
【請求項１７２】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤である、請求項１７０に記載の組成物。
【請求項１７３】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４阻害剤である、請求項１７０に記載の組成物。
【請求項１７４】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＰ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７５】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７６】
メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７７】
メバロン酸塩をさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７８】
ジメチルグリシンをさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７９】
メバロン酸塩およびジメチルグリシンをさらに含む、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８０】
対象において疾患を治療する方法であって、請求項１６１〜１７９のいずれか一項に記載の組成物を、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含む、前記方法。
【請求項１８１】
対象への組成物の投与が、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８２】
対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大する、請求項１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
対象への組成物の投与が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−γ産生と比較して、対象の腸におけるＩＦＮ−γ産生の増加をもたらす、請求項１８０〜１８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８４】
ＩＦＮ−γが、腸においてＣＤ８＋ＩＦＮ−γ産生Ｔ細胞により産生される、請求項１８３に記載の方法。
【請求項１８５】
ＣＤ８＋ＩＦＮ−γ産生Ｔ細胞が、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
対象への組成物の投与が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の、対象の腸におけるＩＦＮ−γ産生の増加をもたらす、請求項１８０〜１８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８７】
対象が、がんを有する、請求項１８０〜１８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８８】
がんが、癌腫、神経膠腫、中皮腫、メラノーマ、リンパ腫、白血病、腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺癌、バーキットリンパ腫、頭部頸部癌、結腸癌、大腸癌、非小細胞性肺癌、小細胞性肺癌、食道の癌、胃癌、膵臓癌、胆管道の癌、胆嚢の癌、小腸の癌、直腸癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、陰茎癌、尿道癌、精巣癌、膣癌、子宮癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、膵性内分泌癌、カルチノイド癌、骨癌、皮膚癌、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連原発性滲出性リンパ腫、神経外胚葉腫瘍、または横紋筋肉腫である、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
がんが、前立腺癌、膀胱癌、非小細胞性肺癌、尿路上皮癌、メラノーマ、または腎細胞癌である、請求項１８７または１８８に記載の方法。
【請求項１９０】
対象が、感染性疾患を有する、請求項１８０〜１８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９１】
感染性疾患が、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、または真菌感染である、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
感染性疾患が、ウイルス感染である、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９３】
ウイルス感染が、ＨＩＶである、請求項１９１または１９２に記載の方法。
【請求項１９４】
対象が、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する、請求項１８０〜１８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９５】
ＰＤ−１阻害剤が、ニボルマブである、請求項１７１〜１７９のいずれか一項に記載の組成物または請求項１１８、１１９もしくは１２５〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９６】
ＰＤ−１阻害剤が、ペムブロリズマブである、請求項１７１〜１７９のいずれか一項に記載の組成物または請求項１１８、１１９もしくは１２５〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９７】
ＰＤ−１阻害剤が、ピディリズマブである、請求項１７１〜１７９のいずれか一項に記載の組成物または請求項１１８、１１９もしくは１２５〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１８年２月９日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願番号６２／６２８，５０１；２０１８年５月１８日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願番号６２／６７３，４３６；２０１８年７月２７日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願番号６２／７３７，３１８；２０１８年１１月５日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願番号６２／７５６，０２９；および２０１９年１月２２日に出願されたＵ．Ｓ．仮出願番号６２／７９５，５０６の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）下における利益を主張する。これらの引用される出願の全内容は、本明細書において参考として援用される。
【０００２】
本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法に関する。本開示はまた、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖により治療することができる疾患の治療の方法を提供する。
【背景技術】
【０００３】
ヒトを含む動物は、口腔、食道、胃、小腸、大腸、盲腸、膣、皮膚、鼻腔、耳および肺を含む解剖学的位置において、多数の微生物（集合的に微生物叢として言及される）を宿している。ヒト微生物叢は、免疫系の発達、炭水化物、タンパク質および生体異物の代謝、上皮の形成および再生、脂質貯蔵、ホルモンの産生、ビタミンの産生、ならびに病原体感染からの保護、などを含む、多数の重要なプロセスを担っている（例えば、LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2):160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086):1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7):1066-1074を参照）。抗生物質の使用、過剰な衛生、ダイエット、遺伝的背景または上のものの組み合わせなどの多くの要因により引き起こされ得るヒト微生物叢の改変は、感染性疾患（例えば、C. difficile感染）、炎症性、自己免疫性およびアレルギー性の疾患（例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、Ｉ型糖尿病、食物アレルギー、喘息、関節リウマチ）および代謝疾患（例えば、ＩＩ型糖尿病、代謝症候群、肥満、栄養障害）、およびがんなどの発生を含む、多くの望ましくない効果を伴って来た。例えば、微生物叢の改変は、無害な食物の抗原または共生細菌の抗原に対する耐性の喪失と、その後の過剰な炎症応答、代謝調節不全、および腸組織への損傷をもたらし得、腸組織への損傷は、腸管内腔と体循環との間の障壁として働くその能力を損なう。
【０００４】
免疫応答の操作は、がんの治療において、およびワクチン接種において、非常に重要である。免疫系を標的とするがん治療は、生存率の改善を達成してきた。しかし、患者の大部分は、がん免疫療法に対して応答しない。同様に、大きな集団のサブセット（例えば年配者）は、ワクチンに対して強力な免疫応答を開始することができない。
【０００５】
健康に対する微生物叢改変の有害効果に対抗するためのアプローチは、ヒトの病態を促進することにおいてかかる改変が果たす役割にもかかわらず、限定されている。微生物叢を改変することが知られている介入として、抗生物質、プレバイオティクス、プロバイオティクスおよび便移植が挙げられ、これらの各々は、限定および潜在的な有害効果を有する。ヒトの健康に対するマイクロバイオーム改変の有害な効果に対抗するためのさらなるアプローチが、明らかに必要とされている。さらに、がんに対する、およびワクチンに対する、より強力な免疫応答を促進するためのアプローチもまた、必要とされている。
【発明の概要】
【０００６】
本開示は、細菌株の組成物およびこれらの組成物を投与することによるＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための方法に関する。本開示はまた、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖により治療することができる疾患の治療のための組成物および方法を提供する。ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖により治療することができる疾患として、感染性疾患およびがんが挙げられる。
【０００７】
制御性Ｔ細胞の増殖または集積を誘導するための微生物ベースの組成物（ＷＯ２０１１／１５２５６６）、およびＴｈ１７細胞を誘導するための組成物（ＷＯ２０１５／１５６４１９）は、本明細書において開示されるとおり、先に報告されており、インターフェロンガンマ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞（本明細書においてまたＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＤ８陽性Ｔ細胞としても言及される）の誘導を通じて免疫系を活性化する、ヒト由来の細菌株の組成物が提供される。ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、免疫系、特に感染（例えばウイルス感染）および癌細胞の発達の監視において重要な役割を果たす。本明細書において提供される組成物は、したがって、例えば感染性疾患の治療およびがん免疫療法において用いることができる。
【０００８】
本開示の側面は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０００９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む。
【００１０】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む。
【００１１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。
【００１２】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。
【００１３】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、およびParaprevotella xylaniphilaを含む。
【００１４】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。
【００１５】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。
【００１６】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の任意の１つ以上の細菌株を含まない。
【００１７】
本開示の側面は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
【００１８】
本開示の側面は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
【００１９】
本開示の側面は、Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
【００２０】
本開示の側面は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
【００２１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、Fusobacterium ulcerans種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、Fusobacterium ulcerans種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１％未満において見出される。
【００２２】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、Eubacterium limosum種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、Eubacterium limosum種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１％未満において見出される。
【００２３】
本開示の側面は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【００２４】
本開示の側面は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【００２５】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２および配列番号１０に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００２６】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００２７】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００２８】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００２９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３０】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３２】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３３】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３４】
本開示の側面は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
本開示の側面は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０または配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。
【００３５】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３６】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む。
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３７】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００３８】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、１つ以上の細菌株は、前記配列番号に対して少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、１つ以上の細菌株は、前記配列番号に対して少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む。
【００３９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含まない。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して、少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含まない。
【００４０】
本開示の側面は、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８、またはＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【００４１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、ＮＣＢＩアクセッション番号ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８の配列に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００４２】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、ＮＣＢＩアクセッション番号ＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５の配列に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２に対して少なくとも９５％の相同性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含む。
【００４３】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。。
【００４４】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００４５】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、２つ以上の細菌株は、前記ＮＣＢＩアクセッション番号の配列に対して少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の相同性または配列同一性を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む。
【００４６】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、以下のＮＣＢＩアクセッション番号の配列：ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２に対して少なくとも９５％の相同性または配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含まない。
【００４７】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも２５％が、バクテロイデス科に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上が、バクテロイデス属に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する細菌株を含まない。
【００４８】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、芽胞形成体（spore-former）である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、芽胞の形態である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、非芽胞形成体である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、偏性嫌気性の細菌株のみを含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗生物質耐性遺伝子は、細菌株をバンコマイシンに対して耐性にする。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株は、ヒト由来の細菌である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株は、１人より多くのヒトドナーに由来する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じてＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞を活性化する。
【００４９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、医薬組成物である。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤を含む。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、腸への送達のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、結腸への送達のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、凍結乾燥される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、カプセルの形態である。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性の組成物をさらに含む。
【００５０】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される組成物のうちのいずれかおよび栄養を含む、食品製品を提供する。
【００５１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗がん剤をさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上のサイトカインをさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の共刺激剤をさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である。
【００５２】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上のワクチンをさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入療法と組み合わされる。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入療法は、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【００５３】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれかおよび抗原を含むワクチンを提供する。本明細書において提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、ＨＩＶ抗原である。本明細書において提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、肝炎抗原である。
【００５４】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗炎症剤は、ＮＳＡＩＤである。
【００５５】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＩＦＮ−ガンマ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導が、ＣＤ１０３＋樹状細胞に対して依存的である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞の活性化をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の存在をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の移植をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には移植されていない。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸において移植され、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす。
【００５６】
一側面において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物のいずれかを、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大する。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ＩＦＮ−ガンマは、腸においてＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞により産生される。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の全身性誘導をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の長期誘導をもたらす。
【００５７】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗生物質は、組成物のいずれか１つの投与の前に投与される。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗生物質は、バンコマイシンである。
【００５８】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がんは、癌腫、神経膠腫、中皮腫、メラノーマ、リンパ腫、白血病、腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺癌、バーキットリンパ腫、頭部頸部癌、結腸癌、大腸癌、非小細胞性肺癌、小細胞性肺癌、食道の癌、胃癌、膵臓癌、胆管道の癌、胆嚢の癌、小腸の癌、直腸癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、陰茎癌、尿道癌、精巣癌、膣癌、子宮癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、膵性内分泌癌、カルチノイド癌、骨癌、皮膚癌、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連原発性滲出性リンパ腫、神経外胚葉腫瘍、または横紋筋肉腫である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がんは、前立腺癌、膀胱癌、非小細胞性肺癌、尿路上皮癌、メラノーマ、または腎細胞癌である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、放射線照射治療を受けている。
【００５９】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上の抗がん剤を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。
【００６０】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、ＰＤ−１阻害剤およびＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与は、有害事象を誘導しない。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与は、チェックポイント阻害剤に関連する有害事象を誘導しない。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与は、結腸炎を誘導しない。
【００６１】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上のサイトカインを投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。
【００６２】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上の共刺激剤を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である。
【００６３】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上のワクチンを投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。
【００６４】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入療法を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入療法は、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【００６５】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、または真菌感染である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染は、ＨＩＶである。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染は、肝炎ウイルスによる感染である。
【００６６】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗炎症剤は、ＮＳＡＩＤである。
【００６７】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、１用量または１より多くの用量として投与してもよい。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、免疫系を活性化する。
一側面において、本開示は、免疫系を活性化するための方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物の１つ以上の投与を含む。
【００６８】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞を活性化するための方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物の１つ以上の対象への投与を含む。いくつかの態様において、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される。
【００６９】
一側面において、本開示は、腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法を提供し、該方法は、対象に本明細書において提供される組成物のいずれか１つ以上を投与することを含み、ここで、投与することは、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。いくつかの態様において、ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される。
【００７０】
一側面において、本開示は、がんまたはウイルス感染を治療するか、治療を補助するか、および／または予防するための方法を提供し、該方法は、対象に本明細書において提供される組成物のいずれか１つ以上を投与することを含み、ここで、投与することは、がんまたはウイルス感染を治療するか、その治療を補助するか、および／またはそれを予防する。
【００７１】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれか１つの細菌種の構成成分および／または代謝物に由来する抗原を含む、ワクチン組成物を提供する。
一側面において、本開示は、対象において免疫応答を誘導するための方法を提供し、該方法は、対象本明細書において提供されるワクチンのいずれかを対象に投与することを含み、ここで、投与することは、対象の免疫応答の誘導をもたらす。
【００７２】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の移植をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には移植されていない。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、移植され、投与された組成物の細菌株の細菌の量の増加をもたらす。
【００７３】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導は、対象において炎症をもたらさない。
一側面において、本開示は、対象がそのマイクロバイオーム中に１つ以上のＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株を有するか否かを評価することを含む方法を提供し、ここで、対象が、検出可能なレベルの１つ以上のＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株を有しない場合、前の請求項に記載の組成物のいずれかが、対象に投与される。
【００７４】
一側面において、本開示は、対象がそのマイクロバイオーム中に１つ以上のＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株をＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導するために十分なレベルで有するか否かを評価することを含む方法を提供し、ここで、１つ以上のＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株を、ＣＤ８  Ｔ細胞応答を誘導するために十分なレベルで有しない場合、前の請求項に記載の組成物のいずれかが、対象に投与される。
【００７５】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、抗生物質を投与するステップを含まない。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、抗生物質を投与されない。
【００７６】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドイン（Pyridoine）Ｂ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン（allotoin）、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物；ならびに薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。
【００７７】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩および薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、ジメチルグリシンおよび薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、および薬学的に許容可能なキャリアをさらに含む。
【００７８】
本明細書において提供される組成物のいずれかは、１つ以上の抗がん剤をさらに含んでもよい。いくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。いくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。いくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である．
【００７９】
本明細書において提供される組成物のいずれかは、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含んでもよい。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩をさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、ジメチルグリシンをさらに含む。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、メバロン酸塩およびジメチルグリシンをさらに含む。
【００８０】
一側面において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において記載される組成物のいずれかを、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含む。本明細書において記載される方法のいくつかの態様において、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大する。
【００８１】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物のいずれかの対象への投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較して、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の増加をもたらす。いくつかの態様において、腸において産生されるＩＦＮγは、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によるものである。いくつかの態様において、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞は、Ｉｒｆ４依存的および／またはＢａｔｆ３依存的樹状細胞を通じて活性化される。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物のいずれかの対象への投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の増加をもたらす。
【００８２】
本明細書において記載される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。いくつかの態様において、がんは、癌腫、神経膠腫、中皮腫、メラノーマ、リンパ腫、白血病、腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺癌、バーキットリンパ腫、頭部頸部癌、結腸癌、大腸癌、非小細胞性肺癌、小細胞性肺癌、食道の癌、胃癌、膵臓癌、胆管道の癌、胆嚢の癌、小腸の癌、直腸癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、陰茎癌、尿道癌、精巣癌、膣癌、子宮癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、膵性内分泌癌、カルチノイド癌、骨癌、皮膚癌、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連原発性滲出性リンパ腫、神経外胚葉腫瘍、または横紋筋肉腫である。いくつかの態様において、がんは、前立腺癌、膀胱癌、非小細胞性肺癌、尿路上皮癌、メラノーマ、または腎細胞癌である。
【００８３】
本明細書において記載される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、または真菌感染である。いくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染である。いくつかの態様において、ウイルス感染は、ＨＩＶである。
【００８４】
本明細書において記載される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ペムブロリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ピディリズマブである。
【００８５】
本発明の限定の各々は、本発明の多様な態様を包含し得る。したがって、任意の１つの要素または要素の組み合わせを含む本発明の限定の各々は、本発明の各々の側面において含まれ得ることが、予測される。本発明は、その用途において、以下の説明において記載されるか、図面において説明される構成要素の構成および配置の詳細に限定されない。本発明は、他の態様、および多様な方法において実施されるかまたは行われることも可能である。
【図面の簡単な説明】
【００８６】
添付の図面は、実際の縮尺で描画されることを意図されない。図面は、単に説明的なものであり、本開示の実施可能用件のために必要とされるものではない。明確性のために、全ての図面中の全ての成分がラベルされているわけではない。図面において：
【図１】図１は、マウスの結腸、肺、リンパ節、および脾臓から単離されたリンパ球を示す、フローサイトメトリー分析を表す。ＩＦＮ−ガンマ発現ＣＤ８  Ｔ細胞が、多様な臓器において存在することを見出した。
【図２】図２は、ＳＰＦおよび無菌（germ-free：ＧＦ）マウスの結腸粘膜の粘膜固有層から単離されたリンパ球による。実験のデータを示す。ＣＤ３およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ３陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図３】図３は、様々な研究動物施設の各々から得られたＳＰＦマウスにおけるＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示し、これは、居住条件がＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度に影響を及ぼすことを示している。
【図４】図４は、ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができるヒト関連細菌を同定するために用いられたプロセスの模式図を示す。
【図５】図５は、便試料を６人の健康な志願者から得た場合の模式図を示す。試料を、無菌マウスに接種した。３週間後、結腸ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を評価した。
【図６】図６は、便試料を６人の健康な志願者から得た実験からのデータを示す。試料を、無菌マウスに接種し、健康なヒト便試料により誘導されたＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを評価した。
【図７】図７は、便試料を６人の健康な志願者から得た実験からのデータを示す。試料を、無菌マウスに接種し、健康なヒト便試料により誘導されたＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを評価した。マウスＢ＃５が、最も高いＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を有することを見出し、これをさらなる分析のために選択した。
【図８】図８は、マウスＢ＃５の盲腸内容物を採取した場合の模式図を示す。
【図９】図９は、マウスＢ＃５の盲腸内容物を用いて６群の無菌マウスに接種した場合の模式図を示す。
【図１０】図１０は、マウスＢ＃５の盲腸内容物を用いて６群の無菌マウスに接種した場合の模式図を示す。これらの群のマウスは、飲用水中で示された抗生物質、クロロホルムを投与されたか、または何も投与されなかった（対照「−」）。Amp、アンピシリン；MNZ、メトロニダゾール；STM、ストレプトマイシン。
【図１１】図１１は、マウスＢ＃５の盲腸内容物を用いて６群の無菌マウスに接種した実験のデータを示す。これらの群のマウスは、飲用水中で示された抗生物質、クロロホルムを投与されたか、または何も投与されなかった（対照「−」）。マウスを、フローサイトメトリー分析により、結腸ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージについて評価した。Amp、アンピシリン；MNZ、メトロニダゾール；STM、ストレプトマイシン。
【図１２】図１２は、図１１において準備したマウスの盲腸微生物叢の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列データを示し、これを、次世代シーケンサーを用いて包括的に分析した。ｙ軸は、操作的分類単位（operational taxonomic unit：ＯＴＵ）の相対量を示す。Ｂ＃５−ＡＭＰ＃２およびＢ＃５−ＡＭＰ＃３マウスからの単離株に対応するＯＴＵを、ボックス中に示し、さらなる分析のために選択した。Amp、アンピシリン；MNZ、メトロニダゾール；STM、ストレプトマイシン；Chloro、クロロホルム；Tylo、タイロシン。
【図１３】図１３は、マウスＢ＃５からの盲腸内容物を接種されたマウスの群の各々において、結腸ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを評価した模式図を示す。マウスＢ５−Ａｍｐ＃２およびマウスＢ５−Ａｍｐ＃３が、ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の最も高い誘導を有したことが見出され、これらのマウスから盲腸内容物を採取し、培養した。Amp、アンピシリン；MNZ、メトロニダゾール；STM、ストレプトマイシン；Chlo、クロロホルム；Tylo、タイロシン。
【図１４】図１４は、Ｂ＃５−ＡＭＰ＃２およびＢ＃５−ＡＭＰ＃３マウスからの２６単離株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列データを示す。２６株のＯＴＵは、Ｂ＃５−ＡＭＰ＃２およびＢ＃５−ＡＭＰ＃３マウスに定着させた細菌種を広くカバーする。Amp、アンピシリン；MNZ、メトロニダゾール；STM、ストレプトマイシン；Chloro、クロロホルム；Tylo、タイロシン。
【図１５】図１５は、２６の単離細菌株の種を示す。
【図１６】図１６は、ボックス中に示されたさらなる分析のために選択された２１の単離細菌株を示す。２６の単離細菌株のうちの５つは、ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導との負の相関のために除外した。
【図１７】図１７は、図１６において示される２１の単離細菌株の細菌混合物を経口で接種された無菌マウスの模式図を示す。
【図１８】図１８は、無菌マウスに経口投与された２１単離株の混合物についてのデータを示す。無菌マウスと比較して、２１の単離細菌株の混合物による接種は、結腸ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導をもたらした。ＣＤ３、ＣＤ８、ＴＣＲβ、およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図１９】図１９は、無菌マウスに経口投与された２１の単離細菌株の混合物についてのデータを示す。無菌マウスと比較して、２１の単離細菌株の混合物による接種は、ＧｚｍＢ陽性ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導をもたらした。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＣＤ１０３、ＩＦＮγおよびＧｚｍＢを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ８  Ｔ細胞によるＧｚｍＢの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図２０】図２０は、ボックス中に示されたさらなる分析のために選択された１１の単離細菌株を示す。選択された１１の単離細菌株は、ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導と正に相関することが見出された。
【図２１】図２１は、無菌マウスに経口投与された２１株または１１株の混合物（１１株混合物（「11-mix」または「11 mix」）は、株＃１−１１に対応する；表１を参照）についてのデータを示す。１１の単離細菌株の混合物の接種は、ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導するために十分であった。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図２２】図２２は、上のボックス中に示されたさらなる分析から除外された２１の単離細菌株のセット（図１６）の他の１０単離細菌株を示す。
【図２３】図２３は、１１単離株の混合物（「11 mix」）または図２２において示された除外された他の１０単離株の混合物（他の10 mix」、「他の１０株」）についてのデータを示す。１０単離細菌株の混合物による接種は、１１の単離細菌株の混合物を接種されたマウスと比較して、より低いレベルのＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞をもたらした。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図２４】図２４は、１１単離株の混合物（「11 mix」）または図２２において示された除外された他の１０単離株の混合物（「他の10 mix」、「他の１０株」）についてのデータを示す。他の１０単離細菌株の混合物による接種は、１１の単離細菌株の混合物を接種されたマウスと比較して、より低いレベルのＧｚｍＢ陽性ＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞をもたらした。ゲーティングされたＣＤ８  Ｔ細胞によるＧｚｍＢの発現を、代表的なマウスについて示す。
【図２５】図２５は、１１の単離細菌株の混合物が、樹状細胞集団の活性化を通じてＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる、非限定的なモデルの模式図を示す。
【図２６】図２６は、例６の実験からの結果を示す。実験は、フローサイトメトリーおよび示されたマウスから単離された細胞のＣＤ８＋集団中のＩＦＮγ＋のパーセンテージにより証明されるとおり、Ｂａｔｆ３が、ＣＤ８−Ｔ細胞を誘導するために11-mixを必要とすることを示す。
【図２７】図２７は、例６の実験からの結果を示す。実験は、フローサイトメトリーおよび示されたマウス単離された細胞のＣＤ８＋集団におけるＩＦＮγ＋のパーセンテージにより証明されるとおり、Ｉｒｆ４が、ＣＤ８−Ｔ細胞を誘導するために11-mixを必要とすることを示す。
【図２８】図２８は、１１の単離細菌株の混合物からのリガンドが、Ｂａｔｆ３依存的かつＩｒｆ４依存的樹状細胞集団の活性化を通じてＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する、非限定的なモデルの模式図を示す。
【図２９】図２９は、ボックス中に示されたさらなる分析のために選択された１１の単離細菌株を示す。矢印で示される４株は、非バクテロイデス属株であり、一方、他の７株は、バクテロイデス属株である。
【図３０】図３０は、例２に関するデータを示す。図２９において示される１１株の混合物（「11 mix」）、７つのバクテロイデス属株の混合物（「7 mix」）または４つの非バクテロイデス属株の混合物（「4 mix」）を、無菌マウスに経口投与した。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。代表的なマウスのゲーティングされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、右パネルにおいてＣＤ８Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージにより示されるように示す。
【図３１】図３１は、１１の単離細菌株の混合物が、一緒に作用して、Ｂａｔｆ３依存的かつＩｒｆ４依存的樹状細胞集団の活性化を通じてＩＦＮγ陽性ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する。４つのエフェクター株および７つのサポーター株を含む、非限定的なモデルの模式図を示す。
【図３２】図３２は、１０４人のヒト志願者の便微生物叢中の示される細菌株の各々の量を示すプロットを表す。量は、細菌株の各々について、マッピングされたリードの数／ｋｂａｓｅ／１Ｍリードとして示す。
【図３３】図３３は、無菌マウスに経口投与された、示される純化細菌混合物による実験のデータを示す。大腸の粘膜固有層からリンパ球を単離し、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間にわたり刺激した。ＣＤ８およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。グラフは、ＣＤ８＋細胞集団中のＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージのデータの要旨を表す。各々の記号は、個々のマウスを表す。***は、統計学的有意を表す。純化された細菌混合物の各々において存在する細菌株を、下に示す。対角線は、１１の単離細菌株（「11 mix」）のうちの、９株（「9 mix」）または８株（「8 mix」）のそれぞれの混合物に存在しない株を示す。
【図３４】図３４は、例７の実験からの結果を示す。実験は、便中のListeriaのＣＦＵの量の減少において証明されるとおり、11-mixが、感染マウスからのListeriaのクリアランスにおいて有効であることを示す。
【図３５】図３５は、例７の実験からの結果を示す。実験は、１１の単離細菌株の混合物による接種が、Listeria感染マウスにおける腸の症状を予防したことを示す。
【図３６】図３６は、例４において記載されるによる実験からのデータを示す。マウスは、示された日において抗ＰＤ１抗体（「＋α−ＰＤ１  Ａｂ」）を投与された。マウスは、示された日において１１の単離細菌株の混合物（「11-mix」）による経管栄養を受けた。腫瘍容積を測定した。*、**、および***は、統計学的有意の漸増量を示す。
【図３７】図３７は、図３６において記載されるマウスから単離された腫瘍の写真を示す。
【図３８】図３８は、例４において記載される腫瘍細胞から単離されたリンパ球についてのデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγを、抗体で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。ゲーティングされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現を、代表的なマウスについて示す（左パネル）。ＣＤ８Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージの要約データ（右パネル）。*、**、および***は、統計学的有意の漸増量を示す。
【図３９】図３９は、例４において記載される腫瘍細胞から単離されたリンパ球についてのデータを示す。ＣＤ８  Ｔ細胞中のｇｐ７０反応性ＩＦＮγ＋細胞の数、ＣＤ８  Ｔ細胞中のＧｚｍＢ＋ＩＦＮγ＋細胞の数、およびＩＦＮγ＋ＣＤ８Ｔ細胞のパーセンテージをフローサイトメトリー分析により評価した。*、**、および***は、統計学的有意の漸増量を示す。
【図４０】図４０は、例４において記載されるＭＣ３８腫瘍モデルによる実験についてのデータを示す。マウスは、示された日において抗ＣＴＬＡ４抗体（「＋αＣＴＬＡ４  Ａｂ」）を投与された。マウスは、示された日において１１の単離細菌株の混合物（「11-mix」）による経管栄養を受けた。腫瘍容積を測定した。*は、統計学的有意を示す。
【図４１】図４１は、例５において記載されるBraf Pten メラノーマモデルを用いた実験についてのデータを示す。マウスは、示された日において、抗ＰＤ１抗体（「＋αＰＤ１  Ａｂ」）を投与された。マウスは、示された日において１１の単離細菌株の混合物（「11-mix」）による経管栄養を受けた。腫瘍容積を測定した。***は、統計学的有意を示す。
【図４２】図４２は、１１の単離細菌株の混合物（「11-mix」）およびチェックポイント阻害剤を、がんの治療のために用いることができる、非限定的なモデルの模式的モデルの模式図を示す。
【図４３Ａ−Ｅ】図４３Ａ〜４３Ｍは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる健康なヒト微生物叢からの１１細菌株の単離および同定を示す。図４３Ａおよび４３Ｂは、ＳＰＦマウスの示される臓器（ｉＬＮ、鼠径部リンパ節；ＳＩ、小腸）における（図４３Ａ）、ならびにＳＰＦおよびＧＦマウスの結腸および小腸粘膜固有層における（図４３Ｂ）ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４３Ｃは、ＳＰＦおよびＧＦマウスの結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団中のＣＤ１０３＋およびＧｚＢ＋細胞のパーセンテージを示す。図４３Ｄは、６人の（Ａ〜Ｆ）健康なヒトドナーのうちの１人からの便試料を経口で接種されたＧＦマウスからの、ＩＦＮγ＋であった結腸ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。矢印は、さらなる分析のために選択されたマウスＢ５を示す。図４３Ｅは、抗生物質の不在下において、または飲用水中の示された抗生物質の存在下において（Ｂ５＋示された抗生物質）、マウスＢ５からの盲腸内容物を接種されたＧＦマウスからの、あるいは、マウスＢ５からのクロロホルム治療された盲腸内容物を接種されたＧＦマウス（「Chlo B5」）からの、ＩＦＮγ＋であるＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。矢印は、さらなる分析のために選択された、マウスB5-Amp2およびマウスB5-Amp3を示す。CLEAからのＳＰＦマウスを、図４３Ａ〜４３Ｃにおいて分析した。図４３Ａ〜４３Ｅおよび４３Ｈ〜４３Ｍにおいては、各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４３Ｆ−Ｇ】図４３Ａ〜４３Ｍは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる健康なヒト微生物叢からの１１細菌株の単離および同定を示す。図４３Ｆは、16S rRNA遺伝子の配列決定により決定された、各々のマウスの盲腸微生物叢の組成を示す。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度と正に相関したＯＴＵを、「＃」により示す；+Chlo B5マウスにおいて検出されたＯＴＵは、「＋」により示す；およびＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度と有意に相関しなかったＯＴＵを、「−」により示す。２６の単離株に対応するＯＴＵを、「*」により示す。図４３Ｇは、マウスB5-Amp2およびB5-Amp3から単離されたのリストを示す。単離株の各々に最も近い種／株およびＲＤＰデータベースに対する％類似性を示す。
【図４３Ｈ−Ｍ】図４３Ａ〜４３Ｍは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる健康なヒト微生物叢からの１１細菌株の単離および同定を示す。図４３Ｈ〜４３Ｍは、示される細菌株の混合物を接種されたＧＦマウスからのＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ（図４３Ｈ、４３Ｉおよび４３Ｍ）、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ（図４３Ｊ）、ＴＨ１細胞（図４３Ｋ、左パネル）、ならびにＴＨ１７細胞（図４３Ｋ、右パネル）のパーセンテージを示す。図４３Ｌは、示されたマウスからの結腸についての、定着の４週間後における組織学スコアを示す。ＣＬＥＡからのＳＰＦマウスを、図４３Ａ〜４３Ｃにおいて分析した。図４３Ａ〜４３Ｅおよび４３Ｈ〜４３Ｍにおいては、各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４４Ａ−Ｆ】図４４Ａ〜４４Ｋは、１１細菌株の混合物（11-mix）によるＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導に関するデータを示す。図４４Ａは、生（live）の、または加熱失活した（heat-kiled：「ＨＫ」）１１細菌株の混合物を経口投与されたＧＦマウスの結腸におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図４４Ｂは、GF+11-mixマウスの近位結腸の、ＤＡＰＩ（青色）、ＥＵＢ３３８  ＦＩＳＨプローブ（緑色）、およびムチン２（ＭＵＣ２、赤色）による蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）染色を示す。スケールバー、２５μｍ。図４４Ｃは、ＧＦマウス（明灰色の列）または11-mixを接種された定着１週間後のＧＦマウス（GF+11mix）（暗灰色の列）の示される臓器におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す（ｃＩＥＬ、結腸上皮内リンパ球；ＭＬＮ、腸間膜リンパ節；ｉＬＮ、鼠径部リンパ節；ＰＢＬ、末梢血リンパ球）。図４４Ｄは、ｑＰＣＲにより定量した、βアクチンに対して正規化したケモカイン転写物（ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０）の結腸上皮細胞（ＥＣ）における発現を示す。図４４Ｅは、１１細菌株の混合物を接種されたＧＦマウスにおける、示されるタイムポイントにおける、ＣＤ８  Ｔ細胞集団中のＫｉ６７＋細胞（左パネル）およびＩＦＮγ＋細胞（中のパネル）、ならびにＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団中のＣＤ１０３＋細胞（右パネル）のパーセンテージを示す。図４４Ｆは、１１細菌株の混合物を定着させた（GF+11mix）またはこれを行っていない（ＧＦ）、示される遺伝的背景のマウスからの結腸粘膜固有層ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４４Ａおよび４４Ｃ〜４４Ｊにおいて、各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。図４４Ｅにおいて、平均値を線で連結してある。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４４Ｇ−Ｈ】図４４Ａ〜４４Ｋは、１１細菌株の混合物（11-mix）によるＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導に関するデータを示す。図４４Ｇは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を接種されたＧＦマウス（GF+11-mix）からの、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（左パネル）およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞（右パネル）の中でのＶβ遺伝子の使用の頻度を示す。図４４Ｈ〜４４Ｊは、示されるＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（GF+11mix）からの、結腸粘膜固有層ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４４Ａおよび４４Ｃ〜４４Ｊにおいて、各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４４Ｉ−Ｋ】図４４Ａ〜４４Ｋは、１１細菌株の混合物（11-mix）によるＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導に関するデータを示す。図４４Ｈ〜４４Ｊは、示されるＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（GF+11mix）からの、結腸粘膜固有層ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４４Ｋは、ＧＦマウスからの、および１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（GF+11-mix）からの定着１週間後における、示される樹状細胞のサブセットによるＨ−２Ｋｂ発現を示す。図４４Ａおよび４４Ｃ〜４４Ｊにおいて、各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４５Ａ−Ｃ】図４５Ａ〜４５Ｈは、１１細菌株の混合物が、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する免疫応答を増強することを示す。図４５Ａは、実験デザインを示す。ＳＬＣマウスから得られたＣ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウス（低ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔマウス、図４７Ｅを参照）を、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で治療し、次いで、経口経管栄養によりＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群（+11mix）において、11-mixの初回投与は、SPFfaeと同時に行い、その後、示されるタイムポイントにおいて、11-mixによる経口経管栄養を繰り返した。次いで、マウスに、経口で（図４５Ｄ〜４５Ｇ）または腹腔内で（図４５Ｈ）、Ｌｍ（図４５Ｄ〜４５Ｆおよび４５Ｈ）またはＬｍ−ＯＶＡ（図４５Ｇ）を感染させた。図４５Ｂは、対照マウスおよび１１細菌株の混合物（+11mix）を定着させたマウスにおける、第０日におけるＬｍ感染の前の、結腸粘膜固有層ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４５Ｃは、対照マウス（Cont）および１１細菌株の混合物（+11mix）を定着させたマウスにおける、第０日におけるＬｍ感染の前の、示されるβアクチンに対して正規化された遺伝子の結腸上皮細胞における発現を示す。図４５Ｂ〜４５Ｈにおいて、各々の円は、個々の動物を表す。図４５Ｂ、４５Ｃ、４５Ｅ、４５Ｇおよび４５Ｈにおいて、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．＊＊Ｐ＜０．０１；＊Ｐ＜０．０５。
【図４５Ｄ−Ｅ】図４５Ａ〜４５Ｈは、１１細菌株の混合物が、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する免疫応答を増強することを示す。図４５Ｄは、Ｌｍ経管栄養の後の、対照マウス（Cont）および１１細菌株の混合物（+11mix）を定着させたマウスの便中のＬｍのＣＦＵを示す。図４５Ｅは、Ｌｍに感染させた対照マウス（Cont+Lm；Cont）または11 mixを定着させ、Ｌｍに感染させたマウス（+11mx+Lm；+11mix）のヘマトキシリン・エオジン染色された試料（スケールバー、５０μｍ）顕微鏡写真および結腸の組織学スコアを示す。図４５Ｂ〜４５Ｈにおいて、各々の円は、個々の動物を表す。図４５Ｂ、４５Ｃ、４５Ｅ、４５Ｇおよび４５Ｈにおいて、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．＊＊Ｐ＜０．０１；＊Ｐ＜０．０５。
【図４５Ｆ−Ｈ】図４５Ａ〜４５Ｈは、１１細菌株の混合物が、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する免疫応答を増強することを示す。図４５Ｆは、対照マウス（Cont）または１１細菌株の混合物（+11mix）を定着させたマウスのＬｍ感染の経過の間の、Ｌｍ経管栄養の後のパーセント重量変化を示す。図４５Ｇは、感染後第７日においてＦＡＣＳにより係数された、対照マウス（Cont）または１１細菌株の混合物（+11mix）を定着させたマウスのＬｍ−ＯＶＡ感染の後で誘導された、ＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の数を示す。図４５Ｈは、Ｌｍによる腹腔内感染後第３日における、対照マウス（Cont）または１１細菌株の混合物を定着させたマウスの肝臓および脾臓におけるＬｍのＣＦＵを示す。図４５Ｂ〜４５Ｈにおいて、各々の円は、個々の動物を表す。図４５Ｂ、４５Ｃ、４５Ｅ、４５Ｇおよび４５Ｈにおいて、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．＊＊Ｐ＜０．０１；＊Ｐ＜０．０５。
【図４６Ａ−Ｂ】図４６Ａ〜４６Ｊは、１１細菌株の混合物の投与が腫瘍増殖を抑制することを示す。図４６Ａは、実験デザインを示す。ＳＬＣから得られたＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）による治療に供し（第−７日から第２日まで）、その後、第０日において、ＭＣ３８腺癌細胞（図４６Ｂ〜４６Ｉ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図４６Ｊ）を皮下移植した。マウスを、第３日にＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群、11-mixの初回経口投与は、第３日にSPFfaeと同時に行い、その後、11-mixのみの投与を、１週間あたり２回または３回、実験の終了まで繰り返した。抗ＰＤ１抗体（αＰＤ１  ｍＡｂ）（図４６Ｂ〜４６Ｈおよび４６Ｊ）または抗ＣＴＬＡ４抗体（αＣＴＬＡ４  ｍＡｂ）（図４６Ｉ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図４６Ｂ、４６Ｉ、および４６Ｊは、ＭＣ３８腺癌（図４６Ｂおよび４６Ｉ）、ならびにＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ（図４６Ｊ）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図４６Ｃ〜４６Ｈは、フローサイトメトリーにより決定された、腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｃ）、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋およびＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｄ）、ＰＤ−１＋ＩＣＯＳ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｅ）、ｐ１５Ｅ特異的ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｆ）、ＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣ（図４６Ｇ）の数またはパーセンテージ、およびＤＣ上のＨ−２Ｋｂの平均蛍光強度（図４６Ｈ）を示す。図４６Ｃ〜４６Ｈ中の各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。図４６Ｂ、４６Ｉおよび４６Ｊ中の記号は、は、平均値を表す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４６Ｃ−Ｈ】図４６Ａ〜４６Ｊは、１１細菌株の混合物の投与が腫瘍増殖を抑制することを示す。図４６Ａは、実験デザインを示す。ＳＬＣから得られたＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）による治療に供し（第−７日から第２日まで）、その後、第０日において、ＭＣ３８腺癌細胞（図４６Ｂ〜４６Ｉ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図４６Ｊ）を皮下移植した。マウスを、第３日にＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群、11-mixの初回経口投与は、第３日にSPFfaeと同時に行い、その後、11-mixのみの投与を、１週間あたり２回または３回、実験の終了まで繰り返した。抗ＰＤ１抗体（αＰＤ１  ｍＡｂ）（図４６Ｂ〜４６Ｈおよび４６Ｊ）または抗ＣＴＬＡ４抗体（αＣＴＬＡ４  ｍＡｂ）（図４６Ｉ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図４６Ｂ、４６Ｉ、および４６Ｊは、ＭＣ３８腺癌（図４６Ｂおよび４６Ｉ）、ならびにＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ（図４６Ｊ）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図４６Ｃ〜４６Ｈは、フローサイトメトリーにより決定された、腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｃ）、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋およびＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｄ）、ＰＤ−１＋ＩＣＯＳ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｅ）、ｐ１５Ｅ特異的ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｆ）、ＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣ（図４６Ｇ）の数またはパーセンテージ、およびＤＣ上のＨ−２Ｋｂの平均蛍光強度（図４６Ｈ）を示す。図４６Ｃ〜４６Ｈ中の各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。図４６Ｂ、４６Ｉおよび４６Ｊ中の記号は、は、平均値を表す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４６Ｉ−Ｊ】図４６Ａ〜４６Ｊは、１１細菌株の混合物の投与が腫瘍増殖を抑制することを示す。図４６Ａは、実験デザインを示す。ＳＬＣから得られたＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）による治療に供し（第−７日から第２日まで）、その後、第０日において、ＭＣ３８腺癌細胞（図４６Ｂ〜４６Ｉ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図４６Ｊ）を皮下移植した。マウスを、第３日にＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群、11-mixの初回経口投与は、第３日にSPFfaeと同時に行い、その後、11-mixのみの投与を、１週間あたり２回または３回、実験の終了まで繰り返した。抗ＰＤ１抗体（αＰＤ１  ｍＡｂ）（図４６Ｂ〜４６Ｈおよび４６Ｊ）または抗ＣＴＬＡ４抗体（αＣＴＬＡ４  ｍＡｂ）（図４６Ｉ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図４６Ｂ、４６Ｉ、および４６Ｊは、ＭＣ３８腺癌（図４６Ｂおよび４６Ｉ）、ならびにＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ（図４６Ｊ）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図４６Ｃ〜４６Ｈは、フローサイトメトリーにより決定された、腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｃ）、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋およびＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｄ）、ＰＤ−１＋ＩＣＯＳ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｅ）、ｐ１５Ｅ特異的ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図４６Ｆ）、ＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣ（図４６Ｇ）の数またはパーセンテージ、およびＤＣ上のＨ−２Ｋｂの平均蛍光強度（図４６Ｈ）を示す。図４６Ｃ〜４６Ｈ中の各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。図４６Ｂ、４６Ｉおよび４６Ｊ中の記号は、は、平均値を表す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図４７Ａ】図４７Ａ〜４７Ｅは、ＧＦおよびＳＰＦマウスにおける腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団の特徴づけを示す。図４７Ａは、CLEAから得られたＳＰＦマウスからの結腸粘膜固有層ＣＤ３＋ＣＤ８α＋またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋Ｔ細胞による、ＣＤ８α＋、ＩＦＮγ、ＴＣＲβ、ＣＤ８β、ＣＤ４４、ＧｒＢ、Ｔ−ｂｅｔ、ＣＤ１０３およびＩＣＯＳの発現を示す代表的なフローサイトメトリープロットを示す。
【図４７Ｂ−Ｅ】図４７Ａ〜４７Ｅは、ＧＦおよびＳＰＦマウスにおける腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団の特徴づけを示す。図４７Ｂは、ＧＦおよびＳＰＦマウスの結腸または小腸の粘膜固有層細胞におけるＩＦＮγ＋ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の数を示す。図４７Ｃは、ＳＰＦのCLEAマウスからの便マイクロバイオーム（SPFfae）を経口で接種されたＧＦマウス（７週齢）からのデータを示す。４週間後、ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを分析した。図４７Ｄは、飲用水を介して４週間にわたり（８週齢から１２週齢まで）ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）により治療されたか、またはこれを行わなかったCLEAのＳＰＦマウスの結腸粘膜固有層における、ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図４７Ｅは、示される施設またはベンダーにより飼育されたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（１０週齢）の結腸粘膜固有層における結腸ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す（左パネル）。Charles Riverから得られたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（８週齢）を、CLEAからのＣ５７ＢＬ／６マウスと２または６週間にわたり共住させた。共住させたCharles River マウス結腸粘膜固有層における結腸ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す（図４７Ｅ、右パネル）。各々の円は、個々の動物を表し（ｎ＝３〜５）、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；*Ｐ＜０．０５。
【図４８】図４８は、健康なヒト腸管微生物叢からＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する細菌を単離するための戦略の模式図を示す。
【図４９Ａ】図４９Ａおよび４９Ｂは、多様なドナーからの健康なヒト腸管微生物叢によりＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を示す。図４９Ａは、示される健康なヒトドナー（ドナーＡ〜Ｆ）からの便試料を経口で接種されたＧＦマウスからの結腸（上のパネル）または小腸（ＳＩ；下のパネル）ＬＰ  ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞によるＩＦＮγおよびＣＤ８αの発現を示す、代表的なフローサイトメトリープロットを示す。棒グラフは、小腸粘膜固有層におけるＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋親Ｔ細胞集団中のＩＦＮγ＋細胞の頻度をまとめる。各々の記号は、個々の動物を表し（ｎ＝４〜９）、バーの高さは、平均値を示す。
【図４９Ｂ】図４９Ａおよび４９Ｂは、多様なドナーからの健康なヒト腸管微生物叢によりＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を示す。図４９Ｂは、マウスＢ５の盲腸内容物を経口で接種され、示された抗生物質で治療されたか（B5+Abx）もしくは未治療である（B5）ＧＦマウス、またはクロロホルム治療マウスＢ５の盲腸内容物を接種されたＧＦマウス（Chlo B5）における、結腸ＬＰ  ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋親集団中のＩＦＮγ＋ＣＤ１０３＋細胞の頻度を示す、代表的なフローサイトメトリープロットを示す（左）。棒グラフ（図４９Ｂ、右）は、マウスの各群における細胞の結腸粘膜固有層ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋親集団の中の、ＩＦＮγ＋ＣＤ１０３＋細胞の頻度をまとめる。各々の記号は、個々の動物を表し（ｎ＝４〜９）、バーの高さは、平均値を示す。エラーバー、s50］
【図５０】図５０は、ＯＴＵとＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞との間のスピアマン相関を示す。図４３Ｆにおいて示されるマウスにおいて検出された個々の細菌ＯＴＵのリードの数（３０００リード中）と、図４３Ｅにおいて示される細胞中の結腸ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋親集団の中でのＩＦＮγ＋のパーセンテージとの間のスピアマン相関係数（ｒ）を、GraphPad Prism（登録商標）を用いて、２つの変数の間の相関についてのＰ値を用いて計算した。結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度と有意に正に相関した、およびこれと有意に負に相関したＯＴＵ（Ｐ＜０．０５）を、それぞれ、「＋」および「−」により示す。+Chlo B5マウスにおいて検出されたＯＴＵは、「−」または「*」により示す。有意な相関を示さないＯＴＵ（Ｐ＞０．０５）を、灰色で示す。示されるＯＴＵに対して最も近い種／株および各々のＯＴＵについての個々のｒ値もまた示す。
【図５１Ａ】図５１Ａおよび５１Ｂは、１１細菌株の混合物により誘導されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の表現型を示す。図５１Ａは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（GF+11-mix）からの結腸粘膜固有層ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋Ｔ細胞によるＩＦＮγ、ＣＤ８α、ＣＤ１０３、ＩＣＯＳ、ＫＬＲＧ１、ＧｒＢ、Ｔ−ｂｅｔ、ＣＤ４４、Ｆｏｘｐ３、およびＩＬ１７Ａの発現を示す、代表的なフローサイトメトリープロットを示す。各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１。
【図５１Ｂ】図５１Ｂは、示されたマウスの結腸粘膜固有層における、ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４  Ｔ細胞（ＴＨ１細胞）の中のＩＦＮγ＋細胞（左パネル）、ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４陰性Ｔ細胞（ほぼＣＤ８  Ｔ細胞）の中のＩＦＮγ＋細胞（中のパネル）、およびＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４  Ｔ細胞（ＴＨ１７細胞）の中のＩＬ−１７Ａ＋細胞（右パネル）のパーセンテージを示す。各々の円は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１。
【図５２Ａ−Ｂ】図５２Ａ〜５２Ｃは、炎症を引き起こすことがない、１１細菌株の混合物による免疫調節に関するデータを示す。図５２Ａは、ｑＰＣＲにより決定された、ＧＦ、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦ（GF+11-mix）（定着の４週間後）、およびＳＰＦマウスの結腸上皮細胞における、示される遺伝子（Ｉｌ６およびＬｃｎ２）の発現を示す。各々の記号は、個々の動物を表し、バーの高さは、平均値を示す。図５２Ｂは、ＧＦ、GF+11-mix、およびＳＰＦマウスの結腸の代表的な写真を示す。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。エラーバー、ｓ．ｄ．ｎｓ、有意でない。
【図５２Ｃ】図５２Ａ〜５２Ｃは、炎症を引き起こすことがない、１１細菌株の混合物による免疫調節に関するデータを示す。図５２Ｃは、ＳＰＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（GF+11-mix）からの結腸のヘマトキシリン・エオジン染色された顕微鏡写真を示す。スケールバー、５０μｍ。データは、少なくとも２つの独立した実験の代表である。
【図５３】図５３は、２６株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子およびゲノム配列決定分析を示す表を表す。２６株の各々から細菌ＤＮＡを単離した。ＰＣＲおよびサンガー配列決定法により１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を決定した。２１株について、Illumina MiSeq（登録商標）シーケンサーを用いて、ゲノム配列決定を行った。１６Ｓ  ｒＲＮＡおよび各々の株の組み立てられたドラフトゲノムから予測される４２リボソームタンパク質をコードする遺伝子を、それぞれ、ＲＤＰデータベースおよびＮＣＢＩゲノムデータベース（Refseqゲノムの代表的なもの）と比較し、最も近い参照種または株を見出した。各々の株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列およびリボソームタンパク質を有するトップヒット（top hit）生物（３７より多くのリボソームタンパク質がヒットした）を、表中に列記し、一方、より低い類似性を有する細菌（３４未満のタンパク質がヒットした）を、括弧内に示す。％類似性とは、ヒットしたリボソームタンパク質遺伝子の平均配列類似性を指す。各々のリボソームタンパク質遺伝子の％類似性を、単離株と、最も近い参照細菌との間で、グローバル−ローカルアラインメント検索プログラム（global-local alignment search program：GLSEARCH）を用いて計算した。
【図５４】図５４は、１１の単離株の系統発生的分布を示す。系統樹は、MEGA v5.0パッケージおよび近隣結合法（neighbour-joining method）を用いて、５００のレプリケートのブートストラップにより、一緒に連鎖した３７〜４２のリボソームタンパク質遺伝子配列を比較することにより構築した。Mash距離に基づいて、１１株の全ゲノム系統発生的分析を行った。
【図５５Ａ】図５５Ａおよび５５Ｂは、１１細菌株の混合物による、結腸での定着および結腸上皮細胞におけるＩＦＮにより刺激される遺伝子の誘導を示す。図５５Ａは、３個体の１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスからの、定着の３〜４週間後の、腸管の示される解剖学的位置からの管腔内容物および便試料に関するデータを示す。１１株の各々からのＤＮＡの相対量をｑＰＣＲにより決定した（上のパネル）。各々の解剖学的位置について、株は、左から右へ、８１Ａ６、８１Ｂ１１、８１Ｃ１、８１Ｅ７、８１Ｈ９、８２Ａ６、８２Ｂ１、８２Ｆ１１、８２Ｇ１、８２Ｇ５、および８２Ｇ９である（上のパネル）。ＧＦマウス（左列）および１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（右列、GF+11-mix）の小腸粘膜固有層、盲腸および結腸粘膜固有層におけるにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを、下のパネルにおいて示す。各々の円は、個々の動物を表し（ｎ＝３〜４）、バーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図５５Ｂ】図５５Ａおよび５５Ｂは、１１細菌株の混合物による、結腸での定着および結腸上皮細胞におけるＩＦＮにより刺激される遺伝子の誘導を示す。図５５Ｂは、ｑＰＣＲにより決定される、ＧＦマウスおよび11-mixを定着させたＧＦマウス（GF+11-mix）の結腸上皮細胞における、定着の１週間後の、示される遺伝子の相対的発現を示す。各々の円は、個々の動物を表し（ｎ＝３〜４）、バーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図５６Ａ−Ｂ】図５６Ａおよび５６Ｂは、複合的な微生物叢に関する１１細菌株の混合物によるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導の誘導を示す。図５６Ａは、実験デザインを示す。ＳＬＣから得られたＳＰＦマウスを、未治療のままにするか、またはＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で治療し、次いで、ＳＰＦ便微生物叢（「SPFfae」）で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群について、初回経口投与は、SPFfaeと同時であった。単回経管栄養群（「単回」）は、さらなる11-mixの投与を受けなかったが、一方、繰り返しの経管栄養を受けた群（「rep.」）は、、11-mixを、経口で、３〜４日毎に投与された。図５６Ｂは、ＦＡＣＳにより分析された、第２８日における結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々の動物を表し（ｎ＝４〜７）、バーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１。
【図５７Ａ−Ｂ】図５７Ａ〜５７Ｂは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける１１細菌株の混合物の有効性を示す。ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）による治療に供し（第−７日から第２日まで）、その後、ＭＣ３８腺癌細胞を皮下移植した（第０日）。Ａｂｘ治療マウスを、第３日に、ＳＰＦ便微生物叢で再構成した。１１細菌株の混合物を投与された群について、11-mixの初回投与を、第３日に、ＳＰＦ便微生物叢と同時に行い、その後、１週間あたり２〜３回の繰り返しの経管栄養を、実験の終了まで行った。抗ＰＤ−１抗体（αＰＤ−１）または抗ＣＴＬＡ４抗体（αＣＴＬＡ４）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図５７Ａは、示される治療を受けたマウスからの、第２７日における代表的なＭＣ３８腫瘍の写真を示す。図５７Ｂは、第２７日（治療なし「−」、＋αＰＤ１  ｍＡｂ、＋１１ｍｉｘ、および＋１１ｍｉｘ＋αＰＤ１  ｍＡｂ）ならびに第４４日（αＣＴＬＡ４  ｍＡｂおよび＋１１ｍｉｘ＋ αＣＴＬＡ４  ｍＡｂ）における、ヘマトキシリン・エオジン染色および結腸の組織学スコアを示す。比較のために、ＳＰＦＩｌ１０−／−マウス（結腸炎易発症マウス）の結腸の組織学スコアを示す。スケールバー、５０μｍ。各々の記号は、個々の動物を表し（ｎ＝４〜８）、バーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ。
【図５８Ａ】図５８Ａおよび５８Ｂは、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１株の量のレベルを示す。１１株のドラフトゲノムを、１キロ塩基対（ｋｂｐ）の領域に分割し、NCBI RefSeq（約８５ｋのゲノム）に対してマッピングして、既知の単離物に対する類似性がないかまたは低い領域を同定した（同一性＜８０％、カバー範囲＜８５％）。これらのうち、最小でも５ｋｂｐを有する連続した領域を、各々の株に特有のマーカー領域として定義した。多様なデータセット（HMP1-232、LLDeep33、MetaHIT34、35、500FG36、HMP237（第１のタイムポイントのみを用いた）、および健康な日本人成人３９（「Japanese」））にわたる少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードを有する腸管メタゲノム試料を、全ての株において、１ｋｂｐの領域にマッピングした（９５％マッピング同一性によりフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（reads per kbp per million：ＲＰＫＭ）に正規化した。図５８Ａは、マーカー遺伝子カバー範囲に対してプロットされた全てのマーカー領域にわたる量の中央値を示す。低いカバー範囲において高い量を有する点、例えば＜７５％は、限定されたマーカー領域分解能を示し、ある種の他の株を表す可能性がある。
【図５８Ｂ】図５８Ａおよび５８Ｂは、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１株の量のレベルを示す。１１株のドラフトゲノムを、１キロ塩基対（ｋｂｐ）の領域に分割し、NCBI RefSeq（約８５ｋのゲノム）に対してマッピングして、既知の単離物に対する類似性がないかまたは低い領域を同定した（同一性＜８０％、カバー範囲＜８５％）。これらのうち、最小でも５ｋｂｐを有する連続した領域を、各々の株に特有のマーカー領域として定義した。多様なデータセット（HMP1-232、LLDeep33、MetaHIT34、35、500FG36、HMP237（第１のタイムポイントのみを用いた）、および健康な日本人成人３９（「Japanese」））にわたる少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードを有する腸管メタゲノム試料を、全ての株において、１ｋｂｐの領域にマッピングした（９５％マッピング同一性によりフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（reads per kbp per million：ＲＰＫＭ）に正規化した。図５８Ｂは、株の検出に関するデータを示す。株は、そのマーカー領域における１ｋｂｐの領域のうちの少なくとも９５％が検出された場合に、検出されたとみなした。１１株のうちで、５株が、評価した３０３９のマイクロバイオーム試料のうちの１５において検出された。
【図５９】図５９は、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１株の種レベルでの量を示す。種レベルにおける量は、３０３９のメタゲノム試料を用いて、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードにより（マッピングされたリードは、９５％マッピング同一性でフィルタリングした）、ゲノム中の全ての１ｋｂｐの領域にわたる量の中央値として計算した。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（ＲＰＫＭ）に正規化した。１１株の量を、用いたデータセットの各々について示す。
【図６０】図６０Ａおよび６０Ｂは、健康なヒトドナーの便マイクロバイオームにおける１１株の量を示す。図６０Ａは、図５８Ａおよび５８Ｂにおいて行われたような、６人の健康な日本人志願者（ドナーＡ〜Ｆ）の便マイクロバイオームにおける株特異的マーカー領域の量を示す。株は、そのマーカー領域における１ｋｂｐの領域のうちの少なくとも９５％が検出された場合に、検出されたとみなした。ドナーＢからの同じものにおいて、２つの株を検出した。図６０Ｂは、種レベルでの量を示し、これは、図５９におけるもののように計算した。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（ＲＰＫＭ）に正規化した。
【図６１Ａ−Ｄ】図６１Ａ〜６１Ｉは、健康なヒトドナーのマイクロバイオームから１１のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌株の単離および同定を示す。図６１Ａおよび６１Ｂは、ＳＰＦマウス（図６１Ａ）の示される臓器（ｉＬＮ、鼠径部リンパ節）における、およびＳＰＦおよびＧＦマウス（図６１Ｂ）の結腸および小腸粘膜固有層（ＳＩ  ＬＰ）における、ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６１Ｃは、６人（Ａ〜Ｆ）の健康なヒト便試料のうちの１つを経口で接種されたＧＦマウスからのＩＦＮγ＋であった、結腸ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。矢印は、フォローアップ分析のために選択されたマウスＢ５を示す。図６１Ｄは、マウスＢ５の盲腸内容物を接種され、飲用水を介して示された抗生物質で治療したか（B5+Abx）、またはこれを行わなかったＧＦマウス、またはクロロホルム治療マウスＢ５の盲腸内容物を接種されたＧＦマウス（Chlo B5）からのＩＦＮγ＋である、ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。矢印は、マウスB5-Amp2およびB5-Amp3を示し、これらを、さらなる分析のために選択した。図６１Ａ〜６１Ｄおよび６１Ｇ−６１Ｊにおける各々の円は、個々の動物を表す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６１Ｅ−Ｆ】図６１Ａ〜６１Ｉは、健康なヒトドナーのマイクロバイオームから１１のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌株の単離および同定を示す。図６１Ｅは、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列決定により決定された、各々のマウスの盲腸微生物叢の組成物を示す。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度と正に相関したＯＴＵ、Chlo B5マウスにおいて検出されるもの、および有意に相関しなかったものを、マークする。２６の単離株に対応するＯＴＵもまた、マークする。図６１Ｆは、マウスB5-Amp2およびB5-Amp3から単離された２６株のリストである。ＲＤＰデータベースにおける最も近い種／株および％類似性を示す。
【図６１Ｇ−Ｊ】図６１Ａ〜６１Ｉは、健康なヒトドナーのマイクロバイオームから１１のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌株の単離および同定を示す。図６１Ｇ、６１Ｈおよび６１Ｊは、示される細菌株の混合物を接種されたＧＦマウスからのＩＦＮγ＋であった、ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図６１Ｉは、ＧＦマウスにおける、接種後の多様な時点における、ＩＦＮγ＋であったＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージ（左パネル）およびＣＤ１０３＋であったＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージ（右パネル）を示す。図６１Ａ〜６１Ｄおよび６１Ｇ−６１Ｊにおける各々の円は、個々の動物を表す。図６１Ｉにおける各々のバーの高さ、および各々の時点における水平な線は、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６２Ａ−Ｅ】図６２Ａ〜６２Ｌは、１１株による、ＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図６２Ａは、生の、または加熱失活した（ＨＫ）１１細菌株の混合物を経口投与されたＧＦマウス（「+11-mix」）からのＩＦＮγ＋であった、結腸粘膜固有層（ＬＰ）ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図６２Ｂは、１１細菌株を投与されたＧＦマウスからの近位結腸の、ＤＡＰＩ、ＥＵＢ３３８  ＦＩＳＨプローブ、およびムチン２（ＭＵＣ２）による蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）染色を示す。破線は、粘膜層の輪郭を描く。スケールバー、２５μｍ。図６２Ｃは、ｑＰＣＲにより定量された、結腸上皮細胞（ＥＣ）における、βアクチンに対して正規化したケモカイン転写物ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０の発現を示す（１１細菌株の混合物による定着後、第７日）。図６２Ｄ、６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋは、１週間（図６２Ｄ）または４週間（図６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋ）にわたり、１１細菌株の混合物を定着させた（+11mix）か、またはこれを行わなかった示されたマウスからの結腸ＬＰ  ＣＤ８  Ｔ細胞中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６２Ｅは、１週間にわたり１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（+11-mix）におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団の中でのＫｉ６７細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々のマウス（図６２Ａ、６２Ｃ、６２Ｄ、６２Ｅ、６２Ｈ、６２Ｉ、６２Ｋ、６２Ｋ）またはマウスのプール（図６２Ｆおよび６２Ｇ、ｎ＝３〜５）を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６２Ｆ−Ｇ】図６２Ａ〜６２Ｌは、１１株による、ＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図６２Ｆは、フローサイトメトリーにより決定された、ＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（+11-mix）の結腸からの、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（左パネル）およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞（右パネル）の間でのＶβ遺伝子使用の頻度を示す。２方向ＡＮＯＶＡ相互作用ｐ−値：０．０００１（ＩＦＮγ＋サブセット）、０．３１（ＩＦＮγ−サブセット）。図６２Ｇは、示されるex vivo刺激の後での、ＣＤ８  Ｔ細胞集団の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す：１１細菌株の混合物からのライセート（「+11 st.ライセート」）、１０細菌株の混合物からのライセート（「+10 st.ライセート」）、ＰＭＡ＋イオノマイシン。各々の円は、個々のマウス（図６２Ａ、６２Ｃ、６２Ｄ、６２Ｅ、６２Ｈ、６２Ｉ、６２Ｋ、６２Ｋ）またはマウスのプール（図６２Ｆおよび６２Ｇ、ｎ＝３〜５）を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６２Ｈ−Ｉ】図６２Ａ〜６２Ｌは、１１株による、ＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図６２Ｄ、６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋは、１週間（図６２Ｄ）または４週間（図６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋ）にわたり、１１細菌株の混合物を定着させた（+11mix）か、またはこれを行わなかった示されたマウスからの結腸ＬＰ  ＣＤ８  Ｔ細胞中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々のマウス（図６２Ａ、６２Ｃ、６２Ｄ、６２Ｅ、６２Ｈ、６２Ｉ、６２Ｋ、６２Ｋ）またはマウスのプール（図６２Ｆおよび６２Ｇ、ｎ＝３〜５）を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６２Ｊ−Ｌ】図６２Ａ〜６２Ｌは、１１株による、ＤＣにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図６２Ｄ、６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋは、１週間（図６２Ｄ）または４週間（図６２Ｈ、６２Ｉおよび６２Ｋ）にわたり、１１細菌株の混合物を定着させた（+11mix）か、またはこれを行わなかった示されたマウスからの結腸ＬＰ  ＣＤ８  Ｔ細胞中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６２Ｊは、ＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（+11-mix）（定着後１週間）からの、ＤＣ細胞（ＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋、ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋）の示されるサブセットによるＨ２−Ｋｂ発現を示す。図６２Ｌは、１１細菌株の混合物の定着の１週間後のＧＦマウスの示される臓器における、ＩＦＮγ＋であったＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す（ｃＩＥＬ、結腸上皮内リンパ球；ＭＬＮ、腸間膜リンパ節；ＰＢＬ、末梢血リンパ球）。各々の円は、個々のマウス（図６２Ａ、６２Ｃ、６２Ｄ、６２Ｅ、６２Ｈ、６２Ｉ、６２Ｋ、６２Ｋ）またはマウスのプール（図６２Ｆおよび６２Ｇ、ｎ＝３〜５）を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６３Ａ−Ｄ】図６３Ａ〜６３Ｊは、１１細菌株の混合物の定着により媒介される、Listeria monocytogenes感染に対する宿主免疫応答の増強を示す。図６３Ａ〜６３Ｄについて、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、１１細菌株の混合物または１０細菌株の混合物を定着させるか、対照としてこれらを定着させないままとした。次いで、マウスに、Ｌｍ−ＷＴを経口で感染させた（図７８Ａは、実験デザインを示す）。図６３Ａおよび６３Ｃは、それぞれ第３日または第５日における結腸組織学スコアを示し、図６３Ｂおよび６３Ｄは、Listeria monocytogenes感染の経過にわたるパーセント重量変化を示す。各々のグラフについて、各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフ中の線により、および棒グラフ中の各々のバーの高さにより表す。pep. stim.、ペプチド刺激。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６３Ｅ−Ｇ】図６３Ａ〜６３Ｊは、１１細菌株の混合物の定着により媒介される、Listeria monocytogenes感染に対する宿主免疫応答の増強を示す。図６３Ｅ〜６３Ｊは、Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスをＡＶＭＮで治療し、次いで、経口経管栄養によりＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成したことを示す。図７８Ｄにおける実験デザインにおいて示すとおり、１１細菌株の混合物を接種した群（+11mix）は、SPFfaeと同時に混合物の初回投与を受け、その後、11-mixのみの繰り返し経口経管栄養を受けた。次いで、マウスに、経口で（図６３Ｅ−６３Ｈ，および図６３Ｊ）または腹腔内で（図６３Ｉ）、Lm-InlAm（図６３Ｅ〜６３Ｇおよび図６３Ｊ）、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）Lm-OVA（図６３Ｈ）またはLm-WT（図６３Ｉ）を感染させた。図６３Ｅおよび６３Ｆは、Lm-InlAm 経管栄養の後での、多様な時点における結腸組織学スコアおよびパーセント重量変化を示す。図６３Ｇ、６３Ｉおよび６３Ｊは、示される組織における、実験の経過にわたる（図６３Ｇ）、感染後第３日における（図６３Ｉ）、または第５日における（図６３Ｊ）、Ｌｍのコロニー形成単位（ＣＦＵ）を示す。図６３Ｈは、感染後第７日におけるフローサイトメトリーにより係数された、Lm-OVA感染の後に誘導されたＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７１）特異的結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の数を示す。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、抗ＣＤ８α  ｍＡｂを、11-mixの投与の１日前、およびその後３〜４日ごとに、腹腔内で投与した。各々のグラフについて、各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフ中の線により、および棒グラフ中の各々のバーの高さにより表す。pep. stim.、ペプチド刺激。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６３Ｈ−Ｊ】図６３Ａ〜６３Ｊは、１１細菌株の混合物の定着により媒介される、Listeria monocytogenes感染に対する宿主免疫応答の増強を示す。図６３Ｅ〜６３Ｊは、Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスをＡＶＭＮで治療し、次いで、経口経管栄養によりＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成したことを示す。図７８Ｄにおける実験デザインにおいて示すとおり、１１細菌株の混合物を接種した群（+11mix）は、SPFfaeと同時に混合物の初回投与を受け、その後、11-mixのみの繰り返し経口経管栄養を受けた。次いで、マウスに、経口で（図６３Ｅ−６３Ｈ，および図６３Ｊ）または腹腔内で（図６３Ｉ）、Lm-InlAm（図６３Ｅ〜６３Ｇおよび図６３Ｊ）、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）Lm-OVA（図６３Ｈ）またはLm-WT（図６３Ｉ）を感染させた。図６３Ｅおよび６３Ｆは、Lm-InlAm 経管栄養の後での、多様な時点における結腸組織学スコアおよびパーセント重量変化を示す。図６３Ｇ、６３Ｉおよび６３Ｊは、示される組織における、実験の経過にわたる（図６３Ｇ）、感染後第３日における（図６３Ｉ）、または第５日における（図６３Ｊ）、Ｌｍのコロニー形成単位（ＣＦＵ）を示す。図６３Ｈは、感染後第７日におけるフローサイトメトリーにより係数された、Lm-OVA感染の後に誘導されたＳＩＩＮＦＥＫＬ（配列番号７１）特異的結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の数を示す。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、抗ＣＤ８α  ｍＡｂを、11-mixの投与の１日前、およびその後３〜４日ごとに、腹腔内で投与した。各々のグラフについて、各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフ中の線により、および棒グラフ中の各々のバーの高さにより表す。pep. stim.、ペプチド刺激。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６４Ａ−Ｃ】図６４Ａ〜６４Ｋは、１１細菌株の混合物の定着が腫瘍増殖を抑制し、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）治療の効力を増強することを示す。図７９Ｄにおける実験デザインにおいて示されるとおり、図６４Ａ〜６４Ｃについて、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、第−７日において、１１細菌株の混合物（11-mix）または１０細菌株の混合物（10-mix）を定着させるか、これらを定着させないままとした。第０日において、マウスを、ＭＣ３８腺癌細胞の皮下移植に供した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、抗ＣＤ８  ｍＡｂ（αＣＤ８）を、１１細菌株の混合物の投与の１日前およびその後３〜４日ごとに腹腔内投与した。図６４Ａおよび６４Ｃは、代表的なＭＣ３８腫瘍増殖データ（腫瘍容積）を示す。図６４Ｂは、腫瘍から単離されたＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋のパーセンテージを示す。図６４Ｄ〜６４Ｋは、第０日において、Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮによる治療（第−７日から第２日まで）、およびＭＣ３８腺癌細胞（図６４Ｄ−６４Ｊ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図６４Ｋ）の皮下移植に供したことを示す。マウスを、第３日に、SPFfaeで再構成した。１１細菌株の混合物または１０細菌株の混合物を定着させたマウスの群について、混合物の初回経口投与は、第３日に、SPFfaeと同時に行い、その後、実験の終了まで、１週間あたり２回または３回、混合物のみを繰り返し投与した。図８０Ａにおける実験デザインにおいて示されるとおり、抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）（図６４Ｄ〜６４Ｉ、図６４Ｋ）または抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ（αＣＴＬＡ−４）（図６４Ｊ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋは、ＭＣ３８腫瘍（腫瘍容積）（図６４Ｄおよび６４Ｊ）およびＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−腫瘍（図６４Ｋ）（腫瘍容積）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図６４Ｅは、腫瘍浸潤性ＩＦＮγ＋ＣＤ８細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｇは、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｈは、腫瘍１グラムあたりのＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣの数を示す。図６４Ｉは、フローサイトメトリーにより決定された、ＤＣ上のＨ２−Ｋｂの平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示す。図６４Ｆは、１１細菌株の混合物を定着させ、ＰＤ−１  ｍＡｂ（+11-mix+PD-1）を投与し、その後、示される抗原：p15Eペプチド（p15E pep）、１１株からのライセート（+11 stライセート）、＋ＰＭＡおよびイオノマイシン（+PMA+iono）によりex vivoで刺激したＳＰＦマウスにおける、ＭＣ３８腫瘍からのＣＤ８＋ＴＩＬ細胞集団の中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｂ、６４Ｅ〜６４Ｉにおける各々の円は、個々のマウスを表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。図６４Ａ、６４Ｃ、６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋにおける各々の円は、マウスの群の平均値を表し、各々の群についてのマウスの数を、括弧内に示す。アスタリスクは、+11-mix+PD-1 mAb、+11-mix、および+11-mix+CTLA-4 mAb群の有意性を示す。破線括弧は、GF+10-mix群との比較を表す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０���；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６４Ｄ−Ｇ】図６４Ａ〜６４Ｋは、１１細菌株の混合物の定着が腫瘍増殖を抑制し、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）治療の効力を増強することを示す。図７９Ｄにおける実験デザインにおいて示されるとおり、図６４Ａ〜６４Ｃについて、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、第−７日において、１１細菌株の混合物（11-mix）または１０細菌株の混合物（10-mix）を定着させるか、これらを定着させないままとした。第０日において、マウスを、ＭＣ３８腺癌細胞の皮下移植に供した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、抗ＣＤ８  ｍＡｂ（αＣＤ８）を、１１細菌株の混合物の投与の１日前およびその後３〜４日ごとに腹腔内投与した。図６４Ａおよび６４Ｃは、代表的なＭＣ３８腫瘍増殖データ（腫瘍容積）を示す。図６４Ｂは、腫瘍から単離されたＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋のパーセンテージを示す。図６４Ｄ〜６４Ｋは、第０日において、Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮによる治療（第−７日から第２日まで）、およびＭＣ３８腺癌細胞（図６４Ｄ−６４Ｊ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図６４Ｋ）の皮下移植に供したことを示す。マウスを、第３日に、SPFfaeで再構成した。１１細菌株の混合物または１０細菌株の混合物を定着させたマウスの群について、混合物の初回経口投与は、第３日に、SPFfaeと同時に行い、その後、実験の終了まで、１週間あたり２回または３回、混合物のみを繰り返し投与した。図８０Ａにおける実験デザインにおいて示されるとおり、抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）（図６４Ｄ〜６４Ｉ、図６４Ｋ）または抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ（αＣＴＬＡ−４）（図６４Ｊ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋは、ＭＣ３８腫瘍（腫瘍容積）（図６４Ｄおよび６４Ｊ）およびＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−腫瘍（図６４Ｋ）（腫瘍容積）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図６４Ｅは、腫瘍浸潤性ＩＦＮγ＋ＣＤ８細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｇは、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｈは、腫瘍１グラムあたりのＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣの数を示す。図６４Ｉは、フローサイトメトリーにより決定された、ＤＣ上のＨ２−Ｋｂの平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示す。図６４Ｆは、１１細菌株の混合物を定着させ、ＰＤ−１  ｍＡｂ（+11-mix+PD-1）を投与し、その後、示される抗原：ｐ１５Ｅペプチド（p15E pep）、１１株からのライセート（+11 stライセート）、＋ＰＭＡおよびイオノマイシン（+PMA+iono）によりex vivoで刺激したＳＰＦマウスにおける、ＭＣ３８腫瘍からのＣＤ８＋ＴＩＬ細胞集団の中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｂ、６４Ｅ〜６４Ｉにおける各々の円は、個々のマウスを表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。図６４Ａ、６４Ｃ、６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋにおける各々の円は、マウスの群の平均値を表し、各々の群についてのマウスの数を、括弧内に示す。アスタリスクは、+11-mix+PD-1 mAb、+11-mix、および+11-mix+CTLA-4 mAb群の有意性を示す。破線括弧は、GF+10-mix群との比較を表す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜��．０１；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６４Ｈ−Ｋ】図６４Ａ〜６４Ｋは、１１細菌株の混合物の定着が腫瘍増殖を抑制し、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）治療の効力を増強することを示す。図７９Ｄにおける実験デザインにおいて示されるとおり、図６４Ａ〜６４Ｃについて、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、第−７日において、１１細菌株の混合物（11-mix）または１０細菌株の混合物（10-mix）を定着させるか、これらを定着させないままとした。第０日において、マウスを、ＭＣ３８腺癌細胞の皮下移植に供した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、抗ＣＤ８  ｍＡｂ（αＣＤ８）を、１１細菌株の混合物の投与の１日前およびその後３〜４日ごとに腹腔内投与した。図６４Ａおよび６４Ｃは、代表的なＭＣ３８腫瘍増殖データ（腫瘍容積）を示す。図６４Ｂは、腫瘍から単離されたＣＤ８  Ｔ細胞中のＩＦＮγ＋のパーセンテージを示す。図６４Ｄ〜６４Ｋは、第０日において、Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮによる治療（第−７日から第２日まで）、およびＭＣ３８腺癌細胞（図６４Ｄ−６４Ｊ）またはＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞（図６４Ｋ）の皮下移植に供したことを示す。マウスを、第３日に、SPFfaeで再構成した。１１細菌株の混合物または１０細菌株の混合物を定着させたマウスの群について、混合物の初回経口投与は、第３日に、SPFfaeと同時に行い、その後、実験の終了まで、１週間あたり２回または３回、混合物のみを繰り返し投与した。図８０Ａにおける実験デザインにおいて示されるとおり、抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）（図６４Ｄ〜６４Ｉ、図６４Ｋ）または抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ（αＣＴＬＡ−４）（図６４Ｊ）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。図６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋは、ＭＣ３８腫瘍（腫瘍容積）（図６４Ｄおよび６４Ｊ）およびＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−腫瘍（図６４Ｋ）（腫瘍容積）の代表的な腫瘍増殖データを示す。図６４Ｅは、腫瘍浸潤性ＩＦＮγ＋ＣＤ８細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｇは、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｈは、腫瘍１グラムあたりのＭＨＣクラスＩＩ＋ＣＤ１１ｃ＋ＤＣの数を示す。図６４Ｉは、フローサイトメトリーにより決定された、ＤＣ上のＨ２−Ｋｂの平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示す。図６４Ｆは、１１細菌株の混合物を定着させ、ＰＤ−１  ｍＡｂ（+11-mix+PD-1）を投与し、その後、示される抗原：p15Eペプチド（p15E pep）、１１株からのライセート（+11 stライセート）、＋ＰＭＡおよびイオノマイシン（+PMA+iono）によりex vivoで刺激したＳＰＦマウスにおける、ＭＣ３８腫瘍からのＣＤ８＋ＴＩＬ細胞集団の中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６４Ｂ、６４Ｅ〜６４Ｉにおける各々の円は、個々のマウスを表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。図６４Ａ、６４Ｃ、６４Ｄ、６４Ｊ、６４Ｋにおける各々の円は、マウスの群の平均値を表し、各々の群についてのマウスの数を、括弧内に示す。アスタリスクは、+11-mix+PD-1 mAb、+11-mix、および+11-mix+CTLA-4 mAb群の有意性を示す。破線括弧は、GF+10-mix群との比較を表す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０���；*Ｐ＜０．０５；ｎｓ、有意でない。
【図６５Ａ−Ｂ】図６５Ａ〜６５Ｆは、ＧＦおよびＳＰＦマウスにおける腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団の特徴づけを示す。図６５Ａおよび６５Ｂは、ＣＬＥＡから得られたＳＰＦマウスから単離された結腸ＬＰ  ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋Ｔ細胞によるＣＤ８α、ＩＦＮγ、ＣＤ８β、ＣＤ４４、Ｔ−ｂｅｔ、ＩＣＯＳ、ＣＤ１０３、ＫＬＲＧ１、およびＧｒＢの発現を示す代表的なフローサイトメトリーのプロットおよびヒストグラムを示す。
【図６５Ｃ−Ｆ】図６５Ａ〜６５Ｆは、ＧＦおよびＳＰＦマウスにおける腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集団の特徴づけを示す。図６５Ｃは、ＧＦおよびＳＰＦマウスの結腸または小腸の粘膜固有層（ＳＩ  ＬＰ）におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の数を示す。図６５Ｄは、飲用水を介して４週間にわたりＡＶＭＮを投与されたかまたは抗生物質を投与されていないＣＬＥＡのＳＰＦマウス（８〜１２週齢）の結腸粘膜固有層（ＬＰ）における、ＣＤ８  Ｔ細胞の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６５Ｅは、飲用水を介して４週間にわたりＡＶＭＮにより治療されたかまたはこれを行わなかったＣＬＥＡからのＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（８〜１２週齢）の結腸ＬＰにおけるＣＤ８  Ｔ細胞の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６５Ｆは、示される施設またはベンダーにおいて飼育されたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（１０週齢）の結腸ＬＰにおける、ＣＤ８  Ｔ細胞の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す（左パネル）。Charles River Laboratories （「Charles」）から得られたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（８週齢）を、ＣＬＥＡからのＣ５７ＢＬ／６マウスと、０、２、または６週間にわたり共住させ、結腸ＬＰのＣＤ８  Ｔ細胞の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを分析した（右パネル）。各々の円は、個々のマウスを表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；*Ｐ＜０．０５。
【図６６】図６６は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌を健康なヒトドナーの腸管微生物叢から単離するための戦略の模式図を示す。
【図６７Ａ−Ｂ】図６７Ａおよび６７Ｂは、多様な健康なヒトドナー（Ａ〜Ｆ）からの腸管微生物叢によるＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を示す。図６７Ａは、健康なヒトドナーから（ドナーＡ〜Ｆから）の便試料を経口で接種されたＧＦマウスからの結腸またはＳＩ  ＬＰのＣＤ３＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞によるＩＦＮγおよびＣＤ８αの発現を示す、代表的なフローサイトメトリープロットを示す。図６７Ｂは、ＳＩ  ＬＰにおけるＣＤ８  Ｔ細胞集団の中でのＩＦＮγ＋細胞の頻度をまとめる棒グラフを示す。誘導は、結腸において、ＳＩにおけるものよりも顕著であったことに注目されたい（図６７Ａ）。これは、結腸における優先的な定着に起因する可能性がある。各々の円は、個々のマウスを表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図６８】図６８は、ＯＴＵ相対量とＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞頻度との間のスピアマン相関を示す。マウスにおいて検出された個々の細菌ＯＴＵの数（３０００リードの中での）（図６１Ｅにおいて示されるもの）と、結腸ＣＤ８  Ｔ細胞集団の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージ（図６１Ｄにおいて示されるもの）との間の関係についてのスピアマン相関係数（ｒ）およびｐ−値を、GraphPad Prism（登録商標）を用いて計算した。結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（Ｐ＜０．０５）の頻度と有意に正に、および有意に負に相関したＯＴＵを、それぞれ、「＋」および「−」により示す。GF+Chlo B5マウスにおいて検出されたＯＴＵを、それぞれ、「-」および「+」により示す。各々のＯＴＵについての最も近い種／株および個々のｒ値を示す。
【図６９Ａ−Ｂ】図６９Ａ〜６９Ｄは、１１細菌株の混合物により誘導されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の特徴づけを示す。図６９Ａは、１１細菌株の混合物を定着させたか、またはこれを行わなかった、示される遺伝的背景のマウスからの、結腸ＬＰのＣＤ８  Ｔ細胞の中での、ＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。図６９Ｂおよび６９Ｃは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦからの、定着の４週間後における、結腸ＬＰのＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋細胞（図６９Ｂ）またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋細胞による、ＣＤ８ａ、ＩＦＮγ、ＣＤ１０３、ＰＤ−１、ＣＤ４４、Ｔｂｅｔ、ＩＣＯＳ、ＫＬＲＧ１、およびＧｒＢの発現を示す、代表的なフローサイトメトリーのプロットおよびヒストグラムを示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図６９Ｃ−Ｄ】図６９Ａ〜６９Ｄは、１１細菌株の混合物により誘導されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の特徴づけを示す。図６９Ｂおよび６９Ｃは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦからの、定着の４週間後における、結腸ＬＰのＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋細胞（図６９Ｂ）またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋細胞による、ＣＤ８ａ、ＩＦＮγ、ＣＤ１０３、ＰＤ−１、ＣＤ４４、Ｔｂｅｔ、ＩＣＯＳ、ＫＬＲＧ１、およびＧｒＢの発現を示す、代表的なフローサイトメトリーのプロットおよびヒストグラムを示す。図６９Ｄは、示されたマウスの結腸ＬＰにおける、ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４−Ｔ細胞（初代ＣＤ８  Ｔ細胞を表す）（左パネル）、ＣＤ４＋Ｔ細胞のうちのＩＦＮ＋（ＴＨ１細胞）（中のパネル）、およびＣＤ４＋Ｔ細胞のうちのＩＬ−１７Ａ＋（ＴＨ１７）（右パネル）の中での、ＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７０Ａ−Ｂ】図７０Ａ〜７０Ｅは、１１細菌株の混合物による非炎症性免疫調節を示す。図７０Ａは、ｑＰＣＲにより決定された、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（定着の４週間後）およびＳＰＦマウスからの結腸ＥＣにおける、示される炎症促進性遺伝子（Ｉｌ６（左パネル）およびＬｃｎ２（右パネル））の発現を示す。図７０Ｂは、ＧＦマウス、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（定着の４週間後）、およびＳＰＦマウスからの、盲腸および結腸の代表的な写真を示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；ｎｓ、有意でない。
【図７０Ｃ−Ｅ】図７０Ａ〜７０Ｅは、１１細菌株の混合物による非炎症性免疫調節を示す。図７０Ｃは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスからの、定着後４週間または６か月間の、ヘマトキシリン・エオジン染色された結腸切片の代表的な顕微鏡写真を示す（スケールバー、５０μｍ）。図７０Ｄは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスからの、定着後４週間（「４ｗ」）または６か月（「６ｍ」）の、結腸についての組織学スコアを示す。図７０Ｅは、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスの、定着後４週間（「４ｗ」）または６か月（「６ｍ」）の、結腸ＬＰにおける、ＣＤ８  Ｔ細胞の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；ｎｓ、有意でない。
【図７１】図７１は、２６の単離株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子およびゲノムの配列決定分析からの結果を示す。２６株の各々からＤＮＡを抽出し、ＰＣＲおよびサンガー配列決定法を介して１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を決定した。２１株について、Illumina MiSeqシーケンサーを用いて、ゲノム配列決定を行った。最も近い参照種または株を同定するために、１６Ｓ  ｒＲＮＡおよび各々の株の組み立てられたドラフトゲノムから予測される４２リボソームタンパク質をコードする遺伝子を、それぞれＲＤＰおよびＮＣＢＩゲノムデータベース（Refseqゲノムの代表的なもの）と比較した。トップヒット株は、４２の検索された遺伝子の最大パーセンテージに対して最も高い１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列類似性を有するもの、または最も高いリボソーム遺伝子配列類似性を有するものとして定義した（これが＜３７／４２である株を、括弧中に列記する）。パーセント類似性とは、単離株のリボソーム遺伝子と、トップヒット参照株のリボソーム遺伝子との間の平均配列類似性を指す。
【図７２】図７２は、１１単離株の系統発生的分布を示す。MEGA v7.0パッケージおよび近隣結合法を用いて、１０００のレプリケートのブートストラップにより、各々の単離物の４０の連鎖したリボソーム遺伝子配列を比較することにより、系統樹を構築した
【図７３Ａ】図７３Ａ〜７３Ｃは、結腸１１細菌株の混合物の定着の後の結腸上皮細胞（ＥＣ）におけるＩＦＮにより刺激される遺伝子の誘導を示す。図７３Ａは、ｑＰＣＲにより決定された、ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスの、定着の１週間後の、結腸ＥＣにおける示される遺伝子の相対的発現を示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。
【図７３Ｂ】図７３Ａ〜７３Ｃは、結腸１１細菌株の混合物の定着の後の結腸上皮細胞（ＥＣ）におけるＩＦＮにより刺激される遺伝子の誘導を示す。図７３Ｂは、胃腸管の示される解剖学的位置からの管腔内容物、ならびに１１細菌株の混合物を定着させた３個体のＧＦマウスから定着の３〜４週間後に採取した便試料を示す。１１株の各々のＤＮＡの相対量をｑＰＣＲにより決定した（上のパネル）。ＧＦマウスおよび１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスのＳＩ  ＬＰ、盲腸および結腸ＬＰにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを、フローサイトメトリーにより計数した（下のパネル）。
【図７３Ｃ】図７３Ａ〜７３Ｃは、結腸１１細菌株の混合物の定着の後の結腸上皮細胞（ＥＣ）におけるＩＦＮにより刺激される遺伝子の誘導を示す。図７３Ｃは、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスから定着の1週間後に採取したＭＬＮおよび盲腸の内容物を示す。１１株の各々からのＤＮＡの相対量をｑＰＣＲにより決定した。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。ｎ．ｄ．、検出されず。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７４Ａ】図７４Ａおよび７４Ｂは、１１細菌株の混合物の定着の後でｉＬＮにおいて誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の特徴づけを示す。図７４Ａは、ＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスからのｉＬＮまたは結腸ＬＰのＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋ＩＦＮγ＋細胞による、ＩＦＮγ、ＣＤ１０３、ＰＤ−１、ＣＤ４４、ＩＣＯＳおよびＫＬＲＧ１の発現を示す代表的なフローサイトメトリーヒストグラムを示す。ｉＬＮのＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞によるこれらの表面マーカーの発現パターンは、ＧＦと１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスとの間で類似してたことに注目する。
【図７４Ｂ】図７４Ａおよび７４Ｂは、１１細菌株の混合物の定着の後でｉＬＮにおいて誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の特徴づけを示す。図７４Ｂの上の行は、ＧＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスのｉＬＮからのＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（左パネル）およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞（右パネル）の間での、Ｖβ遺伝子使用の頻度を示す。各々の遺伝子について、左列はＧＦマウスに対応し、右列は１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスに対応する。図７４Ｂの下の行は、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスの結腸またはｉＬＮからのＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（左パネル）およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞（右パネル）の間での、Ｖβ遺伝子使用の頻度を示す。各々の遺伝子について、左列は列に対応し、右列は１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスのｉＬＮに対応する。各々の円は、個々のマウスを表し（ｉＬＮのデータについて）またはマウスのプール（ｎ＝５、結腸のデータについて）、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．*Ｐ＜０．０５。
【図７５Ａ】図７５Ａ〜７５Ｄは、１１細菌株の混合物を定着させたマウスのメタボロミック分析を示す。図７５Ａ、左パネルは、ＧＦマウス、ＳＰＦマウス、および４細菌株、７細菌株、１１細菌株の混合物を定着させたマウスからの水溶性盲腸メタボロームの主成分分析（Principal Component Analysis：ＰＣＡ）プロットを示す（左パネル）。図７５Ａ、右パネルは、ＧＦマウス、ならびに１０細菌株の混合物を１週間にわたり（10 Mix（１ｗ））、１０細菌株を４週間にわたり（10 Mix（４ｗ））、１１細菌株を１週間にわたり（11 Mix（１ｗ））、および１１細菌株を４週間にわたり（11 Mix（４ｗ））定着させたマウスからの水溶性盲腸メタボロームのＰＣＡプロットを示す。
【図７５Ｂ−Ｃ】図７５Ａ〜７５Ｄは、１１細菌株の混合物を定着させたマウスのメタボロミック分析を示す。図７５Ｂ〜７５Ｄは、ＧＦマウス、１１細菌株の混合物を１週間もしくは４週間にわたり定着させたＧＦマウス、および１０細菌株の混合物を１週間もしくは４週間にわたり定着させたＧＦマウスの盲腸（図７５Ｂおよび７５Ｃ）または血清（図７５Ｄ）において、差次的に上昇した代謝物を表すヒートマップを示す。生のメタボロミックデータを、１１細菌株のみの混合物を定着させたＧＦマウスにおいて（図７５Ｂおよび７５Ｃ）、または１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス、および４細菌株のみを定着させたＧＦマウスにおいて（図７５Ｂ）、ＧＦ対照と比較して少なくとも４倍濃縮により、および他のノトバイオート群と比較して少なくとも２倍濃縮により、０．０５のカットオフｐ値で、特に上昇した代謝物について、スクリーニングした。２つのデータセットの間でオーバーラップしている代謝物を選択し（ハイライトした）、血清中のそれらのレベルを検索した（図７５Ｄ）。GF+11-mixマウスにおいて観察された局所および全身効果についての候補エフェクター分子は、表現型免疫調節データの観点からメタボロミックデータを考慮することにより同定し、アスタリスクで示した（図７５Ｂ〜７５Ｄ）。ヒートマップの明暗は、各々の代謝物についての面積／ＩＳＴＤ値について正規化したｚスコアを表す（赤色および青色は、それぞれ、高い量および低い量を示す）。別段に記述されない限り経管栄養の４週間後に、盲腸内容物を単離した（１ｗ、１週間；４ｗ、４週間）。Ｒｉｂ５Ｐ、リボース−５−リン酸；Ｒｕ５Ｐ、リブロース−５−リン酸；Ｘｕ５Ｐ、キシルロース−５−リン酸；ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン６−リン酸；ＧｌｃＮＡｃ  １Ｐ、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン１−リン酸；３ＰＧ、３−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸；２ＰＧ、２−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸。
【図７５Ｄ】図７５Ａ〜７５Ｄは、１１細菌株の混合物を定着させたマウスのメタボロミック分析を示す。図７５Ｂ〜７５Ｄは、ＧＦマウス、１１細菌株の混合物を１週間もしくは４週間にわたり定着させたＧＦマウス、および１０細菌株の混合物を１週間もしくは４週間にわたり定着させたＧＦマウスの盲腸（図７５Ｂおよび７５Ｃ）または血清（図７５Ｄ）において、差次的に上昇した代謝物を表すヒートマップを示す。生のメタボロミックデータを、１１細菌株のみの混合物を定着させたＧＦマウスにおいて（図７５Ｂおよび７５Ｃ）、または１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス、および４細菌株のみを定着させたＧＦマウスにおいて（図７５Ｂ）、ＧＦ対照と比較して少なくとも４倍濃縮により、および他のノトバイオート群と比較して少なくとも２倍濃縮により、０．０５のカットオフｐ値で、特に上昇した代謝物について、スクリーニングした。２つのデータセットの間でオーバーラップしている代謝物を選択し（ハイライトした）、血清中のそれらのレベルを検索した（図７５Ｄ）。GF+11-mixマウスにおいて観察された局所および全身効果についての候補エフェクター分子は、表現型免疫調節データの観点からメタボロミックデータを考慮することにより同定し、アスタリスクで示した（図７５Ｂ〜７５Ｄ）。ヒートマップの明暗は、各々の代謝物についての面積／ＩＳＴＤ値について正規化したｚスコアを表す（赤色および青色は、それぞれ、高い量および低い量を示す）。別段に記述されない限り経管栄養の４週間後に、盲腸内容物を単離した（１ｗ、１週間；４ｗ、４週間）。Ｒｉｂ５Ｐ、リボース−５−リン酸；Ｒｕ５Ｐ、リブロース−５−リン酸；Ｘｕ５Ｐ、キシルロース−５−リン酸；ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン６−リン酸；ＧｌｃＮＡｃ  １Ｐ、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン１−リン酸；３ＰＧ、３−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸；２ＰＧ、２−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸。
【図７６Ａ】図７６Ａ〜７６Ｃは、複合的な微生物叢に関して、１１細菌株の混合物の定着の後のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図７６Ａは、実験デザインを示す。ＳＰＦマウスを、未治療のままにするか、またはＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で治療し、次いで、ＳＰＦ便微生物叢（SPFfae）で再構成した。１１細菌株の混合物の投与について、初回経口投与は、SPFfaeと同時に行い、その後、示されるタイムポイントにおいて、１１細菌株のみの混合物による繰り返し経口経管栄養を行った。単回経管栄養群（「単回」）は、さらなる１１細菌株の混合物の投与も受けず、一方、繰り返し経管栄養群（「rep.」）は、３〜４日ごとに経口で１１細菌株の混合物を投与された。１１細菌株の混合物なしでSPFfaeを投与された群および単回経管栄養群は、３〜４日ごとに経口でＰＢＳを投与された。
【図７６Ｂ】図７６Ａ〜７６Ｃは、複合的な微生物叢に関して、１１細菌株の混合物の定着の後のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図７６Ｂは、フローサイトメトリーにより決定された、第２８日における結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７６Ｃ】図７６Ａ〜７６Ｃは、複合的な微生物叢に関して、１１細菌株の混合物の定着の後のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す。図７６Ｃは、ＡＶＭＮで治療され、次いで、経口経管栄養によるSPFfaeで再構成されたＳＰＦマウスを示す。１１細菌株の混合物を投与されたマウスの群（+11mix）において、１１細菌株の初回混合物は、SPFfaeと同時に投与され、その後、示されるタイムポイントにおいて、１１細菌株のみの混合物を、繰り返し経口経管栄養で投与した。結腸ＬＰのＣＤ８  Ｔ細胞の中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを決定し、結腸ＥＣにおけるβアクチンに対して正規化した示される遺伝子の発現を定量した。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７７】図７７は、コモンマーモセットサルにおける、１１細菌株の混合物の定着の後のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を示す。実験デザインの模式図において示されるとおり、従来のコモンマーモセットサルを、バンコマイシン（５０ｍｇ／１頭）で治療し、その後、示されるタイムポイントにおいて、１１細菌株の混合物または培地のみ（対照）を経口投与した。結腸およびＳＩ  ＬＰのＣＤ８  Ｔ細胞の中のＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを、対照のサル（「Cont」）および１１細菌株の混合物を定着させたサルについて示した。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．*Ｐ＜０．０５。
【図７８Ａ−Ｂ】図７８Ａ〜７８Ｉは、１１細菌株の混合物の投与の後のListeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主保護の増強を示す。図７８Ａは、ＧＦマウスを用いる実験についての実験デザインの模式図を示す。Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、１１細菌株の混合物、１０細菌株の混合物を定着させるか、または対照として定着させないままとした。次いで、マウスに、野生型Ｌｍを経口で感染させた（「Ｌｍ−ＷＴ」）。図７８Ｂは、感染後第３日における結腸におけるＬｍのコロニー形成単位（ＣＦＵ）を示す。各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフにおいては線により、棒グラフにおいては各々のバーの高さにより表す。エラーバー、ｓ．ｄ．**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７８Ｃ】図７８Ａ〜７８Ｉは、１１細菌株の混合物の投与の後のListeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主保護の増強を示す。図７８Ｃは、Ｌｍ−ＷＴに感染させたＧＦマウス、１０細菌株の混合物を定着させてＬｍ−ＷＴに感染させたＧＦマウス、１１細菌株の混合物を定着させてＬｍ−ＷＴに感染させたＧＦマウス、および１１細菌株の混合物を定着させてＬｍ−ＷＴに感染させ、抗ＣＤ８  ｍＡｂで治療されたＧＦマウスの、感染後第３日からの、ヘマトキシリン・エオジン（Ｈ＆Ｅ）染色された組織切片の代表的な顕微鏡写真を示す（スケールバー、５０μｍ）。各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフにおいては線により、棒グラフにおいては各々のバーの高さにより表す。エラーバー、ｓ．ｄ．**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７８Ｄ】図７８Ａ〜７８Ｉは、１１細菌株の混合物の投与の後のListeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主保護の増強を示す。図７８Ｄは、ＳＰＦマウスを用いる実験についての実験デザインの模式図を示す。Ｃ５７ＢＬ／６  ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮで治療し、次いで、経口経管栄養によりSPFfaeで再構成した。１１細菌株の混合物を投与されたマウスの群に、１１細菌株の初回混合物をSPFfaeと同時に投与し、その後、示されるタイムポイントにおいて、１１細菌株のみの混合物の繰り返し経口経管栄養を行った。
【図７８Ｅ】図７８Ａ〜７８Ｉは、１１細菌株の混合物の投与の後のListeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主保護の増強を示す。次いで、マウスに、経口でＬｍ−ＩｎｌＡｍ（図７８Ｅ）またはＬｍ−ＷＴ（図７８Ｆ〜７８Ｉ）を感染させた。図７８Ｅは、Ｌｍ−ＩｎｌＡｍに感染させたＳＰＦマウス；１１細菌株の混合物を定着させ、Ｌｍ−ＩｎｌＡｍに感染させたＳＰＦマウス；および１１細菌株の混合物を定着させ、抗ＣＤ８  ｍＡｂで治療し、Ｌｍ−ＩｎｌＡｍに感染させたＳＰＦマウスの、感染後第５日からの、ヘマトキシリン・エオジン（Ｈ＆Ｅ）染色された組織切片の代表的な顕微鏡写真を示す。
【図７８Ｆ−Ｉ】図７８Ａ〜７８Ｉは、１１細菌株の混合物の投与の後のListeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主保護の増強を示す。次いで、マウスに、経口でＬｍ−ＩｎｌＡｍ（図７８Ｅ）またはＬｍ−ＷＴ（図７８Ｆ〜７８Ｉ）を感染させた。図７８Ｆは、Ｌｍ−ＷＴに感染させたＳＰＦマウス、および１１細菌株の混合物を定着させてＬｍ−ＷＴに感染させたＳＰＦマウスの、感染後第５日からの、ヘマトキシリン・エオジン（Ｈ＆Ｅ）染色された組織切片の代表的な顕微鏡写真を示す。スケールバー、５０μｍ。図７８Ｇは、ＳＰＦマウスまたは１１細菌株の混合物を定着させたＳＰＦマウスの、Ｌｍ−ＷＴ感染後の示されるタイムポイントにおける、結腸組織学スコアを示す。各々のタイムポイントにおいて、左列は、ＳＰＦマウスに対応し、右列は、１１細菌株の混合物を定着させたＳＰＦマウスに対応する。図７８Ｈおよび７８Ｉは、Ｌｍ−ＷＴ感染の経過にわたるパーセント重量変化を示す。図７８Ｉにおいて、ＣＤ８  Ｔ細胞を枯渇させるために、１１細菌株の混合物の投与の１日前、およびその後３〜４日ごとに、抗ＣＤ８  ｍＡｂ（αＣＤ８）を腹腔内投与した。各々の円は、個々の動物を表す。各々の群の平均値を、線グラフにおいては線により、棒グラフにおいては各々のバーの高さにより表す。エラーバー、ｓ．ｄ．**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図７９Ａ】図７９Ａ〜７９Ｃは、１１細菌株の混合物の定着により誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬの特徴づけを示す。図７９Ａは、ＧＦマウスによる実験についての実験デザインの模式図を示す。Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウス１１細菌株または１０細菌株の混合物を定着させるか、または定着させないままとし、第０日において、ＭＣ３８腺癌細胞の皮下（「ｓｃ」）移植（「腫瘍」）に供した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂ（αＰＤ−１）を、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。
【図７９Ｂ】図７９Ａ〜７９Ｃは、１１細菌株の混合物の定着により誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬの特徴づけを示す。図７９Ｂは、示されたマウスからのＴＩＬまたは結腸ＬＰのＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋細胞またはＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋ＩＦＮγ＋細胞による、ＩＦＮγ、ＣＤ１０３、ＰＤ−１、ＣＤ４４、ＩＣＯＳ、およびＫＬＲＧ１の発現を示す代表的なフローサイトメトリーヒストグラムを示す。
【図７９Ｃ】図７９Ａ〜７９Ｃは、１１細菌株の混合物の定着により誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬの特徴づけを示す。図７９Ｃ、左パネルは、抗ＰＤ−１  ｍＡｂを投与されたＧＦマウス（各々の遺伝子について左列）または１１細菌株の混合物を定着させて、抗ＰＤ−１  ｍＡｂを投与したＧＦ（各々の遺伝子について右列）からの、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬの間での、Ｖβ遺伝子使用の頻度を示す。各々の遺伝子について、左列、図７９Ｃ、右パネルは、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（各々の遺伝子について左列）および１１細菌株の混合物を定着させて抗ＰＤ−１  ｍＡｂを投与したＧＦマウスの結腸からの、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の間での、Ｖβ遺伝子使用の頻度を示す。各々の円は、個々のマウス（ＴＩＬデータについて）またはマウスのプール（結腸データについて、ｎ＝５）を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図８０Ａ】図８０Ａ〜８０Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける１１細菌株の混合物の定着の有効性を示す。図８０Ａは、ＳＰＦマウスによる実験についての実験デザインの模式図を示す。ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮによる治療（第−７日から第２日まで）に供し、次いで、第０日においてＭＣ３８腺癌細胞の皮下移植に供した。マウスを、第３日に、SPFfaeで再構成した。１１細菌株または１０細菌株の混合物を投与された群について、混合物初回経口投与は、第３日にSPFfaeと同時に行い、その後、１１または１０細菌株の混合物のみを、１週間あたり２回または３回、実験の終了まで、繰り返し投与した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂまたは抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂを、第３日と第９日との間に２日おきに腹腔内注射した。
【図８０Ｂ】図８０Ａ〜８０Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける１１細菌株の混合物の定着の有効性を示す。図８０Ｂは、第２３日において示される群のマウスから切除したＭＣ３８腫瘍の代表的な写真を示す（スケールバー、１０ｍｍ）。
【図８０Ｃ】図８０Ａ〜８０Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける１１細菌株の混合物の定着の有効性を示す。図８０Ｃは、第２７日における（ＳＰＦ、ＳＰＦ＋αＰＤ−１  ｍＡｂ、ＳＰＦ＋１１ｍｉｘ、およびＳＰＦ＋１１ｍｉｘ＋αＰＤ−１  ｍＡｂ群）、ならびに第４４日における（ＳＰＦ＋αＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ、およびＳＰＦ＋１１ｍｉｘ＋αＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ群）、結腸の、ヘマトキシリン・エオジン染色された組織切片の代表的な顕微鏡写真を、組織学スコアを示すグラフと共に示す（スケールバー、５０μｍ）。比較のために、ＳＰＦ  Ｉｌ１０−／−（結腸炎易感染性）マウスの結腸組織学スコアを示す。各々の円は、個々の動物を表し、各々のバーの高さは、平均値を示す。
【図８１Ａ】図８１Ａ〜８１Ｂは、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１単離株の株レベルの量を示す。１１株のドラフトゲノムを、１キロ塩基対（ｋｂｐ）の領域に分割して、NCBI RefSeq（約８５ｋのゲノム）に対してマッピングし、既知の単離物に対する類似性がないかまたは低い領域を同定した（同一性＜８０％、カバー範囲＜８５％）。これらのうち、最少でも５ｋｂｐを有する連続した領域を、各々の株に特有のマーカー領域として定義した。多様なデータセット（HMP1-2、LLDeep、MetHIT、500FG、HMP2（第１のタイムポイントのみを用いた）、健康な日本人成人、がん免疫療法研究における３つのマイクロバイオーム）にわたる、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードを有する３３２７の腸管メタゲノム試料を、全ての株において、１ｋｂｐの領域にマッピングした（９５％マッピング同一性によりフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（ＲＰＫＭ）に正規化した。図８１Ａは、示される株の株特異的マーカー領域の検出および量のプロットを示す。全てのマーカー領域にわたる量の中央値を、マーカー遺伝子カバー範囲に対してプロットした。低いカバー範囲、例えば＜７５％において、高い量を有するポイントは、限定されたマーカー領域分解能を示し、１つの種の他の株を表す可能性がある。
【図８１Ｂ】図８１Ａ〜８１Ｂは、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１単離株の株レベルの量を示す。１１株のドラフトゲノムを、１キロ塩基対（ｋｂｐ）の領域に分割して、NCBI RefSeq（約８５ｋのゲノム）に対してマッピングし、既知の単離物に対する類似性がないかまたは低い領域を同定した（同一性＜８０％、カバー範囲＜８５％）。これらのうち、最少でも５ｋｂｐを有する連続した領域を、各々の株に特有のマーカー領域として定義した。多様なデータセット（HMP1-2、LLDeep、MetHIT、500FG、HMP2（第１のタイムポイントのみを用いた）、健康な日本人成人、がん免疫療法研究における３つのマイクロバイオーム）にわたる、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードを有する３３２７の腸管メタゲノム試料を、全ての株において、１ｋｂｐの領域にマッピングした（９５％マッピング同一性によりフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（ＲＰＫＭ）に正規化した。図８１Ｂは、１１株の中で、４株が、評価された３３２７のマイクロバイオーム試料のうちの１６において検出されたことを示す。株は、マーカー領域のうちの１ｋｂｐの領域のうちの少なくとも９５％が検出された場合に、検出されたとみなした。
【図８２−１】図８２は、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１単離株の種レベルの量を示す。種レベルでの量を、３３２７のメタゲノム試料を用いて、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードにより、ゲノム中の全ての１ｋｂｐ領域にわたる量の中央値として計算した（マッピングされたリードは、９５％マッピング同一性でフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、ＲＰＫＭあたりのリードに正規化した。
【図８２−２】図８２は、ヒト腸管マイクロバイオームにおける１１単離株の種レベルの量を示す。種レベルでの量を、３３２７のメタゲノム試料を用いて、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードにより、ゲノム中の全ての１ｋｂｐ領域にわたる量の中央値として計算した（マッピングされたリードは、９５％マッピング同一性でフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、ＲＰＫＭあたりのリードに正規化した。
【図８３】図８３Ａ〜８３Ｂは、健康なヒトドナーの便マイクロバイオームにおける１１株の量を示す。図８３Ａは、図８１において示すとおり、６人の健康な日本人志願者（ドナーＡ〜Ｆ）の便マイクロバイオームにおける株特異的マーカー領域の量を示す。株は、マーカー領域のうちの１ｋｂｐの領域のうちの少なくとも９５％が検出された場合に、検出されたとみなした。この配列決定深度において、ドナーＢの試料において３つの株が、ドナーＡの試料において１つが検出された。図８３Ｂは、図８２におけるもののように計算した、種レベルでの量を示す。マッピングされたリードカウントを、ＲＰＫＭに正規化した。
【図８４Ａ】図８４Ａおよび８４Ｂは、１１細菌株の混合物により誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の抗原特異性およびＴＣＲ  Ｖβの利用が、解剖学的位置により異なっていたことを示す。図８４Ａは、１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスからの結腸（左パネル）、または１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウスから単離され、示される抗原によるex vivoでの刺激の後で抗ＰＤ−１  ｍＡｂで治療されたＭＣ３８腫瘍（右パネル）における、ＣＤ８  Ｔ細胞集団の中でのＩＦＮγ＋細胞のパーセンテージを示す。
【図８４Ｂ】図８４Ａおよび８４Ｂは、１１細菌株の混合物により誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の抗原特異性およびＴＣＲ  Ｖβの利用が、解剖学的位置により異なっていたことを示す。図８４Ｂは、ＧＦマウス（左パネル）または１１細菌株の混合物を定着させたＧＦマウス（右パネル）の示される組織から単離された、ＩＦＮγ＋およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞サブセットによる、ＴＣＲ  Ｖβの利用の主成分分析（ＰＣＡ）プロットを示す。ＴＩＬデータのために、ＧＦマウス±１１ｍｉｘ＋ＭＣ３８＋ＰＤ−１  ｍＡｂから、ＩＦＮγ＋およびＩＦＮγ−ＣＤ８  Ｔ細胞を単離した。ある時点において２つの集団を比較する二方向ＡＮＯＶＡ相互作用ｐ値は、以下のとおりであった：ＧＦ群：０．００６（ＣＬＰ  ＩＦＮγ＋・対・ｉＬＮ  ＩＦＮγ＋）、０．５０（ＣＬＰ  ＩＦＮγ＋・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ＋）、０．２０（ｉＬＮ  ＩＦＮγ＋・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ＋）、＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ−・対・ｉＬＮ  ＩＦＮγ−）、＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ−・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ−）、０．００２４（ｉＬＮ  ＩＦＮγ−・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ−）。GF+11-mix群：＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ＋・対・ｉＬＮ  ＩＦＮγ＋）、＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ＋・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ＋）、０．０００１（ｉＬＮ  ＩＦＮγ＋・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ＋）、＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ−・対・ｉＬＮ  ＩＦＮγ−）、＜０．０００１（ＣＬＰ  ＩＦＮγ−・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ−）、０．０００９（ｉＬＮ  ＩＦＮγ−・対・ＴＩＬ  ＩＦＮγ−）。各々の円は、個々のマウスを表し（ｉＬＮおよびＴＩＬデータについて）またはマウスのプール（結腸データについて、ｎ＝３）、各々のバーの高さは、平均値を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；ｎｓ、有意でない。
【図８５】図８５は、11-mixが結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を誘発することを示す。Ｃ５７ＢＬ／６特定病原体除去（ＳＰＦ）マウスを、図７８Ｄにおいて示すようにＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で治療し、次いで、経口経管栄養による未治療のＳＰＦマウスからの便懸濁液（SPFae）で再構成した。11 mix治療群（+11 mix）において、11 mixの初回投与は、SPFaeと同時であり、その後、第１、３、５、および７日において、11 mixのみの繰り返し経口経管栄養を行った。マウスを、次いで、経口でListeria monocytogenes−オボアルブミン（（Ｌｍ）−ＯＶＡ）で治療した。示されるタイムポイントにおいてフローサイトメトリーにより測定された、（Ｌｍ）−ＯＶＡ  感染の後で誘導されるオボアルブミン（ＯＶＡ）ペプチドＳＩＩＮＦＥＫＬ特異的または一般的な（ＰＭＡ＋イオノマイシン刺激により決定される）結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の数を評価した。各々の群の平均値を、線により表す。各々の円は個々の動物を表し、各タイムポイントごとのマウスの数を示す。エラーバー、ｓ．ｄ．**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５。
【図８６Ａ】図８６Ａ〜８６Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける11 mix細菌株の定着の有効性を示す。
【図８６Ｂ−１】図８６Ａ〜８６Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける11 mix細菌株の定着の有効性を示す。
【図８６Ｂ−２】図８６Ａ〜８６Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける11 mix細菌株の定着の有効性を示す。
【図８６Ｃ】図８６Ａ〜８６Ｃは、ＭＣ３８腫瘍の治療を増強することにおける11 mix細菌株の定着の有効性を示す。図８６Ａは、Ｃ５７ＢＬ／６無菌（ＧＦ）マウスによる実験についての実験デザインの模式図を示す。第０日において、ＧＦマウスに、ヒトドナーＣからの便微生物叢試料を定着させるか（「ＧＦ＋Ｃ」）、または定着させないままとした（「ＧＦ」）。細菌株の11-mixまたは細菌株の10-mixを投与された群について、細菌株の混合物の初回経口投与は、第０日においてドナーＣの便試料と同時に行い、その後、11-mixまたは10-mixのみの繰り返し投与を、１週間あたり２回または３回、実験の終了まで行った。図８６Ｂは、各々の株からのＤＮＡをｑＰＣＲにより定量することにより評価した、１１株の各々の相対量を示す。接種の０、３、７、１４および２０日後に、便を採取した。１１株の各々の定着を確認した。図８６Ｃは、フローサイトメトリーにより定量された、接種後第２１日における、結腸粘膜固有層（結腸）および鼠径部リンパ節（ｉＬＮ）における、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のパーセンテージを示す。表されるデータは、平均値および平均値の標準誤差（図８６Ｂ）または標準偏差（図８６Ｃ）を示す。***Ｐ＜０．００１；**Ｐ＜０．０１；*Ｐ＜０．０５；Tukey検定と組み合わせた一方向ＡＮＯＶＡ。
【発明を実施するための形態】
【００８７】
詳細な説明
本明細書において提供されるのは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法、ならびに、感染性疾患およびがんを含むＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導および／または増殖を通じて治療することができる疾患および状態の治療のための方法である。
【００８８】
一側面において、本開示は、特有の生物学的特性を有する１つ以上の細菌株を含む組成物を提供する。一側面において、細菌組成物としても言及される本明細書において開示される細菌株の組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導することができる。一側面において、本明細書において開示される細菌株の組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導することができる。
【００８９】
一側面において、本明細書において開示される組成物の細菌は、それらの１６Ｓ  ｒＲＮＡ（または１６Ｓ  ｒＤＮＡ）核酸配列により同定することができる。一般的に、細菌は、それらの１６Ｓ  ｒＲＮＡ核酸配列に基づいて、特定の種および／または属に属するものとして分類される。細菌、例えばマイクロバイオームに由来する細菌はまた、他の緊密に関連する株および種と共に系統発生的クラスターに分類することができる（例えば、Rajilic-Stojanovic, M., and de Vos, W.M. (2014). The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev 38, 996-1047を参照）。特定の細菌種のアイデンティティーを、それらの１６Ｓ  ｒＲＮＡ（または１６Ｓ  ｒＤＮＡ）核酸配列に基づいて決定するための方法は、当該分野において周知である（例えば、Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. (2012). Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research. PLoS One 7, e39315を参照）。
【００９０】
本開示の側面は、本明細書においてその全体において参考として援用されるＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１８／１１７２６３において記載されるような純化された細菌混合物を含む組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【００９１】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【００９２】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株からなる。
【００９３】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。
【００９４】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【００９５】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）の細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、２つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、３つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、４つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、５つの細菌株をさらに含む。
【００９６】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、６つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、７つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、８つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、９つの細菌株をさらに含む。
【００９７】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）の細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、２つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、３つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、４つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、５つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、６つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、７つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、８つ��細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、９つの細菌株をさらに含む。
【００９８】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【００９９】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１００】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０１】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０２】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０３】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０４】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０５】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０６】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０７】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１０８】
本明細書において記載される組成物のいずれかにおいて、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号４により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号５により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号６により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号７により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号８により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号９により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１０により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１１により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。
【０１０９】
本明細書において記載される組成物のいずれかのいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、１つ以上の細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号３により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号４により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号５により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号６により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号７により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号８により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号９により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１０により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号１１により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡに対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含まない。
【０１１０】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４および配列番号１０に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、配列番号２、配列番号３、配列番号４および配列番号１０に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。
【０１１１】
本明細書においていくつかの態様において提供される全ての組成物について、細菌株は純化されることが理解されるべきである。したがって、例えば、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を提供する。いくつかの態様において、組成物は、純化された細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。本明細書において開示される細菌株は、由来は、１人以上のヒト個体の微生物叢から得られて純化されたものであっても、土壌および非ヒトの微生物叢を含むヒト微生物叢以外のソースから得られたものであってもよい。本明細書において提供されるとおり、いくつかの態様において、ヒト微生物叢、非ヒト微生物叢、土壌または任意の代替的なソースから単離された細菌は、本明細書において提供される組成物および方法における使用の前に純化される。
【０１１２】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を提供する。いくつかの態様において、組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む。本明細書において開示される細菌株は、由来は、１人以上のヒト個体の微生物叢から得られて純化されたものであっても、土壌および非ヒトの微生物叢を含むヒト微生物叢以外のソースから得られたものであってもよい。本明細書において提供されるとおり、いくつかの態様において、ヒト微生物叢、非ヒト微生物叢、土壌または任意の代替的なソースから単離された細菌は、本明細書において提供される組成物および方法における使用の前に純化される。
【０１１３】
一側面において、本開示は、本明細書において記載される細菌株または種の配列のうちのいずれか１つの核酸配列に対して相同性を有する、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有する細菌株を提供する。いくつかの態様において、細菌株は、本明細書において記載される株または細菌種のいずれかに対して、特定の領域にわたり、全配列にわたり、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、少なくとも９９．９％、または１００％までの相同性を有する。用語「相同性」または「パーセント相同性」とは、２つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列に関して、２つ以上の配列またはその部分の間の類似性の指標を指すことは、当業者により、理解されるであろう。相同性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長である配列の領域にわたり存在しても、またはより好ましくは１００〜５００もしくは１０００ヌクレオチド長以上である領域にわたり存在してもよい。いくつかの態様において、相同性は、１６Ｓ  ｒＲＮＡまたは１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列、またはその部分の長さにわたり存在する。
【０１１４】
一側面において、本開示は、本明細書において記載される細菌株または種の配列のうちのいずれか１つの核酸配列に対して配列同一性を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有する細菌株を提供する。いくつかの態様において、細菌株は、本明細書において記載される株または細菌種のいずれかに対して、特定の領域にわたり、全配列にわたり、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、少なくとも９９．９％、または１００％までの配列同一性を有する。加えて、または代替的に、２つ以上の配列を、配列間の同一性について評価してもよい。用語「同一」またはパーセント「同一性」とは、２つ以上の核酸またはアミノ酸配列に関して、２つ以上の配列または部分配列であって、同じであるものを指す。２つの配列は、２つの配列が、比較されて、比較ウィンドウにわたる最大の一致（maximum correspondence）についてアラインメントされた場合に、特定の領域にわたり、もしくは全配列にわたり、または以下の配列比較アルゴリズムのうちのいずれかを用いるか手作業でのアラインメントおよび目視により測定される指定領域にわたり、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージを有する（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一である）場合に、「実質的に同一」である。任意に、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたり、またはより好ましくは、１００〜５００もしくは１０００ヌクレオチド長以上である領域にわたり、存在する。いくつかの態様において、同一性は、１６Ｓ  ｒＲＮＡまたは１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の長さにわたり存在する。
【０１１５】
加えて、または代替的に、２つ以上の配列を、配列間のアラインメントについて評価してもよい。用語「アラインメント」またはパーセント「アラインメント」とは、２つ以上の核酸またはアミノ酸配列に関して、２つ以上の配列または部分配列であって、同じであるものを指す。２つの配列は、２つの配列が、比較されて、比較ウィンドウにわたる最大の一致についてアラインメントされた場合に、特定の領域にわたり、もしくは全配列にわたり、または以下の配列比較アルゴリズムのうちのいずれかを用いるか手作業でのアラインメントおよび目視により測定される指定領域にわたり、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージを有する（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一である）場合に、「実質的にアラインメントされる」。任意に、アラインメントは、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたり、またはより好ましくは、１００〜５００もしくは１０００ヌクレオチド長以上である領域にわたり、存在する。いくつかの態様において、同一性は、１６Ｓ  ｒＲＮＡまたは１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の長さにわたり存在する。
【０１１６】
配列比較のために、典型的には、１つの配列が、試験配列を比較するための参照配列として働く。比較のための配列のアラインメントの方法は、当該分野において周知である。例えば、Smith and Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482cの局所相同性アルゴリズムによるもの、Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443, 1970の相同性アラインメントアルゴリズムによるもの、Pearson and Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444, 1988の類似性検索法によるもの、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装（Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group. Madison. WIにおけるGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA）によるもの、または、手作業によるアラインメントおよび目視によるもの（例えば、Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)を参照）を参照。パーセント配列同一性および配列類似性を決定するために好適であるアルゴリズムの２つの例は、BLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムであり、これらはそれぞれAltschul et al., Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 1977；およびAltschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990において記載される。
【０１１７】
一側面において、本開示は、複数の純化された細菌株を含む組成物を提供する。一側面において、組成物の純化された細菌株の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、細菌ゲノムデータベースにおける既知の細菌種／株の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と比較して、本明細書において開示される細菌株に最も近い既知の関連細菌種を同定した（例えば、表１を参照）。 本明細書において開示される組成物の複数の細菌株は、同じ最も近い関連細菌種を有していてもよいことが理解されるべきである。
【０１１８】
一側面において、本開示は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０１１９】
いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株を含む。
【０１２０】
いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。いくつかの態様において、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む、細菌株からなる。
【０１２１】
いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。いくつかの態様において、組成物は、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。いくつかの態様において、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株から本質的になる。
【０１２２】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書において開示される組成物は、２つ以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株（例えば、純化された細菌株）を含む。
【０１２３】
一側面において、本開示は、配列番号１〜１１により提供される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株と、相同であるか、高いパーセンテージの相同性を有する細菌株および細菌株の組み合わせを提供する。先に議論されたとおり、いくつかの態様において、細菌株は、純化される。本明細書において開示される細菌株であって、配列番号１〜１１により提供される核酸配列を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有するものは、多様なデータベースにおいて記載されている細菌株の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列（例えば、National Center for Biotechnology Informationを参照）との、高いパーセンテージの相同性（例えば９０％より高い）または配列同一性を有する。表１は、配列番号１〜１１を含む１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、公共のデータベースにおいて入手可能な細菌種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と比較した場合に、相同性により最も近い既知の種を提供する。
【０１２４】
例として、本明細書において開示される配列番号１を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株は、ＮＣＢＩアクセッション＃ＬＮ９９８０７３により定義されるPhascolarctobacterium faecium種の細菌株（配列番号２７の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有する）と最も高い相同性を有する。配列番号１を有する細菌株は、他の公開されている細菌株とも同様に相同性を有するが、最も高い相同性は、ＮＣＢＩアクセッション＃ＬＮ９９８０７３により定義されるPhascolarctobacterium faecium種の細菌株とのものである。本明細書において開示される複数の細菌株が、同じ種と最も高い相同性を有していてもよいことが、理解されるべきである。
【０１２５】
さらに、本明細書において開示される細菌株であって、配列番号１〜１１からなる群より選択される核酸配列を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有するものはまた、それらの全ゲノム配列、またはそれらの全ゲノム配列のサブセットに基づいて、他の株に対しても相同であることが理解されるべきである。
【０１２６】
したがって、一側面において、本開示はまた、配列番号１〜１１からなる群より選択される核酸配列を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有する細菌株に対して、近い相同性を有する細菌種を含む、組成物および方法を提供することが、理解されるべきである。
【０１２７】
本開示はまた、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、およびEubacterium limosum種に対して相同性において近いか、および／またはこれらの種に該当する細菌株を含む、組成物を包含する。
【０１２８】
本開示の側面は、本明細書においてその全体において参考として援用されるＰＣＴ公開番号ＷＯ  ２０１８／１１７２６３において記載されるような、純化された細菌混合物を含む組成物を提供する。本開示の側面は、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、およびEubacterium limosumから選択される種の２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０１２９】
いくつかの態様において、組成物は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisを含む純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisを含む純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransを含む純化された細菌混合物を含む。
【０１３０】
本明細書において記載されるとおり、いくつかの態様において、組成物は、エフェクター細菌株を含む。本明細書において記載されるとおり、いくつかの態様において、組成物は、サポーター細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、エフェクター細菌株およびサポーター細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransからなる群より選択される１つ以上のエフェクター細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、エフェクター細菌株Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransを含む。いくつかの態様において、組成物は、Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される１つ以上のサポーター細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、サポーター細菌株Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisを含む。いくつかの態様において、組成物は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransからなる群より選択される１つ以上のエフェクター細菌株、ならびにParabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される１つ以上のサポーター細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、エフェクター細菌株Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulcerans、およびサポーター細菌株Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisを含む。
【０１３１】
いくつかの態様において、組成物は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisからなる純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransからなる純化された細菌混合物を含む。
【０１３２】
いくつかの態様において、組成物は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisから本質的になる、純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisから本質的になる、純化された細菌混合物を含む。いくつかの態様において、組成物は、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulceransから本質的になる、純化された細菌混合物を含む。
【０１３３】
本開示の側面は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを含む、純化された細菌混合物を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、組成物は、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含む、純化された細菌混合物を含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０１３４】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを含む。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）の細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の２つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の３つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の４つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の５つの細菌株をさらに含む。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の６つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の７つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の８つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の９つの細菌株をさ���に含む。
【０１３５】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）の細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の２つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の３つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の４つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の５つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の６つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の７つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の８つの細菌株をさらに含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の９つの細菌株をさらに含む。
【０１３６】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる。
【０１３７】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる。
【０１３８】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、およびParaprevotella xylaniphilaを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、およびParaprevotella xylaniphilaからなる。
【０１３９】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる。
【０１４０】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む。本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる。
【０１４１】
本明細書において記載される組成物のいずれかのいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の任意の１つ以上の細菌株を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Phascolarctobacterium faeciumを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Subdoligranulum sp.を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Parabacteroides gordoniiを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Paraprevotella xylaniphilaを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Alistipes sp.を含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Parabacteroides johnsoniiを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Parabacteroides distasonisを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulceransを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Eubacterium limosumを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Bacteroides doreiを含まない。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Bacteroides uniformisを含まない。
【０１４２】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含む。
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisからなる。
【０１４３】
本明細書において記載される組成物のいくつかの態様において、純化された細菌混合物は、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから本質的になる。
【０１４４】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス属またはパラバクテロイデス属に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、１つ以上の株が、バクテロイデス属に属し、１つ以上の株が、パラバクテロイデス属に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも２５％が、バクテロイデス科に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上が、バクテロイデス属に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上が、パラバクテロイデス属に属する。
【０１４５】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する細菌株を含まない。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも７５％が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株のうちの少なくとも９０％が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する。
【０１４６】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、E. coliを含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、ビフィドバクテリウム属を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、バチルス属を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、エンテロコッカス属を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、バルネシエラ属（Barnesiella）を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、B. fragilisを含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、B. thetaiotaomicronを含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、アッケルマンシア属（Akkermansia）を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、プロテオバクテリアを含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、バークホルデリア属を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、クラスターＩＶに属するクロストリジウム属の種を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、フィーカリバクテリウム属を含まない。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、クラスターＸＩＶａに属するクロストリジウム属の種を含まない。いくつかの態様において、組成物は、モリニア種などの真菌を含まない。
【０１４７】
一側面において、本開示は、ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができるヒト便試料の純化された画分を提供する。
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、ヒト由来の細菌である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の全ては、ヒト由来の細菌である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株は、１人より多くのヒトドナーに由来する。
【０１４８】
本明細書において提供される組成物において用いられる細菌株は、一般に、健康な個体のマイクロバイオームから単離される。いくつかの態様において、組成物は、単一の個体に由来する株を含む。いくつかの態様において、組成物は、複数の個体に由来する株を含む。いくつかの態様において、複数の個体から細菌株を得、個々に単離し、生育する。個々に生育した細菌組成物を、その後、組み合わせて、本開示の組成物を提供することができる。本明細書において提供される組成物の細菌株の起源は、健康な個体からのヒトマイクロバイオームに限定されないことが、理解されるべきである。いくつかの態様において、細菌株は、ディスバイオシス状態のマイクロバイオームを有するヒトに由来する。いくつかの態様において、細菌株は、非ヒト動物または環境（例えば、土壌または表面水）に由来する。いくつかの態様において、本明細書において提供される細菌株の組み合わせは、複数のソース（例えば、ヒトおよび非ヒト動物）に由来する。
【０１４９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の嫌気性細菌を含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、嫌気性細菌のみを含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の通性嫌気性細菌を含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、通性嫌気性細菌のみを含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の偏性嫌気性細菌を含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、偏性嫌気性細菌のみを含む。
【０１５０】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株は、細菌株をバンコマイシンに対して耐性にする抗生物質耐性遺伝子を有さない。
【０１５１】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗生物質に対して耐性である細菌株を含まない。本明細書において提供される細菌組成物を、投与の後で身体から取り除くための機構を有することが望ましい場合があることが理解されるべきである。１つのかかる機構は、抗生物質治療により細菌組成物を取り除くことである。したがって、いくつかの態様において、組成物は、を含まない１つ以上の抗生物質に対して耐性である細菌株。いくつかの態様において、組成物は、ペニシリン、ベンジルペニシリン、アンピシリン、スルバクタム、アモキシシリン、クラブラン酸、タゾバクタム、ピペラシリン、セフメタゾール、バンコマイシン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾールおよびクリンダマイシンからなる群より選択される１つ以上の抗生物質に対して耐性である細菌株を含まない。いくつかの態様において、組成物は、バンコマイシンに耐性である細菌株を含まない。
【０１５２】
いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも４つの抗生物質に対して感受性である細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも３つの抗生物質に対して感受性である細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも２つの抗生物質に対して感受性である細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも１つの抗生物質に対して感受性である細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも４つの抗生物質に対して感受性である細菌株のみを含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも３つの抗生物質に対して感受性である細菌株のみを含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも２つの抗生物質に対して感受性である細菌株のみを含む。いくつかの態様において、組成物は、ヒトにおいて有効である少なくとも１つの抗生物質に対して感受性である細菌株を含む。（「ヒトにおいて有効である抗生物質」とは、本明細書において用いられる場合、ヒトにおいて細菌感染を首尾よく治療するために用いられてきた抗生物質である）。
【０１５３】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、芽胞形成体である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、芽胞の形態である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、非芽胞形成体である。
【０１５４】
いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、芽胞形成性および非芽胞形成性細菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、芽胞形成性細菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、芽胞形成性細菌株のみを含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、非芽胞形成性細菌株のみを含む。芽胞形成性細菌は、芽胞形態における（すなわち、芽胞としての）もの、または栄養形態（vegetative form）における（すなわち、栄養細胞（vegetative cell）としての）ものであってもよい。細菌は一般に、芽胞形態において、熱、酸、放射線照射、酸素、化学物質、および抗生物質などの環境条件に対して、より耐性が高い。対照的に、栄養状態または活発に増殖している状態においては、芽胞形態におけるものと比較して、細菌は、環境条件に対してより感受性が高い。一般的に、細菌の芽胞は、好適な条件下において、芽胞形態から出芽して、栄養／活発に増殖している状態になることができる。例えば、芽胞形式における細菌は、それらが腸内に導入された場合に、出芽することができる。
【０１５５】
いくつかの態様において、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、芽胞形成体である。いくつかの態様において、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、芽胞の形態である。いくつかの態様において、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、非芽胞形成体である。いくつかの態様において、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、栄養形態である（上で議論されるとおり、芽胞形成性細菌はまた、栄養形態におけるものであってもよい）。いくつかの態様において、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、芽胞の形態であり、組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれより多く）は、栄養形態である。いくつかの態様において、少なくとも１つの細菌株は、芽胞を形成することができると考えられる（すなわち、芽胞形成体である）が、組成物中で栄養形態において存在する。いくつかの態様において、芽胞を形成することができると考えられる少なくとも１つの細菌株が、芽胞形態および栄養形態の両方において、組成物中に存在する。
【０１５６】
本明細書において提供される組成物の細菌株は、生菌であり、標的領域（例えば腸）に到達した場合に生きているであろうことが、想定される。細菌の芽胞は、このことに関して生菌であると考えられる。いくつかの態様において、芽胞として投与される細菌は、標的領域（例えば腸）において出芽することができる。さらに、細菌の全てが生菌であるわけではなく、組成物は、一定のパーセンテージ（例えば重量により）の生きていないものを含んでもよいことが、理解されるべきである。加えて、いくつかの態様において、組成物は、投与されたとき、または組成物が標的領域（例えば腸）に到達した時点においては、生きていない細菌株を含む。生きていない細菌は、組成物中の他の細菌株に何らかの栄養および代謝物を提供することにより、なお有用であり得ることが想定される。
【０１５７】
一側面において、本明細書において提供される組成物の細菌株は、生菌である。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株のうちの１つ以上が、生菌である。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株の全てが、生菌である。特定の機構に限定されることなく、いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において、相乗的に作用する。なぜならば、株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルを生じるために、特に良好に適しているからである。いくつかの態様において、細菌株の１つ以上が生きていない場合、細菌株の組み合わせは、もはや、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する十分な代謝物および／または細胞シグナルを生じることができない場合がある。いくつかの態様において、非生細菌および／または細菌のフラグメントの抗原としての単なる提示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するために十分ではない。
【０１５８】
本明細書において提供される組成物のうちのいずれかにおいて、いくつかの態様において、細菌株は、純化される。本明細書において提供される組成物のうちのいずれかにおいて、いくつかの態様において、細菌株は、単離される。本明細書において記載される細菌株のいずれかは、例えば培養物または微生物叢試料（例えば便物質）などのソースから、単離され、および／または純化されてもよい。本明細書において提供される組成物において用いられる細菌株は、一般に、健康な個体のマイクロバイオームから単離される。しかし、細菌株はまた、健康ではないと考えられる個体から単離することもできる。いくつかの態様において、組成物は、複数の個体に由来する株を含む。本明細書において用いられる場合、「単離された」細菌という用語は、１つ以上の望ましくない構成成分（別の細菌または細菌株、増殖培地の１つ以上の構成成分、および／または便試料などの試料の１つ以上の構成成分など）から分離された細菌である。いくつかの態様において、細菌は、当該ソースの他の構成成分が検出されないように、ソースから実質的に単離されている。また本明細書において用いられる場合、用語「純化される」とは、コンタミナントなどの１つ以上の構成成分から分離されている細菌株または組成物を指す。いくつかの態様において、細菌株は、実質的にコンタミナントを含まない。いくつかの態様において、組成物の１つ以上の細菌株は、細菌株を含む培養物または試料中で産生および／または提示される１つ以上の他の細菌から独立して純化されていてもよい。いくつかの態様において、細菌株は、試料から単離され、および／または純化され、次いで、細菌の複製のために適切な条件下において、例えば嫌気培養条件下において培養される。細菌の複製のために適切な条件下において増殖させた細菌を、その後、それが増殖された培養から単離／純化することができる。
【０１５９】
一側面において、本開示は、特有の生物学的特性を有する細菌株および細菌株の混合物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株は、細菌株間での相乗作用に起因して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導することができる。したがって、特定の機構に限定されることなく、いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において、相乗的に作用する。なぜならば、株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルを生じるために特に良好に適しているからである。細菌組成物は、例えば、腸管（例えば結腸または盲腸）において、栄養の使用を通じて、および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルをもたらす代謝相互作用を通じて、これを行うことができる。加えて、特定の機構に限定されることなく、いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において、相乗的に作用する。株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらすであろう（例えば、有利な微小環境を提供することにより）、腸管（例えば結腸または盲腸）における特定のニッチに生着することにおいて、優れているからである。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において相乗的に作用する。なぜならば、株の組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルを生じるために特に良好に適しており、かつ、当該組み合わせは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導のための標的への代謝物および／または細胞シグナルの限局をもたらす、特定のニッチにおける生着のために、良好に適しているからである。ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する本明細書において記載される組成物のうちのいずれか、またはＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する細菌株は、それぞれ、ＣＤ８を誘導する組成物またはＣＤ８を誘導する細菌株として、言及され得る。
【０１６０】
いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、対象の集団においては量が少ない、１つ以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、対象の集団のうちの５％未満（例えば、５％、４％、３％、２％、１％、または１％未満）において検出される１つ以上の細菌株を含む。対象（またはその試料、例えば便試料）中の１つ以上の細菌株の量を評価する方法は、当業者には明らかであろう。例えば、例８を参照。
【０１６１】
方法
一側面において、本開示は、粘膜層に定着させるための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、腸の粘膜層に定着させるための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、結腸および盲腸の粘膜層に定着させるための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、粘膜層に定着し、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための組成物を提供する。特定の機構に限定されることなく、組成物の細菌株が粘膜層に定着する能力が、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を可能にすると考えられる。粘膜層に定着することにより、細菌株は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するであろう代謝物を、十分な量において、かつ上皮細胞および／または免疫系の細胞の近傍に分泌することができる。いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の細菌株は、粘膜層に定着するが、上皮層に浸潤しない。
【０１６２】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を全身性で誘導する方法および組成物を提供する。本明細書において提供されるとおり、組成物は、腸（例えば、結腸または盲腸）に投与された場合に、リンパ節、肺および脾臓を含む多くの組織において、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。したがって、相乗的に、本明細書において提供される組み合わせは、多くの組織においてＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を可能にする。特定の機構に限定されることなく、組成物の細菌株は、多くの組織において、主に盲腸および結腸においてであるが、リンパ節、肺および脾臓などのさらなる組織においてもまた、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積をもたらす、シグナル伝達のイベントを提供すると考えられる。
【０１６３】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の長期の誘導を提供するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−ガンマ）を発現するＣＤ８＋Ｔ細胞である。いくつかの態様において、ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、アルファベータＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、ＣＤ８アルファ／ベータ、ＣＤ４４およびT-betを発現する。いくつかの態様において、ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞。いくつかの態様において、ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、第一に活性化されたものであるか、通常のＣＤ８  Ｔ細胞から分化したメモリー細胞であった。
【０１６４】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の長期誘導を提供するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、誘導は、組成物の投与の１か月後、２か月後、３か月後、４か月後、５か月後、６か月後またはそれより後において存在する。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の持続的レベルを可能にする方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の持続的レベルを可能にする方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ１０３＋ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の持続的レベルを可能にする方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞および／またはＣＤ１０３＋ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の持続的レベルは、本開示の組成物の単回投与により達成される。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞、および／またはＣＤ１０３＋ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の持続的レベルは、本開示の組成物の複数回投与により達成される。
【０１６５】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導することができるケモカインの発現を上方調節するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ケモカインＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０の発現を上方調節するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、上皮細胞においてケモカインＣＸＣＬ９およびＣｘＣｌ１０の発現を上方調節するための方法および組成物を提供する。特定の機構に限定されることなく、ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０の活性化は、それを通じて本開示の組成物の細菌株がＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する機構のうちの一つであり得る。
【０１６６】
いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、結腸への動員により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、細胞の増殖により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、細菌抗原により媒介される分化により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、結腸への動員および細胞の増殖により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、細胞の増殖および細菌抗原により媒介される分化により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、結腸への動員および細菌抗原により媒介される分化により促進される。いくつかの態様において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増殖および／または集積は、結腸への動員の累積効果、細胞の増殖、および細菌抗原により媒介される分化に起因して促進される。
【０１６７】
一側面において、本開示は、Ｔ細胞のレパートリーの変化（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導）を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、Ｖベータ６およびＶベータ８を増やすための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、Ｖベータ５を減少させるための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、Ｖベータ６およびＶベータ８を増やしつつ、Ｖベータ５を減少させるための方法および組成物を提供する。
【０１６８】
一側面において、本開示は、ＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋およびＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋樹状細胞の集積および増殖の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＭＨＣクラスＩの提示を有するＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋およびＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋樹状細胞の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩの提示は、ＭＨＣクラスＩａ分子である。
【０１６９】
一側面において、本開示は、ＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋樹状細胞の集積および増殖の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＭＨＣクラスＩの提示を有するＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋樹状細胞の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩの提示は、ＭＨＣクラスＩａ分子である。
【０１７０】
一側面において、本開示は、ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋樹状細胞の集積および増殖の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＭＨＣクラスＩの提示を有するＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋樹状細胞の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩの提示は、ＭＨＣクラスＩａ分子である。
【０１７１】
いくつかの態様において、本開示は、Ｈ２−Ｍ３経路から独立したＤ８＋Ｔ細胞の誘導のための方法および組成物を提供する。
いくつかの態様において、本開示は、皮膚細胞において優位な経路から独立したＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導のための方法および組成物を提供する。
【０１７２】
一側面において、本開示は、ＣＤ１１＋樹状細胞の増殖および／または集積の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、増強されたＭＨＣクラスＩ発現を有するＣＤ１１＋樹状細胞の増殖および／または集積の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、ＭＨＣクラスＩの提示は、ＭＨＣクラスＩａ分子である。
【０１７３】
一側面において、本開示は、病原体による感染の治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を通じての、病原体による感染の治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、抗菌性遺伝子の誘導を通じての、病原体による感染の治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導、および抗菌性遺伝子の誘導を通じての、病原体による感染の治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、病原体による感染は、細胞内感染である。
【０１７４】
一側面において、本開示は、抗菌性遺伝子の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、上皮細胞における抗菌性遺伝子の誘導のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、結腸上皮細胞における抗菌性遺伝子の誘導のための方法および組成物を提供する。本開示の方法および組成物により誘導され得る抗生物質遺伝子として、グアニル酸結合タンパク質、インターフェロンにより誘導されるタンパク質、ＣＸＣＬ１０およびオートファジー関連Ｉｒｇｍ１の発現を制御する遺伝子が挙げられる。特定の機構に限定されることなく、かかる抗菌性遺伝子の発現は、病原体による感染（例えば細胞内感染）をターゲティングすることができる抗菌化合物の放出をもたらすと考えられる。さらに、病原体による感染のターゲティングは、同時に抗菌化合物の放出とＣＤ８＋Ｔ細胞の集積および／または増殖の誘導との両方を通じて増強され得ることが、理解されるべきである。
【０１７５】
一側面において、本開示は、病原体による感染の全身治療のための方法および組成物を提供する。本明細書において提供されるとおり、本明細書において提供される組成物の腸への投与は、腸以外の臓器における病原体による感染の治療を可能にする。例えば、本明細書において提供されるとおり、本明細書において提供される組成物の腸への投与は、肝臓および脾臓における細胞内感染の治療を可能にする。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を通じての、病原体による感染の全身治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、抗菌性遺伝子の誘導を通じての、病原体による感染の全身治療のための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導、ならびに抗菌性遺伝子の誘導を通じての、病原体による感染の全身治療のための方法および組成物を提供する。
【０１７６】
一側面において、本開示は、腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＰＤ１＋およびＩＣＯＳ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＰＤ１＋およびＩＣＯＳ＋腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、腫瘍浸潤性ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＰＤ１＋ＩＣＯＳ＋ＩＦＮガンマ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、ＰＤ１＋、ＩＣＯＳ＋、ＩＦＮガンマ＋腫瘍浸潤性ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法および組成物を提供する。
【０１７７】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、本明細書において提供される１つ以上の細菌株に由来する１つ以上の抗原を含む。特定の機構に限定されることなく、一態様において、 １つ以上の抗原は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を誘導するかまたはこれを支持する。本明細書において提供される抗原に基づく組成物のいずれか１つは、いくつかの態様においてまた、１つ以上の抗がん剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）を含むことが理解されるべきである。本明細書において開示される方法は、いくつかの態様において、１つ以上の抗原を含有する組成物を含む。
【０１７８】
いくつかの態様において、本明細書において記載される方法は、対象が、対象のマイクロバイオーム中に１つ以上の細菌株（例えば、本明細書において記載される組成物のいずれかの１つ以上の細菌株）を有するか否かを評価することを含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される方法は、対象が、対象のマイクロバイオームにおいて存在する１つ以上の細菌株（例えば、本明細書において記載される組成物のいずれかの１つ以上の細菌株）を、所望される免疫応答を誘導する（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する）ために十分なレベルで有するか否かを評価することを含む。対象のマイクロバイオーム中の１つ以上の細菌株の存在および／または１つ以上の細菌株のレベルを評価する方法は、当業者には明らかであり、限定することなく、配列決定、転写分析、および培養方法を含む。いくつかの態様において、対象が、検出可能なレベルの１つ以上の細菌株を有さない場合、対象に、本明細書において記載される組成物のいずれかを投与してもよい。いくつかの態様において、対象が、マイクロバイオーム中に存在する１つ以上の細菌株を、所望される免疫応答を誘導する（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する）ために十分なレベルで有さない場合、対象に、本明細書において記載される組成物のいずれかを投与してもよい。
【０１７９】
代謝物
一側面において、本開示は、本明細書において開示される細菌株および細菌株の組み合わせにより産生される代謝物を含む組成物および方法を提供する。本明細書において開示される組成物の細菌株およびそれらの組み合わせは、１つ以上の代謝物を産生することが理解されるべきである。特定の機構に限定されることなく、一態様において、１つ以上の代謝物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するか、またはその誘導を支援する。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するか、またはこの誘導を支援する１つ以上の代謝物は、血清中で観察される代謝物である。
【０１８０】
一側面において、本開示は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物を含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される１つ以上の代謝物を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩を含む。メバロン酸塩はまた、メバロン酸、またはメバロン酸のカルボン酸アニオンとしても言及される。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンを含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンおよびメバロン酸塩を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩および薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンおよび薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、１つ以上の代謝物を含む組成物は、薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンおよびメバロン酸塩ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む。
【０１８１】
いくつかの態様において、１つ以上の代謝物を含む組成物は、１つ以上の抗がん剤をさらに含むことが理解されるべきである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＩＤＯ１阻害剤、ＬＡＧ３阻害剤、またはＴＩＭ３阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ペムブロリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ピディリズマブである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アテゾリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アベルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、デュルバルマブである。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。抗ＣＴＬＡ−４抗体の例として、限定することなく、イピリムマブ、トレメリムマブ（CP-675,206）、９Ｈ１０、４Ｆ１０および９Ｄ９が挙げられる。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブである。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、トレメリムマブである。
【０１８２】
複数の抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）は、本明細書において開示される組成物および方法において含まれていてもよいことが、さらに理解されるべきである。例えば、非限定的な例において、開示される組成物および方法は、ＰＤ−１阻害剤およびＣＴＬＡ−４阻害剤の両方を含む。
【０１８３】
一側面において、１つ以上の代謝物を含む組成物は、本明細書において開示される１つ以上の細菌株または細菌株の組み合わせをさらに含む。
一側面において、１つ以上の代謝物、および本明細書において開示される１つ以上の細菌株または細菌株の組み合わせを含む組成物は、１つ以上の抗がん剤をさらに含む。
【０１８４】
いくつかの態様において、本明細書において開示される方法のうちのいずれか１つ（治療方法のうちのいずれか１つを含む）において用いられる組成物として、１つ以上の代謝物を含む組成物が挙げられることが、理解されるべきである。
【０１８５】
いくつかの態様において、本明細書において開示される方法のうちのいずれか１つ（治療方法のうちのいずれか１つを含む）において用いられる組成物として、１つ以上の代謝物および１つ以上の細菌株を含む組成物が挙げられることが、理解されるべきである。
【０１８６】
いくつかの態様において、本明細書において開示される方法のうちのいずれか１つ（治療方法のうちのいずれか１つを含む）において用いられる組成物として、１つ以上の代謝物および１つ以上の抗がん剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）を含む組成物が挙げられることが、理解されるべきである。
【０１８７】
いくつかの態様において、本明細書において開示される方法のうちのいずれか１つ（治療方法のうちのいずれか１つを含む）において用いられる組成物として、１つ以上の代謝物、１つ以上の細菌株、および１つ以上の抗がん剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）を含む組成物が挙げられることが、理解されるべきである。
【０１８８】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される代謝物のうちの１つ以上を産生する細菌株を含む組成物および方法を提供する。したがって、一側面において、本開示は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される代謝物を産生する、１つ以上の細菌株を含む、組成物を提供する。単一の細菌株が、列記される代謝物のうちの複数を産生し得ることが、理解されるべきである。また、代謝物のうちの１つ以上を産生するために、複数の細菌株を組み合わせることが必要であり得ることも、理解されるべきである。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、およびＣＤＰからなる群より選択される代謝物を産生する、１つ以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される代謝物を産生する、１つ以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩を産生する１つ以上の細菌株を含む。多くの細菌株が、メバロン酸経路を含み、メバロン酸塩を産生する能力を有する（例えば、Mizorki, Arch Biochem Biophys. 2011 Jan 15; 505(2): 131-143を参照）。さらに、いくつかの態様においては、組成物が、メバロン酸経路が導入されている細菌株を含むことが、理解されるべきである（例えば、Yang et al. Microb Cell Fact. 2016; 15: 14.を参照）。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンを産生する１つ以上の細菌株を含む。ジメチルグリシンを産生する細菌株は、当該分野において公知であり、例えば、Eubacterium limosumを含む（例えば、Muller et al. Applied and Environmental Microbiology, 1981, 439-445を参照）。本開示はまた、いくつかの態様において、ジメチルグリシン経路が導入されている細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンおよびメバロン酸塩を産生する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、メバロン酸塩を産生する１つ以上の細菌株、および薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンを産生する１つ以上の細菌株、および薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、１つ以上の代謝物を産生する１つ以上の細菌株を含む組成物は、薬学的に許容可能なキャリアを含む。いくつかの態様において、組成物は、ジメチルグリシンおよびメバロン酸塩を産生する１つ以上の細菌株、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む。
【０１８９】
さらに、いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物のいずれかおよび方法において、１つ以上の代謝物を産生する細菌株は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する細菌株と組み合わせてもよいことが、理解されるべきである。
【０１９０】
ＰＤ−１阻害剤
プログラム死タンパク質１（Programmed death protein 1：PＤ−１）は、活性化されたＴ細胞上の表面タンパク質であって、免疫系が身体の自己の組織を攻撃することを防ぐことを担っている免疫チェックポイントタンパク質である。いかなる特定の機構によっても拘束されることは望まないが、一般に、ＰＤ−１が、そのリガンドであるプログラム細胞死１リガンド１／２（ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２）のいずれかに結合すると、Ｔ細胞が不活化し、それにより、免疫チェックポイントの遮断を阻害すると考えられる。多くの腫瘍細胞がＰＤ−Ｌ１を発現し、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用の阻害は、in vitroで、Ｔ細胞応答を増強することができ、前臨床的な抗腫瘍活性を媒介することができる。
【０１９１】
ＰＤ−１は、２つの機構を通じて自己免疫に対して保護する免疫チェックポイントである。第１に、ＰＤ−１は、リンパ節における抗原特異的Ｔ細胞のアポトーシスを促進する。第２に、ＰＤ−１は、抗炎症性の、制御性Ｔ細胞のアポトーシスを減少させる。ＰＤ−Ｌ１は、いくつかの癌において高発現し、免疫系をブーストするＰＤ−１を標的とするモノクローナル抗体は、当該分野において公知である。
【０１９２】
ＰＤ−１阻害剤の例として、限定することなく、ニボルマブ（OPDIVO（登録商標）、Bristol Myers SquibbおよびOno Pharmaceutical）、ペムブロリズマブ（KEYTRUDA（登録商標）、Merck）、およびpidilizumab（CT-011、Curetech）が挙げられる。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ１阻害剤は、アテゾリズマブ（TECENTRIQ（登録商標）、Genentech および Roche）、アベルマブ（BAVENCIO（登録商標）、Merck KGaA, PfizerおよびEli Lilly）、デュルバルマブ（IMFINZI（登録商標）、MedImmune および AstraZeneca）、MPDL3280A（RG7446、Roche）、MEDI4736（AstraZeneca）、またはMSB0010718C（Merck Serono）である。
【０１９３】
ニボルマブは、ＰＤ−１と、そのリガンドであるＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２との結合を阻害する、ヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ニボルマブの特性および作用機序の詳細な記載は、例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１３／１７３２２３において見出すことができ、その全内容は、その全体において本明細書において参考として援用される。簡単に述べると、ニボルマブは、ＰＤ−１リガンド（ＰＤ−Ｌ１）のＰＤ−１への結合を遮断するチェックポイント阻害剤である。ニボルマブは、主にＰＤ−１における表面に露出しているＮループに、高アフィニティーで結合し、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２の両方との相互作用を阻害し、それにより抗原特異的なＴ細胞の増殖に対して制御性Ｔ細胞を刺激すると考えられる。ニボルマブは、米国において、メラノーマ、扁平上皮肺癌、ホジキンリンパ腫、頭部頸部癌、尿路上皮癌、大腸癌、肝細胞癌、および転移性非小細胞性肺癌の治療について、承認されている。
【０１９４】
いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ペムブロリズマブである（KEYTRUDA（登録商標））。ペムブロリズマブの特性および作用機序の詳細な記載は、米国特許第８，３５４，５０９号および同第８，９００，５８７号において見出すことができ、これらの内容は、その全体において、本明細書において参考として援用される。簡単に述べると、ペムブロリズマブは、ＰＤ−１に結合してＴ細胞に対するその活性を阻害し、免疫系が癌細胞を認識して破壊することを可能にする。ペムブロリズマブは、ヒト化ＩｇＧ４免疫グロブリンモノクローナル抗体であって、主にＰＤ−１における表面に露出しているＣＤループに、高アフィニティーで結合し、そのリガンドであるＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２との相互作用を阻害する。ペムブロリズマブは、米国において、転移性メラノーマ、非小細胞性肺癌、頭部頸部癌、ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、胃癌、および子宮頸癌の治療について、承認されている。
【０１９５】
ニボルマブおよびペムブロリズマブなどの抗ＰＤ−１抗体はまた、ＨＩＶなどの慢性ウイルス感染の治療においても有用であり得る。
【０１９６】
疾患の治療
がん
一側面において、本開示は、対象における疾患の治療のための組成物および方法を含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。一側面において、本明細書において提供される組成物および方法により治療することができるがんとして、限定することなく、癌腫、神経膠腫、中皮腫、メラノーマ、リンパ腫、白血病、腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、神経膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺癌、バーキットリンパ腫、頭部頸部癌、結腸癌、大腸癌、非小細胞性肺癌、小細胞性肺癌、食道の癌、胃癌、膵臓癌、胆管道の癌、胆嚢の癌、小腸の癌、直腸癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、陰茎癌、尿道癌、精巣癌、膣癌、子宮癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、膵性内分泌癌、カルチノイド癌、骨癌、皮膚癌、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連原発性滲出性リンパ腫、神経外胚葉腫瘍、または横紋筋肉腫が挙げられる。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がんは、前立腺癌、膀胱癌、非小細胞性肺癌、尿路上皮癌、メラノーマ、または腎細胞癌である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、放射線照射治療を受けている。
【０１９７】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上の抗がん剤を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。
【０１９８】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。
【０１９９】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、対象の免疫系の癌細胞に対する応答を増大するように作用する、がんワクチンである。例えば、がんワクチンは、がん抗原を有する細胞に対する免疫応答を誘導または刺激するように作用するがん抗原を含む。誘導または刺激される免疫応答は、抗体（体液性）免疫応答および／またはＴ細胞（細胞媒介性）免疫応答を含み得る。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞により認識される抗原を有する標的細胞を殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞に分化することができる。ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導は、したがって、がんワクチン中に提供されるがん抗原に対する免疫応答を増強することができる。
【０２００】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、ＣＡＲ−Ｔ治療剤である。ＣＡＲ−Ｔ細胞は、患者から採取されたＴ細胞であって、その表面上にキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を産生するように遺伝子操作されたものを含む。ＣＡＲは、癌細胞上の特定の抗原を認識するように遺伝子操作される。ＣＡＲ−Ｔ細胞は、患者に注入された後、その表面上に当該特定の抗原を発現する癌細胞を認識してこれを殺傷する。ＣＤ８＋Ｔ細胞の導入は、細胞にＣＡＲ−Ｔ細胞への変換をもたらすために有用である。
【０２０１】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上のサイトカインを投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上の共刺激剤を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である。
【０２０２】
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１つ以上のワクチンを投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入療法を投与することをさらに含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入療法は、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【０２０３】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗がん剤をさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫療法剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、がん免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＩＤＯ１阻害剤、ＬＡＧ３阻害剤、またはＴＩＭ３阻害剤である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ペムブロリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ピディリズマブである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アテゾリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アベルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、デュルバルマブである。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。抗ＣＴＬＡ−４抗体の例として、限定することなく、イピリムマブ、トレメリムマブ（CP-675,206）、９Ｈ１０、４Ｆ１０および９Ｄ９が挙げられる。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブである。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、トレメリムマブである。複数の抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）が、本明細書において開示される組成物および方法において含まれていてもよいことが、さらに理解されるべきである。例えば、非限定的な例において、開示される組成物および方法は、ＰＤ−１阻害剤およびＣＴＬＡ−４阻害剤の両方を含む。
【０２０４】
一側面において、本開示は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＰＤ−１阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
一側面において、本開示は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０２０５】
一側面において、本開示は、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＣＴＬＡ−４阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＰＤ−１阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０２０６】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＣＴＬＡ−４阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０２０７】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物と、ＰＤ−１阻害剤とを含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４、およびＰＤ−Ｌ−１阻害剤に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０２０８】
一側面において、本開示は、配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４、およびＣＴＬＡ−４阻害剤に対して少なくとも９７％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、純化された細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の細菌株を含む。
【０２０９】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上のサイトカインをさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の共刺激剤をさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、またはＧＩＴＲ／ＣＤ３５７である。
【０２１０】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上のワクチンをさらに含む。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入療法と組み合わされる。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入療法は、遺伝子操作されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【０２１１】
感染性疾患
一側面において、本開示は、対象における疾患の治療のための組成物および方法を含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、または真菌感染である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染である。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染は、ＨＩＶである。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、感染は、肝炎ウイルスによる感染である。
【０２１２】
いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物は、細菌感染、ウイルス感染、寄生虫感染、および真菌感染などの感染性疾患を予防するかまたは治療する（その有害効果を部分的にまたは完全に軽減する）ための医薬組成物として用いることができる。
【０２１３】
いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、感染性疾患に対する対象の保護を増大する。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、対象が感染性疾患を得るであろう可能性を低下させる。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、対象が、感染性因子への暴露により感染性疾患を得るであろう可能性を低下させる。いくつかの態様において、本開示の組成物を投与することは、免疫系の活性化をもたらすであろう（例えば、免疫系の増殖および／または集積の誘導により、感染性因子が、対象において、または対象の細胞において、居住して複製することができる可能性を低下させることにより）。
【０２１４】
本明細書において提供される方法により治療することができる細菌感染として、これらに限定されないが、P. aeruginosa、E. coli、C. tetani、N. gonorrhoeae、C. botulinum、Klebsiella sp.、Serratia sp.、Pseudomonas sp.、P. cepacia、Acinetobacter sp.、S. epidermis、E. faecalis、S. pneumonias、S. aureus; S. mutans、Haemophilus sp.、Neisseria Sp.、N. meningitides、Bacteroides sp.、Citrobacter sp.、Branhamella sp.、Salmonella sp.、Shigella sp.、S. pyogenes、Proteus sp.、Clostridium sp.、Erysipelothrix sp.、Listeria sp.、Pasteurella multocida、Streptobacillus sp.、Spirillum sp.、Fusospirocheta sp.、Treponema pallidum、Borrelia sp.、Actinomycetes、Mycoplasma sp.、Chlamydia sp.、Rickettsia sp.、Spirochaeta、Borellia burgdorferi、Legionella sp.、Mycobacteria sp.、Ureaplasma sp、Streptomyces sp.、Trichomoras sp.、P. mirabilis; Vibrio cholera、enterotoxigenic Escherichia coli、Clostridium difficile、Salmonella typhi、C. diphtheria、Mycobacterium leprae、Mycobacterium lepromatosiが挙げられる。薬物耐性細菌により引き起こされる細菌感染であって、本明細書において提供される方法により治療することができるものとして、これらに限定されないが、Clostridium perfringens; Clostridium botulinum；Clostridium tributrycum；Clostridium sporogenes；Escherichia coli；Pseudomonas aeruginosa、例えば多剤耐性Pseudomonas aeruginosa；バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）；カルバペネム耐性腸内細菌科細菌（ＣＲＥ）；Neisseria gonorrheae；Acinetobacter属、多剤耐性Acinetobacter属；Campylobacter属；多剤耐性Campylobacter属；Candida属、フルコナゾール耐性Candida属、広域スペクトルベータラクタマーゼ（ESBL）産生Enterobacteriaceae属；Salmonella属、Salmonella Typhimurium、薬物耐性非チフス性Salmonella spp.；薬物耐性Salmonella Typhi；薬物耐性Shigella属；Staphylococcus aureus、例えばメチシリン耐性S. aureusまたはバンコマイシン耐性S. aureus；薬物耐性Streptococcus pneumoniae；薬物耐性結核；エリスロマイシン耐性Ａ群連鎖球菌；クリンダマイシン耐性Ｂ群連鎖球菌、およびそれらの任意の組み合わせが挙げられる。いくつかの態様において、細菌感染は、細胞内細菌感染である。いくつかの態様において、細菌感染は、Listeria monocytogenesによる感染である。
【０２１５】
本明細書において提供される方法により治療することができるウイルス感染として、これらに限定されないが、ピコルナウイルス科、カリシウイルス科、トガウイルス科、フラビウイルス科、コロナウイルス科、ラブドウイルス科、フィロウイルス科、パラミクソウイルス科、オルトミクソウイルス科、ブニヤウイルス科、アレナウイルス科、レオウイルス科、レトロウイルス科、ヘパドナウイルス科、パルボウイルス科、パポバウイルス科、アデノウイルス科、ヘルペスウイルス科、ポックスウイルス科、ロタウイルス、パラインフルエンザウイルス、インフルエンザウイルスＡおよびＢ、肝炎ウイルス、梅毒、ＨＩＶ、狂犬病ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、および単純ヘルペスウイルスが挙げられる。
【０２１６】
本明細書において提供される方法により治療することができるウイルス感染として、これらに限定されないが、Plasmodium falciparum、P. vivax、P. ovale、P. malaria、Toxoplasma gondii、Leishmania mexicana、L. tropica、L. major、L. aethiopica、L. donovani、Trypanosoma cruzi、T. brucei、Schistosoma mansoni、S. haematobium、S. japonium、Trichinella spiralis、Wuchereria bancrofti、Brugia malayli、Entamoeba histolytica、Enterobius vermiculoarus、Taenia solium、T. saginata、Trichomonas vaginatis、T. hominis、T. tenax; Giardia lamblia、Cryptosporidium parvum、Pneumocytis carinii、Babesia bovis、B. divergens、B. microti、Isospore belli、L hominis、Dientamoeba jragiles、Onchocerca volvulus、Ascaris lumbricoides、Necator americanis、Ancylostoma duodenale、Strongyloides stercoralis、Capillaria philippinensis、Angiostrongylus cantonensis、Hymenolepis nana、Diphyllobothrium latum、Echinococcus granulosus、E. multilocularis、Paragonimus westermani、P. caliensis、Chlonorchis sinensis、Opisthorchis felineas、G. viverini、Fasciola hepatica、Sarcoptes scabiei、Pediculus humanus、Phthirius pubis、およびDermatobia hominisが挙げられる。
【０２１７】
本明細書において提供される方法により治療することができる真菌感染として、これらに限定されないが、Cryptococcus neoformans、Blastomyces dermatitidis、Aiellomyces dermatitidis、Histoplasfria capsulatum、Coccidioides immitis、カンジダ属の種（C. albicans、C. tropicalis、C. parapsilosis、C. guilliermondiiおよびC. kruseiを含む）、アスペルギルス属の種（A. fumigatus、A. flavus、A. nigerを含む）、クモノスカビ属の種、リゾムコール属の種、クスダマカビ属の種、Apophysomyces属の種（A. saksenaea、A. mucorおよびA. absidiaを含む）、Sporothrix schenckii、Paracoccidioides brasiliensis、Pseudallescheria boydii、Torulopsis glabrata；および皮膚糸状菌の種が挙げられる。
【０２１８】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれかと抗原とを含むワクチンを提供する。本明細書において提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、ＨＩＶ抗原である。本明細書において提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、肝炎抗原である。いくつかの態様において、細菌組成物を、アジュバントとして、抗原性材料と組み合わせて投与する。抗原性材料は、病原体のタンパク質外皮（coat）、タンパク質コア、または機能的タンパク質およびペプチドのうちの１つ以上の部分、または全病原体（生きているもの、死んでいるもの、不活化されたものまたは弱毒化されたもの）を含んでもよく、あるいは、１つまたは複数のがんエピトープまたはがん抗原を含んでもよい。抗原性材料は、細菌組成物と共投与されても、その前または後に投与されてもよい。細菌組成物はまた、既存の粘膜（mucosal）ワクチン、例えばインフルエンザワクチン、（例えば、MedImmune製FluMistまたはSerum Institute of India製のNASOVAC）、ロタウイルスワクチン（例えばMerck製RotaTeqまたはGlaxoSmithKline製Rotarix）、チフスワクチン（例えば、Crucell製Vivotif、Ty21A）、コレラワクチン（例えば、Crucell製Orochol、Shantha Biotechnics製Shanchol）、旅行者下痢ワクチン（例えば、Valneva製Dukoral）と共に、弱毒化生インフルエンザＡウイルスＨＩ株、弱毒化生インフルエンザＡウイルスＨ３株、インフルエンザＢウイルス、弱毒化生Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルス（ブタインフルエンザ）、弱毒化生ロタウイルス、一価および多価のポリオウイルス、弱毒化生Salmonella typhi、コレラ毒素サブユニットＡを欠失している組み換え生Vibrio cholerae、コレラ毒素サブユニットＢを含むかまたはこれを含まない全死菌Vibrio cholerae 01 classicalおよびEl Torバイオタイプの抗原、がん抗原、がんエピトープ、およびそれらの組み合わせと共に、投与されてもよい。
【０２１９】
自己免疫疾患またはアレルギー性疾患
一側面において、本開示は、対象における疾患の治療のための組成物および方法を含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
【０２２０】
本開示の組成物および方法は、自己免疫疾患およびアレルギー性疾患を予防または治療するために用いることができる。治療することができる自己免疫疾患として、これらに限定されないが、炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、多発性硬化症、または橋本病が挙げられる。治療することができるアレルギー性疾患として、これらに限定されないが、食品アレルギー、花粉症または喘息が挙げられる。
【０２２１】
本明細書において提供される方法および組成物により治療することができる自己免疫性およびアレルギー性疾患として、限定することなく、以下が挙げられる：臓器移植における拒絶、例えば炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、スプルー、自己免疫性関節炎、関節リウマチ、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、骨髄移植の後の移植片対宿主病、変形性関節症、若年性関節リウマチ、ライム関節炎、乾癬性関節炎、反応性関節炎、脊椎関節症、全身性エリテマトーデス、インスリン依存性真正糖尿病、甲状腺炎、喘息、乾癬、皮膚炎強皮症（dermatitis scleroderma）、アトピー性皮膚炎、移植片対宿主病、臓器移植に関連する急性または慢性の免疫疾患、サルコイドーシス、アテローム動脈硬化症、播種性血管内凝固、川崎病、グレーブス病、ネフローゼ症候群、慢性疲労症候群、ウェゲナー肉芽腫症、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、腎臓の顕微鏡的血管炎、慢性活動性肝炎、ぶどう膜炎、敗血症性ショック、毒素性ショック症候群、敗血症症候群、悪液質、後天性免疫不全症候群、急性横断性脊髄炎、ハンチントン舞踏病、パーキンソン病、アルツハイマー病、脳卒中、原発性胆汁性肝硬変、溶血性貧血、多腺性欠損症（polyglandular deficiency）Ｉ型症候群および多腺性欠損症ＩＩ型症候群、シュミット症候群、成人（急性）呼吸促迫症候群、脱毛症、円形脱毛症、血清反応陰性関節症（seronegative arthopathy）、関節症、ライター病、乾癬性関節症、クラミジア、エルシニアおよびサルモネラ関連関節症、脊椎関節症、アテローム性疾患／動脈硬化症、アレルギー性結腸炎、アトピー性アレルギー（atopic allergy）、食物アレルギー、例えばピーナッツアレルギー、ツリーナッツ（tree nut）アレルギーアレルギー、卵アレルギー、乳アレルギー、大豆アレルギー、コムギアレルギー、シーフードアレルギー、甲殻類アレルギー、またはゴマアレルギー、自己免疫性水疱症、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、線状ＩｇＡ病、自己免疫性溶血性貧血、クームズ陽性溶血性貧血、後天性悪性貧血、若年性悪性貧血、筋痛性脳炎／Royal Free病、慢性皮膚粘膜カンジダ症、巨細胞動脈炎、原発性硬化性肝炎（primary sclerosing hepatitis）、特発性自己免疫性肝炎、後天性免疫不全疾患症候群、後天性免疫不全関連疾患、Ｃ型肝炎、分類不能免疫不全症（common varied immunodeficiency）（分類不能低ガンマグロブリン血症（common variable hypogammaglobulinaemia）、拡張型心筋症、線維性肺疾患、特発性線維化性肺胞炎、炎症後間質性肺疾患、間質性間質性肺炎、間質性肺疾患に関連する結合組織疾患、肺疾患に関連する混合型結合組織疾患、間質性肺疾患に関連する全身性強皮症、間質性肺疾患に関連する関節リウマチ、肺疾患に関連する全身性エリテマトーデス、肺疾患に関連する皮膚筋炎／多発性筋炎、肺疾患に関連するシェーグレン病、肺疾患に関連する強直性脊椎炎、血管炎性びまん性肺疾患、肺疾患に関連するヘモジデリン沈着症、薬物誘発性間質性肺疾患、放射線線維症、閉塞性細気管支炎、慢性好酸球性肺炎、リンパ球性浸潤性肺疾患、感染後間質性肺疾患、痛風性関節炎、自己免疫性肝炎、Ｉ型自己免疫性肝炎（古典的な自己免疫性またはルポイド肝炎）、２型自己免疫性肝炎（抗ＬＫＭ抗体肝炎）、自己免疫媒介性低血糖、黒色表皮腫を伴���Ｂ型インスリン抵抗性、副甲状腺機能低下症、臓器移植に関連する急性免疫疾患、臓器移植に関連する慢性免疫疾患、変形性関節症、原発性硬化性胆管炎、特発性白血球減少症、自己免疫性好中球減少症、腎疾患ＮＯＳ、糸球体腎炎、腎臓の顕微鏡的血管炎、円板状エリテマトーデス、特発性またはＮＯＳの男性不妊症、精子自己免疫、多発性硬化症（全サブタイプ）、インスリン依存性真正糖尿病、交感性眼炎、結合組織疾患に続発する肺高血圧症、グッドパスチャー症候群、結節性多発動脈炎の肺症状、急性リウマチ熱、リウマチ性脊椎炎、スチル病、全身性強皮症、高安病／動脈炎、自己免疫性血小板減少症、特発性血小板減少症、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能亢進症、甲状腺腫性自己免疫性甲状腺機能低下症（橋本病）、萎縮性自己免疫性甲状腺機能低下症、原発性粘液水腫性昏睡（primary myxoedema）、水晶体起因性ブドウ膜炎（phacogenic uveitis）、原発性血管炎、白斑、アレルギー性鼻炎（花粉アレルギー）、アナフィラキシー、ペットアレルギー、ラテックスアレルギー、薬物アレルギー、アレルギー性鼻結膜炎、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、好酸球性胃腸炎皮膚エリテマトーデス、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、好酸球性胃腸炎、および下痢。
【０２２２】
本明細書において提供される方法および組成物のいくつかの態様において、組成物は、１つ以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書において提供される方法および組成物のいくつかの態様において、抗炎症剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）である。例示的なＮＳＡＩＤとして、これらに限定されないが、アスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、セレコキシブ、ロフェコキシブ、ジクロフェナク、ジフルニサル、エトドラク、フェノプロフェン、フルルビプロフェン、ケトプロフェン、ケトロラク、メフェナム酸、メロキシカム、ナブメトン、オキサプロジン、ピロキシカム、スリンダク、トルメチンおよびこれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの態様において、ＮＳＡＩＤは、免疫選択的抗炎症性誘導体（immune selective anti-inflammatory derivative：ＩｍＳＡＩＤ）である。
【０２２３】
疾患の治療
一側面において、本開示は、対象における疾患のための治療の組成物および方法を提供する。一側面において、および限定されることなく、本明細書において開示される組成物は、その投与がＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらすことにより、疾患を治療することができる。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導により治療することができる疾患のための、対象における疾患のための治療の組成物および方法を提供する。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導により治療することができる疾患は、がん、感染性疾患、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患である。
【０２２４】
一側面において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物のいずれかを、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含む。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積が、組成物の投与の前の対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大する。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす。本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、組成物の投与の前の対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増大をもたらす。
【０２２５】
一側面において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含み、ここで、治療は、有害事象を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを、対象に、疾患を治療するために有効量を投与することを含み、ここで、治療は、望ましくない炎症性事象を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を含み、ここで、治療は、有害事象を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を含み、ここで、治療は、望ましくない炎症を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象において疾患を治療する方法を提供し、該方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を含み、ここで、治療は、腸における望ましくない炎症を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象においてがんを治療する方法を提供し、該方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を含み、ここで、治療は、腸における望ましくない炎症を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象においてがんを治療する方法を提供し、該方法は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を含み、ここで、治療は、結腸炎または他の炎症性腸疾患の発症を最小限化する。いくつかの態様において、本開示は、対象においてがんを治療する方法を提供し、該方法は、本明細書において提供される細菌組成物のうちの１つ以上および１つ以上の免疫チェックポイント阻害剤の投与を含み、ここで、治療は、結腸炎または他の炎症性腸疾患の発症を最小限化する。
【０２２６】
本明細書において示されるとおり、本開示の組成物は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与された場合に、免疫チェックポイント阻害剤の有効性を増大しつつ、同時に、免疫チェックポイント阻害剤治療に関連する有害事象を最小限にする。したがって、いくつかの態様において、本開示は、抗がん治療（例えばチェックポイント阻害剤）の投与により引き起こされる有害事象を最小限化する方法および組成物を提供する。用語「有害事象」は、用語「副作用」または「毒性」と交換可能に用いることができ、抗がん治療の投与により引き起こされる任意の望ましくない効果を指す。有害事象は、有害事象が、抗がん治療の開始の後に起こる場合、抗がん治療により引き起こされると考えられる。一般的に、有害事象は、抗がん治療により直接的または間接的に引き起こされ得る。いくつかの態様において、有害事象は、抗がん治療が効果的であることの指標として用いられる。
【０２２７】
抗がん治療により引き起こされ得る有害事象の例として、限定することなく、望ましくない免疫応答、結腸炎、炎症、皮膚科学的毒性、下痢、悪心、疲労、肝毒性、下垂体炎、好酸球増加症、および自己免疫性甲状腺疾患が挙げられる。抗がん治療により引き起こされるさらなる有害事象は、当業者には明らかであろう。
【０２２８】
チェックポイント阻害剤治療に関連する有害事象は、例えば、Postowら、Up to Date June 2017, Toxicities associated with checkpoint inhibitor immunotherapy、Postow M およびWolchok J著、Atkins MおよびRoss M., Yangら編、Recognizing and managing toxicities in cancer immunotherapy, Tumor Biology March (2017): 1-13；およびLinardou et al., Toxicity management of immunotherapy for patients with metastatic melanoma」. Ann Transl. Med (2016) 4 (14) 22において概説され、これらは全て、その全体において本明細書において参考として援用される。
いくつかの態様において、有害事象は、免疫チェックポイント阻害剤により誘導される結腸炎である（例えば、Prieux-Clotz et al., Target Oncology 2017, 12, 301-308を参照）。
【０２２９】
本明細書において記載される組成物のうちのいずれかを、対象に、疾患（例えばがんまたは感染性疾患）を治療または予防するための治療有効量、または治療有効量の用量において、投与することができる。用語「治療する」または「治療」は、疾患（例えばがんまたは感染性疾患）に関連する症状の１つ以上を軽減または緩和することを指す。用語「予防する」または「予防」は、予防的投与を包含し、疾患（例えばがんまたは感染性疾患）の発生率や可能性を低下させ得る。例えば、いくつかの態様において、本明細書において提供される組成物の投与は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導し、それにより対象をがんおよび／または感染性疾患に対して保護する、健康なマイクロバイオームをもたらす。
【０２３０】
本明細書において用いられる場合、医薬組成物などの組成物の「治療有効量」とは、対象において、所望される応答または治療成績、例えば本明細書において記載されるもの（感染の予防、免疫応答、または免疫応答の増強、および／またはがんの治療の増強を含むがこれらに限定されない）をもたらす、任意の量である。有効量という用語は、投与されるべき細菌の数またはＣＦＵにおいて表すことができることが、理解されるべきである。さらに、細菌は、投与された後に複製し得ることが、理解されるべきである。したがって、比較的少量の細菌の投与ですら、治療効果を有し得る。
いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物のいずれかの治療有効量とは、疾患を治療するために、例えば、対象の生存率を増強するか、感染を抑制するか、および／またはがんを治療するために、十分な量である。
【０２３１】
本明細書において記載される方法のいずれかは、対象におけるがんの治療のためのものであってよい。本明細書において用いられる場合、がんを治療する方法は、がんに関連する少なくとも１つの症状を軽減（relieve）もしくは緩和（alleviate）すること、またはがんの進行を遅延させるかもしくは逆転させることを含む。がんを治療する方法は、例えば、対象の腫瘍負荷を除去するかもしくは減少させること、癌細胞の数もしくは複製を減少させること、および／または転移を予防するか、遅延させるか、もしくは阻害することであってよい。
【０２３２】
また本明細書において提供されるのは、対象における感染性疾患の治療または予防のための方法である。本明細書において用いられる場合、感染性疾患を治療する方法は、感染に関連する少なくとも１つの症状を軽減もしくは緩和すること、または感染の進行を遅延させるかもしくは逆転させることを含む。感染性疾患を治療する方法は、例えば、感染性生物（例えば、細菌、ウイルス、真菌もしくは寄生虫）の負荷量を除去するかもしくは減少させるか、または感染の１つ以上の症状を阻害もしくは軽減し得る。また、本明細書において用いられる場合、用語「予防する」、「予防」および「予防すること」は、臨床的症状もしくは不顕性の症状、合併症、感染の病理学的もしくは生化学的指標を軽減するかもしくはその出現の開始を遅延させるため、または、感染性生物（例えば、細菌、ウイルス、真菌もしくは寄生虫）の拡散／伝播を減少させるかもしくはこれを阻害するための、対象への組成物の投与を含む。
【０２３３】
本開示の側面は、対象において、本明細書において記載される組成物のいずれかの治療有効量を投与することにより、疾患または状態を治療するための方法に関する。いくつかの態様において、対象は、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ヒツジ、ブタ、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシなどの哺乳動物対象である。いくつかの態様において、対象は、ヒト被験者である。
【０２３４】
本明細書において記載される組成物および方法は、さらなる治療剤などの他の型の治療（すなわち、併用治療）と組み合わせて利用することができる。さらなる併用治療の例として、限定することなく、外科手術、放射線照射、遺伝子治療、および化学療法剤、抗生物質、抗ウイルス剤、抗真菌剤、抗寄生虫剤、免疫調節剤、抗炎症剤などのさらなる治療剤の投与が挙げられる。一般的に、併用治療は、本明細書において記載される組成物および方法と同時に、またはこれと連続的に（任意の順序において）、投与することができる。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物のいずれかは、例えば、単一の用量において、または実質的に同じ時間に投与される複数の用量において、１つ以上のさらなる治療剤と同時に投与される。
【０２３５】
いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物は、対象に、１つ以上のさらなる治療剤と同時に投与される。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物が、対象に投与され、その後、１つ以上のさらなる治療剤が投与される。いくつかの態様において、本明細書において記載される組成物のいずれかは、１つ以上のさらなる治療剤の投与の少なくとも約１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、３か月、４か月、５か月、６か月前、またはそれより前に投与される。あるいは、いくつかの態様において、１つ以上の治療剤が対象に投与され、その後、本明細書において記載される組成物のいずれかが投与される。いくつかの態様において、１つ以上の治療剤は、本明細書において記載される任意の組成物の投与の、少なくとも約１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、３か月、４か月、５か月、６か月前またはそれより前に、投与される。
【０２３６】
さらなる方法
また本開示の範囲内であるのは、本明細書において記載される組成物のいずれかの１つ以上の細菌株が対象の腸において存在するか否かを評価する方法である。いくつかの態様において、閾値の数より少ない細菌株が対象の腸において検出された場合、対象の腸における細菌株の数を増加させるために、本明細書において記載される組成物のいずれかを対象に投与する。いくつかの態様において、方法は、腸において検出された細菌株の数に基づいて、対象を疾患の治療のための候補として同定することを、さらに含む。
【０２３７】
バイオマーカーのセットのレベルを測定することもまた、疾患の評価および治療において有用であり得る。
一般的に、腸の細菌集団（例えば、１つ以上の細菌株の存在または不在）は、便試料などの対象から得られた試料を評価することにより、決定することができる。
【０２３８】
本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸におけるＩＦＮ−ガンマ産生の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の存在をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の移植をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には移植されていない。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸における、投与された組成物の細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸において、投与された組成物のうちの移植された細菌株の数の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸において、投与された組成物のうちの細菌株の全細菌の量の増加をもたらす。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、対象への組成物の投与は、対象の腸において、投与された組成物のうちの、移植された全細菌株の増加をもたらす。
【０２３９】
一側面において、本開示は、対象の腸において本明細書において提供される組成物のいずれか１つ以上の細菌種が存在するか否かを決定することを含む方法を提供し、ここで、細菌種のうちの１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在する、または細菌種が存在しない場合、組成物を対象に投与する。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんの治療を受けているか、受けることになっている。
【０２４０】
一側面において、本開示は、がんの治療に正に応答することが予測されるか否かを決定するための方法を提供し、ここで、方法は、対象の腸において本明細書において提供される組成物のいずれかの１つ以上の細菌種が存在するか否かを決定することを含み、ここで、細菌種のうちの１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在する、または細菌種が存在しない場合、対象は、がんの治療に対して正に応答することが予測されない。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、がん治療は、がん免疫療法治療である。
【０２４１】
一側面において、本開示は、対象におけるウイルス感染のリスクを低下させるための方法を提供し、ここで、方法は、対象の腸において本明細書において提供される組成物のいずれかの１つ以上の細菌種が存在するか否かを決定することを含み、ここで、細菌種のうちの１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在する、または細菌種が存在しない場合、組成物を対象に投与し、それにより対象におけるウイルス感染のリスクを低下させる。
【０２４２】
一側面において、本開示は、対象において細菌感染のリスクを低下させるための方法を提供し、ここで、方法は、対象の腸において本明細書において提供される組成物のいずれかの１つ以上の細菌種が存在するか否かを決定することを含み、ここで、細菌種のうちの１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在する、または細菌種が存在しない場合、組成物を対象に投与し、それにより対象における細菌感染のリスクを低下させる。いくつかの態様において、細菌感染は、細胞内細菌感染である。
本明細書において提供される方法のいくつかの態様において、細菌種のうちの１つ以上の存在を決定することは、対象の便物質を配列決定することにより行われる。
【０２４３】
医薬組成物
一側面において、本開示は、本明細書において提供される細菌株および細菌株の組み合わせを含む医薬組成物を提供する。本明細書において提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、医薬組成物である。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤を含む。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、腸への送達のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、結腸への送達のために処方される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、細菌株の１つ以上は、凍結乾燥される。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、カプセルの形態である。本明細書において提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、１つ以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感受性の組成物をさらに含む。
【０２４４】
本明細書において記載される医薬組成物および組成物を含む食品製品を含む組成物のいずれかは、細菌株を、任意の形態において、例えば溶液または懸濁液などの水性の形態、半固体の形態に包埋して、粉末化された形態または凍結乾燥形態において、含んでもよい。いくつかの態様において、組成物または組成物の細菌株を凍結乾燥される。いくつかの態様において、組成物中の細菌株のサブセットは、凍結乾燥される。組成物、特に細菌を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該分野において周知である。例えば、ＵＳ３，２６１，７６１；ＵＳ４，２０５，１３２；ＰＣＴ公開ＷＯ２０１４／０２９５７８およびＷＯ２０１２／０９８３５８を参照；これらは、その全体において本明細書において参考として援用される。細菌を組み合わせとして凍結乾燥してもよく、および／または、細菌を個別に凍結乾燥して、投与の前に組み合わせてもよい。細菌株は、それを他の細菌株と組み合わせる前に、医薬用賦形剤と組み合わせてもよく、または、複数の凍結乾燥された細菌を、凍結乾燥形態にあるうちに組みあわせて、細菌の混合物を、組み合わせた後で、医薬用賦形剤と組み合わせてもよい。いくつかの態様において、細菌株は、凍結乾燥されたケーク（cake）である。いくつかの態様において、１つ以上の細菌株を含む組成物は、凍結乾燥されたケークである。いくつかの態様において、医薬組成物および食品製品を含む組成物の細菌株の１つ以上は、スプレー乾燥されている。いくつかの態様において、細菌株のサブセットを、スプレー乾燥する。スプレー乾燥のプロセスとは、細菌組成物を含む液体からの乾燥粉末の製造を指す（例えば、Ledetら、「Lyophilized Biologics and Vaccines」中の、Spray-Drying of Pharmaceuticals、２７３〜２９４頁（Springer）を参照）。一般的に、プロセスは、高温気体により細菌組成物を迅速に乾燥させることを含む。細菌株は、それを他の細菌株と組み合わせる前に医薬用賦形剤と組み合わせてもよく、または、複数のスプレー乾燥された細菌株を、スプレー乾燥状態にあるうちに組み合わせて、細菌株の混合物を、組み合わせた後で、医薬用賦形剤と組み合わせてもよい。
【０２４５】
組成物の細菌株は、当該分野において周知の発酵技術を用いて製造することができる。いくつかの態様において、活性成分は、嫌気性細菌種の迅速な増殖を支援することができる嫌気発酵槽を用いて製造する。嫌気発酵槽は、例えば、撹拌型タンクリアクターまたはディスポーザブルのウェーブバイオリアクターであってよい。ＢＬ培地およびＥＧ培地などの培養培地、または動物性構成成分を含まないこれらの培地の類似のバージョンを、細菌種の増殖を支援するために用いることができる。細菌生成物は、遠心分離および濾過などの伝統的な技術により、発酵ブロスから純化および濃縮することができ、任意に、当該分野において周知の技術により、乾燥および凍結乾燥することができる。
【０２４６】
いくつかの態様において、細菌株の組成物は、医薬組成物としての投与のために処方することができる。用語「医薬組成物」は、本明細書において用いられる場合、本明細書において記載される任意の２つ以上の純化された細菌株などの少なくとも１つの活性成分、および１つ以上の薬学的に許容可能な賦形剤を含む１つ以上の不活性成分を、混合するかまたは組み合わせることから生じる生成物を意味する。
【０２４７】
「許容可能な」賦形剤とは、活性成分と適合可能でなくてはならず、それが投与される対象にとって有害であってはならない賦形剤を指す。いくつかの態様において、薬学的に許容可能な賦形剤は、意図される組成物の投与の経路に基づいて選択され、例えば、経口または鼻投与のための組成物は、直腸投与のための組成物とは異なる薬学的に許容可能な賦形剤を含んでもよい。賦形剤の例として、無菌水、生理食塩水、溶媒、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定化剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、保存剤、結合剤、希釈剤、浸透圧調整剤、無痛化薬、嵩高剤、崩壊剤、緩衝化剤、コーティング剤、潤滑剤、着色剤、甘味剤、増粘剤、および可溶化剤が挙げられる。
【０２４８】
医薬組成物は、当該分野において周知であり慣用的に実施されている方法に従って調製することができる（例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co.、第２０版、2000を参照）。医薬本明細書において記載される組成物は、凍結乾燥された処方物または水溶液の形態において、任意のキャリアまたは安定化剤をさらに含んでもよい。許容可能な賦形剤、キャリア、または安定化剤として、例えば、緩衝化剤、抗酸化剤、保存剤、ポリマー、キレート剤、および／または界面活性剤を挙げることができる。医薬組成物は、好ましくは、ＧＭＰ条件下において製造される。医薬組成物は、経口で、鼻で、または非経口で用いられるもの、例えばカプセル、錠剤、丸剤、サシェ（sachet）、液体、粉末、顆粒、細顆粒、フィルムコーティングされた製剤、ペレット、トローチ、舌下用製剤、チュアブル剤、バッカル製剤、ペースト、シロップ、懸濁液、エリキシル剤、エマルジョン、リニメント剤、軟膏、硬膏、パップ剤、経皮吸収系、ローション、吸入剤、エアロゾル、注射、坐剤などであってよい。
【０２４９】
いくつかの態様において、細菌は、腸（例えば、小腸および／または結腸）への送達のために処方される。いくつかの態様において、細菌は、胃内の過酷な環境を通じての細菌の生存率を増大させる腸溶性コーティングを用いて処方される。腸溶性コーティングは、胃液の作用に対抗して、そこにおいて組み込まれた細菌が胃を通過して腸へ到達するようにするものである。腸溶性コーティングは、腸内液と接触した場合に容易に溶解して、コーティング中に封入されている細菌が腸管中に放出されるようにするものであってよい。腸溶性コーティングは、市販のEUDRAGIT（Evonik Industries）などの、当該分野において周知のポリマーおよびコポリマーからなっていてよい（例えば、Zhang, AAPS PharmSciTech (2016) 17 (1), 56-67を参照）。
【０２５０】
細菌はまた、腸（例えば結腸）への直腸送達のために処方することができる。したがって、いくつかの態様において、細菌組成物は、坐剤、大腸内視鏡法、内視鏡法、Ｓ状結腸鏡法または注腸による送達のために処方することができる。医薬調製物または処方物および特に経口投与のための医薬調製物は、本開示の組成物の腸（例えば結腸）への効率的な送達を可能にする、さらなる構成成分を含んでもよい。組成物の腸（例えば結腸）への送達を可能にする多様な医薬調製物を用いることができる。その例として、ｐＨ感受性の組成物、ことさらには、腸溶性ポリマーが胃を通過した後にｐＨがアルカリになった場合にその内容物を放出する、緩衝化されたサシェ処方物または腸溶性ポリマーが挙げられる。医薬調製物を処方するためにｐＨ感受性の組成物を用いる場合、ｐＨ感受性の組成物は、好ましくは、その組成物の分解のｐＨの閾値が約６．８〜約７．５であるポリマーである。かかる数値範囲は、胃の遠位部分においてｐＨがアルカリ側に向かってシフトする範囲であり、従って、結腸への送達における使用のために好適な範囲である。さらに、腸の各々の部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）は、異なる生化学的および科学的環境を有することが、理解されるべきである。例えば、腸の部分は様々なｐＨを有し、それにより、特定のｐＨ感受性を有する組成物によるターゲティングされた送達が可能となる。したがって、本明細書において提供される組成物は、適切なｐＨ感受性を有する処方物を提供することにより、腸または腸の特定の部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）への送達のために処方することができる（例えば、Villena et al., Int J Pharm (2015) 487 (1-2): 314-9を参照）。
【０２５１】
組成物の腸（例えば結腸）への送達のために有用な医薬調製物の別の態様は、内容物（例えば細菌株）の放出を、小腸の通過時間に対応する約３〜５時間、遅延させることにより、結腸への送達を保証するものである。遅延放出のために医薬調製物の一態様において、ハイドロゲルがシェルとして用いられる。ハイドロゲルは、胃腸管液と接触した場合に水和されて膨潤し、その結果として、内容物が効果的に放出される（主に結腸において放出される）。遅延放出投与単位は、投与されるべき薬物または活性成分をコーティングするかまたは選択的にコーティングする材料を有する、薬物含有組成物を含む。かかる選択的コーティング材料の例として、in vivoで分解可能なポリマー、徐々に加水分解可能なポリマー、徐々に水溶性なポリマー、および／または酵素分解可能なポリマーが挙げられる。放出を効率的に遅延させるための広範なコーティング材料が利用可能であり、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースなどのセルロースベースのポリマー、メタクリル酸ポリマーおよびコポリマーなどのアクリル酸ポリマーおよびコポリマー、ポリビニルピロリドンなどのビニルポリマーおよびコポリマーを含む。
【０２５２】
腸（例えば結腸）への送達を可能にする医薬組成物のさらなる例として、結腸粘膜に特異的に接着する生体付着性組成物（例えば、米国特許第６，３６８．５８６号の明細書において記載されるポリマー）、および特にバイオ医薬調製物を胃腸管においてプロテアーゼの活性に起因する分解から保護するために、その中にプロテアーゼ阻害剤が組み込まれる組成物が挙げられる。
【０２５３】
腸（例えば結腸）への送達を可能にする系の別の例は、胃の遠位部分において細菌発酵中の気体の発生により引き起こされる圧力変化を利用することにより内容物が放出されるような、圧力変化により組成物を結腸に送達する系である。かかる系は、特に限定されず、そのより具体的な例は、内容物を坐剤用基剤中に分散して有し、疎水性ポリマー（例えば、エチルセルロース）でコーティングされたカプセルである。
【０２５４】
組成物の腸（例えば結腸）への送達を可能にする系のさらなる例は、例えば炭水化物ヒドラーゼまたは炭水化物レダクターゼなどの腸管（例えば結腸）において存在する酵素により取り除くことができるコーティングを含む組成物である。かかる系は、特に限定されず、そのより具体的な例は、非デンプン多糖、アミロース、キサンタンガム、およびアゾポリマーなどの食品構成成分を用いる系を含む。
【０２５５】
本明細書において提供される組成物はまた、オリフィス（例えば鼻用管）を通じて、または外科手術を通じての送達により、腸などの特定の標的領域に送達することができる。加えて、特定の領域（例えば、盲腸または結腸）への送達のために処方される本明細書において提供される組成物は、管により（例えば、小腸中へ直接的に）投与してもよい。管などの機械的送達法とｐＨ特異的コーティングなどの化学的送達法とを組み合わせることにより、本明細書において提供される組成物の所望される標的領域（例えば、盲腸または結腸）への送達が可能になる。
【０２５６】
細菌株を含む組成物は、当業者に公知の慣用的な方法により薬学的に許容可能な剤形に処方される。投与レジメンは、最適な所望される応答（例えば、予防的または治療的効果）を提供するために調整される。いくつかの態様において、組成物の剤形は、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、顆粒、溶液または坐剤である。いくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために処方される。いくつかの態様において、医薬組成物は、組成物の細菌またはその一部が、対象の胃を通過した後でまだ生存しているように、処方される。いくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために、例えば坐剤として処方される。いくつかの態様において、医薬組成物は、適切なコーティング（例えば、ｐＨ特異的コーティング、標的領域に特異的な酵素により分解され得るコーティング、または標的領域において存在する受容体に結合することができるコーティング）を提供することにより、腸または腸の特定の領域（例えば結腸）への送達のために処方される。
【０２５７】
医薬組成物中の活性成分の投与量は、対象に対して毒性であったり有害効果を有することなく、特定の対象、組成物、投与の形態についての、所望される医薬的応答を達成するために有効である活性成分の量を得るために、変化させることができる。選択された投与量のレベルは、使用される特定の組成物の活性、投与の経路、投与の時間、治療の期間、当該使用される特定の組成物と組み合わせて用いられる他の薬物、化合物および／または材料、治療されている対象の年齢、性別、体重、状態、一般的健康および先の病歴、および類似の要因を含む、多様な要因に依存する。
【０２５８】
医師、獣医師、または他の訓練されたプラクティショナーは、医薬組成物の用量を、所望される治療効果を達成するために必要とされるものよりも低いレベルにおいて開始し、所望される効果（例えば、病原体感染の治療、病原体感染の細菌負荷の減少、毒素生成の減少または阻害）が達成されるまで、投与量を徐々に増大させることができる。一般的に、本明細書において記載されるようなヒトの群の予防的治療のための、本明細書において開示される組成物の有効用量は、投与の経路、対象の生理学的状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の医薬、および所望される治療効果を含む、多くの異なる要因に依存して変化する。投与量は、安全性および効力を最適化するために、滴定する必要がある。いくつかの態様において、投与レジメンは、本明細書において記載される組成物のいずれかの用量の経口投与を伴う。いくつかの態様において、投与レジメンは、本明細書において記載される組成物のいずれかの複数の用量の経口投与を伴う。いくつかの態様において、組成物は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回、対象に経口投与される。いくつかの態様において、対象は、組成物の１つ以上の用量の投与の前に、抗生物質で治療される。いくつかの態様において、対象は、組成物が対象に１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回経口投与される前に、抗生物質で治療される。
【０２５９】
いくつかの態様において、対象は、本明細書において提供されるＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の前に、またはこれと同時に、抗生物質の１つ以上の用量を投与され得る。抗生物質は、多様な理由のために投与することができる。例えば、抗生物質は、本明細書において提供されるＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の投与の前に、結腸および／または腸から細菌種を取り除くために投与してもよい。いくつかの態様において、抗生物質は、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の細菌株が結腸および／または腸において生着する能力を増大させるために投与してもよい。いくつかの態様において、マイクロバイオームから、がんの治療において望ましくない免疫応答を誘導する細菌種を取り除くことが所望されることが、理解されるべきである。いくつかの態様において、抗生物質は、マイクロバイオーム中に存在するＴｒｅｇを誘導する細菌種の数を減少させるために投与される。クロストリジウム属のクラスターＩＶおよび／またはＸＩＶａに属する細菌種は、Ｔｒｅｇ細胞を誘導することができることが、理解されるべきである（例えば、Atarahi et al. Nature 500, 232 (2013)を参照）。いくつかの態様において、抗生物質は、マイクロバイオーム中に存在するクロストリジウム属のクラスターＩＶおよび／またはＸＩＶａの細菌種の数を減少させるために投与される。いくつかの態様において、クロストリジウム属のクラスターＩＶおよび／またはＸＩＶａの細菌種に指向された抗生物質スペクトルを有する抗生物質が投与される。いくつかの態様において、抗生物質は、バンコマイシンである。抗生物質はまた、抗がん治療の症例における望ましくない感染を抑制するために投与してもよい。いくつかの例において、抗生物質は、感染性疾患のための治療方法として投与してもよい。いくつかの例において、抗生物質は、感染性疾患のための治療方法として、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物と一緒に、投与してもよい。投与することができる抗生物質の例として、限定することなく、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシンおよびセフォペラゾンが挙げられる。いくつかの態様において、抗生物質は、バンコマイシンである。
【０２６０】
いくつかの態様において、対象に、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の投与の前に、抗生物質の単一の用量を投与する。いくつかの態様において、対象に、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の投与の前に、抗生物質の複数の用量を投与する。いくつかの態様において、対象に、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の投与の前に、抗生物質の少なくとも２、３、４、５またはそれより多くの用量を投与する。いくつかの態様において、対象に、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物の投与と実質的に同じ時間に、抗生物質の用量を投与する。投与することができる抗生物質の例として、限定することなく、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシンおよびセフォペラゾンが挙げられる。
【０２６１】
いくつかの態様において、本開示は、抗生物質および抗がん剤（例えば免疫チェックポイント阻害剤）を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、バンコマイシンおよび抗がん剤（例えば免疫チェックポイント阻害剤）を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、抗生物質およびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、バンコマイシンおよびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、抗生物質、抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）およびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物を含む、組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、バンコマイシン、抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）およびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物を含む、組成物を提供する。
【０２６２】
いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、抗生物質は、抗がん剤（例えば免疫チェックポイント阻害剤）と一緒に投与される。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、バンコマイシンは、抗がん剤（例えば免疫チェックポイント阻害剤）と一緒に投与される。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、抗生物質は、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物と一緒に投与される。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、バンコマイシンは、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物と一緒に投与される。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、抗生物質は、抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）およびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物と一緒に投与される。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法のいずれか１つにおいて、バンコマイシンは、抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）およびＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌組成物と一緒に投与される。
【０２６３】
本明細書において提供されるいずれか１つの方法におけるいくつかの態様において、対象を、マイクロバイオーム中のＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株の存在について評価する。いくつかの態様において、対象が、マイクロバイオーム中にＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株を有さないか、または低レベルのＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株のみを有する場合、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを投与してもよい。いくつかの態様において、ある人物が、そのマイクロバイオーム中に、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株を有さないか、または低レベルのＣＤ８  Ｔ細胞誘導性細菌株のみを有する場合、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを、抗生物質の投与なしで、投与してもよい。
【０２６４】
本明細書において提供されるいずれか１つの方法におけるいくつかの態様において、対象を、ＣＤ８  Ｔ細胞の存在について評価する。いくつかの態様において、対象が、ＣＤ８  Ｔ細胞を有さないか、または低レベルのＣＤ８  Ｔ細胞のみを有する場合、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを投与してもよい。いくつかの態様において、ある人物が、ＣＤ８  Ｔ細胞を有さないか、または低レベルのＣＤ８  Ｔ細胞のみを有する場合、本明細書において提供される組成物のいずれか１つを、抗生物質の投与なしで、投与してもよい。
いくつかの態様において、対象を、組成物の１つ以上の用量の投与の前に、抗生物質で治療する。いくつかの態様において、組成物を、さらなる共生細菌と組み合わせて投与する。いくつかの態様において、対象を、さらなる共生細菌と組み合わせた組成物の１つ以上の用量の投与の前に、抗生物質で治療する。
【０２６５】
いくつかの態様において、本開示は、本明細書において提供される組成物の１つ以上を投与すること、および細菌株が腸において定着したか否かを評価することを含む、治療の方法を提供する。いくつかの態様において、本開示は、本明細書において提供される組成物の１つ以上を投与すること、細菌株が腸において定着したか否かを評価することを含む治療の方法を提供し、ここで、細菌株の１つ以上が腸において定着しなかった場合、本明細書において提供される組成物のさらなる１つ以上の投与を行う。いくつかの態様において、細菌株が対象の腸において定着したか否かを評価することは、対象の便物質の全ゲノム配列決定および／またはｑＰＣＲにより行う。いくつかの態様において、方法は、さらに、細菌株の検出を可能にする１つ以上の核酸配列を含む。いくつかの態様において、核酸配列は、ｑＰＣＲのためのプライマーである。いくつかの態様において、プライマーは、配列番号１６〜２６および３８〜４８から選択される１つ以上の配列を含む。
【０２６６】
医薬本明細書において開示される組成物を含む組成物は、一定の範囲の活性成分（例えば、生細菌、芽胞形態における細菌）を有する組成物を含む。組成物中の細菌の量は、重量、細菌の数および／またはＣＦＵ（コロニー形成単位）において表すことができる。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物の細菌の各々を、投与量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多く含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、全細菌を、投与量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多く含む。さらに、組成物の細菌は、様々な量において存在し得ることが、理解されるべきである。したがって、例えば、非限定的な例として、組成物は、１０３の細菌Ａ、１０４の細菌Ｂおよび１０６の細菌Ｃを含んでもよい。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物中の細菌の各々を、投与量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３ＣＦＵまたはそれより多く含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組み合わせた細菌の全てについての合計で、投与量あたり、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３ＣＦＵまたはそれより多く含む。上で議論されるとおり、組成物の細菌は、様々な量において存在してよい。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物中の細菌の各々を、投与量あたり、約１０−７グラム、約１０−６グラム、約１０−５グラム、約１０−４グラム、約１０−３グラム、約１０−２グラム、約１０−１グラムまたはそれより多く含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組み合わせた細菌の全てにおいて、投与量あたり、約１０−７グラム、約１０−６グラム、約１０−５グラム、約１０−４グラム、約１０−３グラム、約１０−２グラム、約１０−１グラムまたはそれより多くを含む。いくつかの態様において、投与量は、１つの投与デバイス（例えば、１つの錠剤、丸剤またはカプセル）である。いくつかの態様において、投与量は、特定の期間（例えば、１日または１週間）において投与される量である。
【０２６７】
いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物の細菌の各々を、投与量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、全細菌を、投与量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２含む。
【０２６８】
いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物の細菌の各々を、投与量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２ＣＦＵ含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、投与量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の全ＣＦＵを含む。
【０２６９】
いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組成物中の細菌の各々を、投与量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラム含む。いくつかの態様において、本明細書において開示される医薬組成物は、組み合わせた細菌の全てを、投与量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラム含む。
【０２７０】
一側面において、本開示は、本明細書において提供される組成物のいずれかおよび栄養を含む、食品製品を提供する。また、本開示の範囲によるものは、本明細書において記載される細菌株のいずれかおよび栄養を含む、食品製品である。食品製品は、一般的に、ヒトまたは動物における消費のために意図される。本明細書において記載される細菌株のいずれかは、食品製品として処方することができる。いくつかの態様において、細菌株は、芽胞形態において、食品製品として処方することができる。いくつかの態様において、細菌株は、栄養形態において、食品製品として処方される。いくつかの態様において、食品製品は、栄養細菌および芽胞形態における細菌の両方を含む。本明細書において開示される組成物は、健康食品または飲料、乳児のための食品または飲料、妊婦、アスリート、年長者または他の特定の群のための食品または飲料、機能食品、飲料、特定の健康的使用のための食品または飲料、栄養補助食品、患者のための食品または飲料、または動物飼料などの、食品または飲料において用いることができる。食品および飲料の非限定的な例として、ジュース、清涼飲料、茶飲料、飲用製剤、ゼリー飲料、および機能飲料などの多様な飲料；ビールなどのアルコール飲料；米食品製品、麺、パンおよびパスタなどの炭水化物含有食品；魚肉ハム、ソーセージ、海産食品のペースト状製品などのペースト状製品；カレーなどのレトルトパウチ製品、餡（thick starchy sauce）をかけた食品、スープ；ミルク、乳飲料、アイスクリーム、チーズおよびヨーグルトなどの乳製品；味噌、ヨーグルト、発酵飲料およびピクルスなどの発酵食品；豆製品；ビスケット、クッキーなどを含む西洋菓子製品、蒸し饅頭、水羊羹などを含む和菓子製品、キャンディー、チューインガム、グミ、ゼリー、クリームカラメル（cream caramel）および氷菓を含む冷菓などの多様な菓子製品；インスタントスープおよびインスタント味噌汁などのインスタント食品；電子レンジで調理できる食品などが挙げられる。さらに、例はまた、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペーストおよびゼリーの形態において調製された食品および飲料を含む。
【０２７１】
本明細書において記載される細菌株を含む食品製品は、当該分野において公知の方法を用いて製造することができ、本明細書において提供される医薬組成物と同じ細菌の量（例えば、重量、量、またはＣＦＵにより）を含んでもよい。食品製品における適切な細菌の量の選択は、例えば食品製品の一人前のサイズ、食品製品の消費の頻度、食品製品中に含まれる特定の細菌株、食品製品中の水の量、および／または食品製品中の細菌の生存のためのさらなる条件を含む、多様な要因に依存し得る。
【０２７２】
本明細書において記載される細菌株のいずれかを含むように処方することができる食品製品の例として、限定することなく、飲料、ドリンク、バー、スナック、乳製品、菓子製品、穀物加工製品、惣菜（ready-to-eat）製品、栄養補助処方物などの栄養処方、食品または飲料添加物が挙げられる。
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の投与の前に、抗生物質の用量を投与されていない。いくつかの態様において、対象は、本明細書において提供される組成物の投与の前、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１８０または少なくとも３６０日間、抗生物質を投与されていない。いくつかの態様において、対象は、本明細書において提供される細菌組成物の１つ以上の株を移植することを可能にするために十分な量の抗生物質で治療される。
【０２７３】
いくつかの態様において、対象に、細菌組成物の前に、またはこれと同時に、抗生物質の１つ以上の用量を投与してもよい。抗生物質は、多様な理由のために投与してよい。例えば、抗生物質は、本明細書において提供される細菌組成物の投与の前に、結腸および／または腸から細菌種を取り除くために投与してもよい。抗生物質はまた、がんの治療の症例における望ましくない感染を抑制するために投与してもよい。いくつかの例において、抗生物質は、感染性疾患のための治療方法として投与してもよい。
いくつかの態様において、対象に、細菌組成物の前に、抗生物質の単一の用量を投与。いくつかの態様において、対象に、細菌組成物の前に、抗生物質の複数の用量を投与する。いくつかの態様において、対象に、細菌組成物の前に、少なくとも２、３、４、５またはそれより多くの抗生物質の用量を投与する。いくつかの態様において、対象に、細菌組成物と実質的に同じ時間に、抗生物質の用量を投与する。投与することができる抗生物質の例として、限定することなく、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシンおよびセフォペラゾンが挙げられる。
【０２７４】
診断および予後判定の方法
また本明細書において記載されるのは、対象が治療（本明細書において記載される組成物および／または本明細書において記載される免疫チェックポイント阻害剤のいずれかなど）を受けるべきか否かを決定することにおける使用のための、診断方法（例えばコンパニオン診断）である。かかる方法は、疾患を診断するため、疾患の進行をモニタリングするため、疾患のための治療の有効性を評価するため、および／または特定の治療のために好適な患者を同定するために、用いることができる。
【０２７５】
したがって、本明細書において記載される方法は、対象から得られた試料（例えば、リンパ球を含有する生物学的試料）中のマーカーのレベルに基づく。いくつかの態様において、方法は、対象からの１つ以上の試料中のマーカーの存在および／またはレベルを分析することを含む。
いくつかの態様において、対象から得られた試料中のマーカーのレベルを、次いで、参照試料または対照試料と比較して、試料中の マーカーの量を示す値を決定することができる。いくつかの態様において、マーカーについての値は、試料中のマーカーのレベルを、当該試料中の別のマーカー（例えば、内部対照または内部標準）のレベルと比較することにより得られる。マーカーの値を参照値と比較して、対象が疾患を有するか、または疾患についてのリスクがあるか否かを決定することができる。いくつかの態様において、マーカーのレベルを、マーカーについての所定の閾値と比較する。この閾値からの偏差は、対象が疾患を有することを示し得る。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が参照レベルまたは値よりも高い場合、対象を、本明細書において記載されるような疾患を有するか、またはそのリスクがあるものとして同定することができる。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が参照レベルまたは値より低い場合、対象を、本明細書において記載されるような疾患を有するか、またはそのリスクがあるものとして同定することができる。
【０２７６】
いくつかの態様において、対象からの試料中のマーカーのレベルを、同じ対象から得られた別の試料、例えば当該対象から別の時点において得られた試料中のマーカーのレベルと比較する。いくつかの態様において、対象からの試料中のマーカーのレベルを、当該対象からより早い時点（本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前など）において得られた試料中のマーカーのレベルと比較する。いくつかの態様において、対象からの試料中のマーカーのレベルを、当該対象からより遅い時点（本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の後など）において得られた試料中のマーカーのレベルと比較する。
【０２７７】
いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、より高い場合、対象に、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物を投与する。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、より高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を含む治療を継続する。いくつかの態様において、試料中のマーカーのレベルまたは値が、本明細書において記載される組成物の投与の前の試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％増強される。
【０２７８】
いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、増大していない（例えば、それと等しいかそれより低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を、中止する。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、増大していない（例えば、それと等しいかそれより低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を、本明細書において記載される組成物の投与の後で、再分析する。いくつかの態様において、試料中のマーカーのレベルまたは値は、本明細書において記載される組成物の投与の前の試料中のマーカーのレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％減少する。
【０２７９】
いくつかの態様において、マーカーのレベルは、マーカーの発現（例えば、タンパク質または核酸レベル）および／またはマーカーが発現する細胞の型を分析することにより、決定することができる。マーカーの発現および／またはマーカーが発現する細胞の型を分析するために、当該分野において公知の任意の方法を用いることができる。
いくつかの態様において、本開示は、組成物の１つ以上の細菌株の検出および／または定量を可能にする方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、便物質中の組成物の１つ以上の細菌株の検出および／または定量を可能にする方法および組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、細菌株の検出を可能にする１つ以上の核酸配列をさらに含む。いくつかの態様において、核酸配列は、ｑＰＣＲのためのプライマーである。いくつかの態様において、プライマーは、配列番号１６〜２６および３８〜４８から選択される１つ以上の配列を含む。
【０２８０】
また本明細書において提供されるのは、対象から得られた試料（例えば、脾細胞を含有する生物学的試料）中のＩＦＮγ産生のレベルまたは程度に基づく方法である。いくつかの態様において、方法は、対象からの１つ以上の試料中のＩＦＮγ産生の存在および／またはレベルを分析することを含む。
いくつかの態様において、対象から得られた試料中のＩＦＮγ産生のレベルを、次いで、参照試料または対照試料と比較して、試料中のＩＦＮγ産生の量を示す値を決定することができる。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生についての値は、試料中のＩＦＮγ産生のレベルを、当該試料中の別の分子のレベル（例えば、内部対照または内部標準）と比較することにより得られる。ＩＦＮγ産生の値を参照値と比較して、対象が、疾患を有するか、または疾患のリスクがあるか否かを決定することができる。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルを、ＩＦＮγ産生についての所定の閾値と比較する。この閾値からの偏差は、対象が疾患を有することを示し得る。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、参照レベルまたは値よりも高い場合、対象を、本明細書において記載されるような疾患を有するか、またはそのリスクがあるものとして同定することができる。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、参照レベルまたは値より低い場合、対象を、本明細書において記載されるような疾患を有するか、またはそのリスクがあるものとして同定することができる。
【０２８１】
いくつかの態様において、対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルを、同じ対象から得られた別の試料、例えば当該対象から別の時点において得られた試料におけるＩＦＮγ産生のレベルと比較する。いくつかの態様において、対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルを、当該対象からより早い時点（本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前など）において得られた試料中のＩＦＮγ産生のレベルと比較する。いくつかの態様において、対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルを、当該対象からより遅い時点（本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の後など）において得られた試料中のＩＦＮγ産生のレベルと比較する。
【０２８２】
いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、より高い場合、対象に、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物を投与する。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、より高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を含む治療を継続する。いくつかの態様において、試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値は、本明細書において記載される組成物の投与の前の試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％、増強される。
【０２８３】
いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、増大していない（例えば、それと等しいかそれより低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を、中止する。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、試料において、本明細書において記載される組成物の投与の前に得られた対象からの試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、増大していない（例えば、それと等しいかそれより低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書において記載される組成物の投与を、本明細書において記載される組成物の投与の後で、再分析する。いくつかの態様において、試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値は、本明細書において記載される組成物の投与の前の試料中のＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％、減少する。
【０２８４】
いくつかの態様において、ＩＦＮγの発現（例えば、タンパク質または核酸レベル）および／またはＩＦＮγが産生される細胞の型を分析することにより、ＩＦＮγ産生のレベルを決定する。ＩＦＮγの発現を分析し、および／またはＩＦＮγを産生する細胞の型を同定するために、当該分野において公知の任意の方法を用いることができる。
【０２８５】
対照レベルはまた、規定のレベルまたは閾値であってもよい。かかる規定のレベルは、標的疾患を有しないか、またはそれについてのリスクがない対象の集団における、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを表し得る。それはまた、標的疾患を有する対象の集団におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを表していてもよい。
【０２８６】
規定のレベルは、多様な形態をとることができる。例えば、それは、中央値または平均値などの単一のカットオフ値であってもよい。いくつかの態様において、かかる規定のレベルは、例えば１つの定義された群標的が疾患を有することが知られており、別の定義された群が当該標的疾患を有さないことが知られている場合は、比較群に基づいて確立することができる。あるいは、規定のレベルは、範囲、例えば、対照集団における代謝物のレベルを表す範囲であってもよい。
【０２８７】
本明細書において用いられる場合、「上昇したレベル」または「増大したレベル」とは、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルが、参照の値、または対象から本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前に得られた試料などの別の試料におけるレベルよりも高いことを意味する。マーカーまたはＩＦＮγ産生の上昇したレベルは、参照値よりも、または対象からの別の試料におけるレベルよりも、例えば、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％またはそれより高い、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを含む。いくつかの態様において、試験試料中のマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、参照試料におけるレベルまたは対象からの別の試料におけるレベルよりも、少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、１０００、１００００倍、またはそれより高い。
【０２８８】
本明細書において用いられる場合、「低下したレベル」とは、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルが、参照の値、または対象から本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前に得られた試料などの別の試料におけるレベルよりも低いことを意味する。マーカーまたはＩＦＮγ産生の低下したレベルは、参照値または対象からの別の試料におけるレベルよりも、例えば、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％またはそれより低い、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを含む。いくつかの態様において、試験試料中のマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、参照試料におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルまたは対象からの別の試料におけるレベルよりも、少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、１０００、１００００倍またはそれより低い。
【０２８９】
本明細書において記載される方法において同定される対象を、本明細書において記載されるような免疫チェックポイント阻害剤および組成物のうちのいずれかの組み合わせによる治療などの、好適な治療に供することができる。
【０２９０】
本明細書において記載されるアッセイ方法およびキットはまた、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルとかかる疾患との間に相関関係があると仮定すれば、本明細書において記載されるもののような疾患のための治療の有効性の評価のために適用することができる。例えば、治療が行われる対象から、治療の前後または治療の経過の間に、複数の生物学的試料を採取することができる。マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、治療が有効であるか否かについての指標となり得る。
【０２９１】
対象が、治療に対して応答性ではないものとして同定される場合、より高い組成物の用量および／または投与の頻度および／または免疫チェックポイント阻害剤を、同定された対象に投与する。いくつかの態様において、治療に対して応答性である、さらなる治療を必要としないものとして同定された対象においては、治療剤の投与量または投与の頻度は、維持されるか、より低いものにされるか、または停止される。あるいは、第１の治療に対して応答性でないものとして見出された対象には、異なる治療を適用してもよい。
他の態様において、マーカーの値またはＩＦＮγ産生はまた、疾患が、例えば本明細書において記載される組成物を投与することにより治療可能であることを同定するために、依拠することができる。
【０２９２】
スクリーニング方法
本明細書において提供されるのは、所望される応答をもたらす細菌またはその生理学的に活性な物質を同定するために、細菌または細菌から誘導される生理学的に活性な物質をスクリーニングするための方法である。例えば、いくつかの態様において、スクリーニング方法は、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する細菌または細菌から誘導される生理学的に活性な物質を同定するために用いられる。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する細菌または細菌から誘導される生理学的に活性な物質を同定するために用いられる。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、免疫刺激剤としての細菌または細菌から誘導される生理学的に活性な物質を同定するために用いられる。
【０２９３】
また本明細書において提供されるのは、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞により引き起こされた疾患を活性化または増悪する物質を同定するために、試験物質をスクリーニングするための方法である。
【０２９４】
一般的に、スクリーニング方法は、in vitroで（例えば、細胞を用いて）またはin vivoで（例えば、非ヒト動物モデルを用いて）行うことができる。いくつかの態様において、方法は、細胞の集団（例えば、腸上皮細胞、末梢血単核細胞）を、試験物質（例えば、細菌またはその生理学的に活性な物質）と接触させて、応答を評価することを含む。いくつかの態様において、応答は、所望される細胞集団（例えば、ＣＤ８＋ＩＦＮγＴ細胞）の数および／または活性である。
【０２９５】
いくつかの態様において、方法は、非ヒト動物モデルに、試験物質（例えば、細菌またはその生理学的に活性な物質）を接種して、応答を評価することを含む。いくつかの態様において、非ヒト動物モデルは、試験物質を経口摂取する。いくつかの態様において、応答は、所望される細胞集団（例えば、ＣＤ８＋ＩＦＮγＴ細胞）の数および／または活性である。いくつかの態様において、応答は、疾患またはその症状の改善、または疾患またはその症状の誘導／悪化である。
いくつかの態様において、本明細書において記載されるスクリーニング方法のいずれかにおいて同定された細菌および／または細菌から誘導される生理学的に活性な物質は、対象に、例えば疾患の治療のために、投与することができる。
【０２９６】
一側面において、本開示は、ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導し、宿主抗がん免疫を調節する、ヒト腸管共生微生物の合理的に設計されたコンソーシアムを提供する。臨床データは、腸管マイクロバイオームがチェックポイント阻害剤治療に対する応答に影響を及ぼすことを示唆するが、臨床的応答に関連する共生生物の正確なアイデンティティおよび作用機序は、まだ明らかにされていない。本明細書において提供されるのは、ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導して抗がん免疫を増強することができるヒト腸管由来共生微生物のコンソーシアムの作製である。健康なヒトの微生物叢を用いて無菌マウスに接種し、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導のレベルを評価した。高レベルのＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す接種されたマウスから、ヒト由来の共生生物を単離し、配列決定した。単離されたヒト共生生物からなるコンソーシアムを、無菌（ＧＦ）および特定病原体除去（ＳＰＦ）マウスにおいてＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する能力について試験した。ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる最小のコンソーシアムを、チェックポイント阻害剤抗体と共に担癌マウスに投与し、抗がん活性および腫瘍浸潤性リンパ球の集積のレベルを評価した。インターフェロン−ガンマ産生ＣＤ８  Ｔは、ＳＰＦの腸においては豊富であったが、無菌マウスにおいてはそうではなかった。無菌マウスにおいてＣＤ８  Ｔ細胞を強力に誘導する、ヒト由来の共生生物の１１株のコンソーシアム（「11-mix」、また「VE800」としても言及される）を同定した。11-mixの投与は、腸樹状細胞の活性化を促進し、インターフェロンガンマ産生ＣＤ８  Ｔ細胞の刺激は、転写因子ＢＡＴＦ３に依存的である。比較遺伝子経路分析により、11-mixのうちの株のいくつかが、免疫療法により治療された転移性メラノーマ患者にける有利な臨床的応答と関連する株に関係することが明らかとなった。抗ＣＴＬＡ４と共に「11-mix」カクテルを投与することは、ＭＣ３８腫瘍モデルにおける抗腫瘍活性および生存率を増強した。「11-mix」カクテルはまた、ＭＣ３８およびB-raf Ptenメラノーマ腫瘍モデルにおいて、抗ＰＤ１の抗腫瘍活性を増強した。「11-mix」カクテルは、ＭＣ３８モデルにおいて、単独で、腫瘍浸潤性ＣＤ８  Ｔ細胞のレベルを抗ＰＤ１単独に匹敵するレベルまで増強するために十分であったが、「11-mix」カクテルと抗ＰＤ１抗体との組み合わせは、ＭＣ３８モデルにおいてのみならず、より攻撃的なB-raf Ptenモデルにおいても、最も高いレベルの腫瘍浸潤性ＣＤ８  Ｔ細胞を促進した。「11-mix」カクテル投与は、担癌マウスの脾臓におけるインターフェロンガンマ産生ＣＤ８  Ｔ細胞の集積の増強を促進し、このことは、コンソーシアムが、全身性細胞性免疫細胞の活性化を促進することを示す。ヒト腸管由来共生生物の合理的に設計されたコンソーシアムは、in vivoでＣＤ８  Ｔ細胞を誘導し、チェックポイント阻害剤と共に投与される場合に、抗がん免疫を増強した。ｃＧＭＰの製造を介してコンソーシアムを産生することができ、繰り返しベースで経口投与できると仮定して、「11-mix」カクテルは、抗がん免疫を増強するためのがん患者のマイクロバイオームの変更のための、安全な剤を構成する。
【０２９７】
キット
本開示はまた、例えば脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度またはレベルに基づいて、免疫系の活性化を評価することにおける使用のためのキットを提供する。評価することは、対象に、本明細書において記載される組成物のいずれかを投与することを含む。いくつかの態様において、試料は、本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前に、その間に、および／またはその後に、対象から得ることができる。
【０２９８】
いくつかの態様において、キットは、試料中のＩＦＮγ産生を検出するため、および／またはその量を測定するための、１つ以上の分子を含む。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生を検出するかまたはその量を測定する分子は、ＩＦＮγに特異的に結合する１つ以上の結合剤を含んでもよい。いくつかの態様において、結合剤は、ＩＦＮγに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、細胞上の受容体などのレポーター系の部分であって、ＩＦＮγに結合して、レポーター分子をコードする遺伝子の発現を誘導するものである。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料中のＩＦＮγの量をそれに対して比較することができる、標準または対照試料を含む。
【０２９９】
いくつかの態様において、キットは、本明細書において記載されるコンパニオン診断方法のうちのいずれかを実施するためのものであってよい。
いくつかの態様において、キットは、本明細書において記載される細菌種のうちのいずれか、またはその構成成分の量または存在を検出および／または測定するための、１つ以上の分子を含む。いくつかの態様において、細菌株を検出するかまたはその量を測定する分子は、細菌株に特異的に結合する１つ以上の結合剤を含んでもよい。いくつかの態様において、結合剤は、細菌種を同定する１つ以上の細菌種の特徴に特異的に結合する。いくつかの態様において、結合剤は、本明細書において記載される細菌種のうちの１つ以上の核酸配列（特異的な１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列など）に特異的に結合する核酸である。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料をそれに対して比較することができる、標準または対照試料を含む。
【０３００】
本開示はまた、治療方法（例えば腫瘍治療）を決定するための使用のためのキットを提供する。決定することは、本明細書において記載される組成物のいずれかの投与の前、その間、および／またはその後に、マーカー（例えば、ＣＤ４４、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＧｚｍＢ、ｇｐ７０  ＭＣ３８ペプチド（ＫＳＰＷＦＴＴＬ（配列番号５３））特異的ＴＣＲ、または抗原由来リガンド特異的ＴＣＲ）の発現を分析することを含む。また本明細書において提供されるのは、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤）による腫瘍治療のためのコンパニオン診断を含むキットである。
【０３０１】
いくつかの態様において、キットは、ＣＤ４４、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＧｚｍＢ、または腫瘍抗原由来リガンド特異的ＴＣＲなどのマーカーの発現レベルを分析またはモニタリングするための、１つ以上の構成成分を含む。いくつかの態様において、マーカーは、当該マーカーの存在を検出することにより、当該マーカーのレベル（量）を測定することにより、および／または当該マーカーが提示される特異的な細胞の型により、分析される。いくつかの態様において、マーカーを検出するかまたはその量を測定する分子は、当該マーカーに特異的に結合する１つ以上の結合剤を含んでもよい。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合するＭＨＣ多量体である。
【０３０２】
いくつかの態様において、マーカーは、マーカーをコードする核酸の存在を検出することにより、当該マーカーをコードする核酸のレベル（量）を測定することにより、および／または当該マーカーをコードする核酸が発現される特異的な細胞の型により、分析される。いくつかの態様において、キットは、対象から得られた試料からの核酸（例えばＲＮＡ）の単離のための１つ以上の試薬を含む。
いくつかの態様において、キットは、試料中の標的（例えば、ＩＦＮγ、細菌種）への剤の結合を検出するための検出剤（例えば、結合剤に結合する抗体）をさらに含む。。検出剤は、標識に共役していてもよい。いくつかの態様において、検出剤は、結合剤の少なくとも１つに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、同定することができるタグであって、検出剤により直接的にまたは間接的に結合されるものを含む。
【０３０３】
いくつかの態様において、キットは、細菌株の検出を可能にする１つ以上の核酸配列をさらに含む。いくつかの態様において、核酸配列は、ｑＰＣＲのためのプライマーである。いくつかの態様において、プライマーは、配列番号１６〜２６および３８〜４８から選択される１つ以上の配列を含む。
いくつかの態様において、キットは、対象への投与のための１つ以上の治療剤および／または組成物を、さらに含んでもよい。例えば、いくつかの態様において、キットは、１つ以上の免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ−４阻害剤）を含んでもよい。いくつかの態様において、キットは、本明細書において記載される細菌株の１つ以上を含む組成物を含んでもよい。
【０３０４】
いくつかの態様において、キットは、細菌または細菌に由来する物質、例えば、ＣＤ８＋ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化のものをスクリーニングするためのものであってよい。いくつかの態様において、キットは、株化細胞の細胞などの細胞を含む。いくつかの態様において、細胞は、腸上皮細胞、末梢血単核細胞である。
いくつかの態様において、キットまたはデバイスは、支援要素をさらに含む。いくつかの態様において、支援要素は、ニトロセルロース膜、フッ化ポリビニリデン（ＰＶＤＦ）膜、または酢酸セルロース膜などの膜である。いくつかの例において、イムノアッセイは、ウェスタンブロットアッセイ形式または側方流動アッセイ形式におけるものであってよい。
【０３０５】
いくつかの態様において、支援要素は、ＥＬＩＳＡプレートなどのマルチウェルプレートである。
いくつかの態様において、本明細書において記載されるイムノアッセイは、ハイスループットプラットフォームにおいて実施することができる。いくつかの態様において、ハイスループット検出アッセイのために、マルチウェルプレート、例えば、２４ウェル、９６ウェル、３８４ウェル、またはそれより大きなウェルプレートを用いることができる。
【０３０６】
キットまたは検出デバイスにおいて、結合剤のうちの１つ以上は、支援要素上に固定してもよい。支援要素は、膜、ビーズ、スライドグラス、またはマルチウェルプレートであってよい。イムノアッセイのための適切な支援要素の選択は、試料の数、および第２の剤に共役した標識から放出されるシグナルを検出する方法などの、多様な要因に依存するであろう。
キットはまた、本明細書において記載されるような１つ以上のバッファーを含んでもよいが、これは、コーティングバッファー、ブロッキングバッファー、洗浄バッファー、および／または停止用バッファーを含むがこれらに限定されない。
【０３０７】
いくつかの態様において、キットは、本明細書において記載される方法のいずれかに従う使用のための説明を含んでもよい。キットの使用に関する説明は、一般に、各々の構成成分の量および本明細書において記載されるアッセイ方法を行うために好適な条件についての情報を含む。キット中の構成成分は、単位用量、バルクパッケージ（例えば、多用量パッケージ）、または部分単位用量におけるものであってよい。本開示のキット中に供給される説明は、典型的には、ラベルまたはパッケージ挿入物（例えばキット中に含められる紙シート）上の書面による説明であるが、機械で読み取り可能な説明（例えば磁気または光学的ストレージディスク上に担持される説明）もまた、許容可能である。
【０３０８】
ラベルまたはパッケージ挿入物は、キットが、免疫系の活性化のレベルを評価すること、治療を選択すること、および／または診断目的のために使用されることを示す。説明は、本明細書において記載される方法のいずれかを実施するために提供されるものであってもよい。
本開示のキットは、好適なパッケージング中のものである。好適なパッケージングとして、これらに限定されないが、バイアル、ボトル、ジャー、可撓性のパッケージング（例えば、密封されたMylarまたはプラスチックバッグ）などが挙げられる。
【０３０９】
キットは、任意に、対照および／または標準または参照試料などの解説的情報などの、さらなる構成成分を提供する。通常は、キットは、容器、および容器に関連したラベルまたはパッケージ挿入物を含む。いくつかの態様において、本開示は、上記のキットの内容物を含む、製品を提供する。
【０３１０】
以下の表１は、本明細書において開示される実験の組成において用いられた配列識別子番号（配列番号）を提供する。示される株に最も近い細菌種を、属−種により表す。最も近い関連する属種として同定された、各々の属種に関連する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列もまた提供する。アラインメントのパーセントは、示される株の配列と最も近い属種からの配列との間の同一性のパーセント、およびアラインメントの長さを表す。最も近い関連する種のGenBankアクセッション番号は、最後の列において提供する。
【０３１１】
【表１】
2021512638.tif 000003
【０３１２】
本明細書において記載される細菌株についての１６Ｓ  ｒＤＮＡの核酸配列、またはその部分を、以下に提供する：
配列番号１  株１    2G5_Phascolarctobacterium faecium_LN998073
【化１】
2021512638.tif 000004
【化２】
2021512638.tif 000005
配列番号２    株２    1A6_Fusobacterium ulcerans_KR822463
【化３】
2021512638.tif 000006
【化４】
2021512638.tif 000007
配列番号３    株３    1B11_Bacteroides dorei_CP011531
【化５】
2021512638.tif 000008
配列番号４    株４    2G1_Bacteroides uniformis_NR_112945
【化６】
2021512638.tif 000009
【化７】
2021512638.tif 000010
配列番号５    株５
2B1_ Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA_NZ-ACWW00000000
【化８】
2021512638.tif 000011
【化９】
2021512638.tif 000012
配列番号６    株６    2A6_Paraprevotella xylaniphila_AB331897
【化１０】
2021512638.tif 000013
【化１１】
2021512638.tif 000014
配列番号７    株７    2F11_Parabacteroides johnsonii_AB261128
【化１２】
2021512638.tif 000015
配列番号８    株８    1E7_Alistipes sp. JC136_NZ-CAEG00000000
【化１３】
2021512638.tif 000016
【化１４】
2021512638.tif 000017
配列番号９    株9    1H9_Parabacteroides gordonii_AB470343 
【化１５】
2021512638.tif 000018
【化１６】
2021512638.tif 000019
【０３１３】
配列番号１０    株１０    1C1_Eubacterium limosum_AB595134
【化１７】
2021512638.tif 000020
【化１８】
2021512638.tif 000021
配列番号１１    株１１    2G9_Parabacteroides distasonis_HE974920
【化１９】
2021512638.tif 000022
【化２０】
2021512638.tif 000023
配列番号２７  ＬＮ９９８０７３に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号２８  ＫＲ８２２４６３に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３０  ＮＲ１１２９４５に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３１  ＫＭ０９８１０９に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３２  ＮＲ１１３０７８に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３３  ＮＲ０４１４６４に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３４  ＬＴ２２３５６６に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３５  ＮＲ１１２８３５に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３６  ＮＲ１１３２４８に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
配列番号３７  ＮＲ０４１３４２に対応する１６Ｓ  ＲＮＡ配列
【０３１４】
本発明は、その適用において、以下の説明において記載されるか、図面において説明される、構成の詳細および構成成分の配置に限定されない。本発明は、他の態様、および多様な方法において実施されるかまたは実行されることが可能である。また、本明細書において用いられる語法および用語は、説明を目的とするものであり、限定的なものとしてみなされるべきではない。「含むこと（including）」、「含むこと（comprising）」、または「有すること（having）」、「含むこと（containing）」、「含むこと（involving）」、および本明細書におけるこれらのバリエーションの使用は、その後に列記される項目およびその均等物、ならびにさらなる項目を包含することを意味する。
【０３１５】
本明細書において別段に定義されない限り、本開示との関連において用いられる科学的および技術的用語は、当業者により通常理解される意味を有するべきである。さらに、文脈により別段に要求されない限り、単数形の用語は、複数形を含み、複数形の用語は、単数形を含むべきである。本開示の方法および技術は、一般に、当該分野において周知の慣用的な方法に従って実施される。一般に、生化学、酵素学、分子および細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝子およびタンパク質および核酸の化学の技術に関連して用いられる命名法は、当該分野において周知であり、一般に用いられるものである。本開示の方法および技術は、一般に、別段に示されない限り、当該分野において周知の慣用的な方法に従って、ならびに、本明細書全体にわたり引用され、議論される、多様な一般的な参考文献およびより具体的な参考文献において記載されるとおりに、実施される。
【０３１６】
本発明は、以下の例により、さらに説明される。以下の例は、決して、さらなる限定として解釈されるべきではない。本明細書全体にわたり引用される参考文献（学術文献、発行された特許、公開された特許出願、および同時係属中の特許出願を含む）の全ては、本明細書において上で引用された教示については特に、参考として明示的に援用される。しかし、任意の参考文献の引用は、当該参考文献が先行技術であるという承認であることを意図しない。
【０３１７】
例
例１：ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの同定
図１は、多様な臓器において存在することが見出されたＩＦＮ−ガンマ発現ＣＤ８  Ｔ細胞を示す。この集団は、通常、リンパ系および非リンパ系の臓器におけるＣＤ８  Ｔ細胞の１５％を構成するが、一方、これは、腸の粘膜固有層においては、５０％を超える。この頻度は、無菌マウスの結腸および小腸において顕著に低下することを見出した（図２）。このことは、微生物叢が、腸におけるＩＦＮ−γ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の集積において役割を果たすことを示唆している。
【０３１８】
図３は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度が、Charles River Laboratories Inc.およびJapan SLC Inc.から購入されたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウスの間で、CLEA Japan Inc.から購入されたＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス、およびRIKENにおいて飼育されたマウスと比較して、異なることを示す。Charles River Laboratories Inc.からのＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウスを、CLEAマウスと、同じケージにおいて共住させた場合、Charles River Laboratories Inc.から配達されたマウスにおいて、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の増大が観察された（図３）。この知見は、マウス微生物叢において、腸においてＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導して蓄積させる特定の微生物種が存在するという仮説を、強力に支持する。
【０３１９】
次に、ヒト腸管微生物叢が、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導することができる微生物を含むか否かを検討した（図４）。６人の健康なヒト志願者（Ａ〜Ｆ）から便試料を採取した（図５）。試料を、個々に、無菌の隔離飼育器中に保持した無菌Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、経口投与した（１群あたりマウス５〜６個体）。便試料の経口接種の４週間後、マウスを安楽死させ、小腸および結腸を採取して、ＦＡＣＳにより、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞について検討した。
【０３２０】
図６において示されるとおり、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ドナーＢから収集した便試料を接種したマウスにおいて、最も顕著に誘導された。ドナーＢの便試料を接種されたマウスの中から、本発明者らは、最も高い頻度のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を示すマウスを選択した（本明細書において以後、「マウスＢ＃５」と称される；図７）。ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導を担う微生物を濃縮するために、マウスＢ＃５から内容物を採取し、さらなる無菌マウスに接種した（図８および９）。マウスに、次いで、アンピシリン、メトロニダゾール、ストレプトマイシンおよびタイロシンを含むかまたはこれらを含まない飲用水を、経口投与した（１群あたりマウス５個体）（図１０）。あるいは、マウスＢ＃５の盲腸内容物を、３％クロロホルムで治療して、別の５個体の無菌マウスに経口で接種した無菌マウス（「B#5+Chrolo」）。図１１は、アンピシリン治療は、マウスＢ＃５微生物叢による結腸粘膜固有層のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を増強したが、一方、他の抗生物質治療またはクロロホルム治療は、マウスＢ＃５微生物叢によるＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導能力を低下させたことを示す。
【０３２１】
図１２は、マウスＢ＃５微生物叢を接種され、抗生物質またはクロロホルムで治療されたかまたはこれを行わなかったマウスの腸内容物の操作的分類単位（ＯＴＵ）分析を示す。最も高い頻度のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を示した２個体のＢ＃５＋ＡＭＰマウス（マウスＢ＃５＋ＡＭＰ−２およびマウスＢ＃５＋ＡＭＰ−３）から盲腸内容物を採取し、嫌気チャンバー中で培養した（図１３）。３０４コロニーをピックし、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の配列決定により、２６株が単離されたことが明らかとなった（図１４および１５）。２６株から２１株を選択し、B#5+Chroloマウスの微生物叢において含まれていた（したがってＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導のためには不要であると予想された）５株を除外した（図１５）。２１株の混合物を、無菌マウスに経口で接種し、強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導を観察した（図１７および１８）。２１株により誘導されるＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞はまた、グランザイムＢも同様に発現した（図１９）。ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞と最も高い相関を有する１１株の混合物を、同様にＧＦマウスに接種した。１１株の混合物（11 mix）は、経口で、１株混合物（21 mix）と比較しても、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を強力に誘導した（図２１）。11 mix中の株の各々に対して最も高い相同性を有する細菌種の同定を、表１において提供する。
【０３２２】
例１Ａ：１１株の混合物のさらなる特徴づけ
表１の株を、１６Ｓ配列の再配列決定により、および全ゲノム配列決定により、さらに特徴づけた。さらなる特徴づけの結果を、表２において見出す。
【０３２３】
【表２】
2021512638.tif 000024
【０３２４】
例２：ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性細菌カクテルのさらなる特徴づけ
B#5+AMPマウスの盲腸内容物から単離された、高頻度のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を示す２６株を、図１５において示す。２６株の中で、１１株（「11 mix」）が、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度と正に相関した。したがって、これらの１１株を、さらなる実験のために選択し、１１株の混合物（「11-mix」）を、無菌マウスに接種した（また、表２を参照）。11-mixによる定着は、強力な結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらしたが、一方、他の１０株（「10-mix」）は、11-mixにより誘導されたレベルと比較して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＧｚｍＢ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を弱く誘導した（図２２〜２４）。
【０３２５】
１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を用いる系統発生的比較は、１１株の混合物（また「11 mix」としても言及される）が、バクテロイデス目に該当する７株（「７株」）および非バクテロイデス目の４株：２株のクロストリジウム目、１株のフソバクテリウム目および１株のセレノモナス目（「４株」）からなることを示す（図２９を参照）。
【０３２６】
４つの非バクテロイデス目の株の混合物（「4-mix」）による接種は、11 mixを定着させたマウスにおいて観察された結腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルに匹敵する、結腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の強力な集積をもたらした。対照的に、７つのバクテロイデス目の株（「7-mix」）による定着は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を弱く誘導した（図３０）。11-mixは、7-mixまたは4-mixのいずれかよりも効果的である。
【０３２７】
4 mix中の株の各々に対して最も高い相同性を有する細菌種のアイデンティティを、以下の表３におおいて提供する。
【０３２８】
【表３】
2021512638.tif 000025
【０３２９】
例３：抗ＰＤ１抗体と組み合わせたＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性細菌カクテルの抗がん特性
免疫チェックポイント阻害剤抗ＰＤ１と組み合わせた11-mixの定着が抗がん免疫応答を増強し得るか否かを検討するために、ＭＣ３８結腸癌細胞株を、マウスに皮下注射した。
【０３３０】
マウスに、抗ＰＤ１抗体（図３６におけるタイムライン上の矢印）および／または11-mix（図３６におけるタイムライン上のアスタリスク付き矢印）を投与した。11-mixを、示されるマウスの群に、経管栄養により投与した。抗ＰＤ１抗体と11-mixとの組み合わせを投与されたマウスは、他のマウスの群と比較して、減少した腫瘍容積を有した（図３６および３７）。
【０３３１】
また、マウスの群からの浸潤性リンパ球を、分析した。抗ＰＤ１抗体と11-mixとの組み合わせを投与されたマウスは、増大した浸潤性ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルおよび増大したｇｐ７０反応性ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＧｚｍＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルを有することを見出した（図３８および３９）。
【０３３２】
例４：ＣＴＬＡ−４免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性細菌カクテルの抗がん特性
免疫チェックポイント阻害剤抗ＰＤ１抗体と組み合わせた11-mixの定着が、抗がん免疫応答を増強し得るか否かを検討するために、ＭＣ３８結腸癌細胞株を、マウスに皮下注射した。
【０３３３】
マウスに、抗ＣＴＬＡ４抗体（図４０におけるタイムライン上の矢印）および／または11-mix（図１４０におけるタイムライン上のアスタリスク付き矢印）を投与した。11-mixを、示されるマウスの群に、経管栄養により投与した。抗ＣＴＬＡ４抗体と11-mixとの組み合わせを投与されたマウスは、他のマウスの群と比較して、減少した腫瘍容積を有した（図４０）。
【０３３４】
例５：メラノーマモデルにおける抗ＰＤ１抗体と組み合わせたＣＤ８＋Ｔ細胞誘導性細菌カクテルの抗がん特性
メラノーマ移植マウスモデルを用いて、メラノーマの治療におけるＰＤ−１抗体と組み合わせた11-mixの有効性を評価した。マウスに、Braf Ptenメラノーマ細胞を移植した。マウスに、抗ＰＤ１抗体（図４１におけるタイムライン上の矢印）および／または11-mix（図４１におけるタイムライン上アスタリスク付き矢印）を投与した。11-mixを、示されるマウスの群に、経管栄養により投与した。抗ＰＤ１抗体と11-mixとの組み合わせを投与されたマウスは、他のマウスの群と比較して、減少した腫瘍容積を有した（図４１）。
これらの結果は、抗ＰＤ１抗体と組み合わせた11-mixによる治療が、メラノーマにおいて、ＣＤ８  Ｔ細胞を全身性で活性化することを示す。
【０３３５】
例６：転写因子ＢＡＴＦ３およびＩｒｆ４の役割
11-mixを、ＢＡＴＦ３転写因子を有するマウスおよびＢＡＴＦ３転写因子を有さないマウスに投与した。転写因子ＢＡＴＦ３を有さないマウスマウスは、11-mixによるＣＤ８  Ｔ細胞誘導に対して感受性ではない（図２６）。ＩＦＮ−ガンマ産生ＣＤ８およびＴｈ１細胞の刺激のために、ＣＤ１０３−ＣＤ１１ｂ樹状細胞が必要とされる可能性がある。11-mixカクテルによるＴｈ１７細胞の誘導は、ＢＡＦＴ３の状態に非依存的である（図４３Ｃ）。図４３および４４は、例８の実験からの結果を示す。実験は、11-mixがＣＤ８−Ｔ細胞を誘導するために、ＢＡＴＦ３が必要とされることを示す。ＢＡＴＦ３は、Ｔｈ１７を誘導するためには必要とされない。
【０３３６】
11-mixをまた、Ｉｒｆ４転写因子を有するマウスおよびＩｒｆ４転写因子を有さないマウスに投与した。転写因子Ｉｒｆ４を有さないマウスは、11-mixによるＣＤ８  Ｔ細胞誘導に対して感受性ではない（図２７）。実験は、Ｉｒｆ４は、11-mixがＣＤ８−Ｔ細胞を誘導するために必要とされることを示す。
これらの結果は、１１の単離細菌株の混合物、または混合物からのリガンドが、ＢＡＴＦ３依存的樹状細胞および／またはＩｒｆ４依存的樹状細胞を通じてＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導することを示唆する（図２８）。
【０３３７】
例７：Listeria感染マウスの治療
ＩＦＮｇ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞は、細胞内病原体を制御することにおいて重要な役割を果たすことが報告されていることから、多回投与レジメンにおける１１株混合物による経口補充が、Listeria monocytogenes感染に対する宿主の保護的免疫を増強するか否かを評価した。ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮ（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で５日間にわたり飲用水を介して治療した。１日後に抗生物質を洗い流し、11-mixの多回経口投与（４回）を行った。複合的な微生物叢を再構成するために、ＳＰＦマウスからの便微生物叢を、11-mixの第１の投与と一緒に導入した。マウスに、次いで、第０日において、Listeria monocytogenesを経口感染させた。マウスの便のListeriaのＣＦＵおよび体重を決定した。11-mixによる治療は、腸管内腔のListeria monocytogenesの定着を有意に減少させた（図３４）。
【０３３８】
Listeria感染マウスからの腸をまた、組織学により評価した。11-mixによる治療は、Listeria monocytogenes感染マウスの腸の病理学および組織学スコアを有意に低下させた（図３４）。
したがって、１１株混合物の投与は、細胞内の感染性病原体に対する保護的免疫を提供することができる。
【０３３９】
例８：健康なヒト微生物叢における細菌株の量
１０４人の健康な志願者からの便微生物叢を分析して、１１混合物の細菌株の各々の量を決定した。簡単に述べると、便試料を、処理し、配列決定した。図３２において示されるとおり、１１細菌株のうちの多くは、ヒトマイクロバイオーム試料中では希少であるか、非常に低い量のものであることが見出された。特に、２つのエフェクター株、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumは、これらの株を単離した元のドナーからの試料においてすら、低い量を有することを見出した。
【０３４０】
例９：１１細菌株の混合物のさらなる分析
１１細菌株の混合物を、さらに分析して、特定の株が、ＩＦＮγ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導のために重要な構成成分であるか否かを決定した。図３３において示されるとおり、１１株混合物からの８または９つの株を含む、いくつかの細菌混合物を調製した。
【０３４１】
簡単に述べると、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを欠いた細菌混合物が、１１株混合物と比較して、低下したレベルのＩＦＮγ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導することを見出した（図３３）。加えて、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを欠いた細菌混合物が、１１株混合物と比較して、低下したレベルのＩＦＮγ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導することを見出した（図３３）。
【０３４２】
例１０：ヒト腸管共生生物の定義されたコンソーシアムは、ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導し、宿主の微生物免疫およびがん免疫を調節する
感染およびがん多様な疾患における治療標的としての腸管微生物叢の重要性について、次第に理解が深まってきている１〜３。しかし、免疫応答などの特定の宿主の生理学的機能を操作するために潜在的に利用することができる既知の共生株（単一の種または定義されたコミュニティーのいずれか）は、ほんのわずかしか存在しない４〜７。本研究において、本発明者らは、健康なヒトドナーの便から、腸においてインターフェロン−γ（ＩＦＮγ）産生ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導すること、および抗菌および抗腫瘍免疫を増強することがで共生細菌のコンソーシアムを、合理的に単離した。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、特定病原体除去（ＳＰＦ）マウスの腸においては大量に存在したが、無菌（ＧＦ）マウスにおいては著しく減少した。ヒトに関連するＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌を同定および単離するために、ＧＦマウスに、健康なヒト志願者からの便微生物叢を定着させた。個々の便試料は、それらが結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導するにおいて、相当な変化性を示した。最大の誘導を誘発した試料に注目して、本発明者らは、一連の厳密な選択ステップを行って、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導効力を犠牲にすることなく、候補エフェクター細菌を１１株まで狭めた。これらの１１株は、協同的に作用して、Ｂａｔｆ３依存的かつＩＲＦ４依存的な樹状細胞のサブセットの活性化を通じて、炎症を引き起こすことなく、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を媒介する。１１株の混合物のＳＰＦマウスへの繰り返し投与は、シンジェニック腫瘍モデルにおいて、ＰＤ−１またはＣＴＬＡ４モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与された場合に、Listeria monocytogenes感染に対する宿主の耐性および治療有効性の両方を増強した。１１株は、本来は、ヒトマイクロバイオームの希少な少量の構成成分を代表し、したがって、広範囲に有効な生物学的製剤としての多大な潜在能力を有する。
【０３４３】
ＩＦＮ−γを発現するＣＤ８  Ｔ細胞は、ＳＰＦマウス（CLEA Japanから得られたＣ５７ＢＬ／６）において、他の臓器と比較して、結腸および小腸（ＳＩ）粘膜固有層（ＬＰ）において高頻度で存在し（図４３Ａ）、このことは、腸管へのＴヘルパー１７（ＴＨ１７）および制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の優先的な限局を暗示する４、８、９。結腸ＬＰのＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の大部分は、αβ−Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、ＣＤ８α／β、ＣＤ４４、およびＴ−ｂｅｔを発現し（図４７Ａ）、このことは、第１に活性化されたか／通常のＣＤ８  Ｔ細胞から分化したメモリー細胞であったことを示す。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の多くは、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）およびインテグリンαＥβ７のα−鎖（ＣＤ１０３）を発現した（図４７Ａ）。これらはいずれも、組織常在性メモリーＴ（ＴＲＭ）細胞のマーカーである１０〜１２。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のサブセットまた、グランザイムＢ（ＧｒＢ）を発現した（図４７Ａ）。結腸およびＳＩ  ＬＰの両方のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度および数は、ＳＰＦマウスと比較して、ＧＦにおいて著しく減少し（図４３Ｂおよび図４７Ｂ）、このことは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積において重要な役割を果たすことを示唆している。この微生物叢依存性はまた、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のＣＤ１０３＋およびＧｒＢ＋細胞画分においてもはっきりと観察された（図４３Ｃ）。ＳＰＦマウスからの便懸濁液の経口投与は、ＧＦマウスにおける結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の欠損を寛解させた（図４７Ｃ）。逆に、アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、およびネオマイシンの抗生物質カクテル（ＡＶＭＮ）による成体ＳＰＦマウスの治療は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度を顕著に減少させた（図４７Ｄ）。さらに、ＳＰＦマウス中のこの部分集団は、居住条件により異なり（CLEAから得られたマウスにおいては高い；SLCおよびCharlesからのものにおいては低い）、高頻度を有するマウスと低頻度を有するマウスとの２週間にわたる共住は、全てのマウスが最終的に高頻度の表現型を示す結果をもたらした（図４７Ｅ）。まとめると、これらの結果は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度は可塑性であり、微生物叢のうちに、腸におけるそれらの集積を誘導的かつ可逆的な様式において促進する、特定のメンバーが存在することを示唆する。
【０３４４】
技術移転の観点から、本発明者らは、腸においてＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積を誘導することができる細菌株のために、マウスではなくむしろヒトの便微生物叢を掘り起こした（実験手順を、図４８において概略する）。６人の健康な日本人志願者（ドナーＡ〜Ｆ）から便試料を得、各々を個別のノトバイオート隔離飼育器中に収容したＧＦマウスに経口投与した。結腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導の程度は、試料間で大きく異なった（図４３Ｄ）。ドナーＢからの便は、ＳＰＦマウスにおいて観察されたものに匹敵する程度までの、最も強力な誘導を誘発した（図４３Ｂと４３Ｄとを比較する）。誘導は、結腸において、ＳＩにおけるものよりも顕著であった（図４９Ａ）。このことは、優先的な結腸での定着に起因する可能性がある。本発明者らは、次いで、最も強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示したマウス（「マウスＢ５」）を選択し（図４３Ｄ）、その盲腸内容物をブロス培地中に懸濁し、この懸濁液をＧＦマウスに経管栄養で与えた（GF+B5マウス）。次に、マウスを、飲用水を介して、アンピシリン（Ａｍｐ）、メトロニダゾール（ＭＮＺ）、ストレプトマイシン（ＳＴＭ）、タイロシン（Ｔｙｌ）、またはビヒクル対照のいずれかで治療した。マウスＢ５のクロロホルム（Ｃｈｌｏ）治療された盲腸内容物を、さらなる群のＧＦマウスに接種して（GF+Chlo B5マウス）、芽胞形成性共生細菌の効果を調べた８。予測されるとおり、マウスＢ５からの盲腸微生物叢による定着は、ＧＦ対照と比較して、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の有意な増大をもたらした（図４３Ｅ）。ＭＮＺ、ＳＴＭ、またはＴｙｌによる治療は、しかし、未治療群と比較して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導の実質的な減少をもたらし、Ｃｈｌｏ治療は、それを全て抑止した（図４３Ｅ）。対照的に、Ａｍｐ治療は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を増強した（図４３Ｅ）。この傾向は、ＩＦＮγ＋ＴＲＭ細胞を意味するＣＤ１０３＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８部分集団により反映された（図４９Ｂ）。本発明者らは、最も強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示した２個体のＡｍｐ治療マウス（B5-Amp2およびB5-Amp3と表される）を経過観察し、それらの盲腸内容物を、in vitroで、多様な培地中で、嫌気条件下において培養した（図４３Ｅ）。本発明者らは、２０６個の区別し得るコロニーをピックして、それらを１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）遺伝子配列決定により分析して、２６個のユニークな株のコンソーシアムを作り上げた（図４３Ｇ）。
【０３４５】
加えて、本発明者らは、抗生物質実験からの全マウスの盲腸微生物叢の組成を、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列決定により調べた。全ての試料における各々の操作的分類単位（ＯＴＵ）の相対量を、３０００のクオリティーフィルタリングを通ったリードを９７％の類似性閾値によるＯＴＵ分析に供することにより、決定し、これにより、２６の単離株が、一緒に、マウスB5-Amp2およびB5-Amp3の微生物叢をほぼ再現することが明らかとなった（図４３Ｆおよび４３Ｇ）。機能的に関連がある単離物を同定するために、本発明者らは、GF+Chlo B5マウスのマイクロバイオーム中で検出された５株を除外し（図４３Ｆおよび４３Ｇにおいて「＋」により示す）、残りの２１株をさらなる分析のために選択した（図４３Ｇ）。２１株がＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する能力を有するか否かを確認するために、それらを個々に培養し、混合物（21-mix）として、ＧＦマウスに導入した（GF+21-mixマウス）。比較のために、本発明者らはまた、ヒト便試料から先に単離された、１７個のＴｒｅｇ細胞を誘導するクロストリジウム株の混合物を定着させたマウスを分析した（GF+Treg 17mix）８。本発明者らは、GF+21-mixマウスの結腸ＬＰにおいて、ＳＰＦマウスにおけるものに匹敵する程度の非常に強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を観察した（図４３Ｂと４３Ｈとを比較する）。GF+Treg 17mixマウスは、ＧＦの基線より高い誘導は示さなかった（図４３Ｈ）。本発明者らは、次いで、上述の抗生物質実験からのデータを用いて、２１株の相対量をＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞頻度と比較する、スピアマンの順位相関検定を行った。２１株の中で、１１株は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞頻度と正に関連し（図４３Ｆおよび４３Ｇにおいて「＃」により示される）、１０株は、有意な関連を示さなかった（図４３Ｆおよび４３Ｇにおいて「−」により示される）（図５０もまた参照）。エフェクター微生物に狙いを定めるために、本発明者らは、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することにおける１１株の有効性を１０株に対して比較した。GF+11-mixマウスは、GF+21 mixマウスが行ったのと同じ程度まで、強力な誘導を示した（図４３Ｈと４３Ｉとを比較する）。11-mixにより誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、Ｔ−ｂｅｔおよびＣＤ４４について概ね陽性であり、ＧｒＢ＋細胞およびＫＬＲＧ１−ＩＣＯＳ＋ＣＤ１０３＋細胞のサブセットを含んだ（図４３Ｊおよび図５１Ａ）。GF+10-mixマウスにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導は、GF+11-mixマウスにおいて観察されたものよりも、有意に低く（図４３Ｉ）、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のものは存在しなかった（図４３Ｊ）。11-mixの誘導能力は、ＣＤ８  Ｔ細胞に限局されず、ＣＤ４  Ｔ細胞にも及んだ。実際に、11-mixの定着の後で、結腸ＴＨ１７細胞およびＴＨ１細胞の頻度の有意な増加が観察された。しかし、これらの応答は、それぞれ、報告された２０株のＴＨ１７細胞を誘導するヒト関連株（TH17 20mix、参考文献９）により、および報告されるＴＨ１細胞を誘導するKlebsiella pneumoniae株（Kp2H7、参考文献１３）により誘導されるものよりも、有意に弱かった（図４３Ｋおよび図５１）。重要なことに、11-mixによるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導は、GF+11-mixマウスにおいて、全体的な、組織学的な、または���写的な結腸炎症の兆候が存在しなかったことから、元来炎症性ではなかった（図４３Ｌおよび図５２Ａ〜５２Ｃ）。まとめると、これらのデータは、１１株が、ドナーＢの便を接種されたマウスにおいて観察されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導の主要な誘因であり、比較的ＣＤ８  Ｔ細胞に特異的な非炎症性免疫調節活性を有することを示唆する。
【０３４６】
１１株の各々を完全に特徴づけるために、本発明者らは、１株あたり１００倍および２００倍のカバー範囲を得るMiSeq Illuminaプラットフォームを用いて、それらのゲノムを配列決定した（図５３）。顕著な病原性因子または毒素は同定されなかった（データは示さず）。テトラサイクリン耐性遺伝子およびベータ−ラクタマーゼ遺伝子は、ゲノムのほとんどにおいて存在したが、多剤耐性株は同定されなかった（データは示さず）。系統発生的比較により、１１株が、７つのバクテロイデス目および４つの非バクテロイデス目の種を含むことが明らかとなった（図４３Ｇ、図５３、および図５４）。ＧＦマウスに接種した場合、７つのバクテロイデス目の混合物（7-mix）は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができなかったが、４つの非バクテロイデス目の混合物（4-mix）は、7-mixと比較して、有意に優れた誘導能力を示した。しかし、4-mixは、単独では、11-mixの完全な誘導性効果を達成するためには十分ではなかった（図４３Ｍ）。これらの結果は、１１株がコミュニティーとして作用し、ここで、４つの非バクテロイデス目の種が、エフェクター要素として働き、７つのバクテロイデス目が、支援的な役割を果たすことを示唆する。
【０３４７】
本発明者らは、次に、１１株のコンソーシアムが結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する機構について理解することを試みた。ＧＦマウスを、飲用水を介して４週間にわたり、加熱失活した11-mixで治療することでは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することはできず（図４４Ａ）、このことは、細菌の生存が、免疫調節のために必要とされることを示している。GF+11-mixマウスからの結腸試料に対して行った蛍光in situハイブリダイゼーションは、これらの株が粘膜層に侵入する能力を強調したが、上皮層への浸潤は検出されなかった（図４４Ｂ）。このことは、（おそらくは粘膜層の）活発な定着が、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導のために必要であることを暗示する。１１株は、主に、盲腸および結腸に定着し、これは、これらの部位におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の顕著な誘導により反映される（図４４Ｃおよび図５５）。しかし、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞頻度の増大としての、免疫調節の表現型は、腸以外に及び、鼠径部リンパ節、肺および脾臓を含む、いくつかのさらなる臓器においてもまた観察されたが、各々の程度は、結腸におけるものよりもはるかに小さかった（図４４Ｃ）。注目すべきことに、末梢血におけるＩＦＮ−γ＋ＣＤ８  Ｔ細胞頻度は、11-mix投与の後で減少した（図４４Ｃ）。したがって、11-mixの効果は、それがＩＦＮ−γ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の全体的な組織分布に影響を及ぼすことから、全身的である。結腸上皮細胞（ＥＣ）は、11-mixの接種の１週間後には早くも、他のＩＦＮ誘導性遺伝子をコードするものと共に、ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０ケモカイン転写物の発現を上方調節し（図４４Ｄおよび図５５Ｂ）、これが、おそらくは、結腸におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の動員および集積の誘因であった１０。GF+11-mixマウスにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集積、ならびにＣＤ１０３および増殖マーカーＫｉ６７の発現の時間経過分析により、ＣＤ８  Ｔ細胞（Ｋｉ６７陽性）の増殖は、１週間の時間枠内に起きたものであり、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の劇的な増大を伴ったことが明らかとなった（図４４Ｅ）。定着１週間後における集積したＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、主にＣＤ１０３−であったが、ＣＤ１０３＋ＴＲＭのサブセットは、その後、頻度が徐々に増大し、少なくとも１２週間にわたり持続し（図４４Ｅ）、このことは、段階的な分化のパターンを示唆している。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の基線のレベルおよび誘導の程度は、実質的に遺伝的背景に依存して変化し、Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおいて、最大の誘導が起こる（図４４Ｆ）。さらに、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のＴＣＲ  Ｖβの使用は、GF+11-mixおよびＧＦマウスの間で著しく異なっていた：GF+11-mix群は、Ｖβ５＋サブセットの犠牲の上に、Ｖβ６＋およびＶβ８＋のサブセットの相対的な濃縮を示した（図４４Ｇ）。対照的に、ＧＦマウスとGF+11-mixマウスとの間では、ＩＦＮγ陰性ＣＤ８  Ｔ細胞のＴＣＲ  Ｖβ組成物には、差異は存在しなかった（図４４Ｇ）。まとめると、これらのデータは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、おそらくは、結腸へのホーミング、細胞の増殖、およびＴＣＲにより媒介される分化の累積効果に起因することを示唆する。
【０３４８】
本発明者らは、次に、主要な生得のシグナル伝達経路および樹状細胞（ＤＣ）の貢献を調べた。Ｍｙｄ８８−／−Ｔｒｉｆ−／−、Ｉｌ１ｂｒ−／−、またはＩｌ１８−／−ＧＦ＋の11-mixマウスのいずれも、野生型（ＷＴ）対照と比較して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導能力に差異を示さなかった（図４４Ｈ）。対照的に、11-mix治療は、Ｂａｔｆ３−／−マウスおよびＸｃｒ１＋／ｃｒｅ×Ｒ２６：ｌａｃＺｂｐＡｆｌｏｘＤＴＡマウス（これらはいずれもＣＤ８  Ｔ細胞に対する抗原交差提示のために重要な腸のＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋ＤＣサブセットを欠失する）においては、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導することができなかった（図４４Ｉ）１４〜１６。興味深いことに、誘導はまた、不完全なＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋ＤＣのサブセットを有するＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｉｒｆ４ｆｌ／ｆｌ（Ｉｒｆ４ＤＣ）マウスおよびＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｎｏｔｃｈ２ｆｌ／ｆｌ（Ｎｏｔｃｈ２ＤＣ）マウスにおいては抑止された（図４４Ｊ）１６、１７。11-mixによる定着は、ＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋およびＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋の両方の結腸ＬＰ  ＤＣ集団において、ＭＨＣクラスＩ（Ｈ２−Ｋｂ）の発現を増強した（図４４Ｋ）。これらの結果は、１１株が、結腸粘膜層に限局して、Ｔｏｌｌ様受容体非依存的なリガンドを産生し、これがＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋およびＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋のＬＰ  ＤＣを活性化して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積を誘導するという仮説に一致する。
【０３４９】
本発明者らは次いで、11-mixが、複合的な微生物叢に関して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集積を増強することができるか否かを調べた。完全に未治療の腸管微生物叢を有するＳＰＦマウスにおいて、１１株は、繰り返しの経口経管栄養の後ですら、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができなかった（図５６Ａおよび５６Ｂ）。腸の環境におけるニッチを開拓するために、ＳＰＦマウスを、飲用水を介してＡＶＭＮまたはビヒクル対照で４日間にわたり治療し、次いで、複合的なＳＰＦ便（SPFfae）微生物叢に11-mixを補充したものまたはこれを補充していないものを定着させた。１つの実験群は、最初の11-mix経管栄養のみを投与され、一方、別の群は、その後の繰り返しの経口経管栄養を、１週間あたり数回、３週間にわたり投与された（図５６Ａおよび５６Ｂ）。後者の併用治療（最初はＡＶＭＮで、次に11-mixの繰り返し投与で）は、他の群と比較して、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の有意な増大をもたらした（図５６Ａおよび５６Ｂ）。
【０３５０】
ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、細胞内病原体のクリアランスを促進することが知られていることから１２、１８、本発明者らは、次に、１１株の経口投与が、Listeria monocytogenes（Ｌｍ）感染に対する宿主の保護免疫を増強することができるか否かを試験した。ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮで前治療し、SPFfaeの経管栄養を１回行い、その後、11-mixの繰り返しの経管栄養を行った（図４５Ａ）。このことは、予測された結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の増大（図４５Ｂ）、および腸ＥＣにおける、グアニル酸結合タンパク質（ＧＢＰ）をコードするもの、インターフェロン誘導性タンパク質（ＩＦＩ）、ＣＸＣＬ１０、およびオートファジー関連Ｉｒｇｍ１などのＩＦＮにより調節される抗菌性遺伝子の上方調節（図４５Ｃ）をもたらした。マウスに、次いで、Ｌｍを経口感染させた。11-mixによる前治療は、Ｌｍのクリアランスを著しく促進し、これは、未治療の対照と比較して、便Ｌｍのコロニー形成単位（ＣＦＵ）の迅速な減少（図４５Ｄ）、著しくより良好な結腸組織学スコア（図４５Ｅ）、および軽減された体重減少（図４５Ｆ）により証明された。11-mixによる治療は、ＯＶＡ発現Ｌｍ（Ｌｍ−ＯＶＡ、参考文献１９）感染に応答して、オボアルブミン（ＯＶＡ）特異的ＣＤ８  Ｔ細胞増殖を増強した（図４５Ｇ）。それはまた、Ｌｍの腹腔内注射の後で全身感染からマウスを保護することにおいても効果的であり、これは、肝臓および脾臓からのクリアランスの増強により反映される（図４５Ｈ）。
【０３５１】
細胞内病原体の発生を防ぐことに加えて、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞はまた、抗腫瘍免疫において重要な役割を果たし、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１およびＣＴＬＡ−４を標的とするｍＡｂｓなどの免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）治療を媒介する（参考文献３、２０〜２２）。本発明者らは、したがって、マウスがんモデルにおいて、１１株による定着がＩＣＩの治療有効性を増強することができるか否かを調べた。ＳＰＦマウスを、ＡＶＭＮで治療し、ＭＣ３８腺癌細胞を皮下移植し、その後、11-mixの繰り返し投与と共にまたはこれを用いずに、SPFfaeで微生物叢の再構成を行った。腫瘍増殖を、次いで、腹腔内ＰＤ−１  ｍＡｂ投与の存在かまたは不在下において追跡した（図４６Ａ）。先の報告と一致して２２、２３、ＰＤ−１  ｍＡｂは、単剤治療は、腫瘍増殖を有意に抑制した（図４６Ｂ）。注目すべきことに、11-mixのみの繰り返し投与は、ＰＤ−１  ｍＡｂ治療と同じ程度まで腫瘍増殖を制御し、ＰＤ−１および11-mixの治療の組み合わせは、いずれかの単剤治療よりも有意により効果的であった（図４６Ｂ、図５７Ａおよび図５７Ｂ）。これらの観察を踏まえると、併用療法は、腫瘍浸潤性ＣＤ８  Ｔ  リンパ球（ＴＩＬ）の数を増大させ（図４６Ｃ）、これらの多くが、ＩＦＮγ＋であり、比較的大きなＧｒＢ＋部分集団を有した（図４６Ｄ）。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬは、ほぼＰＤ−１＋およびＩＣＯＳ＋であり（図４６Ｅ）、ＭＣ３８腫瘍関連抗原ｐ１５Ｅに対して特異的なサブセットを含んだ（参考文献２４）（図４６Ｆ）。加えて、併用療法は、腫瘍浸潤性ＣＤ１１ｃ＋ＭＨＣクラスＩＩ＋ＤＣの数の増大をもたらし（図４６Ｇ）、これは、ＭＨＣクラスＩの強調された発現を示した（図４６Ｈ）。本発明者らの知見の汎化性を試験するために、本発明者らは次に、11-mixがＭＣ３８癌モデルにおけるＣＴＬＡ−４  ｍＡｂによるＩＣＩ治療の有効性を調節する能力を証明した。11-mixおよびＣＴＬＡ−４  ｍＡｂの併用療法は、宿主抗腫瘍応答を有意に増強した（図４６Ｉ）。重要なことに、実験群のいずれにおいても、ＩＣＩ治療の頻繁に観察される有害効果３、２５である結腸炎の組織学的証左は存在しなかった（図５７Ｂ）。免疫原性が高いＭＣ３８腫瘍モデルにおいて治療の有効性を増強することに加えて、ＰＤ−１  ｍＡｂと11-mixとの組み合わせはまた、免疫原性がより低いＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ２６、２７に対しても有効であったが、ＭＣ３８の場合とは異なり、ＰＤ−１または11-mixのいずれの単剤治療も、腫瘍増殖を遅延させなかった（図４６Ｊ）。まとめると、これらの結果は、１１株は、抗腫瘍免疫を調節し、ＩＣＩ治療を増強する能力を有することを示唆する。
【０３５２】
最後に、平均的なヒト腸管マイクロバイオームにおける１１株の量を評価するために、本発明者らは、JPGM、HMP1-2、LLDeep、MetaHIT、500FGおよびHMP2を含むメタゲノムデータセットから、３０３９個の試料を掘り起こした。本発明者らは、１１株のほとんどは、一般に希少であり、ヒト微生物叢の低い量の構成成分であることを見出した（図５８Ａ〜６０）。株レベルの分解能において、１１株のうちの５つは、非常に僅かな個体において検出された（３０３９個の評価された試料のうちの１５個）（図５８Ｂ）。種レベルにおいてすら、Fusobacterium ulcerans（株1A6）、Eubacterium limosum（株1C1）、Parabacteroides gordonii（株81H9）、およびAlistipes senegalensis（株81E7）に対応する細菌は、ヒト腸管マイクロバイオームにおいては、コホート全体にわたり、特に希少であった（図５９）。同様に、株のほとんどは、それらを単離したドナーＢのマイクロバイオームにおいてすら、検出限界未満であった（図６０）。
【０３５３】
本研究において、本発明者らは、一緒に作用して、ＤＣの活性化を介してＴＲＭ表現型を有する腸のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する、健康なヒトに関連する１１の細菌株を同定した。これらの細胞により放出されるＩＦＮγは、腸管において、多数のＩＦＮにより誘導される抗菌性遺伝子およびケモカインを上方調節し、おそらくは、この様式において細胞内病原体Ｌｍに対する耐性を付与することにより、抗病原性の環境を促進することができる。さらに、１１株のコンソーシアムは、ＩＣＩと組み合わせて、シンジェニックながんモデルにおいて腫瘍増殖を阻害することにおいて有効であった。これらの知見は、腫瘍免疫におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞およびＤＣの重要な役割を示す先の報告と一致した３、１４、２０〜２２。１１株が観察された免疫調節をもたらす分子機構を明らかにするためには、さらなる研究が必要とされるであろう。一つの可能性は、細菌の抗原と腫瘍抗原との間のＴＣＲの交差反応性であるが、これは、２つの区別し得るがんモデルにおいて免疫調節応答が観察されたことを考慮すると、可能性が低い。また、結腸において活性化されたＤＣが腫瘍中に遊走してＣＤ８  Ｔ細胞を刺激し得るという可能性もある。あるいは、１１株から放出された細菌の生成物が、腫瘍微小環境内のＤＣおよびＣＤ８  Ｔ細胞を直接的および／または間接的に刺激して、腫瘍特異的ＣＤ８  Ｔ細胞の発達を支援することもあり得る。
【０３５４】
いくつかの報告は、ヒトおよびマウスにおいて、腸管マイクロバイオームの組成が、ＩＣＩに対する応答に影響を及ぼすことを示しており、このことは、その操作が多大な治療潜在能力を抱えていることを示唆している３、２１、２８〜３０。しかし、増強された臨床的応答と関連する特定の微生物叢のメンバーは、研究間でかなり異なる。ヒト腸管マイクロバイオームデータセットを相互参照することにより、本発明者らは、１１株のほとんどが、ヒト微生物叢の、希少な少量の構成成分であることを見出した。本研究において同定されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する株が、最近の報告におけるＩＣＩの有効性の改善と相関するもの２８〜３０と機能的に関係するか否かを評価するためには、さらなる研究が必要であるが、本発明者らの知見は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができ、感染およびがんの治療を、潜在的に大きな効果サイズで増強することができる３１、希少種の例を提供する。かかる種の寄与は、古典的な、配列志向性のマイクロバイオーム分析によっては、少なく見積もられている可能性がある。本発明者らの単離株は、多大な生物学的製剤の潜在能力を有し、がんおよび感染性疾患の治療を増強することに、広く適用可能であり得る。なぜならば、それらは、ほとんどの個体の腸管微生物叢において、非常に少なく提示されるからである。
【０３５５】
例１１：
ＩＦＮγを発現するＣＤ８  Ｔ細胞は、ＳＰＦマウスにおいて、結腸および小腸（ＳＩ）粘膜固有層（ＬＰ）において、他の臓器と比較して高頻度で、構成的に存在し（図６１Ａ）、これは、Ｔヘルパー１７（ＴＨ１７）および制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の腸管への優先的な局在を思い起こさせる。結腸ＬＰ  ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の大部分は、αβ−Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、ＣＤ８α／β、ＣＤ４４、Ｔ−ｂｅｔ、および誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）を発現し（図６５Ａ）、第１に活性化された／通常のＣＤ８  Ｔ細胞から分化したメモリー細胞であったことを示している。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、ＣＤ１０３、組織常在性メモリーＴ（ＴＲＭ）細胞のマーカー１０〜１２、および細胞傷害性Ｔ細胞の重要なエフェクター分子であるグランザイムＢ（ＧｒＢ）を発現するサブセットを含んだ（図６５Ａ、６５Ｂ）。結腸およびＳＩ  ＬＰの両方のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度および数は、ＧＦにおいて、ＳＰＦマウスと比較して、著しく減少した（図６１Ｂおよび図６５Ｃ）。同様に、抗生物質カクテルによる成体ＳＰＦマウスの治療は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度を有意に減少させた（図６５Ｄ）。逆に、ＳＰＦマウスからの便懸濁液（SPFfae）の経口投与は、ＧＦマウスにおける欠損を回復させた（図６５Ｅ）。さらに、ＳＰＦマウスにおけるこの細胞集団の相対量は、居住条件により変化し、２週間にわたる共住は、全マウスが最終的に高頻度の表現型を示す結果をもたらした（図６５Ｆ）。まとめると、これらの結果は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度が可塑性であり、微生物叢の特定のメンバーが、それらの腸の集積を、誘導的かつ可逆的な様式において促進することを示唆した。
【０３５６】
技術移転の観点から、マウスではなくむしろヒトの便微生物叢を、腸におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積を誘導することができる細菌株について掘り起こした（図６６において概略される）。６人の健康な志願者（ドナーＡ〜Ｆ）から便試料を得て、各々、個別のノトバイオート隔離飼育器中に収容したＧＦマウスに経口投与した。結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導の程度は、試料間で大きく異なった（図６１Ｃおよび図６７）。ドナーＢからの便は、ＳＰＦマウスにおいて観察されたものに匹敵する程度までの、最も強力な誘導を誘発した（図６１Ｂと６１Ｃとを比較する）。次いで、最も強力な誘導を示したマウス（「マウスＢ５」）（図６１Ｃ）を選択し、その盲腸内容物の懸濁液を、ＧＦマウスに経管栄養で投与した（ＧＦ＋Ｂ５マウス）。これらのマウスを、飲用水を介して、アンピシリン（Ａｍｐ）、メトロニダゾール（ＭＮＺ）、ストレプトマイシン（ＳＴＭ）、タイロシン（Ｔｙｌ）、またはビヒクル対照のいずれかで治療した。芽胞形成性共生細菌の効果を調べるために８、マウスＢ５のクロロホルム治療された盲腸内容物を、ＧＦマウスのさらなる群に接種した（GF+Chlo B5マウス）。予測されるとおり、ＧＦ＋Ｂ５マウスは、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の有意な増大を示した（図６５Ｄ）。ＭＮＺ、ＳＴＭ、またはＴｙｌによる治療は、しかし、実質的な減少をもたらし、クロロホルム治療は、誘導を全て抑止した（図６５Ｄ）。対照的に、Ａｍｐ治療は、観察された誘導を増強した（図６５Ｄ）。最も強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示す２つのＡｍｐ治療マウス（B5-Amp2およびB5-Amp3と表される）を、さらなる分析のために選択し、それらの盲腸内容物を、多様な培地中でin vitroで培養した。２０６個の区別し得るコロニーをピックし、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）遺伝子配列決定により分析して、２６個のユニークな株のコンソーシアムを作り上げた（図６１Ｆ）。
【０３５７】
盲腸微生物叢組成物の分析により、２６の単離株は、一緒に、マウスB5-Amp2およびB5-Amp3の微生物叢を、ほぼ再現することが明らかとなった（図６１Ｅ、６１Ｆ）。これらの２６株から、GF+Chlo B5マウスのマイクロバイオーム中で検出された５株（図６１Ｅ、６１Ｆ）を除外し、残りの２１株を、さらなる分析のために選択した（図６１Ｆ）。２１株を、個々に培養し、混合物（21-mix）としてＧＦマウスに導入した（GF+21-mixマウス）。比較のために、ヒト便試料から先に単離された17 Treg cellを誘導するクロストリジウム株の混合物を定着させたマウス（GF+Treg 17-mix）を、分析した８。GF+21-mixマウスの結腸ＬＰにおいて、非常に強力なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導が観察され、程度は、ＳＰＦマウスにおけるものに匹敵した（図６１Ｂ、６１Ｇを比較）が、一方、GF+Treg 17-mixマウスは、ＧＦの基線を超える誘導は示さなかった（図６１Ｇ）。２１株の相対量をＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度と比較するスピアマンの順位相関検定を行った。１１株は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度と正に関連し（図６１Ｅおよび６１Ｆ）、１０株は、有意な関連性は示さなかった（図６１Ｅおよび６１Ｆ）（また図６８を参照）。結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することにおける１１株の有効性を、１０株の有効性と比較した。GF+11-mixマウスは、GF+21-mixマウスが誘導したのと同じ程度までの、強力な誘導を示したが、GF+10-mixマウスはこれを示さなかった（図６１Ｈ）。11-mixにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の増大は、多様な遺伝的背景のマウスにおいて観察されたが、基線および誘導の程度は、群の間でかなり異なった（図６９Ａ）。11-mixにより誘導されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、主にＰＤ−１ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ、ＣＤ４４＋、Ｔ−ｂｅｔ＋、ＩＣＯＳ＋、およびＫＬＲＧ１−であり、小さなサブセットは、ＧｒＢ＋であった（図６９Ｂおよび６９Ｃ）。GF+11-mixマウス時間経過分析により、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の劇的な増加は、１週間の時間枠内に起こったことが明らかとなった（図６１Ｉ）。これらの初発のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、主にＣＤ１０３−であったが、ＣＤ１０３＋のＴＲＭの表現型のサブセットの頻度が、その後徐々に増加し（図６１Ｉおよび図６９Ｂ）、このことは、段階的な分化のパターンを示唆している。重要なことに、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、GF+11-mixマウスにおいて、６か月間にわたり安定に存続し、全体的、組織学的、または転写的な結腸炎症の兆候は観察されなかった（図７０）。11-mixの誘導能力は、ＣＤ８  Ｔ細胞に限定されず、ＣＤ４  Ｔ細胞にも及んだ。実際に、結腸ＴＨ１７およびＴＨ１細胞の頻度の有意な増大が観察されたが、これらの応答は、それぞれ、２０の報告されたＴＨ１７細胞誘導株（TH17 20-mix９）により、および報告されたＴＨ１細胞誘導性のKlebsiella pneumoniae株（Kp2H7１３）により誘導されるものよりは顕著に弱かった（図６９Ｄ）。これらのデータは、１１株が、比較的ＣＤ８  Ｔ細胞に対して特異的な非炎症性免疫調節活性を有することを示唆した。
【０３５８】
系統発生的比較により、１１株は、７つのバクテロイデス目および４つの非バクテロイデス目種を含むことが明らかとなった（図６１Ｆ、７１および７２）。ＧＦマウスに接種された場合、７つのバクテロイデス目混合物（7-mix）は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができなかったが、一方、４つの非バクテロイデス目混合物（4-mix）は、著しくより優れた誘導能力を示した。しかし、4-mix単独では、11-mixの完全な誘導効果を達成するためには十分ではなかった（図６１Ｊ）。これらの結果は、１１株が、コンソーシアムとして作用し、ここで、４つの非バクテロイデス目種はエフェクター要素として作用し、７つのバクテロイデス目は、支援的役割を果たすことを示唆した。
【０３５９】
結腸における11-mixにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集積の根底にある機構を、さらに明らかにした。加熱失活した11-mixでＧＦマウスを治療した後では、集積は観察されず（図６２Ａ）、蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、結腸粘膜層に侵入する株の能力を強調したが、上皮中への浸潤は検出されなかった（図６２Ｂ）。生きた11-mixによる定着は、結腸上皮細胞（ＥＣ）において、ケモカインＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０のみならず、他のＩＦＮ誘導性遺伝子の発現も上方調節し（図６２Ｃおよび７３Ａ）、ノトバイオートＩｆｎｇｒ１−／−マウスは、顕著に抑制されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示した（図６２Ｄ）。これらの結果は、ＥＣ近傍における活発な定着は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の動員および集積において役割を果たすＩＦＮγにより媒介されるフィードフォワードループを確立し得る。さらに、約半分のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、それらのＫｉ６７発現により証明されるように定着後の１週間、活発な増殖を経験し（図６２Ｅ）、このことは、細胞の増殖が、少なくとも部分的に、観察された集積の原因であることを示唆している。加えて、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞ＴＣＲ  Ｖβの利用は、GF+11-mixとＧＦマウスとの間で優位に異なった：GF+11-mix群は、Ｖβ５＋サブセットを犠牲にしたＶβ６＋およびＶβ８＋サブセットの相対的な濃縮を示した（２方向ＡＮＯＶＡ相互作用ｐ値＝０．０００１）（図６２Ｆ）。対照的に、ＧＦマウスとGF+11-mixマウスとの間でＩＦＮγ陰性ＣＤ８  Ｔ細胞ＴＣＲ  Ｖβの組成には差異は存在しなかった（ｐ値＝０．３１）（図６２Ｆ）。誘導された結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の抗原特異性もまた探究され、細胞のうちの相当な画分が、１１株に由来する細菌抗原を認識することが見出された（図６２Ｇ）。まとめると、これらのデータは、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、結腸への動員、細胞の増殖、および細菌抗原により媒介される分化の累積効果に起因する可能性が高いことを示唆した。
【０３６０】
主要な生得のシグナル伝達経路および樹状細胞（ＤＣ）の寄与を、次に調べた。Ｉｒｆ９−／−（Ｉ型ＩＦＮシグナル伝達欠損）、Ｍｙｄ８８−／−Ｔｒｉｆ−／−（Ｔｏｌｌ様受容体シグナル伝達欠損）、Ｉｌ１ｂｒ−／−、またはＩｌ１８−／−のいずれのGF+11-mixマウスも、野生型（ＷＴ）対照と比較して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導能力におけるいかなる差異も示さなかった（図６２Ｈ）。対照的に、11-mix治療は、いずれも腸のＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋のＤＣサブセットを欠失する１４〜１６、Ｂａｔｆ３−／−マウスおよびＸｃｒ１＋／ｃｒｅ×Ｒ２６：ｌａｃＺｂｐＡｆｌｏｘＤＴＡマウスにおいて結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導することができなかった（図６２Ｉ）。誘導はまた、ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋のＤＣサブセットの欠損を有する１６、１７、ＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｉｒｆ４ｆｌ／ｆｌ（Ｉｒｆ４γＤＣ）マウスおよびＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｎｏｔｃｈ２ｆｌ／ｆｌ（Ｎｏｔｃｈ２γＤＣ）マウスにおいても抑止された（図６２Ｉ）。11-mixによる定着は、ＷＴ  マウスにおいて、ＣＤ１１ｂ−ＣＤ１０３＋およびＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１０３＋の両方の結腸ＬＰ  ＤＣ集団において、ＭＨＣクラスＩ（Ｈ２−Ｋｂ）の発現を増強した（図６２Ｊ）。加えて、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、ＭＨＣクラスＩａ欠損（ＫｂＤｂ−／−）マウスにおいては劇的に損なわれたが、ＭＨＣクラスＩｂ欠損（Ｈ２−Ｍ３−／−）マウスにおいては損なわれなかった（図６２Ｋ）。これらの結果は、１１株が、古典的なＭＨＣクラスＩａ依存的様式においてＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集積を誘導するようにＣＤ１０３＋ＬＰ  ＤＣを条件付けする主要な生得の免疫経路に対して非依存的に、シグナル伝達を活性化するという仮説に一致する。
【０３６１】
11-mix定着の全身性効果を調べた。全ての株は、盲腸および結腸に優先的に局在し、これは、これらの部位におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の顕著な誘導により反映された（図６２Ｌ、７３Ｂ）。しかしながら、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の増大は、いくつかのさらなる臓器において観察されたことから免疫調節の表現型は、腸以外にも及んだ（図６２Ｌ）。結腸および全身のサブセットは、表現型的に区別し得たことから、11-mixの全身性効果は、細菌の播種に起因する可能性も（図７３Ｃ）、腸管起源のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の体循環に起因する可能性も低い（図７４）。全身性効果は、１１株により誘導された循環する代謝物に起因する可能性があることが仮説として考えられる。実際に、ＧＦ、GF+4-mix、GF+7-mix、GF+11-mixおよびGF+10-mixからの盲腸内容物の検査は、各々の群の全体的なメタボロミックプロフィールにおける差異を明らかにしたが、GF+11-mixおよびGF+4-mixマウスは、それらの免疫調節の表現型と一致して、他の群よりも緊密にクラスター化された（図７５Ａ）。メバロン酸塩およびジメチルグリシンなどのいくつかの分子は、GF+11-mixマウスの盲腸内容物および血清の両方において上昇し（図７５Ｂ〜７５Ｄ）、このことは、潜在的な機構的な役割を示唆している。
【０３６２】
臨床への技術移転をゴールとして、１１株のゲノムを調べ、顕著な病原性因子または毒素は見出されなかった（表４）。ゲノムのほとんどにおいてテトラサイクリン耐性およびβ−ラクタマーゼの遺伝子が存在したが、多剤耐性である株は存在しなかった（表５および６）。また、複合的な微生物叢に関する11-mixの効果を調べた。ＳＰＦマウスにおいて、１１株は、繰り返しの経口経管栄養の後ですらＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができなかった（図７６）。対照的に、繰り返しの11-mix 経管栄養と組み合わせた抗生物質による前治療は、結腸ＥＣにおける著しい結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導およびＩＦＮ誘導性遺伝子の上方調節をもたらした（図７６）。臨床的な技術移転可能性を探索するために、バンコマイシン治療されたマーモセットサルに、11-mixによる経管栄養を行い、結腸およびＳＩ  ＬＰにおいてＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度の著しい増大が観察された（図７７）。このことは、これらの株が、大きく異なる種にわたって治療的に適用可能であることを示唆している。
【０３６３】
複合的な微生物叢に関する11-mixの効果をさらに評価するために、無菌マウスに、ドナーＣからの便微生物叢試料を定着させるか、または定着させないままとした（図８６Ａ）。マウスに、次いで、ＰＢＳ（対照）または細菌組成物（11-mixまたは10-mix）で、繰り返し経管栄養を行い、組成物の細菌株の各々による定着について評価した。細菌株の各々が検出され、定着を示していた（図８６Ｂ）。接種後第２１日に、結腸粘膜固有層およびｉＬＮにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを定量した。図８６Ｃにおいて示すとおり、11-mixの投与は、複合的な微生物叢が定着したマウスにおいてすら、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導をもたらした。
【０３６４】
【表４】
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【０３６５】
【表５】
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【０３６６】
【表６】
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【０３６７】
ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、細胞内病原体のクリアランスを促進することが知られているので１２、１８、１１株を、それらが、経口投与されたListeria monocytogenes（Ｌｍ）に対する宿主保護免疫を増強することができるか否を決定するために試験した。GF+11-mixマウスは、ＧＦおよびGF+10-mixマウスと比較して、顕著に改善された結腸の組織学スコア、体重減少の軽減、および結腸組織のＬｍコロニー形成単位（ＣＦＵ）の減少により証明されるとおり、増強されたＬｍのクリアランスを示した（図６１Ａ、６１Ｂおよび７８Ａ〜７８Ｃ）。抗ＣＤ８  ｍＡｂにより媒介されるＣＤ８  Ｔ細胞枯渇は、11-mixの保護的効果を著しく低下させた（図６１Ｃ、６１Ｄおよび７８Ｃ）。これらの傾向は、浸潤性変異体（Ｌｍ−ＩｎｌＡｍ、１８）またはＷＴ株を用いた感染モデルにおいて、ＳＰＦ条件下において複製された（図６３Ｅ〜６３Ｇおよび７８Ｄ〜Ｉ）。さらに、オボアルブミンを発現するＬｍ（Ｌｍ−ＯＶＡ１９）感染モデルにおいて、11-mixによる治療は、ＯＶＡ特異的ＣＤ８  Ｔ細胞増殖を増強した（図６３Ｈ、８５）。11-mixによる定着はまた、
ＷＴ  Ｌｍの腹腔内注射または浸潤性Ｌｍ−ＩｎｌＡｍによる経口経管栄養の後で、マウスを全身性感染から保護した（図６３Ｉおよび６３Ｊ）。
【０３６８】
ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞はまた、抗腫瘍免疫において重要な役割を果たし、免疫チェックポイント阻害剤(ICI)治療を媒介する３、２０〜２２。したがってまた、１１株による定着が、ＩＣＩの治療効力を増強することができるか否かを調べた。GF、GF+11-mix、およびGF+10-mixマウスに、ＭＣ３８腺癌細胞を皮下移植し、腹腔内抗ＰＤ−１  ｍＡｂ投与を行うかまたはこれを行わずに、腫瘍増殖をモニタリングした（図７９Ａ）。抗ＰＤ−１  ｍＡｂ治療は、GF+11-mixにおいて、GF+10-mixまたはＧＦマウスにおけるものよりも、著しくより効果的であった（図６４Ａ）。この治療有効性は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）の頻度の増大を伴い（図６４Ｂ）、抗体により媒介されるＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇は、保護効果を著しく低下させた（図６４Ｃ）。GF+11-mix+PD-1 mAbマウスにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬは、主にＰＤ−１ｈｉｇｈ、ＣＤ１０３−であり、Ｖβ１３＋サブセットが相対的に濃縮されており、したがって、結腸において誘導されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞とは、表現型により区別し得る（２方向ＡＶＯＶＡ相互作用ｐ値＝０．０００１）（図７９および８４Ｂ）。興味深いことに、11-mixの定着は、ＰＤ−１  ｍＡｂ治療の不在下においてすら、腫瘍増殖を著しく抑制した（図６４Ａ）。まとめると、これらの結果は、１１株が、自然免疫およびＩＣＩにより媒介される抗腫瘍免疫の両方を、ＣＤ８  Ｔ細胞依存的な様式において増強することにおいて、十分かつ特異的であることを示唆した。11-mixはまた、より臨床に適した、複合的な微生物叢を定着させたマウスのセッティングにおいても効果的であった（図６４Ｄ、６４Ｅ、８０Ａおよび８０Ｂ）。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬのサブセットは、ＭＣ３８腫瘍関連抗原ｐ１５Ｅ２３に対して特異的なＴＣＲを発現したが、11-mix抗原に対して特異的なものは存在しなかった（図６４Ｆ）。加えて、併用療法は、ＧｒＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度、および腫瘍浸潤性ＤＣによるＭＨＣクラスＩの発現の、両方の増大をもたらした（図６４Ｇ〜６４Ｉ）。11-mixの補充は、ＭＣ３８モデルにおいて抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂと組み合わされた場合に（図６４Ｊ）、およびより免疫原性が低いＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマモデルにおいて抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わされた場合に２４、２５（図６４Ｋ）、同様に効果的であった。重要なことに、11-mix治療群において、ＩＣＩ治療の頻繁に観察される有害効果である結腸炎の組織学的証左は存在しなかった３、２６（図８０Ｃ）。まとめると、これらの結果は、１１株が、抗腫瘍免疫を調節し、同時に、ＩＣＩ治療を増強し、それらの腸炎惹起性副作用を否定する能力を有することを示唆した。
【０３６９】
最後に、いくつかのメタゲノムデータセットを用いて、ヒト腸管マイクロバイオーム中の１１株の量を評価した。１１株のほとんどは、一般に、株レベルと種レベルの両方の分解能において、ヒト微生物叢の希少な少量の構成成分であることを見出した（図８１〜８３）。株のほとんどは、それらを単離した元のドナーＢのマイクロバイオーム中ですらまれであった（図８３）。報告されたデータセットにおいて２７〜２９、ＩＣＩで治療された応答者および非応答者の両方のメラノーマ患者において、類似の少量の傾向が観察された（図８１および８２）。
【０３７０】
本研究において、一緒に作用して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導し、細胞内病原体Ｌｍに対する耐性を付与し、ＩＣＩと組み合わされて腫瘍増殖を阻害することにおいて有効である、１１の健康なヒトに関連する細菌株が同定された。１１株が観察された局所および全身性の免疫調節をもたらす細胞および分子機構を明らかにするためには、さらなる研究が必要となるであろう。いくつかの報告は、ヒトおよびマウスの両方において、腸管微生物叢の組成が、応答に影響を及ぼすことを示しており、このことは、その操作が多大な治療潜在能力を抱えていることを示唆している３、２１、２７〜２９。しかし、増強された臨床的応答に関連する特定の微生物叢のメンバーは、研究間でかなり異なる。本研究における単離株は、多大な生物学的製剤の潜在能力を有し、がんおよび感染性疾患の治療を増強することに、広く適用可能であり得る。なぜならば、それらは、ほとんどの個体の腸管微生物叢において、非常に少なく提示されるからである。
【０３７１】
考察
腸管微生物叢は、感染性および炎症性疾患の治療および／または予防のための、およびまたがん免疫療法の有効性をブーストするための、魅力的な治療標的である。このことに関して、ＳＦＢ（ＴＨ１７誘導因子）９、４２、クロストリジウム（Ｔｒｅｇ誘導因子）８、４３、およびKlebsiella spp.（ＴＨ１誘導因子）１３を含む、腸のＣＤ４  Ｔ細胞の発達および機能に、強力に影響を及ぼし得る細菌株が、先に同定され、ノトバイオート動物モデルを用いて単離された。対照的に、微生物叢と腸のＣＤ８  Ｔ細胞との間の関係は、まだあまり特徴づけられておらず、ほぼ未知のままである。本研究において、一緒に作用して、結腸において、およびまた遠位部位において、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積を誘導する、健康なヒト腸管からの１１の細菌株のコンソーシアムを、合理的に単離した。この１１株の混合物は、Listeria 感染に対する宿主耐性、ならびにがんに対するＰＤ−１およびＣＴＬＡ−４モノクローナル抗体治療の治療有効性の両方を増強することができた。
【０３７２】
11-mixにより媒介される結腸（局所）ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導の可能な機構。
１１株により駆動される結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞集積は、複合的な多細胞および分子経路を通じて媒介される可能性がある。この考えを支持して、11-mixにより誘導された結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、区別し得る発現レベルのＣＤ１０３、ＧｒＢおよびＰＤ−１、ならびに区別し得るＴＣＲ  Ｖβの利用および抗原特異性により特徴づけられる、高度に不均一な集団を構成した。特に、11-mixにより誘導された結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、ＣＤ１０３＋およびＣＤ１０３−の両方の部分集団を含んだ（図６１Ｉおよび６９Ｂ）。ＣＤ１０３は、インテグリンαＥβ７のα鎖であり、組織常在性メモリーＴ（ＴＲＭ）細胞のマーカーである１０〜１２。より初期の研究は、ＣＤ８  Ｔ細胞が、特にトランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）の存在下において、慢性的なＴＣＲ刺激によりＣＤ１０３を上方調節することを示した１０。したがって、ＣＤ１０３＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞サブセットは、ＴＧＦβリッチな腸管微小環境において、細菌または細菌由来抗原に対する活発かつ持続的な応答により、誘導され得る４４。持続的なＴＣＲ活性化により媒介される分化の仮説と一致して、GF+11-mixマウスにおけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、中間レベルのＰＤ−１を発現した（図６９Ｂ）が、発現は、ＭＣ３８腫瘍から単離されたＴＩＬによるものよりも低かった（図７９Ｂ）。ＰＤ−１の発現は、慢性的なＴＣＲのシグナル伝達により誘導され維持されることが知られているので４５〜４７、観察されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、少なくとも部分的に、持続的なＴＣＲ刺激により媒介された可能性がある。加えて、ＴＣＲ  Ｖβの利用の調査により、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞のＴＣＲ組成は、GF+11-mixとＧＦマウスとの間で、著しく異なることが明らかとなった：GF+11-mix群は、Ｖβ６＋およびＶβ８＋サブセットの相対的な濃縮を示した（図６２Ｆ）。さらに、抗原特異性の研究により、GF+11-mixマウスにおける結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の相当な画分が、１１株由来の抗原を認識しすることが明らかとなった（図６２Ｇ）。最後に、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、ＣＤ１０３＋樹状細胞（ＤＣ）欠損（Ｂａｔｆ３−／−、ＸＣＲ−ＤＴＡ、Ｉｒｆ４ＤＣ、Ｎｏｔｃｈ２ＤＣ）およびＭＨＣクラスＩａ欠損（ＫｂＤｂ−／−）マウスにおいて、劇的に損なわれた（図６２Ｉおよび６２Ｋ）。まとめると、これらのデータは、11-mixにより媒介されるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導は、少なくとも部分的に、ＴＣＲにより駆動されるde novoでの分化が原因であり得ることを示した。
【０３７３】
分化に加えて、結腸への動員および維持が、観察されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞誘導が影響を及ぼされる機構である可能性がある。結腸上皮細胞（ＥＣ）のトランスクリプトーム分析により、11-mixの接種後わずか１週間において、他のＩＦＮ誘導性遺伝子をコードするものと一緒に、ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０ケモカイン転写物の著しい上方調節が明らかとなった（図６２Ｃおよび７３Ａ）。これらのケモカインは、ＣＸＣＲ３のためのリガンドであり、エフェクターＣＤ８  Ｔ細胞の動員を促進する重要な分子であることが報告されている４８〜５０；したがって、それらが、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の結腸への動員に寄与する可能性がある。この考えと一致して、末梢血中のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の頻度は、11-mix投与の後で減少した（図６２Ｌ）。ＣＸＣＬ９およびＣＸＣＬ１０がいずれもＩＦＮ誘導性遺伝子であること５１、ならびにＩＦＮγＲ１−／−マウスが、著しく減少した結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導を示したことは、注目すべきである（図６２Ｄ）。これらの結果は、11-mixの定着が、フィードフォワードなＩＦＮγループを確立し、強力かつ持続的なＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積をもたらすことを示唆する。さらに、結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の約半分は、定着の１週間後において、増殖マーカーＫｉ６７に対して陽性であり（図６２Ｅ）、このことは、それらが活発な増殖を経験していたことを示している。したがって、細胞の増殖はまた、少なくとも部分的に、観察された集積の原因である。このデータの全てを考慮すると、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、結腸への動員、細胞の増殖、および細菌抗原により媒介される分化の累積効果に起因する可能性がある。
【０３７４】
本発明者らのデータは、さらに、細菌の局在および代謝的アウトプットもまた上述の細胞機構に関連し得ることを示唆する。ＦＩＳＨによる結腸における細菌の空間的分布の研究により、１１株は、粘膜層に侵入して定着することができることが明らかとなった（図６２Ｂ）。腸管における様々なニッチにわたる局在は、細菌の免疫系に対する効果に影響を及ぼすことが知られているので９、５２、１１株が粘膜層（すなわち、上皮の近傍）に定着するという事実は、観察されたＣＤ８  Ｔ細胞の活性化に、機構的に関連し得る。加えて、加熱失活した細菌は効果を有さなかったことから（図６２Ａ）、および、免疫調節は、ＴＬＲ、ＩＬ−１、ＩＬ−１８およびＩ型ＩＦＮを含むものなどの主要な生得の免疫シグナル伝達に非依存的に起こるので（図６２Ｈ）、微生物に関連する分子パターンではなく、代謝物が、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導の原因であり得るという仮説を立てた。表現型データに基づいて、エフェクター代謝物が、１１株のコンソーシアムにより最も効率的に、かつ4-mixによるものよりも少ない程度に、産生される可能性がある（図６１Ｊ）。この仮説に一致して、GF+11-mixおよびGF+4-mixマウスは、類似の盲腸メタボロミックプロフィールを示し、いくつかの代謝物が、GF+11-mixマウスにおいて、またはGF+11-mixおよびGF+4-mixの両方のマウスにおいて、特異的に上昇することを見出した（図７５Ａ）。例えば、メバロン酸塩のレベルは、群の間の結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導の程度を反映し、GF+11-mixマウスの結成において上昇した（図７５Ｂ〜Ｄ）。このことは、局所および全身性の両方のレベルにおける潜在的な機構的役割を、直接的に示唆している（以下を参照）。興味深いことに、メバロン酸経路は、Ｔ細胞の機能および分化に影響を及ぼすことが報告されている：メバロン酸塩の代謝のステロール分岐部は、コレステロール生合成のための前駆体を提供し、それによりＴ細胞の増殖および機能に影響を及ぼすが、一方、非ステロール分岐部は、タンパク質のプレニル化に関与し、Ｔ細胞の遊走およびシグナル伝達を制御する５３、５４。メバロン酸塩誘導体はまた、Ｔ細胞の外的な合図および強力なＴ細胞アゴニストとして作用することができる５３、５４。ジメチルグリシンは、別の代謝物であり、GF+11-mixおよびGF+4-mixの両方のマウスの盲腸内容物において上昇し、GF+11-mixマウスの血清において増加する傾向があったものであり、したがって、局所および全身性のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の誘導に寄与し得る。ジメチルグリシンは、コリン代謝の重要な中間体であり、神経機能を増強することおよび自閉症を管理することにおいて有効であると主張されている。それはまた、Ｔ細胞により媒介される免疫応答を増強することが示されている５６。
【０３７５】
要約すると、特定の機構により拘束されることなく、現在のモデルにおいて、１１株は、結腸上皮の近傍に局在し、特定の免疫刺激性リガンド（おそらくは代謝物）および抗原を産生し、これらがＥＣ、ＣＤ１０３＋ＤＣ、および／またはＣＤ８  Ｔ細胞と接触して、ＭｙＤ８８非依存的およびＩ型ＩＦＮ非依存的であるが、ＩＦＮγＲ依存的なシグナル伝達経路を活性化し得る。これが、次いで、上昇したケモカインの発現およびＭＨＣクラスＩの上方調節その他をもたらし得、１１株の抗原特異的および非特異的ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の動員、増殖および分化をもたらし得る。実際の１１株により媒介される免疫調節の作用機序を決定するために、これらの非相互排他的な仮説を狭めることは、将来的に相当な作業を必要とし、本発明者らの基本的な免疫生物学の理解および現在の治療の有効性の両方を増強し得る。
【０３７６】
11-mixにより媒介される全身性の免疫調節の可能な機構。
GF+11-mixマウスにおいて腸以外の臓器において観察されたＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、理論的には、１）腸管誘導性ＣＤ８  Ｔ細胞、２）細菌、細菌抗原もしくは細菌を積載したＤＣ、または３）代謝物（１１株により誘導もしくは産生されたもの）および／またはサイトカインの体循環を含む、多数の機構からもたらされ得る。腸管起源のＣＤ８  Ｔ細胞が腸の外へ遊走し、全身を循環し、皮下腫瘍および脾臓または肝臓のListeria monocytogenes感染に対する免疫応答を調節するとは考えにくい。なぜならば、結腸、腫瘍、および遠位の臓器において集積したＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞は、表現型により区別し得たからである。実際に、ＣＤ１０３＋の部分集団は、腸においてもっぱら誘導され（図７４Ａおよび７９Ｂ）、これらのＴＲＭの表現型の細胞が、それらの誘導の部位を離れることは考えにくい。さらに、ＰＤ−１の発現レベルは、有意に異なり（図７４Ａおよび７９Ｂ）、結腸、全身、および腫瘍のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の間でＶβの利用は重複しなかった（２方向ＡＮＯＶＡ相互作用ｐ値＜０．０００１）（図８４Ｂ）。加えて、１１株特異的、Listeria（Ｌｍ−ＯＶＡ）特異的、および腫瘍特異的なＴ細胞は、区別し得る解剖学的部位において、差次的に検出された（図６２Ｇ、６３Ｈ、６４Ｆおよび８４Ａ）。すなわち、集積した結腸ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の相当な画分は、１１株由来の細菌抗原に特異的であったが、一方、ＭＣ３８由来のｐ１５Ｅ腫瘍抗原５７またはメラノーマ由来の糖タンパク質１００（ｇｐ１００）抗原５８〜６０に対して、応答は観察されなかった。逆に、ＭＣ３８腫瘍からのＩＦＮγ＋ＣＤ８  ＴＩＬは、ｐ１５Ｅ抗原に対して応答を開始したが、加熱失活した１１株に対しては応答を開始しなかった（図６４Ｆおよび８４Ａ）。腸管起源のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞（特に、ＣＤ１０３陰性の非ＴＲＭ部分集団）の体循環の可能性を除外することはできないが、結腸、腫瘍および遠位の臓器において集積したＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞が、局所的に、かつ互いに独立して、誘導される可能性は高い。また、細菌抗原または細菌を積載したＤＣの体循環は、考えにくい。なぜならば、本発明者らは、細菌の転位置（図７３Ｃ）も、異なる解剖学的部位におけるＴＣＲ  Ｖβの利用または抗原特異性の重複（図８４）も検出しなかったからである。最も簡単かつ最も可能性が高い説明は、腸から遠位の臓器におけるＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の集積は、必ずしも１１株由来の抗原を認識しないＣＤ８  Ｔ細胞の一般的な増殖および活性化に起因するというものである。GF+11-mixマウスの血清において、メバロン酸塩およびジメチルグリシンなどの既知の免疫調節代謝物のレベルの上昇が存在するので（図７５Ｄ）、様々な組織にわたる全身の免疫の活性化は、特異的な細菌抗原により駆動されるＣＤ８  Ｔ細胞のde novo分化によってでも、細菌特異的ＴＣＲと腫瘍抗原との間の交差反応性によってでもなく、循環する代謝物により、媒介され得る。しかしながら、観察されたＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞の全身および局所性の誘導のけって的な機構を確立するためには、さらなる研究が必要とされる。
【０３７７】
臨床的適用に向けて
１１株は、L. monocytogenesなどの細胞内病原体感染に対して耐性を与えた。特に、１１株の定着は、細菌の浸潤ならびに全身への転移に対して保護した（図６３および７８）。11-mixにより与えられた臨床的利益は、腸の管腔での競合によってのみ媒介されるのではなく、少なくとも部分的に、ＣＤ８  Ｔ細胞により媒介される。GF+11-mixマウスにおけるＣＤ８  Ｔ細胞の抗体により媒介される枯渇は、保護を著しく減弱させた（図６３および７８）。ＣＤ８  Ｔ細胞により放出されるＩＦＮγは、多数のＩＦＮにより誘導される抗菌性遺伝子およびケモカインを上方調節することにより、腸管において抗病原性の環境を促進し得（図７３Ａおよび７６Ｃ）、それにより、Ｌｍなどの浸潤性病原体に対する耐性を与える。１１株は、ＴＨ１およびＴＨ１７細胞を誘導することができるので（図６９Ｄ）、抗菌免疫の増強もまた、部分的に、これらのエフェクターＣＤ４  Ｔ細胞に起因し得る。腸のバリアの機能障害および細菌の転位置は、多様な疾患において炎症を引き起こし、これを永続化させることが、周知である６１〜６３。したがって、１１株の補充は、かかる状態の予防および管理において役立ち得る。
【０３７８】
病原体に対して防御することに加えて、１１株のコンソーシアムは、シンジェニックながんモデルにおいて、ＩＣＩと組み合わせて、腫瘍増殖を阻害することにおいて有効であった（図６４）。抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−Ｌ１および抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂなどの最近のＩＣＩ治療の発達は、がんの治療における著しい進歩を代表する。しかし、ＩＣＩに対する患者の応答は、不均一であり、常に永続性があるわけではない６４、６５。したがって、それらの効力を理解して増強する至急の必要性が存在する。このことに関して、いくつかの報告は、腸管マイクロバイオームの組成が、ヒトおよびマウスにおけるＩＣＩに対する応答に影響を及ぼすことを示しており、このことは、その操作が、治療上実行可能であり得ることを示唆している３、６６。有利なマイクロバイオームの特性は、増強されたＣＤ８  Ｔ細胞およびＩＦＮγ応答に関連づけられている３、２１、６６〜６８。しかし、かかる応答に関連する特定の微生物叢のメンバーは、研究間でかなり異なる：重要なエフェクターとして、あるものはAkkermansia spp.を関連づけ２９、別のものはFaecalibacterium spp.を関連づけ２７、さらに別のものは、Bifidobacterium spp.を関連付けている。この変動性についての１つの理由は、いくつかの細菌のコンソーシアムは、11-mixのように、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導して、抗腫瘍免疫を制御することができる可能性があるということである。１１株と、ＩＣＩで治療されたがん患者における改善された臨床成績に関連するものとの間の機能的類似性を評価するために、さらなる研究が必要である。変動性についての別の可能な理由は、本物のエフェクター種は、微生物叢の微量のメンバーを表すこと、および先に報告された種は、エフェクターのための支援的役割を果たすことである（本発明者らのモデルにおけるエフェクター4-mixを支援する7-mixに類似するもの）。かかる微量の種の寄与は、古典的な、配列志向性のマイクロバイオーム分析によっては、過小評価される可能性がある。実際に、１１株は、主に、ヒト微生物叢の、希少な、少量の構成成分を表す。欧州、米国、中国および日本における個人からの３３２７個の試料を含むメタゲノムデータセットHMP1-2、LLDeep、MetaHIT、500FG、HMP2およびJPGMを掘り起こすことにより、１１株のほとんどが、一般に、ヒト微生物叢の、希少な、少量の構成成分であることが明らかとなった。株レベルの分解能において、１１株のうちの４つは、非常に少数の個体において検出された（３３２７個の評価された試料のうちの１６個）（図８１）。種レベルにおいてすら、Fusobacterium ulcerans（株８１Ａ６）、Eubacterium limosum（株８１Ｃ１）、Parabacteroides gordonii（株８１Ｈ９）、およびAlistipes senegalensis（株８１Ｅ７）は、全コホートにわたり、特に希少であった（図８２）。株のうちのほとんどは、それらを単離した元のドナーＢのマイクロバイオームにおいてすら、稀であった（図８３）。類似の結果はまた、ＩＣＩで治療されたメラノーマ患者のデータセットからも得られた２７〜２９。したがって、１１株は、応答者群を非応答者群に対して層別化するために十分な能力を欠いていた（図８１および８２）。データは、腸の微生物叢のうちの特定の少量のメンバーを優先的に濃縮することが、感染性疾患��療およびがん免疫療法に関して、著明な免疫学的効果を有し得ることを示す。現在のデータは、臨床薬開発プログラムの基礎を形成し得、ここで、１１株は、安全であり（それらが健康な微生物叢から単離され、顕著な毒素を有さず、多剤耐性ではないことを考慮して）、潜在的に広く適用可能である（それらが、マウスおよびマーモセットの両方において有効であり、ほとんどの個体の微生物叢においては検出可能でないことから）ので、強力な生物学的製剤として用いられるべきユニークな位置を占める。
【０３７９】
これらの知見は、抗腫瘍応答におけるＣＤ８  Ｔ細胞、ＩＦＮγ、およびＣＤ１０３＋ＤＣの重要な役割を示す先の報告と一致した２０、２２、５０。１１株が抗腫瘍免疫を支援する正確な機構は、さらなる研究を必要とする。少なくとも２つの異なる腫瘍モデルにおいて効果が観察されたこと、および１１株由来の抗原を認識するＴＣＲと腫瘍抗原を認識するＴＣＲとの間で交差反応性が存在しなかったことを考慮すると、改善された抗腫瘍免疫は、抗原非依存的な様式において起こる可能性が高い。上記のとおり、１つの仮説は、１１株により放出される細菌の生成物が、直接的に、および／または間接的に、腫瘍微小環境内の、または排出ＬＮ中のＤＣを刺激して、腫瘍特異的ＣＤ８  Ｔ細胞のプライミングを支援し得るというものである。
【０３８０】
方法
マウス
ＳＰＦまたはＧＦのＣ５７ＢＬ／６、ＢＡＬＢ／ｃ、およびＩＱＩマウスを、Sankyo Laboratories Japan、SLC Japan、CLEA Japan、およびCharles River Japanから購入した。ＧＦおよびノトバイオートマウスは、慶応義塾大学またはRIKENのノトバイオート施設内で飼育して維持した。Ｉｆｎｇｒ１−／−、Ｂａｔｆ３−／−、Ｉｌ１８−／−、Ｉｌ１ｒ１−／−、ＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｉｒｆ４ｆｌ／ｆｌ、ＣＤ１１ｃ−Ｃｒｅ×Ｎｏｔｃｈ２ｆｌ／ｆｌ、およびＩｌ１０−／−マウスは、Jackson Laboratoriesから購入した。Ｍｙｄ８８−／−Ｔｒｉｆ−／−マウスは、Oriental Bio Serviceから購入した。Ｘｃｒ１＋／ｃｒｅ×Ｒ２６：ｌａｃＺｂｐＡｆｌｏｘＤＴＡマウスは、先に記載されるとおり作製した１５。Ｉｒｆ９−／−およびＨ２−Ｍ３−／−マウス（RBRC00916、10034）は、日本のMEXT／AMEDのナショナルバイオリソースプロジェクトを通じて、RIKEN BRCにより提供された。ＫｂＤｂ−／−マウスは、MMRRCから購入した。RIKENおよび慶応義塾大学のノトバイオート施設において、ＧＦの再導出を行った。全ての動物実験は、慶應義塾大学およびRIKEN横浜研究所の動物実験委員会により承認された。別段に記述されない限り、全てのＳＰＦマウスは、CLEA Japanから得られたＣ５７ＢＬ／６マウスであった。
【０３８１】
ヒト便試料、細菌培養、およびノトバイオート動物の作製
ヒト便試料は、RIKENの施設および慶応義塾大学において、施設内審査委員会により承認された研究プロトコルに従って採取した。各々の対象からインフォームドコンセントを得た。便試料およびマウスＢ５の盲腸内容物を、２０％のグリセロールグリセロール／ＰＢＳを含む等容積（ｗ／ｖ）のＰＢＳ中に懸濁し、液体窒素中で急速凍結し、使用するまで−８０℃で保存した。凍結ストックを融解し、ＴＳブロス中に懸濁し、１００μｍの細胞ストレイナーを通じてろ過し、ＧＦマウスに経口で接種した（マウス１個体あたり、約５〜６０ｍｇ／２５０μＬ）。接種の２４時間後、数個体のマウスを、飲用水を介して、アンピシリン（１ｇ／Ｌ）、メトロニダゾール（１ｇ／Ｌ）、タイロシン（０．５ｇ／Ｌ）またはストレプトマイシン（０．５ｇ／Ｌ）で治療した。Ｂ５盲腸内容物のクロロホルム治療については、盲腸内容物懸濁液を、クロロホルムと混合し（最終濃度３％）、振盪水槽中で、６０分間インキュベートし、その後、３０分間にわたるＮ２ガスの通気によりクロロホルムを蒸発させた。ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する細菌株を単離するために、GF+B5-Amp2およびGF+B5-Amp3マウスからの盲腸内容物を、ＰＢＳで連続希釈して、非選択的および選択的寒天プレート上に播種した（ＧＡＭ、ＣＭ０１５１、およびＢＢＥ）。嫌気チャンバー（Coy Laboratory Products）中で、嫌気条件下（８０％Ｎ２、１０％Ｈ２、１０％ＣＯ２）において、３７℃で２〜４日間にわたり培養した後、個々のコロニーをピックし、ユニバーサルプライマー（２７Ｆ：５’−ＡＧＲＧＴＴＴＧＡＴＹＭＴＧＧＣＴＣＡＧ−３’（配列番号１２）、１４９２Ｒ：５’−ＧＧＹＴＡＣＣＴＴＧＴＴＡＣＧＡＣＴＴ−３’（配列番号１３））で１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子領域を増幅し、配列決定した。培養回収物中の個々の単離物を、それらの１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列が１００％の同一性を有する場合、「株」としてグループ分けした。生じた株の配列を、ＲＤＰデータベース中のものと、ならびにGF+B5-Amp2およびGF+B5-Amp3からの盲腸試料において観察されたＯＴＵと比較し、緊密に関連する種または株、およびそれらの対応するＯＴＵを決定した。細菌混合物を調製するために、細菌株を、個々に、ＧＡＭ、ＣＭ０１４９、またはＥＧブロス中でコンフルーエンシーまで増殖させ、等容積の培地を混合した。株８２Ｇ５の培養のために、スクシネートは、ＥＧまたはＣＭ０１４９に添加した（最終濃度１００ｍＭ）。単離物の混合物を、ＧＦマウスに経口投与した（マウス１個体あたり、２５０μＬ中、約１〜２×１０８ＣＦＵの各々の株）。細菌株の所与の混合物を投与されていた全てのマウスを、単一のノトバイオート隔離飼育器中に維持した。加熱失活した細菌の投与のために、３日間にわたり個々に培養した１１株を混合し、高圧蒸気滅菌水で洗浄し、１２１℃で３０分間にわたり加熱失活させ、４週間にわたり飲用水を介してＧＦマウスに投与した（１ｍＬあたり、２〜１０×１０７に等価のＣＦＵの各々の株）。別段に示されない限り、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウス（６〜１２週齢）を用い、細菌の定着の３〜４週間後に分析した。
【０３８２】
１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のパイロシークエンシング
マウスからの凍結した盲腸内容物および便ペレットを、融解して、ＲＮａｓｅＡ（１００μｇ／ｍＬの最終濃度、Invitrogen）およびリゾチーム（最終３．０ｍｇ／ｍＬ、Sigma）を含む８５０μＬのＴＥ１０（１０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ、１０ｍＭのＥＤＴＡ）バッファー中に懸濁した。懸濁液を、１時間にわたり３７℃で、温和に混合しながらインキュベートした。精製アクロモペプチダーゼ（登録商標）（Wako）を、２，０００単位／ｍＬの最終濃度まで添加し、試料を、３０分間にわたり３７℃でインキュベートした。次いで、ドデシル硫酸ナトリウム（最終濃度１％）およびプロテイナーゼＫ（最終濃度1mg/mL、Nacalai）を懸濁液に添加し、混合物を１時間にわたり５５℃でインキュベートした。フェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）で高分子量ＤＮＡを抽出し、イソプロパノールで沈殿させ、７０％エタノールで洗浄し、２００μＬのＴＥ中に再懸濁した。２７Ｆｍｏｄ  ５′−ＡＧＲＧＴＴＴＧＡＴＹＭＴＧＧＣＴＣＡＧ−３’（配列番号１４）および３３８Ｒ  ５′−ＴＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴ−３’（配列番号１５）を用いて、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１−Ｖ２領域に対してＰＣＲを行った。次いで、各々の試料（約３３０ｂｐ）から作製したアンプリコンを、AMPure XP（Beckman Coulter）を用いて精製した。Quant-iT Picogreen dsDNAアッセイキット（Invitrogen）およびTBS-380 Mini-Fluorometer（Turner Biosystems）を用いて、ＤＮＡを定量した。１６Ｓメタゲノム配列決定は、Illuminaプロトコルに従って行った。２つのペアド・エンド（paired-end）リードを、fastq-joinプログラムを用いて、オーバーラップする配列に基づいてマージした。＜２５の平均クオリティー値および両方のユニバーサルプライマーに対して不正確なマッチを有するリードは、フィルタリングにより除外（filter off）した。フィルタリングを通過したリードを、両方のプライマー配列をトリミング除去（trim off）した後で、さらなる分析のために用いた。各々の試料について、３０００のクオリティーフィルタリングを通ったリードを、クオリティー値に従って降順で再配置し、次いで、UCLUSTプログラム（Edgar 201）バージョン5.2.32（www.drive5.com/）を用いて、９７％のペアワイズ同一性カットオフにより、操作的分類単位（ＯＴＵ）にクラスター化した。GLSEARCHプログラムを用いて、リボソームデータベースプロジェクト（ＲＤＰ）およびアメリカ国立生物工学情報センター（National Center for Biotechnology Information）ゲノムデータベースに対する類似性検索により、各々のＯＴＵの分類学的帰属を作成した。
【０３８３】
細菌ゲノムの配列決定
１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子パイロシークエンシングの一部として上で記載されるものと類似の方法により、１１株のゲノムＤＮＡを抽出した。Illumina MiSeqシーケンサーにより、全ゲノムショットガン戦略を用いて、ゲノム配列を決定した。ゲノムＤＮＡを超音波処理により剪断して、ＤＮＡフラグメントを得た。各サプライヤーのプロトコルに従って、鋳型ＤＮＡを調製した。各々の株のゲノムから予測される、４０リボソームタンパク質（大サブユニットＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、Ｌ５、Ｌ６、Ｌ７／Ｌ１２、Ｌ９、Ｌ１０、Ｌ１１、Ｌ１３、Ｌ１４、Ｌ１５、Ｌ１６、Ｌ１７、Ｌ１８、Ｌ１９、Ｌ２０、Ｌ２１、Ｌ２２、Ｌ２３、Ｌ２４、Ｌ２７、Ｌ２８、Ｌ２９、Ｌ３２およびＬ３５、ならびに小サブユニットＳ５、Ｓ６、Ｓ７、Ｓ８、Ｓ９、Ｓ１０、Ｓ１１、Ｓ１２、Ｓ１３、Ｓ１５、Ｓ１６、Ｓ１９およびＳ２０）をコードする遺伝子と連鎖した遺伝子を用いて、系統樹を構築した。系統樹構築のために用いられた他の細菌種の配列は、リボソーム多座配列タイピング（ＭＬＳＴ）データベースから得た。MEGA v5.0パッケージおよび近隣結合法を用いて、１，０００のレプリケートのブートストラップにより、計算を行った。
【０３８４】
腸のリンパ球、ＤＣ、およびＥＣの単離およびフローサイトメトリー分析
腸のリンパ球、ＤＣ、およびＥＣの分析のために、腸を長軸方向に切開し、ＰＢＳで洗浄して、管腔内容物を取り除いた。全ての試料を、５ｍＭのＥＤＴＡを含む２０ｍＬのハンクス平衡塩溶液（ＨＢＳＳ）中で、振盪水槽中で２０分間にわたり３７℃でインキュベートして、ＥＣを取り除いた。激しくボルテックスした後で、懸濁液中に放出された結腸ＥＣを遠心分離して、すぐに液体窒素中で凍結し、さらなる分析まで−８０℃で保存した。ＥＣのアリコートを、PERCOLL（登録商標）勾配分離に供して、結腸上皮内リンパ球（ｃＩＥＬ）を単離した。ＥＣの除去の後で、筋肉層および脂肪組織を、手作業でピンセットを用いて取り除いた。残りのＬＰ層を、小片に切断して、４％のウシ胎仔血清、０．５ｍｇ／ｍＬのコラゲナーゼＤ（Roche）、０．５ｍｇ／ｍＬのディスパーゼ（Gibco）、および４０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅＩ（Roche）を含む、１０ｍＬのＲＰＭＩ１６４０中で、振盪水槽中で４５分間にわたり３７℃でインキュベートした。消化された組織を、５ｍＭのＥＤＴＡを含む１０ｍＬのＨＢＳＳで洗浄し、５ｍＬの４０％のPERCOLL（登録商標）（GE Healthcare）中で再懸濁し、１５ｍＬのFalconチューブ中で、２．５ｍＬの８０％のPercollを下に敷いた。PERCOLL（登録商標）勾配分離は、３０分間にわたる２５℃での９００ｇでの遠心分離により行った。リンパ球および抗原提示細胞を含む画分を、２つの層の界面から回収し、１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ１６４０で洗浄した。ＤＣ染色について、細胞をGhost Dye 780（Tonbo Biosciences）で標識し、次いで、抗Ｉ−Ａ／Ｉ−Ｅ（ＦＩＴＣ、Biolegend）、抗ＣＤ１１ｃ（ＡＰＣ、Biolegend）、抗ＣＤ１０３（ＰＥ／Ｃｙ７、Biolegend）、抗ＣＤ１１ｂ（ＢＶ６０５、Biolegend）および抗Ｈ−２Ｋｂ（PacificBlue、Biolegend）で染色した。サイトカイン検出について、細胞を、５０ｎｇ／ｍＬのＰＭＡおよび７５０ｎｇ／ｍＬのイオノマイシン（いずれもSigma製）で、GOLGISTOP（登録商標）（BD Biosciences）の存在下において、３７℃で３．５時間にわたり刺激した。Ghost Dye 780による標識の後で、細胞を、透過処理し、Ｆｏｘｐ３／転写因子染色バッファーキット（eBiosciences）を製造者の指示のとおりに用いて、抗ＣＤ３（ＢＶ６０５またはＢＶ６５０；Biolegend）、抗ＣＤ４（ＢＶ５１０またはＦＩＴＣ；Biolegend）、抗ＣＤ８γ（ＡＰＣ、ＢＶ４２１またはＰＥ／Ｃｙ７；Biolegend）、抗ＴＣＲβ（ＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５またはＢＶ７１１；Biolegend）、抗ＣＤ８γ（ＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５）、抗ＣＤ１０３（ＢＶ４２１またはＦＩＴＣ）、抗GranzymeB（ＡＰＣまたはPacificBlue；Biolegend）、抗ＩＣＯＳ（ＰＥ／Dazzle594、ＰＥまたはＦＩＴＣ；Biolegend）、抗ＣＤ４４（ＰＥまたはＢＶ７８６；Biolegend）、抗ＫＬＲＧ１（ＢＶ７１１またはＰＥ／Dazzle594；Biolegend）、抗ＰＤ−１（ＢＶ５１０；Biolegend）、抗ＩＦＮγ（ＰＥ／Ｃｙ７またはＦＩＴＣ；Biolegend）、抗ＩＬ−１７Ａ（ＰＥ；BD Bioscience）、抗Ｔ−ｂｅｔ（ＰＥ／Ｃｙ７、ＢＶ４２１またはＢＶ７８５；Biolegend）および抗Ｋｉ６７（ＡＦ４８８；Biolegend）で染色した。ＣＤ８  Ｔ細胞のＴＣＲＶβレパートリーの分析のために、リンパ球を、抗マウスＴＣＲＶβスクリーニングパネル（BD Bioscience）を用いて染色した。全データを、BD LSRFortessa or FACSAria IIIu（BD Biosciences���装置上に収集し、Flowjoソフトウェア（TreeStar）により分析した。ＣＤ８  Ｔ細胞を、生細胞ゲート内のＣＤ８γ＋ＴＣＲβ＋ＣＤ３＋集団として定義した。細菌ライセートに対するＩＦＮγ応答の評価のために、１１株を、３日間にわたり個々に培養し、ＰＢＳで洗浄し、７０℃で３０分間にわたり加熱失活させ、各々の株を１〜２×１０６ＣＦＵ／ｍＬの最終濃度で用いた。GF+11-mixマウスから単離された、Ｔ細胞および抗原提示細胞を含む、PERCOLL（登録商標）が濃縮された結腸ＬＰ細胞を、ex vivoで、細菌ライセートにより１８時間にわたり刺激し、次いで、GOLGISTOP（登録商標）を添加し、懸濁液を、さらに３．５時間にわたりインキュベートした。
【０３８５】
ＳＰＦマウスの11-mixの定着
SLC JapanからのＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（６〜７週齢）（これは、比較的低頻度のＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞表現型を示す；図６５Ｆを参照）を、５〜９日間にわたり、飲用水を介して、ＡＶＭＮ［アンピシリン（１ｇ／Ｌ）、バンコマイシン（５００ｍｇ／Ｌ）、メトロニダゾール（１ｇ／Ｌ）およびネオマイシン（１ｇ／Ｌ）］で治療するか、またはこれを行わなかった。抗生物質の洗い流しの１日後に、未治療のＳＰＦマウス（SLC Japan、約１ｍｇ／マウス）からの便懸濁液を、経管栄養により、初回11-mixと共に、またはこれを用いずに、経口で導入した。繰り返し投与のために、11-mixの経口経管栄養を、１週間あたり２回または３回行った。各々の接種について、１１株を、ＧＡＭ、ＣＭ０１４９またはＥＧブロス中で、２または３日間にわたり増殖させ、約１〜２×１０８ＣＦＵの各々の株を用いて、各々のマウスを接種した。糞便または盲腸内容物を採取し、ＤＮＡを、上述の16S rRNA遺伝子パイロシークエンシングの一部として抽出した。各々の株について、以下の特定のプライマーによるｑＰＣＲにより定着の確認を達成した：
８１Ａ６（５’−ＴＧＣＡＣＴＧＴＴＧＧＡＴＴＴＴＣＴＡＡＡＡＡＧＧ−３’（配列番号１６）、５′−  ＡＣＴＴＴＧＧＧＣＡＴＧＣＴＡＡＡＣＣＡ−３’（配列番号１７））；
８１Ｂ１１（５’−ＧＣＡＴＡＴＡＴＣＴＴＧＡＣＴＧＡＧＣＣＧＡ−３’（配列番号１８）、５′−ＴＴＣＣＣＣＣＧＡＴＧＡＡＴＡＡＡＧＣＧＴ−３’（配列番号１９））；
８１Ｃ１（５’−ＣＣＧＣＡＣＡＡＧＡＧＡＡＡＴＡＡＡＣＧＣＣＡ−３′（配列番号２０）、５′−ＴＧＧＣＡＡＡＴＴＣＡＡＡＧＧＴＧＡＧＣＧＡＡ−３’（配列番号２１））、
８１Ｅ７（５’−ＧＧＧＡＡＴＡＡＡＧＣＴＧＴＴＣＣＧＡＴＡＴＧＣ−３’（配列番号２２）、５′−ＴＣＡＴＧＣＡＡＣＡＴＴＣＴＴＴＣＧＴＴＧＧ−３’（配列番号２３））、
８１Ｈ９（５’−ＴＴＣＡＣＣＴＴＣＴＡＣＧＧＣＴＡＣＴＡＣＴＡＣＧ−３’（配列番号２４）、５′−ＡＣＡＴＡＡＣＧＡＴＣＡＡＧＧＧＴＧＣＴＧＡＡＧ−３’（配列番号２５））、
８２Ａ６（５’−ＧＣＴＣＴＴＴＴＴＡＧＣＣＴＧＴＡＴＣＣＧＧＴ−３’（配列番号２６）、５′−ＡＴＡＣＧＡＴＡＣＧＡＡＣＧＡＣＣＡＡＣＣＴ−３’（配列番号３８））、
８２Ｂ１（５’−ＣＴＴＣＧＴＴＧＴＴＣＴＴＧＡＡＣＴＴＣＴＣＧＣＣ−３’（配列番号３９）、５′−ＣＡＧＡＣＡＴＴＴＣＣＧＡＡＡＡＣＣＴＣＣＡＧ−３’（配列番号４０））、
８２Ｆ１１（５’−ＧＣＡＣＡＧＡＴＴＣＴＡＣＡＣＴＣＣＣＣＴ−３’（配列番号４１）、５′−ＡＧＣＡＡＣＧＡＡＡＣＡＡＣＣＴＧＴＧＡ−３’（配列番号４２））、
８２Ｇ１（５’−ＧＡＧＧＡＡＧＴＧＡＡＣＣＴＴＧＧＧＴＧＴＧ−３’（配列番号４３）、５′−ＡＡＡＡＡＧＴＧＧＡＣＡＴＧＡＴＡＡＡＧＣＧＧＡＴ−３’（配列番号４４））、
８２Ｇ５（５’−ＡＧＧＡＴＣＣＣＴＴＣＧＣＴＧＴＡＧＴＡＡＡＡＧＡ−３’（配列番号４５）、５′−ＡＣＡＡＴＣＣＧＧＴＣＴＧＡＴＧＡＴＣＡＡＴＧ−３’（配列番号４６））、
８２Ｇ９（５’−ＧＣＣＣＧＣＣＴＣＡＡＣＴＴＡＧＡＡＴＣＡＣ−３’（配列番号４７）、５′−ＴＣＴＡＴＧＴＧＴＴＴＣＣＧＧＴＴＴＧＴＴＡＣＧ−３’（配列番号４８））。
【０３８６】
ＭＬＮ中の細菌の検出について、臓器をホモジェナイズし、便ＤＮＡ単離プロトコルに従って全ＤＮＡを単離し、その後、上記の特定のプライマーを用いてｑＰＣＲを行った。本発明者らは、この方法により、浸潤性Listeria monocytogenes株（Ｌｍ−ＩｎｌＡｍ）に感染したマウスからのＭＬＮを分析することにより、細菌ＤＮＡの検出を確認した。
【０３８７】
ｑＰＣＲ分析
TRIzol試薬（Invitrogen）を製造者の指示に従って用いて、結腸のＥＣおよびＤＣから全ＲＮＡを単離した。リアルタイムｑＰＣＲ分析のために、SuperScript VILO Master Mix（Thermo Fisher）を用いてｃＤＮＡを合成し、Thunderbird SYBR qPCR Mix（TOYOBO）を用いて、LightCycler 480（Roche）においてｑＰＣＲを行った。以下のプライマーペアを用いた：
Ａｃｔｂ、５’−ＴＴＧＣＴＧＡＣＡＧＧＡＴＧＣＡＧＡＡＧ−３’（配列番号４９）および５’−ＡＴＣＣＡＣＡＴＣＴＧＣＴＧＧＡＡＧＧＴＧ−３’（配列番号５０）；
Ｇｂｐ１、５’−ＡＴＧＧＧＣＣＡＣＧＴＣＴＡＡＡＡＡＧＣ−３’（配列番号５１）および５’−ＴＴＴＧＣＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＧＴＴＣ−３’（配列番号５２）；
Ｇｂｐ６、５’−ＡＡＴＧＣＣＴＴＧＡＡＧＣＴＧＡＴＣＣＣ  −３’（配列番号５４）および５’−ＧＴＴＣＴＴＴＧＴＣＡＴＧＣＧＴＴＧＧＣ  −３’（配列番号５５）；
Ｉｆｉ４４、５’−ＡＧＡＣＡＡＧＡＧＧＣＡＴＴＧＣＴＧＴＧ−３’（配列番号５６）および５’−ＡＧＣＡＧＡＡＣＴＣＧＴＧＴＴＴＧＣＴＧ−３’（配列番号５７）；
Ｉｆｉ２０４、５’−ＡＡＧＣＡＡＧＧＧＧＧＡＣＡＴＴＴＧＴＧ−３’（配列番号５８）および５’−ｔｇｇｔｔｃａｃａｃｃｔｇａｃａｔｔｇｇ−３’（配列番号５９）；
ＣＸＣＬ９、５’−ＣＧＡＧＧＣＡＣＧＡＴＣＣＡＣＴＡＣＡＡ−３’（配列番号６０）および５’−ＣＣＧＧＡＴＣＴＡＧＧＣＡＧＧＴＴＴＧＡ−３’（配列番号６１）；
ＣＸＣＬ１０、５’−ＴＣＣＴＧＣＣＣＡＣＧＴＧＴＴＧＡＧＡＴ−３’（配列番号６２）および５’−ＴＧＣＧＴＧＧＣＴＴＣＡＣＴＣＣＡＧＴＴ−３’（配列番号６３）；
Ｉｒｇｍ１、５’−ＴＴＣＣＡＧＧＡＡＧＧＣＣＡＣＴＡＡＣＡＴＣ−３’（配列番号６４）および５’−ＡＧＣＣＴＧＴＴＴＧＧＴＡＴＧＡＣＧＴＧ−３’（配列番号６５）；
Ｉｌ６、５’−ＣＴＧＣＡＡＧＡＧＡＣＴＴＣＣＡＴＣＣＡＧＴＴ−３’（配列番号６６）および５’−ＡＡＧＴＡＧＧＧＡＡＧＧＣＣＧＴＧＧＴＴ−３’（配列番号６７）；
Ｌｃｎ２、５’−ＡＡＴＧＴＣＡＣＣＴＣＣＡＴＣＣＴＧＧＴＣ−３’（配列番号６８）および５’−ＧＴＧＧＣＣＡＣＴＴＧＣＡＣＡＴＴＧＴＡ−３’（配列番号６９）。
【０３８８】
Listeria monocytogenes（Ｌｍ）感染
SLC JapanからのＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（６〜７週齢）を、飲用水を通じてＡＶＮＭで治療し、次いで第−１３日においてSPFfaeで再構成した。11-mix治療群について、11-mixの初回経口投与を、SPFfaeと組み合わせて行い、その後、第−１３、−１２、−８、および−３日において、11-mixのみの繰り返しの経口経管栄養を行った。経口感染群について、マウスに、第０日において、約５×１０９ＣＦＵのＬｍ−ＷＴ（株ＥＧＤ）もしくはＬｍ−ＯＶＡ、または１×１０１１ＣＦＵのＬｍ−ＩｎｌＡｍにより、経口で経管栄養を行った。細菌の力価の定量のために、結腸、ＭＬＮ、脾臓、肝臓または便をＰＢＳ中でホモジェナイズし、CHROMagar Listeria（CHROMagar）上に２日間にわたり３７℃で播種し、感染後の示される時間において、白色のハローを有するコロニーを計数した。全身性感染について、第０日において、Ｌｍ株ＥＧＤ（１×１０５ＣＦＵ）を腹腔内注射した。細菌力価を定量するために、肝臓または脾臓をＰＢＳ中でホモジェナイズし、ＬＢ寒天上に２日間にわたり３７℃で播種した。ＣＤ８  Ｔ細胞のＬｍ−ＯＶＡ（Nanjing Sungyee Biotech）特異的ＩＦＮγ応答について、リンパ球および抗原提示細胞を含む結腸ＬＰ細胞を単離し、GOLGISTOP（BD Biosciences）の存在下における、３７℃での５時間にわたる、５μｇ／ｍＬのＯＶＡ由来のペプチドＳＩＩＮＦＥＫＬ（ＭＢＬ）による刺激により、ＯＶＡ特異的ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を検出した。ＧＦマウスに基づく研究について、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、第−７日において、11-または10-mixを定着させるか、未治療のままとした。次いで、マウスに、１×１０９ＣＦＵのＬｍ−ＷＴ（株ＥＧＤ）を経口感染させた。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、２００μｇのＣＤ８γ  ｍＡｂ（クローン2.43、BioXCell）を、11-mixの投与の１日前に、およびその後３〜４日ごとに、腹腔内投与した。
【０３８９】
皮下腫瘍モデル
ＭＣ３８腺癌細胞株は、アメリカ国立衛生研究所、アメリカ国立がん研究所、外科部門（Bethesda, MD, USA）からの贈り物であった。ＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞は、慶応義塾大学において、ＢＲａｆＣＡＰｔｅｎｌｏｘＰＴｙｒ：：ＣｒｅＥＲＴ２マウス（参考文献２７、Jackson laboratoryから購入した）において、マウスの毛剃した背中の皮膚における４−ＯＨ−タモキシフェンによる治療により誘導された腫瘍から単離し、培養した。ＳＰＦのＣ５７ＢＬ／６マウス（６〜７週齢、SLC Japanから）を、飲用水を通じてＡＶＮＭで治療し（第−７日から第２日まで）、第０日において、３×１０５のＭＣ３８腺癌細胞または７×１０５のＢＲＡＦＶ６００ＥＰＴＥＮ−／−メラノーマ細胞を、皮下移植した。マウスを、第３日に、便ＳＰＦ微生物叢で再構成した。11-mix治療群について、11-mixの初回投与は、第３日においてＳＰＦ微生物叢と一緒に行い、その後、実験の終了まで１週間あたり２回または３回、繰り返し投与を行った。マウスに、２００μｇの抗ＰＤ１  ｍＡｂ（クローンＪ４３、BioXCell）または抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂ（クローン９Ｈ１０、BioXCell）を、第３日から初めて第９日まで、３日間ごとに、腹腔内注射した。１週間あたり２回または３回、腫瘍サイズを測定し、長さ×幅２×０．５として、容積を決定した。示された時点において、またはマウスの腫瘍が２０００ｍｍ３のエンドポイント容積に達した場合、マウスを安楽死させ、腫瘍の重量を決定した。ＧＦマウスに基づく研究について、Ｃ５７ＢＬ／６  ＧＦマウスに、11-または10-mixを定着させるか、未治療のままとし、第０日において、３×１０５のＭＣ３８腺癌細胞の皮下移植に供した。抗ＰＤ−１  ｍＡｂの注射および腫瘍の測定は、ＳＰＦマウスに基づく研究セクションにおいて上で記載するように行った。ＣＤ８  Ｔ細胞の枯渇のために、２００μｇのＣＤ８γ  ｍＡｂ（クローン２．４３、BioXCell）を、11-mixの投与の１日前に、およびその後３〜４日ごとに、腹腔内投与した。ＴＩＬおよび骨髄球性細胞の単離のために、腫瘍を、小片に切断し、４％のウシ胎仔血清、０．５ｍｇ／ｍＬのコラゲナーゼＤ（Roche）、０．５ｍｇ／ｍＬのディスパーゼ（Gibco）、および４０μｇ／ｍＬのＤＮａｓｅＩ（Roche）を含む１０ｍＬのＲＰＭＩ１６４０中で、振盪水槽中で、４５分間にわたり３７℃でインキュベートした。消化された腫瘍細胞を、５ｍＭのＥＤＴＡを含む１０ｍＬのＨＢＳＳで再懸濁し、１００μｍの細胞ストレイナーを通過させた。総腫瘍重量のうちの０．５ｇに相当する細胞懸濁液を、上記の４０〜８０％のPercoll勾配分離のために用いた。Percoll勾配の界面からリンパ球および骨髄球性細胞を採取し、１０％のＦＢＳを含むＲＰＭＩ１６４０で洗浄し、Golgistop（BD Biosciences）の存在下において、３７℃で４．５時間にわたり、５０ｎｇ／ｍＬのＰＭＡおよび７５０ｎｇ／ｍＬのイオノマイシン（いずれもSigma製）で刺激した。ＣＤ８Ｔ細胞のｐ１５Ｅペプチド特異的ＩＦＮγ応答について、細胞を、５μｇ／ｍＬのｐ１５ＥペプチドＫＳＰＷＦＴＴＬ（配列番号６９）（ＭＢＬ）または細菌ライセート（１〜２×１０６ＣＦＵ／ｍＬの各々の株、上記のように調製したもの）で、１８時間にわたり刺激し、GOLGISTOP（登録商標）を添加し、��濁液を、さらに３．５時間にわたり、Golgistop（BD Biosciences）の存在下において、３７℃で５時間にわたりインキュベートした。上記のとおり、染色およびＦＡＣＳ分析を行った。
【０３９０】
組織学的分析
蛍光in situハイブリダイゼーション染色（ＦＩＳＨ）のために、結腸組織を、メタノール−カルノア溶液で固定し、パラフィン中に包埋した３２。切片を、０．１ＭのＨＣｌで治療し、５’Alexa 488標識ＥＵＢ３３８（５’−ＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴ−３’（配列番号２９））プローブとハイブリダイゼーションバッファー［０．９ＭのＮａＣｌ、０．０２ＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、０．０１％のドデシル硫酸ナトリウム］中で、５０℃で一晩、ハイブリダイズさせた。次いで、スライドグラスを、５０℃に予温したＦＩＳＨ洗浄バッファー［０．４５ＭのＮａＣｌ、０．０２ＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、０．０１％のドデシル硫酸ナトリウム］と共に、１０分間にわたりインキュベートし、ＰＢＳで３回洗浄した。粘膜の可視化のために、切片をブロッキングバッファー（ＰＢＳ中、１％のＢＳＡ、２％のＦＢＳ、０．０５％のTween20）と共に、室温で６０分間にわたりインキュベートし、ブロッキングバッファー中の、ウサギ抗Ｍｕｃ２抗体（１：１０００、Santa Cruz Biotechnology）で１２０分間にわたり、およびその後、Alexa 546標識ヤギ抗ウサギＩｇＧ（１：５００、Life Technologies）で６０分間にわたり、染色した。全切片を、４，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ、Dojindo、１：５０００）でカウンター染色し、Fluoromount/Plus（Diagnostics BioSystems）でマウントし、TCS SP5共焦点顕微鏡を用いて可視化した。
【０３９１】
結腸炎の発症および重篤度を評価するために、結腸を４％パラホルムアルデヒドで固定し、パラフィン中に包埋し、薄切し、ヘマトキシリンおよびエオジンで染色した。結腸炎の程度を、以下の判断基準に従って類別した：炎症性細胞浸潤（スコア、０〜４）、粘膜肥厚（スコア、０〜４）、杯細胞枯渇（スコア、０〜４）、陰窩膿瘍（スコア、０〜４）、および構造の破壊（スコア、０〜４）。最終的な組織学的スコアは、これらのパラメーターのスコアの合計として定義した。
【０３９２】
健康な志願者（Ａ〜Ｆ）からの便微生物叢のメタゲノム配列決定
ドナーＡ〜Ｆからの便ＤＮＡを、上記のように単離した。TruSeq DNA PCR-Free Sample Preparationキット（Illumina）を用いて、全ゲノムショットガンライブラリーを調製した。ライブラリーの各々の末端における３００ｂｐを、MiSeq装置において、MiSeq Reagentキットv3（６００サイクル；Illumina）により配列決定した。
【０３９３】
メタゲノムデータセットにわたる量のプロファイリング
１１株のドラフトゲノムを、１キロ塩基対（ｋｂｐ）の領域に分割して、NCBI RefSeq（約８５ｋのゲノム）に対してマッピングし、既知の単離物に対する類似性がないかまたは低い領域（同一性＜８０％、カバー範囲＜８５％）を同定した。これらのうち、最小５ｋｂｐの連続した領域を、各々の株に特有のマーカー領域として定義した。多様なデータセット［HMP1-2３３、LLDeep３４、MetaHIT３５，３６、500FG３７、HMP2（第１のタイムポイントのみ）３８、およびJPGM３９］にわたる、少なくとも１Ｍのクオリティーコントロールされたリードを有する腸管メタゲノム試料を、全ての株において、１ｋｂｐの領域にマッピングした（９５％マッピング同一性によりフィルタリングした）。マッピングされたリードカウントを、１ｋｐｂあたりのリードの百万分率（ＲＰＫＭ）に正規化した。株は、そのマーカー領域内の１ｋｂｐの領域のうちの少なくとも９５％が検出された場合に、検出されたものとみなし、量は、ゲノム中の全てのマーカー領域にわたる量の中央値として計算した。種レベルの量は、ゲノム中の全ての１ｋｂｐの領域にわたる量の中央値として計算した。
【０３９４】
メタボローム分析のための試料の調製
メタボローム分析のため野血清および盲腸内容物からの代謝物の抽出は、先に記載されるように行った３３。簡単に述べると、凍結された盲腸内容物を、内部標準（ＩＳ）化合物（以下を参照）と一緒に、手動のホモジナイザー（Finger Masher（AM79330）、Sarstedt）を用いて、氷冷メタノール（５００μＬ）中でホモジェナイズし、その後、等容積のクロロホルムおよび容積の０．４倍の超純水（ＬＣ／ＭＳグレード、Wako）を添加した。ＩＳでスパイクした血清のうちの４０μＬを、氷冷メタノール（４００μＬ）と共に添加し、その後、等容積のクロロホルムおよび１２０μＬの超純水を添加した。これらの懸濁液を、次いで、１５，０００ｇで、１５分間にわたり４℃で遠心分離した。遠心分離の後で、水相を限外濾過チューブ（Ultrafree MC-PLHCC、Human Metabolome Technologies）を用いて限外濾過した。ろ過物を、減圧濃縮器（SpeedVac, Thermo）で濃縮した。濃縮されたろ過物を、超純水中で溶解し、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳおよびＩＣ−ＭＳ分析のために用いた。
【０３９５】
内部および外部標準による代謝物の定性（qualification）および定量
本発明者らは、試験された全ての代謝物についてのｍ／ｚ値および特定の保持時間を決定するために、ＩＳ（抽出の前に試料に添加される）および外部標準（ＥＳ）の両方の化合物を用いた。詳細な方法は、以下のとおりである。内部標準（ＩＳ）化合物：本発明者らは、それぞれ、アニオン性およびカチオン性の代謝物のために、２−モルホリノエタンスルホン酸（ＭＥＳ）およびＬ−メチオニンスルホンをＩＳとして用いた。これらの化合物は、分析された試料中には存在しない；したがって、それらは、理想的な標準物として役立つ。試料調製の間の内在性代謝物の損失は、各々の試料測定についての回収率（％）を計算することにより修正される。ＥＳ化合物：試料分析の前に、本発明者らは、試験された全ての代謝物のｍ／ｚ値および保持時間の両方を決定するために、超純水中の標的代謝物の真正（authentic）の化合物の混合物を測定した。
【０３９６】
アニオン性代謝物のためのイオンクロマトグラフィー・タンデム質量分析
ＩＣ分離およびフーリエ変換ＭＳの原理３４により高選択性かつ高感度な代謝物の定量を可能にする、高性能イオンクロマトグラフィー系（ICS-5000+、Thermo Fisher Scientific）に連結されたオービトラップ型ＭＳ（Q-Exactive focus、Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA）を用いて、アニオン性代謝物を測定した。
【０３９７】
ＩＣは、試料が質量分析計に入る前に水酸化カリウム勾配を純水に変換するための、アニオン電解サプレッサー（Thermo Scientific Dionex AERS 500）を装備した。Thermo Scientific Dionex IonPac AS11-HC、４μｍの粒子サイズのカラムを用いて、分離を行った。ＩＣ流速は０．２５ｍＬ／分であり、カラムの後に０．１８ｍＬ／分のＭｅＯＨのメイクアップフローを補充した。ＩＣ分離のための水酸化カリウム勾配条件は、以下のとおりである：３０℃のカラム温度において、１ｍＭ〜１００ｍＭ（０〜４０分）、１００ｍＭ（４０〜５０分）、および１ｍＭ（５０．１〜６０分）。全ての検出について、Q Exactive focus質量分析計は、ＥＳＩネガティブモード下において操作した。フル質量スキャン（ｍ／ｚ７０〜９００）は、７０，０００の分解能において用いた。自動利得制御（ＡＧＣ）標的は、３×１０６イオンに設定され、最大イオン入射時間（ＩＴ）は、１００ｍｓであった。ソースイオン化パラメーターを、３ｋＶのスプレー電圧で最適化し、他のパラメーターは、以下のとおりであった：移動（transfer）温度は３２０℃であり、S-Lensレベルは５０であり、ヒーター温度は３００℃であり、シースガスは３６であり、Auxガスは１０であった。
【０３９８】
アミノ酸測定のための液体クロマトグラフィータンデム質量分析
液体クロマトグラフィータンデム質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）を用いて３５、多様なカチオン性代謝物の量を定量した。簡単に述べると、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）イオンソース（LCMS-8060、島津製作所）を装備した三連四重極質量分析器を、ポジティブおよびネガティブ−ＥＳＩおよび多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードにおいて用いた。Discovery HS F5-3カラム（２．１ｍｍＩ．Ｄ．×１５０ｍｍＬ、３μｍ粒子、Sigma-Aldrich）上で、移動相Ａ（０．１％ギ酸）および移動相Ｂ（０．１％アセトニトリル）によるステップ勾配を、１００：０（０〜５分）、７５：２５（５〜１１分）、６５：３５（１１〜１５分）、５：９５（１５〜２０分）および１００：０（２０〜２５分）の比において、０．２５ｍＬ／分の流速および４０℃のカラム温度で用いて、試料を分解した。
【０３９９】
コモンマーモセットサルへの11-mixの定着
マーモセットの実験は、公益財団法人実験動物中央研究所（Central Institute for Experimental Animals：CIEA）の施設内実験動物委員会により承認され、CIEAにおいて行われた。６個体のオスのコモンマーモセット（８か月齢）を、CLEA Japanから購入し、２ｍＬのバンコマイシン（２５ｍｇ／ｍＬ）の単回用量による胃管栄養を行った。１１株の各々を、上記のように、１０ｍＬの培地中で２または３日間にわたり培養した。次いで、全てのコンフルーエントな培養物を収集し、６０００ｇで５分にわたり遠心分離し、１０ｍＬのＰＢＳ中で再懸濁した。バンコマイシン治療の２４時間後に、３個体のマーモセットに、２ｍＬの１１株の混合物による胃管栄養を行った。第３日および第７日において、11-mixを繰り返し接種し、便ＤＮＡのｑＰＣＲにより定着を確認した。第１の11-mixの接種の３週間後に、マーモセットを安楽死させ、大腸および小腸を採取して、ＩＦＮγ＋ＣＤ８  Ｔ細胞を定量した。マウス実験におけるもののように、抗ＣＤ３  ＢＶ６０５（ＢＶ６０５、クローンSP34-2）、抗ＣＤ８（ＰＥ、クローン6F10）および抗ＩＦＮγ（ＦＩＴＣ、クローンB27）（Biolegend）を用いて、リンパ球の単離およびフローサイトメトリー分析を行った。
【０４００】
統計学的分析
全ての統計学的分析は、GraphPad Prism（登録商標）ソフトウェア（GraphPad Software, Inc.）を用いて、両側の独立スチューデントｔ検定（パラメトリック）またはマン・ホイットニー検定により、（ノンパラメトリック）、一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）とその後のチューキーの事後検定（Tukey’s post hoc test）（３つ以上の群、パラメトリック）、および二方向ＡＮＯＶＡとチューキー検定（３つ以上の群による時間経過実験）により行った。
【０４０１】
参考文献
【表７】
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【０４０２】
【表８】
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【０４０３】
【表９】
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【０４０４】
【表１０】
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【０４０５】
例１２：
臨床的データは、腸管マイクロバイオームがチェックポイント阻害剤治療に対する応答に影響を及ぼすことを示唆するが、臨床的応答に関連する共生生物の正確なアイデンティティおよび作用機序は、まだ明らかにされていない。本発明者らは、ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することおよび抗がん免疫を増強することができる、ヒト腸管に由来する共生生物のコンソーシアムの作製を報告する。
【０４０６】
健康なヒトの微生物叢を用いて、無菌マウスに接種し、ＣＤ８  Ｔ細胞誘導のレベルを評価した。接種されたマウスから、高レベルのＣＤ８  Ｔ細胞誘導を示すヒト由来の共生生物を単離し、配列決定した。単離されたヒト共生生物からなるコンソーシアムを、無菌およびＳＰＦのマウスにおいてＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する能力について試験した。ＣＤ８  Ｔ細胞を誘導することができる最小のコンソーシアムを、チェックポイント阻害剤抗体と共に担癌マウスに投与し、抗がん活性および腫瘍浸潤性リンパ球の集積のレベルを評価した。
【０４０７】
インターフェロン−ガンマ産生ＣＤ８  Ｔ細胞は、ＳＰＦマウスの腸においては豊富であるが、無菌マウスの腸においてはそうではない。無菌マウスにおいて強力にＣＤ８  Ｔ細胞を誘導する、VE800と名付けられた（本明細書においてまた「11-mix」としても言及される）ヒト由来の共生生物のコンソーシアムを同定した。VE800の投与は、腸の樹状細胞の活性化を促進し、インターフェロンガンマ産生ＣＤ８  Ｔ細胞の刺激は、転写因子ＢＡＴＦ３に依存的である。比較遺伝子経路分析により、VE800株のうちのいくつかは、免疫療法で治療された転移性メラノーマ患者における有利な臨床的応答に関連する株に関係することが明らかとなった。VE800カクテルを抗ＣＴＬＡ４抗体と共に投与することは、ＭＣ３８腫瘍モデルにおいて、抗腫瘍活性および生存率を増強した。VE800はまた、ＭＣ３８およびB-raf Ptenメラノーマ腫瘍モデルにおける抗ＰＤ１の抗腫瘍活性を増強した。VE800治療は、単独で、ＭＣ３８モデルにおいて、腫瘍浸潤性ＣＤ８  Ｔ細胞のレベルを、抗ＰＤ１抗体単独に匹敵するレベルに増強するために十分であるが、VE800と抗ＰＤ１抗体との組み合わせは、より攻撃的なB-raf Ptenモデルにおいても、最も高いレベルの腫瘍浸潤性ＣＤ８  Ｔ細胞を促進した。VE800の投与は、担癌マウスの脾臓において、インターフェロンガンマ産生ＣＤ８  Ｔ細胞の集積の増強を促進し、このことは、コンソーシアムが、全身性の細胞性免疫細胞の活性化を促進することを示している。
【０４０８】
合理的に設計されたヒト腸管由来共生生物のコンソーシアムは、in vivoでＣＤ８  Ｔ細胞を誘導し、チェックポイント阻害剤と共に投与された場合に、抗がん免疫を増強する。コンソーシアムは、ｃＧＭＰの製造を介して産生することができ、繰り返しベースで経口投与できると仮定して、VE800は、抗がん免疫を増強するためのがん患者のマイクロバイオームの変更のための、安全な剤を構成する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３Ａ−Ｅ】
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【図４３Ｆ−Ｇ】
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【図４３Ｈ−Ｍ】
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【図４４Ａ−Ｆ】
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【図４４Ｇ−Ｈ】
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【図４４Ｉ−Ｋ】
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【図４５Ａ−Ｃ】
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【図４５Ｄ−Ｅ】
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【図４５Ｆ−Ｈ】
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【図４６Ａ−Ｂ】
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【図４６Ｃ−Ｈ】
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【図４６Ｉ−Ｊ】
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【図４７Ａ】
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【図４７Ｂ−Ｅ】
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【図４８】
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【図４９Ａ】
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【図４９Ｂ】
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【図５０】
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【図５１Ａ】
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【図５１Ｂ】
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【図５２Ａ−Ｂ】
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【図５２Ｃ】
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【図５３】
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【図５４】
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【図５５Ａ】
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【図５５Ｂ】
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【図５６Ａ−Ｂ】
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【図５７Ａ−Ｂ】
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【図５８Ａ】
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【図５８Ｂ】
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【図５９】
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【図６０】
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【図６１Ａ−Ｄ】
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【図６１Ｅ−Ｆ】
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【図６１Ｇ−Ｊ】
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【図６２Ａ−Ｅ】
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【図６２Ｆ−Ｇ】
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【図６２Ｈ−Ｉ】
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【図６２Ｊ−Ｌ】
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【図６３Ａ−Ｄ】
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【図６３Ｅ−Ｇ】
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【図６３Ｈ−Ｊ】
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【図６４Ａ−Ｃ】
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【図６４Ｄ−Ｇ】
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【図６４Ｈ−Ｋ】
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【図６５Ａ−Ｂ】
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【図６５Ｃ−Ｆ】
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【図６６】
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【図６７Ａ−Ｂ】
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【図６８】
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【図６９Ａ−Ｂ】
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【図６９Ｃ−Ｄ】
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【図７０Ａ−Ｂ】
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【図７０Ｃ−Ｅ】
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【図７１】
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【図７２】
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【図７３Ａ】
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【図７３Ｂ】
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【図７３Ｃ】
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【図７４Ａ】
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【図７４Ｂ】
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【図７５Ａ】
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【図７５Ｂ−Ｃ】
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【図７５Ｄ】
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【図７６Ａ】
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【図７６Ｂ】
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【図７６Ｃ】
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【図７７】
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【図７８Ａ−Ｂ】
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【図７８Ｃ】
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【図７８Ｄ】
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【図７８Ｅ】
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【図７８Ｆ−Ｉ】
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【図７９Ａ】
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【図７９Ｂ】
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【図７９Ｃ】
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【図８０Ａ】
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【図８０Ｂ】
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【図８０Ｃ】
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【図８１Ａ】
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【図８１Ｂ】
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【図８２−１】
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【図８２−２】
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【図８３】
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【図８４Ａ】
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【図８４Ｂ】
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【図８５】
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【図８６Ａ】
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【図８６Ｂ−１】
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【図８６Ｂ−２】
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【図８６Ｃ】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年10月7日(2020.10.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosum、またはBacteroides doreiおよびBacteroides uniformisから選択される種の２つ以上の細菌株を含む純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２】
（ｉ）純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformisからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉ）純化された細菌混合物が、Bacteroides doreiおよびBacteroides uniformisを含み、さらに、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Parabacteroides distasonis、Fusobacterium ulceransおよびEubacterium limosumからなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉｉ）純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む；
（ｉｖ）純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む；
（ｖ）純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、およびParaprevotella xylaniphilaを含む；
（ｖｉ）純化された細菌混合物が、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む；
（ｖｉｉ）純化された細菌混合物が、Fusobacterium ulcerans、Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisを含む；または
（ｖｉｉｉ）純化された細菌混合物が、Phascolarctobacterium faecium、Subdoligranulum sp.、Parabacteroides gordonii、Paraprevotella xylaniphila、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、およびParabacteroides distasonisからなる群より選択される種の任意の１つ以上の細菌株を含まない、
請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
（ｉ）Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonis；
（ｉｉ）Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonis；
（ｉｉｉ）Parabacteroides distasonis、Parabacteroides gordonii、Alistipes sp.、Parabacteroides johnsonii、Paraprevotella xylaniphila、Bacteroides dorei、およびBacteroides uniformis；または
（ｉｖ）Eubacterium limosum、Subdoligranulum sp.、Phascolarctobacterium faecium、およびFusobacterium ulcerans
からなる群より選択される種の１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項４】
Fusobacterium ulcerans種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
Eubacterium limosum種の細菌株が、健康なヒト被験者の微生物叢の１０％未満において見出される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
配列番号２および配列番号１０、または配列番号３および配列番号４に対して、少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項７】
（ｉ）純化された細菌混合物が、配列番号２および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉ）純化された細菌混合物が、配列番号３および配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１からなる群より選択される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉｉ）純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；
（ｉｖ）純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；
（ｖ）純化された細菌混合物が、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；
（ｖｉ）純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１０および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；または
（ｖｉｉ）純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、
請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０および／または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項９】
（ｉ）純化された細菌混合物が、配列番号３、配列番号４、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９および配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；または
（ｉｉ）純化された細菌混合物が、配列番号１、配列番号２、配列番号５および配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、
請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８、またはＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上の細菌株を含む、純化された細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１１】
（ｉ）純化された細菌混合物が、ＮＣＢＩアクセッション番号ＫＲ８２２４６３およびＮＲ１１３２４８の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉ）純化された細菌混合物が、ＮＣＢＩアクセッション番号ＣＰ０１１５３１およびＮＲ＿１１２９４５の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含み、およびさらに、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の細菌株を含む；
（ｉｉｉ）純化された細菌混合物が、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＣＰ０１１５３１、ＮＲ＿１１２９４５、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む；または
（ｉｖ）純化された細菌混合物が、以下のＮＣＢＩアクセッション番号：ＫＲ８２２４６３、ＮＲ１１３２４８、ＬＮ９９８０７３、ＫＭ０９８１０９、ＮＲ＿１１３０７８、ＮＲ＿０４１４６４、ＬＴ２２３５６６、ＮＲ＿１１２８３５およびＮＲ０４１３４２の配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む細菌株を含む、
請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
（ｉ）細菌株のうちの少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属する；
（ｉｉ）細菌株の１つ以上が、バクテロイデス目に属し、細菌株の１つ以上が、クロストリジウム目に属する；
（ｉｉｉ）細菌株のうちの少なくとも２５％が、バクテロイデス科に属する；または
（ｉｖ）細菌株の１つ以上が、バクテロイデス属に属する、
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
バクテロイデス目に属する細菌株を含まない、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
細菌株が、１人より多くのヒトドナーに由来する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の組成物および栄養を含む、食品製品。
【請求項１７】
１つ以上の抗がん剤をさらに含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８】
抗がん剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
ＩＬ−２、ＩＬ−１５、およびＩＬ−２１から選択されるサイトカインをさらに含む、請求項１〜１５および１７〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２１】
ＣＤ−２８抗体、ＯＸ−４０抗体、４−１ＢＢ抗体、ＣＤ４０抗体、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＣＤ２８型分子、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、およびＧＩＴＲ／ＣＤ３５７から選択される１つ以上の共刺激剤をさらに含む、請求項１〜１５および１７〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２２】
養子細胞移入療法と組み合わされる、請求項１〜１５および１７〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
請求項１〜１５および１７〜２２のいずれか一項に記載の組成物と、抗原とを含む、ワクチン。
【請求項２４】
対象への組成物の投与が、対象の腸においてＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、請求項１〜１５および１７〜２２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
対象への組成物の投与が、対象の腸における、投与された組成物の１つ以上の細菌株の存在をもたらす、請求項１〜１５、１７〜２２および２４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
投与された組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸において以前には存在しなかったものである、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
対象において疾患を治療するための、請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２８】
対象が、がんを有する、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
ＣＤ８＋ＩＦＮ−ガンマ産生Ｔ細胞を活性化するための、請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３０】
腸においてＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための、請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３１】
請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物の細菌種の構成成分および／または代謝物に由来する抗原を含む、ワクチン組成物。
【請求項３２】
対象において免疫応答を誘導するための、請求項３１に記載のワクチン組成物。
【請求項３３】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＰ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＯ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、ＣＴＰ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項３４】
メバロン酸塩および／またはジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物、ならびに薬学的に許容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項３５】
１つ以上の抗がん剤をさらに含む、請求項３３または３４に記載の組成物。
【請求項３６】
抗がん剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、およびＣＴＬＡ−４阻害剤から選択される免疫チェックポイント阻害剤である、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
メバロン酸塩、ジメチルグリシン、ヒポキサンチン、ＩＭＰ、２−デオキシ−グルコース６Ｐ、ＴＭＯ、６ＰＧ、Ｒｉｂ５Ｐ、Ｒｕ５Ｐ、Ｘｕ５ｐ、ＧＤＰ、ＧｌｃＮＡｃ  ６Ｐ、ＵＭＰ、ＧＭＰ、ＣＤＰ、ピリドインＢ６、オフタルミン酸、Ｃｔｐ、ＧＴＰ、ＡＴＰ、Ｆ６Ｐ、５−メチルテトラヒドロ葉酸、アデニロコハク酸、Ｇ６Ｐ、３−ヒドロキシアントラニル酸、グリセロール３Ｐ、セドヘプツロース７Ｐ、２−ケト−４−メチルチオ酪酸、ｄＵＭＰ、ヒスタミン、吉草酸、３ＰＧ＋２ＰＧ、Ｇ１Ｐ、チミジン、ＣＭＰ、ドーパミン、ホスホエノールピルビン酸、ＨＰＯ４、イソ酪酸、アラトイン、アセチルカルニチン、およびチミンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む、請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３８】
メバロン酸塩およびジメチルグリシンからなる群より選択される１つ以上の代謝物をさらに含む、請求項１〜１５、１７〜２２および２４〜２６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３９】
対象において疾患を治療するための、請求項３３〜３８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４０】
対象への組成物の投与が、対象の腸におけるＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
対象が、がんを有する、請求項３９または４０に記載の組成物。
【国際調査報告】
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