(57)【要約】  本発明は、とりわけ、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者のための治療を選択する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答を評価する方法、及びマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法を特徴とする。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）前記患者の試料において基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法であって、前記方法が、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にトリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療を施すことを含む、前記方法。
【請求項２】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、
（ｂ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いとして前記患者を同定することと、を含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、前記患者が前記治療に応答する可能性が高いことを示す、前記方法。
【請求項３】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記患者の前記試料におけるトリプターゼの発現レベルに基づいて、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いとして前記患者を同定することと、を含み、前記試料において基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルは、前記患者が前記治療に応答する可能性が高いことを示す、前記方法。
【請求項４】
前記患者に前記治療を施すことをさらに含む、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記薬剤が、単剤療法として前記患者に投与される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記方法が、追加のＴＨ２経路阻害剤を前記患者に投与することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）前記患者の試料においてトリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法であって、前記方法が、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者に、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニストを含む治療を施すことを含む、前記方法。
【請求項１０】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、
（ｂ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして前記患者を同定することと、を含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、前記患者が前記治療に応答する可能性が高いことを示す、前記方法。
【請求項１１】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記患者の前記試料のトリプターゼの発現レベルに基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして前記患者を同定することと、を含み、前記患者の前記試料においてトリプターゼの基準レベル未満であるトリプターゼの発現レベルは、前記患者が前記治療に応答する可能性が高いことを示す、前記方法。
【請求項１２】
前記患者に前記治療を施すことをさらに含む、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記方法が、追加のＴＨ２経路阻害剤を前記患者に投与することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の治療を選択する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、
（ｂ）前記患者のために、
（ｉ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である場合、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療、または、
（ｉｉ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の場合、ＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、
を選択することと、を含む、前記方法。
【請求項１６】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の治療を選択する方法であって、前記方法は、
（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記患者のために、
（ｉ）前記患者の前記試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル以上である場合、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療、または、
（ｉｉ）前記患者の前記試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル未満である場合、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、
を選択することと、を含む、前記方法。
【請求項１７】
前記患者に（ｂ）に従って選択した前記治療を施すことをさらに含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記薬剤が、単剤療法として前記患者に投与される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、前記方法が、ＴＨ２経路阻害剤を含む併用療法を選択することをさらに含む、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記方法が、ＴＨ２経路阻害剤を前記患者に投与することをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療による処置に対する応答を評価する方法であって、前記方法は、
（ａ）前記患者への、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療の適用中または適用後の時点でのマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記試料中のトリプターゼの発現レベルとトリプターゼの基準レベルとの比較に基づいて、前記処置を維持、調整、または停止することとを含み、
前記基準レベルと比較した前記患者の前記試料中のトリプターゼの発現レベルの変化は、前記治療による処置への応答を示す、前記方法。
【請求項２３】
前記変化がトリプターゼの発現レベルの増加であり、前記処置が維持される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、前記処置が調整または停止される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療により処置されたマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法であって、前記方法は、
（ａ）前記患者への、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療の適用中または適用後の時点での前記患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記患者の前記試料におけるトリプターゼの発現レベルをトリプターゼの基準レベルと比較することにより、前記治療による処置を受けている前記患者の応答をモニタリングすることとを含む、前記方法。
【請求項２６】
前記変化がトリプターゼのレベルの増加であり、前記処置が維持される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、前記処置が調整または停止される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記活性トリプターゼ対立遺伝子数が、前記患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座のシークエンシングによって決定される、請求項１、２、４〜１０、１２〜１５、または１７〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記シークエンシングが、サンガーシークエンシングまたは超並列シークエンシングである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＴＰＳＡＢ１遺伝子座が、（ｉ）５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）のヌクレオチド配列を含む第１のフォワードプライマー及び５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）のヌクレオチド配列を含む第１のリバースプライマーの存在下で前記対象の核酸を増幅してＴＰＳＡＢ１アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）前記ＴＰＳＡＢ１アンプリコンをシークエンシングすることと、を含む方法によってシークエンシングされる、請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＴＰＳＡＢ１アンプリコンのシークエンシングには、前記第１のフォワードプライマー及び前記第１のリバースプライマーの使用が含まれる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＴＰＳＢ２遺伝子座が、（ｉ）５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）のヌクレオチド配列を含む第２のフォワードプライマー及び５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）のヌクレオチド配列を含む第２のリバースプライマーの存在下で前記対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ２アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）前記ＴＰＳＢ２アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる、請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＴＰＳＢ２アンプリコンのシークエンシングが、前記第２のフォワードプライマーを使用することと、５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーをシークエンシングすることと、を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記活性トリプターゼ対立遺伝子数が、以下の式：４−前記患者の遺伝子型におけるトリプターゼα及びトリプターゼβＩＩＩフレームシフト（βＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計で決定される、請求項１、２、４〜１０、１２〜１５、１７〜２１、または２８〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
トリプターゼアルファが、前記ヌクレオチド配列ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）を含むＴＰＳＡＢ１において、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することにより検出され、前記ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰにおけるＡの存在が、トリプターゼアルファを示す、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
トリプターゼベータＩＩＩＦＳが、ヌクレオチド配列ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）を含むＴＰＳＢ２でのｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することにより検出される、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記基準活性トリプターゼ対立遺伝子数が、前記マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の群において決定される、請求項１、２、４〜１０、１２〜１５、１７〜２１、または２８〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記基準活性トリプターゼ対立遺伝子数が３である、請求項１、２、４〜１０、１２〜１５、１７〜２１、または２８〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記患者が、３または４の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する、請求項１、２、４〜８、１５、１８〜２１、または２８〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記患者が、０、１、または２の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する、請求項９、１０、１２、１５、１８〜２１、または２８〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記トリプターゼが、トリプターゼベータＩ、トリプターゼベータＩＩ、トリプターゼベータＩＩＩ、トリプターゼアルファＩ、またはこれらの組み合わせである、請求項１、３〜９、１１〜１４、または１６〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記トリプターゼの発現レベルが、タンパク質の発現レベルである、請求項１、３〜９、１１〜１４、１６〜２７、または４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記トリプターゼのタンパク質発現レベルが、活性トリプターゼの発現レベルである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記トリプターゼのタンパク質発現レベルが、総トリプターゼの発現レベルである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記タンパク質発現レベルが、免疫アッセイ、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、または質量分析法を使用して測定される、請求項４２〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記トリプターゼの発現レベルが、ｍＲＮＡの発現レベルである、請求項１、３〜９、１１〜１４、１６〜２７、または４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記ｍＲＮＡ発現レベルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法またはマイクロアレイチップを使用して測定される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＰＣＲ法がｑＰＣＲである、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記トリプターゼの基準レベルが、前記マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する個体の群において決定されたレベルである、請求項１、３〜９、１１〜１４、１６〜２７、または４１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記トリプターゼの基準レベルが、中央値である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記患者の前記試料が、血液試料、組織試料、痰試料、細気管支洗浄液試料、粘膜被覆液（ＭＬＦ）試料、気管支吸着試料、及び経鼻吸収試料からなる群から選択される、請求項１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記血液試料が、全血試料、血清試料、血漿試料、またはこれらの組み合わせである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記血液試料が、血清試料または血漿試料である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記薬剤がトリプターゼアンタゴニストである、請求項１〜８または１５〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記トリプターゼアンタゴニストが、トリプターゼアルファアンタゴニストまたはトリプターゼベータアンタゴニストである、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記トリプターゼアンタゴニストが、トリプターゼベータアンタゴニストである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記トリプターゼベータアンタゴニストが、抗トリプターゼベータ抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項５５または５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記抗体が、次の６つの超可変領域（ＨＶＲ）：
（ａ）ＤＹＧＭＶのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＦＩＳＳＧＳＳＴＶＹＹＡＤＴＭＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＲＮＹＤＤＷＹＦＤＶのアミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＳＡＳＳＳＶＴＹＭＹのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＲＴＳＤＬＡＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｆ）ＱＨＹＨＳＹＰＬＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記抗体が、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む請求項５７または５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記ＶＨドメインが、配列番号７のアミノ酸配列を含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＶＬドメインが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＶＨドメインが配列番号７のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが配列番号８のアミノ酸配列を含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記抗体が、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項５７〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記抗体が、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項５７〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記抗体が、次の６つのＨＶＲ：
（ａ）ＧＹＡＩＴのアミノ酸配列（配列番号１２）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＧＩＳＳＡＡＴＴＦＹＳＳＷＡＫＳのアミノ酸配列（配列番号１３）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＤＰＲＧＹＧＡＡＬＤＲＬＤＬのアミノ酸配列（配列番号１４）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＱＳＩＫＳＶＹＮＮＲＬＧのアミノ酸配列（配列番号１５）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＥＴＳＩＬＴＳのアミノ酸配列（配列番号１６）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び、
（ｆ）ＡＧＧＦＤＲＳＧＤＴＴのアミノ酸配列（配列番号１７）を含むＨＶＲ−Ｌ３で構成されている、請求項５７に記載の方法。
【請求項６６】
前記抗体が、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む請求項５７または６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記ＶＨドメインが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記ＶＬドメインが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
前記ＶＨドメインが、配列番号１８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項７０】
前記抗体が、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項５７または６５〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
前記抗体が、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項５７または６５〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記治療がＩｇＥアンタゴニストをさらに含む、請求項５４〜７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記薬剤がＦｃεＲアンタゴニストである、請求項９〜２１または２８〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記ＦｃεＲアンタゴニストが、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）阻害剤である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記ＢＴＫ阻害剤が、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記薬剤がＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体である、請求項１〜８または１５〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体が抗Ｍ１’ドメイン抗体である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記薬剤がマスト細胞または好塩基球枯渇抗体である、請求項１〜８または１５〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
前記薬剤がＰＡＲ２アンタゴニストである、請求項１〜８または１５〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記薬剤がＩｇＥアンタゴニストである、請求項９〜２１または２８〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
前記ＩｇＥアンタゴニストが抗ＩｇＥ抗体である、請求項７２または８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記抗ＩｇＥ抗体が、ＩｇＥ遮断抗体及び／またはＩｇＥ枯渇抗体である、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記抗ＩｇＥ抗体が、次の６つのＨＶＲ：
（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び、
（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記抗ＩｇＥ抗体が、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む請求項８２または８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記ＶＨドメインが、配列番号３８のアミノ酸配列を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記ＶＬドメインが、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記ＶＨドメインが、配列番号３８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
前記抗ＩｇＥ抗体が、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））またはＸｍＡｂ７１９５である、請求項８１〜８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
前記抗ＩｇＥ抗体が、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記２型バイオマーカーが、ＴＨ２細胞関連サイトカイン、ペリオスチン、好酸球数、好酸球のシグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥである、請求項５〜８、１３、１４、１８〜２１、または２８〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記ＴＨ２細胞関連サイトカインが、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５である、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記ＴＨ２経路阻害剤が、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９、ＩＬ−５、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−３３、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体、ＩＬ−４受容体アルファ、ＩＬ−１３受容体アルファ１、ＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＩＬ−１７ＲＢ、ＳＴ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２、Ｆｌａｐ、Ｓｙｋキナーゼ、ＣＣＲ４、ＴＬＲ９、またはＧＭ−ＣＳＦを阻害する、請求項５〜８、１３、１４、１８〜２１、または２８〜９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
追加の治療薬を前記患者に投与することをさらに含む、請求項１、４〜９、１２〜１４、または１７〜９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記追加の治療薬が、コルチコステロイド、ＩＬ−３３軸結合アンタゴニスト、ＴＲＰＡ１アンタゴニスト、気管支拡張剤または喘息症状抑制剤、免疫調節剤、チロシンキナーゼ阻害剤、及びホスホジエステラーゼ阻害剤からなる群から選択される、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記追加の治療薬が、コルチコステロイドである、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記コルチコステロイドが、吸入コルチコステロイドである、請求項９４または９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記マスト細胞媒介性炎症性疾患が、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性蕁麻疹（ＣＳＵ）、全身性アナフィラキシー、マスト細胞症、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び好酸球性食道炎からなる群から選択される、請求項１〜９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９８】
前記マスト細胞媒介性炎症性疾患が喘息である、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記喘息が、中等度から重度の喘息である、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記喘息が、コルチコステロイドで制御されていない、請求項９７〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記喘息が、ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息またはＴＨ２−ｌｏｗ喘息である、請求項９７〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットであって、前記キットが、
（ａ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または前記患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、
（ｂ）トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために前記試薬を使用するための指示書と、を含む、前記キット。
【請求項１０３】
前記薬剤がトリプターゼアンタゴニストであり、前記治療がＩｇＥアンタゴニストをさらに含む、請求項１０２に記載のキット。
【請求項１０４】
ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットであって、前記キットが、
（ａ）前記患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または前記患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、
（ｂ）ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために前記試薬を使用するための指示書と、を含む、前記キット。
【請求項１０５】
前記患者の試料において２型バイオマーカーのレベルを決定するための試薬をさらに含む、請求項１０２〜１０４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０６】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤であって、
（ｉ）前記患者の前記遺伝子型が、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または
（ｉｉ）前記患者の試料が、基準レベルのトリプターゼ以上のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている、前記薬剤。
【請求項１０７】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、前記薬剤が単剤療法として使用するためのものである、請求項１０６に記載の使用される薬剤。
【請求項１０８】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、前記薬剤がＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである、請求項１０６に記載の使用される薬剤。
【請求項１０９】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストから選択される薬剤であって、
（ｉ）前記患者の前記遺伝子型が、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または
（ｉｉ）前記患者の試料が、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている、前記薬剤。
【請求項１１０】
前記患者が前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、前記ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストが追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである、請求項１０９に記載の使用される薬剤。
【請求項１１１】
前記活性トリプターゼ対立遺伝子数が、前記患者のゲノムの前記ＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座のシークエンシングによって決定される、請求項１０６〜１１０のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１１２】
前記シークエンシングが、サンガーシークエンシングまたは超並列シークエンシングである、請求項１１１に記載の使用される薬剤。
【請求項１１３】
前記ＴＰＳＡＢ１遺伝子座が、（ｉ）５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）のヌクレオチド配列を含む第１のフォワードプライマー及び５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）のヌクレオチド配列を含む第１のリバースプライマーの存在下で前記対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ１アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）前記ＴＰＳＡＢ１アンプリコンをシークエンシングすることと、を含む方法によってシークエンシングされる、請求項１１１または１１２に記載の使用される薬剤。
【請求項１１４】
前記ＴＰＳＡＢ１アンプリコンのシークエンシングには、前記第１のフォワードプライマー及び前記第１のリバースプライマーの使用が含まれる、請求項１１３に記載の使用される薬剤。
【請求項１１５】
前記ＴＰＳＡＢ２遺伝子座が、（ｉ）５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）のヌクレオチド配列を含む第２のフォワードプライマー及び５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）のヌクレオチド配列を含む第２のリバースプライマーの存在下で前記対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ２アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）前記ＴＰＳＡＢ２アンプリコンをシークエンシングすることと、を含む方法によってシークエンシングされる、請求項１１１〜１１４のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１１６】
前記ＴＰＳＢ２アンプリコンのシークエンシングが、前記第２のフォワードプライマーを使用することと、５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーをシークエンシングすることと、を含む、請求項１１５に記載の使用される薬剤。
【請求項１１７】
前記活性トリプターゼ対立遺伝子数が、以下の式：４−前記患者の遺伝子型におけるトリプターゼα及びトリプターゼβＩＩＩフレームシフト（βＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計で決定される、請求項１０６〜１１６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１１８】
トリプターゼアルファが、前記ヌクレオチド配列ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）を含むＴＰＳＡＢ１において、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することにより検出され、前記ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰにおけるＡの存在が、トリプターゼアルファを示す、請求項１１７に記載の使用される薬剤。
【請求項１１９】
トリプターゼベータＩＩＩＦＳが、ヌクレオチド配列ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）を含むＴＰＳＢ２でのｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することにより検出される、請求項１１７または１１８に記載の使用される薬剤。
【請求項１２０】
前記基準活性トリプターゼ対立遺伝子数が、前記マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の群において決定される、請求項１０６〜１１９のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２１】
前記基準活性トリプターゼ対立遺伝子数が３である、請求項１０６〜１２０のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２２】
前記患者が、３または４の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する、請求項１０６〜１２１のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２３】
前記患者が、０、１、または２の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する、請求項１０６〜１２１のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２４】
前記トリプターゼが、トリプターゼベータＩ、トリプターゼベータＩＩ、トリプターゼベータＩＩＩ、トリプターゼアルファＩ、またはこれらの組み合わせである、請求項１０６〜１２３のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２５】
前記トリプターゼの発現レベルが、タンパク質の発現レベルである、請求項１０６〜１２４のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２６】
前記トリプターゼのタンパク質発現レベルが、活性トリプターゼの発現レベルである、請求項１２５に記載の使用される薬剤。
【請求項１２７】
前記トリプターゼのタンパク質発現レベルが、総トリプターゼの発現レベルである、請求項１２５に記載の使用される薬剤。
【請求項１２８】
前記タンパク質発現レベルが、免疫アッセイ、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、または質量分析法を使用して測定される、請求項１２５〜１２７のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１２９】
前記トリプターゼの発現レベルが、ｍＲＮＡの発現レベルである、請求項１０６〜１２４のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１３０】
前記ｍＲＮＡ発現レベルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法またはマイクロアレイチップを使用して測定される、請求項１２９に記載の使用される薬剤。
【請求項１３１】
前記ＰＣＲ法がｑＰＣＲである、請求項１３０に記載の使用される薬剤。
【請求項１３２】
前記トリプターゼの基準レベルが、前記マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する個体の群において決定されたレベルである、請求項１０６〜１３１のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１３３】
前記トリプターゼの基準レベルが中央値である、請求項１３２に記載の使用される薬剤。
【請求項１３４】
前記患者の前記試料が、血液試料、組織試料、痰試料、細気管支洗浄液試料、粘膜被覆液（ＭＬＦ）試料、気管支吸着試料、及び経鼻吸収試料からなる群から選択される、請求項１０６〜１３３のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１３５】
前記血液試料が、全血試料、血清試料、血漿試料、またはこれらの組み合わせである、請求項１３４に記載の使用される薬剤。
【請求項１３６】
前記血液試料が、血清試料または血漿試料である、請求項１３５に記載の使用される薬剤。
【請求項１３７】
前記薬剤がトリプターゼアンタゴニストである、請求項１０６〜１０８または１１１〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１３８】
前記トリプターゼアンタゴニストが、トリプターゼアルファアンタゴニストまたはトリプターゼベータアンタゴニストである、請求項１３７に記載の使用される薬剤。
【請求項１３９】
前記トリプターゼアンタゴニストが、トリプターゼベータアンタゴニストである、請求項１３８に記載の使用される薬剤。
【請求項１４０】
前記トリプターゼベータアンタゴニストが、抗トリプターゼベータ抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項１３８または１３９に記載の使用される薬剤。
【請求項１４１】
前記抗体が、次の６つの超可変領域（ＨＶＲ）：
（ａ）ＤＹＧＭＶのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＦＩＳＳＧＳＳＴＶＹＹＡＤＴＭＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＲＮＹＤＤＷＹＦＤＶのアミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＳＡＳＳＳＶＴＹＭＹのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＲＴＳＤＬＡＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び
（ｆ）ＱＨＹＨＳＹＰＬＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｌ３で構成されている、請求項１４０に記載の使用される薬剤。
【請求項１４２】
前記抗体が、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む請求項１４０または１４１に記載の使用される薬剤。
【請求項１４３】
前記ＶＨドメインが、配列番号７のアミノ酸配列を含む、請求項１４２に記載の使用される薬剤。
【請求項１４４】
前記ＶＬドメインが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、請求項１４２に記載の使用される薬剤。
【請求項１４５】
前記ＶＨドメインが配列番号７のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが配列番号８のアミノ酸配列を含む、請求項１４２に記載の使用される薬剤。
【請求項１４６】
前記抗体が、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１４０〜１４５のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１４７】
前記抗体が、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１４０〜１４５のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１４８】
前記抗体が、次の６つのＨＶＲ：
（ａ）ＧＹＡＩＴのアミノ酸配列（配列番号１２）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＧＩＳＳＡＡＴＴＦＹＳＳＷＡＫＳのアミノ酸配列（配列番号１３）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＤＰＲＧＹＧＡＡＬＤＲＬＤＬのアミノ酸配列（配列番号１４）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＱＳＩＫＳＶＹＮＮＲＬＧのアミノ酸配列（配列番号１５）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＥＴＳＩＬＴＳのアミノ酸配列（配列番号１６）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び、
（ｆ）ＡＧＧＦＤＲＳＧＤＴＴのアミノ酸配列（配列番号１７）を含むＨＶＲ−Ｌ３で構成されている、請求項１４０に記載の使用される薬剤。
【請求項１４９】
前記抗体が、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む請求項１４０または１４８に記載の使用される薬剤。
【請求項１５０】
前記ＶＨドメインが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、請求項１４９に記載の使用される薬剤。
【請求項１５１】
前記ＶＬドメインが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、請求項１４９に記載の使用される薬剤。
【請求項１５２】
前記ＶＨドメインが、配列番号１８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、請求項１４９に記載の使用される薬剤。
【請求項１５３】
前記抗体が、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１４０または１４８〜１５２のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１５４】
前記抗体が、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１４０または１４８〜１５２のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１５５】
前記トリプターゼアンタゴニストが、ＩｇＥアンタゴニストと組み合わせて投与される、請求項１３７〜１５４のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１５６】
前記薬剤がＦｃεＲアンタゴニストである、請求項１０９〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１５７】
前記ＦｃεＲアンタゴニストが、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）阻害剤である、請求項１５６に記載の使用される薬剤。
【請求項１５８】
前記ＢＴＫ阻害剤が、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４である、請求項１５７に記載の使用される薬剤。
【請求項１５９】
前記薬剤がＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体である、請求項１０６〜１０８または１１１〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１６０】
前記ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体が抗Ｍ１’ドメイン抗体である、請求項１５９に記載の使用される薬剤。
【請求項１６１】
前記薬剤がマスト細胞または好塩基球枯渇抗体である、請求項１０６〜１０８または１１１〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１６２】
前記薬剤がＰＡＲ２アンタゴニストである、請求項１０６〜１０８または１１１〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１６３】
前記薬剤がＩｇＥアンタゴニストである、請求項１０９〜１３６のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１６４】
前記ＩｇＥアンタゴニストが抗ＩｇＥ抗体である、請求項１５５または１６３に記載の使用される薬剤。
【請求項１６５】
前記抗ＩｇＥ抗体が、ＩｇＥ遮断抗体及び／またはＩｇＥ枯渇抗体である、請求項１６４に記載の使用される薬剤。
【請求項１６６】
前記抗ＩｇＥ抗体が、次の６つのＨＶＲ：
（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、
（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、
（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、
（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、
（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び、
（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている、請求項１６５に記載の使用される薬剤。
【請求項１６７】
前記抗ＩｇＥ抗体が、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメインを含む、請求項１６５または１６６に記載の使用される薬剤。
【請求項１６８】
前記ＶＨドメインが、配列番号３８のアミノ酸配列を含む、請求項１６７に記載の使用される薬剤。
【請求項１６９】
前記ＶＬドメインが、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、請求項１６７に記載の使用される薬剤。
【請求項１７０】
前記ＶＨドメインが、配列番号３８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、請求項１６７に記載の使用される薬剤。
【請求項１７１】
前記抗ＩｇＥ抗体が、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））またはＸｍＡｂ７１９５である、請求項１６４〜１７０のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１７２】
前記抗ＩｇＥ抗体が、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））である、請求項１７１に記載の使用される薬剤。
【請求項１７３】
前記２型バイオマーカーが、ＴＨ２細胞関連サイトカイン、ペリオスチン、好酸球数、好酸球のシグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥである、請求項１０７、１０８、または１１０〜１７２のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１７４】
前記ＴＨ２細胞関連サイトカインが、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５である、請求項１７３に記載の使用される薬剤。
【請求項１７５】
前記ＴＨ２経路阻害剤が、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９、ＩＬ−５、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−３３、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体、ＩＬ−４受容体アルファ、ＩＬ−１３受容体アルファ１、ＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＩＬ−１７ＲＢ、ＳＴ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２、Ｆｌａｐ、Ｓｙｋキナーゼ、ＣＣＲ４、ＴＬＲ９、またはＧＭ−ＣＳＦを阻害する、請求項１０７、１０８、または１１０〜１７４のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１７６】
前記薬剤または組み合わせが、追加の治療剤との投与のために処方される、請求項１０６〜１７５のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１７７】
前記追加の治療薬が、コルチコステロイド、ＩＬ−３３軸結合アンタゴニスト、ＴＲＰＡ１アンタゴニスト、気管支拡張剤または喘息症状抑制剤、免疫調節剤、チロシンキナーゼ阻害剤、及びホスホジエステラーゼ阻害剤からなる群から選択される、請求項１７６に記載の使用される薬剤。
【請求項１７８】
前記追加の治療薬が、コルチコステロイドである、請求項１７７に記載の使用される薬剤。
【請求項１７９】
前記コルチコステロイドが、吸入コルチコステロイドである、請求項１７７または１７８に記載の使用される薬剤。
【請求項１８０】
前記マスト細胞媒介性炎症性疾患が、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性蕁麻疹（ＣＳＵ）、全身性アナフィラキシー、マスト細胞症、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び好酸球性食道炎からなる群から選択される、請求項１０６〜１７９のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１８１】
前記マスト細胞媒介性炎症性疾患が喘息である、請求項１８０に記載の使用される薬剤。
【請求項１８２】
前記喘息が、中等度から重度の喘息である、請求項１８１に記載の使用される薬剤。
【請求項１８３】
前記喘息が、コルチコステロイドで制御されていない、請求項１８０〜１８２のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１８４】
前記喘息が、ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息またはＴＨ２−ｌｏｗ喘息である、請求項１８０〜１８３のいずれか一項に記載の使用される薬剤。
【請求項１８５】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤の使用であって、
（ｉ）前記患者の前記遺伝子型が、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または
（ｉｉ）前記患者の試料が、基準レベルのトリプターゼ以上のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている、前記薬剤の使用。
【請求項１８６】
前記薬剤がトリプターゼアンタゴニストであり、前記医薬がＩｇＥアンタゴニストとの投与のために処方される、請求項１８５に記載の使用。
【請求項１８７】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、前記薬剤が単剤療法として使用するためのものである、請求項１８５または１８６に記載の使用。
【請求項１８８】
前記患者が、前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、前記薬剤がＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである、請求項１８５または１８６に記載の使用。
【請求項１８９】
マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストの使用であって、
（ｉ）前記患者の前記遺伝子型が、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または
（ｉｉ）前記患者の試料が、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている、前記ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストの使用。
【請求項１９０】
前記患者が前記患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の前記２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、前記ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストが追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである、請求項１８９に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年２月９日に出願された米国仮出願第６２／６２８，５６４号の優先権を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０１９年２月４日に作成された該ＡＳＣＩＩコピーは、５０４７４−１６１ＷＯ２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿２．４．１９＿ＳＴ２５という名称であり、４７，３９６バイトのサイズである。
【０００３】
本発明は、喘息を含むマスト細胞媒介性炎症性疾患の治療法及び診断法に関する。
【背景技術】
【０００４】
喘息は、気道のアレルギー性炎症性疾患として基本的に説明されており、一時的で可逆的な気道閉塞を臨床的な特徴としている。喘息におけるアレルギー性炎症のメディエーターを標的とするための治療的根拠は、抗ＩＬ−５などの抗２型サイトカイン療法によって得られた臨床効果によって裏付けられてきた。これらの研究は、特に２型バイオマーカーに基づいて選択された対象において、２型経路を標的として有意義な臨床効果をもたらす治療戦略をサポートしている。これらの進歩にもかかわらず、２型ＨＩＧＨ喘息、及び現在開発されている治療法の臨床効果が少ないと予想される２型バイオマーカーのレベルが低い喘息患者に対して、より大きな有効性を示す新たな喘息治療法の発見及び開発には依然として大きな関心が寄せられている。
【０００５】
気道平滑筋のマスト細胞浸潤は、喘息の明確な病態生理学的特徴である。ＩｇＥ／ＦｃεＲＩ依存性及びＩｇＥ／ＦｃεＲＩ非依存性メカニズムは、可溶性マスト細胞喘息メディエーターの放出を引き起こす。マスト細胞生物学を標的とする治療的重要性を示すため、抗ＩｇＥモノクローナル抗体療法であるＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）は、喘息増悪の軽減に効果的である。
【０００６】
当該技術分野において、喘息及び他のマスト細胞媒介性炎症性疾患の改善された治療及び診断手法が依然として必要とされている。
【発明の概要】
【０００７】
本発明は、とりわけ、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いかどうかを判定する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者のための治療を選択する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答を評価する方法、及びマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法を特徴とする。
【０００８】
一態様では、本発明は、（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）基準レベルのトリプターゼ以上である患者の試料中のトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法が、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にトリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療を施すことを含む。
【０００９】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がトリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することとを含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、該患者が該治療に応答する可能性が高いことを示す。
【００１０】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がトリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルに基づいて、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することとを含み、該試料のトリプターゼの発現レベルが基準レベルのトリプターゼ以上であることは、該患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。
【００１１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【００１２】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、薬剤は単剤療法として患者に投与される。
【００１３】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【００１４】
別の態様では、本発明は、（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）患者の試料においてトリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者に、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニストを含む治療を施すことを含む。
【００１５】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することとを含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。
【００１６】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料のトリプターゼの発現レベルに基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することとを含み、患者の試料においてトリプターゼの基準レベル未満であるトリプターゼの発現レベルは、患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。
【００１７】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【００１８】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、追加のＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【００１９】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の治療を選択する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者のために、（ｉ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である場合、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療、または（ｉｉ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の場合、ＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、を選択することと、を含む。
【００２０】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の治療を選択する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者のために、（ｉ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル以上である場合、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療、または（ｉｉ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル未満である場合、ＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、を選択することと、を含む。
【００２１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、患者に（ｂ）に従って選択した治療を施すことをさらに含む。
【００２２】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、薬剤は単剤療法として患者に投与される。
【００２３】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該方法が、ＴＨ２経路阻害剤を含む併用療法を選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＨ２経路阻害剤（または追加のＴＨ２経路阻害剤）を患者に投与することをさらに含む。
【００２４】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療による処置に対する応答を評価する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者への、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療の適用中または適用後の時点でのマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）試料中のトリプターゼの発現レベルと基準レベルのトリプターゼとの比較に基づいて、処置を維持、調整、または停止することとを含み、基準レベルと比較した患者の試料中のトリプターゼの発現レベルの変化は、治療による処置への応答を示す。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの増加であり、処置が維持される。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、処置が調整または停止される。
【００２５】
別の態様では、本発明は、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療により処置されたマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者への、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療の適用中または適用後の時点での該患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルをトリプターゼの基準レベルと比較することにより、治療による処置を受けている患者の応答をモニタリングすることとを含む。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼのレベルの増加であり、処置が維持される。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、処置が調整または停止される。
【００２６】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、抗トリプターゼ抗体、例えば、本明細書に開示される抗トリプターゼ抗体のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは、抗ＩｇＥ抗体、例えば、本明細書に開示される任意の抗ＩｇＥ抗体である。
【００２７】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストから選択される薬剤を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【００２８】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤の使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、抗トリプターゼ抗体、例えば、本明細書に開示される抗トリプターゼ抗体のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは、抗ＩｇＥ抗体、例えば、本明細書に開示される抗ＩｇＥ抗体のいずれかである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、ＩｇＥアンタゴニストと組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、薬剤はトリプターゼアンタゴニストであり、該医薬はＩｇＥアンタゴニストとの投与のために処方される。
【００２９】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストの使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【００３０】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座のシークエンシングによって決定される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、サンガーシークエンシングまたは超並列シークエンシングである。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１遺伝子座は、（ｉ）５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）のヌクレオチド配列を含む第１のフォワードプライマー及び５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）のヌクレオチド配列を含む第１のリバースプライマーの存在下で対象の核酸を増幅してＴＰＳＡＢ１アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＡＢ１アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１アンプリコンのシークエンシングには、第１のフォワードプライマー及び第１のリバースプライマーの使用が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２遺伝子座は、（ｉ）５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）のヌクレオチド配列を含む第２のフォワードプライマー及び５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）のヌクレオチド配列を含む第２のリバースプライマーの存在下で該対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ２アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＢ２アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２アンプリコンのシークエンシングは、第２のフォワードプライマーを使用することと、５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーをシークエンシングすることと、を含む。
【００３１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、以下の式：４−患者の遺伝子型におけるトリプターゼα及びトリプターゼβＩＩＩフレームシフト（βＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計で決定される。いくつかの実施形態では、トリプターゼアルファは、ヌクレオチド配列ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）を含むＴＰＳＡＢ１において、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することにより検出され、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰにおけるＡの存在は、トリプターゼアルファを示す。いくつかの実施形態では、トリプターゼベータＩＩＩＦＳは、ヌクレオチド配列ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）を含むＴＰＳＢ２でのｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することにより検出される。
【００３２】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の群において決定される。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。
【００３３】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、３または４の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。
【００３４】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、０、１、または２の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。
【００３５】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、トリプターゼは、トリプターゼベータＩ、トリプターゼベータＩＩ、トリプターゼベータＩＩＩ、トリプターゼアルファＩ、またはこれらの組み合わせである。
【００３６】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、トリプターゼの発現レベルは、タンパク質の発現レベルである。いくつかの実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、活性トリプターゼの発現レベルである。いくつかの実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、総トリプターゼの発現レベルである。いくつかの実施形態では、タンパク質発現レベルは、免疫アッセイ、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、または質量分析法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、トリプターゼの発現レベルは、ｍＲＮＡの発現レベルである。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法またはマイクロアレイチップを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。
【００３７】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、トリプターゼの基準レベルは、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する個体の群において決定されたレベルである。いくつかの実施形態では、トリプターゼの基準レベルは、中央値である。
【００３８】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者の試料は、血液試料、組織試料、痰試料、細気管支洗浄液試料、粘膜被覆液（ＭＬＦ）試料、気管支吸着試料、及び経鼻吸収試料からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、血液試料は、全血試料、血清試料、血漿試料、またはこれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、血液試料は、血清試料または血漿試料である。
【００３９】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、薬剤はトリプターゼアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼアルファアンタゴニストまたはトリプターゼベータアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼベータアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、トリプターゼベータアンタゴニストは、抗トリプターゼベータ抗体またはその抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体は次の６つの超可変領域（ＨＶＲ）：（ａ）ＤＹＧＭＶのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＦＩＳＳＧＳＳＴＶＹＹＡＤＴＭＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＲＮＹＤＤＷＹＦＤＶのアミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＳＡＳＳＳＶＴＹＭＹのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＲＴＳＤＬＡＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＨＹＨＳＹＰＬＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号７のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号７のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗体は次の６つのＨＶＲ：（ａ）ＧＹＡＩＴのアミノ酸配列（配列番号１２）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＧＩＳＳＡＡＴＴＦＹＳＳＷＡＫＳのアミノ酸配列（配列番号１３）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＤＰＲＧＹＧＡＡＬＤＲＬＤＬのアミノ酸配列（配列番号１４）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＱＳＩＫＳＶＹＮＮＲＬＧのアミノ酸配列（配列番号１５）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＥＴＳＩＬＴＳのアミノ酸配列（配列番号１６）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＡＧＧＦＤＲＳＧＤＴＴのアミノ酸配列（配列番号１７）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号１８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号１９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号１８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号１９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含む重鎖及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、治療はＩｇＥアンタゴニストをさらに含む。
【００４０】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、薬剤はＦｃεＲアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＢＴＫ阻害剤は、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４である。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体である。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体は抗Ｍ１’ドメイン抗体である。
【００４１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、薬剤はマスト細胞または好塩基球枯渇抗体である。
【００４２】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、薬剤はＰＡＲ２アンタゴニストである。
【００４３】
本明細書に開示される態様のいずれかのいくつかの実施形態では、治療または組み合わせは、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、本明細書に記載される抗トリプターゼ抗体のいずれかを含む抗トリプターゼ抗体）及びＩｇＥアンタゴニスト（例えば、本明細書に記載される抗ＩｇＥ抗体のいずれか、例えば、オマリズマブ（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））を含む抗ＩｇＥ抗体）を含む。
【００４４】
本明細書に開示される態様のいずれかのいくつかの実施形態では、薬剤はＩｇＥアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは抗ＩｇＥ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、ＩｇＥ遮断抗体及び／またはＩｇＥ枯渇抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は次の６つのＨＶＲ：（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、で構成されている。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））またはＸｍＡｂ７１９５である。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））である。
【００４５】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、２型バイオマーカーは、ＴＨ２細胞関連サイトカイン、ペリオスチン、好酸球数、好酸球シグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥである。いくつかの実施形態では、ＴＨ２細胞関連サイトカインは、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５である。いくつかの実施形態では、ＴＨ２経路阻害剤は、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）（例えば、ルキソリチニブ、トファシチニブ、オクラシチニブ、バリシチニブ、フィルゴチニブ、ガンドチニブ、レスタウルチニブ、モメロチニブ、パクリチニブ、ウパダシチニブ、ペフィシチニブ、及びフェドラチニブ）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９（例えば、ＭＥＤＩ−５２８）、ＩＬ−５（例えば、メポリズマブ、ＣＡＳ番号１９６０７８−２９−２；レシリズマブ）、ＩＬ−１３（例えば、ＩＭＡ−０２６、ＩＭＡ−６３８（別名アンルキンズマブ、ＩＮＮ番号９１０６４９−３２−０；ＱＡＸ−５７６；ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、トラロキヌマブ（別名ＣＡＴ−３５４、ＣＡＳ番号１０４４５１５−８８−９）；ＡＥＲ−００１、ＡＢＴ−３０８（別名ヒト化１３Ｃ５．５抗体）、ＩＬ−４（例えば、ＡＥＲ−００１、ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−３３、及びＩｇＥ（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）、ＱＧＥ−０３１；及びＭＥＤＩ−４２１２）；ならびに受容体、例えば、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体（例えば、ＭＥＤＩ−５６３（ベンラリズマブ、ＣＡＳ番号１０４４５１１−０１−４））、ＩＬ−４受容体アルファ（例えば、ＡＭＧ−３１７、ＡＩＲ−６４５）、ＩＬ−１３受容体アルファ１（例えば、Ｒ−１６７１）及びＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ（ＴＳＬＰの補助受容体）、ＩＬ−１７ＲＢ（ＩＬ−２５の受容体）、ＳＴ２（ＩＬ−３３の受容体）、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２（例えば、ＡＭＧ−８５３、ＡＰ７６８、ＡＰ−７６１、ＭＬＮ６０９５、ＡＣＴ１２９９６８）、ＦｃεＲＩ、ＦｃεＲＩＩ／ＣＤ２３（ＩｇＥの受容体）、Ｆｌａｐ（例えば、ＧＳＫ２１９０９１５）、Ｓｙｋキナーゼ（Ｒ−３４３、ＰＦ３５２６２９９）；ＣＣＲ４（ＡＭＧ−７６１）、ＴＬＲ９（ＱＡＸ−９３５）、ならびにＣＣＲ３、ＩＬ−５、ＩＬ−３、及びＧＭ−ＣＳＦのマルチサイトカイン阻害剤（例えば、ＴＰＩ  ＡＳＭ８）から選択される標的のいずれかを阻害する。
【００４６】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、追加の治療薬を患者に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、コルチコステロイド、ＩＬ−３３軸結合アンタゴニスト、ＴＲＰＡ１アンタゴニスト、気管支拡張剤または喘息症状抑制剤、免疫調節剤、チロシンキナーゼ阻害剤、及びホスホジエステラーゼ阻害剤からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、コルチコステロイドである。いくつかの実施形態では、コルチコステロイドは、吸入コルチコステロイドである。
【００４７】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、マスト細胞媒介性炎症性疾患は、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性蕁麻疹（ＣＳＵ）、全身性アナフィラキシー、マスト細胞症、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び好酸球性食道炎からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、マスト細胞媒介性炎症性疾患は喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はコルチコステロイドで制御されていない。いくつかの実施形態では、喘息は、ＴＨ２  ｈｉｇｈ喘息またはＴＨ２  ｌｏｗ喘息である。
【００４８】
別の態様では、本発明は、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットを特徴とし、本キットは、（ａ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、（ｂ）トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために当該試薬を使用するための指示書と、を含む。いくつかの実施形態では、薬剤はトリプターゼアンタゴニストであり、治療はＩｇＥアンタゴニストをさらに含む。いくつかの実施形態では、治療はトリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニストを含む。
【００４９】
別の態様では、本発明は、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットを特徴とし、本キットは、（ａ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、（ｂ）ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために当該試薬を使用するための指示書と、を含む。
【００５０】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、本キットは、患者の試料において２型バイオマーカーのレベルを決定するための試薬をさらに含む。
【００５１】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【００５２】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストから選択される薬剤を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【００５３】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤の使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【００５４】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストの使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、追加のＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】中程度から重度の喘息患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を示すグラフである。活性トリプターゼ対立遺伝子数は、ＢＯＢＣＡＴ、ＥＸＴＲＡ、及びＭＩＬＬＹの中等度から重度の喘息の対象のバープロットによってプロットされる。
【図２】図２Ａ及び２Ｂは、全末梢トリプターゼタンパク質レベルが中程度から重度の喘息におけるトリプターゼコピー数と関連していることを示す一連のグラフである。タンパク質量的形質連鎖（ｐＱＴＬ）解析は、ＢＯＢＣＡＴから血漿総トリプターゼ（図２Ａ）及びＭＩＬＬＹ研究から血清総トリプターゼ（図２Ｂ）に対して行った。線形回帰線（９５％ＣＩ）は灰色の網掛けで示される。線形回帰からのｒ２のＰ値は、プロットに注釈が付与される。ｒ２は線形回帰の決定係数であり、０から１までの値をとる；値の増加は、独立変数によって説明される分散の割合を示す。
【図３】活性トリプターゼコピー数に基づく抗ＩｇＥ療法（オマリズマブ（Ｘｏｌａｉｒ（登録商標）））から喘息ＦＥＶ１の処置効果を示す一連のグラフである。ベースラインからのＦＥＶ１パーセントの変化は、活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいたＥＸＴＲＡ試験の対象において評価した（左パネル、１または２；右パネル、３または４）。
【図４】４Ａ〜４Ｃは、２型喘息のバイオマーカーが、中等度から重度の喘息の活性トリプターゼ対立遺伝子数と相関しないことを示す一連のグラフである。２型バイオマーカーの血清ペリオスチン（図４Ａ）、呼気一酸化窒素（ＦｅＮＯ）（図４Ｂ）、及び血中好酸球数（図４Ｃ）のレベルを、ＢＯＢＣＡＴ、ＥＸＴＲＡ、及びＭＩＬＬＹの中等度から重度の喘息コホートの活性トリプターゼ数に関して評価した。
【発明を実施するための形態】
【００５６】
Ｉ．定義
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者であれば容易に理解するそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」の値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつそれについて記載する）。
【００５７】
「バイオマーカー」及び「マーカー」は、本明細書で互換的に使用され、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、または糖脂質系分子マーカーを指し、その発現または存在は、対象または患者の試料において、標準的な方法（または本明細書に開示の方法）によって検出することができ、例えば、哺乳動物対象の処置に対する応答もしくは感度の可能性を特定するため、または処置に対する対象の応答をモニタリングするために、例えば有用である。そのようなバイオマーカーの発現は、基準レベル（例えば、患者（例えば、喘息患者）の群／母集団の試料におけるバイオマーカーの発現レベルの中央値、対照個体（例えば、健康な個体）の群／母集団の試料におけるバイオマーカーのレベル、または、以前に個体から事前に取得した試料のレベルを含む）よりも治療に応答する可能性が高いまたは低い患者から得られた試料においてより高いまたはより低いと決定され得る。特定の実施形態では、本明細書に記載されるバイオマーカーは、活性トリプターゼ対立遺伝子数またはトリプターゼの発現レベルである。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「トリプターゼ」は、別途指定されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源由来の任意の天然トリプターゼを指す。トリプターゼはまた、マスト細胞トリプターゼ、マスト細胞プロテアーゼＩＩ、皮膚トリプターゼ、肺トリプターゼ、下垂体トリプターゼ、マスト細胞中性プロテイナーゼ、及びマスト細胞セリンプロテイナーゼＩＩとして当技術分野で知られている。「トリプターゼ」という用語は、トリプターゼアルファ（ＴＰＳＡＢ１によってヒトにおいてコードされている）、トリプターゼベータ（ＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２によってヒトにおいてコードされている、以下を参照）、トリプターゼデルタ（ＴＰＳＤ１によってヒトにおいてコードされている）、トリプターゼガンマ（ＴＰＳＧ１によってヒトにおいてコードされている）、及びトリプターゼイプシロン（ＰＲＳＳ２２によってヒトにおいてコードされている）を包含する。トリプターゼアルファ（α）、ベータ（β）、及びガンマ（γ）タンパク質は可溶性であるが、トリプターゼイプシロン（ε）タンパク質は膜固定型である。トリプターゼのベータ及びガンマは、特異性は異なるが、活性セリンプロテアーゼである。トリプターゼアルファ及びデルタ（δ）タンパク質は、典型的な活性セリンプロテアーゼとは異なる重要な位置に残基があるため、主に不活性プロテアーゼである。例示的なトリプターゼアルファ完全長タンパク質配列は、ＮＣＢＩ  ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＺ９８９１０．１で入手できる。例示的なトリプターゼガンマ完全長タンパク質配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＲＲ２またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｑ９ＮＲＲ２．３、ＡＡＦ０３６９５．１、ＮＰ＿０３６５９９．３、またはＡＡＦ７６４５７．１で入手できる。例示的なトリプターゼデルタ完全長タンパク質配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＺＪ３またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０３６３４９．１で入手できる。いくつかのトリプターゼ遺伝子は、ヒト染色体１６ｐ１３．３に集まっている。この用語は、「完全長」のプロセシングされていないトリプターゼ、及び細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のトリプターゼを包含する。トリプターゼベータはマスト細胞で発現する主要なトリプターゼであるが、一方、トリプターゼアルファは好塩基球で発現する主要なトリプターゼである。トリプターゼアルファ及びトリプターゼベータは、典型的には、約３０のアミノ酸のリーダー配列及び約２４５のアミノ酸の触媒配列を含む（例えば、Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｎ．Ａｍ．２６：４５１−４６３，２００６を参照のこと）。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「トリプターゼベータ」は、別途指定されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源由来の任意の天然トリプターゼベータを指す。トリプターゼベータは、マスト細胞分泌顆粒の主成分であるセリンプロテアーゼである。本明細書で使用される場合、本用語は、トリプターゼベータ１（トリプターゼアルファ１もコードされている、ＴＰＳＡＢ１遺伝子によってコードされる）、トリプターゼベータ２（ＴＰＳＢ２遺伝子によってコードされている）、及びトリプターゼベータ３（ＴＰＳＢ２遺伝子によってもコードされている）を包含する。例示的なヒトトリプターゼベータ１配列は、配列番号２３に示される（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿００３２８５．２も参照）。例示的なヒトトリプターゼベータ２配列は、配列番号２４に示される（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＤ１３８７６．１も参照）。例示的なヒトトリプターゼベータ３配列は、配列番号２５に示される（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０７７０７８．５も参照）。トリプターゼベータという用語は、「完全長」のプロセシングされていないトリプターゼベータ、及びタンパク質分解プロセシングを含む翻訳後修飾から生じるトリプターゼベータを包含する。完全長のプロトリプターゼベータは、２つのタンパク質分解ステップでプロセシングされると考えられている。第１に、Ｒ−３での自己触媒的分子間切断が、特に酸性ｐＨで、ポリアニオン（例えば、ヘパリンまたは硫酸デキストラン）の存在下で発生する。次に、残りのプロジペプチドが除去される（おそらくジペプチジルペプチダーゼＩによる）。完全長ヒトトリプターゼベータ１については、以下の配列番号２３を参照すると、下線が引かれたアミノ酸残基は天然のリーダー配列に対応し、太字及び灰色の影付きのアミノ酸残基はプロドメインに対応し、それは切断されて成熟タンパク質を形成する（例えば、Ｓａｋａｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９７：９８８−９９５，１９９６を参照のこと）
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【００６０】
成熟した、酵素活性トリプターゼベータは、典型的には、ホモ四量体またはヘテロ四量体であるが、活性単量体が報告されている（例えば、Ｆｕｋｕｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７６：３１６５，２００６を参照のこと）。トリプターゼベータ四量体のサブユニットは、サブユニット間の疎水性及び極性相互作用によって一緒になり、ポリアニオン（特にヘパリン及び硫酸デキストラン）によって安定化される。トリプターゼという用語は、トリプターゼ四量体またはトリプターゼ単量体を指すことができる。成熟ヒトトリプターゼベータ１、ベータ２、及びベータ３の例示的な配列は、それぞれ配列番号２６、配列番号２７、及び配列番号２８に示される。各サブユニットの活性部位は、四量体の中心孔に面し、それは約５０×３０オングストロームである（例えば、Ｐｅｒｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３９２：３０６−３１１，１９９８を参照のこと）。中心孔のサイズは、典型的には、阻害剤によって活性部位のアクセスを制限する。トリプターゼベータの例示的な基質としては、これらに限定されないが、ＰＡＲ２、Ｃ３、フィブリノーゲン、フィブロネクチン、及びキニノーゲンが挙げられる。
【００６１】
「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は、互換的に使用され、２つ以上のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、好ましくは３つ超で構成される分子を指す。その正確なサイズは多くの因子に依存することになり、これらの因子は今度はオリゴヌクレオチドの根本的な機能または使用に依存する。オリゴヌクレオチドは、合成またはクローニングによってもたらされ得る。デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドのキメラも、本発明の範囲内であり得る。
【００６２】
「遺伝子型」という用語は、個体または試料中に含有される遺伝子の対立遺伝子の説明を指す。本発明の文脈において、個体の遺伝子型と個体から得られる試料の遺伝子型とは区別しない。典型的には、遺伝子型は２倍体細胞の試料から決定されるが、遺伝子型は１倍体細胞、例えば精子細胞の試料から決定することもできる。
【００６３】
集団内で複数の配列が可能であるゲノム内のヌクレオチド位置を、本明細書では「多型」または「多型部位」と呼ぶ。多型部位は、例えば、２つ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列、挿入されたヌクレオチドまたはヌクレオチド配列、欠失したヌクレオチドまたはヌクレオチド配列、またはマイクロサテライトであり得る。長さがヌクレオチド２個以上である多型部位は、ヌクレオチド配列の全てまたは一部が領域内で異なる場合、長さがヌクレオチド３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個以上、２０個以上、３０個以上、５０個以上、７５個以上、１００個以上、５００個以上、または約１０００個であり得る。
【００６４】
「一塩基多型」または「ＳＮＰ」は、遺伝的変異性につながるＤＮＡ配列内の一塩基置換を指す。一塩基多型は、遺伝子のいずれの領域でも生じ得る。場合によっては、この多型は、タンパク質配列の変化をもたらし得る。タンパク質配列の変化は、タンパク質機能に影響する場合もしない場合もある。
【００６５】
多型部位に２個、３個、または４個の代替ヌクレオチド配列がある場合、各ヌクレオチド配列は「多型バリアント」または「核酸バリアント」と呼ばれる。ＤＮＡ配列で可能な各バリアントは、「対立遺伝子」と呼ばれる。典型的には、最初に同定された対立遺伝子型は任意に参照型として指定され、他の対立遺伝子型は代替またはバリアント対立遺伝子として指定される。
【００６６】
「活性トリプターゼ対立遺伝子数」という用語は、対象の遺伝子型における活性トリプターゼ対立遺伝子の数を指す。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２の不活化変異を説明することにより、活性トリプターゼ対立遺伝子数を推定することができる。各２倍体対象は、ＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２のそれぞれに２つのコピーを持っているため、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、式４−対象の遺伝子型におけるトリプターゼアルファ及びトリプターゼベータＩＩＩフレームシフト（ベータＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計に従って決定することができる。いくつかの実施形態では、対象の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、０〜４の範囲の整数（例えば、０、１、２、３、または４）である。
【００６７】
「基準活性トリプターゼ対立遺伝子数」という用語は、例えば、診断、予測、予後、及び／または治療決定を行うために、別の活性トリプターゼ対立遺伝子数と比較される活性トリプターゼ対立遺伝子数を指す。基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、基準試料、基準母集団、及び／または事前に割り当てられた値（例えば、個体の第１のサブセットを個体の第２のサブセットから有意に（例えば、統計学的に有意に）分離するために事前に決定されたカットオフ値（例えば、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療）への応答に関して）において決定することができる。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は所定の値である。一実施形態における基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者が属する疾患単位（例えば、喘息などのマスト細胞媒介性炎症性疾患）において予め決定されている。ある特定の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、調査された疾患単位または所与の母集団における値の全体的な分布から決定される。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、０〜４の範囲の整数（例えば、０、１、２、３、または４）である。特定の実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。
【００６８】
「レベル」、「発現のレベル」、または「発現レベル」という用語は、互換的に使用され、概して、生体試料中のポリヌクレオチドまたはアミノ酸産物またはタンパク質の量を指す。「発現」は、概して、遺伝子コード情報が、細胞内に存在し作動する構造体内に転換されるプロセスを指す。したがって、本発明によると、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、またはさらにタンパク質の翻訳後修飾を指してもよい。転写されたポリヌクレオチドのフラグメント、翻訳されたタンパク質、または翻訳後修飾されたタンパク質も、それらが、選択的スプライシングにより生成された転写産物、または劣化した転写産物、または例えば、タンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来するかどうかにかかわらず、発現されたと見なされよう。「発現遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドへと転写され、次いでタンパク質へと翻訳されるものと、さらにＲＮＡへと転写されるがタンパク質へと翻訳されないもの（例えば、トランスファーＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）とが含まれる。
【００６９】
ある特定の実施形態では、本明細書の「基準レベル」という用語は、所定の値を指す。当業者であれば理解するように、基準レベルは、例えば、特異性及び／または感度の観点における要件を満たすように事前に決定され、設定される。これらの要件は、例えば、規制機関ごとに異なり得る。例えば、アッセイの感度または特異性は、それぞれ、特定の限界、例えば、８０％、９０％、または９５％に設定する必要があり得る。これらの要件は、正または負の予測値の観点から定義されてもよい。とはいえ、本発明において与えられる教示に基づき、それらの要件に合う基準レベルに達することは常に可能である。一実施形態では、基準レベルは健康な個体において決定される。一実施形態における基準値は、患者が属する疾患単位（例えば、喘息などのマスト細胞媒介性炎症性疾患）において予め決定されている。ある特定の実施形態では、基準レベルは、調査された疾患単位の値の全体的な分布の２５％〜７５％など、任意のパーセンテージに設定することができる。他の実施形態では、基準レベルは、例えば、調査された疾患単位または所与の母集団における値の全体的な分布から決定される中央値、三分位数、四分位数、または五分位数に設定することができる。一実施形態では、基準レベルは、調査された疾患単位における値の全体的な分布から決定して、中央値に設定される。一実施形態では、基準レベルは患者の性別によって異なってもよく、例えば、男性と女性は異なる基準レベルを有してもよい。
【００７０】
ある特定の実施形態では、「基準レベルにある」という用語は、本明細書に記載の方法によって基準試料から検出されたレベルと同じであるマーカー（例えば、トリプターゼ）のレベルを指す。
【００７１】
ある特定の実施形態では、「増加する」または「超える」という用語は、基準レベルにあるレベル、または基準試料からのレベルと比較して、本明細書に記載の方法によって検出されたマーカー（例えば、トリプターゼ）のレベルにおける、５％、１０％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％またはそれ以上の全体的な増加を指す。
【００７２】
ある特定の実施形態では、本明細書の「減少する」または「下回る」という用語は、基準レベルを下回るレベル、または基準試料からのレベルと比較して、本明細書に記載の方法によって検出されたマーカー（例えば、トリプターゼ）のレベルにおける、５％、１０％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上の全体的な低下を指す。
【００７３】
「障害」または「疾患」は、本発明の方法を用いる処置または診断の恩恵を受け得る任意の状態である。これには、哺乳動物を問題の障害に罹患しやすくする病理学的状態を含む慢性及び急性障害または疾患が含まれる。本明細書で処置される障害の例には、喘息などのマスト細胞媒介性炎症性疾患が含まれる。
【００７４】
「マスト細胞媒介性炎症性疾患」は、マスト細胞によって少なくとも部分的に媒介される疾患または障害、例えば、喘息（例えば、アレルギー性喘息）、蕁麻疹（例えば、慢性蕁麻疹（ＣＳＵ）または慢性特発性蕁麻疹（ＣＩＵ））、湿疹、かゆみ、アレルギー、アトピー性アレルギー、アナフィラキシー、アナフィラキシーショック、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性鼻炎、アレルギー性結膜炎、ならびに自己免疫障害、例えば、関節リウマチ、若年性関節リウマチ、乾癬性関節炎、膵炎、乾癬、プラーク乾癬、滴状乾癬、逆乾癬、膿疱性乾癬、乾癬性紅皮症、腫瘍随伴性自己免疫疾患、自己免疫性肝炎、水疱性類天疱瘡、重症筋無力症、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、セリアック病、甲状腺炎（例えば、グレーブス病）、シェーグレン症候群、ギラン・バレー病、レイノー現象、アジソン病、肝疾患（例えば、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、非アルコール性脂肪性肝疾患、及び非アルコール性脂肪肝炎）、及び糖尿病（例えば、Ｉ型糖尿病）を指す。
【００７５】
いくつかの実施形態では、喘息は、生命を脅かす可能性のある症状の悪化（増悪または再燃）の急性事象を伴う持続性慢性重症喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性（アレルギー性とも呼ばれる）喘息、非アレルギー性喘息（例えば、多くの場合呼吸器ウイルス（例えば、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ライノウイルス、ヒトメタニューモウイルス、及び呼吸器合胞体ウイルス）による感染または吸入刺激物（例えば、大気汚染物質、スモッグ、ディーゼル粒子、揮発性化学物質、及び屋内または屋外のガス、または冷たい乾燥空気によるもの）によって引き起こされる）である。
【００７６】
いくつかの実施形態では、喘息は、断続的または運動誘発性であり、急性もしくは慢性的な主流「煙」もしくは副流「煙」（通常はタバコ、葉巻、またはパイプ）への曝露、吸入もしくは「ベイピング」（タバコ、マリファナ、または他の同様の物質）による喘息、またはアスピリンもしくは関連する非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）の直近の摂取によって引き起こされる喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、軽度、またはコルチコステロイドナイーブ喘息、新たに診断された未処置の喘息、または症状（咳、喘鳴、息切れ（ｓｈｏｒｔｎｅｓｓ  ｏｆ  ｂｒｅａｔｈ）／息切れ（ｂｒｅａｔｈｌｅｓｓｎｅｓｓ）、または胸痛）を制御するために局所もしくは全身吸入ステロイドの慢性的な使用を前もって必要としないものである。いくつかの実施形態では、喘息は、慢性の、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド難治性喘息、コルチコステロイドまたは他の慢性喘息制御薬では制御できない喘息である。
【００７７】
いくつかの実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。ある特定の実施形態では、喘息はＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性喘息、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息（例えば、感染症及び／または呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）による）、運動誘発性喘息、アスピリン感受性／憎悪型喘息、軽度喘息、中等度から重度の喘息、コルチコステロイドナイーブ喘息、慢性喘息、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド抵抗性喘息、新たに診断された未処置の喘息、喫煙による喘息、コルチコステロイドで制御されない喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はアレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陽性（ＥＩＰ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ、２５ｎｇ、または５０ｎｇのいずれかのペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、少なくとも血液１ｍｌあたり約１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００好酸球数のいずれか）。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陰性（ＥＩＮ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｌｏｗ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ未満のペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｌｏｗ喘息である（例えば、血液１μｌあたり約１５０未満の好酸球数または血液１μｌあたり約１００未満の好酸球数）。
【００７８】
本明細書で使用される「ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息」という用語は、高レベルの１つもしくは複数のＴＨ２細胞関連サイトカイン、例えばＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、もしくはＩＬ−５を示す喘息、またはＴＨ２サイトカイン関連炎症を示す喘息を指す。ある特定の実施形態では、用語ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息は、好酸球−ｈｉｇｈ喘息、２型ヘルパーＴリンパ球−ｈｉｇｈ、２型−ｈｉｇｈ、またはＴＨ２駆動喘息と互換的に使用され得る。いくつかの実施形態では、喘息患者は好酸球性炎症陽性（ＥＩＰ）であると決定されている。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる国際特許出願公開番号ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。ある特定の実施形態では、個体は、対照または基準レベルと比較して、好酸球シグネチャー遺伝子の少なくとも１つのレベルが上昇していると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。ある特定の実施形態では、ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息はペリオスチン−ｈｉｇｈ喘息である。いくつかの実施形態では、個体は血清ペリオスチンが高い。ある特定の実施形態では、個体は１８歳以上である。ある特定の実施形態では、個体は、対照または基準レベルと比較して、血清ペリオスチンのレベルが上昇していると決定されている。ある特定の実施形態では、対照または基準レベルは、母集団におけるペリオスチンの中央値レベルである。ある特定の実施形態では、個体は、２０ｎｇ／ｍｌ以上の血清ペリオスチンを有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、２５ｎｇ／ｍｌ以上の血清ペリオスチンを有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、５０ｎｇ／ｍｌ以上の血清ペリオスチンを有すると決定されている。ある特定の実施形態では、血清ペリオスチンの対照または基準レベルは、２０ｎｇ／ｍｌ、２５ｎｇ／ｍｌ、または５０ｎｇ／ｍｌである。ある特定の実施形態では、喘息は好酸球−ｈｉｇｈ喘息である。ある特定の実施形態では、個体は、対照または基準レベルと比較して、好酸球数が上昇していると決定されている。ある特定の実施形態では、対照または基準レベルは、母集団の中央値レベルである。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり１５０以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり２００以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり２５０以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり３００以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり３５０以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり４００以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり４５０以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり５００以上の好酸球数を有すると決定されている。ある好ましい実施形態では、個体は、血液１μｌあたり３００以上の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、好酸球は末梢血好酸球である。ある特定の実施形態では、好酸球は痰好酸球である。ある特定の実施形態では、個体は、高レベルのＦｅＮＯ（呼気硝酸）及び／または高レベルのＩｇＥを示す。例えば、場合によっては、個体は、約２５０パーツ・パー・ビリオン（ｐｐｂ）を超える、約２７５ｐｐｂを超える、約３００ｐｐｂを超える、約３２５ｐｐｂを超える、約３２５ｐｐｂを超える、または約３５０ｐｐｂを超えるＦｅＮＯレベルを示す。場合によっては、個体は５０ＩＵ／ｍｌを超えるＩｇＥレベルを有する。ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息の概説については、Ｆａｊｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３５（２）：２９９−３１０，２０１５を参照のこと。
【００７９】
本明細書で使用される「ＴＨ２−ｌｏｗ喘息」または「非ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息」という用語は、低レベルの１つもしくは複数のＴＨ２細胞関連サイトカイン、例えばＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、もしくはＩＬ−５を示す喘息、または非ＴＨ２サイトカイン関連炎症を示す喘息を指す。ある特定の実施形態では、用語ＴＨ２−ｌｏｗ喘息は、好酸球−ｌｏｗ喘息と互換的に使用され得る。いくつかの実施形態では、喘息患者は好酸球性炎症陰性（ＥＩＮ）であると決定されている。例えば、ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。ある特定の実施形態では、ＴＨ２−ｌｏｗ喘息はペリオスチン−ｌｏｗ喘息である。ある特定の実施形態では、個体は１８歳以上である。ある特定の実施形態では、個体は、対照または基準レベルと比較して、血清ペリオスチンのレベルが低下していると決定されている。ある特定の実施形態では、対照または基準レベルは、母集団におけるペリオスチンの中央値レベルである。ある特定の実施形態では、個体は、２０ｎｇ／ｍｌ未満の血清ペリオスチンを有すると決定されている。ある特定の実施形態では、喘息は好酸球−ｌｏｗ喘息である。ある特定の実施形態では、個体は、対照または基準レベルと比較して、好酸球数が減少していると決定されている。ある特定の実施形態では、対照または基準レベルは、母集団の中央値レベルである。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり１５０未満の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり１００未満の好酸球数を有すると決定されている。ある特定の実施形態では、個体は、血液１μｌあたり３００未満の好酸球数を有すると決定されている。
【００８０】
本明細書で使用される場合、「２型バイオマーカー」は、ＴＨ２炎症と関連しているバイオマーカーを指す。２型バイオマーカーの非限定的な例には、ＴＨ２細胞関連サイトカイン（例えば、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５）、ペリオスチン、好酸球数、好酸球シグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥが挙げられる。
【００８１】
「投与する」という用語は、患者（例えば、喘息などのマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者）への組成物の投与を意味する。本明細書に記載の方法において利用される組成物は、例えば、非経口的、腹腔内、筋肉内、静脈内、皮内、経皮的、動脈内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、くも膜下腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹腔内、皮下的、結膜下、膀胱内、粘膜、心膜内、臍帯内、眼内、眼窩内、経口、局所、経皮、硝子体内、眼窩周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、網膜下、球後、小管内、吸入により、注射により、埋め込みにより、注入により、持続的注入により、標的細胞を直接的に浸す局所灌流により、カテーテルにより、洗浄により、クリームで、または脂質組成物で、投与することができる。非経口投与には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。本明細書に記載の方法において利用される組成物は、全身的または局所的に投与されてもよい。投与方法は、様々な要因（例えば、投与される化合物または組成物、及び処置される状態、疾患、または障害の重症度）に応じて多様であり得る。
【００８２】
「治療薬」または「薬剤」という用語は、疾患、例えばマスト細胞媒介性炎症性疾患、例えば喘息を処置するために使用される任意の薬剤を指す。治療薬は、例えば、ポリペプチド（複数可）（例えば、抗体、イムノアドヘシン、またはペプチボディ）、アプタマー、タンパク質に結合することができる小分子、または標的をコードする核酸分子に結合することができる核酸分子（例えば、ｓｉＲＮＡ）などであり得る。
【００８３】
「阻害剤」及び「アンタゴニスト」という用語は、本明細書で互換的に使用され、結合する分子の生物学的活性を阻害または低減する化合物または薬剤を指す。阻害剤には、抗体、合成または天然配列ペプチド、イムノアドヘシン、及び例えばトリプターゼまたはＩｇＥに結合する小分子阻害剤が含まれる。ある特定の実施形態では、阻害剤（例えば、抗体）は、阻害剤の非存在下での活性と比較して、阻害剤の存在下で抗原の活性を少なくとも１０％阻害する。いくつかの実施形態では、阻害剤は、活性を少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％阻害する。
【００８４】
本明細書で使用される場合、「トリプターゼアンタゴニスト」という用語は、トリプターゼ（例えば、トリプターゼアルファ（例えば、トリプターゼアルファＩ）またはトリプターゼベータ（例えば、トリプターゼベータＩ、トリプターゼベータＩＩ、またはトリプターゼベータＩＩＩ）の生物学的活性を阻害または低下させる化合物または薬剤を指す。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、抗トリプターゼ抗体または小分子阻害剤である。
【００８５】
「抗トリプターゼ抗体」、「トリプターゼに結合する抗体」、及び「トリプターゼを特異的に結合する抗体」という用語は、トリプターゼを標的とする際の診断薬及び／または治療薬として有用であるように十分な親和性でトリプターゼを結合することができる抗体を指す。一実施形態では、無関係の非トリプターゼタンパク質への抗トリプターゼ抗体の結合の程度は、例えば、ラジオ免疫アッセイ（ＲＩＡ）によって測定した場合に、この抗体のトリプターゼへの結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、トリプターゼに結合する抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、または０．００１ｎＭ以下（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（ＫＤ）を有する。ある特定の実施形態では、抗トリプターゼ抗体は、異なる種由来のトリプターゼ間で保存されるトリプターゼのエピトープに結合する。例示的な抗トリプターゼ抗体は、本明細書、ならびに米国仮特許出願第６２／４５７，７２２号及び国際特許出願公開第ＷＯ２０１８／１４８５８５号に記載されており、それら全体を参照により本明細書に組み込む。
【００８６】
「ＦｃεＲＩ」という用語は、別途示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源由来の任意の天然ＦｃεＲＩ（当該技術分野ではまた、高親和性ＩｇＥ受容体またはＦＣΕＲ１としても公知である）を指す。ＦｃεＲＩは、ＩｇＥのε重鎖のＦｃタンパク質に結合する四量体受容体複合体である。ＦｃεＲＩは、１本のα鎖、１本のβ鎖、及び２本のγ鎖で構成されている。例示的なヒトＦｃεＲＩαポリペプチドのアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１２３１９に列挙されている。例示的なヒトＦｃεＩβポリペプチドのアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０１３６２に列挙されている。例示的なヒトＦｃεＲＩγポリペプチドのアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０２７３に列挙されている。
【００８７】
「ＦｃεＲＩＩ」という用語は、別途示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源由来の任意の天然ＦｃεＲＩＩ（当該技術分野ではまた、ＣＤ２３、ＦＣＥＲ２または低親和性ＩｇＥ受容体としても公知である）を指す。この用語は、「完全長」のプロセシングされていないＦｃεＲＩＩ、及び細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＦｃεＲＩＩを包含する。この用語は、ＦｃεＲＩＩの天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトＦｃεＲＩＩポリペプチドのアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０６７３４に列挙されている。
【００８８】
本明細書で使用される場合、「Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト」という用語は、ＦｃεＲ（例えば、ＦｃεＲＩまたはＦｃεＲＩＩ）の生物学的活性を阻害または低減する化合物または薬剤を指す。ＦｃεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲ、またはＦｃεＲシグナル伝達に関与する核酸（例えば、遺伝子、または遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）もしくはポリペプチドの活性を阻害し得る。例えば、いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、チロシンプロテインキナーゼＬｙｎ（Ｌｙｎ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、チロシンプロテインキナーゼＦｙｎ（Ｆｙｎ）、脾臓関連チロシンキナーゼ（Ｓｙｋ）、Ｔ細胞活性化用リンカー（ＬＡＴ）、増殖因子受容体結合タンパク質２（Ｇｒｂ２）、セブンレスの息子（Ｓｏｓ）、Ｒａｓ、Ｒａｆ−１、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ１（ＭＥＫ）、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ１（ＥＲＫ）、細胞質型ホスホリパーゼＡ２（ｃＰＬＡ２）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ（５−ＬＯ）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ活性化タンパク質（ＦＬＡＰ）、グアニンヌクレオチド交換因子ＶＡＶ（Ｖａｖ）、Ｒａｃ、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ３、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ７、ｐ３８  ＭＡＰキナーゼ（ｐ３８）、ｃ−Ｊｕｎ  Ｎ末端キナーゼ（ＪＮＫ）、増殖因子受容体結合タンパク質２−関連タンパク質２（Ｇａｂ２）、ホスファチジルイノシトール−４，５−ビスリン酸３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、ホスホリパーゼＣガンマ（ＰＬＣγ）、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）、３−ホスホイノシチド依存性プロテインキナーゼ１（ＰＤＫ１）、ＲＡＣセリン／スレオニンプロテインキナーゼ（ＡＫＴ）、ヒスタミン、ヘパリン、インターロイキン（ＩＬ）−３、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、ＩＬ−５、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、ロイコトリエン（例えば、ＬＴＣ４、ＬＴＤ４、及びＬＴＥ４）、及びプロスタグランジン（例えば、ＰＤＧ２）を阻害する。いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＢＴＫ阻害剤、例えば、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４である。
【００８９】
「Ｂ細胞」は、骨髄内で成熟するリンパ球であり、ナイーブＢ細胞、メモリーＢ細胞、またはエフェクターＢ細胞（プラズマ細胞）が含まれる。本明細書中のＢ細胞は、正常または非悪性であり得る。
【００９０】
「ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体」という用語は、対象におけるＩｇＥ＋Ｂ細胞の数を減少させ、及び／または１つ以上のＩｇＥ＋Ｂ細胞機能を妨害することができる抗体を指す。「ＩｇＥ＋Ｂ細胞」は、ＩｇＥの膜Ｂ細胞受容体形態を発現するＢ細胞を指す。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞は、ＩｇＥスイッチＢ細胞またはメモリーＢ細胞である。ヒト膜ＩｇＥには、分泌型ＩｇＥ抗体では発現されないＭ１プライム（Ｍ１’、ｍｅ．１、またはＣｅｍＸとしても公知である）と呼ばれる細胞外５２アミノ酸セグメントが含まれる。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体は、抗Ｍ１’抗体（例えば、キリズマブ）である。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’抗体は、国際特許出願公開第ＷＯ２００８／１１６１４９に記載されている任意の抗Ｍ１’抗体である。
【００９１】
「マスト細胞」は、顆粒球免疫細胞の一種である。マスト細胞は、通常、全身の粘膜組織及び上皮組織に存在する。マスト細胞には、トリプターゼ（特にトリプターゼベータ）、ヒスタミン、ヘパリン、及びサイトカインを含む炎症性メディエーターを保存する細胞質顆粒が含まれる。マスト細胞は、抗原／ＩｇＥ／ＦｃεＲＩ架橋によって活性化され得、脱顆粒及び炎症性メディエーターの放出を引き起こす可能性がある。マスト細胞は、粘膜マスト細胞または結合組織マスト細胞であり得る。例えば、Ｋｒｙｓｔｅｌ−Ｗｈｉｔｔｅｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：６２０，２０１５を参照のこと。
【００９２】
「好塩基球」は、顆粒球免疫細胞の一種である。好塩基球は通常、末梢血に存在する。好塩基球は、抗原／ＩｇＥ／ＦｃεＲＩ架橋を介して活性化され得、ヒスタミン、トリプターゼ（特にトリプターゼアルファ）、ロイコトリエン、及びサイトカインなどの分子を放出する。例えば、Ｓｉｒａｃｕｓａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３２（４）：７８９−８０１，２０１３を参照のこと。
【００９３】
「マスト細胞または好塩基球枯渇抗体」という用語は、対象におけるマスト細胞もしくは好塩基球の数もしくは生物学的活性を低下させることができる、及び／またはマスト細胞もしくは好塩基球の１つもしくは複数の機能を妨害することができる抗体を指す。いくつかの実施形態では、抗体はマスト細胞枯渇抗体である。他の実施形態では、抗体は好塩基球枯渇抗体である。さらに他の実施形態では、抗体はマスト細胞及び好塩基球を枯渇させる。いくつかの実施形態では、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体は、抗Ｓｉｇｌｅｃ８抗体である。
【００９４】
「プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）」という用語は、別途示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＰＡＲ２（当技術分野ではＦ２Ｒ様トリプシン受容体１（Ｆ２ＲＬ１）またはＧタンパク質共役受容体１１（ＧＰＲ１１）としても知られている）を指す。本用語は、「完全長」のプロセシングされていないＰＡＲ２、及び細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＰＡＲ２を含む。本用語はまた、ＰＡＲ２の天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントを包含する。例示的なヒトＰＡＲ２の核酸配列は、ＲｅｆＳｅｑ受託番号ＮＭ＿００５２５２に列挙されている。ヒトＰＡＲ２によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ５５０８５に列挙されている。
【００９５】
「ＰＡＲ２アンタゴニスト」という用語は、ＰＡＲ２の生物学的活性またはシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子を指す。ＰＡＲ２は通常、Ｎ末端のタンパク質分解性切断によって活性化され、膜貫通受容体ドメインに結合して活性化するテザードペプチドリガンドをアンマスクする。例示的なＰＡＲ２アンタゴニストには、小分子阻害剤（例えば、Ｋ−１２９４０、Ｋ−１４５８５、ＧＢ８３、ＧＢ８８、ＡＺ３４５１、及びＡＺ８８３８）、可溶性受容体、ｓｉＲＮＡ、及び抗ＰＡＲ２抗体（例えば、ＭＡＢ３９４９及びＦａｂ３９４９）が含まれる。例えば、Ｃｈｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ５４５：１１２−１１５，２０１７；Ｋａｎｋｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１５８（１）：３６１−３７１，２００９、及びＬｏｈｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．ＦＡＳＥＢ  Ｊ．２６（７）：２８７７−２８８７，２０１２を参照のこと。
【００９６】
「ＩｇＥアンタゴニスト」という用語は、ＩｇＥの生物学的活性を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子を指す。そのようなアンタゴニストには、抗ＩｇＥ抗体、ＩｇＥ受容体、抗ＩｇＥ受容体抗体、ＩｇＥ抗体のバリアント、ＩｇＥ受容体のリガンド、及びそれらのフラグメントが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは、例えばマスト細胞または好塩基球上のＩｇＥ（例えば、ヒトＩｇＥ）と高親和性受容体ＦｃεＲＩとの間の相互作用を妨害または遮断することができる。
【００９７】
「抗ＩｇＥ抗体」は、ＩｇＥがマスト細胞及び好塩基球上の高親和性受容体に結合される場合に架橋を誘導しないようにＩｇＥに特異的に結合する任意の抗体を含む。例示的な抗ＩｇＥ抗体には、ｒｈｕＭａｂＥ２５（Ｅ２５、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）））、Ｅ２６、Ｅ２７、及びＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）、ＨＡ抗体、リゲリズマブ、及びタリズマブが含まれる。ヒト化抗ＩｇＥ抗体Ｅ２５、Ｅ２６及びＥ２７の重鎖及び軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列は、例えば、米国特許第６，１７２，２１３号及びＷＯ９９／０１５５６に開示されている。ＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）抗体は、Ｃｏｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９９（５）：８７９−８８７，１９９７、ＷＯ９２／１７２０７、ならびにＡＴＣＣ  Ｄｅｐ．Ｎｏｓ．ＢＲＬ−１０７０６、ＢＲＬ−１１１３０、ＢＲＬ−１１１３１、ＢＲＬ−１１１３２及びＢＲＬ−１１１３３に記載されている。ＨＡ抗体は、米国出願第６０／４４４，２２９、ＷＯ２００４／０７００１１、及びＷＯ２００４／０７００１０に記載されている。
【００９８】
「インターロイキン−３３（ＩＬ−３３）」という用語は、本明細書で使用される場合、別途指定されない限り、霊長類（例えば、ヒト）及びげっ歯動物（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源からの任意の天然ＩＬ−３３を指す。ＩＬ−３３はまた、当該技術分野において、高内皮細静脈の核内因子（ＮＦ−ＨＥＶ、例えば、Ｂａｅｋｋｅｖｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６３（１）：６９−７９，２００３を参照のこと）、ＤＶＳ２７、Ｃ９ｏｒｆ２６、及びインターロイキン１ファミリーメンバー１１（ＩＬ−１Ｆ１１）と称される。本用語は、「完全長」のプロセシングされていないＩＬ−３３及び、細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＩＬ−３３を包含する。ヒトの完全長のプロセシングされていないＩＬ−３３は、２７０個のアミノ酸（ａ．ａ．）を含み、ＩＬ−３３１−２７０と称されることもある。ヒトＩＬ−３３のプロセシングされた形態は、例えば、ＩＬ−３３９５−２７０、ＩＬ−３３９９−２７０、ＩＬ−３３１０９−２７０、ＩＬ−３３１１２−２７０、ＩＬ−３３１−１７８、及びＩＬ−３３１７９−２７０（Ｌｅｆｒａｎｃａｉｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１０９（５）：１６７３−１６７８，２０１２及びＭａｒｔｉｎ，Ｓｅｍｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：４４９−４５７，２０１３）を含む。いくつかの実施形態では、ヒトＩＬ−３３、例えば、ＩＬ−３３９５−２７０、ＩＬ−３３９９−２７０、ＩＬ−３３１０９−２７０のプロセシングされた形態、またはカルパイン、プロテイナーゼ３、好中球エラスターゼ、及びカテプシンＧなどのプロテアーゼによってプロセシングされた他の形態は、完全長ＩＬ−３３と比較して向上した生物学的活性を有し得る。本用語はまた、ＩＬ−３３の天然に存在するバリアント、例えば、スプライスバリアント（例えば、エクソン３を欠く構成的に活性なスプライスバリアントｓｐＩＬ−３３、Ｈｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８６（２２）：２００７８−２００８６，２０１１）または対立遺伝子バリアントを包含する。ＩＬ−３３は、細胞内（例えば、核内）に存在し得るか、または分泌サイトカイン形態として存在し得る。完全長ＩＬ−３３タンパク質は、核局在化配列（ヒトＩＬ−３３のアミノ酸１〜７５）を含むヘリックスターンヘリックスＤＮＡ結合モチーフを含み、これにはクロマチン結合モチーフ（ヒトＩＬ−３３のアミノ酸４０〜５８）が含まれる。プロセシング及び分泌されたＩＬ−３３の形態は、これらのＮ−末端モチーフを欠く。例示的なヒトＩＬ−３３のアミノ酸配列は、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ９５７６０で入手できる。
【００９９】
「ＩＬ−３３軸」とは、ＩＬ−３３シグナル伝達に関与する核酸（例えば、遺伝子または遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）またはポリペプチドを意味する。例えば、ＩＬ−３３軸としては、リガンドＩＬ−３３、受容体（例えば、ＳＴ２及び／またはＩＬ−１ＲＡｃＰ）、アダプター分子（例えば、ＭｙＤ８８）、または受容体分子及び／またはアダプター分子と関連するタンパク質（例えば、インターロイキン−１受容体関連キナーゼ１（ＩＲＡＫ１）及びインターロイキン−１受容体関連キナーゼ４（ＩＲＡＫ４）などのキナーゼ、またはＴＮＦ受容体関連因子６（ＴＲＡＦ６）などのＥ３ユビキチンリガーゼ）を挙げることができる。
【０１００】
「ＩＬ−３３軸結合アンタゴニスト」は、ＩＬ−３３軸結合パートナーと、その結合パートナーのうちの１つ以上との相互作用を阻害する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＩＬ−３３軸結合アンタゴニストは、ＩＬ−３３結合アンタゴニスト、ＳＴ２結合アンタゴニスト、及びＩＬ１ＲＡｃＰ結合アンタゴニストを含む。例示的なＩＬ−３３軸結合アンタゴニストには、抗ＩＬ−３３抗体及びその抗原結合フラグメント（例えば、ＡＮＢ−０２０（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ  Ｉｎｃ．）などの抗ＩＬ−３３抗体、またはＥＰ１７２５２６１、ＵＳ８１８７５９６、ＷＯ２０１１／０３１６００、ＷＯ２０１４／１６４９５９、ＷＯ２０１５／０９９１７５、ＷＯ２０１５／１０６０８０、もしくはＷＯ２０１６／０７７３８１（それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載の抗体のいずれか、ＩＬ−３３及び／またはその受容体（ＳＴ２及び／またはＩＬ−１ＲＡｃＰ）に結合し、リガンド−受容体相互作用を遮断するポリペプチド（例えば、ＳＴ２−Ｆｃタンパク質、イムノアドヘシン、ペプチボディ、及び可溶性ＳＴ２またはその誘導体）、抗ＩＬ−３３受容体抗体（例えば、抗ＳＴ２抗体、例えば、ＡＭＧ−２８２（Ａｍｇｅｎ）もしくはＳＴＬＭ１５（Ｊａｎｓｓｅｎ）、またはＷＯ２０１３／１７３７６１もしくはＷＯ２０１３／１６５８９４（それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載の抗ＳＴ２抗体のいずれか、またはＷＯ２０１３／１７３７６１、ＷＯ２０１３／１６５８９４、もしくはＷＯ２０１４／１５２１９５（それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載のもののようなＳＴ２−Ｆｃタンパク質、及びＩＬ−３３受容体アンタゴニスト、例えば小分子阻害剤、ＩＬ−３３に結合するアプタマー、及びストリンジェントな条件下でＩＬ−３３軸核酸配列にハイブリダイズする核酸（例えば、短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはクラスター化され、規則的に間隔が空いた短い回文構造の繰り返しＲＮＡ（ＣＲＩＳＰＲ−ＲＮＡまたはｃｒＲＮＡ））が含まれる。
【０１０１】
「ＳＴ２結合アンタゴニスト」という用語は、ＳＴ２のＩＬ−３３、ＩＬ１ＲＡｃＰ、及び／または第２のＳＴ２分子との相互作用を阻害する分子を指す。ＳＴ２結合アンタゴニストは、リンカー（例えば、セリン−グリセリン（ＳＧ）リンカー、グリシン−グリシン（ＧＧ）リンカー、またはこれらのバリアント（例えば、ＳＧＧ、ＧＧＳ、ＳＧＳ、またはＧＳＧリンカー））を通して直接的にまたは間接的に互いに付着する、ＩＬ−３３結合ドメイン（例えば、ＳＴ２またはＩＬ１ＲＡｃＰタンパク質の全てまたは一部）及び多量化ドメイン（例えば、免疫グロブリンのＦｃ部分、例えば、アイソタイプｌｇＧ１、ｌｇＧ２、ｌｇＧ３、及びｌｇＧ４、ならびに各アイソタイプ群内の任意のアロタイプから選択されるＩｇＧのＦｃドメイン）を含む「ＳＴ２−Ｆｃタンパク質」などのタンパク質であってもよく、これには、それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ２０１３／１７３７６１、ＷＯ２０１３／１６５８９４、及びＷＯ２０１４／１５２１９５に記載のＳＴ２−Ｆｃタンパク質及びそのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。
【０１０２】
「ＴＨ２経路阻害剤」または「ＴＨ２阻害剤」は、ＴＨ２経路を阻害する薬剤である。ＴＨ２経路阻害剤の例には、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）（例えば、ルキソリチニブ、トファシチニブ、オクラシチニブ、バリシチニブ、フィルゴチニブ、ガンドチニブ、レスタウルチニブ、モメロチニブ、パクリチニブ、ウパダシチニブ、ペフィシチニブ、及びフェドラチニブ）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９（例えば、ＭＥＤＩ−５２８）、ＩＬ−５（例えば、メポリズマブ、ＣＡＳ番号１９６０７８−２９−２；レシリズマブ）、ＩＬ−１３（例えば、ＩＭＡ−０２６、ＩＭＡ−６３８（別名アンルキンズマブ、ＩＮＮ番号９１０６４９−３２−０；ＱＡＸ−５７６；ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、トラロキヌマブ（別名ＣＡＴ−３５４、ＣＡＳ番号１０４４５１５−８８−９）；ＡＥＲ−００１、ＡＢＴ−３０８（別名ヒト化１３Ｃ５．５抗体）、ＩＬ−４（例えば、ＡＥＲ−００１、ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−３３、及びＩｇＥ（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）、ＱＧＥ−０３１；及びＭＥＤＩ−４２１２）；ならびに受容体、例えば、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体（例えば、ＭＥＤＩ−５６３（ベンラリズマブ、ＣＡＳ番号１０４４５１１−０１−４））、ＩＬ−４受容体アルファ（例えば、ＡＭＧ−３１７、ＡＩＲ−６４５）、ＩＬ−１３受容体アルファ１（例えば、Ｒ−１６７１）及びＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ（ＴＳＬＰの補助受容体）、ＩＬ−１７ＲＢ（ＩＬ−２５の受容体）、ＳＴ２（ＩＬ−３３の受容体）、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２（例えば、ＡＭＧ−８５３、ＡＰ７６８、ＡＰ−７６１、ＭＬＮ６０９５、ＡＣＴ１２９９６８）、ＦｃεＲＩ、ＦｃεＲＩＩ／ＣＤ２３（ＩｇＥの受容体）、Ｆｌａｐ（例えば、ＧＳＫ２１９０９１５）、Ｓｙｋキナーゼ（Ｒ−３４３、ＰＦ３５２６２９９）；ＣＣＲ４（ＡＭＧ−７６１）、ＴＬＲ９（ＱＡＸ−９３５）、ならびにＣＣＲ３、ＩＬ−５、ＩＬ−３、及びＧＭ−ＣＳＦのマルチサイトカイン阻害剤（例えば、ＴＰＩ  ＡＳＭ８）から選択される標的のいずれか１つの活性の阻害剤が含まれる。上述の標的の阻害剤の例は、例えば、ＷＯ２００８／０８６３９５；ＷＯ２００６／０８５９３８；ＵＳ７，６１５，２１３；ＵＳ７，５０１，１２１；ＷＯ２００６／０８５９３８；ＷＯ２００７／０８０１７４；ＵＳ７，８０７，７８８；ＷＯ２００５／００７６９９；ＷＯ２００７／０３６７４５；ＷＯ２００９／００９７７５；ＷＯ２００７／０８２０６８；ＷＯ２０１０／０７３１１９；ＷＯ２００７／０４５４７７；ＷＯ２００８／１３４７２４；ＵＳ２００９／００４７２７７；及びＷＯ２００８／１２７２７１に開示されている。
【０１０３】
「患者」または「対象」という用語は、診断または処置が望まれる任意の単一の動物、より具体的には哺乳動物（例えば、非ヒト動物、例えば、ネコ、イヌ、ウマ、ウサギ、ウシ、ブタ、ヒツジ、動物園動物、及び非ヒト霊長類を含む）を指す。さらにより具体的には、本明細書の患者はヒトである。
【０１０４】
「小分子」という用語は、５０ダルトン〜２５００ダルトンの間の分子量を有する有機分子を指す。
【０１０５】
「有効量」という用語は、対象または患者、例えば哺乳動物、例えばヒトにおける疾患または障害（例えば、マスト細胞媒介性炎症性疾患、例えば喘息）を処置するのに有効な薬物または治療薬（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト））の量を指す。
【０１０６】
本明細書で使用される場合、「治療」または「処置」は、処置される個体または細胞の自然な経過を変化させる試みにおける臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理の過程において実施することができる。処置の望ましい効果としては、疾患の発生または再発の防止、症状の緩和、疾患の何らかの直接的または間接的な病理学的結果の減少、疾患進行速度の低下、病態の回復または軽減、及び寛解または予後改善が挙げられる。処置が必要なものとしては、障害を既に有するもの、ならびに障害を有する危険にさらされているもの、または障害を予防する必要があるものを挙げることができる。患者は、例えば、喘息処置を受けた後に、その患者が、１つもしくは複数の、以下、反復性喘鳴、咳、呼吸困難、胸部圧迫感、夜間に発生または悪化する症状、冷気、運動、もしくはアレルゲンへの曝露によって誘発される症状のうちの観測できる及び／または測定できるほどの低減または不在を示した場合に、喘息の「処置」が成功したことになり得る。
【０１０７】
処置もしくは治療、例えばトリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療に対する患者の「応答」または患者の「応答性」は、処置からまたは処置の結果として喘息のリスクがあるか、または喘息を有する患者に与えられる臨床的または治療的効果を指す。当業者であれば、容易に、患者が応答性であるかどうかを決定することになる立場にある。例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療に応答する喘息を有する患者は、１つもしくは複数の喘息の症状（例えば、反復性喘鳴、咳、呼吸困難、胸部圧迫感、夜間に発生もしくは悪化する症状、冷気、運動、もしくはアレルゲンへの曝露によって誘発される症状）の観測できる及び／または測定できるほどの低減または不在を示し得る。いくつかの実施形態では、応答は、肺機能の改善、例えば、ＦＥＶ１％の改善であってもよい。
【０１０８】
「試料」及び「生体試料」という用語は、互換的に使用され、体液、体内組織（例えば、肺試料）、鼻試料（鼻スワブまたは鼻ポリープを含む）、痰、経鼻吸収試料、気管支吸収試料、細胞、または他のソースを含む個体から得た任意の生体試料を指す。体液には、例えば、細気管支洗浄液（ＢＡＬ）、粘膜被覆液（ＭＬＦ；例えば、鼻ＭＬＦまたは気管支ＭＬＦを含む）、リンパ液、血清、全新鮮血、凍結全血、血漿（新鮮または凍結を含む）、血清（新鮮または凍結を含む）、末梢血単核細胞、尿、唾液、精液、滑液、及び脊髄液が挙げられる。哺乳動物に由来する組織生検及び体液を得るための方法は当該技術分野で既知である。
【０１０９】
「抗体」という用語は、本明細書で最も広義に使用され、それらが所望の抗原結合活性を呈する限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体フラグメントを含むが、これらに限定されない、様々な抗体構造を包含する。
【０１１０】
「親和性成熟」抗体は、１つもしくは複数のＨＶＲ及び／またはフレームワーク領域に１つもしくは複数の変化を有するものであり、これらの変化が、そのような変化（複数可）を有さない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性の向上をもたらす。好ましい親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル、またはさらにはピコモルの親和性を有するであろう。親和性成熟抗体は、当該技術分野で既知の手順によって産生される。例えば、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３，１９９２で、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟について説明される。ＨＶＲ及び／またはフレームワーク残基のランダム突然変異誘発は、Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３８０９−３８１３，１９９４；Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５，１９９５；Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４−２００４，１９９５；Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−３３１９，１９９５；及びＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６，１９９２で説明される。
【０１１１】
本明細書の目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に記載される、ヒト免役グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同一のアミノ酸配列を含んでもよく、またはそれは、アミノ酸配列変化を含有してもよい。いくつかの実施形態では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、または２以下である。いくつかの実施形態では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
【０１１２】
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。別段の指示のない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合ペアのメンバー（例えば、抗体及び抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子Ｘの、そのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（ＫＤ）によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当該技術分野で既知の一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例証的及び例示的な実施形態が、以下に記載される。
【０１１３】
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」とは、参照抗体と比較して抗原の重複するアミノ酸残基のセットと接触するか、または競合アッセイにおいて参照抗体のその抗原への結合を５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上遮断する抗体を指す。いくつかの実施形態では、抗体によって接触されたアミノ酸残基のセットは、参照抗体によって接触されたアミノ酸残基のセットと完全に重複するか、または部分的に重複してもよい。いくつかの実施形態では、参照抗体と同じエピトープに結合する抗体は、競合アッセイにおいて参照抗体のその抗原への結合を５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上遮断する。逆に、参照抗体は、競合アッセイにおいて抗体のその抗原への結合を５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上遮断する。例示的な競合アッセイが本明細書に提供される。
【０１１４】
「抗体フラグメント」には、インタクトな抗体の一部分、好ましくは、インタクトな抗体の抗原結合領域または可変領域が含まれる。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖフラグメント、ダイアボディ、直鎖状抗体（米国特許第５，６４１，８７０，実施例２；Ｚａｐａｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．８（１０）：１０５７−１０６２，１９９５を参照のこと）、一本鎖抗体分子、ならびに抗体フラグメントから形成される多特異性抗体が挙げられる。
【０１１５】
抗体のパパイン消化により、「Ｆａｂ」フラグメントと呼ばれる２つの同一の抗原結合フラグメントと、その残りの容易に結晶化する能力を反映した名称である「Ｆｃ」フラグメントとが産生される。Ｆａｂフラグメントは、Ｌ鎖全体に加えてＨ鎖の可変領域ドメイン（ＶＨ）、及び１つの重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）からなる。抗体のペプシン処理により、単一の大きいＦ（ａｂ’）２フラグメントが産出され、これは、概して、２価の抗原結合活性を有する２つのジスルフィド結合Ｆａｂフラグメントに対応し、依然として抗原に架橋することができる。Ｆａｂ’フラグメントは、抗体のヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含むＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に追加の数個の残基を有することが、Ｆａｂフラグメントとは異なっている。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が、遊離チオール基を担持するＦａｂ’の本明細書における呼称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体フラグメントは、元々は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’フラグメントのペアとして産生された。抗体フラグメントの他の化学的カップリングも既知である。
【０１１６】
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及びバリアントＦｃ領域を含む。一実施形態では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端に及ぶ。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在する場合もあれば、しない場合もある。本明細書で特に指示がない限り、Ｆｃ領域または定常領域のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１に記載されているように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従っている。
【０１１７】
「Ｆｖ」は、密接な非共有結合にある１つの重鎖可変領域ドメイン及び１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。これらの２つのドメインのフォールディングにより、抗原結合のためのアミノ酸残基を提供し、抗原結合特異性を抗体に与える、６つの超可変ループ（Ｈ鎖及びＬ鎖からそれぞれ３つのループ）が生じる。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＨのみを含むＦｖの半分）ですら、全結合部位より親和性が低い場合があるとはいえ、抗原を認識し、それに結合する能力を有する。
【０１１８】
「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」とも短縮される「一本鎖Ｆｖ」は、単一のポリペプチド鎖に結合されるＶＨ及びＶＬ抗体ドメインを含む抗体フラグメントである。好ましくは、ｓＦｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、これによりｓＦｖは、抗原結合のための所望の構造を形成することができる。ｓＦｖの概説については、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ  ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５，１９９４を参照のこと。
【０１１９】
「ダイアボディ」という用語は、鎖内ではなく鎖間のＶドメイン対合が達成され、二価フラグメント、すなわち、２つの抗原結合部位を有するフラグメントが得られるように、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間に短いリンカー（約５〜１０個の残基）を用いてｓＦｖフラグメント（前の段落を参照のこと）を構築することによって調製された小さな抗体フラグメントを指す。二重特異性ダイアボディは、２つの抗体のＶＨ及びＶＬドメインが異なるポリペプチド鎖に存在している、２つの「交差」ｓＦｖフラグメントのヘテロ二量体である。ダイアボディについては、例えば、ＥＰ  ４０４，０９７；ＷＯ  ９３／１１１６１；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８，１９９３に詳しく記載される。
【０１２０】
「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害または低減する抗体である。ある特定の遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を実質的にまたは完全に阻害する。例えば、抗トリプターゼ抗体に関して、いくつかの実施形態では、活性は、トリプターゼ酵素活性、例えばプロテアーゼ活性であり得る。その他の場合、活性は、気管支平滑筋細胞の増殖及び／またはコラーゲンベース収縮のトリプターゼ媒介性刺激であり得る。その他の場合、活性は、マスト細胞ヒスタミン放出（例えば、ＩｇＥ誘発性ヒスタミン放出及び／またはトリプターゼ誘発性ヒスタミン放出）であり得る。いくつかの実施形態では、抗体は、それが結合する抗原の生物学的活性を少なくとも約１％、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約１００％阻害することができる。
【０１２１】
抗体の「クラス」とは、その重鎖が有する定常ドメインまたは定常領域のタイプを指す。抗体には５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分類できる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【０１２２】
抗体の「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域（天然配列Ｆｃ領域またはアミノ酸配列バリアントＦｃ領域）に起因する生物学的活性を指し、抗体アイソタイプによって異なる。抗体のエフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、ファゴサイトーシス、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御、ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。
【０１２３】
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」または「ＡＤＣＣ」は、ある特定の細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、及びマクロファージ）に存在するＦｃ受容体（ＦｃＲ）に分泌型Ｉｇが結合することにより、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原保有標的細胞に特異的に結合し、次いで細胞毒素により標的細胞を殺滅させることを可能にする、細胞傷害の形態を指す。抗体は細胞傷害性細胞を「武装」させ、そのような殺傷には必須である。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２，１９９１の４６４頁の表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号または同第５，８２１，３３７号に記載されるものなどのｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ＡＤＣＣアッセイを行ってもよい。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、または加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、ｉｎ  ｖｉｖｏで、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：６５２−６５６，１９９８に開示されるような動物モデルにおいて評価することができる。
【０１２４】
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を表す。好ましいＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。さらに、好ましいＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマ受容体）に結合し、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体を含むものであり、これらには、これらの受容体の対立遺伝子バリアント及び選択的スプライスされた形態が含まれる。ＦｃγＲＩＩ受容体は、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害受容体」）を含み、これらは、主にその細胞質ドメインが異なる同様のアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含有する。阻害受容体ＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベース依存性阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を含有する（Ｍ．ｉｎ  Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３−２３４，１９９７の概説を参照のこと）。ＦｃＲについては、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２，１９９１；Ｃａｐｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ  ４：２５−３４，１９９４；及びｄｅ  Ｈａａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１，１９９５に概説される。将来的に同定されるものも含む他のＦｃＲは、本明細書における「ＦｃＲ」という用語に包含される。この用語はまた、母体ＩｇＧの胎児への移入を担う胎児性受容体であるＦｃＲｎを含む（例えば、Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７，１９７６；及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９，１９９４を参照のこと）。
【０１２５】
「ヒトエフェクター細胞」は、１つまたは複数のＦｃＲを発現し、エフェクター機能を果たす白血球である。好ましくは、本細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を果たす。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞、及び好中球が挙げられ、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が好ましい。エフェクター細胞は、天然源、例えば血液から単離することができる。
【０１２６】
「補体依存性細胞傷害」または「ＣＤＣ」とは、補体の存在下での標的細胞の溶解を指す。古典的補体経路の活性化は、補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）が、同種抗原に結合した（適当なサブクラスの）抗体と結合することにより開始される。補体の活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイ、例えばＧａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２：１６３，１９９６に記載のものが実施可能である。
【０１２７】
「エピトープ」は、抗体が選択的に結合する抗原の部分である。ポリペプチド抗原の場合、線状エピトープは、約４〜１５個（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個）のアミノ酸残基のペプチド部分であり得る。非線状の立体構造エピトープは、タンパク質の三次元（３Ｄ）構造のすぐ近くにもたらされるポリペプチド配列の残基を含み得る。いくつかの実施形態では、エピトープは、抗体の任意の原子の４オングストローム（Å）以内にあるアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、エピトープは、抗体の任意の原子の３．５Å、３Å、２．５Å、または２Å以内にあるアミノ酸を含む。抗原（すなわち、パラトープ）と接触する抗体のアミノ酸残基は、例えば、抗原と複合体を形成した抗体の結晶構造を決定することによって、または水素／重水素交換を行うことによって決定することができる。
【０１２８】
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書において互換的に使用され、天然の抗体構造に実質的に類似な構造を有するか、または本明細書に定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する、抗体を指す。
【０１２９】
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するもの、及び／またはヒト抗体を作成するための技法のうちの任意のものを用いて作製されているものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を具体的に除外する。
【０１３０】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般的に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般的に、配列のサブグループは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ９１−３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ，ｖｏｌｓ．１−３，１９９１にあるようなサブグループである。一実施形態では、ＶＬの場合、サブグループは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記）にあるようなサブグループカッパＩＩＩまたはカッパＩＶである。一実施形態では、ＶＨの場合、サブグループは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記）にあるようなサブグループＩＩＩである。
【０１３１】
非ヒト（例えば、げっ歯類）抗体の「ヒト化」形態とは、非ヒト抗体に由来する配列を最小限含有するキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）であり、レシピエントの超可変領域由来の残基が、所望の抗体特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）の超可変領域由来の残基により置き換えられる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基により置き換えられる。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体には見られない残基を含み得る。これらの修飾は、抗体性能をさらに改良するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、超可変ループの全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のＦＲである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含むことになる。ヒト化抗体は、任意に、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものも含む。さらなる詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５，１９８６；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９，１９８８及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６，１９９２を参照のこと。
【０１３２】
「免疫複合体」は、細胞傷害性薬剤を含むが、これらに限定されない１個以上の異種分子（複数可）にコンジュゲートされる抗体である。
【０１３３】
本明細書に開示される様々な抗体について記載するために用いられる場合、「単離」という用語は、抗体が発現された細胞または細胞培養物から特定され、分離及び／または回収されている、抗体を意味する。その天然環境の混入成分は、典型的にはポリペプチドの診断的または治療的使用を妨害する材料であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質を含み得る。いくつかの実施形態では、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）またはクロマトグラフィー（例えば、イオン交換または逆相ＨＰＬＣ）法によって決定される、９５％または９９％を超える純度に精製される。抗体の純度を評価するための方法の概説については、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ  ８４８：７９−８７，２００７を参照のこと。好ましい実施形態では、抗体は、（１）スピニングカップシークエネーター（ｓｐｉｎｎｉｎｇ  ｃｕｐ  ｓｅｑｕｅｎａｔｏｒ）を使用してＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで、または（２）クマシーブルーもしくは好ましくは銀染色を使用して非還元条件または還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによって均質になるまで精製される。単離抗体としては、組換え細胞内のｉｎ  ｓｉｔｕの抗体が挙げられるが、これは、ポリペプチド天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないためである。しかしながら、通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも１つの精製ステップにより調製される。
【０１３４】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び／または抗原上の同じエピトープに結合するが、例えば、自然発生の突然変異を含有する、またはモノクローナル抗体調製物の産生中に発生する、可能性のあるバリアント抗体は例外である（かかるバリアントは一般に少量で存在する）。異なる決定基（エピトープ）に対して異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体の特徴を示しており、いかなる特定の方法による抗体の産生も必要とするものとして解釈されるものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を含むが、これらに限定されない、様々な技法によって作製されてもよく、モノクローナル抗体を作製するためのこのような方法及び他の例示的な方法が、本明細書に記載されている。ある特定の実施形態では、「モノクローナル抗体」という用語は、二重特異性抗体を包含する。
【０１３５】
「二価抗体」という用語は、抗原に対する２つの結合部位を有する抗体を指す。二価抗体は、限定されないが、ＩｇＧ形式またはＦ（ａｂ’）２形式であり得る。
【０１３６】
「多重特異性抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、１つの抗原上の２つ以上の決定基もしくはエピトープ、または複数の抗原上の２つ以上の決定基もしくはエピトープに結合する抗体を網羅する。そのような多重特異性抗体としては、完全長抗体、２つ以上のＶＬ及びＶＨドメインを有する抗体、抗体フラグメント、例えば、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、二重特異性ダイアボディ、及びトリアボディ、共有結合的または非共有結合的に結合された抗体フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。「ポリエピトープ特異性」とは、同じまたは異なる標的（複数可）上の２つ以上の異なるエピトープに特異的に結合する能力を指す。ある特定の実施形態では、多重特異性抗体は、二重特異性抗体である。「二特異性（ｄｕａｌ  ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）」または「二重特異性（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）」とは、同じまたは異なる標的（複数可）上の２つの異なるエピトープに特異的に結合する能力を指す。しかしながら、二重特異性抗体とは対照的に、二特異性抗体は、アミノ酸配列が同一である２つの抗原結合アームを有し、各Ｆａｂアームは、２つの抗原を認識することができる。二特異性により、抗体は単一のＦａｂまたはＩｇＧ分子として２つの異なる抗原と高い親和性で相互作用することができる。一実施形態によれば、多重特異性抗体は、５μＭ〜０．００１ｐＭ、３μＭ〜０．００１ｐＭ、１μＭ〜０．００１ｐＭ、０．５μＭ〜０．００１ｐＭ、または０．１μＭ〜０．００１ｐＭの親和性で各エピトープと結合する。「単一特異性」とは、１つのエピトープにのみ結合する能力を指す。
【０１３７】
「ネイキッド抗体」は、異種性部分（例えば、細胞傷害性部分）または放射標識にコンジュゲートされていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的組成物中に存在してもよい。
【０１３８】
標的分子に対する抗体の結合に関して、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに「結合する」または「結合すること」または「特異的結合」または「特異的に結合する」または「に特異的である」と言う用語は、非特異的相互作用とは測定可能に異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、対照分子の結合と比較して分子の結合を決定することによって測定され得る。例えば、特異的結合は、標的と類似した対照分子、例えば過剰な非標識標的との競合によって決定することができる。この場合、プローブへの標識標的の結合が、過剰な非標識標的によって競合阻害されたら、特異的結合である。特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに対して「特異的結合」または「に特異的に結合する」または「に特異的である」と言う用語は、本明細書において使用される場合、例えば、標的に対して１０−４Ｍ以下、あるいは１０−５Ｍ以下、あるいは１０−６Ｍ以下、あるいは１０−７Ｍ以下、あるいは１０−８Ｍ以下、あるいは１０−９Ｍ以下、あるいは１０−１０Ｍ以下、あるいは１０−１１Ｍ以下、あるいは１０−１２Ｍ以下のＫＤ、または１０−４Ｍ〜１０−６Ｍもしくは１０−６Ｍ〜１０−１０Ｍもしくは１０−７Ｍ〜１０−９Ｍの範囲のＫＤを有する分子によって表してもよい。当業者であれば理解されるように、親和性及びＫＤの値は、逆相関している。抗原に対する高親和性は、低ＫＤ値によって測定される。一実施形態では、「特異的結合」という用語は、ある分子がいずれかの他のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープにも実質的に結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する結合を指す。
【０１３９】
「可変」という用語は、可変ドメインのある特定のセグメントが、抗体によって配列が大幅に異なるという事実を指す。可変または「Ｖ」ドメインは、抗原結合を媒介し、特定の抗体のその特定の抗原に対する特異性を規定する。しかしながら、可変性は可変ドメインの１１０アミノ酸スパンに均一に分布はしていない。その代わりに、Ｖ領域は、それぞれ９〜１２アミノ酸長である「超可変領域」と呼ばれる可変性の高い短領域によって分離された１５〜３０のアミノ酸のフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる相対的に不変のストレッチからなる。「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、本明細書において使用される場合、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、一般的に、例えば、ＶＬのおよそ２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）及び８９〜９７（Ｌ３）残基、ならびにＶＨのおよそ２６〜３５（Ｈ１）、４９〜６５（Ｈ２）及び９５〜１０２（Ｈ３）残基（一実施形態では、Ｈ１はおよそ３１〜３５残基である）；Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記））からのアミノ酸残基、及び／または「超可変ループ」（例えば、ＶＬの２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、及び９１〜９６（Ｌ３）残基、及びＶＨの２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、及び９６〜１０１（Ｈ３）；Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７，１９８７からのそれらの残基を含む。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、ベータシート構造に接続し、ある場合には、その一部を形成するループを形成する、３つの超可変領域によって接続された、ベータシート立体配置を主に採用する４つのＦＲを含む。各鎖における超可変領域は、ＦＲによって、他方の鎖の超可変領域と近接して保持されており、抗体の抗原結合部位の形成に寄与している（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記）を参照のこと）。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は、一般に、ＶＨ（またはＶＬ）内でＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４の順序で出現する。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与していないが、抗体の抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）への関与などの様々なエフェクター機能を呈する。
【０１４０】
「Ｋａｂａｔにあるような可変ドメイン残基の番号付け」または「Ｋａｂａｔにあるようなアミノ酸位置の番号付け」と言う用語及びそれらの変化形は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記）における抗体の編集物（ｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎ）の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに用いられる番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用すると、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲもしくはＨＶＲの短縮、またはそれへの挿入に対応するより少ないアミノ酸または追加のアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔによる残基５２ａ）、及び重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔによる残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃなど）を含み得る。残基のＫａｂａｔ番号付けは、所与の抗体に対して、抗体の配列と「標準の」Ｋａｂａｔによって番号付けされた配列との相同領域でのアラインメントによって決定され得る。
【０１４１】
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは、一般に、可変ドメイン内の残基（軽鎖の残基約１〜１０７及び重鎖の残基１〜１１３）を指すときに用いられる（例えば、Ｋａｂａｔ  ｅｔ．ａｌ（上記））。「ＥＵ番号付けシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基を指すときに用いられる（例えば、Ｋａｂａｔ  ｅｔ．ａｌ（上記）に報告されているＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔにあるようなＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。本明細書に別途述べられない限り、抗体の可変ドメイン内の残基番号への言及は、Ｋａｂａｔ番号付けシステムによる残基番号付けを意味する。本明細書に別途述べられない限り、抗体の定常ドメイン内の残基番号の参照は、ＥＵ番号付けシステムによる残基番号付けを意味する（例えば、米国仮出願第６０／６４０，３２３号、ＥＵ番号付けに関する図を参照のこと）。
【０１４２】
本明細書に識別されるポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、最大の配列同一性パーセントが得られるように、配列をアラインメントし、必要に応じてギャップを導入した後に、いずれの保存的置換も配列同一性の一部とは見なさずに、候補配列内のアミノ酸残基が、比較されるポリペプチド内のアミノ酸残基と同一である割合として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを判定する目的のためのアラインメントは、当該技術分野における技術の範囲内である様々な手段で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピュータソフトウェアを使用して、達成することができる。当業者であれば、比較されている配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含め、アラインメントを測定するための適切なパラメータを判定することができる。しかしながら、本明細書における目的のためには、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって記述され、ソースコードは、ユーザ文書と共に米国著作権庁（Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ  Ｏｆｆｉｃｅ），Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．，２０５５９に提出されており、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下に登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公的に利用可能である。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ  Ｖ４．０Ｄで使用するために編集されるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変更はない。
【０１４３】
アミノ酸配列比較のためにＡＬＩＧＮ−２が用いられる場合、所与のアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、またはそれと対比した、所与のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列同一性％（代替的に、所与のアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、またはそれと対比したある特定のアミノ酸配列同一性％を有する、またはそれを含む、所与のアミノ酸配列Ａと表現され得る）は、以下のように算出される：
１００×分数Ｘ／Ｙ
（式中、Ｘは、そのプログラムのＡ及びＢのアラインメント内における配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により同一マッチとしてスコア化されたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である）。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対するアミノ酸配列同一性％は、ＢのＡに対するアミノ酸配列同一性％と等しくならないことが理解されるであろう。別途具体的に記述されない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、直前の段落に記載されるように、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して取得される。
【０１４４】
当技術分野で「次世代シーケンシング」または「第２世代シーケンシング」としても知られている「超並列シーケンシング（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）」または「超並列シーケンシング（ｍａｓｓｉｖｅ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）」とは、任意のハイスループット核酸シーケンシング手法を意味する。これらの手法は通常、空間的に分離され、クローン増幅されたＤＮＡ鋳型または単一のＤＮＡ分子の多数（例えば、数千、数百万、または数十億）の並列シークエンシングを含む。例えば、Ｍｅｔｚｋｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１：３１−３６，２０１０を参照のこと。
【０１４５】
「添付文書」という用語は、適応症、使用法、投与量、投与、併用療法、禁忌、及び／または治療薬製品の使用に関する警告に関する情報を含む、かかる治療薬製品の商的パッケージに習慣的に含まれる指示を指すために使用される。
【０１４６】
「医薬製剤」及び「医薬組成物」という用語は、本明細書では互換的に使用され、そこに含まれる活性成分の生物学的活性が効果的であることを可能にするような形態である調製物を指し、製剤が投与される対象に対して許容できないほど毒性である追加の成分を含まない。かかる製剤は、滅菌である。
【０１４７】
「滅菌」製剤は、無菌であるか、または全ての生存微生物及びそれらの胞子を含まないか、またはそれらを本質的に含まない。
【０１４８】
「薬学的に許容可能な担体」は、対象に対して非毒性である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容可能な担体としては、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または保存剤が挙げられる。
【０１４９】
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えば、本明細書に記載される患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するための、またはバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルを決定するためのプローブ、及び／またはマスト細胞媒介性炎症性疾患、例えば喘息の処置のための薬剤を含む任意の製品（例えば、パッケージまたは容器）である。本製品は、好ましくは、本発明の方法を実行するためのユニットとして、奨励、流通、または販売される。
【０１５０】
ＩＩ．本発明の治療方法及び使用
本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する患者を処置する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、本発明のバイオマーカー、例えばトリプターゼ（例えば、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数及び／またはトリプターゼの発現レベル）の存在及び／または発現レベルに基づいて治療を患者に施すことを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、治療、例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療を施すことを含む。いくつかの実施形態では、治療は、マスト細胞指向性療法（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、及び／またはＰＡＲ２アンタゴニスト）を含む。いくつかの実施形態では、治療は、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、本明細書またはＷＯ２０１８／１４８５８５に記載の任意の抗トリプターゼ抗体などの抗トリプターゼ抗体）及びＩｇＥアンタゴニスト（例えば、抗ＩｇＥ抗体、例えば、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）））を含む。
【０１５１】
例えば、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にマスト細胞指向性治療を施すことを含む、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの実施形態では、患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されている。他の実施形態では、患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。
【０１５２】
別の態様では、本発明は、（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）基準レベルのトリプターゼ以上である患者の試料中のトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にマスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）を施すことを含む。例えば、いくつかの実施形態では、患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと同定されている。他の実施形態では、患者は、基準レベルのトリプターゼ以上である、患者の試料中におけるトリプターゼの発現レベルを有すると同定されている。
【０１５３】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者から核酸を含む試料を入手することと、（ｂ）試料のジェノタイピングを行い、トリプターゼの基準レベル以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数の存在を検出することと、（ｃ）トリプターゼの基準レベル以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する患者を、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療）による処置から効果を受ける可能性が高いと同定することと、（ｄ）マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療）を患者に施すことと、を含む。
【０１５４】
なおさらなる態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者から核酸またはタンパク質を含む試料を入手することと、（ｂ）発現アッセイを実施し、トリプターゼの基準レベル以上のトリプターゼの発現レベルを検出することと、（ｃ）トリプターゼの基準レベル以上のトリプターゼの発現レベルを有する患者を、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療）による処置から効果を受ける可能性が高いと同定することと、（ｄ）マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療）を患者に施すことと、を含む。いくつかの実施形態では、試料はタンパク質を含み、発現アッセイはＥＬＩＳＡまたは免疫アッセイである。
【０１５５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、薬剤は単剤療法として患者に投与される。
【０１５６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【０１５７】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療を施すことを含む、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの実施形態では、患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されている。他の実施形態では、患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。
【０１５８】
別の態様では、本発明は、（ｉ）基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含む遺伝子型、または（ｉｉ）トリプターゼの基準レベル未満である患者の試料中のトリプターゼの発現レベル、を有すると同定された、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者にＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療を施すことを含む。例えば、いくつかの実施形態では、患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと同定されている。他の実施形態では、患者は、トリプターゼの基準レベル未満である、患者の試料中におけるトリプターゼの発現レベルを有すると同定されている。
【０１５９】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者から核酸を含む試料を入手することと、（ｂ）試料のジェノタイピングを行い、トリプターゼの基準レベル未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数の存在を検出することと、（ｃ）トリプターゼの基準レベル未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する患者を、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストによる処置から効果を受ける可能性が高いと同定することと、（ｄ）ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを患者に投与することと、を含む。
【０１６０】
なおさらなる態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者から核酸またはタンパク質を含む試料を入手することと、（ｂ）発現アッセイを実施し、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを検出することと、（ｃ）トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有する患者を、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストによる処置から効果を受ける可能性が高いと同定することと、（ｄ）ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを患者に投与することと、を含む。いくつかの実施形態では、試料はタンパク質を含み、発現アッセイはＥＬＩＳＡまたは免疫アッセイである。
【０１６１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、追加のＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【０１６２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座のシークエンシングによって決定される。サンガーシークエンシングまたは超並列（例えば、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標））シークエンシングなど、任意の好適なシークエンシング手法を使用可能である。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１遺伝子座は、（ｉ）５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）のヌクレオチド配列を含む第１のフォワードプライマー及び５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）のヌクレオチド配列を含む第１のリバースプライマーの存在下で対象の核酸を増幅してＴＰＳＡＢ１アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＡＢ１アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１アンプリコンのシークエンシングには、第１のフォワードプライマー及び第１のリバースプライマーの使用が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２遺伝子座は、（ｉ）５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）のヌクレオチド配列を含む第２のフォワードプライマー及び５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）のヌクレオチド配列を含む第２のリバースプライマーの存在下で該対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ２アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＢ２アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２アンプリコンのシークエンシングは、第２のフォワードプライマーを使用することと、５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーをシークエンシングすることと、を含む。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座の変異の存在を決定することによって決定され得る。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、以下の式：４−患者の遺伝子型におけるトリプターゼα及びトリプターゼβＩＩＩフレームシフト（βＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計で決定される。いくつかの実施形態では、トリプターゼアルファはＴＰＳＡＢ１でｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することによって検出される。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１でｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することは、多型ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）で患者の遺伝子型を検出することを含み、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰにおけるＡの存在は、トリプターゼアルファを示す。いくつかの実施形態では、トリプターゼベータＩＩＩＦＳは、ＴＰＳＢ２でｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することによって検出される。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２でｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することは、ヌクレオチド配列ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧ��ＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）を検出することを含む。
【０１６３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、３または４の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。他の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は４である。
【０１６４】
前述の方法のいずれかの他の実施形態では、患者は、０、１、または２の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は０である。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は１である。他の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は２である。
【０１６５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、基準試料、基準母集団において決定することができ、及び／または事前に割り当てられた値（例えば、個体の第１のサブセットを個体の第２のサブセットから有意に（例えば、統計学的に有意に）分離するために事前に決定されたカットオフ値（例えば、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）への応答に関して）であってもよい。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は所定の値である。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者が属するマスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）において予め決定されている。ある特定の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、調査されたマスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）における、または所与の母集団における値の全体的な分布から決定される。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、０〜４の範囲の整数（例えば、０、１、２、３、または４）である。特定の実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。
【０１６６】
上記方法のうちのいずれにおいても、患者の遺伝子型は、本明細書（例えば、発明を実施するための形態のＩＶ節または実施例１）に記載されているか、または当該技術分野で既知である任意の方法またはアッセイを使用して決定することができる。
【０１６７】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、２型バイオマーカーは、ＴＨ２細胞関連サイトカイン、ペリオスチン、好酸球数、好酸球のシグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥである。いくつかの実施形態では、ＴＨ２細胞関連サイトカインは、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５である。
【０１６８】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルは、タンパク質の発現レベルである。例えば、いくつかの実施形態では、タンパク質発現レベルは、免疫アッセイ（例えば、マルチプレックス免疫アッセイ）、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、または質量分析法を使用して測定される。例えば、発明を実施するための形態のセクションＶを参照のこと。いくつかの実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、活性トリプターゼの発現レベルである。他の実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、総トリプターゼの発現レベルである。
【０１６９】
前述の方法のいずれかの他の実施形態では、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルは、ｍＲＮＡの発現レベルである。例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＰＣＲ法（例えば、ｑＰＣＲ）またはマイクロアレイチップを使用して測定されている。例えば、発明を実施するための形態のセクションＶを参照のこと。
【０１７０】
上記方法または使用のうちのいずれにおいても、患者から得られる試料中の本発明のバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上変化し得る。例えば、いくつかの実施形態では、患者に由来する試料中の本発明のバイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上増加し得る。他の実施形態では、患者に由来する試料中の本発明のバイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上減少し得る。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、基準レベルは、例えば、健康な対象において、または障害（例えば、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息））を有する患者の群において、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルの全体分布の、例えば、２０〜９９パーセンタイルの間の任意のパーセンタイル（例えば、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９パーセンタイル）に設定され得る。特定の実施形態では、基準レベルは、喘息患者の集団における値の全体分布の２５パーセンタイルに設定され得る。他の特定の実施形態では、基準レベルは、喘息を有する患者の集団における値の全体分布の５０パーセンタイルに設定され得る。他の実施形態では、基準レベルは、喘息を有する患者の集団における値の全体分布の中央値であり得る。
【０１７２】
患者に由来する任意の好適な試料は、前述の方法のいずれにおいても使用可能であり得る。例えば、いくつかの実施形態では、患者に由来する試料は、血液試料（例えば、全血試料、血清試料、血漿試料、またはそれらの組み合わせ）、組織試料、痰試料、細気管支洗浄液試料、粘膜被覆液（ＭＬＦ）試料、気管支吸収試料、または経鼻吸収試料である。
【０１７３】
本発明はまた、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤）を特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満である２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【０１７４】
別の態様では、本発明はまた、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造において、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤）の使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、基準レベルのトリプターゼ以上であるトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、該薬剤は単剤療法として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該薬剤はＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【０１７５】
さらに別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置する方法において使用するための、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを特徴とし、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、ＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【０１７６】
さらなる態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を処置するための医薬の製造における、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストの使用を提供し、（ｉ）患者の遺伝子型は、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数を含むと決定されているか、または（ｉｉ）患者の試料は、トリプターゼの基準レベル未満のトリプターゼの発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上の２型バイオマーカーのレベルを有すると決定されており、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストは、ＴＨ２経路阻害剤と組み合わせて使用するためのものである。
【０１７７】
前述の方法または使用のいずれかは、患者にトリプターゼアンタゴニストを投与することを含み得る。トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼアルファアンタゴニスト（例えば、トリプターゼアルファ１アンタゴニスト）またはトリプターゼベータアンタゴニスト（例えば、トリプターゼベータ１、トリプターゼベータ２、及び／またはトリプターゼベータ３アンタゴニスト）であり得る。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼアルファアンタゴニスト及びトリプターゼベータアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、トリプターゼアルファアンタゴニスト及び／またはトリプターゼベータアンタゴニスト）は、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼアルファ抗体及び／または抗トリプターゼベータ抗体）である。以下のセクションＶＩＩに記載されている抗トリプターゼ抗体を使用可能である。
【０１７８】
前述の方法または使用のいずれかは、患者にＦｃεＲアンタゴニストを投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＦＣεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲＩα、ＦｃεＲＩβ、及び／またはＦｃεＲＩγを阻害する。他の実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲＩＩを阻害する。さらに他の実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲシグナル伝達経路のメンバーを阻害する。例えば、いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、チロシンプロテインキナーゼＬｙｎ（Ｌｙｎ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、チロシンプロテインキナーゼＦｙｎ（Ｆｙｎ）、脾臓関連チロシンキナーゼ（Ｓｙｋ）、Ｔ細胞活性化用リンカー（ＬＡＴ）、増殖因子受容体結合タンパク質２（Ｇｒｂ２）、セブンレスの息子（Ｓｏｓ）、Ｒａｓ、Ｒａｆ−１、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ１（ＭＥＫ）、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ１（ＥＲＫ）、細胞質型ホスホリパーゼＡ２（ｃＰＬＡ２）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ（５−ＬＯ）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ活性化タンパク質（ＦＬＡＰ）、グアニンヌクレオチド交換因子ＶＡＶ（Ｖａｖ）、Ｒａｃ、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ３、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ７、ｐ３８  ＭＡＰキナーゼ（ｐ３８）、ｃ−Ｊｕｎ  Ｎ末端キナーゼ（ＪＮＫ）、増殖因子受容体結合タンパク質２−関連タンパク質２（Ｇａｂ２）、ホスファチジルイノシトール−４，５−ビスリン酸３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、ホスホリパーゼＣガンマ（ＰＬＣγ）、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）、３−ホスホイノシチド依存性プロテインキナーゼ１（ＰＤＫ１）、ＲＡＣセリン／スレオニンプロテインキナーゼ（ＡＫＴ）、ヒスタミン、ヘパリン、インターロイキン（ＩＬ）−３、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、ＩＬ−５、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、ロイコトリエン（例えば、ＬＴＣ４、ＬＴＤ４、及びＬＴＥ４）、及びプロスタグランジン（例えば、ＰＤＧ２）を阻害する。いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＢＴＫ阻害剤（例えば、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４）である。
【０１７９】
上記の方法または使用のいずれかは、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇剤（例えば、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体）を患者に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体は抗Ｍ１’ドメイン抗体である。任意の好適な抗Ｍ１’ドメイン抗体、例えば、本明細書または参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願公開第ＷＯ２００８／１１６１４９号に記載の任意の抗Ｍ１’ドメイン抗体を使用し得る。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’ドメイン抗体はアフコシル化されている。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’ドメイン抗体は、キリズマブまたは４７Ｈ４である（例えば、Ｂｒｉｇｈｔｂｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２０（６）：２２１８−２２２９，２０１０を参照のこと）。
【０１８０】
上記の方法または使用のいずれかは、マスト細胞または好塩基球枯渇剤（例えば、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体）を患者に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、抗体はマスト細胞を枯渇させる。他の実施形態では、抗体は好塩基球を枯渇させる。さらに他の実施形態では、抗体はマスト細胞及び好塩基球を枯渇させる。
【０１８１】
前述の方法または使用のいずれかは、患者にＰＡＲ２アンタゴニストを投与することを含み得る。例示的なＰＡＲ２アンタゴニストには、小分子阻害剤（例えば、Ｋ−１２９４０、Ｋ−１４５８５、ペプチドＦＳＬＬＲＹ−ＮＨ２（配列番号３０）、ＧＢ８８、ＡＺ３４５１、及びＡＺ８８３８）、可溶性受容体、ｓｉＲＮＡ、及び抗ＰＡＲ２抗体（例えば、ＭＡＢ３９４９及びＦａｂ３９４９）が含まれる。
【０１８２】
前述の方法または使用のいずれかは、患者にＩｇＥアンタゴニストを投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは抗ＩｇＥ抗体である。任意の好適な抗ＩｇＥ抗体を使用することができる。例えば、抗ＩｇＥ抗体は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる米国特許第８，９６１，９６４号に記載の任意の抗ＩｇＥ抗体であり得る。例示的な抗ＩｇＥ抗体には、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））、Ｅ２６、Ｅ２７、ＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）、ＨＡ、リゲリズマブ、及びタリズマブが含まれる。特定の実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））である。
【０１８３】
オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））の重鎖可変（ＶＨ）ドメインのアミノ酸配列は次のとおりである（ＨＶＲ−Ｈ１、−Ｈ２、及び−Ｈ３のアミノ酸配列には下線が引かれている）：
2021512856.tif 000003
オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））の軽鎖可変（ＶＬ）ドメインのアミノ酸配列は次のとおりである（ＨＶＲ−Ｌ１、−Ｌ２、及び−Ｌ３のアミノ酸配列には下線が引かれている）：
2021512856.tif 000004
【０１８４】
したがって、いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、次の６つのＨＶＲ：（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つ全てを含む。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。本明細書に記載される抗ＩｇＥ抗体のいずれかは、例えば、以下のセクションＶＩＩにおいて、本明細書に記載される任意の抗トリプターゼ抗体と組み合わせて使用され得る。
【０１８５】
前述の方法または使用のいずれかは、患者にＴＨ２経路阻害剤を投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＴＨ２経路阻害剤は、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）（例えば、ルキソリチニブ、トファシチニブ、オクラシチニブ、バリシチニブ、フィルゴチニブ、ガンドチニブ、レスタウルチニブ、モメロチニブ、パクリチニブ、ウパダシチニブ、ペフィシチニブ、及びフェドラチニブ）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９（例えば、ＭＥＤＩ−５２８）、ＩＬ−５（例えば、メポリズマブ、ＣＡＳ番号１９６０７８−２９−２；レシリズマブ）、ＩＬ−１３（例えば、ＩＭＡ−０２６、ＩＭＡ−６３８（別名アンルキンズマブ、ＩＮＮ番号９１０６４９−３２−０；ＱＡＸ−５７６；ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、トラロキヌマブ（別名ＣＡＴ−３５４、ＣＡＳ番号１０４４５１５−８８−９）；ＡＥＲ−００１、ＡＢＴ−３０８（別名ヒト化１３Ｃ５．５抗体）、ＩＬ−４（例えば、ＡＥＲ−００１、ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−３３、及びＩｇＥ（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）、ＱＧＥ−０３１；及びＭＥＤＩ−４２１２）；ならびに受容体、例えば、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体（例えば、ＭＥＤＩ−５６３（ベンラリズマブ、ＣＡＳ番号１０４４５１１−０１−４））、ＩＬ−４受容体アルファ（例えば、ＡＭＧ−３１７、ＡＩＲ−６４５）、ＩＬ−１３受容体アルファ１（例えば、Ｒ−１６７１）及びＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ（ＴＳＬＰの補助受容体）、ＩＬ−１７ＲＢ（ＩＬ−２５の受容体）、ＳＴ２（ＩＬ−３３の受容体）、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２（例えば、ＡＭＧ−８５３、ＡＰ７６８、ＡＰ−７６１、ＭＬＮ６０９５、ＡＣＴ１２９９６８）、ＦｃεＲＩ、ＦｃεＲＩＩ／ＣＤ２３（ＩｇＥの受容体）、Ｆｌａｐ（例えば、ＧＳＫ２１９０９１５）、Ｓｙｋキナーゼ（Ｒ−３４３、ＰＦ３５２６２９９）；ＣＣＲ４（ＡＭＧ−７６１）、ＴＬＲ９（ＱＡＸ−９３５）、ならびにＣＣＲ３、ＩＬ−５、ＩＬ−３、及びＧＭ−ＣＳＦのマルチサイトカイン阻害剤（例えば、ＴＰＩ  ＡＳＭ８）から選択される標的のいずれかを阻害する。
【０１８６】
前述の方法または使用のいずれかは、患者に追加の治療薬を投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、ＴＨ２経路阻害剤、コルチコステロイド、ＩＬ−３３軸結合アンタゴニスト、ＴＲＰＡ１アンタゴニスト、気管支拡張剤または喘息症状抑制剤、免疫調節剤、チロシンキナーゼ阻害剤、及びホスホジエステラーゼ阻害剤からなる群から選択される。このような併用療法については、以下でさらに説明する。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、以下に記載されるような、喘息治療薬である。中等度の喘息は、現在、日常的に吸入される抗炎症性コルチコステロイドまたはマスト細胞阻害剤、例えば、必要に応じて（１日あたり３〜４回）吸入されるベータ２アゴニストを加えたクロモグリク酸ナトリウムまたはネドクロミルによって処置して、突発的な症状（ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ  ｓｙｍｐｔｏｍｓ）またはアレルゲンもしくは運動誘発性喘息を緩和する。例示的な吸入コルチコステロイドとしては、ＱＶＡＲ（登録商標）、ＰＵＬＭＩＣＯＲＴ（登録商標）、ＳＹＭＢＩＣＯＲＴ（登録商標）、ＡＥＲＯＢＩＤ（登録商標）、ＦＬＯＶＥＮＴ（登録商標）、ＦＬＯＮＡＳＥ（登録商標）、ＡＤＶＡＩＲ（登録商標）、及びＡＺＭＡＣＯＲＴ（登録商標）が挙げられる。追加の喘息治療薬には、長時間作用性呼吸器作用薬（ＬＡＢＤ）が含まれる。ある特定の実施形態では、ＬＡＢＤは、長時間作用性ベータ−２アゴニスト（ＬＡＢＡ）、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト（ＬＴＲＡ）、長時間作用性ムスカリンアンタゴニスト（ＬＡＭＡ）、テオフィリン、または経口コルチコステロイド（ＯＣＳ）である。例示的なＬＡＢＤとしては、ＳＹＭＢＩＣＯＲＴ（登録商標）、ＡＤＶＡＩＲ（登録商標）、ＢＲＯＶＡＮＡ（登録商標）、ＦＯＲＡＤＩＬ（登録商標）、ＰＥＲＦＯＲＯＭＩＳＴ（商標）、及びＳＥＲＥＶＥＮＴ（登録商標）が挙げられる。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、気管支拡張薬または喘息症状制御薬を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬または喘息制御薬は、β２アドレナリン作動性アゴニスト、例えば、短時間作用性β２アゴニスト（ＳＡＢＡ）（アルブテロールなど）、または長時間作用性β２アドレナリン作動性アゴニスト（ＬＡＢＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＡＢＡは、サルメテロール、アベジテロール、インダカテロール、ビランテロール、及び／またはホルモテロール（ホルモテロールフマル酸脱水物）である。いくつかの実施形態では、喘息制御薬は、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト（ＬＴＲＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＴＲＡは、モンテルカスト、ザフィルルカスト、及び／またはジロートンである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬または喘息制御薬は、長時間作用性ムスカリン性アセチルコリン受容体（コリン作動性）アンタゴニスト（ＬＡＭＡ）などのムスカリンアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＬＡＭＡは、グリコピロニウムである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬または喘息制御薬は、苦味受容体（ＴＡＳ２Ｒなど）などのイオンチャネルのアゴニストである。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、気管支拡張薬を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は吸入気管支拡張薬である。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、β２アドレナリン作動性アゴニストである。いくつかの実施形態では、β２−アドレナリン作動性アゴニストは、短時間作用性β２−アドレナリン作動性アゴニスト（ＳＡＢＡ）である。一部の実施形態では、ＳＡＢＡは、ビトールテロール、フェノテロール、イソプロテレノール、レバルブテロール、メタプロテレノール、ピルブテロール、プロカテロール、リトドリン、アルブテロール、及び／またはテルブタリンである。いくつかの実施形態では、β２−アドレナリン作動性アゴニストは、長時間作用性β２−アドレナリン作動性アゴニスト（ＬＡＢＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＡＢＡは、アルホルモテロール、バンブテロール、クレンブテロール、ホルモテロール、サルメテロール、アベジテロール、カルモテロール、インダカテロール、オロダテロール、及び／またはビランテロールである。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、ムスカリン受容体アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ムスカリン受容体アンタゴニストは、短時間作用性ムスカリン受容体アンタゴニスト（ＳＡＭＡ）である。いくつかの実施形態では、ＳＡＭＡは、イプラトロピウム臭化物である。いくつかの実施形態では、ムスカリン受容体アンタゴニストは、長時間作用性ムスカリン受容体アンタゴニスト（ＬＡＭＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＡＭＡは、チオトロピウム臭化物、グリコピロニウム臭化物、ウメクリジニウム臭化物、アクリジニウム臭化物、及び／またはレベフェナシンである。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、ＳＡＢＡ／ＳＡＭＡの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＳＡＢＡ／ＳＡＭＡの組み合わせは、アルブテロール／イプラトロピウムである。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、ＬＡＢＡ／ＬＡＭＡの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＬＡＢＡ／ＬＡＭＡの組み合わせは、ホルモテロール／アクリジニウム、ホルモテロール／グリコピロニウム、ホルモテロール／チオトロピウム、インダカテロール／グリコピロニウム、インダカテロール／チオトロピウム、オロダテロール／チオトロピウム、サルメテロール／チオトロピウム、及び／またはビランテロール／ウメクリジニウムである。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、二機能性気管支拡張薬である。いくつかの実施形態では、二機能性気管支拡張薬は、ムスカリンアンタゴニスト／β２アゴニスト（ＭＡＢＡ）である。いくつかの実施形態では、ＭＡＢＡは、バテフェンテロール、ＴＨＲＸ  ２００４９５、ＡＺＤ  ２１１５、ＬＡＳ  １９０７９２、ＴＥＩ３２５２、ＰＦ−３４２９２８１、及び／またはＰＦ−４３４８２３５である。いくつかの実施形態では、吸入気管支拡張薬は、ＴＡＳ２Ｒのアゴニストである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、噴霧型のＳＡＢＡである。いくつかの実施形態では、噴霧型のＳＡＢＡは、アルブテロール及び／またはレバルブテロールである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、噴霧型のＬＡＢＡである。いくつかの実施形態では、噴霧型のＬＡＢＡは、アルホルモテロール及び／またはホルモテロールである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、噴霧型のＳＡＭＡである。いくつかの実施形態では、噴霧型のＳＡＭＡは、イプラトロピウムである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、噴霧型のＬＡＭＡである。いくつかの実施形態では、噴霧型のＬＡＭＡは、グリコピロニウム及び／またはレベフェナシンである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、噴霧型のＳＡＢＡ／ＳＡＭＡの組み合わせである。いくつかの実施形態では、噴霧型のＳＡＢＡ／ＳＡＭＡの組み合わせは、アルブテロール／イプラトロピウムである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、ロイコトリエン受容体アンタゴニスト（ＬＴＲＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＴＲＡは、モンテルカスト、ザフィルルカスト、及び／またはジロートンである。いくつかの実施形態では、気管支拡張薬は、メチルキサンチンである。いくつかの実施形態では、メチルキサンチンは、テオフィリンである。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、免疫調節剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、クロモリンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、メチルキサンチンを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、メチルキサンチンは、テオフィリンまたはカフェインである。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、吸入コルチコステロイド（ＩＣＳ）または経口コルチコステロイドなどの１つまたは複数のコルチコステロイドを投与することをさらに含む。非限定的な例示的コルチコステロイドには、吸入コルチコステロイド、例えば、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、ブデソニド、シクレソニド、フルニソリド、プロピオン酸フルチカゾン、フロ酸フルチカゾン、モメタゾン、及び／またはトリアムシノロンアセトニド、及び経口コルチコステロイド、例えば、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、及びプレドニゾンが挙げられる。いくつかの実施形態では、コルチコステロイドはＩＣＳである。いくつかの実施形態では、ＩＣＳは、ベクロメタゾン、ブデソニド、フルニソリド、フロ酸フルチカゾン、プロピオン酸フルチカゾン、モメタゾン、シクレソニド、及び／またはトリアムシノロンである。いくつかの実施形態では、本方法は、ＩＣＳ／ＬＡＢＡ及び／またはＬＡＭＡの組み合わせを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＩＣＳ／ＬＡＢＡ及び／またはＬＡＭＡの組み合わせは、プロピオン酸フルチカゾン／サルメテロール、ブデソニド／ホルモテロール、モメタゾン／ホルモテロール、フロ酸フルチカゾン／ビランテロール、プロピオン酸フルチカゾン／ホルモテロール、ベクロメタゾン／ホルモテロール、フロ酸フルチカゾン／ウメクリジニウム、フロ酸フルチカゾン／ビランテロール／ウメクリジニウム、フルチカゾン／サルメテロール／チオトロピウム、ベクロメタゾン／ホルモテロール／グリコピロニウム、ブデソニド／ホルモテロール／グリコピロニウム、及び／またはブデソニド／ホルモテロール／チオトロピウムである。いくつかの実施形態では、本方法は、噴霧型のコルチコステロイドを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、噴霧型のコルチコステロイドは、ブデソニドである。いくつかの実施形態では、本方法は、経口または静脈内コルチコステロイドを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、経口または静脈内コルチコステロイドは、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、及び／またはヒドロコルチゾンである。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、アミノサリチル酸、ステロイド、生物学的製剤、チオプリン、メトトレキサート、カルシニューリン阻害剤、例えばシクロスポリンまたはタクロリムス、及び抗生物質から選択される１つまたは複数の活性成分を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、さらなる活性成分を経口または局所製剤で投与することを含む。アミノサリチル酸の例には、Ｅｕｄｒａｇｉｔ−Ｓコーティング、ｐＨ依存型メサラミン、エチルセルロースコーティングメサラミン、及びマルチマトリックス放出メサラミンなどの形態の、４−アミノサリチル酸、スルファサラジン、バルサラジド、オルサラジン、及びメサラジンが挙げられる。ステロイドの例には、コルチコステロイドまたはグルココルチコステロイドが挙げられる。コルチコステロイドの例としては、プレドニゾン及びヒドロコルチゾンまたはメチルプレドニゾロン、または第２世代のコルチコステロイド、例えばブデソニドまたはアザチオプリン、例えばヒドロコルチゾン浣腸またはヒドロコルチゾンフォームのような形態のものが挙げられる。生物学的製剤の例には、エタネルセプト、腫瘍壊死因子アルファに対する抗体、例えばインフリキシマブ、アダリムマブまたはセルトリズマブ、ＩＬ−１２及びＩＬ−２３に対する抗体、例えば、ウステキヌマブ、ベドリズマブ、エトロリズマブ、ならびにナタリズマブが挙げられる。チオプリンの例には、アザチオプリン、６−メルカプトプリン、及びチオグアニンが挙げられる。抗生物質の例には、バンコマイシン、リファキシミン、メトロニダゾール、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、ジアミノジフェニルスルホン、及びシプロフロキサシン、及びガンシクロビルのような抗ウイルス剤が挙げられる。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、抗線維化剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗線維化剤は、トランスフォーミング増殖因子ベータ（ＴＧＦ−β）刺激コラーゲン合成を阻害し、細胞外マトリックスを減少させる、及び／または線維芽細胞増殖を阻止する。いくつかの実施形態では、抗線維化剤は、ピルフェニドンである。いくつかの実施形態では、抗線維化剤は、ＰＢＩ−４０５０である。いくつかの実施形態では、抗線維化剤は、チペルカスト（ｔｉｐｅｌｕｋａｓｔ）である。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、チロシンキナーゼ阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、チロシンキナーゼ阻害剤は、１つまたは複数の線維形成増殖因子の生成を媒介するチロシンキナーゼを阻害する。いくつかの実施形態では、線維形成増殖因子は、血小板由来増殖因子、血管内皮増殖因子、及び／または線維芽細胞増殖因子である。いくつかの実施形態では、チロシンキナーゼ阻害剤は、イマチニブ及び／またはニンテダニブである。いくつかの実施形態では、チロシンキナーゼ阻害剤は、ニンテダニブである。いくつかの実施形態では、本方法は、下痢止め剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、下痢止め剤は、ロペラミドである。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、抗体を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗体は、抗インターロイキン（ＩＬ）−１３抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＩＬ−１３抗体は、トラロキヌマブである。いくつかの実施形態では、抗体は、抗ＩＬ−４／抗ＩＬ−１３抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＩＬ−４／抗ＩＬ−１３抗体は、ＳＡＲ  １５６５９７である。いくつかの実施形態では、抗体は、抗結合組織増殖因子（ＣＴＧＦ）抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＣＴＧＦ抗体は、ＦＧ−３０１９である。いくつかの実施形態では、抗体は、抗リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＬＯＸＬ２抗体は、シムツズマブである。いくつかの実施形態では、抗体は、抗αｖβ６インテグリン受容体抗体である。いくつかの実施形態では、抗αｖβ６インテグリン受容体抗体はＳＴＸ−１００である。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、リゾホスファチジン酸−１（ＬＰＡ１）受容体アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＬＰＡ１受容体アンタゴニストは、ＢＭＳ−９８６０２０である。いくつかの実施形態では、本方法は、ガレクチン３阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ガレクチン３阻害剤はＴＤ−１３９である。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、緩和療法を施すことをさらに含む。いくつかの実施形態では、緩和療法は、抗生物質、抗不安薬、コルチコステロイド、及びオピオイドの１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、抗生物質は広域抗生物質である。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ペニシリン、β−ラクタマーゼ阻害剤、及び／またはセファロスポリンである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ピペラシリン／タゾバクタム、セフィキシム、セフトリアキソン、及び／またはセフジニルである。いくつかの実施形態では、抗不安薬は、アルプラゾラム、ブスピロン、クロルプロマジン、ジアゼパム、ミダゾラム、ロラゼパム、及び／またはプロメタジンである。いくつかの実施形態では、コルチコステロイドはグルココルチコステロイドである。いくつかの実施形態では、グルココルチコステロイドは、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、及び／またはヒドロコルチゾンである。いくつかの実施形態では、オピオイドは、モルヒネ、コデイン、ジヒドロコデイン、及び／またはジアモルヒネである。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、抗生物質を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質は、マクロライドである。いくつかの実施形態では、マクロライドは、アジスロマイシン及び／またはクラリスロマイシンである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ドキシサイクリンである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、トリメトプリム／スルファメトキサゾールである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、セファロスポリンである。いくつかの実施形態では、セファロスポリンは、セフェピム、セフィキシム、セフポドキシム、セフプロジル、セフタジジム、及び／またはセフロキシムである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ペニシリンである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、アモキシシリン、アンピシリン、及び／またはピバンピシリンである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、ペニシリン／β−ラクタマーゼ阻害剤の組み合わせである。いくつかの実施形態では、ペニシリン／β−ラクタマーゼ阻害剤の組み合わせは、アモキシシリン／クラブラン酸塩及び／またはピペラシリン／タゾバクタムである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、フルオロキノロンである。いくつかの実施形態では、フルオロキノロンは、シプロフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、及び／またはオフロキサシンである。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、ホスホジエステラーゼ阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ホスホジエステラーゼ阻害剤は、ホスホジエステラーゼ５型阻害剤である。いくつかの実施形態では、ホスホジエステラーゼ阻害剤は、アバナフィル、ベンズアミドナフィル、ダサンタフィル、イカリイン、ロデナフィル、ミロデナフィル、シルデナフィル、タダラフィル、ウデナフィル、及び／またはバルデナフィルである。いくつかの実施形態では、ＰＤＥ阻害剤はＰＤＥ−４阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＰＤＥ−４阻害剤は、ロフルミラスト、シロミラスト、テトミラスト、及び／またはＣＨＦ６００１である。いくつかの実施形態では、ＰＤＥ阻害剤は、ＰＤＥ−３／ＰＤＥ−４阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＰＤＥ−３／ＰＤＥ−４阻害剤は、ＲＰＬ−５５４である。
【０２００】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、細胞傷害性及び／または免疫抑制剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、細胞傷害性及び／または免疫抑制剤は、アザチオプリン、コルヒチン、シクロホスファミド、シクロスポリン、メトトレキサート、ペニシラミン、及び／またはサリドマイドである。いくつかの実施形態では、本方法は、肺の枯渇したグルタチオンレベルを回復させる薬剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、肺の枯渇したグルタチオンレベルを回復する薬剤は、Ｎ−アセチルシステインである。いくつかの実施形態では、本方法は、抗凝固薬を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗凝固薬は、ワルファリン、ヘパリン、活性化プロテインＣ、及び／または組織因子経路阻害剤である。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、エンドセリン受容体アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、エンドセリン受容体アンタゴニストは、ボセンタン、マシテンタン、及び／またはアンブリセンタンである。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＮＦ−αアンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＴＮＦ−αアンタゴニストは、エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、セルトリズマブ、及びゴリムマブの１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、インターフェロンガンマ−１ｂを投与することをさらに含む。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、インターロイキン（ＩＬ）阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＩＬ阻害剤はＩＬ−５阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＩＬ−５阻害剤は、メポリズマブ及び／またはベンラリズマブである。いくつかの実施形態では、ＩＬ阻害剤は、ＩＬ−１７Ａ阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＩＬ−１７Ａ阻害剤は、ＣＮＴＯ−６７８５である。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、ｐ３８マイトジェン活性化プロテインキナーゼ（ＭＡＰＫ）阻害剤を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ｐ３８  ＭＡＰＫ阻害剤は、ロスマピモド及び／またはＡＺＤ−７６２４である。いくつかの実施形態では、本方法は、ＣＸＣＲ２アンタゴニストを投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＣＸＣＲ２アンタゴニストはダニリキシンである。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、ワクチン接種をさらに含む。いくつかの実施形態では、ワクチン接種は、肺炎球菌及び／またはインフルエンザに対するワクチン接種である。いくつかの実施形態では、ワクチン接種は、肺炎レンサ球菌及び／またはインフルエンザに対するワクチン接種である。いくつかの実施形態では、本方法は、抗ウイルス療法を施すことをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗ウイルス療法は、オセルタミビル、ペラミビル、及び／またはザナミビルである。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、胃食道逆流及び／または再発性微小吸引の防止をさらに含む。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、換気サポートをさらに含む。いくつかの実施形態では、換気サポートは、機械的換気である。いくつかの実施形態では、換気サポートは、非侵襲的換気である。いくつかの実施形態では、換気サポートは、酸素補充療法である。いくつかの実施形態では、本方法は、呼吸リハビリテーションをさらに含む。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、肺移植をさらに含む。いくつかの実施形態では、肺移植は片肺移植である。いくつかの実施形態では、肺移植は両肺移植である。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、前述の方法または使用のいずれかは、非薬理学的介入をさらに含む。いくつかの実施形態では、非薬理学的介入は、禁煙、健康的な食事、及び／または定期的な運動である。いくつかの実施形態では、本方法は、禁煙のための薬理学的補助剤の投与をさらに含む。いくつかの実施形態では、禁煙のための薬理学的補助剤は、ニコチン補充療法、ブプロピオン、及び／またはバレニクリンである。いくつかの実施形態では、非薬理学的介入は肺治療である。いくつかの実施形態では、肺治療は、呼吸リハビリテーション及び／または酸素補充療法である。いくつかの実施形態では、非薬理学的介入は肺手術である。いくつかの実施形態では、肺手術は、肺容量減少手術、片肺移植、両肺移植、または肺嚢胞切除である。いくつかの実施形態では、非薬理学的介入は、装置の使用である。いくつかの実施形態では、装置は、肺容量減少コイル、呼気気道ステント、及び／または鼻換気支援システムである。
【０２０９】
併用療法は、「相乗効果」をもたらし、「相乗的」であることを証明し得るが、これは、すなわち、共に使用された活性成分が化合物を別々に使用することから生じる効果の総和を上回る場合に達成される効果である。活性成分が、以下：（１）共製剤化され、投与されるか、もしくは組み合わされた単位用量剤形中で同時に送達されるか、（２）交互もしくは並行して別個の製剤として送達されるか、または（３）他のレジメンによる場合、相乗効果が得られ得る。併用投与には、別個の製剤または単一の医薬製剤を使用する同時投与、及びいずれかの順序での連続投与が含まれ、好ましくは、両方（またはすべて）の活性剤が同時にそれらの生物学的活性を発揮する期間がある。交互療法で送達される場合、相乗効果は、例えば、別個のシリンジ中の異なる注射によって化合物が逐次的に投与または送達されるときに得られ得る。一般に、交互療法の間、各活性成分の有効投薬量は、逐次的に、すなわち、連続的に投与され、一方、併用療法においては、２つまたは複数の活性成分の有効な投薬量は、一緒に投与される。逐次的に投与される場合、組み合わせは、２つまたは複数の投与において投与され得る。
【０２１０】
上記のそのような併用療法は、併用投与（２つまたは複数の治療剤が同じまたは別個の製剤に含まれる場合）及び別個の投与を包含し、その場合、薬剤（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト））、またはその薬学的組成物の投与は、追加の治療剤（複数可）の投与の、前に、同時に、及び／またはその後に行うことができる。一実施形態では、薬剤（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト））、またはその薬学的組成物の投与、及び追加の治療剤の投与は、約１ヶ月以内、または約１、２、もしくは３週間以内、または約１、２、３、４、５、もしくは６日以内、または約１、２、３、４、５、６、７、８、もしくは９時間以内、または互いに約１、５、１０、２０、３０、４０、もしくは５０分以内に行われる。逐次投与を含む実施形態では、薬剤（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト））は、追加の治療剤（複数可）の投与の前または後に投与され得る。
【０２１１】
上記方法または使用のうちのいずれにおいても、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）を含む治療）、及び任意の追加の治療剤は、任意の好適な手段、例えば、非経口的、腹腔内、筋肉内、静脈内、皮内、経皮的、動脈内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、くも膜下腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹腔内、皮下的、結膜下、膀胱内、粘膜、心膜内、臍帯内、眼内、眼窩内、経口、局所、経皮、硝子体内、眼窩周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、網膜下、球後、小管内、吸入により、注射により、埋め込みにより、注入により、持続的注入により、標的細胞を直接的に浸す局所灌流により、カテーテルにより、洗浄により、クリームで、または脂質組成物で投与することができる。投与は、全身性または局所的であり得る。加えて、アンタゴニストは、例えば漸減用量のアンタゴニストを用いて、脈注入によって好適に投与され得る。
【０２１２】
任意の治療剤、例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、これらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）、任意の追加の治療剤、またはその薬学的組成物は、良好な医療行為と一致する方法で処方、投薬、及び投与され得る。かかる用量は、当技術分野において既知である。本文脈における考慮の要因には、処置されている特定の障害、処置されている特定の哺乳動物、個々の患者の臨床的病態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与のスケジュール管理、及び医療従事者に既知の他の要因が含まれる。トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、またはそれらの薬学的組成物は、必ずしも必要ではないが、問題の障害の予防または処置に現在使用されている１つまたは複数の薬剤と所望により処方される。かかる他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害または処置の種類、及び上述した他の要因に左右される。これらは、一般に、本明細書に記載されるのと同じ投薬量で、本明細書に記載される投与経路により、または本明細書に記載される投薬量の約１〜９９％、または適切であると経験的／臨床的に決定される任意の投薬量で、任意の経路によって、使用される。
【０２１３】
一例として、疾患の予防または処置のために、抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＩｇＥ抗体（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体（例えば、抗Ｍ１’ドメイン抗体（例えば、キリズマブ））、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、または抗ＰＡＲ２抗体）の適切な投与量（単独で、または１つもしくは複数の他の追加の治療剤と組み合わせて使用した場合）は、治療する疾患の種類、抗体の種類、重症度及び疾患の経過、抗体が予防目的で投与されるのか、治療目的で投与されるのか、以前の療法、患者の病歴、及び抗体への応答、ならびに主治医の裁量にも左右される。抗体は、一度にまたは一連の処置にわたって適切に患者に投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜１５ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が、例えば、１もしくは複数の別々の投与によるか、または持続注入によって、患者に投与される最初の候補用量であり得る。１つの典型的な１日用量は、上述の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜２００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲であり得る。数日以上の繰り返し投与の場合、状態によっては、処置は、一般に、疾患症状の望ましい抑制が起こるまで持続され得る。抗体の１つの例示的用量は、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇの範囲であり得る。したがって、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇ、または１０ｍｇ／ｋｇ（またはそれらの任意の組み合わせ）のうちの１つまたは複数の用量が患者に投与され得る。そのような用量は、断続的に、例えば、毎週、２週間毎、３週間毎、または４週間毎（例えば、患者が約２〜約２０回、すなわち例えば約６回の用量の抗体を投与されるように）投与されてもよい。例えば、用量は、１ヶ月に１回投与されてもよい。初回は高い負荷量が、続いて１回以上のより低い用量が投与されてもよい。しかしながら、他の投与レジメンも有用であり得る。この治療の進行は、従来の技術及びアッセイで容易に観察される。場合によっては、約５０ｍｇ／ｍＬ〜約２００ｍｇ／ｍＬの用量（例えば、約５０ｍｇ／ｍＬ、約６０ｍｇ／ｍＬ、約７０ｍｇ／ｍＬ、約８０ｍｇ／ｍＬ、約９０ｍｇ／ｍＬ、約１００ｍｇ／ｍＬ、約１１０ｍｇ／ｍＬ、約１２０ｍｇ／ｍＬ、約１３０ｍｇ／ｍＬ、約１４０ｍｇ／ｍＬ、約１５０ｍｇ／ｍＬ、約１６０ｍｇ／ｍＬ、約１７０ｍｇ／ｍＬ、約１８０ｍｇ／ｍＬ、約１９０ｍｇ／ｍＬ、または約２００ｍｇ／ｍＬの抗体を投与することができる。いくつかの実施形態では、喘息患者に対するＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）の用量は、当技術分野で公知の手法を使用して、体重及び処置前のＩｇＥレベルに基づいて決定することができる。ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）は、ＣＩＵの処置のために、４週間毎に１回の投与あたり３００ｍｇまたは１５０ｍｇで皮下注射により投与することができる。
【０２１４】
前述の方法または使用のいずれかにおいて、いくつかの実施形態では、マスト細胞媒介性炎症性疾患は、喘息、アトピー性皮膚炎、蕁麻疹（例えば、ＣＳＵまたはＣＩＵ）、全身性アナフィラキシー、マスト細胞症、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び好酸球性食道炎からなる群から選択される。
【０２１５】
前述の方法または使用のいずれかのいくつかの実施形態では、マスト細胞媒介性炎症性疾患は、喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、生命を脅かす可能性のある症状の悪化（増悪または再燃）の急性事象を伴う持続性慢性重症喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性（アレルギー性とも呼ばれる）喘息、非アレルギー性喘息（例えば、多くの場合呼吸器ウイルス（例えば、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ライノウイルス、ヒトメタニューモウイルス、及び呼吸器合胞体ウイルス）による感染または吸入刺激物（例えば、大気汚染物質、スモッグ、ディーゼル粒子、揮発性化学物質、及び屋内または屋外のガス、または冷たい乾燥空気によるもの）によって引き起こされる）である。
【０２１６】
前述の方法または使用のいずれかのいくつかの実施形態では、喘息は、断続的または運動誘発性の喘息であり、急性もしくは慢性的な主流「煙」もしくは副流「煙」（通常、タバコ、葉巻、またはパイプ）への曝露、吸入もしくは「ベイピング」（タバコ、マリファナ、または他の同様の物質）による喘息、またはアスピリンもしくは関連するＮＳＡＩＤの直近の摂取によって引き起こされる喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、軽度、またはコルチコステロイドナイーブ喘息、新たに診断された未処置の喘息、または症状（咳、喘鳴、息切れ（ｓｈｏｒｔｎｅｓｓ  ｏｆ  ｂｒｅａｔｈ）／息切れ（ｂｒｅａｔｈｌｅｓｓｎｅｓｓ）、または胸痛）を制御するために局所もしくは全身吸入ステロイドの慢性的な使用を前もって必要としないものである。いくつかの実施形態では、喘息は、慢性の、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド難治性喘息、またはコルチコステロイドまたは他の慢性喘息制御薬では制御できない喘息である。
【０２１７】
前述の方法または使用のいずれかのいくつかの実施形態では、喘息は、中等度から重度の喘息である。ある特定の実施形態では、喘息はＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性喘息、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息（例えば、感染症及び／または呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）による）、運動誘発性喘息、アスピリン感受性／憎悪型喘息、軽度喘息、中等度から重度の喘息、コルチコステロイドナイーブ喘息、慢性喘息、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド抵抗性喘息、新たに診断された未処置の喘息、喫煙による喘息、またはコルチコステロイドで制御されない喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はアレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陽性（ＥＩＰ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ、２５ｎｇ、または５０ｎｇのいずれかのペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、少なくとも血液１ｍｌあたり約１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００好酸球数のいずれか）。ある特定の実施形態では、喘息はＴＨ２−ｌｏｗ喘息である。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陰性（ＥＩＮ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｌｏｗ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ未満のペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｌｏｗ喘息である（例えば、血液１μｌあたり約１５０未満の好酸球数または血液１μｌあたり約１００未満の好酸球数）。
【０２１８】
例えば、前述の方法または使用のいずれかの特定の実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はコルチコステロイドで制御されていない。いくつかの実施形態では、喘息は、ＴＨ２  ｈｉｇｈ喘息またはＴＨ２  ｌｏｗ喘息である。特定の実施形態では、喘息はＴＨ２  ｈｉｇｈ喘息である。
【０２１９】
ＩＩＩ．本発明の診断方法
本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する患者が、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いかどうかを判定する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者のための治療を選択する方法、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答を評価する方法、及びマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、治療は、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、及び／またはＰＡＲ２アンタゴニストを含む治療）である。いくつかの実施形態では、治療は、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、本明細書またはＷＯ２０１８／１４８５８５に記載の任意の抗トリプターゼ抗体などの抗トリプターゼ抗体）及びＩｇＥアンタゴニスト（例えば、抗ＩｇＥ抗体、例えば、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）））を含む。
【０２２０】
本発明のバイオマーカー（例えば、活性トリプターゼ対立遺伝子数及び／またはトリプターゼ）の存在及び／または発現レベルは、本明細書に記載のアッセイのいずれかを使用して、または当技術分野で公知の任意の方法もしくはアッセイにより決定できる。いくつかの実施形態では、本方法は、例えば、上記の発明を実施するための形態のセクションＩＩに記載されているように、患者に治療を施すことをさらに含む。本方法は、以下に記載されるように、遺伝情報を検出するアッセイ（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡシークエンシング）、遺伝子またはタンパク質発現（ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）及び酵素免疫アッセイなど）を検出するアッセイ、及び適切な活性を検出する生化学アッセイを含む、様々なアッセイ形式で実行することができる。
【０２２１】
例えば、一態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いとして患者を同定することと、を含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、当該患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【０２２２】
別の例では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者が、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料のトリプターゼの発現レベルに基づいて、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いとして患者を同定することと、を含み、該試料のトリプターゼの発現レベルが基準レベルのトリプターゼ以上であることは、該患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【０２２３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、薬剤は単剤療法として患者に投与される。
【０２２４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【０２２５】
別の態様では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することとを含み、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【０２２６】
別の例では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者がＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定する方法を特徴とし、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料のトリプターゼの発現レベルに基づいて、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いとして患者を同定することと、を含み、患者の試料においてトリプターゼの基準レベル未満であるトリプターゼの発現レベルは、患者が治療に応答する可能性が高いことを示す。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に治療を施すことをさらに含む。
【０２２７】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、本方法は、追加のＴＨ２経路阻害剤を患者に投与することをさらに含む。
【０２２８】
さらなる例では、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の治療を選択する方法を特徴とし、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することと、（ｂ）患者のために、（ｉ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数以上である場合、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）、または（ｉｉ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数が基準活性トリプターゼ対立遺伝子数未満の場合、ＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、を選択することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に（ｂ）に従って選択した治療を施すことをさらに含む。
【０２２９】
さらに別の例においては、本発明は、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者のための治療を選択する方法を特徴とし、（ａ）マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料において、トリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者のために、
（ｉ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル以上である場合、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）、または（ｉｉ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルがトリプターゼの基準レベル未満である場合、ＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療、を選択することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、患者に（ｂ）に従って選択した治療を施すことをさらに含む。
【０２３０】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル未満の２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されている。いくつかの実施形態では、薬剤は単剤療法として患者に投与される。
【０２３１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、該患者の試料において２型バイオマーカーの基準レベル以上である２型バイオマーカーのレベルを有すると同定されており、該方法が、ＴＨ２経路阻害剤を含む併用療法を選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＨ２経路阻害剤（または追加のＴＨ２経路阻害剤）を患者に投与することをさらに含む。
【０２３２】
本発明はまた、マスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）による処置に対する応答を評価する方法を特徴とし、該方法は、（ａ）患者にマスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）を適用中または適用後の時点でのマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）試料中のトリプターゼの発現レベルと基準レベルのトリプターゼとの比較に基づいて、処置を維持、調整、または停止することと、を含み、基準レベルと比較した患者の試料中のトリプターゼの発現レベルの変化は、治療による処置への応答を示す。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの増加であり、処置が維持される。他の実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、処置が調整または停止される。
【０２３３】
別の例では、本発明は、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）により処置したマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者の応答をモニタリングする方法を特徴とし、該方法は、（ａ）マスト細胞指向性治療（患者への、例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）を適用中または適用後の時点での患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルを決定することと、（ｂ）患者の試料におけるトリプターゼの発現レベルをトリプターゼの基準レベルと比較することにより、治療による処置を受けている患者の応答をモニタリングすることと、を含む。いくつかの実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの増加であり、処置が維持される。他の実施形態では、変化がトリプターゼの発現レベルの低下であり、処置が調整または停止される。
【０２３４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座のシークエンシングによって決定される。サンガーシークエンシングまたは超並列（例えば、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標））シークエンシングなど、任意の好適なシークエンシング手法を使用可能である。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１遺伝子座は、（ｉ）５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）のヌクレオチド配列を含む第１のフォワードプライマー及び５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）のヌクレオチド配列を含む第１のリバースプライマーの存在下で対象の核酸を増幅してＴＰＳＡＢ１アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＡＢ１アンプリコンをシークエンシングすることとを含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１アンプリコンのシークエンシングには、第１のフォワードプライマー及び第１のリバースプライマーの使用が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２遺伝子座は、（ｉ）５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）のヌクレオチド配列を含む第２のフォワードプライマー及び５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）のヌクレオチド配列を含む第２のリバースプライマーの存在下で該対象の核酸を増幅してＴＰＳＢ２アンプリコンを形成することと、（ｉｉ）ＴＰＳＢ２アンプリコンをシークエンシングすることと、を含む方法によってシークエンシングされる。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２アンプリコンのシークエンシングは、第２のフォワードプライマーを使用することと、５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーをシークエンシングすることと、を含む。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者のゲノムのＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２遺伝子座の変異の存在を決定することによって決定され得る。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、以下の式：４−患者の遺伝子型におけるトリプターゼアルファ及びトリプターゼベータＩＩＩフレームシフト（βＩＩＩＦＳ）対立遺伝子の数の合計で決定される。いくつかの実施形態では、トリプターゼアルファは、ＴＰＳＡＢ１でｃ７３３  Ｇ＞Ｃ  ＳＮＰを検出することによって検出される。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＡＢ１でｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰを検出することは、多型ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）で患者の遺伝子型を検出することを含み、ｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰにおけるＡの存在は、トリプターゼアルファを示す。いくつかの実施形態では、トリプターゼベータＩＩＩＦＳは、ＴＰＳＢ２でｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することによって検出される。いくつかの実施形態では、ＴＰＳＢ２でｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異を検出することは、ヌクレオチド配列ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）を検出することを含む。前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、患者は、３または４の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。他の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は４である。
【０２３５】
前述の方法のいずれかの他の実施形態では、患者は、０、１、または２の活性トリプターゼ対立遺伝子数を有する。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は０である。いくつかの実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は１である。他の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は２である。
【０２３６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、基準試料、基準母集団において決定することができ、及び／または事前に割り当てられた値（例えば、個体の第１のサブセットを個体の第２のサブセットから有意に（例えば、統計学的に有意に）分離するために事前に決定されたカットオフ値（例えば、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）への応答に関して）であってもよい。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は所定の値である。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、患者が属するマスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）において予め決定されている。ある特定の実施形態では、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、調査されたマスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）における、または所与の母集団における値の全体的な分布から決定される。いくつかの実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は、０〜４の範囲の整数（例えば、０、１、２、３、または４）である。特定の実施形態では、基準活性トリプターゼ対立遺伝子数は３である。
【０２３７】
前述の方法のいずれかには、１つまたは複数の２型バイオマーカーの発現レベルを決定することが含まれる。いくつかの実施形態では、２型バイオマーカーは、ＴＨ２細胞関連サイトカイン、ペリオスチン、好酸球数、好酸球のシグネチャー、ＦｅＮＯ、またはＩｇＥである。いくつかの実施形態では、ＴＨ２細胞関連サイトカインは、ＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−９、またはＩＬ−５である。
【０２３８】
上記方法のうちのいずれにおいても、患者の遺伝子型は、本明細書（例えば、発明を実施するための形態のＩＶ節または実施例１）に記載されているか、または当該技術分野で既知である任意の方法またはアッセイを使用して決定することができる。
【０２３９】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、バイオマーカーの発現レベルは、タンパク質の発現レベルである。例えば、いくつかの実施形態では、タンパク質発現レベルは、免疫アッセイ（例えば、マルチプレックス免疫アッセイ）、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、または質量分析法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、活性トリプターゼの発現レベルである。他の実施形態では、トリプターゼのタンパク質発現レベルは、総トリプターゼの発現レベルである。
【０２４０】
前述の方法のいずれかの他の実施形態では、バイオマーカーの発現レベルは、ｍＲＮＡの発現レベルである。例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＰＣＲ法（例えば、ｑＰＣＲ）またはマイクロアレイチップを使用して測定されている。
【０２４１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、バイオマーカーの基準レベルは、喘息を有する個体の群において決定されるバイオマーカーのレベルである。例えば、いくつかの実施形態では、基準レベルは、中央値レベルである。
【０２４２】
患者に由来する任意の好適な試料は、前述の方法のいずれにおいても使用可能であり得る。例えば、いくつかの実施形態では、患者に由来する試料は、血液試料（例えば、全血試料、血清試料、血漿試料、またはそれらの組み合わせ）、組織試料、痰試料、細気管支洗浄液試料、粘膜被覆液（ＭＬＦ）試料、気管支吸収試料、または経鼻吸収試料である。
【０２４３】
上記方法のうちのいずれにおいても、患者から得られる試料中の本発明のバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上変化し得る。例えば、いくつかの実施形態では、患者に由来する試料中の本発明のバイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上増加し得る。他の実施形態では、患者に由来する試料中の本発明のバイオマーカーの発現レベルは、バイオマーカーの基準レベルに対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、またはそれ以上減少し得る。
【０２４４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、基準レベルは、例えば、健康な対象において、または障害（例えば、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息））を有する患者において、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルの全体分布の、例えば、２０〜９９パーセンタイルの間の任意のパーセンタイル（例えば、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９パーセンタイル）に設定され得る。いくつかの実施形態では、基準レベルは、喘息を有する患者の集団における値の全体分布の２５パーセンタイルに設定され得る。他の実施形態では、基準レベルは、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する患者の集団における値の全体分布の５０パーセンタイルに設定され得る。さらに他の実施形態では、基準レベルは、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する患者の集団における値の全体分布の中央値であり得る。
【０２４５】
上記方法のうちのいずれにおいても、患者は基準レベルと比較してＴＨ２バイオマーカーのレベルが上昇している可能性がある。いくつかの実施形態では、ＴＨ２バイオマーカーは、血清ペリオスチン、呼気一酸化窒素（ＦｅＮＯ）、痰好酸球数、及び末梢血好酸球数からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＴＨ２バイオマーカーは、血清ペリオスチンである。例えば、患者は、約２０ｎｇ／ｍｌ以上（例えば、約２０ｎｇ／ｍｌ、約２５ｎｇ／ｍｌ、約３０ｎｇ／ｍｌ、約３５ｎｇ／ｍｌ、約４０ｎｇ／ｍｌ、約４５ｎｇ／ｍｌ、約５０ｎｇ／ｍｌ以上）の血清ペリオスチンレベルを有し得る。他の実施形態では、患者は、約５０ｎｇ／ｍｌ以上（例えば、約５０ｎｇ／ｍｌ、約５５ｎｇ／ｍｌ、約６０ｎｇ／ｍｌ、約６５ｎｇ／ｍｌ、約７０ｎｇ／ｍｌ、約７５ｎｇ／ｍｌ、約８０ｎｇ／ｍｌ以上）の血清ペリオスチンレベルを有し得る。血清ペリオスチンレベルは、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）などの任意の好適な方法を使用して決定し得る。本明細書では、適切な手法について説明する。
【０２４６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療はトリプターゼアンタゴニストを含む。トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼアルファアンタゴニスト（例えば、トリプターゼアルファ１アンタゴニスト）またはトリプターゼベータアンタゴニスト（例えば、トリプターゼベータ１、トリプターゼベータ２、及び／またはトリプターゼベータ３アンタゴニスト）であり得る。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニストは、トリプターゼアルファアンタゴニスト及びトリプターゼベータアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、トリプターゼアルファアンタゴニスト及び／またはトリプターゼベータアンタゴニスト）は、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼアルファ抗体及び／または抗トリプターゼベータ抗体）である。以下のセクションＶＩＩに記載されている抗トリプターゼ抗体を使用可能である。
【０２４７】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療はＦｃεＲアンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、ＦＣεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲＩα、ＦｃεＲＩβ、及び／またはＦｃεＲＩγを阻害する。他の実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲＩＩを阻害する。さらに他の実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＦｃεＲシグナル伝達経路のメンバーを阻害する。例えば、いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、チロシンプロテインキナーゼＬｙｎ（Ｌｙｎ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、チロシンプロテインキナーゼＦｙｎ（Ｆｙｎ）、脾臓関連チロシンキナーゼ（Ｓｙｋ）、Ｔ細胞活性化用リンカー（ＬＡＴ）、増殖因子受容体結合タンパク質２（Ｇｒｂ２）、セブンレスの息子（Ｓｏｓ）、Ｒａｓ、Ｒａｆ−１、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ１（ＭＥＫ）、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ１（ＥＲＫ）、細胞質型ホスホリパーゼＡ２（ｃＰＬＡ２）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ（５−ＬＯ）、アラキドン酸５−リポキシゲナーゼ活性化タンパク質（ＦＬＡＰ）、グアニンヌクレオチド交換因子ＶＡＶ（Ｖａｖ）、Ｒａｃ、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ３、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ７、ｐ３８  ＭＡＰキナーゼ（ｐ３８）、ｃ−Ｊｕｎ  Ｎ末端キナーゼ（ＪＮＫ）、増殖因子受容体結合タンパク質２−関連タンパク質２（Ｇａｂ２）、ホスファチジルイノシトール−４，５−ビスリン酸３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、ホスホリパーゼＣガンマ（ＰＬＣγ）、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）、３−ホスホイノシチド依存性プロテインキナーゼ１（ＰＤＫ１）、ＲＡＣセリン／スレオニンプロテインキナーゼ（ＡＫＴ）、ヒスタミン、ヘパリン、インターロイキン（ＩＬ）−３、ＩＬ−４、ＩＬ−１３、ＩＬ−５、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、ロイコトリエン（例えば、ＬＴＣ４、ＬＴＤ４、及びＬＴＥ４）、及びプロスタグランジン（例えば、ＰＤＧ２）を阻害する。いくつかの実施形態では、ＦｃεＲアンタゴニストは、ＢＴＫ阻害剤（例えば、ＧＤＣ−０８５３、アカラブルチニブ、ＧＳ−４０５９、スペブルチニブ、ＢＧＢ−３１１１、またはＨＭ７１２２４）である。
【０２４８】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療は、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇剤（例えば、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体）を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体は抗Ｍ１’ドメイン抗体である。任意の好適な抗Ｍ１’ドメイン抗体、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願公開番号ＷＯ２００８／１１６１４９に記載の任意の抗Ｍ１’ドメイン抗体を使用することができる。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’ドメイン抗体はアフコシル化されている。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’ドメイン抗体は、キリズマブまたは４７Ｈ４である（例えば、Ｂｒｉｇｈｔｂｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１２０（６）：２２１８−２２２９，２０１０を参照のこと）。
【０２４９】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療は、マスト細胞または好塩基球枯渇剤（例えば、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体）を含む。いくつかの実施形態では、抗体はマスト細胞を枯渇させる。他の実施形態では、抗体は好塩基球を枯渇させる。さらに他の実施形態では、抗体はマスト細胞及び好塩基球を枯渇させる。
【０２５０】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療はＰＡＲ２アンタゴニストを含む。例示的なＰＡＲ２アンタゴニストには、小分子阻害剤（例えば、Ｋ−１２９４０、Ｋ−１４５８５、ペプチドＦＳＬＬＲＹ−ＮＨ２（配列番号３０）、ＧＢ８８、ＡＺ３４５１、及びＡＺ８８３８）、可溶性受容体、ｓｉＲＮＡ、及び抗ＰＡＲ２抗体（例えば、ＭＡＢ３９４９及びＦａｂ３９４９）が含まれる。
【０２５１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療はＩｇＥアンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＥアンタゴニストは抗ＩｇＥ抗体である。任意の好適な抗ＩｇＥ抗体を使用することができる。例示的な抗ＩｇＥ抗体には、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））、Ｅ２６、Ｅ２７、ＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）、ＨＡ、リゲリズマブ、及びタリズマブが含まれる。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、次の６つのＨＶＲ：（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つ全てを含む。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むＶＬドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。本明細書に記載される抗ＩｇＥ抗体のいずれかは、例えば、以下のセクションＶＩＩにおいて、本明細書に記載される任意の抗トリプターゼ抗体と組み合わせて使用され得る。特定の実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））である。
【０２５２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、治療はＴＨ２経路阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、ＴＨ２経路阻害剤は、インターロイキン２誘導性Ｔ細胞キナーゼ（ＩＴＫ）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ヤーヌスキナーゼ１（ＪＡＫ１）（例えば、ルキソリチニブ、トファシチニブ、オクラシチニブ、バリシチニブ、フィルゴチニブ、ガンドチニブ、レスタウルチニブ、モメロチニブ、パクリチニブ、ウパダシチニブ、ペフィシチニブ、及びフェドラチニブ）、ＧＡＴＡ結合タンパク質３（ＧＡＴＡ３）、ＩＬ−９（例えば、ＭＥＤＩ−５２８）、ＩＬ−５（例えば、メポリズマブ、ＣＡＳ番号１９６０７８−２９−２；レシリズマブ）、ＩＬ−１３（例えば、ＩＭＡ−０２６、ＩＭＡ−６３８（別名アンルキンズマブ、ＩＮＮ番号９１０６４９−３２−０；ＱＡＸ−５７６；ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、トラロキヌマブ（別名ＣＡＴ−３５４、ＣＡＳ番号１０４４５１５−８８−９）；ＡＥＲ−００１、ＡＢＴ−３０８（別名ヒト化１３Ｃ５．５抗体）、ＩＬ−４（例えば、ＡＥＲ−００１、ＩＬ−４／ＩＬ−１３トラップ）、ＯＸ４０Ｌ、ＴＳＬＰ、ＩＬ−２５、ＩＬ−３３、及びＩｇＥ（例えば、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）、ＱＧＥ−０３１；及びＭＥＤＩ−４２１２）；ならびに受容体、例えば、ＩＬ−９受容体、ＩＬ−５受容体（例えば、ＭＥＤＩ−５６３（ベンラリズマブ、ＣＡＳ番号１０４４５１１−０１−４））、ＩＬ−４受容体アルファ（例えば、ＡＭＧ−３１７、ＡＩＲ−６４５）、ＩＬ−１３受容体アルファ１（例えば、Ｒ−１６７１）及びＩＬ−１３受容体アルファ２、ＯＸ４０、ＴＳＬＰ−Ｒ、ＩＬ−７Ｒアルファ（ＴＳＬＰの補助受容体）、ＩＬ−１７ＲＢ（ＩＬ−２５の受容体）、ＳＴ２（ＩＬ−３３の受容体）、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＲＴＨ２（例えば、ＡＭＧ−８５３、ＡＰ７６８、ＡＰ−７６１、ＭＬＮ６０９５、ＡＣＴ１２９９６８）、ＦｃεＲＩ、ＦｃεＲＩＩ／ＣＤ２３（ＩｇＥの受容体）、Ｆｌａｐ（例えば、ＧＳＫ２１９０９１５）、Ｓｙｋキナーゼ（Ｒ−３４３、ＰＦ３５２６２９９）；ＣＣＲ４（ＡＭＧ−７６１）、ＴＬＲ９（ＱＡＸ−９３５）、ならびにＣＣＲ３、ＩＬ−５、ＩＬ−３、及びＧＭ−ＣＳＦのマルチサイトカイン阻害剤（例えば、ＴＰＩ  ＡＳＭ８）から選択される標的のいずれかを阻害する。
【０２５３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、喘息は、生命を脅かす可能性のある症状の悪化（増悪または再燃）の急性事象を伴う持続性慢性重症喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性（アレルギー性とも呼ばれる）喘息、非アレルギー性喘息（例えば、多くの場合呼吸器ウイルス（例えば、インフルエンザ、パラインフルエンザ、ライノウイルス、ヒトメタニューモウイルス、及び呼吸器合胞体ウイルス）による感染または吸入刺激物（例えば、大気汚染物質、スモッグ、ディーゼル粒子、揮発性化学物質、及び屋内または屋外のガス、または冷たい乾燥空気によるもの）によって引き起こされる）である。
【０２５４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、喘息は、断続的または運動誘発性の喘息であり、急性もしくは慢性的な主流「煙」もしくは副流「煙」（通常、タバコ、葉巻、またはパイプ）への曝露、吸入もしくは「ベイピング」（タバコ、マリファナ、または他の同様の物質）による喘息、またはアスピリンもしくは関連するＮＳＡＩＤの直近の摂取によって引き起こされる喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、軽度、またはコルチコステロイドナイーブ喘息、新たに診断された未処置の喘息、または症状（咳、喘鳴、息切れ（ｓｈｏｒｔｎｅｓｓ  ｏｆ  ｂｒｅａｔｈ）／息切れ（ｂｒｅａｔｈｌｅｓｓｎｅｓｓ）、または胸痛）を制御するために局所もしくは全身吸入ステロイドの慢性的な使用を前もって必要としないものである。いくつかの実施形態では、喘息は、慢性の、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド難治性喘息、またはコルチコステロイドまたは他の慢性喘息制御薬では制御できない喘息である。
【０２５５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。ある特定の実施形態では、喘息はＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、アトピー性喘息、アレルギー性喘息、非アレルギー性喘息（例えば、感染症及び／または呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）による）、運動誘発性喘息、アスピリン感受性／憎悪型喘息、軽度喘息、中等度から重度の喘息、コルチコステロイドナイーブ喘息、慢性喘息、コルチコステロイド耐性喘息、コルチコステロイド抵抗性喘息、新たに診断された未処置の喘息、喫煙による喘息、またはコルチコステロイドで制御されない喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は、Ｔヘルパーリンパ球２型（ＴＨ２）または２型（ＴＨ２）ｈｉｇｈまたは２型（Ｔ２）駆動喘息である。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球性喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はアレルギー性喘息である。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陽性（ＥＩＰ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ、２５ｎｇ、または５０ｎｇのいずれかのペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｈｉｇｈ喘息である（例えば、少なくとも血液１ｍｌあたり約１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００好酸球数のいずれか）。ある特定の実施形態では、喘息は、ＴＨ２−ｌｏｗ喘息または非ＴＨ２駆動喘息である。いくつかの実施形態では、個体は好酸球性炎症陰性（ＥＩＮ）であると決定されている。ＷＯ２０１５／０６１４４１を参照のこと。いくつかの実施形態では、喘息は、ペリオスチン−ｌｏｗ喘息である（例えば、血清１ｍｌあたり少なくとも約２０ｎｇ未満のペリオスチンレベルを有する）。いくつかの実施形態では、喘息は好酸球−ｌｏｗ喘息である（例えば、血液１μｌあたり約１５０未満の好酸球数または血液１μｌあたり約１００未満の好酸球数）。
【０２５６】
例えば、前述の方法のいずれかの特定の実施形態では、喘息は中等度から重度の喘息である。いくつかの実施形態では、喘息はコルチコステロイドで制御されていない。いくつかの実施形態では、喘息は、ＴＨ２  ｈｉｇｈ喘息またはＴＨ２  ｌｏｗ喘息である。特定の実施形態では、喘息はＴＨ２  ｈｉｇｈ喘息である。
【０２５７】
本明細書、例えば上記の発明を実施するための形態のセクションＩＩに記載されている患者を処置する方法のいずれも、該方法が患者に治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療）を施すことを含む実施形態において使用され得ることが理解されよう。例えば、いくつかの実施形態では、本方法は、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される薬剤を含む治療を施すことを含む。他の実施形態では、本方法は、ＩｇＥアンタゴニストを含む治療を施すことを含む。
【０２５８】
ＩＶ．核酸多型の検出
いくつかの実施形態では、本発明によって提供される処置及び診断の方法は、例えば、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するために、１つまたは複数の多型での患者の遺伝子型の決定を含む。核酸の多型の存在（例えば、ＳＮＰ（例えば、ＴＰＳＡＢ１のｃ７３３  Ｇ＞Ａ  ＳＮＰ、ＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＣＧＴＧＧＴＣＡＧＣＴＧＧＧ［Ｇ／Ａ］ＣＧＡＧＧＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＧＧ（配列番号３６）（ｒｓ１４５４０２０４０また参照）、または挿入の存在（例えば、ＴＰＳＢ２のｃ９８０＿９８１ｉｎｓＣ変異、ＣＡＣＡＣＧＧＴＣＡＣＣＣＴＧＣＣＣＣＣＴＧＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＴＴＣＣＣＣＣＣＣ（配列番号３７）（太字で下線の付いたＣヌクレオチドで示される））を評価するための検出技術は、分子遺伝学の分野でよく知られている手順に関係している。これらの方法の全てではないものの多くは、核酸の増幅を伴う。増幅を行うための十分なガイダンスが当該技術分野で提供されている。例示的な参考文献として、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，１９９２；Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０；Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９４−１９９９（２００４年４月までの補足の改訂版を含む）；及びＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２００１などのマニュアルが挙げられる。一塩基多型を検出するための一般的な方法は、Ｋｗｏｋ，ｅｄ．，Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，２００３に開示されている。
【０２５９】
この方法は、典型的には、ＰＣＲステップを使用するが、他の増幅プロトコルも使用され得る。好適な増幅方法には、リガーゼ連鎖反応（例えば、Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４：５６０−５６９，１９８８を参照のこと）、鎖置換アッセイ（例えば、Ｗａｌｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：３９２−３９６，１９９２；米国特許第５，４５５，１６６号）、ならびに米国特許第５，４３７，９９０号、同第５，４０９，８１８号、及び同第５，３９９，４９１号に記載の方法を含む、いくつかの転写ベース増幅システム、転写増幅システム（ＴＡＳ）（Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７，１９８９）、ならびに自立配列複製（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ（３ＳＲ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８，１９９０；ＷＯ１９９２／０８８００）が挙げられる。あるいは、プローブを検出可能なレベルに増幅する方法を使用することができ、例えば、Ｑβ−レプリカーゼ増幅である（Ｋｒａｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３３９：４０１−４０２，１９８９；Ｌｏｍｅｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．３５：１８２６−１８３１，１９８９）。既知の増幅方法の総説は、例えば、Ａｂｒａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．４：４１−４７，１９９３に提供される。
【０２６０】
個体の遺伝子型、ハプロタイプ、ＳＮＰ、マイクロサテライト、または他の多型の検出は、オリゴヌクレオチドプライマー及び／またはプローブを使用して行うことができる。オリゴヌクレオチドは、任意の好適な方法、通常は化学合成によって調製することができる。オリゴヌクレオチドは、市販の試薬及び機器を使用して合成することができる。あるいは、これらは商業的供給源を通じて購入可能である。オリゴヌクレオチドを合成する方法は、当技術分野でよく知られている（例えば、Ｎａｒａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０−９９，１９７９；Ｂｒｏｗｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９−１５１，１９７９；Ｂｅａｕｃａｇｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔ．２２：１８５９−１８６２，１９８１、及び米国特許第４，４５８，０６６号の固体支持法を参照のこと）。加えて、上述の合成方法への変更を使用して、合成オリゴヌクレオチドに関する酵素挙動に望ましい影響を与えてもよい。例えば、修飾ホスホジエステル結合（例えば、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホアミデート、またはボラノホスフェート）または亜リン酸誘導体以外の結合のオリゴヌクレオチドへの組み込みを使用して、選択された部位での切断を防止してもよい。加えて、２’−アミノ修飾糖の使用は、新たな核酸鎖の合成のための鋳型でもある核酸にハイブリダイズする場合にオリゴヌクレオチドの消化よりも置換を好む傾向にある。
【０２６１】
個体（例えば、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する患者）の遺伝子型は、当技術分野で周知の多くの検出方法を使用して決定することができる。ほとんどのアッセイは、いくつかの一般的なプロトコル：シークエンシング、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを使用したハイブリダイゼーション、プライマー伸長、対立遺伝子特異的ライゲーション、または電気泳動分離技術、例えば、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、及びヘテロ二本鎖分析、のうちの１つを必要とする。例示的なアッセイとしては、５’−ヌクレアーゼアッセイ、鋳型指向性ダイターミネーター取り込み（ｔｅｍｐｌａｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｄｙｅ−ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、分子指標対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドアッセイ、一塩基伸長アッセイ、及びリアルタイムピロリン酸配列によるＳＮＰスコアリングが挙げられる。増幅された配列の分析は、マイクロチップ、蛍光偏光アッセイ、及びＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（マトリクス支援レーザー脱離イオン化−飛行時間型）質量分析などの様々な技術を使用して行うことができる。同様に使用できる２つの方法は、Ｆｌａｐヌクレアーゼによる侵入的切断及びパドロックプローブを用いる方法に基づくアッセイである。
【０２６２】
特定の対立遺伝子の存否の決定は、概して、分析を受ける個体から得られる核酸試料を分析することによって行われる。多くの場合、核酸試料はゲノムＤＮＡを含む。ゲノムＤＮＡは、典型的には、血液試料から得られるが、他の細胞または組織から得てもよい。
【０２６３】
ＲＮＡ試料を多型対立遺伝子の存在について分析することも可能である。例えば、ｍＲＮＡを使用して１つまたは複数の多型部位での個体の遺伝子型を決定することができる。この場合、核酸試料は、標的核酸が発現される細胞、例えば、Ｔヘルパー−２（Ｔｈ２）細胞及びマスト細胞から得られる。そのような分析は、米国特許第５，３１０，６５２号、同第５，３２２，７７０号、同第５，５６１，０５８号、同第５，６４１，８６４号、及び同第５，６９３，５１７号に記載のように、例えば、ウイルス性逆転写酵素を使用して最初に標的ＲＮＡを逆転写し、次いで得られたｃＤＮＡを増幅するか、または高温逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）の組み合わせを使用して、実行することができる。
【０２６４】
試料は、マスト細胞媒介性炎症性疾患（例えば、喘息）を有する疑いがあるか、もしくはそれを有すると診断されるため治療を必要とする可能性が高い患者、または一切の障害を有する疑いがない正常な個体から採取され得る。遺伝子型の決定のために、細胞を含むものなどの患者の試料、またはこれらの細胞によって産生される核酸は、本発明の方法において使用され得る。本発明において試料として有用な体液または分泌物としては、例えば、血液、尿、唾液、便、胸膜液、リンパ液、痰、ＢＡＬ、粘膜内層液（ＭＬＦ）（例えば、経鼻吸収または気管支吸収により得られるＭＬＦ）、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、または任意の他の体分泌物もしくはその派生物が挙げられる。血液という語は、全血、血漿、血清、または任意の血液派生物を含むように意味される。本明細書に記載の方法おける使用のための試料核酸は、対象の任意の細胞型または組織から得ることができる。例えば、対象の体液（例えば、血液）は、既知の技法によって得ることができる。あるいは、核酸試験を乾燥試料（例えば、頭髪または皮膚）に対して行うことができる。
【０２６５】
試料は、凍結、新鮮、固定（例えば、ホルマリン固定）、遠心分離、及び／または包埋（例えば、パラフィン包埋）などすることができる。細胞試料は、言うまでもなく、試料における遺伝子型の評価の前に、様々な周知の収集後調製及び保管技法（例えば、核酸及び／またはタンパク質抽出、濾過、保管、凍結、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離など）に供することができる。同様に、生検も収集後調製及び保管技法、例えば、固定化に供し得る。
【０２６６】
本発明において有用であるＳＮＰまたは挿入などの多型の存在を検出するために核酸試料を分析するために頻繁に使用される方法論を以下に簡単に説明する。しかしながら、当該技術分野で既知の任意の方法を本発明において使用することで、単一ヌクレオチド置換の存在を検出することができる。
【０２６７】
ａ．ＤＮＡシークエンシング及び一塩基伸長
ＳＮＰまたは挿入などの多型は、直接シークエンシングによって検出することができる。方法としては、例えば、ジデオキシシークエンシングに基づく方法（例えば、サンガーシークエンシング）、及びマクサム・ギルバートシークエンシング（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ（上記））などの他の方法が挙げられる。いくつかの実施形態では、シークエンシング手法は、サンガーシークエンシングである。
【０２６８】
シークエンシング手法は、超並列シークエンシング手法（例えば、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）シークエンシング）の場合がある。他の検出方法としては、オリゴヌクレオチド長産物のＰＹＲＯＳＥＱＵＥＮＣＩＮＧ（商標）が挙げられる。かかる方法は、ＰＣＲなどの増幅技法を用いることが多い。例えば、パイロシークエンシングでは、シークエンシングプライマーを、一本鎖のＰＣＲで増幅したＤＮＡ鋳型にハイブリダイズし、酵素であるＤＮＡポリメラーゼ、ＡＴＰスルフリラーゼ、ルシフェラーゼ、及びアピラーゼ、ならびに基質であるアデノシン５’ホスホ硫酸（ＡＰＳ）及びルシフェリンと共にインキュベートする。４つのデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）のうちの最初のものを反応物に添加する。ＤＮＡポリメラーゼは、それが鋳型鎖中の塩基に相補的である場合、デオキシヌクレオチド三リン酸のＤＮＡ鎖への組み込みを触媒する。各組み込み事象は、組み込まれるヌクレオチドの量と等モルである量でのピロリン酸塩（ＰＰｉ）の放出を伴う。ＡＴＰスルフリラーゼは、ＡＰＳの存在下でＰＰｉをＡＴＰに定量的に変換する。このＡＴＰは、ＡＴＰの量に比例する量で可視光を生成するルシフェリンのオキシルシフェリンへのルシフェラーゼ媒介性変換を駆動する。ルシフェラーゼ触媒反応において生成される光は、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラによって検出され、ＰＹＲＯＧＲＡＭ（商標）においてピークとして見られる。各光シグナルは、組み込まれるヌクレオチドの数に比例する。ヌクレオチド分解酵素であるアピラーゼは、組み込まれなかったｄＮＴＰ及び過剰なＡＴＰを継続的に分解する。分解が完了すると、別のｄＮＴＰが追加される。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＷＴＳＳ）とも呼ばれるＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）を使用して、多型（例えば、ＳＮＰまたは挿入）を検出することができる。例えば、Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １０：５７−６３，２００９を参照のこと。
【０２７０】
ＳＮＰの特性評価のための別の同様の方法は、完全なＰＣＲの使用を必要としないが、典型的には、検査されるヌクレオチドに相補的である単一の蛍光標識されたジデオキシリボ核酸分子（ｄｄＮＴＰ）によるプライマーの伸長のみを使用する。多型部位でのヌクレオチドは、単一の塩基によって伸長されており、蛍光標識されるプライマーの検出によって特定することができる（例えば、Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ，９：１７５−１８２，１９９５）。
【０２７１】
ｂ．対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション
この手法は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション（ＡＳＯ）とも一般に呼ばれ（例えば、Ｓｔｏｎｅｋｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４８：７０−３８２，１９９１；Ｓａｉｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３２４，１６３−１６６，１９８６；ＥＰ２３５，７２６；及びＷＯ１９８９／１１５４８）、核酸試料の増幅から得られる増幅産物に対するバリアントのうちの１つに特異的であるオリゴヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションによって塩基１つ異なる２つのＤＮＡ分子同士を区別することに依存する。この方法は、典型的には、短いオリゴヌクレオチド、例えば１５〜２０塩基長を用いる。プローブは、他方に対して一方のバリアントに差別的にハイブリダイズするように設計される。そのようなプローブを設計するための原理及びガイダンスは、当技術分野で利用可能である。ハイブリダイゼーション条件は、対立遺伝子間でハイブリダイゼーション強度の顕著な差異があり、本質的な二値応答を生成することによって、プローブが対立遺伝子の一方のみにハイブリダイズするように、十分にストリンジェントであるべきである。一部のプローブは、多型部位がプローブの中心部分（例えば、７位の１５塩基オリゴヌクレオチド、８位または９位の１６塩基オリゴヌクレオチドにおける）とアラインメントするように、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズするように設計されるが、この設計は必須ではない。
【０２７２】
対立遺伝子の量及び／または存在は、試料にハイブリダイズされる対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの量を測定することによって決定することができる。典型的には、オリゴヌクレオチドは、蛍光標識などの標識によって標識される。例えば、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰ配列を表す固定化オリゴヌクレオチドに適用される。ストリンジェントなハイブリダイゼーション及び洗浄条件の後、蛍光強度を各ＳＮＰオリゴヌクレオチドについて測定する。
【０２７３】
一実施形態では、多型部位に存在するヌクレオチドは、多型部位を含む領域における多型対立遺伝子のうちの１つに正確に相補的なオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを用いた配列特異的ハイブリダイゼーション条件下でのハイブリダイゼーションによって同定される。プローブまたはプライマーハイブリダイズ配列及び配列特異的ハイブリダイゼーション条件は、多型部位での単一のミスマッチがハイブリダイゼーション二本鎖を十分に不安定化し、その結果、それが効果的に形成されないようにするために選択される。したがって、配列特異的ハイブリダイゼーション条件下では、安定した二本鎖は、プローブまたはプライマーと、正確に相補的な対立遺伝子配列との間にのみ形成されることになる。したがって、多型部位を含む領域における対立遺伝子配列に正確に相補的である約１０〜約３５ヌクレオチド長、通常は約１５〜約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドが本発明の範囲内である。
【０２７４】
代替的実施形態では、多型部位に存在するヌクレオチドは、多型部位を含む領域におけるＳＮＰ対立遺伝子のうちの１つに実質的に相補的であり、かつ多型部位での対立遺伝子に正確に相補的なオリゴヌクレオチドを用いた十分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でのハイブリダイゼーションによって同定される。非多型部位で生じるミスマッチは両方の対立遺伝子配列とのミスマッチであるため、標的対立遺伝子をもって形成される二本鎖及び対応する非標的対立遺伝子配列をもって形成される二本鎖におけるミスマッチの数の差は、標的対立遺伝子配列に正確に相補的なオリゴヌクレオチドを使用する場合と同じである。本実施形態では、ハイブリダイゼーション条件は、標的配列をもつ安定した二本鎖を形成し、同時に非標的配列をもつ安定した二本鎖の形成を妨げるために十分なストリンジェンシーを維持することを可能にするように十分に緩和されている。かかる十分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では、安定した二本鎖は、プローブまたはプライマーと標的対立遺伝子との間にのみ形成されることになる。したがって、多型部位を含む領域における対立遺伝子配列に実質的に相補的であり、かつ多型部位での対立遺伝子配列に正確に相補的である約１０〜約３５ヌクレオチド長、通常は約１５〜約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドが本発明の範囲内である。
【０２７５】
正確にというよりは実質的に相補的なオリゴヌクレオチドの使用が、ハイブリダイゼーション条件の最適化が制限されるアッセイ形式において望ましい場合がある。例えば、典型的な複数標的固定化オリゴヌクレオチドアッセイ形式においては、各標的に対するプローブまたはプライマーは単一の固体支持体に固定化される。ハイブリダイゼーションは、固体支持体を、標的ＤＮＡを含有する溶液と接触させることによって同時に実行される。全てのハイブリダイゼーションは同一の条件下で行われるため、ハイブリダイゼーション条件を各プローブまたはプライマー毎に個別に最適化することはできない。アッセイ形式がハイブリダイゼーション条件の調整を妨げる場合、ミスマッチのプローブまたはプライマーへの組み込みを使用して、二本鎖安定性を調整することができる。特定の導入されたミスマッチが二本鎖安定性に与える影響は周知であり、二本鎖安定性は、上記のように、慣習的に見積もることも経験に基づいて決定することもできる。プローブまたはプライマーの正確なサイズ及び配列に依存する適切なハイブリダイゼーション条件は、本明細書に提供され、当該分野で周知のガイダンスを使用して経験的に選択され得る。オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを使用して、配列の単一塩基対の違いを検出することは、例えば、Ｃｏｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８０：２７８−２８２，１９８３、及び米国特許第５，４６８，６１３号及び同第５，６０４，０９９号に記載される。
【０２７６】
完全にマッチしたハイブリダイゼーション二本鎖と一塩基ミスマッチのハイブリダイゼーション二本鎖との間の安定性における比例した変化は、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの長さに依存する。より短いプローブ配列で形成される二本鎖は、ミスマッチの存在によってより比例して不安定化される。約１５〜約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドは、配列特異的検出に使用されることが多い。さらに、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの両端は、熱エネルギーによる連続的なランダム解離及び再アニーリングを受けるため、どちらかの端のミスマッチは、内部で発生するミスマッチよりもハイブリダイゼーション二重鎖を不安定化させない。標的配列における一塩基対の変化の識別のため、多型部位がプローブの内部領域において生じるように標的配列にハイブリダイズするプローブ配列を選択する。
【０２７７】
特異的対立遺伝子にハイブリダイズするプローブ配列を選択するための上記の基準を、プローブのハイブリダイズ領域、すなわち標的配列によるハイブリダイゼーションに関与するプローブの部分に適用する。プローブは、プローブのハイブリダイゼーション特性を著しく改変することなく、プローブを固定化するために使用するポリ−Ｔ尾部などのさらなる核酸配列に結合させてもよい。当業者であれば、本方法における使用については、標的配列に相補的ではなく、そのためハイブリダイゼーションに関与しない、追加の核酸配列に結合するプローブは、非結合プローブと本質的に同等であることを認識することになる。
【０２７８】
試料中でプローブと標的核酸配列との間に形成されるハイブリッドを検出するための好適なアッセイ形式は当該技術分野で既知であり、固定化標的（ドットブロット）形式、及び固定化プローブ（逆ドットブロットまたはラインブロット）アッセイ形式を含む。ドットブロット及び逆ドットブロットアッセイ形式は、米国特許第５，３１０，８９３号、同第５，４５１，５１２号、同第５，４６８，６１３号、及び同第５，６０４，０９９号に記載される。
【０２７９】
ドットブロット形式では、増幅した標的ＤＮＡをナイロン膜などの固体支持体上に固定化する。膜−標的複合体を標識したプローブと共に好適なハイブリダイゼーション条件下でインキュベートし、ハイブリダイズしていないプローブを好適にストリンジェントな条件下で洗浄することによって除去し、膜を結合したプローブの存在についてモニタリングする。
【０２８０】
逆ドットブロット（またはラインブロット）形式では、プローブをナイロン膜またはマイクロタイタープレートなどの固体支持体上に固定する。標的ＤＮＡを、典型的には、標識したプライマーの組み込みによる増幅中に標識する。プライマーの一方または両方を標識することができる。膜−プローブ複合体を標識した増幅標的ＤＮＡと共に好適なハイブリダイゼーション条件下でインキュベートし、ハイブリダイズしていない標的ＤＮＡを好適にストリンジェントな条件下で洗浄することによって除去し、膜を結合した標的ＤＮＡの存在についてモニタリングする。逆ラインブロット検出アッセイは、実施例において説明する。
【０２８１】
多型バリアントのうちの１つに特異的な対立遺伝子特異的プローブは、他の多型バリアントに対する対立遺伝子特異的プローブと併用することが多い。いくつかの実施形態では、プローブを固体支持体上に固定化し、個々における標的配列を、両方のプローブを同時に使用して分析する。核酸アレイの例は、ＷＯ９５／１１９９５によって説明されている。同じアレイまたは異なるアレイを、特性評価した多型の分析に使用することができる。ＷＯ９５／１１９９５は、事前に特性評価した多型のバリアント形態の検出のために最適化されるサブアレイも説明している。かかるサブアレイは、本明細書に記載する多型の存在の検出において使用することができる。
【０２８２】
ｃ．対立遺伝子特異的プライマー
ＳＮＰまたは挿入などの多型も、対立遺伝子特異的増幅またはプライマー伸長法を使用して一般的に検出される。これらの反応は、典型的には、プライマーの３’末端でのミスマッチを介して多型を特異的に標的化するように設計されるプライマーの使用を伴う。ミスマッチの存在は、ポリメラーゼがエラー訂正活性を欠く場合に、ポリメラーゼがプライマーを伸長させる能力に影響する。例えば、対立遺伝子特異的増幅または伸長に基づく方法を使用して対立遺伝子配列を検出するために、多型の１つの対立遺伝子に相補的なプライマーを、３’−末端ヌクレオチドが多型位置にてハイブリダイズするように設計する。特定の対立遺伝子の存在は、プライマーが伸長を開始する能力によって決定することができる。３’−末端がミスマッチである場合、伸長は妨げられる。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、プライマーが増幅反応において第２のプライマーと併用される。第２のプライマーは、多型位置とは無関係の部位にてハイブリダイズする。増幅は、２つのプライマーから発生して検出可能な産物をもたらし、これは、特定の対立遺伝子形態が存在することを示す。対立遺伝子特異的増幅または伸長に基づく方法は、例えば、ＷＯ９３／２２４５６、及び米国特許第５，１３７，８０６号、同第５，５９５，８９０号、同第５，６３９，６１１号、及び同第４，８５１，３３１号に記載される。
【０２８４】
対立遺伝子特異的増幅に基づくジェノタイピングを使用すると、対立遺伝子の同定には増幅された標的配列の存否の検出しか必要とされない。増幅された標的配列の検出方法は、当技術分野でよく知られている。例えば、ゲル電気泳動及び記載のプローブハイブリダイゼーションアッセイを使用して、核酸の存在を検出する場合が多い。
【０２８５】
代替的なプローブを用いない方法では、増幅された核酸は、反応混合物中の２本の鎖からなるＤＮＡの総量の増加をモニタリングすることによって検出され、これは、例えば、米国特許第５，９９４，０５６号、及び欧州特許公開第４８７，２１８号、同第５１２，３３４号に記載される。２本の鎖からなる標的ＤＮＡの検出は、２本の鎖からなるＤＮＡに結合すると、様々なＤＮＡ結合色素、例えばＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎなどが示す蛍光の増加に依存する。
【０２８６】
当業者であれば理解するように、対立遺伝子特異的増幅方法は、複数の対立遺伝子特異的プライマーを用いて特定の対立遺伝子を標的化する反応において行うことができる。かかるマルチプレックス用途のためのプライマーは、区別可能な標識によって概して標識されるか、または対立遺伝子から産出される増幅産物がサイズによって区別できるように選択される。したがって、例えば、単一の試料中の両方の対立遺伝子を、増幅産物のゲル分析によって単一の増幅を使用して同定することができる。
【０２８７】
対立遺伝子特異的プローブの場合と同様に、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマーは、ハイブリダイズ領域の多型対立遺伝子のうちの１つと正確に相補的であり得るか、またはオリゴヌクレオチドの３’末端以外の位置にいくつかのミスマッチがあり得、両方の対立遺伝子配列の非多型部位でミスマッチが発生する。
【０２８８】
ｄ．検出可能なプローブ
ｉ）５’−ヌクレアーゼアッセイプローブ
ジェノタイピングはまた、米国特許第５，２１０，０１５号、同第５，４８７，９７２号、及び同第５，８０４，３７５号、ならびにＨｏｌｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：７２７６−７２８０，１９８８に記載されているように、「ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）」または「５’−ヌクレアーゼアッセイ」を使用して実施することもできる。ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）アッセイでは、増幅領域内でハイブリダイズする標識された検出プローブが増幅反応中に添加される。プローブは、プローブがＤＮＡ合成のためのプライマーとして作用することを防止するように修飾される。増幅は、５’−から３’−エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを使用して行われる。増幅の各合成ステップ中、伸長されるプライマーから下流にある標的核酸にハイブリダイズするいずれのプローブも、ＤＮＡポリメラーゼの５’−から３’−エキソヌクレアーゼ活性によって分解される。したがって、新たな標的ストランドの合成もプローブの分解をもたらし、分解産物の蓄積が標的配列の合成の測定を提供する。
【０２８９】
ハイブリダイゼーションプローブは、ＳＮＰ対立遺伝子同士を区別する対立遺伝子特異的プローブであり得る。あるいは、本方法は、対立遺伝子特異的プライマー、及び増幅産物に結合する標識されたプローブを使用して行うことができる。
【０２９０】
分解産物の検出に好適ないずれの方法も、５’−ヌクレアーゼアッセイに使用することができる。多くの場合、検出プローブは、２つの蛍光色素で標識され、その一方は、他方の色素の蛍光を消光することができる。色素はプローブに付着し、通常は一方が５’−末端に付着し、他方が末端部位に付着することで、プローブが非ハイブリダイズ状態にあるときに消光が生じ、ＤＮＡポリメラーゼの５’−から３’−エキソヌクレアーゼ活性によるプローブの切断が２つの色素の間で生じるようにする。増幅は、色素間のプローブの切断をもたらし、これは、消光の同時の排除と最初に消光された色素から観察可能な蛍光の増加とを伴う。分解産物の蓄積は、反応蛍光の増加を測定することによってモニタリングされる。米国特許第５，４９１，０６３号及び同第５，５７１，６７３号は、増幅と同時に生じるプローブの分解の代替的検出方法を説明している。
【０２９１】
ｉｉ）二次構造プローブ
二次構造の変化について検出可能なプローブは、ＳＮＰを含む多型の検出にも好適である。例示する二次構造またはステム−ループ構造プローブは、分子指標またはＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブを含む。分子指標プローブは、フルオロフォア及びクエンチャーが通常はオリゴヌクレオチドの両端部に配置されるヘアピン構造を形成することができる一本鎖オリゴ核酸プローブである。プローブのどちらかの端部において、短い相補的な配列により、フルオロフォア及びクエンチャーが近接近することを可能にする分子内ステムの形成が可能となる。分子指標のループ部分は、目的の標的核酸に相補的である。このプローブの目的とするその標的核酸への結合は、ステムを離すハイブリッドを形成する。これにより高次構造が変化し、フルオロフォア及びクエンチャーが互いに離れ、より強い蛍光シグナルをもたらす。しかしながら、分子指標プローブは、プローブ標識内の小さな配列変動に非常に敏感である（例えば、Ｔｙａｇｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：３０３−３０８，１９９６；Ｔｙａｇｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：４９−５３，１９９８；Ｐｉａｔｅｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：３５９−３６３，１９９８；Ｍａｒｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  １４：１５１−１５６，１９９９；Ｔａｐｐ  ｅｔ  ａｌ，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２８：７３２−７３８，２０００を参照のこと）。ＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブは、プライマーに共有結合したステム−ループ構造プローブを含む。
【０２９２】
ｅ．電気泳動
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法の使用によって分析することができる。異なる対立遺伝子は、溶液中のＤＮＡの異なる配列依存融解特性及び電気泳動に基づいて同定することができる（例えば、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，１９９２を参照のこと）。
【０２９３】
マイクロサテライト多型の区別は、キャピラリー電気泳動を使用して行うことができる。キャピラリー電気泳動により、特定のマイクロサテライト対立遺伝子における反復の数の特定が簡便に可能となる。ＤＮＡ多型の分析へのキャピラリー電気泳動の適用は、当業者によく知られている（例えば、Ｓｚａｎｔａｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ａ．１０７９（１−２）：４１−９，２００５；Ｂｊｏｒｈｅｉｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２６（１３）：２５２０−３０，２００５、及びＭｉｔｃｈｅｌｓｏｎ，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２４（１）：４１−６８，２００３を参照のこと）。
【０２９４】
対立遺伝子バリアントの同一性も、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる、変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおける多型領域を含む核酸の運動を分析することによって獲得し得る（例えば、Ｍｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５−４９８，１９８５を参照のこと）。ＤＧＧＥを分析方法として使用する場合、ＤＮＡは、例えばＰＣＲによって約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを追加することにより、完全に変性しないように修飾される。さらなる実施形態では、温度勾配を変性剤勾配の代わりに使用して、対照及び試料ＤＮＡの移動性の差異を特定する（例えば、Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５，１９８７を参照のこと）。
【０２９５】
ｆ．一本鎖高次構造多型分析
標的配列の対立遺伝子は、一本鎖高次構造多型分析を使用して区別することができ、これは、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動における変化によって塩基差を特定するものであり、例えば、Ｏｒｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８６，２７６６−２７７０，１９８９；Ｃｏｔｔｏｎ  Ｍｕｔａｔ．  Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４，１９９３、及びＨａｙａｓｈｉ  Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９，１９９２に記載されているとおりである。増幅ＰＣＲ産物は、上記のように生成することができ、加熱または変性させて一本鎖増幅産物を形成する。一本鎖核酸は、折り畳み直すか、または塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成してもよい。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、標的の対立遺伝子間の塩基配列の違いに関連している可能性があり、電気泳動移動度の結果として生じる変化は、単一の塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識されたプローブによって標識または検出され得る。アッセイの感度を、二次構造が配列の変化により感受性である（ＤＮＡではなく）ＲＮＡを使用することによって強化してもよい。別の好ましい実施形態において、主題の方法は、ヘテロ二本鎖分析を利用して、電気泳動性の変化に基づいて２本鎖のヘテロ二本鎖分子を分離する（例えば、Ｋｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５−１０，１９９１を参照のこと）。
【０２９６】
ＳＮＰ検出方法は、標識されたオリゴヌクレオチドを用いる場合が多い。オリゴヌクレオチドは、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的手段によって検出可能な標識を組み込むことによって標識することができる。有用な標識には、蛍光染料、放射性標識、例えば、３２Ｐ、高電子密度試薬、酵素、例えば、ペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼ、ビオチン、または抗血清もしくはモノクローナル抗体が利用可能なハプテン及びタンパク質が挙げられる。標識技術は当技術分野でよく知られている（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（上記）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記）を参照のこと）。
【０２９７】
ｇ．多型での個体の遺伝子型を決定するためのさらなる方法
ＤＮＡマイクロアレイ技術、例えばＤＮＡチップデバイス、ハイスループットスクリーニング用途のための高密度マイクロアレイ、及び低密度マイクロアレイを使用し得る。マイクロアレイ製造方法は当該技術分野で既知であり、様々なインクジェット及びマイクロジェット堆積またはスポッティング技術及びプロセス、ｉｎ  ｓｉｔｕまたはオン−チップ（ｏｎ−ｃｈｉｐ）のフォトリソグラフィーオリゴヌクレオチド合成プロセス、ならびに電子的ＤＮＡプローブアドレッシングプロセスを含む。ＤＮＡマイクロアレイハイブリダイゼーション用途は、点突然変異、一塩基多型（ＳＮＰ）、及び短縦列反復（ＳＴＲ）についての遺伝子発現分析及び遺伝子型決定の分野における適用が成功している。さらなる方法としては、干渉ＲＮＡマイクロアレイ、ならびにマイクロアレイと、他の方法、例えばレーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、アレイＣＧＨ、及びクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ）などとの組み合わせが挙げられる。例えば、Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．５９３：１１７−１３３，２００７及びＨｅｌｌｅｒ  Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．４：１２９−１５３，２００２を参照のこと。
【０２９８】
いくつかの実施形態では、切断剤（例えば、ヌクレアーゼ、ヒドロキシルアミン、または四酸化オスミウム、及びピペリジンによる）からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二本鎖におけるミスマッチ塩基を検出することができる（例えば、Ｍｙｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２，１９８５）。一般に、「ミスマッチ切断」の手法は、遺伝子の対立遺伝子バリアントのヌクレオチド配列を含む、例えばＲＮＡまたはＤＮＡなどの任意に標識された対照核酸を試料核酸、例えば、組織試料から得られるＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることにより形成されるヘテロ二本鎖を提供することから始まる。２本の鎖からなる二本鎖を、対照鎖と試料鎖との間の塩基対ミスマッチに基づいて形成される二本鎖などの二本鎖の一本鎖領域を切断する薬剤で処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二本鎖をＲＮａｓｅで処理することができ、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドをＳ１ヌクレアーゼで処理してミスマッチ領域を酵素的に消化することができる。あるいは、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡ二本鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二本鎖のいずれかをヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、及びピペリジンで処理し得る。ミスマッチ領域の消化後、次いで結果として得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズによって分け、対照核酸及び試料核酸が同一のヌクレオチド配列を有するかどうか、またはそれらがどのヌクレオチドにおいて異なるかを決定する。例えば、米国特許第６，４５５，２４９号、Ｃｏｔｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７−４４０１，１９８８；Ｓａｌｅｅｂａ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５，１９９２を参照のこと。
【０２９９】
場合によっては、対象由来のＤＮＡにおける特異的対立遺伝子の存在が制限酵素分析によって示され得る。例えば、特異的ヌクレオチド多型は、別の対立遺伝子バリアントのヌクレオチド配列に不在である制限部位を含むヌクレオチド配列をもたらし得る。
【０３００】
別の実施形態では、対立遺伝子バリアントの同定は、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）を使用して実行され、これは例えば米国特許第４，９９８，６１７号、及びＬａｒｉｄｅｇｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０，１９８８に記載される。ＯＬＡプロトコルは、標的の一本鎖の隣接している配列にハイブリダイズすることができるように設計される２つのオリゴヌクレオチドを使用する。これらのオリゴヌクレオチドのうちの一方は、例えばビオチン化によって分離マーカーに結合され、もう一方は検出可能に標識される。正確な相補配列が標的分子で見つかると、オリゴヌクレオチドは、その末端が隣接するようにハイブリダイズされ、ライゲーション基質を作成する。その後、ライゲーションにより、アビジンまたは別のビオチンリガンドを使用して、標識されたオリゴヌクレオチドを回復することが可能となる。ＰＣＲの属性とＯＬＡの属性とを組み合わせる核酸検出アッセイも当該技術分野で既知である（例えば、Ｎｉｃｋｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：８９２３−８９２７，１９９０を参照のこと）。この方法では、ＰＣＲを使用して、標的ＤＮＡの指数関数的増幅を達成し、その後ＯＬＡを使用してこれを検出する。
【０３０１】
一塩基多型は、特殊なエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチドを使用することによって検出でき、これは、例えば、米国特許第４，６５６，１２７号に記載されている。この方法によると、多型部位に対してすぐ３’にある対立遺伝子配列に相補的なプライマーは、特定の動物またはヒトから得た標的分子にハイブリダイズすることが許容される。標的分子上の多型部位が、存在する特定のエキソヌクレアーゼ抵抗性ヌクレオチド誘導体に相補的であるヌクレオチドを含む場合には、その誘導体は、ハイブリダイズしたプライマーの端部に組み込まれることになる。かかる組み込みにより、プライマーはエキソヌクレアーゼに抵抗性となり、その結果、その検出が可能となる。試料のエキソヌクレアーゼ抵抗性誘導体の同一性が分かったため、プライマーがエキソヌクレアーゼに抵抗性となったという発見により、標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドが、反応において使用されるヌクレオチド誘導体のものに相補的であったことが明らかとなる。この方法は、それが大量の無関係の配列データの決定を必要としないという利点を有する。
【０３０２】
溶液ベースの方法も、多型部位のヌクレオチドの同一性を決定するために使用され得る（例えば、ＷＯ１９９１／０２０８７を参照のこと）。上述のように、多型部位に対してすぐ３’にある対立遺伝子配列に相補的であるプライマーが用いられる。この方法は、多型部位のヌクレオチドに相補的である場合にプライマーの末端に組み込まれることになる標識されたジデオキシヌクレオチド誘導体を使用して、その部位のヌクレオチドの同一性を決定する。
【０３０３】
使用され得る代替的な方法は、ＷＯ９２／１５７１２に記載されている。この方法は、標識されたターミネーターと、多型部位に対して配列３’に相補的であるプライマーとの混合物を使用する。組み込まれる標識されたターミネーターは、したがって評価される標的分子の多型部位に存在するヌクレオチドによって決定され、それに相補的である。本方法は、通常、プライマーまたは標的分子が固相に固定される不均一相アッセイである。
【０３０４】
ＤＮＡにおける多型部位をアッセイするための多くの他のプライマー誘導型ヌクレオチド組み込み手順が説明されている（Ｋｏｍｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１７：７７７９−７７８４，１９８９；Ｓｏｋｏｌｏｖ  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：３６７１，１９９０；Ｓｙｖａｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８：６８４−６９２，１９９０；Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１１４３−１１４７，１９９１；Ｐｒｅｚａｎｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１：１５９−１６４，１９９２；Ｕｇｏｚｚｏｌｉ  ｅｔ  ａｌ．ＧＡＴＡ  ９：１０７−１１２，１９９２；Ｎｙｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０８：１７１−１７５，１９９３）。これらの方法は全て、多型部位にて塩基同士を区別するために標識されたデオキシヌクレオチドの組み込みに依存する。
【０３０５】
Ｖ．バイオマーカーの発現レベルの決定
本発明の治療及び診断方法は、１つまたは複数のバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現レベルの決定を含み得る。バイオマーカーのレベルの決定は、当該技術分野で既知であるかまたは以下に記載する方法のいずれによっても行うことができる。
【０３０６】
本明細書に記載のバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現は、当該技術分野で既知である任意の方法を使用して検出することができる。例えば、哺乳動物の組織または細胞試料を、ノーザン、ドットブロット、またはＰＣＲ分析、アレイハイブリダイゼーション、ＲＮａｓｅ保護アッセイを使用して、またはＤＮＡマイクロアレイスナップショットを含む市販されているＤＮＡ  ＳＮＰチップマイクロアレイを使用して、例えば目的のバイオマーカーのｍＲＮＡまたはＤＮＡについて簡便にアッセイすることができる。例えば、定量的ＰＣＲアッセイなどのリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイは、当該技術分野でよく知られている。本発明の例示的実施形態では、生体試料中の目的の遺伝子バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）のｍＲＮＡの検出方法は、少なくとも１つのプライマーを使用する逆転写によって試料からｃＤＮＡを産出すること、そうして産出したｃＤＮＡを増幅すること、及び増幅したｃＤＮＡの存在を検出することを含む。加えて、かかる方法は、生体試料中のｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする１つまたは複数のステップを含むことができる（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって）。任意で、増幅されたｃＤＮＡの配列を決定することができる。
【０３０７】
本発明で使用するために核酸を検出するために使用できる他の方法は、例えば、ＲＮＡＳｅｑなどのＲＮＡベースのゲノム分析を含む、ハイスループットＲＮＡ配列発現分析を含む。
【０３０８】
ある特定の実施形態では、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の発現は、ＲＴ−ＰＣＲ技術によって行うことができる。ＰＣＲに使用されるプローブは、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤、または酵素などの検出可能なマーカーで標識されてもよい。かかるプローブ及びプライマーを使用して、試料中の発現されたバイオマーカーの存在を検出することができる。当業者によって理解されるように、非常に多くの異なるプライマー及びプローブが、本明細書に提供する配列に基づいて調製され、バイオマーカーの存在及び／またはレベルを増幅、クローニング、及び／または決定するために効果的に使用され得る。
【０３０９】
他の方法には、マイクロアレイ技術によって組織または細胞試料中でバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）のｍＲＮＡを検査または検出するプロトコルが含まれる。核酸マイクロアレイを使用して、試験及び対照組織試料からの試験及び対照ｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。その後、プローブを、固体支持体に固定した核酸のアレイにハイブリダイズする。アレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が分かるように構成する。例えば、ある特定の疾患状態において発現される可能性がある遺伝子の選択物を固体支持体上に配列してもよい。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。疾患組織の差次的遺伝子発現分析は、有益な情報を提供し得る。マイクロアレイ技術は、核酸ハイブリダイゼーション技法及びコンピューティング技術を利用して、単一の実験内で何千もの遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価する（例えば、ＷＯ２００１／７５１６６を参照のこと）。例えば、アレイ製造の考察については、米国特許第５，７００，６３７号、同第５，４４５，９３４号、及び同第５，８０７，５２２号、Ｌｏｃｋａｒｔ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：１６７５−１６８０，１９９６、ならびにＣｈｅｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２１（Ｓｕｐｐｌ）：１５−１９，１９９９を参照のこと。
【０３１０】
加えて、欧州特許第ＥＰ１７５３８７８号に記載されているマイクロアレイを利用するＤＮＡプロファイリング及び検出方法を用いてもよい。この方法は、短縦列反復（ＳＴＲ）分析及びＤＮＡマイクロアレイを利用して異なるＤＮＡ配列同士を迅速に特定し区別する。一実施形態では、標識されたＳＴＲ標的配列は、相補的プローブを担持するＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズされる。これらのプローブは、可能性のあるＳＴＲの範囲を網羅するように長さが様々である。ＤＮＡハイブリッドの標識化された一本鎖領域は、ハイブリダイゼーション後酵素消化を利用するマイクロアレイ表面から選択的に除去される。未知の標的における反復の数は、マイクロアレイにハイブリダイズしたままの標的ＤＮＡのパターンに基づいて差し引かれる。
【０３１１】
マイクロアレイプロセッサの一例は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧＥＮＥＣＨＩＰ（登録商標）システムであり、これは、市販されており、ガラス表面でのオリゴヌクレオチドの直接合成によって製造されるアレイを備える。当業者に既知である他のシステムを使用してもよい。
【０３１２】
上記の手法を適用する際のガイダンスを提供する、多くの参考文献が利用可能である（Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８０；Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ａｎｄ  Ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，１９８５；Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，１９８４；Ｈｕｒｒｅｌｌ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９８２；及びＺｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｐ．１４７−１５８，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，１９８７）。ノーザンブロット分析は、当該技術分野で周知の従来技法であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ（上記）において説明されている。遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ（上記）において見出される。
【０３１３】
タンパク質バイオマーカーの検出に関して、例えば、抗体ベースの方法、ならびに質量分析及び当該分野で公知の他の類似の手段を含む、様々なタンパク質アッセイが利用可能である。抗体ベースの方法の場合、例えば、試料は、抗体−バイオマーカー複合体が形成されるのに十分な条件下で、バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）に特異的な抗体と接触させ、次いで複合体を検出することができる。タンパク質バイオマーカーの存在の検出は、血漿または血清を含む多岐にわたる組織及び試料をアッセイするための、ウェスタンブロット（免疫沈降の有無に関わらず）、２次元ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）、免疫沈降、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ（商標））、フローサイトメトリー、及び酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）手順などの多数の方法において達成され得る。かかるアッセイ形式を使用する幅広い免疫アッセイ技法が利用可能であり、例えば、米国特許第４，０１６，０４３号、同第４，４２４，２７９号、及び同第４，０１８，６５３号を参照のこと。これらには、非競合型の１部位及び２部位の両方のアッセイまたは「サンドイッチ」アッセイ、ならびに伝統的な競合的結合アッセイが含まれる。これらのアッセイはまた、標識された抗体の標的バイオマーカーへの直接結合を含む。
【０３１４】
サンドイッチアッセイは、中でも最も有用であり、一般的に使用されているアッセイである。多数のサンドイッチアッセイ技法の変形が存在し、本発明はその全てを包含するように意図される。簡潔に述べると、典型的な順方向アッセイでは、非標識抗体を固体基質上に固定し、試験する試料を結合分子と接触させる。好適な期間のインキュベーション後、抗体−抗原複合体の形成を可能にするのに十分な期間、抗原に特異的であり、検出可能なシグナルを生成することができるレポーター分子で標識した第２の抗体を添加し、抗体−抗原標識化抗体の別の複合体の形成に十分な時間を取ってインキュベートした。一切の未反応物質を洗い流し、抗原の存在を、レポーター分子によって生成されたシグナルの観察によって決定する。結果は、可視シグナルの単純な観察による定性的なものであってもよく、または既知量のバイオマーカーを含有する対照試料との比較による定量的なものであってもよい。
【０３１５】
順方向アッセイの変形には、試料と標識された抗体との両方を同時に結合抗体に添加する同時アッセイが含まれる。これらの技法は、容易に明らかとなるいずれの変形も含めて、当業者には周知である。典型的な順方向サンドイッチアッセイでは、バイオマーカーに対する特異性を有する第１の抗体を、共有結合的にまたは受動的に固体表面に結合させる。固体表面は、典型的にはガラスまたはポリマーであり、最も一般的に使用されるポリマーは、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンである。固体支持体は、管、ビーズ、マイクロプレートの円盤、または免疫アッセイの実施に好適な任意の他の表面の形態であってよい。結合プロセスは、当該技術分野で周知であり、概して、架橋、共有結合、または物理吸着からなり、ポリマー−抗体複合体は、試験試料に備えて洗浄される。次に、試験する試料のアリコートを固相複合体に加え、抗体に存在する任意のサブユニットの結合を可能にするために、十分な時間（例えば、２〜４０分またはより都合のよい場合は一晩）、適切な条件（例えば室温〜４０℃、例えば２５℃〜３２℃の間など）でインキュベートする。インキュベーション期間の後、抗体サブユニット固相を洗浄し、乾燥させ、バイオマーカーの一部に特異的な第２の抗体と共にインキュベートする。第２の抗体を、第２の抗体の分子マーカーへの結合を示すために使用するレポーター分子に結合させる。
【０３１６】
代替的な方法は、試料中で標的バイオマーカーを固定化した後、固定化した標的を、レポーター分子で標識されている場合もそうでない場合もある特定の抗体に曝露することを伴う。標的の量及びレポーター分子シグナルの強度に応じて、結合した標的は、抗体で直接標識することにより検出可能であり得る。あるいは、第１の抗体に特異的な第２の標識された抗体を標的−第１の抗体複合体に曝露して、標的−第１の抗体−第２の抗体の三次複合体を形成する。この複合体は、レポーター分子が発するシグナルによって検出される。「レポーター分子」とは、本明細書で使用される場合、その化学的性質により、抗原結合抗体の検出を可能にする分析によって特定可能なシグナルを提供する分子を意味する。この種のアッセイにおいて最も一般的に使用されるレポーター分子は、酵素、フルオロフォア、または放射性核種を含有する分子（すなわち、放射性同位体）、及び化学発光分子のいずれかである。
【０３１７】
酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）の場合、酵素を、一般的にはグルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸塩によって第２の抗体にコンジュゲートさせる。しかしながら、容易に認識されるであろうとおり、多岐にわたる異なるコンジュゲーション技法が存在し、これらは当業者であれば容易に利用できる。本発明の方法に好適な一般的に使用される酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、及びアルカリホスファターゼが挙げられる。特定の酵素と共に使用する基質は、概して、対応する酵素による加水分解の際、検出可能な色の変化の生成に対して選択される。上述の発色基質ではなく、蛍光産物を生む蛍光基質を用いることも可能である。全ての場合において、酵素標識した抗体を第１の抗体−分子マーカー複合体に添加し、結合させた後、過剰な試薬を洗い流す。その後、適切な基質を含有する溶液を抗体−抗原−抗体の複合体に添加する。基質は、第２の抗体に結合された酵素と反応して、定性的視覚シグナルを付与し、これを通常は分光光度的にさらに定量化して、試料中に存在していたバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の量の指標を付与することができる。あるいは、蛍光化合物、例えばフルオレセイン及びローダミンなどを、その結合性能を改変することなく抗体に化学的に結合させてもよい。特定の波長の光を用いた照射によって活性化されると、蛍光色素で標識した抗体は、分子中の励起性状態を誘導する光エネルギーを吸収し、続いて、光学顕微鏡で視覚的に検出可能な特徴的な色の光を放射する。ＥＩＡのように、蛍光標識した抗体を、第１の抗体−分子マーカー複合体に結合させる。非結合試薬を洗い落とした後、次いで残っている三次複合体を適切な波長の光に曝露すると、観察された蛍光は目的の分子マーカーの存在を示す。免疫蛍光法及びＥＩＡ技術は両方とも、当技術分野で非常によく確立されている。しかしながら、放射性同位体、化学発光または生物発光分子などの他のレポーター分子を用いてもよい。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、試料（例えば、血液（例えば、血清または血漿）、ＢＡＬ、またはＭＬＦ）中の活性トリプターゼのレベルは、例えば、米国仮特許出願第６２／４５７，７２２号の実施例６に記載されるように、活性トリプターゼＥＬＩＳＡアッセイを使用して決定され得る。ヒト活性トリプターゼ（四量体）の濃度は、ＥＬＩＳＡアッセイによって決定することができる。簡潔に述べると、ヒトトリプターゼを認識するモノクローナル抗体クローンが捕捉抗体として利用される（例えば、Ｆｕｋｕｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．（上記）に記載されたモノクローナル抗体Ｂ１２、またはＥ８８ＡＳ抗体クローン）。ヒトトリプターゼに結合する任意の好適な抗体を使用することができる。組換えヒト活性トリプターゼベータ１は精製され、アッセイ標準の準備のソース材料として使用される。アッセイ標準、対照、及び希釈試料を５００μｇ／ｍｌの大豆トリプシン阻害剤（ＳＢＴＩ；Ｓｉｇｍａカタログ番号１０１０９８８６００１）と１０分間インキュベートし、次に活性ベースのプローブ（ＡＢＰ）（Ｇ０３５３８１６）で１時間標識した。小分子トリプターゼ阻害剤（Ｇ０２８４９８５５）を２０分間加え、ＡＢＰ標識を停止した。アッセイで使用する捕捉抗体によっては、この混合物を、トリプターゼ四量体（例えば、ｈｕ３１Ａ．ｖ１１またはＢ１２）を解離させることができる抗ヒトトリプターゼ抗体とインキュベートしてから、捕捉抗体を含むＥＬＩＳＡプレートに１時間添加し、１ｘリン酸緩衝生理食塩水−ＴＷＥＥＮ（登録商標）（ＰＢＳＴ）で洗浄し、ＳＡ−ＨＲＰ試薬（ストレプトアビジン−コンジュゲート西洋ワサビペルオキシダーゼ、Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｅｌｅｃｔｒｉｃ（ＧＥ）カタログ番号ＲＰＮ４４０１Ｖ）と２時間インキュベートした。ＨＲＰ基質であるテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）を適用することで比色シグナルが生成され、リン酸を加えることで反応が停止する。検出吸光度には４５０ｎｍ、参照吸光度には６５０ｎｍを使用してプレートリーダー（例えば、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ（登録商標）Ｍ５プレートリーダー）上でプレートが読み取られる。同様のアッセイを実施して、例えば、抗体クローン１３Ｇ６を捕捉抗体として使用して、試料（例えば、血液（例えば、血清または血漿）、ＢＡＬ、またはＭＬＦ）中のカニクイザル（ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ  ｍｏｎｋｅｙ）（カニクイザル（ｃｙｎｏ））の活性トリプターゼレベルを決定することができる。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、試料（例えば、血液（例えば、血清または血漿）、ＢＡＬ、またはＭＬＦ）中の総トリプターゼのレベルは、例えば、米国仮特許出願第６２／４５７，７２２号の実施例６に記載されるように、総トリプターゼＥＬＩＳＡアッセイを使用して決定され得る。簡潔に述べると、ヒト総トリプターゼの濃度は、ＥＬＩＳＡアッセイによって決定することができる。ヒトトリプターゼを認識する抗体は、捕捉抗体（例えば、抗体クローンＢ１２）として利用される。ヒトトリプターゼを認識するモノクローナル抗体は、検出抗体（例えば、抗体クローンＥ８２ＡＳ）として利用される。組換えヒト活性トリプターゼベータ１は精製され、アッセイ標準の準備のソース材料として使用される。アッセイで使用する捕捉抗体によっては、この混合物を、トリプターゼ四量体（例えば、ｈｕ３１Ａ．ｖ１１またはＢ１２）を解離させることができる抗ヒトトリプターゼ抗体とインキュベートしてから、捕捉抗体を含むＥＬＩＳＡプレートに２時間添加し、１ｘＰＢＳＴで洗浄した。ビオチン化検出抗体を１時間添加した。次に、ＳＡ−ＨＲＰ試薬を１時間添加した。ＴＭＢを適用することで比色シグナルが生成され、リン酸を加えると反応が停止する。検出吸光度には４５０ｎｍ、参照吸光度には６５０ｎｍを使用してプレートリーダー（例えば、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ（登録商標）Ｍ５プレートリーダー）上でプレートが読み取られる。同様のアッセイを実施して、例えば、抗体クローン１３Ｇ６を捕捉抗体として、抗体クローンＥ８８ＡＳを検出アッセイとして使用して、試料（例えば、血液（例えば、血清または血漿）、ＢＡＬ、またはＭＬＦ）中のカニクイザル（カニクイザル）の総トリプターゼレベルを決定することができる。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、血液（例えば、血清または血漿）中の総トリプターゼの例示的な基準レベルは、約１ｎｇ／ｍｌ、約２ｎｇ／ｍｌ、約３ｎｇ／ｍｌ、約４ｎｇ／ｍｌ、約５ｎｇ／ｍｌ、約６ｎｇ／ｍｌ、約７ｎｇ／ｍｌ、約８ｎｇ／ｍｌ、約９ｎｇ／ｍｌ、または約１０ｎｇ／ｍｌであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、血漿中の総トリプターゼの例示的な基準レベルは、約３ｎｇ／ｍｌである。別の例では、いくつかの実施形態では、血清中の総トリプターゼの例示的な基準レベルは、約４ｎｇ／ｍｌである。例えば、いくつかの実施形態では、対象の総トリプターゼレベル（例えば、血液（例えば、血清または血漿）中）が約１ｎｇ／ｍｌ以上、約２ｎｇ／ｍｌ以上、約３ｎｇ／ｍｌ以上、約４ｎｇ／ｍｌ以上、約５ｎｇ／ｍｌ以上、約６ｎｇ／ｍｌ以上、約７ｎｇ／ｍｌ以上、約８ｎｇ／ｍｌ以上、約９ｎｇ／ｍｌ以上、または約１０ｎｇ／ｍｌ以上である場合、対象は基準レベル以上の総トリプターゼレベルを有し得る。例えば、いくつかの実施形態では、対象の総血漿トリプターゼレベルが３ｎｇ／ｍｌ以上である場合、対象は基準レベル以上の総トリプターゼレベルを有し得る。別の例では、いくつかの実施形態では、対象の総血清トリプターゼレベルが４ｎｇ／ｍｌ以上である場合、対象は、基準レベル以上の総トリプターゼレベルを有し得る。
【０３２１】
本発明のいくつかの実施形態では、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第ＷＯ２０１２／０８３１３２号に記載されている総ペリオスチンアッセイを使用して、患者に由来する試料中のペリオスチンのレベルを決定する。例えば、ＷＯ２０１２／０８３１３２にてＥ４アッセイと称される非常に感受性の高い（約１．８８ｎｇ／ｍｌの感受性）ペリオスチン捕捉ＥＬＩＳＡアッセイを使用することができる。抗体は、ペリオスチンアイソフォーム１〜４（ＷＯ２０１２／０８３１３２の配列番号５〜８）をナノモルの親和性で認識する。他の実施形態では、ＷＯ２０１２／０８３１３２に記載されているＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）ペリオスチンアッセイを使用して、患者に由来する試料中のペリオスチンのレベルを決定することができる。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、例えば上記のＥ４アッセイを使用する場合、ペリオスチンレベルの例示的な基準レベルは２０ｎｇ／ｍｌである。例えば、Ｅ４アッセイを使用する場合、患者は、患者のペリオスチンレベル（例えば、血清または血漿中）が、２０ｎｇ／ｍｌ以上、２１ｎｇ／ｍｌ以上、２２ｎｇ／ｍｌ以上、２３ｎｇ／ｍｌ以上、２４ｎｇ／ｍｌ以上、２５ｎｇ／ｍｌ以上、２６ｎｇ／ｍｌ以上、２７ｎｇ／ｍｌ以上、２８ｎｇ／ｍｌ以上、２９ｎｇ／ｍｌ以上、３０ｎｇ／ｍｌ以上、３１ｎｇ／ｍｌ以上、３２ｎｇ／ｍｌ以上、３３ｎｇ／ｍｌ以上、３４ｎｇ／ｍｌ以上、３５ｎｇ／ｍｌ以上、３６ｎｇ／ｍｌ以上、３７ｎｇ／ｍｌ以上、３８ｎｇ／ｍｌ以上、３９ｎｇ／ｍｌ以上、４０ｎｇ／ｍｌ以上、４１ｎｇ／ｍｌ以上、４２ｎｇ／ｍｌ以上、４３ｎｇ／ｍｌ以上、４４ｎｇ／ｍｌ以上、４５ｎｇ／ｍｌ以上、４６ｎｇ／ｍｌ以上、４７ｎｇ／ｍｌ以上、４８ｎｇ／ｍｌ以上、４９ｎｇ／ｍｌ以上、５０ｎｇ／ｍｌ以上、５１ｎｇ／ｍｌ以上、５２ｎｇ／ｍｌ以上、５３ｎｇ／ｍｌ以上、５４ｎｇ／ｍｌ以上、５５ｎｇ／ｍｌ以上、５６ｎｇ／ｍｌ以上、５７ｎｇ／ｍｌ以上、５８ｎｇ／ｍｌ以上、５９ｎｇ／ｍｌ以上、６０ｎｇ／ｍｌ以上、６１ｎｇ／ｍｌ以上、６２ｎｇ／ｍｌ以上、６３ｎｇ／ｍｌ以上、６４ｎｇ／ｍｌ以上、６５ｎｇ／ｍｌ以上、６６ｎｇ／ｍｌ以上、６７ｎｇ／ｍｌ以上、６８ｎｇ／ｍｌ以上、６９ｎｇ／ｍｌ以上、または７０ｎｇ／ｍｌ以上である場合に、基準レベル以上であるペリオスチンレベルを有し得る。
【０３２３】
Ｅ４アッセイを使用する場合、患者は、患者のペリオスチンレベル（例えば、血清または血漿中）が、２０ｎｇ／ｍｌ以下、１９ｎｇ／ｍｌ以下、１８ｎｇ／ｍｌ以下、１７ｎｇ／ｍｌ以下、１６ｎｇ／ｍｌ以下、１５ｎｇ／ｍｌ以下、１４ｎｇ／ｍｌ以下、１３ｎｇ／ｍｌ以下、１２ｎｇ／ｍｌ以下、１１ｎｇ／ｍｌ以下、１０ｎｇ／ｍｌ以下、９ｎｇ／ｍｌ以下、８ｎｇ／ｍｌ以下、７ｎｇ／ｍｌ以下、６ｎｇ／ｍｌ以下、５ｎｇ／ｍｌ以下、４ｎｇ／ｍｌ以下、３ｎｇ／ｍｌ以下、２ｎｇ／ｍｌ以下、または１ｎｇ／ｍｌ以下である場合に、基準レベル以下であるペリオスチンレベルを有し得る。
【０３２４】
他の実施形態では、例えば上記のＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）ペリオスチンアッセイを使用する場合、ペリオスチンレベル（例えば、血清または血漿中）の例示的な基準レベルは５０ｎｇ／ｍｌである。例えば、ＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）ペリオスチンアッセイを使用する場合、患者は、患者のペリオスチンレベルが、５０ｎｇ／ｍｌ以上、５１ｎｇ／ｍｌ以上、５２ｎｇ／ｍｌ以上、５３ｎｇ／ｍｌ以上、５４ｎｇ／ｍｌ以上、５５ｎｇ／ｍｌ以上、５６ｎｇ／ｍｌ以上、５７ｎｇ／ｍｌ以上、５８ｎｇ／ｍｌ以上、５９ｎｇ／ｍｌ以上、６０ｎｇ／ｍｌ以上、６１ｎｇ／ｍｌ以上、６２ｎｇ／ｍｌ以上、６３ｎｇ／ｍｌ以上、６４ｎｇ／ｍｌ以上、６５ｎｇ／ｍｌ以上、６６ｎｇ／ｍｌ以上、６７ｎｇ／ｍｌ以上、６８ｎｇ／ｍｌ以上、６９ｎｇ／ｍｌ以上、７０ｎｇ／ｍｌ以上、７１ｎｇ／ｍｌ以上、７２ｎｇ／ｍｌ以上、７３ｎｇ／ｍｌ以上、７４ｎｇ／ｍｌ以上、７５ｎｇ／ｍｌ以上、７６ｎｇ／ｍｌ以上、７７ｎｇ／ｍｌ以上、７８ｎｇ／ｍｌ以上、７９ｎｇ／ｍｌ以上、８０ｎｇ／ｍｌ以上、８１ｎｇ／ｍｌ以上、８２ｎｇ／ｍｌ以上、８３ｎｇ／ｍｌ以上、８４ｎｇ／ｍｌ以上、８５ｎｇ／ｍｌ以上、８６ｎｇ／ｍｌ以上、８７ｎｇ／ｍｌ以上、８８ｎｇ／ｍｌ以上、８９ｎｇ／ｍｌ以上、９０ｎｇ／ｍｌ以上、９１ｎｇ／ｍｌ以上、９２ｎｇ／ｍｌ以上、９３ｎｇ／ｍｌ以上、９４ｎｇ／ｍｌ以上、９５ｎｇ／ｍｌ以上、９６ｎｇ／ｍｌ以上、９７ｎｇ／ｍｌ以上、９８ｎｇ／ｍｌ以上、または９９ｎｇ／ｍｌ以上である場合に、基準レベル以上であるペリオスチンレベルを有し得る。
【０３２５】
ＥＬＥＣＳＹＳ（登録商標）ペリオスチンアッセイを使用する場合、患者は、患者のペリオスチンレベル（例えば、血清または血漿中）が、５０ｎｇ／ｍｌ以下、４９ｎｇ／ｍｌ以下、４８ｎｇ／ｍｌ以下、４７ｎｇ／ｍｌ以下、４６ｎｇ／ｍｌ以下、４５ｎｇ／ｍｌ以下、４４ｎｇ／ｍｌ以下、４３ｎｇ／ｍｌ以下、４２ｎｇ／ｍｌ以下、４１ｎｇ／ｍｌ以下、４０ｎｇ／ｍｌ以下、３９ｎｇ／ｍｌ以下、３８ｎｇ／ｍｌ以下、３７ｎｇ／ｍｌ以下、３６ｎｇ／ｍｌ以下、３５ｎｇ／ｍｌ以下、３４ｎｇ／ｍｌ以下、３３ｎｇ／ｍｌ以下、３２ｎｇ／ｍｌ以下、３１ｎｇ／ｍｌ以下、３０ｎｇ／ｍｌ以下、２９ｎｇ／ｍｌ以下、２８ｎｇ／ｍｌ以下、２７ｎｇ／ｍｌ以下、２６ｎｇ／ｍｌ以下、２５ｎｇ／ｍｌ以下、２４ｎｇ／ｍｌ以下、２３ｎｇ／ｍｌ以下、２２ｎｇ／ｍｌ以下、２１ｎｇ／ｍｌ以下、２０ｎｇ／ｍｌ以下、１９ｎｇ／ｍｌ以下、１８ｎｇ／ｍｌ以下、１７ｎｇ／ｍｌ以下、１６ｎｇ／ｍｌ以下、１５ｎｇ／ｍｌ以下、１４ｎｇ／ｍｌ以下、１３ｎｇ／ｍｌ以下、１２ｎｇ／ｍｌ以下、１１ｎｇ／ｍｌ以下、１０ｎｇ／ｍｌ以下、９ｎｇ／ｍｌ以下、８ｎｇ／ｍｌ以下、７ｎｇ／ｍｌ以下、６ｎｇ／ｍｌ以下、５ｎｇ／ｍｌ以下、４ｎｇ／ｍｌ以下、３ｎｇ／ｍｌ以下、２ｎｇ／ｍｌ以下、または１ｎｇ／ｍｌ以下である場合に、基準レベル以下であるペリオスチンレベルを有し得る。
【０３２６】
ＶＩ．キット
バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の存在及び／または発現レベルの検出における使用のため、キットまたは製品もまた本発明により提供される。そのようなキットは、マスト細胞媒介性炎症性障害（例えば、喘息）を有する患者が、治療、例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療、またはＩｇＥアンタゴニストもしくはＦｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いかどうかを決定するため、及び／または治療による処置に対する喘息を有する患者の応答を評価またはモニタリングするために使用することができる。いくつかの実施形態では、本キットを使用して、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定することができる。他の実施形態では、キットは、患者の試料中のトリプターゼ（例えば、活性または総トリプターゼ）の発現レベルを決定するために使用され得る。そのようなキットは、本発明の方法のいずれかを実施するために使用することができる。
【０３２７】
例えば、本発明は、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットを特徴とし、本キットは、（ａ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、（ｂ）マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために当該試薬を使用するための指示書と、を含む。いくつかの実施形態では、本キットは、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するための試薬を含む。他の実施形態では、本キットは、患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬を含む。
【０３２８】
別の例では、本発明は、ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するためのキットを特徴とし、（ａ）患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、または患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための試薬と、任意で、（ｂ）ＩｇＥアンタゴニストまたはＦｃεＲアンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定するために当該試薬を使用するための指示書と、を含む。
【０３２９】
患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するため、またはトリプターゼの発現レベルを決定するための任意の好適な試薬は、例えばオリゴヌクレオチド、ポリペプチド（例えば、抗体）などを含む、前述のキットのいずれにおいても使用することができる。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、本キットは、患者の試料において２型バイオマーカーのレベルを決定するための試薬をさらに含む。
【０３３１】
例えば、いくつかの実施形態では、試薬はオリゴヌクレオチドを含む。遺伝子座「に特異的な」オリゴヌクレオチドは、その遺伝子座の多型領域に結合するか、またはその遺伝子座の多型領域に隣接して結合する。増幅用のプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドについては、プライマーは、それらが多型領域を含むポリヌクレオチドを産出するために使用するのに十分に近い場合に、隣接する。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、それらが、約１〜２ｋｂ以内、例えば、多型から１ｋｂ未満で結合する場合に隣接する。特異的なオリゴヌクレオチドは配列にハイブリダイズすることができ、好適な条件下では、単個のヌクレオチドだけ異なる配列には結合しない。
【０３３２】
キットに含まれるオリゴヌクレオチドは、プローブとして使用されるかプライマーとして使用されるかに関わらず、検出可能に標識され得る。標識は、直接的に、例えば、蛍光標識に対して、または間接的に検出され得る。間接的検出には、ビオチン−アビジン相互作用、抗体結合などを含む、当業者には既知である任意の検出方法が含まれ得る。蛍光標識したオリゴヌクレオチドはクエンチング分子も含み得る。オリゴヌクレオチドは表面に結合することができる。いくつかの実施形態では、表面はシリカまたはガラスである。いくつかの実施形態では、表面は金属電極である。
【０３３３】
他の実施形態では、トリプターゼの発現レベルを決定するための試薬は、ポリペプチド、例えば抗体であり得る。いくつかの実施形態では、抗体は、検出可能に標識され得る。
【０３３４】
本発明のさらなる他のキットは、アッセイを行うために必要な少なくとも１つの試薬を含む。例えば、本キットは、酵素を含み得る。あるいは、本キットは、緩衝液または任意の他の必要な試薬を含み得る。本キットには、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するか、または患者の試料中のトリプターゼの発現レベルを決定するための、本明細書に記載の陽性対照、陰性対照、試薬、プライマー、シークエンシングマーカー、プローブ、及び抗体の全てまたは一部を含み得る。
【０３３５】
任意の前述のキットは、バイアル、管などの１つまたは複数の容器を厳重に受容するように区分化されたキャリアを備えてよく、容器のそれぞれは、本方法において用いられる別個の要素のうちの１つを含み得る。例えば、容器のうちの１つは、検出可能に標識されるか、または標識され得るプローブを含み得る。かかるプローブは、それぞれ、タンパク質またはメッセージに特異的な抗体またはオリゴヌクレオチドであってもよい。本キットが核酸ハイブリダイゼーションを用いて標的核酸を検出する場合、本キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチド（複数可）を含む容器、及び／または酵素、蛍光、もしくは放射性同位体標識などのレポーター分子に結合されるビオチン結合タンパク質（例えば、アビジンもしくはストレプトアビジン）などのレポーターを含む容器も有し得る。
【０３３６】
かかるキットは、典型的には、上記の容器と、緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用説明を伴う添付文書を含む、商業的及びユーザの視点から望ましい材料を含む１つまたは複数の他の容器と、を備えることになる。ラベルは、組成物が特定の用途に使用されることを示すために容器上に提示される場合があり、上記のものなどのｉｎ  ｖｉｖｏ使用またはｉｎ  ｖｉｔｒｏ使用のいずれかに関する指示も示す場合がある。
【０３３７】
本発明のキットは、多数の実施形態を有する。典型的な実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に含まれる組成物を含むキットであり、この組成物は、タンパク質バイオマーカー（例えば、トリプターゼ）に結合する一次抗体を含み、該容器上のラベルは、この組成物が試料中のかかるタンパク質の存在を評価するために使用され得ることを示し、本キットは、特定の試料型中のバイオマーカータンパク質の存在を評価するための抗体の使用に関する指示を含む。本キットは、試料の調製及び試料への抗体の適用のための指示及び材料のセットをさらに備えることができる。本キットは、一次抗体と二次抗体の両方を含んでもよく、二次抗体は、標識、例えば酵素標識にコンジュゲートされる。
【０３３８】
別の実施形態は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に含まれる組成物を含むキットであり、この組成物は、ストリンジェントな条件下でバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の相補体にハイブリダイズする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含み、該容器上のラベルは、この組成物が試料中のバイオマーカー（例えば、トリプターゼ）の存在を評価するために使用され得ることを示し、本キットは、特定の試料型中のバイオマーカーＲＮＡまたはＤＮＡの存在を評価するためのポリヌクレオチド（複数可）の使用に関する指示書を含む。
【０３３９】
本キットの他の任意の構成要素としては、１つまたは複数の緩衝液（例えば、ブロック緩衝液、洗浄緩衝液、基質緩衝液など）、酵素標識により化学的に変化した基質（例えば、クロモゲン）などの他の試薬、エピトープ賦活化液、対照試料（陽性及び／または陰性対照）、対照スライド（複数可）などが挙げられる。キットには、キットを使用して得られた結果を解釈するための説明書を含むこともできる。
【０３４０】
さらなる特定の実施形態では、抗体ベースキットの場合、キットは、例えば、（１）バイオマーカータンパク質（例えば、トリプターゼ）に結合する第１の抗体（例えば、固体支持体に付着された）と、任意選択で（２）タンパク質または第１の抗体のいずれかに結合し、検出可能な標識にコンジュゲートされた第２の異なる抗体と、を含み得る。
【０３４１】
オリゴヌクレオチドベースキットの場合、本キットは、例えば、（１）トリプターゼ遺伝子（例えば、ＴＰＳＡＢ１またはＴＰＳＢ２）にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、及び／またはバイオマーカータンパク質（例えば、トリプターゼ）をコードする核酸配列、または（２）バイオマーカー核酸分子を増幅させるために有用な一対のプライマーを含み得る。本キットはまた、例えば、緩衝剤、保存剤、またはタンパク質安定化剤を含むことができる。本キットは、検出可能な標識（例えば、酵素または基質）を検出するのに必要な構成要素をさらに含むことができる。本キットは、アッセイされ、試験試料と比較され得る、対照試料または一連の対照試料を含むこともできる。本キットの各構成要素は個別の容器内に封入され得、様々な容器の全ては、キットを使用して行われたアッセイの結果の解釈のための説明書と共に単一のパッケージ中にあり得る。
【０３４２】
上記のキットはいずれも、トリプターゼアンタゴニスト、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）のいずれかを含む１つまたは複数の治療薬、及び／または本明細書に記載される追加の治療薬をさらに含み得る。
【０３４３】
ＶＩＩ．組成物及び薬学的製剤
一態様では、本発明は、一部には、本発明のバイオマーカー（例えば、患者の活性トリプターゼ対立遺伝子数及び／またはトリプターゼの発現レベル）を使用して、治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト及びＩｇＥアンタゴニスト）からなる群から選択される薬剤を含む治療）に応答する可能性が高いマスト細胞媒介性炎症性疾患を有する患者を同定できるという発見に基づく。これらの薬剤、及びこれらの組み合わせは、例えば、本明細書、例えば、上記のセクションＩＩ及びＩＩＩに記載の任意の方法の一部として、マスト細胞媒介性炎症性疾患の処置に有用である。いくつかの実施形態では、治療はマスト細胞指向性療法である。任意の好適なトリプターゼアンタゴニスト（例えば、抗トリプターゼ抗体）、Ｆｃイプシロン受容体（ＦｃεＲ）アンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、プロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニスト、及び／またはＩｇＥアンタゴニストは、本明細書に記載される方法及びアッセイにおいて使用することができる。本発明の方法及びアッセイにおける使用に適切な非限定的な実施例が以下にさらに記載される。
【０３４４】
Ａ．抗体
本明細書に開示される方法において、任意の好適な抗体、例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、及び／または抗ＩｇＥ抗体を使用することができる。上記列挙された実施形態のいずれかで使用するためのそのような抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、及び／または抗ＩｇＥ抗体が、以下のセクションａ〜ｃ及び１〜７で説明されている機能のいずれかを単独または組み合わせて持ち得ることが明確に企図される。
【０３４５】
ａ．抗トリプターゼ抗体
本発明の方法では、任意の好適な抗トリプターゼ抗体を使用することができる。例えば、抗トリプターゼ抗体は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国仮特許出願第６２／４５７，７２２号に記載の任意の抗トリプターゼ抗体であり得る。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）ＤＹＧＭＶのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＦＩＳＳＧＳＳＴＶＹＹＡＤＴＭＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＲＮＹＤＤＷＹＦＤＶのアミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＳＡＳＳＳＶＴＹＭＹのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＲＴＳＤＬＡＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＨＹＨＳＹＰＬＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｌ３、から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは６つ全ての超可変領域（ＨＶＲ）、または上記ＨＶＲの１つもしくは複数と、配列番号１〜６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％の配列同一性（例えば、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性）を有する１つもしくは複数のそれらのバリアントとの組み合わせを含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体は、（ａ）ＤＹＧＭＶのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＦＩＳＳＧＳＳＴＶＹＹＡＤＴＭＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＲＮＹＤＤＷＹＦＤＶのアミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＳＡＳＳＳＶＴＹＭＹのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＲＴＳＤＬＡＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＨＹＨＳＹＰＬＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列もしくは配列番号７のアミノ酸配列の配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列もしくは配列番号８のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号７のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号８のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨドメインは配列番号７のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号８のアミノ酸配列を含む。
【０３４８】
いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号９のアミノ酸配列の配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号１０のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０３４９】
他の実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号１１のアミノ酸配列の配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号１０のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０３５０】
さらに他の実施形態において、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）ＧＹＡＩＴのアミノ酸配列（配列番号１２）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＧＩＳＳＡＡＴＴＦＹＳＳＷＡＫＳのアミノ酸配列（配列番号１３）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＤＰＲＧＹＧＡＡＬＤＲＬＤＬのアミノ酸配列（配列番号１４）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＱＳＩＫＳＶＹＮＮＲＬＧのアミノ酸配列（配列番号１５）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＥＴＳＩＬＴＳのアミノ酸配列（配列番号１６）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＡＧＧＦＤＲＳＧＤＴＴのアミノ酸配列（配列番号１７）を含むＨＶＲ−Ｌ３、から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または６つ全ての超可変領域（ＨＶＲ）、または、上記ＨＶＲの１つもしくは複数と、配列番号１２〜１７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％の配列同一性（例えば、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性）を有する１つもしくは複数のそれらのバリアントとの組み合わせを含む。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体は、（ａ）ＧＹＡＩＴのアミノ酸配列（配列番号１２）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＧＩＳＳＡＡＴＴＦＹＳＳＷＡＫＳのアミノ酸配列（配列番号１３）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＤＰＲＧＹＧＡＡＬＤＲＬＤＬのアミノ酸配列（配列番号１４）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＱＳＩＫＳＶＹＮＮＲＬＧのアミノ酸配列（配列番号１５）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＥＴＳＩＬＴＳのアミノ酸配列（配列番号１６）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＡＧＧＦＤＲＳＧＤＴＴのアミノ酸配列（配列番号１７）を含むＨＶＲ−Ｌ３、を含む。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列もしくは配列番号１８のアミノ酸配列の配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列もしくは配列番号１９のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメインを含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号１８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号１９のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨドメインは配列番号１８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号１９のアミノ酸配列を含む。
【０３５２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号２０のアミノ酸配列の配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号２１のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖を含む。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０３５３】
前述の方法のいずれかの他の実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号２２のアミノ酸配列の配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列または配列番号２１のアミノ酸配列の配列を含む軽鎖を含む。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体（例えば、抗トリプターゼベータ抗体）は、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０３５４】
いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体は、前述の抗体のうちのいずれか１つと同じエピトープに結合する抗体である。
【０３５５】
本明細書に開示されている任意の抗トリプターゼ抗体は、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））を含む、以下のサブセクションＣに記載されている任意の抗ＩｇＥ抗体と組み合わせて投与することができる。
【０３５６】
ｂ．ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体
任意の好適なＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体を、本発明の方法において使用することができる。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体は、抗Ｍ１’抗体（例えば、キリズマブ）である。いくつかの実施形態では、抗Ｍ１’抗体は、国際特許出願公開第ＷＯ２００８／１１６１４９に記載されている任意の抗Ｍ１’抗体である。
【０３５７】
ｃ．抗ＩｇＥ抗体
任意の好適な抗ＩｇＥ抗体を、本発明の方法において使用することができる。例示的な抗ＩｇＥ抗体には、ｒｈｕＭａｂＥ２５（Ｅ２５、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）））、Ｅ２６、Ｅ２７、及びＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）、ＨＡ抗体、リゲリズマブ、及びタリズマブが含まれる。ヒト化抗ＩｇＥ抗体Ｅ２５、Ｅ２６及びＥ２７の重鎖及び軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列は、例えば、米国特許第６，１７２，２１３号及びＷＯ９９／０１５５６に開示されている。ＣＧＰ−５１０１（Ｈｕ−９０１）抗体は、Ｃｏｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９９（５）：８７９−８８７，１９９７；ＷＯ９２／１７２０７、ならびにＡＴＣＣ  Ｄｅｐ．Ｎｏｓ．ＢＲＬ−１０７０６、ＢＲＬ−１１１３０、ＢＲＬ−１１１３１、ＢＲＬ−１１１３２、及びＢＲＬ−１１１３３に記載されている。ＨＡ抗体は、米国出願第６０／４４４，２２９号、ＷＯ２００４／０７００１１、及びＷＯ２００４／０７００１０に記載されている。
【０３５８】
例えば、いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、次の６つのＨＶＲ：（ａ）ＧＹＳＷＮのアミノ酸配列（配列番号４０）を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＳＩＴＹＤＧＳＴＮＹＮＰＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号４１）を含むＨＶＲ−Ｈ２、（ｃ）ＧＳＨＹＦＧＨＷＨＦＡＶのアミノ酸配列（配列番号４２）を含むＨＶＲ−Ｈ３、（ｄ）ＲＡＳＱＳＶＤＹＤＧＤＳＹＭＮのアミノ酸配列（配列番号４３）を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｅ）ＡＡＳＹＬＥＳのアミノ酸配列（配列番号４４）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及び（ｆ）ＱＱＳＨＥＤＰＹＴのアミノ酸配列（配列番号４５）を含むＨＶＲ−Ｌ３、のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つ全てを含む。いくつかの実施形態では、抗ＩｇＥ抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）を有するアミノ酸配列を含むＶＬドメイン、または（ｃ）（ａ）のようなＶＨドメイン及び（ｂ）のようなＶＬドメイン、を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＶＨドメインは配列番号３８のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインは配列番号３９のアミノ酸配列を含む。本明細書に記載される任意の抗ＩｇＥ抗体は、上記のサブセクションＡに記載されている任意の抗トリプターゼ抗体と組み合わせて使用され得る。
【０３５９】
１．抗体親和性
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、または抗ＩｇＥ抗体）は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、１ｐＭ以下、または０．１ｐＭ以下（例えば、１０−６Ｍ以下、１０−６Ｍ〜１０−９Ｍ以下、例えば１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ以下）の解離定数（ＫＤ）を有する。例えば、いくつかの実施形態では、抗トリプターゼ抗体は、約１００ｎＭ以下（例えば、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、１００ｐＭ以下、１０ｐＭ以下、１ｐＭ以下、または０．１ｐＭ以下）のＫＤでトリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、約１０ｎＭ以下（例えば、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、１００ｐＭ以下、１０ｐＭ以下、１ｐＭ以下、または０．１ｐＭ以下）のＫＤでトリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、１ｎＭ以下（例えば、１ｎＭ以下、１００ｐＭ以下、１０ｐＭ以下、１ｐＭ以下、または０．１ｐＭ以下）のＫＤでトリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に結合する。いくつかの実施形態では、上記または本明細書に記載の任意の抗トリプターゼ抗体は、約０．５ｎＭ以下（例えば、０．５ｎＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、１００ｐＭ以下、５０ｐＭ以下、２５ｐＭ以下、１０ｐＭ以下、１ｐＭ以下、または０．１ｐＭ以下）のＫＤでトリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、約０．１ｎＭ〜約０．５ｎＭ（例えば、約０．１ｎＭ、約０．２ｎＭ、約０．３ｎＭ、約０．４ｎＭ、または約０．５ｎＭ）のＫＤでトリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、トリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に約０．４ｎＭのＫＤで結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、トリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に約０．１８ｎＭのＫＤで結合する。本明細書に記載されている他の抗体のいずれも、抗トリプターゼ抗体に関して上述したような親和性でその抗原に結合することができる。
【０３６０】
一実施形態では、ＫＤは、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。一実施形態では、ＲＩＡは、目的とする抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を用いて行われる。例えば、抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の一連の滴定の存在下で、Ｆａｂを最低濃度の（１２５Ｉ）標識抗原と平衡させ、次いで、抗Ｆａｂ抗体をコーティングしたプレートで結合した抗原を捕捉することによって測定される（例えば、Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１，１９９９を参照のこと）。アッセイのための条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中５μｇ／ｍＬの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後、ＰＢＳ中２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンにより、室温（約２３℃）で２〜５時間ブロッキングする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ番号２６９６２０）中で、１００ｐＭまたは２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、目的とするＦａｂ（例えば、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７において抗ＶＥＧＦ抗体Ｆａｂ−１２の評価と一致している）の連続希釈液と混合する。その後、目的とするＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションをより長い期間（例えば、約６５時間）続けて、平衡への到達を確実にすることができる。その後、混合物を、室温での（例えば、１時間にわたる）インキュベーションのために、捕捉プレートに移す。次いで、この溶液を除去し、プレートを、ＰＢＳ中０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μＬ／ウェルのシンチラント（ｓｃｉｎｔｉｌｌａｎｔ）（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）、Ｐａｃｋａｒｄ）を添加し、ＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）でプレートを１０分間計数する。最大結合の２０％以下をもたらす各Ｆａｂの濃度を、競合結合アッセイにおいて使用するために選定する。
【０３６１】
別の実施形態によれば、ＫＤは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用するアッセイを、約１０の反応単位（ＲＵ）で、固定化された抗原ＣＭ５チップによって２５℃で実行する。一実施形態では、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）は、供給者の指示書に従って、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）を用いて活性化される。抗原を１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍＬ（約０．２μＭ）になるまで希釈した後に、５μＬ／分の流速で注入して、およそ１０応答単位（ＲＵ）のカップリングしたタンパク質を得る。抗原の注入後、１Ｍのエタノールアミンを注入して、未反応の基をブロッキングする。動態測定の場合、Ｆａｂの２倍の連続希釈液（０．７８ｎＭ〜５００ｎＭ）を、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）−２０）界面活性剤（ＰＢＳＴ）と２５℃で約２５μｌ／分の流速で注入する。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）は、単純な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して、会合及び解離のセンサーグラムを同時に当てはめることで計算される。平衡解離定数（ＫＤ）を、比率ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算する。例えば、Ｃｈｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１，１９９９）を参照のこと。上記表面プラズモン共鳴アッセイによるオンレートが１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合、オンレートは、分光計、例えばストップトフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）、または撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）で測定される場合に、増加する抗原濃度の存在下で、２５℃で、ＰＢＳ中２０ｎＭの抗−抗原抗体（Ｆａｂ型）（ｐＨ７．２）の蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加または減少を測定する蛍光クエンチング技術を使用して決定することができる。
【０３６２】
いくつかの実施形態では、ＫＤは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）ＳＰＲアッセイを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＳＰＲアッセイは、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）Ｔ２００または同等のデバイスを使用することができる。いくつかの実施形態では、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）シリーズＳ  ＣＭ５センサーチップ（または同等のセンサーチップ）は、モノクローナルマウス抗ヒトＩｇＧ（Ｆｃ）抗体で固定化され、その後、抗トリプターゼ抗体がフローセル上に捕捉される。Ｈｉｓタグ付きヒトトリプターゼベータ１モノマー（配列番号１２８）の連続３倍希釈液を３０μｌ／分の流速で注入する。各試料は、３分間の会合と１０分間の解離で分析される。アッセイは２５℃で行われる。各注入後、チップは３ＭのＭｇＣｌ２を使用して再生される。結合応答は、反応単位（ＲＵ）を、同様の密度の無関連のＩｇＧを捕捉するフローセルから除去することによって補正した。ｋｏｎ及びｋｏｆｆの同時フィッティングの１：１Ｌａｎｇｕｉｒモデルを、動態分析に使用した。
【０３６３】
２．抗体フラグメント
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、または抗ＩｇＥ抗体）は、抗体フラグメントである。抗体フラグメントには、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖフラグメント、ならびに以下に記載される他のフラグメントが含まれるが、これらに限定されない。ある特定の抗体フラグメントの概説については、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照のこと。ｓｃＦｖフラグメントの概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）を参照のこと、また、ＷＯ９３／１６１８５、及び米国特許第５，５７１，８９４号、及び第５，５８７，４５８号も参照のこと。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期が増加したＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２フラグメントの考察については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照のこと。
【０３６４】
ダイアボディは、二価性または二重特異性であり得る、２つの抗原結合部位を有する抗体フラグメントである。例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ１９９３／０１１６１；Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４，２００３；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８，１９９３を参照のこと。トリアボディ及びテトラボディもまたＨｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４，２００３に記載されている。
【０３６５】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部分または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部分を含む、抗体フラグメントである。ある特定の実施形態では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照のこと）。
【０３６６】
抗体フラグメントは、本明細書に記載される、インタクトな抗体のタンパク分解、及び組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生を含むが、これらに限定されない、様々な技法によって作製され得る。
【０３６７】
３．キメラ及びヒト化抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、または抗ＩｇＥ抗体）は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５，１９８４に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長類、例えば、サルに由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化した「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、それらの抗原結合フラグメントが含まれる。
【０３６８】
ある特定の実施形態では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的に、非ヒト抗体は、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低減するためにヒト化される。一般的に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ（またはそれらの部分）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（またはそれらの部分）がヒト抗体配列に由来する、１つまたは複数の可変ドメインを含む。任意にヒト化抗体はまた、ヒト定常領域の少なくとも一部分も含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体におけるいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復または向上させるために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基の由来となった抗体）に由来する対応する残基で置換される。
【０３６９】
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３，２００８において概説されており、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９，１９８８；Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１００２９−１００３３、１９８９、米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１、及び同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：２５−３４，２００５（特異性決定領域（ＳＤＲ）グラフティングを説明）、Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８，１９９１（「表面再構成（ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ）」について記載）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：４３−６０，２００５（「ＦＲシャフリング」について記載）；及びＯｓｂｏｕｒｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：６１−６８，２００５及びＫｌｉｍｋａ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０，２０００（ＦＲシャフリングへの「ガイドセレクション（ｇｕｉｄｅｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）」アプローチについて記載）においてさらに説明される。
【０３７０】
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、「最適な」方法を使用して選択されたフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６，１９９３を参照のこと）、軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５，１９９２、及びＰｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３，１９９３を参照のこと）、ヒト成熟（体細胞突然変異した）フレームワーク領域またはヒト生殖系列フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３，２００８を参照のこと）、ならびにＦＲライブラリのスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８−１０６８４，１９９７及びＲｏｓｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１−２２６１８，１９９６を参照のこと）を含むがこれに限定されない。
【０３７１】
４．ヒト抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、または抗ＩｇＥ抗体）は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で知られている様々な技術を使用して生成することができる。ヒト抗体は、一般的にｖａｎ  Ｄｉｊｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４，２００１及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９，２００８に記載されている。
【０３７２】
ヒト抗体は、免疫原を、抗原投与に応答してインタクトなヒト抗体、またはヒト可変領域を含むインタクトな抗体を産生するように修飾されたトランスジェニック動物に投与することによって、調製され得る。かかる動物は、典型的に、内因性免役グロブリン遺伝子座を置き換える、または染色体外に存在するか、もしくは動物の染色体中に無作為に組み込まれる、ヒト免役グロブリン遺伝子座の全てまたは一部分を含有する。かかるトランスジェニックマウスにおいて、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般に、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５，２００５を参照のこと。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術について記載した米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術について記載した米国特許第５，７７０，４２９号、Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載した米国特許第７，０４１，８７０号、ならびにＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載した米国特許出願公開第ＵＳ２００７／００６１９００号もまた参照のこと。かかる動物によって生成されるインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに修飾されてもよい。
【０３７３】
ヒト抗体はまた、ハイブリドーマベースの方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫細胞株及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３３：３００１，１９８４；Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：８６，１９９１を参照のこと）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により生成されるヒト抗体についても、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５６２，２００６に記載されている。さらなる方法には、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生について記載している）及びＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８，２００６（ヒト−ヒトハイブリドーマについて記載している）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ（トリオーマ技術）についても、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ２０（３）：９２７−９３７，２００５及びＶｏｌｌｍｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｆｉｎｄｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ２７（３）：１８５−９１，２００５に記載される。
【０３７４】
ヒト抗体はまた、ヒト由来ファージディスプレイライブラリから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。かかる可変ドメイン配列は、次いで、所望のヒト定常ドメインと組み合わされてもよい。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための技法は、以下に記載される。
【０３７５】
５．ライブラリ由来抗体
本発明の抗体は、所望の活性（複数可）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージディスプレイライブラリを生成し、所望の結合特性を保有する抗体についてかかるライブラリをスクリーニングするための様々な方法が当該技術分野で既知である。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に概説され、さらに、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４，１９９０；Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８，１９９１；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７，１９９２；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１６１−１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）；Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９：−３１０，２００４；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３，２００４；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０１（３４）：１２４６７−１２４７２，２００４；及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４（１−２）：１１９−１３２，２００４に記載される。
【０３７６】
ある特定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別個にクローニングされ、ファージライブラリ中で無作為に組み換えられ、それを次いで、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−４５５，１９９４に記載のように抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、典型的に、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）フラグメントとしてまたはＦａｂフラグメントとしてのいずれかで、抗体フラグメントを提示する。免疫されたソース由来のライブラリは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対する高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４，１９９３によって記載されるように、ナイーブレパートリーをクローニングして（例えば、ヒトから）、いかなる免疫化も伴わずに、広範な非自己抗原及びさらには自己抗原に対する抗体の単一のソースを提供することができる。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１−３８８，１９９２に記載されるように、幹細胞からの再編成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して、高度に可変的なＨＶＲ３領域をコードし、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの再編成を達成することによって、ナイーブライブラリを合成的に作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリについて記載する特許公開としては、例えば、米国特許第５，７５０，３７３、ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。
【０３７７】
ヒト抗体ライブラリから単離された抗体または抗体フラグメントは、本明細書においてヒト抗体またはヒト抗体フラグメントと見なされる。
【０３７８】
６．多重特異性抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体（例えば、抗トリプターゼ抗体、抗ＦｃεＲ抗体、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、抗ＰＡＲ２抗体、または抗ＩｇＥ抗体）は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対する結合特異性を有する、モノクローナル抗体である。例えば、抗トリプターゼ抗体に関して、ある特定の実施形態では、二重特異性抗体は、２つの異なるトリプターゼのエピトープに結合することができる。ある特定の実施形態では、結合特異性のうちの一方は、トリプターゼに対するものであり、他方は、任意の他の抗原（例えば、第２の生体分子）に対するものである。いくつかの実施形態では、二重特異性抗体は、２つの異なるトリプターゼのエピトープに結合することができる。他の実施形態では、結合特異性のうちの一方は、トリプターゼ（例えば、ヒトトリプターゼ、例えば、ヒトトリプターゼベータ）に対するものであり、他方は、任意の他の抗原（例えば、第２の生体分子、例えばＩＬ−１３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−３３、ＩｇＥ、Ｍ１プライム、ＣＲＴＨ２、またはＴＲＰＡ）に対するものである。したがって、二重特異性抗体は、トリプターゼ及びＩＬ−１３、トリプターゼ及びＩｇＥ、トリプターゼ及びＩＬ−４、トリプターゼ及びＩＬ−５、トリプターゼ及びＩＬ−１７、またはトリプターゼ及びＩＬ−３３に対して結合特異性を有し得る。特に、二重特異性抗体は、トリプターゼ及びＩＬ−１３またはトリプターゼ及びＩＬ−３３に対して結合特異性を有し得る。他の特定の実施形態では、二重特異性抗体は、トリプターゼ及びＩｇＥに対して結合特異性を有し得る。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体フラグメントとして調製することができる。
【０３７９】
多重特異性抗体を作製する技法としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖ペアの組換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３０５：５３７，１９８３、ＷＯ  ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３６５５，１９９１を参照のこと）、ならびに「ノブ・イン・ホール（ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ）」操作（例えば米国特許第５，７３１，１６８号を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。多重特異性抗体は、抗体Ｆｃヘテロ二量体分子を作製するための静電的ステアリング（ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ  ｓｔｅｅｒｉｎｇ）効果を操作することによって（ＷＯ２００９／０８９００４Ａ１）、２つまたは複数の抗体またはフラグメントを架橋することによって（例えば、米国特許第４，６７６，９８０号、及びＢｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１，１９８５を参照のこと）、二重特異性抗体を産生するためにロイシンジッパーを使用して（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４８（５）：１５４７−１５５３，１９９２）、二重特異性抗体フラグメントを作製するために「ダイアボディ」技術を使用して（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８，１９９３を参照のこと）、ならびに一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ダイマーを使用して（例えば、Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８，１９９４）、ならびに、例えば、Ｔｕｔｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０，１９９１に記載のように三重特異性抗体を調製することによって、作製され得る。
【０３８０】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照のこと）。
【０３８１】
本明細書の抗体またはフラグメントには、トリプターゼ及び別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用（Ｄｕａｌ  Ａｃｔｉｎｇ）Ｆａｂ」または「ＤＡＦ」も含まれる（例えば、ＵＳ２００８／００６９８２０を参照のこと）。
【０３８２】
ノブ・イントゥ・ホール
多重特異性抗体を産生する方法としてのノブ・イントゥ・ホールの使用が、例えば、米国特許第５，７３１，１６８号、ＷＯ２００９／０８９００４、ＵＳ２００９／０１８２１２７、ＵＳ２０１１／０２８７００９、Ｍａｒｖｉｎ  ａｎｄ  Ｚｈｕ，Ａｃｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．（２００５）２６（６）：６４９−６５８、及びＫｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００５）Ａｃｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．２６：１−９に記載される。簡潔な非限定的考察が、以下に提供される。
【０３８３】
「突出部」は、ヘテロ多量体を安定化させ、それにより、例えば、ホモ多量体形成よりもヘテロ多量体形成を優先するように、第１のポリペプチドの界面から突出し、したがって隣接する界面（すなわち、第２のポリペプチドの界面）にある相補的空洞内で位置付け可能である、少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。突出部は、元の界面内に存在してもよく、または、合成により（例えば、界面をコードする核酸を変化させることによって）導入してもよい。いくつかの実施形態では、第１のポリペプチドの界面をコードする核酸を、突出部をコードするように変化させる。これを達成するために、第１のポリペプチドの界面の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも大きい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードする核酸で置き換えられる。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得ることが理解されるだろう。様々なアミノ残基の側鎖体積は、例えば、ＵＳ２０１１／０２８７００９の表１または米国特許第７，６４２，２２８号の表１に示されている。
【０３８４】
いくつかの実施形態では、突出部の形成のための移入残基は、アルギニン（Ｒ）、フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、及びトリプトファン（Ｗ）から選択される天然のアミノ酸残基である。いくつかの実施形態では、移入残基は、トリプトファンまたはチロシンである。いくつかの実施形態では、突出部の形成のための元の残基は、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、スレオニン、またはバリンのように、小さな側鎖体積を有する。例えば、米国特許第７，６４２，２２８号を参照のこと。
【０３８５】
「空洞」は、第２のポリペプチドの界面から凹んでおり、したがって、隣接する第１のポリペプチドの界面上の対応する突出部を収容する少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。空洞は、元の界面内に存在してもよく、または、合成により（例えば、界面をコードする核酸を変化させることによって）導入してもよい。いくつかの実施形態では、第２のポリペプチドの界面をコードする核酸を、空洞をコードするように変化させる。これを達成するために、第２のポリペプチドの界面内の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸は、元のアミノ酸残基よりも小さい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードするＤＮＡで置換される。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得ることが理解されるだろう。いくつかの実施形態では、空洞の形成のための移入残基は、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）、及びバリン（Ｖ）から選択される天然のアミノ酸残基である。いくつかの実施形態では、移入残基は、セリン、アラニン、またはスレオニンである。いくつかの実施形態では、空洞の形成のための元の残基は、チロシン、アルギニン、フェニルアラニン、またはトリプトファンのように、大きな側鎖体積を有する。
【０３８６】
突出部は、空洞内で「位置付け可能」であり、これは、それぞれ、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドの界面の突出部及び空洞の空間的位置、ならびに突出部及び空洞の大きさが、界面での第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの正常な会合を著しく乱すことなく突出部が空洞内に位置し得るようなものであることを意味する。Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、及びＴｒｐなどの突出部は、通常、界面の軸から垂直に延びておらず、好ましい構造を有するため、突出部と対応する空洞の位置合わせは、場合によっては、Ｘ線結晶学または核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって得られるもののような三次元構造に基づく突出部／空洞のペアのモデリングに依存し得る。これは、当該技術分野で広く許容されている技法を使用して達成することができる。
【０３８７】
いくつかの実施形態では、ＩｇＧ１定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗである。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖから選択される１つまたは複数の変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ１定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖを含む。
【０３８８】
いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４定常領域内のノブ変異は、Ｔ３６６Ｗである。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖから選択される１つまたは複数の変異を含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４定常領域内のホール変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖを含む。
【０３８９】
７．抗体バリアント
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列バリアントが企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性、例えば阻害活性を改善することが望ましいことがある。抗体のアミノ酸配列バリアントは、適切な修飾を、抗体をコードするヌクレオチド配列中に導入することによって、またはペプチド合成によって、調製されてもよい。かかる修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／またはそれへの挿入、及び／またはその置換が挙げられる。最終構築物に到達するように、欠失、挿入、及び置換を任意に組み合わせてもよいが、ただし、その最終構築物が、所望の特徴、例えば、抗原結合性を有することを条件とする。
【０３９０】
ａ）置換、挿入、及び欠失バリアント
ある特定の実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換型突然変異の目的の部位には、ＨＶＲ及びＦＲが挙げられる。保存的置換は、表１において、「好ましい置換」の見出しの下に示される。より実質的な変化が、表１において「例示的な置換」という見出しの下に提供され、アミノ酸側鎖クラスに関して以下にさらに記載される。アミノ酸置換が目的の抗体中に導入され、産物が、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについて、スクリーニングされてもよい。
【０３９１】
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アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従って分類され得る：
（１）疎水性：ノルロイシン，Ｍｅｔ，Ａｌａ，Ｖａｌ，Ｌｅｕ，Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ，Ｓｅｒ，Ｔｈｒ，Ａｓｎ，Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ，Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ，Ｌｙｓ，Ａｒｇ；
（５）鎖の配向に影響を与える残基：Ｇｌｙ，Ｐｒｏ；
（６）芳香性：Ｔｒｐ，Ｔｙｒ，Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うであろう。
【０３９２】
ある種類の置換型バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化抗体またはヒト抗体）の１つまたは複数の超可変領域残基を置換することを伴う。一般的に、さらなる試験のために選択される得られたバリアント（複数可）は、親抗体と比較してある特定の生物学的特性（例えば、親和性の増加、免疫原性の低減）の修正（例えば、改善）を有し、及び／または実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有する。例示的な置換型バリアントは親和性成熟抗体であり、これは、例えば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイベースの親和性成熟技術を使用して、簡便に生成され得る。簡潔に述べると、１つまたは複数のＨＶＲ残基を変異させ、バリアント抗体をファージ上にディスプレイさせ、特定の生体活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングする。
【０３９３】
変化（例えば、置換）をＨＶＲにおいて行い、例えば、抗体親和性を改善してもよい。このような変化は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち体細胞成熟プロセス中に高頻度で突然変異を受けるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９−１９６，２００８を参照のこと）、及び／または抗原と接触する残基において行われ得、得られたバリアントＶＨまたはＶＬの結合親和性が試験される。二次ライブラリを構築し、そこから再選択することによる親和性成熟は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に記載されている。親和性成熟のいくつかの実施形態では、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異導入法）のいずれかによって、成熟のために選択される可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作製される。次いで、ライブラリは所望の親和性を有する任意の抗体バリアントを同定するために、スクリーニングされる。多様性を導入するための別の方法は、数個のＨＶＲ残基（例えば、１回に４〜６個の残基）がランダム化されたＨＶＲ指向性アプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異導入法またはモデリングを使用して、具体的に同定されてもよい。ＨＶＲ−Ｈ３及びＨＶＲ−Ｌ３が特に標的とされることが多い。
【０３９４】
ある特定の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、そのような変化が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低減しない限り、１つまたは複数のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的改変（例えば、本明細書に提供される保存的置換）が、ＨＶＲ内で行われてもよい。そのような変化は、例えば、ＨＶＲの抗原接触残基の外側にあってもよい。上に提供されるバリアントＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施形態では、各ＨＶＲは、変化させられないか、またはわずか１つ、２つ、もしくは３つのアミノ酸置換を含有するにすぎないかのいずれかである。
【０３９５】
変異導入のために標的化され得る抗体の残基または領域の同定に有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１０８１−１０８５，１９８９によって説明される「アラニンスキャニング変異導入法」と呼ばれる。この方法では、標的残基（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、及びＧｌｕなどの荷電残基）のうちの１つの残基または残基群を同定し、それを中性または負荷電アミノ酸（例えば、Ａｌａまたはポリアラニン）によって置き換えて、抗体と抗原との相互作用が影響を受けるかどうかを判定する。さらなる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の場所に導入されてもよい。あるいは、または加えて、抗原抗体複合体の結晶構造は、抗体と抗原との間の接触点を特定する。かかる接触残基及び隣接残基は、置換の候補として標的とされるか、または排除され得る。バリアントをスクリーニングして、それらが所望の特性を含有するかどうかを決定してもよい。
【０３９６】
アミノ酸配列挿入には、１個の残基から１００個以上の残基を含有するポリペプチドの長さにわたる、アミノ末端及び／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一のまたは多数のアミノ酸残基の配列内（ｉｎｔｒａｓｅｑｕｅｎｃｅ）挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入バリアントとしては、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴのための）またはポリペプチドへの抗体のＮ末端もしくはＣ末端の融合が挙げられ、これは抗体の血清半減期を増大させる。
【０３９７】
ｂ）グリコシル化バリアント
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少させるように変化する。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つまたは複数のグリコシル化部位が作製されるか、または除去されるように、アミノ酸配列を変化させることによって、簡便に遂行され得る。
【０３９８】
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに付着した炭水化物は変更され得る。哺乳類細胞によって産生される天然抗体は、典型的には、一般にＮ−結合によって、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に結合される、分岐した二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ  １５：２６−３２，１９９７を参照のこと。オリゴ糖類には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、ならびに二分岐オリゴ糖構造の「ステム」においてＧｌｃＮＡｃに結合したフコースが挙げられ得る。いくつかの実施形態では、特定の特性が改善された抗体バリアントを作製するために、本発明の抗体内のオリゴ糖の修飾が行われ得る。
【０３９９】
一実施形態では、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。例えば、かかる抗体中のフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％、または２０％〜４０％であり得る。フコースの量は、例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６号に記載されるように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定する場合、Ａｓｎ  ２９７に結合した全ての糖鎖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、及び高マンノース構造）の合計と比べた、Ａｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を算出することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の２９７位辺り（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）にあるアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７は、抗体のわずかな配列の違いによって、２９７位の約±３アミノ酸上流または下流、すなわち２９４位と３００位の間にある場合もある。かかるフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。例えば、米国特許公開第２００３／０１５７１０８号及び同第２００４／００９３６２１号を参照のこと。「脱フコシル化」または「フコース欠損」抗体バリアントに関連する文書の例には、ＵＳ２００３／０１５７１０８；ＷＯ２０００／６１７３９；ＷＯ２００１／２９２４６；ＵＳ２００３／０１１５６１４；ＵＳ２００２／０１６４３２８；ＵＳ２００４／００９３６２１；ＵＳ２００４／０１３２１４０；ＵＳ２００４／０１１０７０４；ＵＳ２００４／０１１０２８２；ＵＳ２００４／０１０９８６５；ＷＯ２００３／０８５１１９；ＷＯ２００３／０８４５７０；ＷＯ２００５／０３５５８６；ＷＯ２００５／０３５７７８；ＷＯ２００５／０５３７４２；ＷＯ２００２／０３１１４０；Ｏｋａｚａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９，２００４；Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４，２００４が挙げられる。脱フコシル化抗体を産生することが可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損したＬｅｃ１３  ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３−５４５，１９８６；ＵＳ  ２００３／０１５７１０８、及びＷＯ２００４／０５６３１２  Ａ１，特に実施例１１）、ならびにα−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４，２００４；Ｋａｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．９４（４）：６８０−６８８，２００６、及びＷＯ  ２００３／０８５１０７を参照のこと）が挙げられる。
【０４００】
二分オリゴ糖類を有する、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖類がＧｌｃＮＡｃによって二分される、抗体バリアントがさらに提供される。かかる抗体バリアントは、低減されたフコシル化及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。かかる抗体バリアントの例は、例えばＷＯ２００３／０１１８７８、米国特許第６，６０２，６８４号、及びＵＳ２００５／０１２３５４６に記載される。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖類において少なくとも１個のガラクトース残基を有する、抗体バリアントもまた提供される。かかる抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。かかる抗体バリアントは、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７、ＷＯ１９９８／５８９６４、及びＷＯ１９９９／２２７６４に記載されている。
【０４０１】
ｃ）Ｆｃ領域バリアント
ある特定の実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸修飾が本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に導入され得、それによりＦｃ領域バリアントが生成され得る。Ｆｃ領域バリアントは、１つまたは複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４  Ｆｃ領域）を含み得る。
【０４０２】
ある特定の実施形態では、本発明は、全てではないがいくつかのエフェクター機能を有し、それにより、ｉｎ  ｖｉｖｏでの抗体の半減期が重要であるが、さらに特定のエフェクター機能（補体及びＡＤＣＣなど）が不要であるか、または有害である用途に対して望ましい候補となる、抗体バリアントを企図する。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及び／またはｉｎ  ｖｉｖｏ細胞傷害アッセイを実施して、ＣＤＣ及び／またはＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行して、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力の保持を確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介するための主要な細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、一方で単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２，１９９１の４６４頁の表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号に記載されている（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８３：７０５９−７０６３，１９８６及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：１４９９−１５０２，１９８５；米国特許第５，８２１，３３７号（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１−１３６１，１９８７を参照のこと）を参照のこと）。あるいは、非放射性アッセイ法を使用してもよい（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ及びＣｙｔｏＴｏｘ  ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を参照のこと）。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、またはこれに加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、ｉｎ  ｖｉｖｏで、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：６５２−６５６，１９９８に開示されるもの等の動物モデルにおいて評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイも実施し、抗体がＣ１ｑに結合不可能であり、それによりＣＤＣ活性を欠いていることを確認してもよい。例えば、ＷＯ２００６／０２９８７９及びＷＯ２００５／１００４０２のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照のこと。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行ってもよい（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２：１６３，１９９６；Ｃｒａｇｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ  １０１：１０４５−１０５２，２００３；及びＣｒａｇｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ  １０３：２７３８−２７４３，２００４を参照のこと）。ＦｃＲｎ結合及びｉｎ  ｖｉｖｏクリアランス／半減期決定もまた、当該技術分野において公知である方��を使用して実行し得る（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｎｔｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９−１７６９，２００６を参照のこと）。
【０４０３】
低減されたエフェクター機能を有する抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうちの１つまたは複数の置換を有するものが含まれる（米国特許第６，７３７，０５６号）。かかるＦｃ突然変異体には、アラニンへの残基２６５及び２９７の置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、アミノ酸２６５、２６９、２７０、２９７、及び３２７位のうちの２つ以上において置換を有するＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。
【０４０４】
ＦｃＲへの改善された、または減少した結合を有する、ある特定の抗体バリアントが記載される。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１−６６０４，２００１を参照のこと）。
【０４０５】
ある特定の実施形態では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８、３３３、及び／または３３４位（残基のＥＵ番号付け）での置換を有するＦｃ領域を含む。
【０４０６】
いくつかの実施形態では、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４，２０００に記載されているように、変化した（すなわち、改善または減少した）Ｃ１ｑ結合及び／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）をもたらすＦｃ領域での変化が作られる。
【０４０７】
半減期が延長され、かつ母体ＩｇＧの胎児への移送に関与する新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７，１９７６及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９，１９９４）が、ＵＳ２００５／００１４９３４に記載される。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する１つまたは複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃバリアントには、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４のうちの１つまたは複数における置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を有するものが挙げられる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
【０４０８】
Ｆｃ領域バリアントの他の例に関する、Ｄｕｎｃａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０，１９８８；米国特許第５，６４８，２６０号、及び同第５，６２４，８２１号、及びＷＯ９４／２９３５１もまた参照のこと。
【０４０９】
ｄ）システイン操作された抗体バリアント
ある特定の実施形態では、抗体の１つまたは複数の残基がシステイン残基で置換されているシステイン操作抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作成することが望ましい場合がある。特定の実施形態では、置換された残基は、抗体の接触可能部位に生じる。それらの残基をシステインで置換することによって、反応性のチオール基はそれによって、抗体の接触可能部位に位置付けられ、それを使用して、抗体を、薬物部分またはリンカー−薬物部分などの他の部分にコンジュゲートして、本明細書にさらに記載される、免疫コンジュゲートを作り出してもよい。ある特定の実施形態では、次の残基：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号）のいずれか１つまたは複数をシステインで置換してもよい。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されているように生成され得る。
【０４１０】
ｅ）抗体誘導体
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、当該技術分野で既知であり、かつ容易に入手可能な追加の非タンパク質性部分を含有するようにさらに修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部分には、水溶性ポリマーが含まれるが、これらに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中で安定であるため、製造において利点を有し得る。ポリマーは、任意の分子量のものであってもよく、分岐していても非分岐であってもよい。抗体に結合したポリマーの数は異なり得、１つより多くのポリマーが結合している場合、それらは同じ分子または異なる分子であり得る。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／または種類は、改善される抗体の特定の性質または機能、抗体誘導体が規定条件下で治療に使用されるかどうかなどを含むがこれらに限定されない考慮事項に基づいて決定することができる。
【０４１１】
別の実施形態では、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る、抗体と非タンパク質性部分とのコンジュゲートが提供される。一実施形態では、非タンパク質性部分はカーボンナノチューブである（Ｋａｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １０２：１１６００−１１６０５，２００５）。放射線は、任意の波長のものであってよく、一般の細胞を害さないが、非タンパク質性部分を、抗体−非タンパク質性部分に近位の細胞が死滅させられる温度まで加熱する波長が含まれるが、これらに限定されない。
【０４１２】
Ｂ．薬学的製剤
本発明に従って使用される治療剤（例えば、任意のトリプターゼアンタゴニスト（例えば、本明細書に記載される任意の抗トリプターゼ抗体を含む抗トリプターゼ抗体）、ＦｃεＲアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞または好塩基球枯渇抗体、ＰＡＲ２アンタゴニスト、ＩｇＥアンタゴニスト（例えば、抗ＩｇＥ抗体、例えば、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））、及びこれらの組み合わせ（例えば、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、抗トリプターゼ抗体（本明細書に記載される任意の抗トリプターゼ抗体を含む））及びＩｇＥアンタゴニスト（例えば、抗ＩｇＥ抗体、例えば、オマリズマブ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）））、及び／または本明細書に記載される追加の治療剤）を含む薬学的製剤は、所望の純度を有する治療薬（複数可）を、凍結乾燥製剤または水溶液の形態の任意の薬学的に許容可能な担体、賦形剤、または安定剤と混合することにより、保存用に調製される。製剤に関する一般的な情報については、例えば、Ｇｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｅｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，８ｔｈ  Ｅｄ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０；Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（ｅｄ．），Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，１９９０；Ａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０；及びＷａｌｔｅｒｓ（ｅｄ．）Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ  Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ（Ｄｒｕｇｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｖｏｌ．１１９，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，２００２を参照のこと。
【０４１３】
許容可能な担体、賦形剤、または安定剤は、服用者に対し、利用される用量及び濃度で非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール；メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなどのアミノ酸；単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤を含む。
【０４１４】
本明細書の製剤は、１つ超の活性化合物、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものを含有してもよい。かかる薬品の種類及び有効量は、例えば、製剤中に存在する治療剤（複数可）の量及び種類、ならびに対象の臨床的パラメータに応じて決定される。
【０４１５】
活性成分はまた、例えば、コアセルベーション技術により、または界面重合により、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセル及びポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセルにより、コロイド状薬物送達システム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）、またはマクロエマルションにおいて調製されたマイクロカプセルに封入されてもよい。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
【０４１６】
徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例としては、アンタゴニストを含有する固体の疎水性ポリマーの半透性マトリクスが挙げられ、このマトリクスは、成型品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態にある。徐放性マトリクスの例には、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタミン酸のコポリマー、非分解性エチレン酢酸ビニル、分解性の乳酸−グリコール酸コポリマー、例えばＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）など（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射用ミクロスフェア）、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【０４１７】
ｉｎ  ｖｉｖｏ投与に使用される製剤は、滅菌されていなければならない。このことは、滅菌濾過膜を通して濾過することにより容易に達成される。
【実施例】
【０４１８】
以下の実施例は、本出願で特許請求される発明を例示するために提供されるのであって、限定するものではない。
【０４１９】
実施例１：材料及び方法
Ａ）活性トリプターゼ対立遺伝子数
ＰＣＲは、ゲノムＤＮＡのサンガーシークエンシングに続いて、前述のように活性トリプターゼ対立遺伝子数を決定するために使用した（Ｔｒｉｖｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２４：１０９９−１１０５  ｅ１−４，２００９）。簡単に言うと、活性トリプターゼ対立遺伝子数は、トリプターゼ欠乏対立遺伝子（すなわち、α及びβＩＩＩＦＳを決定するもの）を考慮した後、残りの活性トリプターゼ遺伝子の数として評価した。遺伝子型は、２つの（Ａ／Ｂ）対立遺伝子の強度比を使用して自動的に呼び出された。患者はこの比率に基づいて遺伝子型ビンに割り当てられた。遺伝子型は、エラーなく母集団の５％のシークエンシングトレースの目視検査によって確認した。適切に分類されなかった患者データを視覚的に検査した。活性トリプターゼ対立遺伝子数のためのジェノタイピングは、前述したように、ゲノムワイドＳＮＰデータの主成分分析によって決定されたヨーロッパ系の喘息対象で実施した（Ｒａｍｉｒｅｚ−Ｃａｒｒｏｚｚｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３５：１０８０−１０８３  ｅ３，２０１５）。
【０４２０】
トリプターゼαの遺伝子型を決定するには、フォワードプライマー５’−ＣＴＧ  ＧＴＧ  ＴＧＣ  ＡＡＧ  ＧＴＧ  ＡＡＴ  ＧＧ−３’（配列番号３１）及びリバースプライマー５’−ＡＧＧ  ＴＣＣ  ＡＧＣ  ＡＣＴ  ＣＡＧ  ＧＡＧ  ＧＡ−３’（配列番号３２）がＴＰＳＡＢ１遺伝子座の一部を増幅するために使用された。ＰＣＲの条件は次のとおりである：ＱｉａｇｅｎＨＯＴＳＴＡＲＴＡＱ（登録商標）Ｐｌｕｓポリメラーゼを、９５℃で５分間、続いて９４℃で６０秒間、５８℃で６０秒間、７２℃で２分間の３５サイクルのサーモサイクラー条件で使用した。ＰＣＲの後、ＥＸＯＳＡＰ−ＩＴ（商標）ＰＣＲ産物クリーンアップ試薬を使用してクリーンアップを行った。シークエンシングには同じフォワードプライマーとリバースプライマーを使用した。Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓが製造したＡＢＩ  ３７３０ＸＬ  ＤＮＡアナライザーでＢＩＧ−ＤＹＥ（登録商標）ターミネーターケミストリーを使用してシークエンシングを行った。
【０４２１】
トリプターゼβＩＩＩＦＳをジェノタイピングするために、フォワードプライマー５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）及びリバースプライマー５’−ＧＧＧ  ＡＣＣ  ＴＴＣ  ＡＣＣ  ＴＧＣ  ＴＴＣ  ＡＧ−３’（配列番号３４）が、ＴＰＳＢ２遺伝子座の一部を増幅するために使用された。ＰＣＲの条件は次のとおりである：ＱｉａｇｅｎＨＯＴＳＴＡＲＴＡＱ（登録商標）Ｐｌｕｓポリメラーゼを、９５℃で５分間、続いて９４℃で６０秒間、６０℃で６０秒間、７２℃で２分間の３５サイクルのサーモサイクラー条件で使用した。ＰＣＲの後、ＥＸＯＳＡＰ−ＩＴ（商標）ＰＣＲ産物クリーンアップ試薬を使用してクリーンアップを行った。シークエンシングのために、フォワードプライマー５’−ＧＣＡ  ＧＧＴ  ＧＡＧ  ＣＣＴ  ＧＡＧ  ＡＧＴ  ＣＣ−３’（配列番号３３）及びリバースシークエシングプライマー５’−ＣＡＧ  ＣＣＡ  ＧＴＧ  ＡＣＣ  ＣＡＧ  ＣＡＣ−３’（配列番号３５）を使用した。Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓが製造したＡＢＩ  ３７３０ＸＬ  ＤＮＡアナライザーでＢＩＧ−ＤＹＥ（登録商標）ターミネーターケミストリーを使用してシークエンシングを行った。
【０４２２】
Ｂ）臨床コホート
ＥＸＴＲＡ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ００３１４５７４）は、中等度から重度の持続性喘息の１２〜７５歳を対象としたＸｏｌａｉｒ（抗ＩｇＥ）の無作為化二重盲検プラセボ対照試験であった。研究デザインの完全な詳細はすでに公開されている（Ｈａｎａｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．１５４：５７３−５８２，２０１１；Ｈａｎａｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１８７：８０４−８１１，２０１３；Ｃｈｏｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：１２３０−１２３３  ｅ８，２０１６）。簡単に言うと、２〜４週間の導入期間（ｒｕｎ−ｉｎ  ｐｅｒｉｏｄ）の後、適格な患者を１：１の比率で無作為化し、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）またはプラセボ（追加の管理薬の有無にかかわらず、高用量の吸入コルチコステロイド（ＩＣＳ）及び長時間作用性ベータアドレナリン受容体アゴニスト（ＬＡＢＡ）に加えて）を４８週間にわたって投与した。
【０４２３】
ＢＯＢＣＡＴ（Ａｒｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｊ．４３：６２７−６２９，２０１４；Ｃｈｏｙ  ｅｔ  ａｌ．ｓｕｐｒａ；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３６：８７４−８８４，２０１５；Ｊｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３０：６４７−６５４，２０１２）は、米国、カナダ、及び英国で実施された、中等度から重度の喘息の６７名の成人患者における多施設共同観察研究であった。選択基準は、中等度から重度の喘息の診断（予測値の４０％〜８０％の間の１秒間の努力呼気量（ＦＥＶ１）、及び短時間作用性気管支拡張薬による気道閉塞の可逆性が１２％超であり、またはメタコリン感受性（ＦＥＶ１を２０％低下させるための誘発濃度（ＰＣ２０）が８ｍｇ／ｍＬ未満）がＬＡＢＡの有無を問わず制御不能であった（前年に少なくとも２回の症状増悪があった、または高用量のＩＣＳ（１日あたり１０００ｍｇ超のフルチカゾンまたは同等品）の安定した投与レジメン（６週間超）を受けている間、喘息管理質問票（ＡＣＱ）５項目バージョン（ＡＣＱ−５）において１．５０超のスコアがあったと言うことにより定義される）という過去５年以内の証拠を必要とした。
【０４２４】
ＭＩＬＬＹ（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ００９３０１６３）は、吸入グルココルチコイド療法（Ｃｏｒｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６５：１０８８−１０９８，２０１１）にも関わらず喘息の制御が不十分であった成人における、レブリキズマブ（抗ＩＬ−１３抗体）の無作為化二重盲検プラセボ対照試験であった。
【０４２５】
Ｃ）総トリプターゼＥＬＩＳＡ
血清または血漿トリプターゼのレベルは、ヒトトリプターゼβ１、β２、β３、及びα１のモノマー及び四量体を検出できる２つのモノクローナル抗体を用いたサンドイッチ酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を使用して測定した。簡潔に述べると、３８４ウェルプレートを、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）緩衝液中１．０μｇ／ｍｌのモノクローナル抗トリプターゼ抗体で４℃で一晩コーティングし、次いで、室温で少なくとも１時間、９０μｌのブロッキング緩衝液（１ｘＰＢＳ＋１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ））でブロッキングした。血清または血漿試料を、アッセイ緩衝液（１ＸＰＢＳ  ｐＨ７．４、０．３５Ｍ  ＮａＣｌ、０．５％  ＢＳＡ、０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０（ポリソルベート２０）、０．２５％  ３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］−１−プロパンスルホナート（ＣＨＡＰＳ）、５ｍＭのエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、及び１５パーツ・パー・ミリオン（ＰＰＭ）ＰＲＯＣＬＩＮ（商標）（広域スペクトル抗菌剤）で１：１００に希釈し、洗浄後、プレートに３回添加し、室温で２時間撹拌しながら室温でインキュベートした。組換えトリプターゼβ１を使用して、アッセイの標準範囲（７．８〜５００ｐｇ／ｍｌ）を確立した。洗浄後、アッセイ希釈液（１ｘＰＢＳ  ｐＨ７．４、０．５％ＢＳＡ、０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０）に、ビオチン化抗ヒトトリプターゼ（０．５μｇ／ｍｌ）を加え、室温で１時間インキュベートした。ストレプトアビジン−ペルオキシダーゼ及び基質テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）で洗浄した後、色が生じた。データは、４パラメータ（４Ｐ）適合標準曲線に基づいて解釈した。このアッセイの検出限界は約７．８ｐｇ／ｍｌであった。
【０４２６】
Ｄ）統計
Ｒソフトウェア（ＲＣｏｒｅＴｅａｍ，Ｒ：Ａ  Ｌａｎｇｕａｇｅ  ａｎ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ，２０１４）は、プロット及び分析に使用した。
【０４２７】
実施例２：中等度から重度の喘息では、活性トリプターゼ遺伝子数は不均一である
トリプターゼは、マスト細胞で有意に発現する顆粒タンパク質であり、重要な喘息メディエーターとして関与しており、肺機能に顕著な影響を及ぼす。酵素的に活性なトリプターゼ、ＴＳＰＡＢ１及びＴＰＳＢ２をコードする遺伝子は多型であり、本発明者らは、一般的な不活性化機能喪失型変異の遺伝の頻度及びパターンについてすでに説明している（Ｔｒｉｖｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２４：１０９９−１１０５  ｅ１−４，２００９）。高密度ＳＮＰアレイ及び次世代シークエンシングを含む、現代の全ゲノム解析の出現にもかかわらず、トリプターゼ遺伝子座は十分に研究されておらず、これは、この領域の高い相同性及び反復性がこれらの方法論に適しておらず、ダイレクト再シークエンシングが必要になるためである。ＴＳＰＡＢ１及びＴＰＳＢ２の不活性化変異の説明から推定される活性トリプターゼ対立遺伝子数は、マスト細胞由来のトリプターゼの発現に影響を与え、マスト細胞関連療法、例えばＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）、抗ＩｇＥ抗体に対する臨床反応を予測すると仮説を立てた。
【０４２８】
ＢＯＢＣＡＴ、ＥＸＴＲＡ、及びＭＩＬＬＹ研究から、ヨーロッパ系の中等度から重度の喘息対象における活性トリプターゼ対立遺伝子数を評価した（実施例１を参照）。世界人口における以前の報告と一致して（Ｔｒｉｖｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２４：１０９９−１１０５  ｅ１−４，２００９）、本発明者らの研究では、機能喪失型変異が対象においてよく見られた（図１）、対照の８８．３％（４６２人中４０８人）に少なくとも１つの機能喪失型変異があり、１つ、２つ、または３つの残存トリプターゼコピーが残っている。これらの研究では、活性コピーがゼロの対象は観察されず、活性コピーが１つある対象は比較的まれであった（１％未満、４６２人中３人）。本発明者らのコホートにおいて２つまたは３つの活性トリプターゼのコピーを有する対象が優勢であり（８８％、４６２人中４０５人）、２つまたは３つの活性コピーの有病率は同等であった（それぞれ４３％、４６２人中１９９人、そして４５％、４６２人中２０６人）。
【０４２９】
活性トリプターゼ対立遺伝子数の観測分布は、ＴＰＳＡＢ１及びＴＰＳＢ２の特定の対立遺伝子が連鎖不均衡にあり、これにより機能不全のトリプターゼ対立遺伝子が機能的対立遺伝子と共遺伝しているという所見と一致する（Ｔｒｉｖｅｄｉ  ｅｔ  ａｌ（上記））。したがって、ゼロまたは４つの活性トリプターゼ対立遺伝子数を持つ対象は、まれであると予想される。要約すると、中等度から重度の喘息患者では、活性トリプターゼ遺伝子数は不均一である。
【０４３０】
実施例３：活性トリプターゼ対立遺伝子数は、喘息の末梢トリプターゼレベルのタンパク質量的形質連鎖（ｐＱＴＬ）である。
次に、ＢＯＢＣＡＴ（図２Ａ）及びＭＩＬＬＹ（図２Ｂ）の研究から、中等度から重度の喘息における活性トリプターゼのコピー数と末梢のトリプターゼの総レベルとの関係を評価した。各研究において有意なｐＱＴＬ（Ｐ＜０．０００１）が観察され、活性トリプターゼ対立遺伝子数がトリプターゼ発現の根本的な決定要因であり、活性トリプターゼ対立遺伝子数が増加した喘息対象はトリプターゼ発現レベルの上昇に関係があることがさらに関連付けられた。要約すると、これらのデータは、末梢トリプターゼ（例えば、血液試料中）の発現レベルが対象の活性トリプターゼ対立遺伝子数と相関していることを示す。この相関性をふまえると、例えば、血液（例えば、血清または血漿）におけるトリプターゼの発現レベルは、例えば、抗ＩｇＥ療法または他の治療的介入に対する治療反応を予測するために使用され得ることが期待される。
【０４３１】
実施例４：活性トリプターゼ対立遺伝子数は、抗ＩｇＥ療法に対する喘息ＦＥＶ１反応を予測する
活性トリプターゼ対立遺伝子数は、ｅｘ  ｖｉｖｏでの初代マスト細胞の活性トリプターゼの発現と、喘息患者の総トリプターゼの末梢レベルと相関しているという所見に基づいて（実施例３を参照）、活性トリプターゼ対立遺伝子数が喘息のマスト細胞関連療法に対する臨床反応を予測すると仮定した。ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）は、アトピー性喘息の喘息増悪を軽減するために承認された抗ＩｇＥモノクローナル抗体療法である。ＩｇＥを遮断すると、マスト細胞からのＩｇＥ／ＦｃεＲＩ依存性脱顆粒が減少することにより臨床喘息の改善につながるため、活性トリプターゼ対立遺伝子数に基づいて、ベースラインからのＦＥＶ１の改善の事後分析を行った。喘息では２つ及び３つの活性トリプターゼ対立遺伝子が主に（８８％）観察されたため、１つまたは４つの活性トリプターゼ対立遺伝子を有する対象は比較的まれであるため、検定力を改善するために１つまたは２つの活性トリプターゼ対立遺伝子を有するものと、３つまたは４つの活性トリプターゼ対立遺伝子を有するものに研究集団を二分した。
【０４３２】
１つまたは２つの活性トリプターゼ対立遺伝子を有する対象は、抗ＩｇＥ療法により１２週までにＦＥＶ１％の有意な改善をもたらした（図３、平均±標準誤差＝１１．３（３、１９．６）％、Ｐ＝０．００９）。対照的に、３つまたは４つの活性トリプターゼ対立遺伝子を有する対象は、抗ＩｇＥ療法からＦＥＶ１の恩恵を受けなかった（図３）。これらの観察は、４８週間の研究を通じて維持された。したがって、１つまたは２つのトリプターゼ活性対立遺伝子を有する喘息対象は、３つまたは４つのコピー数を持つ対象と比較して、抗ＩｇＥ（ＸＯＬＡＩＲ（登録商標））療法に対して有意な肺機能の改善をもたらした。
【０４３３】
マスト細胞トリプターゼは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで収縮性と細胞分化を増加させることにより気道平滑筋に直接影響を与えることが示されているため、気道閉塞の重要な喘息メディエーターとして関与している。これらのデータは、抗ＩｇＥ療法が、ＩｇＥ／ＦｃεＲＩ依存性脱顆粒及びＩｇＥ／ＦｃεＲＩ非依存性メカニズムの両方によって放出され得る低レベルのマスト細胞トリプターゼを発現する対象に最も効果的であり得ることを示唆している。これらのデータはまた、活性トリプターゼ対立遺伝子数が喘息の治療的介入に対する応答を予測するための予測バイオマーカーとして使用できることを示している。例えば、活性トリプターゼ対立遺伝子数が少ない患者は、ＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）による治療から恩恵を受ける可能性がある。他の実施例では、活性トリプターゼ対立遺伝子数が多い患者は、トリプターゼアンタゴニスト（例えば、抗トリプターゼ抗体）による治療から恩恵を受ける可能性がある。
【０４３４】
実施例５：中等度から重度の喘息では、活性トリプターゼ対立遺伝子数が２型バイオマーカーと関連しない
以前の研究では、喘息におけるＸＯＬＡＩＲ（登録商標）（オマリズマブ）療法の治療効果、すなわち増悪率の低減のために強化された２型バイオマーカーの発現レベルが示された（Ｈａｎａｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１８７：８０４−８１１，２０１３）。活性トリプターゼ対立遺伝子数が２型炎症のバイオマーカーにどのように関連するかを調査するために、ＢＯＢＣＡＴ、ＥＸＴＲＡ、及びＭＩＬＬＹ研究のベースラインでの対象の活性トリプターゼ対立遺伝子数に関して、血清ペリオスチン、呼気一酸化窒素（ＦｅＮＯ）、及び血中好酸球数のレベルを評価したが、いかなる関連性も観察されなかった（図４Ａ〜４Ｃ）。これらのデータは、活性トリプターゼ対立遺伝子数及び２型バイオマーカーが、喘息の異なるサブセットを独立して選択することを示している。２型炎症のバイオマーカーのレベルに関する活性リプターゼコピー数の独立性は、活性トリプターゼコピー数評価がトリプターゼ及びマスト細胞生物学に固有の情報を提供することを示唆している。例えば、活性トリプターゼ対立遺伝子数が増加し、２型バイオマーカーレベルが低い（ＴＨ２−ｌｏｗ喘息など）対象は、マスト細胞指向性治療（例えば、トリプターゼアンタゴニスト、ＩｇＥ＋Ｂ細胞枯渇抗体、マスト細胞もしくは好塩基球枯渇抗体、またはプロテアーゼ活性化受容体２（ＰＡＲ２）アンタゴニストを含む治療）による治療から恩恵を受ける可能性がある。逆に、活性トリプターゼ対立遺伝子数が増加し、２型バイオマーカーレベルが高い（ＴＨ２−ｈｉｇｈ喘息など）対象は、ＴＨ２経路阻害剤及び／またはマスト細胞指向性治療による治療の恩恵を受ける可能性がある。
【０４３５】
他の実施形態
上述の発明は、明確な理解のための例示説明及び例によりある程度詳細に記載したが、これらの説明及び例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書で引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照によりそれらの全体が明示的に組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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