(57)【要約】本開示は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することによって、患者のがんを治療するかを決定する、ならびに患者のがんを治療するために有用である方法に関する。2021528072.tif 000016【選択図】なし
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
がんを有する患者を化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により治療するかを決定する方法であって、
【化１】
2021528072.tif 000011
前記患者の１つ以上のサンプルからＴＰ５３突然変異状態及び高頻度突然変異状態を決定することと、
前記１つ以上のサンプルが（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である場合、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により前記患者を治療することを決定することと、を含む、前記方法。
【請求項２】
前記サンプルがマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を有する場合、前記サンプルは、高頻度突然変異の検査で陰性である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記がんが、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物が化合物１の半水和物として提供される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
化合物１の前記半水和物が、化合物１の前記半水和物の結晶状形態Ｉとして提供される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
がんを治療する方法であって、
患者の１つ以上のサンプルのＴＰ５３突然変異状態及び高頻度突然変異状態を決定することと、
前記１つ以上のサンプルが（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である場合に、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を前記患者に投与することと、
【化２】
2021528072.tif 000012
を含む、前記方法。
【請求項７】
前記サンプルがマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を有する場合、前記サンプルは、高頻度突然変異の検査で陰性である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記がんが、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物が、化合物１の半水和物として提供される、請求項６〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
化合物１の前記半水和物が、化合物１の前記半水和物の結晶状形態Ｉとして提供される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
がんの治療に使用するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物であって、
【化３】
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前記がんは（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、かつ（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である、前記医薬組成物。
【請求項１２】
サンプルがマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を有する場合、前記がんが高頻度突然変異の検査で陰性である、請求項１１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記がんが、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される、請求項１１または１２に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物が、化合物１の半水和物である、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
化合物１の前記半水和物が、化合物１の前記半水和物の結晶状形態Ｉとして提供される、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
がんの治療を必要とする患者に治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することを含む、前記がんを治療する方法であって、
【化４】
2021528072.tif 000014
前記がんが、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される、前記方法。
【請求項１７】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物が、化合物１の半水和物として提供される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
化合物１の前記半水和物が、化合物１の前記半水和物の結晶状形態Ｉとして提供される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
がんの治療に使用するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物であって、
【化５】
2021528072.tif 000015
前記がんが、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される、前記医薬組成物。
【請求項２０】
前記化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物が、化合物１の半水和物である、請求項１９に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
化合物１の前記半水和物が、化合物１の前記半水和物の結晶状形態Ｉとして提供される、請求項２０に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することによって、患者の癌を治療するかを決定する、及び患者の癌を治療するために有用である方法に関する。
【０００２】
【化１】
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【背景技術】
【０００３】
Ｃｄｃ７は、進化的に十分に保存されたセリン／スレオニンキナーゼであり、ＤＮＡ複製の開始において重要な役割を果たす（ＥＭＢＯ  Ｊ．１９９９，１８（２０），ｐ．５７０３−５７１３）。Ｃｄｃ７のキナーゼ活性は、その活性化パートナーと結合することによって制御される。Ｇ１期の後期からＳ期にかけて、Ｃｄｃ７は、Ｄｂｆ４（ＡＳＫとしても公知である）と複合体を形成し、Ｃｄｃ７基質をリン酸化して、Ｇ１期からＳ期への移行を制御する（Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．２００２，１９０（３），ｐ．２８７−２９６）。さらに、近年の研究では、Ｃｄｃ７が、ＤＮＡの複製及びＤＮＡ損傷シグナル伝達経路の両方において重要な役割を果たすことが報告されている（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ．２００８，２７（２４），ｐ．３４７５−３４８２）。
【０００４】
Ｃｄｃ７キナーゼは、癌治療において魅力的な標的として注目されている。Ｃｄｃ７の過剰発現は、乳癌、結腸直腸癌、肺癌などの臨床腫瘍、及び多くの癌細胞株で観察される（Ｎｅｏｐｌａｓｉａ．２００８，１０（９），ｐ．９２０−９３１）。一部の癌細胞株では、活性化因子であるＤｂｆ４の染色体コピー数の増加が見られる。興味深いことに、癌細胞株及び形質転換されていない線維芽細胞株は、ｓｉＲＮＡを使用したＣｄｃ７発現の抑制に対して異なる応答を示す。ｓｉＲＮＡを使用してＣｄｃ７発現を抑制することにより、癌細胞株においてＳ期の停止が引き起こされ、アポトーシスを誘導するが、正常細胞では、ｐ５３活性依存的にＧ１期停止を誘導する（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２００４，６４（１９），ｐ．７１１０−７１１６）。さらに、Ｃｄｃ７キナーゼは、複製ストレス下において細胞内で活性化され、ヒドロキシ尿素及びエトポシドによって誘導されるアポトーシスが、Ｃｄｃ７のダウンレギュレートされた細胞内で増加する（Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２００７，２８２（１），ｐ．２０８−２１５）。したがって、Ｃｄｃ７阻害剤は、単剤として、または他の化学療法剤と組み合わせて、選択的癌治療に有用である。
【発明の概要】
【０００５】
一態様では、本開示は、癌を有する患者を化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により治療するかを決定する方法を提供し、化合物１は、以下の構造を有し
【０００６】
【化２】
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【０００７】
患者の１つ以上のサンプルのＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異状態（例えば、両方）を決定することと、患者の１つ以上のサンプルが、（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有する場合、かつ／または（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である場合（例えば、（ｉ）及び（ｉｉ）の両方）、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により患者を治療することを決定することと、を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、１つ以上のサンプルが、（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有する場合、及び／または（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である場合（例えば、（ｉ）及び（ｉｉ）の両方）、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を患者に投与することをさらに含む。
【０００８】
本開示の別の態様は、１つ以上のサンプルが（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有する場合、及び／または（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である場合（例えば、（ｉ）及び（ｉｉ）の両方）、患者の１つ以上のサンプルのＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異状態（例えば、両方）を決定することと、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することと、を含む、癌を治療する方法を提供する。
【０００９】
本開示の別の態様は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を、それを必要とする患者に投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００１０】
本開示の別の態様は、癌の治療に使用するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物を提供する。
【００１１】
本発明の態様の多数の実施形態が本明細書に記載されている。
【００１２】
いくつかの実施形態では、サンプルがマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を有する場合、サンプルは高頻度突然変異の検査で陰性である。
【００１３】
いくつかの実施形態では、癌は、ＴＰ５３突然変異（複数可）及び／または高頻度突然変異状態に関連する癌である。
【００１４】
いくつかの実施形態では、癌は、（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、かつ（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である。
【００１５】
いくつかの実施形態では、癌は、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される。
【００１６】
いくつかの実施形態では、癌は、扁平上皮食道癌である。
【００１７】
いくつかの実施形態では、癌は、扁平上皮非小細胞肺癌である。
【００１８】
いくつかの実施形態では、癌は、局所進行性もしくは転移性扁平上皮食道癌、または局所進行性もしくは転移性扁平上皮非小細胞肺癌である。
【００１９】
いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、化合物１の半水和物である。
【００２０】
いくつかの実施形態では、化合物１の半水和物は、化合物１の半水和物の結晶状形態Ｉである。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１】フェーズ２様のデータの癌種ごとの％ΔＴＧＩのプロットを示す図である。
【図２】高頻度突然変異状態、ＴＰ５３突然変異状態、ＣＨＤファミリー遺伝子突然変異状態の応答サンプル数及び非応答サンプル数を示すツリーチャートである。
【図３】ＴＣＧＡ遺伝子／ゲノムデータは、バイオマーカーシグネチャにより富化された癌の兆候を特定するためにアルゴリズムによってスキャンした図である。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
本開示は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療に対する耐性または感受性を、治療前または治療と同時に予測するための予測バイオマーカーの使用、及びそのような耐性またはそのような感受性を有する患者を治療する方法、及びそれに関連する治療レジメンに関する。また、本開示は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を、それを必要とする患者に投与することを含む、癌を治療する方法に関する。
【００２３】
特定の実施形態では、本開示は、Ｃｄｃ７キナーゼ阻害剤である２−［（２Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−２−イル］−６−（３−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）チエノ［３，２−ｄ］ピリミジン−４（３Ｈ）−オン（化合物１）、
【００２４】
【化３】
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【００２５】
及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療法に関連する予測バイオマーカーに関する。
【００２６】
特定の実施形態では、ＴＰ５３突然変異（複数可）を有する癌は、ＴＰ５３突然変異を有さない癌と比較して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対してより感受性があり得る（すなわち、ＴＰ５３突然変異状態は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による癌治療の予測バイオマーカーである）。特定の実施形態では、非高頻度突然変異状態（例えば、マイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態）を有する癌は、高頻度突然変異状態（例えば、低マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ−Ｌ）状態、または高マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）状態）を有する癌と比較して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対してより感受性があり得る（すなわち、非高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＳ状態）は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による癌治療の予測バイオマーカーである）。特定の実施形態では、ＣＨＤファミリー遺伝子の非突然変異状態を有する癌は、ＣＨＤファミリー遺伝子の突然変異状態を有する癌と比較して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対してより感受性があり得る（すなわち、ＣＨＤファミリー遺伝子の非突然変異状態は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による癌治療の予測バイオマーカーである）。特定の実施形態では、卵巣漿液性嚢胞腺癌、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）、肺扁平上皮細胞癌（例えば、扁平上皮非小細胞肺癌）、頭頸部扁平上皮癌、直腸／結腸腺癌及び膵腺癌などは、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物の投与によって、かつ任意により、予測バイオマーカー（複数可）の使用と組み合わせて治療され得る。さらに、特定の実施形態では、非小細胞肺癌、特に扁平上皮非小細胞肺癌は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物の投与によって、かつ任意により、予測バイオマーカー（複数可）の使用と組み合わせて治療され得る。特定の実施形態では、食道癌、特に扁平上皮食道癌は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物の投与によって、かつ任意により、予測バイオマーカー（複数可）の使用と組み合わせて治療され得る。
【００２７】
ＴＰ５３遺伝子は、腫瘍タンパク質ｐ５３（またはｐ５３）と呼ばれるタンパク質を作製するための指示を提供する。このタンパク質は、腫瘍抑制因子として機能する。これは、細胞が速すぎるかまたは制御されていない方法で細胞が成長し分裂（増殖）するのを防ぐことによって、細胞の分裂を調節することを意味する。ＴＰ５３遺伝子内の体細胞突然変異は、ヒトの癌において最も頻繁に起こる変化の１つである。Ｏｌｉｖｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ＴＰ５３  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｃａｎｃｅｒｓ：Ｏｒｉｇｉｎｓ，Ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  ＵｓｅＣｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ．２０１０；２（１）：ａ００１００８．ｄｏｉ：１０．１１０１／ｃｓｈｐｅｒｓｐｅｃｔ．ａ００１００８を参照されたい。腫瘍サンプルは、一般的に承認されているあらゆる方法及び基準に従って、ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有していると判断され得る。
【００２８】
高頻度突然変異腫瘍は、突然変異量が増加した（体細胞突然変異の割合が高い）腫瘍として定義される。それを超えることで腫瘍が高頻度突然変異と見なされる閾値は、配列決定方法及び癌種によって異なる。Ｙｕｚａ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ  ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ  ｉｎ  ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２０１７；８（６７）：１１２１０３−１１２１１５．ｄｏｉ：１０．１８６３２／ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２２７８３を参照されたい。腫瘍サンプルは、一般的に承認されているあらゆる方法及び基準に従って、高頻度突然変異の検査で陽性または陰性として判断され得る。高頻度突然変異の検査を行う１つの方法は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の検査を行うことであり、これは、細胞の高頻度突然変異状態を参照する十分に確立された腫瘍形成経路であり、高頻度突然変異の尺度として使用できる。
【００２９】
マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）は、ＤＮＡミスマッチ修復の障害によって引き起こされるゲノム内の短い反復配列の高頻度突然変異性を指す。マイクロサテライト（ＭＳ）は、短いＤＮＡ配列のタンデムリピートであり、ヒトゲノム全体に豊富に存在する。ＭＳは、それらの突然変異率が高いために、集団遺伝学及び法医学において、多型マーカーとして使用されている。Ｃｏｒｔｅｓ−Ｃｉｒｉａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．Ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐｏｒｔｒａｉｔ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ  ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ  ａｃｒｏｓｓ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ．２０１７；８：１５１８０．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｃｏｍｍｓ１５１８０を参照されたい。一般的に承認されているＭＳＩ状態の基準の１つの非限定的な例は、１９９７年に制定され、２００４年に改訂されたＢｅｔｈｅｓｄａ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅである。いくつかの基準によれば、マイクロサテライト不安定性／安定性（ＭＳＩ／ＭＳＳ）状態は、高ＭＳＩ（ＭＳＩ−Ｈ）、低ＭＳＩ（ＭＳＩ−Ｌ）、及びＭＳＳの３つの群に分類できる。したがって、本開示のいくつかの実施形態では、高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＩ／ＭＳＳ状態）の判断は、一般に承認されている任意の方法及び基準に従って、サンプルをＭＳＩ−Ｈ、ＭＳＩ−ＬまたはＭＳＳとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＳは、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による癌治療の予測バイオマーカーとして使用される。
【００３０】
ＣＨＤ遺伝子は、クロモドメインヘリカーゼＤＮＡ結合タンパク質を意味し、ＣＨＤファミリー遺伝子としては、ＣＨＤ１、ＣＨＤ１Ｌ、ＣＨＤ２、ＣＨＤ３、ＣＨＤ４、ＣＨＤ５、ＣＨＤ６、ＣＨＤ７、及びＣＨＤ８などが挙げられる。「ＣＨＤファミリー遺伝子の非突然変異状態」は、ＣＨＤファミリー遺伝子に、いかなる突然変異も見られないことを意味する。
【００３１】
したがって、本開示の態様は、癌を有する患者を治療するかを決定するための、ＴＰ５３突然変異状態及び高頻度突然変異状態の一方または両方の使用に関する。本開示の別の態様は、癌を有する患者を治療するかを決定するための、ＴＰ５３突然変異状態、高頻度突然変異状態、及びＣＨＤファミリー遺伝子突然変異状態の組み合わせでの使用に関する。特定の実施形態では、癌は、卵巣漿液性嚢胞腺癌、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）、肺扁平上皮細胞癌（例えば、扁平非小細胞肺癌）、頭頸部扁平上皮癌、直腸／結腸腺癌または膵腺癌である。いくつかの実施形態では、癌は、ＮＳＣＬＣ（例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、癌は食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）である。いくつかの実施形態では、ＴＰ５３は、高頻度突然変異状態を使用することなく、任意により１つ以上の追加のバイオマーカー（複数可）と共に、予測バイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、ＴＰ５３は、唯一の予測バイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、高頻度突然変異状態は、ＴＰ５３状態を使用することなく、任意により、１つ以上の追加のバイオマーカーと共に、予測バイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、ＣＨＤファミリー遺伝子の突然変異状態は、ＴＰ５３状態または高頻度突然変異状態を使用することなく、任意により１つ以上の追加のバイオマーカーと共に、予測バイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、高頻度突然変異状態は、唯一の予測バイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、ＴＰ５３及び高頻度突然変異状態は、予測バイオマーカーとして、任意により１つ以上の追加のバイオマーカーと組み合わせて使用される。いくつかの実施形態では、追加のバイオマーカーは、ＣＨＤファミリー遺伝子である。いくつかの実施形態では、ＴＰ５３と高頻度突然変異状態との組み合わせが、追加のバイオマーカーなく、排他的な予測バイオマーカーとして使用される。
【００３２】
一態様では、本開示は、患者が、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物の投与を含む癌治療に治療的に応答する可能性を予測する方法を提供し、この方法は、患者のサンプルのＴＰ５３突然変異状態、高頻度突然変異状態、またはその両方を決定することを含む。いくつかの実施形態では、癌は、ＮＳＣＬＣ（例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、癌は食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）である。
【００３３】
一実施形態では、本開示の方法は、（１）１つ以上の追加のバイオマーカー（例えば、ＣＨＤファミリー遺伝子）を有する患者のサンプルのＴＰ５３突然変異状態、高頻度突然変異状態、またはその両方を決定すること、及び（２）状態（複数可）に基づいて、患者が癌治療に治療的に応答する可能性が高くなることを予測することであって、具体的には、サンプル（複数可）がＴＰ５３突然変異の検査では陽性（または野生型ＴＰ５３の場合は陰性）である、ＭＳＩの検査では陰性（もしくはＭＳＳの場合は陽性）である、またはその両方である場合、患者が癌治療に治療的に応答する可能性が高くなることを予測することと、を含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、癌患者から採取されたサンプルの突然変異状態を決定するためのステップ（１）に従うようなステップを含む。いくつかの実施形態では、癌患者から採取されたサンプルの突然変異状態を決定するためのステップ（１）は必要としない。いくつかの実施形態では、例えば、癌が、例えば、癌種の情報に基づいて、（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有する、かつ／または（ｉｉ）非高頻度突然変異である（例えば、（ｉ）及び（ｉｉ）の両方）と推察される場合、ＳＴＥＰ（１）は必要としない。
【００３５】
ステップ（１）で使用されるサンプルの例は、これらに限定されないが、血清、新鮮全血、末梢血単核細胞、凍結全血、新鮮血漿、凍結血漿、尿、唾液、皮膚、毛包、骨髄、腫瘍組織、腫瘍生検片、またはアーカイブされたパラフィン包埋腫瘍組織などの生物学的サンプルであり得る。サンプルは、好ましくは、癌細胞を含む腫瘍組織または腫瘍生検片である。
【００３６】
遺伝子突然変異の状態は、例えば、遺伝子のゲノムＤＮＡ、タンパク質及び／またはｍＲＮＡ転写物のレベルであり得る。好ましくは、遺伝子における突然変異の有無は、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ転写物のレベルで決定される。
【００３７】
ＴＰ５３突然変異状態、高頻度突然変異（例えば、ＭＳＩ／ＭＳＳ）状態、及びＣＨＤファミリー遺伝子突然変異状態を決定するための方法は、当技術分野で周知されている。こうした方法の例としては、これらに限定されないが、ＲＦＬＰ（制限断片長多型）法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（一本鎖ＤＮＡコンフォメーション多型）法、ＡＳＯ（対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド）ハイブリダイゼーション法、配列決定法、ＡＲＭＳ（増幅屈折突然変異システム、Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｒｅｆｒａｃｔｉｎｇ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ）法、変性勾配ゲル電気泳動法、ＲＮＡｓｅ  Ａ切断法、ＤＯＬ（色素標識オリゴヌクレオチドライゲーション、Ｄｙｅ−ｌａｂｅｌｅｄ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ）法、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法、プライマー伸長法、インベーダー法、Ｓｃｏｒｐｉｏｎ−ＡＲＭＳ法、Ｆ−ＰＨＦＡ法、パイロシーケンス法、ＢＥＡＭｉｎｇ法、ＲＴ−ＰＣＲ、ＦＩＳＨ、ＩＨＣ、免疫検出法、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、放射性免疫アッセイ、免疫沈降、ＦＡＣＳ、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、及び質量分析が挙げられる。特に、次世代シーケンシング法、例えば、全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）及びＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡＳｅｑ）を使用することができる。
【００３８】
実施例に示すとおり、ＴＰ５３突然変異（複数可）及び／または非高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＳ状態）を有する癌は、ＴＰ５３突然変異（複数可）がなく、高頻度突然変異状態（ＭＳＩ−ＬまたはＭＳＩ−Ｈ状態など）を有する癌と比較して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対してより感受性が高いと予想され得る。これらの結果に基づいて、サンプルがＴＰ５３突然変異（複数可）について陽性であるか、かつ／または高頻度突然変異について陰性である場合（特に、サンプルがＴＰ５３突然変異（複数可）について陽性であり、高頻度突然変異について陰性である場合）、この癌は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療に応答する可能性が高くなることが予測され得る。したがって、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により、患者の癌を治療することが決定され得る。突然変異状態がＴＰ５３突然変異（複数可）について陰性であるか、かつ／または高頻度突然変異について陽性である場合（例えば、ＭＳＩ−ＬまたはＭＳＩ−Ｈ状態）（特に、サンプルがＴＰ５３突然変異（複数可）について陰性であり、高頻度突然変異について陽性である場合）、患者及び患者の癌が、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療に治療的に応答しない可能性が予測され得る。
【００３９】
実施例はまた、ＴＰ５３突然変異（複数可）及び非高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＳ状態）の両方を有する癌が、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に感受性であると予測され得ることを示す。これらの結果に基づいて、サンプルがＴＰ５３突然変異（複数可）について陽性であり、高頻度突然変異について陰性である場合、癌が化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療に応答する可能性が高くなることが予測され得る。さらに、実施例はまた、ＣＨＤファミリー遺伝子の非突然変異状態が、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対して感受性であることが予測され得ることを示す。したがって、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物により、患者の癌を治療することが決定され得る。
【００４０】
いくつかの実施形態では、患者のサンプルが、高頻度突然変異について検査した遺伝子のうちの２つより多い遺伝子において突然変異を有する場合、患者の癌は高頻度突然変異したと見なされる。実施例に示すように、高頻度突然変異について検査を行った遺伝子として、以下の遺伝子が例示されている：ＴＰ５３、ＡＣＶＲ２Ａ、ＬＲＰ１Ｂ、ＣＴＮＮＢ１、ＳＥＣ３１Ａ、ＡＢＣＢ４、ＨＥＲＣ２、ＤＮＭ２、ＦＸＲ１、ＢＡＸ、ＡＴＲ、ＡＰＣ、ＣＨＤ８、ＣＴＣＦ、ＣＨＤ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＬＯＣＫ、ＣＮＯＴ１、ＳＴＡＴ５Ｂ及びＣＨＤ３。
【００４１】
癌を有する患者が、本開示の上記の方法に従って、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することを含む癌治療に対して治療応答の可能性が高くなることが予測される場合、この患者は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することによって治療され得る。いくつかの実施形態では、癌は、ＮＳＣＬＣ（例えば、扁平上皮ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、癌は食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）である。
【００４２】
本明細書に記載の前述の方法において、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することによって、患者が、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物に対する治療応答の可能性が改善することが予測されない場合、この患者は、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による治療を中止することができる。
【００４３】
一態様では、本開示は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を、それを必要とする患者に投与することを含む、癌を治療する方法に関する。いくつかの実施形態では、癌は、Ｃｄｃ７によって媒介される癌（例えば、結腸直腸癌（例えば、転移性結腸直腸癌）、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（例えば、扁平上皮非小細胞肺癌（局所進行性扁平上皮非小細胞肺癌及び転移性扁平上皮非小細胞肺癌など））、中皮腫、膵癌（例えば、転移性膵癌）、咽頭癌、喉頭癌、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）、胃癌、十二指腸癌、小腸癌、乳癌、卵巣癌、精巣腫瘍、前立腺癌、肝癌、甲状腺癌、腎癌、子宮癌、脳腫瘍、網膜芽細胞腫、皮膚癌、骨腫瘍、膀胱癌、血液癌（例えば、多発性骨髄腫、白血病、悪性リンパ腫、ホジキン病、慢性骨髄増殖性疾患）である。特に、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、膵癌（例えば、転移性膵癌）、結腸直腸癌（例えば、転移性結腸直腸癌）、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌（局所進行扁平上皮食道癌及び転移性扁平上皮食道癌など））及び非小細胞肺癌（例えば、扁平上皮非小細胞肺癌（例えば、局所進行性扁平上皮非小細胞肺癌）または転移性扁平上皮非小細胞肺癌））からなる群から選択される癌に対して有効である。特定の実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、扁平上皮食道癌（局所進行性扁平上皮癌及び転移性扁平上皮癌など）ならびに扁平上皮非小細胞肺癌（局所進行性扁平上皮非小細胞肺癌及び転移性扁平上皮非小細胞肺癌など）から選択される癌を治療するのに有効であり得る。いくつかの実施形態では、癌は、（ｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である癌である。
【００４４】
いくつかの実施形態では、癌は、卵巣漿液性嚢胞腺癌、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）、肺扁平上皮細胞癌（例えば、扁平上皮非小細胞肺癌）、頭頸部扁平上皮癌、直腸／結腸腺癌または膵腺癌である。いくつかの実施形態では、癌は、扁平上皮食道癌である。いくつかの実施形態では、癌は、扁平上皮非小細胞肺癌（扁平上皮ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、扁平上皮食道癌は、局所進行性または転移性である。いくつかの実施形態では、扁平上皮ＮＳＣＬＣは、局所進行性または転移性である。
【００４５】
別の態様では、本開示は、癌の治療に使用するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物に関し、ここで、癌は、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される。
【００４６】
別の態様では、本開示は、癌を治療するための医薬品を製造するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物の使用に関し、ここで、癌は、扁平上皮食道癌及び扁平上皮非小細胞肺癌から選択される。
【００４７】
別の態様では、本開示は、癌の治療に使用するための化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬組成物に関し、ここで、癌は、（ｉｉ）ＴＰ５３突然変異（複数可）の存在を有し、かつ（ｉｉ）高頻度突然変異の検査で陰性である。
【００４８】
定義
他に定義されない限り、本明細書中で使用するすべての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。したがって、以下の用語は、以下の意味を有することを意図する：
【００４９】
本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、その文脈に別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。
【００５０】
本明細書で使用される場合、開示される化合物の「投与」は、例えば、本明細書に記載の任意の好適な配合物または投与経路を使用して、本明細書に記載の化合物、またはそのプロドラッグもしくは他の薬学的に許容される誘導体を対象に送達することを包含する。
【００５１】
本明細書で使用される場合、「有効量」または「治療有効量」は、以下に示されるように、疾患の治療を含むが、これに限定されない目的の用途を達成するのに十分な、本明細書に記載される化合物または医薬組成物の量を指す。いくつかの実施形態では、検出可能な癌細胞の死滅または成長もしくは拡散の阻害、腫瘍のサイズまたは数、あるいは癌のレベル、ステージ、進行または重症度の他の尺度に効果的な量である。治療有効量は、目的の用途（インビトロもしくはインビボ）、または処置されている対象及び疾患状態、例えば、対象の体重及び年齢、疾患状態の重症度、投与手法などに応じて変動し得、当業者はその量を容易に決定することができる。本用語は、標的細胞中で特定の応答、例えば、細胞遊走の低下を誘導することになる用量にも適用される。特定の用量は、例えば、選択された特定の化合物、対象の種及びそれらの年齢／既存の健康状態または健康状態のリスク、従うべき投薬レジメン、疾患の重症度、他の剤と組み合わせて投与されるか否か、投与のタイミング、投与される組織、ならびに運ばれる物理的送達システムに応じて変動する。
【００５２】
本明細書で使用するとき、「治療」及び「治療すること」は、治療上の利益を含むが、これに限定されない有益なまたは所望の結果を得るためのアプローチを指す。治療上の利益は、治療される基礎障害の根絶または改善を意味する。また、治療上の利益は、患者が依然として基礎障害に罹患している可能性があっても、改善がその患者で観察されるような、基礎障害と関連する生理学的症状のうち１つ以上の根絶または改善で達成される。
【００５３】
本明細書で使用されるとき、投与が企図される「対象」または「患者」は、これらに限定されないが、ヒト（すなわち、任意の年齢群、例えば、小児対象（例えば、乳幼児、小児、青年）もしくは成人対象（例えば、若年成人、中年成人もしくは高齢成人）の男性もしくは女性）及び／または他の霊長類（例えば、カニクイザル、アカゲザル）が挙げられる。
【００５４】
化合物１
化合物１は、以下の構造を有する：
【００５５】
【化４】
2021528072.tif 000006
【００５６】
化合物１の化学名は、２−［（２Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−２−イル］−６−（３−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）チエノ［３，２−ｄ］ピリミジン−４（３Ｈ）−オンである。化合物１は、Ｃｄｃ７キナーゼ阻害剤である。
【００５７】
化合物１の互変異性体または化合物１の薬学的に許容される塩または水和物もまた、本開示に含まれる。化合物１が互変異性体を有する場合、各異性体も本開示に含まれる。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「化合物１及び／またはその互変異性体」などの句はすべて、化合物１及びそのすべての互変異性体を意味すると理解される。非限定的な例として、互変異性化は、化合物１のピラゾール及びピリミジン基で起こり得る。化合物１で起こり得る互変異性化の特定の例は、以下が挙げられる：
【００５９】
【化５】
2021528072.tif 000007
【００６０】
化合物１及び／またはその互変異性体は、薬学的に許容される塩の形態で使用することができる。薬学的に許容される塩の例としては、無機塩基を有する塩、有機塩基を有する塩、無機酸を有する塩、有機酸を有する塩、及び塩基性または酸性アミノ酸を有する塩が挙げられる。
【００６１】
化合物１及び／またはその互変異性体は、水和物（例えば、半水和物）、非水和物、溶媒和物または非溶媒和物であり得、これらはすべて、本開示に含まれる。いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体は、半水和物である。
【００６２】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物またはその結晶形は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１１／１０２３９９、米国特許第８，７２２，６６０号、米国特許第８，９２１，３５４号、米国特許第８，９３３，０６９号、及び米国特許公開第ＵＳ２０１５／１５８８８２号に記載の製造方法またはそれに類似する方法に従って得ることができる。これらは、参照によりその全体及びすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【００６３】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、結晶の形態（例えば、結晶状形態Ａ、結晶状形態Ｉなど）であってもよく、結晶の結晶形態は、単一または複数であり得、これらは両方とも化合物１に含まれる。結晶は、２０１７年１０月５日に公開のＰＣＴ公開第ＷＯ２０１７／１７２５６５号（あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている形態であり得るか、その方法によって生成され得る。いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、ＷＯ２０１７／１７２５６５に記載されるような結晶状形態Ｉの形態であり得る。いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、化合物１半水和物（すなわち、２−［（２Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−２−イル］−６−（３−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）チエノ［３，２−ｄ］ピリミジン−４（３Ｈ）−オン半水和物）の結晶状形態である。例えば、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、化合物１の半水和物の結晶状形態Ｉであり得る。
【００６４】
医薬組成物
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、医薬品として、経口または非経口的に、単独で、または薬学的に許容される担体との混合物中で、前述の患者に投与され得る。
【００６５】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬品（「本開示において使用するための医薬品」と略されることがある）は、本明細書において詳細に説明する。本開示において使用するための医薬品は、本明細書に記載の癌を治療する方法で使用することができる。
【００６６】
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬品は、そのまま、または薬学的に許容される担体（薬学的に許容される賦形剤と呼ばれることもある）との混合物状態で、経口または非経口的に投与することができる。
【００６７】
本開示の化合物（すなわち、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物）の経口投与用の本開示の医薬品の剤型の例としては、経口用調製物、例えば、錠剤（例えば、糖衣錠、フィルムコート錠、舌下錠、頬側錠、急速崩壊経口錠剤）、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤（例えば、軟カプセル剤、マイクロカプセル）、シロップ剤、乳剤、懸濁剤、及びフィルム（例えば、口腔粘膜接着フィルム）などが挙げられる。非経口投与用の本開示の医薬品の剤形の例としては、注射剤、含浸剤、点滴注入、経皮剤（例えば、イオントフォレーシス経皮剤）及び坐剤が挙げられる。本開示の化合物を好適な塩基（例えば、酪酸ポリマー、グリコール酸ポリマー、酪酸−グリコール酸コポリマー、酪酸ポリマーとグリコール酸ポリマーとの混合物、ポリグリセロール脂肪酸エステル）と組み合わせることによって徐放調製物を調製することも効果的である。
【００６８】
本開示の医薬品は、医薬調製物の技術分野において一般的に使用される既知の製造方法によって製造することができる。さらに、本開示の医薬品は、必要に応じて、賦形剤、結合剤、崩壊剤、潤滑剤、甘味料、界面活性剤、懸濁剤、乳化剤、着色剤、防腐剤、芳香剤、矯味剤、安定剤、増粘剤など、製薬分野で一般的に使用される適切な量の薬学的に許容される担体を適切に含むことができる。上記薬理学的に許容される担体の例としては、これらの添加剤が挙げられる。
【００６９】
例えば、錠剤は、賦形剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤などを用いて製造され得、丸剤及び顆粒剤は、賦形剤、結合剤、及び崩壊剤を用いて製造され得る。また、粉末及びカプセルは、賦形剤などを用いて製造することができ、シロップは、甘味料などを用いて製造することができ、乳濁液及び懸濁液は、懸濁剤、界面活性剤、乳化剤などを用いて製造することができる。
【００７０】
賦形剤の例としては、ラクトース、精糖、グルコース、デンプン、スクロース、結晶セルロース、カンゾウ末、マンニトール、炭酸水素ナトリウム、リン酸カルシウム、及び硫酸カルシウムが挙げられる。
【００７１】
結合剤の例としては、５〜１０重量％デンプンのり液、１０〜２０重量％アラビアゴム液またはゼラチン液、１〜５重量％トラガント液、カルボキシメチルセルロース液、アルギン酸ナトリウム液、及びグリセリンが挙げられる。
【００７２】
崩壊剤の例としては、デンプン及び炭酸カルシウムが挙げられる。
【００７３】
滑沢剤の例としては、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、ステアリン酸カルシウム、精製タルクが挙げられる。
【００７４】
甘味剤の例としては、グルコース、フルクトース、転化糖、ソルビトール、キシリトール、グリセリン、及び単シロップが挙げられる。
【００７５】
界面活性剤の例としては、ラウリル硫酸ナトリウム、ポリソルベート８０、ソルビタンモノ脂肪酸エステル、及びステアリン酸ポリオキシル４０が挙げられる。
【００７６】
懸濁剤の例としては、アラビアゴム、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、及びベントナイトが挙げられる。
【００７７】
乳化剤の例としては、アラビアゴム、トラガント、ゼラチン、及びポリソルベート８０が挙げられる。
【００７８】
例えば、本開示の医薬品が錠剤の形態である場合、例えば、賦形剤（例えば、ラクトース、精糖、デンプン）、崩壊剤（例えば、デンプン、炭酸カルシウム）、結合剤（例えば、デンプン、アラビアゴム、カルボキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース）、または滑沢剤（例えば、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ポリエチレングリコール６０００）を本開示の化合物に添加し、その混合物を圧縮成形してそれ自体既知の方法に従って製造し、次いで必要に応じて、味のマスキング、腸溶性コーティング、または持続性の目的のためにそれ自体既知の方法でコーティングを付与することによって、錠剤を製造することができる。コーティングに用いられるコーティング剤の例としては、例えば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ポリオキシエチレングリコール、Ｔｗｅｅｎ８０、プルロニックＦ６８、セルロースアセテートフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ヒドロキシメチルセルロースアセテートスクシネート、オイドラギット（メタアクリル酸−アクリル酸コポリマー、Ｒｏｈｍ製、Ｇｅｒｍａｎｙ）、及び顔料（例えば、赤色酸化鉄、二酸化チタン）が挙げられる。このようにして得られた錠剤は、即時放出調製物及び徐放調製物のいずれかであり得る。
【００７９】
前述の注射剤の例としては、静脈注射剤、ならびに皮下注射剤、皮内注射剤、筋肉注射剤、点滴注射剤などが挙げられる。
【００８０】
かかる注射剤は、それ自体既知の方法によって、または、本開示の化合物を滅菌水性液もしくは油性液に溶解、懸濁、もしくは乳化することによって調製される。水性液の例としては、生理食塩水、グルコース及び他の補助剤（例えば、Ｄ−ソルビトール、Ｄ−マンニトール、塩化ナトリウム）などを含有する等張液などが挙げられる。水性液には、好適な溶解剤、例えば、アルコール（例えば、エタノール）、ポリアルコール（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール）、非イオン性界面活性剤（例えば、ポリソルベート８０、ＨＣＯ−５０）などが含まれ得る。油性液の例としては、ゴマ油、大豆油などが挙げられる。油性液は、好適な溶解剤を含んでもよい。溶解剤の例としては、安息香酸ベンジル、ベンジルアルコールなどが挙げられる。さらに、注射剤は、緩衝剤（例えば、リン酸緩衝液、酢酸ナトリウム緩衝液）、無痛化剤（例えば、塩化ベンザルコニウム、塩酸プロカイン）、安定剤（例えば、ヒト血清アルブミン、ポリエチレングリコール）、保存剤（例えば、ベンジルアルコール、フェノール）などを含んでもよい。調製された注射液は、通常、アンプルに充填される。
【００８１】
本開示の医薬品中での本開示の化合物の含有量は、医薬調製物の形態に応じて変化するが、通常、調製物全体に対して約０．０１〜約１００重量％、好ましくは、約２〜約８５重量％、より好ましくは、約５〜約７０重量％である。
【００８２】
本開示の医薬品中での添加剤の含有量は、医薬調製物の形態に応じて変化するが、通常、調製物全体に対して約１〜約９９．９重量％、好ましくは、約１０〜約９０重量％である。
【００８３】
投薬量及び投与
化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、安定であり、低毒性を有し、安全に使用することができる。１日量は、患者の状態及び体重、投与経路などによって異なるが、例えば、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物の場合、本明細書に記載されている医薬品の形態で治療のために患者に経口投与することができる。
【００８４】
いくつかの実施形態では、本開示において使用するための医薬品は、用量強度が１０〜２００ｍｇの範囲である化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む。例えば、いくつかの実施形態では、医薬品は、用量強度１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、３０ｍｇ、３５ｍｇ、４０ｍｇ、４５ｍｇ、５０ｍｇ、５５ｍｇ、６０ｍｇ、６５ｍｇ、７０ｍｇ、７５ｍｇ、８０ｍｇ、８５ｍｇ、９０ｍｇ、９５ｍｇ、１００ｍｇ、１０５ｍｇ、１１０ｍｇ、１１５ｍｇ、１２０ｍｇ、１２５ｍｇ、１３０ｍｇ、１３５ｍｇ、１４０ｍｇ、１４５ｍｇ、１５０ｍｇ、１５５ｍｇ、１６０ｍｇ、１６５ｍｇ、１７０ｍｇ、１７５ｍｇ、１８０ｍｇ、１８５ｍｇ、１９０ｍｇ、１９５ｍｇ、または２００ｍｇの化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む。いくつかの実施形態では、成人（体重約６０ｋｇ）に投与される１日量は、１０〜２００ｍｇの範囲である。他の実施形態では、成人（体重約６０ｋｇ）への１日用量は、本開示の化合物として、約１〜１０００ｍｇ、好ましくは約３〜３００ｍｇ、より好ましくは約１０〜２００ｍｇであり、１回の投与で与えられるか、１日２回または３回に分けて投与され得る。
【００８５】
本開示の化合物（すなわち、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物）は、医薬品として、経口または非経口的に、単独で、または薬理学的に許容される担体との混合物状態で患者に投与され得る。いくつかの実施形態では、本開示の化合物は、経口投与される。
【００８６】
本開示の化合物は、非経口投与される場合、通常、液剤（例えば、注射剤）の形態で投与される。この用量は、投与対象、標的臓器、症状、投与方法などによっても異なるが、例えば、体重１ｋｇ当たり約０．０１ｍｇ〜約１００ｍｇ、好ましくは、約０．０１〜約５０ｍｇ、より好ましくは、約０．０１〜約２０ｍｇであり、好ましくは、静脈注射剤である。
【００８７】
いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、約３０ｍｇ／日〜約１２０ｍｇ／日、例えば、約８０ｍｇ／日の用量で投与される。他の実施形態では、用量は、約２０ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日、または約２０ｍｇ／日〜約６０ｍｇ／日であり得る。例えば、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、５０ｍｇの用量で１日１回、または２５ｍｇの用量で１日２回投与され得る。いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、治療期間中、少なくとも５日間、少なくとも７日間、少なくとも１０日間、または少なくとも１４日間（例えば、約５０ｍｇ／日）、毎日（例えば、１日１回または１日２回）投与される。いくつかの実施形態では、治療期間中に化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与した後、休止期間が始まり、患者は少なくとも３日間、少なくとも５日間、少なくとも７日間、少なくとも１０日間、または少なくとも１４日間は薬物を投与されない。例えば、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、１４日間毎日投与され得、その後に薬物が投与されない７日間の休止期間が続く。あるいは、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、２１日間投与され、その後７日間の休止期間、または１４日間投与され、その後１４日間の休止期間、または７日間投与され、その後７日間の休止期間が続き得る。いくつかの実施形態では、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、２１日サイクルで、あるいは１４日サイクルまたは２８日サイクルで投与され得る。これらの投薬量及び投与スケジュールは、癌の治療に使用することができる。いくつかの実施形態では、化合物１は、絶食状態の患者に投与される。
【００８８】
診断試薬
本開示はまた、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することを含む癌治療に、患者が治療的に応答する可能性を予測するための診断試薬を提供する。これらには、ＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異（例えば、ＭＳＩ／ＭＳＳなど）状態を検出するための試薬を含む。診断試薬は、状態（複数可）を決定するための構成要素としてキットに含まれ得、キットには、突然変異（複数可）の状態を決定するための診断試薬を使用するための説明書がさらに含まれ得る。
【００８９】
ＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異（例えば、ＭＳＩ／ＭＳＳ）状態を検出するための試薬の例としては、（１）遺伝子をコードするゲノムまたはｍＲＮＡ配列内の少なくとも１つの突然変異を特異的に検出できる核酸プローブ（好ましくは、遺伝子をコードするゲノムまたはｍＲＮＡ配列中のＯＲＦ）、（２）遺伝子をコードするゲノムまたはｍＲＮＡ配列内に少なくとも１つの突然変異を含む領域を特異的に増幅できるプライマー（好ましくは、遺伝子をコードするゲノムまたはｍＲＮＡ配列中のＯＲＦ）などが挙げられる。
【００９０】
いくつかの実施形態では、ＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＳ／ＭＳＩ状態）の決定は、次世代配列決定法を使用して達成される。いくつかの実施形態では、ＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異状態（例えば、ＭＳＳ／ＭＳＩ状態）の決定は、全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）またはＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡＳｅｑ）を使用して達成される。
【００９１】
本開示の診断試薬は、本開示の検出方法に従って、様々な酵素、酵素基質、緩衝液などと組み合わせてもよい。酵素の例としては、上記突然変異の検出方法として例示される様々な分析方法に必要な酵素、例えば、ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡリガーゼ、制限酵素などが挙げられる。緩衝液としては、分析に使用されている酵素の活性を維持するのに好ましい緩衝液を適切に選択する。酵素基質としては、例えば、相補鎖合成用の基質などが用いられる。
【００９２】
本開示の診断試薬を使用して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することを含む癌治療に患者が治療的に応答する可能性を、本明細書に記載の方法に従って予測することができる。
【００９３】
本開示はまた、癌を有する患者を治療する際に使用するためのキットを提供し、このキットには、本開示の上記診断試薬及び治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む。化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物は、治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を含む医薬品または医薬組成物として提供され得る。
【００９４】
本開示のキットは、バイオマーカー突然変異状態により治療が必要であることが示唆される場合、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を患者に投与するための説明書をさらに含み得る。
【００９５】
本開示のキットを使用して、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することを含む癌治療に患者が治療的に応答する可能性が高い癌を有する患者（すなわち、化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物による癌治療に治療的によく応答する可能性が高いと予測される癌を有する患者）は、本開示の上記の予測方法に従って、容易に選択し、予測された癌患者に治療有効量の化合物１及び／またはその互変異性体またはその薬学的に許容される塩またはその水和物を投与することによって、治療することができる。
【実施例】
【００９６】
実施例１：化合物１の予測バイオマーカーシグネチャの識別
【００９７】
化合物１は、癌治療のために臨床開発中の治験薬である。化合物１は、ＤＮＡの複製及び修復に関与するＣｄｃ７キナーゼを阻害することにより、抗腫瘍効果を得る。予測バイオマーカーの同定は、フェーズ２様の前臨床試験、すなわち、Ｂａｌｂ／ｃヌードマウス（ＮＯＤ／ＳＣＩＤ、雌、６〜８週齢、１８〜２２ｇ）を使用したヒト原発腫瘍異種移植モデルから得たデータを使用して調査した。各モデルについて、６匹の担癌マウスを２つの群にランダム化した。選択したＰＤＸ腫瘍を接種したシードマウスの腫瘍断片を採取し、Ｂａｌｂ／ｃヌードマウスへの接種に使用した。各マウスの右脇腹に１つの腫瘍断片（直径２〜３ｍｍ）を皮下接種した。平均腫瘍径が約２００〜２５０ｍｍ３に達したときに治療を開始した。マウスに、ビヒクルまたは化合物１（化合物１半水和物の結晶状形態Ａ、６０ｍｇ／ｋｇ、Ｂｉｄ、経口、２１日、３日投与及び４日休薬）のいずれかを経口投与した。マイクロサテライト不安定性／安定性（ＭＳＩ／ＭＳＳ）状態によって測定したＴＰ５３変異状態及び高頻度突然変異状態は、化合物１による癌治療の予測バイオマーカーとして特定した。図１は、フェーズ２様前臨床研究の癌種別の％ΔＴＧＩ（総成長阻害）を示している。
【００９８】
実施例２：予測バイオマーカーアルゴリズム
【００９９】
感度の高い（応答する）サンプル及び耐性のある（応答しない）サンプルをフェーズ２様データから区別するためのアルゴリズムが開発された。
【０１００】
２−１．次世代シーケンシングデータ処理
【０１０１】
全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）及びＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡＳｅｑ）は、癌種が結腸癌（ｎ＝４０）、膵癌（ｎ＝２４）、非小細胞肺癌（ｎ＝２３）、及び卵巣癌（ｎ＝５）である９２の異種移植モデルに対して行った。
【０１０２】
２−２．全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）のデータ品質管理（ＱＣ）
【０１０３】
高品質の突然変異のみを保持するために、ＷＥＳによって検出された生の突然変異にはフィルタリングを適用した。合計１０，２５６，７８７の生の突然変異が最初に取得され、読取り深度が２０を超え、突然変異対立遺伝子頻度が５％を超える突然変異を保持した。タンパク質の翻訳に影響を与える突然変異が考慮されるため、非サイレント突然変異のみ、例えば、非同義点突然変異、フレームシフト／フレーム内の小さい挿入及び消失、ストップゲイン及びロスバリアント、スプライスバリアントなどを保持した。しかし、この場合、一致する生殖細胞系列サンプルが利用できなかったため、フィルタリング処理後であっても、潜在的な生殖細胞系列バリアント／ＳＮＰが残っている。したがって、広く使用されている生殖細胞系ＳＮＰデータベース（例えば、ｄｂＳＮＰ、１０００ゲノム、ＥＳＰ６５０００、及びＥｘＡＣなど）によって報告された突然変異は、生殖細胞突然変異である可能性が高いため除去した。また、突然変異対立遺伝子頻度が１％を超える突然変異も維持した。次に、疾患においてより機能的な突然変異を維持するために、非同義の一塩基亜型がＲａｄｉａｌＳＶＭ及びＳＩＦＴによって検査され、有意に有害であると予測されたものを保持した。最後に、突然変異を保持することにより、ドライバー突然変異のみを保持した。
【０１０４】
２−３．治療のエンドポイント
【０１０５】
この研究では、％ΔＴＧＩ（パーセントデルタ腫瘍増殖阻害）を使用し、その数学的定義は次のとおりである。
【０１０６】
【数１】
2021528072.tif 000008
【０１０７】
上記の式で、Ｔｔ及びＴ０は時間ｔ及び０での治療中の腫瘍のサイズを表し、同様にＣｔ及びＣ０は、同じ時点ｔ及び０での対照（ビヒクル）の腫瘍のサイズを意味する。このため、％ΔＴＧＩが高い場合、ビヒクルよりも治療において高度の腫瘍増殖阻害を示している。
【０１０８】
２−４．アルゴリズムの開発及びバイオマーカーの同定
【０１０９】
バイナリ応答は、％ΔＴＧＩを分類することによって推測されたため、サンプルは、％ΔＴＧＩが高い応答者と％ΔＴＧＩが低い非応答者とに分類した。カイ二乗検定を実行して、クラスラベル（応答者及び非応答者）と突然変異状態（ＭＵＴ対ＷＴ）との潜在的な関連性を評価した。合計２０の遺伝子がｐ値の閾値０．０５を超え、２０個の遺伝子は以下に示すとおりである。
ＴＰ５３、ＡＣＶＲ２Ａ、ＬＲＰ１Ｂ、ＣＴＮＮＢ１、ＳＥＣ３１Ａ、ＡＢＣＢ４、ＨＥＲＣ２、ＤＮＭ２、ＦＸＲ１、ＢＡＸ、ＡＴＲ、ＡＰＣ、ＣＨＤ８、ＣＴＣＦ、ＣＨＤ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＬＯＣＫ、ＣＮＯＴ１、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＨＤ３。
【０１１０】
上記２０の遺伝子などを用いた応答者状態及び非応答者状態の合計７７モデルの決定ツリー要約を図２に示す。上記２−１で使用した９２のモデルのうち、中間応答モデル（１５モデル）は分析から除外した。この関連性により、ＴＰ５３突然変異が応答と最も有意に関連していることが明らかになった。また、この関連性により、高頻度突然変異を伴うモデルが無応答と関連していることが明らかになった。この関連性により、ＣＨＤファミリー遺伝子の突然変異が無応答と関連していることが明らかになった。
【０１１１】
２−５．化合物１に応答する可能性が高い癌の兆候を予測する
【０１１２】
上で説明したアルゴリズムを使用して化合物１治療に応答する可能性が高い癌種を調査した。２０の突然変異及びＣＨＤファミリー遺伝子のＣａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）突然変異データをダウンロードし、アルゴリズムを各癌種で実行して、化合物１への応答者を予測した（図３）。
【０１１３】
図３の略語の意味は次のとおりである。
【０１１４】
【表１】
2021528072.tif 000009
【０１１５】
化合物１に関するこの観察及び生物学的及び臨床的知識に基づいて、卵巣漿液性嚢胞腺癌、食道癌（例えば、扁平上皮食道癌）、肺扁平上皮細胞癌（例えば、扁平上皮非小細胞肺癌）、頭頸部扁平上皮癌、直腸／結腸腺癌及び膵腺癌などは、化合物１に非常に応答する可能性が高い癌種として特定した。
【０１１６】
実施例３：扁平上皮ＮＳＣＬＣまたは扁平上皮食道癌を有する患者における化合物１単剤の安全性、忍容性、及び活性を評価するための非盲検、第２相並行群間試験。
【０１１７】
化合物１は、扁平上皮ＮＳＣＬＣまたは扁平上皮食道癌での第２相、多施設、単剤、非対照、非盲検並行群間試験で調査している。この研究で使用した化合物１の形態は、結晶状形態Ｉの化合物１半水和物である。化合物１の安全性、忍容性、及び薬物動態（ＰＫ）は、２１日サイクルで１４日間、化合物１の５０ｍｇ  ＱＤ（１日１回）の投与について評価する。治療期間は、中止基準を満たすか、または１年間投与するまで継続する。臨床的利益を有する患者は、１年後も継続し得る。
【０１１８】
この研究の主要評価項目は次のとおりである。（１）治療に起因する有害事象（ＴＥＡＥ）の頻度：用量制限毒性、重篤な有害事象、用量変更につながるＴＥＡＥ、及び治療中止につながるＴＥＡＥ；（２）疾患特異的コホートにおけるＲＥＣＩＳＴｖ．１．１あたりの疾患制御率（ＤＣＲ）：完全奏効（ＣＲ）＋部分奏効（ＰＲ）＋安定した疾患（ＳＤ）（ＤＣＲの適格となるには、ＳＤは、治療開始から少なくとも６週間である必要がある）。
【０１１９】
副次的評価項目は、（１）サイクル１、１日目の化合物１の初回投与後のＰＫパラメータ：Ｃｍａｘ、ｔｍａｘ、ＡＵＣ２４、時間０から最後の定量化可能な濃度までのＡＵＣ（ＡＵＣｌａｓｔ）、及び腎クリアランス；（２）化合物１の複数回投与後のＰＫパラメータ：Ｃｍａｘ、ｔｍａｘ、ＡＵＣ２４、ＡＵＣｌａｓｔ、最終処分期半減期、定常状態の見かけの経口クリアランス、及び投与間隔にわたるＡＵＣに基づく蓄積率；（３）全奏効率（ＯＲＲ）（ＣＲ＋ＰＲ）、（４）奏効期間（ＤＯＲ）、（５）無増悪生存期間（ＰＦＳ）、（６）全生存期間（ＯＳ）；及び（７）ＴＥＡＥ患者の割合である。
【０１２０】
この試験では、局所進行性または転移性扁平上皮食道癌を有する患者及び局所進行性または転移性扁平上皮非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有する患者において、化合物１の単剤としての抗腫瘍活性を評価する。この研究では、２１日サイクルで１４日間の５０ｍｇＱＤの用量及び投与スケジュールを評価する。
【０１２１】
ヒト肝細胞では、化合物１は、代謝されて、次の構造の化合物になり得る：
【０１２２】
【化６】
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【０１２３】
化合物１は、空腹時に患者に経口投与され、少なくとも８オンスの水と一緒に服用するものとする。標準用量５０ｍｇＱＤは、４０ｍｇまで減少させることができ、必要に応じてさらに３０ｍｇまで減少させることができる。ＴＰ５３突然変異状態及び／または高頻度突然変異（例えば、ＭＳＩ／ＭＳＳ）状態は、本研究の包含／除外基準として使用できる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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