(57)【要約】ある意味で、本発明の開示は、対象の眼内疾患または障害の評価、治療および予防またはそのいずれかを行なうための、装置およびシステムなどの構成に係るものであり、当該の眼内疾患または障害の病因は、対象の眼内スペースまたは腔部における微生物感染を含む。いくつかの実施形態は、本発明の開示は、ヒト患者などの対象における加齢黄斑変性（AMD）の評価、治療および予防またはそのいずれかを行なうための、装置およびシステムなどの構成ならびに方法などに関するものである。
2021507721.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の眼内疾患または障害を評価する方法は、対象の眼内スペースもしくは腔部における
微生物の有無および量を評価する方法、またはそのいずれかから成っており、当該眼内疾
患もしくは障害の病因は、当該微生物の当該対象の眼内スペースまたは腔部への感染を含
む。
【請求項２】
請求項1の方法は、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物の有無の評価を含む。
【請求項３】
請求項1の方法は、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物量の評価を含む。
【請求項４】
さらに、請求項1 〜 3の方法はいずれも、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内ス
ペースまたは腔部における感染状態の評価を含む。
【請求項５】
請求項1 〜 4の方法は、いずれにおいても、微生物は細菌、真菌、ウイルス、またはこれ
らの併存である。
【請求項６】
請求項1 〜 5の方法は、いずれも、対象の眼内疾患もしくは障害を評価するための、眼内
スペースまたは腔部における複数の微生物の有無、量、および感染状態の評価、またはそ
のいずれかから成る。
【請求項７】
請求項1 〜 5の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペース
または腔部における微生物相の評価から成る。
【請求項８】
請求項1 〜 7の方法は、いずれも、イムノアッセイなどの結合アッセイを用いて、眼内ス
ペースまたは腔部における微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、
または微生物相の評価を含む。
【請求項９】
請求項8の方法において、イムノアッセイは、酵素結合免疫吸着法（ELISA）、イムノブロ
ッティング、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、ラテックス凝集、
間接赤血球凝集反応アッセイ（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法アッセイ（IFA）、ネフ
ェロメトリー、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光
アッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、Uキャプチャアッセイ、阻害検定、およびア
ビディティアッセイを含むグループから選択したものである。
【請求項１０】
請求項1 〜 7の方法は、いずれも、分子アッセイを用いて、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、または微生物相の評価
を含む。
【請求項１１】
請求項10の方法は、分子アッセイにおいて、微生物のポリヌクレオチドの分離、増幅、ラ
イゲーション、ハイブリッド形成、およびシーケンシング、またはそのいずれかから成る
手順を用いたものである。
【請求項１２】
請求項11の方法は、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)、鎖置換増幅 (SDA)、転写増幅法 (TMA)
、 リガーゼ連鎖反応 (LCR)、核酸配列ベース増幅 (NASBA)、プライマー伸長、ローリン
グサークル増幅 (RCA)、自家持続配列複製法 (3SR)、およびLAMP法 (LAMP) から成るグル
ープから選択した手法を用いて、ポリヌクレオチドを増幅するものである。
【請求項１３】
請求項11の方法は、マクサム・ギルバート シーケンシング、鎖停止法、ショットガン シ
ーケンシング、ブリッジPCT、単一分子リアルタイム シーケンシング、イオン半導体 (イ
オントレント シーケンシング)、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシー
ケンシング (SOLiD シーケンシング)、鎖停止（サンガー シーケンシング)、マッシブリ
ー パラレルシグネチャー シーケンシング (MPSS)、ポロニー シーケンシング、454パイ
ロ シーケンシング、イルミナ (Solexa) シーケンシング、 DNA ナノボール シーケンシ
ング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング、単一分子リアルタイム (SMRT) シーケン
シング、ナノポアDNAシーケンシング、トンネル電流DNAシーケンシング、ハイブリッド形
成によるシーケンシング、質量分析法を用いたシーケンシング、ミクロ流体サンガー シ
ーケンシング、顕微鏡に基づく技術、RNAPシーケンシング、および in vitro ウイルス高
スループット シーケンシングから成るグループから選択したフォーマットを用いて、シ
ーケンシングを行なう方法である。
【請求項１４】
請求項11の方法において、分子アッセイはシーケンス分析およびPCR分析、またはそのい
ずれかを含む。
【請求項１５】
請求項14の方法において、シーケンシング分析は、微生物層メタゲノムシーケンス分析な
どの、メタゲノムシーケンス分析を含む。
【請求項１６】
請求項14の方法において、PCR分析は、微生物層のリアルタイムPCR分析などの、PCR分析
を含む。
【請求項１７】
請求項1 〜 16のいずれの方法においても、眼内スペースまたは腔部は、房水、支持靱帯
（チン小帯）、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、
または虹彩から成る。  
【請求項１８】
請求項1 〜 17の方法は、いずれも、眼内スペースまたは腔部から分離したサンプルを用
いた、微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、または微生物相の評
価を含む。
【請求項１９】
請求項18の方法において、サンプルは、対象の房水、支持靱帯（チン小帯）、毛様体およ
び筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、または虹彩から分離したも
のである。
【請求項２０】
請求項1 〜 19の方法のいずれにおいても、対象を哺乳類とする。
【請求項２１】
請求項20の方法においては、対象の哺乳類を非ヒト哺乳類とする。
【請求項２２】
請求項21の方法においては、対象の非ヒト哺乳類を、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イ
ヌ、ブタ、雌牛、雄牛、ヒツジ、ヤギ、ウマ、サル、または非ヒト霊長類とする。
【請求項２３】
請求項21の方法においては、対象の哺乳類をヒトとする。
【請求項２４】
請求項1 〜 23の方法は、いずれにおいても、評価対象の眼内疾患または障害は、白内障
（Cat）、加齢黄斑変性 (AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・
小柳・原田症候群 (VKH)、または眼内炎 (EOS) とする。
【請求項２５】
請求項24の方法は、対象のCat評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中における、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および
微生物相またはそのいずれかの評価を含む。   Pseudomonas mendocina（シュードモナス
・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウス）、 Alicyc
liphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 Achromobacter
xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobium japonicum
（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコバクテリウム
・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッセンス）、 Pr
evotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium meliloti（アルファル
ファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウス）。
【請求項２６】
請求項24の方法は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価から成る。
Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、
Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、Staphylococcus haemolyticus（スタフィ
ロコッカス・ヘモリチカス）、Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas ma
ltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、
Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバ
チルス・ロイテリ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、Enterococcus faeci
um（フェシウム菌）、Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、Baci
llus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ
白葉枯病菌）。
【請求項２７】
請求項26の方法は、対象AMDの評価を目的とした、バチルス・メガテリウム の有無、量、
感染状態および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。
【請求項２８】
請求項27の方法は、対象AMDの評価を目的とした、生きたバチルス・メガテリウム の評価
を含む。
【請求項２９】
請求項26 〜 28の方法は、いずれも、さらに対象AMDの評価を目的とした、眼内スペース
、腔部、およびサンプル中における、補体系の活性化および炎症の誘導、またはそのいず
れかの評価を含む。
【請求項３０】
請求項24の方法は、対象GLAの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価を含む。
Acinetobacter baumannii（アシネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoace
ticus（アシネトバクター・カルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナ
ス・テストステローニ）、 Mycobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）
、 Bacillus thuringiensis（バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（
シトロバクター・コセリ）、 Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメン
タンス）、 およびSerratia marcescens （霊菌）。
【請求項３１】
請求項24の方法は、対象BDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサン
プル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物相
またはそのいずれかの評価を含む。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモナス・ウィッ
ティチイ）、 Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluorescens（蛍光菌
）、 Ralstonia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus crispatus（
ラクトバチルス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（バークホルデリア・
ムルティウォランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）、 およびMei
othermus silvanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【請求項３２】
請求項24の方法は、対象VKHの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価を含む。
Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtili
s（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 
およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【請求項３３】
請求項26 〜 28の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害の臨床症状の評価を含む
。
【請求項３４】
請求項1 〜 33の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害のリスク評価、診断、予
後、階層化および治療モニタリング、またはそのいずれかのために用いるものである。
【請求項３５】
請求項1 〜 34の方法は、いずれも、対象の眼内疾患もしくは障害の予防または治療を含
む。
【請求項３６】
請求項35の方法は、さらに、対象の眼内スペース、腔部、またはサンプル中の微生物の有
無、量、感染状態、および微生物相またはそのいずれかの評価に基づいた、対象の眼内疾
患または障害の予防あるいは治療の調整を含む。
【請求項３７】
対象の眼内疾患または障害を評価するキットまたは装置は、対象の眼内スペース、腔部、
もしくはサンプル中の微生物の有無、量、感染状態、および微生物相もしくはそのいずれ
かを評価する試薬を含む。この場合、当該眼内疾患または障害の病因は、当該対象の眼内
スペースあるいは腔部における、当該微生物の感染を含む。
【請求項３８】
請求項37のキットまたは装置において、微生物は、細菌、真菌、ウイルス、またはこれら
の併存であり、また、試薬は当該微生物の有無、量、感染状態、および微生物相またはそ
のいずれかの評価を行なうために使用する。
【請求項３９】
請求項37 もしくは 38のキットまたは装置において、試薬は、対象の眼内スペース、腔部
、またはサンプルにおける、複数の微生物の有無、量、および感染状態またはそのいずれ
かの評価を行なうことを目的とする。
【請求項４０】
請求項37 〜 39のキットまたは装置において、試薬は、イムノアッセイなどの結合アッセ
イで用いる試薬から成る。
【請求項４１】
請求項40のキットまたは装置において、酵素結合免疫吸着法（ELISA）、イムノブロッテ
ィング、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、ラテックス凝集、間接
赤血球凝集反応アッセイ（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法アッセイ（IFA）、ネフェロ
メトリー、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッ
セイ、ラテラルフローイムノアッセイ、Uキャプチャアッセイ、阻害検定、およびアビデ
ィティアッセイを含むグループから、イムノアッセイを選択する。
【請求項４２】
請求項37 〜 39のキットまたは装置のいずれにおいても、試薬は、分子アッセイで用いる
試薬を含む。
【請求項４３】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、微生物のポリヌクレオチドの分離、増幅
、ライゲーション、ハイブリッド形成、およびシーケンシング、またはそのいずれかを目
的とした試薬を含む。
【請求項４４】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)、鎖置換増
幅 (SDA)、転写増幅法 (TMA)、 リガーゼ連鎖反応 (LCR)、核酸配列ベース増幅 (NASBA)
、プライマー伸長、ローリングサークル増幅 (RCA)、自家持続配列複製法 (3SR)、および
LAMP法 (LAMP) から成るグループから選択した手法を用いた、ポリヌクレオチド増幅のた
めの試薬を含む。
【請求項４５】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、マクサム・ギルバート シーケンシング
、鎖停止法、ショットガン シーケンシング、ブリッジPCT、単一分子リアルタイム シー
ケンシング、イオン半導体 (イオントレント シーケンシング)、合成によるシーケンシン
グ、ライゲーションによるシーケンシング (SOLiD シーケンシング)、鎖停止（サンガー 
シーケンシング)、マッシブリー パラレルシグネチャー シーケンシング (MPSS)、ポロニ
ー シーケンシング、454パイロ シーケンシング、イルミナ (Solexa) シーケンシング、 
DNA ナノボール シーケンシング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング、単一分子リア
ルタイム (SMRT) シーケンシング、ナノポアDNAシーケンシング、トンネル電流DNAシーケ
ンシング、ハイブリッド形成によるシーケンシング、質量分析法を用いたシーケンシング
、ミクロ流体サンガー シーケンシング、顕微鏡に基づく技術、RNAPシーケンシング、お
よび in vitro ウイルス高スループット シーケンシングから成るグループから選択した
フォーマットを用いて行なう、ポリヌクレオチド シーケンシングのための試薬を含む。
【請求項４６】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、シーケンシング分析およびPCR分析また
はそのいずれかを行なうための試薬を含む。
【請求項４７】
請求項46のキットまたは装置において、試薬は、微生物相のメタゲノムシーケンシング分
析などのメタゲノムシーケンシング分析のための試薬を含む。
【請求項４８】
請求項46のキットまたは装置において、試薬は、微生物相のリアルタイムPCR分析などの
リアルタイムPCR分析のための試薬を含む。
【請求項４９】
請求項37 〜 48のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内スペースまたは腔部からサン
プルを採取するためのツールをさらに含む。
【請求項５０】
請求項49のキットまたは装置において、ツールは、対象の房水、支持靱帯（チン小帯）、
毛様体および筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、または虹彩から
サンプルを採取するために用いる。
【請求項５１】
請求項37-50のキットまたは装置のいずれも、対象における白内障（Cat）、加齢黄斑変性
（AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・原田症候群 (VKH)
または眼内炎 (EOS) を評価するための試薬を含む。
【請求項５２】
請求項51のキットまたは装置は、対象のCat評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかを評価する試薬を含む。Pseudomonas mendocina（シ
ュードモナス・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウ
ス）、 Alicycliphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 
Achromobacter xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobi
um japonicum（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコ
バクテリウム・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッ
センス）、 Prevotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium melilot
i（アルファルファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウ
ス）。
【請求項５３】
請求項51のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Staphylococcus epidermidis（表皮ブ
ドウ球菌）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ
球菌）、Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、Pseudom
onas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモナス・マル
トフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガ
テリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Gardnerella vag
inalis（ガードネレラ菌）、Enterococcus faecium（フェシウム菌）、Cytophaga hutchi
nsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、Bacillus licheniformis（バチルス・リケニ
フォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）。
【請求項５４】
請求項53のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、バチルス・メガテリウムの有無、量、感染状態および微生物相
またはそのいずれかの評価を含む。
【請求項５５】
請求項54のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、生きた バチルス・メガテ
リウム を評価するための試薬を含む。
【請求項５６】
請求項53 〜 55のキットまたは装置は、さらに、対象AMDの評価を目的とした、眼内スペ
ース、腔部、およびサンプル中における、補体系の活性化および炎症の誘導またはそのい
ずれかの評価を含む。
【請求項５７】
請求項51のキットまたは装置は、対象GLAの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Acinetobacter baumannii（アシネト
バクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoaceticus（アシネトバクター・カルコア
セティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナス・テストステローニ）、 Mycobact
erium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）、 Bacillus thuringiensis（バチル
ス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（シトロバクター・コセリ）、 Dyadob
acter fermentants（ディアドバクター・ファーメンタンス）、 およびSerratia marcesc
ens （霊菌）。
【請求項５８】
請求項51のキットまたは装置は、対象BDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部
、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態お
よび微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモ
ナス・ウィッティチイ）、 Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluores
cens（蛍光菌）、 Ralstonia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus
crispatus（ラクトバチルス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（バーク
ホルデリア・ムルティウォランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）
、 およびMeiothermus silvanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【請求項５９】
請求項51のキットまたは装置は、対象VKHの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかを評価する試薬を含む。
Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtili
s（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 
およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【請求項６０】
請求項37 〜 59のキットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害の臨床症状を評価する
試薬または構造などの手段を含む。
【請求項６１】
請求項37 〜 60のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内疾患または障害のリスク評価
、診断、予後、階層化、および治療モニタリング、またはそのいずれかを目的として設計
したものである。
【請求項６２】
請求項37 〜 61のキットまたは装置のいずれも、さらにコントロール試薬または標準物質
を含む。
【請求項６３】
請求項37 〜 62のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内疾患もしくは障害の治療また
は予防を目的とした、薬剤、外科処置用ツール、または埋込可能な装置などの手段をさら
に含む。
【請求項６４】
対象の眼内疾患もしくは障害の治療および予防またはそのいずれかを行なう方法は、当該
治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して、対象の眼内スペースもし
くは腔部における当該微生物の感染が、当該眼内疾患または障害の病因となっている微生
物を、その対象の眼内スペースもしくは腔部において殺滅または抑制するために薬剤を有
効量投与することを含む。
【請求項６５】
請求項64の方法は、対象の眼内疾患または障害を治療する目的で用いる。
【請求項６６】
請求項64の方法は、対象の眼内疾患または障害を予防する目的で用いる。
【請求項６７】
請求項64 〜 66の方法のいずれにおいても、微生物は、細菌、真菌、ウイルス、またはそ
れらの併存を意味する。
【請求項６８】
請求項64 〜 67のいずれの方法においても、眼内疾患または障害の病因は、対象の眼内ス
ペースまたは腔部における単一微生物の感染を含み、また、対象の眼内スペースまたは腔
部において、当該薬剤により当該の単一微生物を殺滅または抑制する。
【請求項６９】
請求項64 〜 67のいずれの方法においても、眼内疾患または障害の病因は、対象の眼内ス
ペースまたは腔部における複数微生物の感染を含み、また、対象の眼内スペースまたは腔
部において、当該薬剤により当該の複数微生物を殺滅または抑制する。
【請求項７０】
請求項64 〜 69のいずれの方法においても、眼内疾患または障害の病因が、対象の眼内ス
ペースまたは腔部における微生物相を含み、また対象の眼内スペースまたは腔部において
、当該薬剤により当該微生物相を殺滅または抑制する。
【請求項７１】
請求項64 〜 70のいずれの方法においても、当該薬剤により対象の眼内スペースまたは腔
部の微生物を殺滅する。
【請求項７２】
請求項64 〜 70のいずれの方法においても、当該薬剤により対象の眼内スペースまたは腔
部の微生物を抑制する。
【請求項７３】
請求項64 〜 70のいずれの方法においても、対象の眼内スペースまたは腔部は、房水、支
持靱帯（チン小帯）、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水
晶体、または虹彩から成る。  
【請求項７４】
請求項64 〜 73の方法のいずれにおいても、その対象を哺乳類とする。
【請求項７５】
請求項74の方法において、その対象を非ヒト哺乳類とする。
【請求項７６】
請求項75の方法において、その対象である非ヒト哺乳類を、マウス、ラット、ウサギ、ネ
コ、イヌ、ブタ、雌牛、雄牛、ヒツジ、ヤギ、ウマ、サル、または非ヒト霊長類とする。
【請求項７７】
請求項74の方法において、その対象である哺乳類をヒトとする。
【請求項７８】
請求項64 〜 77のいずれの方法においても、治療および予防またはそのいずれかを行なう
眼内疾患または障害を、白内障（Cat）、加齢黄斑変性（AMD）、緑内障（GLA）、ベーチ
ェット病（BD）、フォークト・小柳・原田症候群 (VKH)、または眼内炎 (EOS) とする。
【請求項７９】
請求項78の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して
、対象Catの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内
スペースまたは腔部に、以下のうち1種または複数種を殺滅または抑制する薬剤を有効量
投与することを含む。
Pseudomonas mendocina（シュードモナス・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キ
トコッカス・セデンタリウス）、 Alicycliphilus denitrificans（アリシクリフィラス
・デニトリフィカンス）、 Achromobacter xylosoxidans（アクロモバクター・キシロス
オキシダンス）、 Sphingobium japonicum（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycob
acterium abscessus（マイコバクテリウム・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（
アルスロバクター・アウレッセンス）、 Prevotella dentalis（プレボテラ・デンタリス
）、 Sinorhizobium meliloti（アルファルファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （
アシドボラックス・エブリウス）。
【請求項８０】
請求項78の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して
、対象AMDの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内
スペースまたは腔部に、以下のうち1種または複数種を殺滅または抑制する薬剤を有効量
投与することを含む。
Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、
Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、Staphylococcus haemolyticus（スタフィ
ロコッカス・ヘモリチカス）、Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas ma
ltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、
Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバ
チルス・ロイテリ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、Enterococcus faeci
um（フェシウム菌）、Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、Baci
llus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ
白葉枯病菌）。
【請求項８１】
請求項80の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対し、
対象AMDの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内ス
ペースまたは腔部に、バチルス・メガテリウムを殺滅または抑制する薬剤を有効量投与す
ることを含む。
【請求項８２】
請求項78の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対し、
対象GLAの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内ス
ペースまたは腔部に、以下のうち1種または複数種を殺滅または抑制する薬剤を有効量投
与することを含む。
Acinetobacter baumannii（アシネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoace
ticus（アシネトバクター・カルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナ
ス・テストステローニ）、 Mycobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）
、 Bacillus thuringiensis（バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（
シトロバクター・コセリ）、 Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメン
タンス）、 およびSerratia marcescens （霊菌）。
【請求項８３】
請求項78の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対し、
対象BDの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内スペ
ースまたは腔部に、以下のうち1種または複数種を殺滅または抑制する薬剤を有効量投与
することを含む。
Sphingomonas wittichii（スフィンゴモナス・ウィッティチイ）、 Klebsiella pneumoni
ae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluorescens（蛍光菌）、 Ralstonia pickettii（ラルス
トニア・ピッケティ）、 Lactobacillus crispatus（ラクトバチルス・クリスパータス）
、 Burkholderia multivorans（バークホルデリア・ムルティウォランス）、 Lactobacil
lus delbrueckii（デルブリュッキ菌）、 およびMeiothermus silvanus（メイオサーマス
・シルバヌス）(D)。
【請求項８４】
請求項78の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して
、対象VKHの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内
スペースまたは腔部に、以下のうち1種または複数種を殺滅または抑制する薬剤を有効量
投与することを含む。
Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtili
s（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 
およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【請求項８５】
請求項64 〜 84のいずれの方法においても、使用する薬剤は、低分子薬、化学的製剤、高
分子薬、生物学製剤、または天然薬物を含む。
【請求項８６】
請求項85の方法において使用する高分子薬または生物学製剤は、ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドを含む。
【請求項８７】
請求項86の方法において使用するポリペプチドは、抗体または抗体-薬物複合体を含む。
【請求項８８】
請求項85の方法において使用する薬剤は、抗微生物ペプチドを含む。
【請求項８９】
請求項88の方法において使用する抗微生物ペプチドは、昆虫抗微生物ペプチド、哺乳類抗
微生物ペプチド、両生類抗微生物ペプチド、魚類、軟体動物あるいは甲殻類に由来する抗
微生物ペプチド、細菌抗微生物ペプチドから成るグループから選択する。
【請求項９０】
請求項85の方法において使用する薬剤は、か焼古代インク、丹参、板藍根、ドクダミ、ス
イカズラ、オウレンタツナミソウ属、タンポポ、スベリヒユ、サンザシ、大青葉、レンギ
ョウ、インチンソウ、セシンレン、サイコ、ショクヨウダイオウ、ニシキソウ、 ヒャク
ブ、ニンニク、オウバク、トチュウ、トネリコ、 ジャショウシ、 五倍子、 ノジスミレ
、 ウバイ、 カンゾウ、 ザクロ、 チョウセンゴミシ、 サイカチ、 ミロバラン、 クラ
ラ、 ハイビスカス、 イカリソウ、カワラニンジン、およびそれらの抽出物から成るグル
ープから選択する。
【請求項９１】
請求項85の方法において用いる薬剤は、抗生物質を含む。
【請求項９２】
請求項91の方法においては、βラクタム系抗生物質、アミノ配糖体抗生物質、テトラサイ
クリン抗生物質、クロラムフェニコール系抗生物質、マクロライド系抗生物質、グリコペ
プチド系抗生物質、キノロン系抗生物質、 ニトロイミダゾール系抗生物質、リファンピ
シン系抗生物質、エキノカンジン系抗生物質、ポリエン系抗生物質、ピリミジン系抗生物
質、アリルアミン系抗生物質、アゾール系抗生物質から成るグループから、抗生物質を選
択する。
【請求項９３】
請求項81の方法は、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対し、
対象AMDの治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目的として、対象の眼内ス
ペースまたは腔部に、バチルス・メガテリウムを殺滅または抑制する抗生物質を有効量投
与することを含む。
【請求項９４】
請求項93の方法において用いる抗生物質は、アンピシリン、バンコマイシン、ネオマイシ
ン、またはテトラサイクリンである。
【請求項９５】
請求項64 〜 94の方法は、いずれも、当該の治療および予防またはそのいずれかを必要と
する対象に対し、対象の眼内疾患または障害の治療および予防またはそのいずれかを行な
うことを目的として、第二の薬剤を有効量投与することをさらに含む。
【請求項９６】
請求項95の方法において使用する第二の薬剤は、対象AMDの治療および予防またはそのい
ずれかを行なうために、眼内スペースにおける補体活性化および炎症の誘導またはそのい
ずれかを抑制する。
【請求項９７】
請求項64 〜 96の方法は、いずれも、医学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤の投与を
さらに含む。
【請求項９８】
請求項64 〜 67のいずれの方法においても、薬剤および医学的に受容可能なキャリアもし
くはそのいずれか、または賦形剤を、対象の眼内スペースまたは腔部に投与する。
【請求項９９】
対象の眼内疾患または障害の治療または予防を目的とした薬剤の製造を目的として、対象
の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅または抑制する薬剤の有効量を使用する
ことであり、また、当該眼内疾患または障害の病因は、当該対象の眼内スペースまたは腔
部における当該微生物の感染を含む。
【請求項１００】
薬剤併用とは、対象の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅または抑制する有効
量の薬剤、ならびに、眼内疾患または障害の治療および予防またはそのいずれかを行なう
ための第二の薬剤を併用することであり、また、その眼内疾患または障害の病因は、当該
対象の眼内スペースまたは腔部における当該微生物の感染を含む。
【請求項１０１】
対象の眼内疾患または障害の治療および予防またはそのいずれかを行なう方法とは、当該
の治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して、請求項100に記載の併
用薬を有効量投与する方法であり、当該の眼内疾患または障害の病因は、当該対象の眼内
スペースまたは腔部における当該微生物の感染を含む。
【請求項１０２】
対象の眼内疾患もしくは障害の治療または予防を目的とした薬剤の製造を目的として、請
求項100の併用薬を使用する方法であり、また、当該眼内疾患または障害の病因は、当該
対象の眼内スペースまたは腔部における当該微生物の感染を含む。
【請求項１０３】
メタゲノムシーケンス分析およびリアルタイムPCR分析またはそのいずれかを用いて、眼
内微生物相を検出する方法であり、またその微生物相は以下を含む。
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム
）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（
プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia
（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・
ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 C
ytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（
ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerugin
osa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮
ブドウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）。
【請求項１０４】
方法の手順が以下から成るかまたは以下を含む、請求項103に記載の方法 (1) 網膜組織の
採取および網膜組織からのDNA抽出
(2) 網膜における1種または複数種の微生物相を検出するための、メタゲノムシーケンス
分析およびリアルタイムPCR分析またはそのいずれかによるDNA検出
【請求項１０５】
方法の手順が以下から成るかまたは以下を含む、加齢黄斑変性の診断方法
(1) メタゲノムシーケンシングを用いた、以下より選択した1種または複数種の眼内微生
物相の検出
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウ
ム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida
（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophil
ia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス
・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、
Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis
（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerug
inosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表
皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェシウム菌）、および、
(2) リアルタイムPCR分析を用いた、以下より選択した1種または複数種の眼内微生物相
の検出
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウ
ム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida
（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophil
ia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス
・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、
Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis
（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerug
inosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表
皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェシウム菌）、
または、上記 (1) (2) のいずれか一方。
【請求項１０６】
検出手順が以下から成るかまたは以下を含む、請求項105に記載の方法
(1) 網膜組織の採取、および網膜組織からのDNA抽出
(2) メタゲノムシーケンス分析およびリアルタイムPCR分析またはそのいずれかによるDN
A検出
【請求項１０７】
加齢黄斑変性診断キットのためのプライマーペアは、以下より1個または複数を選択した
プライマーペアである。
（1）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2。（2）SEQ ID NO:3。SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID NO:5、
SEQ ID NO:6、（4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、（6
）SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、（7）SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、（8）SEQ ID NO:15
、SEQ ID NO:16、（9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:2
0、（11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13）SEQ
ID NO:25、SEQ ID NO:26、（14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:29、
およびSEQ ID NO:30
【請求項１０８】
キットが以下より成る、加齢黄斑変性診断キット
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア、（4）dNTP 、(5) 
緩衝液、および (6) 滅菌水。また、プライマーペアは、以下より1つまたは複数が選択さ
れる：（1）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2。（2）SEQ ID NO:3。SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID 
NO:5、SEQ ID NO:6、（4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10
、（6）SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、（7）SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、（8）SEQ ID 
NO:15、SEQ ID NO:16、（9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID
NO:20、（11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13
）SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、（14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:
29、およびSEQ ID NO:30
【請求項１０９】
請求項108に記載のキットは、以下から成る。
（1）混合液
（2）プライマーペア
（3）滅菌水
また、上記の混合液は、以下より成る。
サイバー・グリーン Ｉ、Taq 酵素、dNTP、および緩衝液。
さらに、プライマーペアは、1対または複数対を以下から選択する。
1）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2。（2）SEQ ID NO:3。SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID NO:5、SE
Q ID NO:6、（4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、（6）S
EQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、（7）SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、（8）SEQ ID NO:15、S
EQ ID NO:16、（9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、
（11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13）SEQ ID
NO:25、SEQ ID NO:26、（14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:29、およ
びSEQ ID NO:30
【請求項１１０】
加齢黄斑変性の治療のための薬剤は、微生物相を殺滅または抑制するためのもので、その
微生物相は、以下より1種または複数種を選択する。Propionibacterium acnes（アクネ菌
）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Bacillus licheniformis（バ
チルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae
（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモナス・マルトフ
ィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Staphylococcus ha
emolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 Cytophaga hutchinsonii（サイト
ファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Staphylococ
cus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Bacillus cereu
s（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、 Enterococcus fa
ecium （フェシウム菌）
【請求項１１１】
請求項110に記載の医薬品は、1個または複数の活性成分から成る。
【請求項１１２】
請求項110の医薬品は、化学製剤、生物学製剤、または天然薬物のうち1個または複数を選
択した。
【請求項１１３】
請求項110に記載の医薬品は、その化学製剤を以下の抗生物質より1個または複数を選択し
たものである。
βラクタム系抗生物質、アミノ配糖体抗生物質、テトラサイクリン抗生物質、クロラムフ
ェニコール系抗生物質、マクロライド系抗生物質、グリコペプチド系抗生物質、キノロン
系抗生物質、 ニトロイミダゾール系抗生物質、リファンピシン系抗生物質、エキノカン
ジン系抗生物質、ポリエン系抗生物質、ピリミジン系抗生物質、アリルアミン系抗生物質
、アゾール系抗生物質、およびその他抗生物質
【請求項１１４】
請求項110に記載の医薬品は、その抗微生物ペプチドを以下より1個または複数を選択した
ものである。昆虫抗微生物ペプチド、哺乳類抗微生物ペプチド、両生類抗微生物ペプチド
、魚類、軟体動物あるいは甲殻類に由来する抗微生物ペプチド、および細菌抗微生物ペプ
チド
【請求項１１５】
請求項110に記載の医薬品は、その医薬品ペプチドを以下より1個または複数を選択したも
のである。
か焼古代インク、丹参、板藍根、ドクダミ、スイカズラ、オウレンタツナミソウ属、タン
ポポ、スベリヒユ、サンザシ、大青葉、レンギョウ、インチンソウ、セシンレン、サイコ
、ショクヨウダイオウ、ニシキソウ、 ヒャクブ、ニンニク、オウバク、トチュウ、トネ
リコ、 ジャショウシ、 五倍子、 ノジスミレ、 ウバイ、 カンゾウ、 ザクロ、 チョウ
センゴミシ、 サイカチ、 ミロバラン、 クララ、 ハイビスカス、 イカリソウ、カワラ
ニンジン、およびそれらの抽出物
【請求項１１６】
請求項110に記載の医薬品は、経口、注射、または局所投与の医薬品である。
【請求項１１７】
請求項110に記載の医薬品は、その医薬品の形態が、溶液、錠剤、丸薬、カプセル剤、注
射薬、注射用粉末、貼付剤、コーティング剤、塗布薬、または粘膜投与システムである。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、2017年10月26日に出願した中国特許出願番号201711017087.3に対する優先権を
主張するものであり、すべての目的につきそのすべての開示内容を参照によって本出願に
援用する。
【０００２】
ある意味で、本発明の開示は、例えば眼内疾患あるいは障害の病因が対象眼内スペースの
微生物感染である眼内疾患および障害の評価、治療および予防またはそのいずれかを行な
うための装置、システム、方法などの構成に係るものである。いくつかの実施様態におい
て、本発明の開示は、例えばヒト患者などの対象における加齢黄斑変性（AMD）の評価、
治療および予防またはそのいずれかを行なうための装置、システム、方法などの構成に係
るものである。
【背景技術】
【０００３】
全世界において、加齢黄斑変性（AMD）は、高齢集団における不可逆的な視力喪失の主要
な原因である。これは、初期段階においては、網膜色素上皮（RPE）・ブルッフ膜間に蓄
積した軟性ドルーゼンおよび黄斑での網膜色素変化、またはそのいずれか一方を特徴とす
る（中期AMD）。後期段階においては、進行AMDの特徴は、黄斑部の地図状萎縮（ドライ型
AMD）あるいは脈絡膜血管新生（ウェット型AMD）という2個の主要なサブタイプを有する
ことである。ウェット型AMDのコントロールのために抗VEGF療法が用いられているが、ド
ライ型AMDに対しては現在承認済みの治療法が存在しない, 。
【０００４】
AMDの発症には、遺伝的要因と環境要因の双方が関与している。多くの研究でAMDの易罹患
性に関与する遺伝子座の変異が同定されており、それには補体H因子 (CFH)、加齢黄斑変
性の発病危険状態 2 (ARMS2)、HtrA セリン・ぺプチダーゼ 1 (HTRA1) が含まれており、
AMDが炎症性疾患である可能性を示している。現在、局所的な炎症の誘因となり、AMDの病
因における早期軟性ドルーゼンにつながる環境要因は明らかになっていない。
【０００５】
哺乳類あるいはヒトなどの対象において眼内疾患あるいは障害の評価、治療、または予防
を行なう構成およびその方法の改善が求められている。本発明の開示では、当該の必要性
およびその他関連する必要性を取り上げている。
【発明の概要】
【０００６】
1つの面において、 本発明の開示は、眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペースま
たは腔部の細菌感染であるような対象の眼内疾患および障害の評価方法に係るものであり
、その方法は、対象の眼内スペースまたは腔部腔部における微生物の有無およびその定量
、またはそのいずれか一方から成る。
【０００７】
別の面において、本発明の開示は、眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペースまた
は腔部の細菌感染であるような対象の眼内疾患あるいは障害を評価するキットまたは装置
に係るものであり、当該のキットまたは装置は、対象の眼内スペースまたは腔部あるいは
眼内サンプル内の微生物の有無、量、感染状態および微生物相、またはそのいずれかを評
価する試薬からなる。
【０００８】
さらに別の面において、本発明の開示は、眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペー
スまたは腔部の細菌感染であるような対象の眼内疾患または障害の治療および予防または
そのいずれかを行なう方法に係るものであり、当該方法は、そのような治療および予防ま
たはそのいずいれか一方を必要とする対象に、対象の眼内スペースまたは腔部内の微生物
を殺滅あるいは抑制する効果を有する薬剤量を投与することから成る。
【０００９】
さらに別の面において、本発明の開示は、対象の眼内疾患または障害の治療または予防を
目的とした薬剤の製造を行なうため、眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペースま
たは腔部の細菌感染であるような対象の、眼内スペースまたは腔部内の微生物を殺滅ある
いは抑制する効果を有する薬剤量の使用に係るものである。
【００１０】
さらに別の面において、本発明の開示は薬剤の併用に係るものであり、その併用は、眼内
疾患または障害の病因が対象の眼内スペースまたは腔部の細菌感染であるような対象の、
眼内スペースまたは腔部内の微生物を殺滅あるいは抑制する効果を有する薬剤量、ならび
に、眼内疾患または障害の治療および予防あるいはそのいずれか一方に効果を有する第二
の薬剤の有効量投与から成る。対象における眼内疾患または障害の治療または予防を目的
とした薬剤製造のため、薬剤の併用に関しては、さらに開示を行なう。
【００１１】
さらに別の面において、本発明の開示はメタゲノミクスシーケンス分析およびリアルタイ
ムPCR分析またはそのいずれか一方を用いた眼内微生物相検出法に係るものであり、当該
の微生物相は以下の細菌から成っているかあるいはこれらを含む。
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム
）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（
プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia
（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・
ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 C
ytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（
ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerugin
osa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮
ブドウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）。
【００１２】
さらに別の面において、本発明の開示は加齢黄斑変性の診断法に係るものであり、当該方
法は以下のような手順から成るかあるいはこれらの手順を含むものである。(1) メタゲノ
ミクスシーケンス分析を用いた、以下より選択した1種または複数種の眼内微生物相の検
出
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウ
ム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida
（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophil
ia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス
・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、
Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis
（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerug
inosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表
皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェシウム菌）、および 、(2) リアルタイ
ムPCR分析を用いた、以下より選択した1種または複数種の眼内微生物相の検出
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウ
ム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida
（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophil
ia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス
・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、
Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis
（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerug
inosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表
皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェシウム菌）。
【００１３】
さらに別の面において、本発明の開示は加齢黄斑変性診断キット作成を目的とした、1対
あるいは複数対のプライマーペアに係るものであり、以下より1対あるいは複数のプライ
マーペアを選択する。(1) SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、(2) SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、
(3) SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、(4) SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、(5) SEQ ID NO:9、SEQ
ID NO:10、(6) SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、(7) SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、(8) S
EQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、(9) SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、(10) SEQ ID NO:19、SE
Q ID NO:20、(11) SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、(12) SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、(1
3) SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、(14) SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、(15) SEQ ID NO:2
9、SEQ ID NO:30。  加齢黄斑変性診断キット作成を目的としたプライマーペアの使用に
関しても開示する。
【００１４】
さらに別の面において、本発明の開示は加齢黄斑変性診断キットに係るものであり、当該
キットは以下を含む。(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペ
ア、（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 滅菌水。プライマーペアは以下より1対または
複数対を選択した。(1) SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、(2) SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、(3
) SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、(4) SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、(5) SEQ ID NO:9、SEQ I
D NO:10、(6) SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、(7) SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、(8) SEQ
ID NO:15、SEQ ID NO:16、(9) SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、(10) SEQ ID NO:19、SEQ 
ID NO:20、(11) SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、(12) SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、(13)
SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、(14) SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、(15) SEQ ID NO:29
、SEQ ID NO:30。  加齢黄斑変性診断キット作成を目的としたプライマーペアの使用に関
しても開示する。
【００１５】
さらに別の面において、本発明の開示は加齢黄斑変性治療を目的とした医薬品に係るもの
であり、当該医薬品は微生物相の殺滅または抑制を目的としており、当該微生物相は以下
から1種あるいは複数種を選択する。Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus 
megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニ
フォルミス）、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病
菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lact
obacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（ス
タフィロコッカス・ヘモリチカス）、 Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチ
ンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄
色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌
）、 Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェ
シウム菌）。加齢黄斑変性治療を目的とした医薬品の使用に関しても開示する。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】図1は、AH検体における眼内細菌の検出を示したものである。(a) 白内障手術を受けるヒト眼球1,000個より採取した房水 (AH) における、Propionibacterium. spp. 16S rRNA およびアクネ菌 特異的遺伝子 PPA_RS04200の相対的発現量 (ヒトβアクチン（ACTB）発現に対するパーセンテージ）の定量を、リアルタイムPCR分析を用いて行なった。P値は、 パラメトリック（Student’s）T検定により算出した。(b) 培養を行なったアクネ菌 の視覚化は、倍率20,000倍設定のネガティブ染色透過型電子顕微鏡観察により行なった。ネガティブコントロールには、AH検体を含まない水を視覚化したものを用いた。 (c) 倍率20,000倍設定のネガティブ染色透過型顕微鏡を用い、操作を最小限度とした新鮮なAH検体中の細菌を観察した。
【００１７】
【図２】図2は、AH培養物中の細菌検出を示したものである。 (a) 培養を行なった大腸菌 を、光学顕微鏡により視覚化した。ネガティブコントロールは、AH接種が皆無のサンプル調整緩衝液から成る。(b) 培養を行なったAHサンプル中の細菌（培養陽性および陰性サンプル例）を、光学顕微鏡で視覚化した。(c) AH培養物あたりの総コロニー数（クックドミート培地6 ml中に50 μ AHから開始）を計測および標準化し、0.2 ml AHあたりのコロニー数を推定した。(d) 倍率20,000倍設定のネガティブ染色透過型顕微鏡により、培養を行なった大腸菌 およびコントロール（AH培養物を含まない水）を視覚化した。(e) 倍率20,000倍設定のネガティブ染色透過型顕微鏡を用いて、培養AHサンプルより選択した代表例を視覚化した。
【００１８】
【図３】図3は、特有の生きた眼内微生物相を示したものである。白内障手術を受ける20名の患者から採取した房水（AH）、結膜（CO）、血しょう（PL）および皮膚（SK）検体の比較メタゲノミクス分析を行なった。  (a) AH、CO、PLおよびSKサンプルの総配列リード数に占める、ヒトリード数の平均パーセンテージ。 (b) AH、CO、PLおよびSKサンプル中で同定した微生物遺伝子の平均数。(c) AH、CO、PLおよびSKサンプル中で同定した、微生物代謝経路の相対的存在量の階層的クラスタ分析。P値はAMOVA検定により算出した。 (d) 主座標分析により分析を行なった微生物群の多様性。P値はPERMANOVA検定により算出した。
【００１９】
【図４】図4は、異なる眼内微生物相により異なる眼疾患が発現することを示したものである。 (a) 白内障、AMD、緑内障、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・原田症候群（VKH）、あるいは眼内炎（EOS）の患者における眼内メタゲノミクスα多様性（シャノン指数および均等度により測定）。エラーバーは、疾患群 ± SEM内のすべてのシャノン指数および均等度の平均を示している。統計的差異は、白内障および他の各疾患における患者との間でそれぞれ算出した。マン・ホイットニー U検定の有意レベルをアスタリスクで示した (*P < 0.05、 **P < 0.01、 ***P < 0.001)。 (b) 白内障、AMD、緑内障、BD、VKH、またはEOS患者における眼内メタゲノミクス類似点の主座標分析は、PERMANOVA検定によって算出した。(c) 白内障（Cat）、AMD、緑内障（GLA）、BD、VKH、またはEOS患者の眼内メタゲノミクスにおける、アクネ菌、 B. リケニフォルミス および B. メガテリウム の相対的存在量。(d) 硬性ドルーゼンおよび軟性ドルーゼン組織中の、同一眼の非ドルーゼン網膜組織と比較した、アクネ菌 および B. メガテリウム の相対的フォールド・エンリッチメント。マン・ホイットニー U検定の有意レベルをアスタリスクで示している。 (**P < 0.01)
【００２０】
【図５】図5は、B. メガテリウム がin vivoで眼内炎症を誘発することを示している。  (a) マカクの右 (OD) および左 (OS) 眼に、アクネ菌 および B. リケニフォルミスをそれぞれ接種した。細菌接種前および接種3日後の、眼表面および眼底像を示している。 (b) マカクの右 (OD) 眼および左 (OS) 眼にアクネ菌 および B. メガテリウム をそれぞれ接種した。細菌接種前および接種後3日間の、眼表面および眼底像を示している。  (c) 生きたアクネ菌 および B. メガテリウム接種によるマカクの房水中の活性型 C5A、CFH、IL-1β、および IL-18の濃度を、ELISA法により測定した。エラーバーは、2回の独立した実験の平均値 ± SEMを示し、マン・ホイットニー U検定の有意値をアスタリスクで示している (*P < 0.05、 **P < 0.01)。
【００２１】
【図６】図6は、眼内細菌およびB. メガテリウム が、in vivoでドルセノイド病変を誘発することを示している。(a) 網膜剥離（RD）およびAMD患者の房（AH）および硝子体液（VH）中の B. メガテリウム相対的発現量（ヒト ACTB 発現のパーセンテージで示す）を、リアルタイムPCRアッセイを用いて定量した。(b) VH (b) 3個およびAH3個中の B.メガテリウムDNA 総量。 (c) リアルタイムPCRアッセイを用いて、細菌培養前後に定量を行なった。(d) AH培養物の20 CFU、VH培養物およびB. メガテリウムのCFUを網膜下に接種後47日目の、マカクの眼底像。  (e) 接種後47日目のサル眼球の網膜断面における、細菌16S rDNA および B. メガテリウム DNA のFISH染色像。矢印は B. メガテリウム。(f) 培養物に感染したマカク網膜の正常部位、病変部位および病変部位における、C5A、 CFH、 CASPASE1および NLRP3タンパク質の免疫組織化学的染色像。エラーバーは、2回の独立した実験の平均値 ± SEMを示し、マン・ホイットニー U検定の有意値をアスタリスクで示している (**P < 0.01、 ***P < 0.001)。
【００２２】
【図７】図7は、プライマーペアであるP. spp 16S/Human ACTB (a) およびアクネ菌PPA_RS045200/Human ACTB (b) を用いたリアルタイムPCRアッセイの融解曲線分析を示している。
【００２３】
【図８】図8は、眼内アクネ菌 負荷（PPA_RS045200のRNA発現により示す）と患者年齢の間の相関性 (R2) を示している。
【００２４】
【図９】図9は、AH検体中の眼内細菌の検出を示している。AHの眼内微生物のイメージング フローサイトメトリー分析を行なった。(a) 眼内微生物のサイズ（緑色）は、スパイクインしたビーズ（赤色、直径2 mm）より小さかった。 (b) AHにおけるヒト細胞の、明るい領域の像およびDAPIによる核染色。(c) AHにおける細菌様細胞の、明るい領域の像およびDAPIによる核染色。(d) AHにおけるスパイクインしたビーズの、明るい領域の像およびDAPIによる核染色。a 〜 dは、白内障患者および死後の眼球から得たAH 43個の、代表的な染色像。 (e) 操作を最小限とした新鮮なAH検体の、倍率20,000倍設定での視覚化は、ネガティブ染色透過型顕微鏡観察で行なった。
【００２５】
【図１０】図10は、寒天系培地または液体培地で培養したAHを示したものである。(a) BHI、TSA、N1、N2、およびN3寒天培地で培養したAH培養物（ネガティブ）(b) 液体パラフィンワックスで覆ったクックドミート培地での培養物。
【００２６】
【図１１】図11は、AH、CO、PLおよびSKサンプルの細菌組成のα多様性（シャノン指数で測定）を示している。P値はマン・ホイットニー U検定により算出した。
【００２７】
【図１２】図12は、ブレイ・カーチス距離を用いた主座標分析による、（a）AHと結膜（CO）、(b) AHと血しょう（PL）、および (c) AHと皮膚 (SK) 間における微生物群の類似性を示している。 P 値はPERMANOVA 検定を用いて算出した。
【００２８】
【図１３】図13 (a) は、メタゲノムシーケンスにより分析したAH、CO、PLおよびSKサンプル中の細菌、真菌およびウイルスの相対量を示している。図13 (b) は、P. acn33をテンプレートゲノムとしてアクネ菌にマッピングした、すべてのリードのアライメントを示している。
【００２９】
【図１４】図14 (a) は、ブランク、洗浄液、麻酔剤、消毒剤、NaCl溶液、散瞳薬およびAHサンプルの平均DNA濃度を示したものである。図14 (b) は、ブランク、洗浄液、麻酔剤、消毒剤、NaCl溶液、散瞳薬およびAHサンプルの、 高クオリティフィルターを透過した平均リード数を示したものである。
【００３０】
【図１５】図15は、主座標分析を用いて分析した、ヒト、ウサギ、ラット、マカクおよびブタの眼の眼内メタゲノムの類似性を示している。P 値は PERMANOVA検定を用いて算出した。
【００３１】
【図１６】図16は、白内障、AMD、緑内障、BD、VKH、およびEOS患者の眼内メタゲノムの、細菌 (a）、ウイルス(b)、および真菌 (c) 種の相対量を示したものである。
【００３２】
【図１７】図17は、主座標分析を用いて分析した、白内障と緑内障（a）、白内障とAMD (b)、白内障とVKH (c)、白内障とBD (d) および白内障とEOS（e）間の微生物群の類似性を示したものである。P 値は PERMANOVA検定を用いて算出した。
【００３３】
【図１８】図18は、主座標分析を用いて分析した、患者の検体と対照間における微生物群の類似性を示したものである。P 値は PERMANOVA検定を用いて算出した。
【００３４】
【図１９】図19 (a) は、白内障、AMD、緑内障、BD、およびVKH患者の眼内メタゲノムにおける機能遺伝子の階層的クラスタ分析を示したものである。図19 (b) は、白内障、AMD、緑内障、BD、VKH、またはEOS患者の眼内メタゲノムにおける4個の主な細菌系統の相対量を示したものである。
【００３５】
【図２０】図20は、LefSe解析により同定した、白内障、AMD、緑内障、BD、およびVKH患者の眼内メタゲノムにおいて高度に濃縮した生物種を示したものである。
【００３６】
【図２１】図21は、非ドルーセン、硬性ドルーセン、および軟性ドルーセン組織における細菌アクネ菌 (a)、B. メガテリウム (b)、L. ロイテリ (c)、プチダ菌 (d)、緑膿菌 (e)、イネ白葉枯病菌 (f)、B. リケニフォルミス (g)、 およびガードネレラ菌 (h) の相対的DNAレベル（ヒトACTBに対する相対値）を示したものである。
【００３７】
【図２２】図22 (a) は、ARPE19 細胞の生きたアクネ菌 および B. メガテリウムとの共培養 (MOI 0.5および 5) を示したものである。12時間、24時間および48時間の各時点でヨウ化プロビジウム（PI）およびアネキシンVで染色し、フローサイトメトリーによって検出することで、細胞死を測定した。図22 (b) は、ELISA法で測定した、生きたアクネ菌 およびB. メガテリウムを共培養したARPE19細胞の上清中の、C5A、CFH、IL-1β、およびIL-18活性型の濃度を示している。統計的差異は、非感染状態に対して算出した。 *P < 0.05、 Student’s T 検定、 **P < 0.01、 Student’s T 検定。
【００３８】
【図２３】図23は、 生きたアクネ菌 (P.a. )、生きたB. リケニフォルミス (B.l.)、 B. リケニフォルミスタンパク質 (B.l. protein )、生きたB. メガテリウム (B.m.) 、および B. メガテリウムタンパク質 (B.m. protein) を接種した眼における、 (a)  TNFAの相対的RNA発現、(b) IL6、 (c) IFNG、 (d) IL17A、 (e) C5、 および (f) CFH を示したものである。(g)アクネ菌 (P.a.)、B.リケニフォルミス (B.l.) および B. メガテリウム (B.m.) を接種した眼における アクネ菌の相対的RNA発現。(h、左) アクネ菌 (P.a.) および B. リケニフォルミス (B.l.) を接種した眼におけるB. リケニフォルミスの相対的RNA発現。 (h、右) アクネ菌 (P.a.) および B. メガテリウム (B.m.) を接種した眼におけるB. メガテリウムの相対的RNA発現。統計的差異は、P.a. 接種に対して算出した。*P < 0.05、 Student’s T 検定、 **P < 0.01、 Student’s T 検定。
【００３９】
【図２４】図24は、網膜下注入の解剖学的部位（a）と網膜部位 (b)、およびB. メガテリウムヒトACTB（c）のプライマーペアを用いたリアルタイムPCRアッセイの融解曲線を示したものである。
【００４０】
【図２５】図25 は、B. メガテリウム 接種後47日目のマカクの網膜組織の、HE染色と蛍光顕微鏡による所見を示したものである。
【００４１】
【図２６】図 26は、ドルーゼン形成過程のモデル案を示したものである。
【００４２】
【図２７】図27は、抗生物質数種に対するバチルス・メガテリウムの感受性を示している。
【００４３】
【図２８】図28は、サル網膜組織において、抗生物質治療により細菌誘発性ドルゼノイド病理を変化させることができることを示したものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４４】
詳細な説明
一般技術
本発明の実施においては、特に別段の指示がない限り、技能の範囲内にある分子生物学
（DNA組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、免疫学および薬学の従来技
術を利用する。それらの技術は、 Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed. (
Sambrook et al., 1989); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984); Anima
l Cell Culture (R. I. Freshney, ed., 1987); Methods in Enzymology (Academic Pres
s, Inc.); Current Protocols in Molecular Biology (F. M. Ausubel et al., eds., 19
87, and periodic updates); PCR: The Polymerase Chain Reaction (Mullis et al., ed
s., 1994); and Remington, The Science and Practice of Pharmacy, 20th ed., (Lippi
ncott, Williams & Wilkins 2003) などの文献で逐一説明されている。
定義
【００４５】
特に別段の指示がない限り、本書で使用するすべての技術および科学用語は、本発明が属
する通常の当業者に一般的に理解される意味と同様の意味を有する。本書で示した特許、
特許出願（公開または未公開）およびその他公報のすべてを本書の参照として援用する。
本セクションに記載した定義が、ここに援用した特許、出願書類、公開された出願書類
およびその他公報に反するかあるいは矛盾する場合は、本セクションに記載した定義が、
援用した定義に優先する。
【００４６】
本出願で使用する “a” または “an” は、「少なくとも1個」あるいは「1個または複
数」を意味する。
【００４７】
「ポリペプチド」「オリゴペプチド」、および「タンパク質」という用語は、本書では、
例えば少なくとも5個から6、 7、 8、 9、 10、 20、 30、 40、 50、 100、 200、 300
、 400、 500、 1,000個あるいはそれ以上の、あらゆる長さのアミノ酸ポリマーを示すも
のとして互換的に使用されている。ポリマーは直鎖である場合も分岐ポリマーの場合もあ
り、修飾されたアミノ酸を含む場合があり、また途中に非アミノ酸を含む場合もある。こ
れらの用語は、自然に、あるいは介入によって、例えばジスルフィド結合形成、グリコシ
ル化、脂質修飾、アセチル化、リン酸化、もしくはラベリング成分の結合などのその他あ
らゆる操作または修飾を受けたアミノ酸ポリマーも包含する。また、この定義は、例えば
1個またはそれ以上のアミノ酸類似体（例えば自然界に存在しないアミノ酸など）を含む
ポリペプチドや、当技術分野で既知のその他修飾も包含する。
【００４８】
本書で使用する「バリアント」という用語は、親ポリペプチド配列に対してアミノ酸配列
相同性をある程度有するポリペプチドに関して使用する。バリアントは親配列に類似して
いるが、そのアミノ酸配列に少なくとも1ヶ所の置換、削除または挿入があり、それによ
って親ポリペプチドとは異なるものになっている。さらに、バリアントは親ポリペプチド
の機能的特徴を保持している場合があり、例えば親ポリペプチドの生物学的活性を少なく
とも50 % から60 %、70 %、80 %、90 %、95 %、98 %、あるいは99 % まで維持する場合が
ある。
【００４９】
「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域に位置する、少なくとも1ヶ所の抗原認識部
位によって炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に特異的に結合
することのできる免疫グロブリン分子であり、これにはIgG、IgM、IgA、IgDおよびIgEの
いずれのクラスの免疫グロブリンも含むことができる。ニワトリなどの鳥類種の主要な抗
体タイプであるIgY も本定義に含むものとする。本書で使用した通り、本用語は無傷のポ
リクローナルまたはモノクローナル抗体だけでなく、それらの断片（Fab、 Fab’、 F(ab
’)2、 Fv など）、単鎖（ScFv）、それらのミュータント抗体、自然に発生するバリアン
ト、必要な特異性の抗原認識部位を有する抗体部分から成る融合タンパク質、ヒト化抗体
、キメラ抗体、および必要とされる抗原認識部位を含むようなその他あらゆる免疫グロブ
リン分子修飾物を包含する。
【００５０】
本書で使用した通り、「抗原」という用語は、抗体により抗原認識部位を介して特異的に
結合する標的分子を意味する。抗原は、単価である場合も多価である場合もある。すなわ
ち、単一分子あるいは複数の抗体により認識される1個あるいは複数のエピトープをもつ
場合がある。抗体に認識され得る抗原の種類には、ポリペプチド、オリゴ糖、糖タンパク
質、ポリヌクレオチド、脂質などの例がある。
【００５１】
本書で使用した通り、「エピトープ」という用語は抗原の一部分を意味する。例えばアミ
ノ酸数が少なくとも約3個から5個、望ましくは約10個または15個で、約1,000個を超える
ことはない（もしくは、その間の整数のいずれか）ペプチド配列であり、それ自体あるい
はより大きな配列の一部によって、その配列に反応して生成される抗体に結合するような
配列を決定する。断片の長さに臨界上限はなく、例えば抗原配列のほぼ全長から成ること
があり、また標的タンパク質の2個あるいはそれ以上のエピトープから成る融合タンパク
質であることもある。 対象となる発明で使用するエピトープは、派生元である親タンパ
ク質の完全な配列を有するペプチドに限定されず、天然配列と同一の配列、また天然配列
に削除、付加、置換などの修飾を加えたもの（本質的には保存的なもの）も包含する。
【００５２】
本書で使用する通り、「特異的な結合」という用語は、特異的な結合対の結合特異性を意
味する。可能性のある他の標的が存在しても、抗体により特定の標的を認識することがそ
のような結合の特性である。特定の結合には、1個の分子がもう1個の分子と化学的あるい
は物理的な方法を介して特異的に結合するような、2個の異なる分子が関与する。類似し
た特性をもつ他のアッセイ構成要素から結合相手を識別して互いに結合するものであると
いう意味で、これら2個の分子は相関性を有する。結合成分のペアを成す分子は、リガン
ドとレセプター（アンチリガンド）、特異的結合ペア（SBP）メンバー、SBPパートナーな
どと呼ばれる。分子集合のSBPメンバーである分子もある。例えば、二次抗体およびそれ
に対応する抗原の免疫複合体に対して上昇させた抗体は、免疫複合体のSBPメンバーと考
えられる。
【００５３】
「ポリヌクレオチド」もしくは「核酸」は、本書では互換的に使用し、いかなる長さにお
いてもヌクレオチドのポリマーを意味し、DNAとRNAを含む。ヌクレオチドは、デオキシリ
ボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドあるいは塩基およびそれらの類似
体、もしくはこれらのいずれか一、または、DNAもしくはRNAポリメラーゼによってポリマ
ーに組み込み可能性な何らかの基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオ
チドおよびそれらの類似体のような、修飾ヌクレオチドから成る場合もある。ヌクレオチ
ド構造への修飾は、これが起こった場合、ポリマーの集合前または集合後に加えることが
可能である。ヌクレオチドの配列には、非ヌクレオチド成分が割り込むことがある。ポリ
ヌクレオチドは、ラベリング成分との結合に見られるように、重合後にさらに修飾を受け
ることがある。他のタイプの修飾は、例えば「caps」であり、1個あるいは複数の天然型
ヌクレオチドの類似体への置換、ヌクレオチド間の修飾がある。後者の例としては 非電
荷結合（例えばメチルホスホン酸、ホスホトリエステル、ホスホロアミド酸、カルバマー
トなど）によるもの、電荷結合（例えばホスホロチオエート、ジオリン酸など）によるも
の、タンパク質（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリリジンなど
）のような懸垂部分を含むもの、干渉物質（例えば アクリジン、ソラレンなど）による
もの、キレートを含むもの（例えば金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）、アルキ
ル化剤を含むもの、修飾結合したもの（例えばαアノマー核酸など）、および修飾されて
いない形のポリヌクレオチド（1個あるいは複数）がある。さらに、通常糖に存在するヒ
ドロキシ基のいずれかを、ホスホン酸基、リン酸基などに置換したり、標準的な保護基に
より保護したり、活性化して他ヌクレオチドとの付加的結合に備えたり、あるいは固相担
体と結合させたりすることも可能性である。5’および3’ 末端OHは、リン酸化したり、
または、アミンもしくは1乃至20個の炭素原子を含む有機キャッピング基の部分に置換え
たりすることができる。その他ヒドロキシルなども、標準的な保護基への誘導体化が可能
である。ポリヌクレオチドはリボースまたはデオキシリボース糖の類似体を含むことがあ
り、 一般に周知の技術である通り、これには例えば 2’-O-メチル-2’-O-アリル、2’-
フルオロあるいは2’-アジド-リボース、炭素環の糖相似体、α-アノマー糖、アラビノー
ス、キシロースあるいはリキソースのようなエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、
セドヘプツロース、非環式類似体、およびメチルリボシドのような脱塩基ヌクレオチド類
似体などが含まれる。1個あるいは複数のホスホジエステル結合は、代替的な結合基に置
換えることが可能である。これらの代替的な結合基には、リン酸塩がP(O)S（「チオエー
ト」）、P(S)S（「ジチオエート」）、（O）NR2（「アミダート」）、P(O)R、P(O)OR’、
COあるいはCH2（「フォルマセタル」）に置換わる実施様態を含むが、これらに限定され
るものではない。ここで、各RまたはR’は、それぞれHまたは置換あるいは非置換アルキ
ル（炭素数１〜 20 C）であり、エーテル (--O--) 結合  、アリル、アルケニル、シクロ
アルキル、シクロアルケニルあるいはアラルキルを含むこともある。ポリヌクレオチドの
すべての結合が同一である必要はない。前述の説明は、RNAおよびDNAを含む、本書に記載
するすべてのポリヌクレオチドに適用される。
【００５４】
「オリゴヌクレオチド」は、本書で使用する通り、一般的に短く、一般的に一本鎖で、か
つ一般的に合成ポリヌクレオチドであり、その長さは一般的には約200ヌクレオチド未満
であるが、そうでない場合もある。「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」
という用語は、相互排他的ではない。ポリヌクレオチドに関する上記の記述は、オリゴヌ
クレオチドに対しても完全に適用可能である。
【００５５】
本書で使用する通り、「ホモログ」という用語は、天然に存在する核酸（「プロトタイプ
」または「野生型」核酸など）にわずかな変更を加えることにより、天然に存在する核酸
とは異なるものの、天然に存在する形の基本的なヌクレオチド構造を維持している核酸を
意味する。そのような変更は、1個あるいは数個のヌクレオチドに削除（例えば核酸の先
端を切り取ったもの）、挿入、および置換など、またはそのいずれか一を行なうような変
更であるが、これらに限定されるものではない。ホモログは、天然に存在する核酸の特性
を増強したものであるか、低下させたものであるか、あるいは実質的に同様の特性を有す
るものである。ホモログは、天然に存在する核酸に対して補完的なものとするか、あるい
はそれに一致させることができる。ホモログは、組換えDNA技術、化学的合成などの既知
の核酸製造技術を用いて製造可能であるが、必ずしもその限りではない。
【００５６】
本書で使用する通り、「実質的に補完的あるいは実質的に一致した」という用語は、2個
の核酸配列において、少なくとも配列の90 % が一致していることを意味する。2個の核酸
配列は、少なくとも配列の95 % から96 %、97 %、98 %、99 % あるいは100 % が同一であ
ることが望ましい。代替的に、「実質的に補完的あるいは実質的に一致した」という用語
は、2個の核酸が厳密性の高い状態でハイブリッドが形成可能であることを意味する。
【００５７】
一般的に、ハイブリッドの安定性はイオン濃度および温度の機能を意味する。典型的には
、ハイブリッド形成反応は厳密性の低い状態で起こり、その後さまざまな、しかし厳密性
の高い状態で洗浄される。厳密性が中程度のハイブリッド形成とは、プローブなどの核酸
分子が相補的な核酸分子に結合できる状態を意味する。ハイブリッド形成した核酸分子は
、一般的に少なくとも60 % 一致しており、例えば少なくとも70 % から75 %、 80 %、85 
%、 90 %、 あるいは 95 % 一致している。厳密性が中程度の状態とは、42°Cで50 % ホ
ルムアミド、5 xデンハルト液、5 x SSPE、0.2 % SDS中でハイブリッドを形成し、その後
42°C で0.2 x SSPE、0.2 % SDS中で洗浄したものと同一の状態である。厳密性の高い状
態は、例えば42°Cで50 % ホルムアミド、5 xデンハルト液、5 x SSPE、0.2 % SDS中でハ
イブリッドを形成し、その後65°C で0.1 x SSPEおよび0.1 % SDS中で洗浄することで得
られる。厳密性の低い状態とは、22°Cで10 % ホルムアミド、5 xデンハルト液、6 x SSP
E、0.2 % SDS中でハイブリッドを形成し、その後37°C で1 x SSPE、0.2 % SDS中で洗浄
したものと同一の状態である。デンハルト液は1 % フィコール、1 % ポリビニルピロリド
ン、および1 % ウシ血清アルブミン（BSA）を含む。20 x SSPE (塩化ナトリウム、リン酸
ナトリウム、エチレンジアミン四酢酸 (EDTA)) は、3Mの塩化ナトリウム、0.2 Mのリン酸
ナトリウム、および0.025 Mのエチレンジアミン四酢酸（EDTA）を含む。その他の適切な
、厳密性が中程度および高いハイブリッド形成緩衝液ならびに状態は、熟練技術者が既知
の技術である。
【００５８】
本書で使用する通り、「ベクター（またはプラスミド）」とは、それらの発現または複製
のために異種DNAを細胞に導入する目的で用いられる個別の要素を意味する。そのような
運搬体の選択および使用は、当業者が熟知するところである。発現ベクターには、プロモ
ーター領域など制御配列と作動可能となるように連結されたDNA発現可能なベクターを含
み、そのDNAを効果的に発現させることができる。そのため、発現ベクターとは、適切な
宿主細胞に導入されるとクローンDNAが発現するプラスミド、ファージ、組換えウイルス
、あるいはその他ベクターなどの組換えDNAまたはRNA作成物を意味する。 適切な発現ベ
クターは、当業者が熟知するものであり、真核細胞および原核細胞またはそのいずれか一
方の内で複製可能で、エピソーム性を維持するものかあるいは宿主ゲノムに入り込むもの
を含む。
【００５９】
本書で使用する通り、「プロモーター領域またはプロモーターエレメント」は、作動可能
となるように連結したDNAもしくはRNAの転写を制御するDNAまたはRNA断片を意味する。プ
ロモーター領域は、RNAポリメラーゼによる認識、結合、および転写開始が可能となるの
に十分な特定配列を含む。プロモーター領域のこの部分は、プロモーターと呼ばれる。さ
らに、プロモーター領域には、このRNAポリメラーゼによる認識、結合、転写開始活動を
制御する配列が含まれる。この配列は、シス作用性因子である場合があり、またトランス
作用性因子に反応する場合もある。プロモーターは、制御の性質に依り、常時発現する
場合と制御を受ける場合とがある。 原核生物で使用するために作出したロモーターには
、バクテリオファージT7およびT3などの例がある。
【００６０】
本書で使用する通り、「作動可能となるように連結したか、あるいは操作的に連携した」
とは、プロモーター、エンハンサー、転写および翻訳の停止部位、およびその他のシグナ
ル配列など、ヌクレオチドの制御配列ならびにエフェクター配列とのDNAの機能的な関係
を意味する。例えば、DNAのプロモーターへの作動可能な連結とは、DNAとプロモーターの
物理的および機能的な関係を意味するため、そのようなDNAの転写は、そのDNAを特異的に
認識し、それに結合し、またそれを転写するRNAポリメラーゼによってプロモーターから
開始する。発現およびin vitroでの転写またはそのいずれか一方を最適化するためには、
余分かつ不適切な選択的翻訳開始（開始）コドン、あるいはその他の転写または翻訳レベ
ルで発現を阻害したり低下させたりするおそれのある配列を除くために、クローン5’ 側
の非翻訳部分を削除、付加あるいは変更しなければならない場合がある。 その代わりに
、 コンセンサス部位を開始コドンの5’ 末端に挿入すれば、発現を増強することが可能
である。以上は、Kozak (1991) J. Biol. Chem. 266:19867-19870などを参照のこと。そ
のような修正が望ましい（あるいは必要）か否かの決定は、経験から行なう。
【００６１】
「治療」（「治療中」もしくは 「治療」）または「緩和」は、標的とする病理的状態ま
たは障害が治癒しない場合でも、それを鈍化（軽減）するか、あるいはその状態の再発を
予防するような治療的処置を意味する。対象が治療必要量の治療薬の投与あるいは治療を
受けた後、1件または複数の特定疾患の兆候あるいは症状に関して、観察および数値もし
くはそのいずれか一方で測定できるような減少または消失が見られた場合、成功裏に「治
療を受けた」ことになる。疾患の兆候あるいは症状の減少は、患者自身が感じることもあ
る。患者の疾患が安定した場合も、治療を受けたものと考える。いくつかの実施例におい
て、患者が治療後3ヶ月、望ましくは6ヶ月、さらに望ましくは1年、そしてさらに望まし
くは2年時点で疾患がないとき、治療薬による治療は有効であったとする。治療の成功や
疾患の改善を評価するためのこのようなパラメータは、当該技術に精錬する医師により、
熟知の常法をもって測定可能である。いくつかの実施例において、「治療」とは、それに
よって状態、障害あるいは疾患の状態が改善するかまたは良い方向へ変化するあらゆる様
態を意味する。さらに、本書においては、構成物のあらゆる薬学的使用も治療に含む。い
くつかの実施例において、特定の薬学的構成物の投与による特定障害の症状の「改善」と
は、恒久的であれ一時的であれ、永続的であれあるいは一過性であれ、構成物の投与によ
るかまたはそれに関連する何らかの軽減を意味する。
【００６２】
「予測」あるいは「予後」という用語は、本書ではしばしば患者が1個もしくは1組の薬剤
に対して望ましいかあるいは望ましくない反応のいずれかを示す可能性、または、疾患に
対して予測し得る転帰を意味する。ある一実施例においては、予測はこれらの反応または
転帰の程度を意味する。ある一実施例においては、予測とは特定の治療薬による治療後に
患者が生存するかもしくは状態が改善するか、またはどの確率でそれらが起こるかに係る
ものである。特定治療薬の投与により一定期間疾患の再発がないか否かがその例である。
本発明における介入の予測方法は 、いかなる特定の患者に対しても最適な治療法を選択
して治療に関する決定を行なうために、臨床において用いることができる。本発明の当該
予測法は、一定の治療薬または構成物の投与、外科的介入、ステロイド治療などの治療法
に対して、患者が好ましい反応を示す傾向にあるか否かを予測する、貴重なツールである
。
【００６３】
本書で使用する通り、「薬学的に受容可能なキャリア」とは、溶媒、分散媒、コーティン
グ、等張液、吸収遅延剤などのうちいずれも含み、薬務行政に準じたものとする。薬学的
に活性のある物質に対してこれらの媒質や薬剤を使用することは、熟練技術者が既知の技
術である。詳細は、Remington, The Science and Practice of Pharmacy, 20th ed., (Li
ppincott, Williams & Wilkins 2003) などを参照のこと。何らかの慣用媒質あるいは薬
剤が当該活性成分に不適合でない限り、その組成中での使用を考慮した。
【００６４】
「薬学的に受容可能な塩」とは、本書で示す化合物の遊離酸あるいは遊離塩基の塩を意味
するものとし、非毒性であり、生物学的に認容可能であり、あるいは生物学的に対象への
投与に適しているものである。一般的には、 Berge, et al., J. Pharm. Sci., 1977, 66
, 1-19を参照のこと。薬学的に受容可能な塩として望ましいのは、薬学的に有効であり、
毒性、刺激、またはアレルギー反応がなく、対象の組織に接触してもよいものである。本
書に記す化合物は、十分に酸性を有する基、十分に塩基性を有する基、これら双方タイプ
の官能基、あるいはこれらのタイプのうち2個以上の基であり、そのため複数の無機塩基
もしくは有機塩基および無機酸や有機酸と反応して薬学的に受容可能な塩を形成する。
【００６５】
薬学的に受容可能な塩の例は、以下の通りである。硫酸塩、ピロ硫酸塩、重硫酸塩、亜硫
酸塩、重亜硫酸塩、リン酸塩、一水素リン酸、二水素リン酸塩、メタリン酸塩、ピロリン
酸塩、 塩化物、臭化物 、ヨウ化物、酢酸塩、プロピオン酸塩、デカン酸塩、カプリル酸
塩、アクリル酸塩、ギ酸塩、イソブチル酸塩、カプロン酸塩、ヘプタン酸塩、プロピオル
酸塩、シュウ酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、スベリン酸塩、セバシン酸塩、フマル酸塩
、マレイン酸塩、 ブチン-1,4-ジオエート、 ヘキシン-1,6-ジオエート、安息香酸塩、ク
ロロ安息香酸塩、メチル安息香酸塩、ジニトロ安息香酸塩、ヒドロキシ安息香酸塩、メト
キシ安息香酸塩、フタル酸塩、スルホン酸塩、メチルスルホン酸塩、プロピルスルホン酸
塩、ベシル酸塩、キシレンスルホン酸塩、 ナフタレン-1-スルホン酸塩、ナフタレン-2-
スルホン酸塩、フェニル酢酸塩、フェニルプロピオン酸塩、フェニルブチル酸塩、クエン
酸塩、乳酸塩、 γ-ヒドロキシブチル酸塩、グリコール酸塩、酒石酸塩、マンデル酸塩な
ど。
【００６６】
本書で使用する通り、「治療的有効量」あるいは「有効量」とは、治療薬を単独投与する
かまたは追加的な治療薬と併用して細胞、組織あるいは対象に投与するとき、対象の眼内
疾患または障害を予防するかあるいは改善するために有効な薬剤投与量を意味する。さら
に、治療的に有効な投与量は、症状の改善、例えば関連する医学的状態の治療、治癒、予
防または改善をもたらすか、あるいはそのような状態の治療、治癒、予防もしくは改善の
率を上昇させるに十分な治療薬の量を意味する。単独に投与した一個の活性成分の場合、
治療的に有効投与量はその成分のみを意味する。併用の場合には、併用投与、逐次投与あ
るいは同時投与のいずれの場合においても、治療的に有効な投与量は、治療効果を得られ
る複数の活性成分の合計量を意味する。いくつかの実施例においては、「特定の疾患を治
療するための、合成物の有効量」は、疾患に関連する症状の改善あるいはいくらかの軽減
をもたらすのに十分な量である。そのような量は、単回の投与量として投与される場合も
、それによって有効となるような治療法に従って投与される場合もある。その投与量は疾
患を治癒するかもしれないが、通常、疾患の症状を軽減する目的で投与される。望まれる
症状改善に到達するためには、繰り返し投与が必要となることもある。
【００６７】
「併用」という用語は、短回の投与単位量に基づく固定併用か、あるいは併用投与される
薬剤一式を意味する。後者では、合成物および併用される薬剤（例えば下記に示す他の薬
剤であり、「治療薬」または「併用薬」とも呼ばれる）が、同時に別々に投与されるか、
あるいは、相乗効果があるなど特に時間間隔をあけることで併用薬が協調的に作用する場
合には、ある時間以内に別々に投与されることがある。本書で用いる「同時投与」あるい
は「併用投与」などの用語は、選択した併用薬を必要がある場合に1人の対象（例えば患
者）に投与することを含み、薬剤が必ずしも同時に同じ方法で投与されるわけではない治
療法も含むものとする。本書で使用する「薬学的併用」という用語は、2個以上の活性成
分の混合あるいは併用によりつくられた製造物を意味し、活性成分が一定であるかもしく
は一定していない併用を含むものとする。「一定型の併用」とは、ある化合物およびそれ
と併用する薬剤である活性成分が、単一物あるいは単回投与量という形で、双方同時に患
者に投与されることを意味する。「非一定型の併用」とは、ある化合物およびそれと併用
する薬剤である活性成分が、別の物として同時に、一緒に、あるいは時間間隔を特に定め
ず順次患者に投与することを意味する。以上より、治療に有効な量の化合物2個を患者の
体内に投与することになる。後者は、3種類あるいはそれ以上の活性成分を投与するなど
のカクテル療法にも適用される。
【００６８】
本書で使用する通り、「生物学的サンプル」とは、生きたあるいはウイルス性のソース、
または高分子や生体分子のその他のソースから得たいずれのサンプルをも意味し、核酸あ
るいはタンパク質もしくはその他高分子を抽出できる、対象のあらゆる細胞タイプまたは
組織を含む。生物学的サンプルとは、生物学的ソースまたは処理済みのサンプルから直接
得ることができるサンプルを意味する。増幅された単離核酸は生物学的サンプルの一例で
ある。生物学的サンプルは、血液、血しょう、血清、脳脊髄液、滑液、尿、汗などの体液
、動物や植物から得た組織および器官サンプル、およびそれらから派生する処理済みサン
プルを含むが、これらに限られたものではない。
【００６９】
「レベル（単数）」あるいは「レベル（複数）」という用語は、眼内疾患または障害の病
因の一部となる微生物などの標的物の有無およびその量、またはそのいずれか一方を意味
し、定性的あるいは定量的に定めることが可能である。微生物レベルにおける標的物の「
定性的」変化とは、標的物の出現または消失、検出不能あるいは正常対照から得たサンプ
ル中に存在する微生物の変化を意味する。1個または複数の標的物レベルにおける「定量
的」変化とは、微生物に標的中で測定可能な増加または減少がみられる変化、および健常
対照と比較した微生物レベルの変化を意味する。
【００７０】
「健常対照」または「正常対照」とは、眼内疾患または障害のない個人から得た生物学的
サンプルを意味する。「ネガティブコントロール」は、そのアッセイにより検出するよう
デザインされた対象である、特定の分析物を含まないサンプルであり、アッセイの参照ベ
ースラインとなる。
【００７１】
本書で使用する通り、「哺乳類」という用語は、哺乳綱の属するいずれの生物種をも意味
する。本書で使用する「哺乳類」という用語は、しばしば、ヒト、対象であるヒト、ヒト
患者を意味する。「哺乳類」は、ヒト以外のいずれの哺乳綱も含み、実験動物、愛玩動物
または経済上のヒト以外の哺乳類も含む。非ヒト哺乳類を代表するものには、マウス、ラ
ット、ウサギ、イヌ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、サル、ゴリラ、チンパンジーな
どがある。
【００７２】
本書で使用する通り、「組換え手法による製造」という用語は組換え核酸法を用いた製造
法を意味し、これは、クローン化核酸によりコーディングしたタンパク質を発現させるた
め、分子生物学ではよく知られた手法で行われる。
【００７３】
本書で使用する通り、「対象」という用語は、特定の生物種やサンプルタイプに限定され
ない。例えば、「対象」という用語は患者を意味し、しばしばヒト患者を意味する。ただ
し、この用語はヒトに限定されず、ヒト以外のさまざまな動物または哺乳類の種も含む。
【００７４】
本書で使用する通り、「プロドラッグ」という用語は、in vivoの投与で、代謝を行なう
か、または生物学的、薬学的あるいは治療的に活性のある化合物の形に変換される化合物
を意味する。プロドラッグを製造するには、薬学的に活性のある化合物は、活性のある化
合物が代謝プロセスによって再合成されるような修飾を受ける。プロドラッグは、薬剤の
代謝安定性もしくは輸送特性を変更するか、副作用または毒性を遮蔽するか、薬剤の風味
を改善するか、または薬剤のその他特徴や特性を変更するようにデザインすることが可能
である。in vivoでの薬力学的プロセスや薬剤代謝に関する知識により、薬学的に活性の
ある化合物が確認され次第、熟練技術者は当該化合物のプロドラッグをデザインすること
ができる。(詳細は、Nogrady (1985) Medicinal Chemistry A Biochemical Approach, Ox
ford University Press, New York, pages 388-392などを参照のこと)
【００７５】
本書に記載した発明の様態や実施例は、様態や実施例「から成る」および「から実質的に
成る」ことを含むものとする。
【００７６】
本発明開示の全体を通して、本発明のさまざまな様態を範囲フォーマットにて示している
。範囲フォーマット中の記載は、利便性と簡潔性のためのみにあり、発明の範囲の非可撓
的な限界を構成するものではない。したがって、範囲の記載は、可能な部分範囲すべてお
よびその範囲内の個々の数値を特異的に開示しているものと考えるべきである。例えば、
1から6の範囲の記載は、1から3、1から4、1から5、2から4、2から6、3から6など、そして
例えば1、2、 3、4、5および6などの、その範囲内の個々の数字のような、特異的に開示
された部分範囲を含むと考えるべきである。これは、範囲の幅にかかわらず適用する。
【００７７】
本発明のその他の目的、有益性および特徴は、添付図面と共に提出する
以下の明細書により明らかとなる。
眼内疾患あるいは障害の評価法
【００７８】
ある面において、本書の開示は、対象の眼内疾患あるいは障害の評価法に係るものであり
、当該評価法は、対象眼内スペースまたは腔部の微生物の有無およびその量、またはその
いずれかの評価法から成る。 本実験におき、当該眼内疾患または障害の病因は、当該対
象の当該眼内スペースまたは腔部内における微生物感染である。
【００７９】
いくつかの実施例において、当該方法は、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを
目的とした、眼内スペースまたは腔部における微生物の有無の評価から成る。別の実施例
においては、当該方法は、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的とした、眼
内スペースまたは腔部における微生物量の評価から成る。当該方法により、眼内スペース
または腔部の微生物の関連パラメータを追加的に評価することができる。また、当該方法
により、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的とした、眼内スペースまたは
腔部における微生物の感染状態を評価することもできる。
【００８０】
本発明の方法により、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的として、眼内ス
ペースまたは腔部におけるいずれかの適切な微生物の評価を行なうことができる。例えば
、当該方法により、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的として、細菌、真
菌、ウイルスあるいはこれらの組み合わせを評価することができる。
【００８１】
本発明の方法により、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的として、眼内ス
ペースまたは腔部におけるいずれかの適切な1種または複数種の微生物の評価を行なうこ
とができる。例えば、当該方法により、対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目
的とした、眼内スペースまたは腔部における1種の微生物の有無および感染状態またはそ
のいずれかの評価が行なえる。別の例においては、当該方法により対象の眼内疾患あるい
は障害を評価することを目的とした、眼内スペースまたは腔部における微生物複数につき
その有無、量および感染状態またはそのいずれかの評価が行なえる。またさらに別の例に
おいては、当該方法により対象の眼内疾患あるいは障害を評価することを目的とした、眼
内スペースまたは腔部における微生物相の評価が行なえる。いくつかの実施例において、
微生物相は、例えば哺乳類やヒトなどの多細胞生物の体内または体表でみられる片利共生
、相利共生および病原性の微生物の生態学的共同体を意味することが多い。微生物相は、
細菌、古細菌、原生生物、真菌およびウイルスを含む。数種の微生物相は宿主の免疫、ホ
ルモンおよび代謝のホメオスタシスにとって不可欠であることがわかっている。類義語で
ある「マイクロバイオーム」は、環境的なニッチに生息する微生物の集合的なゲノム、あ
るいは微生物自体を指すことがしばしばある。
【００８２】
微生物の有無、量、および、感染状態または微生物相などのその他関連パラメータは、適
切な技術もしくは手法であればいずれを用いて評価してもよい。例えば、微生物の有無、
量および感染状態もしくはそのいずれか、あるいは眼内スペースの微生物相は、イムノア
ッセイのような結合アッセイを用いて評価することができる。適切なイムノアッセイであ
れば、いずれのものを使用してもよい。イムノアッセイには、酵素結合免疫吸着法（ELIS
A）、 免疫ブロット法、免疫沈降法、放射免疫測定（RIA）、免疫染色、 ラテックス凝集
、間接赤血球凝集反応（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法（IFA）、ネフェロ分析、フロ
ーサイトメトリー アッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッセイ、ラテラル
フロー イムノアッセイ、Uキャプチャー アッセイ、阻害測定、アビディティー アッセイ
などの例がある。 
【００８３】
別の例においては、微生物の有無、量および感染状態あるいはそのいずれか、または眼内
スペースもしくは腔部における微生物相を、分子アッセイを用いて評価することができる
。適切な分子アッセイであれば、いずれのものを用いてもよい。いくつかの実施例におい
ては、微生物のポリヌクレオチドの分離、増幅、結合、ハイブリッド形成、およびシーケ
ンシング、またはそのいずれかから成る手法を分子アッセイに用いる。微生物のポリヌク
レオチドは何らかの適切な技術あるいは手法を用いて増幅することができる。いくつかの
実施例において、微生物のポリヌクレオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、鎖置換
増幅 (SDA)、 転写増幅法 (TMA)、リガーゼ連鎖反応 (LCR)、 核酸配列ベース増幅 (NASB
A)、プライマー エクステンション、ローリング サークル増幅 (RCA)、自家継続配列複製
(3SR) あるいは LAMP 法 (LAMP) を用いて増幅することができる。微生物のポリヌクレ
オチドは、何らかの適切な技術または手法を用いてシーケンシングを行なうことができる
。いくつかの実施例において、以下のいずれかを用いて当該シーケンスを行なうことがで
きる。マクサム・ギルバート シーケンシング、鎖停止法、ショットガン シーケンシング
、ブリッジPCR、単一分子リアルタイム  シーケンシング、イオン半導体（イオントレン
ト シーケンシング）、合成によるシーケンシング、連結によるシーケンシング（SOLiDシ
ーケンシング）、鎖停止（サンガー シーケンシング）、MPSS法 (MPSS)、 ポロニー シー
ケンシング、 454 ピロ シーケンシング、 イルミナ (Solexa) シーケンシング、 DNA ナ
ノボール シーケンシング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング、単一分子リアルタイ
ム (SMRT) シーケンシング、 ナノポアDNAシーケンシング、トンネル電流DNAシーケンシ
ング、 ハイブリッド形成によるシーケンシング、 質量スペクトロスコピーを用いたシー
ケンシング、 マイクロ流体サンガー シーケンシング、 顕微鏡に基づく技術、RNAPシー
ケンシング、またはin vitroウイルス高スループット シーケンシング。
【００８４】
いくつかの実施例において、分子アッセイは、シーケンシング分析およびPCR分析または
そのいずれか一方から成る。例えば、シーケンシング分析は微生物相などのメタゲノム 
シーケンス分析を含む。別の例において、PCR分析は微生物相などのリアルタイムPCR分析
から成る。
【００８５】
本発明の方法には、対象の適切な眼内スペースまたは腔部の微生物評価を含むことができ
る。例えば、前眼房の房水、支持靱帯、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体、網膜、脈絡
膜、視神経、水晶体、または虹彩中の微生物評価を当該方法に含むことができる。
【００８６】
本発明の方法は、in situでの対象の適切な眼内スペースまたは腔部の微生物の評価を含
むことができる。あるいは、当該方法には、対象の眼内スペースまたは腔部から分離した
サンプルを用いて、微生物の有無、量および感染状態あるいはそのいずれか、または微生
物相の評価を含むことができる。サンプルは、対象の適切な眼内スペースまたは腔部から
も得られる。例えば、サンプルは対象の前眼房の房水、支持靱帯、毛様体および筋肉、後
眼房の硝子体、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、および虹彩から分離することができる。
【００８７】
本発明の方法は、適切な対象であればいずれの対象においても、眼内疾患または障害の評
価のために用いることができる。当該対象には、ヒトまたはヒト以外の哺乳類などの哺乳
類を採用することができる。ヒト以外の哺乳類の代表例には、マウス、ラット、ウサギ、
ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、雌牛、雄牛、ヒツジ、ヤギ、ウマ、サル、あるいはヒト以外の
霊長類などが含まれる。
【００８８】
本発明の方法は、適切な対象であればいずれの対象の眼内疾患または障害の評価にも用い
ることができる。眼内疾患または障害の代表例には、白内障（Cat）、加齢黄斑変性（AMD
）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・原田症候群（VKH）、眼
内炎（EOS）などが含まれる。
【００８９】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のCatを評価する
ことを目的として、眼内スペース、腔部または対象のサンプル中の、以下のうちいずれか
1種あるいは複数種についての、その有無、量、感染状態、および微生物相またはそれら
のうちいずれかの評価を含むことができる。Pseudomonas mendocina（シュードモナス・
メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウス）、 Alicycli
philus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 Achromobacter x
ylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobium japonicum（
スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコバクテリウム・
アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッセンス）、 Prev
otella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium meliloti（アルファルフ
ァ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウス）。
【００９０】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のAMDを評価することを目的とした、
対象の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうちのいずれか1種あるいは複数
種についての、その有無、量、感染状態、および微生物相またはそのいずれかの評価から
成る。Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑
膿菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Staphylococcus haemolyticus（
スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Stenotroph
omonas maltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Bacillus cereus（セレ
ウス菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri
（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Enteroc
occus faecium（フェシウム菌）、 Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソ
ニイ）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 またはXanthomona
s oryzae（イネ白葉枯病菌）  。
【００９１】
好ましい実施例において、本発明の方法は、対象のAMDを評価する目的で、バチルス・メ
ガテリウムの有無、量、感染状態、および微生物相またはそのいずれかを評価することか
ら成る。バチルス・メガテリウムは、適切な技術または手法であればいずれを用いても評
価することができる。例えば、当該方法は、対象のAMDを評価する目的で生きたバチルス
・メガテリウムを評価することから成る。別の例においては、バチルス・メガテリウムは
、適切なイムノアッセイまたは分子アッセイであればいずれを用いても評価することがで
きる。好ましい実施例において、バチルス・メガテリウムは、微生物相のメタゲノムシー
ケンシング分析およびリアルタイムPCR分析またはいずれか一方のようなシーケンシグ分
析を用いて評価することができる。上記のPCR分析には、微生物相のリアルタイムPCR分析
などがある。さらに別の例において、バチルス・メガテリウムは、以下のセクションFに
記載した技術または手法を用いて評価することができる。例えば、 バチルス・メガテリ
ウムは、以下のプライマーペアのうち1個または複数を用いて評価することができる。(1
）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、（2）SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID NO:5、SEQ
ID NO:6、（4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、（6）SE
Q ID NO:11、SEQ ID NO:12、（7）SEQ ID NO:13、SEQ   NO:14、（8）SEQ ID NO:15、SEQ
ID NO:16、（9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、（
11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13）SEQ ID N
O:25、SEQ ID NO:26、（14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:29、および
SEQ ID NO:30。
【００９２】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のAMDを評価する目的で、関連他パラ
メータを追加的に評価することから成る。例えば、当該方法は、対象のAMDを評価するこ
とを目的として、さらに対象の補体系の活性化および眼内スペース、腔部またはサンプル
への炎症誘発、またはこのいずれか一方を評価することから成る。
【００９３】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のGLAを評価することを目的とした、
対象の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうちの1種あるいは複数種につい
ての、その有無、量、感染状態、および微生物相またはそのいずれかの評価から成る。Ac
inetobacter baumannii（アシネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoaceti
cus（アシネトバクター・カルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナス
・テストステローニ）、 Mycobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）、 
Bacillus thuringiensis（バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（シ
トロバクター・コセリ）、 Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメンタ
ンス）、 およびSerratia marcescens （霊菌）。
【００９４】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のBDを評価することを目的とした、対
象の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうちいずれか1種あるいは複数種に
ついての、その有無、量、感染状態および微生物相またはそのいずれかを評価することか
ら成る。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモナス・ウィッティチイ）、 Klebsiella 
pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluorescens（蛍光菌）、 Ralstonia pickettii
（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus crispatus（ラクトバチルス・クリスパ
ータス）、 Burkholderia multivorans（バークホルデリア・ムルティウォランス）、 La
ctobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）、 およびMeiothermus silvanus（メイオ
サーマス・シルバヌス）(D)。
【００９５】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のVKHを評価することを目的とした、
対象の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうちいずれか1種あるいは複数種
についての、その有無、量、感染状態および微生物相またはそのいずれかの評価から成る
。Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subti
lis（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）
、 およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【００９６】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、さらに対象の眼内疾患または障害の臨床症
状の評価を含む。
【００９７】
本発明の方法は、適切な目的であればいずれの目的のためにも用いることができる。例え
ば、当該方法は、対象の眼内疾患または障害のリスクアセスメント、診断、予後、層別化
および治療モニタリング、またはそのいずれかのために用いることができる。当該方法は
、タイプあるいは段階が適切であれば、いずれのタイプまたはいかなる段階についても、
そのAMD評価のために用いることができる。本発明の方法には、早期AMD、中期AMD、後期A
MD、ドライ型AMD、 地図状萎縮（萎縮型AMDとも呼ばれる）、ウェット型AMDなどの例があ
る。
【００９８】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、さらに対象の眼内疾患もしくは障害の予防
または治療を行なうことから成る。いくつかの実施例において、当該方法はさらに、対象
の眼内スペース、腔部またはサンプルにおける微生物の有無、量、感染状態および微生物
相、またはそのいずれかの評価に基づく、対象の眼内疾患もしくは障害の予防または治療
の調整を行なうことから成る。当該方法はさらに、対象の早期AMD、中期AMD、後期AMD、
ドライ型AMD、 地図状萎縮（萎縮型AMDとも呼ばれる）、ウェット型AMD の予防または治
療から成ることがある。当該方法はさらに、対象の眼内スペース、腔部またはサンプルに
おける微生物、例えばバチルス・メガテリウムの有無、量、感染状態および微生物相、ま
たはそのいずれかの評価に基づく、対象の早期AMD、中期AMD、後期AMD、ドライ型AMD、 
地図状萎縮（萎縮型AMDとも呼ばれる）、ウェット型AMDの予防あるいはこれらの治療実施
について調整を行なうことから成る。
眼内疾患または障害を評価するためのキットおよび装置
【００９９】
別の面において、本発明の開示は、対象の眼内疾患または障害を評価するためのキットお
よび装置に係るものであり、当該キットまたは装置は対象の眼内スペース、腔部またはサ
ンプル中の微生物の有無、量、感染状態および微生物相、またはそのいずれかを評価する
ための試薬から成るが、その眼内疾患または障害の発現は、対象の眼内スペースまたは腔
部の微生物感染によるものである。
【０１００】
本発明のキットまたは装置に関しては、適切なものであればいずれの試薬を用いてもよい
。いくつかの実施例において、微生物は、細菌、真菌、ウイルスまたはそれらが混在する
ものであり、当該キットまたは装置は、その微生物の有無、量、感染状態および微生物相
、またはそのいずれかの評価を目的として設計したものである。
【０１０１】
本発明のキットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害を評価するために、適切な個数
であれば、眼内スペースまたは腔部の微生物を何個でも評価することができる。例えば、
当該キットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害の評価を目的として、対象の眼内ス
ペース、腔部またはサンプル中の、ある1種の微生物の有無、量および感染状態、または
そのいずれかを評価するための試薬から成ってもよい。別の例では、当該キットまたは装
置は、対象の眼内疾患または障害の評価を目的として、対象の眼内スペース、腔部または
サンプル中の、複数種の微生物の有無、量、および感染状態、またはそのいずれかを評価
するための試薬から成ることがある。また別の例においては、当該キットまたは装置は、
対象の眼内疾患または障害の評価を目的として、対象の眼内スペース、腔部またはサンプ
ル中の微生物相を評価するための試薬から成っている。
【０１０２】
本発明のキットまたは装置は、適切な技術または手法であればいずれの技術・手法を用い
てもよいが、眼内スペースまたは腔部の1種または複数種の微生物を評価するための試薬
から成る。例えば、当該キットまたは装置は、イムノアッセイなどの結合アッセイで用い
られる試薬から成ってもよい。適切なものであれば、いずれのイムノアッセイを用いても
よい。イムノアッセイには以下の代表例がある。酵素結合免疫吸着法（ELISA）、 免疫ブ
ロット法、免疫沈降法、放射免疫測定（RIA）、免疫染色、 ラテックス凝集、間接赤血球
凝集反応（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法（IFA）、ネフェロ分析、フローサイトメト
リーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッセイ、ラテラルフローイムノ
アッセイ、Uキャプチャーアッセイ、阻害測定、アビディティーアッセイなど。
【０１０３】
別の例において、本発明のキットまたは装置は、分子アッセイで用いる試薬から成ってい
る。適切な分子アッセイであれば、いずれのものを用いてもよい。いくつかの実施例にお
いて、当該キットまたは装置は、微生物ポリヌクレオチドの分離、増幅、結合、ハイブリ
ッド形成、およびシーケンシング、またはそのいずれかを行なう試薬から成る。微生物の
ポリヌクレオチドは、適切なものであればいずれの技術あるいは手法を用いても増幅する
ことができる。いくつかの実施例において、当該キットまたは装置は、以下を用いてポリ
ヌクレオチドを増幅する試薬を含むことができる。ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、鎖置
換増幅 (SDA)、 転写増幅法 (TMA)、リガーゼ連鎖反応 (LCR)、 核酸配列ベース増幅 (NA
SBA)、プライマーエクステンション、ローリングサークル増幅 (RCA)、自家継続配列複製
(3SR)、あるいは LAMP法 (LAMP) 。微生物ポリヌクレオチドのシーケンシングには、適
切な技術または手法であればいずれの技術・手法を用いてもよい。いくつかの実施例にお
いて、当該キットまたは装置は、以下から選択したフォーマットに従い実施したポリヌク
レオチド シーケンシングを行なう試薬を含む。マクサム・ギルバート シーケンシング、
鎖停止法、ショットガン シーケンシング、ブリッジPCR、単一分子リアルタイム シーケ
ンシング、イオン半導体（イオントレント シーケンシング）、シーケンシング バイ シ
ンセシス、シーケンシングバイ ライゼーション（SOLiDシーケンシング）、鎖停止（サン
ガー シーケンシング）、マッシブリー パラレル シグネチャー シーケンシング (MPSS)
、 ポロニー シーケンシング、 454 パイロン シーケンシング、イルミナ (Solexa) シー
ケンシング、 DNA ナノボール シーケンシング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング
、単一分子リアルタイム (SMRT) シーケンシング、 ナノポアDNAシーケンシング、トンネ
ル電流DNAシーケンシング、 ハイブリッド形成によるシーケンシング、 質量スペクトロ
スコピーを用いたシーケンシング、 マイクロ流体サンガー シーケンシング、 顕微鏡に
基づく技術、RNAPシーケンシング、またはin vitroウイルス高スループット シーケンシ
ング。
【０１０４】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、シーケンシング分析およびPC
R分析またはそのいずれかを行なう試薬から成る。例えば、シーケンシング分析は、微生
物相のメタゲノムシーケンス分析などのメタゲノムシーケンス分析から成る。別の例にお
いて、PCR分析は、微生物相のリアルタイムPCR分析などのリアルタイムPCR分析から成る
。
【０１０５】
本発明のキットまたは装置は、さらに追加したツールを含んでもよい。対象の眼内スペー
スまたは腔部からサンプルを採取するためのツールがその例である。当該ツールは、対象
の眼内スペースまたは腔部が適切であればいずれからもサンプルを採取するよう設定でき
る。例えば、対象の前眼房の房水、支持靱帯、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体、網膜
、脈絡膜、視神経、水晶体、または虹彩からサンプルを採取するために当該ツールを設定
することができる。
【０１０６】
本発明のキットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害が適切であれば、そのいずれも
評価する試薬を含むことができる。例えば、当該キットまたは装置は、対象における白内
障（Cat）、加齢黄斑変性（AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト
・小柳・原田症候群（VKH）、または眼内炎（EOS）を評価する試薬を含んでいてもよい。
【０１０７】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、Cat評価を目的とした、対象
の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうち1種または複数種の有無、量、感
染状態および微生物相、またはそのいずれかを評価する試薬から成る。Pseudomonas mend
ocina（シュードモナス・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデ
ンタリウス）、 Alicycliphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカ
ンス）、 Achromobacter xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 
Sphingobium japonicum（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessu
s（マイコバクテリウム・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・
アウレッセンス）、 Prevotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium
meliloti（アルファルファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・
エブリウス）。
【０１０８】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、Cat評価を目的とした、対象
の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうち1種または複数種の有無、量、感
染状態および微生物相、またはそのいずれかを評価する試薬から成る。Staphylococcus e
pidermidis（表皮ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Staphylococcus
aureus（黄色ブドウ球菌）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘ
モリチカス）、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、Stenotrophomonas maltophiliaステ
ノトロホモナス・マルトフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、 Bacillus megat
eriumバチルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ
）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Enterococcus faecium（フェシウム
菌）、 Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Bacillus licheni
formis（バチルス・リケニフォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）
【０１０９】
好ましい実施例においては、本発明のキットまたは装置は、対象のAMDを評価する目的で
、バチルス・メガテリウムの有無、量、感染状態および微生物相、またはそのいずれかを
評価する試薬から成る。バチルス・メガテリウムは、適切な技術または手法であればいず
れを用いても評価することができる。例えば、当該キットまたは装置は、対象のAMDを評
価する目的で生きたバチルス・メガテリウムを評価する試薬から成る。別の例では、適切
なイムノアッセイまたは分子アッセイのいずれかを用いてバチルス・メガテリウムを 評
価する試薬を含む。好ましい実施例において、当該キットまたは装置は、バチルス・メガ
テリウムを、微生物相のメタゲノムシーケンシング分析などのシーケンシグ分析およびリ
アルタイムPCR分析などのPCR分析、またはそのいずれかを用いて評価する試薬を含む。さ
らに別の例において、バチルス・メガテリウムは、以下のセクションFに記載した技術、
手法またはキットを用いて評価することができる。例えば、 本発明の技術または手法は
、以下のプライマーペアのうち1個または複数から成る。(1）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2
、（2）SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、（4）SEQ ID NO:7
、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、（6）SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、
（7）SEQ ID NO:13、SEQ   NO:14、（8）SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、（9）SEQ ID NO:
17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、（11）SEQ ID NO:21、SEQ ID N
O:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13）SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、（14）
SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:29、およびSEQ ID NO:30。
【０１１０】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、対象のAMD評価を行なうため
、追加した他の関連パラメータを評価する試薬から成る。例えば、本発明のキットまたは
装置は、AMD評価を行なう目的で、さらに補体系の活性化および対象の眼内スペースなら
びにサンプル中への炎症誘発、またはそのいずれかを評価する試薬を含むことができる。
【０１１１】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、対象のGLAを評価する目的で
、対象の眼内スペース、腔部またはサンプル中にある以下のうち1種または複数種につき
その有無、量、感染状態および微生物相、またはそのいずれかを評価する試薬から成る。
Acinetobacter baumannii（アシネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoace
ticus（アシネトバクター・カルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナ
ス・テストステローニ）、 Mycobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）
、 Bacillus thuringiensis（バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（
シトロバクター・コセリ）、 Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメン
タンス）、 およびSerratia marcescens （霊菌）。
【０１１２】
いくつかの実施例において、本発明の方法は、対象のBDを評価する
ことを目的とした、対象の眼内スペース、腔部またはサンプル中の、以下のうちいずれか
1種あるいは複数種についての、その有無、量、感染状態および微生物相またはそのいず
れかの評価から成る。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモナス・ウィッティチイ）、
Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluorescens（蛍光菌）、 Ralston
ia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus crispatus（ラクトバチル
ス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（バークホルデリア・ムルティウォ
ランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）、 およびMeiothermus sil
vanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【０１１３】
いくつかの実施例において、本発明のキットまたは装置は、対象のVKHを評価することを
目的とした、眼内スペース、腔部またはサンプルにおける以下のうち1種または複数種の
有無、量、感染状態および微生物相、またはそのいずれかを評価する試薬から成る。Esch
erichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtilis（
枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 お
よびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【０１１４】
本発明のキットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害を評価するために他の方法を追
加することができる。例えば、当該キットまたは装置は、さらに対象の眼内疾患または障
害の臨床症状を評価するために、試薬または構造物のような手段を含むことができる。
【０１１５】
本発明のキットまたは装置は、目的が適切であればいずれの目的のためにも用いることが
できる。例えば、当該方法は、対象の眼内疾患または障害のリスクアセスメント、診断、
予後、層別化および治療モニタリング、またはそのいずれかに用いることができる。例え
ば、当該キットまたは装置は、適切なタイプであればいずれのタイプでも、あるいは適切
な段階であればいずれの段階においても、AMD評価を行なう際に用いることができる。前
期には、早期AMD、中期AMD、後期AMD、ドライ型AMD、 地図状萎縮（萎縮型AMDとも呼ばれ
る）、ウェット型AMDなどの例がある。
【０１１６】
本発明のキットまたは装置は、適切な試薬であればそのいずれの試薬も含むことができる
。例えば、キットまたは装置には、さらに対照試薬または較正用試料を含むことができる
。
【０１１７】
本発明のキットまたは装置はさらに、例えば薬剤、手術用具または埋込可能な装置などの
、対象の眼内疾患または障害の治療あるいは予防を行なう手段を含むことができる。
眼内疾患または障害の治療・予防方法
【０１１８】
さらに別の面において、本書の開示は、対象の眼内疾患または障害の病因がその対象の眼
内スペースまたは腔部の微生物感染であるような、対象の眼内疾患もしくは障害の治療お
よび予防を行なうための、またはそのいずれかを行なうための方法であり、当該方法は、
そのような治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して、対象の眼内ス
ペースまたは腔部の微生物を殺滅または抑制する薬剤の有効量投与に係るものである。
【０１１９】
本発明の方法は、適切な目的であればいずれの目的のためにも用いることができる。例え
ば、当該方法は対象の眼内疾患または障害を治療するために用いることができる。別の例
では、当該方法は対象の眼内疾患または障害を予防するために用いることができる。
【０１２０】
本発明の方法は、対象の眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペースまたは腔部の微
生物感染であるような、対象の適切な眼内疾患もしくは障害の治療および予防、またはそ
のいずれかを行なうために用いることができる。微生物は、細菌、真菌、ウイルス、また
はそれらが混在したものでもよい。
【０１２１】
本発明の方法は、対象の眼内スペースもしくは腔部における、適切な数の微生物の感染が
対象の眼内疾患または障害の病因であるような、対象の眼内疾患または障害の治療および
予防またはそのいずれかを行なうために用いることができる。例えば、当該方法により、
眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペースまたは腔部における、ある1種の微生物
感染であるような、対象の眼内疾患または障害の治療および予防またはそのいずれかを行
なうために用いることができ、薬剤により対象の眼内スペースまたは腔部におけるその1
種の微生物を殺滅または抑制する。別の例においては、当該方法は、眼内疾患または障害
の病因が対象の眼内スペースまたは腔部における複数の微生物の感染であるような、対象
の眼内疾患または障害の治療および予防あるいはそのいずれかを行なうために用いること
ができ、薬剤により対象の眼内スペースまたは腔部における複数の当該微生物を殺滅また
は抑制する。さらに別の例においては、当該方法により、眼内疾患または障害の病因が対
象の眼内スペースまたは腔部の微生物相であるような、対象の眼内疾患または障害の治療
および予防またはそのいずれかを行なうために用いることができ、薬剤により対象の眼内
スペースまたは腔部における微生物相を殺滅または抑制する。
【０１２２】
本発明の方法は、対象の眼内スペースまたは腔部が適切であればそのいずれにおいても、
微生物を殺滅または抑制する薬剤を含むことができる。例えば、当該方法は、前眼房の房
水、支持靱帯、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、ま
たは虹彩中の微生物を殺滅または抑制する薬剤を用いることができる。
【０１２３】
本発明の方法は、適切な対象であればいずれの対象においても、眼内疾患または障害の治
療および予防またはそのいずれかのために用いることができる。例えば、当該方法は、例
えばマウス、ラット、ウサギ、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、雌牛、雄牛、ヒツジ、ヤギ、ウ
マ、サル、あるいはヒト以外の霊長類など、哺乳類の眼内疾患または障害の治療および予
防またはそのいずれかに用いることができる。いくつかの実施例においては、その哺乳類
はヒトである。対象またはヒトの年齢が適切であれば、何歳であってもよい。例えば、ヒ
ト患者は最も若ければ10歳から、20、30、40、50、60、70あるいは80歳であってもよい。
【０１２４】
本発明の方法は、対象の眼内疾患または障害が適切であればいずれの治療および予防また
はそのいずれかにおいても用いることができる。例えば、当該方法は対象の白内障（Cat
）、加齢黄斑変性（AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・
原田症候群（VKH）、眼内炎（EOS）の治療および予防またはそのいずれかに用いることが
できる。
【０１２５】
いくつかの実施例において、本発明の方法はそのような治療および予防またはそのいずれ
かを必要とする対象に対して、対象のCat治療および予防またはそのいずれかを行なうこ
とを目的として、対象の眼内スペースまたは腔部において以下のうち1種または複数種を
殺滅または抑制する薬剤を有効量投与することから成る。Pseudomonas mendocina（シュ
ードモナス・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウス
）、 Alicycliphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 Ac
hromobacter xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobium
japonicum（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコバ
クテリウム・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッセ
ンス）、 Prevotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium meliloti
（アルファルファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウ
ス）。
【０１２６】
いくつかの実施例において、本発明の方法はそのような治療および予防またはそのいずれ
かを必要とする対象に対して、対象のAMD治療および予防またはそのいずれかを行なうこ
とを目的として、対象の眼内スペースまたは腔部において以下のうち1種または複数種を
殺滅または抑制する薬剤を有効量投与することから成る。Staphylococcus epidermidis（
表皮ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Staphylococcus aureus（黄
色ブドウ球菌）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）
、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモ
ナス・マルトフィリア）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Bacillus megaterium（バ
チルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Gar
dnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Enterococcus faecium（フェシウム菌）、 Cy
tophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Bacillus licheniformis（
バチルス・リケニフォルミス）、 またはXanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）  。好
ましい実施例においては、当該方法はそのような治療および予防またはそのいずれかを必
要とする対象に対して、対象のAMD治療および予防またはそのいずれかを行なうことを目
的として、対象の眼内スペースまたは腔部におけるバチルス・メガデリウムを殺滅または
抑制するための薬剤を有効量投与することから成る。
【０１２７】
いくつかの実施例において、本発明の方法はそのような治療および予防またはそのいずれ
かを必要とする対象に対して、対象のGLA治療および予防またはそのいずれかを行なうこ
とを目的として、対象の眼内スペースまたは腔部において以下のうち1種または複数種を
殺滅または抑制する薬剤を有効量投与することから成る。Acinetobacter baumannii（ア
シネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoaceticus（アシネトバクター・カ
ルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナス・テストステローニ）、 My
cobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）、 Bacillus thuringiensis（
バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（シトロバクター・コセリ）、 
Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメンタンス）、 およびSerratia m
arcescens （霊菌）。
【０１２８】
いくつかの実施例において、本発明の方法はそのような治療および予防またはそのいずれ
かを必要とする対象に対して、対象のBD治療および予防またはそのいずれかを行なうこと
を目的として、対象の眼内スペースまたは腔部において以下のうち1種または複数種を殺
滅または抑制する薬剤を有効量投与することから成る。Sphingomonas wittichii（スフィ
ンゴモナス・ウィッティチイ）、 Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas f
luorescens（蛍光菌）、 Ralstonia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactoba
cillus crispatus（ラクトバチルス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（
バークホルデリア・ムルティウォランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッ
キ菌）、 およびMeiothermus silvanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【０１２９】
いくつかの実施例において、本発明の方法はそのような治療および予防またはそのいずれ
かを必要とする対象に対して、対象のVKH治療および予防またはそのいずれかを行なうこ
とを目的として、対象の眼内スペースまたは腔部において以下のうち1種または複数種を
殺滅または抑制する薬剤を有効量投与することから成る。Escherichia coli（大腸菌）、
Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtilis（枯草菌）、 Corynebacteriu
m aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 およびFinegoldia magna（フィ
ネゴルディア・マグナ）。
【０１３０】
本発明の方法においては、適切な薬剤であればいずれの薬剤も用いることができる。例え
ば、当該方法は対象の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅する薬剤を用いるこ
とができる。さらに別の例では、当該方法において、対象の眼内スペースまたは腔部にお
いて、細菌、真菌、ウイルスまたはそれらが混在したものを殺滅または抑制する薬剤を使
用することができる。
【０１３１】
いくつかの実施例において、薬剤は低分子薬、化学的製剤、高分子薬、生物学的製剤、あ
るいは天然薬物から成る。適切なタイプであれば、いずれの高分子薬または生物学的製剤
を用いてもよい。例えば、高分子薬または生物学的製剤は、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチドを含むことができ、当該ポリペプチドは抗体または抗体・薬物複合体を含むこと
ができる。
【０１３２】
いくつかの実施例において、薬剤は抗微生物ペプチドを含んでもよい。適切な抗微生物ペ
プチドであれば、いずれのものを用いてもよい。例えば、抗微生物ペプチドは、昆虫抗微
生物ペプチド、哺乳類抗微生物ペプチド、両生類抗微生物ペプチド、魚類、軟体動物ある
いは甲殻類由来の抗微生物ペプチド、細菌抗微生物ペプチド、あるいはこれらの併用であ
ってもよい。
【０１３３】
いくつかの実施例における薬剤は、か焼古代インク、 丹参、軟紫根、板藍根、ドクダミ
属、スイカズラ、オウレン、タツナミソウ属、タンポポ、スベリヒユ、サンザシ、大青葉
、レンギョウ、インチンソウ、セシンレン、サイコ、ショクヨウダイオウ、ニシキソウ、
ヒャクブ、ニンニク、オウバク、トチュウ、トネリコ、 ジャショウシ、 五倍子、 ノジ
スミレ、 ウバイ、 カンゾウ、 ザクロ、 チョウセンゴミシ、 サイカチ、 ミロバラン、
クララ、 ハイビスカス、 イカリソウ、カワラニンジン、これらの抽出物、またはこれ
らの併用を含むことができる。
【０１３４】
いくつかの実施例において、薬剤は抗生物質を含むことができる。適切な抗生物質であれ
ばいずれのものでも用いることができる。例えば、抗生物質は、βラクタム系抗生物質、
アミノ配糖体抗生物質、テトラサイクリン抗生物質、クロラムフェニコール系抗生物質、
マクロライド系抗生物質、グリコペプチド系抗生物質、キノロン系抗生物質、 ニトロイ
ミダゾール系抗生物質、リファンピシン系抗生物質、エキノカンジン系抗生物質、ポリエ
ン系抗生物質、ピリミジン系抗生物質、アリルアミン系抗生物質、アゾール系抗生物質、
またはこれらの併用であってもよい。
【０１３５】
特定の実施例において、本発明の方法は、そのような治療および予防またはそのいずれか
を必要とする対象に対して、対象のAMD治療および予防またはそのいずれかを行なうこと
を目的として、対象の眼内スペースまたは腔部においてバチルス・メガテリウムを殺滅ま
たは抑制する薬剤を有効量投与することから成る。適切な抗生物質であればいずれのもの
を使用してもよい。例えば、抗生物質は、アンピシリン、バンコマイシン、ネオマイシン
、テトラサイクリン、またはそれらの併用であってもよい。
【０１３６】
いくつかの実施例において、本発明の方法はさらに、そのような治療および予防またはそ
のいずれかを必要とする対象に対して、対象の眼内疾患または障害の治療および予防また
はそのいずれかを行なうことを目的として、第二の薬剤を有効量投与することから成る。
適切な第二薬剤であれば、いずれのものを使用してもよい。例えば、眼内スペースまたは
腔部で補体系の活性化および炎症誘発またはそのいずいれかを抑制する第二薬剤は、対象
のAMD治療および予防またはそのいずれかを行なう目的で用いることができる。
【０１３７】
いくつかの実施例において、本発明の方法はさらに、薬学的に受容可能なキャリアまたは
賦形剤を患者に投与することから成る。
【０１３８】
薬剤および薬学的に受容可能なキャリア、もしくはそのいずれか、または賦形剤は、方法
または経路が適切であれば、いずれの方法または経路を用いても対象に投与してよい。例
えば、薬剤および薬学的に受容可能なキャリア、もしくはそのいずれか、あるいは賦形剤
は、対象に経口、非経口、吸入、局所、経腸、経鼻、口腔、経膣、埋込型投与装置を介し
て、あるいはその他の薬剤投与方法により投与を行なってよい。別の例では、薬剤および
キャリア、もしくはそのいずれか、または賦活剤は、対象の眼内スペースまたは腔部に投
与してもよい。
【０１３９】
いくつかの実施例において、薬剤およびキャリア、もしくはそのいずれか、または賦形剤
は、局所、眼への局所（結膜下、硝子体中、眼球後、前房内など）または全身経路を介し
て投与することができる。投与法は、しばしば薬物治療を行なう眼の部位に依存する。例
えば、結膜、角膜、前眼房および虹彩は、通常局所的な薬物送達に良い反応を示す。後部
においては、しばしば全身投与、あるいは硝子体中、眼球後または前房投与を必要とする
。  
【０１４０】
さらに別の面において、本書の開示は、その眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペ
ースまたは腔部の微生物感染であるような、対象の眼内疾患または障害の治療のための薬
剤製造を目的とした、対象の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅または抑制す
る薬剤の有効量に係るものである。
【０１４１】
さらに別の面において、本書の開示は、その眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペ
ースまたは腔部の微生物感染であるような、対象の眼内疾患または障害の治療を目的とし
た、対象の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅または抑制する有効量の薬剤お
よび有効量の第二薬剤の併用に係るものである。
【０１４２】
さらに別の面において、本書の開示は、その眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペ
ースまたは腔部の微生物感染であるような、対象の眼内疾患または障害の治療および予防
またはそのいずれかを行なう方法に係るものであり、前記を必要とする対象に対して、対
象の眼内スペースまたは腔部において微生物を殺滅または抑制する薬剤を有効量投与する
ことを含む。
【０１４３】
さらに別の面において、本書の開示は、その眼内疾患または障害の病因が対象の眼内スペ
ースまたは腔部の微生物感染であり、対象の眼内疾患または障害の治療のための薬剤製造
を目的とする、上記の薬剤併用に係るものである。
調剤
【０１４４】
本書に記載の微生物を殺滅または抑制する薬剤は、適切な調剤であればいずれの調剤を行
なってもよい。一般的には、Remington's Pharmaceutical Sciences, (2000) Hoover, J.
E. editor, 20 th edition, Lippincott Williams and Wilkins Publishing Company, E
aston, Pa., pages 780-857 などを参照のこと。調剤は、適切な投与経路に適合するよう
選択する。化合物が非毒性の酸または塩基の塩を形成するに十分な程度に塩基性または酸
性を有する場合、塩として化合物の投与が適切であることがある。薬学的に受容可能な塩
の例は、生理学的に受容可能な陰イオンを形成する酸と共に形成される有機酸付加塩であ
り、トシラート、 メタンスルホン酸塩、アセテート 、 クエン酸塩、マロン酸塩 、酒石
酸塩、 コハク酸塩、安息香酸塩、アスコルビン酸塩、α-ケトグルタル酸塩、 α-グリセ
ロリン酸塩などである。塩酸塩、硫酸塩、硝酸塩、重炭酸塩、炭酸塩などの適切な無機塩
を配合してもよい。 薬学的に受容可能な塩は、アミンなどの十分に塩基性の化合物と適
切な酸による生理学的に受容可能な陰イオン生成などの標準的な手法で得られるが、これ
は周知の技術である。カルボン酸のアルカリ金属（ナトリウム、カリウム、リチウムなど
）塩あるいはアルカリ土類金属（カルシウムなど）塩も生成することができる。
【０１４５】
考慮した薬剤を薬学的な組成で投与する場合、薬剤は薬学的に許容可能な賦活剤およびキ
ャリアまたはそのいずれか一方と混合して組成することを考慮する。例えば、薬剤は、中
性の薬剤または薬学的に受容可能な塩として経口投与するか、または生理食塩水に溶解さ
せて静脈投与することができる。リン酸塩、重炭酸塩またはクエン酸塩のような従来から
の緩衝液を、この目的のために用いることができる。当然、当該技術における通常の技法
により、特定の投与経路のために多数の組成を提供することを目的として、明細書の教示
の範囲内でその組成を変更することができる。特に、考慮した薬剤は、水またはその他の
溶媒への溶解度を高めるために修正を加えることがあり、それは例えば熟練技術者が既知
の技術であるマイナー修正（塩形成、エステル化など）によって容易に実現できる。さら
に、患者に最大の利益をもたらすためにその薬剤の薬物動態を制御することを目的とした
、特定の薬剤の投与経路と投与量レジメンの変更も、当業者の通常の技術の範囲内である
。
【０１４６】
いくつかの実施例において、本書に記載した薬剤は通常、以下の有機溶媒に溶解するもの
である。クロロホルム、ジクロロメタン、酢酸エチル、エタノール、メタノール、イソプ
ロパノール、アセトニトリル、グリセロール、N,N-ジメチルホルムアミド、N, N-ジメチ
ルアセトアミド、ジメチルスルホキシドなど。このように得た薬学的な組成は、動物への
適用および臨床的適用に有益である。
【０１４７】
本発明の方法で用いた水溶性の有機溶媒の代表例には、ポリエチレングリコール（PEG）
、アルコール類、アセトニトリル、N-メチル-N-2-ピロリドン、N,N-ジメチルホルムアミ
ド、N,-Nジメチルアセトアミド、ジメチルスルホキシド、もしくはこれらの併用があるが
、これらに限定されるものではない。アルコールの例には、メタノール、エタノール、イ
ソプロパノール、グリセロールまたはプロピレングリコールがあるが、これらに限定され
るものではない。
【０１４８】
本発明の方法で用いた水溶性の有機溶媒の代表例には以下が含まれるが、
それに限定されるものではない。CREMOPHORR EL、 ポリエチレングリコール誘導体CREMOP
HORR （ポリオキシエチレングリセロールトリシノレート35）、水素化CREMOPHORR RH40、
水素化 CREMOPHORR RH60、 PEG-コハク酸塩、ポリソルベート20、ポリソルベート 80、 
SOLUTOLR HS (ポリエチレングリコール 660 12-ヒドロキシステアリン酸)、 ソルビタン
モノオレエート、ポロキサマー、 LABRAFILR (エトキシル化杏仁油)、 LABRASOLR (カプ
リル-カプロイル  マクロゴール-8-グリセリド)、 GELUCIRER (グリセロールエステル)、
SOFTIGENR (PEG 6カプリルグリセリド)、グリセリン、グリコール-ポリソルベート、あ
るいはこれらの併用。
【０１４９】
本発明の方法で用いた水溶性脂質には、ベジタブル油、トリグリセリド、植物油またはこ
れらの併用などの例があるが、それに限定されるものではない。脂質の例には、ヒマシ油
、ポリオキシルヒマシ油、トウモロコシ油、オリーブ油、綿実油、ピーナツ油、ペパーミ
ント油、サフラワー油、ゴマ油、大豆油、水素化ベジタブル油  、水素化大豆油、ココナ
ツ油のトリグリセリド、パーム実油、またはこれらの水素化油、あるいはこれらの併用を
含むが、それに限定されるものではない。
【０１５０】
本発明の方法で用いた脂肪酸エステルには、オレイン酸、モノグリセリド、ジグリセリド
、PEGのモノ-またはジ-脂肪酸エステル、またはこれらの併用などの例があるが、それに
限定されるものではない。
【０１５１】
本発明の方法で用いたシクロデキストリンには、α-シクロデキストリン、β-シクロデキ
ストリン、ヒドロキシプロピル-β-シクロデキストリン、またはスルホブチルエーテル-
β-シクロデキストリンなどの例があるが、それに限定されるものではない。
【０１５２】
本発明の方法で用いたリン脂質には、ダイズ フォスファチジルコリン、またはジステア
ロイルホスファチジルグリセロール、およびこれらの水素化物、またはこれらの併用など
の例があるが、それに限定されるものではない。
【０１５３】
当該技術における通常の一技法により、特定の投与経路のための調剤多数を提供すること
を目的として、明細書の教示の範囲内で処方を変更することができる。 特に、水または
その他溶媒への溶解度を高めるため薬剤に修正を加えることがある。患者に最大の利益を
もたらすため、その薬剤の薬物動態を制御することを目的として、特定の薬剤の投与経路
および投与量レジメンを修正することも、当業者の通常の技術の範囲内である。
薬剤の併用
【０１５４】
実施例に記載の方法は、本発明の開示に記載した少なくとも1個の代表的な薬剤の有効量
を投与することから成る。また、特に対象の眼内疾患または障害の治療および予防または
そのいずれかに有用であることが知られている治療薬については1個または複数を、当該
薬剤に追加して併用投与することができる。
【０１５５】
前記の追加活性成分は、本発明の開示に記載した代表的な薬剤1個以上から成る別個の薬
学的組成として投与するか、または、本発明の開示に記載した代表的な薬剤1個以上と共
に単独の薬学的組成に含むことができる。 当該の追加活性成分は、本発明の開示に記載
した代表的な薬剤1個以上の投与と同時に、それ以前に、またはそれ以後に投与すること
ができる。
これらの代表的な薬剤の使用法およびその薬学的組成
【０１５６】
本書で開示した本発明の方法を実施するにあたり、微生物を殺滅または抑制する薬剤や薬
学的組成は、経口、非経口、吸入、局所、経腸、経鼻、口腔、経膣、埋込型投与装置を介
して、あるいはその他の薬剤投与方法によって投与することができる。「非経口」という
用語は、本書では皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、関節滑液嚢内、胸骨内
、髄腔内、病変内、および頭蓋内への注射または注入などの技術を含む。
【０１５７】
無菌の注入可能な水性または油性懸濁液のような、無菌の注入可能な組成は、適切な分散
剤または湿潤剤および懸濁剤を使用し、既知の技術に従って配合することができる。当該
の注入可能な無菌製剤は、非毒性の非経口で受容可能な希釈剤あるいは溶媒中の無菌かつ
注入可能な溶液または懸濁液であってもよい。採用の可能性がある媒介物には、マンニト
ール、水、リンゲル液および等張な塩化ナトリウム水溶液などが含まれる。適切なキャリ
アおよびその他の薬学的組成成分は、通常無菌である。
【０１５８】
さらに、無菌の固定油は、従来から溶媒または懸濁液の媒質（合成モノ-またはジグリセ
リドなど）として採用している。オレイン酸やその派生グリセリドのような脂肪酸は、オ
リーブ油またはひまし油のような薬学的に許容可能な油と同様、注入可能な薬剤の製剤に
おいて有用であり、特にそれらのポリオキシエチレン化油が有用である。これらの油性溶
液または懸濁液は、長鎖アルコール希釈剤あるいは分散剤、またはカルボキシメチルセル
ロースもしくは類似の分散剤を含んでいてもよい。薬学的に受容可能な固体、液体または
その他投与形態の製造で一般的に用いられる、さまざまな乳化剤または生物学的利用能の
エンハンサーもまた、処方の目的で用いることができる。
【０１５９】
経口投与のための組成は、錠剤、カプセル剤、エマルジョンおよび水性懸濁液などの経口
投与可能な形態を含むが、これらに限定されるものではない。経口使用のための錠剤の場
合、一般的に使用されるキャリアには、乳糖およびコーンスターチがある。ステアリン酸
マグネシウムなどの潤滑剤を加えてもよい。カプセル形態での経口投与の場合、有用な希
釈剤には乳糖および乾燥コーンスターチなどがある。水性懸濁液またはエマルジョンが経
口投与される場合、その活性成分は、乳化剤または懸濁化剤と結合した油相中に懸濁また
は溶解していてもよい。必要であれば、何らかの甘味料、香料あるいは着色料を添加して
もよい。経鼻エアロゾルまたは吸入剤は、周知の薬学的調剤技術に従って調剤することが
でき、適切な保存料（ベンジルアルコール）を用い、生物学的利用能を高めるための吸収
促進剤、およびその他既知の溶解補助剤もしくは分散剤、またはそのいずれかを採用し、
生理食塩水などの水溶液として調剤することができる。
代表的開示
【０１６０】
代表的な実施例において、本発明の開示は特に眼科疾患の原因となる微生物相ならびに疾
患治療を目的とした医薬品の検出に係るものであり、これは、眼科疾患の診断および治療
の技術分野に属する。
【０１６１】
眼内腔部は、涙液と瞬きにより微生物相のような外来物を除去することができるため、健
康な状態では完全に無菌であることが長年考えられていた。ただし、最近の研究では、正
常で健康な眼でも微生物相を有することが明らかになっている。当該微生物相は共生細菌
の場合もあるが、その他は病原性細菌である。
【０１６２】
加齢黄斑変性（AMD）はドライ型AMDまたはウェット型AMDに分類されるが、当該疾患は加
齢による黄斑部の構造変化であり、高齢者における不可逆的な視力喪失の主要原因となっ
ている。
【０１６３】
ドライ型AMDは、PRE・ブルッフ膜・脈絡膜毛細血管複合体が長期にわたり経年的に萎縮す
ることにより生じる。ドライ型AMDは、ほとんどの場合50歳以上の高齢者に発症する。両
眼の視力が対称的に、非常にゆっくりと低下し、患者はしばしば視覚歪像のような症状を
経験する。眼底検査では、眼の黄斑部の色素沈着性障害、中心窩の光反射の消失がみられ
、ときに眼後極にさまざまな大きさの境界不明瞭な黄白色のドルーゼンがみられることも
ある。疾患の後期段階では、RPE（網膜色素上皮（RPE））の萎縮と色素減少により、一部
の患者では網膜の後極に境界明瞭な地図上の萎縮領域が見られる。脈絡膜毛細血管も萎縮
した場合、太い脈絡膜血管が何本か萎縮部に見られることもある。
【０１６４】
ウエット型AMDは脈絡膜新生血管（CNV）の形成によるもので、これはブルッフ膜が損傷を
受けること、および、ブルッフ膜の病変部を通って脈絡膜毛細血管が網膜色素上皮と網膜
神経上皮に成長することによって誘発される。一度CNVが形成されると、新しい血管の構
造が完全でないために、滲出、出血、機械的刺激および瘢痕化のような一連の病理学的変
化が発生し、中心視力が低下して最終的には失明に至る。
【０１６５】
加齢に伴い網膜色素上皮の食細胞作用が低下し、その結果、光受容体の細胞外円盤が完全
に消化されなくなる。残存した代謝物はPRE細胞から排出し続け、硝子膜上に沈着してド
ルーゼンを形成する。
【０１６６】
ドルーゼンは、硬性、軟性、混合性、分解性ドルーゼンの4グループに分類することがで
きる。ドルーゼンは、視力が正常な高齢者にもみられる。ドルーゼン数の増加、色素の増
加、および融合の増大は、ドルーゼンがリスク因子を有することを示す特徴である。硝子
体膜にドルーゼンが蓄積すると、脈絡膜血管を介して網膜の栄養および酸素の吸収に悪影
響が生じ、またブルッフ膜の健常性が破壊される。網膜が酸欠または虚血状態になると、
血管成長因子（VEGF）、インテグリン、プロテアーゼのアップレギュレーションが誘発さ
れる。VEGFシグナルが色素上皮由来因子（PEDF）より強くなると、血管新生が高まり、 
また新しい血管の成長が促進される。VEGFの発現上昇およびブルッフ膜の破損により最終
的にはCNV形成が生じ、続いてこれが滲出、出血、および瘢痕形成の原因となる。
【０１６７】
過去10年間に、ヒトの健康および疾患に関与する微生物相の多様性ならびにその機能が、
ハイスループット シーケンシング技術およびマクロビオティック・メタゲノミック分析
によって幅広く研究されてきた。生理学的および病理学的な状態下での眼の局所的微生物
相については、その特徴の大部分が未だに解明されていない。眼内腔部は生理学的状態で
は完全に無菌であるという説により、多くの研究者が体外由来の生物はすべて外因性かつ
病原性であると想定してきた。ただし、本発明の開示では、症状あるいは感染がなく正常
で健康な眼であっても、他の体の部位や組織とは異なり、その構成および機能が多様であ
りかつ個別化された微生物相があることを示している。興味深いことに、アクネ菌 は大
部分のヒトの眼に生育しており、眼内感染の上昇を有意に誘発するわけではないという事
実から、正常な微生物相は局所眼内環境のホメオスタシスを維持するために重要なはたら
きをしているという合理的な仮説が浮かび上がった。同様に、局所の微生物集団のディス
バイオシスは、多くの感染性、炎症性、腫瘍性および変性性の眼疾患の病因となることが
ある。加えて、アクネ菌 のような培養陽性の微生物相が眼内炎症の主原因であると考え
た場合、これらの微生物相が眼内の片利共生性フローラの一部である可能性があり、一方
で実際の病原体が想定できず見逃していたことから、再検討を要する。外科的処置また抗
VEGF剤の硝子体内注入のような眼内処置も、その多くにより、宿主の免疫系に対して病原
性の眼内微生物相の暴露を誘発している可能性がある。そのため、将来の研究では、眼内
微生物相と眼の健康の完全性との関係を明らかにすることが求められている。
【０１６８】
遺伝学的研究により、AMDの病因に関与するさまざまな因子の同定が行なわれた。これら
すべての因子は、補体カスケード活性化および免疫反応の制御がAMD発症ならびに進行の
重要な要因であることを示唆するものである。ただし、AMD病理学（特にドルーゼンがど
のように形成されるか）のイニシエーター、また補体とAMD病理学間の決定的な関連性は
明らかになっていない。
【０１６９】
既存の技術では、加齢黄斑変の原因が明確に解明できていない。診断は、
患者の症状のみに基づいている。根拠が不明確であることから医師は正確な判断を下しに
くく、そのことが誤診や治療の最適時期の遅延につながっている。既存の技術では、加齢
黄斑変性の治療に硝子体切除術が一般的に行われているが、手術後の視力改善は非常に限
定的である。患者の弱い視力と眼球を維持するために、手術を複数回要することもある。
複数回の手術後にも、治療効果を得られない患者もいる。
【０１７０】
既存の技術における欠陥を克服するために、本発明の開示では加齢黄斑変性の検出方法お
よび加齢黄斑変性の治療薬を規定している。
【０１７１】
本発明の開示の最初の面において、眼球内の微生物相の検出方法を規定し、また微生物相
は以下のうちから1種または複数種を選択する。Propionibacterium acnes（アクネ菌）、
Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Bacillus licheniformis（バチル
ス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イ
ネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリ
ア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Staphylococcus haemol
yticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 Cytophaga hutchinsonii（サイトファ
ガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus 
aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（
セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faeci
um （フェシウム菌）。当該方法は、メタゲノムシーケンシングおよびリアルタイムPCR分
析またはそのいずれかを用いて、微生物相を検出するものである。
【０１７２】
好ましい検出法の手順は、以下の通りである。
【０１７３】
(1) 網膜組織を採取し、また網膜組織からDNAを抽出する
【０１７４】
(2) 網膜内の1種または複数種の微生物相を検出するための、メタゲノムシーケンシング
およびリアルタイムPCR分析またはそのいずれかを用いたDNA検出であり、当ガイ微生物相
は以下の微生物相から1種または複数種を選択する
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、 Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウ
ム）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida
（プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophil
ia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス
・ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、
Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis
（ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerug
inosa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表
皮ブドウ球菌）、 Enterococcus faecium （フェシウム菌）
【０１７５】
さらに、眼内微生物相検出方法の手順 (1) は、以下を含む。
【０１７６】
1) 患者の結膜嚢の洗浄
【０１７７】
2) 患者の眼の瞳孔散大
【０１７８】
3) 患者の眼の消毒
【０１７９】
4) 患者の結膜嚢の殺菌
【０１８０】
5) 網膜組織の採取および網膜組織からのDNA抽出
【０１８１】
さらに、眼内微生物相検出方法の手順 (1) は以下を含む。
【０１８２】
1) 患者の結膜嚢を、0.9 % 食塩水を用いて2回から5回洗浄する
【０１８３】
2) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、患者の眼の散瞳を行なう
混合トロピカミド溶液、アトロピン眼軟膏、アトロピン溶液、ホマトロピン溶液、ホマト
ロピン眼軟膏、トロピカミド溶液、カトピン溶液、フェニルエフリン溶液、およびスコポ
ラミン溶液
【０１８４】
3) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、15 〜 45秒間患者の眼の消毒を行な
う
ポピドンヨード溶液、レボフロキサシン塩酸塩眼窩用ジェル、トブラマイシン・デキサメ
タゾン眼軟膏、トブラマイシン・デキサメタゾン溶液、およびネオマイシン溶液
【０１８５】
4) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、患者の結膜嚢を殺菌し、2 〜 5回注
入する
トブラマイシン溶液、ロメフロキサシン塩酸塩、およびオフロキサシン溶液
【０１８６】
5) 網膜組織を採取し、また網膜組織からDNAを抽出する
【０１８７】
本発明の開示における眼内微生物相検出方法は、診断的または非診断的目的で採用される
ことが好ましい。
【０１８８】
本発明の開示の第二面においては、以下から選択した1種または複数種の眼内微生物相を
検出するための、メタゲノムシーケンス分析およびリアルタイムPCR分析またはそのいず
れかを用いた、加齢黄斑変性の診断方法を実現している。
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム
）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（
プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia
（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・
ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 C
ytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（
ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerugin
osa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮
ブドウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）。
【０１８９】
本発明の開示における加齢黄斑変性診断を行なう好ましい方法は、
以下の通りである。
【０１９０】
（1）網膜組織の採取および、網膜組織からのDNA抽出
【０１９１】
（2）網膜組織内で、以下のうちの1種または複数種の微生物相を検出するメタゲノムシー
ケンシングおよびリアルタイムPCR分析またはそのいずれかを用いた網膜組織のDNA検出
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム
）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（
プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia
（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・
ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 C
ytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（
ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerugin
osa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮
ブドウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）
【０１９２】
さらに、加齢黄斑変性の診断方法の手順（1) は以下を含む。
【０１９３】
1) 患者の結膜嚢の洗浄
【０１９４】
2) 患者の眼の瞳孔散大
【０１９５】
3) 患者の眼の消毒
【０１９６】
4) 患者の結膜嚢の殺菌
【０１９７】
5) 網膜組織の採取および、網膜組織からのDNA抽出
【０１９８】
さらに、加齢黄斑変性の診断方法の手順 (1) は以下を含む。
【０１９９】
1) 患者の結膜嚢を、0.9 % 食塩水を用いて2回から5回洗浄する
【０２００】
2) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、患者の眼の散瞳を行なう
混合トロピカミド溶液、アトロピン眼軟膏、アトロピン溶液、ホマトロピン溶液、ホマト
ロピン眼軟膏、トロピカミド溶液、カトピン溶液、フェニルエフリン溶液、およびスコポ
ラミン溶液
【０２０１】
3) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、15 〜 45秒間患者の眼の消毒を行な
う
ポピドンヨード溶液、レボフロキサシン塩酸塩眼科用ジェル、トブラマイシン・デキサメ
タゾン眼軟膏、トブラマイシン・デキサメタゾン溶液、および混合ネオマイシン硫酸塩溶
液
【０２０２】
4) 以下から選択した1個または2個の薬剤を用いて、患者の結膜嚢を殺菌し、2 〜 5回注
入する
トブラマイシン溶液、ロメフロキサシン塩酸塩、およびオフロキサシン溶液
【０２０３】
5) 網膜組織の採取および網膜組織からのDNA抽出
【０２０４】
本発明の開示における加齢黄斑変性の診断方法が、ドライ型またはウェット型の加齢黄斑
変性の診断に用いられることが好ましく、また加齢黄斑変性の診断方法により、ドライ型
またはウェット型の加齢黄斑変性を硬性ドルーゼン、軟性ドルーゼン、混合性ドルーゼン
、変性性ドルーゼンを含むドルーゼン症状で診断することがより好ましく、また加齢黄斑
変性の診断方法により軟性ドルーゼン症状のあるドライ型またはウェット型の加齢黄斑変
性を診断することが特に好ましい。
【０２０５】
本発明の開示において、さらに、加齢黄斑変性診断キットを製造するため、以下のような
プライマーペアを規定している。これらは、単独または組合せの別を問わない。(1）SEQ 
ID NO:1、SEQ ID NO:2、（2）SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、（3）SEQ ID NO:5、SEQ ID NO
:6、（4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、（5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、（6）SEQ ID N
O:11、SEQ ID NO:12、（7）SEQ ID NO:13、SEQ   NO:14、（8）SEQ ID NO:15、SEQ ID NO
:16、（9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、（10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、（11）SE
Q ID NO:21、SEQ ID NO:22、（12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、（13）SEQ ID NO:25、
SEQ ID NO:26、（14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、（15）SEQ ID NO:29、およびSEQ ID
NO:30。
【０２０６】
本発明の開示では、加齢黄斑変性の診断キットも提供しているが、これを用いた場合、リ
アルタイムPCR分析によって微生物相の存在量を検出し加齢黄斑変性を診断することがで
きる。
【０２０７】
本発明の開示の特定実施方法において、加齢黄斑変性診断キットは以下のものを含む。(1
) サイバー・グリーン、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア1）SEQ ID NO:1、SEQ ID N
O:2、プライマーペア2）SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、プライマーペア3）SEQ ID NO:5、SE
Q ID NO:6、プライマーペア4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、プライマーペア5）SEQ ID NO
:9、SEQ ID NO:10、プライマーペア6）SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、プライマーペア7）
SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、プライマーペア8）SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、プライ
マーペア9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、プライマーペア10）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO
:20、プライマーペア11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、プライマーペア12）SEQ ID NO:2
3、SEQ ID NO:24、プライマーペア13）SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、プライマーペア14
）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、プライマーペア15）SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30のうち
1個または複数、（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 滅菌水。
【０２０８】
本発明の開示におけるキットは、以下のものから成る。（1）混合物、（2）プライマーペ
ア1）SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、プライマーペア2）SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、プライ
マーペア3）SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、プライマーペア4）SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、
プライマーペア5）SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、プライマーペア6）SEQ ID NO:11、SEQ I
D NO:12、プライマーペア7）SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、プライマーペア8）SEQ ID NO
:15、SEQ ID NO:16、プライマーペア9）SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、プライマーペア10
）SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20、プライマーペア11）SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、プラ
イマーペア12）SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、プライマーペア13）SEQ ID NO:25、SEQ ID
NO:26、プライマーペア14）SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、プライマーペア15）SEQ ID N
O:29、SEQ ID NO:30のうち1個または複数のプライマーペア、および（3）滅菌水。キット
の混合物は、 サイバー・グリーン、Taq 酵素、dNTP、緩衝液を含む。
【０２０９】
本発明の開示にあるドライ型またはウェット型の加齢黄斑変性診断方法は、ドライ型また
はウェット型の加齢黄斑変性を診断するために用いることが好ましく、ドライ型またはウ
ェット型の加齢黄斑変性診断方法によりドライ型またはウェット型の加齢黄斑変性を硬性
ドルーゼン、軟性ドルーゼン、混合性ドルーゼン、変性性ドルーゼンを含むドルーゼン症
状で診断することがより好ましく、加齢黄斑変性の診断方法により、軟性ドルーゼン症状
のあるドライ型またはウェット型の加齢黄斑変性を診断することが特に好ましい。
【０２１０】
本発明の開示は医薬品を規定するものであり、これは微生物相の殺滅または抑制を行なう
ために用いられ、またその微生物相は以下から1種または複数種を選択する。
Propionibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム
）、 Bacillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（
プチダ菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia
（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・
ロイテリ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 C
ytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（
ガードネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aerugin
osa（緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮
ブドウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）。
【０２１１】
本発明の開示において、殺滅とは病原性のある微生物相の成長および増殖を殺滅すること
を意味する。
【０２１２】
本発明の開示において、抑制とは微生物相の成長および増殖を抑制することを意味する。
【０２１３】
本発明の開示において好ましい医薬品とは、微生物相の殺滅または抑制を行なうために用
いられるものであり、またその微生物相は以下から1種または複数種を選択する。Propion
ibacterium acnes（アクネ菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Ba
cillus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、 Pseudomonas putida（プチダ
菌）、 Xanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステ
ノトロホモナス・マルトフィリア）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテ
リ）、 Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、 Cytopha
ga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、 Gardnerella vaginalis（ガード
ネレラ菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、 Pseudomonas aeruginosa（
緑膿菌）、 Bacillus cereus（セレウス菌）、 Staphylococcus epidermidis（表皮ブド
ウ球菌）、 およびEnterococcus faecium（フェシウム菌）。
【０２１４】
本発明の開示において、医薬品は以下の薬剤のうちから1個選択する。
化学的製剤、生物学的製剤、または天然薬物。
【０２１５】
本発明の開示における医薬品は、単一の成分またはその組成である。
【０２１６】
本発明の開示における化学薬品は、以下から1個または複数を選択する。
ペニシリン、セファロスポリン、チエナマイシン、モノバクタム、β-ラクタマーゼ阻害
剤、メトキシペニシリンなどを含むβ-ラクタム系抗生物質、ストレプトマイシン、ゲン
タマイシン、カナマイシン、トブラマイシン、アミカシン、ネオマイシン、リボマイシン
、ミクロノマイシン、アジスロマイシンなどを含むアミノグリコシド系抗生物質、テトラ
サイクリン、オキシテトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、ドキシサイクリンなど
を含むテトラサイクリン系抗生物質、クロラムフェニコール、チアンフェニコールなどを
含むクロラムフェニコール系抗生物質、エリスロマイシン、ロイコマイシン、無臭エリス
ロマイシン、アセチルスピラマイシン、メディマイシン、ジョサマイシン、アジスロマイ
シンなどを含むマクロライド系抗生物質、バンコマイシン、ノルバンコマイシン、テイコ
プラニンなどを含むグリコペプチド系抗生物質、ノルフロキサシン、オフロキサシン、シ
プロフロキサシン、ペフロキサシン、ガチフロキサシンなどを含むキノロン系抗生物質、
メトロニダゾール、チニダゾール、オルニダゾールなどを含むニトロイミダゾール系抗生
物質、リファンピシンなどのリファミシノイド系抗生物質、新規キャンディン系抗生物質
、 ポリエン系抗生物質、ピリミジン系抗生物質、アリルアミン系抗生物質、アゾール系
抗生物質、フォスフォマイシン、カプレオマイシン、シクロセリン、リンコマイシン、ク
リンダマイシン、マイトマイシン、アクチノマイシンD、ブレオマイシン、ドキソルビシ
ン、イソニアジド、ピラミナジド、シクロスポリンなど、他の抗生物質。
【０２１７】
本発明の開示における生物薬品は、以下から1個または複数を選択した抗菌ペプチドであ
る。
鱗翅目抗菌ペプチド、双翅目抗菌ペプチド、甲虫目抗菌ペプチド、トンボ目抗菌ペプチド
、膜翅目抗菌ペプチド、カイコ抗菌ペプチドなどの昆虫抗菌ペプチド、ブタ抗菌ペプチド
、ヒツジ抗菌ペプチド、ウシ抗菌ペプチド、ヒト抗菌ペプチドなどの哺乳類抗菌ペプチド
、アフリカツメガエルなどの両生類抗菌ペプチド、ミナミウシノシタ抗菌ペプチド、 ナ
マズ抗菌ペプチド、ムール貝抗菌ペプチド、エビ抗菌ペプチドなど魚類、軟体動物、甲殻
類由来の抗菌ペプチド、チオニンなどの植物抗菌ペプチド、バシトラシン、グラミシジン
およびナイシンなどの細菌抗菌ペプチド。
【０２１８】
本発明の開示における天然薬物は、以下から1個または複数を選択する。
か焼古代インク、 丹参、軟紫根、板藍根、ドクダミ属、スイカズラ、オウレン、タツナ
ミソウ属、タンポポ、スベリヒユ、サンザシ、大青葉、レンギョウ、インチンソウ、セシ
ンレン、サイコ、ショクヨウダイオウ、ニシキソウ、 ヒャクブ、ニンニク、オウバク、
トチュウ、トネリコ、 ジャショウシ、 五倍子、 ノジスミレ、 ウバイ、 カンゾウ、 ザ
クロ、 チョウセンゴミシ、 サイカチ、 ミロバラン、 クララ、 ハイビスカス、 イカリ
ソウ、カワラニンジン、これらの抽出物、またはこれらの併用を含むことができる。
【０２１９】
本発明の開示における薬剤は、経口剤、注入可能な薬剤、または、粘膜薬、好ましくは眼
薬などの局所投与による薬剤である。
【０２２０】
本発明の開示における医薬品の薬剤形態は、溶液、錠剤、丸薬、カプセル剤、注射薬、注
射用粉末、貼付剤、コーティング剤、または、好ましくは点眼薬、眼軟膏または眼噴霧薬
などの粘膜投与調剤である。
【０２２１】
本発明の開示では、加齢黄斑変性治療のための医薬品調剤を目的とした、微生物相を殺滅
または抑制する医薬品適用を規定しており、本発明における加齢黄斑変性の診断方法をド
ライ型またはウェット型加齢黄斑変性の診断に用いることが好ましく、加齢黄斑変性の診
断方法により硬性ドルーゼン、軟性ドルーゼン、混合性ドルーゼンおよび変性性ドルーゼ
ンなどのドルーゼン症状のあるドライ型またはウェット型加齢黄斑変性を診断することが
より好ましく、また、加齢黄斑変性の診断方法により軟性ドルーゼン症状のあるドライ型
またはウェット型加齢黄斑変性を診断することが特に好ましい。
【０２２２】
本発明の開示は、検査したすべてのヒトの眼に眼内微生物相が存在していることを示すも
のであり、次に、当研究では、疾患特異的な眼内微生物相により眼科的発症が定まってい
るか否かを調査した。
白内障（Cat）41例、AMD20例、緑内障（GLA）18例、ベーチェット病（BD）9例、フォーク
ト・小柳・原田症候群（VKH）9例、および眼内炎（EOS）8例の患者における、房水検体の
メタゲノムシーケンス分析を実施した。興味深いことに、眼内微生物集団のα多様性およ
び均等度は、すべての患者において微生物相の主成分が細菌であったにもかかわらず、こ
れら6タイプの患者間で有意に異なっていた。眼内微生物相における（すべての微生物種
を用いた）主成分分析（PCA）では、白内障、EOSおよび数例の緑内障患者間で明確な差異
が見られた。ただし、AMD、VKH、BDおよび数例の緑内障患者間では、眼内微生物相の区別
ができなかった。同様に、全メタゲノムの機能的な微生物遺伝子存在量の階層的クラスタ
分析では、各兆候は微生物機能において一般的な特徴を示したが、一方で各疾患群に他の
疾患クラスタに分類できるような逸脱例があった。眼内微生物相によって有意な個人差が
あったにもかかわらず、検査した各眼疾患群の特徴を成す細菌種を特定することができた
。以上の研究結果は、眼内微生物相の組成と機能により、AMD、白内障、緑内障、BD、VKH
およびEOSのような眼疾患の区別が生じる場合があることを示唆している。
【０２２３】
本発明の開示では、メタゲノム分析を用いて、AMD患者のAHで非常に多くみられた14個の
細菌種を特定している。アクネ菌がAMD患者のAHに最も多量に存在する微生物であったが
、14個のAMD特異的細菌種の中では、AMDのAH検体においてバチルス・リケニフォルミス 
（B. リケニフォルミス) および バチルス・メガテリウム （B. メガテリウム) の濃縮度
が最も高かった。これに続いて、資料として保存されていた6枚のAMD患者の眼スライドに
おける非ドルーゼン網膜組織と比較できるように、本発明の開示では、14種のAMD特異的
細菌が硬性または軟性ドルーゼン中で検出されるか否かを調べるためPCR分析を行なった
。本研究から、8種の細菌のみが検出可能であり、当該細菌の中ではアクネ菌の量が最も
多く、またB. メガテリウムが軟性ドルーゼンに濃縮された唯一の種であることが示唆さ
れた。アクネ菌 の相対量は硬性ドルーゼン、軟性ドルーゼン、およびドライ型AMD病変組
織で、非ドルーゼン非病変組織と同程度であった。B. メガテリウムの相対量は、軟性ド
ルーゼンで最大18倍まで上昇していたが、非ドルーゼン・非病変組織と比較したAMD病変
では上昇していなかった。これらのデータは、B. メガテリウムがドルーゼン形成およびA
MD病因においてある役割を果たしている可能性があることを示唆している。
【０２２４】
従来の研究では、他のタンパク質多種に加えて、ドルーゼンにはさまざまな補体成分や多
糖が含まれていることを示している。さらに、ドルーゼンの成分は炎症を活性化し、IL-1
βおよびIL-18の発現を促進する。そのため、本発明の開示ではまず、ドルーゼン成分と
してのB. メガテリウムが、in vitroで網膜色素上皮炎-19（ARPE-19）細胞による補体系
の活性化を誘発しならびにIL-1βおよびIL-18の分泌を促進することができるか否かを調
べた。当研究において、アクネ菌ではなくB. メガテリウムにより、時間依存的にPRE細胞
のピロトーシスが有意に増大することが明らかになった。補体系の活性化は、C5Aタンパ
ク質の活性型の酸性によって確認された。いずれの細菌もARPE19細胞によるCFHの分泌を
誘発したが、B. メガテリウムによるCFH誘発度はアクネ菌によるものより高かった。ピロ
トーシスの結果として、PRE細胞による活性IL-1β およびIL-18の分泌を促すのはin vitr
oのアクネ菌 感染ではなくB. メガテリウム感染であった。これらの結果は、B. メガテリ
ウム感染により軟性ドルーゼンでみられるものと類似した炎症が生じる場合があることを
示すものである。
【０２２５】
本発明の開示では、次に、B. メガテリウムがin vivoで炎症を誘発できるか否かに関して
実験を行なった。眼の構造および眼内環境がヒトとマカクで共通していることから、ヒト
以外の霊長類であるマカク（カニクイザル) をモデル系として選択した。生きたアクネ菌
の感染、またはこの細菌の超音波処理により不活性化したタンパク質の眼内接種、およ
び生きたB. リケニスフォルミス感染またはこの細菌の超音波処理により不活性化したタ
ンパク質の眼内接種のいずれからも、有意な眼内炎症が誘発されなかった。ただし、タン
パク質ではなくB. メガテリウム細菌の接種を行なうと、重度の眼内感染が生じた。生き
たB. メガテリウムにより誘発された眼内炎症の特徴はTNFAおよびIL6の上昇であるが、IF
NGおよびIL17Aは、いずれも上昇しなかった。ここで重要なのは、in vivoでは生きたB. 
メガテリウムのみがC5AおよびCFHなどの補体系活性化を起こし、ピロトーシス性サイトカ
インであるIL-1βおよびIL-18を誘発したということである。細菌は炎症が始まった後も
眼内に生存していたが、このことは眼内炎症が自然状態で長く続く可能性があることを示
唆する。以上から、当研究のデータは、in vitroおよびin vivoでB. メガテリウム感染が
補体系を活性化し、眼の細胞内でピロトーシスを誘発する場合があることを示している。
【０２２６】
本発明の開示は、RPE・ブルッフ膜間に形成されるさまざまなドルーゼンは、ドルーゼン
中B. メガテリウムなどの細菌および活性化した局所補体媒介性の免疫反応により説明で
きることを示したものである。C1Qや免疫グロブリンのような、ドルーゼン中の補体成分
などの主なタンパク質は、すべて抗感染物質として最前線に位置するものである。ビトロ
ネクチンやアポリポタンパク質Eのような他のドルーゼンタンパク質はすべて抗感染物質
であることが、近年証明されている。そのため、ドルーゼンの形成が、加齢の進んだ網膜
で、侵入した細菌性病原体の制御において重要な反応である可能性が非常に高い。細菌の
種類が多様であるために、ドルーゼンの形も大きさも多様であることがある。硬性ドルー
ゼンの症例では、感染が解消されればドルーゼンは消失する。ただし、B. メガテリウム
のような特定の病原体は、軟性ドルーゼンでの長期にわたる免疫反応活性化を誘発し、RP
E細胞および光受容体に損傷をもたらす。マクロファージ炎症の活性化およびRPE細胞のピ
ロトーシスは、局所炎症に対する保護反応であり、これは、NLRP3がインフラマソーム活
性化に関与し、ならびにIL-18産生により網膜が血管新生から保護されているという先行
知見と一致する。
【０２２７】
AMDの感染病因は、すべての遺伝学的研究で得られた結論とも一致する。例えば、損傷を
受けたCFHはB. メガテリウム感染が誘導した補体活性化の抑制因子となり、補体活性化に
制御不能が生じる。免疫抑制サイトカインTGF-βの活性型を産生するプロテアーゼである
HTRA1に損傷などが生じると、局所のTGF-βファミリータンパク質が減少する。これらの
遺伝子変異はいずれも、RPE細胞および光受容体に損傷を与える局所の抗感染反応の抑制
障害につながる場合がある。
【０２２８】
さらに、ドルーゼン中の病原微生物相の潜在的な差異から、異なる民族集団（白人対アジ
ア人など）とさまざまな遺伝的リスク因子の関連を説明できる可能性がある。従い、本研
究のデータに基づいて、AMDの感染病因のメカニズムにより、高齢者における初期AMD病理
が始まる可能性があるといえる。以上をまとめると、本発明の開示では、AMDの診断、治
療、および予防の新規ターゲットを規定している。
【０２２９】
本発明の開示では、加齢黄斑変性の病原微生物相の有効かつ正確な検出を実現し、それに
より医師が迅速かつ正確な疾患診断できるよう、加齢黄斑変性の一般的な病原細菌のゲノ
ムDNAの保存配列に従って病原微生物相に共通するプライマーを設計および合成し、なら
びにリアルタイムPCRで病原微生物相を検出している。そして、本発明で開示した医薬品
は、加齢黄斑変性の原因に基づいて調剤されており、加齢黄斑変性を効果的に治療するこ
とができる。
実施例
実施例 1
【０２３０】
アクネ菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:1 ATTGGTT
TACTACCCGTGAGCG、SEQ ID NO:2 ATAGCAGGGATTCCAGCGACA、（4）dNTP、（5) 緩衝液、およ
び (6) 滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた 眼内アクネ菌の検出に適用
する。
実施例 2
【０２３１】
バチルス・メガテリウム 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:3 GGTTCAA
TGAGCCTACT、SEQ ID NO:4 GCCAGCGTCTTTCC、（4）dNTP、（5) 緩衝液、および  (6) 滅菌
水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた 眼内バチルス・メガテリウムの検出に適
用する。
実施例 3
【０２３２】
バチルス・リケニフォルミス 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:5 TCCCGTCT
TCATCTACTGC、SEQ ID NO:6 GGACGCCTACTGGACAA、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内バチルス・リケニフォルミス の
検出に適用する。
実施例 4
【０２３３】
プチダ菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン I、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:7 CCGCACA
GGTTGTCCCA、SEQ ID NO:8 CTGCTGCGTTGTCGTTCC、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内 プチダ菌 の検出に適用する。
実施例 5
【０２３４】
イネ白葉枯病菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン I、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:9 TGGTGCG
ATGGCGATGTT，SEQ ID NO:10 GGTTGCGGCATGTGCTTT、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6)
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内イネ白葉枯病菌 の検出に適用
する。
実施例 6
【０２３５】
ステノトロホモナス・マルトフィリア 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:11 GCGTTCG
TCCGCTGTCA、SEQ ID NO:12 GGCAACCCGCTAGAATCCC、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6)
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内ステノトロホモナス・マルトフ
ィリア 検出に適用する。
実施例 7
【０２３６】
ラクトバチルス・ロイテリ 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:13 TAGTGGA
TAATGCCGTTGA、SEQ ID NO:14 CGGTTTGCCAGAAGC、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内ラクトバチルス・ロイテリの検
出に適用する。
実施例 8
【０２３７】
スタフィロコッカス・ヘモリチカス 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:15 GTTAC
ACTGCTCCGACAA、SEQ ID NO:16 TTCGCATCAGCAATAA、（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内スタフィロコッカス・ヘモリチ
カスの検出に適用する。
実施例 9
【０２３８】
サイトファガ・ハッチンソニイ 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンI、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:17 GCTGGCT
CCTTTGG、SEQ ID NO:18 GCATTACTGCCTGGTG、（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 滅菌水
。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内サイトファガ・ハッチンソニイの検出
に適用する。
実施例 10
【０２３９】
ガードネレラ菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン I、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:19 GACTCC
GACTTGTTT、SEQ ID NO:20 CATTATCTGGCGTTTTAGC、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内ガードネレラ菌 の検出に適用す
る。
実施例 11
【０２４０】
黄色ブドウ球菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーンＩ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:21 GAAGC
GGAGTTCAAAGG、SEQ ID NO:22 ATGGCAAATCACCAATCA（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内黄色ブドウ球菌 の検出に適用す
る。
実施例 12
【０２４１】
緑膿菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:23 GACCA
GGTAGCCGTCGTTCTC、SEQ ID NO:24 TGCTGACCCTGACCGACATTC、（4）dNTP、(5) 緩衝液、お
よび (6) 滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内緑膿菌 の検出に適用
する。
実施例 13
【０２４２】
セレウス菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:25 GAAG
TGCGTGCGTATAGTGT、SEQ ID NO:26 AAAGAACGACCAAGTGCTG（4）dNTP、(5) 緩衝液、および 
(6) 滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内セレウス菌 の検出に適用す
る。
実施例 14
【０２４３】
表皮ブドウ球菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:27 TTGA
AGTGAAACGTCCTC、SEQ ID NO:28 TGTCTCATCTAACCACC（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内の 表皮ブドウ球菌 の検出に適
用する。
実施例 15
【０２４４】
フェシウム菌 検出キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:29 TGGA
GCGATTATACCG、SEQ ID NO:30 GTACCCGCTTGATTGA、（4）dNTP 、(5) 緩衝液、および (6) 
滅菌水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内フェシウム菌 の検出に適用する
。
実施例 16
【０２４５】
加齢黄斑変性診断キットは、以下を含む。
(1) サイバー・グリーン Ｉ、（2）Taq 酵素、（3）プライマーペア SEQ ID NO:3 GGTTCA
ATGAGCCTACT、SEQ ID NO:4 GCCAGCGTCTTTCC、（4）dNTP、(5) 緩衝液、および (6) 滅菌
水。当該キットは、リアルタイムPCR法を用いた眼内バチルス・メガテリウム の検出に適
用する。
実施例 17
試験対象患者
【０２４６】
白内障41例、AMD 20例、緑内障 18例、BD 9例、VKH 9例、およびEOS 8例の患者
試験方法
【０２４７】
(1) 房水のサンプルを採取し、房水サンプルからDNAを抽出する
1) 0.9 % 食塩水で患者の結膜嚢を3回洗浄する
2) アトロピンを用いて散瞳を行なう
3) オフロキサシン水溶液で患者の眼を30秒間消毒する
4) 殺菌のため、トブラマイシン水溶液で患者の結膜嚢を3回洗浄す
る
5) 房水サンプルを採取し、房水サンプルからDNAを抽出する
(2) メタゲノムシーケンシング分析を用いて、房水サンプルから抽出したDNAを検出する
結果
【０２４８】
試験を行なったヒトの眼すべてに、眼球内微生物相が存在した。図16は異なる疾患をもつ
患者の眼の総微生物相における細菌、ウイルス、および真菌の割合を示したグラフであり
、図16に示した通り、これら6タイプのすべての患者に、眼内微生物相の主要な構成要素
として細菌が存在していた。図20は、異なる疾患のある患者の眼で非常に多く存在してい
た細菌種に関する、LefSe分析のグラフであり、図20に示した通り、異なる疾患の患者は
異なる種の細菌を有していた。図4cは、6タイプの疾患の患者の眼における、アクネ菌、
バチルス・リケニフォルミス、および バチルス・メガテリウムの相対量を示したグラフ
である。図4cに示す通り、AMD患者の眼にはアクネ菌、バチルス・リケニフォルミス、お
よび バチルス・メガテリウムが同時に存在し、その中でアクネ菌の量が最も多く、バチ
ルス・リケニフォルミスおよび バチルス・メガテリウムの量はアクネ菌 の量より少ない
が、バチルス・リケニフォルミスおよび バチルス・メガテリウムの量は、他5疾患が患者
の眼に存在する量より多い。
実施例 18.
実験の試薬
【０２４９】
実験例1 〜 15で作製したリアルタイムPCRキット
試験を行なった組織
【０２５０】
AMD患者の非ドルーゼン、硬性ドルーゼン、および軟性ドルーゼン組織
試験方法
【０２５１】
(1) 患者の非ドルーゼン、硬性ドルーゼン、および軟性ドルーゼン組織を採取し、各組織
からDNAを抽出する
1) 0.9 % 食塩水で患者の結膜嚢を3回洗浄する
2) 混合トロピカミド溶液を用いて散瞳を行なう
3) レボフロキサシン塩酸塩水溶液で患者の眼を30秒間消毒する
4) 殺菌のため、トブラマイシン水溶液で患者の結膜嚢を3回洗浄する
5) 患者の非ドルーゼン、硬性ドルーゼン、および軟性ドルーゼン組織を採取し、MasterP
ure Complete DNA および RNA 精製キット( Epicentre、 英国) を用いて各組織からDNA
を抽出する
(2) リアルタイムPCR法を用いて、AMD患者の非ドルーゼン、硬性ドルーゼン、および軟性
ドルーゼン組織から抽出されたDNAを検出する
結果
【０２５２】
図21に示した通り、本発明に関わる研究の結果から、リアルタイムPCR法を用いてAMD患者
の非ドルーゼン、硬性ドルーゼン、および軟性ドルーゼン組織中で検出される細菌は、以
下の8種のみであることが明らかになった。アクネ菌  (a)、 B. メガテリウム (b)、 L. 
ロイテリ (c)、 プチダ菌 (d)、緑膿菌 (e)、 イネ白葉枯病菌 (f)、 B.リケニフォルミ
ス (g)、およびガードネレラ菌 (h) で示しており、これらの中でアクネ菌が最も多く存
在する種であり（図21a）、B. メガテリウムのみが軟性ドルーゼンで濃縮した種であった
（図21b）。
実施例 19. in vitro でバチルス・メガテリウムが誘発する、ARPE19細胞による補体活性
化
実験に用いた材料
【０２５３】
ヒトARPE19 細胞 （アメリカ培養細胞系統保存機関（ATCC）、米国)
実験に用いた系統
【０２５４】
バチルス・メガテリウムおよびアクネ菌
実験方法
【０２５５】
ヒト ARPE19 細胞 （ATCC、米国) を2つのグループに分け、2.5 mMのL-グルタミンおよび
10 % FBSを加えたDMEMで培養した。その後、バチルス・メガテリウム を第1グループに添
加し、アクネ菌 を第2グループに添加した。12、24、および48時間培養した後、ARPE19細
胞をPIおよびアネキシンV-APC （Cat #88-8007-72、eBioscience、米国)  と共に30分間
インキュベートした。細胞死を、MACSQuant Analyzer 10フローサイトメーター（Milteny
iBiotec、ドイツ) で測定した。
結果
【０２５６】
図22aに示す通り、B. メガテリウムにより時間依存的にRPEのピロトーシスが有意に増加
したが、アクネ菌 ではそのような結果は生じないことが本発明の研究から明らかとなっ
た。図22bに示した通り、補体系の活性化は、C5Aタンパク質の活性型の産生により確認さ
れることも証明された。興味深いことに、どちらの細菌もARPE19細胞によるCFH分泌を誘
発したが、B. メガテリウムによるCFHの誘発は、アクネ菌によるものより多かった。ピロ
トーシスの結果として、図5cは、in vitroでのB. メガテリウム 感染はRPE細胞による活
性IL-1およびIL-18の分泌をもたらしたことを示すものである。
結論
【０２５７】
上記の結果は、B. メガテリウム 感染により、軟性ドルーゼンでみられるものと類似した
炎症が誘発される場合があることを示している。
実施例 20
実験動物
【０２５８】
マカク
実験に用いた菌株
【０２５９】
BeNa Culture Collection（北京、中国）から購入した バチルス・メガテリウム BNCC190
686、バチルス・リケニスフォルミス BNCC186069、および アクネ菌  BNCC336649 。
実験方法
【０２６０】
バチルス・メガテリウムBNCC190686、バチルス・リケニフォルミス BNCC186069、 および
アクネ菌  BNCC336649 は、製造者の標準プロトコルに従って、まず寒天プレートで37°
Cを維持し1晩培養した。その後、この細菌培養物をPBSで洗浄し、1 x 106CFU/μl 溶液に
再懸濁し、さらにPBSで希釈して注射液とした。
【０２６１】
マカクをチレタミン塩酸塩（2.5 mg/kg) およびゾラゼパム塩酸塩（2.5 mg/kg) で鎮静し
た。局所麻酔（0.5 % プロパラカイン塩酸塩) 後、直ちに光学顕微鏡を用いて眼をin viv
oで観察できるようにした。その後、眼底写真を撮るために0.5 %トロピカミドと0.5 %フ
ェニレフリンで瞳孔を散大させた。眼表面を5 % PVI溶液で殺菌した後、細菌溶液（50μl
中に1,000 CFU）または超音波処理で不活性化した細菌タンパク質（1,000 CFUの細菌から
抽出）を、1 mlの注射器および30ゲージの針で硝子体内に注入した。第1グループでは、
マカクの左眼に生きたアクネ菌 を、マカクの右眼に生きたバチルス・リケニフォルミス
を注入により眼内接種した。第2グループでは、マカクの左眼に超音波処理で不活性化し
たアクネ菌タンパク質を、マカクの右眼に超音波処理で不活性化したバチルス・リケニフ
ォルミス のタンパク質を注射により眼内接種した。第3グループでは、マカクの左眼に生
きたアクネ菌を、マカクの右眼に生きたバチルス・メガテリウムを注入により眼内接種し
た。第4グループでは、マカクの左眼に超音波処理で不活性化したアクネ菌 のタンパク質
を、マカクの右眼に超音波処理で不活性化したバチルス・メガテリウム のタンパク質を
注射により眼内接種した。
【０２６２】
注入後3日以内に、すべてのマカクに対して細隙灯検査および眼底検査を行なった。眼内
炎の重症度は、既述の基準に従って等級付けを行なった。マカクは眼内接種から3日後に
安楽死させ、組織病理学的分析および眼内サイトカイン・細菌分析のために両側眼球を除
去した。眼球を4 % パラホルムアルデヒドで48時間固定し、パラフィン包埋した。ミクロ
トームで5 mm切片を作成し、ヘマトキシリンおよびエオシン（H & E）で染色した。
【０２６３】
結果  図5Aは第1、第2グループのマカクの眼底写真であり、図5Bは第3、第4グループのマ
カクの眼底写真である。図5Aおよび5Bに示した通り、生きた細菌または不活性化したタン
パク質の注入から3日後には、第1グループ、第2グループ、第4グループのマカクの眼に炎
症はなかったが、第3グループのマカクの右眼には重度の炎症があった。したがって、生
きたアクネ菌 の感染または超音波処理で不活性化したそのタンパク質の眼内注入、およ
び生きたB. リケニフォルミス 細菌の感染または超音波処理で不活性化したそのタンパク
質の注入は、有意な眼内炎症を誘発しなかった、また、生きたB. メガテリウム感染が重
度の眼内炎症を誘発することは確認できたものの、そのタンパク質の注入からは確認でき
なかった。
実施例
初期の加齢黄斑変性の主要病因としてのバチルス・メガテリウム同定
要約
【０２６４】
加齢黄斑変性（AMD）は、全世界で高齢者における不可逆的な視力喪失の主原因である。A
MDに関連した複数の遺伝的要因が同定されているにもかかわらず、AMDで有害な局所炎症
を誘発する環境要因はいまだ明らかになっていない。本発明の研究においては、定量的PC
R、ネガティブ染色透過型顕微鏡観察、および高スループット シーケンシング技術を用い
て、すべての眼の眼内腔部には常在微生物相が生息することを確認した。微生物集団の疾
患特異的な特徴により、AMDなど異なる眼内疾患が生じる。本発明に関わるin vitroおよ
びin vivoの研究において、AMD特異的な細菌であるバチルス・メガテリウムが補体の活性
化および網膜の細胞死を誘発するという、重要な発見をした。当該研究ではAMDの主要な
病因としての細菌感染を同定し、その結果、高齢期の視力喪失原因の診断、治療、および
予防に関する新たな方向性を提供している。
序論
【０２６５】
全世界において、加齢黄斑変性（AMD）は高齢集団における不可逆的な視力喪失の主要原
因である。これの特徴は 、網膜色素上皮（RPE）・ブルッフ膜間に軟性ドルーゼンが蓄積
すること、および初期の段階（中期AMD）では黄斑での網膜色素が変化すること、または
、そのいずれか一方である。後期段階における進行AMDの特徴は、黄斑部1の地図状萎縮（
ドライ型AMD）あるいは脈絡膜血管新生（ウェットAMD）という2つの主要なサブタイプが
あることである。ウェット型AMDを制御するためには抗VEGF療法を用いるが、ドライ型AMD
に対しては現在承認された治療法が存在しない, 。
【０２６６】
AMDの病因には、遺伝的要因と環境要因の双方が関与している。AMDの易罹患性に関与する
遺伝子座の変異を同定した研究は多く、それには補体H因子（CFH)、加齢黄斑変性発病危
険状態 2 （ARMS2)、 HtrA セリン・ぺプチダーゼ 1 （HTRA1) などが含まれ、AMDが炎症
性疾患である可能性を示している。現在、局所的な炎症の誘因となり、AMDの病因におけ
る早期軟性ドルーゼンにつながる環境要因は明らかになっていない。
【０２６７】
眼内環境は、外傷、外科的処置、または血行性あるいは神経性の拡散による侵襲を受けな
い限り無菌であると、長い間考えられてきた6。本書では、眼内微生物相の構成により異
なる眼疾患が生じる場合があることを報告している。AMDに特異的な細菌であり、AMD病理
の発生を促進する可能性のあるバチルス・メガテリウム を同定したことである。
方法
対象リクルート
【０２６８】
AMD、白内障（Cat）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・原田
症候群（VKH）および眼内炎（EOS）の患者は、中山眼科中心（Zhongshan Ophthalmic Cen
ter）（広州市、中国）ならびに天津医科大学眼科病院（Tianjin Medical University Ey
e Hospital）（天津市、中国）で、2014年9月から2018年8月の期間にリクルートした。こ
れら13コホート（患者1,162例）の基本的な人口統計学的情報を、表1に示す。死後の眼は
中国、広東省の広東アイバンク（Guangdong Eye Bank）で得た（コホート# 3）（表1）。
今回の研究はヘルシンキ宣言を遵守し、中山大学中山眼科中心  （プロトコル #  2014ME
KY024、# 2014MEKY032, および # 2016KYPJ031)、天津医科大学眼科病院 （プロトコル #
2016KY-14)、および国立衛生研究所の国立眼科研究所 （プロトコル # 92-EI-0113) の
治験審査委員会の承認を受けた。参加に先立って、すべての被験者から書面によるインフ
ォームド コンセントの提出を受けた。
表1
2021507721.tif 000003
ネガティブ染色透過型顕微鏡による観察
【０２６９】
50μlの新鮮な房水（AH）検体または培養したAHサンプルを、14,000 rpmで20分間遠心分
離した。上清を除去し、残った液体5 μlをカーボンフィルム付き銅製グリッドにロード
した。次にサンプルをロードしたグリッドを2 μlのリンタングステン酸（3 %）で1分間
染色したら、直ちにグリッドをJEM2010電子顕微鏡（JEOL Ltd、日本）で検鏡した。画像
は2k x 2k 895 CCDカメラ（Gatan、米国カリフォルニア州）で撮影した。試薬およびグリ
ッドは、すべて殺菌した。ネガティブコントロールにはAHサンプルを全く含まない水を用
い、ネガティブコントロールでは広範囲に検鏡したが、細菌は全く検出されなかった。
メタゲノムシーケンス分析およびデータ分析
【０２７０】
各サンプルから合計100 ngのDNAを、Bioruptor（Diagenode、ベルギ
ー）を用い超音波破砕で300 〜 400 bpの断片とし、Illumina（Vazyme、中国）のVAHTA N
ano DNA Library Prep Kitを用いて、製造者が提供した標準プロトコルに従ってシーケン
シング用ライブラリー作製を行なった。DNAライブラリーは、HiSeq PE Cluster Kit v4 
および HiSeq SBS V4 250 cycle kit （Illumina、米国) を用いてIllumina HiSeq2500シ
ーケンサーで一サンプルあたり1,000万 〜 5,000万リードの深度までシーケンシングし、
CASAVA （v1.8.2) （Illumina) を用いて初期処理を行なった。リードはすべて品質管理
を行ない、非ヒト配列は Kraken （2014年12月 8日現在RefSeq記載の細菌、古細菌、およ
びウイルスの完全ゲノムを含む参照としての作成済み 4 GB データベースを含む)を用い
て微生物集団構成に関する分析を行ない、さらにHUMAnN2 を用いて機能分析も行なった（
パラグラフ ［0287］ 〜 ［0307］も参照）。
マカクにおける網膜下細菌感染の分析
【０２７１】
マカクをチレタミン塩酸塩（2.5 mg/kg) およびゾラゼパム塩酸塩（2.5 mg/kg) で鎮静し
た。局所麻酔（0.5 % プロパラカイン塩酸塩) を注入した後、直ちに光学顕微鏡を用いて
眼をin vivoで観察できるようにした。その後、眼底写真を撮るため0.5 %トロピカミドお
よび0.5 %フェニレフリンで瞳孔を散大させた。次に、35ゲージの前眼房カニューレを強
膜切開部から挿入し、硝子体に刺入した。顕微鏡でモニタリングしながら、顕微注射用の
NanoFil注射器NanoFil-100（World Precision Instruments、米国）を用いて、20lのPBS
（細菌含有または非含有のもの）を光受容体・RPE間の網膜下スペースに注入した。すべ
ての手順におき、滅菌済みの器具を用いた。マカクは眼内接種から47日後に安楽死させ、
組織便咳のために眼球を除去した。眼球は4 % パラホルムアルデヒドで48時間固定した後
パラフィン包埋した。ミクロトームで6 μmの切片を作成し、H & Eで染色した。
結果
眼内環境は無菌ではないことの確認
【０２７２】
本発明に関する予備的研究では、眼内炎9などの主要な病原体であるアクネ菌（P. acnes)
（DNAおよびRNAの双方）が、炎症を起こしていないヒトの眼内で観察できた。当該所見は
、正常な眼の眼内環境は無菌のはずだという従来の考え方と矛盾する。そのため、白内障
手術は受けるが眼内炎症および感染は活動性のものでないかまたはそれらの既往歴もない
眼から、1,000点のAH 検体を採集した （全患者の人口統計学的特徴のサマリーは、表1の
コホート１に記載) 。驚いたことに、リアルタイムPCRアッセイに基づくと、Propionibac
terium spp. の16S rRNA発現を71.4 % の眼で、またアクネ菌 特異遺伝子であるPPA_RS04
200のRNA発現を全眼数63.9 % 中で検出した（図 1a、 7a、および 7b)。ただし、眼内ア
クネ菌  のロード量は年齢に関連していなかった（図 8)。ヒト皮膚の常在細菌、および
白内障手術後の眼内炎に関予する日和見的病原体10が、白内障手術の前後に眼の炎症がな
かった患者の眼の大部分で検出されたことは、予想外であった。
【０２７３】
本発明に係る研究において眼内でアクネ菌 が同定されたことで、他の微生物も正常な眼
内に生息し得るのかという疑問が生じた。 その結果、イメージングフローサイトメトリ
ー技術を用いて、白内障患者から採取した房水の単一細胞解析を行なった。丸いビーズを
スパイクインすることで、AH中に直径2 μm（ビーズの大きさ）未満の微生物が多数確認
できた（図9a）。興味深いことに、生きたヒト細胞（DAPI陽性）（図9b）、球形・桿形微
生物（DAPI陽性）（図9c）、およびビーズ（図9d）のすべてが、粒子の画像上で観察でき
た。39例の白内障患者から採取した43件のAHおよび試験を行なった死後眼球4個のすべて
において、微生物細胞の染色が類似していることを確認した。
【０２７４】
眼内液中の細菌を直接視覚化するため、AH標本をネガティブ染色透過型顕微鏡で検鏡した
ところ、ポジティブコントロールとして、桿菌である培養済みアクネ菌 を視覚化するこ
とができた。AH標本を含まないネガティブコントロールでは、同一のネガティブ染色プロ
トコルを用いても細菌は見られなかった。（図1b）。興味深いことに、複数の球菌および
桿菌がAHサンプル中にみられた（図1cおよび9e）。  細菌数種においては、芽胞が明瞭で
あった。これらのデータは、白内障患者で複数タイプの眼内細菌が存在することを示すも
のである。
【０２７５】
顕微鏡を用いて眼内細菌を発見することができれば、それらを培養する
ことができると考えた。従い、AHサンプルから得られた細菌を培養する複数の試みを行な
った。 寒天ベースの培地5種類にさまざまな栄養成分を添加したものを用いたところ、白
内障患者のAHサンプルでは培養陽性となるものがなかった（図10a）が、液体クックドミ
ート培地を用いた培養（図10b）では細菌が陽性となり、標準的な光学顕微鏡を用いて視
覚化することができた（図2aおよび2b）。 平均して、各眼から得たAH 0.2 mlあたり細菌
は最高2,700 CFU（コロニー形成単位）まで確認でき、32眼中30眼（93 %）が細菌陽性で
あった（図2c）。これらのAHサンプルから培養した細菌に関しては、ネガティブ染色透過
型顕微鏡観察も行なった。球菌と桿菌のいずれも確認できた（図2dおよび2e）。これらの
データにより、複数タイプの眼内細菌の存在が確認できた。
ヒトおよび動物の眼内腔部に生息する特有の生きた微生物相
【０２７６】
眼内細菌の同定および視覚化を行なったところで、正常眼の内部に微生物相が生息してい
るのかどうかという疑問が生じた。AHにおける眼内微生物集団の構成を同定するため、白
内障手術を受ける患者20例から、AH、結膜、血しょう、および眼瞼の皮膚を採取した（表
1はコホート2にリストしている全患者の人口統計学的特徴を示している) 。これらの標本
のメタゲノムのプロファイリングには、高スループット シーケンシング技術を用いた。
全組織の検体において、ヒトのリードが多数検出された （図 3a) が、AHサンプル中の相
対的ヒトリード量（最高28 %）は、他の3組織より有意に低かった （図 3a)。AHサンプル
で検出した微生物遺伝子の平均数（図3b）、およびAHにおける微生物集団のα多様性（シ
ャノン指数により検出）（図11）は、他の3組織より有意に高かった。4組織から得られた
微生物相における代謝経路の教師なし階層的クラスタリングでは、区別のつかない他の組
織（図3c）とは異なる、AHサンプルで多く存在する特有代謝パターンが観察できた（表2
）。集団（細菌、真菌、およびウイルスを含む）の類似度の主座標分析（PCoA) では、AH
の微生物相が他の3組織とは異なることが示された（図3dおよび12a - c）。微生物の主要
界はすべての組織において細菌であったが、真菌およびウイルスの相対的存在量は4組織
間で異なっていた（図13a）。大部分の白内障患者の眼でPropionibacterium spp. 転写の
RNAが検出された（図1a）ことに加え、メタゲノムデータでは、個々のAHサンプルのアク
ネ菌 の配列リードが、この生物のゲノム全長に相当していることも示された（図13b）。
表 2
2021507721.tif 000004
【０２７７】
重要なことは、本発明に関する研究において、ブランク（AHを含まない）、洗浄液、麻酔
剤、消毒剤、NaCl溶液、および散瞳薬のサンプルのネガティブコントロールでDNAが検出
されず、これらのネガティブコントロールのメタゲノム シーケンシングに高質リードが
ほとんどみられなかったことである（ 結果の補遺および図14a 〜 14b参照)。これらのデ
ータは、AHで検出された微生物相がサンプリング過程での結膜、血液、あるいは皮膚から
の汚染ではないことを示唆する。その代わりに、これは特有の生物集団を示しているので
ある。重要なのは、メタゲノムシーケンス分析でプロファイリングされた眼内微生物相は
、ラット、ウサギ、ブタ、およびマカクなど当研究で検査した全動物に生息していたこと
である（一種につき5眼）（ ［0308］ 〜 ［0310］も参照)。
眼内微生物相により異なる眼疾患の発現
【０２７８】
本検査を行なったヒトの眼にはすべて眼内微生物相が存在していたため、次に、疾患特異
的な眼内微生物相により異なる眼科疾患が発現するか否かを調査した。白内障41例、AMD 
20例、緑内障9例、BD 9例、VKH 9例、およびEOS 8例の患者から得た房水サンプルのメタ
ゲノムシーケンス分析を行なった（表1にコホート4 〜 9の全患者の人口統計的特徴を示
した)。興味深いことに、全患者が眼内微生物相の主要な構成要素である細菌を有してい
た（図16a - 16c）ものの、眼内微生物集団のα多様性および均等度は、これら6タイプの
患者間で有意に異なっていた（図4a）。眼内微生物相の構成に関するPCoA（すべての微生
物種を用いる）は、白内障、EOS、および数例の緑内障患者において明確な差異を示した
。ただし、AMD、VKH、BD、および数例の緑内障患者においては、最初の2第一および第二
主座標の試験においては、眼内微生物相の特徴が識別できるものではなかった（図  4b 
および17a 〜 17e)。 重要なのは、全患者の眼内微生物集団が、検体を含まないネガティ
ブコントロールのすべてのシーケンシング実験と、有意に異なっていたことである（図 1
8)。同様に、すべてのメタゲノムから得られた機能的微生物遺伝子の存在量の階層的クラ
スタ分析を行ない、それぞれの眼科的症状発現は微生物機能の一般的シグネチャをもって
いることが明らかになったが、各疾患に、他疾患クラスタに含めることができるような逸
脱例も見られた（図 19a)。眼内ミクロビオームが有意な個別性示しているにもかかわら
ず （図 19b)、当研究では、試験を行なった各眼疾患グループのシグネチャとなる細菌種
を同定することができた（図 20)。以上の結果は、眼内微生物相の構成および機能により
、AMD、白内障、緑内障、BD、VKH、およびEOSのような異なる眼疾患が発現する可能性を
示唆したものである。
AMD患者の軟性ドルーゼンにおける、バチルス・メガテリウム の濃縮
【０２７９】
本発明に関するメタゲノム分析では、AMD患者のAHで存在量が濃縮している14種の細菌を
同定することができた（図 20 および 表 3)。 アクネ菌 がAMD患者のAHで最も多く存在
する微生物であった（図 4c) が、 AMD AH検体では、14種のAMD特異種のうちバチルス・
リケニフォルミス（B. リケニフォルミス)  およびバチルス・メガテリウム（B. メガテ
リウム) （図 4c) が最も濃縮した種であった（表 3)。さらに、AMD患者の眼の資料スラ
イド6枚から得た非ドルーゼン網膜組織と比較して、14種のAMD特異的細菌が硬性および軟
性ドルーゼンの組織中で検出されるか否かを調べるため、PCR分析を行なった（図 21a 〜
21h) が、そこで最も多く存在する種はアクネ菌であり（図 21a) 、 また、軟性ドルー
ゼンで濃縮した唯一の種がB. メガテリウムであることを確認した（図 21b)。興味深いこ
とに、アクネ菌 の相対量は、非ドルーゼン・非病変網膜組織と比較して、硬性ドルーゼ
ン、軟性ドルーゼン、およびドライ型AMD病変組織において同程度であった（図 4d)。 B.
メガテリウムの相対量は、非ドルーゼン・非病変組織と比較して、軟性ドルーゼンでは
最大18倍の増加となっていた（図 4d)。これらのデータは、 ドルーゼン形成およびAMDの
病因において B. メガテリウムがある役割を果たしている可能性を示唆したものである。
表 3
2021507721.tif 000005
バチルス・メガテリウムによる、in vivoの補体活性化、RPE細胞のピロトーシス、および
眼内炎症の誘発
【０２８０】
次に、B. リケニフォルミスおよび B. メガテリウムがin vivoで炎症を誘発することがで
きるか否かを確認するため、眼の解剖学および眼内環境がヒトとマカクで共通しているこ
とを考慮して、非ヒト霊長類のマカク（カニクイザル) をモデル系として選んで試験を行
なった。図 5aに示すように、生きたアクネ菌、B. リケニフォルミスによる眼内感染のい
ずれからも、顕著な眼内炎症は誘発されなかった。アクネ菌 または B. リケニフォルミ
スの超音波処理で破砕した不活性化タンパク質を注入した場合も、いずれも顕著な炎症を
誘発しなかった。逆に、生きたB. メガテリウムの眼内感染は重度の眼内炎症を引き起こ
すが、そのタンパク質では炎症を引き起こすことがなかった（図 5b)。  生きた B. メガ
テリウム によって誘発される眼内炎症の特徴は、TNFAおよびIL6の上昇であったが、IFNG
、IL17Aはいずれも発現しなかった（図 23a 〜 23d)。重要なのは、C5AおよびCFHなどの
補体系を活性化し（図 5c および 23e 〜 23f)、またin vivoでピロトーシスに関与する
サイトカインであるIL-1βおよびIL-18を誘導できたのは生きた B. メガテリウムのみで
あった（図 5c)。炎症が始まった後も、細菌は眼内で生存しており（図 23g 〜 23h)、こ
れは、眼内炎症が自然状態で長期間生存する可能性があることを示唆するものである。以
上のデータから、B. メガテリウムの硝子体内感染により、in vivoで補体系の活性化およ
び眼内炎症の誘発が起こる可能性のあることが明らかになった。
バチルス・メガテリウムによる、マカクのドルーゼン病変の誘発
【０２８１】
B. メガテリウム がAMDの原因であるとした場合、コッホの原則が満たされていなければ
ならない。上記の結果は、AHおよび網膜組織の双方に B. メガテリウムが存在していたこ
とを示している（図 4c、4d、21b、および 表 3)。 当実験では、AMD患者から再度AHおよ
び硝子体液（VH）検体採取し、非培養・培養サンプルの双方でB. メガテリウム DNAを検
出することができた（図 6a 〜 6c)。次に、B. メガテリウムを含むAHおよびVH、ならび
に培養したB. メガテリウム単一種を網膜下に眼内接種した場合、マカクでAMD様の病理に
つながるか否かを確認するため試験を行なった（図 24a 〜 24b)。AH、VH、および培養し
たB. メガテリウム単一種から得た約 20 CFU の細菌（20 μl PBS中) を網膜下に注入し
、またコントロールとしてPBSを用いた（図24bに示した)。マカクの眼の眼底検査は、細
菌の眼内接種前（0日目）および細菌接種後1日目、3日目、35日目（データ省略）、およ
び47日目に行なった（図 6d)。PBS注入の場合は網膜上に視認できる程度の傷が残っただ
けであったが、細菌眼内接種の場合は、すべての細菌について網膜組織のドルゼノイド病
変が見られた（図 6d)。RPE層の下にはドルーゼン様結節も見られた（図 25)。in situ蛍
光ハイブリダイゼーションにおいても、眼内接種後のドルゼノイド内にB. メガテリウム
が確認できたが、接種後の正常組織にはなかった（図 6e)。マカクにおいてはまた、感染
していない正常網膜組織と比較して、B. メガテリウム感染ドルゼノイド病変および病変
部近傍組織におけるC5A、CFH、CASPASE1、ならびにNLRP3タンパク質の発現が上昇したこ
とも確認できた（図 6f)。以上のデータは、in vivoで  B. メガテリウム の感染により
補体系の活性化およびドルゼノイド病理の誘発が起こる可能性があることを示すものであ
る。
考察
眼内微生物相の存在および眼疾患との関連性
【０２８２】
過去10年間に、ヒトの健康および疾患に関与する微生物相の多様性ならびにその機能が、
ハイスループット シーケンシング技術およびマクロビオティック・メタゲノミック分析1
1によって幅広く研究されてきた。生理学的および病理学的な状態下での眼の局所的微生
物相に関しては、その特徴の大部分は未だに解明されていない12, 13。眼内腔部は生理学
的状態では完全に無菌であるという説により、多くの研究者が体外由来の生物はすべて外
因性かつ病原性であると想定してきた。ただし、本発明の開示では、症状あるいは感染が
なく正常で健康な眼であっても、他の体の部位や組織とは異なり、その構成および機能が
多様でありかつ個別化された微生物相があることを示している。興味深いことに、アクネ
菌は大部分のヒトの眼に生育しており、眼内感染の上昇を有意に誘発するわけではないと
いう事実から、正常な微生物相は局所眼内環境のホメオスタシスを維持するために重要な
はたらきをしているという合理的な仮説が浮かび上がった。同様に、局所の微生物集団の
ディスバイオシスは、多くの感染性、炎症性、腫瘍性および変性性の眼疾患の病因となる
ことがある。加えて、アクネ菌のような培養陽性の微生物相が眼内炎症の主原因であると
考えた場合、これらの微生物相が眼内の片利共生性フローラの一部である可能性があり、
一方で実際の病原体が想定できず見逃していたことから、再検討を要する。外科的処置ま
た抗VEGF剤の硝子体内注入のような眼内処置も、その多くにより、宿主の免疫系に対して
病原性の眼内微生物相の暴露を誘発している可能性がある。そのため、将来の研究では、
眼内微生物相と眼の健康の完全性との関係を明らかにすることが求められている。
AMDの感染性病因
【０２８３】
遺伝学的研究により、AMDの病因に関与するさまざまな因子が同定された。これらすべて
の因子は、補体カスケード活性化および免疫反応の制御がAMD発症ならびに進行の重要な
要因であることを示唆するものである。ただし、AMD病理学（特にドルーゼンがどのよう
に形成されるか）のイニシエーター、また補体とAMD病理学間の決定的な関連性は明らか
になっていない。
【０２８４】
本発明の開示は、PRE・ブルッフ膜間に形成されるさまざまなドルーゼンは、B. メガテリ
ウムなどの細菌が局所補体媒介性の免疫反応を活性化するという我々の発見により説明で
きることを示したものである。C1Qおよび免疫グロブリンのような、ドルーゼン中の補体
成分などの主なタンパク質は、すべて抗感染物質14として最前線に位置するものである。
アミロイドやAβ タンパク質15, 16、ビトロネクチン17、アポリポタンパク質 E18などの
他ドルーゼンタンパク質はすべて抗感染物質であることが、近年証明されている。そのた
め、ドルーゼンの形成が、加齢の進んだ網膜で、侵入した細菌性病原体の制御において重
要な反応である可能性が非常に高い。細菌の種類が多様であるために、ドルーゼンの形も
大きさも多様であることがある19。硬性ドルーゼンの症例では、感染が解消されればドル
ーゼンは消失する。ただし、B. メガテリウムのような特定の病原体は、軟性ドルーゼン
での長期にわたる免疫反応活性化を誘発し、RPE細胞および光受容体に損傷をもたらす。
マクロファージ炎症の活性化およびRPE細胞のピロトーシスは、局所炎症に対する保護反
応であり、これは、NLRP3がインフラマソーム活性化に関与し、ならびにIL-18産生により
網膜が血管新生20から保護されているという先行知見と一致する(図26)。
【０２８５】
AMDの感染病因は、すべての遺伝学的研究で得られた結論とも一致する。例えば、補体活
性化の抑制因子でありB. メガテリウム感染により誘導されるCFHに損傷などが生じると、
補体活性化に制御不能21が生じる。免疫抑制サイトカインTGF-βの活性型を産生するプロ
テアーゼであるHTRA1に損傷などが生じると、局所のTGF-βファミリータンパク質22が減
少する。これらの遺伝子変異はいずれも、RPE細胞および光受容体に損傷を与える局所の
抗感染反応の抑制障害につながる場合がある。さらに、ドルーゼン中の病原微生物相潜在
的な差異から、異なる民族集団23（白人対アジア人など）とさまざまな遺伝的リスク因子
の関連を説明できる可能性がある。従って、本研究のデータに基づいて、AMDの感染病因
のメカニズムから、高齢者における初期のAMD病理が開始できる可能性がある。要約する
と、本発明の開示では、AMDの診断、治療、および予防の新規ターゲットを規定している
。
参考文献一覧 1
【０２８６】
参考文献は以下の通りである。
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方法
患者からの房水サンプル採取
【０２８７】
局所抗微生物薬として0.5 % レボフロキサシン点眼薬（クラビット、参天製薬株式会社、
日本）を、白内障手術の少なくとも3日前から1日4回両眼に投与した。手術当日、患者は0
.9 % 塩化ナトリウム水溶液による結膜嚢洗浄を少なくとも2回受け、合成トロピカミドに
よる散瞳を受けた。消毒およびドレーピングを行なった後、術眼に5 % ポピドンヨードを
30秒間点眼した。その後結膜嚢をトブラマイシン溶液で洗浄した。0.5 % アルカインで局
所麻酔を行ない（少なくとも3回）、1.5 mmのスタブナイフ（Alcon、米国）を用いて、角
膜輪部の2時の位置で予備的切開を行なう。他の手順を始める前に、予備的切開部から1 m
lの滅菌済みシリンジで房水を採取する。採取後直ちに、房水サンプルを滅菌済みエッペ
ンドルフチューブに移し、DNA抽出まで - 80°Cで保存する。0.9 % 塩化ナトリウム水溶
液（100 l）も別の滅菌済み注射器からエッペンドルフチューブに移し、これをブランク
コントロールとする。
ヒトおよび動物の死後眼からの房水サンプル採取
【０２８８】
死後のドナー（無関係の事故により死亡したドナーまたは疾患がなく遺
伝子操作を受けていない実験動物）眼球を5% PVIおよびトブラマイシン溶液で殺菌し、細
胞培養フード内で滅菌した0.9 % 塩化ナトリウム水溶液を用いて3回洗浄した。房水を1 m
lの滅菌済み注射器を用いて採取した。
血しょうサンプルの採取
【０２８９】
約5 mlの末梢静脈血をEDTA-抗凝血バキュテイナ採血管に採血し、その後2,000 rpmで10分
間遠心分離を行なった。上清を集め、分析まで - 80°Cで保存した。
結膜サンプルの採取
【０２９０】
下球結膜の結膜インプレッションサイトロジー サンプルは、以下のプロトコルに従って
採取した。 1) 1 - 2滴のアルカイン点眼薬（Alcon、米国) で眼を局所麻酔し、数分間目
を閉じたままにする、2) 使い捨て用ピンセットを用いて、MF膜フィルター（Millipore、
REF:HAWP01300、0.45 μm) を、膜の端を下側涙液メニスカスから離して下球結膜の上に
かけ、10 〜 15秒間そっと押さえる、 3) 膜を除き、それを直ちに、MasterPure Complet
e DNA およびRNA生成キット（Epicentre、英国) の一部分である1 μlのプロテインキナ
ーゼKを含む細胞および組織溶解液300 μlを入れた滅菌エッペンドルフチューブ内で - 8
0°Cにて保存する、 および4) 各試験眼にネオマイシン硫酸塩点眼薬（Alcon、米国）を
滴下する
眼瞼皮膚サンプルの採取
【０２９１】
顔面皮膚の検体は、下瞼の皮膚を滅菌MF膜フィルター（Millipore, REF:HAWP01300、0.45
μm) で削剥して採取した。サンプルは300 μlの溶解液（Epicentre、英国) を入れた滅
菌エッペンドルフチューブに挿入した。
眼内細菌の培養
【０２９２】
クックドミート培地（抗生物質非含有、5 g/L Lab-Lemco粉末 、30 g/L ペプトン、 5 g/
L 酵母エキス、 5 g/L NaH2PO4、3 g/L グルコース、および 2 g/L 可溶性デンプン) はH
uankai Microbial Inc.（広州市、中国) より購入した。15 mlガラスチューブ （Drtech 
Inc.、広州市、中国より購入) 内で、6 mlクックドミート培地、滅菌牛肉顆粒、および1.
5 ml液体パラフィンワックス（Huankai Microbial Inc.、広州市、中国より購入）を上に
置いてそれぞれの培養を作製した。チューブはすべてHEV-II のオートクレーブ（株式会
社平山製作所、日本) を用い、121°Cで30分間滅菌した。房水または硝子体液のサンプル
は、滅菌済み細胞培養フード内で上記チューブに注入し、封印して、ZQTY-70F インキュ
ベーター（Zhichu Instrument Co.、上海市、中国）に入れ37°Cで72時間振とう（200 rp
m) を行なった。房水サンプルを含まず培地のみを入れてワックスで封印したチューブを
、培養プロトコルに従って処理し、ネガティブコントロールとした。その後、すべての培
養物をグラム染色し、顕微鏡で観察した。
【０２９３】
さらに、Huankai Microbial Inc. （広州市、中国) より購入した以下の寒天培地を、121
°Cで30分間滅菌して、 HettCube 200 インキュベーター（ドイツ）内で房水サンプルを3
7°Cで5日間培養した。
ブレイン・ハート  インフージョン寒天培地（BHI Agar)、pH 7.2: 12.5 g/L ブレイン・
インフージョン固形物、 5 g/L ビーフハート インフージョン固形物、 10 g/Lプロテオ
ース ペプトン、 2 g/L グルコース、 5g/L NaCl, 2.5 g/L Na2HPO4 、および15g/L 寒天
。
ソイビーン・カゼイン ダイジェスト寒天培地 （TSA Agar)、 pH 7.2: 15 g/Lトリプトン
、 5 g/L ソイトン、 5 g/L NaCl、 および15 g/L 寒天。
ニュートリエント寒天培地1 （N1 Agar)、 pH 7.2: 1 g/L Lab-Lemco粉末、 2 g/L 酵母
エキス、 5 g/L ペプトン、 5 g/L NaCl、および15 g/L 寒天。
ニュートリエント寒天培地 2 （N2 Agar)、 pH 7.2: 10g/L ビーフエキス、 10 g/L トリ
プトン、 5 g/L NaCl、 3 g/L 酵母エキス、 3 g/LCH3COONa、1 g/L 可溶性デンプン、 0
.5 g/L L-システイン塩酸塩、 および15 g/L 寒天。
ニュートリエント寒天培地 3 （N3 Agar)、 pH 7.2: 10 g/L ペプトン、 3 g/L ビーフエ
キス、 5 g/L NaCl、 および15 g/L 寒天。
房水、血しょう、結膜および皮膚標本からのDNA抽出
【０２９４】
DNA 抽出は、DNA および RNA 精製キット （Epicentre、英国) を用い製造者のプロトコ
ルに従って行なった。簡潔に説明すると、溶解した検体は10分間激しくボルテックスし、
その後65°Cで15分間インキュベートした。RNAは 5 μgの RNアーゼで除去し、DNAは MPC
タンパク質沈殿用試薬とイソプロパノール-エタノール沈殿法によって抽出した。
グラム染色
【０２９５】
房水は、4°C、14,000 rpm で 30 分間遠心分離し、集めた沈殿物をサイトスピン（Therm
o Scientific、米国）を用いて細胞遠心を行なった。グラム染色は、製造者の使用説明書
に従って行なった。グラム染色の手順は5回繰り返して行なった。
メタゲノムデータ分析
【０２９６】
リードシーケンシングの前処理   すべてのリードは、まずクオリティコントロールのた
めにFastQCで評価した。すべての細菌リードにおいて配列正確性の一貫性を維持するため
、まずPrinSeq （v0.20.4) を用いてすべてのリードを75 bpにトリムしたが、その結果、
当試験のサンプルセットは最高スコアのQ30を得た。 各サンプルのペアエンドリードは、
合計して1個のサンプルファイルとし、シングルエンドリードとして扱った。低クオリテ
ィリード、複製リード、および潜在的アダプター配列は、Fastx ツールキット（v0.0.12)
を用いて除去した。10 % 以上の多義性塩基をもつリードは、 PrinSeq （v0.20.4) を用
いて取り除いた。その後さらに、 HiSAT2 （v2.0.1)、BMTagger、およびDeconSeq を用い
て分析を行ない、ヒトのリードを除去して、純度の高い非ヒト配列を得た。
【０２９７】
配列分析    非ヒト配列は、まずKrakenプログラム4を用い、予め構築した4GBのデータベ
ース（2014年12月8日版ReSeqの完全な細菌、古細菌、およびウイルスのゲノムを含む）（
https://ccb.jhu.edu/software/kraken/) を参照として分析を行ない、その後Burrows-Wh
eeler Aligner（BWA0.7.5a) を用いてミスマッチを3として、カスタム作成した真菌ゲノ
ム（68種および75系統を含む、2015 年3月12日に http://fungidb.org/fungidb/ よりダ
ウンロードしたもの）と照らし合わせ、非ヒト配列のマッピングを行なった。各種の相対
的存在量は、各種のマッピング済み総リード数の比として算出し、それらのゲノムサイズ
および各サンプル中のマッピング済み微生物の総リード数で標準化した。集団の多様性（
Shannon指数および均等度) は、サンプルあたり500の微生物配列をカットオフとしてサブ
サンプリングを行ない、Mohurプログラムの記載方法に従って算出した。HMP Unified Met
abolic Analysis Network （HUMAnN2) は、微生物遺伝子とKEGG経路の存在量の分析に用
いた。サンプルまたは1リードあたり500の微生物配列をカットオフとしたサブサンプリン
グを用いた後、Ade4 package in R statistical software （v3.1.1) を用いて、細菌種
または細菌遺伝子の相対的存在量について主成分分析（PCA) を実施した。LDA Effect Si
ze （LefSe) は、サンプルグループの差異を示す種、微生物遺伝子、および機能的経路を
同定する目的で用いた。
ドルーゼンと網膜組織中の細菌検出
【０２９８】
AMDスライド上のドルーゼン・非ドルーゼンおよび病変・非病変に対して、カバーグラス
をかけていないヘマトキシリン・エオシン（HE）染色したガラススライドから手動による
顕微解剖を行なった。総DNAは、AllPrep DNA/RNA FFPE Kit （Qiagen、USA) を用い、製
造者の使用説明書に従って同定した。リアルタイムPCRは、RT2 SYBR Green qPCR Masterm
ix （SABiosciences、米国) および ABI 7500 Real-time PCR System （Life Technologi
es、米国)、または KAPA SYBR FAST Universal qPCR キット（Kapa、米国) および Roche
LightCycler 480 （Roche、米国）を用いて、網膜組織中のすべての細菌の相対的存在量
を検出する目的で実施した。細菌の相対的存在量は、ヒトACTBレベルまで標準化した。
イメージング フローサイトメトリー
【０２９９】
マルチスペクトル イメージング サイトメトリーは、微生物およびヒト細胞の大きさなら
びに形態学を視覚化する目的で用いられた。ジアミド-フェニル-インドール（DAPI) 1 μ
lおよびマイクロビーズ（BD、米国) 1 μlの混合物を房水10 μlに添加し、ImageStreamX
Mark II イメージング フローサイトメーター （Merck、米国) で分析した。
動物実験
【０３００】
動物実験は、すべて実験動物の飼育と管理に関するガイドラインに従って行った。プロト
コルは、中山大学動物実験委員会の承認を受け、視覚・眼科研究会議の実験動物に関する
ガイドラインに準拠した（プロトコル # SYXK2014-0023 and # SYXK2015-0058)。ニュー
ジーランドホワイト種の雄ウサギ（8 〜 12 週齢、体重2.2 〜 2.4 kg) およびラット（6
〜 8 週齢) は、Huadong Xinhua Laboratory Animal Center （広東省、中国) より購入
した。成体マカク雄 （カニクイザル 、3 〜 4歳) は、Blooming-Spring Biotechnology 
Co. Ltd. （広東省、中国) より購入した。
マカクにおける硝子体内細菌感染の分析
【０３０１】
マカクは、チレタミン塩酸塩（2.5 mg/kg) およびゾラゼパム塩酸塩（2.5 mg/kg) 混合物
の筋肉内注射により鎮静した。局所麻酔（0.5 % プロパラカイン塩酸塩) 後、直ちに光学
顕微鏡を用いてin vivoで眼を視覚化した。その後、瞳孔を0.5 % トロピカミドおよび 0.
5 % フェニレフリンで散瞳し、眼底写真を撮影した。表面を5 % PVI溶液で消毒した後、
細菌溶液（1,000 CFU［コロニー形成単位］/50 μl）または超音波処理で不活性化した細
菌タンパク質（1,000 CFUの細菌から抽出）の硝子体内注入を、1 mlの注射器と30ゲージ
の針を用いて行なった。細隙灯検査および眼底検査を、注入後3日以内にすべてのマカク
について行なった。眼内炎の重症度は、既述の基準7に従ってスコア付けした。マカクは
眼内注入から3日後に安楽死させ、両側眼球について組織病理学的、眼内サイトカイン、
および細菌の分析を行なった。 眼球は4 % パラホルムアルデヒドで48時間固定し、パラ
フィンに包埋した。ミクロトームで厚さ5 μmの切片を作成し、ヘマトキシリン・エオシ
ン（H & E）染色を行なった。
細菌株
【０３０２】
アクネ菌  BNCC336649、バチルス・メガテリウム BNCC190686、および バチルス・リケニ
フォルミス BNCC186069 など細菌株は、BeNa Culture Collection （北京、中国)より購
入した。当該細菌株は、すべて製造者が提供したプロトコルに従い、まず寒天培地プレー
ト上で、37°Cで一晩培養した。その後、細菌の培養物をPBSで洗浄し、再懸濁して1 x 10
6 CFU/μl 溶液とし、さらにPBSで希釈して注入液とした。
RNA抽出およびリアルタイムPCR
【０３０３】
総RNAは、MasterPure Complete DNA & RNA Purification Kit （Epicentre、英国）を用
いて、房水100 μlから抽出した。DNAを含まない RNA は、All-In-One Master Mix Kit 
（Kapa、米国)を用いて逆転写を行ない、DNAとした。リアルタイムPCRは、細菌の相対的
存在量を定量する目的でKAPA SYBR FAST Universal qPCR kit （Kapa、米国)を用いて行
ない、ヒトまたはマカクのACTB発現に標準化した。使用したプライマーは、表4に示した
。
表 4
2021507721.tif 000006
エリザ法
【０３０４】
細胞培養物の上清または細菌を注入したマカクの眼から採取した房水標本の、サイトカイ
ンの活性型および補体成分は、製造者の使用説明書に従って、Human IL-1β ELISA キッ
ト（Cat # KT98060)、 Human IL-18 ELISA キット （Cat # KT98065)、 Human C5a ELISA
キット （Cat # KT40003)、 Monkey IL-1β ELISA キット （Cat # KT49531)、 サル IL
-18 ELISA キット （Cat # KT56387)、サルC5a ELISA キット （Cat # KT40004)、および
サル CFH ELISA キット （Cat # KT45321; MSKBIO、 武漢、中国) を用いてインキュベー
トした。
細胞の培養および染色
【０３０５】
ヒトARPE19 細胞 （ATCC、米国) は、 L-グルタミン2.5 mMおよび10% FBSを添加したDMEM
で培養した。バクテリアの添加または無添加で培養した後、PI およびアネキシンV-APC 
（Cat # 88-8007-72、 eBioscience、 USA) を加えてARPE19 細胞を30分間インキュベー
トした。細胞死はMACSQuant Analyzer 10 フローサイトメーター（Miltenyi Biotec、ド
イツ) で測定した。
蛍光in situハイブリダイゼーション
【０３０６】
蛍光in situハイブリダイゼーションは、FISH キット （Bis-QD355、 BersinBio、中国) 
を用いて行なった。ホルマリン固定パラフィン包埋切片は、70°Cで60分間加熱殺菌し、
ジメチルベンゼンでパラフィンを除去し（各5分、3回）、100 % エタノールで洗浄した 
（各5 分、2回)。スーパークリーンベンチ上で風乾後、プロテアーゼKを用い37°Cで15分
間組織を分解し、その後滅菌PBS溶液で5分間洗浄した。次に、切片を78°C変性用溶液中
で順次インキュベートし、その後 - B20°Cの70 %、85 %、100 % エタノールで洗浄した
（溶液あたり5分間）。次に、FAM標識の一般的な細菌16SプローブおよびCy3標識のB. メ
ガテリウム特異プローブ、またはそのいずれかに、42°Cで切片をハイブリダイズした。
ハイブリダイゼーション後、50 % ホルムアミドおよびSSC溶液を用いて、切片を洗浄した
。コントロールにはDAPIを用いた。
統計分析
【０３０７】
Aすべての統計分析は、SPSS ソフトウェア（v17.0) で行なった。データは、特に別の指
示がない限り、平均値 ± 標準誤差で示した。パラメトリック（Student’s）t 検定また
はF検定を用いた。
結果
高スループット シーケンシング実験における試薬および環境汚染コントロール
【０３０８】
高スループット シーケンシング実験における研究上の懸念は、試薬および環境が汚染さ
れる危険性があることであった。そのため、これら研究の全体を通して、ブランク、洗浄
液、麻酔薬、消毒剤、NaCl溶液、および散瞳サンプルなどの、環境ならびに試薬の双方に
おける多数のネガティブコントロールに対して、多大の注意を払った。厳格な房水（AH）
採取処置の後に、8つの別個サンプル（「ブランク」）を採取し、実験室でのサンプル採
取チューブに、AHの代わりに0.9 % 塩化ナトリウム水溶液100 μlを加えた。同様に、洗
浄液、麻酔薬、消毒剤、NaCl溶液、および散瞳サンプルのそれぞれについて2個のコント
ロールを、AH検体のメタゲノムシーケンシング分析用に採取した。組織サンプル80個なら
びに環境および試薬のコントロールはメタゲノムシーケンシング法を用いて分析し、その
中で取り替えができないサンプルの1個において、シーケンシングリードは一切検出でき
なかった。すべてのコントロールサンプル中で、検出可能なDNAはまったく見られなかっ
たが、Qubit（Life、米国）を用いたAHサンプルでは、平均0.13 ng/μl のDNAが検出でき
た（図 14a)。その結果、コントロールサンプル中で過剰増幅したDNAは、ほとんどすべて
低クオリティおよび反復リード、またはそのいずれかとなった（図 14b)。以上のデータ
から、AHサンプルからのコントロールを明確に区別し、またこの検証過程により、AHサン
プルのリードが実際に真のメタゲノム集団に由来することが確認できた。
動物眼における眼内微生物相
【０３０９】
ヒトおよび動物のいずれにおいても、眼内微生物相が見られるか否かかを評価するため、
眼疾患のない新鮮な死後眼（無関係な事故による死亡者、すべての被験者の人口統計学的
データは表1にまとめている）4個、マカク（カニクイザル) の眼5個、ウサギ（カイウサ
ギ) の眼5個、ラット（ドブネズミ) の眼5個、ブタ（イノシシ) の眼5個から、無菌のラ
ミナーフローフード内でAH標本を採取した。これらAHサンプル24個について、メタゲノム
分析を行なった。当実験のデータは、眼疾患が皆無のヒトの眼においても、固有の生きた
微生物相が存在する場合があることを示唆したものである。マカク、ウサギ、およびラッ
トなどの動物は、ヒトと類似した眼内微生物相を有しており、それはブタものとは有意に
異なっていた（図 15)。
Bacillus megaterium によるin vitroでの補体活性化およびRPE細胞のピロトーシス誘発
【０３１０】
先行研究から、ドルーゼンはタンパク質多種に加えてさまざまな補体成分および多糖類を
含んでいることが明らかになった。さらに、ドルーゼンの成分はインフラマソームを活性
化し、IL-1βおよびIL-18の発現を促進する, 。従い、まず B. メガテリウムがin vitro
でARPE細胞による補体系の活性化を誘発し、またIL-1βおよびIL-18の分泌を促進できる
か否かを調べた。 図 22aに示した通り、本実験において、B. メガテリウムにより時間依
存的にRPEのピロトーシスが有意に増加するが、 アクネ菌ではそれが起こらないことを確
認した。補体系の活性化は、C5Aタンパク質の産生によって確認した（図 22b)。興味深い
ことに、いずれの細菌もCFHタンパク質の分泌を誘発したが、B. メガテリウムによるCFH
誘導は、アクネ菌によるものより多かった（図 22b)。ピロトーシスの結果、in vitroで
のB. メガテリウム感染ではRPE細胞による活性IL-1βおよびIL-18の分泌が起こったが、
アクネ菌 ではそれが起こらなかった（図 22b)。以上の結果は、 B. メガテリウム 感染
によりRPE媒介の炎症が生じる場合があることを示したものである。
参考文献一覧 2
【０３１１】
参考文献は以下の通りである。
1. Schmieder R, Edwards R. Quality control and preprocessing of metagenomic data
sets. Bioinformatics 2011;27:863-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btr026. Epub 201
1 Jan 28.
2. Kim D, Langmead B, Salzberg SL. HISAT: a fast spliced aligner with low memory
requirements. Nat Methods 2015;12:357-60. doi: 10.1038/nmeth.3317. Epub 2015 Ma
r 9.
3. Schmieder R, Edwards R. Fast identification and removal of sequence contamina
tion from genomic and metagenomic datasets. PLoS One 2011;6:e17288. doi: 10.1371
/journal.pone.0017288.
4. Wood DE, Salzberg SL. Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification u
sing exact alignments. Genome Biol 2014;15:R46. doi: 10.1186/gb-2014-15-3-r46.
5. Abubucker S, Segata N, Goll J, et al. Metabolic reconstruction for metagenomi
c data and its application to the human microbiome. PLoS Comput Biol 2012;8:e100
2358. doi: 10.1371/journal.pcbi.. Epub 2012 Jun 13.
6. Segata N, Izard J, Waldron L, et al. Metagenomic biomarker discovery and expl
anation. Genome Biol 2011;12:R60. doi: 10.1186/gb-2011-12-6-r60.
7. Peyman GA, Paque JT, Meisels HI, Bennett TO. Postoperative endophthalmitis: a
comparison of methods for treatment and prophlaxis with gentamicin. Ophthalmic 
Surg 1975;6:45-55.
8. Crabb JW, Miyagi M, Gu X, et al. Drusen proteome analysis: an approach to the
etiology of age-related macular degeneration. Proc Natl Acad Sci U S A 2002;99:
14682-7. Epub 2002 Oct 21.
9. Doyle SL, Campbell M, Ozaki E, et al. NLRP3 has a protective role in age-rela
ted macular degeneration through the induction of IL-18 by drusen components. Na
t Med 2012;18:791-8. doi: 10.1038/nm.2717.
10. Wang Y, Hanus JW, Abu-Asab MS, et al. NLRP3 upregulation in retinal pigment 
epithelium in age-related macular degeneration. Int J Mol Sci 2016;17（1).E73. d
oi: 10.3390/ijms17010073.
微生物相増殖の抑制によるAMD治療のための抗生物質試験
試験方法
【０３１２】
抗生物質感受性試験
【０３１３】
ddH2O （pH = 7.2) 1L中にペプトン 5 g、ビーフエキス 3 g、 NaCl 5 g、寒天 15 g、お
よび MnSO4 5 mg を含む細菌培地（HuanKai Microbial、広州市、中国) を、三角フラス
コ（Drtech、広州市、中国) 中で調整し、オートクレーブ （HIRAYAMA HEV-50、日本) を
用い121°Cで30分間滅菌した。さまざまな濃度の抗生物質 （Sigma、米国）より購入した
アンピシリン、バンコマイシン、ネオマイシン、メトロニダゾール、およびテトラサイク
リン) を、冷却した培地に添加した。B. メガテリウム（培養あたりの合計 1*107 ) は、
インキュベーター （HettCube 200、ドイツ) を用い、 37°Cで24時間培養した。
結果
【０３１４】
抗生物質によりin vitroおよびin vivoでバチルス・メガテリウムの増殖を制御できるか
否かを確認するため、ペトリ皿での抗生物質感受性スクリーニングを行なった。バチルス
・メガテリウム のアンピシリン、バンコマイシン、ネオマイシン、メトロニダゾール、
およびテトラサイクリンなどの主要抗生剤に対する感受性は、最小発育阻止濃度（MIC）
法を用いて調べた。図27に示した通り、 バチルス・メガテリウム はネオマイシンに対し
て最も感受性を有し、増殖制御に関するメトロニダゾールの有効性は、バチルス・メガテ
リウム の有効性の1,000分の1であった。
【０３１５】
次に、 バチルス・メガテリウム 網膜下眼内注入モデルを用いて、サルにおいて抗生物質
により網膜組織の細菌誘発性ドルゼノイド病理を変化させることができるか否かについて
試験を行なった。ネオマイシンは、in vitroではバチルス・メガテリウムの制御において
最も高い活性を示したが、サルにネオマイシンの眼内投与を行なった場合、眼球萎縮（デ
ータは省略）などの顕著な眼科的合併症を誘発した。一方、バンコマイシンの眼内投与（
細菌の眼内接種2日後に0.5mgを1回注入）を行なった場合、図28aおよび28cに示した病変
と比較して、網膜組織のドルゼノイド病変のサイズが縮小した（図 28bおよび 28d)。こ
れらのデータは、バンコマイシンにはin vitroおよびin vivoでバチルス・メガテリウム
の増殖を抑制する効果を示したため、加齢黄斑変性の治療に用いることができる可能があ
ることを示唆したものである。
［配列表］
SEQUENCE LISTING
<110>  Zhuhai Qiwei Bio-technology Ltd.
<120>  METHODS AND COMPOSITIONS FOR ASSESSING AND TREATING INTRAOCULAR DISEASES 
AND DISORDERS
<130>  1
<160>  52
<170>  PatentIn version 3.5
<210>  1
<211>  23
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  1
gattggttta ctacccgtga gcg                                               23
<210>  2
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  2
atagcaggga ttccagcgac a                                                 21
<210>  3
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  3
ggttcaatga gcctact                                                      17
<210>  4
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  4
gccagcgtct ttcc                                                         14
<210>  5
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  5
tcccgtcttc atctactgc                                                    19
<210>  6
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  6
ggacgcctac tggacaa                                                      17
<210>  7
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  7
ccgcacaggt tgtccca                                                      17
<210>  8
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  8
ctgctgcgtt gtcgttcc                                                     18
<210>  9
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  9
tggtgcgatg gcgatgtt                                                     18
<210>  10
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  10
ggttgcggca tgtgcttt                                                     18
<210>  11
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  11
gcgttcgtcc gctgtca                                                      17
<210>  12
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  12
ggcaacccgc tagaatccc                                                    19
<210>  13
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  13
tagtggataa tgccgttga                                                    19
<210>  14
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  14
cggtttgcca gaagc                                                        15
<210>  15
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  15
gttacactgc tccgacaa                                                     18
<210>  16
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  16
ttcgcatcag caataa                                                       16
<210>  17
<211>  14
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  17
gctggctcct ttgg                                                         14
<210>  18
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  18
gcattactgc ctggtg                                                       16
<210>  19
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  19
gactccgact tgttt                                                        15
<210>  20
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  20
cattatctgg cgttttagc                                                    19
<210>  21
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  21
gaagcggagt tcaaagg                                                      17
<210>  22
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  22
atggcaaatc accaatca                                                     18
<210>  23
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  23
gaccaggtag ccgtcgttct c                                                 21
<210>  24
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  24
tgctgaccct gaccgacatt c                                                 21
<210>  25
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  25
gaagtgcgtg cgtatagtgt                                                   20
<210>  26
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  26
aaagaacgac caagtgctg                                                    19
<210>  27
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  27
ttgaagtgaa acgtcctc                                                     18
<210>  28
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  28
tgtctcatct aaccacc                                                      17
<210>  29
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  29
tggagcgatt ataccg                                                       16
<210>  30
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  30
gtacccgctt gattga                                                       16
<210>  31
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  31
agcgggaaat cgtgcgtgac                                                   20
<210>  32
<211>  21
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  32
caggcagctc gtagctcttc t                                                 21
<210>  33
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  33
cctgcccttg actttgg                                                      17
<210>  34
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  34
aagccgcgag tccatc                                                       16
<210>  35
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  35
cgggaaatcg tgcgtgac                                                     18
<210>  36
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  36
atcgggcagc tcgtagc                                                      17
<210>  37
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  37
cttactacag cggcaacg                                                     18
<210>  38
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  38
ccatccagag ggcagag                                                      17
<210>  39
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  39
caaggctgat gggaacg                                                      17
<210>  40
<211>  22
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  40
cacggacacc agtatcttct cc                                                22
<210>  41
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  41
gctgctcctg gtgttgc                                                      17
<210>  42
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  42
tgccgtcgag gatgtac                                                      17
<210>  43
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  43
ctccagtggc tgaaccg                                                      17
<210>  44
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  44
tgaagaggac ctgggagtag                                                   20
<210>  45
<211>  17
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  45
gaatgtccaa cgcaaag                                                      17
<210>  46
<211>  19
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  46
ctcgaaacat ctgactcct                                                    19
<210>  47
<211>  15
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  47
cgagatgcgt caaag                                                        15
<210>  48
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  48
cttactggta acagggtc                                                     18
<210>  49
<211>  18
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  49
gcgtagacca tactttcc                                                     18
<210>  50
<211>  16
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  50
gtgaccaccc atcttg                                                       16
<210>  51
<211>  40
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  51
gcatgatgat ttgacgtcat ccccaccttc ctccggtttg                             40
<210>  52
<211>  20
<212>  DNA
<213>  Artificial Sequence
<400>  52
tacgtcctta cggttactcc                                                   20
【図１】
2021507721.tif 000007
【図２】
2021507721.tif 000008
【図３】
2021507721.tif 000009
【図４】
2021507721.tif 000010
【図５】
2021507721.tif 000011
【図６】
2021507721.tif 000012
【図７】
2021507721.tif 000013
【図８】
2021507721.tif 000014
【図９】
2021507721.tif 000015
【図１０】
2021507721.tif 000016
【図１１】
2021507721.tif 000017
【図１２】
2021507721.tif 000018
【図１３】
2021507721.tif 000019
【図１４】
2021507721.tif 000020
【図１５】
2021507721.tif 000021
【図１６】
2021507721.tif 000022
【図１７】
2021507721.tif 000023
【図１８】
2021507721.tif 000024
【図１９】
2021507721.tif 000025
【図２０】
2021507721.tif 000026
【図２１】
2021507721.tif 000027
【図２２】
2021507721.tif 000028
【図２３】
2021507721.tif 000029
【図２４】
2021507721.tif 000030
【図２５】
2021507721.tif 000031
【図２６】
2021507721.tif 000032
【図２７】
2021507721.tif 000033
【図２８】
2021507721.tif 000034
【配列表】
2021507721000001.xml
【手続補正書】
【提出日】令和2年4月25日(2020.4.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の眼内疾患または障害を評価する方法は、対象の眼内スペースもしくは腔部における
微生物の有無および量を評価する方法、またはそのいずれかから成っており、当該眼内疾
患もしくは障害の病因は、当該微生物の当該対象の眼内スペースまたは腔部への感染を含
む。
【請求項２】
請求項1の方法は、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物の有無の評価を含む。
【請求項３】
請求項1の方法は、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物量の評価を含む。
【請求項４】
さらに、請求項1 〜 3の方法はいずれも、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内ス
ペースまたは腔部における感染状態の評価を含む。
【請求項５】
請求項1 〜 4の方法は、いずれにおいても、微生物は細菌、真菌、ウイルス、またはこれ
らの併存である。
【請求項６】
請求項1 〜 5の方法は、いずれも、対象の眼内疾患もしくは障害を評価するための、眼内
スペースまたは腔部における複数の微生物の有無、量、および感染状態の評価、またはそ
のいずれかから成る。
【請求項７】
請求項1 〜 5の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害を評価する、眼内スペース
または腔部における微生物相の評価から成る。
【請求項８】
請求項1 〜 7の方法は、いずれも、イムノアッセイなどの結合アッセイを用いて、眼内ス
ペースまたは腔部における微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、
または微生物相の評価を含む。
【請求項９】
請求項8の方法において、イムノアッセイは、酵素結合免疫吸着法（ELISA）、イムノブロ
ッティング、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、ラテックス凝集、
間接赤血球凝集反応アッセイ（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法アッセイ（IFA）、ネフ
ェロメトリー、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光
アッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、Uキャプチャアッセイ、阻害検定、およびア
ビディティアッセイを含むグループから選択したものである。
【請求項１０】
請求項1 〜 7の方法は、いずれも、分子アッセイを用いて、眼内スペースまたは腔部にお
ける微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、または微生物相の評価
を含む。
【請求項１１】
請求項10の方法は、分子アッセイにおいて、微生物のポリヌクレオチドの分離、増幅、ラ
イゲーション、ハイブリッド形成、およびシーケンシング、またはそのいずれかから成る
手順を用いたものである。
【請求項１２】
請求項11の方法は、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)、鎖置換増幅 (SDA)、転写増幅法 (TMA)
、 リガーゼ連鎖反応 (LCR)、核酸配列ベース増幅 (NASBA)、プライマー伸長、ローリン
グサークル増幅 (RCA)、自家持続配列複製法 (3SR)、およびLAMP法 (LAMP) から成るグル
ープから選択した手法を用いて、ポリヌクレオチドを増幅するものである。
【請求項１３】
請求項11の方法は、マクサム・ギルバート シーケンシング、鎖停止法、ショットガン シ
ーケンシング、ブリッジPCT、単一分子リアルタイム シーケンシング、イオン半導体 (イ
オントレント シーケンシング)、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシー
ケンシング (SOLiD シーケンシング)、鎖停止（サンガー シーケンシング)、マッシブリ
ー パラレルシグネチャー シーケンシング (MPSS)、ポロニー シーケンシング、454パイ
ロ シーケンシング、イルミナ (Solexa) シーケンシング、 DNA ナノボール シーケンシ
ング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング、単一分子リアルタイム (SMRT) シーケン
シング、ナノポアDNAシーケンシング、トンネル電流DNAシーケンシング、ハイブリッド形
成によるシーケンシング、質量分析法を用いたシーケンシング、ミクロ流体サンガー シ
ーケンシング、顕微鏡に基づく技術、RNAPシーケンシング、および in vitro ウイルス高
スループット シーケンシングから成るグループから選択したフォーマットを用いて、シ
ーケンシングを行なう方法である。
【請求項１４】
請求項11の方法において、分子アッセイはシーケンス分析およびPCR分析、またはそのい
ずれかを含む。
【請求項１５】
請求項14の方法において、シーケンシング分析は、微生物層メタゲノムシーケンス分析な
どの、メタゲノムシーケンス分析を含む。
【請求項１６】
請求項14の方法において、PCR分析は、微生物層のリアルタイムPCR分析などの、PCR分析
を含む。
【請求項１７】
請求項1 〜 16のいずれの方法においても、眼内スペースまたは腔部は、房水、支持靱帯
（チン小帯）、毛様体および筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、
または虹彩から成る。  
【請求項１８】
請求項1 〜 17の方法は、いずれも、眼内スペースまたは腔部から分離したサンプルを用
いた、微生物の有無、量、および感染状態、あるいはそのいずれか、または微生物相の評
価を含む。
【請求項１９】
請求項18の方法において、サンプルは、対象の房水、支持靱帯（チン小帯）、毛様体およ
び筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、または虹彩から分離したも
のである。
【請求項２０】
請求項1 〜 19の方法のいずれにおいても、対象を哺乳類とする。
【請求項２１】
請求項20の方法においては、対象の哺乳類を非ヒト哺乳類とする。
【請求項２２】
請求項21の方法においては、対象の非ヒト哺乳類を、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、イ
ヌ、ブタ、雌牛、雄牛、ヒツジ、ヤギ、ウマ、サル、または非ヒト霊長類とする。
【請求項２３】
請求項21の方法においては、対象の哺乳類をヒトとする。
【請求項２４】
請求項1 〜 23の方法は、いずれにおいても、評価対象の眼内疾患または障害は、白内障
（Cat）、加齢黄斑変性 (AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・
小柳・原田症候群 (VKH)、または眼内炎 (EOS) とする。
【請求項２５】
請求項24の方法は、対象のCat評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中における、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および
微生物相またはそのいずれかの評価を含む。   Pseudomonas mendocina（シュードモナス
・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウス）、 Alicyc
liphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 Achromobacter
xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobium japonicum
（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコバクテリウム
・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッセンス）、 Pr
evotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium meliloti（アルファル
ファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウス）。
【請求項２６】
請求項24の方法は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価から成る。
Staphylococcus epidermidis（表皮ブドウ球菌）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、
Staphylococcus aureus（黄色ブドウ球菌）、Staphylococcus haemolyticus（スタフィ
ロコッカス・ヘモリチカス）、Pseudomonas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas ma
ltophilia（ステノトロホモナス・マルトフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、
Bacillus megaterium（バチルス・メガテリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバ
チルス・ロイテリ）、 Gardnerella vaginalis（ガードネレラ菌）、Enterococcus faeci
um（フェシウム菌）、Cytophaga hutchinsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、Baci
llus licheniformis（バチルス・リケニフォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ
白葉枯病菌）。
【請求項２７】
請求項26の方法は、対象AMDの評価を目的とした、バチルス・メガテリウム の有無、量、
感染状態および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。
【請求項２８】
請求項27の方法は、対象AMDの評価を目的とした、生きたバチルス・メガテリウム の評価
を含む。
【請求項２９】
請求項26 〜 28の方法は、いずれも、さらに対象AMDの評価を目的とした、眼内スペース
、腔部、およびサンプル中における、補体系の活性化および炎症の誘導、またはそのいず
れかの評価を含む。
【請求項３０】
請求項24の方法は、対象GLAの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価を含む。
Acinetobacter baumannii（アシネトバクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoace
ticus（アシネトバクター・カルコアセティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナ
ス・テストステローニ）、 Mycobacterium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）
、 Bacillus thuringiensis（バチルス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（
シトロバクター・コセリ）、 Dyadobacter fermentants（ディアドバクター・ファーメン
タンス）、 およびSerratia marcescens （霊菌）。
【請求項３１】
請求項24の方法は、対象BDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサン
プル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物相
またはそのいずれかの評価を含む。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモナス・ウィッ
ティチイ）、 Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluorescens（蛍光菌
）、 Ralstonia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus crispatus（
ラクトバチルス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（バークホルデリア・
ムルティウォランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）、 およびMei
othermus silvanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【請求項３２】
請求項24の方法は、対象VKHの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部、またはサ
ンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態および微生物
相またはそのいずれかの評価を含む。
Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtili
s（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 
およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【請求項３３】
請求項26 〜 28の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害の臨床症状の評価を含む
。
【請求項３４】
請求項1 〜 33の方法は、いずれも、対象の眼内疾患または障害のリスク評価、診断、予
後、階層化および治療モニタリング、またはそのいずれかのために用いるものである。
【請求項３５】
請求項1 〜 34の方法は、いずれも、対象の眼内疾患もしくは障害の予防または治療を含
む。
【請求項３６】
請求項35の方法は、さらに、対象の眼内スペース、腔部、またはサンプル中の微生物の有
無、量、感染状態、および微生物相またはそのいずれかの評価に基づいた、対象の眼内疾
患または障害の予防あるいは治療の調整を含む。
【請求項３７】
対象の眼内疾患または障害を評価するキットまたは装置は、対象の眼内スペース、腔部、
もしくはサンプル中の微生物の有無、量、感染状態、および微生物相もしくはそのいずれ
かを評価する試薬を含む。この場合、当該眼内疾患または障害の病因は、当該対象の眼内
スペースあるいは腔部における、当該微生物の感染を含む。
【請求項３８】
請求項37のキットまたは装置において、微生物は、細菌、真菌、ウイルス、またはこれら
の併存であり、また、試薬は当該微生物の有無、量、感染状態、および微生物相またはそ
のいずれかの評価を行なうために使用する。
【請求項３９】
請求項37 もしくは 38のキットまたは装置において、試薬は、対象の眼内スペース、腔部
、またはサンプルにおける、複数の微生物の有無、量、および感染状態またはそのいずれ
かの評価を行なうことを目的とする。
【請求項４０】
請求項37 〜 39のキットまたは装置において、試薬は、イムノアッセイなどの結合アッセ
イで用いる試薬から成る。
【請求項４１】
請求項40のキットまたは装置において、酵素結合免疫吸着法（ELISA）、イムノブロッテ
ィング、免疫沈降法、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、ラテックス凝集、間接
赤血球凝集反応アッセイ（IHA）、補体結合、間接蛍光抗体法アッセイ（IFA）、ネフェロ
メトリー、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッ
セイ、ラテラルフローイムノアッセイ、Uキャプチャアッセイ、阻害検定、およびアビデ
ィティアッセイを含むグループから、イムノアッセイを選択する。
【請求項４２】
請求項37 〜 39のキットまたは装置のいずれにおいても、試薬は、分子アッセイで用いる
試薬を含む。
【請求項４３】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、微生物のポリヌクレオチドの分離、増幅
、ライゲーション、ハイブリッド形成、およびシーケンシング、またはそのいずれかを目
的とした試薬を含む。
【請求項４４】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)、鎖置換増
幅 (SDA)、転写増幅法 (TMA)、 リガーゼ連鎖反応 (LCR)、核酸配列ベース増幅 (NASBA)
、プライマー伸長、ローリングサークル増幅 (RCA)、自家持続配列複製法 (3SR)、および
LAMP法 (LAMP) から成るグループから選択した手法を用いた、ポリヌクレオチド増幅のた
めの試薬を含む。
【請求項４５】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、マクサム・ギルバート シーケンシング
、鎖停止法、ショットガン シーケンシング、ブリッジPCT、単一分子リアルタイム シー
ケンシング、イオン半導体 (イオントレント シーケンシング)、合成によるシーケンシン
グ、ライゲーションによるシーケンシング (SOLiD シーケンシング)、鎖停止（サンガー 
シーケンシング)、マッシブリー パラレルシグネチャー シーケンシング (MPSS)、ポロニ
ー シーケンシング、454パイロ シーケンシング、イルミナ (Solexa) シーケンシング、 
DNA ナノボール シーケンシング、 ヘリスコープ単一分子シーケンシング、単一分子リア
ルタイム (SMRT) シーケンシング、ナノポアDNAシーケンシング、トンネル電流DNAシーケ
ンシング、ハイブリッド形成によるシーケンシング、質量分析法を用いたシーケンシング
、ミクロ流体サンガー シーケンシング、顕微鏡に基づく技術、RNAPシーケンシング、お
よび in vitro ウイルス高スループット シーケンシングから成るグループから選択した
フォーマットを用いて行なう、ポリヌクレオチド シーケンシングのための試薬を含む。
【請求項４６】
請求項42のキットまたは装置において、試薬は、シーケンシング分析およびPCR分析また
はそのいずれかを行なうための試薬を含む。
【請求項４７】
請求項46のキットまたは装置において、試薬は、微生物相のメタゲノムシーケンシング分
析などのメタゲノムシーケンシング分析のための試薬を含む。
【請求項４８】
請求項46のキットまたは装置において、試薬は、微生物相のリアルタイムPCR分析などの
リアルタイムPCR分析のための試薬を含む。
【請求項４９】
請求項37 〜 48のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内スペースまたは腔部からサン
プルを採取するためのツールをさらに含む。
【請求項５０】
請求項49のキットまたは装置において、ツールは、対象の房水、支持靱帯（チン小帯）、
毛様体および筋肉、後眼房の硝子体液、網膜、脈絡膜、視神経、水晶体、または虹彩から
サンプルを採取するために用いる。
【請求項５１】
請求項37-50のキットまたは装置のいずれも、対象における白内障（Cat）、加齢黄斑変性
（AMD）、緑内障（GLA）、ベーチェット病（BD）、フォークト・小柳・原田症候群 (VKH)
または眼内炎 (EOS) を評価するための試薬を含む。
【請求項５２】
請求項51のキットまたは装置は、対象のCat評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかを評価する試薬を含む。Pseudomonas mendocina（シ
ュードモナス・メンドシナ）、 Kytococcus sedentarius（キトコッカス・セデンタリウ
ス）、 Alicycliphilus denitrificans（アリシクリフィラス・デニトリフィカンス）、 
Achromobacter xylosoxidans（アクロモバクター・キシロスオキシダンス）、 Sphingobi
um japonicum（スフィンゴビウム・ジャポニカム）、 Mycobacterium abscessus（マイコ
バクテリウム・アブセサス）、 Arthrobacter aurescens（アルスロバクター・アウレッ
センス）、 Prevotella dentalis（プレボテラ・デンタリス）、 Sinorhizobium melilot
i（アルファルファ根粒菌）、または Acidovorax ebreus （アシドボラックス・エブリウ
ス）。
【請求項５３】
請求項51のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Staphylococcus epidermidis（表皮ブ
ドウ球菌）、Pseudomonas aeruginosa（緑膿菌）、 Staphylococcus aureus（黄色ブドウ
球菌）、Staphylococcus haemolyticus（スタフィロコッカス・ヘモリチカス）、Pseudom
onas putida（プチダ菌）、 Stenotrophomonas maltophilia（ステノトロホモナス・マル
トフィリア）、Bacillus cereus（セレウス菌）、Bacillus megaterium（バチルス・メガ
テリウム）、 Lactobacillus reuteri（ラクトバチルス・ロイテリ）、 Gardnerella vag
inalis（ガードネレラ菌）、Enterococcus faecium（フェシウム菌）、Cytophaga hutchi
nsonii（サイトファガ・ハッチンソニイ）、Bacillus licheniformis（バチルス・リケニ
フォルミス）、またはXanthomonas oryzae（イネ白葉枯病菌）。
【請求項５４】
請求項53のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、バチルス・メガテリウムの有無、量、感染状態および微生物相
またはそのいずれかの評価を含む。
【請求項５５】
請求項54のキットまたは装置は、対象AMDの評価を目的とした、生きた バチルス・メガテ
リウム を評価するための試薬を含む。
【請求項５６】
請求項53 〜 55のキットまたは装置は、さらに、対象AMDの評価を目的とした、眼内スペ
ース、腔部、およびサンプル中における、補体系の活性化および炎症の誘導またはそのい
ずれかの評価を含む。
【請求項５７】
請求項51のキットまたは装置は、対象GLAの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Acinetobacter baumannii（アシネト
バクター・バウマンニ）、 Acinetobacter calcoaceticus（アシネトバクター・カルコア
セティカス）、 Comamonas testosteroni（コマモナス・テストステローニ）、 Mycobact
erium kansasii（マイコバクテリウム・カンサシ）、 Bacillus thuringiensis（バチル
ス・チューリンゲンシス）、 Citrobacter koseri（シトロバクター・コセリ）、 Dyadob
acter fermentants（ディアドバクター・ファーメンタンス）、 およびSerratia marcesc
ens （霊菌）。
【請求項５８】
請求項51のキットまたは装置は、対象BDの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔部
、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態お
よび微生物相またはそのいずれかの評価を含む。Sphingomonas wittichii（スフィンゴモ
ナス・ウィッティチイ）、 Klebsiella pneumoniae（肺炎桿菌）、 Pseudomonas fluores
cens（蛍光菌）、 Ralstonia pickettii（ラルストニア・ピッケティ）、 Lactobacillus
crispatus（ラクトバチルス・クリスパータス）、 Burkholderia multivorans（バーク
ホルデリア・ムルティウォランス）、 Lactobacillus delbrueckii（デルブリュッキ菌）
、 およびMeiothermus silvanus（メイオサーマス・シルバヌス）(D)。
【請求項５９】
請求項51のキットまたは装置は、対象VKHの評価を目的とした、対象の眼内スペース、腔
部、またはサンプル中の、以下の微生物相のうち1種または複数種の有無、量、感染状態
および微生物相またはそのいずれかを評価する試薬を含む。
Escherichia coli（大腸菌）、 Micrococcus luteus（ルテウス菌）、 Bacillus subtili
s（枯草菌）、 Corynebacterium aurimucosum（コリネバクテリウム・ニグリカンス）、 
およびFinegoldia magna（フィネゴルディア・マグナ）。
【請求項６０】
請求項37 〜 59のキットまたは装置は、対象の眼内疾患または障害の臨床症状を評価する
試薬または構造などの手段を含む。
【請求項６１】
請求項37 〜 60のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内疾患または障害のリスク評価
、診断、予後、階層化、および治療モニタリング、またはそのいずれかを目的として設計
したものである。
【請求項６２】
請求項37 〜 61のキットまたは装置のいずれも、さらにコントロール試薬または標準物質
を含む。
【請求項６３】
請求項37 〜 62のキットまたは装置のいずれも、対象の眼内疾患もしくは障害の治療また
は予防を目的とした、薬剤、外科処置用ツール、または埋込可能な装置などの手段をさら
に含む。
【請求項６４】
対象の眼内疾患もしくは障害の治療および予防またはそのいずれかを行なう方法は、当該
治療および予防またはそのいずれかを必要とする対象に対して、対象の眼内スペースもし
くは腔部における当該微生物の感染が、当該眼内疾患または障害の病因となっている微生
物を、その対象の眼内スペースもしくは腔部において殺滅または抑制するために薬剤を有
効量投与することを含む。
【国際調査報告】
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