(57)【要約】抗ＴＲＥＭ２抗体ならびに抗ＴＲＥＭ２抗体を作製及び使用する関連方法が本明細書に提供される。抗ＴＲＥＭ２抗体またはその抗原結合フラグメントを使用する非刺激性骨髄細胞の殺傷、無効化、または枯渇を含む、個体において免疫応答を増強するための及び／または免疫関連状態、例えば、がんの処置のための方法及び組成物も提供される。【選択図】図９Ａ
2021506244.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合し、マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合する、単離ヒト化抗体。
【請求項２】
ａ．配列番号９に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
ｂ．配列番号１０に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、
ｃ．配列番号１１に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、
ｄ．配列番号１２に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、
ｅ．配列番号１３に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、及び
ｆ．配列番号１４に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、
を含む、請求項１に記載の単離ヒト化抗体。
【請求項３】
アフコシル化され、かつ
配列番号１に示されるＶＨ配列；配列番号２に示されるＶＬ配列；及び活性なヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域を含む、
請求項２に記載の単離抗体。
【請求項４】
配列番号７に示される配列の９７位でのＡからＴへの置換；及び配列番号７に示される配列の９８位でのＫからＲへの置換を含むＶＨ配列を含む、請求項２に記載の単離抗体。
【請求項５】
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列を含む、請求項３に記載の単離抗体。
【請求項６】
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列；及び配列番号２、４、または６に示されるＶＬ配列を含む、請求項５に記載の単離抗体。
【請求項７】
配列番号１に示されるＶＨ配列を含む、請求項３に記載の単離抗体。
【請求項８】
配列番号１に示されるＶＨ配列及び配列番号２に示されるＶＬ配列を含む、請求項７に記載の単離抗体。
【請求項９】
３７０１２抗体である、請求項８に記載の単離抗体。
【請求項１０】
配列番号２５に示される重鎖配列及び配列番号２６に示される軽鎖配列を含む、請求項１に記載の単離抗体。
【請求項１１】
ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合する単離抗体であって、
ｉ）マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合し、
ｉｉ）活性なヒトＦｃ領域を含む、
前記単離抗体。
【請求項１２】
ａ．配列番号９に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
ｂ．配列番号１０に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、
ｃ．配列番号１１に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、
ｄ．配列番号１２に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、
ｅ．配列番号１３に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、及び
ｆ．配列番号１４に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、単離ヒト化抗体。
【請求項１３】
配列番号７に示される配列の９７位でのＡからＴへの置換；及び配列番号７に示される配列の９８位でのＫからＲへの置換を含むＶＨ配列を含む、請求項１２に記載の単離抗体。
【請求項１４】
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列を含む、請求項１３に記載の単離抗体。
【請求項１５】
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列；及び配列番号２、４、または６に示されるＶＬ配列を含む、請求項１４に記載の単離抗体。
【請求項１６】
配列番号１に示されるＶＨ配列を含む、請求項１５に記載の単離抗体。
【請求項１７】
配列番号１に示されるＶＨ配列及び配列番号２に示されるＶＬ配列を含む、請求項１６に記載の単離抗体。
【請求項１８】
３７０１２抗体である、請求項１７に記載の単離抗体。
【請求項１９】
配列番号２５に示される重鎖配列及び配列番号２６に示される軽鎖配列を含む、請求項１２に記載の単離抗体。
【請求項２０】
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）アッセイで測定された、約１、２、３、４、または５ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２１】
ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞、任意で非刺激性骨髄細胞、任意で腫瘍内骨髄細胞を特異的に殺傷、枯渇、または無効化することが可能である、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２２】
抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２３】
抗体媒介性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２４】
補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２５】
モノクローナル抗体、中和抗体、アンタゴニスト抗体、アゴニスト抗体、ポリクローナル抗体、ＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ３抗体、アフコシル化抗体、二重特異性抗体、ヒト抗体、キメラ抗体、全長抗体、及びそれらの抗原結合フラグメントのうちの少なくとも１つである、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２６】
モノクローナル抗体である、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２７】
多重特異性である、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２８】
アフコシル化される、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項２９】
その抗原結合フラグメント、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、一本鎖抗体分子、二重可変ドメイン抗体、単一可変ドメイン抗体、線形抗体、またはＶドメイン抗体である、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３０】
前記抗体が足場を含み、任意で前記足場がＦｃ、任意でヒトＦｃである、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３１】
ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭから選択されるクラスの重鎖定常領域を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３２】
前記ＩｇＧクラス、ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４から選択されるサブクラスの重鎖定常領域を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３３】
ＩｇＧ１の重鎖定常領域を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３４】
Ｆｃが１つ以上の修飾を含み、前記１つ以上の修飾が、前記１つ以上の修飾を有さない前記Ｆｃと比較して、半減期の増加、ＡＤＣＣ活性の増加、ＡＤＣＰ活性の増加、またはＣＤＣ活性の増加をもたらす、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３５】
前記Ｆｃが、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃ，ＦｃγＲＩＩＩａ、及びＦｃγＲＩＩＩｂからなる群より選択されるＦｃγ受容体に結合する、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３６】
がんの処置に使用され、前記がんが、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、先行請求項のいずれか１項に記載の単離抗体。
【請求項３７】
ヒトＴＲＥＭ２への結合について先行請求項のいずれか１項に記載の抗体と競合する、単離抗体。
【請求項３８】
先行請求項のいずれか１項に記載の抗体が結合しているヒトＴＲＥＭ２エピトープに結合する、単離抗体。
【請求項３９】
任意でポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットがｃＤＮＡである、先行請求項のいずれか１項に記載の抗体をコードする単離ポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセット、そのＶＨ、そのＶＬ、その軽鎖、その重鎖、またはその抗原結合部分。
【請求項４０】
請求項３９に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ベクターまたはベクターのセット。
【請求項４１】
請求項３９に記載のポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセットまたは請求項４０に記載のベクターもしくはベクターのセットを含む、宿主細胞。
【請求項４２】
抗体の産生方法であって、
請求項４１に記載の宿主細胞で前記抗体を発現させる工程、及び
前記発現された抗体を単離する工程
を含む、前記方法。
【請求項４３】
請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体及び薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項４４】
必要とする対象の疾患または状態を処置または予防する方法であって、有効量の請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体または請求項４３に記載の医薬組成物を前記対象に投与する工程を含む、前記方法。
【請求項４５】
前記疾患または状態が、がんである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記抗体が、ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の細胞外ドメインに結合し、任意で前記骨髄細胞が、腫瘍内である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記抗体が、骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の前記細胞外ドメインに結合し、
前記骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、
前記抗体が、前記非刺激性骨髄細胞を前記抗体と接触させる前の、前記がんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルまで、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して前記非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、
前記非刺激性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞と前記非刺激性骨髄細胞とを含む免疫細胞の集団に存在し、
前記非刺激性骨髄細胞の前記殺傷、無効化、または枯渇が、前記がんを処置する、
請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
前記抗体が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記抗体が、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
前記抗体が、抗体媒介性貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
前記抗体が、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する、請求項４４に記載の方法。
【請求項５２】
前記対象が、ヒトである、請求項４４〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記がんが、固形がんである、請求項４４〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記がんが、液体がんである、請求項４４〜５２のいずれか１項に記載の方法
【請求項５５】
前記がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される、請求項４４〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
前記がんが、結腸がんまたは乳がんである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記接触が、前記対象の免疫応答を増強する、請求項４４〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記増強された免疫応答が、適応免疫応答である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記増強された免疫応答が、自然免疫応答である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記対象が、免疫療法を以前に受けているか、同時に受けるか、またはその後に受けることになる、請求項４４〜５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記免疫療法が、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記免疫療法が、抗ＰＤ１抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
がんを有する対象のＴＲＥＭ２＋骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させる方法であって、
前記骨髄細胞を、請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体または請求項４３に記載の医薬組成物と接触させる工程を含み、
任意で、前記骨髄細胞が腫瘍内である、
前記方法。
【請求項６４】
前記抗体が、ＴＲＥＭ２の前記細胞外ドメインに結合し、
前記骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、
前記抗体が、前記非刺激性骨髄細胞を前記抗体と接触させる前の、前記がんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルまで、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して前記非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、
前記非刺激性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞と前記非刺激性骨髄細胞とを含む免疫細胞の集団に存在し、
前記接触が、前記がんの外側に存在する骨髄細胞及び／または前記がんに存在する刺激性骨髄細胞を、実質的に殺傷、無効化、または枯渇させず、
前記非刺激性骨髄細胞の前記殺傷、無効化、または枯渇が、前記がんへの免疫応答を増強することにより、前記がんを処置する、
請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を殺傷する、請求項６３の記載の方法。
【請求項６６】
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を無効化する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を枯渇させる、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記抗体が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記抗体が、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、請求項６３に記載の方法。
【請求項７０】
前記抗体が、抗体媒介性貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、請求項６３に記載の方法。
【請求項７１】
前記抗体が、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する、請求項６３に記載の方法。
【請求項７２】
前記骨髄細胞が、刺激性骨髄細胞である、請求項６３〜７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７３】
前記骨髄細胞が、非刺激性骨髄細胞である、請求項６３〜７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７４】
前記骨髄細胞が、樹状細胞、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、好中球、または単球の少なくとも１つを含む、請求項６３〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記骨髄細胞が、好中球である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記骨髄細胞が、腫瘍関連マクロファージである、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
前記骨髄細胞が、腫瘍内である、請求項６３〜７６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記骨髄細胞が、刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団である、請求項６３〜７７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記接触が、インビトロまたはインビボである、請求項６３〜７８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８０】
前記接触が、必要とする対象においてインビボで生じ、任意で、前記対象ががんを有する、請求項６３〜７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
前記対象が、ヒトである、請求項３１〜８０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
前記がんが、固形がんである、請求項６３〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
前記がんが、液体がんである、請求項６３〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
前記がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
前記がんが、結腸がんまたは乳がんである、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記接触が、前記対象の免疫応答を増強する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８７】
前記増強された免疫応答が、適応免疫応答である、請求項８０に記載の方法。
【請求項８８】
前記増強された免疫応答が、自然免疫応答である、請求項８０に記載の方法。
【請求項８９】
前記対象が、免疫療法を以前に受けたことがあるか、同時に受けているか、またはその後に受けることになる、請求項８０〜８８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９０】
前記免疫療法が、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記免疫療法が、抗ＰＤ１抗体である、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
疾患または状態を有するかまたは有すると疑われる対象において、ＴＲＥＭ２を検出する方法であって、
（ａ）前記対象由来の試料を受け取る工程、及び
（ｂ）前記試料を請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体と接触させることにより、前記試料中のＴＲＥＭ２の存在またはレベルを検出する工程
を含む、前記方法。
【請求項９３】
前記疾患または状態が、がんである、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
チェックポイント阻害薬を投与する工程をさらに含み、
任意で、前記チェックポイント阻害薬が、前記ＰＤ１：ＰＤＬ１軸の阻害薬であり、任意で、前記阻害薬が抗体であり、任意で、前記抗体が、抗ＰＤ１抗体または抗ＰＤＬ１抗体である、
請求項９２または９３に記載の方法。
【請求項９５】
請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体または請求項４３に記載の医薬組成物及び使用説明書を含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１２月１２日に出願された米国仮特許出願第６２／５９７，８２７号及び２０１８年３月２６日に出願された同第６２／６４８，０８９号の利益を主張し、これらのそれぞれは、あらゆる目的のために全体が本明細書で参照により組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して送信されている配列表を含有し、全体が本明細書で参照により組み込まれる。２０ＸＸ年月ＸＸ日に作成された該ＡＳＣＩＩコピーは、ＸＸＸＸＸＵＳ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔという名称であり、サイズがＸ，ＸＸＸ，ＸＸＸバイトである。
【背景技術】
【０００３】
背景
免疫は腫瘍の増殖を防止する役割を果たす。複雑な微小環境が病変内で発生し得、Ｔ細胞の動員にもかかわらず、多くの場合、発生する腫瘤の効果的な制御はない。腫瘍排除及び腫瘍エスケープ間のバランスの理解は、骨髄細胞が腫瘍の微小環境で果たす異なる役割の理解に依存し得る。
【０００４】
腫瘍微小環境の骨髄集団は、単球及び好中球（骨髄由来抑制細胞として大まかにグループ化される場合がある）、マクロファージ、及び樹状細胞を顕著に含む。腫瘍内骨髄集団は、全体として、非刺激性または抑制性であると長らく考えられているが、さらに最近では、全ての腫瘍浸潤性骨髄細胞が同等なるとは限らないことが認められている。
【０００５】
正常組織では、これらの骨髄細胞の多くは、自然免疫及び獲得免疫の両方が適切に機能するために、特に、傷の修復のために不可欠である。しかし、がんのセッティングでは、かなり過剰なマクロファージならびにこれらの細胞型及び他の細胞型の機能不全の集団または歪んだ集団が一般に説明される。「マクロファージ」浸潤は、ＣＤ６８またはＣＤ１６３などの単一のマーカーにより定義される凝集集団と考えられる時、複数の腫瘍タイプに対する、対象のより悪い転帰と相関する（（ｄｅ  Ｖｉｓｓｅｒ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，２００８；５７：１５３１−９（非特許文献１））；（Ｈａｎａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｕｒｏｌ  ２０００；７：２６３−９（非特許文献２））；（Ｙａｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，５２０，２００１；７：４０２１−６（非特許文献３））；（Ｒｕｆｆｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，５２３  ２０１２；１０９：２７９６−８０１（非特許文献４）））。しかし、腫瘍微小環境のマクロファージの表現型及び機能的サブセッティングは、マクロファージ及び樹状細胞の類似性により複雑化され、腫瘍生物学の問題である。形態学的基準が多くの場合、問題に適用されており、樹状細胞をマクロファージと識別しようとする１つのアプローチは、前者の場合、より突起または樹状突起のモルホロジーに基づき、後者の場合、よりベールまたは球根状のモルホロジーに基づいていた（Ｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  ５５５，１９９９；１９０：１４１７−２６（非特許文献５））。他の群は、遺伝的及び細胞表面マーカーに基づいて識別しようとする。
【０００６】
腫瘍内の抗原提示区画には多様性があり、Ｔ細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の特徴を識別し得る。Ｔ細胞が腫瘍免疫の主要な駆動体であるので、同種ＡＰＣの正確な特徴を理解することが重要であろう。骨髄細胞は、腫瘍由来の抗原をＴ細胞に提示し、それにより、後者を活性化状態に維持することが可能な細胞の中で顕著である。抗原提示は、腫瘍自体内で生じ、腫瘍細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の機能に影響を及ぼす可能性がある。抗原提示細胞（ＡＰＣ）によるＴ細胞の活性化は、抗原特異的な免疫応答及び腫瘍細胞の殺傷における重要な構成成分である。これらの骨髄集団は、後続の腫瘍反応性細胞傷害性Ｔリンパ球に対する主要なＴ細胞相互作用パートナー及び抗原提示細胞を表すので、それらの識別を理解すると、治療方法が導かれ得る。
【０００７】
関連特許出願は、２０１５年９月２８日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０５２６８２（特許文献１）及び２０１６年９月２８日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０５４１０４（特許文献２）を含み、これらのそれぞれは、あらゆる目的のために、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００８】
本明細書に引用された全ての特許、特許出願、刊行物、文書、及び論文は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
【特許文献１】ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０５２６８２
【特許文献２】ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０５４１０４
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】ｄｅ  Ｖｉｓｓｅｒ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ，２００８；５７：１５３１−９
【非特許文献２】Ｈａｎａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｕｒｏｌ  ２０００；７：２６３−９
【非特許文献３】Ｙａｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ，５２０，２００１；７：４０２１−６
【非特許文献４】Ｒｕｆｆｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，５２３  ２０１２；１０９：２７９６−８０１
【非特許文献５】Ｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  ５５５，１９９９；１９０：１４１７−２６
【発明の概要】
【００１１】
概要
ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合し、マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合する単離抗体が本明細書に記載される。
【００１２】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号９に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号１０に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、配列番号１１に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号１２に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１３に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、及び配列番号１４に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００１３】
一部の実施形態では、抗体は、アフコシル化され、配列番号１に示されるＶＨ配列；配列番号２に示されるＶＬ配列；及び活性なヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域を含む。
【００１４】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７に示される配列の３つの重鎖ＣＤＲ全て及び配列番号８に示される配列の３つの軽鎖ＣＤＲ全てを含む。
【００１５】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号７に示される配列の９７位でのＡからＴへの置換；及び配列番号７に示される配列の９８位でのＫからＲへの置換を含む。
【００１６】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列を含む。
【００１７】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列及び配列番号２、４、または６に示されるＶＬ配列を含む。
【００１８】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１に示されるＶＨ配列を含む。
【００１９】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号１に示されるＶＨ配列及び配列番号２に示されるＶＬ配列を含む。
【００２０】
一部の実施形態では、抗体は、３７０１２抗体である。
【００２１】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２５に示される重鎖配列及び配列番号２６に示される軽鎖配列を含む。
【００２２】
別の態様では、ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合する単離抗体が本明細書に記載され、抗体は、マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合し、活性なヒトＦｃ領域を含む。
【００２３】
一部の実施形態では、抗体は、ヒト、ヒト化、またはキメラである。
【００２４】
一部の実施形態では、抗体は、ヒト化である。
【００２５】
一部の実施形態では、抗体は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）アッセイで測定された、約１、２、３、４、または５ｘ１０−９以下のＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する。
【００２６】
一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞、任意に、非刺激性骨髄細胞を特異的に殺傷、枯渇、または無効化することが可能である。
【００２７】
一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する。一部の実施形態では、抗体は、抗体媒介性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する。一部の実施形態では、抗体は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する。
【００２８】
一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体媒介性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性、または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を介して骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させる。
【００２９】
一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体、中和抗体、アンタゴニスト抗体、アゴニスト抗体、ポリクローナル抗体、ＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ３抗体、アフコシル化抗体、二重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、全長抗体、及びそれらの抗原結合フラグメントのうちの少なくとも１つである。
【００３０】
一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。
【００３１】
一部の実施形態では、抗体は、多重特異性である。
【００３２】
一部の実施形態では、抗体は、アフコシル化される。
【００３３】
一部の実施形態では、抗体は、その抗原結合フラグメント、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、一本鎖抗体分子、二重可変ドメイン抗体、単一可変ドメイン抗体、線形抗体、またはＶドメイン抗体である。
【００３４】
一部の実施形態では、抗体は、足場を含み、任意に、足場は、Ｆｃ、任意に、ヒトＦｃである。
【００３５】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭから選択されるクラスの重鎖定常領域を含む。
【００３６】
一部の実施形態では、抗体は、クラスＩｇＧの重鎖定常領域ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４から選択されるサブクラスを含む。
【００３７】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１の重鎖定常領域を含む。
【００３８】
一部の実施形態では、Ｆｃは、１つ以上の修飾を含み、１つ以上の修飾は、１つ以上の修飾なしのＦｃと比較して、半減期の増加、ＡＤＣＣ活性の増加、ＡＤＣＰ活性の増加、またはＣＤＣ活性の増加をもたらす。
【００３９】
一部の実施形態では、Ｆｃは、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩａ、及びＦｃγＲＩＩＩｂからなる群より選択されるＦｃγ受容体に結合する。
【００４０】
別の態様では、がんの処置に使用される単離抗体が本明細書に記載され、がんは、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
【００４１】
別の態様では、ヒトＴＲＥＭ２への結合について本明細書に記載の抗体と競合する単離抗体が本明細書に記載される。
【００４２】
別の態様では、本明細書に記載の抗体が結合しているヒトＴＲＥＭ２エピトープに結合する単離抗体が本明細書に記載される。
【００４３】
別の態様では、本明細書に記載の抗体、そのＶＨ、そのＶＬ、その軽鎖、その重鎖、またはその抗原結合部分をコードする単離ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット、任意に、ｃＤＮＡが本明細書に記載される。
【００４４】
別の態様では、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含むベクターまたはベクターのセットが本明細書に記載される。
【００４５】
別の態様では、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセット、または本明細書に記載のベクターもしくはベクターのセットを含む宿主細胞が本明細書に記載される。
【００４６】
別の態様では、本明細書に記載の宿主細胞を用いて抗体を発現させること及び発現された抗体を単離することを含む抗体を産生する方法が本明細書に記載される。
【００４７】
別の態様では、本明細書に記載の抗体及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が本明細書に記載される。
【００４８】
別の態様では、有効量の本明細書に記載の抗体または医薬組成物を対象に投与することを含む、方法を必要とする対象の疾患または状態を処置または予防する方法が本明細書に記載される。
【００４９】
一部の実施形態では、疾患または状態は、がんである。
【００５０】
一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の細胞外ドメインに結合し、任意に、骨髄細胞は、腫瘍内にある。一実施形態では、抗体は、骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の細胞外ドメインに結合し、骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、抗体が、非刺激性骨髄細胞を抗体と接触させる前のがんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルに、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、非刺激性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞、ならびに非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団に存在し、非刺激性骨髄細胞の殺傷、無効化、または枯渇が、がんを処置する。
【００５１】
一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体媒介性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性、または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を介して骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させる。一部の実施形態では、抗体は、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する。
【００５２】
一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、液体がんである。一部の実施形態では、がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される。一部の実施形態では、がんは、結腸がんまたは乳がんである。
【００５３】
一部の実施形態では、接触は、対象の免疫応答を増強する。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、適応免疫応答である。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、自然免疫応答である。
【００５４】
一部の実施形態では、対象は、免疫療法を以前に受けたことがあるか、同時に受けているか、または後に受けることになる。一部の実施形態では、免疫療法は、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである。一部の実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ１抗体である。
【００５５】
別の態様では、本明細書に記載の抗ＴＲＥＭ２抗体または本明細書に記載の医薬組成物と骨髄細胞を接触させることを含む、がんを有する対象のＴＲＥＭ２＋骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させる方法が本明細書に記載され、任意に、骨髄細胞は、腫瘍内にある。
【００５６】
一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ２の細胞外ドメインに結合し、ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、抗体は、非刺激性骨髄細胞を抗体と接触させる前のがんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルに、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞、ならびに非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団に存在し、接触は、がんの外側に存在する骨髄細胞及び／またはがんに存在する刺激性骨髄細胞を実質的に殺傷、無効化、または枯渇させず、非刺激性骨髄細胞の殺傷、無効化、または枯渇が、がんへの免疫応答を増強することにより、がんを処置する。
【００５７】
一部の実施形態では、抗体は、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより骨髄細胞を殺傷する。一部の実施形態では、抗体は、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより骨髄細胞を無効化する。一部の実施形態では、抗体は、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより骨髄細胞を枯渇させる。一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する。一部の実施形態では、抗体は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する。一部の実施形態では、抗体は、抗体媒介性貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する。一部の実施形態では、抗体は、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する。
【００５８】
一部の実施形態では、骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞である。一部の実施形態では、骨髄細胞は、樹状細胞、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、好中球、または単球のうちの少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、骨髄細胞は、好中球である。一部の実施形態では、骨髄細胞は、腫瘍関連マクロファージである。一部の実施形態では、骨髄細胞は、腫瘍内にある。一部の実施形態では、骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団にある。
【００５９】
一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、液体がんである。一部の実施形態では、がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される。一部の実施形態では、がんは、結腸がんまたは乳がんである。
【００６０】
一部の実施形態では、接触は、対象の免疫応答を増強する。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、適応免疫応答である。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、自然免疫応答である。
【００６１】
一部の実施形態では、対象は、免疫療法を以前に受けたことがあるか、同時に受けているか、または後に受けることになる。一部の実施形態では、免疫療法は、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである。一部の実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ１抗体である。
【００６２】
別の態様では、疾患または状態を有するか、または有すると疑われる対象のＴＲＥＭ２を検出する方法が本明細書に記載され、方法は、（ａ）対象由来の試料を受け取ること、及び（ｂ）試料を本明細書に記載の抗体と接触させることにより、試料中のＴＦの存在またはレベルを検出すること、を含む。
【００６３】
一部の実施形態では、疾患または状態は、がんである。
【００６４】
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、チェックポイント阻害薬を投与することを含み、任意に、チェックポイント阻害薬は、ＰＤ１：ＰＤＬ１軸の阻害薬であり、任意に、阻害薬は、抗体であり、任意に、抗体は、抗ＰＤ１抗体または抗ＰＤＬ１抗体である。
【００６５】
別の態様では、本明細書に開示の抗体または医薬組成物及び使用説明書を含むキットが本明細書に記載される。
【図面の簡単な説明】
【００６６】
【図１Ａ】ＣＴ−２６同系マウス腫瘍モデルにおける抗ＰＤ−１と組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ＰＩ−７０１２媒介性抗腫瘍活性。ＰＩ−７０１２のアフコシル化は、抗ＰＤ−１と組み合わせて抗腫瘍活性を改善する。平均腫瘍体積（１０マウス／グループ）が示される。
【図１Ｂ】ＣＴ−２６同系マウス腫瘍モデルにおける抗ＰＤ−１と組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ＰＩ−７０１２媒介性抗腫瘍活性。ＰＩ−７０１２の個々の腫瘍体積が示される。
【図１Ｃ】ＣＴ−２６同系マウス腫瘍モデルにおける抗ＰＤ−１と組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ＰＩ−７０１２媒介性抗腫瘍活性。アフコシル化ＰＩ−７０１２（ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２）が示される。
【図２】併用処置による有意な体重減少はない。各グループの１０匹のマウスを、指示された抗体で処置し、体重を頻繁に記録した。各グループの平均体重を、研究日数に対してプロットした。
【図３】Ｈ＆Ｅ染色に加えて、抗ＣＤ６８を使用して、組織もマクロファージについて染色した。細胞内マーカーＣＤ６８は、炎症組織及び腫瘍の単球／マクロファージを免疫染色するための信頼できる細胞化学マーカーとして文献で広く使用されている。肺（パネルＥ）及び分析された他の組織では、ＣＤ６８＋マクロファージ数の識別可能な変化は、対照と比較して処置群のいずれかで観察されず、抗ＴＲＥＭ２媒介性枯渇がＴＭＥにおいて特異的に発生したことを示す。
【図４Ａ】示された処置群由来のＦＦＰＥ肺組織の抗ＣＤ６８染色。
【図４Ｂ】各切片の８〜９つの視野を、光学顕微鏡による定量化に使用した。
【図５】ＴＲＥＭ２の発現は、選択された組織の細胞において、存在しないかまたは非常に低かった。灰色のヒストグラムは、ＴＲＥＭ２ＫＯのものであり、白抜きのヒストグラムは、野生型マウスのものである。抗ＴＲＥＭ２染色に使用される抗体は、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ製のクローン２３７９２０であった。
【図６】ＴＲＥＭ２の細胞表面発現（白抜きのヒストグラム）は、ＭＣ３８及びＣＴ２６の両方の腫瘍内の顆粒球または単球ＭＤＳＣと比較して、ＴＡＭで有意に高かった。リンパ球は、ＴＲＥＭ２を発現しない。アイソタイプ対照染色は、灰色の塗りつぶされたヒストグラムで示される。
【図７】ＴＲＥＭ２の細胞表面発現（白抜きのヒストグラム）は、ＰＢＭＣサブセットと比較して、ＣＤ１４由来マクロファージで有意に高かった。ヒトＰＢＭＣまたはマクロファージを、ＴＲＥＭ２（白抜きのヒストグラム）またはアイソタイプ対照（灰色のヒストグラム）のいずれかについて表面染色した。ＰＢＭＣサブセットは、事前検証済みのマルチカラーＦＡＣＳパネルを使用して、好中球、単球、またはＴ細胞として識別された。
【図８】ＴＲＥＭ２の細胞表面発現（白抜きのヒストグラム）は、他の浸潤細胞または非ＣＤ４５陽性細胞と比較して、ＴＡＭで有意に高かった。ヒト腫瘍組織由来の単一細胞懸濁液を、ＴＲＥＭ２（白抜きのヒストグラム）またはアイソタイプ対照（灰色のヒストグラム）のいずれかについて表面染色した。免疫及び非免疫サブセットは、事前検証済みのマルチカラーＦＡＣＳパネルを使用するものとして識別された。
【図９Ａ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。腫瘍体積は、Ｐａｎｃ−０２腫瘍細胞が移植され、示されたｍＡｂで処置された雌Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスにおいて経時的に追跡される。Ｙ軸は、各グループの１０匹のマウスの平均腫瘍体積の平均＋／−標準偏差を表す。
【図９Ｂ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。アイソタイプ対照ｍＡｂで処置された個々の動物の腫瘍体積。
【図９Ｃ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２で処置された個々の動物の腫瘍体積。
【図９Ｄ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。抗ＰＤ−１で処置された個々の動物の腫瘍体積。
【図９Ｅ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２及び抗ＰＤ−１で処置された個々の動物の腫瘍体積。
【図９Ｆ】抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。各処置群の移植後の３２日目の群平均腫瘍体積の統計分析。
【図１０】抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂの処置後の腫瘍を含まないＢＡＬＢ／ｃマウスを、ＣＴ２６腫瘍細胞（四角記号）で３ヶ月後に再チャレンジした。同齢の処置ナイーブマウス（丸記号）に、同等の数のＣＴ２６細胞を投与し、研究期間中に腫瘍の成長について追跡した。研究期間中、マウスに追加の処置を提供しなかった。
【発明を実施するための形態】
【００６７】
詳細な説明
定義
本明細書を解釈するために、以下の定義が適用されることになり、適切な場合はいつでも、単数形で使用される用語は、複数も含むことになり、逆もまた同様である。下記の任意の定義が、参照により本明細書に組み込まれる任意の文書と矛盾する場合、記載の定義が優先されるものとする。
【００６８】
本明細書に記載の本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態「を含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「からなること（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」、及び「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」を含むと理解される。
【００６９】
本明細書に記載の全ての組成物及び本明細書に記載の組成物を使用する全ての方法では、組成物は、いずれかの列挙された構成成分もしくはステップを含み得るか、または列挙された構成成分もしくはステップ「から本質的になり」得る。組成物が列挙された構成成分「から本質的になる」と記載される時、組成物は、列挙された構成成分を含有し、明示的に列挙される構成成分以外の、処置される状態に実質的に影響を及ぼさないが、処置される状態に実質的に影響を及ぼす任意の他の構成成分を含有しない他の構成成分を含有し得るか、または組成物が処置される状態に実質的に影響を与える列挙された構成成分以外の追加の構成成分を含有する場合、組成物は、処置される状態に実質的に影響するのに十分な濃度または量の追加の構成成分を含有しない。方法が列挙されるステップ「から本質的になる」と記載される時、方法は、列挙されるステップを含有し、処置される状態に実質的に影響を与えない他のステップを含有してもよいが、方法が、明示的に列挙されるそれらのステップ以外の処置される状態に実質的に影響を与える任意の他のステップを含有しない。特定の非限定例として、組成物が構成成分『から本質的になる』と記載される場合、組成物はさらに、任意の量の薬学的に許容される担体、ビヒクル、または希釈剤、及び処置される状態に実質的に影響を及ぼさない、そのような他の構成成分を含有し得る。
【００７０】
「任意に」という用語は、逐次的に使用される時、列挙された組み合わせの１つから全てまでを含むことを意味し、全ての副組み合わせを検討する。
【００７１】
本明細書で使用される「有効量」または「治療的有効量」は、単回投与または一連の投与の一部のいずれかとして、個体に投与される、抗ＴＲＥＭ２抗原結合剤または抗ＴＲＥＭ２抗体などの治療化合物の量を指し、これは、単独かまたは別の治療法との組み合わせのいずれかで、所望の治療効果を生じるのに効果的であるか、またはこれの原因となる。所望の治療効果の例は、免疫応答の増強；腫瘍の発達の減速または遅延；疾患の安定；１つ以上の症状の改善である。有効量は、１回以上の投薬で与えられてもよい。
【００７２】
本明細書で使用される「処置すること」という用語は、がんなどの状態の進行を遅延または後退させることを指す。本明細書で使用される「処置」という用語は、がんなどの状態を処置する行為を指す。
【００７３】
本明細書で使用される「個体」または「対象」は、ヒト、飼育動物及び家畜、ならびに動物園、スポーツ、またはイヌ、ウマ、ウサギ、ウシ、ブタ、ハムスター、スナネズミ、マウス、フェレット、ラット、ネコなどのペット動物を含む哺乳動物として分類される任意の動物を指す。一部の実施形態では、個体は、ヒトである。一部の実施形態では、個体は、マウスである。
【００７４】
「調節する」及び「調節」という用語は、列挙された可変要素を低減もしくは阻害、または、代わりとして活性化もしくは増加させることを指す。
【００７５】
「増加させる」及び「活性化する」という用語は、列挙された可変要素の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、またはそれ以上の増加を指す。
【００７６】
「低減させる」及び「阻害する」という用語は、列挙された可変要素の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、またはそれ以上の減少を指す。
【００７７】
「刺激する」という用語は、受容体の活性化に関連する生物学的応答を誘導するための受容体シグナル伝達の活性化を指す。「アゴニスト」は、受容体に結合して、刺激する実体である。
【００７８】
「拮抗する」という用語は、受容体の活性化に関連する生物学的応答を阻害するための受容体シグナル伝達の阻害を指す。「アンタゴニスト」は、受容体に結合して拮抗する実体である。
【００７９】
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者らがすぐにわかるそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。例示的な誤差範囲は、プラス５％またはマイナス５％である。本明細書の「約」値またはパラメーターへの言及は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含み（且つ説明する）。
【００８０】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈に別途明示のない限り、複数の指示対象を含むことに留意しなければならない。
【００８１】
本明細書に記載の構造的及び機能的特性のいずれかでは、これらの特性を決定する方法が当該技術分野で既知である。
【００８２】
抗体
構造
本出願は、非刺激性骨髄細胞を無効化する抗体を含む、ＴＲＥＭ２タンパク質に結合する抗体を含む抗体及び組成物を提供する。
【００８３】
「抗体」という用語は、最も広い意味で、本明細書で使用され、抗原またはエピトープに特異的に結合する１つ以上の抗原結合ドメインを含む免疫グロブリン分子の特定のタイプを含む。抗体は、具体的には、インタクト抗体（例えば、インタクト免疫グロブリン）、抗体フラグメント、及び多重特異性抗体を含む。
【００８４】
認識される免疫グロブリン遺伝子は、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、及びミュー定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。軽鎖は、カッパまたはラムダのいずれかに分類される。抗体または免疫グロブリンの「クラス」は、重鎖が有する定常ドメインまたは定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、ならびに、これらのうちのいくつかはさらに、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２、に分けられ得る。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【００８５】
例示的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、２対のポリペプチド鎖からなり、各対は、１つの「軽」鎖（約２５ｋＤ）及び１つの「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端ドメインは、主に抗原認識に関与する約１００〜１１０以上のアミノ酸の可変領域を定義する。可変軽鎖（ＶＬ）及び可変重鎖（ＶＨ）という用語は、それぞれこれらの軽鎖及び重鎖ドメインを指す。ＩｇＧ１重鎖は、Ｎ末端からＣ末端への、それぞれ、ＶＨ、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメインで構成される。軽鎖は、Ｎ末端からＣ末端へのＶＬ及びＣＬドメインで構成される。ＩｇＧ１重鎖は、ＣＨ１ドメイン及びＣＨ２ドメイン間にヒンジを含む。特定の実施形態では、免疫グロブリン構築物は、治療用ポリペプチドに連結されているＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、またはＩｇＥ由来の少なくとも１つの免疫グロブリンドメインを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体にみられる免疫グロブリンドメインは、ダイアボディまたはナノボディなどの免疫グロブリンベースの構築物に由来するか、または誘導される。特定の実施形態では、本明細書に記載の免疫グロブリン構築物は、ラクダ科動物抗体などの重鎖抗体由来の少なくとも１つの免疫グロブリンドメインを含む。特定の実施形態では、本明細書で提供される免疫グロブリン構築物は、ウシ抗体、ヒト抗体、ラクダ抗体、マウス抗体、または任意のキメラ抗体などの哺乳動物抗体由来の少なくとも１つの免疫グロブリンドメインを含む。
【００８６】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、重鎖を含む。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＡである。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＤである。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＥである。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＧである。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＭである。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＧ１である。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＧ２である。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＧ３である。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＧ４である。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＡ１である。一実施形態では、重鎖は、ＩｇＡ２である。
【００８７】
本明細書で使用される「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、配列が超可変であり、及び／または構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの領域のそれぞれを指す。一般に、天然４本鎖抗体は、６つのＨＶＲ：ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）の３つ及びＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の３つを含む。ＨＶＲは一般に、超可変ループ及び／または相補性決定領域（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最も高い配列可変性であり、及び／または抗原認識に関与する。ＶＨのＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。超可変領域（ＨＶＲ）は、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）とも呼ばれ、これらの用語は、抗原結合領域を形成する可変領域の部分に関して本明細書では互換的に使用される。この特定の領域は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（１９８３）及びＣｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  １９６：９０１−９１７（１９８７）により記載されており、定義は、互いに比較した時、アミノ酸残基の重複またはサブセットを含む。それにもかかわらず、抗体またはその多様体のＣＤＲを指すいずれかの定義の適用は、本明細書で定義及び使用される用語の範囲内であることが意図される。特定のＣＤＲを包含する正確な残基番号は、ＣＤＲの配列及びサイズにより変動するであろう。当業者らは、抗体の可変領域アミノ酸配列を考慮すると、どの残基が特定のＣＤＲを含むかを規定通りに判定し得る。
【００８８】
ＣＤＲのアミノ酸配列の境界は、上掲のＫａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，（「Ｋａｂａｔ」番号付けスキーム）；Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２７３：９２７−９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」番号付けスキーム）；ＭａｃＣａｌｌｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２−７４５（「Ｃｏｎｔａｃｔ」番号付けスキーム）；Ｌｅｆｒａｎｃ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００３，２７：５５−７７（「ＩＭＧＴ」番号付けスキーム）；及びＨｏｎｅｇｇｅ  ａｎｄ  Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２００１，３０９：６５７−７０（「ＡＨｏ」番号付けスキーム）に記載されるものを含む、既知の番号付けスキームの数のいずれかを使用して、当業者により決定することができ、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。
【００８９】
表Ａは、Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａスキームで同定されたＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３の位置を提供する。ＣＤＲ−Ｈ１では、残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａの両方の番号付けスキームを使用して提供される。
【００９０】
ＣＤＲは、例えば、ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ａｂｎｕｍ／で入手可能な且つ全体が参照により組み込まれるＡｂｈｉｎａｎｄａｎ  ａｎｄ  Ｍａｒｔｉｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００８，４５：３８３２−３８３９に記載される、Ａｂｎｕｍなどの抗体番号付けソフトウェアを使用して、割り当てられてもよい。
【００９１】
（表Ａ）Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａ番号付けスキームによるＣＤＲの残基
2021506244.tif 000003
＊ＣＤＲ−Ｈ１のＣ末端は、Ｋａｂａｔ番号付け規則を使用して番号付けされる時、ＣＤＲの長さに応じて、Ｈ３２及びＨ３４間で変動する。
【００９２】
「ＥＵ番号付けスキーム」は一般に、抗体重鎖定常領域内の残基に言及する時に使用される（例えば、上掲のＫａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．で報告されるように）。別途記載のない限り、ＥＵ番号付けスキームは、本明細書に記載の抗体重鎖定常領域の残基を指すために使用される。
【００９３】
本明細書で使用される場合、「一本鎖」という用語は、ペプチド結合により直線的に連結されているアミノ酸単量体を含む分子を指す。そのような特定の実施形態では、Ｆａｂ軽鎖のＣ末端は、一本鎖Ｆａｂ分子のＦａｂ重鎖のＮ末端に連結されている。本明細書でより詳細に記載されるように、ｓｃＦｖは、ポリペプチド鎖により、重鎖の可変ドメイン（ＶＨ）のＣ末端からＮ末端に連結されている軽鎖の可変ドメイン（ＶＬ）を有する。あるいは、ｓｃＦｖは、ＶＨのＣ末端がポリペプチド鎖によりＶＬのＮ末端に連結されているポリペプチド鎖で構成される。
【００９４】
「Ｆａｂフラグメント」（フラグメント抗原結合とも呼ばれる）は、軽鎖及び重鎖上のそれぞれ可変ドメインＶＬ及びＶＨを伴う軽鎖の定常ドメイン（ＣＬ）及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）を含有する。可変ドメインは、抗原結合に関与する相補性決定ループ（ＣＤＲ、超可変領域とも呼ばれる）を含む。Ｆａｂ’フラグメントは、抗体ヒンジ領域からの１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基の付加により、Ｆａｂフラグメントとは異なる。
【００９５】
「Ｆ（ａｂ’）２」フラグメントは、ジスルフィド結合によりヒンジ領域の近くで結合されている２つのＦａｂ’フラグメントを含有する。Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、例えば、組み換え法またはインタクト抗体のペプシン消化により生成されてもよい。Ｆ（ａｂ’）フラグメントは、例えば、β−メルカプトエタノールで処理することにより解離させることができる。
【００９６】
「Ｆｖ」フラグメントは、１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの非共有結合で連結された二量体を含む。
【００９７】
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」は、抗体のＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖に存在する。一実施形態では、Ｆｖポリペプチドはさらに、ｓｃＦｖが抗原結合のための所望の構造を形成することを可能にするＶＨドメイン及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーを含む。ｓｃＦｖのレビューについては、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ  ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）を参照のこと。ＨＥＲ２抗体ｓｃＦｖフラグメントは、ＷＯ９３／１６１８５；米国特許第５，５７１，８９４号；及び米国特許第５，５８７，４５８号に記載される。
【００９８】
「ｓｃＦｖ−Ｆｃ」フラグメントは、Ｆｃドメインに結合しているｓｃＦｖを含む。例えば、Ｆｃドメインは、ｓｃＦｖのＣ末端に結合していてもよい。Ｆｃドメインは、ｓｃＦｖ（すなわち、ＶＨ−ＶＬまたはＶＬ−ＶＨ）における可変ドメインの配向に応じて、ＶＨまたはＶＬに続いてもよい。当該技術分野で既知の、または本明細書に記載の任意の好適なＦｃドメインが使用されてもよい。いくつかの場合では、Ｆｃドメインは、ＩｇＧ４  Ｆｃドメインを含む。
【００９９】
「単一ドメイン抗体」または「ｓｄＡｂ」という用語は、抗体の１つの可変ドメインが他の可変ドメインの存在なしに抗原に特異的に結合する分子を指す。単一ドメイン抗体及びそのフラグメントは、Ａｒａｂｉ  Ｇｈａｈｒｏｕｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔｅｒｓ，１９９８，４１４：５２１−５２６及びＭｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，２００１，２６：２３０−２４５に記載され、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。単一ドメイン抗体は、ｓｄＡｂまたはナノボディとしても知られる。ｓｄＡｂは、かなり安定しており、抗体のＦｃ鎖との融合パートナーとして発現しやすい（Ｈａｒｍｓｅｎ  ＭＭ，Ｄｅ  Ｈａａｒｄ  ＨＪ（２００７）．“Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｃａｍｅｌｉｄ  ｓｉｎｇｌｅ−ｄｏｍａｉｎ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｆｒａｇｍｅｎｔｓ”．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７７（１）：１３−２２）。
【０１００】
天然に存在する抗体構造と実質的に類似する構造を有し且つＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す「全長抗体」、「インタクト抗体」、及び「全抗体」という用語が本明細書において互換的に使用される。例えば、ＩｇＧ分子を指すために使用される時、「全長抗体」は、２つの重鎖及び２つの軽鎖を含む抗体である。
【０１０１】
「エピトープ」という用語は、抗体に特異的に結合する抗原の一部を意味する。エピトープは多くの場合、表面にアクセス可能なアミノ酸残基及び／または糖側鎖からなり、特定の３次元構造特性及び特定の電荷特性を有してもよい。立体配座及び非立体配座エピトープは、後者ではなく前者への結合が変性溶媒の存在下で失われ得るという点で区別される。エピトープは、結合に直接関与するアミノ酸残基、及び結合に直接関与しない他のアミノ酸残基を含んでもよい。抗体が結合するエピトープは、例えば、異なる点変異を有するＴＲＥＭ２多様体またはキメラＴＲＥＭ２多様体への抗体結合の試験などの、エピトープ決定のための既知の技術を使用して決定することができる。
【０１０２】
「多重特異性抗体」は、２つ以上の異なるエピトープに集合的に特異的に結合する２つ以上の異なる抗原結合ドメインを含む抗体である。２つ以上の異なるエピトープは、同じ抗原（例えば、細胞により発現される単一のＴＲＥＭ２分子）または異なる抗原（例えば、同じ細胞により発現される異なるＴＲＥＭ２分子、もしくはＴＲＥＭ２分子及び非ＴＲＥＭ２分子）上のエピトープであり得る。一部の態様では、多重特異性抗体は、２つの異なるエピトープに結合する（すなわち、「二重特異性抗体」）。一部の態様では、多重特異性抗体は、３つの異なるエピトープに結合する（すなわち、「三重特異性抗体」）。
【０１０３】
「単一特異性抗体」は、単一のエピトープに特異的に結合する１つ以上の結合部位を含む抗体である。単一特異性抗体の例は、二価（すなわち、２つの抗原結合ドメインを有する）であるが、２つの抗原結合ドメインのそれぞれで同じエピトープを認識する、天然に存在するＩｇＧ分子である。結合特異性は、任意の好適な原子価で存在してもよい。
【０１０４】
「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団由来の抗体を指す。実質的に均一な抗体の集団は、モノクローナル抗体の産生中に通常生じ得る多様体を除いて、実質的に類似し且つ同じエピトープ（複数可）に結合する抗体を含む。そのような多様体は一般に、少量でのみ存在する。モノクローナル抗体は通常、複数の抗体から単一の抗体を選択することを含むプロセスにより得られる。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、酵母クローン、細菌クローン、または他の組み換えＤＮＡクローンのプールなど、複数のクローン由来のユニークなクローンの選択であり得る。選択された抗体はさらに、例えば、標的に対する親和性（「親和性成熟」）を改善するため、抗体をヒト化するため、細胞培養における産生を改善するため、及び／または対象における免疫原性を低減させるために、改変することができる。
【０１０５】
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域により媒介される生物活性を指し、この活性は、抗体アイソタイプに応じて変動し得る。抗体エフェクター機能の例としては、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を活性化するＣ１ｑ結合、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を活性化するＦｃ受容体結合、及び抗体依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）、受容体リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズムが挙げられる。
【０１０６】
抗ＴＲＥＭ２抗体は、表に記載されるクローンなど、本明細書に記載されるものを含み得る。一部の実施形態では、抗体は、代替足場を含む。一部の実施形態では、抗体は、代替足場からなる。一部の実施形態では、抗体は、代替足場から本質的になる。一部の実施形態では、抗体は、抗体フラグメントを含む。一部の実施形態では、抗体は、抗体フラグメントからなる。一部の実施形態では、抗体は、抗体フラグメントから本質的になる。「ＴＲＥＭ２抗体」、「抗ＴＲＥＭ２抗体」、または「ＴＲＥＭ２特異的抗体」は、抗原ＴＲＥＭ２に特異的に結合する、本明細書で提供されるような抗体である。一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ２の細胞外ドメインと結合する。特定の実施形態では、本明細書で提供されるＴＲＥＭ２抗体は、異なる種由来のＴＲＥＭ２タンパク質間でまたはそれらの間で保存されるＴＲＥＭ２のエピトープに結合する。
【０１０７】
「キメラ抗体」という用語は、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来するが、重鎖及び／または軽鎖の残りが異なる供給源または種に由来する抗体を指す。
【０１０８】
非ヒト抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト抗体に由来する最小限の配列を含有するキメラ抗体である。ヒト化抗体は一般に、１つ以上のＣＤＲ由来の残基が、非ヒト抗体（ドナー抗体）の１つ以上のＣＤＲ由来の残基により置き換えられるヒト抗体（レシピエント抗体）である。ドナー抗体は、任意の好適な非ヒト抗体、例えば、マウス、ラット、ウサギ、ニワトリ、または所望の特異性、親和性、もしくは生物学的効果を有する非ヒト霊長動物抗体であり得る。ヒト化抗体は、ヒト対象に投与される時、非ヒト種抗体と比較して、免疫応答を誘発する可能性が低く、及び／または重度でない免疫応答を誘発する。一部の場合では、レシピエント抗体の選択されたフレームワーク領域残基が、ドナー抗体由来の対応するフレームワーク領域残基により置き換えられる。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体またはドナー抗体のいずれにもみられない残基を含んでもよい。そのような修飾は、さらに抗体機能を純化するためになされてもよい。ヒト化抗体を作製する方法の例は、米国特許第６，０５４，２９７号、同第５，８８６，１５２号、及び同第５，８７７，２９３号に見出すことができ、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。さらなる詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８６，３２１：５２２−５２５；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８８，３３２：３２３−３２９；及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，１９９２，２：５９３−５９６（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと。
【０１０９】
一実施形態では、ヒト抗体由来の定常ドメイン（複数可）は、非ヒト種の可変ドメイン（複数可）に融合される。別の実施形態では、非ヒト抗体の１つ以上のＣＤＲ配列中の１つ以上のアミノ酸残基は、それがヒト対象に投与された時、非ヒト抗体の免疫原性の可能性を低減させるように変化し、変化したアミノ酸残基はいずれも、抗体の抗原への免疫特異的結合について重要でないか、または、行われたアミノ酸配列への変化が保存的な変化であり、その結果、ヒト化抗体の抗原への結合が、非ヒト抗体の抗原への結合よりも著しく低い。
【０１１０】
「ヒト抗体」は、ヒトまたはヒト細胞により産生されるか、または、ヒト抗体レパートリーまたはヒト抗体コード配列（例えば、ヒト供給源から得られるか、またはｄｅ  ｎｏｖｏで設計される）を利用する非ヒト供給源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体は、特に、ヒト化抗体を除外する。一実施形態では、可変ドメイン及び定常ドメインの全ては、ヒト免疫グロブリン配列（完全ヒト抗体）に由来する。これらの抗体は、ヒト重鎖及び／または軽鎖をコードする遺伝子に由来する抗体を発現するように遺伝子修飾されるマウスの目的の抗原による免疫化を含む様々な方法で調製されてもよい。
【０１１１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体フラグメントを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体フラグメントからなる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体フラグメントから本質的になる。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、Ｆｖフラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、Ｆａｂフラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、Ｆａｂ’フラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、ｓｃＦｖ（ｓＦｖ）フラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、ｓｃＦｖ−Ｆｃフラグメントである。一部の実施形態では、抗体フラグメントは、単一ドメイン抗体のフラグメントである。
【０１１２】
ＴＲＥＭ２抗体の配列
ＶＨドメイン
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１のＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号３のＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号５のＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号７のＶＨ配列を含む。
【０１１３】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７で提供される例示のＶＨ配列と少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５のアミノ酸置換を有する配列番号１、３、５、及び７で提供されるＶＨ配列を含む。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１１４】
ＶＬドメイン
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号４のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号６のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号８のＶＬ配列を含む。
【０１１５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２、４、６、及び８で提供される例示のＶＬ配列と少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５のアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、及び８で提供されるＶＬ配列を含む。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１１６】
ＶＨ−ＶＬの組み合わせ
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨ配列、ならびに配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬ配列を含む。
【０１１７】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１のＶＨ配列及び配列番号２のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号３のＶＨ配列及び配列番号４のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号５のＶＨ配列及び配列番号６のＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号７のＶＨ配列及び配列番号８のＶＬ配列を含む。特定の態様では、配列番号１、３、５、及び７のいずれかを、配列番号２、４、６、及び８のいずれかと組み合わせることができる。例えば、配列番号１は、配列番号２、４、６、または８のいずれかと組み合わせることができる。別の例として、配列番号２は、配列番号１、３、５、または７のいずれかと組み合わせることができる。
【０１１８】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７で提供される例示のＶＨ配列と少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列、ならびに、配列番号２、４、６、及び８で提供される例示のＶＬ配列と少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列、を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５のアミノ酸置換を有する配列番号１、３、５、及び７で提供されるＶＨ配列、ならびに、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５のアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、及び８で提供されるＶＬ配列、を含む。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１１９】
ＣＤＲ
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの１〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの２〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの３つのＣＤＲを含む。一部の態様では、ＣＤＲは、例示的なＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＡｂＭ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｏｎｔａｃｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ  ＣＤＲである。
【０１２０】
一部の実施形態では、ＣＤＲは、配列番号１、３、５、及び７のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、またはＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有するＣＤＲである。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインのＣＤＲ−Ｈ１である。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインのＣＤＲ−Ｈ２である。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインのＣＤＲ−Ｈ３である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従って、ｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの１〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの２〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの３つのＣＤＲを含む。一部の態様では、ＣＤＲは、例示的なＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＡｂＭ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｏｎｔａｃｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ  ＣＤＲである。
【０１２２】
一部の実施形態では、ＣＤＲは、配列番号２、４、６、及び８のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、またはＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有するＣＤＲである。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインのＣＤＲ−Ｌ１である。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインのＣＤＲ−Ｌ２である。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインのＣＤＲ−Ｌ３である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従って、ｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２３】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの１〜３つのＣＤＲ、ならびに配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの１〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの２〜３つのＣＤＲ、ならびに配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの２〜３つのＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１、３、５、及び７から選択されるＶＨドメインの３つのＣＤＲ、ならびに配列番号２、４、６、及び８から選択されるＶＬドメインの３つのＣＤＲを含む。一部の態様では、ＣＤＲは、例示的なＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＡｂＭ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、Ｃｏｎｔａｃｔ  ＣＤＲである。一部の態様では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ  ＣＤＲである。
【０１２４】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１１から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｈ３は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１１から選択されるＣＤＲ−Ｈ３である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｈ２は、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２６】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｈ１は、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２７】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３及び配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２、及び配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１を含む。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｈ２は、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｈ１は、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３であり；ＣＤＲ−Ｈ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２であり；ＣＤＲ−Ｈ１は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２８】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｌ３は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１２９】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｌ２は、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１３０】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１を含む。一部の態様では、ＣＤＲ−Ｌ１は、配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１３１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３及び配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２、及び配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１を含む。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｌ２は、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｌ１は、配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３であり；ＣＤＲ−Ｌ２は、最大１、２、３、または４つのアミノ酸置換を有する配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２であり；ＣＤＲ−Ｌ１は、最大１、２、３、４、５、または６つのアミノ酸置換を有する配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１３２】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２、及び配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１を含む。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｈ２は、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｈ１は、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｌ３は、配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｌ２は、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有し、ＣＤＲ−Ｌ１は、配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも約５０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を有する。一部の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３であり；ＣＤＲ−Ｈ２は、最大１、２、３、４、５、６、７、または８つのアミノ酸置換を有する配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２であり；ＣＤＲ−Ｈ１は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１であり；ＣＤＲ−Ｌ３は、最大１、２、３、４、または５つのアミノ酸置換を有する配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ３であり；ＣＤＲ−Ｌ２は、最大１、２、３、または４つのアミノ酸置換を有する配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２であり；ＣＤＲ−Ｌ１は、最大１、２、３、４、５、または６つのアミノ酸置換を有する配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１である。一部の態様では、アミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。一部の実施形態では、本段落で記載される抗体は、本明細書では「多様体」と呼ばれる。一部の実施形態では、そのような多様体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異導入、ランダム変異導入、または当該技術分野で既知のもしくは本明細書に記載の他の任意の方法により、本明細書で提供される配列から誘導される。一部の実施形態では、そのような多様体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、抗体を得るための本明細書で提供される方法に従ってｄｅ  ｎｏｖｏで単離されてもよい。
【０１３３】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、配列番号９のＣＤＲ−Ｈ１、配列番号１０のＣＤＲ−Ｈ２、配列番号１１のＣＤＲ−Ｈ３、配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ２、及び配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ１を含む。
【０１３４】
Ｆｃ領域
本明細書の「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。用語は、天然配列Ｆｃ領域及び多様性Ｆｃ領域を含む。本明細書で別途指定のない限り、Ｆｃ領域または定常領域中のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムによるものである。本明細書で使用される二量体Ｆｃの「Ｆｃポリペプチド」は、二量体Ｆｃドメインを形成する２つのポリペプチドのうちの１つ、すなわち、安定した自己会合が可能な免疫グロブリン重鎖のＣ末端定常領域を含むポリペプチドを指す。例えば、二量体ＩｇＧＦｃのＦｃポリペプチドは、ＩｇＧ  ＣＨ２及びＩｇＧ  ＣＨ３定常ドメイン配列を含む。Ｆｃは、クラスＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭのものであり得、これらのいくつかはさらに、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２に分けられてもよい。
【０１３５】
「Ｆｃ受容体」及び「ＦｃＲ」という用語は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体について説明するために使用される。例えば、ＦｃＲは、天然配列のヒトＦｃＲであり得る。一般に、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマ受容体）と結合するものであり、対立遺伝子多様体及びこれらの受容体の選択的スプライシング型を含むＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体を含む。ＦｃγＲＩＩ受容体は、主に細胞質ドメインが異なる類似のアミノ酸配列を有するＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害受容体」）を含む。他のアイソタイプの免疫グロブリンは、特定のＦｃＲに結合することもできる（例えば、Ｊａｎｅｗａｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ  ｉｎ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｌｔｄ．，ＮＹ）（４ｔｈ  ｅｄ．，１９９９）を参照のこと）。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、細胞質ドメインに免疫受容体チロシン系活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含有する。阻害受容体ＦｃγＲＩＩＢは、細胞質ドメインに免疫受容体チロシン系阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を含有する（Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３〜２３４（１９９７）で概説される）。ＦｃＲは、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７−９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ  ４：２５−３４（１９９４）、及びｄｅ  Ｈａａｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１（１９９５）で概説される。将来的に同定されるべきものを含む他のＦｃＲは、本明細書では「ＦｃＲ」という用語に包含される。用語は、母系ＩｇＧの胎児への移入に関与する、新生児受容体ＦｃＲｎも含む（Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）；及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））。
【０１３６】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１抗体である。
【０１３７】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ３抗体である。
【０１３８】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ２抗体である。
【０１３９】
一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ４抗体である。
【０１４０】
ＣＨ２ドメインの修飾は、ＦｃへのＦｃＲの結合に影響を与え得る。異なるＦｃ−ガンマ（Ｆｃγ）受容体に対するＦｃの親和性を選択的に改変するためのＦｃ領域の多数のアミノ酸修飾は、当該技術分野で既知である。一実施形態では、Ｆｃは、Ｆｃ−ガンマ受容体の選択的結合を促進するための１つ以上の修飾を含む。
【０１４１】
ＦｃＲのＦｃへの結合を変化させる例示的な変異が以下に列挙される：
Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ／Ｋ３２６Ａ（Ｌｕ  Ｙ，Ｖｅｒｎｅｓ  ＪＭ，Ｃｈｉａｎｇ  Ｎ，ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１１  Ｆｅｂ  ２８；３６５（１−２）：１３２−４１）；
Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｖ３０５Ｉ／Ｐ３９６Ｌ、Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｌ２３５Ｖ／Ｐ３９６Ｌ（Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎ  ＪＢ，Ｇｏｒｌａｔｏｖ  Ｓ，Ｔｕａｉｌｌｏｎ  Ｎ，ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２００７  Ｓｅｐ  １５；６７（１８）：８８８２−９０；Ｎｏｒｄｓｔｒｏｍ  ＪＬ，Ｇｏｒｌａｔｏｖ  Ｓ，Ｚｈａｎｇ  Ｗ，ｅｔ  ａｌ．Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０１１  Ｎｏｖ  ３０；１３（６）：Ｒ１２３）；
Ｆ２４３Ｌ（Ｓｔｅｗａｒｔ  Ｒ，Ｔｈｏｍ  Ｇ，Ｌｅｖｅｎｓ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ  Ｄｅｓ  Ｓｅｌ．２０１１  Ｓｅｐ；２４（９）：６７１−８．），Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ（Ｓｈｉｅｌｄｓ  ＲＬ，Ｎａｍｅｎｕｋ  ＡＫ，Ｈｏｎｇ  Ｋ，ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２００１  Ｍａｒ  ２；２７６（９）：６５９１−６０４）；
Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ａ３３０Ｌ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ（Ｌａｚａｒ  ＧＡ，Ｄａｎｇ  Ｗ，Ｋａｒｋｉ  Ｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ．２００６  Ｍａｒ  １４；１０３（１１）：４００５−１０）；
Ｓ２３９Ｄ／Ｓ２６７Ｅ、Ｓ２６７Ｅ／Ｌ３２８Ｆ（Ｃｈｕ  ＳＹ，Ｖｏｓｔｉａｒ  Ｉ，Ｋａｒｋｉ  Ｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００８  Ｓｅｐ；４５（１５）：３９２６−３３）；
Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２６５Ｓ／Ｓ２９８Ａ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２９８Ａ／Ｋ３２６Ａ／Ａ３２７Ｈ、Ｇ２３７Ｆ／Ｓ２９８Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ、Ｓ２３９Ｄ／Ｋ３２６Ｅ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ／Ｓ２９８Ａ、Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｄ２７０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ、Ｓ２３９Ｅ／Ｓ２６７Ｅ／Ｈ２６８Ｄ、Ｌ２３４Ｆ／Ｓ２６７Ｅ／Ｎ３２５Ｌ、Ｇ２３７Ｆ／Ｖ２６６Ｌ／Ｓ２６７ＤならびにＷＯ２０１１／１２０１３４及びＷＯ２０１１／１２０１３５（参照により本明細書に組み込まれる）に列挙される他の変異。Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｗｉｌｌｉａｍ  Ｒ．Ｓｔｒｏｈｌ  ａｎｄ  Ｌｉｌａ  Ｍ．Ｓｔｒｏｈｌ，Ｗｏｏｄｈｅａｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ｓｅｒｉｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ｎｏ  １１，ＩＳＢＮ  １  ９０７５６８  ３７  ９，Ｏｃｔ  ２０１２）は、２８３頁に変異を列挙する。
【０１４２】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、エフェクター機能を媒介する能力を改善する修飾を含む。そのような修飾は、当該技術分野で既知であり、アフコシル化、または活性化受容体に対するＦｃの親和性の操作、主に、ＡＤＣＣの場合ＦＣＧＲ３ａ、及びＣＤＣの場合Ｃ１ｑを含む。以下の表Ｂは、エフェクター機能操作に関する文献で報告される種々の設計をまとめたものである。
【０１４３】
特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８、３３３、及び３３４位のうちの１つ以上での置換、を有するＦｃ領域を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、全体が参照により組み込まれるＬａｚａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２００６，１０３：４００５−４０１０で記載されるような２３９、３３２、及び３３０位での１つ以上のアミノ酸置換を有するＦｃ領域を含む。
【０１４４】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｃ１ｑ結合及び／またはＣＤＣを改善または減少させる１つ以上の改変を含む。米国特許第６，１９４，５５１号、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０００，１６４：４１７８−４１８４（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと。
【０１４５】
従って、一実施形態では、本明細書に記載の抗体は、改善されたエフェクター機能を与える、表Ｂに記載されるような１つ以上のアミノ酸修飾を含む二量体Ｆｃを含み得る。別の実施形態では、抗体は、エフェクター機能を改善するようにアフコシル化することができる。
【０１４６】
（表Ｂ）ＣＨ２ドメイン及びエフェクター機能操作
2021506244.tif 000004
【０１４７】
ＦｃγＲ及び／または補体結合及び／またはエフェクター機能を低減させるＦｃ修飾は当該技術分野で既知である。近年の刊行物は、エフェクター活性が低減またはサイレンシングされた抗体を操作するために使用されている方策について説明する（Ｓｔｒｏｈｌ，ＷＲ（２００９），Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  ２０：６８５−６９１，ａｎｄ  Ｓｔｒｏｈｌ，ＷＲ  ａｎｄ  Ｓｔｒｏｈｌ  ＬＭ，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｆｃ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｆｏｒ  ｏｐｔｉｍａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ”Ｉｎ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ：Ｗｏｏｄｈｅａｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ（２０１２），ｐｐ  ２２５−２４９を参照のこと）。これらの方策は、グリコシル化の修飾によるエフェクター機能の低減、ＩｇＧ２／ＩｇＧ４足場の使用、またはヒンジもしくはＦｃのＣＨ２領域への変異の導入を含む。例えば、米国特許公開第２０１１／０２１２０８７号（Ｓｔｒｏｈｌ）、国際特許公開第ＷＯ２００６／１０５３３８号（Ｘｅｎｃｏｒ）、米国特許公開第２０１２／０２２５０５８号（Ｘｅｎｃｏｒ）、米国特許公開第２０１２／０２５１５３１号（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、及びＳｔｒｏｐ  ｅｔ  ａｌ（（２０１２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４２０：２０４−２１９）は、Ｆｃに結合するＦｃγＲまたは補体を低減させる特定の修飾について説明する。
【０１４８】
Ｆｃに結合するＦｃγＲまたは補体を低減させる既知のアミノ酸修飾の特定の非限定例としては、以下の表Ｃで同定されるものを含む。
【０１４９】
（表Ｃ）Ｆｃに結合するＦｃγＲまたは補体を低減させる改変
2021506244.tif 000005
【０１５０】
アミノ酸配列を改変することなく、Ｆｃグリコシル化部位（Ａｓｎ２９７ＥＵ番号付け）にフコースをほとんどまたは全く有さない抗体を産生する方法は、当該技術分野で周知である。ＧｌｙｍａｘＸ（登録商標）テクノロジー（ＰｒｏＢｉｏＧｅｎ  ＡＧ）は、抗体産生に使用される細胞へのフコース生合成の細胞経路を偏向させる酵素の遺伝子の導入に基づく。これは、抗体産生細胞によるＮ結合型抗体炭水化物部分への糖「フコース」の付加を防止する（ｖｏｎ  Ｈｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０１０）Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ．２０１０  Ｄｅｃ；２０（１２）：１６０７−１８）。脱フコシル化抗体を産生することが可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損している、細菌性酸化還元酵素であるＧＤＰ−６−デオキシ−Ｄ−リキソ−４−ヘキシロースレダクターゼ（ＲＭＤ）の安定した過剰発現を有するＣＨＯ−ＤＧ４４（Ｈｅｎｎｉｎｇ  ｖｏｎ  Ｈｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ  ２０１０，２０：１６０７−１６１８を参照のこと）またはＬｅｃ１３  ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．，１９８６，２４９：５３３−５４５；米国特許公開第２００３／０１５７１０８号；ＷＯ２００４／０５６３１２（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと）、ならびにアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子などのノックアウト細胞株またはＦＵＴ８ノックアウトＣＨＯ細胞（Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．，２００４，８７：６１４−６２２；Ｋａｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，２００６，９４：６８０−６８８；及びＷＯ  ２００３／０８５１０７（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと）が挙げられる。フコシル化のレベルが低下した抗体を得るための別のアプローチは、米国特許第８，４０９，５７２号に見出すことができ、これは、抗体のフコシル化のレベルの低下を生じる能力について抗体産生のための細胞株を選択することを教示する。
【０１５１】
抗体は、完全にアフコシル化することができ（それらが、検出可能なフコースを含有しないことを意味する）、または、それらは、部分的にアフコシル化することができ、このことは、単離抗体が、哺乳動物発現系により産生された類似の抗体について通常検出されるフコースの量の９５％未満、８５％未満、７５％未満、６５％未満、５５％未満、４５％未満、３５％未満、２５％未満、１５％未満、または５％未満を含有することを意味する。
【０１５２】
一部の態様では、本明細書で提供される抗体は、天然に存在するＩｇＧ１ドメインと比較して、Ａｓｎ２９７位でフコース含有量が低減したＩｇＧ１ドメインを含む。そのようなＦｃドメインは、改善されたＡＤＣＣを有することが既知である。全体が参照により組み込まれるＳｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２００２，２７７：２６７３３−２６７４０を参照のこと。一部の態様では、そのような抗体は、Ａｓｎ２９７位に任意のフコースを含まない。フコースの量は、例えば、全体が参照により組み込まれるＷＯ２００８／０７７５４６に記載されるような任意の好適な方法を使用して決定されてもよい。
【０１５３】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ＧｌｃＮＡｃでバイセクト型になる、抗体のＦｃ領域に結合している二分岐オリゴ糖などのバイセクト型オリゴ糖を含む。そのような抗体多様体は、フコシル化の低減及び／またはＡＤＣＣ機能の改善を有し得る。そのような抗体多様体の例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８；米国特許第６，６０２，６８４号及び米国特許公開第２００５／０１２３５４６号に記載され、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。
【０１５４】
本明細書で提供される抗体に組み込まれ得る他の例示のグリコシル化多様体は、例えば、米国特許公開第２００３／０１５７１０８号、同第２００４／００９３６２１号、同第２００３／０１５７１０８号、同第２００３／０１１５６１４号、同第２００２／０１６４３２８号、同第２００４／００９３６２１号、同第２００４／０１３２１４０号、同第２００４／０１１０７０４号、同第２００４／０１１０２８２号、同第２００４／０１０９８６５号；国際特許公開第２０００／６１７３９号、同第２００１／２９２４６号、同第２００３／０８５１１９号、同第２００３／０８４５７０号、同第２００５／０３５５８６号、同第２００５／０３５７７８号、同第２００５／０５３７４２号、同第２００２／０３１１４０号、Ｏｋａｚａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２００４，３３６：１２３９−１２４９、及びＹａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．，２００４，８７：６１４−６２２に記載され、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。
【０１５５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｆｃ領域に結合しているオリゴ糖中に少なくとも１つのガラクトース残基を有するＦｃ領域を含む。そのような抗体多様体は、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。そのような抗体多様体の例は、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７；ＷＯ１９９８／５８９６４；及びＷＯ１９９９／２２７６４に記載され、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。
【０１５６】
脱フコシル化抗体を産生することが可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損している、細菌性酸化還元酵素であるＧＤＰ−６−デオキシ−Ｄ−リキソ−４−ヘキシロースレダクターゼ（ＲＭＤ）の安定した過剰発現を有するＣＨＯ−ＤＧ４４（Ｈｅｎｎｉｎｇ  ｖｏｎ  Ｈｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ  ２０１０，２０：１６０７−１６１８を参照のこと）またはＬｅｃ１３  ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．，１９８６，２４９：５３３−５４５；米国特許公開第２００３／０１５７１０８号；ＷＯ２００４／０５６３１２（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと）、ならびにアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子などのノックアウト細胞株またはＦＵＴ８ノックアウトＣＨＯ細胞（Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．，２００４，８７：６１４−６２２；Ｋａｎｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，２００６，９４：６８０−６８８；及びＷＯ２００３／０８５１０７（これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる）を参照のこと）が挙げられる。
【０１５７】
一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する。ＡＤＣＰは、病原性または腫瘍形成性の標的細胞の表面の抗原に抗体が結合する時生じ得る。単球及びマクロファージを含む、細胞表面にＦｃ受容体を保有する食細胞は、標的細胞に結合している抗体のＦｃ領域を認識して結合する。Ｆｃ受容体が抗体結合標的細胞に結合すると、標的細胞の貪食を開始することができる。ＡＤＣＰは、ＡＤＣＣの一形態と考えることができる。
【０１５８】
一部の実施形態では、抗体は、免疫複合体を形成することが可能である。例えば、免疫複合体は、抗体で覆われた腫瘍細胞であり得る。
【０１５９】
一部の態様では、抗ＴＲＥＭ２抗体は、がん組織の外側に存在する骨髄細胞に実質的に結合しない。一部の態様では、抗ＴＲＥＭ２抗体は、がん組織に存在する刺激性骨髄細胞に実質的に結合しない。
【０１６０】
一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。
【０１６１】
一部の実施形態では、抗体は、ポリクローナル抗体である。
【０１６２】
一部の実施形態では、抗体は、ハイブリドーマにより産生される。他の実施形態では、抗体は、所望の可変ドメイン及び定常ドメインを発現するように操作された組み換え細胞により産生される。
【０１６３】
一部の実施形態では、抗体は、抗原特異性及びより低いヒンジ領域またはその多様体を保持する一本鎖抗体または他の抗体誘導体であり得る。
【０１６４】
一部の実施形態では、抗体は、多機能抗体、組み換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、フラグメント、またはその多様体であってよい。特定の実施形態では、抗体フラグメントまたはその誘導体は、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’２フラグメント、ＣＤＲ、及びＳｃＦｖから選択される。
【０１６５】
一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質などの表面抗原に特異的である。一部の実施形態では、治療用抗体は、腫瘍抗原（例えば、腫瘍細胞により特異的に発現される分子）に特異的である。特定の実施形態では、治療用抗体は、ヒトまたは非ヒト霊長動物ＩｇＧ１またはＩｇＧ３  Ｆｃ部分を有してもよい。
【０１６６】
結合
標的分子への抗体の結合に関して、特定の抗原（例えば、ポリペプチド標的）または特定の抗原上のエピトープ「と結合する」、「と特異的結合すること」、「に特異的に結合する」、「に特異的である」、「と選択的に結合する」、及び「に選択的である」という用語は、（例えば、非標的分子との）非特異的または非選択的相互作用とはある程度異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、標的分子への結合を測定し、それを非標的分子への結合と比較することにより測定することができる。特異的結合は、標的分子上で認識されるエピトープを模倣する対象分子との競合により決定することもできる。その場合、標的分子への抗体の結合が対象分子により競合的に阻害される場合、特異的結合が示される。
【０１６７】
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位及びその結合パートナー（例えば、抗原またはエピトープ）間の非共有相互作用の合計の強さを指す。別途明記のない限り、本明細書で使用される場合、「親和性」は、結合ペアのメンバー（例えば、抗体及び抗原またはエピトープ）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。パートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、解離平衡定数（ＫＤ）で表すことができる。解離平衡定数に寄与する速度論的成分は、以下でより詳細に説明される。親和性は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標））またはバイオレイヤー干渉法（例えば、ＦＯＲＴＥＢＩＯ（登録商標））などの、本明細書に記載のものを含む、当該技術分野で既知の一般的な方法により測定することができる。
【０１６８】
本明細書で使用される「ｋｄ」（ｓｅｃ−１）という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度定数を指す。この値は、ｋｏｆｆ値とも呼ばれる。
【０１６９】
本明細書で使用される「ｋａ」（Ｍ−１×ｓｅｃ−１）という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の会合速度定数を指す。この値は、ｋｏｎ値とも呼ばれる。
【０１７０】
本明細書で使用される「ＫＤ」（Ｍ）という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の解離平衡定数を指す。ＫＤ＝ｋｄ／ｋａ。一部の実施形態では、抗体の親和性は、そのような抗体及びその抗原間の相互作用についてのＫＤに関して説明される。明確にするために、当該技術分野で知られる通り、より小さいＫＤ値は、高い親和性相互作用を示すが、大きいＫＤ値は、低い親和性相互作用を示す。
【０１７１】
本明細書で使用される「ＫＡ」（Ｍ−１）という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の会合平衡定数を指す。ＫＡ＝ｋａ／ｋｄ。
【０１７２】
本明細書で２つ以上の抗体との関連で使用される場合、「と競合する」または「と交差競合する」という用語は、２つ以上の抗体が抗原（例えば、ＴＲＥＭ２）への結合について競合することを示す。１つの例示的なアッセイでは、ＴＲＥＭ２は、表面上にコーティングされ、第１のＴＲＥＭ２抗体と接触し、その後、第２のＴＲＥＭ２抗体が加えられる。別の例示的なアッセイでは、第１のＴＲＥＭ２抗体が表面にコーティングされ、ＴＲＥＭ２と接触させ、次に、第２のＴＲＥＭ２抗体が加えられる。いずれのアッセイでも、第１のＴＲＥＭ２抗体の存在が第２のＴＲＥＭ２抗体の結合を低減させる場合、抗体は、互いに競合する。「と競合する」という用語は、１つの抗体が別の抗体の結合を低減させるが、抗体が逆の順序で加える時、競合が観察されない抗体の組み合わせも含む。しかし、一部の実施形態では、第１及び第２の抗体は、それらが加えられる順序に関係なく、互いの結合を阻害する。一部の実施形態では、１つの抗体は、別の抗体のその抗原への結合を少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低減させる。当業者は、ＴＲＥＭ２に対する抗体の親和性及び抗体の価数に基づいて、競合アッセイで使用される抗体の濃度を選択することができる。この定義に記載されるアッセイは、例示であり、当業者は、抗体が互いに競合するかどうかを決定するために任意の好適なアッセイを利用することができる。好適なアッセイは、例えば、Ｃｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，”ｉｎ  Ａｓｓａｙ  Ｇｕｉｄａｎｃｅ  Ｍａｎｕａｌ  ［Ｉｎｔｅｒｎｅｔ］，Ｕｐｄａｔｅｄ  Ｄｅｃｅｍｂｅｒ  ２４，２０１４（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｏｏｋｓ／ＮＢＫ９２４３４／；ａｃｃｅｓｓｅｄ  Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ  ２９，２０１５）；Ｓｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，２００１，４４：３０−３７；及びＦｉｎｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ａｎａｌ．，２０１１，５４：３５１−３５８に記載され、これらのそれぞれは、全体が参照により組み込まれる。
【０１７３】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、約０．００１、０．０１、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、１．９５、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体のＫＤは、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、約０．００１〜０．０１、０．０１〜０．１、０．０１〜０．０５、０．０５〜０．１、０．１〜０．５、０．５〜１、０．２５〜０．７５、０．２５〜０．５、０．５〜０．７５、０．７５〜１、０．７５〜２、１．１〜１．２、１．２〜１．３、１．３〜１．４、１．４〜１．５、１．５〜１．６、１．６〜１．７、１．７〜１．８、１．８〜１．９、１．９〜２、１〜２、１〜５、２〜７、３〜８、３〜５、４〜６、５〜７、６〜８、７〜９、７〜１０、または５〜１０ｘ１０−９Ｍである。
【０１７４】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、約２、１．９８、１．９５、１．９、１．８５、１．８、１．７５、１．７、１．６５、１．６、１．５５、１．５０、１．４５、または１．４ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、１．９〜１．８、１．８〜１．７、１．７〜１．６、１．６〜１．５、または１．９〜１．５ｘ１０−９ＭのＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する抗体が本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、約１０、９．５６、９．５、９．０、８．８８、８．８４、８．５、８、７．５、７．３２、７、６．５、６、５．５、５、４．５、４、３．５、３、２．５、２、１．５、もしくは１ｘ１０−４（１／ｓ）以下のＫｄでヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、７〜１０、７〜８、８〜９、９〜１０、７〜７．５、７．５〜８、８〜８．５、８．５〜９、９〜９．５、または９．５〜１０ｘ１０−４（１／ｓ）のＫｄでヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、約４、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、４５、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６、７、８、９、もしくは１０ｘ１０５（１／Ｍｓ）以上のＫａでヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、Ｂｉａｃｏｒｅアッセイで測定された、４〜７、４〜４．５、４．５〜５、５〜５．５、５．５〜６、６〜６．５、もしくは６．５〜７、７〜８、８〜９、または９〜１０ｘ１０５（１／Ｍｓ）のＫａでヒトＴＲＥＭ２に結合する。
【０１７５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、フローサイトメトリーで測定された、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎＭ以下のＥＣ５０でヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、抗体は、フローサイトメトリーで測定された、０．６〜１．４ｎＭのＥＣ５０でヒトＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、抗体は、フローサイトメトリーで測定された、約０．５、０．６、０．９、１．１、１．２、１．３、１．４、または１．５ｎＭのＥＣ５０でヒトＴＲＥＭ２に結合する。
【０１７６】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、フローサイトメトリーで測定された、２、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１ｎＭ以下のＥＣ５０でマウスＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、抗体は、フローサイトメトリーで測定された、０．６〜１．４ｎＭのＥＣ５０でマウスＴＲＥＭ２に結合する。一部の実施形態では、抗体は、フローサイトメトリーで測定された、約０．５、０．６、０．９、１．１、１．２、１．３、１．４、または１．５ｎＭのＥＣ５０でマウスＴＲＥＭ２に結合する。
【０１７７】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、フローサイトメトリーで測定された、２０ｎＭ以上のＥＣ５０でヒトＴＲＥＭ２に結合しない。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、フローサイトメトリーで測定された、３ｎＭ以上のＥＣ５０でマウスＴＲＥＭ２に結合しない。
【０１７８】
目的の抗体（例えば、ＴＲＥＭ２）が結合している標的抗原上のエピトープに結合する抗体をスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｅｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されるような所定の交差遮断アッセイを実施することができる。代替的または追加的に、エピトープマッピングは、当該分野で既知の方法により実施することができる。
【０１７９】
抗体間の競合は、試験中の抗体が共通の抗原に対する参照抗体の特異的結合を阻害または遮断するアッセイで決定することができる（例えば、Ｊｕｎｇｈａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５０：１４９５，１９９０；Ｆｅｎｄｌｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５０：１５５０−１５５８；ＵＳ６，９４９，２４５を参照のこと）。過剰な試験抗体（例えば、少なくとも２ｘ、５ｘ、１０ｘ、２０ｘ、または１００ｘ）が参照抗体の結合を、競合結合アッセイで測定されるように、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％阻害または遮断する場合、試験抗体は、参照抗体と競合する。競合アッセイ（競合抗体）により同定される抗体は、参照抗体と同じエピトープに結合する抗体、及び立体障害が発生するために参照抗体が結合しているエピトープに十分に近い隣接エピトープに結合する抗体を含む。例えば、ＴＲＥＭ２への結合について本明細書に記載の第１の抗体と競合する第２の競合抗体は、同定することができる。特定の場合では、第２の抗体は、第１の抗体の結合を、競合結合アッセイで測定されるように、例えば、少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％遮断または阻害し得る。特定の場合では、第２の抗体は、第１の抗体を５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％超、置換することができる。
【０１８０】
機能
一部の実施形態では、抗体は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する。ＡＤＣＣは、抗体が病原性または腫瘍形成性の標的細胞の表面の抗原に結合する時に生じ得る。細胞傷害性Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、好中球、好酸球、樹状細胞、または単球を含む、細胞表面上にＦｃガンマ受容体（ＦｃγＲまたはＦＣＧＲ）を有するエフェクター細胞は、標的細胞に結合している抗体のＦｃ領域を認識して結合する。そのような結合は、細胞死につながる細胞内シグナル伝達経路の活性化を引き起こし得る。特定の実施形態では、抗体の免疫グロブリンＦｃ領域サブタイプ（アイソタイプ）は、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ３を含む。本明細書で使用される場合、ＡＤＣＣは、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）を発現する非特異的細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、及びマクロファージ）が標的細胞の結合している抗体を認識し、続いて、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介性反応を指す。ＡＤＣＣを媒介する初代細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上のＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７−９２（１９９１）の４６４頁の表３にまとめられる。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号または同第５，８２１，３３７号に記載されるようなインビトロ  ＡＤＣＣアッセイが実施されてもよい。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を含む。代替的または追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されるような動物モデルにおいて、インビボで評価されてもよい。
【０１８１】
一部の実施形態では、抗体は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する。抗体誘導性ＣＤＣは、典型的な補体カスケードのタンパク質により媒介され、抗体への補体タンパク質Ｃ１ｑの結合により引き起こされる。Ｃｌｑに結合する抗体Ｆｃ領域は、補体カスケードの活性化を誘導し得る。特定の実施形態では、抗体の免疫グロブリンＦｃ領域サブタイプ（アイソタイプ）は、ヒトＩｇＧ１及びＩｇＧ３を含む。本明細書で使用される場合、ＣＤＣは、補体の存在下で、分子が標的を溶解させる能力を指す。補体活性化経路は、同種抗原と複合化された分子（例えば、ポリペプチド（例えば、抗体））への補体系（Ｃ１ｑ）の最初の成分の結合により開始される。補体活性化を評価するために、例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２：１６３（１９９６）に記載されるような、ＣＤＣアッセイが実施されてもよい。
【０１８２】
一部の実施形態では、抗体は、アゴニスト抗体である。アゴニスト抗体は、抗体が細胞上に発現されたＴＲＥＭ２タンパク質と結合した後、ＮＳＭの１つ以上の活性または機能を誘導し（例えば、増加させ）得る。アゴニスト抗体は、ＮＳＭに結合して活性化して、細胞の増殖に変化を引き起こすか、または抗原提示能を修飾し得る。アゴニスト抗体は、ＮＳＭに結合して活性化し、細胞成長またはアポトーシスの修飾につながる細胞内シグナル伝達経路を誘発し得る。
【０１８３】
一部の実施形態では、抗体は、アンタゴニスト抗体である。アンタゴニスト抗体は、抗体が細胞上で発現されたＴＲＥＭ２タンパク質に結合した後、ＮＳＭの１つ以上の活性または機能を遮断（例えば、減少）させ得る。例えば、アンタゴニスト抗体は、１つ以上のＮＳＭのタンパク質に結合するリガンドに結合して遮断し、細胞の分化及び増殖を防止するか、または抗原提示能を修飾し得る。アンタゴニスト抗体は、リガンドによるＴＲＥＭ２タンパク質に結合して活性化を防止し、結合及び活性化を妨げ、細胞成長及び生存に寄与する細胞内シグナル伝達経路を修飾し得る。
【０１８４】
一部の実施形態では、抗体は、枯渇抗体である。枯渇抗体は、分子の他の免疫細胞との抗体の相互作用を介した接触時に、非刺激性骨髄細胞を殺傷するものである。例えば、抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質を担持する細胞に結合する時、補体タンパク質を捉え、補体依存性細胞溶解を誘導することができる。抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質を持つ細胞に結合する時、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）によりそれらを殺傷するために、Ｆｃ受容体を持つ近隣の細胞も誘発し得る。
【０１８５】
一部の実施形態では、抗体は、中和抗体であり、抗体は、ＮＳＭの１つ以上の生物学的活性を中和する。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ２タンパク質は、非刺激性骨髄細胞の表面に発現され、抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質の細胞外ドメインを認識する。
【０１８６】
一部の実施形態では、抗体は、ＮＳＭに選択的である（ＴＲＥＭ２に優先的に結合する）。特定の実施形態では、ＮＳＭに選択的に結合する抗体は、０．０００１ｎＭ〜１μＭの範囲の解離定数（Ｋｄ）を有する。特定の実施形態では、抗体は、異なる種由来のタンパク質間で保存されるＴＲＥＭ２タンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、選択的結合は、排他的結合を含むが、これを必要としない。
【０１８７】
一実施形態では、標的に結合している抗ＴＲＥＭ２抗体は、それが結合している非刺激性骨髄細胞のインビボでの枯渇を引き起こす原因となる。一部の実施形態では、クラスター化抗体により誘導されるエフェクタータンパク質は、炎症性サイトカインの放出、抗原産生の制御、エンドサイトーシス、または細胞殺傷を含む、様々な応答を誘発し得る。一実施形態では、抗体は、補体を動員及び活性化するか、または抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）をインビボで媒介するか、またはＦｃ受容体をインビボで結合することにより貪食を媒介することが可能である。抗体はまた、結合時に非刺激性骨髄細胞のアポトーシスまたは壊死を誘導することにより、非刺激性骨髄細胞を枯渇させ得る。
【０１８８】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、インビトロであり、ａ）非刺激性骨髄細胞を殺傷すること、ｂ）非刺激性骨髄細胞の磁気ビーズ枯渇；またはｃ）非刺激性骨髄細胞の蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）選別により達成される。
【０１８９】
一部の実施形態では、抗体は、エフェクター分子に結合しているか、またはコンジュゲートされる。特定の実施形態では、抗体は、放射性核種、細胞毒素、化学療法剤、薬物、プロドラッグ、毒素、酵素、免疫調節剤、抗血管新生剤、プロアポトーシス剤、サイトカイン、ホルモン、オリゴヌクレオチド、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡ、第２の抗体、及び第２の抗体フラグメントからなる群より選択される少なくとも１つの治療薬にコンジュゲートされる。
【０１９０】
特定の実施形態では、抗体は、薬物、例えば、毒素、化学療法剤、免疫モジュレーター、または放射性同位元素にコンジュゲートされる。調製ＡＤＣ（抗体薬物コンジュゲート）のいくつかの方法は、当該技術分野で既知であり、例えば、米国特許第８，６２４，００３号（ｐｏｔ法）、同第８，１６３，８８８号（１段階）、及び５，２０８，０２０（２段階法）に記載される。抗体またはその抗原結合フラグメントは、抗原結合性である放射性核種、細胞毒素、化学療法剤、薬物、プロドラッグ、毒素、酵素、免疫調節剤、抗血管新生剤、プロアポトーシス剤、サイトカイン、ホルモン、オリゴヌクレオチド、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡ、第２の抗体、及び第２の抗体フラグメントを含む少なくとも１つの薬剤にコンジュゲートすることができる。
【０１９１】
非刺激性骨髄細胞（ＮＳＭ）
抗ＴＲＥＭ２抗体の使用を含む、非刺激性骨髄細胞（ＮＳＭ）を無効化及び／または検出するための方法及び組成物が本明細書に記載される。ＮＳＭタンパク質を発現する非刺激性骨髄細胞を標的及び／または検出するための方法及び組成物もまた本明細書で提供される。
【０１９２】
その非ヒト個体においてヒトＮＳＭタンパク質の非ヒトホモログに向けられた抗体の使用を含む、非刺激性骨髄細胞を無効化及び／または検出するための方法及び組成物もまた本明細書で提供される。
【０１９３】
本明細書で使用される場合、非刺激性骨髄細胞は、免疫応答を刺激するのに十分に効果的ではない（例えば、刺激性骨髄細胞と比較して腫瘍微小環境における抗腫瘍応答を刺激するのに効果的ではない）骨髄細胞である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞と比較して、抗原（例えば、腫瘍抗原）のＴ細胞への提示に効果的ではないか、または腫瘍特異的Ｔ細胞応答の刺激に効果的ではない。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞と比較して、腫瘍関連抗原のＴ細胞への取り込み、処理、及び／または提示能力の減少を示し得る。非刺激性骨髄細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球を再プライミングする能力の低下を含むか、もしくは能力を全く含まないことがあるか、または一部の場合では、効果的な腫瘍細胞の殺傷を刺激する可能性がない。非刺激性骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞と比較して、限定されないが、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ、及びＭＨＣＩＩを含む、抗原処理、抗原提示、及び／または抗原共刺激に関与する遺伝子及び細胞表面マーカーの発現の低下を示し得る。
【０１９４】
非刺激性骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞と比較した時、限定されないが、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２、ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、ＴＡＰＢＰ、ＰＳＭＥ２、ＣＤ２４ａ、ＣＤ２７４、ＢＴＬＡ、ＣＤ４０、ＣＤ２４４、ＩＣＯＳＬ、ＩＣＡＭ１、ＴＩＭ３、ＰＤＬ２、ＲＡＮＫ、ＦＬＴ３、ＣＳＦ２ＲＢ、ＣＳＦ２ＲＢ２、ＣＳＦ２ＲＡ、ＩＬ１２ｂ、ＸＣＲ１、ＣＣＲ７、ＣＣＲ２、ＣＣＬ２２、ＣＸＣＬ９、及びＣＣＬ５のうちのいずれか１つ以上を含む、交差提示、共刺激、及び／または刺激性サイトカインに関連する遺伝子の発現の低下、ならびに抗炎症性サイトカインＩＬ−１０の発現の増加を示し得る。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、分化及び生存のための転写因子ＩＲＦ４及びサイトカインＧＭ−ＣＳＦまたはＣＳＦ−１によって決まる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）及び一酸化窒素合成酵素（ＮＯＳ）を分泌することにより腫瘍血管新生に寄与して、上皮成長因子（ＥＧＦ）を分泌することにより腫瘍成長を支持し得る。
【０１９５】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、好中球、単球、または樹状細胞（ＤＣ）である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、樹状細胞（ＤＣ）ではない。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、好中球である。
【０１９６】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）である。ＴＡＭは、がん性腫瘍の近くまたは内部に存在するマクロファージであり、循環単球または常在組織マクロファージに由来する。
【０１９７】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞及び刺激性骨髄細胞は、それらが発現するマーカーまたはそれらが選択的に発現するマーカーに基づいて区別される。細胞表面マーカーの発現は、『＋』または『陽性』と記載することができる。細胞表面マーカーの不存在は、『−』または『陰性』と記載することができる。細胞表面マーカーの発現はさらに、『ｈｉｇｈ』（高レベルのマーカーを発現する細胞）または『ｌｏｗ』（低レベルのマーカーを発現する細胞）として記載することができ、これは、細胞表面上の各マーカーの相対的発現を示す。マーカーのレベルは、当該技術分野で既知の種々の方法、例えば、免疫染色及びＦＡＣＳ分析、またはゲル電気泳動及びウェスタンブロッティングにより決定されてもよい。
【０１９８】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、樹状細胞（ＤＣ）である。一部の実施形態では、樹状細胞は、突起または樹状突起のモルホロジーにより区別することができる。一実施形態では、非刺激性樹状細胞は、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ１＋（ＤＣ１細胞とも呼ばれる）である。一実施形態では、非刺激性樹状細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋（ＤＣ２細胞とも呼ばれる）ではない。一実施形態では、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋である樹状細胞は、刺激性骨髄細胞である。
【０１９９】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍関連マクロファージである。一部の実施形態では、例えば、ヒトでは、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である。
【０２００】
一部の実施形態では、本発明の方法及び組成物は、他の哺乳動物、例えば、マウスに、おけるＴＡＭ及びＤＣを標的化するのに有用である。そのような実施形態では、マウスＴＡＭ及びＤＣを、ＴＲＥＭ２抗体と接触させる。一実施形態では、例えば、マウスにおいて、腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈ、及びＣＤ１１ｃｌｏｗ（ＴＡＭ１とも呼ばれる）である。一実施形態では、例えば、マウスにおいて、腫瘍関連マクロファージは、少なくともＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｌｏｗ、及びＣＤ１１ｃｈｉｇｈ（ＴＡＭ２とも呼ばれる）である。本明細書で使用される「ＣＤ１１ｂｈｉｇｈマクロファージ」という用語は、高レベルのＣＤ１１ｂを発現するマクロファージに関する。本明細書で使用される「ＣＤ１１ｂｌｏｗマクロファージ」という用語は、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈマクロファージのレベルよりも実質的に低いレベルのＣＤ１１ｂを表面上に発現するマクロファージに関する。本明細書で使用される「ＣＤ１１ｃｈｉｇｈ」という用語は、高レベルのＣＤ１１ｃを発現するマクロファージに関する。本明細書で使用される「ＣＤ１１ｃｌｏｗマクロファージ」という用語は、Ｃｄ１１ｃｈｉｇｈマクロファージのレベルよりも実質的に低いレベルのＣＤ１１ｃを表面上に発現するマクロファージに関する。
【０２０１】
一部の実施形態では、本発明の非刺激性骨髄細胞は、ＴＡＭ及びＤＣ１細胞のうちの１つ以上を含む。
【０２０２】
一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、本発明の非刺激性骨髄細胞は、ＴＡＭ１、ＴＡＭ２、及びＤＣ１細胞のうちの１つ以上を含む。そのような実施形態では、本発明の非刺激性骨髄細胞を、ＴＲＥＭ２抗体と接触させる。
【０２０３】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍細胞である骨髄細胞である。
【０２０４】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍病変の周縁内または形質転換された腫瘍管内に局在し、それらは、同種のＴ細胞と接触する。一実施形態では、非刺激性骨髄細胞の局在化が修飾され、その結果、細胞は、もはや腫瘍の縁には局在化しないか、またはもはやＴ細胞と接触していない。
【０２０５】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団にある。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞のみを含む免疫細胞の集団にある。本発明の免疫細胞の集団は、純粋であり、均一であり、不均一であり、様々な供給源に由来し（例えば、病変組織、腫瘍組織、健康な組織、細胞バンク）、初代細胞培養物中で維持され、及び／またはｅｘ  ｖｉｖｏ培養で維持されてもよい。
【０２０６】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、腫瘍関連マクロファージである。
【０２０７】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、樹状細胞である。
【０２０８】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ１＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ１＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ１＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ１＋である細胞から本質的になる。
【０２０９】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−である細胞から本質的になる。
【０２１０】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋である細胞から本質的になる。
【０２１１】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｃ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｃ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｃ＋である細胞から本質的になる。
【０２１２】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、及びＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞から本質的になる。
【０２１３】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋である細胞から本質的になる。
【０２１４】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞から本質的になる。
【０２１５】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞を含む。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞からなる。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＢＤＣＡ３−、ＣＤ１１ｂ＋、及びＣＤ１１ｃ＋である細胞から本質的になる。
【０２１６】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋ではない。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋でない細胞を含む。
【０２１７】
一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈ、及びＣＤ１１ｃｌｏｗである。一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈ、及びＣＤ１１ｃｌｏｗである細胞を含む。一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈ、及びＣＤ１１ｃｌｏｗである細胞からなる。一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｈｉｇｈ、及びＣＤ１１ｃｌｏｗである細胞から本質的になる。そのような実施形態では、非刺激性マウス骨髄細胞を、ＴＲＥＭ２抗体と接触させる。
【０２１８】
一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｌｏｗ、及びＣＤ１１ｃｈｉｇｈである。一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｌｏｗ、及びＣＤ１１ｃｈｉｇｈである細胞を含む。一部の実施形態では、例えば、マウスにおいて、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｌｏｗ、及びＣＤ１１ｃｈｉｇｈである細胞からなる。一部の実施形態では、例えば、マウスでは、非刺激性骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１１ｂｌｏｗ、及びＣＤ１１ｃｈｉｇｈである細胞から本質的になる。そのような実施形態では、非刺激性マウス骨髄細胞を、ＴＲＥＭ２抗体と接触させる。
【０２１９】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、がん組織にある。
【０２２０】
一部の実施形態では、免疫細胞の集団は、がん組織にある。
【０２２１】
一部の実施形態では、非刺激性細胞及び刺激性骨髄細胞は、がん組織にある。
【０２２２】
一部の実施形態では、生体試料は、非刺激性骨髄細胞及び刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団を含む。
【０２２３】
ＮＳＭ細胞は、腫瘍組織に存在し且つＮＳＭ細胞マーカーの発現により他の細胞型と区別され得るＤＣ１、ＴＡＭ１、及びＴＡＭ２細胞を総称的に指し得る。例えば、ＳＤＣよりもＮＳＭ細胞において豊富に発現または翻訳される遺伝子及び関連タンパク質は、ＮＳＭマーカーとして作用し得る。例示的なＮＳＭマーカーは、ＣＤ１１ｂである。追加の例示的なＮＳＭマーカーを、表Ａに示す。ＮＳＭ細胞は、ＴＲＥＭ２、ＭＳ４Ａ７、Ｃ５ＡＲ１、ＬＹＶＥ１、ＡＢＣＣ３、ＬＩＬＲＢ４、ＭＲＣ１／ＣＤ２０６、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＴＡＢ１、ＴＭＥＭ３７、ＭＥＲＴＫ、及びＴＭＥＭ１１９を細胞表面上に発現し得る。一部の態様では、ＮＳＭ細胞は、ＫＩＴ、ＣＣＲ７、ＢＡＴＦ３、ＦＬＴ３、ＺＢＴＢ４６、ＩＲＦ８、ＢＴＬＡ、ＭＹＣＬ１、ＣＬＥＣ９Ａ、ＢＤＣＡ３、及びＸＣＲ１のうちの少なくとも１つを発現しない。
【０２２４】
一実施形態では、ＮＳＭ細胞は、表Ａに列挙されるＮＳＭマーカー遺伝子のうちの１つ以上を発現する。別の実施形態では、ＮＳＭ細胞は、表Ｄに列挙されたＮＳＭマーカーのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、またはそれ以上を発現する。別の実施形態では、ＮＳＭ細胞は、表Ｄに列挙されたＮＳＭマーカーのうちのほとんどまたは全てを発現する。別の実施形態では、ＮＳＭ細胞は、ＭＲＣ１、ＭＳ４Ａ７、Ｃ１ＱＣ、ＡＰＯＥ、Ｃ１ＱＢ、Ｃ１ＱＡ、及びＣ５ＡＲ１を発現するものとして同定される。
【０２２５】
（表Ｄ）
2021506244.tif 000006
【０２２６】
刺激性骨髄細胞
本明細書で使用される場合、刺激性骨髄細胞（特定の態様ではＳＤＣとも呼ばれる）は、免疫応答を刺激するのに有効な骨髄細胞である（例えば、非刺激性骨髄細胞と比較して、腫瘍微小環境で抗腫瘍応答を刺激するのにより効果的である）。一部の実施形態では、刺激性骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞と比較して、抗原（例えば、腫瘍抗原）をＴ細胞に提示するのに有効であるか、または腫瘍特異的Ｔ細胞応答を刺激するのに有効である。一部の実施形態では、刺激性骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞と比較して、腫瘍関連抗原のＴ細胞への取り込み、処理、及び／または提示能力の増加を示し得る。刺激性骨髄細胞は、細胞障害性Ｔリンパ球を再プライミングするか、または、一部の場合では、非刺激性骨髄細胞と比較して効果的な腫瘍細胞殺傷を刺激する能力の増加を有し得る。刺激性骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞と比較して、限定されないが、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ、及びＭＨＣＩＩを含む、抗原処理、抗原提示、及び／または抗原共刺激に関与する遺伝子及び細胞表面マーカーのより高い発現を示し得る。
【０２２７】
例示的な刺激性骨髄細胞マーカーを、表Ａに列挙する。例えば、ヒトＳＤＣでは、Ｘｃｒ１、Ｃｌｅｃ９ａ、及びＢＤＣＡ３（ＣＤ１４１）の発現が、ＳＤＣ同定のマーカーである。マウスでは、ＣＤ１０３は、ＳＤＣ同一性の強力なマーカーとして使用することもできるが、ヒトＳＤＣでは発現されないことに留意されるであろう。
【０２２８】
一実施形態では、ＳＤＣは、樹状細胞同一性を有し且つ表Ａに列挙されるＳＤＣマーカーのうちの１つ以上も発現する腫瘍浸潤性骨髄細胞である。別の実施形態では、ＳＤＣは、樹状細胞の同一性を有し且つ表Ａに列挙されるＳＤＣマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９、または全てをも発現する腫瘍浸潤性骨髄細胞である。別の実施形態では、ＳＤＣは、ＢＤＣＡ３、ＫＩＴ、ＣＣＲ７、ＢＡＴＦ３、ＦＬＴ３、ＺＢＴＢ４６、ＩＲＦ８、ＢＴＬＡ、ＭＹＣＬ１、ＸＣＲ１、及びＣＬＥＣ９Ａを発現する腫瘍浸潤性骨髄樹状細胞として同定される。ＳＤＣの細胞は、ＫＩＴ、ＣＣＲ７、ＢＡＴＦ３、ＦＬＴ３、ＺＢＴＢ４６、ＩＲＦ８、ＢＴＬＡ、ＭＹＣＬ１、ＣＬＥＣ９Ａ、ＢＤＣＡ３、及びＸＣＲ１のうちの少なくとも１つを発現し得る。一部の実施形態では、ＳＤＣは、ＴＲＥＭ２、ＭＳ４Ａ７、Ｃ５ＡＲ１、ＬＹＶＥ１、ＡＢＣＣ３、ＬＩＬＲＢ４、ＭＲＣ１／ＣＤ２０６、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＴＡＢ１、ＴＭＥＭ３７、ＭＥＲＴＫ、及び／またはＴＭＥＭ１１９を細胞表面上に実質的に発現しない。一部の実施形態では、ＳＤＣは、Ｃ５ＡＲ１、ＬＹＶＥ１、ＡＢＣＣ３、ＭＲＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＴＡＢ１、Ｃ１ＱＢ、Ｃ１ＱＡ、ＴＭＥＭ３７、ＭＥＲＴＫ、Ｃ１ＱＣ、ＴＭＥＭ１１９、ＭＳ４Ａ７、ＡＰＯＥ、ＣＹＰ４Ｆ１８、ＴＲＥＭ２、ＴＬＲ７、及び／またはＬＩＬＲＢ４を実質的に発現しない。フローサイトメトリー及びＰＣＲは、他の技術的に認められているアッセイの中で、本明細書に開示のマーカーの発現を評価するために使用することができる。
【０２２９】
刺激骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋であり得る。刺激骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、及びＢＤＣＡ３＋であり得る。刺激骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、及びＢＤＣＡ３＋であり得る。刺激骨髄細胞は、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、及びＢＤＣＡ３＋であり得る。
【０２３０】
タンパク質、ヌクレオチド、及びホモログ
ＮＳＭタンパク質を発現する非刺激性ヒト骨髄細胞を無効化及び／または検出するための方法及び組成物が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本発明は、ＮＳＭタンパク質ホモログを発現する非ヒト哺乳動物細胞からの非刺激性骨髄細胞を無効化及び／または検出することに関する。例えば、マウスのＮＳＭタンパク質は、ヒトホモログと同等の制限された発現パターンを発現し得る。従って、一実施形態では、ＮＳＭタンパク質を発現する非刺激性マウス骨髄細胞を無効化及び／または検出するための方法及び組成物が本明細書で提供される。類似の発現パターンを有する、ＮＳＭタンパク質のホモログを発現する任意の個体由来の非刺激性細胞を無効化及び／または検出するための類似の方法及び組成物も本明細書に提供され、その細胞は、ＮＳＭタンパク質と同等の発現パターンを示す。
【０２３１】
ＮＳＭタンパク質またはヌクレオチドは、Ｃ５ＡＲ１、ＬＹＶＥ１、ＡＢＣＣ３、ＭＲＣ１、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＴＡＢ１、Ｃ１ＱＢ、Ｃ１ＱＡ、ＴＭＥＭ３７、ＭＥＲＴＫ、Ｃ１ＱＣ、ＴＭＥＭ１１９、ＭＳ４Ａ７、ＡＰＯＥ、ＣＹＰ４Ｆ１８、ＴＲＥＭ２、ＴＬＲ７、及びＬＩＬＲＢ４、ならびにそのホモログのうちの少なくとも１つ以上を含み得る。ＳＤＣタンパク質またはヌクレオチドは、ＫＩＴ、ＣＣＲ７、ＢＡＴＦ３、ＦＬＴ３、ＺＢＴＢ４６、ＩＲＦ８、ＢＴＬＡ、ＭＹＣＬ１、ＣＬＥＣ９Ａ、ＢＤＣＡ３、及びＸＣＲ１、及びそれらのホモログのうちの少なくとも１つ以上を含み得る。細胞表面ＮＳＭタンパク質は、ＴＲＥＭ２、ＭＳ４Ａ７、Ｃ５ＡＲ１、ＬＹＶＥ１、ＡＢＣＣ３、ＬＩＬＲＢ４、ＭＲＣ１／ＣＤ２０６、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＴＡＢ１、ＴＭＥＭ３７、ＭＥＲＴＫ、及びＴＭＥＭ１１９のうちの少なくとも１つ以上を含み得る。細胞表面のＮＳＭタンパク質は、１つ以上の抗ＴＲＥＭ２抗体を単独または組み合わせて標的とすることができる。一般に、ＮＳＭは、ＮＳＭタンパク質またはヌクレオチドについて陽性であり、ＳＤＣタンパク質またはヌクレオチドについて陰性であり、逆に、ＳＤＣは一般に、ＳＤＣタンパク質またはヌクレオチドについて陽性であり、ＮＳＭタンパク質またはヌクレオチドについて陰性である。
【０２３２】
本明細書に記載の抗体は、少なくとも１つのポリペプチドを含むが、それらは通常、ＨＣ／ＬＣの二量体、すなわち４つのポリペプチド、を含む。本明細書に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもまた記載される。抗体は通常、単離される。
【０２３３】
本明細書中で使用される場合、「単離された」は、天然の細胞培養環境の構成成分から同定及び分離及び／または回収されている薬剤（例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド）を意味する。自然環境の汚染構成成分は、抗体の診断的使用または治療的使用を妨げ、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質を含み得る物質である。単離されたは、例えば、ヒトの介入により、合成的に生成されている薬剤も指す。
【０２３４】
「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを指すために本明細書で互換的に使用される。つまり、ポリペプチドに関する説明は、ペプチドの記載及びタンパク質の記載に等しく適用され、逆もまた同様である。用語は、天然に存在するアミノ酸ポリマー及び１つ以上のアミノ酸残基が非天然にコードされたアミノ酸であるアミノ酸ポリマーに適用される。本明細書で使用される場合、用語は、アミノ酸残基が共有ペプチド結合により連結されている、全長タンパク質を含む、任意の長さのアミノ酸鎖を包含する。
【０２３５】
「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸及び天然に存在しないアミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸アナログ及びアミノ酸模倣体を指す。天然にコードされているアミノ酸は、２０の一般的なアミノ酸（アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プラリン、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、及びバリン）ならびにピロリシン及びセレノシステインである。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的化学構造を有する化合物、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム、に結合している炭素、を指す。そのようなアナログは、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本的な化学構造を保持する。アミノ酸への言及は、例えば、天然に存在するタンパク質新生Ｌ−アミノ酸；Ｄ−アミノ酸、アミノ酸多様体及び誘導体などの化学修飾アミノ酸；β−アラニン、オルニチンなどの天然に存在する非タンパク新生アミノ酸；ならびにアミノ酸に特徴的である当技術分野で既知の特性を有する化学合成された化合物を含む。天然に存在しないアミノ酸の例としては、α−メチルアミノ酸（例えば、α−メチルアラニン）、Ｄ−アミノ酸、ヒスチジン様アミノ酸（例えば、２−アミノ−ヒスチジン、β−ヒドロキシ−ヒスチジン、ホモヒスチジン）、側鎖に追加のメチレンを有するアミノ酸（「ホモ」アミノ酸）、及び側鎖のカルボン酸官能基がスルホン酸基で置換されたアミノ酸（例えば、システイン酸）が挙げられるが、これらに限定されない。合成非天然アミノ酸、置換アミノ酸、または１つ以上のＤ−アミノ酸を含む非天然アミノ酸の、本発明のタンパク質への組み込みは、異なる多数の方法で有利であり得る。Ｄ−アミノ酸含有ペプチドなどは、Ｌ−アミノ酸含有対応物と比較して、インビトロまたはインビボでの安定性の増加を示す。従って、より高い細胞内安定性が要求または必要される時、Ｄ−アミノ酸を組み込んだペプチドの構築物などは、特に有用であり得る。より具体的には、Ｄ−ペプチドなどは、内因性のペプチダーゼ及びプロテアーゼに対して耐性を示し、それにより、分子の生物学的利用能の改善及びそのような特性が要求される時のインビボでの寿命の延長が提供される。さらに、Ｄ−ペプチドなどは、ヘルパーＴ細胞への主要組織適合遺伝子複合体クラスＩＩ制限提示のために効率的に処理することができず、それ故、生物全体における体液性免疫応答を誘導する可能性が低い。
【０２３６】
アミノ酸は、本明細書では、一般に公知の３文字記号またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会が推奨する１文字記号のいずれかで呼ばれてもよい。同様に、ヌクレオチドは、一般に是認されている１文字コードで呼ばれてもよい。
【０２３７】
本発明では、抗体のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドも含まれる。「ポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド配列」という用語は、２つ以上のヌクレオチド分子の連続ストレッチを示すことが意図される。ヌクレオチド配列は、ゲノム、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、半合成もしくは合成起源、またはそれらの任意の組み合わせのものであり得る。
【０２３８】
「核酸」という用語は、デオキシリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシド、またはリボヌクレオチド、及び一本鎖または二本鎖のいずれかの形態のそれらのポリマーを指す。特に限定のない限り、用語は、参照核酸と類似の結合特性を有し且つ天然に存在するヌクレオチドと類似の方法で代謝される天然ヌクレオチドの既知のアナログを含有する核酸を包含する。特に別途限定がない限り、用語は、ＰＮＡ（ペプチド核酸）を含むオリゴヌクレオチドアナログ、アンチセンス技術で使用されるＤＮＡのアナログ（ホスホロチオエート、ホスホロアミデートなど）も指す。別途明記のない限り、特定の核酸配列は、保存的に修飾されたその多様体（縮重コドン置換を含むが、これに限定されない）及び相補的配列、ならびに明示的に示された配列も暗黙的に包含する。具体的には、縮重コドン置換は、１つ以上の選択された（または全ての）コドンの３番目の位置が混合塩基及び／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することにより達成されてもよい（Ｂａｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１９：５０８１（１９９１）；Ｏｈｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：２６０５−２６０８（１９８５）；Ｒｏｓｓｏｌｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ  ８：９１−９８（１９９４））。
【０２３９】
「保存的に修飾された多様体」は、アミノ酸及び核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、「保存的に修飾された多様体」は、同一もしくは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸、または核酸がアミノ酸配列をコードしない場合、本質的に同一の配列を指す。遺伝コードの縮重のため、多数の機能的に同一の核酸は、任意の所与のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、及びＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードする。従って、アラニンがコドンにより指定される全ての位置で、コドンは、コードされたポリペプチドを改変することなく、記載された対応するコドンのうちのいずれかに改変することができる。そのような核酸変異は、「サイレント変異」であり、これは、保存的に修飾された変化の１種である。ポリペプチドをコードする本明細書の全ての核酸配列はまた、核酸のあらゆる可能なサイレント変異について説明する。核酸中の各コドン（通常、メチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧ、及び通常、トリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧを除く）が、機能的に同一の分子を生じるように修飾することができることを、当業者は、認識するであろう。従って、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、記載された各配列に内在する。
【０２４０】
アミノ酸配列に関して、当業者は、コードされた配列の単一アミノ酸または少量のアミノ酸を変更、付加、または欠失する、核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列への個々の置換、欠失、または付加は、変更がアミノ酸の欠失、アミノ酸の付加、またはアミノ酸の化学的に類似したアミノ酸での置換をもたらす「保存的に修飾された多様体」であることを認識するであろう。機能的に類似したアミノ酸を提供する保存的置換の表は、当業者らに既知である。そのような保存的に修飾された多様体は、本明細書に記載の多形多様体、種間ホモログ、及び対立遺伝子に加えられ、それらを除外しない。
【０２４１】
機能的に類似したアミノ酸を提供する保存的置換の表は、当業者らに既知である。次の８つのグループは、互いに保存的な置換であるアミノ酸を含有する：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ  Ｈ  Ｆｒｅｅｍａｎ  ＆  Ｃｏ．；２ｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｄｅｃｅｍｂｅｒ  １９９３）を参照のこと）。
【０２４２】
２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈における「同一の」またはパーセント「同一性」という用語は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。比較ウィンドウ、あるいは以下の配列比較アルゴリズム（もしくは当業者らが利用可能な他のアルゴリズム）のものを使用して、または手動のアラインメント及び目視検査により、測定されるような設計領域にわたり最大の一致を得るために比較及びアラインされる時に、配列は、同じ（すなわち、指定される領域にわたり約６０％の同一性、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％の同一性）であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの割合を有する場合、「実質的に同一」である。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、ＭＥＧＡＬＩＧＮ（ＤＮＡＳＴＡＲ）、ＣＬＵＳＴＡＬＷ、ＣＬＵＳＴＡＬ  ＯＭＥＧＡ、またはＭＵＳＣＬＥソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当該技術分野の範囲内にある種々の方法で達成することができる。この定義は、試験配列の補完物も指す。同一性は、少なくとも約５０のアミノ酸もしくはヌクレオチド長である領域にわたって、または７５〜１００のアミノ酸もしくはヌクレオチド長である領域にわたって、または指定されている場合、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチドの全配列にわたって、存在し得る。ヒト以外の種由来のホモログを含む本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、本明細書に記載のポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントを有する標識プローブを用いて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でライブラリーをスクリーニングするステップ、ならびに該ポリヌクレオチド配列を含有する全長ｃＤＮＡ及びゲノムクローンを単離するステップを含むプロセスにより、得られてもよい。そのようなハイブリダイゼーション技術は、当業者に周知である。
【０２４３】
配列比較のために、通常、試験配列が比較される１つの配列が、参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する時、試験配列及び参照配列をコンピューターに入力し、必要に応じて、部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。デフォルトプログラムパラメーターを使用することができ、または代替のパラメーターを指定することができる。次に、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメーターに基づいて、参照配列と比較した試験配列についてのパーセント配列同一性を計算する。
【０２４４】
本明細書で使用される「比較ウィンドウ」は、２つの配列が最適にアラインされた後、配列が同数の連続した位置の参照配列と比較され得る、２０〜６００、通常は、約５０〜約２００、より通常は、約１００〜約１５０からなる群より選択される連続した位置の数のうちのいずれか１つのセグメントへの言及を含む。比較のために配列をアラインさせる方法は、当業者らに既知である。限定されないが、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９７０）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ｃの局所相同性アルゴリズムによるもの、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の相同性アラインメントアルゴリズムによるもの、Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：２４４４の類似性の検索方法によるもの、これらのアルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ（ウィスコンシン州マディソンサイエンスドライブ５７５）のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）のコンピューターによる実行によるもの、または手動アラインメント及び目視検査（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９５  ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）を参照のこと）によるものを含む、比較のための配列の最適なアラインメントを実行することができる。
【０２４５】
パーセント配列同一性及び配列類似性を決定するのに適するアルゴリズムの一例は、ＢＬＡＳＴ及びＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、これらは、それぞれＡｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２、及びＡｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０に記載される。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖのワールド・ワイド・ウェブで入手可能な国立バイオテクノロジー情報センター（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）により公的に入手可能である。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、Ｔ、及びＸは、アラインメントの感度及び速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列用）は、デフォルトとして１１のワード長（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）または、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、及び両鎖の比較を使用する。アミノ酸配列の場合、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、３のワード長、及び１０の期待値（Ｅ）、及びＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスは、５０の（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ａｎｄ  Ｈｅｎｉｋｏｆｆ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１０９１５を参照のこと）アラインメント（Ｂ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、及び両鎖の比較を使用する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムは通常、「低複雑度」フィルターをオフにして実施される。
【０２４６】
ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまた、２つの配列間の類似性の統計分析を実施する（例えば、Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：５８７３−５７８７を参照のこと）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供される類似性の１つの尺度は、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））であり、これは、２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然に起こる確率の指標を提供する。例えば、試験核酸の参照核酸との比較における最小合計確率が約０．２未満、または約０．０１未満、または約０．００１未満である場合、核酸は、参照配列と類似であると考えられる。
【０２４７】
「選択的（または特異的）にハイブリダイズする」という表現は、その配列が複雑な混合物（細胞またはライブラリーＤＮＡまたはＲＮＡを含むが、これらに限定されない）中に存在する場合、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で特定のヌクレオチド配列のみへの分子の結合、二重化、またはハイブリダイゼーションを指す。
【０２４８】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という表現は、当該技術分野で既知のように、低イオン強度及び高温の条件下でのＤＮＡ、ＲＮＡ、もしくは他の核酸、またはそれらの組み合わせの配列のハイブリダイゼーションを指す。通常、ストリンジェントな条件下では、プローブは、核酸の複雑な混合物（限定されないが、全細胞またはライブラリーのＤＮＡまたはＲＮＡを含む）の標的部分配列にハイブリダイズすることになるが、複雑な混合物の他の配列にはハイブリダイズしない。厳しい条件は、配列に依存し、異なる状況により異なるであろう。より長い配列は、特に高温でハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションに対する広範なガイドは、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ｐｒｏｂｅｓ，“Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ａｓｓａｙｓ”（１９９３）にみられる。
【０２４９】
本明細書で使用される場合、「操作、操作された、操作すること」という用語は、ペプチド骨格の任意の操作、または天然に存在するもしくは組み換えのポリペプチドまたはそのフラグメントの翻訳後修飾を含むと考えられる。操作は、アミノ酸配列の変更、グリコシル化パターンの変更、または個々のアミノ酸の側鎖基の変更、及びこれらのアプローチの組み合わせを含む。設計されたタンパク質は、標準的な分子生物学技術により発現及び生成される。
【０２５０】
「単離核酸分子またはポリヌクレオチド」は、天然環境から取り出されている核酸分子、ＤＮＡ、またはＲＮＡを意味する。例えば、ベクターに含有されるポリペプチドをコードする組み換えポリヌクレオチドは、単離されていると考えられる。単離ポリヌクレオチドのさらなる例は、異種宿主細胞または溶液中で（部分的にもしくは実質的に）精製されたポリヌクレオチド内で維持される組み換えポリヌクレオチドを含む。単離ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド分子を通常含有する細胞に含有されるポリヌクレオチド分子を含むが、ポリヌクレオチド分子は、染色体外に、または天然の染色体の場所とは異なる染色体の場所に存在する。単離ＲＮＡ分子は、インビボまたはインビトロのＲＮＡ転写産物、ならびにポジティブ鎖及びネガティブ鎖形態、ならびに二本鎖形態を含む。本明細書に記載の単離ポリヌクレオチドまたは核酸はさらに、例えば、ＰＣＲまたは化学合成を介して、合成的に生成されるような分子を含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、特定の実施形態では、プロモーター、リボソーム結合部位、または転写ターミネーターなどの制御エレメントを含む。
【０２５１】
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という用語は一般に、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されるように、インビトロで所望のヌクレオチド配列を増幅するための方法を指す。一般に、ＰＣＲ法は、テンプレート核酸に優先的にハイブリダイズすることが可能なオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、プライマー伸長合成の反復サイクルを含む。
【０２５２】
本発明の参照ヌクレオチド配列と少なくとも、例えば、９５％「同一」のヌクレオチド配列を有する核酸またはポリヌクレオチドにより、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド配列が、参照ヌクレオチド配列の各１００ヌクレオチド当たり最大５つの点変異を含み得ることを除いて、参照配列と同一であることが意図される。換言すれば、参照ヌクレオチド配列と少なくとも９５％同一のヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを得るために、参照配列中のヌクレオチドの最大５％が、欠失しているか、もしくは別のヌクレオチドで置換されていてもよく、または参照配列中の全ヌクレオチドの最大５％のヌクレオチド数が、参照配列中に挿入されてもよい。参照配列のこれらの変更は、参照配列の残基間、または参照配列内の１つ以上の隣接基のいずれかに点在する参照ヌクレオチド配列の５’もしくは３’末端に、またはそれらの末端位置間のいずれかに生じ得る。実際問題として、特定のポリヌクレオチド配列が本発明のヌクレオチド配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるかどうかは、ポリペプチド（例えば、ＡＬＩＧＮ−２）について上記で考察したものなどの既知のコンピュータープログラムを使用して、通常決定することができる。
【０２５３】
ポリペプチドの誘導体または多様体は、誘導体または多様体のアミノ酸配列が元のペプチドに由来する１００アミノ酸配列と少なくとも５０％の同一性を有する場合、ペプチドと「相同性」を共有するか、または「相同」であると言われる。特定の実施形態では、誘導体または多様体は、誘導体と同数のアミノ酸残基を有するペプチドまたはペプチドのフラグメントのいずれかと少なくとも７５％同じである。特定の実施形態では、誘導体または多様体は、誘導体と同数のアミノ酸残基を有するペプチドまたはペプチドのフラグメントのいずれかと少なくとも８５％同じである。特定の実施形態では、誘導体のアミノ酸配列は、誘導体と同数のアミノ酸残基を有するペプチドまたはペプチドのフラグメントと少なくとも９０％同じである。一部の実施形態では、誘導体のアミノ酸配列は、誘導体と同数のアミノ酸残基を有するペプチドまたはペプチドのフラグメントと少なくとも９５％同じである。特定の実施形態では、誘導体または多様体は、誘導体と同数のアミノ酸残基を有するペプチドまたはペプチドのフラグメントのいずれかと少なくとも９９％同じである。
【０２５４】
本明細書で使用される「修飾された」という用語は、ポリペプチドの長さ、アミノ酸配列、化学構造、翻訳同時修飾、またはポリペプチドの翻訳後修飾の変更などの、所与のポリペプチドになされた任意変更を指す。形態「（修飾された）」用語は、検討されるポリペプチドが任意に修飾され、つまり、検討中のポリペプチドが修飾または未修飾であり得ることを意味する。
【０２５５】
一部の態様では、ポリペプチドは、本明細書に開示の表（複数可）またはアクセッション番号（複数可）に記載される関連（例えば、ポリペプチド及び／または抗体）アミノ酸配列またはそのフラグメントと少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％と同一であるアミノ酸配列を含む。一部の態様では、本明細書に開示の単離抗体またはタンパク質は、本明細書に開示の表（複数可）またはアクセッション番号（複数可）に記載される関連ヌクレオチド配列またはそのフラグメントと少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％の同一であるポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む。一部の態様では、ヌクレオチド配列は、本明細書に開示の表（複数可）またはアクセッション番号（複数可）に記載されるような本明細書に開示のヌクレオチド配列と少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。
【０２５６】
医薬組成物
本出願は、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤と共に、本明細書に記載の抗体のうちのいずれか１つ以上を含む医薬組成物を含む、抗体を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、組成物は、無菌である。医薬組成物は一般に、有効量の抗体を含む。
【０２５７】
これらの組成物は、本明細書に開示の抗体のうちの１つ以上に加えて、薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝液、安定剤、または当業者らに周知の他の物質を含み得る。そのような物質は、無毒であるべきであり、有効成分の有効性を妨げてはならない。担体または他の物質の正確な性質は、投与経路、例えば、経口、静脈内、皮膚または皮下、鼻腔、筋肉内、腹腔内経路に依存し得る。
【０２５８】
経口投与のための医薬組成物は、錠剤、カプセル剤、散剤、または液体形態であり得る。錠剤は、ゼラチンまたはアジュバントなどの固体担体を含み得る。液体医薬組成物は一般に、水、石油、動物もしくは植物油、鉱油、または合成油などの液体担体を含む。生理食塩水、デキストロースもしくは他の糖類溶液、またはグリコール、例えば、エチレングリコール、プロピレングリコール、もしくはポリエチレングリコールを含むことができる。
【０２５９】
静脈内、皮膚もしくは皮下注射、または罹患部位での注射のために、活性成分は、発熱性物質不含であり、好適なｐＨ、等張性、及び安定性を有する非経口的に許容される水溶液の形態であろう。当業者らは、例えば、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、乳酸加リンガー注射液などの等張性ビヒクルを使用して、好適な溶液を十分に調製することができる。必要に応じて、保存剤、安定剤、緩衝剤、抗酸化剤、及び／または他の添加剤を含むことができる。
【０２６０】
それが、個体に与えられるべきポリペプチド、抗体（例えば、抗ＴＲＥＭ２抗体）、核酸、小分子、または他の薬学的に有用な化合物であるかどうかに関わらず、投与は、「治療的有効量」または「予防的有効量」（場合によっては、治療であり得るが、予防は、治療と考えることができる）であることが好ましく、これは、個体に有益性を示すのに十分である。投与される実際の量、ならびに投与の速度及び経過は、処置されるタンパク質凝集疾患の性質及び重症度に依存するであろう。処置の製剤化、例えば、投薬量の決定などは、一般開業医及び他の医師の責任の範囲内であり、通常、処置されるべき障害、個々の対象の状態、分娩部位、投与方法、及び開業医に既知の他の要因を考慮に入れる。上述の技術及びプロトコールの例としては、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．（ｅｄ），１９８０に見出され得る。
【０２６１】
組成物は、処置されるべき状態に応じて、単独でまたは他の処置と組み合わせて、同時にまたは連続的に投与することができる。
【０２６２】
方法
調製方法
本明細書に記載の抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載されるような、組み換え方法及び組成物を使用して産生され得る。
【０２６３】
一実施形態では、本明細書に記載の抗体をコードする単離核酸が提供される。そのような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／またはＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／または重鎖）または単一ドメイン抗体のＶＨＨを含むアミノ酸配列をコードしてもよい。さらなる実施形態では、そのような核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。一実施形態では、核酸は、マルチシストロニックベクターで提供される。さらなる実施形態では、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような一実施形態では、宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗原結合ポリペプチド構築物のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、または、（２）抗原結合ポリペプチド構築物のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクター及び抗原結合ポリペプチド構築物のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクター、を含む（例えば、形質転換されている）。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、またはヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）細胞、またはリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施形態では、抗体を作製する方法が提供され、方法は、抗体の発現に適する条件下で、上で提供されるように、抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を培養する、及び、任意に、宿主細胞（または宿主細胞培地）から抗体を回収することを含む。
【０２６４】
抗体の組み換え産生の場合、例えば、上述されるような抗体をコードする核酸は、単離され、宿主細胞におけるさらなるクローニング及び／または発現のための１つ以上のベクターに挿入される。そのような核酸は、従来の手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することが可能であるオリゴヌクレオチドプローブを使用することにより）容易に単離及び配列決定されてもよい。
【０２６５】
「実質的に精製された」という用語は、天然に存在する環境にみられるようなタンパク質に通常付随するか、またはそれと相互作用する構成成分が実質的または本質的に不含であり得る本明細書に記載の構築物、またはその多様体を指し、すなわち、天然の細胞または特定の実施形態では、細胞外物質に実質的に含まない組み換え産生されたヘテロマルチマーの場合の宿主細胞は、混入タンパク質の約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、または約１％未満（乾燥重量で）を有するタンパク質の調製を含む。ヘテロマルチマーまたはその多様体が宿主細胞により組み換え産生される時、特定の実施形態におけるタンパク質は、細胞の乾燥重量の約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、約５％、約４％、約３％、約２％、または約１％以下で存在する。ヘテロマルチマーまたはその多様体が宿主細胞により組み換え産生される時、タンパク質は、特定の実施形態では、細胞の乾燥重量の約５ｇ／Ｌ、約４ｇ／Ｌ、約３ｇ／Ｌ、約２ｇ／Ｌ、約１ｇ／Ｌ、約７５０ｍｇ／Ｌ、約５００ｍｇ／Ｌ、約２５０ｍｇ／Ｌ、約１００ｍｇ／Ｌ、約５０ｍｇ／Ｌ、約１０ｍｇ／Ｌ、または約１ｍｇ／Ｌ以下で、培地中に存在する。特定の実施形態では、本明細書に記載の方法により生成される「実質的に精製された」ヘテロマルチマーは、ＳＤＳ／ＰＡＧＥ分析、ＲＰ−ＨＰＬＣ、ＳＥＣ、及びキャピラリー電気泳動などの適切な方法により決定された、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％の精製レベル、具体的には、少なくとも約７５％、８０％、８５％の精製レベル、より具体的には、少なくとも約９０％の精製レベル、少なくとも約９５％の精製レベル、少なくとも約９９％の精製レベル、またはそれ以上を有する。
【０２６６】
抗体をコードするベクターのクローニングまたは発現に適する宿主細胞は、本明細書に記載の原核細胞または真核細胞を含む。
【０２６７】
「組み換え宿主細胞」または「宿主細胞」は、挿入、例えば、直接的な取り込み、形質導入、ｆ−交配、または組み換え宿主細胞を作製するための当技術分野で既知の他の方法、に使用される方法に関係なく、外因性ポリヌクレオチドを含む細胞を指す。外因性ポリヌクレオチドは、非統合ベクター、例えば、プラスミドとして維持されても、あるいは、宿主ゲノムに組み込まれてもよい。宿主細胞は、ＣＨＯ、ＣＨＯの誘導体、ＮＳ０、Ｓｐ２Ｏ、ＣＶ−１、ＶＥＲＯ−７６、ＨｅＬａ、ＨｅｐＧ２、Ｐｅｒ．Ｃ６、またはＢＨＫを含み得る。
【０２６８】
本明細書で使用される場合、「真核生物（ｅｕｋａｒｙｏｔｅ）」という用語は、系統発生ドメイン真核生物（Ｅｕｃａｒｙａ）、例えば、動物（限定されないが、哺乳動物、昆虫、爬虫類、鳥などを含む）、繊毛虫、植物（限定されないが、単子葉植物、双子葉植物、藻類などを含む）、菌類、酵母、鞭毛虫、微胞子虫、原生生物などに属する生物を指す。
【０２６９】
本明細書で使用される場合、「原核生物（ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅ）」という用語は、原核生物（ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃ  ｏｒｇａｎｉｓｍｓ）を指す。例えば、非真核生物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａ（限定されないが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａなどを含む）系統発生ドメイン、または古細菌（限定されないが、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、例えば、Ｈａｌｏｆｅｒａｘ  ｖｏｌｃａｎｉｉ及びＨａｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種ＮＲＣ−１、Ａｒｃｈａｅｏｇｌｏｂｕｓ  ｆｕｌｇｉｄｕｓ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｒｉｏｓｕｓ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｒｉｋｏｓｈｉｉ、Ａｅｕｒｏｐｙｒｕｍ  ｐｅｒｎｉｘなどを含む）系統発生ドメインに属し得る。
【０２７０】
例えば、抗体は、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合に、細菌で産生されてもよい。細菌における抗体フラグメント及びポリペプチドの発現では、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号、及び同第５，８４０，５２３号、（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ．）における抗体フラグメントの発現について記載するＣｈａｒｌｔｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３），ｐｐ．２４５−２５４も参照のこと）を参照のこと。発現後、抗体は、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離されてもよく、さらに精製することができる。
【０２７１】
原核生物に加えて、糸状菌または酵母菌などの真核微生物は、真菌及び酵母菌系統を含む抗体をコードするベクターのための好適なクローニングまたは発現宿主であり、このグリコシル化経路は、「ヒト化」されており、ヒトグリコシル化パターンを部分的または完全に含む抗体の産生をもたらす。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２２：１４０９−１４１４（２００４）、及びＬｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２４：２１０−２１５（２００６）を参照のこと。
【０２７２】
グリコシル化抗体の発現に好適な宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）に由来する。無脊椎動物細胞の例としては、植物及び昆虫細胞が挙げられる。昆虫細胞、特に、トランスフェクションの場合、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞、と共に使用され得る多数のバキュロウイルス系統が同定されている。
【０２７３】
植物細胞培養は、宿主として利用することもできる。例えば、（トランスジェニック植物において抗体を産生するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術について説明する）米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、及び同第６，４１７，４２９号を参照のこと。
【０２７４】
脊椎動物細胞はまた、宿主として使用されてもよい。例えば、懸濁液中で成長するように適合される哺乳動物細胞株が有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０により形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７）；ヒト胚腎臓株（例えば、Ｇｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．３６：５９（１９７７）に記載されるような２９３または２９３細胞）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３−２５１（１９８０）に記載されるようなＴＭ４細胞）；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸がん細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ  ０６０５６２）；例えば、Ｍａｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ  Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４−６８（１９８２）に記載されるようなＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株としては、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Ｕｒｌａｕｂ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７７：４２１６（１９８０））；ならびにＹ０、ＮＳ０、及びＳＰ２／０などの骨髄腫細胞株が挙げられる。抗体産生に適する特定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Ｙａｚａｋｉ  ａｎｄ  Ｗｕ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．），ｐｐ．２５５−２６８（２００３）を参照のこと。
【０２７５】
一実施形態では、本明細書に記載の抗体は、所定の比で、抗体をコードする核酸で少なくとも１つの安定した哺乳動物細胞をトランスフェクトすること及び少なくとも１つの哺乳動物細胞において核酸を発現させることを含む方法により、安定した哺乳動物細胞で産生される。一部の実施形態では、核酸の所定の比は、発現産物中の抗体の最高の割合をもたらす投入核酸の相対的な比を決定するために、一過性トランスフェクション実験で決定される。
【０２７６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるような安定した哺乳動物細胞で抗体を産生する方法があり、少なくとも１つの安定した哺乳動物細胞の発現産物は、単量体の重鎖もしくは軽鎖ポリペプチドまたは他の抗体と比較して、より大きな割合の所望のグリコシル化抗体を含む。
【０２７７】
一部の実施形態では、本明細書に記載の安定な哺乳動物細胞においてグリコシル化抗体を産生する方法があり、該方法は、所望のグリコシル化抗体を同定及び精製することを含む。一部の実施形態では、該同定は、液体クロマトグラフィー及び質量分析の一方または両方によるものである。
【０２７８】
必要に応じて、抗体は、発現後に精製または単離することができる。タンパク質は、当業者らに既知の様々な方法で単離または精製されてもよい。標準的な精製方法は、ＦＰＬＣ及びＨＰＬＣなどのシステムを使用して、大気圧または高圧で実施される、イオン交換、疎水性相互作用、親和性、サイズまたはゲル濾過、ならびに逆相を含むクロマトグラフィー技術を含む。精製方法はまた、電気泳動技術、免疫学技術、沈殿技術、透析技術、及びクロマトフォーカシング技術を含む。タンパク質濃縮と組み合わせた限外濾過及びダイアフィルトレーション技術も有用である。当該技術分野で周知の通り、様々な天然タンパク質がＦｃ及び抗体に結合し、これらのタンパク質は、抗体の精製のために本発明において使用を見出し得る。例えば、細菌のタンパク質Ａ及びＧは、Ｆｃ領域に結合する。同様に、細菌のプロテインＬは、一部の抗体のＦａｂ領域に結合する。精製は多くの場合、特定の融合パートナーにより使用可能にすることができる。例えば、抗体は、ＧＳＴ融合が用いられる場合、グルタチオン樹脂、Ｈｉｓタグが用いられるかまたは固定化される場合、Ｎｉ＋２アフィニティークロマトグラフィー、フラグタグが使用される場合、抗フラグ抗体を使用して精製されてもよい。好適な精製技術における一般的なガイダンスについては、例えば、全体が参照により組み込まれるＰｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，３ｒｄＥｄ．，Ｓｃｏｐｅｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，ＮＹ，１９９４を参照のこと。必要な精製度は、抗体の使用に応じて変動するであろう。一部の場合では、精製は、必要ない。
【０２７９】
特定の実施形態では、抗体は、限定されないが、Ｑ−セファロース、ＤＥＡＥセファロース、ポロスＨＱ、ポロスＤＥＡＦ、トヨパールＱ、トヨパールＱＡＥ、トヨパールＤＥＡＥ、リソース／ソースＱ及びＤＥＡＥ、フラクトゲルＱ及びＤＥＡＥカラムでのクロマトグラフィーを含む陰イオン交換クロマトグラフィーを使用して精製される。
【０２８０】
特定の実施形態では、本明細書に記載のタンパク質は、限定されないが、ＳＰ−セファロース、ＣＭセファロース、ポロスＨＳ、ポロスＣＭ、トヨパールＳＰ、トヨパールＣＭ、リソース／ソースＳ及びＣＭ、フラクトゲルＳ及びＣＭカラム、ならびにその等価物及び同等物を含む陽イオン交換クロマトグラフィーを使用して精製される。
【０２８１】
さらに、本明細書に記載の抗体は、当該技術分野で既知の技術を使用して化学的に合成することができる（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，１９８３，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ＆  Ｃｏ．，Ｎ．Ｙ及びＨｕｎｋａｐｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３１０：１０５−１１１（１９８４）を参照のこと）。例えば、ポリペプチドのフラグメントに対応するポリペプチドは、ペプチド合成機の使用により合成することができる。さらに、必要に応じて、非古典的アミノ酸または化学的アミノ酸アナログを、ポリペプチド配列への置換または付加として導入することができる。非古典的アミノ酸は一般に、一般的なアミノ酸のＤ異性体である２，４ジアミノ酪酸、α−アミノイソ酪酸、４アミノ酪酸、Ａｂｕ、２−アミノ酪酸、ｇ−Ａｂｕ、ｅ−Ａｈｘ、６アミノヘキサン酸、Ａｉｂ、２−アミノイソ酪酸、３−アミノプロピオン酸、オルニチン、ノルロイシン、ノルバリン、ヒドロキシプロリン、サルコシン、シトルリン、ホモシトルリン、システイン酸、ｔ−ブチルグリシン、ｔ−ブチルアラニン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、アラニン、フルオロアミノ酸、メチルアミノ酸などのデザイナーアミノ酸、Ｃ−メチルアミノ酸、Ｎ−メチルアミノ酸、及びアミノ酸アナログを含むが、これらに限定されない。さらに、アミノ酸は、Ｄ（右旋性）またはＬ（左旋性）であり得る。
【０２８２】
使用方法
一態様では、本出願は、非刺激性骨髄細胞を、ヒト抗体などの抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させる方法を提供し、これにより、非刺激性骨髄細胞の無効化がもたらされる。
【０２８３】
別の態様では、本出願は、非刺激性骨髄細胞を、抗ＴＲＥＭ２マウス抗体と接触させる方法を提供し、これにより、非刺激性骨髄細胞の無効化がもたらされる。
【０２８４】
一部の実施形態では、非刺激性細胞は、ＤＣ１細胞及びＴＡＭ細胞のうちの１つ以上である。
【０２８５】
一部の実施形態では、本出願は、非刺激性骨髄細胞をＴＲＥＭ２抗体と接触させ、それにより、非刺激性骨髄細胞を殺傷することを含む、非刺激性骨髄細胞を無効化する方法を提供する。無効化は、細胞を、部分的または完全に機能しないようにすることを指す。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞において成長停止を誘導することをもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞のアポトーシスをもたらす。一部の実施形態では、非刺激性細胞の無効化は、例えば、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）または抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）により、細胞の溶解をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞の壊死をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞において成長停止を誘導することをもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞の不活化もたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞内のＴＲＥＭ２タンパク質の活性の中和をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞の増殖の低減をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、細胞の分化をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、阻害性抗原提示細胞として作用する細胞の能力の減少をもたらすか、または活性化抗原提示細胞として作用する細胞の能力の増加をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、腫瘍組織または腫瘍微小環境（ＴＭＥ）内の細胞の局在異常をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、腫瘍組織または腫瘍微小環境内の細胞の空間構成の改変をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の無効化は、腫瘍組織またはＴＭＥ内の細胞の時間的発現の改変をもたらす。一部の実施形態では、方法はさらに、非刺激性骨髄細胞を除去することを含む。
【０２８６】
本明細書に記載される非刺激性骨髄細胞を無効化する任意の及び全ての態様では、特性（複数可）または機能（複数可）の態様の任意の増加または減少または変化は、抗ＴＲＥＭ２抗体と接触していない細胞と比較される通りである。
【０２８７】
別の態様では、本出願は、非刺激性骨髄細胞を抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させる方法を提供し、これは、非刺激性骨髄細胞の機能の調節をもたらす。調節は、以下のうちのいずれか１つ以上であり得る。一部の実施形態では、非刺激性細胞は、ＤＣ１細胞、ＴＡＭ１細胞、及びＴＡＭ２細胞のうちの１つ以上である。一部の実施形態では、機能の調節は、非刺激性骨髄細胞の無効化をもたらす。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の機能の調節は、例えば、非刺激性細胞がＭＨＣＩ分子上の腫瘍抗原をナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞に交差提示する能力を増加させることにより、天然及び活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞の両方を刺激する細胞の能力の増加をもたらす。一部の実施形態では、調節は、例えば、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）シグナル伝達、Ｔ細胞増殖、またはＴ細胞サイトカイン産生を誘発させる細胞の能力を含む、非刺激性骨髄細胞のＴ細胞刺激機能を増加させる。一実施形態では、非刺激性細胞の生存が減少するか、または非刺激性細胞の増殖が減少する。一実施形態では、刺激性骨髄細胞対非刺激性骨髄細胞の比が増加する。
【０２８８】
本明細書に記載される非刺激性骨髄細胞の機能を減少させる任意の及び全ての態様では、特性（複数可）または機能（複数可）の態様の任意の増加または減少または変化は、ＴＲＥＭ２抗体と接触していない細胞と比較される通りである。
【０２８９】
一部の実施形態では、本出願は、非刺激性骨髄細胞を抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させ、それにより、非刺激性骨髄細胞を殺傷することを含む、非刺激性骨髄細胞を殺傷する（細胞死の誘発とも呼ばれる）方法を提供する。一部の実施形態では、殺傷は、抗ＴＲＥＭ２抗体と接触されていない非刺激性骨髄細胞と比較して増加している。一部の実施形態では、接触は、非刺激性骨髄細胞のアポトーシスを誘導する。一部の実施形態では、接触は、非刺激性骨髄細胞のアポトーシスを誘導する。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、非刺激性骨髄細胞及び刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団にある。一部の実施形態では、方法はさらに、非刺激性骨髄細胞を除去することを含む。一部の実施形態では、細胞の１０％〜８０％が殺傷される。一部の実施形態では、細胞の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、または８０％が殺傷される。
【０２９０】
一部の実施形態では、本出願は、免疫細胞の集団を抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させることを含む、刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団において、刺激性骨髄細胞対非刺激性骨髄細胞の比を増加させる方法を提供する。一部の実施形態では、比は、抗ＴＲＥＭ２抗体と接触されていない細胞の集団と比較して増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＤＣ１細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＴＡＭ１細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＴＡＭ２細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＴＡＭ１＋ＴＡＭ２細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＴＡＭ１＋ＤＣ１細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＤＣ１＋ＴＡＭ２細胞の比が増加する。一部の実施形態では、ＤＣ２細胞対ＤＣ１＋ＴＡＭ１＋ＴＡＭ２細胞の比が増加する。一部の実施形態では、少なくとも比は、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％増加する。
【０２９１】
一部の実施形態では、接触前の刺激性骨髄細胞対非刺激性骨髄細胞の比は、０．００１：１〜０．１：１の範囲である。一部の実施形態では、接触後の刺激性骨髄細胞対非刺激性骨髄細胞の比は、０．１：１〜１００：１の範囲である。
【０２９２】
一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の数が低減する。一部の実施形態では、刺激性骨髄細胞は、ＤＣ２細胞である。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、例えば、壊死またはアポトーシスにより殺傷する。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、成長停止を引き起こすように誘導される。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞は、もはや増殖しない。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の空間的局在化が改変され、比は、ＴＭＥの特定の領域で増加する。一部の実施形態では、非刺激性骨髄細胞の一時的発現が改変され、比は、腫瘍の発達中の特定の時間の間に増加する。
【０２９３】
一部の実施形態では、接触は、インビトロである。一部の実施形態では、接触は、インビボである。一部の特定の実施形態では、接触は、ヒトのインビボである。一部の実施形態では、接触は、抗ＴＲＥＭ２抗体を投与することにより生じる。一部の実施形態では、抗体（例えば、ヒト）を投与される個体は、がんを有する。
【０２９４】
別の態様では、本発明は、抗ＴＲＥＭ２抗体を含む有効量の組成物を個体に投与することを含む、個体における免疫関連状態（例えば、がん）を処置する方法を提供する。別の態様では、本発明は、抗ＴＲＥＭ２抗体を含む有効量の組成物を個体に投与することを含む、個体における免疫応答を増強する方法を提供する。一部の実施形態では、これらの方法はさらに、他の併用療法、例えば、ＰＤＬ遮断療法、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＰＤ−Ｌ２抗体、ＣＴＬＡ４遮断療法、抗ＣＴＬＡ−４抗体、Ｔ細胞の阻害分子が遮断される全身性チェックポイント遮断療法、養子Ｔ細胞療法、ＣＡＲ  Ｔ細胞療法、樹状細胞、または他の細胞療法、及び従来の化学療法と組み合わせて提供される。
【０２９５】
一部の実施形態では、方法はさらに、個体由来の生体試料中のＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルを決定することを含む。一部の実施形態では、生体試料は、体液、組織試料、器官試料、尿、糞便、血液、唾液、ＣＳＦ、及びそれらの任意の組み合わせを含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、生体試料は、腫瘍組織に由来する。一部の実施形態では、発現レベルは、ＴＲＥＭ２タンパク質をコードするｍＲＮＡのｍＲＮＡ発現レベルを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルは、ＮＳＭのタンパク質発現レベルを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ドットブロッティング、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲまたはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、及びＦＩＳＨ、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される方法を使用して、試料において検出される。
【０２９６】
別の態様では、本出願は、非刺激性骨髄細胞を含む細胞の集団を抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させること、及び非刺激性骨髄細胞の数を定量化することを含む、一般的な非刺激性骨髄細胞の有無を判定するための方法、または特定の非刺激性骨髄細胞（例えば、ＤＣ１細胞、ＴＡＭ１細胞、及び／もしくはＴＡＭ２細胞）の有無を判定するための方法を提供する。別の態様では、本出願は、非刺激性骨髄細胞及び刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団を、抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させること、細胞への抗体の結合を示す複合体または部分を検出すること、ならびに任意に、集団中の非刺激性骨髄細胞の数を定量化することを含む非刺激性骨髄細胞の有無を判定するための方法を提供する。別の態様では、非刺激性骨髄細胞及び刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団を抗ＴＲＥＭ２抗体と接触させること；刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞の数を定量化すること；ならびに非刺激性骨髄細胞対刺激性骨髄細胞の相対比を決定することを含む、非刺激性骨髄細胞対刺激性骨髄細胞の相対比を決定する方法が提供される。
【０２９７】
検出及び／または定量化のために本明細書に記載される実施形態では、抗ＴＲＥＭ２抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質に結合するが、必ずしもＡＤＣＣなどの生物学的応答に影響を及ぼす必要がないが、それは、生物学的応答に影響を有してもよい。
【０２９８】
別の態様では、本発明は、個体由来の生体試料におけるＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルを検出すること、及びＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルに基づいて、個体が免疫療法に応答し得るかどうかを判定することを含む、免疫関連状態（例えば、がん）の処置のための免疫療法（例えば、抗ＴＲＥＭ２抗体を用いる）に応答し得る個体を同定するための方法を提供し、健康な個体のものと比較して上昇した個体のＴＲＥＭ２タンパク質のレベルは、個体が免疫療法に応答し得ることを示す。一部の実施形態では、これらの方法はまた、個体における免疫関連状態（例えば、がん）を診断するために使用されてもよく、ＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルに基づき、健康な個体のものと比較して上昇した個体のＴＲＥＭ２タンパク質のレベルは、個体ががんを患うことを示す。一部の実施形態では、発現レベルは、ＴＲＥＭ２タンパク質をコードするｍＲＮＡのｍＲＮＡ発現レベルを含む。他の実施形態では、ＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルは、ＴＲＥＭ２タンパク質のタンパク質発現レベルを含む。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ２タンパク質の発現レベルは、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ドットブロッティング、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、多重ｑＰＣＲまたはＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、及びＦＩＳＨ、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される方法を使用して、試料において検出される。これらの実施形態では、抗ＴＲＥＭ２抗体は、ＴＲＥＭ２タンパク質に結合するが、必ずしもＡＤＣＣなどの生物学的応答に影響を与える必要はない。一部の実施形態では、生体試料は、腫瘍組織に由来する。一部の実施形態では、生体試料は、体液、組織試料、器官試料、尿、糞便、血液、唾液、ＣＳＦ、及びそれらの任意の組み合わせを含むが、これらに限定されない。
【０２９９】
腫瘍に対する対象の免疫応答を増強する方法、または免疫療法処置の有効性を増強する方法も本明細書で開示される。一般に、ＳＤＣの存在量を増加させる処置は、無再発生存期間などの対象の結果を改善することになり、がん免疫療法処置の有効性を増強させることになる。処置は、対象の腫瘍における、ＳＤＣ細胞の相対的または絶対的な存在量を増加させ得る。処置は、対象の腫瘍における、ＮＳＭ細胞の相対的または絶対的な存在量を減少させ得る。
【０３００】
一般的な処置方策の例示的な方法は、Ｆｌｔ３Ｌの全身導入によりＳＤＣの数を増加することを含む。別の方法は、ＣＳＦ１を同時に遮断しながら、Ｆｌｔ３Ｌを用いる、対象の自己骨髄または血液細胞の処置である。例えば、レトロウイルスにより、骨髄または血液前駆細胞集団における、ＩＲＦ８、Ｍｙｃｌ１またはＢＡＴＦ３またはＺＢＴＢ４６などのＳＤＣ転写因子の発現はまた、ＳＤＣの出現を促進するために使用されてもよい。別の処置方策は、ＳＤＣを選択的に控えながら、ＮＳＭ細胞を系統的に排除することを含む。これは、これらの集団の比の全体的に好ましい変化を生じ得る。ＮＳＭ細胞の排除は、ＴＲＥＭ２表面タンパク質に対する抗体の投与（腫瘍に全身または限局）を含む任意の手段で達成され得る。
【０３０１】
一部の実施形態では、ＳＤＣ増強処置は、がんを制御または根絶することにおいて対象の天然の免疫系をより可能にする治療的処置として適用される。別の実施形態では、本発明のＳＤＣ増強処置は、免疫療法処置などの治療的処置と組み合わせて適用され（そのような適用は、免疫療法処置の前に、同時に、または後に行われる）、ＳＤＣ増強処置は、治療的処置の有効性を増加させるための補助またはアジュバント処置として作用する。
【０３０２】
投与方法
一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、個体において、免疫関連状態の処置に有用である。一実施形態では、個体は、ヒトであり、抗体は、ＴＲＥＭ２抗体である。別の実施形態では、個体は、マウスであり、抗体は、ＴＲＥＭ２抗体である。
【０３０３】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＴＲＥＭ２抗体のインビボ投与の場合、通常の投薬量は、投与経路に応じて、１日当たり約１０ｎｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇの個体の体重以上、好ましくは、約１ｍｇ／ｋｇ／日〜１０ｍｇ／ｋｇ／日で変動し得る。処置されるべき疾患または障害の重症度に応じて、数日間以上にわたる反復投与については、処置は、症状の所望の抑制が達成されるまで持続される。例示的な投与レジメンは、約２ｍｇ／ｋｇの抗ＴＲＥＭ２抗体の初期用量を投与し、続いて、隔週で、約１ｍｇ／ｋｇの毎週の維持用量を投与することを含む。他の投薬レジメンは、医師が達成したい薬物動態の低下のパターンに応じて有用であり得る。例えば、個体に、週に１〜２１回投与することは、本明細書で検討される。特定の実施形態では、約３μｇ／ｋｇ〜約２ｍｇ／ｋｇの範囲に及ぶ投与（例えば、約３μｇ／ｋｇ、約１０μｇ／ｋｇ、約３０μｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ、約３００μｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、及び約２ｍｇ／ｋｇ）が使用され得る。特定の実施形態では、投与頻度は、１日３回、１日２回、１日１回、２日に１回、週に１回、２週に１回、４週に１回、５週に１回、６週に１回、７週に１回、８週に１回、９週に１回、１０週に１回、または月に１回、２ヶ月に１回、３ヶ月に１回、またはそれ以上である。治療の進行は、従来の技術及びアッセイにより容易に監視される。投与される抗ＴＲＥＭ２抗体を含む投与レジメンは、使用される用量とは独立して、経時的に変動し得る。
【０３０４】
一部の実施形態では、本明細書で提供される方法（例えば、免疫応答を増強する方法または非刺激性骨髄細胞の無効化を生じる方法）は、がんの処置に有用であり、抗ＴＲＥＭ２抗体または抗ＴＲＥＭ２抗体を投与される個体は、がんを有する。
【０３０５】
任意の好適ながんは、本明細書で提供される抗体で処置され得る。がんは、医療分野で既知の任意のがん腫、腺がん、軟組織、肉腫、奇形腫、メラノーマ、白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または脳がんであり得る。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、液体がんである。一部の実施形態では、がんは、免疫回避性である。一部の実施形態では、がんは、免疫応答性である。一部の実施形態では、がんは、メラノーマ、腎臓、肝胆管、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房（乳腺）、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、白血病、リンパ腫、または中皮腫である。一部の実施形態では、がんは、結腸がん、膵がん、または乳がんである。
【０３０６】
一部の実施形態では、免疫関連状態は、（ヒトの）非刺激性骨髄細胞上のＴＲＥＭ２タンパク質の発現または非ヒト種におけるＴＲＥＭ２タンパク質のホモログの発現に関連する免疫関連状態である。一部の実施形態では、免疫関連状態は、刺激性骨髄細胞と比較して、非刺激性骨髄細胞におけるＴＲＥＭ２タンパク質の過剰発現に関連する免疫関連状態である。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ２  ｍＲＮＡまたはＴＲＥＭ２タンパク質の過剰発現は、刺激性骨髄細胞と比較して、少なくとも約２倍、５倍、１０倍、２５倍、５０倍、または１００倍高い。
【０３０７】
一部の実施形態では、処置は、対象における免疫応答を増強する。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、適応免疫応答である。一部の実施形態では、増強された免疫応答は、自然免疫応答である。
【０３０８】
一部の実施形態では、抗体は、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植により、吸入により、くも膜下腔内に、脳室内に、または鼻腔内に投与される。有効量の抗ＴＲＥＭ２抗体は、がんの処置のために投与されてもよい。抗ＴＲＥＭ２抗体の適切な投薬量は、処置されるべきがんのタイプ、抗ＴＲＥＭ２抗体のタイプ、がんの重症度及び経過、個体の臨床状態、個体の臨床歴、及び処置に対する応答、ならびに主治医の判断に基づいて決定されてもよい。
【０３０９】
併用療法
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、少なくとも１つの追加の治療薬と共に投与される。任意の好適な追加の治療薬は、本明細書で提供される抗体と共に投与されてもよい。一部の実施形態では、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；細胞増殖抑制薬；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；及び後成的調節因子、それらの組み合わせから選択される免疫療法。
【０３１０】
一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗体である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、腫瘍細胞表面上のタンパク質（複数可）に結合する抗体である。
【０３１１】
がんの処置のために、抗ＴＲＥＭ２抗体は、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する１つ以上の抗体と組み合わされてもよい。腫瘍細胞の表面に表示される免疫チェックポイントタンパク質が特に興味深い。臨床がん免疫療法、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ４、ＣＤ１５２としても知られる）、及びプログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ１、ＣＤ２７９としても知られる）との関連で最も活発に研究されている免疫チェックポイント受容体は双方ともに阻害受容体である。これらの受容体のいずれかを遮断する抗体の臨床活性は、抗腫瘍免疫を複数のレベルで増強させ得ること、ならびに機械論的考察及び前臨床モデルにより導かれる組み合わせの方策を理性的に設計することができることを意味する。
【０３１２】
ＰＤ−１の２つのリガンドは、ＰＤ−１リガンド１（ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ１及びＣＤ２７４としても知られる）ならびにＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ及びＣＤ２７３としても知られる）である。ＰＤ−Ｌ１は、がん細胞上に発現され、Ｔ細胞上の受容体ＰＤ−１への結合を介して、それがＴ細胞の活性化／機能を阻害する。がん細胞上のその同種リガンドであるＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２と、ＰＤ−１の相互作用を遮断する阻害薬は、Ｔ細胞の活性化及び機能の両方の増加をもたらし、がん細胞が免疫系を回避することを防止し得る。
【０３１３】
一部の実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１及びＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２の結合を妨害する薬剤である。一部の実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ１抗体である。一部の実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−Ｌ２抗体である。
【０３１４】
種々のＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２抗体は、当該技術分野で既知である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、アテゾリズマブ（ＰＤ−Ｌ１）、アベルマブ（ＰＤ−Ｌ１）、デュルバルマブ（ＰＤ−Ｌ１）、ニボルマブ（ＰＤ−１）、ペンブロリズマブ（ＰＤ−１）、セミプリマブ（ＰＤ−１）、イピリムマブ（ＣＴＬＡ−４）、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ−４）、またはそれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つである。
【０３１５】
追加の治療剤は、任意の好適な手段で投与することができる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬は、同じ医薬組成物に含まれる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬は、異なる医薬組成物に含まれる。
【０３１６】
本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬が異なる医薬組成物中に含まれる実施形態では、抗体の投与は、追加の治療薬の投与の前に、同時に、及び／または後に行われ得る。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬の投与は、互いに約１ヶ月以内に行われる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬の投与は、互いに約１週間以内に行われる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬の投与は、互いに約１日以内に行われる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬の投与は、互いに約１２時間以内に行われる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体及び追加の治療薬の投与は、互いに約１時間以内に行われる。
【０３１７】
キット及び製造物品
本出願は、本明細書に記載の抗体組成物のうちのいずれか１つ以上を含むキットを提供する。一部の実施形態では、キットはさらに、２次抗体、免疫組織化学分析用試薬、薬学的に許容される賦形剤、及び取扱説明書、ならびにそれらの任意の組み合わせのいずれかから選択される構成成分を含有する。特定の一実施形態では、キットは、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤と共に、本明細書に記載の抗体組成物のうちのいずれか１つ以上を含む医薬組成物を含む。
【０３１８】
本出願はまた、本明細書に記載の抗体組成物またはキットのうちのいずれか１つを含む製造物品を提供する。製造物品の例としては、バイアル（密封バイアルを含む）を含む。
【実施例】
【０３１９】
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の例である。実施例は、例示のみを目的として提供されており、決して本発明の範囲を制限することを意図していない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関して正確性を確保する取り組みがなされているが、一部の実験誤差及び偏差は当然許容されるべきである。
【０３２０】
本発明の実施は、別途指示のない限り、当該技術分野の範囲内で、タンパク質化学、生化学、組み換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を用いるであろう。そのような技術は、文献で完全に説明される。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ  ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ  ａｎｄ  Ｎ．Ｋａｐｌａｎ  ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ  ａｎｄ  Ｓｕｎｄｂｅｒｇ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３ｒｄ  Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ  Ａ  ａｎｄ  Ｂ（１９９２）を参照のこと。
【０３２１】
実施例１：抗ＴＲＥＭ２抗体のヒト化。
クローン＃２３７９２０のヒト化
マウス及びヒトＴＲＥＭ２に特異的なモノクローナルラットＩｇＧ２Ｂクローン＃２３７９２０（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓカタログ番号ＭＡＢ１７２９１）を、配列決定及びヒト化に使用した。簡単に言うと、抗体のジスルフィド結合をジチオスレイトール（ＤＴＴ）で還元し、遊離のスルフヒドリル基をヨードアセトアミドでアルキル化した。アルキル化された抗体を配列決定グレードのエンドプロテイナーゼで消化させ、スピンカラムを使用して精製し、配列をＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析で決定した。配列は、以下に示される。
2021506244.tif 000007
【０３２２】
ＶＨ及びＶＬ配列を、ＮＣＢＩ  Ｗｅｂサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／；Ｙｅ，Ｊ．ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４１：Ｗ３４−Ｗ４０（２０１３））の既知のヒト生殖系列配列のライブラリーと比較した。使用されたデータベースは、ＩＭＧＴヒトＶＨ遺伝子（Ｆ＋ＯＲＦ、２７３生殖系列配列）及びＩＭＧＴヒトＶＬカッパ遺伝子（Ｆ＋ＯＲＦ、７４生殖系列配列）であった。
【０３２３】
２３７９２０ＶＨでは、ヒト生殖系列ＩＧＨＶ３−２３（対立遺伝子１）をアクセプター配列として選択し、ヒト重鎖ＩＧＨＪ４（対立遺伝子１）結合領域（Ｊ遺伝子）を、ＩＭＧＴ（登録商標）ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ（創設者及びディレクター：Ｍａｒｉｅ−Ｐａｕｌｅ  Ｌｅｆｒａｎｃ、仏国モンペリエ）で編集されたヒト結合領域配列から選択した。
【０３２４】
２３７９２０ＶＬでは、ヒト生殖細胞系ＩＧＫＶ１−３９（対立遺伝子１）を、アクセプター配列として選択し、ヒト軽鎖ＩＧＫＪ２（対立遺伝子１）結合領域（Ｊ遺伝子）を、ＩＭＧＴ（登録商標）ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ（創設者及びディレクター：Ｍａｒｉｅ−Ｐａｕｌｅ  Ｌｅｆｒａｎｃ、仏国モンペリエ）で編集されたヒト結合領域配列から選択した。
【０３２５】
ＣＤＲをＡｂＭ定義に従って定義した（ＣＤＲ定義を比較する表については、Ｄｒ．Ａｎｄｒｅｗ  Ｃ．Ｒ．Ｍａｒｔｉｎｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／のウェブサイトを参照のこと）。例えば、ヒト化抗体の結合を最適化するために、対応する親マウス配列へのヒト生殖系列フレームワーク（すなわち、ＶＨ及びＶＬの非ＣＤＲ残基）位置の変更を使用した。
【０３２６】
表１Ａは、作成されたｍＡｂ  ２３７９２０のヒト化バージョンのＶＬ、ＶＨ、及び完全な重鎖及び軽鎖配列を示す。３７０１７は、他のヒト化バージョンが追加の変異により作成された親のヒト化クローンである。表１Ｂは、ＣＤＲ配列を示す。
【０３２７】
（表１Ａ）
2021506244.tif 000008
2021506244.tif 000009
【０３２８】
（表１Ｂ）ヒト化抗体のＣＤＲ
2021506244.tif 000010
【０３２９】
ヒト化抗体のフレームワークのアラインメント
2021506244.tif 000011
【０３３０】
ＶＬドメイン内のＣＤＲでは、Ａｓｎ２８、Ａｓｎ３１、Ａｓｎ３２、及びＡｓｎ５３は、配列及び立体配座に基づく脱アミド化の可能性が低い。Ａｓｎ９３は、脱アミド化の可能性が低程度乃至中程度であり、低レベルのこの翻訳後修飾を示し得る。ＶＨドメインでは、Ａｓｎ３１は、配列及び立体配座に基づく脱アミド化の可能性が低い。ＣＤＲ−Ｈ２では、Ａｓｎ５３は、翻訳後修飾を防止する脱アミド化の可能性が中程度であり、Ａｓｎ５３は、Ｇｌｎ、Ｓｅｒ、またはＡｌａに改変することができ、結合の維持を実験的に決定した。ＣＤＲ−Ｈ３では、Ｔｒｐ１００は、特にストレス条件下で、溶媒に露出し、酸化の可能性を有し得る。
【０３３１】
溶液中エンドプロテイナーゼ消化
ｍＡｂ配列決定分析のために、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の溶液中エンドプロテイナーゼ消化を実施した。５０μｇの抗体をＤＴＴで還元し、ヨードアセトアミドを使用してアルキル化し、アセトン沈殿させ、１μＧ／μＬの濃度で、水中で再構成した。製造者の使用説明書に従って、５つの個々の酵素消化：Ａｓｐ−Ｎ、キモトリプシン、エラスターゼ、トリプシン、及びペプシンを使用して、抗体試料の溶液中消化を実施した。次に、試料を、凍結乾燥し、０．１％のＴＦＡに再懸濁し、Ｃ１８  Ｚｉｐ−Ｔｉｐを使用して精製した。次に、試料を、真空遠心分離で乾燥させ、質量分析まで凍結保存した。
【０３３２】
質量分析
インタクト質量測定
ｍＡｂの試料を、変性させ、還元し、酸性化した。次に、Ｗａｔｅｒｓ  ＱＴｏＦ  Ｕｌｔｉｍａ  Ｇｌｏｂａｌ質量分析計（ＬＣ−ＥＳＩ−ＴＯＦ  ＭＳ）に接続されたＡｇｉｌｅｎｔ  １１００  ＨＰＬＣを使用して、タンパク質を分析した。Ｗａｔｅｒｓ  ＭａｓｓＬｙｎｘ４．１ソフトウェアを使用して、適切なＬＣ−ＭＳスペクトルを処理（結合、減算、平滑化、デコンボリューション）した。
【０３３３】
ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析
精製されたペプチドを０．１％のギ酸中で再懸濁し、消化物のそれぞれの半分を、ナノスプレー源及びＥＡＳＹ−ＮＬＣ  １０００システム（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）が装備されたＯｒｂｉｔｒａｐ分析計（Ｑ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ，Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で分析した。８００バールの圧力で、ＰｅｐＭａｐ（登録商標）ＲＳＬＣ  ２μｍのＣ１８樹脂が充填された５０ｃｍ（７５μｍの内径）ＥＡＳＹ−Ｓｐｒａｙカラムに、ペプチドをロードした。６０分かけて、０．１％のギ酸中の０％〜３０％のアセトニトリルに設定された勾配を使用して、２５０ｍＬ／ｍｉｎの速度で、ペプチドを溶出させた。ナノエレクトロスプレーイオン源により、Ｑ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に、ペプチドを導入した。計器方法は、自動利得制御（ＡＧＣ）標的が１Ｅ６であり、最大イオン注入時間が１２０ｍｓであり、解像度が７００００であるＯｒｂｉｔｒａｐ質量分析計内の１つのＭＳフルスキャン（４００〜１６００ｍ／ｚ）、続いて、解像度が１７５００であり、ＡＧＣ標的が５Ｅ５であり、最大イオン時間が１００ｍｓである１０データ依存性ＭＳ／ＭＳスキャン、及び１つのマイクロスキャンからなる。ＭＳ／ＭＳスキャンを起動させる強度しきい値を、１．０％のアンダーフィル比に設定した。正規化されたコリジョンエネルギーが３０に設定されたＨＣＤコリジョンセル中で、フラグメンテーションが発生した。８秒のセッティングを使用して、動的除外を適用した。
【０３３４】
表２は、ヒト化クローンの生物物理学的特性をまとめたものである。分子量及び吸光係数を、４次構造における寄与タンパク質鎖の合計について推定した。デフォルトでは、計算は、各鎖から等しい単量体の寄与と仮定する。吸光係数は、Ｍ−１ｃｍ−１の単位のタンパク質１モル当たりの、２８０ｎｍでの予測吸光度である。グリコシル化、リン酸化、及びタンパク質分解などの潜在的な翻訳後修飾は、分子量または吸光係数の推定において考慮されない。
【０３３５】
（表２）
2021506244.tif 000012
【０３３６】
実施例２：抗ＴＲＥＭ２抗体の産生及び特性決定
抗体の産生及び特性決定
標準的な方法を使用して、標準的なタンパク質発現ベクターをＨＥＫ２９３にトランスフェクトし、その後、細胞を７日間成長させ、採取した。ＨＥＫ２９３に加えて、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９編集（Ａｌｅｘａｎｄｅｒ  Ｗｅｉｓｓ、トロント大学）により、哺乳動物のａ１，６フコシルトランスフェラーゼ（ＦＵＴ８）を欠損させた２９３細胞においても、抗体を産生した。上清のｐＨを、１ＭのＨｅｐｅｓ  ｐＨ７．４で調整し、微生物の成長を防止するために、アジ化ナトリウムを添加した。ＫａｎＣａｐ  Ａ樹脂を使用して、タンパク質を捕捉し、１Ｍの塩化ナトリウムを含有するＰＢＳ及びＰＢＳで抗体を洗浄した後に、５０ｍＭのクエン酸  ｐＨ３．５、１００ｍＭのＮａＣｌで溶出させた。溶出後直ちに、０．５Ｍのアルギニンを含有する１ＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８）で溶液を中和した。標準的技術を使用して、ＰＢＳにバッファー交換されたタンパク質に対する生物物理学的特性決定を行った。タンパク質をＯＤ２８０で定量化し、計算された吸光係数を使用して、量及び濃度を決定した。還元及び非還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥ（Ｂｉｏｒａｄ基準トリス／グリシン／ＳＤＳ、４〜２０％）またはＰｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  ＧＸＩＩキャピラリー電気泳動システムを使用して、純度及びおおよその分子量を決定した。Ｓｅｐａｘ  Ｚｅｎｉｘ−Ｃ  ＳＥＣ−３００、３ｕｍ、３００Å、４．６＊１５０ｍｍサイズ排除カラム及びＰＢＳランニング緩衝液を使用する、２８０ｎｍでの検出を用いるＨＰＬＣで、凝集状態を決定した。
【０３３７】
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用した抗体親和性測定
アミンカップリングによりチップに直接固定化されたヒトＴＲＥＭ２  Ｈｉｓ（Ｓｉｎｏ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、中華人民共和国北京）または抗Ｈｉｓキャプチャーを通したＳｅｒｉｅｓ  Ｓ  ＣＭ５  ｃｈｉｐｓ上で捕捉されたヒトまたはＴＲＥＭ２ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ融合タンパク質（９５％超純度に精製された社内ＳＥＣ）を用いる、Ｂｉａｃｏｒｅ  Ｔ２００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、英国）を使用した表面プラズモン共鳴で、結合動力学を決定した。示された抗体の連続希釈液を３０ｕｌ／分で２分間注入した。次に、ＰＢＳまたはシステム緩衝液を３０ｕｌ／分で４００秒間注入して、解離を観察した。ブランクフローセルの応答を減算することにより、結合応答を修正した。速度論的分析では、ｋｏｎ値及びｋｏｆｆ値のグローバルフィッティングの１：１ラングミュアモデルを使用した。Ｋｄ値を、ｋｏｎ及びｋｏｆｆの比から決定した。
【０３３８】
表３は、ＳＰＲで測定されたヒトＴＲＥＭ２−Ｈｉｓへの抗体結合親和性を示す。
（表３）
2021506244.tif 000013
【０３３９】
表４は、ＳＰＲで測定されたヒトＴＲＥＭ２−Ｆｃへの抗体結合親和性を示す。
（表４）
2021506244.tif 000014
【０３４０】
低いリガンド密度（ＲＬ＝５００ＲＵ）では、ヒトＴＲＥＭ２−ＦｃへのＰＩ３７０１７結合動態は、好適な適合をもたらさなかった。このデータは、配列番号３１の配列の９７位に存在するＡ及び９８位に存在するＫ（クローン３７０１７）が、ラットＩｇＧ２Ｂクローン＃２３７９２０のヒト化時に、ヒトＴＲＥＭ２結合の実質的な喪失を引き起こす可能性が高いことを示す。これらのフレームワーク残基（Ａ９７Ｔ及びＫ９８Ｒ）の変異は、ヒト化クローンによるヒトＴＲＥＭ２結合の増加をもたらす。例えば、クローン３７０１２を参照のこと。
【０３４１】
実施例３：抗ＴＲＥＭ２抗体の細胞結合
細胞結合（ＥＣ５０測定）：
ヒトまたはマウスＴＲＥＭ２を過剰発現する１００，０００〜５００，０００のＥｘｐｉ２９３親細胞またはＥｘｐｉ２９３細胞を、９６ウェルプレートにプレーティングし、死細胞を、Ｚｏｍｂｉｅ  Ｎｅａｒ  Ｉｎｆｒａｒｅｄ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）で染色した。示された非コンジュゲート抗体の滴定を、８〜１０点にわたって、１：３の希釈範囲で、０〜１０ｕｇ／ｍｌの範囲内で、これらの細胞と共にインキュベートした。それらのアイソタイプ（ｈＩｇＧ１またはｍＩｇＧ２ａ）に応じて、これらの１次非コンジュゲート抗体を、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲート抗ヒトＦｃまたは抗マウスＦｃ２次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）で検出した。Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７シグナルを、フローサイトメトリー（ＢＤ  Ｆｏｒｔｅｓｓａ  Ｘ−１４、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で測定した。Ｇｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍ（Ｇｒａｐｈｐａｄ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ）で、ＨＥＫ２９３親細胞から生じたバックグラウンド蛍光を介して、過剰発現細胞に結合する抗体から生じたシグナルをカーブフィッティングすることにより、ＥＣ５０値を計算した。
【０３４２】
このデータは、配列番号３１の配列の９７位に存在するＡ及び９８位に存在するＫ（クローン３７０１７）が、ラットＩｇＧ２Ｂクローン＃２３７９２０のヒト化時に、ヒトＴＲＥＭ２結合の実質的な喪失を引き起こす可能性が高いことを示す。これらのフレームワーク残基（Ａ９７Ｔ及びＫ９８Ｒ）の変異は、ヒト化クローンによるヒトＴＲＥＭ２結合の増加をもたらす。例えば、クローン３７０１２を参照のこと。
【０３４３】
表５は、細胞表面ＴＲＥＭ２への抗ＴＲＥＭ２抗体の飽和結合の最大半減を示す。
（表５）
2021506244.tif 000015
【０３４４】
実施例４：ＰＩ−７０１２は、抗ＰＤ−１と組み合わせて抗腫瘍活性を改善する
材料及び方法
ＣＴ２６．ＷＴ（ＣＲＬ−２６３８）細胞を、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から購入した。インビボでの使用のための抗体を全て、エンドトキシンについて試験し、０．２ＥＵ／ｍｇ以下のタンパク質を使用した。クローンＲＭＰ１−１４（Ａｂｓｏｌｕｔｅ  ＡｎｔｉｂｏｄｙＩｎｃ．、カタログ番号Ａｂ００８１３−７．１）由来の抗マウスＰＤ−１抗体のアミノ酸配列を、質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）で決定した。文献（Ｎｉｍｍｅｒｊａｈｎ  ａｎｄ  Ｒａｖｅｔｃｈ２００５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１０：１５１０−１５１２１）に記載されるように、ＦｃｇＲへの結合を排除するために、マウスＩｇＧ１バージョンのＲＭＰ１−１４抗体のＦｃ領域に、単一点変異［Ｄ２６５Ａ］を導入した。マウスＩｇＧ１［クローンＭＯＰＣ−２１］、及びマウスＩｇＧ２ａ［クローンＣ１．１８．４］アイソタイプ対照を、ＢｉｏＸＣｅｌｌから購入した。ＰＩ−７０１２及びＡｆｕｃ−ＰＩ−７０１２（ＰＩ３７０１２のＣＤＲ配列を有し、マウスＩｇＧ２ａフォーマットでマウス化された）を、それぞれ、マウスＩｇＧ２ａフォーマットのＥｘｐｉ２９３細胞（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）または２９３／ＦＵＴ８ノックアウト細胞（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｏｒｏｎｔｏ）で産生させ、ＭａｂＳｅｌｅｃｔプロテインＡレジン（ＧＥ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して精製した。抗体を、０．１Ｍのクエン酸緩衝液（ｐＨ３．０）で溶出させ、使用前に緩衝液を交換した。
【０３４５】
生きている動物を含む全ての実験手順は、Ｍｕｒｉｇｅｎｉｃｓのｔｈｅ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅｓにより承認された。６〜８週齢の雌ＢＡＬＢ／ｃマウスをＴａｃｏｎｉｃから購入し、動物施設に１週間慣れさせた後に使用した。液体窒素ストックから解凍した後、ＣＴ２６細胞を、３〜７回の継代培養で採取し、次に、インビボ実験に使用した。雌Ｂａｌｂ／Ｃマウスの右側腹部を剃毛し、前日に、注射のために調製した。腫瘍接種当日、細胞を採取し、３０分以内に使用した。皮下腫瘍を確立するために、１ｘ１０６のＣＴ２６細胞を移植し、次に、腫瘍の成長についてマウスを監視した。式（Ｌ×Ｗ２）／２（式中、Ｌは、より長い測定値である）を使用して、腫瘍寸法のノギス測定から腫瘍体積を計算した。腫瘍が８０〜１００立方ｍｍの平均サイズに達した時、マウスを表６に示されるように処置群に無作為化した：
（表６）
2021506244.tif 000016
【０３４６】
腫瘍体積及び体重を週２回監視し、一元ＡＮＯＶＡにより群間比較分析のためにグラフ化した。研究中に腫瘍体積が約２０００立方ｍｍに達した時、体重が１５％超低減した時、または他の健康関連の懸念のために、マウスを安楽死させた。
【０３４７】
結果
糖鎖工学を介して特定のＦｃｇＲに結合するｍＡｂの親和性（すなわち、抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂのアフコシル化バージョンを生成することによる）は、抗腫瘍活性を増加させ得るかどうかを、本発明者らは判定した。ＣＴ２６腫瘍モデルにおいて、ＰＩ−７０１２及びａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２を抗ＰＤ−１と組み合わせて試験した。ＰＩ−７０１２及びａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２は、類似のレベルの腫瘍成長阻害を示した（７９％対８８％のＴＧＩ）。ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２を用いる処置は、３０％の治癒率をもたらした。図１Ａにみられるように、ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２は、抗ＰＤ−１と組み合わせると、ＰＩ−７０１２よりも抗腫瘍活性を増加させている。抗腫瘍活性に対するＰＩ−７０１２のアフコシル化の影響は、個々のマウス腫瘍体積の分析で、より明確にみられた（図１Ｂ及び１Ｃ）。これは、抗ＴＲＥＭ２抗体のアフコシル化が、コアフ−シル化抗体よりも有意な治療上の利点を提供することを示す。
【０３４８】
研究の過程において、いずれの処置群においても、体重の有意な減少はなかった（図２）。体重減少は通常、処置に関連する毒性の代替指標として使用される。このデータは、単一の薬剤としての、または抗ＰＤ−１と組み合わせた、抗ＴＲＥＭ２を用いる短期または長期の処置が、十分に耐用性があり、重大ないかなる毒性も観察されずに行われたことを示す。
【０３４９】
実施例５：抗ＴＲＥＭ２療法に関連する明白な毒性なし
材料及び方法
上記の例で処置されたマウス由来の組織（肺、肝臓、脳、腎臓、及び心臓）を、１０％の中性緩衝ホルマリン中に少なくとも２４時間保存し、組織学のために規定通りに処理し、５〜６μｍで切断し、切片をヘマトキシリン及びエオシンで染色した。染色されたスライドを、低倍率（４０〜１００ｘ）光学顕微鏡を使用して試験し、画像をＨｉｓｔｏ  Ｗｉｚにより得た。抗ＣＤ６８抗体（ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ）を使用して、ＣＤ６８陽性細胞を検出し、光学顕微鏡を使用して、４０Ｘ切片の８〜９つの視野を定量化した。
【０３５０】
結果
処置後のマウス組織（肺、肝臓、心臓、腎臓、及び脳）のＨ＆Ｅ染色による全体的な形態学的分析は、アイソタイプ対照で処置されたマウスと比較して、ＰＩ−７０１２、ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２、及び抗ＰＤ−１の組み合わせで処置されたマウスにおいて、いかなる形態学的変化も認められなかった（図３は、肺組織の染色を示す）。
【０３５１】
Ｈ＆Ｅ染色に加えて、抗ＣＤ６８を使用して、組織もマクロファージについて染色した。細胞内マーカーＣＤ６８は、炎症組織及び腫瘍の単球／マクロファージを免疫染色するための信頼できる細胞化学マーカーとして文献で広く使用されている。肺内（図４Ａ）、及び分析された他の組織（図４Ｂ）では、対照と比較して、処置群のいずれにおいても、抗ＴＲＥＭ２媒介性枯渇が特にＴＭＥにおいて生じたことを示すＣＤ６８＋マクロファージ数の識別可能な変化が観察されなかった。
【０３５２】
実施例６：健康なマウス組織における制限されたＴＲＥＭ２発現
材料及び方法
全ての動物試験は、ｔｈｅ  Ｍｕｒｉｇｅｎｉｃｓ  Ａｎｉｍａｌ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅにより承認された。Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ−Ｔｒｅｍ２ｅｍ２Ａｄｉｕｊ／Ｊ（以下、ＴＲＥＭ２ＫＯと呼ばれる）及び対照Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスは、Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ由来のものであった。完全な肺、脾臓、及び骨を採取し、フローサイトメトリーのためにすぐに処理した。並行して、血液を心臓穿刺で採取した。Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  ＭＡＣＳＳ組織解離キットを使用して、組織を単一細胞懸濁液に処理した。１ｘの赤血球溶解緩衝液（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）を使用して、赤血球を溶解させた。細胞表面染色のための処理の前に、細胞を、Ｆｉｘａｂｌｅ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｄｙｅ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で染色した。抗マウス免疫表現型抗体は、Ｆｃブロックと共に、ＦＡＣＳ緩衝液（２％のＦＢＳ、２ｍＭのＥＤＴＡ、１×ＰＢＳ）で希釈し、氷上で３０分間染色した。染色後、細胞をＦＡＣＳ緩衝液で２回洗浄し、次に、ＰＢＳ中の２％のパラホルムアルデヒドで１５分間固定した。全てのデータをＬＳＲ  Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーター（ＢＤ）またはＡｔｔｕｎｅフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）で収集し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して分析した。ＴＲＥＭ２ＫＯ細胞染色は、灰色のプロットで示され、野生型細胞染色は、白抜きのプロットで示されている。
【０３５３】
結果
ＴＲＥＭ２は、活性化マクロファージ、未成熟樹状細胞、破骨細胞、及びミクログリア２，３上に発現される。高レベルのＴＲＥＭ２を発現する細胞は、免疫監視、細胞−細胞相互作用、組織破片のクリアランス、及び潜在炎症反応４の消失に関与すると考えられる。遺伝子ノックダウンまたはノックアウトによるこれらの細胞上のＴＲＥＭ２発現の不存在は、細胞の破片を貪食する能力を付与し、また、制御性サイトカイン５の産生を増加させる。生理学的設定では、ＦＡＣＳプロットでみられるように、末梢血、脾臓、肝臓、または肺でのＴＲＥＭ２の発現は、非常に少ない乃至検出されない（図５）。しかし、肺または肝臓常在マクロファージが単離され、純粋な細胞集団としてＴＲＥＭ２について染色される場合、ＴＲＥＭ２の発現は検出可能になる。
【０３５４】
実施例７：ＴＲＥＭ２は主に、マウスＴＡＭ上に発現される。
材料及び方法
腫瘍組織を処理して、標準的な方法で単一細胞懸濁液を単離した。要約すると、腫瘍をかみそりの刃で細かく刻み、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  ＭＡＣＳ解離キットの酵素を含有するＲＰＭＩ−１６４０培地中で消化した。腫瘍を、製造業者の推奨によりＧｅｎｔｌｅＭＡＣｓで処理し、３７℃で約４０分間インキュベートした。消化混合物を、２ｍＭのＥＤＴＡ及び２％のウシ胎児血清を含有するＰＢＳでクエンチした。次に、単一細胞懸濁液を７０ｕｍのフィルターに通し、次に、細胞をＦＡＣＳ緩衝液ですすいだ。遠心分離後、細胞ペレットを、ＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁し、腫瘍関連マクロファージ及び他の免疫細胞集団６を同定するために、抗体カクテルで染色した。ＴＲＥＭ２ＫＯ細胞染色は、灰色のプロットで示され、野生型細胞染色は、白抜きのプロットで示されている。
【０３５５】
結果
Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、及び他の非骨髄性細胞集団、ならびにＣＤ４５陰性細胞は、細胞表面に検出可能なＴＲＥＭ２発現を発現しない。しかし、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）及び骨髄由来抑制細胞（ＭＤＳＣ）を含む骨髄細胞サブセットは、細胞表面に様々な程度でＴＲＥＭ２を発現する。腫瘍微小環境においてＴＲＥＭ２について陽性である細胞型のうち、ＴＡＭ上の受容体発現の密度は、腫瘍の起源に関係なく、他の細胞型よりも有意に高かった（図６に示されるＣＴ２６及びＭＣ３８）。
【０３５６】
実施例８：ヒト末梢血白血球における制限されたＴＲＥＭ２発現
材料及び方法
ボランティアの正常なヒトから得られた末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及び負に選別されたＣＤ１４＋単球がＡｌｌＣｅｌｌｓ  Ｉｎｃ．により提供された。標準プロトコール５を使用して、ＣＤ１４＋単球をｉｎ−ｖｉｔｒｏで分化させた。２ｍＭのＬ−グルタミン、１ｍｌ当たり１００μｇのストレプトマイシン、１ｍｌ当たり１００Ｕのペニシリン、及び１０％の熱不活化ＦＢＳが補充されたＲＰＭＩ−１６４０培地からなる完全培地で、ＣＤ１４＋単球を培養した。マクロファージへの分化を引き起こすために、５０ｎｇ／ｍＬのＭ−ＣＳＦを培地に加えた。培地を２〜３日毎に補充した。７日後、マクロファージをピペッティングにより採取し、後続のトリプシン処理により、接着細胞を収集した。次に、細胞を遠心分離し、抗生物質、２％のＦＢＳ及び組み換えヒトＩＦＮ−ｇ及び１００ｎｇ／ｍＬのＬＰＳが補充されたＲＰＭＩ−１６４０に再懸濁した。細胞サブセットにおけるＴＲＥＭ２の細胞表面染色を評価するために、標準的な骨髄性カクテルを使用して、これらのマクロファージをＰＢＭＣと同時に表面染色した。対照ｍＡｂで染色された細胞は、灰色のプロットで示される。抗ＴＲＥＭ２ｍＡｂで染色された細胞は、白抜きのプロットで示される。
【０３５７】
結果
図７にみられるように。ｅｘ−ｖｉｖｏ分化型マクロファージは、評価されたＰＢＭＣベースの細胞型と比較して、ＴＲＥＭ２の細胞表面受容体密度が著しく高いことを示す。文献で報告された観察と同様に、単球及び一部の好中球は、より低いレベルのＴＲＥＭ２を発現する。
【０３５８】
実施例９：ＴＲＥＭ２は主に、ヒトＴＡＭ上に発現される。
材料及び方法
ヒト腫瘍組織を、Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）から入手した。Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  ＭＡＣＳ分離キット及びｇｅｎｔｌｅＭＡＣＳプロトコールを使用して、新しいヒト腫瘍組織を単一細胞懸濁液に解離させた。事前検証済みのマルチカラーＦＡＣＳパネルを使用して、ヒト腫瘍組織の単一細胞懸濁液を表面染色した。全てのデータをＬＳＲ  Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーター（ＢＤ）またはＡｔｔｕｎｅフローサイトメーター（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）で収集し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して分析した。数字は、各集団の染色指数を示し、これは、抗ＴＲＥＭ２染色からアイソタイプ対照染色を差し引いたものとして定義される。
【０３５９】
結果
腫瘍微小環境内で、ＴＲＥＭ２発現は、他の細胞と比較して、ＴＡＭ上で高レベルに差次的に発現され（図８）、それをＴＡＭの翻訳関連マーカーにする。粘液性腺がんの種々の細胞集団におけるＴＲＥＭ２抗体染色（白抜き）またはアイソタイプ対照染色（灰色）の代表的なヒストグラムを示す。一括して、このデータは、ＴＲＥＭ２標的化薬が特定のＴＡＭの枯渇を促進し、末梢細胞または他の組織常在免疫サブセットに対する付随的な影響が比較的少ない乃至全くないという仮説をサポートする。
【０３６０】
実施例１０：複数の同系腫瘍モデルにおける抗ＰＤ−１と組み合わせた抗ＴＲＥＭ２抗体の抗腫瘍有効性
材料及び方法
ＣＴ２６．ＷＴ（ＣＲＬ−２６３８）、Ｐｙ８１１９（ＣＲＬ−３２７８）、４Ｔ１（ＣＲＬ−２５３９）、及びＥＭＴ６（ＣＴＬ−２７５５）細胞を、ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から購入した。Ｐａｎｃ−０２細胞を、ＡＪＥＳ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｓｔｏｎｙ  Ｂｒｏｏｋ、ＮＹ）で使用した。インビボで使用される抗体は全て、０．２ＥＵ／ｍｇ以下のタンパク質であった。クローンＲＭＰ１−１４の抗マウスＰＤ−１抗体のアミノ酸配列を、質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）で決定した。ＦｃｇＲへの結合を排除するために、単一の点変異Ｄ２６５Ａを、ＲＭＰ１−１４抗体のＦｃ領域に導入した。マウスのＩｇＧ１、クローンＭＯＰＣ−２１、及びマウスのＩｇＧ２ａ、クローンＣ１．１８．４は、アイソタイプ対照を、ＢｉｏＸＣｅｌｌから購入した。ＰＩ−７０１２及びａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２（双方ともにマウスＩｇＧ２ａとして）を、それぞれ、Ｅｘｐｉ２９３細胞（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）または２９３／ＦＵＴ８ノックアウト細胞で産生させ、次に、ＭａｂＳｅｌｅｃｔプロテインＡレジン（ＧＥ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して精製した。ｍＡｂを０．１Ｍのクエン酸緩衝液（ｐＨ３．０）で溶出させ、緩衝液を使用前に交換した。
【０３６１】
生きている動物を含む全ての実験手順は、Ｍｕｒｉｇｅｎｉｃｓのｔｈｅ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅｓにより承認された。雌ＢＡＬＢ／ｃまたはＣ５７ＢＬ／６マウス（６〜８週齢）を、Ｔａｃｏｎｉｃ研究所またはＴｈｅ  Ｊａｃｋｓｏｎ研究所から購入し、動物施設で１週間慣れさせた後に使用した。液体窒素ストックから解凍した後、腫瘍細胞を、３〜７回の継代培養で採取し、次に、インビボ実験に使用した。雌マウスの右側腹部を剃毛し、腫瘍細胞接種の前日に、注射のために調製した。腫瘍接種当日、細胞を採取し、３０分以内に使用した。皮下腫瘍を確立するために、１ｘ１０６のＣＴ２６、ＥＭＴ６、もしくはＰａｎｃ−０２細胞、または１ｘ１０５の４Ｔ１細胞をマウスの好適な系統に移植し、次に、腫瘍成長について動物を監視した。Ｐｙ８１１９細胞の等量の単一細胞懸濁液をＭａｔｒｉｇｅｌ（Ｃｏｒｎｉｎｇカタログ番号３５４２４８または３５４２６３）と混合した後、マウス１匹当たり２ｘ１０６の細胞を移植した。
【０３６２】
腫瘍寸法のノギス測定を使用して、式（Ｌ×Ｗ２）／２（式中、Ｌは、より長い測定値である）を使用して、腫瘍体積を計算した。腫瘍が８０〜１００立方ｍｍの平均サイズに達した時、マウスを表７に示されるように処置群に無作為化した。
【０３６３】
腫瘍体積及び体重を、週２回監視し、一元ＡＮＯＶＡにより群間比較分析のためにグラフ化した。腫瘍体積が約２，０００立方ｍｍに達した時、または研究中に体重が１５％超低減した時に、マウスを安楽死させた。
【０３６４】
（表７）
2021506244.tif 000017
【０３６５】
結果
結果を表８にまとめる。式：％ＴＧＩ＝（１−｛Ｔｔ／Ｔ０／Ｃｔ／Ｃ０｝／１−｛Ｃ０／Ｃｔ｝）Ｘ１００（式中、Ｔｔ＝時間ｔに組み合わせ処置された腫瘍体積の中央値、Ｔ０＝時間０に組み合わせ処置された腫瘍体積の中央値、Ｃｔ＝時間ｔにアイソタイプ対照の腫瘍体積の中央値、及びＣ０＝時間０にアイソタイプ処置された腫瘍体積の中央値（処置の開始前））により、投与期間（ｔ）の終わりに、腫瘍成長阻害（％ＴＧＩ）を決定した。
【０３６６】
（表８）
2021506244.tif 000018
【０３６７】
図９Ａ〜Ｆは、複数の同系マウス腫瘍モデルにおける抗ＰＤ−１と組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ＰＩ−７０１２またはａｆｕｃ−ＰＩ７０１２の抗腫瘍活性を示す。抗ＰＤ−１  ｍＡｂと組み合わせた抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ７０１２は、Ｐａｎｃ−０２膵臓腫瘍モデルに有意な抗腫瘍活性をもたらす。図９Ａは、各群における１０匹のマウスの平均腫瘍体積の平均＋／−標準偏差を示す。図９Ｂ、９Ｃ、９Ｄ、及び９Ｅは、経時的な各処置群における個体の動物の腫瘍体積を示す。図９Ｆは、移植後３２日目のグループ平均腫瘍体積の統計分析を示す。Ｇｒａｐｈ  Ｐａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェアで利用可能な統計分析を使用して、群間の腫瘍体積の差異を評価した。研究データに対して、一元ＡＮＯＶＡ、続いて、Ｓｉｄａｋの多重比較検定を実施した。
【０３６８】
図９Ａ及び９Ｄにみられるように、皮下Ｐａｎｃ−０２腫瘍は、抗ＰＤ−１  ｍＡｂ単剤免疫チェックポイント遮断療法、または抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２療法単独には応答しない。しかし、抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂによるＰａｎｃ−０２腫瘍担持動物の併用処置は、有意な腫瘍成長阻害をもたらした。
【０３６９】
免疫チェックポイン媒介性のＣＤ８Ｔ細胞枯渇の逆転を伴う、骨髄調整の併用治療方策を、複数の同系腫瘍モデルで試験した。表８に示されるように、抗ＴＲＥＭ２及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂの組み合わせは、有意な腫瘍成長阻害、ならびに試験された腫瘍モデルのいくつかに完全な退行をもたらした。これらの同系モデルを、２つの異なるマウス系統のバックグラウンド（典型的なＴｈ−１  Ｃ５７ＢＬ／６及びＴｈ−２  ＢＡＬＢ／ｃ系統）で成長させたことに留意することが重要であり、これらのバックグラウンドは、インビボでこれらの系統で成長した腫瘍の免疫浸潤物の組成に有意差があることが既知である。
【０３７０】
実施例１１：抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂの併用処置に応答するマウスにおいて、長期の抗腫瘍免疫記憶を誘発する。
材料及び方法
実施例９に記載の抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂ処置後の、以前の研究からの腫瘍がないＢＡＬＢ／ｃマウスに、１×１０６のＣＴ２６腫瘍細胞で３ヶ月後に再チャレンジした。腫瘍体積を、移植後２５日間測定した。同齢の処置ナイーブマウスに、同等数のＣＴ２６細胞を投与し、研究期間中に腫瘍の成長について追跡した。研究期間中、マウスに追加の処置を提供しなかった。
【０３７１】
結果
抗ＴＲＥＭ２  ｍＡｂ  ａｆｕｃ−ＰＩ−７０１２及び抗ＰＤ−１  ｍＡｂの組み合わせでの処置後に、ＣＴ２６腫瘍が治癒したマウスは、有効な抗腫瘍記憶応答を確立した（図１０）。治癒したマウスは、追加の治療がなくても、新しい腫瘍の成長を拒絶することができ、これは、元の移植された腫瘍に対する長期的な免疫記憶を示す。この形態の長期免疫記憶は、活発なＣＤ８＋エフェクター記憶応答の維持を利用する。
【０３７２】
参考文献
2021506244.tif 000019
【０３７３】
本発明は特に、好ましい実施形態及び種々の代替実施形態に関して示され、記載されているが、形態及び詳細の種々の変更が、本明細書では、本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく行うことができることを、当業者らは理解するであろう。
【０３７４】
本明細書の本文内で引用された全ての参考文献、発行された特許、及び特許出願は、あらゆる目的のために、本明細書で全体が参照により組み込まれる。
【０３７５】
配列
2021506244.tif 000020
2021506244.tif 000021
2021506244.tif 000022
【図１Ａ】
2021506244.tif 000023
【図１Ｂ】
2021506244.tif 000024
【図１Ｃ】
2021506244.tif 000025
【図２】
2021506244.tif 000026
【図３】
2021506244.tif 000027
【図４Ａ】
2021506244.tif 000028
【図４Ｂ】
2021506244.tif 000029
【図５】
2021506244.tif 000030
【図６】
2021506244.tif 000031
【図７】
2021506244.tif 000032
【図８】
2021506244.tif 000033
【図９Ａ】
2021506244.tif 000034
【図９Ｂ】
2021506244.tif 000035
【図９Ｃ】
2021506244.tif 000036
【図９Ｄ】
2021506244.tif 000037
【図９Ｅ】
2021506244.tif 000038
【図９Ｆ】
2021506244.tif 000039
【図１０】
2021506244.tif 000040
【配列表】
2021506244000001.xml
【手続補正書】
【提出日】令和2年8月12日(2020.8.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2021506244000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年8月13日(2020.8.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
別の態様では、本明細書に開示の抗体または医薬組成物及び使用説明書を含むキットが本明細書に記載される。
[本発明1001]
ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合し、マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合する、単離ヒト化抗体。
[本発明1002]
ａ．配列番号９に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
ｂ．配列番号１０に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、
ｃ．配列番号１１に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、
ｄ．配列番号１２に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、
ｅ．配列番号１３に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、及び
ｆ．配列番号１４に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、
を含む、[本発明1001]の単離ヒト化抗体。
[本発明1003]
アフコシル化され、かつ
配列番号１に示されるＶＨ配列；配列番号２に示されるＶＬ配列；及び活性なヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域を含む、
[本発明1002]の単離抗体。
[本発明1004]
配列番号７に示される配列の９７位でのＡからＴへの置換；及び配列番号７に示される配列の９８位でのＫからＲへの置換を含むＶＨ配列を含む、[本発明1002]の単離抗体。
[本発明1005]
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列を含む、[本発明1003]の単離抗体。
[本発明1006]
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列；及び配列番号２、４、または６に示されるＶＬ配列を含む、[本発明1005]の単離抗体。
[本発明1007]
配列番号１に示されるＶＨ配列を含む、[本発明1003]の単離抗体。
[本発明1008]
配列番号１に示されるＶＨ配列及び配列番号２に示されるＶＬ配列を含む、[本発明1007]の単離抗体。
[本発明1009]
３７０１２抗体である、[本発明1008]の単離抗体。
[本発明1010]
配列番号２５に示される重鎖配列及び配列番号２６に示される軽鎖配列を含む、[本発明1001]の単離抗体。
[本発明1011]
ヒトＴＲＥＭ２（配列番号１５）に結合する単離抗体であって、
ｉ）マウスＴＲＥＭ２（配列番号１７）への結合について３７０１７抗体（配列番号３１及び３２）と競合し、
ｉｉ）活性なヒトＦｃ領域を含む、
前記単離抗体。
[本発明1012]
ａ．配列番号９に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
ｂ．配列番号１０に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、
ｃ．配列番号１１に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、
ｄ．配列番号１２に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、
ｅ．配列番号１３に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、及び
ｆ．配列番号１４に記載の配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、単離ヒト化抗体。
[本発明1013]
配列番号７に示される配列の９７位でのＡからＴへの置換；及び配列番号７に示される配列の９８位でのＫからＲへの置換を含むＶＨ配列を含む、[本発明1012]の単離抗体。
[本発明1014]
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列を含む、[本発明1013]の単離抗体。
[本発明1015]
配列番号１、３、または５に示されるＶＨ配列；及び配列番号２、４、または６に示されるＶＬ配列を含む、[本発明1014]の単離抗体。
[本発明1016]
配列番号１に示されるＶＨ配列を含む、[本発明1015]の単離抗体。
[本発明1017]
配列番号１に示されるＶＨ配列及び配列番号２に示されるＶＬ配列を含む、[本発明1016]の単離抗体。
[本発明1018]
３７０１２抗体である、[本発明1017]の単離抗体。
[本発明1019]
配列番号２５に示される重鎖配列及び配列番号２６に示される軽鎖配列を含む、[本発明1012]の単離抗体。
[本発明1020]
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）アッセイで測定された、約１、２、３、４、または５ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＴＲＥＭ２に結合する、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1021]
ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞、任意で非刺激性骨髄細胞、任意で腫瘍内骨髄細胞を特異的に殺傷、枯渇、または無効化することが可能である、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1022]
抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1023]
抗体媒介性細胞貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1024]
補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1025]
モノクローナル抗体、中和抗体、アンタゴニスト抗体、アゴニスト抗体、ポリクローナル抗体、ＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ３抗体、アフコシル化抗体、二重特異性抗体、ヒト抗体、キメラ抗体、全長抗体、及びそれらの抗原結合フラグメントのうちの少なくとも１つである、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1026]
モノクローナル抗体である、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1027]
多重特異性である、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1028]
アフコシル化される、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1029]
その抗原結合フラグメント、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、一本鎖抗体分子、二重可変ドメイン抗体、単一可変ドメイン抗体、線形抗体、またはＶドメイン抗体である、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1030]
前記抗体が足場を含み、任意で前記足場がＦｃ、任意でヒトＦｃである、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1031]
ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭから選択されるクラスの重鎖定常領域を含む、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1032]
前記ＩｇＧクラス、ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４から選択されるサブクラスの重鎖定常領域を含む、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1033]
ＩｇＧ１の重鎖定常領域を含む、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1034]
Ｆｃが１つ以上の修飾を含み、前記１つ以上の修飾が、前記１つ以上の修飾を有さない前記Ｆｃと比較して、半減期の増加、ＡＤＣＣ活性の増加、ＡＤＣＰ活性の増加、またはＣＤＣ活性の増加をもたらす、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1035]
前記Ｆｃが、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃ，ＦｃγＲＩＩＩａ、及びＦｃγＲＩＩＩｂからなる群より選択されるＦｃγ受容体に結合する、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1036]
がんの処置に使用され、前記がんが、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、本発明のいずれかの単離抗体。
[本発明1037]
ヒトＴＲＥＭ２への結合について本発明のいずれかの抗体と競合する、単離抗体。
[本発明1038]
本発明のいずれかの抗体が結合しているヒトＴＲＥＭ２エピトープに結合する、単離抗体。
[本発明1039]
任意でポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットがｃＤＮＡである、本発明のいずれかの抗体をコードする単離ポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセット、そのＶＨ、そのＶＬ、その軽鎖、その重鎖、またはその抗原結合部分。
[本発明1040]
[本発明1039]のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ベクターまたはベクターのセット。
[本発明1041]
[本発明1039]のポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセットまたは[本発明1040]のベクターもしくはベクターのセットを含む、宿主細胞。
[本発明1042]
抗体の産生方法であって、
[本発明1041]の宿主細胞で前記抗体を発現させる工程、及び
前記発現された抗体を単離する工程
を含む、前記方法。
[本発明1043]
[本発明1001]〜[本発明1038]のいずれかの抗体及び薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
[本発明1044]
必要とする対象の疾患または状態を処置または予防する方法であって、有効量の[本発明1001]〜[本発明1038]のいずれかの抗体または[本発明1043]の医薬組成物を前記対象に投与する工程を含む、前記方法。
[本発明1045]
前記疾患または状態が、がんである、[本発明1044]の方法。
[本発明1046]
前記抗体が、ＴＲＥＭ２＋骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の細胞外ドメインに結合し、任意で前記骨髄細胞が、腫瘍内である、[本発明1044]の方法。
[本発明1047]
前記抗体が、骨髄細胞上のＴＲＥＭ２の前記細胞外ドメインに結合し、
前記骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、
前記抗体が、前記非刺激性骨髄細胞を前記抗体と接触させる前の、前記がんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルまで、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して前記非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、
前記非刺激性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞と前記非刺激性骨髄細胞とを含む免疫細胞の集団に存在し、
前記非刺激性骨髄細胞の前記殺傷、無効化、または枯渇が、前記がんを処置する、
[本発明1044]の方法。
[本発明1048]
前記抗体が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、[本発明1044]の方法。
[本発明1049]
前記抗体が、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、[本発明1044]の方法。
[本発明1050]
前記抗体が、抗体媒介性貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、[本発明1044]の方法。
[本発明1051]
前記抗体が、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する、[本発明1044]の方法。
[本発明1052]
前記対象が、ヒトである、[本発明1044]〜[本発明1051]のいずれかの方法。
[本発明1053]
前記がんが、固形がんである、[本発明1044]〜[本発明1052]のいずれかの方法。
[本発明1054]
前記がんが、液体がんである、[本発明1044]〜[本発明1052]のいずれかの方法。
[本発明1055]
前記がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される、[本発明1044]〜[本発明1052]のいずれかの方法。
[本発明1056]
前記がんが、結腸がんまたは乳がんである、[本発明1055]の方法。
[本発明1057]
前記接触が、前記対象の免疫応答を増強する、[本発明1044]〜[本発明1056]のいずれかの方法。
[本発明1058]
前記増強された免疫応答が、適応免疫応答である、[本発明1057]の方法。
[本発明1059]
前記増強された免疫応答が、自然免疫応答である、[本発明1057]の方法。
[本発明1060]
前記対象が、免疫療法を以前に受けているか、同時に受けるか、またはその後に受けることになる、[本発明1044]〜[本発明1059]のいずれかの方法。
[本発明1061]
前記免疫療法が、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである、[本発明1060]の方法。
[本発明1062]
前記免疫療法が、抗ＰＤ１抗体である、[本発明1061]の方法。
[本発明1063]
がんを有する対象のＴＲＥＭ２＋骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させる方法であって、
前記骨髄細胞を、[本発明1001]〜[本発明1038]のいずれかの抗体または[本発明1043]の医薬組成物と接触させる工程を含み、
任意で、前記骨髄細胞が腫瘍内である、
前記方法。
[本発明1064]
前記抗体が、ＴＲＥＭ２の前記細胞外ドメインに結合し、
前記骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＣＤ１４＋、及びＢＤＣＡ３−である非刺激性骨髄細胞であり、
前記抗体が、前記非刺激性骨髄細胞を前記抗体と接触させる前の、前記がんに存在する非刺激性骨髄細胞のレベルよりも少ないレベルまで、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及び／またはＡＤＣＰを介して前記非刺激性骨髄細胞を殺傷、無効化、または枯渇させ、
前記非刺激性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋、ＨＬＡ−ＤＲ＋、ＣＤ１４−、ＣＤ１１ｃ＋、ＢＤＣＡ１−、及びＢＤＣＡ３＋である刺激性骨髄細胞と前記非刺激性骨髄細胞とを含む免疫細胞の集団に存在し、
前記接触が、前記がんの外側に存在する骨髄細胞及び／または前記がんに存在する刺激性骨髄細胞を、実質的に殺傷、無効化、または枯渇させず、
前記非刺激性骨髄細胞の前記殺傷、無効化、または枯渇が、前記がんへの免疫応答を増強することにより、前記がんを処置する、
[本発明1063]の方法。
[本発明1065]
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を殺傷する、[本発明1063]の方法。
[本発明1066]
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を無効化する、[本発明1063]の方法。
[本発明1067]
前記抗体が、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、及びＡＤＣＰのうちの少なくとも１つにより前記骨髄細胞を枯渇させる、[本発明1063]の方法。
[本発明1068]
前記抗体が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する、[本発明1063]の方法。
[本発明1069]
前記抗体が、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）活性を有する、[本発明1063]の方法。
[本発明1070]
前記抗体が、抗体媒介性貪食（ＡＤＣＰ）活性を有する、[本発明1063]の方法。
[本発明1071]
前記抗体が、受容体−リガンド遮断、アゴニズム、またはアンタゴニズム活性を有する、[本発明1063]の方法。
[本発明1072]
前記骨髄細胞が、刺激性骨髄細胞である、[本発明1063]〜[本発明1071]のいずれかの方法。
[本発明1073]
前記骨髄細胞が、非刺激性骨髄細胞である、[本発明1063]〜[本発明1071]のいずれかの方法。
[本発明1074]
前記骨髄細胞が、樹状細胞、腫瘍関連マクロファージ（ＴＡＭ）、好中球、または単球の少なくとも１つを含む、[本発明1063]〜[本発明1073]のいずれかの方法。
[本発明1075]
前記骨髄細胞が、好中球である、[本発明1074]の方法。
[本発明1076]
前記骨髄細胞が、腫瘍関連マクロファージである、[本発明1074]の方法。
[本発明1077]
前記骨髄細胞が、腫瘍内である、[本発明1063]〜[本発明1076]のいずれかの方法。
[本発明1078]
前記骨髄細胞が、刺激性骨髄細胞及び非刺激性骨髄細胞を含む免疫細胞の集団である、[本発明1063]〜[本発明1077]のいずれかの方法。
[本発明1079]
前記接触が、インビトロまたはインビボである、[本発明1063]〜[本発明1078]のいずれかの方法。
[本発明1080]
前記接触が、必要とする対象においてインビボで生じ、任意で、前記対象ががんを有する、[本発明1063]〜[本発明1079]のいずれかの方法。
[本発明1081]
前記対象が、ヒトである、[本発明1031]〜[本発明1080]のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記がんが、固形がんである、[本発明1063]〜[本発明1081]のいずれかの方法。
[本発明1083]
前記がんが、液体がんである、[本発明1063]〜[本発明1081]のいずれかの方法。
[本発明1084]
前記がんが、メラノーマ、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮がん（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、膠芽腫、前立腺、肺、乳房、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎臓、メラノーマ、及び中皮腫からなる群より選択される、[本発明1080]の方法。
[本発明1085]
前記がんが、結腸がんまたは乳がんである、[本発明1084]の方法。
[本発明1086]
前記接触が、前記対象の免疫応答を増強する、[本発明1080]の方法。
[本発明1087]
前記増強された免疫応答が、適応免疫応答である、[本発明1080]の方法。
[本発明1088]
前記増強された免疫応答が、自然免疫応答である、[本発明1080]の方法。
[本発明1089]
前記対象が、免疫療法を以前に受けたことがあるか、同時に受けているか、またはその後に受けることになる、[本発明1080]〜[本発明1088]のいずれかの方法。
[本発明1090]
前記免疫療法が、チェックポイント阻害薬；Ｔ細胞のチェックポイント阻害薬；抗ＰＤ１抗体；抗ＰＤＬ１抗体；抗ＣＴＬＡ４抗体；養子Ｔ細胞療法；ＣＡＲ−Ｔ細胞療法；樹状細胞ワクチン；単球ワクチン；Ｔ細胞及び抗原提示細胞の両方に結合する抗原結合タンパク質；ＢｉＴＥ二重抗原結合タンパク質；トール様受容体リガンド；サイトカイン；細胞傷害療法；化学療法；放射線療法；小分子阻害薬；小分子アゴニスト；免疫調節薬；ならびにエピジェネティック調節因子のうちの少なくとも１つである、[本発明1089]の方法。
[本発明1091]
前記免疫療法が、抗ＰＤ１抗体である、[本発明1090]の方法。
[本発明1092]
疾患または状態を有するかまたは有すると疑われる対象において、ＴＲＥＭ２を検出する方法であって、
（ａ）前記対象由来の試料を受け取る工程、及び
（ｂ）前記試料を[本発明1001]〜[本発明1038]のいずれかの抗体と接触させることにより、前記試料中のＴＲＥＭ２の存在またはレベルを検出する工程
を含む、前記方法。
[本発明1093]
前記疾患または状態が、がんである、[本発明1092]の方法。
[本発明1094]
チェックポイント阻害薬を投与する工程をさらに含み、
任意で、前記チェックポイント阻害薬が、前記ＰＤ１：ＰＤＬ１軸の阻害薬であり、任意で、前記阻害薬が抗体であり、任意で、前記抗体が、抗ＰＤ１抗体または抗ＰＤＬ１抗体である、
[本発明1092]または[本発明1093]の方法。
[本発明1095]
[本発明1001]〜[本発明1038]のいずれかの抗体または[本発明1043]の医薬組成物及び使用説明書を含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２９】
ヒト化抗体のフレームワークのアラインメント（出現順にそれぞれ、配列番号７、３、５、２１、６、２３および２４）
2021506244.tif 000044
【国際調査報告】
2021506244.tif 000045
2021506244.tif 000046