(57)【要約】  本明細書には、個体の皮膚疾病を処置するためのシステム、方法、および組成物が記載される。個体の皮膚フローラ、および処置様式に対する前記皮膚フローラの感度を判定するためのシステムまたは方法が使用される。次いで、処置様式に対する皮膚フローラの感度に基づいて組成物がカスタマイズされる。【選択図】図４５
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体の尋常性ざ瘡を処置するためのコンピューターベースの方法であって、該方法は、
前記個体からサンプルを得る工程と、
前記サンプル内のＰ．アクネスの系統を識別する工程と、
機械学習モデルを用いて、前記Ｐ．アクネスの系統が過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられると判定する工程と、
前記Ｐ．アクネスの系統が前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるときに前記個体を前記過酸化ベンゾイルで処置する工程と
を含む、コンピューターベースの方法。
【請求項２】
前記機械学習モデルが畳み込みニューラルネットにより生成される、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項３】
前記畳み込みニューラルネットが、他の個体から得た標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される、請求項２に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項４】
前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応が前記Ｐ．アクネスの系統のゲノムシーケンシングを使用して判定される、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項５】
過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの前記系統が、前記Ｐ．アクネスの系統の代謝の分析に基づいて識別される、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項６】
前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応が、治療エリア内の前記Ｐ．アクネス集団の少なくとも１０％の減少を含む、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項７】
前記Ｐ．アクネスの系統が、少なくとも７５％の精度で過酸化ベンゾイルの治療反応に関連付けられる、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項８】
前記Ｐ．アクネスの系統がＫ４系統を含む、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項９】
前記Ｐ．アクネスの系統がＡ２系統を含む、請求項１に記載のコンピューターベースの方法。
【請求項１０】
個体の尋常性ざ瘡を処置する方法であって、該方法は、
前記個体の皮膚表面のマイクロバイオームがＫ４系統およびＡ２系統から成る群から選択されるＰ．アクネスの系統を含むことが分かったときに前記個体に過酸化ベンゾイルを投与する工程
を含む、方法。
【請求項１１】
前記個体にサリチル酸を投与する工程を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｐ．アクネスの系統は過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記Ｐ．アクネスの系統の代謝を判定する工程を含み、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応が前記代謝に基づく、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
皮膚領域に前記過酸化ベンゾイルを適用するよう前記個体に命じる工程を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
Ｐ．アクネスの集団が、前記過酸化ベンゾイルの投与後に前記領域において少なくとも５０％減少する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
個体の尋常性ざ瘡の処置の治療効果を分析するための方法であって、該方法は、
前記個体からサンプルを得る工程と、
前記サンプル内のＰ．アクネスの存在を判定する工程と、
複数の処置それぞれに対する前記Ｐ．アクネスの感度を判定する工程と、
前記感度に基づいて前記複数の処置それぞれをランク付けする工程であって、これにより最も有効な処置と２番目に有効な処置とを識別する、工程と、
前記最も有効な処置および前記２番目に有効な処置を含む併用療法を作成する工程と
を含む、方法。
【請求項１７】
前記Ｐ．アクネスの存在が、前記サンプルに対するゲノムシーケンシングを使用して判定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記Ｐ．アクネスの系統の感度が、前記微生物の代謝の分析に基づいて判定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記Ｐ．アクネスの系統の感度が、畳み込みニューラルネットにより生成される機械学習モデルにより判定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記畳み込みニューラルネットが、他の個体から得た標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される、請求項１６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１８年３月２６日出願の米国仮特許出願第６２／６４８，２２４号に基づく優先権の利益を主張するものであり、該仮出願はその全体を参照することで本明細書に引用される。
【背景技術】
【０００２】
ざ瘡の症状は、皮脂腺活動度、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐ．アクネス）のコロニー形成、皮脂腺の閉塞、および炎症に関連すると知られている。思春期前期に生じるざ瘡の前提条件として、Ｐ．アクネスのコロニー形成が議論されてきている。
【発明の概要】
【０００３】
本明細書には、個体集団中のある個体の皮膚表面にあるマイクロバイオームを判定するためのシステムおよび方法、いくつかの実施形態では、個体の皮膚に関連する異常を処置するための処置様式に対するマイクロバイオームのフローラの感度を判定するためのシステムおよび方法が記載される。本明細書で使用されるような処置様式は、処置用の局所製剤を含む。本明細書で使用されるような個体の皮膚表面上の異常は、個体の皮膚表面上のざ瘡を含む。
【０００４】
本明細書には、異常の影響を受けた個体の皮膚表面を処置するための特注組成物を定めるためのシステムおよび方法が記載される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムおよび方法は、個体の皮膚表面上のマイクロフローラ、および／または、過酸化ベンゾイルを含むがこれに限定されない処置に対するマイクロフローラ（またはマイクロフローラのフローラ亜集団）の感度に基づいて、個体のざ瘡を処置するようになっている。
【０００５】
本明細書には、尋常性ざ瘡を処置するための組成物を含む、個体の皮膚疾病を処置するための組成物が記載される。
【０００６】
様々な個体のマイクロバイオームの中にフローラに関する有意な多様性が存在し、さらに個体のマイクロバイオーム内にはフローラの系統も存在する。ざ瘡（すなわち尋常性ざ瘡）などのある種の疾病では、ある種の特異的なフローラは、皮膚疾病に関連し、または潜在的にその原因になると考えられている。一部の個体に存在するＰ．アクネスはざ瘡疾病に関連し、これら個体に存在するＰ．アクネスの処置によってざ瘡の形成が処置または予防される。
【０００７】
本明細書には、個体の皮膚フローラ中のＰ．アクネスの存在を判定し、かつ処置に対するＰ．アクネスの感度を判定するためのシステムおよび方法が記載される。
【０００８】
いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの感度が判定される処置は、過酸化ベンゾイルの投与である。
【０００９】
本明細書には、ざ瘡がある思春期前期の女性を含む個体に対する研究結果、および過酸化ベンゾイル洗浄による前記個体の前記マイクロバイオームの変化が記載される。フローラは前記個体の顔面の様々な領域から採取され、過酸化ベンゾイルに対する感度を調べられる。
【００１０】
本明細書には、個体の皮膚疾病を処置するための方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内の微生物の存在を識別する工程と、処置に対する治療反応に関連する前記微生物の系統を識別する工程と、前記処置により前記皮膚疾病を処置する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記皮膚状態は尋常性ざ瘡を含む。いくつかの実施形態では、前記微生物はＰ．アクネスを含む。いくつかの実施形態では、前記微生物の存在は、前記サンプルに対しゲノムシーケンシングを使用して識別される。いくつかの実施形態では、前記微生物の系統は、前記微生物の代謝の分析に基づいて前記処置の治療効果に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記処置は過酸化ベンゾイルを含む。
【００１１】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置するための方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの系統を識別する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記方法は前記個体に過酸化ベンゾイルを投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの前記系統は、ゲノムシーケンシングを使用して識別される。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの前記系統は、前記系統の代謝の分析に基づいて識別される。
【００１２】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置する方法が記載され、該方法は、前記個体に過酸化ベンゾイルを投与する工程を含み、前記個体の皮膚表面のマイクロバイオームは、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの系統を含むことが分かっている。いくつかの実施形態では、前記系統はＫ４系統を含む。いくつかの実施形態では、前記系統はＡ２系統を含む。いくつかの実施形態では、前記治療反応は機械学習アルゴリズムを使用して判定される。
【００１３】
本明細書には、個体の皮膚疾病に対する治療効果を分析するための方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内の微生物の存在を識別する工程と、第１の処置に対する前記微生物の感度の第１の程度を判定する工程と、第２の処置に対する前記微生物の感度の第２の程度を判定する工程と、前記第１の程度と前記第２の程度とを比較する工程であって、これにより比較結果を作成する、工程と、前記比較結果に基づいて前記第２の処置に対して前記第１の処置をランク付けする工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記皮膚状態は尋常性ざ瘡を含む。いくつかの実施形態では、前記微生物はＰ．アクネスを含む。いくつかの実施形態では、前記微生物の存在は、前記サンプルに対しゲノムシーケンシングを使用して判定される。いくつかの実施形態では、前記微生物の系統は、前記微生物の代謝の分析に基づいて前記第１の処置および前記第２の処置に対する治療反応に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記第１の処置は過酸化ベンゾイルを含む。
【００１４】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置するためのコンピューターベースの方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内のＰ．アクネスの系統を識別する工程と、機械学習モデルを用いて、前記Ｐ．アクネスの系統が過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられると判定する工程と、前記Ｐ．アクネスの系統が前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるときに前記個体を前記過酸化ベンゾイルで処置する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルは畳み込みニューラルネットにより生成される。いくつかの実施形態では、前記畳み込みニューラルネットは、他の個体から採取した標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される。いくつかの実施形態では、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は、前記Ｐ．アクネスの系統のゲノムシーケンシングを使用して判定される。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの前記系統は、前記Ｐ．アクネスの系統の代謝の分析に基づいて識別される。いくつかの実施形態では、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は、治療エリア内の前記Ｐ．アクネス集団の少なくとも１０％の減少を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統は、少なくとも７５％の精度で過酸化ベンゾイルの治療反応に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統はＫ４系統を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統はＡ２系統を含む。
【００１５】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置する方法が記載され、該方法は、前記個体の皮膚表面のマイクロバイオームがＫ４系統およびＡ２系統から成る群から選択されるＰ．アクネスの系統を含むことが分かったときに前記個体に過酸化ベンゾイルを投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに前記個体にサリチル酸を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統は、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに前記Ｐ．アクネスの系統の代謝を含み、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は前記代謝に基づく。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに、皮膚領域に前記過酸化ベンゾイルを投与するよう前記個体に命じる工程を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの集団は、前記過酸化ベンゾイルの投与後に前記領域において少なくとも５０％減少する。
【００１６】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡の処置の治療効果を分析するための方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内のＰ．アクネスの存在を判定する工程と、複数の処置それぞれに対する前記Ｐ．アクネスの感度を判定する工程と、前記感度に基づいて前記複数の処置それぞれをランク付けする工程であって、これにより最も有効な処置と２番目に有効な処置とを識別する、工程と、前記最も有効な処置および前記２番目に有効な処置を含む併用療法を作成する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの存在は、前記サンプルに対しゲノムシーケンシングを使用して判定される。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統の感度は、前記微生物の代謝の分析に基づいて判定される。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統の感度は、畳み込みニューラルネットにより生成される機械学習モデルにより判定される。いくつかの実施形態では、前記畳み込みニューラルネットは、他の個体から採取した標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
この特許または特許出願のファイルには、色付きで作成された少なくとも１つの図面が含まれる。色付きの図面を含めたこの特許または特許出願公開のコピーは、必要な料金の請求および支払い後に当該事務局によって提供されるものとする。
【００１８】
本発明の新規な特徴を、具体的に添付の特許請求の範囲と共に説明する。本発明の特徴と利点をより良く理解するには、本発明の原理が用いられる例示的実施形態を説明する以下の詳細な説明と添付図面とを参照されたい。
【図１】ざ瘡の影響を受けた個体の皮膚表面上の予測されたフローラのグラフを示す。グラフ中、予測されたフローラはｘ軸に表され、Ｇｉｎｉの平均減少はｙ軸に表される。
【図２】２つの異なる個体、ＳｈａｎｎｏｎおよびＳｉｍｐｓｏｎの皮膚表面上の様々な位置にあるフローラ多様性を示す。
【図３】過酸化ベンゾイルを投与したマイクロバイオーム亜集団、および過酸化ベンゾイルが投与されない亜集団の複数のグラフを示し、過酸化ベンゾイル投与群と非過酸化ベンゾイル投与群それぞれのフローラの相対比率が示されている。
【図４】Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ部位に特異的な結果を示す。
【図５】皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。
【図６】面皰を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。
【図７】前頭を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。
【図８】鼻の外側を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。
【図９】耳の後ろを含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。
【図１０】過酸化ベンゾイルが適用された皮膚領域上のフローラ、および過酸化ベンゾイルが適用されなかった皮膚領域上のフローラに関する相対機能分析を示す。
【図１１】過酸化ベンゾイルが適用された頬上のフローラ、および過酸化ベンゾイルが適用されなかった頬上のフローラに関する相対機能分析を示す。
【図１２】頬の皮膚領域に関するＢｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度の表示である。
【図１３】部位特異的結果および処置特異的結果（すなわち、過酸化ベンゾイルの適用あり、および過酸化ベンゾイルの適用なし）に関する属レベルでの総合多様性の表示を示す。
【図１４】部位特異的結果および処置特異的結果（すなわち、過酸化ベンゾイルの適用あり、および過酸化ベンゾイルの適用なし）に関する種レベルでの総合多様性の表示を示す。
【図１５】２つの異なる時間（訪問）に頬から採取した２つの異なるサンプル間の統計的に有意な分類群の比較を示す。
【図１６】過酸化ベンゾイルが皮膚領域に適用される前後の多様性測定を示す。
【図１７】２つの異なる訪問間の種レベルでの有意な変化が生じる分類学的属を示す。
【図１８】２つの異なる訪問間の属レベルでの有意な変化が生じる分類学的属を示す。
【図１９】個体による２つの異なる訪問時の多様性測定の結果を示す。
【図２０】臨床的結果に基づく相対的なマイクロバイオームプロファイリングを示す。
【図２１】「減少集団」と称される集団内でのデータが示される２つの訪問を区別することができる、上位２０の分類群を示す。
【図２２】「増加集団」と称される集団内でのデータが示される２つの訪問を区別することができる、上位２０の分類群を示す。
【図２３】２つの訪問全体にわたる「減少集団」に関するＮＭＤＳ（多次元尺度構成法）の結果を示す。
【図２４】２つの訪問全体にわたる「平坦集団」に関するＮＭＤＳの結果を示す。
【図２５】２つの訪問全体にわたる「増加集団」に関するＮＭＤＳの結果を示す。
【図２６】２つの訪問全体にわたる結果すべてに関するＮＭＤＳの結果を示す。
【図２７】増加集団と減少集団との比較の結果を示す。
【図２８】処置の影響に基づいて部位全体にわたるα多様性を示す。
【図２９】訪問に基づいて部位全体にわたるα多様性を示す。
【図３０】頬部位に対して増加集団と減少集団との統計的に有意な分類群を比較する結果を示す。
【図３１】前頭部位に対して増加集団と減少集団との統計的に有意な分類群を比較する結果を示す。
【図３２】個体のマイクロバイオームに基づいて過酸化ベンゾイルに対する反応の予測を提供するための上位予測因子であるフローラを表すグラフを示す。
【図３３】異なる群全体にわたるＰ．アクネスの表示を示す。
【図３４】鼻の外側領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。
【図３５】頬の領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。
【図３６】前頭の領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。
【図３７】前頭への過酸化ベンゾイル処置前後に区別されたＰ．アクネス系統を示す。
【図３８】増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。
【図３９】処置後のＰ．アクネス系統の変化を示す。Ｃ２  Ｐ．アクネス系統は過酸化ベンゾイル処置後、より支配的となる。
【図４０】反応に基づく相対機能分析を示す。相対機能分析は、過酸化ベンゾイルに反応した群と反応しなかった群とに行われる。
【図４１】過酸化ベンゾイル処置後のＰ．アクネス系統の変化を示す。Ｐ．アクネス系統の機能的マッピングにより、リパーゼ活性、抗生物質耐性、シデロホア、およびペプチド／ニッケル輸送系の有意差が示される。
【図４２】マンガン酸化の機能結果を示す。マンガン酸化は、過酸化ベンゾイルに反応しなかった集団で過剰表現される。
【図４３】ざ瘡製品推奨に関する典型的な方法を示す。
【図４４】様々な代謝産物に基づいた良好かつ悪い系統に対する代謝モデリングの結果を示す。
【図４５】代謝モデリングに基づいたざ瘡製品推奨の結果を示す。
【図４６】マイクロバイオームプロファイルに基づいた過酸化ベンゾイル摂取モデルを示す。
【図４７】過酸化ベンゾイル反応群に差動的に表示される系統への代謝モデルのマッピング結果を示す。
【図４８】製品推奨の概念実証を行った結果の概要を示す。
【図４９】個体の試験から特注の処置の開発までの典型的な方法の工程を示す。
【図５０】臨床データに基づいてざ瘡に対しコンパイルされた包括的バイオマーカーの結果を示す。
【図５１】ざ瘡処置のランキングを示す。
【図５２】ゲノムスケールの代謝再構成をモデル化するためのアルゴリズムの概略図を示す。
【図５３】典型的なコンピューターベースのシステムの概略図を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
共生生物と相利共生生物は、多くの方法で人間の身体の健康維持に役立っている。これら生物により、食物の消化とビタミンＢやＫなどの栄養素の取得が助けられ、免疫系の発達が促進され、例えば競合により疾患を引き起こす病原菌のコロニー形成が妨げられる。個体の体内または身体上に生息する微生物、共生生物、相利共生生物、および病原生物は総じて、マイクロバイオームと呼ばれている。代謝プロセス、および／または個体の身体のマイクロバイオームを含む生物の代謝プロセス生成物は、メタボロームと呼ばれている。マイクロバイオーム、およびマイクロバイオームを含む生物に関連するメタボローム内の生物の平衡状態は、個体の健康状態と密接に関連しており、その逆も同様である。
【００２０】
本明細書には、ヒトおよび動物に使用するための特注スキンケア製品およびパーソナルケア製品を生成するための、より具体的には、非限定的な例として、皮膚および皮下組織に生息するフローラの初期評価および／または代謝活性に基づくパーソナルケア製品の開発のためのシステムおよび方法が記載される。
【００２１】
本明細書には、皮膚および皮下組織のフローラ、例えばマイクロバイオーム、およびその関連するメタボロームを分析し、皮膚および皮下組織のフローラおよびメタボロームのプロファイル結果を、一組の健康な皮膚タイプおよび／または不健康な皮膚タイプから定めた範囲内にあるフローラの量と多様性として表される健康なプロファイルと比較し、次いで、試験被験体の皮膚・皮下組織および関連するメタボロームに存在するフローラを増やすかまたは健康なフローラプロファイルを試験被験体のプロファイルに複製するスキンケア製品およびパーソナルケア製品をカスタマイズするための、システムおよび方法が記載される。
【００２２】
次世代シーケンシング（ＮＧＳ）により、皮膚・皮下組織に生息するマイクロバイオームを迅速かつ正確に識別してプロファイリングする機会が得られている。これにより、健康なプロファイルの確立のために特別に作り出された共生生物および／または相利共生生物の混合物を混和することで健康なマイクロバイオームを維持し、またはプロファイルを健康な平衡状態へと推移させる、特注または個人用のスキンケア製品およびパーソナルケア製品を作り出す機会が得られている。さらに、最適なフローラは、その健康面での利益をさらに広めるべく相乗的に宿主免疫系と相互作用する。個体の関連するメタボロームはまた、質量スペクトロメトリーに基づくシステムにより、またはゲノミクスベースのメタボロームモデリングおよび流速均衡解析を用いてプロファイルすることができ、健康なメタボロームプロファイルを作り出すために使用される。有益な代謝産物のいずれかにおける欠損も同様に補足され得る。
【００２３】
ある種の皮膚科学疾病に対して従来から用いられる処置は、共生生物および相利共生生物を含むマイクロバイオームに劇的な影響を与える抗生物質を含む。ある種の皮膚科学疾病に対して従来から用いられる他の処置は、免疫応答に対し局所的および全身的な効果がある、ステロイドなどの抗炎症薬を含む。このような抗生物質およびステロイドに基づく従来の治療はともに、皮膚疾病の根本原因に対処することができない場合もある。というのも、この皮膚疾病は、共生微生物または相利微生物の不均衡または不在、過剰な日和見感染細菌あるいは病原性菌、または必須あるいは有益な代謝産物の欠失によるものだからである。
【００２４】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置するためのコンピューターベースの方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内のＰ．アクネスの系統を識別する工程と、機械学習モデルを用いて、前記Ｐ．アクネスの系統が過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられると判定する工程と、前記Ｐ．アクネスの系統が前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるときに前記個体を前記過酸化ベンゾイルで処置する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルは畳み込みニューラルネットにより生成される。いくつかの実施形態では、前記畳み込みニューラルネットは、他の個体から採取した標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される。いくつかの実施形態では、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は、前記Ｐ．アクネスの系統のゲノムシーケンシングを使用して判定される。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられるＰ．アクネスの前記系統は、前記Ｐ．アクネスの系統の代謝の分析に基づいて識別される。いくつかの実施形態では、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は、治療エリア内の前記Ｐ．アクネス集団の少なくとも１０％の減少を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統は、少なくとも７５％の精度で過酸化ベンゾイルの治療反応に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統はＫ４系統を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統はＡ２系統を含む。
【００２５】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡を処置する方法が記載され、該方法は、前記個体の皮膚表面のマイクロバイオームがＫ４系統およびＡ２系統から成る群から選択されるＰ．アクネスの系統を含むことが分かったときに前記個体に過酸化ベンゾイルを投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに前記個体にサリチル酸を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統は、過酸化ベンゾイルに対する治療反応に関連付けられる。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに前記Ｐ．アクネスの系統の代謝を含み、前記過酸化ベンゾイルに対する治療反応は前記代謝に基づく。いくつかの実施形態では、前記方法はさらに、皮膚領域に前記過酸化ベンゾイルを投与するよう前記個体に命じる工程を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの集団は、前記過酸化ベンゾイルの投与後に前記領域において少なくとも５０％減少する。
【００２６】
本明細書には、個体の尋常性ざ瘡の処置の治療効果を分析するための方法が記載され、該方法は、前記個体からサンプルを得る工程と、前記サンプル内のＰ．アクネスの存在を判定する工程と、複数の処置それぞれに対する前記Ｐ．アクネスの感度を判定する工程と、前記感度に基づいて前記複数の処置それぞれをランク付けする工程であって、これにより最も有効な処置と２番目に有効な処置とを識別する、工程と、前記最も有効な処置および前記２番目に有効な処置を含む併用療法を作成する工程とを含む。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの存在は、前記サンプルに対しゲノムシーケンシングを使用して判定される。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統の感度は、前記微生物の代謝の分析に基づいて判定される。いくつかの実施形態では、前記Ｐ．アクネスの系統の感度は、畳み込みニューラルネットにより生成される機械学習モデルにより判定される。いくつかの実施形態では、前記畳み込みニューラルネットは、他の個体から採取した標識サンプルデータの教師あり学習を使用して訓練される。
【００２７】
特定の用語
本明細書および添付の請求項では、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上明確な指定がない限り、複数形の言及も含む。ゆえに、例えば「方法」への言及は、本開示などを読むことで当業者に明らかになるであろう、本明細書に記載されるタイプの１つ以上の方法および／または工程を含む。
【００２８】
別段の定めのない限り、本明細書で使用される技術用語と科学用語はすべて、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を持つ。本明細書に記載されるものと同様または均等な方法と材料は本発明の実施または試験に使用することができるが、好ましい方法および材料を以下に記述するものとする。
【００２９】
本明細書では、用語「被験体」は、主題の方法を行う対象である任意の個体または患者を指す。一般的に被験体はヒトであるが、当業者に明白なように、動物であってもよい。ゆえに、げっ歯類（マウス、ラット、ハムスター、およびモルモットを含む）、ネコ、イヌ、ウサギ、家畜（ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタなど）、および霊長類（サル、チンパンジー、オランウータン、およびゴリラを含む）などの哺乳動物を含む他の動物も、被験体の定義内で含まれるものとする。
【００３０】
本明細書で使用されるように、用語「サンプル」および「生体サンプル」は、本発明が提供する方法に適した任意のサンプルを指す。細胞のサンプルは、例えば、テープストリッピング、スクラピング、スワビングなどの非侵襲的技法、または被験体の生検などのより侵襲的な技法により得られた皮膚または皮下の組織サンプルを含む、任意のサンプルであってもよい。一実施形態では、用語「サンプル」は、被験体の皮膚または皮下組織に由来する任意の調製物を指す。例えば、本明細書に記載される非侵襲的方法を使用して得た細胞のサンプルは、核酸分子またはタンパク質を単離して本発明の方法を実施するために使用することができる。本発明のサンプルは、乾癬または皮膚炎などの疾患または障害を抱えていると示された皮膚領域、あるいは周囲の縁または組織から採取されてもよい。この疾患または障害は、病理学的状態または生理学的状態の結果であると疑われる。本明細書では、「周囲の縁」または「周囲の組織」という用語は、疾患または障害を抱えていると示された皮膚に隣接するが、そうでなければ正常と思われる被験体の組織を指す。
【００３１】
いくつかの実施形態では、前記方法はさらに、前記被験体のマイクロバイオームを基準マイクロバイオームと比較する工程、前記被験体のマイクロバイオームプロファイルを作成する工程、被検体が抱えているあるいは進行させる危険のある疾患あるいは障害を識別する工程、または被験体に個別化した処置レジメンを提供する工程を含む。様々な実施形態では、前記基準マイクロバイオームは健康なプロファイルを有するものと分類され、および前記被験体のマイクロバイオームと基準マイクロバイオームとの類似性により前記被験体のマイクロバイオームは健康なプロファイルを有するものと識別される。代替的に、基準マイクロバイオームは、疾患あるいは障害を抱えている、またはそれを抱える危険があると分類され、前記被験体のマイクロバイオームと前記基準マイクロバイオームとの類似性により前記被験体のマイクロバイオームは前記疾患あるいは障害を抱えている、またはそれを抱える危険があると識別される。
【００３２】
本明細書では、用語「健康なプロファイル」は、健康なマイクロバイオームを有している、例えば疾患あるいは障害がなく、またはその危険がないと判定された被験体のサンプルに関連するマイクロバイオームを指す。そのため、一実施形態では、前記基準マイクロバイオームは、皮膚病または特定の望ましくない表現型を持っていない健康な個体から得た細胞サンプルのマイクロバイオームである。
【００３３】
用語「健康なプロファイル」は、一組の変更な皮膚タイプから定めた範囲内に含まれるフローラの量と多様性を指す。用語「健康な皮膚」は、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、ふけ、ざ瘡、蜂巣炎、酒さ、いぼ、脂漏性角化症、日光性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、および癌（基底細胞癌、扁平上皮癌、黒色腫など）を含むがこれらに限定されない皮膚の疾病、疾患、または障害のない皮膚を指す。
【００３４】
加えて、本明細書では、用語「疾患」または「障害」は、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、ふけ、ざ瘡、蜂巣炎、酒さ、いぼ、脂漏性角化症、日光性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、および癌（基底細胞癌、扁平上皮癌、黒色腫など）を含むがこれらに限定されない皮膚の関連疾患を一般的に指すように意図されている。
【００３５】
本明細書では、用語「癌」は、癌腫、黒色腫、および肉腫を含むがこれらに限定されない任意の悪性腫瘍を含む。癌は、後に周囲の組織に侵入して破壊する細胞の未制御および／または異常分裂により生じる。本明細書では、用語「増殖する」および「増殖」は、細胞が有糸分裂を受けることを指す。本明細書では、「転移」は、悪性腫瘍がその起点から離れた場所に蔓延することを指す。癌細胞は血流を介して、リンパ系を介して、体腔全体にわたり、またはそれらの任意の組み合わせにより転移することができる。本明細書では、用語「癌細胞」は、本明細書に提供される癌性疾病のいずれか１つによる影響を受ける細胞を含む。用語「癌腫」は、周囲の組織に浸潤して転移を生じさせる傾向がある上皮細胞で構成された悪性腫瘍を指す。用語「黒色腫」は、皮膚だけでなく腸や眼において支配的に見出される黒色素細胞の悪性腫瘍を指す。用語「黒色素細胞」は、表皮の下層や基底膜、および眼の中央層にある細胞を指す。ゆえに、用語「黒色腫性転移」は、領域リンパ節および／またはそこから離れた器官（例えば肝臓、脳、乳房、前立腺など）に黒色腫細胞が広がることを指す。
【００３６】
用語「皮膚」または「皮下組織」は、表皮（角質層を含む）および基底真皮から成る身体の外部保護層を指し、汗腺および脂線のほか、毛包構造および爪を含むものと理解される。本出願の全体にわたり、形容詞「皮膚の」および「皮下の」は一般的に、使用される状況に応じて適宜、皮膚の特質を指すために使用されるものと理解されたい。ヒト皮膚の表皮は、皮膚組織の様々な別個の層を含む。最深部の層は基底細胞層であり、円柱細胞から成っている。積層は有棘層であり、多面細胞で構成されている。有棘層から押し上げられた細胞は平らになり、ケラトヒアリン顆粒と合成すると果粒層を形成する。これら細胞が外へ移動すると母核を失い、ケラトヒアリン顆粒は縮合して張原線維と混ざる。これにより表皮淡明層と呼ばれる淡明層が形成される。表皮淡明層の細胞は密に充填されている。この細胞が表皮淡明層から上に移動すると、圧縮されて多くの不透明鱗片（ｏｐａｑｕｅ  ｓｑｕａｍａｅ）層となる。これら細胞はすべて、ケラチンにより完全に充填され、かつ母核を含む他の内部構造すべてを失った細胞が平らになった残りである。これら鱗片は、表皮の外部層、すなわち角質層を構成する。角質層の下部では、前記細胞が密に圧縮されていることで互いに強く付着しているが、層の上側に行くと細胞の充填はゆるくなり、最終的に表面から剥がれ落ちる。
【００３７】
用語「プローブ」または「プローブ核酸分子」は、少なくとも部分的に単鎖である核酸、および対象の配列に対して少なくとも部分的に相補的または実質的に相補的である核酸である。プローブは、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡ両方の組み合わせであってもよい。骨格糖がリボースまたはデオキシリボース以外である核酸を含むプローブ核酸分子を有することも、本発明の範囲内に含まれる。プローブ核酸はペプチド核酸であってもよい。プローブは、核酸分解活性に耐性のある結合、または検出可能な標識を含んでいてもよく、例えばペプチドといった他の部分へ動作可能に結合することができる。
【００３８】
シトシン（Ｃ）との塩基対に対するグアニン（Ｇ）の能力、およびチミン（Ｔ）またはウリジン（Ｕ）との塩基対に対するアデニン（Ａ）に基づいて、単鎖核酸分子は、二重螺旋（二本鎖核酸分子）を形成するための他の核酸分子のすべてまたは一部と塩基対を形成する（ハイブリダイズする）ことができるとき、別の単鎖核酸分子に「相補的」である。例えば、ヌクレオチド配列５’−ＴＡＴＡＣ−３’はヌクレオチド配列５’−ＧＴＡＴＡ−３’に相補的である。
【００３９】
本明細書では、用語「ハイブリダイゼーション」は、核酸鎖が塩基対を介して相補鎖と結合するプロセスを指す。ハイブリダイゼーション反応は、対象の特定配列が低濃度で存在するサンプルでさえも識別され得るように、感受的かつ選択的であってもよい。インビトロの状態では、適切で厳格な条件は、例えばプレハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーション溶液中で塩またはホルムアミドを濃縮する、またはハイブリダイゼーション温度により定めることができ、これは当該技術分野で周知である。特に、厳格性は、塩の濃度を下げ、ホルムアミドの濃度を上げ、またはハイブリダイゼーション温度を上げることにより増大させることができる。例えば、高厳格条件下でのハイブリダイゼーションは、約３７〜４２℃で約５０％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。低厳格条件下でのハイブリダイゼーションは、約３０〜３５℃で５０％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。具体的に、ハイブリダイゼーションは、４２℃、５０％ホルムアミド、５Ｘ  ＳＳＰＥ、０．３％ＳＤＳ、および２００ｍｇ／ｍｌの断片化され変性されたサケ精子ＤＮＡといった高厳格条件下で生じる。ハイブリダイゼーションは、上述のような低厳格条件下ではあるが、３５℃の低温で３５％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。特定の厳格性レベルに対応する温度範囲はさらに、対象の核酸のプリンとピリミジンとの比を算出し、温度を適宜調節することにより狭めてもよい。上記の範囲と条件の変形は当該技術分野で周知である。
【００４０】
本明細書では、用語「皮膚フローラ」または「マイクロバイオーム」は、被験体の皮膚または皮下組織に生息する細菌、ウイルス、および真菌を含む微生物を指す。
【００４１】
本明細書では、用語「微生物（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ，ｍｉｃｒｏｂｅ，ｏｒ  ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ）」は、原核生物または真核生物、細菌、始原細菌、真菌、ウイルス、原核生物、または単細胞あるいは多細胞生物を含む任意の微生物を指す。
【００４２】
本明細書では、用語「改善する」または「処置する」は、癌または黒色腫に関連する臨床的兆候および／または症状が、行った行為により軽減することを意味する。モニタリングの対象となるこの兆候および症状は、兆候および疾病をモニタリングするための方法のように、特定の癌または黒色腫を特徴とし、臨床医に周知のものである。ゆえに、「処置レジメン」は、被験体の疾患または癌を処置するための任意の系統的計画またはコースを指す。
【００４３】
実施形態では、核酸分子はさらに、当業者に周知のあらゆる手段により皮膚サンプルから採取した細胞または細胞物質を溶解することにより単離されてもよい。例えば、ＲＮｅａｓｙ（商標）（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）およびＴｒｉＲｅａｇｅｎｔ（商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｉｎｃ，Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，ＯＨ）を含むがこれらに限定されない、ポリヌクレオチドを単離するのに利用可能な多くの商品を使用することができる。その後、単離されたポリヌクレオチドを試験し分析することで、サイトカインをコードするポリヌクレオチドを含む特定の核酸配列の有無を確認することができる。核酸サンプル内の標的核酸分子を回収する方法は当該技術分野で周知であり、マイクロアレイ分析を含む場合がある。
【００４４】
本明細書では、用語「共生微生物」は、インビトロ、エクスビボ、および／またはインビボでコロニー形成を形成する（すなわち、ヒト皮膚上に生存し拡大する）、またはヒト皮膚に一時的に生息することのできる原核生物と真核生物との両方を意味する。典型的な皮膚上の共生微生物として、限定されないが、アルファプロテオバクテリア、ベータプロテオバクテリア、ガンマプロテオバクテリア、プロピオニバクテリア、コリネバクテリア、アクチノバクテリア、クロストリジアーレス、ラクトバチラレス、スタフィロコッカス、バチルス、ミクロコックス、ストレプトコッカス、バクテロイデス、フラボバクテリウム、エンテロコッカス、シュードモナス、マラセジア、メイディダ、デバリオマイセス、およびクリプトコックスが挙げられる。
【００４５】
マイクロバイオーム判定のためのシステムと方法
本明細書には個体の皮膚マイクロバイオームを特徴づけるシステムと方法が記載される。本明細書に記載される特徴化のプロセスは、例えば個体の皮膚から採取したサンプルの微生物フローラおよび／または関連するメタボロームの分析を含む。いくつかの実施形態では、前記特徴化のプロセスは、組織の疾病（例えば疾患または障害）が共生微生物または相利共生微生物に平衡異常があるかそれらが存在しない場合の、および／または関連するマイクロバイオームに平衡異常があるかそれらが存在しない場合の結果であるかどうかを定める工程を含む。
【００４６】
本明細書には、サンプルを特徴づけ、かついくつかの実施形態ではこの特徴化に基づいて個体へ特注の治療を提供するために、ある種の障害および疾患を抱える個体から採取したサンプルを分析するためのシステムおよび方法が記載される。より具体的に、次の観点からサンプルに関連付けられるマイクロバイオームおよび／またはメタボロームのデータを特徴づけるための分析がサンプルに行われる：（ａ）マイクロバイオームを含む微生物の分類学、（ｂ）マイクロバイオームに関連付けられるメタボロームプロファイル、および／または（ｃ）個体のマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの物理的発現。例えば、本明細書に記載されるシステムと方法のいくつかの実施形態では、様々な細菌のパーセンテージがサンプル内で識別され、個体のマイクロバイオームに対する平衡異常は、正常な個体（または疾患を抱えていない個体）のマイクロバイオームの数が通常は少ない微生物種の異常増殖という形で検出される。別の例では、メタボロームプロファイルは、個体から採取したサンプルに存在する代謝産物のパーセンテージを識別し、正常な個体（または疾患を抱えていない個体）のマイクロバイオームの数が通常は少ないある代謝産物の過剰産生における平衡異常を検出することで判定される。さらなる例では、マイクロバイオームおよび／またはメタボロームの物理的発現は、個体のマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの特徴を正常な個体（または疾患を抱えていない個体）のものと比較することで個体において識別される。つまり、いくつかの実施形態では、個体のマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの物理的発現により、前記個体のマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの特徴と他の個体のマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの特徴との比較に基づいて、前記個体には高量の体臭があることが示される。このようにして個体が分類される。この特異的な例では、個体は高量の体臭があるものとして分類される。
【００４７】
個体から採取したサンプルの特徴化は、いくつかの実施形態では、１の個体のサンプル分析結果と１以上の健康な個体の結果との比較に基づくものである。健康な個体では、健康なマイクロバイオームを持つ、例えば、疾患あるいは障害がない、またはそのリスクがない、および／または特定の疾患あるいは障害がないと判定されるサンプルまたはサンプル分析データが得られる。そのためいくつかの実施形態では、基準マイクロバイオームは、皮膚病および／または特定の望ましくない表現型を抱えていない１以上の健康な個体から得た細胞の１つ以上のサンプルから採取される。同様に、健康なプロファイルは、一組の変更な皮膚タイプから定めた範囲内に含まれるフローラの量と多様性を含むものである。健康な皮膚は、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、ふけ、ざ瘡、蜂巣炎、酒さ、いぼ、脂漏性角化症、日光性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、および癌（基底細胞癌、扁平上皮癌、黒色腫など）を含むがこれらに限定されない皮膚の疾病、疾患、または障害のない皮膚を含むものである。本明細書に記載されるシステムおよび方法はまた、サンプル分析に基づいて個体を分類する際に、ある個体の疾患および障害の診断結果を提供する。本明細書に記載されるシステムおよび方法の実施形態により診断された疾患および障害の非限定的な例として、炎症、発疹、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹、乾癬、ふけ、ざ瘡、蜂巣炎、酒さ、いぼ、脂漏性角化症、日光性角化症、癜風、ウイルス性発疹、帯状疱疹、白癬、および癌（基底細胞癌、扁平上皮癌、黒色腫、癌腫、および肉腫）が挙げられる。
【００４８】
本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したサンプルは、テープストリッピング、スクラピング、スワビングなどの非侵襲的技法、または被験体の生検などのより侵襲的な技法により得られた皮膚または皮下の組織サンプルを含む。本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したサンプルは、前記個体の皮膚または皮下組織から得た任意の調製物を含むことを理解されたい。同様に、本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したサンプルは、いくつかの実施形態では、乾癬または皮膚炎などの疾患または障害を抱えていると示された皮膚領域、あるいは周囲の縁または組織から採取される。この疾患または障害は、病理学的状態または生理学的状態の結果であると疑われる。同様に、周囲の縁または周囲の組織から採取したサンプルは、疾患または障害を抱えていると示される皮膚に隣接するが、そうでなければ正常と思われる被験体の組織を指すものである。このようなサンプルのタイプは、本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのにも適している。皮膚および皮下組織は、表皮（角質層を含む）および基底真皮から身体の外部保護層を含み、かつ汗腺および脂線のほか、毛包構造および爪を含むものである。本出願の全体にわたり、形容詞「皮膚の」および「皮下の」は一般的に、使用される状況に応じて適宜、皮膚の特質を指すために使用されるものと理解されたい。ヒト皮膚の表皮は、皮膚組織の様々な別個の層を含む。最深部の層は基底細胞層であり、円柱細胞から成っている。積層は有棘層であり、多面細胞で構成されている。有棘層から押し上げられた細胞は平らになり、ケラトヒアリン顆粒と合成すると果粒層を形成する。これら細胞が外へ移動すると母核を失い、ケラトヒアリン顆粒は縮合して張原線維と混ざる。これにより表皮淡明層と呼ばれる淡明層が形成される。表皮淡明層の細胞は密に充填されている。この細胞が表皮淡明層から上に移動すると、圧縮されて多くの不透明鱗片（ｏｐａｑｕｅ  ｓｑｕａｍａｅ）層となる。これら細胞はすべて、ケラチンにより完全に充填され、かつ母核を含む他の内部構造すべてを失った細胞が平らになった残りである。これら鱗片は、表皮の外部層、すなわち角質層を構成する。角質層の下部では、前記細胞が密に圧縮されていることで互いに強く付着しているが、層の上側に行くと細胞の充填はゆるくなり、最終的に表面から剥がれ落ちる。
【００４９】
本明細書ではさらに、次世代シーケンシングすなわち「ＮＧＳ」について議論されており、これは、細胞または生物の迅速かつ正確なシーケンシングを可能とし、かつ複雑な細菌コミュニティー（良い例として、マイクロバイオームのもの）の評価を可能にする強力なＤＮＡシーケンシング技法である。いくつかの実施形態では、全個体に生息するフローラの識別は、そのようなＮＧＳプラットフォーム上で実施される。このようなプラットフォームにより、十分に高い感度、及び比較的短い所要時間とスケーラブルな処理能力で十分に高い感度と特異度を持って、個体の皮膚に生息するマイクロバイオームのプロファイルを迅速かつ正確に作成することができる。
【００５０】
代替的に、サンガーシーケンシング、質量分析法、量的ＰＣＲ、免疫蛍光検査法、インサイツハイブリダイゼーション、または微生物染色をベースとするプラットフォームを、個々のプロファイルを特徴づけるために使用することができる。同様に、マイクロバイオームまたはメタボロームは、質量分析法をベースとするシステムにより、またはゲノミクスベースのメタボロームモデリングおよび流速均衡解析を用いてプロファイルすることができる。上述の識別法はすべて、増殖工程を必要とすることなく個体から直接採取したサンプルに対して実施できる。このように、最小限のバイアスが、培養可能な微生物および培養不能な微生物の混合物、またはそれらの関連するメタボロームの識別に対して導入される。
【００５１】
質量分析法またはサンガーシーケンシングのようなＮＧＳなどの微生物識別法の高処理能力を活用することで、個体の皮下組織および関連するマイクロバイオームとメタボローム上の微生物は同時に識別されることとなり、結果として得られるプロファイルは、皮膚および皮下組織のプロファイルのデータベース中の健康なプロファイルと比較されてもよい。どのプラットフォームがプロファイリングに活用されるかに依存することなく、上記プラットフォームは任意のクライアントに対する試験として提供されてもよく、その出力は、共生微生物、病原性微生物、あるいは相利共生微生物、またはそれらの関連する代謝産物が、健康なプロファイルに比べて被験体の皮膚および皮下組織において不足し、または過剰に存在するのかを識別するために使用されてもよい。
【００５２】
本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したプローブは、少なくとも部分的に単鎖である核酸分子、および対象の配列に対して少なくとも部分的に相補的または実質的に相補的である核酸分子を含む。プローブは、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡ両方の組み合わせであってもよい。適切なプローブはまた、骨格糖がリボースまたはデオキシリボース以外である核酸を含む核酸分子も含む。適切なプローブはまた、ペプチド核酸を含む核酸も含む。プローブは、いくつかの実施形態では、核酸分解活性に耐性のある結合、または検出可能な標識を含むものであり、例えばペプチドといった他の部分へ動作可能に結合することができる。
【００５３】
ハイブリダイゼーション反応は、対象の特定配列が低濃度で存在するサンプルでさえも識別され得るように、感受的かつ選択的であってもよい。インビトロの状態では、適切で厳格な条件は、例えばプレハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーション溶液中で塩またはホルムアミドを濃縮する、またはハイブリダイゼーション温度により定めることができる。特に、厳格性は、塩の濃度を下げ、ホルムアミドの濃度を上げ、またはハイブリダイゼーション温度を上げることにより増大させることができる。例えば、高厳格条件下でのハイブリダイゼーションは、約３７〜４２℃で約５０％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。低厳格条件下でのハイブリダイゼーションは、約３０〜３５℃で５０％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。具体的に、ハイブリダイゼーションは、４２℃、５０％ホルムアミド、５Ｘ  ＳＳＰＥ、０．３％ＳＤＳ、および２００ｍｇ／ｍｌの断片化され変性されたサケ精子ＤＮＡといった高厳格条件下で生じる。ハイブリダイゼーションは、上述のような低厳格条件下ではあるが、３５℃の低温で３５％ホルムアミドにおいて生じる場合がある。特定の厳格性レベルに対応する温度範囲はさらに、対象の核酸のプリンとピリミジンとの比を算出し、温度を適宜調節することにより狭めてもよい。上記の範囲と条件に対する変更も同様に想定される。
【００５４】
そのため、本明細書に記載された方法およびプラットフォームは、核酸分子を配列決定するなど、核酸分子の分析を利用してもよい。シーケンシング法は、全ゲノムシーケンシング、次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシング、および１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングを含んでもよい。さらに、このような本明細書に記載される方法およびプラットフォームは、質量分析法、量的ＰＣＲ、免疫蛍光検査法、インサイツハイブリダイゼーション、微生物染色をベースとするプラットフォーム、またはそれらの組み合わせを利用してもよい。
【００５５】
いくつかの実施形態では、識別プラットフォームに入力されるものは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍｔＤＮＡ、単鎖または二本鎖を含む、任意の核酸でもよい。この核酸は、オリゴの長さが約５ｂｐほどの短いものからメガベース以上ほど長いものまで、任意の長さであってもよい。本明細書では、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、単鎖、二本鎖、または三本鎖、およびそれらの任意の化学的修飾を意味する。実質的に核酸の任意の修飾も企図される。「核酸分子」は、長さ１０、２０、３０、４０、５０、６０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、５００，０００、１，０００，０００、１，５００，０００、２，０００，０００、５，０００，０００ベース以上から、完全長の染色体ＤＮＡ分子まで、ほぼ任意の長さであってもよい。遺伝子の発現を分析する方法に関して、サンプルから単離した核酸は通常ＲＮＡである。
【００５６】
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は平均２２のヌクレオチド長さを持つ小さな単鎖ＲＮＡ分子であり、その長さは、ヒトを含む多様な種のｍＲＮＡ発現の調節に関与する（Ｂａｒｔｅｌ  ２００４で審査）。最初に報告されたｍｉＲＮＡは、線虫Ｃ．エレガンスにて発見されたｌｉｎ−４遺伝子のｍｉＲＮＡであった（Ｌｅｅ，Ｆｅｉｎｂａｕｍ  ｅｔ  ａｌ．１９９３）。以来、数百ものｍｉＲＮＡが、ハエや動植物にて発見されている。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡの３’−未翻訳領域に結合することにより遺伝子発現を調節し、かつ１）ｍＲＮＡの開裂または２）翻訳の抑止を触媒する。ｍｉＲＮＡによる遺伝子発現の調節は、細胞の発達、分化、伝播、およびアポトーシスなど多くの生物学的プロセスの中心となる（Ｒｅｉｎｈａｒｔ，Ｓｌａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．２０００；Ｂａｅｈｒｅｃｋｅ  ２００３；Ｂｒｅｎｎｅｃｋｅ，Ｈｉｐｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．２００３；Ｃｈｅｎ，Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．２００４）。ｍｉＲＮＡは、マウス上皮の胚発生中で活性であり、皮膚の形態生成にて重要な役割を果たすことが示されている（Ｙｉ，Ｏ’Ｃａｒｒｏｌｌ  ｅｔ  ａｌ．２００６）。
【００５７】
遺伝子発現におけるｍｉＲＮＡの役割を考慮すると、ｍｉＲＮＡは、特定の細胞型におけるｍＲＮＡの相対量を完全には特定せず、ゆえに異なる細胞型での特定の遺伝子発現プロファイル（すなわち特異的なｍＲＮＡの集団）を完全には決定しない場合に影響を受けることが明らかである。加えて、細胞中の特異的なｍｉＲＮＡの特定の分布も異なる細胞型において特有である可能性が高い。ゆえに、組織のｍｉＲＮＡプロファイルの判定は、その組織中の実際のｍＲＮＡ集団の発現プロファイリング用のツールとして使用されてもよい。したがって、ｍｉＲＮＡ突然変異のｍｉＲＮＡレベルおよび／または検出は、疾患の検出、診断、予測、または処置関連を決定し（すなわち、処置レジメンが開始される前または後の反応を示す）、または被験体の特定の疾患を特徴づけるのに有用である。
【００５８】
実施形態では、核酸分子はさらに、当業者に周知のあらゆる手段により皮膚サンプルから採取した細胞または細胞物質を溶解することにより単離されてもよい。例えば、ＲＮｅａｓｙ（商標）（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）およびＴｒｉＲｅａｇｅｎｔ（商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｉｎｃ，Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，ＯＨ）を含むがこれらに限定されない、ポリヌクレオチドを単離するのに利用可能な多くの商品を使用することができる。その後、単離されたポリヌクレオチドを試験し分析することで、サイトカインをコードするポリヌクレオチドを含む特定の核酸配列の有無を確認することができる。核酸サンプル内の標的核酸分子を回収する方法は当該技術分野で周知であり、マイクロアレイ分析を含む場合がある。
【００５９】
本明細書ではさらに、核酸分子は、個体の皮膚に関連するマイクロバイオームおよび／またはメタボロームの判定を補助することができる当該技術分野で既知の方法で分析されてもよい。例えば核酸分子の存在は、ＤＮＡ−ＤＮＡ、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション、または特異的な核酸分子のプローブまたは断片を用いた増幅により検出することができる。核酸増幅ベースのアッセイは、特異的なＤＮＡまたはＲＮＡを含む形質転換体を検出するために核酸配列に基づいたオリゴヌクレオチドまたはオリゴマーの使用を必要とする。
【００６０】
別の実施形態では、マイクロバイオームおよび／またはメタボロームの核酸分子の発現産物と特異的に結合する抗体が、被験体の皮膚病変を特徴づけるために使用されてもよい。この抗体は修飾の有無にかかわらず使用されてもよく、レポーター分子と共有結合または非共有結合により結合されることで標識されてもよい。
【００６１】
種々様々な標識技術および抱合技術が当業者に知られており、様々な核酸およびアミノ酸アッセイに使用される場合がある。標識ハイブリダイゼーションまたはＰＣＲプローブを生成して配列を検出するための手段として、オリゴ標識、ニックトランスレーション、末端標識、または標識ヌクレオチドを使用するＰＣＲ増幅が挙げられる。あるいは、ｍＲＮＡプローブの産生のために、配列またはその任意の断片が、ベクター内にクローニングされてもよい。そのようなベクターは市販されており、適切なＲＮＡポリメラーゼ（Ｔ７、Ｔ３、またはＳＰ６など）および標識ヌクレオチドを添加することにより、ＲＮＡプローブをインビトロで合成するために使用され得る。これらの手順は、様々な市販のキットを使用して実行されてもよい（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  ＆  Ｕｐｊｏｈｎ，（Ｋａｌａｍａｚｏｏ，Ｍｉｃｈ．）；Ｐｒｏｍｅｇａ  （Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．）；ａｎｄ  Ｕ．Ｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｒｐ．，Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ，Ｏｈｉｏ）。検出を容易にするために使用され得る適切なレポーター分子または標識として、放射性核種、酵素、蛍光、化学発光、または色素形成剤、ならびに基質、コファクター、阻害剤、磁気粒子などが挙げられる。
【００６２】
ＰＣＲシステムは通常、２つの増幅プライマーと、アンプリコン内の部位に特異的に結合する付加的なアンプリコン特異的蛍光発生ハイブリダイゼーションプローブとを使用する。このプローブは１つ以上の蛍光標識部分を含むことができる。例えばプローブは、２つの蛍光染料により標識することができる：１）５’末端に位置してレポーターとして機能する６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、および２）３’末端に位置してクエンチャーとして機能する６−カルボキシ−テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）。増幅が生じると、延長期間中にＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼの５’−３’エキソヌクレアーゼ活性によりプローブからレポーターが切断され、これによりレポーターがクエンチャーから放たれる。ＰＣＲプロセス中に結果としてレポーター色素の蛍光放射の増加がモニタリングされ、生成されたＤＮＡフラグメントの数が示される。インサイツＰＣＲは、標的核酸分子の直接局在化および視覚化のために利用されてもよく、発現を組織病理学的所見に相関させるのにさらに有用な場合がある。
【００６３】
本発明の核酸分子に特異的なハイブリダイゼーションプローブを生成する手段として、核酸配列をベクターへクローニングしてｍＲＮＡプローブを生成することが挙げられる。このようなベクターは市販されており、適切なＲＮＡポリメラーゼおよび適切な標識ヌクレオチドを添加することによりインビトロでＲＮＡプローブを合成するために使用されてもよい。ハイブリダイゼーションプローブは、様々なレポーター群、例えば放射性核種（３２Ｐまたは３５Ｓ）、または酵素標識（アビジン／ビオチンカップリングシステムを介してプローブに結合されるアルカリホスファターゼなどの）により標識されてもよい。
【００６４】
Ｐ．アクネスは、皮膚、口、尿路、および大腸領域を含む人体の様々な位置に見出される、共生的で非芽胞形成性の杆状（桿状）グラム陽性菌である。Ｐ．アクネスは、皮膚の油分を摂取して、健康な皮膚障壁の維持に役立つと知られる短鎖脂肪酸やプロピオン酸などの副産物を生成することができる。Ｐ．アクネスなどのプロピオニバクテリアはまた、バクテリオシンおよびバクテリオシン様の化合物（例えば、プロピオニシンＰ１Ｇ−１、ジェンセニインＧ、プロピオニシンＳＭ１、ＳＭ２  Ｔ１、およびアクネシン）を生成する。これらは、望ましくない乳酸生成細菌、グラム陰性菌、酵母菌、および糸状菌を抑制する。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスがあると識別された皮膚を持つ被験体は、Ｐ．アクネスの成長と増殖を阻害するように設計されたパーソナルケア製品で処置される場合がある。
【００６５】
いくつかの実施形態では、個体の皮膚プロファイルは、パーソナルケア製品の製剤を補助するために皮膚のフローラの多様性と隆起の両方を捕捉することにより、健康な皮膚の全体写真である個人用ＳｋｉｎＩＱ（商標）指標へと翻訳される。隆起に起因する主な要因は、生菌の平衡、すなわち相利共生微生物および共生微生物と（日和見性）病原体との比である。しかし、隆起はまた、皮膚の健康に対し正の影響を及ぼすことが可能な他の要因を含むことができる。このような要因は、健康な宿主の皮膚の助長または維持に起因する重要な生合成性微生物遺伝子、遺伝子産物、またはタンパク質の存在を含む場合がある。このような要因はすべて、限定されないが皮膚炎の減少、病原体の相対量の減少、およびプロビタミン、抗菌ペプチド、ビタミン、ならびに脂肪酸の生合成により、皮膚の総体的な健康に起因する。ＳｋｉｎＩＱ（商標）指標により表される多様性と隆起の組み合わせは、皮膚健康の予測的尺度でもあり得る。例えば、プロピオニバクテリウム・アクネスのとある亜種が普及すると、ざ瘡が突発的に生じるリスクが強くなる場合がある。同様に、ＳｋｉｎＩＱ（商標）は、湿疹、乾癬、アトピー性皮膚炎、および酒さを含むがこれらに限定されない他の皮膚疾病の発症を予測することもできる。
【００６６】
ＳｋｉｎＩＱ（商標）指標は、任意の個体プロファイルを皮膚プロファイル（マイクロバイオームおよび／またはメタボローム）のデータベースの「コンセンサス健康プロファイル」と対比して、健康集団のコンテキストにすべてのプロファイルを当てはめるＳｋｉｎ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍにより規定されている。コンセンサス健康プロファイルは、各バクテリアの種について個別に規定されている。健康集団のデータは、任意の所与のバクテリア種が健康な個体内に見出されると予測される範囲を規定するために使用される。これら範囲はすべて先の比較の基準を規定する。Ｓｋｉｎ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍ（商標）はさらに、新規な微生物に関する豊富なデータセットを掘り下げるために使用可能な強力なディスカバリーツールとして機能する。この微生物はスキンケア製剤に使用されることで、ざ瘡、アトピー性皮膚炎、乾癬、および湿疹を含むがこれらに限定されない様々な皮膚疾病に対し正に影響を及ぼすことができる。このツールは、潜在的な治療上の関連性をもって、様々なバクテリア種間のより高レベルの相互作用を掘り下げるためにも使用することができる。
【００６７】
そのため、本発明は、正常な皮膚または健康な皮膚といった既知の状態のほか、様々な皮膚疾患状態を抱える被験体の皮膚サンプルから作成した多くの基準投影断面を含む、基準データベースを生成することを企図している。個体プロファイルは、基準プロファイルを含む基準データベースと比較される場合がある。被験体のプロファイルがデータベース中の特定の疾患状態のプロファイルと最も一致する場合、被験体はその疾患状態を抱えていると診断される。様々なコンピューターシステムおよびソフトウェアが本発明の分析法の実施に利用可能であり、当業者に明らかとなっている。典型的なソフトウエアプログラムとして、限定されないが、Ｃｌｕｓｔｅｒ  ＆  ＴｒｅｅＶｉｅｗ（Ｓｔａｎｆｏｒｄ，ＵＲＬｓ：ｒａｎａ．ｌｂｌ．ｇｏｖ  ｏｒ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．ｏｒｇ）、ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ（ＭＩＴ／Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＵＲＬ：ＭＰＲ／ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ／ＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒ．ｈｔｍｌ）、Ａｒｒａｙ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＳｐｏｔＦｉｒｅ  Ｉｎｃ，ＵＲＬ：ｓｐｏｔｆｉｒｅ．ｃｏｍ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｓｃｉｃｏｍｐ．ａｓｐ＃ＳＡＥ）、およびＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｉｎｃ，ＵＲＬ：ｓｉｇｅｎｅｔｉｃｓ．ｃｏｍ／Ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）が挙げられる（コンピューターシステムとソフトウェアについては、ここで参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，２０３，９８７号を参照されたい）。
【００６８】
いくつかの実施形態では、本発明は、皮膚または皮下組織のフローラを含む被験体からサンプルを採取する工程を含む、皮膚および／または皮下組織を特徴づける方法を提供する。健康な個体の皮膚および皮下組織のフローラは、スワイピング、スクラピング、スワビング、テープストリップ、または他の有効な微生物採取方法を使用して採取することができる。採取したサンプルは、ＮＧＳ、サンガーシーケンシング、質量分析法、量的ＰＣＲ、免疫蛍光検査法、インサイツハイブリダイゼーション、または微生物染色をベースとするプラットフォーム上でプロファイリングすることができる。シーケンシングベースのプラットフォームにおいてプロファイリングは、全ゲノムシーケンシング手法、または標的とされた用途、その顕著な例として１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングにより行うことができる。上述の識別法はすべて、増殖工程を必要とすることなく個体から直接採取したサンプルに対して実施できる。このように、最小限のバイアスが、培養可能な微生物および培養不能な微生物の混合物の識別に対して導入される。各個体の種組成を識別する専用の分析アルゴリズムが使用されてもよい。コンセンサス健康プロファイルは、健康な集団から構築されてもよい。より多くのサンプルが経時的に採取されるにつれ、健康プロファイルがリアルタイムで更新されてもよい。健康プロファイルは、すべての個体サンプル、すなわちプロファイルを比較する基準として機能する。識別された細菌の例は、アクチノバクテリア、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、バクテロイデスを含む任意の門に属する。この例は通常、プロピオニバクテリア種、スタフィロコッカス種、コリネバクテリア種、およびアシドバクテリア種などの一般的な種を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、本発明は、皮膚疾病を抱える個体の皮膚及び皮下組織の微生物フローラを特徴づけるためのプラットフォームまたは方法を提供する。最適以下と考慮される皮膚疾病を抱える個体の皮膚および皮下組織のフローラは、スワイピング、スワビング、テープストリップ、または他の有効な微生物採取方法を使用して採取することができる。採取したサンプルは、ＮＧＳ、サンガーシーケンシング、質量分析法、量的ＰＣＲ、免疫蛍光検査法、インサイツハイブリダイゼーション、または微生物染色をベースとするプラットフォーム上でプロファイリングすることができる。シーケンシングベースのプラットフォームにおいてプロファイリングは、全ゲノムシーケンシング手法、または標的とされた用途、その顕著な例として１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングにより行うことができる。識別法はすべて、増殖工程を必要とすることなく個体から直接採取したサンプルに対して実施できる。このように、最小限のバイアスが、培養可能な微生物および培養不能な微生物の混合物の識別に対して導入される。個人の皮膚および皮下組織のフローラプロファイルを各個体に対して生成することができる。個体は、その表現型特徴に基づいて、同様に特異的な皮膚疾病カテゴリーの下に置くことができる。このようにクラスター化を行うことで、各集団の特徴である生物学的に有意なパターンの識別が助けられる。影響を受けた集団の微生物組成は健康プロファイルのものとは異なる。任意の所与の皮膚疾病に関連付けられる微生物種は、目に見える皮膚疾病を進行させていないがそうなる傾向があるかもしれない個体の早期診断マーカーとして使用することができる。識別された細菌の例は、アクチノバクテリア、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、バクテロイデスを含む任意の門に属する。この例は通常、プロピオニバクテリア種、スタフィロコッカス種、コリネバクテリア種、およびアシドバクテリア種などの一般的な種を含む。皮膚が損傷することで、細菌フローラの組成に影響が及び、または非病原菌が病原性になるおそれがある。
【００７０】
いくつかの実施形態では、本発明は、コンセンサス健康皮膚および皮下組織の代謝産物プロファイルを特徴づけるためのプラットフォームまたは方法を提供する。皮膚および皮下組織のフローラに関連付けられるメタボロームはまた、質量分析法をベースとするシステム、またはゲノミクスベースのメタボロームモデリングおよび流速均衡解析を用いてプロファイルすることができる。抽出は、スワイピング、スワビング、テープストリップ、または他の有効な微生物採取方法を用いて採取したサンプルに行うことができる。代替的に、そのような代謝産物および生化学物質、具体的に細胞外のものは、任意の細胞採取を介することなく直接任意の個体から単離することができる。特徴化は、メタボローム全体、または代謝産物の亜集団のみに集中して行うことができる。代謝産物は既知のものであり、または特定の疾患症状の重症度であると示される場合がある。上述の識別法はすべて、増殖工程を必要とすることなく個体から直接採取したサンプルに対して実施できる。このように、最小のバイアスが集団組成に導入される。各個体の皮膚フローラの代謝産物組成を識別する専用の分析アルゴリズムが使用されてもよい。コンセンサス健康プロファイルは、健康な集団から構築されてもよい。より多くのサンプルが経時的に採取されるにつれ、健康プロファイルがリアルタイムで更新されてもよい。健康プロファイルは、すべての個体サンプル、すなわちプロファイルを比較する基準として機能する。
【００７１】
いくつかの実施形態では、本発明は、皮膚疾病を抱える個体の皮膚及び皮下組織の微生物フローラを特徴づけるためのプラットフォームまたは方法を提供する。最適以下と考慮される皮膚疾病を抱える個体の皮膚および皮下組織のフローラの代謝産物組成は、質量分析法をベースとするシステム、またはゲノミクスベースのメタボロームモデリングおよび流速均衡解析を用いてプロファイルすることができる。抽出は、スワイピング、スワビング、テープストリップ、または他の有効な微生物採取方法を用いて採取したサンプルに行うことができる。代替的に、そのような代謝産物および生化学物質、具体的に細胞外のものは、任意の細胞採取を介することなく直接任意の個体から単離することができる。特徴化は、メタボローム全体、または代謝産物の亜集団のみに集中して行うことができる。これは既知のものであり、または重症度であると示される場合がある。上述の識別法はすべて、増殖工程を必要とすることなく個体から直接採取したサンプルに対して実施できる。このように、最小のバイアスが集団組成に導入される。皮膚および皮下組織のフローラの代謝産物組成を反映する個人プロファイルが、各個体に対して生成することができる。個体は、その表現型特徴に基づいて、同様に特異的な皮膚疾病カテゴリーの下に置くことができる。このようにクラスター化を行うことで、各集団の特徴である生物学的に有意なパターンの識別が助けられる。影響を受けた集団の代謝産物組成は健康プロファイルのものとは異なる。任意の所与の皮膚疾病に関連付けられる代謝産物は、目に見える皮膚疾病を進行させていないがそうなる傾向があるかもしれない個体の早期診断マーカーとして使用することができる。
【００７２】
特注の処置を提供するためのシステムおよび方法
皮膚科学疾病に対する従来の処置は、抗生物質および／または抗炎症薬の使用を含む。抗生物質（および特に、過度に広域な抗菌スペクトルを持つ抗生物質）の不要な副作用により、個体のマイクロバイオームが有益というよりも不利益に改質される傾向がある。すなわち抗生物質は細菌感染症の処置に最も適しているが、多くの皮膚疾患プロセスは、細菌／微生物による平衡異常を引き起こす細菌の異常増殖に関連する、またはそれにより引き起こされる。感染症は多くの点で微生物による平衡異常とは異なる。基本的に感染症は感染性微生物の根絶により処置されるが、微生物による平衡異常は通常、影響を受けた領域中の微生物の根絶ではなく、平衡状態が存在する皮膚領域中の微生物の平衡を調節または再平衡化することにより最良に処置される。そのため、ある種の皮膚障害を抱える個体への抗生物質処置は、マイクロバイオームの微生物を再平衡するのではなくマイクロバイオームの通常成分を含む細菌を根絶する傾向があり、そのため抗生物質処置はある副作用および平衡異常を引き起こす傾向がある。抗炎症薬、具体的にはステロイド系抗炎症薬は、身体の免疫応答を弱めることで、病原体に対する表皮細胞の応答を弱める傾向があり、そのためある副作用を引き起こす傾向がある。同じ段階で、従来の抗生物質処置および抗炎症薬処置は、ある種の皮膚障害の根本的な病態生理学に対処しない傾向がある。その理由は、たとえばこれら従来の治療には、多くの場合に処置される個体のマイクロバイオームおよび免疫系に有害な平衡異常をもたらす作用様式が広すぎる傾向があるためである。
【００７３】
本明細書には、ヒトおよび動物に使用するための特注スキンケア製品およびパーソナルケア製品、より具体的には、非限定的な例として、皮膚および皮下組織に生息するフローラの初期評価に基づくパーソナルケア製品の開発が記載される。本明細書には、皮膚および皮下組織のフローラおよびその関連するメタボロームを分析し、皮膚および皮下組織のフローラおよびメタボロームのプロファイル結果を、一組の健康な皮膚タイプ皮膚から定めた範囲内にあるフローラの量と多様性として表される健康なプロファイルと比較し、次いで、試験被験体の皮膚・皮下組織および関連するメタボロームに存在するフローラを増やすかまたは健康なフローラプロファイルを試験被験体のプロファイルに複製するスキンケア製品およびパーソナルケア製品をカスタマイズするための、システムおよび方法が記載される。
【００７４】
個別化された皮膚試験結果は、個別化されたスキンケア製品およびパーソナルケア製品の開発の基礎として使用される。これら製品は、１つ以上の共生生物および／または相利共生生物および／または皮膚上の共生生物と相利共生生物との増殖を支持する基質を添加することにより、健康な皮膚のマイクロバイオームおよびメタボロームを維持し、またはプロファイルを健康な状態または平衡状態に推移させるようになっている。
【００７５】
スキンケア製品混合の正確な組成は、任意の個体の皮膚および皮下組織のフローラおよびメタボロームのプロファイルを健康なプロファイルと比較し、次いで被験体の皮膚および皮下組織のフローラおよびメタボロームを健康なプロファイルへ最良に推移させるスキンケア製品およびパーソナルケア製品をカスタマイズした後に決定されてもよい。最適なフローラ、基質、およびメタボロームはまた、宿主の免疫系と相乗的に作用し、その観点から健康な皮膚に寄与することになる。
【００７６】
さらに、被験体のフローラおよびメタボロームの組成は、将来的に様々な皮膚疾病のいずれかを進行させる傾向があるかどうか確認するために、予め遵守されたこのような皮膚疾病のデータベースと比較されてもよい。カスタマイズまたは個人用に調整された試験結果に基づいて、カスタマイズまたは個人用に調整されたスキンケア製品またはパーソナルケア製品混合は、共生生物および相利共生生物の増殖を好む必須の基質および栄養素と共に、またはそれらを必要とすることなく、共生生物および相利共生生物、または個体のフローラまたはメタボロームにて枯渇した関連する代謝産物の混合物を混合することにより、個体に対して製剤されてもよい。このカスタマイズまたは個人用に調整されたスキンケア製品またはパーソナルケア製品は、健康なマイクロバイオームを維持するか、または最適以下のプロファイルを健康な平衡状態へと推移させることにより最適なプロファイルを確立するように特別に作成される。また、最適な微生物フローラとその関連するメタボロームと宿主の免疫系との間に生じる相乗作用はさらに、皮膚の健康（ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｗｅｌｌｎｅｓｓ）に起因する。
【００７７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したスキンケア製品またはパーソナルケア製品は、クレンジング製品、シャンプー、コンディショナー、トナーあるいはクリーム、局所軟膏、およびゲルのほか、局部（例えば眼の下）用ゲルを含むがこれらに限定されないスキンケア製品を含み、これらはすべて、活動状態または休眠状態にある共生生物、相利共生生物、または共生生物あるいは相利共生生物の混合物を用いて、または用いることなく微生物集団を健康なプロファイルへと推移させるよう特別に設計された成分を含むようになっていてもよい。このようなスキンケア製品はさらに、生きている、休眠している、または不活性状態である治療薬、ビタミン、抗酸化剤、鉱物、スキントーニングエージェント、ポリマー、賦形剤、界面活性剤、プロバイオティクスあるいはその分画、微生物、またはそれらの培養物由来の生成物（細菌や真菌など）を含んでもよい。
【００７８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプラットフォームまたは方法は、健康な個体、または皮膚疾病を抱える個体の皮膚フローラ、およびそれに関連するメタボロームをプロファイルするための試験として提供されてもよい。このような試験は、任意の個体の優性的な皮膚フローラおよび代謝産物を特徴づけるほどの感度がある。任意の個体のフローラのカスタマイズまたは個人用に調整にされた評価を実行し、識別された皮膚および皮下組織のフローラおよび代謝産物を健康な皮膚プロファイルおよび影響を受けている皮膚プロファイルと比較することができる。個体の皮膚および皮下組織のフローラ、およびそれに関連する代謝産物の種組成を特定するカスタマイズまたは個人用に調整にされた報告が、作成されてもよい。このような報告により、各個体で枯渇したまたは過度に表示される有益で共生的な種を得る。この報告には、各個体で枯渇したまたは過度に表示される有益なあるいは望ましくない代謝産物の列記も含まれる。これをカスタマイズまたは個人用に調整されたスキンケア製品またはパーソナルケア製品の製剤に使用してもよい。代替的にこの試験は、他のスキンケア製品およびパーソナルケア製品、すなわち治療薬のパフォーマンスを評価する、または正常な皮膚のフローラまたは代謝産物の破壊を評価するために実施することができる。皮膚のフローラまたはそれに関連する代謝産物に対する処置レジメンの効果をモニタリングするために、この試験を任意の皮膚処置の前、間、後に行ってもよい。さらにこの試験は、特徴的な微生物プロファイルまたはそれに付随する代謝産物に関連付けられる皮膚疾病の早期診断に使用することもできる。この試験の感度は、表現型が発生する前にそのような皮膚疾病を早期に診断できるほどの感度である。一態様では、本発明は、特定の個体ように製剤されるカスタマイズまたは個人用に調整されたスキンケア製品またはパーソナルケア製品を生成する方法を提供する。このカスタマイズまたは個人用に調整された製品は、所与の個体にて枯渇する可能性のある１つ以上の有益または共生的な微生物、または一組の化学物質、および代謝産物を含んでいる。このようなスキンケア製品およびパーソナルケア製品の規則的な投与は、最適以下のプロファイルを健康な平衡状態へと推移させるはずである。スキンケア製品は、スキンケア製品の微生物またはその構成成分となる代謝産物のコロニー形成の効果を増強させる専用ローション剤により存在するフローラをクレンジングした後に適用されてもよい。任意のカスタマイズまたは個人用に調整されたスキンケア製品またはパーソナルケア製品は、１つ以上の培養可能または培養不能な微生物を含んでいてもよい。カスタマイズまたは個人用に調整された生成物は代替的に、相利共生微生物または共生微生物の確立または増殖、および／または病原性生物の抑制を好む基質および栄養素であってもよい。そのような化学物質および代謝産物はインビトロで合成される、または微生物から精製される。
【００７９】
代謝モデリング
図５２は、本明細書に記載されるシステムおよび方法の実施形態に使用されるようなゲノムスケールでの代謝再構成すなわちＧＳＭをモデリングするためのアルゴリズムの概略図を示す。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、皮膚サンプルまたは毛髪サンプルなどの特定のサンプルに関連付けられるマイクロバイオームおよびメタボロームのデータを含む、サンプルから抽出されたデータを受け取る。機械学習アルゴリズムは、既知の疾患を患っていないおよび／または患っている個体から採取したサンプルに関連付けられる様々な微生物および微生物代謝産物に関する閾値を含む、基準データベースを作成するよう最初に訓練される。この機械学習アルゴリズムは、例えば栄養摂取速度、細胞成長速度、および副産物分泌速度などの因子に関して前記基準データをモデリングする。前記機械学習アルゴリズムは、マイクロバイオームおよび／またはメタボロームのデータを含む新たなサンプルデータを受け取り、新たなサンプルデータを閾値と比較してサンプルの特徴化を定める。下記の表１は、健康な個体の皮膚から得たマイクロバイオームおよびメタボローム、および／またはこのような個体から得た毛髪サンプルに対して、機械学習アルゴリズムの実施形態を訓練するために使用される例示的なデータを示す。
【００８０】
【表１】
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【００８１】
いくつかの実施形態では、機械学習モデルを作るために、尋常性ざ瘡の処置に過酸化ベンゾイルを用いたときの効果を測定する臨床試験が利用される。いくつかの実施形態では、この機械学習モデルは、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％の精度で、個体が過酸化ベンゾイルに対して正に反応するか否かを予測するように構築される。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルの精度は、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％である。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルの陽性適中率は、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルの陽性適中率は、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％である。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルの陰性的中率は、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、前記機械学習モデルの陰性的中率は、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％である。
【００８２】
機械学習アルゴリズム
本明細書には、入力データを分析して薬剤による皮膚疾病の処置に関連する予測を作成するために１つ以上のアルゴリズムを適用するデバイス、ソフトウェア、システム、および方法が記載される。いくつかの実施形態では、前記皮膚疾病は尋常性ざ瘡であり、前記薬剤は１つ以上の抗ざ瘡薬である。いくつかの実施形態では、前記アルゴリズムは、被験体の皮膚のマイクロバイオームに対する１つ以上の薬剤の効果に関する予測または推定を作成するために統計的モデリングを利用する。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、予測モデルを訓練するおよび／または予測を行うために使用される。いくつかの実施形態では、前記アルゴリズムは、１つ以上の特性または機能の尤度または蓋然性を予測する。いくつかの実施形態では、アルゴリズムは、ニューラルネットワーク、デシジョンツリー、サポートベクターマシン、または他の適用可能なモデルなどの予測モデルを利用する。訓練データを使用すると、アルゴリズムは関連する特徴に応じて分類または予測を作成するためのクラシファイヤーを形成することができる。分類のために選択された特徴は様々な方法を使用して分類することができる。いくつかの実施形態では、訓練されたアルゴリズムは機械学習アルゴリズムを含む。
【００８３】
いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、単純ベイズ分類、ランダムフォレスト、または人工ニューラルネットワークを使用する。機械学習技術は、バギング手順、ブースティング手順、ランダムフォレストアルゴリズム、およびそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、予測モデルはディープニューラルネットワークである。いくつかの実施形態では、予測モデルは畳み込みディープニューラルネットワークである。
【００８４】
いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは教師あり学習アプローチを使用する。教師あり学習において、前記アルゴリズムは、標識された訓練データから機能を作成する。訓練例はそれぞれ、入力オブジェクトおよび所望の出力値から成る対である。いくつかの実施形態では、最適なシナリオにより、目に見えない例に関する分類ラベルを正確に判定するアルゴリズムが可能となる。いくつかの実施形態では、教師あり学習アルゴリズムは、ユーザーによる１つ以上の制御パラメーターの判定を要求する。これらパラメーターは随意に、訓練セットのうち検証セットと呼ばれる部分集合上でのパフォーマンスを最適化することにより調整される。パラメーター調整および学習後、結果として生じる機能のパフォーマンスは随意に、訓練セットから離れている試験セット上で測定される。教師あり学習では一般的に回帰法が使用される。したがって、教師あり学習により、事前に予測出力が把握される訓練データを用いてモデルまたはクラシファイヤーを作成または訓練することができる。
【００８５】
いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは教師なし学習アプローチを使用する。教師なし学習では、前記アルゴリズムは、標識されていないデータから隠された構造を記述する機能を作成する（例えば、分類またはカテゴリー化は観察に含まれていない）。学習者に提供される例は標識されていないため、関連アルゴリズムにより出力される構造の精度の評価は存在しない。教師なし学習に関するアプローチとして、クラスタリング、異常検出、およびオートエンコーダーや変分オートエンコーダーを含むニューラルネットワークに基づいたアプローチが挙げられる。
【００８６】
いくつかの実施形態では、前記機械学習アルゴリズムはマルチクラス学習を利用する。マルチタスク学習（ＭＴＬ）は、複数のタスク間の共通性と差異を利用するように、１より多くの学習タスクが同時に解かれる機械学習の分野である。このアプローチの利点として、特定の予測モデルを別々に訓練するのと比較して、そのモデルに対する学習効率と予測精度の改善が挙げられる。アルゴリズムを関連するタスク上で十分に実行するよう要求することで、過剰適合を防ぐための正規化を提供することができる。このアプローチは、あらゆる複雑性に対して同等にペナルティを課す正規化よりも優れている。マルチクラス学習は、重要な共通性を共有するタスクまたは予測に適用されたとき、および／またはサンプリングされているときに特に有用な場合がある。いくつかの実施形態では、マルチクラス学習は、重要な共通性（例えば無関係のタスクまたは分類）を共有しないタスクに対して効果的である。いくつかの実施形態では、マルチクラス学習は転移学習と組み合わせて使用される。
【００８７】
いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、訓練データセットに基づくバッチ、およびこのバッチに関する他の入力を学習する。他の実施形態では、機械学習アルゴリズムは、例えば新たな訓練データまたは更新された訓練データを使用して加重と誤差の計算が更新される付加的な学習を実行する。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、新たなデータまたは更新されたデータに基づいて予測モデルを更新する。例えば機械学習アルゴリズムは、新たな予測モデルを作成するように再訓練または最適化される、新たなデータまたは更新されたデータに適用してもよい。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムまたはモデルは、追加のデータが入手可能となるように定期的に再訓練される。
【００８８】
いくつかの実施形態では、本開示のクラシファイヤーまたは訓練されたアルゴリズムは、１つの特徴空間を含む。場合によっては、前記クラシファイヤーは２つ以上の特徴空間を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の特徴空間は互いに相違するものである。いくつかの実施形態では、分類または予測の精度は、クラシファイヤーにおいて単一の特徴空間を使用する代わりに２つ以上の特徴空間を組み合わせることで改善される。この属性は通常、特徴空間の入力特徴を構成するものであり、各事例に対応する所与の一組の入力特徴に関する各事例の分類を示すように標識される。
【００８９】
分類の精度は、予測モデルまたはクラシファイヤーにおいて単一の特徴空間を使用する代わりに２つ以上の特徴空間を組み合わせることで改善することができる。いくつかの実施形態では、前記予測モデルは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０以上の特徴空間を含む。訓練データは、訓練されたモデルまたは予測因子を作成するために入力特徴および関連する成績を処理する機械学習アルゴリズムへと送り込まれる。場合によっては、機械学習アルゴリズムには分類を含む訓練データが提供される。これにより、アルゴリズムはその出力を実際の出力と比較してモデルを改変および改善することで「学習」することができる。この一連の行為は教師あり学習と呼ばれることが多い。代替的に、いくつかの例では、機械学習アルゴリズムには未標識または未分類のデータが提供される。これによりアルゴリズムは、その事例の中の隠された構造（例えばクラスタリング）を識別する。この行為は教師なし学習と呼ばれる。
【００９０】
いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムを用いてモデルを訓練するために一組または複数組の訓練データが使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、訓練データセットを使用してモデルを訓練する工程を含む。本開示の例示的実施形態は、ディープニューラルネットワークを使用する機械学習アルゴリズムを備えているが、様々なタイプのアルゴリズムも企図される。いくつかの実施形態では、このアルゴリズムは、ニューラルネットワーク、デシジョンツリー、サポートベクターマシン、または他の適用可能なモデルなどの予測モデルを利用する。いくつかの実施形態では、前記機械学習アルゴリズムは、教師あり学習、半教師あり学習、および教師なし学習（例えば、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、単純ベイズ分類、ランダムフォレスト、人工ニューラルネットワーク、デシジョンツリー、Ｋ平均法、学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）、自己組織化写像（ＳＯＭ）、グラフィックモデル、回帰アルゴリズム（例えば線形、ロジスティックス、多変数、連関規則、ディープラーニング、次元削減、およびアンサンブル選択アルゴリズム）など）から成る群から選択される。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムは、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、単純ベイズ分類、ランダムフォレスト、および人工ニューラルネットワークから成る群から選択される。機械学習技術は、バギング手順、ブースティング手順、ランダムフォレストアルゴリズム、およびそれらの組み合わせを含む。データを分析するための例示的なアルゴリズムとして、限定されないが、統計的方法および機械学習技術に基づく方法など、多くの変数を直接取り扱う方法が挙げられる。統計的方法は、罰金付きロジスティック回帰、マイクロアレイの予測解析（ＰＡＭ）、収縮重心法（ｓｈｒｕｎｋｅｎ  ｃｅｎｔｒｏｉｄｓ）に基づく方法、サポートベクターマシン分析、および正則化線形判別分析を含む。
【００９１】
コンピューティングシステムおよびソフトウェア
本明細書には、入力データを分析して１つ以上の薬剤による皮膚疾病の処置に関連する予測を作成するために１つ以上のアルゴリズムを適用するデバイス、ソフトウェア、システム、および方法が記載される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムは、デジタル処理デバイスなどのコンピューティングデバイスを備えている。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムは、サーバーと通信するネットワーク要素を備えている。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるシステムはサーバーを備えている。いくつかの実施形態では、前記システムは、前記サーバーへとアップロードされ、および／または前記サーバーからダウンロードされるようになっている。いくつかの実施形態では、前記サーバーは、入力データ、出力データ、および／または他の情報を記憶するようになっている。いくつかの実施形態では、前記サーバーは、前記システムまたは装置からデータをバックアップするようになっている。
【００９２】
いくつかの実施形態では、前記システムは１つ以上のデジタル処理デバイスを備えている。いくつかの実施形態では、前記システムは、訓練モデルを作成するように構成された複数の処理装置を備えている。いくつかの実施形態では、前記システムは、機械学習アプリケーションに従う複数の映像処理ユニット（ＧＰＵ）を備えている。例えば、ＧＰＵは通常、中央処理装置（ＣＰＵ）と比較して、算術論理演算ユニット（ＡＬＵ）、制御ユニット、およびメモリーキャッシュで構成された多数の小さな論理コアを特徴としている。したがってＧＰＵは、機械学習アプローチに共通する数学マトリックス計算に従い、並行してより多くの単純かつ同一の計算を処理するようになっている。いくつかの実施形態では、前記システムは、１つ以上のテンソル処理装置（ＴＰＵ）を備えており、これは、ニューラルネット機械学習を目的としてＧｏｏｇｌｅ（登録商標）により開発されたＡＩ特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、複数のＧＰＵおよび／またはＴＰＵを備えたシステム上で実施される。いくつかの実施形態では、前記システムは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００以上のＧＰＵまたはＴＰＵを備えている．いくつかの実施形態では、前記ＧＰＵまたはＴＰＵは並列処理を行うようになっている。
【００９３】
いくつかの実施形態では、前記システムまたは装置はデータを暗号化するようなっている。いくつかの実施形態では、前記サーバー上のデータが暗号化される。いくつかの実施形態では、前記システムまたは装置は、データを記憶するデータ記憶装置またはメモリーを備えている。いくつかの実施形態では、データの暗号化はアドバンスト・エンクリプション・スタンダード（ＡＥＳ）を使用して実行される。いくつかの実施形態では、データの暗号化は、１２８ビット、１９２ビット、または２５６ビットのＡＥＳ暗号化を使用して実行される。いくつかの実施形態では、データの暗号化は、データ記憶装置のハードディスク暗号化（ｆｕｌｌ−ｄｉｓｋ  ｅｎｃｒｙｐｔｉｏｎ）を含む。いくつかの実施形態では、データの暗号化は仮想ディスク暗号化を含む。いくつかの実施形態では、データの暗号化はファイル暗号化を含む。いくつかの実施形態では、前記システムまたは装置と他のデバイスまたはサーバーとの間での送信、またはその他の方法により通信されるデータは、送信中に暗号化される。いくつかの実施形態では、前記システムまたは装置と他のデバイスまたはサーバーとの無線通信が暗号化される。いくつかの実施形態では、送信中のデータはセキュアー・ソケット・レイヤー（ＳＳＬ）を使用して暗号化される。
【００９４】
本明細書に記載されるような装置は、デバイスの機能を実行する１つ以上のハードウェア中央処理装置（ＣＰＵ）または汎用グラフィック処理装置（ＧＰＧＰＵ）を備えたデジタル処理デバイスを備えている。このデジタル処理デバイスは、実行可能命令を実行するように構成された運用システムをさらに備えている。前記デジタル処理デバイスはコンピューターネットワークへ随意に接続される。前記デジタル処理デバイスは、ワールド・ワイド・ウェブにアクセスするようインターネットへ随意に接続される。前記デジタル処理装置は、クラウドコンピューティング・インフラストラクチャーへ随意に接続される。適切なデジタル処理デバイスとして、限定されないが、サーバーコンピューター、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、ノートブックコンピューター、サブノートブックコンピューター、ネットブックコンピューター、ネットパッドコンピューター、セットトップコンピューター、メディアストリーミングデバイス、ハンドヘルドコンピューター、インターネット家電、モバイルスマートフォン、タブレットコンピューター、携帯情報端末、ビデオゲーム機、および伝達手段が挙げられる。当業者は、多くのスマートフォンが、本明細書に記載されるシステムでの使用に適していることを認識するだろう。
【００９５】
通常、デジタル処理デバイスは実行可能命令を実行するように構成されたオペレーティングシステムを備えている。このオペレーティングシステムは、例えば、前記デバイスのハードウェアを管理し、アプリケーションの実施のためのサービスを提供するプログラムおよびデータを含む、ソフトウェアである。当業者は、適切なサーバー・オペレーティング・システムとして、限定されないが、ＦｒｅｅＢＳＤ、ＯｐｅｎＢＳＤ、ＮｅｔＢＳＤ（登録商標）、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）、Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）Ｓｏｌａｒｉｓ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、およびＮｏｖｅｌｌ（登録商標）ＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）が挙げられることを認識するだろう。当業者は、適切なパーソナル・コンピューター・オペレーティング・システムとして、限定されないが、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ（登録商標）、ＵＮＩＸ（登録商標）、および、ＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘ（登録商標）などのＵＮＩＸ（登録商標）のようなオペレーティングシステムが挙げられることを認識するだろう。いくつかの実施形態では、オペレーティングシステムはクラウドコンピューティングにより設けられる。
【００９６】
本明細書に記載されるようなデジタル処理デバイスは、記憶装置および／またはメモリーデバイスを備えているか、それらと動作可能に接続されている。この記憶装置および／またはメモリーデバイスは、一時的または恒久的にデータまたはプログラムを記憶するために使用される１つ以上の物理装置である。いくつかの実施形態では、前記デバイスは揮発性メモリーであり、記憶した情報を維持するために電力を必要とする。いくつかの実施形態では、前記デバイスは不揮発性メモリーであり、前記デジタル処理デバイスに電力が供給されないときにも記憶した情報を保持する。さらなる実施形態では、前記不揮発性メモリーはフラッシュメモリーを含む。いくつかの実施形態では、前記不揮発性メモリーはダイナミック・ランダム・アクセス・メモリー（ＤＲＡＭ）を含む。いくつかの実施形態では、前記不揮発性メモリーは強誘電体ランダムアクセスメモリー（ＦＲＡＭ）を含む。いくつかの実施形態では、前記不揮発性メモリーは相変化ランダムアクセスメモリー（ＰＲＡＭ）を含む。他の実施形態では、前記デバイスは記憶デバイスであり、限定されないが、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリーデバイス、磁気ディスクドライブ、磁器テープドライブ、光ディスクドライブ、およびクラウドコンピューティングベースの記憶装置が挙げられる。さらなる実施形態では、記憶装置および／またはメモリーデバイスは、本明細書に開示されるデバイスなどの組み合わせである。
【００９７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなシステムまたは方法は、入力データおよび／または出力データを含むデータベースを生成する。本明細書に記載されるシステムのいくつかの実施形態は、コンピューターベースのシステムである。これら実施形態は、非一時的コンピューター可読記憶媒体の形をとってもよいプロセッサーおよびメモリーを備えた、ＣＰＵを備えている。このようなシステムの実施形態はさらに、ソフトウェアがプロセッサーに機能を実行させるようになっているメモリー（非一時的コンピューター可読記憶媒体の形をとるものなど）に通常記憶されているソフトウェアを備えている。本明細書に記載されるシステムに組み込まれるソフトウェアの実施形態は、１つ以上のモジュールを備えている。
【００９８】
様々な実施形態では、装置にはデジタル処理デバイスなどのコンピューティングデバイスまたはコンポーネントが備わっている。本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、デジタル処理デバイスは視覚情報を表示するディスプレイを備えている。本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適したディスプレイの非限定的な例として、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）、薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ（ＴＦＴ−ＬＣＤ）、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイ、ＯＬＥＤディスプレイ、アクティブ−マトリクスＯＬＥＤ（ＡＭＯＬＥＤ）ディスプレイ、またはプラズマディスプレイが挙げられる。
【００９９】
デジタル処理デバイスには、本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、情報を受け取る入力デバイスが備わっている。本明細書に記載されるシステムおよび方法と共に使用するのに適した入力デバイスの非限定的な例として、キーボード、マウス、トラックボール、トラックパッド、またはスタイラスが挙げられる。いくつかの実施形態では、前記入力デバイスは、タッチスクリーンまたはマルチタッチスクリーンである。
【０１００】
本明細書に開示されるシステムと方法は通常、随意にネットワーク化されたデジタル処理デバイスのオペレーティングシステムによって実行可能な命令を含むプログラムでコードされた、１つ以上の非一時的コンピューター可読記憶媒体を備えている。本明細書に記載されるシステムおよび方法のいくつかの実施形態では、このような非一時的記憶媒体は、システムのコンポーネントであるか方法において利用される、デジタル処理デバイスのコンポーネントである。また更なる実施形態では、コンピューター可読記憶媒体は、デジタル処理デバイスから随意に取り外し可能である。いくつかの実施形態では、コンピューター可読記憶媒体として、限定されないが、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリーデバイス、ソリッドステートメモリー、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステム、およびサービスなどが挙げられる。場合によっては、前記プログラムと命令は、永続的に、ほぼ永続的に、半永続的に、または非一時的に、媒体上でコードされる。
【０１０１】
通常、本明細書に記載されるシステムおよび方法は、少なくとも１つのコンピュータープログラム、またはその使用を含む。コンピュータープログラムは、デジタル処理デバイスのＣＰＵ中で実行可能であり、特別なタスクを実行するために書かれた、一連の命令を含む。コンピューター可読命令は、特定のタスクを実行する、または特定の抽象データタイプを実施する、機能、オブジェクト、アプリケーション・プログラム・インターフェース（ＡＰＩ）、データ構造などのプログラムモジュールとして実施されてもよい。本明細書で提供される開示に照らして、当業者は、コンピュータープログラムが様々な言語の様々なバージョンで書かれてもよいことを認識するだろう。コンピューター可読命令の機能は、様々な環境に所望されるように組み合わせられるか、または分布されてもよい。いくつかの実施形態では、コンピュータープログラムは１つの連続した命令を含む。いくつかの実施形態では、コンピュータープログラムは複数の連続した命令を含む。いくつかの実施形態では、コンピュータープログラムは、１つの場所から提供される。他の実施形態では、コンピュータープログラムは複数の場所から提供される。様々な実施形態では、コンピュータープログラムは１つ以上のソフトウェアモジュールを含む。様々な実施形態では、コンピュータープログラムは、部分的または全体的に、１つ以上のウェブアプリケーション、１つ以上のモバイルアプリケーション、１つ以上の独立型アプリケーション、１つ以上のウェブ・ブラウザ・プラグイン、エクステンション、アドイン、あるいはアドオン、またはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、ファイル、コードのセクション、プログラミングオブジェクト、プログラミング構造、またはそれらの組み合わせを含む。さらに様々な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、複数のファイル、複数のコードのセクション、複数のプログラムミングオブジェクト、複数のプログラムミング構造、またはそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態では、前記１つ以上のソフトウェアモジュールとして、限定されないが、ウェブアプリケーション、モバイルアプリケーション、および独立型アプリケーションが挙げられる。いくつかの実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つのコンピュータープログラムまたはアプリケーションにある。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１より多くのコンピュータープログラムまたはアプリケーションにある。いくつかの実施形態では、ソフトウェアモジュールは１つのマシン上でホストされる（ｈｏｓｔｅｄ）。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは１より多くのマシン上でホストされる。更なる実施形態では、ソフトウェアモジュールは、クラウド・コンピューティング・プラットフォーム上でホストされる。いくつかの実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つの場所にある１つ以上のマシン上でホストされる。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１より多くの場所にある１つ以上のマシン上でホストされる。
【０１０２】
通常、本明細書に記載されるシステムおよび方法は、１つ以上のデータベースを含む、および／またはそれらを利用する。本明細書に提供される開示を考慮して、当業者は、多くのデータベースが、ベースラインデータセット、ファイル、ファイルシステム、オブジェクト、オブジェクトのシステムのほか、本明細書に記載されるデータ構造およびその他のタイプの情報の記憶と検索に適していることを認識するであろう。様々な実施形態では、適切なデータベースとして、限定されないが、リレーショナルデータベース、非リレーショナルデータベース、オブジェクト指向型データベース、オブジェクトデータベース、実体関連モデルデータベース、連想データベース、およびＸＭＬデータベースが挙げられる。さらに非限定的な例として、ＳＱＬ、ＰｏｓｔｇｒｅＳＱＬ、ＭｙＳＱＬ、Ｏｒａｃｌｅ、ＤＢ２、およびＳｙｂａｓｅが挙げられる。他の実施形態では、デー夕ベースはインターネットベースである。更なる実施形態では、データベースはウェブベースである。また更なる実施形態では、デー夕ベースはクラウドコンピューティングベースである。他の実施形態では、データベースは１つ以上のローカルコンピューター記憶デバイスをベースとする。
【０１０３】
図５３は、デジタル処理デバイス（５３０１）などの装置を備えた、本明細書に記載されるシステムの典型的な実施形態を示す。デジタル処理デバイス（５３０１）は、入力データを分析するようになっているソフトウェアアプリケーションを備えている。デジタル処理デバイス（５３０１）は、中央処理装置（ＣＰＵ、本明細書では「プロセッサー」および「コンピュータープロセッサー」）（５３０５）を備えてもよく、これらはシングルコアまたはマルチコアプロセッサー、または並列処理用の複数のプロセッサーであってもよい。デジタル処理デバイス（５３０１）は、メモリーまたは記憶場所（５３１０）（例えばランダムアクセスメモリー、読み取り専用メモリー、フラッシュメモリー）、電子記憶装置（５３１５）（例えばハードディスク）、１つ以上の他のシステムと通信するための通信インターフェース（５３２０）（例えばネットワークアダプター、ネットワークインターフェース）、およびキャッシュなどの周辺機器も備えている。前記周辺機器は、ストレージインターフェース（５３７０）を介して前記デバイスの残部と通信する記憶デバイスまたは記憶媒体（５３６５）を備えていてもよい。メモリー（５３１０）、記憶装置（５３１５）、インターフェース（５３２０）、および周辺機器は、マザーボードなどの通信バス（５３２５）を介してＣＰＵ（５３０５）と通信する。デジタル処理デバイス（５３０１）は、通信インターフェース（５３２０）を用いてコンピューターネットワーク（「ネットワーク」）（５３３０）へ動作可能に接続されてもよい。ネットワーク（５３３０）はインターネットを含んでもよい。ネットワーク（５３３０）は、電気通信および／またはデータネットワークでもよい。
【０１０４】
デジタル処理デバイス（５３０１）は、情報を受け取る入力デバイス（５３４５）を備えており、該入力デバイスは入力インターフェース（５３５０）を介して前記デジタル処理デバイスの他のコンポーネントと通信状態にある。デジタル処理デバイス（５３０１）は、出力インターフェース（５３６０）を介して該デジタル処理デバイスの他の要素と通信する出力デバイス（５３５５）を備えていてもよい。
【０１０５】
ＣＰＵ（５３０５）は、ソフトウェアアプリケーションまたはモジュールに実装された機械可読命令を実行するようになっている。この命令は、メモリー（５３１０）などの記憶場所に記憶されてもよい。メモリー（５３１０）は、ランダムアクセスメモリーコンポーネント（例えばＲＡＭ）（例えばスタティックＲＡＭ「ＳＲＡＭ」、ダイナミックＲＡＭ「ＤＲＡＭ」など）または読み出し専用コンポーネント（例えばＲＯＭ）を含むがこれらに限定されない様々なコンポーネント（例えば機械可読媒体）を備えていてもよい。メモリー（５３１０）は、例えばデバイスの始動中にデジタル処理デバイス内の要素間での情報伝達を補助するベーシックルーティンを含む基本入出力システム（ＢＩＯＳ）も備えていてもよい。これはメモリー（５３１０）に記憶されてもよい。
【０１０６】
記憶装置（５３１５）は医療データなどのファイルを記憶するようになっていてもよい。記憶装置（５３１５）はまた、オペレーティングシステムやアプリケーションプログラムなどを記憶するために使用されてもよい。随意に、記憶装置（５３１５）は、前記デジタル処理デバイスに（例えば、外部ポートコネクター（図示せず）を介して）および／または記憶装置インターフェースを介して取り外し可能に接続されてもよい。ソフトウェアは、記憶装置（５３１５）内または外のコンピューター可読記憶媒体内に完全にまたは部分的に存在していてもよい。別の例では、ソフトウェアは、プロセッサー（５３０５）内に完全にまたは部分的に存在していてもよい。
【０１０７】
情報とデータはディスプレイ（５３３５）を介してユーザーに表示することができる。このディスプレイはインターフェース（５３４０）を介してバス（５３２５）に接続されており、ディスプレイ間でデータが伝送され、デバイス（５３０１）の他の要素はインターフェース（５３４０）を介して制御することができる。
【０１０８】
本明細書に記載されるような方法は、デジタル処理デバイス（５３０１）の電子記憶場場所、例えば、メモリー（５３１０）または電子記憶装置（５３１５）上に記憶されたマシン（例えば、コンピュータープロセッサー）実行可能コードとして実行されてもよい。この機械実行可能または機械可読コードは、ソフトウェアアプリケーションまたはソフトウェアモジュールの形で設けることができる。使用中、前記コードはプロセッサー（５３０５）により実行することができる。場合によっては、前記コードは、電子記憶装置（５３１５）から取得され、にメモリー（５３１０）に記憶することで、プロセッサー（５３０５）が容易にアクセス可能となる。いくつかの状況では、電子記憶装置（５３１５）は除外してもよく、機械実行可能命令はメモリー（５３１０）に記憶される。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、リモートデバイス（５３０２）は、デジタル処理デバイス（５３０１）と通信するようになっており、非限定的な例としてタブレットコンピューター、ラップトップコンピューター、スマートフォン、またはスマートウォッチなどの任意のモバイルコンピューティングデバイスを備えていてもよい。例えばいくつかの実施形態では、リモートデバイス（５３０２）は、本明細書に記載される装置またはシステムのデジタル処理デバイス（５３０１）から情報を受け取るようになっている、ユーザーのスマートフォンである。ここで情報は、概要、入力、出力などのデータを含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、リモートデバイス（５３０２）は、本明細書に記載される装置またはシステムからデータを送受信するようになっているネットワーク上のサーバーである。本明細書に記載されたシステムおよび方法のいくつかの実施形態は、入力データおよび／または出力データを含むデータベースを生成するようになっている。本明細書に記載されるようなデータベースは、例えば入出力データ用のデータリポジトリとして機能するようになっている。いくつかの実施形態では、前記データベースはネットワーク上のサーバーに記憶される。いくつかの実施形態では、前記データベースは、装置（例えば、装置に設けられるモニターコンポーネント）に局所的に記憶される。いくつかの実施形態では、前記データベースは、サーバーが提供するデータバックアップにより局所的に記憶される。
【０１１０】
処置の方法
本明細書には、いくつかの態様では、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、またはそれらの任意の組み合わせを処置するための組成物が提供される。いくつかの態様では、本開示は、ざ瘡を処置または予防する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１つ以上の抗ざ瘡薬を含む医薬組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、毎日投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日１回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日１回より多く投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日２回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日３回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日４回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日１〜３回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日２〜３回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、１日２〜４回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、毎週投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、週に２回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、週に３回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、週に４回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、週に５回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、週に６回投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、毎月投与する工程を含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上の１つ以上の標的細菌の属、種、または系統の集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上の１つ以上の標的細菌の属、種、または系統の集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＰ．アクネスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＰ．アクネスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＰ．アクネスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ミティスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ミティスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ミティスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ミティスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ミティスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ミティスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．ミティスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＲ．ムチラギノーザの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｒ．ムチラギノーザの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｒ．ムチラギノーザの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＲ．ムチラギノーザの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｒ．ムチラギノーザの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｒ．ムチラギノーザの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＲ．ムチラギノーザの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．サングイニスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．サングイニスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．サングイニスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．サングイニスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．サングイニスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．サングイニスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．サングイニスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＨ．パラインフルエンザの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｈ．パラインフルエンザの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｈ．パラインフルエンザの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＨ．パラインフルエンザの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｈ．パラインフルエンザの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｈ．パラインフルエンザの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＨ．パラインフルエンザの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ニューモニエの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ニューモニエの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ニューモニエの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ニューモニエの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ニューモニエの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ニューモニエの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．ニューモニエの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．サーモフィルスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．サーモフィルスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．サーモフィルスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．サーモフィルスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．サーモフィルスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．サーモフィルスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．サーモフィルスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＧ．エレガンスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｇ．エレガンスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｇ．エレガンスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＧ．エレガンスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｇ．エレガンスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｇ．エレガンスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＧ．エレガンスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＧ．ヘモリザンスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｇ．ヘモリザンスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｇ．ヘモリザンスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＧ．エレガンスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｇ．ヘモリザンスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｇ．ヘモリザンスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＧ．ヘモリザンスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．オラリスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．オラリスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．オラリスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．オラリスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．オラリスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．オラリスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．オラリスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．エピデルミスの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．エピデルミスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．エピデルミスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．エピデルミスの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．エピデルミスの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．エピデルミスの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．エピデルミスの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＶ．パルブーラの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｖ．パルブーラの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｖ．パルブーラの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＶ．パルブーラの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｖ．パルブーラの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｖ．パルブーラの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＶ．パルブーラの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ゴルドニイイの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ゴルドニイの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ゴルドニイの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＳ．ゴルドニイの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｓ．ゴルドニイの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｓ．ゴルドニイの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＳ．ゴルドニイの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＮ．マカカエの集団を減らすのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｎ．マカカエの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する。いくつかの実施形態では、Ｎ．マカカエの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％減少する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、組成物、およびシステムは、被験体の皮膚上のＮ．マカカエの集団を増加させるのに有効である。いくつかの実施形態では、Ｎ．マカカエの標的集団は、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％増加する。いくつかの実施形態では、Ｎ．マカカエの標的集団は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、または約９５％増加する。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの投与は、被験体の皮膚上のＮ．マカカエの集団を増加または減少させるのに有効である。
【０１２６】
医薬組成物
本明細書のいくつかの態様では、本明細書に開示される抗ざ瘡薬を少なくとも１つ以上含む組成物が提供され、該組成物は被験体への投与のために製剤される。通常、前記被験体は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、またはこれらの任意の組み合わせに罹患したヒトである。いくつかの実施形態では、組成物は必要とする被験体への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、前記組成物は前記被験体の皮膚への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は経皮投与のために製剤される。ある実施形態では、前記組成物は、ゲル、軟膏、ローション、エマルジョン、ペースト、クリーム、フォーム、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散液、およびエアロゾルから選択される製剤である。ある実施形態では、前記製剤は、所望の形態と所望の粘性、効果的な適用のための流動性といった物理的または化学的特性、被覆、および皮膚への付着をもたらす１つ以上の賦形剤を含む。
【０１２７】
本明細書に開示される組成物は、有効期間、用途、および治療効果のいずれか１つ以上を改善するために１つ以上の賦形剤を含む製剤中で提供されてもよい。いくつかの実施形態では、前記賦形剤は、有効期間、用途、皮膚への浸透性、および治療効果のいずれか１つ以上を改善するのに必要である。いくつかの実施形態では、前記賦形剤は皮膚への浸透性を減らす。
【０１２８】
本明細書に開示される組成物は、有効期間、保管、生存率、および凍結融解後の生存のうちいずれか１つ以上を改善するために１つ以上の安定化剤を含む製剤中で提供されてもよい。いくつかの実施形態では、安定化剤の例として、限定されないが、糖ナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、スクロース、スタキオース、ヒドロキシエチルデンプン、グリシン、マンニトール、ＤＭＳＯ、エチレングリコール、プロピレングリコール（ＰＧ）、ポリプロピレングリコール（ＰＰＧ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、および２−メチル−２，４−ペンタンジオール（ＭＰＤ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、安定化剤により温度調節、例えば、コールドチェーンストレージが必要なくなる。
【０１２９】
ある実施形態では、本明細書に記載される組成物および製剤は１つ以上の抗ざ瘡薬を含んでおり、その濃度は、約０．０１％ｗ／ｖ〜約９９％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約９９％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約９９％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約１０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約１５％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約２０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約３０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約１０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約１５％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約２０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約３０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約１５％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約２０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約３０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約２０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約３０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約３０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約４０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ〜約５０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約５０％ｗ／ｖ〜約６０％ｗ／ｖ、約５０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約５０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約５０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約６０％ｗ／ｖ〜約７０％ｗ／ｖ、約６０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約６０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約７０％ｗ／ｖ〜約８０％ｗ／ｖ、約７０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約８０％ｗ／ｖ〜約９０％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約０．０５％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約０．１％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約０．５％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約１％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約２％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約０．１％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約０．５％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約１％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約２％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約０．５％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約１％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約２％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ〜約１％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ〜約２％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約２％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約２％ｗ／ｖ〜約３％ｗ／ｖ、約２％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約２％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約３％ｗ／ｖ〜約４％ｗ／ｖ、約３％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、または約４％ｗ／ｖ〜約５％ｗ／ｖ、約０．０１％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ、約２％ｗ／ｖ、約３％ｗ／ｖ、約４％ｗ／ｖ、または約５％ｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬は、テトラサイクリン、レチノイド、サリチル酸、および過酸化ベンゾイルから選択される。
【０１３０】
ある実施形態では、本明細書に記載される組成物および製剤は１つ以上の抗ざ瘡薬を含んでおり、その濃度は、約０．０１％ｗ／ｖ、約０．０５％ｗ／ｖ、約０．１％ｗ／ｖ、約０．５％ｗ／ｖ、約１％ｗ／ｖ、約２％ｗ／ｖ、約３％ｗ／ｖ、または約４％ｗ／ｖ、約５％ｗ／ｖ、約１０％ｗ／ｖ、約１５％ｗ／ｖ、約２０％ｗ／ｖ、約３０％ｗ／ｖ、約４０％ｗ／ｖ、約５０％ｗ／ｖ、約６０％ｗ／ｖ、約７０％ｗ／ｖ、約８０％ｗ／ｖ、約９０％ｗ／ｖ、または約９９％ｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬は、テトラサイクリン、レチノイド、サリチル酸、および過酸化ベンゾイルから選択される。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物および製剤は１つ以上の抗ざ瘡薬を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の抗ざ瘡薬の濃度は機械学習アルゴリズムにより決定される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物および製剤は２つ以上の抗ざ瘡薬を含む。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬それぞれの濃度は機械学習アルゴリズムにより決定される。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物および製剤は、ローション、エマルジョン、クリーム、軟膏、ゲル、フォーム、または皮膚軟化剤の形である。
【０１３３】
ローションは粘性が低度〜中程度の液体製剤として記述されてもよい。ローションは、懸濁化剤と分散剤の使用により分散媒体中で溶解可能な微粉状の物質を含んでもよい。代替的に、ローションは、ビヒクルとは混ざらず、かつ懸濁化剤などの適切な安定化剤によって通常は分散する液状物質の分散相として有していてもよい。一実施形態では、ローションは、粘性が１００〜１０００センチストークのエマルジョンの形である。ローションの流動性は、広範な表面積上への迅速かつ均一な適用を可能にする。ローションは通常、皮膚の上で乾燥するとその表面に医薬成分の薄い被膜状にして残すように意図されている。
【０１３４】
エマルジョンは、第２の液体全体にわたって微小球状で分布される１つの液体の調製物として記述されてもよい。いくつかの実施形態では、分散した液体は不連続相であり、分散媒体は連続相である。油が分散液体であり水溶液が連続相であると、この状態は水中油型エマルジョンと知られており、一方で水または水溶液が分散相であり油または油性物質が連続相であると、この状態は油中水型エマルジョンと知られている。油相は少なくとも部分的に、ＨＦＡ噴霧剤などの噴霧剤から成っていてもよい。油相と水相のいずれか、またはその両方は、１つ以上の界面活性剤、乳化剤、乳化安定剤、緩衝液、および他の賦形剤を含んでいてもよい。好ましい賦形剤として、界面活性剤、特に非イオン性界面活性剤；乳化剤、特に乳化ろう；および不揮発性液体、非水性材料、特にポリエチレングリコールなどのグリコールが挙げられる。油相は薬学的に承認された他の油状賦形剤を含んでもよい。例えば、ヒドロキシル化ヒマシ油またはゴマ油などの材料は、界面活性剤または乳化剤として油相中で使用されてもよい。
【０１３５】
クリームは、「水中油型」または「油中水型」の粘性液体または半固体のエマルジョンとして記述されてもよい。クリームは他の安定化剤および／または乳化剤を含んでいてもよい。一実施形態では、前記製剤は、通常は２０，０００〜５０，０００センチストークの範囲で、粘性が１０００センチストークを越えるクリームの形である。クリームは、通常は容易に拡散かつ除去できることから軟膏よりも好ましいことが多い。
【０１３６】
クリームとローションとの基本的な違いは粘性である。これらの粘性は、製剤の調製に使用される様々な油の量／使用と水の割合に左右される。クリームは通常ローションよりも濃いものであり、その用途は様々であり、皮膚に対する所望の効果に応じて様々な油／バターを使用することが多い。クリーム製剤中で、水性（ｗａｔｅｒ−ｂａｓｅ）のパーセンテージは約６０〜７５％であり、油性のパーセンテージは合計の約２０〜３０％であり、乳化剤、防腐剤、および添加剤などの他のパーセンテージは合計１００％となる。
【０１３７】
軟膏は、軟膏基剤と随意に本開示の１つ以上の有効な薬剤とを含む半固形製剤として記述されてもよい。適切な軟膏基剤の例として、炭化水素基剤（例えば、ペトロラタム、白色ワセリン、黄色軟膏、および鉱油）；吸水性基剤（親水ワセリン、脱水ラノリン、ラノリン、およびコールドクリーム）；水で除去可能な基剤（例えば、親水軟膏）、および水溶性基剤（例えば、ポリエチレングリコール軟膏）が挙げられる。ペーストは通常、固体の大部分を含むという点で軟膏とは異なる。ペーストは通常、同じ成分により調製された軟膏よりも吸収性が高く脂っぽさが少ない。
【０１３８】
ゲルは、液状ビヒクルに溶解または懸濁される増粘剤またはポリマー材料の作用により半固体にされる液状ビヒクル中の小分子または大分子の分散液を含む、半固体系として記述されてもよい。液体は、親油性成分、水性成分、またはその両方を含む場合がある。一部のエマルジョンはゲルであるか、そうでなければゲル成分を含んでいてもよい。しかし、一部のゲルはエマルジョンでない場合もあり、不混和性成分の均質化混合物が含まれていないためである。適切なゲル化剤として、限定されないが、ヒドロキシプロピルセルロースやヒドロキシエチルセルロースなどの修飾されたセルロース；カルボポールホモポリマーとコポリマー；およびこれらの組み合わせが挙げられる。液体ビヒクル中の適切な溶媒として、限定されないが、ジグリコールモノエチルエーテル；プロピレングリコールなどのアルケングリコール；ジメチルイソソルビド；イソプロピルアルコールとエタノールなどのアルコールが挙げられる。溶剤は通常、薬を溶かす能力に基づいて選択される。皮膚の感触および／または製剤の軟化性を改善する他の添加剤を組み込んでもよい。こうした添加剤の例として、限定されないが、ミリスチン酸イソプロピル、酢酸エチル、Ｃ１２−Ｃ１５安息香酸アルキル、鉱油、スクアラン、シクロメチコン、カプリン酸／カプリル酸トリグリセリド、およびこれらの組み合わせが挙げられる。
【０１３９】
フォームは、気体状の噴霧剤と組み合わせたエマルジョンとして記述されてもよい。気体状の噴霧剤は主としてヒドロフルオロアルカン（ＨＦＡ）から成る。適切な噴霧剤として、１，１，１，２−テトラフルオロエタン（ＨＦＡ１３４ａ）および１，１，１，２，３，３，３−ヘプタフルオロプロパン（ＨＦＡ２２７）などのＨＦＡが挙げられるが、現在承認されている、または医療用に承認されるようになるかもしれないこれらＨＦＡおよび他のＨＦＡの混合物と混和物が適切である。噴霧剤は、噴霧中に可燃性または爆発性の蒸気を作り出しかねない炭化水素噴霧ガスでないことが好ましい。さらに、組成物は、使用中に可燃性または爆発性の蒸気を作り出しかねない揮発性アルコールを含んでいないことが好ましい。
【０１４０】
皮膚軟化薬は、皮膚を柔らかくするまたは和らげる外用薬剤として記述されてもよく、これらは一般的に当該技術分野で知られているものであり、“Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ”，４．ｓｕｐ．ｔｈ  Ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，２００３などの概論に列記されている。ある実施形態では、皮膚軟化薬は、アーモンド油、ヒマシ油、セラトニア抽出物、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、セチルエステルワックス、コレステロール、綿実油、シクロメチコン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、グリセリン、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、ラノリン、レシチン、軽油、中鎖トリグリセライド、鉱油とラノリンアルコール、ペトロラタム、ペトロラタムとラノリンアルコール、ダイズ油、デンプン、ステアリルアルコール、ひまわり油、キシリトール、およびこれらの組み合わせである。一実施形態では、皮膚軟化薬はステアリン酸エチルヘキシルおよびパルミチン酸エチルヘキシルである。
【０１４１】
界面活性剤は、表面張力を低下させることで生成物の乳化、泡立ち、分散、拡散、および湿潤性を増加させる表面活性剤である。ある実施形態では、適切な非イオン性界面活性剤として、乳化ろう、モノオレイン酸グリセリル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリソルベート、ソルビタンエステル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、シクロデキストリン、モノステアリン酸グリセリン、ポロクサマー、ポビドン、およびこれらの組み合わせが挙げられる。一実施形態では、非イオン性界面活性剤はステアリルアルコールである。
【０１４２】
乳化剤は、ある液体を別の液体へと容易に懸濁させ、かつ油と水の安定した混合物すなわちエマルジョンの形成を容易にする表面活性物質である。ある実施形態では、乳化剤は、金属セッケン、ある種の動植物油、および様々な極性化合物である。適切な乳化剤として、アカシア、アニオン性乳化ろう、ステアリン酸カルシウム、カルボマー、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、コレステロール、ジエタノールアミン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒプロメロース、ラノリン、水和物（ｈｙｄｒｏｕｓ）、ラノリンアルコール、レシチン、中鎖トリグリセリド、メチルセルロース、鉱油とラノリンのアルコール、一塩基リン酸ナトリウム、モノエタノールアミン、非イオン性乳化ろう、オレイン酸、ポロクサマー、ポロクサマー類、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ステアリン酸ポリオキシエチレン、アルギン酸プロピレングリコールエステル、自己乳化性モノステアリン酸グリセリン、クエン酸ナトリウム無水物、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ステアリン酸、ひまわり油、トラガント、トリエタノールアミン、キサンタンガム、およびこれらの組み合わせが挙げられる。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物はバッファーを含み、このバッファーは組成物のｐＨを調整するものである。バッファーは、組成物のｐＨを約４〜約７．５、約４〜約７、および約５〜約７に緩衝化する。いくつかの実施形態では、バッファーはリン酸緩衝生理食塩水を含む。いくつかの実施形態では、バッファーはリン酸緩衝生理食塩水である。いくつかの実施形態では、バッファーは酢酸塩緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、バッファーは酢酸塩緩衝液である。いくつかの実施形態では、バッファーは酢酸ナトリウム緩衝液である。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は望ましい皮膚ｐＨを提供または維持するように製剤される。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚ｐＨは、約４．５〜６．５である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚ｐＨは、約５〜６である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚ｐＨは、約５．５である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚ｐＨ調整剤と共に使用するために製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚ｐＨ調整剤の使用前に使用するために製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚ｐＨ調整剤の使用後に使用するために製剤される。ｐＨ調整剤の非限定的な例として、サリチル酸、グリコール酸、トリクロロ酢酸、アゼライン酸（ａｚｅｉｌｉｃ  ａｃｉｄ）、乳酸、アスパラギン酸、塩酸塩、ステアリン酸、ステアリン酸グリセリル、パルミチン酸セチル、リン酸尿素、および酢酸トコフェロールが挙げられる。いくつかの例では、本明細書に開示される組成物は、被験体の皮膚のｐＨを望ましい皮膚ｐＨに下げるために製剤される。言い換えれば、本明細書に開示される組成物は、ｐＨ低下剤またはｐＨ平衡化剤を含んでもよい。ｐＨ低下剤およびｐＨ平衡化剤の非限定的な例として、クエン酸、乳酸、グリコール酸、アゼライン酸、レチン酸、αヒドロキシル酸、およびアスコルビン酸が挙げられる。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚に与えるように製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素曝露を皮膚にもたらすように製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素放散を皮膚にもたらすように製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚を介してより多くの酸素放散をもたらすように製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚に与える薬剤と共に製剤される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚に与える薬剤と共に使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用前に使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用後に使用される。皮膚に酸素を与える薬剤の非限定的な例は、葉緑素である。
【０１４６】
防腐剤は、真菌類と微生物の増殖を防ぐために使用することができる。適切な抗真菌剤と抗菌薬として、限定されないが、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、塩化セチルピリジウム、クロロブタノール、フェノール、フェニルエチルアルコール、およびチメロサールが挙げられる。一実施形態では、局所に塗布した後で意図された目的のために組成物の有効性に影響を及ぼすことなく、真菌の増殖を防ぐのに効果的な防腐剤の濃度が選択される。
【０１４７】
製剤中の賦形剤は所望の製剤のタイプに基づいて選択される。ある実施形態では、賦形剤は、ゼラチン、カゼイン、レシチン、アカシアガム、コレステロール、トラガント、ステアリン酸、塩化ベンザルコニウム、ステアリン酸カルシウム、モノステアリン酸グリセリン、セトステアリルアルコール、セトマクロゴール乳化ろう、ソルビタンエステル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール、ステアリン酸ポリオキシエチレン、コロイド状二酸化ケイ素、リン酸塩、ドデシル硫酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、非結晶性セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、トリエタノールアミン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、砂糖、およびデンプンを含む。
【０１４８】
製剤後、本明細書に開示される組成物は、エンドユーザによる送達と使用に適した方法で包装されてもよい。一実施形態では、組成物は適切なディスペンサーに入れてエンドユーザに送られる。最終的な容器の例として、ポンプボトル、スクィーズボトル、ジャー、チューブ、カプセル、またはバイアルが挙げられる。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、包装前に塗布具に加えられてもよい。塗布具の非限定的な例として、綿パッド、ポリエステルパッド、キューチップ、スポンジ、およびブラシが挙げられる。いくつかの例では、塗布具は綿パッドである。綿パッドは細菌を拘束せず、正常な投与量を送達し、コストがあまりかからず、臨床医と患者の両方によく知られているものが都合がよい。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される医薬組成物および塗布具はパッケージに入れられる。パッケージの非限定的な例として、バッグ、ホイル、およびワックスで裏打ちした紙パケットが挙げられる。いくつかの例では、パッケージはプラスチックを含む。いくつかの例では、パッケージはプラスチックバッグを含む。いくつかの例では、このプラスチックは、ポリプロピレン、ナイロン、およびそれらの組み合わせから選択される材料を含む。いくつかの例では、プラスチックは、素早く冷え、冷凍され、解凍され、または温められるように薄く、可撓性である。非限定的な例として、プラスチックの厚みは約１〜３ミルでもよい（１ミル＝１インチの１／１０００）。パッケージの内部は無菌でもよい。いくつかの実施形態では、パッケージ中の空気は密封前に真空で除去される。真空密封は酸素をなくし、冷凍速度を増加させ（冷凍保管後の生存率を増加）、製剤を確実に均一に分布させ、かつ手頃でコンパクトな単回用容器を実現することができるため、都合がよい。いくつかの実施形態では、パッケージは熱密封される。いくつかの実施形態では、パッケージは接着剤で密封される。
【０１５１】
別の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、凍結乾燥され、噴霧乾燥され、または冷凍乾燥されることで、皮膚に塗布する前に再構成される。非限定的な例として、再構成は、皮膚への塗布の前に組成物を湿らせる工程を含んでもよい。いくつかの例では、凍結乾燥、噴霧乾燥、または冷凍乾燥された組成物は塗布具の上にあり、この組成物は塗布具と共に、塗布具を湿らせることにより再構成される。いくつかの例では、皮膚に水を加えて、湿った皮膚に塗布具および／または組成物を適用することで湿らせることができる。いくつかの実施形態では、組成物は冷凍される必要はない。
【０１５２】
本明細書に開示される組成物は、追加の有効成分を含んでいてもよい。ある実施形態では、本明細書に開示される組成物は、小分子、脂肪酸、抗生物質、代謝産物、抗酸化剤、およびレチノイドから選択され得る成分を含む。抗生物質の非限定的な例として、過酸化ベンゾイル、サリチル酸、テトラサイクリン、マクロライド、β−ラクタム、アミノグリコシド、セファロスポリン、カルバペネム、キノロン／フルオロキノロン、スルホンアミド、サリチル酸、グリコール酸、アゼライン酸、生ファージ治療薬（ｌｉｖｅ  ｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ）、合成ファージ収縮性のナノチューブ、レーザー、ダプソン、過酸化ベンゾイル、過酸化ベンゾイル／レスベラトロールの組み合わせ、ならびにこれらの任意の組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、抗生物質は、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシン、およびテトラサイクリンから選択され、ここで、抗生物質は局所投与のために製剤される。抗酸化剤の非限定的な例はビタミンＣとビタミンＥである。レチノイドの非限定的な例は、トレチノイン、レチン酸、タザロテン、アダパレン、およびレチノールである。
【０１５３】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物は抗ざ瘡薬を含む。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約０．１％〜約３％である。いくつかの実施形態で、抗ざ瘡薬の濃度は約０．１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約０．５％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約２％未満である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約１．５％未満である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬の濃度は約０．１％未満である。
【０１５４】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物は過酸化ベンゾイルを含む。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約０．１％〜約３％である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約０．１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約０．５％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約２％未満である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約１．５％未満である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態では、過酸化ベンゾイルの濃度は約０．１％未満である。
【０１５５】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物はサリチル酸を含む。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約０．１％〜約３％である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約０．１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約０．５％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約２％未満である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約１．５％未満である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態では、サリチル酸の濃度は約０．１％未満である。
【０１５６】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物はテトラサイクリンを含む。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約０．１％〜約３％である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約０．１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約０．５％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約１％〜約２．５％である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約２％未満である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約１．５％未満である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態では、テトラサイクリンの濃度は約０．１％未満である。
【０１５７】
ある実施形態では、本明細書に開示される組成物はレチノイドなどの局所的な抗ざ瘡薬を含む。局所的なレチノイド化合物の非限定的な例として、レチン酸、トレチノイン、アダパレン、レチノール、およびタザロテンが挙げられる。ある実施形態では、本明細書に開示される組成物はレスベラトロールまたはトランス−レスベラトロールを含む。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１０％未満である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約５％未満である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％〜約１０％である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１％〜約１０％である。いくつかの実施形態では、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％〜約２．５％である。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも１つのω−３脂肪酸を含む。ω−３脂肪酸の非限定的な例として、ヘキサデカトリエン酸（ＨＴＡ）、α−リノレン酸（ＡＬＡ）、ステアリドン酸（ＳＤＡ）、エイコサトリエン酸（ＥＴＥ）、エイコサテトラエン酸（ＥＴＡ）、エイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）、ヘンエイコサペンタエン酸（ＨＰＡ）、ドコサペンタエン酸（ＤＰＡ）、イワシ酸、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、テトラコサペンタエン酸、テトラコサヘキサエン酸（ニシン酸）、およびフィトスフィゴシンが挙げられる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、グリコール酸、アゼライン酸（ａｚａｅｌｉｃ  ａｃｉｄ）、およびトリクロロ酢酸から選択される酸を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、ティーツリー油または緑茶抽出物などの天然抽出物を含む。いくつかの実施形態では、追加の有効成分は、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの系統を標的とする薬物を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの系統を標的とする薬物は小分子薬である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの系統を標的とする薬物は、Ｐ．アクネスにより発現された酵素の小分子阻害剤である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスにより発現された酵素は、Ｐ．アクネス増殖またはＰ．アクネスエネルギー代謝に必要なものである。
【実施例】
【０１６０】
本発明の実施形態を例示するために以下の実施例および図がさらに提供されが、これらは本発明の範囲を制限するよう意図されたものではない。これらは使用され得る実施例の典型ではあるが、その他当業者に既知の手順、方法、または技術を代替的に使用することもできる。
【０１６１】
ここでは、個体の皮膚疾病を処置するためのシステム、方法、および組成物が記載される。個体の皮膚フローラ、および処置様式に対する前記皮膚フローラの感度を判定するためのシステムまたは方法が使用される。次いで、処置様式に対する皮膚フローラの感度に基づいて組成物がカスタマイズされる。
【０１６２】
本明細書には、ざ瘡がある思春期前期の女性を含む個体に対する研究結果、および過酸化ベンゾイル洗浄による前記個体の前記マイクロバイオームの変化が記載される。フローラは前記個体の顔面の様々な領域から採取され、過酸化ベンゾイルに対する感度を調べられる。
【０１６３】
実施例１−過酸化ベンゾイルの感度
結果が本明細書に提供される研究の包含基準は次のとおりである：
１．最低６のざ瘡病変が存在する。
２．以前にざ瘡用の処方製品を使用したことがない。
３．以前に小売店経由で過酸化ベンゾイルや抗ざ瘡薬を使用したことがない。
４．年齢：７−１２歳
５．性別：女性
【０１６４】
結果が本明細書に提供される研究の除外基準は次のとおりである：
１．尋常性ざ瘡（アトピー性皮膚炎や乾癬などを含む場合がある）以外に重度の活発な皮膚疾病が顔面に生じている。
２．研究開始前３か月以内に経口または非経口の抗生物質を使用したことがある。
【０１６５】
サンプルを採取した部位とその略称はそれぞれ次のとおりである：
ＲＡまたはＲＡＬ：耳介後部（Ｒｅｔｒｏａｕｒｉｃｕｌａｒ  Ｂｅｈｉｎｄ  Ｅａｒ）
ＣＨまたはＣＨＮ：あご
ＣＫまたはＣＫＮ：頬
ＦＨまたはＦＨＮ：前頭
ＡＮまたはＡＮＮ：鼻翼［鼻の外部］
ＣＯまたはＣＯＮ：面皰
【０１６６】
いくつかの実施形態では、個々の被験体の皮膚のマイクロバイオームが評価される。個体のマイクロバイオームは、被験体および皮膚ごとに大きく異なる。図２は、２つの異なる個体、ＳｈａｎｎｏｎおよびＳｉｍｐｓｏｎの皮膚表面上の様々な位置にあるフローラの多様性を示す。耳の裏、あご、頬、前頭、および鼻の外側を含む、個体の頭部の場所からサンプルを採取する。示されるように、様々な場所の多様性は個体（ＳｈａｎｎｏｎおよびＳｉｍｐｓｏｎ）間で異なる。過酸化ベンゾイルなどの抗微生物剤を適用すると、処置に対して感度が高い方のフローラがマイクロフローラ内で減少する。これによりマイクロバイオームに対する全体的な効果が確認される。使用される処置方法に敏感な種は個体のマイクロバイオーム内で減少するが、あまり敏感でない方のフローラはマイクロバイオーム内で増加する傾向にあった。図３は、過酸化ベンゾイルを投与したマイクロバイオーム亜集団、および過酸化ベンゾイルが投与されない亜集団の複数のグラフを示し、過酸化ベンゾイル投与群と非過酸化ベンゾイル投与群それぞれのフローラの相対比率が示されている。示されるように、過酸化ベンゾイルを適用するとマイクロバイオーム内のＰ．アクネスのレベルが減少した。過酸化ベンゾイルによりＳ．ミティスが増加したことにも注意されたい。以下の表２は、過酸化ベンゾイルを適用した場合と適用しない場合の部位特異的（すなわち、皮膚領域に特異的）データに関する所見を示す。過酸化ベンゾイルを適用した場合と適用しない場合に対する部位特異的効果を評価するために、その部位が過酸化ベンゾイルに暴露されたか否かを評価可能な予測モデルを各部位に作成した。表２に示されるように、最良のパフォーマンス（すなわち予測）は頬の領域に対して観察された。これにより、過酸化ベンゾイルにより頬が最も影響を受けたことが示される。
【０１６７】
【表２】
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【０１６８】
いくつかの実施形態では、被験体の皮膚のマイクロバイオームの分析には、マイクロバイオームにより産生されたバイオマーカーおよび機能の評価が必要となる。図１０は、過酸化ベンゾイルが適用された皮膚領域上のフローラ、および過酸化ベンゾイルが適用されなかった皮膚領域上のフローラに関する相対機能分析を示す。図１０は、皮膚のマイクロバイオームによるバイオマーカーの産生に対する過酸化ベンゾイルの効果を示す。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、被験体の皮膚のマイクロバイオームの分析には、１つ以上のマイクロフローラの識別と列挙が必要となる。図１１は、過酸化ベンゾイルが適用された頬上のフローラ、および過酸化ベンゾイルが適用されなかった頬上のフローラに関する相対機能分析を示す。２回の訪問間に頬サンプルに機能分析を再び行うことで、同じ機能的カテゴリーを得る。図１３は、部位特異的結果および処置特異的結果（すなわち、過酸化ベンゾイルの適用あり、および過酸化ベンゾイルの適用なし）に関する属レベルでの総合多様性の表示を示す。図１４は、部位特異的結果および処置特異的結果（すなわち、過酸化ベンゾイルの適用あり、および過酸化ベンゾイルの適用なし）に関する種レベルでの総合多様性のほか、全部位の平均の表示を示す。
【０１７０】
図１５は、２つの異なる時間（訪問）に頬から採取した２つの異なるサンプル間の統計的に有意な分類群の比較を示す。種は１回目から２回目の訪問まで増加すると示された。１回目の訪問後、過酸化ベンゾイルをその部位に適用した。図１６は過酸化ベンゾイルが皮膚領域に適用される前後の多様性測定を示す。図１７は２つの異なる訪問間の種レベルでの有意な変化が生じる分類学的属を示す。２つの訪問間で大幅に変化した分類学的種は、部位に基づき分類されて示される。図１８は、２つの異なる訪問間の属レベルでの有意な変化が生じる分類学的属を示す。２つの訪問間で大幅に変化した分類学的種は、部位に基づき分類されて示される。
【０１７１】
機械学習アルゴリズム
いくつかの実施形態では、機械学習モデルを作るために、尋常性ざ瘡の処置に過酸化ベンゾイルを用いたときの効果を測定する臨床試験を利用した。機械学習モデルは、７５％の精度をもって個体が過酸化ベンゾイルに対し正に反応したかどうかを予測するようになっていた。このモデルは、図１、５〜９、および３２に示される上位予測因子を識別するように脱構築されてもよい。図１は、ざ瘡の影響を受けた個体の皮膚表面上の予測されたフローラのグラフを示す。グラフ中、予測されたフローラはｘ軸に表され、Ｇｉｎｉの平均減少はｙ軸に表される。示されるように、Ｐ．アクネスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、それにＳ．ミティスが続くと予測される。図５は、任意の皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。示されるように、Ｓ．ミティスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、Ｐ．アクネスは２番目に高かった。図６は、面皰を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。示されるように、Ｐ．アクネスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、Ｓ．ミティスは２番目に高かった。図７は、前頭を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。示されるように、Ｐ．アクネスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、Ｓ．ミティスは２番目に高かった。図８は、鼻の外側を含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。示されるように、Ｐ．アクネスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、Ｓ．ミティスは２番目に高かった。図９は、耳の後ろを含む皮膚領域に過酸化ベンゾイルが適用されたか否かを判定するために使用される種のグラフを示す。示されるように、Ｐ．アクネスのＧｉｎｉの平均減少が最大であり、Ｓ．ミティスは２番目に高かった。図３２は、個体のマイクロバイオームに基づいて過酸化ベンゾイルに対する反応の予測を提供するための上位予測因子であるフローラを表す概略的なグラフを示す。いくつかの実施形態では、機械学習アルゴリズムを使用する代謝モデリングが、１つ以上の薬剤の効果を予測して特定の被験体の皮膚のマイクロバイオームを調節するために利用される。いくつかの実施形態では、従来の分析技術を使用しても、予測力を欠いていることから有意な分析を行うことはできない。例えば、図４、１２、２３〜２６は、被験体の皮膚のマイクロバイオームへの過酸化ベンゾイルの投与の効果を予測するのにあまり有用でなかった従来の分析技術を表す。図４は、２つの集団の頬、前頭、鼻の外部、耳の裏、および面皰などの特定の部位に実行される測定のＢｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度プロットを示す。過酸化ベンゾイルは第１の集団に投与されたが、第２の集団には投与されなかった。Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度プロットでは、有意な予測力を提供することができなかった。図１２は、頬の皮膚領域に関するＢｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ非類似度の表示である。別の研究では、尋常性ざ瘡を抱える被験体の群を過酸化ベンゾイルで処置し、処置の有効性に基づき３つの集団に分けた。「減少集団」の被験体ではざ瘡が減少し、「増加集団」の被験体ではざ瘡が増加し、「平坦集団」ではざ瘡に測定できない変化があった。非計量多次元尺度構成法（ＮＭＤＳ）を利用してデータセット内の類似度を視覚化した。図２３は、２つの訪問全体にわたる「減少集団」に関するＮＭＤＳの結果を示す。図２４は、２つの訪問全体にわたる「平坦集団」に関するＮＭＤＳの結果を示す。図２５は、２つの訪問全体にわたる「増加集団」に関するＮＭＤＳの結果を示す。図２６は、２つの訪問全体にわたる結果すべてに関するＮＭＤＳの結果を示す。図に見られるように、ＮＭＤＳプロットでは有意な予測力を提供することはできなかった。
【０１７２】
処置への影響
尋常性ざ瘡を抱える被験体の群を過酸化ベンゾイルで処置し、処置の有効性に基づき３つの集団に分けた。「減少集団」の被験体ではざ瘡が減少し、「増加集団」の被験体ではざ瘡が増加し、「平坦集団」ではざ瘡に測定できない変化があった。図１９は、個体による２つの異なる訪問時の多様性測定の結果を示す。ざ瘡の重症度が増加したサンプルでの平均多様性は訪問１から訪問２まで増加した。図２０は、臨床的結果に基づく相対的なマイクロバイオームプロファイリングを示す。Ｐ．アクネスにより、過酸化ベンゾイルに対する反応が十分な被験体と不十分な被験体との有意差が示される。結果に基づいて個体をざ瘡の減少を表す反応を示す集団（減少集団）と、ざ瘡の増加を示す集団（増加集団）と、ほぼ無反応の集団（平坦集団）とに分けた。図２１は、「減少集団」と称される集団内でのデータが示される２つの訪問を区別することができる、上位２０の分類群を示す。図２２は、「増加集団」と称される集団内でのデータが示される２つの訪問を区別することができる、上位２０の分類群を示す。図２７は、増加集団と減少集団との比較の結果を示す。Ｐ．アクネスの平均比率は、「減少」集団より「増加」集団の方が高い。図２８は、処置の影響に基づいて部位全体にわたるα多様性を示す。図２９は、訪問に基づいて部位全体にわたるα多様性を示す。図３０は、頬部位に対して増加集団と減少集団との統計的に有意な分類群を比較する結果を示す。特に、Ｓ．サーモフィルスは減少集団で増加した。図３１は、前頭部位に対して増加集団と減少集団との統計的に有意な分類群を比較する結果を示す。特に、連鎖球菌種およびブドウ球菌種は減少集団内で増加した。
【０１７３】
Ｐ．アクネス
Ｐ．アクネス集団を持つ被験体の群を過酸化ベンゾイルで処置し、処置の有効性に基づき３つの集団に分けた。「減少集団」の被験体ではＰ．アクネス集団が減少し、「増加集団」の被験体ではＰ．アクネス集団が増加し、「平坦集団」ではＰ．アクネス集団に測定できない変化があった。図３３は、異なる群全体にわたるＰ．アクネスの表示を示す。Ｐ．アクネス集団の平均比率が「増加」集団、「減少」集団、「平」集団にわたり示される。図３４は、鼻の外側領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。Ａ１のＰ．アクネスは「増加」集団と「減少」集団とに区別される。図３５は、頬の領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。Ｋ４およびＣ３のＰ．アクネスは「増加」集団と「減少」集団とに区別される。図３６は、前頭の領域において増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。Ｆ４およびＤ１のＰ．アクネスは「増加」集団と「減少」集団とに区別される。図３７は、前頭への過酸化ベンゾイル処置前後に区別されたＰ．アクネス系統を示す。Ｆ４およびＤ１のＰ．アクネスは「増加」集団と「減少」集団とに区別される。図３８は、増加集団と減少集団とを区別したＰ．アクネス系統を示す。Ｋ４およびＡ２のＰ．アクネス系統は「減少」集団においてより普及しているが、「増加」集団ではＫ１系統が普及している。図３９は、処置後のＰ．アクネス系統の変化を示す。Ｃ２  Ｐ．アクネス系統は過酸化ベンゾイル処置後、より支配的となる。図４０は、反応に基づく相対機能分析を示す。相対機能分析は、過酸化ベンゾイルに反応した群と反応しなかった群とに行われる。図４１は、過酸化ベンゾイル処置後のＰ．アクネス系統の変化を示す。Ｐ．アクネス系統の機能的マッピングにより、リパーゼ活性、抗生物質耐性、シデロホア、およびペプチド／ニッケル輸送系の有意差が示される。図４２は、マンガン酸化の機能結果を示す。マンガン酸化は、過酸化ベンゾイルに反応しなかった集団で過剰表現される。
【０１７４】
実施例２−製品の推奨
図４３は、ざ瘡製品推奨に関する典型的な方法を示す。健康な患者とざ瘡患者との間にマッピングされた系統レベルの差異を用いて、不要なまたは所望の細菌系統の操作に対する既存または新規のざ瘡処置オプションの影響をモデリングする。
【０１７５】
図４４は、様々な代謝産物に基づいた良好かつ悪い系統に対する代謝モデリングの結果を示す。Ｋ１およびＡ２のＰ．アクネス系統は共にサリチル酸だけでなくビタミンＢ１２の産生を利用することができるが、ビタミンＢ１２の産生は減少群の方が高い。
【０１７６】
図４５は、代謝モデリングに基づいたざ瘡製品推奨の結果を示す。Ｋ１系統は、過酸化ベンゾイル処置に対し負に反応した個体の方に普及していた。成長曲線をシミュレートすると、有益な系統が普及するのを助けることから、そのような個体に対してはサリチル酸の方がより良い処置オプションであることが示された。
【０１７７】
図４６は、マイクロバイオームプロファイルに基づいた過酸化ベンゾイル摂取モデルを示す。過酸化ベンゾイルで処置した被験体すべてに対し機械学習モデルを訓練して、過酸化ベンゾイルに対する不十分な反応または良好な反応に起因するバイオマーカーを識別した。過酸化ベンゾイルを投与されなかった被験体に対してこのモデルを評価した。６つの例に示されるように、このモデルにより、「減少」群または「増加」群それぞれにより過酸化ベンゾイルが摂取可能か否かを正確に予測した。
【０１７８】
図４７は、過酸化ベンゾイル反応群に差動的に表示される系統への代謝モデルのマッピング結果を示す。訪問１から正確に予測された減少サンプルでは、マイクロバイオームは過酸化ベンゾイルを摂取することができたが、成長曲線を確認すると、良好すなわち健康な系統の成長速度は減少群の方が高かった。訪問１から正確に予測された増加サンプルでは、マイクロバイオームは過酸化ベンゾイルを摂取することができず（Ｂｏｘｐｌｏｔの値はほぼ０である）、成長曲線を確認すると、増殖群に特異的な系統の平均成長は過酸化ベンゾイルに対して非常に低いことが分かった。
【０１７９】
実施例３
本明細書に記載される結果の概要は次のとおりである：
非対照サンプルの数：７３５
プロファイルを持つ非対照サンプルの数：６４７
予想通りに機能したサンプル：８８％
対照サンプルの数：１００
プロファイルを持つ対照サンプルの数：６
予想通りに機能した対照：９４％
【０１８０】
試験したすべての部位のうち、頬が過酸化ベンゾイル処置の影響を最も受けた。過酸化ベンゾイル処置は、マイクロバイオーム多様性全体には影響を及ぼしていない。過酸化ベンゾイルに対し負に反応した患者のプロファイルではＰ．アクネスの比が高かった。ある種のＰ．アクネス系統は、過酸化ベンゾイルに対する不十分または良好な反応に関連付けられる。
【０１８１】
図４８は、製品推奨の概念実証を行った結果の概要を示す。前青年期ざ瘡を伴う２２５のサンプル（すべて女性）はすべて過酸化ベンゾイルに対し無感作であった。０時点で試験を行う、個別化した試験結果を推奨エンジンに供給した。過酸化ベンゾイルがそのような疾病に対して作用するか（１４７）否か（７８）に関する予測を行った。被験体すべてに過酸化ベンゾイルを投与した。過酸化ベンゾイルで処置を行った６週間後にざ瘡病変を測定することで過酸化ベンゾイルの効果を測定した。モデル予測の９２％が正確であった。
【０１８２】
図４９は、個体の試験から特注の処置の開発までの典型的な方法の工程を示す。第１の工程では、比較データ分析（Ａ対Ｂ）を行う。第２の工程では、バイオマーカー発見を行う。第３の工程では、代謝モデリングを行う。第４の工程では、効果の大きさを計算する。第５の工程では、結果を成分推奨エンジンに通す。随意に第６の工程では、試験を行う。第７の工程では、個別化した製品を提供する。上記例示的な方法では、全工程が記載の順序で行われ、または、いくつかの実施形態では１つ以上の工程を異なる順序で行ってもよいことを理解されたい。
【０１８３】
図５０は、臨床データに基づいてざ瘡に対しコンパイルされた包括的バイオマーカーの結果を示す。１０，０００の異なる成分による影響を、これらバイオマーカーすべてに対して評価することができる。５０の亜集団に関する概要を示す。上部のざ瘡処置剤（過酸化ベンゾイル、サリチル酸、テトラサイクリン、レチノイド）を赤色の円で囲む。ざ瘡に対する効力の指数が優れている新規の成分（緑色の円）が多く存在している。
【０１８４】
図５１は、ざ瘡処置のランキングを示す。過酸化ベンゾイル、サリチル酸、レチノイド、およびテトラサイクリンは、ざ瘡に対する介入に使用される既存の一般的な溶液のうち４つである。ざ瘡バイオマーカーすべてに対する効果に関する全体的なランキング全体を作成することができる。
【０１８５】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示され、かつ記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されるものであることは、当業者に明白である。多数の変形、変更、および置き換えは、本発明から逸脱することなく、当業者によって現在想到されるものである。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲およびその同等物の範囲内の方法と構造は、それにより包含されることが、意図されている。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５２】
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【図５３】
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【国際調査報告】
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