(57)【要約】癌の治療におけるチェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る糞便物質のドナーを同定するための方法が提供される。癌の治療において供与糞便物質を使用するための方法及び組成物も提供される。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）及びフラボニフラクタープラウティ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）の最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２】
ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項３】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項２に記載の治療用組成物。
【請求項４】
ルミノコッカス科の科、例えばルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ゲミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）の属、又はその組み合わせの中の１つ又は複数の属に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項５】
アリスティペス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エリュシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項６】
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項７】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項８】
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項９】
アリスティペスセネガレンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、バルネシエラインテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、バクテロイデスドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、ビフィドバクテリウムビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウムロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、オドリバクタースプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、ユーバクテリウム＿ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿ｂｉｆｏｒｍｅ）、パラバクテロイデスディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１０】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１１】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１２】
２つ以上の属に属する細菌を含む、請求項４〜７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１３】
３つ以上の属に属する細菌を含む、請求項４〜７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１４】
４つ以上の属に属する細菌を含む、請求項４〜７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１５】
５つ以上の属に属する細菌を含む、請求項５〜７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１６】
２つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１７】
３つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１８】
４つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１９】
５つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項２０】
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２１】
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２２】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項２１に記載の治療用組成物。
【請求項２３】
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２４】
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２５】
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２６】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２７】
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２８】
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項２９】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項３０】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項３１】
２つ以上の属に属する細菌を含む、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３２】
３つ以上の属に属する細菌を含む、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３３】
４つ以上の属に属する細菌を含む、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３４】
５つ以上の属に属する細菌を含む、請求項２４〜２６のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３５】
２つ以上の種に属する細菌を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３６】
３つ以上の種に属する細菌を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３７】
４つ以上の種に属する細菌を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３８】
５つ以上の種に属する細菌を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項３９】
抗癌剤をさらに含む、請求項１〜３８のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４０】
前記抗癌剤がチェックポイント阻害剤である、請求項３９に記載の治療用組成物。
【請求項４１】
前記チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせから選択される、請求項４０に記載の治療用組成物。
【請求項４２】
前記チェックポイント阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、又はＳＴＩ−Ａ１０１０から選択される、請求項４１に記載の治療用組成物。
【請求項４３】
前記抗癌剤がシクロホスファミドである、請求項３９に記載の治療用組成物。
【請求項４４】
細菌の前記単離集団のそれぞれが、少なくとも約１×１０２生存コロニー形成単位の濃度で前記組成物に存在する、請求項１〜４３のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４５】
細菌の各単離集団が、約１×１０２〜１×１０９生存コロニー形成単位の濃度で前記組成物に存在する、請求項１〜４４のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４６】
細菌の前記単離集団の一部が胞子形成細菌を含む、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４７】
細菌の前記単離集団の一部が胞子型の状態にある、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４８】
薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項４９】
腸への送達のために製剤化されている、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５０】
腸溶コートされている、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５１】
経口投与のために製剤化されている、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５２】
食物又は飲料内に製剤化されている、請求項５１に記載の治療用組成物。
【請求項５３】
動物モデルにおいて腫瘍成長の速度を低下させ得る、請求項１〜５２のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５４】
複数回投与のために製剤化されている、請求項１〜５３のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５５】
細菌の前記集団のそれぞれが、少なくとも１×１０３生存ＣＦＵの濃度で前記組成物に存在する、請求項１〜５４のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項５６】
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項５７】
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項５８】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６０】
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６１】
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６２】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６３】
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６４】
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６５】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６６】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項６７】
前記治療用組成物が２つ以上の属に属する細菌を含む、請求項５９〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記治療用組成物が３つ以上の属に属する細菌を含む、請求項５９〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記治療用組成物が４つ以上の属に属する細菌を含む、請求項５９〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
前記治療用組成物が５つ以上の属に属する細菌を含む、請求項６０〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
前記治療用組成物が２つ以上の種に属する細菌を含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記治療用組成物が３つ以上の種に属する細菌を含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記治療用組成物が４つ以上の種に属する細菌を含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記治療用組成物が５つ以上の種に属する細菌を含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項７６】
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項７７】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項７９】
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８０】
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８１】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８２】
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８３】
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８４】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８５】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項８６】
前記治療用組成物が２つ以上の属に属する細菌を含む、請求項７８〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記治療用組成物が３つ以上の属に属する細菌を含む、請求項７８〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
前記治療用組成物が４つ以上の属に属する細菌を含む、請求項７８〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
前記治療用組成物が５つ以上の属に属する細菌を含む、請求項７９〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
前記治療用組成物が２つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８２〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記治療用組成物が３つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８２〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
前記治療用組成物が４つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８２〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
前記治療用組成物が５つ以上の種に属する細菌を含む、請求項８２〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
抗癌剤を前記対象に投与するステップをさらに含む、請求項５６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記抗癌剤がチェックポイント阻害剤である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせから選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記チェックポイント阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ−Ａ１０１０、又はその組み合わせから選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
前記抗癌剤がシクロホスファミドである、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
細菌の前記単離集団が、少なくとも約１×１０２生存コロニー形成単位の濃度で投与される、請求項５６〜９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
細菌の前記単離集団が、約１×１０２〜１×１０９生存コロニー形成単位の濃度で投与される、請求項５６〜９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
細菌の前記単離集団の一部が胞子形成細菌を含む、請求項５６〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
細菌の前記単離集団の一部が胞子型の状態にある、請求項５６〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
前記組成物が、薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む、請求項５６〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
前記組成物が、腸への送達のために製剤化されている、請求項５６〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０５】
前記組成物が腸溶コートされている、請求項５６〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
前記組成物が、経口投与のために製剤化されている、請求項５６〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
前記組成物が、食物又は飲料内に製剤化されている、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
前記哺乳類対象がヒトである、請求項５６〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
前記癌が、転移性黒色腫、皮膚の黒色腫、非小細胞肺癌、腎臓癌、膀胱癌、頭頸部癌、メルケル細胞皮膚癌（メルケル細胞癌腫）、又はホジキンリンパ腫から選択される、請求項５６〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
細菌の前記単離集団の投与前に、前記対象が、抗生物質治療及び／又は腸管洗浄に供される、請求項５６〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
前記対象が、前記癌を以前に治療されている、請求項５６〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記対象が、前記以前の治療に対して非応答者であると判定されている、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記対象が、前記以前の治療に対して毒性応答を有すると判定されている、請求項１１１又は１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記以前の治療が、免疫チェックポイント遮断単独療法又は免疫チェックポイント遮断組み合わせ療法を含む、請求項１１１〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
前記癌が再発癌である、請求項５６〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１１７】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１１８】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２０】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２１】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２２】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２３】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２４】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２５】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２６】
アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１２７】
前記対象が、免疫チェックポイント阻害剤療法の候補者であると判定される、請求項１１６〜１２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
前記免疫チェックポイント療法が、免疫チェックポイント遮断単独療法又は免疫チェックポイント遮断組み合わせ療法を含む、請求項１１６〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２９】
前記対象が、シクロホスファミド療法の候補者であると判定される、請求項１１６〜１２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３０】
前記哺乳類対象がヒトである、請求項１１６〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３１】
前記癌が、転移性黒色腫、皮膚の黒色腫、非小細胞肺癌、腎臓癌、膀胱癌、頭頸部癌、メルケル細胞皮膚癌（メルケル細胞癌腫）、又はホジキンリンパ腫から選択される、請求項１１６〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３２】
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、及びサブドリグラヌルムの属に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３３】
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、及びパラバクテロイデスの属に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３４】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、及びパラバクテロイデスの属に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３５】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、及びパラバクテロイデスディスタソニスの細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３６】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、及びパラバクテロイデスディスタソニスの細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３７】
表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３８】
表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１３９】
表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の３つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４０】
表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の４つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４１】
表１Ａに列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４２】
表１Ｂに列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４３】
表１０に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４４】
表１１に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４５】
表１Ａに列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４６】
表１Ｂに列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４７】
表１０に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４８】
表１１に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１４９】
クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、クレード１３５、又はその組み合わせから選択されるクレードにおける種の１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１５０】
クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、クレード１３５、又はその組み合わせから選択されるクレードにおける種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１５１】
図６の系統樹における種の１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１５２】
図６の系統樹における種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物。
【請求項１５３】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１５４】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１５５】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項１５４に記載の方法。
【請求項１５６】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１５７】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１５８】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１５９】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１６０】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６１】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１６２】
糞便が糞便物質移入に有用であるドナーとして哺乳類対象を同定する方法であって、
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及び
ｃ）前記微生物叢サンプルが、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。
【請求項１６３】
請求項１５３〜１６２のいずれか一項に記載の方法を使用して同定されたドナーからの糞便物質に由来する治療用組成物。
【請求項１６４】
薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む、請求項１６３に記載の治療用組成物。
【請求項１６５】
栄養型及び／又は胞子型の状態にある細菌を含む、請求項１６３に記載の治療用組成物。
【請求項１６６】
チェックポイント阻害剤をさらに含む、請求項１６３に記載の治療用組成物。
【請求項１６７】
前記チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせから選択される、請求項１６６に記載の治療用組成物。
【請求項１６８】
前記チェックポイント阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ−Ａ１０１０、又はその組み合わせから選択される、請求項１６６に記載の治療用組成物。
【請求項１６９】
請求項１６３〜１６８のいずれか一項に記載の治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法。
【請求項１７０】
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７１】
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７２】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項１７１に記載の方法。
【請求項１７３】
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７４】
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７５】
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７６】
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７７】
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７８】
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１７９】
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。
【請求項１８０】
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法。請求項１７８
対象由来のサンプルにおいて、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８１】
対象由来のサンプルにおいて、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８２】
前記細菌が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する、請求項１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
対象由来のサンプルにおいて、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８４】
対象由来のサンプルにおいて、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８５】
対象由来のサンプルにおいて、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８６】
対象由来のサンプルにおいて、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８７】
対象由来のサンプルにおいて、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８８】
対象由来のサンプルにおいて、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１８９】
対象由来のサンプルにおいて、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１９０】
対象由来のサンプルにおいて、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。
【請求項１９１】
前記微生物叢プロファイルを対照微生物叢と比較するステップをさらに含む、請求項１８１〜１９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９２】
前記対照微生物叢が、抗癌治療に対して応答者であると判定された対象由来の微生物叢サンプルを含む、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９３】
前記対照微生物叢が、抗癌治療に対して非応答者であると判定された対象由来の微生物叢サンプルを含む、請求項１９１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【関連出願の相互参照】
【０００１】
[0001]本出願は、２０１８年３月２８日に出願された米国特許仮出願第６２／６４９，４５３号、及び２０１９年３月１４日に出願された第６２／８１８，６０１号に対する優先権を主張するものであり、文献のそれぞれは参照によりその全体として本明細書に組み入れられる。
【背景技術】
【０００２】
［序論］
[0002]哺乳類には、胃腸（ＧＩ）管で、皮膚で、並びに口腔、眼の表面、及び膣など、他の上皮及び組織ニッチで微生物が定着している。胃腸管は、豊富で且つ多様な微生物群落を持つ。何百種類もの異なる種が、健常な人のＧＩ管に片利共生的な群落を形成することがある。これらの集団における微生物株の間の、及び微生物と宿主、例えば宿主免疫系との間の相互作用は、微生物の分布に影響を及ぼす資源の利用可能性及び資源をめぐる競合を有する群落構造を形作る。そのような資源は、食物、場所、及び成長するための空間の利用可能性、又は微生物が付着することができる物理的構造であってもよい。例えば、宿主の食事は、ＧＩ管フローラを形作ることに関与する。
【０００３】
[0003]微生物叢モジュレーションにより宿主免疫系を利用することは、免疫記憶と関連した有益性の永続性を伴って、正常組織への害を限定しながら腫瘍細胞を特異的に標的にする宿主免疫系を利用する潜在性があるので、癌の治療のための有望な手法となる。この手法に対する熱意は、特に免疫阻害経路、例えばＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１経路を遮断する抗体を用いた最近の臨床的成功によって拍車がかかっている（Ｈｏｄｉら、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６３：７１１〜７２３（２０１０）；Ｈａｍｉｄら、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９：１３４〜１４４（２０１３）；参照により文献全体として本明細書に組み入れられる）。初期のデータは、これら免疫療法に対する臨床応答が、ベースライン時に腫瘍微小環境で進行中の内因性Ｔ細胞応答の証拠を示す患者においてより高頻度であることを示した（Ｔｕｍｅｈら、Ｎａｔｕｒｅ  ５１：５６８〜５７１（２０１４）；Ｓｐｒａｎｇｅｒら、Ｓｃｉ  Ｔｒａｎｓｌ  Ｍｅｄ  ５：２００ｒａ１１６（２０１３）；Ｊｉら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ：ＣＩＩ  ６１、１０１９〜１０３１（２０１２）；Ｇａｊｅｗｓｋｉら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｊ  １６：３９９〜４０３（２０１０）；参照により文献全体として本明細書に組み入れられる）。しかしながら、多くの癌療法は効力が限定されており、これらの治療から恩恵を受け得る患者の域を広げる必要性がある。いくつかの因子、例えば喫煙歴、糖尿病、肥満、及び腫瘍サイズは、癌治療の効力に影響し得る。個体の微生物叢は、効力に影響する因子であり得ることが示唆されている。
【０００４】
[0004]糞便移植及び一部の個体種は、単一治療として又は他の癌治療との補助療法として、ある特定の癌に罹患している患者に対する治療として提案されている。しかしながら、糞便移植は、一般的に、例えば一貫した産物を産生することの難しさ、宿主間で感染性又はアレルギー性作用物質を伝染させる潜在性、及び糞便ドナー間の変動性が理由で、最終手段の手順である。単独で又は他の癌治療法、例えばチェックポイント阻害剤との組み合わせで抗腫瘍活性をもたらすために使用され得る、糞便ドナー及び／又は規定の微生物叢組成物を選択する改善された方法の必要性がある。
［発明の概要］
【０００５】
[0005]１つの態様において、潜在的ドナーの微生物叢が、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）及びフラボニフラクタープラウティ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）の最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である１つ又は複数の種に属する、すなわち、本明細書において定義されるようにそれらの種がルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の科に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、免疫チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る糞便物質のドナーを同定するための方法が提供される。
【０００６】
[0006]別の態様において、潜在的ドナーの微生物叢が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る糞便物質のドナーを同定するための方法が提供される。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【０００７】
[0007]別の態様において、潜在的ドナーの微生物叢が、ユーバクテリウムシラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、クロストリジウムレプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、サブドリグラヌルムバリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、クロストリジウムメチルペントーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、シュードフラボニフラクターカピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、エタノリゲネンスハルビネンス（Ｅｔｈａｎｏｌｉｇｅｎｅｎｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｅ）（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、オシリバクタールミナンティウム（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、クロストリジウムスポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、ルミノコッカスカリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカスフラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｊｅｄｄａｈｅｎｓｅ）、クロストリジウムビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ  ｄｅｓｍｏｌａｎｓ）、ルミノコッカスビサーキュランス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｉｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス（Ｒｕｔｈｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｏｒｍａｎｓ）、クロストリジウムホセエンシス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｈｏｃｅｅｎｓｉｓ）、インテスティニモナスマシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、アナエロマシリバシラスセネガレンシス（Ａｎａｅｒｏｍａｓｓｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス（Ｂｉｔｔａｒｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ブチリシコッカスポルコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｏｒｃｏｒｕｍ）、アクタリバクタームリス（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス（Ｍｏｎｏｇｌｏｂｕｓ  ｐｅｃｔｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス（Ｎｅｇｌｅｃｔａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、アナエロツルンカスルビインファンティス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｒｕｂｉｉｎｆａｎｔｉｓ）、マシリオクロストリジウムコリ（Ｍａｓｓｉｌｉｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉ）、アンゲラキセラマシリエンシス（Ａｎｇｅｌａｋｉｓｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロバクターターミティディス（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、ネガティビバシラスマシリエンシス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、マシリマリエマシリエンシス（Ｍａｓｓｉｌｉｍａｌｉａｅ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、インテスティニバシラスマシリエンシス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｐｒｏｓｔａｎｏｌｉｇｅｎｅｓ）、プロベンシバクテリウムマシリエンシス（Ｐｒｏｖｅｎｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、パピリバクターシンナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウムメルデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｒｄａｅ）、マラスミトランカスマシリエンシス（Ｍａｒａｓｍｉｔｒｕｎｃｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、マシリマリエチモネンシス（Ｍａｓｓｉｌｉｍａｌｉａｅ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、ピグマイオバクターマシリエンシス（Ｐｙｇｍａｉｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、クロストリジウムミニホミネ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｉｎｉｈｏｍｉｎｅ）、ネオビタレラマシリエンシス（Ｎｅｏｂｉｔａｒｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｅａｆｅｒｒｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、クロストリジウムセルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス（Ｆｏｕｒｎｉｅｒｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム（Ａｎａ���ｒｏｆｉｌｕｍ）種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユ（Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ）Ｐ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る糞便物質のドナーを同定するための方法が提供される。
【０００８】
[0008]別の態様において、潜在的ドナーの微生物叢が、本明細書において定義されるクレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数に属する細菌の１つ又は複数の株を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る糞便物質のドナーを同定するための方法が提供される。
【０００９】
[0009]一部の態様において、同定されたドナー由来の糞便材料は、例えば糞便微生物叢移植において、或いはそのような材料に由来する加工形態、例えば栄養型及び／又は胞子型の状態にあるフィルミクテス門（例えば、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、又は胞子形成体）に富む調製物において使用され得る。
【００１０】
[0010]別の態様において、本明細書において記載される方法を使用して同定されたドナーから得られた糞便物質に由来する治療用組成物が提供される。
【００１１】
[0011]別の態様において、本明細書において記載される方法を使用して同定されたドナーから得られた糞便物質に由来する治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。
【００１２】
[0012]別の態様において、供与糞便物質が、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る供与糞便物質を同定するための方法が提供される。
【００１３】
[0013]別の態様において、潜在的ドナーの微生物叢が、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る供与糞便物質を同定するための方法が提供される。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【００１４】
[0014]別の態様において、供与糞便物質が、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る供与糞便物質を同定するための方法が提供される。
【００１５】
[0015]別の態様において、供与糞便物質が、本明細書において定義されるクレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数に属する細菌の１つ又は複数の株を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る供与糞便物質を同定するための方法が提供される。
【００１６】
[0016]一部の態様において、同定された供与糞便物質由来の糞便材料は、例えば糞便微生物叢移植において、或いはそのような材料に由来する加工形態、例えば栄養型及び／又は胞子型の状態にあるフィルミクテス門（例えば、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、又は胞子形成体）に富む調製物において使用され得る。
【００１７】
[0017]別の態様において、本明細書において記載される方法を使用して同定された供与糞便物質に由来する治療用組成物が提供される。
【００１８】
[0018]別の態様において、本明細書において記載される方法を使用して同定された供与糞便物質に由来する治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。
【００１９】
[0019]１つの態様において、ルミノコッカス科の科、例えばルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、又は４つに属する細菌を含んでもよい。
【００２０】
[0020]別の態様において、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、細菌は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する。一部の実施形態において、治療用組成物は、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコ���カス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含んでもよい。
【００２１】
[0021]一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。別の態様において、アリスティペス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数に属する細菌を含んでもよい。
【００２２】
[0022]別の態様において、アリスティペスセネガレンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、バルネシエラインテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、バクテロイデスドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、ビフィドバクテリウムビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウムロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、オドリバクタースプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、ユーバクテリウム＿ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿ｂｉｆｏｒｍｅ）、パラバクテロイデスディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。
【００２３】
[0023]１つの態様において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、又は４つに属する細菌を含んでもよい。
【００２４】
[0024]別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数に属する細菌を含んでもよい。
【００２５】
[0025]別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。
【００２６】
[0026]一部の実施形態において、治療用組成物は抗癌剤をさらに含む。一部の実施形態において、抗癌剤はチェックポイント阻害剤である。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせから選択される。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ−Ａ１０１０、又はその組み合わせから選択される。一部の実施形態において、抗癌剤はシクロホスファミドである。
【００２７】
[0027]一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の各単離集団は、少なくとも約１×１０２生存コロニー形成単位の濃度で組成物に存在する。一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の各単離集団は、約１×１０２〜１×１０９生存コロニー形成単位の濃度で組成物に存在する。
【００２８】
[0028]一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の単離集団の一部は胞子形成細菌を含む。一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の単離集団の一部は胞子型の状態にある。
【００２９】
[0029]一部の実施形態において、治療用組成物は、薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、腸への送達のために製剤化されている。一部の実施形態において、治療用組成物は腸溶コートされている。一部の実施形態において、治療用組成物は、経口投与のために製剤化されている。一部の実施形態において、治療用組成物は、食物又は飲料内に製剤化されている。
【００３０】
[0030]一部の実施形態において、治療用組成物は、動物モデルにおいて腫瘍成長の速度を低下させ得る。
【００３１】
[0031]１つの態様において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、又は４つに属する細菌を含んでもよい。
【００３２】
[0032]別の態様において、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。一部の実施形態において、細菌は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する。一部の実施形態において、治療用組成物は、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含んでもよい。
【００３３】
[0033]一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。
【００３４】
[0034]一部の実施形態において、組成物は、複数回投与のために製剤化されている。一部の実施形態において、組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、又は８回の投与のために製剤化されている。
【００３５】
[0035]一部の実施形態において、細菌の精製集団は、少なくとも２つの属又は種由来の細菌を含み、２つの細菌の比は１：１である。一部の実施形態において、細菌の精製集団は、少なくとも、多くとも、又は正確に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１４、１６、２０、３０、４０、又は５０個（又は、その中で導き出せる任意の値域）の異なる科、属、又は種の細菌由来の細菌を含む。一部の実施形態において、組成物に存在する一方の科、属、又は種の細菌の、もう一方の科、属、又は種の細菌に対する比は、少なくとも、多くとも、又は正確に１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、１：９５、１：１００、１：１５０、１：２００、１：２５０、１：３００、１：３５０、１：４００、１：４５０、１：５００、１：６００、１：７００、１：８００、１：９００、１：１０００、１：１５００、１：２０００、１：２５００、１：３０００、１：３５００、１：４０００、１：４５００、１：５０００、１：１５５０、１：６０００、１：６５００、１：７０００、１：７５００、１：８０００、１：８５００、１：９０００、１：９５００、１：１００００、１：１２００、１：１４０００、１：１６０００、１：１８０００、１：２００００、１：３００００、１：４００００、１：５００００、１：６００００、１：７００００、１：８００００、１：９００００、及び１：１０００００（又は、その中で導き出せる任意の値域）である。
【００３６】
[0036]本開示の組成物は、本明細書において記載される１つ又は複数の細菌の属又は種を除外してもよく、或いは１×１０６、１×１０５、１×１０４、１×１０３、若しくは１×１０２個細胞未満又は生存ＣＦＵ（又は、その中で導き出せる任意の値域）の本明細書において記載される細菌の１つ又は複数を含んでもよい。
【００３７】
[0037]別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数に属する細菌を含んでもよい。
【００３８】
[0038]別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。
【００３９】
[0039]１つの態様において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、又は４つに属する細菌を含んでもよい。
【００４０】
[0040]別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数に属する細菌を含んでもよい。
【００４１】
[0041]別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の精製集団の有効量を含む治療用組成物を対象に投与するステップを含む、哺乳類対象における癌を治療する方法が提供される。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。
【００４２】
[0042]一部の実施形態において、癌を治療する方法において使用される治療用組成物は、抗癌剤をさらに含む。一部の実施形態において、抗癌剤はチェックポイント阻害剤である。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせから選択される。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ−Ａ１０１０、又はその組み合わせから選択される。一部の実施形態において、抗癌剤はシクロホスファミドである。
【００４３】
[0043]方法の一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の各単離集団は、少なくとも約１×１０２生存コロニー形成単位の濃度で組成物に存在する。方法の一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の各単離集団は、約１×１０２〜１×１０９生存コロニー形成単位の濃度で組成物に存在する。
【００４４】
[0044]方法の一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の単離集団の一部は胞子形成細菌を含む。方法の一部の実施形態において、治療用組成物における細菌の単離集団の一部は胞子型の状態にある。
【００４５】
[0045]方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、薬学的に許容できる賦形剤をさらに含む。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、腸への送達のために製剤化されている。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は腸溶コートされている。一部の実施形態において、治療用組成物は、経口投与のために製剤化されている。方法の一部の実施形態において、治療用組成物は、食物又は飲料内に製剤化されている。
【００４６】
[0046]方法の一部の実施形態において、哺乳類対象はヒトである。
【００４７】
[0047]方法の一部の実施形態において、癌は、転移性黒色腫、皮膚の黒色腫、非小細胞肺癌、腎臓癌、膀胱癌、頭頸部癌、メルケル細胞皮膚癌（メルケル細胞癌腫）、又はホジキンリンパ腫から選択される。
【００４８】
[0048]方法の一部の実施形態において、細菌の単離集団の投与前に、対象は、抗生物質治療及び／又は腸管洗浄に供される。
【００４９】
[0049]１つの態様において、哺乳類対象が抗癌治療の候補者であるかどうかを同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【００５０】
[0050]別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である１つ又は複数の種に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の種に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【００５１】
[0051]別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ��、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の種に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【００５２】
[0052]別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。微生物叢サンプルを得る方法において、一部の場合には、微生物叢サンプルは糞便サンプルから得られる。一部の場合には、微生物叢サンプルは粘膜生検によって得られる。
【００５３】
[0053]別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。別の態様において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。微生物叢サンプルを得る方法において、一部の場合には、微生物叢サンプルは糞便サンプルから得られる。一部の場合には、微生物叢サンプルは粘膜生検によって得られる。
【００５４】
[0054]別の態様において、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態において、細菌は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する。別の態様において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス���ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マ���セイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む微生物叢サンプルを有すると判定された対象に抗癌治療を投与するステップを含む、癌を治療する方法が本明細書において提供される。
【００５５】
[0055]別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。一部の実施形態において、細菌は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウ���ホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ０００���１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法である。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法である。別の態様において、対象由来のサンプルにおいて、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法が本明細書において提供される。
【００５６】
[0056]一部の実施形態において、方法は、微生物叢プロファイルを対照微生物叢と比較するステップをさらに含む。一部の実施形態において、対照微生物叢は、抗癌治療に対して応答者であると判定された対象由来の微生物叢サンプルを含む。一部の実施形態において、対照微生物叢は、抗癌治療に対して非応答者であると判定された対象由来の微生物叢サンプルを含む。
【００５７】
[0057]抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法の一部の実施形態において、対象は、チェックポイント阻害剤抗癌治療の候補者であると判定される。抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法の一部の実施形態において、対象は、シクロホスファミド抗癌治療の候補者であると判定される。
【００５８】
[0058]抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法の一部の実施形態において、哺乳類対象はヒトである。
【００５９】
[0059]抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法の一部の実施形態において、癌は、転移性黒色腫、皮膚の黒色腫、非小細胞肺癌、腎臓癌、膀胱癌、頭頸部癌、メルケル細胞皮膚癌（メルケル細胞癌腫）、又はホジキンリンパ腫から選択される。
【００６０】
[0060]一部の実施形態において、対象は、癌を以前に治療されている。一部の実施形態において、対象は、以前の治療に対して非応答者であると判定されている。一部の実施形態において、対象は、以前の治療に対して毒性応答を有すると判定されている。一部の実施形態において、以前の治療は、免疫チェックポイント遮断単独療法又は組み合わせ療法を含む。一部の実施形態において、癌は再発癌である。一部の実施形態において、対象は、先行する抗癌療法を受けていない。
【００６１】
[0061]１つの態様において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、及びサブドリグラヌルムの属のうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６２】
[0062]別の態様において、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である１つ又は複数の種に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の種に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。別の態様において、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細���ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の種に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６３】
[0063]別の態様において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、及びパラバクテロイデスの属のうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、及びパラバクテロイデスの属のうちの１つ又は複数に属する細菌の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６４】
[0064]別の態様において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、及びパラバクテロイデスディスタソニスの細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、及びパラバクテロイデスディスタソニスの細菌種の単離集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６５】
[0065]１つの態様において、表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の３つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の４つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６６】
[0066]１つの態様において、表１Ａに列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１Ｂに列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１０に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１１に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６７】
[0067]別の態様において、表１Ａに列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１Ｂに列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１０に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。別の態様において、表１１に列挙される種の２つ以上に属する細菌の精製集団の有効量を含む治療用組成物が提供される。
【００６８】
[0068]本発明の１つの実施形態に関して述べられる任意の限定を、本発明の他の任意の実施形態に適用してもよいことが具体的に企図される。さらに、本発明の任意の組成物を本発明の任意の方法において使用してもよく、本発明の任意の方法を使用して、本発明の任意の組成物を産生してもよい又は利用してもよい。実施例において明記される一実施形態の態様は、本発明の概要、実施形態の詳細な説明、特許請求の範囲、及び図の凡例の説明など、異なる実施例における他の箇所又は本出願における他の箇所で述べられる実施形態の背景において実行されてもよい実施形態でもある。
【００６９】
[0069]本発明の他の目的、特質、及び利点は、以下の詳細な説明から明白になるであろう。しかしながら、詳細な説明及び具体的な実施例は、本発明の好ましい実施形態を示してはいるものの、本発明の精神及び範囲の内で様々な変化及び改変がこの詳細な説明から当業者に明白になるであろうことから、単に例示として与えられる。
【００７０】
[0070]以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本発明のある特定の態様をさらに実証するために含まれる。本発明は、本明細書において提示される具体的な実施形態の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の１つ又は複数を参照することによってよりよく理解されることができる。
【図面の簡単な説明】
【００７１】
【図１】１６Ｓアルファ多様性。図は、応答者及び非応答者患者における微生物叢の、観察された、シャノン（Ｓｈａｎｎｏｎ）、及び逆シンプソン（Ｉｎｖｅｒｓｅ  Ｓｉｍｐｓｏｎ）１６Ｓアルファ多様性スコアを示したプロットである。エラーバーはスコアの分布を表す。応答者（各パネル内の左の棒）；非応答者（各パネル内のｌの棒）。外れ値が存在する場合、外れ値は個々の点として示されており、その他の点で、ボックスはデータの第１から第３四分位数に伸び、データの長さに伸びるヒゲを有する。外れ値は、第１四分位数−１．５＊ＩＱＲ（「四分位範囲」、例えば第１〜第３四分位数の間の距離）、又は第３四分位数＋１．５＊ＩＱＲの外側にある点として定義される。
【図２】優勢度分析。図は、差異的１６Ｓ  ｒＤＮＡ優勢度結果のボルケーノプロットである。優勢度が有意に差異的であるＯＴＵ／属が長方形ラベルで印付けされている（ｐ−値≦０．１０、フィッシャーの正確検定）。
【図３】ブレイ−カーティス（Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ）ベータ多様性を示したプロットである。ヒトマイクロバイオームプロジェクト（ＨＭＰ）によって収集された健常ドナー由来のおよそ２００個のサンプルを使用してバックグラウンドサンプルのセットを作出して、収集されたＷＭＳデータと比較した。ＷＭＳ及びＨＭＰデータにわたるブレイ−カーティス非類似性を多次元尺度（ＭＤＳ）形式で表し、線形判別分析（ＬＤＡ）を使用して、応答者及び非応答者サンプルを分離する分類線を作出した。
【図４】ブレイ−カーティスベータ多様性に重ね合わせた種データを示したプロットである。サンプルからの個々の種データを、図３のＭＤＳプロット上にマッピングした。丸で囲まれた種は、ルミノコッカス科の全メンバーであり、これらのデータは、ルミノコッカス科が応答者と関連することを実証している。
【図５】バクテロイデス綱の相対存在量がチェックポイント療法に対する応答とどのように関連するかを示したグラフである。サンプルは、相対存在量を減少させることによって順序付けされている。応答者サンプルからのデータは灰色で示されており、一方で非応答者は黒色で示されている。カットオフ（破線）は、１００％の特異度を維持しながら、感度を最大限に高める。
【図６】ルミノコッカス科のクレードに基づく定義が系統発生的関係性をより正確に表すことを実証した、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列から導き出されたルミノコッカス科の系統樹である。ＮＣＢＩにおいてルミノコッカス科として分類された分類群は黒色であり；他の科における分類群は灰色である。ＮＣＢＩに基づく分類は、系統発生と明らかに一致しない。ここで、内部クレードシステム（クレード１４、６１、１０１、１２５、及び１３１）に基づくルミノコッカス科の定義は、系統発生と一致する。クレード１３は、残りのルミノコッカス科と非常に分岐するため除外された。
【図７】ルミノコッカス科のクレードに基づく相対存在量が、チェックポイント療法に対する応答と関連することを示したグラフである。サンプルは、相対存在量を減少させることによって順序付けされている。応答者は灰色で示されており、一方で非応答者は黒色で示されている。より多くの数のルミノコッカス科の種がクレードに基づく定義によって検出され、サンプルあたりより高い存在量をもたらしたため、閾値は、ルミノコッカス科のＮＣＢＩに基づく定義を用いた９．５％から、クレードに基づく定義を用いた１２％に増加した。閾値は、１００％の特異度を維持しながら、感度を最大限に高めるように選定された。
【図８】バクテロイデス綱クレードに基づく存在量とともに、ルミノコッカス科クレードに基づく存在量の分布を示したプロットである。応答者の８０パーセントが、左下の象限から外れる。
【図９】チェックポイント療法に対する応答の予測因子としての、組み合わせデータセット（ｎ＝１１２）におけるルミノコッカス科クレードに基づく相対存在量に対する受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線のプロットである。
【図１０】組み合わせデータセット（ｎ＝１１２）におけるルミノコッカス科クレードに基づく存在量の分布のプロットである。全非応答者の７２パーセントは点線の左にあり（＜１２％ルミノコッカス科）、一方で全応答者の６８％は線の右にある（≧１２％ルミノコッカス科）。バクテロイデス綱相対存在量は、サンプルの視覚的分離を可能にするようにプロットされている。
【図１１】チェックポイント療法に対する応答の予測因子としての、安定（ｓｔａｂｌｅ  ｄｉｓｅａｓｅ）の患者を除外した組み合わせデータセット（ｎ＝８５）におけるルミノコッカス科クレードに基づく相対存在量に対するＲＯＣ曲線のプロットである。
【詳細な説明】
【００７２】
[0082]Ｉ．定義
本明細書において使用するとき、「又は」及び「及び／又は」という用語は、互いと組み合わせた又は互いを除外した複数の構成要素を記載するために利用される。例えば、「ｘ、ｙ、及び／又はｚ」は、「ｘ」のみ、「ｙ」のみ、「ｚ」のみ、「ｘ、ｙ、及びｚ」、「（ｘ及びｙ）又はｚ」、「ｘ又は（ｙ及びｚ）」、又は「ｘ又はｙ又はｚ」を指し得る。ｘ、ｙ、又はｚは、実施形態から特異的に除外されてもよいことが具体的に企図される。
【００７３】
[0083]本出願を通じて、「約」という用語は、値を決定するために採用されている装置又は方法に対する誤差の標準偏差を値が含むことを示すために、細胞生物学の領域におけるその用語の単純で且つ普通の意味に従って使用される。
【００７４】
[0084]「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、又は「によって特徴付けされる」と同義である「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、内包的であり又は無制限であり、付加的な、挙げられていない要素又は方法ステップを除外しない。「からなる」という語句は、指定されていないいかなる要素、ステップ、又は成分をも除外する。「から本質的になる」という語句は、記載される対象物の範囲を、指定される材料又はステップに、並びに対象物の基本的な及び新規な特徴に実質的に影響を及ぼさないものに限定する。「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語の文脈において記載される実施形態は、「からなる」又は「から本質的になる」という用語の文脈においても実行されてもよいことが企図される。「微生物叢」とは、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を含めた、個体の身体の中又は上で持続的に及び一過性に生活する微生物の群落を指す。
【００７５】
[0085]「ディスバイオシス」とは、生態学的ネットワークの通常の多様性及び／又は機能が崩壊している、粘膜又は皮膚表面を含めたＧＩ管又は他の身体領域の微生物相又は微生物叢の状態を指す。微生物相の好ましい（例えば、理想的な）状態からの任意の崩壊は、たとえそのようなディスバイオシスが健康の検出可能な減少をもたらさないとしても、ディスバイオシスと考えられ得る。ディスバイオシスのこの状態は不健康であることがあり、この状態はある特定の条件下でのみ不健康であることがあり、又はこの状態は対象がより健康になるのを妨げることがある。ディスバイオシスは、多様性の減少、１つ又は複数の病原体又は病原性共生生物の異常増殖、ある特定の遺伝的及び／又は環境的条件が患者に存在する場合にのみ疾患を引き起こし得る共生生物、或いはもはや宿主に有益な機能を提供せず、それ故もはや健康を促進しない生態学的ネットワークへのシフトに起因することがある。
【００７６】
[0086]「胞子」又は「胞子」の集団は、一般的に生存能力があり、同じ細菌の栄養型よりも熱及び殺菌剤などの環境的影響に対して抵抗性が高く、典型的に発芽及び伸長する能力がある細菌（又は他の単細胞生物）を含む。「胞子形成体」又は「胞子を形成し得る」細菌は、適切な環境条件下で胞子を産生するための遺伝子及び他の必要な特質を含有する細菌である。
【００７７】
[0087]細菌又は他の任意の生物若しくは実体に関連した「病原体」、「病原性共生生物」、及び「病原性」という用語は、生物又は実体を含有する宿主生物の疾患、障害、又は病状を引き起こし得る又は影響を及ぼし得る任意のそのような生物又は実体を含む。
【００７８】
[0088]「単離した」という用語は、（１）細菌又は他の実体若しくは物質が最初に産生されたときに（天然において又は実験的設定においてにかかわらず）付随していた構成要素の少なくとも一部から単離されている、及び／又は（２）人間の手によって産生されている、調製されている、精製されている、及び／又は製造されている、細菌又は他の実体若しくは物質を包含する。単離された細菌は、細菌が最初に付随していた他の構成要素の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％超から分離されていてもよい。一部の実施形態において、単離された細菌は、約８０％を上回って、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％を上回って純粋である。本明細書において使用するとき、物質が他の構成要素を実質的に含んでいない場合、物質は「純粋」である。「純度」、「精製すること」、及び「精製された」という用語は、細菌若しくは他の材料が最初に産生された若しくは作出されたときに（例えば、天然において又は実験的設定においてにかかわらず）、又は細菌若しくは他の材料の最初の産生後の任意の時間の間に付随していた構成要素の少なくとも一部から単離されている細菌又は他の材料を指す。細菌又は細菌集団を含有する材料又は環境からなど、細菌又は細菌集団が産生時又は産生後に単離される場合、細菌又は細菌集団は精製されたと考えられてもよく、精製された細菌又は細菌集団は、最高で約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％を超えて他の材料を含有してもよく、なおも「単離された」と考えられてもよい。一部の実施形態において、精製された細菌及び細菌集団は、約８０％を上回って、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％を上回って純粋である。本明細書において提供される細菌組成物の例において、組成物に存在する１つ又は複数の細菌タイプは、当該細菌タイプを含有する材料又は環境において産生される及び／又は存在する１つ又は複数の他の細菌から独立的に精製され得る。細菌組成物及びその細菌構成要素は、一般的に、残存生息地産物から精製される。
【００７９】
[0089]病原体の「阻害」は、本発明の細菌組成物の任意の所望の機能又は活性の阻害を包含する。病原性細菌の成長の減少又は病原性細菌の定着のレベルの低下など、病原体阻害の実証が本明細書において提供され、そうでない場合にも当業者によって理解される。病原性細菌の「成長」の阻害は、病原性細菌のサイズの増加を阻害すること及び／又は病原性細菌の増殖（又は増倍）を阻害することを含んでもよい。病原性細菌の定着の阻害は、処理の前及び後に病原体の量又は負荷を測定することによって実証されてもよい。「阻害」又は「阻害する」作用は、成長、増殖、定着、及び機能など、病原体の１つ又は複数の活性の全面的停止及び部分的低下を含む。
【００８０】
[0090]宿主生物の「定着」は、細菌又は他の微視的生物の一時的な（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、６日、又は１週間の）又は非一時的な（例えば、１週間よりも長く、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも６週間、少なくとも８週間、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも６ヶ月の）滞留を含む。本明細書において使用するとき、病原性細菌による宿主対象の胃腸管（又は他の任意の微生物相ニッチ）の「定着を低下させること」は、胃腸管における病原体の滞留時間の低下、並びに胃腸管の内腔における又は胃腸管の粘膜表面に付着した病原体の数（又は濃度）の低下を含む。付着性病原体の低下を測定することは、例えば生検サンプルによって実証されてもよく、内腔低下は間接的に、例えば哺乳類宿主の排泄物における病原性負荷を測定することによって間接的に測定されてもよい。
【００８１】
[0091]２つ以上の細菌の「組み合わせ」は、同じ材料若しくは産物における又は物理的に接続した産物における２つの細菌の物理的共存、並びに２つの細菌の時間的な共投与又は共局在を含む。
【００８２】
[0092]細菌の「細胞毒性」活性は、病原性細菌細胞又は株の近縁種など、別の細菌細胞を殺傷する能力を含む。細菌の「細胞増殖抑制」活性は、病原性細菌細胞など、細菌細胞の成長、代謝、及び／又は増殖を部分的に又は完全に阻害する能力を含む。
【００８３】
[0093]「非食用産物」を含んでいないことは、本明細書において提供される細菌組成物又は他の材料が、かなりの量の非食用産物、例えば、ヒト対象への投与、例えば経口投与に適した産物において食べられない、有害である、又は別様に非所望である産物又は材料を有しないことを意味する。
【００８４】
[0094]「微生物叢」とは、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を含めた、ヒト身体の中及び上で持続的に及び一過性に生活する微生物の群落の遺伝的内容物を指し、「遺伝的内容物」は、マイクロＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド、並びに他のすべてのタイプの遺伝情報など、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡを含む。
【００８５】
[0095]１タイプの細菌、例えば種の「増大」は、存在量についてのノンパラメトリック検定による組成物に存在しない種の増加した存在量の処理後検出によって特徴付けされる、本発明の組成物を用いた処理の効果である。
【００８６】
[0096]１タイプの細菌、例えば種の「生着」は、処理される対象の前処理において検出されない、投与される組成物由来の種の処理後検出によって特徴付けされる、本発明の組成物を用いた処理の効果である。検出の方法は当技術分野において公知である。１つの例において、方法は、ＰＣＲに対する標準的パラメーターを使用した１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列のＰＣＲ検出である。
【００８７】
[0097]「残存生息地産物」とは、ヒト又は動物の内又は上にある微生物相のための生息地に由来する材料を指す。例えば、微生物相は、糞便に、胃腸管に、皮膚自体に、唾液、気道の粘膜、又は尿生殖路の分泌物（すなわち、微生物群落と関連した生物学的物質）に住む。残存生息地産物を実質的に含んでいないとは、細菌組成物が、ヒト又は動物対象の上又は中の微生物環境と関連した生物学的物質をもはや含有せず、微生物群落と関連した任意の混入する生物学的物質を１００％含んでいない、９９％含んでいない、９８％含んでいない、９７％含んでいない、９６％含んでいない、又は９５％含んでいないことを意味する。残存生息地産物は、非生物的材料（不消化食物を含む）を含み得る、或いは残存生息地産物は、不要な微小生物及び／又は微小生物の断片を含み得る。残存生息地産物を実質的に含んでいないとは、細菌組成物が、ヒト又は動物由来の検出可能な細胞を含有しないこと、及び微生物細胞のみが検出可能であることも意味してもよい。１つの実施形態において、残存生息地産物を実質的に含んでいないとは、細菌組成物が、検出可能なウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）又はヒトウイルスを含む）、真菌、又はマイコプラズマ混入物質を含有しないことも意味してもよい。別の実施形態において、残存生息地産物を実質的に含んでいないとは、微生物細胞と比較して、細菌組成物における生存細胞の１×１０−２％、１×１０−３％、１×１０−４％、１×１０−５％、１×１０−６％、１×１０−７％、１×１０−８％未満がヒト又は動物であることを意味する。この純度の程度を達成する複数の手段が存在し、そのいずれも限定的ではない。故に、連続する単一コロニーからの反復（２回などであるが、２回に限定されるわけではない）ストリークが単一コロニー形態のみを示すまで、固体培地に単一コロニーまでストリークする複数回のステップにより所望の構成成分を単離することによって、混入を低下させることができる。代替的に、混入の低下は、複数回の１０倍連続希釈などによる、単一の所望の細胞への複数ラウンドの連続希釈（例えば、１０−８又は１０−９の希釈）によって達成され得る。混入の低下は、複数の単離されたコロニーが同様の細胞形状及びグラム染色挙動を有することを示すことによってさらに確認され得る。適度な純度を確認するための他の方法には、遺伝子分析（例えば、ＰＣＲ、ＤＮＡシーケンシング）、血清学及び抗原分析、酵素的及び代謝的分析、並びに所望の構成成分と混入物質とを区別する試薬を用いたフローサイトメトリーなどの機器を使用した方法が含まれる。
【００８８】
[0098]「系統樹」とは、規定されたセットの系統発生再構成アルゴリズム（例えば、パーシモニー、最大尤度、又はベイズ）を使用して作出される、一方の遺伝配列のもう一方のものに対する進化的関係性のグラフ表示を指す。樹における節は別個の祖先配列を表し、任意の節の信頼性は、分岐不確実性を測定する、ブートストラップ又はベイズの事後確率によって提供される。
【００８９】
[0099]「操作的分類単位（ＯＴＵ、複数のＯＴＵ）」とは、一部の実施形態において、系統樹における末端葉を指し、特異的な遺伝子配列及び種のレベルでこの配列と配列同一性を共有する全配列によって定義される。細菌の「タイプ」又は複数の「タイプ」は、ＯＴＵ又は複数の異なるＯＴＵを含み、細菌の株、種、属、科、又は目も包含する。特異的な遺伝子配列は、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列若しくは１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の一部分であってもよく、又は特異的な遺伝子配列は、真正細菌界にわたって広く見出される機能的に保存されたハウスキーピング遺伝子であってもよい。ＯＴＵは、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を共有する。ＯＴＵは、一般的に、生物間の配列を比較することによって定義される。９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの一部を形成しないと考えられる。一部の実施形態において、当技術分野において公知のメタゲノミクス法を使用して、種及び／又はＯＴＵを同定する。
【００９０】
[0100]「クレード」とは、系統樹における統計的に妥当な節の下流にある、系統樹のＯＴＵ又はメンバーのセットを指す。クレードは、共通祖先の系統発生的子孫のすべてを表す関連生物の群である。クレードは、別個の単一系統進化単位である、系統樹における末端葉のセットを含む。
【００９１】
[0101]「対象」又は「患者」という用語は、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリ）、及び家庭用ペット（例えば、イヌ、ネコ、齧歯類等）を含めた、任意の動物対象を指す。対象又は患者は健常であってもよく、胃腸病原体に起因した感染症に罹患していてもよく、胃腸病原体に起因した感染症を発症する若しくは他に伝染させる危険性があってもよい。
【００９２】
[0102]「病原性共生生物」という用語は、ある特定の遺伝的又は環境的因子に応答して、免疫媒介性の病態及び／又は疾患を誘発することがある、健常宿主に見出される特異的な細菌種を指す。Ｃｈｏｗら、（２０１１）Ｃｕｒｒ  Ｏｐ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｐａｔｈｏｂｉｏｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ａｎｄ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ．２３：４７３〜８０。故に、病原性共生生物は、後天的感染性生物とはメカニズム的に別個である病原体である。故に、「病原体」という用語は、後天的感染性生物及び病原性共生生物の両方を含む。
【００９３】
[0103]本明細書において使用するとき、「免疫調節因子」という用語は、免疫応答を調節する作用物質又はシグナル伝達経路（又はその構成要素）を指す。免疫応答を「調節すること」、「改変すること」、又は「モジュレートすること」は、免疫系又はそのような細胞の活性の任意の変更を指す。そのような調節は、様々な細胞タイプの数の増加若しくは減少、これらの細胞の活性の増加若しくは減少、又は免疫系内で生じ得る他の任意の変化によって明らかになることがある、免疫系の刺激又は抑制を含む。阻害性及び刺激性免疫調節因子の両方が同定されており、その一部は、癌微小環境における治療標的として増強した機能又は利用性を有することがある。
【００９４】
[0104]本明細書において使用するとき、「免疫回避」という用語は、癌／腫瘍の継続的な成長又は広がりを最大限に高める又は可能にするための、癌又は腫瘍細胞による対象の免疫系又はその構成要素（例えば、内因性Ｔ細胞応答）の阻害を指す。
【００９５】
[0105]本明細書において使用するとき、「免疫療法」という用語は、免疫応答を誘導する、増強する、抑制する、又は別様に改変することを含む方法による、疾患又は病状（例えば、癌）の治療又は予防を指す。
【００９６】
[0106]本明細書において使用するとき、「内因性免疫応答を強化すること」は、対象における既存の免疫応答の有効性又は効能を増加させることを意味する。この有効性及び効能の増加は、例えば内因性宿主免疫応答を抑制するメカニズムを克服することによって、又は内因性宿主免疫応答を増強するメカニズムを刺激することによって実現されることができる。
【００９７】
[0107]本明細書において使用するとき、「抗体」という用語は、抗体分子全体又はその断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、及びＦ（ａｂ’）２などの断片）を指し、抗体は、ポリクローナル又はモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体等であってもよい。
【００９８】
[0108]本明細書において使用するとき、「癌」とは、すべてのタイプの癌を意味する。特に、癌は、固形又は非固形癌であり得る。癌の非限定的な例は、乳房、前立腺、卵巣、肺、膵臓、又は結腸の癌、肉腫、リンパ腫、黒色腫、白血病、胚細胞癌、及び芽細胞腫など、癌腫又は腺癌である。
【００９９】
[0109]ＩＩ．本開示の方法
微生物叢操縦による癌の治療及び／又は予防のための組成物及び方法が本明細書において提供される。特に、対象における微生物叢（例えば、ＧＩ微生物叢）における細菌の量、同一性、存在、及び／又は比を操縦して、癌の治療を促す。さらに、本出願者らは、糞便におけるある特定の片利共生的な細菌、例えば片利共生的ルミノコッカス科、の存在量及び／又は優勢度を使用して、チェックポイント阻害剤に対する患者応答を改善し得る糞便ドナー及び／又は供与を同定し得ることを発見した。そのような個体由来の糞便材料は、例えば糞便微生物叢移植において、或いはそのような材料に由来する加工形態、例えば栄養型及び／又は胞子型の状態にあるフィルミクテス門（例えば、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、又は胞子形成体）に富む調製物において使用され得る。
【０１００】
[0110]本出願者らは、癌治療、例えばチェックポイント阻害剤を使用した治療の効力を増加させるのに有用である細菌種を同定した。一部の実施形態において、癌及び／又は腫瘍の治療又は再発の予防における内因性免疫応答、免疫療法、化学療法、又は他の治療（例えば、外科手術、放射線等）の有効性は、対象内の条件（例えば、腫瘍微小環境）に依存する。特に、対象内の微生物叢の同一性又は特徴（例えば、濃度又はレベル）は、癌治療（例えば、一般的又は特異的な治療）の有効性、及び／又は癌に対する対象自身の応答、例えば免疫応答の有効性に影響を及ぼし得る。
【０１０１】
[0111]一部の実施形態において、対象における細菌の１つ又は複数の種の存在又は増加したレベルは、癌及び／又は腫瘍細胞に対する、治療（例えば、免疫療法、化学療法等）及び／又は対象の内因性免疫応答を促す。一部の実施形態において、対象における細菌の１つ又は複数の種の非存在及び／又は減少したレベルは、癌／腫瘍成長、広がり、及び／又は治療／免疫応答の回避を阻止する。一部の実施形態において、対象における細菌の１つ又は複数の種の非存在又は減少したレベルは、癌及び／又は腫瘍細胞に対する、治療（例えば、免疫療法、化学療法等）及び／又は対象の内因性免疫応答を促す。
【０１０２】
[0112]一部の実施形態において、対象におけるある特定の微生物（例えば、癌治療を促す微生物）の存在は、癌の治療の助けとなる環境若しくは微小環境（例えば、微生物叢）を創出し、及び／又は癌／腫瘍成長を阻害する。一部の実施形態において、対象における有害な微生物（例えば、癌／腫瘍成長を促し及び／又は治療を妨げる微生物）の存在は、癌の治療の助けとなる環境若しくは微小環境（例えば、微生物叢）を創出し、及び／又は癌／腫瘍成長を阻害する。微生物若しくは微生物の産物は、腸上皮及び固有層のレベルで局所的に作用して、免疫学的な調子若しくは免疫細胞トラフィッキングを変更することがあり、又は微生物若しくは微生物の産物は、循環内への微生物若しくは微生物の産物の転移によって遠位で作用して、例えば血液、肝臓、脾臓、リンパ節、若しくは腫瘍における末梢免疫応答を変更することがある。
【０１０３】
[0113]ミクロフローラのレベル及び／又は同一性のモジュレーションは、有益な微生物（例えば、癌治療を促す微生物）の１つ若しくは複数の種の成長を助長すること若しくは促すこと、有害な微生物（例えば、癌／腫瘍成長を促し及び／又は治療を妨げる細菌の種）の１つ若しくは複数のタイプの成長を阻止する若しくは阻害すること、有益な微生物（例えば、癌治療を促す細菌の種）の１つ若しくは複数のタイプを対象に投与すること、及び／又はその組み合わせを含んでもよい。本明細書における範囲の内にある実施形態は、１つ又は複数の微生物を導入するための（例えば、プロバイオティック投与、糞便移植等）、有益な微生物の成長を助長するための（例えば、有益な微生物に対する成長条件へ対象内の環境を傾かせる作用物質を投与すること）、有害な微生物の成長を阻止する又は阻害するための（例えば、有害な微生物に対する成長条件から対象内の環境を傾かせる作用物質を投与すること、抗微生物物質（複数可）の投与等）、及びその組み合わせのためのメカニズムによって限定されない。
【０１０４】
[0114]一部の実施形態において、（例えば、胃腸微生物叢における）細菌の１つ又は複数の科、属、又は種の存在、量、又は相対比の操縦による癌の治療又は予防のための方法が提供される。一部の実施形態において、対象内の特定の細菌、真菌、及び／又は古細菌の存在、量、又は相対比を変更する。例えば、一部の実施形態において、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属由来の１つ又は複数の細菌の存在、量、又は相対比を操縦する。例えば、一部の実施形態において、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、又はパラバクテロイデスの属由来の１つ又は複数の細菌の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、又はパラバクテロイデスの属由来の１つ又は複数の細菌の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、パラバクテロイデス、又はサブドリグラヌルムの属由来の１つ又は複数の細菌の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、ブラウティア、クロストリジウム、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、フィーカリバクテリウム、フシカテニバクター（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｂａｃｔｅｒ）、ゲミガー、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、又はサブドリグラヌルムの属由来の１つ又は複数の細菌の存在、量、又は相対比を操縦する。
【０１０５】
[0115]一部の実施形態において、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する又は調整する。一部の実施形態において、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する又は調整する。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。一部の実施形態において、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィ���ミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する又は調整する。
【０１０６】
[0116]一部の実施形態において、方法は、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種の投与、評価、検出、又は１つ又は複数の細菌種の量又は相対比の判定を除外する。
【０１０７】
[0117]一部の実施形態において、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、又はパラバクテロイデスディスタソニスのうちの１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、又はパラバクテロイデスディスタソニスのうちの１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、ビフィドバクテリウムビフィダム、ブラウティア＿ＳＣ１０９、パラバクテロイデスディスタソニス、ゲミガーフォルミシリス、又はサブドリグラヌルムバリアビレのうちの１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する。一部の実施形態において、ブラウティア＿ＳＣ１０９、ゲミガーフォルミシリス、又はサブドリグラヌルムバリアビレ、コプロコッカスカツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ）、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、フシカテニバクターサッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）、ゲミガーフォルミシリス、サブドリグラヌルムバリアビレ、アナエロスティペスハドラス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）、ゲミガーフォルミシリス、又はサブドリグラヌルムバリアビレのうちの１つ又は複数の細菌種の存在、量、又は相対比を操縦する。
【０１０８】
[0118]ＩＩＩ．治療用組成物
一部の実施形態において、治療用組成物は、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも１、２、３、又は４つに属する細菌を含んでもよい。
【０１０９】
[0119]一部の実施形態において、治療用組成物は、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である１つ又は複数の細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、又は１０個を上回る数の種を含んでもよい。
【０１１０】
[0120]一部の実施形態において、治療用組成物は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する１つ又は複数の細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、又は１０個を上回る数の種を含んでもよい。一部の実施形態において、１つ又は複数の種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【０１１１】
[0121]一部の実施形態において、治療用組成物は、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、又は１０個を上回る数の種を含んでもよい。
【０１１２】
[0122]一部の実施形態において、治療用組成物は、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む単離及び／又は精製集団を除外してもよい。
【０１１３】
[0123]一部の実施形態において、治療用組成物は、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個に属する細菌を含んでもよい。
【０１１４】
[0124]一部の実施形態において、治療用組成物は、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも１、２、３、４、５、又は６つに属する細菌を含んでもよい。
【０１１５】
[0125]一部の実施形態において、治療用組成物は、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される属の少なくとも１、２、３、４、５、又は６つに属する細菌を含んでもよい。
【０１１６】
[0126]一部の実施形態において、治療用組成物は、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２個を含んでもよい。
【０１１７】
[0127]一部の実施形態において、治療用組成物は、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも１、２、３、４、５、又は６つを含んでもよい。
【０１１８】
[0128]一部の実施形態において、治療用組成物は、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数を含んでもよい。一部の実施形態において、治療用組成物は、列挙される種の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、又は８つを含んでもよい。
【０１１９】
[0129]一部の実施形態において、治療用組成物は、図６における系統樹に示されるクレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種のうちの１つ又は複数の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、クレード１０１は、フラボニフラクタープラウティ、クロストリジウムオルビスシンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム種ＮＭＬ＿０４Ａ０３２、シュードフラボニフラクターカピローサス、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、クロストリジウムビリデ、オシロスピラグイリエルモンディ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）、オシリバクター種＿Ｇ２、オシリバクターバレリシゲネス、スポロバクターターミティディス、及びパピリバクターシンナミボランス（Ｐａｐｌｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）の細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１４は、ルミノコッカス種＿１８Ｐ１３、ルミノコッカス種＿９ＳＥ５１、ルミノコッカスシャンパネレンシス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス、及びルミノコッカスアルブスの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１２６は、エタノリゲネンスハルビネンス、クロストリジウムセルロシ、アセトアナエロバクテリウムエロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、クロストリジウム種＿ＹＩＴ＿１２０７０、クロストリジウムメチルペントーサム、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、及びアナエロツルンカスコリホミニスの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード６１は、ユーバクテリウムシラエウム、サブドリグラヌルムバリアビレ、ゲミガーフォルミシリス、及びフィーカリバクテリウムプラウスニッツイの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１２５は、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、クロストリジウム種＿ＹＩＴ＿１２０６９、クロストリジウムスポロスフェロイデス、クロストリジウムレプタム、及びルミノコッカスブロミの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１３５は、ユーバクテリウムデスモランス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｓｍｏｌａｎｓ）、ブチリシコッカスプリセコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、又はその組み合わせの細菌種を含む。
【０１２０】
[0130]一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１０１の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１１個の種の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１４の１、２、３、４、５、又は６つの種の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１２６の１、２、３、４、５、６、又は７つの種の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード６１の１、２、３、又は４つの種の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１２５の１、２、３、４、又は５つの種の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１３５の１つ又は２つの種の有効量を含む。
【０１２１】
[0131]一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちのいずれか１つの一部であると判定される付加的な種を含んでもよい。当業者であれば、本明細書において記載される方法を含めた、当技術分野において公知の方法を使用して、種がクレードの一部であるかどうかを判定することができるであろう。
【０１２２】
[0132]一部の実施形態において、治療用組成物は、表１Ａ及び１Ｂに列挙される細菌種のうちの１つ又は複数の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。一部の実施形態において、治療用組成物は、表１１に列挙される細菌種のうちの１つ又は複数の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。他の実施形態において、治療用組成物は、表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、及び１１のいずれかに列挙される細菌種のうちの１つ又は複数の単離及び／又は精製集団の有効量を含む。
【０１２３】
[0133]一部の実施形態において、治療用組成物は、動物モデルにおいて腫瘍成長の速度を低下させ得る。一部の実施形態において、治療用組成物は、ヒト対象において腫瘍成長の速度を低下させ得る。一部の実施形態において、治療用組成物は、インビトロ細胞培養モデルにおいて腫瘍成長の速度を低下させ得る。一部の実施形態において、治療用組成物は、インサイチューモデルにおいて腫瘍成長の速度を低下させ得る。
【０１２４】
[0134]一部の実施形態において、癌を治療する方法は、治療用組成物からの属の組み合わせ及び／又は治療用組成物からの種の組み合わせを含めた、本明細書において列挙される治療用組成物のいずれかを使用してもよい。他の抗癌剤との組み合わせ治療を含めたこれらの治療の方法は、下記にさらに詳細に記載される。
【０１２５】
[0135]一部の実施形態において、治療用組成物における細菌は、種、操作的分類単位（ＯＴＵ）、ゲノム配列全体、又は細菌の種々のタイプを定義するための当技術分野において公知の他の方法によって同定されてもよい。
【０１２６】
[0136]細菌組成物は、２種のタイプの細菌（「２成分組み合わせ」又は「２成分ペア」と称される）、又は２種を上回るタイプの細菌を含んでもよい。３種のタイプの細菌を含む細菌組成物は、「３成分組み合わせ」と称される。例えば、細菌組成物は、種若しくは操作的分類単位（ＯＴＵ）によって定義される、又はそうでなければ本明細書において提供されるように定義される、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、若しくは少なくとも２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、若しくは少なくとも４０、少なくとも５０種、又は５０種を上回るタイプの細菌を含んでもよい。
【０１２７】
[0137]別の実施形態において、細菌組成物に存在する細菌のタイプの数は、既知の値にある又は既知の値を下回る。例えば、そのような実施形態において、細菌組成物は、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、又は１０種以下、又は９種以下のタイプの細菌、８種以下のタイプの細菌、７種以下のタイプの細菌、６種以下のタイプの細菌、５種以下のタイプの細菌、４種以下のタイプの細菌、又は３種以下のタイプの細菌など、５０種以下のタイプの細菌を含む。別の実施形態において、細菌組成物は、２種〜多くて４０種、２種〜多くて３０種、２種〜多くて２０種、２種〜多くて１５種、２種〜多くて１０種、又は２種〜多くて５種のタイプの細菌を含む。
【０１２８】
[0138]第１のタイプ及び第２のタイプが、本明細書において列挙される属又は種から独立的に選定される、単離された細菌の少なくとも１種のタイプを含む、本明細書において記載される方法において有用な細菌組成物を調製してもよい。別の実施形態において、第１及び／又は第２のＯＴＵは、１６Ｓ配列の可変領域（Ｖ１〜Ｖ９）のうちの１つ又は複数によって特徴付けされてもよい。細菌におけるこれらの領域は、命名法のＥ．コリ（Ｅ．  ｃｏｌｉ）システムに基づく番号付けを使用して、それぞれヌクレオチド６９〜９９、１３７〜２４２、４３３〜４９７、５７６〜６８２、８２２〜８７９、９８６〜１０４３、１１１７〜１１７３、１２４３〜１２９４、及び１４３５〜１４６５によって定義される。（例えば、Ｂｒｏｓｉｕｓら、Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ａ  １６Ｓ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ７５（１０）：４８０１〜４８０５（１９７８））。一部の実施形態において、Ｖ１、Ｖ２、Ｖ３、Ｖ４、Ｖ５、Ｖ６、Ｖ７、Ｖ８、及びＶ９領域のうちの少なくとも１つを使用してＯＴＵを特徴付けする。１つの実施形態において、Ｖ１、Ｖ２、及びＶ３領域を使用してＯＴＵを特徴付けする。別の実施形態において、Ｖ３、Ｖ４、及びＶ５領域を使用してＯＴＵを特徴付けする。別の実施形態において、Ｖ４領域を使用してＯＴＵを特徴付けする。
【０１２９】
[0139]本開示の方法は、治療用作用物質及び組成物の組み合わせの投与を含む。療法は、当技術分野において公知の任意の適切な手段で投与されてもよい。例えば、療法は、逐次的に（異なる時点で）又は同時に（同じ時点で）投与されてもよい。一部の実施形態において、療法は別々の組成物の状態にある。一部の実施形態において、療法は同じ組成物の状態にある。
【０１３０】
[0140]療法、例えば「Ａ」と呼ばれる１つの療法又は組成物及び「Ｂ」と呼ばれる別の療法又は組成物、の様々な組み合わせを採用してもよい。
A/B/A  B/A/B  B/B/A A/A/B  A/B/B  B/A/A  A/B/B/B  B/A/B/B
B/B/B/A  B/B/A/B  A/A/B/B A/B/A/B  A/B/B/A  B/B/A/A
B/A/B/A  B/A/A/B  A/A/A/B B/A/A/A  A/B/A/A  A/A/B/A
【０１３１】
[0141]本開示の療法及び組成物は、投与の同じ経路によって又は投与の異なる経路によって投与されてもよい。一部の実施形態において、療法は、結腸内に（ｉｎｔｒａｃｏｌｏｎｉｃａｌｌｙ）、静脈内に、筋肉内に、皮下に、局部的に、経口で、経皮的に、腹腔内に、眼窩内に、埋め込みによって、髄腔内に、脳室内に、又は鼻腔内に投与される。一部の実施形態において、微生物モジュレーターは、静脈内に、筋肉内に、皮下に、局部的に、経口で、経皮的に、腹腔内に、眼窩内に、埋め込みによって、髄腔内に、脳室内に、又は鼻腔内に投与される。
【０１３２】
[0142]一部の実施形態において、本開示の組成物は、ヒトに投与される実施形態の微生物モジュレーター組成物の、細菌の少なくとも１つの単離若しくは精製集団のそれぞれ、又は細菌の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、若しくは１５個の単離若しくは精製集団のそれぞれの、治療上有効な又は十分な量で投与され、それは少なくとも約１×１０３生存コロニー形成単位（ＣＦＵ）の細菌、又は少なくとも約１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５生存ＣＦＵ（又は、その中で導き出せる任意の値域）であろう。一部の実施形態において、単回用量は、指定される細菌の少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５、又は１×１０１５を上回る生存ＣＦＵの細菌（本明細書において記載される特異的な細菌、又は種、属、若しくは科など）の量を含有するであろう。一部の実施形態において、単回用量は、全細菌の少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５、又は１×１０１５を上回る生存ＣＦＵ（又は、その中で導き出せる任意の値域）を含有するであろう。具体的な実施形態において、細菌は、胞子型の状態で又は胞子形成細菌として提供される。特定の実施形態において、細菌の、例えばそれぞれの種、亜種、又は株の各単離又は精製集団の胞子の濃度は、組成物のグラムあたり又は投与される用量あたり、少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５個、又は１×１０１５個を上回る（又は、その中で導き出せる任意の値域）生存細菌胞子である。一部の実施形態において、組成物は又は方法は、少なくとも、多くとも、又は正確に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０個（又は、その中で導き出せる任意の値域）の異なる細菌種、異なる細菌属、又は異なる細菌科を含む。
【０１３３】
[0143]一部の実施形態において、ヒトに投与される実施形態の微生物モジュレーター組成物の、細菌の少なくとも１つの単離若しくは精製集団のそれぞれ、又は細菌の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、若しくは１５個の単離若しくは精製集団のそれぞれの、治療上有効な又は十分な量は、少なくとも約１×１０３個細胞の細菌、又は少なくとも約１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５個細胞（又は、その中で導き出せる任意の値域）であろう。一部の実施形態において、単回用量は、指定される細菌の少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５個細胞（又は、その中で導き出せる任意の値域）の細菌（本明細書において記載される特異的な細菌、又は種、属、若しくは科など）の量を含有するであろう。一部の実施形態において、単回用量は、全細菌の少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５個細胞（又は、その中で導き出せる任意の値域）を含有するであろう。具体的な実施形態において、細菌は、胞子型の状態で又は胞子形成細菌として提供される。特定の実施形態において、細菌の、例えばそれぞれの種、亜種、又は株の各単離又は精製集団の胞子の濃度は、組成物のグラムあたり又は投与される用量あたり、少なくとも、多くとも、又は正確に１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５個、又は１×１０１５個を上回る（又は、その中で導き出せる任意の値域）生存細菌胞子である。一部の実施形態において、組成物は又は方法は、少なくとも、多くとも、又は正確に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０個（又は、その中で導き出せる任意の値域）の異なる細菌種、異なる細菌属、又は異なる細菌科を含む。
【０１３４】
[0144]治療は、様々な「単位用量」を含んでもよい。単位用量は、あらかじめ定められた分量の治療用組成物を含有するものとして定義される。投与されるべき分量、並びに特定の経路及び製剤化は、臨床分野における者の決定の技能の範囲内にある。単位用量は、単回注射として投与される必要はないが、一連の期間にわたる連続的注入を含んでもよい。一部の実施形態において、単位用量は、単回投与可能な用量を含む。
【０１３５】
[0145]投与されるべき分量は、治療の回数及び単位用量の両方に従って、所望される治療効果に依存する。有効用量とは、特定の効果を実現するために必要な量を指すと理解される。一部の実施形態において、１０ｍｇ／ｋｇ〜２００ｍｇ／ｋｇの値域内の用量はこれらの作用物質の防御能に影響を及ぼし得ることが企図される。故に、用量は、約０．１、０．５、１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、及び２００、３００、４００、５００、１０００μｇ／ｋｇ、ｍｇ／ｋｇ、μｇ／日、若しくはｍｇ／日、又はその中で導き出せる任意の値域の用量を含むことが企図される。さらに、そのような用量は、１日の間に及び／又は複数の日、週間、若しくは月に、複数の時点で投与され得る。
【０１３６】
[0146]一部の実施形態において、ヒトに投与される治療用組成物の治療上有効な又は十分な量は、１回又は複数回の投与かどうかにかかわらず、患者体重の約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇの値域内であろう。一部の実施形態において、使用される治療用作用物質は、例えば毎日投与される約０．０１〜約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇ、又は約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、治療用作用物質は１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投薬量レジメンが有用であることもある。１つの実施形態において、本明細書において記載される治療用作用物質は、２１日サイクルの１日目に、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、又は約１４００ｍｇの用量で対象に投与される。用量は、注入など、単回用量として又は複数回用量（例えば、２又は３回用量）として投与されてもよい。この療法の進行は、従来の技法によって容易にモニターされる。
【０１３７】
[0147]一部の実施形態において、薬学的組成物の有効用量は、約１μＭ〜１５０μＭの血液レベルを提供し得るものである。別の実施形態において、有効用量は、約４μＭ〜１００μＭ；又は約１μＭ〜１００μＭ；又は約１μＭ〜５０μＭ；又は約１μＭ〜４０μＭ；又は約１μＭ〜３０μＭ；又は約１μＭ〜２０μＭ；又は約１μＭ〜１０μＭ；又は約１０μＭ〜１５０μＭ；又は約１０μＭ〜１００μＭ；又は約１０μＭ〜５０μＭ；又は約２５μＭ〜１５０μＭ；又は約２５μＭ〜１００μＭ；又は約２５μＭ〜５０μＭ；又は約５０μＭ〜１５０μＭ；又は約５０μＭ〜１００μＭ（又は、その中で導き出せる任意の値域）の血液レベルを提供する。他の実施形態において、用量は、対象に投与されている治療用作用物質から生じる、作用物質の以下の血液レベル：約、少なくとも約、又は多くとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、及び１００μＭ、又はその中で導き出せる任意の値域を提供し得る。一部の実施形態において、対象に投与される治療用作用物質は、体内で代謝性治療用作用物質に代謝され、代謝された場合、血液レベルがその作用物質の量を指してもよい。代替的に、治療用作用物質が対象によって代謝されない程度まで、本明細書において述べられる血液レベルは、非代謝性治療用作用物質を指してもよい。
【０１３８】
[0148]治療用組成物の精確な量は、実践者の判断にも依存し、各個体に特有である。用量に影響を及ぼす因子には、患者の身体的及び臨床的状態、投与の経路、治療の意図される目標（症状対治癒の緩和）、並びに特定の治療用物質の効能、安定性、及び毒性、又は対象が受けているところであってもよい他の療法が含まれる。
【０１３９】
[0149]体重のμｇ／ｋｇ又はｍｇ／ｋｇの投薬量単位は、４μＭ〜１００μＭなど、μｇ／ｍｌ又はｍＭ（血液レベル）という比較可能な濃度単位に変換され得及び表現され得ることが当業者によって理解され及び認識されるであろう。取り込みは種及び臓器／組織依存的であることも理解される。取り込み及び濃度測定に関する、適用可能な変換係数及びおかれる生理学的仮定は周知であり、当業者が一方の濃度測定をもう一方のものに変換すること、並びに本明細書において記載される用量、効力、及び結果に関して妥当な比較を行い及び結論を出すことを可能にするであろう。
【０１４０】
[0150]ＩＶ．細菌を評価するための方法
Ａ．細菌の属及び種を判定する
一部の実施形態において、治療用組成物における使用のための細菌の属又は種は、下記の実施例に記載されるとおりである。
【０１４１】
[0151]一部の実施形態において、治療用組成物における使用のための細菌の属又は種は、抗癌療法に応答する対象、例えば応答者である対象の微生物叢において優勢であることが見出される属又は種である。一部の実施形態において、属又は種は、抗癌療法に応答しない対象、例えば非応答者の微生物叢と比較して、応答者の微生物叢においてより優勢である。他の実施形態において、属又は種は、癌を有しない、故に抗癌療法を用いて治療されていない健常な対象の微生物叢と比較して、応答者の微生物叢においてより優勢である。
【０１４２】
[0152]一部の実施形態において、治療用組成物における使用のための細菌の属又は種は、抗癌療法に応答する対象、例えば応答者である対象の微生物叢においてより豊富であることが見出される属又は種である。一部の実施形態において、属又は種は、抗癌療法に応答しない対象、例えば非応答者の微生物叢と比較して、応答者の微生物叢においてより豊富である。他の実施形態において、属又は種は、癌を有しない、故に抗癌療法を用いて治療されていない健常な対象の微生物叢と比較して、応答者の微生物叢においてより豊富である。
【０１４３】
[0153]一部の実施形態において、対象が抗癌療法に対して応答者であるかどうかは、当技術分野において、例えばＲｏｕｔｙら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１８  ３５９（６３７１）：９１〜９７）又はＧｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１８；３５９（６３７１）：９７〜１０３）によって記載されるように判定される。一部の実施形態において、抗癌療法を用いた治療後に、対象が療法に対して完全奏効（ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）、例えば癌の完全完解を示す場合、対象は応答者であると考えられる。他の実施形態において、抗癌療法を用いた治療後に、対象が療法に対して完全奏功又は療法に対して部分奏効（ｐａｒｔｉａｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）、例えば腫瘍サイズ又は腫瘍量の低下を示す場合、対象は応答者であると考えられる。他の実施形態において、抗癌療法を用いた治療後に、対象が療法に対して完全奏功、療法に対して部分奏効、又は療法に対して安定な応答を示す、例えば対象の腫瘍サイズ又は腫瘍量が増加しない場合、対象は応答者であると考えられる。
【０１４４】
[0154]Ｂ．ルミノコッカス科の科のメンバーである種を判定するための方法
１．最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）
一部の実施形態において、種が、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である場合、細菌種はルミノコッカス科の科のメンバーである。ある特定の態様において、ＭＲＣＡ系統発生的子孫のそのような群は「単一系統」群と称される。
【０１４５】
[0155]一部の実施形態において、細菌種がフィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの子孫であるかどうかを判定するステップは、当技術分野において公知の系統発生的グループ分け手順を使用して実施されてもよい。１つの実施形態において、Ｆ．プラウスニッツイ、Ｆ．プラウティ、及び関心対象の第３の分類群（例えば、分類される対象となる分類群）を有する有根系統樹を使用してもよく、系統学及び進化論の分析（Ａｎａｌｙｓｅｓ  ｏｆ  Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）（「ａｐｅ」；ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ａｐｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）、並びに比較生物学のための系統発生的ツール（及び他のもの）（「ｐｈｙｔｏｏｌｓ」；ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｈｙｔｏｏｌｓ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）という分析パッケージを適用して、関心対象の分類群がルミノコッカス科の科の中にあるかどうかを判定してもよい。ａｐｅ及びｐｈｙｔｏｏｌｓの両方とも、分子進化及び系統学を研究することにおける使用のためのＲ言語で書かれたパッケージである。ａｐｅ及びｐｈｙｔｏｏｌｓパッケージは、系統発生的及び進化的分析のための方法を提供し、それらパッケージの使用は当業者に公知である。
【０１４６】
[0156]一部の実施形態において、以下のスクリプトを使用してもよい。
library("ape")
library("phytools")
input.tree =read.tree(file="tree_file")
rumino.node = getMRCA(input.tree,c('Faecalibacterium_prausnitzii','Flavonifractor_plautii'))
rumino.tree = extract.clade(input.tree,rumino.node)
print(rumino.tree$tip.label)
【０１４７】
[0157]一部の実施形態において、スクリプトをランした後、関心対象の分類群が印字リストにある場合、その分類群は、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの子孫であり、ある特定の態様においてルミノコッカス科の科のメンバーである。
【０１４８】
[0158]他の実施形態において、種々の分析パッケージを使用する及び種々のプログラミング言語に基づく方法を含めた、当技術分野において公知の種々の系統発生的グループ分け法を使用して、細菌株がフィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの子孫であるかどうかを判定してもよい。
【０１４９】
[0159]２．１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性
他の実施形態において、種が、ルミノコッカス科の科のメンバーとしてすでに同定された種由来の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との配列同一性を有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を有する場合、細菌種はルミノコッカス科の科のメンバーである。一実施形態において、細菌種がルミノコッカス科の科のメンバーであるかどうかの同定は、Ｙａｒｚａら、２０１４、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  １２：６３５〜６４５及びＳｔａｃｋｅｂｒａｎｄｔ，Ｅ．＆Ｅｂｅｒｓ，Ｊ．、２００６、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｏｄａｙ  ８：６〜９に記載される方法を使用して実施され、文献は本明細書における参照により本明細書によって組み入れられる。
【０１５０】
[0160]一部の実施形態において、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列は、分類される対象となる細菌種に対して得られる又は判定される。このクエリー１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、ルミノコッカス科の科のメンバーとしてすでに分類された細菌種由来の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と比較する。一部の実施形態において、クエリー１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、表１１に列挙される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と比較する。一部の実施形態において、クエリー１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、ルミノコッカス科の科のメンバーとしてすでに分類された細菌種に対するすべての公知の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と比較する。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を、ルミノコッカス科の科のメンバーとしてすでに分類された細菌種に対するすべての公知の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の部分集合と比較する。クエリー配列と比較配列との間の同一性パーセントを判定する。クエリー配列の同一性パーセントが規定の閾値を上回ると判定される場合には、分類される対象となる細菌種は、ルミノコッカス科の科のメンバーとして分類される。
【０１５１】
[0161]一部の実施形態において、配列同一性閾値は９４．５％である。一部の実施形態において、配列同一性閾値は９８．７％である。一部の実施形態において、配列同一性閾値は９４．８％である。一部の実施形態において、配列同一性閾値は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％  ９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％及び１００％である。
【０１５２】
[0162]３．ルミノコッカス科の科の一部であるクレード
一部の実施形態において、細菌種は、図６における系統樹に示されるクレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つに分類されてもよい。一部の実施形態において、クレード１０１は、フラボニフラクタープラウティ、クロストリジウムオルビスシンデンス、クロストリジウム種ＮＭＬ＿０４Ａ０３２、シュードフラボニフラクターカピローサス、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、クロストリジウムビリデ、オシロスピラグイリエルモンディ、オシリバクター種＿Ｇ２、オシリバクターバレリシゲネス、スポロバクターターミティディス、及びパピリバクターシンナミボランスの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１４は、ルミノコッカス種＿１８Ｐ１３、ルミノコッカス種＿９ＳＥ５１、ルミノコッカスシャンパネレンシス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス、及びルミノコッカスアルブスの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１２６は、エタノリゲネンスハルビネンス、クロストリジウムセルロシ、アセトアナエロバクテリウムエロンガツム、クロストリジウム種＿ＹＩＴ＿１２０７０、クロストリジウムメチルペントーサム、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、及びアナエロツルンカスコリホミニスの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード６１は、ユーバクテリウムシラエウム、サブドリグラヌルムバリアビレ、ゲミガーフォルミシリス、及びフィーカリバクテリウムプラウスニッツイの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１２５は、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、クロストリジウム種＿ＹＩＴ＿１２０６９、クロストリジウムスポロスフェロイデス、クロストリジウムレプタム、及びルミノコッカスブロミの細菌種を含む。一部の実施形態において、クレード１３５は、ユーバクテリウムデスモランス、ブチリシコッカスプリセコルム、又はその組み合わせの細菌種を含む。
【０１５３】
[0163]一部の実施形態において、本明細書におけるクレードは、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちのいずれか１つの一部であると判定される付加的な種を含み得る。一部の実施形態において、ＭＲＣＡを含めた本明細書において記載される系統発生的グループ分け法、及び上で記載される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性の方法を使用して、クレードに属する付加的な種を判定してもよい。一部の実施形態において、付加的な種の１６Ｓ  ｒＤＮＡが、クレードにおける他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡと少なくとも９７％同一である場合、付加的な種はクレードの一部として分類される。当業者であれば、本明細書において記載される方法を含めた、当技術分野において公知の方法を使用して、種がクレードの一部であるかどうかを判定することもできるであろう。
【０１５４】
[0164]Ｃ．１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を判定するための方法
操作的分類単位（ＯＴＵ）は、例えば１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のシーケンシングによって、この遺伝子の特異的超可変領域（すなわち、Ｖ１、Ｖ２、Ｖ３、Ｖ４、Ｖ５、Ｖ６、Ｖ７、Ｖ８、又はＶ９）のシーケンシングによって、又はこの遺伝子からの超可変領域の任意の組み合わせ（例えば、Ｖ１〜３又はＶ３〜５）のシーケンシングによって同定され得る。細菌１６Ｓ  ｒＤＮＡは、長さがおよそ１５００ヌクレオチドであり、系統発生的手法を使用して、一方の細菌単離株のもう一方のものに対する進化的関係性及び配列類似性を再構築することにおいて使用される。１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列は一般的に高度に保存されているが、ほとんどの微生物の属及び種を識別する十分なヌクレオチド多様性を持つ特異的超可変領域を含有することから、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列は系統発生的再構築に使用される。全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列又は１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の任意の超可変領域の配列を判定する周知の技法を使用して、ゲノムＤＮＡを細菌サンプルから抽出し、１６Ｓ  ｒＤＮＡ（全領域又は特異的超可変領域）をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して増幅し、ＰＣＲ産物を浄化し、ヌクレオチド配列を描出して、１６Ｓ  ｒＤＮＡ遺伝子の遺伝組成、又は当該遺伝子のサブドメインを判定する。全１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングが実施される場合、使用されるシーケンシング法はサンガーシーケンシングであってもよいが、それに限定されるわけではない。Ｖ４領域など、１つ又は複数の超可変領域が使用される場合、シーケンシングは、サンガー法を使用して、又は多重反応を可能にするバーコード化プライマーを使用したイルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）（合成によるシーケンシング）法などの次世代シーケンシング法を使用して実施されてもよいが、それらを使用して実施されることに限定されるわけではない。一部の場合には、細菌のＯＴＵ、種、又は株と関連付けされた１６Ｓ  ｒＤＮＡは、ＯＴＵ、種、又は株によって持たれる複数の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の合成物である。
【０１５５】
[0165]一部の実施形態において、本明細書において記載されるように同定された細菌種は、当技術分野において公知の及び本明細書において記載される１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との配列同一性によって同定される。一部の実施形態において、選択された種は、表１０に示される全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との配列同一性によって同定される。
【０１５６】
[0166]一部の実施形態において、クロストリジウム＿ＳＣ６４は、配列番号１として提供される全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との少なくとも９７％の同一性、又はＶ４などの可変領域との少なくとも９７％の同一性によって同定される。一部の実施形態において、ブラウティア＿ＳＣ１０２は、配列番号２として提供される全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との少なくとも９７％の同一性、又はＶ４などの可変領域との少なくとも９７％の同一性によって同定される。一部の実施形態において、ブラウティア＿ＳＣ１０９は、配列番号３として提供されるブラウティア＿ＳＣ１０９の全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列、又はＶ４などの可変領域との少なくとも９７％の同一性によって同定される。一部の実施形態において、ブラウティア＿ＳＣ１０９は、配列番号４として提供されるブラウティア＿ＳＣ１０９の全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列、又はＶ４などの可変領域との少なくとも９７％の同一性によって同定される。
【０１５７】
[0167]Ｖ．対象への投与のための細菌組成物を調製するための方法
細菌組成物を産生するための方法は当技術分野において公知である。例えば、組成物は、混合する１つ又は複数の方法と組み合わせた、３つの主要な工程を介して一般的に産生され得る。ステップは、生物バンキング、生物産生、及び保存である。
【０１５８】
[0168]バンキングに関して、細菌組成物に含まれる株は、例えば標本から直接単離され得、バンクに保存されたストックから得られ得、任意選択で、成長を支持する栄養寒天で又はブロスで培養されて生存可能なバイオマスを作出し得、及びバイオマスは任意選択で長期保管場所で複数のアリコートに保存され得る。
【０１５９】
[0169]生物のストックは、例えば凍結保護物質、溶解保護物質（ｌｙｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）、及び／又は浸透圧保護物質を添加することによって、保管のために調製されてもよい。一般的に、そのような方法は当技術分野において公知である。
【０１６０】
[0170]ＶＩ．治療用組成物と併せて使用され得るがん免疫（免疫療法）薬物
本発明の一部の実施形態において、治療用組成物は、免疫療法薬物、一般的には免疫チェックポイント阻害剤（例えば、モノクローナル抗体などの抗体）と組み合わせて投与される補助治療である。「免疫チェックポイント阻害剤」、「免疫チェックポイント遮断」、及び「免疫チェックポイント療法」という用語は、互換可能に使用される。そのような免疫療法薬物の例には、ＰＤ−１阻害剤（例えば、ニボルマブ及びペムブロリズマブ）、ＰＤ−Ｌ１阻害剤（例えば、アテゾリズマブ、アベルマブ、及びデュルバルマブ）、及び  ＣＴＬＡ−４阻害剤（例えば、イピリムマブ及びトレメリムマブ）が含まれる。一部の実施形態において、１つを上回る種類のチェックポイント阻害剤が投与される。当技術分野において公知であるように、チェックポイント阻害剤の投薬は、患者が応答若しくは安定を有し続ける限り、又は当業者によって適当であると別様に判定される限り、例えば２〜３週間間隔で繰り返され得る。
【０１６１】
[0171]チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤と併せた治療用組成物を用いた治療から恩恵を受け得る癌の例には、転移性黒色腫、皮膚の黒色腫、非小細胞肺癌、腎臓癌、膀胱癌、頭頸部癌、メルケル細胞皮膚癌（メルケル細胞癌腫）、及びホジキンリンパ腫が含まれるが、それらに限定されるわけではない。
【０１６２】
[0172]ＶＩＩ．治療の方法
一般的に、治療用組成物は、チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤などの免疫療法薬物と併せて、癌、例えば黒色腫、例えば転移した黒色腫を有すると診断された患者に投与される。治療用組成物は、チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤又はＣＴＬＡ−４阻害剤）治療の前に、例えば治療より少なくとも１週間、２週間、又は３週間先立って投与され得る。一部の場合には、治療用組成物の投与は、チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１又はＣＴＬＡ−４阻害剤）治療の開始後に続けられる。治療用組成物を毎日、週１回、又は月１回投与して、患者のＧＩ管における適当な微生物叢を誘導する及び／又は維持することができる。
【０１６３】
[0173]治療用組成物の投与を開始する前に、患者は、抗生物質治療（例えば、バンコマイシン、ネオマイシン、リファキシミン、又は他の抗生物質を用いた）及び／又は腸管洗浄に供されてもよい。一部の場合には、抗生物質は、非吸収性又は最小限の吸収性抗生物質である。一部の場合には、腸管準備は実施されない。そのような準備は、チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤）効力の改善に伴う、治療用組成物における１つ又は複数の種の生着の速さ及び／又は効力を増加させることがある。
【０１６４】
[0174]ＶＩＩＩ．試験のためのモデル
免疫療法における使用のための微生物叢組成物の効力を試験するのに適した動物モデルは、当技術分野において、例えばＢＰ細胞株を使用したＣｏｏｐｅｒら（２０１４、Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｓ  ２：６４３〜６５４）及びＧｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５９（６３７１）：９７〜１０３）に記載されるように、並びにＬｉら（２０１７、Ｐｈａｒｍａｃｏｌ＆Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ、ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｐｈａｒｍｔｈｅｒａ．２０１７．０２．００２）に概説されるように公知である。他の有用なモデルには、無菌マウスモデル（例えば、Ｍａｔｓｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５９：１０４〜１０８（２０１８）、Ｒｏｕｔｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ５９（６３７１）：９１〜９７（２０１８））が含まれる。
【０１６５】
[0175]ＩＸ．製剤化
本明細書において記載される使用のための微生物叢がん免疫治療用組成物は、当技術分野において公知の方法を使用して調製され得及び投与され得る。一般的に、任意の適当な方法が使用され得るが、組成物は、経口、結腸内視鏡、又は経鼻胃送達のために製剤化される。
【０１６６】
[0176]治療用組成物を含有する製剤は、そのような製剤の調製に適した１つ又は複数の賦形剤を含有し得る。一部の実施形態において、製剤は液体製剤である。一部の実施形態において、治療用組成物を含む製剤は、界面活性剤、アジュバント、緩衝剤、抗酸化物質、張性調整剤、増粘剤、又は粘度改変剤等のうちの１つ又は複数を含み得る。
【０１６７】
[0177]一部の実施形態において、治療は、薬学的に許容できる担体を含む製剤における治療用組成物を投与することを含む。一部の実施形態において、賦形剤は、経口剤形として治療用組成物を提供するのに適したカプセル又は他の形式を含む。賦形剤が希釈剤として働く場合、賦形剤は、活性成分に対するビヒクル、担体、又は媒体として作用する固体、半固体、又は液体材料であり得る。故に、製剤は、錠剤、丸薬、粉末、トローチ、小袋、カシェー、エリキシル剤、懸濁液、乳濁液、溶液、シロップ、軟若しくは硬カプセル、坐薬、又はパッケージ粉末の形態であり得る。
【０１６８】
[0178]適切な賦形剤の一部の例には、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、アルギネート、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、ポリエチレングリコール、グリセロール、及びメチルセルロースが含まれる。当技術分野において公知の手順を採用することによって、患者への投与後に活性成分の急速の、持続性の、又は遅延性の放出を提供するように、組成物を製剤化し得る。
【０１６９】
[0179]一部の実施形態において、治療用組成物は、食品に組み入れられ得る。一部の実施形態において、食品は、経口投与のための飲み物である。適切な飲み物の非限定的な例には、果物ジュース、果物の飲み物、人工的に風味付けした飲み物、人工的に甘みを付けた飲み物、炭酸飲料、スポーツドリンク、液体食事（ｄｉａｒｙ）製品、シェイク、アルコール飲料、カフェイン入り飲料、乳児用調製粉乳等が含まれる。経口投与のための他の適切な手段には、水性及び非水性溶液、乳濁液、懸濁液、及び溶液、及び／又は適切な溶媒、防腐剤、乳化剤、懸濁化剤、希釈剤、甘味料、着色剤、及び香味剤のうちの少なくとも１つを含有する非発泡性顆粒から再構成される懸濁液が含まれる。
【０１７０】
[0180]一部の実施形態において、食品は固形食料品である。固形食料品の適切な例には、限定されることなく、フードバー、スナックバー、クッキー、ブラウニー、マフィン、クラッカー、アイスクリームバー、フローズンヨーグルトバー等が含まれる。
【０１７１】
[0181]一部の実施形態において、治療用組成物は、治療用食物に組み入れられる。一部の実施形態において、治療用食物は、一部又はすべての必須の多量栄養素及び微量栄養素を任意選択で含有する調理済み食物である。一部の実施形態において、本明細書において開示される組成物は、既存の食べ物に混ぜ合わせるように設計される補足的食物に組み入れられる。一部の実施形態において、補足的食物は、一部又はすべての必須の多量栄養素及び微量栄養素を含有する。一部の実施形態において、本明細書において開示される細菌組成物を、既存の食物と混ぜ合わせて又は既存の食物に添加して、食物のタンパク質栄養を高める。例には、主食（穀物、塩類、糖類、調理油、マーガリン）、飲料（ジュース、コーヒー、紅茶、ソーダ、ビール、酒類、スポーツドリンク）、スナック、スイーツ、及び他の食物が含まれる。
【０１７２】
[0182]治療用組成物は、単位剤形で製剤化され得る。一般的に、投薬量は、約１×１０２〜１×１０９生存コロニー形成単位（ＣＦＵ）を含む。「単位剤形」という用語は、適切な薬学的賦形剤を伴って、各単位が所望の治療効果をもたらすように算出されたあらかじめ定められた分量の活性材料を含有する、ヒト対象及び／又は他の哺乳類に対する単位投薬量として適した物理的に個別の単位を指す。投薬量は、複数の送達ビヒクル、例えば複数の丸薬、カプセル、食料品、又は飲料で投与されてもよい。
【０１７３】
[0183]患者に治療用組成物を投与する量及び頻度は、投与されている特異的組成物、投与の目的（予防又は療法など）、患者の状態、投与の様式等に応じて様々に異なり得る。治療的適用において、組成物は、疾患及び疾患の合併症の症状を治癒する又は少なくとも部分的に止める若しくは軽減するのに十分な量で、疾患にすでに罹患している患者に投与され得る。有効用量は、治療されている病状に、並びに疾患の重症度、患者の年齢、重量、及び全身状態などの因子に応じた主治医の判断によって依存し得る。
【０１７４】
[0184]一部の実施形態において、治療用組成物の少なくとも１回の投薬は、主治医又は主治医の代わりに行動する人によって投与される。一部の実施形態において、対象は、後続の投薬の一部又はすべてを自己投与してもよい。他の実施形態において、治療用組成物のすべての投薬は、主治医又は主治医の代わりに行動する人によって投与される。これらの実施形態において、治療用組成物の第１の投薬の投与前に、主治医又は主治医の代わりに行動する人は、抗生物質治療及び／又は腸管洗浄を投与してもよい。
【０１７５】
[0185]投薬量とは、例えば各個々の種若しくは株の生存コロニー形成単位（ＣＦＵ）の総数を指し得る；又は用量における微小生物の総数を指し得る。投薬量における生物の数を判定することは正確ではなく、存在する生物の数を判定するために使用される方法に依存し得ることが当技術分野において理解される。組成物が胞子を含む場合、例えば、組成物における胞子の数は、ジピコリン酸アッセイを使用して判定されてもよい（Ｆｉｃｈｔｅｌら、２００７、ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｅｃｏｌ、６１：５２２〜３２）。一部の場合には、生物の数は、培養アッセイを使用して判定される。
【０１７６】
[0186]有効用量は、インビトロ又は動物モデル試験システムから導き出された用量応答曲線から推定され得る。
【０１７７】
[0187]Ｘ．アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者を同定する方法
一部の実施形態において、アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属又は選択された属の優勢度又は存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属又は選択された属の優勢度又は存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、対象はアジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、対象はアジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、アジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、対象はアジュバント微生物叢療法と組み合わせた免疫チェックポイント療法の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１７８】
[0188]他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１７９】
[0189]他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、細菌種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【０１８０】
[0190]他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ��Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数が微生物叢サンプルに存在する場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定されてもよい。
【０１８１】
[0191]他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１８２】
[0192]他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、抗癌治療の候補者として哺乳類対象を同定する方法であって、ａ）対象から微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、対象は抗癌治療の候補者であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１８３】
[0193]一部の実施形態において、抗癌治療の候補者として同定される対象は、チェックポイント阻害剤を用いた治療の候補者として同定される。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又はその組み合わせであり得る。一部の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、例えばペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、若しくはイピリムマブ、又は当技術分野において公知の他のチェックポイント阻害剤であり得る。他の実施形態において、チェックポイント阻害剤は、例えばピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＫ−３４７５、ＣＴ  Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ−Ａ１０１０、又はその組み合わせであり得る。他の実施形態において、対象は、シクロホスファミドを用いた治療の候補者であり得る。一部の実施形態において、免疫チェックポイント療法は、免疫チェックポイント遮断単独療法を含む。一部の実施形態において、免疫チェックポイント療法は、免疫チェックポイント遮断組み合わせ療法を含む。
【０１８４】
[0194]ＸＩ．ＦＭＴドナーを同定する方法
本出願者らは、ある特定の微生物叢プロファイル、例えば科、属、及び／又は種が、チェックポイント阻害剤を用いた療法における結果の改善と関連することを発見した。従って、一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１８５】
[0195]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１８６】
[0196]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、細菌種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【０１８７】
[0197]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７��クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数が微生物叢サンプルに存在する場合、潜在的ドナーは糞便物質移入のドナーであると判定されてもよい。
【０１８８】
[0198]一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１０１の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１１個の種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１４の１、２、３、４、５、又は６つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１２６の１、２、３、４、５、６、又は７つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード６１の１、２、３、又は４つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、クレード１２５の１、２、３、４、又は５つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１３５の１つ又は２つの種の有効量を含む。
【０１８９】
[0199]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１９０】
[0200]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、細菌種は、ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列同一性を有してもよい。
【０１９１】
[0201]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３  ２０１２、オシリバクター種１  ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ  １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５  １  １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、列挙される種の少なくとも２、３、４、５つ、又は５つを上回る数が微生物叢サンプルに存在する場合、潜在的ドナーは糞便物質移入のドナーであると判定されてもよい。
【０１９２】
[0202]一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード１０１、クレード１４、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード１０１の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１１個の種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード１４の１、２、３、４、５、又は６つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード１２６の１、２、３、４、５、６、又は７つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード６１の１、２、３、又は４つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の存在量を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、クレード１２５の１、２、３、４、又は５つの種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、治療用組成物は、クレード１３５の１つ又は２つの種の有効量を含む。
【０１９３】
[0203]他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度を判定するステップ、及びｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。他の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態において、糞便が糞便物質移入に有用であるドナーを選択する方法であって、ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、ｂ）微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びにｃ）微生物叢サンプルが、バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種を含む場合、ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップを含む方法が提供される。
【０１９４】
[0204]以下は、本発明を行うための具体的な実施形態の実施例である。実施例は、単なる例示目的のために与えられるものであり、決して本発明の範囲を限定することを意図されるわけではない。使用される数に関して正確性を確保するための努力がなされたが、いくらかの実験誤差及び偏差は当然許容されるべきである。
【０１９５】
[0205]ＸＩＩ．実施例
実施例１：分類学的プロファイリング
Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１８；３５９：９７〜１０３）からの全メタゲノミクスシーケンシング（ＷＭＳ）生データを得て、本明細書において記載されるように分析した。Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら、上記に記載されるように、チェックポイント阻害剤に対して応答者又は非応答者として分類された転移性黒色腫患者由来の糞便微生物叢サンプルを使用して、ＷＭＳ配列を作出した。対象の応答者及び非応答者クラスを、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎらに記載されるように判定した。ヒトマイクロバイオームプロジェクトによって定めされたガイドラインに従って、生データセットを前処理した。前処理分析を使用して、エラー分析、並びにＰＣＲ増幅ステップから存在する配列など、低品質配列及び他の望ましくないデータの除去を実施した。各ＷＭＳサンプルの種レベルの分類学的プロファイリングを、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ２ソフトウェアパッケージ（例えば、Ｔｒｕｏｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈ  １２：９０２〜９０３、２０１５）を使用して得た。簡潔には、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ２は、マーカー遺伝子のキュレートされた参照データベースに対して各サンプルをアラインするソフトウェアツールであり、マーカー遺伝子のそれぞれは細菌種に固有である。参照データベースは、１００万個を上回る数のマーカー遺伝子を含有し、７０００種を上回る種類の細菌種を表す。応答者（Ｒ）及び非応答者（ＮＲ）に対する１６Ｓ  ｒＤＮＡのアルファ多様性、すなわち種の豊富さの測定が図１に示されている。
【０１９６】
[0206]実施例２：データタイプ及びデータ分析法の概要
ＷＭＳデータをプロファイリングした後に、存在量データを得た。所与のサンプルに関して、すべての種の存在量の合計は合計して１００になる。種が存在する又は存在しないのいずれかとしてのみ分析されるように、優勢度データを離散化する。優勢度データは集団全体データタイプであり、優勢度データがサンプルのセットに対してのみ査定され得、任意の所与のサンプルに対して個々には査定され得ないことを意味する。例えば、１０人の応答者のうち４人に見られる種の優勢度は４０％である。クオンタイル正規化存在量は、マイクロアレイデータを標準化するために使用された手順である。データセットにわたって、所与の種の推計存在量値は、サンプル処理の差により生じる技術的アーチファクトを含めた多様な理由に起因して、異なる解釈につながることがある。クオンタイル正規化手法は、与えられた種の存在量値に、バックグラウンドサンプル（この場合、非応答者）のセットにおけるその種の存在量の分布を再度割り当てる。正規化された値は、所与のサンプルにおける所与の種の存在量に満たない又は等しい存在量を有するバックグラウンドサンプルのパーセンテージである。差異的優勢度分析からの結果のボルケーノプロットが図２に示されている。
【０１９７】
[0207]これら３つのデータタイプを使用し、４つの分析法：フィッシャーの正確検定、ラッソ回帰、ランダムフォレスト分析、及び線形判別分析を使用して、独立したデータセットを作出した。これらの分析手法は、下記に簡潔に記載されている。方法の主な特質を要約する表が表９に提供されている。
【０１９８】
[0208]フィッシャーの正確検定は、カテゴリー変数の分布の差についての検定である。本出願者らは、各群に見出されるサンプルの数を考慮して、この分析を適用して応答者と非応答者との間の種優勢度の差について検定した。例えば、８／１２の応答者サンプルに現れる種は、６７％の優勢度を有するであろう。統計的有意性は、各群の同じサイズに基づく応答者及び非応答者の優勢度の間で算出される。
【０１９９】
[0209]ラッソ回帰は単回帰とは異なり、効果がデータセット（種の存在量及び／又は優勢度など）におけるあらゆる特質に割り当てられる。その代わりに、ラッソ回帰は、Ｌ１正則化手法を使用して、結果に最も大きな影響を有する特質の最も小さなコレクションを保持するために、小さな効果を最小限に抑えようとする。この手法は、データセットにおけるすべての考え得る変数にデータを過剰適合させることを回避しようとし、その代わりにより解釈可能な結果につながる。
【０２００】
[0210]ランダムフォレスト分類子は、多くの決定木の結果に基づくアルゴリズムである。単一決定木では、すべての特質が利用されるまで、サンプルを応答者及び非応答者カテゴリーに最善に分離する特質が反復して選択される。優勢度データの場合、これら優勢度の特質は、所与の種の存在又は非存在であり得、単一種の存在は応答者サンプルと優先的に関連してもよく、又は逆もまた同様である。単一決定木は、典型的にデータを過剰適合させ、ロバストなデータをもたらさないことから、代わりにランダムフォレストがしばしば使用される。ランダムフォレスト分類子は、多くの異なる決定木に基づき、各木は、利用可能なデータの部分集合のみを使用し、例えば各木に対して観察される種の２０％を無作為に省く。一部の場合には、ランダムフォレストを訓練するために、サンプルの部分集合が使用される。故に、ランダムフォレスト分類子は、どのシグナルが、すべての考え得る特質及びサンプルにわたって最も強いかを学習する。
【０２０１】
[0211]線形判別分析（ＬＤＡ）は、サンプルを２つ以上の結果に分離する、特質の線形結合を見出そうとする方法である。例えば、サンプル間のブレイ−カーティス非類似性の多次元尺度（ＭＤＳ）表示において、当該方法を適用して、応答者と非応答者サンプルとを区別する種を同定し得る。利用可能なデータの限定されたサンプルサイズに起因して、及び健常バックグラウンドサンプルのより大きなセットに存在することがある付加的な情報を提供するために、ヒトマイクロバイオームプロジェクト（ＨＭＰ）において収集される健常ドナー由来のおよそ２００個のサンプルに組み込まれるデータにこの手法を適用した。この適用は、すべてのＷＭＳ及びＨＭＰサンプル間のブレイ−カーティス非類似性を算出することによってなされた。次いで、ＬＤＡを使用して、組み合わせＭＤＳプロットに組み込まれるデータにおいて応答者及び非応答者サンプルを分離する分類線を作出した（図３）。さらに、ベータ多様性プロット上にマッピングされた種データは、ルミノコッカス科が、応答者として分類された患者と概して関連することを実証している（図４）。
【０２０２】
[0212]次いで、応答者及び非応答者ステータスとの分類群の関連についての有意性の順位付けを、分類線からの分類群の距離に基づいて評価し得、線から離れている（例えば、ＲとＮＲとの間の分離のシグナルを推進する）分類群には、より高いスコアが与えられる。ごくわずかなサンプルに見出される稀少な種の有意性を軽減するために、スコアにプールデータにおける種の優勢度の対数を掛けることによって、スコアを修正した。この最後の修正の効果は、非常に低い優勢度を有する種により低い有意性スコアを割り当てるということである。このリストは、統計的有意性に対するカットオフ閾値を設定しないという事実に起因して、本発明者らは、クオンタイル−クオンタイル型プロットにおけるスコアを検討し、スコアの変曲点をカットオフとして選択した。
【０２０３】
[0213]実施例３：ペナルティー付き幾何平均分析に基づく集計結果及び順位付けの開発
上記の様々な方法及びデータタイプに従って種の順位付けリストを得た後、以下の特性：応答と有意に関連する種により高い順位を割り当てた、複数の方法にわたって応答と有意に関連することが見出された種に、１つ又は２つの方法のみにおいて有意に関連することが見出された種と比較してより高い順位を割り当てた、及び最終的な種の順位付けが、個々の方法順位付けにおける潜在的外れ値に対してロバストであった、を満たす順位を集計する方法を開発した。複数のアルゴリズム及びデータタイプを使用して有意であると同定される種は、現実で且つロバストなシグナルを表す可能性が高いことから、最初の２つの特性は直観的である。異なるアルゴリズムは、異なる数の有意に関連する種を選出することがあるため、第３の特性は、有意に関連する種だけに基づく順位付けの対するペナルティーを最小限に抑えるために含まれた。代替分析法によって作出された順位付けリストの集計結果が表１〜２にある。
【０２０４】
[0214]ペナルティー付き幾何平均手法を開発して、集計結果を作出した。各種に関して、その種が同定されたすべての方法にわたるその種の順位から幾何平均を算出した。幾何平均は、すべてのｎ値の積、その後にｎｔｈルートを取ることとして定義される。例えば、４つの方法のうちの３つにおいて同定された「種の例１」に関して、（１、２、１０）の幾何平均は（１×２×１０）（１／３）＝２．７１であろう。この幾何平均は外れ値に対してロバストであるが、この幾何平均はある特定のデータセットに対してバイアスの影響を受けやすい。例えば、代わりに４つすべての分析法において出現し、４つの分析法にわたって１、２、２、２０の順位付け（１、２、２、２０）を有する「種の例２」などの場合がそうであり、これは、（１×２×２×２０）＾（１／４）＝２．９９となるからでる。この手法を使用すると、２．７１の値を有する種の例１は、種の例１のより低い幾何平均スコアに起因して、種の例２よりも高く順位付けされるであろうが、この手法は、分析の優勢度態様、及び種の例１が４つの分析法のうちの１つにおいて同定されなかったという事実に対応していない。
【０２０５】
[0215]この矛盾に対応するために、所与の種が見出されない方法の数の２乗によってスコアにペナルティーを付した。次いで、これらの集計スコアを最も低いものから最も高いものまで順位付けし、最も低いスコアは、本発明者らが最も信頼を有する種に帰する。故に、多様な異なる方法によって有意であると同定される種に、より良いスコアを優先的に割り当てた。最終的な集計順位付けは表１〜２に見出され得る。
【０２０６】
[0216]これらの分析は、ヒト微生物叢データのインシリコ分析を使用して、チェックポイント阻害剤に対する応答と関連した細菌の属及び種を同定し得ることを実証している。従って、本明細書において提供されるように同定された種は、チェックポイント阻害剤治療の効力を改善するための組成物において有用である。
【０２０７】
[0217]実施例４：さらなる検証研究
いくつかの研究は、チェックポイント阻害剤に対する改善した応答を有する個体に関する様々な異質のＧＩ微生物叢シグネチャーを報告している。本出願者らは、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら、２０１８において報告されたデータのさらなる分析に取り組んで、チェックポイント阻害剤療法を受ける患者を治療するための補助療法として有用な微生物叢組成物の調製に有効である可能性があるドナー糞便材料を同定するのに有用であろうシグネチャーが検出され得るかどうかを判定した。
【０２０８】
[0218]シグネチャーの検出は、迅速な所要時間を有し、例えばｑＰＣＲ診断として実行され得ることが望ましい。次いで、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）にあるのと患者選択及び疾患状態の同定のための同じ基準を使用したＤｒ．Ｊｅｎｎｉｆｅｒ  Ｗａｒｇｏの研究室によって選択された患者の付加的コホートを使用したシグネチャーの検証を実施した。
【０２０９】
用語＆略語
以下の用語及び略語が、実施例４において使用される。
【０２１０】
クレードシステム：クレードの概念に基づく内部番号付け分類システム、すなわち共通祖先の系統発生的子孫のすべてを表す関連生物の群。
【０２１１】
ＲＥＣＩＳＴ：固形腫瘍における応答評価基準。療法に対する腫瘍の応答を判定する一連のガイドライン。
【０２１２】
ｒｅｆＯＴＵ：ＮＣＢＩ及び内部供給源から導き出される、特異的分類法に割り当てられた１６Ｄ  ｒＤＮＡ配列の内部分類システム。
【０２１３】
応答者及び非応答者：非応答者は、ＲＥＣＩＳＴカテゴリーの進行疾患に入る患者を含み、一方で応答者は、ＲＥＣＩＳＴカテゴリーの安定、部分奏効、及び完全奏効における患者を含む。
【０２１４】
ＲＯＣ曲線：受信者操作特性曲線。分類子の定義は様々に異なるため、２項分類子の真陽性率及び偽陽性率を示すプロット。
【０２１５】
ＯＴＵ（操作的分類単位）：伝統的リンネ分類法の外側にある近縁生物の群の操作的定義。
【０２１６】
Ｓｉｌｖａ：ｒＤＮＡ配列及びｒＤＮＡ配列の分類についての広く使用されているデータベース（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｒｂ−ｓｉｌｖａ．ｄｅ／）。
【０２１７】
ＵＳＥＡＲＣＨ：Ｒ．Ｅｄｇａｒによって開発された一連の配列検索及びクラスタリングアルゴリズム。
【０２１８】
Ｗａｒｇｏタイプ：Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）は、患者を２つの微生物叢タイプに分割した：タイプ１（クロストリジウム目に富む）は応答者のみを含み、一方でタイプ２（バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）に富む）は応答者及び非応答者の混合を含んだ。
【０２１９】
[0219]Ａ．材料＆方法
１．配列データの取得
Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）の研究からの４３人の患者（３０人の応答者及び１３人の非応答者）からのヒト糞便１６Ｓ  ＮＧＳシーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ）データを、欧州バイオインフォマティクス研究所（ＥＢＩ）の欧州ヌクレオチドアーカイブ（ＥＮＡ）からダウンロードした（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｅｎａ／ｄａｔａ／ｖｉｅｗ／ＥＲＸ２２１８７５８、Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ：ＥＲＸ２２１８７５８、Ｐｒｏｊｅｃｔ：ＰＲＪＥＢ２２８９４）。付加的なヒト糞便１６Ｓ  ＮＧＳシーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ）データを、６９人の患者（３９人の応答者及び３０人の非応答者）の第２のコホートから得た。
【０２２０】
[0220]２．ＵＳＥＡＲＣＨによる１６Ｓ配列データの分類学的プロファイリング
公開データ及び検証データの両方を、Ｓｅｒｅｓ  ＵＳＥＡＲＣＨに基づくパイプラインにより処理した。読み取りを、≧５０塩基あたり４つのミスマッチを許すＵＳＥＡＲＣＨ  ｖ７．０．１０９０（Ｅｄｇａｒ  ２０１０、２０１３）を使用して統合した。分類学的注釈を、ＵＳＥＡＲＣＨ  ｖ７．０．１０９０（Ｅｄｇａｒ、２０１０、２０１３）アルゴリズムを使用して、１６Ｓ  Ｖ４配列読み取りに割り当てた。ＵＳＥＡＲＣＨアルゴリズムをパラメーター化して、配列読み取りデータ保持を最大限に高め、及び最適な分類法を選出した。１６Ｓ  Ｖ４配列データに基づく操作的分類単位（ＯＴＵ）割り当ては、このｒＤＮＡドメインを含むおよそ２５４塩基対における情報の量によって限定される。１６Ｓ  Ｖ４配列から最大の情報量を得るために、本出願者らは、関連生物の群（クレード）を確実に区別する１６Ｓ  Ｖ４領域の能力に基づく独自のクレードマッピングシステムを開発した。このシステムを使用して、任意の所与のＯＴＵに決定的に割り当てられ得る系統発生的クレードを定義した。本明細書において述べられるように、クレードは、属割り当てよりも大きい分解能を提供するが、典型的には種に満たない。これらのクレードは、１６Ｓ  Ｖ４シーケンシングアッセイを使用しても互いを確実には区別されないが、他のクレードにおける他の細菌種と区別され得る細菌種の群を定義する。重要なことには、１６Ｓ  Ｖ４データを用いても、種の精確な割り当てはしばしば可能でないものの、本明細書に報告されるアルゴリズムを使用すると、所与のクレード内の別個のＯＴＵの数の一致した判定はロバストである。
【０２２１】
[0221]３．統計分析
連続的又は整数に基づくデータ（例えば、相対存在量、種多様性）に対してマン−ホイットニーＵ検定を行い、一方でカテゴリーデータ（例えば、Ｗａｒｇｏタイプ）に対してフィッシャーの正確検定を行った。ベンジャミーニ−ホッホベルク（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ）法を使用して、すべてのｐ−値を多重比較のために補正した。
【０２２２】
[0222]Ｂ．結果＆分析
１．タイプ１微生物叢はクロストリジウム綱に富み、一方でタイプ２微生物叢はバクテロイデス綱に富む
Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）は、患者を２つの微生物叢タイプ：応答者として本著者らによって定義された患者のみを含むタイプ１（クロストリジウム目に富む）、並びに応答者及び非応答者の混合を含むタイプ２（バクテロイデス目に富む）、に細分した。ＵＳＥＡＲＣＨに基づくパイプライン及びＮＣＢＩに基づく属レベルの分類を使用して、公開１６Ｓシーケンシングデータにおけるこれらの組成差を検証した。ベンジャミーニ−ホッホベルク法を使用して各分類学的レベルでの多重比較のために調整されたマン−ホイットニーＵ検定を使用して、タイプ１及びタイプ２患者間で、綱及び科のレベルで優勢度が差異的であるより高い分類群を同定した。タイプ１患者はクロストリジウム綱、特にルミノコッカス科、ラクノスピラ科、クロストリジウム科、及びカタバクテリウム科（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の科に富み、一方でタイプ２患者はバクテロイデス綱に富んだ（表１２）。この豊富度は、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）の表Ｓ５において同定されたものと同様である。
表１２．タイプ１微生物叢はクロストリジウム綱に富み、一方でタイプ２微生物叢はバクテロイデス綱に富む。いずれかのタイプに有意に富むすべての綱及び科レベルの分類群が下記に示されている。マン−ホイットニーＵ検定を各分類群に対して行い、ベンジャミーニ−ホッホベルク法を使用して各分類学的レベルでの多重比較のために調整した。
【０２２３】
【表１】
2021519299.tif 000003
【０２２４】
[0223]２．ルミノコッカス科、クロストリジウム綱、及びバクテロイデス綱の相対存在量は、応答の最も強い予測因子である
次いで、チェックポイント効力の潜在的相関を、タイプではなく応答と直接比較することによって評価した。Ｗａｒｇｏタイプ及びクロストリジウム綱種多様性の両方を、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）における知見に基づいて評価し、クロストリジウム綱、バクテロイデス綱、及びルミノコッカス科の相対存在量を上記の分析に基づいて評価した。クロストリジウム科及びラクノスピラ科のシグナルは、少数のサンプルにおける高い存在量によって推進されるように見えるため、クロストリジウム科及びラクノスピラ科の相対存在量はさらに評価されなかった。各潜在的相関に関して、統計的検定を行って、応答者と非応答者との間に有意差があるかどうかを判定した（表１３）。相関がカテゴリー的（フィッシャーの正確検定）又は数的（マン−ホイットニーＵ検定）であるかどうかによって、特異的検定を決定した。ルミノコッカス科、クロストリジウム綱、及びバクテロイデス綱の相対存在量、並びにＷａｒｇｏタイプはすべて、応答者と非応答者との間で有意に異なり（ｐ＜０．０５）、一方でクロストリジウム綱多様性（ＯＴＵにおける）は有意に異ならなかった。
【０２２５】
[0224]次に、各潜在的相関に関して、まず特異度を最大限に高め（可能であれば１００％まで）、次いで棒プロットを使用して感度を最大限に高めることに基づいて、応答者と非応答者とを分離する最適なカットオフが選定された２項分類システムを開発した（図５、表１３）。ルミノコッカス科、クロストリジウム綱、及びバクテロイデス綱の相対存在量はすべて、Ｗａｒｇｏタイプよりも感度の高い予測因子であり（それぞれ、５４〜５７％対３７％）、相対存在量に基づく分類システムが、Ｗａｒｇｏタイプに基づくものよりも多くの応答者を捕捉し得ることを示した。従って、相対存在量の使用は、応答者と最も関連するサンプルを同定するための改善された測定基準として使用され得る。
表１３．ルミノコッカス科、クロストリジウム綱、及びバクテロイデス綱の相対存在量は、チェックポイント療法に対する応答の最も強い予測因子であることが見出された。分析された各微生物叢特徴と応答との関連が、使用された統計的検定とともに下記に示されている。２項分類子としてのそれぞれの感度及び特異度も示されている；２項分類に対するカットオフは、微生物叢特徴の後の丸括弧内に示されている。ＯＴＵは、ＵＳＥＡＲＣＨ及び記載される割り当てられた分類法に基づいた。Ｍ−Ｗ  Ｕ：マン−ホイットニーＵ検定。
【０２２６】
【表２】
2021519299.tif 000004
【０２２７】
[0225]３．ルミノコッカス科の系統発生的定義は、応答者を検出する感度を改善する
１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列から導き出された系統樹の背景において、ＮＣＢＩによるルミノコッカス科に割り当てられた分類群の具体的な検討は、一部の分類群がルミノコッカス科に関して誤分類されることを示す。図６は、ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑからの１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列及びＳｅｒｅｓ株コレクションからのシーケンシングされた株から導き出されたルミノコッカス科の系統樹を示している。灰色の分類群は、ルミノコッカス科に属さないものとしてＮＣＢＩ分類法において列挙された；従って、ＮＣＢＩに基づく分類は、系統発生と明らかに一致しない。それ故、本出願者らは、内部系統発生に基づく分類システム（具体的には、クレード１４、６１、１０１、１２５、１３５）を使用して、真の進化的関係性をより指し示す、ルミノコッカス科の定義の開発に取り組んだ。ルミノコッカス科として伝統的に分類されるクレード１３は、当該クレードがルミノコッカス科の残りと非常に分岐するため、応答者及び非応答者微生物叢を分析する目的のためにルミノコッカス科の定義から外された（図６）。ルミノコッカス科のクレードに基づく相対存在量は、応答と有意に関連し（ｐ＝０．０００７８、マン−ホイットニーＵ検定）、１００％の特異度を維持しながら、ＮＣＢＩに基づく定義よりも感度が高かった（６７％）（表１４、図７）。さらに、より多くの数のルミノコッカス科の種が、クレードに基づく定義によって検出され、サンプルあたりより高い存在量をもたらしたため、クレードに基づく定義を使用して、閾値は９．５％から１２％に増加した。それ故、さらなる研究は、ルミノコッカス科の系統発生的なクレードに基づく定義を使用した。
表１４．ルミノコッカス科のクレードに基づく定義は、応答者を分類することにおいて、ＮＣＢＩに基づく定義よりも感度が高い。分析された各微生物叢特徴と応答との関連が、使用された統計的検定とともに下記に示されている。２項分類子としてのそれぞれの感度及び特異度も示されている；２項分類に対するカットオフは、微生物叢特徴の後の丸括弧内に示されている。ＯＴＵは、ＵＳＥＡＲＣＨ及び記載される割り当てられた分類法に基づいた。Ｍ−Ｗ  Ｕ：マン−ホイットニーＵ検定。
【０２２８】
【表３】
2021519299.tif 000005
【０２２９】
[0226]４．ルミノコッカス科とバクテロイデス綱との組み合わせは、特異度を維持しながら感度の増加を提供する
分析を実施して、分類システムの組み合わせが、単一の分類システムと比べて優れた感度及び特異度を提供するであろうかどうかを判定した。上記で列挙されるいくつかの相対存在量測定基準の融合を、患者プール全体から応答者を検出することにおける感度及び特異度について検討した（表１５）。ほとんどの組み合わせ測定基準は１００％の特異度を示しながら、最小のルミノコッカス科クレードに基づく存在量と最大のバクテロイデス綱クレードに基づく存在量とを組み合わせることは、最も高い感度（８０％）を示した。各サンプルがこの分布内に入ることの詳細は図８に示されている。
表１５．ルミノコッカス科とバクテロイデス綱との組み合わせは、特異度を維持しながら感度の増加を提供する。分類システムを組み合わせることの感度及び特異度が下記に示されている。
【０２３０】
【表４】
2021519299.tif 000006
【０２３１】
[0227]５．第２のコホートにおけるルミノコッカス科測定基準の検証
上記の組み合わせ測定基準の開発後、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）と患者に対する同じ選択基準を使用して新しいデータセットを作出し（ｎ＝６９）、この新しいデータセットを使用して測定基準を検証することが望まれた。クレードに基づくルミノコッカス科の相対存在量は、検証データセットにおいて応答と有意に関連し（ｐ＝０．０３１、表１６）、一方でバクテロイデス綱の相対存在量は有意に関連しなかった（ｐ＝０．５、表１５）。応答と有意に関連した（ＮＣＢＩ分類法に基づく）綱及び科レベルで分類群を同定するデノボ分析は、ルミノコッカス科及びクロストリジウム綱のみを同定し（それぞれ、未調整ｐ＝０．０４７及び０．０４９）、元の公開データセットに存在しない検証データセットにおいて、強い相反するシグナルがないことを示した。
表１６．ルミノコッカス科及びバクテロイデス綱相対存在量についての検証検定。列挙されるｐ−値は、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）からの元の公開データ（ｎ＝４３）、検証コホート（ｎ＝６９）、及び２つのデータセットの組み合わせ（ｎ＝１１２）を含む。すべてのｐ−値は、マン−ホイットニーＵ検定を用いて出された。
【０２３２】
【表５】
2021519299.tif 000007
【０２３３】
[0228]クレードに基づくルミノコッカス科に対する１２％のカットオフ、及び上で述べられるバクテロイデス綱に対する５７％のカットオフを両方とも、感度及び特異度に関してさらに評価した。１２％のルミノコッカス科の特異度は、検証及び組み合わせデータセットの両方に対して減少し、一方で感度は６７〜６９％の値域にとどまった（表１７）。ルミノコッカス科に対するＲＯＣ曲線の評価は、組み合わせデータセットにある１２％よりも有意に良好なカットオフを示唆しなかった（図９）。＜１２％のルミノコッカス科を有する患者は、全患者の４７％（５３／１１２）、しかし全非応答者の７２％を占めた。他方で、≧１２％のルミノコッカス科を有する患者は、全患者の５３％及び全応答者の６８％を占めた（図１０）。バクテロイデス綱に関して、特異度は下がり、一方で感度は安定なままであったが、しかしながら、バクテロイデス綱の感度はすべてのデータセットにおいて５０％近くであり（表１６）、特異度が低い場合、応答者と非応答者とを区別する力を感度にほとんど与えなかった。これらの分析に基づき、最小の１２％のルミノコッカス科クレードに基づく存在量のみを使用することが、組み合わせデータセットにおいて応答者と非応答者とを区別するための最も大きな組み合わせ特異度及び感度を有する。
表１７．すべてのデータセットにおけるルミノコッカス科及びバクテロイデス綱閾値の感度及び特異度。データセットは、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）からの元の公開データ（ｎ＝４３）、検証コホート（ｎ＝６９）、及び２つのデータセットの組み合わせ（ｎ＝１１２）を含む。
【０２３４】
【表６】
2021519299.tif 000008
【０２３５】
[0229]６．ルミノコッカス科は、安定の分類にもかかわらず有意に異なる。
安定を有する患者が分析から除外される場合、シグネチャーが有効であるかどうかも判定した。安定の患者（及び、応答者として分類されたが具体的なＲＥＣＩＳＴ分類を有しない２人の患者）が応答者として含まれる（ｐ＝０．００１２、マン−ホイットニーＵ検定）又は完全に分析から除外される（ｐ＝０．００１０、マン−ホイットニーＵ検定）かどうかにかかわらず、ルミノコッカス科クレードに基づく相対存在量は、応答者と非応答者との間の同等な有意差を維持した。さらに、安定の除外は、特異度を維持しながら（全患者を有する７３％から、安定を除外した７４％へ）、組み合わせデータセットにおいて応答者を検出する感度をわずかに増加させた（全患者を有する６８％から、安定を除外した７４％へ）。安定の患者を除外した組み合わせデータセットに対するＲＯＣ曲線の検討は、ルミノコッカス科に対する１２％のカットオフの選定を支持した（図１１）。
【０２３６】
[0230]Ｃ．概要＆結論
いくつかの最近の研究は、微生物叢組成物と、癌の治療のためのチェックポイント療法に対する応答との間の相関を確証している。特に、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）は、応答者微生物叢がクロストリジウム目及びルミノコッカス科に富み、一方で非応答者微生物叢がバクテロイデス目に富むことを見出した。彼らは、患者を微生物叢「タイプ」にさらに細分し、タイプ１クラスターは応答者だけからなり、一方でタイプ２は、応答者及び非応答者の混合を含んだ。本明細書における研究は、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）の知見を検証し及び微生物叢治療法の設計のためのシグネチャーを定義することを追求した。シグネチャーは、患者の新しいコホートを用いて検証された。
【０２３７】
[0231]結論として、検証データセットの分析は、応答者は本明細書において定義されるルミノコッカス科に富んだが、非応答者はバクテロイデス綱に富んでいなかったことを示している。ルミノコッカス科のクレードに基づく相対存在量（１２％）のみを使用することは、検証及び組み合わせデータセットにおいて最も大きな感度及び特異度を実現した。応答者の定義からの安定の患者の除外は、ルミノコッカス科と応答との間の関連の有意性を低下させなかった、又は１２％の閾値を変更しなかった。Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）において見出されたルミノコッカス科と応答者との間の関連がこの分析において検証されたものの、これらの結果は、非応答者はバクテロイデス綱に富んでいないことが見出されたＧｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎら（２０１８）と対照をなす。
【０２３８】
[0232]それ故、本明細書において開示される発見は、チェックポイント阻害剤療法に対する応答と関連した微生物叢（ｍｉｒｃｏｂｉｏｍｅ）を同定するために使用され得る方法を実証している。従って、この分析は、例えばチェックポイント阻害剤療法又は他の癌療法に対する補助療法として、使用される対象となる微生物叢組成物にとって適切なドナーを同定する方法において使用され得る。治療的使用のための有用なＧＩ微生物叢を有するドナーを同定するための測定基準のこの発見に加えて、当該発見は、例えば不適切なドナーからの供与を処理することに浪費される時間及び費用が大幅に低下するような、そのようなドナーの早期同定を提供する。
＊＊＊
本明細書において開示され及び主張される方法のすべては、本開示を踏まえて、過度の実験なしに行われ得及び遂行され得る。本発明の組成物及び方法は、好ましい実施形態の観点から記載されているものの、本発明の概念、精神、及び範囲から逸脱することなく、本明細書において記載される方法に、及び方法のステップにおいて又は方法のステップの配列において変動を適用してもよいことは当業者に明白であろう。より具体的には、化学的にも生理学的にも関係するある特定の作用物質が、本明細書において記載される作用物質の代わりに代用されてもよく、一方で同じ又は同様の結果が実現されるであろうことは明白であろう。当業者に明白なすべてのそのような同様の代用品及び改変は、添付の特許請求の範囲によって規定される本発明の精神、範囲、及び概念の内にあると考えられる。
【０２３９】
[0233]ＸＩＩＩ．表
表１Ａ〜１Ｂ：集計順位付け。すべての分析法からのデータを組み合わせた後の集計順位付けが示されている。種の順位付けは、応答者及び非応答者患者群の両方において同定されている。
【０２４０】
【表７】
2021519299.tif 000009
2021519299.tif 000010
【０２４１】
【表８】
2021519299.tif 000011
2021519299.tif 000012
[0234]表２Ａ〜２Ｂ．差異的優勢度順位付け。差異的優勢度順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２４２】
【表９】
2021519299.tif 000013
【０２４３】
【表１０】
2021519299.tif 000014
[0235]表３Ａ〜３Ｂ．ＬＤＡ存在量順位付け。線形判別分析（ＬＤＡ）存在量順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２４４】
【表１１】
2021519299.tif 000015
【０２４５】
【表１２】
2021519299.tif 000016
[0236]表４Ａ〜４Ｂ．ラッソ優勢度順位付け。ラッソ優勢度順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２４６】
【表１３】
2021519299.tif 000017
【０２４７】
【表１４】
2021519299.tif 000018
[0237]表５Ａ〜５Ｂ．ラッソ存在量順位付け。ラッソ存在量順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２４８】
【表１５】
2021519299.tif 000019
【０２４９】
【表１６】
2021519299.tif 000020
[0238]表６Ａ〜６Ｂ．ランダムフォレスト優勢度順位付け。ランダムフォレスト優勢度順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２５０】
【表１７】
2021519299.tif 000021
【０２５１】
【表１８】
2021519299.tif 000022
[0239]表７Ａ〜７Ｂ．ランダムフォレスト存在量順位付け。ランダムフォレスト存在量順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２５２】
【表１９】
2021519299.tif 000023
【０２５３】
【表２０】
2021519299.tif 000024
[0240]表８Ａ〜８Ｂ．ランダムフォレストａｂｕｎＱ順位付け。ランダムフォレストａｂｕｎＱ順位付けが示されている。種は、応答者及び非応答者患者群の間で順位付けされている。
【０２５４】
【表２１】
2021519299.tif 000025
【０２５５】
【表２２】
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[0241]表９．データタイプ及び分析法。３つのデータタイプ及び各タイプのデータに適用された４つの分析法が示されている。特異的データタイプに適用された分析法は、「Ｘ」で印付けされている。
【０２５６】
【表２３】
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[0242]表１０．種コール情報。実施例において同定された細菌に対する種コールが提供されている。細菌は、公知の全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との同一性パーセントによって同定された。
【０２５７】
[0243]「ＰＣＴ  ＩＤ」とは、関連するＮＣＢＩコール（ＮＲ索引）の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列との、同定された種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列の同一性パーセントを指す。「学名」とは、配列と関連付けされたＮＣＢＩ名を指す。
【０２５８】
【表２４】
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表１１：種コール情報。フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティのＭＲＣＡの系統発生的子孫である１つ又は複数の種に属する細菌に対して、種コールが提供されている。「割り当てられた名前」とは、配列と関連付けされたＮＣＢＩ名を指す。同定された各種に対して、全長１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列が列挙されている。
【０２５９】
【表２５】
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2021519299.tif 000135
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【０２６０】
［参考文献］
以下の参考文献は、それら参考文献が、本明細書において明記されるものの補足となる例示的な手順詳細又は他の詳細を提供する程度まで、参照により本明細書に具体的に組み入れられる。
【図１】
2021519299.tif 000137
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
2021519299.tif 000141
【図６】
2021519299.tif 000142
【図７】
2021519299.tif 000143
【図８】
2021519299.tif 000144
【図９】
2021519299.tif 000145
【図１０】
2021519299.tif 000146
【図１１】
2021519299.tif 000147
【配列表】
2021519299000001.app
【国際調査報告】
2021519299.tif 000148
2021519299.tif 000149
2021519299.tif 000150
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