(57)【要約】ユーザが標的核酸分析物を定量化することを可能にするシステム、方法、コンピュータ、およびコンピュータ可読媒体が提供される。本開示は、システム、方法、埋め込まれたソフトウェアを有する核酸分析装置、ならびに核酸分析物を検出および定量化するために使用することができるコンピュータ可読媒体に関する。この開示により、ユーザは、自動分析装置で実行されるアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータを指定することができる。【選択図】図３４Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸分析物を含有することが疑われる試料中の前記標的核酸分析物を定量化する方法であって、
（ａ）第１のフルオロフォアで標識された第１の検出プローブの存在下で前記試料に対して周期的増幅反応を実行するステップであって、前記第１のフルオロフォアが、標的核酸分析物依存性蛍光を示す、ステップと、
（ｂ）前記周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光測定値を取得するステップであって、
複数の前記取得された蛍光測定値が、開始サイクルで始まり、前記標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成する、ステップと、
（ｃ）前記開始サイクルと前記ベースライン終了サイクルとの間の前記ベースラインセグメントの傾きを決定するステップと、
（ｄ）前記ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、前記ベースラインセグメントの前記傾きおよび前記ベースライン終了サイクルに依存する固定調整値を減算することによって前記蛍光測定値を調整するステップと、
（ｅ）ステップ（ｄ）からの前記調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定するか、または前記標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定し、それにより、前記標的核酸分析物を定量化するステップと、を含む方法。
【請求項２】
前記固定調整値が、前記ベースラインセグメントの前記傾きに、前記ベースライン終了サイクルの前記サイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記固定調整値が、前記ベースラインセグメントの前記傾きに、前記ベースライン終了サイクルの前記反応サイクル数を乗算した積である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ステップ（ｂ）の後およびステップ（ｃ）の前に、前記蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化するステップをさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
平滑化することが、前記蛍光測定値の前記一部に移動平均を適用することを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記移動平均を適用することが、Ｍサイクルにわたって平均化することを含み、Ｍが、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化することが、多項式曲線フィッティングまたはスプライン平滑化のいずれかを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
蛍光測定値がゼロ未満の値を有さないように、蛍光測定値を平準化することをさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の検出プローブの前記第１のフルオロフォアからの蛍光測定値に対してクロストーク補正を実行することをさらに含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
クロストーク補正が、前記第１のフルオロフォアについて測定された蛍光信号から、第２の検出プローブの第２のフルオロフォアからのブリードスルー信号の推定値を減算することを含み、
前記第２の検出プローブが、前記第２のフルオロフォアを含み、
前記第２のフルオロフォアおよび前記第１のフルオロフォアが、重複する発光スペクトルを有し、
ブリードスルー信号の前記推定値が、前記第２のフルオロフォアからの同時蛍光測定値、および前記第１のフルオロフォアの前記蛍光測定値における、前記第２のフルオロフォアからの予想されたブリードスルー信号に対する前記第２のフルオロフォアからの観察された蛍光の所定の割合に依存する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ベースラインセグメントについて蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、前記ベースラインセグメントの前記傾き、および前記測定値が取得された前記サイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによって前記蛍光測定値を調整することをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
変換領域除外ステップをさらに含み、前記周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が、排除され、それにより、前記ベースラインセグメントの前記開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きに達したときを決定し、それにより、前記ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記周期的増幅反応における隣接するサイクル対での蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加に達したときを決定し、それにより、前記ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第１の検出プローブが、前記第１のフルオロフォアとエネルギー伝達関係にあるクエンチャー部分をさらに含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１の検出プローブが、クエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターをさらに含み、
（ｉ）自己相補的領域を含み、前記第１のフルオロフォアの消光もしくはそれからのＦＲＥＴ移動を減少させる前記標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション時に構造変化を受けるか、
（ｉｉ）前記第１の検出プローブから前記第１のフルオロフォアを放出する前記標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後にエキソヌクレオリシスを受け、それにより、蛍光が増加するか、または
（ｉｉｉ）前記標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後に開裂された一次プローブの断片へのハイブリダイゼーション後に開裂を受け、前記第１の検出プローブの開裂により前記第１のフルオロフォアが放出され、それにより、蛍光が増加するか、のいずれかである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ステップ（ｅ）が、
（ｉ）ステップ（ｄ）の前記調整された蛍光測定値の最大値からステップ（ｄ）の前記調整された蛍光測定値の最小値を減算し、それにより、蛍光範囲値を提供することと、
（ｉｉ）前記蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、前記標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定することと、を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、前記Ｃｔ値が、ステップ（ｄ）において、前記調整された蛍光測定値が前記所定の閾値以上である最も早いサイクル数として決定される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ステップ（ｄ）からの少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、前記Ｃｔ値が、
（ｉ）前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値が生じた前記サイクル、
（ｉｉ）前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値、
（ｉｉｉ）前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定の値、を含む値から決定される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記Ｃｔ値が、前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間から推定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記補間が、線形補間である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記Ｃｔ値が、前記補間における前記所定の閾値に対応する分数サイクル値である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記方法が、
前記試料からの蛍光を測定するように構成されている１つ以上の蛍光検出器と、
前記試料の温度を調節するように構成されているサーモサイクラー装置と、
前記１つ以上の蛍光検出器および前記サーモサイクラー装置に動作可能に連結され、命令を格納して、前記試料をサーモサイクルし、蛍光測定値を取得し、前記蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化し、前記ベースラインセグメントの前記傾きを決定し、前記蛍光測定値を調整し、前記Ｃｔ値を決定するか、または前記標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定するプロセッサおよびメモリと、を含むシステムを使用して実行される、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記１つ以上の蛍光検出器が、複数のチャネルにおける蛍光を検出するように構成されている、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記周期的増幅反応が、ポリメラーゼ連鎖反応である、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するためのソフトウェア命令でプログラムされたコンピュータであって、前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、
（ａ）周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光標識されたプローブによって生成された蛍光の測定値を含むリアルタイム実行曲線データセットを受信させ、
前記周期的増幅反応が、前記標的核酸分析物が存在する場合、それを増幅し、
複数の前記受信された蛍光測定値が、開始サイクルで始まり、前記標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成し、
（ｂ）前記開始サイクルと前記ベースライン終了サイクルとの間の前記ベースラインセグメントの傾きを決定させ、
（ｃ）前記ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が取得される複数のサイクルまたは時間の各々について、前記ベースラインセグメントの前記傾きおよび前記ベースライン終了サイクルに依存する値を減算することによって前記蛍光測定値を調整させ、
（ｄ）ステップ（ｃ）からの前記調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定させるか、または前記標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定させ、それにより、前記標的核酸分析物を定量化させる、コンピュータ。
【請求項２７】
ステップ（ｂ）の前に、前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記開始サイクルおよび前記ベースライン終了サイクルの各々を決定させる、請求項２６に記載のコンピュータ。
【請求項２８】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、変換領域除外ステップを実行させ、前記周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が排除されて、それにより、前記ベースラインセグメントの前記開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定させる、請求項２６または前記２７のいずれかに記載のコンピュータ。
【請求項２９】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きに達したときを決定して、それにより、前記ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３０】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加に達したときを決定して、それにより、前記ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３１】
ステップ（ｃ）における前記ベースラインセグメントの前記傾きおよび前記ベースライン終了サイクルに依存する値が、前記ベースラインの前記傾きに、前記ベースライン終了サイクルの前記数を乗算した積である、請求項２６〜３０のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３２】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、
（ｉ）前記調整された蛍光測定値の最大値から前記調整された蛍光測定値の最小値を減算させ、それにより、蛍光範囲値を提供し、
（ｉｉ）前記蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、前記標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定させる、請求項２６〜３１のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３３】
前記ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定が所定の閾値以上である場合、前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、ステップ（ｄ）において、前記Ｃｔ値を前記調整された蛍光測定値が前記所定の閾値以上である最も早いサイクル数と決定させる、請求項２６〜３２のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３４】
前記ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である場合、前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、前記先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間から前記Ｃｔ値を推定させる、請求項２６〜３３のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３５】
前記補間が、線形補間である、請求項３４に記載のコンピュータ。
【請求項３６】
前記Ｃｔ値が、分数サイクル値である、請求項３５に記載のコンピュータ。
【請求項３７】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記ベースラインセグメントの傾き、および前記測定値が取得された前記サイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによって前記ベースラインセグメント内の複数の蛍光測定値を調整させる、請求項２６〜３６のいずれか一項に記載のコンピュータ。
【請求項３８】
試験試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するためのシステムであって、
サーモサイクラーと、
前記サーモサイクラーと光通信する蛍光光度計であって、
時間またはサイクル数の関数として核酸増幅産物の産生を測定する、蛍光光度計と、
前記蛍光光度計と通信するコンピュータであって、
前記コンピュータに、
（ａ）前記蛍光光度計によって作製された測定値から調製されたリアルタイム実行曲線データセットを取得させ、
（ｂ）前記リアルタイム実行曲線データセット内のベースラインセグメントを特定させ、
ベースラインセグメントが、開始サイクルで始まり、リアルタイム実行曲線データセット内の検出可能な増幅の期間に先行するベースライン終了サイクルで終了し、
（ｃ）前記開始サイクルと前記ベースライン終了サイクルとの間の前記ベースラインセグメントの傾きを計算させ、
（ｄ）ベースライン終了サイクルよりも大きい反応サイクル数でのリアルタイム実行曲線データセット内の複数のポイントの各々から、ベースラインセグメントの傾きにベースライン終了サイクルの反応サイクル数を乗算した積を含む固定調整値を減算することによって、調整されたデータセットを生成させ、
前記固定調整値が、前記ベースラインセグメントの前記傾きに、前記ベースライン終了サイクルのサイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積未満であり、
（ｅ）前記調整されたデータセットを使用してサイクル閾値（Ｃｔ）値を決定させ、それにより、前記標的核酸分析物を定量化させる、ソフトウェア命令でプログラムされた、コンピュータと、を含む、核酸分析装置を含む、システム。
【請求項３９】
前記コンピュータが、前記核酸分析装置の不可欠な構成要素である、請求項３８に記載のシステム。
【請求項４０】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータに、前記ベースライン終了サイクルを含む前記ベースラインセグメント内の複数のポイントの各々から反応サイクル依存値をさらに減算させ、
各減算された各反応サイクル依存値が、前記ベースラインセグメントの前記傾きに、測定値が作製された反応サイクル数または時間を乗算した積を含む、請求項３８または請求項３９に記載のシステム。
【請求項４１】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータに、前記サーモサイクラーに指示して、核酸増幅反応を実行させる、請求項３８〜４０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４２】
ステップ（ｄ）で減算された前記固定調整値が、前記ベースラインセグメントの前記傾きに、前記ベースライン終了サイクルの前記サイクル数を乗算した積である、請求項３８〜４１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４３】
前記ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、前記Ｃｔ値が、
（ｉ）前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値が生じた前記サイクル、
（ｉｉ）前記所定の閾値以上の前記最も早い調整された蛍光測定値、
（ｉｉｉ）前記所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定の蛍光値、を含む値から決定される、請求項３８〜４２のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４４】
前記ソフトウェア命令が、前記コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに、前記ベースラインセグメントの傾き、および前記測定値が取得された前記サイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによって前記ベースラインセグメント内の複数の蛍光測定値を調整させる、請求項３８〜４３のいずれか一項に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
この出願は、２０１８年７月１０日に出願された米国仮出願第６２／６９６，１４７号および２０１８年８月１７日に出願された米国仮出願第６２／７６４，９４６号の利益を主張する。これらの先行出願の開示全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本開示は、システム、方法、埋め込まれたソフトウェアを有する核酸分析装置、ならびに核酸分析物を検出および定量化するために使用することができるコンピュータ可読媒体に関する。この開示により、ユーザは、自動分析装置で実行されるアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータを指定することができる。
【背景技術】
【０００３】
分子アッセイは、臨床診断、スクリーニング、モニタリング、工業試験および環境試験、健康科学研究、ならびに他の応用において、試料中の関心対象の分析物、例えば、微生物またはウイルスの存在もしくは量を検出するため、または生物の遺伝的異常もしくは変異を検出するために使用される核酸ベースの試験である。分子アッセイは、診療医が感染の程度を決定するか、または治療の効果をモニタリングするのを可能にする。当業者に公知であるように、分子アッセイは、一般に、試料中の関心対象の生物またはウイルスのものである標的核酸の検出または定量化をもたらす複数のステップを含む。ほとんどの分子アッセイは、試料が、標的核酸に対する特異性を示す検出プローブまたは増幅プライマーに曝露される検出ステップを含む。アッセイの感度を増加させるために、標的核酸は、例えば、核酸（「アンプリコン」）を数桁増幅するポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）などの核酸増幅反応によって増幅され得る。ＰＣＲは、反応混合物の加熱および冷却の繰り返されるサイクルからなる熱サイクルを用いる。反応は、一般に、酵素および追加の反応材料とともに増幅プライマー（例えば、標的核酸領域に相補的な配列を含む短いＤＮＡ断片）を用いて開始される。経時的なアンプリコンの増加は、「リアルタイム」で（すなわち、進行中の増幅反応の間）、または反応終了時（すなわち、「エンドポイント」モニタリング）にモニタリングされ得る。アンプリコンの増加は、アンプリコンの存在を示す信号放出（例えば、所定の波長または波長範囲での蛍光レベルなど）を測定する信号検出装置（例えば、蛍光検出装置）を使用して検出され得る。
【０００４】
分子アッセイは、一般に、体外診断薬（「ＩＶＤ」）アッセイ、および顧客または他の第三者により開発され、検証され、使用されるラボ開発アッセイ（本明細書において「ラボ開発検査」または「ＬＤＴ」と称される）に分類され得る。新たに出現する病原体および変異体の世界では、顧客または他の第三者らは、ＩＶＤが市販されていない対象分析物を検出するためのＬＤＴの開発を望むこと、あるいは顧客または第三者らが、ＩＶＤを補うために分析物特異的試薬（「ＡＳＲ」）をＩＶＤに組み込むことによってＬＤＴの開発を望むことがある。
【０００５】
分子ＬＤＴは、通常は特定のＬＤＴに特異的な増幅オリゴマー、検出プローブなどを必要とする。ＬＤＴを実施することができる既知の分析システムは、バッチモードで、または共通のモジュールもしくはリソースを使用することなくＩＶＤアッセイおよびＬＤＴを実施するように設計されている。バッチモードで実施される場合、試料の第１のコレクションに対する第１のアッセイタイプ（例えば、ＩＶＤまたはＬＤＴ）は、試料の第２のコレクションに対する第２のアッセイタイプを開始する前に完了する。多くの場合、第２のアッセイタイプを実施するための試薬および消耗品は、第１のアッセイタイプの完了後までシステムに導入されない。
【０００６】
核酸増幅アッセイなどの分子アッセイは、アッセイを実施するためのプロトコルを定義する異なるパラメータに従って、コンピュータ制御された自動分子システムによって実施される。一般に、これらのパラメータは、アッセイの間、システムによって実施されるステップを定義する（例えば、使用されるべき試薬の種類および量、インキュベーション条件、温度サイクリングパラメータ（例えば、サイクル時間、変性温度、アニーリング温度および伸長温度を含む温度、ＲＮＡまたはＤＮＡ標的の選択など）など）。これらのパラメータは、データ処理、データ整理、およびプロトコルによって生成されたデータについての結果の解釈も定義する。
【０００７】
多くの場合、分子システムで実施されるＩＶＤアッセイのプロトコル（すなわち、パラメータ）は、システムに事前インストール／事前ロードされる。ＩＶＤアッセイは、既知の標準化された（およびは規制された）アッセイであるため、それらのパラメータは通常、公知かつ／または固定であり、ユーザによって変更することができない。しかしながら、ＬＤＴは、ユーザまたは第三者によって開発または確立されるため、カスタムプロトコルが必要とされる場合があるが、それは、ＬＤＴプロトコルを定義するパラメータの少なくとも一部がユーザ／第三者によって提供されるからである。
【０００８】
ＬＤＴのエンドユーザまたは開発者は、試験中の試料内の標的核酸分析物を定量化することを望む場合がある。したがって、容易に自動化され、核酸アッセイにおける偽陽性および偽陰性決定の発生率を最小限に抑えるのに役立つ堅牢な定量分析方法を確保する必要がある。本開示は、改善された定量的分析ツールおよびアプローチの必要性に対処する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
アッセイに関連するユーザ定義のパラメータを選択することによりユーザがＬＤＴを定義できるようにする方法およびシステムが開示される。
【００１０】
ソフトウェアツールは、分子システムのアッセイプロトコルを生成することができる。各アッセイは、アッセイ定義ファイル（ＡＤＦ）において定義されてもよく、これには、結果の処理方法、実行されるプロセスステップ、それらが実行される順序、生成される解釈などを説明する情報が含まれてもよい。ソフトウェアツールにより、様々な機能および情報へのアクセスを提供するインタラクティブなボタン、メニュー、および／またはアイコンを含む１つ以上のウィンドウ、画面、またはグラフィカルユーザインタフェース（「ＧＵＩ」）を介して、ユーザがＬＤＴを開発および定義できるようになる。
【００１１】
後により詳細に記載されるように、ＬＤＴが分子システムによって実行または実施され、データセットが取得された後、コントローラは、ユーザがデータを処理し、アッセイの結果を検討することを可能にし得る。コントローラは、ユーザが、ユーザ定義のパラメータの少なくとも一部を変更し、変更したユーザ定義のパラメータを使用してデータセットを再実行し、結果を再検討して、アッセイ結果に対する選択されたユーザ定義のパラメータの影響を調査することも可能にし得る。したがって、幾つかの実施形態では、コントローラは、ユーザが、ＬＤＴを実施するためのユーザ定義のパラメータの最適化されたセット（例えば、ユーザにより立証された結果をもたらす１セットのユーザ定義のパラメータ）を決定することを可能にし得る。次いで、コントローラは、ユーザが、最適化されたユーザ定義のパラメータを、作成された（または確立された）ＬＤＴプロトコルに関連付け、開発されたＬＤＴのためのパラメータを確定させ、ロックする（例えば、それらが不注意に変更されないように）ことを可能にし得る。
【００１２】
本開示の実施形態では、自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実施するためのシステムおよび方法が開示される。
【００１３】
一実施形態では、自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実施する方法が開示される。上記方法は、（ａ）分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップ、（ｂ）複数の試料収容容器のうちの１つに収容された第１の試料に対して実行されるべき第１の核酸増幅アッセイを割り当てるステップを含み得る。第１の核酸増幅アッセイは、第１のセットのアッセイパラメータに従って実行され得、当該第１のセットのアッセイパラメータは、システム定義のパラメータから構成され得る。上記方法は、（ｃ）複数の試料収容容器のうちの１つに収容された第２の試料に対して実行されるべき第２の核酸増幅アッセイを割り当てるステップを含み得る。第２の核酸増幅アッセイは、第２のセットのアッセイパラメータに従って実行され得、当該第２のセットのアッセイパラメータは、１つ以上のユーザ定義のパラメータを含み得る。上記方法は、（ｄ）第１および第２の試料中にそれぞれ存在し得る第１の分析物および第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第１および第２の試料の各々を曝露させることによって、精製された形態の第１および第２の試料の生成するステップも含み得る。上記方法は、（ｅ）精製された形態の第１の試料を含有する第１の増幅反応混合物および精製された形態の第２の試料を含有する第２の増幅反応混合物を形成するステップであって、当該第１の増幅反応混合物が、第１の分析物の第１の領域または第１の核酸増幅アッセイの第１の核酸増幅反応において第１の分析物に結合した核酸を増幅するための第１のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第２の増幅反応混合物が、第２の分析物の第２の領域または第２の核酸増幅アッセイの第２の核酸増幅反応において第２の分析物に結合した核酸を増幅するための第２のセットの増幅オリゴマーを含有するステップも含み得る。上記方法は、（ｆ）第１および第２の増幅反応混合物を第１および第２の領域をそれぞれ増幅するための加熱条件に曝露させるステップ、および（ｇ）第１および第２の増幅反応混合物中の第１および第２の分析物の存在または不存在をそれぞれ決定するステップも含み得る。いくつかの実施形態では、上記のステップ（ｂ）において、第１の核酸増幅アッセイは、ユーザ定義のパラメータが第１の核酸増幅アッセイを実行するのに使用されないようにシステム定義のパラメータのみから構成される第１のセットのアッセイパラメータに従って実行される。
【００１４】
本開示の方法の様々な実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る。複数の試料収容容器は、ステップ（ａ）の間、１つ以上の容器保持ラックにより支持され得る。第１および第２の試料は、同一の試料収容容器に収容された同一の試料であり得る。第１および第２の試料は、異なる試料収容容器に収容され得る。割り当てステップは、実行されるアッセイをタッチスクリーンまたはキーボードを使用して特定することを含み得る。ユーザ定義のパラメータのうちの１つ以上は、タッチスクリーンまたはキーボードを使用して分析装置のコントローラに通信され得る。割り当てステップは、試料収容容器または容器保持ラック上の機械可読なしるし、どのアッセイを実行するかを識別する機械可読なしるしを読み取ることを含み得る。割り当てステップは、ステップ（ａ）の間か後に実行され得る。ユーザ定義のパラメータは、ステップ（ｇ）において分析装置により生成される生データを処理するために使用され得る。第１および第２の核酸増幅アッセイは、それぞれＰＣＲ反応を含み得、ここで、ユーザ定義のパラメータは温度プロファイルを含み得、第１の核酸増幅反応の温度プロファイルは、第２の核酸増幅反応の温度プロファイルと同一であり得るか、または異なり得る。ＰＣＲ反応は、リアルタイムで実行され得る。第１および第２の核酸増幅反応の温度プロファイルは、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つが異なり得る。ステップ（ｄ）は、第１および第２の分析物を固体支持体上に固定化することを含み得る。固体支持体は、磁気応答性であり得る。ステップ（ｄ）は、第１および第２の試料を磁界に曝露させるとともに第１および第２の試料から固定化されていない成分を除去することを含み得る。ステップ（ｄ）において、磁界は、第１および第２の試料について同一の供給源により供給され得る。ステップ（ｄ）は、第１および第２の試料から固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含むことを含み得る。
【００１５】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１および第２の分析物は、第１および第２の試料中に存在する場合、ステップ（ｄ）において固体支持体上に特異的に固定化され得る；第１および第２の試料中の核酸は、ステップ（ｄ）において固体支持体上に非特異的に固定化され得る；本開示の方法は、第１の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび第１のセットの増幅オリゴマーを含有する第１の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第１の増幅試薬が第１の溶媒に溶解され、当該第１の溶媒が増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しないステップならびに第２の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第２の増幅試薬を溶解するステップであって、当該第２の増幅試薬が第２のセットの増幅オリゴマーを含有する第２の溶媒に溶解され、当該第２の増幅試薬がいずれの増幅オリゴマーも含有しないステップをさらに含み得る；第１および第２の増幅試薬の各々は、凍結乾燥物であり得る；第１および第２の増幅試薬の各々は、単位用量試薬であり得る；第１の増幅試薬は、第１の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し得、第２の溶媒は、第２の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し得る；第１の単位用量試薬および第２の増幅試薬は、それぞれ検出プローブを含有し得る；第１および第２の溶媒は、ヌクレオシド三リン酸をさらに含有し得る；第２の溶媒は、第１のホルダにより支持された第１のバイアル中に収容され得る；第１のホルダは、１つ以上の追加のバイアルを支持し得、１つ以上の追加のバイアルの各々は、第２の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容し得る；上記方法は、第１のホルダの第１のバイアルを第２の核酸増幅アッセイに関連付けるステップをさらに含み得る。
【００１６】
本開示の方法の様々な実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１の溶媒は、異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用試薬であり得る；第１の溶媒は、密閉された液体リザーバーおよび流体連結されているアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され得、当該アクセスチャンバーは、当該第２のホルダから第１の溶媒を取り出すために、流体移送装置によりアクセス可能であり得る；第１および第２の増幅試薬は、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および再構成または溶解され得、各試薬パックは、複数の混合ウェルを含む。第１および第２の分析物の各々は、核酸またはタンパク質であり得る；第１および第２の増幅反応混合物は、それぞれ、第１および第２の反応容器中で形成され得る；油は、ステップ（ｆ）の前に第１および第２の反応容器の各々に分配され得る；上記方法は、ステップ（ｆ）の前に第１および第２の反応容器の各々をキャップで閉じるステップをさらに含み得、当該キャップは、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第１または第２の容器に係合し得る；上記方法は、ステップ（ｆ）の前に閉じられた第１および第２の反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、第１および第２の反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを有する遠心分離機で実施され得るステップをさらに含み得る；第１および第２の反応容器の各々は、一体型ユニットの一部として任意の他の反応容器に物理的に接続されていない異なる別個の容器であり得る。
【００１７】
本開示の方法の様々な実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１および第２の増幅反応混合物を形成する際にステップ（ｅ）の前に、精製された形態の第１および第２の試料が、それぞれ第１および第２の溶出液に含有されるように精製された形態の第１および第２の試料を溶出緩衝液と接触させるステップ；上記方法は、ステップ（ｅ）の前に第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップをさらに含み得る；上記方法は、貯蔵容器をキャップで閉じるステップをさらに含み得、当該キャップは摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合し得る；上記方法は、少なくともステップ（ｇ）の完了まで分析装置内に貯蔵容器を保持するステップをさらに含み得る；上記方法は、実施されるべき第３の核酸増幅アッセイを貯蔵試料のアリコートに割り当てるステップであって、第３の核酸増幅アッセイが、第３のセットのアッセイパラメータに従って実施され、当該第３のセットのアッセイパラメータが、第１および第２のセットのアッセイパラメータと異なり得るステップ、ステップ（ｇ）の後に第３の増幅反応混合物を貯蔵容器のアリコートとともに形成するステップであって、当該第３の増幅反応混合物が、第３の分析物の第３の領域または第３の核酸増幅反応において当該第３の分析物に結合する核酸を増幅するための第３のセットの増幅オリゴマーを含有し得るステップ、当該第３の領域を増幅するために当該第３の増幅反応混合物を熱的条件に曝露させるステップ、ならびに当該第３の増幅反応混合物中の当該第３の分析物の存在または不存在を決定するステップをさらに含み得る；第３の核酸増幅アッセイは、ステップ（ｇ）の後に割り当てられ得る；第１および第２の増幅反応混合物について、ステップ（ｆ）は、異なる時点で開始され得る；第１の核酸増幅アッセイは、ＩＶＤアッセイであり得、第２の核酸増幅アッセイは、ＬＤＴであり得る；ＬＤＴは、第２のセットの増幅オリゴマーを含むＡＳＲを用いて実施され得る；第１および第２の増幅反応混合物は、ステップ（ｆ）において同時に熱的条件に曝露され得る。
【００１８】
別の実施形態では、非一時的なコンピュータ可読媒体が開示される。コンピュータ可読媒体は、自動化システムのコンピュータコントローラによって実行される場合、システムに提供される試料に対して核酸増幅アッセイを実施するように適合され得、システムに、（ａ）１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを指定するユーザ入力を受信および保存するシステムプロセス、（ｂ）（ｉ）第１の核酸増幅アッセイが、第１のセットのアッセイパラメータに従って第１の試料に実施されるように指定する入力であって、当該第１のセットのアッセイパラメータが、システム定義のアッセイパラメータからなり得る入力、（ｉｉ）および第２の核酸増幅アッセイが、第２のセットのアッセイパラメータに従って第２の試料に対して実行されるように指定する入力であって、当該第２のセットのアッセイパラメータが、１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを含み得る入力を受信するシステムプロセス、を実行させ得るコンピュータ実行可能命令によって符号化される。また上記命令は、システムに（ｃ）第１および第２の試料中にそれぞれ存在し得る第１の分析物および第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第１および第２の試料の各々を曝露させることによって、精製された形態の第１および第２の試料を生成させ得、（ｄ）第１のセットのアッセイパラメータによって指定された第１の増幅試薬を精製された形態の第１の試料と組み合わせることによって第１の増幅反応混合物を形成させ得、（ｅ）第２のセットのアッセイパラメータによって指定された第２の増幅試薬を精製された形態の第２の試料と組み合わせることによって第２の増幅反応混合物を形成させ得る。また上記命令は、システムに（ｆ）第１の増幅反応混合物を第１のセットのアッセイパラメータによって指定された増幅条件に曝露させ得、（ｇ）第２の増幅反応混合物を第２のセットのアッセイパラメータによって指定された増幅条件に曝露させ得、（ｈ）システムプロセス（ｆ）および（ｇ）を実行させた後に、第１の増幅反応混合物中の第１の分析物の存在または不存在を決定させ得、第２の増幅反応混合物中の第２の分析物の存在または不存在を決定させ得る。
【００１９】
本開示の非一時的なコンピュータ可読媒体の種々の実施形態は、システムに以下のシステムプロセスを代替的にまたは追加的に実行させ得る：システムプロセス（ｂ）が第１および第２の試料のうちの少なくとも１つを用いて実行されるべきアッセイを特定するユーザ入力をタッチスクリーンまたはキーボードから受信することを含み、システムプロセス（ｂ）がグラフィカルユーザインタフェースからユーザ入力を受信することを含み、ユーザ定義のパラメータのうちの１つ以上がタッチスクリーンまたはキーボードを使用して入力され、ユーザ定義のパラメータのうちの１つ以上がグラフィカルユーザインタフェースを使用して入力され、ユーザ定義のパラメータのうちの１つ以上が携帯型記憶媒体を使用して入力され、システムプロセス（ｂ）が第１および第２の試料のうちの少なくとも１つを用いてどのアッセイを実行するべきか特定する機械可読なしるしを読み取ることを含み、１つ以上のユーザ定義のパラメータがシステムプロセス（ｈ）においてシステムによって生成されたデータを処理するために使用されるパラメータを含み、第１および第２の核酸増幅アッセイがそれぞれＰＣＲ反応を含み、ユーザ定義のパラメータがシステムプロセス（ｇ）の増幅条件を定義する温度プロファイルを含み、第１の核酸増幅アッセイの温度プロファイルが第２の核酸増幅アッセイの温度プロファイルと同一であるかまたは異なり、第１および第２の核酸増幅アッセイの温度プロファイルがサイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つで異なり、システムプロセス（ｃ）が第１および第２の試料を、第１の分析物および第２の分析物を第１および第２の試料中に存在する場合、固定化するように適合された固体支持体に曝露させることを含み、システムプロセス（ｃ）が固体支持体を固定化し、第１および第２の試料の固定化されていない成分を除去することを含むシステムプロセス。
【００２０】
本開示の非一時的なコンピュータ可読媒体の種々の実施形態は、システムに以下のシステムプロセスを代替的にまたは追加的に実行させ得る：システムプロセス（ｃ）が第１および第２の試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含み、コンピュータ実行可能命令がシステムにさらに、システムプロセス（ｄ）において第１の増幅反応混合物を形成する前に第１の増幅試薬を第１の溶媒で溶解させ、システムプロセス（ｅ）において第２の増幅反応混合物を形成する前に第２の増幅試薬を第２の溶媒で溶解させるシステムプロセスを実行させ、システムプロセス（ｆ）および（ｇ）の前に油が第１および第２の増幅反応混合物の各々に分配され、ステップ（ｆ）および（ｇ）の前にコンピュータ実行可能命令がさらにシステムに第１および第２の増幅反応混合物を遠心分離機に移送させ、コンピュータ実行可能命令がさらにシステムに、第１の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第１の試料が第１の溶出液中に含有されるように、システムプロセス（ｄ）の前に精製された形態の第１の試料を溶出緩衝液に接触させ、第２の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第２の試料が第２の溶出液中に含有されるように、システムプロセス（ｅ）の前に精製された形態の第２の試料を溶出緩衝液に接触させ、コンピュータ実行可能命令がさらにシステムに、システムプロセス（ｄ）および（ｅ）の前に、それぞれ第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送させるシステムプロセス。
【００２１】
本開示の非一時的なコンピュータ可読媒体の種々の実施形態は、システムに以下のシステムプロセスを代替的にまたは追加的に実行させ得る：コンピュータ実行可能命令がさらにシステムに、貯蔵容器中のアリコートに対して実施されるべき第３の核酸増幅アッセイを指定する入力であって、当該第３の核酸増幅アッセイが第３のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第３のセットのアッセイパラメータが第１および第２のセットのアッセイパラメータと異なる入力を受容させ、システムプロセス（ｇ）の後、当該第３のセットのアッセイパラメータによって指定される第３の増幅試薬を貯蔵容器中のアリコートと組み合わせることによって第３の増幅反応混合物を形成させ、当該第３の増幅反応混合物を当該第３のセットのアッセイパラメータによって指定される増幅条件に曝露させ、当該第３の増幅反応混合物中の第３の分析物の存在または不存在を決定させ、システムプロセス（ｇ）の後、第３の核酸増幅アッセイを指定する入力が受信され、第１および第２の増幅反応混合物についてシステムプロセス（ｈ）が異なる時点で開始され、第１の核酸増幅アッセイがＩＶＤアッセイであり、第２の核酸増幅アッセイがＬＤＴであり、システムプロセス（ｆ）および（ｇ）が、第１および第２の増幅反応混合物を同時に増幅条件に曝露させることを含むシステムプロセス。
【００２２】
別の実施形態では、システムに提供される試料に対して核酸増幅アッセイを実施するための自動化システムが開示される。システムは、（ａ）１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを指定する入力を可能にするように構成されたデータ入力コンポーネント、（ｂ）第１のセットのアッセイパラメータを保存するデータ記憶媒体であって、当該第１のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータおよび第２のセットのアッセイパラメータからなり得、当該第２のセットのアッセイパラメータが１つ以上のユーザ定義のパラメータを含み得るデータ記憶媒体、（ｃ）（ｉ）第１の核酸増幅アッセイが、当該第１のセットのアッセイパラメータに従って第１の試料に対して実行されるように、および（ｉｉ）第２の核酸増幅アッセイが、第２のセットのアッセイパラメータに従って第２の試料に対して実行されるように指定する入力を可能にするように構成されたコマンド入力コンポーネント、（ｄ）第１および第２の試料中にそれぞれ存在し得る第１の分析物および第２の分析物を単離および精製するのに十分な試薬および条件に第１および第２の試料の各々を曝露させることによって、精製された形態の第１および第２の試料を生成するように構成された１つ以上の洗浄ステーション、（ｅ）第１のセットのアッセイパラメータによって指定される第１の増幅試薬を精製された形態の第１の試料と組み合わせることによって第１の増幅反応混合物を形成し、第２のセットのアッセイパラメータによって指定される第２の増幅試薬を精製された形態の第２の試料と組み合わせることによって第２の増幅反応混合物を形成するように構成および制御された流体移送装置、（ｆ）当該第１の増幅反応混合物を当該第１のセットのアッセイパラメータによって指定される第１の増幅条件に曝露させ、当該第２の増幅反応混合物を当該第２のセットのアッセイパラメータによって指定される第２の増幅条件に曝露させるように構成および制御された熱処理ステーション、および（ｇ）当該第１および第２の増幅反応混合物が、それぞれ当該第１および第２の増幅条件に曝露される間か後に、当該第１の増幅反応混合物中の当該第１の分析物の存在または不存在を検出し、当該第２の増幅反応混合物中の当該第２の分析物の存在または不存在を決定するように構成および制御された検出システムを含み得る。
【００２３】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：第１および第２の試料は、システム内の１つ以上の容器保持ラックによって支持される試料収容容器においてシステムに提供される；第１および第２の試料は、同一の試料収容容器に収容された同一の試料を構成する；第１および第２の試料は、異なる試料収容容器に収容される；コマンド入力コンポーネントは、タッチスクリーン、キーボード、およびグラフィカルユーザインタフェースのうちの１つ以上を含む；データ入力コンポーネントは、タッチスクリーン、キーボード、およびグラフィカルユーザインタフェースのうちの１つ以上を含み、第１および第２の試料に対してどのアッセイを実施するべきかを特定する機械可読なしるしを読み取るように構成された読み取り装置をさらに含み得る；１つ以上のユーザ定義のパラメータが、検出システムによって生成されたデータを処理するために使用されるパラメータを含む；第１および第２の核酸増幅アッセイは、各々、ＰＣＲ反応を含み、ユーザ定義のパラメータは、熱処理ステーションによって達成される温度プロファイルを含み、第１の核酸増幅アッセイの温度プロファイルは、第２の核酸増幅アッセイの温度プロファイルと同一であるかまたは異なる；検出システムは、第１の核酸増幅アッセイの温度プロファイルの間、リアルタイムで第１の増幅反応混合物中の第１の分析物の有無を決定し、第２の核酸増幅アッセイの温度プロファイルの間、リアルタイムで第２の増幅反応混合物中の第２の分析物の有無を決定するように構成されている；第１および第２の核酸増幅アッセイの温度プロファイルは、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つが異なる。
【００２４】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：１つ以上の洗浄ステーションが、第１および第２の分析物を固体支持体上に固定化するように構成されている；固体支持体は、磁気応答性である；１つ以上の洗浄ステーションが、第１および第２の試料を磁界に曝露させる間に第１および第２の試料の固定化されていない成分を除去するように構成されている；磁界は、第１および第２の試料について同一の供給源により供給される；１つ以上の洗浄ステーションが、第１および第２の試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁するように構成されている；システムは、第１の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび第１のセットの増幅オリゴマーを含有する第１の非液体試薬を溶解させるように、さらに構成および制御され、第１の非液体試薬は、第１の溶媒で溶解し、第１の溶媒は、増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有せず、第２の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第２の非液体試薬を溶解させ、第２の非液体試薬は、第２のセットの増幅オリゴマーを含有する第２の溶媒で溶解し、第２の非液体試薬は、いかなる増幅オリゴマーをも含有しない；第２の溶媒は、第１のホルダによって支持されるバイアル中に収容される；第１のホルダは、複数のバイアルを支持し、バイアルのうちの少なくとも１つが、第２の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する；システムは、命令を受信した際に、第１のホルダ内のバイアルを第２の核酸増幅アッセイに関連付けるようにさらに構成および制御されている；第１の溶媒は、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダ内に収容され、アクセスチャンバーは、第２のホルダから第１の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の非液体試薬は、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む；第１および第２の増幅反応混合物は、それぞれ第１および第２の反応容器中で形成される。
【００２５】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：流体移送装置は、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に、第１および第２の反応容器の各々に油を分配するようにさらに構成および制御されている；流体移送装置は、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に、第１および第２の反応容器の各々をキャップで閉じるようにさらに構成および制御され、キャップは、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第１または第２の容器に係合する；第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に、閉じられた第１および第２の反応容器を遠心分離するための遠心分離機をさらに含み、遠心分離機は、第１および第２の反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを含む；第１および第２の反応容器の各々は、一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；流体移送装置は、第１の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第１の試料が第１の溶出液中に含有されるように、第１の増幅反応混合物を形成する前に、精製された形態の第１の試料を溶出緩衝液に接触させ、第２の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第２の試料が第２の溶出液中に含有されるように、第２の増幅反応混合物を形成する前に、精製された形態の第２の試料を溶出緩衝液に接触させるようにさらに構成および制御されている；流体移送装置は、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ形成する前に、第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送するようにさらに構成および制御されている；流体移送装置は、貯蔵容器をキャップで閉じるようにさらに構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する。
【００２６】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：構成されたコマンド入力コンポーネントは、貯蔵容器中のアリコートに対して実施されるべき第３の核酸増幅アッセイを指定する入力を可能にするようにさらに構成および制御され、第３の核酸増幅アッセイは、第３のセットのアッセイパラメータに従って実施され、第３のセットのアッセイパラメータは、第１および第２のセットのアッセイパラメータと異なり、流体移送装置は、第３の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するようにさらに構成および制御され得、３の増幅反応混合物は、第３のセットの増幅オリゴマーを含み得、熱処理ステーションは、第３の増幅反応混合物を第３の増幅条件に曝露させるようにさらに構成および制御され得、検出システムは、第３の増幅反応混合物中の第３の分析物の有無を決定するようにさらに構成および制御され得る；第１および第２の増幅反応混合物は、異なる時点でそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露される；第１の核酸増幅アッセイは、ＩＶＤアッセイであり、第２の核酸増幅アッセイは、ＬＤＴである；熱処理ステーションは、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に同時に曝露させるように構成および制御されている。
【００２７】
別の実施形態では、自動分析装置で複数の核酸増幅アッセイを実施する方法が開示される。上記方法は、（ａ）分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップと、（ｂ）複数の試料収容容器のうちの１つに収容された精製された形態の第１の試料を、当該第１の試料を当該第１の試料中に存在し得る第１の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって生成するステップと、（ｃ）ステップ（ｂ）の開始後に、複数の試料収容容器のうちの１つに収容された精製された形態の第２の試料を、当該第２の試料を当該第２の試料中に存在し得る第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって生成するステップと、（ｄ）当該精製された形態の当該第１の試料を含有する第１の増幅反応混合物および当該精製された形態の当該第２の試料を含有する第２の増幅反応混合物を形成するステップであって、当該第１の増幅反応混合物が、当該第１の分析物の第１の領域または第１の核酸増幅反応において当該第１の分析物に結合した核酸を増幅するための第１のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第２の増幅反応混合物が、当該第２の分析物の第２の領域または第２の核酸増幅反応において当該第２の分析物に結合した核酸を増幅するための第２のセットの増幅オリゴマーを含有するステップと、（ｅ）第２の核酸増幅反応において第２の増幅反応混合物を第２の領域を増幅するための熱的条件に曝露させるステップと、（ｆ）ステップ（ｅ）の開始後、第１の核酸増幅反応において第１の増幅反応混合物を第１の領域を増幅するための熱的条件に曝露させるステップと、（ｇ）第２の増幅反応混合物中の第２の分析物の存在または不存在を決定するステップと、（ｈ）ステップ（ｇ）の後に、第１の増幅反応混合物中の第１の分析物の存在または不存在を決定するステップとを含み得る。
【００２８】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：複数の試料収容容器が、個別におよび逐次的に順次分析装置にロードされ、ステップ（ａ）の間、複数の試料収容容器が、１つ以上の容器保持ラックによって支持される；第１の試料が、第１の試料収容容器に収容され、第２の試料が、第２の試料収容容器に収容され、第１および第２の試料収容容器が、それぞれ第１および第２の容器保持ラックによって支持される；第２の試料が、ステップ（ｂ）の間または後に分析装置にロードされる；第１および第２の試料が、単一の試料収容容器に収容される；第１および第２の試料が、異なる試料収容容器に収容される；ステップ（ｂ）および（ｃ）が各々、第１および第２の分析物がそれぞれ第１および第２の試料中に存在する場合、第１または第２の分析物を固体支持体上に固定化することを含む；固体支持体が、磁気応答性である；ステップ（ｂ）および（ｃ）が各々、第１または第２の試料を磁界に曝露させる間に第１または第２の試料のいずれかの固定化されていない成分を除去することを含む；磁界が、それぞれステップ（ｂ）および（ｃ）における第１および第２の試料について同一の供給源によって供給される；ステップ（ｂ）および（ｃ）が各々、第１または第２の試料のいずれかの固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；ステップ（ｂ）および（ｃ）が各々、第１または第２の分析物を、それが第１または第２の試料中に存在する場合、固体支持体上に特異的に固定化することを含む；ステップ（ｂ）および（ｃ）が各々、第１または第２の試料中の核酸を固体支持体上に非特異的に固定化することを含む。
【００２９】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：（ａ）第１の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび第１のセットの増幅オリゴマーを含有する第１の増幅試薬を溶解し、第１の増幅試薬が、第１の溶媒で溶解し、第１の溶媒が、増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有せず、（ｂ）第２の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第２の増幅試薬を溶解し、第２の増幅試薬が、第２のセットの増幅オリゴマーを含有する第２の溶媒で溶解し、第２の増幅試薬が、増幅オリゴマーを含有しない；第１および第２の増幅試薬の各々が、凍結乾燥物である；第１および第２の増幅試薬の各々が、単位用量試薬である；第１の増幅試薬が、第１の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し、第２の溶媒が、第２の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有する；第１の単位用量試薬および第２の溶媒が各々、検出プローブを含有する；第１および第２の増幅試薬が、ヌクレオシド三リン酸をさらに含有する；第２の溶媒が、第１のホルダによって支持される第１のバイアル中に収容される；第１のホルダが、第１のバイアルに加えて１つ以上のバイアルを支持し、１つ以上のバイアルのうちの少なくとも１つが、第２の溶媒中に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する；第１の溶媒が、異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用試薬である；第１の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、アクセスチャンバーが、第２のホルダから第１の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の増幅試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックが、複数の混合ウェルを含む；第１のセットの増幅オリゴマーが、ＩＶＤアッセイを実施するために使用され、第２のセットの増幅オリゴマーが、ＬＤＴを実施するために使用される。
【００３０】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：（ａ）第１の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第１の増幅試薬を溶解し、第１の増幅試薬が、第１のセットの増幅オリゴマーを含有する第１の溶媒で溶解し、第１の増幅試薬が、増幅オリゴマーを含有せず、（ｂ）第２の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび第２のセットの増幅オリゴマーを含有する第２の増幅試薬を溶解し、第２の増幅試薬が、第２の溶媒で溶解し、第２の溶媒が、増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しない；第１および第２の増幅試薬の各々が、凍結乾燥物である；第１および第２の増幅試薬の各々が、単位用量試薬である；第１の溶媒が、第１の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し、第２の増幅試薬が、第２の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有する；第１の溶媒および第２の単位用量試薬が各々、検出プローブを含有する；第１および第２の増幅試薬が、ヌクレオシド三リン酸をさらに含有する；第１の溶媒が、第１のホルダによって支持される第１のバイアル中に収容される；第１のホルダが、第１のバイアルに加えて１つ以上のバイアルを支持し、１つ以上のバイアルのうちの少なくとも１つが、第１の溶媒中に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含有する溶媒を収容する；第２の溶媒が、異なるセットの増幅オリゴマーを含有する増幅試薬を溶解するための汎用溶媒である；第２の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、アクセスチャンバーが、第２のホルダから第２の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の増幅試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックが、複数の混合ウェルを含む；第１のセットの増幅オリゴマーが、ＬＤＴを実施するために使用され、第２のセットの増幅オリゴマーが、ＩＶＤを実施するために使用される；第１および第２の分析物の各々が、核酸またはタンパク質である；第１および第２の増幅反応混合物が、それぞれ第１および第２の反応容器中で形成される；油が、それぞれステップ（ｆ）および（ｅ）の前に第１および第２の反応容器の各々に分配される；それぞれステップ（ｆ）および（ｅ）の前に第１および第２の反応容器の各々をキャップで閉じ、キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第１または第２の容器に係合する。
【００３１】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様を代替的にまたは追加的に含み得る：ステップ（ｆ）および（ｅ）の前に、それぞれ閉じられた第１および第２の反応容器を遠心分離し、遠心分離ステップが、第１および第２の反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを有する遠心分離機で実施される；第１および第２の反応容器の各々が、一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；第１の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第１の試料が第２の溶出液中に含有されるように、ステップ（ｄ）の前に、精製された形態の第１および第２の試料を溶出緩衝液に接触させる；第１または第２の増幅反応混合物を形成する前に、第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送する；貯蔵容器をキャップで閉じ、キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する；少なくともステップ（ｇ）の完了まで分析装置内に貯蔵容器を保持する；（ｉ）ステップ（ｇ）および（ｈ）のうちの少なくとも１つの後に、第３の増幅反応混合物を貯蔵容器内のアリコートとともに形成し、第３の増幅反応混合物が、第３の核酸増幅反応において第３の分析物の第３の領域または第３の分析物に結合する核酸を増幅するための第３のセットの増幅オリゴマーを含有する、（ｊ）第３の領域を増幅するための熱的条件に第３の増幅反応混合物を曝露させ、（ｋ）第３の増幅反応混合物中の第３の分析物の有無を決定する；ステップ（ｃ）が、ステップ（ｂ）の完了後に開始される；ステップ（ｆ）が、ステップ（ｅ）完了後に開始される；第１および第２の核酸増幅反応の各々が、熱サイクルを必要とする；第１の核酸増幅反応の熱サイクル中の温度プロファイルが、第２の核酸増幅反応の熱サイクル中の温度プロファイルと異なる；ユーザ入力に基づいて第２の核酸増幅反応の温度プロファイルを選択する；温度プロファイルを選択することが、サイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つを選択することを含む；第１および第２の核酸増幅反応が、ＰＣＲ反応である；第１および第２の核酸増幅反応が、リアルタイム増幅である。
【００３２】
別の実施形態では、非一時的なコンピュータ可読媒体が開示される。コンピュータ可読媒体は、自動化システムのコンピュータコントローラによって実行される場合、システムにロードされた複数の試料収容容器中の試料に対して核酸増幅アッセイを実施するように適合され得、システムに、（ａ）精製された形態の第１の試料を、当該第１の試料中に存在し得る第１の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に当該第１の試料を曝露させることによって生成するシステムプロセスと、（ｂ）システムプロセス（ａ）を開始後に、精製された形態の第２の試料を、当該第２の試料中に存在し得る第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に当該第２の試料を曝露させることによって生成するシステムプロセスと、（ｃ）第１の増幅試薬を当該精製された形態の当該第１の試料と組み合わせることによって第１の増幅反応混合物を形成するシステムプロセスと、（ｄ）第２の増幅試薬を当該精製された形態の当該第２の試料と組み合わせることによって、第２の増幅反応混合物を形成するシステムプロセス、（ｅ）当該第１の増幅反応混合物を第１の核酸増幅反応を実行するための増幅条件に曝露させるシステムプロセスと、（ｆ）システムプロセス（ｅ）の開始前に、当該第２の増幅反応混合物を第２の核酸増幅反応を実施するための増幅条件に曝露させるシステムプロセスと、（ｇ）システムプロセス（ｆ）の実行後かつシステムプロセス（ｅ）の完了前に、当該第２の増幅反応混合物中の当該第２の分析物の存在または不存在を決定するシステムプロセスと、（ｈ）システムプロセス（ｅ）の実行後に、当該第１の増幅反応混合物中の当該第１の分析物の存在または不存在を決定するシステムプロセスとを実行させ得るコンピュータ実行可能命令によって符号化される。
【００３３】
本開示の非一時的なコンピュータ可読媒体の種々の実施形態は、システムに以下のシステムプロセスを代替的にまたは追加的に実行させ得る：システムプロセス（ａ）および（ｂ）が、第１および第２の分析物がそれぞれ第１および第２の試料中に存在する場合、それぞれ第１または第２の分析物を固体支持体上に固定化することを含む；固体支持体が磁気応答性であり、システムプロセス（ａ）および（ｂ）が、第１または第２の試料を磁界に曝露させる間にそれぞれ第１または第２の試料の固定化されていない成分を除去することを含む；システムプロセス（ａ）および（ｂ）が、それぞれ第１または第２の試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；コンピュータ実行可能命令がさらに、システムに第１の増幅反応混合物を形成する前に第１の試薬を第１の溶媒で溶解させ、第２の増幅反応混合物を形成する前にポリメラーゼを含有する第２の試薬を第２の溶媒で溶解させる；第１の増幅試薬がＩＶＤアッセイを実施するために使用され得、第２の増幅試薬がＬＤＴを実施するために使用され得る；それぞれシステムプロセス（ｅ）および（ｆ）の前に油が第１および第２の増幅反応混合物の各々に分配される；コンピュータ実行可能命令が、それぞれシステムプロセス（ｅ）および（ｆ）の前にシステムに第１および第２の増幅反応混合物を遠心分離させる；コンピュータ実行可能命令がさらに、システムに第１および第２の増幅反応混合物を形成する際にそれぞれシステムプロセス（ｃ）および（ｄ）の前に、精製された形態の第１および第２の試料が、それぞれ第１および第２の溶出液に含有されるように精製された形態の第１および第２の試料を溶出緩衝液と接触させる；コンピュータ実行可能命令がさらに、システムに第１または第２の増幅反応混合物を形成する前に、第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送させる。
【００３４】
本開示の非一時的なコンピュータ可読媒体の種々の実施形態は、システムに以下のシステムプロセスを代替的にまたは追加的に実行させ得る：コンピュータ実行可能命令がさらに、システムにシステムプロセス（ｇ）および（ｈ）のうちの少なくとも１つの後、第３の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成させ、当該第３の増幅反応混合物を第３の核酸増幅反応を実施するための増幅条件に曝露させ、当該第３の増幅反応混合物中の第３の分析物の存在または不存在を決定させる；システムプロセス（ｂ）がシステムプロセス（ａ）の完了後に開始される；第１および第２の核酸増幅反応を実施するための増幅条件が熱サイクルを含む；第１の核酸増幅反応の熱サイクルにおける温度プロファイルが第２の核酸増幅反応の熱サイクルにおける温度プロファイルと異なる；コンピュータ実行可能命令がさらに、システムにユーザ入力に基づいて第２の核酸増幅反応の温度プロファイルを選択させる；第１および第２の核酸増幅反応がＰＣＲ反応である。
【００３５】
別の実施形態では、複数の試料収容容器中の試料に対する核酸増幅アッセイを実施するように構成された自動化システムが開示される。上記システムは、第１の試料中に存在し得る第１の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第１の試料を曝露させることによって精製された形態の第１の試料を生成し、精製された形態の第１の試料の生成を開始した後に、第２の試料に存在し得る第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に第２の試料を曝露させることによって精製された形態の第２の試料を生成するように構成された１つ以上の洗浄ステーションを含み得る。また上記システムは、第１の増幅試薬を精製された形態の第１の試料と組み合わせることによって第１の増幅反応混合物を形成し、第２の増幅試薬を精製された形態の第２の試料と組み合わせることによって第２の増幅反応混合物を形成するように構成および制御された流体移送装置も含み得る。また上記システムは、第１の増幅反応混合物を第１の核酸増幅反応を実施するための第１の増幅条件に曝露させ、第１の増幅混合物を第１の増幅条件に曝露させる前に、第２の増幅反応混合物を第２の核酸増幅反応を実施するための第２の増幅条件に曝露させるように構成および制御された熱処理ステーションも含み得る。また上記システムは、第２の増幅反応混合物を第２の増幅条件に曝露させた後かつ第１の増幅混合物の第１の増幅条件への曝露が完了する前に、第２の増幅反応混合物中の第２の分析物の存在または不存在を決定し、第１の増幅混合物を第１の増幅条件に曝露させた後に、第１の増幅反応混合物中の第１の分析物の存在または不存在を決定するように構成および制御された検出システムもさらに含み得る。
【００３６】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：複数の試料収容容器がシステムに個別におよび逐次的にロードされる；複数の試料収容容器が１つ以上の容器保持ラックにシステムへとロードされる；第１の試料が、第１の試料収容容器に収容され、第２の試料が、第２の試料収容容器に収容され、当該第１および第２の試料収容容器が、それぞれ第１および第２の容器保持ラックによって支持されている；第１および第２の試料が単一の試料収容容器に収容される；第１および第２の試料が異なる試料収容容器に収容される；１つ以上の洗浄ステーションが、第１および第２の分析物がそれぞれ第１および第２の試料中に存在する場合、第１または第２の分析物を固体支持体上に固定化するように構成される；固体支持体が磁気応答性である；１つ以上の洗浄ステーションが、第１または第２の試料を磁界に曝露させる間に固定化されていない成分を第１または第２の試料から除去するように構成される；磁界が第１および第２の試料について同一の供給源により供給される；１つ以上の洗浄ステーションが、第１または第２の試料から固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁するように構成される；上記システムが、第１の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼおよび第１のセットの増幅オリゴマーを含有する第１の非液体試薬を溶解させ（ここで、当該第１の非液体試薬は第１の溶媒に溶解され、当該第１の溶媒は増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有しない）、第２の増幅反応混合物を形成する前に、ポリメラーゼを含有する第２の非液体試薬を溶解させる（ここで、当該第２の非液体試薬は第２のセットの増幅オリゴマーを含有する第２の溶媒に溶解され、当該第２の非液体試薬はいずれの増幅オリゴマーを含有しない）ようにさらに構成および制御される；第２の溶媒が、第１のホルダによって支持されるバイアル中に収容される；第１のホルダが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも１つが、第２の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する；第１の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、当該アクセスチャンバーは、第２のホルダから第１の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の非液体試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む；第１のセットの増幅オリゴマーがＩＶＤアッセイを実施するために使用され、第２のセットの増幅オリゴマーがＬＤＴを実施するために使用される。
【００３７】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１および第２の増幅反応混合物が、それぞれ第１および第２の反応容器中で形成される；流体移送装置が、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に、第１および第２の反応容器の各々に油を分配するようにさらに構成および制御される；流体移送装置が、第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に第１および第２の反応容器の各々をキャップで閉じるようにさらに構成および制御され、当該キャップは摩擦嵌合または締まりばめで対応する第１または第２の容器に係合する；第１および第２の増幅反応混合物をそれぞれ第１および第２の増幅条件に曝露させる前に閉じられた第１および第２の反応容器を遠心分離するための遠心分離機をさらに含み、当該遠心分離機は、第１および第２の反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを含む；第１および第２の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；流体移送装置が、第１および第２の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第１および第２の試料が第１および第２の溶出液中に含有されるように、第１および第２の増幅反応混合物を形成する前に精製された形態の第１の試料を溶出緩衝液に接触させるようにさらに構成および制御される；流体移送装置が、第１または第２の増幅反応混合物を形成する前に、第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送するようにさらに構成および制御される；流体移送装置が、貯蔵容器をキャップで閉じるようにさらに構成および制御され、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合する；流体移送装置が、第２の増幅反応混合物中の第２の分析物の存在または不存在を決定すること、および第１の増幅反応混合物中の第１の分析物の存在または不存在を決定することのうち少なくとも１つの後に第３の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するように構成および制御され、ここで、当該第３の増幅反応混合物が第３のセットの増幅オリゴマーを含み、熱処理ステーションが、当該第３の増幅反応混合物を第３の増幅条件に曝露させるようにさらに構成および制御され、検出システムが、当該第３の増幅反応混合物中の第３の分析物の存在または不存在を決定するようにさらに構成および制御される；第１および第２の増幅条件が熱サイクルを含む；第１の核酸増幅反応の第１の温度プロファイルがサイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つで第２の核酸増幅反応の第２の温度プロファイルと異なる；ユーザ入力に基づいた第２の温度プロファイルの選択を可能にするように構成されたコマンド入力コンポーネントをさらに含む；第１および第２の核酸増幅反応がＰＣＲ反応である；第１および第２の核酸増幅反応がリアルタイム増幅である。
【００３８】
別の実施形態では、複数の試料を分析する方法が開示される。上記方法は（ａ）自動分析装置の第１の位置に第１の容器を保持するステップであって、当該第１の容器が第１の溶媒を収容するステップを含み得る。第１の溶媒は、核酸増幅反応を実施するためのいずれのオリゴマーを含有していなくてもよい。上記方法は、（ｂ）複数の第１の容器の各々において第１の単位用量試薬を第１の溶媒に溶解し、これにより、当該第１の容器の各々において第１の液体増幅試薬を形成するステップも含み得る。第１の単位用量試薬は、核酸増幅反応を実施するためのポリメラーゼおよび少なくとも１つの増幅オリゴマーを含有し得る。上記第１の容器の各々における上記少なくとも１つの増幅オリゴマーは、同一であるかまたは異なる。上記方法は、（ｃ）第１の容器の各々からの第１の液体増幅試薬を第１の反応容器中で第１のセットの試料の複数の試料のうちの１つと組み合わせ、これにより、第１のセットの試料の各試料を用いて少なくとも１つの第１の増幅反応混合物を形成するステップ、（ｄ）第１の反応容器の内容物を第１の核酸増幅反応を実施するための第１のセットの条件に曝露させるステップ、および（ｅ）第２の容器を自動分析装置の第２の位置に保持するステップをさらに含み得る。上記第２の容器は、１つ以上のバイアルを保持し得る。上記１つ以上のバイアルの各々は、第２の溶媒を収容し得る。上記第２の溶媒は、核酸増幅反応を実施するための少なくとも１つの増幅オリゴマーを含有し得る。上記第２の容器が上記１つ以上のバイアルのうちの少なくとも２つを保持する場合、２つ以上のバイアルの各々に収容された第２の溶媒は、同一のまたは異なる溶媒である。上記方法は、（ｆ）複数の第２の容器の各々において第２の単位用量試薬をバイアルのうちの１つの第２の溶媒に溶解し、これにより、当該第２の容器中の各々において第２の液体増幅試薬を形成するステップも含み得る。第２の単位用量試薬は、核酸増幅反応を実行するためのポリメラーゼを含有し得、ここで、第２の容器の各々において第２の液体増幅試薬は、同一のまたは異なる液体増幅試薬である。上記方法は、（ｇ）第２の容器の各々からの第２の液体増幅試薬を第２の反応容器中で第２のセットの試料の複数の試料のうちの１つと組み合わせ、これにより、第２のセットの試料の各試料を用いて少なくとも１つの第２の増幅反応混合物を形成するステップも含み得る。上記方法は、（ｈ）第２の反応容器の内容物を第２の核酸増幅反応を実施するための第２のセットの条件に曝露させるステップであって、第１および第２のセットの条件が同一であるかまたは異なる条件であるステップも含み得る。さらに上記方法は、（ｉ）第１および第２の反応容器の各々における１つ以上の分析物の存在または不存在を決定するステップであって、第１の反応容器中の少なくとも１つの分析物が第２の反応容器中の少なくとも１つの分析物と異なるステップも含み得る。
【００３９】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１の単位用量試薬の各々が第１のマルチウェル容器の複数の第１のウェルのうちの１つで溶解され、第２の単位用量試薬の各々が第２のマルチウェル容器の複数の第２のウェルのうちの１つで溶解される；溶解ステップの間、第１および第２のマルチウェル容器を、それぞれ自動分析装置の第１の容器支持体の第１および第２の位置で保持するステップ；上記第１の容器支持体がキャリア構造である；上記キャリア構造が軸のまわりを回転する；ステップ（ｂ）および（ｆ）の前に、液体抜き取り装置により第１および第２の溶媒をそれぞれ第１および第２の容器から第１および第２のマルチウェル容器の第１および第２のウェルに移送するステップ；ステップ（ｃ）および（ｇ）が、それぞれ、第１の移送ステップで、溶解された第１の単位用量試薬の各々を複数の第１の反応容器のうちの１つに移送し、第２の移送ステップで、溶解された第２の単位用量試薬の各々を複数の第２の反応容器のうちの１つに移送するステップを含む；ステップ（ｃ）および（ｇ）が、それぞれ、第１の移送ステップ後に第１のセットの試料の試料を第１の反応容器に移送するステップ、および第２の移送ステップ後に第２のセットの試料の試料を第２の反応容器に移送するステップ、をさらに含む；第１および第２の移送ステップが少なくとも１つの液体抜き取り装置によって実施される；少なくとも１つの液体抜き取り装置がロボットピペッターである；ステップ（ｂ）および（ｆ）が、それぞれ第１および第２のマルチウェル容器の第１および第２のウェルの内容物を、ロボットピペッターを用いて混合するステップをさらに含む。
【００４０】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：ステップ（ｂ）の前に、第１の溶媒が第１の容器に形成された液体リザーバー内に収容される；上記方法が自動分析装置に第１および第２のセットの試料をロードするステップおよび第１および第２のセットの試料の試料を、試料の各々に存在し得る１つ以上の分析物を抽出するのに適した試薬および条件に曝露するステップをさらに含む；第１のセットの試料のうちの少なくとも一部が自動分析装置にロードされる前に、第２のセットの試料のうちの少なくとも一部が自動分析装置にロードされる；第１および第２のセットの試料の各々の試料のうちの少なくとも１つが同一の試料である；第１および第２の位置が自動分析装置の容器格納部に形成された第１および第２の凹部である；容器格納部が、第１および第２の容器のそれぞれ第１および第２の凹部への挿入を可能にする開位置と第１および第２の容器中でのそれぞれ第１および第２の液体増幅試薬の形成を可能にする閉位置との間を移動するスライド式引き出しの構成要素である；第１および第２の凹部が実質的に同じ寸法を有する；第１の容器が第１の容器からの蒸発を制限する穿刺可能なシールによって覆われている；上記１つ以上のバイアルの各々が第２の容器の中実部分に形成された凹部によって支持される；上記１つ以上のバイアルが少なくとも２つのバイアルを含み、当該少なくとも２つのバイアルの第２の溶媒に含有される上記少なくとも１つの増幅オリゴマーが異なる増幅オリゴマーである；第１の単位用量試薬が第２のホルダの上記少なくとも２つのバイアルの増幅オリゴマーと同一の増幅オリゴマーを含有しない；第１の溶媒が異なる標的核酸を増幅するための増幅オリゴマーを有する試薬を溶解するための汎用試薬である；第２の溶媒が少なくとも１つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも１つのリバース増幅オリゴマーを含有する；第２の溶媒がリアルタイム増幅反応を実行するための検出プローブを含有する；第１の単位用量試薬が少なくとも１つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも１つのリバース増幅オリゴマーを含有する；第１の単位用量試薬がリアルタイム増幅反応を実施するための検出プローブを含有する；第１および第２の単位用量試薬がヌクレオシド三リン酸をさらに含有する；第１のセットの条件が第１の反応容器の内容物の温度を循環させることを含む；第２のセットの条件が第２の反応容器の内容物の温度を循環させることを含む；第１および第２のセットの条件が異なる。
【００４１】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第２の反応容器の少なくとも一部を第２のセットの条件に曝露させる前に第１の反応容器の少なくとも一部の内容物が第１のセットの条件に曝露される；ステップ（ｄ）および（ｈ）が互いに重なる；上記方法が、それぞれステップ（ｄ）および（ｈ）の前に、第１および第２の反応容器の各々を温度制御されたステーションに移送するステップをさらに含む；上記温度制御されたステーションが複数の容器ホルダを含み、容器ホルダの各々が関連する加熱要素を有し、第１および第２の反応容器が、ステップ（ｄ）および（ｈ）の間、異なる容器ホルダによって保持される；第１および第２の反応容器が、それぞれステップ（ｄ）および（ｈ）の前にキャッピングされ、これにより、第１および第２の反応容器の内容物の蒸発が阻止または防止される；ＩＶＤアッセイが第１の反応容器の内容物によって実施され、１つ以上のＬＤＴアッセイが第２の反応容器の内容物によって実施される；第２の単位用量試薬が核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーまたは検出プローブを含有しない；第１の位置が第１の容器支持体であり、第２の位置が第２の容器支持体であり、第１および第２の容器支持体が互いに異なる；第１の容器支持体が第１の温度を有し、第２の容器支持体が第１の温度と異なる第２の温度を有する。
別の実施形態では、自動分析装置を使用して複数の試料を分析する方法が開示される。上記方法は、（ａ）第１の溶媒を収容する第１のコンテナユニットを分析装置の第１の位置に保持するステップ、および（ｂ）第２のコンテナユニットを分析装置の第２の位置に保持するステップを含み得る。第１の溶媒は、核酸増幅反応を実施するための増幅オリゴマーを含んでいなくてもよい。第２のコンテナユニットは、第１のコンテナユニットと異なる構造を有し得、複数のバイアルを支持するように構成され得る。上記複数のバイアルの各バイアルは、その中に溶媒を保持するように構成され得る。各バイアル中の溶媒は、核酸増幅反応を実施するための少なくとも１つの増幅オリゴマーを含む。また上記方法は、（ｃ）第１の非液体試薬を第１の溶媒に溶解して第１の液体増幅試薬を形成するステップも含み得る。第１の非液体試薬は、核酸増幅反応を実施するための少なくとも１つの増幅オリゴマーを含む。また上記方法は、（ｄ）第２の非液体試薬を第２のコンテナユニットのバイアル中に含まれる溶媒に溶解して第２の液体増幅試薬を形成するステップも含み得る。第２の非液体試薬は、核酸増幅反応を実施するための増幅オリゴマーを含んでいなくてもよく、第１および第２の液体増幅試薬の増幅オリゴマーは互いに異なる。また上記方法は、（ｅ）第１の液体増幅試薬を第１の試料と組み合わせて第１の増幅反応混合物を形成するステップ、および（ｆ）第２の液体増幅試薬を第２の試料と組み合わせて第２の増幅反応混合物を形成するステップも含み得る。また上記方法は、（ｇ）第１の増幅反応混合物を用いて第１の増幅反応を実施するステップ、（ｈ）第２の増幅反応混合物を用いて第２の増幅反応を実施するステップ、および（ｉ）第１および第２の増幅反応混合物の各々における１つ以上の分析物の存在または不存在を決定するステップも含み得る。
【００４２】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１の位置および第２の位置が分析装置の単一のコンテナコンパートメント内の２つの位置である；第１の位置が分析装置の第１のコンテナコンパートメントであり、第２の位置が分析装置の第２のコンテナコンパートメントである；第１のコンテナコンパートメントが第１の温度を有し、第２のコンテナコンパートメントが第１の温度と異なる第２の温度を有する；第２のコンテナユニットの複数のバイアルのうちの少なくとも２つのバイアルが異なる溶媒を含む；第２のコンテナユニットの複数のバイアルのうちの少なくとも２つのバイアルが同一の溶媒を含む；第１のコンテナユニットが単一の溶媒のみを保持する；分析装置に複数の試料収容容器をロードするステップであって、第１および第２の試料が当該複数の試料収容容器のうちの１つ以上の試料収容容器に収容されるステップ；第１および第２の試料が複数の試料収容容器のうちの単一の試料収容容器内に収容された同一の試料である；第１および第２の試料が複数の試料収容容器のうちの異なる試料収容容器に収容される。
【００４３】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：（ｊ）第１の試料に対して実行されるべき第１の核酸増幅アッセイおよび第２の試料に対して実行されるべき第２の核酸増幅アッセイを割り当てるステップであって、当該第１の核酸増幅アッセイが第１のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第２の核酸増幅アッセイが第２のセットのアッセイパラメータに従って実行され、当該第１のセットのアッセイパラメータがシステム定義のパラメータからなり、当該第２のセットのアッセイパラメータが１つ以上のユーザ定義のパラメータを含むステップ；割り当てステップがタッチスクリーンまたはキーボードを使用して第１および第２の試料に対して実行されるべきアッセイを選択することを含む；ユーザ定義のパラメータのうちの１つ以上がタッチスクリーンまたはキーボードを使用して分析装置のコントローラに通信される；割り当てステップが第１および第２の試料に関連する機械可読なしるしを読み取ることを含み、当該機械可読なしるしが第１および第２の試料に対してどのアッセイを実行するべきかを特定する；ユーザ定義のパラメータが分析装置によって生成された生データを処理するために使用される；第１および第２の核酸増幅反応がそれぞれＰＣＲ反応を実行することを含み、ユーザ定義のパラメータが温度プロファイルを含み、第１の核酸増幅反応の温度プロファイルが第２の核酸増幅反応の温度プロファイルと同一であるかまたは異なる；検出がリアルタイムで実行される；第１および第２の核酸増幅反応の温度プロファイルがサイクル数、完了までの時間、変性温度、アニーリング温度、および伸長温度のうちの少なくとも１つで異なる。
【００４４】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：（ｋ）第１および第２の試料の各々を第１および第２の試料中にそれぞれ存在し得る第１の分析物および第２の分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に曝露させることによって精製された形態の第１および第２の試料を生成するステップ；ステップ（ｋ）が第１および第２の分析物を非液体支持体上に固定化することを含む；上記非液体支持体が磁気応答性である；精製が、第１および第２の試料を磁界に曝露させる間に第１および第２の試料から固定化されていない成分を除去することを含む；上記磁界が、共通の磁気源から第１および第２の試料に印加される；精製が、第１および第２の試料から固定化されていない成分を除去した後に非液体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；精製ステップにおいて、第１および第２の分析物が第１および第２の試料中に存在する場合、非液体支持体に特異的に固定化される；ステップ（ｋ）において、第１および第２の試料中の核酸が非液体支持体に非特異的に固定化される；第１および第２の増幅反応混合物を形成する際に、精製された形態の第１および第２の試料が、それぞれ第１および第２の溶出液に含有されるように精製された形態の第１および第２の試料を溶出緩衝液と接触させるステップをさらに含む；ステップ（ｅ）または（ｆ）の前に第１および第２の溶出液のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送するステップをさらに含む；貯蔵容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが摩擦嵌合または締まりばめで対応する貯蔵容器に係合するステップ；少なくともステップ（ｉ）の完了まで分析装置内に貯蔵容器を保持するステップ。
【００４５】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第３の増幅反応混合物を貯蔵容器中のアリコートを用いて形成するステップであって、当該第３の増幅反応混合物が、第３の核酸増幅反応における分析物を増幅するための１セットの増幅オリゴマーを含有するステップ、当該第３の増幅反応混合物を用いて第３の増幅反応を実施するステップ、および当該第３の増幅反応混合物中の分析物の存在または不存在を決定するステップ；第３の増幅反応がステップ（ｉ）の後に実施される；ステップ（ｇ）および（ｈ）が異なる時点で開始される；第１および第２の非液体試薬の各々が単位用量凍結乾燥物である；第１の凍結乾燥物が第１の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し、第２のコンテナの溶媒が第２の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有する；第１および第２の非液体試薬がそれぞれ検出プローブを含む；第１および第２の非液体試薬がヌクレオシド三リン酸を含有する；第１の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する非液体試薬を溶解するための汎用試薬である；第１のコンテナが密閉された液体収容チャンバーを含み、当該液体収容チャンバーが第１のコンテナから第１の溶媒を取り出すために、流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の非液体試薬の各々が分析装置に保持された同一のまたは異なる試薬パックの異なる混合ウェルに収容され、各試薬パックが複数の混合ウェルを含み、ステップ（ｃ）が第１の非液体試薬を含有する混合ウェル中で実施され、ステップ（ｄ）が第２の非液体を含有する混合ウェル中で実施される；１つ以上の分析物のうちの各分析物が核酸またはタンパク質である；第１および第２の増幅反応混合物が、それぞれ第１および第２の反応容器中で形成される；ステップ（ｇ）および（ｈ）の前に、それぞれ第１および第２の反応容器に油を分配するステップをさらに含む；ステップ（ｇ）および（ｈ）の前に第１および第２の反応容器の各々をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで対応する第１または第２の容器に係合するステップ；ステップ（ｇ）および（ｈ）の前に、それぞれ閉じられた第１および第２の反応容器を遠心分離機で遠心分離するステップをさらに含む；第１および第２の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である。
【００４６】
別の実施形態では、複数の核酸増幅アッセイを実施するためのランダムアクセス自動分析装置を含むシステムが開示される。上記システムは、（ａ）分析装置に貯蔵された複数の試料収容容器から情報を受信し、（ｂ）分析装置の１つ以上の装置に、複数の試料収容容器内の第１の試料を第１の分析物を第１の固体支持体上に固定化するのに適した試薬および条件に曝露させるように命令を送信し、（ｃ）分析装置の１つ以上の装置に、第１の固体支持体から第１の試料の固定化されていない成分を除去し、第１の固体支持体を第１の緩衝液中に再懸濁することによって精製された形態の第１の試料を生成するように命令を送信するように構成されたコントローラを含み得る。またコントローラは、（ｄ）ステップ（ｂ）の後、分析装置の１つ以上の装置に、試料収容容器の第２の試料を第２の分析物を第２の固体支持体上に固定化するのに十分な試薬および条件に曝露させるように命令を送信し得、（ｅ）分析装置の１つ以上の装置に、第２の固体支持体から第２の試料の固定化されていない成分を除去し、第２の固体支持体を第２の緩衝液中に再懸濁することによって精製された形態の第２の試料を生成するように命令を送信し得る。またコントローラは、（ｆ）分析装置の１つ以上の装置に第１の単位用量試薬を第１の溶媒に溶解するように命令を送信し得、ここで、当該第１の単位用量試薬がポリメラーゼおよび第１の分析物の第１の領域または第１の核酸増幅反応において第１の分析物に結合した核酸を増幅するための第１のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第１の溶媒が第１の核酸増幅反応を実施するための増幅オリゴマーまたはポリメラーゼを含有せず、（ｇ）分析装置の１つ以上の装置に第２の単位用量試薬を第２の溶媒に溶解するように命令を送信し得、ここで、当該第２の溶媒が第２の分析物の第２の領域または第２の核酸増幅反応において第２の分析物に結合した核酸を増幅するための第２のセットの増幅オリゴマーを含有し、当該第２の単位用量試薬が当該第２の核酸増幅反応を実施するためのポリメラーゼを含有し、当該第２の単位用量試薬が核酸増幅反応を実施するためのいずれの増幅オリゴマーを含有しない。さらにまたコントローラは、（ｈ）分析装置の１つ以上の装置に、溶解された第２の単位用量試薬を精製された形態の第２の試料と第１の反応容器中で組み合わせることによって第１の反応混合物を形成するように命令を送信し得、（ｉ）分析装置の１つ以上の装置に、第１の反応容器の内容物を第２の核酸増幅反応を実施するための第１の温度条件に曝露させるように命令を送信し得、（ｊ）分析装置の１つ以上の装置に、第２の反応混合物中の第２の分析物の存在または不存在を決定するように命令を送信し得、（ｋ）分析装置の１つ以上の装置に、ステップ（ｈ）の後に、溶解された第１の単位用量試薬を精製された形態の第１の試料と第２の反応容器中で組み合わせることによって第２の反応混合物を形成するように命令を送信し得る。さらにまたコントローラは、（ｌ）分析装置の１つ以上の装置に、第２の反応容器の内容物を第１の核酸増幅反応を実施するための第２の温度条件に曝露させるように命令を送信し得、ここで、第１および第２の温度条件が同一であるかまたは異なり、（ｍ）分析装置の１つ以上の装置に、第１の反応混合物中の第１の分析物の存在または不存在を決定するように命令を送信し得る。またシステムは、第１および第２の分析物の存在または不存在に関連した結果を出力するように構成された出力装置も含み得る。
【００４７】
本開示のシステムの種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：複数の試料収容容器の試料収容容器が個別におよび逐次的にロードされる；複数の試料収容容器の試料収容容器が複数の容器保持ラックにロードされ、第１の試料が第１の試料収容容器に収容され、第２の試料が第２の試料収容容器に収容され、第１および第２の試料収容容器が、それぞれ第１および第２の容器保持ラックによって支持される；第２の試料は、ステップ（ｂ）の間か後に分析装置にロードされる；第１および第２の固体支持体が磁気応答性である；ステップ（ｃ）において第１の固体支持体を磁界に曝露させることをさらに含み、ステップ（ｅ）において第２の固体支持体を磁界に曝露させることをさらに含む；ステップ（ｃ）の磁界がステップ（ｅ）の磁界と同一の供給源によって供給される；ステップ（ｂ）において第１の分析物が第１の固体支持体に特異的に固定化され、ステップ（ｄ）において第２の分析物が第２の固体支持体に特異的に固定化される；第１および第２の試料中の核酸が、それぞれステップ（ｂ）および（ｄ）において第１および第２の固体支持体に非特異的に固定化される；第１および第２の緩衝液が同一緩衝液である；第１の単位用量試薬が第１の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有し、第２の溶媒が第２の核酸増幅反応を実施するのに必要なすべてのオリゴマーを含有する；第１の単位用量試薬および第２の溶媒の各々が、それぞれ検出プローブを含有する；第１および第２の単位用量試薬の各々が凍結乾燥物である；第１および第２の溶媒の各々がヌクレオシド三リン酸をさらに含有する；第２の溶媒がホルダによって支持されたバイアルに収容される；第１のホルダが複数のバイアルを支持し、バイアルの少なくとも一部が、第２の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴマーを含む溶媒を収容する；第１の溶媒が異なるセットの増幅オリゴマーを含有する単位用量試薬を溶解するための汎用試薬である。
【００４８】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、当該アクセスチャンバーが第２のホルダから上記溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；第１および第２の単位用量試薬が、同一のまたは異なる試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、各試薬パックは複数の混合ウェルを含む；コントローラが分析装置の１つ以上の装置にステップ（ｈ）の前に精製された形態の第２の試料を溶出緩衝液に曝露させ、ステップ（ｋ）の前に精製された形態の第１の試料を溶出緩衝液に曝露させるように命令を送信するように構成されている；コントローラが分析装置の１つ以上の装置に、ステップ（ｊ）および（ｍ）のうちの少なくとも１つの完了後に使用のために精製された形態の第１および第２の試料のうちの少なくとも１つのアリコートを貯蔵容器に移送させるように命令を送信するように構成されている；コントローラが分析装置の１つ以上の装置に、第１および第２の反応容器を受容するためのアクセスポートを有する遠心分離機で第１および第２の反応容器を遠心分離させるように命令を送信するように構成されており、ここで、当該遠心分離機が第２の反応容器を受容する前に第１の反応容器を受容する；第１および第２の反応容器の各々が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；コントローラが分析装置の１つ以上の装置に、ステップ（ｉ）および（ｌ）の前に、それぞれ第１および第２の反応容器を閉じるように命令を送信するように構成されている；ステップ（ｉ）が完了する前にステップ（ｌ）が開始される；ステップ（ｌ）が開始される前にステップ（ｉ）が完了する；第１および第２の核酸増幅反応が熱サイクルを必要とする；第１および第２の核酸増幅反応がＰＣＲ反応である；第１および第２の核酸増幅反応がリアルタイム増幅である；第１の単位用量試薬の増幅オリゴマーがＩＶＤアッセイを実施するために使用され、第２の溶媒の増幅オリゴマーがＬＤＴを実施するために使用される。
【００４９】
別の実施形態では、自動分析装置を使用して核酸増幅アッセイを開発する方法が開示される。上記方法は、（ａ）核酸増幅アッセイを試料収容容器に収容された試料に関連付けるステップであって、当該核酸増幅アッセイが少なくとも部分的に１セットのユーザ定義のアッセイパラメータによって定義されるステップ、（ｂ）試料に対して核酸増幅アッセイを実施するステップを含み得る。上記核酸増幅アッセイを実行するステップは、（ｉ）単位用量試薬を溶媒に溶解することであって、当該溶媒が分析物の領域または核酸増幅アッセイにおいて分析物に結合した核酸を増幅するのに適した１つ以上の増幅オリゴマーを含み、当該単位用量試薬が核酸増幅アッセイを実施するための増幅オリゴマーを含まない、溶解すること、（ｉｉ）溶解された単位用量試薬および試料から反応混合物を形成すること、（ｉｉｉ）反応混合物を核酸増幅アッセイに関連した温度サイクリング条件に曝露させることを含み得る。上記方法は、（ｃ）分析装置から核酸増幅アッセイに関連する生データを記録するステップ、（ｄ）記録された生データをユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を使用して処理するステップ、（ｅ）処理されたデータを使用して核酸増幅アッセイの中間結果を生成するステップ、（ｆ）生成された結果に基づいてユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を変更して、変更された１セットのユーザ定義のアッセイパラメータを生成するステップ、（ｇ）記録された生データを改変された１セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を使用して再処理するステップ、および（ｈ）再処理されたデータを使用して核酸増幅アッセイの結果を生成するステップも含み得る。
【００５０】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：上記方法が、（ｉ）ステップ（ｆ）の前に、ステップ（ｅ）で生成された中間結果が予想された結果に一致するかどうかを決定するステップ、（ｊ）ステップ（ｅ）で生成された中間結果が予想された結果に一致しない場合、ステップ（ｆ）を実施するステップ、および（ｋ）ステップ（ｅ）で生成された中間結果が予想された結果に一致する場合、変更された１セットのユーザ定義のアッセイパラメータを核酸増幅アッセイに関連付けるステップをさらに含み得る；上記溶媒が分析装置に配置されたコンテナ支持体によって支持される複数のバイアルのうちのバイアルに収容され、当該複数のバイアルのうちの各バイアルが同一のまたは異なる溶媒を含む；上記１セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上のアッセイパラメータがステップ（ｂ）（ｉｉｉ）において使用される温度サイクリング条件において使用される温度プロファイルを定義する；ステップ（ｄ）において記録された生データを処理することが、記録された生データから選択されたサイクル数に対応するデータを消去することを含み、当該選択されたサイクル数が上記１セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちのアッセイパラメータに基づく；ステップ（ｄ）において記録された生データを処理することが、上記１セットのユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上のアッセイパラメータに基づいて記録された生データの傾きを補正することを含む。
【００５１】
別の実施形態では、試料中の分析物の量を決定するためのコンピュータ実施方法が開示される。上記方法は、（ａ）核酸増幅アッセイを試料に関連付けるステップであって、当該核酸増幅アッセイが少なくとも部分的に１セットのユーザ定義のアッセイパラメータによって定義されるステップ、（ｂ）試料に対して核酸増幅アッセイを実施するステップであって、核酸増幅アッセイを実行することが、（ｉ）単位用量試薬を溶媒に溶解することであって、当該溶媒が分析物の領域または核酸増幅アッセイにおいて分析物に結合した核酸を増幅するのに適した１つ以上の増幅オリゴマーを含み、当該単位用量試薬が核酸増幅アッセイを実行するための増幅オリゴマーを含まない、溶解すること、（ｉｉ）溶解された単位用量試薬および試料から反応混合物を形成すること、および（ｉｉｉ）当該反応混合物を、増幅産物を形成するための温度条件に曝露させることを含み得るステップを含み得る。上記方法は、（ｃ）増幅産物の形成と同時に信号測定装置を使用してデータを収集するステップであって、データを収集することが、曝露する間に形成された増幅産物の量を示す蛍光の周期的な測定を含むステップ、および（ｄ）コンピュータによって実行される場合、コンピュータにステップ（ｃ）の収集されたデータにアクセスさせ、（ｉ）ユーザから１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを受信させ、ここで、当該１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータが、収集されたデータの処理に使用される変数であり、（ｉｉ）当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を使用して当該収集されたデータを処理して、処理されたデータを作成させ、（ｉｉｉ）当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を使用して、当該処理されたデータから試料中の分析物の量を示す結果を計算させ、（ｉｖ）当該ユーザ定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上を使用して、ステップ（ｄ）（ｉｉｉ）において決定された結果が有効な結果であるかどうかを決定させるように構成されているアルゴリズムでプログラムされたコンピュータを使用するステップも含み得る。
【００５２】
別の実施形態では、自動分析装置用の核酸増幅アッセイを開発する方法が開示される。上記方法は、（ａ）コンピュータシステムに、分析装置に配置された試料に対して実施されるべき核酸増幅アッセイを少なくとも部分的に定義するユーザ定義のアッセイパラメータを入力するステップを含み得る。入力するステップは、（ｉ）１つ以上の検出パラメータを選択することであって、各検出パラメータが核酸増幅アッセイの間、分析装置によって記録される蛍光データの波長を示す、選択すること、（ｉｉ）１つ以上の温度プロファイルパラメータを選択することであって、温度プロファイルパラメータが、核酸増幅アッセイの間、分析装置において増幅反応混合物が曝露される温度プロファイルを定義する、選択すること、を含み得る。増幅反応混合物は、分析装置内で、（１）核酸増幅アッセイを実施するための増幅オリゴマーを含まない単位用量試薬を、核酸増幅アッセイの間、試料中の関心対象の分析物を増幅するように構成された１つ以上の増幅オリゴマーを含む溶媒に溶解すること、および（２）増幅反応混合物を溶解された単位用量試薬および試料により形成することによって形成されるように構成されている。また入力するステップは、（ｉｉｉ）データ解析パラメータを選択することであって、当該データ解析パラメータが、核酸増幅アッセイの結果が計算される前に、核酸増幅アッセイの間に分析装置によって再符号化されたデータを処理するデータ処理アルゴリズムにおいて使用される変数である、選択することを含み得る。上記方法は、（ｂ）入力されたユーザ定義のパラメータを使用して核酸増幅アッセイのためのアッセイプロトコルを定義するステップ、および（ｃ）アッセイプロトコルを試料に関連付けるステップも含み得る。
【００５３】
別の実施形態では、自動分析装置で核酸増幅アッセイを実施するためのアッセイプロトコルを確立する方法が開示される。自動分析装置は、１つ以上のシステム定義のアッセイパラメータおよび１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを使用して分析装置内に配置された１つ以上の試料に対して核酸増幅アッセイを実施するように構成され得る。上記方法は、分析装置から独立したコンピュータに、（ａ）核酸増幅アッセイを少なくとも部分的に定義する複数のユーザ定義のアッセイパラメータを入力するステップを含み得る。核酸増幅アッセイの間、分析装置によって使用される１つ以上のユーザ定義のアッセイパラメータを含む、入力された複数のユーザ定義のアッセイパラメータ。上記入力するステップは、（ｉ）１つ以上の検出パラメータを選択することであって、各検出パラメータが核酸増幅アッセイの間、分析装置によって記録される蛍光の波長を示す、選択することと、（ｉｉ）１つ以上のアッセイプロセスパラメータを選択することであって、各アッセイプロセスパラメータが、反応混合物が核酸増幅アッセイの間に曝露されるプロセス条件を示す、選択することと、（ｉｉｉ）１つ以上のデータ分析パラメータを選択することであって、各データ分析パラメータが、核酸増幅アッセイの結果が計算される前に、核酸増幅アッセイの間に分析装置によって記録されたデータを処理するデータ処理アルゴリズムにおいて使用される変数である、選択することを含み得る。上記方法は、（ｂ）入力された少なくとも複数のユーザ定義のアッセイパラメータを使用してアッセイプロトコルを確立するステップ、および（ｃ）確立されたアッセイプロトコルをコンピュータから分析装置に転送するステップであって、分析装置がコンピュータに入力された複数のユーザ定義のアッセイパラメータのいずれも変更するように構成されていないステップも含み得る。上記方法は、分析装置上で、（ａ）転送されたアッセイプロトコルを分析装置内に配置された１つ以上の試料のうちの試料に関連付けることと、（ｂ）試料に対して核酸増幅アッセイを実施することと、（ｃ）実施された核酸増幅アッセイからデータを記録することも含み得る。
【００５４】
別の実施形態では、自動分析装置上で核酸分析物を抽出、増幅、および検出するためのラボ開発検査を実施する方法が開示される。上記方法は、（ａ）コンピュータを使用して、分析装置上でラボ開発検査を実行するためのプロトコルの１つ以上のユーザ定義のパラメータを選択、定義または変更するステップを含み得る。ラボ開発検査の間、分析装置によって実行されるべきステップを定義するプロトコルの各パラメータ。上記方法は、（ｂ）ステップ（ａ）のプロトコルを用いてラボ開発検査を実行するステップも含み得る。分析装置は、ラボ開発検査を実行するための１つ以上のシステム定義のパラメータを保存する。
【００５５】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：ステップ（ｂ）の間、ポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含む非液体試薬を、ラボ開発検査を実行するためのオリゴヌクレオチドを含有する溶液に溶解するステップ；ステップ（ｂ）の間、インビトロ診断アッセイを実行するためのポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、およびオリゴヌクレオチドを含む非液体試薬を溶解するステップであって、分析装置がラボ開発検査を実行するためのオリゴヌクレオチドを含む非液体試薬を収容する容器を支持しないステップ；コンピュータがパーソナルコンピュータである；コンピュータが分析装置に接続されていない；上記方法が、ステップ（ａ）の後かつステップ（ｂ）の前に、プロトコルをエクスポートし、プロトコルを分析装置にインストールするステップをさらに含む；ユーザ定義のパラメータが、コンピュータに表示された１つのまたは一連の画面で選択、定義、または変更される；ステップ（ａ）がデフォルトの温度プロファイルを選択することを含む；ステップ（ａ）が熱サイクル反応を実行するための温度プロファイルの１つ以上のパラメータを定義することであって、当該１つ以上のパラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの持続時間、および熱サイクル反応の温度サイクル数を含む、定義することを含む；熱サイクル反応の各サイクルが、少なくとも２つの異なる温度ステップからなる。
【００５６】
別の実施形態では、複数形態の核酸分析物のいずれかが試料中に存在するかどうかを決定する方法が開示される。上記方法は、（ａ）分析装置に試料を提供するステップ、（ｂ）複数形態の核酸分析物を単離および精製するのに適した試薬および条件に試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップ、および（ｃ）増幅試薬を第１の溶媒に溶解するステップを含み得る。上記増幅試薬は、第１の形態の分析物の第１の領域を増幅および検出するのに十分なオリゴヌクレオチドを含有し得、上記第１の溶媒は、上記増幅試薬の上記オリゴヌクレオチドとの組み合わせにおいて第２の形態の分析物の第２の領域を増幅および検出するのに十分であり得る１つ以上のオリゴヌクレオチドを含有し得る。上記第１の溶媒の上記１つ以上のオリゴヌクレオチドは、第１または第２の形態の分析物を増幅および検出するのに不十分であり得る。上記第１および第２の領域は、それぞれ異なるヌクレオチド塩基配列を含み得る。上記方法は、（ｄ）精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップ、（ｅ）当該増幅反応混合物を第１および第２の形態の分析物のそれぞれ第１および第２の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップ、および（ｆ）第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つが試料中に存在するかどうかを決定するステップも含み得る。
【００５７】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：試料が分析装置にステップ（ａ）の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される；精製された形態の試料が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを含有する；ステップ（ｂ）が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に固定化することを含む；固体支持体が磁気応答性である；ステップ（ｂ）は、試料を磁界に曝露させる間に試料の固定化されていない成分を除去することを含む；ステップ（ｂ）が試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；ステップ（ｂ）が試料を第１および第２の形態の分析物を固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む；ステップ（ｂ）が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に非特異的に固定化することを含む；増幅試薬が乾燥試薬である；増幅試薬が凍結乾燥物である；増幅試薬が単位用量試薬である；増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する；第１の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない；第１の溶媒が第１のホルダによって支持されるバイアル中に収容される；第１のホルダが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも一部が、第１の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴヌクレオチドを含む溶媒を収容する；分析装置が増幅試薬を溶解するための第２の溶媒を収容し、第２の溶媒がいずれのオリゴヌクレオチドを含有しない；第２の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、当該アクセスチャンバーが、第２のホルダから第２の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む；増幅反応混合物が試薬パックと異なる反応容器中で形成される。
【００５８】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：ステップ（ｅ）の前に反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップ；ステップ（ｅ）の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを有する遠心分離機で実施されるステップ；反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；温度条件がＰＣＲ反応に関連した熱サイクルを含む；決定するステップがリアルタイムで実施される；第１の溶媒が第２の形態の分析物の第２の領域を増幅するための少なくとも１つの増幅オリゴヌクレオチドを含有し、第１の溶媒が任意の形態の分析物の存在を決定するための検出プローブを含有しない；増幅試薬が第１および第２の形態の分析物を検出するための検出プローブを含有する；第１の溶媒が第２の形態の分析物の存在を決定するための第１の検出プローブを含有する；増幅試薬が第１の形態の分析物の存在を決定するための第２の検出プローブを含有し、第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別可能である；増幅試薬が第１の形態の分析物の存在を決定するための第２の検出プローブを含有し、第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別不能である；第１および第２の形態の分析物が異なる型、亜型、またはバリアントの生物またはウイルスである；第２の形態の分析物が第１の形態の分析物の変異型である；増幅試薬がＩＶＤアッセイの構成要素であり、第１の溶媒がＡＳＲである。
【００５９】
別の実施形態では、複数形態の核酸分析物のいずれかが試料中に存在するかどうかを決定する方法が開示される。上記方法は、（ａ）分析装置に試料を提供するステップと、（ｂ）複数形態の核酸分析物を単離および精製するのに十分な試薬および条件に試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップと、（ｃ）増幅試薬を第１または第２の溶媒に溶解するステップとを含み得る。第１および第２の溶媒の各々は、分析装置によって支持され得る。増幅試薬が第１の形態の分析物の第１の領域を増幅および検出するのに十分であるが、第２の形態の分析物の領域を増幅および検出しないオリゴヌクレオチドを含有し得る。第１の溶媒は、いずれのオリゴヌクレオチドを含有していなくてもよい。上記第２の溶媒は、上記増幅試薬の上記オリゴヌクレオチドとの組み合わせにおいて第２の形態の分析物の第２の領域を増幅および検出するのに十分であり得る１つ以上のオリゴヌクレオチドを含有し得る。上記第２の溶媒の上記オリゴヌクレオチドは、第１または第２の形態の分析物を増幅および検出するのに不十分であり得る。上記第１および第２の領域は、それぞれ異なるヌクレオチド塩基配列を含み得る。上記方法は、（ｄ）精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップ、（ｅ）当該増幅反応混合物を第１および第２の形態の分析物のそれぞれ第１および第２の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップ、および（ｆ）第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つが試料中に存在するかどうかを決定するステップも含み得る。
【００６０】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：試料が分析装置にステップ（ａ）の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される；ステップ（ｃ）の前に、増幅を溶解するための第１または第２の溶媒を選択すること；選択するステップが試料を用いて第１または第２のアッセイを実施するように分析装置に指示する容器上の機械可読なラベルを読み取ることを含み、増幅試薬が第１のアッセイにおいて第１の溶媒に溶解され、増幅試薬が第２のアッセイにおいて第２の溶媒に溶解される；機械可読なラベルがバーコードラベルであり、機械可読なラベルが分析装置のバーコードリーダにより読み取られる；選択するステップが試料を用いて第１または第２のアッセイを実施するように分析装置に指示するためのユーザ入力を提供することを含み、増幅試薬が第１のアッセイにおいて第１の溶媒に溶解され、増幅試薬が第２のアッセイにおいて第２の溶媒に溶解される；ユーザ入力が分析装置のマウス、キーボードまたはタッチスクリーンを介して受信される；精製された形態の試料が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを含有する；ステップ（ｂ）が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に固定化することを含む；固体支持体が磁気応答性である；ステップ（ｂ）は、試料を磁界に曝露させる間に試料の固定化されていない成分を除去することを含む；ステップ（ｂ）が試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；ステップ（ｂ）が試料を第１および第２の形態の分析物を固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む；ステップ（ｂ）が第１および第２の形態の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に非特異的に固定化することを含む；増幅試薬が乾燥試薬である。
【００６１】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：増幅試薬が凍結乾燥物である；増幅試薬が単位用量試薬である；増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する；第１および第２の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない；第１の溶媒が第１のホルダによって支持されるバイアル中に収容される；第２の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、当該アクセスチャンバーは、第２のホルダから第２の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能であり得る；増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む；増幅反応混合物が試薬パックと異なる反応容器中で形成される；ステップ（ｅ）の前に反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップをさらに含む；ステップ（ｅ）の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを有する遠心分離機で実施されるステップ；反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；温度条件がＰＣＲ反応に関連した熱サイクルを含む；決定するステップがリアルタイムで実施される；第１の溶媒が第２の形態の分析物の第２の領域を増幅するための少なくとも１つの増幅オリゴヌクレオチドを含有し、第１の溶媒が任意の形態の分析物の存在を決定するための検出プローブを含有しない；増幅試薬が第１および第２の形態の分析物を検出するための検出プローブを含有する。
【００６２】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１の溶媒が第２の形態の分析物の存在を決定するための第１の検出プローブを含有する；増幅試薬が第１の形態の分析物の存在を決定するための第２の検出プローブを含有し、第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別可能である；増幅試薬が第１の形態の分析物の存在を決定するための第２の検出プローブを含有し、第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別不能である；第１および第２の形態の分析物が異なる型、亜型、またはバリアントの生物またはウイルスである；第２の形態の分析物が第１の形態の分析物の変異型である；増幅試薬および第２の溶媒がそれぞれＩＶＤアッセイの構成要素であり、第１の溶媒がＡＳＲである。
【００６３】
別の実施形態では、試料中の複数の核酸分析物の存在を決定する方法が開示される。上記方法は、（ａ）分析装置に試料を提供するステップと、（ｂ）複数の核酸分析物を単離および精製するのに十分な試薬および条件に試料を曝露させることによって、精製された形態の試料を生成するステップと、（ｃ）増幅試薬を第１の溶媒に溶解するステップとを含み得る。上記増幅試薬は、複数の核酸分析物のうちの第１の分析物の第１の領域を増幅および検出するのに十分な第１のセットのオリゴヌクレオチドを含有し得る。上記第１の溶媒は、複数の核酸分析物のうちの第２の分析物の第２の領域を増幅および検出するのに十分な第２のセットのオリゴヌクレオチドを含有し得る。第１のセットのオリゴヌクレオチドは、第２の分析物の領域を増幅および検出するのに不十分であり得る。第２のセットのオリゴヌクレオチドは、第１の分析物の領域を増幅および検出するのに不十分であり得る。上記方法は、（ｄ）精製された形態の試料を溶解された増幅試薬に接触させ、これにより増幅反応混合物を形成するステップ、（ｅ）当該増幅反応混合物を第１および第２の分析物のそれぞれ第１および第２の領域を増幅するのに十分な温度条件に曝露させるステップ、および（ｆ）第１および第２の分析物のうちの少なくとも１つが試料中に存在するかどうかを決定するステップも含み得る。
【００６４】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：試料が分析装置にステップ（ａ）の間、容器保持ラックによって支持される容器中に提供される；精製された形態の試料が第１および第２の分析物のうちの少なくとも１つを含有する；ステップ（ｂ）が第１および第２の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に固定化することを含む；固体支持体が磁気応答性である；ステップ（ｂ）は、試料を磁界に曝露させる間に試料の固定化されていない成分を除去することを含む；ステップ（ｂ）が試料の固定化されていない成分を除去した後に固体支持体を緩衝液中に再懸濁することを含む；ステップ（ｂ）が試料を第１および第２の分析物を固体支持体上に特異的に固定化することができる捕捉プローブに曝露させることを含む；ステップ（ｂ）が第１および第２の分析物のうちの少なくとも１つを固体支持体上に非特異的に固定化することを含む；増幅試薬が乾燥試薬である；増幅試薬が凍結乾燥物である；増幅試薬が単位用量試薬である；増幅試薬がポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸を含有する；第１の溶媒がポリメラーゼまたはヌクレオシド三リン酸を含有しない；第１の溶媒が第１のホルダによって支持されるバイアル中に収容される；第１のホルダが複数のバイアルを支持し、当該バイアルのうちの少なくとも一部が、第１の溶媒に含有されない１セットの増幅オリゴヌクレオチドを含む溶媒を収容する；分析装置が増幅試薬を溶解するための第２の溶媒を収容し、第２の溶媒がいずれのオリゴヌクレオチドを含有しない；第２の溶媒が、流体接続されている密閉された液体リザーバーおよびアクセスチャンバーを有する第２のホルダに収容され、当該アクセスチャンバーが、第２のホルダから第２の溶媒を取り出すための流体移送装置によりアクセス可能である；増幅試薬が試薬パックの混合ウェル中で貯蔵および溶解され、当該試薬パックが複数の混合ウェルを含む。
【００６５】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：増幅反応混合物が試薬パックと異なる反応容器中で形成される；ステップ（ｅ）の前に反応容器をキャップで閉じるステップであって、当該キャップが、摩擦嵌合または締まりばめで反応容器に係合するステップ；ステップ（ｅ）の前に閉じられた反応容器を遠心分離するステップであって、当該遠心分離ステップが、反応容器を受容するための少なくとも１つのアクセスポートを有する遠心分離機で実施されるステップ；反応容器が一体型ユニットの一部としていずれの他の反応容器にも物理的に接続されていない異なる別個の容器である；温度条件がＰＣＲ反応に関連した熱サイクルを含む；決定するステップがリアルタイムで実施される；増幅試薬が第１および第２の分析物の存在を決定するための検出可能に標識されたプローブを含有する；増幅試薬が第１の分析物の存在を決定するための第１の検出プローブを含有し、第１の溶媒が第２の分析物の存在を決定するための第２のプローブを含有する；第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別可能である；第１および第２のプローブがステップ（ｆ）においてお互いに識別不能である；第１および第２の分析物が同一分析物の異なる型でない；第１および第２の分析物が生物に抗生物質耐性を付与する異なる遺伝子である；増幅試薬がＩＶＤアッセイの構成要素であり、第１の溶媒がＡＳＲである。
【００６６】
別の実施形態では、試料中の標的核酸分析物を定量化する方法が開示される。本方法は、（ａ）第１のフルオロフォアを含む第１のプローブの存在下で、標的核酸分析物を含むまたは含む疑いのある試料に対して、周期的増幅反応を行うことであって、第１のプローブが標的核酸分析物依存性の蛍光を呈する、周期的増幅反応を行うことと、（ｂ）周期的増幅反応の複数のサイクル中に第１のプローブから蛍光測定値を取得することであって、複数の取得された蛍光測定値がベースラインセグメントを構成する、取得することと、を含み得る。本方法はまた、（ｃ）蛍光測定の少なくとも一部を平滑化することと、（ｄ）ベースラインセグメントの傾きを決定することと、（ｅ）蛍光測定が取得された各サイクルまたは時間について、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得された時間またはサイクルに依存する値を減算することにより、調整された蛍光測定をもたらすことによって、蛍光測定値を調整することと、を含み得る。本方法はさらに、（ｆ）調整された蛍光測定の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定するか、または標的核酸分析物が不在である、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定し、それにより、標的核酸分析物を定量化することを含み得る。
【００６７】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化することが、移動平均を蛍光測定値の一部に提供することを含む場合；移動平均を適用することが、Ｍサイクルにわたって平均することを含む態様であって、Ｍが、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１であり、任意選択でサイクル１〜Ｍ／２（切り捨て）およびＮ−Ｍ／２（切り上げ）〜Ｎの蛍光測定値が移動平均されず、Ｎが、蛍光測定値が取得されるサイクルの数である、態様；移動平均を適用することが５サイクルにわたって平均することを含む態様であって、任意選択で、サイクル１、２、Ｎ−１、およびＮからの蛍光測定値が、移動平均されず、Ｎが、蛍光測定値が取得されるサイクルの数である、態様；蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化することが、多項式フィッティングを含む態様；本方法は、確立されたベースライン値を決定することと、推定ベースライン値を蛍光測定値から減算することとをさらに含んでもよい；推定ベースライン値を決定することが、蛍光測定値をロジスティック回帰モデルにフィットさせることを含む態様；ロジスティック回帰モデルが４パラメータロジスティック回帰モデルである態様；推定ベースライン値がロジスティック回帰モデルの最小漸近線である態様；推定ベースライン値を決定することおよび推定ベースライン値を蛍光測定値から減算することが、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化した後に行われる態様；ならびに推定ベースライン値を決定することおよび推定ベースライン値を蛍光測定値から減算することが、ベースラインセグメントの傾きおよび測定が行われた時間またはサイクルに依存する値を減算することによって蛍光測定値を調整する前に行われる態様。
【００６８】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：本方法は、いずれの蛍光測定値もゼロ未満の値を有さないように蛍光測定値を加法的に調整することによって蛍光測定値を平準化することをさらに含み得る；クロストーク補正を第１のプローブからの蛍光測定値に行うこと；クロストーク補正が、第２のプローブからのブリードスルー信号の推定を第１のプローブからの蛍光測定値から減算することを含む態様、第２のプローブが、第２のフルオロフォアを含み、第２のフルオロフォアおよび第１のフルオロフォアが、重なり合う発光スペクトルを有し、ブリードスルー信号の推定が、第２のプローブからの同時蛍光測定値、および第１のプローブの蛍光測定値における、第２のプローブからの観察された蛍光と第２のプローブからの推定ブリードスルー信号との所定の割合に依存する態様；本方法は、第３のプローブからのブリードスルー信号を第１のプローブからの蛍光測定値から減算することをさらに含み、ここで、第３のプローブは、第３のフルオロフォアを含み、第３のフルオロフォアおよび第１のフルオロフォアは、重なり合う発光スペクトルを有し、ブリードスルー信号の推定は、第３のプローブからの同時蛍光測定値、および第１のプローブの蛍光測定値における、第３のプローブからの観察された蛍光と第３のプローブからの推定ブリードスルー信号との所定の割合に依存する；第２のプローブからの同時蛍光測定値が、ブリードスルー信号の推定が減算される第１のプローブからの蛍光測定値と同じ周期的増幅反応のサイクル中に取得される態様；第２のプローブからの同時蛍光測定値が、ブリードスルー信号が減算される第１のプローブからの蛍光測定値の１分、３０秒、１５秒、または１０秒以内に取得される態様；第１および第２のプローブが第１および第２の反応容器中にあり、第２の反応容器は、第２のプローブからの蛍光が第１のプローブからの蛍光測定値の取得中に検出されるように、第１の反応容器と十分近くにある態様；ならびに第１および第２のプローブが、同一のフルオロフォア、または見分けがつかない発光スペクトルを有するフルオロフォアを含む態様。
【００６９】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：第１および第２のプローブが第１の反応容器中にあり、第２のプローブが、第１のプローブが核酸分析物依存性蛍光を呈する標的核酸とは異なる第２の標的に対する核酸分析物依存性蛍光を呈する態様；第１および第２のプローブが、見分けはつくが重なり合った発光スペクトルを有するフルオロフォアを含む態様；第２のプローブからのブリードスルー信号の推定を第１のプローブからの蛍光測定値から減算することが、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化した後に行われる態様；第２のプローブからのブリードスルー信号の推定を第１のプローブからの蛍光測定値から減算することが、ベースラインセグメントの傾きおよび測定値が取られた時間またはサイクルに依存する値を減算することによって蛍光測定値を調整する前に行われる態様；ベースラインセグメントの傾きを決定することが、少なくともサイクル対について所定の傾きに達するかまたはそれを超過するまで、増幅反応の複数のサイクルの各隣接するサイクル対間の傾きを決定することと、所定の傾きに達したかまたはそれを超過したサイクル対の後のものより早いサイクルからの蛍光測定値からなるものとしてベースラインセグメントを特定することと、を含む態様；ベースラインセグメントの傾きを決定することが、少なくともサイクル対について所定の差に達するかまたはそれを超過するまで、増幅反応の複数のサイクルの各隣接するサイクル対からの蛍光測定値間の差を決定することと、所定の差に達したかまたはそれを超過したサイクル対の後のものより早いサイクルからの蛍光測定値からなるものとしてベースラインセグメントを特定することと、を含む態様；ベースラインセグメントの傾きおよび測定値が得られた時間またはサイクルに依存する値を減算することが、ベースラインセグメントの傾きをゼロに減少させる態様；ベースラインセグメントの線形回帰のピアソン相関係数の二乗が所定の閾値未満である場合に、ベースラインセグメントの傾きがゼロであると決定される態様；ならびにベースラインセグメントの線形回帰が時間またはサイクル数の増加に伴って負の傾きを有する場合に、ベースラインセグメントの傾きがゼロであると決定される態様。
【００７０】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：調整された蛍光測定値からのＣｔ値を決定すること、または標的核酸分析物が不在であるかまたは検出限界を超える量で存在しないと決定することが、（ａ）調整された蛍光測定値の最小値を調整された蛍光測定値の最大値から減算し、それにより蛍光範囲値をもたらすことと、（ｂ）蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合に、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定することと、を含む態様；少なくとも１つの調整された蛍光測定値が所定の閾値以上であり、Ｃｔ値が、調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である最も早いサイクル数として決定される態様；少なくとも１つの調整された蛍光測定値が所定の閾値以上であり、Ｃｔ値が、（ａ）最も早い所定の閾値以上の調整された蛍光測定値が生じたサイクル、（ｂ）最も早い所定の閾値以上の調整された蛍光測定値、（ｃ）最も早い所定の閾値以上の調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定値の蛍光値、を含む値から決定される態様；Ｃｔ値が、最も早い所定の閾値以上の調整された蛍光測定値が生じたサイクルからの調整された蛍光測定値と先行するサイクルからの調整された蛍光測定値との間の蛍光値の補間から予測される態様；Ｃｔ値が、補間における所定の閾値に対応するサイクル小数値である態様；第１のプローブから得られた蛍光測定値の認証をさらに含む；認証には、蛍光測定値が周期的増幅反応の複数のサイクルの各サイクルから少なくとも１つの測定値を含むことを確認することが含まれる態様；認証には、調整された蛍光測定値が、（ｉ）第１のサイクルからの所定の閾値以上である調整された蛍光測定値と、（ｉｉ）第１のサイクルより遅い第２のサイクルからの所定値未満である調整された蛍光測定値との両方を含まないことを確認することが含まれる態様。
【００７１】
別の実施形態では、標的核酸分析物を含有することが疑われる試料中の標的核酸分析物を定量化する方法が開示される。この定量的方法は、本明細書に開示された、または以下に提示される番号が付けられた実施形態で具体的に特定されたシステムのいずれかと関連して使用することができることを理解されたい。この方法は、（ａ）第１のフルオロフォアで標識された第１の検出プローブの存在下で試料に対して周期的増幅反応を実行するステップを含み、第１のフルオロフォアは、標的核酸分析物依存性蛍光を示す。（ｂ）周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光測定値を取得するステップもあり、複数の取得された蛍光測定値は、開始サイクルで始まり、標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成する。さらに、（ｃ）開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きを決定するステップがある。さらに、（ｄ）ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルのサイクル数に依存する固定調整値を減算することによって蛍光測定値を調整するステップがある。さらに、（ｅ）ステップ（ｄ）からの調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定するか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定し、それにより、標的核酸分析物を定量化するステップがある。一般的に言えば、固定調整値は、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルのサイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積よりも小さい。いくつかの実施形態では、固定調整値は、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルの反応サイクル数を乗算した積である。いくつかの実施形態では、この方法は、ステップ（ｂ）の後およびステップ（ｃ）の前に、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化するステップをさらに含む。例えば、平滑化することには、蛍光測定値の一部に移動平均を適用することが含まれる。より具体的には、移動平均を適用するプロセスは、Ｍサイクルにわたって平均化することを含み得、Ｍは、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１である。代替の好ましい実施形態によれば、この方法がステップ（ｂ）の後およびステップ（ｃ）の前に蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化するステップをさらに含むとき、平滑化することは、多項式曲線フィッティングまたはスプライン平滑化のいずれかを含み得る。いくつかの実施形態では、この方法は、蛍光測定値がゼロ未満の値を有さないように、蛍光測定値を平準化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、第１の検出プローブの第１のフルオロフォアからの蛍光測定値に対してクロストーク補正を実行することをさらに含む。より好ましくは、クロストーク補正は、第１のフルオロフォアについて測定された蛍光信号から、第２の検出プローブの第２のフルオロフォアからのブリードスルー信号の推定値を減算することを含み得、第２の検出プローブは、第２のフルオロフォアを含み、第２のフルオロフォアおよび第１のフルオロフォアは、重複する発光スペクトルを有し、ブリードスルー信号の推定値は、第２のフルオロフォアからの同時蛍光測定値、および第１のフルオロフォア蛍光測定値における、第２のフルオロフォアからの予想されたブリードスルー信号に対する第２のフルオロフォアからの観察された蛍光の所定の割合に依存する。いくつかの実施形態では、この方法は、ベースラインセグメントについて蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインセグメントの傾きおよび測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによって蛍光測定値を調整することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、変換領域除外ステップをさらに含み、周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が排除され、それにより、ベースラインセグメントの開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定する。いくつかの実施形態では、この方法は、周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きにいつ達するかを決定すること、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含む。あるいは、この方法は、周期的増幅反応における隣接するサイクル対での蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加にいつ達するかを決定し、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、第１の検出プローブは、第１のフルオロフォアとエネルギー伝達関係にあるクエンチャー部分をさらに含む。あるいは、第１の検出プローブは、クエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターをさらに含み、（ｉ）自己相補的領域を含み、第１のフルオロフォアのクエンチまたは第１のフルオロフォアからのＦＲＥＴ移動を減少させる標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション時の構造変化を受けるか、（ｉｉ）第１の検出プローブから第１のフルオロフォアの放出する標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後のエキソヌクレオリシスを受け、それにより、蛍光が増加するか、または（ｉｉｉ）標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後に開裂された一次プローブの断片へのハイブリダイゼーション後に開裂を受け、第１の検出プローブの開裂により第１のフルオロフォアが放出され、それにより、蛍光が増加するか、のいずれかである。いくつかの実施形態では、ステップ（ｅ）は、（ｉ）ステップ（ｄ）の調整された蛍光測定値の最大値からステップ（ｄ）の調整された蛍光測定値の最小値を減算し、それにより、蛍光範囲値を提供することと、（ｉｉ）蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定することと、を含む。いくつかの実施形態では、ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値は、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値は、ステップ（ｄ）において、調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である最も早いサイクル数として決定される。あるいは、ステップ（ｄ）からの少なくとも１つの調整された蛍光測定値は、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値は、（ｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクル、（ｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値、（ｉｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定値の蛍光値、を含む値から決定される。好ましい実施形態では、Ｃｔ値は、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間から推定される。補間は、線形補間であり得る。Ｃｔ値は、補間における所定の閾値に対応する分数サイクル値であり得る。いくつかの実施形態では、この方法は、試料からの蛍光を測定するように構成された１つ以上の蛍光検出器と、試料の温度を調節するように構成されたサーモサイクラー装置と、１つ以上の蛍光検出器およびサーモサイクラー装置に動作可能に連結され、命令を格納して、試料をサーモサイクルし、蛍光測定値を取得し、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化し、ベースラインセグメントの傾きを決定し、蛍光測定値を調整し、Ｃｔ値を決定するか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定するプロセッサおよびメモリと、を含むシステムを使用して実行される。特定の好ましい場合では、１つ以上の蛍光検出器は、複数のチャネルにおける蛍光を検出するように構成されている。いくつかの実施形態では、周期的増幅反応は、ポリメラーゼ連鎖反応である。
【００７２】
別の実施形態では、試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するためのソフトウェア命令でプログラムされたコンピュータが開示される。プログラムされたコンピュータは、本明細書に開示された、または以下に提示される番号が付けられた実施形態で具体的に特定されたシステムのいずれかにのコンポーネントにリンクすることができるか、またはそれであり得ることを理解されたい。ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光標識されたプローブによって生成された蛍光の測定値を含むリアルタイム実行曲線データセットを受信させ、周期的増幅反応は、標的核酸分析物が存在する場合、それを増幅し、受信された複数の蛍光測定値は、開始サイクルで始まり、標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成する。さらに、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きを決定させる。さらに、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が得られる複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルに依存する値を減算することによって蛍光測定値を調整させる。さらに、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ステップ（ｃ）からの調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定させるか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定させ、それにより、標的核酸分析物を定量化させる。いくつかの実施形態では、ステップ（ｂ）の前に、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、開始サイクルおよびベースライン終了サイクルの各々を決定させる。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、変換領域除外ステップを実行させ、周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が排除されて、それにより、ベースラインセグメントの開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定させる。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きに達したときを決定し、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加に達したときを決定し、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる。いくつかの実施形態では、ステップ（ｃ）におけるベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルに依存する値は、ベースラインの傾きに、ベースライン終了サイクルの数を乗算した積である。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、（ｉ）調整された蛍光測定値の最大値から調整された蛍光測定値の最小値を減算させ、それにより、蛍光範囲値を提供し、（ｉｉ）蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないことを決定させる。いくつかの実施形態では、ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定が所定の閾値以上である場合、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ステップ（ｄ）において、Ｃｔ値を調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である最も早いサイクル数と決定させる。いくつかの実施形態では、ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定が所定の閾値以上である場合、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間からＣｔ値を推定させる。好ましくは、補間は、線形補間である。いくつかの実施形態では、Ｃｔ値は、分数サイクル値であり得る。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによってベースラインセグメント内の複数の蛍光測定値を調整させる。
【００７３】
別の実施形態では、試験試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するシステムが開示される。このシステムは、サーモサイクラーと、サーモサイクラーと光通信する蛍光光度計であって、時間またはサイクル数の関数として核酸増幅産物の産生を測定する蛍光光度計と、蛍光光度計と通信するコンピュータと、の各々を有する核酸分析装置を含む。核酸分析装置のコンピュータは、コンピュータに、（ａ）蛍光光度計によって作製された測定値から調製されたリアルタイム実行曲線データセットを取得させ、（ｂ）リアルタイム実行曲線データセット内のベースラインセグメントを特定させ、ベースラインセグメントは、開始サイクルで始まり、リアルタイム実行曲線データセット内の検出可能な増幅の期間に先行するベースライン終了サイクルで終了し、（ｃ）開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きを計算させ、（ｄ）ベースライン終了サイクルよりも大きい反応サイクル数でのリアルタイム実行曲線データセット内の複数のポイントの各々から、ベースラインセグメントの傾きにベースライン終了サイクルの反応サイクル数を乗算した積を含む固定調整値を減算することによって、調整されたデータセットを生成させ、固定調整値は、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルのサイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積未満であり、（ｅ）調整されたデータセットを使用してサイクル閾値（Ｃｔ）値を決定させ、それにより、標的核酸分析物を定量化する、ソフトウェア命令でプログラムされている。いくつかの実施形態では、コンピュータは、核酸分析装置の不可欠な構成要素である。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令はさらに、コンピュータに、ベースライン終了サイクルを含むベースラインセグメント内の複数のポイントの各々から反応サイクル依存値を減算させ、各減算された反応サイクル依存値は、ベースラインセグメントの傾きに、測定値が作製された反応サイクル数または時間を乗算した積を含む。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令はさらに、コンピュータに、サーモサイクラーに指示して、核酸増幅反応を実行させる。いくつかの実施形態では、ステップ（ｄ）で減算された固定調整値は、ベースラインセグメントの傾きにベースライン終了サイクルのサイクル数を乗算した積である。いくつかの実施形態では、ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値は、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値は、（ｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクル、（ｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値、（ｉｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定値の蛍光値、を含む値から決定される。いくつかの実施形態では、ソフトウェア命令は、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによってベースラインセグメントにおける複数の蛍光測定値を調整させる。
【００７４】
本開示の方法の種々の実施形態は、以下の態様のうちの１つ以上を代替的にまたは追加的に含み得る：本方法が、試料からの蛍光を測定するように構成されている１つ以上の蛍光検出器と、試料の温度を調節するように構成されているサーモサイクリング装置と、１つ以上の蛍光検出器およびサーモサイクリング装置に動作可能に連結し、試料のサーモサイクリングを行い、蛍光測定値を取得し、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化し、ベースラインセグメントの傾きを決定し、蛍光測定値を調整し、Ｃｔ値、または標的核酸分析物が不在であるかもしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定するための命令を記憶するプロセッサおよびメモリとを含むシステムを使用して行われる態様；１つ以上の蛍光検出器が、複数のチャネルにおいて蛍光を検出するように構成されている態様；第１のプローブが、クエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターをさらに含み、（ｉ）自己相補性領域を含み、第１のフルオロフォアのクエンチまたは第１のフルオロフォアからのＦＲＥＴ移動を減少させる標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション時の構造変化を受けるか、（ｉｉ）第１のフルオロフォアの放出し、それにより増加した蛍光を生じさせる、標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後のエキソヌクレオリシス（ｅｘｏｎｕｃｌｅｏｌｙｓｉｓ）を受けるか、あるいは（ｉｉｉ）標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後に開裂された一次プローブの断片へのハイブリダイゼーション後に開裂を受け、第１のプローブの開裂により第１のフルオロフォアが放出されることで、増加した蛍光を生じさせる、態様；周期的増幅反応がＰＣＲである態様；周期的増幅反応の複数のサイクルが、１０〜２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜３５、３６〜４０、４１〜４５、または４６〜５０サイクルを含む態様；ならびに周期的増幅の複数のサイクルが途切れのない一連のサイクルである態様。
【００７５】
上記の種々の実施形態に記載の試薬は、液体または非液体形態であり得る。試薬が非液体形態である場合、試薬は乾燥形態、例えば凍結乾燥物であり得る。いくつかの実施形態では、提供される試薬は、単位用量形態で便利に提供される。
【図面の簡単な説明】
【００７６】
本明細書に組み込まれ、明細書の一部を形成する添付図面は、本開示の様々な非限定的な実施形態を示す。必要に応じて、異なる図面における同様の構造、コンポーネント、材料、および／または要素を示す参照番号は同様にラベル付けされる。これらの図面に具体的に示されているもの以外の構造、コンポーネント、および／または要素の種々の組み合わせが企図され、本開示の範囲内であることを理解されたい。
【００７７】
説明を簡単かつ明確にするために、図面は、説明された実施形態の一般的な構造および／または構築方法、ならびに関連する製造方法を示す。周知の特徴（例えば、締結具、電気接続、制御システムなど）は、これらの特徴が当業者に周知であるため、他の特徴が不明瞭になるのを避けるためにこれらの図には示されない（および、簡潔さのために対応する説明に置いて記載されない）。図面の特徴は必ずしも縮尺どおりに描かれているわけではない。いくつかの特徴の寸法は、例示的な実施形態の理解を改善するために、他の特徴に対して誇張されている場合がある。断面図は、種々の特徴の相対的な配置を示すのを補助するために提供される。当業者は、断面図が必ずしも縮尺通りに描かれているわけではなく、異なる特徴間の比例関係を表すと見なされるべきではないことを理解するであろう。特に言及しなくても、一実施形態を参照して記載される態様および特徴は、他の実施形態にも適用可能であり、他の実施形態で使用され得ることに留意されたい。
【００７８】
【図１Ａ】実施形態に記載の分析システムの斜視図である。
【図１Ｂ】実施形態に記載の分析システムの斜視図である。
【図２Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な第１のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図２Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な第１のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図２Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な第１のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図２Ｄ】図１Ａの分析システムの例示的な第１のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図２Ｅ】図１Ａの分析システムの例示的な第１のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図２Ｆ】図１Ａの分析システムの例示的な磁気洗浄ステーションの斜視図である。
【図２Ｇ】図２Ｆの磁気洗浄ステーションの例示的な磁気移動装置の斜視図である。
【図３Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試料格納部の斜視図である。
【図３Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試料格納部の斜視図である。
【図３Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な試料格納部の斜視図である。
【図４Ａ】図３Ａの試料格納部で使用され得る例示的な試料保持ラックの斜視図である。
【図４Ｂ】図３Ａの試料格納部で使用され得る例示的な試料保持ラックの斜視図である。
【図５Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図５Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図５Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図５Ｄ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図５Ｅ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図５Ｆ】図１Ａの分析システムの例示的な第２のモジュールの異なる領域の平面図である。
【図６Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図６Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図６Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図６Ｄ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図７】図１Ａの分析システムの別の例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図７Ｂ】図１Ａの分析システムの別の例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図７Ｃ】図１Ａの分析システムの別の例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図８】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナ移送機構の斜視図である。
【図９Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図９Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図９Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナキャリアの異なる図である。
【図１０Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナの異なる図である。
【図１０Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナの異なる図である。
【図１０Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬コンテナの異なる図である。
【図１１】図１Ａの分析システムの別の例示的な試薬コンテナの異なる図である。
【図１２Ａ】図１Ａの分析システムのディスプレイ装置で表示される例示的なグラフィカルユーザインタフェース（ＧＵＩ）である。
【図１２Ｂ】図１Ａの分析システムのディスプレイ装置で表示される例示的なグラフィカルユーザインタフェース（ＧＵＩ）である。
【図１３Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックの異なる図である。
【図１３Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックの異なる図である。
【図１３Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックの異なる図である。
【図１３Ｄ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックの異なる図である。
【図１４Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な流体移送およびハンドリングシステムの斜視図である。
【図１４Ｂ】図１４Ａの流体移送およびハンドリングシステムの例示的なピペッターの底部の斜視図である
【図１４Ｃ】図１４Ａの流体移送およびハンドリングシステムの例示的なピペッターの底部の斜視図である
【図１５Ａ】図１Ａの分析システムの例示的なキャップ／バイアルアセンブリの異なる図である。
【図１５Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的なキャップ／バイアルアセンブリの異なる図である。
【図１６Ａ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｂ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｃ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｄ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｅ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｆ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｇ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｈ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１６Ｉ】図１Ａの分析システムのサーマルサイクラーの異なる図である。
【図１７Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な信号検出器の異なる図である。
【図１７Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な信号検出器の異なる図である。
【図１８Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な遠心分離機の異なる図である。
【図１８Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な遠心分離機の異なる図である。
【図１８Ｃ】図１Ａの分析システムの例示的な遠心分離機の異なる図である。
【図１９】図１Ａの分析システムの例示的な多容器ユニット（ＭＲＵ）の斜視図である。
【図２０Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な容器分配システムの斜視図である。
【図２０Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な容器分配システムの斜視図である。
【図２１Ａ】図２０Ａの容器分配システムの例示的な容器分配器の異なる図を示す。
【図２１Ｂ】図２０Ａの容器分配システムの例示的な容器分配器の異なる図を示す。
【図２１Ｃ】図２０Ａの容器分配システムの例示的な容器分配器の異なる図を示す。
【図２１Ｄ】図２０Ａの容器分配システムの例示的な容器分配器の異なる図を示す。
【図２２Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な容器受け渡し装置の異なる図である。
【図２２Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な容器受け渡し装置の異なる図である。
【図２３Ａ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックロードステーションの異なる図である。
【図２３Ｂ】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パックロードステーションの異なる図である。
【図２４】図１Ａの分析システムの例示的な試薬パック回転ラックの斜視図である。
【図２５】図１Ａの分析システムの例示的な流体移送装置を示す。
【図２６】図１Ａの分析システムを使用した例示的な抽出プロセスのフローチャートである。
【図２７−１】図１Ａの分析システムを使用した例示的な反応セットアッププロセスのフローチャートである。
【図２７−２】図１Ａの分析システムを使用した例示的な反応セットアッププロセスのフローチャートである。
【図２８】図１Ａの分析システムを使用した例示的な熱サイクルプロセスのフローチャートである。
【図２９】図１Ａの分析システムを使用した例示的な試料調製プロセスのフローチャートである。
【図３０】図１Ａの分析システムを使用した例示的な反応混合物調製プロセスのフローチャートである。
【図３１】図１Ａの分析システムを使用した例示的な核酸増幅反応プロセス（例えば、ＰＣＲ）のフローチャートである。
【図３２】図１Ａの分析システムを使用した複数のアッセイを実施する方法のフローチャートである。
【図３３】図１Ａの分析システムの例示的な制御システムの概略図である。
【図３４Ａ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｂ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｃ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｄ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｅ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｆ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｇ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｈ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｉ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｊ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｋ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｌ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３４Ｍ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルを開発するために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３５Ａ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータのデータ分析を実施するための例示的な方法のフローチャートである。
【図３５Ｂ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータのデータ分析を実施するための例示的な方法のフローチャートである。
【図３５Ｃ−１】図１Ａの分析システムによって生成されるデータのデータ分析を実施するための例示的な方法のフローチャートである。
【図３５Ｃ−２】図１Ａの分析システムによって生成されるデータのデータ分析を実施するための例示的な方法のフローチャートである。
【図３６Ａ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３６Ｂ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３６Ｃ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３６Ｄ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３６Ｅ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３６Ｆ】図１Ａの分析システムによって生成されるデータの異なるデータ分析操作の効果を示す例示的なプロットである。
【図３７Ａ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルをインストールするために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３７Ｂ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルをインストールするために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３７Ｃ】図１Ａの分析システム用のＬＤＴプロトコルをインストールするために使用される例示的なＧＵＩである。
【図３８】図１Ａの分析システムにおけるアッセイの試料との関連付けを示す例示的なＧＵＩである。
【図３９】プロトコル最適化のワークフローの概略図である。
【図４０Ａ】異なるベースライン調整アプローチを説明する例示的なグラフを提示する。図４０Ａは、反応サイクル数の関数として測定されたＲＦＵをプロットする実行曲線（▲）を示す。下向きの矢印は、ベースラインセグメントの傾き、および測定が行われたサイクルに依存する１つの決定された変数調整値を示す。傾きは、ベースラインセグメントに適合した回帰直線（黒い線で表示）から決定された。調整は、実行曲線全体に適用される。図４０Ｂは、ベースライン調整の前（▲）および後（●）の実行曲線を示す。ベースライン終了サイクル前の実行曲線の部分（つまり、終了サイクルは、右端の白抜きのひし形で示される（◇））は、ベースラインセグメントの傾き、および測定が行われたサイクルに基づく可変調整値を減算することによって調整される。ベースライン終了サイクル後の実行曲線の部分は、ベースライン終了サイクルでの調整に相当する固定調整値（Δで示される）を減算することによって調整される。
【図４０Ｂ】異なるベースライン調整アプローチを説明する例示的なグラフを提示する。図４０Ａは、反応サイクル数の関数として測定されたＲＦＵをプロットする実行曲線（▲）を示す。下向きの矢印は、ベースラインセグメントの傾き、および測定が行われたサイクルに依存する１つの決定された変数調整値を示す。傾きは、ベースラインセグメントに適合した回帰直線（黒い線で表示）から決定された。調整は、実行曲線全体に適用される。図４０Ｂは、ベースライン調整の前（▲）および後（●）の実行曲線を示す。ベースライン終了サイクル前の実行曲線の部分（つまり、終了サイクルは、右端の白抜きのひし形で示される（◇））は、ベースラインセグメントの傾き、および測定が行われたサイクルに基づく可変調整値を減算することによって調整される。ベースライン終了サイクル後の実行曲線の部分は、ベースライン終了サイクルでの調整に相当する固定調整値（Δで示される）を減算することによって調整される。
【図４１】調整前の実行曲線（▲）、図４０Ａに示されるアプローチによって調整された実行曲線（○）、および図４０Ｂに示されるアプローチによって調整された実行曲線（●）を示す例示的なグラフを提示する。
【００７９】
本開示の特徴および効果は、図面を参照した以下に述べる詳細な説明からより明らかになるであろう。本明細書において図とともに説明される多数の実施形態が存在する。一実施形態に関して記載される態様／特徴の各々は、別の実施形態に関して開示される態様／特徴と組み合わされた使用され得る。簡潔さのために、多数のこれらの組み合わせおよび置換は、本明細書において個別に説明されない。
【発明を実施するための形態】
【００８０】
特に定義しない限り、本明細書で使用される技術用語、表記、および他の科学用語または専門用語はすべて、一般に、本開示が属する当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書において記載または参照される技法および手技の多くは、周知であって、一般に、当業者によって従来の方法論を使用して採用される。必要に応じて、市販のキットおよび試薬の使用を伴う手技は、概して、別様に注記されない限り、製造業者定義のプロトコルおよび／またはパラメータに従って実施される。本明細書において参照される特許、用途、出願公開、および他の刊行物はすべて、参照することによってその全体として組み込まれる。本開示に記載の定義が、これらの参考文献における定義に反するかまたは矛盾する場合、本開示に記載の定義は、参照により本明細書に組み込まれる定義に優先する。本明細書において記載または参照される参考文献のいずれも、本開示の先行技術であると認められない。
【００８１】
本明細書における「一実施形態」、「ある実施形態」、「さらなる実施形態」、「例示的実施形態」、「いくつかの態様」、「さらなる態様」、「態様」等の言及は、記載の実施形態が、特定の特徴、構造、または特性を含み得るが、すべての実施形態が、必ずしも、その特定の特徴、構造、または特性を含まない場合があることを示す。さらに、そのような語句は、必ずしも、同一の実施形態を参照するわけではない。さらに、特定の特徴、構造、または特性が、ある実施形態に関連して説明されるとき、そのような特徴、構造、または特性はまた、明示的に説明されるかどうかにかかわらず、他の実施形態と関連しても説明される。本明細書で使用する場合、「ある（ａ）」または「ある（ａｎ）」は、「少なくとも１つ」または「１つ以上」を意味する。
【００８２】
本明細書で使用する場合、「試料」は、関心対象の生物、ウイルス、もしくは細胞を含有することが疑われる任意の物質、あるいは、関心対象の生物、ウイルス、もしくは細胞に由来する分析物（例えば、核酸）、または関心対象の分析物を含有することが疑われる任意の物質を指す。物質は、例えば、血液または尿生殖路検体などの未処理の臨床検体、検体を含有する緩衝媒体、検体および生物、ウイルス、もしくは細胞に属する分析物を解放するための溶菌剤を含有する媒体、または容器内もしくは反応材料または装置上で単離および／または精製された（「抽出された」）生物、ウイルスもしくは細胞に由来する分析物を含有する媒体であり得る。このために、用語「試料」は、その未加工形態の検体、または生物、ウイルスまたは細胞に由来する分析物を解放、単離、および精製する（「抽出する」）ための任意の処理段階までの検体を意味するものと理解されるであろう。したがって、「試料」への言及は、異なる処理段階における生物、ウイルスまたは細胞に由来する分析物を含有すると疑われる物質を指し得、物質の初期形態に限定されない。
【００８３】
核酸に関して、「抽出」という用語は、核酸分子、部分的に生成された試料、または粗試料（すなわち、その供給源から得られたときと実質的に同じ形態にある試料）の天然環境などの、非核酸成分を含む試料からの核酸分子（例えば、任意の形態のＤＮＡまたはＲＮＡ）の回収を指す。抽出により、実質的に精製された核酸分子または抽出前の試料中にあったときよりも純粋な形態の核酸分子を得ることができ、細胞（供給源から直接単離された細胞または培養された細胞を含む）、血液、尿、粘液、精液、唾液、または組織（例えば、生検）などの生体物質を含む試料から、分析手順に使用するためのそのような分子を得ることに使用することができる。多くの抽出方法が利用可能である。種々の実施形態では、抽出は、細胞溶解、遠心分離もしくは濾過などによる不溶性物質の除去、クロマトグラフィー、核酸の沈殿、または捕捉プローブによる核酸の捕捉のうちの１つ以上を含み得る。
【００８４】
「標的」とは、検出または分析されるものである。増幅反応に関して使用される場合、この用語は、反応によって増幅される核酸または核酸の一部を指す場合がある。
【００８５】
「分析物」は、試料中に存在するかまたは試料中に存在することが疑われ、かつアッセイにおいて検出の標的とされる分子を指す。分析物の例示的な種類としては、核酸、ポリペプチド、およびプリオンなどの生体高分子が挙げられる。
【００８６】
「核酸」および「ポリヌクレオチド」とは、従来のＲＮＡ、ＤＮＡ、混合ＲＮＡ−ＤＮＡ、およびそれらの類似体であるポリマーを含むポリヌクレオチドを形成するために一緒に連結された窒素複素環塩基または塩基類似体を有するヌクレオシドまたはヌクレオシド類似体を含む多量体化合物を指す。核酸「主鎖」は、糖−ホスホジエステル結合、ペプチド−核酸結合（「ペプチド核酸」またはＰＮＡ；国際公開第９５／３２３０５号）、ホスホロチオエート結合、メチルホスホン酸結合、またはこれらの組み合わせのうちの１つ以上を含む種々の結合から構成され得る。核酸の糖部分は、リボース、デオキシリボースまたは置換（例えば、２’メトキシまたは２’ハロゲン化物置換）を有する類似化合物であり得る。窒素含有塩基は、従来の塩基（Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ、Ｕ）、それらの類似体（例えば、イノシンまたはその他；Ｔｈｅ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  ５ー３６，Ａｄａｍｓ  ｅｔ  ａｌ，ｅｄ．，１１ｔｈ  ｅｄ．，１９９２を参照のこと）、プリンまたはピリミジンの誘導体（例えば、Ｎ４−メチルグアニン、Ｎ６−メチルアデニン、デアザプリンまたはアザプリン、デアザピリミジンまたはアザピリミジン、５位または６位に置換基を有するピリミジン塩基（例えば、５−メチルシトシン）、２、６または８位に置換基を有するプリン塩基、２−アミノ−６−メチルアミノプリン、Ｏ６−メチルグアニン、４−チオ−ピリミジン、４−アミノ−ピリミジン、４−ジメチルヒドラジン−ピリミジン、およびＯ４−アルキル−ピリミジン；米国特許第５，３７８，８２５号および国際公開第９３／１３１２１号）であり得る。核酸は、主鎖がポリマーの位置（複数可）に窒素含有塩基を含まない、１つ以上の「無塩基」残基を含み得る（米国特許第５，５８５，４８１号）。核酸は、通常のＲＮＡまたはＤＮＡの糖、塩基および結合のみを含み得るか、または通常の成分および置換の両方を含み得る（例えば、２’メトキシ結合を有する従来の塩基、または従来の塩基および１つ以上の塩基アナログを含有するポリマー）。核酸は、「ロックド核酸」（ＬＮＡ）、糖立体配置を模倣するＲＮＡ中にロックされた二環式フラノース単位を有する１つ以上のＬＮＡヌクレオチドモノマーを含む類似体を含み、これは相補的ＲＮＡおよびＤＮＡ配列に対するハイブリダイゼーション親和性を増強する（Ｖｅｓｔｅｒ  ａｎｄ  Ｗｅｎｇｅｌ，２００４，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４３（４２）：１３２３３−４１）。ハイブリダイゼーション複合体の安定性に影響を及ぼし得るオリゴマーの実施形態には、ＰＮＡオリゴマー、２’−メトキシもしくは２’−フルオロ置換ＲＮＡを含むオリゴマー、またはハイブリダイゼーション複合体の全電荷、電荷密度、もしくは立体会合（ｓｔｅｒｉｃ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）に影響を及ぼすオリゴマー（荷電された結合（例えば、ホスホロチオエート）もしくは中性基（例えば、メチルホスホネート）を含有するオリゴマーを含む）が含まれる。特に明記しない限り、５−メチルシトシンなどのメチル化シトシンは、ＲＮＡまたはＤＮＡ骨格（またはそれらの混合物）を含む上述の主鎖／糖／結合のいずれかとともに使用され得る。ＲＮＡおよ���ＤＮＡ等価物は異なる糖部分（即ちリボース対デオキシリボース）を有し、ＲＮＡ中のウラシルおよびＤＮＡ中のチミンの存在によって異なり得る。等価物は特定の配列に対して同程度の相補性を有するので、ＲＮＡ等価物とＤＮＡ等価物との間の相違は相同性の相違には寄与しない。オリゴヌクレオチド、アンプリコン、または他の核酸の長さについての範囲に言及する場合、その範囲はすべての整数を含む（例えば、１９〜２５個の連続したヌクレオチド長には、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、および２５個が含まれる）ことが理解される。
【００８７】
「核酸増幅」または単に「増幅」は、ＲＮＡおよびＤＮＡの同等の塩基の置換ならびに骨格の違いを可能にする、標的核酸配列もしくはその相補配列、またはそれらの断片（すなわち、完全標的核酸より少なく含む増幅配列）の複数コピーを生成する任意のインビトロ手順を指す。増幅方法としては、例えば、レプリカーゼ媒介増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ヘリカーゼ依存性増幅（ＨＤＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。ＴＭＡおよびＮＡＳＢＡは、両方とも転写ベース増幅の形態である。レプリカーゼ媒介増幅は、自己複製ＲＮＡ分子、およびＱＢレプリカーゼなどのレプリカーゼを使用する（米国特許第４，７８６，６００を参照のこと）。ＰＣＲは、ＤＮＡポリメラーゼ、プライマー対、および熱サイクルを使用して、ｄｓＤＮＡの２つの相補鎖の複数のコピーを、またはｃＤＮＡから２つの相補鎖の複数のコピーを合成する（米国特許第４，６８３，１９５号、４，６８３，２０２号、および４，８００，１５９号を参照のこと）。ＬＣＲは、４つ以上の異なるオリゴヌクレオチドを使用して、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、および変性の複数サイクルを使用することによって標的およびその相補鎖を増幅する（米国特許第５，４２７，９３０号および５，５１６，６６３号を参照のこと）。ＳＤＡは、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を含有するプライマー、および標的配列を含む半修飾ＤＮＡ二本鎖の一方の鎖にニックを入れるエンドヌクレアーゼを使用し、それにより、一連のプライマー伸長および鎖置換ステップで増幅が起こる（米国特許第５，４２２，２５２号、５，５４７，８６１号および５，６４８，２１１号を参照のこと）。ＨＤＡは、ヘリカーゼを使用して、ＤＮＡ二本鎖の二本鎖を分離して一本鎖鋳型を生成し、続いて鋳型にハイブリダイズする配列特異的プライマーのハイブリダイゼーションおよびＤＮＡポリメラーゼによる伸長を行い、標的配列を増幅する（米国特許第７，２８２，３２８号を参照のこと）。転写ベース増幅は、核酸テンプレートから複数のＲＮＡ転写物を最終的に生成するために、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸、リボヌクレオシド三リン酸、プロモーター含有オリゴヌクレオチドを使用し、所望により他のオリゴヌクレオチドを含み得る。転写ベース増幅の例は、米国特許第４，８６８，１０５号、５，１２４，９９０号、５，１３０，２３８号、５，３９９，４９１号、５，４０９，８１８号および５，５５４，５１６号；ならびに国際公開第８８／０１３０２号、同第８８／１０３１５号および同第９５／０３４３０号に記載されている。増幅は線形または指数関数的であり得る。
【００８８】
「周期的増幅反応」は、ＲＮＡおよびＤＮＡの同等物（例えば、塩基置換および骨格の違い）ならびにそれらの相補体を可能にする、核酸標的配列の複数の鎖が、反復プロセスによって酵素的に合成されるインビトロ核酸増幅反応である。反復プロセスは、サイクル数を数えることによるモニタリングを可能にする異なるステップ（例えば、温度サイクルステップ）を含み得る。あるいは、反復ステッププロセスは、中断することなく連続的に行われるため、時間（例えば、時間間隔）を測定することによってモニタリングすることができる一連のステップを含み得る。
【００８９】
アンプリコンをリアルタイムで検出する周期的増幅法では、「サイクル閾値」（または単に「Ｃｔ」）の値は、特定のレベルの反応進行の指標である。特定の好ましい技術は、信号、好ましくは蛍光信号が閾値（例えば、所定の静的閾値）に等しい反応中の時間またはサイクル数としてＣｔ値を特定することを含む。あるいは、当業者によく理解されるであろう他の技術を使用して、一次導関数の最大値の発生時間、またはリアルタイム実行曲線の二次導関数の最大値の発生時間を特定することができる。実行曲線のこれらの特色を決定するためのアプローチは、米国特許第６，５０３，７２０号でＷｉｔｔｗｅｒらによって詳述されており、その開示は、参照により本明細書に組み込まれる。他の有用なアプローチは、実行曲線の導関数を計算すること、実行曲線の特徴を特定すること、次いで導関数の特徴に対応する閾値時間またはサイクル数を決定することを含む。そのような技術は、米国特許第６，７８３，９３４号に開示されており、その開示は、参照により組み込まれる。さらに他の有用な増幅の兆候には、「ＴＴｉｍｅ」および「ＴＡｒｃ」が含まれる。特に、ＴＡｒｃ値を決定するための異なるアプローチでは、方向的に類似したベクトル（つまり、単に「ＴＡｒｃ」で特定される値をもたらす）および方向的に反対のベクトル（つまり、「ＯＴＡｒｃ」として特定される値をもたらす）を使用する。
【００９０】
「オリゴマー」または「オリゴヌクレオチド」は、一般に１，０００ヌクレオチド（ｎｔ）未満の核酸を指し、約２〜５ｎｔの下限および約５００〜９００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のものを含む。いくつかの特定の実施形態は、約５〜１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０ｎｔの下限および約５０〜６００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のオリゴマーであり、他の特定の実施形態は、約１０〜２０ｎｔの下限および約２２〜１００ｎｔの上限を有するサイズ範囲のオリゴマーである。オリゴマーは、天然に存在する供給源から精製され得るが、任意の周知の酵素的または化学的方法を使用することによって合成され得る。オリゴマーは機能名（例えば、捕捉プローブ、プライマー、またはプロモータープライマー）によって称される場合があるが、当業者はそのような用語がオリゴマーを指すことを理解するであろう。オリゴマーは、自己ハイブリダイズすることによって、または他のポリヌクレオチドにハイブリダイズすることによって二次および三次構造を形成し得る。かかる構造には、二重鎖、ヘアピン、十字型、屈曲および三重鎖を含まれ得るが、これらに限定されない。オリゴマーは、化学合成、ＤＮＡ複製、逆転写、ＰＣＲ、またはこれらの組み合わせを含む任意の方法で生成され得る。いくつかの実施形態では、侵入的開裂構造を形成するオリゴマーが、反応において生成される（例えば、酵素による伸長反応におけるプライマーの伸長によって）。
【００９１】
「アンプリコン」または「増幅産物」とは、核酸増幅反応において生成され、かつ標的核酸に由来する核酸分子を意味する。アンプリコンまたは増幅産物は、標的核酸と同じかまたは反対方向のものであり得る標的核酸配列を含有する。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、約１００〜２０００ヌクレオチド、約１００〜１５００ヌクレオチド、約１００〜１０００ヌクレオチド、約１００〜８００ヌクレオチド、約１００〜７００のヌクレオチド、約１００〜６００ヌクレオチド、または約１００〜５００ヌクレオチドの長さを有する。
【００９２】
「増幅オリゴヌクレオチド」または「増幅オリゴマー」は、標的核酸にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドまたはその相補体を指し、核酸増幅反応に関与する（例えば、プライマーおよび／またはプロモーター−プライマーとして機能する）。特定の増幅オリゴマーは、標的核酸配列またはその相補鎖の領域に相補的な少なくとも１０個の連続した塩基、所望により少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の連続した塩基を含有する。連続した塩基は、増幅オリゴマーが結合する標的配列に少なくとも８０％、少なくとも９０％、または完全に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、増幅オリゴマーは、相補配列の２つのセグメントの間に、介在リンカーまたは非相補配列を含み、例えば、オリゴマーの当該２つの相補的セグメントは、合計で少なくとも１０個の相補的塩基、所望により少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の相補的塩基を含む。当業者は、記載された範囲がその範囲内のすべての整数および有理数（例えば、９２％または９８．３７７％）を含むことを理解するであろう。特定の増幅オリゴマーは、１０〜６０塩基長であり、所望により修飾ヌクレオチドを含み得る。
【００９３】
「プライマー」とは、鋳型核酸とハイブリダイズし、かつ重合によって伸長される３’末端を有するオリゴマーを指す。プライマーは、所望により、例えば標的配列に非相補的な５’領域を含むことによって修飾され得る。かかる修飾は、機能付加、例えば、プライマーまたは標的オリゴヌクレオチドを操作または増幅するのに使用されるかまたは有用であり得るタグ、プロモーターまたは他の配列を含み得る。タグまたはタグおよびプロモーター配列を組み込んだプライマーの例は、米国特許第９，２８４，５４９号に記載されている。５’プロモーター配列を用いて修飾されたプライマーは、「プロモーター−プライマー」と称され得る。分子生物学または生化学の当業者は、プライマーとして機能し得るオリゴマーは、５’プロモーター配列を含むように修飾され得、次いで、プロモーター−プライマーとして機能し、同様に、任意のプロモーター−プライマーは、その５’プロモーター配列の有無にかかわらずプライマーとして機能し得ることを理解するであろう。
【００９４】
「フォワード増幅オリゴマー」（例えば、フォワードプライマー）は、標的核酸の（−）鎖にハイブリダイズするように構成され、標的核酸の（＋）鎖の配列と部分的にまたは完全に同じ配列を有し得る。「リバース増幅オリゴマー」（例えば、リバースプライマー）は、標的核酸の（＋）鎖にハイブリダイズするように構成され、標的核酸の（−）鎖の配列と部分的にまたは完全に同じ配列を有し得る。特に明記しない限り、（＋）鎖は、タンパク質をコードする核酸のコード鎖を指し、リボソームＲＮＡおよび転移ＲＮＡなどの非コード配列の転写された鎖ならびにこれらの対応するＤＮＡならびに（−）鎖は、（＋）鎖の逆相補体を指す。
【００９５】
本明細書で使用する場合、「検出オリゴマー」または「検出プローブ」は、標的核酸と相互作用して検出可能な複合体を形成するオリゴマーを指す。検出プローブと相互作用する標的核酸は、核酸増幅産物、またはいくつかの他の核酸（例えば、侵襲的開裂反応中に生成される開裂されたフラップ）であり得る。プローブの標的配列は、一般により大きい配列（例えば、遺伝子、アンプリコン、遺伝子座など）内の当該プローブが特異的にハイブリダイズする特異的配列を指す。検出プローブは、標的特異的な配列および標的に相補的でない配列を含み得る。かかる標的に相補的でない配列は、検出および／または増幅を容易にするために使用され得る所望の二次または三次構造（例えば、フラップまたはヘアピン構造）を付与する配列を含み得る（例えば、米国特許第５，１１８，８０１号、第５，３１２，７２８号、第６，８３５，５４２号、第６，８４９，４１２号、第５，８４６，７１７号、第５，９８５，５５７号、第５，９９４，０６９号、第６，００１，５６７号、第６，９１３，８８１号、第６，０９０，５４３号および第７，４８２，１２７号；国際公開第９７／２７２１４号および同第９８／４２８７３号；Ｌｙａｍｉｃｈｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１７：２９２（１９９９）；ａｎｄ  Ｈａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，ＵＳＡ，９７：８２７２（２０００））。既定の配列のプローブは、当業者に公知の技術によって、例えば、化学合成によって、および組換え核酸分子からのインビトロまたはインビボでの発現によって生成され得る。
【００９６】
本明細書で使用する場合、「標識」または「検出可能な標識」は、検出されるかまたは検出可能な信号をもたらす部分または化合物を指す。標識は、プローブに直接または間接的に連結されてもよく、あるいは、例えば、挿入色素（例えば、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ）であってもよい。直接的な連結には、共有結合または非共有結合性相互作用（例えば、水素結合、疎水性またはイオン相互作用、およびキレート錯体または配位化合物形成）が使用され得るが、間接的な連結には、架橋部分またはリンカーが使用され得る（例えば、抗体または追加のオリゴヌクレオチド（複数可）を介する）。任意の検出可能部分には、例えば、放射性核種、ビオチンまたはアビジンなどのリガンド、酵素、酵素基質、反応性基、検出可能な色を付与する色素または粒子などの発色団（例えば、ラテックスまたは金属ビーズ）、発光化合物（例えば生物発光性、リン光性、または化学発光性化合物）、および蛍光化合物（すなわち、フルオロフォア）が使用され得る。フルオロフォアの実施形態としては、４９５〜６９０ｎｍの範囲の光を吸収し（例えば、ピーク吸収波長を有する）、５２０〜７１０ｎｍの範囲で発光する（例えば、ピーク発光波長を有する）ものを含み、ＦＡＭ（登録商標）、ＴＥＴ（登録商標）、ＨＥＸ（登録商標）、ＣＡＬ  ＦＬＵＯＲ（登録商標）（オレンジまたは赤色）、ＣＹ（登録商標）、およびＱＵＡＳＡＲ（登録商標）化合物として公知のものを含む。フルオロフォアは、フルオロフォアに極めて接近した際に光を吸収してバックグラウンド蛍光を減少させるクエンチャー分子と組み合わせて使用され得る。かかるクエンチャーは当該技術分野において周知であり、例えば、ＢＬＡＣＫ  ＨＯＬＥ  ＱＵＥＮＣＨＥＲ（登録商標）（またはＢＨＱ（登録商標））、Ｂｌａｃｋｂｅｒｒｙ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒ（登録商標）（またはＢＢＱ−６５０（登録商標））、Ｅｃｌｉｐｓｅ（登録商標）、またはＴＡＭＲＡ（商標）化合物が挙げられる。特定の実施形態には、混合物中の結合標識プローブが非結合標識プローブと比較して検出可能な変化を示す均質系において検出可能である「均質な検出可能標識」が含まれ、これは、ハイブリダイズしていない標識プローブからハイブリダイズした標識プローブを物理的に取り除くことなく標識を検出することを可能にする（例えば、米国特許第５，２８３，１７４号、同第５，６５６，２０７号、および同第５，６５８，７３７号）。例示的な均質な検出可能標識には、アクリジニウムエステル（「ＡＥ」）化合物、例えば周知の標準的ＡＥまたはＡＥ誘導体（米国特許第５，６５６，２０７号、同第５，６５８，７３７号および同第５，６３９，６０４号）を含む、化学発光化合物が含まれる。標識を合成する方法、標識を核酸に結合する方法、および標識からの信号を検出する方法は公知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  ｅｄ．（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９）ａｔ  Ｃｈａｐｔ．１０、ならびに米国特許第５，６５８，７３７号、５，６５６，２��７号、５，５４７，８４２号、５，２８３，１７４号、５，５８５，４８１号、５，６３９，６０４号、および４，５８１，３３３号、ならびに欧州特許第０７４７７０６号）。他の検出可能に標識されたプローブには、ＦＲＥＴカセット、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ、および標的核酸の存在下で構造変化を受けるプローブ、例えば、分子トーチおよび分子ビーコンなどが含まれる。ＦＲＥＴカセットは、米国特許出願公開第２００５／０１８６５８８号および米国特許第９，０９６，８９３号に記載されている。ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブはドナーおよびアクセプター標識を含み、ここで、クエンチャーの存在からフルオロフォアを放出するために増幅中にプローブを酵素的に分解すると蛍光が検出される。ＴａｑＭａｎアッセイを実施するための化学作用は、２０１８年３月２３日に出願されたＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０２４０２１および米国特許第５，７２３，５９１号に記載されている。分子トーチおよびビーコンは、開放および閉鎖配置で存在し、閉鎖配置はフルオロフォアを消光し、開放位置はフルオロフォアをクエンチャーから分離して検出可能な蛍光信号の変化を可能にする。標的へのハイブリダイゼーションは、そうでなければ閉じたプローブを開く。分子トーチは米国特許第６，３６１，９４５号に記載されており、分子ビーコンは米国特許第６，１５０，０９７号に記載されている。
【００９７】
本明細書で使用される場合、「ドナー」という用語は、第１の波長で吸収し、第２のより長い波長で放出する部分（例えば、フルオロフォア）を指す。「アクセプター」という用語は、フルオロフォア、発色団、またはクエンチャーなどの部分を指し、ドナーグループの近く（例えば、１〜１００ｎｍ）にあるときにドナーからの放出されたエネルギーの一部または大部分を吸収することができる。アクセプターは、ドナーの発光スペクトルと重複する吸収スペクトルを有することができる。一般に、アクセプターがフルオロフォアである場合、それは、第３のさらに長い波長で再放出し、それが発色団またはクエンチャーである場合、それは、光子を放出することなくドナーから吸収されたエネルギーを放出する。いくつかの好ましい実施形態では、ドナーおよび／またはアクセプター部分のエネルギー準位の変化は、ドナーおよび／またはアクセプター部分の間で、またはドナーおよび／またはアクセプター部分から（例えば、発光を検出することによる、エネルギー伝達を測定することによって）検出される。いくつかの好ましい実施形態では、アクセプター部分の発光スペクトルは、ドナー部分の発光スペクトルとは異なり、その結果、部分からの放出（例えば、光および／またはエネルギーの）は、互いに区別され得る（例えば、スペクトル分解され得る）。
【００９８】
本明細書で使用される場合、ドナー部分（例えば、フルオロフォア）およびアクセプター部分（例えば、クエンチャー部分）は、２つの部分が十分に互いに接近しているとき、およびそれぞれの放出および励起（例えば、吸収）波長プロファイルが、ドナーからのエネルギーがアクセプターによって受け取られるように重なるとき、「エネルギー伝達関係」にある。いくつかの実施形態では、フルオロフォアで標識されたプローブは、フルオロフォアと相互作用する第２の標識をさらに含む。例えば、第２の標識はクエンチャーであり得る。蛍光標識およびアクセプター（例えば、クエンチャー）部分の両方を含む検出プローブは、蛍光共鳴エネルギー伝達（ＦＲＥＴ）アッセイで特に有用である。そのような検出プローブの特定の変形には、ＴａｑＭａｎ（商標）検出プローブ（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、および「分子ビーコン」ハイブリダイゼーションプローブ（Ｔｙａｇｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：４９−５３，１９９８；米国特許第５，１１８，８０１号および同第５，３１２，７２８号を参照されたく、各々、参照により本明細書に組み入れられる）が含まれる。ＴａｑＭａｎ（商標）プローブ（または蛍光標識およびクエンチャーの両方を含む同様の二重標識線形プローブ）は、プローブの標的またはアンプリコンへのハイブリダイゼーションに続く５’−３’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる核溶解により、蛍光を増加させるための蛍光標識の遊離、または第２の標識との相互作用とは無関係な蛍光が生じるアッセイで使用することができる。
【００９９】
本明細書で使用される「標的捕捉」または「標的捕捉手順」は、標的分析物を固体支持体上に固定化し、可能性のある増幅反応阻害物質（例えば、ヘパリン、タンパク質、およびヘム）を除去することによって分析物を精製するための手順を指す。
【０１００】
「捕捉プローブ」、「標的捕捉プローブ」、「捕捉オリゴヌクレオチド」、「捕捉オリゴマー」、「標的捕捉オリゴマー」、および「捕捉プローブオリゴマー」は、標準的な塩基対形成によって標的核酸中の標的配列に特異的にハイブリダイズし、固定化プローブ上の結合パートナーに結合して標的核酸を支持体に捕捉する核酸オリゴマーを指すために本明細書において互換的に使用される。一実施形態では、「標的捕捉」は、標的核酸が捕捉プローブへのハイブリダイゼーションによって精製または単離されるプロセスを指す。別の実施形態では、「標的捕捉」は、固体支持体への標的核酸の直接的な固定化を指す。捕捉プローブの１つの例は、通常、同一オリゴマー上の２つの結合領域：配列結合領域（例えば、標的特異的部分）および固定化プローブ結合領域を含むが、２つの領域は、１つ以上のリンカーによって結合される２つの異なるオリゴマーに存在してもよい。捕捉プローブの別の実施形態は、標的核酸に非特異的に結合し、標的核酸を支持体上の固定化プローブに連結するためのランダムまたは非ランダムのポリＧＵ、ポリＧＴまたはポリＵ配列を含む標的配列結合領域を使用する。
【０１０１】
「内部標準」は、アッセイ結果、例えば、分析物が検出されなかった陰性のアッセイ結果を確認するために検出される分子を指す。内部標準は、アッセイキットまたは組成物中に供給され得るか、またはアッセイにおいて試験される基本的に全ての試料中に存在する内在性分子（例えば、細胞を含む試料を試験するアッセイのためのハウスキーピング遺伝子またはｍＲＮＡ）であり得る。分析物が核酸であるアッセイにおいて、内部標準は、通常、少なくとも部分的に分析物と異なる配列を有するが、同程度の増幅および検出特性（例えば、同程度のＧＣ含量）をもたらす性質を有し得る。核酸内部標準は、専用の増幅オリゴマーによって、または分析物と同じ増幅オリゴマーによって増幅され得る。内部標準核酸は、分析物のプローブオリゴマーによって標的とされる配列を欠き得、内部標準に特異的なプローブオリゴマーによって標的とされる配列を含む。
【０１０２】
本明細書で使用する場合、用語「緩衝液」は、固形（例えば、凍結乾燥）物質（例えば、試薬、試料またはそれらの組み合わせ）を溶解するのに、または液体（例えば、液体試薬、液体試料もしくはそれらの組み合わせ；または試薬、試料もしくはそれらの組み合わせの溶液）を希釈するための希釈剤として役立ち得る制御されたｐＨを有する任意の溶液を指す。
【０１０３】
「溶出緩衝液」は、核酸を、固体支持体に関連する捕捉プローブからを含む固体支持体から解放するための緩衝液である。溶出緩衝液は、核酸の固体支持体との会合に寄与する少なくとも１つの相互作用を不安定にし得る。例えば、核酸がイオン会合する場合、溶出緩衝液は会合を不安定にするのに十分な塩を含有し得る；核酸が疎水性会合する場合、溶出緩衝液は会合を不安定にするのに十分な有機溶媒または共溶媒を含有し得る；核酸が塩基対形成（ハイブリダイゼーション）により会合する場合、溶出緩衝液は会合を不安定にするのに十分な変性剤を含有し得る；核酸が特異的結合により会合する場合（例えば、タグで標識された捕捉プローブが当該タグの結合パートナーに結合している）、溶出緩衝液は会合を不安定にするのに十分な遊離タグを含有し得る。
【０１０４】
本明細書で使用する場合、「再構成溶液」は、溶媒（水、有機溶媒、およびそれらの混合物を含む）、または乾燥物質などの別の物質（例えば、凍結乾燥物）を溶解するために使用され得る緩衝液を指す。本明細書で使用する場合、用語「再構成溶液」および「溶媒」は、用語「再構成」および「溶解」のように互換的に使用されてもよい。
【０１０５】
本明細書で使用する場合、「アッセイ」は、試料中の分析物を検出および／または定量化するための手法である。分析物を含むかまたは含むことが疑われる試料は、１つ以上の試薬と接触され、試料中に分析物が存在するかどうか、または分析物の量（例えば、質量または濃度）の情報を与える検出可能な信号の生成を許容する条件下に置かれる。
【０１０６】
本明細書で使用する場合、「単位用量試薬」は、単一のアッセイまたは試験の１つ以上のステップの実施に使用するのに十分な量または濃度で提供される試薬を指す。
【０１０７】
本明細書で使用する場合、「分子アッセイ」は、標的核酸などの標的分子を特異的に検出および／または定量化するための手法である。標的分子を含むかまたは含むことが疑われる試料は、標的分子に特異的な少なくとも１つの試薬を含む１つ以上の試薬によって接触され、標的分子が存在するかどうかの情報を与える検出可能な信号の生成を許容する条件下に置かれる。例えば、分子アッセイがＰＣＲである場合、試薬は、標的に特異的なプライマーを含み、検出可能な信号の生成は、少なくとも部分的には、標的の存在下でプライマーによって生成されるアンプリコンにハイブリダイズする標識プローブを提供することによって達成され得る。あるいは、試薬は、二本鎖核酸の形成を検出するための挿入色素を含み得る。
【０１０８】
「分析物特異的試薬」または「ＡＳＲ」は、単一の分析物または分析物の存在下で生成された物質と特異的に相互作用する試薬を指す。例えば、ＰＣＲアッセイにおいて、単一の分析物のためのプライマーおよびプローブは、ＡＳＲと考えられる。ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、単一の分析物を認識する一次抗体は、ＡＳＲと考えられる。
【０１０９】
「インビトロ診断薬」または「ＩＶＤ」は、試料の供給源から独立した、生体試料に対するアッセイを実施するために使用される製品である。供給源が多細胞生物である場合、試料は、一般に生物から採取され、次いで人工的環境（例えば、反応器）中での分析手順（例えば、増幅および／または結合反応）に供される。ＩＶＤは、規制される製品、例えば、ＣＥマーキングまたはＦｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎなどの政府機関による承認を必要とするものである。
【０１１０】
「ラボ開発検査」または「ＬＤＴ」は、検査室によって設計、検証、および使用されるアッセイであって、当該アッセイを実施するためのキットまたは装置が商業的に販売されていないかまたは他の検査室用に製品として販売されているアッセイである。
【０１１１】
本明細書で使用する場合、「試薬」は、アッセイの試料材料および産物以外の分子アッセイに関与する任意の物質またはその組み合わせを指す。例示的な試薬には、ヌクレオチド、酵素、増幅オリゴマー、プローブおよび塩が含まれる。
【０１１２】
本明細書で使用する場合、「ＰＣＲマスターミックス」は、ＰＣＲ法によるＤＮＡ増幅に使用するための緩衝液、塩およびポリメラーゼ酵素を含む組成物を指す。ＰＣＲマスターミックスは、一般に、試料またはＰＣＲ増幅の実行もしくは特定の産物の検出に必要であり得るプライマーおよびプローブを含まないが、当然、試料ならびにプライマーおよびプローブなどの試薬が完全な反応混合物を形成するためにＰＣＲマスターミックスと組み合わせられ得る。
【０１１３】
本明細書で使用する場合、用語「凍結乾燥」、「凍結乾燥される」、および「フリーズドライされる」は、乾燥されるべき材料が最初に凍結され、次いで、氷または凍結溶媒が真空環境中で昇華によって除去されるプロセスを指す。「凍結乾燥品」は、凍結乾燥材料を指す。「凍結乾燥試薬」は、少なくとも１つの試薬を含む凍結乾燥品である。
【０１１４】
本明細書で使用する場合、核酸増幅の「時間依存的」モニタリングまたは「リアルタイム」での核酸増幅モニタリングは、核酸増幅反応において存在するアンプリコンの量が、反応時間またはサイクル数の関数として測定され、次いで、増幅反応が開始された時点で反応混合物中に存在した鋳型の出発量を決定するために使用されるプロセスを指す。例えば、アンプリコンの量は、ＰＣＲなどの熱サイクルを含む増幅反応の個々の全サイクルを開始する前に測定され得る。あるいは、増幅サイクル間の移行を開始するのに物理的介入を必要としない等温増幅反応は、時間の関数として存在するアンプリコンの量に関する情報を得るために継続的にまたは一定の時間間隔でモニタリングされ得る。
【０１１５】
本明細書で使用する場合、「リアルタイム増幅」は、増幅の時間依存的モニタリングが実施される増幅反応を指す。
【０１１６】
「実行曲線」は、反応サイクル数または時間の関数として核酸増幅産物の産生をモニタリングすることによって得られた結果（例えば、グラフ的または数的）のコレクションを指す。実行曲線は、蛍光測定値（ｙ軸）などの産出量のある指標に対するサイクル数または時間（ｘ軸）のいずれかの２次元プロットとして便利に表される。すべてではないが、一部の実行曲線は、シグモイド形状を有する。
【０１１７】
「データセット」は、核酸増幅反応について得られた数的結果のコレクションを指す。例えば、リアルタイム実行曲線データセットは、順序対のコレクションにおいて、サイクル数または時間のいずれかをｘ値として、かつ蛍光読み取り値（または調整された蛍光測定値）をｙ値として含む結果のセットを指す。順序対のコレクションは、リアルタイム実行曲線プロットを表すことができる。
【０１１８】
本明細書で使用される場合、「コンピュータ」は、入力情報を受信および処理して、出力を生成することができる電子装置である。コンピュータは、スタンドアロン装置（例えば、パーソナルコンピュータ）であり得るか、または機器の統合されたコンポーネント（例えば、核酸標的を増幅し、反応サイクル数または時間の関数として増幅産物の合成をモニタリングする核酸分析装置）であり得る。この用語に特に含まれるのは、分析装置機器内に常駐し、組み込みソフトウェア命令（「ファームウェア」と呼ばれることもある）を収容する組み込まれたプロセッサである。
【０１１９】
実行曲線の「ベースライン」フェーズまたは一部とは、急速な成長の期間（例えば、指数関数的成長の期間）に先行する曲線の初期フェーズを指す。多くの場合、実行曲線のベースラインフェーズは、しばしばゼロに近い、浅い傾斜を特徴とする。測定された信号（例えば、蛍光信号）は、典型的には、おそらく、関心対象の標的核酸分析物の増幅を反映しない可能性のある非特異的信号生成により、実質的に一定の速度で増加する。ベースラインフェーズの信号は、一般に、実質的に一定の速度で増加し、この速度は、実行曲線の成長フェーズ（対数線形プロファイルを有し得る）に特徴的な増加速度よりも小さい。
【０１２０】
実行曲線の「成長フェーズ」は、測定可能な産物が時間とともに実質的に増加する曲線の部分を指す。典型的な核酸増幅反応におけるベースラインフェーズから成長フェーズへの移行は、時間とともに増加する速度でのアンプリコンの出現を特徴とする。実行曲線の成長フェーズからプラトーフェーズへの移行は、アンプリコンの出現速度が低下し始める変曲点で始まる。
【０１２１】
三相実行曲線の「プラトーフェーズ」とは、曲線の最終フェーズを指す。プラトーフェーズでは、測定可能な産物の形成速度は、一般に、対数線形フェーズでのアンプリコン産生の速度よりも大幅に低く、ゼロに近づくことさえある。
【０１２２】
方程式を「最適化する」または「フィッティングする」（例えば、「適合した」曲線を作成するため）とは、数理モデリングまたは曲線フィッティング手順で一般的に行われているように、方程式において係数の数値を取得して、実験測定値を「フィッティング」するか、または近似値を求めるためのプロセスを指す。典型的には、最適化された方程式は、最適な曲線を定義するであろう。
【０１２３】
「エンドポイント増幅」は、産物（アンプリコン）の存在または量が、連続的または一定間隔とは対照的に、反応の完了間近に、または完了時に決定される増幅反応を指す。
【０１２４】
本明細書で使用する場合、「ランダムアクセス」能力は、複数の試料に対して２つ以上の異なるアッセイを当該試料がグループ化されたかまたはシステムにロードされた順序とは独立した任意の順序で実施するシステムの能力を指す。例えば、試料が試料１、２、３、４、５として順番にロードされた（またはグループとして同時にロードされた）場合、ランダムアクセス能力を有するシステムは、４、３、２、５、１などの任意の順位で試料に対するアッセイを実行し、当該アッセイは、試料によってそれらの試薬および条件で異なり得る。これは、必ずしもグループ化されているわけではない試料に対する同一のアッセイを実行する能力を含む。例えば、アッセイＡは試料４および２に対して、アッセイＢは試料３に対して、ならびにアッセイＣは試料５および１に対して実行され得る。いくつかの実施形態では、ランダムアクセスシステムは、１つ以上の試料に対するＩＶＤアッセイを、他の試料（複数可）に対するＬＤＴおよび／またはＡＳＲ（複数可）を使用したアッセイと同時に実行するかまたは実行することができる。
【０１２５】
本明細書で使用する場合、「標的核酸分析物依存的蛍光」は、プローブの標的核酸分析物との相互作用から直接または間接的に生じるフルオロフォアから発光される蛍光を指す。これは、以下によって生成される蛍光を含む（が、それらに限定されない）：（ｉ）例えば、トーチまたはビーコンが標的とハイブリダイズし、これによりフルオロフォアとクエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターとの間の距離を増加させる構造変化を受け、したがって、フルオロフォアによる観察可能な発光を増加させるアッセイにおける分子トーチまたは分子ビーコンなどの自己ハイブリダイズするプローブ；（ｉｉ）例えば、プローブが標的とハイブリダイズし、これによりプローブの５’−３’エキソヌクレオリシス（ｅｘｏｎｕｃｌｅｏｌｙｓｉｓ）およびフルオロフォアとクエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターとの間の距離の増加をもたらし、したがって、フルオロフォアによる観察可能な発光を増加させるアッセイにおけるＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ；および（ｉｉｉ）例えば、一次プローブが標的とハイブリダイズし、開裂を受けて二次Ｉｎｖａｄｅｒプローブとハイブリダイズする断片を放出し、次いで、これがそれ自身開裂を受け、フルオロフォアを含む断片を放出し、したがって、フルオロフォアのクエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターからの距離を増加させ、フルオロフォアによる観察可能な発光を増加させるアッセイにおける二次Ｉｎｖａｄｅｒプローブ。
【０１２６】
核酸増幅アッセイは、アッセイにおいて実行されるべきステップを定義するパラメータに従ってシステム１０００によって実施される。これらのパラメータには、とりわけ、抽出物の種類／量、使用されるべき増幅および検出試薬、プロセス条件（例えば、インキュベーション条件、混合速度および時間、温度サイクリングパラメータなど）、分析物などが含まれ得る。本明細書で使用する場合、「アッセイパラメータ」は、アッセイ（例えば、ＩＶＤアッセイ、ＬＤＴ、またはＡＳＲ試薬を必要とするアッセイ）を定義するパラメータを指す。
【０１２７】
本明細書で使用される場合、「グラフィカルユーザインタフェース」または「ＧＵＩ」は、ユーザがコンピュータシステムと視覚的に相互作用することを可能にするグラフィックベースのユーザインタフェースを指す。ユーザは、ウィンドウ、アイコン、およびボタンなどのインタラクティブな画像表現を指すか、インタラクティブで選択可能なメニューを指すか、またはそのようなウィンドウ、アイコン、ボタン、およびメニューの間に配置されたテキストフィールドにテキストを入力することにより、ファイル、プログラム、コマンドを選択するか、またはデータおよびテキストを入力することができる。
【０１２８】
既知の標準化されたアッセイについて、アッセイパラメータは、固定され、ユーザによって変更できない（例えば、ＩＶＤアッセイ）。したがって、既知の標準化されたアッセイに関連するアッセイパラメータは、本明細書において、「システム定義の」アッセイパラメータと称される。対照的に、ユーザまたは第三者によって開発されたアッセイ（例えば、ＡＳＲを使用するアッセイを含むＬＤＴ）については、当該アッセイを定義するアッセイパラメータの少なくとも一部は、ユーザ／第三者によって開発／決定／提供される。本開示において、用語「ユーザ定義である」は、ユーザによって定義されるアッセイパラメータを指すために使用される。
【０１２９】
本説明は、構成要素、装置、位置、特徴、またはそれらの一部の位置および／または配向を説明する際、相対的空間および／または配向の用語を使用し得る。具体的に記載されない限り、または別様に説明の文脈によって示されない限り、限定ではないが、上部、底部、上方、下方、下、上、上側、下側、左、右、正面、背面、隣、隣接、間、水平、垂直、対角線、縦方向、横方向、半径方向、軸方向等を含む、そのような用語が、便宜上、かかる構成要素、装置、位置、特徴、またはそれらの一部を図面で参照する際に使用されるが、限定であることを意図するものではない。さらに、「約」、「実質的に」、「ほぼ」などの相対的な語句が、明示される数値または範囲の±１０％の可能な変動を示すために使用される。本出願において使用される見出しは、単に、読者の注意を本開示のシステムの種々の側面に向けさせることを意図し、本開示を限定することを意図するものではない。同様に、見出しは、ある項に記載の材料、特徴、態様、方法、または手順が、別の項に適用されないことを示唆することを意図するものではない。
【０１３０】
本開示の態様は、「リアルタイム」増幅アッセイおよび「エンドポイント」増幅アッセイを含む核酸分析アッセイとともに使用され得る、分析システムおよび方法を含む。本明細書における説明に従って実施されるアッセイは、従来の技術を使用して患者試料中の細胞または標的生物もしくはウイルスから核酸を捕捉、増幅、および検出することを含み得る。かかる従来の技術は、標的核酸を単離および精製するためのガラスビーズまたは磁気粒子などの固体支持体上での標的捕捉、標的とされる核酸配列（またはその相補体）のコピー数を増加させるための核酸増幅反応、および標的核酸の存在または量を決定するための検出モダリティを含む。
【０１３１】
図１Ａおよび１Ｂは、複数の試料を同時に分析するために使用され得る例示的な分析システム１０００を示す。図１Ａは、システム１０００の斜視図であり、図１Ｂは、内部の特徴を示すためにその天蓋が除去されたシステム１０００の図である。下記の説明において、図１Ａおよび１Ｂの両方の参照がなされる。システム１０００は、システムに導入された複数の試料から得られた核酸を単離および精製し、試料のうちのいずれかに含有される標的核酸を異なる構成のアッセイ試薬を使用して増幅および検出するように構成される。いくつかの実施形態では、より詳細に後述するように、システム１０００は、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴが交互的な様式で実施されるのを可能にするランダムアクセスシステムであり得る。システム１０００は、任意のタイプの分子アッセイを実施するように構成され得る。いくつかの実施形態では、システム１０００は、複数の試料に対する複数の異なる（例えば、異なる構成の）分子アッセイを実施するように構成され得る。例えば、複数の試料は、システム１０００にロードされ、標的核酸（またはポリペプチドもしくはプリオンなどの他の高分子）を特異的または非特異的に単離および精製し、試料の第１のサブセットを第１の核酸増幅を実施するための第１のセットの条件下に置き、同時に、試料の第２のサブセットを第２の核酸増幅を実施するための第２のセットの条件下に置くために処理され得、ここで、第１および第２の核酸増幅を実施するための試薬がより詳細に後述するように異なって構成される。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、システム１０００は、モジュラー構造を有し得、作働連結された複数のモジュールから構成され得る。しかしながら、システム１０００のモジュラー構造は単に例示であることに留意すべきであり、いくつかの実施形態では、システム１０００は、複数の領域またはゾーンを有し、各領域またはゾーンが、例えば、その領域に特有であり得るアッセイの特定のステップを実施する、集積システムであり得る。システム１０００は、作動連結された第１のモジュール１００および第２のモジュール４００を含む。第１のモジュール１００および第２のモジュール４００は、各々がアッセイの１つ以上のステップを実施するように構成され得る。いくつかの実施形態では、第１および第２のモジュール１００、４００は、選択的に連結された別個のモジュールであり得る。すなわち、第１のモジュール１００は、選択的にかつ作動的に第２のモジュール４００に連結され得、第１のモジュール１００は、第２のモジュール４００から選択的に分離され、異なる第２のモジュール４００と連結し得る。第１および第２のモジュール１００、４００は、任意の方法によって連結されている。例えば、締結具（例えば、ボルトまたはねじ）、クランプ、ベルト、ストラップまたは締結装置／取り付け装置の任意の組み合わせが、これらのモジュールを連結するために使用され得る。前述したように、システム１０００のモジュラー構造は単に例示であり、いくつかの実施形態では、システム１０００は一体化された自己完結的構造であり得る（例えば、一体化された構造内に第１の領域を形成する第１のモジュール１００および第２の領域を形成する第２のモジュール２００を有する）。本開示において、用語「モジュール」は、分析システムの領域（ゾーン、位置など）を指すために使用されることに留意されたい。いくつかの実施形態では、各領域は、システムのその領域に特有であり得るアッセイの特定のステップを実施するように構成され得る。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、電力、データおよび／またはユーティリティー配管もしくは導管（空気、水、真空など）が、第１および第２のモジュール１００、４００の間で延在し得る。いくつかの実施形態では、第１のモジュール１００は、以前に顧客によって購入されたシステムであり得、第２のモジュール４００は、複合システムの分析能力を増大させる、その後に取得されたモジュールであり得る。例えば、一実施形態では、第１のモジュール１００は、システムに提供された試料に対して試料処理および転写ベースの等温増幅アッセイ（例えば、ＴＭＡまたはＮＡＳＢＡ）を実施するように構成されたＰａｎｔｈｅｒ（登録商標）システム（Ｈｏｌｏｇｉｃ  Ｉｎｃ．、Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ、ＭＡ）であり得、モジュール４００は、とりわけ、例えばリアルタイムＰＣＲ反応を可能にするための熱サイクル能力を追加することによってＰａｎｔｈｅｒ（登録商標）システムの機能を拡張するように構成された、追加されたものであり得る。例示的な第１および第２のモジュール１００、４００を有する例示システム１０００は、米国特許第９，７３２，３７４号、９，４６５，１６１号および９，６０４，１８５号ならびに米国特許出願公開第２０１６／００３２３５８号に記載されている、Ｐａｎｔｈｅｒ  Ｆｕｓｉｏｎ（登録商標）システム（Ｈｏｌｏｇｉｃ  Ｉｎｃ．、Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ、ＭＡ）である。第１および第２のモジュール１００、４００の例示的なシステム、機能、装置または構成要素および能力は、上述した刊行物において（および以下で指定される刊行物において）記載されており、したがって、簡潔さのために本明細書において詳述しない。
【０１３４】
第１のモジュール
いくつかの実施形態では、第１のモジュール１００は、複数の垂直に積み重ねられたデッキを含み得る。図２Ａおよび２Ｂは、第１のモジュール１００の中間デッキの代表的実施形態の平面図を示し、図２Ｃは、例示的な実施形態の第１のモジュール１００の頂部デッキの平面図を示し、図２Ｄおよび２Ｅは、第１のモジュール１００の底部デッキの代表的実施形態の平面図を示す。下記の説明において、図２Ａ〜２Ｅの参照がなされる。図２Ａ〜２Ｅの一部は、システム１０００の異なる実施形態の平面図を示すことに留意されたい。したがって、１つの図に関して記載された構成要素の一部は、可視的でなくてもよく、または別の図の異なる位置に配置されていてもよい。示されるように、第１のモジュール１００は、少なくとも１つの分析物（例えば、標的核酸）を検出するように設計されたマルチステップ分子アッセイの１つ以上のステップを実行するように構成され得る。第１のモジュール１００は、反応容器を受容および保持し、一部の例では、容器の内容物に対してプロセスステップを実施するように構成された、容器を受容する構成要素を含み得る。例示的なプロセスステップは、以下を含み得る：試料ならびに／または、例えば、標的捕捉試薬、緩衝液、油、プライマーおよび／もしくは他の増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼなどを含む試薬を反応容器に分配すること；反応容器から、例えば、試料の固定化されていない成分または洗浄溶液を含む材料を吸引すること；反応容器の内容物を混合すること；反応容器の内容物の温度を維持および／または変化させること；反応容器または試薬コンテナの内容物を加熱または冷却すること；反応容器の内容物の１つ以上の成分の濃度を変化させること；反応容器の内容物の構成成分を分離または単離すること；反応容器の内容物からの電磁放射線（例えば、可視光）などの信号を検出すること；および／または核酸を非活性化すること、もしくは進行中の反応を停止させること。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、第１のモジュール１００は、複数の空の反応容器を受容および支持するように構成された容器引き出しまたはコンパートメント１０２を含み得る。コンパートメント１０２は、コンパートメントにアクセスして、反応容器をロードするためのカバーまたはドアを含み得る。コンパートメント１０２は、反応容器を容器ピックアップ位置（例えば、登録された位置または既知の位置）に移動させて容器分配器による反応容器の取り出しを容易にするための容器供給装置をさらに含み得る。第１のモジュール１００は、バルク試薬（すなわち、複数のアッセイを実施するのに十分な試薬量）を保持するかまたは廃棄材料を受容および保持するように構成されたコンテナを貯蔵するように構成された１つ以上のコンパートメント（例えば、図２Ｄおよび２Ｅのコンパートメント１０３）をさらに含み得る。上記バルク試薬には、液体、例えば、水、緩衝液、標的捕捉試薬、ならびに核酸増幅試薬および検出試薬が含まれ得る。いくつかの実施形態では、バルク試薬コンテナコンパートメントは、コンテナを所望の温度に（例えば、所定の貯蔵温度に）維持するように構成され得、コンテナを保持および／または撹拌してそれらの内容物を溶液または懸濁液中に維持する保持構造を含む。液体コンテナを支持および撹拌するための例示的な保持構造は、米国特許第９，６０４，１８５号に記載されている。
【０１３６】
第１のモジュール１００は、試料収容容器を有する１つ以上の試料保持ラック１０を支持する試料格納部８をさらに含み得る（図２Ｃ、３Ａ〜３Ｃを参照のこと）。また第１のモジュール１００は、液体（例えば、試料流体、試薬、バルク流体、廃液など）を反応容器および／または他のコンテナへ、およびから移送するための１つ以上の流体移送装置（図２５の流体移送装置８０５を参照のこと）をも含み得る。いくつかの実施形態では、流体移送装置は、反応容器、試薬を保持するバルクコンテナ、および試料を保持するコンテナへの制御された自動化された移動およびアクセスのために構成された１つ以上のロボットピペッター（例えば、図２５のピペッター８１０、８２０）を含み得る。いくつかの実施形態では、流体移送装置は、流体ディスペンサー、例えば、他の装置内に配置され、適切な流体導管によってコンテナ（例えば試薬を保持するバルクコンテナ）に、および当該コンテナからディスペンサーへの流体の移動を引き起こすためのポンプまたは他の装置に接続されたノズルをも含み得る。第１のモジュール１００は、試料容器（図２Ａおよび２Ｂを参照のこと）ならびに試料容器および試薬コンテナを支持するための他の形態のホルダを受容するように構成されたロードステーション１０４、１０６、１０８などの複数のロードステーション（例えば、加熱されたロードステーション）をさらに含み得る。例示的なロードステーションおよび容器ホルダは、米国特許第８，３０９，０３６号に記載されている。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、試料格納部８は、側壁１２、１６および底板２０を有するボックス状構造である。図３Ａおよび３Ｂは、システム１０００とともに使用され得る試料格納部８の異なる実施形態を示す。下記の説明において、図３Ａおよび３Ｂの参照がなされる。壁１２、１６は、断熱され得る。試料格納部８は、端部が壁１２、１６によって保持された試料格納部カバー４０をさらに含む。試料格納部８の前部３２は、試料を収容する容器１０７を有する試料保持ラック１０が試料格納部８に挿入されるのを、および試料格納部８から取り外されるのを可能にするために開いている（図３Ｂを参照のこと）。図３Ｃは、試料格納部８に挿入されている、試料を収容する容器１０７を有する試料保持ラック１０を示す。図３Ｂに見られるように、底板２０は、正確にかつ再現可能に各ラックを配置するために各試料保持ラック１０の底部に形成された嵌合ガイドに係合する試料ラックガイド２２をさらに含み得る（図３Ｂを参照のこと）。試料格納部８は、側壁１２に取り付けられ、バーコードリーダ１８を側壁１２に形成されたバーコードウィンドウ１４（図３Ａに見られる）に対する操作位置に保持するように構成されたバーコードブラケット３４をさらに含む（図２Ｃおよび３Ｂを参照のこと）。バーコードリーダ１８は、試料保持ラック１０の各々に保有される個々の試料容器１０７のバーコードおよび試料保持ラック１０自体のバーコードを読み取るように構成されている（図３Ｃを参照のこと）。バーコードは、試料保持ラック１０が試料格納部８に押し込まれるか、または試料格納部８から取り外される際にバーコードウィンドウ１４を通して読み取られ得る。
【０１３８】
図４Ａおよび４Ｂは、試料格納部８とともに使用され得る試料保持ラック１０の異なる実施形態を示す。下記の説明において、図４Ａおよび４Ｂの参照がなされる。試料保持ラック１０は、試料を収容する複数の容器１０７を受容および保持するのに適している。いくつかの実施形態では、容器１０７は、試験管などの管状コンテナであり得るかまたはこれを含み得る。試料保持ラック１０は、容器ホルダ２およびカバー３を含む。容器ホルダ２は、試料保持ラック１０を把持し、試料格納部８に挿入するための取っ手４を含む。図３Ｃおよび４Ｂに図示するように、試料を収容する容器１０７は、ラック１０にロードされ、ラック１０はロードステーション１０４の試料格納部８に挿入され得る。いくつかの実施形態では、ロードステーション１０４は、試料を収容する容器１０７を任意の順序で、かついつでも（例えば、システム１０００が一部の試料に対するアッセイを実施するとともに）試料格納部８にロードすることができるように構成される。例えば、異なる、新規の、または最近到着した試料を有するラック１０は、ラック１０にロードされ、ロードされたラック１０は、システム１０００が他の試料に対するアッセイを実施している途中である一方でロードステーションの試料格納部８に挿入され得る。一実施形態では、バーコードなどの機械可読なラベルは、取っ手４の近くの容器ホルダ２上に提供される（図３Ｃを参照のこと）。
【０１３９】
図２Ａおよび２Ｂを参照して、いくつかの実施形態では、第１のモジュール１００は、１つ以上の磁気集積ステーション１１０および周囲温度より高い温度で反応容器の内容物を加熱（および／または維持）するように構成された加熱されたインキュベーター１１２、１１４、１１６、および周囲温度より低い温度で反応容器の内容物を冷やす（および／または維持する）ように構成された１つ以上の冷却モジュール１２２を含み得る。冷却モジュール１２２は、発光測定を実施する前に、オリゴハイブリダイゼーションを促進し、容器（例えば、図１９を参照して後述するＭＲＵ１６０）を冷却するために使用され得る。いくつかの実施形態では、インキュベーター１１２（遷移インキュベーターと称され得る）は、約４３．７℃の温度に設定され得、プロセスステップ、例えば、溶菌、標的捕捉およびハイブリダイゼーションのために使用され得る。インキュベーター１１４は、いくつかの実施形態では、約６４℃の温度に設定され得る高温インキュベーターであり得、プロセスステップ、例えば、溶菌、標的捕捉およびハイブリダイゼーションのために使用され得る。インキュベーター１１６（増幅インキュベーターと称される）は、約４２℃の温度に設定され得、アッセイの間、増幅のために使用されるインキュベーターであり得る。インキュベーター１１６は、増幅の間に蛍光を検出するためのリアルタイム蛍光光度計を含み得る。例示的な温度ランピングステーションは、米国特許第８，１９２，９９２号に記載されており、例示的なインキュベーターは、米国特許第７，９６４，４１３号および８，７１８，９４８号に記載されている。第１のモジュール１００は、標的核酸または他の分析物（例えば、磁気応答性固体支持体に固定化された）を容器の残存する内容物から分離または単離するのに適した磁気洗浄ステーション１１８、１２０などの試料処理装置を含み得る。
【０１４０】
図２Ｆは、第１のモジュール１００の（内部詳細を示すために）側板が除去された例示的な磁気洗浄ステーション１２０を示す。一部のアッセイにおいて、試料は、磁気洗浄ステーション１１８、１２０において分析物（例えば、標的核酸）の検出に干渉することができる分離材料で処理される。これらの干渉材料を除去するために、試料は、分析物を固定化するための磁気応答性固体支持体を含む標的捕捉試薬で処理され得る。適切な固体支持体は、常磁性粒子（０．７〜１．０５ミクロンの粒子、Ｓｅｒａ−Ｍａｇ（商標）ＭＧ−ＣＭ（Ｓｅｒａｄｙｎ，Ｉｎｃ．、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、Ｉｎｄｉａｎａから入手可能））を含み得る。固体支持体を磁力に近接させた場合、固体支持体は、懸濁液から引き出され、試料保持コンテナの表面に接近して凝集し、これにより、コンテナ中で任意の固定化された分析物を単離する。次いで、試料の固定化されていない成分は、吸引され得るか、またはそうでなければ固定化された分析物から分離され得る。磁気洗浄ステーション１２０は、上部セクション２５５および下部セクション２５７を有するモジュールハウジング２５６を含む。取り付けフランジ２５８、２５９は下部セクション２５７から伸び、洗浄ステーション１２０を第１のモジュール１００の支持面に取り付ける。挿入口２６３は、下部セクション２５７の前壁を通して伸び、第１のモジュール１００の容器分配器１５０（図２Ａを参照のこと）がＭＲＵ１６０（図１９を参照して記載される）（または別の容器）を磁気洗浄ステーション１２０のハウジング２５６に配置するのを（およびハウジング２５６からＭＲＵ１６０を取り外すのを）可能にする。容器キャリアユニット２６５は、磁気洗浄ステーション１２０内でＭＲＵ１６０を支持するために挿入口２６３に隣接して配置される。いくつかの実施形態では、容器キャリアユニット２６５は、ＭＲＵ１６０を容器キャリアユニット２６５に取り外し可能に保持するためのバネクリップ（または別の保持機構）を含み得る。軌道ミキサアセンブリ２６６は、容器キャリアユニット２６５によって保持されるＭＲＵ１６０の内容物を軌道混合するためにキャリアユニット２６５に連動する。軌道ミキサアセンブリ２６６は、容器キャリアユニット２６５に（駆動機構によって）連動するステップモータ２６７を含み、したがって、モータ２６７が回転する際、キャリアユニット２６５が水平軌道内を移動してＭＲＵ１６０の内容物を混合する。
【０１４１】
磁気洗浄ステーション１２０は、１つ以上の磁石を容器キャリアユニット２６５のＭＲＵ１６０に向けて動かすおよびＭＲＵ１６０から離すように構成された磁石移動装置２６８を含む。図２Ｆに示される実施形態において、磁石移動装置２６８は、回転中心２６９の周りを回転可能なように構成された回転可能な構造である。磁石移動装置２６８は永久磁石２７０を保有し、これは磁石移動装置２６８に形成されたスロット２７１の両側に配置される。いくつかの実施形態では、磁石移動装置は５個の磁石２７０を含み、容器キャリアユニット２６５に保有されるＭＲＵ１６０の各個別の容器１６２に対応する。いくつかの実施形態では、磁石２７０は、ネオジム鉄ホウ素（ＮｄＦｅＢ）製であり得る。一般に２７２に代表される電気アクチュエータは、磁石移動装置２６８を上下に回転させる、これにより、容器キャリアユニット２６５に支持されるＭＲＵ１６０に対する操作位置と非操作位置との間で磁石２７０を移動させる。操作位置において、磁石２７０は、ＭＲＵ１６０の各容器１６２に近接して配置され、その結果、各容器１６２の内容物と混合された磁気応答性固体支持体は、磁石２７０の磁界の引力によって懸濁液から引き出される。非操作位置において、磁石２７０は、容器１６２の内容物に対する実質的な効果を有さないように容器１６２から十分離して配置される。本発明の文脈において、「実質的な効果がない」とは、磁気応答性固体支持体が磁石２７０の磁界の引力によって懸濁液から引き出されないことを意味する。
【０１４２】
図２Ｇは、（図２Ｆの）磁気洗浄ステーション１２０の磁石移動装置２６８の別の実施形態を示す。図２Ｇの磁石移動装置２６８は、（モジュールハウジング２５６の）下部セクション２５７内に配置された磁石滑動部２５０および容器キャリアユニット２６５に支持されるＭＲＵ１６０に対する非操作位置（図２Ｇに示すように）と操作位置との間で磁石滑動部２５０を移動させる駆動システム２９４を含む。磁石滑動部２５０は、それを通して長手方向に伸びている細長い開口部２８８（いくつかの実施形態では、実質的に長方形の形状を有する）を含む。第１の磁石２９０は開口部２８８の片側に配置されており、第２の磁石２９１は開口部２８８の反対側に配置されている。いくつかの実施形態では、単一の磁石２９０および２９１個の代わりに５個の別個の磁石（いくつかの実施形態では、約１２ｍｍ×１２ｍｍ×８ｍｍのサイズを有し、ＮｄＦｅＢ製である、ｎ−４０グレード）が滑動部２５０の対向側に提供され得る。駆動システム２９４は、縦軸の周りを回動可能となるように両端部が下部セクション２５７の壁に軸支されているねじ山付き打込みねじ２９２を含む。駆動モータ２９６は、駆動ベルト２９３を介して打込みねじ２９２に連動している。駆動モータ２９６の回転は、打込みねじ２９２に対する長手方向の磁石滑動部２５０の線形並進を引き起こす。打込みねじ２９２の一方向の回転は、磁石滑動部２５０のＭＲＵ１６０の方への並進を引き起こし、磁石２９０および２９１をそれらの操作位置へと移動させる。打込みねじ２９２の逆方向の回転は、磁石滑動部２５０の逆方向の並進を引き起こし、磁石２９０および２９１をそれらの非操作位置（図２Ｇに示す位置）へと移動させる。磁石滑動部２５０が非操作位置から操作位置に移動する場合、ＭＲＵ１６０は、磁石滑動部２５０の長軸方向の開口部２８８を通過し、第１の磁石２９０と第２の磁石２９１との間に配置される。
【０１４３】
図２Ｆを引き続き参照して、磁気洗浄ステーション１２０は、モジュールハウジング２５６を通して延在して洗浄溶液送出網を形成する洗浄溶液送出管２８１を含む。送出管２８１に接続されたノズルは、容器キャリアユニット２６５に支持されたＭＲＵ１６０の各容器１６２の上方に位置する。いくつかの実施形態では、洗浄溶液がＭＲＵ１６０の各容器１６２の側面を伝って落ち、側面に密着した材料を洗い落すように、これらのノズルは各容器１６２に対して片寄った様式で配置され得る。適切な洗浄溶液は当業者に公知であり、その例は、１０ｍＭのＴｒｉｚｍａ塩基、０．１５ＭのＬｉＣｌ、１ｍＭのＥＤＴＡ、および３．６７ｍＭのラウリル硫酸リチウム（ＬＬＳ）をｐＨ７．５で含有する。また管ホルダ２８４に連結された吸引管２８２は、磁気洗浄ステーション１２０のハウジング２５６を通して延在する。吸引管２８２に連結された吸引ホース２８３は、真空ポンプ８２４（図２Ｄを参照のこと）まで延在する。管ホルダ８２４は、リフトモータ２８６によって作動される打込みねじ２８５に取り付けられている。管ホルダ２８４および吸引管２８２は、各吸引管２８２がディスポーザブルチップ（例えば、図１９を参照して後述するＭＲＵ１６０のチップレット１６８）と摩擦係合するようにリフトモータ２８６および打込みねじ２８５によって降ろされる。
【０１４４】
吸引管２８２のチップレット１６８との係合が成功した後（図１９を参照のこと）、軌道ミキサアセンブリ２６６は、容器キャリアユニット２６５を流体移送位置に移動させる。次いで、磁石移動装置２６８は、磁石２７０（または図２Ｇの磁石２９０および２９１）をＭＲＵ１６０の容器１６２の両側に隣接した操作位置へと移動させる。容器１６２の内容物が磁石２７０（または図２Ｇの磁石２９０、２９１）の磁界下に置かれると、固定化された標的核酸を有する磁気応答性固体支持体が磁石２７０（または図２Ｇの磁石２９０、２９１）に隣接した個々の容器１６２の側面に引き出される。磁石移動装置２６８は、アッセイプロトコルによって定義されるように適切な停滞時間の間、操作位置に維持され、磁気固体支持体をそれぞれの容器１６２の側面に接着させる。次いで、吸引管２８２はＭＲＵ１６０の容器１６２内へと降ろされて、個々の容器１６２の流体内容物を吸引される一方で、磁気固体支持体が容器１６２内に、その側面に沿って磁石２７０に隣接して凝集した状態で残される。吸引管２８２の端部に取り付けられたチップレット１６８は、各容器１６２の内容物が、吸引手順の間、吸引管２８２の側面に接触しないことを確実にする。チップレット１６８は、吸引管２８２による相互汚染の可能性を低減するために、後続のＭＲＵ１６０が磁気洗浄ステーション１２０で処理される前に廃棄される。
【０１４５】
吸引後、吸引管２８２は引き上げられ、磁石移動装置２６８は磁石２７０（または図２Ｇの磁石２９０、２９１）をその非操作位置へ移動させる。次いで、容器キャリアユニット２６５は、液体分配位置に移動され、所定の量の洗浄溶液が、洗浄溶液送出管２８１に接続されたノズルを通してＭＲＵ１６０の各容器１６２に分配される。次いで、軌道ミキサアセンブリ２６６は、容器キャリア２６５を水平軌道で高振動数で動かして（一実施形態では、１４ＨＺ、１秒に０〜１４ＨＺ加速する）、ＭＲＵ１６０の内容物を混合する。混合後、軌道ミキサアセンブリ２６６は、容器キャリアユニット２６５を流体移送位置で停止させる。いくつかの実施形態では、磁石移動装置２６８は、再び操作位置に移動され、所定の停止時間の間、操作位置に維持される。磁気滞留後、係合したチップレット１６８を有する吸引管２８２は、容器１６２内に降ろされて、上記したように試験検体液および洗浄溶液を吸引する。いくつかの実施形態では、複数の洗浄サイクル（各々が分配、混合、磁気滞留、および吸引シーケンスを含む）が、アッセイプロトコルによって定義されるように実施され得る。例示的な磁気洗浄ステーションは、米国特許第６，６０５，２１３号および９，０１１，７７１号に記載されている。
【０１４６】
図２Ａおよび２Ｂを引き続き参照して、第１のモジュール１００は、反応容器を受容し、反応容器の内容物によって放出される信号（例えば、光信号）を検出するように構成された検出器１２４を含み得る。一実施態様では、検出器１２４は、反応容器の内容物によって放出される発光信号を検出するための照度計および／または反応容器の内容物からの蛍光放出を検出するための蛍光光度計を含み得る。また第１のモジュール１００は、核酸増幅などのプロセスが反応容器内で起きている間にインキュベーターに収容された容器の内容物によって放出される信号を（例えば、周期的間隔で）検出するように構成された１つ以上の信号検出装置、例えば蛍光光度計（例えば、１つ以上のインキュベーター１１２、１１４、１１６に連結された）を含み得る。例示的な照度計および蛍光光度計は、米国特許第７，３９６，５０９号および８，００８，０６６号に記載されている。
【０１４７】
第１のモジュール１００は、図示された実施形態において容器を第１のモジュール１００の各種装置間で移動させるように構成された容器分配器１５０を含む容器移送装置をさらに含み得る（例えば、試料格納部８、インキュベーター１１２、１１４、１１６、ロードステーション１０４、１０６、１０８、磁気集積ステーション１１０、洗浄ステーション１１８、１２０および冷却モジュール１２２）。これらの装置は、容器移送ポータル（例えば、開けられるドアによって覆われたポート）を含み得、容器はこれを通して装置に挿入されるかまたは装置から取り出される。容器分配器１５０は、運搬トラックアセンブリ１５４に沿ってＸ方向に移動し、シータ（Θ）方向に回転し、Ｒ方向に移動して、容器を第１のモジュール１００の装置の内外に移動させるように構成された容器分配ヘッド１５２を含み得る。例示的な容器分配器、例示的な容器移送ポータルドア、およびドアを開けるための機構は、米国特許第８，７３１，７１２号に記載されている。
【０１４８】
第２のモジュール
例示的な実施形態において、第２のモジュール４００は、核酸増幅反応（例えば、ＰＣＲ）を実施し、リアルタイムで蛍光を測定するように構成されている。システム１０００は、システム１０００に所望のアッセイの異なるステップを実施するように指示するコントローラ（より詳細に後述される）を含み得る。コントローラは、ＬＩＳ（「検査室情報システム」）接続およびリモートユーザアクセスに対応し得る。いくつかの実施形態では、第２のモジュール４００は、溶融分析などの追加の機能を可能にする構成要素モジュールを格納する。第２のモジュールにおいて使用するのに適し得る溶融ステーションの例は、米国特許第９，５８８，０６９号に記載されている。他の装置には、プリンタおよび随意の無停電電源装置が含まれ得る。
【０１４９】
図１Ｂに関して、いくつかの実施形態では、第２のモジュール４００は、異なる機能のために構成された装置を含む複数の垂直に積み重ねられた階層（またはデッキ）を含む。これらの階層には、増幅処理デッキ４３０および容器処理デッキ６００が含まれる。図示された実施形態では、容器処理デッキ６００は、増幅処理デッキ４３０の下に配置される。しかしながら、これは必要条件ではなく、デッキ（および、それらの装置）の垂直方向の順序は、分析システム１０００の使用目的により異なり得る。例示的な増幅処理デッキ４３０の異なる実施形態の概略平面図を、図５Ａ、５Ｂおよび５Ｃに示す。例示的な容器処理デッキ６００の異なる実施形態の概略平面図を、図５Ｄ、５Ｅおよび５Ｆに示す。以下の記載において、図５Ａ〜５Ｆの参照がなされる。しかしながら、後述する特徴および構成要素の一部は、すべてのこれらの図において可視的でなくてもよいことに留意されたい。第２のモジュール４００は、異なる階層に配置される装置を含み得る。これらの装置としては、とりわけ、１つ以上のロボットピペッター４１０の形態の流体移送装置（図１Ｂを参照のこと）、信号検出器４０２０を有するサーマルサイクラー４３２（図１６Ｄを参照のこと）、ピペッター４１０のためのディスポーザブルチップのトレイを貯蔵するように構成されたチップコンパートメント５８０、ディスポーザブル処理バイアルおよび付随するキャップのトレイ４６０を貯蔵するように構成されたキャップ／バイアルコンパートメント４４０、バルク試薬コンテナコンパートメント５００、バルク試薬コンテナ移送機構１７００、容器受け渡し装置６０２を含む容器分配システムおよび（例示的な図示された実施形態における回転式分配器を含む）容器分配器３１２を含む容器分配システム２００、容器および／または（例えば、一体成形の一体型ユニットとして連結された複数の容器を含む）多容器ユニット（ＭＲＵ）を貯蔵するように構成された容器貯蔵ユニット６０８、６１０、６１２、磁気スロット６２０、１つ以上のダストシュートに連結された廃棄ビン、遠心分離機５８８、試薬パック入替え装置７００、試薬パックロードステーション６４０、ならびに付属品、例えば、消耗品および／またはキャップ／バイアルアセンブリ後のための貯蔵トレイ４５２を貯蔵するように構成された１つ以上のコンパートメント４５０（図１Ｂを参照のこと）が挙げられる。ディスポーザブル処理バイアルおよびキャップのためのトレイ４６０の代表的実施形態は、米国特許出願公開第２０１７／０２９７０２７Ａ１号に開示されている。システム１０００のいくつかの装置および特徴は、本明細書において指定される米国特許第９，７３２，３７４号および他の参考文献に記載されている。したがって、簡潔さのために、これらの装置および特徴を本明細書において詳述しない。
【０１５０】
図示された実施形態では、ロボットピペッター４１０は、第２のモジュール４００の最上部近くに配置される。ロボットピペッター４１０下において、増幅処理デッキ４３０は、バルク試薬コンテナコンパートメント５００、遠心分離機５８８、サーマルサイクラー４３２の最上部、チップコンパートメント５８０、およびキャップ／バイアルコンパートメント４４０を含む。増幅処理デッキ４３０下において、容器処理デッキ６００は、容器受け渡し装置６０２、容器分配器３１２、容器貯蔵ユニット６０８、６１０、６１２、磁気スロット６２０、試薬パック入替え装置７００、および試薬パックロードステーション６４０を含む。図４Ｄに見られるように、容器処理デッキ６００の磁気スロット６２０および試薬パックロードステーション６４０は、ロボットピペッター４１０によって増幅処理デッキ４３０の装置間の隙間を通してアクセス可能である。
【０１５１】
容器貯蔵ユニット６０８、６１０、６１２において容器は、開口端および反対側の閉成端を有する個々の容器（例えば、液体を貯蔵するように構成されたコンテナ）またはユニット（ＭＲＵ）として連結された複数（例えば、５つ）の容器を含み得る。これらのＭＲＵは、システム１０００の異なる装置間で容器を移動させるためのロボット制御された容器分配システムの係合部材（例えば、フック）によって係合されるように構成されている操作構造を含み得る。例示的な容器は、米国特許第６，０８６，８２７号および９，７３２，３７４号に記載されている。以下でより詳細に記載されるように、容器受け渡し装置６０２および容器分配器３１２を含む容器分配システム２００は、第１のモジュール１００の容器分配器１５０から容器またはＭＲＵを受容し、容器を第２のモジュール４００に移送し、第２のモジュール４００の異なる位置に容器を移動させるように構成されている。
【０１５２】
試薬コンテナコンパートメント
図１Ｂに関して、第２のモジュール４００のバルク試薬コンテナコンパートメント５００は、複数の試薬コンテナを保持するように構成されている。第２のモジュール４００のドアまたはカバーパネルは、試薬コンテナコンパートメント５００の内容物にアクセスするために開かれ得る。いくつかの実施形態では、自動ロック（例えば、システム１０００のコントローラによって起動される）は、第２のモジュール４００が動作している時に試薬コンテナコンパートメント５００が引き開けられるのを防止し得る。いくつかの実施形態では、可視および／または可聴の警告信号が、試薬コンテナコンパートメント５００が適切に閉じられていないことを示すために提供され得る。図６Ａは、開口状態の試薬コンテナコンパートメント５００を有するシステム１０００の一部の斜視図である。図６Ｂは、第２のモジュール４００から分離された例示的な試薬コンテナコンパートメント５００の斜視図である。下記の説明において、図６Ａおよび６Ｂの両方の参照がなされる。図６Ａに図示するように、試薬コンテナコンパートメント５００は、システム１０００上で分析手順を実施するのに使用するための試薬を保有するコンテナをロードするために第２のモジュール４００の本体からスライドアウトするキャビネットであり得る。試薬コンテナコンパートメント５００は、同一のまたは異なるタイプの試薬を保有するコンテナを保持するように構成された１つ以上のトレイまたはコンテナキャリアを含み得る。一般に、コンテナキャリアは、液体が充填されたコンテナをその中に受容するように形成された１つ以上のポケットまたは空洞を含む構成要素であり得る。いくつかの実施形態では、コンテナキャリアは、非導電性プラスチックまたは高分子材料を使用して成形された構成要素であり得る。図６Ｂに示されるように、一部の代表的実施形態では、試薬コンテナコンパートメント５００は、第１の試薬コンテナキャリア１５００および第２の試薬コンテナキャリア１６００という２つの試薬コンテナキャリアを含む。いくつかの実施形態では、第２のモジュール４００は、（いくつかの実施形態では、コンパートメント５００と同様に）各々が１つ以上の試薬コンテナを支持する複数のバルク試薬コンテナコンパートメントを含み得ることに留意されたい。これらの複数のコンパートメントの一部は、試薬コンテナを異なる温度（冷却、加熱など）に維持するように構成され得る。
【０１５３】
第１の試薬コンテナキャリア
必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、第１の試薬コンテナキャリア１５００は、各々が溶出緩衝液などの試薬を中に収容する試薬コンテナ１５２０を受容するように構成された２つのポケット１５１０を含む構成要素であり得る。第２の試薬コンテナキャリア１６００は、試薬保有するコンテナを中に受容するように構成された複数のポケット１６１０（例えば、６つのポケット）を有する構成要素であり得る。図６Ｃは、第１の試薬コンテナキャリア１５００および第２の試薬コンテナキャリア１６００を有する例示的な試薬コンテナコンパートメント５００を示す。図６Ｃに図示される実施形態では、第１の試薬コンテナキャリア１５００が、その２つのポケット１５１０のうちの１つに配置された１つの試薬コンテナ１５２０とともに示され、第２の試薬コンテナキャリア１６００が、その６つのポケット１６１０のうちの２つにある２つの溶媒コンテナ（例えば、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０およびＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０）とともに示される。いくつかの実施形態では、第２の試薬コンテナキャリア１６００は、６つのポケット１６１０を含み得、図６Ｂに図示されるように、これらの６つのポケット１６１０は、例えば、２つの油コンテナ１８２０および４つの溶媒コンテナ（例えば、２つのＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０および２つのＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０など）を受容するように構成され得る。一般に、６つのポケット１６１０は、任意のコンテナ１６２０、１８２０、１９２０を含み得る。図６Ｄは、ポケット１６１０に２つの油コンテナ１８２０、１つのＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０および３つのＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０を有する例示的な第２の試薬コンテナキャリア１６００の平面図である。図６Ｄに図示するように、システム１０００は、コンテナキャリア１６００の異なるポケット１６１０に配置された油コンテナ１８２０および溶媒コンテナ（１６２０または１９２０）を「油Ａ」、「油Ｂ」、および「Ｒｅｃｏｎ  １」、「Ｒｅｃｏｎ  ２」などと識別し得る。いくつかの実施形態では、図６Ｂに図示するように、油コンテナ１８２０は、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０と構造的に類似していてもよい。しかしながら、これは必要条件でなくて、一般に油コンテナ１８２０は、任意の形状および形体であり得る。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、第１の試薬コンテナキャリア１５００および第２の試薬コンテナキャリア１６００は、お互いに隣接して配置されるか、または離れて配置される別個の構成要素であり得る。一般に、試薬コンテナコンパートメント５００は、各々が任意の数のポケットを有する、任意の数のコンテナキャリアを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、６つのポケット１６１０を有する単一の第２の試薬コンテナキャリア１６００の代わりに、ポケット（例えば、それぞれ３つのポケット）を有する複数の単一試薬コンテナキャリア（例えば、２つ）が、試薬コンテナコンパートメント５００に提供され得る。コンテナキャリア内のポケットの数およびサイズは、とりわけ、意図されるスループットおよび必要とされる消耗品補充間の所望の期間を考慮して決定され得る。いくつかの実施形態では、第２の試薬コンテナキャリア１��００内のポケット１６１０のサイズおよび外形は、同一であるか、または実質的に同じであり得る。かかる実施形態では、同一のまたは実質的に同じ外部寸法を有するＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０およびＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０が、ポケット１６１０に配置され得る。試薬コンテナコンパートメント５００内のコンテナは、ＲＦＩＤなどの機械可読コードにより特定され得る。可視的な信号（例えば、赤色および緑色ＬＥＤ）および／または他の表示（テキスト、可聴式など）を有する表示パネル１３００が、コンテナの状態に関してフィードバックをユーザに提供するために、試薬コンテナコンパートメント５００（および／またはコンテナキャリア上）に提供され得る。表示パネル１３００は、試薬コンテナコンパートメント５００またはコンテナキャリア内の任意の位置に配置され得る（図６Ａおよび６Ｂにおける表示パネル１３００の異なる例示的な位置に注意されたい）。試薬コンテナコンパートメント５００は、第１の試薬コンテナキャリア１５００を第２のモジュール４００内の試薬コンテナコンパートメント５００から第１のモジュール１００内の位置に移動させるように構成されている試薬コンテナ移送機構１７００（図６Ｂを参照のこと）を含み得る。
【０１５４】
図７Ａは、例示的な第１の試薬コンテナキャリア１５００を、その２つのポケット１５１０のうちの１つの例示的な試薬コンテナ１５２０とともに示す。図７Ｂは、断面の斜視図であり、図７Ｃは、２つのポケット１５１０の各々に試薬コンテナ１５２０を有する例示的な第１の試薬コンテナキャリア１５００の断面概略図である。第１の試薬コンテナキャリア１５００は、試薬コンテナ１５２０をその中で受容するための２つのポケット１５１０を形成する基部または容器部１５３０および容器部１５３０に取り付けられた、ポケット１５１０内に試薬コンテナ１５２０を保持するためのフレーム１５４０を含み得る。一般に、容器部１５３０のポケット１５１０の形状およびサイズは、これらのポケット内に受容される試薬コンテナ１５２０の形状およびサイズに対応し得る。いくつかの実施形態では、ポケット１５１０は、試薬コンテナ１５２０をその中にぴったりと受容するようにサイズ設定され得る。コンテナ１５２０がポケット１５１０内に配置され、フレーム１５４０は容器部１５３０に取り付けられた場合、フレーム１５４０の一部は、コンテナ１５２０の一部を覆って延在し、コンテナ１５２０のポケット１５１０からの取り出しを防止する。図７Ａおよび７Ｂに図示するように、フレーム１５４０は、それを通してコンテナ１５２０の最上部を露出する開口部を有する窓枠形状を有し得る。いくつかの実施形態では、容器部１５３０の外表面１５３２の一部またはすべては、金属被覆され得るか、または試薬コンテナ１５２０内の液体レベルの容量性検出を支持するために接地され得る。
【０１５５】
試薬コンテナ
試薬コンテナ１５２０は、リザーバーの開口部を覆うピペッターにより穿孔可能なカバー１５５０を有する、液体試薬を収容するカップ状リザーバーを含み得る（図７Ａ〜７Ｃを参照のこと）。いくつかの実施形態では、試薬コンテナ１５２０内の液体試薬は、溶出緩衝液であり得る。いくつかの実施形態では、カバー１５５０は、吸引プローブ４１５、またはロボットピペッター（例えば、ロボットピペッター４１０、図１４Ａ〜１４Ｃを参照のこと）の吸引プローブ４１５の取付け端４２５に固定されたディスポーザブルピペットチップ５８４によって突き通されるのに適した１つ以上のもろい材料（例えば、ホイル、エラストマーなど）を含み得る。使用される間、吸引プローブ４２５または（吸引プローブ４１５に取り付られた）ピペットチップ４２５は、ピペッターにより穿孔可能なカバー１５５０を貫通し得、コンテナ１５２０内に貯蔵された液体にアクセスし得る。図７Ｃは、カバー１５５０を貫通することによって試薬コンテナ１５２０内に貯蔵された液体試薬にアクセスしているピペットチップ５８４（第２のモジュール４００のピペッター４１０の吸引プローブ４１５の取付け端４２５に固定された）の概略図を示す。いくつかの実施形態では、図７Ａに（ならびに図１０Ａおよび１０Ｂにおいてさらに詳細に）図示したように、開口部を有するプラスチック（または別の硬質材料）のふた１５５２は、ピペッターにより穿孔可能なカバー１５５０、および開口部を覆うようにもろいカバー１５５０と硬質のふた１５５２との間に配置されたセプタム１５５４を覆って取り付けられ得る。セプタム１５５４は、ピペッターにより穿孔可能な材料から作製され得るかまたは、吸引プローブ４１５もしくはピペッター４１０の取付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４がセプタムを通してコンテナ１５２０にアクセスするのを可能にする特徴（例えば、切れ込みなど）を含み得る。かかる実施形態では、吸引プローブ４２５またはピペットチップ５８４は、セプタム１５５４を通してもろいカバー１５５０に接触し、これを貫通し得る。コンテナ１５２０からピペットチップ５８４を引き出す際に、コンテナ１５２０より上のフレーム１５４０の一部は、コンテナ１５２０が第１の試薬コンテナキャリア１５００から取り外されるのを阻止し得る。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、試薬コンテナ１５２０は、図１０Ａおよび１０Ｂを参照して以下で述べられるＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０と構造的に類似し得る。試薬コンテナ１５２０のいくつかの例示的な形体は、２０１８年３月２０日に出願され、「Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｃｅｐｔａｃｌｅｓ．」というタイトルの米国特許出願番号第１５／９２６，６３３号に記載されている。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、ピペッター４１０が試薬コンテナ１５２０内の液体に接触する際に、コンテナ１５２０内の液体レベルは、容量性レベル検出を使用して検出され得る。容量性レベル検出を可能にするために、（第１の試薬コンテナキャリア１５００の）容器部１５３０の金属被覆された外表面１５３２は、システムアース（例えば、システム１０００の地表面）に接続され得、吸引プローブ４１５またはピペッター４１０の取り付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４は、電圧源（例えば、交流電圧源）に接続され得る。このような配置では、ピペッター４１０（および所望により、導電特性を有するピペットチップ５８４）は、コンデンサの一方の伝導体として機能し、接地された外表面１５３２は、他方の伝導体として機能する。これらの２つの伝導体間で測定された静電容量信号（静電容量に関連した信号）は、試薬コンテナ１５２０内の液体レベルを検出するために使用され得る。使用において、吸引プローブ４１５（またはピペッター４１０の取り付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４）は、コンテナ１５２０内へと下降する際に、吸引プローブ４１５（またはピペットチップ５８４）の位置（高さ）が、静電容量信号とともに同時にモニタリングされる。静電容量信号が急増する場合（例えば、液体に接触している吸引プローブ４１５またはピペットチップ５８４によって引き起こされる急上昇）、吸引プローブ４１５（またはピペットチップ５８４）の高さが記録され、これにより、コンテナ１５２０内の流体表面の高さが確定される。第２のモジュール４００のピペッター４１０を使用したコンテナ１５２０内の液体の吸引が上記されたが、液体はまた、他の流体移送装置（例えば、第１のモジュール１００のピペッター８１０）を使用してコンテナ１５２０から抽出され得る。
【０１５８】
試薬コンテナ移送機構
試薬コンテナコンパートメント５００が閉じられる際（図１Ｂを参照のこと）、第２のモジュール４００の試薬コンテナ移送機構１７００は、第１の試薬コンテナキャリア１５００を第２のモジュール４００から第１のモジュール１００内の位置に移動させるために、第１の試薬コンテナキャリア１５００のフレーム１５４０の出っ張りに係合し得る。図８は、第１の試薬コンテナキャリア１５００に係合した例示的な試薬コンテナ移送機構１７００を示す。試薬コンテナ移送機構１７００は、電動モータ１７３０に作動連結され、システムアースに接続された第２のモジュール４００の構造部材に回動可能に連結された連接部１７２０を含む（すなわち、連接部１７２０は電気的に接地されている）。試薬コンテナ移送機構１７００の起動の際に、連接部１７２０は、ベアリング１７１０を介してフレーム１５４０に係合し、それぞれの回転軸の周りを回転して、第１の試薬コンテナキャリア１５００を第２のモジュール４００のコンパートメント５００から第１のモジュール１００内の位置に移動させる。したがって、連接部１７２０がフレーム１５４０に係合する場合には、第１の試薬コンテナキャリア１５００の金属被覆された部分は、連接部１７２０を介してシステムアースに電気的に接続されている（または接地されている）。第１の試薬コンテナキャリア１５００が第１のモジュール１００内に配置される場合には、接地した導電性ブラシ１７５０が、第１の試薬コンテナキャリア１５００の金属被覆された部分（例えば、容器部１５３０の金属被覆された外表面１５３２）との電気接触を作る。第１のモジュール１００内に配置される場合には、第１のモジュール１００の流体移送装置（例えば、ピペッター８１０のピペットチップ５８４、図７Ｃを参照のこと）が、所望の量の試薬、例えば溶出緩衝液にアクセスし、試薬コンテナ１５２０から吸引し得る。分析手順の間、吸引された試薬は、輸送され、容器またはバイアルへと放出される。代表的実施形態では、試薬流体は、磁気粒子またはシリカビーズなどの固体支持体から標的核酸を溶離するのに有用な溶出緩衝液である。
【０１５９】
試薬コンテナキャリア
図６Ａ〜６Ｃを参照して以前に説明したように、第２の試薬コンテナキャリア１６００の複数のポケット１６１０は、溶媒（例えば、溶媒）を収容する溶媒コンテナ（例えば、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０および／またはＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０）および油（例えば、シリコンオイル）を収容する油コンテナ１８２０を含み得る。当業者ならば周知のように、溶媒および油は、分析システム１０００によって実施される分子アッセイにおいて使用される試薬であり得る。図６Ｃに最もよく示すように、上記の第１の試薬コンテナキャリア１５００と同様に、第２の試薬コンテナキャリア１６００も、（溶媒コンテナおよび油コンテナを中で支持する）ポケット１６１０を含む基部または容器部１６３０およびこれらのコンテナをそれらのそれぞれのポケット１６１０に保持するふた１６４０を含み得る。図９Ａ、９Ｂおよび９Ｃは、例示的な第２の試薬コンテナキャリア１６００のそれぞれ側面斜視図、底面図および断面図である。下記の説明において、図６Ａ〜６Ｃおよび図９Ａ〜９Ｃの参照がなされる。一般に、（容器部１６３０の）ポケット１６１０の形状およびサイズは、ポケット１６１０に受容されるコンテナ（例えば、ＩＶＤおよびＬＤＴ溶媒コンテナ１６２０、１９２０ならびに油コンテナ１８２０）の形状およびサイズに対応し得る。いくつかの実施形態では、図９Ｂにて図示したように、容器部１６３０の対向する側部表面は、個々のポケット１６１０を分離する間隙を含み得る。典型的には、ポケット１６１０の形状およびサイズは、そのポケット１６１０に受容される液体が充填されたコンテナの形状およびサイズに適合し得る。例えば、ポケット１６１０のサイズおよび形状は、それが支持する溶媒コンテナの形状およびサイズに対応し得、これにより、いくつかの実施形態では、静止はまりを提供する。いくつかの実施形態では、ポケット１６１０は、すべて同一のまたは実質的に同じ形状および寸法を有し得る。しかしながら、ポケット１６１０が異なる形状および／またはサイズを有し得ることも考えられる（例えば、形状および／またはサイズが異なるコンテナをその中に受容するために）。
【０１６０】
図６Ｃに最もよく示すように、第２の試薬コンテナキャリア１６００のふた１６４０は、上部部分１６５０およびブラケット部分１６６０を含み得る。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、上部部分１６５０は、非導電性の材料から形成され得、ブラケット部分１６６０は、導電性の材料から形成され得る。いくつかの実施形態では、上部部分１６５０は、透明または半透明の板状部材であり得る。上部部分１６５０およびブラケット部分１６６０は、一緒に取り付けられてふた１６４０を形成する２つの部分であり得るか、または一体成形のふた１６４０の２つの領域であり得る。ふた１６４０が容器部１６３０に配置される場合、ふた１６４０の上部部分１６５０は、容器部１６３０の上面の一部を覆って延在し得る。この配置において、上部部分１６５０は、ポケット１６１０に配置された溶媒コンテナ１６２０、１９２０の一部を覆って延在し（かつ上に重なる）、コンテナ１６２０、１９２０がポケット１６１０から偶然に取り外されるのを防止する。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、上部部分１６５０の上に重なる領域は、コンテナの下地領域を押し下げて、コンテナをポケット１６１０内に拘束し得る。ふた１６４０の上部部分１６５０によって覆われていない（ポケット１６１０の）ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０および／またはＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０の部分は、吸引プローブ４１５またはピペッター４１０の取り付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４にコンテナ１６２０、１９２０から溶媒を抽出するためのアクセスを提供する。
【０１６１】
図９Ａに最もよく示すように、第２の試薬コンテナキャリア１６００のふた１６４０は、試薬コンテナコンパートメント５００が閉じられる際に（図１Ａを参照のこと）、ふた１６４０の上部部分１６５０が、第２の試薬コンテナキャリア１６００のポケット１６１０に配置されたコンテナ１６２０、１８２０、１９２０を覆って延在するように、第２のモジュール４００のフレーム／シャーシ１６７０に取り付けられ得る。この配置である場合、ロボットピペッター４１０の吸引プローブ４１５または（吸引プローブ４１５の取り付け端４２５に固定された）ピペットチップ５８４（図１４Ｂ〜１４Ｃを参照のこと）は、（図１０Ａ〜１０Ｃを参照して）以下により詳細に記載されるように、第２の試薬コンテナキャリア１６００で配置された溶媒コンテナ１６２０、１９２０から溶媒を（および油コンテナ１８２０から油を）抽出し得る。液体を吸引した後に、ピペッター４１０の吸引プローブ４１５（または取り付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４）がコンテナ（１６２０、１８２０、１９２０）から引き出される際に、コンテナは、そのそれぞれのポケット１６１０から出てくる傾向を有し得る。上部部分１６５０は、コンテナ１６２０、１８２０、１９２０の最上部の一部を覆って延在し、コンテナがそのポケットから偶発的に取り外されるのを防止する。試薬コンテナコンパートメント５００が開かれる際に（図６Ａを参照のこと）、第２の試薬コンテナキャリア１６００の容器部１６３０は、ユーザが、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０、および油コンテナ１８２０をポケット１６１０にロード（およびアンロード）できるように、ふた１６４０の下からスライドアウトする。いくつかの実施形態では、第１の試薬コンテナキャリア１５００に関して記載されたものと同様に、容器部１６３０の一部の表面は、金属被覆され得、その結果、第２の試薬コンテナキャリア１６００が試薬コンテナコンパートメント５００に配置された場合、これらの金属被覆された部分は、システムアース（例えば、システム１０００のハウジング）に電気的に接続され、接地面として機能して、吸引プローブ４１５または（ピペッター４１０の取付け端４２５に固定された）ピペットチップ５８４を使用した容量性流体レベル検出を可能にする。２０１８年３月２３日に出願され、「Ｓｙｓｔｅｍｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｃａｐａｃｉｔｉｖｅ  Ｆｌｕｉｄ  Ｌｅｖｅｌ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｈａｎｄｌｉｎｇ  Ｃｏｎｔａｉｎｅｒｓ，」というタイトルの米国特許出願番号第１５／９３４，３３９号は、システム１０００において使用され得る例示的な第１および第２の試薬コンテナキャリア１５００、１６００を記載している。
【０１６２】
ＩＶＤ溶媒コンテナ
いくつかの実施形態では、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０は、以前に記載された試薬コンテナ１５２０と構造的に類似し得る。図１０Ａは、例示的なＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０の分解斜視図を示し、図１０Ｂは、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０の斜視図を示し、図１０Ｃは、溶媒１６７０を中に収容しているＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０の断面図である。下記の説明において、図１０Ａ〜１０Ｃの参照がなされる。いくつかの実施形態では、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０は、既知の（例えば、ＦＤＡ認可のまたはＣＥマーキングされた）ＩＶＤアッセイに好適な再構成緩衝液を含むヒートシールされたパック（例えば、ホイルパック）であり得る。すなわち、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０中の溶媒１６７０は、再構成緩衝液であり得る（すなわち、増幅オリゴマーおよび／または検出プローブを含む乾燥試薬を再構成するのに適した汎用試薬）。溶媒１６７０として使用され得る例示的な再構成緩衝液および再構成緩衝液とともに使用するための例示的な乾燥試薬は、国際公開第２０１７／１３６７８２号に記載されている。一部のアッセイ（例えば、ＰＣＲ）について、複数の増幅オリゴマー（フォワード増幅オリゴマーまたはプライマー、リバース増幅オリゴマーまたはプライマーなど）および／またはプローブが使用され得る。例示的な分子アッセイの間、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０中の溶媒１６７０（すなわち、再構成緩衝液）は、異なるタイプの増幅オリゴマーおよび異なる標的核酸を増幅するためのプローブを含む乾燥または凍結乾燥試薬（または別の形態（例えば、ゲルなど）の試薬）を再構成するために使用され得る。
【０１６３】
試薬コンテナ１５２０と同様に、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０は、ピペッターにより穿孔可能な（例えば、ホイル、エラストマーなど）もろいカバー１６６４によって密閉されたカップ状リザーバー１６６２（再構成液１６７０を収容する）を含み得る。いくつかの実施形態では、リザーバー１６６２は、約５０〜約２，０００アッセイを実行するのに十分な液体の量１６７０を収容するように構成され得る。しかしながら、流体の量１６７０は、５０未満のアッセイまたは２０００超のアッセイを実行するのに十分であり得る。いくつかの実施形態では、リザーバー１６６２のピペッターにより穿孔可能なカバー１６６４は、開口部１６５３を有する（例えば、比較的に硬質の材料（例えば、プラスチックなど）から作製された）ふた１６５２によって覆われ得る。セプタム１６５４は、セプタムがふた１６５２の開口部１６５３を覆うようにカバー１６６４とふた１６５２の間に配置され得る。
【０１６４】
図１０Ｃに最もよく示すように、溶媒コンテナ１６２０のリザーバー１６６２は、再構成液１６７０を中に保持するように構成されている複数の流体接続されたチャンバーを示し得る。これらのチャンバーは、導管１６７２によってチャンバー１６５６、１６５８の底で互いに流体接続された第１のチャンバー１６５６および第２のチャンバー１６５８を含み得る。第１のチャンバー１６５６は、第２のチャンバー１６５８より大きな容量を有し得、したがって、第２のチャンバー１６５８より多量の液体１６７０を保有するように構成され得る。チャンバーが所望の量の液体１６７０で満たされた後、ピペッターにより穿孔可能なもろいカバー１６６４がリザーバー１６６２の上面１６６１に取り付けられて、チャンバー１６５６および１６５８を密封する。カバー１６６４は、任意の適切な方法（接着剤、熱溶接、超音波溶接など）によって、リザーバー１６６２に取り付けられ得る。図１０Ａに図示するように、次いで、ふた１６５２が、カバー１６６４の上にリザーバー１６６２に取り付けられ、セプタム１６５４がふた１６５２の開口部を覆う。図１０Ａ〜１０Ｃに見られるように、ふた１６５２は、ふた１６５２をリザーバー１６６２に固定するための、リザーバー１６６２の対応する特徴に係合する特徴を含む。これらの特徴には、ふた１６５２（またはリザーバー１６６２）の対応する切欠きまたは凹部１６４９に係合するリザーバー１６６２（またはふた１６５２）のリップまたは突起１６５９が含まれ得る。ふた１６５２がリザーバー１６６２に取り付けられる際、セプタム１６５４は、リザーバー１６６２の第２のチャンバー１６５８の上に配置される。したがって、第２のチャンバー１６５８は、ロボットピペッター４１０の吸引プローブ４１５または吸引プローブ４１５の取り付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４などの流体移送装置を受容するための「アクセスチャンバー」である。使用される間、ピペッター（すなわち、吸引プローブ４１５またはピペットチップ５８４）は、セプタム１６５４を通して第２のチャンバー１６５８（またはアクセスチャンバー）に入り（第２のチャンバー１６５８の上のもろいカバー１６６４を貫通した後）、リザーバー１６６２から液体１６７０（例えば、吸引液１６７０）を抽出する。いくつかの実施形態では、セプタム１６５４は、ピペッターがセプタム１６５４を通して第２のチャンバー１６５８に入ることを可能にする構造を含み得る。いくつかの実施形態では、セプタム１６５４は、屈曲し、ピペッター４１０の吸引プローブ４１５または（取り付け端４２５に固定された）ピペットチップ５８４が通過するのを可能にするフレキシブルフラップを形成する星形のスリットを含み得る。これらのスリットは、予め形成され得る（例えば、事前に切られたフラップ）かまたはピペッター４１０の吸引プローブ４１５（またはピペットチップ５８４）がセプタム１６５４に提供されたミシン目を入れたパターンを突き通った後に形成され得る。ピペッターが（液体１６７０を吸引した後にリザーバー１６６２の）第２のチャンバー１６５８から引き出される際、セプタム１６５４のフラップは、もろいカバー１６６４の（吸引プローブ４１５またはピペットチップ５８４によって形成された）開口部を覆い、リザーバー１６６２からの液体１６７０の蒸発を低減する。第２のチャンバー１６５８における液体の表面積は、第１のチャンバー１６５６におけるそれよりも小さいため、第２のチャンバー１６５８から液体１６７０を抽出することは、（第１のチャンバー１６５６とは対照的に）蒸発によるリザーバー１６６２からの液体喪失を低減するのにさらに役立つ。液体１６７０が第２のチャンバー１６５８から抽出される度に、第１のチャンバー１６５６からの液体が導管１６７２を通って第２のチャンバー１６５８に入って、両方のチャンバー内の液体レベルを等しくする。
米国特許出願番号第１５／９２６，６３３号は、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０の実施形態を記載している。既に説明したように、いくつかの実施形態では、試薬コンテナ１５２０および油コンテナ１８２０は、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０の構造と同様の構造を有し得る。試薬コンテナ１５２０を参照して記載されたものと同様の様式で、液体１６７０がＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０から抽出される際に、ピペッター４１０は、容量性流体レベル検出によってコンテナ１６２０内の流体レベルを検出し得る。容量性流体レベル検出の間、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０内の液体１６７０の底面の近くに配置された、第２の試薬コンテナキャリア１６００の金属被覆された部分（システムアースに接続されている）は、液体レベル測定の精度および感度を改善する。
【０１６５】
ＬＤＴ溶媒コンテナ
いくつかの実施形態では、システム１０００において使用されるＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、上記のＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０と異なる形状を有し得る。図１１Ａおよび１１Ｂは、システム１０００において使用され得る例示的なＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０を示す。図１１Ａはコンテナ１９２０の斜視図を示し、図１１Ｂは第２の試薬コンテナキャリア１６００内に配置されるコンテナ１９２０の図式的横断面図を示す。下記の説明において、図１１Ａおよび１１Ｂの両方の参照がなされる。ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、それぞれ液体を収容する容器１９４０（例えば、再構成液を収容する管またはバイアル）を中で支持するように構成されている複数の凹部１９３０（例えば、本体の中実部分で形成された空洞）を有する本体１９５０を含む。例えば、いくつかの実施形態では、４つのほぼ円筒形の凹部１９３０は、本体１９５０に長方形の配置で（例えば、２×２のグリッドで）配置され得る。しかしながら、一般にＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、４つより多いかまたはそれ未満の凹部１９３０を示し得、凹部１９３０は、任意の形状（例えば、円錐、円錐台形、長方形など）を有し得、任意の適切な配置（例えば、環状、直鎖状など）に配置され得る。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、コンテナ１９２０の各凹部１９３０は、同様の大きさを示す容器１９４０を中に受容するようにサイズ設定され得る。いくつかの実施形態では、凹部１９３０の一部またはすべては、異なる寸法を有して、対応するサイズに設定された容器１９４０をその中に受容し得る。
【０１６６】
再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂなどを収容している容器１９４０は、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０の各凹部１９３０に配置される。一般に、コンテナ１９２０の異なる容器１９４０は、同一再構成液または異なる再構成液を収容し得る（すなわち、同一のアッセイまたは異なるアッセイのために使用される再構成液）。例えば、いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａは、１種類の増幅オリゴマーおよび／またはプローブを含む試薬であり得、再構成液１９７０Ｂは、異なる種類の増幅オリゴマーおよび／またはプローブを含む試薬であり得る。いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂ中の増幅オリゴマーおよびプローブの各セットは、異なる分析物を検出するように設計され得、分析物は、異なる核酸または同一の核酸の異なる領域であり得る。いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂのうちの１つ以上は、少なくとも１つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも１つのリバース増幅オリゴマーを含み得る。いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂのうちの１つ以上は、検出可能な標識（または信号を出す部分）を有するか、または標的核酸にハイブリダイズした場合にＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎなどの挿入色素を使用して検出され得るプローブを含み得る。コンテナ１９２０の本体１９５０は、各凹部１９３０を特定するための１つ以上の指標１９１４（例えば、固有の指標）を含み得る。指標１９１４には、図１１Ａに示すような英数字テキスト、記号、色、または凹部１９３０に支持された液体を区別する際に役立つ任意の他の適切な指標が含まれ得る。例えば、指標１９１４は、容器１９４０に含有された再構成液に含まれる再構成液の種類（例えば、増幅オリゴマー、プローブなど）を特定し得る。指標１９１４は、本体１９５０に（例えば、各凹部１９３０に近接して）固定された標識であり得るかまたは本体１９５０と一体に形成されたマークであり得る。いくつかの実施形態では、本体１９５０は、１つ以上のユーザにより提供される指標１９１８を受容するのに適した表面も含み得る。指標１９１８は、例えば、凹部１９３０に受容される容器１９４０中の液体を使用して実行されるプロセス（例えば、アッセイ）を記載しうる。ユーザにより提供される指標１９１８には、英数字テキスト、記号、色、または凹部１９３０における液体との既知の関連性を有する任意の他の指標（例えば、液体、液体を使用して実施される特定のプロセスなどを示す）が含まれ得る。いくつかの実施形態では、ユーザにより提供される指標１９１８は、試験の標的分析物を特定し得る。例えば、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍからに由来する核酸を増幅および検出するための溶媒は、ユーザにより提供される指標１９１８において「Ｍ．ｇｅｎ．」と特定され得る。いくつかの実施形態では、指標１９１８は、凹部１９３０内の液体を使用して実施される試験の名称を含み得る。いくつかの実施形態では、ユーザにより提供される指標１９１８は、ユーザにより適用されたマーク（例えば、筆記用具により）またはユーザにより固定されたラベル（例えば、ステッカー）であり得る。
【０１６７】
溶媒コンテナ１９２０は、それに取り付けられたＲＦＩＤトランスポンダ１９３２も含み得る。ＲＦＩＤトランスポンダ１９３２は、溶媒コンテナ１９２０の導電性の部分に取り付けられ得るかまたはそれがコンテナ１９２０の導電性の部分から分離されるように配置され得る。ＲＦＩＤトランスポンダ１９３２は、コンテナ１９２０に関連した情報（例えば、各容器１９４０を特定する容器識別子、コンテナ１９２０を特定するホルダ識別子、容器１９４０に収容される液体を使用して実施されるプロセスを特定するプロセス識別子など）をワイヤレスでシステム１０００のＲＦＩＤリーダ１９３４に送信するように構成され得る。図１１Ｂは、第２の試薬コンテナキャリア１６００に取り付けられているものＲＦＩＤリーダ１９３４を示すが、これは単に例示である。一般に、ＲＦＩＤリーダ１９３４は、それがＲＦＩＤトランスポンダ１９３２によって送信された情報を受信するように、システム１０００の任意の部分に取り付けられ得る。任意のタイプのＲＦＩＤトランスポンダ１９３２およびリーダ１９３４が、システム１０００において使用され得る。適切なＲＦＩＤトランスポンダ１９３２およびリーダ１９３４は、当技術分野において公知であるため、それらは本明細書において詳述しない。２０１７年７月１０日に出願され、「Ｒｅｃｅｐｔａｃｌｅ  Ｈｏｌｄｅｒｓ，Ｓｙｓｔｅｍｓ，ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｃａｐａｃｉｔｉｖｅ  Ｆｌｕｉｄ  Ｌｅｖｅｌ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ」というタイトルの米国仮出願番号第６２／５３０，７４３号は、システム１０００において使用され得る例示的な溶媒コンテナ１９２０を記載している。
【０１６８】
上記の説明において、２つの種類の溶媒コンテナ（すなわち、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０およびＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０）が、記載されている。いくつかの実施形態では、これらのコンテナ１６２０および１９２０の両方が、第２の試薬コンテナキャリア１６００のポケット１６１０に配置されるようにサイズ設定され得る（図６Ａ〜６Ｃを参照のこと）。任意の種類の溶媒コンテナ（例えば、コンテナ１６２０または１９２０）が、システム１０００において使用され得る。典型的には、ＩＶＤアッセイについて、適切な再構成緩衝液は、密閉された（例えば、ヒートシールされた）ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０で入手され得る（例えば、商業的に入手される）。したがって、システム１０００がＩＶＤアッセイを実施するために使用される場合、再構成緩衝液を含む密閉されたＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０が調達され、第２の試薬コンテナキャリア１６００にロードされ、核酸増幅アッセイにおいて使用され得る。アッセイの間、再構成緩衝液は、増幅のための試薬（例えば、乾燥試薬）を再構成するために使用され得る。典型的には、ＩＶＤアッセイで使用される乾燥試薬は、増幅反応に必要な構成成分を含む（例えば、増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼなど）、したがって、密閉されたＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０中に提供される再構成緩衝液は、これらの構成成分を含んでいなくてもよい。対照的に、顧客または他の第三者によって開発または評価されるアッセイ（すなわち、ＬＤＴ）については、増幅反応に必要な構成成分の少なくとも一部（例えば、増幅オリゴマー、プローブなどの一部またはすべて）は、典型的に顧客または第三者によって設計、開発、および検証される。したがって、これらの構成成分は、かかるＬＤＴに使用される試薬（例えば、乾燥試薬）に含まれない。代わりに、顧客または他の第三者は、増幅オリゴマー、プローブなどのうちの１つ以上を含む再構成液（例えば、１９７０Ａ、１９７０Ｂなど）を調製し、それらをＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０の容器１９４０に提供し得る。例えば、再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂは、異なる核酸または同一の核酸の異なる領域を標的とする異なる増幅オリゴマーおよびプローブを含有し得る。さらに、増幅オリゴマー（および／またはプローブ）を含む再構成液は、任意の増幅オリゴマーおよび／またはプローブを含まない乾燥増幅試薬を再構成するために使用され得る。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、単一種類の溶媒コンテナ（例えば、コンテナ１６２０または１９２０）のみが、分析の間、システム１０００において使用され得る。例えば、すべての試料が１つ以上のＩＶＤアッセイを使用してシステム１０００によって分析される場合、システム１０００は、中に再構成緩衝液を有するＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０のみを使用し得る。同様に、すべての試料が１つ以上のＬＤＴを使用してシステム１０００によって分析されることが計画される場合、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０のみが使用され得る。いくつかの実施形態では、システム１０００は、ユーザが溶媒コンテナ（および／または試料）を交換またはリロードすることなく同一のまたは異なる試料に対するＩＶＤアッセイおよびＬＤＴを実施するのを可能にするオープンチャネルシステムであり得る。かかる実施形態では、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０およびＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、システム１０００において同時に使用され得る。例えば、解析を実行する間、１つ以上の試料がＩＶＤアッセイを使用して解析され、１つ以上の試料がＬＤＴを使用して解析される場合、ＬＶＤおよびＬＤＴ溶媒コンテナ１６２０および１９２０は、システム１０００にロードされ得る。このような場合、図６Ａ〜６Ｃに図示するように、再構成緩衝液（例えば、増幅オリゴマー、プローブなどの構成成分を含まない）を有する１つ以上のＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０および再構成溶液または溶媒（例えば、増幅オリゴマー、プローブなどの構成成分を含む）を有する１つ以上のＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、両方ともシステム１０００の試薬コンテナコンパートメント５００に提供された第２の試薬コンテナキャリア１６００にロードされ得る。次いで、ＩＶＤアッセイは、ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０中の再構成緩衝液を使用して実施され得、ＬＤＴは、ＬＤＴ溶媒コンテナ（複数可）１９２０中の再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂのうちの１つ以上（特定のアッセイに必要とされる場合）を使用して実施され得る。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴは、交互的な様式またはランダムアクセス様式で、システム１０００によって実施され得る。すなわち、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴは、ＩＶＤアッセイとＬＤＴの間に試薬または消耗品を交換するためにシステム１０００を一時停止する必要なしに、システム１０００によって交互に実施され得る。例えば、ＩＶＤアッセイ（例えば、１つ以上の試料を用いて開始される１つ以上のＩＶＤアッセイ）が最初に開始され得、ＬＤＴ（例えば、同一のまたは異なる試料のうちの１つ以上を用いて開始される１つ以上のＬＤＴ）が続き、次いで、異なるアッセイの間に再構成液、試薬、および／または他の消耗品を取り換え、ロード、または補充することなく、ＩＶＤアッセイが続き得るなどである。ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴは異なる時点で開始され得るが、これらの２つのアッセイタイプはシステム１０００によって同時に実施され得る（すなわち、一方のアッセイタイプによる試料に対する処理が完了する前に、他方のアッセイタイプによる試料の処理が開始される）。任意の数のＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０およびＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０が、第２の試薬コンテナキャリア１６００にロードされ得る（例えば、必要性に基づいて）。例えば、実行中、より多くの再構成緩衝液１６５６（例えば、ＩＶＤアッセイで使用される）が再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂよりも必要とされると予想される場合、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０より多数のＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０が、システム１０００に提供され得る（または逆もまた同様）。必要とされる各タイプの溶媒コンテナ１６２０、１９２０の数は、異なるコンテナ１６２０、１９２０の容積容量によっても決まる。
【０１７０】
既に説明したように、システム１０００は、交互的な様式でＩＶＤアッセイおよびＬＤＴを実施することができる。システム１０００によって実施されるＩＶＤアッセイおよびＬＤＴが両方ともＰＣＲ増幅反応を組み込まれる実施形態では、両方のアッセイ（すなわち、ＩＶＤおよびＬＤＴ）について、増幅反応は、第２のモジュール４００で起こる（例えば、サーマルサイクラー４３２において）。しかしながら、一方のアッセイ（例えば、ＩＶＤアッセイ）がＰＣＲ条件下に置かれず、もう一方のアッセイ（例えば、ＬＤＴ）がＰＣＲ条件下に置かれる実施形態では、ＩＶＤアッセイの増幅は第１のモジュール１００で（例えば、増幅インキュベーター１１４において）起こり、ＬＤＴの増幅は第２のモジュール４００で（例えば、サーマルサイクラー４３２において）起こる。第１のモジュール１００が増幅に使用される場合、試薬パック７６０中の試薬７６８（図１３Ａ〜１３Ｄを参照して後述する）は使用されなくてもよい。代わりに、第１のモジュール１００内に貯蔵された液体試薬が、使用され得る。
【０１７１】
図１１Ａおよび１１Ｂに関して、使用される間、再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂなどを収容する容器１９４０は、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０のそれぞれの凹部１９３０に配置され、コンテナ１９２０は、試薬コンテナコンパートメント５００に配置された第２の試薬コンテナキャリア１６００のポケット１６１０に挿入される（図６Ａ〜６Ｃを参照のこと）。いくつかの実施形態では、コンテナ１９２０のすべての４つの凹部１９３０は、再構成液を収容している容器１９４０がロードされ得るが、他の実施形態では、コンテナ１９２０のすべてより少ない凹部１９３０が容器を含み得る。既に説明したように、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０の容器１９４０中の再構成液（例えば、液体１９７０Ａ、１９７０Ｂ）は、同一の液体または異なる液体であり得る。第２の試薬コンテナキャリア１６００に所望の数および種類のコンテナ（例えば、コンテナ１６２０、１８２０および１９２０）をロードした後、ユーザはコンパートメント５００を閉じる。ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０がコンテナキャリア１６００のポケット１６１０内に設置されている場合、コンテナ１９２０のＲＦＩＤトランスポンダ１９３２（図１１Ａおよび１１Ｂを参照のこと）はＲＦＩＤリーダ１９３４の動作視野内に配置される。この位置にある間、ＲＦＩＤリーダ１９３４は、コントローラ（例えば、図３３のコントローラ５０００）にコンテナ１９２０についての情報を送信する。この情報には、数ある情報のうち、以下のうちの１つ以上が含まれ得る：（１）コンテナ１９２０内に支持された各容器１９４０を特定する容器識別子；（２）コンテナ１９２０を特定するホルダ識別子；（３）コンテナ１９２０の容器１９４０中の再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂなどを使用して実施されるプロセス（例えば、アッセイ）を特定するプロセス識別子。さらに、ＲＦＩＤリーダ１９３４は、第２の試薬コンテナキャリア１６００のポケット１６１０内のコンテナ１９２０の存在を判定し得る。例えば、ＲＦＩＤリーダ１９３４が、通常、ＲＦＩＤトランスポンダ１９３２によって送信されるいずれの送信された情報も受信しない場合、これは、ポケット１６１０内に存在するＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０がないことを示し得る。
【０１７２】
ＲＦＩＤリーダ１９３４から受信された情報に基づいて、コントローラは、受信された情報の（例えば、システム１０００に保存された）特定のプロセスとの既知の関連に基づいて、コンテナ１９２０の容器１９４０で収容された再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂを使用して実施されるプロセスを決定し得る。例えば、受信された情報は、ユーザ定義のパラメータがシステム１０００にとって既知である（例えば、以前にシステム１０００の記憶装置に保存されたパラメータ）、あるタイプのＬＤＴが、コンテナ１９２０中の液体を使用して実行されるべきであることを示し得る。場合によっては、ＲＦＩＤリーダ１９３４から受信される情報は、システム１０００にとって既知のプロセスとの既知の関連性を有さない。例えば、ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０中の再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂは、以前にシステム１０００に実施（または保存）されなかった１つ以上のアッセイを実施することを目的とする。いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂを使用して実施されるべきプロトコルとの既知の関連性がある場合、システム１０００は、システム１０００に保存されたプロトコルに基づいてさらなるユーザ入力なしで、これらの液体を使用して関連するプロトコルを実施することによって１つ以上の試料を処理する。しかし、既知の関連がない場合、ユーザからの追加のユーザ入力が必要とされ得る。一部のかかる実施形態では、システム１０００（例えば、図３３のコントローラ５０００）は、例えば、システム１０００（図１Ａを参照のこと）のディスプレイ装置５０またはシステム１０００に関連する別のディスプレイ（例えば、以下に述べるＬＤＴプロトコルを開発するためのソフトウェアツールを実行するリモートコンピュータ）に表示されるグラフィカルユーザインタフェース（ＧＵＩ）を使用して、ユーザに情報の入力を要求して、保存され、後にＬＤＴ再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂと関連付けられ得るアッセイプロトコルの１つ以上のパラメータを定義し得る。この文脈において、第１および第２のコンピュータが独立した論理および計算機能ならびに独立したデータ入力および出力構成要素を有する別個のコンピュータである場合、第１のコンピュータは第２のコンピュータ（および場合によっては１つ以上の追加のコンピュータ）から「離れている」。第１のコンピュータおよび離れている第２のコンピュータは、互いに有線または無線などで通信している場合もしていない場合もあり、また互いにネットワーク接続されている場合もされていない場合もある。
【０１７３】
システム１０００にＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０をロードするために、第２のモジュール４００の試薬コンテナコンパートメント５００が最初に開かれる。いくつかの実施形態では、コンパートメント５００は、ディスプレイ５０上のアイコンを選択する（例えば、アイコンを押下する）ことによって開かれ得る。ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、第２の試薬コンテナキャリア１６００のポケット１６１０のいずれか１つ（例えば、図６Ｄの「Ｒｅｃｏｎ  ４」とラベル付けされたポケット）に配置される。パックローディング画面またはＧＵＩ２１００は、ディスプレイ装置５０に表示される。図１２Ａは、ディスプレイ装置に表示される例示的なパックローディングＧＵＩ２１００を示す。ＧＵＩ２１００は、コンテナキャリア１６００の各再構成コンテナポケットを表す／に対応する領域２１０２Ａ〜２１０２Ｄ（例えば、図６Ｄの「Ｒｅｃｏｎ  １」、「Ｒｅｃｏｎ  ２」、「Ｒｅｃｏｎ  ３」および「Ｒｅｃｏｎ  ４」）を含む。システム１０００のコントローラ５０００（以下に述べられる）は、例えば、ＲＦＩＤリーダ１９３４および／またはコンテナ１９２０の存否を示す他のセンサからの信号に基づいて、コンテナキャリア１６００のポケット１６１０内のコンテナ１９２０の有無を示すために、領域２１０２Ａ〜２１０２Ｄの特徴を変更するように構成されている。
【０１７４】
ＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０がコンテナキャリア１６００の「Ｒｅｃｏｎ  １」位置にロードされる場合、図１２Ａにて図示するように、領域２１０２Ａの外観が変化して、この位置におけるコンテナ１９２０の存在を示す。ＧＵＩ２１００のウィンドウ２１１０も変化して、４つの領域２１０６Ａ〜２１０６Ｄに対応する。各領域２１０６Ａ〜２１０６Ｄは、コンテナ１９２０の４つの凹部１９３０のうちの１つに対応する（図１２ＡのマークされたＡ〜Ｄ）。容器１９４０がコンテナ１９２０の凹部１９３０（例えば、凹部Ａ）に存在する場合、ユーザは、領域２１０６Ａのボックス２１０８Ａを選択して（例えば、ボックス２１０８Ａをクリックする）、容器１９４０が凹部Ａに「ロードされている」ことを示し得る。次いで、領域２１０６Ａ内の「セット」ボタンが、メニューからＬＤＴプロトコルを選択するためにクリックされる。「セット」のクリックは、システム１０００に保存された利用可能なＬＤＴプロトコルのメニュー（例えば、ドロップダウンメニュー）をユーザに示し得る。凹部Ａの容器１９４０中の再構成液をＬＤＴプロトコルと関連付けるために、ユーザは、次に、凹部Ａの容器１９４０中の再構成液を使用して実施されるべき所望のアッセイを提示されたメニューから選択し得る。続いて、ＧＵＩ２１００は、サブエリア２１１２Ａ内に選択されたアッセイを表示し得る。例えば、ユーザは「ＬＤＴ−ＣＭＶ」を選択し、次いで、これはサブエリア２１１２Ａ内に示される。またサブエリア２１１２Ａは、選択されたアッセイがアンロックされたアッセイであるかまたはロックされたアッセイであるかを示す。サブエリア２１１４Ａは、選択されたアッセイが凹部Ａの容器１９４０に収容された液体を使用して実施され得る最大回数を示す。いくつかの実施形態では、デフォルト値（例えば、４０）は、サブエリア２１１４Ａ内に示され得、これは、必要に応じてユーザによって変更され得る。以上で凹部Ａの再構成液のＬＤＴへの割り当てまたは関連付けは完了する。
【０１７５】
別の容器１９４０がコンテナ１９２０の別の凹部（例えば、凹部Ｂ〜Ｄのうちの１つ）に存在する場合、上記のステップが、ウィンドウ２１１０の対応する領域２１０６Ｂ〜２１０６Ｄについて遂行される。領域２１０２Ａの指標２１０４Ａ〜２１０４Ｄは、すべての容器がいつ割り当てられたまたは関連付けられたかを示す。凹部Ａ〜Ｄについての情報が対応する領域２１０６Ａ〜２１０６Ｄに入力された後、領域２１０２Ａ内の対応する指標２１０４Ａ〜２１０４Ｄは色を変化させ、割り当ての状態を示す。例えば、凹部Ａ〜Ｄに容器１９４０がロードされ、対応する領域２１０６Ａ〜２１０６Ｄ内にすべての情報が入力された場合、対応する指標２１０４Ａ〜２１０４Ｄは緑色の光を示し、容器１９４０はロードされたが必要とされる情報入力されていなかった場合、指標は赤色の光を示す。凹部Ａ〜Ｄに容器１９４０がロードされなかった場合、対応する指標２１０４Ａ〜２１０４Ｄは黒色を呈する。
【０１７６】
一旦コンテナ１９２０のすべての容器１９４０にＬＤＴが割り当てられるまたは関連付けられると、ユーザはＧＵＩ  ２１００上の「保存」を選択して、試薬コンテナコンパートメント５００を閉じる。すべての所望のコンテナ（油コンテナ１８２０、再構成液コンテナ１６２０、１９２０、および試薬コンテナ１５２０）がバルク試薬コンテナコンパートメント５００にロードされた後、ディスプレイ装置５０は、汎用液体格納部ＧＵＩ２２００を表示する。図１２Ｂは、例示的な汎用液体格納部ＧＵＩ２２００を示す。図１２Ｂに図示するように、ＧＵＩ２２００は、すべての容器の状態（例えば、ロードされているかまたはロードされていないか）、コンテナの種類、および試薬コンテナコンパートメント５００内の各コンテナに関連する他の情報（数または残りの試験、有効期限など）を表示する。
【０１７７】
ＧＵＩ２１００（図１２Ａ）を使用して受信されたユーザ入力を使用して、システム１０００のコントローラは、コンテナ１９２０内の再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂをユーザにより選択されたアッセイに関連付け得、これらのアッセイのうちの１つが試料に対して実施される予定である場合、システム１０００は、アッセイを実施するために対応する再構成液を使用する。アッセイのうちの１つのステップが実施される予定の場合、ロボットピペッター４１０は、移動して必要な再構成液（例えば、液体１９７０Ａ、１９７０Ｂなど）を含む（コンテナ１９２０の）容器１９４０に位置を合わせ得、ピペッター４１０の吸引プローブ４１５または取り付け端４２５のピペットチップ５８４は、容器１９４０に入り、容器１９４０から液体の一部を吸引し得る。容器１９４０中の液体１９７０Ａおよび１９７０Ｂのレベルは、吸引の間に容量性レベル検出を使用して（以前に記載されたものと同様の方法で）ピペッター４１０によって決定され得る。容量性レベル検出を可能にするために、溶媒コンテナ１９２０の本体１９５０は、（例えば、第２の試薬コンテナキャリア１６００の底面を介して）システム１０００の接地面に接続されている導電性の領域１９５２を含み得る。いくつかの実施形態では、容器１９４０は、覆いがなくてもよく（すなわち、もろいカバーまたはふたによって覆われていない）、吸引プローブ４１５または（ピペッター４１０の取り付け端４２５に固定された）ピペッターチップ５８４は、カバーを貫通する必要なしに容器に入って、液体を抽出し得る。しかしながら、いくつかの実施形態では、容器１９４０は、ピペッターにより貫通可能なカバーおよび／またはふたによって覆われ得、吸引プローブ４１５またはピペッター４１０の取り付け端４２５に固定されたピペッターチップ５８４は、カバーを突き通ることによって容器１９４０に入り得ることも意図される。
【０１７８】
上記の説明において、ＩＶＤおよびＬＤＴ溶媒コンテナ１６２０および１９２０は、システム１０００の同一の支持体によって保持されていると記載されている。すなわち、ＩＶＤアッセイのための再構成緩衝液を有するＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０、およびＬＤＴのための再構成液１９７０Ａおよび１９７０Ｂを有するＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、両方とも第２のモジュール４００の試薬コンテナコンパートメント５００内に位置する単一の第２の試薬コンテナキャリア１６００に支持される。しかしながら、これは必要条件ではない。いくつかの実施形態では、溶媒コンテナ１６２０は１つの試薬コンテナキャリアに提供され得、溶媒コンテナ１９２０は別の試薬コンテナキャリアに提供され得る。これらの２つのコンテナキャリアは、第２の試薬コンテナキャリア１６００と同一の（または異なる）形状を有し得る。ＩＶＤおよびＬＤＴ溶媒を異なるコンテナキャリアに配置することは、システム１０００がより大きな数（および／またはより大きい容量）の溶媒ならびに／または異なる形状および／もしくはサイズの溶媒コンテナを支持することを可能にし得る。一部の実施形態では、複数の（例えば、４つ）ＩＶＤ溶媒コンテナ１６２０（ＩＶＤアッセイのための再構成緩衝液を有する）を支持している第２の試薬コンテナキャリア１６００は、第２のモジュール４００の試薬コンテナコンパートメント５００に提供され得、１つ以上のＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０（ＬＤＴのための再構成液を有する）は、モジュール４００の異なる試薬コンテナコンパートメントに提供され得る（いくつかの実施形態では、異なるコンテナキャリア内で支持される）。ＩＶＤおよびＬＤＴ溶媒を異なる試薬コンパートメントに提供することは、溶液が異なる周囲条件（例えば、温度、湿度など）に維持されることも可能にし得る。例えば、いくつかの実施形態では、ＬＤＴのための溶媒を有するＬＤＴ溶媒コンテナ１９２０は、第２のモジュール４００の冷却された（または加熱した）試薬コンパートメントに提供され得、一方でＩＶＤアッセイのための再構成緩衝液を有するコンテナ１６２０は、周囲温度（または異なる温度）に維持され得、または逆もまた同様である。
【０１７９】
試薬パック
必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、増幅試薬および他の試薬は、試薬パックの第２のモジュール４００に提供され得る。以下でより詳細に記載されるように、試薬パックは、試薬が提供されるウェルを有するカートリッジを含み得る。図１３Ａ〜１３Ｄは、システム１０００において使用され得る例示的な試薬パック７６０の異なる図を示す。図１３Ａおよび１３Ｂは例示的な試薬パック７６０の平面図および底面図を示す、図１３Ｃおよび１３Ｄは例示的な試薬パック７６０の断面図を示して、そのウェル７６２の内容物を示す。下記の説明において、図１３Ａ〜１３Ｄの参照がなされる。試薬パック７６０は、複数の混合ウェル７６２を含み得、これらの各々は試薬７６８を収容する。いくつかの実施形態では、試薬７６８は、単位用量試薬である。一般に、試薬７６８が任意の状態（固形、液体など）であり得るが、いくつかの実施形態では、試薬７６８は、非液体試薬であり得る。いくつかの好ましい実施形態では、試薬７６８は、固形または乾燥試薬（例えば、凍結乾燥物）であり得る。いくつかの実施形態では、試薬パック７６０は、それぞれが乾燥させた単位用量試薬７６８（図１３Ｃを参照のこと）を収容する１２個のホイルで覆われた混合ウェル７６２を含む。試薬パック７６０に提供され得る例示的な単位用量試薬は、国際公開第２０１７／１３６７８２号に記載されている。試薬パック７６０は、パックの内容物（例えば、試薬７６８の種類など）を特定するバーコード（または他の機械可読な指標）を含み得る。各混合ウェル７６２中の単位用量試薬７６８は、ＩＶＤアッセイまたはＬＤＴに対応する増幅反応を実施するように構成され得る。典型的には、ＩＶＤアッセイのために構成された試薬７６８はアッセイ特異的試薬であるが、ＬＤＴのために構成された試薬７６８はアッセイ特異的ではなく、他の可能な構成成分の中でも、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、および塩化マグネシウムを含み得る。いくつかの実施形態では、各試薬７６８は、試薬７６８および／または混合ウェル７６２に付与された静電荷を用いて、関連付けられた混合ウェル７６２の底に保持される。いくつかの実施形態では、各試薬７６８は、混合ウェル７６２に存在する１つ以上の物理的特徴、例えば、米国特許第９，１６２，２２８号に記載のものを用いて、関連付けられた混合ウェル７６２の底またはその近くに維持される。
いくつかの実施形態では、混合ウェル７６２は、試薬パック７６０の上部に接着された穿孔可能なホイル７６６によって覆われる。使用される間、既に記載されている溶媒（例えば、容器１６２０、１９２０などからの）を保有する吸引プローブ４１５またはピペッター４１０の取付け端４２５に固定されたピペットチップ５８４（図１４Ｂ〜１４Ｃを参照のこと）は、試薬７６８を再構成し、液体試薬７６９（図１３Ｄを参照のこと）を形成するために、ホイル７６６を突き通し、混合ウェル７６２に溶媒を分配し得る。再構成は、固形（例えば、乾燥または凍結乾燥された）試薬７６８を液体状態に戻す行為を指す。次いで、ピペッター４１０は、混合ウェル７６２から再構成された液体試薬７６９を吸引し得る。既に説明したように、ＩＶＤアッセイのために構成された試薬７６８は、構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブを含んでいてもよいが、ＬＤＴのために構成された試薬７６８は、かかる構成成分を含んでいなくてもよい（ＬＤＴに使用される溶媒がこれらの構成成分を含み得るため）。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイのための試薬７６８および／またはＬＤＴのための試薬７６８は、ポリメラーゼおよびヌクレオシド三リン酸のうちの１つ以上を含み得る。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイのための試薬７６８は、少なくとも１つのフォワード増幅オリゴマーおよび少なくとも１つのリバース増幅オリゴマーを含み得る。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイに使用される試薬７６８は、リアルタイム増幅反応を実施するためのプローブを含み得る。リアルタイム増幅反応のための例示的なプローブは、「Ｈｏｌｌａｎｄ，Ｐ．Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．，「Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｄｕｃｔ  ｂｙ  ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ  ｔｈｅ  ５’−−−−３’ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｈｅｒｍｕｓ  ａｑｕａｔｉｃｕｓ  ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒｓｅ」，ＰＮＡＳ，８８（１６）：７２７６−７２８０（１９９１）」に記載されている。リアルタイム増幅反応を実施するための他の例示的なプローブは、米国特許第６，３６１，９４５号および５，９２５，５１７号に開示されている。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイのための試薬７６８およびＬＤＴのための試薬７６８は、異なる試薬パック７６０に提供され得る。しかし、これは必要条件ではなく、いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイのための試薬７６８およびＬＤＴのための試薬７６８は、同一の試薬パック７６０の異なるウェル７６２に提供され得る。
【０１８０】
図１３Ａ〜１３Ｄに図示された実施形態では、試薬パック７６０は、１２個の混合ウェル７６２を２×６のパターンで含む。しかし、いくつかの実施形態では、試薬パック７６０は、１２個より多いかまたはそれ未満の混合ウェルを任意の適切なパターン（線状パターン、正方格子、円形パターンなど）で含み得る。単一の試薬パック７６０の各混合ウェル７６２は、同一の試薬を保持し得るか、もしくは各ウェル７６２は、異なる試薬を保持し得るか、または一部のウェル７６２は同一の試薬を保持し得、一部は異なる試薬を保持し得る。いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイを実行するために使用される単位用量試薬７６８は、特定のアッセイに従って核酸増幅反応を実施するのに必要とされる成分を含む。これらの成分には、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、または任意の他の適切な成分が含まれ得る。かかる試薬は、１つの標的核酸または複数の異なる標的核酸に特異的であり得る。ＬＤＴのために構成された単位用量試薬７６８は、上記した成分のうちの一部またはすべてを含んでいなくてもよい。代わりに、いくつかの実施形態では、これらの欠けている成分は、その試薬７６８を再構成するために使用される再構成液に含まれ得る。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、試薬パック７６０は、容器分配システム２００の対応する構造（例えば、後述する容器分配器３１２に対応して成形されたフック）によって係合可能なように構成された（例えば、フックの形状の）操作構造７６４をさらに含む。試薬パック７６０は、第２のモジュール４００のコンパートメント７０２内に貯蔵されるように、かついくつかの実施形態では、分配器３１２によって第２のモジュール４００内で移動され、試薬パック入替え装置７００（図５Ｄを参照のこと）に挿入およびそれから取り外されるように構成され得る。試薬パック７６０は、試薬パックキャリア内で試薬パックを整列配置するように構成された構造７７０を含み得る。システム１０００において使用され得る例示的な試薬パックは、米国特許第９，１６２，２２８号に表現されている。乾燥（例えば、凍結乾燥）試薬が上記されているが、これは必要条件でないことに留意されたい。すなわち、一般に当業者によって認識されるように、試薬は他の形態（例えば、ゲルなど）で提供され得る。
【０１８２】
流体移送およびハンドリングシステム
第２のモジュール４００は、流体移送およびハンドリングシステムを含み、これはロボットピペッター４１０（図１Ｂを参照のこと）を含む。図１４Ａは、第２のモジュール４００の例示的な流体移送およびハンドリングシステム４０２を示す。流体移送およびハンドリングシステム４０２は、第２のモジュール４００の異なる容器（コンテナ、ウェル、バイアルなど）間で液体を移送する（例えば、分配および／または吸引する）ように構成され得る。図１４Ａに図示するように、システム４０２は、ロボットピペッター４１０を含む正面アーム４０８およびバイアル移送アーム４１８を含む後面アーム４１６を含み得る。バイアル移送アーム４１８は、例えば、ピペット操作能力を有さないピックアンドプレイス機構であり得るか、または（例えば、ピペッター４１０に類似した）別のピペッターであり得る。図示された実施形態では、流体移送およびハンドリングシステム４０２は、直交方向（例えば、横方向、縦方向など）に配向された複数のトラック４０４、４０６、４１２、４２０を備えたガントリアセンブリを含む。ピペッター４１０およびバイアル移送アーム４１８は、トラック４０４、４０６、４１２、４２０に沿って前後方向および横方向にならびにこれらの構成要素と連動したモータを使用して垂直方向に駆動され得る。
【０１８３】
ピペッター４１０は、液体を吸引し、分配するように構成される。図１４Ａに見られるように、ピペッター４１０は、その下端に吸引プローブ４１５を含む。図７Ｃ、１０Ｃ、１１Ｂ、１３Ｃなどに関して上述したように、吸引プローブ４１５は、（場合によっては、ピペッターにより貫通可能なカバーを貫通することによって）容器に挿入され、容器から液体を吸引（および／または液体を放出）するために使用され得る。いくつかの実施形態では、吸引プローブ４１５の下端は、容器に挿入され得る取り付け端４２５を形成する。図１４Ｂおよび１４Ｃは、代表的実施形態におけるピペッター４１０の底部の拡大図を示す。下記の説明において、図１４Ａ〜１４Ｃの参照がなされる。いくつかの実施形態では、吸引プローブ４１５は容器に直接的に挿入され、そこから液体を吸引し得る（またはそこへ液体を放出する）。いくつかの実施形態では、相互汚染を低減するために、ピペッター４１０が容器から液体を吸引する（および／または液体を容器に放出する）ために使用される前に、ディスポーザブルピペットチップ５８４が、吸引プローブ４１５の取り付け端４２５に固定され得る。図１Ｂに図示するように、第２のモジュール４００は、ピペッター４１０によってアクセスされ得る、ディスポーザブルピペットチップ５８４のトレイ５８２（図５Ａを参照のこと）を有するチップコンパートメント５８０を含む。いくつかの実施形態では、ピペットチップ５８４は、摩擦嵌合によって吸引プローブ４１５の取り付け端４２５に固定され得る。すなわちいくつかの実施形態では、吸引プローブ４１５の円筒外面は、ピペットチップ５８４の内側円筒面に摩擦係合して、ピペットチップ５８４を吸引プローブ４１５上に保持し得る。以前に記述されているように、ピペッター４１０は、容量性液体レベル試験によって容器（例えば、コンテナ１６２０、１８２０、１９２０）内の液体レベルを検出するように構成され得る。ピペットチップ５８４は、ピペッター４１０による容量性液体レベル試験を可能にするために導電性材料（例えば、炭素ベース材料）製であり得る。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ピペッター４１０は、取り付け端４２５に取り付けられた（または固定された）ピペットチップ５８４がそこから分離されるのを可能にする排出機構を有し得る。図１４Ｂおよび１４Ｃに図示される実施形態では、排出機構は、吸引プローブ４１５の周囲にスライド可能に配置された中空スリーブ４１３およびリンクアセンブリによってスリーブ４１３に作動連結された取り付け部材４１１を含む。スリーブ４１３は、吸引プローブ４１５の取り付け端４２５がスリーブ４１３の下に露出されるように吸引プローブ４１５に取り付けられ得る。ピペットチップ５８４は、スリーブ４１３の下に露出された取り付け端４２５の部分で吸引プローブ４１５に固定され得る。図１４Ｂは、取り付けられたピペットチップ５８４を有するスリーブ４１３の図を示す。取り付け部材４１１は、これに回動可能に連結されたアクチュエータアーム４１４を含む。アクチュエータアーム４１４は、アクチュエータアーム４１４の自由端が取り付け部材４１１の方へ押し込まれる際、スリーブ４１３が吸引プローブ４１５上を下方へスライドし（図１４Ｃを参照のこと）、これにより、吸引プローブ４１５の取り付け端４２５からピペットチップ５８４を排出するようにリンクアセンブリによってスリーブ４１３に連結されている。すなわち、アクチュエータアーム４１４が作動する（取り付け部材４１１の方へ移動する）際に、スリーブ４１３は吸引プローブ４１５上を下にスライドし、吸引プローブ４１５からピペットチップ５８４を押す。使用される間、ピペットチップ５８４が液体を吸引および分配した後、それはピペッター４１０から分離（または排出）され、廃棄され得る。またピペッター４１０は、それに固定されたピペットチップ５８４ならびに液体を吸引および分配するためのポンプの存在（または非存在）を検出するように構成されたセンサを含み得る。
【０１８５】
またピペッター４１０の吸引プローブ４１５は、同様の様式で容器（例えば、キャップ／バイアルアセンブリ４８０）に係合するように構成され得る。例えば、吸引プローブ４１５の取り付け端４２５は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０（図１５Ａ、１５Ｂを参照のこと）の開いた頂端部４７８に係合してピペッター４１０をキャップ／バイアルアセンブリ４８０に連結し得る。一旦連結されると、ピペッター４１０は、連結されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０をモジュール４００のある位置から別の位置に移動させるために使用され得る。ピペッター４１０に連結されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０（すなわち、ピペッター４１０のプローブ４１５）は、上記に記載のものと同様の様式でピペッター４１０から分断、分離、または排出され得る。例えば、連結されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０をピペッター４１０から排出するために、アクチュエータアーム４１４が、取り付け部材４１１の方へ押し上げられ得る。アクチュエータアーム４１４を作動させることにより、スリーブ４１３に吸引プローブ４１５の下にスライドさせ、キャップ４７６の頂端部４７８を囲む縁を押させて、キャップ／バイアルアセンブリ４８０をピペッター４１０から分離させる。
【０１８６】
後述するように、バイアル移送アーム４１８は、バイアル移送アーム４１８の取り付け端４２２を（例えば、キャップと取り付け端４２２の間に摩擦嵌合を引き起こすために）キャップ／バイアルアセンブリ４８０のバイアルに連結されたキャップに挿入することによってキャップ／バイアルアセンブリ４８０を取り出すように構成された「ピックアンドプレイス」装置であり得る。いくつかの実施形態では、バイアル移送アーム４１８の取り付け端４２２およびピペッター４１０の取り付け端４２５は、先端部およびキャップを係合するための同様のまたは同一の形状を有し得る。またいくつかの実施形態では、バイアル移送アーム４１８は、ピペッター４１０に関して記載されたものと同様に排出機構を含み得る。
【０１８７】
キャップ／バイアルアセンブリ
キャップ／バイアルアセンブリは、反応液（増幅反応またはアッセイに関連した他のプロセスステップを実施するための）を収容するための容器として機能する処理バイアル４６４およびバイアル４６４を閉じる処理バイアルキャップ４７６を含む。処理バイアル４６４は、その後の使用のための反応液（例えば、溶出液のアリコート）を貯蔵するために使用され得る。図１５Ａおよび１５Ｂは、例示的なキャップ／バイアルアセンブリ４８０の斜視図および図式的横断面図を示す。キャップ４７６およびバイアル４６４は、最初は第２のモジュール４００のキャップ／バイアルトレイ４６０（図５Ａを参照のこと）の、それぞれキャップウェルおよびバイアルウェルに保持され得る。キャップ４７６は、開いた頂端部４７８、閉じた下端部４７９、およびキャップ４７６のまわりに延在する環状カラー４８２を有する。キャップ４７６の開いた頂端部４７８は、締まりばめでバイアル移送アーム４１８の取り付け端４２２を受容するようにサイズ設定される。使用される間、液体は、ロボットピペッター４１０のディスポーザブルピペットチップ５８４を介して処理バイアル４６４に分配され得る。処理バイアル４６４に液体を分配した後、ピペッター４１０は、トレイ４６０からキャップ４７６を取り出し、自動化方式でバイアル４６４にキャップ４７６を配置してバイアル４６４を閉じ得る。カラー４８２の下のキャップ４７６の下部は、処理バイアル４６４の開いた頂端部４６５に摩擦嵌合で嵌合するシールリング４８６を有するプラグ４８５を示す。キャップ４７６は、バイアル４６４の開いた頂端部４６５の周囲に形成されたリップと締まりばめを形成する係止特徴（例えば、ロッキングカラーなど）を含む。
【０１８８】
キャップ４７６およびバイアル４６４は、一旦キャップ４７６のプラグ４８５が処理バイアル４６４の開いた頂端部４６５に挿入されると、キャップおよびバイアルが連結されて、バイアル４６４から液体の蒸発を阻止または防止する閉じられたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を形成するように、互いに係止するように構成される。次いで、バイアル移送アーム４１８の取り付け端４２２が、閉じられたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を取り出し、それを第２のモジュール４００内のある位置から別の位置に移送するために、キャップ４７６の開いた頂端部４７８に挿入され得る。いくつかの実施形態では、ピペッター４１０は、閉じられたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を第２のモジュール４００内の所望の位置に移送する。一般に、ピペッター４１０およびバイアル移送アーム４１８は、システム１０００の構成要素間でキャップ／バイアルアセンブリ４８０を移動させるために使用され得る。通常、ピペッター４１０がキャップ／バイアルアセンブリ４８０に係合される（例えば、連結される）場合（例えば、それをシステム１０００内の位置へ移動させるために）、キャップ／バイアルアセンブリ４８０は、それがバイアル移送アーム４１８に係合される得る前にピペッター４１０から放出または分離されなければならない。好ましい実施形態では、ピペッター４１０は、閉じられたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を（例えば、気泡を除去して、バイアル４６４の底に内容物を濃縮するために）遠心分離機５８８へ移動させ、バイアル移送アーム４１８は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を遠心分離機５８８からサーマルサイクラー４３２に移動させる。以前に記述されているように、連結されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０は、ピペッター４１０（または取り付け端４２２）からキャップ／バイアルアセンブリ４８０を排出するためにキャップ４７６の頂端部４７８を囲む縁４８１に係合する排出機構によって、ピペッター４１０（またはバイアル移送アームの取り付け端４２２）から分離または放出され得る
【０１８９】
構成要素間でキャップ／バイアルアセンブリ４８０を移動させるための２つの異なる装置（例えば、ピペッター４１０およびバイアル移送アーム４１８）は、必要条件ではないことに留意されたい。いくつかの実施形態では、同一の装置（例えば、バイアル移送アームまたはピペッター）が、構成要素間でキャップ／バイアルアセンブリ４８０を移動させ得る。後述するように、閉じられたキャップ／バイアルアセンブリ４８０が、サーマルサイクラー４３２に配置され、そのバイアル４６４が、サーマルサイクラー４３２の容器ホルダ４０１０の容器ウェル４００４に挿入される（図１６Ｅおよび１６Ｆを参照のこと）。バイアル４６４は、容器ウェル４００４の上部に載置される環状リング４６３（その本体の周りに延在する）を含み、キャップ／バイアルアセンブリ４８０が容器ホルダ４０１０に配置される場合、バイアルの外面は、ウェル４００４の内壁との密接な接触が維持される。例示的なキャップおよび処理バイアルならびに閉じられたキャップ／バイアルアセンブリを移動させる方法は、米国特許第９，７３２，３７４号に記載されている。例示的なキャップおよび処理バイアルは、米国特許第９，１６２，２２８号にも記載されている。例示的なキャップ／バイアルトレイは、米国特許出願公開第２０１７／０２９７０２７Ａ１号に記載されている。
【０１９０】
サーマルサイクラー
第２のモジュール４００は、サーマルサイクラー４３２（図５Ａ〜５Ｄを参照のこと）を含む。通常、サーマルサイクラー４３２は、核酸増幅反応において使用される。核酸増幅反応の条件は、実質的に等温であり得るか、またはＰＣＲ熱サイクルと同様に周期的な温度変化を必要とし得る。サーマルサイクラー４３２は、核酸を含有している試料を一定温度または周囲温度に加熱および維持するために使用され得るか、またはその温度を変動させるために使用され得る。図１６Ａ〜１６Ｉは、システム１０００において使用され得る例示的なサーマルサイクラー４３２の異なる図を示す。下記の説明において、図１６Ａ〜１６Ｉの参照がなされる。サーマルサイクラー４３２は、支柱フレーム４０１８（図１６Ｄを参照のこと）の上端部に支持された複数の容器ホルダ４０１０を含む。各容器ホルダ４０１０は、例えば、反応混合物を収容している複数の容器（例えば、図１５Ｂのキャップ／バイアルアセンブリ４８０）を支持するように構成され得る。図１６Ａは、容器ホルダ４０１０に配置されるキャップ／バイアルアセンブリ４８０を有するサーマルサイクラー４３２の斜視図を示し、図１６Ｂは、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を有さないサーマルサイクラー４３２の図示である。容器ホルダ４０１０は、容器、例えば、キャップ／バイアルアセンブリ４８０（すなわち、キャップ／バイアルアセンブリ４８０のバイアル４６４）を中に受容するように構成された各ウェル４００４を有する複数の容器ウェル４００４を含む。容器ホルダ４０１０は、サーマルサイクラー４３２の（例えば、金属、プラスチックなどから作製された）ハウジング４００２内に配置される。
【０１９１】
図１６Ｃおよび１６Ｄは、内部の構造を示すためにハウジング４００２の部分が取り除かれたサーマルサイクラー４３２の斜視図を示す。一般に、サーマルサイクラー４３２は任意の数の容器ホルダ４０１０を含み得、各容器ホルダ４０１０は任意の数の容器ウェル４００４を含み得る。典型的には、複数の容器ホルダ４０１０（および、複数ウェル４００４）は、核酸増幅アッセイに伴う自動化された処理ステップを容易にするために互いに一直線に配置されている。いくつかの実施形態では、図１６Ｃ〜１６Ｄにて図示したように、サーマルサイクラー４３２は、５つのウェル４００４を含む各容器ホルダ４０１０を有する１２の容器ホルダ４０１０を含み得る。かかる実施形態では、サーマルサイクラー４３２は、各容器ホルダ４０１０が５つのキャップ／バイアルアセンブリ４８０を支持することにより最高６０のキャップ／バイアルアセンブリ４８０（または他の容器）を支持し得る。容器ホルダ４０１０の各容器ウェル４００４は、容器ウェル４００４の表面とその中に受容された容器の表面との間の熱的接触を最大にするように構成され得る。例えば、いくつかの実施形態では、各容器ウェル４００４は、バイアル４６４がウェル４００４内でぴったりと嵌合するように、その中に受容される容器（例えば、バイアル４６４）の外部寸法に実質的に対応する内部寸法を有し得る。
【０１９２】
図１６Ｅは、サーマルサイクラー４３２から分離された容器ホルダ４０１０を示し、図１６Ｆは、（図１６Ｅの）容器ホルダ４０１０を、そのウェル４００４内に配置されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０のバイアル４６４とともに示す。キャップ／バイアルアセンブリ４８０のバイアル４６４が容器ホルダ４０１０のウェル４００４に挿入される場合、バイアル４６４の環状リング４６３は、容器ウェル４００４上に載置される。この配置の場合、バイアル４６４の外面はウェル４００４の内壁と緊密に熱的接触する。図１６Ｇは、容器ホルダ４０１０の分解立体図を示し、その構成要素を示す。図１６Ｇに最もよく示すように、各容器ホルダ４０１０は、容器ホルダ４０１０の複数の容器ウェル４００４を含む容器支持部材４００８を含む。容器ウェル４００４は、容器支持部材４００８の上面４００７から底面４００９まで延在する貫通穴であり得る。一般に、上面４００７にウェル４００４を形成する開口部のサイズまたは直径は、ウェル４００４の底面４００９の開口部のサイズより大きくてもよい。上面と底面４００７および４００９の間の容器ウェル４００４の形状は、ウェル４００４に配置されるバイアル４６４の表面との接触を最大にするように構成され得る。容器支持部材４００８は、任意の熱伝導性材料から形成され得、熱素子４００６に独立して熱的に連結され得る。当該技術分野において公知の任意の種類の適切な加熱および／または冷却装置（例えば、抵抗発熱体、ペルティエ素子など）が、熱素子４００６として使用され得る。いくつかの実施形態では、図１６Ｇにて図示したように、熱素子４００６は、部材４００８に形成された容器ウェル４００４が熱素子４００６から実質的に等しい距離にあるように、１本の容器支持部材４００８と接触して配置され得る。したがって、熱素子４００６は、容器ホルダ４０１０に支持された各容器を実質的に等しい温度に加熱および冷却し得る。熱絶縁材料製のブロック４０１１は、容器支持部材４００８を覆い、熱サイクルの間、部材４００８（およびそのウェル４００４内のキャップ／バイアルアセンブリ４０８）からの熱損失を低減するのに役立つ。ブロック４０１１は、容器支持部材４００８からブロック４０１１に伝達される熱量を低減する任意の熱絶縁材料から作製され得る。いくつかの実施形態では、ブロック４０１１は、ウルテムまたは別の熱可塑性材料から作製され得る。
【０１９３】
図１６Ｇに図示するように、ばね要素４０１３が、ブロック４０１１、容器支持部材４００８、および熱素子４００６を放熱板界面４０１５に取り付ける。ばね要素４０１３は、任意の適切な材料から作製され得る。いくつかの実施形態では、ばね要素４０１３は、ステンレス鋼材料から作製され得る。ばね要素４０１３は、屈曲し、ブロック４０１１の外部形状に適合し、それが構成要素を放熱板界面４０１５に取り付ける場合に、これらの構成要素をぴったりと押しつけるように構成され得る。したがって、ばね要素４０１３は、熱素子４００６と容器支持部材４００８との間の熱的接触を最大にするのに役立つ。放熱板界面４０１５は、容器支持部材４００８を放熱板４０１７（図１６Ｄを参照のこと）に熱的に連結させる。放熱板界面４０１５および放熱板４０１７は、任意の熱伝導性材料から作製され得る。いくつかの実施形態では、各容器支持部材４００８は、単一の放熱板４０１７を用いて熱伝達が提供される。各放熱板４０１７は、容器支持部材４００８（すなわち、容器ウェル４００４）の貫通穴と一直線に配置された複数の貫通穴（可視的でない）をさらに含み得る。光ファイバー４０１６および／または関連する構成要素は、後述するように、各容器ウェル４００４と放出信号検出器（信号検出器アセンブリ４０２０）との間の光通信を提供するために、これらの貫通穴を通して延在し得る。
【０１９４】
各容器ホルダ４０１０の熱素子４００６は、各容器ホルダ４０１０によって支持されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０が独立して加熱および冷却され得る（すなわち、独立して熱循環される）ように、熱素子４００６を独立して制御するために（すなわち、加熱および冷却する）制御可能な電源４０１２に電気的に接続される。すなわち、各容器ホルダ４０１０によって支持された５つのキャップ／バイアルアセンブリ４８０は、（必要に応じて）別の容器ホルダ４０１０によって支持されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０と異なる温度サイクルに供され得る。
【０１９５】
前述したように、サーマルサイクラー４３２は、各容器ホルダ４０１０が独立して制御された熱ゾーンを形成するように構成される。したがって、サーマルサイクラー４３２は、１２の独立して制御された熱ゾーンを含み、各熱ゾーンは５つの個々の容器を支持するように構成される。しかしながら、この配置は単に例示であり、一般に、サーマルサイクラー４３２は任意の数の独立して制御された熱ゾーンを含み得、各熱ゾーンは任意の数の容器を支持するように構成され得る。例えば、いくつかの実施形態では、サーマルサイクラー４３２の隣接する容器ホルダ４０１０の一部は熱的に連結されて、共通の温度ゾーンを形成し得る。サーマルサイクラー４３２の選択は、第２のモジュール４００で実行されることを意図する増幅反応の性質によって決まる。いくつかの実施形態では、サーマルサイクラー４３２の異なる熱ゾーンは、異なる条件下で別個の増幅反応を（例えば、同時に）実行するのに適していてもよい。例えば、サーマルサイクラー４３２の１つ以上の熱ゾーンは、他の熱ゾーンがＬＤＴに関連した１つ以上の増幅反応を実行している間にＩＶＤアッセイに関連した１つ以上の増幅反応を実行し得る。
【０１９６】
システム１０００において使用され得る例示的なサーマルサイクラー４３２および熱サイクルの例示的な方法は、米国特許出願公開番号第２０１４／００３８１９２号に記載されている。システム１０００のいくつかの実施形態では、熱サイクル能力を含まない加熱装置がキャップ／バイアルアセンブリ４８０を加熱するために使用され得ることに注意すべきである（例えば、増幅反応が等温条件下で実施されるべきである場合）。したがって、本出願におけるサーマルサイクラーへのいかなる言及も、基本的に一定の温度を維持するための加熱装置を包含する。
【０１９７】
光ファイバー４０１６（図１６Ｄを参照のこと）は、サーマルサイクラー４３２の各容器ウェル４００４と容器支持部材４００８のウェル４００４の底面４００９の開口部を通して光通信し得る。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、光ファイバー４０１６（または関連する構成要素、例えば、光ファイバー４０１６と連結された固定または可動フェルール）は、底面４００９を通してウェル４００４内に延在し得る。容器（例えば、キャップ／バイアルアセンブリ４８０）が容器ウェル４００４に配置される場合、光ファイバー４０１６は、容器とフレーム４０１８の下端部に連結された１つ以上の信号検出器アセンブリ４０２０（図１６Ｄ、１６Ｉを参照のこと）との間の光通信を提供し得る。いくつかの実施形態では、別々の光ファイバー４０１６が、サーマルサイクラー４３２の各容器ウェル４００４と信号検出器アセンブリ４０２０との間の光通信を提供し得る。容器ホルダ４０１０と信号検出器アセンブリ４０２０との間の光ファイバー４０１６の一部は、理解しやすいように図１６Ｄ、１６Ｈおよび１６Ｉに示されていないことに注意すべきである。
【０１９８】
図１６Ｈに関して、フレーム２０１８は、その上端部にインタフェースプレート４０２１を、およびその下端部にベースプレート４０１９を含む。インタフェースプレート４０２１はファイバー位置決め穴を長方形パターンで含み、ベースプレート４０１９はファイバー位置決め穴を円形パターンで含む。インタフェースプレート４０２１のファイバー位置決め穴は、（容器ホルダ４０１０の）容器ウェル４００４がサーマルサイクラー４３２に配置されるのと同一のパターンで配置され得る。容器ホルダ４０１０は、インタフェースプレートの上面に連結され、図１６Ｉに図示したように、信号検出器アセンブリ４０２０は、ベースプレート４０１９の裏側に連結される。いくつかの実施形態では、図１６Ｉに図示したように、２つの信号検出器アセンブリ４０２０が使用され得る。サーマルサイクラー４３２の容器ウェル４００４の半分に作動連結された光ファイバー４０１６は、一方の信号検出器アセンブリ４０２０に連結され得、容器ウェル４００４の残り半分に連結された光ファイバー４０１６は、他方の信号検出器アセンブリ４０２０に連結され得る。光ファイバー４０１６は、ベースプレート４０１９およびインタフェースプレート４０２１のファイバー位置決め穴を通して信号検出器アセンブリ４０２０と容器ホルダ４０１０との間で延在する。フレーム４０１８の形状および構造は、信号検出器アセンブリ４０２０と容器ホルダ４０１０との間で最適な光学経路で延在する複数の光ファイバー４０１６を配置するのに適していてもよい。
【０１９９】
信号検出器
図１７Ａおよび１７Ｂは、サーマルサイクラー４３２とともに使用され得る信号検出器アセンブリ４０２０の上面および底面の斜視図を示す。信号検出器アセンブリ４０２０は、フレーム４０１８のベースプレート４０１９（図１６Ｉを参照のこと）に取り付けられるように構成されたベースプレート４０２２を含む。ベースプレート４０２２は、フレーム４０１８のベースプレート４０１９でファイバー位置決め穴の空間配置に対応する配置に配置された複数のファイバー位置決め穴を含む。信号検出器アセンブリ４０２０は、検出器キャリア４０２４をさらに含み、これは、図示された実施形態では、複数の信号検出器４０３０を円形パターンで支持する回転ラックを含む。一般に信号検出器アセンブリ４０２０は、ファイバーを通して送信された信号を検出するために、信号検出器４０３０を回転させて各信号検出器４０３０を各光ファイバー４０１６に逐次的に位置を合わせるように構成される。一般に信号検出器アセンブリ４０２０は、任意の数（３、４、６、８など）の信号検出器４０２０を含み得る。図示された実施形態では、信号検出器アセンブリ４０２０は、５つの個々の信号検出器４０３０を含む。各信号検出器４０３０は、異なる放出信号または異なる特徴（例えば、波長）を有する放出信号を励起および検出するように構成されてもよく、このため、本開示の文脈では、各信号検出器４０３０は、異なる信号を検出するための異なるチャネルを構成する。
【０２００】
検出器キャリア４０２４は、ベースプレート４０２２に対して回動可能であるように構成される。検出器駆動システム４０２６は、検出器キャリア４０２４をベルト駆動システム（図１７Ｂを参照のこと）を介して回転させるように構成された駆動モータ４０２８を含む。当業者によって理解されるように、他の機構および装置（例えば、歯車機構など）が、検出器キャリア４０２４を回転させるために使用され得る。モータ４０２８は、好ましくはステップモータであり、ロータリエンコーダまたは他の位置フィードバックセンサを含むことができる。信号検出器４０３０は、他の光学部品（対物レンズなど）のうちで、励起源（例えば、ＬＥＤ）および発光検出器（例えば、フォトダイオード）を含む。検出器キャリア４０２４は、各信号検出器４０３０に関連した対物レンズがベースプレート４０１９に配置された光ファイバー４０１６に選択的に位置合わせされ得るように、ベースプレート４２２０に対して回動可能である。したがって、図示された実施形態では、６つの光ファイバー４０１６が、ある時点で信号検出器４０３０に光学的に位置合わせされる。
【０２０１】
信号検出器４０３０は、特定の所定の波長の励起信号を生成するように構成されている蛍光光度計であり得る。生成された励起信号は、容器ホルダ４０１０の容器ウェル４００４（図１６Ａを参照のこと）に配置された容器（例えば、キャップ／バイアルアセンブリ４８０、図１６Ａを参照のこと）の内容物に向けられ、既知の波長の対応する放出信号を有するプローブまたはマーカーが当該容器の内容物に存在するかどうかが判定される。信号検出器アセンブリ４０２０の各信号検出器４０３０は、異なる標的分析物にハイブリダイズした異なるプローブに関連した異なる標識を検出するために、異なる波長を有する放出信号を励起および検出するように構成される。容器中に存在し、励起信号に反応する標識は、放出信号（例えば、光）を放出する。放出信号（容器の内容物からの）のうちの少なくとも一部は、（容器が配置された容器ウェル４００４に連結された）光ファイバー４０１６に入り、信号検出器４０３０に返る。信号検出器４０３０は、信号検出器４０３０に当たる放出光の強さに対応する電圧信号を生成するように構成されている構成要素（レンズ、フィルター、フォトダイオードなど）を含む。
【０２０２】
検出器キャリア４０２４が回転する度に、各信号検出器４０３０が、光ファイバー４０１６に逐次的に位置を合わせられて、光ファイバー４０１６を通して向けられた放出信号が調べられる（すなわち、信号が測定される）。検出器キャリア４０２４は、各光ファイバー４０１６で瞬間的に一時停止して、信号検出器４０３０が容器の内容物によって放出された特定の波長の蛍光を検出するのを可能にし得る。各光ファイバー４０１６は、検出器キャリア４０２４の回転毎に、各信号検出器４０３０によって一度調べられる。信号検出器アセンブリ４０２０は、異なる信号を検出するように構成された複数の信号検出器４０３０を含むため、容器ホルダ４０１０内の各容器は、検出器キャリア４０２４の回転毎に、各々の異なる信号について調べられる。システム１０００において使用され得る例示的な信号検出器は、米国特許第９，４６５，１６１号に記載されている。
【０２０３】
遠心分離機
第２のモジュール４００は、増幅処理デッキ４３０（図１Ｂおよび５Ａ〜５Ｃを参照のこと）に設置された遠心分離機５８８を含む。図１８Ａ、１８Ｂおよび１８Ｃは、代表的実施形態における遠心分離機５８８の異なる図を示す。遠心分離機５８８は、一度に１つ以上の（一態様では最高５つの）キャップ／バイアルアセンブリ４８０を遠心分離するように構成される。いくつかの実施形態では、アセンブリ４８０は、熱伝達および光伝送の質を改善するために、（例えば、バイアル４６４の内容物から気泡を除去するため、および試料材料を主にバイアル４６４の底に濃縮させるために）増幅反応の前に遠心分離され得る。図１８Ａに示されるように、遠心分離機５８８の上部カバーは、第１および第２のアクセスポート５８９、５８７を含む。使用される間、流体移送およびハンドリングシステム４０２（図１４Ａを参照のこと）のピペッター４１０は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０（図１５Ａ、１５Ｂを参照のこと）を第１のアクセスポート５８９を通して遠心分離機５８８に配置する。図１４Ｂおよび１４Ｃを参照して既に説明したように、ピペッター４１０は、取り付け部材４１１の方へ押し込まれる際、ピペッター４１０に連結されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０がそこから放出されるのを可能にするアクチュエータアーム４１４を含む。ピペッター４１０に係合されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０が第１のアクセスポート５８９を通して遠心分離機５８８に挿入される際、遠心分離機５８８のストリップバー５００７は、ピペッター４１０（図１４Ｂおよび１４Ｃを参照のこと）のアクチュエータアーム４１４を取り付け部材４１１の方へ押し込む。アクチュエータアーム４１４が取り付け部材４１１の方へ押し込まれることにより、スリーブ４１３（ピペッター４１０の吸引プローブ４１５に取り付けられている）が吸引プローブ４１５（図１４Ｃを参照のこと）の取り付け端５２５の方へ下方向に押される。スリーブ４１３が下に移動するにつれて、スリーブの下端がキャップ／バイアルアセンブリの縁４８１を押し、キャップ／バイアルアセンブリ４８０をピペッター４１０から分離する。キャップ／バイアルアセンブリを移送するためのピペッターベースのシステムの例は、米国特許出願公開番号第２０１６／００３２３５８号に記載されている。
【０２０４】
遠心分離機５８８は、アクセスポート５８７、５８９の位置を決定する際にピペッター４１０を支援する複数の教示点５００４を含む。図１８Ａに図示したように、いくつかの実施形態では、４つの教示点５００４は、遠心分離機５８８の上部カバー上に設置された教示ブロック５００５に提供され得る。システム設定の間、これらの教示点５００４は、ピペッター４１０にアクセスポート５８７、５８９の位置を「教示する」ために利用され得る。いくつかの実施形態では、ピペッター４１０は、例えば教示点５００４の位置に基づいた三角測量によって、アクセスポートの位置を決定し得る。図１８Ａは、４つの教示点５００４を示すが、これは必要条件でないことに留意されたい。いくつかの実施形態では、遠心分離機５８８は、異なる数（例えば、１、２、３、５など）の教示点５００４を含み得る。典型的には、遠心分離機５８８がわずかに位置ずれを起こしている場合でも（例えば、アセンブリ後に水平でないなど）、ピペッター４１０がアクセスポート５８７、５８９の位置を確実に決定することができるように複数の教示点（単一の教示点の代わりに）が使用される。
【０２０５】
図１８Ｂに示されるように、遠心分離機５８８は、ターンテーブル５００２の周囲に配置された複数のバケット５００３（図示された実施形態では５つ）を含む。各バケット５００３は、ピペッター４１０が（図１８Ｃに最もよく示すように）キャップ／バイアルアセンブリ４８０を配置するポケットまたは開口部を含む。バケット５００３は、ターンテーブル５００２が回転する際に、得られた遠心力がバケット５００２（およびその中に配置されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０）をピン５００８のまわりで回転させるようにピン５００８（図１８Ｃを参照のこと）を介してターンテーブル５００２に回転可能に連結される。キャップ／バイアルアセンブリ４８０に作用している遠心力は、ターンテーブル５００２が回転する際に、バケット５００３内にそれらを保持するのに役立つ。各バケット５００３の両側に配置されたストッパ５００６は、ターンテーブル５００２が回転する際のバケット５００３の過剰回転を防止し得る。いくつかの実施形態では、ステップモータがターンテーブル５００２を回転させて、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を遠心分離し得る。ステップモータは、キャップ／バイアルアセンブル４８０を第１のアクセスポート５８９から第２のアクセスポート５８７に移動させるのにも役立つ。遠心分離機５８８は、遠心分離機５８８内でのキャップ／アセンブリ４８０の移動を追跡するためのエンコーダおよび／または他の位置指示器も含み得る。
【０２０６】
必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、遠心分離機５８８は、約３０００回転数／分の最大回転速度を有し得る。しかしながら、とりわけ、遠心分離される溶液の組成物および適切な遠心分離に必要とされる時間に基づいた他の回転数も意図される。遠心分離が完了した後、（流体移送およびハンドリングシステム４０２の）バイアル移送アーム４１８は、遠心分離されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を第２のアクセスポート５８７を通して取り出し、それをサーマルサイクラー４３２に配置する。別個の第１および第２のアクセスポート５８９、５８７を有する遠心分離機５８８は、ピペッター４１０およびバイアル移送アーム４１８が互いに衝突せずに遠心分離機５８８の異なる位置から同時にキャップ／バイアルアセンブリ４８０のロードおよびアンロードを行うのを可能にする。
【０２０７】
複数の容器ユニット
システム１０００は、異なるタイプのアッセイの１つ以上のプロセスを実施するためのコンテナとして機能する１つ以上の反応容器（または試験管）を含む。一般に、反応容器は、液体を保持するのに適切な任意のコンテナ（例えば、キュベット、ビーカー、プレートに形成されたウェル、試験管、ピペットチップなど）であり得る。これらの反応容器は、個々の容器（例えば、試験管）として構成され得るか、または相互に連結された複数の容器を含む装置（本明細書において、複数の容器ユニット（ＭＲＵ）と称される）として構成され得る。図１９は、システム１０００において使用され得る例示的なＭＲＵ１６０の斜視図を示す。図示された実施形態では、ＭＲＵ１６０は、５つの個々の容器１６２を含む。一般に、任意の数の容器１６２がＭＲＵ１６０を形成するために相互に連結され得ることに留意されたい。図示された実施形態では、各容器１６２は、開いた頂端部および閉じた下端部を有する実質的に円筒状の管として構成され、複数の容器１６２は、ＭＲＵ１６０の両側に沿って長手方向に延在する肩部を形成する接続リブ構造１６４によって相互に連結される。ＭＲＵ１６０は、片側から延在する操作構造１６６および反対側から延在する平坦なラベル受容表面１７５を有するラベル受容構造１７４を含む。ラベル受容表面１７５は、ＭＲＵ１６０に関する識別情報および指示情報を提供するためのヒトおよび／または機械可読なラベル（例えば、バーコード）を受容するのに適している。操作構造１６６は、容器分配システム２００（以下でより詳細に記載される図５Ｄを参照のこと）またはシステム１０００の異なる構成要素間でＭＲＵ１６０を移動させるための別の輸送機構の容器フックによって係合されるように構成される。
【０２０８】
液体は、ピペッター４１０または別の適切な機構などの流体移送装置（例えば、磁気洗浄ステーション１１８、１２０の吸引管２８２、図２Ｆを参照のこと）によって容器１６２にその開いた頂端部を通して分配されるかまたはそこから除去され得る。いくつかの実施形態では、図２Ｆを参照して説明されるように、磁気洗浄ステーション１２０（および／または１１８）の吸引管２８２は、容器１６２に収容された液体を吸引し得る。システム１０００のオペレーションの間、単一の吸引管２８２は、複数の個々の容器１６２から液体を吸引するために使用され得る。したがって、これらの容器１６２の間の相互汚染の可能性を低減するために、容器１６２から液体を吸引する際に、吸引管２８２が液体または任意の容器１６２の壁と接触する量を限定することが望ましい。したがって、保護ディスポーザブルチップまたはチップレット１６８形態の接触を限定する構成要素が、容器１６２から液体を吸引するために使用される際に吸引管２８２の末端を覆うために使用され得る。同一の吸引管２８２が別の容器１６２へ移動して液体を吸引する前に、使用されたチップレット１６８は廃棄され、新鮮なチップレット１６８が吸引管２８２の末端と連結される。いくつかの実施形態では、別の管状部品（例えば、末端に連結されたピペットチップ５８４を有するかまたは有さない吸引プローブ４１５）が、容器から液体を吸引するために使用され得る。いくつかの実施形態では、相互汚染を低減するために、吸引プローブ４１５の先端は、それが容器から液体を吸引するために使用される際にディスポーザブルカバー（例えば、ピペットチップ５８４）によって覆われ得る。いくつかの実施形態では、流体移送装置は、複数の管状要素（例えば、５つの管状要素、各容器につき１つ）を含むことができる。かかる実施形態では、流体移送装置は、異なる容器１６２間で移動しなくてもよい。代わりに、チップレット１６８を有する異なる管状要素が、ＭＲＵ１６０の各容器１６２から液体を吸引するために使用され得る。例えば、磁気洗浄ステーション１２０（図２Ｆを参照して前述した）は、それぞれがＭＲＵ１６０の異なる容器１６２から液体を吸引するために使用され得る５つの吸引管２８２（各吸引管２８２に取り付けられたチップレット１６８を有する）を含む。いくつかの実施形態では、チップレット１６８を有するかまたは有さない管状要素が、容器１６２に液体を分配する際に使用され得る。
【０２０９】
図１９に図示するように、いくつかの実施形態では、チップレット１６８は、半径方向に延在する周縁フランジを有する管状体を含む。軸方向穴は、１本のチップレット１６８を通って延在する。穴の直径は、吸引管２８２がチップレット１６８の穴に押し込まれる際にチップレット１６８を吸引管２８２の自由端に摩擦によって固定するために、吸引管２８２の外端との摩擦嵌合を提供するようにサイズ設定される。例示的なＭＲＵ１６０およびＭＲＵ１６０と互換性がある例示的な輸送機構は、それぞれ米国特許第６，０８６，８２７号および６，３３５，１６６号に記載されている。例示的な流体移送装置またはピペッターは、米国特許第６，３３５，１６６号にも記載されている。
【０２１０】
容器分配システムおよび容器分配器
図２０Ａおよび２０Ｂは、システム１０００（図５Ｄも参照のこと）の例示的な容器分配システム２００を示す。図２０Ｂの実施形態では、システム２００の一部の構成要素は、一部の隠れた特徴を示すために除かれている。下記の説明において、図２０Ａおよび２０Ｂの両方の参照がなされる。図２０Ａの図示された実施形態では、容器分配システム２００は、下パネル２０８と上パネル２０６との間で延在する複数の垂直方向の脚部２０３、２０４、２０５を含むフレーム２０２を含む。容器受け渡しステーション６０２は、フレーム２０２の下パネル２０８に取り付けられた受け渡しステーションブラケット６０６に取り付けられ、以下でより詳述される。磁気スロット６２０および試薬パックロードステーション６４０は、フレーム２０２の脚部２０４および２０５に取り付けられたブラケット６４２に支持され、以下でより詳述される。容器分配器３１２は、フレーム２０２に支持される。容器分配器３１２は、第２のモジュール４００の異なる位置の間でＭＲＵ１６０（および／または他の容器）および試薬パック７６０を輸送するように構成される。容器分配器３１２は、ＭＲＵ１６０および試薬パック７６０を保持するための部分的エンクロージャを画定する分配器ヘッド３１４、ならびにＭＲＵ１６０の操作構造１６６および試薬パック７６０の操作構造７６４に係合するように構成された操作フック３１８を含む。容器分配システム２００は、円形路で容器分配器３１２を移動させるように構成された回転駆動システム２１２を含む。図示された実施形態では、回転駆動システムは、容器分配器３１２が支持されるターンテーブル２１４を含む。ターンテーブル２１４は、フレーム２０２の下パネル２０８のその中心軸の周りで回転するように取り付けられる。下パネル２０８に取り付けられたモータ（可視的でない）は、ターンテーブル２１４および容器分配器３１２を回転させる。回転駆動システム２１２は、システム１０００の制御システムに回転位置フィードバックを提供するロータリエンコーダ（または別の位置フィードバック装置）も含み得る。容器分配器３１２を（例えば、ベルト、プーリー、歯車列などを使用して）フレーム２０２に回転可能に連結するための他の方法も意図される。容器分配システム２００は、第２のモジュール４００の異なる構成要素とデッキとの間でＭＲＵ１６０および試薬パック７６０を輸送するために容器分配器３１２を垂直方向に移動させるように構成された昇降システム２３０も含む。代表的実施形態では、昇降システム２３０は、分配器ヘッド３１４に取り付けられたモータおよび雌ねじ駆動部（図示せず）を通してターンテーブル２１４から上向きに延在するねじ山付きロッド２３２を含む。モータによる雌ねじ駆動部の回転は、分配器ヘッド３１４にねじ山付きロッド２３２を上下に平行移動させる。他の昇降システム（例えば、ラックおよびピニオン、ベルト駆動システムなど）も意図され、本開示の範囲内であることに留意されたい。
【０２１１】
図２１Ａおよび２１Ｂは、ＭＲＵ１６０によって係合される例示的な容器分配器３１２の斜視図を示す。フックアクチュエータシステム３１６は、操作フック３１８を展開位置（図２１Ｂを参照のこと）と収納位置（図２１Ａを参照のこと）との間で分配器ヘッド３１４に対して直線的に平行移動させる。フックアクチュエータシステム３１６は、操作フック３１８が取り付けられるフックキャリッジ３２０およびフックキャリッジ３２０に取り付けられた駆動ベルト３４４を含む。フックキャリッジ３２０は、分配器ヘッド３１４の上部に形成された（または取り付けられた）フックキャリッジガイドレール３３０に沿って平行移動するレールチャネル３２４を含む。分配器ヘッド３１４に取り付けられた駆動モータ３７０は、ベルト３４４を駆動して分配器ヘッド３１４に対してフックキャリッジ３２０を展開および収納する。ベルト駆動システムが、図２１Ａおよび２１Ｂに示されているが、任意のタイプの駆動システム（例えば、ねじ駆動システム、線形ピストンアクチュエータなど）が、フックキャリッジ３２０を駆動するために使用され得ることに留意されたい。ＭＲＵ１６０（または試薬パック７６０）を移送するために、分配器ヘッド３１４は回転駆動システム２１２によって数度回転され、フック３１８は、フックアクチュエータシステム３１６によって展開され、ヘッド３１４は反対方向へ回転してＭＲＵ１６０の操作構造１６６（または試薬パック７６０の操作構造７６４）に係合する。次いで、フック３１８は、ＭＲＵ１６０（または試薬パック７６０）とともに分配器ヘッド３１４に収納される。次いで、分配器ヘッド３１４が、回転および／または平行移動し、ＭＲＵ１６０（または試薬パック７６０）が所望の位置に配置される。
【０２１２】
図２１Ｃは、一実施形態における、例示的な容器分配器３１２の分配器ヘッド３１４内に配置されたＭＲＵ１６０を示す。図２１Ｃに示すように、容器分配器３１２は、操作フック３１８によって分配器ヘッド３１４に引き込まれるＭＲＵ１６０を受容および保持するようにサイズ設定される。分配器ヘッド３１４内に配置されるとともに、ＭＲＵ１６０の接続リブ構造１６４は、分配器ヘッド３１４の内壁に形成された出っ張りまたはレール３７３に支持される。図２１Ｄは、一実施形態における例示的な容器分配器３１２の分配器ヘッド３１４内に配置された試薬パック７６０を示す。図２１Ｄに示すように、容器分配器３１２はまた、試薬パック７６０を受容および保持するように構成され、パック７６０の底縁７６５がレール３７３に支持される。
【０２１３】
容器受け渡し装置
容器分配システム２００の容器受け渡し装置６０２は、第１のモジュール１００の容器分配器１５０（図２Ａ、２Ｂを参照のこと）と第２のモジュール４００の容器分配器３１２との間でＭＲＵ１６０（または別の容器）を移送するように構成される。容器分配器１５０および容器分配器３１２の両方が、ＭＲＵ１６０の操作構造１６６に係合することによってＭＲＵ１６０を輸送する。容器分配器３１２に容器分配器１５０からＭＲＵ１６０の迅速な移送を可能にするために、ＭＲＵ１６０が第１のモジュール１００から第２のモジュール４００に移送される際に、ＭＲＵ１６０は、（第２のモジュール４００の）容器分配器３１２が操作構造１６６に係合することができるように配向されなければならない。容器受け渡し装置６０２は、容器分配器１５０からＭＲＵ１６０を受容し、ＭＲＵ１６０を、その操作構造１６６が容器分配器３１２に掲示されるように回転させるように構成される。
【０２１４】
図２２Ａおよび２２Ｂは、一実施形態における例示的な容器受け渡し装置６０２を示す。図２２Ａにおいて、第２のモジュール４００に取り付けられた容器受け渡し装置６０２が示され、図２２Ｂにおいて、第２のモジュール４００から分離された容器受け渡し装置６０２が、装置の詳細を示すために示される。容器受け渡し装置６０２は、（第１のモジュール１００の）容器分配器１５０によってヨーク６０４に配置されたＭＲＵ１６０を受容および保持するように構成された容器ヨーク６０４を含む。ヨーク６０４は、それが垂直回転軸を中心として回転可能であるように、（容器分配システム２００の下パネル２０８に取り付けられた）受け渡し装置ブラケット６０６に取り付けられる。図示された実施形態では、ヨーク６０４は、ブラケット６０６に取り付けられた受け渡し装置モータ６８０に連結される。モータ６８０は、精密な運動制御のためのステップモータであり得、ヨーク６０４の回転位置フィードバックをコントローラに提供するように構成されたロータリエンコーダ６８２を含み得る。センサ６８４（例えば、光センサ、近接センサ、磁気センサ、容量センサなど）も、コントローラにフィードバック（例えば、ヨークの方向など）を提供するためにブラケット６０６に取り付けられ得る。ＭＲＵ１６０が第１のモジュール１００の容器分配器１５０によってヨーク６０４に配置された後、モータ６８０は、ＭＲＵ１６０の操作構造１６６が第２のモジュール４００の容器分配器３１２に面するようにヨーク６０４を回転させる。
【０２１５】
ＭＲＵ貯蔵ステーション、磁気スロット、および試薬パックロードステーション
図５Ｄおよび５Ｅに関して、第２のモジュール４００の容器処理デッキ６００は、容器分配器３１２の運動の回転経路に対応するために弧状に配列されたＭＲＵ貯蔵ステーション６０８、６１０、６１２、磁気スロット６２０、および試薬パックロードステーション６４０を含む。ＭＲＵ貯蔵ステーション６０８、６１０、６１２は、ＭＲＵ１６０の一時貯蔵場所として機能し、ＭＲＵ１６０を受容するように構成されたスロット６１４を含む。ＭＲＵのための付加的貯蔵を第２のモジュール４００内に提供することは、任意の特定のＭＲＵが第２のモジュール４００内で利用されるタイミングの柔軟性を可能にすることによって、ワークフローを向上させる利点を提供する。これは、例えば、緊急の必要性に対処するために、第２のモジュール４００に後で到着し得るＭＲＵが、順不同に処理されることを可能にする。
【０２１６】
磁気スロット６２０は、個々の容器１６２の内容物が磁力に曝露される間、ＭＲＵ１６０を支持し、試薬パックロードステーション６４０は試薬パック７６０を支持する。代表的実施形態における磁気スロット６２０および試薬パックロードステーション６４０の詳細を、図２３Ａおよび２３Ｂに示す。これらの図に関して、磁気スロット６２０および試薬パックロードステーション６４０（各々のうちの２つが図示された実施形態に示される）は、容器分配システム２００のフレーム２０２に取り付けられたブラケット６４２に支持される。各磁気スロット６２０の目的は、ＭＲＵ１６０を保持し、容器１６２の内容物に磁力を作用させて、ピペッター４１０がＭＲＵ１６０の容器１６２から溶出液液体を吸引する間、内容物中の磁気応答性固体支持体（例えば、磁気ビーズ）を各容器１６２の側壁に引き寄せることである。各磁気スロット６２０は、スロット開口部６２４が形成されたブロック６２２を含む。スロット開口部６２４内に配置されたＭＲＵ１６０は、ブラケット６４２上に載置されているＭＲＵ１６０の接続リブ構造１６４（図１９を参照のこと）によって、開口部６２４内に支持される。ＭＲＵ１６０の操作構造１６６は、開口部６２４から延在し、ブロック６２２の各側壁の切欠き６３２は、容器分配器３１２の操作フック３１８が、スロット開口部６２４内に位置するＭＲＵ１６０の操作構造１６６に係合することを可能にする。ＭＲＵの上部は、被覆されておらず、したがって、溶出スロット６２０内に保持されたＭＲＵ１６０の容器１６２へのピペッター４１０のアクセスを可能にする。磁石６２８は、スロット開口部６２４を画定する壁の一方または両方内に取り付けまたは埋設される。個々の磁石６２８が、図２３Ａおよび２３Ｂに示すように、ＭＲＵの各容器１６２のために提供され得るかまたは単一の磁石がＭＲＵ１６０のために提供され得る。本開示の実施形態において使用するために構成され得る被覆された磁気スロットの例は、米国特許第８，２７６，７６２号に記載されている。
【０２１７】
試薬パックロードステーション６４０は、ブラケット６４２の上方に延在する間隔を置いた止め具特徴６４４および各試薬パックロードステーション６４０の後端を画定する逆転防止装置６４６によって画定される。試薬パック７６０は、側方フランジ下の止め具特徴６４４間に挿入され、試薬パック７６０の後端が逆転防止装置６４６に接触するまで、ロードステーション６４０の内に押し込まれる。試薬パックダストシュート４２８が、ブラケット６４２に支持される。図示された実施形態では、試薬パックダストシュート４２８は、側壁４３４、４３６および上パネル４３８によって画定される入口構造を含み、それを通して試薬パック７６０は、ダストシュート４２８内に挿入される。側壁４３４、４３６は、ブラケット６４２の上部に取り付けられ、その前縁において外向きに屈曲または拡開され、漏斗状入口をダストシュート４２８に提供する。１つ以上の弾性タブ４４２は、上パネル４３８から下方に延在する。試薬パック７６０を廃棄するために、容器分配器３１２が、パック７６０を側壁４３４、４３６間のダストシュート４２８の内に挿入する。試薬パック７６０が、ダストシュート４２８の中に挿入される際、上パネル４３８と試薬パック７６０の上部との間に隙間が存在する。弾性タブ４４２は、試薬パック７６０の上部を圧迫し、試薬パック７６０をダストシュート４２８内に保持する。次の試薬パック７６０がダストシュート４２８に挿入される場合には、それが前に挿入された試薬パックを押し、これにより、前に挿入されたパックがダストシュート４２８にさらに押し込まれる。切り欠き６４８はブラケット６４２に形成され、前に挿入されたパックが最終的にダストシュート４２８からダストシュート４２８の下に位置するゴミ箱６５０に落下するのを可能にする。図５Ｄおよび５Ｅ（ならびに図２３Ａおよび２３Ｂ）は、ＭＲＵ貯蔵ステーション６０８、６１０、６１２、磁気スロット６２０、および試薬パックロードステーション６４０の特定の数および配置（すなわち、円弧状）を示すが、これは単に例示である。一般に、第２のモジュール４００は、任意の数のこれらの特徴を含み得、それらは任意のパターンで配置され得る。
【０２１８】
試薬パック入替え装置
引き続き図５Ｄおよび５Ｅを参照して、第２のモジュール４００は、試薬パック入替え装置７００を含む。試薬パック入替え装置７００は、完全に独立した試薬パック装填および試験実行を提供し、それによって、オペレータは、試薬パックを試薬パック投入装置内に設置し、および／または試薬パック７６０を試薬パック投入装置から除去し得る。いくつかの実施形態では、試薬パック投入装置は、第２のモジュール４００から引き開けられ得、回動可能な試薬パック回転ラック７０４を含むコンパートメント７０２を含む。図２４は、一実施形態における第２のモジュール４００の開き得るコンパートメント７０２に配置された例示的な試薬パック回転ラック７０４を示す。コンパートメント７０２は、フレーム７１６が、引き出しとして第２のモジュール４００内外にスライドすることを可能にするトラック上に配置される、回転ラックフレーム７１６を含む。フレーム７１６は、第２のモジュール４００（図１Ｂも参照のこと）の前面に露出した前板７２０を含む。フレーム７１６の上面は、回転ラック７０４の形状に適合するように成形される実質的に円形の凹部を含み、回転ラック７０４は、フレーム７１６の凹部に配置される。回転ラック７０４は多数の試薬パックステーション７０６を含み、これらの各々は試薬パック７６０を受容および運搬するのに適している。試薬パックの充填密度を増加させるために、バーコードリーダが試薬パック７６０上のバーコード（または他の特定可能なしるし）にアクセスするのを可能にするとともに、回転ラック７０４上の試薬パックステーション７０６が、回転ラック７０４の半径方向に対して曲げられ得る（例えば、約５〜２０°の間）。試薬パックステーション７０６は、ユーザが試薬パック７６０をステーション７０６に（から）ロード（除去する）することができるように構成される（例えば、サイズ設定されるなど）。いくつかの実施形態では、試薬パック入替え装置７００は、回転ラック７０４の電動式回転をもたらすためのモータを含む。モータは、フレーム７１６に取り付けられ得、フレーム７１６とともに内外に移動し得る。コンパートメント７０２が開位置または閉位置にあるとき、それを検出し、システムコントローラにその情報を通信するように構成された回転ラックコンパートメント７０２は、１つ以上の位置センサも含み得る。第２のモジュール４００は、試薬パック７６０に関する情報（例えば、試薬パック７６０内に保有されるアッセイ試薬の識別情報、製造者、ロット番号、有効期限など）を提供する、試薬パック７６０に提供されたしるし（例えば、バーコード）を読み取るように構成されたリーダ（例えば、バーコードリーダ）を含み得る。
【０２１９】
一度試薬パック７６０が回転ラック７０４に存在すると、それは核酸増幅アッセイ（例えば、ＰＣＲ反応を実施するものなど）に利用することが可能である。特定の試薬が増幅反応に必要とされる場合には、回転ラック７０４は、必要な試薬を収容している試薬パック７６０が容器分配器３１２によってアクセス可能である位置に回転する。次いで、容器分配器３１２は、試薬パック７６０にアクセスし、それを試薬パック７６０に収容された１つ以上の乾燥試薬の再構成のために試薬パックロードステーション６４０（図２３Ａおよび２３Ｂを参照のこと）へ移動させ得る。試薬パック７６０が空の場合、または試薬パック７６０の１つ以上のウェルの試薬が再構成され、除去された場合、分配器３１２は、試薬パック７６０をダストシュート４２８へ移動させるか、その後の使用のために試薬パック投入回転ラック７０４に戻る。米国特許第９，７３２，３７４号は、ＭＲＵ貯蔵ステーション、磁気スロット、試薬パックロードステーション、および試薬パック入替え装置の代表的実施形態をより詳細に記載している。
【０２２０】
またいくつかの実施形態では、第２のモジュール４００は、試薬パック７６０に存在する試薬７６８に静電荷を付与するための静電発電機を含み得る。静電荷は、試薬７６８を試薬パック７６０（図１３Ｃを参照のこと）の混合ウェル７６２の底に配置および保持するのに役立ち得る。試薬７６８は、以前に付与された静電荷により混合ウェル７６２の底に保持され得るが、再構成時に試薬７６８を混合ウェル７６２の底部に能動的に引き込むための静電発電機をモジュール４００内に含むことは、再構成の間、試薬７６８を正しいスポットに位置付けるのに役立ち得る。いくつかの実施形態では、静電発電機は、試薬パックロードステーション７００の下、または回転ラック７０４内に配置され得る。
【０２２１】
貯蔵／拡張モジュール
図１Ｂに関して、第２のモジュール４００は、付属品を貯蔵するための、または第２のモジュール４００の拡張に対応するためのコンパートメント５９０を含み得る（例えば、試薬の貯蔵のための追加の試薬コンパートメントを追加するため、システム１０００に分析能力を追加するためなど）。一例示的実施形態では、コンパートメント５９０は、標準的なウエルプレートまたはキャップ／バイアルアセンブリ４８０に適合するようにサイズ設定された貯蔵トレイ４５２を格納し得る。ウエルプレートまたはトレイ４５２は、流体移送およびハンドリングシステム４０２（図１４を参照のこと）の正面アーム４０８（ピペッター４１０を含む）および後面アーム４１６のうちの少なくとも１つ（バイアル移送アーム４１８を含む）がウエルプレートまたはトレイ４５２の位置にアクセスできるように位置し得る。図２４に示すように、コンパートメント５９０は、ユーザがウエルプレートまたは貯蔵トレイ４５２のロードおよびアンロードを行うことができるように、引き出しメカニズム４５０を介してモジュール４００の前部からアクセスされ得る。いくつかの実施形態では、貯蔵トレイ４５２は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０で収容された試料に対する追加のアッセイまたは反応（例えば、熱融解分析、配列決定反応など）を実施する能力を提供するための増幅反応を受けたキャップ／バイアルアセンブリ４８０を回収するために利用され得る。コンパートメント５９０内の貯蔵のためのキャップ／バイアルアセンブリ４８０は、貯蔵容器（または密閉された場合、キャッピングされた貯蔵容器）と称され得る。熱融解分析を実行するための例示的な手法は米国特許第８，３４３，７５４号に記載されており、米国特許第９，５８８，０６９号は熱融解分析を実施するための例示的な構造を記載している。貯蔵トレイ４５２は、核酸増幅反応に供されんかった溶出液を収容しているキャップ／バイアルアセンブリ４８０を貯蔵するために使用され得る。コンパートメント５９０内に貯蔵されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０の内容物にアクセスするために、キャップ４７６およびバイアル４６４は、例えば、米国特許第９，２４８，４４９号に記載のキャップ除去トレイを使用して分離され得る。この実施形態では、バイアル移送アーム４１８（ピペット操作能力を有するかまたは有さない）は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を貯蔵トレイ４５２からキャップ除去トレイに移送し得、これは、キャップ／バイアルコンパートメント４４０のうちの１つに位置し得る。いくつかの実施形態では、コンパートメント５９０は、モジュール４００の側面からアクセスされ得る。いくつかの実施形態では、コンパートメント５９０は、試薬を中に収容しているコンテナを配置するように構成され得る。いくつかの実施形態では、コンパートメント５９０は、ウエルプレートまたは試薬を収容しているコンテナ（またはコンパートメント５９０に貯蔵された別の構成要素）を第２のモジュール４００の内外に平行移動させるための、例えば、モータ駆動ベルトを含む駆動システムを含み得る。
【０２２２】
ＩＶＤ＋ＡＳＲの実施形態
システム１０００は、アッセイ能力を拡張または改善することができる１つ以上のＡＳＲ（例えば、オリゴヌクレオチド）などの追加の試薬を補足した既存のＩＶＤアッセイを実施するのにも適している。かかる補足が適切であり得る例示的な状況としては、新規のまたは異なる標的の検出を含み、これは、既にＩＶＤアッセイによって検出されているが、ＩＶＤがシステム１０００上で商用化されていない標的と同じ一般的なクラス内の標的の新たなまたは異なる型（例えば、バリアント、亜種、遺伝子型、対立遺伝子、株、多型、ハプロタイプ、変異体など）であり得る。
【０２２３】
例えば、メチシリン耐性Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）用のＩＶＤの文脈では、新規のまたは異なる標的は、ＭＲＳＡの追加の型、例えば、まだＩＶＤによって検出されていない一種のｍｅｃ右端接合部（ＭＲＥＪ）を含むＭＲＳＡであり得る。既存のＩＶＤにおけるオリゴヌクレオチドの標的配列を基準とした、新規のまたは異なる標的と既存の標的との間の差に応じて、１つまたは２つの補足的な増幅オリゴヌクレオチドおよび／または補足的な検出プローブが、ＡＳＲとして提供され得る。ＭＲＳＡ用のＩＶＤの文脈における別の例として、ＩＶＤはｍｅｃＡおよびｍｅｃＣを検出するように設計され得るが、ユーザはｍｅｃＢを検出することに対する関心も有し得る。ＩＶＤは、ｍｅｃＢ遺伝子を増幅し、検出することができるオリゴヌクレオチドを有するＡＳＲを補足され得る。
【０２２４】
あるいは、新規のまたは異なる標的は、新規のまたは異なるバリアントまたは変異体以外の配列、例えば、元々のＩＶＤによって検出されない細菌もしくはウイルスの種などの異なる生物からの配列、または対照配列であり得る。例えば、ウイルスの一団を検出するためのＩＶＤが、追加のウイルス用の１セットのオリゴヌクレオチド（例えば、アッセイフォーマットおよび任意のＩＶＤオリゴヌクレオチドが新規のまたは異なる標的の検出において役割を果たし得るかどうかに応じて、１つまたは２つの増幅オリゴヌクレオチドおよび１つまたは２つの検出プローブ）を含むことによって拡張され得る。一例として、アデノウイルス、ライノウイルスおよびヒトメタニューモウイルスなどの一連の呼吸器系ウイルスを検出するためのＩＶＤは、コロナウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドを補足され得る。対照配列に関しては、対照の追加は、阻害またはアッセイに関する他の問題を試験するのに使用され得る。ＡＳＲが対照を増幅するために提供される場合には、対照アンプリコンを生成するための鋳型配列も提供され得る。
【０２２５】
場合によっては、ＡＳＲは、増幅オリゴヌクレオチドを含む。例えば、新規のまたは異なる標的が、例えば、一般に元の標的と比較して（補足的なＡＳＲなしでは）新規のまたは異なる標的の増幅度を低下させるかまたは削減する、ＩＶＤ増幅オリゴヌクレオチドと新規のまたは異なる標的とのハイブリダイズした複合体の融解温度を下げることによって（これは、例えば、ＩＶＤ試薬が設計された後に、生じた、発見された、または有病率もしくは重要性が増加した変異などの多型に起因し得る）、既存のＩＶＤ増幅オリゴヌクレオチドの性能に悪影響を与える配列を含む場合、１つの追加の増幅オリゴヌクレオチドが十分であり得る。ＡＳＲ増幅オリゴヌクレオチドは、逆方向のＩＶＤ増幅オリゴヌクレオチドとともに、１つ以上のＩＶＤ検出プローブによって検出するための新規のまたは異なる標的を増幅し得る。
【０２２６】
場合によっては、ＡＳＲは、一対の増幅オリゴヌクレオチドを含む。この手法は、新規のまたは異なる標的がＩＶＤ増幅オリゴヌクレオチドが効率的にハイブリダイズしない配列、例えば、効率的なハイブリダイゼーション可能にするのに十分な標的領域にわたる相同性を欠いている、新規のもしくは異なる標的生物の配列または標的生物のバリアントである場合に使用され得る。
【０２２７】
場合によっては、ＡＳＲは、検出プローブを含む。例えば、新規のまたは異なる標的が、例えば、一般に元の標的と比較して（補足的なＡＳＲなしでは）新規のまたは異なる標的の検出度を低下させるかまたは削減する、ＩＶＤ検出プローブと新規のまたは異なる標的とのハイブリダイズした複合体の融解温度を下げることによって（これは、例えば、ＩＶＤ試薬が設計された後に、生じた、発見された、または有病率もしくは重要性が増加した変異などの多型に起因し得る）、既存のＩＶＤ検出プローブの性能に悪影響を与える配列を含む場合、１つの追加の検出プローブが十分であり得る。ＡＳＲ検出プローブは、ＩＶＤ増幅オリゴヌクレオチドによって新規のまたは異なる標的から生成されたアンプリコンを検出するように設計される。
【０２２８】
あるいは、新規のまたは異なる標的がＩＶＤオリゴヌクレオチドによって検出される配列と異なる配列を増幅するＡＳＲオリゴヌクレオチドを使用して検出される場合、および／または識別可能な検出が望ましい場合（例えば、後述するように）、ＡＳＲ検出プローブは、ＡＳＲ増幅オリゴヌクレオチドと組み合わせて提供され得る。
【０２２９】
Ｉｎｖａｄｅｒ  Ｐｌｕｓ（登録商標）アッセイなどの一次および二次検出プローブを使用したアッセイフォーマットでは、ＡＳＲ検出プローブは、新規のまたは異なる標的のアンプリコンと直接的に相互作用する、インベーダープラスアッセイの侵入型プローブまたは信号（一次）プローブであり得る。ＡＳＲ検出プローブは、二次の標識された検出プローブであるＩＶＤオリゴヌクレオチドと相互作用する、標的にハイブリダイズしない配列を含み得る（例えば、Ｉｎｖａｄｅｒ  Ｐｌｕｓ（登録商標）アッセイのＦＲＥＴカセット）。インベーダープラスアッセイを実施するための化学作用は、米国特許出願公開番号第２００５／０１８６５８８号および米国特許第９，０９６，８９３号に記載されている。アンプリコンと結合し、標識（ＴａｑＭａｎなどの）を含む検出プローブを使用したアッセイフォーマットでは、ＡＳＲ検出プローブは、ＩＶＤ検出プローブと同じ標識を含み得る。ＴａｑＭａｎアッセイを実施するための化学作用は、２０１８年３月２３日に出願されたＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０２４０２１および米国特許第５，７２３，５９１号に記載されている。したがって、新規のまたは異なる標的は、ＩＶＤアッセイの元の標的を検出するために既に使用されているチャネルを使用して検出され得る。この手法は、存在している新規のまたは異なる標的の意義が元のＩＶＤ標的の存在と同様であるか、または識別不能である場合、例えば、アッセイの目的がＭＲＳＡなどの標的病原体が試料中に存在したか否かを決定することであり、ＡＳＲが、標的病原体の追加の型、バリアントまたは変異体の検出を容易にするのに役立つ場合、特に適している。
【０２３０】
代替的に、新規のまたは異なる標的を識別可能に検出するために、ＩＶＤ検出プローブに対して識別可能に標識される検出プローブが、提供され得る。これは、例えば、直接的に標的アンプリコンを結合するように構成される（例えば、ＴａｑＭａｎアッセイのための）識別可能に標識された検出プローブ、またはすなわち、ＡＳＲとしても提供される一次検出プローブの切断された非相補的な５’フラップに結合するように構成される（例えば、インベーダープラスアッセイのための）識別可能に標識された二次検出プローブであり得る。この手法は、存在している新規のまたは異なる標的の意義が元のＩＶＤ標的の存在と同様でない場合、例えば、新規のまたは異なる標的が異なる生物であるかまたは対照である場合、特に適している。
【０２３１】
ＩＶＤアッセイを補足するための１つ以上のＡＳＲは、標準的なＩＶＤオリゴヌクレオチドとは別の容器またはカートリッジで提供され得る。これは、ＩＶＤオリゴヌクレオチドを含有している試薬の改良を必要とすることなくアッセイ能力を増加させるのを促す。補足的な１つまたは複数のＡＳＲを含有している試薬またはカートリッジは、１つ以上の凍結乾燥酵素、ｄＮＴＰ、緩衝液、１つ以上の塩、またはこれらの組み合わせなど、アッセイで使用するための追加の材料をさらに含み得る。
【０２３２】
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書において開示される方法は、ＩＶＤアッセイを実施するためのオリゴヌクレオチド（および、おそらく他の増幅試薬）を含む混合ウェル７６２を有する試薬パック７６０および１つ以上のＡＳＲを収容している容器（複数可）１９４０を提供することを含む。混合ウェル７６２の内容物は、再構成され得る（例えば、凍結乾燥物などの乾燥形態で提供される場合）。混合ウェル７６２の内容物は、バイアル４６４の試料と組み合わされ、熱サイクルを含み得るＩＶＤアッセイの反応条件などの反応条件下に置かれ得る。検出は、未変更のＩＶＤアッセイと同様に実施され得るか、またはＩＶＤアッセイと同一のステップに加えて、存在する場合、上記のように識別可能に標識されてもされなくてもよいＡＳＲ検出プローブを検出することを含み得る。
【０２３３】
１つ以上のＡＳＲがエンドユーザによって提供され得、これは本質的にＩＶＤをＬＤＴに変形させる。あるいは、１つ以上のＡＳＲが検証後に元のＩＶＤ試薬と組み合わされて元のＩＶＤの供給元によって提供され得、その結果、１つ以上のＡＳＲと併用した元のＩＶＤは、ＩＶＤのままであり得る。
【実施例】
【０２３４】
ＭＲＳＡは、悪名高いほど多型の病原体群であり、多型のほとんどは、メチシリン耐性遺伝子を保有する可動遺伝要素（ＳＣＣｍｅｃ）の右端接合部および細菌染色体のｏｒｆＸ遺伝子内の挿入部位に生じる。ＭＲＳＡに関するさらなる考察ならびにＭＲＳＡを検出するための例示的な試薬および方法については米国特許出願第６２／５４４，４９１号および米国特許第７，８３８，２２１号を参照のこと。
【０２３５】
ＣＩ５６８３と称されるＭＲＳＡ分離株は、既存のＭＲＳＡアッセイ試薬セットのＩｎｖａｄｅｒ  Ｐｌｕｓ一次プローブの構造に干渉し、したがってＭＲＳＡ  ＣＩ５６８３のｏｒｆＸ／ＳＣＣｍｅｃアンプリコンにハイブリダイズした際に、その開裂に干渉する多型を含むことが分かった。元の一次プローブは、多少の信号を生じたが、陽性結果のＣｔ閾値を超えるほど十分ではなかった。このことは、ＭＲＳＡ  ＣＩ５６８３を含む試料に対するアッセイの実施が偽陰性結果を示したことを意味する。
【０２３６】
標準的なアッセイのためのオリゴヌクレオチドは、試薬パック中に提供された。容器は、ＭｇＣｌ２単独（対照）またはＡＳＲとして追加の一次プローブを含有するＭｇＣｌ２（試験）を有した。１０４ＣＦＵ／ｍｌのＣＩ５６８３から調製された試料（ｎ＝３）を、Ｐａｎｔｈｅｒ  Ｆｕｓｉｏｎ（登録商標）システム（Ｈｏｌｏｇｉｃ，Ｉｎｃ．、マサチューセッツ州マールボロ）でのＩｎｖａｄｅｒ  Ｐｌｕｓアッセイに供し、以下の結果を得た。
【表１】
2021530221.tif 000003
【０２３７】
ｍｅｃＡ／ＣおよびＧＡＰＤＨ遺伝子が、内部標準とともに多重に検出された。これらの各々の陽性は、ＡＳＲ一次プローブの存在によって影響を受けなかった（データ非表示）。
【０２３８】
ＣＩ５６８５と称されるＭＲＳＡ分離株は、タイプｘｖｉｉのＭＲＥＪを有する。既存のＭＲＳＡアッセイ試薬セットは、タイプｘｖｉｉのＭＲＥＪ配列に効率的にハイブリダイズし、その配列上での合成を準備する増幅オリゴヌクレオチドを含まない。
【０２３９】
上記のように、標準的なアッセイのためのオリゴヌクレオチドは、第１の試薬パック中に提供された。第２の試薬パックは、ＭｇＣｌ２単独（対照）またはＡＳＲとしてタイプｘｖｉｉのＭＲＥＪ配列に相補的な追加の増幅オリゴマーを含有するＭｇＣｌ２を有した（試験）。１０４ＣＦＵ／ｍｌのＣＩ５６８５から調製された試料（ｎ＝３）を、Ｐａｎｔｈｅｒ  Ｆｕｓｉｏｎ（登録商標）システムでのＩｎｖａｄｅｒ  Ｐｌｕｓ（登録商標）アッセイに供し、以下の結果を得た。
【表２】
2021530221.tif 000004
【０２４０】
ｍｅｃＡ／ＣおよびＧＡＰＤＨ遺伝子が、内部標準とともに多重に検出された。これらの各々の陽性は、ＡＳＲ増幅オリゴヌクレオチドの存在によって影響を受けなかった（データ非表示）。
【０２４１】
したがって、追加の増幅オリゴヌクレオチドおよび／または検出プローブを、既存のアッセイオリゴヌクレオチドから別個の容器に提供し、アッセイ能力を増加させるためにそれらと組み合わせて使用することができる。
【０２４２】
例示的な操作方法
システム１０００において、第１のモジュール１００は、分子アッセイの試料調製部分（例えば、試料中に存在し得る標的核酸を単離および精製するためのステップ）で使用され得る。試料および磁気応答性固体支持体を含み得る標的捕捉試薬（ＴＣＲ）は、第１のモジュール１００へとロードされる。これらの試料には、異なるタイプの分子アッセイ（ＩＶＤアッセイ、ＬＤＴなど）が実施されることが望ましい試料が含まれ得る。ＴＣＲは、標的核酸に特異的に結合するか、または試料中のすべての（またはほとんどの）核酸に非特異的に結合するように設計された捕捉プローブを含み得る。換言すれば、非特異的捕捉プローブは、標的核酸および非標的核酸を区別しない。標的核酸の特異的および非特異的な固定化の例示的な手法は、米国特許第６，５３４，２７３号および同第９，０５１，６０１号に記載されている。捕捉プローブを必要としない非特異的捕捉技術は、当業者に周知であり、例えば、米国特許第５，２３４，８０９号に記載の技術が含まれる。試薬コンテナ１５２０は、第２のモジュール４００の試薬コンテナコンパートメント５００内の第１の試薬コンテナキャリア１５００にロードされる（図６Ｂを参照のこと）。次いで、試薬コンテナ移送機構１７００は、試薬コンテナコンパートメント５００から、第１の試薬コンテナキャリア１５００を、それが第１のモジュール１００の流体移送装置によりアクセスされ得る第１のモジュール１００内の位置（図８を参照のこと）へ移動させる。
【０２４３】
第１のモジュール１００の例示的な流体移送装置８０５を、図２５に示す。図２５に示す実施形態において、流体移送装置８０５は、ガントリーシステムに取り付けられた試薬ピペッター８１０および試料ピペッター８２０を含む。いくつかの実施形態では、一方または両方のピペッター８１０、８２０は、ガントリーシステムのレール上で複数の直交方向（ｘ、ｙ、ｚなど）に移動するように適合されていてもよい。第１のモジュール１００に（例えば、ユーザインタフェースを介してユーザにより、または試料容器の機械可読な情報（例えば、バーコード）により）提供される情報によって、第１のモジュール１００は、実施されるアッセイタイプを認識する。試料を処理するために、第１のモジュール１００の容器分配器１５０は、新しいＭＲＵ１６０（図１９を参照のこと）を取り出し、それを第１のモジュール１００内の試料分配位置に配置する。ＴＣＲおよび試料は、それぞれ試薬コンテナおよび試料管から第１のモジュール１００の流体移送装置８０５によってＭＲＵ１６０の容器１６２に移送される。いくつかの実施形態では、流体移送装置８０５の試薬ピペッター８１０が、試薬を移送するために使用されてもよく、試料ピペッター８２０が試料をＭＲＵ１６０に移送するために使用されてもよい。次いで、ＭＲＵ１６０の内容物は、ＭＲＵ１６０が磁気洗浄手順のための磁気洗浄ステーション１１８、１２０に移送される前に、所定の温度にて所定の期間インキュベートされる（インキュベーター１１２内、図２Ａ、２Ｂを参照のこと）。磁気応答性の粒子またはビーズを使用した例示的な標的捕捉手順は、米国特許第６，１１０，６７８号および同第９，０５１，６０１号に記載されており、シリカビーズを使用した標的捕捉手順は、米国特許第５，２３４，８０９号に記載されている。
【０２４４】
図２６は、磁気粒子標的捕捉を使用した標的捕捉プロセスを用いる例示的な抽出プロセスを示し、記載する。ＭＲＵ１６０の容器１６２（図１９を参照のこと）において、試料は、磁気粒子および溶解試薬を含有する標的捕捉試薬（ＴＣＲ）と組み合わされる。ＭＲＵ１６０の内容物は、既定の速度での軌道回転を使用して混合され、次いで、細胞を溶解し、特異的または非特異的な捕捉プローブを使用して試料核酸を磁気粒子上へ固定化するように設計された一連の加熱ステップに曝される（インキュベーター１１２および１１４にて、図２Ａ、２Ｂを参照のこと）。試料がＭＲＵ１６０内でＴＣＲと組み合わされた後、ＭＲＵ１６０の内容物の温度を、ＭＲＵ１６０が第１のインキュベーター１１２から移送される第２のインキュベーター（例えば、例えば５４℃の温度に維持され得る高温インキュベーター１１４）の温度近くまで上昇させるために、ＭＲＵ１６０は最初に第１のインキュベーター（例えば、例えば４３．７℃の温度に維持される遷移インキュベーター１１２）に移送され得る。第２のインキュベーター１１４内にある間、捕捉プローブは試料中に存在し得る任意の標的分析物に結合してもよい。しかしながら、いくつかの実施形態では、捕捉プローブは、第２のインキュベーター１１４内にある間、固体支持体に結合しなくてもよい（例えば、第２のインキュベーター１１４の高温に起因して）。次いで、ＭＲＵ１６０は、捕捉プローブを固体支持体に結合させるために第１のインキュベーター１１２に戻される。インキュベーション後、容器１６２内の粒子を単離するために、ＭＲＵ１６０は磁界に曝露される。容器１６２内で固定化される間、タンパク質および細胞破片（潜在的な増幅阻害因子）は、磁気洗浄ステーション１１８、１２０（図２Ａを参照のこと）で一連の吸引および洗浄ステップを使用して除去される。次いで、ＭＲＵ１６０は、５０μＬの溶出緩衝液が（例えば、試薬コンテナ１５２０のうちの１つから）試薬ピペッター８１０（図２５を参照のこと）を使用してＭＲＵ１６０の容器１６２に添加される、増幅ロードステーション１０４、１０６（図２Ａを参照のこと）に移される。次いで、ＭＲＵ１６０の内容物は、容器受け渡し装置６０２がＭＲＵ１６０をＰＣＲ反応の準備のための第２のモジュール４００に移送する前に、粒子を再懸濁するために（例えば、増幅ミックスロードステーション１０４などのロードステーションにおいて）撹拌される。第２のモジュール４００において、ＭＲＵ１６０は、ＭＲＵ貯蔵ステーション６０８、６１０、６１２（図５Ｄを参照のこと）のうちの１つの利用可能なスロット６１４に配置され得る。システムコントローラにより信号を送られた際に、次いで、第２のモジュール４００は、磁気粒子から溶離された核酸を分離するためにＭＲＵ１６０を磁気スロット６２０へ移し得る。
【０２４５】
次いで、ロボットピペッター４１０などの流体移送装置が、増幅プロセスを開始する。図２７は、例示的な増幅プロセスを概略的に示し、記載する。ピペッター４１０は、最初に、ディスポーザブルチップ５８４を（チップコンパートメント５８０のうちの１つに保有されるディスポーザブルチップトレイ５８２から、図５Ａを参照のこと）ピペッター４１０の吸引プローブ４１５の取付け端４２５に取り付ける。次いで、ピペッターは、油を（例えば、試薬コンテナコンパートメント５００内に存在する油コンテナ１８２０から）吸引し、試験の待ち行列に入れられた各処理バイアル４６４に約２０μＬの油を分配する。次いで、ピペッター４１０は、容器１６２から溶出液／試料および溶媒コンテナ（例えば、コンテナ１６２０または１９２０）から溶媒を別々に吸引し、所望の単位用量試薬７６８（例えば、凍結乾燥物）を含む試薬パック７６０の混合ウェル７６２に、それらを分配する（図１３Ｃ、１３Ｄを参照のこと）。既に説明したように、ＩＶＤアッセイが試料に対して実施される場合、このステップで使用される溶媒は、第２の試薬コンテナキャリア１６００に貯蔵された溶媒コンテナ１６２０（図６Ｂを参照のこと）のうちの１つからの再構成緩衝液１６７０である。ＬＤＴが実施される場合、使用される溶媒は、試薬コンテナコンパートメント５００または別のコンパートメント（例えば、冷却／加熱されたコンパートメント）内に貯蔵された溶媒コンテナ１９２０（図６Ｂを参照のこと）のうちの１つからの再構成液（１９７０Ａ、１９７０Ｂなど）である。場合によっては、混合ウェル７６２中の液体は、溶媒および試薬７６８の迅速な再構成および混合を促進するために、複数回ピペッター４１０に吸い込まれ、ピペッター４１０から放出され得る。次いで、再構成された増幅試薬は、吸引され、処理バイアル４６４に分配される。次いで、バイアル４６４は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を形成するようにピペッター４１０を使用してキャップ４７６でキャップされている（図１５Ａおよび１５Ｂを参照のこと）。次いで、ピペッター４１０は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０がバイアル４６４の内容物を濃縮して、気泡を除去するのに十分な速度にて、かつ十分な時間遠心分離される遠心分離機５８８にキャップ／バイアルアセンブリ４８０を移送する。遠心分離後、バイアル移送アーム４１８は、遠心分離されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０のキャップ４７６に係合し、それをサーマルサイクラー４３２の容器ホルダ４０１０へ移動させる。キャップ／バイアルアセンブリ４８０の内容物は、増幅手順（例えば、ＰＣＲ増幅）に従ってサーマルサイクラー４３２内で熱循環される。いくつかの実施形態では、増幅および検出は、サーマルサイクラー４３２内で同時に行われ得る。図２８は、サーマルサイクラー４３２にキャップ／バイアルアセンブリ４８０を移送する例示的な方法を概略的に示す。アッセイの結果は、機器モニタまたはユーザインタフェース５０に表示され得、印刷またはＬＩＳへの通信が行われ得る。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、第１のモジュール１００は、ＭＲＵ１６０を第２のモジュール４００に運搬する前に、容器１６２の内容物について核酸増幅反応（例えば、等温増幅反応）を実施し得る。さらに、ＭＲＵ１６０の内容物が第２のモジュール４００内で処理される前後において、別の反応（例えば、ＰＣＲまたは他のプロセス）を実施するためにある量の溶出液／試料が、容器１６２から１つ以上のバイアル４６４に移送され得、かつ／またはＭＲＵ１６０が、容器１６２の残存する内容物について核酸増幅反応を実行するために第１のモジュール１００に戻され得る。
【０２４７】
次に、本開示の態様を実施する例示的プロセスが記載される。これらのプロセスは単に例示的なものであり、他のプロセスが（例えば、記載されたステップの一部を省略および／または並べ替えることによって）システム１０００により実施され得ることに留意されたい。いくつかの実施形態では、記載されたプロセスは多数の追加のまたは代替的なステップを含み得、いくつかの実施形態では、記載されたプロセスのうちの１つ以上が省略され得る。分析において任意の記載されたステップが省略または変更され得るか、または他のステップが追加され得る。記載されたプロセスにおいてステップの特定の順序が記載または暗示されているが、一般にこれらのステップは、示された順序および記載された順序で実施される必要はない。さらに、記載されたプロセスの一部（またはすべて）が、別のプロセスに組み込まれ得る。
【０２４８】
例示的な試料溶出液調製プロセス８００を、図２９に示す。既に説明したように、いくつかの実施形態では、試料調製は、主にシステム１０００の第１のモジュール１００内で実施され得る。ステップＳ８０２において、第１のモジュール１００の容器分配器１５０は、ＭＲＵ１６０を容器コンパートメント１０２からロードステーション１０４、１０６または１０８のうちの１つへと（または反応材料が容器１６２に添加され得る別の位置へと）移動させる。ステップＳ８０４において、第１のモジュール１００のロボットピペッター８１０は、十分な量のＴＣＲ（標的捕捉試薬）、試料流体、および標的増感試薬（ＴＥＲ）をＭＲＵ１６０の各容器１６２に移送する。例示的な標的増感試薬は、米国特許第８，４２０，３１７号に記載されている。例示的プロセスでは、約５００μＬのＴＣＲ、約３６０μＬの試料流体、および約１４０μＬのＴＥＲが、各容器１６２に移送され得る。ステップＳ８０６において、容器１６２中のＴＣＲ、試料流体、およびＴＥＲは、例えば、ＭＲＵ１６０を高周波で（例えば、約１６Ｈｚにて約６０秒間）振動させることによって混合される。ステップＳ８０８において、ＭＲＵ１６０は、所望の反応を促進する環境に移動される。例えば、いくつかの実施形態では、容器分配器１５０は、ＭＲＵ１６０をロードステーション１０４から移動させ、例えば、ＭＲＵ１６０の内容物を所定の温度にて所定の時間（例えば、約６４℃にて約１８００秒または別の適切な温度および時間）インキュベートするためにＭＲＵ１６０をインキュベーター１１４に移送する。いくつかの実施形態では、インキュベーター内の温度の変動を最小限にするために、ＭＲＵ１６０をインキュベーターへ移動させる前に、最初にＭＲＵ１６０は、加熱されたステーション（例えば、（例えば、約６４℃にて約３００秒間）加熱されたロードステーション１０４、１０６、１０８のうちの１つ）に配置されてＭＲＵ１６０の内容物がインキュベーター１１４の温度近くまで加熱され得る。最もいくつかの実施形態では、望ましい反応は、異なる温度での複数回のインキュベーションを必要とし得る。かかる実施形態では、容器分配器１５０は、インキュベーションプロセスを続けるためにＭＲＵ１６０を第１のインキュベーターから（例えば、異なる温度に維持された）別のインキュベーターに移送し得る。最もいくつかの実施形態では、Ｓ８１０におけるインキュベーションステップ後、容器１６２内で起きている任意のインキュベーション反応を終了させるために、容器分配器１５０は、ＭＲＵ１６０をインキュベーターから（例えば、所定の温度に維持された）冷却器モジュール１２２に移送し得る。冷却器１２２は、オリゴハイブリダイゼーションを促進し得、発光測定の前にＭＲＵ１６０を冷却し得る。
【０２４９】
アッセイが標的核酸を磁気応答性固体支持体に固定化するためにステップを含む場合、磁気分離手順が、容器１６２の内容物について実施される。かかる実施形態では、ステップＳ８１２において容器分配器１５０は、（所定の時間、例えば、約８３０秒後に）ＭＲＵ１６０を冷却器モジュール１２２から、磁気応答性固体支持体を容器１６２の内壁に引き寄せ、これにより、固体支持体を懸濁液から取り出すための磁石を含む磁気集積ステーション１１０に移送する。例示的な集積ステーションは、米国特許第８，２７６，７６２号に記載されている。ステップＳ８１４では、磁気集積ステーションでの所定の時間（例えば、約３００秒）後、容器分配器１５０は、ＭＲＵ１６０を磁気洗浄ステーション１１８、１２０のうちの１つに移送する。ステップＳ８１６では、磁気洗浄手順が、磁気洗浄ステーション１１８、１２０（図２Ｆを参照のこと）に配置されたＭＲＵ１６０の内容物に対して実施される。例示的な磁気洗浄ステーションは、米国特許第６，３３５，１６６号および同第９，０１１，７７１号に記載されている。磁気分離手順は、複数回の磁気滞留を含み得、その間、容器１６２の内容物は、所定の時間磁力に曝露される。各磁気滞留の間、容器１６２の流体内容物は吸引されるが、磁気粒子はほとんど容器１６２内に単離されたままである。一例示的実施形態では、それぞれ約１２０秒の３回の磁気滞留が実施される。各磁気滞留の終了時に、容器の内容物から磁力が除去される。いくつかの実施形態では、各磁気滞留（最後の磁気滞留を除く）後、次の磁気滞留を開始する前に磁気粒子を再懸濁するために、所定の量の洗浄液（例えば、約１０００μＬの洗浄緩衝液）が各容器１６２に添加される。
【０２５０】
磁気洗浄プロセスの完了後（例えば、最後の磁気滞留に続いて容器１６２の流体内容物が吸引された後）、ステップＳ８１８において、容器分配器１５０は、ＭＲＵ１６０を磁気洗浄ステーション１１８、１２０からロードステーション１０４、１０６、１０８のうちの１つに移送する。ロードステーションに配置されている間、ステップＳ８２０において、試薬コンテナ１５２０（試薬コンテナ移送機構１７００により第１のモジュール１００に移送される）のうちの１つから所定の量（例えば、約５０〜１１０μＬ）の溶出緩衝液が、ＭＲＵ１６０の各容器１６２に添加される。溶出緩衝液は、さもなければリアルタイム増幅の間の検出に干渉し得る固体支持体から核酸を溶出するために添加される。いくつかの実施形態では、核酸の溶出効率を改善するために（例えば、ＭＲＵ１６０をインキュベーター１１２または１１４に移送することによって）容器１６２の内容物が加熱され得る。ステップＳ８２２において、溶出緩衝液の添加後、容器１６２の内容物は、（例えば、増幅ミックスロードステーション１０４において）ＭＲＵ１６０を撹拌することによって混合される。ステップＳ８２４において、ＭＲＵ１６０は、第１のモジュール１００から第２のモジュール４００の磁気スロット６２０に移送される。ＭＲＵ１６０を第１のモジュール１００から第２のモジュール４００に移送するために、容器分配器１５０の分配ヘッド１５２は、最初にＭＲＵ１６０を容器受け渡し装置６０２に配置する。次いで、受け渡し装置６０２は、回転して容器分配器３１２にＭＲＵ１６０の操作構造１６６を提示する。容器分配器３１２の操作フック３１８は、操作構造１６６に係合して、ＭＲＵ１６０を磁気スロット６２０に、または所望により、ＭＲＵ貯蔵部６０８に移送する。
【０２５１】
図３０は、例示的な反応混合物調製プロセス８３０を示す。当業者が理解するように、プロセス８３０のステップのうちの１つ以上は、図２９に示すプロセス８００のステップのうちの１つ以上と並行して進み得る。ステップＳ８３２において、第２のモジュール４００のピペッター４１０は、チップコンパートメント５８０のうちの１つに保有されるディスポーザブルチップトレイ５８２から、ディスポーザブルチップ５８４を取り出す。ステップＳ８３４において、ピペッター４１０は、試薬コンテナコンパートメント５００に保有される油コンテナ１８２０のうちの１つからある量の油（例えば、約１５μＬ）を吸引して、キャップ／バイアルコンパートメント４４０のキャップおよびバイアルトレイ４６０に保持された１つ以上の処理バイアル４６４に移送する。いくつかの実施形態では、油および反応混合物は、油が反応混合物上で浮遊する二相性であり得る。ＰＣＲなどのいくつかの例示的な核酸増幅反応において、油は、熱サイクルの間のバイアル中での凝縮物の形成を防止するのに役立ち得る。ステップＳ８３６において、ピペッター４１０は、ダストシュート４２８に使用されたピペットチップ５８４を廃棄し、ディスポーザブルチップトレイ５８２から新しいディスポーザブルピペットチップ５８４を取り出す。ステップＳ８３８において、ピペッター４１０は、溶媒コンテナからある量の再構成試薬（例えば、約２０μＬ）を、容器分配器３１２により前もって試薬パック回転ラック７０４から試薬パックロードステーション６４０に移送された試薬パック７６０の混合ウェル７６２に移送する。
【０２５２】
既知のＩＶＤアッセイが試料に対して実施される実施形態において、ステップＳ８３８では、ピペッター４１０は、所望の量の再構成緩衝液１６７０を（例えば、試薬コンテナコンパートメント５００の第２の試薬コンテナキャリア１６００に保有される）溶媒コンテナ１６２０から、核酸増幅反応を実施するための構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）などを含む単位用量試薬７６８を含む混合ウェル７６２に移送する。ＬＤＴが試料に対して実施される実施形態では、ステップＳ８３８において、ピペッター４１０は、溶媒コンテナ１９２０から（例えば、増幅反応のための第三者または顧客が開発した構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブなどを含む）所望の量の再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂを、かかる構成成分を含まない試薬７６８を有する混合ウェル７６２に移送し得る。既に説明したように、いくつかの実施形態では、溶媒コンテナ１９２０（再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂを含む）は、溶媒コンテナ１６２０（再構成緩衝液１６７０を含む）も支持する同一の第２の試薬コンテナキャリア１６００に提供され得る。すなわち、コンテナキャリア１６００の複数のポケット１６１０のうちの１つは、溶媒コンテナ１９２０を支持し得、同一のコンテナキャリア１６００の別のポケットは溶媒コンテナ１６２０を支持し得る。しかしながら、いくつかの実施形態では、再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂを有する溶媒コンテナ１９２０は、溶媒コンテナ１６２０とは異なるコンテナキャリアおよび／または異なる試薬コンテナコンパートメント（例えば、加熱または冷却されたコンパートメント）に支持され得る。ＩＶＤアッセイがいくつかの試料に対して実施され、ＬＤＴが他の試料に対して実施される実施形態において、ステップＳ８３８では、ピペッター４１０は、再構成緩衝液１６７０を（構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼ、ｄＮＴＰなどを含む）適切な増幅試薬７６８を含む第１の混合ウェル７６２に、および再構成液１９７０Ａまたは１９７０Ｂを（構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼなどを含まない）適切な増幅試薬７６８を含む第２の混合ウェル７６２に送達し、ここで、当該第１および第２の混合ウェルは、同一のまたは異なる試薬パック７６０の一部であり得る。
【０２５３】
ステップＳ８４０では、混合ウェル７６２の内容物は、試薬７６８（例えば、凍結乾燥試薬）を完全に溶解させるために混合される。１つの例では、ピペッター４１０は、液体をピペットチップ５８４内に吸引すること、および液体をウェル７６２内に再び分配することを交互に１回以上繰り返すことにより混合ウェル７６２内で液体を混合して、試薬７６８を溶解させる。ステップＳ８４２において、ピペッター４１０は、ある量の再構成された試薬（例えば、約２０μＬ）を増幅試薬パック７６０の混合ウェル７６２からバイアル４６４に移送する。いくつかの実施形態では、再構成された試薬は、核酸増幅反応を実施するのに必要なすべての成分（例えば、ポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ）、ｄＮＴＰ、塩化マグネシウム（ＭｇＣｌ２）など）を予備混合され、かつ最適化された形態で含み得る。いくつかの実施形態では、増幅オリゴマーは、再構成された試薬に含まれていなくてもよい。ステップＳ８４４において、ピペッター４１０は、使用されたチップ５８４を（ダストシュート４２８に）廃棄し、チップトレイ５８２から新しいピペットチップ５８４を取り出す。ステップＳ８４６において、ピペッター４１０は、ある量の溶出液（例えば、約５μＬ）を（図２９のプロセス８００のステップＳ８２４の）ＭＲＵ１６０の容器１６２から（ステップＳ８３４およびＳ８４２で油および試薬が添加された）処理バイアル４６４に移送し、これにより反応混合物を形成する。ステップＳ８４８において、ピペッター４１０は、使用されたピペットチップ５８４を再び廃棄する。
【０２５４】
図３１は、ＰＣＲ反応などの自動プロセスを実施するための例示的プロセス８５０を示す。ステップＳ８５２において、ピペッター４１０は、キャップおよびバイアルトレイ４６０のキャップウェルからキャップ４７６を、ピペッタープローブ４２２をキャップ４７６に挿入して、それとともに摩擦係合を生じることなどによって取り出す。ステップＳ８５３において、ピペッター４１０は、次いで、キャップ４７６を処理バイアルウェル４７４に保持された（プロセス８３０のステップＳ８４６の）処理バイアル４６４に、キャップ４７６がバイアル４６４と係止してキャップ／バイアルアセンブリ４８０（図１５Ａおよび１５Ｂを参照のこと）を形成するまで挿入する。ステップＳ８５４において、ピペッター４１０は、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を遠心分離機５８８に移送し、ここで、キャップ／バイアルアセンブリ４８０は、バイアル４６４内の反応混合物を濃縮するのに十分な時間間遠心分離される（例えば、３０００ＲＰＭにて３０秒間バイアルを遠心分離する）。ステップＳ８５６において、遠心分離機内で所定の時間後、バイアル移送アーム４１８は、遠心分離機５８８で保持されたキャップ／バイアルアセンブリ４８０のキャップ４７６に挿入され、遠心分離機５８８からキャップ／バイアルアセンブリ４８０を取り外す。ステップＳ８５７において、バイアル移送アーム４１８は、次いで、キャップ／バイアルアセンブリ４８０をサーマルサイクラー４３２に移送し、キャップ／バイアルアセンブリ４８０を容器ホルダ４０１０のウェル４００４内に配置し（例えば、放出する）、ここで反応混合物は核酸増幅反応の温度条件に曝露される。容器ホルダ４０１０にキャップ／バイアルアセンブリ４８０を配置する例示的な方法は、米国公開特許出願第２０１４／００３８１９２号に記載されている。ステップＳ８５８において、インキュベーションプロセスは、キャップ／バイアルアセンブリ４８０の反応混合物に対して実施される。インキュベーションプロセスは、ＰＣＲ反応に関連する熱サイクルなどの熱サイクルを含み得る。いくつかの実施形態では、熱サイクルは、複数の温度サイクルを含み得、温度は、例えば、（ｉ）標的二本鎖ＤＮＡ分子の変性または融解を促進するための約９４℃〜約９８℃、（ｉｉ）生じた一本鎖ＤＮＡ鋳型にプライマーがアニーリングするための約５０℃〜約６５℃、および（ｉｉｉ）プライマーの伸長およびＤＮＡ鋳型に相補的な新規のＤＮＡ鎖合成のためのＤＮＡポリメラーゼに応じて約７０℃〜約８０℃の間で異なり得る。ステップＳ８６０において、バイアル４６４の内容物は、例えば、蛍光モニタリングによってモニタリングされ得る。いくつかの実施形態では、蛍光モニタリングは増幅（リアルタイム増幅）の間、実施され得るが、他の実施形態では、蛍光モニタリングまたはいくつかの他の形式の検出が増幅（エンドポイント増幅）後に行われ得る。蛍光モニタリングは、蛍光光度計などの信号検出器４０２０（図１６Ｉ、１７Ａ、１７Ｂを参照のこと）を使用したバイアル４６４内容物により放出される電磁信号の１つ以上の関連する波長（例えば、色波長）の検出に基づいてバイアル４６４の内容物中の１つ以上の分析物の存在（または非存在）を検出するために使用され得る。増幅の間、モニタリングが実施される実施形態において、信号検出器４０２０は、サーマルサイクラー４３２と連動し得る。いくつかの実施形態では、増幅の間、異なる波長での定期的な蛍光強度測定が、その後の処理および分析のための蛍光時系列データを生成するために一定の間隔で実行され得る。ステップＳ８６２において、モニタリング後、試料は、廃棄または貯蔵され得る。すなわち、ステップＳ８５８およびＳ８６０後、バイアル移送アーム４１８は、サーマルサイクラー４３２からキャップ／バイアル４８０アセンブリを取り出し、それをダストシュート４２８に廃棄し得るか、またはキャップ／バイアルアセンブリ４８０をコンパートメント５９０の貯蔵トレイ４５２に移送し得る。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、分析システム１０００は、異なる構成の試薬および／または異なる溶媒（例えば、異なる単位用量試薬、異なる構成成分を含有する試薬など）を必要とする（核酸増幅反応を含む）２つ以上のアッセイを実施するために使用され得る。図３２は、分析システム１０００を使用して試料（同一の試料または異なる試料）に対して異なるアッセイを実施する例示的プロセス８７０を示す。ステップＳ８７２で、複数の試料が、分析システム１０００にロードされる。試料のうちの１つ以上（例えば、第１のサブセット）が、１つのアッセイ（第１のアッセイ）について指定され得、試料のうちの１つ以上（例えば、第２のサブセット）が、異なるアッセイ（第２のアッセイ）について指定され得る。一般に、試料の第１および第２のサブセットは、同一試料の一部または異なる試料の一部であり得る。すなわち、２つの異なるアッセイは、同一試料（例えば単一の容器１０７に含まれる試料、図４Ｂを参照のこと）のアリコートに対して、または異なる試料（例えば、異なる容器１０７に含まれる試料）に対して実施され得る。試料の第１および第２のサブセットが異なる容器１０７で含まれる場合、それらは、同時に（例えば、第１または第２のアッセイのいずれかを開始する前に）、または異なる時点でシステム１０００にロードされ得る。いくつかの実施形態では、第２のサブセットの試料（例えば、ＬＤＴについて指定される）は、第１のサブセット（例えば、ＩＶＤアッセイについて指定される）がロードされた後、システム１０００にロードされ得る。例えば、いくつかの実施形態では、第２のサブセットの試料（例えば、ＬＤＴについて指定される）は、第１のアッセイ（例えば、ＩＶＤアッセイ）が既に開始された後（例えば、反応混合物調製プロセスの間または後（図３０を参照のこと））にシステム１０００にロードされてもよい。
【０２５６】
一般に、システム１０００は、試料を、当該試料に対して実施されるアッセイタイプに関係なくそれらがシステム１０００に受け取られた順序で処理する。これは、試料がアッセイタイプに基づいて集められ、次いで一緒にバッチ処理されるバッチモードシステムとは対照的である。システム１０００は、単に試料がシステム１０にロードされた順序だけに基づいて、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴの両方を含む異なる試薬および／または条件を必要とするアッセイを同時に実施することができる（システム１０００に一緒にロードされた試料は任意の順序で処理され得る）。いくつかの実施形態では、システム１０００は、後にロードされた試料が順不同に、結果として前にロードされた試料より早く処理されるのを可能にさえし得る。この実施形態では、第１の、前にロードされた試料の処理が、処理のある段階で中断されて、第２の、後にロードされた試料の処理が第１の試料の前にまたはそれと同時に完了するのを可能にし得る。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、システム１０００は、試料容器に提供される表示（例えば、バーコード）に基づいて、および／またはユーザにより（例えば、システム１０のユーザインタフェース５０を使用して）システムに入力される情報によって実施されるべきアッセイタイプを認識し得る。いくつかの実施形態では、第１のアッセイは、システム１０００に貯蔵された第１の単位用量試薬を使用したＩＶＤアッセイを含み得る。第２のアッセイは、システム１０００に貯蔵された第２の単位用量試薬（第１の単位用量試薬と異なる）を使用したＬＤＴを含み得る。第１および第２のアッセイの各々は、それぞれのアッセイに関連する時間的ワークフロースケジュールを含み得図２９〜３１に関して記載されたステップに従って実行され得る。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７４において、分析システム１０００は、リソースの使用が最適化されるように第１のアッセイおよび第２のアッセイを実行するスケジュールを調整する。例えば、第１および第２のアッセイは、システム１０００の同一リソース（例えば、流体移送装置、遠心分離機５８８、インキュベーター（１１２、１１４、１１６）、サーマルサイクラー４３２など）の一部の使用を必要とし得る。効率を増加させる（例えば、スループットを増加させる、処理時間を最小限にするなど）ために、システム１０００は、２つのアッセイのスケジュールを両方のアッセイが効率的な様式でこれらのリソースを使用できるように操作（移動、再編成など）し得る。
【０２５８】
ステップＳ８７６で、分析システム１０００は、第１の試料サブセットに対する第１のアッセイを実施する。代表的実施形態では、第１のアッセイは、構成成分、例えば、増幅オリゴマー、プローブ、ポリメラーゼ、ｄＮＴＰなどを含む第１の単位用量試薬７６８を使用して実施され得る。ステップＳ８３８（図３０の）においてこの試薬７６８を再構成する間、これらの構成成分を含まない再構成緩衝液１６７０（試薬コンテナコンパートメント５００の溶媒コンテナ１６２０で含まれる）が使用され得る。ステップＳ８７８で、システム１０００は、第２の試料サブセットに対する第２のアッセイを実施する。一部の例示的実施形態では、第２のアッセイは、増幅オリゴマーおよびプローブなどのこれらの構成成分のうちの少なくともいくつかを含まない第２の試薬７６８を使用し得る。ステップＳ８３８（図３０の）において第２の試薬７６８を再構成する間、第２のアッセイは、これらの構成成分を含む再構成液１９７０Ａ、１９７０Ｂ（コンテナコンパートメント５００または異なるコンパートメントに貯蔵された溶媒コンテナ１９２０に含まれる）を使用し得る。いくつかの実施形態では、第１および第２の試薬７６８は、異なる試薬パック７６０に提供され得る。しかしながら、いくつかの実施形態では、第１および第２の試薬７６８の両方は、単一の試薬パック７６０（例えば、単一の試薬パック７６０の異なる混合ウェル７６２）に提供され得る。
【０２５９】
したがって、第１のアッセイに使用される第１の単位用量試薬および第２のアッセイに使用される第２の単位用量試薬を貯蔵し、それらへの有効なアクセスを提供するシステム１０００は、ステップＳ８７６およびＳ８７８を実施する。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７６およびＳ８７８は、追加の機器準備（例えば、システム１０００の機器を拭くこと）、試薬準備（システム１０００に貯蔵される試薬ビンを交換すること）、消耗品準備（空のチップトレイを交換すること）などをせずに実施され得る。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７６が実施されている間にステップＳ８７８が開始される。すなわち、分析システム１０００は、第１のアッセイおよび第２のアッセイを同時に実施する。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７６およびＳ８７８の間、システム１０００は、必要な試薬７６８を含む試薬パック７６０がロードステーション６４０のうちの１つに配置されているかどうか確認する。配置されていない場合、分配システムが、ロードステーション６４０に存在する試薬パック７６０を要求されたアッセイに必要な試薬７６８を含む試薬パック７６０と交換する。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７６が完了した後、ステップＳ８７８が開始される。いくつかの実施形態では、ステップＳ８７８はステップＳ８７６の後に開始されるが、ステップＳ８７８が、ステップＳ８７６が完了する前に完了してもよい。いくつかの実施形態では、システム１０００は、ステップＳ８７６とＳ８７８を交互に繰り返し得る。例えば、分析システム１０００は、第１の試料サブセットのうちの１つ以上の試料に対して第１のアッセイを実施し得、次いで第２の試料サブセットのうちの１つ以上の試料に対して第２のアッセイを実施し得る。次いで、システム１０００は、ステップＳ８７６にもう一度切り替え得、第１の試料サブセットのうちの１つ以上の追加の試料に対して第１のアッセイを実施し得る。いくつかの実施形態では、システム１０００は、アッセイのスケジュールを変更するように構成され得る。例えば、第１のアッセイ（すなわち、ステップＳ８７６）のための試料（例えば、同一または異なる試料のアリコート）が、システム１０００に既にロードされており、分析が開始されていてもよい。例えば、試料（第１のアッセイが実行されている同一の試料または異なる試料）に対する異なるアッセイ（例えば、第２のアッセイ、ステップＳ８７８）を実施する緊急の要求に対応するために、第１のアッセイよりも第２のアッセイを優先させようにアッセイのスケジュールが変更され得る。第２のアッセイのための試料がシステム１０００にまだロードされていない実施形態では、試料を含む容器１０７がシステム１０００にロードされ得る。優先順序を付け直されたスケジュールには、例えば、第２のアッセイを第１のアッセイより優先する様式で実施すること、第１のアッセイのために第２のアッセイが遅れないようにアッセイのスケジュールを再編成すること、などが含まれ得る。
【０２６０】
ハードウェアおよびソフトウェア
本開示の態様は、制御およびコンピューティングハードウェア構成要素、ユーザ作成ソフトウェア、データ入力構成要素、およびデータ出力構成要素により実装される。ハードウェア構成要素として、１つ以上の入力値を受信すること、入力値を操作するか、または別様にそれに作用する命令を提供する非一時的機械可読媒体（例えば、ソフトウェア）上に記憶された１つ以上のアルゴリズムを実行することによって計算および／または制御ステップを達成し、１つ以上の出力値を出力するように構成された、マイクロプロセッサおよびコンピュータなどのコンピューティングおよび制御モジュール（例えば、システムコントローラ（複数可））が挙げられる。そのような出力は、情報、例えば、機器の状態またはそれによって実施されているプロセスに関する情報をユーザに提供するために、ユーザに表示または別様に示され得、またはそのような出力は、他のプロセスおよび／または制御アルゴリズムへの入力を含み得る。データ入力構成要素は、データが制御およびコンピューティングハードウェア構成要素により使用されるために入力される、要素を含む。そのようなデータ入力としては、位置センサ、モータエンコーダ、ならびにグラフィックユーザインタフェース、キーボード、タッチスクリーン、マイクロフォン、スイッチ、手動操作式スキャナ、音声起動入力などの手動入力要素が挙げられ得る。データ出力構成要素としては、ハードドライブまたは他の記憶媒体、グラフィックユーザインタフェース、モニタ、プリンタ、指標光、または可聴信号要素（例えば、ブザー、ホーン、ベルなど）が挙げられ得る。ソフトウェアは、制御およびコンピューティングハードウェアによって実行される場合、制御およびコンピューティングハードウェアに、１つ以上の自動または半自動プロセスを実施させる、非一時的コンピュータ可読媒体上に記憶された命令を含む。
いくつかの実施形態では、システム１０００は、コンピュータ制御式コントローラ５０００（図３３において図式的に示される）を含む制御システムを含み得る。コントローラ５０００は、制御システムまたはシステム１０００に接続されたコンピュータであり得るか、またはシステム１０００と一体化されたコンピュータ構成要素を含み得る。これらのコンピュータ構成要素は、１つ以上のマイクロプロセッサ、ディスプレイ、キーボード（および／または他のユーザ入力装置）、メモリコンポーネント、プリンタ（複数可））などを含み得る。コントローラ５０００は、ユーザからの入力（例えば、ユーザ入力）、試料（例えば、容器１０７および試料保持ラック１０など、図３Ｂおよび３Ｃを参照のこと）、試薬パック７６０、試薬コンテナキャリア１６００、試薬コンテナ１６２０、１９２０などからの入力（例えば、バーコードリーダからの識別情報など）を受信し、システム１０００でのアッセイの性能を管理するように構成され得る。コントローラ５０００は、ユーザがアッセイ（例えば、ＬＤＴ）に関連したユーザ定義のパラメータをシステム１０００に入力し、システム１０００上の異なるアッセイをスケジュールするのを可能にし（例えば、試料をアッセイに関連付け、アッセイの異なるステップが実行されるべき時間をスケジュールするなど）、制御システム１０００にアッセイに関連する異なるステップを実行させ、アッセイの性能をモニタリングさせ、ユーザのために結果を出力させる（ディスプレイ上、プリントアウトなど）ソフトウェアアルゴリズムを含み得る。コントローラ５０００は、システム１０００の異なる装置に、アッセイに関連する異なるステップ（例えば、図２６〜３２に関連するステップ）を実行するように命令を送信する。例えば、コントローラ５０００は、ピペッター４１０（例えば、ピペッター４１０に関連したモータなど）に、図３０のステップＳ８３２を実施するためにチップコンパートメント５８０のうちの１つのディスポーザブルチップトレイ５８２からディスポーザブルチップ５８４を取り出すように命令を送信し得る。またコントローラ５０００は、ステップＳ８３４（図３０の）を実施するために、十分な量の油（例えば、約１５μＬ）を油コンテナ１８２０からキャップおよびバイアルトレイ４６０などに保持された１つ以上の処理バイアル４６４に移送するようにピペッター４１０に命令を送信し得る。コントローラ５０００が命令を送信するシステム１０００の装置は、システム１０００の既に記載されている装置のいずれかまたは既に記載されている装置の組み合わせもしくは改変例である装置を含み得ることに注意すべきである。かかる組み合わせおよび改変は、当業者に周知であるため、それらは明示的に本明細書に記載されない。コントローラ５０００は、アッセイの以前に決定された順番を再度優先順位付けするように構成され得る（例えば、後にロードされた試料に対する異なるアッセイを、前にロードされた試料に対する別のアッセイを実施する前にまたは間に実施するために）。
【０２６１】
アッセイプロトコル定義
核酸増幅アッセイは、アッセイを定義する異なるパラメータ（すなわち、アッセイプロトコル）に従ってシステム１０００によって実施される。一般に、これらのパラメータは、コントローラ５０００によって実行されると、アッセイの間、システム１０００によって実施されるステップを生じさせるコンピュータ実行可能命令を含む（例えば、使用されるべき試薬の種類および量、インキュベーション条件、温度サイクリングパラメータ（例えば、サイクル時間、変性温度、アニーリング温度および伸長温度を含む温度、ＲＮＡまたはＤＮＡ標的の選択など）など）。これらのパラメータは、データ処理、データ整理、およびプロトコルによって生成されたデータについての結果の解釈が含まれ、そのようなステップは、コントローラ５０００、またはすべてもしくは一部がコントローラ５０００およびシステム１０００から離れているコンピュータによって実施されてもよい。ＩＶＤアッセイは、既知の標準化された（およびは規制された）アッセイであるため、それらのパラメータは通常、公知かつ／または固定であり、ユーザによって変更することができない。いくつかの実施形態では、例示的なＩＶＤアッセイのためのパラメータは、システム１０００に事前インストール／事前ロードさ得る。しかしながら、ＬＤＴは、ユーザまたは第三者によって開発または確立されるため、ＬＤＴを定義するパラメータの少なくとも一部はユーザ／第三者によって提供される。ＩＶＤアッセイを実施するように構成された機器は、ＩＶＤアッセイプロトコルを実行するように機器の製造元によって事前にプログラムされる。機器がユーザ定義のＬＤＴを実施できるようにするには、機器コントローラを機器の製造元またはプロバイダーによって再プログラムされて、ＬＤＴプロトコルも含めなければならない。種々の実施形態では、コントローラ５０００は、アッセイに関連するユーザ定義のパラメータを選択することにより、ユーザがＬＤＴプロトコルを定義（または変更）および保存できるように構成されている。このため、システムは、ＬＤＴプロトコルなどの事前にプログラムされていないプロトコルを実施するように、ユーザによって設定可能である。これにより、ユーザは新しい未使用のプロトコルをプログラムできるだけでなく、機器製造元またはプロバイダーによる機器の再プログラムを必要とすることなく、既存のプロトコルを変更することもできるようになる。
【０２６２】
後により詳細に記載されるように、ＬＤＴがシステム１０００によって実行または実施され、データセットが取得された後、コントローラ５０００は、ユーザがデータを処理し、アッセイの結果を検討するのを可能にする。コントローラ５０００は、ユーザがユーザ定義のパラメータの少なくとも一部を変更し、変更したユーザ定義のパラメータを使用してデータセットを再実行し、結果を再検討して、アッセイ結果に対する選択されたユーザ定義のパラメータの影響を調査することも可能にし得る。したがって、いくつかの実施形態では、コントローラ５０００は、ユーザがＬＤＴを実行するためのユーザ定義のパラメータの最適化されたセットを決定することを可能にし得る（例えば、ユーザにより立証された結果をもたらす１セットのユーザ定義のパラメータ）。次いで、コントローラ５０００は、ユーザが最適化されたユーザ定義のパラメータを作成された（または確立された）ＬＤＴプロトコルに関連付け、開発されたＬＤＴのためのパラメータを確定させ、ロックする（例えば、それらが不注意に変更されないように）ことを可能にし得る。いくつかの実施形態では、プロトコルをロックすることは、システム１０００がアッセイ結果を検査室情報管理システム（またはＬＩＳ）に報告することを可能にし得る。プロトコルがロックされている場合であっても、それは以下でより詳細に記載されるソフトウェアツールでアンロックおよび変更され得ることに留意されたい。ロックされたプロトコルがソフトウェアツール内で変更される場合、それは自動的にアンロックされ、ユーザはそれを再度ロックするためにＬｏｃｋ機能を選択することを必要とする。システム１０００は、ディスプレイ装置５０上のすべてのアンロックされたプロトコルを「アンロック」と識別し、すべてのロックされたプロトコルを「ロック」と識別する（図３７Ｂのオープンアクセスプロトコル画面８０１０を参照のこと）。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、ソフトウェアツールは、ユーザがユーザ定義のパラメータを使用してＬＤＴプロトコルを定義または確立することを可能にする、システム１０００中のソフトウェアアルゴリズム（例えば、システム１０００のコントローラまたは他のコンピュータシステムにロードされる）を含む。種々の実施形態では、ソフトウェアツールは、標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムを提供し、ユーザ定義のパラメータは、コンピュータ制御式自動分析装置（例えば、コントローラ５０００によって制御されるシステム１０００）に、システムが作成したアッセイプロトコルに従ってアッセイを実施させるコンピュータ実行可能命令を含む。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、これらのアルゴリズムは、ユーザ定義のパラメータを使用してＬＤＴを定義するためにシステム１０００から遠隔したコンピュータシステム上で実行され得、コンピュータシステムによって生成された出力ファイルは、システム１０００にインストールされ得る。いくつかの実施形態では、ユーザが開発したＬＤＴ（ロックまたはアンロックされた）は、配線接続を介してシステム１０００に転送されるか、または携帯型記憶装置（例えば、ＵＳＢドライブ、メモリースティックなど）でシステム１０００に輸送され得る。次に、ＬＤＴプロトコルを定義または変更するために使用され得る例示的なソフトウェアインタフェース（以下「ソフトウェアツール」と称する）が記載される。記載されるソフトウェアツールは、単に例示であり、多数の変形が可能であり、本開示の範囲内であることに留意されたい。前述したように、一般に、ソフトウェアツールは、（例えば、システム１０００のディスプレイ装置５０を介して）システム１０００上でインストールして実行され得るか、またはシステム１０００から遠隔したコンピュータシステム上でインストールして実行され得る。例えば、いくつかの実施形態では、ソフトウェアツールは、ユーザ定義のパラメータを用いたアッセイプロトコルおよび設定を作成するためにデスクトップまたはラップトップコンピュータ上でインストールして実行され得、これらは次いで、システム１０００にインストールされる。種々の実施形態では、ソフトウェアツールによって作成されたアッセイプロトコルは、ユーザ定義の（またはユーザが調整可能な）パラメータと非ユーザ定義の（ユーザが調整可能でない）パラメータとの両方を含む。システム１０００上でアッセイを実行させた後、システム１０００によって（例えば、アッセイの間に）生成された生データは、次いで、コンピュータシステム（例えば、リモートコンピュータシステム）に転送され、生データは、増幅曲線を生成するためにデータ分析パラメータを使用してコンピュータシステムに処理され得る。コンピュータシステムによって使用されるデータ分析パラメータは、ユーザ定義の（またはユーザにより調整可能な）パラメータおよび非ユーザ定義の（ユーザにより調節可能でない）パラメータを含む。
【０２６５】
前述したように、ソフトウェアツールは、システム１０００用のコンピュータ実行可能なアッセイプロトコルを生成することができる。各アッセイは、アッセイ定義ファイル（ＡＤＦ）内に定義され得、これは、結果を処理する方法、どのようなプロセスステップが実行されるか、それらが実行される順序、生成される解釈などを記載する情報を含み得る。ＬＤＴのためのプロトコルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅の間のリアルタイム検出器（例えば、蛍光光度計）からのバックグラウンド信号を超える信号（例えば、蛍光信号）の発生サイクル（ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ  ｃｙｃｌｅ）を決定する一連の数学的計算およびテストを使用し得る。リアルタイムＰＣＲは、標的分析物（すなわち、ＤＮＡまたはＲＮＡ）の増幅をリアルタイムでモニタリングする。いくつかの実施形態では、ＰＣＲは、蛍光検出能力を有するサーマルサイクラー４３２で実施される。試料の標的分析物はＰＣＲの間、増幅され、蛍光信号を生成し、これは相対蛍光単位（ＲＦＵ）の測定値で記録され得る。この記録データは、元の試料中の標的分析物の状態（例えば、有効、無効、陽性、陰性、および／または濃度）を決定するために一連のステップ（場合により、Ｔサイクル（またはＣｔ）アルゴリズムと称される）で処理される。例示的なＴサイクル（またはＣｔ）アルゴリズムは、以下に記載される。サイクルとは、サーマルサイクラー（例えば、サーマルサイクラー４３２）での一周の熱処理反応を指す。典型的には、ＰＣＲ反応は、複数サイクル（例えば、３５〜５０サイクル、３５〜４５サイクル、４０〜５０サイクルなど）を行う。検出チャネルごとの複数の蛍光測定が、各サイクル内で行われ得る。Ｃｔとは、増幅の間に分析物に特異的な信号が予め設定された閾値限界に到達したサイクル数である（発生サイクルとも称される）。
【０２６６】
ソフトウェアツールは、ユーザが、異なる機能および情報へのアクセスを提供するインタラクティブボタン、メニュー、および／またはアイコンを含む１つ以上のウィンドウ、画面、またはＧＵＩを介してＬＤＴプロトコルを開発し、定義することを可能にする。ユーザによって実行または起動された場合、ソフトウェアツールは、プロトコルライブラリー（例えば、ソフトウェアツールに記憶されたアッセイプロトコルのリスト）を表示する管理プロトコル画面を開き得る。図３４Ａは、ソフトウェアツールの例示的な管理プロトコル画面（ＧＵＩ）６０００を示す。管理プロトコル画面６０００は、ユーザがアッセイプロトコル作成、編集、表示／印刷、およびエクスポートすることを可能にし得る。利用可能なアッセイプロトコルのリストは、管理プロトコル画面６０００で表示される。「フィルター」の様々な選択基準を選択することによって、選択された選択基準を満たすプロトコルのリストが、管理プロトコル画面６０００に表示される。「既に存在するプロトコルを編集」アイコンを選択すること、またはプロトコル名をダブルクリックすることにより、ユーザが既存のプロトコルを開き、編集することが可能となる。表示されたプロトコルを選択した後に「表示／印刷」アイコンを選択することにより、読み取り可能および印刷可能なフォーマットで選択されたプロトコルの詳細が表示され、「エクスポート」を選択することにより、選択されたプロトコルがファイル（例えば、ｐｄｆファイル）に保存される。「非表示」アイコンは選択されたプロトコルを非表示にし、それを編集に利用できなくする。「非表示」が選択された場合、アイコンは「再表示」に変更され得る。「再表示」を選択することは、非表示にされたプロトコルを編集に利用可能にする。後述するように、「エクスポート」を選択することにより、選択されたプロトコルが（例えば、システム１０００に転送するために）エクスポートされる。「新規作成」アイコンを選択することにより、ユーザが、例えば、名称、抽出物の種類、標的、温度プロファイル、結果処理パラメータ、結果解釈パラメータ、プロトコルの状態、ＬＩＳ報告、エクスポートなどのプロトコルのパラメータを選択または定義することによって新規プロトコルを定義することを可能にする一連の画面が表示され得る。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、「新規作成」アイコンを選択することは、新規プロトコルのタイプ選択画面６００５を表示し得る。図３４Ｂは、ソフトウェアツールの例示的な新規のプロトコルのタイプ選択画面（ＧＵＩ）６００５を示す。新規プロトコルのタイプ選択画面６００５は、ユーザが「プロトコル名称」欄にプロトコル名を入力するのを可能にする。入力された名称は、ソフトウェアツール内で（およびそれがシステム１０００にインストールされた後にシステム１０００内で）定義済みアッセイを識別するために使用され得る。いくつかの実施形態では、アッセイに割り当てることができる名称の種類を限定する制限（例えば、名称は一意的でなければならず、名称の文字数は≦１１でなければならない、など）が存在し得る。いくつかの実施形態では、アッセイをＬＤＴとして特定するために接頭辞（例えば、「ＬＤＴ−」）が名称に追加され得る。次いで、新規プロトコルのタイプ選択画面６００５は、ユーザに掲示された選択肢から適切な抽出タイプ（すなわち、例えば図２６に示される抽出プロセスなどの抽出プロセス）および試料吸引高さを選択することによってプロトコルタイプを選択するように促し得る。選択可能な抽出タイプの「ウイルス」および「ウイルス／細菌」は、抽出プロセスで使用されることになる、抽出試薬キット（すなわち、使用される抽出試薬（例えば、標的捕捉試薬））および事前にプログラムされたワークフロー（例えば、図２６に示されているもの）を指す例示的な名称である。選択された「抽出パラメータ」には、抽出タイプ（例えば、「ウイルス」または「ウイルス／細菌」）、抽出される物質のタイプ（例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡまたはＤＮＡ）、抽出試薬（複数可）（キット）の仕様（例えば、ＦＣＲ−Ｓ／ＦＥＲ−ＳまたはＦＣＲ−Ｘ／ＦＥＲ−Ｘ）、試料コンテナから引き出される試料液の体積（例えば、３６０μＬまたは３００μＬ）、および試料吸引高さ（低、中、または高）のうちの１つ以上を含む、試料物質から標的分析物を抽出するプロセスに関する１つ以上のパラメータが含まれてもよい。実施形態では、図３４Ｂに示されるように、抽出パラメータは、前述のパラメータの選択された事前に定義された組み合わせを含んでもよい。典型的には、以下の要因の一部またはすべてが、所望の抽出タイプを選択する際に考慮され得る：アッセイがウイルスアッセイであるか細菌アッセイであるか；試料が溶解するのが困難であるかどうか；試料が粒子を含むと予想されるかどうか；および試料管が貫通可能なキャップを含むかどうか。新規プロトコルのタイプ選択画面６００５における「低」、「中」、および「高さ」は、試料管から吸引される試料の高さを指す。試料吸引高さは、試料マトリックスに依存し得る。便試料などの沈殿物を有する試料は、例えば、試料管の底部付近に蓄積し得る粒子状物質がシステム１０００を詰まらせるのを回避するために「中」または「高い」の設定を必要とし得る。このため、ソフトウェアツールの新規プロトコルタイプ選択画面（ＧＵＩ）６００５により、ユーザは、１つ以上の抽出パラメータを選択して、システム１０００の動作を制御し、ＬＤＴと最も互換性のある様式で試料物質から標的分析物を抽出（分離およ��精製）することができるようになる。所望の抽出タイプを選択した後に「プロトコルを新規作成」ボタンまたはアイコンを選択することにより、プロトコル識別画面６０１０が起動され得る。
【０２６８】
図３４Ｃは、ソフトウェアツールの例示的なプロトコル識別画面（ＧＵＩ）６０１０を示す。プロトコル識別画面６０１０は、ユーザが作成者名および他の任意の識別情報を入力するのを可能にする。「セットアップ」下のナビゲーションペインから「抽出＆ＰＣＲ」ボタンを選択することにより、新規プロトコルタイプ選択画面６００５で選択された抽出タイプに関する抽出詳細が事前に入力された欄を有する画面（図示せず）を起動し得る。「セットアップ」ナビゲーションペインから「標的」ボタンを選択することにより、ユーザがプロトコルの実行中にシステム１０００のマルチチャネル信号検出器の所与のチャネルで検出される１つ以上の標的となる分析物を指定する標的パラメータを定義することを可能にする、標的セットアップ画面６０１５を起動し得る。この文脈において、「チャネル」は、特定の分析物の存在を示す検出プローブに関連し得る固有の信号を検出するように構成されている信号検出器の要素（または異なる信号検出器）を指す。例えば、上記の蛍光光度計４０３０などの蛍光光度計を備える信号検出器の場合、「チャネル」という用語は、各蛍光光度計によって励起および検出される固有の蛍光色を指す。図３４Ｄは、ソフトウェアツールの例示的な標的セットアップ画面（ＧＵＩ）６０１５を示す。実施形態では、ソフトウェアツールは、最高５つのチャネルが標的セットアップ画面６０１５を使用して選択されるのを可能にし得る。これらの選択されたチャネルおよび標的名は、プロトコルを作成した後でも編集され得る。マルチチャネル蛍光光度計を用いるシステム１０００では、ユーザは、標的セットアップ画面６０１５を使用して、プロトコルによって使用されるべき蛍光チャネル（複数可）を選択し得る。例示的な検出波長範囲および色素名が、各チャネルについて提供され得る。所与の標的分析物について選択されたチャネルの波長範囲は、アッセイプロトコルの開発対象であるＬＤＴの再構成液の検出プローブで使用される色素に対応することになる。各チャネルが、チャネル番号の左に付随するボックスを選択することによって個別に選択されてもよく、またはすべてのチャネルが、チャネルウィンドウの左上隅上のチェックボックスを選択することによって自動的に選択または選択解除されてもよい。ユーザは、「分析物名称」欄に各々の選択されたチャネルでの分析物名称を入力し得る。入力された分析物名称は、エクスポートおよび報告に関してこれらのチャネルからの結果と関連付けられ得る。いくつかの実施形態では、「分析物名称」欄で入力され得る名称に対する制限（例えば、長さ１０文字以下、文字で始まる、など）が存在してもよい。所望によりユーザは、「追加情報（任意）」欄に各々の選択されたチャネルに関連した追加の情報に入力し得る。よって、標的セットアップ画面６０１５により、ユーザは、システム１０００の動作を制御して、ＬＤＴで使用される検出プローブを検出することで、ＬＤＴの開発対象であった標的となる分析物を検出するためのプロトコルをカスタマイズすることができるようになる。
【０２６９】
「セットアップ」ナビゲーションペインから「サーモサイクラー」ボタンを選択することにより、サーモサイクラーセットアップ画面６０２０を起動することができる。図３４Ｅは、ソフトウェアツールの例示的なサーモサイクラーセットアップ画面（ＧＵＩ）６０２０を示す。サーモサイクラーセットアップ画面６０２０を使用して、ユーザは、デフォルトの温度プロファイルを選択するかまたはシステム１０００のサーマルサイクラー４３２を制御するためのコンピュータ実行可能命令を定義するカスタム温度プロファイルを作成し得る。「プロファイル」ドロップダウンメニューを使用して、デフォルトの温度プロファイルは選択されるかまたはカスタムプロファイルが入力され得る。いくつかの実施形態では、「プロファイル」ドロップダウンメニューを使用して、ユーザは、例えば、「ＤＮＡ」および「ＲＮＡ／ＤＮＡ」からデフォルトの温度プロファイルを選択するかまたは「カスタム」を選択することによって、カスタムプロファイルを入力し得る。図３４Ｅに図示するように、サーモサイクラーセットアップ画面６０２０のメインペインは、温度パラメータ、例えば、温度、持続時間、サイクル数（すなわち、サイクルステージの２つ以上の温度ステップが繰り替えられる回数）などをユーザが入力（または選択）して、カスタム温度プロファイルを定義することができる（あるいはユーザがデフォルトの温度プロファイルを選択する場合には、そのような温度パラメータの組み合わせは事前に定義されることになる）ボックスを含む。デフォルトの熱サイクルプロファイルの熱サイクルステップを調整することにより、「プロファイル」の温度プロファイル選択が自動的に「カスタム」にされ得る。デフォルトの温度プロファイルのうちの１つを選択することにより、選択されたデフォルトの温度プロファイルの選択に戻すことができる。一般に、メインペイン内の「温度」および「持続時間」についてのボックスにおいて温度および持続時間値を入力または選択することによって、任意の所望の温度プロファイルが定義され得る。いくつかの実施形態では、定義されるカスタム温度プロファイル関する制限が存在し得る。例えば、いくつかの実施形態では、定義されたカスタム温度プロファイルは、定義された温度プロファイルの総持続時間は、５５分以下でなければならない、温度プロファイルは、８０℃を超える任意のステップについて最低５秒間を有さなければならない、温度プロファイルは、７０℃よりも高い加熱ステップ後に５５℃を下回って冷却してはならない、温度プロファイルは、光学素子がオンの状態で最大１つのステップを有さなければならない、光学素子（光学素子がオンの状態でのステップ）は、少なくとも１３秒間動作しなければならない、などのルールのうちの一部またはすべてに従う必要があり得る。上記の規則は単なる例示であり、サーマルサイクラー４３２の使用を最適化するために任意のタイプの規則を実施できることに留意されたい。一般に、かかるルールは、最適化されたランプ速度を達成し、定義されたＬＤＴプロトコルをＩＶＤプロトコルと交互配置するためのタイミングを維持するためにソフトウェアツールで実装される。例えば、これらのルールは、異なるアッセイ（ＩＶＤ、ＬＴＤなど）に供される試料がサーマルサイクラー４３２の同一のゾーンを共有するのを可能にし、したがって、その使用を最大化する。デフォルトのカスタム温度プロファイルは２つのステップ（「ステップ１」および「ステップ２」）または２ステップ温度プロファイルを有する温度プロファイルであるが、ユーザは、カスタム温度プロファイルを支配するソフトウェアツールのルール（存在する場合）が満たされる限り、異なる数のステップ（例えば、３ステップ温度サイクル）を選択し得る。このため、サーモサイクラー設定画面６０２０により、ユーザは、システム１０００、特にサーモサイクラー４３２の動作を制御して、標的分析物の増幅を最適化するＬＤＴのプロトコル内の温度サイクルを実施できるようになる。ソフトウェアツールは、抽出パラメータ（複数可）、標的パラメータ（複数可）、および温度パラメータ（複数可）を含む、ＬＤＴプロトコルの複数のパラメータを定義するためのグラフィカルユーザインタフェースおよび関連するユーザ入力機能を提供するものとして上述されたが、ソフトウェアツールは、代替の実施形態では、ＬＤＴプロトコルのより少ないパラメータのユーザ入力を可能にしてもよく、一方で他のプロトコルパラメータは、事前にプログラムされたシステム定義のパラメータであることに留意されたい。例えば、ソフトウェアツールにより、ユーザは、抽出パラメータ（複数可）および標的パラメータ（複数可）をシステム定義としながら、温度パラメータ（複数可）のみを指定できるようになる。
【０２７０】
アッセイを定義するためのパラメータ（例えば、「セットアップ」ナビゲーションペイン（図３４Ｅを参照のこと）の「抽出およびＰＣＲ」、「標的」、および／または「サーモサイクラー」に関連するパラメータ）が定義された後、データ分析のためのパラメータが、ソフトウェアツールを使用して定義され得る。ソフトウェアツールにおいて、データ分析は、生データ（例えば、上記のようなソフトウェアツールを使用して定義されたＬＤＴプロトコルを実施した後のシステム１０００によるデータ出力）を入力として受けるソフトウェアモジュールまたはアルゴリズムを実行する、ソフトウェアツールを実行するリモートコンピュータの一部である場合もそうでない場合もあり、システム１０００のコントローラ５０００からリモートである場合とそうでない場合があるデータ分析コンピュータによって実施され得る。実施形態では、生データは、チャネル当たりのサイクル数に対するサーマルサイクラー４３２の蛍光光度計によって記録される（ＲＦＵでの）蛍光データを含む。サイクル数はサイクル１から始まり、サーマルサイクラーファイルに定義されたサイクル数（例えばサーモサイクラーセットアップ画面を使用して定義した、例えば４５サイクル（図３４Ｅ））で終わる。データ分析パラメータは、生データに適用されるデータ整理およびデータ処理の種類を定義する。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、システム１０００からの生データは、データ分析の前に最初に検証および平滑化され得る。すなわちシステム１０００からの生データは、最初に検証され得（いくつかの実施形態では、データは減らされる）、次いで平滑化された生データを作成するために平滑化され、次いでデータ解析アルゴリズム（ユーザ定義のパラメータを使用した）は、平滑化された生データに適用され得る。データ分析のためのパラメータは、ソフトウェアツールの表示された画面（例えば、プロトコル識別画面６０１０、標的セットアップ画面６０１５、サーモサイクラーセットアップ画面６０２０などを参照のこと）の「データ分析」ペインから「パラメータ」タブを選択することによって、定義され得る（または以前に定義されたパラメータが再検討され得る）。「パラメータ」タブを選択することにより、ユーザが生データに適用するための（例えば、検証および平滑化の後）データ分析パラメータを入力することを可能にする画面またはウィンドウ（ＧＵＩ）を起動し得る。いくつかの実施形態では、データ分析パラメータは、曲線補正に関連するパラメータ、データの陽性基準に関連するパラメータ、チャネル有効性基準に関連するパラメータおよび試料有効性基準に関連するパラメータの４セットのデータ分析パラメータを含み得る。いくつかの実施形態では、「パラメータ」タブを選択することにより、対応するセットのデータ分析パラメータを入力するためにユーザによって個別に選択され得る、「曲線補正」、「陽性基準」、「チャネル有効性基準」、および「試料有効性基準」を含む、データ分析パラメータを定義するための４つのタブを有する画面を起動することができる。
【０２７２】
図３４Ｆは、選択された「曲線補正」タブを有する例示的なデータ分析パラメータ画面（ＧＵＩ）を示す（本明細書において、曲線補正パラメータ画面６０２５と称される）。図示された実施形態では、曲線補正パラメータ画面６０２５は、ユーザが各チャネルのデータ分析から除去し、ベースライン蛍光のランピングを補正し、チャネル間のブリードスルーを抑制するサイクル数を定義するのを可能にする。典型的には、アッセイの初期段階におけるデータは（スムージング後でさえ）、試料に関連しないノイズまたは人為的結果によりばらつきを含み得る。このばらつきによって引き起こされる計算されたＣｔの不正確さを低減するために、アッセイの初期サイクルからの測定値を無視または除去することが望ましくてもよい。ユーザは、マルチチャネル信号検出器の各チャネルについて「分析開始サイクル」に値を入力することによって、Ｃｔ計算から度外視する各チャネルのサイクル数を選択し得る。いくつかの実施形態では、ユーザは、各チャネルについて「分析開始サイクル」に所定の範囲（例えば、８〜１２）内の値を入力するように促され得る（または情報が提供される）。所定の範囲は、データに人為的結果を含有することが公知である（例えば、過去の経験に基づく）各チャネルについての初期サイクルの数を示し得る。ユーザ入力に基づいて、ソフトウェアツールのデータ分析アルゴリズムは、各チャネルについてユーザ定義の「分析開始サイクル」前のすべてのデータを除去することによって（例えば、平滑化されたデータセットから）新規のデータセットを作成し得る。
【０２７３】
Ｃｔを計算する前に、曲線（すなわち、データによって定義された信号の大きさ対時間またはサイクル数の蛍光曲線）が蛍光を有さないと考えられる位置から開始することを確実にすることが望ましくてもよい。一部の増幅の場合において、特にベースラインサイクル終了後でのフルオロフォアの不十分なクエンチングにより、蛍光曲線にベースライン変動（またはランプアップ）が観察される。変動したベースラインがＣｔの線形回帰計算に使用される蛍光曲線の領域に入り込む場合、ベースライン変動は、Ｃｔの正確な計算（および／または陽性結果と陰性結果との間の鑑別）に悪影響を与え得る。そのような場合、変動したベースラインの補正が必要となり得る。ソフトウェアツールのデータ分析アルゴリズムはデータを分析し、全体のバックグラウンド蛍光のレベルを決定されてもよく（例えば、以下に記載されるとおり）、その結果、決定されたバックグラウンド蛍光が、曲線をシフトさせ、これによりベースライン蛍光について数値的に補正するために、測定されたデータから減算されてもよい。ユーザは、図３４Ｆの曲線補正パラメータ画面６０２５の対応するチャネルについて「許可」を選択することによって、任意のチャネルについてベースライン補正を可能にし得る。ユーザは、「傾き限界」に対応する値を入力することによって、許可されたチャネルのベースライン補正のための傾き限界を指定し得る。いくつかの実施形態では、ユーザは、例えば、過去の経験に基づいて各チャネルの「傾き限界」に所定の範囲（例えば、０〜１００）内の値を入力することを促され得る。データ分析の間、アルゴリズムは、各チャネルについて選択されたユーザにより選択された「傾き限界」値未満のすべての（データにおける）ＲＦＵまたは傾きの変化にベースライン補正を適用する。すなわち、チャネル１についてユーザによって５０の値が選択され、データ（またはデータの一部）の傾きが６０である場合、ベースライン補正は適用されない。データ（またはデータの一部）の傾きが４０である場合、ベースライン補正は適用される。ベースライン補正が使用可能である場合、アルゴリズムは、ベースライン蛍光を計算し、データから計算されたベースライン値を除去するために４−パラメータまたは５−パラメータロジスティック回帰モデルを使用し得る。
【０２７４】
曲線補正パラメータ画面６０２５は、ユーザが各チャネルについて「クロストーク補正」値を選択することによってチャネル間ブリードスルー（信号クロストーク）を抑制することも可能にする。これらのユーザにより選択された値は、チャネル間にわたる任意のアッセイ特異的蛍光の漏れ込みを補正する。一部のフルオロフォア間のスペクトルの重複により、１つのチャネルで励起されているフルオロフォアは、隣接するチャネルでの信号の一部でも励起され得る。したがって、発光しているチャネルから受信しているチャネルへの信号ブリードスルー（またはクロストーク）が観察され得る。すなわち、プローブは、様々な波長（例えば、正規曲線による定義される）を有する蛍光を発する。これらの波長の一部は、１つのチャネルによって検出され得、他の波長は、原因クロストークにより別のチャネルによって検出され得る。クロストーク信号は、受信しているチャネルにおける偽陽性の測定値を潜在的にもたらし得る。クロストーク補正が使用可能である場合、発光しているチャネルと受信しているチャネル間のユーザにより指定された「クロストーク補正」比率に基づいて、ソフトウェアツールは、数値的方法でチャネル間のクロストークの量を最小限にし得る。いくつかの実施形態では、ユーザは、例えば、過去の経験に基づいて「クロストーク補正」値に所定の範囲（例えば、０％〜３％の間）内の値を入力することを促され得る。よって、曲線補正画面６０２５により、ユーザは、ＬＤＴから生成されたデータについてシステムコントローラによって実施されたデータ分析に対するコンピュータ実行可能な曲線補正を定義することができるようになる。これの補正を行わないと、生ＬＤＴデータ（例えば、蛍光データ）のデータ分析は、不正確な試験結果を生み得る。こうして、ユーザは、システム製造元またはプロバイダーの支援を必要とすることなく、システム上で非標準の事前プログラムされていないアッセイを実行して、そのようなデータ補正を提供することができる。
【０２７５】
画面に入力されるチャネル対のクロストーク補正パラメータは６０２５で、経験的に決定することができる。例えば、チャネル１で信号を測定しながら、チャネル２、３、４、および５の各々でブリードスルーの量を決定するには、陽性結果が得られると予期される内容物を有する反応コンテナをチャネル１で測定し、チャネル２、３、４、および５の各々における信号を測定する。チャネル２、３、４、および５の各々で測定された信号はゼロである必要があり、必要または望ましくあり得るクロストーク補正の量を示す。このため、例えば、チャネル１で測定された信号が１０００ＲＦＵであり、チャネル２、３、４、および５で測定された信号（ブリードスルーまたはクロストーク信号）が、それぞれ、２００ＲＦＵ、１００ＲＦＵ、５０ＲＦＵ、１０ＲＦＵ、および０ＲＦＵであった場合、対応するクロストーク補正パラメータは、２０％（０．２０）、１０％（０．１０）、５％（０．０５）、１％（０．０１）、および０％（０．００）となり得る。
【０２７６】
パラメータはパーセンテージとして入力されてもよく、このパーセンテージ分、各チャネルで測定された信号は、別のチャネルが調べられているときに減少する。図３４Ｆでは、パーセンテージの各々は０．００であるが、エントリのうちの１つ以上は、経験的に決定されたブリードスルーに基づいてゼロ以外のパーセンテージに変化させることができる。例えば、最初の行では、チャネル１で発光が測定されている場合、チャネル２、３、４、および５の各々で受信（測定）された信号は、経験的に決定されたブリードスルーまたはクロストークのパーセンテージだけ減少し得るが、チャネル１での信号は、減少しない。２番目の行では、チャネル２で発光が測定されている場合、チャネル１、３、４、および５の各々で受信（測定）された信号は、経験的に決定されたブリードスルーまたはクロストークのパーセンテージだけ減少し得るが、チャネル３での信号は減少しない。３番目の行では、チャネル３で発光が測定されている場合、チャネル１、２、４、および５の各々で受信（測定）された信号は、経験的に決定されたブリードスルーまたはクロストークのパーセンテージだけ減少し得るが、チャネル３での信号は減少しない。４番目の行では、チャネル４で発光が測定されている場合、チャネル１、２、３、および５の各々で受信（測定）された信号は、経験的に決定されたブリードスルーまたはクロストークのパーセンテージだけ減少し得るが、チャネル４での信号は減少しない。そして、５番目の行では、チャネル５で発光が測定されている場合、チャネル１、２、３、および４の各々で受信（測定）された信号は、経験的に決定されたブリードスルーまたはクロストークのパーセンテージだけ減少し得るが、チャネル１での信号は、減少しない。
【０２７７】
曲線補正パラメータ画面６０２５で曲線補正に関連するユーザ定義のパラメータを選択した後に、ユーザは、「陽性基準」タブを選択して陽性基準パラメータ画面６０３０にアクセスし得る。図３４Ｇは、ソフトウェアツールの例示的な陽性基準パラメータ画面（ＧＵＩ）６０３０を示す。陽性基準パラメータ画面６０３０において、ユーザは、各チャネルについて「Ｃｔ閾値」に値を入力することによって、各蛍光チャネルのＣｔ閾値を選択することができる。ソフトウェアは、チャネルにおいて測定された蛍光信号がＣｔ閾値と交差するサイクル数としてＣｔ（またはＴサイクル）を決定する。チャネルにおいて検出された蛍光がユーザ定義のＣｔ閾値より大きい場合、陽性結果が示され得、検出された蛍光がＣｔ閾値未満である場合、陰性結果が示され得る。陽性結果は、分析物が試料中に存在することを示し、陰性結果は、分析物が試料中に存在しないことを示す。典型的には、Ｃｔ閾値は、チャネルおよびアッセイに特異的である（すなわち、Ｃｔ閾値は、アッセイおよびチャネルによって異なる）。一般に、Ｃｔ閾値は、任意の値を有し得る。様々なアッセイについて典型的Ｃｔ閾値は、１００〜１０００ＲＦＵであり得る。いくつかの実施形態では、ソフトウェアツールは、ユーザに「Ｃｔ閾値」にこの範囲内で値を入力することを促し得る。いくつかの実施形態では、各チャネルのＣｔ閾値について提案される範囲が、別の方法で提供され得る（例えば、ヘルプウィンドウ、利用者マニュアル、刊行物など）。
【０２７８】
各チャネルの「Ｃｔ閾値」に加えて、陽性基準パラメータ画面６０３０は、ユーザに観察された陽性結果が本当に陽性結果であるか、または人為的結果であるかを判定するために使用される評価基準に関連するパラメータも入力させる。これらの結果評価パラメータは、「閾値での最小傾き」および「最大Ｃｔ」を含む。ユーザは、それぞれの基準に付随する「許可」を選択することによって、これらの評価基準の一方または両方を使用可能にし得る。「閾値での最小傾き」は、陽性結果についてユーザ定義の「Ｃｔ閾値」で必要とされる最小の（曲線の）傾きを定義する。すなわち、測定されたデータがチャネルの「Ｃｔ閾値」を越えたことを示す場合であっても、Ｃｔ閾値での曲線の傾きがユーザ定義の「閾値での最小傾き」以上でない場合、陰性結果が示される。「最大Ｃｔ」は、陽性結果について最大許容Ｃｔを定義する。つまり、観察されたＣｔ（すなわち、ＲＦＵ曲線が閾値に達する前のサイクルの数）がユーザ定義の「最大Ｃｔ」値以上である場合、観察された結果が汚染および／または他の理由（例えば、試料中に存在する他の領域または生物によるプライマー／プローブの非特異的活性）などによる人為的結果であり得るため、陰性結果が示される。「閾値での最小傾き」および「最大Ｃｔ」について適切な値は、アッセイに特異的であり得る。いくつかの実施形態では、「閾値での最小傾き」について適切な値は、０〜２００の間であり得る。いくつかの実施形態では、ソフトウェアツールは、ユーザに、他のパラメータに基づいてこれらのパラメータについて提案される値で入力することを促し得る。いくつかの実施形態では、各チャネルについて提案される値は、別の方法（例えば、ヘルプウィンドウ、ユーザマニュアル、サポート担当者からのアドバイスなど）で提供され得るか、または例えば、以前に報告されたデータ（例えば、以前に報告されたＳ閾値での傾き）を使用してユーザに由来するもので有り得る。したがって、陽性基準パラメータ画面６０３０により、ユーザは、ＬＤＴから生成されたデータについて、システムコントローラ、例えば、ソフトウェアツールを実行するリモートコンピュータの一部である場合もそうでない場合もあり、システム１０００のコントローラ５０００から離れている場合もそうでない場合もあるデータ解釈コンピュータによって適用される陽性結果を決定するためのコンピュータ実行可能基準を定義できるようになる。こうして、ユーザは、システム製造元またはプロバイダーの支援を必要とすることなく、システム上で非標準の事前プログラムされていないアッセイを実行して、非標準のアッセイについての陽性結果および陰性結果を決定するための基準をシステムにプログラムすることができる。
【０２７９】
ユーザは、「チャネル有効性基準」タブを選択して、チャネル有効性基準パラメータ画面６０３５にアクセスし得る。図３４Ｈは、ソフトウェアツールの例示的なチャネル有効性基準パラメータ画面（ＧＵＩ）６０３５を示す。チャネル有効性基準パラメータ画面６０３５において、ユーザは、アッセイに特異的な構成要素（プライマー、プローブ、試薬など）に関連したエラーフラグを立てるために使用され得る異なる有効性試験を使用可能にし得る。これらの有効性試験は、データ分析アルゴリズムを実施して観察された蛍光値が予測範囲内にあるかどうかを決定する、試料有効性評価コンピュータによって使用されてもよい（このコンピュータは、データ分析コンピュータまたはソフトウェアツールを実行するリモートコンピュータの一部である場合もそうでない場合もあり、システム１０００のコントローラ５０００から離れている場合もそうでない場合もある）。ユーザはこれらの試験を使用して、ユーザにより提供された試薬（例えば、プローブ／プライマー試薬）およびＰＣＲ反応の適切な構築を確認し得る。いくつかの実施形態では、図３４Ｈに図示したように、チャネル有効性基準パラメータ画面６０３５は、ユーザが「最小バックグラウンド蛍光」、「最大バックグラウンド蛍光」および「最低有効Ｃｔ」についての試験を各試験に対応する「許可」ボタンを選択することによって使用可能にするのを可能にする。ユーザは、「最小バックグラウンド蛍光」を使用可能にし、蛍光の所望の最小値を入力し得る。ユーザは、「最大バックグラウンド蛍光」を使用可能にし、観察された蛍光の所望の最大値を入力し得る。これらのパラメータは、ソフトウェアツールがユーザにより提供された試薬の適切な配合、ＰＣＲバイアルへの適切なマスターミックス添加、および蛍光検出の適切な機能をチェックすることを可能にする。バックグラウンド蛍光は、チャネルおよびアッセイ特異的である。典型的な「最小バックグラウンド蛍光」値は、５００〜１５，０００ＲＦＵであり、典型的な「最大バックグラウンド蛍光」値は、１０００〜３０，０００ＲＦＵであり、最大許容量は５０，０００ＲＦＵである。ユーザは、分析物毎に「最低有効Ｃｔ」を使用可能にし、Ｃｔ値を指定し得る。使用可能である場合、分析物がユーザにより指定された「最低有効Ｃｔ」値以下のＣｔ値を有する場合、ソフトウェアツールはＰＣＲ曲線を無効にする。よって、チャネル有効性基準パラメータ画面６０３５により、ユーザは、マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予測範囲内にあるかどうかを決定するためのコンピュータ実行可能基準を定義することができるようになる。こうして、ユーザはシステムをプログラムして、システムで非標準の事前プログラムされていないアッセイを実行しながら、また測定された信号の有効性を評価するために基準をシステムにプログラムするシステム製造元またはプロバイダーによる支援を必要とすることなく、測定された信号の有効性を評価することができる。
【０２８０】
「試料有効性基準」タブを選択するにより、ソフトウェアツールの試料有効性基準パラメータ画面６０４０を起動し得る。図３４Ｉは、ソフトウェアツールの例示的な試料有効性基準パラメータ画面（ＧＵＩ）６０４０を示す。図示された実施形態では、試料有効性基準パラメータ画面６０４０は、ユーザがシステム１０００のチャネル５が内部標準（ＩＣ）であることを示すのを可能にする。内部標準は、分析物の存在または不存在を確認するために反応混合物に含まれる薬剤である。内部標準の検出は、通常、アッセイのプロセスステップを検証するのに役立つ。核酸増幅アッセイの文脈において、内部標準は、核酸分析物とともに共同増幅および検出されるべき核酸テンプレートであり、ただし、分析物は試料中に存在する。適正レベルの内部標準増幅産物の検出は、抽出および増幅プロセスステップの成功を確認する。チャネル５が内部標準を含む場合、ユーザは試料有効性基準パラメータ画面６０４０で「はい」ボックスを選択し得、有効な結果が内部標準が陽性であることを必要とするかどうか、または任意の分析物が陽性である場合に、内部標準が検出されなかった場合であっても内部標準が有効であると報告されるべきかどうかを指定する。内部標準がチャネル５にない場合、ユーザは「いいえ」ボックスを選択し、有効な結果が少なくとも１つの分析物が陽性であることを必要とするかどうかを指定する。内部標準のためのチャネル５の使用が単に例示あることに留意されたい。一般に、任意のチャネルが内部標準のために使用され得る。したがって、試料有効性基準パラメータ画面（ＧＵＩ）６０４０により、ユーザは、内部制御がユーザ定義のアッセイで使用されるかどうかを指定し、内部制御が使用されるかどうかに応じて、試験が有効であるかどうかを決定するための異なるコンピュータ実行可能基準を定義することができるようになる。こうして、ユーザはシステムをプログラムして、システムで非標準の事前プログラムされていないアッセイを実行しながら、また試験有効性を評価するために基準をシステムにプログラムするシステム製造元またはプロバイダーによる支援を必要とすることなく、試験の有効性を評価することができる。
【０２８１】
アッセイを定義しているパラメータが選択または編集された後、新規のまたは編集されたプロトコルは、システム１０００でのインストールのためにソフトウェアツールからエクスポートされ得る。プロトコルは、画面の「アクション」ナビゲーションペイン下のエクスポートプロトコル画面６０４５を開くための「エクスポートプロトコル」を選択することによってエクスポートされ得る（図３４Ｃ〜３４Ｅを参照のこと）。図３４Ｊは、ソフトウェアツールの例示的なエクスポートプロトコル画面（ＧＵＩ）６０４５を示す。いくつかの実施形態では、プロトコルをエクスポートする前に、ファイルは、ロックまたはアンロックとして定義されなければならない。典型的には、最適化中の（例えば、パラメータが確定されなかった）プロトコルは、アンロックされたプロトコルとして示される。いくつかの実施形態では、プロトコルは、デフォルトでアンロックとして示される。プロトコルは、「プロトコルロック状態」の「オン」を選択することによってロックされたものとして示され得る。ロックされたプロトコルは、「オン」ボタンを選択解除することによってアンロックされ得る。いくつかの実施形態では、ロックされたプロトコルに対する変更を行うことにより、デフォルトでファイルがアンロックされたものに自動的に変更される。典型的には、プロトコルは、プロトコル最適化が完了し、全てのユーザ定義のパラメータが確定された後、ロックされる。いくつかの実施形態では、プロトコルがアンロックされている場合、ＬＩＳに対する結果報告は使用不能であり、プロトコルがロックされている場合、ＬＩＳに対する結果報告は使用可能である。「ＬＩＳへの試料結果モード」の選択肢は、ロックされたプロトコルの結果をＬＩＳに報告することについての追加の柔軟性を提供する。適切な選択肢を選択することによって、ＬＩＳに対する自動の結果報告、手動の結果報告、または結果報告なしを有するプロトコルがロックされ得る。
【０２８２】
最適化中のプロトコルの変更は、各エクスポートにおいて、バージョン番号およびバージョンコメントにより追跡され得る。いくつかの実施形態では、ユーザは、新規のおよび編集されたプロトコルの両方に強制の改訂コメントを入力するように促され得る。改訂コメントは、管理プロトコル画面６０００（図３４Ａを参照のこと）に、プロトコル改訂のリストに加えて表示され得る。エクスポートプロトコル画面６０４５においてすべての必須フィールドが埋められた後、「エクスポートプロトコル」ボタンが使用可能にされ得る。「エクスポートプロトコル」ボタンは、プロトコルをエクスポートするように選択され得る。いくつかの実施形態では、エクスポートされたファイルは、「．ｇｐｐ」拡張子を有し得る。上記したように、一般にエクスポートされたプロトコルは、ワイヤレスで、配線接続を介して、または携帯型メモリを介してシステム１０００に転送され得る。いくつかの実施形態では、ファイルのコピーが携帯型記憶装置（例えば、メモリースティック、ＵＳＢ装置など）に保存されて、システム１０００にインストールされ得る。ソフトウェアツールは、ユーザがバックアップアイコンを選択することによってすべてのプロトコルライブラリーのバックアップを取ることを可能にし得る。一旦選択されると、ツールはユーザにバックアップファイルのためのファイルの場所を入力するように促し得る。バックアップファイルは、ＧＳＦファイル拡張子で保存され得る。ソフトウェアツールからエクスポートされたファイル（例えば、「．ｇｐｐ」ファイル）がシステム１０００でインストールされた後、アッセイが定義済みプロトコルを使用してシステム１０００上で実行され得、データ（例えば、蛍光対サイクル数データ）が保存される。次いで、保存されたデータは、データを可視化する（例えば、生データを処理して、結果を可視化する）ためにシステム１０００からソフトウェアツールにエクスポートされ得る。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、生データ（先に記載した曲線補正を適用していないデータ、陽性基準、チャネル有効性基準、試料有効性基準など）および処理されたデータ（例えば、ユーザ定義のパラメータを適用することによって処理されたデータ）が、システム１０００によってエクスポートされ得る。いくつかの実施形態では、生データは、「．ｇｐｒ」ファイルとしてエクスポートされ得、ソフトウェアツールを使用して増幅曲線を可視化するために使用され得る。いくつかの実施形態では（例えば、プロトコルが開発されている場合に）、ソフトウェアツールは、増幅曲線を表示して、ユーザ定義のパラメータを最適化するために使用され得る。例えば、先に記載したユーザ定義のパラメータの一部もしくは全部（曲線補正に関連したパラメータ、陽性基準、チャネル有効性基準、試料有効性基準など）が改変され、生データが改変されたユーザ定義のパラメータを使用して処理され、結果が再び検討され得る。いくつかの実施形態では、生データ（すなわち、「．ｇｐｒ」ファイル）に加えて、システム１０００は、処理されたデータおよび解釈された結果（例えば、「．ｃｓｖ」ファイルとして）をエクスポートし得る。このファイルは、処理されたデータおよび解釈された結果に加えて分析実行に関連した情報を含み得る。「．ｃｓｖ」ファイルは、別のプログラム（例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ（登録商標））で表示され得る。処理されたデータは、処理された結果およびロックされたプロトコルに関連したトラブルシューティングデータを表示するのに適切であり得る。
【０２８４】
アッセイのためのシステム１０００からのデータセットは、ワイヤレスで、配線接続を介して、または携帯型記憶装置を介してソフトウェアツールに転送され得る。データセットは、アッセイに関連した情報およびパラメータ（例えば、プロトコルのためのユーザ定義のパラメータ）ならびに増幅曲線データを含み得る。システム１０００から転送されたアッセイデータセットは、ソフトウェアツールの管理プロトコル画面６０００（図３４Ａを参照のこと）で表示される利用可能なアッセイプロトコルのリストに含まれる。データを再検討するために、所望のプロトコルが、掲示された選択肢のリストから選択され、（例えば、ダブルクリックによって）開かれる。選択されたプロトコルに関連するデータは、ナビゲーションペイン（図３４Ｃを参照のこと）の「データ分析」下の「実行データのロード」のクリックによって選択され得る。このボタンのクリックにより、実行データ画面６０５０を開くことができる。図３４Ｋは、ソフトウェアツールの例示的な実行データ画面６０５０を示す。所望のデータファイル（例えば、「．ｇｐｒ」ファイル）は、「閲覧」をクリックし、ファイルの場所に移動し、それを開くことによって選択され得る。いくつかの実施形態では、ファイルを識別するテキスト（例えば、ファイル名）は、ファイルがロードされていることを示す色（例えば、緑色）に変化し得る。いくつかの実施形態では、ファイル名は、ファイルがロードされなかったことを示すために（例えば、エラーを示す）、異なる色（例えば、赤色）に変化し得る。所望のデータファイルが選択された後、データに注釈をつけるために「注釈」ボタン（ナビゲーションペイン内の）が選択され得、増幅曲線を表示するために「分析」ボタン（または画面一番下の「分析する」ボタン）が選択され得る。
【０２８５】
「注釈」ボタンを選択することにより、ソフトウェアツールの注釈画面６０５５を開くことができる。図３４Ｌは、例示的な注釈画面（ＧＵＩ）６０５５を示す。データに注釈をつけるために、所望の試料が最初に選択され（図３４Ｌにおいて選択された３つの試料を参照のこと）、注釈詳細更新ウィンドウ６０５７を開くために「詳細を更新する」ボタンが選択される。図３４Ｌを参照のこと。次いで、所望の注釈がウィンドウ６０５７の条件欄に入力される。「更新」を選択することにより、入力された注釈が選択されたデータに適用される。適用された注釈は、条件欄を編集することによって削除または変更され得る。注釈は、試料に関する詳細および／または実行条件を検査結果に関連付けるために使用され得る。
【０２８６】
「分析」ボタンのクリックにより、ソフトウェアツールの分析画面６０６０を開くことができる。図３４Ｍは、ソフトウェアツールの例示的な分析画面（ＧＵＩ）６０６０を示す。分析画面６０６０は、とりわけ、チャネル詳細テーブル６０６２、試料分析テーブル６０６４、試料詳細部６０６６および分析プロット６０６８を含む。チャネル詳細テーブル６０６２では、システム１０００のマルチチャネル信号検出器のチャネルと、（例えば、ソフトウェアツールの標的セットアップ画面（ＧＵＩ）６０１５（図３４Ｄ）を使用してユーザが定義した）各チャネルに関連付けられた標的となる分析物とがリストされる。チャネル詳細テーブル６０６２は、ユーザが試料分析テーブル６０６４および分析プロット６０６８でどのチャネル（１〜５）を含むべきかを選択するのを可能にする。所望のチャネルは、チャネル詳細テーブル６０６２の各チャネルに付随する選択ボックスをクリックすることによって選択され得る。各チャネルに関連付けられた色（または別の識別可能な特徴）も、チャネル詳細テーブル６０６２で選択され得る。例えば、チャネル詳細テーブル６０６２の「カラー」セル内のカラードットは、各選択されたチャネルについてデータに関連付けられた色を変更するために選択され得る。チャネル詳細テーブル６０６２の「閾値」セル内のデータは、ユーザ定義の「Ｃｔ閾値」値を動的に変更するために変更され得る（各チャネルについて同じである必要はない各チャネルの「Ｃｔ閾値」の値が図３４Ｇの陽性基準パラメータ画面６０３０を使用してユーザによって選択されたことを想起のこと）。このデータを変更した後、「分析する」ボタンをクリックすることにより、試料分析テーブル６０６４が更新される。Ｃｔ閾値は、陽性基準パラメータ画面６０３０で「Ｃｔ閾値」の値を変更することによって、チャネル詳細テーブル６０６２の「閾値」セルの値を変更することによって、または分析プロット６０６８内の閾値指標６０６９をクリックし、上下にスライドすることによって変更され得る。Ｃｔ閾値を変更した後に、「分析する」ボタンをクリックすることにより、データが再処理される。
【０２８７】
試料分析テーブル６０６４は、ロードされたデータの分析出力、設定、および実行詳細を含む。例えば、図３４Ｍに図示したように、試料分析テーブル６０６４におけるデータは、試料の分析結果が「陽性」（または陰性）であるかどうか、および関連する詳細を示す（例えば、記録された「Ｃｔ」、「閾値での傾き」、蛍光（「ＲＦＵ」）など）。試料分析テーブル６０６４において掲示されたデータの配置は、ユーザによって変更され得る。例えば、カラムは左右に移動され得、試料は任意の所望の種類に分類され得、カラムはソートされ得る（昇順、降順など）、などである。試料分析テーブル６０６４で試料が選択される場合（例えば、テーブルの列のクリックによって）、試料詳細部６０６６は選択された試料の詳細を表示する。図３４Ｍに示される試料分析テーブル６０６４において、いずれの試料も選択されていないため、データが試料詳細部６０６６に表示されていないことに留意されたい。分析プロット６０６８は、試料分析テーブル６０６４で選択された試料について、増幅曲線を表示する。典型的には、試料分析テーブル６０６４で試料のサブセットが選択されない限り、すべての試料の増幅曲線が分析プロット６０６８で示さる。いくつかの実施形態では、分析プロット６０６８は、プロットが掲示される方法を変更するいくつかの選択肢を含む。例えば、図３４Ｍの分析画面６０６０を通してアクセス可能な選択肢に加えて、追加の選択肢が、コンテキストメニューおよび／または分析画面６０６０の異なる領域に対して調整された選択肢を掲示する他のメニュー（例えば、アイコンによってアクセス可能なメニュー、など）を介してアクセスされ得る。例えば、いくつかの実施形態では、分析画面６０６０の領域（例えば、チャネル詳細テーブル６０６２、試料分析テーブル６０６４、試料詳細部６０６６、または分析プロット６０６８）を右クリックすることにより、その領域に関連するユーザが選択可能な選択肢を掲示するコンテキストメニューが開かれ得る。例えば、分析プロット６０６８のコンテキストメニューで掲示された選択肢を使用して、分析プロット６０６８のタイトル、軸設定、ラベル付けなどが変更され得る。またコンテキストメニューは、例えば、コピー、保存、印刷プレビュー、ズーム／ズーム解除などの特徴を含んでもよい。画面上のメニューアイコンを使用して、プロット６０６８の他の特徴、例えば、記号および他の指標（例えば、閾値指標６０６９）の表示または非表示、分析プロットの新規ウィンドウへの移動、分析ビューおよびフォーマットの変さらなどが行われてもよい。
【０２８８】
ＬＤＴ開発の間、ユーザは分析の結果を使用して、アッセイに適切なパラメータ設定を決定し得る。例えば、試料分析テーブル６０６４内のデータは、試料または１セット試料の分析結果が陽性であることを示し得る。しかしながら、ユーザは、例えば他の情報（例えば、試料詳細部６０６６の情報、事前情報など）に基づいて、結果の有効性または正確さを疑い得る。次いで、ユーザは、任意の所望のデータ分析パラメータ（例えば、「分析開始サイクル」、「Ｃｔ閾値」、「クロストーク補正」パラメータなど）を変更し、システム１０００からのデータセットを再分析し、ユーザが結果（例えば、分析プロット６０６８の増幅曲線）に満足するまで再び結果を検討し得る。ユーザは分析結果を使用して、ＬＤＴのための最適な試薬の化学的性質（例えば、ＬＤＴなどで使用される液体を収容する容器１９４０（図１１Ｂを参照のこと）内の液体１９７０Ａおよび１９７０Ｂの配合など）および／または処理条件（例えば、熱サイクリング条件など）を発見し得る。例えば、結果を指針として使用して、ユーザは、ＬＤＴを最適化するために所望の試薬を再配合および／または処理条件を微調整する。したがって、ユーザはソフトウェアツールを使用して、ＬＤＴのためのユーザ定義のパラメータの値を最適化し得る。これらのパラメータが最適化され、確定された後、ＬＤＴはロックされ得る。
【０２８９】
データ分析アルゴリズム
ソフトウェアツールは、コンピュータシステムにインストールされた、アッセイプロトコル定義およびデータ分析を実施する１つ以上のアルゴリズムを含む。例えば、これらのアルゴリズムは、システム１０００からのデータを分析し、（図３４Ｍの）分析画面６０６０に分析結果を提示することができる。例示的なデータ分析アルゴリズムを以下に記載する。記載されるアルゴリズムは、単に例示であり、多数の変形が可能であり、本開示の範囲内であることに留意されたい。図３５Ａは、システム１０００からのデータを処理および分析するために、ソフトウェアツールのアルゴリズムによって使用することができる例示的な方法７０００を説明するフローチャートである。図３５Ａに図示されるように、システム１０００からのデータは、曲線処理およびＣｔ計算（例えば、ステップＳ７００２）を実施するアルゴリズムによって最初に処理される。このステップでは、アルゴリズムは、データを処理し、各チャネルについてＣｔ値を決定するために、曲線補正（図３４Ｆを参照して以前に記載された）のためのユーザ定義のパラメータを使用する。この説明の全体を通して、「実行曲線」という用語は、周期的増幅反応の複数サイクル中の一連の蛍光測定値またはそれらの調整されたバージョンを指すために使用され、それらが得られたサイクルまたは時間との順序対として存在する。次いで、このステップ（例えば、ステップＳ７００２）の出力は、有効性および陽性試験（例えば、ステップＳ７００４）を実施する１つ以上のアルゴリズムによって処理され得る。このステップの間、アルゴリズムは、計算されたＣｔ（例えば、Ｓ７００２）が有効な結果であるかどうか決定するために、陽性、チャネル、および試料有効性基準（図３４Ｇ〜３４Ｉを参照して以前に記載されている）のためのユーザ定義のパラメータを使用し得る。次いで、出力（例えば、ステップＳ７００４）は、ソフトウェアツールの分析画面６０６０で提示される中間結果を生成するために処理され得る（例えば、ステップＳ７００６）。パラメータ最適化の間、ユーザは、ユーザにより指定されたデータ分析パラメータ（例えば、「分析開始サイクル」、「Ｃｔ閾値」、「ベースライン補正」、「クロストーク補正」パラメータなど）のいずれかを変更し、上記のステップの一部またはすべて（例えば、ステップＳ７００２〜Ｓ７００６）を繰り返すことができる。
【０２９０】
図３５Ｂは、曲線処理およびＣｔ計算（すなわち、図３５ＡのステップＳ７００２）の間、ソフトウェアツールによって使用される例示的な方法７０１０を示すフローチャートである。システム１０００からの生データは、ソフトウェアツールに入力され得る。いくつかの実施形態では、この生データは、追加のデータ（例えば、トラブルシューティングについてのデータ）も含み得る。入力の有効性検証が、入力データ上で最初に実施され得る（例えば、ステップＳ７０１２）。入力の有効性検証の間、すべての入力パラメータおよび曲線は、それらの有効性を確認するために検査される。入力の有効性検証において、試験は、データが任意のサイクルから抜けているかどうかを決定するためであり得る（例えば、１サイクル当たり少なくとも１回の測定があるかどうか、任意の無効な入力パラメータが存在するかどうか、など）。いくつかの実施形態では、データ整理は、このステップの間、実施され得る。例えば、入力データは、入力の有効性検証のための各サイクルについての平均値であり得る。入力データが入力の有効性検証ステップ（例えば、ステップＳ７０１２）を通過しない場合、致命的エラーが発せられ、データ分析が停止され得る。次いで、データ平滑化が、検証されたデータ（例えば、ステップＳ７０１４）に対して実施されて、生データ変動が低減され得る。データ平滑化は、所与のサイクルについて設定された数の点を平均することによって分析が測定プロセスの軽微な変動に影響を受けないことを確実にするために実行され得る。任意の種類の平滑化アルゴリズム（例えば、ｎ点移動平均平滑化アルゴリズム、多項式フィッティング（Ｓａｖｉｔｚｋｙ−Ｇｏｌａｙ）、スプライン平滑化など）が、生データに適用され得る。一部の平滑化アルゴリズムにおいて、データは、例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１サイクル全体の平均値になり得る。いくつかの好ましい実施形態では、データは、５サイクルにわたって平均され得る。いくつかの実施形態では、最初および最後の数サイクルに対しては平均が実施されなくてもよく、例えば、最初の２サイクルおよび最後の２サイクル（例えば、Ｍが５であるときに）などのサイクル１〜Ｍ／２（切り捨て）およびＮ−Ｍ／２（切り上げ）〜Ｎ（式中、Ｍは個々の測定を平滑化するために使用されるサイクル数（例えば、移動平均のウィンドウサイズ）であり、Ｎは、反応のサイクル数である）である。典型的には、生データ（すなわち、ステップＳ７０１２およびＳ７０１４）の有効性検証およびスムージングは、ユーザからの入力なしに生データに適用されることができる。すなわち、いくつかの実施形態では、ユーザは、これらのステップにおいてアルゴリズムによって使用される予め設定されたパラメータを使用不能にするかまたは変更することができなくてもよい。しかしながら、いくつかの実施形態では、ソフトウェアツールは、検証および／または平滑化ステップ（例えば、ステップＳ７０１２、Ｓ７０１４）に関して、ユーザが意志決定（例えば、検証および／または平滑化を適用するべきかどうかを選択する、適用する検証および／または平滑化アルゴリズムの種類、検証および／または平滑化アルゴリズムに関連したパラメータを定義するなど）することを可能にし得ることも考えられる。変換領域除外ステップ（例えば、ステップＳ７０１６）では、最初の期間（例えば、ユーザ定義の「分析開始サイクル」前のサイクル）の読み取り値は、その後のＣｔ計算に使用されるデータから排除される。これは、ベースラインの開始サイクルを特定するために使用することができる。
【０２９１】
データが平滑化され（例えば、ステップＳ７０１４）、最も早い増幅サイクルからの任意の信頼性の低い可変点がさらなる分析から除外された後（例えば、ステップＳ７０１６）、決定されたベースラインレベルの蛍光に基づいてデータを調整することができる（例えば、ステップＳ７０１８）。ＰＣＲ曲線は、典型的には、ゼロ以外のベースライン測定値を有し、これは、少なくとも部分的に、アッセイの化学的性質および蛍光光度計の光学素子に起因する。蛍光光度計の各チャネルは異なる色素に対応し、したがって各チャネルはそれに影響を及ぼす異なるレベルのバックグラウンドを有し得る。したがって、いくつかの実施形態では、ベースラインの計算および調整（例えば、ステップ７０１８）を、蛍光光度計の各チャネルに対して実行することができる。いくつかの実施形態では、ベースライン調整は、加法的要素および乗法的要素を含み得る。ベースライン減算は加法的要素を補正するためにデータに適用され得、測定のスケーリングは乗法的要素を補正するためにデータに適用され得る。乗法的要素を低減または除去するために、スケーリング因子が、通常予想されるベースラインに基づいて曲線について決定され、決定されたスケーリング因子が曲線に適用され得る。いくつかの実施形態では、ベースライン測定値は、経験的に乗法的要素および加法的要素に分解され得る。乗法的要素の例は検出器のためのゲイン係数の差異であり、加法的要素の例は反応器の固有蛍光である。ベースライン蛍光の乗法的要素を測定する１つの技術は、複数の蛍光光度計にわたって反復して反応を実施することである。異なる蛍光光度計によって検出される最終的なＲＦＵの差は、乗法的要素を示し得る。ベースライン蛍光の加法的要素を決定する１つの技術は、空の反応器の蛍光を決定することであり、これは、加法的要素を示すであろう。任意の種類のベースライン推定アルゴリズム（例えば、４パラメータロジスティック回帰モデル、５パラメータロジスティック回帰モデルなど）が、このステップでベースラインを推定するために使用され得る。いくつかの実施形態では、適用されたベースライン推定アルゴリズムが機能しない場合、２つのサイクル（例えば、サイクル１０および１５）の間に囲まれているデータポイントがベースラインを推定するために使用され得る。いくつかの実施形態では、ベースライン計算および調整（減算を含む）ステップ（例えば、ステップＳ７０１８）をユーザからの入力なしで実行することができる。図３６Ａは、例示的な実施形態における１つのチャネルに対応するデータ曲線からのベースラインの推定および減算を概略的に示し、図３６Ｂは、ベースライン減算が適用された後のすべての５つのチャネルの曲線を示す。図３６Ｂから分かるように、ベースライン減算（例えば、ステップＳ７０１８）の後、すべての曲線は、同一のベースラインを有する。
【０２９２】
次いで、クロストーク補正（例えば、ステップＳ７０２０）がユーザによって許可されている場合、それがデータに適用され得る。例えば、ユーザが曲線補正パラメータ画面６０２５（図３４Ｆを参照のこと）で「クロストーク補正」パラメータの値を選択しなかった（または０％の値を選択した）場合、このステップは省略される。一部のフルオロフォア間のスペクトルの重複により、１つのチャネルで励起されているフルオロフォアは、隣接するチャネルでの信号の一部でも励起され得る。したがって、いくつかの実施形態では、チャネルｉ（放出チャネル）からチャネルｊ（受信チャネル）への信号ブリードスルー（またはクロストーク）が観察され得る。このクロストーク信号は、受信しているチャネルにおける偽陽性の測定値を潜在的にもたらし得る。チャネルｉとチャネルｊとの間のユーザ定義のクロストーク補正比率に基づいて、このステップで、クロストーク信号の量が、数値的に最小化され得る。クロストーク補正は、受信チャネル（チャネルｊ）の平滑化された曲線データに対して実行され、ベースライン減算データに基づいて、放出チャネル（チャネルｉ）からクロストーク補正量を計算する必要がある。例えば、チャネルｉの曲線のクロストーク補正は、チャネルｉ以外のすべての他のチャネルからのベースライン減算曲線データを必要とし得る。いくつかの実施形態では、クロストーク補正ステップは、クロストーク補正が他のステップに影響を及ぼさずに変更され得るように、ソフトウェアツールにおいてモジュール方式で実装され得る。図３６Ｃおよび３６Ｄは、代表的実施形態の曲線にクロストーク補正を適用する効果を示す。図３６Ｃは、クロストーク補正が適用される前の曲線を示し、図３６Ｄは、クロストーク補正が適用された後の曲線を示す。クロストーク補正は、データが得られた容器に隣接した別の反応器（例えば、管）からのブリードスルー信号を除去または低減するために実施され得る。例えば、重複するスペクトルを有するフルオロフォア（例えば、同一であるかまたは識別不能なスペクトルを有するフルオロフォア）を含むホルダ内の隣接した容器は、ブリードスルー信号が生じるのに十分に近接して得る。クロストーク補正は、部分的に重複するスペクトルを有する同一の容器中の別のフルオロフォアからのブリードスルー信号を除去または低減するためにも実施され得る。
【０２９３】
一部の増幅アッセイでは、特にベースラインサイクル終了近くのフルオロフォアの不十分なクエンチングにより、上向きのベースライン変動（例えば、ベースラインランプアップ）が観察され得る。つまり、ベースライン変動に起因して、リアルタイム実行曲線が早期に上昇する可能性がある。ランピングベースラインがＣｔ計算に使用される線形回帰領域が入り込む場合、ベースライン変動は、Ｃｔの計算に悪影響を及ぼし得る。したがって、曲線補正パラメータ画面６０２５（図３４Ｆを参照のこと）でユーザによって許可されている場合、適応的ベースライン補正ステップ（例えば、ステップＳ７０２２）において、アルゴリズムは、例えば、（１）ベースライン領域（すなわち、ベースラインセグメント）を決定すること、および（２）ベースラインセグメントの傾き、および測定が行われた時間またはサイクルに依存する値を減算することによって、ランピングベースラインを補正する。適応的ベースライン補正ステップ（例えば、ステップＳ７０２２）への代替アプローチでは、アルゴリズムは、ベースラインセグメントの傾き、および検出可能な増幅直前の、ベースラインの終了をマーキングするサイクル（すなわち、いわゆるベースライン「終了サイクル」）を含む、測定値がベースライン領域のみについて行われた時間またはサイクルに依存する値を減算する。ベースライン終了サイクル後（例えば、信号測定の終了まで）に発生する測定値から異なる値を減算する。この後者のアプローチは、以下でより詳しく説明される。どちらのアプローチに従うかに関係なく、適応的ベースライン補正ステップの目的のためのベースラインセグメントは、（１）少なくともサイクル対について所定の傾きに達するかまたはそれを超過するまで、増幅反応の複数のサイクルの各隣接するサイクル対間の傾きを決定することによって、（２）所定の傾きに達したかまたはそれを超過したサイクル対の後のものより早いサイクルからの蛍光測定値からなるものとしてベースラインセグメントを特定することによってか、または（３）サイクルｘまたは増幅に沿った規定の時点での曲線の第１のポイントに対する信号増分の相対的なパーセンテージまたは割合が、事前定義された信号増分パーセンテージ（例えば、２％）に達したかまたはそれを超過したかどうかを決定することによりベースラインの終了サイクルを特定することよって、特定することができる。ベースラインセグメント特定の方法（上記（１）〜（３））は、平滑化された曲線、またはロジスティック回帰（例えば、４パラメータロジスティック回帰）によって確立された、モデル化された曲線のいずれかに適用することができる。モデル化された曲線は、ロジスティック回帰曲線フィットの有効性検証に供されることが好ましい。もちろん、平滑化およびモデル化された曲線を使用して、後続の処理のために異なるサイクル数または時間増分での蛍光の大きさを特定することができる。ベースラインセグメントの特定が成功すると、ベースラインセグメントの傾きは、開始サイクルとベースライン終了サイクルの両方の間、好ましくはそれを含めての線形回帰を使用して決定することができる。このステップでは、ベースラインの終了サイクルまでの対応するサイクル数を傾きに乗算することによって計算されたランピング偏差の量を減算することによって、適応的ベースライン補正曲線を作成することができる。いくつかの実施形態では、以下でより詳細に説明するように、ベースライン終了サイクルよりも大きいサイクル数を有する曲線データ内の複数のポイントについて、ベースラインでの補正量と同等である一定のランピング偏差量が減算され得る。一般的に言えば、適応的ベースライン補正曲線のベースラインセグメントは、実質的に平坦であり、および／または適応的ベースライン補正ステップ前のリアルタイム実行曲線と比較して減少した傾きを有する（例えば、真の増幅が始まる前の０またはその近くの傾き）。図３６Ｅは、例示的な曲線に対する適応的ベースライン補正を適用する効果を示す。次いで、ソフトウェアツールは、データ（ステップＳ７０２４）に平準化を適用し得る。平準化は、適応的ベースライン補正曲線の任意のゼロ以外のベースライン偏差を排除するために使用される。ゼロ以外のベースライン偏差の量は、適応的ベースライン補正曲線からの第１のｎポイントの中央値（事前定義されたパラメータ）を使用して計算することができる。
【０２９４】
ベースライン減算およびノイズリダクションの後、増幅チェックステップ（例えば、ステップＳ７０２６）において、陰性曲線を増幅された曲線（または陽性曲線）と区別するために、曲線のＲＦＵ範囲が計算され得る。いくつかの実施形態では、ＲＦＵ範囲は、各チャネルの最大蛍光値と最小蛍光値との間、または調整値間の差として計算され得る。ＲＦＵ範囲が所定の閾値以下である場合、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと判定される（有効性検証エラーとみなさない）。曲線が陽性である（例えば、ＲＦＵ範囲が所定の閾値よりも大きい）場合、Ｃｔ計算ステップ（例えば、ステップＳ７０２８）でＣｔ値を計算することができる。いくつかの実施形態では、Ｃｔ値は、測定された蛍光信号が曲線の出現についてユーザ定義の「Ｃｔ閾値」（以下、所定の閾値と称される）と同等であるサイクル数として計算され得る。図３６Ｆは、Ｃｔ値を計算する例示的な方法を示す。もちろん、Ｃｔ値を決定する他の方法（例えば、微分分析などに基づく）は、当業者によく理解され、代わりに使用され得る。図３６Ｆに示されるように、いくつかの実施形態（例えば、ステップＳ７０２８）では、Ｃｔは、２点Ｃｔ計算法（ｔｗｏ  ｐｏｉｎｔ  Ｃｔ  ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎ  ｍｅｔｈｏｄ）を使用して計算されてもよく、例えば、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が発生したサイクル、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値、および所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定が発生したサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定値の蛍光値を使用する。これは、少数のＣｔ値（すなわち、整数でないもの）を提供するための、直線補間などの補間を含み得る。いくつかの実施形態では、閾値サイクル（すなわち、Ｃｔ）に対応する新たな傾きは、２点Ｃｔ計算を使用して計算される。特定の好ましい実施形態では、近似曲線（または近似データポイント）が、Ｃｔ値を決定するために使用される。
【０２９５】
参照されたベースライン減算法に加えて、任意のベースライン除算法も、ベースライン調整プロトコルの柔軟性を実証するために使用された。任意の所望の曲線調整（例えば、平滑化、クロストーク補正、および適応的ベースライン補正）を任意に適用した後、実行曲線上のすべてのポイントのｙ値（例えば、相対蛍光単位で測定された蛍光の大きさ）を、推定ベースラインのｙ値の大きさで除算し、倍率によって上方に増やすることができる。ベースライン減算アプローチに関連して上述されたように、任意の種類のベースライン推定アルゴリズム（例えば、４パラメータロジスティック回帰モデル、５パラメータロジスティック回帰モデルなど）を使用して、このステップでベースラインを推定することができる。実際、推定ベースラインは、近似曲線またはその他の所望の方法から導き出すことができる。これにより、すべてのベースラインがユニタリ値（つまり、１）に配置されるように、基本的に実行曲線が正規化される。次に、ベースライン領域内のポイントを含むすべての実行曲線データポイントの蛍光の大きさ（例えば、ｙ値）は、１の値を減算することによって減少する。これにより、曲線の最も低いベースライン部分がゼロ値に設定される。次いで、残りの実行曲線上のすべてのデータポイントに、「倍率」（つまり、任意の値または事前定義された値）が乗算される。例えば、倍率は、１０，０００の値を有し得る。ベースラインのゼロ値は、ゼロのままであるが、すべてのゼロ以外のデータポイントの大きさは、解除される。結果は、Ｃｔ値の決定に使用することができる。このプロセスの式は、次の形式をとることができる。
【数１】
2021530221.tif 000005
式中、ＳＦ＝事前定義された倍率
ｙｉ＊：ベースライン分割が実行された後の実行曲線のＲＦＵ読み取り値ｉ
ｙｉ：任意の曲線調整（例えば、クロストーク補正、適応的ベースライン補正など）後の実行曲線のＲＦＵ読み取り値ｉ
【０２９６】
図３５Ｃは、有効性および陽性試験（すなわち、図３５ＡのステップＳ７００４）の間、ソフトウェアツールのアルゴリズムによって使用することができる例示的な方法７０３０を示すフローチャートである。各チャネル（または管）からのデータは、最初に閾値の二重交差（例えば、ステップＳ７０３２）について試験される。このステップでは、Ｃｔを決定するために使用された曲線が増幅されたが、計算されたＣｔの後のポイントでユーザ定義の「Ｃｔ閾値」の値を下回って下降した任意のチャネルが、無効に設定される（例えば、ステップＳ７０３４）。換言すれば、閾値の二重交差の試験は、調整された蛍光測定値が、（ｉ）第１のサイクルからの所定の閾値以上の調整された蛍光測定値、および（ｉｉ）第１のサイクルより後の第２のサイクルからの所定のもの未満の調整された蛍光測定値の両方を含むかどうかを決定することを含む。次いで、アルゴリズムは、任意のチャネルについて決定されたＣｔ値がユーザ定義の最小値（「最低有効Ｃｔ」）未満かどうか決定するために調べる（例えば、ステップＳ７０３６）。もしそうである場合、チャネルは、無効と評価される（例えば、ステップＳ７０３８）。次いで、アルゴリズムは、すべてのチャネルについて、曲線の傾きおよびＣｔの値を調べる（例えば、ステップＳ７０４０）。このステップでは、アルゴリズムは、Ｃｔでの曲線の傾きをユーザ定義の値（「閾値での最小傾き」）と比較し、Ｃｔの決定された値をユーザ定義の許容できる最大値（「最大Ｃｔ」）と比較する。傾きがユーザ定義の「閾値での最小傾き」以上（≧）であり、Ｃｔがユーザ定義の「最大Ｃｔ」以下（≦）である場合、チャネルは、陽性と評価される（例えば、ステップＳ７０４２）。次いで、アルゴリズムは、各チャネルからのデータに対する一連の試験を実施する。例えば、各チャネルからのデータは、それが有効なサーマルサイクラー測定値を表すかどうか（例えば、ステップＳ７０４４）、任意の致命的なフラグが存在するかどうか（例えば、ステップＳ７０４６）、およびバックグラウンド推定値が許容範囲内であるかどうか（例えば、ステップＳ７０４８）を決定するために調べられ得る。これらの試験のいずれかが失敗する場合、チャネルは、無効であることが示される（例えば、ステップＳ７０７０）。次いで、アルゴリズムは、試料有効性基準パラメータ画面６０４０（図３４Ｉを参照のこと）でのユーザ設定に基づいて、データの陽性に関する一連の試験を実施し（例えば、ステップＳ７０５０）、ユーザ定義の基準に基づいて、チャネルが有効である（例えば、ステップＳ７０６０）か、または無効である（例えば、ステップＳ７０７０）と設定する。
【０２９７】
すぐ上で説明したように、適応的ベースライン補正を実行するための１つのアプローチ（例えば、ステップＳ７０２２）には、ベースライン終了サイクルの前後の実行曲線データの差分処理または調整が含まれた。この場合も、ベースライン終了サイクルは、検出可能な核酸増幅の開始を反映する、その後に発生するポイントからベースラインを分離する。このアプローチは、リアルタイム増幅反応中に測定された非特異的バックグラウンド信号が、検出可能な核酸増幅が実質的に開始される前後で異なる速度で上昇するという我々の発見を利用した。簡単に言えば、信号の増加率（つまり「ランピング」）は、ベースライン終了サイクル後よりもベースライン終了サイクル前の方が大きいことが見出された。
【０２９８】
ベースライン終了サイクルの前後にリアルタイム実行曲線データセットを調整するために、異なるアプローチを使用することができる。いくつかの実施形態では、サイクル依存値は、ベースライン終了サイクルの前にデータセットから減算することができ、固定値（例えば、ベースライン終了サイクルで減算される大きさ）は、ベースライン終了サイクル後に発生するデータポイントから減算することができる。この後者のアプローチは、非常に良い結果で使用されているため、非常に好ましい。いくつかの実施形態では、ベースライン終了サイクル後に測定または計算された信号量から減算される信号の大きさは、ベースライン終了サイクルで、またはその前に、測定または計算された信号量から減算される最大信号の大きさに等しく設定される。他の実施形態では、減算に使用されるサイクル依存値は、反応サイクル数に、非特異的信号の増加率を示す傾き値（例えば、ＲＦＵ／サイクルで測定される）を乗算することによって計算することができる。反応サイクルがベースライン終了サイクルよりも小さい、または大きい場合は、異なる傾き値を使用することができる。これらのアプローチによる非特異的信号成分の減算を制限することは、有利に信号の出現をわずかに進めることができ（すなわち、Ｃｔ値が反応の進行中にわずかに早く発生する）、プラトーフェーズ中の後のサイクルで実行曲線の下向きの傾きにつながる可能性のある過補正を排除することができる。このアプローチの実装は、偽陰性および偽陽性の判定を有利に減らすことができる。
【０２９９】
結果処理アルゴリズムが構成され得る方法には柔軟性がある。例えば、結果処理方法の特定のステップは、図３５Ｂに概説されている技術に関連して改訂することができる。より具体的には、ベースライン推定方法を変更して、高力価試料で実施された増幅反応のみを曲線フィッティングによって処理して、推定ベースラインを確立することができる。高力価試料を特定するための試料基準（例えば、短いベースラインを示す実行曲線を生成する）には、早いサイクルで測定された信号の大きさを最小パーセンテージ（例えば、５％）だけ超えた蛍光信号の増加の検出が含まれた。例えば、サイクル数１０による開始信号の５％を超える信号（例えば、サイクル１として番号付けされた）の検出は、高力価試料を特定するための基準として役立ち得る。この高力価試料定義を満たさなかった他の実行曲線の推定ベースラインは、ベースラインの中央値を決定することのみにより、事前に確立されたサイクル数範囲（例えば、サイクル数１０〜２０）に対して計算された。この修正された方法は、「優勢な中央」ベースライン推定として示された。
【０３００】
いくつかの実施形態では、ベースラインの計算および調整（例えば、ステップＳ７０１８）は、ベースライン推定を含み、さらにベースラインの減算を含んだ。第１の任意のアプローチにより、ベースライン推定には、反応進行パラメータの範囲（例えば、サイクル数）にわたって測定された信号の大きさの中央値を計算することが含まれた。これは、検出可能な増幅が実質的に開始される前に、ベースライン領域の少なくとも一部を表す所定の範囲を使用して（例えば、反応サイクル数１０〜２０の範囲にわたって）達成することができる。計算された中央値は、実行曲線（例えば、平滑化された実行曲線）上の各ポイントから減算することができる。第２の任意のアプローチにより、ベースラインは、当業者によく理解されるであろう技術によって最適化することができる変数またはパラメータを有する方程式を用いる曲線フィッティング手順からの結果を使用して推定された。完全を期すために、４パラメータロジスティック方程式の例は、次の形式を有することができる（ｘは、サイクル数の尺度、ｙは、蛍光信号などの従属変数、Ａ〜Ｄは、最適化されるべきパラメータである）。
ｙ＝Ａ＋Ｂ／（１＋（ｘ／Ｃ）Ｄ）
方程式のパラメータは、曲線の形状を反映し、「Ａ」は、近似曲線の第１のｙ値の読み取り値であり、「Ｂ」は、近似曲線の信号ゲインを表し、「Ｃ」は、最高値と最低値との平均を超える読み取り値を有し、それらの読み取り値が発生するポイントで囲まれた時間範囲内で発生する中間インデックスサイクルに関連し、「Ｄ」は、増幅曲線の急峻さを表す。
【０３０１】
この点で有用な方程式の一例は、４パラメータのロジスティック方程式である。もちろん、これらの任意の結果処理アプローチのいずれかまたは両方を、最終的な分析が完了する前に同じデータセットに適用することができる。
【０３０２】
さらに第２の代替ベースライン推定アプローチを参照すると、ベースラインを確立するために４パラメータロジスティック曲線フィッティングアルゴリズムを使用して処理された実行曲線は、増幅反応に標的核酸が含まれていない場合（つまり「陰性」反応）、次善の結果をもたらすか、または弱く増幅したことが発見された。これは、４パラメータロジスティックフィッティングが、標的陽性増幅結果に特徴的なシグモイド曲線には適切であったが、増幅反応の過程で継続的に増加する信号を頻繁に示す標的陰性反応に特徴的な曲線形状には適切ではなかったためである（図４１を参照のこと）。特に、増幅反応について測定されたベースライン領域で継続的に増加する信号（「ランプ」または非特異的バックグラウンド信号の増加傾向と称されることもある）は、真の陰性反応と弱い陽性反応を区別する分析を混乱させることがある。これにより、偽陽性および偽陰性の判定の両方が生じる可能性がある。
【０３０３】
曲線フィットが成功するための有効性チェック基準が満たされていない場合でも、近似曲線の結果を使用して、実行曲線のベースライン部分の終了を表す「終了サイクル」カットオフを計算することができる。ここで、「有効性チェック」には、近似方程式用に最適化された１つ以上のパラメータの許容範囲を含めることができる。例えば、完全な実行曲線データは、４パラメータロジスティック方程式を使用して適合され、近似曲線は、終了サイクルカットオフを決定するために使用された。この決定は、曲線に沿った異なるポイントでの滑らかな曲線の増加量または増加率に基づくことができる。例えば、サイクルと、実行曲線（例えば、４パラメータロジスティック近似曲線）の早いポイント（例えば、最初のポイント）との間の信号変化が、所定の量またはパーセンテージ（例えば、３％）を超える場合、直前のポイント（例えば、後方オフセット）は、ベースラインの終了として特定することができる。異なるアプローチにより、隣接するサイクルが最小の所定量だけ異なる実行曲線上の点を特定することによって、終了サイクルを計算することもできる。任意に、終了サイクルは、直前のポイント（例えば、後方オフセット）として特定される。ベースライン終了サイクルがどのように決定されるかに関係なく、ベースラインセグメントの傾きは、計算することができ、終了サイクルまでの実行曲線のベースライン部分は、サイクル数を乗算したベースラインの傾きに相当する値を減算することによって補正することができる。いくつかの実施形態では、ベースラインのベースライン終了サイクルでの補正量は、ベースラインの終了サイクルを超えた実行曲線の残りの部分から減算された固定補正係数として使用された。言い換えると、ベースラインの終了後の曲線ポイント値は、ベースラインの終了サイクルで計算された固定補正量によって補正された。したがって、実行曲線のベースライン部分に適用される補正は、ベースラインの終了サイクルと最大反応サイクル数での実行曲線の終了との間に適用される補正とは異なる。Ｃｔ値決定へのこのアプローチは、有利には、機器の変動および反応化学の変動に対して耐性があった。閾値ベースのアプローチを使用して、適応的ベースラインおよびベースラインを減算した補正済み実行曲線からＣｔ値を特定することができる。もちろん、Ｃｔ値を決定するための他のアプローチ（例えば、計算された導関数の最大値または最小値に基づく）も、これらの技術で処理された実行曲線の結果を処理するときに使用することができる。
【０３０４】
ベースライン終了サイクルの前後の実行曲線データの差分調整を含む結果処理手順では、標的陰性試料と、わずかに陽性であった試料を処理するときに、改善された結果が得られた。特定の動作理論に拘束されることを望まないが、Ｃｔ値を確立するために使用される閾値と交差する曲線の部分に対応する領域におけるより大きな蛍光信号が利点を提供すると考えられる。これにより、Ｃｔ値の計算がわずかに前の値（つまり、わずかに小さい数値）にシフトする可能性がある。特に、好ましい実施形態では、Ｃｔ値は、ベースライン終了サイクル後に処理された実行曲線データから決定することができ、ベースライン領域の処理を任意にする（傾き決定を除く）。
【０３０５】
図４０Ａ〜４０Ｂは、上昇ランプを伴うベースラインを示す強い陽性増幅反応について得られた結果への異なるベースライン調整方法の適用を示す。図４０Ａは、反応サイクル数の関数として測定された蛍光読み取り値の実行曲線データセットをグラフで示す。測定されたＲＦＵ信号は、塗りつぶされた三角形（▲）で示される。ベースライン開始サイクル（左端◇）は、ユーザ定義の「分析開始サイクル」によってデータセット内の初期データポイントが除去された後の次のサイクルとして特定された。典型的には、分析開始サイクルは、８〜１５サイクル（例えば、１０サイクル）の範囲にあって、「バウンス」（例えば、「ノイズ」）によって特徴付けられ得る信頼性の低いデータの削除を許可する。サイクル数３１は、先行するサイクルまたはサイクルの線形傾向に対して少なくとも所定の最小差だけずれた最初のサイクルであったため、サイクル数３０（つまり、直前のサイクル）をベースライン終了サイクル（右端◇）として指定した。ベースラインの開始サイクルと終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きは、ベースライン終了サイクルの右側に伸びて示されている最適な線で示される。サイクル２７での下向きの矢印は、水平の破線で終了し、実行曲線データセットのすべてのポイントでのベースラインの「ランピング」（例えば、非特異的信号）の寄与を減らすために、どのように最適な線の大きさを、実行曲線上のすべてのポイントから減算するかを示す。図４０Ｂは、反応サイクル数の関数としての蛍光測定値の実行曲線データセットをグラフで示す（例えば、平滑化および／または曲線適合後）。蛍光信号は、塗りつぶされた三角形（▲）で示される。ベースラインセグメントは、開始サイクルおよびベースライン終了サイクルで囲まれ、これらの各々が白抜きのひし形（◇）で示される。実行曲線のベースラインセグメントの傾き（つまり、サイクル数１０〜３０）は、線形回帰（最適な線は図示されず）によって計算され、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値は、ベースラインセグメント（つまり、開始サイクルおよびベースライン終了サイクルを含む）のＲＦＵ信号から減算される。実行曲線のベースライン部分のこの任意の調整により、ｘ軸と実質的に平行する補正されたベースラインセグメントをもたらす。ベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルのサイクル数に依存する固定調整値が、ベースライン終了サイクル後に発生するＲＦＵ信号から減算される。別の言い方をすれば、ベースライン終了サイクル後の実行曲線上のポイントは、ベースライン終了サイクルの調整に使用されたのと同じ一定の大きさを減算することによって下方に調整される。Ｃｔ値は、ベースラインの終了サイクル後に調整された測定値から決定することができる。
【０３０６】
図４１は、異なるベースライン調整アプローチの結果をグラフで示す。一番上の平滑化された実行曲線（▲）は、開始サイクル（サイクル１０）およびベースライン終了サイクル（サイクル３０）で囲まれたベースラインセグメントを示し、各境界は、白抜きのひし形（◇）によって示される。最上部の実行曲線に重なっているのは、ロジスティック回帰曲線（黒一色で図示される）であり、近似曲線の最初の部分がどのようにベースラインセグメントのランプから大きく外れていることを示す。図４０Ａに表されるアプローチによって実行曲線を処理した結果（すなわち、すべてのデータポイントから可変調整値を減算する）は、最も低い調整された曲線（○）によって示される。図４０Ｂに表されるアプローチによって実行曲線を処理した結果（すなわち、ベースラインセグメント内のデータポイントから可変調整値を減算し、ベースライン終了サイクル後にデータポイントから固定値を減算する）は、中央の調整された曲線（すなわち、●）によって示される。図４０Ｂに示される方法によって決定された固定値は、ベースラインセグメントの傾きにベースライン終了サイクルのサイクル数を乗算することによって計算された。いずれの調整された実行曲線も、調整された実行曲線がｙ次元の閾値（つまり、蛍光の大きさ）と交差するか、またはそれを超えるｘ軸に沿った点などのＣｔ値を決定するために使用することができる。図４０Ｂに示される方法によって調整された実行曲線から決定されたＣｔ値は、図４０Ａに示される方法によって調整された実行曲線から決定されたＣｔ値よりもわずかに早い。これは、弱く増幅する反応からの実行曲線データを処理する場合に特に有利である。実行曲線のデータポイントは、より高いサイクル数（例えば、４４〜４８）で減少傾向を提示し、その減少は、未補正のデータセットに反映されないことに注意されるであろう。
【０３０７】
システム１０００でのアッセイプロトコルのインストールおよび実行
上記したように、ソフトウェアツール（いくつかの実施形態では、システム１０００に接続していないか、またはこれと離れたコンピュータシステムにインストールされている）を使用して開発されたアッセイプロトコル（例えば、ＬＤＴプロトコル）は、試料に対するアッセイを実施するためにシステム１０００にインストールされ得る。いくつかの実施形態では、開発されたアッセイは、ＵＳＢ装置でシステム１０００に転送され得る。中に記憶されたアッセイプロトコルを有するＵＳＢ装置は、システム１０００のＵＳＢドライブに挿入され、アッセイはシステム１０００のディスプレイ装置５０（図１を参照のこと）を使用して選択およびインストールされる。いくつかの実施形態では、システム１０００にアッセイプロトコルをロードするために、管理者としてシステム１０００にサインインすることが必要とされ得る。図３７Ａは、ディスプレイ装置５０上に管理画面８０００を開くために選択される「管理」オプションを有するディスプレイ装置５０を示す。次いで、「オープンアクセスプロトコルを管理する」アイコンが、ディスプレイ装置５０上にオープンアクセスプロトコル画面８０１０を表示するために選択され得る。図３７Ｂは、代表的実施形態におけるオープンアクセスプロトコル画面８０１０を示す。システム１０００において（例えば、以前にロードされた）利用可能なアッセイプロトコルは、オープンアクセスプロトコル画面８０１０に列挙され得る。新規のアッセイプロトコルは、プロトコル選択画面８０２０を開くために画面８０１０から「インポート」を選択することによってシステム１０００にロードされ得る。図３７Ｃは、ＵＳＢ装置内の利用可能なオープンアクセスプロトコルが列挙された、代表的実施形態におけるプロトコル選択画面８０２０を示す。次いで、所望のプロトコルが選択およびインポートされる（例えば、「インポート」内をクリックすることによって）。次いで、これらのアップロードされたアッセイは、以前にシステム１０００にロードされたすべての他のアッセイ（ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴ）に追加され得る。次いで、システム１０００は、ロードされたアッセイプロトコルを使用したアッセイを実行し、データを保存し得、次いで、これは前述したようにデータを処理し、結果を可視化するためにシステム１０００からソフトウェアツールにエクスポートされ得る。
【０３０８】
システム１０００においてアッセイは、システム１０００にロードされた試料（図３Ｃを参照のこと）に適用され得る（または関連付けられる）。使用される間、ユーザは、システム１０００において試料格納部内の異なる患者試料を異なる利用可能なアッセイ（ＩＶＤおよびＬＤＴ）に関連付け得る。試料は、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴの両方について試験命令を有し得る。試料のアッセイとの関連付け（または試験命令）は、システム１０００上（ディスプレイ装置５０を使用して）または外部から（例えば、ＬＩＳを使用して）行われ、次いで、システム１０００に転送（例えば、送信、アップロードなど）され得る。例えば、図３Ｃに関して、ユーザは、ＬＩＳを使用して、異なる試料容器１０７または容器１０７のラック１０（例えば、参照番号、バーコードなどにより識別される）を１つ以上のアッセイと（例えば、１つ以上のＩＶＤアッセイおよび／または１つ以上のＬＤＴなどと）関連付け、この情報を有するデータファイルをシステム１０００に転送し得る。これらの試料容器１０７またはラック１０が試料格納部８に挿入される際、システム１０００（図３３を参照のこと）のコントローラ５０００は、試料を認識し（例えば、バーコードリーダ１８からの読み取りに基づいて、図３Ｂを参照のこと）、それらをユーザにより選択されたアッセイに関連付け得る。
【０３０９】
試料と当該試料に対して実施されるアッセイとの関連付けは、システム１０００上でも行われ得る。例えば、ユーザは、ディスプレイ装置５０を使用して１つ以上のアッセイを選択し得、試料格納部８にロードされている試料の次のラック１０（または容器１０７）が、ユーザにより選択されたアッセイに関連付けられ得る。いくつかの実施形態では、試料がシステム１０００にロードされた後、ユーザはアッセイを試料に関連付け得る。例えば、ユーザは、試料格納部８に存在する試料容器１０７（例えば、一部の識別情報により識別される）のリストを検討する、所望のセットのアッセイを個々の容器１０７または容器１０７のラック１０に割り当て／関連付ける。一般に、ユーザは、同一セットのアッセイを容器１０７のラック１０またはラック１０内の個々の容器１０７に割り当て得る。ロードされた試料がアッセイプロトコルを割り当てられた後、各試料ラックについて検体情報は、ディスプレイ装置５０の試料ラック画面９０００に表示される。図３８は、対応する試料ＩＤおよびアッセイが列挙された、ディスプレイ装置５０上に表示される例示的な試料ラック画面９０００を示す。図３８に見られるように、複数のアッセイ（ＨＰＶ、ＣＴ／ＧＣなど）が、同一の試料（例えば、試料ＩＤ２６５４）に関連付けられた。一般に、任意の数およびタイプのアッセイ（例えば、ＩＶＤおよび／またはＬＤＴ）が、同一の試料に割り当てられ得る（アッセイの数は試料容量のみによって限定される）。
【０３１０】
アッセイが試料に関連付けられた後、システム１０００のコントローラ５０００は、異なるアッセイをスケジュールし、システム１０００上で効率的な方法で実施する（例えば、スループットタイムを最小限にし、ワークフローを増加させる／改善するために、など）。システム１０００上でのＬＤＴプロトコルの最適化の間、液体を含有する特異のセットの試料を、ＡＳＲ容器であり得るユーザにより提供された特定の容器に流すことが必要で有り得る（すなわち、液体１９７０Ａ、１９７０Ｂなどをコンテナ１９２０の液体収容容器１９４０に流すこと、図１１Ａ、１１Ｂを参照のこと）。いくつかの実施形態では、試料処理順序を予測するために、同一の再構成液を有するユーザにより提供された複数の容器を使用する場合、コントローラ５０００は、最も低い数の残存する試験回数を有するユーザにより提供された容器（すなわち、最も液体の容量が小さい管）が最初に空にされるように試験をスケジュールし得る。管が同じ試験回数を有する場合、コントローラ５０００は、第２の試薬コンテナキャリア１６００内の位置１〜４のコンテナ１９２０から（すなわち、最初に位置「Ｒｅｃｏｎ  １」のコンテナ１９２０、次いで位置「Ｒｅｃｏｎ  ２」のコンテナ１９２０からなど、図６Ｄを参照のこと）の位置Ａ〜Ｄのユーザにより提供された容器からの液体（すなわち、最初にコンテナ１９２０の位置Ａの容器１９４０から、次いで位置Ｂの容器１９４０からなど、図１１Ａを参照のこと）を使用し得る。異なるアッセイプロトコルに関連付けられたユーザにより提供された試薬を収容している複数の容器がシステム１０００にロードされている場合、コントローラ５０００は、どの試験が最初に割り当てられたかに従って試験をスケジュールし、可能な場合、ロードされた試料をバッチ処理し得る。ＰＣＲ反復試験が同一の試験に割り当てられている場合、コントローラ５０００は、同一のユーザにより提供された容器から全てのＰＣＲ反復試験を実行し得る。
【０３１１】
ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴが同一の試料に関連付けられたいくつかの実施形態では、試料溶出液は、両方のアッセイについて共同で調製され得る（すなわち、図２９の試料溶出液調製プロセス８００は、両方のアッセイについて共通で有り得る）。次いで、共通の試料溶出液のアリコートは、ＩＶＤアッセイに合わせて処理され得、アリコートがＬＤＴに合わせて処理され得る。必要条件ではないが、いくつかの実施形態では、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴのステップの少なくとも一部は、システム１０００によって並行して実施され得る。例えば、図３０の反応混合物調製プロセス８３０および／または図３１のプロセス８５０（例えば、ＰＣＲ反応）の一部またはすべてのステップは、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴについて並行して（または同時にもしくは平行した様式で）実施され得る（コンテナ１９２０からの再構成液がＬＤＴのためのステップＳ８３８で使用され、コンテナ１６２０からの再構成緩衝液がＩＶＤアッセイのためのステップＳ８３８で使用される）。システム１０００のサーマルサイクラー４３２は複数の独立して制御された熱ゾーンを有するため、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴのための（プロセス８５０の）インキュベーションステップＳ８５８は、両方のアッセイが異なる熱サイクリング条件を有する場合であっても並行して実施され得る。しかしながら、並行した様式でＩＶＤアッセイおよびＬＤＴのステップを実施することは、必要条件でない。いくつかの実施形態では、コントローラ５０００は、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴの一部またはすべてのステップを連続的な様式でスケジュールし得る。
【０３１２】
ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴをバッチ処理する分析システム（例えば、ＩＶＤアッセイまたはＬＤＴのうちの１つが最初に１バッチで実施され、次いで他方のアッセイが別のバッチで実行される）とは対照的に、システム１０００は、交互的な様式および連続的な様式で、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴを処理し得る。「交互的な」とは、システム１０００が、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴ（またはＡＳＲ試薬を必要とするアッセイ）の開始および実施を連続的かつ中断されない様式で交互に繰り返すことができることを意味する。例えば、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴ（またはＡＳＲ試薬を必要とするアッセイ）により処理されることが意図される試料は、一緒にまたは連続的にシステム１０００にロードされ得、両方のタイプのアッセイが、ユーザによる介入（例えば、試料、試薬および／または溶媒を変更すること）なしにシステムによってシームレスに実施され得る。このようにして、ＩＶＤアッセイおよびＬＤＴ（またはＡＳＲ試薬を必要とするアッセイ）のステップの一部またはすべては、システム１０００上で並行して実施され得る。試料は、システムが他の試料を処理している時にシステム１０００にロードされ、アッセイに関連付けられ得る。システム１０００は、新たにロードされた試料を前にロードされた試料とともに間断なく連続的な様式でスケジュールし、処理し得る。
【０３１３】
図３９は、ソフトウェアツールを使用するプロトコル最適化のためのワークフローの概略図である。ステップ（１）では、ユーザ定義のプロトコル（すなわち、１つ以上のユーザ定義のパラメータを含むアッセイプロトコル）が作成または編集される。次に、プロトコルはエクスポートされ、ステップ（２）でシステム１０００にインストールされる。ＬＤＴ再構成流体１９７０ａ、１９７０ｂなどの試薬、および凍結乾燥試薬は、ステップ（３）でシステム１０００にロードされる。試料がステップ（４）でシステム１０００にロードされる。ステップ（５）で、システム１０００が開始されて、ユーザ定義のプロトコルに従ってＬＤＴアッセイを実行する。ステップ（６）では、エッセイの間に収集されたデータが分析され解釈される。データの分析および解釈に基づいて、ユーザ定義のプロトコルが編集され、それにより、ステップ（１）でプロセスを再開し、ワークフローを繰り返すことができる。
【０３１４】
本開示は、ある例証的実施形態を参照して、特徴の種々の組み合わせおよび部分的組み合わせを含め、かなり詳細に説明および図示されたが、当業者は、本開示の範囲内に包含される、他の実施形態ならびにその変形例および改変を容易に理解するであろう。さらに、そのような実施形態、組み合わせ、および部分的組み合わせの説明は、本開示が、請求項に明示的に列挙されるもの以外の特徴または特徴の組み合わせを要求することを伝えることを意図するものではない。したがって、本開示は、以下の番号付き実施形態の要旨および範囲内に包含されるすべての修正および変形例を含むものと見なされる。
【０３１５】
番号付き実施形態
１．標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムであって、ユーザ定義のパラメータが、コンピュータ制御式自動分析装置に、アッセイプロトコルに従ってアッセイを行わせるコンピュータ実行可能命令を含み、システムが、
前記ユーザが分析物抽出パラメータを定義することを可能にするように構成されている第１のグラフィカルユーザインタフェースであって、前記分析物抽出パラメータが、前記標的分析物を前記試料から抽出するための抽出プロセスを行うように前記分析装置によって実行される１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、第１のグラフィカルユーザインタフェースと、
前記ユーザが標的パラメータを定義することを可能するように構成されている第２のグラフィカルユーザインタフェースであって、前記標的パラメータが、前記標的分析物の検出に使用される前記分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定する１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、第２のグラフィカルユーザインタフェースと、
前記ユーザが温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータを定義することを可能にするように構成されている第３のグラフィカルユーザインタフェースであって、前記温度プロファイルの前記１つ以上の温度パラメータは、反応混合物が、前記標的分析物を増幅するように前記分析装置によって曝露されることになる温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、第３のグラフィカルユーザインタフェースと、を含む、システム。
２．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して定義される、実施形態１に記載のシステム。
３．前記第１のグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記アッセイプロトコルの名称を指定することを可能にするようにさらに構成されている、実施形態１または２に記載のシステム。
４．前記第３のグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記温度プロファイルに分析物タイプを指定することを可能にするようにさらに構成され、前記分析物タイプがＤＮＡおよびＲＮＡ／ＤＮＡのうちの１つを含む、実施形態１〜３のいずれか１つに記載のシステム。
５．前記抽出プロセスが、前記分析装置によって前記試料と組み合わされる試薬のタイプおよび量を定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１〜４のいずれか１つに記載のシステム。
６．前記抽出プロセスが、試料吸引高さを定義するコンピュータ実行可能命令をさらに含む、実施形態１〜５のいずれか１つに記載のシステム。
７．前記抽出プロセスが標的捕捉手順を含む、実施形態１〜６のいずれか１つに記載のシステム。
８．前記第１のグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが分析物抽出パラメータを２つ以上の定義済み分析物抽出パラメータから選択することを可能にするように構成されている、実施形態１〜７のいずれか１つに記載のシステム。
９．前記マルチチャネル信号検出器が、前記標的分析物の増幅に関連する信号を検出するように構成されている、実施形態１〜８のいずれか１つに記載のシステム。
１０．前記信号が、固有の波長または波長の範囲を有する蛍光信号である、実施形態９に記載のシステム。
１１．前記第２のグラフィカルユーザインタフェースが、ユーザによって各々個別に選択可能である複数のチャネルを視覚的に提示するように構成されている、実施形態１〜１０のいずれか１つに記載のシステム。
１２．前記第２のグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各々選択されたチャネルと関連付けられる分析物名を入力し得る入力エリアを視覚的に提示するようにさらに構成されている、実施形態１１に記載のシステム。
１３．前記１つ以上の温度パラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および前記熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態１〜１２のいずれか１つに記載のシステム。
１４．前記第３のグラフィカルユーザインタフェースが、第１の軸に沿った温度と第２の軸に沿った時間とのグラフを提示するように構成され、前記グラフが段階に分けられ、各段階が一定温度の１つ以上のステップを含み、前記第３のグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各ステップの温度および期間ならびに少なくとも１つの段階の前記数を定義または変更することを可能にするインタラクティブな入力要素を提示するように構成されている、実施形態１〜１３のいずれか１つに記載のシステム。
１５．前記ユーザが前記アッセイプロトコルを記憶媒体または前記分析装置のコントローラにエクスポートするためのコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にするように構成されているプロトコルエクスポートグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載のシステム。
１６．前記ユーザが１つ以上のデータ分析パラメータを入力することを可能にするように構成されている少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記データ分析パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１〜１５のいずれか１つに記載のシステム。
１７．データ分析コンピュータ、およびユーザ定義のパラメータが指定されるコンピュータが、同じコンピュータである、実施形態１６に記載のシステム。
１８．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが１つ以上の曲線補正パラメータを入力することを可能にするように構成されている曲線補正パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記曲線補正パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１６または１７に記載のシステム。
１９．前記１つ以上の曲線補正パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを分析するために定義され、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１８に記載のシステム。
２０．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のデータ評価陽性基準を入力することを可能にするように構成されている陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記データ評価陽性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集された前記データの陽性または陰性結果を決定するために、前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１６〜１９のいずれか１つに記載のシステム。
２１．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、それを超えると前記標的分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態２０に記載のシステム。
２２．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータがそれに対して提示されることになる、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを選択することを可能にし、前記陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを使用して前記ユーザによって定義された前記データ評価陽性基準からの１つ以上の基準とともに、前記１つ以上の選択されたチャネルについてのデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示し、前記ユーザが前記データ評価陽性基準の１つ以上を変更することを可能し、変更されたデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示するように構成されている、データ分析グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態２１に記載のシステム。
２３．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが指定され、データ分析グラフィカルユーザインタフェースが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して提供される、実施形態２２に記載のシステム。
２４．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されているチャネル有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記チャネル有効性基準パラメータは、前記マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予想される範囲内であるかどうかを決定するために、前記データ分析コンピュータに値を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１６〜２３のいずれか１つに記載のシステム。
２５．前記マルチチャネル信号検出器が蛍光光度計を備え、前記１つ以上のチャネル有効性基準パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、最大バックグラウンド蛍光、最小バックグラウンド蛍光、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最小数を定義する最小閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態２４に記載のシステム。
２６．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されている試料有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記試料有効性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータの前記有効性を評価するために前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１６〜２５のいずれか１つに記載のシステム。
２７．前記チャネル有効性基準パラメータは、（ｉ）前記ユーザが前記マルチチャネル信号検出器のチャネル中の内部標準を使用しているかしていないか、（ｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用している場合、有効な試験を示すために陽性内部標準が必要とされるかどうか、またはいずれかの陽性チャネルが有効な試験を示すかどうか、および（ｉｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用していない場合、いずれかの陽性チャネルが陽性試験を示すかどうかを指定する、実施形態２６に記載のシステム。
２８．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記標的分析物を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定するコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にする試薬グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１〜２７のいずれか１つに記載のシステム。
２９．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、試薬グラフィカルユーザインタフェースが提供される第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して定義される、実施形態２８に記載のシステム。
３０．前記第２のコンピュータが前記分析装置のコンピュータである、実施形態２９に記載のシステム。
３１．アッセイプロトコルが、ユーザ定義のパラメータと１つ以上のシステム定義のパラメータとの組み合わせを含む、実施形態１〜３０のいずれか１つに記載のシステム。
３２．システム定義のパラメータのうちの１つ以上が、分析装置上に事前プログラムされている、実施形態３１に記載のシステム。
３３．標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムであって、パラメータが、コンピュータ制御式自動分析装置に、アッセイプロトコルに従ってアッセイを行わせるコンピュータ実行可能命令を含み、システムが、ユーザが温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータを定義することを可能にするように構成されているサーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースを含み、温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータが、反応混合物が標的分析物を増幅するように分析装置によって曝露されることになる、温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、システム。
３４．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して定義される、実施形態３３に記載のシステム。
３５．前記１つ以上の温度パラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および前記熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態３３〜３４のいずれか１つに記載のシステム。
３６．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースが、第１の軸に沿った温度と第２の軸に沿った時間とのグラフを提示するように構成され、前記グラフが段階に分けられ、各段階が一定温度の１つ以上のステップを含み、前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各ステップの温度および期間ならびに少なくとも１つの段階の前記数を定義または変更することを可能にするインタラクティブな入力要素を提示するように構成されている、実施形態３３〜３５のいずれか１つに記載のシステム。
３７．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記温度プロファイルに分析物タイプを指定することを可能にするようにさらに構成され、前記分析物タイプがＤＮＡおよびＲＮＡ／ＤＮＡのうちの１つを含む、実施形態３３〜３６のいずれか１つに記載のシステム。
３８．前記ユーザが前記アッセイプロトコルの分析物抽出パラメータを定義することを可能にするように構成されているプロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記分析物抽出パラメータが、前記標的分析物を前記試料から抽出するための前記分析装置によって実施される抽出プロセスを実施するためのコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態３３〜３７のいずれか１つに記載のシステム。
３９．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記アッセイプロトコルの名称を指定することを可能にするようにさらに構成されている、実施形態３８に記載のシステム。
４０．前記抽出プロセスが、前記分析装置によって前記試料と組み合わされる試薬のタイプおよび量を定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態３８または３９に記載のシステム。
４１．前記抽出プロセスが、試料吸引高さを定義するコンピュータ実行可能命令をさらに含む、実施形態３８〜４０のいずれか１つに記載のシステム。
４２．前記抽出プロセスが標的捕捉手順を含む、実施形態３８〜４１のいずれか１つに記載のシステム。
４３．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが分析物抽出パラメータを２つ以上の定義済み分析物抽出パラメータから選択することを可能にするように構成されている、実施形態３８〜４２のいずれか１つに記載のシステム。
４４．ユーザが標的パラメータを定義することを可能にするように構成されている標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、標的パラメータが、標的分析物の検出に使用される分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定する１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態３３〜４３のいずれか１つに記載のシステム。
４５．前記マルチチャネル信号検出器が、前記標的分析物の増幅に関連する信号を検出するように構成されている、実施形態４４に記載のシステム。
４６．前記信号が、固有の波長または波長の範囲を有する蛍光信号である、実施形態４５に記載のシステム。
４７．前記第標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースが、ユーザによって各々個別に選択可能である複数のチャネルを視覚的に提示するように構成されている、実施形態４４〜４６のいずれか１つに記載のシステム。
４８．前記標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各々選択されたチャネルと関連付けられる分析物名を入力し得る入力エリアを視覚的に提示するように構成されている、実施形態４７に記載のシステム。
４９．前記ユーザが前記アッセイプロトコルを記憶媒体または前記分析装置のコントローラにエクスポートするためのコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にするように構成されているプロトコルエクスポートグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態３３〜４８のいずれか１つに記載のシステム。
５０．前記ユーザが１つ以上のデータ分析パラメータを入力することを可能にするように構成されている少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記データ分析パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態３３〜４９のいずれか１つに記載のシステム。
５１．データ分析コンピュータ、およびユーザ定義のパラメータが指定されるコンピュータが、同じコンピュータである、実施形態５０に記載のシステム。
５２．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが１つ以上の曲線補正パラメータを入力することを可能にするように構成されている曲線補正パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記曲線補正パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態５０または５１に記載のシステム。
５３．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のデータ評価陽性基準を入力することを可能にするように構成されている陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記データ評価陽性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集された前記データの陽性または陰性結果を決定するために、前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態５０〜５２のいずれか１つに記載のシステム。
５４．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されているチャネル有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記チャネル有効性基準パラメータは、前記マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予想される範囲内であるかどうかを決定するために、前記データ分析コンピュータに値を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態５０〜５３のいずれか１つに記載のシステム。
５５．少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されている試料有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記試料有効性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータの前記有効性を評価するために前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態５０〜５４のいずれか１つに記載のシステム。
５６．前記１つ以上の曲線補正パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを分析するために定義され、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態５２に記載のシステム。
５７．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、それを超えると前記標的分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態５３に記載のシステム。
５８．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータがそれに対して提示されることになる、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを選択することを可能にし、前記陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを使用して前記ユーザによって定義された前記データ評価陽性基準からの１つ以上の基準とともに、前記１つ以上の選択されたチャネルについてのデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示し、前記ユーザが前記データ評価陽性基準の１つ以上を変更することを可能し、変更されたデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示するように構成されている、データ分析グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態５７に記載のシステム。
５９．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが定義され、データ分析グラフィカルユーザインタフェースが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して提供される、実施形態５８に記載のシステム。
６０．前記マルチチャネル信号検出器が蛍光光度計を備え、前記１つ以上のチャネル有効性基準パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、最大バックグラウンド蛍光、最小バックグラウンド蛍光、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最小数を定義する最小閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態５４に記載のシステム。
６１．前記チャネル有効性基準パラメータは、（ｉ）前記ユーザが前記マルチチャネル信号検出器のチャネル中の内部標準を使用しているかしていないか、（ｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用している場合、有効な試験を示すために陽性内部標準が必要とされるかどうか、またはいずれかの陽性チャネルが有効な試験を示すかどうか、および（ｉｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用していない場合、いずれかの陽性チャネルが陽性試験を示すかどうかを指定する、実施形態５５に記載のシステム。
６２．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記標的試薬を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定するコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にする試薬グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態３３〜６１のいずれか１つに記載のシステム。
６３．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、試薬グラフィカルユーザインタフェースが提供される第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して定義される、実施形態６２に記載のシステム。
６４．前記第２のコンピュータが前記分析装置のコンピュータである、実施形態６３に記載のシステム。
６５．アッセイプロトコルが、ユーザ定義のパラメータと１つ以上のシステム定義のパラメータとの組み合わせを含む、実施形態３３〜６４のいずれか１つに記載のシステム。
６６．システム定義のアッセイパラメータのうちの１つ以上が、分析装置上に事前プログラムされている、実施形態６５に記載のシステム。
６７．標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムであって、ユーザ定義のパラメータが、コンピュータ制御式自動分析装置に、アッセイプロトコルに従ってアッセイを行わせるコンピュータ実行可能命令を含み、システムが、
前記ユーザが分析物抽出パラメータを定義することを可能にするように構成されているプロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースであって、前記分析物抽出パラメータが、前記標的分析物を前記試料から抽出するための抽出プロセスを行うように前記分析装置によって実行される１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースと、
ユーザが標的パラメータを定義することを可能にするように構成されている標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースであって、標的パラメータが、標的分析物の検出に使用される分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定する１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースと、を含む、システム。
６８．前記ユーザが温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータを定義することを可能にするように構成されているサーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースであって、前記温度プロファイルの前記１つ以上の温度パラメータは、反応混合物が、前記標的分析物を増幅するように前記分析装置によって曝露されることになる温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態６７に記載のシステム。
６９．前記１つ以上の温度パラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および前記熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態６８に記載のシステム。
７０．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースが、第１の軸に沿った温度と第２の軸に沿った時間とのグラフを提示するように構成され、前記グラフが段階に分けられ、各段階が一定温度の１つ以上のステップを含み、前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各ステップの温度および期間ならびに少なくとも１つの段階の前記数を定義または変更することを可能にするインタラクティブな入力要素を提示するように構成されている、実施形態６８または６９のいずれかに記載のシステム。
７１．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記温度プロファイルに分析物タイプを指定することを可能にするようにさらに構成され、前記分析物タイプがＤＮＡおよびＲＮＡ／ＤＮＡのうちの１つを含む、実施形態６８〜７０のいずれか１つに記載のシステム。
７２．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態６７〜７１のいずれか１つに記載のシステム。
７３．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記アッセイプロトコルの名称を指定することを可能にするようにさらに構成されている、実施形態６７〜７２のいずれか１つに記載のシステム。
７４．前記抽出プロセスが、前記分析装置によって前記試料と組み合わされる試薬のタイプおよび量を定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態６７〜７３のいずれか１つに記載のシステム。
７５．前記抽出プロセスが、試料吸引高さを定義するコンピュータ実行可能命令をさらに含む、実施形態６７〜７４のいずれか１つに記載のシステム。
７６．前記抽出プロセスが標的捕捉手順を含む、実施形態６７〜７５のいずれか１つに記載のシステム。
７７．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが分析物抽出パラメータを２つ以上の定義済み分析物抽出パラメータから選択することを可能にするように構成されている、実施形態６７〜７６のいずれか１つに記載のシステム。
７８．前記マルチチャネル信号検出器が、前記標的分析物の増幅に関連する信号を検出するように構成されている、実施形態６７〜７７のいずれか１つに記載のシステム。
７９．前記信号が、固有の波長または波長の範囲を有する蛍光信号である、実施形態７８に記載のシステム。
８０．前記第標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースが、ユーザによって各々個別に選択可能である複数のチャネルを視覚的に提示するように構成されている、実施形態６７〜７９のいずれか１つに記載のシステム。
８１．前記標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各々選択されたチャネルと関連付けられる分析物名を入力し得る入力エリアを視覚的に提示するようにさらに構成されている、実施形態８０に記載のシステム。
８２．前記ユーザが前記アッセイプロトコルを記憶媒体または前記分析装置のコントローラにエクスポートするためのコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にするように構成されているプロトコルエクスポートグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態６７〜８１のいずれか１つに記載のシステム。
８３．前記ユーザが１つ以上のデータ分析パラメータを入力することを可能にするように構成されている少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記データ分析パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態６７〜８２のいずれか１つに記載のシステム。
８４．データ分析コンピュータ、およびユーザ定義のパラメータが指定されるコンピュータが、同じコンピュータである、実施形態８３に記載のシステム。
８５．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが１つ以上の曲線補正パラメータを入力することを可能にするように構成されている曲線補正パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記曲線補正パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態８３または８４に記載のシステム。
８６．前記１つ以上の曲線補正パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを分析するために定義され、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態８５に記載のシステム。
８７．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のデータ評価陽性基準を入力することを可能にするように構成されている陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記データ評価陽性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集された前記データの陽性または陰性結果を決定するために、前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態８３〜８６のいずれか１つに記載のシステム。
８８．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、それを超えると前記標的分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態８７に記載のシステム。
８９．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータがそれに対して提示されることになる、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを選択することを可能にし、前記陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを使用して前記ユーザによって定義された前記データ評価陽性基準からの１つ以上の基準とともに、前記１つ以上の選択されたチャネルについてのデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示し、前記ユーザが前記データ評価陽性基準の１つ以上を変更することを可能し、変更されたデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示するように構成されている、データ分析グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態８７または８８に記載のシステム。
９０．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが指定され、データ分析グラフィカルユーザインタフェースが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して提供される、実施形態８９に記載のシステム。
９１．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されているチャネル有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記チャネル有効性基準パラメータは、前記マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予想される範囲内であるかどうかを決定するために、前記データ分析コンピュータに値を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態８３〜９０のいずれか１つに記載のシステム。
９２．前記マルチチャネル信号検出器が蛍光光度計を備え、前記１つ以上のチャネル有効性基準パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、最大バックグラウンド蛍光、最小バックグラウンド蛍光、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最小数を定義する最小閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態９１に記載のシステム。
９３．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されている試料有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記試料有効性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータの前記有効性を評価するために前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態８３〜９２のいずれか１つに記載のシステム。
９４．前記チャネル有効性基準パラメータは、（ｉ）前記ユーザが前記マルチチャネル信号検出器のチャネル中の内部標準を使用しているかしていないか、（ｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用している場合、有効な試験を示すために陽性内部標準が必要とされるかどうか、またはいずれかの陽性チャネルが有効な試験を示すかどうか、および（ｉｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用していない場合、いずれかの陽性チャネルが陽性試験を示すかどうかを指定する、実施形態９３に記載のシステム。
９５．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記標的分析物を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定するコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にする試薬グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態６７〜９４のいずれか１つに記載のシステム。
９６．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、試薬グラフィカルユーザインタフェースが提供される第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態９５に記載のシステム。
９７．前記第２のコンピュータが前記分析装置のコンピュータである、実施形態９６に記載のシステム。
９８．アッセイプロトコルが、ユーザ定義のパラメータと１つ以上のシステム定義のパラメータとの組み合わせを含む、実施形態６７〜９７のいずれか１つに記載のシステム。
９９．システム定義のパラメータのうちの１つ以上が、分析装置上に事前プログラムされている、実施形態９８に記載のシステム。
１００．標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムであって、ユーザ定義のパラメータが、コンピュータ制御式自動分析装置に、アッセイプロトコルに従ってアッセイを行わせるコンピュータ実行可能命令を含み、システムが、
前記ユーザが分析物抽出パラメータを定義することを可能にするように構成されているプロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースであって、前記分析物抽出パラメータが、前記標的分析物を前記試料から抽出するための抽出プロセスを行うように前記分析装置によって実行される１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースと、
前記ユーザが温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータを定義することを可能にするように構成されているサーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースであって、前記温度プロファイルの前記１つ以上の温度パラメータは、反応混合物が、前記標的分析物を増幅するように前記分析装置によって曝露されることになる温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、サイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースと、を含む、システム。
１０１．ユーザが標的パラメータを定義することを可能にするように構成されている標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、標的パラメータが、標的分析物の検出に使用される分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定する１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１００に記載のシステム。
１０２．前記第標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースが、ユーザによって各々個別に選択可能である複数のチャネルを視覚的に提示するように構成されている、実施形態１０１に記載のシステム。
１０３．前記標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各々選択されたチャネルと関連付けられる分析物名を入力し得る入力エリアを視覚的に提示するようにさらに構成されている、実施形態１０１または１０２に記載のシステム。
１０４．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態１００〜１０３のいずれか１つに記載のシステム。
１０５．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記アッセイプロトコルの名称を指定することを可能にするようにさらに構成されている、実施形態１００〜１０４のいずれか１つに記載のシステム。
１０６．前記１つ以上の温度パラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および前記熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態１００〜１０５のいずれか１つに記載のシステム。
１０７．前記抽出プロセスが、前記分析装置によって前記試料と組み合わされる試薬のタイプおよび量を定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１００〜１０６のいずれか１つに記載のシステム。
１０８．前記抽出プロセスが、試料吸引高さを定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１００〜１０７のいずれか１つに記載のシステム。
１０９．前記抽出プロセスが標的捕捉手順を含む、実施形態１００〜１０８のいずれか１つに記載のシステム。
１１０．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが分析物抽出パラメータを２つ以上の定義済み分析物抽出パラメータから選択することを可能にするように構成されている、実施形態１００〜１０９のいずれか１つに記載のシステム。
１１１．前記マルチチャネル信号検出器が、前記標的分析物の増幅に関連する信号を検出するように構成されている、実施形態１００〜１１０のいずれか１つに記載のシステム。
１１２．前記信号が、固有の波長または波長の範囲を有する蛍光信号である、実施形態１１１に記載のシステム。
１１３．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースが、第１の軸に沿った温度と第２の軸に沿った時間とのグラフを提示するように構成され、前記グラフが段階に分けられ、各段階が一定温度の１つ以上のステップを含み、前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各ステップの温度および期間ならびに少なくとも１つの段階の前記数を定義または変更することを可能にするインタラクティブな入力要素を提示するように構成されている、実施形態１００〜１１２のいずれか１つに記載のシステム。
１１４．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記温度プロファイルに分析物タイプを指定することを可能にするように構成され、前記分析物タイプがＤＮＡおよびＲＮＡ／ＤＮＡのうちの１つを含む、実施形態１００〜１１３のいずれか１つに記載のシステム。
１１５．前記ユーザが前記アッセイプロトコルを記憶媒体または前記分析装置のコントローラにエクスポートするためのコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にするように構成されているプロトコルエクスポートグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１００〜１１４のいずれか１つに記載のシステム。
１１６．前記ユーザが１つ以上のデータ分析パラメータを入力することを可能にするように構成されている少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記データ分析パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１００〜１１５のいずれか１つに記載のシステム。
１１７．データ分析コンピュータ、およびユーザ定義のパラメータが指定されるコンピュータが、同じコンピュータである、実施形態１１６に記載のシステム。
１１８．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが１つ以上の曲線補正パラメータを入力することを可能にするように構成されている曲線補正パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記曲線補正パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１１６または１１７に記載のシステム。
１１９．前記１つ以上の曲線補正パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを分析するために定義され、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１１８に記載のシステム。
１２０．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のデータ評価陽性基準を入力することを可能にするように構成されている陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記データ評価陽性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集された前記データの陽性または陰性結果を決定するために、前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１０６〜１１９のいずれか１つに記載のシステム。
１２１．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、それを超えると前記標的分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１２０に記載のシステム。
１２２．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータがそれに対して提示されることになる、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを選択することを可能にし、前記陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを使用して前記ユーザによって定義された前記データ評価陽性基準からの１つ以上の基準とともに、前記１つ以上の選択されたチャネルについてのデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示し、前記ユーザが前記データ評価陽性基準の１つ以上を変更することを可能し、変更されたデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示するように構成されている、データ分析グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１２０または１２１に記載のシステム。
１２３．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが指定され、データ分析グラフィカルユーザインタフェースが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して提供される、実施形態１２２に記載のシステム。
１２４．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されているチャネル有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記チャネル有効性基準パラメータは、前記マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予想される範囲内であるかどうかを決定するために、前記データ分析コンピュータに値を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１１６〜１２３のいずれか１つに記載のシステム。
１２５．前記マルチチャネル信号検出器が蛍光光度計を備え、前記１つ以上のチャネル有効性基準パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、最大バックグラウンド蛍光、最小バックグラウンド蛍光、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最小数を定義する最小閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１２４に記載のシステム。
１２６．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されている試料有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記試料有効性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータの前記有効性を評価するために前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１１６〜１２５のいずれか１つに記載のシステム。
１２７．前記チャネル有効性基準パラメータは、（ｉ）前記ユーザが前記マルチチャネル信号検出器のチャネル中の内部標準を使用しているかしていないか、（ｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用している場合、有効な試験を示すために陽性内部標準が必要とされるかどうか、またはいずれかの陽性チャネルが有効な試験を示すかどうか、および（ｉｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用していない場合、いずれかの陽性チャネルが陽性試験を示すかどうかを指定する、実施形態１２６に記載のシステム。
１２８．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記標的分析物を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定するコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にする試薬グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１００〜１２７のいずれか１つに記載のシステム。
１２９．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、試薬グラフィカルユーザインタフェースが提供される第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態１２８に記載のシステム。
１３０．前記第２のコンピュータが前記分析装置のコンピュータである、実施形態１２９に記載のシステム。
１３１．アッセイプロトコルが、ユーザ定義のパラメータと１つ以上のシステム定義のパラメータとの組み合わせを含む、実施形態１００〜１３０のいずれか１つに記載のシステム。
１３２．システム定義のパラメータのうちの１つ以上が、分析装置上に事前プログラムされている、実施形態１３１に記載のシステム。
１３３．標的分析物を含有することが疑われる試料を処理するためのアッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータをユーザが指定することを可能にするシステムであって、ユーザ定義のパラメータが、コンピュータ制御式自動分析装置に、アッセイプロトコルに従ってアッセイを行わせるコンピュータ実行可能命令を含み、システムが、
前記ユーザが標的パラメータを定義することを可能にするように構成されている標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースであって、前記標的パラメータが、前記標的分析物の検出に使用される前記分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定する１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースと、
前記ユーザが温度プロファイルの１つ以上の温度パラメータを定義することを可能にするように構成されているサーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースであって、前記温度プロファイルの前記１つ以上の温度パラメータは、反応混合物が、前記標的分析物を増幅するように前記分析装置によって曝露されることになる温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、サイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースと、を含む、システム。
１３４．前記ユーザが分析物抽出パラメータを定義することを可能にするように構成されているプロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースであって、前記分析物抽出パラメータが、前記標的分析物を前記試料から抽出するための抽出プロセスを行うように前記分析装置によって実行される１つ以上のコンピュータ実行可能命令を含む、プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１３３に記載のシステム。
１３５．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記アッセイプロトコルの名称を指定することを可能にするようにさらに構成されている、実施形態１３４に記載のシステム。
１３６．前記プロトコルタイプ選択グラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが分析物抽出パラメータを２つ以上の定義済み分析物抽出パラメータから選択することを可能にするように構成されている、実施形態１３４または１３５に記載のシステム。
１３７．前記抽出プロセスが、前記分析装置によって前記試料と組み合わされる試薬のタイプおよび量を定義するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１３４〜１３６のいずれか１つに記載のシステム。
１３８．前記抽出プロセスが、試料吸引高さを定義するコンピュータ実行可能命令をさらに含む、実施形態１３４〜１３７のいずれか１つに記載のシステム。
１３９．前記抽出プロセスが標的捕捉手順を含む、実施形態１３４〜１３８のいずれか１つに記載のシステム。
１４０．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態１３３〜１３９のいずれか１つに記載のシステム。
１４１．前記１つ以上の温度パラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および前記熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態１３３〜１４０のいずれか１つに記載のシステム。
１４２．前記マルチチャネル信号検出器が、前記標的分析物の増幅に関連する信号を検出するように構成されている、実施形態１３３〜１４１のいずれか１つに記載のシステム。
１４３．前記信号が、固有の波長または波長の範囲を有する蛍光信号である、実施形態１４２に記載のシステム。
１４４．前記第標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースが、ユーザによって各々個別に選択可能である複数のチャネルを視覚的に提示するように構成されている、実施形態１３３〜１４３のいずれか１つに記載のシステム。
１４５．前記標的セットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各々選択されたチャネルと関連付けられる分析物名を入力し得る入力エリアを視覚的に提示するようにさらに構成されている、実施形態１４４に記載のシステム。
１４６．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースが、第１の軸に沿った温度と第２の軸に沿った時間とのグラフを提示するように構成され、前記グラフが段階に分けられ、各段階が一定温度の１つ以上のステップを含み、前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが各ステップの温度および期間ならびに少なくとも１つの段階の前記数を定義または変更することを可能にするインタラクティブな入力要素を提示するように構成されている、実施形態１３３〜１４５のいずれか１つに記載のシステム。
１４７．前記サーモサイクラーセットアップグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが前記温度プロファイルに分析物タイプを指定することを可能にするようにさらに構成され、前記分析物タイプがＤＮＡおよびＲＮＡ／ＤＮＡのうちの１つを含む、実施形態１３３〜１４６のいずれか１つに記載のシステム。
１４８．前記ユーザが前記アッセイプロトコルを記憶媒体または前記分析装置のコントローラにエクスポートするためのコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にするように構成されているプロトコルエクスポートグラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１３３〜１４７のいずれか１つに記載のシステム。
１４９．前記ユーザが１つ以上のデータ分析パラメータを入力することを可能にするように構成されている少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースをさらに含み、前記データ分析パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１３３〜１４８のいずれか１つに記載のシステム。
１５０．データ分析コンピュータ、およびユーザ定義のパラメータが指定されるコンピュータが、同じコンピュータである、実施形態１４９に記載のシステム。
１５１．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースが、前記ユーザが１つ以上の曲線補正パラメータを入力することを可能にするように構成されている曲線補正パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記曲線補正パラメータが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを実施する間に前記分析装置によって収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１４９または１５０に記載のシステム。
１５２．前記１つ以上の曲線補正パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを分析するために定義され、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１５１に記載のシステム。
１５３．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のデータ評価陽性基準を入力することを可能にするように構成されている陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記データ評価陽性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集された前記データの陽性または陰性結果を決定するために、前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１４９〜１５２のいずれか１つに記載のシステム。
１５４．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、それを超えると前記標的分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１５３に記載のシステム。
１５５．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータがそれに対して提示されることになる、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを選択することを可能にし、前記陽性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを使用して前記ユーザによって定義された前記データ評価陽性基準からの１つ以上の基準とともに、前記１つ以上の選択されたチャネルについてのデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示し、前記ユーザが前記データ評価陽性基準の１つ以上を変更することを可能し、変更されたデータ分析結果を管状形態およびグラフィック形態の少なくとも１つで表示するように構成されている、データ分析グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１５３または１５４に記載のシステム。
１５６．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが指定され、データ分析グラフィカルユーザインタフェースが、分析装置を制御している第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して提供される、実施形態１５５に記載のシステム。
１５７．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されているチャネル有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記チャネル有効性基準パラメータは、前記マルチチャネル信号検出器によって測定された信号が予想される範囲内であるかどうかを決定するために、前記データ分析コンピュータに値を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１４９〜１５６のいずれか１つに記載のシステム。
１５８．前記マルチチャネル信号検出器が蛍光光度計を備え、前記１つ以上のチャネル有効性基準パラメータが、前記マルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルの各々のデータを評価するために定義され、最大バックグラウンド蛍光、最小バックグラウンド蛍光、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最小数を定義する最小閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１５７に記載のシステム。
１５９．前記少なくとも１つのデータ分析パラメータグラフィカルユーザインタフェースは、前記ユーザが１つ以上のチャネル有効性基準パラメータを入力することを可能にするように構成されている試料有効性基準パラメータグラフィカルユーザインタフェースを含み、前記試料有効性基準が、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記分析装置によって収集されたデータの前記有効性を評価するために前記データ分析コンピュータによって適用される１つ以上の基準を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１４９〜１５８のいずれか１つに記載のシステム。
１６０．前記チャネル有効性基準パラメータは、（ｉ）前記ユーザが前記マルチチャネル信号検出器のチャネル中の内部標準を使用しているかしていないか、（ｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用している場合、有効な試験を示すために陽性内部標準が必要とされるかどうか、またはいずれかの陽性チャネルが有効な試験を示すかどうか、および（ｉｉｉ）前記ユーザが内部標準を使用していない場合、いずれかの陽性チャネルが陽性試験を示すかどうかを指定する、実施形態１５９に記載のシステム。
１６１．前記ユーザが、前記アッセイプロトコルに従って前記アッセイを行う間に前記標的分析物を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定するコンピュータ実行可能命令を定義することを可能にする試薬グラフィカルユーザインタフェースをさらに含む、実施形態１３３〜１６０のいずれか１つに記載のシステム。
１６２．アッセイプロトコルのユーザ定義のパラメータが、試薬グラフィカルユーザインタフェースが提供される第２のコンピュータから離れている第１のコンピュータを使用して指定される、実施形態１６１に記載のシステム。
１６３．前記第２のコンピュータが前記分析装置のコンピュータである、実施形態１６２に記載のシステム。
１６４．アッセイプロトコルが、ユーザ定義のパラメータと１つ以上のシステム定義のパラメータとの組み合わせを含む、実施形態１３３〜１６３のいずれか１つに記載のシステム。
１６５．システム定義のパラメータのうちの１つ以上が、分析装置上に事前プログラムされている、実施形態１６４に記載のシステム。
１６６．自動分析装置で核酸アッセイを実施する方法であって、
（ａ）インタフェースをコンピュータに提示し、ユーザがコンピュータを使用して、分析装置上で核酸分析物を抽出、増幅、および検出するためのプロトコルの１つ以上のユーザ定義のパラメータを選択、定義、または変更することを可能にするステップと、
（ｂ）ユーザによってインタフェースへ入力されたユーザ定義のパラメータを受信するステップと、
（ｃ）１つ以上のシステム定義のパラメータと組み合わせた、受信されたユーザ定義のパラメータからプロトコルを組み立てるステップと、
（ｄ）プロトコルを分析装置によって実行される一連のコンピュータ実行可能命令として記憶することであって、プロトコルのユーザ定義のパラメータおよびシステム定義のパラメータが、核酸アッセイを実施するために分析装置によって実行されるステップを定義する、記憶するステップと、
（ｅ）前記分析装置により前記プロトコルの前記コンピュータ実行可能命令を実行して、前記核酸アッセイを実施するステップと、を含む、方法。
１６７．システム定義のパラメータのみに基づくプロトコルに従って分析装置上で別の核酸アッセイが実施されているときに、ステップ（ｅ）が実行される、実施形態１６６に記載の方法。
１６８．前記コンピュータが、パーソナルコンピュータである、実施形態１６６〜１６７のいずれか１つに記載の方法。
１６９．前記コンピュータが前記分析装置に接続されていない、実施形態１６８に記載の方法。
１７０．ステップ（ｄ）が、前記プロトコルをパーソナルコンピュータからエクスポートすることと、前記プロトコルを前記分析装置にインストールすることと、を含む、実施形態１６８または１６９に記載の方法。
１７１．前記インタフェースが、前記コンピュータに表示される１つのまたは一連のクリーンを備える、実施形態１６６〜１７０のいずれか１つに記載の方法。
１７２．ユーザ定義のパラメータが、インタフェースを介してユーザによって選択されたデフォルトの温度プロファイルを含む、実施形態１６６〜１７１のいずれか１つに記載の方法。
１７３．ユーザ定義のパラメータが、熱サイクル反応を実行するための温度プロファイルの１つ以上のパラメータを含み、温度プロファイルの１つ以上のパラメータが、核酸アッセイを実施する間に反応混合物が分析装置によって曝露されることになる温度条件を指定するコンピュータ実行可能命令を含み、温度プロファイルの１つ以上のパラメータが、熱サイクル反応の各温度ステップの温度、各温度ステップの期間、および熱サイクル反応のための温度サイクルの数のうちの１つ以上を含む、実施形態１６６〜１７１のいずれか１つに記載の方法。
１７４．前記熱サイクル反応の各サイクルが、少なくとも２つの異なる温度ステップで構成される、実施形態１７３に記載の方法。
１７５．ユーザ定義のパラメータが、核酸分析物を試料から抽出するためのプロセスを実施するために分析装置によって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む分析物抽出パラメータを含む、実施形態１６６〜１７４のいずれか１つに記載の方法。
１７６．ステップ（ｅ）が、前記分析装置により前記分析物抽出パラメータの前記コンピュータ実行可能命令を実行して、前記核酸分析物を、前記試料中に存在する場合に、前記試料から抽出するための前記プロセスを実施することを含む、実施形態１７５に記載の方法。
１７７．ユーザ定義のパラメータが、核酸分析物の検出に使用される分析装置のマルチチャネル信号検出器の１つ以上のチャネルを指定するコンピュータ実行可能命令を含む標的パラメータを含む、実施形態１６６〜１７８のいずれか１つに記載の方法。
１７８．ステップ（ｅ）が、前記標的パラメータの前記コンピュータ実行可能命令を実行して、前記指定されたチャネルを使用して前記核酸分析物の存否を決定することを含む、実施形態１７７に記載の方法。
１７９．ユーザ定義のパラメータが、データ分析パラメータをさらに含み、データ分析パラメータが、ステップ（ｅ）の間に分析装置によって収集されされたデータを分析するためのデータ分析コンピュータによって実行されるコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１６６〜１７８のいずれか１つに記載の方法。
１８０．前記方法は、前記分析装置がアッセイ結果データをステップ（ｅ）の間に収集するステップをさらに含み、かつ前記データ分析パラメータに基づいてステップ（ｅ）の間に収集された前記データを分析することをさらに含む、実施形態１７９に記載の方法。
１８１．前記データ分析パラメータが、曲線補正パラメータを含み、前記曲線補正パラメータは、ステップ（ｅ）の間に収集されたデータに対して前記データ分析コンピュータが行う１つ以上の変更を指定するコンピュータ実行可能命令を含む、実施形態１７９または１８０に記載の方法。
１８２．前記曲線補正パラメータが、その前にあらゆる収集されたデータが廃棄されるデータ中のサイクルを定義する分析開始サイクル、バックグラウンド信号を前記データから減算するために選択可能なベースライン補正、それを越えてベースライン補正が適用されない曲線の傾きを定義するベースライン補正傾き限界、およびチャネル間信号クロストークを抑制するためのクロストーク補正パラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１８１に記載の方法。
１８３．前記方法が、前記分析開始サイクル、前記ベースライン補正、前記ベースライン補正傾き限界、および前記クロストーク補正パラメータのうちの１つ以上に従って前記収集されたアッセイ結果データを変更する前記データ分析コンピュータをさらに含む、実施形態１８２に記載の方法。
１８４．前記データ分析パラメータが、１つ以上のデータ評価陽性基準を含む、実施形態１６６〜１８３のいずれか１つに記載の方法。
１８５．前記方法は、前記データ分析コンピュータが、前記データ評価陽性基準に基づいて、ステップ（ｅ）の間に実施された前記核酸アッセイの陽性結果または陰性結果を決定するステップをさらに含む、実施形態１８４に記載の方法。
１８６．前記１つ以上のデータ評価陽性基準が、それを超えると前記核酸分析物の存在が示される信号閾値、それに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値を横断する曲線の最小傾きを定義する閾値での最小傾き、およびそれに対して陽性結果が決定されることになる前記信号閾値に達する前のサイクルの最大数を定義する最大閾値サイクルパラメータのうちの１つ以上を含む、実施形態１８４または１８５に記載の方法。
１８７．前記データ分析パラメータが、有効性基準パラメータをさらに含み、前記方法は、前記データ分析コンピュータが、ステップ（ｅ）の間に前記分析装置の信号検出器によって測定された信号が前記有効性基準パラメータに基づいて予想される範囲内であるかどうかを決定するステップをさらに含む、実施形態１６６〜１８６のいずれか１つに記載の方法。
１８８．前記ユーザが、前記核酸分析物を増幅および検出するために１つ以上の試薬にアクセスするための前記分析装置内の位置を指定することを可能にするインタフェースを提示するステップをさらに含む、実施形態１６６〜１８７のいずれか１つに記載の方法。
１８９．
前記核酸アッセイの結果を計算するステップと、
ユーザによってインタフェースへ入力された、変更されたユーザ定義のパラメータを受信するステップと、
１つ以上のシステム定義のパラメータと組み合わせた、変更されたユーザ定義の入力から、変更されたプロトコルを組み立てるステップと、
前記修飾されたプロトコルを前記分析装置によって実行される一連のコンピュータ実行可能命令として記憶するステップと、
前記分析装置により前記変更されたプロトコルの前記コンピュータ実行可能命令を実行して、変更された核酸アッセイを実施するステップと、
前記変更された核酸アッセイの結果を計算するステップと、をさらに含む、実施形態１６６〜１８８のいずれか１つに記載の方法。
１９０．ステップ（ｄ）が、前記ユーザからロックコマンドを受信した時に、前記プロトコルをロックして、前記ロックされたプロトコルのさらなる変更を防止することを含む、実施形態１６６〜１８９のいずれか１つに記載の方法。
１９１．実施形態１６６〜１９０のいずれか１つに記載の方法のステップを実施するように適合／構成されているプロセッサを含む、自動分析装置。
１９２．前記プログラムがコンピュータによって実行されると、前記コンピュータに実施形態１６６〜１９０のいずれか１つに記載の方法を行わせる命令を含む、コンピュータプログラム製品。
１９３．コンピュータによって実行されると、前記コンピュータに実施形態１６６〜１９０のいずれか１つに記載の方法を行わせる命令を含む、コンピュータ可読媒体。
１９４．実施形態１〜３２もしくは３３〜６６のいずれかに記載のシステムまたは実施形態１９１に記載の分析装置によって受信され、分析装置上で核酸分析物を抽出、増幅、および検出するためのプロトコルに組み立てられると、コンピュータが実施形態１６６〜１９０のいずれか１つに記載の方法を行うことを可能にする１つ以上のユーザ定義のパラメータを記憶するメモリを含む、コンピュータ可読媒体。
１９５．実施形態１〜３２もしくは３３〜６６のいずれかに記載のシステムまたは実施形態１９１に記載の分析装置によって受信され、分析装置上で核酸分析物を抽出、増幅、および検出するためのプロトコルに組み立てられると、コンピュータが実施形態１〜２０のいずれかに記載の方法を行うことを可能にする１つ以上のユーザ定義のパラメータを含む、コンピュータプログラム製品。
１９６．標的核酸分析物を含有することが疑われる試料中の標的核酸分析物を定量化する方法であって、
（ａ）第１のフルオロフォアで標識された第１の検出プローブの存在下で試料に対して周期的増幅反応を実行ステップであって、第１のフルオロフォアが、標的核酸分析物依存性蛍光を示す、ステップと、
（ｂ）周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光測定値を取得するステップであって、
複数の取得された蛍光測定値が、開始サイクルで始まり、標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成する、ステップと、
（ｃ）開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きを決定するステップと、
（ｄ）ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルに依存する固定調整値を減算することによって蛍光測定値を調整するステップと、
（ｅ）ステップ（ｄ）からの調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定するか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定し、それにより、標的核酸分析物を定量化するステップと、を含む、方法。
１９７．固定調整値が、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルのサイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積未満である、実施形態１９６の方法。
１９８．固定調整値が、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルの反応サイクル数を乗算した積である、実施形態１９６の方法。
１９９．ステップ（ｂ）の後およびステップ（ｃ）の前に、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化するステップをさらに含む、実施形態１９６〜１９８のいずれか１つに記載の方法。
２００．平滑化することが、蛍光測定値の一部に移動平均を適用することを含む、実施形態１９９の方法。
２０１．移動平均を適用することが、Ｍサイクルにわたって平均化することを含み、Ｍが、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１である、実施形態２００の方法。
２０２．蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化することが、多項式曲線フィッティングまたはスプライン平滑化のいずれかを含む、実施形態１９９の方法。
２０３．蛍光測定値がゼロ未満の値を有さないように、蛍光測定値を平準化することをさらに含む、実施形態１９６〜２０２のいずれか１つに記載の方法。
２０４．第１の検出プローブの第１のフルオロフォアからの蛍光測定値に対してクロストーク補正を実行することをさらに含む、実施形態１９６〜２０３のいずれか１つに記載の方法。
２０５．クロストーク補正が、第１のフルオロフォアについて測定された蛍光信号から、第２の検出プローブの第２のフルオロフォアからのブリードスルー信号の推定値を減算することを含み、
第２の検出プローブが、第２のフルオロフォアを含み、
第２のフルオロフォアおよび第１のフルオロフォアが、重複する発光スペクトルを有し、
ブリードスルー信号の推定値が、第２のフルオロフォアからの同時蛍光測定値、および第１のフルオロフォアの蛍光測定値における、第２のフルオロフォアからの予想されたブリードスルー信号に対する第２のフルオロフォアからの観察された蛍光の所定の割合に依存する、実施形態２０４の方法。
２０６．ベースラインセグメントについて蛍光測定値が取得された複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによって蛍光測定値を調整することをさらに含む、実施形態１９６〜２０５のいずれか１つに記載の方法。
２０７．変換領域除外ステップをさらに含み、周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が、排除され、それにより、ベースラインセグメントの開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定する、実施形態１９６〜２０６のいずれか１つに記載の方法。
２０８．周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きに達したときを決定し、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含む、実施形態１９６〜２０７のいずれか１つに記載の方法。
２０９．周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加に達したときを決定し、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップをさらに含む、実施形態１９６〜２０７のいずれか１つに記載の方法。
２１０．第１の検出プローブが、第１のフルオロフォアとエネルギー伝達関係にあるクエンチャー部分をさらに含む、実施形態１９６〜２０９のいずれか１つに記載の方法。
２１１．第１の検出プローブが、クエンチャーまたはＦＲＥＴアクセプターをさらに含み、
（ｉ）自己相補的領域を含み、第１のフルオロフォアの消光もしくはそれからのＦＲＥＴ移動を減少させる標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション時に構造変化を受けるか、
（ｉｉ）第１の検出プローブから第１のフルオロフォアを放出する標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後にエキソヌクレオリシスを受け、それにより、蛍光が増加するか、または
（ｉｉｉ）標的核酸分析物へのハイブリダイゼーション後に開裂された一次プローブの断片へのハイブリダイゼーション後に開裂を受け、第１の検出プローブの開裂により第１のフルオロフォアが放出され、それにより、蛍光が増加するか、のいずれかである、実施形態１９６〜２０９のいずれか１つに記載の方法。
２１２．ステップ（ｅ）が、
（ｉ）ステップ（ｄ）の調整された蛍光測定値の最大値からステップ（ｄ）の調整された蛍光測定値の最小値を減算し、それにより、蛍光範囲値を提供することと、
（ｉｉ）蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定することと、を含む、実施形態１９６〜２１１のいずれか１つに記載の方法。
２１３．ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値が、ステップ（ｄ）において、調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である最も早いサイクル数として決定される、実施形態１９６〜２１２のいずれか１つに記載の方法。
２１４．ステップ（ｄ）からの少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値が、
（ｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクル、
（ｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定、
（ｉｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定の値、を含む値から決定される、実施形態１９６〜２１２のいずれか１つに記載の方法。
２１５．Ｃｔ値が、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間から推定される、実施形態２１４の方法。
２１６．補間が、線形補間である、実施形態２１５に記載の方法。
２１７．Ｃｔ値が、補間における所定の閾値に対応する分数サイクル値である、実施形態２１５または２１６の方法。
２１８．実施形態１９６〜２１７のいずれか１つに記載の方法であって、その方法が、
試料からの蛍光を測定するように構成されている１つ以上の蛍光検出器と、
試料の温度を調節するように構成されているサーモサイクラー装置と、
１つ以上の蛍光検出器およびサーモサイクラー装置に動作可能に連結され、命令を格納して、試料をサーモサイクルし、蛍光測定値を取得し、蛍光測定値の少なくとも一部を平滑化し、ベースラインセグメントの傾きを決定し、蛍光測定値を調整し、Ｃｔ値を決定するか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定するプロセッサおよびメモリと、を含むシステムを使用して実行される、方法。
２１９．１つ以上の蛍光検出器が、複数のチャネルにおける蛍光を検出するように構成されている、実施形態２１８の方法。
２２０．周期的増幅反応が、ポリメラーゼ連鎖反応である、態様１９６〜２１９のいずれか１つに記載の方法。
２２１．試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するためのソフトウェア命令でプログラムされたコンピュータであって、ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、
（ａ）周期的増幅反応の複数のサイクル中に蛍光標識されたプローブによって生成された蛍光の測定値を含むリアルタイム実行曲線データセットを受信させ、
周期的増幅反応が、標的核酸分析物が存在する場合、それを増幅し、
複数の受信された蛍光測定値が、開始サイクルで始まり、標的核酸分析物の検出可能な増幅に先行するベースライン終了サイクルで終了するベースラインセグメントを構成し、
（ｂ）開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間の前記ベースラインセグメントの傾きを決定させ、
（ｃ）ベースライン終了サイクル後に蛍光測定値が取得される複数のサイクルまたは時間の各々について、ベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルに依存する値を減算することによって蛍光測定値を調整させ、
（ｄ）ステップ（ｃ）からの調整された蛍光測定値の少なくとも一部を含む値からサイクル閾値（Ｃｔ）の値を決定させるか、または標的核酸分析物が存在しないか、もしくは検出限界を超える量で存在しないことを決定させ、それにより、標的核酸分析物を定量化させる、コンピュータ。
２２２．ステップ（ｂ）の前に、ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、開始サイクルおよびベースライン終了サイクルの各々を決定させる、実施形態２２１のコンピュータ。
２２３．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、変換領域除外ステップを実行させ、周期的増幅反応の開始後のユーザ定義のサイクル数が排除されて、それにより、ベースラインセグメントの開始サイクルを次の残りのサイクル数として特定させる、実施形態２２１または実施形態２２２のいずれかのコンピュータ。
２２４．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定の傾きに達したときを決定して、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる、実施形態２２１〜２２３のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２２５．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、周期的増幅反応における隣接するサイクル対の蛍光測定値間の傾きを計算すること、および所定のパーセンテージ増加に達したときを決定して、それにより、ベースライン終了サイクルを特定することを含むベースライン終了サイクル特定ステップを実行させる、実施形態２２１〜２２３のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２２６．ステップ（ｃ）におけるベースラインセグメントの傾きおよびベースライン終了サイクルに依存する値が、ベースラインの傾きに、ベースライン終了サイクルの数を乗算した積である、実施形態２２１〜２２５のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２２７．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、
（ｉ）調整された蛍光測定値の最大値から調整された蛍光測定値の最小値を減算させ、それにより、蛍光範囲値を提供し、
（ｉｉ）蛍光範囲値が所定の閾値以下である場合、標的核酸分析物が所定の検出限界以上の量で存在しないと決定させる、実施形態２２１〜２２６のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２２８．ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定が所定の閾値以上である場合、ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ステップ（ｄ）において、Ｃｔ値を調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である最も早いサイクル数と決定させる、実施形態２２１〜２２７のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２２９．ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が所定の閾値以上である場合、ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルからと、先行するサイクルからとの調整された蛍光測定値間の蛍光値の補間からＣｔ値を推定させる、実施形態２２１〜２２８のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２３０．補間が、線形補間である、実施形態２２９のコンピュータ。
２３１．Ｃｔ値が、分数サイクル値である、実施形態２３０のコンピュータ。
２３２．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによってベースラインセグメント内の複数の蛍光測定値を調整させる、実施形態２２１〜２３１のいずれか１つに記載のコンピュータ。
２３３．試験試料中に存在し得る標的核酸分析物を定量化するためのシステムであって、
サーモサイクラーと、
サーモサイクラーと光通信する蛍光光度計であって、
時間またはサイクル数の関数として核酸増幅産物の産生を測定する、蛍光光度計と、
蛍光光度計と通信するコンピュータであって、
コンピュータに、
（ａ）蛍光光度計によって作製された測定値から調製されたリアルタイム実行曲線データセットを取得させ、
（ｂ）リアルタイム実行曲線データセット内のベースラインセグメントを特定させ、
ベースラインセグメントが、開始サイクルで始まり、リアルタイム実行曲線データセットにおける検出可能な増幅の期間に先行するベースライン終了サイクルで終了し、
（ｃ）開始サイクルとベースライン終了サイクルとの間のベースラインセグメントの傾きを計算させ、
（ｄ）ベースライン終了サイクルよりも大きい反応サイクル数でのリアルタイム実行曲線データセット内の複数のポイントの各々から、ベースラインセグメントの傾きにベースライン終了サイクルの反応サイクル数を乗算した積を含む固定調整値を減算することによって、調整されたデータセットを生成させ、
固定調整値が、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルのサイクル数よりも大きい反応サイクル数を乗算した積未満であり、
（ｅ）調整されたデータセットを使用してサイクル閾値（Ｃｔ）値を決定させ、それにより、標的核酸分析物を定量化させる、ソフトウェア命令でプログラムされた、コンピュータと、を含む、核酸分析装置を含む、システム。
２３４．コンピュータが、核酸分析装置の不可欠な構成要素である、実施形態２３３のシステム。
２３５．ソフトウェア命令が、コンピュータに、ベースライン終了サイクルを含むベースラインセグメント内の複数のポイントの各々から反応サイクル依存値をさらに減算させ、
各減算された各反応サイクル依存値が、ベースラインセグメントの傾きに、測定値が作製された反応サイクル数または時間を乗算した積を含む、実施形態２３３または実施形態２３４のいずれかのシステム。
２３６．ソフトウェア命令が、コンピュータに、サーモサイクラーに指示して、核酸増幅反応を実行させる、実施形態２３３〜２３５のいずれか１つに記載のシステム。
２３７．ステップ（ｄ）で減算された固定調整値が、ベースラインセグメントの傾きに、ベースライン終了サイクルのサイクル数を乗算した積である、実施形態２３３〜２３６のいずれか１つに記載のシステム。
２３８．ベースライン終了サイクル後の少なくとも１つの調整された蛍光測定値が、所定の閾値以上であり、Ｃｔ値が、
（ｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクル、
（ｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定、
（ｉｉｉ）所定の閾値以上の最も早い調整された蛍光測定値が生じたサイクルに先行するサイクルからの調整された蛍光測定の蛍光値、を含む値から決定される、実施形態２３３〜２３７のいずれか１つに記載のシステム。
２３９．ソフトウェア命令が、コンピュータによって実行されると、コンピュータに、ベースラインセグメントの傾き、および測定値が取得されたサイクルまたは時間に依存する可変調整値を減算することによってベースラインセグメント内の複数の蛍光測定値を調整させる、実施形態２３３〜２３８のいずれか１つに記載のシステム。
【０３１６】
本開示の種々の実施形態が詳細に図示および記載されたが、本開示または添付の請求の範囲から逸脱しない範囲で様々な改変がなされ得ることが当業者にとって容易に明らかとなるであろう。
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図２Ｇ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図６Ｄ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｃ】
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【図１３Ｄ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１６Ｃ】
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【図１６Ｄ】
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【図１６Ｅ】
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【図１６Ｆ】
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【図１６Ｇ】
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【図１６Ｈ】
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【図１６Ｉ】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１８Ａ】
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【図１８Ｂ】
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【図１８Ｃ】
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【図１９】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２１Ａ】
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【図２１Ｂ】
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【図２１Ｃ】
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【図２１Ｄ】
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【図２２Ａ】
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【図２２Ｂ】
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【図２３Ａ】
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【図２３Ｂ】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７−１】
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【図２７−２】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４Ａ】
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【図３４Ｂ】
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【図３４Ｃ】
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【図３４Ｄ】
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【図３４Ｅ】
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【図３４Ｆ】
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【図３４Ｇ】
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【図３４Ｈ】
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【図３４Ｉ】
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【図３４Ｊ】
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【図３４Ｋ】
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【図３４Ｌ】
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【図３４Ｍ】
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【図３５Ａ】
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【図３５Ｂ】
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【図３５Ｃ−１】
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【図３５Ｃ−２】
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【図３６Ａ】
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【図３６Ｂ】
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【図３６Ｃ】
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【図３６Ｄ】
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【図３６Ｅ】
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【図３６Ｆ】
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【図３７Ａ】
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【図３７Ｂ】
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【図３７Ｃ】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０Ａ】
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【図４０Ｂ】
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【図４１】
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【国際調査報告】
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2021530221.tif 000121
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