(57)【要約】癌治療におけるＹＭ１５５モノブロミドなどのサバイビン阻害剤の治療有効性を予測するためのバイオマーカーとしてＭＹＣ遺伝子を使用する方法、ならびに癌の診断および治療を必要としている対象においてそれを行うための関連キット、組成物、および方法が提供される。
2021533774.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌の治療を必要としている対象においてそれを行うための方法であって、
（ａ）前記対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、
（ｂ）前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、または前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体を、前記対象に投与することと、を含み、それによって、癌の治療を必要としている前記対象においてそれを行う、方法。
【請求項２】
前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数が前記ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合、または前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位が前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する（またはそれ以外の）化学療法剤を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体に対する治療応答を予測するための方法であって、
（ａ）前記対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、
（ｂ）（ｉ）前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、もしくは前記癌組織内の前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、前記対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けること、または
（ｉｉ）前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数が前記ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合、もしくは前記癌組織内の前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位が前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、前記対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けることと、を含み、それによって、前記癌対象におけるＹＭ１５５モノブロミドに対する治療応答を予測する、方法。
【請求項４】
前記対象がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けられる場合、前記対象にＹＭ１５５モノブロミドを投与することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記対象がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する化学療法剤を前記対象に投与することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記癌組織内の前記ＭＹＣ遺伝子コピー数が、前記ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して約または少なくとも約１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍増加している、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、またはマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）によって、前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数を決定することを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、または比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって、前記癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
データベースから前記ＭＹＣ遺伝子コピー数参照を得ること、または任意にａＣＧＨ、ＳＮＰアレイ、ＣＮＶ配列、もしくはＭＬＰＡによって、対照からの非癌組織から前記ＭＹＣ遺伝子コピー数参照を決定することを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
データベースから前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を得ること、または任意にＩＳＨ、ＦＩＳＨ、ＮＧＳ、もしくはＣＧＨによって、対照からの非癌組織から前記ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を決定することを含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象から前記癌組織の試料を得ることを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記癌組織の試料が、前記対象から得られた外科的試料、生検試料、胸水試料、または腹水試料であり、任意に肺、血液、乳房、消化管（胃、結腸、直腸）、卵巣、膵臓、肝臓、膀胱、子宮頸部、神経、子宮、唾液腺、腎臓、前立腺、甲状腺、または筋肉の組織のうちの１つ以上から選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記対象がヒト対象である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌が、癌腫、横紋筋肉腫、例えば、胞巣状横紋筋肉腫（骨、腱、軟骨、筋肉、脂肪（ｆａｔ）、線維、血管、脂肪（ａｄｉｐｏｓｅ）、および／または結合組織に由来する肉腫を含む）などの肉腫、神経芽腫、髄芽腫、星状細胞腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む）、腺扁平上皮癌、癌肉腫、混合性中胚葉腫瘍、奇形癌、肺癌（非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、乳癌（転移性乳癌を含む）、消化器癌、胃癌、結腸直腸癌、結腸癌、直腸癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、膀胱癌、子宮頸癌、膠芽腫、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌（例えば、ウィルム腫瘍）、前立腺癌、甲状腺癌、ならびに頭頸部癌のうちの１つ以上から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＭＹＣ遺伝子が、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＭＹＣ遺伝子がＭＹＣＣであり、前記癌が肺癌および血液癌、任意に白血病およびリンパ腫から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＭＹＣ遺伝子がＭＹＣＮであり、前記癌が神経芽腫、小細胞肺癌、前立腺癌、胞巣状横紋筋肉腫、髄芽腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、および乳癌から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体の療法に対する治療応答を決定するための診断キットの使用であって、癌組織および非癌組織を含む前記対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段を含む、使用。
【請求項１９】
ＭＹＣ遺伝子コピー数を測定するための前記手段が、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、およびマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための前記手段が、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、および比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む、請求項１８または１９に記載の使用。
【請求項２１】
データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照値を含む、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２２】
データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を含む、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２３】
前記癌が、癌腫、横紋筋肉腫、例えば、胞巣状横紋筋肉腫（骨、腱、軟骨、筋肉、脂肪（ｆａｔ）、線維、血管、脂肪（ａｄｉｐｏｓｅ）、および／または結合組織に由来する肉腫を含む）などの肉腫、神経芽腫、髄芽腫、星状細胞腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む）、腺扁平上皮癌、癌肉腫、混合性中胚葉腫瘍、奇形癌、肺癌（非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、乳癌（転移性乳癌を含む）、消化器癌、胃癌、結腸直腸癌、結腸癌、直腸癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、膀胱癌、子宮頸癌、膠芽腫、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌（例えば、ウィルム腫瘍）、前立腺癌、甲状腺癌、ならびに頭頸部癌のうちの１つ以上から選択される、請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２４】
前記ＭＹＣ遺伝子が、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される、請求項１８〜２３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２５】
前記ＭＹＣ遺伝子がＭＹＣＣであり、前記癌が肺癌および血液癌、任意に白血病およびリンパ腫から選択される、請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
前記ＭＹＣ遺伝子がＭＹＣＮであり、前記癌が神経芽腫、小細胞肺癌、前立腺癌、胞巣状横紋筋肉腫、髄芽腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、および乳癌から選択される、請求項２４に記載の使用。
【請求項２７】
（ａ）癌組織および非癌組織を含む対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段と、
（ｂ）ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体と、を含む、患者ケアキット。
【請求項２８】
ＭＹＣ遺伝子コピー数を測定するための前記手段が、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、およびマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む、請求項２７に記載の患者ケアキット。
【請求項２９】
ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための前記手段が、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、および比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む、請求項２７または２８に記載の患者ケアキット。
【請求項３０】
データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照値を含む、請求項２７〜２９のいずれか一項に記載の患者ケアキット。
【請求項３１】
データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の患者ケアキット。
【請求項３２】
前記ＭＹＣ遺伝子が、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される、請求項２７〜３１のいずれか一項に記載の患者ケアキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年８月１３日に出願されたＰＣＴ／ＣＮ２０１８／１００２０６、および２０１８年１１月１６日に出願されたＰＣＴ／ＣＮ２０１８／１１５８２６に対する優先権を主張するものであり、それらの各々は参照によりその全体が組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
本開示の実施形態は、癌治療におけるＹＭ１５５モノブロミドなどのサバイビン阻害剤の治療有効性を予測するためのバイオマーカーとしてのＭＹＣ遺伝子の使用、ならびに癌の診断および治療を必要としている対象においてそれを行うための関連キット、組成物、および方法に関する。
【０００３】
関連技術の説明
ＹＭ１５５モノブロミドは、サバイビンの下方制御を誘導し、強力な抗腫瘍活性を示す小分子サバイビン阻害剤である（例えば、Ｍｉｎｅｍａｔｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ａｎｄ  Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ，３７：６１９−６２８，２００８を参照）。ＹＭ−１５５は、前立腺癌、膵臓癌、および肺癌を含む様々なインビボ癌モデルにおいて抗腫瘍効果を発揮する（例えば、Ｎａｋａｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６７：８０１４−８０２１，２００７、およびＮａ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ７（６），２０１２を参照）。
しかしながら、当該技術分野では、ＹＭ１５５モノブロミドの抗癌治療有効性をより良好に予測し、それによって、この化学療法および他の療法を用いた治療から最も利益を得るであろう患者を特定する必要性がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ｍｉｎｅｍａｔｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ａｎｄ  Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ，３７：６１９−６２８，２００８
【非特許文献２】Ｎａｋａｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６７：８０１４−８０２１，２００７
【非特許文献３】Ｎａ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ７（６），２０１２
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本開示の実施形態は、癌の治療を必要としている対象においてそれを行うための方法を含み、
（ａ）対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、
（ｂ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、または癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体を、対象に投与することと、を含み、それによって、癌の治療を必要としている対象においてそれを行う。
【０００６】
いくつかの実施形態は、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合、または癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する（またはそれ以外の）化学療法剤を対象に投与することを含む。
【０００７】
また、癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体に対する治療応答を予測するための方法も含まれ、
（ａ）対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、
（ｂ）（ｉ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、もしくは癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けること、または
（ｉｉ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合、もしくは癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けることと、を含み、それによって、癌対象におけるＹＭ１５５モノブロミドに対する治療応答を予測する。
【０００８】
いくつかの実施形態は、対照がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けられる場合、対象にＹＭ１５５モノブロミドを投与することを含む。いくつかの実施形態は、対象がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する化学療法剤を対象に投与することを含む。
【０００９】
いくつかの実施形態では、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数は、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して約または少なくとも約１．５、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０倍増加している。
【００１０】
いくつかの実施形態は、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、またはマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）によって、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数を決定することを含む。いくつか実施形態は、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、または比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって、癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することを含む。いくつか実施形態は、データベースからＭＹＣ遺伝子コピー数参照を得ること、または任意にａＣＧＨ、ＳＮＰアレイ、ＣＮＶ配列、もしくはＭＬＰＡによって、対照からの非癌組織からＭＹＣ遺伝子コピー数参照を決定することを含む。いくつか実施形態は、データベースからＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を得ること、または任意にＩＳＨ、ＦＩＳＨ、ＮＧＳ、もしくはＣＧＨによって、対照からの非癌組織からＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を決定することを含む。
【００１１】
いくつかの実施形態は、対象から癌組織の試料を得ることを含む。ある特定の実施形態では、癌組織の試料は、対象から得られた外科的試料、生検試料、胸水試料、または腹水試料であり、任意に肺、血液、乳房、消化管（胃、結腸、直腸）、卵巣、膵臓、肝臓、膀胱、子宮頸部、神経、子宮、唾液腺、腎臓、前立腺、甲状腺、または筋肉の組織のうちの１つ以上から選択される。
【００１２】
ある特定の実施形態では、対象はヒト対象である。
【００１３】
ある特定の実施形態では、癌は、癌腫、横紋筋肉腫、例えば、胞巣状横紋筋肉腫（骨、腱、軟骨、筋肉、脂肪（ｆａｔ）、線維、血管、脂肪（ａｄｉｐｏｓｅ）、および／または結合組織に由来する肉腫を含む）などの肉腫、神経芽腫、髄芽腫、星状細胞腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む）、腺扁平上皮癌、癌肉腫、混合性中胚葉腫瘍、奇形癌、肺癌（非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、乳癌（転移性乳癌を含む）、消化器癌、胃癌、結腸直腸癌、結腸癌、直腸癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、膀胱癌、子宮頸癌、膠芽腫、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌（例えば、ウィルム腫瘍）、前立腺癌、甲状腺癌、ならびに頭頸部癌のうちの１つ以上から選択される。
【００１４】
ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子は、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される。特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＣであり、癌は肺癌および血液癌、任意に白血病およびリンパ腫から選択される。特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＮであり、癌は神経芽腫、小細胞肺癌、前立腺癌、胞巣状横紋筋肉腫、髄芽腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、および乳癌から選択される。
【００１５】
また、癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体の療法に対する治療応答を決定するための診断キットの使用も含まれ、癌組織および非癌組織を含む対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段を含む。
【００１６】
ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子コピー数を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、およびマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。
【００１７】
ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、および比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。いくつかの実施形態は、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照値を含む。いくつかの実施形態は、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を含む。
【００１８】
また、患者ケアキットも含まれ、
（ａ）癌組織および非癌組織を含む対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段と、
（ｂ）ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］、またはその類似体もしくは誘導体と、を含む。
【００１９】
ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子コピー数を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、およびマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、および比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。
【００２０】
いくつかの実施形態は、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照値を含む。いくつかの実施形態は、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を含む。
【００２１】
いくつかの使用またはキットにおいて、癌は、癌腫、横紋筋肉腫、例えば、胞巣状横紋筋肉腫（骨、腱、軟骨、筋肉、脂肪（ｆａｔ）、線維、血管、脂肪（ａｄｉｐｏｓｅ）、および／または結合組織に由来する肉腫を含む）などの肉腫、神経芽腫、髄芽腫、星状細胞腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む）、腺扁平上皮癌、癌肉腫、混合性中胚葉腫瘍、奇形癌、肺癌（非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、乳癌（転移性乳癌を含む）、消化器癌、胃癌、結腸直腸癌、結腸癌、直腸癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、膀胱癌、子宮頸癌、膠芽腫、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌（例えば、ウィルム腫瘍）、前立腺癌、甲状腺癌、ならびに頭頸部癌のうちの１つ以上から選択される。
【００２２】
いくつかの使用またはキットにおいて、ＭＹＣ遺伝子は、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される。特定の例では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＣであり、癌は肺癌および血液癌、任意に白血病およびリンパ腫から選択される。特定の例では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＮであり、癌は神経芽腫、小細胞肺癌、前立腺癌、胞巣状横紋筋肉腫、髄芽腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、および乳癌から選択される。
【図面の簡単な説明】
【００２３】
【図１】ＹＭ１５５モノブロミド（ＣＡＳ  ７８１６６１−９４−７）の化学構造を示す。
【図２】ＹＭ１５５が、ヒト肺癌細胞株の細胞増殖を阻害することを示す。ＮＣＩ−Ｈ１９７５、ＨＣＣ８２７、ＮＣＩ−Ｈ２２６、およびＨＣＣ４００６細胞を９６ウェルプレート中で培養し、指示された用量（ｎＭ）のＹＭ１５５で処理した。細胞増殖をＥｄＵ増殖アッセイによって検出した。提示されたデータは、平均±ＳＥＭである。
【図３】ＹＭ１５５が、ヒト急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）細胞株の細胞増殖を阻害することを示す。Ｕ９３７およびＨＬ−６０細胞を９６ウェルプレート中で培養し、指示された用量（ｎＭ）のＹＭ１５５で処理した。細胞増殖をＸＴＴ細胞生存率アッセイによって検出した。提示されたデータは、平均±ＳＥＭである。
【図４】ＹＭ１５５が、Ｕ９３７およびＲＡＭＯＳ細胞株の細胞増殖を阻害することを示す。Ｕ９３７およびＲＡＭＯＳ細胞を９６ウェルプレート中で培養し、指示された用量（ｎＭ）のＹＭ１５５で処理した。細胞増殖をＸＴＴ細胞生存率アッセイによって検出した。提示されたデータは、平均±ＳＥＭである。
【図５】ヒトＭＹＣ遺伝子のゲノム情報を提供する（ｈｔｔｐ：／／ｕｓｗｅｓｔ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／Ｈｏｍｏ＿ｓａｐｉｅｎｓ／Ｌｏｃａｔｉｏｎ／Ｖｉｅｗ？ｄｂ＝ｃｏｒｅ；ｇ＝ＥＮＳＧ０００００１３６９９７；ｒ＝８：１２７７３５４３４−１２７７４２９５１）を参照）。
【図６】ヒトＭＹＣ遺伝子のゲノム情報を提供する（ｈｔｔｐ：／／ｕｓｗｅｓｔ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／Ｈｏｍｏ＿ｓａｐｉｅｎｓ／Ｌｏｃａｔｉｏｎ／Ｖｉｅｗ？ｄｂ＝ｃｏｒｅ；ｇ＝ＥＮＳＧ０００００１３６９９７；ｒ＝８：１２７７３５４３４−１２７７４２９５１）を参照）。
【図７】ＹＭ１５５が、ヒト神経芽腫細胞株、特にＮ−ＭＹＣのコピー数の増加によって特徴付けられる細胞株の細胞増殖を阻害することを示す（表Ｅ３も参照）。細胞増殖をＥｄＵアッセイによって検出した。提示されたデータは、平均±ＳＤである。
【図８】２４．３位の染色体２の短い（ｐ）アーム上のＭＹＣＮ遺伝子の位置を示す。
【図９】マウスのＨＣＣ８２７異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図９Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図９Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤ（ｎ＝５）としてのデータを示す。＊＊ビヒクル群と比較してｐ＜０．０１。
【図１０】マウスのＨＣＣ４００６異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図１０Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図１０Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤ（ｎ＝８）としてのデータを示す。
【図１１】マウスのＲＡＭＯＳ異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図１１Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図１１Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤ（ｎ＝３）としてのデータを示す。＊＊ビヒクル群と比較してｐ＜０．０１。
【図１２】マウスのＵ９３７異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図１２Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図１２Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤ（ｎ＝３）としてのデータを示す。
【図１３】マウスのＩＭＲ−３２異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図１３Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図１３Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤ（ｎ＝３）としてのデータを示す。
【図１４】マウスのＳＨ−ＳＹ５Ｙ異種移植片におけるＹＭ１５５の抗腫瘍効果を示す。図１４Ａは、腫瘍成長曲線を示し、図１４Ｂは、腫瘍体積の平均±ＳＤとしてのデータを示す（ビヒクルではｎ＝２、ＹＭ１５５処置ではｎ＝３）。
【発明を実施するための形態】
【００２４】
本開示の実施形態は、ヒト悪性腫瘍におけるＭＹＣ遺伝子の増幅および／または転座が、ＹＭ１５５モノブロミドなどのサバイビン阻害剤の抗癌有効性の増加と関連しており、したがって、それらの薬剤および他の薬剤による癌治療を最適化するためのバイオマーカー（複数可）として使用され得るという驚くべき発見に関する。いずれかの理論によっても束縛されることを望まないが、ＭＹＣ増幅またはＭＹＣ転座癌細胞におけるＭＹＣ癌遺伝子の発現は、そのアポトーシス促進性シグナル伝達が、カスパーゼを阻害し、細胞死を遮断するアポトーシス阻害剤（ＩＡＰ）タンパク質ファミリーのメンバーであるサバイビンによって負に制御されることを除いて、他の点ではアポトーシス促進性であると考えられる。したがって、ＹＭ１５５モノブロミドなどのサバイビン阻害剤を使用して、ＭＹＣ増幅および／または転座の文脈でサバイビンのアポトーシス阻害活性を遮断し、ＭＹＣのアポトーシス促進性シグナル伝達に有利に働いて癌細胞死を増加させ、それによってこの文脈で最適な治療有効性を提供することができると期待される。
【００２５】
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または同等の任意の方法、材料、組成物、試薬、細胞が本開示の主題の実施または試験に使用され得るが、好ましい方法および材料が記載される。本明細書に引用される特許および特許出願を含むがこれらに限定されない全ての刊行物および参考文献は、各個々の刊行物または参考文献が完全に記載されているものとして参照により本明細書に組み込まれることが具体的かつ個別に指示されているかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。本出願が優先権を主張する任意の特許出願は、刊行物および参考文献について上述した方法で、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００２６】
本開示の目的のために、以下の用語が以下に定義される。
【００２７】
冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法的対象物の１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。一例として、「要素（ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。
【００２８】
「アンタゴニスト」または「阻害剤」は、タンパク質（例えば、サバイビン）などの別の分子の生理学的作用を妨げるかまたは別様に低減する、生物学的構造または化学薬剤を指す。場合によっては、アンタゴニストまたは阻害剤は、他の分子および／または他の分子の機能的リガンドに特異的に結合する。場合によっては、アンタゴニストまたは阻害剤は、他の分子（例えば、サバイビン）の発現を下方制御する。完全アンタゴニストおよび部分的アンタゴニストが含まれる。
【００２９】
「アゴニスト」または「アクチベーター」は、別の薬剤または分子の生理学的作用を増加させるかまたは強化する、生物学的構造または化学薬剤を指す。場合によっては、アゴニストは、他の薬剤または分子に特異的に結合する。完全アゴニストおよび部分的アゴニストが含まれる。
【００３０】
「約」とは、参照数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さに対して３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１％ほど異なる数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
【００３１】
本開示全体を通して、文脈上別段の解釈が要求されない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、記載されたステップもしくは要素またはステップもしくは要素のグループを含むが、任意の他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素のグループを除外しないことを暗示すると理解される。
【００３２】
「からなる」とは、「からなる」という語句の後に続くものを何でも含み、かつそれらに限定されることを意味する。したがって、「からなる」という語句は、列挙された要素が必要または必須であり、他の要素が存在してはならないことを示す。「から本質的になる」とは、その語句の後に列挙された任意の要素を含み、列挙された要素について本開示に明記された活性または作用に干渉または寄与しない他の要素に限定されることを意味する。したがって、「から本質的になる」という語句は、列挙された要素が必要または必須であるが、他の要素が任意であり、列挙された要素の活性または作用に実質的に影響を与えるかどうかに応じて、存在してもしなくてもよいことを示す。
【００３３】
「５０％阻害濃度」（または「ＩＣ５０」）は、特定の生物学的または生化学的機能を阻害する薬剤の効力の尺度である。この定量的尺度は、所与の生物学的プロセス（またはプロセスの構成要素、すなわち、酵素、細胞、細胞受容体、または微生物）を半分阻害するために、特定の薬剤（阻害剤）がどの程度必要とされるかを示す。値は典型的には、モル濃度として表される。濃度は、薬理学的研究におけるアンタゴニスト薬剤効力の尺度として一般的に使用される。場合によっては、ＩＣ５０は、インビトロで５０％阻害に必要とされる薬剤の濃度を表す。薬剤のＩＣ５０は、用量反応曲線を構築し、所望の活性、例えば、腫瘍細胞増殖の阻害、腫瘍細胞死滅に対する異なる濃度の薬剤の効果を検査することによって決定され得る。
【００３４】
「増加した」または「増大した」量は典型的には、「統計的に有意な」量であり、参照または対照と比較して、約もしくは少なくとも約１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、もしくは１０００倍、または約もしくは少なくとも約５％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％である増加を含み得る（その間の全ての整数および範囲を含む）。「減少した」または「低減された」量は典型的には、「統計的に有意な」量であり、参照または対照と比較して、約もしくは少なくとも約１．２、１．４、１．６、１．８、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、１０００倍、または約もしくは少なくとも約５％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％である減少を含み得る（その間の全ての整数および範囲を含む）。
【００３５】
「ポリヌクレオチド」および「核酸」という用語は、ｍＲＮＡ、ＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｃＤＮＡ、およびゲノムＤＮＡを含むＤＮＡを含む。この用語は典型的には、少なくとも１０塩基長のヌクレオチドのポリマー形態（リボヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチドのいずれか、またはいずれかのタイプのヌクレオチドの修飾形態）を指す。この用語は、一本鎖および二本鎖形態のＤＮＡを含む。
【００３６】
「遺伝子」は、染色体上の特定の位置を占め、機能分子またはタンパク質をコードする、ＤＮＡの配列からなる遺伝単位を指す。遺伝子の構造は、実際のタンパク質コード配列がしばしば小さい部分でしかない多数の要素からなる。これらの要素には、転写されていないＤＮＡ領域、ならびにＲＮＡの非翻訳領域が含まれる。さらに、遺伝子は、コード配列の上流または下流に何キロベースにも広がる発現改変制御領域を有することができる。遺伝子内の情報はまた、ＲＮＡまたはコードされたタンパク質の配列によって表され得る（またはその中に見られる）。
【００３７】
「対象」または「それを必要としている対象」は、ヒト対象などの哺乳動物対象を含む。
【００３８】
「統計的に有意」とは、結果が偶然に生じた可能性が低いことを意味する。統計的有意性は、当該技術分野において既知の任意の方法によって決定され得る。一般的に使用される有意性の尺度には、帰無仮説が真である場合に観察された事象が生じる頻度または確率であるｐ値が含まれる。得られたｐ値が有意性レベルよりも小さい場合、帰無仮説は棄却される。単純な場合では、有意性レベルは、０．０５以下のｐ値で定義される。
【００３９】
「実質的に」または「本質的に」とは、ほぼ全体的にまたは完全に、例えば、ある所与の数量のうちの９５％以上を意味する。
【００４０】
「治療応答」とは、治療応答の投与に基づく症状（持続しているかどうかにかかわらず）の改善を指す。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「治療有効量」、「治療用量」、「予防有効量」、または「診断有効量」という用語は、投与後に所望の生物学的応答を引き出すために必要とされる薬剤の量である。
【００４２】
本明細書で使用される場合、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）または細胞の「治療」は、対象または細胞の自然経過を変えるために使用される任意のタイプの介入である。治療は、医薬組成物の投与を含むがこれに限定されず、予防的に、または病理学的事象の開始もしくは病原体との接触の後のいずれかで行われ得る。また、治療されている疾患もしくは状態の進行速度の低減、その疾患もしくは状態の発症の遅延、またはその発症の重症度の低減に向けられ得る「予防的」治療も含まれる。「治療」または「予防」は、疾患もしくは状態またはその関連症状の完全な根絶、治癒、または予防を必ずしも示すものではない。
【００４３】
「野生型」という用語は、集団において最も頻繁に観察され、したがって、任意に設計された「正常」型または「野生」型の遺伝子である、遺伝子または遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）を指す。
【００４４】
本明細書の各実施形態は、明示的に別段の記載がない限り、他の全ての実施形態に適用されるものとする。
【００４５】
本開示は部分的に、ヒト悪性腫瘍におけるＭＹＣ遺伝子の増幅および／または転座が、化学療法剤ＹＭ１５５モノブロミドの抗癌有効性の増加と関連しており、したがって、その薬剤および他の薬剤による癌治療を最適化するためのバイオマーカーとして使用され得るという驚くべき発見に関する。
【００４６】
したがって、本開示の実施形態は、癌の治療を必要としている対象においてそれを行うための方法を含み、（ａ）対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、（ｂ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、または癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］を対象に投与することと、を含み、それによって、癌の治療を必要としてる対象においてそれを行う。ある特定の実施形態は、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合（例えば、同じであるか、または約１．１倍未満の増加）、または癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する（またはそれ以外の）化学療法剤を対象に投与することを含む。
【００４７】
また、癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］に対する治療応答を予測するための方法も含まれ、（ａ）対象からの癌組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定することと、（ｂ）（ｉ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している場合、もしくは癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座している場合、対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けること、または（ｉｉ）癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合（例えば、同じであるか、もしくは約１．１倍未満の増加）、もしくは癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、対象をＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けることと、を含み、それによって、癌対象におけるＹＭ１５５モノブロミドに対する治療応答を予測する。ある特定の実施形態は、対照がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して応答性であると特徴付けられる場合、対象にＹＭ１５５モノブロミドを投与することを含む。いくつかの実施形態は、対象がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する（またはそれ以外の）化学療法剤を対象に投与することを含む。
【００４８】
「ＭＹＣ遺伝子」または「ＭＹＣ癌遺伝子」は、転写因子をコードするプ癌原遺伝子ファミリーを指し、その例としてはｃ−Ｍｙｃ（ＭＹＣＣも）およびＮ−ｍｙｃ（ＭＹＣＮも）が挙げられる。
【００４９】
ＭＹＣＣ遺伝子は、細胞サイクルの進行、アポトーシス、および細胞形質転換に関与する核リンタンパク質をコードする。コードされたタンパク質は、関連する転写因子ＭＡＸと共にヘテロ二量体を形成する。この複合体は、ＥボックスＤＮＡコンセンサス配列に結合し、特定の標的遺伝子の転写を制御する。上流のインフレーム非ＡＵＧ（ＣＵＧ）および下流のＡＵＧ開始部位の両方から翻訳が開始し、結果として別個のＮ末端を有する２つのアイソフォームが産生されることを示す証拠がある。ヒトゲノムでは、ＭＹＣＣ遺伝子は、染色体８：１２７、７３５、４３４−１２７、７４１、４３４、順鎖上に位置する（例えば、図５および図６、ならびにＧｅｎｅ：ＭＹＣ  ＥＮＳＧ０００００１３６９９７を参照）。
【００５０】
ＭＹＣＮ遺伝子は、塩基性ヘリックス−ループ−ヘリックス（ｂＨＬＨ）ドメインを有するタンパク質をコードする。これは細胞核内に位置し、別のｂＨＬＨタンパク質と二量体化してＤＮＡに結合する。ＭＹＣＮは、例えば、神経芽腫、横紋筋肉腫、髄芽腫、星状細胞腫、膠芽腫、網膜芽細胞腫、前立腺癌、乳癌、ウィルム腫瘍、および小細胞肺癌を含む、多数の異なるタイプの癌で過剰発現される（例えば、Ｂｅｌｔｒａｎ，Ｍｏｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１２：８１５−８２２，２０１４を参照）。実際に、ＭＹＣＮ増幅は、神経芽腫における有害な予後因子である。アンプリコン（ＭＹＣＮと共増幅された材料）は、対象間で異なり、ある特定の例では、例えば、ＤＤＸ１遺伝子を含む。場合によっては、ＭＹＣＮ増幅は、１ｐ３６欠失および１７ｑ染色体の増加と相関する。ヒトゲノムでは、ＭＹＣＮ遺伝子は、２４．３位の染色体２の短い（ｐ）アーム上に位置する（２ｐ２４．３の細胞遺伝学的位置、染色体２上の塩基対１５，９４０，４３８〜１５，９４７，００７の分子位置、図８も参照）。
【００５１】
したがって、ある特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子は、ＭＹＣＣおよびＭＹＣＮから選択される。
【００５２】
「ＹＭ１５５モノブロミド」は、分子式Ｃ２０Ｈ１９Ｎ４Ｏ３・ＢｒおよびＣＡＳ番号７８１６６１−９４−７を有する、小分子［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］を指し、その薬学的に許容される塩および酸を含む。また、ＹＭ１５５モノブロミドの生物活性または等価の類似体および／または誘導体も含まれる。
【００５３】
上述のように、場合によっては、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数は、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して増加している。特定の実施形態では、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数は、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して統計的に有意な量増加している。いくつかの実施形態では、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数は、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して約または少なくとも約１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、６、７、８、９、または１０倍（またはそれ以上）増加している。
【００５４】
癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数は、任意の様々な方法によって決定され得る。例えば、いくつかの実施形態は、ＭＹＣ遺伝子コピー数は、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、またはマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）によって決定される。したがって、ある特定の実施形態は、癌組織の試料中のＭＹＣ遺伝子のコピー数を決定または検出するステップを、それを必要としている対象から行うことを含む。また、癌組織の試料中のＭＹＣ遺伝子のコピー数をＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較するステップも含まれる。
【００５５】
癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位は、任意の様々な方法によって決定され得る。例えば、いくつか実施形態は、癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位は、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、または比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって決定される。したがって、ある特定の実施形態は、癌組織の試料中のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定または検出するステップを、それを必要としている対象から行うことを含む。また、癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位をＭＹＣ遺伝子染色体部位参照と比較するステップも含まれる。
【００５６】
ＣＧＨは、細胞を培養する必要なく、参照試料と比較した試験試料のＤＮＡ中の倍数性レベルに対するコピー数変化（ＣＮＶ）を分析するための分子細胞遺伝学的方法を指す。この技法は、染色体全体またはサブ染色体領域（染色体全体の一部分）のいずれかの増加または減少のいずれかの観点における差を含むことが疑われるため、最も密接に関連していることが多い２つの源から発生する２つのゲノムＤＮＡ試料間の迅速かつ効率的な比較を可能にする。この技法は、元々、固形腫瘍と正常組織の染色体相補体の間の差を評価するために開発された（例えば、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２５８（５０８３）：８１８−８２１，１９９２を参照）。ＣＧＨ技法と併せてＤＮＡマイクロアレイを使用することは、より特異的な形態のアレイＣＧＨ（ａＣＧＨ）の開発につながり、１００キロベースほどの低い分解能での遺伝子座毎のＣＮＶ測定を可能にした（例えば、Ｐｉｎｋｅｌ，Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｏｍ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ．６：３３１−３５４，２００５を参照）。ＣＮＶは、細胞内の大きいゲノム領域の異常なコピー数につながる重要な遺伝的変異のよく見られる形態であり、高分解能配列データは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）によって分析されて、その遺伝子を特定することができる（例えば、Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．１４  Ｓｕｐｐｌ  １１：Ｓ１，２０１３を参照）。ＭＬＰＡは、単一のプライマー対のみでの複数の標的の増幅を可能にするマルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応の変動を指す（例えば、Ｓｃｈｏｕｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．３０（１２）：ｅ５７，２００２を参照）。ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）および蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、標識された相補的ＤＮＡ、ＲＮＡ、または修飾核酸鎖（すなわち、プローブ）を使用して、組織の一部分または切片（ｉｎ  ｓｉｔｕ）に特定のＤＮＡまたはＲＮＡ配列を局在化させるハイブリダイゼーションのタイプを指す（例えば、Ｐａｒｒａ＆Ｗｉｎｄｌｅ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．５：１７−２１，１９９３、およびＧａｌｌ＆Ｐａｒｄｕｅ，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ．６３：３７８−３８３，１９６９を参照）。したがって、場合によっては、本明細書に記載される方法およびキットは、前述の技法のうちの任意の１つ以上を用い、かつ／またはそれらを実施するための試薬を含む。
【００５７】
「参照」の例（例えば、ＭＹＣ遺伝子コピー数「参照」、ＭＹＣ遺伝子染色体部位「参照」）は、データベースから得られた値もしくは量または位置、例えば、「野生型」ＭＹＣ遺伝子コピー数の値もしくは量、または「野生型」ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を含む（例えば、ヒトＭＹＣＣ遺伝子染色体部位参照については図５および図６、ならびにヒトＭＹＣＮ遺伝子染色体部位参照については図８を参照）。「参照」はまた、１つ以上の対照、例えば、１つ以上の健康もしくは非癌対照対象（例えば、健康もしくは非癌対照対象集団）からの非癌組織、または試験されている対象からの１つ以上の対応する非癌対照組織から得られた値もしくは量または位置も含む。典型的には、「対応する」非癌対照組織は、試験されている癌組織と同じタイプの組織から得られる。癌組織と同様に、非癌対照からのＭＹＣ遺伝子コピー数参照は、例えば、ａＣＧＨ、ＳＮＰアレイ、ＣＮＶ配列、および／またはＭＬＰＡ（上記参照）を含む、任意の様々な方法によって決定され得る。同様に、非癌対照からのＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照は、例えば、ＩＳＨ、ＦＩＳＨ、ＮＧＳ、および／またはＣＧＨ（上記参照）を含む、任意の様々な方法によって決定され得る。
【００５８】
いくつかの実施形態では、癌組織（または非癌対照組織）の試料は、対象からの外科的試料、生検試料、胸水試料、または腹水試料である。癌組織（または非癌対照組織）の試料の特定の例としては、肺、血液、乳房、消化管（胃、結腸、直腸）、卵巣、膵臓、肝臓、膀胱、子宮頸部、神経、子宮、唾液腺、腎臓、前立腺、甲状腺、または筋肉の組織が挙げられる。ある特定の実施形態は、例えば、ＭＹＣ遺伝子コピーレベルまたはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定する前に、対象から癌組織（または非癌対照組織）の試料を得るステップを含む。
【００５９】
いくつかの実施形態では、対象はヒト対象である。
【００６０】
上述のように、ある特定の実施形態は、対象がＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる場合、例えば、癌組織内のＭＹＣ遺伝子コピー数がＭＹＣ遺伝子コピー数参照と比較して実質的に増加していない場合、または癌組織内のＭＹＣ遺伝子染色体位置部位がＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照と比較して転座していない場合、ＹＭ１５５モノブロミドを除外する（またはそれ以外の）抗癌剤を対象に投与することを含む。ＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる対象に投与するための例示的な抗癌剤（ＹＭ１５５モノブロミド以外）としては、例えば、様々な癌の治療に有用であるとみなされている細胞毒性薬、化学療法剤、および抗血管新生剤などの小分子が挙げられる。抗癌剤の一般的なクラスには、限定されるものではないが、アルキル化剤、代謝抵抗物質、アントラサイクリン、抗腫瘍抗生物質、白金、Ｉ型トポイソメラーゼ阻害剤、ＩＩ型トポイソメラーゼ阻害剤、ビンカアルカロイド、およびタキサンが含まれる。
【００６１】
ＹＭ１５５モノ臭化物療法に非応答と特徴付けられる対象に投与するための抗癌剤の具体的な例には、クロラムブシル、シクロホスファミド、シレンギチド、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、メルファラン、プロカルバジン、チオテパ、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、エンザスタウリン、ブスルファン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ゲフィチニブ、エルロチニブ  イダルビシン、テモゾロミド、エピルビシン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、カンプトテシン、イリノテカン、トポテカン、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、テニポシド、テムシロリムス、エベロリムス、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシン、ＣＴ５２９２３、およびパクリタキセル、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。抗癌剤のさらなる例としては、イマチニブ、クリゾチニブ、ダサチニブ、ソラフェニブ、パゾパニブ、スニチニブ、バタラニブ、ゲフチニブ、エルロチニブ、ＡＥＥ−７８８、ジクロロアセテート、タモキシフェン、ファスジル、ＳＢ−６８１３２３、およびセマキサニブ（ＳＵ５４１６）が挙げられる（Ｃｈｉｃｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ．８：８２９−９０９，２００９を参照）。
【００６２】
ＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる対象に投与するための抗癌剤のさらなる例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパ、シクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（商標）；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、およびトリメチローロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミンおよびメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；窒素マスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えば、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝抵抗物質、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジン、５−ＦＵ；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗アドレナル、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えば、フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；アセグラストン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルミチン；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；Ｐ���Ｋ；ラゾキサン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオミチン（ｄｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌｏｍｉｔｈｉｎｅ）（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸誘導体、例えば、Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（商標）（ベキサロテン）、Ｐａｎｒｅｔｉｎ（商標）（アリトレチノイン）；ＯＮＴＡＫ（商標）（デニロイキンジフチトクス）；エスペラマイシン；カペシタビン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。
【００６３】
ＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる対象に投与するための抗癌剤のさらなる例には、例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、およびトレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ）などを含む抗エストロゲン；ならびにフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリンなどの抗アンドロゲン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体などの、腫瘍に対するホルモン作用を制御または阻害するように作用する抗ホルモン剤が含まれる。
【００６４】
ＹＭ１５５モノブロミド療法に対して非応答性であると特徴付けられる対象に投与するための抗癌剤のさらなる例としては、３Ｆ８、８Ｈ９、アバゴボマブ、アデカツムマブ、アフツズマブ、アレムツズマブ、アラシズマブ（ペゴル）、アマツキシマブ、アポリズマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ビバツズマブ（メルタンシン）、ブレンツキシマブベドチン、カンツズマブ（メルタンシン）、カンツズマブ（ラブタンシン）、カプロマブ（ペンデチド）、カツマキソマブ、セツキシマブ、シタツズマブ（ボガトクス）、シクスツムマブ、クリバツズマブ（テトラキセタン）、コナツムマブ、ダセツズマブ、ダロツズマブ、デツモマブ、ドロジツマブ、エクロメキシマブ、エドレコロマブ、エロツズマブ、エナバツズマブ、エンシツキシマブ、エプラツズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、ファルレツズマブ、ＦＢＴＡ０５、フィギツムマブ、フランボツマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブ、ガニツマブ、ゲムツズマブ（オゾガマイシン）、ギレンツキシマブ、グレンバツムマブ（ベドチン）、イブリツモマブチウキセタン、イクルクマブ、イゴボマブ、インダツキシマブラブタンシン、インテツムマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イプリムマブ（ＭＤＸ−１０１）、イラツムマブ、ラベツズマブ、レキサツムマブ、リンツズマブ、ロルボツズマブ（メルタンシン）、ルカツムマブ、ルミリキシマブ、マパツムマブ、マツズマブ、ミラツズマブ、ミツモマブ、モガムリズマブ、モキセツモマブ（パスドトクス）、ナコロマブ（タフェナトクス）、ナプツモマブ（エスタフェナトクス）、ナルナツマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、ニボルマブ、Ｎｅｕｒａｄｉａｂ（登録商標）（放射性ヨードを含むまたは含まない）、ＮＲ−ＬＵ−１０、オファツムマブ、オララツマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブ（モナトクス）、オレゴボマブ、パニツムマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、ペルツズマブ、プリツムマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、ラムシルマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、サマリズマブ、シブロツズマブ、シルツキシマブ、タバルマブ、タプリツモマブ（パプトクス）、テナツモマブ、テプロツムマブ、ＴＧＮ１４１２、チシリムマブ、トレメリムマブ、チガツズマブ、ＴＮＸ−６５０、トシツモマブ、ＴＲＢＳ０７、トラスツズマブ、ツコツズマブ（セルモロイキン）、ウブリツキシマブ、ウレルマブ、ベルツズマブ、ボロシキシマブ、ボツムマブ、およびザルツムマブなどの抗癌抗体が含まれる。また、これらの抗体の断片、バリアント、および誘導体も含まれる。
【００６５】
本明細書に記載される方法は、任意の様々な癌または腫瘍の治療および／または診断に使用され得る。いくつかの実施形態では、癌は、原発癌、すなわち、腫瘍進行が開始し癌塊を生じた解剖学的部位で増殖する癌である。一部の実施形態では、癌は、続発性または転移性癌、すなわち、原発部位または原発組織から１つ以上の異なる部位または組織に広がった癌である。場合によっては、癌は、癌腫、横紋筋肉腫、例えば、胞巣状横紋筋肉腫（骨、腱、軟骨、筋肉、脂肪（ｆａｔ）、線維、血管、脂肪（ａｄｉｐｏｓｅ）、および／または結合組織に由来する肉腫を含む）などの肉腫、神経芽腫、髄芽腫、星状細胞腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫（ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含む）、腺扁平上皮癌、癌肉腫、混合性中胚葉腫瘍、奇形癌、肺癌（非小細胞肺癌、小細胞肺癌、腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、乳癌（転移性乳癌を含む）、消化器癌、胃癌、結腸直腸癌、結腸癌、直腸癌、卵巣癌、膵臓癌、肝臓癌、膀胱癌、子宮頸癌、膠芽腫、子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌（例えば、ウィルム腫瘍）、前立腺癌、甲状腺癌、ならびに頭頸部癌のうちの１つ以上から選択される。
【００６６】
特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＣであり、癌は肺癌および血液癌、任意に白血病およびリンパ腫から選択される。特定の実施形態では、ＭＹＣ遺伝子はＭＹＣＮであり、癌は神経芽腫、小細胞肺癌、前立腺癌、胞巣状横紋筋肉腫、髄芽腫、多形膠芽腫、網膜芽細胞腫、および乳癌から選択される。
【００６７】
いくつかの実施形態では、上述のように、癌または腫瘍は、転移性癌である。上述の癌に加えて、例示的な転移性癌としては、限定されるものではないが、特に、骨、肝臓、および／または肺に転移した膀胱癌；骨、脳、肝臓、および／または肺に転移した乳癌；肝臓、肺、および／または腹膜に転移した結腸直腸癌；副腎、骨、脳、肝臓、および／または肺に転移した腎癌；副腎、骨、脳、肝臓、および／または他の肺部位に転移した肺癌；骨、脳、肝臓、肺、および／または皮膚／筋肉に転移した黒色腫；肝臓、肺、および／または腹膜に転移した卵巣癌；肝臓、肺、および／または腹膜に転移した膵臓癌；副腎、骨、肝臓、および／または肺に転移した前立腺癌；肝臓、肺、および／または腹膜に転移した胃癌；骨、肝臓、および／または肺に転移した甲状腺癌；ならびに骨、肝臓、肺、腹膜、および／または膣に転移した子宮癌が挙げられる。
【００６８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される方法は、生存腫瘍量の統計的に有意な減少、例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、またはそれ以上の腫瘍塊の減少、または変化した（例えば、統計的に有意に減少した）スキャン寸法によって示されるような腫瘍退縮をもたらすのに十分である。ある特定の実施形態では、記載される方法は、安定した疾患をもたらすのに十分である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される方法は、当業者に既知の特定の疾患兆候の症状の臨床的に意義のある低減をもたらすのに十分である。
【００６９】
癌を治療するための方法は、他の治療モダリティと組み合わされ得る。例えば、本明細書に記載される併用療法は、症状ケア、放射線療法、外科手術、移植、ホルモン療法、光線力学的療法、抗生物質療法、またはそれらの任意の組み合わせを含む、他の治療的介入の前、最中、または後に対象に投与され得る。症状ケアには、脳浮腫、頭痛、認知機能障害、および嘔吐を低減するためのコルチコステロイドの投与、ならびに発作を低減するための抗痙攣薬の投与が含まれる。放射線療法には、全脳照射、分割放射線療法、および放射線手術、例えば、定位放射線手術が含まれ、これらは従来の手術とさらに組み合わされ得る。
【００７０】
本明細書に記載される疾患または状態のうちの１つ以上を有する対象を特定するための方法は、当該技術分野において既知である。
【００７１】
インビボでの使用のために、例えば、ヒトの疾患の治療または検査のために、本明細書に記載される薬剤は一般に、投与前に１つ以上の治療組成物または医薬組成物に組み込まれる。
【００７２】
治療組成物または医薬組成物を調製するために、有効量または所望の量の１つ以上の薬剤が典型的には、特定の薬剤および／または投与方法に適していることが当業者に既知の任意の医薬担体（複数可）または賦形剤と混合される。医薬担体は、液体、半液体、または固体であってもよい。非経口、皮内、皮下、または局所適用に使用される溶液または懸濁液には、例えば、滅菌希釈剤（水など）、生理食塩水（例えば、リン酸緩衝生理食塩水、ＰＢＳ）、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の合成溶媒；抗微生物剤（ベンジルアルコールおよびメチルパラベンなど）；抗酸化物質（アスコルビン酸および亜硫酸水素ナトリウムなど）およびキレート剤（エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）など）；緩衝液（酢酸塩、クエン酸塩、およびリン酸塩）が含まれ得る。（例えば、静脈内注入によって）静脈内投与される場合、好適な担体には、生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、ならびにグルコース、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、およびそれらの混合物などの増粘剤および可溶化剤を含有する溶液が含まれる。
【００７３】
本明細書に記載される薬剤の投与は、純粋な形態で、または適切な治療組成物もしくは医薬組成物中で、同様に役立つための薬剤の許容される投与方法のいずれかを介して行われる。治療組成物または医薬組成物は、薬剤含有組成物を、適切な生理学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤と組み合わせることによって調製され得、錠剤、カプセル、粉末、顆粒、軟膏、溶液、坐薬、注射液、吸入剤、ゲル、ミクロスフェア、およびエアロゾルなどの固体、半固体、液体、またはガス状の形態の調製物に製剤化され得る。加えて、他の薬学的に活性な成分（本明細書の他の箇所に記載されるような他の小分子を含む）、ならびに／または塩、緩衝液、および安定剤などの好適な賦形剤は、組成物内に存在し得るが、そうである必要はない。
【００７４】
投与は、経口、非経口、経鼻、静脈内、皮内、筋肉内、皮下、または局所を含む様々な異なる経路によって達成され得る。好ましい投与方法は、治療または予防される状態の性質に依存する。特定の実施形態は、静脈内注入による投与を含む。
【００７５】
担体には、例えば、用いられる投与量および濃度で曝露されている細胞または哺乳動物に対して非毒性である、薬学的または生理学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤が含まれ得る。多くの場合、生理学的に許容される担体は、水性ｐＨ緩衝溶液である。生理学的に許容される担体の例としては、緩衝液、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸；アスコルビン酸を含む抗酸化物質；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、もしくはリジン；単糖類、二糖類、および他の炭水化物（グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む）；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖アルコール、例えば、マンニトールもしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えば、ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ（登録商標））ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、およびポロキサマー（ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（登録商標））などが挙げられる。
【００７６】
いくつかの実施形態では、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子、およびナノカプセル）中で、例えば、コアセルベーション技法または界面重合（例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル）によって調製されたマイクロカプセルに、１つ以上の薬剤が封入され得る。そのような技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｌｏ，Ａ．，Ｅｄ．，（１９８０）に開示されている。粒子（複数可）またはリポソームは、他の治療剤または診断剤をさらに含んでもよい。
【００７７】
正確な投与量および治療期間は、治療されている疾患の関数であり、既知の試験プロトコルを使用して経験的に、または当該技術分野において既知のモデルシステムにおいて組成物を試験し、それから外挿することによって決定され得る。対照臨床試験も実施され得る。投与量はまた、緩和される状態の重症度に応じて変化し得る。医薬組成物は一般に、望ましくない副作用を最小限に抑えながら、治療的に有用な効果を発揮するように製剤化および投与される。組成物は、１回投与されてもよく、または多数のより小さい用量に分割されて間隔をおいて投与されてもよい。任意の特定の対象について、特定の投与レジメンは、個々の必要性に応じて経時的に調整され得る。
【００７８】
したがって、これらおよび関連する治療組成物または医薬組成物の典型的な投与経路としては、限定されないが、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、口腔、直腸、膣、および鼻腔内が挙げられる。本明細書で使用される場合、非経口という用語は、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射または注入技法を含む。本開示のある特定の実施形態による治組成物または医薬組成物は、その中に含まれる活性成分が、対象または患者に組成物を投与する際に生物学的に利用可能であることを可能にするように製剤化される。対象または患者に投与される組成物は、１つ以上の投与単位の形態をとってもよく、例えば、錠剤は、単一投与単位であってもよく、エアロゾル形態の本明細書に記載される薬剤の容器は、複数の投与単位を保持してもよい。そのような剤形を調製する実際の方法は、当業者には既知であるか、または明らかになるであろう。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ａｎｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００）を参照されたい。投与される組成物は典型的には、目的の疾患または状態の治療のための、本明細書に記載される治療有効量の薬剤を含有する。
【００７９】
治療組成物または医薬組成物は、固体または液体の形態であってもよい。一実施形態では、担体（複数可）は微粒子であり、そのため、組成物は例えば、錠剤または粉末形態である。担体（複数可）は液体であってもよく、組成物は、例えば、経口油、注射用液体、または例えば、吸入投与に有用であるエアロゾルである。経口投与用である場合、医薬組成物は好ましくは、固体または液体のいずれかの形態であり、半固体、半液体、懸濁液、およびゲル形態が、本明細書において固体または液体のいずれかとみなされる形態内に含まれる。ある特定の実施形態には、滅菌注射用溶液が含まれる。
【００８０】
経口投与用の固体組成物として、医薬組成物は、粉末、顆粒、圧縮錠、ピル、カプセル、チューインガム、ウエハーなどに製剤化され得る。そのような固体組成物は典型的には、１つ以上の不活性希釈剤または食用担体を含有する。加えて、以下のうちの１つ以上が存在してもよい：結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微晶質セルロース、トラガカントゴム、またはゼラチン；賦形剤、例えば、デンプン、ラクトース、またはデキストリン、崩壊剤、例えば、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、コーンスターチなど；滑沢剤、例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘ；流動促進剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素；甘味剤、例えば、スクロースまたはサッカリン；香味剤、例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味剤：および着色剤。医薬組成物がカプセル、例えば、ゼラチンカプセルの形態である場合、上記のタイプの材料に加えて、ポリエチレングリコールまたは油などの液体担体を含有してもよい。
【００８１】
治療組成物または医薬組成物は液体、例えば、エリキシル、シロップ、溶液、エマルション、または懸濁液の形態であってもよい。液体は、２つの例として、経口投与用または注射による送達用であってもよい。経口投与用である場合、好ましい組成物は、本化合物に加えて、甘味剤、防腐剤、染料／着色剤、および香味増強剤のうちの１つ以上を含有する。注射によって投与されることを目的とする組成物では、界面活性剤、防腐剤、湿潤剤、分散剤、懸濁剤、緩衝液、安定剤、および等張剤のうちの１つ以上が含まれ得る。
【００８２】
液体の治療組成物または医薬組成物は、溶液、懸濁液、または他の同様の形態であるかどうかにかかわらず、以下のアジュバントのうちの１つ以上を含み得る：滅菌希釈剤、例えば、注射用の水、食塩水、好ましくは、生理食塩水、リンガー溶液、等張塩化ナトリウム、固定油、例えば、溶媒または懸濁媒体として機能し得る合成モノグリセリドまたはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化物質、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸；緩衝液、例えば、酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩、および張性の調節のための薬剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または複数回投与バイアルに封入され得る。生理食塩水は、好ましいアジュバントである。注射用医薬組成物は、好ましくは滅菌である。
【００８３】
非経口投与または経口投与のいずれかを目的とする液体の治療組成物または医薬組成物は、好適な投与量が得られるように、ある量の薬剤を含有するべきである。典型的には、この量は、組成物中少なくとも０．０１％の目的の薬剤である。経口投与用である場合、この量は、組成物の重量の０．１〜約７０％になるように変化し得る。ある特定の経口治療組成物または医薬組成物は、約４％〜約７５％の目的の薬剤を含有する。ある特定の実施形態では、本発明による治療組成物または医薬組成物および調製物は、非経口投与単位が希釈前に０．０１〜１０重量％の目的の薬剤を含有するように調製される。
【００８４】
治療組成物または医薬組成物は、固体または液体の投与単位の物理的形態を変化させる様々な材料を含んでもよい。例えば、組成物は、活性成分の周囲にコーティングシェルを形成する材料を含んでもよい。コーティングシェルを形成する材料は典型的には、不活性であり、例えば、糖、シェラック、および他の腸溶性コーティング剤から選択されてもよい。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセル内に包み込まれてもよい。固体または液体形態の治療組成物または医薬組成物は、薬剤に結合し、それによって化合物の送達を補助する構成成分を含んでもよい。この能力で作用し得る好適な構成成分としては、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体、１つ以上のタンパク質またはリポソームが挙げられる。
【００８５】
本明細書に記載される組成物は、時限放出製剤またはコーティングなどの、身体からの急速な排出から薬剤を保護する担体と共に調製され得る。そのような担体には、限定されるものではないが、インプラントおよびマイクロカプセル化送達系などの放出制御製剤、ならびにエチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸、および当業者に既知の他のものなどの生分解性、生体適合性ポリマーが含まれる。
【００８６】
治療組成物または医薬組成物は、医薬分野で周知の方法論によって調製されてもよい。例えば、注射によって投与されることを目的とする治療組成物または医薬組成物は、溶液を形成するために滅菌蒸留水と共に塩、緩衝液、および／または安定剤のうちの１つ以上を含んでもよい。界面活性剤が、均質な溶液または懸濁液の形成を促進するために添加されてもよい。界面活性剤は、水性送達系における薬剤の溶解または均質な懸濁を促進するために、薬剤と非共有結合的に相互作用する化合物である。
【００８７】
ある特定の実施形態は、癌対象における、ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］療法に対する治療応答（または応答性）を決定または予測するための診断キットの使用を含み、癌組織および非癌組織を含む対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段を含む。また、患者ケアキットも含まれ、（ａ）癌組織および非癌組織を含む対象からの組織の試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段と、（ｂ）ＹＭ１５５モノブロミド［１−（２−メトキシエチル）−２−メチル−４，９−ジオキソ−３−（ピラジン−２−イルメチル）−４，９−ジヒドロ−１Ｈ−ナフト［２，３−ｄ］イミダゾリウムブロミド］とを含む。
【００８８】
いくつかの実施形態では、ＭＹＣ遺伝子コピー数を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、一塩基多型（ＳＮＰ）アレイ、コピー数多型（ＣＮＶ）シーケンシング、およびマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。いくつかの実施形態では、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を測定するための手段は、ヒトＭＹＣ遺伝子上で、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、および比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）のうちの１つ以上から選択される診断アッセイを行うための試薬を含む。
【００８９】
ある特定の診断キットまたは患者ケアキットは、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子コピー数参照値を含む。一部の診断キットまたは患者ケアキットは、データベースから得られた、または対照からの非癌組織から決定された、ＭＹＣ遺伝子染色体位置部位参照を含む。キットはまた、例えば、対象からの癌組織の、および／または非癌対照からの試料中の、ＭＹＣ遺伝子コピー数および／またはＭＹＣ遺伝子染色体位置部位を決定する方法に関する使用説明書を含んでもよい。
【００９０】
いくつかの実施形態では、診断キットまたは患者ケアキットは、組成物（複数可）および情報材料（複数可）用の別個の容器、仕切り、またはコンパートメントを含む。例えば、組成物（複数可）または試薬は、ボトル、バイアル、またはシリンジに含まれてもよく、情報材料（複数可）は、容器に関連して含まれてもよい。いくつかの実施形態では、キットの別個の要素は、単一の分離されていない容器内に含まれる。例えば、組成物（複数可）または試薬は、ラベルの形態で情報材料が付着されたボトル、バイアル、またはシリンジに含まれる。いくつかの実施形態では、キットは、複数（例えば、パックの）個々の容器を含み、各々が、ＹＭ１５５モノブロミドの１つ以上の組成物、試薬、および／または単位剤形を含む。例えば、キットは、複数のシリンジ、アンプル、ホイルパケット、またはブリスターパックを含み、各々が、試薬または単一単位用量のＹＭ１５５モノブロミドを含む。キットの容器は、気密性、防水性（例えば、水分もしくは蒸発の変化に対して不浸透性）、および／または遮光性であってもよい。
【００９１】
患者ケアキットは任意に、薬剤（複数可）の投与に適したデバイス、例えば、シリンジ、吸入器、点滴器（例えば、点眼器）、スワブ（例えば、綿棒もしくは木製スワブ）、または任意のそのような送達デバイスを含む。いくつかの実施形態では、デバイスは、定量の薬剤（複数可）を分注する埋め込み型デバイスである。また、例えば、本明細書に記載される構成要素を組み合わせることによって、キットを提供する方法も含まれる。
【００９２】
ある特定の態様では、本明細書に記載される診断もしくは治療応答試験または方法は、診断検査室で行われ、次いで結果が対象に、または対象の健康管理および癌治療に関与する医師もしくは他の医療提供者に提供される。したがって、特定の実施形態は、応答性試験の結果を、それを必要としている対象、または医師もしくは他の医療提供者に提供する方法を含む。これらの結果またはデータは、ハードコピーもしくは紙コピーの形態、またはコンピュータ可読媒体などの電子形態であってもよい。
【００９３】
本明細書において引用される全ての刊行物、特許出願、および発行された特許は、あたかも各個々の刊行物、特許出願、または発行された特許が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に指示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
【００９４】
前述の発明は、理解の明確さの目的で例示および実施例によってある程度詳細に説明されてきたが、当業者には、この説明または添付の特許請求の範囲の精神または範囲から逸脱することなく、ある特定の変更および修正がなされ得ることが容易に明らかになるであろう。以下の実施例は、限定目的ではなく、例示のみの目的で提供される。当業者であれば、本質的に類似した結果をもたらすように変更または修正され得る様々な重要でないパラメータを容易に認識するであろう。
【実施例】
【００９５】
実施例１
癌細胞株におけるＹＭ１５５モノブロミドの有効性
様々な癌細胞株におけるＹＭ１５５モノブロミドの有効性を評価するために、またＹＭ１５５モノブロミドの有効性をＭＹＣ遺伝子コピー数と相関させるために、研究を行った。
【００９６】
肺細胞培養。ヒト肺癌細胞株ＮＣＩ−Ｈ１９７５、ＨＣＣ８２７、ＮＣＩ−Ｈ２２６、およびＨＣＣ４００６細胞を、１０％ウシ胎児血清（ＧＥＭＩＮＩ、９００−１０８）を補充したＲＰＭＩ  １６４０（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）、ＳＨ３０８０９．０１Ｂ）中で培養した。培養物を、５％ＣＯ２中、３７℃でインキュベートした。ＮＣＩ−Ｈ１９７５、ＨＣＣ８２７、およびＮＣＩ−Ｈ２２６を、Ｃｅｌｌ  Ｂａｎｋ，Ｓｈａｎｇｈａｉ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃｈｉｎｅｓｅ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。ＨＣＣ４００６を、ＣｏＢｉｏｅｒ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｎａｎｊｉｎｇ，Ｃｈｉｎａ）から購入した。
【００９７】
細胞処理および増殖アッセイ。ＮＣＩ−Ｈ１９７５、ＨＣＣ８２７、ＮＣＩ−Ｈ２２６、およびＨＣＣ４００６細胞をそれぞれ、２００μＬ培養培地中２０００細胞／ウェルで９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ−Ｃｏｓｔａｒ、３６０３）に２４時間播種した。次いで細胞を、ＹＭ１５５（５０、３０、２０、１０、２、０．４、０．０８、０．０１６、および０．００３２ｎＭ；ＡＰＥｘＢＩＯ、Ａ４２２１）またはＤＭＳＯ（０．１％；Ａｍｒｅｓｃｏ、６７−６８−５）で処理した。７２時間のインキュベーション後、細胞を、同じ培養条件下でさらに４時間、５−エチニル−２’−デオキシウリジン（ＥｄＵ、最終濃度１ｕＭ；Ｓｉｇｍａ、９００５８４）で標識した。
【００９８】
ＥｄＵとインキュベーションした後、細胞をホルムアルデヒド（最終濃度４％、Ｔｈｅｒｍｏ、２８９０８）で室温において３０分間固定した。細胞をＰＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）、ＳＨ３０２５６．０１）で２回洗浄し、次いでＰＢＳ中０．５％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（Ｔ８７８７−２５０ＭＬ）で４℃において一晩透過処理した。上清を廃棄した後、細胞を、室温において１時間、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３３４２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｈ１３９９）でインキュベートし、次いでＰＢＳでさらに２回洗浄した。
【００９９】
細胞を、染色混合物（Ｂｅｉｊｉｎｇ  Ｐｅｒｃａｎｓ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．、ＲＵＯ−００４０１＃１５０Ｔ）と室温で３０分間インキュベートし、次いでＰＢＳで３回洗浄した。細胞をＰＢＳ中に保持し、実験全体を通して光から保護した。
【０１００】
ハイコンテントイメージング分析。処理した細胞を、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３３４２（Ｅｘ：３８６ｎｍ）およびＥｄＵ（Ｅｘ：５６０ｎｍ）用のフィルタを備えたＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ（商標）ＣＸ５  Ｈｉｇｈ−Ｃｏｎｔｅｎｔ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ（ＨＳＣ）Ｐｌａｔｆｏｒｍ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）で画像取得のためにスキャンした。総細胞数およびＥｄＵ陽性細胞数を、核領域のシグナル強度を測定することによって分析した。
【０１０１】
図２に示されるように、ＹＭ１５５は、ヒト肺癌細胞株の細胞増殖を阻害する。ＮＣＩ−Ｈ１９７５、ＨＣＣ８２７、ＮＣＩ−Ｈ２２６、およびＨＣＣ４００６を、異なる濃度のＹＭ１５５に７２時間曝露した。しかしながら、ＹＭ１５５の増殖阻害効果は、これらの細胞株で異なっており、計算したＩＣ５０は以下の表Ｅ１に示される。ＭＹＣ遺伝子増幅を伴うＮＣＩ−Ｈ１９７５およびＨＣＣ８２７（参照と比較してＭＹＣ遺伝子コピー数が増加）は、ＭＹＣ遺伝子増幅を伴わないＮＣＩ−Ｈ２２６およびＨＣＣ４００６よりもＹＭ１５５に対して感受性が有意に高かった。
【表１】
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【０１０２】
血液細胞培養。ヒト急性骨髄性白血病細胞（Ｕ９３７およびＨＬ−６０）ならびにヒトバーキットリンパ腫細胞（Ｒａｍｏｓ）を、１０％のウシ胎児血清を補充したＲＰＭＩ  １６４０中で培養した。培養物を、５％ＣＯ２中、３７℃でインキュベートした。Ｕ９３７およびＨＬ−６０細胞を、Ｃｅｌｌ  Ｂａｎｋ，Ｓｈａｎｇｈａｉ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃｈｉｎｅｓｅ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。Ｒａｍｏｓ細胞を、ＣｏＢｉｏｅｒ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｎａｎｊｉｎｇ，Ｃｈｉｎａ）から購入した。Ｒａｍｏｓ細胞は、ＩｇＨ−ｃ−ＭＹＣ転座変異を担持する。
【０１０３】
細胞処理および増殖アッセイ。Ｕ９３７、ＨＬ−６０、およびＲａｍｏｓ細胞を、ＹＭ１５５（２００、１００、５０、２５、１２．５、２．５、１、０．５ｎＭ；ＡＰＥｘＢＩＯ、Ａ４２２１）またはＤＭＳＯ（０．１％；Ａｍｒｅｓｃｏ、６７−６８−５）で処理した２００μＬ培養培地中４００００細胞／ウェルで、９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ−Ｃｏｓｔａｒ、３５９９）に播種した。７２時間のインキュベーション後、細胞増殖を、製造業者のプロトコルに従ってＸＴＴアッセイ（Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  ＩＩ  ＸＴＴ，Ｓｉｇｍａ、１１４６５０１５００１）によって測定した。簡潔に述べると、ＹＭ１５５処理後、５０μＬのＸＴＴ標識混合物を各ウェルに添加し、その後、加湿雰囲気中でマイクロプレートを４時間インキュベーションした。４９０ｎｍ（ＯＤ４９０）および６５０ｎｍ（ＯＤ６５０）での波長の吸光度をそれぞれ、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ  １９０によって決定した。ＩＣ５０を、ＯＤ４９０−ＯＤ６５０の値によって計算した。
【０１０４】
図３および図４に示されるように、ＹＭ１５５は、ヒト急性骨髄性白血病細胞およびヒトバーキットリンパ腫細胞の細胞増殖を阻害する。Ｕ９３７、ＨＬ−６０、およびＲａｍｏｓを、異なる濃度のＹＭ１５５に７２時間曝露した。しかしながら、ＹＭ１５５の増殖阻害効果は、これらの細胞株で異なっており、計算したＩＣ５０は５以下の表Ｅ２に示される。ＭＹＣ遺伝子増幅を伴うＨＬ−６０細胞（参照と比較してＭＹＣ遺伝子コピー数が増加）、およびＭＹＣ遺伝子転座を伴うＲａｍｏｓ細胞は、ＭＹＣ遺伝子増幅または転座を伴わないＵ９３７細胞よりもＹＭ１５５に対して感受性がより高かった。
【表２】
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【０１０５】
神経芽腫細胞培養。神経芽腫細胞株ＩＭＲ−３２、ＮＢ−１、ＫＰ−Ｎ−ＹＮ、ＳＫ−Ｎ−ＢＥ、ＳＫ−Ｎ−ＳＨ、およびＳＨ−ＳＹ５Ｙ細胞を、９６ウェルプレート中で培養し、指示用量（ｎＭ）のＹＭ１５５で処理した。ヒト神経芽腫細胞株ＩＭＲ−３２を、１０％ウシ胎児血清（ＧＥＭＩＮＩ、９００−１０８）を補充したＭＥＭ（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）ＳＨ３００２４．０１）中で培養し、神経芽腫細胞株ＮＢ−１およびＫＰ−Ｎ−ＹＮを、１０％ウシ胎児血清を補充したＲＰＭＩ  １６４０（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）、ＳＨ３０８０９．０１Ｂ）中で培養し、神経芽腫細胞株ＳＫ−Ｎ−ＢＥを、１０％ウシ胎児血清を補充したＦ１２（Ｇｉｂｃｏ、１１７６５−０５４）／ＭＥＭ（１：１）（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）、ＳＨ３００２４．０１）中で培養し、神経芽腫細胞株ＳＨ−ＳＹ５Ｙを、１０％ウシ胎児血清を補充したＭＥＭ／Ｆ１２（１：１）中で培養し、神経芽腫細胞株ＳＫ−Ｎ−ＳＨを、１０％ウシ胎児血清で補充したＭＥＭ中で培養した。培養物を、５％ＣＯ２中、３７℃でインキュベートした。
【０１０６】
ＩＭＲ−３２、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ、およびＳＫ−Ｎ−ＳＨを、Ｃｅｌｌ  Ｂａｎｋ，Ｓｈａｎｇｈａｉ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃｈｉｎｅｓｅ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。ＮＢ−１、ＫＰ−Ｎ−ＹＮ、およびＳＫ−Ｎ−ＢＥ細胞を、ＣｏＢｉｏｅｒ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｎａｎｊｉｎｇ，Ｃｈｉｎａ）から購入した。
【０１０７】
細胞処理および増殖アッセイ。ＩＭＲ−３２、ＳＨ−ＳＹ５Ｙ、ＳＫ−Ｎ−ＳＨ、ＮＢ−１、ＫＰ−Ｎ−ＹＮ、およびＳＫ−Ｎ−ＢＥ細胞を、２００μＬ培養培地中２０００細胞／ウェルで９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ−Ｃｏｓｔａｒ、３６０３）中に２４時間播種した。次いで細胞を、ＹＭ１５５（２００、１００、５０、２５、１２．５、６．２５、３．１２５、１．５６２５、および０．７８１２５ｎＭ；ＡＰＥｘＢＩＯ、Ａ４２２１）またはＤＭＳＯ（０．１％；Ａｍｒｅｓｃｏ、６７−６８−５）で処理した。７２時間のインキュベーション後、細胞を、同じ培養条件下でさらに４時間、５−エチニル−２’−デオキシウリジン（ＥｄＵ、最終濃度１ｕＭ；Ｓｉｇｍａ、９００５８４）で標識した。
【０１０８】
ＥｄＵとインキュベーションした後、細胞をホルムアルデヒド（最終濃度４％、Ｔｈｅｒｍｏ、２８９０８）で室温において３０分間固定した。細胞をＰＢＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ（商標）、ＳＨ３０２５６．０１）で２回洗浄し、次いでＰＢＳ中０．５％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（Ｔ８７８７−２５０ＭＬ）で４℃において一晩透過処理した。上清を廃棄した後、細胞を、室温において１時間、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３３４２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｈ１３９９）でインキュベートし、次いでＰＢＳでさらに２回洗浄した。細胞を、染色混合物（Ｂｅｉｊｉｎｇ  Ｐｅｒｃａｎｓ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．、ＲＵＯ−００４０１＃１５０Ｔ）と室温で３０分間インキュベートし、次いで細胞をＰＢＳで３回洗浄した。細胞をＰＢＳ中に保持し、実験全体を通して光から保護した。
【０１０９】
ハイコンテントイメージング分析。処理した細胞を、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３３４２（Ｅｘ：３８６ｎｍ）およびＥｄＵ（Ｅｘ：５６０ｎｍ）用のフィルタを備えたＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ（商標）ＣＸ５  Ｈｉｇｈ−Ｃｏｎｔｅｎｔ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ（ＨＳＣ）Ｐｌａｔｆｏｒｍ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）で画像取得のためにスキャンした。総細胞数およびＥｄＵ陽性細胞数を、核領域のシグナル強度を測定することによって分析した。
【０１１０】
以下の図７および表Ｅ３に示されるように、ＹＭ１５５は、神経芽腫細胞株の細胞増殖を阻害する。これは、ＮＭＹＣのコピー数の増加を特徴とする、ＩＭＲ−３２、ＮＢ−１、ＫＰ−Ｎ−ＹＮ、およびＳＫ−Ｎ−ＢＥ神経芽腫細胞株の細胞増殖を阻害するのに特に有用である。
【表３】
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【０１１１】
これらのデータは、ＭＹＣ遺伝子増幅（すなわち、参照と比較してＭＹＣ遺伝子コピー数が増加）およびＭＹＣ遺伝子転座を使用して、肺癌、血液細胞癌、神経芽腫、および他の癌を含む癌におけるＹＭ１５５モノブロミド療法に対する応答性を予測することができることを示す。
【０１１２】
実施例２
ＨＣＣ８２７／ＨＣＣ  ４００６異種移植片実験
４〜６週齢の雌マウス（Ｂａｌｂ／Ｃ−ｎｕ）を、ＢＥＩＪＩＮＧ  ＨＦＫ  ＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．から購入した。細胞培養培地の細胞懸濁液（ＨＣＣ８２７（肺上皮腺癌）：マウス当たり５×１０６／０．１ｍＬ；ＨＣＣ４００６：マウス当たり５×１０６／０．１ｍＬ）を、マウスの右脇腹に皮下接種した。腫瘍サイズが約１００ｍｍ３〜１５０ｍｍ３に達したとき、マウスを処置群および対照群に無作為化した。５ｍｇ／ｋｇのＹＭ１５５（Ｂｉｏｃｈｅｍ  ｐａｒｔｎｅｒ、ＢＣＰ０１８６４）またはビヒクル（生理食塩水、Ｓｈｉｊｉａｚｈｕａｎｇ  Ｎｏ．４  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）を、３週間にわたって週５日、１日１回皮下投与した。マウスの体重を週に２回評価し、標準的なキャリパーを使用して腫瘍直径（長径および短径）を測定した。腫瘍体積＝１／２＊長径＊（短径）２。２〜３週間の観察後、マウスを分析のために屠殺した。データが図９Ａ〜９Ｂおよび図１０Ａ〜１０Ｂに示される。
【０１１３】
実施例３
ＲＡＭＯＳ／Ｕ９３７異種移植片実験
４〜６週齢の雌マウス（ＲＡＭＯＳ：ＳＣＩＤ；Ｕ９３７：ＮＯＤ／ＳＣＩＤ）を、ＢＥＩＪＩＮＧ  ＨＦＫ  ＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．から購入した。細胞培養培地の細胞懸濁液（ＲＡＭＯＳ：マウス当たり１×１０７／０．１ｍＬ；Ｕ９３７：マウス当たり２ｘ１０６／０．１ｍＬ＋０．１ｍＬのマトリゲル）を、マウスの右脇腹に皮下接種した。腫瘍サイズが約１００ｍｍ３〜１５０ｍｍ３に達したとき、マウスを処置群および対照群に無作為化した。５ｍｇ／ｋｇのＹＭ１５５（Ｂｉｏｃｈｅｍ  ｐａｒｔｎｅｒ、ＢＣＰ０１８６４）またはビヒクル（生理食塩水、Ｓｈｉｊｉａｚｈｕａｎｇ  Ｎｏ．４  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）を、９日間にわたって１日１回皮下投与した。マウスの体重を週に２回評価し、標準的なキャリパーを使用して腫瘍直径（長径および短径）を測定した。腫瘍体積＝１／２＊長径＊（短径）２。２〜３週間の観察後、マウスを分析のために屠殺した。データが図１１Ａ〜１１Ｂおよび図１２Ａ〜１２Ｂに示される。
【０１１４】
実施例６
ＩＭＲ−３／ＳＨ−ＳＹ５Ｙ異種移植片実験
４〜６週齢の雌マウス（ＩＭＲ−３２：ＮＯＤ／ＳＣＩＤ；ＳＨ−ＳＹ５Ｙ：Ｂａｌｂ／Ｃ−ｎｕ）を、ＢＥＩＪＩＮＧ  ＨＦＫ  ＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥ  Ｃｏ．，Ｌｔｄ．から購入した。細胞培養培地の細胞懸濁液（ＩＭＲ−３２：マウス当たり５ｘ１０６／０．１ｍＬ＋０．１ｍＬのマトリゲル；ＳＨ−ＳＹ５Ｙ：マウス当たり２ｘ１０６／０．１ｍＬ＋０．１ｍＬのマトリゲル）を、マウスの右脇腹に皮下接種した。腫瘍サイズが約１００ｍｍ３〜１５０ｍｍ３に達したとき、マウスを処置群および対照群に無作為化した。５ｍｇ／ｋｇのＹＭ１５５（Ｂｉｏｃｈｅｍ  ｐａｒｔｎｅｒ、ＢＣＰ０１８６４）またはビヒクル（生理食塩水、Ｓｈｉｊｉａｚｈｕａｎｇ  Ｎｏ．４  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ）を、３週間にわたって週５日、１日１回皮下投与した。マウスの体重を週に２回評価し、標準的なキャリパーを使用して腫瘍直径（長径および短径）を測定した。腫瘍体積＝１／２＊長径＊（短径）２。２〜３週間の観察後、マウスを分析のために屠殺した。データが図１３Ａ〜１３Ｂおよび図１４Ａ〜１４Ｂに示される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【国際調査報告】
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