(57)【要約】  本発明は、前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法に関し、以下の：前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択される。これより、術後環境における前記被験体の層別化が改善され、術後の二次治療の決定が改善されうる。
2021519070.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法。
【請求項２】
前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が正の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体７（ＰＤＥ４Ｄ７）であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が負の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体５（ＰＤＥ４Ｄ５）又はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体９（ＰＤＥ４Ｄ９）であるように選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記術後の臨床変数が、（ｉ）前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベル、（ｉｉ）病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、（ｉｉｉ）切除断端（ＳＭ）、（ｉｖ）被膜外進展（ＥＣＥ）、（ｖ）精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及び（ｖｉ）リンパ節浸潤（ＬＮＩ）の、１又はそれ以上を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
さらに、以下の：
−前記被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程を含み、
ここで、前記術後予後リスクスコアは前記発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせることにより決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは分類され、かつ、前記分類に応じて、ポイント数、好ましくは１〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記発現に基づくリスクスコアの値は所定の範囲であり、かつ、前記値に応じて、ポイント数、好ましくは０〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
さらに、以下の：
−前記術後予後リスクスコアに基づいて、術後の二次治療を提案する工程を含み、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法及びそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
さらに、以下の：
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される、
請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記１又はそれ以上の参照遺伝子が、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又はすべてを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記発現に基づくリスクスコアが、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前立腺がん被験体の生物学的試料の遺伝子発現プロファイルから導出されるスコアリング関数を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの決定工程は、前記生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲの実施工程を含み、ここで、Ｃｑ値は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々について決定され、かつ、ここで、前記発現に基づくリスクスコアの決定工程は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記Ｃｑ値を、前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々の前記Ｃｑ値を用いて正規化する工程及び前記正規化されたＣｑ値の線形関数として前記発現に基づくリスクスコアを計算する工程を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
診断キットであって、以下の：
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、前記被験体から得られた生物学的試料の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを測定する少なくとも１つの薬剤；並びに、
場合によっては、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は場合によって、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、
場合によっては、以下の：
−前記１又はそれ以上の参照遺伝子に対して前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルを正規化する工程であって、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて決定され、
場合によっては、ここで、前記術後の臨床変数は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを含む；
を含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キット。
【請求項１３】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法における、請求項１２に記載のキットの使用。
【請求項１４】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化における選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
を含む、使用。
【請求項１５】
コンピュータによってプログラムが実行される場合、コンピュータに以下の方法：
−前立腺がん被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法に関する。さらに、本発明は、診断キット、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における当該キットの使用、前立腺がん患者の術後リスク層別化におけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用、及び対応するコンピュータプログラム製品に関する。
【背景技術】
【０００２】
がんは、一群の細胞が制御不能な増殖、浸潤、及び時として転移を示す疾患の一種である。当該３つのがんの悪性度は、自己限定性で浸潤や転移がない良性腫瘍とは区別される。前立腺がん（ＰＣａ）は、男性で最も高頻度の皮膚以外の悪性腫瘍である。当該疾患は、致命的病型へと進行する可能性が様々で、不均一な疾患として呈示する。欧州における推定年間４１７，０００例の新規症例のうち、約９２，０００例が当該疾患で死亡すると考えられる（非特許文献１）。
【０００３】
一次介入後の二次治療の決定は、術後リスク分類の対象となる（非特許文献２）。従来、治療後のリスク評価の複数のアルゴリズム（抗アンドロゲン療法等）が開発されてきた。当該リスク層別化モデルは、病理学的グリソンスコア又はＴＮＭ悪性腫瘍分類等の治療後の臨床変数に基づく。疾患の再発リスク及びより広範な形態（すなわち、転移性疾患）への進行予測に基づいて、臨床医は、放射線療法（例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ））、ホルモン療法（例えば、抗アンドロゲン療法）、化学療法（例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ）、免疫療法又はそれらの併用）等の多くの補助二次治療を実施することを決定することができる。しかしながら、当該治療にはかなりの副作用が伴うため、当該治療は、疾患の進行及び終局的な前立腺がん関連の死亡を予防するためには、実際に当該積極的治療が必要な患者にのみ実施すべきである。
【０００４】
特許文献１は、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態を診断、モニタリング又は予後判定する方法を開示し、ここで、前立腺がんの状態は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）変異体の発現レベルに基づいて、判定される。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００５】
【特許文献１】国際公開第２０１６／１９３１１０号
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ferlay  J.  et  al.,  GLOBOCAN  2012  v1.0,  Cancer  Incidence  and  Mortality  Worldwide:  IARC  CancerBase  No.  11  [Internet],  Lyon,  France,  International  Agency  for  Research  on  Cancer,  2013
【非特許文献２】Multiple  algorithms  for  post-treatment  risk  assessment  have  been  developed  in  the  past  (see  Lughezani  G.  et  al.,  “Predictive  and  prognostic  models  in  radical  prostatectomy  candidates:  A  critical  analysis  of  the  literature”,  European  Urology,  Vol.  58,  No.  5,  pages  687-700,  2010
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明の目的は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法を提供することであり、これにより、術後の二次治療の決定を改善することができる。本発明のさらなる目的は、診断キット、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における当該キットの使用、前立腺がん患者の術後リスク層別化におけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用、及び対応するコンピュータプログラム製品の提供である。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明の第１態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法が提供される。
【０００９】
ｃＡＭＰシグナル伝達経路は、前立腺がんの発生と進行にともに重要な機能を担うことが知られている（Merkle  D.  and  Hoffmann  R.,  “Roles  of  cAMP  and  cAMP-dependent  protein  kinase  in  the  progression  of  prostate  cancer:  Cross-talk  with  the  androgen  receptor”,  Cellular  Signalling,  Vol.  23,  No.  3,  pages  507-515,  2011参照）。ｃＡＭＰの合成にはアデニル酸シクラーゼファミリーが関与するが、環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ（ＰＤＥ）はその分解の唯一の細胞機構であるようである。ＰＤＥは、シグナル終結と、重要には、細胞の３Ｄマトリクス内のｃＡＭＰシグナル伝達の区画化をともにもたらす。これは、局在化アンカータンパク質／シグナロソームにより隔離された別個のＰＤＥアイソフォームの亜集団を介した空間的に不連続なｃＡＭＰの破壊により達成される（例えば、Conti  M.  and  Beavo  J.,  “Biochemistry  and  physiology  of  cyclic  nucleotide  phosphodiesterases:  essential  components  in  cyclic  nucleotide  signaling”,  Annual  Review  of  Biochemistry,  Vol.  76,  pages  481-511,  2007参照）。このように、異なるＰＤＥアイソフォームの発現及び／又は活性変化は、疾患の発症及び進行中に下流のシグナル伝達経路を変化させる可能性があり、新たなバイオマーカー及び標的治療介入の標的となる可能性がある。実際、ｃＡＭＰ分解ＰＤＥ４ファミリーメンバーの発現の変化は、脳卒中、肢端骨症、統合失調症、及びＣＯＰＤを含む多くの他の疾患と関連するようである。最近、特定のＰＤＥ４アイソフォーム（ＰＤＥ４Ｄ７）のダウンレギュレーションは、前立腺がんに影響を及ぼす可能性があることが示された（例えば、Boettcher  R.  et  al.,  “Human  phosphodiesterase  4D7  (PDE4D7)  expression  is  increased  in  TMPRSS2-ERG  positive  primary  prostate  cancer  and  independently  adds  to  a  reduced  risk  of  post-surgical  disease  progression”,  Britisch  Journal  of  Cancer,  Vol.  113,  No.  10,  pages  1502-1511,  2015参照）。ＰＤＥ４Ｄ７アイソフォームは、ＵＣＲ１及びＵＣＲ２調節ドメインをともに含むため、いわゆる長型アイソフォーム（long  isoform）である。ＵＣＲ１は短型ではなく、長型ＰＤＥ４アイソフォームに存在するが、ＰＫＡやＭＫ２を含む様々なプロテインキナーゼによる調節を可能にし、またＥＲＫによる触媒ユニットのリン酸化の機能的効果を決定する。機能的には、ｃＡＭＰに対する細胞脱感作システムの部分を提供し、例えば、シグナル伝達経路間のクロストークにより、ＥＲＫ及びＡＭＰＫを活性化させる。
【００１０】
ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、前立腺がん患者の発現に基づくリスクスコアを決定すると、疾患の生物学を表す追加の分子情報が得られる。ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能は、術後の患者のリスク評価で利用されるが、これは、被験体の術後の臨床変数及び、発現に基づくリスクスコアに基づいた術後予後リスクスコアを決定することで行われる。これにより、術後の状況における被験体の層別化が改善され、二次治療の決定がより改善されうる。例えば、術後予後リスクスコアにより、特定の前立腺がん患者の亜集団に対して、術後の特定の二次治療を選択するか否かの推奨を改善しうる。さらに、本発明者は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に、前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを見出した。このように、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて術後予後リスクスコアに利用されるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体を選択すると、術後予後リスクスコアの信頼性及び表現性を改善することができる。この点に関し、我々は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の「選択」が、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存する術後予後リスクスコアにおけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の利用に関することに留意する。ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体として選択され、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体として選択される。利用されるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルは、生物学的試料中のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を知らなくても、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の多数の遺伝子発現プロファイルの１つとして、被験体から得られた生物学的試料中で決定することができる。
【００１１】
用語「生物学的試料」又は「被験体から得られた試料」は、被験体、例えば前立腺がん患者から当業者に公知の適当な方法を介して得られたいかなる生物学的物質をも意味する。用いられる生物学的試料は、例えば、核酸（特にＲＮＡ）又はタンパク質が保存される方法で、臨床的に許容される方法で収集され得る。
【００１２】
生物学的試料は、体組織及び／又は血液、汗、及び尿等の流体を含んでよいが、これらに限定されない。さらに、生物学的試料は、がん性上皮細胞又はがん性であることが疑われる組織に由来する上皮細胞等の上皮細胞に由来する細胞抽出物、又はそれらを含む細胞集団を含み得る。生物学的試料は、腺組織由来の細胞集団を含んでもよく、例えば、試料は、男性被験体の前立腺に由来してよい。さらに、必要に応じて、得られた体組織及び体液から細胞を精製してから、生物学的試料として用いてよい。実施形態では、試料は、組織試料、尿試料、尿沈渣試料、血液試料、唾液試料、精液試料、循環腫瘍細胞を含む試料、細胞外小胞、前立腺分泌エキソソームを含む試料、又は細胞株若しくはがん細胞株であり得る。
【００１３】
１の特定の実施態様では、生検又は切除試料が得られ、及び／又は用いられうる。当該試料は、細胞又は細胞溶解物を含み得る。
【００１４】
また、生物学的試料の内容物が濃縮工程に供されることも考えられる。例えば、試料は、特定の細胞型、例えば、前立腺細胞の細胞膜又は細胞小器官に特異的なリガンド、例えば、磁性粒子で機能化されたリガンドと接触され得る。その後、磁性粒子によって濃縮された材料を、上記又は以下に記載されるように、検出及び分析工程に用いてよい。
【００１５】
さらに、細胞、例えば、腫瘍細胞は、流体又は液体試料、例えば、血液、尿等の濾過プロセスを介して濃縮され得る。当該濾過プロセスはまた、上記のように、リガンド特異的相互作用に基づく濃縮工程と組み合わせることができる。
【００１６】
用語「前立腺がん」は、男性生殖器系の前立腺のがんをいい、前立腺細胞が突然変異を起こして制御不能な増殖を始めることで発生する。通常、前立腺がんは、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）のレベルの上昇と関連する。本発明の一実施形態では、用語「前立腺がん」は、ＰＳＡ値が４．０を超えるがんに関連する。他の実施形態では、用語「前立腺がん」は、ＰＳＡ値が２．０を超えるがんに関連する。用語「ＰＳＡ値（レベル）」は、血液中のＰＳＡ濃度をｎｇ／ｍｌで示す。
【００１７】
用語「非進行性前立腺がん状態」は、個体の試料が「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータ値を示さないことをいう。
【００１８】
用語「進行性前立腺がん状態」は、個体の試料が「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータ値を示すことをいう。
【００１９】
用語「生化学的再発」は、一般に、試料中の前立腺がん細胞の存在を示すＰＳＡの増加が再発した生物学的値をいう。しかしながら、当該存在の検出に用いうる、又は当該存在の疑義を生じさせる他のマーカーを用いてよい。
【００２０】
用語「臨床的再発」とは、例えば、インビボイメージングを用いて測定される腫瘍細胞の存在を示す臨床的徴候の存在をいう。
【００２１】
本明細書中で用いられる用語「前立腺がんを予測する」とは、例えば、所定期間中、治療中又は治療後の、診断された又は検出された前立腺がんの経過又は転帰の予測をいう。当該用語はまた、生存又は疾患の回復の可能性の決定、並びに被験体の期待生存時間の予測をいう。予後としては、具体的には、６ヵ月、１年、２年、３年、５年、１０年、又はその他の期間等、将来に至る期間に被験体が生存する可能性を確立することを含み得る。
【００２２】
ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体７（ＰＤＥ４Ｄ７）であるように選択され、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体５（ＰＤＥ４Ｄ５）又はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体９（ＰＤＥ４Ｄ９）であるように選択されることが好ましい。
【００２３】
上記のように、本発明者は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に、前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを見出した。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陽性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ７は良好な予測能をもたらすことが示されたが、これはＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合が陰性の前立腺がんには該当しなかった。対照的に、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９はともに適当な予測能があることが明らかにされたが、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の前立腺がんでは、これと同様の拡大は認められなかった。
【００２４】
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体７、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ７遺伝子をいい、例えば、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１６５８９９．１で特定される配列、具体的には、配列番号６に記載されるヌクレオチド配列であって、ＰＤＥ４Ｄ７転写産物の上記ＮＣＢＩ参照配列の配列に対応し、かつ、例えば、配列番号７に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１５９３７１．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」はまた、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号８）及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号９）のプライマー対で生成させることができ、配列番号１０のプローブで検出することができるアンプリコンに関する。
【００２５】
ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドはまた、ＰＤＥ４Ｄ７−２＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号１１）及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号１２）のプライマー対で検出することができ、配列番号１３のプローブで検出することができる。
【００２６】
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体５、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ５遺伝子をいい、例えば、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２１８．１で特定される配列、具体的には、ＰＤＥ４Ｄ５転写産物の上記のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する配列番号１に記載されるヌクレオチド配列、かつ、また、配列番号２に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ５ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１８４１４７．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」はまた、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号３）及びＰＤＥ４Ｄ５＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号４）のプライマー対により生成することができ、プローブ配列番号５により検出することができるアンプリコンに関する。
【００２７】
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体９、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ９遺伝子、例えば、ＮＣＢＩ参照配列：  ＮＭ＿００１１９７２２０．１で特定される配列、具体的には、ＰＤＥ４Ｄ９転写産物の上記のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する配列番号１４に記載されるヌクレオチド配列、かつ、また、配列番号１５に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ９ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１８４１４９．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」はまた、ＰＤＥ４Ｄ９＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号１６）及びＰＤＥ４Ｄ９＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号１７）のプライマー対により生成することができ、かつ配列番号１８のプローブにより検出することができるアンプリコンに関する。
【００２８】
用語「ＰＤＥ４Ｄ５」、「ＰＤＥ４Ｄ７」及び「ＰＤＥ４Ｄ９」はまた、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９に対して各々高度の相同性を示すヌクレオチド配列を含み、例えば、核酸配列が各々、配列番号１、６又は１４に示される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％同一であるか、又はアミノ酸配列が各々、配列番号２、７又は１５に示される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９５％、９２％、９３％、９４％、９５％、９７％、９８％若しくは９９％同一であるか、又はアミノ酸配列をコードする核酸配列が配列番号２、７又は１５に示す配列と各々、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、６％、９７％、９８％又は９９％と同一であるか、又は核酸配列によりコードされるアミノ酸配列が、配列番号１、６又は１４に示す配列と各々少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
【００２９】
術後の臨床変数は、（ｉ）前立腺特異抗原（ＰＳＡ）値、（ｉｉ）病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、（ｉｉｉ）切除断端（ＳＭ）、（ｉｖ）被膜外進展（ＥＣＥ）、（ｖ）精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及び（ｖｉ）リンパ節浸潤（ＬＮＩ）の１又はそれ以上を含むことが望ましい。
【００３０】
上記のように、治療後のリスク評価の複数のアルゴリズムが過去に開発された（Lughezani  G.  et  al.,  “Predictive  and  prognostic  models  in  radical  prostatectomy  candidates:  A  critical  analysis  of  the  literature”,  European  Urology,  Vol.  58,  No.  5,  pages  687-700,  2010を参照）。術後の意思決定支援のための最も広範に検証された臨床リスクアルゴリズムの１つは、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアである（Cooperberg  M.R.  et  al.,  “The  CAPRA-S  score:  A  straightforward  tool  for  improved  prediction  of  outcomes  after  radical  prostatectomy”,  Cancer,  Vol.  117,  No.  22,  pages  5039-5046,  2011を参照）。スコアは、臨床的に利用可能な情報、すなわち、術前ＰＳＡ、病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、切除断端（ＳＭ）、被膜外進展（ＥＣＥ）、精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及びリンパ節浸潤（ＬＮＩ）の組み合わせである。２０１１年に初めて発表されたこのスコアは、その後のいくつかの研究で検証されている（例えば、Punnen  S.  et  al.,  “Multi-institutional  validation  of  the  CAPRA-S  score  to  predict  disease  recurrence  and  mortality  after  radical  prostatectomy”,  European  Urology,  Vol.  65,  No.  6,  pages  1171-1177,  2014参照）。発現に基づくリスクスコアによって提供される分子情報と、このように広範に妥当性が確認された術後の臨床変数由来の情報とを組み合わせると、予測能が改善された術後予後リスクスコアが得られる可能性がある。
【００３１】
本方法はまた、さらに以下の：
−被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程、
を含むのが好ましく、
ここで、術後予後リスクスコアは、発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせて、決定される。
【００３２】
上記のように、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、前立腺がんにおける術後の意思決定支援のための最も広範に検証された臨床リスクアルゴリズムのひとつである。分類スコアは１〜１２で、低リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア０〜２）、中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア３〜５）、高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア６〜１２）の３つの分類がある。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、現在、前立腺がんの予後予測アルゴリズムとしての妥当性が確認されており、解釈が容易な単一スコアの出力を考慮すると、発現に基づくリスクスコアと組み合わせて、臨床現場で容易に判定可能であり、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓアルゴリズム単独の使用と比較して術後予後のさらなる改善を可能にする術後予後リスクスコアとすることが有利である。
【００３３】
さらに好ましくは、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは分類され、分類に応じて、好ましくは１〜３の範囲のポイントが、術後予後リスクスコアに加算される。
【００３４】
ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアの分類に応じて、術後予後リスクスコアの多くのポイントを加えることにより、例えば、それぞれの分類（高リスク）は、分かりやすく、直感的に分類を反映する術後予後リスクスコアに寄与する。特に、ポイント数が１〜３の範囲であれば、高い値は高いリスクに対応し、低い値は低いリスクに対応する（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアで示される）。
【００３５】
発現に基づくリスクスコアは、所定範囲の値であり、この値に応じて、術後予後リスクスコアに、好ましくは０〜３の範囲のポイント数が加算されるのがさらに好ましい。
【００３６】
これは、発現に基づくリスクスコアが、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと実質的に同じ方法で、術後予後リスクスコアの決定で扱われるという利点がある。特に、ポイント数が０〜３の範囲である場合、発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、発現に基づくリスクスコアに対して実質的に同じ影響を有し、その結果、２つのスコアによって提供される予後情報のバランスが良好となる。
【００３７】
好ましい一例では、発現に基づくリスクスコアは、１〜５の範囲の値であり、値が１〜２未満の範囲である場合には、３ポイントが術後予後リスクスコアに加算されるが、値が２〜３未満の範囲である場合には、２ポイントが加算され、値が３〜４未満の範囲である場合には、１ポイントが加算され、値が４〜５未満の範囲である場合には、ポイントは加算されない。
【００３８】
本方法は、さらに以下の：
−術後予後リスクスコアに基づいた術後の二次治療を提案する工程を含むことが好ましく、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法、又はそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される。
【００３９】
放射線療法は、例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ）であってよく、ホルモン療法は、例えば、抗アンドロゲン療法であってよく、化学療法は、例えば、ドセタキセル又はカバジタキセルに基づいてよい。
【００４０】
本方法は、さらに好ましくは、以下の：
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される。
【００４１】
１又はそれ以上の参照遺伝子に対して遺伝子発現プロファイルを正規化することによって、及び発現に基づくリスクスコアを、前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定することで、発現に基づくリスクスコアの決定における変動性を低減することができる。これより、遺伝子発現プロファイルの実際の変動と測定プロセスによる変動を区別することができる。この点において、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰは、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイルを正規化する参照遺伝子として特に適することが見出されている。
【００４２】
遺伝子発現プロファイルは、１又はそれ以上のプライマー及び／又はプローブ及び／又はそれらの１又はそれ以上のセットを用いてｍＲＮＡ発現を検出することで決定することができる。さらに、遺伝子発現プロファイルは、増幅ベースの方法及び／又はマイクロアレイ分析及び／又はＲＮＡ配列決定によって決定することができる。遺伝子発現プロファイルの決定には、生物試料から抽出したＲＮＡに対してリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ｑＰＣＲ）を行うことが含まれる。他の態様では、遺伝子発現プロファイルは、ＲＮＡ配列決定、従来のＰＣＲ（例えば、ゲル電気泳動によるエンドポイント分析を使用）、又はｍｕｌｔｉｐｌｅｘ−ＰＣＲによって決定される。ＲＴ−ｑＰＣＲの場合、遺伝子発現プロファイルの決定は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び１又はそれ以上の参照遺伝子の各々についての閾値サイクル値を決定することを含むことができる。ＰＣＲは、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰから選択される参照遺伝子を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを用いて行うことができる。
【００４３】
１又はそれ以上の参照遺伝子は、少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰを含むことが好ましい。特に好ましい実施態様では、１又はそれ以上の参照遺伝子は、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの全てを含む。
【００４４】
ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイルを正規化するために追加的又は代替的に使用され得る他の参照遺伝子としては、ホモサピエンスアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）；ホモサピエンス６０Ｓ酸性リボソームホスホプロテインＰ０ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）；ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）；ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）；及びアミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）があげられる。
【００４５】
さらに、発現に基づくリスクスコアは、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、スコアリング関数を用いて決定されることが好ましく、スコアリング関数は、前立腺がん患者の生物学的試料の遺伝子発現プロファイルから導出される。
【００４６】
本明細書では、スコアリング関数が、正規化された遺伝子発現プロファイル、例えば、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの全てに関して正規化された遺伝子発現プロファイルに基づくこと、及びスコアリング関数が、前立腺がん患者の生物学的試料についての対応する正規化された遺伝子発現プロファイルから導かれることが特に好ましい。一つの好ましい実施形態では、スコアリング関数は、正規化された遺伝子発現プロファイルを、上記の１〜５の範囲のような所定範囲の値に変換する線形変換である。当該形質転換は、前立腺がん患者の集団の生物学的試料についてホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体についての正規化された遺伝子発現プロファイル値の頻度分布を考慮して、及び頻度分布を所望の範囲に形質転換する形質転換を決定して、決定することができる。当該スコアリング関数を用いると、発現に基づくリスクスコアは、小さな正の値の範囲のように、ユーザにとって直感的な方法で表現することができる。これは、例えば組織病理学的悪性度分類（グリソン）又はマルチパラメトリックＭＲＩ放射線スコアリング（ＰＩＲＡＤＳ）など、臨床ルーチンで用いられる他の分類と類似する。
【００４７】
ある特定の実施態様では、発現に基づくリスクスコアは以下の：
ＥＢＲＳ  ＝  （（（ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ  ＋  Ａ）＊Ｂ）＋１），  （１）
ように決定される。ここで、「ＥＢＲＳ」は発現に基づくリスクスコア、「ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ」は正規化されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイル値、Ａ及びＢは変数である。
【００４８】
一例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ７であるように選択される場合、Ａは約６〜８、例えば６．７１６７４９９９９９９９９９であり得、Ｂは０．４〜０．４５、例えば０．４２０７８０２１７４７１３であり得、発現に基づくリスクスコアは１〜５の範囲の値であり得る（上記のように）。他の例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ５であるように選択される場合、Ａは約４〜６、例えば４．５９８２８００００００００００１であり得、Ｂは０．５〜０．６、例えば０．５５６５１７８７７０１７８９であり得る。さらにもう１つの例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ９であるように選択される場合、Ａは約３〜５、例えば３．９０９２９９９９９９９９９９であり得、Ｂは０．５〜０．６、例えば０．５４８７７０２４０１８９８７５であり得る。
【００４９】
発現に基づくリスクスコアは、発現に基づくリスクスコアの価値に基づいて、少なくとも２つのリスクグループの１つに分類又は分類することもできる。例えば、２つのリスク群、３つのリスク群、４つのリスク群、又は４つ以上の所定のリスク群がある。各リスク群は、（重複しない）発現に基づくリスクスコアの各範囲をカバーする。例えば、リスク群は、１から＜２までの表現に基づくすべてのリスクスコア、２から＜３までの他のリスク群、３から＜４までの他のリスク群、及び４から＜５までの他のリスク群を含み得る。
【００５０】
前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの決定工程は、前記生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲの実施工程を含み、ここで、Ｃｑ値は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々について決定され、かつ、ここで、前記発現に基づくリスクスコアの決定工程は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記Ｃｑ値を、前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々の前記Ｃｑ値を用いて正規化する工程及び前記正規化されたＣｑ値の線形関数として前記発現に基づくリスクスコアを計算する工程を含むことが特に好ましい。         例えば、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化されたＣｑ値は、以下の：
Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）＝Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）−（ＣｑＰＤＥ４Ｄ），（２）
（式中、Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイル値（サイクル、Ｃｑ）、Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）は、前記１又はそれ以上の参照遺伝子の前記ＰＣＲ  Ｃｑ値の計算平均値であり、ＣｑＰＤＥ４Ｄｉｓは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記ＰＣＲ  Ｃｑ値である）を適用して生成され得る。
【００５１】
本発明のさらなる態様では、以下の：
前立腺がん患者から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、前記被験体から得られた生物学的試料の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを測定する少なくとも１つの薬剤；並びに、
場合によっては、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は場合によって、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、
場合によっては、以下の：
−前記１又はそれ以上の参照遺伝子に対して前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルを正規化する工程であって、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて決定され、
場合によっては、ここで、前記術後の臨床変数は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを含む；
を含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
【００５２】
本発明のさらなる態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における、請求項１３に記載のキットの使用が提供される。
【００５３】
本発明の他の態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化における選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、を含む、使用が提供される。
【００５４】
本発明のさらなる態様では、コンピュータによってプログラムが実行される場合、コンピュータに以下の方法：
−前立腺がん患者から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム製品が提供される。
【００５５】
請求項１に記載の方法、請求項１２に記載の診断キット、請求項１３に記載の診断キット、請求項１４に記載の遺伝子発現プロファイル、及び請求項１５に記載のコンピュータプログラムには、特に、従属請求項で特定されるように、類似及び／又は同一の好ましい実施形態があることを理解されたい。
【００５６】
また、本発明の好ましい実施形態は、従属請求項の任意の組み合わせであってもよく、又は、上記の実施形態と、各独立クレームとの組み合わせであってもよいことを理解されたい。
【００５７】
本発明のこれら及び他の態様は、以下に記載する実施形態から明らかになり、説明される。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】前立腺がん患者の術後リスク層別化方法の実施形態の概略的かつ例示的なフローチャートである。
【図２】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２５８患者；４３．８％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図３】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８１患者；３８．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図４】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６１患者；４４．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図５】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２患者；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図６】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６１患者；４３．９％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図７】ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２患者；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図８】ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を、完全な５年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝４８２患者；治療後５年以内のＢＣＲ事象）を伴うＲＰコホートにおける術後の５年生化学的再発（ＢＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類と比較したグラフである。
【図９】は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づいた術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。これは、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３３７患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象１８．１％）を伴うＲＰにおける術後の１０年臨床（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類と比較したものである。
【図１０】完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３０４患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率８．２％）のＲＰコホートにおける術後の前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。
【図１１】ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。これは、ＲＰサブコホートにおける１０年間の完全な追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝２３１患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象；２６．４％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年間の臨床的（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類である。
【図１２】完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝１９８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率１２．６％）のＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。
【図１３】完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＲＴ＝サルベージ放射線治療；ｎ＝９３患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率２３．７％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。
【図１４】完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＡＤＴ＝サルベージアンドロゲン遮断療法；ｎ＝６８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡事象３０．９％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示すグラフである。
【図１５】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図１６】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％の事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図１７】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発予測用ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図１８】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発予測用ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図１９】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％事象）の前立腺がん特異的死亡予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図２０】前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％の事象）の前立腺がん特異的死亡予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図２１】サルベージ放射線治療後の前立腺がん手術コホート（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）の前立腺がん特異的死亡予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図２２】サルベージ放射線治療（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存的組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図２３】サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％事象）後の前立腺がん特異的死亡予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【図２４】サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性に基づくＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合状態に基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００５９】
〔術後のリスク層別化の概要〕
図１は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法の実施形態のフローチャートを概略的及び例示的に示す。
当該方法は工程Ｓ１００で開始する。
工程Ｓ１０２では、前立腺がんと診断された第１セットの患者（被験体）各々から生物学的試料が得られる。好ましくは、前立腺がんのモニタリングは、当該前立腺がん患者について、生物学的試料を得た後、少なくとも１年、少なくとも２年、又は約５年といった期間にわたり実施される。
【００６０】
工程Ｓ１０４では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイルは、例えば、各生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲ（リアルタイム定量ＰＣＲ）を実施することによって、前記第１セットの患者から得られた前記生物学的試料各々について個別に得られる。例示的な遺伝子発現プロファイルは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の発現レベル（例えば、値）を個別に含み、これは、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及び／又はＴＢＰ等の参照遺伝子セット各々の値を用いて正規化することができる。一の実施態様では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイル値は個別に、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰからなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子、例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は好ましくは、全ての当該参照遺伝子に関して正規化される。さらに、工程１０４では、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が、例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲを実施することによって当該第１セットの患者から得られた生物学的試料の各々について得られる。
【００６１】
工程Ｓ１０６では、発現に基づくリスクスコアを割り当てるスコアリング関数が、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９について個別に、当該第１セットの患者について得られた当該生物学的試料の少なくとも部分について得られた遺伝子発現プロファイル及びモニタリングから得られた個々の結果に基づいて、決定される。特に、ＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である生物学的試料から得られた遺伝子発現プロファイルのみを用いてスコアリング関数を決定する。対照的に、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９個別の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である生物学的試料から得られた遺伝子発現プロファイルのみを用いてスコアリング関数を決定する。一つの好ましい実施態様では、スコアリング関数は、正規化された遺伝子発現プロファイルを、上記の１〜５の範囲等の所定の範囲の値に変換する線形変換である。上記のように、当該形質転換は、前立腺がん患者の集団の生物学的試料（ここでは、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陽性サブセット及びＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、第１セットの患者の陰性サブセットである）について、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９について個別に正規化された遺伝子発現プロファイル値の頻度分布を考慮することにより、及び頻度分布を所望の範囲に変換する形質転換を決定することにより、決定することができる。１つの特定の実施態様では、当該発現に基づくリスクスコアは、上記の式（１）で特定されるように決定される。
【００６２】
工程Ｓ１０８では、生物学的試料は患者（被験体又は個人）から得られる。当該患者は、新規患者でも、第１セットのうちの一人であってもよい。
【００６３】
工程Ｓ１１０では、例えば、生物学的試料についてＰＣＲを行うことにより、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９は個別の遺伝子発現プロファイルが得られる。一つの実施態様では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイル値は個別に、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰからなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子、例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は好ましくは、すべての参照遺伝子に関して正規化される。これは、工程Ｓ１０４と実質的に同一である。さらに、工程Ｓ１０４のように、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲを行うことで、患者から得られた生物学的試料について得られる。
【００６４】
段階Ｓ１０４及びＳ１１０では、追加的又は代替的に用いられうる他の参照遺伝子として、ホモサピエンスアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）；ホモサピエンス６０Ｓ酸性リボソームホスホプロテインＰ０  ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）；ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）；ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）；及びアミノレブリン酸デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）が挙げられる。
【００６５】
工程Ｓ１１２では、発現に基づくリスクスコアが患者について決定される。当該患者から得られた生物学的試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、ＰＤＥ４Ｄ７の導出スコアリング関数を用いて、ＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子発現プロファイルに基づいて、発現に基づくリスクスコアが決定される。対照的に、当該患者から得られた生物学的試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、ＰＤＥ４Ｄ５又はＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＰＤＥ４Ｄ５又はＰＤＥ４Ｄ９の導出スコアリング関数を用いて、発現に基づくリスクスコアが決定される。
【００６６】
工程Ｓ１１４では、前記発現に基づくリスクスコア及び前記患者の術後の臨床変数に基づいて、前記患者の術後予後リスクスコアが決定される。これについては、後述する。
【００６７】
Ｓ１１６では、術後予後リスクスコアに基づいて、例えば、当該患者又はその保護者、医師、又は他の医療従事者に治療の推奨が提供される。このため、術後予後リスクスコアは、術後予後リスクスコアの価値に基づいて、所定のリスクグループのセットの１つに分類される。治療の推奨には、ａ）割り当てられたリスク群に基づいて、異なる治療法と関連する少なくとも２つのリスク群を用いる、当該患者に対する治療法の提案、ｂ）前立腺術後患者の術後疾患再発又は進行リスク予測の計算、ｃ）前立腺術後患者に対する治療反応予測の計算、のうちの１又はそれ以上が含まれる。例示的な治療法としては、少なくとも放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法、又はそれらのいかなる組み合わせが挙げられる。
当該方法は、Ｓ１１８で終了する。
【００６８】
各リスク群は、個別の治療案に関連する可能性があり、その積極性は異なる。提案される各治療法は、当該リスク群に割り当てられた第１セットの患者の結果に基づいてよく、前立腺がん発生の臨床リスク閾値を超えない最も非積極的治療法を提供すると予測される治療法である。いくつかの症例では、これにより、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア等の他のリスクプロファイリング法よりも積極的でない治療法が提案されたリスク群への新規患者の割り当てが可能となる。
【００６９】
１つの実施形態では、工程Ｓ１０４及びＳ１１０における遺伝子発現プロファイルは、１又はそれ以上のプライマー及び／又はプローブ及び／又はそれらの１又はそれ以上のセットを用いてｍＲＮＡ発現を検出することによって決定される。
【００７０】
ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ９、及びそれらの転写産物ＩＤ（ＮＣＢＩ  ＲｅｆＳｅｑ）及びプライマー対及びプローブに対する対応するアミノ酸配列を含む１又はそれ以上の参照遺伝子の詳細な説明を表１に示す。当該表はまた、各遺伝子について、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、並びにアンプリコンに特異的に結合するプローブ配列を示す。表１はまた、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧに関して対応する情報を含む。
【００７１】
【表１】
2021519070.tif 000003
【００７２】
【表２】
2021519070.tif 000004
ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の個別の予測能が、術後患者のリスク評価における前立腺がんの分子サブタイプに依存していることを試験するため、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア等の術後リスク変数及びアルゴリズムとの関連において、疾患の再発及び進行との相関を調査した。当該発現に基づくリスクスコアと術後変数の組み合わせモデルを手術コホートで開発した。結果は、ＴＭＰＲＳＳ２‐ＥＲＧ融合状態に依存して術後予後リスクスコアに利用されるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体を選択することで、術後予後リスクスコアの信頼性と表現性を改善されることが示された。
【実施例】
【００７３】
〔患者コホート及び試料〕
表２に示す人口統計学的特性を備える根治的前立腺摘除術（ＲＰ）患者コホートを用いた。２０００〜２００４年にドイツの単一の大規模臨床センターで連続して手術を受けた患者６５６例から、切除された前立腺の代表的な腫瘍領域由来の組織の小さな生検パンチ（約１ｍｍ×２ｍｍ）を採取した。６５６名の被験体コホートのうち、６００名を、核酸抽出後の試料中のＲＮＡの質及び濃度に基づいて、ＲＮＡ次世代配列決定に選択した。ＲＮＡｓｅｑデータを品質管理した後、５７５例の被験体コホート試料が統計分析に適することが判明した。
【００７４】
【表３】
2021519070.tif 000005
【００７５】
【表４】
2021519070.tif 000006
患者の年齢、術前ＰＳＡ値、生検における腫瘍の割合、前立腺容積、ＰＳＡ濃度については、コホートの最小値と最大値を示し、中央値はカッコ内に示される。ＣＡＰＲＡ−Ｓのリスク分類は、患者数及びリスク群毎の比率を示す。術後の病理学的検査の場合、病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）及びグリソングレード群、病理学的病期、前立腺摘除術後の外科的切除断端の状態、及び精嚢及び骨盤リンパ節への腫瘍浸潤の状態（患者数及び割合による）が示される。この点に関し、被膜外への進展は、主要パラメータとして提供されたものではなく、病理学的病期ｐＴ３ａに由来することに留意されたい。追跡調査では、全患者について、術後数カ月の平均及び中央値の追跡調査期間を示した。転帰分類は、累積５年及び１０年生化学的再発（ＢＣＲ）及び転移（ＣＲ）に対する臨床的再発を示す。治療分類には、術後にサルベージ放射線治療（ＳＲＴ）又はサルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ）の開始後５年及び１０年の累積値が記載される。死亡率は、前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）及び全生存率（ＯＳ）として示される。すべての転帰は、５年後又は１０年後に個別に転帰を経験した男性の数を、男性の総数に対する割合で示す。ここでは、事象の割合を括弧内に示す。
【００７６】
〔試験方法〕
ＲＴ−ｑＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）用のオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブ、ＲＮＡ抽出、並びに統計分析から試料の取捨選択を行う品質管理及び手順を含む、用いた試験方法はすべて、Boettcher  R.らにより既に記載されるとおりであった。所定の被験体の遺伝子及び参照遺伝子の測定のためのＲＴ−ｑＰＣＲで用いられるプライマー及びプローブも、表１に示される。
【００７７】
〔結果〕
〔発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づく術後予後リスクスコア〕
図２は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２５８患者；４３．８％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ７スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＝０．１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ７スコアクラスのＢＣＲ無増悪生存期間に有意差がないことを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類クラスについてリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ７クラス分類毎に、以下の、スコア（１〜２）：１１、７、７、６、５、５、４、１、０、０；スコア（２〜３）：１１０、７８、６４、５４、４９、３５、２５、１１、３、０；スコア（３〜４）：１３０、１０１、８３、７６、７１、６２、５３、２５、４、０；スコア（４〜５）：７、６、４、２、２、０、０、０、０、０を示す。
【００７８】
図３は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８１患者；３８．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ７スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ７スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ７リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ７クラス分類毎：スコア（１〜２）：２、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：３７、２５、１５、１２、１０、７、７、１、０、１３０、１２０、１０８、９２、７３、３６、６、０；スコア（４〜５）：５５、４６、４４、４０、３６、３１、２８、１７、４、０に示される。
【００７９】
図４は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６１被験体；４４．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ５スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ５スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ５リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ５スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ５クラス分類ごとに、スコア（１〜２）：９、３、３、２、１、１、１、０、０、０、０；スコア（２〜３）：５１、２９、２３、１９、１７、１４、１１、３、０、０；スコア（３〜４）：１６７、１３１、１０８、９４、８９、７３、６１、２９、６、０；スコア（４〜５）：３４、３１、２６、２５、２１、１５、１０、５、１、０と示される。
【００８０】
図５は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２被験体；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ５スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．３９とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ５スコアクラスのＢＣＲ無増悪生存期間に有意差がないことを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ５スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ５分類ごとに：スコア（１〜２）：５、４、２、２、２、２、１、１、０、０、９２、７１、５６、５２、４６、３８、３３、３、１７、３、０、スコア（２〜３）：１７１、１４１、１２１、１０８、９６、８０、６６、３１、６、０、スコア（４〜５）：１４、１３、１０、１０、１０、８、５、１、０と示される。
【００８１】
図６は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６２被験体；４３．９％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ９スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。このことは、４つのＰＤＥ４Ｄ９スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ９リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ９クラス分類毎に、スコア（１〜２）：６、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：５９、３７、３３、３１、２９、２４、１９、９、１、０；スコア（３〜４）：１９４、１４５、１１７、１０１、９１、７３、６２、２６、６、０；スコア（４〜５）：１３、１２、１０、８、８、６、２、２、０、０、と示される。
【００８２】
図７は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２被験体；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ９スコアを以下の４群に分類した：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０１とした。このことは、４つのＰＤＥ４Ｄ９スコアクラスではＢＣＲ無増悪生存期間に有意差が限定されることを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ９スコア分類のリスクのある被験体の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月の任意の時点でリスクのある被験体はＰＤＥ４Ｄ９クラス分類毎に示されている。スコア（１〜２）：３、１、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：１１９、８８、７０、６３、５６、４４、３７、２１、２、０；スコア（３〜４）：１５１、１３１、１１１、１０２、９１、８０、６６、２９、８、０；スコア（４〜５）：９、９、８、７、７、６、５、４、０、０と示される。
【００８３】
図２〜７に示したカプランメイヤー曲線分析は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを明確に示す。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陽性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ７が予後良好な検出能を提供する（図３）が、これはＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陰性前立腺がんには該当しない（図２）ことが明確に示された。対照的に、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９はともに適当な予測能を備えることが明確にされた（図４及び６）ものの、その一方で、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性の前立腺がんでは、これと同じような進展は認められなかった（図５及び７）。
【００８４】
これらの知見に基づいて、表３に示すように、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９スコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性の組み合わせを開発して、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＿ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の総予後スコア（以下、「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」又は「総スコア」と簡略化する場合がある）を作成した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア（Cooperberg,M.R.ら、表３の第１欄参照）は３つのリスク群（低リスク、中程度のリスク、高リスク；表３第２欄）に分類される。各リスク群は、ポイント数の増加に関連する（低リスク＝１ポイント、中程度のリスク＝２ポイント、高リスク＝３ポイント）。ＰＤＥ４Ｄ７スコアは４群に分類される（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類１＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア１〜＜２；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類２＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア２〜＜３；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類３＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア３〜＜４；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類４＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア４〜５）。各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類は、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類と進行リスクとの逆相関（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類１：３ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類２：２ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類３：１ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類４：０ポイント；表３第３欄）のため、ポイント数の減少と関連する。組み合わせスコアＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７（表３第４欄）は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合事象が陽性であった試料について作成され、表３第２欄（ＣＡＰＲＡ−Ｓ分類）及び第３欄（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類）に与えられたポイントの合計である。このスコアは、ＰＤＥ４Ｄ９に基づいて計算されること以外は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合事象が陰性である試料（表３の第５列及び第６列）についてＰＤＥ４Ｄ７と同等の工程を行い、ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ９の組み合わせスコアを作成する。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合が陽性であるか陰性であるかを問わず、ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７スコアとＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ９スコアを１つのスコアに加算することによってすべての試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＿Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆ＰＤＥ４Ｄ９スコアの合計が構築される。当該スコアでは、すべての試料が１〜６のスコアと関連する（表３第７欄）。
【００８５】
【表５】
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図８は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を、完全な５年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝４８２患者；治療後５年以内のＢＣＲ事象）を伴うＲＰコホートにおける術後の５年生化学的再発（ＢＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類と比較したものである。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．７９ｖｓ．０．７８及びｐ＝０．６４であった。
【００８６】
図９は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づいた術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。これは、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３３７患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象１８．１％）がなされたＲＰにおける術後の１０年臨床（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類と比較したものである。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８５対０．８３及びｐ＝０．１３であった。
【００８７】
図１０は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３０４患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率８．２％）のＲＰコホートにおける術後の前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．９１ｖｓ．０．８５及びｐ＝０．０１４であった。
【００８８】
図１１は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。これは、ＲＰサブコホートにおける１０年間の完全な追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝２３１患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象；２６．４％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年間の臨床的（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類である。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８ｖｓ．０．７６及びｐ＝０．０６であった。
【００８９】
図１２は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝１９８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率１２．６％）のＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８７対０．７９及びｐ＝０．０１３であった。
【００９０】
図１３は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＲＴ＝サルベージ放射線治療；＝９３患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率２３．７％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８１ｖｓ．０．７２及びｐ＝０．０３であった。
【００９１】
図１４は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＡＤＴ＝サルベージアンドロゲン遮断療法；ｎ＝６８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡事象３０．９％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８１ｖｓ．０．７２及びｐ＝０．０５であった。
【００９２】
図８〜１４に示したＲＯＣ曲線の解析から、解析対象とした全症例において、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＡＵＣが、ＣＡＰＲＡ−Ｓ分類よりも大きいことが示された。術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１０）、術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１２）、術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１３）、及び術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１４）等の症例では、この差は統計的に有意である（有意差はα＜０．０５と定義される）。
【００９３】
図１５は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測するためのＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関しており、月単位で示されている。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝５．０とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、：ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６１、３８５、３２７、２９３、２２４、１８２、８６、１７、０；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７５、３４、１９、１６、１１、７、７、７、４、０、０と示される。
【００９４】
図１６は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％の事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測するための、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示された。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝４．８とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：４２２、３６３、３１３、２８０、２５６、２１４、１７３、８４、１７４、０；スコア分類（４−６）：１１４、５６、３３、２９、２４、１７、１６、６、０、０を示す。
【００９５】
図１７は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発を予測するためのＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＣＲ（臨床的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝６．９とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６０、４１９、４０１、３８０、３５２、２９９、２４８、１２３、１９、０；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７４、６１、５０、４５、３７、２７、２５、９、１、０と示される。
【００９６】
図１８は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発の予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群：スコア（１−３）対スコア（４−６）に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＣＲ（臨床的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝９．５とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：４２２、３９３、３７５、３５５、３３１、２８５、２３４、１１６、１８、０；スコア分類（４−６）：１１２、８７、７６、７０、５８、４１、３９、１６、２、０と示された。
【００９７】
図１９は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％事象）の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝１１．８とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６１、４２９、４０８、３８６、３５７、３０３、２５１、１３０、２２、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７５、７１、６１、５３、４２、３４、２５、１１、１、０と示された。
【００９８】
図２０は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％の事象）の前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを以下の２群：スコア（１−３）対スコア（４−６）に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝２２．０とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１〜３）：４２２、３９５、３７８、３５９、３３４、２８８、２３７、１２３、２０、３；スコア分類（４〜６）：１１４、１０５、９１、８０、６５、４９、３９、１８、３、１を示した。
【００９９】
図２１は、サルベージ放射線治療後の前立腺がん手術コホート（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者のＳＲＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝３．８とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：１１５、１１２、１０６、９６、８１、６１、５３、２９、６、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：５８、５４、４７、３７、２７、１８、１５、６、１、０を示した。
【０１００】
図２２は、サルベージ放射線治療（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存的組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝６．４とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：９３、９３、８９、８２、７０、５６、４９、２５、４、３；スコア分類（４−６）：８０、７３、６４、５１、３８、２３、１９、１０、３、１を示した。
【０１０１】
図２３は、サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％事象）後の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、患者のＳＡＤＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間とカプランメイヤーで相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＝０．０３、ハザード比はＨＲ＝２．４とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：６８、６５、６２、５６、４９、３７、３２、２４、５、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：５０、４６、４０、３１、２１、１３、１１、６、１、０を示した。
【０１０２】
図２４は、サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性に基づくＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合状態に基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、患者のＳＡＤＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間とカプランマイヤーで相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＝０．０００７、ハザード比はＨＲ＝５．２とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１〜３）：５１、５１、４９、４５、４０、３２、２８、２０、４、３、スコア分類（４〜６）：６７、６０、５３、４２、３０、１８、１５、１０、２、１を示した。
【０１０３】
図１５〜２０は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類をＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類と比較した場合、様々な試験した臨床エンドポイント（ＢＣＲ、転移、前立腺がん死亡）への進行リスクが低い被験体群と高い被験体群のハザード比が高いことを示す。図２１〜２４は、図１９、２０と同等のハザード比の上昇を示すが、現在、サルベージ放射線治療（ＳＲＴ）及び／又はサルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ）を受けている男性に対するハザード比の上昇を示す。
【０１０４】
上記図８〜図２４に示す解析結果は、ＴＭＰＲＳＳ２-ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ-Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（以下、「ＣＡＰＲＡ-Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」という）の組み合わせに基づいて術後予後リスクスコアが決定される場合に提供されるが、本発明は、ＴＭＰＲＳＳ２-ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ-Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７またはＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（以下、「ＣＡＰＲＡ-Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」という）の組み合わせに基づいて術後予後リスクスコアが決定される場合について提供される。
【０１０５】
ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、例えば、生物学的試料でＰＣＲを行う場合、被験体から得られた生物学的試料中で決定することができるが、例えば、ＲＮＡ−Ｓｅｑ等のアルゴリズムを用いた配列決定データから当該情報を得ることもできる。
【０１０６】
開示された実施形態に対する他の変形例は、図面、開示、及び添付の請求の範囲の研究から、請求の範囲に記載された発明を実施する場合に当業者によって理解され、実施され得る。クレームにおける、用語「含む」は、他の要素又は工程を除外せず、原文記載の不定冠詞「ａ」又は「ａｎ」は、複数を除外しない。
【０１０７】
図１に示す方法の１又はそれ以上の工程は、コンピュータ上で実行可能なコンピュータプログラム製品内に実装することができる。コンピュータプログラム製品は、ディスク、ハードドライブ等の、制御プログラムが記録される（記憶される）非一時的コンピュータ読取可能な記録媒体を含むことができる。非一時的コンピュータ読取可能媒体の一般的な形態には、例えば、フロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、又は他のいかなる磁気記憶媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、又は他のいかなる光学媒体、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ−ＥＰＲＯＭ、又は他のメモリチップ又はカートリッジ、又はコンピュータがそれから読出して用いうる他のいかなる非一時的媒体が含まれる。
【０１０８】
あるいは、本方法の１又はそれ以上の工程は、伝送可能な送信波等の一時的な媒体に実装することができ、この伝送可能な搬送波では、制御プログラムは、例えば無線波及び赤外線データ通信の間に生成される、音波又は光波等の伝送媒体を用いるデータ信号として具現化される。
【０１０９】
例示的な方法では、１又はそれ以上の汎用コンピュータ、専用コンピュータプログラムされたマイクロプロセッサ又はマイクロコントローラ及び周辺集積回路素子、ＡＳＩＣ又は他の集積回路、デジタル信号プロセッサ、個別素子回路等のハードワイヤード電子又は論理回路、ＰＬＤ、ＰＬＡ、ＦＰＧＡ、グラフィカルカードＣＰＵ、又はＰＡＬ等のプログラマブル論理デバイスに実装することができる。一般に、図１に示されたフローチャートを実行することができる有限状態マシンを実行することができるいかなる装置をも用いて、前立腺がん患者の治療選択のリスク層別化方法の１又はそれ以上の工程を実行することができる。本方法の工程はすべてコンピュータで実施することができるが、いくつかの実施形態では、工程のうちの１又はそれ以上を少なくとも部分的に手動で実施することができることが理解される。
【０１１０】
コンピュータプログラム命令はまた、コンピュータ、他のプログラマブルデータ処理装置、又は他の装置にロードされて、コンピュータ、他のプログラマブル装置、又は他の装置で一連の操作工程を実行させて、コンピュータ又は他のプログラマブル装置上で実行される命令が、本明細書に特定される機能／動作を実行するためのプロセスを提供するように、コンピュータ実施プロセスを生成することができる。
クレーム中の引用符号は、その範囲を限定するものと解釈してはならない。
【０１１１】
本発明は、被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定すること、被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の個別の遺伝子発現プロファイルを決定すること、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定すること、及び発現に基づくリスクスコアに基づいて、被験体の術後予後リスクスコアを決定することを含む、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法に関する。前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される。これにより、術後の対象の層別化が改善され、それにより、より良好な術後二次治療の決定が可能になりうる。例えば、術後予後リスクスコアは、前立腺癌患者の特定の亜集団に対して、特定の術後二次治療を選択するかどうかについてのより良い推奨を行うことを可能にし得る。
【０１１２】
添付された配列表は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【図１】
2021519070.tif 000008
【図２】
2021519070.tif 000009
【図３】
2021519070.tif 000010
【図４】
2021519070.tif 000011
【図５】
2021519070.tif 000012
【図６】
2021519070.tif 000013
【図７】
2021519070.tif 000014
【図８】
2021519070.tif 000015
【図９】
2021519070.tif 000016
【図１０】
2021519070.tif 000017
【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
2021519070.tif 000020
【図１４】
2021519070.tif 000021
【図１５】
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【図１６】
2021519070.tif 000023
【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【配列表】
2021519070000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年9月30日(2020.9.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法。
【請求項２】
前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が正の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体７（ＰＤＥ４Ｄ７）であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が負の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体５（ＰＤＥ４Ｄ５）又はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体９（ＰＤＥ４Ｄ９）であるように選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記術後の臨床変数が、（ｉ）前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベル、（ｉｉ）病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、（ｉｉｉ）切除断端（ＳＭ）、（ｉｖ）被膜外進展（ＥＣＥ）、（ｖ）精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及び（ｖｉ）リンパ節浸潤（ＬＮＩ）の、１又はそれ以上を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
さらに、以下の：
−前記被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程を含み、
ここで、前記術後予後リスクスコアは前記発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせることにより決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは分類され、かつ、前記分類に応じて、ポイント数、好ましくは１〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記発現に基づくリスクスコアの値は所定の範囲であり、かつ、前記値に応じて、ポイント数、好ましくは０〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
さらに、以下の：
−前記術後予後リスクスコアに基づいて、術後の二次治療を提案する工程を含み、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法及びそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
さらに、以下の：
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される、
請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記１又はそれ以上の参照遺伝子が、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又はすべてを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記発現に基づくリスクスコアが、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前立腺がん被験体の生物学的試料の遺伝子発現プロファイルから導出されるスコアリング関数を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの決定工程は、前記生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲの実施工程を含み、ここで、Ｃｑ値は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々について決定され、かつ、ここで、前記発現に基づくリスクスコアの決定工程は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記Ｃｑ値を、前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々の前記Ｃｑ値を用いて正規化する工程及び前記正規化されたＣｑ値の線形関数として前記発現に基づくリスクスコアを計算する工程を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
診断キットであって、以下の：
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択されることを含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キット。
【請求項１３】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法における、請求項１２に記載のキットの使用。
【請求項１４】
前立腺がん被験体の術後リスク層別化における選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
を含む、使用。
【請求項１５】
コンピュータによってプログラムが実行される場合、コンピュータに以下の方法：
−前立腺がん被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５１】
本発明のさらなる態様では、以下の：
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択されることを含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
【国際調査報告】
2021519070.tif 000032
2021519070.tif 000033
2021519070.tif 000034