(57)【要約】本発明は、細胞内でのホスホネオアンチゲンの発現レベルを増加させる（例えば、がん細胞の表面上でのホスホネオアンチゲンの発現を回復させる）ことにより腫瘍抗原性を増加させる方法および組成物を提供する。本発明はまた、免疫細胞によるホスホネオアンチゲンの認識を強化する方法および組成物を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
がん細胞においてホスホネオアンチゲンの発現を増加させる方法であって、がん細胞を、がん細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤と接触させる工程を含む、方法。
【請求項２】
がん細胞のホスホネオアンチゲンの発現を増加させることが、がん細胞の表面上でのホスホネオアンチゲンの発現を回復させる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
がん関連ホスファターゼがアルカリホスファターゼである、請求項1記載の方法。
【請求項４】
アルカリホスファターゼが、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）または組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される、請求項3記載の方法。
【請求項５】
がん関連ホスファターゼが酸ホスファターゼである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
酸ホスファターゼが前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
がん関連ホスファターゼが、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
治療剤が、がん関連ホスファターゼの阻害剤である、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
がん関連ホスファターゼの阻害剤が、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート（1-paphthyl phosphate）、MLS-0315848、MLS0390945またはMLS-0315687である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
がん細胞を免疫チェックポイント調節剤と接触させる工程をさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
免疫チェックポイント調節剤が、抗PD-1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TIM-3抗体、抗NKG2A抗体、抗LAG-3抗体、抗cMet抗体、抗CTLA-4/PD-1二重特異性抗体、抗TIM-3/PD-1二重特異性抗体、抗PD1/LAG3二重特異性抗体、抗PD-1/cMet二重特異性抗体、またはそれらの抗原結合フラグメントである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
免疫チェックポイント調節剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテリズマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、ピディリズマブ、セミプリマブ、チスレリズマブ、JS001、MEDI0680、BCD-100、JNJ-63723283、CBT-501、TSR-042、MGA012、PF-06801591、KN035、LZM009、XmAb20717、AGEN2034、Sym021、AK105、AK104、HLX10、CS1003、STI-1110、MGD013、MCLA-134、AM001またはEDI5752である、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
がん細胞を免疫調節性サイトカインと接触させる工程をさらに含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
免疫調節性サイトカインが、IL-2、IL-12、IL-15、Neo-2/15、IFNα、IFNβおよびIFNγから選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
がん細胞を、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤と接触させる工程をさらに含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤が、インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）阻害剤、抗VEGF抗体、一酸化窒素シンセターゼ（NOS）阻害剤、CSF-1R阻害剤、アルギナーゼ阻害剤、またはマルチキナーゼ阻害剤から選択される、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
がん細胞が、がんを有する対象内に存在し、前記方法が、ホスホネオアンチゲンおよび適当なアジュバンドを該対象にワクチン接種する工程をさらに含む、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
がん細胞が、がんを有する対象内に存在し、前記方法が、T細胞受容体（TCR）を発現するよう遺伝子改変されたT細胞を該対象に投与する工程をさらに含み、該TCRがホスホネオアンチゲンに特異的に結合する、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
がん細胞を抗増殖剤と接触させる工程をさらに含む、請求項1〜18のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
抗増殖剤が、MK-2206、ON013105、RTA 402、BI 2536、ソラフェニブ、ISIS-STAT3Rx、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、白金（platin）、アルキル化剤、代謝拮抗剤、パクリタキセル、ゲムシタビン、ドキソルビシン、ビンブラスチン、エトポシド、5-フルオロウラシル、カルボプラチン、アルトレタミン、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アザシチジン、ブレオマイシン、ブスルファン、カルムスチン、クロラムブシル、2-クロロデオキシアデノシン、シスプラチン、コルヒチン、シクロホスファミド、シタラビン、サイトキサン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドセタキセル、リン酸エストラムスチン、フロクスウリジン、フルダラビン、ゲムツズマブ（gentuzumab）、ヘキサメチルメラミン、ヒドロキシ尿素、イホスファミド、イマチニブ、インターフェロン、イリノテカン、ロムスチン、メクロレタミン、メルファラン、6-メルカプトプリン、メトトレキサート、マイトマイシン、ミトタン、ミトキサントロン、ペントスタチン、プロカルバジン、リツキシマブ、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、6-チオグアニン、トポテカン、トラスツズマブ、ビンクリスチン、ビンデシンまたはビノレルビンから選択される、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
がん細胞が、増加したがん関連ホスファターゼ活性を有していると以前に決定されている、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
それを必要とする対象においてがんを処置するまたはがんの発症の可能性を減少させる方法であって、がんの細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤を該対象に投与する工程を含む、方法。
【請求項２３】
治療剤が、がんの細胞においてホスホネオアンチゲンの発現を増加させる、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
対象が、がんの細胞において増加したがん関連ホスファターゼの活性を有すると以前に決定されている、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
がん関連ホスファターゼが、アルカリホスファターゼである、請求項22記載の方法。
【請求項２６】
アルカリホスファターゼが、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）または組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
がん関連ホスファターゼが酸ホスファターゼである、請求項22記載の方法。
【請求項２８】
酸ホスファターゼが前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
がん関連ホスファターゼが、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である、請求項22記載の方法。
【請求項３０】
治療剤が、がん関連ホスファターゼの阻害剤である、請求項22〜29のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
がん関連ホスファターゼの阻害剤が、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート、MLS-0315848、MLS0390945またはMLS-0315687から選択される、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
免疫チェックポイント調節剤を対象に投与する工程をさらに含む、請求項22〜31のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
免疫チェックポイント調節剤が、抗PD-1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TIM-3抗体、抗NKG2A抗体、抗LAG-3抗体、抗cMet抗体、抗CTLA-4/PD-1二重特異性抗体、抗TIM-3/PD-1二重特異性抗体、抗PD1/LAG3二重特異性抗体、抗PD-1/cMet二重特異性抗体またはそれらの抗原結合フラグメントである、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
免疫チェックポイント調節剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテリズマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、ピディリズマブ、セミプリマブ、チスレリズマブ、JS001、MEDI0680、BCD-100、JNJ-63723283、CBT-501、TSR-042、MGA012、PF-06801591、KN035、LZM009、XmAb20717、AGEN2034、Sym021、AK105、AK104、HLX10、CS1003、STI-1110、MGD013、MCLA-134、AM001またはEDI5752である、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
免疫調節性サイトカインを対象に投与する工程をさらに含む、請求項22〜34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
免疫調節性サイトカインが、IL-2、IL-12、IL-15、Neo-2/15、IFNα、IFNβおよびIFNγから選択される、請求項35記載の方法。
【請求項３７】
がん細胞を、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤と接触させる工程をさらに含む、請求項22〜36のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤が、インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）阻害剤、抗VEGF抗体、一酸化窒素シンセターゼ（NOS）阻害剤、CSF-1R阻害剤、アルギナーゼ阻害剤、またはマルチキナーゼ阻害剤から選択される、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
ホスホネオアンチゲンおよび適当なアジュバンドを対象にワクチン接種する工程をさらに含む、請求項22〜38のいずれか一項記載の方法。
【請求項４０】
TCRを発現するよう遺伝子改変されたT細胞を対象に投与する工程をさらに含み、該TCRがホスホネオアンチゲンに特異的に結合する、請求項22〜38のいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
抗増殖剤を対象に投与する工程をさらに含む、請求項22〜40のいずれか一項記載の方法。
【請求項４２】
抗増殖剤が、MK-2206、ON013105、RTA 402、BI 2536、ソラフェニブ、ISIS-STAT3Rx、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、白金、アルキル化剤、代謝拮抗剤、パクリタキセル、ゲムシタビン、ドキソルビシン、ビンブラスチン、エトポシド、5-フルオロウラシル、カルボプラチン、アルトレタミン、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アザシチジン、ブレオマイシン、ブスルファン、カルムスチン、クロラムブシル、2-クロロデオキシアデノシン、シスプラチン、コルヒチン、シクロホスファミド、シタラビン、サイトキサン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドセタキセル、リン酸エストラムスチン、フロクスウリジン、フルダラビン、ゲムツズマブ、ヘキサメチルメラミン、ヒドロキシ尿素、イホスファミド、イマチニブ、インターフェロン、イリノテカン、ロムスチン、メクロレタミン、メルファラン、6-メルカプトプリン、メトトレキサート、マイトマイシン、ミトタン、ミトキサントロン、ペントスタチン、プロカルバジン、リツキシマブ、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、6-チオグアニン、トポテカン、トラスツズマブ、ビンクリスチン、ビンデシンまたはビノレルビンから選択される、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
がんが、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、ホジキン病、非ホジキン病、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、軟骨腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸がん、膵がん、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂線がん、乳頭がん、乳頭腺がん、嚢胞腺がん、髄様がん、気管支原性がん、腎細胞がん、肝細胞がん、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胎生期がん、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、子宮がん、精巣がん、肺がん、小細胞肺がん、膀胱がん、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、神経鞘腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫または網膜芽細胞腫から選択される、請求項1〜42のいずれか一項記載の方法。
【請求項４４】
がんを発症する危険のある対象を特定する方法であって、対象の細胞におけるがん関連ホスファターゼの活性を決定する工程を含み、がん関連ホスファターゼの活性の増加が該がんの発症の危険の増加を示す、方法。
【請求項４５】
がん関連ホスファターゼがアルカリホスファターゼである、請求項44記載の方法。
【請求項４６】
アルカリホスファターゼが、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）、組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
がん関連ホスファターゼが酸ホスファターゼである、請求項44記載の方法。
【請求項４８】
酸ホスファターゼが前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
がん関連ホスファターゼが、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
対象ががんを発症する高い危険を有すると決定された場合、がんの細胞におけるがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤が該対象に投与される、請求項44〜49のいずれか一項記載の方法。
【請求項５１】
治療剤が、がん関連ホスファターゼの阻害剤である、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
がん関連ホスファターゼの阻害剤が、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート、MLS-0315848、MLS0390945またはMLS-0315687から選択される、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
対象ががんを発症する高い危険を有すると決定された場合、ホスホネオアンチゲンおよび適当なアジュバントを該対象にワクチン接種する、請求項44〜52のいずれか一項記載の方法。
【請求項５４】
ホスホネオアンチゲンの増加が、がん関連ホスファターゼの活性の増加と関連する、請求項53記載の方法。
【請求項５５】
ホスホネオアンチゲンに結合するT細胞受容体（TCR）をコードする核酸を生成する方法であって、
（a）ヒト以外の哺乳類に、ホスホネオアンチゲンを用いて免疫を与える工程であって、該免疫を与えることが、任意で、アジュバントを投与することをさらに含む、工程、
（b）工程（a）の哺乳類から、ホスホネオアンチゲン抗原に結合するTCRを発現する細胞を単離する工程、および
（c）工程（b）の細胞から、ホスホネオアンチゲン抗原に結合するTCRをコードする核酸を単離する工程
を含む、方法。
【請求項５６】
ホスホネオアンチゲンに結合するTCRをコードする核酸を宿主細胞において発現させて、それにより、該ホスホネオアンチゲンに結合するTCRを生成する工程
をさらに含む、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
それを必要とする対象においてがんを処置する方法であって、TCRを発現するよう遺伝子改変されたT細胞を該対象に投与する工程を含み、該TCRがホスホネオアンチゲンに特異的に結合する、方法。
【請求項５８】
ホスホネオアンチゲンの増加が、がん関連ホスファターゼの活性の増加と関連する、請求項55〜57のいずれか一項記載の方法。
【請求項５９】
がん関連ホスファターゼが、アルカリホスファターゼである、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
アルカリホスファターゼが、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）、組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される、請求項59記載の方法。
【請求項６１】
がん関連ホスファターゼが酸ホスファターゼである、請求項58記載の方法。
【請求項６２】
酸ホスファターゼが前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である、請求項61記載の方法。
【請求項６３】
がん関連ホスファターゼが、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である、請求項58記載の方法。
【請求項６４】
それを必要とする対象においてがんを処置するまたはがんの発症の可能性を減少させる方法であって、ホスホネオアンチゲンおよび適当なアジュバントを該対象にワクチン接種する工程を含む、方法。
【請求項６５】
ホスホネオアンチゲンの増加が、がん関連ホスファターゼの活性の増加と関連する、請求項64記載の方法。
【請求項６６】
がん関連ホスファターゼが、アルカリホスファターゼである、請求項64記載の方法。
【請求項６７】
アルカリホスファターゼが、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）または組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される、請求項66記載の方法。
【請求項６８】
がん関連ホスファターゼが酸ホスファターゼである、請求項64記載の方法。
【請求項６９】
酸ホスファターゼが前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である、請求項68記載の方法。
【請求項７０】
がん関連ホスファターゼが、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である、請求項64記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
発明の背景
がんは、制御されない細胞の増殖をもたらす遺伝的および後成的変化の蓄積によって引き起こされる。これらの発がん性病巣は、重要な細胞内分子シグナル伝達経路を非調節状態にし、それによって悪性の細胞挙動をもたらす。がんを誘導する発がん性病巣に関する我々の知見の前進により、発がん性シグナル伝達経路を妨げることが可能な低分子が開発されるに至った。しかし、がんの遺伝的不安定性もまた、処置に対する耐性を付与し治療に対する応答を一過的にする遺伝的病巣を一部のがん細胞が含むようにする高度に異質なクローン多様性をもたらし得る。
【０００２】
がんを処置するために、内因性免疫応答を利用する免疫療法が使用されている。がん細胞を選択的にターゲティングする免疫細胞の能力を強化する治療は、多数の腫瘍型に対する臨床応答を示している。
【０００３】
細胞傷害性Tリンパ球（CTL）は、内なる脅威、例えばがんをもたらし得る細胞の形質転換現象に加えて、外部からの驚異、例えばウイルスおよび細菌を制御および除去するよう協調的な様式で機能する我々の獲得免疫系の構成成分である。CTLは、殺傷機能を有し、ウイルスまたはがんのような潜在的に有害な特質を有する細胞を認識およびターゲティングするよう進化したT細胞の主要な部分集団である。これらの免疫細胞は、強力かつ特異的である。CTLは、その細胞表面上に低レベルの抗原（例えば、1〜10個の抗原分子）を発現する細胞を殺傷することができ、かつ、数百万の潜在的に類似する分子の中から抗原を判別することができる。
【０００４】
免疫系による腫瘍細胞の認識は、免疫細胞（例えば、CTL）によって認識される固有の腫瘍抗原の存在に依存する。幅広い様々ながん抗原が同定され、それらが配列変化を含むかどうか、非変異過剰発現抗原に由来するかどうか、発生上の抗原であるかどうか、および／または翻訳後修飾からの変化に由来するかどうかにより、典型的に分類されている。腫瘍抗原性は、免疫応答ががんをターゲティングするのに成功するのを妨げる重要な制限要因である。さらに、がんは、それらの抗原性を制限し、それによって免疫療法に対して耐性となるよう進化し得る。したがって、免疫系による腫瘍細胞の認識を可能にするよう腫瘍抗原性を保存または強化する方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
発明の要旨
本発明者らは、ホスホネオアンチゲンがいくつかのがん細胞の表面上に存在する腫瘍抗原の重要なクラスであること、ならびにこれらのホスホネオアンチゲンが免疫細胞によるがん細胞の選択的認識およびターゲティングを可能にすることを発見した。ホスホネオアンチゲンとは、同型の非がん性細胞には発生しない任意のリン酸化腫瘍抗原（例えば、細胞の表面上のリン酸化ペプチドまたはタンパク質）を表す。しかし、いくつかのがんは、これらのホスホネオアンチゲンを隠蔽し、免疫細胞による検出を回避するよう、ホスファターゼの発現を増加させる。したがって、本発明は、細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現のレベルを増加させる（例えば、がん細胞の表面上のホスホネオアンチゲンの発現を回復させる）ことにより腫瘍抗原性を増加させる方法および組成物を提供する。本発明はまた、免疫細胞によるホスホネオアンチゲンの認識を強化する方法および組成物を提供する。
【０００６】
第1の局面において、本発明は、がん細胞においてホスホネオアンチゲンの発現を増加させる方法を特徴とする。この方法は、がん細胞を、がん細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤と接触させる工程を含む。いくつかの態様において、がん細胞は、がんを有する対象内の細胞であり、がん細胞を治療剤と接触させる工程は、対象に治療剤を投与することによって行われる。
【０００７】
別の局面において、本発明は、それを必要とする対象においてがんを処置するまたはがんの発病の可能性を減少させる方法を特徴とし、この方法は、対象に、がんの細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤を投与する工程を含む。
【０００８】
いくつかの態様において、治療剤の投与は、がんの細胞においてホスホネオアンチゲンの発現を増加させる。いくつかの態様において、ホスホネオアンチゲンの発現は、治療剤と接触させなかった同型のがん細胞と比較して少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％または1000％増加する。いくつかの態様において、ホスホネオアンチゲンのレベルは、がん関連ホスファターゼを発現しないがん細胞のレベルまで回復する。
【０００９】
いくつかの態様において、治療剤の投与は、がんの細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる。いくつかの態様において、がん関連ホスファターゼの活性は、治療剤と接触させなかった同型のがん細胞と比較して少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％または1000％減少する。がん関連ホスファターゼの活性は、酵素活性（例えば、がん関連ホスファターゼの活性は少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％減少する）、ホスファターゼのリン酸化基質のレベル（例えば、リン酸化基質、例えば該ホスファターゼに関連するホスホネオアンチゲンのレベルは少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％増加する）、またはホスファターゼの発現のレベル（例えば、ホスファターゼの発現のレベルは少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％増加する）によるものを含む、当業者に公知の方法によって測定され得る。
【００１０】
いくつかの態様において、対象は、がんの細胞において増加したがん関連ホスファターゼ活性（例えば、少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％または1000％の増加した活性レベル）を有すると以前に決定されている。
【００１１】
いくつかの態様において、治療剤は、がん関連ホスファターゼの阻害剤（例えば、低分子阻害剤）である。いくつかの態様において、ホスファターゼ阻害剤は、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート（1-paphthyl phosphate）、MLS-0315848、MLS0390945またはMLS-0315687（CID-715454）から選択される。
【００１２】
いくつかの態様において、この方法はさらに、がん細胞を免疫チェックポイント調節剤と接触させる工程を含む。いくつかの態様において、がん細胞が、がんを有する対象内の細胞である場合、がん細胞を免疫チェックポイント調節剤と接触させる工程は、免疫チェックポイント調節剤を対象に投与することにより行われる。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、免疫チェックポイント調節剤を投与したときのがん細胞に対する免疫応答を強化する（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされる免疫チェックポイント調節剤の用量を減少させる（例えば、用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【００１３】
いくつかの態様において、免疫チェックポイント調節剤は、抗PD-1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TIM-3抗体、抗NKG2A抗体、抗LAG-3抗体、抗cMet抗体、抗CTLA-4/PD-1二重特異性抗体、抗TIM-3/PD-1二重特異性抗体、抗PD1/LAG3二重特異性抗体、抗PD-1/cMet二重特異性抗体、またはそれらの抗原結合フラグメントである。
【００１４】
いくつかの態様において、免疫チェックポイント調節剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテリズマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、ピディリズマブ、セミプリマブ、チスレリズマブ、JS001、MEDI0680、BCD-100、JNJ-63723283、CBT-501、TSR-042、MGA012、PF-06801591、KN035、LZM009、XmAb20717、AGEN2034、Sym021、AK105、AK104、HLX10、CS1003、STI-1110、MGD013、MCLA-134、AM001またはEDI5752である。
【００１５】
いくつかの態様において、この方法はさらに、がん細胞を免疫調節性サイトカインと接触させる工程を含む。免疫調節性サイトカインは、インターフェロン（例えば、IFNα、IFNβもしくはIFNγ）、インターロイキン（例えば、IL-2、IL-12もしくはIL-15）または天然に存在するサイトカインの合成模倣体（例えば、IL-2およびIL-15活性を模倣するNeo-2/15）から選択され得る。いくつかの態様において、がん細胞が、がんを有する対象内の細胞である場合、がん細胞を免疫調節性サイトカインと接触させる工程は、免疫調節性サイトカインを対象に投与することにより行われる。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、免疫調節性サイトカインを投与したときのがん細胞に対する免疫応答を強化する（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされる免疫調節性サイトカインの用量を減少させる（例えば、用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【００１６】
いくつかの態様において、この方法はさらに、がん細胞を、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤と接触させる工程を含む。骨髄由来抑制細胞（MDSC）を阻害する薬剤は、当業者に公知の骨髄由来抑制細胞を阻害する任意の薬剤、例えば、インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）阻害剤、抗VEGF抗体、一酸化窒素シンセターゼ（NOS）阻害剤、CSF-1R阻害剤、アルギナーゼ阻害剤、またはマルチキナーゼ阻害剤から選択され得る。いくつかの態様において、がん細胞が、がんを有する対象内の細胞である場合、がん細胞を、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤と接触させる工程は、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤を対象に投与することにより行われる。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤を投与したときのがん細胞に対する免疫応答を強化する（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされる骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤の用量を減少させる（例えば、用量を少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【００１７】
いくつかの態様において、この方法はさらに、対象に、ホスホネオアンチゲンおよび任意で適当なアジュバントをワクチン接種する（例えば、対象に、ホスホネオアンチゲンおよび任意で適当なアジュバントを、該ホスホネオアンチゲンに対する免疫応答を誘導するのに十分な量で投与する）工程を含む。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、ホスホネオアンチゲンをワクチン接種したときのがん細胞に対する免疫応答を強化する（例えば、免疫応答を少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされるホスホネオアンチゲンでのワクチン接種の用量を減少させる（例えば、用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【００１８】
いくつかの態様において、この方法はさらに、対象に、T細胞受容体（TCR）を発現するよう遺伝子改変されたT細胞を投与する工程を含み、ここでTCRはホスホネオアンチゲンに特異的に結合する。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、遺伝子操作されたT細胞を投与したときのがん細胞に対する免疫応答を強化する（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされる遺伝子操作されたT細胞の用量を減少させる（例えば、用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【００１９】
いくつかの態様において、この方法はさらに、がん細胞を抗増殖剤と接触させる工程を含む、いくつかの態様において、がん細胞が、がんを有する対象内の細胞である場合、がん細胞を抗増殖剤と接触させる工程は、抗増殖剤を対象に投与することにより行われる。
【００２０】
いくつかの態様において、抗増殖剤は、MK-2206、ON013105、RTA 402、BI 2536、ソラフェニブ、ISIS-STAT3Rx、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、白金（platin）、アルキル化剤、代謝拮抗剤、パクリタキセル、ゲムシタビン、ドキソルビシン、ビンブラスチン、エトポシド、5-フルオロウラシル、カルボプラチン、アルトレタミン、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アザシチジン、ブレオマイシン、ブスルファン、カルムスチン、クロラムブシル、2-クロロデオキシアデノシン、シスプラチン、コルヒチン、シクロホスファミド、シタラビン、サイトキサン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドセタキセル、リン酸エストラムスチン、フロクスウリジン、フルダラビン、ゲムツズマブ（gentuzumab）、ヘキサメチルメラミン、ヒドロキシ尿素、イホスファミド、イマチニブ、インターフェロン、イリノテカン、ロムスチン、メクロレタミン、メルファラン、6-メルカプトプリン、メトトレキサート、マイトマイシン、ミトタン、ミトキサントロン、ペントスタチン、プロカルバジン、リツキシマブ、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テモゾロミド、テニポシド、6-チオグアニン、トポテカン、トラスツズマブ、ビンクリスチン、ビンデシンまたはビノレルビンである。
【００２１】
いくつかの態様において、がん細胞は、増加したがん関連ホスファターゼ活性（例えば、同型の野生型細胞と比較して1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上の活性）を有すると以前に決定されている。がん関連ホスファターゼの活性は、酵素活性（例えば、がん関連ホスファターゼの活性は少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％減少する）、ホスファターゼのリン酸化基質のレベル（例えば、リン酸化基質、例えば該ホスファターゼに関連するホスホネオアンチゲンのレベルは少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％増加する）、またはホスファターゼの発現のレベル（例えば、ホスファターゼの発現のレベルは少なくとも1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％増加する）によるものを含む、当業者に公知の方法によって測定され得る。
【００２２】
別の局面において、本発明は、がんを発症する危険のある対象を特定する方法を特徴とし、ここでこの方法は、対象の細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を決定する工程を含み、がん関連ホスファターゼ活性の増加（例えば、同型の野生型細胞と比較して1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％またはそれ以上の増加）が、がんを発症する危険の増加を示す。
【００２３】
いくつかの態様において、対象ががんを発症する高い危険を有すると決定された場合、対象に、がんの細胞においてがん関連ホスファターゼの活性を減少させる治療剤が投与される。
【００２４】
いくつかの態様において、治療剤は、がん関連ホスファターゼの阻害剤（例えば、低分子阻害剤）である。いくつかの態様において、ホスファターゼ阻害剤は、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート、MLS-0315848、MLS0390945またはMLS-0315687（CID-715454）から選択される。
【００２５】
いくつかの態様において、対象ががんを発症する高い危険を有すると決定された場合、対象に、ホスホネオアンチゲンおよび適当なアジュバントをワクチン接種する。
【００２６】
別の局面において、本発明は、ホスホネオアンチゲンに結合するTCRをコードする核酸を生成する方法を特徴とする。この方法は、通常、
（a）ヒト以外の哺乳類に、ホスホネオアンチゲンを用いて免疫を与える工程であって、該免疫を与えることが、任意で、アジュバントを投与することをさらに含む、工程、
（b）工程（a）の哺乳類から、ホスホネオアンチゲン抗原に結合するTCRを発現する細胞を単離する工程、および
（c）工程（b）の細胞から、ホスホネオアンチゲン抗原に結合するTCRをコードする核酸を単離する工程
を含む。
【００２７】
いくつかの態様において、この方法はさらに、宿主細胞においてホスホネオアンチゲンに結合するTCRをコードする核酸を発現させ、それによって、ホスホネオアンチゲンに結合するTCRを生成する工程を含む。
【００２８】
別の局面において、本発明は、T細胞を含む薬学的組成物を特徴とし、ここでT細胞はTCRを発現するよう遺伝子改変されており、TCRはホスホネオアンチゲンに特異的に結合する。
【００２９】
別の局面において、本発明は、それを必要とする対象においてがんを処置する方法を特徴とし、ここでこの方法は、対象に、TCRを発現するよう遺伝子改変されたT細胞を投与する工程を含み、ここでTCRはホスホネオアンチゲンに特異的に結合する。
【００３０】
別の局面において、本発明は、それを必要とする対象においてがんを処置するまたはがんの発症の可能性を減少させる方法を特徴とし、ここでこの方法は、対象に、ホスホネオアンチゲンおよび任意で適当なアジュバントをワクチン接種する工程を含む。
【００３１】
任意の上記局面のいくつかの態様において、がん関連ホスファターゼは、アルカリホスファターゼである。いくつかの態様において、アルカリホスファターゼは、胎盤アルカリホスファターゼ（ALPP）、胎盤様アルカリホスファターゼ（ALPPL2）、腸アルカリホスファターゼ（ALPI）または組織非特異的アルカリホスファターゼ（ALPL）から選択される。
【００３２】
任意の上記局面のいくつかの態様において、がん関連ホスファターゼは、酸ホスファターゼである。いくつかの態様において、酸ホスファターゼは、前立腺酸ホスファターゼ（ACPP）である。
【００３３】
任意の上記局面のいくつかの態様において、がん関連ホスファターゼは、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）である。
【００３４】
任意の上記局面のいくつかの態様において、ホスホネオアンチゲンの増加は、がん関連ホスファターゼの活性の増加（例えば、がん関連ホスファターゼの活性の増加または発現の増加）と関連する。
【００３５】
任意の上記局面のいくつかの態様において、がんは、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、ホジキン病、非ホジキン病、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、軟骨腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸がん、膵がん、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、扁平上皮がん、基底細胞がん、腺がん、汗腺がん、脂線がん、乳頭がん、乳頭腺がん、嚢胞腺がん、髄様がん、気管支原性がん、腎細胞がん、肝細胞がん、胆管がん、絨毛がん、精上皮腫、胎生期がん、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、子宮がん、精巣がん、肺がん、小細胞肺がん、膀胱がん、上皮がん、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、神経鞘腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、または網膜芽細胞腫から選択される。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１Ａ】図1A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPの発現を示す画像集である。図1Aは、35の健常組織におけるHuman Protein Atlasで定義されたタンパク質発現を示している（http://www.proteinatlas.org/）。
【図１Ｂ】図1A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPの発現を示す画像集である。図1Bは、健常組織サンプルのFANTOM5シリーズにおけるRNA発現を示している。
【図１Ｃ】図1A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPの発現を示す画像集である。図1Cは、cBioPortal for Cancer Genomics（http://www.cbioportal.org）から得られた30のがんタイプにおけるALPPのRNA発現を示している。
【図２Ａ】図2A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPL2の発現を示す画像集である。図2Aは、35の健常組織におけるHuman Protein Atlasで定義されたタンパク質発現を示している（http://www.proteinatlas.org/）。
【図２Ｂ】図2A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPL2の発現を示す画像集である。図2Bは、健常組織サンプルのFANTOM5シリーズにおけるRNA発現を示している。
【図２Ｃ】図2A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPPL2の発現を示す画像集である。図2Cは、cBioPortal for Cancer Genomics（http://www.cbioportal.org）から得られた30のがんタイプにおけるALPPL2のRNA発現を示している。
【図３Ａ】図3A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPIの発現を示す画像集である。図3Aは、35の健常組織におけるHuman Protein Atlasで定義されたタンパク質発現を示している（http://www.proteinatlas.org/）。
【図３Ｂ】図3A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPIの発現を示す画像集である。図3Bは、健常組織サンプルのFANTOM5シリーズにおけるRNA発現を示している。
【図３Ｃ】図3A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるALPIの発現を示す画像集である。図3Cは、cBioPortal for Cancer Genomics（http://www.cbioportal.org）から得られた30のがんタイプにおけるALPIのRNA発現を示している。
【図４Ａ】図4A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるACPPの発現を示す画像集である。図4Aは、35の健常組織におけるHuman Protein Atlasで定義されたタンパク質発現を示している（http://www.proteinatlas.org/）。
【図４Ｂ】図4A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるACPPの発現を示す画像集である。図4Bは、健常組織サンプルのFANTOM5シリーズにおけるRNA発現を示している。
【図４Ｃ】図4A〜Cは、健常組織およびがん性組織におけるACPPの発現を示す画像集である。図4Cは、高い前立腺発現を示す、cBioPortal for Cancer Genomics（http://www.cbioportal.org）から得られた30のがんタイプにおけるACPPのRNA発現を示している。
【図５】ALPP、ALPPL2およびルシフェラーゼ発現のためのレンチベクター構築物を示す画像集である。ALPP（左）およびルシフェラーゼ（右）ベクターはGFPでタグ付けされ、ALPPL2ベクター（中央）はmCherryでタグ付けされている。
【図６】ALPP、ALPPL2またはルシフェラーゼによるリンパ芽球細胞株（LCL）の標識を示す画像集である。形質導入から3週間後に、精製されたLCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GL細胞を顕微鏡により画像化した。上パネル：LCL-ALPP株は一貫して緑色（GFP）を示した；中央パネル：LCL-ALPPL2株は一貫して赤色（mCherry）を示した；下パネル：LCL-GL株は一貫して緑色（GFP）を示した。
【図７Ａ】図7A〜Bは、ALPPまたはALPPL2発現が、自己LCL細胞に対する特異的CD8+ T細胞応答を阻害することを示している。バイオレット色素で事前標識されたLCL細胞を、自己特異的CD8+ T細胞の存在下（10：1）または非存在下（0：1）、LCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLのいずれかと（比1：1で）共培養した。16時間後、細胞を収集し、FACSを用いて親LCLと、LCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLのいずれかとの間の比率を決定した。図7Aは、親LCLに対するLCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLの比率を示すフローサイトメトリートレース集である。
【図７Ｂ】図7A〜Bは、ALPPまたはALPPL2発現が、自己LCL細胞に対する特異的CD8+ T細胞応答を阻害することを示している。バイオレット色素で事前標識されたLCL細胞を、自己特異的CD8+ T細胞の存在下（10：1）または非存在下（0：1）、LCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLのいずれかと（比1：1で）共培養した。16時間後、細胞を収集し、FACSを用いて親LCLと、LCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLのいずれかとの間の比率を決定した。図7Bは、図7Aのフローサイトメトリーデータに対応するグラフである。
【図８Ａ】図8A〜Bは、レンチウイルス改変H2009およびA431ハプロ同一細胞株におけるALPPまたはALPPL2発現の確認を示すウェスタンブロット集である。ALPPおよびALPPL2発現は、H2009（図8A）細胞株におけるウェスタンブロットにより確認した。
【図８Ｂ】図8A〜Bは、レンチウイルス改変H2009およびA431ハプロ同一細胞株におけるALPPまたはALPPL2発現の確認を示すウェスタンブロット集である。ALPPおよびALPPL2発現は、A431（図8B）細胞株におけるウェスタンブロットにより確認した。A431について:C1およびC3〜C6はA431ALPP KOの単一クローンであり；C7およびC9〜C11はA431ALPPL2 KOの単一クローンであり；C13はスクランブルノックアウトの単一クローンである。
【図９Ａ】レンチウイルス改変H2009（図9A）ハプロ同一細胞株におけるALPPまたはALPPL2発現を確認するためのNBT-BCIP反応アッセイの使用を示す画像集である。ALPPまたはALPPL2のいずれかについて陽性の細胞は、濃茶色に染色される。ここで、クローンC6をA431ALPP KOのために使用し、クローンC9をA431ALPPL2 KOのために使用し、クローンC13をA431スクランブルのために使用した。
【図９Ｂ】レンチウイルス改変A431（図9B）ハプロ同一細胞株におけるALPPまたはALPPL2発現を確認するためのNBT-BCIP反応アッセイの使用を示す画像集である。ALPPまたはALPPL2のいずれかについて陽性の細胞は、濃茶色に染色される。ここで、クローンC6をA431ALPP KOのために使用し、クローンC9をA431ALPPL2 KOのために使用し、クローンC13をA431スクランブルのために使用した。
【図１０Ａ】図10A〜Bは、ALPPまたはALPPL2発現が特異的T細胞によるHLA適合ハプロ同一標的の殺傷を阻害することを示すグラフ集である。96ウェルプレートにおいて、バイオレット色素で事前標識された親腫瘍細胞株を、自己特異的CD8 T細胞の存在下（CD8:LCL=1:1、10：1）または非存在下（CD8:LCL=0：1）、レンチウイルス改変細胞株と共に（比1：1で）播種した。16時間後、細胞を、レンチウイルス改変細胞株と親株との間の比率の計算のために、FACSにより試験した。H2009（図10A）についての統計的結果が示されている。正規化された比率（y軸）が1に等しいことは、いずれの腫瘍細胞株に対しても優先的殺傷がみられなかったことを示し、正規化された比率が1を超えることは、親株の殺傷がより多いことを示し、正規化された比率が1未満であることは、親株の殺傷がより少ないことを示す。すべての結果を、特異的T細胞が存在しない条件に対して正規化した。*はp<0.05を示している。
【図１０Ｂ】図10A〜Bは、ALPPまたはALPPL2発現が特異的T細胞によるHLA適合ハプロ同一標的の殺傷を阻害することを示すグラフ集である。96ウェルプレートにおいて、バイオレット色素で事前標識された親腫瘍細胞株を、自己特異的CD8 T細胞の存在下（CD8:LCL=1:1、10：1）または非存在下（CD8:LCL=0：1）、レンチウイルス改変細胞株と共に（比1：1で）播種した。16時間後、細胞を、レンチウイルス改変細胞株と親株との間の比率の計算のために、FACSにより試験した。A431（図10B）についての統計的結果が示されている。正規化された比率（y軸）が1に等しいことは、いずれの腫瘍細胞株に対しても優先的殺傷がみられなかったことを示し、正規化された比率が1を超えることは、親株の殺傷がより多いことを示し、正規化された比率が1未満であることは、親株の殺傷がより少ないことを示す。すべての結果を、特異的T細胞が存在しない条件に対して正規化した。*はp<0.05を示している。
【図１１Ａ】図11A〜Bは、ML095がH2009ALPP OEの特異的CD8+ T細胞殺傷を回復することを示している。図11AはFACSトレース集である。
【図１１Ｂ】図11A〜Bは、ML095がH2009ALPP OEの特異的CD8+ T細胞殺傷を回復することを示している。図11Bは図11Aに対応するグラフである。
【図１２Ａ】図12A〜Bは、ML095がH2009ALPP2 OEの特異的CD8+ T細胞殺傷を回復することを示している。図12AはFACSトレース集である。
【図１２Ｂ】図12A〜Bは、ML095がH2009ALPP2 OEの特異的CD8+ T細胞殺傷を回復することを示している。図12Bは図12Aに対応するグラフである。
【図１３Ａ】図13A〜Bは、ML095が、A431ALPP KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷を増加させることを示している。図13AはFACSトレース集である。
【図１３Ｂ】図13A〜Bは、ML095が、A431ALPP KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷を増加させることを示している。図13Bは図13Aに対応するグラフである。
【図１４Ａ】図14A〜Bは、ML095が、A431ALPP2 KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷を増加させることを示している。図14AはFACSトレース集である。
【図１４Ｂ】図14A〜Bは、ML095が、A431ALPP2 KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷を増加させることを示している。図14Bは図14Aに対応するグラフである。
【図１５Ａ】図15A〜Bは、ML095が、A431スクランブル KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷に影響しないことを示している。図15AはFACSトレース集である。
【図１５Ｂ】図15A〜Bは、ML095が、A431スクランブル KOと比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷に影響しないことを示している。図15Bは図15Aに対応するグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００３７】
定義
本発明の理解を容易にするため、以下でいくつかの用語を定義する。本明細書で定義される用語は、本発明に関連する領域の当業者によって一般に理解されている意味を有する。「1つの（a）」、「1つの（an）」および「その（the）」などの用語は、単一の物のみを表すことが意図されておらず、説明のために使用され得る具体的実施例の上位クラスを包含する。本明細書における用語法は、本発明の具体的態様を説明するために使用されるが、それらの使用は、特許請求の範囲に記載される場合を除いて、本発明を限定するものではない。
【００３８】
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、記載される値の上下10％以内の値を表す。
【００３９】
本明細書で使用される場合、範囲値で提供される任意の値は、上下の境界値の両方およびその上下の境界値内に含まれる任意の値を包含する。
【００４０】
本明細書で使用される場合、「投与」は、任意の有効な経路により、対象に治療剤（例えば、ホスファターゼ阻害剤、ホスホネオアンチゲンまたは本明細書に記載される任意の治療剤）を提供することまたは与えることを表す。例示的な投与経路は、本明細書において下記に記載されている。
【００４１】
本明細書で使用される場合、「阻害剤」という用語は、酵素活性を減少または阻害する薬剤（例えば、低分子または抗体）を表す。阻害剤は、酵素に直接結合することにより、酵素結合部位をブロックすることにより、酵素の立体構造を変化させることにより、酵素活性を減少させ得る。阻害剤は、酵素活性を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、98％、100％またはそれ以上減少させ得る。阻害剤はまた、酵素活性を完全にブロックまたは阻害し得る。阻害剤の活性は、濃度依存的または非依存的であり得る。
【００４２】
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、特定の抗原に特異的に結合するまたはそれと免疫学的に反応し、重鎖の可変ドメインを少なくとも含み、通常、免疫グロブリンの重鎖および軽鎖の可変ドメインを少なくとも含む分子を表す。抗体およびその抗原結合フラグメント、変種または誘導体は、ポリクローナル、モノクローナル、多特異性、ヒト、ヒト化、霊長類化またはキメラ抗体、ヘテロコンジュゲート抗体（例えば、二、三および四特異的抗体、ダイアボディ、トリアボディならびにテトラボディ）、単一ドメイン抗体（sdAb）、エピトープ結合フラグメント、例えばFab、Fab'およびF(ab')2、Fd、Fv、単鎖Fv（scFv）、rIgG、単鎖抗体、ジスルフィド連結Fv（sdFv）、VLまたはVHドメインのいずれかを含むフラグメント、Fab発現ライブラリにより生成されるフラグメント、ならびに抗イディオタイプ（抗Id）抗体を含むがこれらに限定されない。本明細書に記載される抗体分子は、免疫グロブリン分子の任意のタイプ（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgAおよびIgY）、クラス（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2）またはサブクラスのものであり得る。さらに、それ以外のことが示されていない限り、「モノクローナル抗体」（mAb）という用語は、標的タンパク質に特異的に結合することができるインタクトな分子および抗体フラグメント（例えば、FabおよびF(ab')2フラグメント）の両方を含むことが意味される。FabおよびF(ab')2フラグメントは、インタクトな抗体のFcフラグメントを欠いている。
【００４３】
「抗原結合フラグメント」という用語は、本明細書で使用される場合、標的抗原に特異的に結合する能力を保持している免疫グロブリンの1つまたは複数のフラグメントを表す。免疫グロブリンの抗原結合機能は、全長抗体のフラグメントにより発揮され得る。抗体フラグメントは、Fab、F(ab')2、scFv、SMIP、ダイアボディ、トリアボディ、アフィボディ、ナノボディ、アプタマーまたはドメイン抗体であり得る。抗体の「抗原結合フラグメント」という用語に包含される結合フラグメントの例は、（i）VL、VH、CLおよびCH1ドメインからなる一価フラグメントである、Fabフラグメント；（ii）ヒンジ領域においてジスルフィド架橋により連結された2つのFabフラグメントを含む二価フラグメントである、F(ab')2フラグメント；（iii）VHおよびCH1ドメインからなる、Fdフラグメント；（iv）抗体の単一アームのVLおよびVHドメインからなる、Fvフラグメント；（v）VHおよびVLドメインを含む、sdAb（Ward et al., Nature 341: 544-546, 1989）；（vi）VHドメインからなるsdAbフラグメント；（vii）VHまたはVLドメインからなるsdAb；（viii）単離された相補性決定領域（CDR）；ならびに（ix）任意で合成リンカーにより接続され得る、2つまたはそれ以上の単離されたCDRの組み合わせ、を含むがこれらに限定されない。さらに、Fvフラグメントの2つのドメインであるVLおよびVHは別個の遺伝子によりコードされるが、それらは、組み換え方法を用いて、VLおよびVH領域が（単鎖Fv（scFv）として公知の）一価分子を形成するよう対になった単一のタンパク質鎖としてそれらを生成することができるリンカーにより接続され得る。これらの抗体フラグメントは、当業者に公知の従来的技術を用いて取得され得、そのフラグメントはインタクトな抗体と同じ様式で有用性についてスクリーンされ得る。抗原結合フラグメントは、組み換えDNA技術、インタクトな免疫グロブリンの酵素的もしくは化学的切断により、または特定の例において、当技術分野で公知の化学的ペプチド合成手順により生成され得る。
【００４４】
本明細書で使用される場合、「細胞型」という用語は、遺伝子発現データに基づき統計的に分類可能な表現型を共有する細胞のグループを表す。例えば、一般細胞型の細胞は、類似の構造的および／または機能的特徴、例えば類似の遺伝子活性化パターンおよび抗原提示プロフィールを共有し得る。一般細胞型の細胞は、一般組織（例えば、上皮組織、神経組織、結合組織もしくは筋肉組織）から単離されるものならびに／または生物内の一般器官、組織系、血管もしくはその他の構造物および／もしくは領域から単離されるものを含み得る。
【００４５】
本明細書で使用される場合、「併用療法」または「組み合わせて投与」は、特定の疾患または状態に対する定義された処置計画の一部として2つまたはそれ以上の異なる薬剤または処置が投与されることを意味する。処置計画は、その対象に対する個々の薬剤の効果が重複するよう各薬剤の用量および投与周期を定義する。いくつかの態様において、2つまたはそれ以上の薬剤の送達は、同時（simultaneous）または同時（concurrent）であり、薬剤はひとまとめに製剤化され得る。他の態様において、2つのまたはそれ以上の薬剤は、ひとまとめに製剤化されず、定められた計画の一部として連続様式で投与される。いくつかの態様において、2つのまたはそれ以上の薬剤または処置の組み合わせての投与は、症状または障害に関連する他のパラメータの減少が、単独でまたは他のものの非存在下で送達される1つの薬剤または処置により観察されるであろうものよりも大きくなるようなものである。2つの処置の効果は、部分的に相加的、全体として相加的または相加的以上（例えば、相乗作用的）であり得る。各治療剤の連続的または実質同時の投与は、経口経路、静脈内経路、筋内経路および粘膜組織を通じた直接吸収を含むがこれらに限定されない任意の適当な経路により行われ得る。治療剤は、同じ経路または異なる経路により投与され得る。例えば、組み合わせの第1の治療剤は静脈内注射により投与され得、組み合わせの第2の治療剤は経口投与され得る。
【００４６】
本明細書で使用される場合、本明細書に記載される組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクター、細胞または任意の治療剤の「有効量」、「治療有効量」および「十分量」という用語は、哺乳類（例えば、ヒト）を含む対象に投与されたときに、細胞レベル、組織レベルでの効果または臨床結果を含む有益または所望の結果をもたらすのに十分な量を表し、したがって「有効量」またはその同義語は、それが適用されるに状況に依存する。例えば、がんを処置する場合、それは、組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクター、細胞または治療剤を投与せずに得られる応答と比較して処置応答を達成するのに十分な組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクター、細胞または治療剤の量である。そのような量に対応する本明細書に記載される個々の組成物の量は、様々な要因、例えば個々の薬剤、薬学的配合、投与経路、疾患もしくは障害のタイプ、対象の特性（例えば、年齢、性別、体重）または処置されるホスト等に依存して異なるが、そうであるとしても、それは当業者により従来的に決定され得る。また、本明細書で使用される場合、本開示の組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクター、細胞または治療剤の「治療有効量」は、対照と比較して対象において有益または所望の結果をもたらす量である。本明細書で定義される場合、本開示の組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクター、細胞または治療剤の治療有効量は、当技術分野で公知の従来的な方法により当業者によって容易に決定され得る。投薬計画は、最適な治療応答を提供するよう調節され得る。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「増加」および「減少」という用語は、測定対象の機能、発現または活性が参照に対してそれぞれより多いまたはより少ない量となる変化を表す。例えば、本明細書に記載される方法におけるホスファターゼ阻害剤の投与の後、本明細書に記載される測定対象のマーカーの量（例えば、ホスホネオアンチゲンのレベルならびに／またはホスファターゼの活性および／もしくは発現レベル）は、対象において投与前のマーカーの量に対して少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％またはそれ以上増加または減少し得る。一般に、測定対象は、投与後の、その投与が言及されている効果をもたらす時点において、例えば、処置計画が開始されてから少なくとも6時間、12時間、24時間、1週間、1ヶ月、3ヶ月または6ヶ月後に測定される。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「薬学的組成物」または「薬学的調製物」は、疾患の緩和、処置もしくは予防において薬理学的活性もしくは他の直接的効果を有する、および／またはその完成された投薬形態もしくは製剤であり、対象における使用（例えば、ヒト対象における使用）が示されている組成物もしくは調製物である。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」という用語は、合理的な利益／危険比に適い、過度の毒性、刺激、アレルギー反応および他の問題となる合併症を引き起こさない、対象、例えば哺乳類（例えば、ヒト）の組織との接触に適した化合物、物質、組成物および／または投薬形態を表す。
【００５０】
本明細書で使用される場合、「対象」および「患者」という用語は、動物（例えば、哺乳類、例えば、ヒト）を表す。本明細書に記載される方法にしたがい処置される対象は、特定の状態を有すると診断されたもの、またはそのような状態を発症する危険のあるものであり得る。診断は、当技術分野で公知の任意の方法または技術により行われ得る。当業者は、本開示にしたがい処置される対象が、標準的な試験に供されたものであり得ること、または、試験なしで、その疾患もしくは状態に関連する1つもしくは複数の危険因子の存在が理由で危険にあると特定されたものであり得ることを理解するであろう。
【００５１】
「処置」および「処置する」は、本明細書で使用される場合、疾患、病理学的状態または障害を改善する、好転させる、安定化させる（すなわち、悪化させない）、予防するまたは治癒することが意図されている対象の医学的管理を表す。この用語は、能動的処置（疾患、病理学的状態または障害の改善を目的とする処置）、原因的処置（関連する疾患、病理学的状態または障害の原因に対する処置）、緩和的処置（症状の軽減のために設計された処置）、予防的処置（関連する疾患、病理学的状態または障害の発展の最小化または部分的もしくは完全な阻害を目的とした処置）、および支持的処置（別の治療を補うために用いられる処置）を含む。処置はまた、検出可能であろうが検出不可能であろうが、疾患または状態の規模の縮小、疾患または状態の拡大の予防、疾患または状態の遅延またはその進行の鈍化、疾患または状態の好転または緩和、および寛解（部分的であろうが全体的であろうが）を含む。疾患または状態の「好転」または「緩和」は、処置の非存在下での規模または時間経過と比較して疾患、障害もしくは状態の規模および／もしくは望ましくない臨床的発現が小さくなることならびに／またはその進行の時間経過が遅くなるもしくは延びることを意味する。「処置」はまた、処置を受けなかった場合に予想される寿命と比較して寿命を延ばすことを意味する。処置を必要とするものは、すでにその状態または疾患を有するもの、およびその状態もしくは障害にかかり易いものまたはその状態もしくは障害が予防されるべきものを含む。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「治療剤」という用語は、本明細書に記載されるような処置効果をもたらす、対象に投与されるまたは細胞において使用される任意の薬剤を表す。治療剤は、本開示の任意の組成物、低分子、ペプチド、ワクチン、抗体、ベクター構築物、ウイルスベクターまたは細胞を含み得る。好ましい態様において、治療剤は、対照と比較して対象において有益または所望の結果をもたらす量で投与される。本明細書に記載される1つまたは複数の治療剤（例えば、ホスファターゼ阻害剤、免疫チェックポイント調節剤、免疫調節性サイトカイン、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤、抗増殖剤、ホスホネオアンチゲンワクチンまたはCAR-T）は、本明細書に記載されるように単剤療法としてまたは組み合わせて投与され得る。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「がん」という用語は、調節されないまたは異常な細胞成長により特徴づけられる状態を表す。「がん細胞」、「腫瘍細胞」および「腫瘍」という用語は、悪性または良性ならびに前がん性およびがん性のすべての細胞および組織であり得る過剰な分裂により生じる異常な細胞、細胞の塊または集団を表す。
【００５４】
本明細書で使用される場合、「活性化」という用語は、知覚された損傷に対する免疫細胞の応答を表す。免疫細胞が活性化されると、それらは増殖し、炎症促進性サイトカインを分泌し、分化し、抗原を提示し、より極性化し、より食作用性および細胞傷害性となる。免疫細胞の活性化を刺激する因子は、炎症促進性サイトカイン、病原体および非自己抗原提示（例えば、樹状細胞、マクロファージまたはB細胞によって提示される病原体由来の抗原）を含む。
【００５５】
本明細書で使用される場合、「免疫応答を調節する」という用語は、免疫系の細胞における任意の変更または免疫応答に関与する細胞の活性における任意の変更を表す。そのような調節（regulation）または調節（modulation）は、様々な細胞型の数の増加もしくは減少、これらの細胞の活性の増加もしくは減少、または免疫系の中で起こり得る任意の他の変化を含む。免疫応答に関与する細胞は、Tリンパ球（T細胞）、Bリンパ球（B細胞）、ナチュラルキラー（NK）細胞、ILC、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞および好中球を含むがこれらに限定されない。いくつかの例においては、免疫応答の「調節」は、免疫応答が刺激または強化されることを意味し、他の例においては、免疫応答の「調節」は、免疫系の抑制を意味する。
【００５６】
本明細書で使用される場合、「T細胞」という用語は、細胞媒介免疫において中心的な役割を果たすリンパ球の一タイプを表す。T細胞は、細胞表面上のT細胞受容体（TCR）の存在によって他のリンパ球、例えばB細胞およびナチュラルキラー細胞と区別され得る。T細胞には各々別個の機能を有する様々なサブセットが存在する（例えば、エフェクターT細胞およびメモリーT細胞）。
【００５７】
本明細書で使用される場合、「ヘルパーT細胞」（Th細胞）という用語は、B細胞から形質細胞およびメモリーB細胞への成熟ならびに細胞傷害性T細胞およびマクロファージの活性化を含む免疫学的プロセスにおいて他の白血球を支援するT細胞のサブセットを表す。これらの細胞は、それらの表面上にCD4糖タンパク質を発現することから、CD4+ T細胞としても公知である。この細胞は、それらが抗原提示細胞（APC）の表面上に発現されるMHCクラスII分子によりペプチド抗原を提示されると、活性化状態となる。活性化状態となると、それらは急速に分裂し、能動的免疫応答を調節または支援するサイトカインを分泌する。この細胞は、異なるタイプの免疫応答を促進する異なるサイトカインを分泌する様々なサブタイプ（例えば、Th1、Th2、Th3、Th17またはTH9）の1つに分化し得る。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「制御性T細胞」（Treg）という用語は、バイオマーカーCD4、FOXP3およびCD25を発現する免疫抑制性T細胞の部分集団を表す。Tregは、免疫系を調節し、自己抗原に対する寛容性を維持し、自己免疫疾患を防ぎ、また抗腫瘍免疫応答を抑制する。Tregは、腫瘍免疫を抑制し、したがって、がん性細胞の成長を制御する身体の生来の能力を妨げると考えられている。Tregは、IL-2/IL-2受容体依存的およびCTLA-4依存的機構を通じてならびに抑制性サイトカイン（例えば、IL-10およびTGF-ベータ）の産生によりそれらの免疫抑制作用を発揮する。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「ホスホネオアンチゲン」という用語は、同型の非がん性細胞においては生じない任意のリン酸化腫瘍抗原（例えば、細胞の表面上のリン酸化ペプチドまたはタンパク質）を表す。ホスホネオアンチゲンは、調節から外れた発がん性細胞シグナルプロセス、例えば、同型の非がん性細胞と比較してがん細胞において増加したがん関連キナーゼの発現に由来するものであり得る。
【００６０】
本明細書で使用される場合、「がん関連ホスファターゼ」という用語は、同型の野生型細胞と比較してがん細胞において選択的に発現または過剰発現される任意のホスファターゼを表す。がん関連ホスファターゼの発現は、がんに関連する遺伝的変異の結果として起こり得る。がん関連ホスファターゼは、典型的には発生期（例えば、胎児の胎盤細胞において）のみ発現され、がんに関連する遺伝的変異により再活性化されたホスファターゼであり得る。本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼは、本明細書に記載されるように、アルカリホスファターゼ（例えば、ALPP、ALPP-L2およびALPL）、酸ホスファターゼ（例えば、ACPP）ならびにタンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）を含む。
【００６１】
本明細書で使用される場合、「免疫チェックポイント調節剤」という用語は、がんの処置において免疫系を調節するために使用される免疫療法剤を表す。免疫チェックポイント調節剤（例えば、チェックポイント阻害剤）は、i）T細胞またはNK細胞において直接的に抑制経路をブロックする抗体（例えば、PD-1ターゲティング抗体、例えばニボルマブおよびペムブロリズマブ、TIM-3をターゲティングする抗体ならびにLAG-3、2B4、CD160、A2aR、BTLA、CGEN-15049またはKIRをターゲティングする抗体）等の薬剤、ii）T細胞またはNK細胞において直接的に刺激経路を活性化する抗体（例えば、OX40、GITRまたは4-1BBをターゲティングする抗体）等の薬剤、iii）免疫細胞において抑制経路をブロックするまたは抗体依存的細胞傷害性により抑制性の免疫細胞集団を除去する抗体（例えば、CTLA-4ターゲティング抗体、例えば、イピリムマブ、VISTAをターゲティングする抗体、およびPD-L2、Gr1またはLy6Gをターゲティングする抗体）等の薬剤、ならびにiv）がん細胞において直接的に抑制経路をブロックするまたは抗体依存的細胞傷害によりがん細胞に対する細胞傷害性を強化する抗体（例えば、リツキシマブ、PD-L1をターゲティングする抗体およびB7-H3、B7-H4、Gal-9またはMUC1をターゲティングする抗体）等の薬剤、の少なくとも4つの大カテゴリーに分類され得る。例示的な免疫チェックポイント調節剤が、本明細書に提供される。
【００６２】
本明細書で使用される場合、「免疫調節性サイトカイン」という用語は、細胞シグナルに関与する小さなタンパク質を表す。免疫調節性サイトカインは、免疫細胞、例えばT細胞、B細胞、マクロファージおよび肥満細胞により産生および分泌され得、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカインおよび腫瘍壊死因子を含み得る。例示的な免疫調節性サイトカインが、本明細書に提供されている。
【００６３】
本明細書で使用される場合、「骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤」という用語は、対象において骨髄由来抑制細胞の機能を阻害する、例えば、骨髄由来抑制細胞を不活性化する、骨髄由来抑制細胞を成熟細胞に分化させる（完全に分化した骨髄由来抑制細胞は早期の骨髄細胞よりも免疫抑制性が低い）、骨髄由来抑制細胞の発生をブロックする、または骨髄由来抑制細胞の数を減少させる任意の治療剤を表す。骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、当業者に公知であり、骨髄由来抑制細胞の低分子阻害剤、抗体または治療核酸を含み得る。骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）阻害剤、抗VEGF抗体、一酸化窒素シンセターゼ（NOS）阻害剤、CSF-1R阻害剤、アルギナーゼ阻害剤、またはマルチキナーゼ阻害剤を含むがこれらに限定されない。他の例示的な骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、その全体が参照により本明細書に組み入れられるWesolowski et al., J Immunother Cancer. 1: 10 (2013)において提供されている。
【００６４】
本発明の他の特徴および利点は、以下のその好ましい態様の説明からおよび特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【００６５】
発明の詳細な説明
本発明者らは、本明細書に、細胞内のホスホネオアンチゲンの発現のレベルを増加させる（例えば、がん細胞の表面上でのホスホネオアンチゲンの発現を回復させる）ことによって腫瘍抗原性を増加させる方法および組成物を記載する。本発明はまた、免疫細胞によるホスホネオアンチゲンの認識を強化する方法および組成物を提供する。以下に、本発明者らはまた、腫瘍抗原性を増加させるおよび／または免疫細胞によるホスホネオアンチゲンの認識を強化することによるがんの処置のための方法および組成物を記載する。
【００６６】
ホスホネオアンチゲン
がんにおいて蓄積される遺伝的変異は、発がん性シグナル経路を変化させるドライバー変異およびがんに寄与しないパッセンジャー変異の両方を含む。これらのパッセンジャー変異は発がんをもたらすものではないが、一部はネオアンチゲンとして免疫系により認識されるようになり得る。ネオアンチゲンは、免疫系によって認識され得、したがって腫瘍特異的ネオアンチゲンは、免疫系による腫瘍細胞のターゲティングされた細胞殺傷を可能にし得る。
【００６７】
タンパク質残基の変化に加えて、ネオアンチゲンは、タンパク質の翻訳後修飾の変化を通じて生成され得る。例えば、がんにおいて蓄積する遺伝的変異は、免疫系により認識され得るホスホネオアンチゲン（例えば、がん細胞の表面上のタンパク質のがん特異的リン酸化）を生じ得る。
【００６８】
ホスホネオアンチゲンは、自然界には存在しない、調節から外れた発がん性の細胞シグナル伝達プロセスから生じるリン酸化腫瘍抗原のサブセットである。この異常なリン酸化は、「変化した自己」を生成し、このリンタンパク質が分解される際、そのペプチドフラグメントは、リン酸基を保持し、それらが異常であることを示す。
【００６９】
分泌されたホスファターゼは、ペプチドからリン酸基を除去することができる。本発明は、多くのがんががん関連ホスファターゼ、例えば胎盤ホスファターゼを「起動」し（その発現または活性を増加させ）、リンペプチドからそれらのリン酸基をはがし、それによって全体的な腫瘍抗原性を減少させるよう進化するという発見に基づいている。
【００７０】
がん関連ホスファターゼ活性の阻害は、したがって、ホスホネオアンチゲンの破壊を防止し、免疫応答によるがん細胞の検出を可能にする。これらの酵素の特異的阻害剤は、リン酸化腫瘍抗原を回復させ、T細胞による腫瘍の認識を強化し、がん免疫剤、例えば、本明細書に記載されるもの（例えば、チェックポイント調節剤、免疫調節性サイトカインまたは骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤）の活性を拡張する。
【００７１】
がん関連ホスファターゼ
本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼは、同型の野生型細胞と比較してがん細胞において選択的に発現または過剰発現される任意のホスファターゼを含む。がん関連ホスファターゼの発現は、がんに関連する遺伝的変異の結果として起こり得る。がん関連ホスファターゼは、典型的に発生期（例えば、胎児の胎盤細胞において）のみ発現され、がんに関連する遺伝的変異により再活性化されたホスファターゼであり得る。がん関連ホスファターゼの発現は、ホスホネオアンチゲンの脱リン酸化をもたらし、それによってそのがん細胞の腫瘍抗原性を減少させ得る。
【００７２】
アルカリホスファターゼ
本発明において有用な例示的ながん関連ホスファターゼは、アルカリホスファターゼを含む。腸（ALPI）、胎盤（ALPP）、胎盤様（ALPPL2）ならびに組織非特異的（ALPL）（主に肝臓、骨および腎臓において発現される）の、少なくとも4つの別個の、しかし関連するヒトアルカリホスファターゼが存在する。アルカリホスファターゼは、加水分解を媒介する基質リン酸モノエステル部分と共に幾何学的に配位した亜鉛イオンおよびマグネシウムイオンを含む。この機構のために、それらは核酸およびタンパク質の両方により結合されるリン酸基に対して非常に幅広い触媒活性を有する。それらの高い触媒活性から、タンパク質および核酸を脱リン酸化するために生物医学研究において広く利用されており、免疫アッセイ、例えばELISAおよび免疫組織化学において検出剤として抗体に連結される。
【００７３】
アルカリホスファターゼ、胎盤型（ALPP；遺伝子名：ALPP；UniProt P05187）は、主に胎盤で発現される高度に制限された発現を示す。この酵素の正確な生物学的役割は解明されていないが、生化学的に、ALPPは最も熱安定性が高いアルカリホスファターゼであり、かつ化学的阻害に対して比較的耐性である。健常組織およびがん性組織におけるALPPの発現が、図1A〜Cに提供されている。
【００７４】
アルカリホスファターゼ、胎盤様2（ALPP-L2；遺伝子名：ALPPL2；UniProt P10696）は、ALPPと97.3％の配列相同性を示し、ALPPと同一の触媒および生物学的活性を示す。健常組織およびがん性組織におけるALPP-L2の発現が、図2A〜Cに提供されている。
【００７５】
ALPPおよびALPP-L2酵素は、胎盤外の何らかの生理学的プロセスに関与することが知られていない。したがって、これらの酵素のターゲティングは、既存の免疫寛容機構、例えば、がんの免疫逃避に組み入れられることが知られているPD-1/PD-L1および制御性T細胞媒介寛容と比較して高い安全性および寛容性を提供し得る。いずれかの経路の阻害は、重度の自己免疫様毒性に関連することが知られており、そのためこれらのプロセスは、自己寛容性に大きな影響を及ぼすとされている。
【００７６】
アルカリホスファターゼ、腸（ALPI；遺伝子名：ALPI；UniProt P09923）は、消化器刷子縁酵素をコードする。この酵素は、腸において高度に発現され、結腸直腸がん、腎がんおよび肝臓がんにおいても上方調節される。健常組織およびがん性組織におけるALPIの発現が、図3A〜Cに提供されている。
【００７７】
酸ホスファターゼ
他の有用ながん関連ホスファターゼは、酸ホスファターゼを含む。ACP1、ACP2、ACPP（すなわち、ACP3）、ACP5、ACP6およびACPTを含む、組織型によって異なる複数の酸ホスファターゼアイソエンザイムが存在する。
【００７８】
前立腺酸ホスファターゼ（ACPP、PAPまたはPSAPとも呼ばれる）は、専ら前立腺組織において発現される。前立腺がんもまた、非常に高いACPP発現を示す。健常組織およびがん性組織におけるACPPの発現が、図4A〜Cに提供されている。
【００７９】
タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ
がん関連ホスファターゼもまた有用であり、非限定的に、タンパク質セリン／スレオニンホスファターゼ（PSP）を含む。PSPは、リン酸化セリン／スレオニン残基に対して作用するリンタンパク質ホスファターゼである。PPP1（α、β、γ1、γ2）、PPP2（以前は2A）、PPP3（以前は2b、カルシニューリンとしても公知）、PPP2C、PPP4、PPP5およびPPP6を含む、PSPの複数の公知のグループが存在する。
【００８０】
がん関連ホスファターゼの阻害剤
本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼの阻害剤は、典型的に、（例えば、がん細胞の抗原性を増加させることにより）がんを処置するためにホスファターゼの発現、機能またはシグナル伝達を減少させるまたは阻害する。好ましい態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、処置されるがんに関連するがん関連ホスファターゼの特異的阻害剤である。
【００８１】
がん関連ホスファターゼの阻害剤は、多くの異なる様式から選択され得る。がん関連ホスファターゼの阻害剤は、核酸分子（例えば、DNA分子もしくはRNA分子、例えば、mRNA、またはハイブリッドDNA-RNA分子）、ポリペプチド（例えば、抗体分子、例えば、抗体またはその抗原結合フラグメント）、ヌクレアーゼ（例えば、Cas9、TALENまたはZFN）、または低分子（例えば、がん関連ホスファターゼの低分子アンタゴニスト）であり得る。がん関連ホスファターゼの阻害剤はまた、がん関連ホスファターゼの阻害剤を発現するウイルスベクターまたはウイルスベクターを感染させた細胞であり得る。
【００８２】
低分子
好ましい態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、低分子阻害剤、より好ましくはがん関連ホスファターゼ（例えば、ALPP、ALPP-L2、ALPI、ALPL、ACPPまたはPSP）に選択的な低分子阻害剤である。がん関連ホスファターゼの例示的な低分子阻害剤は、ML095、チオホスフェート、L-p-ブロモテトラミゾール、テトラミゾール、レバミゾール、5804079、L-フェニルアラニン、1-パフチルホスフェート、MLS-0315848、MLS0390945およびMLS-0315687（CID-715454）を含む。表1は、これらの例示的なホスファターゼ阻害剤の阻害定数（KiまたはIC50）を提供する（「+」は阻害活性が観察されたが、KiまたはIC50が定量化されなかったことを示す）。
【００８３】
【表１】
2021523098.tif 000002
【００８４】
がん関連ホスファターゼのさらなる低分子阻害剤は、当業者に公知である。がん関連ホスファターゼの低分子阻害剤はまた、がん関連ホスファターゼの活性または発現を減少または阻害するそれらの能力に基づくスクリーニングを通じて同定され得る。低分子は、小ペプチド、ペプチド模倣体（例えば、ペプトイド）、アミノ酸、アミノ酸アナログ、合成ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、通常1モルあたり約5,000グラム未満の分子量を有する有機および無機化合物（ヘテロ有機および有機金属化合物を含む）、例えば、1モルあたり約2,000グラム未満の分子量を有する有機または無機化合物、例えば、1モルあたり約1,000グラム未満の分子量を有する有機または無機化合物、例えば、1モルあたり約500グラム未満の分子量を有する有機または無機化合物、ならびにそのような化合物の塩、エステルおよび他の薬学的に許容される形態を含むがこれらに限定されない。
【００８５】
がん関連ホスファターゼの低分子阻害剤を含む薬学的組成物は、本明細書に記載されるがんの処置用に製剤化され得る。
【００８６】
抗体
がん関連ホスファターゼの阻害剤は、抗体またはその抗原結合フラグメントであり得る。例えば、本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼの阻害剤は、がん関連ホスファターゼと結合パートナーとの間の結合をブロックするがん関連ホスファターゼへの結合を通じてがん関連ホスファターゼの活性および／または機能を減少またはブロックする抗体である。
【００８７】
核酸
いくつかの態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、例えばRNA干渉（RNAi）経路により作用する、阻害性RNA分子である。阻害性RNA分子は、がん関連ホスファターゼの発現レベル（例えば、タンパク質レベルまたはmRNAレベル）を減少させ得る。例えば、阻害性RNA分子は、がん関連ホスファターゼをターゲティングする短鎖干渉性RNA、短鎖ヘアピンRNAおよび／またはマイクロRNAを含む。siRNAは、典型的に約19〜25塩基対の長さを有する二本鎖RNA分子である。shRNAは、RNAiを通じて標的遺伝子の発現を減少させるヘアピンターンを含むRNA分子である。shRNAは、プラスミド、例えばウイルスまたは細菌ベクターの形態で、例えばトランスフェクション、エレクトロポレーションまたは形質導入により、細胞に送達され得る。マイクロRNAは、典型的に約22ヌクレオチドの長さを有する非コードRNA分子である。miRNAは、mRNA分子上の標的部位に結合し、例えばmRNAの切断、mRNAの不安定化またはmRNAの翻訳の阻害を引き起こすことによって、mRNAを静止させる。いくつかの態様において、阻害性RNA分子は、負の機能調節因子または正の機能調節因子のレベルおよび／または活性を減少させる。他の態様において、阻害性RNA分子は、正の機能調節因子の阻害剤のレベルおよび／または活性を減少させる。
【００８８】
阻害性RNA分子は、例えば、修飾されたヌクレオチド、例えば2'-フルオロ、2'-o-メチル、2'-デオキシ、アンロック核酸、2'-ヒドロキシ、ホスホロチオエート、2'-チオウリジン、4'-チオウリジン、2'-デオキシウリジンを含むよう修飾され得る。学説により拘束されるものではないが、特定の修飾は、ヌクレアーゼ耐性および／または血清安定性を増加させ得るまたは免疫原性を減少させ得ると考えられる。
【００８９】
いくつかの態様において、阻害性RNA分子は、がん関連ホスファターゼのレベルおよび／または活性もしくは機能を減少させる。他の態様において、阻害性RNA分子は、がん関連ホスファターゼの分解を増加させるおよび／またはがん関連ホスファターゼの安定性を減少させる。阻害性RNA分子は、化学的に合成され得るまたはインビトロで転写され得る。
【００９０】
非コードRNA、例えばリボザイム、RNAse P、siRNAおよびmiRNAに基づく阻害性治療剤の製造および使用もまた、例えば、Sioud, RNA Therapeutics: Function, Design, and Delivery (Method in Molecular Biology). Humana Press 2010に記載されるように、当技術分野で公知である。
【００９１】
ウイルスベクター
がん関連ホスファターゼ阻害剤は、ウイルスベクター（例えば、がん関連ホスファターゼ阻害剤を発現するウイルスベクター）によって送達され得る。ウイルスベクターは、がんを処置するために腫瘍に直接投与（例えば、注射）され得る。
【００９２】
ウイルスゲノムは、哺乳類細胞への外因性遺伝子の効率的な送達のために使用され得るベクターの豊かな供給源を提供する。ウイルスゲノムは、そのゲノムに含まれるポリヌクレオチドが典型的に一般化されたまたは専門化された形質導入によって哺乳類細胞の核ゲノムに組み込まれるため、遺伝子送達において特に有用なベクターである。これらのプロセスは、天然のウイルス複製周期の一部として起こり、遺伝子組み込みを誘導するために追加のタンパク質または試薬を必要としない。ウイルスベクターの例は、レトロウイルス（例えば、レトロウイルス科ウイルスベクター）、アデノウイルス（例えば、Ad5、Ad26、Ad34、Ad35およびAd48）、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、例えばオルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病および水泡口炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）、プラス鎖RNAウイルス、例えばピコルナウイルスおよびアルファウイルス、ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス1型および2型、エプスタイン・バーウイルス、サイトメガロウイルス、複製欠損ヘルペスウイルス）およびポックスウイルス（例えば、ワクニシア、改変ワクシニア・アンカラ（MVA）、鶏痘およびカナリア痘）を含む二本鎖DNAウイルスを含む。他のウイルスは、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポーバウイルス、ヘパドナウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒト泡沫状ウイルス、および肝炎ウイルスを含む。レトロウイルスの例は、トリ白血病肉腫、トリC型ウイルス、哺乳類C型、B型ウイルス、D型ウイルス、オンコレトロウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、アルファレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、スプマウイルス（Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, Virology (Third Edition) Lippincott-Raven, Philadelphia, 1996）を含む。他の例は、マウス白血病ウイルス、マウス肉腫ウイルス、マウス乳がんウイルス、ウシ白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス、ヒヒ内在性ウイルス、テナガザル白血病ウイルス、メイソンファイザーサルウイルス、サル免疫不全ウイルス、サル肉腫ウイルス、ラウス肉腫ウイルスおよびレンチウイルスを含む。
【００９３】
併用療法
本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼの阻害剤は、がんの処置のための第2の治療剤と組み合わせて投与され得る。いくつかの態様において、第2の治療剤は、腫瘍型、起源となった腫瘍組織、腫瘍のステージ、または腫瘍により発現される遺伝子における変異に基づき選択される。
【００９４】
免疫チェックポイント調節剤
本発明の好ましい態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、免疫チェックポイント調節剤と組み合わせ投与される。いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるとき、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも少ない用量（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも1％、2％、5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％もしくは100％またはそれ未満の用量）で投与される。いくつかの態様において、免疫チェックポイント調節剤の治療活性は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるときに強化される。
【００９５】
免疫チェックポイント調節剤（チェックポイント阻害剤としても公知）は、i）T細胞またはNK細胞において直接的に抑制経路をブロックする抗体（例えば、PD-1ターゲティング抗体、例えばニボルマブおよびペムブロリズマブ、TIM-3をターゲティングする抗体ならびにLAG-3、2B4、CD160、A2aR、BTLA、CGEN-15049またはKIRをターゲティングする抗体）等の薬剤、ii）T細胞またはNK細胞において直接的に刺激経路を活性化する抗体（例えば、OX40、GITRまたは4-1BBをターゲティングする抗体）等の薬剤、iii）免疫細胞において抑制経路をブロックするまたは抗体依存的細胞傷害性により抑制性の免疫細胞集団を除去する抗体（例えば、CTLA-4ターゲティング抗体、例えば、イピリムマブ、VISTAをターゲティングする抗体、およびPD-L2、Gr1またはLy6Gをターゲティングする抗体）等の薬剤、ならびにiv）がん細胞において直接的に抑制経路をブロックするまたは抗体依存的細胞傷害によりがん細胞に対する細胞傷害性を強化する抗体（例えば、リツキシマブ、PD-L1をターゲティングする抗体およびB7-H3、B7-H4、Gal-9またはMUC1をターゲティングする抗体）等の薬剤、の少なくとも4タイプ存在する。本明細書に記載されるそのような薬剤は、例えば、当技術分野で公知の従来的方法によって設計および製造され得る（例えば、Templeton, Gene and Cell Therapy, 2015; Green and Sambrook, Molecular Cloning, 2012）。
【００９６】
例示的な有用な免疫チェックポイント阻害剤は、抗PD-1抗体、抗CTLA-4抗体、抗TIM-3抗体、抗NKG2A抗体、抗LAG-3抗体、抗cMet抗体、抗CTLA-4/PD-1二重特異性抗体、抗TIM-3/PD-1二重特異性抗体、抗PD1/LAG3二重特異性抗体、抗PD-1/cMet二重特異性抗体、またはそれらの抗原結合フラグメントを含む。
【００９７】
さらなる例示的な免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテリズマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、ピディリズマブ、セミプリマブ、チスレリズマブ、JS001、MEDI0680、BCD-100、JNJ-63723283、CBT-501、TSR-042、MGA012、PF-06801591、KN035、LZM009、XmAb20717、AGEN2034、Sym021、AK105、AK104、HLX10、CS1003、STI-1110、MGD013、MCLA-134、AM001またはEDI5752を含む。
【００９８】
免疫調節性サイトカイン
好ましい態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、免疫調節性サイトカインと組み合わせて投与される。例えば、免疫調節性サイトカインは、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるとき、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも少ない用量（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも1％、2％、5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％もしくは100％またはそれ未満の用量）で投与される。別の例において、免疫調節性サイトカインの治療活性は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるときに強化される。
【００９９】
免疫調節性サイトカインは、細胞シグナルに関与する小さなタンパク質である。免疫調節性サイトカインは、免疫細胞、例えばT細胞、B細胞、マクロファージおよび肥満細胞により産生および分泌され得、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカインおよび腫瘍壊死因子を含む。
【０１００】
本明細書に記載される免疫調節性サイトカインは、炎症を減少させる免疫細胞により産生または分泌される抗炎症性サイトカインを含む。抗炎症性サイトカインを産生および分泌する免疫細胞は、T細胞（例えば、Th細胞）、マクロファージ、B細胞および肥満細胞を含む。抗炎症性サイトカインは、IL4、IL-10、IL-11、IL-13、インターフェロンアルファ（IFNα）および形質転換成長因子ベータ（TGFβ）を含む。
【０１０１】
さらなる免疫調節性サイトカインは、隣接細胞間での方向づけられた化学走性を誘導し得る小さなケモカインを含む。そのようなケモカインの例示的なクラスは、CCケモカイン、CXCケモカイン、CケモカインおよびCXC3ケモカインを含む。ケモカインは、単球、マクロファージ、T細胞、肥満細胞、好酸球および好中球の遊走およびホーミングを含む、免疫細胞の遊走およびホーミングを調節し得る。免疫細胞の遊走を担うケモカインは、CCL19、CCL21、CCL14、CCL20、CCL25、CCL27、CXCL12、CXCL13、CCR9、CCR10およびCXCR5を含む。炎症または損傷部位への炎症性白血球の遊走を指示し得るケモカインは、CCL2、CCL3、CCL5、CXCL1、CXCL2およびCXCL8を含む。
【０１０２】
好ましくは、そのような免疫調節性サイトカインは、インターロイキンまたはインターフェロン、例えば、IL-2、IL-12、IL-15、IFNα、IFNβ、IFNγまたは天然に存在するサイトカインの合成模倣体（例えば、IL-2およびIL-15活性を模倣するNeo-2/15）から選択される。
【０１０３】
骨髄由来抑制細胞（MDSC）を阻害する薬剤
好ましい態様において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤と組み合わせて投与される。例えば、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるとき、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも少ない用量（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害剤の非存在下で投与されるときよりも1％、2％、5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％もしくは100％またはそれ未満の用量）で投与される。別の例において、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤の治療活性は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与されるときに強化される。
【０１０４】
骨髄由来抑制細胞は、がん、炎症および感染の状況で増加する未成熟骨髄細胞の異種集団である。悪性の状況において、骨髄由来抑制細胞は、腫瘍が分泌する成長因子により誘導される。骨髄由来抑制細胞は、様々な機構、例えば、アルギナーゼ1の産生、活性酸素種および一酸化窒素の放出ならびに免疫抑制性サイトカインの分泌を通じて、宿主の免疫応答の抑制において重要な役割を果たす。これにより、悪性細胞の成長に必要とされる寛容な免疫環境が形成される。骨髄由来抑制細胞はまた、血管新生および腫瘍浸潤にも寄与し得る。
【０１０５】
骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、当業者に公知であり、骨髄由来抑制細胞の低分子阻害剤、抗体または治療核酸を含み得る。骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）阻害剤、抗VEGF抗体、一酸化窒素シンセターゼ（NOS）阻害剤、CSF-1R阻害剤、アルギナーゼ阻害剤、またはマルチキナーゼ阻害剤を含む。他の例示的な骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤は、その全体が参照により本明細書に組み入れられるWesolowski et al., J Immunother Cancer. 1: 10 (2013)に提供される。
【０１０６】
抗増殖剤
1つまたは複数の抗増殖剤（例えば、1つまたは複数の化学療法剤）は、がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与され得る。抗増殖剤は、アルキル化剤、代謝拮抗剤、葉酸アナログ、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよび関連阻害剤、ビンカアルカロイド、エピポドフィロトキシン（epipodopyyllotoxin）、抗生物質、L-アスパラギナーゼ、トポイソメラーゼ阻害剤、インターフェロン、白金配位錯体、アントラセンジオン置換尿素、メチルヒドラジン誘導体、副腎皮質抑制剤、副腎皮質コルチコステロイド、黄体ホルモン、エストロゲン、抗エストロゲン、アンドロゲン、抗アンドロゲン、および性腺刺激ホルモン放出ホルモンアナログを含む。5-フルオロウラシル（5-FU）、ロイコボリン（LV）、イリノテカン（irenotecan）、オキサリプラチン、カペシタビン、パクリタキセルおよびドセタキセル（doxetaxel）も含まれる。化学療法剤の非限定的な例は、アルキル化剤、例えばチオテパおよびシクロホスファミド；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ（meturedopa）およびウレドパ（uredopa）；エチレンイミンならびにアルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド（triethiylenethiophosphoramide）およびトリメチロールメラミン（trimethylolomelamine）を含むメチルメラミン（methylamelamine）；アセトゲニン（特にブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（その合成アナログであるトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；CC-1065（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン1およびクリプトフィシン8）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（その合成アナログであるKW-2189およびCB1-TM1を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン（novembichin）、フェネステリン（phenesterine）、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムスチン（ranimnustine）；抗生物質、例えばエンジイン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマIIおよびカリケアマイシンオメガII；ジネマイシンAを含むジネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連色素タンパク質であるエンジイン系抗生物質クロモフォア）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン���よびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンC、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン（quelamycin）、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキサートおよび5-フルオロウラシル（5-FU）；葉酸アナログ、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎皮質、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補給剤、例えばフォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォミシン（elfomithine）；酢酸エリプチニウム；エポシロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えばメイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；2-エチルヒドラジド；プロカルバジン；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；2,2',2''-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にT-2毒素、ベラキュリンA、ロリジンAおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（gacytosine）；アラビノシド（「Ara-C」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル；クロラムブシル（chloranbucil）；ゲムシタビン；6-チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金配位錯体、例えばシスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金、エトポシド（VP-16）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、CPT-11）；トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000；ジフルオロメチルオルニチン（DMFO）；レチノイド、例えばレチノイン酸；カペシタビン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体を含む。本明細書に記載される第1の治療剤と組み合わせて投与されるカクテルにおいて、2つまたはそれ以上の抗増殖剤が使用され得る。併用化学療法の適当な投薬計画は、当技術分野で公知である。
【０１０７】
非薬物療法
がん関連ホスファターゼの阻害剤と組み合わせて投与され得る別のタイプの薬剤は、非薬物処置である治療剤である。例えば、第2の治療剤は、腫瘍組織の放射線療法、凍結療法、温熱療法および／または外科的切除である。
【０１０８】
ホスホネオアンチゲンワクチン
がん細胞の免疫認識を増加させる上で、対象（例えば、がんを有するまたはがんを発症する危険のあるヒト対象）に、ホスホネオアンチゲンおよび任意で適当なアジュバントをワクチン接種する方法も有用である。対象のワクチン接種は、対象にホスホネオアンチゲンおよび任意で適当なアジュバントを、ホスホネオアンチゲンに対する免疫応答を誘導するのに十分な量で投与する工程を含む。ホスホネオアンチゲンは、本明細書に記載されるホスホネオアンチゲン、例えば、がん関連ホスファターゼの発現または過剰発現に関連するホスホネオアンチゲンであり得る。
【０１０９】
本明細書に記載されるホスホネオアンチゲンワクチンは、対象に単剤療法としてまたは併用療法として（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害剤、免疫調節性サイトカイン、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤、抗増殖剤、免疫チェックポイント調節剤または本明細書に記載される任意の他の治療剤との併用療法として）投与され得る。好ましい態様において、ホスホネオアンチゲンワクチンは、がん関連ホスファターゼの阻害剤との併用療法として投与される。
【０１１０】
（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、ホスホネオアンチゲンをワクチン接種した際のがん細胞に対する免疫応答を強化し得る（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされるホスホネオアンチゲンでのワクチン接種の用量を減少させる（例えば、その用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【０１１１】
抗がんワクチン（例えば、腫瘍特異的抗原を含むがんワクチン）を投与することによりがんを処置する方法は、当業者に公知である；例えば、Buonaguro et al. Clin Vaccine Imunol. 18(1): 23-34 (2011)；およびTagliamonte et al. Hum Vaccin Immunother. 10(11): 3332-3346 (2014)を参照のこと。ホスホネオアンチゲンワクチンは、ホスホネオアンチゲンに特異的な免疫応答を誘発するのに必要とされるホスホネオアンチゲンのすべてまたは任意の一部分を含み得る。
【０１１２】
操作T細胞
単剤療法としてまたは本明細書に記載される方法および組成物と組み合わせてのいずれかで用いられ得る別の治療法は、キメラ抗原受容体（CAR）-T療法または特定のがん抗原（例えば、ホスホネオアンチゲン）を認識するCARを発現するよう改変されたリンパ球、例えば自己または同種異系T細胞を用いる療法である。一般に、CARは、ヒンジおよび膜貫通領域を通じてT細胞シグナル伝達分子の細胞質ドメインに連結された腫瘍関連抗原（TAA)に特異的な抗体または結合ドメインの単鎖可変フラグメント（scFv）領域を含む。最も一般的なリンパ球活性化部分は、T細胞エフェクター機能誘発（例えば、CD3ζ）部分と直列にT細胞共刺激ドメイン（例えば、CD28および／またはCD137）を含む。CARは、T細胞の反応性をリダイレクトし、モノクローナル抗体の抗原結合特性を利用して非MHCクラス拘束様式で選択された標的に特異的になる能力を有する。非MHCクラス拘束抗原認識は、CAR-T細胞に、主要な腫瘍逃避機構を回避する能力を付与する。
【０１１３】
本発明は、対象（例えば、がんを有するまたはがんを発症する危険のあるヒト対象）への、T細胞受容体（TCR）を発現するよう遺伝子改変されたT細胞の投与を提供し、ここでTCRはホスホネオアンチゲンに特異的に結合する。
【０１１４】
遺伝子改変されたT細胞は、対象に、単剤療法としてまたは併用療法として（例えば、本明細書に記載されるがん関連ホスファターゼの阻害剤、免疫調節性サイトカイン、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤、抗増殖剤、免疫チェックポイント調節剤もしくは任意の他の治療剤との併用療法として）投与され得る。好ましい態様において、遺伝子改変されたT細胞は、がん関連ホスファターゼの阻害剤との併用療法として投与される。
【０１１５】
いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、遺伝子操作されたT細胞を投与した際のがん細胞に対する免疫応答を強化し得る（例えば、免疫応答を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上強化する）。いくつかの態様において、（例えば、がん関連ホスファターゼの阻害による）がん細胞におけるホスホネオアンチゲンの発現の増加は、治療効果を達成するために必要とされる遺伝子操作されたT細胞の用量を減少させる（例えば、その用量を1％、2％、5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、500％もしくは1000％またはそれ以上減少させる）。
【０１１６】
免疫細胞の調節
本明細書に記載される方法は、対象または細胞に、細胞の抗原性および／または対象の免疫応答を調節するのに十分な用量（例えば、有効量）および期間、治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を投与することにより、対象または細胞において細胞の抗原性を調節するおよび／または免疫応答を調節するのに有用である。これらの方法は、免疫応答を調節する必要のある対象、例えばがんを有する対象を処置するために使用され得る。免疫応答を調節する1つの方法は、免疫細胞の活性を調節することである。この調節は、インビボで（例えば、ヒト対象もしくは動物モデルにおいて）またはインビトロで（例えば、素早く単離または培養された細胞、例えば患者、寄託機関のヒト細胞もしくは細胞株由来のヒト細胞、またはげっ歯類細胞において）行われ得る。調節され得る細胞型は、T細胞（例えば、末梢T細胞、細胞傷害性T細胞/CD8+ T細胞、Tヘルパー細胞/CD4+ T細胞、メモリーT細胞、制御性T細胞/Treg、ナチュラルキラーT細胞/NKT、粘膜関連インバリアントT細胞およびガンマデルタT細胞）、B細胞（例えば、メモリーB細胞、形質芽球、形質細胞、濾胞性B細胞/B-2細胞、辺縁帯B細胞、B-1細胞、制御性B細胞/Breg）、樹状細胞（例えば、骨髄DC/通常型DC、形質細胞様DCまたは濾胞性DC）、顆粒球（例えば、好酸球、肥満細胞、好中球および好塩基球）、単球、マクロファージ（例えば、末梢マクロファージまたは組織常在型マクロファージまたは腫瘍常在型マクロファージ）、骨髄由来抑制細胞、ナチュラルキラー（NK）細胞、自然リンパ球（ILC1、ILC2、ILC3）、胸腺細胞ならびに巨核球を含む。
【０１１７】
有効量の本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を対象に投与するまたは細胞に接触させることにより調節され得る免疫細胞の活性は、活性化（例えば、マクロファージ、T細胞、NK細胞、ILC、B細胞、樹状細胞、好中球、好酸球または好塩基球の活性化）、食作用（例えば、マクロファージ、好中球、単球、肥満細胞、B細胞、好酸球または樹状細胞の食作用）、抗体依存細胞媒介食作用（例えば、単球、マクロファージ、好中球または樹状細胞によるADCP）、抗体依存細胞媒介細胞傷害性（例えば、NK細胞、ILC、単球、マクロファージ、好中球、好酸球、樹状細胞またはT細胞によるADCC）、極性化（M1もしくはM2表現型へのマクロファージの極性化またはT細胞の極性化）、増殖（例えば、B細胞、T細胞、単球、マクロファージ、樹状細胞、NK細胞、ILC、肥満細胞、好中球、好酸球または好塩基球の増殖）、リンパ節ホーミング（例えば、T細胞、B細胞、樹状細胞またはマクロファージのリンパ節ホーミング）、リンパ節移出（例えば、T細胞、B細胞、樹状細胞またはマクロファージのリンパ節移出）、動員（例えば、B細胞、T細胞、単球、ILC、マクロファージ、樹状細胞、NK細胞、肥満細胞、好中球、好酸球または好塩基球の動員）、遊走（例えば、B細胞、T細胞、単球、マクロファージ、樹状細胞、NK細胞、ILC、肥満細胞、好中球、好酸球または好塩基球の遊走）、分化（例えば、制御性T細胞の分化）、免疫細胞のサイトカイン産生、抗原提示（例えば、樹状細胞、マクロファージおよびB細胞の抗原提示）、成熟（例えば、樹状細胞の成熟）、ならびに脱顆粒（例えば、肥満細胞、NK細胞、ILC、細胞傷害性T細胞、好中球、好酸球または好塩基球）を含む。リンパ節またはリンパ器官の神経支配、高内皮細静脈（HEV）の発生および異所性または三次リンパ器官（TLO）の発生もまた、本明細書に記載される方法を用いて調節され得る。調節は、細胞と接触させるまたは対象を処置するために使用される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）に依存して、これらの活性を増加または減少させ得る。
【０１１８】
いくつかの態様において、有効量の治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、対象または細胞において以下の免疫細胞活性の1つまたは複数（例えば、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上）を調節する（例えば、増加または減少させる）のに十分な量である：T細胞の極性化；T細胞の活性化、樹状細胞の活性化；好中球の活性化；好酸球の活性化；好塩基球の活性化；T細胞の増殖；B細胞の増殖；T細胞の増殖；単球の増殖；マクロファージの増殖；樹状細胞の増殖；NK細胞の増殖；ILCの増殖；肥満細胞の増殖；好中球の増殖；好酸球の増殖；好塩基球の増殖；細胞傷害性T細胞の活性化；単球の循環；末梢血造血幹細胞；マクロファージの極性化；マクロファージの食作用；マクロファージのADCP；好中球の食作用；単球の食作用；肥満細胞の食作用；B細胞の食作用；好酸球の食作用；樹状細胞の食作用；マクロファージの活性化；抗原提示（例えば、樹状細胞、マクロファージおよびB細胞の抗原提示）；抗原提示細胞の遊走（例えば、樹状細胞、マクロファージおよびB細胞の遊走）；リンパ節免疫細胞ホーミングおよび細胞移出（例えば、T細胞、B細胞、樹状細胞またはマクロファージのリンパ節ホーミングおよび移出）；NK細胞の活性化；NK細胞のADCC；肥満細胞の脱顆粒化；NK細胞の脱顆粒化；ILCの活性化、ILCのADCC；ILCの脱顆粒化；細胞傷害性T細胞の脱顆粒化；好中球の脱顆粒化；好酸球の脱顆粒化；好塩基球の脱顆粒化；好中球の動員；好酸球の動員；NKT細胞の活性化；B細胞の活性化；制御性T細胞の分化；樹状細胞の成熟；HEVの発生；TLOの発生；またはリンパ節もしくは二次リンパ器官の神経支配。特定の態様において、免疫応答（例えば、本明細書に列挙される免疫細胞活性）は、投与前と比較して、対象または細胞において少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、100％、150％、200％、300％、400％、500％またはそれ以上増加または減少する。特定の態様において、免疫応答は、対象または細胞において5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％、20〜70％、50〜200％、100〜500％増加または減少する。
【０１１９】
患者を処置するためまたは細胞と接触させるために治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を投与した後、読み取り値を使用して免疫細胞の活性に対する効果が評価され得る。免疫細胞の活性は、特定の免疫細胞型に関連するサイトカインまたはマーカーを測定することによって評価され得る。特定の態様において、パラメータは、投与前と比較して、対象において少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、100％、150％、200％、300％、400％、500％またはそれ以上増加または減少する。特定の態様において、パラメータは、対象において、5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％、20〜70％、50〜200％、100〜500％増加または減少する。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、本明細書中以下に記載される免疫細胞の活性を調節するのに十分な用量（例えば、有効量）および期間、投与され得る。
【０１２０】
別の例において、患者を処置するためまたは細胞と接触させるために治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を投与した後、読み取り値を使用して免疫細胞の遊走に対する効果が評価され得る。免疫細胞の遊走は、関心対象の場所（例えば、腫瘍転移部位、リンパ節、二次リンパ器官、三次リンパ器官）において免疫細胞の数を測定することによって評価され得る。免疫細胞の遊走はまた、免疫細胞の遊走に関連するケモカイン、受容体またはマーカーを測定することによって評価され得る。特定の態様において、パラメータは、投与前と比較して、対象において少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、100％、150％、200％、300％、400％、500％またはそれ以上増加または減少する。特定の態様において、パラメータは、対象において、5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％、20〜70％、50〜200％、100〜500％増加または減少する。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、本明細書中以下に記載される免疫細胞の遊走を調節するのに十分な用量（例えば、有効量）および期間、投与され得る。
【０１２１】
本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、免疫細胞の遊走に影響し得る。末梢組織、血液およびリンパ系ならびにリンパ器官の間の免疫細胞の遊走は、効果的な自然および適応免疫応答の編成に必須である。免疫細胞の遊走は、大部分が、インテグリン、免疫グロブリン細胞接着分子（IgSF CAM）、カドヘリン、セレクチンおよびケモカインと呼ばれる小サイトカインのファミリーを含む輸送分子により調節される。細胞接着分子およびケモカインは、循環から末梢組織への滲出を誘導することおよび末梢組織自体の中でガイダンスキューとして作用することの両方によって免疫細胞の遊走を調節する。滲出を起こすために、ケモカインは、免疫細胞の捕捉、ローリング、停止および血液内皮関門を通じた移動の多段階カスケードを実行するようC型レクチン（L-、P-およびE-セレクチン）、複数のインテグリンおよび細胞接着分子（ICAM-1、VCAM-1およびMAdCAM-1）を含む複数の輸送分子と協調して作用しなければならない。いくつかの輸送分子は、構成的に発現され、ホメオスタシスの間の免疫細胞の遊走を管理し、他は炎症プロセス、例えば自己免疫およびがんによって個別に上方調節される。
【０１２２】
さらに他の例において、本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、T細胞の増殖、T細胞の活性化、T細胞の分化またはT細胞のサイトカイン産生（例えば、T細胞の炎症促進性サイトカイン、例えばIFNγの産生）の1つまたは複数を増加させる。いくつかの態様において、T細胞は、エフェクターT細胞、ヘルパーT細胞、Th1細胞、Th2細胞またはTh17細胞である。いくつかの態様において、本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、炎症を増加させる。
【０１２３】
がん
本明細書に記載される方法は、有効量の本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を対象に投与することにより対象においてがんを処置するために使用され得る。この方法は、がんを処置するのに十分な用量（例えば、有効量）および期間、本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を対象に局所（例えば、腫瘍内）投与する工程を含み得る。
【０１２４】
本明細書に記載される方法はまた、それを必要とする対象において免疫応答、例えば、抗腫瘍免疫応答を強化または増加させるために使用され得る。例えば、対象は、がん、例えば本明細書に記載されるがんを有する。本明細書に記載される方法はまた、免疫応答を強化する必要のある対象を選択する、例えば、がんを有するまたはがんを発症する危険のある対象を選択する工程を含み得る。
【０１２５】
治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、がんを処置するのに十分な量で投与され得る。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、対象（例えば、ヒト対象もしくは動物モデル）においてまたはがん細胞培養物（例えば、患者の腫瘍サンプル、がん細胞株もしくは患者サンプルの寄託機関から得られる培養物）においてがん細胞死を増加させることによってがんを処置し得る。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、対象またはがん細胞培養物への投与前と比較して、がん細胞死を少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％またはそれ以上増加させ得る。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、対象またはがん細胞培養物において、がん細胞死を5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％または20〜70％増加させ得る。
【０１２６】
治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）はまた、がん細胞の成長、増殖、転移、遊走または浸潤を阻害するよう作用し得る、例えば、この方法は、がん細胞の成長、増殖、転移、遊走または浸潤を阻害するのに十分な量（例えば、有効量）および期間、治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を対象（例えば、ヒト対象もしくは動物モデル）またはがん細胞培養物（例えば、患者の腫瘍サンプル、がん細胞株もしくは患者サンプルの寄託機関から得られる培養物）に投与する工程を含み得る。がん細胞の成長、増殖、転移、遊走または浸潤は、治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）の投与前と比較して、対象またはがん細胞培養物において少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％またはそれ以上減少し得る。がん細胞の成長、増殖、転移、遊走または浸潤は、対象またはがん細胞培養物において5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％または20〜70％減少し得る。
【０１２７】
がんのタイプ
本明細書に記載される方法において、がんまたは新生物は、任意の固形または液状がんであり得、胃腸がん（例えば、非転移性または転移性結腸直腸がん、膵がん、胃がん、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、口腔がん、口唇がん）、尿生殖器がん（例えば、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、腎細胞がん、膀胱がん、陰茎がん）；婦人科がん（例えば、卵巣がん、子宮頸がん、子宮内膜がん）；肺がん（例えば、小細胞肺がんおよび非小細胞肺がん）；頭頸部がん（例えば、頭頸部扁平上皮がん）；悪性神経膠腫、星状細胞腫、網膜芽細胞腫および脳転移物を含むCNSがん；悪性中皮腫；非転移性または転移性乳がん（ホルモン不応性転移性乳がん）；皮膚がん（例えば、悪性黒色腫、基底および扁平上皮細胞皮膚がん、メルケル細胞がん、皮膚のリンパ腫、カポジ肉腫）；甲状腺がん；骨および軟部組織肉腫；ならびに血液新生物（例えば、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、急性リンパ芽球性白血病、ホジキンリンパ腫）を含む、良性または悪性腫瘍および過形成物を含む。
【０１２８】
本明細書に記載される方法にしたがい処置され得るさらなるがんは、乳がん、肺がん、胃がん、結腸がん、肝臓がん、腎がん、結腸直腸がん、前立腺がん、膵がん、子宮頸がん、肛門がん、外陰がん、陰茎がん、膣がん、精巣がん、骨盤がん、甲状腺がん、子宮がん、直腸がん、脳がん、頭頸部がん、食道がん、気管支がん、胆嚢がん、卵巣がん、膀胱がん、口腔がん、口腔咽頭がん、喉頭がん、胆管がん、皮膚がん、中枢神経系のがん、呼吸器系のがんおよび尿路系のがんを含む。乳がんの例は、トリプルネガティブ乳がん、トリプルポジティブ乳がん、HER2陰性乳がん、HER2陽性乳がん、エストロゲン受容体陽性乳がん、エストロゲン受容体陰性乳がん、プロゲステロン受容体陽性乳がん、プロゲステロン受容体陰性乳がん、非浸潤性乳管がん（DCIS）、浸潤性乳管がん、浸潤性小葉がん、炎症性乳がん、乳頭のページェット病および葉状腫瘍を含むがこれらに限定されない。
【０１２９】
本明細書に記載される方法にしたがい処置され得る他のがんは、白血病（例えば、B細胞白血病、T細胞白血病、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（CML）、急性リンパ性（リンパ芽球性）白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）および赤白血病）、肉腫（例えば、血管肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、線維肉腫、胃腸間質肉腫、平滑筋肉腫（leiomyosarcoma）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫、悪性線維性細胞腫、骨肉腫、多形肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、脈管肉腫、カポジ肉腫、皮膚線維肉腫、類上皮肉腫、平滑筋肉腫（leyomyosarcoma）および神経線維肉腫）、がん腫（例えば、基底細胞がん、大細胞がん、小細胞がん、非小細胞肺がん、腎がん、肝がん、胃がん、絨毛がん、腺がん、肝細胞がん、巨（またはえんばく）細胞がん、扁平上皮がん、腺扁平上皮がん、退形成性がん（anaplastmic carcinoma）、副腎皮質がん、胆管がん、メルケル細胞がん、非浸潤性乳管がん（DCIS）および浸潤性乳管がん）、芽腫（例えば、肝芽腫、髄芽腫、腎芽腫、神経芽種、膵芽腫、胸膜肺芽腫、網膜芽腫および多形膠芽腫）、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫およびバーキットリンパ腫）、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫、形質細胞腫、限局性骨髄腫（localized myeloma）および髄外骨髄腫）、黒色腫（例えば、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、悪性黒子型黒色腫、肢端黒子型黒色腫および無色素性黒色腫）、神経腫（例えば、神経節神経腫、パチニ神経腫（Pacinian neuroma）および聴神経腫瘍）、神経膠腫（例えば、星状細胞腫、乏突起星細胞腫、上衣腫、脳幹部神経膠腫、視神経膠腫および乏突起星細胞腫）、褐色細胞腫、髄膜腫、悪性中皮腫ならびにウイルス誘導がんを含む。
【０１３０】
がんは、高度に神経支配された、転移性、非転移性のがん、または良性（例えば良性腫瘍）であり得る。がんは、原発性腫瘍または転移腫瘍であり得る。
【０１３１】
いくつかの態様において、がんは、免疫療法を用いて処置されるがん（例えば、黒色腫、非小細胞肺がん、腎がん、腎細胞がん、膀胱がん、頭頸部がん、ホジキンリンパ腫、白血病、尿路上皮がん、胃がん、高頻度マイクロサテライト不安定性がん、結腸直腸がんまたは肝細胞がん）である。いくつかの態様において、がんは、免疫療法が有効でないがん（例えば、免疫療法を用いて処置できないがんまたは免疫療法を用いた処置に応答しなかったがん）である。
【０１３２】
本明細書に記載される方法を用いて処置され得る対象は、1つもしくは複数の腫瘍が切除された対象、化学療法もしくはがんに対する他の薬理学的処置を受けた対象、放射線療法を受けた対象、および／またはがんに対する他の治療を受けた対象を含む。本明細書に開示される方法を用いて処置され得る対象は、免疫療法に応答しない対象を含む。以前にがんの処置を受けていない対象もまた、本明細書に開示される方法を用いて処置され得る。
【０１３３】
処置方法
投与
がんの処置のための有効量の本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、標準的な方法によって対象に投与され得る。例えば、薬剤は、例えば、静脈内、皮内、皮下、経皮（percutaneous）、注射、経口、経皮（transdermal）（局所）または経粘膜を含む任意の多くの異なる経路によって投与され得る。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、経口投与され得るまたは注射により、例えば筋内もしくは静脈内投与され得る。その症例において最も適した投与経路は、投与される具体的薬剤、患者、処置される具体的疾患または状態、製剤化方法、投与方法（例えば、投与時間および投与経路）、患者の年齢、体重、性別、処置される疾患の重篤度、患者の食事ならびに患者の排せつ率に依存するであろう。薬剤は、選択された部位、例えば腫瘍部位への送達のために、カプセル化または、例えば粘性形態で、注射され得る。薬剤は、その薬剤を選択された部位に送達することができるマトリクスに含まれて提供され得る。マトリクスは、薬剤のゆるやかな放出を提供し得、かつ細胞への侵入に適当な提示および適切な環境を提供し得る。マトリクスは、他の移植医療用途で現在使用されている材料から形成され得る。マトリクス材料の選択は、生体適合性、生分解性、機械的特性ならびに美容的外観および境界面特性の任意の1つまたは複数に基づく。1つの例は、コラーゲンマトリクスである。
【０１３４】
治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、対象、例えばヒトへの投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。そのような組成物は、典型的に、薬剤および薬学的に許容される担体を含む。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、薬学的投与に適した任意かつすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗細菌剤および抗真菌剤、等張剤ならびに吸収遅延剤等を含むことが意図される。薬学的に活性な物質に対するそのような媒体および薬剤の使用は公知である。従来的な媒体または薬剤が活性化合物に対して不適合である場合を除いて、そのような媒体が本明細書の記載において使用され得る。補助的活性化合物もまた、組成物に組み込まれ得る。
【０１３５】
薬学的組成物は、その意図されている投与経路に適するよう製剤化され得る。非経口、皮内または皮下適用に使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈剤、例えば注射用水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；抗細菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化剤、例えばアスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えばエチレンジアミン四酢酸；緩衝剤、例えば酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩および張度調節剤、例えば塩化ナトリウムまたはデキストロース。pHは、酸または塩基、例えば塩酸または水酸化ナトリウムで調節され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨て注射器または複数用量バイアルに収容され得る。
【０１３６】
注射用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散液および滅菌注射溶液または分散液の即時調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与の場合、適切な担体は、生理学的食塩水、静菌水またはリン酸緩衝生理食塩水（PBS）を含む。すべての例において、組成物は、滅菌性でなければならず、容易注射性が存在する程度に流体であるべきである。それは、製造および貯蔵条件下で安定でなければならず、かつ微生物、例えば細菌および真菌の混入行動に対して保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコール等）ならびにそれらの適切な混合物を含む、溶媒または分散媒であり得る。適当な流動性は、例えば、レシチン等のコーティングの使用によって、分散物の例においては必要とされる粒子サイズの維持によっておよび界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の活動の防止は、様々な抗細菌および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサール等によって達成され得る。多くの例において、等張剤、例えば糖、多価アルコール、例えばマンニトール、ソルビトールおよび塩化ナトリウムを組成物に含めることが好ましいであろう。注射可能な組成物の長期間吸収は、吸収を遅らせる薬剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを組成物に含めることによってもたらされ得る。
【０１３７】
適切な注射溶液は、必要とされる量の活性化合物（例えば、本明細書に記載される治療剤）を、上に列挙された成分の1つまたは組み合わせを含む適切な溶媒に添加し、必要に応じて、その後に濾過滅菌を行うことによって調製され得る。通常、分散物は、基本分散媒および上で列挙されたものの中の必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクルに活性化合物を添加することによって調製される。滅菌注射溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、活性成分および事前に滅菌濾過されたその溶液由来の任意の追加の所望の成分の粉末を生成する減圧乾燥および凍結乾燥である。
【０１３８】
経口組成物は、通常、不活性希釈剤または食用担体を含む。それらは、ゼラチンカプセルに封入され得るまたは圧縮された錠剤にされ得る。経口治療投与の目的で、活性化合物は、賦形剤と組み合わされ、錠剤、トローチまたはカプセルの形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュとして使用されるよう液体担体を用いて調製され得、液体担体中の化合物は経口的に適用され、うがいをして（swished）吐き出されるまたは飲み込まれる。薬学的に適合する結合剤および／またはアジュバント物質が、組成物の一部として含まれ得る。錠剤、ピル、カプセル、トローチ等は、以下の成分または類似の性質の化合物のいずれかを含み得る：結合剤、例えば微結晶セルロース、トラガカントゴムもしくはゼラチン；賦形剤、例えばデンプンもしくはラクトース、崩壊剤、例えばアルギン酸もしくはトウモロコシデンプン；滑沢剤、例えばステアリン酸マグネシウム；滑剤、例えばコロイド状二酸化ケイ素；甘味剤、例えばスクロースもしくはサッカリン；または芳香剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチルもしくはオレンジフレーバー。
【０１３９】
全身投与はまた、経粘膜または経皮手段によるものであり得る。経粘膜または経皮投与の場合、通過させたい障壁に適した浸透剤が製剤で使用される。そのような浸透剤は一般に公知であり、例えば、経粘膜投与の場合、界面活性剤、胆汁塩およびフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与は、鼻への噴霧または坐剤の使用を通じて投与され得る。経皮投与の場合、活性化合物は、当技術分野で一般に公知となっている軟膏（ointment）、軟膏（salve）、ジェルまたはクリームに製剤化される。
【０１４０】
活性化合物は、その化合物を身体からの迅速な排出から保護し得る担体、例えば、インプラントおよびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出製剤を用いて調製され得る。生分解性、生体適合性ポリマー、例えば、エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ乳酸が使用され得る。そのような製剤の調製方法は、当業者に明らかであろう。（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体により感染細胞をターゲティングするようにされたリポソームを含む）リポソーム懸濁物もまた、薬学的に許容される担体として使用され得る。これらは、当業者に公知の方法にしたがい調製され得る。
【０１４１】
本明細書に記載される核酸分子剤（例えば、治療用mRNA）は、直接投与され得るまたは遺伝子療法ベクターとして使用されるベクターに挿入され得る。遺伝子療法ベクターは、例えば、静脈内注射、局所投与により（例えば、米国特許第5,328,470号を参照のこと）または定位注入により（例えば、Chen et al., PNAS 91: 3054 1994を参照のこと）対象に送達され得る。遺伝子療法ベクターの薬学的調製物は、許容される希釈剤中に遺伝子療法ベクターを含み得る、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれた徐放マトリクスを含み得る。あるいは、完全遺伝子送達ベクターが組み換え細胞からインタクトな状態で生成可能である、例えばレトロウイルスベクターの場合、薬学的調製物は、その遺伝子送達システムを産生する1つまたは複数の細胞を含み得る。
【０１４２】
薬学的組成物は、投与に関する説明書と共に、容器、パックまたはディスペンサに含まれ得る。
【０１４３】
薬学的薬剤を製剤化する方法は、当技術分野で公知である、例えば、Niazi, Handbook of Pharmaceutical Manufacturing Formulations (Second Edition). CRC Press 2009は、液体、滅菌、圧縮、半圧縮およびOTC形態の製剤の開発について記載している。経皮および粘膜送達、リンパ系送達、ナノ粒子、制御薬物放出システム、セラノスティクス、タンパク質およびペプチド薬、ならびに生物製剤の送達は、Wang et al., Drug Delivery: Principles and Applications (Second Edition), Wiley 2016に記載されており、ペプチドおよびタンパク質剤の製剤化および送達は、例えば、Banga, Therapeutic Peptides and Proteins: Formulation, Processing, and Delivery Systems (Third Edition), CRC Press 2015に記載されている。
【０１４４】
併用療法
本明細書に記載される治療剤は、1つまたは複数の追加の治療剤（例えば、1つ、2つ、3つまたはそれ以上の追加の治療剤）と組み合わせて投与され得る。2つまたはそれ以上の薬剤は、同じ時点で投与され得る（例えば、すべての薬剤の投与が15分、10分、5分、2分以内またはそれより短い時間内に行われる）。薬剤はまた、共製剤化を通じて同時に投与され得る。2つまたはそれ以上の薬剤はまた、2つまたはそれ以上の薬剤の作用が重複し、それらの併用効果が、単独でまたは他の非存在下で送達された1つの薬剤または処置により観察されるであろうものよりも障害に関連する症状または他のパラメータの減少を大きくなるよう連続して投与され得る。2つまたはそれ以上の処置の効果は、部分相加的、全体相加的または相加的以上（例えば、相乗作用的）であり得る。各治療剤の連続的または実質同時の投与は、経口経路、静脈内経路、筋内経路、局所経路および粘膜組織を通じた直接吸収を含むがこれらに限定されない任意の適当な経路により行われ得る。治療剤は、同じ経路または異なる経路により投与され得る。例えば、組み合わせの第1の治療剤は静脈内注射により投与され得、組み合わせの第2の治療剤は化合物を埋め込んだマイクロカセットにより局所投与され得る。第1の治療剤は、第2の治療剤の直前または直後、最大1時間、最大2時間、最大3時間、最大4時間、最大5時間、最大6時間、最大7時間、最大8時間、最大9時間、最大10時間、最大11時間、最大12時間、最大13時間、最大14時間、最大16時間、最大17時間、最大18時間、最大19時間、最大20時間、最大21時間、最大22時間、最大23時間、最大24時間または最大1〜7日、1〜14日、1〜21日もしくは1〜30日前または後に投与され得る。
【０１４５】
他の例において、がん関連ホスファターゼの阻害剤は、第2の治療剤と組み合わせて投与される。第2の治療剤は、免疫調節性サイトカイン、骨髄由来抑制細胞を阻害する薬剤、免疫チェックポイント阻害剤および抗増殖剤、ホスホネオアンチゲンワクチン、CAR-Tまたは本明細書に記載される任意の他の治療剤であり得る。
【０１４６】
投薬
本明細書に記載されるようにして処置され得る対象は、がんを有するまたはがんを発症する危険のある対象である。がんは、原発性のがんまたは転移がんであり得る。いくつかの態様において、がんは、がん関連ホスファターゼの発現または過剰発現に関連するがんである。本明細書に開示される方法を用いて処置され得る対象は、1つもしくは複数の腫瘍が切除された対象、化学療法もしくはがんに対する他の薬理学的処置を受けた対象、放射線療法を受けた対象、および／またはがんに対する他の治療を受けた対象を含む。以前にがんを処置されていない対象もまた、本明細書に記載される方法を用いて処置され得る。
【０１４７】
いくつかの態様において、薬剤は、（a）腫瘍サイズの減少、（b）腫瘍成長率の減少、（c）腫瘍細胞死の増加、（d）腫瘍進行の低下、（e）転移数の減少、（f）転移率の減少、（g）腫瘍遊走の減少、（h）腫瘍浸潤の減少、（i）腫瘍容積の減少、（j）腫瘍再発の減少、（k）対象の生存の増加、または（l）対象の悪化なし生存の増加、の1つ（またはそれ以上、例えば、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上）をもたらすのに効果的な量および期間、投与される。
【０１４８】
本明細書に記載される方法は、患者に対する処置を選択する工程を含み得る。この方法は、（a）がんを有するまたはがんを発症する危険のある患者を特定（例えば、診断）する工程、および（b）患者における状態を処置するための治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を選択する工程を含む。いくつかの態様において、この方法は、選択された処置を患者に対して行う工程を含む。いくつかの態様において、患者は、画像化（例えば、MRI、CTもしくはPET走査）、生検または血液サンプル（例えば、（例えば、PCRによる）血液抗原マーカー、循環中の腫瘍DNAの検出）に基づき、がんを有すると特定される。いくつかの態様において、患者は、腫瘍随伴症候群の1つまたは複数の症状（例えば、発熱、神経系タンパク質に対する自己抗体、運動失調、めまい、眼振、嚥下困難、筋緊張の消失、微細な運動協調の消失、不明瞭言語、記憶消失、視力消失、睡眠障害、痴呆、発作、味覚障害、悪液質、貧血、かゆみまたは手足の感覚消失）を示した後に、がんを有すると特定される。いくつかの態様において、患者は、腫瘍随伴症候群の症状を示し、その後に画像化（例えば、CT、MRIまたはPET走査）に基づきがんを有すると特定される。
【０１４９】
1つの例において、この方法は、（a）がんを有する患者を特定（例えば、診断）する工程、（b）任意で、がん関連ホスファターゼの発現または過剰発現について対象（例えば、対象のがん細胞）を評価する工程、および（c）がん細胞が、がん関連ホスファターゼの発現または過剰発現を示す場合、患者を処置する治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）を選択する工程を含む。いくつかの態様において、この方法は、選択された処置を患者に対して行う工程を含む。
【０１５０】
この方法はまた、がんの進行または寛解のパラメータについて対象を評価する工程、例えば、原発性腫瘍のサイズ（例えば、画像化により）、転移の数（例えば、画像化もしくは生検により）、インサイチューでの細胞死（例えば、生検により）、血液抗原マーカー（例えば、ELISAにより）、循環中の腫瘍DNA（例えば、PCRにより）、または影響を受ける器官の機能（例えば、肝臓の場合は循環中の酵素、腎臓の場合はアルブミン尿、肺の場合は肺機能等の試験により）の1つまたは複数（例えば、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上）について対象を評価する工程を含み得る。
【０１５１】
本明細書に記載される方法はまた、免疫応答のパラメータについて対象を評価する工程、例えば、Th2細胞、T細胞、循環中の単球、好中球、末梢血造血幹細胞、マクロファージ、肥満細胞の脱顆粒化、活性化B細胞、NKT細胞、マクロファージの食作用、マクロファージの極性化、抗原提示、免疫細胞の活性化、免疫細胞の増殖、免疫細胞のリンパ節ホーミングもしくは移出、T細胞の分化、免疫細胞の動員、免疫細胞の遊走、リンパ節の神経支配、樹状細胞の成熟、HEVの発生、TLOの発生またはサイトカインの産生、の1つまたは複数（例えば、2つまたはそれ以上、3つまたはそれ以上、4つまたはそれ以上）について対象を評価する工程を含み得る。態様において、この方法は、特定の免疫細胞型に関連するサイトカインまたはマーカーを測定する工程を含む。いくつかの態様において、この方法は、ケモカイン、受容体または免疫細胞輸送分子を測定する工程（例えば、ケモカイン、マーカーまたは受容体を測定するアッセイを行う工程）を含む。評価は、投与後、1回目の投与前および／または処置過程中に、例えば、1回目、2回目、3回目、4回目もしくはそれ以降の投与後、または処置過程の間に定期的に、例えば、1ヶ月に1回もしくは3ヶ月に1回、行われ得る。いくつかの態様において、この方法は、処置または1回目の投与の前に対象を評価する工程および評価結果を用いて処置に関して対象を選択する工程を含む。特定の態様において、この方法はまた、評価結果に基づき投与工程を修正する（例えば、投与を停止する、投与の周期を増加または減少させる、治療剤の用量を増加または減少させる）工程を含む。
【０１５２】
他の例において、免疫効果（例えば、免疫細胞活性）は、対象（例えば、がんもしくは炎症もしくは自己免疫状態を有する対象）においてまたは培養細胞において、治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）、例えば本明細書に記載される治療剤の、例えば投薬計画の、投与前と比較して、少なくとも1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％調節される。特定の態様において、免疫効果は、対象または培養細胞において、5〜20％、5〜50％、10〜50％、20〜80％、20〜70％、50〜100％または100〜500％調節される。本明細書に記載される免疫効果は、標準的な方法によって評価され得る。
【０１５３】
本明細書に記載される治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、上記の結果の1つをもたらすのに十分な量（例えば、有効量）および期間、投与される。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、1回または2回以上投与され得る。治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）は、1日1回、1日2回、1日3回、2日に1回、週1回、週2回、週3回、2週に1回、月1回、2ヶ月に1回、年2回または年1回投与され得る。処置は、個別（例えば、注射）または連続的（例えば、インプラントまたは注入ポンプを通じた処置）であり得る。対象は、処置に使用される治療剤および投与経路に依存して治療剤（例えば、任意で第2の治療剤と組み合わされた、がん関連ホスファターゼの阻害剤）の投与から1週間後、2週間後、1ヶ月後、2ヶ月後、3ヶ月後、4ヶ月後、5ヶ月後、6ヶ月後またはそれ以降に処置効果について評価され得る。評価結果により、処置が継続もしくは停止され得、処置頻度もしくは用量が変更され得、または患者が異なる治療剤で処置され得る。対象は、個別の期間（例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11もしくは12ヶ月）または疾患または状態が軽減されるまで処置され得る、または処置は、処置する疾患または状態の重篤度および性質に依存して継続的であり得る。
【実施例】
【０１５４】
以下の実施例は、本明細書に記載される組成物および方法がどのように使用、製造および評価され得るかの説明を当業者に提供するために示され、純粋に本発明の一例であることが意図されており、本発明者らが自身の発明であるとみなす範囲を制限することは意図されていない。
【０１５５】
実施例1. リンパ芽球細胞株におけるALPPおよびALPP2の発現
エプスタイン・バーウイルス（EBV）は、我々の健常なB細胞に感染する偏在するヒトヘルペスウイルスである。このウイルスは、感染したB細胞をがん性に形質転換させることが知られている。しかし、これらの形質転換したB細胞は継続的にT細胞によって除去されるため、大部分の対象にとってEBVは一生の間、無症候性疾患である。T細胞が機能しない対象、例えば原発性免疫不全症患者または強力な免疫抑制剤下にある患者（例えば、移植患者）の場合、T細胞は、これらのがんと戦うことを妨げられる。これらの患者において、EBV感染したB細胞は、制御されず成長し、移植後リンパ増殖性疾患（PTLD）と呼ばれる侵襲性の強いタイプのリンパ腫を発症する。
【０１５６】
健常個体由来のB細胞を感染させることによってPTLD様腫瘍を生成した。この感染により、無限に成長するリンパ芽球細胞株（LCL）を得た。健常ドナーのT細胞を添加すると、T細胞はLCLを死滅させる。したがってこのシステムは、がんのモデルとして使用され得る。
【０１５７】
LCLは、多数のリンペプチドを発現するが、ALPPまたはALPP-L2は発現しない。LCLをホスファターゼリッチな培地中で培養すると、リンペプチドの表面HLA分子が取り除かれ、自己T細胞によるLCLの認識が50％低下する。
【０１５８】
LCLにおいてALPPおよびALPPL2を発現させると、自己T細胞はホスファターゼ発現LCLを認識できにくくなる。
【０１５９】
エプスタイン・バーウイルス（EBV）-リンパ芽球細胞株（LCL）の作製
末梢血単核細胞（PBMC）を計数し、補給したRPMI中に1 x 107細胞/mLとなるよう懸濁した。EBVストックを解凍し、シクロスポリンAを800 ng/mLの終濃度となるようEBVストック溶液に添加した。24ウェルプレートに1ウェルあたり1 mLのPBMCおよび1 mLのEBVストック＋シクロスポリンAを添加した。PBMCの最終的な数は1ウェルあたり1 x 107細胞であり、シクロスポリンAの終濃度は400 ng/mLであった。このプレートを37℃および5％ CO2の下で3週間インキュベートした。この細胞を計数し、当業者に公知の標準的LCL細胞培養方法にしたがい培養した。
【０１６０】
レンチベクターのクローニング
Gateway法を用いて、ALPP、ALPPL2またはルシフェラーゼcDNA配列のいずれかをpLV lenti-backbone（VectorBuilder）にクローン化した。遺伝子発現を確認するため、GFPまたはmCherryのいずれかをCMVプロモーターの調節下のマーカーとして使用した。ベクター設計の詳細が図5に提供されている。
【０１６１】
レンチウイルスの産生
第-1日に、HEK 293FTパッケージング細胞を、約40％コンフルエンスで15 cm皿にプレーティングした。第0日に、トランスフェクション前に80〜90％の細胞密度を達成した。Mirus-TransIT（商標）トランスフェクション試薬を使用してHEK293細胞にALPP/ALPPL2/GLレンチベクターおよびパッケージングベクターpSPAX2/pMD2.Gをトランスフェクトした。第2日に、上清を収集し、0.2μMフィルターを通した。このウイルスを、120,000g、2時間、4℃での超遠心分離により濃縮した。そのペレットを200μl PBSで再懸濁した。将来の使用のために再懸濁させたウイルスを小分けし、-80℃で保管した。ウイルスを、HEK293細胞を用いて滴定し、フローサイトメトリーによって試験した。
【０１６２】
ALPP/ALPPL2過剰発現株を作製するためのLCL細胞の形質導入
ウイルスを、4μg/mlポリブレンの存在下、M.O.I=100でLCL細胞に添加した。4時間後、LCL細胞用の培地に交換した。第3日に、ALPP/ALPPL2/ルシフェラーゼ過剰発現細胞を、GFP/mCherry発現に基づくFACS選別により精製した。GFP/mCherry陽性細胞を培養し、ALPP/ALPPL2/ルシフェラーゼ過剰発現株（LCL-ALPP、LCL-ALPPL2、LCL-GL）とした（図6）。
【０１６３】
LCL特異的CD8+ T細胞株の作製
24ウェルプレートにおいて、自己PBMCを、LCLと共に、2 mL RPMI培地中PBMC:LCL=40:1（2e6:5e4）の比で播種した。10日後、照射（40 Gy）したLCLを4:1（1x106:2.5x105）の応答細胞：刺激細胞比で用いて、応答細胞を週1回再刺激した。第14日から、週1回のrhIL-2量（50〜100 IU/mL）を2回添加した。
【０１６４】
特異的CD8+ T細胞による自己LCLの殺傷に対するALPP/ALPPL2の影響
親LCLをバイオレット色素（Thermofisher、CellTrace（商標）Violet Cell Proliferation Kit、C34557）で事前標識した。バイオレット色素標識した親LCLを、96ウェルプレートにおいて、自己LCL特異的CD8 T細胞の存在下（CD8:LCL=10:1）または非存在下（CD8:LCL=0:1）、LCL-ALPP、LCL-ALPPL2またはLCL-GLと共に（比1：1で）播種した。16時間後、細胞を収集し、FACSにより検査した。ALPPおよびALPPL2発現は両方とも、自己CD8 T細胞殺傷効果を負に調節した。親LCLとLCL-GL細胞との間で明白な殺傷優先性は観察されなかった（図7A〜B）。
【０１６５】
実施例2. ALPP/ALPPL2阻害剤ML095は腫瘍細胞に対する特異的CD8+ T細胞殺傷を回復する
特異的CD8+ T細胞によるハプロ同一標的の殺傷に対するALPP/ALPPL2の影響
作製された腫瘍特異的CD8 T細胞株に、2つのハプロ同一腫瘍細胞株およびHLA適合ヒトPBMCを適用した。腫瘍細胞株を表2に示す。
【０１６６】
【表２】
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【０１６７】
ALPP/ALPPL2過剰発現株を作製するためのH2009の形質導入
ウイルスを、4μg/mlポリブレンの存在下、M.O.I=100でH2009に添加した。4時間後、H2009用の培地に交換した。第3日に、ALPP/ALPPL2過剰発現細胞を、GFP/mCherry発現に基づくFACS選別により精製した。GFP/mCherry陽性細胞を培養し、ALPP/ALPPL2過剰発現株（H2009ALPP OE、H2009ALPPL2 OE）とした。ALPPまたはALPPL2発現は、ウェスタンブロット（図8A）およびNBT BCIP反応アッセイ（図9A）により確認した。
【０１６８】
CRISPR-Cas9を用いてA431においてALPP/ALPPL2をノックアウトする、A431の形質導入
レンチベクターLentiCRISPR-GFPを用いて、ALPP、ALPPL2または無関係の標的（スクランブル）のいずれかをターゲティングするCas9およびgRNAの両方をA431に導入した。3日後、ALPPまたはALPPL2ノックアウト株（A431ALPP KO、A431ALPPL2 KO）の単一細胞クローニングのためにGFP+細胞を選別し、96ウェルプレートに0.3細胞／ウェルの濃度で播種した。細胞が成長したら、ALPPおよびALPPL2の両方についてのノックアウト効率を、ウェスタンブロット（図8B）およびNBT-BCIP反応アッセイ（図9B）により検証した。
【０１６９】
ALPP/ALPPL2についてのNBT BCIP反応アッセイ
細胞を5分間、氷冷アセトン・メタノール混合物（30：70）中で固定した。この細胞をPBSで2回洗浄し、TMN基質緩衝液（0.1M NaClおよび5 mM MgCl2を含む0.1M Tris-HCl、pH9.5）中、60℃で30分間のインキュベートにより内因性熱不安定性アルカリホスファターゼを不活性化させた。基質緩衝液を廃棄し、熱安定性PLAPについての染色を、0.175 mg/mLの5-ブロモ-4-クロロ-3-インドリルホスフェート（BCIP；Sigma-Aldrich）および0.45 mg/mLのニトロテトラゾリウムブルークロリド（NBT；Sigma-Aldrich）を含む新しいTMN緩衝液を用いて行った。この染色を、室温で少なくとも3時間行った。サンプルをPBSで2回洗浄し、倒立光学顕微鏡下で観察した（図9A〜B）。
【０１７０】
ハプロ同一標的特異的CD8+ T細胞株の作製
24ウェルプレートにおいて、HLA適合PBMC（A*03:01/B*07:02/C*07:02）を、H2009またはA431のいずれかと共に、2 ml RPMI培地中PBMC：腫瘍細胞＝40：1（2x106:5x104）の比で播種した。使用前に、H2009およびA431の両方を照射（40 Gy）した。第10日から、照射（40 Gy）したH2009またはA431を4:1（1x106:2.5x105）の応答細胞：刺激細胞比で用いて、応答細胞を週1回再刺激した。第14日から、週1回のrhIL-2量（50〜100 IU/mL）を2回添加した。
【０１７１】
特異的CD8+ T細胞によるHLA適合ハプロ同一標的の殺傷に対するALPP/ALPPL2の影響
親細胞株（H2009またはA431）をバイオレット色素（Thermofisher、CellTrace（商標）Violet Cell Proliferation Kit、C34557）で事前標識した。バイオレット色素標識した親細胞株を、96ウェルプレートにおいて、自己特異的CD8 T細胞の存在下（CD8:腫瘍細胞=1:1、10:1）または非存在下（CD8:腫瘍細胞=0:1）、レンチウイルス改変細胞株と共に（比1：1で）播種した。16時間後、細胞を収集し、FACSにより検査した。
【０１７２】
結果は、ALPP/ALPPL2発現の両方が、特異的CD8+ T細胞殺傷効果を負に調節したことを示している。ALPPまたはALPPL2のいずれかの過剰発現は、特異的CD8+ T細胞殺傷からの腫瘍細胞の逃避を助ける（図10A、H2009の結果）。ALPPまたはALPPL2のいずれかのノックアウトは、特異的CD8+ T細胞殺傷に対する腫瘍細胞の感受性を増加させる（図10B、A431の結果）。親A431とA431スクランブルKO株との間で明白な殺傷優先性は観察されなかった。
【０１７３】
HLA適合ハプロ同一標的の特異的CD8++ T細胞殺傷に対するALPP/ALPPL2阻害剤ML095の影響
親細胞株（H2009またはA431）をバイオレット色素（Thermofisher、CellTrace（商標）Violet Cell Proliferation Kit、C34557）で事前標識した。バイオレット色素標識した親細胞株を、96ウェルプレートにおいて、自己特異的CD8+ T細胞の存在下（CD8:腫瘍細胞=10:1）または非存在下（CD8:腫瘍細胞=0:1）、レンチウイルス改変細胞株と共に（1：1比で）播種した。ML095は、0 uM、2 uMおよび10 uMの濃度で添加した。16時間後、細胞を収集し、FACSにより検査した。
【０１７４】
結果は、ML095の添加がH2009ALPP OE（図11A〜B）およびH2009ALPPL2 OE（図12A〜B）に対する特異的CD8+ T細胞殺傷を回復させることを示している。結果は、ML095の添加が、A431ALPP KO（図13A〜B）またはA431ALPPL2 KO（図14A〜B）と比較してA431の特異的CD8+ T細胞殺傷を増加させ、A431スクランブルKO（図15A〜B）に対してはいかなる影響も示さないことを示している。
【０１７５】
他の態様
本発明はその具体的態様に関連して説明されているが、さらなる変更が可能であること、および本願は、概ね本発明の原理にしたがい、かつ本発明の属する技術分野における公知または通常の技能の範囲内で行われ、本明細書中で上記されている本質的特徴に適用され得、そして特許請求の範囲に包含される本発明からの逸脱を含む、本発明の任意のバリエーション、使用または応用を包含することが意図されていることが理解されるであろう。その他の態様が特許請求の範囲内にある。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４Ａ】
2021523098.tif 000032
【図１４Ｂ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【国際調査報告】
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