(57)【要約】バクテリオファージ組成物およびその治療的使用が開示される。特に、ざ瘡およびバイオフィルムに関連するＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．ａｃｎｅｓ）細菌株を溶解し、それによって、ざ瘡およびバイオフィルムを処置または予防することが可能である溶解性バクテリオファージの組成物が開示される。この組成物は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも２種のバクテリオファージを含み得る。
2021505667.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．ａｃｎｅｓ）株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ、
前記第１のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージ、ならびに
薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクル
を含む組成物。
【請求項２】
前記第１の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染しそれを溶解し、
前記第２の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染しそれを溶解し、
前記２種の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９およびＰＡ４に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記第１の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染しそれを溶解し、
前記第２の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染しそれを溶解し、
前記２種の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３およびＢ９に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記第１の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染しそれを溶解し、
前記第２の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染しそれを溶解し、
前記２種の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３およびＰＡ４に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記第１の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染しそれを溶解し、
前記第２の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染しそれを溶解し、
前記２種の選択されたファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４およびＰＡ５に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰから選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する少なくとも１種のファージを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
前記組成物中の前記ファージが、全体として、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰのそれぞれに感染しそれを溶解する、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
ａ．Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ、
ｂ．Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージ、ならびに
ｃ．Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第３のバクテリオファージ
を含み、
前記第２のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、前記第１のバクテリオファージおよび前記第３のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されず、
前記第３のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、前記第１のバクテリオファージおよび前記第２のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されない、請求項１から７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
前記第１のバクテリオファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染しそれを溶解し、
前記第２のバクテリオファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染しそれを溶解し、
前記第３のバクテリオファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染しそれを溶解し、
３種のバクテリオファージのそれぞれが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３、ＰＡ４およびＢ９に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
ＰＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９およびＰＡ１−１３から選択される少なくとも３種のバクテリオファージを含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
哺乳動物の皮膚または哺乳動物の眼への送達のために製剤化された、請求項１から１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
局所適用のために製剤化された、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
ゲル、クリーム、軟膏、ローション、ペースト、液剤、マイクロエマルション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、もしくは湿ったスポンジワイプの形態にあるか、または固体表面に結合している、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
それを必要とするかまたはそのリスクを有する哺乳動物対象のざ瘡を処置または予防するための方法であって、請求項１から１３のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む、方法。
【請求項１５】
抗生物質、抗面皰剤、バクテリオファージ以外の抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、および日焼け止め剤から選択される１つまたは複数の局所または経口剤を、前記対象に投与する追加のステップを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つまたは複数の局所剤が、角質溶解剤および皮脂浸透エンハンサーのうちの１つまたは複数も含み得る、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記抗生剤が、抗生物質ゲル、抗生物質クリーム、抗生物質ローションまたは経口抗生物質であり、
前記抗面皰剤が、レチノイド、アゼライン酸およびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含み、
前記抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤が、過酸化ベンゾイル、ダプソン、アゼライン酸、エリスロマイシン、テトラサイクリンおよびクリンダマイシン、スルファセタミドナトリウム、アダパレン、ミノサイクリン、トリメトプリム、ナジフロキサシン、オフロキサシン、ドキシサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリムスルファメトキサゾールのうちの１つまたは複数を含み、
前記抗炎症剤が、テトラサイクリン、エリスロマイシン、クリンダマイシン、ニコチンアミド、ミノサイクリン、トリメトプリムおよびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含み、
前記抗脂漏剤が、スピロノラクトン、Ｄｉａｎｅｔｔｅ（商標）（酢酸シプロテロンおよびエチニルエストラジオール）およびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含む、請求項１４から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記角質溶解剤が、グリコール酸、乳酸、マンデル酸、ヒドロキシカプリン酸、フィチン酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸、サリチル酸、尿素、および硫黄のうちの１つまたは複数を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記皮脂浸透エンハンサーが、ポリソルベート界面活性剤、非イオン性界面活性剤、不飽和脂肪酸、不飽和アルコール、脂肪族アルコール、トランスクトール、リン脂質、不飽和トリグリセリド、プロピレングリコール、およびジプロピレングリコールのうちの１つまたは複数を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記組成物が、１０５から１０１３プラーク形成単位（ＰＦＵ）の用量で、１２または２４時間ごとに投与される、請求項１４から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記組成物が、１０５から１０１３プラーク形成単位（ＰＦＵ）の用量で、４８または７２時間ごとに投与される、請求項１４から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記組成物が、１０７から１０１１ＰＦＵの用量で、１２または２４時間ごとに投与される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記組成物が、１０７から１０１１ＰＦＵの用量で、４８または７２時間ごとに投与される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記組成物が、１０６から１０１１ＰＦＵの用量で投与される、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記組成物が、１０７から１０９ＰＦＵの用量で投与される、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２６】
前記ざ瘡が、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、ＳＡＰＨＯ症候群に関連するざ瘡および外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡から選択される、請求項１４から２５のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、その内容および開示がその全体として参照により本明細書に組み込まれている、２０１７年１２月５日に出願された米国仮特許出願第６２／５９４，８７５号からの優先権および利益を主張する。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体として本明細書に組み込まれている配列表を含む。前記ＡＳＣＩＩコピーは、２０１８年１１月２７日に作成され、０００１１０−０００１−ＷＯ１＿ＳＬ．ｔｘｔと称され、８１６，２４７バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
開示の背景
本出願は、バクテリオファージ組成物およびその治療的使用に関する。特定の態様では、本開示は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．ａｃｎｅｓ）細菌株を溶解することが可能である溶解性バクテリオファージに関する。ある特定の実施形態では、溶解性バクテリオファージは、一般的に、ざ瘡（例えば、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎（Hidradenitis  suppurative）（反対型ざ瘡（acne  inverse））、頭皮ざ瘡、滑膜炎、ざ瘡、膿疱症、骨化過剰症、および骨炎に関連するざ瘡（ＳＡＰＨＯ）症候群、進行性黄斑メラニン減少症（Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  Ｍａｃｕｌａｒ  Ｈｙｐｏｍｅｌａｎｏｓｉｓ）に関連するざ瘡ならびに外傷後の致死性細菌性肉芽腫（Ｆａｔａｌ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｇｒａｎｕｌｏｍａ  ａｆｔｅｒ  Ｔｒａｕｍａ）に関連するざ瘡）に関連すると考えられるＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解し、それによって、疾患を処置または予防することが可能である。ある特定の実施形態では、溶解性バクテリオファージは、バイオフィルムに関連するＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解し、それによって、バイオフィルムを処置または予防することが可能である。
【０００４】
ざ瘡は、世界中で８つの最も蔓延している疾患のうちの１つであり、世界の人口の９．４％に影響を及ぼしている（Tan  and  Bhate,  2015）。米国では、約５千万人の人々がざ瘡を患っており、そのうちの８５％は１２〜２５歳である。Ｐ．ａｃｎｅｓは、ざ瘡の発病に関連しており、免疫応答を誘発するその傾向により、おそらくざ瘡の主な原因の１つであると考えられる。Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍは、健康な成人のヒト皮膚微生物叢の主な構成成分の１つである（Human  Microbiome  Project  Consortium,  2012;  Hannigan  and  Grice,  2013）。これは、皮脂腺領域において優勢であり、微生物叢のほぼ９０％を示すと推定される（Fitz-Gibbon  et  al.,  2013）。尋常性ざ瘡を患っているティーンエージャーの皮膚は、健康な皮膚と比較して、最大１００倍高い数のＰ．ａｃｎｅｓを有する（Leyden  et  al.,  1975）。Ｐ．ａｃｎｅｓは、バイオフィルム形成などのいくつかの病原性因子により疾患を引き起こす（Achermann  et  al.,  2014）。さらに、Ｐ．ａｃｎｅｓは、乳房インプラント（Del  Pozo  et  al.,  2009；Rieger  et  al.,  2009）、神経外科シャント（Conen  et  al.,  2008）、心血管装置（Delahaye  et  al.,  2005）、眼インプラント（Deramo  and  Ting,  2001）、内部骨折固定装置、脊髄ハードウエア（ｓｐｉｎａｌ  ｈａｒｄｗａｒｅ）（Haidar  et  al.,  2010）、人工関節（Piper  et  al.,  2009）、人工大動脈弁、人工股関節および上腕骨インプラント（Stirling  et  al.,  2001）、脳脊髄シャント（Deramo  and  Ting,  2001；Mayhall  et  al.,  1984）、歯性感染症（Delgado  et  al.,  2011；Gribbon  et  al.,  1994；Cove  et  al.,  1983）、肘関節感染症（Lyke  et  al.,  2001）、心内膜炎（自然弁、人工弁）（Schafer  et  al.,  2008；Guio  et  al.,  2009）、神経外科感染症およびＣＮＳ感染症（Perry  and  Lambert  2011；McDowell  et  al.,  2008）、眼感染症（眼内炎、細菌性角膜炎）（Hunyadkurti  et  al.,  2011；Trampuz  et  al.,  2007）、術後椎間板炎、脊椎椎間板炎および脊髄感染症（Del  Pozo  and  Patel  2009；Sampedro  et  al.,  2010；Aucoin  et  al.,  1986；Hoefnagel  et  al.,  2008）、人工関節／矯正装置に関連する感染症（Zeller  et  al.,  2007；Soderquist  et  al.,  2010；Dodson  et  al.,  2010；Piper  et  al.,  2009）を含む様々なタイプのインプラント関連感染症の原因としても関連付けられてきた（Portillo  et  al.,  2013；Fischer  et  al.,  2013；Perry  and  Lambert,  2011）。Ｐ．ａｃｎｅｓは、これらの医療機器および他のインプラント上でバイオフィルムとして増殖することによって、日和見病原菌として作用し、侵襲性かつ慢性のインプラント感染症を引き起こし得る（Achermann  et  al.,  2014）。インプラント感染症の経済的負担は重大である。例えば、米国における人工感染症の１年のコストは、２０２０年までに１６億２千万ドルを超えと予想されている（Kurtz  SM  et  al.,  2012）。
【０００５】
ざ瘡の従来の処置は、典型的には、抗生物質、最も一般的には、ナジフロキサシン、オフロキサシン、エリスロマイシン、クリンダマイシン塩酸塩、ドキシサイクリン、テトラサイクリン塩酸塩、ミノサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリム−スルファメトキサゾールの長期間の使用に関与する（Jonczyk-Matysiak,  E,  et  al.,  2017；Nishijima  et  al.,  1996；Michalek  et  al.,  2015）。ざ瘡の長期間の抗生物質療法は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株の抗生物質耐性を導き（Sardana  et  al.,  2016；Walsh  et  al.,  2016）、皮膚の天然の微生物叢の撹乱およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓなどの株のコロニー形成のリスクにも関連している（Levy  et  al.,  2003）。専門家は、抗生物質の過剰使用に対して警鐘を鳴らし、ざ瘡に対する局所抗生物質処置に対する代替物の開発を奨励している（Dreno,  2016）。さらに、インプラント関連感染症には、感染インプラントの外科的除去および感染組織の広範囲かつ積極的デブリードマン、それに続く長期間の抗生物質処置が必要とされ、このこともまた、抗生物質耐性をもたらし得る（Achermann  et  al.,  2014）。それ故に、ざ瘡およびインプラント関連Ｐ．ａｃｎｅｓ感染症の有効で、信頼性の高い、かつ長期間にわたる処置および／または予防ならびにこのような処置および／または予防に影響を及ぼし得る化合物および組成物に対する重大なアンメットニーズが存在する。
バクテリオファージは、自然界において微生物の集団を制御する細菌ウイルスである。これらは、自然淘汰に基づく天然構造体であるため、生物圏において通常見られ、したがって、環境に害を与えない（Golkar  et  al.,  2014）。これらは、その細菌宿主に対して特異的であり、敏感な細菌が存在する感染部位において増殖する。さらに、これらは、ほとんど副作用または毒性作用なく、安全かつ耐用性に優れることが証明されている（Jonczyk-Matysiak,  E,  et  al.  (2017)）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
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【非特許文献２】Human  Microbiome  Project  Consortium,  (2012).  Structure,  function  and  diversity  of  the  healthy  human  microbiome.  Nature,  486:207-214.
【非特許文献３】Hannigan  G.D.  and  Grice  E.A.  (2013).  Microbial  Ecology  of  the  Skin  in  the  Era  of  Metagenomics  and  Molecular  Microbiology.  Cold  Spring  Harb  Perspect  Med,  3:a015362.
【非特許文献４】Fitz-Gibbon,  S  et  al.  (2013).  Propionibacterium  acnes  Strain  Populations  in  the  Human  Skin  Microbiome  Associated  with  Acne,  Journal  of  Investigative  Dermatology,  133(9):  2152-2160.
【非特許文献５】Achermann  Y  et  al.  (2014).  Propionibacterium  acnes:  from  Commensal  to  Opportunistic  Biofilm-Associated  Implant  Pathogen.  Clinical  Microbiology  Reviews,  27(3):419-440.
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【非特許文献７】Rieger,  U.M.  et  al.  (2009).  Sonication  of  removed  breast  implants  for  improved  detection  of  subclinical  infection.  Aesthetic  Plastic  Surgery,  vol.  33,  no.  3,  pp.  404-408.
【非特許文献８】Conen,  A  et  al.  (2008).  Characteristics  and  treatment  outcome  of  cerebrospinal  fluid  shunt-associated  infections  in  adults:  a  retrospective  analysis  over  an  11-year  period.  Clinical  Infectious  Diseases,  vol.  47,  no.  1,  pp.  73-82.
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【非特許文献１０】Deramo  V.A.  et  al.  (2001).  Treatment  of  Propionibacterium  acnes  endophthalmitis.  Current  Opinion  in  Ophthalmology,  vol.  12,  no.  3,  pp.  225-229.
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【非特許文献３６】Nishijima  K.  et  al.  (1996).  Sensitivity  of  Propionibacterium  acnes  isolated  from  acne  patients:  comparative  study  of  antimicrobial  agents.  J.  Int.  Med.  Res.  24,  473-477.
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【非特許文献３８】Sardana  K.  et  al.  (2016).    A  cross-sectional  pilot  study  of  antibiotic  resistance  in  Propionibacterium  acnes  strains  in  Indian  acne  patients  using  16s-RNA  polymerase  chain  reaction:  a  comparison  among  treatment  modalities  including  antibiotics,  benzoyl  peroxide,  and  isotretinoin.  Indian  J.  Dermatol.  61,  45-52.
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【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
ざ瘡に対する抗生物質処置の存在にもかかわらず、抗生物質処置の副作用の一部を回避する代替処置を提供することが望ましい。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本出願の開示の要旨
本出願は、バクテリオファージ組成物およびその治療的使用を提供する。具体的な実施形態では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓの株、または亜株、例えば、Ｐ．ａｃｎｅｓ  Ｂ９株（本明細書では、「Ｂ９」）またはＰ．ａｃｎｅｓ  ＰＡ４株（本明細書では「ＰＡ４」）、もしくはＰ．ａｃｎｅｓ  ＰＡ３株（本明細書では「ＰＡ３」）、もしくはＰ．ａｃｎｅｓ  ＰＡ５株（本明細書では「ＰＡ５」）を溶解することが可能である溶解性バクテリオファージを提供し、これらはそれぞれ、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる。本開示は、皮膚上のざ瘡を処置もしくは予防する、皮膚およびインプラント上のＰ．ａｃｎｅｓのバイオフィルムの発生を予防する、またはインプラント関連Ｐ．ａｃｎｅｓ感染症を予防するための方法を提供する。本開示は、本明細書に示される方法による処置に対して応答性である患者および本明細書において提供される方法により処置される患者を選択する方法も提供する。
【０００９】
本明細書に記載されているように、本開示は、特定のバクテリオファージが、Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌を標的とし、溶解することができるという発見に関する。したがって、本開示は、皮膚、眼、歯およびインプラントの中／上のＰ．ａｃｎｅｓのコロニー形成に関連する状態を処置または予防するためのバクテリオファージ組成物を提供する。本出願は、このようなバクテリオファージを含む組成物およびこれらの組成物を使用する方法も提供する。
【００１０】
ある特定の態様では、本出願は、（ａ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ；（ｂ）第１のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージ；ならびに（ｃ）薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクルを含む組成物を提供する。
【００１１】
ある特定の態様では、本出願は、（ａ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ；（ｂ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージ；（ｃ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第３のバクテリオファージ；ならびに（ｄ）薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクルを含む組成物であって；第２のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、第１のバクテリオファージおよび第３のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されず、第３のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されない、組成物を提供する。
【００１２】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＳ７−１、ＮＳ１９−１、ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＮＳ７−１、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１、ＰＡＰ−４、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３、ＰＡＰ−１４、ＰＡ１−４、およびＰＡ２−１３から選択される少なくとも２種、少なくとも３種、もしくは少なくとも４種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
【００１３】
これらの実施形態の一部の態様では、組成物は、少なくとも以下の２種のバクテリオファージ：ＮＳ１３およびＮＳ７−１；ＮＳ１３およびＰＡ１−１１；ＮＳ１３およびＰＡ１−１２；ＮＳ１３およびＰＡ１−１３；ＮＳ１３およびＰＡ１−１４；ＮＳ１３およびＰＡ１−４；ＮＳ１３およびＰＡ１−９；ＮＳ１３およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３およびＰＡ２−７；ＮＳ１３およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１およびＮＳ７−１；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−１１；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−１２；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−１３；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−１４；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１およびＰＡＰ−４；ＮＳ７−１およびＰＡ１−１１；ＮＳ７−１およびＰＡ１−１２；ＮＳ７−１およびＰＡ１−１３；ＮＳ７−１およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１およびＰＡ１−９；ＮＳ７−１およびＰＡ２−１３；ＮＳ７−１およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１およびＰＡ１−１２；ＰＡ１−１１およびＰＡ１−１３；ＰＡ１−１１およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１１およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２およびＰＡ１−１３；ＰＡ１−１２およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１２およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３およびＰＡ１−１４；ＰＡ１−１３およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１３およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１３およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１４およびＰＡ１−１１；ＰＡ１−１４およびＰＡ１−１２；ＰＡ１−１４およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１４およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１４およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４およびＰＡ１−１１；ＰＡ１−４およびＰＡ１−１２；ＰＡ１−４およびＰＡ１−１４；ＰＡ１−４およびＰＡ１−９；ＰＡ１−４およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−４およびＰＡ２−７；ＰＡ１−４およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−４およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−９およびＰＡ１−１１；ＰＡ１−９およびＰＡ１−１２；ＰＡ１−９およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−９およびＰＡＰ−１２；ＰＡ２−７およびＰＡ１−１１；ＰＡ２−７およびＰＡ１−１２；ＰＡ２−７およびＰＡ１−９；ＰＡ２−７およびＰＡ２−１３；ＰＡ２−７およびＰＡＰ−１２；ＰＡＰ−１およびＰＡ１−１１；ＰＡＰ−１およびＰＡ１−１２；ＰＡＰ−１およびＰＡ１−９；ＰＡＰ−１およびＰＡ２−１３；ＰＡＰ−１およびＰＡＰ−１２；ＰＡＰ−１２およびＰＡ２−１３；ＰＡＰ−４およびＰＡ１−１１；ＰＡＰ−４およびＰＡ１−１２；ＰＡＰ−４およびＰＡ１−９；ＰＡＰ−４およびＰＡ２−１３；ＰＳ７−１およびＮＳ７−１；ＰＳ７−１およびＰＡ１−１１；ＰＳ７−１およびＰＡ１−１２；ＰＳ７−１およびＰＡ１−１３；ＰＳ７−１およびＰＡ１−１４；ＰＳ７−１およびＰＡ１−４；ＰＳ７−１およびＰＡ１−９；ＰＳ７−１およびＰＡ２−１３；ＰＳ７−１およびＰＡ２−７；ＰＳ７−１およびＰＡＰ−１；ＰＳ７−１およびＰＡＰ−１２；ＰＳ７−１およびＰＡＰ−１３；ＰＳ７−１およびＰＡＰ−１４；またはＰＳ７−１およびＰＡＰ−４を含む。
【００１４】
一部の実施形態では、組成物は、少なくとも以下の３種のバクテリオファージ：ＮＳ１３、ＮＳ７−１、およびＰＡ１−１１；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−１２；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＮＳ７−１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−１１；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−１３；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１３；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−９；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−１３；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１
−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡＰ−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；またはＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１を含む。
【００１５】
一部の実施形態では、組成物は、少なくとも以下の４種のバクテリオファージ：ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＮＳ７−１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９，およ
びＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＮＳ１９−１、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＮＳ１９−１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＮＳ７−１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡ１−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１２、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ１−９；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡ２−７；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ
１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４、ＰＡ１−９，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＡＰ−１２；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１３；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−１４；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＡＰ−４；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−４、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１２，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３，およびＰＳ７−１；ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１４，およびＰＳ７−１；またはＰＡ２−１３、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−４，およびＰＳ７−１を含む。
【００１６】
ある特定の態様では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも２種のバクテリオファージを含む組成物であって、第１の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染し、これを溶解し、第２の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染し、これを溶解し、２種の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９およびＰＡ４に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
【００１７】
ある特定の態様では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも２種のバクテリオファージを含む組成物であって、第１の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染し、これを溶解し、第２の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染し、これを溶解し、２種の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３およびＢ９に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
【００１８】
ある特定の態様では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも２種のバクテリオファージを含む組成物であって、第１の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染し、これを溶解し、第２の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染し、これを溶解し、２種の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３およびＰＡ５に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
【００１９】
ある特定の態様では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも２種のバクテリオファージを含む組成物であって、第１の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染し、これを溶解し、第２の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染し、これを溶解し、２種の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４およびＰＡ５に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
【００２０】
一部の実施形態では、上記組成物のうちの１つまたは複数（［０００９］〜［００１８］を参照されたい）は、ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰから選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する少なくとも１種のファージも含む。一部の実施形態では、上記組成物のうちの１つまたは複数は、全体として、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰのそれぞれに感染しそれを溶解するファージを含む。
【００２１】
ある特定の態様では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能な少なくとも３種のバクテリオファージを含む組成物であって、第１の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染し、これを溶解し、第２の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染し、これを溶解し、第３の選択されたファージがＰ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染し、これを溶解し、３種の選択されたファージのそれぞれが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３、ＰＡ４およびＢ９に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
【００２２】
一部の実施形態では、上記組成物のうちの１つまたは複数（［０００９］〜［００１８］を参照されたい）は、ＰＳ７−１、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９およびＰＡ１−１３から選択される少なくとも３種のバクテリオファージを含む。好ましい実施形態では、組成物は、皮膚、眼、歯への、またはインプラントへの送達のために製剤化されたバクテリオファージの以下の組合せを含む：ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９、およびＰＡ１−１３；ＰＳ７−１、ＰＡ１−９、およびＰＡ１−１３；ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１３、およびＰＳ７−１；ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２、およびＰＡ１−１１；またはＰＳ７−１、ＰＡ１−１３、およびＰＡＰ−１２。
【００２３】
一部の実施形態では、組成物は、哺乳動物の皮膚、哺乳動物の眼、哺乳動物の歯または哺乳動物に挿入されるインプラントへの送達のために製剤化される。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。
【００２４】
一部の実施形態では、組成物は、局所適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、ゲル、クリーム、軟膏、ローション、ペースト、液剤、マイクロエマルション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、もしくは湿ったスポンジワイプの形態にあるか、または固体表面に結合している。一部の実施形態では、組成物は、アジュバント、担体またはビヒクルを含む。一部の実施形態では、組成物は、可溶化剤、軟化剤、湿潤剤、増粘剤、浸透エンハンサー、キレート剤、抗酸化剤、緩衝剤、等張剤、懸濁剤、乳化剤、安定剤および保存剤から選択される１つまたは複数の添加剤を含む。一部の実施形態では、組成物は、ゲル形成剤、クリーム形成剤、ワックス、オイル、界面活性剤、および結合剤のうちの１つまたは複数を含む。
【００２５】
ある特定の態様では、本出願は、それを必要とするかまたはそのリスクのある対象のざ瘡を処置または予防するための方法であって、（ａ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．ａｃｎｅｓ）株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ；ならびに（ｂ）第１のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、Ｂ９、Ａ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージを含む組成物を、対象に投与するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、（ａ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第１のバクテリオファージ；（ｂ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第２のバクテリオファージ；ならびに（ｃ）Ｂ９、ＰＡ４、ＰＡ３、およびＰＡ５から選択される少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株に感染しそれを溶解する第３のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、第１のバクテリオファージおよび第３のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されず、第３のバクテリオファージに感染した少なくとも１種のＰ．ａｃｎｅｓ株が、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージのうちの少なくとも１種に感染せず、それによって溶解されない。一部の実施形態では、組成物は、（ａ）Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染し、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３を溶解する第１のバクテリオファージ；（ｂ）Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染し、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４を溶解する第２のバクテリオファージ；および（ｃ）Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染し、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９を溶解する第３のバクテリオファージを含み、３種のバクテリオファージのそれぞれが、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３、ＰＡ４およびＢ９に関して互いに異なる溶解特異性を有する。一部の実施形態では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に感染しそれを溶解することができるファージの、抗生物質、抗面皰剤、バクテリオファージ以外の抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、角質溶解剤、皮脂浸透エンハンサー、および日焼け止め剤を含むリストから選択される１つまたは複数の局所または経口剤と組み合わせた混合物を含む組成物を、対象に投与することによって、それを必要とするかまたはそのリスクのある対象のざ瘡を処置または予防するための方法を提供する。一部の実施形態では、本出願は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を対象に投与することによって、対象の皮膚、眼、および／または歯の中／上のＰ．ａｃｎｅｓの量を低減するための方法を提供する。
【００２６】
一部の実施形態では、抗生剤は、抗生物質ゲル、抗生物質クリーム、抗生物質ローションまたは経口抗生物質である。一部の実施形態では、抗面皰剤は、レチノイド、アゼライン酸、およびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤は、過酸化ベンゾイル、ダプソン、アゼライン酸、エリスロマイシン、テトラサイクリンおよびクリンダマイシン、スルファセタミドナトリウム、アダパレン、ミノサイクリン、トリメトプリム、ナジフロキサシン、オフロキサシン、ドキシサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリムスルファメトキサゾールのうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗炎症剤は、テトラサイクリン、エリスロマイシン、クリンダマイシン、ニコチンアミド、ミノサイクリン、トリメトプリムおよびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗脂漏剤は、スピロノラクトン、Ｄｉａｎｅｔｔｅ（商標）（酢酸シプロテロンおよびエチニルエストラジオール）およびイソトレチノインのうちの１つまたは複数を含む。
【００２７】
一部の実施形態では、角質溶解剤は、グリコール酸、乳酸、マンデル酸、ヒドロキシカプリン酸、フィチン酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸、サリチル酸、尿素、および硫黄のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、皮脂浸透エンハンサーは、皮脂軟化剤、皮脂可溶化剤および乳化剤のうちの１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、皮脂浸透エンハンサーは、ポリソルベートまたは他の非イオン性界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０、８０など）、不飽和脂肪酸（例えば、オレイン酸）、不飽和アルコール（例えば、オレイルアルコール）、脂肪族アルコール（例えば、エタノールおよびイソプロピルアルコール）、トランスクトール（ジエチレングリコールモノエチルエーテル）、リン脂質、不飽和トリグリセリド、プロピレングリコール、およびジプロピレングリコールのうちの１つまたは複数を含む。
【００２８】
一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、全体として、組成物に対して１０５から１０１３プラーク形成単位（ＰＦＵ）の用量で、１２時間、２４時間、４８時間または７２時間ごとに投与される。好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１０７から１０１１ＰＦＵの用量で、１２時間、２４時間、４８時間、または７２時間ごとに投与される。他の好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１０６から１０１１ＰＦＵの用量で、１２時間、２４時間、４８時間、または７２時間ごとに投与される。さらに他の好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、１０７から１０９ＰＦＵの用量で、１２時間、２４時間、４８時間、または７２時間ごとに投与される。
【００２９】
本明細書で開示される組成物中に存在する様々なバクテリオファージは、等しいかまたは等しくない力価の量で存在してもよい。一部の実施形態では、特定のバクテリオファージは、等しい力価で存在する（例えば、１：１の第１のバクテリオファージ：第２のバクテリオファージ；１：１：１の第１のバクテリオファージ：第２のバクテリオファージ：第３のバクテリオファージなど）。他の実施形態では、ファージは、異なる相対的力価で存在してもよい。例えば、特定のバクテリオファージの他のバクテリオファージに対する力価の比率がより高いと、前者のバクテリオファージが後者のバクテリオファージよりも最終製剤において経時的により低い安定性を有する場合に有用である場合がある。このような場合には、所望の製品の貯蔵寿命にわたり最小の力価を維持するために、より低い安定性のバクテリオファージの量を増加させてもよい。このような実施形態では、安定性のより低いバクテリオファージの安定性のより高いバクテリオファージに対する比率は、例えば、２：１、５：１、１０：１、２５：１、５０：１、１００：１、５００：１、１，０００：１、５，０００：１もしくは１０，０００：１または２：１から１０，０００：１の間の任意の比の範囲であり得る。
【００３０】
なお他の実施形態では、バクテリオファージのうちの１種の製造収率が低いことおよび／または製剤化中の体積制限によって、このようなバクテリオファージが、組成物中の他のバクテリオファージと比較してより低い力価で存在することになる場合がある。これらの実施形態では、前者のバクテリオファージが、組成物中の他のバクテリオファージの１０，０００分の１以上の初期力価で存在する場合がある。このような実施形態では、前者のバクテリオファージの他のバクテリオファージに対する力価の比率は、例えば、１：２、１：５、１：１０、１：２５、１：５０、１：１００、１：５００、１：１，０００、１：５，０００または１：１０，０００であり得る。
【００３１】
一部の実施形態では、ざ瘡は、病変として存在する尋常性ざ瘡である。一部の実施形態では、病変は、非炎症性または炎症性である。一部の実施形態では、非炎症性病変は、面皰である。一部の実施形態では、炎症性病変は、丘疹、膿胞、結節または嚢胞である。一部の実施形態では、面皰は、ニキビまたは稗粒腫である。一部の実施形態では、ざ瘡は、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡（頭皮毛包炎、粟粒状壊死性ざ瘡またはＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ毛包炎）、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、ＳＡＰＨＯ症候群に関連するざ瘡、または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡である。
【００３２】
一部の実施形態では、対象は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に関連する皮膚疾患を呈するか、またはこのような疾患を発症するリスクがある。
【００３３】
一部の態様では、本出願は、対象を処置することができるファージの混合物を選択する方法であって、（ｉ）対象の罹患した領域または処置されるもしくは潜在的に処置される領域から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）生体試料から得た細菌を培養するステップと、（ｉｉｉ）培養した細菌にバクテリオファージの混合物を接種するステップと、（ｉｖ）培養された細菌のいずれかがバクテリオファージの混合物によって溶解されるかを決定するステップを含み、培養された細菌のいずれかがバクテリオファージの混合物によって溶解される場合、対象は、バクテリオファージの混合物によって処置可能であると決定される、方法を提供する。
【００３４】
一部の態様では、本出願は、インプラントの前処置のために製剤化された、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能であるファージの混合物を含む組成物を提供する。
【００３５】
一部の実施形態では、本出願は、インプラント上のＰ．ａｃｎｅｓを含有するバイオフィルムの発生を処置もしくは予防する、またはインプラント上のバイオフィルムにおけるＰ．ａｃｎｅｓの量を低減するための方法であって、インプラントに、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を適用するステップを含む、方法を提供する。以下の１つまたは複数は、インプラントに、バクテリオファージ組成物と同時にまたは連続して、すなわち、単一の製剤からかまたは一緒にもしくは個別にパッケージングされた別々の製剤から適用されてもよい：抗微生物物質、親水性ポリマーコーティング、ポリマーブラシコーティング、または接触死滅表面コーティング。一部の実施形態では、インプラントは、コーティングからファージ、および必要に応じて、抗微生物物質を放出するか、または抗微生物物質に含浸される。一部の実施形態では、コーティングは、ヒドロゲル、ナノチューブ、微多孔性リン酸カルシウムコーティング、メッシュコーティング、ナノ粒子コーティング、ミクロスフェアコーティングまたはポリマーコーティングのうちの１つまたは複数である。一部の実施形態では、インプラントは、３Ｄプリンティングまたはエレクトロスピニングを使用して製造され、インプラント内に抗微生物物質を組み込む。
【００３６】
一部の実施形態では、本出願は、インプラント上のＰ．ａｃｎｅｓのバイオフィルムの発生を処置または予防するための方法であって、インプラント上に、インプラントの前処置のために製剤化された、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を適用するステップを含む、方法を提供する。これらの実施形態の一部の態様では、インプラントは、感覚系もしくは神経系インプラント、心血管医療機器、整形外科インプラントもしくは生体材料、避妊用インプラント、美容的インプラント、歯科インプラント、人工器官、整形外科用生体材料、または臓器不全用インプラントである。
【００３７】
一部の実施形態では、感覚系または神経系インプラントは、眼内レンズ、コンタクトレンズ、強膜バックル、結膜プラグ、涙道内挿管デバイス、眼窩インプラント、縫合材料、角膜実質内リングセグメント（ｉｎｔｒａｓｔｒｏｍａｌ  ｃｏｒｎｅａｌ  ｒｉｎｇ  ｓｅｇｍｅｎｔ）、蝸牛インプラント、中耳腔換気用チューブ、または神経刺激器である。一部の実施形態では、感覚系または神経系インプラントは、白内障、緑内障、円錐角膜、視覚障害、耳硬化症、難聴障害、中耳炎、中耳疾患、てんかん、パーキンソン病、および処置抵抗性うつ病を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００３８】
一部の実施形態では、心血管医療機器は、人工心臓、人工心臓弁、植込み型除細動器、心臓ペースメーカー、または冠動脈ステントである。一部の実施形態では、心血管医療機器は、心不全、不整脈、心室頻拍、心臓弁膜症、狭心症、およびアテローム性動脈硬化症を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００３９】
一部の実施形態では、整形外科インプラントまたは生体材料は、ピン、ロッド、スクリュー、プレート、金属ガラス、または生分解性医療用インプラントである。一部の実施形態では、整形外科インプラントまたは生体材料は、骨折、骨関節炎、脊柱側弯症、脊柱管狭窄症、および慢性疼痛を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００４０】
一部の実施形態では、避妊用インプラントは、銅またはホルモンベースの子宮内避妊具である。一部の実施形態では、避妊用インプラントは、予定外妊娠を予防すること、月経過多および多嚢胞性卵巣症候群を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００４１】
一部の実施形態では、美容的インプラントは、人工の乳房インプラント、肩インプラント、義鼻、または義眼である。一部の実施形態では、美容的インプラントは、乳房切除、豊尻手術、および顎の増強を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００４２】
一部の実施形態では、臓器不全用インプラントは、ＬＩＮＸ、植込み型胃刺激装置、横隔膜／横隔神経刺激装置、神経刺激装置、外科用メッシュ、または陰茎プロテーゼである。一部の実施形態では、臓器不全用インプラントは、胃食道逆流性疾患、胃不全麻痺、呼吸不全、睡眠時無呼吸、尿および便の失禁、および勃起不全を含むリストから選択される１つまたは複数の状態において使用される。
【００４３】
上記方法のいずれかの一部の実施形態では、表１に示されるファージのうちのいずれか１種または複数は、組成物中に存在し、表１に示されているように、そのファージに対する配列番号のヌクレオチド配列を含む。
【表１】
2021505667.tif 000003
【００４４】
前述の概要、および以下の詳細な説明は、添付の図面と併せて読む場合によりよく理解され得る。例証のために、本発明において好ましい図面による実施形態が示される。しかしながら、本出願は、示される正確な配置および手段に限定されないことが理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】図１は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関するファージの宿主範囲を示す図である。Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２およびＰＡＰで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、９種の追加のＰ．ａｃｎｅｓ株：ＰＡ３、ＰＡ４、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０およびＰＡ１１に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイ（ｄｒｏｐ  ａｓｓａｙ）によって、４８ウェルプレートにおいて、様々なＰ．ａｃｎｅｓ株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、終夜（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。ＰＡ１、ＰＡ２およびＰＡＰの細菌叢とそのそれぞれのファージを含むプレートを陽性対照とした。１ウェル当たり１０４個のファージを含有する１０μＬを使用して、各ファージに関する宿主範囲を試験する。＋＋＋  −  プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、＋＋  −  １０個を超える計数可能な数のプラーク、＋  −  １から１０個の視認可能なプラーク、−  −  視認可能なプラークがない。
【００４６】
【図２】図２は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株の臨床単離株のサブセットに関するファージの宿主範囲を示す図である。健康なボランティアまたはざ瘡患者の皮膚試料から単離されたＰ．ａｃｎｅｓ株のファージ感受性を試験する。Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２およびＰＡＰで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、Ｐ．ａｃｎｅｓの臨床単離株から得られた１４株に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、４８ウェルプレートにおいて、様々なＰ．ａｃｎｅｓ株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、２４時間（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。上記のような液滴アッセイ（１０４個のファージを含有する１０μＬ）または代わりにウェル当たり１０４個のファージを含有する５μＬを使用する改変された液滴アッセイのいずれかを使用して、各ファージに関する宿主範囲を試験する。＋＋＋  −  プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、＋＋  −  １０個を超える計数可能な数のプラーク、＋  −  １から１０個の視認可能なプラーク、−  −  視認可能なプラークがない、ＮＴ  −  試験されていない。
【００４７】
【図３】図３は、Ｐ．ａｃｎｅｓファージによるＰ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ臨床株ＰＡＣ４の非感染力を示す図である。Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２およびＰＡＰで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ株ＰＡＣ４に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、４８ウェルプレートにおいて、Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、終夜（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度の各ファージに関する宿主範囲を試験する。＋＋＋  −  プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、＋＋  −  １０個を超える計数可能な数のプラーク、＋  −  １から１０個の視認可能なプラーク、−  −  視認可能なプラークがない。
【００４８】
【図４】図４は、元のＰＡ３株が敏感であるファージに対するＢ９突然変異体細菌の感受性を示す図である。ＰＡＰ−１に対して発生した耐性に基づいて単離されたＰ．ａｃｎｅｓ  ＰＡ３株のＢ９突然変異体に感染するファージの能力を、記載されているように調査した。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、４８ウェルプレートにおいて、Ｂ９株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、終夜（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。各ファージのＢ９突然変異体株に感染する能力を、１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度で試験する。Ｒ  −  試験ファージによる感染に対する耐性、Ｓ  −  試験ファージによる感染に対する感受性。
【００４９】
【図５】図５は、宿主ＰＡ４のＰＡＰ−１２感染に関する他のファージの非干渉を示す図である。いずれの個々のファージの特異的機能も損なうことなく、混合物中でいくつかのファージを組み合わせる能力を、記載されているように試験する。ＰＡ４株（ＢＨＩＳ中で成長させた）のファージ感受性を、ファージＰＡＰ−１２の存在下または非存在下で、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１、ＰＡ２およびＰＡＰで単離したファージに関して試験する。新鮮なＢＨＩＳと１：１の比でまたはＰＡＰ−１２のストックと１：１の比で混合した、それぞれのファージを、液滴アッセイによって、４８ウェルプレートにおいて、ＰＡ４株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、終夜（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度で、各ファージを試験する。＋＋＋  −  プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、＋＋  −  １０個を超える計数可能な数のプラーク、＋  −  １から１０個の視認可能なプラーク、−  −  視認可能なプラークがない。
【００５０】
【図６】図６は、臨床株のサブセットのファージ感受性対抗生物質感受性を示す図である。個々のファージ、ファージ混合物および抗生物質の適用に対する様々な臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓおよびＰ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ株の感受性を、記載されているように試験する。それぞれのファージまたはファージ混合物は、以前に記載されているように、液滴アッセイを使用して試験されるか、または様々な細菌株の細菌叢に添加される（５μＬ）。プレートを、嫌気的条件において、２４時間（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。１０４個のファージを含有する５μＬを使用して、宿主感受性を各ファージに対して試験する。この株の抗生物質感受性を、５〜１０μＬの抗生物質を各株の細菌叢上に置くこと、および嫌気的条件において、終夜３７℃でインキュベートすることによって測定する。＋＋  −  全体がクリアリング状態、＋  −  部分的にクリアリング状態、−  −  クリアリングなし、ＮＴ  −  試験されていない；カクテル１  −  ＰＡ１−１３  ＋  ＰＳ７−１  ＋  ＰＡ１−９；カクテル２  −  ＰＡ１−１３  ＋  ＰＳ７−１  ＋  ＰＡＰ−１２。
【００５１】
【図７】図７は、Ｐ．ａｃｎｅｓ感染症のマウスモデルにおけるファージによる耳介膨張の予防を示すグラフである。対照として、左耳における２０μＬのＰＢＳと一緒に、右耳における２０μＬのＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ１（１０１０ＣＦＵ／ｍＬ）の単回皮内注射によって、３群のマウスをモデル誘導に供する。（群１；ｎ＝２０）。処置群では、ＰＡ１注射の３時間後に、２０μＬのファージ懸濁液（ＰＡＰ−７）を右耳中に、２０μＬのＰＢＳを左耳中に（群２；ｎ＝２０）、またはＰＡ１注射の３時間前に、２０μＬのＰＡＰ−７を右耳中に、２０μＬのＰＢＳを左耳中に注射する（群３；ｎ＝２０）。群１は、モデル誘導に関する対照の役割を果たす。右／左耳の厚み測定値の比は、モデル誘導の直前、ならびにモデル誘導の２４時間、４８時間および７２時間後にマウスにおいて決定される。エラーバーは、平均値±ＳＥＭを示す。ｐ＝０．０３、２４時間目における群１対群３。
【００５２】
【図８】図８は、Ｐ．ａｃｎｅｓによって引き起こされる膨張の局所マウスモデルにおいて実証されるファージ活性を示す図である。耳を優しく引っ掻き、続いて、１０μＬのＰＡ１懸濁液（１０１０ＣＦＵ／ｍＬ）（群２、３、および４）またはＰＢＳ（群１）を単回、局所的に適用し、次に、それに続いて図８に概略されるように、モデル誘導の３０分および３時間後にファージを投与することによって、３群のマウスをモデル誘導に供する。群２は、１０８ＣＦＵ／ｍＬを含有する１０μＬのファージ懸濁液（ＰＳ７−１、ＰＡＰ−１、ＰＡＰ−１２）を受け、一方、群３は、１０１１ＣＦＵ／ｍＬを含有する１０μＬのファージ懸濁液を受けた。モデル誘導の２４時間後に、耳の厚みを測定する。エラーバーは、平均値±ＳＥＭを示す。Ｐ＝０．０３（群３）、Ｐ＝０．０２（群４）。
【００５３】
【図９】図９は、ファージ混合物対単一のファージの存在下で実証された時間増加に対するＰＡ３耐性突然変異体の出現を示すグラフである。図９は、単独またはファージＰＡＰ−１、ＰＡ１−４、もしくはＰＡＰ−１およびＰＡ１−４の組合せの存在下で培養されたＰＡ３株の成長の特徴を例証する。ＰＡ３を、４ｍＬのＢＨＩＳ培養試験管中、３７℃で嫌気的に終夜培養し、翌朝１：３に希釈し、ＯＤ０．８〜１．２に達するまで４時間インキュベートし、さらにＯＤ０．２に希釈する。ファージＰＡＰ−１およびＰＡ１−４を１０８ＰＦＵ／ｍＬまで希釈し、この濃度のこれらのファージの１：１混合物も調製する。ＰＡ３培養物を、ウェル当たり１９０μＬで９６ウェルプレート中に分注し、その後、１０μＬのファージを含有する試料を三連で添加する。最後に、これを４０μＬの鉱油で覆う。このプレートを密封し、３７℃でＴｅｃａｎ  Ｍ２００  Ｐｒｏプレートリーダー中でインキュベートし、１５分ごとに測定しながら感染動態を追跡する。
【００５４】
【図１０】図１０は、ファージの遺伝子分析を示す図である。ＰＡ１、ＰＡ２、およびＰＡＰに対して単離されたファージのパーセント相同性。すべての非重複ＢＬＡＳＴＮアライメントセグメント（ＢＬＡＳＴ  ＨＳＰ）を組合せ、それらの「完全一致の数」の値を合計し、この合計を２つの配列のより長い方の長さで割ることによって、ファージゲノム間のパーセント相同性を決定する。一部の実施形態では、これにより、非対称的マトリックスがもたらされる。
【００５５】
【図１１】図１１は、臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関するファージカクテルの有効性を示す図である。図１１（ａ〜ｃ）は、５０名のボランティアから単離された１１９個の臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関するファージカクテル（ＰＳ７−１、ＰＡ１−１３、およびＰＡＰ−１２）の治療有効性を示し、尋常性ざ瘡グレード１〜４を有するボランティアのうちの２６名について、実施例１２に記載されているように調査した。Ｒ  −  試験ファージカクテルによる感染に対する耐性、Ｓ  −  試験ファージカクテルによる感染に対する感受性。
【００５６】
【図１２】図１２は、臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関するファージカクテルの有効性を示す図である。１０名のボランティアから単離された２４個の抗生物質耐性臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関するファージカクテル（ＰＳ７−１、ＰＡ１−１３、およびＰＡＰ−１２）の治療有効性であり、尋常性ざ瘡グレード１〜４を有するボランティアのうちの６名について、実施例１２に記載されているように調査した。これらの株の様々な抗生物質に対する感受性も、実施例１２に記載されているように測定した。Ｒ  −  試験ファージカクテルによる感染に対する耐性、Ｓ  −  試験ファージカクテルによる感染に対する感受性、Ｃ  −  ０．５μｇ／ｍｌのクリンダマイシンに対する耐性、Ｅ  −  ０．５μｇ／ｍｌのエリスロマイシンに対する耐性、Ｔ  −  ５μｇ／ｍｌのテトラサイクリンに対する耐性、Ｍ  −  ５μｇ／ｍｌのミノサイクリンに対する耐性。
【発明を実施するための形態】
【００５７】
詳細な説明
本明細書において別段に定義されていなければ、本出願において使用される科学および技術用語は、当業者によって通常理解される意味を有する。一般的に、本明細書に記載の薬理学、細胞および組織培養、分子生物学、細胞およびがん生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、遺伝子およびタンパク質および核酸化学に関連して使用される命名法、および技法は、当技術分野において周知かつ通常使用されるものである。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が支配することになる。
【００５８】
本出願の実践では、別段に示されていなければ、当業者の技術の範囲内にある分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来の技法が用いられる。このような技法は、文献、例えば、Molecular  Cloning:  A  Laboratory  Manual,  second  edition  (Sambrook  et  al.,  1989)  Cold  Spring  Harbor  Press；Oligonucleotide  Synthesis  (M.J.  Gait,  ed.,  1984);  Methods  in  Molecular  Biology,  Humana  Press；Cell  Biology:  A  Laboratory  Notebook  (J.E.  Cellis,  ed.,  1998)  Academic  Press；Animal  Cell  Culture  (R.I.  Freshney,  ed.,  1987);  Introduction  to  Cell  and  Tissue  Culture  (J.P.  Mather  and  P.E.  Roberts,  1998)  Plenum  Press；Cell  and  Tissue  Culture:  Laboratory  Procedures  (A.  Doyle,  J.B.  Griffiths,  and  D.G.  Newell,  eds.,  1993-1998)  J.  Wiley  and  Sons;  Methods  in  Enzymology  (Academic  Press,  Inc.)；Gene  Transfer  Vectors  for  Mammalian  Cells  (J.M.  Miller  and  M.P.  Calos,  eds.,  1987);  Current  Protocols  in  Molecular  Biology  (F.M.  Ausubel  et  al.,  eds.,  1987)；PCR:    The  Polymerase  Chain  Reaction,  (Mullis  et  al.,  eds.,  1994)；Sambrook  and  Russell,  Molecular  Cloning:  A  Laboratory  Manual,  3rd.  ed.,  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press,  Cold  Spring  Harbor,  NY  (2001)；Ausubel  et  al.,  Current  Protocols  in  Molecular  Biology,  John  Wiley  &  Sons,  NY  (2002)；Harlow  and  Lane  Using  Antibodies:  A  Laboratory  Manual,  Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press,  Cold  Spring  Harbor,  NY  (1998);  Coligan  et  al.,  Short  Protocols  in  Protein  Science,  John  Wiley  &  Sons,  NY  (2003)；Short  Protocols  in  Molecular  Biology  (Wiley  and  Sons,  1999)において十分に説明されている。
【００５９】
本明細書に記載の生化学、免疫学、微生物学、分子生物学、およびウイルス学に関連して使用される命名法、ならびに実験手技および技術は、当技術分野において周知かつ通常使用されるものである。
【００６０】
本明細書および実施形態の全体を通して、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という語、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変化形は、記載された整数または整数の群の包含を意味するが、任意の他の整数または整数の群の除外を意味するものではないことが理解される。
【００６１】
実施形態が「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という言語を用いて本明細書において記載される場合は常に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」および／または「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」という用語で記載される他の類似の実施形態もまた提供されると理解される。
【００６２】
「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、「含むがこれらに限定されない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｂｕｔ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ）」を意味するために使用される。「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「含むがこれらに限定されない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｂｕｔ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ）」は、互換的に使用される。
【００６３】
「例えば（ｅ．ｇ．）」または「例えば（ｆｏｒ  ｅｘａｍｐｌｅ）」という用語に続くいかなる例も、網羅的または限定的であることを意図するものではない。
【００６４】
文脈によって別段に要求されなければ、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数を含む。
【００６５】
「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」という冠詞は、その冠詞の文法上の目的語の１つまたは１つより多く（すなわち、少なくとも１つ）を指すために、本明細書において使用される。例として、「ある要素（ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または１つより多い要素を意味する。本明細書における「約」値またはパラメーターへの言及は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含む（および記載する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記載は「Ｘ」の記載を含む。数値範囲は、範囲を規定する数値を含むものである。本明細書で使用される場合、「約（ａｂｏｕｔ）」という用語は、有効数字の範囲内に±１０％の変動を許容する。
【００６６】
本開示の数値範囲およびパラメーターは近似値であることにもかかわらず、特定の実施例に示される数値は、可能な限り正確に報告される。しかし、あらゆる数値は、そのそれぞれの試験測定において見出される標準偏差に必然的に起因する、ある特定の誤差を本質的に含有する。さらに、本明細書において開示されるすべての範囲は、そこに包含される任意かつすべての下位範囲を包含することが理解されるべきである。例えば、「１から１０」と記載された範囲は、最小値の１と最大値の１０との間の（およびこれらの値を含む）任意かつすべての下位範囲、すなわち、すべての下位範囲は、１またはそれより大きい最小値、例えば、１から６．１で始まり、１０または１０より小さい最大値、例えば、５．５から１０で終わるすべての下位範囲を含むと考えられるべきである。
【００６７】
態様または実施形態がマーカッシュ群または他の代替的な群分類に関して記載されている場合、本出願は、列挙された群全てを全体として包含するのみではなく、群の各メンバーを個別に、また主要な群のすべての考えられる下位群も包含し、また群メンバーの１つまたは複数が含まれない主要な群もまた包含される。本出願はまた、マーカッシュ群または他の代替的な群分類の群メンバーのいずれかの１つまたは複数を明確に排除することも想定する。
【００６８】
例示的な方法および材料が本明細書に記載されているが、本明細書に記載されるものと類似するまたは等価な方法および材料もまた、様々な態様および実施形態の実施または試験において使用され得る。材料、方法、および実施例は例示に過ぎず、限定を意図しない。
定義
【００６９】
本開示がより容易に理解され得るために、まず、特定の用語が定義される。これらの定義は、本開示の残りの部分に照らし、当業者によって理解されるように読まれるべきである。別段に定義されていなければ、本明細書において使用されるすべての技術および科学用語は、当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。追加の定義は、詳細な説明全体を通して示される。
【００７０】
本明細書で使用される場合、「処置する」という用語およびその同族言語は、ざ瘡またはその少なくとも１つの認識できる症状の全体的または部分的な軽快またはモジュレーションを指す。一部の実施形態では、「処置する」および「モジュレートする」ならびにその同族言語は、少なくとも１つの測定可能な物理的パラメーターの軽快（必ずしも患者によって認識できる必要はない）を指す。一部の実施形態では、「処置する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、物理的に（例えば、認識できる症状の安定化）、生理学的に（例えば、物理的パラメーターの安定化）、またはその両方のいずれかで、ざ瘡を阻害することもしくは低減することまたはその進行を遅延させることを指す。ある特定の実施形態では、「処置する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡の進行を遅延させることまたはその進行を逆転させることを指す。
【００７１】
本明細書で使用される場合、「予防する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡もしくはざ瘡に関連する症状の発症を遅延させること、その再発時間を遅延させることもしくはそれを獲得するリスクを低減すること、または皮膚、眼、歯もしくはインプラントの中／上の１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムの発症を遅延させることもしくはそれを発生するリスクを低減すること、または未処置の対照に対して、Ｐ．ａｃｎｅｓに関連するインプラント関連内部感染症もしくはＰ．ａｃｎｅｓに関連するインプラント関連内部感染症に関連する症状の発症を遅延させることもしくはそれを獲得するリスクを低減することを指す。本明細書で使用される場合、「再発時間を遅延させること」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡を発症する疑いのある個体において、ざ瘡またはざ瘡に関連する症状が再び起こるのを遅延させることを指す。
【００７２】
ここで定義されているように、「感染する」または「感染することが可能である」という用語は、宿主細胞を死滅させ、溶解するファージの能力を指す。Ｐ．ａｃｎｅｓに感染するファージの能力は、スポット液滴アッセイにおいてまたは本明細書に記載されている溶液中で決定され、Ｐ．ａｃｎｅｓのコロニーを有する軟寒天プレート上のプラーク形成もしくはクリアリングゾーンまたは細菌濃度を示す光学密度の低下は、ファージが感染に成功したことを実証する。本明細書において定義されているように、「溶解する」または「溶解」という用語は、Ｐ．ａｃｎｅｓの細胞膜を溶かすかまたは破壊し、それによって、Ｐ．ａｃｎｅｓを排除するファージの能力を指す。本発明の組成物中に存在するバクテリオファージは、細菌株が、Ｓ（Ｂ９株に対して）、または任意の他の株に対して＋＋もしくは＋＋＋であるファージに対して感受性を有する場合に、その細菌株を「溶解する」または「感染および溶解する」ことが可能であると考えられる。
【００７３】
本明細書において定義されているように、「溶解特異性」という用語は、特定のＰ．ａｃｎｅｓ株を溶解するファージの能力を指す。溶解特異性は、固体培地アッセイにおいて約１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度で使用される場合に、＋、＋＋、または＋＋＋レベル（＋＋は、１０個を超える計数可能な数のプラークを示し、＋＋＋は、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態を示す）で、軟寒天プレート上に叢として見られるＰ．ａｃｎｅｓのコロニーに感染し、溶解する、ファージの能力によって決定される。最も好ましい実施形態では、特定のＰ．ａｃｎｅｓ株に対するファージの溶解特異性は、＋＋＋レベルである。他の好ましい実施形態では、特定のＰ．ａｃｎｅｓ株に対するファージの溶解特異性は、＋＋レベルである。一部の実施形態では、Ｂ９株に対するファージの溶解特異性は、Ｒ、またはＳレベル（Ｒは、Ｂ９株が、試験ファージによる感染に対して耐性であることを示し、Ｓは、Ｂ９株が、試験ファージによる感染に対して敏感であることを示す）で、軟寒天プレート上の叢におけるＢ９のコロニーに感染し、溶解するファージの能力によって決定される。本出願の目的として、Ｂ９の感染に関する「Ｓ」表示は、試験ファージを使用して、軟寒天プレート上のＢ９コロニーに感染させ、溶解させる少なくとも２つの個々の実験において、いずれかのプラークが出現することを意味する。
【００７４】
本明細書で使用される場合、「ざ瘡」という用語は、毛包が、油および死んだ皮膚細胞で塞がれている皮膚状態を指す。これは、顔、額、胸、上背および肩を含むがこれらに限定されない様々な身体構造上に現れ得る稗粒腫、ニキビ、吹き出物、結節、嚢胞、脂性肌および瘢痕によって特徴付けられる。ざ瘡の主要な病態生理学的特徴は、過角化、皮脂産生、細菌増殖および炎症を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、ざ瘡は、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株の炎症性の活性に関連する。一部の実施形態では、ざ瘡は、非炎症性の、開いたまたは閉じた面皰によって、および丘疹、膿胞、および結節によって特徴付けられる。本明細書で使用される場合、ざ瘡は、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、ＳＡＰＨＯ症候群に関連するざ瘡、または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡を指す。
【００７５】
本明細書で使用される場合、「バイオフィルム」という用語は、（ｉ）基層、界面、または互いに付着し；（ｉｉ）（少なくとも部分的に自己産生された）細胞外ポリマー物質のマトリックス中に埋め込まれ；（ｉｉｉ）プランクトンの細菌細胞と比較して、成長、遺伝子発現、およびタンパク質産生の点で変更された表現型を示す（Achermann  et  al.,  2014）、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含む微生物細胞の固着コミュニティーを指す。バイオフィルムの基本的成分は、微生物、菌体外多糖、および表面である（Dunne  WM,  2002）。バイオフィルムマトリックスは、バイオフィルムの成長環境ならびに関与する細菌の属、種、および株に基づく割合で、内因的および外因的に産生された多糖、タンパク質、および／または細胞外ＤＮＡから構成され得る（Archer  et  al.,  2011）。単一細胞から厚い多細胞層の範囲に及ぶ可能性のある、組織的なバイオフィルムのコミュニティーは、構造的かつ機能的な不均質性を有する（Costerton  et  al.,  1999）。異なる構造は、養分、老廃物、気体、および空間の制限などの局所的環境条件に依存する（Dunne  WM,  2002）。ある特定の実施形態では、バイオフィルムは、単一種のバイオフィルムである。他の実施形態では、バイオフィルムは、多微生物性であり、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株と１種または複数の他の非Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌株を含む。
【００７６】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の１種または複数のバクテリオファージは、対象のざ瘡を処置するために投与され、未処置または対照対象におけるレベルと比較して、１つもしくは複数の症状または状態もしくは障害の物理的パラメーターの少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれより高い割合の改善をもたらす。一部の実施形態では、改善は、バクテリオファージの投与前後の、対象における症状または物理的パラメーターを比較することによって測定される。一部の実施形態では、試験される物理的パラメーターは、非炎症性病変の数、パーセンテージ、および／または重症度の低減、ならびに炎症性病変の数、パーセンテージ、および／または重症度の低減を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、物理的パラメーターは、認定臨床医によって定性的に評価される。
【００７７】
一部の実施形態では、本明細書に記載の１種または複数のバクテリオファージは、対象の皮膚、対象の眼、歯、または対象に挿入されたインプラントの中／上の１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムの発生を予防または阻止するために投与され、未処置または対照対象におけるレベルと比較して、皮膚、眼、歯、またはインプラントに関する１つもしくは複数の物理的パラメーターを、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれより高い割合で改善させる。一部の実施形態では、改善は、バクテリオファージの投与前後の対象における物理的パラメーターを比較することによって測定される。一部の実施形態では、インプラントは、本明細書に記載の１種または複数のバクテリオファージによる前処置後に、対象に挿入される。
【００７８】
測定可能な物理的パラメーターは、例えば、バイオフィルムの形成および発生（Tyner  and  Patel,  2016）に対する、またはインプラントに関連する感染症に対する、当技術分野において公知の任意の適切なパラメーターであり得る。バイオフィルムの形成および発生のパラメーターは、微生物の付着、成熟および分散の評価、ならびにバイオフィルムの厚みを含むがこれらに限定されない。皮膚、歯、またはインプラントの中／上に形成されるバイオフィルムは、電子顕微鏡（ＥＭ）を走査することによって、ｉｎ  ｓｉｔｕのハイブリダイゼーションで透過型ＥＭ（Holmberg  et  al.,  2009）の蛍光、免疫蛍光顕微鏡（Brandwein  et  al.,  2016）によって分析することができる。さらに、歯上のバイオフィルム形成は、歯垢の評価を含むがこれらに限定されない。インプラント関連感染症のパラメーターは、手術中の組織培養におけるＰ．ａｃｎｅｓの検出を含むがこれらに限定されない。組織試料、吸引液および生検試料は、患者から得られ、好気的および嫌気的条件下で５日より長い間、寒天プレートとブロスの両方で培養され、Ｐ．ａｃｎｅｓを検出する感受性および特異度を最適化され得る（Saper  et  al.,  2015）。患者は、紅斑、膨張、皮膚反応、滲出物生成、疼痛、硬化、およびインプラントの緩みを含むがこれらに限定されないＰ．ａｃｎｅｓ感染症の臨床症状を呈し得る。
【００７９】
予防または処置を必要とする対象として、ざ瘡を既に有する個体、およびざ瘡を有するリスクのある個体、または最終的にざ瘡を獲得する可能性のある個体を挙げることができる。予防または処置の必要性は、例えば、ざ瘡の発症に関連する１つもしくは複数のリスク因子の存在、またはざ瘡の存在もしくは進行によって評価される。例えば、ざ瘡を「予防すること」または「処置すること」は、関連する症状の発症を阻害すること、または関連する症状を低減もしくは排除することを包含し得るが、根底にある疾患の病因、例えば、遺伝的もしくは環境的因子の排除を必ずしも包含する訳ではない。
【００８０】
予防または処置を必要とする対象として、皮膚、眼または歯の中／上に１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムを有する個体、および１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムを有するリスクのある、または最終的にそれを獲得する可能性のある個体も挙げることができる。予防または処置に対する必要性は、例えば、バイオフィルムの発生に関連する１つもしくは複数のリスク因子の存在、バイオフィルムの存在もしくは進行、対象中もしくはインプラント上のバイオフィルム発生の予防、もしくはバイオフィルムを有する対象の処置に対する可能性のある受容性によって評価される。例えば、皮膚上のバイオフィルムの形成を「予防すること」または「処置すること」は、ざ瘡の関連する症状を低減または排除することを包含し得る。
【００８１】
一部の実施形態では、ざ瘡を有する対象は、寛解状態にあるおよび／または現在無症状であり、本明細書に記載のバクテリオファージは、寛解期間中に投与され、フレアアップに対する可能性を低減し得る。一部の実施形態では、ざ瘡に関して寛解状態にあるおよび／または現在無症状の個体は、処置、例えば、抗生物質、抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤、抗面皰剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、および／または抗Ｐ．ａｃｎｅｓワクチンを受けており、本明細書に記載のバクテリオファージは、このような処置と同時投与され、フレアアップに対する可能性を低減し得る。
【００８２】
本明細書で使用される場合、「Ｐ．ａｃｎｅｓ」（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｎｅｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓまたはＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍｉｓとしても公知）は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅファミリーに属する（Perry  and  Lambert,  2011）、ヒトの皮膚、口腔、結膜、腸管および外耳道の表面および毛包脂腺嚢（ｐｉｌｏｓｅｂａｃｅｏｕｓ  ｆｏｌｌｉｃｌｅ）中に残存する、微好気性、嫌気性〜耐気性の、グラム陽性、多形性桿状細菌である。一部の実施形態では、Ｐ．ａｃｎｅｓは、天然に存在するＰ．ａｃｎｅｓを指す。一部の実施形態では、Ｐ．ａｃｎｅｓは、天然に存在する、変異体または突然変異体Ｐ．ａｃｎｅｓ（例えば、抗生物質耐性、ファージ耐性、院内の）を指す。一部の実施形態では、変異体または突然変異体Ｐ．ａｃｎｅｓは、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つの抗生物質に対して耐性である。一部の実施形態では、突然変異体細菌株は、バクテリオファージの存在下で生じ得、前記バクテリオファージに対して耐性となる。
【００８３】
本明細書で使用される場合、細菌の「株」は、細菌の遺伝子変異体またはサブタイプを指す。一部の実施形態では、細菌の「株」は、前記細菌の純粋培養において、単一の単離物からの子孫を含む。本明細書で使用される場合、細菌の「株」は、前記細菌の１種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。例えば、本明細書で使用される場合、Ｐ．ａｃｎｅｓの「株」は、ＰＡ１（ＡＴＣＣ  １１８２８）、ＰＡ２（ＡＴＣＣ  ３３１７９）、ＰＡ３（ＡＴＣＣ  ２９３９９）  ＰＡ４（ＤＳＭ  ３２７１４、２０１７年１２月５日に寄託された）、ＰＡ５（ＡＴＣＣ  ５１２７７）、ＰＡ６（ＡＴＣＣ  ６９２３）、ＰＡ７（ＡＴＣＣ  ６９２２）、ＰＡ８（ＡＴＣＣ  ６９２１）、ＰＡ９（ＡＴＣＣ  １２９３０）、ＰＡ１０（ＡＴＣＣ  ６９１９）、ＰＡ１１（ＡＴＣＣ  １１８２７）、ＰＡ１３（ＤＳＭ  １６３７９）、ＰＡＰ（ＤＳＭ  ３２７０９、２０１７年１２月５日に寄託された）、Ｂ９（ＤＳＭ  ３２７１１、２０１７年１２月５日に寄託された）、ＰＡＣ１、ＰＡＣ２、ＰＡＣ３、ＰＡＣ５、ＰＡＣ６、ＰＡ１２、ＰＡＣ１３、ＰＡＣ１４、２００１−１、２００１−３、２００１−５、２００２−３、２００２−７、２００２−９、２００３−２、２００３−１０、２００４−８＿２、２００２−８＿３、２００２−８＿４、２００２−８＿５、２００２−８＿６、および２００２−８＿１０を含むがこれらに限定されない、Ｐ．ａｃｎｅｓの１種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。同様に、本明細書で使用される場合、Ｐ．ａｃｎｅｓの「株」を溶解することが可能であるバクテリオファージは、ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ３、ＰＡ４、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、ＰＡ１３、ＰＡＰ、Ｂ９、ＰＡＣ１、ＰＡＣ２、ＰＡＣ３、ＰＡＣ５、ＰＡＣ６、ＰＡＣ７、ＰＡＣ８、ＰＡＣ９、ＰＡＣ１０、ＰＡＣ１１、ＰＡＣ１２、ＰＡＣ１３、ＰＡＣ１４、２００１−１、２００１−３、２００１−５、２００２−３、２００２−７、２００２−９、２００３−２、２００３−１０、２００４−８＿２、２００２−８＿３、２００２−８＿４、２００２−８＿５、２００２−８＿６、および２００２−８＿１０を含むがこれらに限定されない、Ｐ．ａｃｎｅｓの１種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを溶解することが可能であるバクテリオファージを指す。
【００８４】
一部の実施形態では、本明細書で使用される場合、「突然変異体」細菌は、対応する野生型細菌株に対して、約８５％を超える、約９０％を超える、約９５％を超える、約９７％を超える、または約９９％を超える相同性を含む細菌を指す。
【００８５】
本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」および「ファージ」は互換的に使用され、細菌に感染することが可能である単離されたウイルスを指す。一部の実施形態では、ファージは、ＤＮＡまたはＲＮＡゲノムを含む。ファージは、天然または人工の環境から単離され得る。一部の実施形態では、ファージは、Ｓｉｐｈｏｖｉｒｉｄａｅから選択される。一部の実施形態では、ファージは、約５３％から約５５％のＧＣ含量を有する（Marinelli  LJ  2012）。一部の実施形態では、すべてのＰ．ａｃｎｅｓファージ間のゲノムのパーセンテージ同一性は、約８０％から１００％の範囲に及ぶ。本明細書で使用される場合、「Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージ」は、Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌を溶解することが可能であるバクテリオファージを指す。例えば、本明細書で使用される「バクテリオファージ」は、ＰＳ７−１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−１２（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）  ＰＡ１−１３（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ１−１１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ１−１２（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ１−１４（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ２−４（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ２−７（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された、ＰＡＰ−４（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−１１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−１３（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−１４（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＮＳ１３（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＮＳ７−１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡ１−９（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−７（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＰＡＰ−８（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１１月２９日に寄託された）、ＮＳ１９−１（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１２月４日に寄託された）、ＰＡ１−４（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１２月４日に寄託された）、ＰＡ２−１３（ＤＳＭ  ｘｘｘｘｘ、２０１８年１２月４日に寄託された）を含むがこれらに限定されない、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの１種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。
【００８６】
所与のバクテリオファージの様々な単離株が、核酸配列レベルで変化し得ることが公知である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、これらが同一の溶解特異性を示す限り、「機能的に同等」であると考えられる。本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」という用語は、親のバクテリオファージおよびその後代または誘導体を包含する。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「宿主範囲」は、特定のファージによる感染に対して感受性である細菌を指す。ファージの宿主範囲として、株、または種を挙げることができるがこれらに限定されない。この用語は、ファージの吸着可能な、産生性感染を包含する。一部の実施形態では、ファージは、２つまたはそれより多い株を認識することができる。一部の実施形態では、ファージは、野生型およびファージ耐性突然変異体株を認識することができる。
【００８８】
様々なファージ単離株が、当技術分野において公知の方法、例えば、固体培地アッセイ、または液体培地アッセイを使用して調製され、表現型を決定され得る。一部の実施形態では、ファージを定量および単離するための固体培地アッセイは、プレーティング効率（ＥＯＰ）（Kutter,  2009）からスポット試験（Hyman  &  Abedon,  2010）の範囲に及ぶプラークアッセイ（Abedon  &  Yin,  2009）に基づく。一部の実施形態では、プラークアッセイに対して使用されるプレート形式は、例えば、ペトリ皿から４８ウェルプレートまで改変され得る。
【００８９】
一部の実施形態では、二重層プラークアッセイを使用して、バクテリオファージ単離株の表現型を決定する。例えば、４ｍＬのＢＨＩＳの種菌に、プレート由来の５〜１０個のコロニーを接種することができる。この培養物を、嫌気的条件下で、３７℃にて終夜インキュベートすることができる。この培養物の１００μＬの体積を、１００μＬのファージ含有試料（または培地のみの対照）と混合し、１５分間インキュベートすることができる。その後、３ｍＬのＢＨＩＳ上部寒天（１ｍＭのＣａ２＋とＭｇ２＋イオンを補充した融解前の０．４％寒天ＢＨＩＳ）を添加することができ、混合物をＢＨＩＳ底寒天プレート（１．５％寒天ＢＨＩＳ）に対して注ぐことができる。このプレートを室温でゲルとし、次いで、プラークが特定されるまで、嫌気的条件下で、３７℃にて終夜インキュベートすることができる。
【００９０】
一部の実施形態では、改変スポット液滴アッセイを使用して、バクテリオファージ単離株の表現型を決定する。例えば、４ｍＬのＢＨＩＳの種菌に、プレート由来の５〜１０個のコロニーを接種することができる。この培養物を、嫌気的に、３７℃でインキュベートすることができる。この段階で、１０μＬのファージ含有試料または培地のみの対照をウェルの真ん中に滴下し、吸収させることができ、プラークが計数のために視認可能となるまで、終夜（３７℃、嫌気的に）インキュベートすることができる。
【００９１】
一部の実施形態では、液体培地アッセイを使用して、バクテリオファージの表現型を決定する。一部の実施形態では、液体ベースのファージ感染アッセイにより、感染の時間経過を追跡し、固相プラークアッセイと比較して、定量的エンドポイントを超えた感染症をもたらすことができる。一部の実施形態では、液体培地中でファージを細菌と混合し、次いで、培養物の濁度を経時的に追跡することによって、様々な細菌株がファージと相互作用する方法の間のより微細な差（例えば、細胞溶解時間の遅延）を認識することができる。一部の実施形態では、液体培地アッセイにより、９６ウェルプレートを使用し、プレートリーダーにおいて光学密度を読み取ることによって、ハイスループット測定が可能となる。
【００９２】
例えば、細菌株を終夜成長させ、次いで、１：１０に希釈し、ＯＤ６００が約０．４〜０．８となるまでさらに成長させることができる。次いで、この培養物を、出発光学密度、典型的には、０．０５から０．２の間のＯＤ６００まで、ＢＨＩＳ培地を使用してさらに希釈することができる。次いで、２００μＬの体積の培養物を、Ｎｕｎｃｌｏｎ平底９６ウェルプレートのウェル中に分注することができる。ファージを含有する１０μＬの試料または対照としての１０μＬの培地を各ウェルに添加することができる。ウェルを５０μＬの鉱油で覆い、蒸発を制限することができ、薄い光学的に透明の滅菌ポリエステルフィルムを添加して、培養物を滅菌状態に保つことができる。光学密度の測定を、例えば、Ｔｅｃａｎ  ＥＶＯ７５ロボットに接続したＴｅｃａｎ  Ｉｎｆｉｎｉｔｅ  Ｍ２００プレートリーダーにおいて、１５分ごとに行うことができる。測定の間に、例えば、ＥＶＯ７５インキュベーター内で、３７℃で振盪しながら、プレートをインキュベートすることができる。
【００９３】
一部の実施形態では、固体アッセイのみにおいて、プラークの存在によって感染力を決定する。一部の実施形態では、液体アッセイのみにおいて、細菌培養物の光学密度の低下によって感染力を決定する。一部の実施形態では、液体アッセイと固体アッセイの両方において、細菌培養物の光学密度の低下とプラークの存在によって感染力を決定する。
【００９４】
本明細書で使用される場合、「溶解性」バクテリオファージは、細菌宿主に付着し、その遺伝子材料を細菌宿主細胞中に挿入する病原性バクテリオファージを指す。その後、ファージは、通常、２つのライフサイクル、すなわち、溶解性（病原性）または溶原性（テンペレート）のうちの１つに従う。溶解性ファージは、細胞の機構を乗っ取り、ファージの構成成分を作製する。次いで、これらは、細胞を破壊するか、または溶解し、新たなファージ粒子を放出する。例えば、Abedon  et  al.,  2011；Sulakvelidze  et  al.,  2001を参照されたい。本明細書で使用される場合、「溶解」は、検出可能な量の感染を指す。
【００９５】
一部の実施形態では、％溶解は、当技術分野において公知かつ本明細書に記載の方法によって、例えば、光学密度（ＯＤ）によって測定される。
【００９６】
本明細書で使用される場合、「％相同性」は、配列アライメントプログラムを使用して第２の核酸またはアミノ酸配列に対して整列された場合に、第１の核酸またはアミノ酸配列との間の核酸配列同一性またはアミノ酸配列同一性のレベルを指す。第１および第２の配列における位置が、同じ核酸またはアミノ酸によって占められている場合（例えば、第１の核酸配列と第２の核酸配列における位置が、シトシンによって占められている場合）、第１および第２の配列は、その位置で相同である。
【００９７】
一般的に、２つの配列間の相同性は、比較される位置の総数に対する、２つの配列によって共有されるマッチング数または相同な位置から計算される。一部の実施形態では、第１および第２の配列は、％相同性が最大となるように整列される。一部の実施形態では、％相同性は、２つの配列のより短い方に対する％同一性を指す。一部の実施形態では、核酸配列に関する％相同性は、イントロンおよび／または遺伝子間領域を含む。％相同性の例示的なレベルは、第１の配列と第２の配列の間の８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％またはそれを超える割合の配列同一性を含むがこれらに限定されない。
【００９８】
２つの配列間の％相同性を決定するために使用され得る例示的な配列アライメントプログラムは、ＦＡＳＴＡパッケージ（厳密な（ＳＳＥＡＲＣＨ、ＬＡＬＩＧＮ、ＧＧＳＥＡＲＣＨおよびＧＬＳＥＡＲＣＨ）および発見的な（ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＸ／Ｙ、ＴＦＡＳＴＸ／ＹおよびＦＡＳＴＳ／Ｍ／Ｆ）アルゴリズムを含む）、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（Ｎｅｅｄｌｅ、ストレッチャー、水および整合器）、ＢＬＡＳＴプログラム（ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ、ＴＢＬＡＳＴＸ、ＢＬＡＳＴＰ、ＴＢＬＡＳＴＮを含むがこれらに限定されない）、ＭＥＧＡＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＴを含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、ＢＬＡＳＴＮである。例えば、９５％の相同性は、すべての非重複アライメントセグメントを組合せ（ＢＬＡＳＴ  ＨＳＰ）、それらの完全一致数を合計し、この合計を短い方の配列の長さで除することによって、ＢＬＡＳＴＮによって決定された９５％配列同一性を指す。
【００９９】
一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、基本的局所アライメントプログラム、例えば、ＢＬＡＳＴである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、ペアワイズグローバルアライメントプログラムである。一部の実施形態では、ペアワイズグローバルアライメントプログラムは、タンパク質−タンパク質アライメントに対して使用される。一部の実施形態では、ペアワイズグローバルアライメントプログラムは、Ｎｅｅｄｌｅである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、マルチプルアライメントプログラムである。一部の実施形態では、マルチプルアライメントプログラムは、ＭＡＦＦＴである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、全ゲノムアライメントプログラムである。一部の実施形態では、全ゲノムアライメントは、ＢＬＡＳＴＮを使用して実施される。一部の実施形態では、ＢＬＡＳＴＮは、デフォルトパラメーターにいかなる変更も加えずに利用される。
【０１００】
本明細書で使用される場合、「組成物」は、本開示のバクテリオファージの、他の構成成分、例えば、生理学的に許容される担体および／または賦形剤との調製物を指す。一部の実施形態では、組成物は、医薬組成物である。一部の実施形態では、組成物は、化粧品組成物である。
【０１０１】
「生理学的に許容される担体」は、生物に対して重大な刺激をもたらさず、投与されたバクテリオファージ組成物の生物活性および特性を抑制しない薬学的にまたは化粧品として許容される担体または希釈液を指すように本明細書で使用される。アジュバントは、これらの表現に含まれる。
【０１０２】
「賦形剤」という用語は、活性成分の投与をさらに容易にするために、医薬組成物または化粧品組成物に添加される不活性物質を指す。本出願の医薬組成物に対する賦形剤の例は、重炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖および様々なタイプのデンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油、ポリエチレングリコール、シリコーンベースの賦形剤、ＤＭＳＯ、例えば、ＢＨＴ、ＢＨＡ、ａ−トコフェロールを含む抗酸化剤、メチルパラベンおよびプロピルパラベンおよび安息香酸を含む保存剤、例えば、セチルエステルワックス、ステアリン酸およびセチルアルコールを含むワックス、プロピレングリコール、グリセリン、ソルビトール、尿素、アルファヒドロキシ酸を含む湿潤剤、例えば、グリセリン、プロピレングリコール、およびエタノールを含む共溶媒、例えば、水、界面活性剤、およびプロピレングリコールを含むエンハンサー、ならびに例えば、ポリソルベート２０、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、ポリソルベート８０、ポリオキシエチレンソルビタン、脂肪酸エステル、様々なポロキサマー、ポリオキシ−４０−ステアレートおよび他のポリオキシエチレンステアレート、グリセロールモノステアレート、ステアリン酸マクロゴール８（macrogol-8-stearat）、マクロゴールセトステアリルエーテル２０およびポリオキシエチレンアルキルエーテル、ソルビタンモノステアレートおよび他のソルビタンモノエステル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化セチルピリジニウムを含む界面活性剤、例えば、デキストラン４０、デキストラン７０、カルボマー９４０、カルボマー９７４および他のポリアクリル酸誘導体、デキストリン、マルトデキストリン、ポリビニルアルコール、ポリエチレングリコールならびに寒天を含む増粘剤ならびにゲル化剤を含むがこれらに限定されない。化粧品組成物に対する賦形剤の例は、水、油、脂肪、ワックス、湿潤剤、界面活性剤、保存剤、香料および着色料、薬用植物または植物材料、機能的原材料、天然の界面活性剤（ｓｕｒｆａｃｅ  ａｃｔｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）／乳化剤、および他の化粧品として許容される担体または薬剤を含むがこれらに限定されない。例えば、Harry's  Cosmeticology,  9th  Edを参照されたい。一部の実施形態では、天然の界面活性剤または乳化剤として、例えば、ラムノリピドおよびソホロリピドを含むがこれらに限定されない発酵由来糖脂質；ココイルイセチオン酸ナトリウム、デシルグルコシド、ラウリルグルコシド、ココグルコシド、およびココアミドプロピルベタインを含むがこれらに限定されない植物由来アルキルポリグルコシド；コカミドモノエタノールアミンを含むがこれらに限定されない脂肪酸アミド；ならびにリン脂質が挙げられる。
【０１０３】
「治療上有効な用量」および「治療上有効な量」という用語は、未処置対照と比較されるか、またはバクテリオファージの投与前後の対象におけるものと比較される、ざ瘡の予防、その症状の発症の遅延、その症状の軽快をもたらす化合物の量を指すために使用される。治療上有効な量は、例えば、未処置対照と比較される、ざ瘡の１つまたは複数の症状を処置する、予防する、その重症度を低下させる、その発症を遅延させる、および／またはそれが起こるリスクを低下させるのに十分であり得る。「治療上有効な用量」および「治療上有効な量」という用語は、皮膚、眼、歯の中／上の、またはインプラント上の、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムの発生の予防をもたらす化合物の量を指すためにも使用される。治療上有効な量は、例えば、未処置対照と比較される、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ株を含むバイオフィルムを予防する、その重症度を低下させる、その発症を遅延させる、および／またはそれを発生するリスクを低下させるのに十分であり得る。
【０１０４】
本明細書で使用される場合、「プラーク形成単位」は、ファージの生物活性の定量的測定値であるファージ力価を指すために使用され、１ｍｌ当たりのプラーク形成単位（ＰＦＵ）として表される。一部の実施形態では、ＰＦＵは、活性の単位としても言及される。
【０１０５】
本明細書で使用される場合、「皮膚」は、哺乳動物を覆う外側の軟組織を形成する外被系の器官を指す。これは、外胚葉組織の多層を包含し、下にある筋肉、骨、靭帯および内臓を保護する。これは、表皮、基底膜、真皮および皮下組織を包含する。表皮は、角質層、透明層（手のひらと足の裏においてのみ）、顆粒層、有棘細胞層、基底層（または基底細胞層）をさらに含む。真皮は、乳頭状領域、および網状領域をさらに含む。皮下組織は、脂肪および結合組織から構成されるより深部の皮下の組織をさらに含む。細菌は、皮膚全体を通して見られ得る。
【０１０６】
本明細書で使用される場合、「インプラント」は、失われた生体構造を置き換える、損傷した生体構造をサポートする、または既存の生体構造を増強するために製造される医療用プロテーゼまたは美容デバイスを指す。これは、感覚系もしくは神経系インプラント、心血管医療機器、整形外科インプラントもしくは生体材料、避妊用インプラント、美容的インプラント、歯科インプラント、人工器官、または臓器不全用インプラントを包含する。「インプラント」は、眼内レンズ、コンタクトレンズ、強膜バックル、結膜プラグ、涙道内挿管デバイス、眼窩インプラント、縫合材料、角膜実質内リングセグメント、角膜実質内リングセグメント、蝸牛インプラント、中耳腔換気用チューブ、神経刺激器、人工心臓、人工心臓弁、植込み型除細動器、心臓ペースメーカー、冠動脈ステント、ピン、ロッド、スクリュー、プレート、金属ガラス、生分解性医療用インプラント、銅またはホルモンベースの子宮内避妊具、乳房インプラント、肩インプラント、義鼻、義眼、ＬＩＮＸ、植込み型胃刺激装置、横隔膜／横隔神経刺激装置、神経刺激装置、外科用メッシュ、または陰茎プロテーゼなどのデバイスをさらに含む。インプラントは、白内障、緑内障、円錐角膜、視覚障害、耳硬化症、難聴障害、中耳炎、中耳疾患、てんかん、パーキンソン病、処置抵抗性うつ病、心不全、不整脈、心室頻拍、心臓弁膜症、狭心症、アテローム性動脈硬化症、骨折、骨関節炎、脊柱側弯症、脊柱管狭窄症、慢性疼痛、予定外妊娠を予防すること、月経過多、多嚢胞性卵巣症候群、乳房切除、豊尻手術、顎の増強、胃食道逆流性疾患、胃不全麻痺、呼吸不全、睡眠時無呼吸、尿および便の失禁、および勃起不全を含むがこれらに限定されない状態において使用することができる。
【０１０７】
物質、化合物、組成物、製剤または薬剤を対象に「投与すること」またはその対象への「投与」は、当業者に公知の種々の方法のうちの１つを使用して行うことができる。例えば、化合物または薬剤を、皮膚、歯、眼または水晶体被膜および角膜実質を含むがこれらに限定されない眼の部分上に適用することによって局所的に投与することができる。例えば、組成物は、局所投与に好適な形態中、およびクリーム、ペースト、液剤、パウダー、スプレー、エアロゾル、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤もしくはゲルの形態にあってもよく、または固体表面に結合されてもよい。組成物は、洗顔剤、石鹸、塗布スティック、化粧品または包帯剤の一部を形成してもよい。投与することは、例えば、１回、複数回、および／または１回または複数回の延長した期間にわたって実施することもできる。一部の態様では、投与は、自己投与を含む直接的投与と、製剤を処方する行動を含む間接的投与の両方を含む。例えば、本明細書で使用される場合、製剤を自己投与すること、もしくは別の者に製剤を投与させることを患者に指導する医師および／または製剤に関する処方を患者に提供する医師は、製剤を患者に投与している。
【０１０８】
物質、化合物、組成物、製剤または薬剤によるインプラントの「前処置」は、当業者に公知の種々の方法のうちの１つを使用して行うことができる。例えば、インプラントを、抗微生物物質、親水性ポリマーコーティング、ポリマーブラシコーティング、または接触死滅表面コーティングと一緒に、本明細書に記載の製剤でコーティングし、Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌による表面のコロニー形成を回避し、それによって、バイオフィルム形成および臨床的感染症のリスクを低減することができる。一部の実施形態では、インプラントは、抗微生物物質に含浸される。一部の実施形態では、本明細書に記載の製剤は、ヒトの体内に挿入される前に、インプラントの表面から除去される。
【０１０９】
すべての範囲は終点を含む。引用されるすべての参照文献は、いずれかの目的で組み込まれる（矛盾が生じる場合は明細書が支配する）。単数形は複数を含む。
【０１１０】
本明細書に記載の各実施形態は、個別に、または本明細書に記載の任意の他の実施形態と組み合わせて使用することができる。
バクテリオファージ
【０１１１】
本明細書に記載のバクテリオファージは、一般的に、ざ瘡、例えば、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、ＳＡＰＨＯ症候群に関連するざ瘡または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡に関連すると考えられる１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、バイオフィルムに関連する１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物における１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌を溶解することによってざ瘡をモジュレートすることが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼または歯の中／上の１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌を溶解することによって、ざ瘡をモジュレートすることが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼、歯の中／上、または哺乳動物に挿入されたインプラント上の１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌を溶解することによって、Ｐ．ａｃｎｅｓに関連するバイオフィルム形成をモジュレートすることが可能である。
【０１１２】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＳ７−１、ＮＳ１９−１、ならびにＰＳ７−１、およびＮＳ１９−１と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、ＰＳ７−１およびＮＳ１９−１のうちの少なくとも１種の配列に対して、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター１ａ」バクテリオファージと称され、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９、および本明細書に記載の細菌株に感染することが可能である。例えば、図１、図２、および図４を参照されたい。
【０１１３】
一部の実施形態では、組成物は、ＮＳ１３、およびＮＳ１３と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、ＮＳ１３の配列に対して、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター１ｂ」バクテリオファージと称され、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９、および本明細書に記載の細菌株に感染することも可能であるが、クラスター１ａバクテリオファージと比較して、特定の株（すなわち、ＰＡ１、ＰＡ３、ＰＡ４、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ９、ＰＡ１０、およびＰＡ１１）に関して溶解特異性を示さない。例えば、図１、および図２を参照されたい。
【０１１４】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＡ１−１３、およびＰＡ１−１３と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、ＰＡ１−１３の配列に対して、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター２」バクテリオファージと称され、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３、および本明細書に記載の細菌株（すなわち、ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡＰ、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、およびＰＡ１１）に感染することが可能であり、株ＰＡ４に有効に感染することが不可能である（すなわち＋レベルよりも高い）。例えば、図１、および図２を参照されたい。
【０１１５】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＡＰ−１２、およびＰＡＰ−１２と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、ＰＡＰ−１２の配列に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約８７％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター３ａ」バクテリオファージと称され、本明細書に記載の細菌株（すなわち、ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ３、ＰＡＰ、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、およびＰＡ１１）に感染することが可能であり、株ＰＡ４に有効に感染することが可能であり、株ＰＡ５に有効に感染することが不可能である（すなわち＋レベルよりも高い）。例えば、図１、および図２を参照されたい。
【０１１６】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１４、ＰＡＰ−６、ＰＡＰ−１、ならびにＰＡ１−１２、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１４、ＰＡＰ−６およびＰＡＰ−１と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−９、ＰＡＰ−１４、ＰＡＰ−６、およびＰＡＰ−１のうちの少なくとも１種の配列に対して、少なくとも約８５％、少なくとも約８７％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター３ｂ」バクテリオファージと称され、本明細書に記載の細菌株に感染することが可能であり、株ＰＡ４に有効に感染することが不可能である（すなわち＋レベルよりも高い）。例えば、図１、図２、および図４を参照されたい。
【０１１７】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−８、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−７、ＮＳ７−１、ＰＡ２−４、ＰＡＰ−４、ならびにＰＡ２−１３、ＰＡＰ−８、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−７、ＮＳ７−１、ＰＡ２−４、およびＰＡＰ−４と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、１種または複数のＰＡ２−１３、ＰＡＰ−８、ＰＡ１−１１、ＰＡＰ−１３、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１１、ＰＡ１−１４、ＰＡＰ−７、ＮＳ７−１、ＰＡ２−４、およびＰＡＰ−４のうちの少なくとも１種の配列に対して、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター４」バクテリオファージと称され、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９およびＰＡ４に感染することが不可能であり、本明細書に記載の細菌株に感染することが可能である。例えば、図１、図２、および図４を参照されたい。
【０１１８】
一部の実施形態では、組成物は、ＰＡ１−４、およびＰＡ１−４と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも１種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、ＢＬＡＳＴＮによって測定される場合、１種または複数のＰＡ１−４のうちの少なくとも１種の配列に対して、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター５」バクテリオファージと称され、株Ｂ９およびＰＡ４、ならびに本明細書に記載の他の細菌株に感染することが可能であり、株ＰＡ５に有効に感染することが不可能であり（すなわち＋レベルよりも高い）、ＰＡ３に感染することが不可能である。例えば、図１、図２、および図４を参照されたい。
【０１１９】
一部の実施形態では、ファージ感染の間に、ファージに対して耐性である突然変異体細菌株が生じた。一部の実施形態では、ファージが突然変異体細菌を標的とすることが有益である。前記ファージを同定するために、一部の実施形態では、このような感染に対して生き残ることができる突然変異体細菌株をまず生成するために、細菌をファージとともにインキュベートする。例えば、図４を参照されたい。次いで、得られた突然変異体細菌に関して様々なファージを試験し、このような突然変異体細菌細胞を溶解することができるファージを同定する。例示的な突然変異体Ｂ９株が本明細書に記載されている。例えば、図４を参照されたい。一部の実施形態では、突然変異体細菌は、対象が本明細書において開示されているファージで処置される場合に、ｉｎ  ｖｉｖｏで生じる傾向のある突然変異を反映する。一部の実施形態では、元の細菌株とそこから生じた突然変異体細菌株の両方に感染しそれを溶解することが可能であるバクテリオファージが生成され得る。よって、一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージは、改変されていないＰＡ３細菌、および耐性Ｂ９突然変異体細菌を処置することが可能である。
【０１２０】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、Ｐ．ａｃｎｅｓＢ９株ならびにＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰから選択される、少なくとも１種の細菌、少なくとも２種の細菌、少なくとも３種の細菌、少なくとも４種の細菌、または少なくとも５種の細菌、少なくとも６種の細菌、少なくとも７種の細菌、少なくとも８種の細菌、少なくとも９種の細菌、または少なくとも１０種の細菌に感染することが可能である。例えば、図１および図４を参照されたい。
【０１２１】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４、ならびにＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ３、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、ＰＡ１１、およびＰＡＰから選択される、少なくとも１種の細菌、少なくとも２種の細菌、少なくとも３種の細菌、少なくとも４種の細菌、または少なくとも５種の細菌、少なくとも６種の細菌、少なくとも７種の細菌、少なくとも８種の細菌、少なくとも９種の細菌、または少なくとも１０種の細菌に感染することが可能である。例えば、図１を参照されたい。
【０１２２】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、株Ｂ９および株ＰＡ４に感染することが不可能であるが、ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ３、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ１０、およびＰＡＰから選択される、少なくとも１種の細菌、少なくとも２種の細菌、少なくとも３種の細菌、少なくとも４種の細菌、または少なくとも５種の細菌、少なくとも６種の細菌、少なくとも７種の細菌、または少なくとも８種の細菌に感染することが可能である。例えば、図１および図４を参照されたい。
【０１２３】
本明細書で使用される場合、溶解性バクテリオファージの「混合物」は、本明細書に記載されている溶解性バクテリオファージの少なくとも２種の異なる単離株を含む組成物を指す。本明細書で使用される場合、「１つの（ａ）」または「１つの（ｏｎｅ）」バクテリオファージは、バクテリオファージの単離株またはタイプを指し、単一のバクテリオファージ粒子を指すことを必ずしも意図する訳ではない。
【０１２４】
一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染することが可能である少なくとも１種のファージおよびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ５に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。
【０１２５】
一部の実施形態では、少なくとも２種のファージを含む混合物は、単一のファージと比較して、ファージ耐性細菌の出現までの時間を低減する。図９を参照されたい。
【０１２６】
一部の実施形態では、少なくとも３種のファージを含む混合物は、２種のファージと比較して、宿主範囲を拡大する。一部の実施形態では、混合物は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ９に感染することが可能である少なくとも１種のファージ、Ｐ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ３に感染することが可能である少なくとも１種のファージ、およびＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡ４に感染することが可能である少なくとも１種のファージを含む。Ｂ９、ＰＡ３およびＰＡ４に感染する能力はまた、少なくとも２種のファージ（例えば、少なくともＰＡＰ−１２およびＮＳ１９−１、ＰＳ７−１、またはＰＡ１−４のうちのいずれか１種；少なくともＰＡ１−４およびＮＳ７−１、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１４、ＰＡ２−７、ＰＡＰ−１、ＰＡＰ−４またはＰＡＰ−１２のうちのいずれか１種）を含む特定のバクテリオファージ混合物の特性であり得る。
【０１２７】
細菌の溶解
一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージによって溶解されるＰ．ａｃｎｅｓ細菌は、皮膚、眼または歯の中／上に存在する。一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージによって溶解されるＰ．ａｃｎｅｓ細菌は、皮膚、眼、歯の中／上の、またはインプラント上のバイオフィルム中に存在する。
【０１２８】
一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージは、一般的に、ざ瘡および／またはバイオフィルムに関連すると考えられるＰ．ａｃｎｅｓ細菌を溶解することが可能であり、状態またはその少なくとも１つの症状を軽快するために投与されてもよい。
【０１２９】
化粧品組成物
本明細書に記載のバクテリオファージを含む化粧品組成物は、ざ瘡および／またはバイオフィルムをモジュレートするために使用することができる。１種または複数のバクテリオファージを、単独でまたは予防剤、治療剤、および／もしくは化粧品として許容される担体と組み合わせて含む化粧品組成物が提供される。ある特定の実施形態では、化粧品組成物は、本明細書に記載の２種のバクテリオファージを含む。他の実施形態では、化粧品組成物は、本明細書に記載の３種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
【０１３０】
本明細書に記載の化粧品組成物は、美容的使用のための組成物へと活性成分を処理することを容易にする、賦形剤および補助剤を含む１つまたは複数の化粧品として許容される担体を使用して、従来の方式で製剤化することができる。化粧品組成物を製剤化する方法は、当技術分野において公知である（例えば、"Harry's  Cosmeticology,  Chemical  Publishing  Company  9th  Ed;  Cosmetics:  Science  and  Technology  Series:  Edward  Sagarin,  Interscience  Publishersを参照されたい）。一部の実施形態では、化粧品組成物を、ゲル、クリーム、ローション、フェイスパウダーおよびコンパクト、皮膚着色剤、ボディーパウダー、フェイスパックおよびマスク、バスオイル、バスパウダー、バスフォーム、アストリンゼントローション、発汗抑制剤、プレシェーブおよびアフターシェーブローション、またはコロンを製造する方法を含むがこれらに限定されない、局所投与に適当な製剤化に供する。組成物は、１日に１回もしくは複数回、週に１回もしくは複数回、または月に１回または複数回投与することができる。
【０１３１】
医薬組成物
本明細書に記載のバクテリオファージを含む医薬組成物は、ざ瘡および／またはバイオフィルムをモジュレートするために使用することができる。１種または複数のバクテリオファージを、単独でまたは予防剤、治療剤、および／もしくは薬学的に許容される担体と組み合わせて含む医薬組成物が提供される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の２種のバクテリオファージを含む。他の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の３種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
【０１３２】
本明細書に記載の医薬組成物は、薬学的使用のための組成物へと活性成分を処理することを容易にする、賦形剤および補助剤を含む１つまたは複数の薬学的に許容される担体を使用して、従来の方式で製剤化することができる。医薬組成物を製剤化する方法は、当技術分野において公知である（例えば、"Remington's  Pharmaceutical  Sciences,"  Mack  Publishing  Co.,  Easton,  PAを参照されたい）。一部の実施形態では、医薬組成物を、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプ、または固体表面に結合している組成物を製造する方法を含むがこれらに限定されない、局所投与に適当な製剤化に供する。
【０１３３】
本明細書に記載のバクテリオファージは、任意の好適な局所剤型（例えば、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプ、または固体表面に結合していてもよい）の、および任意の好適なタイプの投与（例えば、即時放出、拍動性放出、遅延放出、持続放出または徐放性放出）のための医薬組成物へと製剤化することができる。一部の実施形態では、バクテリオファージは、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプとしての投与のために製剤化されるかまたは固体表面に結合されてもよい。組成物は、１日に１回もしくは複数回、週に１回もしくは複数回、または月に１回または複数回投与することができる。
【０１３４】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、局所製剤として使用するためまたはインプラントに適用するために、担体粒子に共有結合により付着され得る。一部の実施形態では、担体粒子は、典型的には、およそ球形であり、最大２０ミクロン、最大１５ミクロン、最大１０ミクロン、０．１ミクロンから、０．５ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、０．１ミクロンから２０ミクロンもしくは０．５ミクロンから１０ミクロンの平均直径を有し得る。粒子は、一般的に、およそ円形またはスフェロイドである場合があり；これらは、特に、体の敏感な部分に使用するために、好ましくは平滑である。粒径は、好適には、当技術分野における標準として認識されている方法および装置を使用して測定される。分散液中の粒径測定は、レーザー回折、動的光散乱（ＤＬＳ）、ディスク遠心、および光学顕微鏡を含む種々の技法を使用して達成される。サイズ測定機器の例は、レーザー回折方法を使用するＭａｌｖｅｒｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ（ＵＫ）によって作製される。一部の実施形態では、バクテリオファージは、複数の粒子に共有結合により付着され得る。これらは、好ましくは、比較的均一な形態にあり、ここで、複数の粒子の多くは、最大２０ミクロン、最大１５ミクロン、最大１０ミクロン、０．１ミクロンから、０．５ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、０．１ミクロンから２０ミクロンもしくは０．５ミクロンから１０ミクロンの直径を有する。一部の実施形態では、ファージが共有結合により付着した粒子の８０％もしくはそれより高い割合、９０％もしくはそれより高い割合または９５％もしくはそれより高い割合は、最大２０ミクロン、最大１５ミクロン、最大１０ミクロン、０．１ミクロンから、０．５ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、０．１ミクロンから２０ミクロンもしくは０．５ミクロンから１０ミクロンの直径を有する。ＷＯ２０１５１１８１５０は、バクテリオファージ製剤のために使用することができる担体粒子についてさらに記載している。
【０１３５】
バクテリオファージが共有結合により固定されている、本出願において使用するための粒子は、一般的に、処置される動物に対して実質的に不活性である。実施例では、ナイロン粒子（ビーズ）を使用した。他の不活性の、好ましくは非毒性の生体適合性材料を使用してもよい。さらに、粒子は、生分解性材料から構成されてもよい。好適な材料として、ポリメチルメタクリレート、ポリエチレン、エチレン／アクリレートコポリマー、ナイロン−１２、ポリウレタン、シリコーン樹脂、シリカおよびナイロン１０１０が挙げられる。ＷＯ２００３０９３４６２は、粒子が作製され得るさらなる材料について記載している。
【０１３６】
粒子基質へのバクテリオファージの固定または付着は、バクテリオファージ被覆タンパク質と担体基質の間に形成される共有結合によって達成され得る。バクテリオファージは、バクテリオファージの添加および結合の前に、基質粒子を活性化することによって、その頭部、尾部、または被膜を介して基質に固定することもできる。「活性化された／活性化すること／活性化」という用語は、例えば、コロナ放電によって電気的に、または前記基質を様々な化学基と反応させること（バクテリオファージの頭部、尾部または被膜の基などの表面化学基をウイルスに結合させること）によって、など基質の活性化を指す。ＷＯ２０１５１１８１５０、ＷＯ２００３０９３４６２およびＷＯ２００７０７２０４９は、前記基質の活性化、ファージの基質への連結、およびファージの粒子への共有結合による付着のための方法の詳細についてさらに記載している。
【０１３７】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼、歯、またはインプラントに送達するために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、バクテリオファージおよび薬学的にまたは化粧品として許容される賦形剤を含み、バクテリオファージと賦形剤は、天然には一緒に存在しない。一部の実施形態では、組成物は、バクテリオファージおよび薬学的にまたは化粧品として許容される賦形剤を含み、賦形剤は、天然に存在しない賦形剤である。一部の実施形態では、組成物は、薬学的にまたは化粧品として許容されるポリマー中にカプセル化されたバクテリオファージを含み、ポリマーは天然に存在しないポリマーである。一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、再現可能な投薬量を確保するために、より長い貯蔵寿命およびファージの保管を容易にする、ならびに所望の作用部位または吸着部位への有効な送達を容易にするためにカプセル化されてもよい。一部の実施形態では、組成物は、エマルション、軟膏、ポリマーもしくは脂質微粒子（ミクロスフェアおよび微結晶）、ナノ粒子、ナノファイバー、マイクロファイバー、膜、薄膜構造および／またはリポソーム中にカプセル化されてもよい。天然および合成のポリマーを、ファージのカプセル化のために使用してもよい。ファージのカプセル化は、アガロース、アルギン酸、キトサン、ペクチン、ホエイタンパク質、ゲル化ミルクタンパク質、ヒアルロン酸メタクリレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、ポリ（Ｎ−イソプロピルアクリルアミド）、ポリ（ＤＬ−ラクチド：グリコリド）、ポリエステルアミド、ポリビニルピロリドン、ポリエチレンオキシド／ポリビニルアルコール、セルロースジアセテート、および／またはポリメチルメタクリレートを含むがこれらに限定されない、種々の親水性および疎水性ポリマーを使用して実施することができる。リポソーム中にカプセル化されるファージの調製のために使用することができる材料の例は、ホスファチジルコリン、コレステロール、Ｓｏｆｔｉｓａｎ  １００（商標）；ダイズホスファチジルコリン、ＤＯＰＣ（１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン）、ＤＯＰＳ（１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホ−Ｌ−セリン）、ＤＬＰＣ（１，２−ジラウロイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホリルコリン）、コレステロール−ＰＥＧ６００、および／またはコレステリルエステルを含むがこれらに限定されない。局所投与のための固体−液体粒子は、界面活性剤および乳化剤、例えば、ステアリン酸、オレイン酸、トリパルミチン、セチルアルコール、セチルパルミテート、トリステアリン、トリミリスチン、および水添植物性脂肪（ＨＶＦ）、ベヘン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、パルミトステアリン酸グリセリル、トリパルミチン酸グリセリル、タウロコール酸ナトリウム、オクタデシルアルコール、Ｔｗｅｅｎ  ８０、Ｐｏｌｏｘａｍｅｒ  １８８、Ｃｏｍｐｒｉｔｏｌ（登録商標）８８８  ＡＴＯ、Ｉｍｗｉｔｏｒ（登録商標）９００、Ｐｒｅｃｉｒｏｌ（登録商標）ＡＴＯ５、カルナウバワックスおよびオレイン酸イソデシル、水添ホスファチジルコリン（hydrogenate  phosphatidylcholine）、コレステロール��含むがこれらに限定されない固体脂質およびアジュバントによって生成することができる。Malik  et  al.,  2017;  Bacteriophages  Methods  and  Protocols  2018；およびDas  and  Chaudhury,  2011は、バクテリオファージのカプセル化のための材料および技法についてさらに記載している。
【０１３８】
一部の実施形態では、組成物は、単一の剤型中に存在する。単一の剤型は、液体、ゲルまたはクリーム形態であってもよい。単一の剤型は、改変することなく患者に直接的に投与されてもよく、または投与前に希釈もしくは再構成されてもよい。組成物の単一の剤型は、錠剤、顆粒剤、ナノ粒子、ナノカプセル、マイクロカプセル、マイクロタブレット、ペレット、または粉末などのより小さいアリコート、単回用量容器、単回用量液体形態、または単回用量固体形態に、組成物を分配することによって調製されてもよい。固体形態の単回用量は、患者への投与前に、液体、典型的には、滅菌水もしくは生理食塩水溶液を添加すること、または他の皮膚製剤構成成分と混合することによって、再構成されてもよい。
【０１３９】
投薬レジメンは、治療応答をもたらすように調整され得る。投与は、疾患の重症度および応答性、投与経路、処置の時間経過（数日から数カ月から数年）、および状態の軽快までの時間を含むいくつかの因子に応じて変わり得る。例えば、単回ボーラスが１回で投与されてもよく、いくつかに分割した用量が所定の期間をかけて投与されてもよく、または用量は、治療状況によって示されるように低減もしくは増加されてもよい。
【０１４０】
一部の実施形態では、成分は、別々にまたは単位剤型で一緒に混合して供給される。医薬組成物は、密閉シールされている容器、例えば、薬剤の量を示すアンプルまたはサシェ中にパッケージングされ得る。一部の実施形態では、１つまたは複数の医薬組成物は、密閉シールされている容器中の乾燥滅菌した凍結乾燥粉末または無水濃縮物として供給され、対象に投与するために適当な濃度に再構成（例えば、水または生理食塩水を用いて）することができる。一部の実施形態では、１つまたは複数の予防もしくは治療剤または医薬組成物は、密閉シールされている容器中の乾燥滅菌した凍結乾燥粉末として供給され、投与前に再構成される。一部の実施形態では、乾燥滅菌した凍結乾燥粉末は、噴霧乾燥させることによって製造され、以下のもののうちの１つの混合物を含むことができる：３０〜５０％のデキストラン、４０〜７０％のスクロース、０．５〜２％のトリス、および１〜３％のロイシン；または３０〜５０％のヒドロキシエチルデンプン、４０〜７０％のスクロース、０．５〜２％のトリス、および１〜３％のロイシン。凍結保護物質は、凍結乾燥剤型に対して、主に０〜１０％のスクロース（最適には、０．５〜１．０％）として含まれ得る。他の適切な凍結保護物質として、トレハロースおよびラクトースが挙げられる。他の好適なバルク剤として、グリシンおよびアルギニン（そのいずれかは０〜０．０５％の濃度で含まれ得る）、ならびにポリソルベート−８０（最適には、０．００５〜０．０１％の濃度で含まれる）が挙げられる。追加の界面活性剤として、ポリソルベート２０およびＢＲＩＪ界面活性剤が含まれるがこれらに限定されない。
【０１４１】
処置方法
バクテリオファージ、バクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を使用して、哺乳動物におけるざ瘡を処置する方法が提供される。一部の実施形態では、ざ瘡を処置する方法は、本明細書に記載のＰ．ａｃｎｅｓのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、ざ瘡を処置または予防する方法は、本明細書に記載のＰ．ａｃｎｅｓのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、Ｐ．ａｃｎｅｓの量を低減する方法は、本明細書に記載のＰ．ａｃｎｅｓのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、皮膚、眼または歯の中／上のバイオフィルムの発生を処置または予防する方法は、本明細書に記載のＰ．ａｃｎｅｓのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、インプラント上のバイオフィルムの発生を予防する方法は、本明細書に記載のＰ．ａｃｎｅｓのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。
【０１４２】
一部の実施形態では、ざ瘡を処置する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に関連する皮膚疾患を有すると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、ざ瘡を予防する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に関連する皮膚疾患を獲得するリスクのある哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、バイオフィルムを処置する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に関連する皮膚疾患を有すると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、インプラント上のバイオフィルムを予防する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌によりコロニー形成されるリスクのあるインプラント上に適用するステップを含む。
【０１４３】
一部の実施形態では、バクテリオファージおよび処置方法を予防的に使用する。例えば、方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、１種または複数のＰ．ａｃｎｅｓ細菌株に関連する皮膚疾患に対して感受性であると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。別の例では、方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および／またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、Ｐ．ａｃｎｅｓのコロニー形成に対して感受性であると決定されたインプラント上に適用するステップを含む。一部の実施形態では、インプラントは、このようなインプラント上でのコロニー形成について科学文献において報告された発生率に基づいて、Ｐ．ａｃｎｅｓのコロニー形成に感受性であると決定される。
【０１４４】
一部の実施形態では、バクテリオファージは、所望の治療効果を達成するために１回より多い回数で投与される。例えば、宿主細菌が破壊される場合、前記細菌に感染したバクテリオファージは、その宿主が根絶されたためもはや増殖することができず、皮膚、眼、歯、またはインプラントから排除されてもよく、バクテリオファージは、例えば、１日に少なくとも２回、少なくとも毎日、少なくとも毎週、または少なくとも毎月、再投与される必要がある場合もある。
【０１４５】
一部の実施形態では、本明細書に記載のファージは、抗生物質、抗面皰剤、抗Ｐ．ａｃｎｅｓ剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、抗Ｐ．ａｃｎｅｓワクチン、角質溶解剤、皮脂浸透エンハンサー、および日焼け止め剤を含むリストから選択される１つまたは複数の局所または経口剤を含む、１つまたは複数の、公知かつ好適なざ瘡のための医薬と組み合わせて投与されてもよい。この文脈では、１つまたは複数の局所または経口剤およびファージは、同時に、またはバクテリオファージ組成物と連続して、すなわち、単一の製剤でまたは一緒にもしくは個別にパッケージングされた別々の製剤で投与されてもよい。一部の実施形態では、角質溶解剤または皮脂浸透エンハンサーは、孔を開くかまたは皮脂浸透を増強するクレンジング剤であってもよく、この薬剤は、ファージを投与する前に投与される。
【０１４６】
適用する組成物を選択する方法
対象を処置することができるファージの混合物を選択する方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、本明細書に示される方法によって対象を処置することができる、ファージの混合物を選択する方法は、（１）対象から、例えば、皮膚、眼、歯から生体試料を得るステップと、（２）生体試料から得られた細菌を培養するステップと、（３）培養された細菌に、本明細書に記載のバクテリオファージの混合物を接種するステップと、（４）混合物によって溶解される試料中のＰ．ａｃｎｅｓ細菌の量（パーセンテージ）を決定するステップとを含む。一部の実施形態では、試料中のＰ．ａｃｎｅｓ細菌の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い割合の溶解は、ファージの混合物を使用して対象を処置することができることを示す。一部の実施形態では、溶解は、本明細書に記載されている液体培地アッセイおよび／または固体培地アッセイによって決定される。
【０１４７】
Ｐ．ａｃｎｅｓがファージの混合物によって溶解されるかどうかを決定する方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、方法は、Ｐｒｏｐｉｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍを選択する２０μｇ／ｍＬのフラゾリドンの存在下で試料を培養することによって、生体試料中のＰ．ａｃｎｅｓを同定するステップと、１６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ｒＲＮＡ）シーケンシングによって各細菌のコロニーをチェックして、Ｐ．ａｃｎｅｓを他のＰｒｏｐｉｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種と区別するステップと、ファージ処置の前後に、Ｐ．ａｃｎｅｓのファージの混合物に対するパーセンテージ感受性を決定するステップとを含む。好ましい実施形態では、ファージ処置に対する試料中のＰ．ａｃｎｅｓのパーセンテージ感受性は、ファージ処置の前後に、Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌に特異的なプライマーを用いる定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を使用することによって決定される。一部の実施形態では、ファージ処置に対する試料中のＰ．ａｃｎｅｓのパーセンテージ感受性は、ファージ処置の前後に、ディープシーケンシングとそれに続くメタゲノム分析によって決定される。
【０１４８】
一部の実施形態では、生体試料は、皮膚試料、スワブ、皮膚生検、皮膚削り、膿、創傷、膿瘍を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、培養された細菌がバクテリオファージによって溶解されるかどうかを決定するステップは、本明細書に記載のプラークアッセイまたは液体ＯＤ方法を使用して、ファージの感受性に対する直接的試験を実施することを含む。一部の実施形態では、処置される陽性試料または対象は、プラークアッセイにおけるプラークの存在によって決定される。一部の実施形態では、処置される陽性試料または対象は、液体ＯＤアッセイにおけるＯＤの低下によって決定される。一部の実施形態では、ファージは、検出可能なマーカー、例えば、感染の際に活性化される蛍光または他のマーカーで標識され、細菌の感染は、例えば、ルミネセンスアッセイにおいて、マーカーの増加を検出することによって決定される。
【実施例】
【０１４９】
（実施例１）
バクテリオファージに関する試料の供給および処理
材料および方法
候補バクテリオファージは、汚水（下水）試料から単離する。異なる時間に異なる場所から得られた、それぞれ４００ｍＬの５〜６個の生の汚水試料を含む汚水のバッチを遠心分離し、上清をＭｅｒｃｋ（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）のＭｉｌｌｉｐｏｒｅガラスファイバープレフィルターＡＰＦＤ、続いてプレフィルターＡＰＦＢ、続いて真空濾過システムを使用するＥｘｐｒｅｓｓ  ｐｌｕｓ  ＰＥＳの４７ｍｍディスク０．４５μｍフィルターに連続的に通して濾過する。プールした汚水試料混合物をＭｅｒｃｋ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  １００ｋＤａ  ＰｅｌｌｉｃｏｎＸＬフィルターシステム（２Ｌから２０ｍＬ）（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して濃縮する。次いで、濃縮した汚水試料を０．４５μｍフィルターに通して濾過し、４℃で保管する。よって、各最終汚水ファージ試料は、異なる地理的起源の５〜６個の試料由来のバクテリオファージを含む。
【０１５０】
（実施例２）
単離、生成および宿主範囲実験において使用されるＰ．ａｃｎｅｓ細菌宿主
材料および方法
以下のＰ．ａｃｎｅｓ株は、オーダーされるかまたは自社で単離される。培養採取物に由来する株を、それらの使用説明書によって生き返らせ、アリコートし、−８０℃で保存する。ＰＡ４およびＰＡＰは、実験室の単離株であり、３回連続のコロニーの単離によって精製され、１６ＳサンガーシーケンシングによってＰ．ａｃｎｅｓであることが確認される。さらに、市販のものと単離されたものの両方を含むすべての株をシーケンシングし、全ゲノムシーケンシングリードを、Ｐ．ａｃｎｅｓ  ＫＰＡ１７１２０２の参照ゲノムまたは利用可能であれば公開されたゲノムに対して整列させることによって、Ｐ．ａｃｎｅｓとの同一性をチェックする。以下の表２は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株の供給源を示す。
【表２】
2021505667.tif 000004
【０１５１】
（実施例３）
Ｐ．ａｃｎｅｓを認識するファージに関する環境および臨床試料のスクリーニング
材料および方法
Ｐ．ａｃｎｅｓファージに関する濃縮汚水試料のスクリーニングを、記載されているように、改変したスポット／液滴プラークアッセイ（Mazzocco  A.,  et  al.  (2009)）を使用して実施する。簡潔には、５ｇ／Ｌの酵母抽出物（Ａｃｒｏｓ  Ｏｒｇａｎｉｃｓ、Ｇｅｅｌ、Ｂｅｌｇｉｕｍ）を補充したＢｒａｉｎ  Ｈｅａｒｔ  Ｉｎｆｕｓｉｏｎブロス（Ｂｅｃｔｏｎ，  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）（「ＢＨＩＳ」）中で終夜成長させた後、株をＢＨＩＳ中で１：３に希釈する。希釈の約５．５時間後に、株を遠心分離し（２０００×ｇ、５分、室温）、２００μＬのＢＨＩＳ中に再懸濁させる。並行して、１ウェル当たり０．５ｍＬの１．５％寒天ＢＨＩＳ（「底寒天」）を含有する４８ウェルプレートを調製し、Ｄｏｎ  Ｗｈｉｔｌｅｙ  Ａ３５嫌気性チャンバー（Ｄｏｎ  Ｗｈｉｔｌｅｙ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｓｈｉｐｌｅｙ、ＵＫ）中で少なくとも２時間インキュベートし、微量な酸素を培地から除去する。０．４％寒天ＢＨＩＳのアリコート（「上部寒天」）を融解し、嫌気性ワークステーション内で５５度のヒートブロック中に挿入する。１００μＬの体積の濃縮したＰ．ａｃｎｅｓ培養物をそれぞれ、４ｍＬの上部寒天と混合し、この混合物７５μＬを適当なウェル内の底寒天上に分注する。プレートを室温に２０分間おいて固体化させ、次いで、回収するために３７℃で４０分間インキュベートする。
【０１５２】
回収後、汚水試料のそれぞれ１０μＬを適当なウェル上にピペッティングし、２０分間吸収させ、次いで、３７℃で終夜、逆さにしてインキュベートする。プラークが観察される場合、これらを個々の、十分に孤立したプラークをピックアップすることによって（滅菌ピペットチップを使用して）ファージ緩衝液（ＤＤＷ中のＴｒｉｓ−ＨＣＬ  ｐＨ７．５  ５０ｍＭ、ＮａＣｌ  １００ｍＭ、ＭｇＣｌ２・６Ｈ２Ｏ  ５ｍＭ、ＭｎＣｌ２・４Ｈ２Ｏ  ０．１ｍＭ）中に単離し、このプロセスを合計３回の単離のためにさらに２回繰り返す。
【０１５３】
上記の方法によって単離されたファージのファージストックを、４ｍＬのＢＨＩＳを、ＰＡ１の終夜培養物３ｍＬからの４００μＬと混合することによって、細菌宿主ＰＡ１上に作成する。この培養物を、３７℃で５時間嫌気的にインキュベートし、その後、各ファージ単離株５０μＬを添加し、この培養物をさらに終夜インキュベートする。翌朝、培養物を遠心分離し（４５００×ｇ、１０分、４℃）、０．４５μｍフィルターに通して濾過し、４℃で保管する。上記のようにプラークアッセイを行い、各ファージストックの力価を評価する。
【０１５４】
結果
全部で２１種のファージを、上記の方法によって単離する。ファージＰＡ１−４、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１１、ＰＡ１−１２、ＰＡ１−１３、ＰＡ１−１４をＰＡ１上で単離する。ファージＮＳ１９−１、ＮＳ１３、ＮＳ７−１、ＰＡ２−４、ＰＡ２−７、ＰＡ２−１３をＰＡ２上で単離する。ファージＰＳ７−１、ＰＡＰ−１、ＰＡＰ−４、ＰＡＰ−７、ＰＡＰ−８、ＰＡＰ−１１、ＰＡＰ−１２、ＰＡＰ−１３、ＰＡＰ−１４をＰＡＰ上で単離する。
【０１５５】
（実施例４）
単離したファージの宿主範囲の分析
材料および方法
ＰＡ１、ＰＡ２、およびＰＡＰ株上で単離されたファージに関する宿主範囲の分析を、１２種のＰ．ａｃｎｅｓ株：ＰＡ１、ＰＡ２、ＰＡ３、ＰＡ４、ＰＡＰ、ＰＡ５、ＰＡ６、ＰＡ７、ＰＡ８、ＰＡ９、ＰＡ１０、およびＰＡ１１に関して実施する。各ファージを、液滴アッセイによって、４８ウェルプレート中のＰ．ａｃｎｅｓ株の細菌叢に添加する（１０μＬ）。プレートを嫌気的条件下で２４時間（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢上でプラークが視認可能となる。ＰＡ１、ＰＡ２、およびＰＡＰの細菌叢と、それぞれのファージを含むプレートを陽性対照とする。１ウェル当たり１０４個のファージを含有する１０μＬを使用して、それぞれのファージについて宿主範囲の分析を行う。
【０１５６】
結果
＋＋＋が、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態であることを示し、＋＋が、１０個を超える計数可能な数のプラークを示し、＋が、１から１０個のプラークを示し、−が、視認可能なプラークがないことを示す、図１に示されるように、ほとんどのＰ．ａｃｎｅｓ細菌は、大多数の新たに単離されたファージに対して非常に敏感である。
【０１５７】
（実施例５）
抗生物質耐性を示す臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に対する広いファージ宿主範囲の検証
臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株の単離
鼻に適用されたＨｙｇｉｅｎａ  Ｄｅｅｐクレンジング鼻ストリップ（Ｂｅａｕｔｙｃａｒｅ  Ｅ．Ｇ．、Ｂｎｅｉ  Ｄａｒｏｍ、Ｉｓｒａｅｌ）を使用することによって、健康なボランティアの皮膚試料から、ある範囲のＰ．ａｃｎｅｓ株（ＰＡＣ１〜ＰＡＣ６およびＰＡＣ１２〜ＰＡＣ１４）が単離される。鼻に適用されたＨｙｇｉｅｎａ  Ｄｅｅｐクレンジング鼻ストリップを使用することによって、ざ瘡患者の皮膚試料から、ある範囲のＰ．ａｃｎｅｓ株（２００１−１、２００１−３、２００１−５、２００２−３、２００２−７、２００２−９、２００３−２、２００３−８、２００３−１０、２００４−８＿２、２００４−８＿３、２００４−８＿４、２００４−８＿５、２００４−８＿６、および２００４−８＿１０）が単離される。鼻ストリップは、ボランティアの鼻に、製造業者の供給するユーザーガイドに従って適用する（湿った鼻の上に、１０分）。次に、ストリップを鼻から注意深く取り除き、３ｍｌの嫌気化されたＢＨＩＳブロスを含むポリプロピレンチューブ中に挿入する。チューブを密閉し、１５秒間パルスボルテックスし、次いで、嫌気的ワークステーション中に挿入する。滅菌ピンセットを使用して、鼻ストリップをチューブから取り除き、廃棄する。次いで、５０μＬの体積のＢＨＩＳチューブの試料を、滅菌Ｄｒｉｇａｌｓｋｉスパチュラを使用して、ＢＨＩＳ寒天ペトリ皿上に塗り付け、嫌気的ワークステーションインキュベーター中で３７℃にて終夜インキュベートする。翌朝、滅菌ループを使用して（各コロニーに対して）、いくつかの別々のコロニーをピックアップし、新たなＢＨＩＳ寒天プレート上に再度プレーティングする。このプレートを、嫌気的ワークステーションインキュベーター中で３７℃にてインキュベートする。各単離株の分類について、１６ＳシーケンシングによってＰ．ａｃｎｅｓであることを確認する。２０％のグリセロール中で静置培養物を凍結させることによって、各株に対して凍結ストックを調製し、−８０℃で保管する。これらの株に関する宿主範囲の実験を、１ウェル当たり１０４個のファージを含有する１０μＬを使用して、上記のようにプラークアッセイによって実施する。以下の表３は、Ｐ．ａｃｎｅｓの臨床的単離株のリストを示す。
【表３】
2021505667.tif 000005
【０１５８】
Ｐ．ａｃｎｅｓの臨床的単離株のサブセットに関するファージの宿主範囲
ＰＡ１、ＰＡ２、およびＰＡＰ株上で単離されたファージに関する宿主範囲の分析を、臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株のサブセットに関して実施する。図２を参照されたい。液滴アッセイによって、４８ウェルプレート中のＰ．ａｃｎｅｓ株の細菌叢に、各ファージを添加する（１０μＬ）。プレートを嫌気的条件下で終夜（３７℃）インキュベートし、その後、細菌叢上でプラークが視認可能となる。１ウェル当たり１０４個のファージを含有する１０μＬを使用して、それぞれのファージについて宿主範囲の分析を行う。＋＋＋が、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態であることを示し、＋＋が、１０個を超える計数可能な数のプラークを示し、＋が、１から１０個のプラークを示し、−が、視認可能なプラークがないことを示し、ＮＴが、試験されていないことを示す、図２に見ることができるように、ほとんどの臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌は、大多数の異なるファージ株に対して非常に敏感である。
【０１５９】
ファージまたは抗生物質に対する感受性のアッセイ
以前に記載した通常のプラークアッセイによって、またはファージのストック５μＬを試験される細菌叢上に滴下し、プレートを３７℃で２４時間嫌気的にインキュベートさせることによって、細菌株のファージ感受性を試験する。この株の抗生物質感受性を、５〜１０μＬの抗生物質を、新たに調製された細菌株の叢上に置き、３７℃で終夜嫌気的にインキュベートすることによって測定する。使用される臨床上関連する抗生物質の濃度は、１５μｇ／ｍＬのトリメトプリム（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、２０μｇ／ｍＬのエリスロマイシン（Ａｃｒｏｓ  Ｏｒｇａｎｉｃｓ、Ｇｅｅｌ、Ｂｅｌｇｉｕｍ）、１％のクリンダマイシン（Ｓｅｌｌｅｃｋ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｈｏｕｓｔｏｎ、Ｔｅｘａｓ）および１０μｇ／ｍＬのテトラサイクリン（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）である。＋＋が、プラークが全体的にクリアリング状態であることを示し、＋が、部分的にクリアリング状態であることを示し、−が、クリアリングがないことを示し、ＮＴが、試験されていないことを示す、図６を参照されたい。臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関する宿主範囲の研究結果により、複数のＰ．ａｃｎｅｓ株の広い範囲の感染力が、個々のファージまたは重複する宿主感染力パターンを有する様々なファージを含むファージ混合物の適用によって達成され得ることが示唆される。
【０１６０】
（実施例５）
Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ株ＰＡＣ４の非感染力
材料および方法
他の細菌株に対する単離されたファージの特異性を調査するために、皮膚の微生物叢中にも見られるＰ．ａｃｎｅｓの近縁であるＰ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍに感染するそれらの能力を試験する。
【０１６１】
実施例４に記載されている臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株単離研究の一部として、Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍのいくつかの株を、鼻に適用された鼻の細孔ストリップＨｙｇｉｅｎａ  Ｄｅｅｐクレンジング鼻ストリップ（Ｂｅａｕｔｙｃａｒｅ  Ｅ．Ｇ．、Ｂｎｅｉ  Ｄａｒｏｍ、Ｉｓｒａｅｌ）を使用することによって、健康なボランティアの皮膚試料から単離する。１６Ｓシーケンシング、それに続き、全ゲノムシーケンシングを使用する検証によって、株を割り当てる。以前に言及したプラークアッセイを使用して、Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ株ＰＡＣ４の感染力を、１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度のＰ．ａｃｎｅｓファージの全パネルについて試験する。
結果
図３に見ることができるように、プレート／ウェルのいずれにおいてもプラークもクリアリングゾーンも観察されず、Ｐ．ａｃｎｅｓファージが特異的な種であるという見解をさらに支持する。
【０１６２】
これらの結果をさらに確認するために、Ｐ．ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍの３種のより臨床的な単離株（２００４−８、２００４−４および２００２−１）を、５μＬの液滴を使用して、１０６ＰＦＵ／ｍＬの濃度で、スポット／液滴プラークアッセイによって、４種のＰ．ａｃｎｅｓファージ（ＰＳ７−１、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１３、ＰＡＰ−１２）を用いて試験する。これらの細菌株は、抗生物質をこれらの株の細菌叢に直接的に適用した場合に、クリンダマイシン（１％のゲル、約１０μＬ）およびエリスロマイシン（２０μｇ／ｍＬ、５μＬ）に対する感受性を示すが、試験ファージのすべてに対して耐性である。
【０１６３】
（実施例６）
ファージ耐性が発生したＰ．ａｃｎｅｓ突然変異体株に対するファージ活性
ファージ耐性突然変異体の発生
ファージ耐性突然変異体を発生させるために、ＰＡ３を、４ｍＬのＢＨＩＳ培養チューブ中で、３７℃にて終夜、嫌気的に培養し、翌朝、１：１０に希釈し、ＯＤ０．４〜０．８まで数時間成長させる。次いで、培養物をＯＤ０．２までさらに希釈する。希釈した培養物を１ウェル当たり０．２ｍＬで９６ウェルプレート中に分注し、その後、１０６ＰＦＵ／ｍＬのファージＰＡＰ−１を１０μＬ添加し、最終的に、これを４０〜５０μＬの鉱油で覆う。滅菌ＳｅａｌＰｌａｔｅフィルム（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）でプレートを密封した後、Ｔｅｃａｎ  Ｍ２００  Ｐｒｏプレートリーダー（Ｔｅｃａｎ  Ｇｒｏｕｐ、Ｍａｎｎｅｄｏｒｆ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）中で、３７℃にてプレートをインキュベートし、感染動態を追跡する。ファージによる溶解後に、ＯＤが低下する。その後、耐性突然変異体の成長により、ＯＤが増加し始める。次いで、新鮮なＢＨＩＳ寒天プレートに、再成長を示すウェル中の１００μＬの培養物を接種し、３７℃で４８時間、嫌気的にインキュベートする。ＰＡＰ−１ファージに対して耐性となったこの突然変異体ＰＡ３株をＢ９と称する。
【０１６４】
Ｂ９のＰＡＰ−１耐性の確証
Ｂ９のコロニーを使用して、４ｍＬのＢＨＩＳに接種し、ＰＡ３株よりもゆっくりと成長させるために４８時間インキュベートする。次いで、これらをＯＤ０．２まで希釈し、上記と同じ方法を使用して試験する。突然変異体の成長は、高力価のファージＰＡＰ−１の添加の有無にかかわらず同一であるが、野生型（ＷＴ）対照は、ファージによる溶解およびファージを含まないＷＴ対照と比較したＯＤの低下を示し、これらが、このファージに対して敏感である親株に由来するとしても、実際に、ＰＡＰ−１に対して耐性であるＰ．ａｃｎｅｓ突然変異体であるという事実を支持する。
【０１６５】
耐性突然変異体のシーケンシング
突然変異体を再試験するために使用される同じ培養物を２つにさらに分割し、およそ２ｍＬを５０％のグリセロールと１：１で混合し、−８０℃で凍結させて、ストックを作成する。残りの培養物をスピンダウンさせ、グラム陽性細菌からＤＮＡを単離するために、製造業者のプロトコールに従って、ＱＩＡＧＥＮ  ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡミニキット（Ｑｉａｇｅｎ  Ｎ．Ｖ．、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ゲノムＤＮＡを抽出する。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑマシーン（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）を使用して、このＤＮＡをシーケンシングする。シーケンシング結果の分析により、突然変異体が、実際に、ゲノムに沿って様々な改変を有するＰ．ａｃｎｅｓ株ＰＡＰ３であることが示される。
【０１６６】
他のファージに対する突然変異体Ｂ９の感受性／耐性の試験
様々なＰ．ａｃｎｅｓファージに対するＢ９の耐性を試験するために、ＢＨＩＳの４ｍＬのチューブにＢ９コロニーを接種し、３７℃で３日にわたってインキュベートする。次いで、これらを、遠心分離（５分、２０００×ｇ、ＲＴ）によってスピンダウンさせ、０．２ｍＬのＢＨＩＳ中に再懸濁させる。次いで、この培養物を、以前に記載した方法を使用するプラークアッセイを基礎として使用する。
【０１６７】
Ｒが、試験ファージによる感染に対する耐性を示し、Ｓが、試験ファージによる感染に対する感受性を示す、図４において見ることができるように、ＰＡＰ−１に対する耐性に基づいて単離されるＢ９突然変異体は、元のＰＡ３が敏感である追加のファージに対する耐性を同時に発生させた。突然変異体細菌株（ＮＳ１９−１、ＰＳ７−１、ＮＳ１３およびＰＡ１−４）に感染する能力を示す４種のファージおよび非常に限定された感染力を有する追加のファージ（ＰＡ１−１３）が存在する。
【０１６８】
Ｂ９突然変異体に感染するがその親のＰＡ３には感染しないファージ
上記プラークアッセイを使用して、ＰＡ３と称される突然変異体Ｂ９の親株を試験する場合に、試験されたいくつかのファージは、１０６ＰＦＵ／ｍＬの力価で、ボーダーラインを示すか（１〜１０個のプラーク、ファージＮＳ１９−１、ＰＳ７−１、ＰＡ２−１３、ＰＡＰ−７、ＰＡＰ−１１）または感染力を示さない（視認可能なプラークなし、ファージＮＳ１３、ＰＡ１−４、ＰＡ２−４、ＰＡＰ−８）。興味深いことに、株ＰＡ３の感染力のボーダーラインを有するファージのいくつか、すなわち、ファージＮＳ１９−１およびＰＳ７−１は、よりファージ耐性の突然変異体Ｂ９の感染力を示した。ファージＮＳ１９−１およびＰＳ７−１は、８９．５％を超えるゲノム類似性を有するが、Ｂ９に感染することができるが、親株のＰＡ３には感染することができないファージＮＳ１３およびＰＡ１−４はまた、９１．５％を超えるゲノム類似性で密接に関連する。図１０を参照されたい。
【０１６９】
（実施例７）
宿主感染におけるファージ間の非干渉
材料および方法
ファージＰＡ１−４およびＰＡＰ−１２によってのみ有効に感染する宿主株ＰＡ４を使用して、様々なＰ．ａｃｎｅｓファージを一緒に混合する際にいずれかの負の作用が存在するかどうかを試験する。株ＰＡ４を、４ｍＬのＢＨＩＳ中で終夜成長させる。翌朝、これを、ＢＨＩＳ中で１０分の１に希釈し、ＯＤが約０．８となるまで成長させる。この培養物を、以前に記載した４８ウェルプラークアッセイを行うための基礎として使用する。底および上部の両方の寒天を細菌とともに含有する４８ウェルプレートを調製した後、ＰＡＰ−１２を含むファージのすべてを、１０６ＰＦＵ／ｍＬまで希釈する。次いで、これらの希釈したファージを、新鮮なＢＨＩＳ培地と１：１の比でまたはＰＡＰ−１２の１０６ＰＦＵ／ｍＬのストックと１：１で、混合する。ファージ＋ＢＨＩＳの組合せまたはファージ＋ＰＡＰ−１２の組合せ１０μＬを、プラークアッセイにおいて使用する。必要とされる終夜のインキュベーション後に、プラークを計数する。
【０１７０】
結果
図５において見ることができるように、追加のファージの存在は、ＰＡ４に関するＰＡＰ−１２の作用と干渉せず、いくつかのファージを、いずれかの個々のファージの特異的機能を損なうことなく、混合物中で組み合わせることができることを示唆した。
【０１７１】
（実施例８）
ｉｎ  ｖｉｖｏでの、マウスの耳のＰ．ａｃｎｅｓに誘導される膨張モデルにおけるファージの有効性
皮内研究
材料および方法
皮内研究は、３つの群のＩＣＲ雌マウス（ｎ＝２０）（ＥＮＶＩＧＯ  ＣＲＳ、Ｎｅｓｓ  Ｚｉｏｎａ、Ｉｓｒａｅｌ）からなった。すべての群を、１×１０１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度のＰ．ａｃｎｅｓ懸濁液２０μＬを、右耳の背側へと単回皮内（ＩＤ）注射することによって、モデル誘導に供する。群２では、Ｐ．ａｃｎｅｓ注射の３時間後に、ＰＡＰ−７ファージ懸濁液２０μＬを、同じ耳へと皮内注射する。群３では、Ｐ．ａｃｎｅｓ注射の３時間前に、ファージ懸濁液２０μＬを、同じ耳に皮内注射する。すべての群では、同一の実験条件下で、左耳を対照として機能させ、群１に１回または群２および３に２回、ＰＢＳを注射する。群１は、モデル誘導に関する対照群として機能する。
【０１７２】
耳の厚みは、モデル誘導の直前、モデル誘導の２４時間、４８時間および７２時間後に、マイクロカリパス（Ｍｉｔｕｔｏｙａ、０．０１ｍｍ）（Ｍｉｔｕｔｏｙｏ  Ｅｕｒｏｐｅ  ＧｍｂＨ、Ｎｅｕｓｓ、Ｇｅｒｍａｎｙ）によって測定する。右耳（すなわち、Ｐ．ａｃｎｅｓを注射した耳）の耳の厚みの増加は、左耳（すなわち、ＰＢＳを注射した耳）のパーセンテージとして計算する。
【０１７３】
結果
図７は、モデル誘導の２４時間、４８時間および７２時間後に、Ｐ．ａｃｎｅｓ皮内感染モデルにおけるファージによる処置後に、耳の膨張の低減を示す。耳の厚みの増加がＰ．ａｃｎｅｓの皮内注射によって誘導される場合、皮内ファージ投与により、マウスモデルにおける耳の膨張が妨げられる。この効果は、Ｐ．ａｃｎｅｓ誘導から２４時間後に最も耳の厚みが増すことによって実証される。
【０１７４】
局所的研究
材料および方法
局所的研究は、４群のｎ＝６のＩＣＲ雌マウス（ＥＮＶＩＧＯ  ＣＲＳ、Ｎｅｓｓ  Ｚｉｏｎａ、Ｉｓｒａｅｌ）からなる。すべての群を、０．２ｍｌのチップで優しく引っ掻き（耳当たり１０回）、単一の表面裂傷を生じさせることによって、モデル誘導に供する。裂傷は、皮膚に目に見える損傷をもたらし、出血は示さないが赤くなることによって特徴付けられる。裂傷の直後に、ＰＳ７−１、ＰＡＰ−１、およびＰＡＰ−１２（群２、３および４）またはＰＢＳ（群１）の１×１０１０ＣＦＵ／ｍＬのファージの組合せを１０μＬ単回の局所適用により適用する。両耳を処置する。処置は、Ｐ．ａｃｎｅｓによる感染後、３０分および３時間においてである。群１および２はＰＢＳを受け、群３は、１×１０８ＣＦＵ／ｍＬのファージ懸濁液を受け、群４は、１×１０１１ＣＦＵ／ｍＬのファージ懸濁液を受ける。すべての動物の両耳を、モデル誘導前およびモデル誘導の２４時間後に、マイクロカリパス（Ｍｉｔｕｔｏｙａ、０．０１ｍｍ）（Ｍｉｔｕｔｏｙｏ  Ｅｕｒｏｐｅ  ＧｍｂＨ、Ｎｅｕｓｓ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して測定する。
【０１７５】
結果
このモデルを使用して、細菌に誘導される耳膨張モデルにおいて、Ｐ．ａｃｎｅｓの後に投与される場合に、Ｐ．ａｃｎｅｓファージの局所投与の有効性が実証される。図８において見ることができるように、２４時間の時点で、Ｐ．ａｃｎｅｓのみで処置した耳（群２）と比較して、Ｐ．ａｃｎｅｓ＋ファージで処置した耳（群３および４）では膨張が存在しない。予期される治療用量に近似するより低い力価のファージ（群３）の投与により、完全な作用がもたらされ、より高い力価は必要とされないことも見ることができる。
【０１７６】
（実施例９）
バイオフィルム上で単離されたファージの有効性
材料および方法
Ｐ．ａｃｎｅｓのバイオフィルムに対して本発明者らのファージを試験するために、実験室内で産生されたバイオフィルムに関して、以下の実験を実施する。ＰＡ１の終夜培養物を、新鮮なＢＨＩＳで１：１に希釈し、３７℃で４時間インキュベートし、その後、培養物を今回は１％のグルコースを補充した嫌気化されたＢＨＩＳで１：１にもう一度希釈する（最終濃度０．５％）。次に、９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）に、１ウェル当たり２００μＬの希釈培養物を播種する。８ウェルのストリップキャップ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）を使用してウェルを密封する。これを３日間インキュベートし、バイオフィルムを形成させる。７２時間後に、混合物１（ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９およびＰＡ１−１３）、混合物２（ＰＡ７−１、ＰＡ１−９およびＰＡ１−１３）、混合物３（ＰＡＰ−１２、ＰＡ１−９、ＰＡ１−１３およびＰＳ７−１）のいずれかを１０μＬまたは２μＬのエリスロマイシンを、関連するウェルに添加する。混合物当たりに添加されるファージの量は、１０５の総ＰＦＵに相当するが、抗生物質であるエリスロマイシンに対しては、１００μｇ／ｍＬの最終濃度（バイオフィルム中にない場合、ＰＡ１の成長を阻害するのに十分な）が使用される。
【０１７７】
ウェルに応じて、処置後２４時間または４８時間の時点で、培地を各ウェルから注意深く取り除き、残っているバイオフィルムを、滅菌チップを使用して、各ウェルから別のエッペンドルフチューブ中にピックアップする。この点で、１ｍＬの新鮮なＢＨＩＳをバイオフィルムチューブに添加し、５分間超音波処理して（Ｅｌｍａｓｏｎｉｃ  Ｓ  １００、３７ｋＨｚで）（Ｅｌｍａ  Ｓｃｈｍｉｄｂａｕｅｒ  ＧｍｂＨ、Ｓｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、内部のファージを除去し、遠心分離する（４分、４０００ｒｐｍ、２５℃）。ファージを含有する上清を、定量化のために清浄なチューブに注意深く取り除き、このプロセスを合計３回繰り返し、すべてのファージが除去されることを確認する。
【０１７８】
生存している細菌を定量するために、ペレットを１００μＬのＢＨＩＳ中に再懸濁させ、ＢＨＩＳ中で１０倍に連続希釈し、ＢＨＩＳ寒天プレート上にプレーティングする。このプレートを３７℃で７２時間嫌気的にインキュベートし、その後、コロニーを計数し、結果を最も近い対数に丸める。並行して、バイオフィルム内部のファージの量を、上清をより早く取り除き、前述のプラークアッセイを使用して元の量を評価することによって試験する。
結果
【表４】
2021505667.tif 000006
【０１７９】
表４において見ることができるように、抗生物質アームにおいて視認可能な減少が見られないのと比較して、ファージでは、２４時間後の細菌数において少なくとも４桁の対数の大きな減少が見られる。４８時間後には、２つの３種のファージの混合物が、処置なしのアームよりも対数が４桁少ないＣＦＵを依然として示し、一方、４種のファージの混合物は、対数が６桁少ないＣＦＵを示す。これは、１ミリリットル当たり８桁の対数の残存する細菌を示したこの実験の抗生物質アームと対照的である。これらの結果は、標的Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌に対するファージの有効性を、これらがバイオフィルムの形態で成長している場合でさえ、実証する。比較によって、この細菌株が敏感である抗生物質のエリスロマイシンは、バイオフィルムとして成長しているＰ．ａｃｎｅｓ細菌の溶解において有効性が有意に低い。バイオフィルムの内部に残存しているファージの量は、ファージ混合物１、２および３に対して、それぞれ、ウェル当たり、５．３×１０５、７．０×１０５および４．３×１０５個である。
【０１８０】
（実施例１０）
ファージの組合せの適用により突然変異体が出現するまでの時間が延長される
材料および方法
Ｐ．ａｃｎｅｓに感染するファージの組合せの適用を、耐性突然変異体Ｐ．ａｃｎｅｓ株の出現までの時間を遅延させるその能力について試験する。単一のファージを感染させる場合、そのファージ受容体に突然変異を有する細菌が選択される傾向にある。ファージを様々な受容体または様々な受容体親和性と組み合わせることによって、突然変異までの時間（ＴＴＭ、細菌突然変異体が培養物に取って代わるのにかかる時間）が延長され得る。組み合わされる２種のファージ、すなわち、ＰＡＰ１とＰＡ１−４は、それらが、宿主範囲に基づいて、遺伝的におよび機能的にの両方で異なるために選択される。ＰＡＰ１は、機能的クラスター３ｂに属するが、ＰＡ１−４は、機能的クラスター５に属する。ファージは、別々に、および以前に記載されたように、１５分ごとのＯＤ６００の測定値を使用して、ＰＡ３細菌上の混合物中で試験される。個々のファージおよびファージ混合物は、１０６ＰＦＵ／ｍＬの最終濃度で試験される。
【０１８１】
すべての作業は、Ａ３５  Ｄｏｎ  Ｗｈｉｔｌｅｙ嫌気的ワークステーション中で嫌気的条件において実施する。ＰＡ３を、４ｍＬのＢＨＩＳ培養チューブ中で、３７℃にて終夜、嫌気的に培養し、翌朝、１：３に希釈し、ＯＤが０．８〜１．２に到達するまで、４時間インキュベートする。一方、ファージＰＡＰ−１およびＰＡ１−４を１０８ＰＦＵ／ｍＬまで希釈し、この濃度のこれらのファージの１：１混合物も調製する。次いで、培養物を、ＯＤ０．２までさらに希釈する。これを、１ウェル当たり１９０μＬで、９６ウェルプレート中に分注し、その後、１０μＬのファージを含有する試料を三連で添加する。最後に、これを、４０μＬの鉱油で覆う。プレートを滅菌ＳｅａｌＰｌａｔｅフィルム（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で密封した後、プレートを、３７℃で、Ｔｅｃａｎ  Ｍ２００  Ｐｒｏプレートリーダーにおいてインキュベートし、１５分ごとに測定して感染動態を追跡する。ファージによる溶解後に、ＯＤが低下する。その後、耐性突然変異体の成長により、ＯＤが増加する。
【０１８２】
結果
ファージを含有するすべての培養物は、ファージの捕食により、ＯＤにおいて初期の予測される低下を示す。耐性突然変異体細菌が出現するのにかかる時間を比較するために、ＯＤ６００の閾値０．２を使用してＴＴＭを測定する。図９において見ることができるように、ＰＡＰ−１およびＰＡ１−４のみの培養物は、４２および４０時間のＴＴＭを示し、一方、２種のファージの１：１の混合物ミックスは、５０時間のＴＴＭを示す。両方のファージが同時に適用される場合に、耐性突然変異体の出現までの時間のシフトを実証するこれらの結果は、これら２種のファージが異なる機能的クラスターに属するという以前の観察を支持する。
【０１８３】
（実施例１１）
ファージの遺伝子分析は、いくらかの小さな多様性を有するファージ間の高レベルの類似性を示す
ファージストックのシーケンシング
ファージＤＮＡを、少なくとも１０９ＰＦＵを含有するストック２００μＬから抽出する。それぞれのライセート中に存在する細菌のＤＮＡを、Ａｍｂｉｏｎ  Ｔｕｒｂｏ  ｆｒｅｅ  ＤＮＡキット（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）を用いて処置することによって除去し、その後、製造業者の使用説明書に従い、ＱＩＡＧＥＮ  ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡミニキット（Ｑｉａｇｅｎ  Ｎ．Ｖ．、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ファージのｇＤＮＡを抽出する。スピンカラム上で３〜５分間インキュベートした３０μＬのＡＥ緩衝液で２回溶出することによって、ＤＮＡの溶出を行い、Ｎａｎｏｄｒｏｐ  ２０００を使用してＤＮＡを定量する。抽出後、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングライブラリーを、Baymら（Baym  et  al.,  2015）のプロトコールに従って作成し、ＭｉＳｅｑマシーンを使用してシーケンシングする。
【０１８４】
ファージＤＮＡのアセンブリおよび分析
ＳＰＡｄｅｓ  ｖ３．１０．１（Nurk  et  al.,  2013）を使用してリードをアセンブルする。ＢＬＡＳＴＮ（Altschul  et  al.,  1997）を使用することによって、非重複アライメントセグメントをすべて組合せ（ＢＬＡＳＴ  ＨＳＰ）、それらの完全一致数を合計し、この合計をより長い配列の長さで除して、パーセント同一性を得ることによって、ファージゲノムを比較する。Ｒ−ｓｔｕｄｉｏバージョン１．０．１４３（R  Core  Team  (2017).  R:  A  language  and  environment  for  statistical  computing.  R  Foundation  for  Statistical  Computing,  Vienna,  Austria）におけるＨｃｌｕｓｔアルゴリズムによって、パーセント同一性テーブルのクラスタリングを行う。結果を以下の表５および図１０に示す。図１０に示されるように、非常に高いゲノム類似性を有する２つの小さな群、すなわち、群１（ＰＡ１−１３、ＰＡ２−１３およびＰＡ１−４）および群２（ＰＡＰ−１およびＰＡＰ−１２）が存在する。
【表５】
2021505667.tif 000007
【０１８５】
（実施例１２）
臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株に関する治療用カクテルの有効性
細菌の単離
プロトコールＭＢＣ−ＣＬ−０１−２０１６（ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ  ＮＣＴ０３００９９０３）に従って、健康なボランティアおよびざ瘡を有する個体からＰ．ａｃｎｅｓを単離した。両方のプロトコールおよびすべてのボランティアにサインされたインフォームドコンセントに対して、Ｈｅｌｓｉｎｋｉ  ＩＲＢの承認を得た。皮膚からのＰ．ａｃｎｅｓの採取および単離は、製造業者の使用説明書に従って適用した美容鼻ストリップ（Ｂｅａｕｔｙｃａｒｅ  Ｅ．Ｇ．、Ｂｎｅｉ  Ｄａｒｏｍ、Ｉｓｒａｅｌ）を使用して鼻から、またはサンプリング緩衝液（０．１％のＴｒｉｔｏｎ＋０．０７５Ｍのリン酸緩衝液）中で湿らせた滅菌乾燥スワブ（ＣＯＰＡＮ  ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）で、４ｃｍ２の面積を３０秒間擦ることによって額から得た。
【０１８６】
得られた鼻ストリップを２つに切断し、１つ目の半分を細菌成長培地中に入れ、２つ目の半分をファージ緩衝液中に入れた。Ｐ．ａｃｎｅｓ細菌の存在について、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａの単離のためにフラゾリドンを含有する支持寒天プレート上にプレーティングし、コロニーの成長を追跡することによって、細菌培地をチェックした。同一性に関する分子生物学の技法によって、コロニーをピックアップし、名付け、試験した。細菌の種の割り当ては、１６Ｓ  ｒＤＮＡシーケンシングと、それに続く、全ゲノムシーケンシングを使用する検証によってなされた。
【０１８７】
あるいは、２つの皮膚試料は、それぞれの個体の額から得た：１つのスワブを、ＤＮＡ抽出のために、空の滅菌チューブ中に−８０℃で保管した。使用する他のスワブを０．１％のＴｒｉｔｏｎ＋０．０７５Ｍのリン酸緩衝液４ｍＬを含有する１５ｍＬの滅菌試験チューブ中に入れ、４℃で保管し、細菌の単離のために使用した。各スワブを３０秒間ボルテックスし、各試料１０μｌを、２０μｇ／ｍＬのフラゾリドンを含有するＢＨＩＳ寒天プレート上にストリークし、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａを選択した。単離したＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍのコロニーを、嫌気的条件下で、ＢＨＩＳ中で培養し、グリセロールストックを調製した。等しい体積の終夜培養物を、５０％のグリセロールと混合し、クライオチューブ中に分割し、−８０℃で保管した。
【０１８８】
抗生物質耐性の決定：
抗生物質耐性コロニーの単離のために、皮膚スワブ由来の４ｍｌのうちの５０μｌを、プレート上に均一に広げ、それに抗生物質を以下のように添加した：０．５μｇ／ｍＬのクリンダマイシン；ＢＨＩＳ＋２０μｇ／ｍＬのフラゾリドン＋０．５μｇ／ｍＬのエリスロマイシン；ＢＨＩＳ＋２０μｇ／ｍＬのフラゾリドン＋５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン；ＢＨＩＳ＋２０μｇ／ｍＬのフラゾリドン＋５μｇ／ｍＬのミノサイクリン。すべての抗生物質は、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｒｅｈｏｖｏｔ、Ｉｓｒａｅｌ）から購入した。
【０１８９】
プレートを、生物学的フード内で約３０分間乾燥させ、次いで、嫌気的条件下で、３７℃にておよそ１週間、３つのＧａｓＰａｋ  Ｅａｓｙサシェ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ）を含むロックロックボックス中でインキュベートした。コロニーの出現について、プレートを毎日検査した。細菌の成長が視認可能となった場合に、各試料から合計１０個の個々のコロニーをピックアップした（異なる形態および異なる抗生物質を選択した）。
【０１９０】
選択した細菌株の叢を調製し、選択した関連する抗生物質の液滴５〜１０μＬを新鮮な叢に添加し、嫌気的条件下で３７℃にて終夜インキュベーションした後のクリアランスについて観察することによって、ざ瘡を有するボランティアとざ瘡を有さないボランティアとに由来する臨床単離株の抗生物質感受性をさらに評価した。臨床的に関連する抗生物質を以下の濃度で使用した：０．５μｇ／ｍｌのクリンダマイシン（Ｓｅｌｌｅｃｋ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｈｏｕｓｔｏｎ、Ｔｅｘａｓ）、５μｇ／ｍｌのミノサイクリン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｒｅｈｏｖｏｔ、Ｉｓｒａｅｌ）、０．５μｇ／ｍｌのエリスロマイシン（Ａｃｒｏｓ  Ｏｒｇａｎｉｃｓ、Ｇｅｅｌ、Ｂｅｌｇｉｕｍ）、５μｇ／ｍｌのテトラサイクリン（Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ））。臨床株の抗生物質耐性の結果を図１２にまとめる。
【０１９１】
ファージ感受性の決定
ファージカクテル（ＰＳ７−１、ＰＡ１−１３およびＰＡＰ−１２）の感受性を試験するために、選択された単離細菌のコロニーを、嫌気的ワークステーション中で、３７℃にて、４ｍＬのＢＨＩＳ中で終夜成長させた。翌朝、各細菌株の培養物を、約０．７の開始ＯＤまでＢＨＩＳ中で希釈し、嫌気的ワークステーション中で、３７℃にてインキュベートした。
【０１９２】
細菌のＯＤの増加が観察された場合、１０６の濃度のファージカクテル叢を調製し、５μｌの細菌株をその上にプレーティングすることによって、または各株の叢をＢＨＩＳプレート上に調製し、生物学的フード中で約３０分間乾燥させて、各叢に１０４の最終濃度のファージカクテル５μｌを添加することによって、試料を試験した。プレートを、生物学的フード中でさらに３０分間乾燥させ、次いで、嫌気的ワークステーション中で、３７℃にて約４８時間インキュベートした。ファージ感染の結果を図１１にまとめる。
【０１９３】
リボタイプの決定
単離株のリボタイプを決定するために、プライマー２７Ｆおよび１４９２Ｒを使用して１６ｓ遺伝子のＰＣＲ分析を実施し、サンガーシーケンシングによって分析し、ＣｌｏｎｅＭａｎａｇｅソフトウェアを用いてＲＴ１リボタイプに対して整列させた。
【０１９４】
リードの末端周辺の重複配列を得て、シーケンシングエラーによるミステイクを防止するために、３つのプライマーを使用して（２７Ｆ、５２９Ｆ、１４９２Ｒ）、シーケンシングした。プライマーの配列は、以下のように、表６におけるものである。
【表６】
2021505667.tif 000008
【０１９５】
ＲＴ１配列に対するアライメント（以下に示される）および表７に見られるリボタイプ特異的突然変異に従って、関連するリボタイプを決定した。
【表７】
2021505667.tif 000009
【０１９６】
およそ１３０種の臨床系統を試験し、ほとんどをリボタイプＲＴ１、ＲＴ２またはＲＴ３として同定した。患者におけるざ瘡と最も関連すると考えられる４つのリボタイプ（ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ８およびＲＴ９）はまた、一般的に、ファージカクテルに対して感受性であることが判明し、決定された（図１１および図１２を参照されたい）。
【０１９７】
結果
３種のファージのカクテルは、９５％を超える臨床的Ｐ．ａｃｎｅｓ株を標的とする（図１１を参照されたい）。およそ１３０種のＰ．ａｃｎｅｓの臨床系統を、上記のように、ざ瘡患者と健康な個体から単離した。４つの抗生物質のパネルに対して試験した場合、これらのうち、大多数が、１つまたは複数の抗生物質に対して抗生物質耐性を示した（図１２）。５つの試料のみが、上記の原理に基づいて設計された３種のファージのカクテルに対して耐性であることが判明した。フラゾリドンに対して耐性であり、かつファージカクテルに対して耐性であることが判明した少数の単離株は、Ｐ．ａｃｎｅｓ単離株ではないとシーケンシングによって後に特定された（データは示さず）。Ｐ．ａｃｎｅｓ臨床系統のサブセットをリボタイピングに供した場合、ファージ感受性の臨床系統が、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる４つのリボタイプの株を含むことがさらに観察された。これらは、リボタイプＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ８およびＲＴ９である。これらの結果は、設計されたファージカクテルに対する、一般的に疾患関連リボタイプと考えられる臨床株の感受性を実証する。
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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