(57)【要約】本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを開発するための体系的プラットフォームに関する。このプラットフォームは、微生物コンソーシア、コンソーシアおよび接種材料を開発するために、多変数コンピューターモデリングおよび多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を利用する。本開示は、農業従事者がその具体的な現場および目的の作物のために開発された現場特異的農業的生物製剤を有することができるようにする、規範的な生物防除システムにさらに関する。
2021530245.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）の前記ライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｄ）前記ＭＥＦＢノード分析に基づいて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、少なくとも１つの次元において標的化された生態学的機能を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップ
を含む、方法。
【請求項２】
土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）の前記ライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；
ｄ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、前記ＭＥＦＢノード分析に基づいて選択された、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２種の微生物を含む、ステップ；
ｅ）複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；
ｆ）各微生物コンソーシアの前記土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｇ）前記ライブラリーから、所望の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項３】
ステップａ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ステップａ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
ステップｂ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
ステップｂ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
ステップｄ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
ステップｄ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された前記土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ
を含む、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップ
を含み、
前記植物病原体抑制的プロファイルが、ステップ（ａ）において同定および／または培養された前記土壌媒介植物病原体を抑制する各微生物単離物のアビリティーを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｉｉ）それ自身の試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、前記アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｉｉｉ）ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた前記相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、ｉ）別個の単一の炭素供給源を各々が含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの前記微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の前記集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ）微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含み、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）複数の抗生物質に対する耐性について、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）前記試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）前記微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、前記試験植物の成長を比較するステップ
を含み、前記試験植物と前記対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項１６】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；
ｉｉ．前記アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、前記標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；
ｃ）各微生物コンソーシアの前記予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）微生物コンソーシアの前記ライブラリーから、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップであって、前記選択されたコンソーシアが、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、ステップ
を含む、方法。
【請求項１８】
標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；
ｉｉ．前記アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、前記標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；
ｃ）前記標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；
ｄ）各微生物コンソーシアの前記土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｅ）前記ライブラリーから、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項１９】
ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、
ｉ．前記複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する抑制的活性の強度、
ｉｉ．前記複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および
ｉｉｉ．前記複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項２５】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２６】
設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｂ）その微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、前記アセンブルされたライブラリーの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；
ｃ）ステップ（ｂ）においてスクリーニングされた前記相互阻害的活性に基づいて、微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ；および
ｄ）前記ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、前記ライブラリーから、前記設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項２７】
相互阻害的活性の前記相対的程度について前記微生物コンソーシアをスクリーニングする前記ステップが、前記コンソーシア中の各微生物単離物が、前記微生物コンソーシア中の１つの他の微生物単離物と共に個々に試験されるように、対で実行される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
相互阻害的活性の前記相対的程度について前記微生物コンソーシアをスクリーニングする前記ステップが、第１の微生物単離物が、第３の微生物単離物に隣接してまたはそれと接触して成長される場合に、前記第１の微生物単離物が、別の微生物単離物に対する相互阻害的活性についてスクリーニングされるように、３つまたはそれよりも多くの群において実行され；前記第１、第２および第３の微生物単離物が全て、前記スクリーニングされた微生物コンソーシアの一部である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
相互阻害的活性の前記相対的程度について前記微生物コンソーシアをスクリーニングする前記ステップが、前記微生物コンソーシア中の全ての他の残りの微生物単離物の組合せによって引き起こされる、前記コンソーシア中の各微生物単離物に対する阻害的活性の相対的程度を試験するステップを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の前記微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記スクリーニングされた集団についての前記相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記微生物単離物が、ステップａ）の前記ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップ；および
ｃ）ステップｂ）の前記ライブラリーから、前記レベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項３２】
設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記スクリーニングされた集団についての前記相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記微生物単離物が、ステップａ）の前記ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップ、
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ
ｄ）ステップｂ）の前記ライブラリーから、前記レベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項３３】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の微生物単離物の前記集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記ｎ次元相互阻害的活性マトリックスが、
ｉ．１つまたは複数のメンバーの微生物単離物に対する阻害的活性の強度、
ｉｉ．複数の微生物単離物の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および
ｉｉｉ．前記複数の微生物単離物の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅
からなる群から選択される次元を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３７】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項３８】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項３９】
最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、前記微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項４０】
複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の微生物単離物の前記集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
ステップｂ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４５】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、
ｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、
ｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度、
ｉｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、および
ｉｖ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４６】
最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項４７】
ステップａ）においてスクリーニングされた微生物単離物の前記集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーにアクセスするステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、前記炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項４９】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ステップ（ｃ）の前記成長培地が、前記微生物コンソーシアが適用される場所からの培地であるか、または前記微生物コンソーシアが適用される場所の炭素栄養素プロファイルを模倣する培地である、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項５２】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項５３】
最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルを含む微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｂ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｃ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項５４】
ステップ（ｃ）の前記成長培地が、前記微生物コンソーシアが適用される場所からの培地であるか、または前記微生物コンソーシアが適用される場所の炭素栄養素プロファイルを模倣する培地である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
ステップａ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
各アセンブルされた微生物コンソーシアが、
ｉ．複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、
ｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度、
ｉｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、および
ｉｖ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項３９に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項５９】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項３９に記載の方法。
【請求項６０】
最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物についてｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記抗生物質耐性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項６１】
最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）複数の抗生物質に対する耐性について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された抗生物質耐性プロファイルにアクセスするステップ）；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）からの微生物単離物の組合せを含み、前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記コンソーシア内の個々の微生物単離物の前記抗生物質耐性プロファイルを共有すると予期される、ステップ；
ｃ）前記微生物コンソーシア中の前記微生物単離物の全てが個々に耐性である抗生物質を含む成長培地中で前記微生物コンソーシアを成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｄ）前記最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項６２】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６５】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】
ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６７】
前記ｎ次元抗生物質耐性プロファイルが、
ｉ．抗生物質の存在下で成長する二元アビリティー、
ｉｉ．前記微生物単離物がなおも成長することが可能な抗生物質の濃度；および
ｉｉｉ．耐性が示される抗生物質の範囲
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６８】
前記抗生物質が、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、バンコマイシン、エリスロマイシン、ノボビオシン、ストレプトマイシン、アジスロマイシン、カナマイシンおよびリファンピンからなる群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６９】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項６０に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項７０】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項７１】
最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップであって、
ｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の前記集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ．微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含む、ステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉｉｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルとは別個の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項７２】
最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップであって、
ｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の前記集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ．微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含む、ステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉ．前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物が、前記コンソーシア中の別の微生物単離物にシグナル伝達するアビリティーおよび前記コンソーシア中の別の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを示す、ステップ；
ｃ）ステップ（ａ）からの前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された前記抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；ならびに
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項７３】
最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって
ａ）微生物集団の個々の微生物単離物について以前に集められた抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルにアクセスするステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）のものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉ．前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物が、前記コンソーシア中の別の微生物単離物にシグナル伝達するアビリティーおよび前記コンソーシア中の別の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを示す、ステップ；
ｃ）ステップ（ａ）からの前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された前記抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；ならびに
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項７４】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７５】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７６】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７７】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７８】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７９】
前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルが、
ｉ．他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする二元アビリティー、および
ｉｉ．他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項８０】
前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルが、
ｉ．他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する二元アビリティー、および
ｉｉ．他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項８１】
ステップａ）における微生物単離物の集団をスクリーニングする前記ステップが、ゲノム情報、トランスクリプトーム情報および／または成長培養情報を利用するステップを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項８２】
最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、複数の微生物単離物を含み、前記微生物単離物の少なくとも１つが、前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの他の微生物単離物に対する抗微生物シグナル伝達キャパシティーを示す、ステップ；
ｂ）前記微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；
ｃ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項８３】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８６】
その植物成長アビリティーについて微生物単離物の集団をスクリーニングおよび評価するための方法であって、
ａ）前記集団からの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｂ）前記試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｃ）前記微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、前記試験植物の成長を比較するステップ
を含み、前記試験植物と前記対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、方法。
【請求項８７】
最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；
（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
（ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの前記植物成長促進性アビリティーの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
（ｄ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項８８】
最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；
（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
（ｃ）
ｉ）前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）前記試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）前記微生物コンソーシアを受けなかった対照植物の成長に対して、前記試験植物の成長を比較するステップ
によって、微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングし、それによって、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、植物成長促進性アビリティープロファイルを産生する、ステップ；
（ｄ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記植物成長促進性アビリティープロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアの前記ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
（ｅ）前記ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項８９】
ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
ステップｂ）においてアセンブルされた前記微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項９４】
各スクリーニングされた微生物コンソーシアについての植物成長促進性アビリティープロファイルが、
ｉ．特定の植物の成長を促進する二元アビリティー；
ｉｉ．前記特定の植物についての成長促進の程度；および
ｉｉｉ．前記コンソーシアが前記特定の植物の成長を促進する機構
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項９５】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項９６】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項９７】
ａ）病原体抑制を提供する第１の微生物種；および
ｂ）前記第１の微生物種にシグナル伝達するアビリティーおよび前記第１の微生物種における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを有する、第２の微生物種
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項９８】
ａ）Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ；
ｂ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ；および
ｃ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項９９】
ａ）配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．；
ｂ）配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．；および
ｃ）配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項１００】
ａ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９を有するＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ、もしくはＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；
ｂ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；および
ｃ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項１０１】
受託番号ＰＴＡ−１２４３２０を有する微生物コンソーシア、もしくはＰＴＡ−１２４３２０の同定特徴の全てを有する株のコンソーシア、またはそれらの変異体を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項１０２】
細胞の代表的な試料が受託番号ＰＴＡ−１２４３２０の下で寄託されている微生物コンソーシア、もしくはＰＴＡ−１２４３２０の同定特徴の全てを有する株のコンソーシア、またはそれらの変異体を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
【請求項１０３】
植物成長のために土壌を改善する方法であって、請求項９７に記載の微生物コンソーシアを、前記土壌に適用するステップを含む、方法。
【請求項１０４】
前記微生物コンソーシアが、植栽前に適用される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記微生物コンソーシアが、植物の発芽後に適用される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
前記微生物コンソーシアが、種子処理として適用される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０７】
前記微生物コンソーシアが、スプレーとして適用される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０８】
前記微生物コンソーシアが、土壌灌注として適用される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０９】
植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を前記土壌に適用するステップを含み；前記微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９を有するＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ、もしくはＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
【請求項１１０】
植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を前記土壌に適用するステップを含み；前記微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
【請求項１１１】
植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を前記土壌に適用するステップを含み；前記微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
【請求項１１２】
前記微生物コンソーシアが、植栽前に適用される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１３】
前記微生物コンソーシアが、植物の発芽後に適用される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１４】
前記微生物コンソーシアが、種子処理として適用される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１５】
前記微生物コンソーシアが、スプレーとして適用される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１６】
前記微生物コンソーシアが、土壌灌注として適用される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１７】
土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する前記土壌媒介植物病原体を同定するステップ；
ｂ）ステップ（ａ）において同定された前記土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップであって、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップが、
ｉ．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップであって、前記ライブラリーが、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノードライブラリーを含む、ステップ；
ｉｉ．前記１つまたは複数のノードライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｉｉｉ．前記ＭＥＦＢノード分析に基づいて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された前記土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップ
を含む、ステップ
を含む、方法。
【請求項１１８】
土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する前記土壌媒介植物病原体を同定および／または培養するステップ；
ｂ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された前記土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップであって、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップが、
ｉ．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップ、
ｉｉ．ステップｉ）の前記ライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出するステップ；
ｉｉｉ．前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｉｖ．前記ＭＥＦＢノード分析に基づいて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された前記土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップ
を含む、ステップ
を含む、方法。
【請求項１１９】
土壌または植物組織中に存在する前記土壌媒介植物病原体を同定するステップが、規範的な生物防除を必要とする前記場所において成長した植物の症状に基づいた前記病原体の属の同定を含む、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２０】
土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスする前記ステップが、
ｉ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された前記土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ
を含む、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップ
を含み、
前記植物病原体抑制的プロファイルが、ステップ（ａ）において同定および／または培養された前記土壌媒介植物病原体を抑制する各微生物単離物のアビリティーを示す、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２１】
相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出するまたはそれにアクセスする前記ステップが、
ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｉｉ）それ自身の試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、前記アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｉｉｉ）ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた前記相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ
を含む、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２２】
炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するまたはそれにアクセスする前記ステップが、ｉ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２３】
抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ）微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の前記集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含み、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２４】
臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）複数の抗生物質に対する耐性について、前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ
を含む、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２５】
植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出する前記ステップが、
ｉ）前記土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）前記試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）前記微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、前記試験植物の成長を比較するステップ
を含み、前記試験植物と前記対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２６】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１１７に記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項１２７】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１１７に記載の組成物。
【請求項１２８】
土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌から、土壌栄養素プロファイルを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）の前記場所に対する適用のためのカスタマイズされた炭素改良剤を創出するステップであって、前記カスタマイズされた炭素改良剤が、栄養素土壌プロファイルにおける炭素欠乏を補完する、ステップ
を含む、方法。
【請求項１２９】
ｃ）前記カスタマイズされた土壌炭素改良剤を前記場所に適用するステップをさらに含む、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップをさらに含む、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
ステップａ）〜ｂ）の各反復が、前記土壌への最後の炭素改良剤適用の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月後に行われる、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３２】
土壌栄養素プロファイルを創出する前記ステップが、
ｉ）規範的な生物防除を必要とする前記場所からの土壌試料を提供するステップ；および
ｉｉ）前記土壌試料の炭素栄養素含量を分析するステップ
を含む、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３３】
前記土壌試料の前記炭素栄養素含量が、クロマトグラフィー法を介した尺度である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記土壌試料の前記炭素栄養素含量が、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、質量分析器、湿式消化および乾式燃焼、空中分光法、強熱減量、元素分析計、ならびに反射分光法からなる群から選択される分析方法を介した尺度である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３５】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１２８から１３４のいずれか一項に記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項１３６】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１２８に記載の組成物。
【請求項１３７】
土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
【請求項１３８】
土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
【請求項１３９】
潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
【請求項１４０】
前記炭素供給源が、グルコース、フルクトース、リグニン、米粉粉末、リンゴ酸、およびそれらの混合物からなる群から選択される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４１】
前記炭素供給源が、１年間の期間中に少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２回適用される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４２】
土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、
ａ）炭素供給源を前記土壌に適用するステップ；
ｂ）前記土壌中の前記微生物集団内の微生物の前記抗生物質阻害的キャパシティーを査定するステップ；ならびに
ｃ）前記微生物集団内の微生物の前記抗生物質阻害的キャパシティーが所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップ
を含む、方法。
【請求項１４３】
前記微生物の前記抗生物質阻害的キャパシティーが、前記土壌媒介病原体に起因して前記作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
ステップ（ａ）および（ｂ）が、前記作物が前記土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４５】
土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、
ａ）炭素供給源を前記土壌に適用するステップ；
ｂ）前記土壌内の阻害的微小生物の前記密度を査定するステップ；ならびに
ｃ）前記土壌内の阻害的微小生物の前記密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップ
を含む、方法。
【請求項１４６】
阻害的微小生物の前記密度が、前記土壌媒介病原体に起因して前記作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定される、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
ステップ（ａ）および（ｂ）が、前記作物が前記土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４８】
潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、
ａ）炭素供給源を前記土壌に適用するステップ；
ｂ）前記土壌中の病原体密度を決定するステップ；ならびに
ｃ）前記病原体密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回を反復するステップ
を含む、方法。
【請求項１４９】
阻害的微小生物の前記密度が、前記土壌上で成長した作物によって示される病原性症状の存在または非存在に基づいて査定される、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
ステップ（ａ）および（ｂ）が、前記土壌上で成長した作物が前記土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５１】
ステップ（ｂ）が、ステップ（ａ）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月後に実行される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１５２】
土壌中の土壌媒介病原体を処置する方法であって、
ａ）組合せ組成物を前記土壌に適用するステップであって、前記組成物が、
ｉ）土壌媒介病原体抑制性微生物；および
ｉｉ）炭素供給源
を含む、ステップ
を含み、それによって、前記土壌において成長した作物の、前記土壌媒介病原体の症状を低減させる、方法。
【請求項１５３】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１５２に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項１５４】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５５】
前記土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物単離物である、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５６】
前記微生物単離物が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物コンソーシアとして投与される、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５８】
前記微生物コンソーシアが、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１５９】
ｉ）土壌媒介病原体抑制性微生物；およびｉ）炭素供給源、を含む組成物であって、土壌媒介病原体の成長を抑制することが可能である、組成物。
【請求項１６０】
前記土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物単離物である、請求項１５９に記載の組成物。
【請求項１６１】
前記微生物単離物が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される、請求項１６０に記載の組成物。
【請求項１６２】
前記土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物コンソーシアとして投与される、請求項１５９に記載の組成物。
【請求項１６３】
前記微生物コンソーシアが、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む、請求項１６２に記載の組成物。
【請求項１６４】
前記土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、請求項１５９に記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
【請求項１６５】
前記土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、請求項１５９に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本出願は、２０１９年６月７日出願の米国特許仮出願第６２／８５８，４４６号；２０１８年８月１日出願の米国特許仮出願第６２／７１３，３９４号；および２０１８年７月２５日出願の米国特許仮出願第６２／７０３，０６０号に対する優先権の利益を主張し、これらの各々の内容は、全ての目的のために、それらの全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。
政府の資金提供
【０００２】
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎによって授与されたＭＣＢ−９９７７９０７およびＮａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ、ＵＳＤＡによって授与された２００６−３５３１９−１７４４５の下で、政府の支持によってなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
分野
【０００３】
本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを開発するための体系的プラットフォームに関する。このプラットフォームは、微生物コンソーシアおよび接種材料を開発するために、多変数コンピューターモデリングおよび多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を利用する。本開示は、農業従事者がその具体的な現場および目的の作物のために開発された現場特異的農業的生物製剤を有することができるようにする、規範的な生物防除システムにさらに関する。
配列表に関する陳述
【０００４】
本出願と関連する配列表は、紙コピーの代わりにテキストフォーマットで提供され、これにより参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、ＢＩＣＬ＿００１＿００ＵＳ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。このテキストファイルは、１０ｋｂであり、２０１９年７月２５日に作成され、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
【背景技術】
【０００５】
土壌媒介病原体は、世界的に、作物産生に対する顕著な課題である。温帯、熱帯および温室産生システムにおける一年生植物および多年生植物の田畑、果実、野菜ならびに園芸種を含む事実上全ての作物が、土壌媒介病原体に起因する、植物定着、収量、および植物または作物の品質における顕著な損失を被っている。植物の耐性および殺真菌薬使用の両方が、土壌媒介病原体に起因する損失に対するいくらかの保護を提供できるが、多くの作物は、多様な土壌媒介病原体に対する耐性を欠き、殺真菌薬は費用がかかり、有効性が異なり得、負の環境的影響を有する。
【０００６】
土壌媒介病原体の生物学的防除は、例えば、開発が焦点を当てている微生物の限定的な基礎および／または単一株接種材料に対する集中によって限定されてきた。特に、単一株接種材料は、市場の需要を満足させるのに十分なレベルの疾患抑制を提供できない可能性がある。広範な物理的条件および環境的条件にあり、複雑で高度に可変の天然に存在する土壌微生物群集の存在下での多様な作物上の任意の可能な土壌媒介病原体に対する保護を提供する単一の微生物株のキャパシティーは低い。
【０００７】
したがって、病原体が寄生した土壌のバイオレメディエーションのための有効な組成物および方法が必要とされている。さらに、異なる型の病原体、作物、位置および土壌という状況下で植物病原体を阻害することに関して有効であるようにカスタマイズすることができる組成物および方法は、特に有益である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出する方法であって、（ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；（ｂ）ステップａ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；（ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに（ｄ）ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、少なくとも１つの次元において標的化された生態学的機能を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップを含む方法を提供する。
【０００９】
本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出する方法であって、（ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；（ｂ）ステップａ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；（ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；（ｄ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ＭＥＦＢノード分析に基づいて選択された、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２種の微生物を含む、ステップ；（ｅ）複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；（ｆ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｇ）ライブラリーから、所望の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【００１０】
本開示は、標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；ｃ）各微生物コンソーシアの予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；およびｄ）微生物コンソーシアのライブラリーから、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップであって、前記選択されたコンソーシアが、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、ステップを含む方法を提供する。
【００１１】
本開示は、標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；ｃ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；ｄ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；およびｅ）ライブラリーから、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ、を含む方法を提供する。
【００１２】
本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；ｂ）その微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；ｃ）ステップ（ｂ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ；およびｄ）ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、ライブラリーから、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ、を含む方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】図１は、土壌改良していない土壌および炭素改良剤を用いた土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物についてのＢｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）における栄養素使用プロファイルの非計量多次元尺度構成（ＮＭＤＳ）解析を示すグラフである。この図は、土壌Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓに対する栄養素の選択的な影響を例示する。
【００１４】
【図２】図２は、土壌改良していない土壌および炭素改良剤を用いた土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の間でのニッチの幅（左側のパネル；各単離物によって利用された栄養素の平均数）およびニッチの重複（右側のパネル；全ての可能性のある単離物の対の組合せの間で共有された栄養素使用の平均パーセント）を示すグラフである。データは、フィッシャーのＬＳＤ検定を使用して解析した；ｐ値＜０．０５；エラーバーは標準誤差を示す。
【００１５】
【図３】図３は、土壌改良していない土壌および炭素改良剤を用いた土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の間での阻害性表現型の度数分布（左側のパネル）、および土壌改良していない土壌および炭素改良剤を用いた土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓに対して阻害性であるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物のパーセント（右側のパネル）を示すグラフである。
【００１６】
【図４】図４は、土壌改良していない土壌からの単離物に対する炭素改良剤を用いた土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の間でのニッチの重複と阻害の強度の関係（左側のパネル）、および炭素改良剤を用いた土壌からの単離物に対する土壌改良していない土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの間でのニッチの重複と阻害の強度の関係（右側のパネル）を示すグラフである。この図は、常在性リソース競合相手に対する増強された阻害性表現型を選択する土壌炭素改良剤の有意なキャパシティー（左側のパネル）、およびこれらの競合相手に、増強された阻害剤を相互にアンタゴナイズするキャパシティーがないこと（右側のパネル）を例示する。
【００１７】
【図５】図５は、そうか病対照に対するパーセント（接種した区画における、同じ圃場試験の接種していない区画に対するそうか病の重症度の低下）を接種していない区画における病気との関連で示すグラフである。各データポイントは、個々の接種試験からの結果を表す。本図は、「実施例１０：プラットフォーム−Ｃ、Ｅ、およびＦによって開発された微生物を利用した種々のプロトコールおよび圃場試験」からの方法を利用して構築した。
【００１８】
【図６】図６は、ジャガイモそうか病のジャガイモの写真である。
【００１９】
【図７】図７Ａ〜Ｂ。この図に含まれる接種材料：ＧＳ１。図７Ａは、３週齢の温室で成長させたダイズ植物体における病気の重症度を示す。本図は、実施例９（Ｆ）（ｉｉｉ）からの方法を利用して構築した。図７Ｂは、温室試験でのアルファルファにおけるＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａに対する生物防除を示す。簡単に述べると、植栽時に土壌に単一のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の液体胞子懸濁液を接種した。アルファルファ種子を、病原体Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｍｅｄｉｃａｇｉｎｉｓが天然にはこびっている圃場土壌に植栽した。２８日後に、病気およびバイオマスを査定するために植物を回収した。接種した植物において、接種していない植物に対して病気が有意に低減し、植物バイオマスが有意に増大した。
【００２０】
【図８】図８は、温室試験において６週間の時点で回収した接種した植物における３〜３５％の突然死根症状の低減を示すグラフである。本データは、実施例１０（Ｇ）からの方法を利用して構築した。各組合せに含めた微生物接種材料：Ａ：ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３；Ｂ：ＧＳ１、ＳＳ３、ＰＳ５；Ｃ：ＧＳ１、ＳＳ６、ＰＳ５；Ｄ：ＧＳ１、ＳＳ２、ＰＳ７；Ｅ：ＧＳ１、ＳＳ６、ＰＳ７
【００２１】
【図９】図９は、ベッカー、ローズマウント、およびセントポールの研究用農場における圃場試験における微生物接種材料の使用後にジャガイモの市場性のある収穫高に見られた増加を示すグラフである。ベッカーおよびローズマウントの各々において２つの試験を行い、セントポールでは７つの接種材料試験を行った。本データは、実施例１０（Ａ）および１０（Ｄ）からの方法を利用して構築した。接種材料単離物：ベッカー、棒１：ＧＳ１、ＰＳ３；ベッカー、棒２：ＧＳ１；ローズマウント、棒１：ＧＳ１、ＰＳ３；ローズマウント、棒２：ＰＳ３、ＳＳ４；ＳＴＰ、棒１：ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３；ＳＴＰ、棒２：ＧＳ１、ＳＳ２、ＰＳ７；ＳＴＰ、棒３：ＧＳ１、ＰＳ３、ＰＳ７；ＳＴＰ、棒４：ＧＳ１、ＳＳ２、ＰＳ１；ＳＴＰ、棒５：ＧＳ１、ＰＳ３、ＰＳ１；ＳＴＰ、棒６：ＰＳ３、ＳＳ２、ＰＳ１；ＳＴＰ、棒７：ＧＳ１、ＳＳ５、ＰＳ５。
【００２２】
【図１０】図１０は、２つの場所で温室および圃場試験において微生物接種材料の使用に伴って観察されたダイズにおけるバイオマス（温室試験）および種子の収穫高の増加を示すグラフである。温室バイオマス：７つの異なる単離物の組合せを用いた処理の平均値；ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３；ＧＳ１、ＳＳ３、ＳＳ６；ＧＳ１、ＳＳ３、ＰＳ５；ＧＳ１、ＳＳ６、ＰＳ５；ＧＳ１、ＳＳ２、ＰＳ７；ＧＳ１、ＳＳ７、ＳＳ８；ＧＳ１、ＳＳ６、ＰＳ７。２０１４年の種子の収穫高は、単一の処理：ＰＳ３の反復の中での平均を表す。２０１５年の種子の収穫高は、２つの処理：ＧＳ２、ＳＳ２、ＰＳ３、ＰＳ４；ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３、ＰＳ４、ＰＳ２から生じた平均を表す。
【００２３】
【図１１】図１１は、ミネソタの４つの場所の圃場区画において微生物接種材料の使用に伴って種子の収穫高に見られた増加を示すグラフである。本データは、実施例１０（Ｆ）：プラットフォーム−Ｈによって開発した微生物を利用した種々のプロトコールおよび圃場試験」からの方法を利用して構築した。各場所について、棒１：ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３、ＰＳ２、ＰＳ４；棒２：ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３；棒３：ＧＳ１、ＳＳ２、ＰＳ４、ＰＳ３。
【００２４】
【図１２Ａ】図１２Ａ〜Ｂは、２つの実験圃場区画における、米を伴う土壌改良剤、微生物接種材料、炭素（「栄養素」）、または微生物接種材料と炭素栄養素の組合せの後の塊茎におけるジャガイモそうか病を示すグラフである。異なる文字で強調表示されている棒は有意に異なり（ＡＮＯＶＡ）、解析についての確率値が図の右上の端に示されている。個々の株を栄養培地で成長させ、胞子を回収し、胞子を米と混合して、粒状接種材料を作製することによって接種材料を調製した。実験は完全乱塊法であった。植栽時にジャガイモに炭素改良剤を伴ってまたは伴わずに接種し、接種していない対照および米のみの対照の両方を含めた。ジャガイモを、標準の生産条件を使用して成長させ、収穫時に全ての処理について病気を査定した。図１２Ａは、燻蒸消毒していない区画（左側のパネル）、またはクロロピクリンで燻蒸消毒した区画におけるそうか病のパーセントを示す。図１２Ｂは、燻蒸消毒したデータセットと燻蒸消毒していないデータセットの組合せから算出したパーセントそうか病を示す。
【図１２Ｂ】図１２Ａ〜Ｂは、２つの実験圃場区画における、米を伴う土壌改良剤、微生物接種材料、炭素（「栄養素」）、または微生物接種材料と炭素栄養素の組合せの後の塊茎におけるジャガイモそうか病を示すグラフである。異なる文字で強調表示されている棒は有意に異なり（ＡＮＯＶＡ）、解析についての確率値が図の右上の端に示されている。個々の株を栄養培地で成長させ、胞子を回収し、胞子を米と混合して、粒状接種材料を作製することによって接種材料を調製した。実験は完全乱塊法であった。植栽時にジャガイモに炭素改良剤を伴ってまたは伴わずに接種し、接種していない対照および米のみの対照の両方を含めた。ジャガイモを、標準の生産条件を使用して成長させ、収穫時に全ての処理について病気を査定した。図１２Ａは、燻蒸消毒していない区画（左側のパネル）、またはクロロピクリンで燻蒸消毒した区画におけるそうか病のパーセントを示す。図１２Ｂは、燻蒸消毒したデータセットと燻蒸消毒していないデータセットの組合せから算出したパーセントそうか病を示す。
【００２５】
【図１３】図１３は、土壌炭素改良剤のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ土壌単離物に対する効果を土壌改良していない対照土壌と比較して決定するための例示的なプロトコールを示すグラフである。
【００２６】
【図１４】図１４は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシア（ＳＰＰＩＭＣ）開発プラットフォームのフローチャートを例示する図である。
【００２７】
【図１５】図１５は、粒度がより大きなＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームを例示する図である。
【００２８】
【図１６】図１６は、処理の間での個々の塊茎重量および区画当たりの総塊茎収穫高の平均を示すグラフである。接種材料には、最適化された３株ＬＬＫ３−２０１７接種材料の組合せに含まれる３種の株のうち２種（ＧＳ１、ＰＳ３）を含めた。
【００２９】
【図１７】図１７Ａは、病原体阻害アッセイの例を示す写真である。図１７Ｂは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの収集物の間での病原体阻害プロファイルにおける相補性の例を示す図である。
【００３０】
【図１８】図１８は、抗生物質（Ｃ＝クロラムフェニコール；Ｓ＝ストレプトマイシン；Ｒ＝リファンピン／リファンピシン；Ｔ＝テトラサイクリン）によるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物（Ｓ−８７）の抗生物質阻害を例示する写真である。
【００３１】
【図１９】図１９Ａは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物間の対阻害アッセイを示す写真である。図１９Ｂは、微生物単離物の３つの異なるセットの間での阻害相互作用ネットワークを示す図である。
【００３２】
【図２０】図２０は、細菌単離物の収集物についての９５種の栄養素にわたる栄養素使用選好の変動を示す図である。濃淡が濃いほど特定の培地における成長が大きいことを示す。
【００３３】
【図２１】図２１は、細菌対間のシグナル伝達相互作用を示す写真である。個々の細菌単離物（左側は単離物１５および１８であり、右側は単離物１２および１５である）を栄養培地に同時に点状接種し、３日間成長させた。その後、寒天培地の第２の層をプレートにオーバーレイし、病原体をプレートに導入する（接種材料懸濁液の拡散プレーティングによってか、または新鮮な真菌培養物のディスクをプレートの中央に導入することによって；これらのプレートは拡散プレーティングした標的を示す）。３〜５日後（病原体に応じて）、点状接種した単離物の、単独で病原体を阻害するキャパシティー（単離物１５の個々の点）を、別の単離物の存在下で病原体を阻害するそのアビリティーと比較する（単離物１８または単離物１２のすぐ隣に単離物１５）。パネルＡでは、単離物１８により単離物１５の病原体を阻害するキャパシティーが抑制される。対照的に、パネルＢでは、単離物１２により単離物１５の病原体を阻害するアビリティーが増強される。パネルＡとＢは異なる病原体を標的とすることに留意されたい。
【００３４】
【図２２】図２２は、微生物の３種の異なる収集物の間での阻害性表現型を変更させるシグナル伝達相互作用を示す図である。
【００３５】
【図２３】図２３は、土壌メソコスムにおいて低用量のグルコースまたはリグニンと、高用量のグルコースまたはリグニンとを用いた９ヶ月の土壌改良後の、０〜５の標的集団に対して阻害性である単離物の数を示すグラフである。高用量の炭素を用いた土壌改良の結果、低用量での土壌改良よりも多くの阻害性Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ集団が生じた。
【００３６】
【図２４】図２４は、細菌の単純な混合物（ｎ＝２）からより複雑な混合物（ｎ＝４〜８）の間でのシグナル伝達相互作用を試験するためのプレーティング戦略を示す写真である。
【００３７】
【図２５】図２５は、微生物接種材料の間での異なる温度における成長潜在性の変動を示すグラフである。単離物の最大の成長潜在性ならびに冷温での潜在性の低下は有意に変動する。データは、Ｂｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）プレートにおいて指定の温度で５日間にわたる個々の単離物のインキュベーションに基づく。光学濃度測定値（ｙ軸）を、個々の単離物が成長を示した栄養素全てにわたって合計した。この図は、個々の単離物が温度によって変動する相対的な値を例示する：ＧＳ１およびＳＳ２はより温暖な温度においてＰＳ４およびＰＳ２に対して有意な成長利点を有するが、この利点は、より低い温度の状況（例えば、初春の土壌）での成長を考えた時には消失する。
【００３８】
【図２６】図２６は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ接種材料を使用したジャガイモそうか病に対する生物防除を示す。簡単に述べると、圃場において植栽時に単離物ＰｏｎＳＳＩＩを土壌に接種した。ジャガイモを、標準の生産方法を使用して成長させ、９月上旬に収穫した。接種した塊茎では（左側）、接種していない塊茎に対してジャガイモそうか病の重症度が有意に低下した。
【００３９】
【図２７】図２７は、異なる植物宿主に対する異なる微生物接種材料による成長促進の変動を示す。
【００４０】
【図２８】図２８は、接種材料中のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の数（接種材料の組合せ、ｘ軸）が増加するにつれ病気の強度（塊茎ごとの病変の平均数、ｙ軸）が低下することを例示するグラフである。
【００４１】
【図２９】図２９は、病気の抑制を増強するためにシグナル伝達接種材料を混合物に組み入れることの利益を示すグラフである。具体的には、圃場試験におけるジャガイモそうか病の強度（平均病変数−上のパネル、またはパーセント感染表面−下のパネルのいずれか）は、アンタゴニストの収集物と共にシグナル伝達物質を接種した場合に、シグナル伝達物質を添加しなかった場合よりも有意に小さい。各棒は、５種の異なる接種材料混合物とそれに加えてシグナル伝達物質（単離物１２３１．５）にわたる、またはシグナル伝達物質を添加しなかった場合の病気の強度の平均を表す。
【００４２】
【図３０】図３０は、炭素改良剤の存在下または非存在下でのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ密度の変化を示すグラフである。
【００４３】
【図３１】図３１は、５種の異なる植物病原体のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ阻害剤の数および死滅区域を数量化するために使用したＨｅｒｒ’ｓアッセイを示す写真である。
【００４４】
【図３２】図３２は、植物種多様性が変動する土壌（１種、４種、８種、または１６種の植物種）からの、５種の植物病原体の収集物に対して阻害性であるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの平均割合の差異（左側のパネル）および阻害性Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの平均死滅区域（右側のパネル）を示すグラフである。
【００４５】
【図３３】図３３は、単作または１６種の混作での植物成長に関連する土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの間でのニッチの重複のパーセントの平均を示すグラフである。ニッチの重複は混作の集団の間で単作よりも有意に小さい。
【００４６】
【図３４】図３４は、２つの異なる植物宿主（Ｃ４イネ科植物Ａｎｄｒｏｐｏｇｏｎ  ｇｅｒａｒｄｉｉまたはマメ科植物Ｌｅｓｐｅｄｅｚａ  ｃａｐｉｔａｔａ）に関連する土壌の炭素化合物の豊富さを示すグラフである。データは、熱分解時ガスクロマトグラフィー質量分析データに基づく炭素ピークの数である。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
定義
以下の用語は、当業者によって十分に理解されると信じられるが、以下の定義は、本開示の主題の説明を容易にするために示される。
【００４８】
用語「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」は、１つまたは複数のその実態を指し得る、すなわち、複数形の指示対象を指し得る。このように、用語「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」、「１つまたは複数の」および「少なくとも１つの」は、本明細書で相互交換可能に使用される。さらに、不定冠詞「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」による、「１つの要素」に対する言及は、それらの要素の１つおよび１つだけが存在することを文脈が明らかに要求する場合を除き、それらの要素の１つよりも多くが存在する可能性を排除しない。
【００４９】
「一実施形態」、「ある実施形態」、「一態様」または「ある態様」に対する本明細書を通じた言及は、その実施形態と関連して記載された特定の特色、構造または特徴が、本開示の少なくとも１つの実施形態中に含まれることを意味する。したがって、本明細書を通じた種々の場所での語句「一実施形態では」または「ある実施形態では」の出現は、全てが同じ実施形態に必ずしも言及しているわけではない。さらに、特定の特色、構造または特徴は、１つまたは複数の実施形態において、任意の適切な様式で組み合わせることができる。
【００５０】
本明細書で使用される場合、特定の実施形態では、用語「約」または「およそ」は、数値に先行する場合、文脈によって他に示されない限りまたは他のように明らかでない限り、その値プラスまたはマイナス１０％の範囲を示すが、かかる値が可能な値の１００％を超える場合、または可能な値の０％を下回る場合、例えば、０ＣＦＵ／ｍｌ未満の細菌、または１００％よりも高い成長の阻害は除く。
【００５１】
本明細書で使用される場合、用語「微小生物（microorganism）」または「微生物（microbe）」は、広く解釈すべきである。これらの用語は、相互交換可能に使用され、これらには、これらに限定されないが、２つの原核生物ドメインである細菌および古細菌、真核生物真菌および原生生物、ならびにウイルスが含まれる。
【００５２】
用語「微生物群集」は、２つまたはそれよりも多くの種または株を含む微生物の群を意味する。微生物コンソーシアとは異なり、微生物群集は、共通の機能を果たしている必要がないまたは認識可能なパラメーター、例えば、目的の表現型形質（例えば、抗微生物活性、または植物成長にとって有益な化合物の産生）に関与している必要も、それをもたらしている必要も、それと相関している必要もない。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「単離物／単離する」、「単離された」、「単離された微生物」などの用語は、１種または複数の微小生物が、それが特定の環境（例えば、土壌、水、植物組織）において関連している材料のうち少なくとも１つから分離されていることを意味する意図である。
【００５４】
本明細書で使用される場合、「土壌」は、任意の農業的に許容される成長性培地を含む任意の植物成長培地を指す。成長性培地には、例えば、土壌、砂、培養土、泥炭、有機および／または無機成分を含む土壌なし成長性培地、人工的な植物成長基質、ポリマーベースの成長マトリックス、水耕栄養素および成長溶液、ならびにそれらの組合せまたは混合物が含まれ得る。
【００５５】
本開示の微生物には、胞子（spore）および／または栄養細胞が含まれ得る。一部の実施形態では、本開示の微生物には、生きているが培養できない（ＶＢＮＣ）状態、すなわち休眠状態にある微生物が含まれる。ＬｉａｏおよびＺｈａｏ（米国特許出願公開第２０１５２６７１６３Ａ１号）を参照のこと。一部の実施形態では、本開示の微生物には、バイオフィルム中の微生物が含まれる。Ｍｅｒｒｉｔｔら（米国特許第７，４２７，４０８号）を参照のこと。
【００５６】
したがって、「単離された微生物」は、その天然に存在する環境中には存在しない；むしろ、本明細書に記載される種々の技法を介して、微生物は、その天然の状況から取り出されており、天然に存在しない状態の生存に置かれている。したがって、単離された株または単離された微生物は、例えば、生物学的に純粋な培養物として、または許容される担体と関連した胞子（または株の他の形態）として、存在し得る。
【００５７】
本明細書で使用される場合、「胞子（単数）」または「胞子（複数）」は、生存および散布のために適応された、細菌および真菌によって産生される構造を指す。胞子は、一般に、休止状態構造として特徴付けられる；しかし、胞子は、発芽のプロセスを介して分化が可能である。発芽は、代謝活性、成長および生殖が可能な栄養細胞への胞子の分化である。単一の胞子の発芽は、単一の真菌または細菌栄養細胞を生じる。真菌胞子は、無性生殖の単位であり、一部の場合には、真菌生活環における必要な構造である。細菌胞子は、栄養細胞の生存または成長に対して通常は非伝導性（nonconductive）であり得る生存状態のための構造である。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「微生物組成物」は、本開示の１種または複数の微生物を含む組成物を指し、ここで、微生物組成物は、一部の実施形態では、本明細書に記載される土壌、田畑または植物に投与される。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「担体」、「許容される担体」または「農業的担体」は、化合物がそれと共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤またはビヒクルを指す。
【００６０】
一部の実施形態では、担体は、構造が粒状、例えば、土壌、砂、土壌粒子または砂粒子であり得る。さらなる実施形態では、担体は、湿性または湿式の担体とは対照的に、乾燥していてもよい。一部の実施形態では、担体は、固体形態または液体形態であり得る。
【００６１】
用語「複数株接種材料組成物」、「コンソーシア」、「バイオコンソーシア」、「微生物コンソーシア」および「合成コンソーシア」は、本開示の方法、システムおよび／または装置によって同定された２種またはそれよりも多くの微生物を含む組成物を相互交換可能に指す。一部の実施形態では、コンソーシア中の微生物は、天然に存在する環境中では一緒に存在しない。一部の実施形態では、微生物は、天然に存在しない比率または量で、コンソーシア中に存在する。一部の実施形態では、コンソーシアは、２つもしくはそれよりも多くの種、または１つの種の２つもしくはそれよりも多くの株の、微生物を含む。
【００６２】
本開示のある特定の実施形態では、単離された微生物は、単離された生物学的に純粋な培養物（例えば、微生物単離物）として存在する。特定の微生物の単離された生物学的に純粋な培養物とは、上記培養物が他の生きた生物を実質的に含まず（科学的理由の範囲内で）、問題の個々の微生物のみを含有することを示していることが、当業者によって理解される。培養物は、変動する濃度の上記微生物を含有し得る。本開示は、単離された生物学的に純粋な微生物が、しばしば、「あまり純粋でないまたは不純な材料とは必然的に異なる」ことを示している。例えば、Bergstrom,  427  F.2d  1394,  (CCPA  1970)の事例（精製されたプロスタグランジンを議論している）を参照のこと、Bergy,  596  F.2d  952  (CCPA  1979)の事例（精製された微生物を議論している）もまた参照のこと、Parke-Davis  &  Co.  v.  H.K.  Mulford  &  Co.,  189  F.  95  (S.D.N.Y.  1911)（Learned  Hand、精製されたアドレナリンを議論している）、aff'd  in  part,  rev'd  in  part,  196  F.  496  (2d  Cir.  1912)もまた参照のこと、これらの各々は、これにより参照により本明細書に組み込まれる。さらに、一部の実施形態では、本開示は、単離された生物学的に純粋な微生物培養物内で見出されるべき濃度または純度限定の、ある特定の定量的尺度を提供する。これらの純度値の存在は、ある特定の実施形態では、本明細書で開示された微生物を天然状態で存在する微生物から識別するさらなる性情である。例えば、これにより参照により本明細書に組み込まれるMerck  &  Co.  v.  Olin  Mathieson  Chemical  Corp.,  253  F.2d  156  (4th  Cir.  1958)（微生物によって産生されたビタミンＢ１２についての純度限定を議論している）を参照のこと。
【００６３】
本明細書で使用される場合、「個々の単離物」は、１種または複数の他の微小生物からの分離後の、微小生物の単一の属、種または株の優位を含む、組成物または培養物を意味すると解釈すべきである。この語句は、微小生物が単離または精製された程度を示すと解釈すべきではない。しかし、「個々の単離物」は、微小生物の実質的にただ１つの属、種または株を含み得る。
【００６４】
用語「成長培地」は、本明細書で使用される場合、微生物の成長を支持するのに適切な任意の培地である。例として、培地は、天然または人工であり得る。培地は、単独で、または１つもしくは他の培地と組み合わせて使用され得ることが理解されるべきである。培地は、外因性栄養素の添加ありまたはなしでも使用され得る。
【００６５】
培地は、さらなる化合物または構成要素、例えば、具体的な群の微小生物の相互作用および／または選択を助け得る構成要素で改良または富化され得る。例えば、抗生物質（例えば、ペニシリン）もしくは滅菌剤（例えば、第四級アンモニウム塩および酸化剤）が存在し得、ならびに／または物理的条件（例えば、塩分、栄養素（例えば、有機および無機鉱物（例えば、リン、窒素性塩、アンモニア、カリウムならびに微量栄養素、例えば、コバルトおよびマグネシウム）、ｐＨならびに／または温度）、メチオニン、プレバイオティクス、イオノフォアおよびベータグルカンが改良され得る。
【００６６】
本明細書で使用される場合、「改善された」は、対照群と比較した、または問題の特徴と関連する既知の平均量と比較した、目的の特徴の改善を包含すると広く解釈すべきである。本開示では、「改善された」は、そのデータが統計的に有意（すなわち、ｐ＜０．０５）であることを必ずしも要求しない；むしろ、１つの値（例えば、平均処置値）が別の値（例えば、平均対照値）とは異なることを実証している任意の定量化可能な差異は、「改善された」レベルまで上昇し得る。
【００６７】
本明細書で使用される場合、「阻害するおよび抑制する」などの用語は、完全な阻害または抑制を要求すると解釈すべきでないが、これは、一部の実施形態では、所望され得る。
【００６８】
用語「マーカー」または「独自のマーカー」は、本明細書で使用される場合、独自の微小生物型、微小生物株、または微小生物株の活性の指標である。マーカーは、生体試料において測定され得、これには、限定なしに、核酸ベースのマーカー、例えば、リボソームＲＮＡ遺伝子、ペプチドもしくはタンパク質ベースのマーカー、および／または代謝物もしくは他の小分子マーカーが含まれる。
【００６９】
用語「代謝物」は、本明細書で使用される場合、代謝の中間体または産物である。代謝物は、一実施形態では、小分子である。代謝物は、酵素に対する補因子としての酵素に対する刺激（fuel）、構造的、シグナル伝達、刺激的および阻害的効果における機能、防御における機能、ならびに他の生物との相互作用における機能（例えば、色素、匂い物質およびフェロモン）を含む、種々の機能を有する。一次代謝物は、正常な成長、発育および生殖に直接的に関与する。二次代謝物は、これらのプロセスに直接的には関与しないが、重要な生態学的機能を通常は有する。代謝物の例としては、これらに限定されないが、抗生物質および色素、例えば、樹脂およびテルペンなどが挙げられる。一次代謝物トリプトファンから創出されるアクチノマイシンなど、一部の抗生物質は、前駆体として一次代謝物を使用する。代謝物には、本明細書で使用される場合、小さい親水性炭水化物；大きい疎水性脂質および複雑な天然化合物が含まれる。
【００７０】
本明細書で使用される場合、用語「遺伝子型」は、個々の細胞、細胞培養物、組織、生物、または生物の群の、遺伝的構成を指す。
【００７１】
本明細書で使用される場合、用語「対立遺伝子」は、遺伝子の１つまたは複数の代替的形態のいずれかを意味し、それらの対立遺伝子は全て、少なくとも１つの形質または特徴と関連する。二倍体細胞では、所与の遺伝子の２つの対立遺伝子は、相同染色体の対上の対応する遺伝子座を占有する。本開示は、実施形態では、ＱＴＬ、すなわち、１つまたは複数の遺伝子または調節配列を含み得るゲノム領域と関連するので、一部の例では、「対立遺伝子」ではなく「ハプロタイプ」（すなわち、染色体セグメントの対立遺伝子）を指す方がより正確であるが、それらの例では、用語「対立遺伝子」は、用語「ハプロタイプ」を含むと理解すべきである。対立遺伝子は、類似の表現型を発現する場合、同一とみなされる。配列における差異は、表現型に影響を与えない限り、可能ではあるが重要ではない。
【００７２】
本明細書で使用される場合、用語「遺伝子座（locus）」（複数形（loci））は、例えば、遺伝子または遺伝子マーカーが見出される染色体上の具体的な場所（単数または複数）または部位を意味する。
【００７３】
本明細書で使用される場合、用語「遺伝的に連鎖した」は、交雑を介してそれらを分離することが困難なような、高い比率で育種の間に共遺伝する２つまたはそれよりも多くの形質を指す。
【００７４】
「組換え（recombination）」または「組換え事象」は、本明細書で使用される場合、染色体交差または独立した取り合わせを指す。用語「組換え（recombinant）」は、組換え事象の結果として生じる新たな遺伝的構成を有する生物を指す。
【００７５】
本明細書で使用される場合、用語「分子マーカー」または「遺伝子マーカー」は、核酸配列の特徴における差異を可視化するための方法において使用される指標を指す。かかる指標の例としては、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）マーカー、増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）マーカー、一塩基多型（ＳＮＰ）、挿入変異、マイクロサテライトマーカー（ＳＳＲ）、配列特徴付け増幅領域（sequence-characterized  amplified  region）（ＳＣＡＲ）、切断増幅多型配列（ＣＡＰＳ）マーカーもしくはアイソザイムマーカー、または具体的な遺伝子および染色体位置を規定する本明細書に記載されるマーカーの組合せがある。マーカーには、１６Ｓまたは１８Ｓ  ｒＲＮＡ、ならびに互いに対して比較した場合にそれらの間の関連性または差異を明瞭にすることにおいて特に有用であることが証明された小サブユニットｒＲＮＡ遺伝子と大サブユニットｒＲＮＡ遺伝子との間に見出される配列である内部転写スペーサー（ＩＴＳ）配列をコードするポリヌクレオチド配列がさらに含まれる。対立遺伝子の近傍における分子マーカーのマッピングは、分子生物学的技法の平均的な当業者が実施することができる手順である。
【００７６】
主要なｒＲＮＡサブユニット１６Ｓの一次構造は、異なる速度で進化する、保存された、可変性の、および超可変性の領域の特定の組合せを含み、ドメインなどの非常に古代の系統および属などのより現代の系統の両方の解明を可能にする。１６Ｓサブユニットの二次構造は、残基の約６７％の塩基対合を生じる、およそ５０個のらせんを含む。これらの高度に保存された二次構造的特色には、大きな機能的重要性があり、複数配列アラインメントおよび系統発生学的分析において位置的相同性を確実にするために使用され得る。過去数十年にわたって、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子は、最も配列決定された分類学的マーカーになっており、細菌および古細菌の現在の系統的分類のための基礎である（Yarza  et  al.  2014.  Nature  Rev.  Micro.  12:635-45）。
【００７７】
２つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子に対する９４．５％またはそれよりも低い配列同一性は、別個の属の強い証拠であり、８６．５％またはそれよりも低い配列同一性は、別個の科の強い証拠であり、８２％またはそれよりも低い配列同一性は、別個の目の強い証拠であり、７８．５％は、別個の綱の強い証拠であり、７５％またはそれよりも低い配列同一性は、別個の門の強い証拠である。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列の比較分析は、培養された微小生物の分類のためだけではなく、多くの環境的配列の分類のためにも有用な分類学的閾値の確立を可能にする。（Yarza  et  al.  2014.  Nature  Rev.  Micro.  12:635-45）。
【００７８】
本明細書で使用される場合、用語「形質」は、特徴または表現型を指す。形質は、優性もしくは劣性様式で、または部分的もしくは不完全な優性様式で、遺伝し得る。形質は、一遺伝子性（すなわち、単一の遺伝子座によって決定される）もしくは多遺伝子性（すなわち、１つよりも多くの遺伝子座によって決定される）であり得、または１つもしくは複数の遺伝子と環境との相互作用からも生じ得る。
【００７９】
本明細書で使用される場合、用語「表現型」は、その個体の遺伝的構成（すなわち、遺伝子型）と環境との間の相互作用から生じる、個々の細胞、細胞培養物、生物（例えば、細菌）、または生物の群の、観察可能な特徴を指す。
【００８０】
本明細書で使用される場合、用語「キメラ」または「組換え」は、核酸配列またはタンパク質配列を記述する場合、少なくとも２つの異種ポリヌクレオチドもしくは２つの異種ポリペプチドを単一の高分子へと連結する、または少なくとも１つの天然の核酸もしくはタンパク質配列の１つもしくは複数のエレメントを再編成する、核酸またはタンパク質配列を指す。例えば、用語「組換え」は、例えば、化学的合成による、または遺伝子操作技法による核酸の単離されたセグメントの操作による、配列のさもなくば分離された２つのセグメントの人工的な組合せを指し得る。
【００８１】
本明細書で使用される場合、「合成ヌクレオチド配列」または「合成ポリヌクレオチド配列」は、天然に存在することが公知ではないまたは天然には存在しないヌクレオチド配列である。一般に、かかる合成ヌクレオチド配列は、任意の他の天然に存在するヌクレオチド配列と比較した場合、少なくとも１つのヌクレオチド差異を含む。
【００８２】
本明細書で使用される場合、用語「核酸」は、任意の長さの、リボヌクレオチドもしくはデオキシリボヌクレオチドのいずれか、またはそれらのアナログの、ヌクレオチドのポリマー形態を指す。この用語は、分子の一次構造を指し、したがって、これには、二本鎖および一本鎖ＤＮＡ、ならびに二本鎖および一本鎖ＲＮＡが含まれる。これには、改変された核酸、例えば、メチル化されたおよび／またはキャップされた核酸、改変された塩基、骨格改変などを含有する核酸もまた含まれる。用語「核酸」および「ヌクレオチド配列」は、相互交換可能に使用される。
【００８３】
本明細書で使用される場合、用語「遺伝子」は、生物学的機能と関連するＤＮＡの任意のセグメントを指す。したがって、遺伝子には、これらに限定されないが、コード配列および／またはそれらの発現のために必要な調節配列が含まれる。遺伝子には、例えば、他のタンパク質に対する認識配列を形成する非発現ＤＮＡセグメントもまた含まれ得る。遺伝子は、目的の供給源からのクローニングまたは公知のもしくは予測される配列情報からの合成を含む種々の供給源から得ることができ、所望のパラメーターを有するように設計された配列を含み得る。
【００８４】
本明細書で使用される場合、用語「相同な」または「ホモログ」または「オルソログ」は、当技術分野で公知であり、共通の祖先またはファミリーのメンバーを共有する関連配列を指し、配列同一性の程度に基づいて決定される。用語「相同性」、「相同な」、「実質的に類似の」および「実質的に対応する」は、本明細書で相互交換可能に使用される。これらは、１つまたは複数のヌクレオチド塩基における変化が、遺伝子発現を媒介する核酸断片のアビリティーにも、ある特定の表現型を産生する核酸断片のアビリティーにも影響を与えない、核酸断片を指す。これらの用語は、最初の未改変の断片と比較して得られた核酸断片の機能的特性を実質的に変更しない１つまたは複数のヌクレオチドの欠失または挿入などの、本開示の核酸断片の改変もまた指す。したがって、本開示が具体的な例示的配列以上のものを包含することを当業者が理解すると理解される。これらの用語は、１つの種、亜種、変種、栽培品種または株において見出される遺伝子と、別の種、亜種、変種、栽培品種または株における対応するまたは等価な遺伝子との間の関連性を記述する。本開示の目的のために、相同配列は、比較される。「相同配列」または「ホモログ」または「オルソログ」は、機能的に関連すると考えられる、信じられる、または機能的に関連することが公知である。機能的関連性は、（ａ）配列同一性の程度、および／または（ｂ）同じもしくは類似の生物学的機能、が含まれるがこれらに限定されない、いくつかの方法のうちいずれか１つで示され得る。好ましくは、（ａ）および（ｂ）の両方が示される。相同性は、当技術分野において容易に入手可能なソフトウェアプログラム、例えば、Current  Protocols  in  Molecular  Biology  (F.M.  Ausubel  et  al.,  eds.,  1987)  Supplement  30,  section  7.718,  Table  7.71において議論されるものを使用して決定され得る。いくつかのアラインメントプログラムは、ＭａｃＶｅｃｔｏｒ（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｌｔｄ、Ｏｘｆｏｒｄ、Ｕ．Ｋ．）、ＡＬＩＧＮ  Ｐｌｕｓ（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  ａｎｄ  Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）およびＡｌｉｇｎＸ（Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）である。別のアラインメントプログラムは、デフォルトパラメーターを使用するＳｅｑｕｅｎｃｈｅｒ（Ｇｅｎｅ  Ｃｏｄｅｓ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、Ｍｉｃｈｉｇａｎ）である。
【００８５】
用語「プライマー」は、本明細書で使用される場合、増幅標的にアニーリングしてＤＮＡポリメラーゼの結合を可能にし、それによって、プライマー伸長産物の合成が誘導される条件下、すなわち、ヌクレオチド、およびＤＮＡポリメラーゼなどの重合のための薬剤の存在下、かつ適切な温度およびｐＨに置かれた場合に、ＤＮＡ合成の開始点として機能することが可能である、オリゴヌクレオチドを指す。（増幅）プライマーは、好ましくは、増幅における最大の効率のために、一本鎖である。好ましくは、プライマーは、オリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、重合のための薬剤の存在下で伸長産物の合成をプライムするのに十分に長くなければならない。プライマーの正確な長さは、プライマーの温度および組成（Ａ／Ｔ対Ｇ／Ｃ含量）を含む多くの因子に依存する。双方向性プライマーの対は、ＤＮＡ増幅の分野、例えばＰＣＲ増幅において一般に使用される１つのフォワードプライマーおよび１つのリバースプライマーからなる。
【００８６】
一部の実施形態では、細胞または生物は、少なくとも１つの異種形質を有する。本明細書で使用される場合、用語「異種形質」は、外因性ＤＮＡセグメント、異種ポリヌクレオチドまたは異種核酸によって形質転換された宿主細胞またはトランスジェニック生物に付与された表現型を指す。これらの結果は、本開示の方法および組成物を使用して、生物における異種産物の発現または内因性産物の増加した発現を提供することによって、達成され得る。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「保存安定性の（shelf-stable）」は、植物または土壌におけるそれらの天然環境の外側で有用／活性な状態で微生物が存在するのを可能にする、本開示に従って製剤化された上記微生物によって獲得される機能的性情および新たな有用性（すなわち、著しく異なる特徴）を指す。したがって、保存安定性の、とは、本開示の製剤／組成物によって創出される機能的性情であり、保存安定性の組成物へと製剤化された微生物が、利用される特定の製剤に依存して決定され得る期間にわたって周囲条件下で存在できることを示しているが、一般には、微生物が、少なくとも数日間、一般には少なくとも１週間にわたって周囲条件下で安定な組成物中に存在するように製剤化され得ることを意味する。したがって、「保存安定性の土壌処置」は、本開示の１種または複数の微生物を含む組成物であり、上記微生物は、組成物が少なくとも１週間にわたって周囲条件下で安定であるように、組成物中に製剤化される。
土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシア開発プラットフォーム
【００８８】
本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシア（ＳＰＰＩＭＣ）開発プラットフォームを提供する。このプラットフォームは、微生物の富化された微生物ライブラリーを創出および利用することに寄せられている。図１４および１５を参照のこと。一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを含む。
【００８９】
一部の実施形態では、プラットフォームは、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出する方法を含む。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出する方法は、（１）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップ；（２）ステップａ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに一部の実施形態では、臨床的抗微生物薬に対する耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出するステップ；（３）上記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに（４）ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、少なくとも１つの次元において標的化された生態学的機能を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップを含む。このワークフロー中の各ノードは、以下で詳細に議論される。
富化された微生物ライブラリー
【００９０】
一部の実施形態では、本開示は、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームにおける使用のための富化された微生物ライブラリーを教示する。一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーは、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームにおける使用のために収集および保存される実際の物理的微生物株コレクションを指す。一部の実施形態では、本開示の富化された微生物ライブラリー中の微生物株は、さらなる分析／使用のために収集されたものである。一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリー内の微生物株は、ＳＰＰＩＭＣ分析の１つまたは複数のノードを既に受けている（例えば、株は、相互阻害的活性、炭素栄養素利用相補性、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性、植物成長促進、臨床的抗微生物薬に対する耐性、ならびに土壌媒介病原体抑制的活性について、既に試験されている）。実際、富化された微生物ライブラリーの微生物株は、一部の実施形態では、本明細書で開示された方法の下で開発された１つまたは複数の微生物コンソーシアの一部であり得る。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物の再使用を教示する。
【００９１】
一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーは、具体的な微生物株と関連するデータのコレクションを指し得る。すなわち、一部の実施形態では、「富化された微生物ライブラリーにアクセスする」ステップは、以前に収集され分析された微生物株と関連する保存された情報にアクセスすることを指す。例えば、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームは、以前に保存されたアッセイからのデータ（すなわち、１つまたは複数の微生物株の阻害的活性、炭素栄養素利用相補性、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性、植物成長促進、臨床的抗微生物薬に対する耐性、ならびに土壌媒介病原体抑制的活性に関するデータ）に基づいて、新たな微生物コンソーシアを開発するために使用され得る。
【００９２】
一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーの微生物株と関連するデータは、各ＳＰＰＩＭＣノード内に保存される。最も端的には、富化された微生物ライブラリーは、収集または研究された微生物単離物についての情報を同定することを含み得る。例えば、一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーは、微生物単離物についての遺伝子配列情報（例えば、１６ｓ  ｒＲＮＡ配列）、微生物単離物または関連のコンソーシアについての寄託情報、微生物単離物についてのコレクション場所情報（例えば、ＧＰＳ座標、または土壌条件および炭素改良剤）を含み得る。本開示のライブラリー内に保存されたデータの他の例は、以下で議論される。
【００９３】
例えば、一部の実施形態では、微生物単離物の阻害的活性と関連するデータは、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスなどの内部に保存される。一部の実施形態では、微生物単離物の炭素栄養素利用相補性と関連するデータは、炭素栄養素利用プロファイルなどの内部に保存される。一部の実施形態では、微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性と関連するデータは、シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルなどの内部に保存される。一部の実施形態では、微生物単離物の植物成長促進と関連するデータは、ｎ次元植物成長促進マトリックスなどの内部に保存される。一部の実施形態では、臨床的抗微生物薬に対する微生物単離物の耐性と関連するデータは、抗生物質耐性利用プロファイルなどの内部に保存される。一部の実施形態では、微生物単離物の土壌媒介病原体抑制的活性と関連するデータは、ｎ次元土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルなどの内部に保存される。
【００９４】
一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォーム内の各ノードは、富化された微生物ライブラリーのサブセットとして提示され得る。したがって、一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリー中に存在する微生物単離物の物理的コレクションは、特定のノードの下で試験された微生物単離物のコレクションを各々が含有する１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーへと、カテゴリー化または下位分割され得る（例えば、相互阻害活性ノードライブラリーは、１つの他の微生物単離物に対する相互阻害が試験された微生物単離物を含有し得る）。
【００９５】
同様に、一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーの一部として保存されたＳＰＰＩＭＣデータのコレクションは、個々の１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリー中にカテゴリー化／保存され得る。例えば、以前にスクリーニングされた微生物単離物の栄養素利用に関する情報は、栄養素利用相補性ノード微生物ライブラリー内に（例えば、炭素栄養素利用プロファイルのグループ分け／データベースとして）保存され得る。
【００９６】
最後に、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォーム内の各ノードは、一連の分析ステップまたは指示を指し得る。例えば、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの「病原体抑制的活性を決定する」ノードは、１つまたは複数の微生物単離物について、病原体抑制的活性を査定するステップ（例えば、１種または複数の土壌媒介病原体に対して微生物単離物の集団をスクリーニングして、病原体成長を抑制する各微生物単離物のアビリティーを評価するステップ）を指し得る。
【００９７】
要約すると、本開示の土壌媒介植物病原体阻害微生物コンソーシア（ＳＰＰＩＭＣ）開発プラットフォームのノードは、それらが提示／議論される文脈に依存して、ｉ）微生物単離物の物理的ライブラリー（コレクション）、ｉｉ）微生物単離物およびコンソーシアについての情報、ならびに／またはｉｉｉ）特定の微生物単離物もしくはコンソーシアについての情報を集めるための指示／分析ステップを含み得る。ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの性質およびインプリメンテーションについてのさらなる詳細は、以下に提供される。
富化された微生物ライブラリーのために微生物を収集する
【００９８】
一部の実施形態では、本開示は、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームにおける使用のための富化された微生物ライブラリーを教示する。一部の実施形態では、ライブラリーは、土壌、植物組織または他の生物学的供給源を含む種々の場所から種々の微生物を収集および単離することによって開発される。一部の実施形態では、土壌は、森林、草原、砂漠、ツンドラ、陸地近くの淡水堆積物、陸地近くの塩水堆積物、陸地近くの汽水堆積物、農業的土壌、プレーリー土壌、湿地帯土壌、サバンナ土壌および泥炭土壌から収集される。一部の実施形態では、森林土壌は、温帯森林、熱帯雨林、または寒帯もしくはタイガ森林から収集される。一部の実施形態では、草原土壌は、熱帯草原または温帯草原から収集される。一部の実施形態では、熱帯草原土壌は、サハラ以南のアフリカまたは北オーストラリアのサバンナから収集される。一部の実施形態では、温帯草原土壌は、ユーラシアのステップ、北アメリカのプレーリーおよびアルゼンチンのパンパスから収集される。一部の実施形態では、砂漠土壌は、高温乾燥砂漠、半乾燥砂漠、海岸砂漠または寒冷砂漠から収集される。一部の実施形態では、ツンドラ土壌は、北極圏ツンドラ、南極圏ツンドラまたは高山ツンドラから収集される。
【００９９】
一部の実施形態では、土壌は、１つまたは複数の大陸から得られる。一部の実施形態では、土壌は、１つまたは複数の生息地から得られる。一部の実施形態では、１つまたは複数の生息地は、広範な生態学的条件を捕捉するように選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の生息地は、ｉ）阻害的表現型が富化される可能性が高い位置；および／またはｉｉ）長期農業的管理が課されてきた位置を標的化するように選択される。阻害的表現型が富化される可能性が高い位置の同定は、Ｋｉｎｋｅｌ  ｅｔ  ａｌ、２０１２でさらに議論されており、その内容は、その全体が全ての目的のためにこれにより参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、土壌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、ＦｕｓａｒｉｕｍおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ単離物を含む。
【０１００】
一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物のいずれか１種は、同じ土壌試料内で関連しては天然には見出されない。一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物のいずれか１種は、同じ地理的領域内で関連しては天然には見出されない。一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物のいずれか１種は、同じ作物内で関連しては天然には見出されない。一部の実施形態では、微生物コンソーシア中の２種またはそれよりも多くの微生物は、異なる地理的位置から得られる。一部の実施形態では、地理的位置は、とりわけ、領域における優勢な土壌型、領域における優勢な気候、領域中に存在する優勢な植物群集、領域中に存在する優勢な植物群集、領域間の距離、および領域における平均降雨に基づいて決定され得る。一部の実施形態では、本明細書で開示される微生物コンソーシア中の少なくとも１種の微生物は、コンソーシア中の他の微生物のうち１種または複数の位置から少なくとも約１ｍ、１０ｍ、１００ｍ、１ｋｍ、１０ｋｍ、１００ｋｍ、１，０００ｋｍもしくは１０，０００ｋｍにある地理的領域にとってネイティブである、またはかかる地理的領域から獲得されたものである。
病原体抑制的活性を有する微生物コンソーシア（「病原体抑制的活性を決定する」）
【０１０１】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの病原体抑制的活性ノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、病原体抑制的活性ノードは、１種または複数の土壌媒介病原体の活性を抑制することが可能な微生物単離物またはコンソーシアのコレクションである。
【０１０２】
一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物の病原体抑制的活性を決定するための方法を教示する。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップは、（ａ）複数の個々の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含む。本明細書で使用される場合、「土壌媒介植物病原体抑制的プロファイル」は、複数の植物病原体のうち１種または複数を抑制する微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物によって抑制される病原体の数、この抑制的活性の強度、およびこの抑制的活性の特異性であり得る。したがって、上で議論したように、病原体抑制的ライブラリーは、一部の実施形態では、少なくとも１種の土壌媒介病原体の成長を抑制する各微生物単離物のアビリティーについての情報を含み得る。
【０１０３】
一部の実施形態では、本開示は、抑制的活性を有する微生物コンソーシアを開発するための方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物の病原体抑制的プロファイルのみに基づいて開発され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）複数の土壌媒介植物病原体（例えば、標的土壌媒介病原体）の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に集められた土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされた（または以前に集められた病原体抑制的プロファイル中に確保された）ものからの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；（ｃ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および（ｄ）ライブラリーから、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１０４】
一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアを生成し、それらの病原体抑制的活性について微生物コンソーシアを経験的に試験する方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、病原体抑制的活性を決定することは、（ａ）複数の個々の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に集められた土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、ステップ；（ｃ）複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；（ｄ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および（ｅ）ライブラリーから、所望の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む。
【０１０５】
一部の実施形態では、本開示は、土壌媒介植物病原体阻害性コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、（ａ）のスクリーニングするステップ〜（ｃ）のスクリーニングするステップ、またはステップ（ａ）〜（ｄ）（必要に応じたランク付け）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｃ）、または（ｂ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。いずれか１つの理論に束縛されることは望まないが、本発明者らは、微生物コンソーシアの反復産生および試験が、真価が認められていない相乗効果の発見に起因して、改善された病原体抑制を生じ得ると仮説を立てている。
【０１０６】
一部の実施形態では、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアは、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する。
【０１０７】
本明細書で使用される場合、「土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの次元」は、例えば、微生物単離物によって抑制される病原体の数などの、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。したがって、一部の実施形態では、少なくとも１つの次元は、（ｉ）複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する抑制的活性の強度、（ｉｉ）複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および（ｉｉｉ）複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅からなる群から選択される。一部の実施形態では、アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物は、標的土壌媒介病原体の成長を抑制する。
【０１０８】
一部の実施形態では、微生物は、１種または複数の植物病原体に対する微生物の各々の病原体抑制的活性を決定するために、固体または液体培地上でスクリーニングされる。一部の実施形態では、微生物の病原体抑制的活性は、本明細書で開示される病原体抑制的活性についての方法、例えば、本開示の実施例のセクションに開示される任意の方法のいずれか１つを使用して決定される。
【０１０９】
一部の実施形態では、微生物の病原体抑制的活性は、例えば、全ての目的のためにその全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる、Davelos,  A.  L.,  Kinkel,  L.  L.,  Samac,  D.  A.  (2004).  Spatial  variation  in  the  frequency  and  intensity  of  antibiotic  interactions  among  Streptomycetes  from  Prairie  Soil.  Applied  and  Environmental  Microbiology  70:  1051-1058に記載されるような、この目的のために当技術分野で一般に使用される方法のいずれか１つを使用して決定される。
【０１１０】
一部の実施形態では、コンソーシアは、コンソーシア中の各微生物が、コンソーシア中の他の微生物によっては抑制されない少なくとも１種の植物病原体を抑制する性能を保有するように、２種またはそれよりも多くの微生物を含む。一部の実施形態では、コンソーシア中の２種またはそれよりも多くの微生物は、相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを保有する。すなわち、一部の実施形態では、コンソーシア中の２種またはそれよりも多くの微生物は、任意の１種の特定の植物病原体を抑制する性能を共有しない。一部の実施形態では、コンソーシア中の２種またはそれよりも多くの微生物は、少なくとも１種の植物病原体を抑制する性能を共有する。
【０１１１】
本明細書で使用される場合、植物病原体は、植物に感染する病原性生物である。本明細書で使用される場合、土壌媒介植物病原体は、土壌中に見出される植物病原体である。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体は、他の生息地と比較して、土壌中に優勢に見出される。すなわち、一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、地上組織を含む植物組織上で見出され得る。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体は、土壌中でのみ見出される。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種である。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱（Plasmodiophoromyces）、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体には、細菌、例えば、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、一部のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ）、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種が含まれる。
多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析
【０１１２】
ＭＥＦＢノード分析は、連続、並行および／または反復様式で実施され得る４つのノードを含む。これら４つのノードには、（１）相互阻害活性決定、（２）栄養素利用相補性決定、（３）抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティー決定、および（４）植物成長促進アビリティー決定が含まれる。一部の実施形態では、ＭＥＦＢノード分析は、抗微生物薬に対する耐性決定の、第５のノードをさらに含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢノード分析は、温度感受性決定の第６のノードをさらに含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢノード分析は、全てのノードを実行することを含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢノード分析は、ノードのうちいずれか１、２、３、４、５または６つを実行することを含む。図１４および１５を参照のこと。一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣプラットフォームは、病原体抑制的活性の決定を含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析は、相互阻害活性ノードおよび抗微生物シグナル伝達／応答性活性ノードを含む。
【０１１３】
一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析のノードは、土壌の型、土壌中の微生物の数、土壌中の植物病原体の型、植物病原体に曝露されている植物／作物の型、田畑の位置、気候、ならびに植物の植栽および成長の季節を含むいくつかの因子に基づいて選択される。一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析のノードは、ＭＥＦＢ分析から選択される微生物コンソーシアによって改良される土壌の型に基づいて選択される。一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析は、土壌が高栄養素土壌である場合の栄養素利用ノードを含む。一部の実施形態では、個々の微生物が相補的な栄養素優先傾向を有するまたは栄養素優先傾向において最も大きい差異を有する微生物コンソーシアは、高栄養素土壌における適用に対しより良好である。一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析は、土壌が低栄養素土壌である場合の栄養素利用ノードを含む。一部の実施形態では、類似の栄養素優先傾向を有する単離物が、低栄養素土壌に曝露される複数株接種材料組成物中にあるように選択される。
【０１１４】
一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析は、土壌が広範な抗微生物薬産生性微生物に富んでいることが既知である場合、抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性の決定のためのノードを含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢは、ＭＥＦＢ分析から選択される微生物コンソーシアで土壌が改良される位置の気候、および植物の成長／植栽の季節に依存する、温度感受性の決定のためのノードを含む。一部の実施形態では、ＭＥＦＢは、ＭＥＦＢ分析から選択される微生物コンソーシアで土壌が改良されるバイオームに依存する、温度感受性決定ノードを含む。一部の実施形態では、バイオームは、熱帯、温帯、寒帯、地中海性、砂漠、ツンドラ、海岸または山岳域である。一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析は、微生物または微生物コンソーシアの植物成長促進アビリティーを決定するためのノードを含む。一部の実施形態では、植物成長促進アビリティーは、成長している植物の型に基づいて評価される。
Ａ．相互阻害活性を有する微生物コンソーシア（「相互阻害活性を決定する」）
【０１１５】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの相互阻害活性ノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、相互阻害活性ノードは、少なくとも１つの他の微生物単離物を阻害する（または阻害しない）それらのアビリティーと関連する情報を有する微生物単離物のコレクションである。
【０１１６】
一部の実施形態では、本開示は、１つまたは複数の他の微生物単離物を阻害する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。本開示は、相互阻害的活性ライブラリーを創出するための方法であって、ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；ｉｉ）試験微生物コンソーシア中の全ての他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ；およびさらなる開発、分析または使用のために、１つまたは複数の試験コンソーシアを必要に応じて選択するステップを含む方法を提供する。本明細書で使用される場合、「相互阻害的活性マトリックス」は、試験コンソーシア中の全ての他の微生物を抑制する各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物によって阻害される微生物の数、この阻害的活性の強度、およびこの阻害的活性の特異性であり得る。したがって、一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーは、少なくとも１つの他の微生物単離物の成長を阻害する各微生物単離物のアビリティーについての情報を含む。一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーは、ライブラリー中の全ての他の微生物単離物の成長を阻害する各微生物単離物のアビリティーについての情報を含む。
【０１１７】
一部の実施形態では、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する微生物コンソーシアを開発する方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物のｎ次元相互阻害的活性マトリックスのみに基づいて開発され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；（ｂ）微生物コンソーシア中の全ての他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；および（ｃ）ステップ（ｂ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ；および（ｄ）さらなる開発／分析または使用のために、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、ライブラリーから、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを必要に応じて選択するステップを含む方法を提供する。
【０１１８】
さらに、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、スクリーニングされた集団についての相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ（またはあるいは、以前に集められた相互阻害的活性マトリックスを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの個々の微生物単離物が、ステップａ）のｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、および／または以前に集められた相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップを含む方法を提供する。
【０１１９】
一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアを開発し、それらの相互阻害活性について微生物コンソーシアを経験的に試験するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、スクリーニングされた集団についての相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの個々の微生物単離物が、ステップａ）のｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップ；（ｃ）上記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および（ｄ）ステップｂ）のライブラリーから、レベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１２０】
一部の実施形態では、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、（ａ）のスクリーニングするステップ〜（ｃ）のスクリーニングするステップ、またはステップ（ａ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｃ）、または（ｂ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。いずれか１つの理論に束縛されることは望まないが、本発明者らは、微生物コンソーシアの反復産生および試験が、各コンソーシアを形成している微生物単離物内の真価が認められていない相乗効果／相互作用の発見に起因して、改善されたレベルの相互阻害的活性を生じ得ると仮説を立てている。
【０１２１】
本明細書で使用される場合、「相互阻害的マトリックスの次元」は、２つまたはそれよりも多くの微生物単離物間の相互阻害に関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、上述したｎ次元相互阻害的活性マトリックスは、（ｉ）１つまたは複数のメンバーの微生物単離物に対する阻害的活性の強度、（ｉｉ）複数の微生物単離物の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および（ｉｉｉ）複数の微生物単離物の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅からなる群から選択される次元を含む。一部の実施形態では、本開示の微生物コンソーシアは、それらの構成要素微生物単離物が互いに対して最小の相互阻害活性を有するように設計される。一部の実施形態では、本開示の微生物コンソーシアは、微生物コンソーシアの一部ではない少なくとも１つの微生物単離物に対して阻害活性を示すように設計される。
【０１２２】
一部の実施形態では、相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップは、コンソーシア中の各微生物単離物が、微生物コンソーシア中の１つの他の微生物単離物と共に個々に試験されるように、対で実行される、一部の実施形態では、阻害的活性の一対スクリーニングは、複数の阻害活性が一度に試験されるように、並行して実行され得る。並行スクリーニングについての実施形態は、以下で議論される。
【０１２３】
一部の実施形態では、相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップは、第１の微生物単離物が、第３の微生物単離物に隣接してまたはそれと接触して成長される場合に、上記第１の微生物単離物が、別の微生物単離物に対する相互阻害的活性についてスクリーニングされるように、３つまたはそれよりも多くの群において実行され；第１、第２および第３の微生物単離物は全て、スクリーニングされた微生物コンソーシアの一部である。一部の実施形態では、相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップは、微生物コンソーシア中の全ての他の残りの微生物単離物の組合せによって引き起こされる、コンソーシア中の各微生物単離物に対する阻害的活性の相対的程度を試験するステップを含む。
【０１２４】
一部の実施形態では、方法は、複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップをさらに含み、ステップ（ａ）の微生物コンソーシアは、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアのライブラリーは、本明細書で開示される方法を使用して生成される実際の物理的微生物株コレクションを指す。一部の実施形態では、微生物コンソーシアのライブラリーは、ライブラリーの一部であることが決定される微生物の仮想データベースまたはコレクションを指す。
【０１２５】
一部の実施形態では、微生物の相互阻害的活性は、例えば、実施例において本明細書で開示される相互阻害的活性についての方法のいずれか１つを使用して決定される。一部の実施形態では、２種の微生物の相互阻害的活性は、２種の微生物を固体培地上で一緒に成長させるステップを含む方法によって決定される。一部の実施形態では、方法は、第２の微生物のコロニーを含むプレート上に第１の微生物を重ね合わせるステップを含む。一部の実施形態では、阻害ゾーンは、第２の微生物のコロニーの周囲に形成される。一部の実施形態では、相互阻害的活性は、阻害ゾーンのサイズを決定することによって定量化される。本明細書で使用される場合、「阻害ゾーン」は、第１の微生物コロニーの端から、重ね合わせられた第２の微生物が成長しなかったひらけたゾーンの端までの、２つの９０°の長さ測定値の平均を示す。
【０１２６】
阻害活性アッセイは、一部の実施形態では、１つの微生物単離物重ね合わせが、以前に点を打たれた１つの微生物単離物コロニーに対して試験されるように、一対様式で実行され得る。一部の実施形態では、本開示は、並行一対阻害アッセイもまた教示する。例えば、一部の実施形態では、複数の微生物単離物が、単一のペトリ皿上に点を打たれ、次いで、重ね合わせ微生物単離物に対して試験される。この実施形態では、最初に点を打たれた微生物単離物の各々の周囲に創出された阻害ゾーンは、重ね合わせられた単離物に対する、点を打たれた微生物単離物の各々の阻害活性についての情報を提供するために測定される。一部の実施形態では、最初に点を打たれた微生物単離物は、それらの間でのシグナル伝達を回避するのに十分な距離で成長される。他の実施形態では、最初に点を打たれた微生物単離物は、単離物間のシグナル伝達を可能にし、一緒に点を打たれた微生物単離物の組合せのシグナル伝達／相乗効果から生じる阻害活性を同定するために、互いに隣接して成長される。
【０１２７】
一部の実施形態では、微生物の相互阻害的活性は、例えば、全ての目的のためにその全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる、Kinkel,  L.  L.,  Schlatter,  D.  S.,  Xiao,  K.,  and  Baines,  A.  D.  (2014).  Sympatric  inhibition  and  niche  differentiation  suggest  alternative  coevolutionary  trajectories  among  Streptomycetes.  ISME  8:  249-256.  doi:10.1038/ismej.2013.175に記載されるような、この目的のために当技術分野で一般に使用される方法のいずれか１つを使用して決定される。
Ｂ．栄養素利用相補性を有する微生物コンソーシア（「栄養素利用相補性を決定する」）
【０１２８】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの栄養素利用相補的なノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、病原体抑制的活性ノードは、栄養素利用情報が既知である微生物単離物またはコンソーシアのコレクションである。
【０１２９】
一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物の栄養素利用プロファイルを決定するための方法を教示する。本明細書で使用される場合、「栄養素利用プロファイル」は、様々な栄養素を利用する各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物によって利用される栄養素の数、この利用活性の強度、およびこの利用活性の特異性であり得る。したがって、一部の実施形態では、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するステップは、ｉ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、上記微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む。したがって、一部の実施形態では、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーは、少なくとも１つの炭素供給源上で成長する各微生物単離物のアビリティーについての情報を含む。
【０１３０】
一部の実施形態では、本開示は、相補的な栄養素利用プロファイルを有する微生物コンソーシアを開発／創出するための方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物の栄養素利用プロファイルに基づいて創出され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、上記微生物単離物の集団をスクリーニングして、上記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に集められた栄養素利用プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものおよび／または以前に集められた栄養素利用プロファイル中に含まれるものからの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；（ｃ）上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの組み合わされた炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、ライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを必要に応じて選択するステップを含む方法を提供する。
【０１３１】
一部の実施形態では、本開示は、相補的な栄養素利用プロファイルを有する微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアのライブラリーは、本明細書で開示される方法を使用して生成される実際の物理的微生物株コレクションを指す。一部の実施形態では、微生物コンソーシアのライブラリーは、ライブラリーの一部であると決定される微生物の仮想データベースまたはコレクションを指す。
【０１３２】
一部の実施形態では、本発明のライブラリー中の各微生物コンソーシアは、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、任意の個々のメンバーの微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する。本明細書で使用される場合、「炭素栄養素利用プロファイルの次元」は、炭素栄養素利用プロファイル、例えば、微生物単離物によって利用される栄養素の数などに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、少なくとも１つの次元は、（ｉ）上記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー；（ｉｉ）上記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度；（ｉｉｉ）上記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、および（ｉｖ）上記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度からなる群から選択される。
【０１３３】
一部の実施形態では、コンソーシアは、同じ栄養素利用プロファイルを有さない少なくとも２種の微生物を含む。一部の実施形態では、コンソーシアは、栄養素について互いに競合しない少なくとも２種の微生物を含む。一部の実施形態では、コンソーシアの２種の微生物で、同じ栄養素利用プロファイルを有するものは存在しない。一部の実施形態では、コンソーシア中の２種の微生物で、栄養素について互いに競合するものは存在しない。一部の実施形態では、コンソーシア中の少なくとも１種の微生物は、コンソーシア中の少なくとも１つの他の微生物と、栄養素利用の重複を示す。
【０１３４】
当業者は、本開示の炭素供給源が、微生物単離物のエネルギー要求を支えることまたはそれに寄与することが可能な任意の炭素供給源であり得ることを認識する。一部の実施形態では、栄養素供給源は、複雑な栄養素供給源である。一部の実施形態では、栄養素供給源は、単純な栄養素供給源である。一部の実施形態では、栄養素供給源は、以下のうち１つまたは複数を含む：水、α−シクロデキストリン、β−シクロデキストリン、デキストリン、グリコーゲン、イヌリン、マンナン、ＴＷＥＥＮ（登録商標）４０、ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン、Ｎ−アセチル−β−Ｄ−マンノサミン、アミグダリン、Ｌ−アラビノース、Ｄ−アラビトール、アルブチン、Ｄ−セロビオース、Ｄ−フルクトース、Ｌ−フコース、Ｄ−ガラクトース、Ｄ−ガラクツロン酸、ゲンチオビオース、Ｄ−グルコン酸、α−Ｄ−グルコース、ｍ−イノシトール、α−Ｄ−ラクトース、ラクツロース、マルトース、マルトトリオース、Ｄ−マンニトール、Ｄ−マンノース、Ｄ−メレジトース、Ｄ−メリビオース、α−メチル−Ｄ−ガラクトシド、β−メチル（metyl）−Ｄ−ガラクトシド、３−メチル−Ｄ−グルコース、α−メチル−Ｄ−グルコシド、β−メチル−Ｄ−グルコシド、α−メチル−Ｄ−マンノシド、パラチノース、Ｄ−プシコース、Ｄ−ラフィノース、Ｌ−ラムノース、Ｄ−リボース、サリシン、セドヘプツロサン（sedoheptulosan）、Ｄ−ソルビトール、スタキオース、スクロース、Ｄ−タガトース、Ｄ−トレハロース、ツラノース、キシリトール、Ｄ−キシロース、酢酸、α−ヒドロキシ酪酸、β−ヒドロキシ酪酸（butryic  acid）、γ−ヒドロキシ酪酸、ｐ−ヒドロキシ−フェニル酢酸、α−ケトグルタル酸、α−ケト吉草酸、ラクトアミド、Ｄ−乳酸メチルエステル、Ｌ−乳酸、Ｄ−リンゴ酸、Ｌ−リンゴ酸、ピルビン酸メチルエステル、コハク酸モノ−メチルエステル、プロピオン酸、ピルビン酸、スクシナミン酸（succinamic  acid）、コハク酸、Ｎ−アセチル−Ｌ−グルタミン酸、Ｌ−アラニンアミド、Ｄ−アラニン、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−グリシン、Ｌ−アスパラギン、Ｌ−グルタミン酸、グリシル−Ｌ−グルタミン酸、Ｌ−ピログルタミン酸、Ｌ−セリン、プトレシン、２，３−ブタンジオール、グリセロール、アデノシン、２’−デオキシアデノシン、イノシン、チミジン、ウリジン、アデノシン−５’−一リン酸、チミジン−５’−一リン酸、ウリジン−５’−一リン酸、Ｄ−フルクトース−６−リン酸、α−Ｄ−グルコース−１−リン酸、Ｄ−グルコース−６−リン酸およびＤ−Ｌ−α−グリセロールリン酸。
【０１３５】
一部の実施形態では、微生物の栄養素利用プロファイルは、本明細書の実施例のセクションに開示されるものを含む、本明細書で開示される栄養素利用についての方法のいずれかを使用して決定される。一部の実施形態では、栄養素使用プロファイルは、単一の炭素供給源基質（例えば、グルコースまたはフルクトース）を含有する培地中で微生物単離物を成長させることを試み、十分な期間にわたって培養された後の微生物単離物の光学密度を測定することによって、生成される。一部の実施形態では、栄養素使用プロファイルは、３〜７日間にわたって、Ｂｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）プレート（ｂｉｏｌｏｇ．ｃｏｍ／Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅｓ％２０ｏｆ％２０Ａｎａｌｙｓｉｓ％２０／％２０Ｓａｆｅｔｙ％２０Ｄａｔａ％２０Ｓｈｅｅｔｓ／ｍｓ−１５１１−１５１４−ｓｆｎ２−ｓｆｐ２−ｓｐｅｃｉａｌｔｙ−ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅｓ−２／においてワールドワイドウェブで入手可能）において、９５種の異なる栄養素基質上で微生物単離物を成長させることによって生成され得る。
【０１３６】
一部の実施形態では、本開示は、栄養素用法を測定するための少なくとも２つの測定基準を教示する。一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物がその上で成長できる基質の数として定義されるニッチ幅を教示する。一部の実施形態では、本開示は、以下の式によって定義される２つの株間のニッチ重複を教示する：ニッチ重複（微生物単離物「Ｘ」に対する微生物単離物「Ｙ」）＝Σｉ＝１−９５（最小［Ｘｉ，Ｙｉ］／Ｘｉ）／（ニッチ幅［単離物Ｘ］）、式中、ＸおよびＹは各々、異なる単離物を示し、ＸｉおよびＹｉは、特定の培地におけるそれぞれＸおよびＹ単離物の成長（ＯＤ６００）を示す。
【０１３７】
一部の実施形態では、本開示は、相補的な栄養素優先傾向を有する単離物または栄養素優先傾向における最も大きい差異を有する単離物が、高栄養素土壌における適用に対しより良好であることを教示する。一部の実施形態では、栄養素相補性は、低栄養素土壌ではあまり重要ではない。したがって、一部の実施形態では、異なる栄養素優先傾向を有する単離物が、高栄養素土壌に曝露される複数株接種材料組成物中にあるように選択される。一部の実施形態では、類似の栄養素優先傾向を有する単離物が、低栄養素土壌に曝露される複数株接種材料組成物中にあるように選択される。
【０１３８】
理論に束縛されないが、栄養素分化は、高栄養素現場における首尾よい共存にとってはるかに重要であると信じられる。高栄養素土壌では、微生物は、異なる栄養素を利用する傾向がある（栄養素利用相補性およびより高いニッチ分化を示す）ことによって、少なくとも一部共存することが可能であり、競合的相互作用を低減させる。理論に束縛されないが、この状況におけるニッチ分化は、微生物が抗生物質産生の代謝コストを回避するのを可能にし、したがって、適応度を最適化するのを可能にすると信じられる。他方、低栄養素土壌では、微生物は、低いニッチ分化およびより高いニッチ重複を有する、すなわち、微生物は同じ栄養素を利用する傾向があり、競合する微生物を標的化した抗生物質の産生によって明らかな、資源競合的相互作用を生じ得る。しかし、抗生物質産生の代謝コストは高い。したがって、ニッチ分化は、競合者との相互作用を媒介するための代替的手段を提供する。さらに、高いニッチ分化を有する微生物は、低栄養素分化を有する微生物と比較して、そのそれぞれの栄養素を利用するにあたりより効率的であると信じられる。
【０１３９】
低栄養素現場では、さらに多くのニッチ重複が存在し、これは、少なくとも２つの異なる事態の結果であり得る：（１）低栄養素現場では、単離物は、利用可能ないずれの栄養素も消費することが可能であること＝高いニッチ幅、が重要である；および（２）単離物は、空間的分化を確立するために阻害を同時に使用し得、これは、高栄養素土壌よりも低栄養素土壌において、はるかに重要である可能性が高い。例えば、２つの単離物が各々１つの栄養素を利用することが可能である場合、それらは、１００％のニッチ分化を有する；しかし、それらは、その限定的な栄養素利用性能に起因して、コロニー化するのがあまり得意ではない。したがって、一部の実施形態では、複数株接種材料組成物中の単離物は、個々の単離物のニッチ幅および成長効率が最大化されるように選択される。一部の実施形態では、複数株接種材料組成物中の単離物は、個々の単離物のニッチ重複が最小化されるように選択される。
Ｃ．抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーを有する微生物コンソーシア（「抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーを決定する」）
【０１４０】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーノードは、少なくとも１つの他の微生物単離物にシグナル伝達する（またはそれによってシグナル伝達される）それらのアビリティーに関する既知の情報を有する微生物単離物のコレクションである。
【０１４１】
一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物の抗微生物シグナル伝達および／または応答性キャパシティーを決定するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するための方法であって、（ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または（ｉｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップを含み；それによって、各スクリーニングされた微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する、方法を教示する。本明細書で使用される場合、「抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイル」は、他の微生物にシグナル伝達する各微生物のアビリティーおよび他の微生物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物によってシグナル伝達される微生物の数、このシグナル伝達活性の強度、およびこのシグナル伝達活性の特異性であり得る。したがって、一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーは、少なくとも１つの他の微生物単離物にシグナル伝達するまたはそれによってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーについての情報を含む。
【０１４２】
一部の実施形態では、本開示は、シグナル伝達または応答性相乗効果を示す（例えば、２つまたはそれよりも多くの微生物単離物間でのシグナル伝達によって誘発されるさらなる抗病原性特色を獲得する）微生物単離物を有する微生物コンソーシアを開発する方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルに基づいて開発／創出され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に集められた抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１４３】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを開発し、それを経験的に試験するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法は、ステップ（ａ）において同定された、微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップをさらに含む。
【０１４４】
したがって、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップ；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）ステップ（ａ）において同定された、微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；（ｄ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをランク付けするステップ；ならびに（ｅ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法をさらに提供する。
【０１４５】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。
【０１４６】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、複数の微生物単離物を含み、上記微生物単離物の少なくとも１つが、微生物コンソーシア中の少なくとも１つの他の微生物単離物に対する抗微生物シグナル伝達キャパシティー（例えば、上で測定され記載されるとおり）を示す、ステップ；（ｂ）微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；（ｃ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を教示する。
【０１４７】
一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む。
【０１４８】
一部の実施形態では、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアは、コンソーシア内の個々の微生物単離物のいずれかの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルとは別個の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを有する。一部の実施形態では、プロファイルは、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元において、別個である。本明細書で使用される場合、「抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの次元」は、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元は、（ｉ）他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする二元アビリティー、および（ｉｉ）他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーの強度から選択される。一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元は、（ｉ）他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する二元アビリティー、および（ｉｉ）他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有するアビリティーの強度から選択される。
【０１４９】
一部の実施形態では、ステップａ）における微生物単離物の集団をスクリーニングするステップは、ゲノム情報、トランスクリプトーム情報および／または成長培養情報を利用するステップを含む。
Ｄ．植物成長促進アビリティーを有する微生物コンソーシア（「植物成長促進アビリティーを決定する」）
【０１５０】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの植物成長促進アビリティーを決定するノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、植物成長促進アビリティーノードは、植物成長を促進するそれらのアビリティーと関連する既知の情報を有する微生物単離物のコレクションである。
【０１５１】
一部の実施形態では、本開示は、植物の成長を促進する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。したがって、本開示は、その植物成長アビリティーについて微生物単離物の集団をスクリーニングおよび評価することを含む方法であって、ａ）集団中の各微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、ｂ）栽培箱、温室または田畑条件において、試験植物を栽培するステップ、およびｃ）微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップを含む方法を教示する。
【０１５２】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する微生物コンソーシアを開発するための方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物の植物成長促進性アビリティープロファイルのみに基づいて開発され得る。本明細書で使用される場合、「植物成長促進性アビリティープロファイル」は、植物の成長を促進する各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、植物の収量の増加、疾患症状の減少、成長が促進される植物の型などであり得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１５３】
したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する微生物コンソーシアを開発するための方法であって、（ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、複数の微生物単離物を含み、微生物単離物が、各単離物の植物成長促進性アビリティープロファイルに基づいて選択される、ステップ；（ｃ）上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を教示する。
【０１５４】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する微生物コンソーシアを開発し、それを経験的に試験するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）ｉ）ライブラリーからの微生物コンソーシアを、試験植物に適用するステップ、ｉｉ）栽培箱、温室または田畑条件において、試験植物を栽培するステップ、およびｉｉｉ）微生物コンソーシアを受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップによって、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングし、それによって、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、植物成長促進性アビリティープロファイルを産生する、ステップ；（ｄ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティープロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を教示する。
【０１５５】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。
【０１５６】
本明細書で使用される場合、「植物成長促進性アビリティーの次元」は、微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、各微生物の植物成長促進性アビリティーの少なくとも次元は、ｉ．特定の植物の成長を促進する二元アビリティー；ｉｉ．特定の植物についての成長促進の程度；ｉｉｉ．コンソーシアが特定の植物の成長および１種または複数の植物病原体に対する植物の耐性を促進する機構からなる群から選択される。
【０１５７】
一部の実施形態では、各微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーの少なくとも次元は、以下のうち１つまたは複数を含む：増加した成長速度；塩類制限（saline-limiting）土壌、渇水、栄養素が制限されたまたは他の環境的にストレスの多い生息地における増加した成長速度；重度の虫害または疾患流行に曝露された植物における損傷の減少；繊維含量、油含量などを含む、ある特定の代謝物および他の化合物の増加；増加した作物収量；望ましい色、味または臭いを呈することにおける増加。一部の実施形態では、各微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーの少なくとも次元は、以下のうち１つまたは複数を含む：増加した成長速度；増加した発芽率；早期発芽率；より早い成熟時間；増加したサイズ（重量、高さ、葉サイズ、幹サイズ、枝分かれパターン、または植物の任意の部分のサイズが含まれるがこれらに限定されない）；産生されたバイオマスの増加；増加した収量（牧草（herbage）、穀物、繊維および／または油）をもたらす、増加した根および／または葉／芽成長；ならびに増加した種子収量。
Ｅ．抗生物質耐性アビリティーを有する微生物コンソーシア（「臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性を決定する」）
【０１５８】
上で議論したように、一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの抗生物質耐性アビリティーノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、抗生物質耐性アビリティーノードは、少なくとも１種の抗生物質に対する既知の耐性を有する微生物単離物またはコンソーシアのコレクションである（図１４を参照のこと）。
【０１５９】
一部の実施形態では、本開示は、１種または複数の抗生物質に抵抗する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。一部の実施形態では、本開示は、抗生物質耐性ライブラリーを創出するための方法であって、ｉ）複数の抗生物質に対する耐性について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップを含む方法を提供する。本明細書で使用される場合、「抗生物質耐性プロファイル」は、抗生物質の存在下で成長する各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物が耐性である抗生物質の数、耐性の強度、および耐性の特異性であり得る。一部の実施形態では、抗生物質耐性微生物ライブラリーは、１種または複数の抗生物質に対する各微生物単離物の耐性についての情報を含む。
【０１６０】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する微生物コンソーシアを開発する方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物のｎ次元抗生物質耐性プロファイルのみに基づいて開発され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された抗生物質耐性プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの抗生物質耐性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１６１】
一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアを開発し、それらの抗生物質耐性について微生物コンソーシアを経験的に試験するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）複数の抗生物質に対する耐性について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された抗生物質耐性プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、コンソーシア内の個々の微生物単離物の抗生物質耐性プロファイルを共有すると予期される、ステップ；（ｃ）微生物コンソーシア中の微生物単離物の全てが個々に耐性である抗生物質を含む成長培地中で上記微生物コンソーシアを成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ；および（ｄ）最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１６２】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｃ）、または（ａ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｃ）、または（ｂ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。いずれか１つの理論に束縛されることは望まないが、本発明者らは、微生物コンソーシアの反復産生および試験が、各コンソーシアを形成している微生物単離物内の真価が認められていない相乗効果／相互作用の発見に起因して、改善されたレベルの抗生物質耐性を生じ得ると仮説を立てている。
【０１６３】
本明細書で使用される場合、「抗生物質耐性プロファイルの次元」は、微生物コンソーシアの抗生物質耐性プロファイルに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、抗生物質耐性プロファイルの少なくとも１つの次元は、以下のうち１つまたは複数を含む：（ｉ）抗生物質の存在に抵抗する二元アビリティー；（ｉｉ）抗生物質に対する耐性の強度；（ｉｉｉ）耐性が示される抗生物質の範囲。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの抗生物質耐性は、実施例において本明細書で開示される方法のいずれか１つを使用して測定される。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの抗生物質耐性は、例えば、Vaz-Jauri,  P.,  Bakker,  M.  G.,  Salomon,  C.  E.,  and  Kinkel,  L.  L.  (2013),  Subinhibitory  antibiotic  concentrations  mediate  nutrient  use  and  competition  among  soil  Streptomyces.  PLoS  One  8:12  e81064およびLee,  Chang-Ro,  Cho,  Ill  Hwan,  Jeong,  Byeong  Chul,  and  Lee,  Sang  Hee.  2013.  Strategies  to  minimize  antibiotic  resitsance.  International  Journal  of  Environmental  Research  and  Public  Health  10:  4274-4305に記載されるような、この目的のために当技術分野で公知の方法のいずれか１つを使用して測定される。
【０１６４】
本明細書に記載される方法において使用される抗生物質は限定されず、当技術分野で公知の任意の抗生物質であり得る。一部の実施形態では、抗生物質は、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、バンコマイシン、エリスロマイシン、ノボビオシン、ストレプトマイシン、アジスロマイシン、カナマイシンおよびリファンピンからなる群から選択される。
【０１６５】
Ｆ．温度感受性を有する微生物コンソーシア（「温度感受性を決定する」ノード）
【０１６６】
一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームの温度感受性ノードは、富化された微生物ライブラリーの小区分を示す。したがって、一部の実施形態では、温度感受性アビリティーノードは、試験した異なる温度に対する未知の耐性を有する微生物単離物またはコンソーシアのコレクションである（図１４を参照のこと）。
【０１６７】
一部の実施形態では、本開示は、１つまたは複数の温度において成長する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。一部の実施形態では、本開示は、温度感受性ライブラリーを創出するための方法であって、ｉ）異なる温度において成長するアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元温度感受性プロファイルを創出するステップを含む方法を提供する。本明細書で使用される場合、「温度感受性プロファイル」は、異なる温度において成長する各微生物のアビリティーと関連する１つまたは複数の特色に関する情報を提供する。例えば、この１つまたは複数の特色は、微生物が成長するアビリティーを有する温度の範囲、このアビリティーの強度、およびこのアビリティーの特異性であり得る。一部の実施形態では、温度感受性微生物ライブラリーは、１つまたは複数の温度において成長する各微生物単離物のアビリティーについての情報を含む。一部の実施形態では、試験した温度は、約５℃〜約４５℃の範囲内、例えば、約８℃、約１０℃、約１２℃、約１５℃、約２０℃、約２５℃、約３０℃、約３５℃または約４０℃である。
【０１６８】
一部の実施形態では、本開示は、広範な温度において成長する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。一部の実施形態では、本開示は、所望の温度において成長する微生物単離物のアビリティーを決定するための方法を教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、個々の微生物単離物のｎ次元温度感受性プロファイルのみに基づいて開発され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、ある特定の温度において成長する最適な設計されたアビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、温度感受性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された温度感受性プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；（ｃ）上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの温度感受性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの温度感受性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１６９】
一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアを開発し、それらの温度感受性について微生物コンソーシアを経験的に試験するための方法を教示する。したがって、一部の実施形態では、本開示は、ある特定の温度において成長する最適な設計されたレベルのアビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、（ａ）種々の異なる温度において成長するアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元温度感受性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された温度感受性プロファイルを頼りにするステップ）；（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、上記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、コンソーシア内の個々の微生物単離物の温度感受性プロファイルを共有すると予期される、ステップ；（ｃ）異なる温度において成長培地中で上記微生物コンソーシアを成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ；および（ｄ）ある特定の温度において成長する最適な設計されたアビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップを含む方法を提供する。
【０１７０】
一部の実施形態では、本開示は、ある特定の温度において成長する最適な設計されたアビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための反復アプローチを教示する。したがって、一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）〜（ｃ）、または（ａ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ｂ）〜（ｃ）、または（ｂ）〜（ｄ）を１または複数回反復するステップを含む。いずれか１つの理論に束縛されることは望まないが、本発明者らは、微生物コンソーシアの反復産生および試験が、各コンソーシアを形成している微生物単離物内の真価が認められていない相乗効果／相互作用の発見に起因して、ある特定の温度において成長する改善されたアビリティーを生じ得ると仮説を立てている。
【０１７１】
本明細書で使用される場合、「温度感受性プロファイルの次元」は、微生物コンソーシアの温度感受性プロファイルに関する、それと関連する、それに寄与する、またはそれによって引き起こされる、任意の特色または特徴である。一部の実施形態では、温度感受性プロファイルの少なくとも１つの次元は、以下のうち１つまたは複数を含む：（ｉ）特定の温度において成長する二元アビリティー；（ｉｉ）その温度において成長するアビリティーの強度；（ｉｉｉ）微生物が成長できる温度の範囲。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの温度感受性は、実施例において本明細書で開示される方法のいずれか１つを使用して測定される。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの温度感受性は、この目的のために当技術分野で公知の方法のいずれか１つを使用して測定される。
ＳＰＰＩＭＣに従って微生物コンソーシアをアセンブルする
【０１７２】
一部の実施形態では、ＳＰＰＩＭＣの主要目標／意図した目的は、標的化された相補的な病原体抑制的プロファイルを有する微生物コンソーシアを開発することである。本明細書で使用される場合、用語「土壌媒介植物病原体抑制的プロファイル」は、１種または複数の土壌媒介病原体を抑制する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの次元は、各微生物単離物および／または微生物コンソーシアについて、抑制された病原体の数、抑制された病原体のリスト（例えば、保存された培養物の属種、配列情報または位置によって示される）、病原体の抑制の程度、および抑制の機構を含む。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルは、病原体に対する活性の幅および病原体に対する特異性を含む、より複雑なデータを含む。一部の実施形態では、本開示のＳＰＰＩＭＣプラットフォームは、非標的病原体に対する抑制的活性を低減させつつ、所望のまたは「標的」病原体を効果的に標的化する土壌媒介植物病原体抑制的プロファイル（すなわち、特許請求した、標的化されたプロファイル）を有する微生物単離物または微生物コンソーシアの選択を教示する。一部の実施形態では、微生物単離物は、その土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルが別の微生物単離物の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルに対して相補的であるので（すなわち、相補的なプロファイル）、微生物コンソーシア中に含めるために選択される。すなわち、一部の実施形態では、微生物単離物は、第１の微生物単離物とは異なる病原体を標的化するので、または両方の単離物の組合せに起因する相加的もしくは相乗的抑制を可能にする機構を介して同じ病原体を標的化するので、選択される。他の実施形態では、微生物単離物は、別の単離物によってはほんの弱く抑制されるだけの病原体の成長を抑制するそのアビリティーに起因して選択される。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルは、そのメンバーの微生物単離物の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルに基づいて予測され得る（すなわち、予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイル）。すなわち、一部の実施形態では、コンソーシアの予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルは、そのメンバーの微生物単離物の各々の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルからのデータをマージさせることによって提示され得る。
【０１７３】
一部の実施形態では、本開示は、ＭＥＦＢ分析のための動的アプローチを教示する。一部の実施形態では、本開示は、１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出することおよびＭＥＦＢ分析に基づいて１つまたは複数の微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。他の実施形態では、本開示は、１つまたは複数のライブラリーにアクセスすることおよびＭＥＦＢ分析に基づいて１つまたは複数の微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。本明細書で使用される場合、用語「１つまたは複数の微生物ライブラリーにアクセスする」は、本開示の生態学的機能ライブラリー（例えば、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに／または臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリー）のうち１つにアクセスするステップを意味する。以下でさらに詳細に議論されるように、上述のライブラリーは、一部の実施形態では、各ＭＥＦＢノードにおいて決定されるような、各微生物単離物／コンソーシアの特色についての情報を含有する。
【０１７４】
一部の実施形態では、本開示は、ＭＥＦＢ分析の結果に基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。ＭＥＦＢ分析の下での微生物単離物の選択は、一部の実施形態では、意図した適用の設計パラメーターによって影響される。
【０１７５】
例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、相互阻害的活性微生物ライブラリーの検討が関与する。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団のｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「ｎ次元相互阻害的活性マトリックス」は、１つの他の微生物単離物の成長を阻害する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る。一部の実施形態では、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスの次元は、微生物単離物または微生物コンソーシアの相互阻害活性の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、阻害された微生物単離物のリスト、任意の微生物単離物の阻害の程度、阻害の機構、および／またはその阻害を誘発する任意の必要条件（例えば、環境的条件）を含み得る。本明細書で使用される場合、阻害活性または相互阻害活性という用語は、一部の実施形態では、別の微生物単離物の成長を抑制／阻害する微生物単離物のアビリティーを指す。
【０１７６】
一部の実施形態では、本開示は、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシア内の他の微生物単離物の成長を強くは阻害しない微生物単離物を選択することを教示する。一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシア内にはない他の微生物単離物をこれもまた阻害しないが、なおも望ましいとみなされる微生物単離物を選択することを教示する。一部の実施形態では、コンソーシア内にはないがコンソーシアが適用される場所に生息することが公知の微生物の成長を阻害する微生物単離物を選択することが望ましい場合がある。
【０１７７】
例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーの検討が関与する。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団の炭素栄養素利用プロファイルに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「炭素栄養素利用プロファイル」は、炭素用法優先傾向（例えば、生物が生存できる炭素基質の型）に対する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、炭素栄養素利用プロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、炭素栄養素利用プロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る。一部の実施形態では、炭素栄養素利用プロファイルの次元は、微生物単離物または微生物コンソーシアの炭素使用優先傾向の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、生命を維持することが可能な微生物炭素栄養素のリスト、各炭素供給源の下での成長の程度、栄養素成長（nutrient  growth）を処理するために使用される代謝の型、および微生物の代謝的プロセスに対する炭素供給源の効果を含み得る。
【０１７８】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、最適なという用語は、特定の炭素供給源プロファイル（すなわち、栄養素プロファイル）を有する環境において存続する２種の微小生物のアビリティーを指す。一部の実施形態では、最適な、は、コンソーシア中の全ての微生物単離物の成長の望ましい比率を達成する微生物単離物の組合せを指す。すなわち、一部の実施形態では、他の単離物よりも高い濃度で適用の現場で生息する１つの微生物単離物を有することが必要であり得る。一部の実施形態では、本開示は、相補的な栄養素優先傾向を有する単離物または栄養素優先傾向において最も大きい差異を有する単離物が、高栄養素土壌における適用に対してより良好であることを教示している。一部の実施形態では、栄養素相補性は、低栄養素土壌ではあまり重要ではない。したがって、一部の実施形態では、異なる栄養素優先傾向を有する単離物が、高栄養素土壌に曝露される複数株接種材料組成物中にあるように選択される。一部の実施形態では、類似の栄養素優先傾向を有する単離物が、低栄養素土壌に曝露される複数株接種材料組成物中にあるように選択される。
【０１７９】
一部の実施形態では、本開示は、予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、予測される炭素栄養素利用プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の炭素栄養素利用プロファイルから予測される微生物コンソーシアの炭素栄養素利用プロファイルである。すなわち、一部の実施形態では、予測される炭素栄養素利用プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の炭素栄養素利用プロファイルの組合せである。
【０１８０】
例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーの検討が関与する。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイル」は、少なくとも１つの他の微生物単離物にシグナル伝達する（またはそれによってシグナル伝達される）微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、用語「シグナル伝達する」は、この文脈では、別の微生物単離物における１つまたは複数の抗病原性活性の産生を誘発する（例えば、第２の微生物の存在によって微生物における抗生物質の産生を増加させる）１つの微生物単離物のアビリティーを指す。一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る（すなわち、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、ｎ次元抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルであり得る）。一部の実施形態では、ｎ次元抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの次元は、微生物単離物または微生物コンソーシアのシグナル伝達／受容活性の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする二元アビリティー、他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーの強度を含み得る。例えば、ｎ次元抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する二元アビリティー、および他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有するアビリティーの強度を含み得る。
【０１８１】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、最適な抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、その個々の微生物単離物のいずれか単独よりも高い病原体抑制的活性を微生物コンソーシアに提供するような、望ましいシグナル伝達事象が生じるプロファイルである。一部の実施形態では、最適な抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、本明細書で開示されるＣｏｌｂｙの式によって測定されるような、相乗的特性を示す。シグナル伝達／応答性キャパシティーは、微生物コンソーシアの重要な一部であり得る。一部の実施形態では、本開示は、少なくとも１つの微生物単離物がシグナル伝達活性を示す微生物コンソーシアを教示する。一部の実施形態では、シグナル伝達活性は、コンソーシア中の１つの他の微生物単離物に対するものであり得る。他の実施形態では、シグナル伝達活性は、コンソーシア中の２つまたはそれよりも多くの微生物単離物に影響を与える。一部の実施形態では、シグナル伝達は、１つの微生物単離物のみによって媒介される。他の実施形態では、シグナル伝達活性は、２つまたはそれよりも多くの微生物単離物を必要とする。一部の実施形態では、微生物コンソーシアのために選択される微生物単離物は、微生物コンソーシアの外側の微生物（例えば、適用の場所に存在する他の微生物）にもシグナル伝達できる。
【０１８２】
一部の実施形態では、本開示は、予測される抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、予測される抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルから予測される微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルである。すなわち、一部の実施形態では、予測される抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの組合せである。一部の実施形態では、予測される抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルは、正確である。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの経験的試験は、一対比較からは明らかにならなかった、または特定の環境的因子の存在下でのみ生じ得る、真価が認められていない抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性活性を明らかにし得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアの反復試験を用いるＳＰＰＩＭＣ法を教示する。
【０１８３】
例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーの検討が関与する。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団の植物成長促進性アビリティープロファイルに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「植物成長促進性アビリティープロファイル」は、少なくとも１つの植物の成長を促進する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、用語「促進する」は、この文脈では、１つの植物の成長を増強する１つの微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーを指す。一部の実施形態では、微生物単離物または微生物コンソーシアは、例えば、成長速度を増加させること、植物の健康状態または市場性のある産物を増加させることによって、成長を増強する。一部の実施形態では、微生物単離物または微生物コンソーシアは、植物に栄養素（例えば、窒素）を提供することによって、成長を増強する。一部の実施形態では、微生物単離物または微生物コンソーシアは、低減する病原体圧力を提供することによって、成長を増強する。一部の実施形態では、植物成長促進性アビリティープロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、植物成長促進性アビリティープロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る（すなわち、植物成長促進性アビリティープロファイルは、ｎ次元植物成長促進性アビリティープロファイルであり得る）。一部の実施形態では、ｎ次元植物成長促進性アビリティープロファイルの次元は、微生物単離物または微生物コンソーシアの植物成長促進活性の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元植物成長促進性アビリティープロファイルの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、特定の植物の成長を促進する二元アビリティー、特定の植物についての成長促進の程度；および微生物単離物またはコンソーシアが特定の植物の成長を促進する機構についての情報を含み得る。
【０１８４】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、最適な植物成長促進性アビリティープロファイルは、植物の成長および発育に対して最もポジティブな影響を有するプロファイルである。本明細書で使用される場合、成長という用語は、植物のサイズだけでなく、植物からの市場性のある産物の発育もまた指す。すなわち、一部の実施形態では、最適な植物成長促進性アビリティーは、最も大きい植物と相関しなくてもよいが、その代わり、例えば、より多くの果実、またはより高い品質果実に起因する、農業従事者にとっての、投資に対するより高い利益と関連し得る。一部の実施形態では、最適な植物成長促進性アビリティープロファイルは、植物の成長時に、２つの微生物単離物の効果が植物の全体的な成長および発育に寄与する、相加的特性を示す。一部の実施形態では、最適な植物成長促進性アビリティープロファイルは、本明細書で開示されるＣｏｌｂｙの式によって測定されるような、相乗的特性を示す。当業者は、本開示を読めば、このノードの下でアセンブルされた微生物コンソーシアの望ましい特色を認識する。一部の実施形態では、微生物単離物は、植物成長に対するその異なる効果に基づいて選択される。一部の実施形態では、微生物単離物は、植物成長に対する類似の効果に基づいて選択され、これらの効果は、例えば、異なる機構を有することに起因して、またはさらなる単離物からより大きい増強を受ける植物のキャパシティーに起因して、相加的または相乗的である。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、単作において類似の植物の間隔をあけるためにどちらかもう一方の植物の成長を阻害することによって植物の成長を促進するため、または雑草もしくは他の望ましくない植物を制御するために構築される。
【０１８５】
一部の実施形態では、本開示は、予測される植物成長促進性アビリティープロファイルを有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの予測される植物成長促進性アビリティープロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の植物成長促進性アビリティープロファイルから予測される微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティープロファイルである。すなわち、一部の実施形態では、予測される植物成長促進性アビリティープロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の植物成長促進性アビリティープロファイルの組合せである。一部の実施形態では、予測される植物成長促進性アビリティープロファイルは、正確である。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの経験的試験は、個々の微生物単離物の植物成長促進性アビリティープロファイルからは明らかでなかった真価が認められていない植物成長促進性アビリティーを明らかにし得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアの反復試験を用いるＳＰＰＩＭＣ法を教示する。例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーの検討が関与する。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団のｎ次元抗生物質耐性プロファイルに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「ｎ次元抗生物質耐性プロファイル」は、１種または複数の抗生物質の存在下で成長する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、本開示は、適用場所に存在することが既知であるまたは存在すると疑われる抗生物質に抵抗することが可能な微生物単離物および微生物コンソーシアを選択することを教示する。一部の実施形態では、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る。一部の実施形態では、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルの次元は、微生物単離物または微生物コンソーシアの抗生物質耐性特性の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、抗生物質の存在に抵抗する二元アビリティー、抗生物質に対する耐性の強度および／または耐性が示される抗生物質の範囲についての情報を含み得る。
【０１８６】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、最適な抗生物質耐性プロファイルは、適用場所に存在する（または存在すると予期される）抗生物質に対する最も高い耐性を生じるプロファイルである。一部の実施形態では、最適な抗生物質耐性プロファイルは、相加的または相乗的特性を示し、微生物単離物の組合せは、任意の１つの微生物単離物よりも、またはコンソーシア中の個々の全ての微生物単離物よりも、微生物コンソーシアが全体として、抗生物質に対してより耐性であるようにする。
【０１８７】
一部の実施形態では、本開示は、予測される抗生物質耐性プロファイルを有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの予測される抗生物質耐性プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の抗生物質耐性プロファイルから予測される微生物コンソーシアの抗生物質耐性プロファイルである。すなわち、一部の実施形態では、予測される抗生物質耐性プロファイルは、メンバーの微生物単離物の各々の抗生物質耐性プロファイルの組合せである。一部の実施形態では、予測される抗生物質耐性プロファイルは、正確である。一部の実施形態では、微生物コンソーシアの経験的試験は、個々の微生物単離物の抗生物質耐性プロファイルからは明らかでなかった真価が認められていない抗生物質耐性を明らかにし得る。したがって、一部の実施形態では、本開示は、微生物コンソーシアの反復試験を用いるＳＰＰＩＭＣ法を教示する。
【０１８８】
例えば、一部の実施形態では、ＭＥＦＢ分析には、温度感受性アビリティーライブラリーの検討が関与する（温度感受性アビリティーノード）。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、微生物単離物（例えば、土壌媒介病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物）のライブラリー／集団の温度感受性プロファイルに基づいて、微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、用語「温度感受性プロファイル」は、異なる温度において成長する微生物単離物または微生物コンソーシアのアビリティーについての情報を指す。一部の実施形態では、温度感受性プロファイルは、データベース、リスト、ネットワーク、または任意の他の保存形式である。以下でさらに詳細に議論されるように、温度感受性プロファイルは、一部の実施形態では、１つよりも多くの次元を含み得る（すなわち、温度感受性プロファイルは、ｎ次元植物温度感受性プロファイルであり得る）。一部の実施形態では、ｎ次元温度感受性プロファイルの次元は、温度に対する微生物単離物の応答の種々の態様を示す。例えば、ｎ次元温度感受性プロファイルの次元は、一部の実施形態では、各微生物単離物について、ある温度において成長する微生物の二元アビリティー、ある温度における成長の程度；および種々の温度において抗生物質化合物を産生するそのアビリティーについての情報を含み得る。
【０１８９】
一部の実施形態では、本開示は、最適な設計されたレベル温度感受性を有する微生物コンソーシアをアセンブルすることを教示する。一部の実施形態では、最適な温度感受性プロファイルは、微生物単離物／微生物コンソーシアが成長するのを可能にするプロファイルであり、意図した適用の場所および季節における所望の効果を含む。当業者は、異なる緯度に位置する異なる田畑間での、または異なる気候もしくは季節における、温度差を認識する。一部の実施形態では、温度感受性プロファイルノードの目的は、得られた微生物単離物が、適用場所におけるなお別の環境的因子に合わせられることを確実にすることである。
単離された微生物
【０１９０】
本開示は、植物病原体抑制的活性を有する微生物を提供する。一部の実施形態では、微生物は、本明細書に列挙される微生物のいずれか１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列、１８Ｓ  ｒＲＮＡ配列、２３Ｓ  ｒＲＮＡ配列、内部転写スペーサー（ＩＴＳ１）配列および／またはＩＴＳ２配列と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％の配列同一性を共有するポリヌクレオチド配列を含む。
【０１９１】
一部の実施形態では、微生物は、配列番号１〜５のいずれか１つと、少なくとも７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％または１００％の配列同一性を共有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む。
【０１９２】
一部の実施形態では、微生物は、真菌または細菌である。一部の実施形態では、微生物は、Ｍｙｃｏｒｒｈｉｚａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｔａｌｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、非病原性Ｆｕｓａｒｉｕｍ、窒素固定細菌または酵母の種である。
【０１９３】
一部の実施形態では、微生物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔｅｓの属に属する。一部の実施形態では、微生物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種である。一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｉｅｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｉｋｏｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｕｒａｖｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｉｄｉｓｃａｂｉｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｒｉｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｔｕｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｕｌｅｏｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｄｕｓｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｂｙｓｓａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｆｇｈａｎｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｉｄｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｆｒｉｃａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌａｎｏｓｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂａｄｕｎｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｉａｘｉａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｉｄｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｉｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｉｆｌａｖｉｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｉｄｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｇｒｉｓｅｏｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｌｏｎｇｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｏｓｐｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｄｅｒｓｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｆａｌｆａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｋａｌｉｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｍｑｕｉｓｔｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｔｈｉｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｍａｋｕｓａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｍｂｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｍｐｈｏｔｅｒｉｃｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｍｒｉｔｓａｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎａｎｄｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｄａｍａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｇｕｓｔｍｙｃｅｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｔｈｏｃｙａｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｎｕｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｏｍｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒａｕｊｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｅ���ａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｍｅｎｉａｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｔｅｍｉｓｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｒｃｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｓｃｏｍｙｃｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｓｅｎｊｏｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｓｉａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｓｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｔａｃａｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｏｏｌｉｖａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｏｖｉｒｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒａｎｔｉｏｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒｅｏｃｉｒｃｕｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒｅｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒｅｏｒｅｃｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒｅｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｖｅｌｌａｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｖｅｒｍｉｔｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｖｉｃｅｎｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｖｉｄｉｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｘｉｎｅｌｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｚｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｃｉｌｌａｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｄｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｍｂｅｒｇｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｍｂｕｓａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｎｇｌａｄｅｓｈｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂａｒｋｕｌｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｅｉｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｅｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｉｋｉｎｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｌａｓｔｍｙｃｅｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｌｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｂｉｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｈａｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｎｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｔｔｒｏｐｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｒｅｖｉｓｐｏｒａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｕｌｌｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｕｎｇｏｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｕｒｇａｚａｄｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｂｒｙｏｐｈｙｔｏｒｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｃａｏｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｅｌｅｓｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｅｒｕｌｅａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｌｄｉｆｏｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｌｉｄｉｒｅｓｉｓｔｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｌｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｍｐｏｎｏｔｉｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎａｒｉ���ｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｃｈｉｐｕｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｄｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｇｋｒｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｉｆｅｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｐｐａｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｐｉｌｌｉｓｐｉｒａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｐｏａｍｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｐａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｓｔｅｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｔｂｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｔｅｎｕｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｖｏｕｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｌｌｏｓｔａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｐｉｔｉｆｏｒｍｉｃａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒａｓｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈａｒｔｒｅｕｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈａｔｔａｎｏｏｇｅｎｓｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｅｏｎａｎｅｎｓｉｓから選択される。
【０１９４】
一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｉａｎｇｍａｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｉｔｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｒｅｓｔｏｍｙｃｅｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｒｏｍｏｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｒｙｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｉｌｉｋｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｌｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｈｕｍｐｈｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｅｒｅｏｒｅｃｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｅｒｅｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｅｒｅｏｓｐｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｅｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｅｒｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｎａｂａｒｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｎａｂａｒｉｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｎａｍｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｎｎａｍｏｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｒｒａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｉｓｃａｕｃａｓｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｌａｖｉｆｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｌａｖｕｌｉｇｅｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏａｃｅｒｖａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｃｋｌｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｏｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｏｐｒｕｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｏｒｕｂｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｌｌｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｌｏｍｂｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｒｃｈｏｒｕｓｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｓｔａｒｉｃａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｒｅｍｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｒｙｓｔａｌｌｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｕｓｐｉｄｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｙａｎｅｏｆｕｓｃａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｙａｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｙａｎｏａｌｂｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｙｓｌａｂｄａｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄａｇｈｅｓｔａｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄａｌｉｅｎｓｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄａｑｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄａｖａｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｃｃａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｃｏｙｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｍａｉｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｓｅｒｔｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｉａｓｔａｔｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｊａｋａｒｔｅｎｓ��ｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｒｏｚｄｏｗｉｃｚｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｕｒｈａｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｕｒｍｉｔｏｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｃｈｉｎａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｃｈｉｎｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｄｅｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｍｅｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｎｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｎｉｓｓｏｃａｅｓｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｒｒｉｎｇｔｏｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｕｒｏｃｉｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｕｒｏｐａｅｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｕｒｙｔｈｅｒｍｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｅｘｆｏｌｉａｔｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆａｂａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｅｎｇｈｕａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｅｒｒａｌｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｉｌａｍｅｎｔｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｉｌｄｅｓｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｉｌｉｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｉｍｂｒｉａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｉｎｌａｙｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｅｏｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｏｆｕｎｇｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｏｔｒｉｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｏｖａｒｉａｂｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｏｖｉｒｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｌａｖｏｖｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｏｒｍｉｃａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｃｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｄｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｋａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｌｖｉｓｓｉｍｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｌｖｏｒｏｂｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｍａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｍｉｇａｔｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｓｃｉｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｓｃｉｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇａｌｂｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇａｌｉｌａｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇａｍａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇａｎｃｉｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇａｒｄｎｅｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｌａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｌｄａｎａｍｙｃｉｎｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｙｓｉｒｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｈａｎａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｉｌｖｉｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌａｕｃｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌａｕｃｉｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌａｕｃｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌａｕｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐ���ｏｍｙｃｅｓ  ｇｌｏｂｉｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌｏｂｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌｏｍｅｒａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌｏｍｅｒｏａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｌｙｃｏｖｏｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｏｂｉｔｒｉｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｏｓｈｉｋｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｏｕｇｅｒｏｔｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｍｉｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｍｉｎｉｆｏｌｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｍｉｎｉｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｍｉｎｉｓｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｉｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏａｕｒａｎｔｉａｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｃａｒｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｉｎｃａｒｎａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｌｏａｌｂｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｌｕｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｌｕｔｅｕｓから選択される。
【０１９５】
一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｐｌａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｒｕｂｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｒｕｂｉｇｉｎｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｓｔｒａｍｉｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｖｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｕａｎｄｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｕｌｂａｒｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｉｎａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｌｉｃｌｏｎａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｌｓｔｅｄｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈａｗａｉｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｂｅｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｉｌｏｎｇｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｌｉｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｌｖａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｒｂａｃｅｏｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｅｒｂａｒｉｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｉｍａｓｔａｔｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｉｒｏｓｈｉｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｉｒｓｕｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｏｋｕｔｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｏｙｎａｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｕｍｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｕｍｉｆｅｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｕｎｄｕｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙａｌｕｒｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙｄｅｒａｂａｄｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙｇｒｏｓｃｏｐｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙｐｏｌｉｔｈｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉａｋｙｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｃｏｎｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｃａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｄｉａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｄｉｇｏｆｅｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｄｏｎｅｓｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｕｓｉｔａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｐｏｍｏｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｉｒａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｊａｎｔｈｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｊａｖｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｊｅｄｄａｈｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｊｉｅｔａｉｓｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｊｉｕｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｅｍｐｆｅｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｎａｍｙｃｅｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｒｐａｓｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｓｕｇａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｔｒａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋａｌｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｅｂａｎｇｓａａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｌｅｎｋｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｏｙａｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｕｎｍｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｕｒｓｓａｎｏｖｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｒｏｎｏｐｏｌｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｋｒｕｎｇｃｈｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｂｅｄａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｒｉｍｉｆｌｕｍｉｎｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔａｃｙｓｔｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｕｌａｔｉｓｐｏｒａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｎａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｎｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｓｉｉｃａｐｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｔｅｒｉｔｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｕｒｅｎｔｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｖｅｎｄｏｆｏｌｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｖｅｎｄｕｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｖｅｎｄｕｌｉｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌａｖｅｎｄｕｌｏｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｅｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｂａｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｅｎｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｌａｃｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｎｃｏｌｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｔｍｏｃｉｄｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｔｏｒａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｈｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｍｏｎｄｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｎｇｉｓｐｏｒｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｎｇｉｓｐｏｒｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｐｎｕｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｎａｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｎｇｉｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｏｎｇｗｏｏｄｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｃｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｎａｅｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｎａｌｉｎｈａｒｅｓｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｒｉｄｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｒｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｓｉｔａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｓｈａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｔｅｉｒｅｔｉｃｕｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｔｅｏｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｔｅｏｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｕｔｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｃｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｌａｃｈｉｔｏｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅ���ｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｌａｃｈｉｔｏｓｐｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｌａｙｓｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｎｇｒｏｖｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｏｋｋｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｓｈｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｓｓａｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｙｔｅｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｕｖｅｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｅｇａｓｐｏｒｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｅｌａｎｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｅｌａｎｏｓｐｏｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｅｘｉｃａｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｃｒｏｆｌａｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｌｂｅｍｙｃｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｎｕｔｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｓａｋｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｓｉｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｏｂａｒａｅｎｓｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｏｎｏｍｙｃｉｎｉから選択される。
【０１９６】
一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｏｒｄａｒｓｋｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｏｒｏｏｋａｅｎｓｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｕｒｉｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｕｔａｂｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｕｔｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎａｇａｎｉｓｈｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎａｎｈａｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎａｎｓｈｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎａｒｂｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎａｓｈｖｉｌｌｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｅｔｒｏｐｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｅｙａｇａｗａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｔｒｏｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｖｅｉｃｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｖｅｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｖｅｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｉｖｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｂｏｒｉｔｏｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｄｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｇａｌａｔｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｊｉｒｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｕｒｓｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｖａｅｃａｅｓａｒｅａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｃｈｒａｃｅｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｎｅｌｌｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖａｃｅｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖａｃｅｏｖｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖｉｃｏｌｏｒａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｌｉｖｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｍｉｙａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｓｍａｎｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｉｎｏｃｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｙｚａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｏｖａｔｉｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｃｔｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｌｍａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｎａｃａｇｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｎａｃｉｒａｄｉｃｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｒａｄｏｘｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｒｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｔｈｏｃｉｄｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐａｕｃｉｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｅｕｃｅｔｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｇｒｉｓｅｉｃｈｒｏｍａｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｌｕｔｅｉｃｈｒｏｍａｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｌｕｔｅｉｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｒｅｔｒａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈａｒｍａｍａｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈｙｌｌａｎｔｈｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｈｙｔｏｈａｂｉｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｉｌｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｌｉｃａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｌｕｍｂｉｒｅｓｉｓｔｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｌｕｒｉｃｏｌｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｌｙａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｌｙｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｌｙｇｏｎａｔｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｌｙｍａｃｈｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒａｓｉｎｏｐｉｌｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒａｓｉｎｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒａｓｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒａｔｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒａｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｕｎｉｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｓａｍｍｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｓｅｕｄｏｅｃｈｉｎｏｓｐｏｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｓｅｕｄｏｇｒｉｓｅｏｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｓｅｕｄｏｖｅｎｅｚｕｅｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｌｖｅｒａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｎｉｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｎｉｃｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｒｐｅｏｆｕｓｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｒｐｕｒａｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｒｐｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｅｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｑｉｎｇｌａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒａｃｅｍｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒａｄｉｏｐｕｇｎａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒａｍｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒａｍｕｌｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒａｐａｍｙｃｉｎｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｅｃｉｆｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｅｃｔｉｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｅｇｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｅｓｉｓｔｏｍｙｃｉｆｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｅｔｉｃｕｌｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒｉｈａｂｉｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｉｍｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｉｓｈｉｒｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｃｈｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｉｅｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐ��ｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅａｌｂｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｉｓｃｌｅｒｏｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｆｕｌｖｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｌｉｌａｃｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｓｅｏｖｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｉｇｉｎｏｓｏｈｅｌｖｏｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｉｇｉｎｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｒｉｓｏｌｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｒｏｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｔｇｅｒｓｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｌｉｌａｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｍｓｕｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｎｇｌｉｅｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｎｎａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｎｙｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓａｓａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｒｉｓｐｏｒｕｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃｌｅｒｏｔｉａｌｕｓから選択される。
【０１９７】
一部の実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの単離された種は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃｏｐｉｆｏｒｍｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃｏｐｕｌｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｅｄｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｅｏｕｌｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｅｒａｎｉｍａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｅｙｍｅｎｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｈａａｎｘｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｈｅｎｚｈｅｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｈｏｗｄｏｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｉｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｉａｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｉｍｉｌａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｉｎｄｅｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｉｏｙａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｍｙｒｎａｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｏｄｉｉｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｏｌｉｓｉｌｖａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｏｍａｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｕｄａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐａｒｓｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐａｒｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｅｃｉａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｅｃｔａｂｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｅｉｂｏｎａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｅｌｅｏｍｙｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｉｎｏｖｅｒｒｕｃｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｉｒａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｉｒｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｎｇｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｎｇｉｉｃｏｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｒｏｃｉｎｅｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｒｏｃｌｉｖａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｒｏｒａｖｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｏｒｏｖｅｒｒｕｃｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｔｅｌｌｉｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｔｒａｍｉｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｕｂｒｕｔｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｕｌｆｏｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｕｌｐｈｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｕｎｄａｒｂａｎｓｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｙｎｎｅｍａｔｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔａｃｒｏｌｉｍｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔａｎａｓｈｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔａｔｅｙａｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔａｕｒｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｅｎｄａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｅｒｍｉｔｕｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏａｌｃａｌｉｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｃａｒｂｏｘｙｄｏｖｏｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｃａｒｂｏｘｙｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅ��ｍｏｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｌｉｎｅａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｓｐｉｎｏｓｉｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｖｕｌｇａｒｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｉｎｇｈｉｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｉｏｌｕｔｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｒｉｔｉｃｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｏｒｕｌｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｏｘｙｔｒｉｃｉｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｒｅｍｅｌｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｒｉｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｒｉｃｏｌｏｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｓｕｋｕｂｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｂｅｒｃｉｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｉｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｎｉｓｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｒｇｉｄｉｓｃａｂｉｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｙｒｏｓｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｕｍｂｒｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖａｒｉａｂｉｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖａｒｉｅｇａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖａｒｓｏｖｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖａｓｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｅｎｅｚｕｅｌａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｅｒｒｕｃｏｓｉｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｅｔｎａｍｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｎａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｎａｃｅｕｓｄｒａｐｐｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｌａｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｒｅｃｔｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｒｕｂｉｄｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｕｓｎｉｇｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｓｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｇｉｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｉｖｉｏｌａｃｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｏｂｒｕｎｎｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｏｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｒｉｄｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｔａｍｉｎｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｗｅｄｍｏｒｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｗｅｒｒａｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒ���ｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｗｕｙｕａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘａｎｔｈｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘａｎｔｈｏｃｉｄｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘａｎｔｈｏｌｉｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘａｎｔｈｏｐｈａｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘｉａｍｅｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘｉｎｇｈａｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘｉｓｈｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｘｙｌａｎｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙａａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙａｎｇｌｉｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙａｎｇｐｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙａｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙａｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｅｏｃｈｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｅｒｅｖａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｏｇｙａｋａｒｔｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｏｋｏｓｕｋａｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｏｕｓｓｏｕｆｉｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｙｕｎｎａｎｅｎｓｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚａｇｒｏｓｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚａｏｍｙｃｅｔｉｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚｈａｏｚｈｏｕｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚｈｉｈｅｎｇｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚｉｎｃｉｒｅｓｉｓｔｅｎｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｚｉｗｕｌｉｎｇｅｎｓｉｓから選択される。
【０１９８】
一部の実施形態では、微生物は、農業的単作が具体的な長さの時間にわたって実施された田畑、現場または土壌から単離され得る。具体的な長さの時間は、約１週間〜６０年間よりも長くまでの範囲内、例えば、それらの間にある全ての値および下位範囲を含めて、約３週間、約２ヶ月間、約６ヶ月間、約２年間、約５年間、約１０年間、約２０年間または約３０年間であり得る。一部の実施形態では、かかる環境から単離された微生物は、農業的単作の長期高栄養素条件からの指向性の選択に供されていてもよい。一部の実施形態では、農業的土壌から単離された微生物は、ＧＳ１である。
【０１９９】
一部の実施形態では、微生物は、非農業的田畑、現場または土壌から単離される。本明細書で使用される場合、用語「非農業的な」は、具体的な長さの時間にわたる農業的化学物質または耕し（plowing）、耕し（tilling）もしくは他の農業的土壌掻き乱し（disturbance）に供されていない田畑、現場または土壌を指す。具体的な長さの時間は、約１週間〜約５０年間の範囲内、例えば、それらの間にある全ての値および下位範囲を含めて、約３週間、約２ヶ月間、約６ヶ月間、約２年間、約５年間、約１０年間、約２０年間または約３０年間であり得る。一部の実施形態では、かかる環境から単離された微生物は、長期低栄養素条件下での選択に供される。一部の実施形態では、非農業的環境から単離された微生物は、植物成長を支持するおよび／または抗生物質産生を媒介する可能性がより高い場合がある。一部の実施形態では、非農業的現場から単離された微生物は、ＰＳ１である。
【０２００】
一部の実施形態では、本開示の微生物は、遺伝子改変されている。一部の実施形態では、遺伝子改変されたまたは組換えの微生物は、上記微生物中に天然には存在しないポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、微生物は、異種ポリヌクレオチドを含み得る。さらなる実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、微生物にとってネイティブの１つまたは複数のポリヌクレオチドに作動可能に連結され得る。
【０２０１】
一部の実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、レポーター遺伝子または選択可能なマーカーであり得る。一部の実施形態では、レポーター遺伝子は、蛍光タンパク質のファミリー（例えば、ＧＦＰ、ＲＦＰ、ＹＦＰなど）、β−ガラクトシダーゼまたはルシフェラーゼのいずれかから選択され得る。一部の実施形態では、選択可能なマーカーは、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ、ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ、アミノグリコシドアデニルトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、アセト乳酸シンターゼ（acetolactase  synthase）、ブロモキシニルニトリラーゼ、β−グルクロニダーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（dihydrogolate  reductase）およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼから選択され得る。一部の実施形態では、異種ポリヌクレオチドは、１つまたは複数のプロモーターに作動可能に連結され得る。一部の実施形態では、単離された微生物株は、抗微生物活性を有するトランスジェニックまたはネイティブの分子または化合物を発現する。
Ａ．相互阻害活性を有する微生物コンソーシア（「相互阻害活性を決定する」）
微生物コンソーシア
【０２０２】
本開示は、本明細書で開示される微生物のいずれかのうち２種またはそれよりも多くを含む植物病原体阻害性微生物コンソーシアを提供する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、単作農業的土壌から単離された少なくとも１種の微生物を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、非農業的土壌から単離された少なくとも１種の微生物を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、単作農業的土壌から単離された少なくとも１種の微生物および非農業的土壌から単離された少なくとも１種の微生物を含む。
【０２０３】
一部の実施形態では、本開示は、本開示で開示される任意の少なくとも２種の微生物の組合せを含む微生物コンソーシアを提供する。ある特定の実施形態では、本開示の微生物コンソーシアは、２種の微生物、もしくは３種の微生物、もしくは４種の微生物、もしくは５種の微生物、もしくは６種の微生物、もしくは７種の微生物、もしくは８種の微生物、もしくは９種の微生物、もしくは１０種またはそれよりも多くの微生物を含む。組成物の上記微生物は、異なる微生物種、または微生物種の異なる株である。
【０２０４】
一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓおよび／またはＢａｃｉｌｌｕｓ属に属する少なくとも１種の単離された微生物種を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される任意の２つの微生物単離物を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む。
【０２０５】
本開示は、（ａ）Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ；（ｂ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ；および（ｃ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１、を含む植物病原体阻害性微生物コンソーシアを提供する。本開示は、（ａ）配列番号３、４または５のいずれか１つに対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．；（ｂ）配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．；および（ｃ）配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓを含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシアを提供する。本開示は、（ａ）受託番号Ｂ−６７８１９を有するＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ、もしくはＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｂ−６７８１９の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；（ｂ）受託番号Ｂ−６７８２０を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  Ｂ−６７８２０の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；および（ｃ）受託番号Ｂ−６７８２１を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  Ｂ−６７８２１の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシアを提供する。
【０２０６】
本開示は、受託番号ＰＴＡ−１２４３２０を有する微生物コンソーシアを含む植物病原体阻害性微生物コンソーシアＬＬＫ３−２０１７、もしくはＬＬＫ３−２０１７の同定特徴の全てを有する株のコンソーシア、またはそれらの変異体をさらに提供する。
【０２０７】
一部の実施形態では、植物病原体阻害性微生物コンソーシアは、２種の微生物を含む。一部の実施形態では、植物病原体阻害性微生物コンソーシアは、２つの微生物種  −  第１の微生物種および第２の微生物種を含む。一部の実施形態では、第１の微生物種は、病原体抑制を提供する。一部の実施形態では、第２の微生物種は、第１の微生物種にシグナル伝達するアビリティーおよび第１の微生物種における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを有する。
【０２０８】
一部の実施形態では、植物病原体阻害性微生物コンソーシアは、３種の微生物を含む。一部の実施形態では、植物病原体阻害性微生物コンソーシアは、３つの微生物種  −  第１の微生物種、第２の微生物種および第３の微生物種を含む。一部の実施形態では、第１の微生物種は、病原体抑制を提供する。一部の実施形態では、第２の微生物種は、他の微生物種のいずれかまたは両方にシグナル伝達するアビリティーおよび他の微生物種のいずれかまたは両方における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを有する。一部の実施形態では、第３の微生物単離物は、植物成長促進性アビリティーを提供する。
【０２０９】
本明細書で開示される微生物は、１６ｓ  ｒＲＮＡ配列についてはＲｉｂｏｓｏｍａｌ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＲＤＰ）の分類ツールを利用し、ＩＴＳ  ｒＲＮＡ配列についてはＵｓｅｒ−ｆｒｉｅｎｄｌｙ  Ｎｏｒｄｉｃ  ＩＴＳ  Ｅｃｔｏｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ（ＵＮＩＴＥ）データベースを利用することによって、その最も近い分類学的群に一致させることができる。その最も近い分類群に微生物を一致させる例は、Lan  et  al.  (2012.  PLOS  one.  7(3):e32491)、Schloss  and  Westcott  (2011.  Appl.  Environ.  Microbiol.  77(10):3219-3226)およびKoljalg  et  al.  (2005.  New  Phytologist.  166(3):1063-1068)において見出すことができる。
【０２１０】
本開示の微生物の単離、同定および培養は、標準的な微生物学的技法を使用してもたらされ得る。かかる技法の例は、Gerhardt,  P.  (ed.)  Methods  for  General  and  Molecular  Microbiology.  American  Society  for  Microbiology,  Washington,  D.C.  (1994)およびLennette,  E.  H.  (ed.)  Manual  of  Clinical  Microbiology,  Third  Edition.  American  Society  for  Microbiology,  Washington,  D.C.  (1980)において見出すことができ、その各々は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０２１１】
単離は、本明細書に記載される表現型形質（例えば、グラム陽性／陰性、好気的／嫌気的に胞子を形成することが可能であること、細胞形態学、炭素供給源代謝、酸／塩基産生、酵素分泌、代謝的分泌など）によって特徴付けられる単一のコロニーを得るため、および夾雑された培養物で作業する可能性を低減させるために、固体培地（例えば、栄養素寒天プレート）上に検体をストリークすることによってもたらされ得る。
【０２１２】
例えば、本開示の微生物について、生物学的に純粋な単離物は、生体試料の反復継代培養を介して得ることができ、各継代培養の後には、固体培地上へのストリークが続き、個々のコロニーまたはコロニー形成単位を得ることができる。凍結乾燥された細菌を調製、解凍および成長させる方法は、参照により本明細書に組み込まれるGherna,  R.  L.  and  C.  A.  Reddy.  2007.  Culture  Preservation,  p  1019-1033.  In  C.  A.  Reddy,  T.  J.  Beveridge,  J.  A.  Breznak,  G.  A.  Marzluf,  T.  M.  Schmidt,  and  L.  R.  Snyder,  eds.  American  Society  for  Microbiology,  Washington,  D.C.,  1033  pagesなど、一般に公知である。したがって、グリセロールを含有する溶液中で−７０℃で長期保存されたフリーズドライされた液体製剤および培養物は、本開示の製剤を提供することにおける使用のために企図される。
【０２１３】
本開示の微生物は、好気的条件またはあるいは嫌気的条件の下で、液体または固体培地中で繁殖させることができる。本開示の細菌株を成長させるための培地は、炭素供給源、窒素供給源および無機塩、ならびに特に必要とされる物質、例えば、ビタミン、アミノ酸、核酸などを含み得る。一部の実施形態では、培地は、水および寒天を含む。微生物を成長させるために使用され得る適切な炭素供給源の例としては、これらに限定されないが、デンプン、ペプトン、酵母抽出物、アミノ酸、糖、例えば、グルコース、アラビノース、マンノース、グルコサミン、マルトースなど；有機酸、例えば、酢酸、フマル酸、アジピン酸、プロピオン酸、クエン酸、グルコン酸、リンゴ酸、ピルビン酸、マロン酸などの塩；アルコール、例えば、エタノールおよびグリセロールなど；油または脂肪、例えば、ダイズ油、米ぬか油、オリーブ油、コーン油、ゴマ油が挙げられる。添加される炭素供給源の量は、炭素供給源の種類に従って変動し、典型的には、培地１リットル当たり、１〜１００グラムの間である。好ましくは、グルコース、デンプンおよび／またはペプトンが、０．１〜５％（Ｗ／Ｖ）の濃度で、主要炭素供給源として培地中に含有される。本開示の細菌株を成長させるために使用され得る適切な窒素供給源の例としては、これらに限定されないが、アミノ酸、酵母抽出物、トリプトン、牛肉抽出物、ペプトン、硝酸カリウム、硝酸アンモニウム、塩化アンモニウム、硫酸アンモニウム、リン酸アンモニウム、アンモニアまたはそれらの組合せが挙げられる。窒素供給源の量は、窒素供給源の型に従って変動し、典型的には、培地１リットル当たり、０．１〜３０グラムの間である。無機塩、リン酸二水素カリウム、リン酸水素二カリウム、リン酸水素二ナトリウム、硫酸マグネシウム、塩化マグネシウム、硫酸第二鉄、硫酸第一鉄、塩化第二鉄、塩化第一鉄、硫酸マンガン、塩化マンガン、硫酸亜鉛、塩化亜鉛、硫酸第二銅、塩化カルシウム、塩化ナトリウム、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウムは、単独でまたは組み合わせて使用され得る。無機酸の量は、無機塩の種類に従って変動し、典型的には、培地１リットル当たり、０．００１〜１０グラムの間である。特に必要とされる物質の例としては、これらに限定されないが、ビタミン、核酸、酵母抽出物、ペプトン、肉抽出物、麦芽抽出物、乾燥酵母およびそれらの組合せが挙げられる。カルチベーションは、微生物株の成長を可能にする温度、本質的に、２０℃〜４６℃の間でもたらされ得る。一部の実施形態では、温度範囲は、３０℃〜３９℃である。最適な成長のために、一部の実施形態では、培地は、ｐＨ６．０〜７．４に調整され得る。市販の培地、例えば、Ｄｉｆｃｏ、Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩから入手可能なＮｕｔｒｉｅｎｔ  ＢｒｏｔｈまたはＮｕｔｒｉｅｎｔ  Ａｇａｒもまた、微生物株を培養するために使用され得ることが理解される。カルチベーション時間は、使用される培養培地の型および主要炭素供給源としての糖の濃度に依存して異なり得ることが理解される。
【０２１４】
一部の実施形態では、カルチベーションは、約２４時間〜約９６時間の間持続する。一部の実施形態では、カルチベーションは、９６時間よりも長い時間、例えば、約４日間、約５日間、約１週間、約２週間、約３週間、約４週間、約６週間または約２ヶ月間など、持続する。こうして得られた微生物細胞は、当技術分野で周知の方法を使用して単離される。例としては、これらに限定されないが、膜濾過および遠心分離が挙げられる。ｐＨは、水酸化ナトリウムなどを使用して調整され得、培養物は、水含量が４％と等しいまたはそれ未満になるまで、フリーズドライヤーを使用して乾燥され得る。微生物共培養物は、本明細書において上述した各株を繁殖させることによって得られ得る。一部の実施形態では、微生物複数株培養物は、本明細書において上述した株のうち２つまたはそれよりも多くを繁殖させることによって得られ得る。微生物株は、適合性の培養条件を用いることができる場合、一緒に培養され得ることが理解される。
微生物組成物
【０２１５】
本開示は、本明細書で開示される微生物および／または微生物コンソーシアのうちいずれか１つまたは複数を含む微生物組成物を提供する。一部の実施形態では、微生物組成物は、適切な担体および他の添加物をさらに含み得る。一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、固体である。固体組成物が使用される場合、鉱物土（mineral  earth）、例えば、シリカ、タルク、カオリン、石灰石、チョーク、粘土、苦灰石、珪藻土；硫酸カルシウム；硫酸マグネシウム；酸化マグネシウム；ゼオライト、炭酸カルシウム；炭酸マグネシウム；トレハロース；キトサン；シェラック；およびデンプンが挙げられるがこれらに限定されない１つまたは複数の担体材料を含むことが所望され得る。
【０２１６】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、液体である。さらなる実施形態では、この液体は、水またはアルコールまたは食塩水または炭水化物溶液を含み得る溶媒、および他の植物に安全な溶媒を含む。一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、バインダー、例えば、植物に安全なポリマー、カルボキシメチルセルロース、デンプン、ポリビニルアルコールなどを含む。
【０２１７】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、増粘化剤、例えば、シリカ、粘土、種子または海藻の天然抽出物、セルロースの合成誘導体、グアーガム、ローカストビーンガム、アルジネートおよびメチルセルロースを含む。一部の実施形態では、微生物組成物は、沈降防止剤、例えば、加工デンプン、ポリビニルアルコール、キサンタンガムなどを含む。
【０２１８】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、ニトロソ；ニトロ；モノアゾ、ビスアゾおよびポリアゾを含むアゾ；アクリジン、アントラキノン、アジン、ジフェニルメタン、インダミン、インドフェノール、メチン、オキサジン、フタロシアニン、チアジン、チアゾール、トリアリルメタン、キサンテンとして分類される有機発色団を含む着色料を含む。一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、微量栄養素、例えば、鉄、マンガン、ホウ素、銅、コバルト、モリブデンおよび亜鉛の塩を含む。一部の実施形態では、微生物組成物は、天然および人工の両方の染料を含む。
【０２１９】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、真菌胞子および細菌胞子、真菌胞子および細菌栄養細胞、真菌栄養細胞および細菌胞子、真菌栄養細胞および細菌栄養細胞の組合せを含み得る。一部の実施形態では、本開示の組成物は、胞子の形態のみで細菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、栄養細胞の形態のみで細菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、真菌の非存在下で細菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、細菌の非存在下で真菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、生きているが培養できない（ＶＢＮＣ）細菌および／または真菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、休眠状態の細菌および／または真菌を含む。一部の実施形態では、本開示の組成物は、休止状態の細菌および／または真菌を含む。細菌胞子には、内生胞子およびアキネートが含まれ得る。真菌胞子には、非射出胞子、射出胞子、自生胞子、不動胞子、遊走子、栄養胞子、大型胞子、小型胞子、減数胞子、厚膜胞子、夏胞子、冬胞子、卵胞子、果胞子、四分胞子、胞子嚢胞子、接合胞子、子嚢胞子、担子胞子、子嚢胞子および子嚢胞子（asciospore）が含まれ得る。
【０２２０】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、植物に安全な殺ウイルス薬（virucide）、殺寄生生物薬（parasiticide）、殺細菌薬（bacteriocide）、殺真菌薬または殺線虫薬を含む。一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、１種または複数の酸素スカベンジャー、脱窒剤（denitrifies）、硝化剤、重金属キレーターおよび／または脱塩素剤（dechlorinator）；ならびにそれらの組合せを含む。
【０２２１】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、１種または複数の保存料を含む。保存料は、液体または気体製剤であり得る。保存料は、単糖、二糖、三糖、多糖、酢酸、アスコルビン酸、アスコルビン酸カルシウム、エリソルビン酸、イソ−アスコルビン酸、エリスロビン酸（erythrobic  acid）、硝酸カリウム、アスコルビン酸ナトリウム、エリソルビン酸ナトリウム、イソ−アスコルビン酸ナトリウム、硝酸ナトリウム、亜硝酸ナトリウム、窒素、安息香酸、ソルビン酸カルシウム、エチルラウロイルアルギネート、メチル−ｐ−ヒドロキシベンゾエート、メチルパラベン、酢酸カリウム、安息香酸カリウム（potassium  benzoiate）、亜硫酸水素カリウム、二酢酸カリウム、乳酸カリウム、メタ重亜硫酸カリウム、ソルビン酸カリウム、プロピル−ｐ−ヒドロキシベンゾエート、プロピルパラベン、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、亜硝酸ナトリウム、二酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、メチル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸のナトリウム塩、プロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸のナトリウム塩、硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、亜ジチオン酸ナトリウム、亜硫酸、プロピオン酸カルシウム、二炭酸ジメチル、ナタマイシン、ソルビン酸カリウム、亜硫酸水素カリウム、メタ重亜硫酸カリウム、プロピオン酸、二酢酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、ソルビン酸ナトリウム、ソルビン酸、アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、ステアリン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、ブチル化ヒドロキシルアニソール（ＢＨＡ）、クエン酸、モノグリセリドおよび／もしくはジグリセリドのクエン酸エステル、Ｌ−システイン、Ｌ−システイン塩酸塩、グアヤカムガム（gum  guaiacum）、グアヤクガム（gum  guaiac）、レシチン、クエン酸レシチン、クエン酸モノグリセリド、クエン酸モノイソプロピル、没食子酸プロピル、メタ重亜硫酸ナトリウム、酒石酸、三級ブチルヒドロキノン、塩化スズ、チオジプロピオン酸、チオジプロピオン酸ジラウリル、チオジプロピオン酸ジステアリル、エトキシキン、二酸化硫黄、ギ酸またはトコフェロールのうち１つまたは複数から選択され得る。
【０２２２】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間の期間にわたって、冷蔵庫（３５〜４０°Ｆ）中で保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間の期間にわたって、冷蔵庫（３５〜４０°Ｆ）中で保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間の期間にわたって、冷蔵庫（３５〜４０°Ｆ）中で保存安定性である。
【０２２３】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間の期間にわたって、室温（６８〜７２°Ｆ）でまたは５０〜７７°Ｆの間で保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間の期間にわたって、室温（６８〜７２°Ｆ）でまたは５０〜７７°Ｆの間で保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間の期間にわたって、室温（６８〜７２°Ｆ）でまたは５０〜７７°Ｆの間で保存安定性である。
【０２２４】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間の期間にわたって、−２３〜３５°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間の期間にわたって、−２３〜３５°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間の期間にわたって、−２３〜３５°Ｆで保存安定性である。
【０２２５】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間の期間にわたって、７７〜１００°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間の期間にわたって、７７〜１００°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間の期間にわたって、７７〜１００°Ｆで保存安定性である。
【０２２６】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０日間の期間にわたって、１０１〜２１３°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０週間の期間にわたって、１０１〜２１３°Ｆで保存安定性である。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９または６０年間の期間にわたって、１０１〜２１３°Ｆで保存安定性である。
【０２２７】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、約１〜１００、約１〜９５、約１〜９０、約１〜８５、約１〜８０、約１〜７５、約１〜７０、約１〜６５、約１〜６０、約１〜５５、約１〜５０、約１〜４５、約１〜４０、約１〜３５、約１〜３０、約１〜２５、約１〜２０、約１〜１５、約１〜１０、約１〜５、約５〜１００、約５〜９５、約５〜９０、約５〜８５、約５〜８０、約５〜７５、約５〜７０、約５〜６５、約５〜６０、約５〜５５、約５〜５０、約５〜４５、約５〜４０、約５〜３５、約５〜３０、約５〜２５、約５〜２０、約５〜１５、約５〜１０、約１０〜１００、約１０〜９５、約１０〜９０、約１０〜８５、約１０〜８０、約１０〜７５、約１０〜７０、約１０〜６５、約１０〜６０、約１０〜５５、約１０〜５０、約１０〜４５、約１０〜４０、約１０〜３５、約１０〜３０、約１０〜２５、約１０〜２０、約１０〜１５、約１５〜１００、約１５〜９５、約１５〜９０、約１５〜８５、約１５〜８０、約１５〜７５、約１５〜７０、約１５〜６５、約１５〜６０、約１５〜５５、約１５〜５０、約１５〜４５、約１５〜４０、約１５〜３５、約１５〜３０、約１５〜２５、約１５〜２０、約２０〜１００、約２０〜９５、約２０〜９０、約２０〜８５、約２０〜８０、約２０〜７５、約２０〜７０、約２０〜６５、約２０〜６０、約２０〜５５、約２０〜５０、約２０〜４５、約２０〜４０、約２０〜３５、約２０〜３０、約２０〜２５、約２５〜１００、約２５〜９５、約２５〜９０、約２５〜８５、約２５〜８０、約２５〜７５、約２５〜７０、約２５〜６５、約２５〜６０、約２５〜５５、約２５〜５０、約２５〜４５、約２５〜４０、約２５〜３５、約２５〜３０、約３０〜１００、約３０〜９５、約３０〜９０、約３０〜８５、約３０〜８０、約３０〜７５、約３０〜７０、約３０〜６５、約３０〜６０、約３０〜５５、約３０〜５０、約３０〜４５、約３０〜４０、約３０〜３５、約３５〜１００、約３５〜９５、約３５〜９０、約３５〜８５、約３５〜８０、約３５〜７５、約３５〜７０、約３５〜６５、約３５〜６０、約３５〜５５、約３５〜５０、約３５〜４５、約３５〜４０、約４０〜１００、約４０〜９５、約４０〜９０、約４０〜８５、約４０〜８０、約４０〜７５、約４０〜７０、約４０〜６５、約４０〜６０、約４０〜５５、約４０〜５０、約４０〜４５、約４５〜１００、約４５〜９５、約４５〜９０、約４５〜８５、約４５〜８０、約４５〜７５、約４５〜７０、約４５〜６５、約４５〜６０、約４５〜５５、約４５〜５０、約５０〜１００、約５０〜９５、約５０〜９０、約５０〜８５、約５０〜８０、約５０〜７５、約５０〜７０、約５０〜６５、約５０〜６０、約５０〜５５、約５５〜１００、約５５〜９５、約５５〜９０、約５５〜８５、約５５〜８０、約５５〜７５、約５５〜７０、約５５〜６５、約５５〜６０、約６０〜１００、約６０〜９５、約６０〜９０、約６０〜８５、約６０〜８０、約６０〜７５、約６０〜７０、約６０〜６５、約６５〜１００、約６５〜９５、約６５〜９０、約６５〜８５、約６５〜８０、約６５〜７５、約６５〜７０、約７０〜１００、約７０〜９５、約７０〜９０、約７０〜８５、約７０〜８０、約７０〜７５、約７５〜１００、約７５〜９５、約７５〜９０、約７５〜８５、約７５〜８０、約８０〜１００、約８０〜９５、約８０〜９０、約８０〜８５、約８５〜１００、約８５〜９５、約８５〜９０、約９０〜１００、約９０〜９５、または９５〜１００週間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２２８】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、１〜１００、１〜９５、１〜９０、１〜８５、１〜８０、１〜７５、１〜７０、１〜６５、１〜６０、１〜５５、１〜５０、１〜４５、１〜４０、１〜３５、１〜３０、１〜２５、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜５、５〜１００、５〜９５、５〜９０、５〜８５、５〜８０、５〜７５、５〜７０、５〜６５、５〜６０、５〜５５、５〜５０、５〜４５、５〜４０、５〜３５、５〜３０、５〜２５、５〜２０、５〜１５、５〜１０、１０〜１００、１０〜９５、１０〜９０、１０〜８５、１０〜８０、１０〜７５、１０〜７０、１０〜６５、１０〜６０、１０〜５５、１０〜５０、１０〜４５、１０〜４０、１０〜３５、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、１５〜１００、１５〜９５、１５〜９０、１５〜８５、１５〜８０、１５〜７５、１５〜７０、１５〜６５、１５〜６０、１５〜５５、１５〜５０、１５〜４５、１５〜４０、１５〜３５、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２０、２０〜１００、２０〜９５、２０〜９０、２０〜８５、２０〜８０、２０〜７５、２０〜７０、２０〜６５、２０〜６０、２０〜５５、２０〜５０、２０〜４５、２０〜４０、２０〜３５、２０〜３０、２０〜２５、２５〜１００、２５〜９５、２５〜９０、２５〜８５、２５〜８０、２５〜７５、２５〜７０、２５〜６５、２５〜６０、２５〜５５、２５〜５０、２５〜４５、２５〜４０、２５〜３５、２５〜３０、３０〜１００、３０〜９５、３０〜９０、３０〜８５、３０〜８０、３０〜７５、３０〜７０、３０〜６５、３０〜６０、３０〜５５、３０〜５０、３０〜４５、３０〜４０、３０〜３５、３５〜１００、３５〜９５、３５〜９０、３５〜８５、３５〜８０、３５〜７５、３５〜７０、３５〜６５、３５〜６０、３５〜５５、３５〜５０、３５〜４５、３５〜４０、４０〜１００、４０〜９５、４０〜９０、４０〜８５、４０〜８０、４０〜７５、４０〜７０、４０〜６５、４０〜６０、４０〜５５、４０〜５０、４０〜４５、４５〜１００、４５〜９５、４５〜９０、４５〜８５、４５〜８０、４５〜７５、４５〜７０、４５〜６５、４５〜６０、４５〜５５、４５〜５０、５０〜１００、５０〜９５、５０〜９０、５０〜８５、５０〜８０、５０〜７５、５０〜７０、５０〜６５、５０〜６０、５０〜５５、５５〜１００、５５〜９５、５５〜９０、５５〜８５、５５〜８０、５５〜７５、５５〜７０、５５〜６５、５５〜６０、６０〜１００、６０〜９５、６０〜９０、６０〜８５、６０〜８０、６０〜７５、６０〜７０、６０〜６５、６５〜１００、６５〜９５、６５〜９０、６５〜８５、６５〜８０、６５〜７５、６５〜７０、７０〜１００、７０〜９５、７０〜９０、７０〜８５、７０〜８０、７０〜７５、７５〜１００、７５〜９５、７５〜９０、７５〜８５、７５〜８０、８０〜１００、８０〜９５、８０〜９０、８０〜８５、８５〜１００、８５〜９５、８５〜９０、９０〜１００、９０〜９５、または９５〜１００週間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２２９】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、約１〜３６、約１〜３４、約１〜３２、約１〜３０、約１〜２８、約１〜２６、約１〜２４、約１〜２２、約１〜２０、約１〜１８、約１〜１６、約１〜１４、約１〜１２、約１〜１０、約１〜８、約１〜６、約１〜４、約１〜２、約４〜３６、約４〜３４、約４〜３２、約４〜３０、約４〜２８、約４〜２６、約４〜２４、約４〜２２、約４〜２０、約４〜１８、約４〜１６、約４〜１４、約４〜１２、約４〜１０、約４〜８、約４〜６、約６〜３６、約６〜３４、約６〜３２、約６〜３０、約６〜２８、約６〜２６、約６〜２４、約６〜２２、約６〜２０、約６〜１８、約６〜１６、約６〜１４、約６〜１２、約６〜１０、約６〜８、約８〜３６、約８〜３４、約８〜３２、約８〜３０、約８〜２８、約８〜２６、約８〜２４、約８〜２２、約８〜２０、約８〜１８、約８〜１６、約８〜１４、約８〜１２、約８〜１０、約１０〜３６、約１０〜３４、約１０〜３２、約１０〜３０、約１０〜２８、約１０〜２６、約１０〜２４、約１０〜２２、約１０〜２０、約１０〜１８、約１０〜１６、約１０〜１４、約１０〜１２、約１２〜３６、約１２〜３４、約１２〜３２、約１２〜３０、約１２〜２８、約１２〜２６、約１２〜２４、約１２〜２２、約１２〜２０、約１２〜１８、約１２〜１６、約１２〜１４、約１４〜３６、約１４〜３４、約１４〜３２、約１４〜３０、約１４〜２８、約１４〜２６、約１４〜２４、約１４〜２２、約１４〜２０、約１４〜１８、約１４〜１６、約１６〜３６、約１６〜３４、約１６〜３２、約１６〜３０、約１６〜２８、約１６〜２６、約１６〜２４、約１６〜２２、約１６〜２０、約１６〜１８、約１８〜３６、約１８〜３４、約１８〜３２、約１８〜３０、約１８〜２８、約１８〜２６、約１８〜２４、約１８〜２２、約１８〜２０、約２０〜３６、約２０〜３４、約２０〜３２、約２０〜３０、約２０〜２８、約２０〜２６、約２０〜２４、約２０〜２２、約２２〜３６、約２２〜３４、約２２〜３２、約２２〜３０、約２２〜２８、約２２〜２６、約２２〜２４、約２４〜３６、約２４〜３４、約２４〜３２、約２４〜３０、約２４〜２８、約２４〜２６、約２６〜３６、約２６〜３４、約２６〜３２、約２６〜３０、約２６〜２８、約２８〜３６、約２８〜３４、約２８〜３２、約２８〜３０、約３０〜３６、約３０〜３４、約３０〜３２、約３２〜３６、約３２〜３４、または約３４〜３６ヶ月間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２３０】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、１〜３６、１〜３４、１〜３２、１〜３０、１〜２８、１〜２６、１〜２４、１〜２２、１〜２０、１〜１８、１〜１６、１〜１４、１〜１２、１〜１０、１〜８、１〜６、１〜４、１〜２、４〜３６、４〜３４、４〜３２、４〜３０、４〜２８、４〜２６、４〜２４、４〜２２、４〜２０、４〜１８、４〜１６、４〜１４、４〜１２、４〜１０、４〜８、４〜６、６〜３６、６〜３４、６〜３２、６〜３０、６〜２８、６〜２６、６〜２４、６〜２２、６〜２０、６〜１８、６〜１６、６〜１４、６〜１２、６〜１０、６〜８、８〜３６、８〜３４、８〜３２、８〜３０、８〜２８、８〜２６、８〜２４、８〜２２、８〜２０、８〜１８、８〜１６、８〜１４、８〜１２、８〜１０、１０〜３６、１０〜３４、１０〜３２、１０〜３０、１０〜２８、１０〜２６、１０〜２４、１０〜２２、１０〜２０、１０〜１８、１０〜１６、１０〜１４、１０〜１２、１２〜３６、１２〜３４、１２〜３２、１２〜３０、１２〜２８、１２〜２６、１２〜２４、１２〜２２、１２〜２０、１２〜１８、１２〜１６、１２〜１４、１４〜３６、１４〜３４、１４〜３２、１４〜３０、１４〜２８、１４〜２６、１４〜２４、１４〜２２、１４〜２０、１４〜１８、１４〜１６、１６〜３６、１６〜３４、１６〜３２、１６〜３０、１６〜２８、１６〜２６、１６〜２４、１６〜２２、１６〜２０、１６〜１８、１８〜３６、１８〜３４、１８〜３２、１８〜３０、１８〜２８、１８〜２６、１８〜２４、１８〜２２、１８〜２０、２０〜３６、２０〜３４、２０〜３２、２０〜３０、２０〜２８、２０〜２６、２０〜２４、２０〜２２、２２〜３６、２２〜３４、２２〜３２、２２〜３０、２２〜２８、２２〜２６、２２〜２４、２４〜３６、２４〜３４、２４〜３２、２４〜３０、２４〜２８、２４〜２６、２６〜３６、２６〜３４、２６〜３２、２６〜３０、２６〜２８、２８〜３６、２８〜３４、２８〜３２、２８〜３０、３０〜３６、３０〜３４、３０〜３２、３２〜３６、３２〜３４、または３４〜３６ヶ月間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２３１】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、約１〜３６、約１〜３４、約１〜３２、約１〜３０、約１〜２８、約１〜２６、約１〜２４、約１〜２２、約１〜２０、約１〜１８、約１〜１６、約１〜１４、約１〜１２、約１〜１０、約１〜８、約１〜６、約１〜４、約１〜２、約４〜３６、約４〜３４、約４〜３２、約４〜３０、約４〜２８、約４〜２６、約４〜２４、約４〜２２、約４〜２０、約４〜１８、約４〜１６、約４〜１４、約４〜１２、約４〜１０、約４〜８、約４〜６、約６〜３６、約６〜３４、約６〜３２、約６〜３０、約６〜２８、約６〜２６、約６〜２４、約６〜２２、約６〜２０、約６〜１８、約６〜１６、約６〜１４、約６〜１２、約６〜１０、約６〜８、約８〜３６、約８〜３４、約８〜３２、約８〜３０、約８〜２８、約８〜２６、約８〜２４、約８〜２２、約８〜２０、約８〜１８、約８〜１６、約８〜１４、約８〜１２、約８〜１０、約１０〜３６、約１０〜３４、約１０〜３２、約１０〜３０、約１０〜２８、約１０〜２６、約１０〜２４、約１０〜２２、約１０〜２０、約１０〜１８、約１０〜１６、約１０〜１４、約１０〜１２、約１２〜３６、約１２〜３４、約１２〜３２、約１２〜３０、約１２〜２８、約１２〜２６、約１２〜２４、約１２〜２２、約１２〜２０、約１２〜１８、約１２〜１６、約１２〜１４、約１４〜３６、約１４〜３４、約１４〜３２、約１４〜３０、約１４〜２８、約１４〜２６、約１４〜２４、約１４〜２２、約１４〜２０、約１４〜１８、約１４〜１６、約１６〜３６、約１６〜３４、約１６〜３２、約１６〜３０、約１６〜２８、約１６〜２６、約１６〜２４、約１６〜２２、約１６〜２０、約１６〜１８、約１８〜３６、約１８〜３４、約１８〜３２、約１８〜３０、約１８〜２８、約１８〜２６、約１８〜２４、約１８〜２２、約１８〜２０、約２０〜３６、約２０〜３４、約２０〜３２、約２０〜３０、約２０〜２８、約２０〜２６、約２０〜２４、約２０〜２２、約２２〜３６、約２２〜３４、約２２〜３２、約２２〜３０、約２２〜２８、約２２〜２６、約２２〜２４、約２４〜３６、約２４〜３４、約２４〜３２、約２４〜３０、約２４〜２８、約２４〜２６、約２６〜３６、約２６〜３４、約２６〜３２、約２６〜３０、約２６〜２８、約２８〜３６、約２８〜３４、約２８〜３２、約２８〜３０、約３０〜３６、約３０〜３４、約３０〜３２、約３２〜３６、約３２〜３４、または約３４〜３６年間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２３２】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、１〜３６、１〜３４、１〜３２、１〜３０、１〜２８、１〜２６、１〜２４、１〜２２、１〜２０、１〜１８、１〜１６、１〜１４、１〜１２、１〜１０、１〜８、１〜６、１〜４、１〜２、４〜３６、４〜３４、４〜３２、４〜３０、４〜２８、４〜２６、４〜２４、４〜２２、４〜２０、４〜１８、４〜１６、４〜１４、４〜１２、４〜１０、４〜８、４〜６、６〜３６、６〜３４、６〜３２、６〜３０、６〜２８、６〜２６、６〜２４、６〜２２、６〜２０、６〜１８、６〜１６、６〜１４、６〜１２、６〜１０、６〜８、８〜３６、８〜３４、８〜３２、８〜３０、８〜２８、８〜２６、８〜２４、８〜２２、８〜２０、８〜１８、８〜１６、８〜１４、８〜１２、８〜１０、１０〜３６、１０〜３４、１０〜３２、１０〜３０、１０〜２８、１０〜２６、１０〜２４、１０〜２２、１０〜２０、１０〜１８、１０〜１６、１０〜１４、１０〜１２、１２〜３６、１２〜３４、１２〜３２、１２〜３０、１２〜２８、１２〜２６、１２〜２４、１２〜２２、１２〜２０、１２〜１８、１２〜１６、１２〜１４、１４〜３６、１４〜３４、１４〜３２、１４〜３０、１４〜２８、１４〜２６、１４〜２４、１４〜２２、１４〜２０、１４〜１８、１４〜１６、１６〜３６、１６〜３４、１６〜３２、１６〜３０、１６〜２８、１６〜２６、１６〜２４、１６〜２２、１６〜２０、１６〜１８、１８〜３６、１８〜３４、１８〜３２、１８〜３０、１８〜２８、１８〜２６、１８〜２４、１８〜２２、１８〜２０、２０〜３６、２０〜３４、２０〜３２、２０〜３０、２０〜２８、２０〜２６、２０〜２４、２０〜２２、２２〜３６、２２〜３４、２２〜３２、２２〜３０、２２〜２８、２２〜２６、２２〜２４、２４〜３６、２４〜３４、２４〜３２、２４〜３０、２４〜２８、２４〜２６、２６〜３６、２６〜３４、２６〜３２、２６〜３０、２６〜２８、２８〜３６、２８〜３４、２８〜３２、２８〜３０、３０〜３６、３０〜３４、３０〜３２、３２〜３６、３２〜３４、または３４〜３６年間の期間にわたって、冷蔵温度（３５〜４０°Ｆ）で、室温（６８〜７２°Ｆ）で、５０〜７７°Ｆの間で、−２３〜３５°Ｆの間で、７０〜１００°Ｆの間で、または１０１〜２１３°Ｆの間で保存安定性である。
【０２３３】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７または９８％の相対湿度において、開示された温度および／または温度範囲のいずれかならびに時間の長さにおいて、保存安定性である。
【０２３４】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、０．７５０、０．７００、０．６５０、０．６００、０．５５０、０．５００、０．４７５、０．４５０、０．４２５、０．４００、０．３７５、０．３５０、０．３２５、０．３００、０．２７５、０．２５０、０．２２５、０．２００、０．１９０、０．１８０、０．１７０、０．１６０、０．１５０、０．１４０、０．１３０、０．１２０、０．１１０、０．１００、０．０９５、０．０９０、０．０８５、０．０８０、０．０７５、０．０７０、０．０６５、０．０６０、０．０５５、０．０５０、０．０４５、０．０４０、０．０３５、０．０３０、０．０２５、０．０２０、０．０１５、０．０１０または０．００５未満の水分活性（ａｗ）を保有する。
【０２３５】
一部の実施形態では、本開示の微生物組成物は、約０．７５０、約０．７００、約０．６５０、約０．６００、約０．５５０、約０．５００、約０．４７５、約０．４５０、約０．４２５、約０．４００、約０．３７５、約０．３５０、約０．３２５、約０．３００、約０．２７５、約０．２５０、約０．２２５、約０．２００、約０．１９０、約０．１８０、約０．１７０、約０．１６０、約０．１５０、約０．１４０、約０．１３０、約０．１２０、約０．１１０、約０．１００、約０．０９５、約０．０９０、約０．０８５、約０．０８０、約０．０７５、約０．０７０、約０．０６５、約０．０６０、約０．０５５、約０．０５０、約０．０４５、約０．０４０、約０．０３５、約０．０３０、約０．０２５、約０．０２０、約０．０１５、約０．０１０、または約０．００５未満の水分活性（ａｗ）を保有する。
【０２３６】
水分活性値は、飽和水溶液（Ｓａｔｕｒａｔｅｄ  Ａｑｕｅｏｕｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ）の方法（Multon,  "Techniques  d'Analyse  E  De  Controle  Dans  Les  Industries  Agroalimentaires"  APRIA  (1981)）によって、あるいは実行可能なＲｏｂｏｔｒｏｎｉｃ  ＢＴ湿度計または他の湿度計もしくは検湿器を使用する直接的測定によって、決定される。
【０２３７】
一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも２種の異なる微生物を含み、この少なくとも２種の微生物は、１：２、１：３、１：３、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１１、１：１２、１：１３、１：１４、１：１５、１：１６、１：１７、１：１８、１：１９、１：２０、１：２１、１：２２、１：２３、１：２４、１：２５、１：２６、１：２７、１：２８、１：２９、１：３０、１：４０、１：５０、１：６０、１：１００、１：１２５、１：１５０、１：１７５もしくは１：２００の比またはそれらの逆数で、組成物中に存在する。一部の実施形態では、微生物組成物は、少なくとも３種の異なる微生物を含み、この３種の微生物は、１：２：１、１：１：２、２：２：１、１：３：１、１：１：３、３：１：１、３：３：１、１：５：１、１：１：５、５：１：１、５：５：１または１：５：５の比で、組成物中に存在する。
【０２３８】
カプセル封入組成物
【０２３９】
一部の実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物のいずれか１つは、カプセル封入組成物中にカプセル封入される。カプセル封入組成物は、外部ストレッサーから微生物を保護する。一部の実施形態では、外部ストレッサーには、熱的ストレッサーおよび物理的ストレッサーが含まれる。一部の実施形態では、外部ストレッサーには、組成物中に存在する化学物質が含まれる。カプセル封入組成物は、嫌気的微生物に対する好気的環境の酸化ストレスを最小化するなど、微生物にとって有益であり得る環境をさらに創出する。微生物のカプセル封入組成物および微生物をカプセル封入する方法については、Ｋａｌｓｔａら（米国特許第５，１０４，６６２Ａ号）、Ｆｏｒｄ（米国特許第５，７３３，５６８Ａ号）ならびにＭｏｓｂａｃｈおよびＮｉｌｓｓｏｎ（米国特許第４，６４７，５３６Ａ号）を参照のこと。
【０２４０】
一実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物のいずれか１つは、耐熱性（heat  tolerance）および耐熱性（heat  resistance）と相互交換可能に使用される耐熱性（thermal  tolerance）を示す。一実施形態では、本開示の耐熱性（thermal  tolerant）組成物は、加熱死滅ならびに細胞壁構成要素および細胞内環境の変性に対して耐性である。
【０２４１】
一実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物のいずれか１つは、酸寛容性および塩基寛容性と相互交換可能に使用されるｐＨ寛容性を示す。一実施形態では、本開示のｐＨ寛容性組成物は、組成物を調製する１つまたは複数のステップと関連する、ｐＨにおける迅速なスイング（高いから低い、低いから高い、高いから中性、低いから中性、中性から高い、および中性から低い）に寛容性である。
【０２４２】
一実施形態では、カプセル封入は、レザバ型カプセル封入である。一実施形態では、カプセル封入は、マトリックス型カプセル封入である。一実施形態では、カプセル封入は、コーティングされたマトリックス型カプセル封入である。Burgain  et  al.  (2011.  J.  Food  Eng.  104:467-483)は、多数のカプセル封入の実施形態および技法を開示している。
【０２４３】
一部の実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物は、以下のうち１つまたは複数中にカプセル封入される：ジェランガム、キサンタンガム、Ｋ−カラギーナン、酢酸塩フタル酸セルロース、キトサン、デンプン、乳脂肪、乳清タンパク質、Ｃａ−アルジネート、ラフティロース（raftilose）、ラフチリン（raftiline）、ペクチン、サッカリド、グルコース、マルトデキストリン、アラビアゴム、グアー、種子粉、アルジネート、デキストリン、デキストラン、セルロース（celluloase）、ゼラチン、ゼラチン、アルブミン、カゼイン、グルテン、アカシアゴム（acacia  gum）、トラガント、ワックス、パラフィン、ステアリン酸、モノグリセリド（monodiglyceride）およびジグリセリド。一部の実施形態では、本開示の組成物は、ポリマー、炭水化物、糖、プラスチック、ガラス、多糖、脂質、ワックス、油、脂肪酸またはグリセリドのうち１つまたは複数によってカプセル封入される。一実施形態では、微生物組成物は、グルコースによってカプセル封入される。一実施形態では、微生物組成物は、グルコース含有組成物によってカプセル封入される。一実施形態では、微生物組成物の製剤は、グルコースカプセル材料を含む。一実施形態では、微生物組成物の製剤は、グルコースでカプセル封入された組成物を含む。
【０２４４】
一部の実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物のカプセル封入は、押出し、乳化、コーティング、凝集、凍結乾燥、ガラス化、泡乾燥（foam  drying）、蒸発による保存、真空乾燥またはスプレー乾燥によって実施される。
【０２４５】
一部の実施形態では、本開示のカプセル封入された組成物は、ガラス化される。一部の実施形態では、カプセル封入には、ガラス化として公知のプロセスである、ガラス状の非晶質固体状態を形成する物質の存在下で本開示の組成物を乾燥させるプロセスが関与し、そうすることで、組成物をカプセル封入する。一部の実施形態では、ガラス化された組成物は、微生物を典型的には破壊または分解する分解性条件から保護される。多くの一般的な物質が、ガラス化の特性を有する；すなわち、これらは、ある特定の条件下でガラス状固体状態を形成する。これらの物質の中では、スクロースおよびマルトースを含むいくつかの糖、ならびに他のより複雑な化合物、例えば、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）である。任意の溶液が乾燥すると、溶液中の分子は、結晶化し得る、またはガラス化し得る。乾燥の間の結晶の核生成に対する妨害に起因して、大きい非対称性を有する溶質は、優れたガラス化剤であり得る。別の物質の結晶化を阻害する物質は、優れたガラス化を形成する組み合わされた物質、例えば、スクロースの存在下でのラフィノースを生じ得る。米国特許第５，２９０，７６５号および同第９，４６９，８３５号を参照のこと。
【０２４６】
一部の実施形態では、ガラス化された物質中にカプセル封入された微生物組成物が産生される。ガラス化された組成物は、細胞を含む混合物を選択すること；上記混合物を、十分な量の１つまたは複数のガラス化溶質と組み合わせて、乾燥の間に上記混合物を保護し、破壊的反応を阻害すること；および上記組合せが凍結する温度よりも高く、上記ガラス化溶質がガラス化された状態を達成する温度よりも低い温度で、およそ正常な大気圧で、上記組合せが実質的に乾燥するまで、上記組合せを乾燥剤または乾燥条件に曝露させることによって上記組合せを乾燥させることによって、創出され得る。
【０２４７】
一実施形態では、カプセル封入組成物は、固体シェル材料中にカプセル封入された液体コアの多重度を有するマイクロカプセルを含む。本開示の目的のために、コアの「多重度」は、２つまたはそれよりも多くとして定義される。
【０２４８】
カプセル封入シェル材料として有用な易融性材料の１つのカテゴリーは、ワックスのカテゴリーである。本明細書での使用のために企図される代表的なワックスは、以下の通りである：動物ワックス、例えば、ミツロウ、ラノリン、シェルワックス（shell  wax）および中国昆虫ワックス（Chinese  insect  wax）；植物ワックス、例えば、カルナバ、キャンデリラ、ヤマモモおよびサトウキビ；ミネラルワックス、例えば、パラフィン、微結晶石油、オゾケライト、セレシンおよびモンタン；合成ワックス、例えば、低分子量ポリオレフィン（例えば、ＣＡＲＢＯＷＡＸ）およびポリオールエーテル−エステル（例えば、ソルビトール）；Ｆｉｓｃｈｅｒ−Ｔｒｏｐｓｃｈ法合成ワックス；ならびにそれらの混合物。水溶性ワックス、例えば、ＣＡＲＢＯＷＡＸおよびソルビトールは、コアが水性である場合には、本明細書では企図されない。本明細書で有用ななお他の易融性化合物は、易融性天然樹脂、例えば、ロジン、バルサム、シェラック、およびそれらの混合物である。
【０２４９】
一部の実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物は、ワックス、例えば、本開示に記載されるワックス中に包埋される。一部の実施形態では、微生物または微生物組成物は、ワックスボール中に包埋される。一部の実施形態では、微生物または微生物組成物は、ワックスボール中に包埋される前に、既にカプセル封入されている。一部の実施形態では、ワックスボールは、直径が１０ミクロン、２０ミクロン、３０ミクロン、４０ミクロン、５０ミクロン、６０ミクロン、７０ミクロン、８０ミクロン、９０ミクロン、１００ミクロン、１５０ミクロン、２００ミクロン、２５０ミクロン、３００ミクロン、３５０ミクロン、４００ミクロン、４５０ミクロン、５００ミクロン、５５０ミクロン、６００ミクロン、６５０ミクロン、７００ミクロン、７５０ミクロン、８００ミクロン、８５０ミクロン、９００ミクロン、９５０ミクロン、または１，０００ミクロンである。
【０２５０】
一部の実施形態では、ワックスボールは、直径が約１０微生物、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロン、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンである。
【０２５１】
一部の実施形態では、ワックスボールは、直径が１０〜２０ミクロン、１０〜３０ミクロン、１０〜４０ミクロン、１０〜５０ミクロン、１０〜６０ミクロン、１０〜７０ミクロン、１０〜８０ミクロン、１０〜９０ミクロン、１０〜１００ミクロン、１０〜２５０ミクロン、１０〜５００ミクロン、１０〜７５０ミクロン、１０〜１，０００ミクロン、２０〜３０ミクロン、２０〜４０ミクロン、２０〜５０ミクロン、２０〜６０ミクロン、２０〜７０ミクロン、２０〜８０ミクロン、２０〜９０ミクロン、２０〜１００ミクロン、２０〜２５０ミクロン、２０〜５００ミクロン、２０〜７５０ミクロン、２０〜１，０００ミクロン、３０〜４０ミクロン、３０〜５０ミクロン、３０〜６０ミクロン、３０〜７０ミクロン、３０〜８０ミクロン、３０〜９０ミクロン、３０〜１００ミクロン、３０〜２５０ミクロン、３０〜５００ミクロン、３０〜７５０ミクロン、３０〜１，０００ミクロン、４０〜５０ミクロン、４０〜６０ミクロン、４０〜７０ミクロン、４０〜８０ミクロン、４０〜９０ミクロン、４０〜１００ミクロン、４０〜２５０ミクロン、４０〜５００ミクロン、４０〜７５０ミクロン、４０〜１，０００ミクロン、５０〜６０ミクロン、５０〜７０ミクロン、５０〜８０ミクロン、５０〜９０ミクロン、５０〜１００ミクロン、５０〜２５０ミクロン、５０〜５００ミクロン、５０〜７５０ミクロン、５０〜１，０００ミクロン、６０〜７０ミクロン、６０〜８０ミクロン、６０〜９０ミクロン、６０〜１００ミクロン、６０〜２５０ミクロン、６０〜５００ミクロン、６０〜７５０ミクロン、６０〜１，０００ミクロン、７０〜８０ミクロン  ７０〜９０ミクロン、７０〜９０ミクロン、７０〜１００ミクロン、７０〜２５０ミクロン、７０〜５００ミクロン、７０〜７５０ミクロン、７０〜１，０００ミクロン、８０〜９０ミクロン、８０〜１００ミクロン、８０〜２５０ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜７５０ミクロン、８０〜１，０００ミクロン、９０〜１００ミクロン、９０〜２５０ミクロン、９０〜５００ミクロン、９０〜７５０ミクロン、９０〜１，０００ミクロン、１００〜２５０ミクロン、１００〜５００ミクロン、１００〜７５０ミクロン、１００〜１，０００ミクロン、２５０〜５００ミクロン、２５０〜７５０ミクロン、２５０〜１，０００ミクロン、５００〜７５０ミクロン、５００〜１，０００ミクロン、または７５０〜１，０００ミクロンの間である。
【０２５２】
一部の実施形態では、ワックスボールは、直径が約１０〜２０ミクロン、約１０〜３０ミクロン、約１０〜４０ミクロン、約１０〜５０ミクロン、約１０〜６０ミクロン、約１０〜７０ミクロン、約１０〜８０ミクロン、約１０〜９０ミクロン、約１０〜１００ミクロン、約１０〜２５０ミクロン、約１０〜５００ミクロン、約１０〜７５０ミクロン、約１０〜１，０００ミクロン、約２０〜３０ミクロン、約２０〜４０ミクロン、約２０〜５０ミクロン、約２０〜６０ミクロン、約２０〜７０ミクロン、約２０〜８０ミクロン、約２０〜９０ミクロン、約２０〜１００ミクロン、約２０〜２５０ミクロン、約２０〜５００ミクロン、約２０〜７５０ミクロン、約２０〜１，０００ミクロン、約３０〜４０ミクロン、約３０〜５０ミクロン、約３０〜６０ミクロン、約３０〜７０ミクロン、約３０〜８０ミクロン、約３０〜９０ミクロン、約３０〜１００ミクロン、約３０〜２５０ミクロン、約３０〜５００ミクロン、約３０〜７５０ミクロン、約３０〜１，０００ミクロン、約４０〜５０ミクロン、約４０〜６０ミクロン、約４０〜７０ミクロン、約４０〜８０ミクロン、約４０〜９０ミクロン、約４０〜１００ミクロン、約４０〜２５０ミクロン、約４０〜５００ミクロン、約４０〜７５０ミクロン、約４０〜１，０００ミクロン、約５０〜６０ミクロン、約５０〜７０ミクロン、約５０〜８０ミクロン、約５０〜９０ミクロン、約５０〜１００ミクロン、約５０〜２５０ミクロン、約５０〜５００ミクロン、約５０〜７５０ミクロン、約５０〜１，０００ミクロン、約６０〜７０ミクロン、約６０〜８０ミクロン、約６０〜９０ミクロン、約６０〜１００ミクロン、約６０〜２５０ミクロン、約６０〜５００ミクロン、約６０〜７５０ミクロン、約６０〜１，０００ミクロン、約７０〜８０ミクロン  約７０〜９０ミクロン、約７０〜９０ミクロン、約７０〜１００ミクロン、約７０〜２５０ミクロン、約７０〜５００ミクロン、約７０〜７５０ミクロン、約７０〜１，０００ミクロン、約８０〜９０ミクロン、約８０〜１００ミクロン、約８０〜２５０ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜７５０ミクロン、約８０〜１，０００ミクロン、約９０〜１００ミクロン、約９０〜２５０ミクロン、約９０〜５００ミクロン、約９０〜７５０ミクロン、約９０〜１，０００ミクロン、約１００〜２５０ミクロン、約１００〜５００ミクロン、約１００〜７５０ミクロン、約１００〜１，０００ミクロン、約２５０〜５００ミクロン、約２５０〜７５０ミクロン、約２５０〜１，０００ミクロン、約５００〜７５０ミクロン、約５００〜１，０００ミクロン、または約７５０〜１，０００ミクロンの間である。
【０２５３】
種々の補助的材料が、本開示に従う易融性材料中への取込みのために企図される。例えば、抗酸化剤、光安定剤、染料およびレーキ、香味料、精油、アンチケーキング剤、フィラー、ｐＨ安定剤、糖（単糖、二糖、三糖および多糖）などは、本開示のためのその有用性を損なわない量で、易融性材料中に取り込まれ得る。
【０２５４】
本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約０．１重量％〜約５０重量％、約１重量％〜約３５重量％または約５重量％〜約３０重量％を構成する。一部の実施形態では、本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約３０重量％以下を構成する。一部の実施形態では、本明細書で企図されるコア材料は、マイクロカプセルの約５重量％を構成する。コア材料は、マイクロカプセルの企図される保存温度において液体または固体のいずれかとして企図される。
【０２５５】
コアは、当業者に明らかな他の潜在的に有用な補足的コア材料を含む、農業分野で周知の他の添加剤を含み得る。乳化剤は、安定なエマルジョンの形成を助けるために用いられ得る。代表的な乳化剤としては、モノステアリン酸グリセリル、ポリソルベートエステル、エトキシ化モノグリセリドおよびジグリセリド、ならびにそれらの混合物が挙げられる。
【０２５６】
加工の容易さのために、特に、合理的に安定なエマルジョンの首尾よい形成を可能にするために、コア材料およびシェル材料の粘度は、エマルジョンが形成される温度で類似であるべきである。特に、センチポアズまたは同等な単位で表現され、共にエマルジョンの温度において測定される、シェルの粘度のコアの粘度に対する比は、約２２：１〜約１：１、望ましくは約８：１〜約１：１、好ましくは約３：１〜約１：１であるべきである。１：１の比が理想的であるが、列挙された範囲内の粘度比が有用である。
【０２５７】
カプセル封入組成物は、上で開示されたマイクロカプセル組成物に限定されない。一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、毒性効果のない天然または合成であり得る接着性ポリマー中に、微生物組成物をカプセル封入する。一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、糖マトリックス、ゼラチンマトリックス、ポリマーマトリックス、シリカマトリックス、デンプンマトリックス、発泡体マトリックス、ガラス／ガラス状マトリックスなどから選択されるマトリックスである得る。Ｐｉｒｚｉｏら（米国特許第７，４８８，５０３号）を参照のこと。一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、ポリ酢酸ビニル；ポリ酢酸ビニルコポリマー；エチレン酢酸ビニル（ＥＶＡ）コポリマー；ポリビニルアルコール；ポリビニルアルコールコポリマー；エチルセルロース、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロースおよびカルボキシメチルセルロースを含むセルロース；ポリビニルピロリドン；デンプン、加工デンプン、デキストリン、マルトデキストリン、アルジネートおよびキトサンを含む多糖；単糖；脂肪；油を含む脂肪酸；ゼラチンおよびゼインを含むタンパク質；アラビアゴム；シェラック；塩化ビニリデンおよび塩化ビニリデンコポリマー；リグノスルホン酸カルシウム；アクリルコポリマー；ポリビニルアクリレート；ポリエチレンオキシド；アクリルアミドポリマーおよびコポリマー；ポリヒドロキシエチルアクリレート、メチルアクリルアミドモノマー；ならびにポリクロロプレンから選択され得る。
【０２５８】
一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、少なくとも１つの層のカプセル封入を構成する。一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９または少なくとも２０層のカプセル封入／カプセル材料を構成する。
【０２５９】
一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、少なくとも２つの層のカプセル封入を構成する。一部の実施形態では、カプセル封入の各層は、組成物に異なる特徴を付与する。一部の実施形態では、２つの連続する層で同じ特徴を付与するものはない。一部の実施形態では、カプセル封入の少なくとも２つの層のうち少なくとも１つの層は、熱安定性、保存安定性、紫外線耐性、水分耐性、疎水性、親水性、疎油性、親油性、ｐＨ安定性、酸耐性および塩基耐性を付与する。
【０２６０】
一部の実施形態では、カプセル封入組成物は、２つの層のカプセル封入を構成する；第１の層は、熱安定性および／または保存安定性を付与し、第２の層は、ｐＨ耐性を提供する。一部の実施形態では、カプセル封入層は、カプセル封入層の中心に保持される微生物組成物の持続放出を付与する。一部の実施形態では、層の数が大きくなるほど、投与後の、微生物組成物が露出する前の時間の量が多くなる。
【０２６１】
一部の実施形態では、本開示のカプセル封入シェルは、最大で１０μｍ、２０μｍ、３０μｍ、４０μｍ、５０μｍ、６０μｍ、７０μｍ、８０μｍ、９０μｍ、１００μｍ、１１０μｍ、１２０μｍ、１３０μｍ、１４０μｍ、１５０μｍ、１６０μｍ、１７０μｍ、１８０μｍ、１９０μｍ、２００μｍ、２１０μｍ、２２０μｍ、２３０μｍ、２４０μｍ、２５０μｍ、２６０μｍ、２７０μｍ、２８０μｍ、２９０μｍ、３００μｍ、３１０μｍ、３２０μｍ、３３０μｍ、３４０μｍ、３５０μｍ、３６０μｍ、３７０μｍ、３８０μｍ、３９０μｍ、４００μｍ、４１０μｍ、４２０μｍ、４３０μｍ、４４０μｍ、４５０μｍ、４６０μｍ、４７０μｍ、４８０μｍ、４９０μｍ、５００μｍ、５１０μｍ、５２０μｍ、５３０μｍ、５４０μｍ、５５０μｍ、５６０μｍ、５７０μｍ、５８０μｍ、５９０μｍ、６００μｍ、６１０μｍ、６２０μｍ、６３０μｍ、６４０μｍ、６５０μｍ、６６０μｍ、６７０μｍ、６８０μｍ、６９０μｍ、７００μｍ、７１０μｍ、７２０μｍ、７３０μｍ、７４０μｍ、７５０μｍ、７６０μｍ、７７０μｍ、７８０μｍ、７９０μｍ、８００μｍ、８１０μｍ、８２０μｍ、８３０μｍ、８４０μｍ、８５０μｍ、８６０μｍ、８７０μｍ、８８０μｍ、８９０μｍ、９００μｍ、９１０μｍ、９２０μｍ、９３０μｍ、９４０μｍ、９５０μｍ、９６０μｍ、９７０μｍ、９８０μｍ、９９０μｍ、１０００μｍ、１０１０μｍ、１０２０μｍ、１０３０μｍ、１０４０μｍ、１０５０μｍ、１０６０μｍ、１０７０μｍ、１０８０μｍ、１０９０μｍ、１１００μｍ、１１１０μｍ、１１２０μｍ、１１３０μｍ、１１４０μｍ、１１５０μｍ、１１６０μｍ、１１７０μｍ、１１８０μｍ、１１９０μｍ、１２００μｍ、１２１０μｍ、１２２０μｍ、１２３０μｍ、１２４０μｍ、１２５０μｍ、１２６０μｍ、１２７０μｍ、１２８０μｍ、１２９０μｍ、１３００μｍ、１３１０μｍ、１３２０μｍ、１３３０μｍ、１３４０μｍ、１３５０μｍ、１３６０μｍ、１３７０μｍ、１３８０μｍ、１３９０μｍ、１４００μｍ、１４１０μｍ、１４２０μｍ、１４３０μｍ、１４４０μｍ、１４５０μｍ、１４６０μｍ、１４７０μｍ、１４８０μｍ、１４９０μｍ、１５００μｍ、１５１０μｍ、１５２０μｍ、１５３０μｍ、１５４０μｍ、１５５０μｍ、１５６０μｍ、１５７０μｍ、１５８０μｍ、１５９０μｍ、１６００μｍ、１６１０μｍ、１６２０μｍ、１６３０μｍ、１６４０μｍ、１６５０μｍ、１６６０μｍ、１６７０μｍ、１６８０μｍ、１６９０μｍ、１７００μｍ、１７１０μｍ、１７２０μｍ、１７３０μｍ、１７４０μｍ、１７５０μｍ、１７６０μｍ、１７７０μｍ、１７８０μｍ、１７９０μｍ、１８００μｍ、１８１０μｍ、１８２０μｍ、１８３０μｍ、１８４０μｍ、１８５０μｍ、１８６０μｍ、１８７０μｍ、１８８０μｍ、１８９０μｍ、１９００μｍ、１９１０μｍ、１９２０μｍ、１９３０μｍ、１９４０μｍ、１９５０μｍ、１９６０μｍ、１９７０μｍ、１９８０μｍ、１９９０μｍ、２０００μｍ、２０１０μｍ、２０２０μｍ、２０３０μｍ、２０４０μｍ、２０５０μｍ、２０６０μｍ、２０７０μｍ、２０８０μｍ、２０９０μｍ、２１００μｍ、２１１０μｍ、２１２０μｍ、２１３０μｍ、２１４０μｍ、２１５０μｍ、２１６０μｍ、２１７０μ���、２１８０μｍ、２１９０μｍ、２２００μｍ、２２１０μｍ、２２２０μｍ、２２３０μｍ、２２４０μｍ、２２５０μｍ、２２６０μｍ、２２７０μｍ、２２８０μｍ、２２９０μｍ、２３００μｍ、２３１０μｍ、２３２０μｍ、２３３０μｍ、２３４０μｍ、２３５０μｍ、２３６０μｍ、２３７０μｍ、２３８０μｍ、２３９０μｍ、２４００μｍ、２４１０μｍ、２４２０μｍ、２４３０μｍ、２４４０μｍ、２４５０μｍ、２４６０μｍ、２４７０μｍ、２４８０μｍ、２４９０μｍ、２５００μｍ、２５１０μｍ、２５２０μｍ、２５３０μｍ、２５４０μｍ、２５５０μｍ、２５６０μｍ、２５７０μｍ、２５８０μｍ、２５９０μｍ、２６００μｍ、２６１０μｍ、２６２０μｍ、２６３０μｍ、２６４０μｍ、２６５０μｍ、２６６０μｍ、２６７０μｍ、２６８０μｍ、２６９０μｍ、２７００μｍ、２７１０μｍ、２７２０μｍ、２７３０μｍ、２７４０μｍ、２７５０μｍ、２７６０μｍ、２７７０μｍ、２７８０μｍ、２７９０μｍ、２８００μｍ、２８１０μｍ、２８２０μｍ、２８３０μｍ、２８４０μｍ、２８５０μｍ、２８６０μｍ、２８７０μｍ、２８８０μｍ、２８９０μｍ、２９００μｍ、２９１０μｍ、２９２０μｍ、２９３０μｍ、２９４０μｍ、２９５０μｍ、２９６０μｍ、２９７０μｍ、２９８０μｍ、２９９０μｍ、または３０００μｍの厚さであり得る。
【０２６２】
一部の実施形態では、本開示のカプセル封入組成物は、０．７５０、０．７００、０．６５０、０．６００、０．５５０、０．５００、０．４７５、０．４５０、０．４２５、０．４００、０．３７５、０．３５０、０．３２５、０．３００、０．２７５、０．２５０、０．２２５、０．２００、０．１９０、０．１８０、０．１７０、０．１６０、０．１５０、０．１４０、０．１３０、０．１２０、０．１１０、０．１００、０．０９５、０．０９０、０．０８５、０．０８０、０．０７５、０．０７０、０．０６５、０．０６０、０．０５５、０．０５０、０．０４５、０．０４０、０．０３５、０．０３０、０．０２５、０．０２０、０．０１５、０．０１０または０．００５未満の水分活性（ａｗ）を保有する。
【０２６３】
一部の実施形態では、本開示のカプセル封入組成物は、約０．７５０、約０．７００、約０．６５０、約０．６００、約０．５５０、約０．５００、約０．４７５、約０．４５０、約０．４２５、約０．４００、約０．３７５、約０．３５０、約０．３２５、約０．３００、約０．２７５、約０．２５０、約０．２２５、約０．２００、約０．１９０、約０．１８０、約０．１７０、約０．１６０、約０．１５０、約０．１４０、約０．１３０、約０．１２０、約０．１１０、約０．１００、約０．０９５、約０．０９０、約０．０８５、約０．０８０、約０．０７５、約０．０７０、約０．０６５、約０．０６０、約０．０５５、約０．０５０、約０．０４５、約０．０４０、約０．０３５、約０．０３０、約０．０２５、約０．０２０、約０．０１５、約０．０１０、または約０．００５未満の水分活性（ａｗ）を保有する。
【０２６４】
一実施形態では、微生物は、１つまたは複数の糖、糖アルコール、二糖、三糖、多糖、塩、アミノ酸、アミノ酸塩またはポリマーを含み得る賦形剤と共に、スプレー乾燥、凍結乾燥または泡乾燥によって最初に乾燥される。
【０２６５】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、直径が１０ミクロン、２０ミクロン、３０ミクロン、４０ミクロン、５０ミクロン、６０ミクロン、７０ミクロン、８０ミクロン、９０ミクロン、１００ミクロン、１５０ミクロン、２００ミクロン、２５０ミクロン、３００ミクロン、３５０ミクロン、４００ミクロン、４５０ミクロン、５００ミクロン、５５０ミクロン、６００ミクロン、６５０ミクロン、７００ミクロン、７５０ミクロン、８００ミクロン、８５０ミクロン、９００ミクロン、９５０ミクロン、または１，０００ミクロンのサイズまで製粉される。
【０２６６】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、直径が約１０ミクロン、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロン、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンのサイズまで製粉される。
【０２６７】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、直径が１０〜２０ミクロン、１０〜３０ミクロン、１０〜４０ミクロン、１０〜５０ミクロン、１０〜６０ミクロン、１０〜７０ミクロン、１０〜８０ミクロン、１０〜９０ミクロン、１０〜１００ミクロン、１０〜２５０ミクロン、１０〜５００ミクロン、１０〜７５０ミクロン、１０〜１，０００ミクロン、２０〜３０ミクロン、２０〜４０ミクロン、２０〜５０ミクロン、２０〜６０ミクロン、２０〜７０ミクロン、２０〜８０ミクロン、２０〜９０ミクロン、２０〜１００ミクロン、２０〜２５０ミクロン、２０〜５００ミクロン、２０〜７５０ミクロン、２０〜１，０００ミクロン、３０〜４０ミクロン、３０〜５０ミクロン、３０〜６０ミクロン、３０〜７０ミクロン、３０〜８０ミクロン、３０〜９０ミクロン、３０〜１００ミクロン、３０〜２５０ミクロン、３０〜５００ミクロン、３０〜７５０ミクロン、３０〜１，０００ミクロン、４０〜５０ミクロン、４０〜６０ミクロン、４０〜７０ミクロン、４０〜８０ミクロン、４０〜９０ミクロン、４０〜１００ミクロン、４０〜２５０ミクロン、４０〜５００ミクロン、４０〜７５０ミクロン、４０〜１，０００ミクロン、５０〜６０ミクロン、５０〜７０ミクロン、５０〜８０ミクロン、５０〜９０ミクロン、５０〜１００ミクロン、５０〜２５０ミクロン、５０〜５００ミクロン、５０〜７５０ミクロン、５０〜１，０００ミクロン、６０〜７０ミクロン、６０〜８０ミクロン、６０〜９０ミクロン、６０〜１００ミクロン、６０〜２５０ミクロン、６０〜５００ミクロン、６０〜７５０ミクロン、６０〜１，０００ミクロン、７０〜８０ミクロン  ７０〜９０ミクロン、７０〜９０ミクロン、７０〜１００ミクロン、７０〜２５０ミクロン、７０〜５００ミクロン、７０〜７５０ミクロン、７０〜１，０００ミクロン、８０〜９０ミクロン、８０〜１００ミクロン、８０〜２５０ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜７５０ミクロン、８０〜１，０００ミクロン、９０〜１００ミクロン、９０〜２５０ミクロン、９０〜５００ミクロン、９０〜７５０ミクロン、９０〜１，０００ミクロン、１００〜２５０ミクロン、１００〜５００ミクロン、１００〜７５０ミクロン、１００〜１，０００ミクロン、２５０〜５００ミクロン、２５０〜７５０ミクロン、２５０〜１，０００ミクロン、５００〜７５０ミクロン、５００〜１，０００ミクロン、または７５０〜１，０００ミクロンの間のサイズまで製粉される。
【０２６８】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、直径が約１０〜２０ミクロン、約１０〜３０ミクロン、約１０〜４０ミクロン、約１０〜５０ミクロン、約１０〜６０ミクロン、約１０〜７０ミクロン、約１０〜８０ミクロン、約１０〜９０ミクロン、約１０〜１００ミクロン、約１０〜２５０ミクロン、約１０〜５００ミクロン、約１０〜７５０ミクロン、約１０〜１，０００ミクロン、約２０〜３０ミクロン、約２０〜４０ミクロン、約２０〜５０ミクロン、約２０〜６０ミクロン、約２０〜７０ミクロン、約２０〜８０ミクロン、約２０〜９０ミクロン、約２０〜１００ミクロン、約２０〜２５０ミクロン、約２０〜５００ミクロン、約２０〜７５０ミクロン、約２０〜１，０００ミクロン、約３０〜４０ミクロン、約３０〜５０ミクロン、約３０〜６０ミクロン、約３０〜７０ミクロン、約３０〜８０ミクロン、約３０〜９０ミクロン、約３０〜１００ミクロン、約３０〜２５０ミクロン、約３０〜５００ミクロン、約３０〜７５０ミクロン、約３０〜１，０００ミクロン、約４０〜５０ミクロン、約４０〜６０ミクロン、約４０〜７０ミクロン、約４０〜８０ミクロン、約４０〜９０ミクロン、約４０〜１００ミクロン、約４０〜２５０ミクロン、約４０〜５００ミクロン、約４０〜７５０ミクロン、約４０〜１，０００ミクロン、約５０〜６０ミクロン、約５０〜７０ミクロン、約５０〜８０ミクロン、約５０〜９０ミクロン、約５０〜１００ミクロン、約５０〜２５０ミクロン、約５０〜５００ミクロン、約５０〜７５０ミクロン、約５０〜１，０００ミクロン、約６０〜７０ミクロン、約６０〜８０ミクロン、約６０〜９０ミクロン、約６０〜１００ミクロン、約６０〜２５０ミクロン、約６０〜５００ミクロン、約６０〜７５０ミクロン、約６０〜１，０００ミクロン、約７０〜８０ミクロン  約７０〜９０ミクロン、約７０〜９０ミクロン、約７０〜１００ミクロン、約７０〜２５０ミクロン、約７０〜５００ミクロン、約７０〜７５０ミクロン、約７０〜１，０００ミクロン、約８０〜９０ミクロン、約８０〜１００ミクロン、約８０〜２５０ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜７５０ミクロン、約８０〜１，０００ミクロン、約９０〜１００ミクロン、約９０〜２５０ミクロン、約９０〜５００ミクロン、約９０〜７５０ミクロン、約９０〜１，０００ミクロン、約１００〜２５０ミクロン、約１００〜５００ミクロン、約１００〜７５０ミクロン、約１００〜１，０００ミクロン、約２５０〜５００ミクロン、約２５０〜７５０ミクロン、約２５０〜１，０００ミクロン、約５００〜７５０ミクロン、約５００〜１，０００ミクロン、または約７５０〜１，０００ミクロンの間のサイズまで製粉される。
【０２６９】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸または脂肪アルコールと組み合わされ、直径が約１０ミクロン、約２０ミクロン、約３０ミクロン、約４０ミクロン、約５０ミクロン、約６０ミクロン、約７０ミクロン、約８０ミクロン、約９０ミクロン、約１００ミクロン、約１５０ミクロン、約２００ミクロン、約２５０ミクロン、約３００ミクロン、約３５０ミクロン、約４００ミクロン、約４５０ミクロン、約５００ミクロン、約５５０ミクロン、約６００ミクロン、約６５０ミクロン、約７００ミクロン、約７５０ミクロン、約８００ミクロン、約８５０ミクロン、約９００ミクロン、約９５０ミクロン、または約１，０００ミクロンのビーズへとスプレー凝結される。
【０２７０】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸または脂肪アルコールと組み合わされ、直径が１０〜２０ミクロン、１０〜３０ミクロン、１０〜４０ミクロン、１０〜５０ミクロン、１０〜６０ミクロン、１０〜７０ミクロン、１０〜８０ミクロン、１０〜９０ミクロン、１０〜１００ミクロン、１０〜２５０ミクロン、１０〜５００ミクロン、１０〜７５０ミクロン、１０〜１，０００ミクロン、２０〜３０ミクロン、２０〜４０ミクロン、２０〜５０ミクロン、２０〜６０ミクロン、２０〜７０ミクロン、２０〜８０ミクロン、２０〜９０ミクロン、２０〜１００ミクロン、２０〜２５０ミクロン、２０〜５００ミクロン、２０〜７５０ミクロン、２０〜１，０００ミクロン、３０〜４０ミクロン、３０〜５０ミクロン、３０〜６０ミクロン、３０〜７０ミクロン、３０〜８０ミクロン、３０〜９０ミクロン、３０〜１００ミクロン、３０〜２５０ミクロン、３０〜５００ミクロン、３０〜７５０ミクロン、３０〜１，０００ミクロン、４０〜５０ミクロン、４０〜６０ミクロン、４０〜７０ミクロン、４０〜８０ミクロン、４０〜９０ミクロン、４０〜１００ミクロン、４０〜２５０ミクロン、４０〜５００ミクロン、４０〜７５０ミクロン、４０〜１，０００ミクロン、５０〜６０ミクロン、５０〜７０ミクロン、５０〜８０ミクロン、５０〜９０ミクロン、５０〜１００ミクロン、５０〜２５０ミクロン、５０〜５００ミクロン、５０〜７５０ミクロン、５０〜１，０００ミクロン、６０〜７０ミクロン、６０〜８０ミクロン、６０〜９０ミクロン、６０〜１００ミクロン、６０〜２５０ミクロン、６０〜５００ミクロン、６０〜７５０ミクロン、６０〜１，０００ミクロン、７０〜８０ミクロン  ７０〜９０ミクロン、７０〜９０ミクロン、７０〜１００ミクロン、７０〜２５０ミクロン、７０〜５００ミクロン、７０〜７５０ミクロン、７０〜１，０００ミクロン、８０〜９０ミクロン、８０〜１００ミクロン、８０〜２５０ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜５００ミクロン、８０〜７５０ミクロン、８０〜１，０００ミクロン、９０〜１００ミクロン、９０〜２５０ミクロン、９０〜５００ミクロン、９０〜７５０ミクロン、９０〜１，０００ミクロン、１００〜２５０ミクロン、１００〜５００ミクロン、１００〜７５０ミクロン、１００〜１，０００ミクロン、２５０〜５００ミクロン、２５０〜７５０ミクロン、２５０〜１，０００ミクロン、５００〜７５０ミクロン、５００〜１，０００ミクロン、または７５０〜１，０００ミクロンの間のビーズへとスプレー凝結される。
【０２７１】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸または脂肪アルコールと組み合わされ、直径が約１０〜２０ミクロン、約１０〜３０ミクロン、約１０〜４０ミクロン、約１０〜５０ミクロン、約１０〜６０ミクロン、約１０〜７０ミクロン、約１０〜８０ミクロン、約１０〜９０ミクロン、約１０〜１００ミクロン、約１０〜２５０ミクロン、約１０〜５００ミクロン、約１０〜７５０ミクロン、約１０〜１，０００ミクロン、約２０〜３０ミクロン、約２０〜４０ミクロン、約２０〜５０ミクロン、約２０〜６０ミクロン、約２０〜７０ミクロン、約２０〜８０ミクロン、約２０〜９０ミクロン、約２０〜１００ミクロン、約２０〜２５０ミクロン、約２０〜５００ミクロン、約２０〜７５０ミクロン、約２０〜１，０００ミクロン、約３０〜４０ミクロン、約３０〜５０ミクロン、約３０〜６０ミクロン、約３０〜７０ミクロン、約３０〜８０ミクロン、約３０〜９０ミクロン、約３０〜１００ミクロン、約３０〜２５０ミクロン、約３０〜５００ミクロン、約３０〜７５０ミクロン、約３０〜１，０００ミクロン、約４０〜５０ミクロン、約４０〜６０ミクロン、約４０〜７０ミクロン、約４０〜８０ミクロン、約４０〜９０ミクロン、約４０〜１００ミクロン、約４０〜２５０ミクロン、約４０〜５００ミクロン、約４０〜７５０ミクロン、約４０〜１，０００ミクロン、約５０〜６０ミクロン、約５０〜７０ミクロン、約５０〜８０ミクロン、約５０〜９０ミクロン、約５０〜１００ミクロン、約５０〜２５０ミクロン、約５０〜５００ミクロン、約５０〜７５０ミクロン、約５０〜１，０００ミクロン、約６０〜７０ミクロン、約６０〜８０ミクロン、約６０〜９０ミクロン、約６０〜１００ミクロン、約６０〜２５０ミクロン、約６０〜５００ミクロン、約６０〜７５０ミクロン、約６０〜１，０００ミクロン、約７０〜８０ミクロン  約７０〜９０ミクロン、約７０〜９０ミクロン、約７０〜１００ミクロン、約７０〜２５０ミクロン、約７０〜５００ミクロン、約７０〜７５０ミクロン、約７０〜１，０００ミクロン、約８０〜９０ミクロン、約８０〜１００ミクロン、約８０〜２５０ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜５００ミクロン、約８０〜７５０ミクロン、約８０〜１，０００ミクロン、約９０〜１００ミクロン、約９０〜２５０ミクロン、約９０〜５００ミクロン、約９０〜７５０ミクロン、約９０〜１，０００ミクロン、約１００〜２５０ミクロン、約１００〜５００ミクロン、約１００〜７５０ミクロン、約１００〜１，０００ミクロン、約２５０〜５００ミクロン、約２５０〜７５０ミクロン、約２５０〜１，０００ミクロン、約５００〜７５０ミクロン、約５００〜１，０００ミクロン、または約７５０〜１，０００ミクロンの間のビーズへとスプレー凝結される。
【０２７２】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ワックス、脂肪、油、脂肪酸または脂肪アルコールならびに水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールと組み合わされ、ビーズへとスプレー凝結され、そのサイズは、本明細書に記載される。一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖または糖アルコールは、崩壊剤として機能する。一部の実施形態では、崩壊剤は、ビーズが土壌中に分散されると、孔を形成する。
【０２７３】
一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、投与されて１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０分以内に崩壊剤が溶解するように、改変される。一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、投与されて約１、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５または約６０分以内に崩壊剤が溶解するように、改変される。
【０２７４】
一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、投与されて１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５または１２時間以内に崩壊剤が溶解するように、改変される。一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、投与されて約１、約１．５、約２、約２．５、約３、約３．５、約４、約４．５、約５、約５．５、約６、約６．５、約７、約７．５、約８、約８．５、約９、約９．５、約１０、約１０．５、約１１、約１１．５または約１２時間以内に崩壊剤が溶解するように、改変される。
【０２７５】
一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０℃の温度で崩壊剤が溶解するように、改変される。一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２８、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、少なくとも約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、少なくとも約４５、少なくとも約４６、少なくとも約４７、少なくとも約４８、少なくとも約４９または少なくとも約５０℃の温度で崩壊剤が溶解するように、改変される。
【０２７６】
一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、少なくとも３．８、３．９、４．０、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８．０、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９．０、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９または１０．０のｐＨで崩壊剤が溶解するように、改変される。一部の実施形態では、水溶性ポリマー、塩、多糖、糖、ポリペプチド、タンパク質または糖アルコールの組成物は、少なくとも約３．８、少なくとも約３．９、少なくとも約４．  少なくとも約４．１、少なくとも約４．２、少なくとも約４．３、少なくとも約４．４、少なくとも約４．５、少なくとも約４．６、少なくとも約４．７、少なくとも約４．８、少なくとも約４．９、少なくとも約５．０、少なくとも約５．１、少なくとも約５．２、少なくとも約５．３、少なくとも約５．４、少なくとも約５．５、少なくとも約５．６、少なくとも約５．７、少なくとも約５．８、少なくとも約５．９、少なくとも約６．０、少なくとも約６．２、少なくとも約６．３、少なくとも約６．４、少なくとも約６．５、少なくとも約６．６、少なくとも約６．７、少なくとも約６．８、少なくとも約６．９、少なくとも約７．０、少なくとも約７．１、少なくとも約７．２、少なくとも約７．３、少なくとも約７．４、少なくとも約７．５、少なくとも約７．６、少なくとも約７．７、少なくとも約７．８、少なくとも約７．９、少なくとも約８．０、少なくとも約８．１、少なくとも約８．２、少なくとも約８．３、少なくとも約８．４、少なくとも約８．５、少なくとも約８．６、少なくとも約８．７、少なくとも約８．８、少なくとも約８．９、少なくとも約９．０、少なくとも約９．１、少なくとも約９．２、少なくとも約９．３、少なくとも約９．４、少なくとも約９．５、少なくとも約９．６、少なくとも約９．７、少なくとも約９．８、少なくとも約９．９、または少なくとも約１０．０のｐＨで崩壊剤が溶解するように、改変される。
【０２７７】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ポリマー、多糖、糖、糖アルコール、ゲル、ワックス、脂肪、脂肪アルコールまたは脂肪酸でコーティングされる。
【０２７８】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物は、ポリマー、多糖、糖、糖アルコール、ゲル、ワックス、脂肪、脂肪アルコールまたは脂肪酸でコーティングされる。
【０２７９】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、投与されて１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０分以内にコーティングが溶解するように、改変される。一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、投与されて約１、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５または約６０分以内にコーティングが溶解するように、改変される。
【０２８０】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、投与されて１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５または１２時間以内にコーティングが溶解するように、改変される。一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、投与されて約１、約１．５、約２、約２．５、約３、約３．５、約４、約４．５、約５、約５．５、約６、約６．５、約７、約７．５、約８、約８．５、約９、約９．５、約１０、約１０．５、約１１、約１１．５または約１２時間以内にコーティングが溶解するように、改変される。
【０２８１】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０℃の温度でコーティングが溶解するように、改変される。一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２８、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、少なくとも約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、少なくとも約４５、少なくとも約４６、少なくとも約４７、少なくとも約４８、少なくとも約４９、または少なくとも約５０℃の温度でコーティングが溶解するように、改変される。
【０２８２】
一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、少なくとも３．８、３．９、４．０、４．１、４．２、４．３、４．４、４．５、４．６、４．７、４．８、４．９、５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、８．０、８．１、８．２、８．３、８．４、８．５、８．６、８．７、８．８、８．９、９．０、９．１、９．２、９．３、９．４、９．５、９．６、９．７、９．８、９．９または１０．０のｐＨでコーティングが溶解するように、改変される。一部の実施形態では、微生物または微生物を含む組成物のコーティングは、少なくとも約３．８、少なくとも約３．９、少なくとも約４．  少なくとも約４．１、少なくとも約４．２、少なくとも約４．３、少なくとも約４．４、少なくとも約４．５、少なくとも約４．６、少なくとも約４．７、少なくとも約４．８、少なくとも約４．９、少なくとも約５．０、少なくとも約５．１、少なくとも約５．２、少なくとも約５．３、少なくとも約５．４、少なくとも約５．５、少なくとも約５．６、少なくとも約５．７、少なくとも約５．８、少なくとも約５．９、少なくとも約６．０、少なくとも約６．２、少なくとも約６．３、少なくとも約６．４、少なくとも約６．５、少なくとも約６．６、少なくとも約６．７、少なくとも約６．８、少なくとも約６．９、少なくとも約７．０、少なくとも約７．１、少なくとも約７．２、少なくとも約７．３、少なくとも約７．４、少なくとも約７．５、少なくとも約７．６、少なくとも約７．７、少なくとも約７．８、少なくとも約７．９、少なくとも約８．０、少なくとも約８．１、少なくとも約８．２、少なくとも約８．３、少なくとも約８．４、少なくとも約８．５、少なくとも約８．６、少なくとも約８．７、少なくとも約８．８、少なくとも約８．９、少なくとも約９．０、少なくとも約９．１、少なくとも約９．２、少なくとも約９．３、少なくとも約９．４、少なくとも約９．５、少なくとも約９．６、少なくとも約９．７、少なくとも約９．８、少なくとも約９．９、または少なくとも約１０．０のｐＨでコーティングが溶解するように、改変される。
微生物組成物の農業的適用
【０２８３】
本明細書で開示される微生物組成物は、乾燥粉末、粉末および水のスラリー、粒状材料、または流動性種子処理の形態であり得る。本明細書で開示される微生物集団を含む組成物は、種子の表面上にコーティングされ得、液体形態であり得る。
【０２８４】
組成物は、生物反応器、例えば、連続撹拌タンク反応器、バッチ反応器中で、および農場で製造され得る。一部の例では、組成物は、コンテナ、例えばジョッキ中で、またはミニバルクで保存され得る。一部の例では、組成物は、ボトル、ジャー、アンプル、小包（package）、容器、バッグ、箱（box）、箱（bin）、封筒、段ボール箱、コンテナ、サイロ、輸送用コンテナ、トラックの荷台および／またはケースからなる群から選択される物体内に保存され得る。
【０２８５】
一部の例では、１つまたは複数の組成物は、種子上にコーティングされ得る。一部の例では、１つまたは複数の組成物は、苗上にコーティングされ得る。一部の例では、１つまたは複数の組成物は、種子の表面上にコーティングされ得る。一部の例では、１つまたは複数の組成物は、種子の表面上の層としてコーティングされ得る。一部の例では、種子上にコーティングされる組成物は、液体形態で、乾燥製品形態で、泡形態で、粉末および水のスラリーの形態で、または流動性種子処理であり得る。一部の例では、１つまたは複数の組成物は、種子および／または苗に１つまたは複数の組成物をスプレーする、それに浸漬させる、それでコーティングする、それでカプセル封入するおよび／またはそれをまぶすことによって、種子および／または苗に適用され得る。一部の例では、複数の細菌または細菌集団は、植物の種子および／または苗上にコーティングされ得る。一部の例では、細菌組合せの少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、または１０種よりも多くの細菌が、本明細書で開示される微生物のいずれか１種から選択される。
【０２８６】
組成物の例としては、商業的に重要な農業的作物、例えば、ソルガム、キャノーラ、トマト、イチゴ、オオムギ、コメ、トウモロコシおよびコムギのための種子コーティングを挙げることができる。組成物の例としては、コーン、ダイズ、キャノーラ、ソルガム、ジャガイモ、コメ、野菜、穀草類および油糧種子のための種子コーティングも挙げることができる。本明細書で提供される種子は、遺伝子改変生物（ＧＭＯ）、非ＧＭＯ、有機または従来のものであり得る。一部の例では、組成物は、植物地上部上にスプレーされ得、または植物種子が栽植される畝間中に挿入すること、土壌に散水すること、もしくは根を組成物の懸濁物中に浸すことによって、根に適用され得る。一部の例では、組成物は、細胞生存度、ならびに宿主植物に人工的に接種およびコロニー形成するアビリティーを維持する適切な様式で脱水され得る。細菌種は、１０８〜１０１０ＣＦＵ／ｍｌの間の濃度で、組成物中に存在し得る。一部の例では、組成物には、微量金属イオン、例えば、モリブデンイオン、鉄イオン、マンガンイオン、またはこれらのイオンの組合せが補充され得る。本明細書に記載される組成物の例中のイオンの濃度は、約０．１ｍＭ〜約５０ｍＭの間であり得る。組成物の一部の例は、担体、例えば、ベータ−グルカン、カルボキシルメチルセルロース（ＣＭＣ）、細菌細胞外ポリマー物質（ＥＰＳ）、糖、動物ミルクまたは他の適切な担体を用いても製剤化され得る。一部の例では、泥炭もしくは植栽材料が担体として使用され得、または組成物がバイオポリマー中に捕捉されるバイオポリマーが、担体として使用され得る。本明細書に記載される細菌集団を含む組成物は、植物形質を改善し得る、例えば、植物成長を促進し、葉中の高いクロロフィル含量を維持し、果実または種子数を増加させ、果実または種子の単位重量を増加させる。
【０２８７】
本明細書に記載される細菌集団を含む組成物は、種子の表面上にコーティングされ得る。このように、本明細書に記載される１種または複数の細菌でコーティングされた種子を含む組成物もまた企図される。種子コーティングは、細菌集団を、多孔性の化学的に不活性な粒状担体と混合することによって形成され得る。あるいは、組成物は、種子が栽植される畝間中に直接的に挿入され得、または植物の葉上にスプレーされ得、または根を組成物の懸濁物中に浸すことによって適用され得る。有効量の組成物は、植物の根に隣接した心土領域に生細菌成長を起こさせるため、または植物の葉に生細菌成長を起こさせるために使用され得る。一般に、有効量は、改善された形質（例えば、所望のレベルの窒素固定）を有する植物を生じるのに十分な量である。
【０２８８】
一部の実施形態では、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物は、農業的に許容される担体を使用して製剤化され得る。これらの実施形態のために有用な製剤は、粘着付与剤、微生物安定剤、殺真菌薬、抗細菌剤、保存料、安定剤、界面活性剤、抗錯体剤（anti-complex  agent）、除草剤、殺線虫薬、殺虫薬（insecticide）、植物成長調節薬、肥料、殺鼠薬、乾燥剤（dessicant）、殺細菌薬、栄養素、ホルモン、またはそれらの任意の組合せからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含み得る。一部の例では、組成物は、保存安定性であり得る。例えば、本明細書に記載される組成物のいずれかは、農業的に許容される担体（例えば、肥料、例えば、天然に存在しない肥料、接着剤、例えば、天然に存在しない接着剤、および殺虫剤（pesticide）、例えば、天然に存在しない殺虫剤のうち１つまたは複数）を含み得る。天然に存在しない接着剤は、例えば、ポリマー、コポリマーまたは合成ワックスであり得る。例えば、本明細書に記載されるコーティングされた種子、苗または植物のいずれかは、種子コーティング中にかかる農業的に許容される担体を含有し得る。本明細書に記載される組成物または方法のいずれかでは、農業的に許容される担体は、天然に存在しない化合物（例えば、天然に存在しない肥料、天然に存在しない接着剤、例えば、ポリマー、コポリマーもしくは合成ワックス、または天然に存在しない殺虫剤）であり得る、またはそれらを含み得る。農業的に許容される担体の非限定的な例は、以下に記載される。農業的に許容される担体のさらなる例は、当技術分野で公知である。
【０２８９】
一部の場合には、本開示の微生物、微生物コンソーシアまたは微生物組成物は、農業的に許容される担体と混合され得る。担体は、固体担体または液体担体であり得、ミクロスフェア、粉末、エマルジョンなどを含む種々の形態であり得る。担体は、種々の特性、例えば、増加した安定性、ぬれ性（wettability）または分散性を付与するいくつかの担体のうちいずれか１つまたは複数であり得る。湿潤剤、例えば、非イオン性もしくはイオン性界面活性剤であり得る天然もしくは合成の界面活性剤、またはそれらの組合せが、組成物中に含まれ得る。油中水エマルジョンもまた、単離された細菌を含む組成物を製剤化するために使用され得る（例えば、米国特許第７，４８５，４５１号を参照のこと）。調製され得る適切な製剤としては、水和剤、顆粒、ゲル、寒天ストリップまたはペレット、増粘剤など、マイクロカプセル封入された粒子など、液体、例えば、水性フロアブル剤、水性懸濁物、油中水エマルジョンなどが挙げられる。製剤には、穀物もしくはマメ科植物製品、例えば、挽かれた穀物もしくは豆、穀物もしくは豆に由来するブロスもしくは粉、デンプン、糖、または油が含まれ得る。
【０２９０】
一部の実施形態では、農業的担体は、土壌または植物成長培地であり得る。使用され得る他の農業的担体には、水、肥料、植物ベースの油、保湿剤、またはそれらの組合せが含まれる。あるいは、農業的担体は、顆粒、ペレットもしくは懸濁物を含む、固体、例えば、珪藻土、ローム、シリカ、アルジネート、粘土、ベントナイト、バーミキュライト、種子鞘、他の植物および動物産物、または組合せであり得る。上述の成分のいずれかの混合物もまた、例えば、ローム、砂または粘土中のペースト（pesta）（粉およびカオリン粘土）、寒天または粉ベースのペレットなどであるがこれらに限定されない担体として企図される。製剤は、細菌のための食料供給源、例えば、オオムギ、コメ、あるいは他の生物学的材料、例えば、種子、植物部分、サトウキビバガス、穀物加工からの外皮もしくは柄、挽かれた植物材料、または建築現場廃物からの木材、おがくず、または紙、布地もしくは木材のリサイクルからの小繊維を含み得る。
【０２９１】
例えば、肥料は、成長を促進すること、または種子、苗もしくは植物に栄養素を提供することを助けるために使用され得る。肥料の非限定的な例としては、窒素、リン、カリウム、カルシウム、硫黄、マグネシウム、ホウ素、塩化物、マンガン、鉄、亜鉛、銅、モリブデンおよびセレン（またはそれらの塩）が挙げられる。肥料のさらなる例としては、１つまたは複数のアミノ酸、塩、炭水化物、ビタミン、グルコース、ＮａＣｌ、酵母抽出物、ＮＨ４Ｈ２ＰＯ４、（ＮＨ４）２ＳＯ４、グリセロール、バリン、Ｌ−ロイシン、乳酸、プロピオン酸、コハク酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸水素カリウム、キシロース、リキソースおよびレシチンが挙げられる。一実施形態では、製剤は、他の活性剤を物質（例えば、種子の表面）に結合させるのを助けるために、粘着付与剤または接着薬（adherent）（接着性薬剤（adhesive  agent）と呼ばれる）を含み得る。かかる薬剤は、コーティング組成物を得るために、細菌を、他の化合物（例えば、生物製剤ではない制御剤）を含有し得る担体と組み合わせるのに、有用である。かかる組成物は、微生物および他の薬剤と植物または植物部分との間の接触を維持するために、植物または種子の周囲にコーティングを創出するのを助ける。一実施形態では、接着性物質（adhesive）は、アルジネート、ガム、デンプン、レシチン、ホルモノネチン、ポリビニルアルコール、アルカリホルモノネチネート（alkali  formononetinate）、ヘスペレチン、ポリ酢酸ビニル、ケファリン、アラビアゴム、キサンタンガム、鉱物油、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、アラビノガラクタン、メチルセルロース、ＰＥＧ４００、キトサン、ポリアクリルアミド、ポリアクリレート、ポリアクリロニトリル、グリセロール、トリエチレングリコール、酢酸ビニル、ジェランガム、ポリスチレン、ポリビニル、カルボキシメチルセルロース、ガティガムおよびポリオキシエチレン−ポリオキシブチレンブロックコポリマーからなる群から選択される。
【０２９２】
一部の実施形態では、接着性物質は、例えば、ワックス、例えば、カルナバワックス、ミツロウ、中国ロウ（Chinese  wax）、シェラックワックス、鯨ロウワックス、キャンデリラワックス、ヒマシワックス（castor  wax）、オーリクリー（ouricury）ワックスおよび米ぬかワックス、多糖（例えば、デンプン、デキストリン、マルトデキストリン、アルジネートおよびキトサン）、脂肪、油、タンパク質（例えば、ゼラチンおよびゼイン）、ガムアラブル（gum  arable）、ならびにシェラックであり得る。接着性薬剤は、天然に存在しない化合物、例えば、ポリマー、コポリマーおよびワックスであり得る。例えば、接着性薬剤として使用され得るポリマーの非限定的な例としては、ポリ酢酸ビニル、ポリ酢酸ビニルコポリマー、エチレン酢酸ビニル（ＥＶＡ）コポリマー、ポリビニルアルコール、ポリビニルアルコールコポリマー、セルロース（例えば、エチルセルロース、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロースおよびカルボキシメチルセルロース）、ポリビニルピロリドン、塩化ビニル、塩化ビニリデンコポリマー、リグノスルホン酸カルシウム、アクリルコポリマー、ポリビニルアクリレート、ポリエチレンオキシド、アシルアミド（acylamide）ポリマーおよびコポリマー、ポリヒドロキシエチルアクリレート、メチルアクリルアミドモノマー、ならびにポリクロロプレンが挙げられる。
【０２９３】
一部の例では、接着剤、抗真菌剤、成長調節剤および殺虫剤（例えば、殺虫薬）のうち１つまたは複数は、天然に存在しない化合物（例えば、任意の組合せでの）である。農業的に許容される担体のさらなる例としては、分散剤（例えば、ポリビニルピロリドン／酢酸ビニルＰＶＰＩＶＡ  Ｓ−６３０）、界面活性剤、バインダーおよびフィラー剤が挙げられる。製剤は、界面活性剤もまた含有し得る。界面活性剤の非限定的な例としては、窒素−界面活性剤ブレンド、例えば、Ｐｒｅｆｅｒ  ２８（Ｃｅｎｅｘ）、Ｓｕｒｆ−Ｎ（ＵＳ）、Ｉｎｈａｎｃｅ（Ｂｒａｎｄｔ）、Ｐ−２８（Ｗｉｌｆａｒｍ）およびＰａｔｒｏｌ（Ｈｅｌｅｎａ）が挙げられ；エステル化種子油としては、Ｓｕｎ−Ｉｔ  ＩＩ（ＡｍＣｙ）、ＭＳＯ（ＵＡＰ）、Ｓｃｏｉｌ（Ａｇｓｃｏ）、Ｈａｓｔｅｎ（Ｗｉｌｆａｒｍ）およびＭｅｓ−１００（Ｄｒｅｘｅｌ）が挙げられ；オルガノ−シリコーン界面活性剤としては、Ｓｉｌｗｅｔ  Ｌ７７（ＵＡＰ）、Ｓｉｌｉｋｉｎ（Ｔｅｒｒａ）、Ｄｙｎｅ−Ａｍｉｃ（Ｈｅｌｅｎａ）、Ｋｉｎｅｔｉｃ（Ｈｅｌｅｎａ）、Ｓｙｌｇａｒｄ  ３０９（Ｗｉｌｂｕｒ−Ｅｌｌｉｓ）およびＣｅｎｔｕｒｙ（Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ）が挙げられる。一実施形態では、界面活性剤は、０．０１％ｖ／ｖ〜１０％ｖ／ｖの間の濃度で存在する。別の実施形態では、界面活性剤は、０．１％ｖ／ｖ〜１％ｖ／ｖの間の濃度で存在する。
【０２９４】
ある特定の場合には、製剤は、微生物安定剤を含む。かかる薬剤には、その化合物（単数または複数）が液体接種材料に対して乾燥効果を実際に有するような濃度で使用されるかどうかにかかわらず、乾燥剤として分類され得る任意の化合物または化合物の混合物を含み得る乾燥剤が含まれ得る。かかる乾燥剤は、理想的には、使用される細菌集団と適合性であり、種子に対する適用から生き残り、乾燥から生き残る微生物集団のアビリティーを促進すべきである。適切な乾燥剤の例としては、トレハロース、スクロース、グリセロールおよびメチレングリコールのうち１つまたは複数が挙げられる。他の適切な乾燥剤としては、これらに限定されないが、非還元糖および糖アルコール（例えば、マンニトールまたはソルビトール）が挙げられる。製剤中に導入される乾燥剤の量は、約５重量／体積％〜約５０重量／体積％、例えば、約１０重量／体積％〜約４０重量／体積％の間、約１５重量／体積％〜約３５重量／体積％の間、または約２０重量／体積％〜約３０重量／体積％の間の範囲であり得る。一部の場合には、製剤は、殺真菌薬、抗細菌剤、除草剤、殺線虫薬、殺虫薬、植物成長調節薬、殺鼠薬、殺細菌薬または栄養素などの薬剤を含有することが有利である。一部の例では、薬剤には、種子表面媒介病原体に対する保護を提供する保護剤が含まれ得る。一部の例では、保護剤は、土壌媒介病原体のいくらかのレベルの制御を提供し得る。一部の例では、保護剤は、種子表面に対して主に有効であり得る。
土壌を改善し、植物成長を促進する方法
【０２９５】
本開示は、植物成長のために土壌を改善する方法であって、本明細書に開示される微生物、微生物コンソーシアおよび／または微生物組成物のいずれか１つを適用するステップを含む、方法を提供する。本開示は、植物成長を促進する方法であって、本明細書に開示される微生物、微生物コンソーシアおよび／または微生物組成物のいずれか１つを適用するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアを植栽前に適用する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアを植物の発芽後に適用する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアを種子処理として適用する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアをスプレーとして適用する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアを土壌灌注として適用する。
【０２９６】
一部の実施形態では、微生物組成物を合計または少なくとも０．５ｍｌ、１ｍｌ、２ｍｌ、３ｍｌ、４ｍｌ、５ｍｌ、６ｍｌ、７ｍｌ、８ｍｌ、９ｍｌ、１０ｍｌ、１１ｍｌ、１２ｍｌ、１３ｍｌ、１４ｍｌ、１５ｍｌ、１６ｍｌ、１７ｍｌ、１８ｍｌ、１９ｍｌ、２０ｍｌ、２１ｍｌ、２２ｍｌ、２３ｍｌ、２４ｍｌ、２５ｍｌ、２６ｍｌ、２７ｍｌ、２８ｍｌ、２９ｍｌ、３０ｍｌ、３１ｍｌ、３２ｍｌ、３３ｍｌ、３４ｍｌ、３５ｍｌ、３６ｍｌ、３７ｍｌ、３８ｍｌ、３９ｍｌ、４０ｍｌ、４１ｍ、４２ｍｌ、４３ｍｌ、４４ｍｌ、４５ｍｌ、４６ｍｌ、４７ｍｌ、４８ｍｌ、４９ｍｌ、５０ｍｌ、６０ｍｌ、７０ｍｌ、８０ｍｌ、９０ｍｌ、１００ｍｌ、２００ｍｌ、３００ｍｌ、４００ｍｌ、５００ｍｌ、６００ｍｌ、７００ｍｌ、８００ｍｌ、９００ｍｌ、または１，０００ｍｌを含む用量体積で投与する。
【０２９７】
一部の実施形態では、微生物組成物は、微生物細胞を合計または少なくとも１０１８、１０１７、１０１６、１０１５、１０１４、１０１３、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８、１０７、１０６、１０５、１０４、１０３、または１０２個含む用量で投与する。一部の実施形態では、これらの微生物細胞は、コロニー形成単位（ＣＦＵ）によって数量化される。
【０２９８】
一部の実施形態では、微生物組成物の用量を、組成物１グラム当たりまたは１ミリリットル当たりに総微生物細胞が１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０２〜１０３、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８、１０７、１０６、１０５、１０４、１０３、または１０２個存在するように投与する。
【０２９９】
一部の実施形態では、投与する微生物組成物の用量は、総微生物細胞を１０２〜１０１８、１０３〜１０１８、１０４〜１０１８、１０５〜１０１８、１０６〜１０１８、１０７〜１０１８、１０８〜１０１８、１０９〜１０１８、１０１０〜１０１８、１０１１〜１０１８、１０１２〜１０１８、１０１３〜１０１８、１０１４〜１０１８、１０１５〜１０１８、１０１６〜１０１８、１０１７〜１０１８、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０２〜１０１１、１０３〜１０１１、１０４〜１０１１、１０５〜１０１１、１０６〜１０１１、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０２〜１０３、１０１８、１０１７、１０１６、１０１５、１０１４、１０１３、１０１２、１０１１、１０１０、１０９、１０８、１０７、１０６、１０５、１０４、１０３、または１０２個含む。
【０３００】
一部の実施形態では、組成物を１ヶ月当たり１または複数回投与する。一部の実施形態では、組成物を１週間当たり１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与する。
【０３０１】
一部の実施形態では、微生物組成物を１ヶ月当たり１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与する。
【０３０２】
一部の実施形態では、微生物組成物を１年当たり１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回投与する。
【０３０３】
一部の実施形態では、微生物細胞を任意の数の組成物に自由にコーティングすることができる、または微生物細胞を液体もしくは固体組成物に製剤化した後に組成物にコーティングすることができる。例えば、微小生物を含む固体組成物を、固体担体と胞子の懸濁液を固体担体が胞子または細胞懸濁液に浸透するまで混合することによって調製することができる。次いで、この混合物を乾燥させて所望の粒子を得ることができる。
【０３０４】
一部の実施形態では、本開示の固体または液体微生物組成物は、機能的な作用物質、例えば、活性炭素、無機物、ビタミン、および産物の品質を改善することができる他の作用物質またはこれらの組合せをさらに含有することが意図されている。
【０３０５】
一部の実施形態では、本開示の微生物または微生物組成物は、互いに接触している微生物または微生物組成物の１つまたは複数の存在下で、本明細書に記載の形質の１つまたは複数に対して相乗効果を示す。教示される方法によって得られる相乗効果は、例えば、Ｃｏｌｂｙの式（すなわち、（Ｅ）＝Ｘ＋Ｙ−（Ｘ×Ｙ／１００））に従って数量化することができる。その全体が参照により本明細書に組み込まれるColby,  R.S.,  "Calculating  Synergistic  and  Antagonistic  Responses  of  Herbicide  Combinations",  1967.  Weeds.  Vol.  15,  pp.  20-22を参照されたい。したがって、「相乗的」とは、相加量よりも多く増大した転帰／パラメータ／効果を反映することが意図されている。
【０３０６】
一部の実施形態では、微生物または微生物組成物を１〜５、１〜１０、１〜１５、１〜２０、１〜２４、１〜２５、１〜３０、１〜３５、１〜４０、１〜４５、１〜５０、１〜５５、１〜６０、１〜６５、１〜７０、１〜７５、１〜８０、１〜８５、１〜９０、１〜９５、または１〜１００時間の持効放出様式で投与する。
【０３０７】
一部の実施形態では、微生物または微生物組成物を１〜２、１〜３、１〜４、１〜５、１〜６、１〜７、１〜８、１〜９、１〜１０、１〜１１、１〜１２、１〜１３、１〜１４、１〜１５、１〜１６、１〜１７、１〜１８、１〜１９、１〜２０、１〜２１、１〜２２、１〜２３、１〜２４、１〜２５、１〜２６、１〜２７、１〜２８、１〜２９、または１〜３０日間の持効放出様式で投与する。
土壌シフトおよび微生物の存在量
【０３０８】
一部の実施形態では、土壌マイクロバイオームは、多種多様な代謝能を有する微生物の多様なアレイを含む。一部の実施形態では、本開示は、土壌マイクロバイオームをモジュレートするまたはシフトさせるために、本明細書に記載の微生物組成物のいずれか１つを投与することに引き付けられる。
【０３０９】
一部の実施形態では、微生物および／または微生物コンソーシアのいずれか１つを土壌の１つまたは複数の層または領域に投与することによって土壌マイクロバイオームをシフトさせる。一部の実施形態では、微生物および／または微生物コンソーシアのいずれか１つを土壌に投与することによってマイクロバイオームをシフトさせる。一部の実施形態では、土壌マイクロバイオームのシフトまたはモジュレーションは、本開示の１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアを投与する前に存在していた特定の微生物の減少または消失を含む。一部の実施形態では、マイクロバイオームのシフトまたはモジュレーションは、本開示の１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアを投与する前に存在していた微生物の増加を含む。一部の実施形態では、マイクロバイオームのシフトまたはモジュレーションは、本開示の１つまたは複数の微生物を投与する前には存在していなかった１つまたは複数の微生物の獲得を含む。さらなる実施形態では、１つまたは複数の微生物の獲得は、投与された微生物組成物に具体的に含まれていなかった微生物である。一部の実施形態では、マイクロバイオームのシフトまたはモジュレーションは、土壌中の１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアの機能活性または遺伝子発現のシフトを含む。
【０３１０】
一部の実施形態では、本開示の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、土壌マイクロバイオームの持続的なモジュレーションがもたらされ、その結果、投与された微生物が土壌マイクロバイオーム中に少なくとも１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０日の期間にわたって存在する。
【０３１１】
一部の実施形態では、本開示の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、土壌マイクロバイオームの持続的なモジュレーションがもたらされ、その結果、投与された微生物が土壌マイクロバイオーム中に少なくとも１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間の期間にわたって存在する。
【０３１２】
一部の実施形態では、本開示の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、土壌マイクロバイオームの持続的なモジュレーションがもたらされ、その結果、投与された微生物が土壌マイクロバイオーム中に少なくとも１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜９、３〜８、３〜７、３〜６、３〜５、３〜４、４〜１０、４〜９、４〜８、４〜７、４〜６、４〜５、５〜１０、５〜９、５〜８、５〜７、５〜６、６〜１０、６〜９、６〜８、６〜７、７〜１０、７〜９、７〜８、８〜１０、８〜９、９〜１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月の期間にわたって存在する。
【０３１３】
一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。
【０３１４】
一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。
【０３１５】
一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％減少する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。
【０３１６】
一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物および／または微生物コンソーシアの投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が増加する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、少なくとも４００％、少なくとも５００％、少なくとも６００％、または少なくとも７００％増加する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。一部の実施形態では、１つまたは複数の微生物組成物の投与により、本明細書に開示される分類群のうちの１つまたは複数に属する微生物の数および／または型が少なくとも約０．５％、少なくとも約１％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約２００％、少なくとも約３００％、少なくとも約４００％、少なくとも約５００％、少なくとも約６００％、または少なくとも約７００％増加する土壌マイクロバイオームのシフトがもたらされる。
土壌に対する炭素改良剤
【０３１７】
本開示は、単一のおよび混合栄養素改良剤を使用して土壌微生物に指向的選択を課す炭素改良剤を提供する。特定の理論または作用機構に縛られることなく、栄養素利用を改変するため、および、複雑であり、高度に変動する天然に存在する土壌微生物群集の中で有利な土壌媒介微生物集団（例えば、病原体抑制活性を有するものなど）を選択的に富化するために、土壌炭素改良剤を使用することができると考えられる。
【０３１８】
本明細書で使用される場合、「改良剤」という用語は、広範には、土壌の物理的または化学的特性を改善するために土壌に添加される任意の材料を指す。本明細書で使用される場合、「炭素に基づく改良剤」または「炭素改良剤」という用語は、土壌に添加されると、物理的または化学的特性が改善された、改良された土壌をもたらす任意の炭素に基づく材料を包含する。炭素に基づく改良剤の非限定的な例としては、糖などの単純な栄養素、例えば、フルクトース、グルコース、スクロース、ラクトース、ガラクトース、ブドウ糖、マルトース、ラフィノース、リボース、リブロース、キシルロース、キシロース、アミラーゼ、アラビノースなど；および糖アルコール、例えば、アドニトール、ソルビトール、マンニトール、マルチトール、リビトール、ガラクチトール、グルシトールなど、ならびに、セルロースおよびリグニンを含めた複雑な基質が挙げられる。一部の実施形態では、炭素改良剤は、本明細書に開示される１つまたは複数の単純な栄養素、糖アルコールまたは複雑な基質の組合せを含む。
【０３１９】
炭素改良剤は、間に入る全ての値および部分範囲を含め、１平方メートル当たり約１０グラムの炭素〜１平方メートル当たり約５００グラムの炭素の範囲、例えば、１平方メートル当たり約５０グラムの炭素、１平方メートル当たり約１００グラムの炭素、１平方メートル当たり約２００グラムの炭素、１平方メートル当たり約３００グラムの炭素、１平方メートル当たり約４００グラムの炭素、または１平方メートル当たり約５００グラムの炭素という濃度で使用することができる。一部の実施形態では、炭素改良剤の土壌への適用は、当技術分野における任意の公知の方法によって実現される。一部の実施形態では、炭素改良剤を、標準の農業設備を使用して適用する。一部の実施形態では、炭素改良剤を液体、顆粒、もしくは種子コーティングとして、畝間に、土壌に、または葉に適用する。炭素改良剤を適用する頻度は、土壌の性質、炭素に基づく改良剤の型、および環境条件、ならびに他の因子を含めたいくつかの因子に依存し得る。一部の実施形態では、炭素改良剤を、全ての部分範囲および値を含め、１日に約数回〜数年ごとに約１回、例えば、毎日、週に１回、２週間に１回、月に１回、または年に１回の頻度で適用する。
【０３２０】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法を提供する。本開示は、土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法をさらに提供する。本開示は、潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法をさらに提供する。一部の実施形態では、炭素供給源は、グルコース、フルクトース、リグニン、米粉粉末、リンゴ酸、およびそれらの混合物からなる群から選択される。一部の実施形態では、炭素供給源を１年間の期間中に少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２回適用する。
【０３２１】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；ｂ）土壌中の微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを査定するステップ；ならびにｃ）微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーが所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、方法をさらに提供する。一部の実施形態では、微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。
【０３２２】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；ｂ）土壌内の阻害的微小生物の密度を査定するステップ；ならびにｃ）土壌内の阻害的微小生物の密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、阻害的微小生物の密度を、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。
【０３２３】
本開示は、潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；ｂ）土壌中の病原体密度を決定するステップ；ならびにｃ）病原体密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、阻害的微小生物の密度を、土壌上で成長した作物によって示される病原性症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、土壌上で成長した作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。一部の実施形態では、ステップ（ｂ）を、ステップ（ａ）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月後に実行する。
【０３２４】
本開示は、土壌中の１つまたは複数の微生物接種材料のコロニー形成を増強する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、方法は、微生物接種材料を土壌に適用するステップをさらに含む。一部の実施形態では、微生物接種材料を、炭素供給源を適用する前、それと同時に、またはその後に適用することができる。一部の実施形態では、微生物接種材料は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物である。一部の実施形態では、微生物接種材料を植栽前に土壌に適用する。一部の実施形態では、炭素供給源は、セルロース、グルコース、フルクトース、リグニン、米粉粉末、リンゴ酸、およびそれらの混合物からなる群から選択される。
炭素改良剤＋微生物適用の組合せ処置
【０３２５】
上記の節で言及した通り、土壌に対する炭素改良剤により、土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強することができ、また、土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化することができる。本発明者らは、この予想外の発見を、本開示の微生物組成物および処置と上に開示されている炭素改良剤を組み合わせることによって活用した。
【０３２６】
一部の実施形態では、炭素改良剤を本開示の微生物処置の増強剤として使用することができる。すなわち、一部の実施形態では、本開示は、炭素改良剤と微生物単離物または微生物コンソーシアの同時投与により、前記微生物単離物またはコンソーシアのコロニー形成または効果（例えば、病原体抑制活性または植物成長増強活性）を増強することができることを教示する。例えば、本開示の図１２Ａは、微生物単離物と炭素改良剤の同時投与（コンボ処置）の結果、改良されていない土壌と比較してジャガイモそうか病の有意な減少がもたらされたことを実証する。実際に、微生物＋炭素改良剤の組合せ処置では相乗効果も示され、微生物による処置単独（図では微生物）、または炭素改良剤自体（図では栄養素）のいずれよりも有意に大きな病気の減少がもたらされた。
【０３２７】
一部の実施形態では、本開示は、少なくとも１種の微生物単離物および炭素改良剤を含む組成物を教示する。一部の実施形態では、組成物は、微生物コンソーシアおよび炭素改良剤を含む。一部の実施形態では、組成物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される微生物単離物を含む。一部の実施形態では、微生物コンソーシアには、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）が含まれる。
植物病原体の規範的な生物防除
【０３２８】
本開示は、病原体、例えば土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、（ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップ；および（ｂ）ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、（ｉ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップであって、前記ライブラリーが、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、ならびに植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノードライブラリーを含む、ステップ；（ｉｉ）前記１つまたは複数のノードライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに（ｉｉｉ）ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップを含む。「少なくとも２種の微生物を選択する」ステップのさらなる詳細は、上記の「ＳＰＰＩＭＣに従って微生物コンソーシアをアセンブルすること」の節を含め、本開示内に提示されている。
【０３２９】
本開示は、土壌媒介植物病原体コンソーシアの規範的な生物防除のための方法であって、（ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定および／または培養するステップ；ならびに（ｂ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップを含む、方法をさらに提供する。一部の実施形態では、カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップであって、ステップｉ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、ならびに植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出するステップ；前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用した多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに、ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップを含む。
【０３３０】
一部の実施形態では、土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップは、前記規範的な生物防除を必要とする場所において成長した植物の症状に基づいた病原体の属の同定を含む。一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出するステップは、ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；ｉｉ）試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；およびｉｉｉ）ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップを含む。
【０３３１】
一部の実施形態では、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するステップは、ｉ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で前記微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む。
【０３３２】
一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出するステップは、ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物において抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／またはｉｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップを含み、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する。
【０３３３】
本開示は、土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップを含む。一部の実施形態では、ライブラリーは、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、および臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノードライブラリーを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、前記１つまたは複数のノードライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップを含む。
【０３３４】
本開示は、土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定および／または培養するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、ステップｉ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、および臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用した多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップを含む。一部の実施形態では、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップは、ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップを含む。
【０３３５】
一部の実施形態では、土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップは、前記規範的な生物防除を必要とする場所において成長した植物の症状に基づいた病原体の属の同定を含む。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップを含む。一部の実施形態では、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップは、ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含む。一部の実施形態では、植物病原体抑制的プロファイルは、ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体を抑制する各微生物単離物のアビリティーを示す。
【０３３６】
一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出またはそれにアクセスするステップは、試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップを含む。一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出またはそれにアクセスするステップは、それ自身の試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップを含む。一部の実施形態では、相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出またはそれにアクセスするステップは、ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップを含む。
【０３３７】
一部の実施形態では、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するまたはそれにアクセスするステップは、ｉ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で前記微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む。
【０３３８】
一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出するステップは、微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物において抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップを含む。一部の実施形態では、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出するステップは、微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングし、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップを含む。
【０３３９】
一部の実施形態では、臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーを創出するステップは、複数の抗生物質に対する耐性について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップを含む。
【０３４０】
一部の実施形態では、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出するステップは、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物を試験植物に適用するステップを含む。一部の実施形態では、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出するステップは、試験植物を成熟まで栽培するステップを含む。一部の実施形態では、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出するステップは、微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップを含み、試験植物と対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する。
【０３４１】
一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、またはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱、および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍ、およびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、およびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される。
規範的な生物防除：土壌炭素量および多様性
【０３４２】
本開示は、土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌から、土壌栄養素プロファイルを創出するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップａ）の場所に対する適用のためのカスタマイズされた炭素改良剤を創出するステップであって、カスタマイズされた炭素改良剤が、栄養素土壌プロファイルにおける炭素欠乏を補完する、ステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ｃ）カスタマイズされた土壌炭素改良剤を場所に適用するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ステップａ）〜ｂ）の各反復を、土壌への最後の炭素改良剤適用の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月後に行う。一部の実施形態では、土壌栄養素プロファイルを創出するステップは、規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌試料を提供するステップを含む。一部の実施形態では、土壌栄養素プロファイルを創出するステップは、前記土壌試料の炭素栄養素量を分析するステップを含む。
【０３４３】
一部の実施形態では、土壌試料の炭素栄養素量は、クロマトグラフィー法を介した尺度である。一部の実施形態では、土壌試料の炭素栄養素量は、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、質量分析器、湿式消化および乾式燃焼、空中分光法、強熱減量、元素分析計、および反射分光法からなる群から選択される分析方法を介した尺度である。
【０３４４】
一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、またはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱、および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍ、およびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、およびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される。
【０３４５】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法を提供する。本開示は、土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法を提供する。本開示は、潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、炭素供給源は、グルコース、フルクトース、リグニン、米粉粉末、リンゴ酸、およびそれらの混合物からなる群から選択される。一部の実施形態では、炭素供給源を１年間の期間中に少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２回適用する。
【０３４６】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患している、方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、炭素供給源を土壌に適用するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、土壌中の微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを査定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーが所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。
【０３４７】
本開示は、土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患している、方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、炭素供給源を土壌に適用するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、土壌内の阻害的微小生物の密度を査定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、土壌内の阻害的微小生物の密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む。
【０３４８】
一部の実施形態では、阻害的微小生物の密度を、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。
【０３４９】
本開示は、潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、炭素供給源を土壌に適用するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、土壌中の病原体密度を決定するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、病原体密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップを含む。一部の実施形態では、阻害的微小生物の密度を、土壌上で成長した作物によって示される病原性症状の存在または非存在に基づいて査定する。一部の実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）を、土壌上で成長した作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復する。一部の実施形態では、ステップ（ｂ）を、ステップ（ａ）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月後に実行する。
【０３５０】
本開示は、土壌中の土壌媒介病原体を処置する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、組合せ組成物を土壌に適用するステップを含む。一部の実施形態では、組成物は、土壌媒介病原体抑制性微生物、炭素供給源を含み、それによって、前記土壌において成長した作物の、土壌媒介病原体の症状を低減させる。
【０３５１】
一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、またはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱、および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍ、およびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、およびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される。
【０３５２】
一部の実施形態では、土壌媒介病原体抑制性微生物は、微生物単離物である。一部の実施形態では、微生物単離物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、土壌媒介病原体抑制性微生物を微生物コンソーシアとして投与する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む。
【０３５３】
本開示は、ｉ）土壌媒介病原体抑制性微生物；およびｉ）炭素供給源を含む組成物であって、土壌媒介病原体の成長を抑制することが可能である、組成物を提供する。一部の実施形態では、土壌媒介病原体抑制性微生物は、微生物単離物である。一部の実施形態では、微生物単離物は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、土壌媒介病原体抑制性微生物を微生物コンソーシアとして投与する。一部の実施形態では、微生物コンソーシアには、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、またはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱、および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍ、およびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。一部の実施形態では、土壌媒介病原体は、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、およびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される。
本開示の配列
【０３５４】
配列表に含まれる本開示の配列の要約を以下の表８に提示する：
【表８】
2021530245.tif 000003
【０３５５】
上記の説明ならびに以下の実施例は、例示であり、本発明の範囲を限定するものではないことが理解されるべきである。本発明の範囲内に入る他の態様、利点および改変は本発明が関係する当業者には明らかになるであろう。
【実施例】
【０３５６】
（実施例１）
土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシア（ＳＰＰＩＭＣ）開発プラットフォーム
ＳＰＰＩＭＣプラットフォームにより、植物病原体阻害活性を有する土壌媒介微生物の同定が可能になる。さらに、プラットフォームにより、個々の微生物と比較して優れた特性（例えば、より広範囲の植物病原体を阻害する能力およびより広範囲の栄養素を利用する能力）を有する、２種またはそれよりも多くの植物病原体阻害性微生物を含む多株組成物（本明細書では、互換的に「コンソーシア」と称される）の生成が可能になる。このプラットフォームを使用して開発された微生物コンソーシアおよびその優れた特性を実施例９に記載する。
【０３５７】
図１４は、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシア（ＳＰＰＩＭＣ）開発プラットフォームのフローチャートを例示する。プラットフォームの第１のステップは、富化された微生物ライブラリーを創出することを伴う。第２に、単離物の各々の病原体抑制活性を決定する。その後、多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するが、この分析は、単離物を病原体抑制薬として適用するために重要である、単離物の異なる特徴を分析することを含む。ＭＥＦＢノード分析は、相互阻害活性の決定、栄養素利用相補性の決定、抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーの決定、および植物成長促進アビリティーの決定などのノードを含む。ＭＥＦＢノード分析は、段階的に、並行して、および／または繰り返し実施することができる。図１５は、これらの分析ノードの各々を含むステップを示す。プラットフォームの「ノード」の各々を下記の実施例においてより詳細に説明する。
（実施例２）
植物病原体に対する抗微生物活性を示す細菌ライブラリーの創出
【０３５８】
千種を超えるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、ＦｕｓａｒｉｕｍおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ単離物を、アジアを除く全大陸にわたり、農業土壌、森林土壌、草原土壌、湿地土壌、サバンナ土壌、およびピート土壌から収集した。
【０３５９】
細菌を、標準の栄養培地（素寒天、オートミール寒天、カゼイン酸ナトリウム寒天、およびその他を含む）を使用して単離した。生育地は、広範囲の生態学的条件が捕捉されるようにだけでなく、ｉ）阻害性表現型が富化される可能性が高い状況（Kinkel,  L.  L.,  Schlatter,  D.  S.,  Bakker,  M.  B.,  and  Arenz,  B.  (2012).  Streptomyces  competition  and  coevolution  in  relation  to  disease  suppression.  Research  in  Microbiology:  dx.doi.org/10.1016/j.resmic.2012.07.005）；またはｉｉ）長期にわたる農業管理が課されている状況が標的化されるように選択した。
【０３６０】
この実施例の方法に従って収集した微生物単離物は、農業に使用される有益な微生物コンソーシアの産生における使用のために、「富化された微生物ライブラリー」に保存することができる。一部の実施形態では、富化された微生物ライブラリーはまた、下記の実施例において考察され、図１４に例示されている多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析の１つまたは複数からの情報を含む各収集された微生物単離物に関する情報も含む。したがって、富化された微生物ライブラリーは、一部の実施形態では、収集された微生物単離物の群だけでなく、病原体抑制活性、相互阻害活性、栄養素利用相補性、抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティー、および植物成長促進アビリティーを含めた、前記微生物単離物に関する情報を含むデータベースも含み得る。
（実施例３）
細菌ライブラリーの単離物の、植物病原体に対する抗微生物活性についての特徴付け（「病原体抑制活性の決定」）。
【０３６１】
図１４に示されている通り、ライブラリー中の微生物の各々を、「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「病原体抑制活性の決定」に下記の通り供した。
方法：
【０３６２】
真菌病原体作業ストック単離物を、ベンチトップ（２２℃〜２５℃）、０．５×ポテトデキストロース寒天（１５ｍｌ）上で２日間（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐ．およびＳｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐ．）または５日間（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍおよびＦ．ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）成長させた。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅ培養物を暗闇中（２２℃〜２５℃）、ＳＭＤＡ（豆乳デキストロース寒天）上でおよそ２０日間成長させた。Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．をベンチトップ（２２℃〜２５℃）、Ｖ８寒天上で２日間成長させた。Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．をベンチトップ（２２℃〜２５℃）、２日間Ｖ８寒天上で成長させた。試験した病原体には、そうか病の原因物質およびＶｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｉｌｔ（Ｖ．ｄａｈｌｉａｅまたはＶ．ａｌｂｏ−ａｔｒｕｍ）が含まれた。病原体には、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、およびＦｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅの種も含まれた。
【０３６３】
アンタゴニストＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を、凍結２０％グリセロール胞子懸濁液からの５μｌの一定分量として、オートミール寒天（ＯＡ）１５ｍｌを含有するプレート上に、プレートの周りに一様に間隔をあけ、プレート当たり３つの単離物で点状接種した（プレートをＰｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．またはＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．病原体単離物に対して試験する場合には、ＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓをＶ８寒天上にプレーティングした）。一連の点状接種したアンタゴニスト単離物の各々に反復プレートを存在させた。次いで、接種したオートミール寒天プレートを２８℃で３日間インキュベートした。３日後、プレートを、クロロホルム４ｍｌを含有する時計皿に反転させて１時間置くことにより、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を死滅させた。１時間後、プレートをクラスＩＩ型Ａ２生物学的安全キャビネット（ＢＳＣ）に移し、プレートを開けて、残留するクロロホルムを蒸発させた（３０分間）。このプロセスにより、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物が死滅するか、またはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物がより多くの抗生物質を産生することが防止され、残留するクロロホルムを蒸発させることが可能になり、したがって、真菌単離物の成長は影響を受けなくなる。すでにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓによって産生された抗生物質は、死滅前に培地中に拡散している。
【０３６４】
その後、クロロホルム処理したプレートに真菌病原体を接種した。コルクボーラーを使用して、今死滅したアンタゴニスト単離物を含有するプレートの中央から培地の８ｍｍのプラグを取り出し、標的真菌病原体（上記の真菌病原体作業ストック培養物の成長周縁部から選択したもの）を含有する培地の８ｍｍのプラグに置き換え、その際、菌糸体面を上にした。
【０３６５】
Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｃｌｅｒｏｔｉｏｒｕｍを接種したプレートに関しては、真菌プラグを添加したら、プレートにパラフィルムで封をし、ベンチトップに置いて室温（２２℃〜２５℃）で３日間インキュベートした。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、およびＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．（Ｖ８寒天上）病原体アッセイに関しては、プラグを添加し、プレートにパラフィルムで封をし、ベンチトップに置いて、室温で７日インキュベートした。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅを伴うプレートは、暗闇中（ラボベンチに置いた段ボール箱中）、室温で２１日間（３週間）インキュベートした。Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．単離物（Ｖ８寒天上で成長させる）を含有するプレートはラボベンチ上、室温で３日間インキュベートした。
【０３６６】
真菌単離物は、プレートの中央（プラグを置いた所）からペトリプレートの端まで、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓによって産生された病原体阻害性抗生物質が培地中に存在する区域以外を放射状に成長した。これらの成長が認められない「除去されている区域」または「除去された区域」を測定したが、これは、上記のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の病原体阻害的キャパシティーの尺度を表す。２つの、９０°の、死滅した点状接種したＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の端から真菌病原体単離物が成長しなかった除去された区域の端までの長さの測定値を用いて阻害区域を数量化した。
【０３６７】
病原体の成長を各細菌との関連で評価し、細菌単離物のコロニーの周囲の病原体成長が阻害された除去区域（すなわち、除去された区域）によって阻害が証明された。ライブラリーの各細菌単離物を、細菌ライブラリーの単離物の特徴付けに利用した各土壌媒介植物病原体に対する抗微生物活性を有する（＋）または抗微生物活性を有さない（−）として示す。さらに、各単離物による病原体阻害の度合いを、その病原体が阻害された区域を測定することによって数量化する（ｍｍ単位、阻害アッセイの例証については図１７Ａを参照されたい）。
【０３６８】
表１に示されている病原体抑制活性アッセイの結果に基づいて、上に列挙されている異なる病原体および病原性単離物を阻害する相補的アビリティーを有する２種またはそれよりも多くのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を選択し、組み合わせて、「多株接種材料組成物」（本明細書では、互換的に「コンソーシア」と称される）を形成することができる。
結果：
【０３６９】
図１７Ａは、病原体阻害アッセイの例を示す。この図の左側のパネルは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物１１（ペトリ皿の右下）および１２（ペトリ皿の左下）により植物病原性Ｆｕｓａｒｉｕｍが阻害されたが、１０（ペトリ皿の上部）では植物病原性Ｆｕｓａｒｉｕｍが阻害されなかったことを示す。この図の右側のパネルは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物１（ペトリ皿の上部）、２（ペトリ皿の右下）、および３（ペトリ皿の左下）によって植物病原性Ｆｕｓａｒｉｕｍが阻害されたことを示す。
【０３７０】
表１は、本実施例において、本発明で試験したＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の存在下で試験した植物病原体の各々についての阻害の区域（ｍｍ）を示す。
【表１】
2021530245.tif 000004
【０３７１】
図１７Ｂは、は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの収集物に対して実施した一連の病原体抑制活性アッセイからコンパイルされた中での病原体阻害プロファイルにおける相補性の例を示す。格子の上部にわたって、Ａ〜Ｏは、植物病原体、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓの異なる単離物を表す（列）。表の中央に沿って上から下までは、病原体阻害性集団の収集物の同一性である。濃い四角は、特定の病原体阻害性単離物が病原体を阻害した相互作用を示す。左側の樹状図は、病原体阻害性集団の間での阻害性表現型の関連性を数量化したものである。図１７Ｂは、格子の下半分に列挙されているＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物が、格子の上半分に列挙されているＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物と比較してより広範囲のＳ．ｓｃａｂｉｅｓ単離物に対して阻害性であることを示す。この結果から、より大きなユークリッド距離によって弁別される単離物の阻害性プロファイルがより小さなユークリッド距離によって分離される単離物と大きく異なることも示唆される。しかし、単離物間の全体的な差異はそれらの集合的な阻害的キャパシティーの相補性よりも重要ではないので、阻害的キャパシティーの最適化には距離単独では不十分である。
【０３７２】
一部の実施形態では、本開示は、植物成長に影響を及ぼす異なる病原体を阻害する相補的アビリティーを有する微小生物の選択を教示する。選択された微生物を病原体抑制活性と組み合わせて、「多株接種材料組成物」（本明細書では、互換的に「コンソーシア」と称される）を形成することができる。
【０３７３】
次いで、そのようなコンソーシアは、コンソーシア中に存在するいずれか１つの単離物よりも広範囲の異なる病原体を阻害するアビリティーを有すると予測される。例えば、ＧＳ１はＲｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉのＰ６単離物を阻害するが、ＳＳ７はこれを阻害しない。他方では、ＳＳ７はＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｏｊａｅのＰ５２単離物を阻害するが、ＧＳ１はこれを阻害しない。これらのデータに基づいて、ＧＳ１およびＳＳ７を含有するコンソーシアは、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉのＰ６単離物およびＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｏｊａｅのＰ５２単離物のどちらも阻害することが予測される。さらに、図１４において特色付けられている他のノードを採用し、また、下にさらに記載されている通り、広範囲の植物病原体を阻害する独特の能力を有する微生物単離物の新規のコンソーシアを生成することができる。
【０３７４】
病原体抑制活性アッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例４）
臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性についての微生物ライブラリーの特徴付け
【０３７５】
常在性土壌集団は、幅広い抗生物質を産生する。したがって、これらの天然に産生される抗生物質に対する耐性は、上首尾の接種材料に重要な特質である。図１４に示されている通り、ライブラリー中の微生物の各々を、「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性の決定」に下記の通り供した。
方法：
【０３７６】
実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を固形培地上、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、バンコマイシン、エリスロマイシン、ノボビオシン、ストレプトマイシン、アジスロマイシン、カナマイシン、リファンピン、または他の抗生物質などの臨床的抗菌剤の存在下で成長させた。デンプンカゼイン寒天（ＳＣＡ）１５ｍｌを含有するプレートに、試験細菌単離物１５０μｌを拡散プレーティングした。次に、細菌をプレーティングした直後、３つの反復抗生物質ディスク（アモキシシリン／クラブラン酸−３０μｇ、ノボビオシン−５μｇ＆３０μｇ、リファンピン５μｇ、バンコマイシン５μｇ＆３０μｇ、テトラサイクリン３０μｇ、カナマイシン３０μｇ、エリスロマイシン１５μｇ、ストレプトマイシン１０μｇ、およびクロラムフェニコール３０μｇ；Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙから入手した抗生物質）をペトリ皿に入れた。次いで、プレートを２８℃で５日間インキュベートした。
【０３７７】
インキュベーション期間後、抗生物質ディスクの端から微生物単離物が成長できなかった所の端までの阻害区域の長さを９０°の角度で測定し、記録して、ディスク上の抗生物質に対する微生物の影響の受けやすさを測定した。各微生物単離物を耐性（阻害区域＝０）または影響を受けやすい（阻害区域＞１ｍｍ）として示し、影響の受けやすさの度合いは区域のサイズによって指し示される（区域サイズがより大きい＝より影響を受けやすい）。
結果：
【０３７８】
データから、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物Ｓ−８７はクロラムフェニコールおよびストレプトマイシンのどちらによっても非常に強力に阻害されるが（除去されている阻害の区域が大きい）、テトラサイクリンによる阻害は小さく（阻害の区域がより小さい）リファンピンによる阻害も小さい（阻害区域が非常に小さい）ことが示される。図１８を参照されたい。
【０３７９】
抗微生物耐性アッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例５）
ライブラリーの細菌間で示される細菌ライブラリー相互阻害活性の特徴付け（「相互阻害活性の決定」）。
【０３８０】
この実施例では、図１４に示されている「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」の「相互阻害活性の決定」ノードを例示する。
方法：
【０３８１】
実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を、微生物ライブラリー中の他の単離物の存在下で成長させた。微生物単離物の成長を、細菌単離物間での中間期における阻害の区域の存在または非存在について評価した。阻害区域を、２つの、９０°の、点状接種した単離物の端からオーバーレイされた単離物が成長しなかった除去された区域の端までの長さの測定値を用いて数量化した。
【０３８２】
各相互作用を阻害性（阻害区域が１ｍｍよりも大きい）または非阻害性（阻害区域＝０）として示し、阻害区域サイズが感受性の定量的測定基準としての機能を果たした（区域サイズが大きい＝感受性が高い）。これらの実験的試験からのデータを、細菌単離物の阻害性関係を表す細菌単離物のネットワークとして可視化することができる。得られたネットワークを利用して、２種またはそれよりも多くの微生物単離物を組み合わせてコンソーシアにすることにより、微生物単離物の１つまたは複数の死滅または共存がもたらされるかどうかを決定することができ、それにより、最適な細菌単離物の組合せが可能になる（図１９）。以下の表２も参照されたい。
結果：
【０３８３】
図１９Ａは、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物間の例示的な対阻害アッセイを示す。この場合、単離物１〜４をプレートに点状接種し、３日間成長させた。その後、プレートを、クロロホルム４ｍｌを含有する時計皿に反転させて１時間置くことにより、コロニーを死滅させた。１時間後、プレートをクラスＩＩ型Ａ２生物学的安全キャビネット（ＢＳＣ）に移し、プレートを開けて、残留するクロロホルムを蒸発させた（３０分間）。次いで、単離物６をプレートの上に載せた。図は、単離物１および２（それぞれペトリ皿の左上および右上）の周囲に単離物６が成長することができない除去された区域があったことから、これらの単離物が単離物６を阻害することを示す。対照的に、単離物６は単離物３および４（それぞれペトリ皿の左下および右下）の付近で成長することができ、最初の点状接種した単離物の周囲にいかなる除去された区域も認められなかったので、これらの試験された単離物は単離物６を阻害しない。上記の対阻害アッセイを富化された微生物ライブラリーからの微生物単離物の収集物を用いて反復し、その結果を以下の表２に示す。
表２Ａ〜２Ｃ：土壌中で共存するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ集団の中での阻害相互作用。数字は共存する単離物の各々（行）に対する各阻害性単離物の阻害区域サイズ（ｍｍ）（列）を示す。位置Ａ、Ｂ、およびＣは、それぞれ、図１９Ｂに例示されている第１の、第２の、および第３の相互作用ネットワークに対応する。ネットワークは、区域サイズが１．０ｍｍを超えるあらゆる阻害相互作用を表す。
【表２Ａ】
2021530245.tif 000005
【表２Ｂ】
2021530245.tif 000006
【表２Ｃ】
2021530245.tif 000007
【０３８４】
これらの対阻害アッセイからの結果をネットワークの形態で視覚的に表すことができる。例えば、図１９Ｂは、３つの異なる細菌単離物のセットの中での阻害相互作用を示す。各数字は、個々の細菌単離物を表す。１つの単離物から出て第２の単離物に向かう矢印は、第１の単離物が第２の単離物を阻害することを示す。矢印がないことは、競合しないことを示す。これらの集団の中には、相互阻害性単離物対（例えば、単離物１６および１８）、非阻害性対（例えば、８および９）、および一方の単離物が他方を阻害する対（例えば、２１および３０）がある。これらのデータは、多株接種材料組成物の生成のための、コンソーシア中で阻害を伴わずに共存する可能性が最も高い単離物対の選択のガイドになる。
【０３８５】
相互阻害活性アッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例６）
栄養素利用相補性についての微生物ライブラリーの特徴付け
【０３８６】
実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を、「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「栄養素利用相補性の決定」に供した。コンソーシアを形成するために単離物を選択する場合、リソース競合相互作用を最小限にするために、相補的な栄養素選好を有する単離物または栄養素選好の最大の差異を有する単離物を選択することが望ましい。この実施例では、細菌単離物の各々についての栄養素使用プロファイルの生成、およびそれによって、栄養素使用選好の同定に関して記載する。栄養素利用下の小区分。
方法：
【０３８７】
細菌単離物の各々について、単離物をＢｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）プレート（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂでｂｉｏｌｏｇ．ｃｏｍ／Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅｓ％２０ｏｆ％２０Ａｎａｌｙｓｉｓ％２０／％２０Ｓａｆｅｔｙ％２０Ｄａｔａ％２０Ｓｈｅｅｔｓ／ｍｓ−１５１１−１５１４−ｓｆｎ２−ｓｆｐ２−ｓｐｅｃｉａｌｔｙ−ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅｓ−２／において入手可能）中、９５種の異なる栄養素培養基で３〜７日間成長させた結果として栄養素使用プロファイルを生成した。Ｂｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２プレートで以下の表３に列挙されている培地を試験した。
【表３】
2021530245.tif 000008
【０３８８】
成長を、栄養素培養基の各々に接種した単離物の光学濃度を測定することによって決定した。栄養素使用アッセイにより、ニッチの幅（単離物が成長した培養基の数）およびニッチの重複（単離物の対の組合せ全ての間で共有され得る栄養素）を同定した。
結果：
【０３８９】
図２０は、富化された微生物ライブラリーからの３２１１．１株と称されるＰＳ１を含む微生物単離物の収集物についての、９５種の栄養素にわたる栄養素使用選好のヒートマップ表示である。この図には、９５種の栄養素（列に表されている）での成長が要約されており、各栄養素の成長がその列の色の濃さによって指し示されている（色がより濃い＝より良好な栄養素使用に起因して成長がより大きい）。これらの結果に基づいて、相補的な栄養素選好または栄養素選好の最大の差異を有する単離物をコンソーシアの一部として選択することができる。
【０３９０】
栄養素利用相補性アッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例７）
抗微生物薬の発現をもたらす細胞シグナルの産生および応答性についての細菌ライブラリーの特徴付け（抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティー）。
【０３９１】
実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を、「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーの決定」に供した。この実施例では、個々の単離物の、他の単離物の各々の病原体阻害的キャパシティーを増強または抑止するキャパシティーに関する包括的な情報を得るために実施した実験に関して記載する。この情報は、互いに病原体阻害的キャパシティーを最大にする可能性、コンソーシアの一部になる可能性が最も高い単離物の選択のガイドになり得る。とりわけ、このアッセイにより、独自の阻害性機能を欠くにもかかわらず他の単離物の阻害的キャパシティーを増強し得る単離物を同定することが可能である。したがって、一部の実施形態では、ＭＥＦＢノード分析の一部として作製されたコンソーシアは、個々の抑制的キャパシティーを有さない単離物を１つまたは複数含み得る。
方法：
【０３９２】
対の微生物単離物を、麦芽エキス（１０ｇ／Ｌ）、酵母抽出物（４ｇ／Ｌ）、ブドウ糖（４ｇ／Ｌ）、および寒天（２０ｇ／Ｌ）を含有する富栄養培地ＩＳＰ２、１５ｍｌを含有するプレートに１ｃｍ離して接種した。プレート当たり各対に４つの反復を用いた。対照プレートに各単離物を個別に接種した。プレート当たり４つの反復を用いた。単離物をおよそ５×１０７個の胞子を含有する胞子懸濁液の液滴４μｌとして接種した。Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の胞子懸濁液を、オートミール寒天プレート上、３０％グリセロールで成長させた各単離物の胞子を収集することによって作製した。懸濁液を綿を通して濾過し、各濾液中の胞子の濃度を希釈プレーティングによって数量化した。
【０３９３】
プレートを２８℃で３日間インキュベートし、その時点でＢａｃｉｌｌｕｓまたは他の病原体オーバーレイを各プレート上に広げた。簡単に述べると、例えば、栄養素ブロス（ＤＩＦＣＯ、Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）中でＯＤ６００＝０．８００まで成長させたＢａｃｉｌｌｕｓ標的の１２時間培養物を、０．８％寒天を含有する栄養素ブロス中に１：１０希釈し、１０ｍｌのオーバーレイとしてプレートに添加した。あるいは、上記の通り真菌プラグをプレートの中央に導入する（実施例３）。３０℃で２４時間後、病原体叢における阻害区域を測定した。点状接種した単離物の端からオーバーレイされた単離物が成長しなかった除去された区域の端までの２つの測定値を用いて阻害区域を数量化した。
【０３９４】
Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物試験コロニーの端から、対の単離物から離れた、オーバーレイされた単離物が成長し始める阻害区域の終わりまでの区域ごとに２つの垂直９０°の長さの測定値を出し、平均値を統計解析に使用した。対のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの阻害区域を、ＩＳＰ２プレート単独で成長させたＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物（対照）によって生成された区域と比較した。対の単離物の存在下と非存在下とでの単離物の阻害区域の差異の有意性および方向（阻害の増大または低減）を試験することにより、対の単離物の効果を評価した。これらのアッセイからの結果を、微生物単離物間のシグナル伝達関係を説明するネットワークとして表すことができる。
結果：
【０３９５】
図２１は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物１５について、別のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物（単離物１８または単離物１２のいずれか）の存在下と非存在下とでの阻害区域の例示的な変化を例示する。具体的には、図２１Ａは、単離物１８の存在下では、単離物１５が抑制されて、標的オーバーレイを阻害することを示す（左側が対での阻害、右側が単独での阻害）。対照的に、図２１Ｂは、単離物１５による標的オーバーレイの阻害が、単離物１２の存在下では（左側）単独の場合（右側）よりも良好になることを示す。
【０３９６】
図２２は、３つの異なる細菌の収集物の中で阻害性表現型を変更させるシグナル伝達相互作用を示す。各数字は、個々の微生物株を表す。１つの単離物から別の単離物までの緑色の矢印は、第１の単離物が第２の単離物による抗生物質阻害を抑制することを意味する。１つの単離物から別の単離物までの青色の矢印は、第１の単離物が第２の単離物による抗生物質阻害を増強することを示す。これらのデータから、新しいコンソーシアを形成するための単離物を選択するため、およびこれらのコンソーシアの病原体抑制的潜在性を最適化するためのプラットフォームがもたらされる。
【０３９７】
さらに、微生物シグナル伝達相互作用を数量化するために、増強されたアッセイを開発した。具体的には、細菌単離物を、２、４、８（または任意の数）の組合せで、ＩＳＰ２培地（麦芽エキス（１０ｇ／Ｌ）、酵母抽出物（４ｇ／Ｌ）、ブドウ糖（４ｇ／Ｌ）、および寒天（２０ｇ／Ｌ）を含有する）で成長させた（この実験についてのプレーティング戦略を示す図２４を参照されたい）。微生物懸濁液を、培地上、ランダムに決定したアレイに点状接種し、７２時間のインキュベーション後、滅菌綿棒を使用して胞子をペトリ皿から回収した。得られた胞子混合物からＲＮＡを抽出し、配列決定を行った。得られたトランスクリプトームデータを、各単離物を単独で成長させた場合と、１種または複数の他の単離物と組み合わせて成長させた場合について解析した。これらのデータを使用して、１種または複数の他の単離物の存在下で重大な二次代謝経路（抗生物質生合成経路ならびに植物成長促進化合物または他の作物に有益な形質に関連する遺伝子を含む）が上方制御されたまたは遺伝子発現の変化を示した程度を数量化した。
【０３９８】
抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーアッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例８）
植物成長促進活性および／または他の有益な表現型についての細菌ライブラリーの特徴付け（「植物成長促進アビリティーの決定」）。
【０３９９】
実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を、「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「植物成長促進アビリティーの決定」に供した。この実施例では、細菌単離物について、それらの種々の植物に対する成長促進活性についてどのように試験することができるか、およびその分析を単離物の種々の組合せを含有するコンソーシアの形成にどのように使用することができるかに関して記載する。
方法：
【０４００】
コムギ、アルファルファ、トウモロコシ、およびダイズ植物体を、成長チャンバーおよび温室条件下での微生物接種材料に対する成長応答について評価した。各作物について、容器（直径６．５ｃｍ×長さ２５ｃｍ）に蒸気を当てた（滅菌）温室土壌混合物（５００ｍｌ）を詰め、２つ（トウモロコシ、ダイズ、コムギ）または３つ（アルファルファ）の種子を植栽した。作物品種は、ダイズ：ＡＧ０８３２；トウモロコシ：Ｖｉｋｉｎｇ、コムギ：Ｐｒｏｓｐｅｒ、アルファルファ：Ｓａｒａｎａｃであった。植栽直後に、種子に、富化された微生物ライブラリーからの微生物単離物を接種した（種子当たり接種材料を含有する素寒天２ｍｌ、１ｍｌ当たり細胞接種材料１×１０１１個）。対照植物は微生物接種材料を用いずに成長させた。植物を、温室中で成長させ、３週間（トウモロコシ）、４週間（コムギ）、４．５週間（ダイズ）および５週間（アルファルファ）の時点で回収した。回収時に、根を慎重に洗浄し、地上部および地下部の新鮮重を記録した（ｇ）。その後、植物を紙袋に入れ、９５°Ｆの乾燥器で３日間維持し、その後、乾燥重量も記録した。植物の重量を接種処理と非接種処理の間で比較した。
結果：
【０４０１】
図２７は、異なる植物宿主に対する異なる微生物接種材料による成長促進の変動を示す。データは、接種した植物において接種していない植物に対して植物バイオマスの統計的に有意な増大が観察された植物宿主と微生物接種材料の組合せについてのみ示されている。これらの結果から、微生物単離物−ＳＳ２、ＳＳ３、ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、ＰＳ４、およびＰＳ２−が、接種していない植物と比較して、接種した植物の成長促進に対して統計的に有意な効果を有することが示される。結果から、微生物単離物の成長促進活性が植物の型に特異的であり得ることも示される。例えば、ＰＳ４およびＰＳ２はそれぞれトウモロコシおよびコムギに対して有意な成長促進を示したが、他の単離物は有意な成長促進を示さなかった。別の例として、ＳＳ３およびＧＳ１のみがアルファルファの成長を促進した。
【０４０２】
新規のコンソーシアを生成するために、本明細書に記載の分析を使用して、目的の特定の植物に対する成長促進活性を有する単離物を選択することができる。
【０４０３】
植物成長促進アビリティーアッセイからの結果を、ここで開示されるＭＥＦＢノード分析の一部として保管および追加的な分析のために、富化された微生物ライブラリーに入れた。
（実施例９）
多株接種材料組成物の構成成分株の特徴付け（新規の微生物コンソーシアを開発するためのＭＥＦＢノード分析の完了）。
【０４０４】
この実施例では、新規の微生物コンソーシアを開発するための、ＭＥＦＢノード分析の使用を例示する。実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物に、図１４の第１のノード、すなわち、「富化された微生物ライブラリーへのアクセス」に例示されている通りアクセスした。データベースに含まれる、ＭＥＦＢノードの各々から生じたデータを使用して、ジャガイモ植物体を、収穫された野菜の品質を著しく低下させ、販売に不適当なものにする病気であるそうか病から保護することが可能な３構成成分の微生物コンソーシアを同定した。さらに、この３構成成分微生物コンソーシアは、ジャガイモ植物体をＶｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍおよびＲｈｉｚｏｃｔｏｎｉａから保護し、また、ダイズ植物体をＰｙｔｈｉｕｍ、ＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａおよびＦｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅなどの病原体から保護することも見いだされた。この３構成成分微生物コンソーシアは、３種の単離物間での３つの機能−拮抗作用、シグナル伝達および植物成長促進の最適化に基づいて考案された。さらに、抗微生物薬による阻害およびニッチの重複の最小化もまた、この３構成成分微生物コンソーシアの考案時に考慮した重要な因子であった。
【０４０５】
これらの単離物のうちの１種、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）は、実施例１に従って、天然に存在する病気抑制性土壌から収集された。この圃場は、３０年よりも長くジャガイモの単作で維持されており、土壌微生物群集に対する持続的な指向的選択が課されたものであった。この土壌は、耕起、ジャガイモ収穫、ならびに栄養素および農業用化学物質の年間投与量を含めた標準の農業生産の慣習の下で維持されたものであった。この圃場からの微生物単離物は、ジャガイモ生産の長期間高栄養素条件下で選択されたものであり、植物病原体の抑制において特に有効であることが示されている。
【０４０６】
この組み合わせ中の他の単離物、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）も実施例１に従って、第１の単離物の供給源である農業用地からおよそ１５０マイルの長期間草原地の異なる位置から収集された。農業用地とは対照的に、草原地は、５０年を超えて耕起または土壌撹拌されず、また、農業用化学物質も用いられずに維持されていた。この場所における微生物集団は、長期間低栄養素条件下で選択されたものである。
【０４０７】
いかなる一理論にも縛られることを望むものではなく、これらの長期間かつ低栄養素群集内で、植物成長を支持し、特に植物適応度に有益な微生物を同定することが可能になると考えられる。本発明者らは、低栄養素生育地における抗生物質産生を媒介するシグナルにより、常在性微生物集団に対する抗生物質活性のコストも低減すると仮定する。例えば、上記の低栄養素地には、植物成長促進性単離物Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３、および、多様なＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓにおける抗生物質産生の上方制御に特に有効である、シグナルを生じる単離物Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１が含まれていた。
【０４０８】
最後に、すぐ上に記載されている例示的な多株接種材料混合物を越えて、多様な植物病原体を抑制する、変動する温度において多数の栄養素で成長する、抗生物質に耐性を有する、シグナル伝達するもしくはシグナルに応答する、かつ／または標的とされた作物種の成長を促進するそれらのキャパシティーに関して特徴付けられた微生物単離物の代替的な接種材料混合物を設計することができる。この収集物および関連するデータセットから、特定の作物または作物栽培品種、地理的地域、および病気課題を含む多様な栽培体系にわたって病気を抑制し、植物成長を促進するための標的化または規定された微生物接種材料混合物を開発するためのプラットフォームが提供される。これは、微生物接種材料を開発するための新規の手法であり、そのための独特のリソースである。この実施例の残りの部分では、上記の３株コンソーシアを同定するために実施したＭＥＦＢノード分析に関して記載する。
Ａ．多株接種材料組成物の構成成分株の病原体抑制活性の決定
【０４０９】
図１４に示されている通り、上記の多株接種材料組成物の構成成分株を下記の通りステップ２「病原体抑制活性の決定」に供した。
方法：
【０４１０】
真菌病原体作業ストック単離物をベンチトップ（２２℃〜２５℃）、０．５×ポテトデキストロース寒天（１５ｍｌ）上で２日間（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐ．およびＳｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｐ．）または５日間（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍおよびＦ．ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）成長させた。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅ培養物を、暗闇中（２２℃〜２５℃）、ＳＭＤＡ（豆乳デキストロース寒天）上でおよそ２０日間成長させた。Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．をベンチトップ（２２℃〜２５℃）、Ｖ８寒天上で２日間成長させた。Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．をベンチトップ（２２℃〜２５℃）、Ｖ８寒天上で２日間成長させた。
【０４１１】
アンタゴニスト微生物単離物−ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３−を、凍結２０％グリセロール胞子懸濁液からの５μｌの一定分量として、オートミール寒天（ＯＡ）１５ｍｌを含有するプレート上に（プレートをＰｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．またはＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．病原体単離物に対して試験する場合には、ＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓをＶ８寒天上にプレーティングした）、プレートの周りに一様に間隔をあけ、プレート当たり３つの単離物で点状接種した。一連の点状接種したアンタゴニスト単離物の各々に反復プレートを存在させた。次いで、接種したオートミール寒天プレートを２８℃で３日間インキュベートした。３日後、プレートを、クロロホルム４ｍｌを含有する時計皿に反転させて１時間置くことにより、微生物単離物を死滅させた。１時間後、プレートをクラスＩＩ型Ａ２生物学的安全キャビネット（ＢＳＣ）に移し、プレートを開けて、残留するクロロホルムを蒸発させた（３０分間）。このプロセスにより、微生物単離物が死滅するかまたは微生物単離物がより多くの抗生物質を産生することが防止され、残留するクロロホルムを蒸発させることが可能になり、したがって、真菌単離物の成長は影響を受けなくなる。微生物単離物によってすでに産生された抗生物質は死滅前に培地中に拡散している。
【０４１２】
その後、クロロホルム処理したプレートに真菌病原体を接種した。コルクボーラーを使用して培地の８ｍｍのプラグをプレートの中央から取り出し、標的真菌病原体（作業ストック培養物の成長周縁部から選択したもの）を含有する８ｍｍの培地のプラグに置き換え、その際、菌糸体面を上にした。
【０４１３】
Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｃｌｅｒｏｔｉｏｒｕｍを接種したプレートに関しては、真菌プラグを添加したら、プレートにパラフィルムで封をし、ベンチトップに置いて室温（２２℃〜２５℃）で３日間インキュベートした。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、およびＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｐ．（Ｖ８寒天上）病原体アッセイに関しては、プラグを添加し、プレートにパラフィルムで封をし、ベンチトップに置いて、室温で７日インキュベートした。Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅを伴うプレートは、暗闇中（ラボベンチに置いた段ボール箱中）、室温で２１日間（３週間）インキュベートした。Ｐｙｔｈｉｕｍ  ｓｐ．単離物（Ｖ８寒天上で成長させる）を含有するプレートはラボベンチ上、室温で３日間インキュベートした。
【０４１４】
真菌単離物は、プレートの中央からペトリプレートの端まで、微生物単離物によって産生された病原体阻害性抗生物質が培地中に存在する区域以外を放射状に成長した。これらの成長が認められない「除去されている区域」、「除去された区域」、または「阻害性区域」を測定したが、これは、微生物単離物の病原体阻害的キャパシティーの尺度を表す。２つの、９０°の、微生物を点状接種した単離物の端から除去された区域の端までの測定値を用いて阻害区域を数量化した。
結果：
【０４１５】
表４は、例示的な多株接種材料混合物中の病原体抑制性単離物の間での病原体抑制における相補性を示す。数字は、各病原体系列（行、例えば、Ｐ５）の各アンタゴニスト（列、例えば、ＧＳ１）による阻害の強度を示す（ｍｍ単位で測定された平均阻害性区域サイズ）。本明細書に示されている病原体の全収集物の中で、全ての病原体が少なくとも１種のアンタゴニスト単離物によって強力に阻害された。したがって、３種の単離物の組合せにより強力な病原体抑制活性がもたらされることが予測された。
【表４】
2021530245.tif 000009
Ｂ．多株接種材料組成物の構成成分株の相互阻害活性の決定
【０４１６】
図１４に示されている通り、微生物−ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３−を「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「相互阻害活性」に供した。
方法：
【０４１７】
微生物−ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３−の各々を、全ての他の単離物の存在下で成長させた（すなわち、ＧＳ１とＰＳ１；ＧＳ１とＰＳ３；およびＰＳ１とＰＳ３）。簡単に述べると、単離物ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３を個々のペトリ皿の中央に点状接種し、３日間成長させた。次いで、安全キャビネット内でクロロホルムを満たした時計皿の上にペトリ皿を１時間置くことにより、点状接種した単離物を死滅させた。その後、他の２種の単離物のオーバーレイをペトリ皿表面全体に広げた。このように、各単離物を潜在的な阻害剤（点状接種された単離物）とし、全ての単離物を標的（オーバーレイされた単離物）として組み合わせて試験した。
【０４１８】
微生物単離物の成長を、細菌単離物間での中間期における阻害の区域の存在または非存在について評価した。各相互作用を、阻害性（阻害区域が１ｍｍよりも大きい）または非阻害性（阻害区域＝０）として示し、阻害区域サイズが感受性の定量的測定基準としての機能を果たした（区域サイズが大きい＝感受性が高い）。２つの、９０°の、微生物を点状接種した単離物の端から阻害区域の端までの測定値を用いて阻害区域を数量化した。この分析の結果から、単離物が互いに阻害せずに共存する潜在性が示される。
結果：
【０４１９】
単離物ＰＳ３およびＧＳ３はどちらも、組合せの他のメンバーのいずれも阻害しなかった。ＰＳ１は、ＧＳ１およびＧＳ３に対して軽度の阻害を示す（区域サイズ＜５ｍｍ）。
Ｃ．多株接種材料組成物の構成成分株の栄養素利用相補性の決定
【０４２０】
図１４に示されている通り、多株接種材料組成物中の微生物を「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「栄養素利用相補性の決定」に供した。
【０４２１】
各微生物単離物について、Ｂｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）プレート（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂでｂｉｏｌｏｇ．ｃｏｍ／Ｃｅｒｔｉｆｉｃａｔｅｓ％２０ｏｆ％２０Ａｎａｌｙｓｉｓ％２０／％２０Ｓａｆｅｔｙ％２０Ｄａｔａ％２０Ｓｈｅｅｔｓ／ｍｓ−１５１１−１５１４−ｓｆｎ２−ｓｆｐ２−ｓｐｅｃｉａｌｔｙ−ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅｓ−２／において入手可能）（Schlatter  et  al.,  2013）を使用して９５種の栄養素供給源に対して栄養素利用表現型を決定した。簡単に述べると、単離物をＢｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２プレートに接種し、各栄養素での成長を、光学濃度（ＯＤ）読み取りを使用して３〜７日間にわたってモニタリングした。全ての単離物に関して、対照ウェルのＯＤを全ての実験的ウェルから差し引く。０．００５ＯＤを超える数が得られた全ての栄養素を、その栄養素での成長に関する支持をもたらすと決定し、単離物についてのＯＤ＞０．００５の栄養素の総数を、その単離物のニッチの幅であると決定する。総成長を、個々の単離物が成長することができる栄養素全てにわたる成長（ＯＤ）の合計として算出し、単離物についての集合的な成長潜在性として表す。最後に、好ましい栄養素を、最大ＯＤが観察される栄養素と定義する。全体として、これらのデータから、各微生物単離物によって利用される栄養素の多様性、およびそれらの成長に好ましい栄養素に関する洞察がもたらされた。
【表５】
2021530245.tif 000010
【０４２２】
全体的に、これらの３種の単離物は全て、中等度に大きなニッチの幅および成長効率を有し、相互阻害は限定される。これらは、成長のために好ましい栄養素が実質的に異なり、また、混合物に対して多様な機能的キャパシティーに寄与する。したがって、これらの単離物は、共存し、植物の病気を抑制し、植物成長を増強するために相補的機能性を提供し、また、植物生産性を最適化することが予測される。
Ｄ．多株接種材料組成物の構成成分株の抗生物質耐性特徴の決定
【０４２３】
単離物は、一般的な抗生物質に対する耐性のキャパシティーが異なり、これは、土壌コロニー形成の決定における重要な因子になり得る。常在性土壌集団は、幅広い抗生物質を産生する。したがって、これらの天然に産生される抗生物質に対する耐性は、上首尾の接種材料に重要な特質である。
方法
【０４２４】
微生物単離物−ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３−の胞子懸濁液を、オートミール寒天プレート上、３０％グリセロールで成長させた各単離物の胞子を収集することにより作製した。懸濁液を綿を通して濾過し、各濾液中の胞子の濃度を希釈プレーティングによって数量化した。デンプンカゼイン寒天（ＳＣＡ）１５ｍｌを含有するプレートに、試験細菌単離物１５０μｌを拡散プレーティングした。次に、細菌をプレーティングした直後、３つの反復抗生物質ディスク（アモキシシリン／クラブラン酸−３０μｇ、ノボビオシン−５μｇ＆３０μｇ、リファンピン５μｇ、バンコマイシン５μｇ＆３０μｇ、テトラサイクリン３０μｇ、カナマイシン３０μｇ、エリスロマイシン１５μｇ、ストレプトマイシン１０μｇ、およびクロラムフェニコール３０μｇ）をペトリ皿に入れた。次いで、プレートを２８℃で３日間インキュベートした。インキュベーション期間後、抗生物質ディスクの端から細菌が成長できなかった所の端までの阻害区域を９０°の角度で測定し、記録して、ディスク上の抗生物質に対する細菌の影響の受けやすさを測定した。各微生物単離物を耐性（Ｒ−阻害区域＝０）または影響を受けやすい（Ｓ−阻害区域＞１ｍｍ）として示し、影響の受けやすさの度合いは区域のサイズによって指し示される（区域サイズがより大きい＝より影響を受けやすい）。
結果：
【表６】
2021530245.tif 000011
【０４２５】
これらのデータから、３種の単離物全てが、土壌環境中に存在する可能性がある多様な抗生物質に対していくらかの耐性を有することが示唆される。
Ｅ．多株接種材料組成物の構成成分株の抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティーの決定
【０４２６】
図１４に示されている通り、微生物−ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３−を「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「抗微生物シグナル伝達／応答性キャパシティー」に供した。
方法：
【０４２７】
対の微生物単離物（ＧＳ１およびＰＳ１；ＧＳ１およびＰＳ３；およびＰＳ１およびＰＳ３）を、麦芽エキス（１０ｇ／Ｌ）、酵母抽出物（４ｇ／Ｌ）、ブドウ糖（４ｇ／Ｌ）、および寒天（２０ｇ／Ｌ）を含有する富栄養培地ＩＳＰ２、１５ｍｌを含有するプレートに１ｃｍ離して接種した。プレート当たり各対に４つの反復を用いた。対照プレートに各単離物を個別に接種した。プレート当たり４つの反復を用いた。単離物をおよそ５×１０７個の胞子を含有する胞子懸濁液の液滴４μｌとして接種した。プレートを２８℃で３日間インキュベートし、その時点でＢａｃｉｌｌｕｓオーバーレイを各プレート上に広げた。簡単に述べると、栄養素ブロス（ＤＩＦＣＯ、Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）中でＯＤ６００＝０．８００まで成長させたＢａｃｉｌｌｕｓ標的の１２時間培養物を、０．８％寒天を含有する栄養素ブロス中に１：１０希釈し、１０ｍｌのオーバーレイとしてプレートに添加した。３０℃で２４時間後、Ｂａｃｉｌｌｕｓ菌叢における阻害区域を測定した。
【０４２８】
微生物単離物コロニーの端から、対の単離物から離れた阻害区域の終わりまでの区域ごとに２つの垂直の測定値を出し、平均値を統計解析に使用した。対の微生物単離物の阻害区域を、ＩＳＰ２プレート単独で成長させた微生物単離物（対照）によって生成された区域と比較した。対の単離物の存在下と非存在下とでの単離物の阻害区域の差異の有意性および方向（阻害の増大または低減）を試験することにより、対の単離物の効果を評価した。
結果：
【０４２９】
結果から、単離物ＰＳ１が他の２種の単離物による抗生物質産生を増強する（すなわち、ＧＳ１およびＰＳ３の周囲の阻害区域がそれらの単一の接種材料対照と比較して増大した）ことが示された。実際に、単離物ＰＳ１は、圃場土壌からのランダムなＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの収集物の抗生物質産生を３０％増強することができ、それにより、抗生物質産生の増強に関して他の単離物よりもほぼ５０％有効になった。この単離物は、土壌中の常在性微生物集団中および／または接種材料混合物中の微生物による抗生物質産生の増大において有効である。
Ｆ−多株接種材料組成物の構成成分株の植物成長促進アビリティーの決定
【０４３０】
図１４に示されている通り、ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３を含めた、ＳＰＰＩＭＥプラットフォームによって開発された微生物を「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、「植物成長促進活性」に供した。
ｉ．微生物コンソーシアＬＬＫ３−２０１７（ＧＳ１、ＰＳ１およびＰＳ３を含む）を含む微生物接種材料の栽培（ｃｕｌｔｉｖａｔｅ）プロトコール。
【０４３１】
Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物ＧＳ１およびＰＳ１をオートミール寒天上で培養（ｃｕｌｔｉｖａｔｅ）した。簡単に述べると、エンバク２０ｇを、脱イオン化（ＤＩ）Ｈ２Ｏ、５００ｇを含有する２ＬのＮａｌｇｅｎｅビーカーに入れ、１２１℃で３０分間の滅菌期間（または標準液３０サイクル）にわたってオートクレーブ処理した。２層のチーズクロスを使用してブロスからオートミールを濾した。ブロス２５０ｍｌをＤＩ  Ｈ２Ｏ、２５０ｍｌ、Ｂａｃｔｏ  Ａｇａｒ（ＢＤ、＃２１４０１０）７．５ｇ、およびカザミノ酸（ＢＤ、＃２２３０５０）０．５ｇと混合した。培地を１２１℃で３０分間オートクレーブ処理した。Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物をペトリ皿中の培地または斜面培地上に拡散または画線し、２８℃でインキュベートした。３〜５日でコロニーが現れ、１０〜１４日でプレートが十分な密度になった。
【０４３２】
Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ単離物ＰＳ３を、Ｔｒｙｐｔｉｃ  Ｓｏｙ  Ａｇａｒ（ＴＳＡ；Ｓｉｇｍａ、＃２２０９１−５００ｇ）を含有するプレートで成長させた。Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓをペトリ皿中の培地または斜面培地上に拡散または画線し、３７℃でインキュベートした。２４時間でコロニーが現れ、３〜５日で十分な密度になった。
【０４３３】
単離物を１：１：１の密度比で混合する。単離物を個別に成長させた後、それらの接種材料密度を特徴付け、次いで、土壌に接種する直前に等密度で混合する。
ｉｉ．植物成長促進試験：温室
【０４３４】
各作物について（コムギ、アルファルファ、ダイズ、トウモロコシ）、容器（直径６．５ｃｍ×長さ２５ｃｍ；土壌およそ５００ｃｃ）に蒸気を当てた（滅菌）温室土壌混合物を詰め、各々２つの種子（トウモロコシ、ダイズ、コムギ）または３つの種子（アルファルファ）を０．５インチの深さに植栽した。作物品種は、ダイズ：ＡＧ０８３２；トウモロコシ：Ｖｉｋｉｎｇ、コムギ：Ｐｒｏｓｐｅｒ、アルファルファ：Ｓａｒａｎａｃであった。コムギ、ダイズおよびトウモロコシの種子は植栽前に表面を滅菌した（アルファルファについてはこれを行わなかった）。種子に対していかなる殺菌剤または他の化学物質による処理も行わなかった。全ての作物について、出芽後に容器当たり１つの種子に間引いた。各接種材料および接種していない植物対照について１０個の反復容器に植栽した。
【０４３５】
Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ培養物ＧＳ１およびＰＳ１を、オートミール寒天（ＯＡ）を含有するプレートで７〜１０日間成長させ、２０％グリセロールストック中に収集した。ストックを段階的に希釈し、数量化のために素寒天（ＷＡ）上にプレーティングした。次いで、ストックを１ｍｌ当たりおよそ１×１０１１コロニー形成単位まで希釈した。
【０４３６】
各接種材料について、ストック２ｍｌを植栽時に種子の上に散布した。必要な時に種子および容器に給水した。植物を温室中でインキュベートし、３週間（トウモロコシ）、４週間（コムギ）、４．５週間（ダイズ）および５週間（アルファルファ）の時点で回収した。追加的な窒素添加は行わなかった。回収時に、各作物について、根を慎重に洗浄し、地上部および地下部の新鮮重を記録した（ｇ）。その後、植物を紙袋に入れ、９５°Ｆの乾燥器中で３日間維持し、その後、乾燥重量も記録した。植物の重量を接種処理と非接種処理の間で比較した。
【０４３７】
図２７に示されている通り、結果から、植物種（作物種）および微生物接種材料株の中での成長促進の実質的な特異性が示された。例えば、異なる作物種に接種した場合、単離物ＧＳ１は、アルファルファでは新鮮重量および乾燥重量のどちらに関しても有意な増強を示したが、トウモロコシとコムギではそれが示されなかった。ＧＳ１はまた、ダイズに接種した場合にも乾燥重量の有意な増加を生じさせた。
ｉｉｉ．植物成長促進試験：ダイズにおけるＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｏｊａｅ制御およびアルファルファにおけるＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｍｅｄｉｃａｇｉｎｉｓ制御ならびに微生物を用いた植物成長の増大
【０４３８】
ダイズ種子（品種ＭｃＣａｌｌ）の表面を滅菌し、滅菌湿潤バーミキュライトを含有するガラス試験管に植栽した。植栽直後に、１０８ＣＦＵ／ｍｌのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ接種材料ＧＳ１、２ｍｌを各試験管に接種した。ＧＳ１を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ接種材料は、保管されていた２０％グリセロールストックからのものであった。植物を含有する試験管を室温（２４〜２６℃）で維持した。植栽の２日後、病原体Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｏｊａｅの遊走子接種材料１ｍｌを各管に添加した。対照管には滅菌水のみを入れた。各接種材料−病原体処理を完全にランダム化された設計で１０回反復した。管に大量の滅菌水を注ぎ、７日間飽和を保って、感染を助長した。植栽の２１日後にダイズを回収した。各植物について病気発生率および重症度を評定するとともに、全ての植物について植物バイオマスを決定した。簡単に述べると、アルファルファおよびダイズの両方について、病気の重症度を、５クラススケールを使用して評定した：０、健康または明らかな変色なし；１、根に２５％未満の変色；２、根に２５〜５０％の変色；３、根に５０〜７５％の変色；および４、根に７５％を超える変色または植物の枯れ。各処理について、全ての反復にわたって病気の重症度の平均を決定した。
【０４３９】
結果から、成長チャンバー試験では、ダイズにおいて、微生物接種材料により、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｓｏｊａｅ感染の重症度が抑制され、健康な植物のパーセントが上昇したことが示される。図７Ａを参照されたい。Ｐ．ｓｏｊａｅがはこびっている土壌を使用した成長チャンバー試験では、株ＧＳ１を接種した植物における病気の重症度が９３％低下した。したがって、これらのデータから、微生物接種材料によりダイズにおけるＰｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ感染が低下したことが示される。この図において含まれた接種材料：ＧＳ１。
【０４４０】
関連する温室試験では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ接種材料ＧＳ１により、病原体Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｍｅｄｉｃａｇｉｎｉが天然にはこびっている圃場土壌で成長させたアルファルファにおいても植物バイオマスの有意な増加および病気の低減がもたらされた。接種材料を上記の通り調製し、滅菌缶に入れた圃場土壌中に植栽された種子に接種するために使用した。接種は植栽直後に行った。２８日後、接種した植物缶では、接種していない植物缶に対して、植物が著しく大きく、かつより健康であった（図７Ｂを参照されたい）。したがって、ＧＳ１が植物成長を促進することが示された。
ｉｖ．植物成長−促進：結論
【０４４１】
上記のステップｉ〜ｖの多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析により、微生物コンソーシアＬＬＫ３−２０１７の産生が導かれた。単離物ＰＳ１は、他の単離物による抗生物質産生を増強するアビリティーのために組成物に含められ、ＰＳ３は、植物病原体を抑制し、植物成長を増強するアビリティーのために組成物に含められた（ＰＳ３）。単離物ＰＳ１は、圃場土壌からのランダムなＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの収集物の抗生物質産生を３０％増強することができ、それにより、抗生物質産生の増強に関して他の単離物よりもほぼ５０％有効になった。この単離物は、土壌中の常在性微生物集団中および／または接種材料混合物中の微生物による抗生物質産生の増大において有効である。単離物ＧＳ１は、植物病原体を抑制する強力なキャパシティー、植物成長を増強するキャパシティーに起因して含められた。
（実施例１０）
プラットフォームによって開発された微生物を利用する種々のプロトコール、ならびに温室および圃場試験
Ａ．ベッカー、ローズマウント、およびセントポールでのジャガイモ圃場試験
【０４４２】
完全乱塊法（Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｂｌｏｃｋ  Ｄｅｓｉｇｎ）（ＲＣＢＤ）を全ての圃場実験に使用した。処理およびブロックの数は場所によって変動させた（ベッカー：１２処理、７ブロック；ローズマウント：１２処理、７ブロック；およびセントポール：１０処理、１０ブロック）。微生物接種材料を２種または３種組み合わせて試験し、接種していない植物対照、および接種していない米対照を用いた。米（粒状担体）で成長させた微生物接種材料を植栽時にまき溝に適用した。米（５００ｇ）にＢａｃｉｌｌｕｓストック培養物５０ｍｌまたはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓストック培養物４０ｍｌを接種した。ＢａｃｉｌｌｕｓおよびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ米培養物を別々に維持し、４８時間インキュベートした。接種材料およそ７５〜８０ｇをまき溝の塊茎周辺の１ｓｑ．ｆｔ．領域に添加した。微生物の組合せを圃場で混合した；３重の組合せは、塊茎当たり２５ｇの米接種材料混合物を有し、２重の組合せは、接種材料当たり４０ｇを有し、米対照は塊茎当たり７５〜８０グラムを有した。全ての場所でジャガイモ品種Ｒｅｄ  Ｐｏｎｔｉａｃを使用し、標準の圃場生産の慣習を管理に利用した。
【０４４３】
接種材料調製：各微生物単離物を、オートミール寒天（ＯＡ）２０ｍｌを含むプレートで１０〜１４日間成長させた。各接種材料について、数量化のために胞子を１０個のペトリプレートから２０％グリセロール４０ｍｌに回収し、各管を段階的に希釈し、１％素寒天（ＷＡ）にプレーティングした。得られたストックを−２０℃で保管し、次いで、滅菌白米に１０１２ＣＦＵ／ｍｌの密度で接種した。接種した米を２８℃で１０〜１２日間インキュベートし、毎日振とうして、接種材料を分布させた。米をドラフト中で３日間乾燥させた後、植栽時にまき溝に接種した。
【０４４４】
塊茎を収穫し、ジャガイモそうか病の症状について評価した。例として、健康なジャガイモとジャガイモそうか病の症状を示すジャガイモの画像を図６および図２６に示す。そうか病の重症度の低下に関する結果を以下にＤ節の下で記載する。
Ｂ．ベッカー燻蒸圃場試験
【０４４５】
２０１５年の秋にクロロピクリン、Ｖａｐａｍを用いて区画を燻蒸した。この実験には、燻蒸を行っていない対照を含めた。２０１６年４月に、燻蒸した土壌を区画から取り出し、徹底的に混合し、地中に埋めた３ガロンの底なしプラスチックポットに入れた。炭素改良剤、微生物接種材料、またはその両方を各土壌に添加した。さらに、土壌改良していない対照を全てのブロックにおいて維持した。単一のＲｅｄ  Ｐｏｎｔｉａｃジャガイモ塊茎を各ポットに植栽した。この実験は、８ブロックを用いた完全乱塊法で確立した。圃場区画を標準のジャガイモ生産の慣習に従って維持した。８月に塊茎を収穫し、病気（ジャガイモそうか病）および収穫高測定値について評価した。
Ｃ．圃場試験：ベッカーおよびローズマウント接種材料×炭素実験：ジャガイモ（２０１４年）
【０４４６】
この実験は、９処理（３種の接種材料処理×３種の炭素改良剤）を用いた完全乱塊法として確立された。ジャガイモ（Ｒｅｄ  Ｎｏｒｌａｎｄ）に対して、炭素および／または微生物接種材料を用いた処理を植栽時にまき溝に行った。オートミールブロスと混合した滅菌ｇｒｏｗｓｔｏｎｅ上で微生物接種材料を確立した。植物を標準のジャガイモ生産条件下で維持した。
【０４４７】
８月に塊茎を収穫し、病気（ジャガイモそうか病）および収穫高測定値について評価した。
【０４４８】
そうか病の重症度の低下に関する結果および収穫高測定値を以下のＤ節の下で記載する。
Ｄ．圃場試験：ベッカーおよびローズマウント接種材料：ジャガイモ（２０１５年）
【０４４９】
２０１４年に、ダイズ、コムギ、またはジャガイモが育てられていた圃場にジャガイモを植栽した。微生物単離物を、２０１４年について記載されている通り調製した接種材料（上の試験Ｃに記載）を使用し、２０１４年と同様に植栽時に接種した。植物を標準のジャガイモ生産条件下で維持した。８月に塊茎を収穫し、病気（ジャガイモそうか病）および収穫高測定値について評価した。
【０４５０】
節ＡおよびＤからの市場性のある塊茎収穫高に関する結果の融合が図９に示されている。市場性のある塊茎収穫高は、そうか病のカバレッジが５％未満である塊茎の総収穫高と定義される；市場性のある収穫高のパーセント増加を対照（接種していない区画）に対して算出した。市場性のある塊茎収穫高（そうか病が５％未満である塊茎の総収穫高）は、２０１６年の圃場試験の全てで有意に増加した。市場性のある収穫高の増加は、およそ２５％から１８０％を超えるまでにわたった。したがって、市場性のある収穫高は、広範囲の病気圧力および圃場条件にわたって同様に増加した。図９を参照されたい。この図に示されている接種材料には、ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３、ＳＳ４、ＳＳ５、ＳＳ１３、ＳＳ１９、ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ５が含まれる。
【０４５１】
節Ａ、ＣおよびＤからのそうか病の重症度の低下に関する結果の融合が図５に示されている。同じ圃場試験での接種した区画における接種を行っていない区画に対するそうか病の重症度の低下（または「そうか病対照に対するパーセント」）を測定した。図５および以下の表７を参照されたい。
【表７】
2021530245.tif 000012
【０４５２】
病気の抑制は、広範囲の病気圧力にわたって高レベルであり、かつ一貫していた；すなわち、病気圧力が低い場合（接種していない植物塊茎におけるそうか病の重症度が１０％未満）から病気圧力が非常に高い場合（接種していない植物塊茎におけるそうか病の重症度が４０％を超える）までで高レベルの病気の抑制が観察された。病気圧力は、接種していない植物対照における病気の量によって指し示される。病気圧力が高いことは、存在する病原体の密度がより小さいこと、または環境条件があまり感染を促さないものであること（例えば、湿潤条件ではそうか病感染が低減する）を意味し得る。病気の減少が統計的に有意であった２５症例の間での病気の減少は平均３６．４％であった（２７〜５１％の範囲）。したがって、病気の抑制は広範囲の病気圧力および圃場条件にわたって生じた。この図に含まれる接種材料は、ＧＳ１、ＧＳ２、ＧＳ３、ＧＳ４、ＧＳ５、ＧＳ７、ＧＳ１３、ＧＳ１６、ＧＳ１７、ＧＳ１８、ＧＳ１９、ＧＳ２０、ＧＳ２１、ＰＳ１、ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ５である。
Ｅ．圃場試験：ベッカーおよびローズマウント、ダイズ、２０１４年
【０４５３】
２０１４年に、微生物および炭素改良剤をベッカーおよびローズマウント、ＭＮの圃場区画において評価した。微生物接種材料処理（３；ＧＳ１、ＰＳ３、または接種していない植物対照）および炭素改良剤（３；土壌改良していない、２つのセルロース用量）を要因配置で評価した。ダイズ区画を、大規模圃場においてＧＰＳを使用して区切って、各処理について２×６フィート区画を指定した。その後、ダイズの中央の２つの列を表す領域（区切られた列を中心とした２ｆｔ×幅６の面積）に、特定の微生物×炭素土壌改良処理を接種した（処理面積当たり粒状接種材料２００ｇ）。その後、ダイズを、処理した上に点まきで植栽した。各２ｆｔの処理面積内で平均８〜１０個のダイズ植物体を処理した。ダイズはＡＧ０７３２であった。収穫時に、各処理列から２つの植物（総区画当たり４つの植物）を土壌線で切り取り、紙袋中に収集した。これらを植物乾燥器に入れて９５°Ｆで３日間置き、その時点で乾燥重量（バイオマス）を記録し、全ての植物について植物当たりの種子数を決定した。
【０４５４】
収穫高の増強に関する結果を以下のＧ節の下で、および図１０に記載する。
Ｆ．圃場試験：ベッカー、ローズマウント、ワセカ、およびモリス、接種材料：ダイズ、２０１４年＆２０１５年
【０４５５】
ダイズを４つの場所（ベッカー、ローズマウント、ワセカ、およびモリス）で植栽した。２０１４年に接種材料および炭素改良剤の両方、ならびに２０１５年に微生物接種材料を単独で評価した。２０１４年および２０１５年に関して接種材料を上記の通り調製した。季節の半ばおよび収穫時（９月）に、各区画の中央の列に沿って個々のダイズ植物体を１０個収穫した。季節の半ばおよび収穫時の両方でバイオマスを決定し、収穫時に種子計数および種子の重量の両方を全ての植物について決定した。
【０４５６】
収穫高の増強に関する結果を以下のＧ節の下で、および図１０に記載する。さらに、ミネソタの４つの場所（ベッカー、ローズマウント、ワセカ、およびモリス）の各々の圃場区画における微生物接種材料の使用に伴う収穫高の％増加が図１１に示されている。結果から、接種材料を用いると、土壌の化学性質、環境条件、および病気圧力が広範に変動する多様な圃場現場にわたって収穫高が上昇することが示される。
Ｇ．温室試験：ダイズ、２０１６年（ＦＶ）
【０４５７】
病原体接種材料：Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅ単離物（Ｐ２１）を、ベンチトップ、暗闇中（箱の中）、ＳＭＤＡ（豆乳デキストロース寒天）上で３週間、菌糸および菌糸体がプレートをほとんど覆うまで成長させた。使い捨て接種ループを使用して菌糸および胞子をこすり取った。１０個のプレートからこすり取り、５０ｍｌのファルコンチューブ中４０ｍｌの滅菌ＤＩＨ２Ｏに入れた。次いで、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅスラリーを含有するチューブをホモジナイズし、Ｗａｒｉｎｇブレンダーで３０秒の期間にわたって粉砕した。
【０４５８】
蒸気を当てた土壌を詰めた容器中にダイズ用の「種子穴」を創出した。病原体接種材料スラリー２ｍｌを各種子穴に添加し、次いで、再度土壌で覆った。ダイズ種子（品種ＡＧ０８３２）を種子穴の（中ではなく）すぐ隣に植栽し、生物防除接種材料２ｍｌをダイズ種子処理として添加した。種子を土壌で覆い、必要に応じて潅水した。各微生物接種材料を１０個の反復で評価した。ダイズを温室中で６週間成長させ、ダイズのバイオマスおよび病気の重症度（主根に沿った病変の長さとして数量化；ｃｍ）を全ての植物について決定した。
【０４５９】
結果から、温室試験では、微生物接種材料により、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｉｒｇｕｌｉｆｏｒｍｅによって引き起こされる病気の症状の重症度が低下したが、低下は統計的に有意ではなかったことが示された。病原体を植栽前に土壌に接種した温室試験では、７種の接種材料による処理のうち５種で病気の低減（病変の長さ）が示された。図８を参照されたい。低減は３〜３５％にわたった（平均２１％）。したがって、微生物接種材料により、ダイズにおけるＦｕｓａｒｉｕｍ感染が有意に低減した。この図に示されている接種材料には、ＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３、ＳＳ６、ＰＳ３、ＰＳ５が含まれる。
【０４６０】
試験Ｅ、ＦおよびＧからの収穫高測定値に関する結果の融合が図１０に示されている。結果から、温室試験では、微生物接種材料によりダイズのバイオマス（６週間時点での乾燥重量）の有意な増強がもたらされたことが示された。バイオマスは接種した植物において接種していない植物に対して平均２０％増加した。２０１４年の圃場試験では、２つの場所において４回の圃場試験のうち３回で微生物接種材料を用いた場合に収穫高が増加したが、統計的に有意な差異は認められたのはこれらの試験のうちの１つだけであった（接種していない植物区画に対して２４％の種子収穫高の増加）。したがって、微生物接種材料により、ダイズ収穫高が有意に増加した。図１０を参照されたい。２０１５年のミネソタの４つの場所における圃場試験では、１２例のうち１１例で、微生物接種材料を用いた場合にダイズ収穫高が増加した。場所にわたる平均収穫高の増加は１３％であった（モリスでは２２％、ベッカーでは８％、ローズマウントでは１２％、およびワセカでは８％）。したがって、微生物接種材料により、ダイズ収穫高が有意に増加した。接種材料にはＧＳ１、ＳＳ２、ＳＳ３、ＳＳ６、ＳＳ７、ＳＳ８、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ５が含まれた。
（実施例１１）
土壌炭素改良剤により土壌Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの栄養素使用および病原体抑制的潜在性が変更される
【０４６１】
農業土壌における微生物活性およびバイオマスを増大させるために有機物質のインプットが一般に使用される。土壌炭素改良剤により、農業土壌における特定のリソース利用可能性が変更され、土壌微生物群集の組成および機能が影響を受ける。土壌に炭素を添加することにより、持続可能な農業生産のために有益な微生物集団の富化を導くことができる。さらに、微生物の代謝キャパシティーおよび種相互作用に対する土壌炭素改良剤の影響は十分には理解されていない。
【０４６２】
この試験の目的は、農業土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ集団の栄養素使用プロファイルおよび抗生物質阻害性表現型に対する土壌炭素改良剤の影響を評価することであった。
【０４６３】
農業土壌を収集し、土壌メソコスムに入れた（メソコスム当たり５００ｇの土壌）。４つのメソコスムを存在させた：（１）土壌改良していない対照、（２）グルコース、（３）フルクトース、および（４）グルコースおよびフルクトースとリンゴ酸の混合物。メソコスム（２）、（３）、および（４）の土壌を、最初の２ヶ月は隔週で、その後、月に１回、９ヶ月の経過にわたって、グルコース、フルクトース、またはグルコースおよびフルクトースとリンゴ酸の混合物であるそれらのそれぞれの土壌改良剤を用いて土壌改良した。図１３は、本明細書に記載の土壌改良していない対照土壌と比べた、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ土壌単離物に対する土壌炭素改良剤の影響を決定するためのプロトコールの概略図を示す。９ヶ月の終わりに、メソコスムの各々からＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を単離した。各炭素処理について合計でおよそ４０種の単離物（３８〜４４）を収集し、単離物は各処理について少なくとも６個の反復メソコスムから得た。Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を栄養素使用プロファイルおよび抗生物質阻害的キャパシティーについてアッセイした。
【０４６４】
単離物をＢｉｏｌｏｇ  ＳＦ−Ｐ２  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ（商標）中、９５種の異なる栄養素培養基で３〜７日間成長させた結果として、１３０種の単離物について栄養素使用プロファイルを生成した。成長を、栄養素培養基の各々に接種した単離物の光学濃度（ＯＤ）を測定し、その培養基において観察されたＯＤから対照（栄養素なし）ウェルにおいて観察されたＯＤを差し引いて、成長測定値を得ることによって決定した。栄養素使用アッセイによりニッチの幅（単離物が成長した培養基の数）を同定し、一方で、全ての単離物対についてニッチの重複を、以下の方程式を使用し、共有された栄養素での成長に基づいて決定した：
【０４６５】
ニッチの重複（Ｘに対してＹ）＝Σｉ＝１−９５（ｍｉｎ［Ｘｉ，Ｙｉ］／Ｘｉ）／（ニッチの幅［単離物Ｘ］）
（式中、ＸおよびＹはそれぞれ異なる単離物を示す）。
【０４６６】
Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の栄養素使用プロファイルは、炭素で土壌改良した土壌からの単離物と土壌改良していない土壌からの単離物の間で異なった（ＡＤＯＮＩＳ、ｐ＜０．００５；Anderson,  M.J.  2001.  A  new  method  for  non-parametric  multivariate  analysis  of  variance.  Austral  Ecology,  26:  32-46）。単純な基質を用いて土壌改良したメソコスムでは、より均一な栄養素使用プロファイルを有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ集団がもたらされた（図１）。炭素で土壌改良した土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物は、より広いニッチの幅を示した（図２、左側のパネル）。言い換えれば、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物が利用することができた栄養素の％が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を炭素で土壌改良した土壌から単離した場合に、土壌改良していない土壌と比較してより高かった。単離物は、さらに、炭素で土壌改良した土壌からの単離物の間で、土壌改良していない土壌よりも大きなニッチの重複を示した（図２、右側のパネル）。すなわち、炭素で土壌改良した土壌から単離されたＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物では、全ての可能性のある単離物の対の組合せの間で共有された栄養素使用のパーセンテージが、土壌改良していない土壌から単離されたＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物と比較して高かった。
【０４６７】
抗生物質阻害的キャパシティープロファイルを４０種の単離物について生成した。単離物を各処理について収集した単離物のプールからランダムに選択し、各処理について少なくとも３つの異なる反復メソコスムからの単離物が表されるように制約した。単離物の互いを阻害するアビリティーを決定する−単離物を一緒にプレーティングし、プレート上の完全な阻害区域の存在を同定することによってデータを生成した。これらのアッセイにより、阻害性表現型の頻度および阻害の強度（阻害区域サイズ）が同定された。土壌炭素改良剤により、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ阻害性表現型、特に、土壌改良していない土壌からのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓに対して主に阻害性であるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ阻害性表現型の頻度が増大した（図３）。阻害強度およびニッチの重複は、それぞれ炭素で土壌改良した土壌から、および土壌改良していない土壌からの阻害性のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物と影響を受けやすいＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の間で正に相関した（図４）。土壌改良された土壌からの単離物に関しては、結果から、ニッチの重複と阻害区域の間に正相関があることが示され（図４、左側のパネル）、一方、土壌改良していない土壌からの単離物ではそのような相関は観察されない（図４、右側のパネル）。
【０４６８】
最後に、上記と同じ方法を使用した関連する試験では、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ集団は、５種の植物病原体標的のセットに対して、９ヶ月の期間にわたって同じ炭素（グルコースまたはリグニンのいずれか）を高用量で「供給」した場合に、低用量で「供給」した場合よりも阻害性であった（図２３）。
【０４６９】
我々の結果から、炭素改良剤に応答したＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの代謝キャパシティーのシフトにより、好ましいリソースに関する競合の潜在的な強化が導かれ得ることが示される。炭素改良剤により、広範なニッチの幅およびアンタゴニストキャパシティーを有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ株が選択的に富化された。炭素改良剤により、最も強力なリソース競合相手に対して阻害性であるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ表現型の選択が強化された。全体として見ると、本明細書に記載の結果から、土壌への炭素改良剤の添加が、別個の生活史戦略および機能的特徴を有する生態学的に別個の集団の出現を導き得る選択力として作用することが示される。さらに、土壌への炭素改良剤の添加により、農業系における病原体抑制性土壌の確立を容易にすることができた。
（実施例１２）
微生物接種材料および土壌炭素改良剤により、病気が抑制され、圃場における生産高が増加する
【０４７０】
本データは、ｉ）病気の抑制；またはｉｉ）接種材料による土壌コロニー形成；またはｉｉｉ）その両方を変更するための、栄養素の使用に関する圃場に基づく実験からのものである。データから、上述のメソコスム試験から出された結論が裏付けられる。
【０４７１】
ジャガイモそうか病病原体が天然にはこびっている圃場からのクロロピクリンで燻蒸消毒した土壌と、燻蒸消毒していない土壌とにおいて、微生物接種材料および／または炭素改良剤（リグニン）を用いた病気の抑制を比較した。簡単に述べると、実験の前の秋に区画をクロロピクリンで燻蒸消毒したか、または燻蒸消毒していない対照として残した。次の春（４月）に、燻蒸消毒した土壌または燻蒸消毒していない土壌を３ガロンポットに添加し、隣の燻蒸消毒していない圃場に移した。各ポットに対する処理には以下が含まれた：無処理対照；米のみの対照；微生物接種材料を伴う米；リグニンのみ；またはリグニンとそれに加えて微生物接種材料。リグニン処理ポットに関しては、ポットに入れる前にリグニンと土壌を徹底的に混合した（以下を参照されたい）。ＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓおよびＢａｃｉｌｌｕｓを以前に記載されている通り成長させ、組合せとして、米を担体として土壌に接種した；米による処理は、米担体によって添加された栄養が病気の抑制または収穫高の利益の供給源にはならないことを確認するために含めた。水はけを促進するために、土壌を土壌線に埋めた底なしポットに移した。微生物接種材料または米担体を植栽時に種子区画の隣（まき溝）に置いた（以下を参照されたい）。Ｒｅｄ  Ｐｏｎｔｉａｃ（ｓｍａｌｌ  ｒｅｄ）ジャガイモ塊茎を各ポットに植栽した（ポット当たり塊茎１つ）。ポットをＭＮの標準のジャガイモ慣習に従って維持した。８月に収穫した後、各ポットから全ての塊茎を収集し、病気（ジャガイモそうか病）および収穫高について評価した。実験設計は完全乱塊法であり、各処理を８回反復した。病気の減少は、燻蒸消毒した土壌および燻蒸消毒していない土壌のどちらにおいてもリグニン＋接種材料処理を用いた場合には最大であったが、炭素添加の相対的利益は燻蒸消毒していない土壌において燻蒸消毒した土壌よりも大きかった（図１２Ａおよび図１２Ｂ）。対照的に、収穫高の増強は微生物接種材料を単独で用いた場合に最大であった（図１６）。
【０４７２】
関連する実験において、圃場区画における接種材料のコロニー形成に対する炭素土壌改良の影響を決定した。圃場区画に、植栽時に炭素改良剤（セルロース）を伴ってまたは伴わずにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓを接種した。Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ接種材料は、胞子をｇｒｏｗｓｔｏｎｅ担体と混合したオートミール寒天上で成長させることによって調製した。得られた粒状産物を圃場区画に接種した。具体的には、ジャガイモ品種Ｒｅｄ  Ｎｏｒｌａｎｄを開いたまき溝に植栽し、炭素および微生物接種材料処理を植栽時にまき溝に添加した。全ての処理に関して植栽前および収穫時にＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ密度（土壌１グラム当たりのＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの数）を評価し、それにより、接種した植物区画および接種していない植物区画における、ならびにセルロースで土壌改良した区画および土壌改良していない区画におけるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓのダイナミクスを特徴付ける手段をもたらした。全ての区画がＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ密度に有意差なしで出発した。接種していない植物土壌における密度は生育期にわたって減少した。対照的に、接種した区画におけるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの密度は増大し、密度の増大はセルロース改良剤を用いた場合に、セルロース改良剤を用いない場合よりも有意に大きかった（図３０）。
（実施例１３）
多株接種材料では単一株と比較して良好な病気の抑制がもたらされる
【０４７３】
この実施例では、病気の抑制における単一株接種材料とは対照的な接種材料の組合せの価値が強調される。この実験では、個々のアンタゴニスト単離物をオートミールブロスと混合した滅菌バーミキュライト（アルミ箔で密閉した滅菌ターキーローストパン中バーミキュライト４０００ｃｃ＋オートミールブロス１リットル）上で成長させた。接種材料トレーを室温で９週間インキュベートし、毎日振とうして均一な分布を確実にした。
【０４７４】
接種材料を圃場土壌と土壌１リットル当たり細胞９×１０８個の総用量で混合した。多数のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物を含む接種材料に関しては、接種材料を植栽の直前に混合し、圃場土壌と徹底的に混合した。ジャガイモ（品種Ｒｅｄ  Ｐｏｎｔｉａｃ、そうか病の影響を受けやすい品種）を得られた土壌に植栽し、尿素を添加したかまたは添加せず（ポット当たり１．３８、１エーカー当たり窒素１１０ポンドと等価）、各処理を８回反復した（８つの８リットルポット）。ジャガイモを温室中で１６週間成長させた。全てのポットから全てのジャガイモを回収し、全ての塊茎について、そうか病病変に覆われた塊茎面積のパーセント、３型、４型、および５型病変の数（３＝周皮の破損；４＝くぼみ；および５＝深いくぼみ）、ならびに塊茎重量を記録した。図２８に示されている通り、接種材料中のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ単離物の数（接種材料の組合せ、ｘ軸）が増加するにつれ病気の強度（塊茎ごとの病変の平均数、ｙ軸）が低下することが認められた。
【０４７５】
図２９は、病気の抑制を増強するためにシグナル伝達接種材料を混合物に組み入れることの利益を示す。具体的には、ジャガイモそうか病の強度（平均病変数−上のパネル、またはパーセント感染表面−下のパネルのいずれか）は、アンタゴニストの収集物と共にシグナル伝達物質を接種した場合に、シグナル伝達物質を添加しなかった場合よりも有意に小さい。各棒は、５種の異なる接種材料混合物とそれに加えてシグナル伝達物質（単離物１２３１．５）にわたる、またはシグナル伝達物質を添加しなかった場合の病気の強度の平均を表す。
【０４７６】
接種材料調製、接種、および病気の査定の方法は、この実験を圃場において実施したこと以外は図２８に記載のものの再現である。具体的には、接種材料を圃場土壌と混合し、その後、接種した土壌を、底部を取り除いた８リットルポットに入れた。土壌を伴うポットを圃場区画に埋め、各々に、４月下旬に個々のジャガイモ（品種Ｒｅｄ  Ｐｏｎｔｉａｃ）を植栽し、生育期にわたって標準の管理条件下で維持した。９月上旬にジャガイモを収穫し、病気を上記の通り査定した。
（実施例１４）
規範的な土壌改良例（予言）
【０４７７】
栽培者の圃場から単離された土壌試料を受け取り、土壌生産性を改善することができる改良剤の種類を決定するために、本明細書に開示されるＳＰＰＩＭＣ開発プラットフォームを使用して分析する。まず、土壌に感染させる植物病原体の型を同定する。土壌に生息する植物病原体の同定は、以下の１つまたは複数を含む土壌の分析によって行うことができる：土壌試料から病原体を単離するステップ、病原体を培養するステップ、病原体のゲノムの全体または一部の配列決定を行う（例えば、ゲノムの１６Ａ  ｒＲＮＡ領域の配列決定を行う）ステップ、病原体の形態を観察するステップ、ならびに液体培地中の病原体培養物および／または固形培地の病原体コロニーの外観を観察するステップ。病原体の型の同定を補助するために、土壌で成長させた植物の病気表現型も調査する。実施例２に記載の富化された微生物ライブラリー中の微生物にアクセスし、実施例３に記載の通り、土壌試料中の同定された病原体を抑制する活性についてスクリーニングして、各微生物についての土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを生成する。その後、実施例５に記載の通り、ライブラリー中の微生物の、少なくとも１つの他の単離物を阻害するアビリティーを評価して、相互阻害的活性微生物ライブラリーを生じさせる；実施例６に記載の通り、ライブラリー中の微生物の、異なる型の栄養素を利用するアビリティーを評価して、炭素栄養素利用プロファイルを生じさせる；実施例７に記載の通り、ライブラリー中の微生物の、少なくとも１つの他の微生物単離物にシグナル伝達するまたはそれによってシグナル伝達されるアビリティーを評価して、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを生じさせる；ならびに、実施例８に記載の通り、微生物の各々の、植物成長を促進するアビリティーを評価する。さらに、実施例４に記載の通り、微生物の各々の、抗生物質に抵抗するアビリティーを評価して、抗生物質耐性プロファイルを生成し、実施例１５に記載の通り、微生物の各々の、異なる温度で成長するアビリティーを試験して、温度感受性プロファイルを生成する。
【０４７８】
上記の実験から生成されたデータに基づいて、２種またはそれよりも多くの微生物を含む微生物コンソーシアのライブラリーを生成し、さらに、上記のノードの全てについてスクリーニングする。個々の微生物が、相補的な病原体抑制活性を有し、相補的な栄養素利用活性を有し、相互阻害が少ない／相互阻害を有さず、抗生物質に対する相補的な耐性を有し、かつ、植物成長を促進するアビリティーを有する微生物コンソーシアを選択する。さらに、少なくとも１つの微生物がコンソーシア中の他の微生物からの抗微生物化合物の産生をシグナル伝達する微生物コンソーシアを選択する。これらの特色を有する微生物コンソーシアを温室および圃場試験におけるさらなる試験のために選択する。最後に、選択された微生物コンソーシアを、土壌試料を収集した圃場に改良剤として添加し、これらの改良剤により植物生産性の改善および植物の病気の抑制が導かれることが予測される。
（実施例１５）
温度感受性についての微生物ライブラリーの特徴付け（予言）
【０４７９】
図１４に示されている通り、ライブラリー中の微生物の各々を「多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析」に伴うノードのうちの１つ、すなわち、以下の「温度感受性の決定」に供する。実施例１の方法に従って収集した、以前に生成した富化された微生物ライブラリーの単離物を固形培地および／または液体培地において異なる温度（例えば、８℃、１５℃、２０℃、２５℃、または３０℃）で成長させる。微生物の成長に対する温度の影響を査定する。微生物の成長は、本明細書に開示される方法のいずれか１つによって、例えば、ある特定の期間にわたって成長させた後に微生物培養物の光学濃度を測定することによって測定することができる。上記の実験から生成されたデータに基づいて、２種またはそれよりも多くの微生物を含む微生物コンソーシアのライブラリーを生成し、さらに、上記の試験した異なる温度において成長するアビリティーについてスクリーニングする。
【０４８０】
微生物コンソーシアおよび個々の微生物の温度感受性を、微生物コンソーシアを改良剤として土壌に使用することが意図された場所の温度を考慮して評価する。したがって、微生物コンソーシアを用いて土壌改良される土壌が熱帯気候の場所にある場合には、高温（３５℃など）で生存し、よく育つアビリティーを有する微生物コンソーシアおよび個々の微生物を選択する。同様に、微生物コンソーシアを用いて土壌改良される土壌がより温和な気候の場所にある場合には、２５℃などのより低い温度で生存し、よく育つアビリティーを有する微生物コンソーシアおよび個々の微生物を選択する。
（実施例１６）
規範的な生物防除：土壌炭素量および多様性は接種材料混合物ニッチ差別化／重複特徴の最適化に関する重大な決定因子である。
【０４８１】
１種（単作）、４種、８種、または１６種の植物種を植栽した長期実験用草原区画において土壌マイクロバイオームを特徴付けた。区画の確立後１７年で試料を収集した。全ての土壌について、改変Ｈｅｒｒ’ｓアッセイを使用して常在性土壌Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの病原体阻害的キャパシティーを決定した（その全体が参照により本明細書に組み込まれるWiggins  and  Kinkel,  Phytopathology.  2005  Feb;  95  (2):  178-85に記載されている通り）。簡単に述べると、土壌試料を、相互振とう機（毎分１７５サイクル；４℃）において滅菌水中で１時間にわたって処理する。得られた懸濁液を素寒天にプレーティングし、すぐに追加的な５ｍｌの素寒天をオーバーレイする。５日後に、各プレート上の総Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓを数量化し、植物病原体（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｄａｈｌｉａｅ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉ、またはＦｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）を播種した追加的な寒天培地の層をプレートにオーバーレイする。病原体の成長後、阻害性Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの総数、および各Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓについての阻害区域（死滅区域）を決定する。結果から、植物を単作で成長させた土壌では有意に高い割合の阻害性Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、および植物病原体をより良好に死滅させるＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ（平均死滅区域がより大きい）が支持されることが示される。図３１および３２を参照されたい。
【０４８２】
その後の研究から、多様性が大きい植物群集（１６種の植物種）のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ間で、多様性が小さい植物群集に対して、阻害性表現型の減少がニッチ差別化の増大（ニッチの重複が有意に小さい）と相関することが示された。具体的には、ランダムなＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの収集物を、単作で成長させた植物に関連する土壌と、１６種の混作で成長させた植物に関連する土壌とから収集し、全ての単離物についてのリソース利用をＢｉｏｌｏｇｙ  ＳＦ−Ｐ２プレートにおける成長に基づいて決定した。各植物多様性処理内の全ての可能性のある対の単離物の組合せについてニッチの重複を決定した（図３３）。これらのデータにより、ニッチ差別化が、土壌中のＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの衝突を最小化するための上首尾の戦略であるが、この戦略の成功は土壌環境の特定の特徴に依存するという原理が裏付けられる。
【０４８３】
さらなる研究では、混作に関連する土壌と単作に関連する土壌との特徴、特に、共存の媒介におけるニッチ差別化戦略の成功に影響を及ぼす可能性が高い土壌の特徴に焦点を当てた。総土壌炭素および土壌炭素の多様性（炭素ピークの数）はどちらも、混作区画において単作区画よりも有意に大きい（図３４）。これにより、異なる土壌に対する微生物接種材料混合物を設計するための最適な戦略の決定における土壌炭素特徴の重要な役割が強調される。具体的には、これらのデータは、高土壌炭素、高炭素多様性土壌に関して特別な土壌ニッチが差別化された栄養素の使用と一致する。対照的に、炭素多様性が低い低栄養素土壌では、接種材料の成功のために一般的な栄養素（対応してニッチの重複が大きく／ニッチ差別化が小さい）の使用が推奨される。
特許手続上の微生物の寄託物の国際承認に関するブタペスト条約
【０４８４】
本出願に記載の微生物は、１０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｌｖｄ．、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ  ２０１１０、ＵＳＡに位置するＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ（登録商標））に寄託された。寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約（Ｂｕｄａｐｅｓｔ  Ｔｒｅａｔｙ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｄｅｐｏｓｉｔ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｕｒｐｏｓｅｓ  ｏｆ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ）の条項の下で行われた。上述のブタペスト条約寄託物に対するＡＴＣＣ受託番号は本明細書に提示されている。微生物コンソーシアＬＬＫ３−２０１７の代表的な試料は、２０１７年７月１８日にＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２４３２０の下で寄託された。この寄託物を２０１７年８月１５日に試験し、生存可能であることが分かった。
【０４８５】
本出願に記載の追加的な微生物は、１８１５  Ｎｏｒｔｈ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｓｔｒｅｅｔ、Ｐｅｏｒｉａ、Ｉｌｌｉｎｏｉｓ  ６１６０４  Ｕ．Ｓ．Ａに位置するＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ  ａｔ  ｔｈｅ  Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅに寄託された。
【０４８６】
寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条項の下で行われた。上述のブタペスト条約寄託物のＮＲＲＬ受託番号は本明細書に提示されている。微生物単離物ＧＳ１の代表的な試料は、２０１９年７月１１日に受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１の下で寄託された。代表的な微生物単離物ＰＳ１の試料は、２０１９年７月１１日に受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０の下で寄託された。代表的な微生物単離物ＰＳ３の試料は、２０１９年７月１１日に受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９の下で寄託された。ＮＲＲＬにおける３種の寄託物は全て、２０１９年７月１６日に生存可能であることが確認された。
以下の名称の寄託物が本明細書に提示される：ＬＬＫ３−２０１７（ＰＴＡ−１２４３２０）、ＧＳ１（ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１）、ＰＳ１（ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０）、およびＰＳ３（Ｂ−６７８１９）。これらは本明細書においてさらに記載されている。
参照による組込み
【０４８７】
本明細書において引用されている全ての参考文献、論文、刊行物、特許、特許公報、および特許出願は、あらゆる目的に関してそれらの全体が参照により組み込まれる。しかし、本明細書において引用されているいかなる参考文献、論文、刊行物、特許、特許公報、および特許出願への言及も、それらが有効な先行技術を構成するまたは世界の任意の国における共通の一般知識の一部を形成することの承認またはいかなる形態の示唆ではなく、また、そのように取られるべきではない。
実施形態
１．土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリー、ならびに必要に応じて温度感受性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｄ）ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、少なくとも１つの次元において標的化された生態学的機能を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップ
を含む、方法。
２．土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリー、ならびに必要に応じて温度感受性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーにアクセスするまたはそれを創出するステップ；
ｃ）前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；
ｄ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ＭＥＦＢノード分析に基づいて選択された、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２種の微生物を含む、ステップ；
ｅ）複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；
ｆ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｇ）ライブラリーから、所望の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
３．ステップａ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
４．ステップａ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
５．ステップｂ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
６．ステップｂ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
７．ステップｄ）〜ｅ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
８．ステップｄ）〜ｆ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態２に記載の方法。
９．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ
を含む、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップ
を含み、
前記植物病原体抑制的プロファイルが、ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体を抑制する各微生物単離物のアビリティーを示す、実施形態１から８のいずれか１つに記載の方法。
１０．相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｉｉ）それ自身の試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｉｉｉ）ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ
を含む、実施形態１から９のいずれか１つに記載の方法。
１１．炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するステップが、ｉ）別個の単一の炭素供給源を各々が含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの前記微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む、実施形態１から１０のいずれか１つに記載の方法。
１２．抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含み、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する、実施形態１から１１のいずれか１つに記載の方法。
１３．臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）複数の抗生物質に対する耐性について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ
を含む、実施形態１から１２のいずれか１つに記載の方法。
１４．植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップ
を含み、試験植物と対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、実施形態１から１３のいずれか１つに記載の方法。
１５．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１から１４のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
１６．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１から１４のいずれか１つに記載の方法。
１７．標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；
ｉｉ．アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；
ｃ）各微生物コンソーシアの予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）微生物コンソーシアのライブラリーから、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップであって、前記選択されたコンソーシアが、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、ステップ
を含む、方法。
１８．標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の予測される土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有し；
ｉｉ．アセンブルされた微生物コンソーシアの各々中の少なくとも１つの微生物単離物が、標的土壌媒介病原体の成長を抑制する、ステップ；
ｃ）標的土壌媒介病原体を含む複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングして、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを産生するステップ；
ｄ）各微生物コンソーシアの土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｅ）ライブラリーから、所望の標的化された相補的な土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
１９．ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態１８に記載の方法。
２０．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態１８に記載の方法。
２１．ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態１８に記載の方法。
２２．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態１８に記載の方法。
２３．ステップｂ）においてアセンブルされた前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、
ｉ．複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する抑制的活性の強度、
ｉｉ．複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および
ｉｉｉ．複数の土壌媒介植物病原体の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルとは別個の土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを有する、実施形態１７から２２のいずれか１つに記載の方法。
２４．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１７から２３のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
２５．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１７から２３のいずれか１つに記載の方法。
２６．設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｂ）その微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；
ｃ）ステップ（ｂ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ；および
ｄ）ｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、ライブラリーから、設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
２７．相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップが、コンソーシア中の各微生物単離物が、微生物コンソーシア中の１つの他の微生物単離物と共に個々に試験されるように、対で実行される、実施形態２６に記載の方法。
２８．相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップが、第１の微生物単離物が、第３の微生物単離物に隣接してまたはそれと接触して成長される場合に、前記第１の微生物単離物が、別の微生物単離物に対する相互阻害的活性についてスクリーニングされるように、３つまたはそれよりも多くの群において実行され；第１、第２および第３の微生物単離物が全て、スクリーニングされた微生物コンソーシアの一部である、実施形態２６に記載の方法。
２９．相互阻害的活性の相対的程度について微生物コンソーシアをスクリーニングするステップが、微生物コンソーシア中の全ての他の残りの微生物単離物の組合せによって引き起こされる、コンソーシア中の各微生物単離物に対する阻害的活性の相対的程度を試験するステップを含む、実施形態２６に記載の方法。
３０．複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の微生物コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態２６から２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、スクリーニングされた集団についての相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの微生物単離物が、ステップａ）のｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップ；および
ｃ）ステップｂ）のライブラリーから、レベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
３２．設計されたレベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）スクリーニングされた集団中の少なくとも１つの他の個々の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、スクリーニングされた集団についての相互阻害的活性に基づいて、ｎ次元相互阻害的活性マトリックスを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの微生物単離物が、ステップａ）のｎ次元相互阻害的活性マトリックスに基づいて、一緒に成長することができると予期される、ステップ、
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ、
ｄ）ステップｂ）のライブラリーから、レベルの相互阻害的活性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
３３．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３２に記載の方法。
３４．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３２に記載の方法。
３５．複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の微生物単離物の集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態３２から３４のいずれか１つに記載の方法。
３６．ｎ次元相互阻害的活性マトリックスが、
ｉ．１つまたは複数のメンバーの微生物単離物に対する阻害的活性の強度、
ｉｉ．複数の微生物単離物の１つまたは複数のメンバーに対する特異性、および
ｉｉｉ．複数の微生物単離物の任意の１つまたは複数のメンバーに対する活性の幅
からなる群から選択される次元を含む、実施形態２６から３５のいずれか１つに記載の方法。
３７．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態２６から３６のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
３８．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態２６から３６のいずれか１つに記載の方法。
３９．最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、前記微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
４０．複数の土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップを含み、ステップ（ａ）の微生物単離物の集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態３９に記載の方法。
４１．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３９および４０のいずれか１つに記載の方法。
４２．ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３９および４０のいずれか１つに記載の方法。
４３．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３９および４０のいずれか１つに記載の方法。
４４．ステップｂ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態３９および４０のいずれか１つに記載の方法。
４５．ステップｂ）においてアセンブルされた前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、
ｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、
ｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度、
ｉｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、および
ｉｖ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、実施形態３９から４４のいずれか１つに記載の方法。
４６．最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、前記微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
４７．ステップａ）においてスクリーニングされた微生物単離物の集団が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態４６に記載の方法。
４８．最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーにアクセスするステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーからの微生物単離物の組合せを含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の予測される炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
４９．ステップｂ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態４８に記載の方法。
５０．ステップ（ｃ）の成長培地が、微生物コンソーシアが適用される場所からの培地であるか、または微生物コンソーシアが適用される場所の炭素栄養素プロファイルを模倣する培地である、実施形態４６から４９のいずれか１つに記載の方法。
５１．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態４６から５０のいずれか１つに記載の方法。
５２．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態４６から５０のいずれか１つに記載の方法。
５３．最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルを含む微生物単離物の組合せを含み、
ｉｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、炭素栄養素利用プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、ステップ；
ｂ）前記コンソーシアを成長培地中で成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；および
ｃ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの炭素栄養素利用相補性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
５４．ステップ（ｃ）の成長培地が、微生物コンソーシアが適用される場所からの培地であるか、または微生物コンソーシアが適用される場所の炭素栄養素プロファイルを模倣する培地である、実施形態５３に記載の方法。
５５．ステップａ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態５３から５４のいずれか１つに記載の方法。
５６．ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態５３から５５のいずれか１つに記載の方法。
５７．各アセンブルされた微生物コンソーシアが、
ｉ．複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、
ｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される任意の１つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度、
ｉｉｉ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長する二元アビリティー、および
ｉｖ．前記複数の異なる栄養培地中に見出される少なくとも２つの別個の単一の炭素供給源において成長するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物炭素栄養素利用プロファイルとは別個の炭素栄養素利用プロファイルを有する、実施形態５３から５６のいずれか１つに記載の方法。
５８．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態３９から５７のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
５９．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態３９から５７のいずれか１つに記載の方法。
６０．最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物についてｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの抗生物質耐性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
６１．最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）複数の抗生物質に対する耐性について、微生物単離物の集団をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ（またはあるいは、以前に創出された抗生物質耐性プロファイルにアクセスするステップ）；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各微生物コンソーシアが、ステップａ）からの微生物単離物の組合せを含み、前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、コンソーシア内の個々の微生物単離物の抗生物質耐性プロファイルを共有すると予期される、ステップ；
ｃ）微生物コンソーシア中の微生物単離物の全てが個々に耐性である抗生物質を含む成長培地中で前記微生物コンソーシアを成長させ、各コンソーシア内の各微生物単離物の継続する存在をモニタリングすることによって、微生物コンソーシアのライブラリーからのコンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｄ）最適な設計されたレベルの抗生物質耐性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
６２．ステップｂ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態６０および６１のいずれか１つに記載の方法。
６３．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態６１および６２のいずれか１つに記載の方法。
６４．ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態６１および６２のいずれか１つに記載の方法。
６５．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態６１および６２のいずれか１つに記載の方法。
６６．ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態６１および６２のいずれか１つに記載の方法。
６７．ｎ次元抗生物質耐性プロファイルが、
ｉ．抗生物質の存在下で成長する二元アビリティー、
ｉｉ．微生物単離物がなおも成長することが可能な抗生物質の濃度；および
ｉｉｉ．耐性が示される抗生物質の範囲
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、実施形態６０から６６のいずれか１つに記載の方法。
６８．抗生物質が、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、バンコマイシン、エリスロマイシン、ノボビオシン、ストレプトマイシン、アジスロマイシン、カナマイシンおよびリファンピンからなる群から選択される、実施形態６０から６７のいずれか１つに記載の方法。
６９．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態６０から６８のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
７０．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態６０から６８のいずれか１つに記載の方法。
７１．最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップであって、
ｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含む、ステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉ．前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアが、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元において、ステップａ）からの任意の個々の微生物単離物抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルとは別個の抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを有する、ステップ；
ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
７２．最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の各個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出するステップであって、
ｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ．微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含む、ステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉｉｉ．微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物が、コンソーシア中の別の微生物単離物にシグナル伝達するアビリティーおよびコンソーシア中の別の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを示す、ステップ；
ｃ）ステップ（ａ）からの微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；ならびに
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
７３．最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物集団の個々の微生物単離物について以前に集められた抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルにアクセスするステップ；
ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）のものからの複数の微生物単離物を含み、
ｉ．微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物が、コンソーシア中の別の微生物単離物にシグナル伝達するアビリティーおよびコンソーシア中の別の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを示す、ステップ；
ｃ）ステップ（ａ）からの微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてスクリーニングするステップ；ならびに
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
７４．ステップｂ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態７１から７３のいずれか１つに記載の方法。
７５．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態７１に記載の方法。
７６．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態７１に記載の方法。
７７．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態７２から７４のいずれか１つに記載の方法。
７８．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態７２から７４のいずれか１つに記載の方法。
７９．抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルが、
ｉ．他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする二元アビリティー、および
ｉｉ．他の微生物単離物にシグナル伝達し、他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、実施形態７１から７８のいずれか１つに記載の方法。
８０．抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルが、
ｉ．他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する二元アビリティー、および
ｉｉ．他の微生物単離物によってシグナル伝達され、他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有するアビリティーの強度
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、実施形態７１から７８のいずれか１つに記載の方法。
８１．ステップａ）における微生物単離物の集団をスクリーニングするステップが、ゲノム情報、トランスクリプトーム情報および／または成長培養情報を利用するステップを含む、実施形態７２から８０のいずれか１つに記載の方法。
８２．最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
ａ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、複数の微生物単離物を含み、前記微生物単離物の少なくとも１つが、微生物コンソーシア中の少なくとも１つの他の微生物単離物に対する抗微生物シグナル伝達キャパシティーを示す、ステップ；
ｂ）微生物コンソーシア中の少なくとも１つの微生物単離物の抗微生物シグナル伝達キャパシティーまたは応答性の結果として産生された抗微生物化合物によって標的化される土壌媒介病原体の存在下で、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；
ｃ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性を有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
８３．ステップｂ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態８２に記載の方法。
８４．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８２に記載の方法。
８５．ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８２に記載の方法。
８６．その植物成長アビリティーについて微生物単離物の集団をスクリーニングおよび評価するための方法であって、
ａ）集団からの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｂ）試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｃ）微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップ
を含み、試験植物と対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、方法。
８７．最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；
（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
（ｃ）前記ライブラリー中の各微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティーの少なくとも１つの次元に基づいて、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；および
（ｄ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
８８．最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するための方法であって、
（ａ）１つまたは複数の植物の成長を促進する各微生物単離物のアビリティーをスクリーニングおよび評価することによって、微生物集団の各個々の微生物単離物について、植物成長促進性アビリティープロファイルを創出するステップ；
（ｂ）微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各コンソーシアが、ステップａ）においてスクリーニングされたものからの複数の微生物単離物を含む、ステップ；
（ｃ）
ｉ）ライブラリーからの微生物コンソーシアを、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）微生物コンソーシアを受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップ
によって、微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアをスクリーニングし、それによって、各スクリーニングされた微生物コンソーシアについて、植物成長促進性アビリティープロファイルを産生する、ステップ；
（ｄ）各スクリーニングされた微生物コンソーシアの植物成長促進性アビリティープロファイルの少なくとも１つの次元に基づいて、スクリーニングされた微生物コンソーシアのライブラリーからの微生物コンソーシアを必要に応じてランク付けするステップ；ならびに
（ｅ）ライブラリーから、最適な設計されたレベルの植物成長促進性アビリティーを有する土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを選択するステップ
を含む、方法。
８９．ステップａ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８８に記載の方法。
９０．ステップａ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８８に記載の方法。
９１．ステップｂ）〜ｃ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８８に記載の方法。
９２．ステップｂ）〜ｄ）を１または複数回反復するステップを含む、実施形態８８に記載の方法。
９３．ステップｂ）においてアセンブルされた微生物単離物が、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを含む、実施形態８７から９２のいずれか１つに記載の方法。
９４．各スクリーニングされた微生物コンソーシアについての植物成長促進性アビリティープロファイルが、
ｉ．特定の植物の成長を促進する二元アビリティー；
ｉｉ．特定の植物についての成長促進の程度；および
ｉｉｉ．コンソーシアが特定の植物の成長を促進する機構
からなる群から選択される少なくとも１つの次元を含む、実施形態８７から９３のいずれか１つに記載の方法。
９５．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態８７から９４のいずれか１つに記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
９６．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態８７から９４のいずれか１つに記載の方法。
９７．ａ）病原体抑制を提供する第１の微生物種；および
ｂ）第１の微生物種にシグナル伝達するアビリティーおよび第１の微生物種における抗微生物化合物の産生をモジュレートするアビリティーを有する、第２の微生物種
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
９８．ａ）Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ；
ｂ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ；および
ｃ）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
９９．ａ）配列番号３に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．；
ｂ）配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．；および
ｃ）配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
１００．ａ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９を有するＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ、もしくはＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；
ｂ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体；および
ｃ）受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体
を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
１０１．受託番号ＰＴＡ−１２４３２０を有する微生物コンソーシア、もしくはＰＴＡ−１２４３２０の同定特徴の全てを有する株のコンソーシア、またはそれらの変異体を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
１０２．細胞の代表的な試料が受託番号ＰＴＡ−１２４３２０の下で寄託されている微生物コンソーシア、もしくはＰＴＡ−１２４３２０の同定特徴の全てを有する株のコンソーシア、またはそれらの変異体を含む、植物病原体阻害性微生物コンソーシア。
１０３．植物成長のために土壌を改善する方法であって、実施形態９７から１０２のいずれか１つに記載の微生物コンソーシアを、土壌に適用するステップを含む、方法。
１０４．微生物コンソーシアが、植栽前に適用される、実施形態１０３に記載の方法。
１０５．微生物コンソーシアが、植物の発芽後に適用される、実施形態１０３に記載の方法。
１０６．微生物コンソーシアが、種子処理として適用される、実施形態１０３に記載の方法。
１０７．微生物コンソーシアが、スプレーとして適用される、実施形態１０３に記載の方法。
１０８．微生物コンソーシアが、土壌灌注として適用される、実施形態１０３に記載の方法。
１０９．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９を有するＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ、もしくはＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８１９の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
１１０．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２０の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
１１１．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、受託番号ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１を有するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、もしくはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＮＲＲＬ  Ｂ−６７８２１の同定特徴の全てを有する株、またはそれらの変異体である、方法。
１１２．微生物コンソーシアが、植栽前に適用される、実施形態１０９から１１１のいずれか１つに記載の方法。
１１３．微生物コンソーシアが、植物の発芽後に適用される、実施形態１０９から１１１のいずれか１つに記載の方法。
１１４．微生物コンソーシアが、種子処理として適用される、実施形態１０９から１１１のいずれか１つに記載の方法。
１１５．微生物コンソーシアが、スプレーとして適用される、実施形態１０９から１１１に記載の方法。
１１６．微生物コンソーシアが、土壌灌注として適用される、実施形態１０９から１１１に記載の方法。
１１７．土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップ；
ｂ）ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップであって、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップが、
ｉ．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップであって、前記ライブラリーが、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、ならびに臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノードライブラリーを含む、ステップ；
ｉｉ．前記１つまたは複数のノードライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｉｉｉ．ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップ
を含む、ステップ
を含む、方法。
１１８．土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ｃ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定および／または培養するステップ；
ｄ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能なカスタマイズされた土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを創出するステップであって、前記カスタマイズされた微生物コンソーシアを創出するステップが、
ｉ．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップ、
ｉｉ．ステップｉ）のライブラリーからの微生物を利用して、相互阻害的活性微生物ライブラリー、炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリー、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリー、植物成長促進アビリティー微生物ライブラリー、臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリー、ならびに必要に応じて温度感受性ライブラリーからなる群から選択される１つまたは複数の生態学的機能バランシングノード微生物ライブラリーを創出するステップ；
ｉｉｉ．前記１つまたは複数のノード微生物ライブラリーを利用する多次元生態学的機能バランシング（ＭＥＦＢ）ノード分析を実施するステップ；ならびに
ｉｖ．ＭＥＦＢノード分析に基づいて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーから少なくとも２種の微生物を選択し、それによって、土壌媒介植物病原体阻害性微生物コンソーシアを産生するステップであって、前記微生物コンソーシアが、ステップ（ａ）において同定された土壌媒介植物病原体の成長を抑制することが可能である、ステップ
を含む、ステップ
を含む、方法。
１１９．土壌または植物組織中に存在する土壌媒介植物病原体を同定するステップが、規範的な生物防除を必要とする前記場所において成長した植物の症状に基づいた病原体の属の同定を含む、実施形態１１７または１１８に記載の方法。
１２０．土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーにアクセスするステップが、
ｉ）ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体の存在下で、微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、土壌媒介植物病原体抑制的プロファイルを創出するステップ
を含む、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーを創出するステップ
を含み、
前記植物病原体抑制的プロファイルが、ステップ（ａ）において同定および／または培養された土壌媒介植物病原体を抑制する各微生物単離物のアビリティーを示す、実施形態１１７から１１９のいずれか１つに記載の方法。
１２１．相互阻害的活性微生物ライブラリーを創出するまたはそれにアクセスするステップが、
ｉ）試験微生物コンソーシアのライブラリーをアセンブルするステップであって、各試験コンソーシアが、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの少なくとも２つの微生物単離物の組合せを含む、ステップ；
ｉｉ）それ自身の試験微生物コンソーシア内の全ての他の微生物単離物に対して各微生物単離物によって呈される相互阻害的活性の相対的程度について、アセンブルされたライブラリーの試験微生物コンソーシアをスクリーニングするステップ；および
ｉｉｉ）ステップ（ｉ）においてスクリーニングされた相互阻害的活性に基づいて、試験微生物コンソーシアについてのｎ次元相互阻害的活性マトリックスを開発するステップ
を含む、実施形態１１７から１２０のいずれか１つに記載の方法。
１２２．炭素栄養素利用相補性微生物ライブラリーを創出するまたはそれにアクセスするステップが、ｉ）別個の単一の炭素供給源を含む複数の異なる栄養培地中で微生物単離物を成長させることによって、炭素栄養素利用について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングして、前記集団中の各個々の微生物単離物について、炭素栄養素利用プロファイルを創出するステップを含む、実施形態１１７から１２１のいずれか１つに記載の方法。
１２３．抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物にシグナル伝達する各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物における抗微生物化合物の産生をモジュレートする各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ；ならびに／または
ｉｉ）微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってシグナル伝達される各微生物単離物のアビリティーおよび微生物単離物の集団からの他の微生物単離物によってモジュレートされた抗微生物化合物の産生を有する各微生物単離物のアビリティーについて、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物の集団をスクリーニングするステップ
を含み、それによって、各スクリーニングされた個々の微生物単離物について、抗微生物シグナル伝達キャパシティーおよび応答性プロファイルを創出する、実施形態１１７から１２２のいずれか１つに記載の方法。
１２４．臨床的抗微生物薬に対する抗微生物薬耐性ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）複数の抗生物質に対する耐性について、土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物をスクリーニングして、ｎ次元抗生物質耐性プロファイルを創出するステップ
を含む、実施形態１１７から１２３のいずれか１つに記載の方法。
１２５．植物成長促進アビリティー微生物ライブラリーを創出するステップが、
ｉ）土壌媒介植物病原体抑制的微生物ライブラリーからの微生物単離物を、試験植物に適用するステップ、
ｉｉ）試験植物を、成熟まで栽培するステップ、および
ｉｉｉ）微生物単離物を受けなかった対照植物の成長に対して、試験植物の成長を比較するステップ
を含み、試験植物と対照植物との間での成長における差異が、微生物単離物の植物成長促進アビリティーを実証する、実施形態１１７から１２４のいずれか１つに記載の方法。
１２６．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１１７から１２５のいずれか１つに記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
１２７．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１１７から１２５のいずれか１つに記載の組成物。
１２８．土壌媒介植物病原体の規範的な生物防除のための方法であって、
ａ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌から、土壌栄養素プロファイルを創出するステップ；
ｂ）ステップａ）の場所に対する適用のためのカスタマイズされた炭素改良剤を創出するステップであって、カスタマイズされた炭素改良剤が、栄養素土壌プロファイルにおける炭素欠乏を補完する、ステップ
を含む、方法。
１２９．ｃ）カスタマイズされた土壌炭素改良剤を場所に適用するステップをさらに含む、実施形態１２８に記載の方法。
１３０．ステップａ）〜ｂ）を１または複数回反復するステップをさらに含む、実施形態１２９に記載の方法。
１３１．ステップａ）〜ｂ）の各反復が、土壌への最後の炭素改良剤適用の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月後に行われる、実施形態１２９に記載の方法。
１３２．土壌栄養素プロファイルを創出するステップが、
ｉ）規範的な生物防除を必要とする場所からの土壌試料を提供するステップ；および
ｉｉ）前記土壌試料の炭素栄養素含量を分析するステップ
を含む、実施形態１２８から１３１のいずれか１つに記載の方法。
１３３．土壌試料の炭素栄養素含量が、クロマトグラフィー法を介した尺度である、実施形態１３２に記載の方法。
１３４．土壌試料の炭素栄養素含量が、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、質量分析器、湿式消化および乾式燃焼、空中分光法、強熱減量、元素分析計、ならびに反射分光法からなる群から選択される分析方法を介した尺度である、実施形態１３２に記載の方法。
１３５．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１２８〜１３４のいずれか１つに記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
１３６．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１２８から１３４のいずれか１つに記載の組成物。
１３７．土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
１３８．土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
１３９．潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、炭素供給源を前記土壌に適用するステップを含む、方法。
１４０．炭素供給源が、グルコース、フルクトース、リグニン、米粉粉末、リンゴ酸、およびそれらの混合物からなる群から選択される、実施形態１３７から１３９のいずれか１つに記載の方法。
１４１．炭素供給源が、１年間の期間中に少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２回適用される、実施形態１３７から１４０のいずれか１つに記載の方法。
１４２．土壌中の微生物の集団内の個々の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを増強する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、
ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；
ｂ）土壌中の微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーを査定するステップ；ならびに
ｃ）微生物集団内の微生物の抗生物質阻害的キャパシティーが所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップ
を含む、方法。
１４３．微生物の抗生物質阻害的キャパシティーが、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定される、実施形態１４２に記載の方法。
１４４．ステップ（ａ）および（ｂ）が、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、実施形態１４２に記載の方法。
１４５．土壌中の微生物の集団内の阻害的微小生物の密度を富化する方法であって、前記土壌において成長した作物が、１種または複数の土壌媒介病原体に罹患しており、前記方法が、
ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；
ｂ）土壌内の阻害的微小生物の密度を査定するステップ；ならびに
ｃ）土壌内の阻害的微小生物の密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回反復するステップ
を含む、方法。
１４６．阻害的微小生物の密度が、土壌媒介病原体に起因して作物によって示される症状の存在または非存在に基づいて査定される、実施形態１４５に記載の方法。
１４７．ステップ（ａ）および（ｂ）が、作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、実施形態１４５に記載の方法。
１４８．潜在的な土壌媒介病原体阻害能を有する微生物を含有する土壌内の病原体の成長を抑制する方法であって、
ａ）炭素供給源を土壌に適用するステップ；
ｂ）土壌中の病原体密度を決定するステップ；ならびに
ｃ）病原体密度が所望のレベルに達するまで、ステップ（ａ）および（ｂ）を１または複数回を反復するステップ
を含む、方法。
１４９．阻害的微小生物の密度が、土壌上で成長した作物によって示される病原性症状の存在または非存在に基づいて査定される、実施形態１４８に記載の方法。
１５０．ステップ（ａ）および（ｂ）が、土壌上で成長した作物が土壌媒介病原体からの症状を示すのを停止するまで反復される、実施形態１４８に記載の方法。
１５１．ステップ（ｂ）が、ステップ（ａ）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２ヶ月後に実行される、実施形態１４２から１５０のいずれか１つに記載の方法。
１５２．土壌中の土壌媒介病原体を処置する方法であって、
ａ）組合せ組成物を土壌に適用するステップであって、前記組成物が、
ｉ）土壌媒介病原体抑制性微生物；および
ｉ）炭素供給源
を含む、ステップ
を含み、それによって、前記土壌において成長した作物の、土壌媒介病原体の症状を低減させる、方法。
１５３．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１５２に記載の方法。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
１５４．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１５２に記載の方法。
１５５．土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物単離物である、実施形態１５２から１５４のいずれか１つに記載の方法。
１５６．微生物単離物が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される、実施形態１５５に記載の方法。
１５７．土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物コンソーシアとして投与される、実施形態１５２から１５４のいずれか１つに記載の方法。
１５８．微生物コンソーシアが、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む、実施形態１５７に記載の方法。
１５９．ｉ）土壌媒介病原体抑制性微生物；およびｉ）炭素供給源、を含む組成物であって、土壌媒介病原体の成長を抑制することが可能である、組成物。
１６０．土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物単離物である、実施形態１５９に記載の組成物。
１６１．微生物単離物が、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）からなる群から選択される、実施形態１６０に記載の組成物。
１６２．土壌媒介病原体抑制性微生物が、微生物コンソーシアとして投与される、実施形態１５９に記載の組成物。
１６３．微生物コンソーシアが、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＧＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｙｄｉｃｕｓ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ＰＳ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．３２１１．１）およびＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ＰＳ３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）を含む、実施形態１６２に記載の組成物。
１６４．土壌媒介病原体が、Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｃｅｒｃｏｓｐｏｒａ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｓｅｐｔｏｒｉａ、ＰｙｔｈｉｕｍまたはＳｔａｇｎｏｓｐｏｒａの種からなる群から選択される、実施形態１５９から１６３のいずれか１つに記載の組成物。一部の実施形態では、標的土壌媒介植物病原体には、ネコブカビ綱、接合菌綱、卵菌綱、子嚢菌綱および担子菌綱のメンバーを含む、真菌および真菌様生物が含まれる。一部の実施形態では、真菌および真菌様土壌媒介植物病原体には、Ａｐｈａｎｏｍｙｃｅｓ、Ｂｒｅｍｉａ、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｐｙｔｈｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ、Ｒｕｓａｒｉｕｍ  Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｏｐｈｏｒａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ、Ｓｐｏｎｇｏｓｐｏｒａ  ｓｕｂｔｅｒｒａｎｅａｎ、Ｍａｃｒｏｐｈｏｍｉｎａ  ｐｈａｓｅｏｌｉｎａ、Ｍｏｎｏｓｐｏｒａｓｃｕｓ  ｃａｎｎｏｎｂａｌｌｕｓ、Ｐｙｔｈｉｕｍ  ａｐｈａｎｉｄｅｒｍａｔｕｍおよびＳｃｌｅｒｏｔｉｕｍ  ｒｏｌｆｓｉｉの種が含まれる。
１６５．土壌媒介病原体が、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｃａｂｉｅｓ、ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓおよびＸａｎｔｈｏｍｏｎａｓの種からなる群から選択される、実施形態１５９から１６３のいずれか１つに記載の組成物。
１６６．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、配列番号３、４または５に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＢｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．である、方法。
１６７．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、配列番号２に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐである、方法。
１６８．植物成長のために土壌を改善する方法であって、微生物を土壌に適用するステップを含み；微生物が、配列番号１に対して少なくとも９７％の配列同一性を共有する１６Ｓ核酸配列を含むＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐである、方法。
１６９．微生物コンソーシアが、植栽前に適用される、実施形態１６６から１６８のいずれか１つに記載の方法。
１７０．微生物コンソーシアが、植物の発芽後に適用される、実施形態１６６から１６８のいずれか１つに記載の方法。
１７１．微生物コンソーシアが、種子処理として適用される、実施形態１６６から１６８のいずれか１つに記載の方法。
１７２．微生物コンソーシアが、スプレーとして適用される、実施形態１６６から１６８のいずれか１つに記載の方法。
１７３．微生物コンソーシアが、土壌灌注として適用される、実施形態１６６から１６８のいずれか１つに記載の方法。
【図１】
2021530245.tif 000013
【図２】
2021530245.tif 000014
【図３】
2021530245.tif 000015
【図４】
2021530245.tif 000016
【図５】
2021530245.tif 000017
【図６】
2021530245.tif 000018
【図７】
2021530245.tif 000019
【図８】
2021530245.tif 000020
【図９】
2021530245.tif 000021
【図１０】
2021530245.tif 000022
【図１１】
2021530245.tif 000023
【図１２Ａ】
2021530245.tif 000024
【図１２Ｂ】
2021530245.tif 000025
【図１３】
2021530245.tif 000026
【図１４】
2021530245.tif 000027
【図１５】
2021530245.tif 000028
【図１６】
2021530245.tif 000029
【図１７】
2021530245.tif 000030
【図１８】
2021530245.tif 000031
【図１９Ａ−Ｂ】
2021530245.tif 000032
【図２０】
2021530245.tif 000033
【図２１Ａ】
2021530245.tif 000034
【図２１Ｂ】
2021530245.tif 000035
【図２２】
2021530245.tif 000036
【図２３】
2021530245.tif 000037
【図２４】
2021530245.tif 000038
【図２５】
2021530245.tif 000039
【図２６】
2021530245.tif 000040
【図２７】
2021530245.tif 000041
【図２８】
2021530245.tif 000042
【図２９】
2021530245.tif 000043
【図３０】
2021530245.tif 000044
【図３１】
2021530245.tif 000045
【図３２】
2021530245.tif 000046
【図３３】
2021530245.tif 000047
【図３４】
2021530245.tif 000048
【配列表】
2021530245000001.app
【国際調査報告】
2021530245.tif 000049
2021530245.tif 000050
2021530245.tif 000051