(57)【要約】  本発明は、癌を治療する方法、および癌の治療アプローチを選択するための方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
それを必要とする対象における癌を治療する方法で使用するための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニストであって、（ｉ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の用量を前記対象に投与することと、（ｉｉ）前記投与後、前記対象から一つまたは複数の末梢血検査試料を得ることと、（ｉｉｉ）前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することと、（ｉｖ）対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかに、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することと、（ｖ）（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）前記抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することと、を含む、方法で使用するための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２】
ステップ（ｉｉｉ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）が、対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）が、（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３】
ステップ（ｉｉｉ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）が、対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）が、（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、Ｔ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することを含む、請求項１または２に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４】
ステップ（ｉｉｉ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）が、対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）が、（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５】
ステップ（ｉｉｉ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）が、対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）が、（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項６】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、免疫療法を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項７】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項８】
前記抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体が、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびＢＭＳ−９８６２４９からなる群から選択される、請求項７に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項９】
前記抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体が、イピリムマブである、請求項８に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１０】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１１】
前記抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体が、アベルマブ、アテゾリズマブ、ＣＸ−０７２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、スパルタリズマブ、チスレリズマブ、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ゲノリムズマブ、ＡＭＰ−５１４、ＡＧＥＮ２０３４、デュルバルマブ、およびＪＮＣ−１からなる群から選択される、請求項１０に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１２】
前記抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、およびデュルバルマブからなる群から選択される、請求項１１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１３】
前記一つまたは複数の抗癌療法、または抗ＩＣＯＳアゴニストが、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１４】
前記抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体が、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、およびＧＳＫ３３５９６０９からなる群から選択される、請求項１３に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１５】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、表２に列挙された一つまたは複数の前記療法を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１６】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、化学療法を含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１７】
前記化学療法剤が、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ペメトレキセド、ビノレルビン、ビンクリスチン、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、およびコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ）からなる群から選択される、請求項１６に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１８】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、放射線療法を含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項１９】
ステップ（ｖ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定された場合、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストを前記対象に投与することを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２０】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３からなる群から選択される少なくとも一つのＣＤＲを含み、前記ＣＤＲのうちの一つまたは複数が、１個または２個のアミノ酸置換を含む、請求項１３〜１９のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２１】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号  ５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号  ６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号  ７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号  ８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号  ９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、請求項２０に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２２】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖、および／または（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１３〜２１のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２３】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも二つの任意の組み合わせを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２４】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも三つの任意の組み合わせを含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２５】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に二回以上投与される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２６】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に三回以上投与される、請求項２５に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２７】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に四回以上投与される、請求項２６に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２８】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に五回以上投与される、請求項２７に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項２９】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一回または複数回の投与後４週間未満に実施される、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３０】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一回または複数回の投与後３週間未満に実施される、請求項２９に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３１】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一回または複数回の投与後２週間未満に実施される、請求項３０に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３２】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一回または複数回の投与後一週間未満に実施される、請求項３１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３３】
前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量が、定期的な間隔で複数回投与される、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３４】
前記定期的な間隔が、毎週の用量、二週間毎の用量、三週間毎の用量、四週間毎の用量、六週間毎の用量、九週間毎の用量、および十二週間毎の用量からなる群から選択される、請求項３３に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３５】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料が一回または複数回の投与と同時に取得される、請求項３３または３４に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３６】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料が前記複数回の投与の間に取得される、請求項３３または３４に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３７】
前記方法が、前記一つまたは複数の抗癌療法が四回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が、前記末梢血検査試料のいずれか一つでも検出されない場合、前記一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む、請求項３３〜３６のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３８】
前記方法が、前記一つまたは複数の抗癌療法が五回以上、六回以上、七回以上、八回以上、九回以上、または十回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在しないという判定に基づいて、末梢血検査試料が取得される場合、前記一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む、請求項３７に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項３９】
前記方法が、一つまたは複数の前記末梢血検査試料の一部を保存することをさらに含む、請求項１〜３８のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４０】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇した前記ＣＤ４＋  Ｔ細胞の一部が、一つまたは複数の前記末梢血検査試料から単離され、前記ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に適した条件下で保存される、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４１】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、細胞培養培地中に保存される、請求項４０に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４２】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、１００，０００細胞／ｍＬを超える濃度で保存される、請求項４０または４１に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４３】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、１００，０００細胞／ｍＬ〜１億細胞／ｍＬの濃度で保存される、請求項４２に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４４】
請求項４０〜４３のいずれか一項に記載の使用または方法に従って得られたＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液。
【請求項４５】
前記対照は末梢血検査試料を含み、これは前記一つまたは複数の抗癌療法を前記対象に一回または複数回投与する前に、前記対象から任意に取得される、請求項１〜４３のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４６】
前記対照が、前記一つまたは複数の抗癌療法を受けていない健康な個体から取得した末梢血試料を含む、請求項１〜４３のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４７】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが、免疫測定法の使用を含む、請求項１〜４３、４５、４６のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４８】
前記免疫測定法が、ＩＣＯＳの細胞内ドメインに結合してＩＣＯＳを検出する抗体の使用を含む、請求項４７に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項４９】
前記抗体が、配列番号２７の重鎖可変領域配列と配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含むか、または前記抗体が、配列番号３５の重鎖可変領域配列と配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む、請求項４８に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。    
【請求項５０】
前記抗体が、配列番号２７の重鎖可変領域配列と配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合するか、または配列番号３５の重鎖可変領域配列と配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合する、請求項４８に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５１】
対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ８＋  Ｔ細胞の集団が、前記試料中では検出されない、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ８＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することをさらに含む、請求項１〜４３または４５〜５０のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５２】
前記癌が、胃癌、任意選択的にトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）である乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、および頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）から選択される、請求項１〜４３または４５〜５１のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５３】
前記対象がヒト患者である、請求項１〜４３または４５〜５２のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５４】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団が、前記一つまたは複数の抗癌療法によって誘導されたＣＤ４＋  Ｔ細胞の新しい別個の集団を含む、請求項１〜４３または４５〜５３のいずれか一項に記載の使用のための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニスト。
【請求項５５】
前記方法が、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団が増殖するのに適した初期培養条件下で、請求項４４のＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記懸濁液を培養することを含む、ＩＣＯＳ発現が上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の増殖した集団を生成する方法。
【請求項５６】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団を増殖させるのに好適な前記初期条件が、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記懸濁液をＣＤ３アゴニストと接触させることを含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＣＤ３アゴニストが、抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団を増殖させるのに好適な前記初期条件が、前記懸濁液を、抗ＰＤ−１抗体アンタゴニスト、抗ＣＴＬＡ−４抗体、およびＩＣＯＳアゴニストのうちの一つまたは複数と接触させることを含む、請求項５５〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団を増殖させるのに好適な前記初期条件が、前記懸濁液を、ＩＬ−２、ＩＬ−１２、および抗ＩＬ−４からなる群から選択される一つまたは複数の化合物（例えば、二つ以上、または三つすべて）と接触させることを含む、請求項５５〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団を増殖させるのに好適な前記初期条件が、前記懸濁液を、抗ＣＤ２８抗体アゴニストと接触させることを含む、請求項５５〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＣＤ３アゴニストおよび抗ＣＤ２８アゴニストが、四量体抗体複合体中に存在する、請求項５７〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記懸濁液が、前記初期培養条件下で、一〜五日間（例えば、およそ１、２、３、４、または五日間）インキュベートされる、請求項５５〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記懸濁液を、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団を増殖させるのに好適な第二の培養条件下でインキュベートすることをさらに含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記細胞が、前記第二の培養条件の適用前に洗浄される、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記第二の培養条件が、細胞の前記懸濁液を、抗ＰＤ−１抗体アンタゴニスト、抗ＣＴＬＡ−４抗体、およびＩＣＯＳアゴニストのうちの一つまたは複数と接触させることを含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記第二の培養条件が、細胞の前記懸濁液を、ＩＬ−２、ＩＬ−１２、および抗ＩＬ−４からなる群から選択される一つまたは複数の化合物（例えば、二つ以上、または三つすべて）と接触させることを含む、請求項６３〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
前記第二の培養条件が、細胞の前記懸濁液を抗ＣＤ２８抗体アゴニストと接触させることを含む、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記第二の培養条件が、細胞の前記懸濁液をＣＤ３アゴニストおよび／またはＣＤ２８アゴニストと接触させることを含まない、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記第二の培養条件が、１〜５日間（例えば、１、２、３、４、または５日間）維持される、請求項６３〜６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
請求項５５〜６９に記載の方法のいずれか一つにより作製された細胞の懸濁液。
【請求項７１】
必要に応じて、請求項４４に記載のＴ細胞の懸濁液は、それを必要とする対象の癌を治療する方法で使用するために、前記対象から単離され、前記方法は、前記対象に細胞の前記懸濁液を投与することを含む、請求項７０に記載の細胞の懸濁液。
【請求項７２】
（ｉ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の用量を前記対象に投与することと、（ｉｉ）前記投与後、前記対象から一つまたは複数の末梢血検査試料を得ることと、（ｉｉｉ）前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することと、（ｉｖ）対照と比較した場合、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかに、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することと、（ｖ）（ａ）前記一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、前記対象に投与することと、を含む、それを必要とする対象における癌を治療する方法。
【請求項７３】
対象が（ａ）一つまたは複数の抗癌療法による継続治療、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から利益を得ることができるかどうかを判定するための方法であって、前記対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの検出が、前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた継続治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から、前記対象が利益を得る可能性があることを示す、方法。
【請求項７４】
前記方法が、前記対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳレベルの検出が、前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた継続治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から、前記対象が利益を得る可能性があることを示す、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記方法が、前記対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＴ−ｂｅｔレベルの検出が、前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた継続治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から、前記対象が利益を得る可能性があることを示す、請求項７３または７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記方法が、前記対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳまたはＴ−ｂｅｔレベルの検出が、前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた継続治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から、前記対象が利益を得る可能性があることを示す、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記一つまたは複数の抗癌療法が免疫療法を含む、請求項７３〜７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体を含む、請求項７３〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
前記抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体が、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびＢＭＳ−９８６２４９からなる群から選択される、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体がイピリムマブである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体を含む、請求項７３〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体が、アベルマブ、アテゾリズマブ、ＣＸ−０７２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、スパルタリズマブ、チスレリズマブ、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ゲノリムズマブ、ＡＭＰ−５１４、ＡＧＥＮ２０３４、デュルバルマブ、およびＪＮＣ−１からなる群から選択される、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体が、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、およびデュルバルマブからなる群から選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記一つまたは複数の抗癌療法、または前記抗ＩＣＯＳアゴニストが、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体を含む、請求項７３〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体が、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、およびＧＳＫ３３５９６０９からなる群から選択される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、表２に列挙された一つまたは複数の前記療法を含む、請求項７３〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、化学療法を含む、請求項７３〜８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
前記化学療法剤が、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ペメトレキセド、ビノレルビン、ビンクリスチン、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、およびコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ）からなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、放射線療法を含む、請求項７３〜８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
ステップ（ｖ）が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定された場合、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストを前記対象に投与することを含む、請求項７３〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３からなる群から選択される少なくとも一つのＣＤＲを含み、前記ＣＤＲのうちの一つまたは複数が、１個または２個のアミノ酸置換を含む、請求項７３〜９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストが、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖、および／または（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項７３〜９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも二つの任意の組み合わせを含む、請求項７３〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも三つの任意の組み合わせを含む、請求項７３〜９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に二回以上投与される、請求項７３〜９５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９７】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に三回以上投与される、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に四回以上投与される、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記一つまたは複数の抗癌療法が、前記一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に五回以上投与される、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一つまたは複数の投与後４週間未満に実施される、請求項７３〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一つまたは複数の投与後３週間未満に実施される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一つまたは複数の投与後２週間未満に実施される、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量の前記一つまたは複数の投与後一週間未満に実施される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記一つまたは複数の抗癌療法の前記用量が、定期的な間隔で複数回投与される、請求項７３〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０５】
前記定期的な間隔が、一週毎の用量、二週毎の用量、三週毎の用量、四週毎の用量、六週毎の用量、九週毎の用量、および十二週毎の用量からなる群から選択される、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料が一つまたは複数回の投与と同時に取得される、請求項１０４または１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記一つまたは複数の末梢血検査試料の取得が、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料が複数回の投与の間に取得される、請求項１０４または１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
前記方法が、前記一つまたは複数の抗癌療法が四回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が、前記末梢血検査試料のいずれか一つでも検出されない場合、前記一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む、請求項１０４〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
前記方法が、前記一つまたは複数の抗癌療法が五回以上、六回以上、七回以上、八回以上、九回以上、または十回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在しないという判定に基づいて、末梢血検査試料が取得される場合、前記一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記方法が、一つまたは複数の前記末梢血検査試料の一部を保存することをさらに含む、請求項７３〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇した前記ＣＤ４＋  Ｔ細胞の一部が、一つまたは複数の前記末梢血検査試料から単離され、前記ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に適した条件下で保存される、請求項７３〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、細胞培養培地中に保存される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、１００，０００細胞／ｍＬを超える濃度で保存される、請求項１１１または１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞が、１００，０００細胞／ｍＬ〜１億細胞／ｍＬの濃度で保存される、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
請求項１１１〜１１４のいずれか一項に記載の方法に従って得られたＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液。
【請求項１１６】
前記対照は末梢血検査試料を含み、これは前記一つまたは複数の抗癌療法を前記対象に一回または複数回投与する前に、前記対象から任意に取得される、請求項７３〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１７】
前記対照が、前記一つまたは複数の抗癌療法を受けていない健康な個体から取得した末梢血試料を含む、請求項７３〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの判定が、免疫測定法の使用を含む、請求項７３〜１１４、１１６、または１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１９】
前記免疫測定法が、ＩＣＯＳの細胞内ドメインに結合してＩＣＯＳを検出する抗体の使用を含む、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記抗体が、配列番号２７の重鎖可変領域配列と配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含むか、または前記抗体が、配列番号３５の重鎖可変領域配列と配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記抗体が、配列番号２７の重鎖可変領域配列と配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合するか、または配列番号３５の重鎖可変領域配列と配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合する、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２２】
対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ８＋  Ｔ細胞の集団が、前記試料中では検出されない、前記一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ８＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することをさらに含む、請求項７３〜１１４または１１６〜１２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２３】
前記癌が、胃癌、任意選択的にトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）である乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、および頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）から選択される、請求項７３〜１１４または１１６〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２４】
前記対象が、ヒト患者である、請求項７３〜１１４または１１６〜１２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の前記集団が、前記一つまたは複数の抗癌療法によって誘導されたＣＤ４＋  Ｔ細胞の新しい別個の集団を含む、請求項７３〜１１４または１１６〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
即時出願には、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表が含まれ、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。前述のＡＳＣＩＩコピーは、２０１９年５月１３日に作成され、５１２６６−００６ＷＯ５＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿５．１３．１９＿ＳＴ２５ＳＴ２５という名前で、サイズは４１，８１５バイトである。
【０００２】
本発明は、癌を治療する方法、および癌の治療アプローチを選択するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞共刺激分子；ＣＤ２７８）は、Ｂ７／ＣＤ２８／ＣＴＬＡ−４免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、Ｔ細胞上に特異的に発現する。構造的にＴ細胞上に発現し、休止Ｔ細胞の完全な活性化に必要な共刺激シグナルを提供するＣＤ２８とは異なり、ＩＣＯＳは最初のＴ細胞の活性化後にのみ発現する。
【０００４】
ＩＣＯＳは、Ｔ細胞応答の多様な側面に関与している（Ｓｉｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：３２６−３３２，２０１０に概説）。これは、胚中心の形成、Ｔ／Ｂ細胞の協働、および免疫グロブリンクラスの切り替えにおいて役割を果たす。ＩＣＯＳ欠損マウスは、胚中心形成の障害を示し、インターロイキンＩＬ−１０の産生が低下する。これらの欠損は、特にＴ濾胞ヘルパー細胞の欠損と関連している。ＩＣＯＳはまた、Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｈ１７を含む他のＴ細胞サブセットの発達および機能にも役割を果たす。特に、ＩＣＯＳは、Ｔｈ１細胞およびＴｈ２細胞の両方に関連するＴ細胞増殖およびサイトカイン分泌を共刺激する。したがって、ＩＣＯＳノックアウトマウスは、糖尿病モデル（Ｔｈ１）、気道炎症モデル（Ｔｈ２）、およびＥＡＥ神経炎症モデル（Ｔｈ１７）を含む、さまざまな疾患モデルにおいて自己免疫表現型の発達障害を示す。
【０００５】
ＩＣＯＳは、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞機能を調節する役割に加えて、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）も調節する。ＩＣＯＳはＴｒｅｇで高レベルで発現し、Ｔｒｅｇの恒常性および機能に関与している。
【０００６】
活性化すると、ジスルフィド連結ホモ二量体であるＩＣＯＳは、ＰＩ３ＫおよびＡＫＴ経路を介してシグナルを誘導する。後続のシグナル伝達現象は、系統特異的な転写因子（例えば、Ｔ−ｂｅｔ、ＧＡＴＡ−３）の発現をもたらし、Ｔ細胞の増殖および生存に影響を及ぼす。
【０００７】
Ｂ７スーパーファミリーのメンバーでもあるＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬ；Ｂ７−Ｈ２；Ｂ７ＲＰ１；ＣＤ２７５；ＧＬ５０）は、ＩＣＯＳの唯一のリガンドであり、Ｂ細胞、マクロファージ、および樹状細胞の細胞表面上に発現する。ＩＣＯＳＬは、ＩＣＯＳとの相互作用において、細胞表面上で非共有結合ホモ二量体として機能する。マウスＩＣＯＳＬではないが、ヒトＩＣＯＳＬは、ヒトＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合すると報告されている（Ｙａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ３４：７２９−７４０，２０１１）。
【０００８】
Ｔ−ｂｅｔ（Ｔ細胞で発現する  Ｔボックス）は、転写因子の  Ｔボックスファミリーのメンバーで、胸腺細胞および  Ｔｈ１細胞で選択的に発現する系統決定転写因子である。これは、Ｔｈ１遺伝子プログラムを活性化させることと、反対のＴｈ２およびＴｈ１７遺伝子プログラムを抑制することの両方によって、ナイーブＴｈ前駆細胞からＴｈ１系統の発達を開始する。Ｔ−ｂｅｔは、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）およびケモカイン受容体ＣＸＣＲ３をコードする遺伝子を含む、Ｔｈ１細胞機能に重要な一連の遺伝子の転写を活性化し、分極したＴｈ２細胞をＴｈ１経路にリダイレクトすることもできる。Ｔ−ｂｅｔはまた、自然免疫系の細胞、例えばＮＫ細胞および樹状細胞と同様に、ＣＤ８＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ−γ産生を制御する。ヒトＴ−ｂｅｔの発現は、Ｔｈ１およびナチュラルキラー細胞におけるＩＦＮ−γ発現と相関し、ナイーブＴｈ前駆細胞からＴｈ１系統の発達を開始する上で、この遺伝子の役割を示唆する（Ｓｚａｂｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  １００（６）：６６５−６９，２０００）。
【発明の概要】
【０００９】
本発明は、それを必要とする対象における癌を治療する方法で使用するための一つまたは複数の抗癌療法または抗ＩＣＯＳアゴニストを提供し、本方法には、（ｉ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の用量を対象に投与することと、（ｉｉ）投与後、対象から一つまたは複数の末梢血検査試料を得ることと、（ｉｉｉ）一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することと、（ｉｖ）対照と比較して、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかに、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することと、（ｖ）（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することと、が含まれる。
【００１０】
本発明はまた、それを必要とする対象（例えば、ヒト患者）における癌を治療する方法も提供し、本方法には、（ｉ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の用量を対象に投与することと、（ｉｉ）投与後、対象から一つまたは複数の末梢血検査試料を得ることと、（ｉｉｉ）一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することと、（ｉｖ）対照と比較して、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかに、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することと、（ｖ）（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することと、が含まれる。
【００１１】
一部の実施形態では、ステップ（ｉｉｉ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）は、対照と比較した場合、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）は、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することを含む。
【００１２】
一部の実施形態では、ステップ（ｉｉｉ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）は、対照と比較した場合、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）は、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、Ｔ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することを含む。
【００１３】
一部の実施形態では、ステップ（ｉｉｉ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）は、対照と比較した場合、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）は、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することを含む。
【００１４】
一部の実施形態では、ステップ（ｉｉｉ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを測定することを含み、ステップ（ｉｖ）は、対照と比較した場合、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれか一つにおいてＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することを含み、およびステップ（ｖ）は、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストを、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象に投与することを含む。
【００１５】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、例えば、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体（例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、またはＢＭＳ−９８６２４９）、抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体（例えば、アベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）、アテゾリズマブ、ＣＸ−０７２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ（ｃｅｍｉｐｌｉｍａｂ）、スパルタリズマブ（ｓｐａｒｔａｌｉｚｕｍａｂ）、チスレリズマブ（ｔｉｓｌｅｌｉｚｕｍａｂ）、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ゲノリムズマブ（ｇｅｎｏｌｉｍｚｕｍａｂ）、ＡＭＰ−５１４、ＡＧＥＮ２０３４、デュルバルマブ、またはＪＮＣ−１）、または抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、またはＧＳＫ３３５９６０９）などの免疫療法を含む。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳアゴニストは、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、またはＧＳＫ３３５９６０９）を含む。
【００１６】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、表２に列記される療法のうちの一つまたは複数を含む。
【００１７】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、化学療法（例えば、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ペメトレキセド、ビノレルビン、ビンクリスチン、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、およびコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ））を含む。
【００１８】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、放射線療法を含む。
【００１９】
一部の実施形態では、ステップ（ｖ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象への抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストの投与を含む。
【００２０】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３からなる群から選択される少なくとも一つのＣＤＲを含み、ＣＤＲのうちの一つまたは複数が、１個または２個のアミノ酸置換を含む。
【００２１】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
【００２２】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖、および／または（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【００２３】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも二つまたは少なくとも三つの任意の組み合わせを含む。
【００２４】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に、二回、三回、四回、五回、またはそれ以上の回数投与される。
【００２５】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、一つまたは複数の抗癌療法の用量の一つまたは複数の投与後、４週間、３週間、２週間、または１週間未満に実施される。
【００２６】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法の用量は、定期的な間隔、例えば、毎週の用量、二週間毎の用量、三週間毎の用量、四週間毎の用量、六週間毎の用量、九週間毎の用量、および十二週間毎の用量からなる群から選択される定期的な間隔で複数回投与される。
【００２７】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料は、一つまたは複数の投与と同時に取得される。
【００２８】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料は、複数の投与の合間に取得される。
【００２９】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の抗癌療法が四回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が、末梢血検査試料のいずれか一つでも検出されない場合、一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む。
【００３０】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の抗癌療法が五回以上、六回以上、七回以上、八回以上、九回以上、または十回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在しないという判定に基づいて、末梢血検査試料が取得される場合、一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む。
【００３１】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料の一部を保存することをさらに含む。
【００３２】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の一部は、一つまたは複数の末梢血検査試料から単離され、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に適した条件下で保存される。
【００３３】
一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、細胞培養培地中に保存される。
【００３４】
一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、１００，０００細胞／ｍＬを超える濃度、例えば１００，０００細胞／ｍＬ〜１億細胞／ｍＬで保存される。
【００３５】
本発明はまた、本明細書に記載される方法に従って得られたＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液を提供する。
【００３６】
一部の実施形態では、対照は、対象への一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の投与の前に、任意で対象から取得される末梢血検査試料を含む。
【００３７】
一部の実施形態では、対照は、一つまたは複数の抗癌療法を受けていない健康な個体から取得した末梢血試料を含む。
【００３８】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの判定は、免疫測定法、例えば、ＩＣＯＳの細胞内ドメインに結合してＩＣＯＳを検出する抗体の使用を含む免疫測定法の使用を含む。
【００３９】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２７の重鎖可変領域配列と、配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含むか、または抗体は、配列番号３５の重鎖可変領域配列と、配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む。
【００４０】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２７の重鎖可変領域配列と、配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合するか、または配列番号３５の重鎖可変領域配列と、配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合する。
【００４１】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ８＋Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの測定をさらに含み、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ８＋Ｔ細胞の集団は、試料中では検出されない。
【００４２】
一部の実施形態では、癌は、胃癌、乳癌、任意でトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、および頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）から選択される。
【００４３】
一部の実施形態では、対象はヒト患者である。
【００４４】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団は、一つまたは複数の抗癌療法によって誘導された新しい別個のＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含む。
【００４５】
本発明はまた、ＩＣＯＳ発現が上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の増殖した集団を生成する方法を含み、この方法は、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が増殖するのに適した初期培養条件下で、前述のＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液を培養することを含む。ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団の増殖に適したこれらの初期条件は、懸濁液を、例えばＣＤ３アゴニスト（例えば、ＯＫＴ３）、抗ＰＤ−１抗体アンタゴニスト、抗ＣＴＬＡ−４抗体、およびＩＣＯＳアゴニストのうちの一つまたは複数、ならびに任意に、ＩＬ−２、ＩＬ−１２、および抗ＩＬ−４を含む群から選択される一つまたは複数の化合物（例えば、二つ以上、または三つすべて）と接触させることを含み得る。これらの方法はまた、懸濁液を、例えばＣＤ２８アゴニストと接触させることを含み得る。特定の実施形態では、ＣＤ３アゴニストおよび抗ＣＤ２８アゴニストは、四量体抗体複合体中に存在する。そのような方法では、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液を、初期培養条件下で、例えば、一〜五日間（例えば、およそ１、２、３、４、または５日間）インキュベートする。
【００４６】
特定の実施形態では、方法は、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を増殖させるのに好適な第二の培養条件下で、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液をインキュベートすることをさらに含むことができる。ここで、任意に、細胞を第二の培養条件の適用前に洗浄する。特定の実施形態では、第二の培養条件は、例えば、細胞の懸濁液を抗ＰＤ−１抗体アンタゴニスト、抗ＣＴＬＡ−４抗体、およびＩＣＯＳアゴニストと接触させることを含み得る。特定の実施形態では、第二の培養条件は、細胞の懸濁液をＩＬ−２、ＩＬ−１２、および抗ＩＬ−４を含む群から選択される一つまたは複数の化合物（例えば、二つ以上、または三つすべて）と接触させることを含む。さらに、または別の方法として、第二の培養条件は、細胞の懸濁液を抗ＣＤ２８抗体アゴニストと接触させることを含む。あるいは、特定の実施形態では、第二の培養条件は、細胞の懸濁液をＣＤ３アゴニストおよび／またはＣＤ２８アゴニストと接触させることを含まない。第二の培養条件は、例えば、１〜５日間（例えば、１、２、３、４、または５日間）維持することができる。
【００４７】
別の実施形態では、本発明は、前述の培養方法のいずれか一つによって生成される細胞の懸濁液を特徴とする。
【００４８】
本発明はまた、対象が（ａ）一つまたは複数の抗癌療法による継続治療、または（ｂ）抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療から利益を得ることができるかどうかを判定するための方法を提供し、方法は、対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの検出が、一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療の継続治療から、対象が利益を得る可能性があることを示す。
【００４９】
一部の実施形態では、方法は、対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳレベルの検出が、一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療の継続治療から、対象が利益を得る可能性があることを示す。
【００５０】
一部の実施形態では、方法は、対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＴ−ｂｅｔレベルの検出が、一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療の継続治療から、対象が利益を得る可能性があることを示す。
【００５１】
一部の実施形態では、方法は、対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳまたはＴ−ｂｅｔレベルの検出が、一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストと組み合わせた治療、または抗ＩＣＯＳアゴニストによる治療の継続治療から、対象が利益を得る可能性があることを示す。
【００５２】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、例えば、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体（例えば、イピリムマブ、トレメリムマブ、またはＢＭＳ−９８６２４９）、抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体（例えば、アベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）、アテゾリズマブ、ＣＸ−０７２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ（ｃｅｍｉｐｌｉｍａｂ）、スパルタリズマブ（ｓｐａｒｔａｌｉｚｕｍａｂ）、チスレリズマブ（ｔｉｓｌｅｌｉｚｕｍａｂ）、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ゲノリムズマブ（ｇｅｎｏｌｉｍｚｕｍａｂ）、ＡＭＰ−５１４、ＡＧＥＮ２０３４、デュルバルマブ、またはＪＮＣ−１）、または抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、またはＧＳＫ３３５９６０９）などの免疫療法を含む。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳアゴニストは、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１、ＢＭＳ−９８６２２６、またはＧＳＫ３３５９６０９）を含む。
【００５３】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、表２に列記される療法のうちの一つまたは複数を含む。
【００５４】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、化学療法（例えば、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ペメトレキセド、ビノレルビン、ビンクリスチン、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、およびコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ））を含む。
【００５５】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、放射線療法を含む。
【００５６】
一部の実施形態では、ステップ（ｖ）は、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、対象への抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストの投与を含む。
【００５７】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３からなる群から選択される少なくとも一つのＣＤＲを含み、ＣＤＲのうちの一つまたは複数が、１個または２個のアミノ酸置換を含む。
【００５８】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
【００５９】
一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストは、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖、および／または（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【００６０】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、（ｉ）抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体、（ｉｉ）抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１アンタゴニスト抗体、（ｉｉｉ）抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体、（ｉｖ）表２の療法、（ｖ）化学療法、および（ｖｉ）放射線療法のうちの少なくとも二つまたは少なくとも三つの任意の組み合わせを含む。
【００６１】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に、二回、三回、四回、五回、またはそれ以上の回数投与される。
【００６２】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、一つまたは複数の抗癌療法の用量の一つまたは複数の投与後、４週間、３週間、２週間、または１週間未満に実施される。
【００６３】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法の用量は、定期的な間隔、例えば、毎週の用量、二週間毎の用量、三週間毎の用量、四週間毎の用量、六週間毎の用量、九週間毎の用量、および十二週間毎の用量からなる群から選択される定期的な間隔で複数回投与される。
【００６４】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料は、一つまたは複数の投与と同時に取得される。
【００６５】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料の取得は、複数の末梢血検査試料の取得を含み、検査試料は、複数の投与の合間に取得される。
【００６６】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の抗癌療法が四回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が、末梢血検査試料のいずれか一つでも検出されない場合、一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む。
【００６７】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の抗癌療法が五回以上、六回以上、七回以上、八回以上、九回以上、または十回以上の間隔で投与された後、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在しないという判定に基づいて、末梢血検査試料が取得される場合、一つまたは複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む。
【００６８】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料の一部を保存することをさらに含む。
【００６９】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の一部は、一つまたは複数の末梢血検査試料から単離され、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に適した条件下で保存される。
【００７０】
一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、細胞培養培地中に保存される。
【００７１】
一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、１００，０００細胞／ｍＬを超える濃度、例えば１００，０００細胞／ｍＬ〜１億細胞／ｍＬで保存される。
【００７２】
本発明はまた、本明細書に記載される方法に従って得られたＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液を提供する。
【００７３】
一部の実施形態では、対照は、対象への一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の投与の前に、任意で対象から取得される末梢血検査試料を含む。
【００７４】
一部の実施形態では、対照は、一つまたは複数の抗癌療法を受けていない健康な個体から取得した末梢血試料を含む。
【００７５】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの判定は、免疫測定法、例えば、ＩＣＯＳの細胞内ドメインに結合してＩＣＯＳを検出する抗体の使用を含む免疫測定法の使用を含む。
【００７６】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２７の重鎖可変領域配列と、配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含むか、または抗体は、配列番号３５の重鎖可変領域配列と、配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む。
【００７７】
一部の実施形態では、抗体は、配列番号２７の重鎖可変領域配列と、配列番号３１の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合するか、または配列番号３５の重鎖可変領域配列と、配列番号３９の軽鎖可変領域配列とを含む抗体と交差競合する。
【００７８】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ８＋Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの測定をさらに含み、対照と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ８＋Ｔ細胞の集団は、試料中では検出されない。
【００７９】
一部の実施形態では、癌は、胃癌、乳癌、任意でトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、および頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）から選択される。
【００８０】
一部の実施形態では、対象はヒト患者である。
【００８１】
一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団は、一つまたは複数の抗癌療法によって誘導された新しい別個のＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含む。
【００８２】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、図面、および特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００８３】
図１は、ＩＣＯＳの細胞内エピトープに結合するＭ１３抗ＩＣＯＳ検出抗体（例えば、表３および国際公開第２０１７／０７０４２３号、２Ｍ１３を参照）を示す概略図である。ＩＣＯＳへのＭ１３の結合は、ＩＣＯＳ細胞外領域への治療用抗ＩＣＯＳ抗体ＪＴＸ−２０１１の結合を妨げない。
図２は、試料がＩＣＯＳＨＩＧＨ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むかどうかを判定するためのアプローチを示す概略図である。
図３Ａは、サイクル３〜１５にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１のｑ３ｗでの単剤療法に対する確認された部分奏効（ｃＰＲ）を有する胃癌患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す一連の等高線プロットである。
図３Ｂは、サイクル３〜１５にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１のｑ３ｗでの単剤療法に対する確認された部分奏効（ｃＰＲ）を有する胃癌患者からの試料中の経時的な標的病変のサイズの変化率を示すプロットである。
図４は、サイクル７〜１１にわたって０．１ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法に対する確認された部分奏効を有する胃癌患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す一連の等高線プロットである。
図５は、サイクル４〜６にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法を受けている安定性疾患の胃癌患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す一連の等高線プロットである。
図６は、０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法を受けている安定性疾患または進行性疾患のトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す一連の等高線プロットである。
図７Ａは、ＪＴＸ−２０１１単剤療法またはＪＴＸ−２０１１とニボルマブの併用療法を受け、ＩＣＯＳレベルの上昇がある場合とない場合（ありおよびなし）のＣＤ４＋  Ｔ細胞を有する癌患者の数を示すプロットである。丸は進行性疾患の患者を表し、四角は安定性疾患の患者を表し、塗りつぶされた三角形は部分奏効が未確認の患者を表し、塗りつぶされていない三角形は部分奏効が確認された患者を表す。
図７Ｂは、ＪＴＸ−２０１１単剤療法またはＪＴＸ−２０１１とニボルマブの併用療法を受けている癌患者における、標的病変のベースラインからの変化率を、ＩＣＯＳｈｉ    ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の出現と比較するウォーターフォールプロットである。
図７Ｃは、ＪＴＸ−２０１１単剤療法またはＪＴＸ−２０１１とニボルマブの併用療法に対する進行性疾患（ＰＤ）、安定性疾患（ＳＤ）、未確認陽性反応（ＰＲ）、および確認された陽性反応（ｃＰＲ）を有する癌患者の割合を示すグラフであり、ＩＣＯＳ発現を増加させたＣＤ４＋  Ｔ細胞がある場合とない場合とがある。
図８Ａは、０．２５ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−１０１１０−ｍＧ２ａの週一回投与を受けているＳａ１／Ｎ担腫瘍マウスにおける、投与後１時間と比較して投与後４８時間のＩＣＯＳ染色の増加を示すグラフである。
図８Ｂは、０．２５ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−１０１１０−ｍＧ２ａの週一回投与を受けているＳａ１／Ｎ担腫瘍マウスからの投与後４８時間でのＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す等高線プロットである。
図９は、サイクル７〜１２にわたって０．１ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法に対する確認された部分奏効（ｃＰＲ）を有する胃癌患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳ発現を示す一連の等高線プロットである。サイクル１２で、Ｔ−ｂｅｔ発現をＩＣＯＳ＋  ＣＤ４＋  Ｔ細胞で評価した。
図１０は、サイクル３〜１５にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１のｑ３ｗでの単剤療法に対する確認された部分奏効（ｃＰＲ）を有する胃癌患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現を示す一連の等高線プロットである。
図１１は、サイクル５〜７にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法で治療された安定性疾患のＴＮＢＣ患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現を示す一連の等高線プロットである。
図１２は、サイクル１〜９にわたって０．３ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−２０１１および２４０ｍｇのニボルマブのｑ３ｗでの併用療法で治療された安定性疾患のＴＮＢＣ患者からの試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現を示す一連の等高線プロットである。
図１３は、破傷風トキソイドによる刺激後のＩＣＯＳｌｏおよびＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるＩＦＮγ、ＴＮＦα、およびＩＬ−２のレベルを示す一連のグラフである。挿入図には、二つの細胞集団を強調する代表的な等高線プロットが示されている。各三セットの第一のバーはＩＦＮγであり、各三セットの第二のバーはＴＮＦ−ａであり、各三セットの第三のバーはＩＬ−２である。
図１４Ａは、フローサイトメトリープロファイリングによってＩＣＯＳ発現について調べた試料の概要を示す表である。
図１４Ｂは、さまざまな時点でニボルマブに反応したＮＳＣＬＣ患者（左パネル）およびペンブロリズマブに反応したＮＳＣＬＣ患者（右パネル）におけるＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳレベルを示す、重ね合わせたヒストグラムの対である。ヒストグラムは、各レスポンダーのベースラインプロファイルから始めて、時系列に並べられている。
図１５Ａは、有意に差次的に発現され（ＦＤＲ調整されたｐ値＜０．０５）、ＩＣＯＳｈｉおよびＩＣＯＳｌｏ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞にわたって転写の違いの重要な要素を定義する遺伝子を示す、遺伝子発現ヒートマップである。
図１５Ｂは、ＩＣＯＳｈｉ対ＩＣＯＳｌｏ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団における主要なエフェクター経路の調節をまとめた表である。全体的なＦＤＲ補正されたｑ値が０．５未満の経路を示す。
図１５Ｃは、同種移植片拒絶経路の概要を示す概略図である。
図１６Ａは、後期サイクルの均一なＩＣＯＳｈｉ  Ｔ細胞集団における、Ｔｂｅｔ、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、およびＴＩＧＩＴ発現を示す一連の等高線プロットである。
図１６Ｂは、二つの時点でｃＰＲを有する胃癌患者におけるＬａｇ−３、ＴＩＧＩＴ、ＦｏｘＰ３、ＣＤ４、およびＣＤ８発現を示す一連のプロットである。
図１７は、ＪＴＸ−２０１１治療に対して確認されたＰＲを有する対象におけるＣＤ８＋  およびＣＤ４＋  Ｔ細胞の初期および後期増殖を示すプロットである。長期的にプロファイリングした４人の対象の平均値を示す。
図１８は、ＪＴＸ−２０１１で治療した後のＴＣＲレパートリーのポリクローナル増殖を示すプロットである。２２人の対象の平均値を示す。
図１９Ａおよび１９Ｂは、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の非出現（図１９Ａ）および出現（図１９Ｂ）の対象における腫瘍関連クローンおよびデノボクローンの頻度を示す一対のグラフである。
図２０Ａは、フローサイトメトリーによるｃＰＲを有する患者のＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の均一性を示すヒストグラムである。
図２０Ｂは、既知の変異状態を有する患者から単離されたＰＢＭＣのＥＬＩＳＰＯＴによって測定される、抗原特異的な応答を示すグラフである。第一のバーは陰性対照であり、第二のバーは陽性対照であり、第三のバーはＫＲＡＳ／ＰＴＥＮ／ＢＲＡＦである。検査した変異は、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｄ、ＰＴＥＮ  Ｒ１７３Ｃ、およびＢＲＡＦ  Ｅ２６Ｄであった。ペプチドの長さは１５アミノ酸であった。変異は、両側に野生型配列の７アミノ酸が隣接するペプチドの中心にあった。三つのペプチドを、それぞれ２μｇ／ｍＬでプールした。陽性対照は、一般的なＣＭＶ、ＥＢＶ、およびインフルエンザ抗原からなる２μｇ／ｍＬのＣＥＦペプチドプールであった。陰性対照は媒体であった。
図２１は、ＩＣＯＳｈｉ  Ｔ細胞出現を有する患者の六ヵ月間のＰＦＳ中央値を示すプロットである。
図２２は、ＩＣＯＳｈｉ  Ｔ細胞出現未到達の患者のＯＳ中央値を示すプロットである。
【発明を実施するための形態】
【００８４】
癌を治療する方法が提供される。方法は、一つまたは複数の抗癌療法を用いて対象を治療し、次いで、対象の末梢血試料がＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞を含むかどうかを判定することを含む。含む場合、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法での治療が、任意で抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体との組み合わせで継続されるか、または（ｂ）一つまたは複数の抗癌療法でさらなる治療を行わない場合、対象は抗ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体）で治療される。また、末梢血試料からのＣＤ４＋  Ｔ細胞中のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの上昇の検出に基づいて、対象が一つまたは複数の抗癌療法による継続治療、または抗ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体）による治療から利益を得ることができるかどうかを判定するための方法も提供される。そのような細胞集団が試料中に特定される場合、対象は、（ａ）任意で抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体と組み合わせて、一つまたは複数の抗癌療法での継続治療、または（ｂ）一つまたは複数の抗癌療法でさらなる治療を行わない場合、抗ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体）による治療のいずれかから利益を得ることができる。
【００８５】
本明細書で使用されるセクションの見出しは、組織的な目的のためのみであり、記載される主題を制限するものとして解釈されるべきではない。
【００８６】
特許出願、特許公報、およびＧｅｎｂａｎｋ受託番号を含む、本明細書に引用されるすべての参考文献は、各個別の参考文献が、参照によりその全体が組み込まれることが具体的かつ個別に示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
【００８７】
Ｉ．定義
別途定義されない限り、本開示に関連して使用される科学用語および技術用語は、当業者に一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の必要がない限りまたは明示的に示されていない限り、単数形用語は複数形を含み、複数形用語は単数形を含むものとする。さまざまな情報源または参考文献の間で定義に矛盾がある場合は、本明細書に提供される定義が優先される。
【００８８】
本明細書に記載される本発明の実施形態は、「からなる」実施形態および／または「本質的にからなる」実施形態を含むことが理解される。
【００８９】
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、別段の指示がない限り、複数の参照を含む。
【００９０】
本明細書の「または」という用語の使用は、代替物が相互に排他的であることを意味するものではない。
【００９１】
本出願では、「または」の使用は、当業者によって明示的に記載または理解されない限り、「および／または」を意味する。複数の従属請求項の文脈において、「または」の使用は、複数の先行する独立請求項または従属請求項を遡って指す。
【００９２】
当業者に理解されるように、本明細書における値またはパラメータの「約」への言及は、その値またはパラメータ自体に向けられた実施形態を含む（および説明する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記載は、「Ｘ」の記載を含む。
【００９３】
「核酸分子」、「核酸」、および「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用されてもよく、ヌクレオチドのポリマーを指す。ヌクレオチドのこのようなポリマーは、天然および／または非天然ヌクレオチドを含有してもよく、限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびＰＮＡを含む。「核酸配列」とは、核酸分子またはポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの直鎖配列を指す。
【００９４】
「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを指すために互換的に使用され、最小の長さに限定されない。アミノ酸残基のこのようなポリマーは、天然または非天然のアミノ酸残基を含有することができ、ペプチド、オリゴペプチド、アミノ酸残基の二量体、三量体、および多量体を含むが、これらに限定されない。全長タンパク質およびその断片の両方が、定義により包含される。用語はまた、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化なども含む。さらに、本開示の目的のために、「ポリペプチド」は、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然配列に対する欠失、付加、および置換（一般的に保存的性質の）などの修飾を含むタンパク質を指す。これらの修飾は、部位特異的突然変異誘発を介して、意図的であってもよく、または、例えば、タンパク質を生成する宿主の突然変異またはＰＣＲ増幅によるエラーを介してなど、偶発的であってもよい。
【００９５】
本明細書で使用される場合、ペプチド、ポリペプチドまたは抗体配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」および「相同性」は、特定のペプチドまたはポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の割合として定義され、必要に応じて配列を調整し、ギャップを導入した後、最大パーセントの配列同一性を達成し、配列同一性の一部として保存的置換を考慮しない。アミノ酸配列同一性の割合を判定する目的のためのアライメントは、当技術分野の範囲内のさまざまな方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭＥＧＡＬＩＧＮ（商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公開されているコンピュータソフトウェアを使用して達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。
【００９６】
アミノ酸置換は、ポリペプチド中の一つのアミノ酸を別のアミノ酸と置換することを含みうるが、これに限定されない。例示的な置換を表１に示す。アミノ酸置換を目的の抗体に導入し、生成物を所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについてスクリーニングすることができる。
【００９７】
【表１】
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【００９８】
アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従ってグループ化されうる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖の配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【００９９】
非保存的な置換は、これらのクラスの一つのメンバーを別のクラスに交換することを伴う。
【０１００】
「ＩＣＯＳ」および「誘導性Ｔ細胞共刺激」は、本明細書で使用される場合、細胞内でのＩＣＯＳの発現および処理から生じる任意の天然ＩＣＯＳを指す。用語は、特に指示がない限り、霊長類（例えば、ヒトおよびカニクイザル）および齧歯類（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来のＩＣＯＳを含む。用語はまた、例えば、スプライスバリアントまたはアレルバリアントなどの、ＩＣＯＳの天然に存在するバリアントを含む。シグナル配列（アミノ酸１〜２０）を有する例示的なヒトＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１１に示される。例示的な成熟ヒトＩＣＯＳのアミノ酸配列は、配列番号１２に示される。ＩＣＯＳの細胞内部分は、配列番号１１および１２内に下線を引くことによって表３に示される。シグナル配列（アミノ酸１〜２０）を有する例示的なマウスＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１３に示される。例示的な成熟マウスＩＣＯＳのアミノ酸配列は、配列番号１４に示される。シグナル配列（アミノ酸１〜２０）を有する例示的なラットＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１５に示される。例示的な成熟ラットＩＣＯＳのアミノ酸配列は、配列番号１６に示される。シグナル配列（アミノ酸１〜２０）を有する例示的なカニクイザルＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１７に示される。例示的な成熟カニクイザルＩＣＯＳのアミノ酸配列は、配列番号１８に示される。
【０１０１】
本明細書において使用される場合、「Ｔ−ｂｅｔ」、「Ｔ細胞特異的Ｔ−Ｂｏｘ転写因子Ｔ−Ｂｅｔ」、または「Ｔ−Ｂｏｘ２１」は、細胞におけるＴ−ｂｅｔの発現および処理から生じるＴＢＸ２１遺伝子によりコードされる、任意の天然Ｔ−ｂｅｔを指す。用語は、特に指示がない限り、霊長類（例えば、ヒトおよびカニクイザル）および齧歯類（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来のＴ−ｂｅｔを含む。用語はまた、天然に存在するＴ−ｂｅｔのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたはアレルバリアントを含む。例示的なヒトＴ−ｂｅｔタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号４３に示される。例示的なマウスＴ−ｂｅｔのアミノ酸配列は、配列番号４４に示される。
【０１０２】
抗原またはエピトープに「特異的に結合する」という用語は、当該技術分野でよく理解される用語であり、かかる特異的結合を決定する方法も当該技術分野で周知である。分子は、代替の細胞または物質とよりも、特定の細胞または物質と、より頻繁に、より速く、より長い持続時間で、および／またはより高い親和性で反応または会合する場合、「特異的結合」または「優先結合」を示すと言われる。抗体は、他の物質に結合するよりも、より高い親和性、結合力、より容易に、および／またはより長い持続時間で結合する場合、標的に「特異的に結合する」または「優先的に結合する」。例えば、ＩＣＯＳエピトープに特異的または優先的に結合する抗体は、他のＩＣＯＳエピトープまたは非ＩＣＯＳエピトープに結合するよりも、より高い親和性、結合力、より容易に、および／またはより長い持続時間でこのエピトープに結合する抗体である。また、この定義を読むことにより、例えば、第一の標的に特異的または優先的に結合する抗体（または部分またはエピトープ）は、第二の標的に特異的または優先的に結合する場合がある、または結合しない場合があることも理解される。したがって、「特異的結合」または「優先結合」は、必ずしも排他的結合（それを含むことができるが）を必要としない。一般的に、必ずしもそうとは限らないが、結合への言及は優先結合を意味する。「特異性」とは、抗原に選択的に結合する結合タンパク質の能力を指す。
【０１０３】
本明細書で使用される場合、「実質的に純粋」とは、少なくとも５０％純粋（すなわち、汚染物質を含まない）、より好ましくは少なくとも９０％純粋、より好ましくは少なくとも９５％純粋、さらにより好ましくは少なくとも９８％純粋、最も好ましくは少なくとも９９％純粋である物質を指す。
【０１０４】
本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、抗原結合分子（例えば、抗体、抗体断片、または抗体結合領域を含有する足場タンパク質）が結合する標的分子（例えば、タンパク質、核酸、炭水化物、または脂質などの抗原）上の部位を指す。エピトープは、アミノ酸、ポリペプチド、または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面群を含むことが多く、特定の三次元構造特性および特定の電荷特性を有する。エピトープは、標的分子の隣接および／または並置された非隣接残基（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、または脂質部分）の両方から形成され得る。直鎖状エピトープ（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、または脂質部分）とも呼ばれる隣接残基から形成されるエピトープは、典型的には、変性溶媒への曝露時に保持されるが、非隣接残基から形成されるエピトープは、非直鎖状または立体構造エピトープとも呼ばれ、三次フォールディングによって形成され、典型的には、変性溶媒での処理時に失われる。エピトープは、少なくとも３個、少なくとも５個、または８〜１０個の残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）を含み得るが、これらに限定されない。一部の例では、エピトープは、長さが２０残基未満（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）、１５残基未満、または１２残基未満である。
【０１０５】
二つの抗体は、抗原に対して競合結合を示す場合、抗原内の同じエピトープに結合するか、または重複するエピトープに結合してもよい。したがって、一部の実施形態では、抗体は、同じエピトープまたは重複エピトープへの抗体の結合に特異的に干渉する場合、別の抗体と「交差競合」すると言われる。
【０１０６】
本明細書の「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体（二重特異性Ｔ細胞誘導など）および三重特異性抗体）、ならびに抗体断片を含むがこれらに限定されない、さまざまな抗体構造を包含する。
【０１０７】
抗体という用語は、Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、ｄｉ−ｓｃＦｖ、ｓｄＡｂ（単一ドメイン抗体）、および（Ｆａｂ'）２（化学的に連結されたＦ（ａｂ'）２を含む）などの抗原に結合することができる断片を含むが、これらに限定されない。抗体のパパイン消化により、それぞれが単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と称される二つの同一の抗原結合断片と、容易に結晶化できることが名称に反映されている残りの「Ｆｃ」断片とが生じる。ペプシン処理は、二つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができるＦ（ａｂ'）２断片を生成する。抗体という用語はまた、限定されないが、キメラ抗体、ヒト化抗体、およびマウス、ヒト、カニクイザルなどのさまざまな種の抗体を含む。さらに、本明細書に提供されるすべての抗体構築物について、他の生物からの配列を有するバリアントも企図される。したがって、抗体のヒトバージョンが開示される場合、当業者であれば、ヒト配列ベースの抗体をマウス、ラット、ネコ、イヌ、ウマなどの配列へと形質転換する方法を理解するであろう。抗体断片はまた、一本鎖ｓｃＦｖ、タンデムｄｉ−ｓｃＦｖ、ダイアボディ、タンデムｔｒｉ−ｓｄｃＦｖ、ミニボディなどのいずれかの配向も含む。抗体断片はまた、ナノボディ（軽鎖を含まない重鎖の可変ドメインの対などの単一の単量体ドメインを有する抗体である、ｓｄＡｂ）を含む。一部の実施形態では、抗体断片を、特異的な種（例えば、ヒトｓｃＦｖまたはマウスｓｃＦｖ）と呼ぶことができる。これは、構築物の源ではなく、非ＣＤＲ領域の少なくとも一部の配列を示す。
【０１０８】
「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体集団の一抗体を指し、すなわち、その集団を含む個々の抗体は、わずかな量で存在し得る自然に発生する可能性のある変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は特異性が高く、単一の抗原部位に向けられている。さらに、異なる決定因子（エピトープ）に向けられている異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調合剤とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定因子に向けられている。したがって、モノクローナル抗体の試料は、抗原の同じエピトープに結合することができる。修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られる抗体の特性を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、モノクローナル抗体は、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，１９７５，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよく、または米国特許第４，８１６，５６７号に記載されるように組換えＤＮＡ法によって作製されてもよい。モノクローナル抗体はまた、例えばＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４に記載される技術を使用して生成されたファージライブラリから単離することもできる。
【０１０９】
「ＣＤＲ」という用語は、当業者に対する少なくとも一つの識別方法によって定義される相補性決定領域を示す。一部の実施形態では、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ番号付けスキーム、Ｋａｂａｔ番号付けスキーム、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａとの組み合わせ、ＡｂＭ定義、接触定義、ならびに／またはＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡｂＭ、および／もしくは接触定義の組み合わせのいずれかに従って定義され得る。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２の５０〜５６、Ｌ３の８９〜９７、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜６５、およびＨ３の９５〜１０２において生じる  （Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  ｌｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１））。ＡｂＭ定義は、例えば、Ｌ１のアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２の５０〜５６、Ｌ３の８９〜９７、Ｈ１のＨ２６〜Ｈ３５Ｂ、Ｈ２の５０〜５８、およびＨ３の９５〜１０２におけるＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）を含み得る。接触定義は、例えば、Ｌ１のアミノ酸残基３０〜３６、Ｌ２の４６〜５５、Ｌ３の８９〜９６、Ｈ１の３０〜３５、Ｈ２の４７〜５８、およびＨ３の９３〜１０１におけるＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）を含み得る。Ｃｈｏｔｈｉａ定義は、例えば、Ｌ１のアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２の５０〜５６、Ｌ３の８９〜９７、Ｈ１の２６〜３２...３４、Ｈ２の５２〜５６、およびＨ３の９５〜１０２におけるＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）を含み得る。ＶＨ中のＣＤＲ１を除き、ＣＤＲは、一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。抗体内のさまざまなＣＤＲを適切な数字および鎖の種類によって指定することができ、限定されることなく、ａ）ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３、ｂ）ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３、ｃ）ＬＣＤＲ−１、ＬＣＤＲ−２、ＬＣＤＲ−３、ＨＣＤＲ−１、ＨＣＤＲ−２、およびＨＣＤＲ−３、またはｄ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３などが含まれる。本明細書で使用される「ＣＤＲ」という用語は、超可変ループを含むＨＶＲまたは「超可変領域」を包含する。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、９１〜９６（Ｌ３）、２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、および９６〜１０１（Ｈ３）で生じる（ＣｈｏｔｈｉａおよびＬｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。
【０１１０】
「重鎖可変領域」という用語は、本明細書で使用される場合、少なくとも三つの重鎖ＣＤＲを含む領域を指す。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、三つのＣＤＲと、少なくともＦＲ２およびＦＲ３とを含む。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、少なくとも重鎖ＨＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＨＣＤＲ２、ＦＲ３、およびＨＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、重鎖可変領域はまた、ＦＲ１の少なくとも一部および／またはＦＲ４の少なくとも一部を含む。
【０１１１】
「重鎖定常領域」という用語は、本明細書で使用される場合、少なくとも三つの重鎖定常ドメインのＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３を含む領域を指す。当然ながら、ドメイン内の非機能変更的欠失および変更は、別段の指定がない限り、「重鎖定常領域」という用語の範囲内に包含される。非限定的な例示的重鎖定常領域は、γ、δ、およびαを含む。非限定的な例示的重鎖定常領域は、ε、およびμも含む。各重定常領域は、抗体アイソタイプに対応する。例えば、γ定常領域を含む抗体はＩｇＧ抗体であり、δ定常領域を含む抗体はＩｇＤ抗体であり、α定常領域を含む抗体はＩｇＡ抗体である。さらに、μ定常領域を含む抗体はＩｇＭ抗体であり、ε定常領域を含む抗体はＩｇＥ抗体である。特定のアイソタイプは、サブクラスにさらに細分化することができる。例えば、ＩｇＧ抗体には、ＩｇＧ１（γ１定常領域を含む）抗体、ＩｇＧ２（γ２定常領域を含む）抗体、ＩｇＧ３（γ３定常領域を含む）抗体、およびＩｇＧ４（γ４定常領域を含む）抗体が含まれるが、これらに限定されず、ＩｇＡ抗体には、ＩｇＡ１（α１定常領域を含む）抗体およびＩｇＡ２（α２定常領域を含む）抗体が含まれるがこれらに限定されず、ＩｇＭ抗体にはＩｇＭ１およびＩｇＭ２が含まれるが、これらに限定されない。
【０１１２】
「重鎖」という用語は、本明細書で使用される場合、リーダー配列を伴う、または伴わない、少なくとも重鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。一部の実施形態では、重鎖は、重鎖定常領域の少なくとも一部を含む。「完全長重鎖」という用語は、本明細書で使用される場合、リーダー配列を伴う、または伴わない、重鎖可変領域および重鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
【０１１３】
「軽鎖可変領域」という用語は、本明細書で使用される場合、少なくとも三つの軽鎖ＣＤＲを含む領域を指す。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、三つのＣＤＲと、少なくともＦＲ２およびＦＲ３とを含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、少なくとも軽鎖ＬＣＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＬＣＤ２、ＦＲ３、およびＬＣＤ３を含む。例えば、軽鎖可変領域は、軽鎖ＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、およびＣＤＲ３を含むことができる。一部の実施形態では、軽鎖可変領域はまた、ＦＲ１の少なくとも一部および／またはＦＲ４の少なくとも一部を含む。
【０１１４】
「軽鎖定常領域」という用語は、本明細書で使用される場合、軽鎖定常ドメイン、ＣＬを含む領域を指す。非限定的な例示的軽鎖定常領域は、λおよびＫを含む。当然ながら、ドメイン内の非機能変更的欠失および変更は、別段の指定がない限り、「軽鎖定常領域」という用語の範囲内に包含される。
【０１１５】
「軽鎖」という用語は、本明細書で使用される場合、リーダー配列を伴う、または伴わない、少なくとも軽鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。一部の実施形態では、軽鎖は、軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む。「完全長軽鎖」という用語は、本明細書で使用される場合、リーダー配列を伴う、または伴わない、軽鎖可変領域および軽鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
【０１１６】
本明細書の目的における「受容体ヒトフレームワーク」は、以下に定義されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する受容体ヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含み得るか、またはアミノ酸配列変化を含み得る。一部の実施形態では、アミノ酸変化の数は、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、または２個以下である。一部の実施形態では、ＶＬ受容体ヒトフレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
【０１１７】
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般的に解離定数（ＫＤ）によって表され得る。親和性は、当該技術分野で公知の一般的方法によって測定することができる（例えば、ＥＬＩＳＡ  ＫＤ、ＫｉｎＥｘＡ、生体層干渉計（ＢＬＩ）、および／または本明細書に記載されるものを含む表面プラズモン共鳴デバイス（ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）デバイスなど）など）。
【０１１８】
本明細書で使用される場合、「ＫＤ」、「Ｋｄ」、「Ｋｄ」、または「Ｋｄ値」という用語は、抗体−抗原相互作用の平衡解離定数を指す。
【０１１９】
「生物学的活性」という用語は、分子の任意の一つまたは複数の（インビボで天然に存在するか、または組み換え手段によって提供される、もしくは可能になる）生物学的特性を指す。生物学的特性としては、限定されないが、受容体に結合すること、細胞増殖を誘導すること、細胞増殖を阻害すること、他のサイトカインを誘導すること、アポトーシスを誘導すること、および酵素活性が挙げられる。一部の実施形態では、ＩＣＯＳタンパク質の生物活性としては、例えば、Ｔｈ１細胞およびＴｈ２細胞に関連するＴ細胞増殖およびサイトカイン分泌の共刺激、Ｔｒｅｇ細胞の調節、転写因子遺伝子発現の調節を含むＴ細胞分化への影響、ＰＩ３ＫおよびＡＫＴ経路を介したシグナル伝達の誘導、およびＡＤＣＣの媒介が挙げられる。
【０１２０】
用語「実質的に類似している」または「実質的に同じ」は、本明細書で使用される場合、当業者が、二つ以上の値の差に、当該値によって測定される生物学的特性の文脈内で、生物学的および／または統計的有意性がほとんどまたは全くないと見なすような、二つ以上の数値の間の十分に高度な類似性を示す。一部の実施形態では、二つ以上の実質的に類似した値は、約５％以下、約１０％以下、約１５％以下、約２０％以下、約２５％以下、または約５０％以下のうちのいずれか一つによる差がある。
【０１２１】
語句「実質的に異なっている」は、本明細書で使用される場合、当業者が、二つの値の差に、当該値によって測定される生物学的特性の文脈内で、統計的有意性があると見なすような、二つの数値の間の十分に高度な差を示す。一部の実施形態では、二つの実質的に異なる数値は、約１０％超、約２０％超、約２５％超、約３０％超、約３５％超、約４０％超、約４５％超、約５０％超、約６０％超、約７０％超、約８０％超、約９０％超、または約１００％超のうちのいずれか一つによる差がある。
【０１２２】
語句「実質的に低減された」は、本明細書で使用される場合、当業者が、二つの値の差に、当該値によって測定される生物学的特性の文脈内で、統計的有意性があると見なすような、数値と基準数値との間の十分に高度な低減を示す。一部の実施形態では、実質的に低減された数値は、基準値と比較して、約１０％超、約２０％超、約２５％超、約３０％超、約３５％超、約４０％超、約４５％超、約５０％超、約６０％超、約７０％超、約８０％超、約９０％超、または約１００％超のうちのいずれか一つによる低減がある。
【０１２３】
語句「実質的に増加した」は、本明細書で使用される場合、当業者が、二つの値の差に、当該値によって測定される生物学的特性の文脈内で、統計的有意性があると見なすような、数値と基準数値との間の十分に高度な増加を示す。一部の実施形態では、実質的に増加した数値は、基準値と比較して、約１０％超、約２０％超、約２５％超、約３０％超、約３５％超、約４０％超、約４５％超、約５０％超、約６０％超、約７０％超、約８０％超、約９０％超、または約１００％超のうちのいずれか一つによる増加がある。
【０１２４】
「単離された」という用語は、本明細書で使用される場合、それが一般的に天然に見られる、または生成される構成要素の少なくとも一部から分離された分子を指す。例えば、ポリペプチドは、それが産生された細胞の構成要素の少なくとも一部から分離されたときに「単離された」と称される。ポリペプチドが発現後に細胞によって分泌され、ポリペプチドを含有する上清を、それを産生した細胞から物理的に分離する場合、ポリペプチドを「単離する」と見なされる。同様に、ポリヌクレオチドは、それが典型的に天然に見出される大きなポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合には、ゲノムＤＮＡまたはミトコンドリアＤＮＡなど）の一部ではないとき、または、例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドの場合、産生された細胞の少なくとも一部の構成要素から分離されるとき、「単離された」と称される。したがって、宿主細胞内のベクターに含まれるＤＮＡポリヌクレオチドは、「単離された」と呼称され得る。
【０１２５】
「個体」、「患者」、または「対象」という用語は、本明細書では、動物、例えば哺乳動物を指すために互換的に使用される。一部の実施形態では、ヒト、齧歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、哺乳類実験動物、哺乳類家畜、哺乳類競技用動物、および哺乳類愛玩動物を含むがこれに限定されない、哺乳動物を治療する方法が提供される。一部の例では、「個体」または「対象」は、疾患または障害の治療を必要とする個体または対象を指す。一部の実施形態では、治療を受ける対象は、対象が治療に関連する障害を有する、または障害を発症する十分なリスクがあると特定されたという事実を指定する患者であり得る。
【０１２６】
「試料」または「患者試料」という用語は本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的、および／または生理学的特性に基づいて、特徴付けられるおよび／または特定される細胞および／または他の分子実体を含む、関心のある対象から得られるまたは誘導される組成物を指す。例えば、「検査試料」という語句およびその変形は、特徴付けられるべき細胞および／または分子実体を含むことが予想される、または知られている、関心のある対象から得られた任意の試料を指す。「組織または細胞試料」とは、対象または患者の組織から得られた類似の細胞の集まりを意味する。組織または細胞試料の供給源は、血液（例えば、末梢血）または任意の血液成分；新鮮、凍結および／または保存された器官または組織試料または生検もしくは吸引物からの固形組織；脳脊髄液、羊水、腹膜液、または間質液などの体液；対象の妊娠中または発達中の任意の時点の細胞であり得る。組織試料はまた、初代細胞または培養細胞または細胞株であってもよい。任意で、組織または細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養剤、抗生物質など、自然界では組織と自然に混合されない化合物を含み得る。一部の実施形態では、試料は、ＣＤ４＋細胞を含む、対象または患者から得られた末梢血を含む。一部の実施形態では、試料は、末梢血から単離されたＣＤ４＋細胞を含む。
【０１２７】
本明細書で使用される場合、「対照」、「対照試料」、「参照」、または「参照試料」は、比較の目的で使用される任意の試料、標準、またはレベルを指す。対照または参照は、健常および／または疾患のない試料から得ることができる。一部の例では、対照または参照は、未処理の試料または患者から得ることができる。一部の例では、参照は、対象個体の非疾患または非治療試料から得られる。一部の例では、参照は、対象または患者ではない一つまたは複数の健康な個体から得られる。一部の実施形態では、対照試料、参照試料、参照細胞、または参照組織は、治療（例えば、一つまたは複数の抗癌治療）の一回または複数回の投与の前、または本発明の方法のいずれかを受ける前の時点で、患者または対象から得られる。
【０１２８】
「疾患」または「障害」は、本明細書で使用される場合、治療が必要および／または望ましい状態を指す。一部の実施形態では、疾患または障害は、癌である。
【０１２９】
「癌」および「腫瘍」は、本明細書で使用される場合、動物における任意の異常な細胞または組織の成長または増殖を指す互換性のある用語である。本明細書で使用される場合、「癌」および「腫瘍」という用語は、固形癌および血液／リンパ性癌を包含し、また悪性、前癌性、および異形成などの良性の増殖も包含する。癌の例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病が挙げられるが、これらに限定されない。このような癌のより特定の非限定的な例としては、胃癌、乳がん（例：トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ））、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、扁平上皮癌、小細胞肺癌、下垂体癌、食道癌、星状細胞腫、軟部組織肉腫、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、消化器癌、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌（子宮体部子宮内膜癌を含む）、唾液腺癌、腎臓癌、腎癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、脳癌、精巣癌、胆管癌、胆嚢癌、黒色腫、およびさまざまなタイプの頭頸部癌が挙げられる。これらの癌、およびその他の癌は、本発明の方法に従って治療または分析することができる。
【０１３０】
本明細書で使用される場合、「治療」は、有益なまたは望ましい臨床結果を得るためのアプローチである。本明細書で使用される場合、「治療」は、ヒトを含む哺乳動物における疾患に対する治療薬の任意の投与または適用を網羅する。本開示の目的上、有益な、または望ましい臨床結果としては：一つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減少、疾患の拡散（例えば、転移、例えば、肺またはリンパ節への転移）の予防または遅延、疾患の再発の予防または遅延、疾患の進行の遅延または緩徐、病状の改善、疾患または疾患の進行の阻害、疾患またはその進行の阻害または遅延、発生の阻止、および緩解（部分または完全）のいずれか一つまたは複数を含まれるが、これらに限定されない。また、「治療」には、増殖性疾患の病理学的結果の低減も含まれる。本明細書に提供される方法は、治療のこれらの態様のうちのいずれか一つまたは複数を企図する。上記に沿って、治療という用語は、障害のあらゆる側面の１００％の除去を必要としない。
【０１３１】
「寛解」とは、抗癌療法を投与しないことと比較して、一つまたは複数の症状の軽減または改善を意味する。「寛解」には、症状の持続時間の短縮または低減も含まれる。
【０１３２】
癌の文脈において、「治療する」という用語は、癌細胞の増殖の抑制、癌細胞の複製の抑制、全体的な腫瘍量の減少、および疾患に関連する一つまたは複数の症状の寛解のいずれかまたはすべてを含む。
【０１３３】
「防止」は、本明細書で使用される場合、疾患にかかりやすいが、まだ疾患と診断されていない対象における疾患の発生または再発に関して、予防を提供することを含む。特に明記されていない限り、「低減する」、「抑制する」または「防止する」という用語は、常に完全な防止を示すものではなく、または要求とするものでもない。
【０１３４】
「所定のカットオフ」および「所定のレベル」とは、一般に、所定のカットオフ／レベルがすでにさまざまな臨床パラメータ（例えば、疾患の重症度、進行／非進行／改善など）と関連または関係づけられている所定のカットオフ／レベルに対するアッセイ結果を比較することにより、診断／予後／治療有効性の結果を評価するために用いられる、アッセイカットオフ値を指す。本開示は、例示的な所定のレベルを提供し得るが、カットオフ値が、免疫測定法の性質（例えば、用いられる抗体など）に応じて変化し得ることは周知である。さらに、本明細書の開示を他の免疫測定法に適合させて、本開示に基づいて、それらの他の免疫測定法のために免疫測定法特異的カットオフ値を得ることは、十分に当業者の範囲内である。所定のカットオフ／レベルの正確な値は、アッセイ間で変化し得るが、本明細書に記載される相関関係（ある場合）は、概して適用可能であり得る。
【０１３５】
一部の実施形態では、「上昇したＩＣＯＳのレベル」、「上昇したＩＣＯＳレベル」、「上昇したレベルでのＩＣＯＳ」、「ＩＣＯＳＨＩＧＨ」、および「ＩＣＯＳｈｉ」という用語は、例えば、一つまたは複数の抗癌療法で対象を治療した後、対象の末梢血試料中の対象の細胞（例えば、ＣＤ４＋  Ｔ細胞）でＩＣＯＳレベルが増加したことを指す。増加したレベルは、例えば、治療されている対象からの末梢血試料であり得る対照と比較して決定することができるが、一つまたは複数の抗癌療法による任意の治療の前、または一つもしくは複数の抗癌療法の二回目以降のサイクルによる治療の前のいずれかに決定することができる。あるいは、対照は、健康な個体の一致した試料（例えば、末梢血試料）からのレベルとすることができる。一部の実施形態では、ＩＣＯＳのレベルは、発現されたタンパク質のレベルで決定され、これは、一部の実施形態では、ＩＣＯＳの細胞内部分に向けられた抗体を使用して検出され得る。一部の実施形態では、かかる抗体を使用した検出は、フローサイトメトリーの使用によって行われる。一部の実施形態では、対照と比較して平均蛍光強度（ＭＦＩ）が少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、４倍、５倍、７．５倍、１０倍、または１５倍）に増加していることは、上昇したＩＣＯＳレベルが検出されたことを示す。一部の実施形態では、末梢血試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞の少なくとも５％（例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％）でＩＣＯＳレベルの増加が検出されたことは、対象がＩＣＯＳ  ｈｉ試料を有することを示す。一部の実施形態では、末梢血液試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞の少なくとも５％（例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％）で、対照と比較して平均蛍光強度（ＭＦＩ）が少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、４倍、５倍、７．５倍、１０倍、または１５倍）に増加していることは、上昇したＩＣＯＳレベルが検出されたことを示す。一部の実施形態では、上昇したＩＣＯＳレベルは、末梢血検査試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現レベル（例えば、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベル）が、対照試料と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、またはそれ以上に増加することを意味する。一部の実施形態では、上昇したＩＣＯＳレベルは、末梢血試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現レベル（例えば、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベル）が、対照試料と比較して、少なくとも約１．１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上に増加することを意味する。
【０１３６】
一部の実施形態では、「上昇したＴ−ｂｅｔのレベル」、「上昇したＴ−ｂｅｔレベル」、「上昇したレベルでのＴ−ｂｅｔ」、「Ｔ−ｂｅｔＨＩＧＨ」、および「Ｔ−ｂｅｔｈｉ」という用語は、例えば、一つまたは複数の抗癌療法で対象を治療した後、対象の末梢血試料中の対象の細胞（例えば、ＣＤ４＋  Ｔ細胞）でＴ−ｂｅｔレベルが増加したことを指す。増加したレベルは、例えば、治療されている対象からの末梢血試料であり得る対照と比較して決定することができるが、一つまたは複数の抗癌療法による任意の治療の前、または一つもしくは複数の抗癌療法の二回目以降のサイクルによる治療の前のいずれかに決定することができる。あるいは、対照は、健康な個体の一致した試料（例えば、末梢血試料）からのレベルとすることができる。一部の実施形態では、Ｔ−ｂｅｔのレベルは、発現されたタンパク質のレベルで決定され、これは、一部の実施形態では、Ｔ−ｂｅｔに向けられた抗体を使用して検出され得る。一部の実施形態では、かかる抗体を使用した検出は、フローサイトメトリーの使用によって行われる。一部の実施形態では、対照と比較して平均蛍光強度（ＭＦＩ）が少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、４倍、５倍、７．５倍、１０倍、または１５倍）に増加していることは、上昇したＴ−ｂｅｔレベルが検出されたことを示す。一部の実施形態では、末梢血試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞の少なくとも５％（例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％）でＴ−ｂｅｔレベルの増加が検出されたことは、対象がＴ−ｂｅｔ  ｈｉ試料を有することを示す。一部の実施形態では、末梢血液試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞の少なくとも５％（例えば、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％）で、対照と比較して平均蛍光強度（ＭＦＩ）が少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、４倍、５倍、７．５倍、１０倍、または１５倍）に増加していることは、上昇したＴ−ｂｅｔレベルが検出されたことを示す。一部の実施形態では、上昇したＴ−ｂｅｔレベルは、末梢血検査試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全Ｔ−ｂｅｔ発現レベル（例えば、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベル）が、対照試料と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、またはそれ以上に増加することを意味する。一部の実施形態では、上昇したＴ−ｂｅｔレベルは、末梢血試料中のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全Ｔ−ｂｅｔ発現レベル（例えば、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベル）が、対照試料と比較して、少なくとも約１．１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上に増加することを意味する。
【０１３７】
「抑制」または「抑制する」という用語は、任意の表現型特性の減少もしくは停止、またはその特性の発生率、程度、もしくは可能性の減少または停止を指す。「低減する」または「抑制する」とは、基準と比較して、活性、機能、および／または量を減少させる、低減する、または阻止することである。一部の実施形態では、「低減する」または「抑制する」とは、２０％以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。一部の実施形態では、「低減する」または「抑制する」とは、５０％以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。一部の実施形態では、「低減する」または「抑制する」とは、７５％、８５％、９０％、９５％以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。一部の実施形態では、上述の量は、同じ期間にわたる対照用量（プラセボなど）と比較して、一定期間にわたって抑制または減少する。
【０１３８】
本明細書で使用される場合、「疾患の発症を遅延する」は、疾患（癌など）の発症を延期、阻害、緩徐、遅延、安定化、抑圧、および／または順延することを意味する。この遅延は、疾患および／または治療される個体の病歴に応じて、さまざまな時間の長さであり得る。当業者には明らかであるように、十分または有意な遅延は、実質的に、個体が疾患を発症しないことにおいて予防を包含し得る。例えば、転移の発生などの後期ステージの癌を遅延させることができる。
【０１３９】
本明細書で使用される場合、機能または活性を「抑圧する」ことは、目的の条件またはパラメータを除く以外は、同一の条件で比較して、あるいは別の条件で比較して、機能または活性を低減することである。例えば、腫瘍増殖を抑圧する抗体は、抗体の非存在下での腫瘍の増殖速度と比較して、腫瘍の増殖速度を低減する。
【０１４０】
物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストの「治療有効量」は、個体の病態、年齢、性別、および体重、ならびに個体において所望の反応を誘発するための物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストの能力などの要因によって変化し得る。治療有効量はまた、物質／分子、アゴニスト、またはアンタゴニストの任意の毒性または有害効果を、治療有益効果が上回るものである。治療有効量は、一回または複数回の投与で送達され得る。治療有効量は、望ましい治療および／または予防結果を、必要な用量および期間で達成するための有効な量を指す。本発明の治療の治療有効量は、癌治療の評価に一般的に使用されるさまざまなエンドポイントによって測定することができ：生存期間の延長（ＯＳおよびＰＦＳを含む）；客観的応答（ＣＲまたはＰＲを含む）の結果；腫瘍の退縮、腫瘍の重量またはサイズの縮小、疾患進行までの時間の延長、生存期間の延長、ＰＦＳの延長、ＯＳ率の改善、応答期間の延長、生活の質の改善、および／または癌の徴候または症状の改善を含むが、これらに限定されない。
【０１４１】
本明細書で使用される場合、「進行性疾患（ＰＤ）」という用語は、試験での最小の合計（これは試験での最小のベースラインの合計を含む）を基準として、標的病変の直径の合計が少なくとも２０％増加することを意味する。２０％の相対的増加に加えて、合計は少なくとも５ｍｍの絶対的増加も示さなければならない。一つまたは複数の新病変の出現も進行と見なす。
【０１４２】
本明細書で使用される場合、「部分奏効」（ＰＲ）という用語は、ベースラインの直径の合計を基準として、標的病変の直径の合計が少なくとも３０％減少することを意味する。
【０１４３】
本明細書で使用される場合、「完全奏効」（ＣＲ）という用語は、任意の標的リンパ節の短軸が＜１０ｍｍに縮小した、すべての標的病変の消失を指す。
【０１４４】
本明細書で使用される場合、「安定性疾患」（ＳＤ）という用語は、試験中の直径の最小合計を基準として、ＰＲの資格を得るのに十分な収縮もＰＤの資格を得るのに十分な増加も意味しない。
【０１４５】
本明細書で使用される場合、「最良総合効果」（ＢＯＲ）という用語は、確認の要件を考慮に入れた上で、試験治療の開始から最も早い客観的進行または新たな抗癌療法の開始まで記録された最良効果である。患者の最良総合効果の割り当ては、標的疾患および非標的疾患の両方の所見に依存し、新病変の出現も考慮する。最良総合効果は、試験の過程で研究者が提供する評価応答を用いたアルゴリズムを介して算出する。
【０１４６】
本明細書で使用される場合、「評価不能」（ＮＥ）という用語は、標的病変の不完全な放射線学的評価が行われた場合、または応答の信頼できる評価を行う能力に影響を及ぼすベースラインからの測定方法に変化がある場合を指す。
【０１４７】
本明細書で使用される場合、「客観的奏効率」（ＯＲＲ）という用語は、ＲＥＣＩＳＴ  １．１による部分奏効または完全奏効（ＰＲ＋ＣＲ）の最良総合効果を達成した患者の割合に等しい。
【０１４８】
本明細書で使用される場合、「全生存」（ＯＳ）という用語は、診断または治療時点から１年、５年など、定義された期間生存している患者の割合を指す。全生存はカプラン・マイヤー法により評価され、９５％信頼区間（ＣＩ）が各治療群のＯＳ中央値に提供される。
【０１４９】
本明細書で使用される場合、「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）という用語は、癌が進行または悪化することなく生存している患者を指す。ＰＦＳは、治療の選択から、ＲＥＣＩＳＴ（第１．１版）により定義される客観的進行の最初のＸ線写真による記録、または何らかの原因による死亡までの期間と定義することができる。        
【０１５０】
「薬学的に許容可能な担体」とは、対象に投与するための「医薬組成物」を一緒に含む治療剤と共に、当技術分野で従来的に使用される非毒性の固体、半固体、または液体充填剤、希釈剤、封入材料、製剤補助剤、または担体を指す。薬学的に許容可能な担体は、使用される用量および濃度でレシピエントにとって非毒性であり、製剤の他の成分と適合性がある。薬学的に許容可能な担体は、使用される製剤に適切である。
【０１５１】
「滅菌」製剤は、無菌であるか、または生きた微生物およびその胞子を本質的に含まない。
【０１５２】
一つまたは複数のさらなる治療剤と「組み合わせた」投与には、同時（同時発生的）投与および任意の順序での連続投与または順次投与が含まれる。
【０１５３】
「同時発生的」という用語は本明細書では、投与の少なくとも一部が時間的に重複する場合、または一つの治療剤の投与が他の治療剤の投与と比較して短期間（例えば、一日以内）に収まる場合の、二つ以上の治療剤の投与を指すために使用される。例えば、二つ以上の治療剤は、ほぼ指定の分数以下の時間間隔で投与される。
【０１５４】
「順次」という用語は本明細書では、一つまたは複数の薬剤の投与が一つまたは複数の他の薬剤の投与を中断した後も続く、または一つまたは複数の薬剤の投与が一つまたは複数の他の薬剤の投与前に開始される、二つ以上の治療剤の投与を指すために使用される。例えば、二つ以上の治療剤の投与は、ほぼ指定の分数を超える時間間隔で投与される。
【０１５５】
本明細書で使用される場合、「併用」とは、ある治療法を別の治療法に加えて投与することを指す。したがって、「併用」とは、ある治療法を他の治療法の投与前、間、または後に、個体に投与することを指す。
【０１５６】
「標識」および「検出可能な標識」という用語は、反応（例えば、ポリヌクレオチド増幅または抗体結合）を検出可能にするために、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドに付着した部分を意味する。標識を含むポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「検出可能に標識された」と称され得る。したがって、「標識結合タンパク質」という用語は、結合タンパク質の同定を提供する標識が組み込まれたタンパク質を指す。「標識オリゴヌクレオチド」、「標識プライマー」、「標識プローブ」などの用語は、標識オリゴヌクレオチド、プライマー、またはプローブを含むか、またはそれらにハイブリダイズする核酸の同定を提供する、標識が組み込まれたポリヌクレオチドを指す。一部の実施形態では、標識は、例えば、放射性標識アミノ酸の組み込み、または標識アビジン（例えば、光学的または比色法によって検出され得る蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出され得るビオチニル部分のポリペプチドへの付着など、視覚的または器具的手段によって検出可能なシグナルを生成できる、検出可能なマーカーである。標識の例には、以下が含まれるが、これらに限定されない：放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１ｌｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、または１５３Ｓｍ）；色原体、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン光体）、酵素標識（例えば、西洋わさびペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）；化学発光マーカー；ビオチニル基；二次レポーターにより認識された所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシン  ジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）；およびガドリニウムキレートなどの磁性造影剤。免疫測定法に一般的に用いられる標識の代表例には、例えば、アクリジニウム化合物などの光を生成する部分、および例えばフルオレセインなどの蛍光を生成する部分が含まれる。一部の実施形態では、部分自体は検出可能に標識化されなくてもよいが、さらに別の部分との反応時に検出可能になり得る。
【０１５７】
「抱合体」という用語は、治療剤または細胞傷害剤などの第二の化学部分に化学的に連結される抗体を指す。「薬剤」という用語は、化合物、化合物の混合物、生体高分子、または生体材料から作製された抽出物を含む。一部の実施形態では、治療剤または細胞傷害剤は、百日咳毒素、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシン（ａｎｔｈｒａｃｉｎ）ジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−ジヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ならびにピューロマイシンおよびその類縁体または相同体を含むが、これらに限定されない。免疫測定法の文脈において用いられる場合、抱合抗体は、検出抗体として使用される検出可能に標識された抗体であってもよい。
【０１５８】
本明細書で使用される場合、用語「フローサイトメトリー」は、一般に、全細胞または細胞成分などの生物学的粒子をフローサイトメトリーによって特徴付けるための技術を指す。免疫細胞の試料に対してフローサイトメトリーを実施するための方法は当技術分野で周知である（例えば、Ｊａｌｏｓｚｅｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９８），ｖｏｌ．９１：Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ；Ｌｏｎｇｏｂａｎｔｉ  Ｇｉｖａｎ，（１９９２）Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，Ｆｉｒｓｔ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｗｉｌｅｙ  Ｌｉｓｓを参照）。フローサイトメトリーのすべての公知の形態、特に蛍光標識分子がフローサイトメトリーによって評価される、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）を含むことが意図される。
【０１５９】
「増幅」という用語は、核酸配列またはその相補体の一つまたは複数のコピーを生成するプロセスを指す。増幅は、線形または指数関数的（例えば、ＰＣＲ）であってもよい。
【０１６０】
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」の技術は、本明細書で使用される場合、一般に、例えば米国特許第４，６８３，１９５号に記載されるように、ＲＮＡおよび／またはＤＮＡなどの核酸の特定の領域が増幅される手順を指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーは、増幅されるテンプレートの反対側の鎖に、所望の距離だけ離れてハイブリダイズするように設計される。ＰＣＲは、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特定のＤＮＡ配列、および全細胞ＲＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅するために使用することができる。
【０１６１】
「定量的リアルタイムＰＣＲ」または「ｑＲＴ−ＰＣＲ」は、増幅された産物の量または相対量を定量化できるようにＰＣＲを実施するＰＣＲの形態を指す。この技術は、Ｃｒｏｎｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（ｌ）：３５−４２（２００４）；およびＭａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ５：６０７−６１６（２００４）を含む、さまざまな出版物に記載されている。
【０１６２】
「標的配列」、「標的核酸」、または「標的核酸配列」という用語は、一般に、目的のポリヌクレオチド配列、例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲを用いた増幅のために標的とされるポリヌクレオチド配列を指す。
【０１６３】
「検出」という用語は、直接的および間接的検出を含む、任意の検出手段を含む。
【０１６４】
ＩＩ．治療方法
本発明は、このような治療を必要とする患者の癌を治療する方法を提供する。本方法には、（ｉ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の用量を患者に投与することと、（ｉｉ）患者から一つまたは複数の末梢血検査試料を得ることと、（ｉｉｉ）一つまたは複数の末梢血検査試料中に存在するＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを測定することと、（ｉｖ）対照と比較して、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇した一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかに、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団が存在するかどうかを判定することと、（ｖ）（ａ）一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量、または（ｂ）一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量の非存在下で、抗ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体）を患者に投与することと、が含まれる。任意で、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体はまた、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞を有すると判定され、一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体療法でない場合に、一つまたは複数の抗癌療法の一つまたは複数の追加用量が投与されている患者にも投与される。
【０１６５】
本発明はまた、対象が一つまたは複数の抗癌療法による継続治療から利益を得ることができるかどうかを判定するための方法を提供する。本方法は、対象の血液試料の末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルを判定することを含み、対照と比較して増加したＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの検出が、（ａ）一つまたは複数の抗癌療法が、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニスト治療を含まない場合、任意に、抗ＩＣＯＳ抗体アゴニストによる治療と組み合わせた継続治療、または（ｂ）一つまたは複数の抗癌療法による継続治療の非存在下で、抗ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体）治療から、対象が利益を得る可能性があることを示す。
【０１６６】
本明細書に記載されるように治療され得る患者は、癌を有する患者である。癌のタイプは、本明細書に列挙された、または当技術分野で公知の任意のタイプの癌とすることができる。例示的な癌のタイプには、胃癌、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ））、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、黒色腫、腎細胞癌（ＲＣＣ）、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、および頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。また、本発明の方法に従って治療できる追加の癌のタイプについては、上記の癌の定義も参照されたい。
【０１６７】
本明細書に記載するように治療が可能である患者は、抗癌療法を以前に受けたことがない患者、および一つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５回以上）の抗癌療法の（例えば、１、２、３、４、５回以上の）用量またはサイクルを以前に受けたことがある患者を含む。
【０１６８】
本明細書に列挙される抗癌療法のいずれかおよび当技術分野で公知の他の抗癌療法を、本発明の方法に関連して使用することができる。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、二つ以上の抗癌療法である。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、三つ以上の抗癌療法である。とりわけ、免疫療法、化学療法、および癌ワクチンなど、本発明で使用されうる抗癌療法の特定の非限定的な例を以下に示す。
【０１６９】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、患者から一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に、一回投与される。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、患者から一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に、二回以上投与される。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、患者から一つまたは複数の末梢血検査試料を取得する前に、二回以上（例えば、三回以上、四回以上、または五回以上）投与される。
【０１７０】
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、定期的な間隔で患者に複数回投与される。これらの複数回の投与は、投与サイクルまたは治療サイクルとも称され得る。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、患者に、二サイクル超、三サイクル超、四サイクル超、五サイクル超、十サイクル超、十五サイクル超、または二十サイクル超の間投与される。
【０１７１】
一部の実施形態では、定期的な間隔は、週一回の用量、二週間に一回の用量、三週間に一回の用量、四週間に一回の用量、五週間に一回の用量、六週間に一回の用量、七週間に一回の用量、八週間に一回の用量、九週間に一回の用量、十週間に一回の用量、十一週間に一回の用量、または十二週間に一回の用量である。
【０１７２】
場合によっては、一つまたは複数の抗癌療法の投与後四週間未満（例えば、三週間未満、二週間未満、または一週間未満）の患者から一つまたは複数の末梢血検査試料が取得される。
【０１７３】
一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料は、一つまたは複数の投与と同時に一度に得られる複数の試料として取得される。一部の実施形態では、一つまたは複数の末梢血検査試料は、複数回の投与の間の時間の間に得られた複数の試料として得られる。
【０１７４】
一部の実施形態では、対照試料は、一つまたは複数の抗癌療法の第一の用量の投与前（例えば、第一のサイクルの前）に同じ患者から取得された末梢血試料である。一部の実施形態では、対照試料は、末梢血検査試料の採取前に、一つまたは複数の抗癌療法の二回目またはそれ以上の（例えば、三回目、四回目、五回目、またはそれ以上の）用量の投与前に、同じ患者から得られた末梢血試料である。一部の実施形態では、対照試料は、抗癌療法を受けていない健康な患者から得られた末梢血試料である。一部の実施形態では、対照は、本明細書に記載されるように、対照試料中のレベルに対応することが既知であるか、または決定されたレベルである。
【０１７５】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料の一部を保存することをさらに含む。一部の実施形態では、末梢血検査試料由来のＣＤ４＋  Ｔ細胞の一部が、対照試料由来のＣＤ４＋  Ｔ細胞と比較して、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルの上昇が判定された場合、当該方法は、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞を単離し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に適した条件下でＣＤ４＋  Ｔ細胞を保存することをさらに含む。ＣＤ４＋  Ｔ細胞の生存率の維持に好適な当技術分野で公知の任意の保存方法を使用し得る。一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、細胞培養培地中に保存される。一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、１００，０００細胞／ｍＬを超える濃度で保存される。一部の実施形態では、保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞は、１００，０００細胞／ｍＬ〜１億細胞／ｍＬの濃度で保存される。一部の実施形態では、本発明は、それに応じて得られた保存されたＣＤ４＋  Ｔ細胞の懸濁液を提供する。
【０１７６】
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の末梢血検査試料のいずれかが、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団を含むと判定される場合、治療用抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体を患者に投与することをさらに含む。一部の実施形態では、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の検出された集団は、一つまたは複数の抗癌療法によって誘導された、新しい別個のＣＤ４＋  Ｔ細胞集団であるか、またはそれを含む。治療的抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体に関する情報は、以下に提供される。
【０１７７】
一部の実施形態では、方法は、対照試料と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞集団が、所定の投与サイクル数の後に観察されない場合、一つまたは複数の抗癌療法の投与を中止することをさらに含む。所定の投与サイクル数は、四サイクル以上（例えば、五サイクル以上、六サイクル以上、または七サイクル以上、八サイクル以上、九サイクル以上、または十サイクル以上）であってもよい。一部の実施形態では、本方法は、対照試料と比較してＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔレベルが上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞集団が観察されず、任意に、患者が当該技術分野で公知のルーチンの方法により進行性疾患を有すると判定された場合、所定の投与サイクル数（例えば、四サイクル以上）の前に、一つまた複数の抗癌療法の投与を停止することをさらに含む（例えば、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準に従ってＸ線画像の進行によって特定された進行性疾患；例えば、上記の基準を参照）。
【０１７８】
ＩＩＩ．本発明の方法で使用するための例示的な抗癌療法
例として、本明細書に列挙される、または当技術分野で公知の任意の抗癌療法を、本明細書に記載される方法に関連して使用することができる。例示的な抗癌療法を以下に説明する。
【０１７９】
ａ．免疫療法
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は免疫療法である。癌と免疫系の相互作用は複雑で多面的である。ｄｅ  Ｖｉｓｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  （２００６）６：２４−３７を参照のこと。多くの癌患者は抗腫瘍免疫反応を起こすように見えるが、癌は免疫の検出および破壊を回避するための戦略も開発する。近年、癌やその他の障害の治療や予防のために免疫療法が開発されている。免疫療法は、他の治療法にはない細胞特異性の利点を提供する。したがって、免疫ベース療法の有効性を高める方法は、臨床的に有益であり得る。
【０１８０】
ｉ．治療用抗ＩＣＯＳ抗体
本発明で使用され得る治療用抗ＩＣＯＳ抗体には、ヒト化抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、および本明細書に記載される重鎖および／または軽鎖ＣＤＲのいずれかを含む抗体が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体は、単離された抗体である。一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体は、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体である。国際公開２０１６／１５４１７７および国際公開２０１７／０７０４２３を参照のこと。これらはそれぞれ参照により本明細書に具体的に援用される。
【０１８１】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される、少なくとも一つ、二つ、三つ、四つ、五つ、または六つのＣＤＲを含む。さまざまな実施形態では、一つまたは複数のＣＤＲは、ＩＣＯＳへの特異的結合を破壊しない置換または欠失を含む。一部の実施形態では、一つまたは複数のＣＤＲは、１つ、２つ、３つ、またはそれ以上の置換を含み、これは任意で保存的アミノ酸での置換を含んでもよい。一部の実施形態では、一つまたは複数のＣＤＲは、１つ、２つ、３つ、またはそれ以上の欠失を含む。
【０１８２】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む六つのＣＤＲを含む。
【０１８３】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域と軽鎖可変領域とを含む。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域と重鎖定常領域の少なくとも一部を含む少なくとも一つの重鎖、および軽鎖可変領域と軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む少なくとも一つの軽鎖を含む。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、各重鎖が重鎖可変領域および重鎖定常領域の少なくとも一部を含む、二つの重鎖と、各軽鎖が軽鎖可変領域および軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む、二つの軽鎖とを含む。本明細書で使用される場合、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、または例えば、六つすべてのＣＤＲ（三つの重鎖ＣＤＲおよび三つの軽鎖ＣＤＲ）を含む単一のポリペプチド鎖を含む任意の他の抗体は、重鎖および軽鎖を有すると見なされる。一部の実施形態では、重鎖は、三つの重鎖ＣＤＲを含む抗ＩＣＯＳ抗体の領域である。一部の実施形態では、軽鎖は、三つの軽鎖ＣＤＲを含む治療用抗ＩＣＯＳ抗体の領域である。
【０１８４】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択されるＶＨ  ＣＤＲ配列のうちの少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つすべてを含む。
【０１８５】
一部の実施形態では、治療用抗体は、（ａ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択されるＶＬ  ＣＤＲ配列のうちの少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つすべてを含む。
【０１８６】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択されるＶＨ  ＣＤＲ配列のうちの少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つすべてを含む（Ｉ）ＶＨドメインと、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択されるＶＬ  ＣＤＲ配列のうちの少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つすべてを含む、（ＩＩ）ＶＬドメインと、を含む。
【０１８７】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含むが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。一部の実施形態では、配列番号３において、合計１〜１０個のアミノ酸が、置換、挿入、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（すなわち、ＦＲ内）で発生する。任意で、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号３のＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。
【０１８８】
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
【０１８９】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、この抗体は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含むが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。一部の実施形態では、配列番号４において、合計１〜１０個のアミノ酸が、置換、挿入、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（すなわち、ＦＲ内）で発生する。任意で、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号４のＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾を含む。
【０１９０】
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
【０１９１】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列と、配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）と、を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（たとえば、保存的置換）、挿入、または欠失を含み、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（たとえば、保存的置換）、挿入、または欠失を含むが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。一部の実施形態では、配列番号３において、合計１〜１０個のアミノ酸が、置換、挿入、および／または欠失されている。一部の実施形態では、配列番号４において、合計１〜１０個のアミノ酸が、置換、挿入、および／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側の領域（すなわち、ＦＲ内）で発生する。任意で、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号３のＶＨ配列と、配列番号４のＶＬ配列とを含み、一方または両方の配列の翻訳後修飾を含む。
【０１９２】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、および（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む（Ｉ）ＶＨドメインと、（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む（ＩＩ）ＶＬドメインとを含む。
【０１９３】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、本明細書に提供される実施形態のいずれかにおけるＶＨと、本明細書に提供される実施形態のいずれかにおけるＶＬとを含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号３および配列番号４のＶＨ配列およびＶＬ配列をそれぞれ含み、これらの配列の翻訳後修飾を含む。
【０１９４】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖、またはそのバリアントを含む。
【０１９５】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖、またはそのバリアントを含む。
【０１９６】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を含む重鎖および配列番号２のアミノ酸配列を含む軽鎖、またはそれらのバリアントを含む。
【０１９７】
一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、上述の六つのＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合する。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、上述の六つのＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合し、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させ、および／またはＴｅｆｆ細胞を活性化し、および／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させ、および／またはヒトなどの哺乳類におけるＴｅｆｆ細胞対Ｔｒｅｇ細胞の比率を増加させる。一部の実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋  ＦｏｘＰ３＋  Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔｅｆｆ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞である。
【０１９８】
例示的な治療用抗ＩＣＯＳ抗体としては、限定されないが、ＪＴＸ−２０１１（ｖｏｐｒａｔｅｌｉｍａｂ；Ｊｏｕｎｃｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ；米国特許出願公開第２０１６／０３０４６１０号；国際公開第２０１６／１５４１７７号；国際公開第  ２０１７／０７０４２３号）およびＢＭＳ−９８６２２６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）が挙げられる。
【０１９９】
概して、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約１０μｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約５０μｇ／ｋｇ体重〜約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約１００μｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約１００μｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約０．５ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体は、用量当たり、約０．０５ｍｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与され得る。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体は、約５ｍｇ／ｋｇ体重以下、例えば４ｍｇ／ｋｇ未満、３ｍｇ／ｋｇ未満、２ｍｇ／ｋｇ未満、または１ｍｇ／ｋｇ未満の抗体の範囲の量で投与されてもよい。具体的な例では、治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、０．１ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、または１．０ｍｇ／ｋｇで、３、６、９、または１２週間に一回投与される。
【０２００】
ｉｉ．抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体である。抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）の活性を阻害し、それによって免疫系を活性化することができる薬剤を指す。ＣＴＬＡ−４アンタゴニストは、ＣＴＬＡ−４に結合し、ＣＴＬＡ−４媒介性免疫抑制を逆転させる可能性がある。非限定的で例示的な抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）、ＢＭＳ）であり、これは、例えば、米国ＦＤＡによって承認された、当技術分野で公知の方法に従って投与され得る。例えば、イピリムマブは、３ｍｇ／ｋｇの量を三週間毎に９０分かけて計４回（切除不能または転移性黒色腫）、または１０ｍｇ／ｋｇを三週間毎に９０分かけて計４回、その後、１０  ｍｇ／ｋｇを１２週間毎に、最長３年間、または再発もしくは許容できない毒性（アジュバント黒色腫）が確認されるまで、静脈内投与することができる。
【０２０１】
ｉｉｉ．ＯＸ４０アゴニスト抗体
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、アゴニスト抗ＯＸ４０抗体である。ＯＸ４０アゴニスト抗体は、ＯＸ４０の活性を誘導し、それによって免疫系を活性化し、抗腫瘍活性を強化する薬剤を指す。非限定的で、例示的なアゴニスト抗ＯＸ４０抗体は、Ｍｅｄｉ６４６９、Ｍｅｄｌｍｍｕｎｅ、およびＭＯＸＲ０９１６／ＲＧ７８８８、Ｒｏｃｈｅである。これらの抗体は、当業者によって適切であると決定された方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２０２】
ｉｖ．ＰＤ−１療法
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、ＰＤ−１療法である。ＰＤ−１療法は、ＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１結合を調節する任意の療法を包含する。ＰＤ−１療法は、例えば、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１と直接相互作用し得る。一部の実施形態では、ＰＤ−１療法は、ＰＤ−１の活性に直接結合する、および／または影響を及ぼす分子を含む。一部の実施形態では、ＰＤ−１療法は、ＰＤ−Ｌ１の活性に直接結合する、および／または影響を及ぼす分子を含む。したがって、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に結合し、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害する抗体は、ＰＤ−１治療薬である。ＰＤ−１療法の望ましいサブタイプが意図される場合、ＰＤ−１と直接相互作用する分子が関与する療法については「ＰＤ−１特異的」、またはＰＤ−Ｌ１と直接相互作用する分子については「ＰＤ−Ｌ１特異的」という語句によって、必要に応じて指定される。別途指定されない限り、ＰＤ−１療法に関する本明細書に含まれるすべての開示は、ＰＤ−１特異的および／またはＰＤ−Ｌ１特異的療法と同様に、ＰＤ−１療法に一般的に適用される。
【０２０３】
非限定的で、例示的なＰＤ−１療法としては、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８）；ピディリズマブ、ランブロリズマブ／ペンブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ、ＭＫ−３４７５）；ＢＧＢ−Ａ３１７、チスレリズマブ（ＢｅｉＧｅｎｅ／Ｃｅｌｇｅｎｅ）；デュルバルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、ＭＥＤＩ−４７３６；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ／Ｍｅｄｌｍｍｕｎｅ）；ＲＧ−７４４６、アベルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体；ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ；Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＭＰ−２２４；ＢＭＳ−９３６５５９（抗ＰＤ−Ｌ１抗体）；ＡＭＰ−５１４；ＭＤＸ−１１０５；Ａ  Ｂ−０１１；抗ＬＡＧ−３／ＰＤ−１；スパルタリズマブ（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；抗ＰＤ−１抗体（Ｋａｄｍｏｎ  Ｐｈａｒｍ．）；抗ＰＤ−１抗体（Ｉｍｍｕｎｏｖｏ）；抗ＴＥＶＩ−３／ＰＤ−ｌ抗体（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）；抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＲＧ７４４６／ＭＰＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）；ＫＤ−０３３（Ｋａｄｍｏｎ  Ｐｈａｒｍ．）；ＡＧＥＮ−２０３４（Ａｇｅｎｕｓ）；ＳＴＩ−Ａ１０１０；ＳＴＩ−Ａ１１１０；ＴＳＲ−０４２；アテゾリズマブ（ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（商標））；およびプログラム死１（ＰＤ−１）またはプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に対する他の抗体が挙げられる。
【０２０４】
ＰＤ−１療法は、当技術分野で公知のレジメン、例えば、米国ＦＤＡ承認のレジメンに従って投与される。一例では、ニボルマブは、二週間毎に２４０ｍｇ（切除不能または転移性黒色腫、黒色腫の補助薬物療法、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、進行性腎細胞癌、局所進行性腎細胞癌、ＭＳＩ−ＨまたはｄＭＭＲ転移性結腸直腸癌および肝細胞癌）、または三週間毎に３ｍｇ／ｋｇ（古典的ホジキンリンパ腫、頭頸部の再発性または転移性扁平上皮癌）の量を６０分かけて点滴静注で投与する。別の例では、ペンブロリズマブは、三週間に一回、２００ｍｇの量を３０分かけて点滴静注により投与される。別の例では、アテゾリズマブは、三週間毎に、１２００ｍｇの量を６０分かけて点滴静注により投与される。別の例では、アベルマブは、二週間毎に、１０ｍｇ／ｋｇの量を６０分かけて点滴静注により投与される。別の例では、デュルバルマブは、二週間毎に、１０ｍｇ／ｋｇの量を６０分かけて点滴静注により投与される。
【０２０５】
ｖ．ＴＩＧＩＴアンタゴニスト
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、ＴＩＧＩＴアンタゴニストである。ＴＩＧＩＴアンタゴニストとは、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ）の活性を拮抗または阻害し、それによってＴＩＧＩＴ介在性免疫抑制を逆転させることができる薬剤を指す。非限定的で例示的なＴＩＧＩＴアンタゴニストは、ＢＭＳ−９８６２０７（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ／Ｏｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）である。これらの薬剤は、当業者によって適切であると判断された方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２０６】
ｖｉ．ＩＤＯ阻害剤
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、ＩＤＯ阻害剤である。ＩＤＯ阻害剤とは、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の活性を阻害し、それによってＩＤＯ介在性免疫抑制を逆転することができる薬剤を指す。ＩＤＯ阻害剤は、ＩＤＯ１および／またはＩＤ０２（ＩＮＤＯＬ１）を阻害し得る。ＩＤＯ阻害剤は、可逆的または不可逆的なＩＤＯ阻害剤であってもよい。可逆的ＩＤＯ阻害剤は、触媒部位または非触媒部位のいずれかでＩＤＯ酵素活性を可逆的に阻害する化合物である一方、不可逆的ＩＤＯ阻害剤は、酵素との共有結合を形成することによってＩＤＯ酵素活性を不可逆的に阻害する化合物である。非限定的で例示的なＩＤＯ阻害剤は、例えば、米国特許出願公開第２０１６／００６０２３７号、および米国特許出願公開第２０１５／０３５２２０６号に記載される。非限定的で例示的なＩＤＯ阻害剤としては、Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ（Ｎｅｗ  Ｌｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ  Ｃｏｒｐ）、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（Ｎｅｗ  Ｌｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、およびＧＤＣ−０９１９／ｎａｖｏｘｉｍｏｄ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｎｅｗ  Ｌｉｎｋ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）が挙げられる。これらの薬剤は、当業者によって適切であると判断された方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２０７】
ｖｉｉ．ＲＯＲγ−  アゴニスト
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、ＲＯＲγアゴニストである。ＲＯＲγアゴニストは、レチノイン酸関連オーファン受容体ガンマ（ＲＯＲγ）の活性を誘導することができ、それによって免疫抑制機構を減少させる薬剤を指す。非限定的で例示的なＲＯＲγアゴニストとしては、限定されないが、ＬＹＣ−５５７１６（Ｌｙｃｅｒａ／Ｃｅｌｇｅｎｅ）およびＩＮＶ−７１（Ｉｎｎｏｖｉｍｍｕｎｅ）が挙げられる。これらの薬剤は、当業者によって適切であると判断された方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２０８】
ｂ．化学療法
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、化学療法剤である。使用され得る例示的な化学療法剤としては、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ＡＢＲＡＸＡ  Ｅ（登録商標）（タンパク質結合パクリタキセル）、ペメトレキセド、ビノレルビン、ビンクリスチン、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、およびコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ）が挙げられるが、これらに限定されない。これらの薬剤は、当業者によって適切であると判断された方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２０９】
ｃ．癌ワクチン
一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、癌ワクチンである。癌ワクチンは、樹状細胞の抗原移動および活性化に対する潜在的なアプローチとして研究されている。特に、免疫チェックポイントまたは共刺激経路のアゴニストと組み合わせたワクチン接種は、耐性を克服し、抗腫瘍応答の増加をもたらすエビデンスを示している。腫瘍に対する免疫応答を促進するための異なるアプローチを用いたさまざまな癌ワクチンが試験されている（例えば、Ｅｍｅｎｓ  ＬＡ、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｄｒｕｇｓ  １３（２）：２９５−３０８  （２００８）を参照）。アプローチは、腫瘍に対するＢ細胞、Ｔ細胞、またはプロフェッショナル抗原提示細胞の応答を強化するように設計されている。癌ワクチンの例示的な型としては、ペプチド／タンパク質として、または遺伝子操作されたＤＮＡベクター、ウイルス、細菌などとして送達され得る、別個の腫瘍抗原を標的とすることを採用するペプチドベースのワクチン、および  例えば、患者由来の樹状細胞、自家腫瘍細胞または腫瘍細胞溶解物、同種腫瘍細胞などから開発されたワクチンを含むが、これらに限定されない、あまり明確に定義されていない標的に対する癌ワクチン開発のための細胞生物学的アプローチが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２１０】
例示的な癌ワクチンとしては、限定されないが、樹状細胞ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、腫瘍細胞ワクチンなどが挙げられる。一部の実施形態では、かかるワクチンは、抗腫瘍応答を増強する。癌ワクチンの例には、ＭＡＧＥ３ワクチン（例えば、黒色腫および膀胱癌）、ＭＵＣ１ワクチン（例えば、乳癌）、ＥＧＦＲｖ３（Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｔ、例えば、多形性膠芽腫を含む脳癌）、またはＡＬＶＡＣ−ＣＥＡ（例えば、ＣＥＡ＋癌）が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１１】
非限定的で例示的な癌ワクチンはまた、抗原提示細胞を含む自家末梢血単核球（ＰＢＭＣ）に由来する、Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔを含む（例えば、Ｋａｎｔｏｆｆ  ＰＷ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．３６３：４１１−２２  （２０１０）を参照）。Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ世代では、患者のＰＢＭＣは、前立腺酸性ホスファターゼ（前立腺抗原）および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（免疫細胞活性化因子）の組換え融合タンパク質であるＰＡ２０２４を用いてｅｘ  ｖｉｖｏで活性化される。癌ワクチン候補への別のアプローチは、黒色腫などの腫瘍組織で変異した特定のペプチドに対する免疫応答を生成することである（例えば、Ｃａｒｒｅｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４８：６２３６，２０１５を参照）。かかる変異ペプチドは、一部の実施形態では、ネオ抗原と称され得る。腫瘍ワクチンにおけるネオ抗原の使用の非限定的な例として、主要組織適合性複合体タンパク質ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１に結合すると予測される腫瘍内のネオ抗原が、黒色腫などの癌を有する個々の患者について特定される。患者由来の樹状細胞をｅｘ  ｖｉｖｏで成熟させ、その後ネオ抗原と共にインキュベートする。次いで、活性化した樹状細胞を患者に投与する。一部の実施形態では、癌ワクチンの投与後、ネオ抗原に対する頑強なＴ細胞免疫が検出可能である。
【０２１２】
一部のこのような実施形態では、癌ワクチンは、ネオ抗原を使用して開発される。一部の実施形態では、癌ワクチンは、ＤＮＡワクチンである。一部の実施形態では、癌ワクチンは、ＰＲＯＳＴＶＡＣ（ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｇａｌｖａｃｉｒｅｐｖｅｃ／ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｇｌａｆｏｌｉｖｅｃ）などの癌抗原を含む操作されたウイルスである。一部の実施形態では、癌ワクチンは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）遺伝子をトランスフェクトした腫瘍細胞ワクチンである、ＧＶＡＸなどの操作された腫瘍細胞を含む（例えば、Ｎｅｍｕｎａｉｔｉｓ、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ４：２５９−２７４、２００５を参照）。
【０２１３】
ワクチンは、当業者によって適切であると判断される方法およびレジメンに従って投与され得る。
【０２１４】
ｄ．追加の例示的な抗癌療法
さらなる非限定的で例示的な抗癌療法としては、Ｌｕｓｐａｔｅｒｃｅｐｔ（Ａｃｃｅｌｅｒｏｎ  Ｐｈａｒｍａ／Ｃｅｌｇｅｎｅ）、Ｍｏｔｏｌｉｍｏｄ（Ａｒｒａｙ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ／Ｃｅｌｇｅｎｅ／ＶｅｎｔｉＲｘ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ／Ｌｉｇａｎｄ）、ＧＩ−６３０１（ＧｌｏｂｅＩｍｍｕｎｅ／Ｃｅｌｇｅｎｅ／ＮａｎｔＷｏｒｋｓ）、ＧＩ−６２００（ＧｌｏｂｅＩｍｍｕｎｅ／Ｃｅｌｇｅｎｅ／ＮａｎｔＷｏｒｋｓ）、ＢＬＺ−９４５（Ｃｅｌｇｅｎｅ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＲＲＹ−３８２（Ａｒｒａｙ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ／Ｃｅｌｇｅｎｅ）、または表２に示すいずれかの抗癌療法が挙げられる。これらの薬剤は、当業者によって適切であると判断された方法およびレジメンに従って投与され得る。一部の実施形態では、一つまたは複数の抗癌療法は、手術および／または放射線療法を含む。したがって、抗癌療法は、アジュバントまたはネオアジュバント設定で任意に利用することができる。
【０２１５】
ｅ．組み合わせ
さまざまな実施形態では、患者に投与される抗癌治療は、例えば、上記または本明細書の他の場所に記載される一つまたは複数の抗癌治療を含む、一つまたは複数（例えば、二つ、三つ、またはそれ以上）の抗癌治療の組み合わせである。
【０２１６】
さまざまな例では、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１などの上述の抗体）は、別の免疫療法と組み合わせて投与される（例えば、上記を参照）。一例では、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１などの上述の抗体）は、ＰＤ−１療法（例えば、上記のＰＤ−１療法）と組み合わせて投与される。したがって、本発明は、さまざまな例で、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１）と、ニボルマブ、ピディリズマブ、ランブロリズマブ／ペンブロリズマブ、ＢＧＢ−Ａ３１７、チスレリズマブ、デュルバルマブ、ＲＧ−７４４６、アベルマブ、ＡＭＰ−２２４、ＢＭＳ−９３６５５９、ＡＭＰ−５１４、ＭＤＸ−１１０５、Ａ  Ｂ−０１１、抗ＬＡＧ−３／ＰＤ−１、スパルタリズマブ（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、抗ＰＤ−１抗体（Ｋａｄｍｏｎ  Ｐｈａｒｍ．）、抗ＰＤ−１抗体（Ｉｍｍｕｎｏｖｏ）、抗ＴＥＶＩ−３／ＰＤ−ｌ抗体（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＲＧ７４４６／ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＫＤ−０３３（Ｋａｄｍｏｎ  Ｐｈａｒｍ．）、ＡＧＥＮ−２０３４（Ａｇｅｎｕｓ）、ＳＴＩ−Ａ１０１０、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、アテゾリズマブ、およびプログラム死１（ＰＤ−１）またはプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に対する他の抗体のうちの一つまたは複数との組み合わせで投与することを含む。ある特定の例では、ＪＴＸ−２０１１はニボルマブと共に投与される。
【０２１７】
任意で、上述の組み合わせは、一つまたは複数の追加的抗癌剤（例えば、免疫療法）をさらに含む。したがって、上述の組み合わせは、任意で、抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体（例えば、イピリムマブ）、抗ＯＸ４０抗体（例えば、Ｍｅｄｉ６４６９）、またはＭＯＸＲ０９１６／ＲＧ７８８８）、ＴＩＧＩＴアンタゴニスト（例えば、ＢＭＳ−９８６２０７）、ＩＤＯ阻害剤（例えば、ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ、ＩＮＣＢ０２４３６０、１−メチル−Ｄ−トリプトファン、またはＧＤＣ−０９１９／ｎａｖｏｘｉｍｏｄ）、ＲＯＲγアゴニスト（例えば、ＬＹＣ−５５７１６およびＩＮＶ−７１）、または化学療法剤（例えば、上記参照）、または癌ワクチン（例えば、上記参照）のうちの一つまたは複数を含み得る。
【０２１８】
他の例では、本発明の組み合わせは、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体（例えば、ＪＴＸ−２０１１など、上記の抗体）、および抗ＣＴＬＡ−４アンタゴニスト抗体（例えば、イピリムマブ）、抗ＯＸ４０抗体（例えば、Ｍｅｄｉ６４６９）、またはＭＯＸＲ０９１６／ＲＧ７８８８）、ＴＩＧＩＴアンタゴニスト（例えば、ＢＭＳ−９８６２０７）、ＩＤＯ阻害剤（例えば、ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ、ＩＮＣＢ０２４３６０、１−メチル−Ｄ−トリプトファン、またはＧＤＣ−０９１９／ｎａｖｏｘｉｍｏｄ）、ＲＯＲγアゴニスト（例えば、ＬＹＣ−５５７１６およびＩＮＶ−７１）、または化学療法剤（例えば、上記参照）、または癌ワクチン（例えば、上記参照）のうちの一つまたは複数を含む。
【０２１９】
さまざまな例では、組み合わせの成分は、本明細書に記載の投与レジメン（例えば、米国ＦＤＡ承認の投与レジメン、上記参照）に従って、または当業者によって適切であると判断された他のレジメンを使用して投与される。
【０２２０】
ＩＶ．医薬組成物および投与
一つまたは複数の抗癌療法を含む組成物は、当業者により適切であると判断されるように、さまざまな薬学的に許容可能な担体を有する製剤で提供される（例えば、Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ｗｉｔｈ  Ｆａｃｔｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ：Ｄｒｕｇｆａｃｔｓ  Ｐｌｕｓ，２０ｔｈ  ｅｄ．（２００３）；Ａｎｓｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，７ｔｈ  ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ａｎｄ  Ｗｉｌｋｉｎｓ  （２００４）；Ｋｉｂｂｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ  （２０００）を参照）。ビヒクル、アジュバント、および希釈剤を含む、さまざまな薬学的に許容可能な担体が利用可能である。さらに、ｐＨ調整剤および緩衝剤、等張化調整剤、安定剤、湿潤剤などのさまざまな薬学的に許容可能な補助物質も利用可能である。非限定的で例示的な担体としては、生理食塩水、緩衝生理食塩水、ブドウ糖、水、グリセロール、エタノール、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
【０２２１】
抗癌療法は、当技術分野で公知であるように（例えば、ＦＤＡ承認レジメンに従って）、または本明細書の他の箇所に示されるように（例えば、上記参照）、本発明の方法の実践において投与される。一部の実施形態では、本発明の抗癌療法は、癌の治療に有効な量で投与される。治療有効量は、典型的には、治療される対象の体重、対象の身体的状態または健康状態、治療される状態の広がり、治療される対象の年齢、医薬製剤方法、および／または投与方法（例えば、投与時間および投与経路）に依存する。
【０２２２】
一部の実施形態では、抗癌療法は、静脈内、動脈内、非経口、腫瘍内、腹腔内、または皮下を含むが、これらに限定されないさまざまな経路によりｉｎ  ｖｉｖｏで投与され得る。適切な製剤および投与経路は、意図される用途に従って当業者によって選択され得る。
【０２２３】
Ｖ．全ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔ発現レベルの検出のための例示的な方法
本明細書では、一つまたは複数の抗癌療法に対する患者の反応性を評価する方法が提供される。一部の実施形態では、任意で抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体と組み合わせて、一つまたは複数の抗癌療法による継続治療から利益を得ることができる対象を特定する方法が提供される。
【０２２４】
ａ．例示的な抗体ベースの検出方法
一部の実施形態では、方法は、一つまたは複数の抗癌療法で治療された患者が、例えば、抗ＩＣＯＳ抗体および／または抗Ｔ−ｂｅｔ抗体、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドを使用して、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔの発現が上昇した末梢血中のＣＤ４＋  Ｔ細胞を有するかどうかを判定することを含む。一部の実施形態では、検出方法は、患者試料（例えば、末梢血試料、またはその一部）を抗体、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドと接触させることと、結合レベルが対照のものと異なるかどうかを判定することとを含む。一部の実施形態では、末梢血検査試料由来のＣＤ４＋  Ｔ細胞を、抗ＩＣＯＳ検出抗体および／または抗Ｔ−ｂｅｔ検出抗体と接触させ、抗体（または複数の抗体）とＣＤ４＋  Ｔ細胞との間の結合を判定する。試験試料由来のＣＤ４＋  Ｔ細胞が、対照試料由来のＣＤ４＋  Ｔ細胞と比較して、抗体（または複数の抗体）に対する結合活性の増加を有することが示される場合、任意で、本明細書に記載されるように、抗ＩＣＯＳアゴニスト抗体治療と組み合わせた、一つまたは複数の抗癌療法による継続治療が示される。
【０２２５】
特異的な抗体−抗原結合を検出するための当技術分野で公知のさまざまな方法を用いることができる。これらのアッセイには、限定されるものではないが、フローサイトメトリー（例えば、蛍光活性化セルソーター（ＦＡＣＳ）を含む）、間接免疫蛍光法、固相酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイ、蛍光偏光免疫測定法（ＦＰＩＡ）、蛍光免疫測定法（ＦＩＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、比濁阻害免疫測定法（ＮＩＡ）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、および放射性免疫測定法（ＲＩＡ）、ウェスタンブロッティング（細胞内ウェスタンを含む）、免疫蛍光染色、マイクロエングレービング（Ｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｂ  Ｃｈｉｐ  １０（１１）：１３９１−１４００，２０１０参照）、Ｑｕａｎｔ−ｉＴ  および  Ｑｕｂｉｔタンパク質アッセイキット、ＮａｎｏＯｒａｎｇｅタンパク質定量キット、ＣＢＱＣＡタンパク質定量キット、ＥＺＱタンパク質定量キット、Ｃｌｉｃｋ−ｉＴ試薬、Ｐｒｏ−Ｑ  Ｄｉａｍｏｎｄリン酸化タンパク質染色、Ｐｒｏ−Ｑ糖タンパク質染色キット、ペプチドおよびタンパク質配列決定、Ｎ末端アミノ酸分析（ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ）、ケミルミネッセンスまたは比色分析ベースのＥＬＩＳＡサイトカインアレイ（Ｓｉｇｎｏｓｉｓ）細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）、ＢＤ  Ｐｈｏｓｆｌｏｗ（商標）および  ＢＤ（商標）Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ  Ｂｅａｄ  Ａｒｒａｙ（ＢＤ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，ＣＡ）、ＣｙＴＯＦ  Ｍａｓｓ  Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ（ＤＶＳ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ  ＣＡ）、質量分析、マイクロプレート捕捉および検出アッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｌａｎｄ，ＩＬ）、マルチプレックス・テクノロジー（例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）、ＦｌｏｗＣｅｌｌｅｃｔＴ（商標）Ｔ細胞活性化キット（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）ベースの技術（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ，ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）、ＣＤ４＋エフェクターメモリーＴ細胞単離キットおよびＣＤ８＋ＣＤ４５ＲＡ＋エフェクターＴ細胞単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ  Ｉｎｃ．，ＣＡ）、ＥａｓｙＳｅｐ（商標）ヒトＴ細胞濃縮キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ，Ｃａｎａｄａ）、ヒトＴｈｒ／Ｔｈ２／Ｔｈｒ７表現型キット（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＣＡ）、組み込まれたブロモデオキシウリジン（ＢｒｄＵ）または７−アミノアクチノマイシンＤの免疫蛍光染色を含む。Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．によるＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００４）セクション３．１２．１−３．１２．２０  、またはＪｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．によるＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  （２０１３）も参照のこと。これら文献の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２２６】
指示薬部分、または標識基は、対象抗体に付着させることができ、アッセイ装置の利用可能性および適合可能な免疫測定法手順によってしばしば決定されるさまざまな方法の使用のニーズを満たすように選択される。
【０２２７】
適切な標識には、限定されないが、放射性核種（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３Ｈ、または３２Ｐ）、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、西洋わさびペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、またはβ−ガラクトシダーゼ）、蛍光部分またはタンパク質（例えば、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリスリン、ＧＦＰ、またはＢＦＰ）、または発光部分（例えば、Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆによって供給されるＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）が挙げられる。上述のさまざまな免疫測定法を実施するために使用される一般的技術は、当業者に公知である。
【０２２８】
場合によっては、抗ＩＣＯＳ検出抗体は標識される必要はなく、その存在は、第一の抗ＩＣＯＳ抗体に結合する第二の標識化抗体を使用して検出され得る。
【０２２９】
場合によっては、抗Ｔ−ｂｅｔ検出抗体は標識される必要はなく、その存在は、第一の抗Ｔ−ｂｅｔ抗体に結合する第二の標識化抗体を使用して検出され得る。
【０２３０】
一部の実施形態では、末梢血検査試料由来のＣＤ４＋細胞を、抗ＩＣＯＳ検出抗体および／または抗Ｔ−ｂｅｔ検出抗体と接触させ、抗体（または複数の抗体）とＣＤ４＋細胞との間の結合を判定する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔ発現のレベルは、蛍光活性化セルソーターを使用して決定される。蛍光活性化セルソーターは、複数のカラーチャネル、低角度および鈍角光散乱検出チャネル、インピーダンスチャネルなど、さまざまな程度の洗練度を有することができる。細胞は、死細胞に関連する色素（例えば、ヨウ化プロピジウム）を用いることによって、死細胞に対して選択され得る。ＦＡＣＳ装置は、一般に、光源、通常はレーザー、および光散乱または発光パラメータを使用して、混合物中の細胞粒子または細胞亜集団を検出するためのいくつかの検出器を含む。ＦＡＣＳの根本的なメカニズムは当技術分野で周知であり、本質的に、単一粒子が励起光源を通過して液体媒体中を流れる場合に、それらを走査（例えば、カウント、サイズまたは蛍光標識によるソート）することを伴う。励起源からの光が移動する粒子に当たると、光が散乱し、蛍光が放出される。前方散乱（ＦＳＣ、前方方向、すなわちビームと同じ方向に散乱した光）は、細胞サイズおよび形態などの粒子に関する基本的な形態的学情報を提供する。入射ビームに対して９０°で散乱する光は、屈折光または反射光によるものであり、側方散乱光（ＳＳＣ）と呼ばれる。このパラメータは、粒子の粒度と細胞表面トポロジーを測定する。まとめると、前方および広角方向の両方の散乱信号を使用して、細胞のサイズ、形態、および粒度に基づいて細胞の亜集団を特定する。この情報は、異種試料中のさまざまな細胞集団を区別するために使用される。
【０２３１】
本明細書に記載される方法の検出態様で使用するための例示的な抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳの内部（すなわち、細胞内）エピトープを認識する抗体である。ＩＣＯＳはＴ細胞の表面に発現することができるが、全細胞ＩＣＯＳの大部分（例えば、約８０％）が細胞内ストアに存在すると推定される。ＪＴＸ−２０１１などの例示的な治療用抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳの細胞外エピトープを認識するが、細胞内ＩＣＯＳエピトープに特異的に結合する抗ＩＣＯＳ検出抗体を使用すると、全ＩＣＯＳ発現レベルを判定することができる。細胞内ＩＣＯＳエピトープを認識し、したがって全ＩＣＯＳを検出する方法で使用できる抗体の例には、２Ｍ１３および２Ｍ１９（国際公開第２０１７／０７０４２３号を参照、以下の表３も参照）、ならびにそれらのバリアントが含まれる。さらに、ＩＣＯＳへの結合のために２Ｍ１３および２Ｍ１９と競合する抗体を使用して、本発明の方法に従ってＩＣＯＳを検出することができる。
【０２３２】
ｂ．例示的な核酸ベースの検出方法
一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、ｍＲＮＡレベルを測定することを含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、ＩＣＯＳおよび／またはＴ−ｂｅｔ  ｍＲＮＡを測定することを含む。
【０２３３】
ｍＲＮＡレベルを判定する任意の適切な方法を使用し得る。ｍＲＮＡの評価方法には、例えば、相補的ＤＮＡプローブを使用したハイブリダイゼーションアッセイ（標的配列に特異的な標識リボプローブを用いたｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ノーザンブロット、および関連技術など）、およびさまざまな核酸増幅アッセイ（標的配列に特異的な相補的プライマーを用いたＲＴ−ＰＣＲ、および例えば、分岐ＤＮＡ、ＳＩＳＢ  Ａ、ＴＭＡなどの他の増幅型検出方法など）が挙げられる。
【０２３４】
一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、デジタルＰＣＲによって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、ＲＮＡ−Ｓｅｑによって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（ＲＰＡ）によって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、ノーザンブロットによって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）によって決定される。一部の実施形態では、ｍＲＮＡレベルは、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロアレイ、デジタルＰＣＲ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（ＲＰＡ）、ノーザンブロット、およびｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）から選択される方法によって決定される。
【０２３５】
一部の実施形態では、例えば、定量的ＲＴ−ＰＣＲを使用する場合、二つのｍＲＮＡ間で閾値サイクル番号を比較し、閾値が低いほど、それぞれのｍＲＮＡのレベルが高いことを示す。非限定的な例として、一部の実施形態では、ＩＣＯＳ  ｍＲＮＡのレベルおよび少なくとも一つの参照ｍＲＮＡのレベルが分析され、ＩＣＯＳの閾値サイクル番号（Ｃｔ）が２８であり、参照ｍＲＮＡのＣｔが３０である場合、ＩＣＯＳは参照と比較して高いレベルにある。さまざまな実施形態では、任意のタイプの定量的または半定量的分析方法について、同様の比較を実施してもよい。
【０２３６】
一部の実施形態では、少なくとも一つのｍＲＮＡのレベルが正規化される。一部の実施形態では、少なくとも二つのｍＲＮＡのレベルが正規化され、互いに比較される。一部の実施形態では、かかる正規化は、レベルが同時におよび／または同じアッセイ反応で決定されない場合、ｍＲＮＡレベルの比較を可能にし得る。当業者であれば、アッセイに応じて、少なくとも一つの参照ｍＲＮＡまたは他の因子などの正規化のための適切な基礎を選択することができる。
【０２３７】
一部の実施形態では、少なくとも一つの参照ｍＲＮＡはハウスキーピング遺伝子を含む。一部の実施形態では、少なくとも一つの参照ｍＲＮＡは、ＲＰＬＰ０、ＰＰＩＡ、ＴＵＢＢ、ＡＣＴＢ、ＹＭＨＡＺ、Ｂ２Ｍ、ＵＢＣ、ＴＢＰ、ＧＵＳＢ、ＨＰＲＴ１、またはＧＡＰＤＨのうちの一つまたは複数を含む。
【０２３８】
ＶＩ．実施例
以下で考察する実施例は、本発明の純粋な例示であることを意図しており、いかなる方法でも本発明を制限すると見なされるべきではない。実施例は、以下の実験がすべてであるか、または実施される唯一の実験であることを示すことを意図していない。使用した数値（例えば、量、温度など）に関して正確さを確保するために努力してきたが、実験上の誤差や偏差はある程度考慮する必要がある。別段の指示がない限り、部品は重量部、分子量は重量平均分子量、温度は摂氏度、圧力は大気圧またはその付近である。
【０２３９】
実施例１：ＪＴＸ−２０１１単剤療法またはＪＴＸ−２０１１とニボルマブの併用療法を受けている癌患者のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現の検査
試験デザイン
ＪＴＸ−２０１１単剤療法（０．３ｍｇ／ｋｇ  ｑ３ｗ）またはＪＴＸ−２０１１（０．１ｍｇ／ｋｇまたは０．３ｍｇ／ｋｇ  ｑ３ｗ）およびニボルマブ（２４０ｍｇ  ｑ３ｗ）の併用療法を受けている胃癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）またはトリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）患者４４例のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現を、以下に記載されるようにマルチカラーフローサイトメトリーを用いて評価した。これらの患者のうち、治療に対する最良総合効果（ＢＯＲ）として、４例が確定部分奏効（ｃＰＲ）、３例が未確定部分奏効（ＰＲ）、１７例が安定性疾患（ＳＤ）、および２０例が進行性疾患（ＰＤ）を示した。
【０２４０】
フローサイトメトリーによるＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現の評価
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）は、ＢＤバキュテイナＣＰＴ単核球調製材を用いた密度勾配分離により、患者の全血試料から採取した。次いで、単離されたＰＢＭＣ試料を凍結し、フローサイトメトリーアプリケーションで使用するまで−８０°Ｃで保存した。分析時に、ＰＢＭＣ試料チューブを３７°Ｃの水浴中で約２分間解凍した。次いで、各試料をＦＡＣＳ緩衝液（１×ＰＢＳ、２％ＦＢＳ、０．０１％アジ化ナトリウム、２ｍＭ  ＥＤＴＡ）を含む１５ｍＬのコニカルチューブに移し、細胞を列挙した。染色は、試料当たり１×１０６個のＰＢＭＣに対して実施した。列挙後、ＰＢＭＣを５００ｘｇで３分間遠心分離して、細胞ペレットを得た。過剰な緩衝液を吸引し、細胞ペレットをＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。細胞ペレットの再懸濁を、９６ウェル丸底プレートのウェルに等しく分割し、その後、各ウェルを、１×１０５ＰＢＭＣ当たり５μＬのＦｃブロック（Ｈｕｍａｎ  ＴｒｕＳｔａｉｎ  ＦｃＸ、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ  Ｃａｔ  ＃４２２３０２）を使用して、室温で２０分間Ｆｃブロックした。ブロッキング後、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、過剰な緩衝液を除去した。
【０２４１】
全ＩＣＯＳレベルを評価するための一次染色カクテル用に指定されたウェルは、抗ヒトＣＤ３（クローン：ＵＣＨＴ１）、抗ヒトＣＤ４（クローン：ＯＫＴ４）、およびＪＴＸ−２０１１  Ｄｙｌｉｇｈｔ６５０を含有する１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。アイソタイプ染色カクテル用に指定されたウェルは、抗ヒトＣＤ−３（クローン：ＵＣＨＴ１）、抗ヒトＣＤ４（クローン：ＯＫＴ４）、および抗ＲＳＶ  Ｄｙｌｉｇｈｔ６５０を含有する１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。染色カクテルを４°Ｃで３０分間インキュベートし、次いで５００ｘｇで３分間遠心分離し、ＦＡＣＳ緩衝液で二回洗浄した。その後、全てのウェルを固定し、３０分間透過処理した（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。透過処理後、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、過剰な緩衝液を除去した。一次染色カクテルに指定されたウェルは、抗Ｔ−ｂｅｔ（クローン：４Ｂ１０）、ストレプトアビジンＰＥ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ  Ｃａｔ  ４０５２０４）、およびＩＣＯＳの内部エピトープを認識するビオチン化Ｍ１３抗ＩＣＯＳ検出抗体（Ｊｏｕｎｃｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）を含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で希釈した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた（図１参照）。
【０２４２】
アイソタイプコントロール染色カクテル用に指定されたウェルは、ストレプトアビジンＰＥのみを含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で調製した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。
【０２４３】
染色カクテルを、４°Ｃで３０分間インキュベートした。次いで、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、１ｘ透過化緩衝液で二回洗浄した。次いで、ウェルの内容物を１５０μＬのＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。染色された試料は、ＢＤ  ＦＡＣＳ  Ｃａｎｔｏフローサイトメーターを使用して直ちに分析され、得られたデータはＦｌｏｗＪｏ分析ソフトウェアを使用して分析された。
【０２４４】
ＣＤ４＋  Ｔ細胞のＩＣＯＳｈｉ集団を含むかどうかを判断するための試料の分析を図２に示す。ゲートは、ＩＣＯＳｌｏ集団およびＩＣＯＳｈｉ集団を二分するために描かれ、ＩＣＯＳｌｏ象限およびＩＣＯＳｈｉ象限のヒストグラムは、計算された幾何学的平均蛍光強度で重ね合わされている。
【０２４５】
結果
ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の出現および安定化は、ＪＴＸ−２０１１（０．３ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）単剤療法に対してｃＰＲを有する胃癌患者で観察された。集団は、第３サイクル後に早くも検出され、増殖し、第１５サイクル後は安定していた（図３Ａ）。ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋Ｔ集団の出現および安定化は、ＲＥＣＩＳＴ  １．１基準に従って評価された標的病変サイズの減少によって示されるように、臨床活動のエビデンスと相関していた（図３Ｂ）。
【０２４６】
ＩＣＯＳ発現レベル（ＩＣＯＳｈｉ）が上昇したＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団の出現は、ＪＴＸ−２０１１（０．１ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）とニボルマブ（２４０ｍｇ、ｑ３ｗ）の併用療法に対してｃＰＲを有する胃癌患者からの試料においても観察された。この集団は第７サイクル後に検出され、その後、少なくとも第１１サイクルまでは集団の安定化が認められた（図４）。
【０２４７】
ＪＴＸ−２０１１（０．３ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）およびニボルマブ（２４０ｍｇ、ｑ３ｗ）の併用療法に反応して安定性疾患を呈した胃癌患者からの試料において、ＩＣＯＳｈｉＣＤ４＋  Ｔ細胞の一過性集団が観察された（図５）。ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団は、第４サイクル後に観察され、第５サイクル後に増殖したが、疾患が進行する前に、第６サイクル後には減少した。
【０２４８】
ＪＴＸ−２０１１（０．３ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）およびニボルマブ（２４０ｍｇ、ｑ３ｗ）の併用療法に反応してＳＤまたはＰＤを示したＴＮＢＣ患者では、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団は観察されなかった（図６）。
【０２４９】
結論
ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団は、ｃＰＲおよびＰＲを有する全患者、並びに治療に反応してＢＯＲとして安定性疾患を有する１７人の患者のうち１１人で観察された。この集団は、治療に反応して安定性疾患を有する残りの６人の患者でも、進行性疾患を有する２０人の患者でも観察されなかった（図７Ａ〜７Ｃ）。この集団の出現は、標的病変サイズのベースラインからの変化率に対応する生物活性のエビデンスと相関していた（図７Ａ〜７Ｃ）。
【０２５０】
実施例２：ＪＴＸ−１０１１−ｍＧ２ａを投与されたＳａ１／Ｎ担癌マウスのＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現の検査
試験デザイン
Ｓａ１／Ｎ線維肉腫を有するマウス（Ｏｓｔｒａｎｄ−Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，２００１，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔｏｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  ２０）は、０．２５ｍｇ／ｋｇのＪＴＸ−１０１１−ｍＧ２ａを週一回投与された。全血試料を、抗体の二回目の投与の１時間後および４８時間後に採取し、以下に記載されるようにＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現について分析した。
【０２５１】
フローサイトメトリーによるＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳ発現の評価
末梢血試料は、尾静脈を介してＢＤ  ＮａＥＤＴＡ  Ｍｉｃｒｏｔａｉｎｅｒチューブに採取し、フロー分析のために新たに染色した。１００μＬの全血を９６ウェル丸底プレート中の適切なウェルに割り当て、その後、各ウェルを４°Ｃで１５分間Ｆｃブロックした。  Ｆｃブロッキングは、ＴｒｕＳｔａｉｎ  ｆｃＸ（抗マウスＣＤ１６／３２）抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，Ｃａｔ＃  １０１３２０）を用いて実施した。
【０２５２】
全ＩＣＯＳレベルを評価するために一次染色カクテルに指定されたウェルは、抗ＣＤ３（クローン１４５−２Ｃ１１）、抗ＣＤ４（クローンＧＫ１．５）、抗ＣＤ８（クローン５３−６．７）、抗ＩＣＯＳ（ＪＴＸ−２０１１  ＤｙＬｉｇｈｔ６５０、Ｊｏｕｎｃｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）を含有する、１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。アイソタイプ染色カクテル用に指定されたウェルは、種および蛍光色素特異的アイソタイプコントロールを含有する、１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。染色カクテルを４°Ｃで３０分間インキュベートし、次いで５００ｘｇで３分間遠心分離し、ＦＡＣＳ緩衝液で二回洗浄した。その後、全てのウェルを固定し、３０分間透過処理した（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。透過処理後、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、過剰な緩衝液を除去した。一次染色カクテル用に指定されたウェルは、抗ＦｏｘＰ３（クローンＦＪＫ−１６ｓ）を含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃  ００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で調製した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。
【０２５３】
アイソタイプコントロール染色カクテル用に指定されたウェルは、ラットＩｇＧ２ａ、ｋａｐｐａアイソタイプコントロール抗体を含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃  ００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で調製した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。
【０２５４】
染色カクテルを、４°Ｃで３０分間インキュベートした。次いで、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、１ｘ透過化緩衝液で二回洗浄した。次いで、ウェルを１５０μＬのＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。染色された試料は、ＢＤ  ＦＡＣＳ  Ｃａｎｔｏフローサイトメーターで直ちに分析され、得られたデータはＦｌｏｗＪｏ分析ソフトウェアを使用して分析された。
【０２５５】
結果と結論
ＩＣＯＳ染色の増加は、投与後１時間と比較して、ＪＴＸ−１０１１−ｍＧ２ａの第二サイクルの投与後４８時間で観察された（図８Ａ）。この染色の増加は、ＪＴＸ−１０１１−ｍＧ２ａの投与後４８時間での明確なＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の急速な出現と一致した（図８Ｂ）。
【０２５６】
実施例３：ＪＴＸ−２０１１単剤療法またはＪＴＸ−２０１１とニボルマブの併用療法を受けている癌患者のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現の検査
試験デザイン
ＪＴＸ−２０１１単剤療法（０．３ｍｇ／ｋｇ  ｑ３ｗ）またはＪＴＸ−２０１１（０．１ｍｇ／ｋｇまたは０．３ｍｇ／ｋｇ  ｑ３ｗ）およびニボルマブ（２４０ｍｇ  ｑ３ｗ）の併用療法を受けている胃癌、トリプルネガティブ乳癌（ＴＮＢＣ）、または子宮内膜癌患者のＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現を、以下に記載されるようにマルチカラーフローサイトメトリーを用いて評価した。
【０２５７】
フローサイトメトリーによるＣＤ４＋  Ｔ細胞における全ＩＣＯＳおよびＴ−ｂｅｔ発現の評価
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）は、ＢＤバキュテイナＣＰＴ単核球調製材を用いた密度勾配分離により、患者の全血試料から採取した。分析時に、ＰＢＭＣ試料チューブを３７°Ｃの水浴中で約２分間解凍した。次いで、各試料をＦＡＣＳ緩衝液（１×ＰＢＳ、２％ＦＢＳ、０．０１％アジ化ナトリウム、２ｍＭ  ＥＤＴＡ）を含む１５ｍＬのコニカルチューブに移し、細胞を列挙した。染色は、試料当たり１×１０６個のＰＢＭＣに対して実施した。列挙後、ＰＢＭＣを５００ｘｇで３分間遠心分離して、細胞ペレットを得た。過剰な緩衝液を吸引し、細胞ペレットをＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。細胞ペレットの再懸濁を、９６ウェル丸底プレートのウェルに等しく分割し、その後、各ウェルを、１×１０５ＰＢＭＣ当たり５μＬのＦｃブロック（Ｈｕｍａｎ  ＴｒｕＳｔａｉｎ  ＦｃＸ、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ  Ｃａｔ  ＃４２２３０２）を使用して、室温で２０分間Ｆｃブロックした。ブロッキング後、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、過剰な緩衝液を除去した。
【０２５８】
全ＩＣＯＳレベルを評価するための一次染色カクテル用に指定されたウェルは、抗ヒトＣＤ３（クローン：ＵＣＨＴ１）、抗ヒトＣＤ４（クローン：ＯＫＴ４）、およびＪＴＸ−２０１１  Ｄｙｌｉｇｈｔ６５０を含有する１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。アイソタイプ染色カクテル用に指定されたウェルは、抗ヒトＣＤ−３（クローン：ＵＣＨＴ１）、抗ヒトＣＤ４（クローン：ＯＫＴ４）、および抗ＲＳＶ  Ｄｙｌｉｇｈｔ６５０を含有する１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。染色カクテルを４°Ｃで３０分間インキュベートし、次いで５００ｘｇで３分間遠心分離し、ＦＡＣＳ緩衝液で二回洗浄した。その後、全てのウェルを固定し、３０分間透過処理した（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。透過処理後、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、過剰な緩衝液を除去した。一次染色カクテルに指定されたウェルは、抗Ｔ−ｂｅｔ（クローン：４Ｂ１０）、ストレプトアビジンＰＥ、およびＩＣＯＳの内部エピトープを認識するビオチン化Ｍ１３抗ＩＣＯＳ検出抗体を含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で希釈した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた（図１参照）。
【０２５９】
アイソタイプコントロール染色カクテル用に指定されたウェルは、ストレプトアビジンＰＥのみを含有する、１ｘ透過化緩衝液（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ＦＯＸＰ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｅｔ  ｒｅｆ．＃  ００−５５２３−００  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で調製した１００μＬのマスター染色ミックスを受けた。
【０２６０】
染色カクテルを、４°Ｃで３０分間インキュベートした。次いで、プレートを５００ｘｇで３分間遠心分離し、１ｘ透過化緩衝液で二回洗浄した。次いで、ウェルの内容物を１５０μＬのＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。染色された試料は、ＢＤ  ＦＡＣＳ  Ｃａｎｔｏフローサイトメーターを使用して直ちに分析され、得られたデータはＦｌｏｗＪｏ分析ソフトウェアを使用して分析された。
【０２６１】
結果と結論
ＩＣＯＳｈｉＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の出現および安定化は、ＪＴＸ−２０１１（０．１ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）とニボルマブ（２４０ｍｇ、ｑ３ｗ）の併用療法に対してｃＰＲを有する胃癌患者からのＰＢＭＣ試料において観察された。この集団は、早ければ第１０サイクルとして検出され、Ｔ−ｂｅｔレベル（Ｔ−ｂｅｔｈｉ）が上昇したＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の亜集団を含むことがさらに特定された（図９）。
【０２６２】
ＩＣＯＳｈｉ／Ｔ−ｂｅｔｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団の出現は、ＪＴＸ−２０１１（０．３ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）単剤療法に対してｃＰＲを有する胃癌患者の試料でも観察された。この集団は第３サイクル後に検出され、その後、少なくとも第１５サイクルまでは集団の安定化が認められた（図１０）。
【０２６３】
ＪＴＸ−２０１１（０．３ｍｇ／ｋｇ、ｑ３ｗ）およびニボルマブ（２４０ｍｇ、ｑ３ｗ）の併用療法に反応してＳＤを示したＴＮＢＣおよび子宮内膜癌患者では、ＩＣＯＳｈｉ／  Ｔ−ｂｅｔｈｉＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団は観察されなかった（図１１および図１２）。
【０２６４】
実施例４：ＩＣＯＳｈｉＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の増殖
４．１
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２６５】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２６６】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、ニボルマブ（抗ＰＤ−１）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２６７】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２６８】
４．２
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２６９】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２＋ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７０】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、ニボルマブ（抗ＰＤ−１）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７１】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２７２】
４．３
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２７３】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７４】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、ニボルマブ（抗ＰＤ−１）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７５】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２７６】
４．４
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２７７】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）＋  ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７８】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、ニボルマブ（抗ＰＤ−１）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２７９】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２８０】
４．５
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２８１】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２８２】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ−４）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２８３】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２８４】
４．６
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２８５】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２＋ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２８６】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ−４）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２８７】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２８８】
４．７
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２８９】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９０】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ−４）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９１】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２９２】
４．８
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２９３】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）＋  ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９４】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地および初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。培地に、イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ−４）をさらに補充して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９５】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０２９６】
４．９
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０２９７】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９８】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、ＯＫＴ−３を除く初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０２９９】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、ＯＫＴ−３を含む初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０３００】
４．１０
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０３０１】
培養培地に、ＯＫＴ−３＋ＩＬ−２＋ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間のＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３０２】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、ＯＫＴ−３を除く初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３０３】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、ＯＫＴ−３を含む初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０３０４】
４．１１
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０３０５】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）をさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３０６】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤を除く初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。すべてのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３０７】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤を含む初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０３０８】
４．１２
健康なドナーＰＢＭＣを、５％のヒトＡＢ血清（Ｓｉｇｍａ  Ｈ４５２２）および１％の抗生物質抗真菌溶液（Ｓｉｇｍａ  Ａ５９５５）を補充した５００ｕＬのＡＩＭ−Ｖ培地（Ｔｈｅｒｍｏ  Ａ３８３０８０１）中のウェル当たり約３×１０５細胞の密度で４８ウェルプレートのウェルに分配した。
【０３０９】
培養培地に、ＩＬ−２＋ＩＬ−１２＋抗ＩＬ−４＋幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤（Ｃａｔ＃１０９７１）＋  ＩＣＯＳ−Ｌをさらに補充して、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間でＩＣＯＳ発現を誘導した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３１０】
細胞を３７°Ｃで３日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤を除く初期刺激に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移して、ＩＣＯＳ発現を維持し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞間の枯渇を防止した。以前に培養プレートにコーティングされたＩＣＯＳ−Ｌ（プレート結合型フォーマット）を除き、全てのサプリメントを可溶性フォーマットで送達した。
【０３１１】
細胞を３７°Ｃでさらに４日間インキュベートし、その後、新鮮な培地と、幹細胞ＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔヒトＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ細胞活性化剤を含む初期刺激およびＩＣＯＳ維持に使用されたすべてのサプリメントを含む新しいウェルに移した。次いで、細胞を３７°Ｃでさらに３日間インキュベートし、次いで染色および固定した。合計１０日間のインキュベーションの終了時に、細胞は少なくとも２４倍に増殖した。
【０３１２】
実施例５：抗原特異的ＩＣＯＳｈｉおよびＩＣＯＳｌｏ    ＣＤ４＋  Ｔ細胞におけるサイトカイン応答の評価
試験デザイン
健康なドナーからのＰＢＭＣを刺激して、破傷風トキソイドをモデルリコール抗原として使用してＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団を誘導した。抗原を用いた２４時間の刺激の後、細胞を洗浄して刺激を除去し、ＣＤ４＋  Ｔ細胞を休止させた。洗浄後、可溶性ＪＴＸ−２０１１を添加し、細胞内サイトカイン産生を、ブレフェルジンＡの存在下で６時間インキュベーションした後、フローサイトメトリーにより評価した。
【０３１３】
結果と結論
可溶性ＪＴＸ−２０１１によるｅｘ  ｖｉｖｏ刺激は、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞がすでに存在する場合のみ活性であった。ＪＴＸ−２０１１は、抗原特異的なＩＣＯＳｈｉではＩＦＮγおよびＴＮＦαの両方が平均４倍に増加することを特徴とする強力な多機能性サイトカイン応答を誘発したが、ＩＣＯＳｌｏ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞では誘発しなかった（図１３）。
【０３１４】
実施例６：ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の出現に対するＰＤ−１阻害の影響の評価
試験デザイン
標準治療ＰＤ−１阻害剤治療を受けている対象からの試料は、市販のバイオレポジトリーから得られた。合計で、主に肺癌または黒色腫を有する７７人の対象からのＰＢＭＣを、フローサイトメトリープロファイリングによりＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団の出現について評価した（図１４Ａ）。
【０３１５】
結果と結論
ニボルマブに反応したＮＳＣＬＣ対象およびペンブロリズマブに反応したＮＳＣＬＣ対象の縦断的フロープロファイルは、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の誘導を示さなかった（図１４Ｂ）。したがって、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の集団の出現は、ＰＤ−１阻害ではなくＪＴＸ−２０１１活性と相関する。
【０３１６】
実施例７：ＩＣＯＳｈｉおよびＩＣＯＳｌｏ    ＣＤ４＋  Ｔ細胞の転写および表現型プロファイリング
試験デザイン
治療下で発現したＩＣＯＳｈｉ細胞を有する対象からの精製ＣＤ４＋  Ｔ細胞と、細胞集団を示さない参照癌患者からのＣＤ４＋  Ｔ細胞の転写解析を、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇのヒト免疫学パネルを使用して実施した。また、末梢血Ｔ細胞の免疫表現型は、ＪＴＸ−２０１１単独またはニボルマブとの併用での治療前後のさまざまな時点でフローサイトメトリーにより評価した。
【０３１７】
結果と結論
ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞は、転写プロファイリングおよびフローサイトメトリーによる免疫表現型評価の両方によって示されるように、ＩＣＯＳｌｏ細胞とは異なることが見出された。患者およびドナーのＣＤ４＋  Ｔ細胞試料は、ピアソンの相関係数を使用して非監視クラスタリングを適用する際に、別個のクラスタを形成した（図１５Ａ）。遺伝子セット濃縮分析は、いくつかの経路の変調への傾向を示し（図１５Ｂ）、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞は、特に、エフェクター経路において濃縮されることが見出された。具体的には、同種移植片拒絶経路の構成要素（図１５Ｃに示す）は、ＩＣＯＳｌｏ    ＣＤ４＋  Ｔ細胞と比較して、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞で上方制御されることが見出された。
【０３１８】
後期サイクルの均一なＩＣＯＳｈｉ集団を有する対象における系統および活性化マーカーの評価により、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞は、主にＴｈ１系統のＴエフェクター細胞であることが明らかになった（図１６Ａ）。ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞は、Ｔｒｅｇ中で濃縮されなかった。Ｔ−分布型確率的近傍埋め込み法（ｔＳＮＥ）クラスタリングアルゴリズムを使用したｃＰＲを有する胃癌対象のベースラインおよび治療中の解析は、ＪＴＸ−２０１１処置後、非Ｔｒｅｇ細胞（ＦｏｘＰ３−）上のＬＡＧ−３発現の全体的減少およびＴＩＧＩＴ発現の増加を示した（図１６Ｂ）。全体として、ＩＣＯＳｈｉ集団が出現した対象においては、Ｔｂｅｔ＋非Ｔｒｅｇ  ＣＤ４＋  およびＣＤ８＋  Ｔ細胞の活性化の増加が観察されたが、枯渇は認められなかった。
【０３１９】
ＪＴＸ−２０１１治療に対するＰＲが確認された対象における平均Ｋｉ−６７染色の縦断的解析は、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋  Ｔ細胞の初期および後期増殖をそれぞれ示し、ＩＣＯＳｈｉ集団が出現した対象の二相性増殖を特徴とする（図１７）。
【０３２０】
実施例８：ＪＴＸ−２０１１による治療後のＴ細胞受容体レパートリーのクローン性の検査
試験デザイン
Ｔ細胞受容体レパートリーのクローン性を、Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ＩｍｍｕｎｏＳｅｑアッセイを使用して末梢Ｔ細胞およびアーカイブ腫瘍組織で評価した。
【０３２１】
結果と結論
末梢血Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）レパートリーのクローン存在量の変化の解析により、ＪＴＸ−２０１１治療後の対象の１８／２２（約８２％）で、単剤療法によるものも含めて、治療中の有意なクローン増殖が特定された。ＪＴＸ−２０１１誘発性の末梢クローン性変化の縦断的プロファイリングは、循環レパートリーの二相性増殖を示す（図１８）。バイスタンダーおよび腫瘍関連クローンの縦断的プロファイリングは、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の出現のない代表的な対象におけるＴＣＲクローンの無差別なポリクローナル増殖を示す（図１９Ａ）。クローン性増殖も観察されたが、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の出現を有する対象では、バイスタンダーと比較して腫瘍関連クローンの増殖がより大きかった（図１９Ｂ）。末梢で検出された増殖クローンは、アーカイブ腫瘍試料中に存在する腫瘍関連クローンであり、ＪＴＸ−２０１１が細胞介在性抗腫瘍免疫を増強するように機能し得ることを示唆している。
【０３２２】
全体として、治療中のＴＣＲクローン性評価は、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞表現型を示す対象において、腫瘍関連クローンのより大きな増殖を伴うクローン増殖を示す一方、ＪＴＸ−２０１１治療では、ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞の出現に関わらず、デノボＴ細胞クローン増殖が生じる。
【０３２３】
実施例９：奏効患者のＰＢＭＣの解析
試験デザイン
均一なＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団を有するＰＲが確認された対象からのＰＢＭＣを、抗原特異性の評価のために選択した。ＥＬＩＳＰＯＴリーダーを使用してＩＦＮγ分泌を検出し、ＰＢＭＣの刺激を行った。ペプチドを、２μｇ／ｍＬの各変異ペプチドを含有するプールとして試験した。
【０３２４】
結果と結論
フローサイトメトリー解析により、選択された時点でのＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞集団の均一性が示された（図２０Ａ）。奏効患者のＰＢＭＣの分析は、腫瘍抗原特異的免疫応答が治療中に観察され得ることを示唆している（図２０Ｂ）。
【０３２５】
実施例１０：ＩＣＯＳｈｉの出現および生存の検査
試験デザイン
評価可能な試料を用いたＩＣＯＮＩＣ試験から５０人の患者のサブセット由来のＰＢＭＣでアドホックのフローサイトメトリー表現型決定を実施した。事後統計分析のための未調整のｐ値を含む、臨床的特性および転帰を分析した。
【０３２６】
結果と結論
ＩＣＯＳｈｉ末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞の明確で持続的な集団の出現は、ＪＴＸ−２０１１単剤療法およびニボルマブとの併用療法の両方で、ＰＦＳの改善と共に生存率の改善と関連していた（図２１）（ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞を有する患者の中央値６．２ヶ月に対し、ＩＣＯＳｌｏ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞のみを有する患者およびＩＣＯＳｈｉ  Ｔ細胞の出現が分析されなかった患者を含む、すべての試験中の患者では２ヶ月）。このＩＣＯＳｈｉ末梢ＣＤ４＋  Ｔ細胞の別個の集団の出現は、ＯＳの改善とも関連していた（図２２）（ＩＣＯＳｈｉ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞を有する患者では中央値に未到達であるのに対し、ＩＣＯＳｌｏ  ＣＤ４＋  Ｔ細胞のみを有する患者では９ヵ月、ＩＣＯＮＩＣ試験の全患者では９．３ヵ月）。
【０３２７】
本開示は、その精神またはその本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化されてもよい。したがって、前述の実施形態は、本開示を限定するものではなく、あらゆる点において例示的であると見なされるべきである。したがって、本開示の範囲は、前述の説明よりもむしろ添付の特許請求の範囲によって示されており、したがって、特許請求の範囲の意味および同等性の範囲内に入るすべての変更は、本明細書に包含されることが意図されている。
【０３２８】
【表２】
2021523213.tif 000003
2021523213.tif 000004
2021523213.tif 000005
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【０３２９】
【表３】
2021523213.tif 000014
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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