(57)【要約】クラスＩ  ＭＨＣ構成成分、非古典的ＭＨＣクラスＩ構成成分またはクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分を含む免疫療法組成物、およびその使用方法が記載されている。クラスＩ  ＭＨＣ、非古典的クラスＩ  ＭＨＣ、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、天然に存在しないＭＨＣ構成成分であり得る。その上、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸、およびＭＨＣ遺伝子の発現を制御する遺伝要素のメチル化された領域を標的化するｇＲＮＡを含む免疫療法組成物、ならびにその使用方法が記載されている。本明細書に記載されている組成物および方法は、免疫チェックポイント阻害剤と免疫療法組成物との投与をさらに含むことができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする核酸分子と、少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体とを含む、免疫療法組成物。
【請求項２】
前記核酸分子が、天然に存在しない核酸分子であり、前記第１のＭＨＣ構成成分が、天然に存在する、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項３】
前記第１のＭＨＣ構成成分が、天然に存在しないタンパク質またはポリペプチドである、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項４】
前記天然に存在しないＭＨＣ構成成分が、天然に存在するＭＨＣ構成成分と比べて、Ｔ細胞による増強された認識を示す、請求項３に記載の免疫療法組成物。
【請求項５】
前記第１のＭＨＣ構成成分が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、またはそれらの機能的断片である、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項６】
免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せをさらに含む、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項７】
前記核酸分子が、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも８０％同一である、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項８】
ＭＨＣ構成成分が、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分である、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項９】
前記クラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、（ａ）重（α）鎖および軽鎖（β２ミクログロブリン）である、または（ｂ）表３によって表される対立遺伝子を含む、請求項８に記載の免疫療法組成物。
【請求項１０】
第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含み、前記第１のＭＨＣ構成成分および前記第２のＭＨＣ構成成分が、異なる、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１】
前記第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、重（α）鎖および軽鎖（β２ミクログロブリン）である、請求項１０に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２】
前記第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、天然に存在するＭＨＣ構成成分である、請求項１１に記載の免疫療法組成物。
【請求項１３】
前記第１のＭＨＣ構成成分が、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分である、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項１４】
前記クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む、請求項１３に記載の免疫療法組成物。
【請求項１５】
第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む、請求項１３に記載の免疫療法組成物。
【請求項１６】
前記第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む、請求項１５に記載の免疫療法組成物。
【請求項１７】
前記第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、天然に存在する構成成分である、請求項１６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１８】
前記ＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項１９】
前記ＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸が、プラスミドの一部である、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項２０】
前記ＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸が、ウイルスベクターの一部である、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項２１】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項２０に記載の免疫療法組成物。
【請求項２２】
前記ＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項２３】
前記核酸が、リポソーム、エキソソーム、脂質ナノ粒子または生体材料中に製剤化されている、請求項２に記載の免疫療法組成物。
【請求項２４】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項２３に記載の免疫療法組成物。
【請求項２５】
前記リポソームが、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項２３に記載の免疫療法組成物。
【請求項２６】
前記第１のＭＨＣ構成成分が、表３の対立遺伝子を有するＨＬＡである、請求項１に記載の免疫療法組成物。
【請求項２７】
個体におけるがんを処置するための方法であって、前記個体に、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）構成成分またはその機能的断片をコードする核酸分子の治療有効量を投与するステップを含む、方法。
【請求項２８】
前記非ＭＨＣ構成成分が、Ｔ細胞活性化を増加させる、またはＴ細胞によるがん細胞の認識を増強する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記がんが、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記がんが、低下したＭＨＣ発現を有する、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記投与するステップに先立ち、前記個体のネイティブＭＨＣ構成成分の配列を決定するステップをさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
（ａ）前記個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）前記生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）前記単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が対照と比べて低下したか否かを検出するステップとを含む、前記がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３３】
前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与された、請求項２６に記載の方法。
【請求項３４】
追加的な治療化合物を前記個体に投与するステップをさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３５】
前記追加的な治療化合物が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記免疫チェックポイント刺激因子が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記小分子療法が、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記サイトカインが、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
前記細胞療法が、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
前記ＡＣＴ療法が、複数のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞を利用する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記ＡＣＴ療法が、複数のＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞を利用する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記個体への前記核酸分子の投与が、前記少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示す前記がんをもたらす、請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】
前記天然に存在しないＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸分子が、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子との比較における少なくとも１種のバリアントを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項４５】
前記バリアントが、突然変異、挿入、欠失または重複である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＭＨＣ構成成分が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１からなるリストから選択される遺伝子である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記核酸分子が、前記天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸配列と少なくとも９５％類似する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
前記核酸分子が、前記天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする前記核酸配列と少なくとも８０％類似する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４９】
前記天然に存在しないＭＨＣ構成成分が、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分である、請求項２６に記載の方法。
【請求項５０】
前記クラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記免疫療法組成物が、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
前記第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分が、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記天然に存在しないＭＨＣ構成成分が、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分である、請求項２６に記載の方法。
【請求項５５】
前記クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記免疫療法組成物が、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分が、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記核酸分子が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項２６に記載の方法。
【請求項６０】
前記核酸が、プラスミドである、請求項２６に記載の方法。
【請求項６１】
前記核酸が、ウイルスベクターである、請求項２６に記載の方法。
【請求項６２】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項６４】
前記核酸が、リポソーム、エキソソーム、脂質ナノ粒子または生体材料中に製剤化されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項６５】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記リポソームが、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼと、ＭＨＣ遺伝子の転写因子またはプロモーターに相補的な領域を有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とをコードする核酸を含む、免疫療法組成物。
【請求項６８】
前記ＭＨＣ遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１である、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項６９】
前記非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼが、非活性化されたＣａｓ９（ｄＣａｓ９）である、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７０】
前記ＴＥＴ酵素が、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３またはそれらの触媒ドメインである、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７１】
前記核酸分子が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７２】
前記核酸が、プラスミドである、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７３】
前記核酸が、ウイルスベクターである、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７４】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項７３に記載の免疫療法組成物。
【請求項７５】
前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７６】
前記核酸が、リポソーム中に製剤化されている、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項７７】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項７６に記載の免疫療法組成物。
【請求項７８】
前記リポソームが、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項７６に記載の免疫療法組成物。
【請求項７９】
少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体をさらに含む、請求項６７に記載の免疫療法組成物。
【請求項８０】
個体におけるがんにおけるＭＨＣ遺伝子の発現を増加させるための方法であって、前記個体に、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼと、前記ＭＨＣ遺伝子の転写因子またはプロモーターに相補的な領域を有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とをコードする核酸を含む免疫療法組成物を投与するステップを含む、方法。
【請求項８１】
前記ＭＨＣ遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１である、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記がんが、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
前記がんが、低下したＭＨＣ発現を有する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８４】
（ａ）前記個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）前記生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）前記単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が低下したか否かを検出するステップとを含む、前記がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与された、請求項８０に記載の方法。
【請求項８６】
追加的な治療化合物を前記個体に投与するステップをさらに含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８７】
前記追加的な治療化合物が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記免疫チェックポイント刺激因子が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項８７に記載の方法。
【請求項９０】
前記小分子療法が、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である、請求項８７に記載の方法。
【請求項９１】
前記サイトカインが、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである、請求項８７に記載の方法。
【請求項９２】
前記細胞療法が、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である、請求項８７に記載の方法。
【請求項９３】
前記ＡＣＴ療法が、複数のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞を利用する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記ＡＣＴ療法が、複数のＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞を利用する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９５】
前記がんによる前記核酸分子の発現が、前記少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示す前記がんをもたらす、請求項８６に記載の方法。
【請求項９６】
前記非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼが、非活性化されたＣａｓ９（ｄＣａｓ９）である、請求項８０に記載の方法。
【請求項９７】
前記ＴＥＴ酵素が、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３またはそれらの触媒ドメインである、請求項８０に記載の方法。
【請求項９８】
前記核酸分子が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項８０に記載の方法。
【請求項９９】
前記核酸が、プラスミドである、請求項８０に記載の方法。
【請求項１００】
前記核酸が、ウイルスベクターである、請求項８０に記載の方法。
【請求項１０１】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項８０に記載の方法。
【請求項１０３】
前記核酸が、リポソーム中に製剤化されている、請求項８０に記載の方法。
【請求項１０４】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記リポソームが、がんへの標的化された送達のために製剤化されている、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
ＭＨＣ分子の調節因子をコードする核酸分子を含む、免疫療法組成物。
【請求項１０７】
前記ＭＨＣ分子の前記調節因子が、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１０８】
前記トランス活性化因子が、クラスＩＩ、主要組織適合複合体、トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）およびＮＯＤ様受容体ファミリーＣＡＲＤドメイン含有５（ＮＬＲＣ５）からなる群から選択される、請求項１０７に記載の免疫療法組成物。
【請求項１０９】
前記転写因子が、核転写因子Ｙ（ＮＦ−Ｙ）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質（ＣＲＥＢ）、調節性因子Ｘ（ＲＦＸ）、インターフェロン調節性因子（ＩＲＦ）、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ）、遍在性転写因子（ＵＳＦ）および活性化Ｂ細胞の核因子カッパー軽鎖エンハンサー（ＮＦ−κＢ）からなる群から選択される、請求項１０７に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１０】
前記ＮＦ−Ｙが、ＮＦ−Ｙａ、ＮＦ−ＹｂおよびＮＦ−Ｙｃからなる群から選択される、請求項１０９に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１１】
前記ＲＦＸが、ＲＦＸＡＮＫ／ＲＦＸＢ、ＲＦＸ５およびＲＦＸＡＰからなる群から選択される、請求項１０９に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１２】
前記ＩＲＦが、ＩＲＦ−１、ＩＲＦ−２、ＩＲＦ−３、ＩＲＦ−４、ＩＲＦ−５、ＩＲＦ−６、ＩＲＦ−７、ＩＲＦ−８およびＩＲＦ−９からなる群から選択される、請求項１０９に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１３】
前記ＳＴＡＴが、ＳＴＡＴ−１、ＳＴＡＴ−２、ＳＴＡＴ−３、ＳＴＡＴ−４、ＳＴＡＴ−５およびＳＴＡＴ−６からなる群から選択される、請求項１０９に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１４】
前記ＵＳＦが、ＵＳＦ−１およびＵＳＦ−２からなる群から選択される、請求項１０９に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１５】
前記アセチルトランスフェラーゼが、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、ｐ３００およびｐ３００／ＣＢＰ関連因子（ｐＣＡＦ）からなる群から選択される、請求項１０７に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１６】
前記メチルトランスフェラーゼが、Ｚｅｓｔｅホモログ２エンハンサー（ＥＺＨ２）、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ１（ＰＲＭＴ１）およびコアクチベーター結合型アルギニンメチルトランスフェラーゼ１（ＣＡＲＭ１）である、請求項１０７に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１７】
前記伸長因子が、正の転写伸長因子（ｐＴＥＦｂ）である、請求項１０７に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１８】
前記核酸分子が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１１９】
前記核酸が、プラスミドである、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２０】
前記核酸が、ウイルスベクターである、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２１】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項１２０に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２２】
前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２３】
前記核酸が、リポソーム中に製剤化されている、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２４】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項１２３に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２５】
前記リポソームが、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項１２３に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２６】
少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体をさらに含む、請求項１０６に記載の免疫療法組成物。
【請求項１２７】
個体におけるがんを処置するための方法であって、前記個体に、ＭＨＣ分子の調節因子をコードする核酸分子を投与するステップを含む、方法。
【請求項１２８】
前記がんが、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
前記がんが、低下したＭＨＣ発現を有する、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３０】
（ａ）前記個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）前記生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）前記単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が対照と比べて低下したか否かを検出するステップとを含む、前記がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与された、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３２】
追加的な治療化合物を前記個体に投与するステップをさらに含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３３】
前記追加的な治療化合物が、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記免疫チェックポイント刺激因子が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３６】
前記小分子療法が、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３７】
前記サイトカインが、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３８】
前記細胞療法が、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３９】
前記ＡＣＴ療法が、複数のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞を利用する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４０】
前記ＡＣＴ療法が、複数のＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞を利用する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１４１】
前記個体への前記核酸分子の投与が、前記少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示す前記がんをもたらす、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１４２】
前記ＭＨＣ分子の前記調節因子が、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１４３】
前記トランス活性化因子が、クラスＩＩ、主要組織適合複合体、トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）およびＮＯＤ様受容体ファミリーＣＡＲＤドメイン含有５（ＮＬＲＣ５）からなる群から選択される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
前記転写因子が、核転写因子Ｙ（ＮＦ−Ｙ）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質（ＣＲＥＢ）、調節性因子Ｘ（ＲＦＸ）、インターフェロン調節性因子（ＩＲＦ）、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ）、遍在性転写因子（ＵＳＦ）および活性化Ｂ細胞の核因子カッパー軽鎖エンハンサー（ＮＦ−κＢ）からなる群から選択される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４５】
前記ＮＦ−Ｙが、ＮＦ−Ｙａ、ＮＦ−ＹｂおよびＮＦ−Ｙｃからなる群から選択される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
前記ＲＦＸが、ＲＦＸＡＮＫ／ＲＦＸＢ、ＲＦＸ５およびＲＦＸＡＰからなる群から選択される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４７】
前記ＩＲＦが、ＩＲＦ−１、ＩＲＦ−２、ＩＲＦ−３、ＩＲＦ−４、ＩＲＦ−５、ＩＲＦ−６、ＩＲＦ−７、ＩＲＦ−８およびＩＲＦ−９からなる群から選択される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４８】
前記ＳＴＡＴが、ＳＴＡＴ−１、ＳＴＡＴ−２、ＳＴＡＴ−３、ＳＴＡＴ−４、ＳＴＡＴ−５およびＳＴＡＴ−６からなる群から選択される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４９】
前記ＵＳＦが、ＵＳＦ−１およびＵＳＦ−２からなる群から選択される、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５０】
前記アセチルトランスフェラーゼが、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、ｐ３００およびｐ３００／ＣＢＰ関連因子（ｐＣＡＦ）からなる群から選択される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１５１】
前記メチルトランスフェラーゼが、Ｚｅｓｔｅホモログ２エンハンサー（ＥＺＨ２）、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ１（ＰＲＭＴ１）およびコアクチベーター結合型アルギニンメチルトランスフェラーゼ１（ＣＡＲＭ１）である、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１５２】
前記伸長因子が、正の転写伸長因子（ｐＴＥＦｂ）である、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１５３】
前記核酸分子が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１５４】
前記核酸が、プラスミドである、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１５５】
前記核酸が、ウイルスベクターである、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１５６】
前記ウイルスベクターが、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記核酸が、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１５８】
前記核酸が、リポソーム中に製剤化されている、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１５９】
前記リポソームが、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む、請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６０】
前記リポソームが、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている、請求項１５８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１７年１２月２２日に出願された米国仮出願第６２／６０９，５８９号の利益を主張するものである。この仮出願は、本明細書によって、あらゆる目的のため、その全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
開示の背景
主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子は、病原体または腫瘍に由来する抗原に結合し、Ｔ細胞による認識のために細胞表面に抗原を表示するため、身体の免疫応答において重要である。ヒトではヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子と称されることが多いＭＨＣにおける遺伝子は、クラスＩ、クラスＩＩ  ＭＨＣ、非古典的ＭＨＣ  Ｉおよび非古典的ＭＨＣ  ＩＩ遺伝子を含む。クラスＩ  ＭＨＣ分子は、成体の体細胞の表面に遍在的に発現され、通常、サイトゾル起源のペプチドを提示するが、交差提示の機構により細胞外抗原を提示することができる。非古典的ＭＨＣ  Ｉ分子は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され得る。クラスＩＩ  ＭＨＣ分子は、エンドサイトーシス経路において分解されたタンパク質に由来するペプチドに結合し、通常、樹状細胞、マクロファージおよびＢ細胞等のプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に制限されるが、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、腫瘍細胞等の他の型の細胞において誘導され得る。非古典的ＭＨＣ  ＩＩ分子は、一般に、細胞表面上において露出されないが、リソソームにおける内部の膜上において露出される。
【０００３】
腫瘍細胞が、Ｔ細胞による認識を回避する仕方の１つは、免疫チェックポイントを発現し、がん性細胞としてのそのアイデンティティーをマスクし、免疫系の攻撃を逃れることである。この作用方法を遮断し、Ｔ細胞が、このような細胞をがん性として認識することを可能にするために免疫チェックポイント阻害剤が使用されている。しかし、このような治療法は、一部のがんにおいて有効でないと判明している。
【０００４】
免疫チェックポイント阻害剤は、Ｔ細胞が、第１に、腫瘍細胞を認識することができる場合にのみ有効となり得る。一部のがんは、ＭＨＣ分子の発現を欠くまたは有意に低下させることが示されており、これにより、この腫瘍認識を妨げることができ、これは、腫瘍細胞が検出を回避する仕方であり得る。したがって、いかなる追加的な治療法の非存在下であっても身体の自然免疫応答を増加させることができるのみならず、以前に無応答性であったがんにおいて免疫チェックポイント阻害剤等の治療剤の有効性を増強する仕方として機能することもできることから、がん細胞におけるＭＨＣの発現を増加させる方法を開発することが望ましい。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
開示の要旨
ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする核酸分子を含む免疫療法組成物が本明細書に提供される。ＭＨＣ構成成分は、対象または個体への送達のために少なくとも１、２、３、４種またはそれよりも多い異なる賦形剤と共に製剤化することができる。ＭＨＣ構成成分は、天然に存在するＭＨＣ構成成分であってもよく、またはその代わりに、ＭＨＣ構成成分は、天然に存在していなくてもよい。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、天然に存在せず、天然に存在するＭＨＣ構成成分と比べて、Ｔ細胞による増強された認識を示す。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、天然に存在し、異種ＭＨＣ構成成分を発現する細胞は、異種ＭＨＣ構成成分を発現するように改変されていない同様の細胞と比べて、Ｔ細胞による増強された認識を有する。一部の例では、改変された細胞は、がん細胞である。斯かるがん細胞は、固形腫瘍がん細胞であり得る。斯かるがん細胞は、乳がん細胞、前立腺がん細胞、肺がん細胞、膵がん細胞、卵巣がん細胞、肝臓がん細胞、結腸がん細胞または任意の他のがん細胞であり得る。
【０００６】
一部の実施形態では、本開示の核酸分子は、天然に存在しないＭＨＣ構成成分をコードする。天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、天然に存在するＭＨＣ構成成分に対し高い配列相同性を有する操作されたＭＨＣ構成成分であり得る。
【０００７】
一部の例では、本明細書における組成物は、天然に存在するＭＨＣ構成成分の天然に存在しないホモログを含む。斯かるホモログは、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子との比較における少なくとも１種のバリアントを含むことができる。一部の実施形態では、バリアントは、突然変異、挿入、欠失または重複である。本明細書におけるＭＨＣホモログは、好ましくは、天然に存在するＭＨＣ構成成分に対し少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％アミノ酸配列相同性を有する。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％類似する、またはそれに対し少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％配列相同性を有する。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％類似する、またはそれに対し少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％配列相同性を有する、ＭＨＣ構成成分をコードする。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％類似する。一部の実施形態では、核酸は、天然に存在するＭＨＣ構成成分と少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％または９９％類似するＭＨＣ構成成分をコードする。
【０００８】
一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１からなるリストから選択される遺伝子である。ＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分であり得る。一部の実施形態では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである。
【０００９】
一部の実施形態では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはその機能的（例えば、抗原性）断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分またはその機能的断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム、エキソソーム、脂質ナノ粒子または生体材料等の小胞中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、本方法は、少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体をさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、約０．０１μｇ〜約１００μｇの間の、本明細書に開示されている核酸の単位用量をさらに含む。他の実施形態では、本方法は、約０．０１μｇ〜約１００μｇの間の、本明細書に開示されている核酸によってコードされるＭＨＣ分子の単位用量（ｄｏｅｓ）をさらに含む。
【００１０】
個体におけるがんを処置するための方法であって、個体に、ＭＨＣ構成成分またはその機能的断片をコードする核酸分子を投与するステップを含む方法も、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、天然に存在していなくてもよい。他の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、天然に存在する。一部の実施形態では、天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、天然に存在するＭＨＣ構成成分と比べて、Ｔ細胞による増強された認識を示す。一部の実施形態では、がんは、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである。一部の実施形態では、がんは、低下したＭＨＣ発現を有する。一部の実施形態では、本方法は、個体のネイティブＭＨＣ構成成分の配列を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、（ａ）個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が、対照と比べて低下したか否かを検出するステップとを含む、がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む。一部の実施形態では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与されている。一部の実施形態では、本方法は、追加的な治療化合物を個体に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、追加的な治療化合物は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント刺激因子は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、小分子療法は、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である。一部の実施形態では、サイトカインは、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである。一部の実施形態では、細胞療法は、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である。その上またはその代わりに、細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法またはＴ細胞抗原カプラー（ｃｏｕｐｌｅｒ）（ＴＡＣ）Ｔ細胞療法であり得る。
【００１１】
一部の実施形態では、個体への核酸分子の投与は、少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示すがんをもたらす。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子との比較における少なくとも１種のバリアントを含む天然に存在しないＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、バリアントは、突然変異、挿入、欠失または重複である。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１からなるリストから選択される遺伝子である。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも９５％類似する。一部の実施形態では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも８０％類似する。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せである。一部の実施形態では、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、ＭＨＣ構成成分は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする第２の核酸分子をさらに含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、天然に存在するまたは天然に存在しないＭＨＣ構成成分である。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている。
【００１２】
核酸分子を改変する酵素（例えば、ＴＥＴ酵素）に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼと、ＭＨＣ遺伝子の転写因子またはプロモーターに相補的な領域を有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とをコードする核酸を含む免疫療法組成物も、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ＭＨＣ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１である。一部の実施形態では、非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼは、非活性化されたＣａｓ９（ｄＣａｓ９）である。一部の実施形態では、ＴＥＴ酵素は、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３またはそれらの触媒ドメインである。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体をさらに含む。
【００１３】
個体におけるがんにおけるＭＨＣ遺伝子の発現を増加させるための方法であって、個体に、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼと、ＭＨＣ遺伝子の転写因子またはプロモーターに相補的な領域を有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とをコードする核酸を含む免疫療法組成物を投与するステップを含む方法も、本明細書に提供される。一部の実施形態では、ＭＨＣ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、およびＨＬＡ−ＤＰＢ１である。一部の実施形態では、がんは、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである。一部の実施形態では、がんは、低下したＭＨＣ発現を有する。一部の実施形態では、本方法は、（ａ）個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が低下したか否かを検出するステップとを含む、がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む。一部の実施形態では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与されている。一部の実施形態では、本方法は、追加的な治療化合物を個体に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、追加的な治療化合物は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント刺激因子は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、小分子療法は、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である。一部の実施形態では、サイトカインは、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである。一部の実施形態では、細胞療法は、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である。その上またはその代わりに、細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法またはＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞療法であり得る。
【００１４】
一部の実施形態では、がんによる核酸分子の発現は、少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示すがんをもたらす。一部の実施形態では、非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼは、非活性化されたＣａｓ９（ｄＣａｓ９）である。一部の実施形態では、ＴＥＴ酵素は、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３またはそれらの触媒ドメインである。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がんへの標的化された送達のために製剤化されている。
【００１５】
さらに、ＭＨＣ分子の調節因子をコードする核酸分子を含む免疫療法組成物が本明細書に提供される。一部の実施形態では、ＭＨＣ分子の調節因子は、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、トランス活性化因子は、クラスＩＩ、主要組織適合複合体、トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）およびＮＯＤ様受容体ファミリーＣＡＲＤドメイン含有５（ＮＬＲＣ５）からなる群から選択される。一部の実施形態では、転写因子は、核転写因子Ｙ（ＮＦ−Ｙ）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質（ＣＲＥＢ）、調節性因子Ｘ（ＲＦＸ）、インターフェロン調節性因子（ＩＲＦ）、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ）、遍在性転写因子（ＵＳＦ）および活性化Ｂ細胞の核因子カッパー軽鎖エンハンサー（ＮＦ−κＢ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＮＦ−Ｙは、ＮＦ−Ｙａ、ＮＦ−ＹｂおよびＮＦ−Ｙｃからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＲＦＸは、ＲＦＸＡＮＫ／ＲＦＸＢ、ＲＦＸ５およびＲＦＸＡＰからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＩＲＦは、ＩＲＦ−１、ＩＲＦ−２、ＩＲＦ−３、ＩＲＦ−４、ＩＲＦ−５、ＩＲＦ−６、ＩＲＦ−７、ＩＲＦ−８およびＩＲＦ−９からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＳＴＡＴは、ＳＴＡＴ−１、ＳＴＡＴ−２、ＳＴＡＴ−３、ＳＴＡＴ−４、ＳＴＡＴ−５およびＳＴＡＴ−６からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＵＳＦは、ＵＳＦ−１およびＵＳＦ−２からなる群から選択される。一部の実施形態では、アセチルトランスフェラーゼは、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、ｐ３００およびｐ３００／ＣＢＰ関連因子（ｐＣＡＦ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、メチルトランスフェラーゼは、Ｚｅｓｔｅホモログ２エンハンサー（ＥＺＨ２）、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ１（ＰＲＭＴ１）およびコアクチベーター結合型アルギニンメチルトランスフェラーゼ１（ＣＡＲＭ１）である。一部の実施形態では、伸長因子は、正の転写伸長因子（ｐＴＥＦｂ）である。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、免疫療法組成物は、少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤または担体���さらに含む。
【００１６】
さらに、個体におけるがんを処置するための方法であって、個体に、ＭＨＣ分子の調節因子をコードする核酸分子を投与するステップを含む方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、がんは、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである。一部の実施形態では、がんは、低下したＭＨＣ発現を有する。一部の実施形態では、本方法は、（ａ）個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ発現が対照と比べて低下したか否かを検出するステップとを含む、がんをＭＨＣ発現が低下したと診断するステップをさらに含む。一部の実施形態では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せからなる群から選択される追加的な治療化合物を以前に投与された。一部の実施形態では、本方法は、追加的な治療化合物を個体に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、追加的な治療化合物は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカインまたは細胞療法である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント刺激因子は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、またはそれらのリガンドに結合する分子である。一部の実施形態では、小分子療法は、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤である。一部の実施形態では、サイトカインは、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦである。一部の実施形態では、細胞療法は、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法である。その上またはその代わりに、細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法またはＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞療法であり得る。
【００１７】
一部の実施形態では、個体への核酸分子の投与は、少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示すがんをもたらす。一部の実施形態では、ＭＨＣ分子の調節因子は、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、トランス活性化因子は、クラスＩＩ、主要組織適合複合体、トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）およびＮＯＤ様受容体ファミリーＣＡＲＤドメイン含有５（ＮＬＲＣ５）からなる群から選択される。一部の実施形態では、転写因子は、核転写因子Ｙ（ＮＦ−Ｙ）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質（ＣＲＥＢ）、調節性因子Ｘ（ＲＦＸ）、インターフェロン調節性因子（ＩＲＦ）、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ）、遍在性転写因子（ＵＳＦ）および活性化Ｂ細胞の核因子カッパー軽鎖エンハンサー（ＮＦ−κＢ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＮＦ−Ｙは、ＮＦ−Ｙａ、ＮＦ−ＹｂおよびＮＦ−Ｙｃからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＲＦＸは、ＲＦＸＡＮＫ／ＲＦＸＢ、ＲＦＸ５およびＲＦＸＡＰからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＩＲＦは、ＩＲＦ−１、ＩＲＦ−２、ＩＲＦ−３、ＩＲＦ−４、ＩＲＦ−５、ＩＲＦ−６、ＩＲＦ−７、ＩＲＦ−８およびＩＲＦ−９からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＳＴＡＴは、ＳＴＡＴ−１、ＳＴＡＴ−２、ＳＴＡＴ−３、ＳＴＡＴ−４、ＳＴＡＴ−５およびＳＴＡＴ−６からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＵＳＦは、ＵＳＦ−１およびＵＳＦ−２からなる群から選択される。一部の実施形態では、アセチルトランスフェラーゼは、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、ｐ３００およびｐ３００／ＣＢＰ関連因子（ｐＣＡＦ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、メチルトランスフェラーゼは、Ｚｅｓｔｅホモログ２エンハンサー（ＥＺＨ２）、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ１（ＰＲＭＴ１）およびコアクチベーター結合型アルギニンメチルトランスフェラーゼ１（ＣＡＲＭ１）である。一部の実施形態では、伸長因子は、正の転写伸長因子（ｐＴＥＦｂ）である。一部の実施形態では、核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡである。一部の実施形態では、核酸は、プラスミドである。一部の実施形態では、核酸は、ウイルスベクターである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）である。一部の実施形態では、核酸は、腫瘍細胞への標的化された送達のために製剤化されている。一部の実施形態では、核酸は、リポソーム中に製剤化されている。一部の実施形態では、リポソームは、追加的な治療化合物、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、細胞膜透過ペプチド、リガンド、アプタマー、抗体またはこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リポソームは、がん細胞への標的化された送達のために製剤化されている。
【００１８】
参照による援用
本明細書に言及されているあらゆる刊行物、特許および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許または特許出願のそれぞれが、参照により本明細書に組み込まれていると具体的にかつ個々に示されているのと同じ程度まで、参照により本明細書に組み込まれる。
【００１９】
本開示の特色は、添付の特許請求の範囲に詳細に明記されている。本開示の特色および利点のより十分な理解は、本開示の原理が利用されている説明目的の実施形態を明記する以下の詳細な説明、および添付の図面の参照により得られるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】図１Ａ〜図１Ｄは、ＲＫＯ結腸癌細胞系におけるＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子のトランスフェクションを説明する。図１Ａは、親ＲＫＯにおけるいずれのＨＬＡ受容体の表面発現も示さない。図１Ｂは、ＨＬＡＤＲ  Ａ単独をトランスフェクトされたＲＫＯにおいて、細胞表面に検出されたＨＬＡ−ＤＲ発現は存在しないことを示す。しかし、Ｍｙｃ−ＤＫＫタグの細胞内発現（データ図示せず）は、トランスフェクション成功を示した。図１Ｃは、ＨＬＡＤＲ  Ｂ１単独をトランスフェクトされたＲＫＯ細胞系におけるＨＬＡ−ＤＲ表面発現がないことを示す。しかし、ＧＦＰ発現は、トランスフェクション成功を示した。図１Ｄは、ＨＬＡ−ＤＲ  ＡおよびＢをコトランスフェクトされた細胞におけるアルファおよびベータ鎖の両方の表面発現による、高いおよび中等度のＧＦＰ発現を示す。
【００２１】
【図２】図２Ａ〜図２Ｃは、ＲＫＯ結腸癌およびＳＫＯＶ３細胞系におけるＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子のトランスフェクションを説明する。図２Ａは、親ＲＫＯ細胞のフローサイトメトリー解析である。図２Ｂは、ＧＦＰ  ＨＬＡ−ＤＲＡＢ１＊１５  ＲＫＯ細胞のフローサイトメトリー解析である。図２Ｃは、コトランスフェクトされたＲＫＯ細胞における点状ＧＦＰ対ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂのみがトランスフェクトされた場合の緑色蛍光細胞質を示す。
【００２２】
【図３】図３Ａ〜図３Ｄは、次の通りに収載されている、安定にコトランスフェクトされたＲＫＯおよびＳＫＯＶ３細胞の蛍光写真を説明する：ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１（図３Ａ）；ＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１（図３Ｂ）；ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ３（図３Ｃ）；およびＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ３（図３Ｄ）。
【００２３】
【図４Ａ−Ｂ】図４Ａは、ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂ３のベクター構造を説明する。
【００２４】
図４Ｂは、ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂ４のベクター構造を説明する。
【００２５】
【図４Ｃ−Ｄ】図４Ｃは、ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂ５のベクター構造を説明する。
【００２６】
図４Ｄは、ＨＬＡ−ＤＲアルファａのベクター構造を説明する。
【００２７】
【図４Ｅ】図４Ｅは、ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂ１＊１５のベクター構造を説明する。
【００２８】
【図５】図５Ａは、高レベルのＨＬＡ−ＤＲおよびＰＤ−Ｌ１を発現する、２名の異なるドナーから調製された２個の代表的樹状細胞を説明する。
【００２９】
図５Ｂは、ＨＬＡ−ＤＲ１と遺伝子型判定された２名の異なるドナーから混合リンパ球（ｌｙｍｐｈｏｃｕｔｅ）反応（ＭＬＲ）アッセイのために調製された初代Ｔ細胞を説明する。
【００３０】
図５Ｃは、高レベルのＰＤ−Ｌ１を発現するＲＫＯ細胞を説明する。
【００３１】
【図６Ａ−Ｄ】図６Ａ〜図６Ｆは、抗ＰＤ−１抗体と共に、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。
【００３２】
【図６Ｅ−Ｈ】図６Ａ〜図６Ｆは、抗ＰＤ−１抗体と共に、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。図６Ｇは、Ｔ細胞が、ＲＫＯ親細胞と培養された場合に増殖されなかったことを説明する。
【００３３】
図６Ｈは、Ｔ細胞が、いずれの処置も行わなければ増殖されなかったことを説明する。
【００３４】
【図７】図７Ａは、抗ＰＤ−１抗体と共に、親ＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。
【００３５】
図７Ｂは、抗ＰＤ−１抗体と共に、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。
【００３６】
図７Ｃは、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。
【００３７】
図７Ｄは、抗ＰＤ−１抗体と共に、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞と培養された場合のＴ細胞増殖を説明する。
【００３８】
【図８Ａ−Ｂ】図８Ａ〜図８Ｃは、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞が、Ｔ細胞増殖および炎症性サイトカイン分泌を増加させたことを説明する。
【図８Ｃ】図８Ａ〜図８Ｃは、ＨＬＡ−ＤＲトランスフェクトされたＲＫＯ細胞が、Ｔ細胞増殖および炎症性サイトカイン分泌を増加させたことを説明する。
【発明を実施するための形態】
【００３９】
開示の詳細な説明
がん等の状態を処置または予防するための、免疫療法組成物およびこれを使用する方法が本明細書に開示されている。本明細書における免疫療法組成物は、ＭＨＣ構成成分もしくはその機能的断片をコードする核酸分子、またはＭＨＣ構成成分もしくはその機能的断片をコードする核酸分子の調節因子を含むことができる。さらに、ＭＨＣ構成成分ポリペプチドもしくはその機能的断片、またはＭＨＣ構成成分もしくはその機能的断片をコードする核酸分子の調節因子を含む免疫療法組成物が本明細書に開示されている。
ＭＨＣ構成成分
【００４０】
本明細書で使用される場合、「ＭＨＣ構成成分」または「ＭＨＣ分子」は、ＭＨＣ遺伝子をコードする核酸、ＭＨＣ遺伝子によってコードされるポリペプチド、ＭＨＣに関連する遺伝子もしくは遺伝子産物、またはＭＨＣの調節因子もしくはＭＨＣ構成成分をコードする核酸の調節因子、またはそれらの機能的断片を指す。よって、文が限定的でない限り、ＭＨＣ分子という用語は、ＭＨＣタンパク質をコードする核酸配列と、タンパク質の両方を包含するべきである。さらに、機能的断片は、完全配列と実質的に同じ機能をもたらすタンパク質および核酸分子の断片を指す。そこで、一部の実施形態では、機能的断片は、本明細書に記載されている分子の細胞外部分、またはタンパク質の細胞外部分をコードする核酸配列である。他の例では、機能断片は、分子の細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインの両方（またはこれをコードする核酸）を含む。
【００４１】
本明細書におけるＭＨＣ構成成分は、哺乳動物ＭＨＣ構成成分、またはより具体的には、ヒトＭＨＣ構成成分であり得、これは、その代わりに、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と称することができる。例えば、ＭＨＣ構成成分であるＨＬＡ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｈ、ＨＬＡ−Ｊ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｎ、ＨＬＡ−Ｐ、ＨＬＡ−Ｓ、ＨＬＡ−Ｔ、ＨＬＡ−Ｕ、ＨＬＡ−Ｖ、ＨＬＡ−Ｗ、ＨＬＡ−Ｘ、ＨＬＡ−Ｙ、ＨＬＡ−Ｚ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＲＢ６、ＨＬＡ−ＤＲＢ７、ＨＬＡ−ＤＲＢ８、ＨＬＡ−ＤＲＢ９、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ３、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＨＬＡ−ＤＭＢ  ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＡ２、ＨＬＡ−ＤＰＢ２、およびＨＬＡ−ＤＰＡ３を含む。ＭＨＣ構成成分に関連する遺伝子または遺伝子産物は、β２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）であり得る。ＭＨＣ構成成分は、ＭＨＣ分子全体、またはその部分もしくは機能的断片を記載するのに使用することができる。本明細書におけるＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラスＩ分子、非古典的ＭＨＣ分子もしくはＭＨＣクラスＩＩ分子、または上述のいずれかのホモログもしくは機能的断片であり得る。
【００４２】
クラスＩ  ＭＨＣ分子は、サイトゾルタンパク質に由来するペプチドを、細胞傷害性Ｔ細胞に提示して、免疫応答を誘発することができる。クラスＩ  ＭＨＣ分子は、交差提示により外因的ペプチドを提示することもできる。クラスＩ  ＭＨＣ分子は、２個のドメイン：重（α）鎖および軽鎖（β２ミクログロブリン）を含むことができ、重鎖および軽鎖は、非共有結合により連結されている。重（α）鎖は、３個の細胞外ドメイン：α１ドメイン、α２ドメインおよびα３ドメインをさらに含むことができ、α２ドメインおよびα３ドメインは、クラスＩ  ＭＨＣ分子が提示するペプチドが結合する溝を形成する。本開示の非古典的ＭＨＣ  Ｉ分子は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され得る。ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−ＦおよびＨＬＡ−Ｇは、古典的ＭＨＣ  Ｉ分子と比較して低レベルの不均一性で、ＭＨＣ  Ｉ遺伝子座においてコードされる非古典的ＭＨＣ  Ｉ分子である。ＨＬＡ−Ｅ分子発現は、ＩＦＮ−γ誘導性であり、ＨＬＡ−Ｇ発現は、ＩＲＦ−１等のインターフェロン誘導性転写因子および他の刺激によって誘導され得る。
【００４３】
本明細書におけるＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはその機能的断片であり得る。機能的断片の例は、上述のドメインの任意のものを含むが、ＭＨＣ遺伝子全体は含まない。例えば、一例では、ＭＨＣ構成成分は、軽鎖（β２ミクログロブリン）なしの重（α）鎖を含む。他の例では、ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖なしの軽鎖（β２ミクログロブリン）を含む。他の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２  ミクログロブリン）またはこれらの組合せを含むことができる。一部の例では、ＭＨＣ構成成分は、α１ドメイン、α２ドメインおよびα３ドメインのうち１個または２個を含むが、３個のドメイン全ては含まない。
【００４４】
クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、ＨＬＡ−Ｃ遺伝子、またはそのポリペプチド産物、またはそのホモログ、またはその機能的断片であり得る。クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ａ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したβ２ミクログロブリン対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。一部の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分の断片である。例えば、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、重鎖のα２ドメインおよびα３ドメイン等の、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分のエクソンまたは特異的ドメインであり得る。一部の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ遺伝子によってコードされるポリペプチドである。よって、本開示は、本明細書に記載されているＭＨＶおよびＨＬＡポリペプチド産物および断片（ドメイン）、ならびにこれらをコードする核酸分子の両方を企図する。
【００４５】
クラスＩ  ＭＨＣ構成成分の重鎖は、機能的に可変であり得、複数の異なる遺伝子産物が、単一の遺伝子によって産生され得る。クラスＩ  ＭＨＣ遺伝子の機能的に可変な産物は、クラスＩ  ＭＨＣ血清型と称することができる。少なくとも２５種の血清型のＨＬＡ−Ａ、少なくとも５０種の血清型のＨＬＡ−Ｂ、および少なくとも１２種の血清型のＨＬＡ−Ｃが存在し得る。クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、任意の適したクラスＩ  ＭＨＣ血清型であり得る。クラスＩ  ＭＨＣ血清型は、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−Ａ３またはＨＬＡ−Ｂ８であり得る。これらの異なる血清型を表す対立遺伝子は、本明細書に添付する表３から選択することができる。一部の実施形態では、本明細書における組成物は、１種もしくは複数の、２種もしくはそれよりも多い、３種もしくはそれよりも多い、４種もしくはそれよりも多い、５種もしくはそれよりも多い、または６種もしくはそれよりも多い、７種もしくはそれよりも多い、８種もしくはそれよりも多い、９種もしくはそれよりも多い、または１０種もしくはそれよりも多い異なるＭＨＣ構成成分、ＨＬＡ対立遺伝子もしくは表３に記載されているＨＬＡ対立遺伝子、またはこれらの機能的断片をコードする核酸を含む。
【００４６】
クラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分ポリペプチドをコードする核酸を含むことができる。一例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−Ａ３またはＨＬＡ−Ｂ８の対立遺伝子をコードする核酸を含む。
【００４７】
一部の例では、ＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列は、天然に存在するクラスＩ  ＭＨＣ核酸配列と同一である。他の例では、ＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列は、標的細胞におけるより効率的なトランスフェクションまたは発現のためにコドン最適化または操作されている。例えば、一例では、全てのイントロン配列が除去されている。一部の例では、ＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子は、天然に存在しないが、これによってコードされるＭＨＣ構成成分は、天然に存在するアミノ酸配列を有する。これは、本明細書に記載されているＭＨＣ構成成分の全てに当てはまる。一部の例では、核酸配列は、天然に存在するクラスＩ  ＭＨＣ核酸配列とは異なるが、コドン縮重のためにクラスＩ  ＭＨＣポリペプチドと同一のポリペプチドをコードする。例えば、クラスＩ  ＭＨＣ核酸配列は、コドン最適化されたクラスＩ  ＭＨＣ核酸配列であり得る。一部の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分の発現を改善するように最適化された核酸を含む。一部の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列は、天然に存在するクラスＩ  ＭＨＣ核酸配列とは異なるが、クラスＩ  ＭＨＣポリペプチドと同一のポリペプチドをコードし、天然に存在するクラスＩ  ＭＨＣ核酸配列の発現と比べて増加した発現を示す。
【００４８】
さらに、ＭＨＣ構成成分は、非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分またはその断片であり得る。非古典的ＭＨＣ−Ｉ分子は、通常、非多型的であり、そのＭＨＣクラスＩ対応物よりも制限されたパターンの発現を示す傾向がある。非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分は、重（α）鎖、軽鎖（β２ミクログロブリン）またはこれらの組合せであり得る。非古典的ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−Ｅ遺伝子、ＨＬＡ−Ｇ遺伝子、ＨＬＡ−Ｆ遺伝子またはそれらのポリペプチド産物であり得る。非古典的ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ｅ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。非古典的ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ｇ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。非古典的ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−Ｆ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。非古典的ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したβ２ミクログロブリン対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。一部の例では、非古典的ＭＨＣ構成成分は、非古典的ＭＨＣ構成成分の機能的断片である。例えば、非古典的ＭＨＣ構成成分は、重鎖のα２ドメインおよびα３ドメイン等の、非古典的ＭＨＣ構成成分のエクソンまたは特異的ドメインであり得る。一部の例では、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分は、非古典的ＭＨＣ遺伝子によってコードされるポリペプチドである。ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−ＧおよびＨＬＡ−Ｆを表す異なる対立遺伝子は、表３から選択することができる。
【００４９】
非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分をコードする核酸は、非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分をコードする核酸を含むことができる。一部の例では、核酸配列は、天然に存在する非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列と同一である。一部の例では、核酸配列は、天然に存在する非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列とは異なるが、コドン縮重のために非古典的ＭＨＣ  Ｉポリペプチドと同一のポリペプチドをコードする。例えば、非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列は、コドン最適化された非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列であり得る。一部の例では、非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分をコードする核酸は、非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分の発現を改善するように最適化された核酸を含む。一部の例では、非古典的ＭＨＣ  Ｉ構成成分をコードする核酸配列は、天然に存在する非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列とは異なるが、非古典的ＭＨＣ  Ｉポリペプチドと同一のポリペプチドをコードし、天然に存在する非古典的ＭＨＣ  Ｉ核酸配列の発現と比べて増加した発現を示す。
【００５０】
クラスＩＩ  ＭＨＣ分子は、細胞外タンパク質に由来するペプチドを提示することができる。このようなクラスＩＩ分子は、通常、樹状細胞、マクロファージおよびＢ細胞等の抗原提示細胞（ＡＰＣ）表面に見出すことができるが、その発現は、腫瘍細胞等の非抗原提示細胞に誘導することができる。クラスＩＩ  ＭＨＣ分子は、アルファ（α）鎖およびベータ（β）鎖を含むことができる。アルファ鎖は、α１ドメインおよびα２ドメインを含むことができる一方、ベータ鎖は、β１ドメインおよびβ２ドメインを含むことができ、α１ドメインおよびβ１ドメインは、クラスＩＩ  ＭＨＣ分子が提示するペプチドが結合する溝を形成する。一部の例では、ＭＨＣ構成成分は、クラスＩＩ  ＭＨＣ分子の全ドメイン未満を含む。
【００５１】
ＭＨＣ構成成分は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分またはその断片であり得る。クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ（α）鎖、ベータ（β）鎖またはこれらの組合せであり得る。クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−ＤＭ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＯ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲ遺伝子、またはそれらのポリペプチド産物であり得る。ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰおよびＨＬＡ−ＤＱのそれぞれのアルファ鎖およびベータ鎖は、表１に記載されている。クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、ヒトゲノム由来の任意の適したＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰまたはＨＬＡ−ＤＱ対立遺伝子によってコードされる分子であり得る。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分の断片である。例えば、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、アルファ鎖のα１ドメインおよびベータ鎖のβ１ドメイン等の、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分のエクソンまたは特異的ドメインであり得る。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、表１におけるクラスＩＩ  ＭＨＣ遺伝子によってコードされるポリペプチドである。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−ＤＲ４またはＨＬＡ−ＤＲ１５によってコードされるポリペプチドである。
表１．  クラスＩＩ  ＭＨＣ分子のアルファおよびベータ鎖をコードする遺伝子
【表１−１】
2021507924.tif 000003
【表１−２】
2021507924.tif 000004
【００５２】
クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱまたはＨＬＡ−ＤＲ等のクラスＩＩ  ＭＨＣ分子であり得る。これらのクラスＩＩ  ＭＨＣ分子のそれぞれは、表１における遺伝子によってコードされるアルファ鎖およびベータ鎖を含むことができる。表１におけるアルファ鎖およびベータ鎖遺伝子は、機能的に可変であり得、複数の異なる遺伝子産物が、単一の遺伝子によって産生され得る。一例では、異なる遺伝子産物は、エクソンのオルタナティブスプライシングにより、単一の遺伝子によって産生され得る。表１に示すアルファ鎖およびベータ鎖の機能的に可変な産物は、クラスＩＩ  ＭＨＣ血清型と称することができる。少なくとも２１種の血清型のＨＬＡ−ＤＲおよび少なくとも８種の血清型のＨＬＡ−ＤＱが存在し得る。クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、任意の適したクラスＩＩ  ＭＨＣ血清型であり得る。クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分は、ＨＬＡ−ＤＲ４またはＨＬＡ−ＤＲ１５であり得る。これらの異なる血清型を表す対立遺伝子は、本明細書に添付する表３から選択することができる。
【００５３】
クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸を含むことができる。一部の例では、核酸配列は、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列と同一である。一部の例では、核酸配列は、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列とは異なるが、コドン縮重のためにクラスＩＩ  ＭＨＣポリペプチドと同一のポリペプチドをコードする。例えば、クラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列は、コドン最適化されたクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列であり得る。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列は、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列とは異なるが、クラスＩＩ  ＭＨＣポリペプチドと同一のポリペプチドをコードし、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列の発現と比べて増加した発現を示す。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分の発現を改善するように最適化された核酸を含む。一部の例では、クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列は、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列とは異なるが、クラスＩＩ  ＭＨＣポリペプチドと同一のポリペプチドをコードし、天然に存在するクラスＩＩ  ＭＨＣ核酸配列の発現と比べて増加した発現を示す。
【００５４】
ある特定の実施形態では、天然に存在しないＭＨＣ構成成分またはその断片が本明細書に開示されている。一部の例では、天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、クラスＩ  ＭＨＣ構成成分またはクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分のいずれかのホモログである。ホモログは、天然に存在する配列に対し高い配列類似性または配列同一性を有する、天然に存在しない配列である。
【００５５】
一般に、互換的に使用することができる「配列類似性」、「配列同一性」または「配列相同性」は、それぞれ２種のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の正確なヌクレオチド対ヌクレオチドまたはアミノ酸対アミノ酸の対応を指す。典型的には、配列同一性を決定するための技法は、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップ、および／またはそれによってコードされるアミノ酸配列を決定するステップと、これらの配列を第２のヌクレオチドまたはアミノ酸配列と比較するステップとを含む。２種またはそれよりも多い配列（ポリヌクレオチドまたはアミノ酸）は、「パーセント相同性」とも称される、それらの「パーセント同一性」を決定することにより比較することができる。より長い分子内の配列（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド）であり得る参照配列（例えば、核酸またはアミノ酸配列）に対するパーセント同一性は、参照配列の長さで割り、１００を掛けた、２種の最適に整列された配列の間の正確なマッチの数として計算することができる。パーセント同一性は、例えば、国立衛生研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ）から入手できるバージョン２．２．９を含む先進的ＢＬＡＳＴコンピュータプログラムを使用して配列情報を比較することにより決定することもできる。ＢＬＡＳＴプログラムは、Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８７：２２６４−２２６８  （１９９０）の整列方法、ならびにＡｌｔｓｃｈｕｌ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３−４１０  （１９９０）；Ｋａｒｌｉｎ  ａｎｄ  Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０：５８７３−５８７７  （１９９３）；およびＡｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：３３８９−３４０２  （１９９７）に記述されている整列方法に基づく。簡潔に説明すると、ＢＬＡＳＴプログラムは、２配列のうち短い方における記号（すなわち、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の総数で割った同一の整列された記号の数として同一性を定義する。プログラムを使用して、比較されている配列の長さ全体にわたるパーセント同一性を決定することができる。デフォルトパラメーターは、例えば、ｂｌａｓｔｐプログラムを用いた、短い問い合わせ配列による検索を最適化するために提供される。このプログラムは、Ｗｏｏｔｔｏｎ  ａｎｄ  Ｆｅｄｅｒｈｅｎ，  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １７：  １４９−１６３  （１９９３）のＳＥＧプログラムによって決定される通り、問い合わせ配列のセグメントのマスクを外すためのＳＥＧフィルターの使用も可能にする。開示されている配列および特許請求されている配列の間の高い配列同一性は、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を企図する。一部の場合では、パーセント配列同一性の参照は、ＢＬＡＳＴ（基本的局所的整列検索ツール（Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ））を使用して測定される配列同一性を指す。本明細��で使用される場合、パーセント配列同一性または相同性は、従来方法のうち任意の１種または複数によって決定することができる。配列相同性を解析するための方法として、２種の生物学的配列（タンパク質または核酸）の間の機能的、構造的および／または進化的関係性を示すことができる類似性の領域の同定に使用されるペアワイズ配列整列；ならびに同様の長さの３種またはそれよりも多い生物学的配列の整列である多重配列整列（ＭＳＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。様々なソフトウェアおよび解析ツールが、全体的整列、局所的整列またはゲノム整列に基づく配列相同性の決定に利用できる。例として、次のものが挙げられるがこれらに限定されない；ＥＭＢＯＳＳ  Ｎｅｅｄｌｅは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムを使用して、２配列の最適な全体的整列を提供する；ＥＭＢＯＳＳ  Ｓｔｒｅｔｃｈｅｒは、より大きい配列が全体的に整列されることを可能にするＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムの修正バージョンを使用する；ＥＭＢＯＳＳ  Ｗａｔｅｒは、２配列の局所的整列の計算にＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用する；ＥＭＢＯＳＳ  Ｍａｔｃｈｅｒは、ＬＡＬＩＧＮアプリケーションに基づく厳格なアルゴリズムを使用して２配列の間の局所的類似性を提供する；ＬＡＬＩＧＮは、タンパク質またはＤＮＡ配列の非交差局所的整列を計算することにより内部重複を同定する；Ｗｉｓｅ２ＤＢＡ（ＤＮＡ  Ｂｌｏｃｋ  Ａｌｉｇｎｅｒ）は、配列が、２配列における潜在的に大きく変化に富んだ長さのＤＮＡによって分離される保存の多くの共線的ブロックを共有するという仮定に基づき２配列を整列する；ＧｅｎｅＷｉｓｅは、タンパク質配列をゲノムＤＮＡ配列と比較し、イントロンおよびフレームシフトエラーを可能にする；ＰｒｏｍｏｔｅｒＷｉｓｅは、２種のＤＮＡ配列を比較し、プロモーターに理想的な逆位および転座を可能にする；ＢＬＡＳＴは、高速ｋ−タプル発見法による局所的検索を提供する；ＦＡＳＴＡは、高速ｋ−タプル発見法による局所的検索を提供し、ＢＬＡＳＴよりも高速であるが感度が低い；ＣｌｕｓｔａｌＷは、局所的または全体的漸進的整列を提供する。一部の場合では、ＣｌｕｓｔａｌＷは、多重配列整列に使用することができる。一部の場合では、データベースにおける配列を用いて問い合わせ配列を検索および比較することにより、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎおよび／またはＢＬＡＳＴを使用して、相同配列を見出すことができる。一部の場合では、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムは、あらゆる可能な長さのセグメントを比較し、類似性尺度を最適化するため、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムは、好ましくは、ドメイン内の配列同一性の決定に、または全長もしくは配列全体の比較の代わりに局所的配列整列のために使用される。一部の場合では、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムを、好ましくは、タンパク質またはヌクレオチド配列全体の整列に使用して、全体的または総体的配列同一性を決定する。ＥＭＢＯＳＳ  ＮｅｅｄｌｅおよびＳｔｒｅｔｃｈｅｒツールは、全体的整列にＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムを使用する。ＥＭＢＯＳＳ  ���ａｔｅｒツールは、局所的整列にＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用する。本明細書に開示されている様々な実施形態では、総体的または局所的配列同一性は、好ましくは、ＢＬＡＳＴを使用して決定される。
【００５６】
天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、対応する天然に存在するＭＨＣ構成成分を正常では発現しない細胞において発現を示すことができる。天然に存在しないＭＨＣ構成成分は、天然に存在するＭＨＣ構成成分と比べて、細胞による増強された発現を示すことができる。細胞による天然に存在しないＭＨＣ構成成分の発現は、天然に存在するＭＨＣ構成成分と比べて、Ｔ細胞による増強された認識をもたらすことができる。天然に存在しないＭＨＣ構成成分の発現は、天然に存在しないＭＨＣ構成成分を発現する細胞の増加されたアポトーシスをもたらすことができる。細胞は、腫瘍細胞であり得る。
【００５７】
天然に存在しないＭＨＣ構成成分をコードする核酸は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子との比較における少なくとも１種のバリアントを含むことができる。バリアントは、突然変異、挿入、欠失または重複であり得る。突然変異は、同義もしくは非同義突然変異、フレームシフト突然変異、またはナンセンス突然変異をさらにコードし得る置換をもたらすことができる。一部の例では、突然変異は、天然に存在しないＭＨＣ構成成分をコードする遺伝子のタンパク質コード部分に存在する。一部の例では、突然変異は、天然に存在しないＭＨＣ構成成分をコードする遺伝子のプロモーター領域に存在する。
【００５８】
天然に存在しないＭＨＣ構成成分の核酸分子は、対応する天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％類似し得る。一部の例では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも２０％類似する。一部の例では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも８０％類似する。一部の例では、核酸分子は、天然に存在するＭＨＣ構成成分をコードする核酸配列と少なくとも９５％類似する。
【００５９】
天然に存在しないＭＨＣ構成成分のポリペプチドは、天然に存在するＭＨＣ構成成分のポリペプチドと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％類似し得る。一部の例では、ポリペプチドは、天然に存在するＭＨＣ構成成分のポリペプチドと少なくとも８０％類似する。一部の例では、ポリペプチドは、天然に存在するＭＨＣ構成成分のポリペプチドと少なくとも９５％類似する。
【００６０】
ＭＨＣ分子の調節因子は、クラスＩ  ＭＨＣ分子またはクラスＩＩ  ＭＨＣ分子の調節因子であり得る。調節因子は、ＭＨＣ分子をコードする核酸の転写を調節することができる。ＭＨＣ分子をコードする核酸の転写の調節は、ＭＨＣ分子の転写のレベルの増加を含むことができる。ＭＨＣ分子をコードする核酸の転写の調節は、ＭＨＣ分子の転写のレベルの減少を含むことができる。調節因子は、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子またはこれらのいずれかの組合せであり得る。
【００６１】
トランス活性化因子は、クラスＩＩ、主要組織適合複合体、トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）またはＮＯＤ様受容体ファミリーＣＡＲＤドメイン含有５（ＮＬＲＣ５）であり得る。一部の例では、ＣＩＩＴＡは、クラスＩＩ  ＭＨＣ分子のトランス活性化因子である。一部の例では、ＮＬＲＣ５は、クラスＩ  ＭＨＣ分子のトランス活性化因子である。
【００６２】
転写因子は、核転写因子Ｙ（ＮＦ−Ｙ）、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質（ＣＲＥＢ）、調節性因子Ｘ（ＲＦＸ）、インターフェロン調節性因子（ＩＲＦ）、シグナル伝達兼転写活性化因子（ＳＴＡＴ）、遍在性転写因子（ＵＳＦ）または活性化Ｂ細胞の核因子カッパー軽鎖エンハンサー（ＮＦ−κＢ）であり得る。ＮＦ−Ｙは、ＮＦ−Ｙａ、ＮＦ−ＹｂまたはＮＦ−Ｙｃであり得る。ＲＦＸは、ＲＦＸＡＮＫ／ＲＦＸＢ、ＲＦＸ５またはＲＦＸＡＰであり得る。ＩＲＦは、ＩＲＦ−１、ＩＲＦ−２、ＩＲＦ−３、ＩＲＦ−４、ＩＲＦ−５、ＩＲＦ−６、ＩＲＦ−７、ＩＲＦ−８またはＩＲＦ−９であり得る。ＳＴＡＴは、ＳＴＡＴ−１、ＳＴＡＴ−２、ＳＴＡＴ−３、ＳＴＡＴ−４、ＳＴＡＴ−５またはＳＴＡＴ−６であり得る。ＵＳＦは、ＵＳＦ−１またはＵＳＦ−２であり得る。
【００６３】
アセチルトランスフェラーゼは、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）であり得る。ＨＡＴは、ＣＲＥＢ結合タンパク質（ＣＢＰ）、ｐ３００またはｐ３００／ＣＢＰ関連因子（ｐＣＡＦ）であり得る。一部の実施形態では、調節因子は、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＤＡＩ）である。
【００６４】
メチルトランスフェラーゼは、ヒストンメチルトランスフェラーゼ（ＨＭＴａｓｅ）、ＤＮＡ／ＲＮＡメチルトランスフェラーゼまたはアルギニンメチルトランスフェラーゼであり得る。ＨＴＭａｓｅは、Ｚｅｓｔｅホモログ２エンハンサー（ＥＺＨ２）であり得る。アルギニンメチルトランスフェラーゼは、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ１（ＰＲＭＴ１）またはコアクチベーター結合型アルギニンメチルトランスフェラーゼ１（ＣＡＲＭ１）であり得る。一例では、ＥＺＨ２の減少した発現は、ＣＩＩＴＡの発現を増加させることができる。
【００６５】
伸長因子は、正の転写伸長因子（ｐＴＥＦｂ）であり得る。
【００６６】
一部の実施形態では、ＭＨＣ分子の調節因子は、追加的な因子によって上方調節される。ＭＨＣ分子の調節因子を上方調節する追加的な因子は、ＩＦＮ−γ、リポ多糖（ＬＰＳ）またはＩＬ−４であり得る。他の実施形態では、ＭＨＣ分子の調節因子は、追加的な因子によって下方調節される。ＭＨＣ分子の調節因子を下方調節する追加的な因子は、ＩＦＮ−β、ＩＬ−１０、一酸化窒素（ＮＯ）またはＴＧＦβであり得る。追加的な因子によって上方調節または下方調節されるＭＨＣ分子の調節因子は、ＣＩＩＴＡまたはＮＬＲＣ５であり得る。
【００６７】
ＭＨＣ分子の調節因子は、共刺激分子のリガンドであり得る。共刺激分子は、Ｔ細胞活性化に要求される分子であり得る。共刺激分子は、ＣＤ４０であり得る。ＭＨＣ分子の調節因子は、ＣＤ４０のリガンドであり得る。
免疫療法組成物
【００６８】
ある特定の実施形態では、ＭＨＣ構成成分またはその断片をコードする核酸分子を含む免疫療法組成物が本明細書に開示されている。ある特定の実施形態では、免疫療法組成物は、ＭＨＣ構成成分またはその断片のポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、さらに、ＭＨＣ構成成分もしくはその断片の調節因子をコードする核酸分子、またはＭＨＣ構成成分もしくはその断片の調節因子のポリペプチドを含む免疫療法組成物が本明細書に開示されている。核酸分子は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得る。本明細書におけるＭＨＣ構成成分のいずれを免疫療法組成物として使用してもよい。
【００６９】
免疫療法組成物は、クラスＩ  ＭＨＣ重（α）鎖等のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子を含むことができる。核酸分子は、クラスＩ  ＭＨＣ  軽鎖（β２ミクログロブリン）等の第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分をさらにコードすることができる。例えば、免疫療法組成物は、クラスＩ  ＭＨＣ重（α）鎖およびクラスＩ  ＭＨＣ軽鎖（β２ミクログロブリン）をコードする核酸分子を含むことができる。一部の例では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする第２の核酸分子をさらに含む。例えば、免疫療法組成物は、クラスＩ  ＭＨＣ重（α）鎖をコードする第１の核酸分子、およびクラスＩ  ＭＨＣ軽鎖（β２ミクログロブリン）をコードする第２の核酸分子を含むことができる。
【００７０】
免疫療法組成物は、クラスＩＩ  ＭＨＣアルファ（α）鎖等のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子を含むことができる。核酸分子は、クラスＩＩ  ＭＨＣベータ（β）鎖等の第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をさらにコードすることができる。例えば、免疫療法組成物は、クラスＩＩ  ＭＨＣアルファ（α）鎖およびクラスＩＩ  ＭＨＣベータ（β）鎖をコードする核酸分子を含むことができる。一部の例では、免疫療法組成物は、第２のクラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分をコードする第２の核酸分子をさらに含む。例えば、免疫療法組成物は、クラスＩＩ  ＭＨＣアルファ（α）鎖をコードする第１の核酸分子、およびクラスＩＩ  ＭＨＣベータ（β）鎖をコードする第２の核酸分子を含むことができる。
【００７１】
免疫療法組成物は、ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子をコードする核酸を含むことができる。免疫療法組成物は、ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子のポリペプチドを含むことができる。調節因子は、以前に本明細書に記載された通り、トランス活性化因子、転写因子、アセチルトランスフェラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、伸長因子またはこれらの任意の組合せであり得る。免疫療法組成物は、ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子を調節する追加的な因子を含むことができる。ＭＨＣ構成成分の調節因子を調節する追加的な因子は、ＩＦＮ−γ、リポ多糖（ＬＰＳ）、ＩＬ−４、ＩＦＮ−β、ＩＬ−１０、一酸化窒素（ＮＯ）またはＴＧＦβであり得る。追加的な因子は、ポリペプチドまたは小分子（例えば、ＮＯ）として投与することができる。
【００７２】
追加的な因子は、ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子をコードする核酸と同時に投与することができる。追加的な因子は、ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子をコードする核酸の投与に続いて逐次に投与することができる。ＭＨＣ構成成分またはその断片の調節因子をコードする核酸は、追加的な因子の投与に続いて逐次に投与することができる。
【００７３】
免疫療法組成物は、共刺激分子のリガンドを含むことができる。共刺激分子は、ＣＤ４０であり得る。
【００７４】
免疫療法組成物は、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸を含むことができる。ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸は、少なくとも１個のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）をさらにコードすることができる。ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸を含む免疫療法組成物は、ｇＲＮＡをコードする第２の核酸をさらに含むことができる。ｇＲＮＡは、転写因子、ＭＨＣ構成成分の調節因子、またはＭＨＣ遺伝子のプロモーターに相補的な領域を含むことができる。非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼは、非活性化されたＣａｓ９（ｄＣａｓ９）または非活性化されたＣｐｆ１（ｄＣｆｐ１）であり得る。ＴＥＴ酵素は、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＥＴ３、またはそれらの触媒ドメインであり得る。一部の例では、ＴＥＴ酵素は、ＴＥＴ１酵素、またはＴＥＴ１酵素の触媒ドメインである。ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸を含む免疫療法組成物の投与を使用して、プロモーター、ＭＨＣ構成成分の調節因子、またはＭＨＣ遺伝子に関連する転写因子を脱メチル化することができる。プロモーター、ＭＨＣ構成成分の調節因子、またはＭＨＣ遺伝子に関連する転写因子の脱メチル化は、ＭＨＣ遺伝子の増加された発現をもたらすことができる。
【００７５】
免疫療法組成物は、ＴＥＴ酵素に融合された第２の非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする少なくとも第２の核酸をさらに含むことができる。第２の核酸は、少なくとも１個の第２のガイドＲＮＡをさらにコードすることができる。一部の例では、免疫療法組成物は、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする複数の核酸と、複数のガイドＲＮＡとを含む。一部の例では、免疫療法組成物は、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする単一の核酸と、複数のガイドＲＮＡをコードする複数の核酸とを含む。一部の例では、ｇＲＮＡは、単一のメチル化されたＣｐＧ部位を標的とするように設計される。他の例では、ｇＲＮＡは、少なくとも２個のメチル化されたＣｐＧ部位を標的とするように設計される。
【００７６】
免疫療法組成物は、水溶液として製剤化することができる。免疫療法組成物は、粉末、例えば、脂質−ＤＮＡ複合体を含む乾燥粉末核酸組成物として製剤化することができる。粉末製剤は、さらに、水溶液に懸濁することができる。免疫療法組成物は、凍結乾燥、滅菌、またはこれらの組合せを行うことができる。
【００７７】
免疫療法組成物は、少なくとも薬学的に許容される賦形剤をさらに含むことができる。語句「薬学的に許容される」は、理にかなった医学的判断の範囲内で、合理的な利益／リスク比に釣り合った、過剰な毒性、刺激作用、アレルギー性応答または他の問題もしくは合併症を伴わない、人間および動物の組織と接触した使用に適した、化合物、材料、組成物および／または剤形を指すように本明細書で用いられている。
【００７８】
任意の適した薬学的に許容される賦形剤を使用することができる。賦形剤は、担体、希釈剤、洗剤、緩衝剤、塩、ペプチド、界面活性物質、オリゴ糖、アミノ酸、炭水化物またはアジュバントであり得る。一部の例では、親水性賦形剤が使用され、例えば、乾燥粉末免疫療法組成物は、親水性賦形剤内に分散された核酸を含む。賦形剤の例として、ヒト血清アルブミン、コラーゲン、ゼラチン、ヒアルロン酸、グルコース、ラクトース、スクロース、キシロース、リボース、トレハロース、マンニトール、ラフィノース、スタキオース、デキストラン、マルトデキストリン、シクロデキストリン（ｃｙｌｃｏｄｅｘｔｒｉｎ）、セルロース、メチルセルロース、グリシン、アラニン、グルタメート、アスコルビン酸、アスコルビン酸塩、クエン酸、クエン酸塩、ＮａＣｌ、ＮａＨＣＯ３、ＮＨ４ＨＣＯ３、ＭｇＳＯ４およびＮａ２ＳＯ４が挙げられるがこれらに限定されない。
【００７９】
一部の例では、賦形剤は、免疫学的組成物の安定化に使用される。賦形剤は、リン酸緩衝食塩水溶液が挙げられるがこれらに限定されない、緩衝溶液（これもまた、ｐＨ制御または維持を提供することができる）に溶解された塩であり得る。一部の例では、賦形剤は、免疫学的組成物の容積を増加させる。賦形剤は、個体による免疫学的組成物の吸収を増加または減少させることができる。
【００８０】
本明細書における組成物は、経口送達、または静脈内、筋肉内、皮下、真皮下、皮下、舌下および他の経路の送達のために製剤化することができる。
【００８１】
本教示に従った経口投与に適した固体剤形として、カプセル、錠剤、丸剤、粉末および顆粒が挙げられるがこれらに限定されない。斯かる固体剤形において、活性化合物は、クエン酸ナトリウムもしくは第二リン酸カルシウム（ｄｉｃａｌｃｉｕｍ  ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）等の、少なくとも１種の不活性で薬学的に許容される賦形剤もしくは担体、および／または（ａ）デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトールおよびケイ酸等のフィラーもしくは増量剤；（ｂ）例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリジノン（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｐｙｒｒｏｌｉｄｉｎｏｎｅ）、スクロースおよびアラビアゴム（ａｃａｃｉａ）等の結合剤；（ｃ）グリセロール等の保水剤；（ｄ）寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモもしくはタピオカデンプン、アルギン酸、ある特定のケイ酸塩および炭酸ナトリウム等の崩壊剤；（ｅ）パラフィン等の溶解遅延剤；（ｆ）四級アンモニウム化合物等の吸収促進剤；（ｇ）例えば、アセチルアルコールおよびグリセロールモノステアレート等の湿潤剤；（ｈ）カオリンおよびベントナイト粘土等の吸収剤、ならびに（ｉ）タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム等の潤滑剤、ならびにこれらの混合物と混合される。カプセル、錠剤および丸剤の場合、剤形は、緩衝剤を含むこともできる。
【００８２】
活性化合物は、上に記す１種または複数の賦形剤と共に、マイクロカプセル化形態であってもよい。カプセル化は、リポソーム、エキソソーム、脂質ナノ粒子または生体材料の使用を含むことができる。
【００８３】
経口投与のための液体剤形として、薬学的に許容されるエマルション、マイクロエマルション、溶液、懸濁液、シロップおよびエリキシル剤が挙げられるがこれらに限定されない。
【００８４】
注射用調製物（例えば、無菌注射用水性または油性懸濁液）は、適した分散または湿潤剤および懸濁剤を使用して、公知技術に従って製剤化することができる。
【００８５】
本明細書における製剤または組成物のいずれかは、好ましくは、がん細胞を特異的に標的化するように設計される。例えば、一部の例では、ＭＨＣ構成成分は、がん細胞を選択的に標的化するエキソソーム中に製剤化される。斯かるエキソソームの例は、Ｇｏｍａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｏｎｃｏ  Ｔａｒｇｅｔｓ  （２０１８）  １１：  ５７５３−５７６２  ”Ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ  ｕｓｉｎｇ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  ｅｘｏｓｏｍｅ  ａｓ  ａ  ｎａｔｕｒａｌ  ｄｒｕｇ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｖｅｈｉｃｌｅ”に記載されている。一部の例では、ＭＨＣ構成成分またはこれをカプセル化する小胞は、ＭＨＣ構成成分またはそれをカプセル化する小胞をがん細胞に選択的に標的化するアプタマーを含む。がん細胞を選択的に標的化するアプタマーの例は、Ｃｅｒｃｈｉａ  ｅｔ  ａｌ，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  （２０１０）  Ｏｃｔ  ２８（１０）：  ５１７−２５  ”Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌｓ  ｗｉｔｈ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ａｐｔａｍｅｒｓ”に記載されている。別の例では、ＭＨＣ構成成分またはそれをカプセル化する小胞は、がん幹細胞等のがん細胞を選択的に標的化するナノマテリアルにカップリングされる。斯かるナノマテリアルの例として、Ｑｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２０１７）  Ｆｒｏｎｔ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ”Ｎａｎｏｍａｔｅｒｉａｌｓ  ｉｎ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ”に記載されているナノマテリアルが挙げられる。別の例では、ＭＨＣ構成成分またはそれをカプセル化する小胞は、がん幹細胞を選択的に標的化する抗体にカップリングされる。これは、薬物−抗体コンジュゲートを形成することができる。またはその代わりに、抗体は、カプセル化されたＭＨＣ構成成分をがん細胞に方向付ける小胞の表面に表示され得る。薬物抗体コンジュゲーションの例は、Ｔｈｏｍａｓ  ｅｔ  ａｌ，  （２０１６）  Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ．，  Ｊｕｎｅ  １７（６），  ”Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｄｒｕｇ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ”およびＤａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （２０１８）  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  （Ｂａｓｅｌ）  （２０１８）  Ｊｕｎｅ；  １１（２）：３２，  ”Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｄｒｕｇ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ：  ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｔｏ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”に記載されている。
【００８６】
ＭＨＣ構成成分をコードする核酸、ＭＨＣ構成成分の調節因子をコードする核酸、またはＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸は、ベクターにより細胞に送達することができる。核酸は、ＲＮＡまたはＤＮＡであり得る。細胞は、腫瘍細胞であり得る。ベクターは、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。非ウイルスベクター送達系は、ＤＮＡプラスミド、ＲＮＡ（例えば、本明細書に記載されているベクターの転写物）、ネイキッド核酸、および脂質またはリポソーム等の送達媒体と複合体形成した核酸を含む。
【００８７】
脂質は、カチオン性脂質、アニオン性脂質または中性脂質であり得る。脂質は、リポソーム、小型単層小胞（ＳＵＶ）、脂質エンベロープ、リピドイド（ｌｉｐｉｄｏｉｄ）または脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）であり得る。脂質は、核酸と混合して、リポプレックス（核酸−リポソーム複合体）を形成することができる。脂質は、核酸にコンジュゲートすることができる。脂質は、非ｐＨ感受性脂質またはｐＨ感受性脂質であり得る。脂質は、ポリエチレン（ｐｏｌｙｔｈｅｔｈｙｌｅｎｅ）グリコール（ＰＥＧ）をさらに含むことができる。
【００８８】
カチオン性脂質は、Ｎ−［１−（２，３−ジオレイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）、［１，２−ビス（オレオイルオキシ）−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン］（ＤＯＴＡＰ）または３β［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル］コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）等の、一価カチオン性脂質であり得る。カチオン性脂質は、ジ−オクタデシル−アミド−グリシル−スペルミン（ＤＯＧＳ）または｛２，３−ジオレイルオキシ−Ｎ−［２（スペルミンカルボキサミド）エチル］−Ｎ，Ｎ−ジメチル−ｌ−プロパンアミニウム（ｐｒｏｐａｎａｍｉｎｉｕｍ）トリフルオロ酢酸塩｝（ＤＯＳＰＡ）等の、多価カチオン性脂質であり得る。
【００８９】
アニオン性脂質は、リン脂質またはジオレオイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）であり得る。リン脂質の例として、ホスファチジン酸、ホスファチジルグリセロールまたはホスファチジルセリンが挙げられるがこれらに限定されない。一部の例では、アニオン性脂質は、Ｃａ２＋、Ｍｇ２＋、Ｍｎ２＋およびＢａ２＋等の二価カチオンをさらに含む。
【００９０】
カチオン性脂質またはアニオン性脂質は、中性脂質をさらに含むことができる。中性脂質は、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）またはジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）であり得る。一部の例では、荷電脂質と組み合わせたヘルパー脂質の使用は、より高いトランスフェクション効率を生じる。
【００９１】
リポソームは、ポリマー、脂質、ペプチド、磁性ナノ粒子（ＭＮＰ）、追加的な化合物またはこれらの組合せをさらに含むことができる。ポリマー、脂質または磁性ナノ粒子は、リポソームに取り付けることができる、またはリポソーム膜中に統合することができる。ポリマーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり得る。ポリマーは、Ｎ−［２−ヒドロキシプロピル］メタクリルアミド（ＨＰＭＡ）、ポリ（２−（ジメチルアミノ）エチルメタクリレート）（ｐＤＭＡＥＭＡ）またはアルギニングラフトされた生体還元性（ｂｉｏｒｅｄｕｃｉｂｌｅ）ポリマー（ＡＢＰ）であり得る。ペプチドは、細胞膜透過ペプチド、細胞接着ペプチド、または細胞表面の受容体に結合するペプチドであり得る。細胞は、腫瘍細胞であり得る。任意の適した細胞膜透過ペプチドを使用することができる。細胞膜透過ペプチドの例として、ポリリシンペプチドおよびポリアルギニンペプチドが挙げられるがこれらに限定されない。細胞接着ペプチドは、アルギニルグリシルアスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドであり得る。追加的な化合物は、葉酸等の、細胞表面の受容体に結合する化合物であり得る。
【００９２】
ベクターは、ウイルスベクターであり得る。ウイルスベクターは、複製能力があるウイルスベクターまたは複製能力がないウイルスベクターであり得る。ウイルスベクターは、腫瘍溶解性ウイルスであり得る。ウイルスベクターの例として、アルファウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、レンチウイルス、腫瘍溶解性ウイルス、レオウイルスまたはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）が挙げられるがこれらに限定されない。アルファウイルスは、セムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮ）またはベネズエラウマ脳炎（ＶＥＥ）であり得る。ポックスウイルスは、ワクシニアウイルスであり得る。ヘルペスウイルスは、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）またはエプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）であり得る。アデノ随伴ウイルスは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７またはＡＡＶ８であり得る。
【００９３】
ウイルスベクターは、改変されたウイルスベクターであり得る。改変されたウイルスベクターは、低下した免疫原性、血流中のベクターの持続の増加、またはマクロファージおよび抗原提示細胞によるベクターの損なわれた取込みを示すことができる。
【００９４】
改変されたウイルスベクターは、ポリマー、脂質、ペプチド、磁性ナノ粒子（ＭＮＰ）、追加的な化合物またはこれらの組合せをさらに含むことができる。ポリマー、脂質または磁性ナノ粒子は、ウイルスベクターのカプシドに取り付けることができる。ポリマーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり得る。ポリマーは、Ｎ−［２−ヒドロキシプロピル］メタクリルアミド（ＨＰＭＡ）、ポリ（２−（ジメチルアミノ）エチルメタクリレート）（ｐＤＭＡＥＭＡ）またはアルギニングラフトされた生体還元性ポリマー（ＡＢＰ）であり得る。ペプチドは、細胞膜透過ペプチド、細胞接着ペプチド、または細胞表面の受容体に結合するペプチドであり得る。細胞は、腫瘍細胞であり得る。任意の適した細胞膜透過ペプチドを使用することができる。細胞膜透過ペプチドの例として、ポリリシンペプチドおよびポリアルギニンペプチドが挙げられるがこれらに限定されない。細胞接着ペプチドは、アルギニルグリシルアスパラギン酸（ＲＧＤ）ペプチドであり得る。追加的な化合物は、葉酸等の、細胞表面の受容体に結合する化合物であり得る。
【００９５】
磁性ナノ粒子は、超常磁性ナノ粒子であり得る。一部の例では、ＭＮＰの結合は、最適な導入遺伝子送達のためにより低いウイルスベクター用量を生じることができる。一部の例では、ＭＮＰの結合は、形質導入効率を改善する。
【００９６】
一部の例では、改変されたウイルスベクターは、遺伝子改変されたベクターである。遺伝子改変されたベクターは、低下した免疫原性、低下した遺伝毒性、増加したローディング容量、増加した導入遺伝子発現、またはこれらの組合せを有することができる。一部の例では、遺伝子改変されたウイルスベクターは、偽型ウイルスベクターである。偽型ウイルスベクターは、少なくとも１種の外来性ウイルスエンベロープタンパク質を有することができる。外来性ウイルスエンベロープタンパク質は、リッサウイルス、アレナウイルス、ヘパドナウイルス、フラビウイルス、パラミクソウイルス、バキュロウイルス、フィロウイルスまたはアルファウイルス由来のエンベロープタンパク質であり得る。外来性ウイルスエンベロープタンパク質は、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）の糖タンパク質Ｇであり得る。一部の例では、外来性ウイルスエンベロープタンパク質は、遺伝子改変されたウイルスエンベロープタンパク質である。遺伝子改変されたウイルスエンベロープタンパク質は、天然に存在しないウイルスエンベロープタンパク質であり得る。
【００９７】
一部の例では、ウイルスベクターのカプシドは、二特異性抗体とコンジュゲートされる。二特異性抗体は、目的の細胞に結合するように標的化することができる。目的の細胞は、腫瘍細胞であり得る。
【００９８】
本明細書における組成物および免疫療法のいずれかは、１個または複数の治療部分をさらに含むことができる。斯かる治療部分は、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せを含むことができる。
使用方法
【００９９】
本明細書における組成物を使用して、Ｔ細胞活性化および／またはサイトカイン放出を増加させることができる。これは、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏで起こることができる。斯かる方法をさらに使用して、例えば、がん等の、免疫系を逃れる状態を処置することができる。よって、ある特定の実施形態では、対象における免疫系を活性化する、および／またはＴ細胞活性を増強する、および／またはサイトカイン媒介性応答を増加させるための方法が本明細書に記載されている。斯かるサイトカイン放出は、インターフェロン−ガンマおよびＴＮＦアルファの放出であり得る。ある特定の実施形態では、また、個体におけるがんを処置する方法であって、ＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子またはそのポリペプチドを含む免疫療法組成物を個体に投与するステップを含む、方法が本明細書に記載されている。ある特定の実施形態では、さらに、個体におけるがんを処置する方法であって、ＭＨＣ構成成分の調節因子をコードする核酸分子またはそのポリペプチドを含む免疫療法組成物を個体に投与するステップを含む、方法が本明細書に記載されている。ある特定の実施形態では、さらに、個体におけるがんを処置する方法であって、ＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸をコードする核酸分子を含む免疫療法組成物を個体に投与するステップを含む、方法が本明細書に記載されている。一部の場合では、個体におけるがんを処置する方法は、次のうち少なくとも２種をコードする少なくとも１種の核酸分子を含む免疫療法組成物を個体に投与するステップを含む：ＭＨＣ構成成分、ＭＨＣ構成成分の調節因子、ＭＨＣ分子の調節因子を調節する追加的な因子、およびＴＥＴ酵素に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼ。少なくとも１種の核酸分子は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種または１０種よりも多い核酸分子を含むことができる。よって、本明細書における組成物は、互いに作動可能に連結した、または別々のプラスミドに存在する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０種の異なる核酸分子を含むことができ、これらのそれぞれは、ＭＨＣ構成成分をコードする核酸分子を含む。
【０１００】
本明細書における組成物を使用して、がんを処置することができる。がんは、固形腫瘍がん、血液学的がん、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、膀胱がん、膵がん、子宮頸部がん、子宮内膜がん、肺がん、気管支がん、肝臓がん、卵巣がん、結腸および直腸がん、胃（ｓｔｏｍａｃｈ）がん、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）がん、胆嚢がん、消化管間質腫瘍がん、甲状腺がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道がん、黒色腫、非黒色腫皮膚がん、メルケル細胞癌、ウイルスにより誘導されるがん、神経芽細胞腫、乳がん、前立腺がん、腎がん、腎細胞がん、腎盂がん、白血病、リンパ腫、肉腫、神経膠腫、脳腫瘍、ならびに癌腫であり得る。一部の例では、がんは、卵巣がん、膵がんまたは結腸がんである。がんは、ＭＨＣ分子を発現しないがんであり得る。がんは、ＭＨＣ分子の低下した発現を示すがんであり得る。ＭＨＣ分子は、クラスＩ  ＭＨＣ分子またはクラスＩＩ  ＭＨＣ分子であり得る。一部の例では、がんは、免疫チェックポイント阻害剤療法に応答しないがんである。
【０１０１】
一部の例では、本方法は、がんを、ＭＨＣ分子発現がないまたは低下したと診断するステップをさらに含む。がんを、ＭＨＣ分子発現がないまたは低下したと診断するステップは、（ａ）個体から生体試料を得るステップと、（ｂ）生体試料からがん性細胞を単離するステップと、（ｃ）単離されたがん性細胞におけるＭＨＣ分子発現が、対照と比べて低下または排除されたかを検出するステップとを含むことができる。対照は、所定のレベル、個体の非がん性組織におけるＭＨＣ発現のレベル、または異なる対象の非がん性組織におけるＭＨＣ分子発現のレベルであり得る。
【０１０２】
一部の例では、本方法は、個体のＭＨＣ構成成分の配列を決定するステップをさらに含む。ＭＨＣ構成成分の配列は、ＭＨＣ遺伝子のエクソンおよびイントロン、ならびにそのプロモーター、５’ＵＴＲおよび３’ＵＴＲ領域を含むことができる。個体のＭＨＣ構成成分は、個体のネイティブまたは内在性ＭＨＣ構成成分の配列であり得る。個体のＭＨＣ構成成分の配列決定は、サンガーまたは次世代配列決定（ＮＧＳ）を含むことができる。ＭＨＣ構成成分の配列決定は、配列決定に先立ち亜硫酸水素塩で個体の核酸を処理する初期ステップをさらに含むことができる。亜硫酸水素塩処理された核酸配列に対する核酸配列の比較を使用して、メチル化されたＣｐＧ部位を同定することができる。一部の例では、個体のＭＨＣ構成成分の配列決定は、免疫療法組成物の所望の配列に関する情報価値がある。例えば、がん性細胞由来のＭＨＣ構成成分のプロモーターが、非がん性細胞由来のＭＨＣ構成成分と比較して過剰メチル化されている場合、免疫療法組成物は、プロモーターの少なくとも１個のメチル化されたＣｐＧ部位を脱メチル化するように設計することができる。別の例では、個体のＭＨＣ構成成分の配列決定は、個体と免疫学的に適合性となるであろう、天然に存在しないＭＨＣ構成成分が設計されることを可能にする。
【０１０３】
本方法は、追加的な治療化合物を個体に投与するステップをさらに含むことができる。追加的な治療化合物は、免疫チェックポイント遺伝子もしくはそのリガンドに結合する治療剤、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せであり得る。免疫チェックポイント分子もしくはそのリガンドに結合する治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤または免疫チェックポイントアゴニストであり得る。免疫チェックポイント分子の例として、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＯＸ４０、ＩＣＯＳ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、４−１ＢＢおよびＧＩＴＲが挙げられるがこれらに限定されない。免疫チェックポイント阻害剤の例として、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ（Ｄｕｒｖａｕｍａｂ）およびリリルマブ（Ｌｉｒｉｌｕｍａｂ）が挙げられるがこれらに限定されない。小分子療法は、プロテアソーム阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤またはポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤であり得る。サイトカインは、ＩＮＦα、ＩＮＦβ、ＩＦＮγまたはＴＮＦであり得る。細胞療法は、養子Ｔ細胞移入（ＡＣＴ）療法であり得る。その上またはその代わりに、細胞療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法またはＴ細胞抗原カプラー（ＴＡＣ）Ｔ細胞療法であり得る。ＴＡＣ受容体は、ネイティブＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を介して作動する。さらに、ＴＡＣは、（１）抗原結合ドメイン、（２）ＴＣＲリクルートメントドメイン、および（３）共受容体ドメイン（ヒンジ、膜貫通およびサイトゾル領域）を含む。
【０１０４】
追加的な治療化合物は、免疫療法化合物の投与と同時に投与することができる、または免疫療法化合物の投与の前もしくは後に投与することができる。一部の例では、免疫療法組成物の投与は、少なくとも１種の追加的な治療化合物に対し増加した感受性を示すがんをもたらす。
【０１０５】
一部の例では、免疫療法組成物は、種々の経路により送達される。例示的な送達経路は、経口（頬側および舌下を含む）、直腸、経鼻、外用、経皮パッチ、肺、腟、坐薬もしくは非経口的（筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、真皮内、腹腔内、皮下および静脈内を含む）投与、またはエアロゾル化、吸入もしくはガス注入による投与に適した形態での投与を含む。一部の例では、本明細書に記載されている免疫療法組成物は、筋肉に投与される、または真皮内もしくは皮下注射によりまたはイオントフォレーシスによる等の経皮的に投与することができる。一部の場合では、免疫療法組成物の上皮投与が用いられる。
【０１０６】
免疫療法組成物は、例えば、１日に、１週間に、１ヶ月に、半年に、１年に、または医学的な必要に応じて、１回または複数回（例えば、１〜１０回またはそれよりも多く）、それを必要とする対象に投与することができる。投薬量は、単一のまたは複数の投薬量レジメンのいずれかで提供することができる。投与間のタイミングは、医学的状態が改善するにつれて減少させることができる、または患者の健康が減退するにつれて増加させることができる。
【０１０７】
本開示の医薬組成物の投薬量は、投与経路、処置されるべき疾患、および対象の身体的特徴、例えば、年齢、体重、健康全般を含む因子に依存する。典型的には、単一用量内に含有される医薬組成物の量は、有意な毒性を誘導することなく疾患を有効に予防、遅延または処置する量であり得る。ヒトにおける使用に有効な量は、動物モデルから決定することができる。例えば、ヒトのための用量は、動物において有効であることが見出された、循環、肝臓、外用および／または胃腸管濃度を達成するように製剤化することができる。動物データおよび他の種類の同様のデータに基づき、当業者は、ヒトにとって適切なワクチン組成物の有効量を決定することができる。投薬量は、疾患の程度および対象の色々なパラメーター等の従来因子に従って、医師によって適応させることができる。
【０１０８】
免疫療法組成物は、疾患または状態（例えば、がん）に関連する症状の開始の前、その際にまたはその後に投与することができる。一部の例では、免疫療法組成物は、がんの処置のために投与される。一部の場合では、免疫療法組成物は、がんの予防的処置等の、予防のために投与される。一部の場合では、免疫療法組成物は、患者から免疫応答を誘発するために投与される。
【０１０９】
一部の態様では、本明細書に記載されている免疫療法組成物およびキットは、２℃〜８℃の間に貯蔵される。一部の例では、免疫療法組成物は、凍結貯蔵されない。一部の例では、免疫療法組成物は、−２０℃または−８０℃等の温度で貯蔵される。一部の例では、免疫療法組成物は、日光を避けて貯蔵される。
キット
【０１１０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されている１種または複数の方法による使用のためのキットおよび製造品が本明細書に開示されている。本キットは、適合性医薬品賦形剤中に製剤化され、適切な容器内に置かれた、本明細書に記載されている免疫療法組成物を含むことができる。
【０１１１】
本キットは、バイアル、チューブ等の１個または複数の容器を受けるために区画化された、担体、パッケージまたは容器を含むことができ、容器（複数可）のそれぞれは、本明細書に記載されている方法において使用されるべき別々のエレメントのうち１種を含む。適した容器は、例えば、ボトル、バイアル、シリンジおよび試験管を含む。容器は、ガラスまたはプラスチック等の種々の材料から形成することができる。
【０１１２】
本キットは、識別記載、ラベルまたは添付文書を含むことができる。ラベルまたは添付文書は、キットもしくは免疫学的組成物の内容物、本明細書に記載されている方法におけるその使用に関する使用説明書、またはこれらの組合せを収載することができる。ラベルは、容器上に存在するまたはこれに添えることができる。ラベルを形成する文字、数字または他の字が、容器自体に取り付けられる、成形されるまたはエッチングされる場合、ラベルは、容器上に存在することができる。ラベルは、例えば、添付文書として、容器を同様に保持するレセプタクルまたは担体内に存在する場合、容器に添えることができる。一部の例では、ラベルは、内容物が、特異的な治療適用に使用されるべきであることを示すために使用される。
【０１１３】
本明細書におけるキットは、個体のＨＬＡ対立遺伝子の配列を抽出、濃縮および／または決定するために、部位特異的プライマーまたはプローブ等の１種または複数の試薬をさらに含むことができる。本キットは、１種または複数の異なるＨＬＡ対立遺伝子をさらに含むことができる。治療的処置は、処置されている個体において見出されるものと同じＨＬＡ対立遺伝子を有するＭＨＣ構成成分を個体に投与するステップを含む。
【０１１４】
本キットは、免疫チェックポイント阻害剤、免疫チェックポイント刺激因子、がんワクチン、小分子療法、モノクローナル抗体、サイトカイン、細胞療法またはこれらの組合せ等の、１種または複数の他の治療剤をさらに含むことができる。
ある特定の用語法
【０１１５】
本明細書で使用されている用語法は、単に特定の場合を記載することを目的とし、限定を意図するものではない。後述する用語は、本明細書で使用されている用語の意味を、当業者によるこのような用語の理解に加えて、説明するために記述されている。本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈がそれ以外を明らかに指示しない限り、複数形の指示対象を含む。特許請求の範囲を、任意の必要に応じたエレメントを除外するように起草することができることがさらに留意される。したがって、この表現は、特許請求の範囲のエレメントの列挙に関連して、「唯一」、「のみ」その他としての斯かる排他的用語法の使用、または「否定的な」限定の使用のための先行詞として機能することを意図する。
【０１１６】
ある特定の範囲は、用語「約」が先行した数値により、本明細書に提示されている。用語「約」は、この用語が先行したまさにその数、およびこの用語が先行した数の付近または前後の数に、文字によるサポートを提供するように本明細書に使用されている。ある数が、特に列挙された数の付近または前後であるかに関する決定において、列挙されていない、その数の付近または前後の数は、これが提示されている文脈において、特に列挙された数と実質的な同等なものを提供する数であり得る。値の範囲が提供される場合、文脈がそれ以外を明らかに指示しない限り、下限の単位の１０分の１まで、介在する値のそれぞれ、範囲の上限および下限の間、ならびにその記述された範囲における任意の他の記述されたまたは介在する値が、本明細書に記載されている方法および組成物内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、独立して、より小さい範囲に含まれ得、また、本明細書に記載されている方法および組成物内に包含され、記述された範囲における任意の具体的に除外された限界に付される。記述された範囲が、限界の一方または両方を含む場合、これらの含まれた限界のいずれか一方または両方を除外する範囲も、本明細書に記載されている方法および組成物に含まれる。
【０１１７】
用語「個体」、「患者」または「対象」は、互換的に使用されている。これらの用語のうち、医療従事者（例えば、医師、正看護師、ナース・プラクティショナー、医師助手、用務係（ｏｒｄｅｒｌｙ）またはホスピス職員）の監督（例えば、持続的または断続的）によって特徴付けられる状況を要求するもの、またはこれらに限定されるものはない。さらに、これらの用語は、ヒトまたは動物対象を指す。
【０１１８】
「処置すること」または「処置」は、治療的処置および予防的または予防上の方策の両方を指し、その目標は、標的とされる病的状態または障害を予防するまたは減速する（減らす）ことである。処置を必要とする者は、障害を既に有する者と、および障害を有する傾向がある者、または障害が予防されるべき者を含む。例えば、本開示の方法に従って治療量の対象オリゴヌクレオチドコンジュゲートを受けた後に、対象が、次のうち１種または複数の観察可能および／または測定可能な低下または非存在を示す場合、対象または哺乳動物は、がんの「処置」に成功する：がん細胞の数の低下またはがん細胞の非存在；腫瘍サイズの低下；軟部組織および骨へのがんの拡散を含む、末梢臓器へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、ある程度まで遅くし、好ましくは、停止すること）；腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度まで遅くし、好ましくは、停止すること）；ある程度まで、腫瘍成長の阻害；ならびに／またはある程度まで、特異的ながんに関連する症状の１種または複数の軽減；低下した罹患率および／または死亡率、ならびにクオリティ・オブ・ライフ問題における改善。
【０１１９】
他に定めがなければ、本明細書に使用されているあらゆる技術および科学用語は、本明細書に記載されている方法および組成物が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと同様または同等な任意の方法および材料を、本明細書に記載されている方法および組成物の実施または試験において使用することもできるが、代表的な説明目的の方法および材料について、ここに記載する。
【実施例】
【０１２０】
（実施例１）
【０１２１】
ＨＬＡ−ＤＲをネイティブに発現しない細胞系への完全アルファおよびベータＨＬＡ−ＤＲ鎖のコトランスフェクションは、細胞表面におけるＨＬＡ−ＤＲ発現をもたらした
【０１２２】
ＨＬＡ−ＤＲ発現を欠くＲＫＯ結腸癌細胞系（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−２５７７）に、ＯｒｉＧｅｎｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．から得た、ＨＬＡ−ＤＲ  Ａプラスミド（アルファ、ｃａｔ＃ＲＣ２０９９２０（ＮＭ＿０１９１１１））（図４Ｄ）またはＨＬＡＤＲＢ１＊１５プラスミド（ベータ、ｃａｔ＃ＲＧ２１８７６４（ＮＭ＿００２１２４））（図４Ｆ）のいずれかを安定にトランスフェクトした。ＲＫＯ細胞には、両方のプラスミドのコトランスフェクトも行った。全てのトランスフェクションは、製造業者のプロトコールに従った電気穿孔（Ｍｉｒｕｓ  Ｂｉｏ  ＬＬＣキットを使用）を使用した。トランスフェクトされた細胞は、少なくとも２週間、抗生物質Ｇｅｎｅｔｉｃｉｎ（登録商標）（Ｇ４１８−ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用した選択圧に付した。ＨＬＡ−ＤＲ  ＡおよびＢに対する抗体（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を使用したＦＡＣＳによって、トランスフェクトされた細胞を試験した。フローサイトメトリー試験のため、細胞をフラスコから剥離し、３０分間、摂氏４度にて、抗ＨＬＡ−ＤＲアルファ（ＬＮ３、ＡＰＣ）またはＨＬＡ−ＤＲベータ（ＵＴ３６、ＰＥ）で染色した。さらに、トランスフェクトされた細胞をＦＡＣＳ緩衝剤で２回（２％ＦＢＳを含有するＰＢＳ）洗浄した。次に、細胞をＦＡＣＳ解析機器（ＣｙｔｏＦｌｅｘ  Ｓ）に流し、Ｆｌｏｗｊｏソフトウェアバージョン１０．２を使用してデータを解析した。
【０１２３】
図１Ａを参照すると、親ＲＫＯは、いずれのＨＬＡ受容体の表面発現もなかった。図１Ｂは、ＨＬＡ−ＤＲ  ＡによるＲＫＯ細胞のトランスフェクション成功を示す（Ｍｙｃ−ＤＫＫタグの細胞内発現によって証明される；データ図示せず）。しかし、細胞表面におけるＨＬＡ−ＤＲ発現は検出されなかった。さらに、図１Ｃは、ＨＬＡＤＲ  Ｂ１単独をトランスフェクトされたＲＫＯ細胞系において、ＧＦＰ発現がトランスフェクション成功を示した場合であっても、ＨＬＡ−ＤＲ表面発現が検出されなかったことを示す。その上、図１Ｄは、ＨＬＡ−ＤＲ  ＡおよびＢをコトランスフェクトされた細胞におけるアルファおよびベータ鎖の両方の表面発現を示す（高いおよび中等度のＧＦＰ発現によって確認されたトランスフェクション）。このデータは、ＲＫＯ細胞においてＨＬＡ−ＤＲ遺伝子がサイレントであり、ＨＬＡ−ＤＲの表面発現が、ＡおよびＢ１鎖の両方が同時発生的に発現された場合にのみ起こるという結論を支持する。
【０１２４】
さらに、図１Ａ〜図１ＤのＦＡＣＳプロットの左の列によると、大きい四角は、ＧＦＰ陽性ゲート集団（すなわち、ＧＦＰ発現）を示し、小さい四角は、中等度（図１Ｃおよび図１Ｄの丸の中に表示される濃い緑色のオーバーレイ）および高い（図１Ｃおよび図１Ｄの四角の中に表示される薄い緑色のオーバーレイ）ＧＦＰ発現を発現する細胞を示す。ＦＡＣＳプロットの中央の列は、アルファ鎖（Ｘ軸）およびベータ鎖（Ｙ軸）の表面発現を示す。コトランスフェクトされた細胞において、中等度および高い発現のＧＦＰ集団の両方が、ＦＡＣＳプロットの右の列から分かる通り、ＨＬＡ  ＤＲ  ＡおよびＢの表面発現を提示する。オーバーレイおよび濃い緑色は、中等度の強度のＨＬＡ−ＤＲ  ＡおよびＢを発現する中等度のＧＦＰ発現集団を示し、薄い緑色は、高いＨＬＡ−ＤＲ  ＡおよびＢ発現を有する高いＧＦＰ発現集団を示した。
【０１２５】
図２Ａおよび図２Ｂを参照すると、親ＲＫＯ細胞系（図２Ａ）と比較したフローサイトメトリー解析（図２Ｂ）を使用して、高ＧＦＰ  ＨＬＡ−ＤＲＡＢ１＊１５  ＲＫＯトランスフェクトされた細胞系を選別し（Ｓｏｎｙ  Ｓｏｒｔｅｒ、Ｓｏｎｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈを使用）、再評価した。図２Ｃは、左の列（ＧＦＰ／明視野）に表示されるコトランスフェクトされたＧＦＰ  ＨＬＡ−ＤＲＡＢ１＊１５  ＲＫＯ細胞対右の列におけるＧＦＰ  ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂ１＊１５のみの代表的な蛍光写真（拡大率２０×）を示す。アルファおよびベータ単位の両方をコトランスフェクトされた細胞は、点状ＧＦＰを示し、対して、ＨＬＡ−ＤＲ  Ｂのみがトランスフェクトされた場合、細胞質に散乱した緑色蛍光タンパク質が示される。この結果は、アルファとベータ鎖とが会合し、細胞表面へと移行したことを示す。
【０１２６】
図３Ａ〜図３Ｄは、次の通りに収載される、安定にコトランスフェクトされたＲＫＯおよびＳＫＯＶ３細胞の代表的な蛍光写真を示す：ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１、ＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１、ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ３およびＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ３。ＲＫＯ親細胞系には、また、Ｂ３（ＲＧ２１０７３２、ＮＭ＿０２２５５５）またはＢ４（ＲＧ２０２７４３、ＮＭ＿０２１９８３）またはＢ５（ＲＧ２０３６４６、ＮＭ＿００２１２５）と組み合わせたＨＬＡ−ＤＲ  Ａをコトランスフェクトし、これらは全て、ＯｒｉＧｅｎｅから得られる。上に記載されている通り、フローサイトメトリーを使用してデータを確認した（データ図示せず）。ＳＫＯＶ３は、卵巣腺癌細胞系（ＨＴＢ−７、ＡＴＣＣ）であり、ＡおよびＢ鎖発現を欠くためにＨＬＡ  ＤＲ発現を欠く第２の細胞系であり、ＨＬＡ−ＤＲ  Ａ  Ｂ１、ＨＬＡ−ＤＲ  Ａ  Ｂ３、ＨＬＡ−ＤＲ  Ａ  Ｂ４およびＨＬＡ−ＤＲ  Ａ  Ｂ５をコトランスフェクトした。トランスフェクトされたＳＫＯＶ３細胞を選別した。ＲＫＯ細胞系および膵腺癌ＢｘＰＣ３細胞系（ＣＲＬ−１６８７、ＡＴＣＣ）におけるＧＦＰおよびＨＬＡ−ＤＲ発現は図示しなかった。異なるベータ鎖のプラスミドは、図４Ａ〜図４Ｃに提示する。ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＡＢ１およびＲＫＯ  ＨＬＡ−ＡＢ３の蛍光写真を、図６Ａおよび図６Ｃに示し、ＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＡＢ１およびＳＫＯＶ３  ＨＬＡ−ＡＢ３の蛍光写真を、図６Ｂおよび図６Ｄに示す。白色エラーは、点状のＧＦＰの小胞発現を示し、このことは、細胞表面へのＭＨＣ分子の移行を示す。
【０１２７】
（実施例２）
Ｔ細胞の増殖は、ＨＬＡ発現に依存する
【０１２８】
機能的混合リンパ球反応、Ｔ細胞増殖およびサイトカイン放出アッセイを使用して、発現しない腫瘍細胞と比較して、Ｔ細胞活性化におけるＨＬＡ−ＤＲを発現する腫瘍細胞系の効果を試験する。
【０１２９】
ヒト混合リンパ球反応アッセイ
【０１３０】
コトランスフェクトされたＨＬＡ−ＤＲ  ＲＫＯ細胞が、同様および異なるＨＬＡ−ＤＲによりＴ細胞を活性化することができるかを試験するために、ＭＬＲアッセイのための陽性対照として樹状細胞（ＤＣ）を使用した。これらのＤＣを生成するために、後述するプロトコールに従った：
ヒトバフィーコートを、Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ（Ｓｔａｎｆｏｒｄ、ＣＡ）から購入し、ＰＢＳで希釈し、ヒトＰＢＭＣの単離のためにフィコール上に重層した。ヒトＰＢＭＣをＰＢＳで４回洗浄し、製造業者のプロトコール（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）に記載されている通りに、正の選択を用いたヒト特異的ＣＤ１４＋細胞単離キットを使用して、表面抗原分類１４（ＣＤ１４＋）単球を単離した。次に、１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）を補充した完全Ｒｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＲＰＭＩ）１６４０培地において７日間、５×１０５個の細胞／ｍＬでＣＤ１４＋細胞を播種した。０、２および５日目に、培養物に、組換えヒト（ｒｈ−）ＩＬ−４（１０００Ｕ／ｍＬ）（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）およびｒｈ顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）（ｒｈ−ＧＭＣＳＦ）（５００Ｕ／ｍＬ）（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）を補充した。７日目に、未成熟ＤＣを収集し、洗浄し、計数した。
【０１３１】
これらのＤＣは、２名の異なるドナー（Ｄ１およびＤ２）から調製された２個の代表的なＤＣの図５Ａに示す通り、高いＨＬＡ−ＤＲおよびＰＤ−Ｌ１を発現した。Ｃｙｔｏｆｌｅｘ解析機器（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｕｌｔｕｒｅ）を使用したフローサイトメトリーにより、ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）標識抗ｈｕ−ＰＤ−Ｌ１（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ／Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を使用して、ＰＤ−Ｌ１発現に関して各調製物の試料を試験した。さらに、ＨＬＡ−ＤＲアルファ（ＡＰＣ）およびＨＬＡ  ＤＲベータＰＥ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ／Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）発現も、Ｄ１およびＤ２から単離された細胞において評価した。
【０１３２】
図５Ｂを参照すると、バフィーコート（Ｓｔａｎｆｏｒｄ  ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ、ＣＡ）からヒトＴリンパ球を単離し、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で希釈し、ＰＢＭＣの単離のためにフィコール上に重層した。ヒトＰＢＭＣをＰＢＳで４回洗浄し、製造業者のプロトコール（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）に記載されている通り、負の選択を用いたヒト特異的汎Ｔ細胞単離キットを使用して、Ｔリンパ球を単離した。図５Ｂに示す通り、ＤＣは、静止したＴ細胞から予想される通り、ＬＡＧ３およびＰＤ−１等の、最小レベルの共阻害受容体を発現した。さらに、図５Ｃを参照すると、親ＲＫＯ細胞系およびＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１＊１５コトランスフェクトされた細胞は、１０％ＦＢＳを含有するイーグルの最小必須培地（ＭＥＭ）（Ｃｏｒｎｉｎｇ、Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で生育させた。安定にトランスフェクトされたＲＫＯ細胞のため、選択抗生物質としてＧ４１８を添加した。親およびＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢトランスフェクトされたＲＫＯ細胞の両方が、高レベルのＰＤ−Ｌ１を発現した。
【０１３３】
Ｔ細胞増殖アッセイ＆サイトカイン放出アッセイ
【０１３４】
Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ  ｅｔ  ａｌ，  ２００４から、いくつかの改変を加えて、ＭＬＲプロトコールを適応させた。初代ヒトＤＣ分化された、ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢ１トランスフェクトされたＲＫＯ細胞およびＲＫＯ親を、最適な抗原提示細胞状態のために実験当日に収集し、Ｔ細胞活性化に必要な、高レベルのＰＤ−Ｌ１発現、ならびにＣＤ８０およびＣＤ８６等の共刺激マーカーに関してフローサイトメトリーによって検証した（データ図示せず）。細胞を計数し、低用量の５０ｕｇ／ｍＬマイトマイシンＣ（ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓａｉｎｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）で処置して、細胞が、サイトカインを分泌するのを防止したが、Ｔ細胞への抗原提示支持としてのみ機能するようにした。よって、アッセイの成績は、Ｔ細胞のみによって誘導された。
【０１３５】
上に記載されている同じプロトコールに従って、同種異系間ドナーから新鮮に単離されたヒトＴ細胞を収集した。異なる濃度の抗ＰＤ−１抗体（ニボルマブおよびペムブロリズマブ）、抗ＬＡＧ３抗体、陰性および陽性対照抗体、または培地単独（ベースライン反応を評価するために）の存在下で、Ｔ細胞を放射線照射されたＤＣと共に、１０：１の比（最適なアッセイ条件のためにＴ：ＤＣまたはＲＫＯ−）で蒔いた。９６ウェル平底組織培養処置プレート（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）に全条件を蒔いた。無血清Ｘ−ｖｉｖｏ１５培地（Ｌｏｎｚａ、Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ、ＭＤ）を使用して細胞を培養して、実験間のヒト血清可変性を防止した。異なるドナーに依存して５〜８日間、５％ＣＯ２により３７℃で培養物をインキュベートした。光学顕微鏡下でＴ細胞塊の生成をモニターして、Ｔ細胞増殖の徴候があればそれを捕捉した（図６Ａ〜図６Ｆ、図７Ａ〜図７Ｄおよび図８Ａにおける例）。収集当日に、上清を採取し、製造業者のプロトコールに従って、ＩＦＮ−ガンマおよびＴＮＦアルファに関してＭｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ  ＬＬＣ．、Ｍａｒｙｌａｎｄ、ＭＤ）キットを使用してサイトカイン濃度を測定した。ＭＬＲアッセイからのＴ細胞増殖測定のため、Ｖｉｏｌｅｔ  ＣｅｌｌＴｒａｃｅ（商標）Ｖｉｏｌｅｔ細胞増殖キット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）でＴ細胞を処置した。収集日に、抗ＣＤ３抗体ＰＥ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）で細胞を染色した。死細胞（生および死細胞染色ｅＦｌｏｕｒ５１０、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡで染色）およびＧＦＰ陽性細胞をゲートから出した。ＣＤ３陽性細胞をゲートに入れ、Ｖｉｏｌｅｔ  ｔｒａｃｅ染色に関して解析した。
【０１３６】
図８Ａの中央ヒストグラムに示す通り、ＲＫＯトランスフェクトされた細胞は、Ｔ細胞を活性化して、増殖させることができた。増殖したＴ細胞は、各増殖サイクルにおける色素の等分割により色素を失い、陰性として見えた。図８Ａにおけるヒストグラムの左および右パネルの両方に示す通り、Ｔ細胞が増殖しなかった場合、Ｔ細胞は色素を維持した。ＤＣは、ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢと比較して同様の結果を示した（データ図示せず）。ＲＫＯおよびＤＣは、高レベルのＰＤ−Ｌ１を発現するため、ＰＤ−Ｌ１の発現により、Ｔ細胞における増殖は阻害された。図８Ｂに示す通り、抗ＰＤ−Ｌ１抗体の添加は、Ｔ細胞の増殖を増加させた。フローサイトメトリー（ＣｙｔｏｆＬＥＸ  Ｓ解析機器、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して、データを取得し、Ｆｌｏｗｊｏソフトウェアバージョン１０．２を使用してデータ解析を行った。
【０１３７】
図６Ａ〜図６Ｆおよび図７Ａ〜図７Ｄは、異なる拡大率による、ドナー１および２から得られた増殖するＴ細胞の代表的な写真を示した。図７Ａは、ＲＫＯ親細胞と共に培養された場合に、ドナー１（Ｄ１）Ｔ細胞が増殖しなかったことを実証する。それぞれ、図６Ａは、Ｄ１  Ｔ細胞が、抗ＰＤ−１抗体による処置後に増殖したことを示し、図６Ｅは、ドナー２（Ｄ２）Ｔ細胞が、抗ＰＤ−１抗体による処置後に増殖したことを示す。図６Ｂおよび図６Ｃは、Ｄ１  Ｔ細胞が、ＨＬＡ−ＤＲ（アルファおよびベータ単位の両方を有する）トランスフェクトされたＲＫＯ細胞と共に培養した場合に増殖したことを示す。同様に、図６Ｄおよび図６Ｆは、Ｄ２  Ｔ細胞が、ＨＬＡ−ＤＲ（アルファおよびベータ単位の両方を有する）トランスフェクトされたＲＫＯ細胞と共に培養した場合に増殖したことを示す。対比として、Ｔ細胞が、ＲＫＯ親細胞と共に（図６Ｇ）、またはいかなる処置もなく（図６Ｈ）培養された場合、Ｔ細胞は増殖しなかった。
【０１３８】
さらに、図７Ｂ〜図７Ｄを参照すると、Ｔ細胞は、ＨＬＡ−ＤＲ  Ａ＋Ｂ（アルファおよびベータ単位の両方を有する）トランスフェクトされたＲＫＯ細胞と共に培養した場合に増殖した。Ｔ細胞芽球およびクラスターを実線の丸の中に示し、ＲＫＯ細胞を破線の丸で囲む。
【０１３９】
ＭＳＤ  Ｕ−Ｐｌｅｘキット（Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＬＬＣ（Ｍａｒｙｌａｎｄ  ＭＤ））を使用して、上述の培養物の上清からサイトカインを測定した。結果をＭＳＤ  ＭＥＳＯ  ＱｕｉｃｋＰｌｅｘ  ＳＱ  １２０解析機器に流し、ＭＳＤソフトウェアおよびＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍを使用して解析した。統計解析のため、二元配置Ａｎｏｖａを使用した。ＩＦＮ−ガンマ、ＴＮＦ−アルファ、ＩＬ−１ベータおよびＩＬ−６のレベルを測定した。図８Ｃを参照すると、ＲＫＯ親系統と比較して、ＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ細胞またはＤＣ（図示せず、陽性対照のみとして陽性対照を使用）と共にインキュベートしたＴ細胞から、ＩＦＮ−ガンマおよびＴＮＦ−アルファは増加し、チェックポイント阻害剤による処置は、これらの培養物におけるサイトカイン分泌を増加させた。ＩＬ−１ベータおよびＩＬ−６は、検出されなかったまたは低レベルで検出され、ＤＣ等の自然細胞または腫瘍ＲＫＯ細胞からではなく、Ｔ細胞活性化によりサイトカインが分泌されたことを示す。２連のデータをＳＥＭと共に提示した。ＲＫＯまたはＲＫＯ  ＨＬＡ−ＤＲ１のデータを図８Ｃおよび下表に示す。
表２．親ＲＫＯ細胞系対ＨＬＡ−ＤＲ  ＡＢコトランスフェクトされたＲＫＯ細胞系による、ＭＬＲにおいて活性化されたＴ細胞からのサイトカイン分泌
【表２】
2021507924.tif 000005
【０１４０】
（実施例３）
天然に存在しないクラスＩ  ＭＨＣ構成成分の投与
【０１４１】
卵巣がんを患う個体は、卵巣組織におけるベースラインＨＬＡ−Ａ発現レベルと比べて、卵巣がんにおいて低下したＨＬＡ−Ａ発現を示すことが決定される。患者に、卵巣組織における増強された発現のために改変された天然に存在しないＨＬＡ−Ａ遺伝子を含むアデノウイルスベクターを投与する。個体における天然に存在しないＨＬＡ−Ａ遺伝子の発現が回復される。
【０１４２】
（実施例４）
結腸がんにおける過剰メチル化されたＨＬＡプロモーター領域の標的化された脱メチル化
【０１４３】
免疫チェックポイント阻害剤療法に対し無応答性であることが以前に示された結腸がんを患う個体に腫瘍生検を行う。先ず、クラスＩ  ＨＬＡおよびクラスＩＩ  ＨＬＡ遺伝子のそれぞれの発現を決定する。クラスＩ  ＨＬＡ遺伝子のそれぞれは、正常なクラスＩ  ＨＬＡ発現と比べて重篤に低下した発現を有することが示される。腫瘍由来のＤＮＡと共に、同じ個体の非がん性組織由来のＤＮＡを抽出する。ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−Ｃ遺伝子のそれぞれに関し、各ＤＮＡ試料のアリコートを配列決定する。残っているＤＮＡ試料を亜硫酸水素塩で処置し、同じ遺伝子をその後に配列決定する。亜硫酸水素塩処置ＤＮＡと非亜硫酸水素塩処置配列との比較は、３種のＨＬＡクラスＩ遺伝子のそれぞれのプロモーターが、プロモーター当たり２個の異なるＣｐＧ部位における非がん性ＨＬＡクラスＩ遺伝子に関してメチル化されることを明らかにする。
【０１４４】
７種の異なる核酸分子を含む免疫療法組成物を作製し、これらは、ＴＥＴ酵素（脱メチル化酵素）に融合された非活性化されたＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする１種の核酸分子、およびガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）をコードする残る６種の核酸分子であり、各ｇＲＮＡは、プロモーターにおいて同定された６種のメチル化されたＣｐＧ部位のうち１種を標的化する。本組成物を、個体に投与する。１日後に個体におけるクラスＩ  ＨＬＡ分子の発現を査定し、上昇したことが示される。次に、免疫チェックポイント阻害剤療法を個体に投与する。
【０１４５】
（実施例５）
クラスＩＩ  ＭＨＣ構成成分の投与
【０１４６】
膵がんを患う個体に、ＨＬＡ−ＤＱＡ１およびＨＬＡ−ＤＱＢ１遺伝子をコードするプラスミドを含むリポソームを投与する。
【０１４７】
本開示の好ましい実施形態を本明細書に示し、記載してきたが、当業者には、斯かる実施形態が単なる一例として提供されていることが明らかとなるであろう。そこで、当業者であれば、本開示から逸脱することなく、多数の変動、変化および置換を想定するであろう。本開示の実施において、本明細書に記載されている本開示の実施形態の様々な代替を用いることができることを理解するべきである。以下の特許請求の範囲が、本開示の範囲を定義し、これにより、このような特許請求の範囲内の方法および構造物、ならびにこれらの均等が網羅されることが意図される。
表３．  ＨＬＡ対立遺伝子
【表３−１】
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【表３−２】
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【表３−３】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ−Ｂ】
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【図４Ｃ−Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図５】
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【図６Ａ−Ｄ】
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【図６Ｅ−Ｈ】
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【図７】
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【図８Ａ−Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【国際調査報告】
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