(57)【要約】  本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するための方法および組成物が記載される。本明細書に記載の組成物および方法を使用して処置される、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病は、アトピー性皮膚炎、湿疹、皮膚炎、乾癬、酒さ、および、ざ瘡、を含む。組成物は、調節異常の微生物叢と関連付けられる皮膚疾病に治療を施すための、投与用の健康なドナー由来の、細菌の、１つまたは２以上の菌株を含む。そのような組成物は、グラム陰性細菌および／またはグラム陽性細菌を含む。【選択図】図１Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための方法であって、該方法が、  ａ）ドナーの皮膚由来のグラム陰性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、
ｂ）グラム陰性細菌の少なくとも１つの種を、必要とする被験体に局所的に投与する工程、を含み、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置にとって十分な量で存在し、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹（ｐｒｕｒｉｇｏ  Ｂｅｓｎｉｅｒ）、乾癬、白斑、酒さ、またはざ瘡である、方法。
【請求項２】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌と比較して、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、感染後２４時間以内に、培養されたヒトの包皮由来の１次のケラチノサイトにおける、ディフェンシンβ４Ａ、ＣＹＰ２７ｂ１、ビタミンＤ受容体、カテリシジン（ｃａｔｈｅｌｉｃｉｄｉｎ）、またはフィラグリンのｍＲＮＡレベルの相対的な増加をもたらすことを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌との、マウスの耳での共感染後、２４時間以内に、黄色ブドウ球菌の増殖の相対的な減少をもたらすこと特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌との、マウスの耳での共感染後、２４時間以内に、リゾホスファチジルコリンの相対的な増加をもたらすことを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも２つ、３つ、４つ、または５つの異なる菌株を含むことを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていないドナー由来のグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株を投与する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は生存可能であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株は純化されていることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株は単離されていることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
ドナーは皮膚ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を抱えていないことを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
１週間ごとに少なくとも２回、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
１週間にわたって１日おきに、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
１日に１回、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
被験体が成人であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
被験体が子供であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
被験体が乳幼児であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
乾癬を処置するための方法であって、該方法が、必要とする被験体に対して、乾癬を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程、を含む、方法。
【請求項２０】
医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含むことを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能であることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されていることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されていることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在することを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
医薬組成物が局所的に投与されることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２８】
１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２９】
１日に１回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項３０】
被験体が成人であることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
被験体が子供であることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項３２】
被験体が乳幼児であることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項３３】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株がドナーの皮膚由来のことを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項３４】
ドナーが乾癬を持っていないことを特徴とする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項１９から３４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
【請求項３６】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項３５に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
酒さを処置するための方法であって、該方法が、処置を必要とする被験体に対して、酒さを処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程を含む、方法。
【請求項３８】
医薬組成物が局所的に投与されることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
医薬組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含むことを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能であることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されていることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されていることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４４】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在することを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４５】
１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４６】
１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４７】
１日に１回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４８】
被験体が成人であることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項４９】
被験体が子供であることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項５０】
被験体が乳幼児であることを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項５１】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株がドナーの皮膚由来のことを特徴とする、請求項３７に記載の方法。
【請求項５２】
ドナーが酒さを持っていないことを特徴とする、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項３７から５２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
【請求項５４】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項５３に記載の医薬組成物。
【請求項５５】
ざ瘡を処置するための方法であって、該方法が、処置を必要とする被験体に対して、ざ瘡を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程を含む、方法。
【請求項５６】
医薬組成物が局所的に投与されることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含むことを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能であることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されていることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されていることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６１】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６２】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在することを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６３】
１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６４】
１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６５】
１日に１回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６６】
被験体は成人であることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６７】
被験体は子供であることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６８】
被験体は乳幼児であることを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項６９】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ドナーの皮膚由来のことを特徴とする、請求項５５に記載の方法。
【請求項７０】
ドナーは酒さを持っていないことを特徴とする、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項５５から７０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
【請求項７２】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含むことを特徴とする、請求項７１に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するための方法であって、該方法は、
ａ）第１のドナーの皮膚から単離されたグラム陰性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、
ｂ）第２のドナーの皮膚から単離されたグラム陽性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、
ｃ）グラム陰性細菌の少なくとも１つの種とグラム陽性細菌の少なくとも１つの種を、それらを必要としている被験体に局所的に投与する工程、を含み、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種とグラム陽性細菌の少なくとも１つの種とは、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するために十分な量で存在する、方法。
【請求項７４】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、皮膚炎、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、酒さ、またはざ瘡であることを特徴とする、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、アトピー性皮膚炎であることを特徴とする、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
医薬組成物であって、該医薬組成物が、生きている細菌の混合物であって、
ａ）ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない第１のドナー由来のグラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株；および、
ｂ）ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない第２のドナー由来のグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株、を含む、混合物を含み、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株とグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株は、処置を必要とする被験体におけるディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するために十分な量で存在し、および、ここで、医薬組成物は局所的投薬の剤形である、医薬組成物。
【請求項７７】
医薬組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含むことを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項７８】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病が、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎（ｎｅｕｒｏｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ）、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡、であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項７９】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８０】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が、シュードモナス属、パントエア（Ｐａｎｔｏｅａ）属、モラクセラ属、ロゼオモナス属、または、ビトレオシラ属であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８１】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が、ロゼオモナス・ムコサ、緑膿菌、または、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８２】
グラム陽性菌の少なくとも１つの菌株が、ブドウ球菌属、連鎖球菌属、腸球菌属、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｅ）、またはプロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｉ）であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８３】
グラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株が、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・コーニイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉｉ）、またはスタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）であることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８４】
グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離されることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８５】
グラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株が、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離されることを特徴とする、請求項７６に記載の医薬組成物。
【請求項８６】
ロゼオモナス・ムコサが生存可能であることを特徴とする、請求項８１に記載の医薬組成物。
【請求項８７】
ロゼオモナス・ムコサが純化されることを特徴とする、請求項８１に記載の医薬組成物。
【請求項８８】
ロゼオモナス・ムコサが単離されることを特徴とする、請求項８１に記載の医薬組成物。
【請求項８９】
ロゼオモナス・ムコサが、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項８１に記載の医薬組成物。
【請求項９０】
ロゼオモナス・ムコサが、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在することを特徴とする、請求項８１に記載の医薬組成物。
【請求項９１】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための方法であって、該方法は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するために、必要とする被験体に、請求項７６から９０のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与する工程を含む、方法。
【請求項９２】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病が、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡、であることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎であることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
医薬組成物が局所的に投与されることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９５】
１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９６】
１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９７】
１日に１回、医薬組成物が被験体に投与されることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９８】
被験体が成人であることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項９９】
被験体が子供であることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項１００】
被験体が乳幼児であることを特徴とする、請求項９１に記載の方法。
【請求項１０１】
医薬組成物であって、該医薬組成物が、必要とする患者におけるディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含み、ここで、該医薬組成物は経口用または経直腸用の剤形である、医薬組成物。
【請求項１０２】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病が、酒さまたは乾癬であるあることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０３】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎であることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０４】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能であることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０５】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されていることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０６】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されていることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０７】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在することを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０８】
医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含むことを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１０９】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在すことを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１１０】
ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在することを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１１１】
ロゼオモナス・ムコサがドナーの皮膚から単離されることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【請求項１１２】
ロゼオモナス・ムコサが、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離されることを特徴とする、請求項１０１に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１８年４月１８日出願の米国仮特許出願第６２／６５９，５６６号、および２０１８年７月２６日出願の米国仮特許出願第６２／７０３，７４２号の利益を主張するものであり、これらの両方は引用によって本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットで提出された配列表を含み、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。２０１９年４月１６日に作成された前記ＡＳＣＩＩ版は５３６５４−７０５＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、２，１２２バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
皮膚細菌叢のディスバイオシス（Ｄｙｓｂｉｏｓｉｓ）は、皮膚のバリアが破壊され、破壊部位での炎症もまた悪化する様々な疾患に関連づけられる。例えば、アトピー性皮膚炎の場合、健康な被験体の皮膚細菌叢は、アトピー性皮膚炎の被験体のそれとは著しく異なる。アトピー性皮膚炎の症状は、しばしば共生の多様性の喪失に起因する。微生物叢の機能不全は、またアトピー性皮膚炎の病理の特徴でもある。黄色ブドウ球菌の異常増殖および感染は、免疫の平衡失調および貧弱なバリア機能の一因および結果である。黄色ブドウ球菌の増殖を緩和する抗生物質処置は、アトピー性皮膚炎の症状を改善する場合があるが、しばしば根底にある病理を正常化することができない。従って、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾患の処置のための改良された療法に対するニーズがある。
【発明の概要】
【０００４】
医薬組成物が本明細書で提供され、該医薬組成物は、処置を必要とする被験体におけるアトピー性皮膚炎を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサ（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｍｕｃｏｓａ）細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、医薬組成物は経口用または経直腸用の剤形である。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能である、組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されている、組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されている、組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する組成物が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含む、組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス属細菌の少なくとも１つの菌株は１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、組成物が、さらに提供される。本明細書において、局所的なものを含め、アトピー性皮膚炎の処置の方法が提供される。
【０００５】
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置の方法が提供され、該方法は、ドナーの皮膚由来のグラム陰性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種を、必要とする被験体に局所的に投与する工程、を含み、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するために十分な量で存在し、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹（ｐｒｕｒｉｇｏ  Ｂｅｓｎｉｅｒ）、乾癬、白斑、酒さ、または、ざ瘡である。本明細書において、方法がさらに提供され、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌と比較して、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、感染後２４時間以内に、培養されたヒトの包皮由来の１次のケラチノサイトにおける、ディフェンシンβ４Ａ、ＣＹＰ２７ｂ１、ビタミンＤ受容体、カテリシジン（ｃａｔｈｅｌｉｃｉｄｉｎ）、またはフィラグリンのｍＲＮＡレベルの相対的な増加をもたらす。本明細書において、方法がさらに提供され、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌との、マウスの耳での共感染後、２４時間以内に、黄色ブドウ球菌増殖の相対的な減少をもたらす。本明細書において、方法がさらに提供され、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱える被験体からの同じ種タイプのグラム陰性細菌との、マウスの耳での共感染後、２４時間以内に、リゾホスファチジルコリンの相対的な増加をもたらす。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種は、グラム陰性細菌の少なくとも２つ、３つの、４つの、または５つの異なる菌株を含む、方法が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、少なくとも、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていないドナー由来のグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株を投与する工程をさらに含む、方法が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が生存可能である、方法が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が純化されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が単離されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離される、方法が、さらに提供される。本明細書において、ドナーは皮膚ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を抱えていない、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間ごとに少なくとも２回、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与され��、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間にわたって１日おきに、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１日に１回、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が成人である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が子供である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が乳幼児である、方法が、さらに提供される。
【０００６】
本明細書において、乾癬を処置するための方法が提供され、該方法は、それを必要とする被験体に対して、乾癬を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程、を含む。本明細書において、医薬組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が局所的に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１日に１回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が成人である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が子供である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が乳幼児である、方法が、さらに提供される。さらに本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株がドナーの皮膚由来である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ドナーが乾癬を持っていない、方法が、さらに提供される。
【０００７】
本明細書に記載のような医薬組成物が提供され、ここで、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む、医薬組成物が、さらに提供される。
【０００８】
本明細書において、酒さを処置するための方法が提供され、該方法は、処置を必要とする被験体に対して、酒さを処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程、を含む。本明細書において、医薬組成物が局所的に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含む、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与される、方法がさらに提供される。本明細書において、１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１日に１回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が成人である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が子供である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が乳幼児である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株がドナーの皮膚由来である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ドナーが酒さを持っていない、方法が、さらに提供される。
【０００９】
本明細書に記載のような医薬組成物が提供され、ここで、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む、医薬組成物が、さらに提供される。
【００１０】
本明細書において、ざ瘡を処置するための方法が提供され、該方法は、必要とする被験体に対して、ざ瘡を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む医薬組成物を投与する工程、を含む。本明細書において、医薬組成物が局所的に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が、薬学的に許容可能な担体をさらに含む、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されている、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１日に１回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が成人である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が子供である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が乳幼児である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株がドナーの皮膚由来である、方法が、さらに提供される。本明細書において、ドナーが酒さを持っていない、方法が、さらに提供される。
【００１１】
本明細書に記載のような医薬組成物が提供され、ここで、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２、およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３の核酸配列を含む、医薬組成物が、さらに提供される。
【００１２】
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置の方法が提供され、該方法は、第１のドナーの皮膚から単離されたグラム陰性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、第２のドナーの皮膚から単離されたグラム陽性細菌の少なくとも１つの種を提供する工程；および、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種とグラム陽性細菌の少なくとも１つの種を、必要としている被験体に局所的に投与する工程、を含み、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの種とグラム陽性細菌の少なくとも１つの種とは、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置にとって十分な量で存在する。本明細書において、方法がさらに提供され、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、皮膚炎、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、酒さ、またはざ瘡である。本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎である、方法がさらに提供される。
【００１３】
本明細書において、生きている細菌の混合物であって、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない第１のドナー由来のグラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株；および、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない第２のドナー由来のグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株、を含む、混合物を含む、医薬組成物であって、ここで、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株とグラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株は、それらを必要とする被験体におけるディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置にとって十分な量で存在し、および、ここで、医薬組成物は局所的投薬の剤形である、医薬組成物が提供される。本明細書において、医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含む、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が、さらに提供され、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎（ｎｅｕｒｏｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ）、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡である。本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）属、パントエア（Ｐａｎｔｏｅａ）属、モラクセラ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）属、ロゼオモナス属、または、ビトレオシラ属である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株がロゼオモナス・ムコサ、緑膿菌、または、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陽性菌の少なくとも１つの菌株が、ブドウ球菌属、連鎖球菌属、腸球菌属、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｅ）、またはプロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｉ）である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株が、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・コーニイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉｉ）、またはスタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陰性細菌の少なくとも１つの菌株が、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離される、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、グラム陽性細菌の少なくとも１つの菌株が、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離される、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが生存可能である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが純化される、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが単離される、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、医薬組成物が、さらに提供される。
【００１４】
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置の方法が提供され、該方法は、必要とする被験体の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を処置するために、本明細書に記載のような医薬組成物を投与する工程を含む。本明細書において、方法が提供され、ここで、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡、である。本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎である、方法がさらに提供される。本明細書において、医薬組成物が局所的に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間ごとに少なくとも２回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１週間にわたって１日おきに医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、１日に１回、医薬組成物が被験体に投与される、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が成人である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が子供である、方法が、さらに提供される。本明細書において、被験体が乳幼児である、方法が、さらに提供される。
【００１５】
本明細書において、必要とする被験体におけるディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を処置するために十分な量で存在する、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株を含む、医薬組成物が提供され、ここで、医薬組成物は経口用または経直腸用の剤形である。本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病が酒さまたは乾癬である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がアトピー性皮膚炎である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が生存可能である、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が純化されている、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が単離されている、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、医薬組成物が薬学的に許容可能な担体をさらに含む、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、被験体における黄色ブドウ球菌を減少させるために十分な量で存在する、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサの少なくとも１つの菌株が、１０２から１０１２のコロニー形成単位の量で存在する、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサがドナーの皮膚から単離される、医薬組成物が、さらに提供される。本明細書において、ロゼオモナス・ムコサが、皮膚損傷を持っていないドナーの皮膚の領域から単離される、医薬組成物が、さらに提供される。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１Ａ】局所投与または経口投与を介した、細菌のための投与経路を描写する。
【図１Ｂ】直腸投与を介した、細菌のための投与経路を描写する。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
本明細書において、皮膚ディスバイオシスと関連付けられる疾病を抱えていない患者からの細菌を投与することによって、皮膚ディスバイオシスと関連付けられる疾病を処置するための、組成物と方法が提供される。組成物と方法は、皮膚ディスバイオシスと関連付けられる疾病を処置するための付加的な治療剤をさらに含む場合があり、ここで、細菌の存在は、付加的な治療剤の治療効果を高める。本明細書において、（１）ディスバイオシスと関連付けられた皮膚疾病を処置するための微生物；（２）併用治療剤；（３）治療適用；（４）剤形；および（５）投与スケジュール、が記載される；
【００１８】
本開示の全体にわたり、様々な実施形態は、範囲フォーマット（ｒａｎｇｅ  ｆｏｒｍａｔ）で提示されてもよい。範囲フォーマットでの記載は単に利便性と簡潔さのためのものであり、実施形態の範囲に対する確固たる制限として解釈されるべきでないことを、理解されたい。従って、範囲の記載は、全ての可能なサブ範囲、同様に、文脈が明確に指示していない限り下限の単位の１０分の１まで、その範囲内の個々の数値を具体的に開示したものと考慮されねばならない。例えば、１〜６などの範囲の記載は、１〜３、１〜４、１〜５、２〜４、２〜６、３〜６といった、具体的に開示されたサブ範囲、同様に、例えば、１．１、２、２．３、５、及び５．９といった範囲内にある個々の値を有すると、考慮されねばならない。これは、範囲の広さにかかわらず適用される。このような介在する範囲の上下限範囲は、より小さな範囲に独立して含まれ得、および、明示された範囲における任意の明確に除外された制限に従い、本発明内にも包含される。述べられた範囲が制限の１つまたは両方を含む場合、そのような、含まれている制限の何れかまたは両方を除いた範囲も、文脈が明確に指示していない限り含まれる。
【００１９】
本明細書で使用される用語は、特定の例のみを記載するためのものであり、何れの実施形態も制限するようには意図されていない。本明細書で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が他に明白に示していない限り、同様に複数形を含むように意図される。本明細書で使用されるように、用語「および／または」は、関連する列挙された品目の１以上の、何れかおよび全ての組み合わせを含む。
【００２０】
具体的に明示されていない、または文脈から明白ではない限り、本明細書で使用されるように、数またはその範囲に関して用語「約」とは、数字または数字の範囲に関して、明示された数およびその＋／−１０％の数を意味し、或いは、範囲について列挙された値に対する下限より１０％低い、かつ上限より１０％高い数を意味する。
【００２１】
ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を処置するための微生物
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置において使用するための組成物が提供される。そのような組成物は、単離された、および／または純化された細菌、および、完全なヒトの皮膚からの細菌の組み合わせ、またはそのような細菌から繁殖されたものを含む場合がある。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を伴う被験体に投与されたとき、これらの細菌は健康な微生物叢として機能するか、または常在の細菌叢の増殖を促進することができる。提供される組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる疾病の症状を処置するか、緩和するか、遅らせるか、またはその尤度を減少させ得る。本明細書に記載の組成物を使用する処置にとって典型的な、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病は、限定はされないが、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、および、ざ瘡、を含む。
【００２２】
本明細書において、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病（例えば、アトピー性皮膚炎）を持たないドナー被験体から単離された細菌を含む、組成物が提供される。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体とは、いかなる病理学的皮膚疾病も観察されていない被験体である。さらに、ドナー被験体は、例えば、皮膚および／または内臓の病理学的疾病などの、いかなる病理学的疾病も持たない場合がある。ドナー被験体は免疫適格性であり得る。細菌は、ドナー被験体の皮膚から直接単離されてもよく、または、細菌の培養のための手法を使用してインヴィトロで繁殖されてもよい。
【００２３】
本明細書において、もとは、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚病を持たないドナー被験体のヒト皮膚微生物叢の中で発見された、菌株または菌種の属、種、菌株、および組み合わせが提供される。そのような種／菌株は、皮膚の病原体の複製の速度を著しく減少させる効能によって選択される場合がある。これらの種／菌種は、病原菌の増殖、複製、および重症度を調整するための安全で効果的な手段となる。さらに、本明細書において提供される組成物は病原性菌を除外する。そのため、本明細書に記載された組成物において使用する細菌は、被験体、例えば、免疫適格の被験体の皮膚に投与された場合、非病原性であり得る。完全なヒト皮膚に投与されたときに細菌が感染を引き起こさないところでは、いかなる病因も処置の後に続いて観察されるとは予想されない。ドナー患者から得られた細菌は、ドナー患者の身体の様々な部位、例えば、前腕、前肘窩、および頚部の皮膚から単離される場合がある。
【００２４】
本明細書において記載する組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を有する被験体に投与されたとき、被験体において存在する特定の病原体、例えば、黄色ブドウ球菌の増殖速度を減少させる。永続的に皮膚における黄色ブドウ球菌を減少させる能力を備えた細菌は、人間の微生物叢内の構成要素に対して生態的防除因子（ＥＣＦ）を評価するための方法論を使用して特定することができる。ＥＣＦは、インヴィトロのアッセイを使用して、所与の共生的な菌株または菌株の組み合わせの、所与の病原体に対する拮抗活性を評価することにより、究明することができ、結果として、付加された共生的な菌株の様々な濃度における生態的防除のレベルが観察される。共生的な菌株または菌株の組み合わせについてＥＣＦは、抗生物質の評価において利用される最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）評価に似ている。ＥＣＦは、皮膚病原微生物に拮抗する効能によって、共生的な菌株および菌株の組み合わせの相対的な性能を評価し、並べるために使用することができる。共生的な菌株または２０の菌株の組み合わせのＥＣＦは、インヴィトロのアッセイにおいて、標的病原体の所定の割合の阻害（例えば、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％）をもたらすことができる、その組成物の濃度を評価することにより、計算することができる。
【００２５】
本明細書において提供される細菌組成物は、ヒト・ケラチノサイトを刺激する場合がある。そのような刺激は、インビボヴォおよび／またはインヴィトロで生じる場合がある。細菌は、上皮バリア機能に関与する免疫メディエーターまたは分子のｍＲＮＡの転写を増加させることで、例えば、ｍＲＮＡをコードするＩＬ−１β、ｍＲＮＡをコードするディフェンシン・ベータ４、ｍＲＮＡをコードするＣｙｐ２７ｂ１、ｍＲＮＡをコードするビタミンＤ受容体、ｍＲＮＡをコードするオクルディン（ｏｃｃｌｕｄｉｎ）、ｍＲＮＡをコードするクローディン（ｃｌａｕｄｉｎ）１、および／または、ｍＲＮＡをコードするフィラグリン、の生成を増加させることによって、ケラチノサイトを刺激することができる。本明細書に記載の細菌の組成物は、ヒト細胞からのサイトカイン発現を引き起こす場合がある。影響を受けるヒト細胞の典型は、制限することなく、繊維芽細胞、およびケラチノサイトなどの皮膚の細胞を含む。典型的な発現されるサイトカインには、限定されないが、ＩＬ−６およびＩＬ−１βなどのインターロイキン（ＩＬ）が含まれる。
【００２６】
いくつかの実施形態において、単一の属のみからの細菌が、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための組成物に含まれる。代替の実施形態において、属の組み合わせが、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための組成物に含まれる。さらなる実施形態において、組成物は、生存可能な細菌を含む。本明細書に記載の組成物は、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの属を含み得る。
【００２７】
本明細書に記載の、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための細菌は、グラム陽性菌またはグラム陰性細菌であり得る。典型的なグラム陽性菌には、制限することなく、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・コーニイ、およびスタフィロコッカス・ホミニスを含めたブドウ球菌種が含まれる。典型的なグラム陰性細菌は、制限することなく、プロテオバクテリア、酢酸菌（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スピロヘータ科（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔａｃｅａｅ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、多形性紡錘菌、およびセレノモナス目（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）を含む。グラム陰性細菌の典型的な属はさらに、シュードモナス属、パントエア属、モラクセラ属、ロゼオモナス属、ビトレオシラ属、およびメチロバクテリア（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａ）属を含む。グラム陰性細菌は、双球菌、球桿菌、球菌、またはバシラス綱であり得る。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための付加的な細菌は、制限することなく、ラクトバチルス・カゼイ・バル・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｖａｒ．  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス・サブスピーシーズ・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｌａｃｔｉｓ．）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、およびラクトバチルス・ジョンソニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、ロゼオモナス・ムコサの生存可能な種を含む。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、シュードモナスの生存可能な種を含む。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、シュードモナスの生存可能な種とロゼオモナスの生存可能な種を含む。
【００２９】
本明細書に記載の組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置にとってロゼオモナス属の種の１つ以上を含む場合がある。ロゼオモナス属の典型的な種は、限定することなく、ロゼオモナス・エリラタ（ａｅｒｉｌａｔａ）、ロゼオモナス・エロフィラ（ａｅｒｏｐｈｉｌａ）、ロゼオモナス・エスツアリイ（ａｅｓｔｕａｒｉｉ）、ロゼオモナス・アルカリテラアエ（ａｌｋａｌｉｔｅｒｒａｅ）、ロゼオモナス・アクアティク（ａｑｕａｔｉｃ）、ロゼオモナス・サービカリス（ｃｅｒｖｉｃａｌｉｓ）、ロゼオモナス・ファウリアエ（ｆａｕｒｉａｅ）、ロゼオモナス・フリジダクエ（ｆｒｉｇｉｄａｑｕａｅ）、ロゼオモナス・ジラーディイ（ｇｉｌａｒｄｉｉ）、ロゼオモナス・ラクス（ｌａｃｕｓ）、ロゼオモナス・ルディプエリティアエ（ｌｕｄｉｐｕｅｒｉｔｉａｅ）、ロゼオモナス・ムコサ、ロゼオモナス・ペクーニアエ（ｐｅｃｕｎｉａｅ）、ロゼオモナス・リゾスフェラエ（ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、ロゼオモナス・リグィロシ（ｒｉｇｕｉｌｏｃｉ）、ロゼオモナス・ロゼア（ｒｏｓｅａ）、ロゼオモナス・ソーリ（ｓｏｌｉ）、ロゼオモナス・スタグニ（ｓｔａｇｎｉ）、ロゼオモナス・テラエ（ｔｅｒｒａｅ）、および、ロゼオモナス・ヴィナセア（ｖｉｎａｃｅａ）、を含む。いくつかの例では、ロゼオモナス・ムコサは、ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−６９２菌株であるか、または、ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−６９２菌株由来である。細菌は生存可能であり得る。細菌は単離されてもよく、および／または、純化されてもよい。処置されることが求められ、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体から、細菌が単離されてもよい。
【００３０】
本明細書に記載の組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のためにシュードモナス属の種の１つ以上を含む場合がある。シュードモナス属の典型的な種は、制限することなく、緑膿菌、シュードモナス・ルテオラ（ｌｕｔｅｏｌａ）、およびオシュードモナス・オリジハビタンス（ｏｒｙｚｉｈａｂｉｔａｎｓ）、を含む。細菌は生存可能であり得る。細菌は単離されてもよく、および／または、純化されてもよい。処置されることが求められ、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体から、細菌が単離されてもよい。
【００３１】
本明細書に記載の組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のためにパントエア属の種の１つ以上を含む場合がある。パントエア属の典型的な種は、制限することなく、パントエア・セプティカ（ｓｅｐｔｉｃａ）を含む。細菌は生存可能であり得る。細菌は単離されてもよく、および／または、純化されてもよい。処置されることが求められ、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体から、細菌が単離されてもよい。
【００３２】
本明細書に記載の組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のためにモラクセラ属の種の１つ以上を含む場合がある。モラクセラ属の典型的な種は、制限することなく、モラクセラ・オスロエンシスを含む。細菌は生存可能であり得る。細菌は単離されてもよく、および／または、純化されてもよい。処置されることが求められ、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体から、細菌が単離されてもよい。
【００３３】
本明細書に記載の組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のためにビトレオシラ属の種の１つ以上を含む場合がある。ビトレオシラ属の典型的な種は、制限することなく、ビトレオシラ・フィリフォルミス（Ｖｉｔｒｅｏｓｃｉｌｌａ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ビトレオシラ・ベギアトイデス（Ｖｉｔｒｅｏｓｃｉｌｌａ  ｂｅｇｇｉａｔｏｉｄｅｓ）、およびビトレオシラ・ステルコラリア（Ｖｉｔｒｅｏｓｃｉｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒａｒｉａ）を含む。細菌は生存可能であり得る。細菌は単離されてもよく、および／または、純化されてもよい。処置されることが求められ、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体から、細菌が単離されてもよい。
【００３４】
単一の種または単一の菌株の細菌は本明細書に開示される組成物に含まれ得る。細菌の種組み合わせは、開示される方法における用途の組成物に含まれ得る。したがって、組成物は、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つの種を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体からの１つ以上の複数の生存可能なロゼオモナス・ムコサ菌株を含む。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていないドナー被験体からの１つ以上の複数の生存可能な緑膿菌株を含む。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される組成物は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病がない１人以上のドナー被験体からの、ロゼオモナス・ムコサの生存可能な菌株と緑膿菌の生存可能な菌株を含む。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の典型的なものは、限定はされないが、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、および、ざ瘡、を含む。
【００３５】
本明細書において提供される、皮膚ディスバイオシスと関連付けられる疾病の処置のための組成物は、１つ以上のタイプの細菌タイプの細菌を含み得る。本明細書において提供される組成物は、１から１５の、２から１２の、２から１０の、または２から５の異なる種の細菌を含む場合がある。本明細書において提供される組成物は、１から１５の、２から１２の、２から１０の、または２から５の異なる菌株の細菌を含む場合がある。本明細書において提供される組成物は、１から１５の、２から１２の、２から１０の、または２から５の、同じ種の異なる菌株の細菌を含む場合がある。本明細書において提供される組成物は、１つの、２つの、３つの、または、５つの、同じ種の異なる菌株の細菌を含む場合がある。組成物は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の異なる種の細菌を含む場合がある。いくつかの実施形態では、本明細書において提供される組成物は、属、種および／または株などの操作的分類単位（ＯＴＵ）により定義されるような、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、または５０を超えるタイプの細菌を含む。本明細書に記載の菌株は、グラム陰性またはグラム陽性であり得る。そのような菌株は、処置するために前記菌株が使用されるべき一定の皮膚のディスバイオシスを持っていないドナーに由来する場合がある。
【００３６】
本明細書に記載の細菌は、プラスミドの形態にあるような、異種の核酸を用いて、形質転換される場合がある。例えば、プラスミドは、対象のタンパク質をコードする発現ベクターを含む場合がある。そのような機構は、外来性ＤＮＡの導入のための手段を提供し、エレクトロポレーション、またはリン酸カルシウムを介したトランスフェクションなどの標準的技法で細菌細胞に導入され得る。
【００３７】
いくつかの実施形態において、異種の核酸はプラスミドに含まれている。プラスミドは、一般に、位置的に、および順序的に他の必要な遺伝要素と適応した複数の遺伝要素を包含し、それにより、核酸カセットにおける核酸が転写され、および、必要な時に、トランスフェクトされた細胞において翻訳されることが可能である。プラスミドは、１つ以上の異種の核酸が挿入され得る、プラスミドベクター、コスミド、またはファージミドを介してＤＮＡに由来する核酸を含む。異種の核酸は対象のタンパク質をコードすることができ、それは、細菌の発現のためのプロモーターに操作可能に連結され得る。
【００３８】
プラスミドは、一般に、１つ以上のユニークな制限部位を包含している。加えて、プラスミドは宿主生物上に、選択可能な、または、容易に検出される、明確な表現型、例えば、薬物抵抗性を与えることができる。従って、ポリペプチドがコードされる場合、プラスミドは発現カセットを含むことができる。発現は、挿入された遺伝子、核酸配列、またはプラスミドを伴う核酸カセットの効果的な転写を含みうる。
【００３９】
いくつかの実施形態において、環状のプラスミドが細菌細胞へ導入される時、プラスミドは、自律的に複製する染色体外ＤＮＡ分子であり、正常な細菌のゲノムとは異なり、選択的でない条件下では細菌細胞の生存にとって非必須であり得る。持続的な発現は、細胞の中へ遺伝子を遺伝要素と共に導入することを指すこともあり、そのことは、細胞内のエピソームの（染色体外の）複製および／または遺伝子材料の維持を可能にする。持続的な発現は、宿主細胞の染色体の中へ新しい遺伝子材料を統合することなく、細胞の見かけ上の安定した形質転換をもたらし得る。プラスミドはまた、標的細胞の染色体へ遺伝子材料を導入することもできる。安定した導入の後の遺伝子発現は、安定した形質転換をもたらす複製によって、細胞の、および細胞の後代の特性を恒久的に変更することができる。
【００４０】
本明細書に記載の組成物に組み込むための細菌株を生成する方法は、任意に、生物バンキング、組織生成、および貯蔵のステップを処理する工程を含む。生物バンキングのために、細菌の菌株は、標本から、例えば、ヒト皮膚または貯蔵されたストックから、直接単離させることができる。細菌は、生存可能なバイオマスを生成するために増殖を支持する、栄養寒天培地、またはブイヨン上で培養される場合がある。培養されたバイオマスは、複数のアリコートにおいて、長期貯蔵のために維持され得る。細菌は、人間のドナー被験者の皮膚から直接単離される場合がある。一般に、ヒトのドナー被験者は、例えば、アトピー性皮膚炎、または他の皮膚疾病などの、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病を抱えていない。細菌は、例えば、商用の供給源、または環境サンプルを含む、他の供給源から単離することもできる。
【００４１】
併用療法
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための併用治療剤が提供される。併用療法は、第１の治療剤であって、本明細書に記載の、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病の処置のための種または菌株の、細菌を含む、第１の治療剤と、皮膚疾病の処置のための第２の治療剤であって、表１に列挙される、第２の治療剤と、を投与することを含み、および、ここで、治療剤の組み合わせが、どちらか一方の剤を単独で投与するよりも、高められた治療効果をもたらす。さらなる例において、第１の治療剤は、第２の治療剤の治療効果を増加させる量で存在し、またその逆も同様である。治療剤は、制限することなく、微生物、小分子、抗体、カルシニューリン阻害剤、免疫変調成分、またはステロイドであり得る。そのような薬剤の例は、制限することなく、表１において提供される。第１の治療剤、第２の治療剤、または第３の治療剤の各々は、同時にまたは順序的に投与される場合がある。第１の治療剤、第２の治療剤、または第３の治療剤の各々は、同様の、または異なる剤形（経口、直腸、または、局所的）で投与される場合がある。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の典型的なものは、限定はされないが、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、および、ざ瘡、を含む。
【００４２】
【表１−１】
2021522323.tif 000003
【００４３】
【表１−２】
2021522323.tif 000004
【００４４】
本明細書において、グラム陽性細菌株である第１の剤と、グラム陰性細菌株である第２の剤を含む、ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病の処置のための、併用療法のための組成物および方法が、提供される。そのような併用治療のために選択された菌株は、ドナーから採取され、ここで、そのドナーは、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の兆候を示していない。いくつかの例では、本明細書に記載の併用療法のための組成物は、組成物に含まれる各々の種ごとに複数の菌株を含む。いくつかの例では、治療剤の組み合わせは、混合物中のいずれの１つの剤単独での投与と比較しても高められている、治療効果をもたらす。いくつかの例では、グラム陽性細菌の菌株は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病に悩む被験体における細菌の同じ種と比較した、相対存在量の増加によって、選択される。包含のための典型的なグラム陽性細菌の種は、制限することなく、ブドウ球菌属、連鎖球菌属、腸球菌属、コリネバクテリウム属、またはプロピオニバクテリウム属の１つ以上の種である。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせるための典型的なブドウ球菌種は、制限することなく、黄色ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ヘモリチカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・アウリクラーリス（ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）、スタフィロコッカス・ワーネリ（ｗａｒｎｅｒｉ）、スタフィロコッカス・ホミニス（ｈｏｍｉｎｉｓ）、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・シミュランス（ｓｉｍｕｌａｎｓ）、スタフィロコッカス・シウリ（ｓｃｉｕｒｉ）、スタフィロコッカス・カピティス（ｃａｐｉｔｉｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティクス（ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・キシローサス（ｘｙｌｏｓｉｓ）、スタフィロコッカス・コーニイ（ｃｏｈｎｉｉ）、および、スタフィロコッカス・レンタス（ｌｅｎｔｕｓ）を含む。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせるための典型的な連鎖球菌種は、制限することなく、ストレプトコッカス・ボヴィス、アガラクチア菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔａｅ）、緑色連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄｉａｎｓ）、肺炎連鎖球菌、唾液連鎖球菌、および、ストレプトコッカス・アシドミニマスを含む。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせる典型的な腸球菌種は、制限することなく、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（ｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  Ｆａｅｃｉｕｍ）、およびエンテロコッカス・ガリナラム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｉｕｍ）を含む。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせるための典型的なコリネバクテリウム属種は、制限することなく、コリネバクテリウム・ゼロシース（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｅｒｏｓｉｓ）、およびコリネバクテリウム・ミヌティシムーム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｍ）を含む。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせるための典型的なプロピオンバクテリウム種は、制限することなく、アクネ菌（Ｐ��ｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）を含む。本明細書に記載のグラム陰性細菌種と組み合わせるための典型的なグラム陽性細菌は、制限することなく、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ホミニス、スタフィロコッカス・コーニイ、またはアクネ菌を含む。いくつかの例では、表皮ブドウ球菌は、ＡＴＣＣ  １２２２８菌株であるか、または、ＡＴＣＣ  １２２２８菌株由来である。いくつかの例では、アクネ菌は、ＡＴＣＣ  ６９１９  ２菌株であるか、または、ＡＴＣＣ  ６９１９  菌株由来である。グラム陰性細菌の典型的な属はさらに、シュードモナス属、パントエア属、モラクセラ属、ロゼオモナス属、ビトレオシラ属、およびメチロバクテリア属を含む。ロゼオモナス属の典型的な種は、限定することなく、ロゼオモナス・エリラタ、ロゼオモナス・エロフィラ、ロゼオモナス・エスツアリイ、ロゼオモナス・アルカリテラアエ、ロゼオモナス・アクアティク、ロゼオモナス・サービカリス、ロゼオモナス・ファウリアエ、ロゼオモナス・フリジダクエ、ロゼオモナス・ジラーディイ、ロゼオモナス・ラクス、ロゼオモナス・ルディプエリティアエ、ロゼオモナス・ムコサ、ロゼオモナス・ペクーニアエ、ロゼオモナス・リゾスフェラエ、ロゼオモナス・リグィロシ、ロゼオモナス・ロゼア、ロゼオモナス・ソーリ、ロゼオモナス・スタグニ、ロゼオモナス・テラエ、および、ロゼオモナス・ヴィナセア、を含む。シュードモナス属の典型的な種は、制限することなく、緑膿菌、シュードモナス・ルテオラ、およびオシュードモナス・オリジハビタンス（ｏｒｙｚｉｈａｂｉｔａｎｓ）、を含む。パントエア属の典型的な種は、制限することなく、パントエア・セプティカ（ｓｅｐｔｉｃａ）を含む。モラクセラ属の典型的な種は、制限することなく、モラクセラ・オスロエンシスを含む。ビトレオシラ属の典型的な種は、制限することなく、ビトレオシラ・フィリフォルミス、ビトレオシラ・ベギアトイデス、およびビトレオシラ・ステルコラリアを含む。
【００４５】
治療適用：ディスバイオシスに関連付けられる皮膚疾病。
本明細書において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための方法と組成物が提供される。そのような疾病は、しばしば皮膚のバリアにおける破壊および皮膚の領域における炎症と関連付けられる。罹患した被験体は、発疹、痒み、赤み、腫脹、小胞形成（小水疱）、ひび割れ、滲出、痂皮化、および、皮膚の鱗屑を患っている場合がある。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のための、本明細書に記載の組成物および方法は、皮膚の皮膚疾病と関連付けられる、発疹、痒み、赤み、腫脹、小胞形成（小水疱）、ひび割れ、滲出、痂皮化、または皮膚の鱗屑、の減少を実現する場合がある。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の典型的なものは、限定はされないが、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、および、ざ瘡、を含む。本明細書に記載の処置は、処置されている一次疾患と関連付けられる二次疾患の病状の処置をもたらす場合がある。例えば、アトピー性皮膚炎の処置の場合には、本明細書に記載の組成物は、また喘息、アレルギー、およびアレルギー性鼻炎（花粉症）の処置または予防をもたらす場合がある。
【００４６】
剤形
本明細書において提供される組成物および医薬組成物は、局所投与、経口投与、または直腸投与のために製剤化される場合がある。図１Ａは、細菌（１０１）の局所投与の経路、または細菌（１０２）の経口投与の経路を描写する。図１Ｂは、細菌（１０３）のための直腸投与の経路を描写する。典型的な経口投薬形態は、制限することなく、錠剤、ロゼンジ、トローチ、カプセル剤、タブ、果粒剤、粉末薬、液体、エマルジョン、懸濁液、およびシロップを含む。典型的な経直腸用の剤形は、制限することなく、坐剤、および浣腸剤の溶液、直腸用の泡、または直腸用のゲル、を含む。典型的な局所的投薬の剤形は、制限することなく、クリーム剤、軟膏剤、ローション剤、および無菌溶液注射剤、または、懸濁液を含む。組成物は水性担体を含み、スプレーとして皮膚に塗布することができる。
【００４７】
クリーム剤は、強粘液または半固体の乳剤であり、水中油、または油中水のどちらかである。クリーム基剤は水洗い可能で、油相、乳化剤、および水相を含んでいる。油または「内部」相は、一般に、ペトロラタム、およびアセチルまたはステアリルアルコールなどの脂肪族アルコールを含んでいる。水相の体積は油相の体積を超えるため、湿潤剤を含むことができる。クリーム製剤における乳化剤は、非イオン物質、陰イオン剤、陽イオン剤、または両性界面活性剤になりえる。
【００４８】
ローション剤は、摩擦なしで肌表面に塗布される調製を含むことができる。ローション剤は、粒子状物質が水またはアルコールの基剤の中にある、一般的に液体か半液体の調製である。ローション剤は、固体の懸濁液または水中油形の液体油性エマルジョンであり得る。ローション剤は、より多くの流体組成物を適用する容易さのために、大きな身体領域の処置のために使用することができる。ローション剤における不溶物が細かく分割されることは、一般的に必要である。ローション剤は、よりよい分散液を生成するために一般的には沈殿防止剤を含み、また、活性剤を皮膚に接して配置し維持するのに役立つ化合物（例えば、メチルセルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロースなど）も同様に含む。
【００４９】
液剤は、溶質の分子が溶媒の中で分散するように、液体に１つ以上の化学物質（溶質）を溶かすことにより調製された均一混合物である。その溶液は、溶質をバッファーするか、安定させるか、または維持するために、薬学的にまたは美容上受け入れ可能な他の化学薬品を含むことができる。局所用の液剤の調製において使用される溶媒のありふれた例は、エタノール、水、プロピレングリコール、またはあらゆる他の許容可能なビヒクルである。皮膚上にそれらをスプレーする、皮膚に刷毛でそれらを塗る、液剤で包帯を湿らせる、などのあらゆる方法で、これらを適用することができる。
【００５０】
ゲル剤は半固体のサスペンション式システムである。単相のゲル剤は、キャリア液を通じて実質的に一様に分配された有機高分子を含んでおり、それらは、水性、アルコール含有、または疎水性の場合がある。ゲル化剤を含む有機高分子は、交差結合されたアクリル酸ポリマー、例えば、カルボキシポリアルキレン（ｃａｒｂｏｘｙｐｏｌｙａｌｋｙｌｅｎｅｓ）（ＣＡＲＢＯＰＯＬ（登録商標））であってもよい。ゲル剤の非限定的な例には、ポリエチレンオキシド、ポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンのコポリマー、およびポリビニルアルコールなどの親油性高分子；ヒドロキシプロピル・セルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース・フタル酸塩、およびメチルセルロース、などの、セルロースポリマー；トラガント、およびキサンタンゴムなどのゴム；アルギン酸ナトリウム；およびゼラチン、などが含まれる。均質なゲルを調製するために、アルコールまたはグリセリンなどの分散剤を付加してもよく、または、ゲル化剤は、粉砕、機械的な混合または撹拌、またはそれらの組み合わせによって分散し得る。
【００５１】
軟膏剤も開示された方法において使用することができる。軟膏剤は、一般的にペトロラタムまたは他の石油派生物を基剤とする、半固形製剤である。当業者によって理解されるように、使用される特定の軟膏基剤は、多くの望ましい特性、例えば、軟化など、をもたらす。軟膏基礎剤は一般に、不活性で、安定性で、刺激せず、非感作性である。軟膏基礎剤は、油脂性基剤、乳化可能な基剤、乳剤性基剤、または水溶性基剤であり得る。
【００５２】
油性軟膏基剤は、例えば、植物油、動物から得られた脂肪、および石油から得られた半固体の炭化水素を含む。乳化可能な軟膏基礎剤は、吸収性の軟膏基礎剤としても知られ、水をほとんどあるいはまったく含んでおらず、例えば、ヒドロキシステアリン硫酸塩、脱水ラノリン、および親水性ワセリンを含む。乳剤性軟膏基剤は、油中水（Ｗ／Ｏ）エマルジョンまたは水中油（Ｏ／Ｗ）エマルジョンのいずれかで、例えば、アセチルアルコール、モノステアリン酸グリセリン、ラノリン、およびステアリン酸を含む。水溶性軟膏基剤は、分子量が多様なポリエチレングリコールから調製されている。
【００５３】
ペースト剤は、活性剤が適切な基剤の中で懸濁された、半固体の剤形であり、有益なものである。基剤の性質によって、ペースト剤は、脂肪のペーストまたは単相の水性ゲルから作られたものに分けられる。脂肪のペーストにおける基剤は、ワセリンまたは親水性ワセリンなどであり得る。単相の水性ゲルから作られたペーストは、カルボキシメチルセルロースなどを基剤として組込むことができる。
【００５４】
局所用組成物は、体表面への適用にふさわしいあらゆる形態であってよく、例えば、クリーム、ローション、スプレー、液剤、ゲル、泡、軟膏、ペースト、プラスター、塗布剤、バイオ接着剤、包帯、スプレー、懸濁液、が含まれ、リポソーム、ミセル、および／またはミクロスフィアを含有する。局所用組成物は、体表面への適用時およびその後において、体表面から蒸発する水分が製剤内に維持されるように、閉塞性の被覆層と組み合わせて使用することができる。クリーム、ローション剤、ゲル、軟膏、ペーストなどは、患部面上に広げることができる。
【００５５】
液剤は同じ方法で適用することができるが、より一般的には、滴瓶、スワブ、噴霧器、などのものにより適用され、慎重に、患部領域に適用されるだろう。組成物は、例えば、軟膏、または包帯剤または包帯の部分、などの局所用の調製で目標位置に直接適用することができる。」組成物は、皮膚への投与のためのあらゆるデバイスによる投与のために、単位用量として製剤化することができる。単位用量は、担体、例えば、少なくとも１日以上などの所望の期間にあたり、皮膚に付着することが可能な粘着性の担体に活性剤を蓄積したものであり得る。
【００５６】
本明細書に提供される医薬組成物は薬学的に許容可能な担体を含む場合があり、および、追加の化合物を含むことができる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、活性の、および／または不活性の付加的な材料を含み、単一の用量単位として、または複数用量フォーマットに、調製される。
【００５７】
本明細書に記載された医薬組成物は、緩衝剤、保存料、安定化剤、結合剤、圧密剤、潤滑剤、分散促進剤、および／または着色剤の１つ以上を含む、担体を含む場合がある。適切な緩衝剤の非限定的な例には、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム（ｍａｇｎｅｓｉｕｍ  ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅ）、炭酸カルシウム、および重炭酸カルシウム（ｃａｌｃｉｕｍ  ｂｉｃａｒｂｏｎａｔｅ）が挙げられる。適切な保存料の非限定的な例には、αトコフェロールやアスコルベートなどの酸化防止剤、パラベン、クロロブタノール、およびフェノールが挙げられる。適切な結合剤の非限定的な例には、スクロース、デンプン、α化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキサゾリドン（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｏｘｏａｚｏｌｉｄｏｎｅ）、ポリビニルアルコール、Ｃ１２−Ｃ１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖類、オリゴ糖類、およびそれらの組み合わせが挙げられる。適切な潤滑剤の非限定的な例には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、水素添加植物油、ステロテックス（ｓｔｅｒｏｔｅｘ）、モノステアリン酸ポリオキシエチレン、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、および軽油が挙げられる。ｐＨ緩衝剤は、もし利用されれば、および組成物の水性成分に溶かされた場合、５から７の範囲のｐＨ（例えば、およそｐＨ  ５．５）をもたらすことできる。
【００５８】
本明細書に記載された医薬組成物は、例えば、細菌の増殖を持続させる成分を含む他の成分を備えている、担体を含有していてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示された医薬組成物は栄養分を含んでいる。いくつかの実施形態において、組成物は少なくとも１つの炭水化物または糖類を含有している。炭水化物は、単糖類、二糖類、三糖類、オリゴ糖類または多糖類であり得る。炭水化物の非限定的な例には、グルコース、スクロース、ガラクトース、マンノース、リボース、アラビノース、キシロース、フルクトース、マルトース、セロビオース、ラクトース、ラフィノース、スタキオース、デンプン、グリコゲン、およびセルロースが含まれる。炭水化物には、例えば、ヒドロキシル基が取り除かれる２’−デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素と置換される２’−フルオロリボース、および、または、Ｎ‐アセチルグルコサミン、すなわちグルコースの窒素含有形態（例えば、２’−フルオロリボース、デオキシリボース、およびヘキソース）を含む、修飾された糖類単位を含有することができる。炭水化物は、様々な形態、例えば、配座異性体、環状形態、非環状形態、立体異性体、互変異性体、アノマー、異性体、で存在し得る。
【００５９】
本明細書に記載された医薬組成物は、１以上の脂質を含む担体を含有している場合がある。脂質は脂肪、油、トリグリセリド、コレステロール、リン脂質、および脂肪酸を含有している場合がある。脂肪、油、および脂肪酸は、飽和であるか、不飽和（シスまたはトランス）であるか、または部分的に不飽和（シスまたはトランス）であり得る。脂肪酸の非限定的な例には、ラウリン酸（１２：０）、ミリスチン酸（１４：０）、パルミチン酸（１６：０）、パルミトレイン酸（１６：１）、マルガリン酸（１７：０）、ヘプタデカン酸（ｈｅｐｔａｄｅｃｅｎｏｉｃ  ａｃｉｄ）（１７：１）、ステアリン酸（１８：０）、オレイン酸（１８：１）、リノール酸（１８：２）、リノレン酸、α−リノレン酸、およびγ−リノレン酸が含まれる。
【００６０】
本明細書に記載された医薬組成物は、少なくとも１つの補助的なミネラルまたはミネラルの供給源を含む、担体を含有している場合がある。ミネラルの非限定的な例には、塩化物、ナトリウム、カルシウム、鉄、クロム、銅、ヨウ素、亜鉛、マグネシウム、マンガン、モリブデン、リン、カリウム、およびセレニウムが含まれる。前述のミネラルのうちのいずれかの適切な形態は、溶解可能なミネラル塩、わずかに溶解可能なミネラル塩、不溶性のミネラル塩、キレート化されたミネラル、ミネラル複合体、カルボニルミネラルなどの非リアクタンス性のミネラル、および還元されたミネラル、およびそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、組成物は少なくとも１つの補助的なビタミンを含有している。補助的なビタミンは、脂溶性、または水溶性の場合がある。ビタミンの非限定的な例には、ビタミンＣ、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＢ１２、ビタミンＫ、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンＤ、ビタミンＢ６、葉酸、ピリドキシン、チアミン、パントテン酸、およびビオチンが含まれる。前述のどれにとっても適切な形態は、ビタミンの塩、ビタミンの誘導体、ビタミンと同じか、または同様の活性がある化合物、およびビタミンの代謝物である。
【００６１】
様々な他の添加剤を組成物の中に含めることができる。添加剤の非限定的な例には、酸化防止剤、収斂剤、香料、保存料、皮膚軟化剤、ピグメント、染料、湿潤剤、噴射剤、および日焼け止め剤が、その存在が薬学的にまたは他の点で望ましくなりうる他のクラスの材料と同様に、含まれる。任意の添加剤の非限定的な例には、ソルベートなどの保存料；イソプロパノールとプロピレングリコールなどの溶媒；メントールおよびエタノールなどの収斂剤；ポリアルキレンメチルグルコシドなどの皮膚軟化剤；グリセリンなどの湿潤剤；ステアリン酸グリセロール、ＰＥＧ−１００ステアラート、ポリグルセリル−３  ヒドロキシラウリルエーテル、およびポリソルベート６０などの乳化剤；ポリエチレングリコールなどのソルビトールおよび他のポリヒドロキシアルコール；オクチルメトキシルシンナマート（ｏｃｔｙｌ  ｍｅｔｈｏｘｙｌ  ｃｉｎｎａｍａｔｅ）（Ｐａｒｓｏｌ  ＭＣＸ）、およびブチルメトキシベンゾイルメタン（Ｐａｒｓｏｌ  １７８９）などの日焼け止め剤；アスコルビン酸（ビタミンＣ）、α−トコフェロール（ビタミンＥ）、β−トコフェロール、γ−トコフェロール、δ−トコフェロール、ε−トコフェロール、ζ１−トコフェロール、ζ２−トコフェロール、η−トコフェロール、およびレチノール（ビタミンＡ）などの酸化防止剤；精油、セラミド、必須脂肪酸、鉱油、植物油（例えば、大豆油、パーム油、シアバターの液状部分、ひまわり油）、動物油（例えば、ペルヒドロスクアレン（ｐｅｒｈｙｄｒｏｓｑｕａｌｅｎｅ））、合成油、シリコーン油またはシリコーンワックス（例えば、シクロメチコンとジメチコン）、フッ素処理した油（一般にパーフルオロポリエーテル（Ｐｅｒｆｌｕｏｒｏｐｏｌｙｅｔｈｅｒ））、脂肪アルコール（例えば、セチルアルコール）、およびワックス（例えば、みつろう、カルナウバろう、およびパラフィンろう）；肌ざわり修飾因子；および、膨張粘土や架橋カルボキシポリアルキレン（ｃａｒｂｏｘｙｐｏｌｙａｌｋｙｌｅｎｅｓ）などの増粘剤および構造体（ｓｔｒｕｃｔｕｒａｎｔｓ）、が挙げられる。
【００６２】
他の添加剤は、肌を調節する材料を含む。そのような材料は、肌の含水比の減少を遅らせることにより、肌を柔らかくすることができ、および／または、肌を保護することができる。コンディショナーおよび保湿剤は、例えば、ピロリジンカルボン酸とアミノ酸；トリクロサンと安息香酸などの有機抗生剤、を含む。さらなる添加剤として、アセチルサリチル酸およびグリシレチン酸などの抗炎症剤；レチン酸などの抗脂漏症剤；ニコチン酸などの血管拡張薬；コウジ酸などのメラニン形成阻害剤；および、それらの混合物が挙げられる。
【００６３】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載された組成物は、αヒドロキシ酸、αケト酸、高分子ヒドロキシ酸、保湿剤、コラーゲン、海洋性抽出物、およびアスコルビン酸（ビタミンＣ）やα−トコフェロール（ビタミンＥ）などの酸化防止剤を含む。日焼け止めも含まれ得る。付加的構成要素、酵素、ハーブ、植物抽出物、などの、および腺または動物抽出物が、組成物に付加され得る。これらの様々な添加剤の量は、化粧品において従来使用される量であり、例えば、局所用の製剤の総重量の約０．０１％から約２０％の範囲である。
【００６４】
本明細書に記載された組成物はまた、保管中の腐敗を防止するために、例えば、酵母およびカビなどの微生物の増殖を阻害するために、抗生剤も含み得る。適切な抗生剤は、一般的には、ｐ−ヒドロキシ安息香酸のメチルとプロピルのエステル（つまり、メチルとプロピルのパラベン）、ナトリウムベンゾエート、ソルビン酸、イミド尿素、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００６５】
本明細書に記載された組成物はまた、投与される化学成分または組成物の他の構成要素に起因する日皮膚刺激または皮膚損傷の可能性を低減または除去するために、刺激緩和添加剤も含み得る。適切な刺激緩和添加剤には、例えば、α−トコフェロールを；モノアミンオキシダーゼ阻害薬（特に２−フェニル−１−エタノールなどのフェニル・アルコール）；グリセリン；サリチラート；アスコルベート；モネンシンなどのイオン透過担体；両親媒性アミン；塩化アンモニウムと；Ｎ−アセチルジナリン；カプサイシン；およびクロロキン、が含まれる。刺激緩和添加剤は、存在する場合に、刺激または肌損傷を緩和するのに効果的な濃度で組成物に組込むことができ、この濃度は一般的には製剤の約２０ｗｔ％以下、より一般的には約５ｗｔ％以下を呈する。本発明の製剤に組込むことができる、薬理学的活性のある、適切な薬剤の非限定的な例として、色素がある、または色素がないシミ、角化症、およびしわを改善する、またはなくす薬剤；局所麻酔薬および鎮痛剤；コルチコステロイド；レチノイド；およびホルモン、を挙げることができる。局所用の薬理学的活性剤のいくつかの例として、アシクロビル、アムホテリシン、クロルヘキシジン、クロトリマゾール、ケトコナゾール、エコナゾール、ミコナゾール、メトロニダゾール、ミノサイクリン、フェニトイン、パラ−アミノ安息香酸エステル、オクチルメトキシシンナメート、オクチルサリチラート、オキシベンゾン、ジオキシベンゾン、トコフェロール、酢酸トコフェロール、ジンクピリチオン、ジフェンヒドラミン、プラモキシン、リドカイン、プロカイン、クロタミトン、ヒドロキノンとそのモノメチルおよびベンジルエーテル、ナプロキセン、イブプロフェン、クロモリン、レチノール、パルミチン酸レチニル、酢酸レチニル（ｒｅｔｉｎｙｌ  ａｃｅｔａｔｅ）、コールタール、グリセオフルビン、エストラジオール、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン２１−アセテート、ヒドロコルチゾン１７−バレレート、ヒドロコルチゾン１７−ブチレート、プロゲステロン、吉草酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、トリアムシノロンアセトニド、フルオシノニド、プロピオン酸クロベタゾール、ミノキシジル、ジピリダモール、ジフェニルヒダントイン、過酸化ベンゾイル、５−フルオロウラシル、タクロリムス（ｔａｃｒｏｌｉｍｕｓ）、および、アルクロメタゾン（ａｌｃｌｏｍｅｔａｓｏｎｅ）、アムシノニド、ベタメタゾン、クロベタゾール、デソニド、デゾキシメタゾン（ｄｅｘｏｘｉｍｅｔａｓｏｎｅ）、ジフロラゾン、フルオシノニド（ｆｌｕｃｉｎｏｎｉｄｅ）、フルランドレノリド（Ｆｌｕｒａｎｄｒｅｎｏｌｉｄｅ）、ハロベタゾール（ｈａｌｏｂｅｔａｓｏｌ）、ハルシノニド、ヒドロコルチゾン、および／またはトリアムシノロン（ｔｒｉａｍｃｉｎｏｌｏｎｅ）などの局所用のステロイドが挙げられる。
【００６６】
クリーム剤および軟膏などの局所用の製剤は皮膚への送達のために製剤化されるが、送達システムには時限放出の、遅延放出の、または徐放性の送達システムが含まれ得る。そのようなシステムは、組成物を何度も投与すること回避し、被験者と医師にとっての利便性を向上させ得る。放出送達システムの非限定的な例は、（ａ）浸食性システム、および（ｂ）有効分が制御された速さでポリマーから浸透する拡散性システム、を含む。送達システムは、コラーゲン、フィブリン、または、例えば、基底膜抽出物などの膜抽出物を含むことができ、それにおいて組成物は皮膚への投与のために製剤化される。適切な基底膜抽出物は、約６０〜８５重量％のラミニン、５〜３０重量％のコラーゲンＩＶ、１〜１０重量％のニドゲン（ｎｉｄｏｇｅｎ）、１〜１０重量％のヘパランサルフェートプロテオグリカン、および１〜５重量％のエンタクチン、を部分的に含んでいる、生物学的に活性な重合可能な抽出物を含む。ＢＭＥは、上皮細胞を含む様々なタイプの細胞が培養された時、正常な増殖および分化を支援することができる。基底膜抽出物は当該技術分野で周知であり、市販で入手可能である。
【００６７】
本明細書に記載された組成物は、一回の（単位）投与量の細菌を含む場合がある。本明細書に記載された組成物は、本明細書に記載された１０２から１０１２のコロニー形成単位（ｃｆｕ）の細菌または菌株を含む場合がある。本明細書に記載された組成物は、約１０３から１０１１ｃｆｕの、１０３から１０１０ｃｆｕの、１０３から１０９ｃｆｕの、１０３から１０８ｃｆｕの、１０３から１０７ｃｆｕの、１０３から１０６ｃｆｕの、１０３から約１０５ｃｆｕの、１０３から１０４ｃｆｕの、１０４から１０１２ｃｆｕの、１０４から１０１１ｃｆｕの、１０４から１０１０ｃｆｕの、１０４から１０９ｃｆｕの、１０４から１０８ｃｆｕの、１０４から１０７ｃｆｕの、１０４から１０６ｃｆｕの、１０５から１０１２ｃｆｕの、１０５から１０１１ｃｆｕの、約１０５から約１０１０ｃｆｕの、１０６から１０１２ｃｆｕの、１０７から１０１２ｃｆｕの、１０８から１０１２ｃｆｕの、１０９から１０１２ｃｆｕの、１０１０から１０１２ｃｆｕの、１０１１から１０１２ｃｆｕの、または１０６から１０１０ｃｆｕの、本明細書に記載された細菌または菌株を含み得る。いくつかの実施形態において、組成物は、約１０３ｃｆｕの、約１０４ｃｆｕの、約１０５ｃｆｕの、約１０６ｃｆｕの、約１０７ｃｆｕの、約１０８ｃｆｕの、約１０９ｃｆｕの、約１０１０ｃｆｕの、約１０１１ｃｆｕの、または約１０１２ｃｆｕの、本明細書に記載された細菌または菌株を含む。
【００６８】
他の実施形態において、本明細書に記載された組成物は、少なくとも約０．０１重量％の、少なくとも約０．０５重量％の、少なくとも約０．１重量％の、少なくとも約０．２重量％の、少なくとも約０．３重量％の、少なくとも約０．４重量％の、少なくとも約０．５重量％の、少なくとも約０．６重量％の、少なくとも約０．７重量％の、少なくとも約０．８重量％の、少なくとも約０．９重量％の、少なくとも約１．０重量％の、少なくとも約１．５重量％の、少なくとも約２．０重量％の、少なくとも約３．０重量％の、少なくとも約４．０重量％の、少なくとも約５．０重量％の、少なくとも約６．０重量％の、少なくとも約７．０重量％の、少なくとも約８．０重量％の、少なくとも約９．０重量％の、少なくとも約１０．０重量％の、少なくとも約１１．０重量％の、少なくとも約１２．０重量％の、少なくとも約１３．０重量％の、少なくとも約１４．０重量％の、少なくとも約１５．０重量％の、少なくとも約１６．０重量％の、少なくとも約１７．０重量％の、少なくとも約１８．０重量％の、少なくとも約１９．０重量％の、少なくとも約２０．０重量％の、少なくとも約２５．０重量％の、少なくとも約３０．０重量％の、少なくとも約３５．０重量％の、少なくとも約４０．０重量％の、少なくとも約４５．０重量％の、または、少なくとも約５０．０重量％の、本明細書に記載の細菌または菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、０．０１から３０重量％の、約０．０１から２０重量％の、０．０１から５重量％の、０．１から３０重量％の、０．１から２０重量％の、０．１から約１５重量％の、０．１から１０重量％の、０．１から５重量％の、０．２から５重量％の、０．３から５重量％の、０．４から５重量％の、０．５から５重量％の、または１から５重量％の、本明細書に記載された細菌または菌株を含みうる。
【００６９】
投与
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病を抱えていない被験体は、本明細書に記載の組成物を使用して処置され得る。被験体はヒトであり得る。いくつかの実施形態では、被験体は子供である。患者は、１２歳、１１歳、１０歳、９歳、８歳、７歳、６歳、５歳、４歳、３歳、２歳、または１歳であり得る。いくつかの実施形態では、被検体は青少年である。患者は、１２歳、１３歳、１４歳、１５歳、１６歳、１７歳、または１８歳である。被験体は乳幼児または１歳未満である。いくつかの実施形態では、被検体は成人である。患者は、約２０歳、約２５歳、約３０歳、約３５歳、約４０歳、約４５歳、約５０歳、約５５歳、約６０歳、約６５歳、約７０歳、約７５歳、約８０歳、または８０歳以上であり得る。被験体は、免疫無防備疾病であるか、または完全な免疫系（免疫適格）を有する場合がある。
【００７０】
組成物は、病変が形成されるのを防ぐために、病変領域、および病変領域周辺、または無傷の皮膚の領域（非病変領域）などの、皮膚に適用することができる。組成物は、病変の大きさを低減させるために使用することができる。組成物は、（日ごとに）１回、またはその日を通じて複数回、適用することができる。いくつかの実施形態において、組成物は、１日につき、２回、３回、４回、または５回、適用することができる。いくつかの実施形態において、組成物は、１日おきに、１週間にわたって毎日、１週間にわたって１日おきに、毎週、１週間につき２回、１週間につき３回、１週につき４回、１週につき５回、１週につき６回、または１週につき７回、適用することができる。組成物は、投与のための単位容量として製剤化することができる。
【００７１】
皮膚の処置のために、治療上有効な量の組成物は、患部領域に局所的に投与することができる。患部領域には、例えば、前肘窩、頚部、および前腕が含まれ得る。本明細書において開示された薬学的組成物は、アトピー性皮膚炎の処置のために、細菌の少なくとも１つの種の使用を促進する。そのような組成物は、限定されないが、ヒトなどの、あらゆる適切な被験体への有効成分の送達のために適切であり、かつ、既知の方法、例えば、従来の、混合、溶解、粒状化、乳化、カプセル化、包括、または凍結乾燥のプロセスにより製造され得る。上に説明されるように、薬学的組成物は、薬学的に使用な調合剤へと活性化合物を加工することを促進する任意の助剤と同様に、１つ以上の薬理学的に（生理学的または薬学的に）許容可能な担体を使用して、従来の方法で製剤化することができる。
【００７２】
本明細書に記載の組成物と方法は、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のために使用され得る。ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置は、病変の大きさの減少、病変の数の減少、および／または、関連する症状の減少をもたらし得る。加えて、本明細書に記載の組成物または方法を用いた、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置は、それらを必要とする被験体の皮膚における黄色ブドウ球菌を減少させ得る。本明細書に記載の組成物と方法は、経皮水分損失によって測定されるように、皮膚のバリア機能を高めることに寄与し得る。本明細書に記載の投与、例えば、局所投与、経口投与、または直腸投与は、再発を抑制する場合があり、その結果、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病のさらなる発症の、数、重症度、または頻度が減少する。投与は、発症間の延時間などの、寛解の時間を増加させ得る。いくつかの実施形態において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の付加的な発症は、適用の後に続く、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間生じない。いくつかの実施形態において、ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病のさらなる発症は、局所適用の後に続く、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２か月の間生じない。ディスバイオシスと関連付けられる典型的な皮膚疾病は、制限することなく、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、およびざ瘡を含む。
【００７３】
本明細書に記載の組成物と方法は、アトピー性皮膚炎の処置のために使用され得る。アトピー性皮膚炎の処置は、病変の大きさの減少、病変の数の減少、および／または、関連する症状の減少をもたらし得る。加えて、本明細書に記載の組成物または方法を用いたアトピー性皮膚炎の処置は、必要とする被験体の皮膚における黄色ブドウ球菌を減少させ得る。本明細書に記載の組成物と方法は、経皮水分損失によって測定されるように、皮膚のバリア機能を高めることに寄与し得る。アトピー性皮膚炎は突発的に発症することがあり、および寛解の期間があり得る。本明細書に記載の、例えば、局所投与、経口投与、または直腸投与は、再発を抑制する場合があり、その結果、アトピー性皮膚炎のさらなる発症が、数、重症度、または頻度において減少する。投与は、発症間の延時間などの、寛解の時間を増加させ得る。いくつかの実施形態において、アトピー性皮膚炎のさらなる発症は、適用の後に続く、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間生じない。いくつかの実施形態において、アトピー性皮膚炎のさらなる発症は、局所適用の後に続く、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２カ月の間生じない。
【００７４】
ディスバイオシスと関連付けられる皮膚疾病の処置のために本明細書において提供される方法は、被験体の皮膚の微生物叢を測定することを含み得る。具体的には、元の事前評価と比較して、被験体の皮膚内の細菌フローラが処置後に変化したことを判定するために、診断アッセイが行われ得る。アトピー性皮膚炎を伴う被験体の皮膚における細菌の門（ｐｈｙｌａ）、細菌のクラス、細菌のオーダー、細菌のファミリー、細菌の属、および／または、細菌の種の変化が判定され得る。いくつかの実施形態において、被験体の皮膚における黄色ブドウ球菌の量の処置後の改善が判定され得る。サンプル中の微生物叢を特定するそのような方法は、皮膚サンプルなどのサンプルを提供する工程、およびサンプル中の少なくとも１つの微生物叢を検出する工程を含み得る。いくつかの実施形態において、前記方法はサンプル中に存在する少なくとも１つの微生物叢から、アイデンティティの分子指標を含む核酸サンプルを調製する工程、およびアイデンティティの分子指標を検出する工程を含み得る。
【００７５】
例えば、前記方法は、ＤＮＡサンプルの調製によって少なくとも１つの核酸サンプルを調製する工程を含み得る。アイデンティティの分子指標は、ｒＲＮＡ遺伝子（例えば、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子）などの多形性ポリヌクレオチドであり得る。アイデンティティの分子指標は、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子などの多形性ポリヌクレオチドの配列、またはそれらの一部または部分列を判定することによって、検出され得る。アイデンティティの分子指標を検出するためのさらなる実施形態は、選択的なプライマーを伴うＰＣＲ、選択的なプライマーを伴う量的ＰＣＲ、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション、ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション、インサイチュハイブリダイゼーション、およびそれらの組み合わせを含み得る。例えば、多形性ポリヌクレオチドは、特定のプローブへのハイブリダイゼーションによって検出することができる。そのような例では、特定のプローブは、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子などの多形性の標的核酸にハイブリダイズする。随意に、複数の特定のプローブ、例えば、その各々が細菌の種を識別する複数の特定のプローブを含む少なくとも１つの配列に、核酸をハイブリダイズさせることができる。アイデンティティの分子指標の検出もまた、多形性の標的タンパク質、例えば、微生物叢を特定する多形性の標的タンパク質、に結合するタンパク質プローブ（抗体など）を使用して遂行され得る。
【００７６】
黄色ブドウ球菌などの１以上の細菌の相対的存在量は、被験体からのサンプルにおいて測定することができる。相対的存在量は、画定された位置またはコミュニティー内の他の生物に対する、その生物の普通さまたは珍奇性を示すことができる。例えば、相対的存在量は、一般的にはサンプル中の生物の全存在と比較した、特定の生物の存在を測定することによって、判定することができる。
【００７７】
細菌の相対的存在量は、直接または間接的に測定することができる。直接測定は培養に基づく方法を含み得る。間接測定は、生物または生物の群に特異的な、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）遺伝子配列などの、アイデンティティの分子指標の普及度を、全サンプルとの関係において比較することを含み得る。
【００７８】
いくつかの実施形態において、被験体の微生物叢プロファイルを得るために、個々の被験体の皮膚の中の、黄色ブドウ球菌など、および／または任意の種類の細菌の相対存在量が、個体からのサンプル中の１以上の特定の細菌の比率を測定することによって算出され得る。相対存在量は、サンプル中に存在する細菌の全存在量から導き出すことができる。総存在量は、サンプルにおける細菌の全体を指すことができる。微生物叢プロファイルは、被験体または被験体の皮膚サンプルにおける１以上の微生物叢の相対存在量の、グラフなどの表現を指す。
【００７９】
キット
開示された組成物は、キットの構成要素として提供することができる。純化された生菌は、増殖培地で、凍結乾燥された形態で、または凍結した細胞として、提供され得る。従って、キットは、皮膚ディスバイオシスと関連付けられる疾病の処置のために、治療上有効な量の純化された生菌および付加的な治療剤を含んでいる容器を含み得る。
【００８０】
いくつかの実施形態では、キットは、細菌とその細菌を懸濁するための、細菌を含む１つの容器と、薬学的に許容可能な担体を含む１つの容器、などの、医薬組成物を生成するために必要な構成要素を含み得る。薬学的に許容可能な担体は、例えば、緩衝生理食塩水またはスクロース溶液であり得る。他の実施形態では、キットは、細菌を含む容器と、薬学的に許容可能な担体を含む第２の容器と、および、限定されないが、シリンジなどの、薬学的に許容可能な担体を測定するためのデバイスとを含み得る。いくつかの実施形態において、キットは、いったん薬学的に許容可能な担体中で懸濁された細菌の局所適用のための、限定されないが、スプレーノズルまたは包帯などの、デバイスを含み得る。
【００８１】
随意に、そのようなキットは、包装、説明書、および、追加の緩衝剤または他の治療成分などの、他の様々な試薬をさらに含む。キットは、容器と、容器上に、または容器に関連付けて、ラベルまたは添付文書とを含み得る。適切な容器には、例えば、ボトル、バイアル、チューブなどが含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチックのような様々な材料から形成され得る。容器は、アトピー性皮膚炎の処置に効果的な細菌を含む組成物を収容する。いくつかの実施形態において、容器は無菌のアクセスポートを備え得る。例えば、容器は、皮下注射針によって貫通可能な栓がある静脈用注射液バッグまたはバイアルであり得る。
【００８２】
ラベルまたは添付文書は、組成物が、アトピー性皮膚炎などの特定の疾病の処置に使用されることを示す。ラベルまたは添付文書は一般的に、使用説明書をさらに含む。添付文書は一般的には、そのような治療製品の使用に関する指示、用法、用量、投与、禁忌および／または警告に関する情報を含んだ治療薬のコマーシャルパッケージに慣習的に含まれる説明書、を含む。説明書の非限定的な例には、細菌を含むバイアルに添加するための薬学的に許容可能な担体の量についての情報、薬学的に容認可能な担体中に細菌を懸濁するための説明書、および皮膚への局所適用のための説明書が含まれる。適用は、皮膚へスプレーすること、皮膚を綿棒で拭くこと、または皮膚に適用するための包帯上に懸濁剤を導入することによって可能である。
【００８３】
以下の具体例は、当業者に本明細書に開示される実施形態の原理および実践をより明白に例示するために明記されるのであり、および、あらゆる請求された実施形態の範囲を制限するものとして解釈されるべきではない。もし他の方法で述べられなかったならば、すべての部分およびパーセンテージは重量ベースである。
【００８４】
実施例
実施例１：アトピー性皮膚炎の処置のための経口医薬組成物。
医薬組成物は、アトピー性皮膚炎の処置のために設計されており、本明細書において記載したロゼオモナス・ムコサの株をカプセルの経口用剤形に含んでいる。
【００８５】
実施例２：アトピー性皮膚炎の処置のための経直腸医薬組成物。
医薬組成物は、アトピー性皮膚炎の処置のために、本明細書において記載されるロゼオモナス・ムコサの菌株を含んで、坐剤の経直腸の剤形に、設計されている。
【００８６】
実施例３：アトピー性皮膚炎のための、マウスモデルにおける併用治療。
マウスの耳に適用された時、ＭＣ９０３、ビタミンＤアナログは、ＡＤのような皮膚炎を誘発する。予防試験として、グラム陰性細菌の１ｅ７ＣＦＵを、無菌のＰＢＳの中で懸濁し、および１０ｍｃＬ量をマウスの耳に滴下した。ＭＣ９０３の２日前に接種を開始し、およびＭＣ９０３との接触の間も継続した。まずＭＣ９０３を配置し、細菌単離の配置に先立って２分から５分の間、エタノールを蒸発させた。耳の厚さを１４日目に測定した。半分のマウスに、黄色ブドウ球菌、１ｘＥ６ＣＦＵのＳＡＡＳ９株黄色ブドウ球菌を共接種し、それは、グラム陰性単離菌の接種の直前に耳の上に滴下された。処置の研究を、１４日間、日ごとにマウスをＭＣ９０３に接触させ、および、１３日目から１５日目に、１ｘＥ７  ＣＦＵの総菌株を「薬剤１」（表２を参照）として接種することにより、実施した。薬剤２および薬剤３も、１３日目から１５日目に投与した。２１日目に耳厚みを測定し、および写真を撮った。血清の全ＩｇＥ分析：ＭＣ９０３の１４目に血清を採取した。ＭＣ９０３処置の１４日目に血清を収集し、および、総ＩｇＥを判定した。菌株は、ドナー被験体がアトピー性皮膚炎を抱えていない、ヒト・ドナー由来である。
【００８７】
【表２−１】
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【００８８】
【表２−２】
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【００８９】
【表２−３】
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【００９０】
実施例４：黄色ブドウ球菌の増殖阻害を評価するための、健康なドナーからの黄色ブドウ球菌の培養
黄色ブドウ球菌の異常増殖および感染は、アトピー性皮膚炎に特有の免疫のアンバランスと貧弱なバリア機能の、要因と結果の両方である。複数の単離黄色ブドウ球菌を、健康なボランティア（ＨＶ）由来の細菌、またはアトピー性皮膚炎、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡を抱えた被験体の皮膚由来の細菌の培養物からの上清の存在下において増殖させた。黄色ブドウ球菌の増殖を評価した。
【００９１】
培養されたＨＶ由来の細菌、または、黄色ブドウ球菌を伴う皮膚ディスバイオシスに関連付けられる疾患を抱えた被験体由来の細菌をマウスの耳に共接種し、黄色ブドウ球菌の産出を記録した。リゾホスファチジルコリン（ＬＰＣ）に対する脂質代謝物レベルも評価される。表３で参照される、ＨＶ由来の細菌を評価した。
【００９２】
【表３】
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【００９３】
実施例５：ヒトの先天免疫を誘発するための、健康なドナーからのグラム陰性細菌の培養
本明細書において記載された細菌に対する、インビボのヒトの皮膚の免疫反応を測定するために、ヒトの包皮由来の１次のケラチノサイト（ＫＣ）を、生きている健康なボランティア由来の細菌の単離体、またはアトピー性皮膚炎、湿疹、アレルギー性湿疹、屈面性湿疹、乳児湿疹、貨幣状湿疹、円板状狼瘡、ベニエ痒疹、乾癬、白斑、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、口囲皮膚炎、神経皮膚炎、脂漏性皮膚炎、酒さ、または、ざ瘡を抱えた被験体の皮膚損傷由来の細菌に感染させた。感染の２０時間から２４時間後に、ＨＶ−細菌に接触されたＫＣを、皮膚ディスバイオシスに関連付けられる疾患を抱えた被験体由来の細菌に接触されたものと比較した、相対的な増加について、ｍＲＮＡレベルの増加について、ディフェンシンβ４Ａ、ＣＹＰ２７ｂ１（ビタミンＤ転換酵素）、ビタミンＤ受容体（ＶＤＲ）、および抗微生物ペプチドのカテリシジンについて、スクリーニングした。表３で参照される、ＨＶ由来の細菌を評価した。
【００９４】
実施例６：マウスにおけるバリア機能を評価するための、健康なドナーからのグラム陰性細菌の培養
ＡＤにおけるバリア機能の喪失は、経表皮水分喪失（ｔｒａｎｓ−ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｗａｔｅｒ  ｌｏｓｓ：ＴＥＷＬ）によって、乾燥した敏感肌、および抗原に対する接触性皮膚炎をもたらす。患者の部分集合について、このバリア欠損症は、タイトジャンクションタンパク質フィラグリンにおける機能不全と関連付けられる。生きているＨＶ由来の細菌またはアトピー性皮膚炎を抱えた被験体の皮膚損傷由来の細菌の単離体を、健康なマウスの耳に局所的に適用し、結果として、フィラグリンの高められた転写レベル、耳の厚みの変化率、およびＴＷＥＬでそれらを評価した。表３で参照される、ＨＶ由来の細菌を評価した。
【００９５】
実施例７：アトピー性皮膚炎のマウスモデルにおける予後を評価するための健康なドナーからのグラム陰性菌細菌の培養
ＭＣ９０３、ビタミンＤアナログは、マウスの耳に適用された時、ＡＤのような皮膚炎を誘発する。生きているＨＶ由来の細菌またはアトピー性皮膚炎を抱えた被験体の由来の細菌の単離体を、ＭＣ９０３の投与に先立って健康なマウス耳に局所的に適用した。耳の厚み、血清ＩｇＥ誘導、ｍＲＮＡレベル（フィラグリン、ディフェンシンβ４Ａ、ＣＹＰ２７ｂ１、ＶＤＲ、およびカテリシジンについて）を、ＭＣ９０３の投与の前後で比較した。表３で参照される、ＨＶ由来の細菌を評価した。
【００９６】
実施例８：健康なボランティアからのＲ．ムコサの医薬製剤の生成および特徴付け。
３人の健康なヒトのボランティア（ＨＶ）からのＲ．ムコサの３つの単離体を、２４−４８時間、最少培地（Ｒ２Ａブロス、Ｔｅｋｎｏｖａ；  または、  Ｈａｎｋｓ  Ｂｕｆｆｅｒｅｄ  Ｓａｌｔ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ、ＨＢＳＳ、Ｇｉｂｃｏ）において増殖させた。それらの、黄色ブドウ球菌の増殖を阻害する効能、ヒト・ケラチノサイトにおいてビタミンＤ経路をアクティブ化する能力、および、ＡＤのマウスモデルにおける予後を改善する能力、に基づいて、単離体を選択した。単離体を、ＲＭ−Ａ、ＲＭ−Ｂ、およびＲＭ−Ｃとして参照する。伝染性で、臨床的に有意な抗生物質抵抗性の遺伝子が存在しなかったことを確認するために、ゲノム配列決定を、すべての菌株上で実行した。細菌細胞をＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）で３回洗浄し、および、１０９ＣＦＵ／ｍｌの濃度となるよう、１０％〜１５％スクロースの水の中で再懸濁した。１０４、１０５、および１０６  ＣＦＵ／ｍｌのストックを生成するために、１０％〜１５％スクロースで系列希釈を実行した。薄められた細菌サンプルのアリコートをＲ２Ａ寒天培地（Ｒｅｍｅｌ）上にプレーティングし、凍結乾燥前ＣＦＵ濃度を列挙するために４８〜７２時間３２℃で培養した。８００マイクロリットル（成人）または１．５ｍｌの細菌の溶液（小児）を、１．５ｍｌのアンバーガラス・バイアル（Ｗｈｅａｔｏｎ；  成人）、または３ｍｌの自己充足的な噴霧器システム（Ｄｉｓｃｏｕｎｔ  Ｖｉａｌｓ；  小児）において、凍結乾燥（Ｌａｂｃｏｎｃｏ）に先立って、冷凍した。バイアル／噴霧器を密閉し、ラベルを付け、および、被験体に分配されるまで、−７０℃で保管した。
【００９７】
Ｒ．ムコサの３つの単離体からのゲノムには、表４に示されるように、３つの単離体の各々に特有の配列の領域がある（各菌株に特有の基は、太字で、下線が引かれている）。
【００９８】
【表４】
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【００９９】
菌株の特定の変種が同定される領域を増幅するように、プライマーを設計した。各々の菌株を検出するための分析を実行するために、Ｃｕｓｔｏｍ  ＴａｑＭａｎ（登録商標）  ＳＮＰ  遺伝子型判定アッセイ（Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ａｓｓａｙｓ）、  非ヒト、  ＳＭ  キット、およびプロトコルを使用した。短時間、各々の単離体からのＤＮＡを、プライマーがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４（ＣＡＣＣＧＧＡＣＡＧＣＡＧＧＣＴ）およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５（ＧＣＧＧＴＧＧＣＴＴＡＧＣＡＴＣＡＴＣ）である、ＰＣＲに供した。増幅産物を対立形質識別アッセイに供した。第１の比較において、以下のレポーターを使用さした：ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６（ＣＡＣＣＣＣＡＴＣＣＴＣＧ）、および、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７（ＣＡＣＣＣＣＧＴＣＣＴＣＧ）。これはＡ／Ｇの対立形質識別アッセイである。第２の比較において、以下のレポーターを使用した：ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８（ＣＣＣＴＣＣＡＣＣＣＣＡＴＣＣＴ）、および、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９（ＣＣＣＴＣＣＡＣＴＣＣＡＴＣＣＴ）。これはＴ／Ｃの対立形質識別アッセイである。
【０１００】
実施例９：マウスにおける、ＭＣ９０３に誘発されたアトピー性皮膚炎モデル。
オスのＢａｌｂ／ｃマウスをアトピー性皮膚炎誘導のモデルに使用した。ＭＣ９０３を１００％のエタノールに溶解し、１４日間マウスの耳に対して局所的に適用した（１つの耳につき２５μｌ中２および４ｎｍｏｌ）。対照群をエタノールのみで処置した。マウスの耳における病変の漸進的な誘導を、耳の厚み、瘢痕の出現、および赤みをスコアリングすることにより、モニターした。５日目から１５日目まで、１日おきに、生存観察を行い、および、その疾患の組織病理学的の評価のために、１５日目に耳を収集した。投与経路は、日に２回の経口の強制飼養であった。以下の表５に要約されるように、被験体を分類した。
【０１０１】
【表５】
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【０１０２】
処置を開始する前の馴養期間は少なくとも５日である。モデル誘導の開始の前に体重を測定し、次に、各々の投与を行った。基準となる耳の厚みをデジタルノギスで採寸し、および、動物を無作為に異なる処置群に分けた。５日目から１５日目まで、耳の厚み、紅斑のスコア、および皮膚の鱗屑のスコアを評価した。１５日目に、すべての動物から右耳を収集し、組織病理学的な評価のために１０％のＮＢＦの中に固定した。将来の遺伝子またはサイトカイン分析のために、左耳を収集し、スナップ冷凍した。脾臓およびリンパ節も収集した。末期の漿液を収集し、潜在的ＩｇＥ抗体分析のために保存した。右耳のＨ＆Ｅ染色（１スライド／動物）を実行し、Ｉｍａｇｅ−Ｐｒｏシステムを使用して、表皮の厚みの組織学的な評価を実行した。実施例３の表２  に記載されているような、単一の、および併用の治療剤を被験体に投薬した。
【０１０３】
実施例１０：マウスにおける、イミキモド（Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ）（ＩＭＱ）誘導乾癬治療モデル
Ｂａｌｂ／ｃのオスのマウスを乾癬のモデルとした。１日目から１１日目まで、日に１回、６２．５ｍｇの５％ＩＭＱクリームを動物の背中の皮膚上に局所的に施した（あるいは、耳を使用してこれを実行する）。厚みの増加、瘢痕の出現、および赤みによって証拠づけられたように、ＩＭＱは、マウスの皮膚における乾癬のような病変の漸進的な誘導を引き起こした。２日目から１２日目まで、生存観察を毎日行い、および、可能な組織病理学的な疾患の評価のために、１２日目に背中の皮膚を収集した。投薬法は、３日目のＩＭＱの最初の適用の３日前に開始することになっている。投与は局所投与で毎日行った。以下の表６に要約されるように、被験体を分類した。
【０１０４】
【表６】
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【０１０５】
処置を開始する前に少なくとも５日の馴養期間を  被験体に与えた。ＩＭＱ適用の開始前に１回、次に、各々の投薬の前に１回、体重を測定した。基準となる背中の皮膚の厚みをデジタルノギスで採寸し、および、動物を無作為に異なる処置群に分けた。２目から１２目まで、背中の皮膚の厚み、皮膚紅斑のスコア、および皮膚の鱗屑のスコアを分析した。すべての動物の末期における皮膚サンプルを収集し、Ｂｉｏ−Ｒａｄキットを使用して、ＩＬ１３、ＴＮＦａ、ＭＩＰ−１ａ、Ｇ−ＣＳＦ、および、ＩＬ−１７（５ｐｌｅｘ）について分析した。末期の手順：１２日目に、すべての動物から背中の皮膚を収集し、組織病理学的な評価のために１０％のＮＢＦの中に固定した。必要な場合、皮膚サンプルをサイトカイン分析のためにスナップ凍結した。末期の血漿／血清を収集した。背中の皮膚および／または耳の切片のＨ＆Ｅ染色を実行した（１スライド／動物）。表皮の厚み、錯角化症、表皮肥厚、および炎症性浸潤のスコアリング、およびコンポジット・スコア（Ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ  ｓｃｏｒｅ）を実行した。実施例３の表２に記載されているような、単一の、および併用の治療剤を被験体に投薬した。
【０１０６】
本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され記載された一方、そのような実施形態が一例としてのみ提供されていることは当業者にとって明白である。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその均等物の範囲内の方法、および構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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